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C T 522 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.556;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;MQRankSum=3.600;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.200e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,146:156:32:555,32,0 chrI 836 . G T 629 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.10;MQ0=0;MQRankSum=3.600;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-6.865e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,147:158:44:662,44,0 chrI 839 . A G 564.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.99;MQ0=0;MQRankSum=2.911;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,136:154:15:597,15,0 chrI 848 . C T 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.61;MQ0=0;QD=3.81;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:72:600,72,0 chrI 876 . T C 376 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.62;MQ0=1;MQRankSum=-0.211;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.690;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:51:409,51,0 chrI 878 . T C 199.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.472;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.62;MQ0=1;MQRankSum=-0.633;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.978;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,58:84:96:229,0,96 chrI 883 . G A 74.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.765;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.72;MQ0=1;MQRankSum=2.543;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.239;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,22:76:99:104,0,217 chrI 892 . G T 279.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.507;DP=75;Dels=0.00;FS=4.695;HaplotypeScore=85.5709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.60;MQ0=1;MQRankSum=-0.091;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,64:75:3:309,3,0 chrI 893 . T A 197.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=76;Dels=0.00;FS=1.536;HaplotypeScore=86.3596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.53;MQ0=1;MQRankSum=-1.835;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.933;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,48:76:77:227,0,77 chrI 899 . C T 92.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.351;DP=72;Dels=0.00;FS=13.010;HaplotypeScore=93.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.64;MQ0=1;MQRankSum=0.817;QD=1.28;ReadPosRankSum=2.660;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:122,0,205 chrI 900 . A G 94.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.038;DP=71;Dels=0.00;FS=8.307;HaplotypeScore=93.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.55;MQ0=1;MQRankSum=0.927;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.067;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:71:99:124,0,143 chrI 904 . G A 440 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.28;MQ0=1;QD=6.47;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:57:473,57,0 chrI 907 . A T 313.09 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=72;Dels=0.00;FS=14.089;HaplotypeScore=39.1777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.54;MQ0=1;MQRankSum=1.128;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-3.110e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,65:72:14:343,0,14 chrI 925 . T C 271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.10;MQ0=1;MQRankSum=1.683;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.683;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:39:304,39,0 chrI 929 . A C 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=77;Dels=0.00;FS=6.229;HaplotypeScore=13.4261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.59;MQ0=1;MQRankSum=-0.449;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.591;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,65:77:67:168,0,67 chrI 956 . C T 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.840;DP=67;Dels=0.00;FS=21.368;HaplotypeScore=35.3329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,18:67:99:108,0,165 chrI 961 . A T 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;DP=65;Dels=0.00;FS=28.503;HaplotypeScore=44.9777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,20:65:90:90,0,178 chrI 968 . C T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.055;DP=66;Dels=0.00;FS=14.341;HaplotypeScore=71.4848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.82;MQ0=0;MQRankSum=2.494;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.530;SB=-1.046e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,51:66:68:221,0,68 chrI 980 . A G 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=53;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=42.0134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.67;MQ0=3;MQRankSum=2.610;QD=0.91;ReadPosRankSum=1.830;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:78:78,0,93 chrI 981 . A C 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DP=55;Dels=0.00;FS=4.489;HaplotypeScore=41.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.14;MQ0=3;MQRankSum=1.313;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.037;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,38:55:42:144,0,42 chrI 1025 . C T 296.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;DP=70;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=4.3128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.34;MQ0=10;MQRankSum=0.485;QD=4.23;ReadPosRankSum=4.886;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:75:326,0,75 chrI 1035 . A T 284.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=84;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=17.1801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.65;MQ0=10;MQRankSum=-2.177;QD=3.38;ReadPosRankSum=4.774;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:314,0,383 chrI 1042 . T C 470.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.533;DP=101;Dels=0.00;FS=8.820;HaplotypeScore=20.5182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.28;MQ0=10;MQRankSum=3.843;QD=4.65;ReadPosRankSum=-3.462;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:101:99:500,0,302 chrI 1065 . A T 1560.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DP=146;Dels=0.00;FS=19.094;HaplotypeScore=18.2853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.47;MQ0=10;MQRankSum=6.571;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,87:146:99:1590,0,285 chrI 1074 . C A 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=159;Dels=0.00;FS=13.007;HaplotypeScore=25.1806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.27;MQ0=7;MQRankSum=-1.614;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,34:159:59:59,0,1806 chrI 1179 . C T 307.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.639;DP=162;Dels=0.02;FS=19.822;HaplotypeScore=57.8649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.00;MQ0=2;MQRankSum=-2.752;QD=1.90;ReadPosRankSum=3.667;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,45:158:99:337,0,1316 chrI 1193 . A T 439.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.829;DP=124;Dels=0.00;FS=42.062;HaplotypeScore=24.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.21;MQ0=5;MQRankSum=-0.755;QD=3.54;ReadPosRankSum=5.053;SB=0.631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,47:124:99:469,0,341 chrI 1197 . G T 511.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.193;DP=110;Dels=0.00;FS=38.655;HaplotypeScore=14.0966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.51;MQ0=5;MQRankSum=1.204;QD=4.65;ReadPosRankSum=3.415;SB=-8.585e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:110:99:541,0,263 chrI 1238 . C T 291.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=67;Dels=0.00;FS=22.885;HaplotypeScore=16.4734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.99;MQ0=18;MQRankSum=1.579;QD=4.34;ReadPosRankSum=3.043;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:67:71:321,0,71 chrI 1263 . C T 382 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.77;MQ0=24;QD=6.82;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:56:48:415,48,0 chrI 1269 . G A 79.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.95;MQ0=23;MQRankSum=-1.616;QD=1.25;ReadPosRankSum=-3.042;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:63:99:109,0,176 chrI 1279 . C T 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.20;MQ0=21;MQRankSum=1.788;QD=0.43;ReadPosRankSum=-2.152;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,17:80:64:64,0,321 chrI 1301 . C A 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=96;Dels=0.00;FS=3.169;HaplotypeScore=12.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.55;MQ0=15;MQRankSum=0.245;QD=0.15;ReadPosRankSum=-2.683;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,8:96:44:44,0,576 chrI 1320 . G C 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;DP=98;Dels=0.00;FS=18.004;HaplotypeScore=33.8542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.85;MQ0=14;MQRankSum=2.272;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.642;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,10:98:65:65,0,505 chrI 1321 . C A 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;DP=98;Dels=0.00;FS=27.372;HaplotypeScore=32.8877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.85;MQ0=14;MQRankSum=3.193;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.835;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,9:98:63:63,0,410 chrI 1334 . C T 313.77 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;DP=88;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=19.5213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.50;MQ0=7;MQRankSum=-1.556;QD=3.57;ReadPosRankSum=-1.864;SB=-1.657e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,66:88:77:342,0,77 chrI 1335 . T A 51.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;DP=86;Dels=0.00;FS=33.656;HaplotypeScore=19.5213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.25;MQ0=6;MQRankSum=3.387;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,10:86:81:81,0,471 chrI 1337 . G A 58.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.015;DP=84;Dels=0.00;FS=33.656;HaplotypeScore=17.9440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.24;MQ0=6;MQRankSum=3.718;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,11:84:88:88,0,455 chrI 1352 . A G 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.785;DP=88;Dels=0.00;FS=9.952;HaplotypeScore=36.6018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.12;MQ0=3;MQRankSum=0.440;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,28:88:99:123,0,530 chrI 1358 . T C 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;DP=96;Dels=0.00;FS=72.622;HaplotypeScore=59.8149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.42;MQ0=1;MQRankSum=-4.950;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,29:96:57:57,0,667 chrI 1364 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;DP=91;Dels=0.00;FS=11.745;HaplotypeScore=45.4723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.42;MQ0=1;MQRankSum=-3.496;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,57:91:99:333,0,384 chrI 1370 . A T 128.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.684;DP=79;Dels=0.00;FS=41.952;HaplotypeScore=25.5241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.62;MQ0=1;MQRankSum=3.268;QD=1.62;ReadPosRankSum=2.926;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,18:79:99:158,0,456 chrI 1377 . G A 257.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DP=71;Dels=0.00;FS=10.981;HaplotypeScore=9.7130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.93;MQ0=1;MQRankSum=-1.502;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:287,0,399 chrI 1379 . T C 717 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;DP=63;Dels=0.00;FS=3.013;HaplotypeScore=8.7396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=1;MQRankSum=0.418;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.179;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:90:750,90,0 chrI 1382 . G A 672 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.22;MQ0=0;QD=10.84;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:84:705,84,0 chrI 1395 . T C 255.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;DP=72;Dels=0.00;FS=50.794;HaplotypeScore=4.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.12;MQ0=1;MQRankSum=0.607;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.898;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,21:72:99:285,0,168 chrI 1397 . A G 262.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=73;Dels=0.00;FS=50.794;HaplotypeScore=5.4929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.16;MQ0=1;MQRankSum=2.844;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.643;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,21:73:99:292,0,201 chrI 1408 . C T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=83;Dels=0.00;FS=39.870;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.47;MQ0=2;MQRankSum=1.118;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.675;SB=-3.264e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:83:99:317,0,340 chrI 1414 . C A 268.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=93;Dels=0.00;FS=42.303;HaplotypeScore=4.9017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.58;MQ0=7;MQRankSum=0.130;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.577;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,59:93:99:298,0,357 chrI 1421 . C T 296.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DP=95;Dels=0.00;FS=69.345;HaplotypeScore=5.6887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.33;MQ0=8;MQRankSum=1.540;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,30:95:99:326,0,365 chrI 1444 . T C 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;DP=91;Dels=0.00;FS=72.857;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.29;MQ0=11;MQRankSum=2.870;QD=0.19;ReadPosRankSum=1.026;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,36:91:47:47,0,615 chrI 1462 . G C 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.84;MQ0=11;MQRankSum=1.918;QD=0.33;ReadPosRankSum=2.017;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,8:80:56:56,0,472 chrI 1470 . A G 137.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.147;DP=77;Dels=0.00;FS=31.388;HaplotypeScore=6.8975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.33;MQ0=11;MQRankSum=2.491;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:167,0,405 chrI 1488 . C G 38.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.661;DP=69;Dels=0.00;FS=15.858;HaplotypeScore=60.2627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.05;MQ0=10;MQRankSum=0.155;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.966;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,13:69:68:68,0,502 chrI 1490 . G A 34.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=67;Dels=0.00;FS=15.724;HaplotypeScore=60.2627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.77;MQ0=10;MQRankSum=-0.238;QD=0.51;ReadPosRankSum=-2.501;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,13:67:64:64,0,475 chrI 1491 . C T 146.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.395;DP=64;Dels=0.00;FS=3.231;HaplotypeScore=60.2627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.30;MQ0=10;MQRankSum=1.514;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.312;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:64:99:176,0,337 chrI 1495 . T A 43.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DP=63;Dels=0.00;FS=10.183;HaplotypeScore=47.8000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.17;MQ0=9;MQRankSum=-0.134;QD=0.68;ReadPosRankSum=-3.401;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,13:63:73:73,0,438 chrI 1505 . T G 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.130;DP=50;Dels=0.00;FS=17.213;HaplotypeScore=5.7389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.24;MQ0=2;MQRankSum=-0.864;QD=0.98;ReadPosRankSum=-3.603;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:50:79:79,0,313 chrI 1506 . T G 483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.18;MQ0=1;QD=10.06;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:66:516,66,0 chrI 1518 . T C 283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.61;MQ0=0;QD=7.45;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:42:316,42,0 chrI 1547 . G A 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.46;MQ0=0;QD=0.86;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:6:51,6,0 chrI 1565 . A T 39.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.37;MQ0=0;QD=1.90;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:9:72,9,0 chrI 1589 . G T 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=15;Dels=0.00;FS=11.461;HaplotypeScore=55.2057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:15:6:43,6,0 chrI 1590 . T C 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.33;MQ0=0;QD=0.80;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:6:43,6,0 chrI 1592 . T C 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=15;Dels=0.00;FS=8.751;HaplotypeScore=10.1262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:6:43,6,0 chrI 1598 . A G 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=25;Dels=0.00;FS=10.969;HaplotypeScore=10.2042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.452;SB=1.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:6:43,6,0 chrI 1599 . C G 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=25;Dels=0.00;FS=13.979;HaplotypeScore=10.2042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:6:43,6,0 chrI 1601 . A G 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=26;Dels=0.00;FS=20.348;HaplotypeScore=8.9490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.401;SB=1.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:6:43,6,0 chrI 1609 . G A 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.05;MQ0=0;QD=0.77;SB=-9.817e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:9:65,9,0 chrI 1628 . C T 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;DP=42;Dels=0.00;FS=21.569;HaplotypeScore=1.8824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.15;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.350;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:6:43,6,0 chrI 1632 . G A 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.478;DP=45;Dels=0.00;FS=12.404;HaplotypeScore=8.0027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.87;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.627;SB=-9.709e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:45:9:65,9,0 chrI 1707 . A G 1164 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=91;Dels=0.00;FS=2.815;HaplotypeScore=3.5536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.36;MQ0=17;MQRankSum=3.738;QD=12.79;ReadPosRankSum=2.538;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:91:99:1197,105,0 chrI 1747 . T C 175.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.668;DP=67;Dels=0.00;FS=6.044;HaplotypeScore=42.7004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.79;MQ0=11;MQRankSum=0.455;QD=2.61;ReadPosRankSum=-2.415;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,18:67:99:205,0,422 chrI 1757 . G A 310 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.33;MQ0=6;QD=11.48;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:27:39:343,39,0 chrI 1761 . A C 246 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.66;MQ0=6;QD=11.71;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:33:279,33,0 chrI 1918 . A G 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.11;MQ0=0;MQRankSum=1.771;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-1.709e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:92:123,0,92 chrI 1927 . G A 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.10;MQ0=1;MQRankSum=1.890;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:34:83:173,0,83 chrI 1993 . A C 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=46;Dels=0.00;FS=10.523;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.24;MQ0=3;MQRankSum=-0.463;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:46:99:124,0,379 chrI 2006 . G A 55.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=42;Dels=0.00;FS=31.286;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.59;MQ0=3;MQRankSum=1.153;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.567;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:42:85:85,0,345 chrI 2029 . T C 402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DP=34;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.74;MQ0=1;MQRankSum=0.490;QD=11.82;ReadPosRankSum=2.301;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:51:435,51,0 chrI 2068 . C A 151.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.607;DP=54;Dels=0.00;FS=42.663;HaplotypeScore=5.4636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.23;MQ0=5;MQRankSum=1.638;QD=2.80;ReadPosRankSum=2.655;SB=-5.149e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:181,0,126 chrI 2113 . A G 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;DP=56;Dels=0.00;FS=12.708;HaplotypeScore=4.7725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.08;MQ0=16;MQRankSum=1.450;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,17:56:75:75,0,237 chrI 2146 . G A 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.32;MQ0=17;MQRankSum=-1.714;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-1.859e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,31:34:34:65,0,34 chrI 2216 . G A 67.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.426;DP=43;Dels=0.00;FS=50.664;HaplotypeScore=25.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.79;MQ0=4;MQRankSum=2.035;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-1.950e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,8:43:97:97,0,164 chrI 2223 . T A 105.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=45;Dels=0.00;FS=10.805;HaplotypeScore=24.7238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.82;MQ0=3;MQRankSum=0.787;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:135,0,116 chrI 2225 . A C 105.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;DP=45;Dels=0.00;FS=7.857;HaplotypeScore=18.1231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.43;MQ0=3;MQRankSum=0.654;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.432;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,12:45:96:135,0,96 chrI 2243 . C G 109.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=43;Dels=0.00;FS=7.981;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.71;MQ0=3;MQRankSum=0.909;QD=2.54;ReadPosRankSum=-2.908;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:43:90:139,0,90 chrI 2253 . A G 38.08 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.718;QD=1.36;ReadPosRankSum=3.152;SB=-6.086e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,23:28:15:68,0,15 chrI 2287 . T C 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.465;DP=26;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=25.3026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.61;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.917;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:26:45:45,0,286 chrI 2331 . A C,G 503.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=30.04;MQ0=1;QD=13.97;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,22,14:36:99:563,210,162,353,0,326 chrI 2340 . T C 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=39;Dels=0.00;FS=14.698;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.96;MQ0=1;MQRankSum=0.379;QD=15.41;ReadPosRankSum=2.815;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:75:634,75,0 chrI 2371 . T A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;DP=51;Dels=0.00;FS=33.225;HaplotypeScore=8.4606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.25;MQ0=1;MQRankSum=-2.257;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.889;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:241,0,322 chrI 2383 . C A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=46;Dels=0.00;FS=23.184;HaplotypeScore=10.2183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.09;MQ0=1;MQRankSum=-0.928;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.216;SB=-5.998e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:46:99:229,0,188 chrI 2384 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;DP=49;Dels=0.00;FS=16.435;HaplotypeScore=11.7957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.02;MQ0=1;MQRankSum=-0.735;QD=3.69;ReadPosRankSum=2.038;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:211,0,227 chrI 2406 . A C 516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.40;MQ0=2;QD=10.32;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:69:549,69,0 chrI 2482 . G T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.497;DP=54;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=13.6305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.31;MQ0=1;MQRankSum=0.982;QD=4.93;ReadPosRankSum=3.589;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:296,0,287 chrI 2485 . A T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;DP=53;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=14.4191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.37;MQ0=1;MQRankSum=0.688;QD=4.79;ReadPosRankSum=3.258;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:284,0,304 chrI 2501 . A G 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=45;Dels=0.00;FS=8.033;HaplotypeScore=9.2346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.89;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,9:45:99:102,0,402 chrI 2512 . A G 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=44;Dels=0.00;FS=3.075;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.718;QD=13.11;ReadPosRankSum=2.338;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:72:610,72,0 chrI 2524 . T C 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;DP=33;Dels=0.00;FS=54.916;HaplotypeScore=3.6554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.53;MQ0=0;MQRankSum=2.571;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-5.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:33:91:134,0,91 chrI 2533 . G T 69.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DP=32;Dels=0.00;FS=36.010;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.25;MQ0=4;MQRankSum=2.073;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:92:99,0,92 chrI 2535 . C A 71.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=32;Dels=0.00;FS=36.010;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.25;MQ0=4;MQRankSum=2.211;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:92:101,0,92 chrI 2536 . A G 65.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;DP=32;Dels=0.00;FS=36.010;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.25;MQ0=4;MQRankSum=2.165;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-2.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:95:95,0,96 chrI 2542 . T G 82.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.355;DP=36;Dels=0.00;FS=32.115;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.98;MQ0=4;MQRankSum=1.771;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.082;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:93:112,0,93 chrI 2577 . T A 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.798;DP=61;Dels=0.00;FS=69.960;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.44;MQ0=4;MQRankSum=3.408;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:55:55,0,217 chrI 2578 . G A 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.416;DP=61;Dels=0.00;FS=76.005;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.38;MQ0=4;MQRankSum=3.261;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:61:61,0,225 chrI 2643 . G A 170.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.96;MQ0=3;QD=5.15;SB=-7.404e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:24:203,24,0 chrI 2679 . A G 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;DP=46;Dels=0.00;FS=3.533;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.62;MQ0=3;MQRankSum=-2.450;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.364;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:70:70,0,290 chrI 2706 . A G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=59;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.69;MQ0=1;MQRankSum=-3.818;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.049;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:192,0,346 chrI 2748 . A T 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=52;Dels=0.00;FS=9.662;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.505;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.265;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:100,0,508 chrI 2790 . C A 114.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=60;Dels=0.00;FS=11.873;HaplotypeScore=8.6984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.318;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:60:99:144,0,505 chrI 2796 . G A 41.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=57;Dels=0.00;FS=17.600;HaplotypeScore=10.2709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.852;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.748;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:71:71,0,600 chrI 2797 . A G 54.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=56;Dels=0.00;FS=18.901;HaplotypeScore=9.4822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.346;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.118;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:84:84,0,587 chrI 2823 . A G 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;DP=104;Dels=0.00;FS=16.117;HaplotypeScore=6.4099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.97;MQ0=0;MQRankSum=-6.077;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:104:99:177,0,822 chrI 2825 . G C 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.33;MQ0=0;QD=11.77;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:106:99:1281,150,0 chrI 2870 . A G 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DP=131;Dels=0.00;FS=1.937;HaplotypeScore=125.4648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.64;MQ0=0;MQRankSum=-5.033;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,45:131:99:190,0,1178 chrI 2891 . G T 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=14.15;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:1872,213,0 chrI 2914 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.024;DP=90;Dels=0.00;FS=12.831;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=2.956;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,33:90:99:382,0,918 chrI 2970 . T C 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;QD=17.18;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1184,141,0 chrI 3049 . A T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.061;DP=62;Dels=0.00;FS=2.244;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:62:99:597,0,247 chrI 3056 . C A 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=67;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.113;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.713;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,42:67:99:713,0,232 chrI 3141 . C T 1680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;DP=160;Dels=0.00;FS=1.288;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.042;QD=10.50;ReadPosRankSum=-1.361;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,91:160:99:1710,0,1063 chrI 3187 . T C 1826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.131;DP=175;Dels=0.00;FS=5.738;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.184;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,105:175:99:1856,0,1017 chrI 3279 . G A 1159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DP=91;Dels=0.00;FS=2.072;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,60:91:99:1189,0,486 chrI 3311 . C G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DP=60;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=3.5500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.748;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,40:60:99:626,0,297 chrI 3313 . A C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DP=63;Dels=0.00;FS=5.815;HaplotypeScore=4.3387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.160;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:63:99:607,0,372 chrI 3328 . T C 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=19.90;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1247,147,0 chrI 3389 . C T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DP=70;Dels=0.00;FS=4.752;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:523,0,489 chrI 3462 . A C 2366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=20.94;SB=-1.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2399,282,0 chrI 3518 . G A 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DP=97;Dels=0.00;FS=1.945;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.750;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,70:97:99:1120,0,255 chrI 3522 . A C 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=96;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.249;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.816;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,67:96:99:1031,0,236 chrI 3620 . G A 1634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.171;DP=137;Dels=0.00;FS=3.241;HaplotypeScore=42.0057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.382;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,92:137:99:1664,0,535 chrI 3622 . G T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.351;DP=132;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=42.9216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.224;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.169;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,36:132:99:469,0,1584 chrI 3688 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=107;Dels=0.00;FS=16.029;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.982;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,35:107:99:445,0,1274 chrI 3785 . T C 1452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=125;Dels=0.00;FS=14.576;HaplotypeScore=8.8660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.454;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,78:125:99:1482,0,576 chrI 3807 . A C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.413;DP=138;Dels=0.00;FS=5.677;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.627;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,49:138:99:652,0,1535 chrI 3934 . C T 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.605;DP=149;Dels=0.00;FS=4.077;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.927;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,55:149:99:185,0,1531 chrI 3942 . G A 2149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=14.23;SB=-1.389e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2182,255,0 chrI 3990 . G A 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.619;DP=140;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.211;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,93:140:99:1304,0,641 chrI 4022 . G A 1360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.596;DP=113;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,78:113:99:1390,0,473 chrI 4034 . A T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.169;DP=117;Dels=0.00;FS=3.808;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,34:117:99:456,0,1411 chrI 4067 . A G 2744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2777,327,0 chrI 4119 . G A 3637.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=18.00;SB=-1.692e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:202:99:3637,434,0 chrI 4138 . T C 1899.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;DP=222;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=119.8478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,135:222:99:1929,0,1074 chrI 4145 . T C 1130.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=223;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=136.0097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=5.247;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.326;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,82:223:99:1160,0,1885 chrI 4146 . A C 665.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DP=223;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.340;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,64:223:99:695,0,2374 chrI 4182 . T A 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.452;DP=213;Dels=0.00;FS=2.537;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,75:213:99:1026,0,1834 chrI 4324 . G A 2788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=19.63;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-1.703e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,141:142:99:2821,327,0 chrI 4436 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DP=190;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.047;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,61:189:99:657,0,1890 chrI 4508 . T C 3849.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=18.07;SB=-1.364e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:213:99:3849,450,0 chrI 4597 . G C 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=19.73;SB=-1.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:119:99:2381,282,0 chrI 4696 . G A 1284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.383;DP=103;Dels=0.00;FS=2.849;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.048;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,72:103:99:1314,0,348 chrI 4738 . G A 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;DP=99;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.819;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,71:99:99:1164,0,344 chrI 4769 . C A 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=84;Dels=0.00;FS=8.052;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.88;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,58:84:99:901,0,369 chrI 4774 . A C 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.800;DP=81;Dels=0.00;FS=12.859;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.90;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,55:81:99:909,0,434 chrI 4801 . T C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=97;Dels=0.00;FS=11.363;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=-4.367;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.294;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,28:97:99:338,0,1303 chrI 4818 . C T 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=20.07;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2020,228,0 chrI 4819 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.417;DP=99;Dels=0.00;FS=18.829;HaplotypeScore=3.2319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.759;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,28:99:99:358,0,1123 chrI 4831 . A T 1974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;QD=20.35;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2007,231,0 chrI 4836 . A G 217.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=95;Dels=0.00;FS=17.300;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.144;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,26:95:99:247,0,1128 chrI 4859 . T C 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=19.80;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1696,198,0 chrI 4907 . G A 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.203;DP=78;Dels=0.00;FS=22.183;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=10.53;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,51:78:99:851,0,211 chrI 4949 . C G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=93;Dels=0.00;FS=20.844;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,27:93:99:181,0,1107 chrI 4993 . C T 1649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.04;MQ0=0;QD=14.09;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:1682,189,0 chrI 5020 . C T 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.578;DP=118;Dels=0.00;FS=10.826;HaplotypeScore=89.0571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.81;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,76:118:99:723,0,328 chrI 5030 . A G 54.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DP=107;Dels=0.01;FS=10.709;HaplotypeScore=62.9477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.862;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,30:106:73:84,0,73 chrI 5031 . C A 57.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=108;Dels=0.01;FS=10.558;HaplotypeScore=62.9477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.29;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,30:107:76:87,0,76 chrI 5035 . C G 274.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=113;Dels=0.00;FS=8.330;HaplotypeScore=63.3404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,32:113:46:304,0,46 chrI 5047 . G T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=137;Dels=0.00;FS=0.666;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.33;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=1.82;ReadPosRankSum=-3.711;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,51:137:99:279,0,245 chrI 5218 . C T 1869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1902,213,0 chrI 5237 . C A 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=20.48;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1712,192,0 chrI 5446 . A T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=146;Dels=0.00;FS=3.030;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=4.513;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,56:146:99:820,0,1512 chrI 5451 . C T 1329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=143;Dels=0.00;FS=1.388;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,88:143:99:1359,0,865 chrI 5463 . A G 1664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.903;DP=161;Dels=0.00;FS=0.626;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.143;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,103:161:99:1694,0,885 chrI 5466 . A G 1684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=158;Dels=0.00;FS=0.636;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.134;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,101:158:99:1714,0,782 chrI 5487 . A T 1404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;DP=148;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,97:148:99:1434,0,855 chrI 5569 . G A 2075 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=17.89;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2108,249,0 chrI 5572 . G A 365.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DP=115;Dels=0.00;FS=3.917;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=3.17;ReadPosRankSum=-2.408;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,33:115:99:395,0,1310 chrI 5576 . G C 2209 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=19.04;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2242,261,0 chrI 5582 . G A 421.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.852;DP=125;Dels=0.00;FS=6.076;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=3.37;ReadPosRankSum=-2.307;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,38:125:99:451,0,1380 chrI 5627 . A G 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=17.36;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:127:99:2238,261,0 chrI 5646 . C T 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=126;Dels=0.00;FS=8.312;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=1.917;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.256;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,70:126:99:1026,0,812 chrI 5718 . T G 1492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.008;DP=142;Dels=0.00;FS=5.436;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.102;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.902;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,92:142:99:1522,0,762 chrI 5741 . T C 2595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=147;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=17.65;ReadPosRankSum=2.382;SB=-1.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,144:147:99:2628,315,0 chrI 5756 . G T 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.878;DP=138;Dels=0.00;FS=4.404;HaplotypeScore=5.6857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.920;QD=7.14;ReadPosRankSum=-2.008;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,93:138:99:1016,0,664 chrI 5763 . T C 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=16.14;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2099,246,0 chrI 5811 . T C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.468;DP=126;Dels=0.00;FS=0.716;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=2.421;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.641;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,38:126:99:482,0,991 chrI 5814 . C T 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=15.34;SB=-1.523e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:1996,228,0 chrI 5889 . C T 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.261;DP=109;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=12.1983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,33:109:99:345,0,1280 chrI 5924 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;DP=153;Dels=0.00;FS=2.370;HaplotypeScore=17.5244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=2.066;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,42:153:99:570,0,1678 chrI 6001 . A G 3444.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=19.91;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-1.361e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,170:173:99:3444,413,0 chrI 6030 . G A 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=185;Dels=0.00;FS=0.594;HaplotypeScore=7.6204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.435;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,57:185:99:521,0,1938 chrI 6031 . A G 3439.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=188;Dels=0.00;FS=7.901;HaplotypeScore=7.6204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.568;SB=-1.804e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,186:188:99:3439,405,0 chrI 6059 . A T 3046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=15.54;SB=-2.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:196:99:3079,371,0 chrI 6093 . C T 410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=136;Dels=0.00;FS=6.705;HaplotypeScore=72.5222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=3.01;ReadPosRankSum=-4.836;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,100:136:51:443,51,0 chrI 6136 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.313;DP=119;Dels=0.00;FS=6.704;HaplotypeScore=12.2051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.372;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,33:119:99:300,0,1301 chrI 6201 . G A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.278;DP=192;Dels=0.00;FS=2.787;HaplotypeScore=24.6704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,57:192:99:719,0,2086 chrI 6289 . A G 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.521;DP=228;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,78:228:99:1124,0,2571 chrI 6356 . A C 3523.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=20.48;SB=-1.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:172:99:3523,419,0 chrI 6365 . G A 3215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=20.22;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:159:99:3248,372,0 chrI 6370 . T C 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;DP=162;Dels=0.00;FS=6.336;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.117;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,62:162:99:818,0,1681 chrI 6556 . A G 1805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.014;DP=165;Dels=0.00;FS=8.277;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.586;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,100:165:99:1835,0,1036 chrI 6645 . G A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.786;DP=126;Dels=0.00;FS=2.029;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.164;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,39:126:99:520,0,1442 chrI 6673 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;DP=117;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=15.3323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.485;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,36:117:99:504,0,1219 chrI 6721 . T C 166.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DP=65;Dels=0.00;FS=5.363;HaplotypeScore=15.4344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.224;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:65:99:196,0,537 chrI 6722 . A T 170.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.686;DP=66;Dels=0.00;FS=9.308;HaplotypeScore=16.2665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.512;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.760;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:66:99:200,0,569 chrI 6730 . G T 86.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=67;Dels=0.00;FS=2.676;HaplotypeScore=12.2099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQ0=0;MQRankSum=-5.257;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,21:67:99:116,0,465 chrI 6735 . C T 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.600;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.827;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.301;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,15:63:80:80,0,415 chrI 6796 . T C 90.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.040;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.645;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:36:99:120,0,360 chrI 6798 . T C 70.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.998;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.866;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:100,0,377 chrI 6806 . A T 64.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=33;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=3.4097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.746;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.177;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:33:94:94,0,322 chrI 6827 . G A 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.707;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:143,0,435 chrI 6837 . A G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=40;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.321;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:122,0,367 chrI 6962 . T C 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:43:99:200,0,331 chrI 6972 . A G 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DP=40;Dels=0.00;FS=3.551;HaplotypeScore=8.8918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.684;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,9:40:99:113,0,498 chrI 7048 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;DP=72;Dels=0.00;FS=8.714;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.501;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.324;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:377,0,621 chrI 7076 . A T 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.978;DP=88;Dels=0.00;FS=8.992;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=4.326;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,55:88:99:1095,0,342 chrI 7126 . G T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.040;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-5.442;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.697;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,32:101:99:172,0,1257 chrI 7129 . A T 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=-6.286;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,34:102:99:132,0,1418 chrI 7139 . T A 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DP=123;Dels=0.00;FS=1.127;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=-7.671;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.788;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,40:123:63:63,0,1486 chrI 7167 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=142;Dels=0.00;FS=9.095;HaplotypeScore=7.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=5.351;QD=4.90;ReadPosRankSum=1.021;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,44:142:99:726,0,1372 chrI 7268 . G T 1502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.09;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1535,177,0 chrI 7403 . A G 2040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=21.47;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2073,240,0 chrI 7416 . G C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.655;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:101:99:389,0,1202 chrI 7418 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.488;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.536;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,36:109:99:387,0,1188 chrI 7556 . T C 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.799;DP=163;Dels=0.00;FS=10.408;HaplotypeScore=15.8790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.168;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,61:163:99:876,0,1863 chrI 7646 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.798;DP=124;Dels=0.00;FS=4.819;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,47:124:99:740,0,1392 chrI 7729 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.682;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,37:110:99:595,0,1015 chrI 8000 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.902;DP=96;Dels=0.00;FS=1.890;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.498;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,28:96:99:413,0,1166 chrI 8009 . A G 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.647;DP=94;Dels=0.00;FS=1.877;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.564;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,28:94:99:350,0,1115 chrI 8036 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.797;DP=116;Dels=0.00;FS=0.746;HaplotypeScore=14.5849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.192;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,39:116:99:577,0,1187 chrI 8083 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.829;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.915;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,49:123:99:646,0,1126 chrI 8321 . T G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.979;DP=119;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=19.7605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.968;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,37:119:99:495,0,1483 chrI 8387 . G T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;DP=101;Dels=0.00;FS=2.752;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.595;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:101:99:485,0,980 chrI 8425 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.710;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,33:91:99:459,0,851 chrI 8464 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.146;DP=80;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.574;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,23:80:99:321,0,893 chrI 8563 . G A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.104;DP=130;Dels=0.00;FS=9.668;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.945;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,29:130:99:408,0,1653 chrI 8570 . C G 235.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=126;Dels=0.00;FS=14.386;HaplotypeScore=5.0153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.743;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,28:126:99:265,0,1621 chrI 8639 . G A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=112;Dels=0.00;FS=0.933;HaplotypeScore=8.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=1.34;ReadPosRankSum=-2.249;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,23:112:99:180,0,1611 chrI 8776 . C G 1559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.188;DP=156;Dels=0.00;FS=1.602;HaplotypeScore=9.0787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.378;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,103:156:99:1589,0,753 chrI 8811 . G C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;DP=166;Dels=0.00;FS=4.065;HaplotypeScore=9.0801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,46:166:99:490,0,2226 chrI 8828 . A C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.570;DP=173;Dels=0.00;FS=13.148;HaplotypeScore=8.3614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,43:173:99:374,0,2616 chrI 8859 . T C 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.925;DP=136;Dels=0.00;FS=11.311;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,52:136:99:820,0,1536 chrI 8899 . C A 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.742;DP=101;Dels=0.00;FS=10.103;HaplotypeScore=6.4862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.622;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,23:101:99:208,0,1175 chrI 8902 . T C 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.457;DP=103;Dels=0.00;FS=9.818;HaplotypeScore=5.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.820;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,23:103:99:219,0,1200 chrI 8939 . C A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.088;DP=91;Dels=0.00;FS=30.623;HaplotypeScore=5.4400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.407;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,20:91:99:263,0,775 chrI 9053 . T A,G 91.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=158.9780;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.15;MQ0=0;QD=0.53;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,168,5:173:55:151,67,55,84,0,75 chrI 9064 . A G 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.254;DP=210;Dels=0.00;FS=8.310;HaplotypeScore=6.0516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.221;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,69:210:99:787,0,2574 chrI 9086 . C T 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.017;DP=199;Dels=0.00;FS=12.163;HaplotypeScore=7.0687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.056;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,65:199:99:902,0,2416 chrI 9146 . A T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.228;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=2.20;ReadPosRankSum=-2.513;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,47:153:99:367,0,1977 chrI 9165 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=124;Dels=0.00;FS=1.662;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,33:124:99:333,0,1340 chrI 9180 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.260;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,30:100:99:330,0,1242 chrI 9350 . G A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;DP=103;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,41:103:99:619,0,1159 chrI 9376 . T G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;DP=103;Dels=0.00;FS=1.899;HaplotypeScore=8.2505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,24:103:99:218,0,1422 chrI 9422 . A C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=71;Dels=0.00;FS=6.663;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.357;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.477;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:471,0,569 chrI 9430 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.357;DP=77;Dels=0.00;FS=4.520;HaplotypeScore=20.4859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.408;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:432,0,677 chrI 9439 . A G 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.837;DP=77;Dels=0.00;FS=4.056;HaplotypeScore=19.5272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,14:77:99:137,0,1114 chrI 9473 . A G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.631;DP=86;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=6.4324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.726;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:774,0,533 chrI 9538 . T C,G 2270.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6521;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=17.87;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,43,83:127:99:2330,1574,1473,755,0,543 chrI 9661 . A T 2520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;DP=187;Dels=0.00;FS=4.127;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.716;QD=13.48;ReadPosRankSum=-1.963;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,135:187:99:2550,0,546 chrI 9700 . A G 2177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.317;DP=162;Dels=0.00;FS=6.920;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=13.44;ReadPosRankSum=1.463;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,112:162:99:2207,0,768 chrI 9742 . T G 1535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=114;Dels=0.00;FS=2.091;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.269;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,81:114:99:1565,0,496 chrI 9786 . T C 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=92;Dels=0.00;FS=1.974;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.276;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,66:92:99:1141,0,292 chrI 9873 . G A 2642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.742;DP=212;Dels=0.00;FS=7.034;HaplotypeScore=7.3361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.374;QD=12.46;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,155:212:99:2672,0,653 chrI 9882 . T C 2418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.590;DP=215;Dels=0.00;FS=7.143;HaplotypeScore=6.5474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.545;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,158:215:99:2448,0,713 chrI 9910 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;DP=184;Dels=0.00;FS=9.092;HaplotypeScore=8.9169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQ0=0;MQRankSum=5.779;QD=2.20;ReadPosRankSum=-2.647;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,53:184:99:435,0,1863 chrI 9913 . C G 1886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=182;Dels=0.00;FS=16.980;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQ0=0;MQRankSum=-5.390;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.469;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,133:182:99:1916,0,511 chrI 9930 . G A 2191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.193;DP=186;Dels=0.00;FS=19.260;HaplotypeScore=3.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.658;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.531;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,141:186:99:2221,0,461 chrI 9931 . C T 2221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.220;DP=190;Dels=0.00;FS=14.684;HaplotypeScore=3.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.782;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.532;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,144:190:99:2251,0,539 chrI 9971 . C T 1961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.683;DP=183;Dels=0.00;FS=20.129;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,125:183:99:1991,0,727 chrI 10025 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DP=155;Dels=0.00;FS=20.539;HaplotypeScore=52.3501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.744;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:155:99:663,0,975 chrI 10026 . A T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=151;Dels=0.00;FS=18.036;HaplotypeScore=48.8150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.001;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,44:151:99:455,0,1822 chrI 10064 . G A 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.918;DP=104;Dels=0.00;FS=26.943;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.645;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:104:99:779,0,733 chrI 10088 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.167;DP=93;Dels=0.00;FS=19.026;HaplotypeScore=5.0209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.520;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:697,0,809 chrI 10103 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.953;DP=81;Dels=0.00;FS=25.880;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.829;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.864;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:497,0,588 chrI 10108 . A T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.878;DP=70;Dels=0.00;FS=8.920;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.258;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:480,0,556 chrI 10158 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DP=94;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.916;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,29:94:99:311,0,1099 chrI 10314 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=95;Dels=0.00;FS=4.044;HaplotypeScore=8.9254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.478;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:95:99:502,0,730 chrI 10317 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=89;Dels=0.00;FS=0.839;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.581;QD=5.49;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:89:99:519,0,763 chrI 10325 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;DP=85;Dels=0.00;FS=3.029;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.883;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.760;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:85:99:506,0,712 chrI 10417 . A G 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.044;DP=100;Dels=0.00;FS=15.998;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:100:99:1093,0,697 chrI 10548 . A T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;DP=73;Dels=0.00;FS=13.777;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.225;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,21:73:99:248,0,1078 chrI 10577 . G A 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.394;DP=73;Dels=0.00;FS=22.627;HaplotypeScore=22.5752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,22:73:99:138,0,902 chrI 10579 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=73;Dels=0.00;FS=30.869;HaplotypeScore=22.5752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.530;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:73:99:469,0,520 chrI 10664 . T C 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=18.97;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1683,195,0 chrI 10815 . C G 1299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;DP=149;Dels=0.00;FS=0.614;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.560;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,90:149:99:1329,0,971 chrI 10855 . A T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;DP=129;Dels=0.01;FS=1.505;HaplotypeScore=18.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.969;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,43:128:99:423,0,1532 chrI 10911 . C G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.144;DP=105;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=7.2196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.425;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,36:105:99:530,0,1323 chrI 11022 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=76;Dels=0.00;FS=5.003;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.342;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,54:76:99:647,0,347 chrI 11041 . G T 865.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.147;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,65:92:99:895,0,418 chrI 11044 . C T 778.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;DP=97;Dels=0.00;FS=3.024;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.441;QD=8.02;ReadPosRankSum=-2.346;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,70:97:99:808,0,423 chrI 11045 . A C 397.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=100;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQ0=0;MQRankSum=4.303;QD=3.97;ReadPosRankSum=2.023;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,28:100:99:427,0,760 chrI 11102 . C A 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.296;DP=125;Dels=0.00;FS=13.001;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.444;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,83:125:99:1021,0,667 chrI 11107 . G A 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=17.78;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:2309,261,0 chrI 11224 . G T 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=103;Dels=0.00;FS=2.857;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.707;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,71:103:99:1003,0,390 chrI 11370 . T C 2327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;QD=18.62;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2360,285,0 chrI 11447 . A G 3562.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.71;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:166:99:3562,420,0 chrI 11469 . G A 3336.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.58;MQ0=0;QD=19.51;SB=-1.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:171:99:3336,378,0 chrI 11504 . A G 2312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=15.94;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:2345,276,0 chrI 11561 . G T 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.37;MQ0=0;QD=14.81;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:1573,183,0 chrI 11601 . A G 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=16.99;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1817,219,0 chrI 11676 . A T 2430 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.69;MQ0=0;QD=19.76;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2463,279,0 chrI 11684 . T C 2153 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.73;MQ0=0;QD=19.57;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2186,252,0 chrI 11685 . T C 2094 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=110;Dels=0.00;FS=17.566;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.97;MQ0=0;MQRankSum=2.181;QD=19.04;ReadPosRankSum=2.405;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:110:99:2127,255,0 chrI 11725 . G A 236.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=94;Dels=0.00;FS=1.602;HaplotypeScore=11.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.46;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.500;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,28:94:99:266,0,849 chrI 11732 . A G 674.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=76;Dels=0.00;FS=4.446;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.76;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,53:76:99:704,0,301 chrI 11734 . C T 1275 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=17.23;ReadPosRankSum=0.936;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1308,150,0 chrI 11750 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.935;DP=68;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=2;MQRankSum=-0.704;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,47:68:99:461,0,260 chrI 11822 . T C 50.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.26;MQ0=2;MQRankSum=0.481;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:69:80:80,0,245 chrI 11835 . A G 215 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.33;MQ0=0;QD=3.91;SB=-1.519e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:30:248,30,0 chrI 11852 . T G 140.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.74;MQ0=0;QD=3.42;SB=-5.768e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:21:173,21,0 chrI 11925 . T A 34.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.72;MQ0=0;QD=1.52;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:9:67,9,0 chrI 11969 . C G 235 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.15;MQ0=0;QD=6.71;SB=-1.085e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:33:268,33,0 chrI 11997 . T A 358 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.50;MQ0=6;QD=9.94;SB=-6.792e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:45:391,45,0 chrI 12118 . C T 116.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.27;MQ0=1;QD=9.68;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:18:149,18,0 chrI 12150 . C T 14.91 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.98;MQ0=2;QD=1.86;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:46,6,0 chrI 12522 . T C 27.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.17;MQ0=2;MQRankSum=0.851;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.268;SB=-6.516e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:57:57,0,63 chrI 12524 . T C 25.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.17;MQ0=2;MQRankSum=0.103;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.098;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:55:55,0,77 chrI 12529 . A G 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.33;MQ0=1;MQRankSum=0.103;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.453;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:56:56,0,81 chrI 12546 . T A 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-6.791e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:39:42,0,39 chrI 12561 . A G 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.731;SB=1.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:51,6,0 chrI 12566 . C T 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.85;MQ0=0;QD=7.50;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:77,9,0 chrI 12744 . A G 15.11 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.90;MQ0=0;QD=1.89;SB=13.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:8:6:46,6,0 chrI 12764 . T C 39.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.35;MQ0=0;QD=5.71;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:72,9,0 chrI 12809 . T C 33.08 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=6;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.44;MQ0=1;MQRankSum=0.358;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.358;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:15:63,0,15 chrI 12810 . T C 63.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.43;MQ0=1;QD=12.70;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:96,12,0 chrI 12814 . G C 31.10 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.43;MQ0=1;MQRankSum=0.727;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14:61,0,14 chrI 12821 . T C 66.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.43;MQ0=1;QD=13.30;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:99,12,0 chrI 12964 . A G 126.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.84;MQ0=0;QD=11.47;SB=-2.488e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:159,18,0 chrI 17772 . T A 73.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.90;MQ0=1;QD=3.87;SB=-5.224e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:12:106,12,0 chrI 18005 . T C 543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.13;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:576,69,0 chrI 18058 . A G 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.64;MQ0=0;QD=18.63;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:592,72,0 chrI 18105 . G T 142.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=17.76;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:175,21,0 chrI 18377 . C T 90.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.04;MQ0=0;QD=18.05;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:123,15,0 chrI 18378 . T G 82.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.04;MQ0=0;QD=16.45;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:115,15,0 chrI 18385 . G A 65.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.95;MQ0=0;QD=16.38;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:98,12,0 chrI 18387 . C A 62.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.95;MQ0=0;QD=15.63;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:95,12,0 chrI 21960 . T C 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.62;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:49,6,0 chrI 22337 . C T 96.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.05;MQ0=2;QD=6.02;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:129,15,0 chrI 22373 . C T 95.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.05;MQ0=2;QD=5.95;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:128,15,0 chrI 24431 . A G 95.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.81;MQ0=12;QD=4.54;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:15:128,15,0 chrI 24966 . A G 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.33;MQ0=4;MQRankSum=0.651;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-2.777e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:21:6:54,6,0 chrI 24975 . T C 60.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.08;MQ0=4;MQRankSum=0.731;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-5.318e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:23:12:90,0,12 chrI 25055 . C A 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.41;MQ0=4;MQRankSum=-1.182;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.826;SB=-2.087e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:16:29:110,0,29 chrI 25070 . C T 67.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.01;MQ0=7;QD=3.75;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:12:100,12,0 chrI 25076 . C T 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.36;MQ0=8;QD=1.11;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:6:49,6,0 chrI 25190 . A C 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.72;MQ0=2;MQRankSum=0.736;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.736;SB=-4.580e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:6:47,6,0 chrI 25208 . G A 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.87;MQ0=2;MQRankSum=-0.736;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.736;SB=-4.980e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:6:53,6,0 chrI 25340 . C A 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.65;MQ0=3;QD=2.64;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:55,6,0 chrI 25351 . A G 64.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=3;QD=7.17;SB=-3.871e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:97,12,0 chrI 25374 . A T 38.09 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.29;MQ0=3;MQRankSum=0.736;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.736;SB=0.239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:14:68,0,14 chrI 25418 . T C 67.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=1;QD=11.25;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:100,12,0 chrI 26847 . G A 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.41;MQ0=0;QD=2.75;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:56,6,0 chrI 26848 . T G 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.41;MQ0=0;QD=2.31;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:52,6,0 chrI 27013 . C T 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.10;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=1.65;ReadPosRankSum=-1.309;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:12:6:51,6,0 chrI 27015 . A G 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.10;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.825;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:12:6:52,6,0 chrI 27027 . A T 43.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=2.75;ReadPosRankSum=2.237;SB=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:9:76,9,0 chrI 27039 . A G 41.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.558;SB=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:17:9:74,9,0 chrI 27042 . G A 43.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.37;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.759;SB=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:17:9:76,9,0 chrI 27044 . C T 45.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.791;SB=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,12:17:9:78,9,0 chrI 27051 . G A 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.519;SB=-9.815e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:9:77,9,0 chrI 27060 . A C 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.46;SB=-9.731e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:13:9:77,9,0 chrI 27062 . C A 40.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.15;SB=-9.807e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:9:73,9,0 chrI 27063 . G A 46.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.212;SB=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:13:9:79,9,0 chrI 27105 . A G 15.41 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.36;MQ0=0;QD=2.20;SB=18.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:7:6:46,6,0 chrI 27126 . T C 212 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;DP=11;Dels=0.00;FS=10.414;HaplotypeScore=2.5808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.42;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=19.27;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30:245,30,0 chrI 27129 . C G 190.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.15;MQ0=0;QD=15.83;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:27:223,27,0 chrI 27210 . A G 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=46;Dels=0.00;FS=4.491;HaplotypeScore=7.4890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.578;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:46:76:801,76,0 chrI 27290 . C A 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=22.35;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1687,195,0 chrI 27318 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.928;DP=52;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=21.3190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:52:99:404,0,409 chrI 27321 . A G 63.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=49;Dels=0.00;FS=6.233;HaplotypeScore=21.6829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=1.29;ReadPosRankSum=-2.034;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,9:49:93:93,0,671 chrI 27356 . T C 285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.02;MQ0=1;QD=12.95;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:318,42,0 chrI 27357 . A G 257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.16;MQ0=1;QD=12.24;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:39:290,39,0 chrI 27370 . G A 140.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.52;MQ0=1;QD=7.78;SB=-6.477e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:24:173,24,0 chrI 27380 . T G 140.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.46;MQ0=1;MQRankSum=-1.576;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.576;SB=-6.477e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:24:173,24,0 chrI 27476 . G A 22.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=2;QD=2.85;SB=-2.926e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:54,6,0 chrI 27483 . A G 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.13;MQ0=1;MQRankSum=-0.922;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-1.676e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:9:77,9,0 chrI 27486 . G A 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.28;SB=-5.447e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:83,9,0 chrI 27489 . G A 51.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.13;MQ0=1;QD=6.50;SB=-5.272e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:9:84,9,0 chrI 27492 . A T 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.58;MQ0=2;QD=3.66;SB=-5.072e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:9:65,9,0 chrI 27498 . A T 48.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.73;MQ0=3;QD=4.45;SB=-7.572e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:9:81,9,0 chrI 27504 . C A 42.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.73;MQ0=3;QD=3.91;SB=-8.172e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:9:75,9,0 chrI 27505 . T G 42.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.73;MQ0=3;QD=3.91;SB=-7.872e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:9:75,9,0 chrI 27506 . T A 46.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.73;MQ0=3;QD=4.27;SB=-8.172e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:9:79,9,0 chrI 27507 . G A 47.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=4;QD=4.00;SB=-8.172e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:12:9:80,9,0 chrI 27510 . T C 68.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.58;MQ0=4;QD=3.26;SB=-1.755e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:21:12:101,12,0 chrI 27522 . C T 101.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.96;MQ0=5;MQRankSum=1.561;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.561;SB=-1.813e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:25:15:134,15,0 chrI 27540 . A G 89.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.67;MQ0=5;MQRankSum=1.595;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.485;SB=-2.023e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:30:15:122,15,0 chrI 27549 . C T 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=35;Dels=0.00;FS=6.043;HaplotypeScore=1.8317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.87;MQ0=5;MQRankSum=0.868;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.926;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:49:49,0,103 chrI 27557 . G A 111.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=39;Dels=0.00;FS=1.654;HaplotypeScore=6.1452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.47;MQ0=5;MQRankSum=-0.094;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:39:95:141,0,95 chrI 27561 . T G 248 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=38;Dels=0.00;FS=2.706;HaplotypeScore=5.2294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.37;MQ0=5;MQRankSum=2.787;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.783;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,30:38:33:281,33,0 chrI 27563 . C T 250 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=38;Dels=0.00;FS=2.706;HaplotypeScore=7.8440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.37;MQ0=5;MQRankSum=2.787;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.595;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,30:38:33:283,33,0 chrI 27573 . G A 70.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DP=39;Dels=0.00;FS=5.862;HaplotypeScore=9.6594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.47;MQ0=5;MQRankSum=0.954;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.056;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:39:93:100,0,93 chrI 27576 . A G 214 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;DP=39;Dels=0.00;FS=2.686;HaplotypeScore=10.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.47;MQ0=5;MQRankSum=2.793;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:39:30:247,30,0 chrI 27582 . G A 307 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=43;Dels=0.00;FS=2.657;HaplotypeScore=13.0628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.82;MQ0=5;MQRankSum=2.815;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.353;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:39:340,39,0 chrI 27585 . A G 269 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=43;Dels=0.00;FS=2.657;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=4;MQRankSum=2.815;QD=6.26;ReadPosRankSum=-2.869;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:43:36:302,36,0 chrI 27591 . T C 324 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=2;MQRankSum=2.022;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:40:42:357,42,0 chrI 27593 . A G 326 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=40;Dels=0.00;FS=2.657;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=2;MQRankSum=2.815;QD=8.15;ReadPosRankSum=-2.869;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:42:359,42,0 chrI 27597 . A T 349 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=39;Dels=0.00;FS=5.282;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.71;MQ0=2;MQRankSum=2.079;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.541;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:39:45:382,45,0 chrI 27611 . C A 300 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=35;Dels=0.00;FS=2.702;HaplotypeScore=7.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.88;MQ0=1;MQRankSum=2.793;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.882;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:39:333,39,0 chrI 27614 . T C 116.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=17;Dels=0.00;FS=6.422;HaplotypeScore=9.1649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.06;MQ0=0;MQRankSum=2.583;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.315;SB=-1.731e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:17:18:149,18,0 chrI 27616 . A G 125.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.06;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.504;SB=-1.801e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:17:18:158,18,0 chrI 27617 . T C 108.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.70;MQ0=0;QD=6.76;SB=-1.641e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:18:141,18,0 chrI 27619 . G T 126.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.70;MQ0=0;QD=7.88;SB=-1.811e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:18:159,18,0 chrI 27622 . T C 115.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.70;MQ0=0;QD=7.20;SB=-1.721e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:18:148,18,0 chrI 27624 . A G 93.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;DP=16;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=10.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.70;MQ0=0;MQRankSum=2.143;QD=5.83;ReadPosRankSum=2.143;SB=-1.492e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:15:126,15,0 chrI 27627 . A G 116.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=18;Dels=0.00;FS=9.234;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.39;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=6.45;ReadPosRankSum=2.920;SB=-1.431e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:18:18:149,18,0 chrI 27630 . A G 122.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=18;Dels=0.00;FS=9.234;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.39;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=6.79;ReadPosRankSum=2.920;SB=-1.501e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:18:18:155,18,0 chrI 27646 . T C 166.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=54;Dels=0.00;FS=8.387;HaplotypeScore=13.6283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.86;MQ0=0;MQRankSum=2.238;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.388;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:24:199,24,0 chrI 27667 . A G 192.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:27:225,27,0 chrI 27668 . A C 192.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=73;Dels=0.00;FS=12.666;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.53;MQ0=0;MQRankSum=1.515;QD=2.63;ReadPosRankSum=-2.339;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:27:225,27,0 chrI 27681 . A G 86.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;DP=77;Dels=0.00;FS=20.854;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=2.347;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.029;SB=-5.953e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:15:119,15,0 chrI 27684 . A C 86.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DP=70;Dels=0.00;FS=23.022;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.73;MQ0=0;MQRankSum=3.309;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.302;SB=-5.423e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:70:15:119,15,0 chrI 27685 . G T 87.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=70;Dels=0.00;FS=15.910;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.73;MQ0=0;MQRankSum=2.612;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.391;SB=-5.673e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:70:15:120,15,0 chrI 27688 . A T 88.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=75;Dels=0.00;FS=17.030;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.89;MQ0=0;MQRankSum=3.270;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.862;SB=-4.783e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:75:15:121,15,0 chrI 27693 . G C 88.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.279;DP=77;Dels=0.00;FS=17.271;HaplotypeScore=60.1519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.81;MQ0=0;MQRankSum=3.314;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.978;SB=-5.333e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:77:15:121,15,0 chrI 27699 . T G 63.55 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;DP=69;Dels=0.00;FS=22.555;HaplotypeScore=36.5331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.55;MQ0=0;MQRankSum=3.251;QD=0.92;ReadPosRankSum=3.178;SB=-2.776e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:69:12:96,12,0 chrI 27701 . A T 71.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=70;Dels=0.00;FS=24.179;HaplotypeScore=39.4066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.42;MQ0=0;MQRankSum=3.790;QD=1.02;ReadPosRankSum=3.123;SB=-4.583e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,61:70:8:101,0,8 chrI 27702 . A T 86.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=70;Dels=0.00;FS=24.179;HaplotypeScore=38.7121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.25;MQ0=0;MQRankSum=4.158;QD=1.23;ReadPosRankSum=2.509;SB=-4.563e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:70:15:119,15,0 chrI 27703 . C G 71.64 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;DP=70;Dels=0.00;FS=24.179;HaplotypeScore=38.7121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.25;MQ0=0;MQRankSum=3.544;QD=1.02;ReadPosRankSum=2.228;SB=-4.317e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,61:70:5:101,0,5 chrI 27716 . T G 88.64 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DP=102;Dels=0.00;FS=15.784;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.51;MQ0=0;MQRankSum=4.202;QD=0.87;ReadPosRankSum=2.541;SB=-4.807e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,85:102:5:118,0,5 chrI 27723 . A G 237.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=82;Dels=0.00;FS=46.666;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=4.399;QD=2.90;ReadPosRankSum=-2.414;SB=-1.825e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:82:12:270,12,0 chrI 27725 . C T 272.17 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.227;DP=82;Dels=0.00;FS=46.666;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=4.368;QD=3.32;ReadPosRankSum=-2.680;SB=-1.852e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:82:17:305,17,0 chrI 27726 . A G 235.41 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;DP=82;Dels=0.00;FS=46.666;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=4.368;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.618;SB=-1.584e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:82:13:268,13,0 chrI 27729 . C A 238.79 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;DP=94;Dels=0.00;FS=57.108;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.99;MQ0=1;MQRankSum=3.606;QD=2.54;ReadPosRankSum=-2.644;SB=-1.648e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,84:94:4:268,0,4 chrI 27732 . G T 234.42 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DP=97;Dels=0.00;FS=58.239;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.05;MQ0=1;MQRankSum=3.695;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.790;SB=-1.344e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,87:97:7:264,0,7 chrI 27738 . A C 241.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;DP=108;Dels=0.00;FS=75.250;HaplotypeScore=46.1672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.13;MQ0=1;MQRankSum=3.890;QD=2.23;ReadPosRankSum=-3.398;SB=-9.035e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,97:108:8:271,0,8 chrI 27744 . T C 221.14 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DP=102;Dels=0.00;FS=69.694;HaplotypeScore=47.9623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.89;MQ0=1;MQRankSum=3.690;QD=2.17;ReadPosRankSum=-2.609;SB=-9.615e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,91:102:12:251,0,12 chrI 27747 . T A 181.06 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DP=97;Dels=0.00;FS=54.819;HaplotypeScore=57.6393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=1;MQRankSum=3.382;QD=1.87;ReadPosRankSum=-2.140;SB=-9.007e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,60:97:16:211,0,16 chrI 27749 . C T 239.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DP=97;Dels=0.00;FS=67.645;HaplotypeScore=57.6327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.77;MQ0=1;MQRankSum=3.760;QD=2.47;ReadPosRankSum=-2.285;SB=-8.827e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,86:97:15:272,15,0 chrI 27750 . G A 196.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=97;Dels=0.00;FS=67.645;HaplotypeScore=57.6327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=1;MQRankSum=3.724;QD=2.02;ReadPosRankSum=-2.069;SB=-9.535e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,86:97:8:226,0,8 chrI 27756 . A G 218.18 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=100;Dels=0.00;FS=65.924;HaplotypeScore=135.6885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.74;MQ0=1;MQRankSum=3.640;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-1.192e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,89:100:11:248,0,11 chrI 27761 . G A 217.34 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.403;DP=95;Dels=0.00;FS=63.835;HaplotypeScore=68.2088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.62;MQ0=1;MQRankSum=3.636;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.300;SB=-1.143e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,84:95:8:247,0,8 chrI 27781 . C T 216.79 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=90;Dels=0.00;FS=60.996;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=1;MQRankSum=2.495;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.055;SB=-5.580e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:90:10:249,10,0 chrI 27782 . C G 208.79 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;DP=90;Dels=0.00;FS=60.996;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=1;MQRankSum=2.528;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.055;SB=-5.380e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:90:10:241,10,0 chrI 27783 . A G 216.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.904;DP=90;Dels=0.00;FS=60.996;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=1;MQRankSum=2.495;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.055;SB=-5.398e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,83:90:9:249,9,0 chrI 27804 . C A 177.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=104;Dels=0.00;FS=10.470;HaplotypeScore=1.9783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.22;MQ0=1;MQRankSum=-1.732;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-2.420e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:104:9:209,9,0 chrI 27810 . T C 115.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;DP=92;Dels=0.00;FS=9.688;HaplotypeScore=3.7536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.39;MQ0=1;MQRankSum=-2.314;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.096;SB=-5.999e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,89:92:3:145,0,3 chrI 27816 . G A 140.54 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=90;Dels=0.00;FS=11.712;HaplotypeScore=3.3453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=1;MQRankSum=-1.732;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.564;SB=-8.555e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:2:170,2,0 chrI 27822 . T C 117.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.683;SB=-9.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:18:150,18,0 chrI 27823 . C A 99.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.14;MQ0=0;QD=1.38;SB=-1.023e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:15:132,15,0 chrI 27825 . C T 60.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=74;Dels=0.00;FS=11.182;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.63;MQ0=0;MQRankSum=2.300;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.812;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,57:74:31:90,0,31 chrI 27843 . G A 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.862;DP=88;Dels=0.00;FS=10.395;HaplotypeScore=7.3307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.005;QD=0.17;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,19:88:45:45,0,374 chrI 27914 . T C 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=22.51;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1631,186,0 chrI 27917 . A G 326.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.345;DP=72;Dels=0.00;FS=3.744;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=4.53;ReadPosRankSum=2.476;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:356,0,870 chrI 27941 . G A 285.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.013;DP=52;Dels=0.00;FS=1.869;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=2.633;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:315,0,485 chrI 27948 . A G 461.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.423;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.946;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,32:46:99:491,0,188 chrI 27951 . A G 149.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=46;Dels=0.00;FS=1.833;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.02;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.891;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:46:99:179,0,451 chrI 27970 . T G 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=43;Dels=0.00;FS=5.819;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.53;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.413;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:72:608,72,0 chrI 27983 . T A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=51;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,42:51:81:467,0,81 chrI 27997 . T C 843 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.53;MQ0=0;QD=13.60;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:876,105,0 chrI 27998 . T C 131.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.141;DP=67;Dels=0.00;FS=2.662;HaplotypeScore=49.3267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,14:67:99:161,0,668 chrI 28007 . G C 1001.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=104;Dels=0.01;FS=3.500;HaplotypeScore=80.4975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.71;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.938;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,77:103:99:1031,0,384 chrI 28051 . G T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.655;DP=149;Dels=0.00;FS=6.240;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.16;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,50:149:99:650,0,1398 chrI 28057 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.376;DP=158;Dels=0.00;FS=12.802;HaplotypeScore=8.7035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.21;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.378;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,50:158:99:636,0,1642 chrI 28083 . T C 1503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;DP=156;Dels=0.00;FS=5.616;HaplotypeScore=15.5415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,102:156:99:1533,0,668 chrI 28117 . G C 2223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.34;MQ0=0;QD=20.21;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2256,273,0 chrI 28127 . T C 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=110;Dels=0.00;FS=1.985;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=11.47;ReadPosRankSum=2.653;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,73:110:99:1292,0,468 chrI 28148 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=115;Dels=0.00;FS=6.033;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.44;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.695;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,31:115:99:364,0,1024 chrI 28168 . T A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=99;Dels=0.00;FS=4.384;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=4.01;ReadPosRankSum=2.470;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,30:99:99:427,0,1171 chrI 28259 . C T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:52:99:210,0,649 chrI 28321 . G A 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.21;MQ0=0;QD=19.35;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1368,165,0 chrI 28352 . C T 1921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=23.43;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1954,228,0 chrI 28384 . G C 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=18.73;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1007,123,0 chrI 28385 . A G 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;QD=17.69;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:55:99:1006,120,0 chrI 28433 . G A 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=15.14;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:90:790,90,0 chrI 28458 . C T 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=18.73;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:988,114,0 chrI 28517 . A G 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=16.51;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:84:710,84,0 chrI 28560 . A G 142.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DP=60;Dels=0.00;FS=9.963;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.484;QD=2.37;ReadPosRankSum=-4.871;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,13:60:99:172,0,301 chrI 28650 . G T 2086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.29;MQ0=0;QD=18.62;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:112:99:2119,249,0 chrI 28666 . A G 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=113;Dels=0.00;FS=4.694;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.701;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:113:99:1839,225,0 chrI 28684 . A G 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=14.05;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:108:99:1550,191,0 chrI 28696 . G T 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.71;MQ0=0;QD=14.07;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1539,183,0 chrI 28844 . C T 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.62;MQ0=0;QD=19.88;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1067,123,0 chrI 28926 . A T 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.13;MQ0=0;QD=19.88;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1067,123,0 chrI 28949 . T G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.521;DP=80;Dels=0.00;FS=6.567;HaplotypeScore=1.9497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.91;MQ0=0;MQRankSum=4.170;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:422,0,657 chrI 28975 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.710;DP=86;Dels=0.00;FS=2.682;HaplotypeScore=4.1814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.100;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.749;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:86:99:549,0,461 chrI 29079 . A G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;DP=114;Dels=0.00;FS=35.451;HaplotypeScore=17.5517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.955;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,31:114:99:294,0,1263 chrI 29093 . A T 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=15.62;ReadPosRankSum=1.690;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1361,162,0 chrI 29095 . A C 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=81;Dels=0.00;FS=8.046;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.114;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,19:81:99:118,0,949 chrI 29109 . G C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=63;Dels=0.00;FS=10.519;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.316;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,42:63:99:621,0,221 chrI 29118 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.641;DP=46;Dels=0.00;FS=5.700;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.473;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,32:46:99:535,0,127 chrI 29126 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=37;Dels=0.00;FS=19.900;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.997;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:322,0,154 chrI 29131 . A G 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.22;MQ0=0;QD=16.88;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:607,72,0 chrI 29154 . G A 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DP=33;Dels=0.00;FS=15.222;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.657;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:196,0,193 chrI 29180 . T C 349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=12.03;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:45:382,45,0 chrI 29209 . C T 221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=7.89;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:30:254,30,0 chrI 29226 . C T 232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.67;MQ0=0;QD=7.25;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:30:265,30,0 chrI 29227 . A G 211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.67;MQ0=0;QD=6.59;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:32:30:244,30,0 chrI 29245 . G A 221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.07;MQ0=0;QD=6.50;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:30:254,30,0 chrI 29282 . C T 151.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.48;MQ0=0;QD=4.58;SB=-3.431e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:21:184,21,0 chrI 29322 . G C 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=0;QD=9.52;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:54:452,54,0 chrI 29352 . T C 543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.83;MQ0=0;QD=12.63;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:69:576,69,0 chrI 29354 . T A 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.02;MQ0=0;QD=12.83;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:66:572,66,0 chrI 29374 . C T 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;QD=16.71;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:668,75,0 chrI 29397 . T C 397 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.00;MQ0=0;QD=14.18;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:51:430,51,0 chrI 29400 . C T 306 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=11.77;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:339,42,0 chrI 29402 . A T 357 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=13.73;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:45:390,45,0 chrI 29440 . G T 212.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.78;SB=-2.368e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:27:245,27,0 chrI 29441 . C T 237 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.17;SB=-1.516e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:270,30,0 chrI 29449 . A G 174.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.88;SB=-4.041e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:24:207,24,0 chrI 29459 . C T 152.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.86;SB=-7.279e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:21:185,21,0 chrI 29476 . A G 90.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.488;SB=-2.718e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:15:123,15,0 chrI 29522 . T A 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=2.97;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:49,6,0 chrI 29530 . C T 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.42;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:77,9,0 chrI 29564 . T C 397 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.105;DP=27;Dels=0.00;FS=35.453;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=14.70;ReadPosRankSum=3.105;SB=-6.586e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:27:51:430,51,0 chrI 29666 . C A 2434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.99;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2467,297,0 chrI 29693 . G A 2370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.02;MQ0=0;QD=22.79;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2403,282,0 chrI 29713 . T A 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;QD=21.80;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1973,245,0 chrI 29746 . T C 792 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.89;MQ0=0;QD=15.84;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:825,105,0 chrI 29778 . G A 118.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.11;MQ0=0;QD=5.37;SB=-1.420e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:18:151,18,0 chrI 29782 . A T 101.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.52;MQ0=0;QD=4.82;SB=-2.728e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:15:134,15,0 chrI 29787 . G A 73.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.39;MQ0=0;QD=3.68;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:12:106,12,0 chrI 29817 . G A 74.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.85;MQ0=0;QD=3.10;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:12:107,12,0 chrI 29849 . C T 40.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;QD=2.05;SB=-2.898e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:9:73,9,0 chrI 29875 . T G 272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.18;MQ0=0;QD=10.07;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:36:305,36,0 chrI 29883 . T C 336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.42;MQ0=0;QD=10.84;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:42:369,42,0 chrI 29908 . C T 355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;QD=10.14;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:48:388,48,0 chrI 29911 . A G 431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.24;MQ0=0;QD=11.34;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:54:464,54,0 chrI 29927 . G A 22.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.049;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:34:52:52,0,295 chrI 29929 . A G 416 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;QD=12.24;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:51:449,51,0 chrI 29931 . A C 399 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;QD=11.74;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:51:432,51,0 chrI 29996 . T C 194.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=54;Dels=0.00;FS=17.243;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.74;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.340;SB=-2.382e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:27:227,27,0 chrI 30004 . T C 357 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=5.67;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:48:390,48,0 chrI 30006 . T C 369 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=5.86;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:48:402,48,0 chrI 30051 . C T 401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.54;MQ0=0;QD=6.37;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:54:434,54,0 chrI 30066 . T A 619 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.65;MQ0=0;QD=11.25;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:78:652,78,0 chrI 30071 . G A 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.79;MQ0=0;QD=11.12;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:75:611,75,0 chrI 30091 . A G 352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.31;MQ0=0;QD=6.77;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:48:385,48,0 chrI 30153 . G A 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;QD=21.20;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1008,114,0 chrI 30204 . A G 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.03;MQ0=0;QD=18.22;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:689,87,0 chrI 30209 . T A 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=19.18;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:72:570,72,0 chrI 30220 . G A 412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.47;MQ0=0;QD=17.91;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:57:445,57,0 chrI 30239 . A G 307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.29;MQ0=0;QD=17.06;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:45:340,45,0 chrI 30351 . A G 13.94 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=3.49;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:45,6,0 chrI 30352 . C A 14.91 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=3.73;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:46,6,0 chrI 30356 . C G 14.91 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=3.73;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:46,6,0 chrI 30361 . A T 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=4.46;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:49,6,0 chrI 30371 . C A 35.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.52;MQ0=0;QD=6.00;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:68,9,0 chrI 30381 . T C 60.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.747;SB=-6.455e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:12:93,12,0 chrI 30413 . G A 85.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=8.53;SB=-9.176e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:118,15,0 chrI 30422 . G A 111.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.86;MQ0=0;QD=6.95;SB=-1.461e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:18:144,18,0 chrI 30427 . G C 108.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.05;MQ0=0;QD=6.36;SB=-1.621e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:18:141,18,0 chrI 30432 . G T 95.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=5.95;SB=-1.773e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:128,15,0 chrI 30434 . C T 95.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=5.95;SB=-1.703e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:128,15,0 chrI 30458 . C T 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.60;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.157;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:55:55,0,80 chrI 30468 . G A 220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.74;MQ0=0;QD=6.29;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:30:253,30,0 chrI 30478 . C T 189.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.14;MQ0=0;QD=5.11;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:27:222,27,0 chrI 30493 . G A 225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.41;MQ0=0;QD=5.23;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:30:258,30,0 chrI 30516 . G A 300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.94;MQ0=0;QD=5.45;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:39:333,39,0 chrI 30522 . A G 254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.05;MQ0=0;QD=4.98;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:33:287,33,0 chrI 30548 . A G 347 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=6.94;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:45:380,45,0 chrI 30551 . G A 287 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=5.74;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:39:320,39,0 chrI 30558 . G A 292 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=5.41;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:39:325,39,0 chrI 30583 . A G 306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=49;Dels=0.00;FS=9.912;HaplotypeScore=35.6264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.01;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=6.24;ReadPosRankSum=2.350;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:42:339,42,0 chrI 30601 . C T 266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=0;QD=7.19;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:36:299,36,0 chrI 30602 . G A 221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=0;QD=5.97;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:33:254,33,0 chrI 30613 . C T 252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=7.88;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:33:285,33,0 chrI 30614 . T C 243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=7.59;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:33:276,33,0 chrI 30624 . T A 201.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=6.70;SB=-4.602e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:27:234,27,0 chrI 30662 . T G 155.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.75;MQ0=0;QD=7.05;SB=-6.904e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:24:188,24,0 chrI 30669 . T C 156.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.561;SB=-7.204e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:24:189,24,0 chrI 30670 . T C 156.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=7.80;SB=-7.204e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:24:189,24,0 chrI 30713 . T G 208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.50;MQ0=0;QD=10.95;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:30:241,30,0 chrI 30747 . A C 193.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=16;Dels=0.00;FS=9.031;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.59;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.519;SB=-2.202e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:27:226,27,0 chrI 30749 . G A 196.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;QD=13.07;SB=-2.202e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:27:229,27,0 chrI 30755 . C G 167.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.59;MQ0=0;QD=10.44;SB=-4.069e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:24:200,24,0 chrI 30782 . T C 297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.95;MQ0=0;QD=12.37;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:330,42,0 chrI 30787 . T C 302.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=24;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.95;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=12.58;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:26:335,26,0 chrI 30817 . T C 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=14.93;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:481,60,0 chrI 30840 . G A 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.44;MQ0=0;QD=16.63;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:748,87,0 chrI 30852 . T C 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.38;MQ0=0;QD=16.54;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:860,105,0 chrI 30980 . G A 390.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=39;Dels=0.00;FS=6.416;HaplotypeScore=5.9108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.41;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:3:420,0,3 chrI 30987 . T G 484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.64;MQ0=0;QD=14.24;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:517,63,0 chrI 31018 . G A 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=10.14;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:57:479,57,0 chrI 31026 . G C 449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.89;MQ0=0;QD=10.69;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:57:482,57,0 chrI 31058 . G A 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:61:81:683,81,0 chrI 31152 . C T 484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=0;QD=14.67;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:60:517,60,0 chrI 31154 . G A 414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.68;MQ0=0;QD=12.55;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:54:447,54,0 chrI 31168 . A G 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;DP=33;Dels=0.00;FS=5.992;HaplotypeScore=6.7526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:100,0,233 chrI 31176 . A G 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=36;Dels=0.00;FS=14.412;HaplotypeScore=5.3722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.164;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.352;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:47:47,0,331 chrI 31265 . G T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=31;Dels=0.00;FS=9.767;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.529;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.923;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:48:48,0,305 chrI 31383 . T A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=60;Dels=0.00;FS=20.662;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:560,0,498 chrI 31391 . A G 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.35;MQ0=0;QD=18.78;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1254,150,0 chrI 31403 . T A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=57;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.956;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,43:57:99:632,0,161 chrI 31529 . A G 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DP=38;Dels=0.00;FS=16.763;HaplotypeScore=8.1651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=1.579;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.378;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,9:38:48:48,0,423 chrI 31608 . C T 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;DP=49;Dels=0.00;FS=7.208;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.255;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,13:49:99:150,0,439 chrI 31635 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.264;DP=41;Dels=0.00;FS=3.166;HaplotypeScore=6.2755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.390;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,30:41:99:420,0,132 chrI 31755 . C T 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=17.58;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:490,57,0 chrI 31821 . C T 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=17.53;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:72:629,72,0 chrI 31848 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.185;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:36:99:280,0,217 chrI 31917 . C T 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DP=46;Dels=0.00;FS=5.029;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:46:99:126,0,593 chrI 31975 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;DP=52;Dels=0.00;FS=6.255;HaplotypeScore=3.4264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:52:99:526,0,213 chrI 31989 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;DP=51;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=5.0081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=8.29;ReadPosRankSum=-2.570;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:51:99:453,0,244 chrI 32145 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=26;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.448;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:292,0,134 chrI 32158 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:292,0,148 chrI 32178 . A G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=35;Dels=0.00;FS=3.426;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.588;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:99:121,0,397 chrI 32271 . G A 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=14.64;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:81:692,81,0 chrI 32280 . C T 69.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DP=43;Dels=0.00;FS=6.370;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.702;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:43:99:99,0,437 chrI 32511 . C T 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:739,90,0 chrI 32574 . T G 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.752;DP=51;Dels=0.00;FS=2.789;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.127;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,15:51:99:163,0,765 chrI 32595 . T C 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=59;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:59:99:200,0,662 chrI 32652 . A C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.591;DP=47;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=7.5018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.422;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:47:99:461,0,260 chrI 32766 . C T 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=48;Dels=0.00;FS=7.695;HaplotypeScore=16.9436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.704;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:48:99:207,0,465 chrI 32776 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.018;DP=60;Dels=0.00;FS=7.937;HaplotypeScore=23.2596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=2.362;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.873;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:242,0,572 chrI 32883 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;DP=66;Dels=0.00;FS=2.267;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=10.26;ReadPosRankSum=2.152;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:707,0,411 chrI 32954 . T C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.879;DP=97;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=15.9583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.292;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,30:97:99:306,0,1059 chrI 32986 . G T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.883;DP=118;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.546;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:118:99:574,0,1010 chrI 32989 . G A 1969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=16.55;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2002,228,0 chrI 33040 . A G 1488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.550;DP=157;Dels=0.00;FS=2.467;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.187;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.454;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,119:157:99:1518,0,541 chrI 33048 . A C 1193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.915;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.597;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,111:145:99:1223,0,470 chrI 33070 . A T 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.690;DP=145;Dels=0.00;FS=1.190;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.855;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,112:145:99:1010,0,451 chrI 33077 . G A 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=134;Dels=0.00;FS=8.590;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.876;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.286;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,99:134:99:912,0,559 chrI 33113 . G A 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.831;DP=134;Dels=0.00;FS=3.574;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=4.092;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,45:134:99:725,0,796 chrI 33140 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DP=123;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=1.9243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=4.91;ReadPosRankSum=2.736;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,46:123:99:634,0,1114 chrI 33147 . G T 2304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=18.43;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2337,270,0 chrI 33152 . T C 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.072;DP=124;Dels=0.00;FS=6.037;HaplotypeScore=5.8906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,73:124:99:1045,0,735 chrI 33190 . G T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,40:131:99:352,0,1562 chrI 33200 . C T 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;DP=119;Dels=0.00;FS=0.706;HaplotypeScore=37.7868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.137;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,76:119:99:1049,0,521 chrI 33222 . C A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.041;DP=93;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.129;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,25:93:99:235,0,1175 chrI 33237 . G A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=112;Dels=0.00;FS=1.570;HaplotypeScore=32.3617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:112:99:715,0,984 chrI 33240 . A G 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=110;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=29.9957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.610;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,24:110:99:172,0,1574 chrI 33268 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=132;Dels=0.00;FS=4.483;HaplotypeScore=10.5427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.865;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,50:132:99:646,0,1403 chrI 33293 . A T 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=140;Dels=0.00;FS=7.055;HaplotypeScore=38.2507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.487;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,51:140:99:914,0,1635 chrI 33296 . A T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;DP=144;Dels=0.00;FS=6.282;HaplotypeScore=41.4247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,38:144:99:447,0,2001 chrI 33328 . C A 3510.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=19.18;SB=-1.870e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:183:99:3510,414,0 chrI 33347 . T A 3668.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=17.63;SB=-1.442e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:208:99:3668,429,0 chrI 33348 . G C,T 3679.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=217;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6147;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.25;MQ0=0;QD=16.95;SB=-1.690e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,87,130:217:99:3679,2155,1945,1524,0,1251 chrI 33403 . C T 1381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DP=286;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=2.081;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,111:286:99:1411,0,2771 chrI 33502 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.752;DP=100;Dels=0.00;FS=17.218;HaplotypeScore=21.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,32:100:99:437,0,1253 chrI 33511 . C T 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=90;Dels=0.00;FS=13.200;HaplotypeScore=35.8418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,23:90:99:183,0,1136 chrI 33548 . A C 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=19.19;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1760,207,0 chrI 33612 . A G 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=18.91;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1905,225,0 chrI 33690 . G A 281.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.613;DP=67;Dels=0.00;FS=7.870;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.354;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,22:67:99:311,0,697 chrI 33762 . C T 557.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DP=123;Dels=0.00;FS=12.996;HaplotypeScore=47.5769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=2.020;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.809;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,44:123:99:587,0,1204 chrI 33771 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;DP=122;Dels=0.00;FS=1.127;HaplotypeScore=50.6522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.275;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,40:122:99:457,0,1377 chrI 33892 . C G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=63;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:328,0,613 chrI 33926 . T C 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=40;Dels=0.00;FS=11.517;HaplotypeScore=14.0091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:99:130,0,369 chrI 33928 . C G 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.785;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:200,0,303 chrI 33996 . A G 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=37;Dels=0.00;FS=7.977;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:37:85:85,0,405 chrI 34182 . C A 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.142;DP=41;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:41:99:183,0,417 chrI 34308 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.161;DP=39;Dels=0.00;FS=1.445;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.088;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:60:352,0,60 chrI 34515 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.831;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:54:99:627,0,281 chrI 34548 . G A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.514;DP=56;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=24.2721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.382;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:335,0,567 chrI 34554 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.487;DP=56;Dels=0.00;FS=7.360;HaplotypeScore=16.3853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=3.09;ReadPosRankSum=-2.013;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,15:56:99:203,0,757 chrI 34695 . C T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,15:59:68:68,0,778 chrI 34794 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;DP=98;Dels=0.00;FS=4.164;HaplotypeScore=17.9075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.879;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,29:98:99:383,0,855 chrI 34943 . C G 106.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;DP=47;Dels=0.00;FS=3.872;HaplotypeScore=2.6953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=2.318;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.586;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:47:99:136,0,433 chrI 34948 . T C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:433,0,179 chrI 34991 . A G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=47;Dels=0.00;FS=1.347;HaplotypeScore=22.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=2.004;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.166;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:204,0,316 chrI 35000 . T C 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=46;Dels=0.00;FS=6.198;HaplotypeScore=14.6176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.502;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,12:46:49:49,0,469 chrI 35059 . G A 664.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;QD=13.83;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:48:81:697,81,0 chrI 35070 . C T 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=13.08;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:84:726,84,0 chrI 35145 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.764;DP=130;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=53.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.866;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,33:130:99:177,0,700 chrI 35421 . G A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;DP=55;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.557;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:259,0,493 chrI 35466 . G A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.522;DP=69;Dels=0.00;FS=2.186;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:617,0,367 chrI 35508 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=63;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=21.7378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:437,0,368 chrI 35514 . T C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DP=61;Dels=0.00;FS=8.984;HaplotypeScore=24.0503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.346;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,17:61:99:169,0,577 chrI 35565 . A G 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=16.15;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1018,123,0 chrI 35568 . A G 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=17.45;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1045,120,0 chrI 35631 . G C 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=15.52;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:40:78:654,78,0 chrI 35641 . G C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=36;Dels=0.00;FS=4.650;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.481;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:94:94,0,461 chrI 35668 . G A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DP=33;Dels=0.00;FS=6.100;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:221,0,234 chrI 35697 . T G 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.870;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:150,0,342 chrI 35736 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=43;Dels=0.00;FS=2.786;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.603;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:348,0,182 chrI 35751 . T C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=18.48;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:994,117,0 chrI 35796 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=58;Dels=0.00;FS=3.922;HaplotypeScore=2.6448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:58:99:528,0,240 chrI 35818 . A G 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=17.30;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:846,102,0 chrI 35820 . T C 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.770;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:48:45:45,0,659 chrI 35970 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DP=82;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,50:82:99:796,0,491 chrI 36005 . A G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.241;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.409;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:68:99:678,0,452 chrI 36048 . C G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.155;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,40:59:99:703,0,328 chrI 36123 . C T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=12.93;ReadPosRankSum=-2.444;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,41:55:99:741,0,125 chrI 36160 . G A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.535;DP=67;Dels=0.00;FS=2.374;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.784;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,47:67:99:885,0,143 chrI 36313 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.179;DP=92;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.853;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,30:92:99:359,0,858 chrI 36524 . C T 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.23;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1287,144,0 chrI 36547 . G A 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=42;Dels=0.00;FS=4.948;HaplotypeScore=2.5677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.007;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:42:99:126,0,557 chrI 36552 . T C 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=44;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.247;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:129,0,473 chrI 36574 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=44;Dels=0.00;FS=4.762;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=11.32;ReadPosRankSum=-2.154;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,30:44:99:528,0,154 chrI 36637 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DP=55;Dels=0.00;FS=2.569;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=10.95;ReadPosRankSum=-2.112;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,38:55:99:632,0,186 chrI 36898 . C T 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=19.99;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1492,177,0 chrI 37001 . G A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;DP=106;Dels=0.00;FS=1.970;HaplotypeScore=34.3079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.184;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,33:106:99:309,0,1333 chrI 37008 . C A 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=105;Dels=0.00;FS=1.972;HaplotypeScore=33.2067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.751;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,35:105:99:463,0,1375 chrI 37019 . A G 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.245;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,66:99:99:1132,0,410 chrI 37061 . G A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.062;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,19:74:99:133,0,1015 chrI 37069 . C T 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.467;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:69:99:159,0,826 chrI 37148 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.991;DP=89;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.363;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,28:89:99:416,0,1093 chrI 37255 . T C 2165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.680;DP=202;Dels=0.00;FS=11.688;HaplotypeScore=22.8607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.333;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,136:202:99:2195,0,911 chrI 37294 . T C 3731.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=22.34;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:3731,452,0 chrI 37315 . T A 1637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.439;DP=164;Dels=0.00;FS=6.756;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.544;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,113:164:99:1667,0,852 chrI 37330 . A G 1689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DP=154;Dels=0.00;FS=11.735;HaplotypeScore=5.8098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,102:154:99:1719,0,718 chrI 37369 . C T 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=109;Dels=0.00;FS=0.892;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=2.268;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.576;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,40:109:99:749,0,1059 chrI 37409 . A C 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.263;DP=84;Dels=0.00;FS=10.471;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.153;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,60:84:99:1024,0,352 chrI 37460 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=94;Dels=0.00;FS=8.796;HaplotypeScore=5.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,23:94:99:302,0,990 chrI 37478 . G C 1378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;DP=115;Dels=0.00;FS=3.114;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,87:115:99:1408,0,321 chrI 37521 . A G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=114;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,26:114:99:183,0,1611 chrI 37553 . A G 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.94;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2003,243,0 chrI 37595 . G A 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=18.34;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:1849,213,0 chrI 37682 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;DP=79;Dels=0.00;FS=2.058;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.026;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,28:79:99:405,0,779 chrI 37885 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;DP=43;Dels=0.00;FS=4.591;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.867;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:387,0,153 chrI 37922 . G A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=36;Dels=0.00;FS=3.050;HaplotypeScore=6.2971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:145,0,280 chrI 37976 . C A 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=18.68;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1079,123,0 chrI 38120 . A T 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=21.05;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1317,150,0 chrI 38236 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;DP=39;Dels=0.00;FS=17.207;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:453,0,236 chrI 38290 . G A 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=33;Dels=0.00;FS=1.686;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:33:69:69,0,439 chrI 38361 . C T 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=20.02;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:934,108,0 chrI 38490 . C G 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.17;MQ0=0;QD=17.59;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:842,99,0 chrI 38504 . T G 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.663;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:78:663,78,0 chrI 38508 . G T 663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.27;MQ0=0;QD=13.81;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:78:696,78,0 chrI 38524 . C A 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.74;MQ0=0;QD=12.54;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:69:610,69,0 chrI 38533 . T C 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=52;Dels=0.00;FS=2.862;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.117;QD=9.10;ReadPosRankSum=2.355;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:60:506,60,0 chrI 38657 . G A 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.23;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1961,222,0 chrI 38689 . G C 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.24;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2115,252,0 chrI 38888 . A C 3696.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=23.10;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3696,432,0 chrI 38980 . G A 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=16.99;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:2089,234,0 chrI 39009 . T C 3304.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=17.12;SB=-1.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,192:193:99:3304,393,0 chrI 39105 . A G 7217.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=341;Dels=0.00;FS=32.951;HaplotypeScore=18.9547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=21.16;ReadPosRankSum=4.201;SB=-2.609e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,330:341:99:7217,838,0 chrI 39123 . C T 7354.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=328;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=22.42;SB=-2.527e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,326:328:99:7354,872,0 chrI 39162 . C G 4942.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.39;SB=-2.750e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,229:231:99:4942,582,0 chrI 39301 . C G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=119;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,38:119:99:470,0,1396 chrI 39795 . G A 2167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.04;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2200,249,0 chrI 39901 . T C 2264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=22.20;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2297,270,0 chrI 39919 . T C 2024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.31;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2057,240,0 chrI 39920 . T C 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=3.557;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=20.59;ReadPosRankSum=1.658;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:1968,237,0 chrI 39963 . G A 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=19.01;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1611,180,0 chrI 40064 . C T 1277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=103;Dels=0.00;FS=10.921;HaplotypeScore=8.3290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.851;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.018;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,74:103:99:1307,0,358 chrI 40237 . C T 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=15.60;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:1921,222,0 chrI 40380 . G A 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.33;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1720,198,0 chrI 40860 . A G 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=15.93;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:1578,186,0 chrI 40866 . T C 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=18.24;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1857,216,0 chrI 40914 . C G 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=17.98;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:1921,228,0 chrI 41111 . G C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=73;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.785;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:73:99:478,0,838 chrI 41259 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=53;Dels=0.00;FS=1.042;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:300,0,495 chrI 41278 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=56;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.753;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,36:56:99:487,0,310 chrI 41438 . A C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.827;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.701;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,35:113:99:379,0,1545 chrI 41481 . A G 2512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=20.59;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2545,309,0 chrI 41497 . A C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.745;DP=117;Dels=0.00;FS=3.688;HaplotypeScore=41.9116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=4.46;ReadPosRankSum=2.905;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,37:117:99:552,0,1373 chrI 41499 . A G 1460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;DP=124;Dels=0.00;FS=7.727;HaplotypeScore=49.5499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.501;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,83:124:99:1490,0,463 chrI 41587 . C T 2349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.35;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2382,279,0 chrI 41736 . T C 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=18.40;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1744,207,0 chrI 41739 . A G 1532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=17.41;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1565,186,0 chrI 41802 . G A 1887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=18.68;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:1920,222,0 chrI 41883 . C T 3109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=19.55;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:159:99:3142,363,0 chrI 41906 . G A 1878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=172;Dels=0.00;FS=7.234;HaplotypeScore=4.4564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,115:172:99:1908,0,729 chrI 41987 . C T 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.00;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1653,195,0 chrI 42048 . T G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DP=89;Dels=0.01;FS=2.968;HaplotypeScore=12.1612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.119;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:88:99:411,0,829 chrI 42115 . T C 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=16.24;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:1852,225,0 chrI 42159 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.427;DP=180;Dels=0.01;FS=7.702;HaplotypeScore=30.6887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.686;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.304;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,59:178:99:530,0,2474 chrI 42257 . G A 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2008,228,0 chrI 42484 . G A 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=8.60;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:1211,138,0 chrI 42527 . T C 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=10.84;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:1215,144,0 chrI 42554 . A T 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=15.64;ReadPosRankSum=2.354;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1237,141,0 chrI 42562 . G A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=16.25;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1284,144,0 chrI 42590 . G A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=16.43;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1101,132,0 chrI 42629 . A G 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=18.86;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1278,153,0 chrI 42635 . C T 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=20.34;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1396,156,0 chrI 42684 . G A 2317 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=16.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:2350,267,0 chrI 43004 . G A 425 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=19.32;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:458,51,0 chrI 43137 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.448;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:621,0,445 chrI 43478 . G A 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.23;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1187,141,0 chrI 43565 . A G 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.96;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93:766,93,0 chrI 43691 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=51;Dels=0.00;FS=1.288;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.360;QD=12.41;ReadPosRankSum=2.685;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,37:51:99:663,0,119 chrI 43784 . C G 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=18.20;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1125,132,0 chrI 43838 . G A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=75;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=10.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:374,0,723 chrI 43850 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.077;DP=64;Dels=0.00;FS=2.468;HaplotypeScore=3.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=3.75;ReadPosRankSum=-2.078;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,20:64:99:270,0,770 chrI 44276 . A G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=53;Dels=0.00;FS=13.786;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:99:225,0,449 chrI 44384 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.412;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:273,0,259 chrI 44585 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;DP=43;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:43:99:181,0,452 chrI 44588 . A G 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:96:808,96,0 chrI 44666 . G T 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.844;DP=54;Dels=0.00;FS=5.786;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.138;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,18:54:99:202,0,550 chrI 44675 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DP=56;Dels=0.00;FS=2.436;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:508,0,245 chrI 44891 . A G 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=20.18;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:800,96,0 chrI 44935 . C A 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=22.34;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:93:815,93,0 chrI 45024 . G A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=16.38;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1016,117,0 chrI 45198 . G A 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=17.72;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1256,150,0 chrI 45431 . G A 620.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=78;Dels=0.00;FS=13.334;HaplotypeScore=24.6201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,52:78:99:650,0,277 chrI 45434 . A G 324.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=78;Dels=0.00;FS=13.334;HaplotypeScore=24.6201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=2.199;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.726;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,26:78:99:354,0,632 chrI 45435 . C T 62.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.265;DP=77;Dels=0.00;FS=7.288;HaplotypeScore=25.4088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,21:77:92:92,0,1007 chrI 45546 . A T 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.219;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=17.28;ReadPosRankSum=0.417;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:1917,197,0 chrI 45831 . G C 5306.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.77;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,232:233:99:5306,621,0 chrI 46030 . G A 2266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;DP=218;Dels=0.00;FS=19.705;HaplotypeScore=19.6623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,150:218:99:2296,0,810 chrI 46375 . A T 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=17.57;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:648,75,0 chrI 46447 . C G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DP=40;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:40:99:184,0,406 chrI 46549 . C T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.484;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:62:99:215,0,464 chrI 46669 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.995;DP=67;Dels=0.00;FS=5.069;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:67:99:387,0,651 chrI 46723 . A G 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.520;DP=79;Dels=0.00;FS=10.008;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.373;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:825,0,490 chrI 46837 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,41:56:99:614,0,205 chrI 46846 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.326;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,40:53:99:676,0,176 chrI 46894 . A G 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=17.02;ReadPosRankSum=1.678;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1122,132,0 chrI 46912 . T G 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=18.09;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1390,165,0 chrI 46966 . T C 2180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.555;QD=19.64;ReadPosRankSum=2.719;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:111:99:2213,258,0 chrI 47015 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;DP=97;Dels=0.00;FS=8.119;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.158;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,40:97:99:687,0,1004 chrI 47044 . A C 1840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=18.40;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1873,222,0 chrI 47206 . A G 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=20.03;ReadPosRankSum=1.613;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:1796,219,0 chrI 47518 . A G 2340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=18.00;SB=-1.496e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2373,285,0 chrI 47660 . T C 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=39;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.535;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:99:270,0,370 chrI 47690 . T C 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:287,0,220 chrI 47845 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;DP=108;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,33:108:99:480,0,1346 chrI 47896 . C T 2697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=20.91;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2730,309,0 chrI 47908 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;DP=131;Dels=0.00;FS=4.614;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,44:131:99:513,0,1446 chrI 48115 . G C 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=16.87;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:944,111,0 chrI 48238 . C A 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=124;Dels=0.00;FS=6.631;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=5.13;ReadPosRankSum=-2.252;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,47:124:99:666,0,1038 chrI 48266 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=149;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.266;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,40:149:99:310,0,1789 chrI 48285 . T A 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;DP=152;Dels=0.00;FS=2.139;HaplotypeScore=43.6191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.498;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.959;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,64:152:99:954,0,1176 chrI 48286 . A T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=158;Dels=0.00;FS=0.662;HaplotypeScore=43.6191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,49:158:99:644,0,1642 chrI 48600 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.360;DP=95;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.612;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,30:95:99:407,0,1072 chrI 48751 . T C 2300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=124;Dels=0.00;FS=2.832;HaplotypeScore=22.9401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=18.55;ReadPosRankSum=2.280;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:124:99:2333,276,0 chrI 48815 . T C 1300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=107;Dels=0.00;FS=7.589;HaplotypeScore=4.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.452;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,69:107:99:1330,0,637 chrI 48890 . C T 3597.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.948e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:163:99:3597,408,0 chrI 49103 . C T 2722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=18.27;SB=-1.559e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:149:99:2755,327,0 chrI 49114 . T C 1812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.761;DP=203;Dels=0.00;FS=7.349;HaplotypeScore=16.9107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.856;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,129:203:99:1842,0,1109 chrI 49247 . C T 1276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.651;DP=111;Dels=0.00;FS=11.547;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,73:111:99:1306,0,540 chrI 49403 . C T 3866.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=21.13;ReadPosRankSum=0.723;SB=-1.738e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,182:183:99:3866,434,0 chrI 49505 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DP=145;Dels=0.00;FS=3.465;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,45:145:99:623,0,1634 chrI 49589 . T C 1589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;DP=122;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.388;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,83:122:99:1619,0,515 chrI 49614 . T A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=123;Dels=0.00;FS=1.511;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,47:123:99:624,0,1463 chrI 49871 . C T 4111.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=21.19;SB=-2.306e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,193:194:99:4111,465,0 chrI 50024 . C T 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=21.26;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1521,174,0 chrI 50204 . A G 3093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.76;SB=-1.786e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:149:99:3126,372,0 chrI 50255 . T G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,42:153:99:522,0,1796 chrI 50343 . A G 2828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=19.78;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:143:99:2861,339,0 chrI 50354 . C T 2486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=19.12;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:2519,291,0 chrI 50384 . G A 2533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=20.26;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:2566,291,0 chrI 50432 . T C 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=19.70;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1806,213,0 chrI 50456 . G A 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=19.55;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1656,189,0 chrI 50498 . A G 2829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=132;Dels=0.00;FS=2.632;HaplotypeScore=8.2541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.262;QD=21.43;ReadPosRankSum=2.412;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:132:99:2862,336,0 chrI 50660 . T A 3549.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=18.88;SB=-1.826e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:188:99:3549,417,0 chrI 50663 . C T 3533.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=18.69;SB=-2.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:189:99:3533,417,0 chrI 50840 . A G 2442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:2475,294,0 chrI 51095 . G A 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=18.10;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:2006,228,0 chrI 51287 . T C 1767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=19.21;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1800,210,0 chrI 51321 . T C 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.08;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1318,159,0 chrI 51371 . A C 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=16.94;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1439,168,0 chrI 51434 . A G 2161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.220;DP=104;Dels=0.00;FS=25.605;HaplotypeScore=7.7080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.104;QD=20.78;ReadPosRankSum=3.372;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:2194,264,0 chrI 51951 . T G 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=16.67;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:800,96,0 chrI 52164 . C T 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=16.80;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:940,108,0 chrI 52310 . A G 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.683;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:191,0,588 chrI 52380 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;DP=56;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=5.1070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.038;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:306,0,626 chrI 52505 . C G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=73;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,19:73:99:241,0,1077 chrI 52603 . A T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.060;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.308;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:304,0,191 chrI 52613 . G A 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=15.08;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:606,72,0 chrI 52632 . T C 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=17.37;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:745,87,0 chrI 52733 . A G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.597;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:471,0,359 chrI 52846 . G A 3072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=19.69;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:154:99:3105,354,0 chrI 52849 . A G 3109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=20.45;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:152:99:3142,372,0 chrI 52858 . T C 2728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=20.82;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2761,335,0 chrI 52939 . C T 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=18.37;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1062,123,0 chrI 52951 . G T 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=20.35;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1132,129,0 chrI 52984 . A G 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=15.57;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:905,108,0 chrI 52996 . A G 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=54;Dels=0.00;FS=3.938;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:54:87:734,87,0 chrI 53146 . T G 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=19.55;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2047,243,0 chrI 53167 . A G 2095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2128,252,0 chrI 53266 . C T 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=19.76;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1871,216,0 chrI 53542 . C T 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=17.77;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:886,102,0 chrI 53836 . A G 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=20.68;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1563,189,0 chrI 53843 . C T 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=20.77;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1549,177,0 chrI 53851 . G A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=19.41;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1605,180,0 chrI 53935 . A T 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.81;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:877,102,0 chrI 54070 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.114;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,26:107:99:190,0,1463 chrI 54136 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.818;DP=112;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=2.553;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,40:112:99:590,0,1142 chrI 54175 . A G 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.59;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1297,156,0 chrI 54198 . G A 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.822;DP=73;Dels=0.00;FS=4.707;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.691;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.959;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:758,0,496 chrI 54244 . A G 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=79;Dels=0.00;FS=8.502;HaplotypeScore=4.2657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=21.92;ReadPosRankSum=2.325;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1765,210,0 chrI 54319 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=73;Dels=0.00;FS=2.529;HaplotypeScore=9.6224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,58:73:99:732,0,178 chrI 54478 . G A 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=18.63;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1989,228,0 chrI 54481 . T C 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=17.50;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1870,222,0 chrI 54508 . A G 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=99;Dels=0.01;FS=4.727;HaplotypeScore=8.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.697;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:1455,174,0 chrI 54661 . G T 2137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=19.25;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2170,258,0 chrI 54679 . C T 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.329;QD=20.01;ReadPosRankSum=1.295;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2094,252,0 chrI 54742 . A C 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=14.82;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1085,135,0 chrI 54784 . A G 1649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.700;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:1682,201,0 chrI 54806 . T C 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=15.28;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:1698,201,0 chrI 55145 . C T 2241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=17.37;SB=-1.453e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2274,275,0 chrI 55171 . A G 2544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=17.67;SB=-1.627e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:2577,306,0 chrI 55213 . A C 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=126;Dels=0.00;FS=2.888;HaplotypeScore=7.1691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=17.49;ReadPosRankSum=2.411;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:126:99:2237,264,0 chrI 55256 . A G 2220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=21.14;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2253,249,0 chrI 55327 . C A 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=21.19;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2237,255,0 chrI 55508 . T C 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=20.51;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1756,204,0 chrI 55525 . A G 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=81;Dels=0.00;FS=3.611;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.490;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,22:81:99:230,0,1088 chrI 55583 . A T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;DP=84;Dels=0.00;FS=1.849;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:84:99:425,0,944 chrI 55688 . T C 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=17.07;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1433,168,0 chrI 55721 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=82;Dels=0.00;FS=3.228;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.611;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:82:99:386,0,719 chrI 55793 . T C 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=17.91;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2075,249,0 chrI 55841 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DP=135;Dels=0.00;FS=8.641;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,46:135:99:682,0,1382 chrI 56007 . A G 2344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.50;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2377,276,0 chrI 56058 . A C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.325;DP=113;Dels=0.00;FS=2.658;HaplotypeScore=6.6316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,35:113:99:391,0,1357 chrI 56107 . T C 2534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=139;Dels=0.00;FS=12.375;HaplotypeScore=16.5672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=18.23;ReadPosRankSum=2.146;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,135:139:99:2567,280,0 chrI 56129 . T C 1121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.153;DP=112;Dels=0.00;FS=5.279;HaplotypeScore=3.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,73:112:99:1151,0,465 chrI 56144 . T G 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=18.04;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1999,234,0 chrI 56159 . T A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=111;Dels=0.00;FS=16.338;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.999;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,40:111:99:425,0,1143 chrI 56195 . A G 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=109;Dels=0.00;FS=5.523;HaplotypeScore=14.9849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.090;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,70:109:99:1039,0,173 chrI 56249 . G T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.504;DP=94;Dels=0.00;FS=8.600;HaplotypeScore=15.9514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=1.94;ReadPosRankSum=-2.261;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,29:94:99:212,0,994 chrI 56351 . G A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.585;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,66:95:99:990,0,350 chrI 56399 . G A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DP=109;Dels=0.00;FS=1.676;HaplotypeScore=16.1577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=2.70;ReadPosRankSum=-2.846;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,33:109:99:324,0,1131 chrI 56786 . G A 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=15.39;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:895,105,0 chrI 56871 . C T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.071;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,79:125:99:804,0,533 chrI 56878 . T C 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.450;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,77:121:99:827,0,594 chrI 56904 . G C 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.975;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.510;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,82:129:99:879,0,647 chrI 57018 . T A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=99;Dels=0.00;FS=4.299;HaplotypeScore=4.1814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,34:99:99:449,0,1319 chrI 57041 . C T 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.336;DP=74;Dels=0.00;FS=1.759;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,52:74:99:1027,0,319 chrI 57155 . G A 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=65;Dels=0.00;FS=2.197;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.324;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.506;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,43:65:99:602,0,273 chrI 57320 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:364,0,169 chrI 57455 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=120;Dels=0.00;FS=13.015;HaplotypeScore=7.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,49:120:99:740,0,1348 chrI 57669 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=32;Dels=0.00;FS=5.322;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.140;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:242,0,221 chrI 57853 . T G 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.949;DP=185;Dels=0.00;FS=0.650;HaplotypeScore=13.7423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,64:185:99:834,0,1963 chrI 58073 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,30:42:99:545,0,105 chrI 58166 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=78;Dels=0.00;FS=0.893;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.186;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:78:99:363,0,751 chrI 58490 . A T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=70;Dels=0.00;FS=6.626;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.045;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.657;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:314,0,588 chrI 58494 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.700;DP=69;Dels=0.00;FS=8.633;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.920;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:312,0,546 chrI 58600 . G T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DP=71;Dels=0.00;FS=2.120;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,23:71:99:252,0,813 chrI 58827 . G A 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=34;Dels=0.00;FS=3.463;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:34:99:103,0,488 chrI 59073 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=73;Dels=0.00;FS=3.322;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.674;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:73:99:266,0,744 chrI 59229 . G T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.145;DP=37;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:351,0,173 chrI 59349 . A C 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.875;DP=57;Dels=0.00;FS=6.246;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=19.32;ReadPosRankSum=2.875;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:57:99:1134,135,0 chrI 59475 . C T 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;DP=55;Dels=0.00;FS=7.677;HaplotypeScore=6.5431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.416;QD=3.60;ReadPosRankSum=-2.079;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:228,0,290 chrI 59496 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=58;Dels=0.00;FS=2.244;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.785;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:315,0,360 chrI 59659 . C G 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.33;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1070,126,0 chrI 59757 . G A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.865;DP=59;Dels=0.00;FS=8.822;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,15:59:99:192,0,664 chrI 59976 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.051;DP=55;Dels=0.00;FS=6.683;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:55:99:354,0,274 chrI 59985 . T C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=51;Dels=0.00;FS=6.841;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:358,0,275 chrI 60165 . T C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.207;DP=54;Dels=0.00;FS=2.443;HaplotypeScore=9.7921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:54:99:263,0,571 chrI 60198 . C T 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.41;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:870,99,0 chrI 60246 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;DP=37;Dels=0.00;FS=8.455;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.956;SB=-2.439e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:406,0,207 chrI 60267 . G C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=39;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=3.72;ReadPosRankSum=-2.358;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:175,0,466 chrI 60384 . C T 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=31;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.178;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:211,0,230 chrI 60387 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DP=34;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:34:99:226,0,261 chrI 60417 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=36;Dels=0.00;FS=3.576;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.515;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:36:99:408,0,124 chrI 60526 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.850;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:259,0,235 chrI 60774 . T C 1129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.670;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1162,138,0 chrI 60912 . A G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.709;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.272;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.287;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,44:59:99:706,0,211 chrI 60915 . C T 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=55;Dels=0.00;FS=1.254;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,15:55:99:190,0,710 chrI 61451 . G A 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.967;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:99:178,0,559 chrI 61585 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.085;DP=62;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.870;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:62:99:293,0,559 chrI 61744 . T C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DP=32;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.566;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:186,0,276 chrI 61768 . G A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=36;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:234,0,381 chrI 61990 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.426;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=4.82;ReadPosRankSum=-2.069;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,21:65:99:343,0,849 chrI 62053 . G T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;DP=41;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.190;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:333,0,319 chrI 62131 . C T 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;DP=35;Dels=0.00;FS=4.202;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.226;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:165,0,404 chrI 62134 . T C 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DP=41;Dels=0.00;FS=6.416;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.294;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:148,0,442 chrI 62146 . C T 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;DP=39;Dels=0.00;FS=6.410;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.177;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:160,0,448 chrI 62308 . T C 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.372;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:37:76:76,0,451 chrI 62361 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.081;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,37:52:99:467,0,193 chrI 62565 . G A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.202;DP=43;Dels=0.00;FS=25.083;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-8.199e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:190,0,419 chrI 62654 . C T 1703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.059;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,95:124:99:1733,0,375 chrI 62695 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DP=110;Dels=0.00;FS=3.270;HaplotypeScore=3.0290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.201;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,36:110:99:508,0,1438 chrI 62950 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:88:99:389,0,749 chrI 63012 . C G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=85;Dels=0.00;FS=2.326;HaplotypeScore=5.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=2.79;ReadPosRankSum=2.088;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:85:99:267,0,776 chrI 63025 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;DP=88;Dels=0.00;FS=8.886;HaplotypeScore=13.5564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.153;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,28:88:99:256,0,746 chrI 63385 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=68;Dels=0.00;FS=6.828;HaplotypeScore=9.6622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.611;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:329,0,608 chrI 63520 . T A,C 797.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3682;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.295;SB=-1.655e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,42,37:115:95:857,95,713,128,0,747 chrI 63658 . G A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.475;DP=84;Dels=0.00;FS=3.454;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.797;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,26:84:99:312,0,984 chrI 64094 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=76;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=9.0710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,24:76:99:218,0,842 chrI 64315 . C T 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=113;Dels=0.00;FS=13.208;HaplotypeScore=10.5028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:113:99:739,0,1097 chrI 64477 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=169;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=58.3299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,63:169:99:784,0,1548 chrI 64483 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.942;DP=164;Dels=0.00;FS=2.070;HaplotypeScore=58.7392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=3.35;ReadPosRankSum=-2.517;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,53:164:99:579,0,1824 chrI 64663 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;DP=130;Dels=0.00;FS=4.436;HaplotypeScore=6.8901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,50:130:99:533,0,1399 chrI 64676 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DP=121;Dels=0.00;FS=2.518;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,45:121:99:502,0,1267 chrI 64781 . T C 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.133;DP=186;Dels=0.00;FS=1.188;HaplotypeScore=15.7393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.419;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,69:186:99:992,0,1997 chrI 64907 . G A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=132;Dels=0.00;FS=9.679;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.180;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,39:132:99:451,0,1524 chrI 65036 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=105;Dels=0.00;FS=2.904;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,30:105:99:374,0,1199 chrI 65365 . G A 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.832;DP=91;Dels=0.00;FS=19.418;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.401;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.143;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,61:91:99:1103,0,371 chrI 65414 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.711;DP=96;Dels=0.00;FS=18.440;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:705,0,917 chrI 65453 . A G 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DP=89;Dels=0.00;FS=39.228;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.842;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,61:89:99:1149,0,226 chrI 65462 . A T 156.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;DP=95;Dels=0.00;FS=22.010;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.381;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,22:95:99:186,0,1238 chrI 65506 . T C 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;DP=92;Dels=0.00;FS=7.868;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.445;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,63:92:99:924,0,292 chrI 65514 . A T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=92;Dels=0.00;FS=12.775;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.672;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.630;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,63:92:99:755,0,273 chrI 65570 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=90;Dels=0.00;FS=13.382;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.753;QD=6.28;ReadPosRankSum=-3.223;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,60:90:99:595,0,407 chrI 65590 . T C 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=91;Dels=0.00;FS=12.170;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.240;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.540;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,60:91:99:739,0,278 chrI 65627 . T G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.204;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=2.810;QD=3.38;ReadPosRankSum=2.119;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:88:99:327,0,424 chrI 65871 . G A 1390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.083;DP=98;Dels=0.00;FS=5.130;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,73:98:99:1420,0,238 chrI 65892 . A C 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1961,231,0 chrI 65910 . T C 2208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=108;Dels=0.00;FS=5.523;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=20.44;ReadPosRankSum=1.700;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:108:99:2241,267,0 chrI 65991 . G A 2366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=116;Dels=0.01;FS=3.245;HaplotypeScore=5.2351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=20.40;ReadPosRankSum=1.641;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:115:99:2399,273,0 chrI 66003 . T C 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=16.09;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:1722,207,0 chrI 66033 . A G 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=16.75;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1775,213,0 chrI 66413 . T G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.510;DP=145;Dels=0.00;FS=5.490;HaplotypeScore=7.4767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,44:145:99:540,0,1875 chrI 66488 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,50:181:99:553,0,2211 chrI 66690 . C T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;DP=105;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,33:105:99:234,0,1176 chrI 66731 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,35:118:99:329,0,1242 chrI 66841 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:467,0,908 chrI 66984 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=2.298;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.624;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:285,0,621 chrI 67269 . A G 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=19.55;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1421,168,0 chrI 67275 . G A 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=20.33;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1456,165,0 chrI 67369 . G T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.356;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.434;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:72:99:387,0,779 chrI 67421 . A C 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.312;DP=60;Dels=0.00;FS=12.225;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.823;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:60:99:613,0,299 chrI 67441 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=44;Dels=0.00;FS=3.253;HaplotypeScore=3.2319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.337;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,33:44:94:485,0,94 chrI 67476 . C G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=16.64;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:782,90,0 chrI 67937 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.644;DP=159;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.897;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,45:159:99:482,0,2164 chrI 68074 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.143;DP=73;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=5.1128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.777;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:575,0,532 chrI 68178 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=72;Dels=0.00;FS=1.056;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,19:72:99:156,0,792 chrI 68650 . G A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.639;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:73:99:365,0,844 chrI 68785 . A C 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=53;Dels=0.00;FS=1.275;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.888;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:53:97:97,0,577 chrI 69403 . C T 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.744;DP=56;Dels=0.00;FS=1.638;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,12:56:99:143,0,821 chrI 69585 . A G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DP=81;Dels=0.00;FS=2.241;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.479;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,19:81:99:183,0,825 chrI 69603 . T C 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=18.31;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1827,213,0 chrI 69675 . G A 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.793;DP=109;Dels=0.00;FS=15.015;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=3.546;QD=10.55;ReadPosRankSum=4.461;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:109:99:1183,131,0 chrI 69730 . T A 38.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.114;DP=80;Dels=0.00;FS=17.648;HaplotypeScore=134.2984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.18;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=0.49;ReadPosRankSum=-5.303;SB=-3.297e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,11:80:9:71,9,0 chrI 69759 . G A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.238;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.352;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,47:62:99:297,0,113 chrI 69767 . G A 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;DP=69;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.27;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,17:69:94:94,0,341 chrI 69845 . C T 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;DP=41;Dels=0.05;FS=1.421;HaplotypeScore=13.8013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.825;QD=1.05;ReadPosRankSum=-2.832;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:73:73,0,122 chrI 69951 . A T 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=97;Dels=0.00;FS=2.541;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=0.74;ReadPosRankSum=2.256;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,19:97:99:102,0,1139 chrI 69981 . T C 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.684;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,23:91:99:245,0,968 chrI 69998 . T A 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DP=87;Dels=0.00;FS=7.854;HaplotypeScore=7.2827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.876;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:515,0,765 chrI 70015 . A G 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=85;Dels=0.00;FS=7.474;HaplotypeScore=24.3885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=2.09;ReadPosRankSum=2.094;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,19:85:99:208,0,1011 chrI 70024 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=90;Dels=0.00;FS=2.838;HaplotypeScore=24.2979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.401;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:727,0,408 chrI 70045 . A G 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=80;Dels=0.00;FS=3.716;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.32;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=1.646;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1334,145,0 chrI 70071 . C T 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=15.63;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1377,156,0 chrI 70115 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,22:74:99:258,0,809 chrI 70228 . T C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.277;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.494;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:58:58,0,895 chrI 70280 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DP=79;Dels=0.00;FS=4.745;HaplotypeScore=11.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.354;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:79:99:677,0,240 chrI 70345 . G T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.591;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:77:99:360,0,830 chrI 70497 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;DP=75;Dels=0.00;FS=13.940;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.348;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,22:75:99:307,0,895 chrI 70905 . G C 365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=12.17;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:48:398,48,0 chrI 71287 . C T 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=54;Dels=0.00;FS=6.750;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.899;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:205,0,573 chrI 71601 . G A 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=17.49;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:2219,261,0 chrI 72928 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.988;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:501,0,760 chrI 73490 . T C 312.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:63:99:342,0,800 chrI 73976 . A T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=158;Dels=0.00;FS=7.680;HaplotypeScore=8.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,51:158:99:782,0,2077 chrI 73999 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.270;DP=135;Dels=0.00;FS=4.618;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.664;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,40:135:99:533,0,1805 chrI 74047 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.686;DP=99;Dels=0.00;FS=1.672;HaplotypeScore=11.5990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.074;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.521;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,39:99:99:453,0,1078 chrI 74050 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.511;DP=97;Dels=0.01;FS=1.763;HaplotypeScore=12.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.536;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,34:96:99:403,0,1077 chrI 74363 . C A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=71;Dels=0.00;FS=12.978;HaplotypeScore=14.2574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.114;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,23:71:99:300,0,508 chrI 74580 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.635;DP=109;Dels=0.00;FS=1.979;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,28:109:99:372,0,1453 chrI 74674 . G A 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DP=111;Dels=0.00;FS=2.343;HaplotypeScore=5.8993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.147;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,29:111:99:336,0,1452 chrI 75211 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;DP=52;Dels=0.00;FS=1.332;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:330,0,480 chrI 75220 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;DP=51;Dels=0.00;FS=3.120;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:480,0,348 chrI 76156 . G C 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=36;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:36:99:100,0,453 chrI 76368 . G C 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.13;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1080,126,0 chrI 76386 . G A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.010;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.149;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:544,0,243 chrI 76417 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:451,0,266 chrI 76456 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.831;DP=35;Dels=0.00;FS=2.367;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,28:35:90:512,0,90 chrI 76496 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=34;Dels=0.00;FS=11.172;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-7.787e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,25:34:88:398,0,88 chrI 76497 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=33;Dels=0.00;FS=10.482;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.273;SB=-8.494e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:33:92:367,0,92 chrI 76762 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=78;Dels=0.00;FS=14.962;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,23:78:99:266,0,1127 chrI 77073 . A G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;DP=86;Dels=0.00;FS=11.577;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:86:99:330,0,1052 chrI 77115 . G T 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.55;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1924,228,0 chrI 77152 . A G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;DP=79;Dels=0.00;FS=2.076;HaplotypeScore=7.0938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.618;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:79:99:321,0,1088 chrI 77226 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=49;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.342;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:336,0,560 chrI 77737 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=71;Dels=0.00;FS=4.794;HaplotypeScore=4.3794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.830;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:314,0,639 chrI 79470 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.073;DP=181;Dels=0.00;FS=8.414;HaplotypeScore=19.0771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,55:181:99:519,0,2044 chrI 81442 . G A 1517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DP=155;Dels=0.00;FS=6.045;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.733;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,97:155:99:1547,0,925 chrI 81691 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=88;Dels=0.00;FS=7.859;HaplotypeScore=8.2984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.779;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,26:88:99:381,0,1013 chrI 81731 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.019;DP=132;Dels=0.00;FS=0.719;HaplotypeScore=11.1285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,42:132:99:510,0,1480 chrI 81922 . C A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.328;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,57:168:99:504,0,1868 chrI 81961 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,40:132:99:519,0,1363 chrI 82099 . C T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DP=71;Dels=0.00;FS=1.195;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:71:99:267,0,618 chrI 82106 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.524;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:74:99:372,0,687 chrI 82136 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.808;DP=108;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.789;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,32:108:99:369,0,1148 chrI 82379 . G A 2524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.69;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2557,294,0 chrI 82464 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.794;DP=61;Dels=0.00;FS=2.892;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.241;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,19:61:99:233,0,812 chrI 82599 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.658;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,35:100:99:454,0,990 chrI 82662 . A G 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;DP=196;Dels=0.00;FS=0.600;HaplotypeScore=19.4958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,53:196:99:688,0,2477 chrI 82711 . A G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=188;Dels=0.00;FS=9.278;HaplotypeScore=4.8653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=2.22;ReadPosRankSum=2.028;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,44:188:99:448,0,2301 chrI 83452 . G T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.535;DP=140;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,52:140:99:540,0,1425 chrI 83613 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,30:95:99:384,0,1118 chrI 84076 . C T 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DP=44;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=8.1248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.239;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:44:99:116,0,508 chrI 84108 . A G 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.490;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:37:99:110,0,349 chrI 84578 . C G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.899;DP=138;Dels=0.00;FS=5.009;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.210;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,46:138:99:596,0,1289 chrI 84810 . A C 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.210;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,11:71:84:84,0,1064 chrI 85154 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=67;Dels=0.00;FS=11.941;HaplotypeScore=9.0380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:67:99:270,0,671 chrI 85480 . C T 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.70;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1420,162,0 chrI 85751 . C T 2273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=20.66;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2306,267,0 chrI 87859 . T G 1335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.506;DP=264;Dels=0.00;FS=3.116;HaplotypeScore=12.1203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.095;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,89:264:99:1365,0,3307 chrI 88008 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;DP=101;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=13.4510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.659;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:101:99:449,0,1159 chrI 88054 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;DP=131;Dels=0.00;FS=1.562;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,45:131:99:525,0,1579 chrI 88173 . C A 1576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=170;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=19.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,114:170:99:1606,0,685 chrI 88212 . C T 1347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.002;DP=138;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=20.4442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.260;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,87:138:99:1377,0,615 chrI 88270 . T C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.201;DP=104;Dels=0.00;FS=6.873;HaplotypeScore=11.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.137;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,34:104:99:394,0,1043 chrI 88393 . A C 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DP=94;Dels=0.00;FS=7.165;HaplotypeScore=10.0138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,63:94:99:1021,0,470 chrI 88638 . A G 2673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.56;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:2706,324,0 chrI 88645 . G C 2767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=20.05;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:138:99:2800,333,0 chrI 88782 . G A 1151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;DP=117;Dels=0.00;FS=0.742;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,72:117:99:1181,0,648 chrI 88812 . A G 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.719;DP=129;Dels=0.00;FS=0.747;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.431;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,81:129:99:1256,0,779 chrI 89010 . T C 1866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.751;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,115:175:99:1896,0,675 chrI 89060 . C T 1561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=150;Dels=0.00;FS=2.193;HaplotypeScore=10.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.488;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,96:150:99:1591,0,664 chrI 89266 . A C 1460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.170;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,95:153:99:1490,0,767 chrI 89268 . T C 1480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.287;DP=153;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,95:153:99:1510,0,771 chrI 89334 . T C 1688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.982;DP=150;Dels=0.00;FS=1.383;HaplotypeScore=8.0450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.308;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,103:150:99:1718,0,460 chrI 89430 . C T 1726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.280;DP=169;Dels=0.00;FS=0.616;HaplotypeScore=9.4902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.179;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,116:169:99:1756,0,652 chrI 89433 . A G 1578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.804;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.254;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,109:167:99:1608,0,788 chrI 89472 . A G 1340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=145;Dels=0.00;FS=2.260;HaplotypeScore=3.3927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.121;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,99:145:99:1370,0,684 chrI 89484 . C G 1175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DP=133;Dels=0.00;FS=2.389;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.437;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.980;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,91:133:99:1205,0,705 chrI 89494 . A G 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DP=131;Dels=0.00;FS=1.498;HaplotypeScore=7.4858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.212;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.288;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,89:131:99:1130,0,723 chrI 89561 . T C 1249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.781;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=2.079;QD=9.12;ReadPosRankSum=2.648;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,88:137:99:1279,0,614 chrI 89679 . T A 1783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.532;DP=189;Dels=0.00;FS=1.941;HaplotypeScore=17.2551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.769;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.836;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,123:189:99:1813,0,961 chrI 89705 . T C 1688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.042;DP=177;Dels=0.00;FS=19.556;HaplotypeScore=7.2630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.505;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,116:177:99:1718,0,1005 chrI 89805 . C T 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=18.17;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1632,189,0 chrI 89979 . A G 2056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=194;Dels=0.00;FS=5.241;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=10.60;ReadPosRankSum=2.829;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,120:194:99:2086,0,1050 chrI 90064 . G T 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.112;DP=89;Dels=0.00;FS=3.159;HaplotypeScore=16.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.151;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:89:99:805,0,545 chrI 90253 . G C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=122;Dels=0.00;FS=5.576;HaplotypeScore=13.0192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.174;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,34:122:99:298,0,1323 chrI 90330 . G T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DP=91;Dels=0.00;FS=17.053;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,64:91:99:935,0,356 chrI 90516 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;DP=59;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=7.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:370,0,436 chrI 90665 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=87;Dels=0.00;FS=4.232;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.816;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:87:99:521,0,760 chrI 91110 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.926;DP=81;Dels=0.00;FS=6.152;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:81:99:510,0,642 chrI 91173 . G A 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.833;DP=91;Dels=0.00;FS=4.054;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.162;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:699,0,805 chrI 91209 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.771;DP=95;Dels=0.00;FS=5.496;HaplotypeScore=5.7924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.219;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:95:99:556,0,969 chrI 91614 . A G 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=96;Dels=0.00;FS=3.825;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.158;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,33:96:99:465,0,887 chrI 91665 . G A 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;DP=61;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.276;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,15:61:99:161,0,888 chrI 91791 . A C 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=49;Dels=0.00;FS=4.231;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:253,0,388 chrI 91812 . G C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=58;Dels=0.00;FS=2.436;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.971;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:232,0,602 chrI 91938 . A T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.456;DP=122;Dels=0.00;FS=10.162;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.949;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,37:122:99:416,0,1200 chrI 92115 . G C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=89;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,31:89:99:399,0,1012 chrI 92310 . G T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.391;DP=144;Dels=0.00;FS=2.117;HaplotypeScore=8.4194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.636;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,41:144:99:514,0,1510 chrI 92368 . A T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.612;DP=158;Dels=0.00;FS=6.401;HaplotypeScore=24.8500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=3.56;ReadPosRankSum=2.075;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,52:158:99:592,0,1807 chrI 92532 . C T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.616;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:289,0,772 chrI 92703 . G T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=104;Dels=0.00;FS=5.090;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,35:104:99:466,0,1225 chrI 92722 . G A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.829;DP=111;Dels=0.00;FS=10.154;HaplotypeScore=17.0413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.423;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,33:111:99:316,0,1385 chrI 92724 . T G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.727;DP=113;Dels=0.03;FS=3.978;HaplotypeScore=12.8972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.229;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,31:110:99:274,0,1596 chrI 92769 . T C 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=139;Dels=0.00;FS=3.316;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.083;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,48:139:99:740,0,1521 chrI 92841 . G A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.230;DP=108;Dels=0.00;FS=3.822;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=7.50;ReadPosRankSum=2.104;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:108:99:840,0,934 chrI 92866 . G C 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=95;Dels=0.00;FS=8.884;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,23:95:99:218,0,1423 chrI 92891 . C T 1236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=87;Dels=0.00;FS=18.522;HaplotypeScore=5.1436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.622;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,64:87:99:1266,0,280 chrI 92913 . A T 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.718;DP=79;Dels=0.00;FS=6.973;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,20:79:99:171,0,1180 chrI 93281 . C T 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DP=48;Dels=0.00;FS=1.190;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:260,0,421 chrI 93341 . G A 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DP=47;Dels=0.00;FS=9.889;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.427;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,12:47:99:166,0,516 chrI 93563 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.876;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:527,0,169 chrI 93674 . A G 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=65;Dels=0.00;FS=7.874;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.307;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,18:65:99:140,0,746 chrI 93789 . T A 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=15.09;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:999,114,0 chrI 94034 . A C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;DP=106;Dels=0.00;FS=2.123;HaplotypeScore=10.5316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,21:106:99:202,0,1478 chrI 94267 . T A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=112;Dels=0.00;FS=12.255;HaplotypeScore=6.5474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.843;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,32:112:99:520,0,1321 chrI 94285 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.423;DP=110;Dels=0.00;FS=2.568;HaplotypeScore=6.6312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,40:110:99:567,0,1375 chrI 94472 . G A 4810.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=19.40;SB=-2.561e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,246:248:99:4810,546,0 chrI 94488 . A G 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.094;DP=248;Dels=0.00;FS=7.614;HaplotypeScore=30.2597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,83:248:99:840,0,3011 chrI 94612 . A T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=122;Dels=0.00;FS=6.433;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,38:122:99:495,0,1577 chrI 94658 . T A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.844;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.789;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,28:103:99:392,0,985 chrI 94682 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=115;Dels=0.00;FS=3.726;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,38:115:99:494,0,1331 chrI 94699 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=132;Dels=0.00;FS=0.727;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,44:132:99:595,0,1278 chrI 94767 . C G 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=225;Dels=0.00;FS=2.554;HaplotypeScore=26.4492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.201;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,76:225:99:914,0,2231 chrI 94863 . A G 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.639;DP=252;Dels=0.00;FS=0.488;HaplotypeScore=6.5018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.596;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,87:252:99:1207,0,3003 chrI 94915 . A G 1710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DP=136;Dels=0.00;FS=1.462;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.326;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.393;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,91:136:99:1740,0,607 chrI 95018 . T C 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;DP=95;Dels=0.00;FS=4.012;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.377;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,58:95:99:925,0,506 chrI 95043 . A T 1175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=118;Dels=0.00;FS=0.751;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.253;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,75:118:99:1205,0,673 chrI 95055 . G A 1148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.818;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.028;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,81:121:99:1178,0,541 chrI 95058 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=125;Dels=0.00;FS=2.634;HaplotypeScore=3.3927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=4.527;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,40:125:99:620,0,950 chrI 95073 . T A 1212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;DP=129;Dels=0.00;FS=2.668;HaplotypeScore=6.9189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.745;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,86:129:99:1242,0,607 chrI 95116 . T C 1194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.080;DP=140;Dels=0.00;FS=1.737;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.900;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,97:140:99:1224,0,569 chrI 95139 . G A 1740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=162;Dels=0.00;FS=4.983;HaplotypeScore=7.8309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.935;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,121:162:99:1770,0,502 chrI 95169 . G A 2128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.636;DP=183;Dels=0.00;FS=7.368;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=11.63;ReadPosRankSum=2.490;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,128:183:99:2158,0,686 chrI 95190 . T C 1750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.863;DP=181;Dels=0.00;FS=4.682;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=9.67;ReadPosRankSum=2.032;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,123:181:99:1780,0,827 chrI 95238 . A T 1795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;DP=172;Dels=0.01;FS=5.085;HaplotypeScore=13.2867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.622;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,109:171:99:1825,0,1038 chrI 95327 . C T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=122;Dels=0.00;FS=8.012;HaplotypeScore=4.8654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,33:122:99:241,0,1507 chrI 95373 . G A 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.544;DP=98;Dels=0.00;FS=13.393;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.438;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.955;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,28:98:99:142,0,1097 chrI 95376 . T C 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.257;DP=98;Dels=0.00;FS=11.443;HaplotypeScore=4.2571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-5.312;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.498;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,28:98:87:87,0,1133 chrI 95388 . A G 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;DP=94;Dels=0.00;FS=16.707;HaplotypeScore=5.7650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-6.508;QD=0.19;ReadPosRankSum=1.768;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,29:94:48:48,0,1044 chrI 95391 . T C 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=88;Dels=0.00;FS=20.780;HaplotypeScore=6.5536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-6.225;QD=0.47;ReadPosRankSum=2.015;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:88:71:71,0,970 chrI 95412 . G C 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=87;Dels=0.00;FS=8.617;HaplotypeScore=9.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.475;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.913;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,26:87:84:84,0,1008 chrI 95448 . G A 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=105;Dels=0.00;FS=2.841;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.408;QD=2.44;ReadPosRankSum=-2.237;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,31:105:99:286,0,1304 chrI 95552 . G C 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=224;Dels=0.00;FS=5.890;HaplotypeScore=15.9820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.656;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,82:224:99:1013,0,2531 chrI 95702 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DP=113;Dels=0.00;FS=1.940;HaplotypeScore=8.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.092;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,34:113:99:472,0,1503 chrI 95748 . C A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=121;Dels=0.00;FS=4.285;HaplotypeScore=10.0513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.306;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,28:121:99:190,0,1715 chrI 96044 . T C 558.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DP=185;Dels=0.00;FS=0.684;HaplotypeScore=101.3110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,54:185:99:588,0,2193 chrI 96047 . C A 652.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.085;DP=187;Dels=0.00;FS=4.302;HaplotypeScore=102.1257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,51:187:99:682,0,2312 chrI 96049 . G A 1372.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.013;DP=189;Dels=0.00;FS=1.983;HaplotypeScore=96.4560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,86:189:99:1402,0,1779 chrI 96079 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.240;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,47:160:99:521,0,1997 chrI 96092 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.801;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.709;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,49:152:99:614,0,1808 chrI 96673 . A T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.794;DP=94;Dels=0.00;FS=1.712;HaplotypeScore=11.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:485,0,1088 chrI 96942 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;DP=81;Dels=0.00;FS=4.510;HaplotypeScore=7.5413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.276;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:81:99:355,0,789 chrI 97417 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.526;DP=91;Dels=0.00;FS=4.149;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.526;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:91:99:461,0,996 chrI 97846 . C T 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;DP=114;Dels=0.00;FS=2.686;HaplotypeScore=10.5645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,34:114:99:345,0,1240 chrI 98097 . T C 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;DP=74;Dels=0.00;FS=8.092;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=2.09;ReadPosRankSum=2.360;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,16:74:99:185,0,997 chrI 98408 . A T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:88:99:454,0,957 chrI 98419 . A T 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;DP=90;Dels=0.00;FS=4.047;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.149;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,55:90:99:918,0,583 chrI 98636 . A T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DP=74;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:74:99:402,0,874 chrI 98885 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.247;DP=156;Dels=0.00;FS=5.228;HaplotypeScore=21.7939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,51:156:99:645,0,1791 chrI 98902 . A C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.459;DP=141;Dels=0.00;FS=9.008;HaplotypeScore=15.5987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.417;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,39:141:99:324,0,1861 chrI 99257 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=115;Dels=0.00;FS=2.865;HaplotypeScore=10.0412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.046;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.530;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,30:115:99:321,0,1205 chrI 99269 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=105;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.947;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.583;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,27:105:99:297,0,1163 chrI 99440 . C T 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.251;DP=67;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=8.5086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.551;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:67:99:211,0,618 chrI 99471 . A G 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:902,108,0 chrI 99482 . G A 68.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;DP=62;Dels=0.00;FS=6.123;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,16:62:98:98,0,616 chrI 99574 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,35:94:99:281,0,971 chrI 99606 . T A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=82;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=9.5511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.879;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:82:99:430,0,886 chrI 99743 . G C 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=63;Dels=0.00;FS=10.114;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.938;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,18:63:99:217,0,713 chrI 99929 . A G 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.845;DP=84;Dels=0.00;FS=1.180;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.343;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,55:84:99:851,0,424 chrI 100000 . A T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=112;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=38.7266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.415;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,34:112:99:291,0,781 chrI 100063 . A T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.949;DP=72;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:194,0,652 chrI 100273 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.159;DP=90;Dels=0.00;FS=2.058;HaplotypeScore=8.1628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.480;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:90:99:478,0,797 chrI 101583 . A T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=71;Dels=0.00;FS=1.224;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.614;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:332,0,794 chrI 101793 . G A 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.652;DP=169;Dels=0.00;FS=2.012;HaplotypeScore=9.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=5.01;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,59:169:99:877,0,1803 chrI 102345 . C T 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DP=106;Dels=0.00;FS=1.650;HaplotypeScore=8.1440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,68:106:99:1100,0,558 chrI 102348 . A G 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.264;DP=107;Dels=0.00;FS=0.739;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.599;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,66:107:99:995,0,633 chrI 102420 . C T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=141;Dels=0.00;FS=6.856;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.235;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,55:141:99:547,0,1317 chrI 102483 . G A 950.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.396;DP=167;Dels=0.00;FS=14.128;HaplotypeScore=94.8905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.423;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,69:167:99:980,0,1284 chrI 102486 . G A 1905.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DP=173;Dels=0.00;FS=11.799;HaplotypeScore=104.5764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,123:173:99:1935,0,516 chrI 102489 . A G 477.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.097;DP=173;Dels=0.00;FS=13.530;HaplotypeScore=102.8491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.097;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,44:173:99:507,0,1769 chrI 102606 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=61;Dels=0.00;FS=2.228;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:61:99:329,0,599 chrI 102626 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=59;Dels=0.00;FS=4.088;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.520;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,17:59:99:230,0,629 chrI 102814 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=101;Dels=0.00;FS=22.461;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.867;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,36:101:99:440,0,1156 chrI 102864 . T A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.150;DP=92;Dels=0.00;FS=1.860;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:449,0,758 chrI 102978 . C T 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;DP=53;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=11.2262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.362;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:207,0,473 chrI 103068 . A G 1657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.928;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,114:168:99:1687,0,551 chrI 103110 . C T 1346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=161;Dels=0.00;FS=6.634;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,103:161:99:1376,0,845 chrI 103141 . A G 668.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=101;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=22.7728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.537;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.057;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,61:101:99:698,0,515 chrI 103145 . C T 155.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.967;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.798;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,38:97:99:185,0,1000 chrI 103146 . T C 1491 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=15.69;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1524,180,0 chrI 103170 . T A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DP=72;Dels=0.00;FS=4.845;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.667;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:72:99:235,0,806 chrI 103307 . G T 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=75;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:75:99:770,0,318 chrI 103433 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.632;DP=128;Dels=0.00;FS=10.018;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.932;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,49:128:99:634,0,1108 chrI 103506 . G A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;DP=123;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,26:123:99:225,0,1582 chrI 103724 . T C 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.721;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,54:168:99:718,0,2089 chrI 103782 . T C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.024;DP=191;Dels=0.00;FS=7.018;HaplotypeScore=16.9759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.245;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,54:191:99:672,0,2551 chrI 103866 . G A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=94;Dels=0.00;FS=5.512;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,36:94:99:340,0,992 chrI 103899 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.522;DP=86;Dels=0.00;FS=6.097;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.315;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,28:86:99:336,0,898 chrI 104042 . T G 1866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.371;DP=137;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=6.6178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,103:137:99:1896,0,269 chrI 104161 . C G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.313;DP=99;Dels=0.00;FS=6.583;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.533;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:99:99:577,0,862 chrI 104469 . T C 1254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;DP=114;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=11.2122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.959;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,71:114:99:1284,0,578 chrI 104763 . A C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.926;DP=155;Dels=0.00;FS=1.364;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,50:155:99:553,0,1813 chrI 105028 . C T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.518;DP=93;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=11.2958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=7.74;ReadPosRankSum=-2.469;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,62:93:99:750,0,380 chrI 105132 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=106;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=14.5136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.489;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:565,0,997 chrI 105258 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.598;DP=51;Dels=0.00;FS=2.473;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:267,0,550 chrI 105600 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=69;Dels=0.00;FS=5.567;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.985;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:69:99:257,0,815 chrI 105777 . T G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.920;DP=100;Dels=0.00;FS=7.062;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,34:100:99:396,0,1122 chrI 105783 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=101;Dels=0.00;FS=3.953;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:101:99:410,0,965 chrI 105800 . C A 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=17.85;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1747,198,0 chrI 106085 . T C 1123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=107;Dels=0.00;FS=1.816;HaplotypeScore=4.3343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.502;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.087;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,79:107:99:1153,0,301 chrI 106104 . C T 964.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,97:131:99:994,0,505 chrI 106109 . G A 428.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.221;DP=131;Dels=0.00;FS=3.389;HaplotypeScore=73.2930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.809;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,45:131:99:458,0,1243 chrI 106112 . C T 444.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.566;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.020;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,52:140:99:474,0,1226 chrI 106137 . C G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;DP=160;Dels=0.00;FS=3.004;HaplotypeScore=59.0725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=2.311;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,54:160:99:551,0,1499 chrI 106141 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.634;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=4.395;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,54:172:99:707,0,1490 chrI 106156 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;DP=197;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.642;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,61:197:99:524,0,2145 chrI 106240 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.739;DP=147;Dels=0.00;FS=2.887;HaplotypeScore=8.8244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.404;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,51:147:99:750,0,1948 chrI 106353 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.033;DP=66;Dels=0.00;FS=8.648;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:352,0,775 chrI 106764 . A G 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.358;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:31:58:58,0,355 chrI 106989 . C T 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=37;Dels=0.00;FS=5.701;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.667;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:37:65:65,0,523 chrI 107001 . C T 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DP=29;Dels=0.00;FS=11.831;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.776;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:226,0,264 chrI 107028 . C T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.722;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:247,0,337 chrI 107078 . A G 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:39:99:145,0,449 chrI 107087 . C T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DP=38;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=14.1268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:247,0,341 chrI 107319 . C T 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,11:45:64:64,0,554 chrI 107505 . A G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;DP=52;Dels=0.00;FS=6.830;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.061;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:52:99:196,0,685 chrI 107538 . G A 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=18.54;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1127,132,0 chrI 107970 . A G 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=16.48;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:890,105,0 chrI 108108 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.102;DP=56;Dels=0.00;FS=3.858;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:541,0,271 chrI 108391 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=70;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,20:70:99:194,0,853 chrI 108426 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.619;DP=80;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,25:80:99:389,0,964 chrI 108581 . G T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;DP=76;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=7.4705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:76:99:383,0,730 chrI 108718 . C T 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.365;DP=169;Dels=0.01;FS=1.946;HaplotypeScore=56.0951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.861;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,70:168:99:1169,0,1480 chrI 108810 . A C 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=85;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=10.6321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.421;QD=0.39;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,19:85:63:63,0,1052 chrI 108813 . G A 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=3.897;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.725;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,66:85:78:1074,0,78 chrI 108830 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.463;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.239;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,28:100:99:263,0,1225 chrI 108928 . G A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;DP=55;Dels=0.00;FS=18.880;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:248,0,578 chrI 108995 . T C 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;DP=73;Dels=0.00;FS=11.454;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,17:73:99:155,0,685 chrI 109283 . G A 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.024;DP=45;Dels=0.00;FS=7.944;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,11:45:99:112,0,526 chrI 109447 . G C 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=48;Dels=0.00;FS=4.930;HaplotypeScore=4.7932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:48:99:301,0,442 chrI 109720 . A C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.714;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:224,0,408 chrI 109735 . A G 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=17.72;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:990,117,0 chrI 109795 . A G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=5.17;ReadPosRankSum=2.414;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:78:99:433,0,639 chrI 109887 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DP=126;Dels=0.00;FS=10.078;HaplotypeScore=19.1263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.645;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,34:126:99:412,0,1332 chrI 110014 . T C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.653;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,23:79:99:269,0,952 chrI 110101 . G A 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=22.01;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1838,213,0 chrI 110131 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.180;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,43:124:99:649,0,1448 chrI 110595 . A G 4599.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.430;DP=230;Dels=0.00;FS=17.912;HaplotypeScore=8.4457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=20.00;ReadPosRankSum=4.482;SB=-2.372e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,223:230:99:4599,548,0 chrI 110728 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.699;DP=115;Dels=0.00;FS=1.385;HaplotypeScore=38.1617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=2;MQRankSum=-0.359;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.299;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,28:115:99:257,0,1593 chrI 110856 . T C 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=17.33;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:1939,228,0 chrI 110975 . C A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.498;DP=86;Dels=0.00;FS=2.647;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.222;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:86:99:394,0,894 chrI 110981 . C G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=85;Dels=0.00;FS=4.270;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.092;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,56:85:99:871,0,380 chrI 111180 . T C 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=15.58;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:859,102,0 chrI 111245 . T C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=36;Dels=0.00;FS=2.788;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.080;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:313,0,276 chrI 111344 . A G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=31;Dels=0.00;FS=1.385;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.260;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:303,0,154 chrI 111362 . C T 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=37;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:158,0,408 chrI 111401 . A G 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=16.63;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1014,117,0 chrI 111581 . G A 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=18.81;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:729,87,0 chrI 111655 . G A 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.90;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1057,120,0 chrI 111731 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:50:99:675,0,163 chrI 111881 . A G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:299,0,177 chrI 111983 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;DP=51;Dels=0.00;FS=8.472;HaplotypeScore=19.6386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.759;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:495,0,226 chrI 111986 . T C 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=49;Dels=0.00;FS=15.617;HaplotypeScore=18.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.445;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:49:99:185,0,464 chrI 112117 . C T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=67;Dels=0.00;FS=3.593;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=10.88;ReadPosRankSum=-2.370;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,45:67:99:759,0,277 chrI 112136 . G T 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=17.46;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1133,132,0 chrI 112184 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=44;Dels=0.00;FS=10.712;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,33:44:99:506,0,182 chrI 112207 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;DP=47;Dels=0.00;FS=13.595;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,35:47:99:573,0,173 chrI 112232 . G A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;DP=42;Dels=0.00;FS=10.394;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.459;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,30:42:99:349,0,194 chrI 112339 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.113;DP=52;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=5.8475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,37:52:99:517,0,180 chrI 112373 . C G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=60;Dels=0.00;FS=8.073;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.476;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,43:60:99:620,0,201 chrI 112578 . T C 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=44;Dels=0.00;FS=4.429;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.134;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:106,0,374 chrI 112808 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.938;DP=41;Dels=0.00;FS=5.689;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,30:41:41:559,0,41 chrI 113207 . T C 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=19.73;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:90:763,90,0 chrI 113259 . G T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DP=31;Dels=0.00;FS=6.205;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.838;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:99:197,0,253 chrI 113326 . C G 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=15.60;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:60:501,60,0 chrI 113339 . T A 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=35;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:35:99:136,0,281 chrI 113416 . G A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=51;Dels=0.00;FS=14.867;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:51:99:254,0,444 chrI 113440 . T C 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;DP=39;Dels=0.00;FS=1.378;HaplotypeScore=4.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:119,0,456 chrI 113665 . A G 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.800;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:178,0,476 chrI 113728 . C T 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;DP=45;Dels=0.00;FS=1.335;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:45:99:155,0,445 chrI 113789 . G A 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=20.37;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1235,141,0 chrI 113857 . G C 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=18.88;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:656,78,0 chrI 113890 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.492;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:75:220,0,75 chrI 113907 . C T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,23:32:93:271,0,93 chrI 114070 . T C 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=35;Dels=0.00;FS=1.479;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:145,0,198 chrI 114102 . C T 581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.21;MQ0=0;QD=16.60;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:614,69,0 chrI 114112 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;DP=38;Dels=0.00;FS=1.296;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:323,0,158 chrI 114133 . T C 243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;QD=7.59;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:33:276,33,0 chrI 114148 . T G 169.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=6.04;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:24:202,24,0 chrI 114227 . T C 555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=15.86;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:588,69,0 chrI 114258 . G C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=38;Dels=0.00;FS=3.528;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.020;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:38:99:342,0,109 chrI 114319 . T C 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;DP=41;Dels=0.00;FS=10.321;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.905;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.418;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:99:135,0,473 chrI 114357 . C A 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=33;Dels=0.00;FS=4.179;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.255;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:130,0,359 chrI 114589 . A G 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=20.46;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:790,93,0 chrI 114652 . C T 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.88;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:910,102,0 chrI 114824 . C T 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=20.79;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1197,135,0 chrI 114884 . A G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DP=64;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.992;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:64:99:571,0,255 chrI 114928 . T C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.315;DP=49;Dels=0.00;FS=1.239;HaplotypeScore=5.9222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:390,0,181 chrI 115167 . C T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=48;Dels=0.00;FS=1.404;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.500;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,38:48:87:651,0,87 chrI 115494 . T C 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;DP=51;Dels=0.00;FS=1.380;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,38:51:92:675,0,92 chrI 115512 . G C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,39:51:99:594,0,138 chrI 115590 . G C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;DP=46;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,31:46:99:524,0,223 chrI 115629 . A G 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=53;Dels=0.00;FS=15.372;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=18.64;ReadPosRankSum=2.714;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:1021,120,0 chrI 115665 . C T 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=49;Dels=0.00;FS=4.911;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,14:49:99:138,0,625 chrI 115785 . C T 1308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.493;DP=104;Dels=0.00;FS=4.444;HaplotypeScore=36.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,76:104:99:1338,0,237 chrI 115794 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.754;DP=101;Dels=0.00;FS=4.280;HaplotypeScore=35.7502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.011;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,31:101:99:332,0,1291 chrI 115974 . G A 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=66;Dels=0.00;FS=3.459;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.260;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:320,0,520 chrI 115977 . G A 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=13.22;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:866,105,0 chrI 115998 . T C 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=69;Dels=0.00;FS=3.029;HaplotypeScore=5.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=13.19;ReadPosRankSum=2.379;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:943,111,0 chrI 116037 . A G 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=17.16;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1234,147,0 chrI 116327 . T C 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=9.92;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:90:747,90,0 chrI 116334 . C T 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=8.03;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:75:619,75,0 chrI 116340 . T C 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.682;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:75:628,75,0 chrI 116511 . C T 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=15.66;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1035,117,0 chrI 116526 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=59;Dels=0.00;FS=11.534;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.210;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:434,0,339 chrI 116548 . A G 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:852,102,0 chrI 116850 . T A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:311,0,437 chrI 117063 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.234;DP=87;Dels=0.00;FS=1.011;HaplotypeScore=13.0163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.463;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.812;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,27:87:99:382,0,1147 chrI 117504 . A C 4015.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=198;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=20.28;ReadPosRankSum=1.714;SB=-2.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,196:198:99:4015,479,0 chrI 117510 . C T 3888.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=20.15;SB=-2.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,193:193:99:3888,459,0 chrI 117669 . C T 3213.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=19.48;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:3247,378,0 chrI 117678 . G A 2972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=18.35;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:162:99:3005,348,0 chrI 117940 . C T 3470.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=18.76;SB=-1.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,185:185:99:3470,390,0 chrI 118143 . T C 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.06;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1634,192,0 chrI 118332 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.376;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:439,0,334 chrI 118723 . A G 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.580;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.084;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:99:232,0,789 chrI 118765 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.029;DP=71;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=2.5787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.481;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:450,0,797 chrI 118822 . T C 1178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=102;Dels=0.00;FS=12.795;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.383;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,73:102:99:1208,0,334 chrI 118997 . G A 1026.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,71:113:99:1056,0,584 chrI 119050 . C T 1616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;DP=128;Dels=0.00;FS=7.203;HaplotypeScore=8.2407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.594;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,89:128:99:1646,0,491 chrI 119167 . C G 1313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=126;Dels=0.00;FS=4.665;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,74:126:99:1343,0,785 chrI 119242 . C T 1882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=168;Dels=0.00;FS=0.621;HaplotypeScore=16.0819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=11.20;ReadPosRankSum=-2.146;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,116:168:99:1912,0,770 chrI 119344 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DP=145;Dels=0.00;FS=3.104;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.432;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,56:145:99:698,0,1538 chrI 119350 . A G 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.151;DP=144;Dels=0.00;FS=3.175;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.276;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,55:144:99:773,0,1430 chrI 119387 . C T 1229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DP=113;Dels=0.00;FS=3.014;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,76:113:99:1259,0,462 chrI 119460 . G A 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=60;Dels=0.00;FS=15.641;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:521,0,360 chrI 119605 . C T 1379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.255;DP=167;Dels=0.00;FS=18.783;HaplotypeScore=7.4133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.446;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,97:167:99:1409,0,948 chrI 119659 . T G 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.629;DP=113;Dels=0.00;FS=2.898;HaplotypeScore=11.4939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.274;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:113:99:795,0,751 chrI 119951 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=61;Dels=0.00;FS=22.261;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:409,0,658 chrI 120093 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.707;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.729;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,42:151:99:567,0,1849 chrI 120274 . T G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.051;DP=72;Dels=0.00;FS=2.058;HaplotypeScore=19.1123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.031;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:72:99:381,0,753 chrI 120281 . A G 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.209;DP=71;Dels=0.00;FS=1.024;HaplotypeScore=21.9884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.079;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,19:71:99:131,0,1014 chrI 120347 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DP=101;Dels=0.00;FS=8.461;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.866;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,34:101:99:350,0,973 chrI 120378 . G A 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.228;DP=111;Dels=0.00;FS=1.692;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.992;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,67:111:99:870,0,565 chrI 120473 . T C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=65;Dels=0.00;FS=6.024;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.069;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,49:65:99:719,0,222 chrI 120818 . C T 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:185,0,386 chrI 121189 . C T 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.285;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:32:95:95,0,484 chrI 121280 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,25:79:99:328,0,770 chrI 121421 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.411;DP=78;Dels=0.00;FS=15.728;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.156;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,25:78:99:314,0,1087 chrI 121453 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.701;DP=80;Dels=0.00;FS=7.742;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:80:99:425,0,885 chrI 121488 . G A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DP=74;Dels=0.00;FS=0.980;HaplotypeScore=10.6314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,21:74:99:258,0,909 chrI 121534 . C T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=53;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.467;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:99:194,0,623 chrI 121560 . G A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;DP=58;Dels=0.00;FS=3.941;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:58:99:230,0,672 chrI 121778 . T C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;DP=47;Dels=0.00;FS=11.845;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.364;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:272,0,538 chrI 121907 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;DP=68;Dels=0.00;FS=2.067;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.552;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.509;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:343,0,604 chrI 121957 . C T 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.425;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,47:68:99:855,0,274 chrI 122045 . T C 214.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;DP=70;Dels=0.00;FS=10.270;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.274;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,17:70:99:244,0,980 chrI 122147 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=72;Dels=0.00;FS=3.464;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.266;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:72:99:329,0,852 chrI 122176 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=77;Dels=0.00;FS=5.047;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:441,0,874 chrI 122202 . T A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=68;Dels=0.00;FS=2.201;HaplotypeScore=5.9072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.042;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:68:99:323,0,757 chrI 122204 . G T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=70;Dels=0.00;FS=3.451;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:70:99:273,0,771 chrI 122882 . A G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=120;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=12.7634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,34:120:99:432,0,1540 chrI 122940 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=119;Dels=0.00;FS=3.611;HaplotypeScore=8.7242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.871;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,40:119:99:514,0,1552 chrI 123008 . G C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=64;Dels=0.00;FS=5.797;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:64:99:294,0,613 chrI 123047 . T A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=57;Dels=0.00;FS=4.051;HaplotypeScore=5.9195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.177;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:285,0,547 chrI 123059 . C T 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.066;DP=49;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=8.2626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.252;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:49:99:186,0,486 chrI 123074 . A G 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DP=39;Dels=0.00;FS=7.144;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.487;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:160,0,440 chrI 123457 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.081;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.354;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,27:86:99:467,0,1113 chrI 123707 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.707;DP=152;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=19.8442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.675;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,36:152:99:323,0,2058 chrI 123855 . T C 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.613;DP=141;Dels=0.00;FS=1.435;HaplotypeScore=15.0719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.688;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,51:141:99:791,0,1333 chrI 123995 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.728;DP=145;Dels=0.00;FS=9.748;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.021;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,45:145:99:619,0,1602 chrI 124373 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=114;Dels=0.00;FS=2.943;HaplotypeScore=5.0544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,31:114:99:343,0,1192 chrI 124375 . T A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.060;DP=115;Dels=0.00;FS=2.962;HaplotypeScore=5.8431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,32:115:99:365,0,1344 chrI 124452 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;DP=146;Dels=0.00;FS=7.579;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,39:146:99:402,0,1696 chrI 124494 . C A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.626;DP=126;Dels=0.00;FS=3.629;HaplotypeScore=8.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.569;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,40:126:99:579,0,1352 chrI 124567 . T G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.717;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,36:111:99:556,0,1488 chrI 124646 . C A 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.100;DP=111;Dels=0.00;FS=4.576;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.622;QD=0.16;ReadPosRankSum=-1.887;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,27:111:48:48,0,1750 chrI 124671 . A G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=114;Dels=0.00;FS=3.423;HaplotypeScore=8.5147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.565;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.424;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,29:114:59:59,0,1537 chrI 124719 . A C 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.371;DP=100;Dels=0.00;FS=2.802;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.494;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.004;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,65:100:99:985,0,637 chrI 124775 . G A 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.653;DP=98;Dels=0.00;FS=12.439;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.353;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,65:98:99:1144,0,419 chrI 125133 . A G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=63;Dels=0.00;FS=7.501;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.663;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,42:63:99:747,0,265 chrI 125151 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:273,0,608 chrI 125548 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=71;Dels=0.00;FS=4.919;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.524;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,25:71:99:302,0,830 chrI 125610 . G A 1485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=112;Dels=0.00;FS=3.906;HaplotypeScore=5.9000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=13.26;ReadPosRankSum=-1.224;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,77:112:99:1515,0,456 chrI 125674 . T C 1379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;DP=119;Dels=0.00;FS=2.832;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.164;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,82:119:99:1409,0,559 chrI 125793 . A T 1138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DP=87;Dels=0.00;FS=3.611;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.124;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,62:87:99:1168,0,258 chrI 126255 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.613;DP=115;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=10.7380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.370;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,31:115:99:309,0,1355 chrI 126258 . G A 1292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.089;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.237;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,85:119:99:1322,0,434 chrI 126462 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=120;Dels=0.00;FS=0.739;HaplotypeScore=7.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.083;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.154;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,71:120:99:867,0,639 chrI 126468 . A G 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.298;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.897;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.373;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,68:114:99:682,0,818 chrI 126483 . G A 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DP=106;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.359;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,66:106:99:662,0,580 chrI 126501 . T C 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=128;Dels=0.00;FS=1.764;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.039;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,77:128:99:852,0,719 chrI 126600 . G A 2062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=19.27;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2095,237,0 chrI 126835 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;DP=205;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=14.2854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,54:205:99:661,0,2622 chrI 126902 . C G 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=11.00;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:924,114,0 chrI 127011 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=97;Dels=0.00;FS=3.972;HaplotypeScore=7.8543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:634,0,688 chrI 127038 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.514;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.009;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,47:110:99:614,0,902 chrI 127227 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;DP=81;Dels=0.00;FS=5.110;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.111;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,22:81:99:334,0,935 chrI 127274 . C G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=50;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,35:50:99:509,0,201 chrI 127396 . C T 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;DP=53;Dels=0.00;FS=6.248;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.412;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,15:53:99:134,0,698 chrI 127533 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;DP=49;Dels=0.00;FS=11.031;HaplotypeScore=4.3359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:49:99:210,0,479 chrI 127572 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=53;Dels=0.00;FS=2.503;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:99:156,0,652 chrI 127881 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=59;Dels=0.00;FS=2.896;HaplotypeScore=5.7707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:59:99:250,0,748 chrI 127902 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=66;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=5.7377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,18:66:99:211,0,806 chrI 128001 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=85;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.987;QD=3.60;ReadPosRankSum=-2.576;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,28:85:99:336,0,943 chrI 128423 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.311;DP=110;Dels=0.00;FS=6.299;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=3.34;ReadPosRankSum=2.209;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,34:110:99:397,0,1286 chrI 128435 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=114;Dels=0.00;FS=4.440;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.931;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.118;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,36:114:99:433,0,1252 chrI 128455 . G T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,39:117:99:478,0,1440 chrI 128589 . T A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;DP=65;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=6.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.954;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:270,0,652 chrI 128608 . G T 183.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=65;Dels=0.00;FS=6.656;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.254;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:65:99:213,0,616 chrI 128648 . C T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:289,0,532 chrI 128756 . T G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=80;Dels=0.00;FS=15.071;HaplotypeScore=12.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,26:80:99:423,0,827 chrI 128843 . T C 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=59;Dels=0.00;FS=2.369;HaplotypeScore=10.4843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.312;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:99:156,0,619 chrI 128864 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.004;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.607;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:52:99:255,0,538 chrI 128911 . C A 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:38:99:172,0,368 chrI 129067 . T G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.556;DP=56;Dels=0.00;FS=6.832;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.493;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:56:99:312,0,277 chrI 129075 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.526;DP=56;Dels=0.00;FS=14.823;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:56:99:385,0,318 chrI 129382 . T G 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.322;DP=35;Dels=0.00;FS=1.640;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.906;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:35:99:169,0,528 chrI 129476 . A G 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=18.88;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:845,102,0 chrI 129517 . T C 805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=17.89;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:838,99,0 chrI 129537 . C T 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=46;Dels=0.00;FS=1.564;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=1.78;ReadPosRankSum=2.196;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:46:99:112,0,532 chrI 129572 . C A 216.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.757;DP=42;Dels=0.00;FS=6.544;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.744;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:246,0,377 chrI 129731 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=2.83;ReadPosRankSum=2.570;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:52:99:177,0,477 chrI 130153 . A G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=52;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.201;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:52:99:174,0,545 chrI 130254 . T C 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=21.86;ReadPosRankSum=1.436;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:93:798,93,0 chrI 130292 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.140;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,28:39:99:415,0,122 chrI 130362 . C T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=11.73;ReadPosRankSum=-1.915;SB=-2.517e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,28:33:36:417,0,36 chrI 130455 . A G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=44;Dels=0.00;FS=2.675;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:184,0,438 chrI 130639 . G A 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.479;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:45:99:127,0,465 chrI 130776 . C G 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=21.82;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1342,159,0 chrI 130975 . G A 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=18.31;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:912,105,0 chrI 131539 . C T 489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=15.28;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:522,60,0 chrI 131635 . T C 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=63;Dels=0.00;FS=7.200;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=10.06;ReadPosRankSum=2.069;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:63:99:664,0,338 chrI 131980 . C T 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=15.89;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:72:99:1177,132,0 chrI 132189 . A C 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.79;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:81:694,81,0 chrI 132423 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=58;Dels=0.00;FS=1.400;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,40:58:99:439,0,296 chrI 132468 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;DP=45;Dels=0.00;FS=4.570;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.324;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,35:45:99:429,0,123 chrI 132618 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=3.327;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.524;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:61:99:677,0,348 chrI 132723 . G A 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.551;DP=72;Dels=0.00;FS=5.051;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.088;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,48:72:99:785,0,352 chrI 132831 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;DP=31;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:269,0,236 chrI 132928 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;DP=72;Dels=0.00;FS=5.284;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:443,0,797 chrI 132978 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;DP=119;Dels=0.00;FS=5.895;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,48:119:99:606,0,1209 chrI 132994 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.752;DP=115;Dels=0.01;FS=3.472;HaplotypeScore=11.4608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,47:114:99:672,0,1077 chrI 133080 . A G 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=20.20;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1710,204,0 chrI 133083 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.395;DP=83;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.611;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:83:99:436,0,973 chrI 133134 . C T 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=20.15;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1726,198,0 chrI 133174 . G A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=71;Dels=0.00;FS=2.568;HaplotypeScore=9.6649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.800;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,51:71:99:941,0,249 chrI 133231 . G T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=60;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:60:99:234,0,685 chrI 133346 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.252;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:478,0,560 chrI 133347 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.260;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.721;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:428,0,620 chrI 133360 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;DP=81;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=1.197;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:589,0,493 chrI 133374 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.055;DP=72;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.720;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:370,0,493 chrI 133425 . G C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;DP=91;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=6.5509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:487,0,635 chrI 133429 . T G 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=17.68;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1677,195,0 chrI 133615 . G A 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.202;DP=92;Dels=0.00;FS=4.332;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,65:92:99:953,0,313 chrI 133640 . A G 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=18.18;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1851,219,0 chrI 133749 . G A 2076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=19.77;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2109,240,0 chrI 133857 . G A 2221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.19;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:110:99:2254,258,0 chrI 134190 . G A 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=176;Dels=0.00;FS=2.035;HaplotypeScore=4.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.191;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,66:176:99:1038,0,2052 chrI 134219 . C T 1973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=159;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=1.927;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.377;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,103:159:99:2003,0,952 chrI 134414 . A G 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.811;DP=128;Dels=0.00;FS=3.308;HaplotypeScore=8.9037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.042;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,53:128:99:755,0,1156 chrI 134475 . T C 2851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=18.88;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2884,342,0 chrI 134531 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.166;DP=135;Dels=0.00;FS=0.690;HaplotypeScore=12.1421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,45:135:99:657,0,1378 chrI 134587 . G A 1995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.335;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2028,234,0 chrI 134604 . A G 1900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=19.19;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:1933,231,0 chrI 134639 . G A 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DP=109;Dels=0.00;FS=10.245;HaplotypeScore=13.0885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,69:109:99:1038,0,468 chrI 134661 . G A 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.996;DP=96;Dels=0.00;FS=24.257;HaplotypeScore=9.0948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=2.892;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,62:96:99:871,0,427 chrI 135181 . C T 3069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.08;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3102,351,0 chrI 135222 . G A 2367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.76;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2400,273,0 chrI 135325 . G C 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.54;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2108,249,0 chrI 135417 . T A 2772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=21.66;SB=-1.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2805,315,0 chrI 135714 . T A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=172;Dels=0.00;FS=2.840;HaplotypeScore=11.4390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.828;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,62:172:99:767,0,1957 chrI 135758 . A G 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;DP=291;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=44.9983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,98:291:99:1265,0,3161 chrI 135827 . G A 2636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DP=226;Dels=0.00;FS=7.913;HaplotypeScore=24.8578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,155:226:99:2666,0,1045 chrI 135952 . C T 2143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.22;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2176,258,0 chrI 136041 . G A 2055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=166;Dels=0.00;FS=1.287;HaplotypeScore=5.1681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=12.38;ReadPosRankSum=1.332;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,112:166:99:2085,0,791 chrI 136057 . A G 1977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.051;DP=183;Dels=0.00;FS=1.274;HaplotypeScore=9.6923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.104;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,125:183:99:2007,0,859 chrI 136153 . C G 1320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=160;Dels=0.00;FS=1.615;HaplotypeScore=16.8037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.890;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,90:160:99:1350,0,804 chrI 136160 . C T 3041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.89;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3074,351,0 chrI 136195 . C T 1515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;DP=188;Dels=0.00;FS=2.846;HaplotypeScore=16.0280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,123:188:99:1545,0,856 chrI 136324 . G A 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.404;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.473;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,50:158:99:812,0,1816 chrI 136666 . G T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;DP=144;Dels=0.00;FS=14.512;HaplotypeScore=16.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,57:144:99:652,0,1235 chrI 136667 . G A 1204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.376;DP=144;Dels=0.00;FS=12.708;HaplotypeScore=16.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.284;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,89:144:99:1234,0,589 chrI 136814 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DP=70;Dels=0.00;FS=3.209;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.804;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:643,0,544 chrI 136961 . T C 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.982;DP=83;Dels=0.00;FS=8.276;HaplotypeScore=8.2425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.458;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,52:83:99:1001,0,490 chrI 137063 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;DP=107;Dels=0.00;FS=6.514;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,43:107:99:494,0,1213 chrI 137074 . G C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=101;Dels=0.00;FS=1.809;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.644;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,30:101:99:456,0,1283 chrI 137148 . C G 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=105;Dels=0.00;FS=7.532;HaplotypeScore=9.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.930;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.484;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,67:105:99:1077,0,541 chrI 137167 . C A 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.886;DP=122;Dels=0.00;FS=4.101;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,80:122:99:1250,0,666 chrI 137237 . G A 1635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=170;Dels=0.00;FS=6.871;HaplotypeScore=7.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.822;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.067;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,116:170:99:1665,0,815 chrI 137264 . A G 1991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;DP=169;Dels=0.00;FS=4.269;HaplotypeScore=5.0527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.797;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,113:169:99:2021,0,827 chrI 137336 . A G 2317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=115;Dels=0.00;FS=6.448;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=20.15;ReadPosRankSum=2.321;SB=-1.369e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:2350,279,0 chrI 137537 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.331;DP=148;Dels=0.00;FS=8.067;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.368;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,48:148:99:638,0,1807 chrI 137942 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=153;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,49:153:99:644,0,1655 chrI 138112 . T A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;DP=106;Dels=0.00;FS=7.412;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,28:106:99:309,0,1354 chrI 138257 . G A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;DP=81;Dels=0.00;FS=5.135;HaplotypeScore=7.5568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=2.37;ReadPosRankSum=-3.277;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,21:81:99:222,0,1089 chrI 138499 . G A 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=18.96;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1038,117,0 chrI 138591 . A G 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.74;MQ0=0;QD=17.12;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1368,159,0 chrI 138650 . A G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=91;Dels=0.00;FS=4.150;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.694;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1064,129,0 chrI 138655 . G A 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.75;MQ0=0;QD=12.33;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1081,126,0 chrI 138666 . A G 1009 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=11.60;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1042,123,0 chrI 138667 . A G 1008 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=11.59;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1041,123,0 chrI 138668 . T G 1021 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=11.74;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1054,123,0 chrI 138669 . T C 1028 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=11.82;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1061,123,0 chrI 138770 . A G 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=3.2489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.540;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1213,144,0 chrI 138780 . C T 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=13.70;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:910,111,0 chrI 138785 . C T 705 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=11.56;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:90:738,90,0 chrI 138791 . T C 489 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=8.89;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:63:522,63,0 chrI 138793 . T C 476 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=8.65;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:60:509,60,0 chrI 138806 . A T 425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.31;MQ0=0;QD=8.33;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:54:458,54,0 chrI 138807 . G A 499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=9.60;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:63:532,63,0 chrI 138823 . A G 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=52;Dels=0.00;FS=3.096;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.32;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=8.83;ReadPosRankSum=2.355;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:57:492,57,0 chrI 138824 . T C 462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.52;MQ0=0;QD=9.24;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:57:495,57,0 chrI 139045 . C G 2502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=21.03;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2535,303,0 chrI 139073 . G A 1735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=19.49;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1768,201,0 chrI 139107 . T A 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=73;Dels=0.00;FS=17.512;HaplotypeScore=47.2395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.90;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=0.18;ReadPosRankSum=-2.163;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,8:73:43:43,0,702 chrI 139123 . T C 738 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=73;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.683;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:93:771,93,0 chrI 139128 . G A 188.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.994;DP=79;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.390;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.489;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,26:79:99:218,0,506 chrI 139132 . A T 925 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=11.71;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:958,111,0 chrI 139199 . T A 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=17.75;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1009,114,0 chrI 139277 . T C 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=17.47;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1343,159,0 chrI 139311 . T C 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=97;Dels=0.00;FS=10.815;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=15.36;ReadPosRankSum=2.398;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:97:99:1523,180,0 chrI 139313 . T G 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;DP=99;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.228;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,32:99:99:175,0,1020 chrI 139692 . G A 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=15.96;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1102,132,0 chrI 140418 . G A 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.46;MQ0=11;MQRankSum=-2.070;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.880;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:100,0,268 chrI 140451 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.73;MQ0=3;MQRankSum=3.835;QD=7.02;ReadPosRankSum=-2.049;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:402,0,258 chrI 140526 . C T 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=41;Dels=0.00;FS=8.087;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.46;MQ0=6;MQRankSum=-4.021;QD=0.30;ReadPosRankSum=-1.959;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:41:42:42,0,389 chrI 141030 . T A 794 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.383;QD=20.36;ReadPosRankSum=2.314;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:93:827,93,0 chrI 141135 . A T 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.55;MQ0=1;QD=22.44;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1851,216,0 chrI 141180 . G A 1625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.85;MQ0=2;QD=13.43;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:1658,201,0 chrI 141184 . G C 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=2;QD=15.61;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:1938,231,0 chrI 141342 . A G 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=84;Dels=0.00;FS=2.659;HaplotypeScore=1.9532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=22.43;ReadPosRankSum=1.863;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1917,204,0 chrI 141508 . T C 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.866;DP=236;Dels=0.00;FS=2.536;HaplotypeScore=4.3359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=3.170;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,66:236:99:909,0,2883 chrI 141723 . T C 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DP=165;Dels=0.00;FS=6.529;HaplotypeScore=12.2328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.325;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,61:165:99:725,0,1402 chrI 141802 . C T 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=18.30;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1570,183,0 chrI 141835 . A G 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=20.13;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1261,150,0 chrI 141913 . C T 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=11.72;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:66:584,66,0 chrI 141984 . T C 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=21.09;ReadPosRankSum=1.681;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1467,171,0 chrI 142162 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.451;DP=96;Dels=0.00;FS=6.766;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.712;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,34:96:99:455,0,1176 chrI 142310 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.593;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,31:106:99:210,0,907 chrI 142549 . A C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;DP=188;Dels=0.00;FS=2.078;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,52:188:99:734,0,1967 chrI 143085 . T C 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=18.76;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1065,129,0 chrI 143622 . A G 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=145;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=6.1893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=8.14;ReadPosRankSum=-2.080;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,93:145:99:1211,0,787 chrI 143638 . C A 1423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=149;Dels=0.00;FS=4.126;HaplotypeScore=6.7384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=9.55;ReadPosRankSum=-2.156;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,94:149:99:1453,0,806 chrI 143679 . G A 2974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=18.94;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:3007,360,0 chrI 143806 . T C 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=76;Dels=0.00;FS=8.463;HaplotypeScore=5.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=17.87;ReadPosRankSum=2.320;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1391,165,0 chrI 143852 . T C 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=16.90;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1250,150,0 chrI 144684 . T C 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.700;DP=95;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=9.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:870,0,620 chrI 144826 . C G 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=19.20;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:1876,222,0 chrI 145429 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.010;DP=125;Dels=0.00;FS=0.731;HaplotypeScore=12.7880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.135;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,40:125:99:490,0,1513 chrI 145634 . T C 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=19.38;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1409,171,0 chrI 145720 . G A 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=122;Dels=0.00;FS=0.734;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.932;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,81:122:99:1134,0,614 chrI 145744 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DP=125;Dels=0.00;FS=2.483;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,45:125:99:618,0,1443 chrI 146021 . C G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=107;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=4.1929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.514;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,37:107:99:485,0,1054 chrI 146535 . G T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.816;DP=120;Dels=0.00;FS=3.539;HaplotypeScore=5.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.017;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,41:120:99:651,0,1379 chrI 146659 . A G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;DP=112;Dels=0.00;FS=3.625;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.999;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,41:112:99:592,0,1166 chrI 146738 . A G 1206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.840;DP=108;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=11.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.411;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.740;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,72:108:99:1236,0,512 chrI 146820 . T C 2534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.27;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2567,300,0 chrI 147414 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;DP=90;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.747;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,31:90:99:485,0,1178 chrI 147507 . G T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.575;DP=99;Dels=0.00;FS=3.898;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.183;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,37:99:99:631,0,1091 chrI 147598 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;DP=230;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=12.0682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.958;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,68:230:99:525,0,3036 chrI 147607 . T A 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=256;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=16.6677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.580;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,68:256:99:823,0,3021 chrI 147655 . G C 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DP=204;Dels=0.00;FS=1.313;HaplotypeScore=20.3064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,64:204:99:743,0,2141 chrI 147717 . T A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.143;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,36:111:99:462,0,1208 chrI 147726 . A G 2286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.97;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:2319,270,0 chrI 147759 . T A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=87;Dels=0.00;FS=5.741;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:87:99:381,0,914 chrI 147785 . C G 1122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=103;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,70:103:99:1152,0,317 chrI 148146 . A T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.440;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,41:143:99:570,0,1886 chrI 148886 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.524;DP=130;Dels=0.00;FS=4.713;HaplotypeScore=12.9194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,39:130:99:512,0,1574 chrI 149268 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.309;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:392,0,239 chrI 149307 . T C 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=16.80;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:873,105,0 chrI 149467 . C T 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=64;Dels=0.00;FS=16.289;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,18:64:99:165,0,633 chrI 149594 . T C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:264,0,210 chrI 149773 . C T 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=18.72;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1250,144,0 chrI 149796 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DP=58;Dels=0.00;FS=2.915;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.175;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:461,0,333 chrI 149803 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=63;Dels=0.00;FS=6.572;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.016;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.394;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:63:99:433,0,383 chrI 149913 . C A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=61;Dels=0.00;FS=9.522;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=2.209;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,42:61:99:724,0,279 chrI 149973 . A G 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=75;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,54:75:99:1009,0,176 chrI 150303 . G A 2209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=19.38;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2242,252,0 chrI 150921 . G A 1987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.097;DP=161;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=15.2224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,115:161:99:2017,0,583 chrI 151010 . C T 1777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=139;Dels=0.00;FS=1.589;HaplotypeScore=13.5130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,103:139:99:1807,0,374 chrI 151332 . A C 906.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=11.92;ReadPosRankSum=1.464;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,55:76:99:936,0,235 chrI 151450 . A T 528.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.544;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:40:63:558,0,63 chrI 151453 . G A 547.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.551;QD=14.03;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:67:577,0,67 chrI 151460 . G C 367.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.64;MQ0=0;MQRankSum=-4.411;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,25:34:54:397,0,54 chrI 151465 . G A 401.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.094;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:28:51:431,0,51 chrI 151475 . A G 340.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.873;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.873;QD=13.08;ReadPosRankSum=-2.139;SB=-6.692e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,19:26:41:370,0,41 chrI 151478 . A G 280.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.873;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.873;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.965;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,19:26:51:310,0,51 chrI 151658 . G C 353.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.207;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:383,0,218 chrI 151834 . C A 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=19.09;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1331,162,0 chrI 151963 . T A 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.96;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1186,132,0 chrI 152004 . A G 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=92;Dels=0.00;FS=5.282;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=11.35;ReadPosRankSum=2.932;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,58:92:99:1074,0,565 chrI 152155 . A G 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=5.960;HaplotypeScore=17.7066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.683;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1219,147,0 chrI 152233 . A G 490.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.122;DP=119;Dels=0.00;FS=0.862;HaplotypeScore=2.7119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.407;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,35:119:99:520,0,1371 chrI 152235 . G A 1307.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;DP=122;Dels=0.00;FS=1.835;HaplotypeScore=3.5006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,86:122:99:1337,0,537 chrI 152239 . T C 1092.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.709;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.806;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.559;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,79:114:99:1122,0,455 chrI 152274 . G A 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=101;Dels=0.00;FS=0.791;HaplotypeScore=5.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.720;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,68:101:99:929,0,468 chrI 152291 . C T 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.131;DP=105;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=2.7453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.984;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,67:105:99:930,0,571 chrI 152336 . A G 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=20.54;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2108,246,0 chrI 152709 . A G 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DP=80;Dels=0.00;FS=6.185;HaplotypeScore=5.7018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.343;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,51:80:99:791,0,285 chrI 152728 . G A 1574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=18.30;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1607,186,0 chrI 152932 . A G 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=18.15;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1376,162,0 chrI 152970 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.009;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.103;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,46:66:99:789,0,202 chrI 153156 . A T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=56;Dels=0.00;FS=13.447;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.347;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,43:56:78:837,0,78 chrI 153742 . T C 1462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;DP=122;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.547;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,81:122:99:1492,0,584 chrI 153762 . A G 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.254;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.817;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,67:110:99:1180,0,702 chrI 154086 . A G 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;DP=74;Dels=0.00;FS=9.080;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.460;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,47:74:99:835,0,411 chrI 154332 . C T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;DP=61;Dels=0.00;FS=7.869;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=8.03;ReadPosRankSum=-3.219;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,43:61:99:520,0,252 chrI 154746 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.089;DP=105;Dels=0.00;FS=1.633;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.030;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,39:105:99:469,0,1203 chrI 155069 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.438;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.632;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,33:106:99:487,0,1079 chrI 155562 . T G 3772.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=19.96;ReadPosRankSum=1.695;SB=-2.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,188:189:99:3772,449,0 chrI 156174 . T G 2956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DP=151;Dels=0.00;FS=12.698;HaplotypeScore=23.2170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=19.58;ReadPosRankSum=3.365;SB=-1.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,146:151:99:2989,354,0 chrI 156314 . T C 1968 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;QD=17.89;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2001,240,0 chrI 156315 . A G 1970 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=110;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=3.4050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.669;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2003,240,0 chrI 156316 . G A 355.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.782;DP=111;Dels=0.00;FS=1.729;HaplotypeScore=3.4485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.475;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,32:111:99:385,0,1201 chrI 156383 . T G 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=97;Dels=0.00;FS=3.147;HaplotypeScore=5.1148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:95:936,95,0 chrI 156393 . G T 991 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.72;MQ0=0;QD=11.39;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1024,123,0 chrI 156394 . G A 896 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.72;MQ0=0;QD=10.30;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:929,108,0 chrI 156403 . T C 1197 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=99;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=12.09;ReadPosRankSum=2.400;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:1230,147,0 chrI 156479 . G A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;DP=142;Dels=0.00;FS=7.550;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.467;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.213;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,38:142:99:225,0,1401 chrI 156494 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,43:144:99:277,0,1618 chrI 156518 . T C 2093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.476e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:127:99:2126,252,0 chrI 156538 . T C 2570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=156;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.710;SB=-1.559e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,155:156:99:2603,306,0 chrI 156554 . C A 2916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=18.46;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:158:99:2949,339,0 chrI 156584 . T C 2772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=157;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=3.5228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=17.66;ReadPosRankSum=1.710;SB=-1.788e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:157:99:2805,327,0 chrI 156614 . T A 2482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.78;MQ0=0;QD=16.01;SB=-1.497e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:2515,297,0 chrI 156615 . C T 2165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=13.62;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:159:99:2198,255,0 chrI 156651 . A G 2679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=15.05;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:177:99:2712,327,0 chrI 156666 . G A 2325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=175;Dels=0.00;FS=4.044;HaplotypeScore=8.2425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:175:99:2358,273,0 chrI 156835 . G A 2574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=19.35;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2607,300,0 chrI 156949 . T C 3020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=154;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=19.61;ReadPosRankSum=1.642;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:154:99:3053,363,0 chrI 157114 . A G 1890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=18.17;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1923,231,0 chrI 157134 . G A 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=17.46;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:1814,207,0 chrI 157339 . C T 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=18.37;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1190,135,0 chrI 157428 . G A 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.267;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.750;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1094,126,0 chrI 157759 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=100;Dels=0.00;FS=4.433;HaplotypeScore=15.1338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,30:100:99:396,0,1137 chrI 157912 . C G 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=17.70;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1148,138,0 chrI 157927 . T A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=64;Dels=0.00;FS=10.069;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.162;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,45:64:99:619,0,288 chrI 158089 . A G 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=17.87;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1391,168,0 chrI 158141 . G A 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DP=72;Dels=0.00;FS=1.278;HaplotypeScore=9.6923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.923;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,56:72:99:727,0,168 chrI 158200 . A G 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.684;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1479,174,0 chrI 158341 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;DP=96;Dels=0.00;FS=4.901;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.906;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:96:99:556,0,1057 chrI 158503 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.193;DP=55;Dels=0.00;FS=5.637;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:315,0,548 chrI 158597 . C T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=55;Dels=0.00;FS=2.925;HaplotypeScore=8.0301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=0.69;ReadPosRankSum=2.985;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,12:55:68:68,0,694 chrI 158641 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.058;DP=77;Dels=0.00;FS=8.600;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=4.32;ReadPosRankSum=-2.481;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:77:99:363,0,719 chrI 158733 . A T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=130;Dels=0.00;FS=6.012;HaplotypeScore=24.0291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,39:130:99:358,0,1644 chrI 158824 . G C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=53;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.572;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:99:238,0,522 chrI 158827 . G A 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=54;Dels=0.00;FS=4.176;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.009;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:54:99:237,0,604 chrI 158870 . T C 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.64;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1678,201,0 chrI 158971 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.755;DP=98;Dels=0.00;FS=2.086;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,29:98:99:399,0,1399 chrI 159064 . A G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;DP=105;Dels=0.00;FS=9.362;HaplotypeScore=19.1131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,27:105:99:216,0,1304 chrI 159467 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=133;Dels=0.01;FS=14.276;HaplotypeScore=19.8948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.000;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,44:132:99:487,0,1359 chrI 159623 . C T 2000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DP=152;Dels=0.00;FS=3.244;HaplotypeScore=13.0439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=13.16;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,109:152:99:2030,0,529 chrI 159724 . C T 1551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=142;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,87:142:99:1581,0,750 chrI 159757 . T G 1424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.601;DP=129;Dels=0.00;FS=11.356;HaplotypeScore=13.6796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.193;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,91:129:99:1454,0,450 chrI 159894 . G A 3055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=300;Dels=0.00;FS=5.022;HaplotypeScore=16.1661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,202:300:99:3085,0,1407 chrI 160056 . A T 487.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.748;DP=61;Dels=0.00;FS=59.404;HaplotypeScore=6.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=3.994;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:517,0,460 chrI 160087 . T C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=56;Dels=0.00;FS=97.349;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.598;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.049;SB=-9.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:433,0,475 chrI 160234 . G A,T 1112.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5921;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=34.97;MQ0=0;QD=14.83;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,50,25:75:99:1172,325,217,846,0,804 chrI 160239 . G T 215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.90;MQ0=1;QD=11.94;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:18:30:248,30,0 chrI 160249 . T A 198.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=1;MQRankSum=-0.165;QD=8.61;ReadPosRankSum=3.923;SB=2.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,12:23:27:231,27,0 chrI 160531 . T C 92.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.96;MQ0=30;QD=2.64;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,5:35:15:125,15,0 chrI 166001 . T A 291 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.811;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.98;MQ0=24;MQRankSum=-2.362;QD=3.73;ReadPosRankSum=5.069;SB=-7.613e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,43:78:39:324,39,0 chrI 166111 . A G 230.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.120;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.65;MQ0=11;MQRankSum=1.741;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,26:129:99:260,0,668 chrI 166116 . T C 231.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.64;MQ0=10;MQRankSum=2.713;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,27:124:99:261,0,707 chrI 166118 . A G 192.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.735;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.61;MQ0=10;MQRankSum=2.766;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,26:123:99:222,0,681 chrI 166119 . T C 532.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.633;DP=118;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.45;MQ0=10;MQRankSum=0.404;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.312;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,81:118:99:562,0,294 chrI 166120 . G T 253.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.983;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.45;MQ0=10;MQRankSum=2.950;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,26:118:99:283,0,592 chrI 166122 . A T 260.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.406;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.56;MQ0=9;MQRankSum=3.417;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.729;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,26:117:99:290,0,545 chrI 166128 . T A 261.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.448;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.65;MQ0=9;MQRankSum=4.320;QD=2.18;ReadPosRankSum=2.106;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,27:120:99:291,0,585 chrI 166130 . G A 267.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.497;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.98;MQ0=6;MQRankSum=2.183;QD=2.28;ReadPosRankSum=2.754;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,26:117:99:297,0,550 chrI 166133 . A G 250.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.17;MQ0=5;MQRankSum=1.544;QD=2.17;ReadPosRankSum=3.542;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,26:115:99:280,0,555 chrI 166134 . G A 263.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.017;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.20;MQ0=5;MQRankSum=2.997;QD=2.27;ReadPosRankSum=3.694;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,26:116:99:293,0,565 chrI 166136 . A C 255.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.177;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.27;MQ0=5;MQRankSum=3.199;QD=2.14;ReadPosRankSum=3.206;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,26:119:99:285,0,539 chrI 166139 . T A 210.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.41;MQ0=4;MQRankSum=2.885;QD=1.76;ReadPosRankSum=4.028;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,26:119:99:240,0,642 chrI 166221 . T C 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;DP=142;Dels=0.00;FS=12.912;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,77:142:99:1072,0,738 chrI 166245 . A T 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.458;DP=172;Dels=0.00;FS=5.428;HaplotypeScore=9.9116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.942;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,102:172:99:1339,0,1089 chrI 166248 . T C 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;DP=171;Dels=0.01;FS=1.720;HaplotypeScore=20.3451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.812;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,98:170:99:1207,0,1130 chrI 166369 . T C 4144.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.31;MQ0=0;QD=18.75;SB=-2.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,221:221:99:4144,494,0 chrI 166429 . A G 2376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;DP=228;Dels=0.01;FS=5.816;HaplotypeScore=40.5863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQ0=0;MQRankSum=1.735;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.380;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,146:226:99:2406,0,928 chrI 166443 . G C 2231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=218;Dels=0.00;FS=10.501;HaplotypeScore=5.8966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,141:218:99:2261,0,1086 chrI 166458 . C T 1828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.187;DP=191;Dels=0.00;FS=6.734;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.200;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,122:191:99:1858,0,947 chrI 166467 . C G 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DP=186;Dels=0.00;FS=0.601;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.04;MQ0=0;MQRankSum=2.827;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.152;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,68:186:99:984,0,1658 chrI 166491 . T C 1374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.306;DP=189;Dels=0.00;FS=3.250;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.567;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,108:189:99:1404,0,1130 chrI 166571 . G A 6396.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=329;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.4353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=19.44;SB=-2.683e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,329:329:99:6396,723,0 chrI 166733 . A G 2675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=19.96;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:134:99:2708,324,0 chrI 166741 . A C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=135;Dels=0.00;FS=12.701;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.906;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,37:135:99:404,0,1593 chrI 166820 . C T 1371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=138;Dels=0.00;FS=10.525;HaplotypeScore=9.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,88:138:99:1401,0,662 chrI 166931 . A G 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.939;QD=17.84;ReadPosRankSum=2.961;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,178:181:99:3261,387,0 chrI 167064 . C T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=76;Dels=0.00;FS=4.776;HaplotypeScore=9.6659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=2.034;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,58:76:99:697,0,176 chrI 167179 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.708;DP=50;Dels=0.00;FS=4.047;HaplotypeScore=5.7588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.366;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:50:99:415,0,297 chrI 168686 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=84;Dels=0.00;FS=8.104;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.586;QD=7.30;ReadPosRankSum=-2.901;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,57:84:99:643,0,297 chrI 168767 . G T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=65;Dels=0.00;FS=6.977;HaplotypeScore=4.3192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,45:65:99:731,0,240 chrI 168772 . G A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=65;Dels=0.00;FS=6.085;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,43:65:99:648,0,278 chrI 168787 . C A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.593;DP=73;Dels=0.00;FS=3.702;HaplotypeScore=9.0870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,46:73:99:655,0,384 chrI 168836 . G A 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=98;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=7.5817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.073;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:98:99:839,0,672 chrI 169205 . C T 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;DP=85;Dels=0.00;FS=1.448;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=9.88;ReadPosRankSum=2.033;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:85:99:870,0,384 chrI 169217 . T C 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;DP=81;Dels=0.00;FS=7.690;HaplotypeScore=10.7036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.143;QD=7.94;ReadPosRankSum=2.249;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:81:99:673,0,307 chrI 169227 . C T 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;DP=75;Dels=0.01;FS=6.385;HaplotypeScore=12.2809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.400;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,27:74:95:95,0,614 chrI 169243 . C T 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=66;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=6.08;ReadPosRankSum=-3.413;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:65:99:431,0,476 chrI 169269 . T C 1285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.606;DP=107;Dels=0.00;FS=2.695;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=12.01;ReadPosRankSum=-1.982;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,69:107:99:1315,0,628 chrI 169422 . C T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;DP=51;Dels=0.00;FS=1.936;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:635,0,287 chrI 169476 . T C 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=19.95;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:911,108,0 chrI 169638 . T C 1907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.07;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:1940,225,0 chrI 169689 . C T 1132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.978;DP=113;Dels=0.00;FS=4.379;HaplotypeScore=16.7470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.443;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,75:113:99:1162,0,404 chrI 169830 . A G 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DP=74;Dels=0.00;FS=3.507;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=16.09;ReadPosRankSum=1.685;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1224,147,0 chrI 169887 . C T 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.967;DP=83;Dels=0.00;FS=1.928;HaplotypeScore=9.8427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,55:83:99:897,0,349 chrI 169992 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=57;Dels=0.00;FS=3.842;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:57:99:562,0,288 chrI 170022 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.854;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.781;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,49:76:99:855,0,389 chrI 170311 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.735;DP=106;Dels=0.00;FS=10.057;HaplotypeScore=9.1533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=4.26;ReadPosRankSum=-2.690;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,36:106:99:482,0,1044 chrI 170389 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.112;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.097;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,44:120:99:616,0,1313 chrI 170564 . G A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.606;DP=60;Dels=0.00;FS=6.448;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.937;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,45:60:78:619,0,78 chrI 171110 . G A 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.619;DP=150;Dels=0.00;FS=0.624;HaplotypeScore=6.0802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,65:150:99:933,0,1103 chrI 171389 . A G 1664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.308;DP=149;Dels=0.00;FS=6.912;HaplotypeScore=13.8028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,104:149:99:1694,0,573 chrI 171431 . G A 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.831;DP=145;Dels=0.00;FS=5.906;HaplotypeScore=10.3800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,45:145:99:528,0,1593 chrI 171443 . A G 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.636;DP=155;Dels=0.00;FS=7.931;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.498;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,54:155:99:587,0,1897 chrI 171685 . A G 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=117;Dels=0.00;FS=5.300;HaplotypeScore=7.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,43:117:99:464,0,1238 chrI 171975 . A G 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DP=70;Dels=0.00;FS=15.075;HaplotypeScore=4.6087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.437;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,50:70:99:820,0,246 chrI 172113 . C A 5633.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.674e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,245:245:99:5633,648,0 chrI 172129 . A T 3955.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:179:99:3955,447,0 chrI 172431 . A T 2078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DP=182;Dels=0.00;FS=1.255;HaplotypeScore=11.1357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,112:182:99:2108,0,977 chrI 172585 . A T 1946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;DP=189;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,126:189:99:1976,0,895 chrI 173222 . A C 3536.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=164;Dels=0.00;FS=3.609;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=21.56;ReadPosRankSum=1.711;SB=-1.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,162:164:99:3536,425,0 chrI 173339 . G A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.559;DP=108;Dels=0.00;FS=8.973;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,32:108:99:400,0,1338 chrI 173831 . A G 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=92;Dels=0.00;FS=12.279;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.744;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,28:92:99:350,0,1254 chrI 174118 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=55;Dels=0.00;FS=4.597;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,40:55:99:640,0,139 chrI 174188 . T C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:240,0,514 chrI 174371 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=55;Dels=0.00;FS=3.018;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.320;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,40:55:99:488,0,120 chrI 174544 . G A 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;DP=69;Dels=0.00;FS=2.763;HaplotypeScore=5.0600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,17:69:99:153,0,905 chrI 174746 . T G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=46;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:524,0,195 chrI 174919 . A G 2863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2896,342,0 chrI 174938 . G A 2258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=18.51;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2291,276,0 chrI 175281 . G A 1283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.521;DP=127;Dels=0.00;FS=2.420;HaplotypeScore=16.7448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=2.812;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,79:127:99:1313,0,592 chrI 175307 . T A 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DP=101;Dels=0.00;FS=1.681;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.145;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:101:99:454,0,1124 chrI 175315 . G A 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.374;DP=103;Dels=0.00;FS=3.849;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=2.682;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.114;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,64:103:99:1099,0,419 chrI 175318 . C G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;DP=102;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,37:102:99:426,0,986 chrI 175573 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=112;Dels=0.00;FS=5.764;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.483;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,36:112:99:498,0,1475 chrI 175644 . A G 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DP=120;Dels=0.00;FS=4.776;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.784;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,39:120:99:587,0,1444 chrI 175849 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.243;DP=151;Dels=0.01;FS=0.662;HaplotypeScore=65.8651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.802;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,52:150:99:543,0,1862 chrI 175876 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=146;Dels=0.00;FS=0.646;HaplotypeScore=8.1516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,53:146:99:680,0,1623 chrI 175963 . A G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;DP=149;Dels=0.00;FS=13.959;HaplotypeScore=13.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.784;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,54:149:99:760,0,1350 chrI 176001 . T C 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.800;DP=158;Dels=0.00;FS=2.912;HaplotypeScore=8.5631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,61:158:99:806,0,1547 chrI 176015 . T C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.943;DP=147;Dels=0.00;FS=3.144;HaplotypeScore=6.8736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,57:147:99:722,0,1460 chrI 176220 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.410;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,34:98:99:453,0,1030 chrI 176230 . T C 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.855;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,56:87:99:758,0,427 chrI 176263 . T C 239.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.591;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:66:99:269,0,425 chrI 176266 . A T 916 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=60;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=15.27;ReadPosRankSum=2.274;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:949,111,0 chrI 176273 . A G 441.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.830;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:471,0,366 chrI 176368 . C T 167.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:197,0,388 chrI 176512 . T A 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=9.31;ReadPosRankSum=2.435;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:43:179,0,43 chrI 176650 . G A 1074.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.959;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,53:70:99:1104,0,191 chrI 176694 . A G 764 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=1;QD=22.47;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:96:797,96,0 chrI 176721 . G A 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=39;Dels=0.00;FS=1.921;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.50;MQ0=1;MQRankSum=-1.052;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:39:99:464,0,180 chrI 176847 . G A 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.358;DP=73;Dels=0.00;FS=7.065;HaplotypeScore=5.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.331;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,51:73:99:773,0,335 chrI 176858 . A G 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DP=82;Dels=0.00;FS=4.876;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.592;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,58:82:99:903,0,323 chrI 176948 . A G 1571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=1;QD=17.85;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1604,189,0 chrI 177137 . C A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.763;DP=56;Dels=0.00;FS=1.172;HaplotypeScore=7.9300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.753;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:56:99:214,0,470 chrI 177140 . T G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;DP=50;Dels=0.00;FS=1.290;HaplotypeScore=4.5254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.985;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,14:50:99:180,0,481 chrI 177196 . C T 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=53;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.682;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:191,0,587 chrI 177241 . C T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.788;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.118;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:192,0,386 chrI 177270 . G A 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.554;DP=72;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.789;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:72:99:116,0,690 chrI 177281 . C T 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.768;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.804;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.353;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:115,0,700 chrI 177285 . T C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.273;DP=73;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=29.3779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,49:73:99:337,0,307 chrI 177545 . G A 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=50;Dels=0.00;FS=1.227;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:50:88:88,0,720 chrI 177572 . C T 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;DP=42;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:42:60:60,0,554 chrI 177667 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=53;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,35:53:99:645,0,261 chrI 178191 . A T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.838;DP=60;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.077;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,39:60:99:563,0,252 chrI 178224 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=82;Dels=0.00;FS=1.846;HaplotypeScore=8.2148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=3.30;ReadPosRankSum=-2.026;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:82:99:301,0,820 chrI 178602 . G C 3137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=19.48;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:161:99:3170,372,0 chrI 178654 . G A 3577.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=20.21;SB=-2.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:177:99:3577,405,0 chrI 178674 . G A 2484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;QD=14.19;SB=-1.504e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,173:175:99:2517,303,0 chrI 178682 . C T 2703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=15.27;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:177:99:2736,315,0 chrI 178802 . A G 1132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.834;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.759;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,70:96:99:1162,0,288 chrI 178875 . G C 1493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=166;Dels=0.00;FS=0.639;HaplotypeScore=14.3283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.363;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,108:166:99:1523,0,653 chrI 178905 . G A 1896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.449;DP=177;Dels=0.00;FS=0.599;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.529;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,121:177:99:1926,0,704 chrI 178960 . T C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.322;DP=170;Dels=0.00;FS=0.628;HaplotypeScore=11.2122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=2.044;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,61:170:99:652,0,1723 chrI 178989 . A G 2523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=15.38;ReadPosRankSum=2.957;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,161:164:99:2556,300,0 chrI 179014 . A G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.815;DP=129;Dels=0.00;FS=4.026;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.055;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,37:129:99:306,0,1186 chrI 179051 . A G 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.74;MQ0=0;QD=12.99;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:1514,183,0 chrI 179052 . A G 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.835;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=13.31;ReadPosRankSum=2.905;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,113:117:99:1590,186,0 chrI 179149 . G C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:63:99:320,0,265 chrI 179221 . A G 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=15.91;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1433,171,0 chrI 179355 . C T 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;DP=38;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:198,0,382 chrI 179372 . C A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;DP=30;Dels=0.00;FS=3.315;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:198,0,209 chrI 179397 . A G 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:235,0,267 chrI 179554 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;DP=87;Dels=0.00;FS=6.206;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.640;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,29:87:99:412,0,997 chrI 179578 . G A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=130;Dels=0.00;FS=2.359;HaplotypeScore=17.3510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.007;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:130:99:834,0,1057 chrI 179619 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.683;DP=159;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=9.6622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=3.112;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,53:159:99:668,0,1939 chrI 179706 . C G 290.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=2.048;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.233;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,30:106:99:320,0,1412 chrI 179708 . A C 265.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.240;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.77;MQ0=0;MQRankSum=2.298;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.769;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,28:102:99:295,0,1467 chrI 179709 . T C 269.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.395;DP=100;Dels=0.00;FS=2.604;HaplotypeScore=5.1035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.843;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,27:100:99:299,0,1352 chrI 179761 . A C 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;DP=62;Dels=0.00;FS=7.168;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQ0=0;MQRankSum=1.848;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:62:99:152,0,799 chrI 179772 . T C 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=69;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.783;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,47:69:99:878,0,199 chrI 179796 . A C 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=20.76;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1320,159,0 chrI 179942 . C T 2354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=15.69;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:150:99:2387,273,0 chrI 179951 . A G 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.996;DP=141;Dels=0.00;FS=8.471;HaplotypeScore=8.8224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.987;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.454;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,83:141:99:979,0,828 chrI 179996 . A G 2093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.417;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=13.86;ReadPosRankSum=2.352;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:151:99:2126,252,0 chrI 180049 . C T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.906;DP=157;Dels=0.01;FS=10.513;HaplotypeScore=35.1289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.822;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,54:156:99:570,0,1364 chrI 180069 . A G 1207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.048;DP=127;Dels=0.01;FS=9.394;HaplotypeScore=54.0317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.863;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,88:126:99:1237,0,606 chrI 180072 . A C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.626;DP=127;Dels=0.00;FS=4.462;HaplotypeScore=42.0404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.018;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.695;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,50:127:99:575,0,1264 chrI 180103 . T C 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.657;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.920;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,76:104:99:894,0,404 chrI 180105 . A C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.576;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.59;MQ0=0;MQRankSum=3.442;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,29:103:99:393,0,830 chrI 180123 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;DP=88;Dels=0.00;FS=3.416;HaplotypeScore=34.4343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.36;MQ0=0;MQRankSum=3.488;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.819;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,21:88:99:208,0,618 chrI 180134 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.438;DP=71;Dels=0.00;FS=2.120;HaplotypeScore=164.0287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.264;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,49:71:99:437,0,267 chrI 180256 . G C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;DP=107;Dels=0.00;FS=13.547;HaplotypeScore=6.7020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.158;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,27:107:99:275,0,1161 chrI 180264 . C T 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.766;DP=98;Dels=0.00;FS=17.256;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.151;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,24:98:99:286,0,1042 chrI 180286 . A G 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=117;Dels=0.00;FS=3.976;HaplotypeScore=50.9385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQ0=0;MQRankSum=3.137;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.278;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,83:117:99:102,0,366 chrI 180328 . G A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.689;DP=117;Dels=0.02;FS=1.552;HaplotypeScore=25.1234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=2.421;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:115:99:567,0,940 chrI 180356 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.034;DP=127;Dels=0.00;FS=1.453;HaplotypeScore=5.2378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=2.572;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,49:127:99:550,0,1232 chrI 180393 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.745;DP=116;Dels=0.00;FS=1.699;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.235;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.049;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,33:116:99:377,0,1389 chrI 180431 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.027;DP=107;Dels=0.00;FS=2.965;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.759;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.072;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,27:107:99:309,0,1485 chrI 180456 . G A 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.241;DP=108;Dels=0.00;FS=4.220;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=-6.883;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,31:108:99:342,0,1370 chrI 180509 . C T 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=78;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.372;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.153;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:78:99:164,0,864 chrI 180583 . C A 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.540;DP=64;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.592;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:64:99:175,0,831 chrI 180592 . A G 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=20.87;ReadPosRankSum=1.677;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1348,159,0 chrI 180603 . C T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.181;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.066;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,20:75:99:277,0,836 chrI 180646 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=84;Dels=0.00;FS=2.162;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.957;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:84:99:670,0,548 chrI 180652 . A C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.292;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.831;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:87:99:606,0,560 chrI 180697 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;DP=95;Dels=0.00;FS=3.902;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:95:99:611,0,709 chrI 180726 . G C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DP=106;Dels=0.00;FS=10.376;HaplotypeScore=10.7136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.518;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,34:106:99:445,0,1077 chrI 180747 . A G 1870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=102;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=18.33;ReadPosRankSum=2.401;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:1903,225,0 chrI 180982 . A C 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;DP=47;Dels=0.00;FS=43.925;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.068;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,11:47:77:77,0,658 chrI 181013 . T C 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;DP=62;Dels=0.00;FS=49.373;HaplotypeScore=6.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.070;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,44:62:96:721,0,96 chrI 181117 . G A 1412 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DP=103;Dels=0.00;FS=37.895;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;MQRankSum=2.002;QD=13.71;ReadPosRankSum=2.926;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:103:81:1445,81,0 chrI 181118 . T C 1560 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=102;Dels=0.00;FS=25.729;HaplotypeScore=1.1567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=2.324;QD=15.29;ReadPosRankSum=3.978;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:102:95:1593,95,0 chrI 181119 . G A 1661 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=102;Dels=0.00;FS=38.980;HaplotypeScore=1.1567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=2.509;QD=16.28;ReadPosRankSum=3.488;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,94:102:99:1694,99,0 chrI 181197 . G T 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=1;QD=19.20;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1569,186,0 chrI 181370 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=110;Dels=0.00;FS=7.457;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.662;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:110:99:647,0,1093 chrI 181589 . G A 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=75;Dels=0.00;FS=3.172;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:808,0,350 chrI 181595 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=82;Dels=0.00;FS=4.274;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.221;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:82:99:429,0,748 chrI 181647 . T A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;DP=101;Dels=0.00;FS=3.866;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.171;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.553;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,41:101:99:403,0,1051 chrI 181662 . G T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;DP=99;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.193;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.764;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:323,0,901 chrI 181663 . T A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.658;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.119;QD=4.23;ReadPosRankSum=2.221;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:453,0,736 chrI 181700 . C T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.348;DP=98;Dels=0.00;FS=5.927;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,38:98:99:331,0,921 chrI 181746 . C T 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.234;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,25:92:99:209,0,1135 chrI 181752 . G C 1146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,69:94:99:1176,0,184 chrI 181772 . T C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.539;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=2.516;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.461;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,23:93:99:188,0,1180 chrI 181824 . G A 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=60;Dels=0.00;FS=4.993;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,48:60:27:800,0,27 chrI 182040 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=73;Dels=0.00;FS=7.350;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.596;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.230;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:358,0,719 chrI 182045 . A G 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=63;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.622;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.677;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1397,165,0 chrI 182093 . C T 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=69;Dels=0.00;FS=2.777;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,49:69:99:956,0,325 chrI 182141 . G T 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=22.68;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1757,198,0 chrI 182201 . C T 965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;QD=18.92;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:998,114,0 chrI 182210 . T A 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;QD=19.29;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1113,126,0 chrI 182213 . T C 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=61;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.377;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,15:61:84:84,0,711 chrI 182240 . T C 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=16.88;ReadPosRankSum=1.365;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1147,119,0 chrI 182251 . C T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.032;DP=75;Dels=0.00;FS=1.021;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,22:75:99:193,0,816 chrI 182259 . G A 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,59:83:99:852,0,204 chrI 182447 . T A 1798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.157;DP=146;Dels=0.00;FS=3.608;HaplotypeScore=22.0831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.122;QD=12.32;ReadPosRankSum=-1.696;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,111:146:99:1828,0,414 chrI 182496 . G A 1231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;DP=122;Dels=0.00;FS=1.914;HaplotypeScore=17.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.038;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.759;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,93:122:99:1261,0,276 chrI 182519 . T C 1316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;DP=101;Dels=0.00;FS=14.182;HaplotypeScore=12.0323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.91;MQ0=1;MQRankSum=-1.514;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,84:101:99:1346,0,122 chrI 182605 . A T 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.90;MQ0=0;QD=18.30;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:765,93,0 chrI 182616 . T C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;DP=28;Dels=0.00;FS=2.049;HaplotypeScore=5.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.31;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.255;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:284,0,118 chrI 183032 . T A 550.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DP=100;Dels=0.00;FS=46.854;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.77;MQ0=0;MQRankSum=2.229;QD=5.50;ReadPosRankSum=-2.324;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,35:100:99:580,0,999 chrI 183100 . G A 1137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.28;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=12.78;ReadPosRankSum=2.118;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,70:89:66:1167,0,66 chrI 183101 . A G 1095.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=88;Dels=0.00;FS=2.606;HaplotypeScore=9.5213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.30;MQ0=0;MQRankSum=2.286;QD=12.44;ReadPosRankSum=2.892;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,68:88:54:1125,0,54 chrI 183270 . T C 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.93;MQ0=1;QD=19.52;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1634,189,0 chrI 183331 . G T 245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.01;MQ0=1;QD=11.67;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:278,33,0 chrI 183353 . C T 374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.64;MQ0=0;QD=13.36;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:407,45,0 chrI 183541 . C T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.260;DP=109;Dels=0.00;FS=7.529;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.44;MQ0=2;MQRankSum=-1.244;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.323;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,29:109:99:234,0,905 chrI 183545 . C T 1337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.70;MQ0=2;QD=12.61;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1370,165,0 chrI 183590 . A G 1626 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.84;MQ0=0;QD=14.02;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:1659,198,0 chrI 183591 . C G 1692 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.84;MQ0=0;QD=14.59;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:1725,201,0 chrI 183596 . C T 1577 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.73;MQ0=0;QD=13.83;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:1610,186,0 chrI 183650 . G A 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.04;MQ0=0;QD=10.67;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:1079,126,0 chrI 183799 . C T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;DP=128;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.315;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,18:128:74:74,0,2142 chrI 183803 . T A 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=130;Dels=0.00;FS=2.531;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.515;QD=0.16;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,17:130:51:51,0,2337 chrI 183881 . T C 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DP=99;Dels=0.00;FS=2.642;HaplotypeScore=6.6296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=17.71;ReadPosRankSum=1.032;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:1786,200,0 chrI 183954 . T C 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=168;Dels=0.00;FS=0.583;HaplotypeScore=8.8421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.95;MQ0=0;MQRankSum=2.473;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.991;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,75:168:99:895,0,1039 chrI 184083 . T C 1854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=105;Dels=0.00;FS=4.856;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=17.66;ReadPosRankSum=1.666;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:1887,222,0 chrI 184235 . A G 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1854,219,0 chrI 184256 . A G 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=19.65;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:93:99:1860,222,0 chrI 184325 . C T 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.876;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,64:107:99:1049,0,708 chrI 184418 . C G 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=20.16;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1525,180,0 chrI 184481 . C A 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=16.23;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:747,87,0 chrI 184488 . T C 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.85;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:81:684,81,0 chrI 184492 . T C 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.38;MQ0=0;QD=12.23;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:72:608,72,0 chrI 184510 . T C 695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=56;Dels=0.00;FS=2.888;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.788;QD=12.41;ReadPosRankSum=2.362;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:71:728,71,0 chrI 184520 . T C 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.673;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:822,99,0 chrI 184648 . A T 2274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=119;Dels=0.00;FS=4.847;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=19.11;ReadPosRankSum=1.702;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:2307,264,0 chrI 184669 . G T 1880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=17.90;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:1913,222,0 chrI 184683 . C G 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=15.92;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1625,195,0 chrI 184686 . C T 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=16.78;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1677,192,0 chrI 184857 . A G 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=91;Dels=0.00;FS=19.751;HaplotypeScore=9.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=19.90;ReadPosRankSum=4.070;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,85:91:99:1844,219,0 chrI 184890 . C A 1850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=19.47;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1883,216,0 chrI 184921 . A T 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=16.56;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1739,207,0 chrI 185109 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=75;Dels=0.00;FS=8.809;HaplotypeScore=6.6720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.535;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.152;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,50:75:99:722,0,419 chrI 185126 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.207;DP=71;Dels=0.00;FS=11.021;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.876;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.292;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:645,0,361 chrI 185131 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.668;DP=71;Dels=0.00;FS=6.915;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.965;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:557,0,363 chrI 185138 . A T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=70;Dels=0.00;FS=4.910;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.806;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.258;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:458,0,335 chrI 185159 . A C,G 721.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9119;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.28;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.132;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,34,24:60:99:781,399,370,363,0,328 chrI 185194 . C A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:88:99:683,0,484 chrI 185226 . T C 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.092;DP=104;Dels=0.00;FS=2.777;HaplotypeScore=3.8040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=5.402;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.675;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:104:99:964,0,677 chrI 185303 . A G 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;DP=116;Dels=0.00;FS=5.008;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.605;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,80:116:99:1068,0,417 chrI 185314 . G A 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DP=107;Dels=0.00;FS=10.574;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,76:107:99:1035,0,334 chrI 185438 . C T 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.208;DP=100;Dels=0.00;FS=4.038;HaplotypeScore=7.3396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.327;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,64:100:99:1057,0,507 chrI 185469 . T C 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=100;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=4.9980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.395;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.368;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,60:100:99:746,0,495 chrI 185480 . T G 1649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.667;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:107:99:1682,201,0 chrI 185503 . T C 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;DP=121;Dels=0.00;FS=5.949;HaplotypeScore=14.6412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.915;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,74:121:99:1003,0,760 chrI 185705 . G A 1236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.559;DP=123;Dels=0.00;FS=1.539;HaplotypeScore=5.9035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.115;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.207;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,81:123:99:1266,0,663 chrI 185749 . T G 1333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=121;Dels=0.01;FS=7.543;HaplotypeScore=15.1890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.234;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,78:120:99:1363,0,554 chrI 185916 . C A 2425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=211;Dels=0.00;FS=2.586;HaplotypeScore=26.8931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,142:211:99:2455,0,1070 chrI 185941 . G A 1908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.429;DP=157;Dels=0.01;FS=3.440;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=12.15;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,112:156:99:1938,0,607 chrI 185954 . T A 1525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.017;DP=136;Dels=0.00;FS=4.803;HaplotypeScore=5.0657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.420;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,96:136:99:1555,0,420 chrI 186055 . C T 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;DP=109;Dels=0.00;FS=3.659;HaplotypeScore=5.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.117;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,66:109:99:1100,0,606 chrI 186098 . T A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=76;Dels=0.00;FS=5.089;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.625;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.563;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:542,0,339 chrI 186099 . G A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.359;DP=75;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.115;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.053;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:499,0,302 chrI 186131 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;DP=89;Dels=0.00;FS=6.256;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.264;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:89:99:623,0,358 chrI 186139 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.991;DP=79;Dels=0.00;FS=4.966;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.285;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:79:99:558,0,351 chrI 186146 . T G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.952;DP=74;Dels=0.00;FS=2.121;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.324;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,47:74:99:532,0,396 chrI 186256 . T C 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=121;Dels=0.00;FS=1.694;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,77:121:99:939,0,649 chrI 186291 . A G 1011.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=131;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=6.6844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,89:131:99:1041,0,570 chrI 186440 . A T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DP=71;Dels=0.00;FS=4.120;HaplotypeScore=9.6811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.858;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,50:71:99:850,0,282 chrI 186504 . G C 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=-5.124;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.188;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:798,0,396 chrI 186505 . A C 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.187;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.325;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:777,0,494 chrI 186596 . G A 2078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.575;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.391;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.910;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,103:152:99:2108,0,641 chrI 186605 . A G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.844;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=4.742;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,48:158:99:643,0,2021 chrI 186619 . C A 1934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.291;DP=165;Dels=0.00;FS=0.650;HaplotypeScore=8.8881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,110:165:99:1964,0,796 chrI 186648 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.330;DP=171;Dels=0.00;FS=2.085;HaplotypeScore=10.7962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=4.592;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.327;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,52:171:99:546,0,2077 chrI 186714 . C T 1797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=149;Dels=0.00;FS=4.946;HaplotypeScore=13.7561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=12.06;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,112:149:99:1827,0,437 chrI 186754 . G A 1682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.530;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,97:128:99:1712,0,246 chrI 186807 . C A,T 2092.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.64;MQ0=0;QD=17.01;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,45,78:123:99:2152,1267,1153,885,0,723 chrI 186819 . T C 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.365;DP=134;Dels=0.00;FS=2.254;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQ0=0;MQRankSum=-6.277;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,82:134:99:982,0,894 chrI 186841 . G A 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.583;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=75.4765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.62;MQ0=0;MQRankSum=-8.403;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,76:129:99:712,0,847 chrI 186857 . T C 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=162;Dels=0.00;FS=0.603;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=-7.448;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,102:162:99:827,0,945 chrI 186907 . T C 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.815;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.017;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,93:139:99:925,0,681 chrI 186936 . G A 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=141;Dels=0.00;FS=3.591;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.502;QD=7.55;ReadPosRankSum=-2.176;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,97:141:99:1095,0,624 chrI 186963 . C A 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.177;DP=108;Dels=0.00;FS=0.829;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.906;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.622;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,76:108:99:870,0,487 chrI 186974 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=100;Dels=0.00;FS=2.994;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.983;QD=6.90;ReadPosRankSum=2.072;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,70:100:99:720,0,460 chrI 186987 . G A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=93;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.166;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.759;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,69:93:99:805,0,311 chrI 186990 . G C 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;DP=93;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.386;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.361;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,70:93:99:806,0,297 chrI 187062 . T C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,49:67:99:658,0,259 chrI 187280 . C G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;DP=69;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.132;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.544;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,46:69:99:727,0,240 chrI 187411 . C T 337.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.424;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:73:99:367,0,412 chrI 187414 . G T 402.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=71;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.030;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:432,0,381 chrI 187420 . C T 426.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.856;DP=74;Dels=0.00;FS=4.600;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.971;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:456,0,471 chrI 187422 . A G 360.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=75;Dels=0.00;FS=6.197;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.81;MQ0=0;MQRankSum=-6.048;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:390,0,490 chrI 187426 . T C 298.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.059;DP=76;Dels=0.00;FS=7.743;HaplotypeScore=7.0565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.114;QD=3.92;ReadPosRankSum=2.478;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:328,0,514 chrI 187427 . T A 318.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=76;Dels=0.00;FS=4.611;HaplotypeScore=7.0565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.081;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.654;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:348,0,535 chrI 187515 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=72;Dels=0.00;FS=1.045;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.176;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,54:72:99:607,0,205 chrI 187524 . A G 391.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=63;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.284;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,46:63:99:421,0,243 chrI 187528 . G A 287.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DP=50;Dels=0.00;FS=6.304;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=5.74;ReadPosRankSum=2.520;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:50:99:317,0,308 chrI 187530 . A C 250.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;DP=49;Dels=0.00;FS=6.194;HaplotypeScore=7.5998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.695;QD=5.10;ReadPosRankSum=3.611;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:280,0,352 chrI 187532 . A G 256.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=49;Dels=0.00;FS=8.458;HaplotypeScore=7.5998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=5.22;ReadPosRankSum=3.247;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:286,0,359 chrI 187535 . G A 274.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=48;Dels=0.00;FS=8.458;HaplotypeScore=6.8111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.804;QD=5.71;ReadPosRankSum=2.720;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:304,0,299 chrI 187537 . A G 229.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DP=49;Dels=0.00;FS=11.042;HaplotypeScore=6.8111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=4.67;ReadPosRankSum=2.248;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:259,0,337 chrI 187539 . C T 252.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=50;Dels=0.02;FS=11.114;HaplotypeScore=101.8829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.052;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:49:99:282,0,276 chrI 187555 . T G 218.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=61;Dels=0.00;FS=7.169;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=3.57;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:248,0,356 chrI 187557 . A T 194.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=60;Dels=0.00;FS=7.450;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.155;QD=3.23;ReadPosRankSum=-3.214;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:224,0,389 chrI 187558 . A G 181.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.275;DP=60;Dels=0.00;FS=7.450;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.186;QD=3.02;ReadPosRankSum=-3.244;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:211,0,389 chrI 187561 . C T 221.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.965;DP=58;Dels=0.00;FS=12.515;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.380;QD=3.81;ReadPosRankSum=-4.981;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:58:99:251,0,353 chrI 187563 . C G 217.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=58;Dels=0.00;FS=12.515;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.037;QD=3.74;ReadPosRankSum=-5.554;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:58:99:247,0,344 chrI 187568 . T C 200.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.507;DP=58;Dels=0.00;FS=12.515;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=3.45;ReadPosRankSum=-5.897;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:58:99:230,0,378 chrI 187569 . C G 217.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=58;Dels=0.00;FS=12.515;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=3.74;ReadPosRankSum=-5.897;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:58:99:247,0,368 chrI 187705 . G A 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DP=58;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.12;MQ0=1;MQRankSum=-3.968;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:58:99:106,0,402 chrI 187734 . C T 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=49;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.412;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:170,0,375 chrI 187768 . A G 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DP=71;Dels=0.00;FS=3.300;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.945;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.050;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:535,0,409 chrI 187795 . T C 397.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;DP=59;Dels=0.02;FS=2.372;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.144;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.034;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:427,0,289 chrI 187797 . C A 409.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.149;DP=60;Dels=0.00;FS=1.056;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.981;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.035;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:60:99:439,0,273 chrI 187801 . T C 408.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.917;DP=64;Dels=0.00;FS=2.230;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.252;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:438,0,306 chrI 188057 . A G 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.560;DP=78;Dels=0.00;FS=9.047;HaplotypeScore=22.2450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=13.09;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,57:78:99:1051,0,239 chrI 188063 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.040;DP=74;Dels=0.00;FS=8.409;HaplotypeScore=22.2450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:74:99:378,0,863 chrI 188086 . A G 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.905;DP=73;Dels=0.00;FS=2.170;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,52:73:99:901,0,270 chrI 188151 . T C 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.83;MQ0=2;QD=16.87;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:910,108,0 chrI 188190 . T C 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=3;QD=15.77;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:69:585,69,0 chrI 188335 . A T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;DP=70;Dels=0.00;FS=10.581;HaplotypeScore=3.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQ0=2;MQRankSum=-1.575;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.352;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:635,0,348 chrI 188347 . T C 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=18.80;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1368,162,0 chrI 188386 . A G 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=1;QD=15.07;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:877,105,0 chrI 188466 . G A 176.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.92;MQ0=5;QD=8.38;SB=-2.804e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:24:209,24,0 chrI 188470 . G A 53.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=24;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.75;MQ0=6;MQRankSum=0.318;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:24:81:83,0,81 chrI 188549 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.98;MQ0=9;MQRankSum=-0.618;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,10:59:61:61,0,691 chrI 188558 . G A 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.32;MQ0=9;MQRankSum=-1.008;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,11:61:90:90,0,703 chrI 188658 . G A 133.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DP=44;Dels=0.00;FS=32.902;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.26;MQ0=11;MQRankSum=-2.229;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:163,0,289 chrI 188708 . A G 125.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=31;Dels=0.00;FS=38.226;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-6.514e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:155,0,189 chrI 188715 . T C 104.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;DP=25;Dels=0.00;FS=29.970;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.082;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:134,0,194 chrI 188716 . T C 100.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=25;Dels=0.00;FS=29.970;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.356;SB=-6.175e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:130,0,189 chrI 188823 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=45;Dels=0.00;FS=9.468;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.51;MQ0=1;MQRankSum=-0.403;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:242,0,404 chrI 188881 . G C 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.03;MQ0=2;QD=18.92;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:960,117,0 chrI 188899 . G A 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=53;Dels=0.00;FS=11.459;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.46;MQ0=1;MQRankSum=-0.024;QD=1.13;ReadPosRankSum=2.056;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,9:53:90:90,0,709 chrI 188913 . A G 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;DP=48;Dels=0.00;FS=10.403;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.61;MQ0=1;MQRankSum=1.433;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.252;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:194,0,516 chrI 188939 . A G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=16.64;ReadPosRankSum=1.655;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:90:782,90,0 chrI 189066 . T C 43.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=2;QD=2.75;SB=-2.572e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:9:76,9,0 chrI 189539 . C T 75.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.923;DP=67;Dels=0.00;FS=22.240;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.51;MQ0=13;MQRankSum=-6.023;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.952;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:105,0,515 chrI 189582 . A G 573.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;DP=60;Dels=0.00;FS=5.871;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.54;MQ0=11;MQRankSum=4.708;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.756;SB=-1.871e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:12:603,0,12 chrI 189586 . T A 566.03 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=62;Dels=0.00;FS=1.624;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.19;MQ0=11;MQRankSum=4.426;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.304;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:20:596,0,20 chrI 189669 . A G 1436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.89;MQ0=0;QD=17.73;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1469,171,0 chrI 189704 . T A 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.473;DP=62;Dels=0.00;FS=5.359;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.678;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.426;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:48:48,0,698 chrI 189706 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;DP=61;Dels=0.00;FS=5.383;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.50;MQ0=0;MQRankSum=3.226;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:67:691,0,67 chrI 189735 . T C 123.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.710;DP=63;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=6.3790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.253;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:153,0,447 chrI 189736 . C A 144.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=63;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=6.3790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.894;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:174,0,438 chrI 189740 . A G 113.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=71.3215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.724;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:143,0,421 chrI 189817 . T A 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=64;Dels=0.00;FS=2.124;HaplotypeScore=43.3926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.87;MQ0=0;MQRankSum=4.092;QD=0.50;ReadPosRankSum=5.356;SB=-3.554e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:60:62,0,60 chrI 189825 . G T 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.173;DP=37;Dels=0.00;FS=63.709;HaplotypeScore=1.9849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.82;MQ0=0;MQRankSum=3.107;QD=1.22;ReadPosRankSum=2.276;SB=-3.998e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,26:37:9:77,9,0 chrI 189855 . T C 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;DP=53;Dels=0.00;FS=46.727;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.266;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.284;SB=-9.223e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:115,0,492 chrI 189876 . A G 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;DP=65;Dels=0.00;FS=61.034;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.138;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.227;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:145,0,571 chrI 189931 . A G 192.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;DP=66;Dels=0.00;FS=16.300;HaplotypeScore=6.2321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.678;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,15:66:99:222,0,680 chrI 189932 . A G 174.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;DP=62;Dels=0.00;FS=8.763;HaplotypeScore=7.8094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.976;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,14:62:99:204,0,608 chrI 189934 . G A 173.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.543;DP=62;Dels=0.03;FS=8.763;HaplotypeScore=7.0208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.221;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.114;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,14:60:99:203,0,577 chrI 190025 . C T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DP=59;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=6.39;ReadPosRankSum=2.267;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:407,0,413 chrI 190031 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.064;DP=62;Dels=0.00;FS=7.436;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.359;QD=6.56;ReadPosRankSum=2.430;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:437,0,401 chrI 190132 . C T 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:40:72:72,0,434 chrI 190429 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:197,0,103 chrI 190558 . T A 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;DP=31;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:67:67,0,279 chrI 190621 . A G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=20;Dels=0.00;FS=1.885;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.810;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:121,0,120 chrI 190636 . T C 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=25;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=5.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.498;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:156,0,155 chrI 191617 . T C 469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.33;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:57:502,57,0 chrI 191704 . G C 246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.67;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:33:279,33,0 chrI 191755 . A G 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DP=20;Dels=0.00;FS=5.190;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=2.40;ReadPosRankSum=2.021;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:78:78,0,201 chrI 191818 . G T 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=35;Dels=0.00;FS=1.373;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=2.83;ReadPosRankSum=-2.577;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:129,0,360 chrI 192073 . G A 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=21;Dels=0.00;FS=1.740;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=1.812;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:147,0,116 chrI 192139 . G A 387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=20.37;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:48:420,48,0 chrI 192169 . G A 222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=10.57;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30:255,30,0 chrI 192170 . A G 216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=10.29;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30:249,30,0 chrI 192196 . A G 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=16.73;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:535,63,0 chrI 192427 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.796;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:67:211,0,67 chrI 192429 . G C 322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:42:355,42,0 chrI 192469 . G A 462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=11.85;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:57:495,57,0 chrI 192531 . C T 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=16.42;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1166,132,0 chrI 192551 . C A 212.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=73;Dels=0.01;FS=6.752;HaplotypeScore=18.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:27:245,27,0 chrI 192566 . T A 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=77;Dels=0.00;FS=52.377;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=0.95;ReadPosRankSum=-2.697;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,49:77:73:103,0,73 chrI 192618 . C T 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=20.93;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:891,105,0 chrI 192693 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:63:213,0,63 chrI 192804 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.825;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:337,0,413 chrI 192945 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DP=46;Dels=0.00;FS=2.505;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:330,0,177 chrI 192954 . C A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=52;Dels=0.00;FS=2.307;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.872;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:332,0,281 chrI 193131 . C T 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DP=30;Dels=0.00;FS=1.571;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.371;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:182,0,330 chrI 193260 . T C 229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=11.45;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:30:262,30,0 chrI 193452 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=43;Dels=0.00;FS=1.433;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,32:43:99:531,0,147 chrI 193500 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;DP=46;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:46:99:556,0,212 chrI 193716 . G A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.543;DP=58;Dels=0.00;FS=1.490;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.081;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:228,0,758 chrI 193725 . A G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DP=59;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.127;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:99:231,0,831 chrI 193731 . T C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;DP=60;Dels=0.00;FS=1.217;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.604;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:228,0,840 chrI 194101 . A G 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=15.00;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:663,81,0 chrI 194104 . C T 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=15.74;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:694,81,0 chrI 194166 . T C 115.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.576;SB=-9.914e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:18:148,18,0 chrI 194169 . T C 122.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=5.55;SB=-9.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:18:155,18,0 chrI 194241 . C T 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=20.09;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:957,108,0 chrI 194290 . C A 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DP=75;Dels=0.00;FS=9.757;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=11.57;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,57:75:99:898,0,213 chrI 194457 . A G 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:911,108,0 chrI 194475 . C T 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;QD=15.46;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:96:806,96,0 chrI 194499 . T C 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.76;MQ0=0;QD=17.94;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:894,105,0 chrI 194736 . G A 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.53;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2038,234,0 chrI 194803 . G A 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=18.45;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:937,108,0 chrI 194818 . G A 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=17.73;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:884,102,0 chrI 194831 . A G 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=15.03;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:69:589,69,0 chrI 195087 . G A 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;DP=89;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,59:89:99:1048,0,395 chrI 195126 . G A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.594;DP=81;Dels=0.00;FS=4.759;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,56:81:99:845,0,210 chrI 195138 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;DP=75;Dels=0.00;FS=3.326;HaplotypeScore=7.2541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,47:75:99:681,0,274 chrI 195204 . A G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.106;DP=47;Dels=0.00;FS=2.877;HaplotypeScore=5.1252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:47:99:185,0,574 chrI 195277 . G T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.727;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,22:31:59:359,0,59 chrI 195303 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=33;Dels=0.00;FS=1.686;HaplotypeScore=2.7272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=8.45;ReadPosRankSum=-2.097;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,25:33:99:309,0,109 chrI 195309 . C A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=32;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=1.9385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,24:32:99:322,0,130 chrI 195324 . C T 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=16.87;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:573,66,0 chrI 195459 . T C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;DP=71;Dels=0.00;FS=4.023;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.672;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,18:71:99:186,0,940 chrI 195482 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;DP=64;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.878;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,17:64:99:181,0,823 chrI 195585 . C T 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:43:99:108,0,509 chrI 195677 . A G 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.212;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:48:99:115,0,683 chrI 195790 . A G 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;DP=51;Dels=0.00;FS=1.422;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,41:51:99:779,0,128 chrI 195910 . A G 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=20.07;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:956,111,0 chrI 196198 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;DP=70;Dels=0.00;FS=4.739;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.537;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:529,0,641 chrI 196248 . G C 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=19.12;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1008,120,0 chrI 196284 . G A 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=14.86;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:66:568,66,0 chrI 196285 . A C 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;DP=35;Dels=0.00;FS=1.391;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.295;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:148,0,340 chrI 196305 . G C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=32;Dels=0.00;FS=5.387;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:154,0,306 chrI 196423 . C T 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=18.08;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1208,135,0 chrI 196452 . C T 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=18.81;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1199,138,0 chrI 196500 . C T 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=17.82;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1138,132,0 chrI 196523 . T A 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.32;MQ0=0;QD=17.40;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1164,138,0 chrI 196564 . G A 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=21.94;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1459,168,0 chrI 196587 . C T 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.48;MQ0=0;QD=21.34;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1548,180,0 chrI 196623 . C T 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=15.69;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:943,111,0 chrI 196647 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.716;DP=62;Dels=0.00;FS=5.663;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=2.58;ReadPosRankSum=1.064;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:190,0,658 chrI 196696 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DP=86;Dels=0.00;FS=5.843;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=2.068;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.010;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:86:99:799,0,519 chrI 196805 . C T 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=17.09;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1674,189,0 chrI 196861 . C T 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.03;MQ0=0;QD=11.91;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1057,123,0 chrI 196864 . C A 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.97;MQ0=0;QD=11.39;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1024,117,0 chrI 196884 . C T 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.42;MQ0=0;QD=6.08;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:66:538,66,0 chrI 196891 . G T 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.27;MQ0=0;QD=8.97;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:72:625,72,0 chrI 196926 . A C 71.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.125;DP=94;Dels=0.00;FS=3.119;HaplotypeScore=81.1830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=0.76;ReadPosRankSum=-4.386;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,9:94:96:101,0,96 chrI 196929 . A G 88.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;DP=97;Dels=0.00;FS=5.629;HaplotypeScore=80.3943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.24;MQ0=0;MQRankSum=2.249;QD=0.91;ReadPosRankSum=4.662;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,89:97:58:118,0,58 chrI 196932 . C T 905 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=100;Dels=0.00;FS=3.144;HaplotypeScore=77.6479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:100:99:938,114,0 chrI 197024 . A G 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.279;DP=90;Dels=0.00;FS=9.277;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=19.23;ReadPosRankSum=3.299;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:90:99:1764,210,0 chrI 197120 . G A 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.365;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1740,183,0 chrI 197123 . G A 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;QD=19.44;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1666,189,0 chrI 197225 . G A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.66;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.030;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,61:93:99:1000,0,418 chrI 197236 . G T 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.73;MQ0=0;QD=19.35;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1833,210,0 chrI 197266 . G T 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=103;Dels=0.00;FS=12.453;HaplotypeScore=11.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.70;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,70:103:99:1062,0,442 chrI 197292 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=88;Dels=0.00;FS=7.668;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.81;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,27:88:99:369,0,962 chrI 197344 . C T 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.02;MQ0=0;QD=18.34;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:1684,192,0 chrI 197350 . G A 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.925;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,64:87:99:1134,0,230 chrI 197428 . A T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;DP=61;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.189;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,42:61:99:679,0,295 chrI 197442 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=65;Dels=0.00;FS=2.477;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.82;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,17:65:99:218,0,851 chrI 197459 . T C 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.35;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=11.51;ReadPosRankSum=1.693;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,51:75:99:893,0,235 chrI 197484 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DP=81;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=9.49;ReadPosRankSum=2.740;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:81:99:799,0,556 chrI 197497 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=84;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=3.5219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.705;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:685,0,719 chrI 197559 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=126;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=4.4769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.644;QD=3.22;ReadPosRankSum=-3.467;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,40:126:99:436,0,1688 chrI 197560 . A G 1571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;DP=129;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=12.18;ReadPosRankSum=4.184;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,86:129:99:1601,0,375 chrI 197587 . G A 2248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.58;MQ0=0;QD=17.16;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2281,261,0 chrI 197629 . C T 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.76;MQ0=0;QD=13.16;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1559,180,0 chrI 197646 . T G 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=98;Dels=0.00;FS=2.922;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=11.23;ReadPosRankSum=2.399;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:1134,138,0 chrI 197656 . A G 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.77;MQ0=0;QD=14.56;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1358,159,0 chrI 197694 . G T 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=72;Dels=0.00;FS=10.801;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=10.82;ReadPosRankSum=2.903;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:93:812,93,0 chrI 197695 . A G 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DP=73;Dels=0.00;FS=5.046;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.08;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=10.45;ReadPosRankSum=3.333;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:96:796,96,0 chrI 197741 . C A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;DP=71;Dels=0.00;FS=6.512;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.54;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:220,0,384 chrI 197758 . A G 1121 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:1154,141,0 chrI 197760 . G C 1102 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=0;QD=11.72;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1135,138,0 chrI 197765 . C G 1164 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=11.76;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1197,138,0 chrI 197770 . A G 1199 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.11;MQ0=0;QD=12.23;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1232,147,0 chrI 197772 . A G 1132 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.11;MQ0=0;QD=11.55;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1165,138,0 chrI 197783 . G A 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.22;MQ0=0;QD=13.19;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1339,156,0 chrI 197791 . A G 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.699;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:1324,156,0 chrI 197811 . G A 1154 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=11.66;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1187,141,0 chrI 197813 . T C 1022 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=10.32;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1055,126,0 chrI 197819 . A G 1235 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.73;MQ0=0;QD=11.54;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1268,153,0 chrI 197825 . G A 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.38;MQ0=0;QD=11.93;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1333,156,0 chrI 197873 . G A 1914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.52;MQ0=0;QD=15.19;SB=-1.476e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:1947,219,0 chrI 197890 . C T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=122;Dels=0.00;FS=24.701;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.674;QD=7.64;ReadPosRankSum=-2.354;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,78:122:99:962,0,659 chrI 197908 . C T 2076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.73;MQ0=0;QD=16.09;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:129:99:2109,252,0 chrI 197983 . T A 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.10;MQ0=0;QD=15.22;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1129,132,0 chrI 198013 . T A 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.28;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.679;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:885,99,0 chrI 198022 . A G 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=66;Dels=0.00;FS=3.658;HaplotypeScore=55.0623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.00;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.679;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1004,120,0 chrI 198027 . C T 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=75;Dels=0.01;FS=13.705;HaplotypeScore=62.5442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.01;MQ0=0;MQRankSum=2.994;QD=12.64;ReadPosRankSum=2.581;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:74:99:981,114,0 chrI 198118 . G A 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.62;MQ0=0;QD=21.13;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1681,192,0 chrI 198168 . G T 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.29;MQ0=0;QD=19.44;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1452,171,0 chrI 198190 . T C 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.13;MQ0=0;QD=20.37;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1194,141,0 chrI 198215 . C A 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.10;MQ0=0;QD=19.62;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:975,111,0 chrI 198232 . C G 543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=16.45;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:576,69,0 chrI 198244 . G T 593 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=19.77;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:626,72,0 chrI 198252 . C G 515 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.96;MQ0=0;QD=18.39;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:548,66,0 chrI 198253 . T C,G 399.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.96;MQ0=0;QD=14.25;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,15,13:28:99:459,222,189,238,0,208 chrI 198259 . T C 404 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=16.83;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:437,54,0 chrI 198267 . A G 357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:48:390,48,0 chrI 198279 . A G 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.64;MQ0=0;QD=16.52;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:479,57,0 chrI 198287 . A G 456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.24;MQ0=0;QD=15.20;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:57:489,57,0 chrI 198331 . G T 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.59;MQ0=0;QD=18.21;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1144,132,0 chrI 198351 . G A 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.90;MQ0=0;QD=20.56;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1349,153,0 chrI 198398 . C T 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.26;MQ0=0;QD=22.11;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1072,120,0 chrI 198456 . T A 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=23.44;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:90:783,90,0 chrI 198490 . G C 513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=22.30;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:546,66,0 chrI 198502 . G A 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:20:46:46,0,318 chrI 198533 . C T 90.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=10.03;SB=-2.620e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:123,15,0 chrI 198536 . C T 91.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=11.41;SB=-2.820e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:124,15,0 chrI 198560 . T C 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=3.01;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:43,6,0 chrI 198562 . G A 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=3.01;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:43,6,0 chrI 198568 . G C 35.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=6.00;SB=-8.463e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:68,9,0 chrI 198586 . A G 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=3.18;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:47,6,0 chrI 198619 . C T 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.14;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:50,6,0 chrI 198620 . T G 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.30;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:51,6,0 chrI 198623 . A T 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.63;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:53,6,0 chrI 198628 . C G 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.14;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:50,6,0 chrI 198642 . T C 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.65;SB=-1.772e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:51,6,0 chrI 198648 . C T 46.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.36;SB=-9.813e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:79,9,0 chrI 198652 . A G 67.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.50;SB=-5.224e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:12:100,12,0 chrI 198657 . C T 72.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.53;SB=-5.224e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:12:105,12,0 chrI 198664 . A G 75.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.03;SB=-5.224e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:12:108,12,0 chrI 198675 . T C 94.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.89;SB=-2.727e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:127,15,0 chrI 198676 . C T 102.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.39;SB=-2.727e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:135,15,0 chrI 198677 . A G 95.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.95;SB=-2.723e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:128,15,0 chrI 198707 . C T 130.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=6.51;SB=-1.420e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18:163,18,0 chrI 198713 . C T 115.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.404;SB=-1.420e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:18:148,18,0 chrI 198851 . G C 94.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=10.47;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:127,15,0 chrI 198856 . T C 42.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.16;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:75,9,0 chrI 198861 . G C 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.46;SB=-2.480e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:49,6,0 chrI 202527 . A T 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=0.66;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:6:49,6,0 chrI 202529 . C T 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=0.77;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:6:52,6,0 chrI 202531 . A C 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=0.70;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:6:50,6,0 chrI 202534 . T C 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=88.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=0.81;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:6:53,6,0 chrI 202538 . G A 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=88.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=0.84;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:6:53,6,0 chrI 202563 . A G 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=0.99;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:6:49,6,0 chrI 202567 . G A 22.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.27;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:6:54,6,0 chrI 202571 . A C 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.82;SB=-1.772e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:53,6,0 chrI 202572 . G A 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.82;SB=-1.772e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:53,6,0 chrI 202575 . G T 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.82;SB=-1.772e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:53,6,0 chrI 202579 . A G 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.49;SB=-1.772e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:49,6,0 chrI 202581 . T C 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.65;SB=-1.772e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:51,6,0 chrI 202589 . G A 12.99 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=0.81;SB=-1.773e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:6:44,6,0 chrI 202616 . C G 66.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.16;SB=-5.225e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:12:99,12,0 chrI 202618 . T C 67.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.976;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=3.38;ReadPosRankSum=2.221;SB=-5.225e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:20:12:100,12,0 chrI 202626 . A T 124.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.77;SB=-1.420e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:18:157,18,0 chrI 202631 . G A 154.06 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.00;SB=-7.497e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:21:187,21,0 chrI 202633 . G A 178.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.09;SB=-4.096e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:24:211,24,0 chrI 202636 . C T 178.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.85;SB=-4.096e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:24:211,24,0 chrI 202663 . C T 225 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=4.79;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:30:258,30,0 chrI 202664 . T C 222 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=4.72;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:30:255,30,0 chrI 202692 . G T 443 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=64.2945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;QD=5.99;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:54:476,54,0 chrI 202718 . A T 258 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.04;MQ0=0;QD=4.23;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:33:291,33,0 chrI 202720 . G A 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,13:61:66:66,0,169 chrI 202724 . A G 271 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.04;MQ0=0;QD=4.67;SB=-8.701e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:36:304,36,0 chrI 202727 . T C 133.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.04;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.749;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,41:54:63:163,0,63 chrI 202732 . G A 280 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.04;MQ0=0;QD=5.96;SB=-8.701e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:36:313,36,0 chrI 202740 . T A 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.00;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.014;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,9:47:66:66,0,168 chrI 202761 . C T 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.629;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.07;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.233;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:36:51:51,0,351 chrI 202763 . C G 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.84;MQ0=0;QD=15.96;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:480,57,0 chrI 202801 . G A 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.49;MQ0=0;QD=19.45;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:772,87,0 chrI 202825 . G A 1085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.34;MQ0=0;QD=19.04;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1118,126,0 chrI 202966 . G C 2329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.13;MQ0=0;QD=22.18;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2362,282,0 chrI 203074 . A G 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.18;MQ0=0;QD=15.85;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:905,108,0 chrI 203105 . A G 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.41;MQ0=0;QD=16.36;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:753,90,0 chrI 203111 . C T 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=14.50;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:81:700,81,0 chrI 203174 . T C 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;DP=72;Dels=0.00;FS=3.920;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.259;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,16:72:99:106,0,917 chrI 203180 . T C 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.79;MQ0=0;QD=19.56;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1441,174,0 chrI 203214 . G C 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=19.53;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1439,171,0 chrI 203215 . C T 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;QD=18.73;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1344,159,0 chrI 203238 . T A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=16.28;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1433,168,0 chrI 203283 . A T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,22:71:99:265,0,775 chrI 203300 . T C 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.611;DP=65;Dels=0.00;FS=2.197;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.617;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,43:65:99:628,0,307 chrI 203313 . G A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=76;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:76:99:423,0,747 chrI 203349 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.664;DP=68;Dels=0.00;FS=11.531;HaplotypeScore=8.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.238;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.327;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:68:99:309,0,662 chrI 203364 . A G 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=63;Dels=0.00;FS=7.227;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.503;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.760;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:63:99:230,0,592 chrI 203458 . C T 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.42;MQ0=1;QD=17.84;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:943,108,0 chrI 203461 . G A 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.57;MQ0=1;QD=16.90;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:912,105,0 chrI 203494 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.50;MQ0=2;MQRankSum=-1.797;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,39:50:99:552,0,125 chrI 203606 . C T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DP=47;Dels=0.00;FS=1.703;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.25;MQ0=5;MQRankSum=-2.489;QD=0.30;ReadPosRankSum=2.660;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,12:47:44:44,0,429 chrI 203639 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=44;Dels=0.00;FS=22.003;HaplotypeScore=10.4622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.22;MQ0=1;MQRankSum=1.509;QD=5.41;ReadPosRankSum=3.094;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:268,0,190 chrI 203660 . C T 176.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.027;DP=44;Dels=0.00;FS=9.854;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.02;MQ0=8;MQRankSum=0.684;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:206,0,168 chrI 203677 . G A 183.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=50;Dels=0.00;FS=9.854;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.05;MQ0=14;MQRankSum=-0.175;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.703;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:213,0,131 chrI 203860 . C T 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DP=24;Dels=0.00;FS=9.859;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.34;MQ0=9;MQRankSum=0.457;QD=0.79;ReadPosRankSum=-2.285;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,4:24:49:49,0,121 chrI 203912 . A T 301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.70;MQ0=0;QD=15.05;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:39:334,39,0 chrI 203922 . A G 335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.97;MQ0=0;QD=13.96;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:45:368,45,0 chrI 203973 . G A 83.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.36;MQ0=0;QD=5.55;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:15:116,15,0 chrI 203984 . G A 63.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=13;Dels=0.00;FS=14.564;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.69;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-3.821e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:11:93,0,11 chrI 206351 . T C 14.91 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.000;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,4:9:6:46,6,0 chrI 206414 . T C 72.34 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.92;MQ0=1;MQRankSum=-2.308;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.177;SB=-3.377e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:31:8:102,0,8 chrI 206426 . T C 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.89;MQ0=1;MQRankSum=0.029;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.554;SB=-7.047e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,21:31:36:87,0,36 chrI 206441 . A G 94.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.568;SB=-2.660e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:15:127,15,0 chrI 206456 . C T 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.79;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.872;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:26:6:51,6,0 chrI 206462 . T C 16.85 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.194;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:24:6:48,6,0 chrI 206523 . G A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.16;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:52,6,0 chrI 206558 . T C 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.423;SB=-2.376e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:6:53,6,0 chrI 206561 . T C 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=1.49;SB=-2.364e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:12:6:49,6,0 chrI 206564 . G T 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=3.46;SB=-2.298e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:9:77,9,0 chrI 206567 . T A 22.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.26;MQ0=0;QD=1.69;SB=-7.999e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:13:6:53,6,0 chrI 206576 . A G 30.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;DP=23;Dels=0.00;FS=14.052;HaplotypeScore=15.1153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.331;SB=-6.838e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:42:60,0,42 chrI 206580 . T A 150.50 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.89;MQ0=0;QD=5.79;SB=-1.315e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:26:21:182,21,0 chrI 206582 . T C 38.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.14;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.474;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:68:68,0,121 chrI 206585 . T C 39.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.156;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.4218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:69:69,0,132 chrI 206591 . T C 13.22 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;DP=31;Dels=0.00;FS=9.949;HaplotypeScore=25.9215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.602;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:43:43,0,180 chrI 206594 . A T 20.05 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;DP=29;Dels=0.00;FS=18.842;HaplotypeScore=32.0553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.390;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.970;SB=-6.382e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:29:50:50,0,133 chrI 206597 . C T 37.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=34;Dels=0.00;FS=8.500;HaplotypeScore=32.4453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.192;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:67:67,0,165 chrI 206603 . C T 82.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=35;Dels=0.00;FS=11.854;HaplotypeScore=32.2489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.878;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:112,0,159 chrI 206624 . C T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.95;MQ0=1;MQRankSum=-0.178;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:62:62,0,184 chrI 206675 . A T 177.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.983;DP=23;Dels=0.04;FS=4.931;HaplotypeScore=6.2550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.65;MQ0=2;MQRankSum=1.358;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.890;SB=-7.903e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:22:24:210,24,0 chrI 206762 . T C 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=47;Dels=0.00;FS=16.735;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.93;MQ0=1;MQRankSum=-1.439;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.683;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:47:40:40,0,477 chrI 206780 . C T 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.855;DP=46;Dels=0.00;FS=14.901;HaplotypeScore=7.7162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.534;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:125,0,408 chrI 206828 . A G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;DP=46;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=5.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.905;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.092;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:46:99:174,0,289 chrI 207179 . T C 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=0;QD=15.12;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:426,51,0 chrI 207257 . A G 139.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;QD=9.27;SB=-9.506e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:21:172,21,0 chrI 207299 . G A 67.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.48;MQ0=2;QD=4.22;SB=-7.045e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:12:100,12,0 chrI 207498 . G A 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DP=21;Dels=0.00;FS=2.933;HaplotypeScore=4.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.51;MQ0=4;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.473;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:21:55:59,0,55 chrI 207579 . G A 66.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.27;MQ0=1;QD=7.39;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:99,12,0 chrI 207588 . G C 67.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.27;MQ0=1;QD=7.50;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:100,12,0 chrI 207621 . G A 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=1;QD=5.29;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:47,6,0 chrI 207718 . T C 41.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.81;MQ0=1;QD=6.00;SB=-4.621e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:74,9,0 chrI 207771 . G T 218 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=22;Dels=0.00;FS=5.119;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.77;MQ0=9;MQRankSum=1.203;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.668;SB=-4.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:22:30:251,30,0 chrI 208276 . C T 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.04;MQ0=1;QD=4.95;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:51,6,0 chrI 208659 . T C 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=5;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.71;MQ0=1;MQRankSum=0.727;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.727;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:6:49,6,0 chrI 209741 . T C 97.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.89;MQ0=1;QD=16.21;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:130,15,0 chrI 209772 . C T 100.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.93;MQ0=0;QD=20.05;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:133,15,0 chrI 209794 . T A 103.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.93;MQ0=0;QD=20.65;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:136,15,0 chrI 210046 . G A 244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=18.77;SB=-8.198e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33:277,33,0 chrI 210350 . T C 118.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=10.74;SB=-1.334e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:151,18,0 chrI 212153 . G C 204.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;DP=32;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.50;MQ0=6;MQRankSum=-0.136;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.789;SB=-9.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:83:234,0,83 chrI 219596 . T A 82.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.038;DP=86;Dels=0.00;FS=2.266;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.41;MQ0=5;MQRankSum=0.540;QD=0.95;ReadPosRankSum=-2.880;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,18:86:99:112,0,1185 chrI 220328 . C G 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=24;Dels=0.00;FS=10.569;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.00;MQ0=3;MQRankSum=-0.672;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.030;SB=-8.385e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,19:24:62:207,0,62 chrI 220518 . C T 235.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=74;Dels=0.00;FS=5.924;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=16;MQRankSum=0.336;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.500;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:74:99:265,0,696 chrI 220529 . G A 181.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DP=76;Dels=0.00;FS=4.597;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.18;MQ0=24;MQRankSum=-0.856;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.721;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,23:76:99:211,0,566 chrI 221084 . C A 68.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=49;Dels=0.00;FS=6.422;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.21;MQ0=32;MQRankSum=1.122;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.634;SB=-5.158e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:49:54:98,0,54 chrI 221775 . G A 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.55;MQ0=44;MQRankSum=1.611;QD=0.19;ReadPosRankSum=1.182;SB=-1.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,11:56:37:40,0,37 chrI 221844 . C G 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=48;Dels=0.00;FS=2.644;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.90;MQ0=24;MQRankSum=-0.426;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.635;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:48:45:45,0,150 chrI 221857 . C G 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=43;Dels=0.00;FS=7.231;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.45;MQ0=17;MQRankSum=1.924;QD=1.70;ReadPosRankSum=-2.345;SB=-4.059e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:103,0,158 chrI 222313 . C T 156.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;DP=61;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.46;MQ0=24;MQRankSum=-0.462;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.525;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:61:99:186,0,265 chrI 222983 . T A 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;DP=185;Dels=0.00;FS=9.196;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.34;MQ0=16;MQRankSum=-0.826;QD=0.08;ReadPosRankSum=-2.349;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,31:185:44:44,0,1632 chrI 223168 . T C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=68;Dels=0.00;FS=5.058;HaplotypeScore=16.1222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.04;MQ0=2;MQRankSum=0.744;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.394;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,12:68:60:60,0,687 chrI 224014 . T A 1215 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=375;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.40;MQ0=311;QD=3.24;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,333:375:99:1248,141,0 chrI 225098 . A G 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.993;DP=69;Dels=0.00;FS=5.079;HaplotypeScore=17.8782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.35;MQ0=14;MQRankSum=3.160;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.214;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,20:69:81:81,0,762 chrI 225099 . G A 203.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=69;Dels=0.04;FS=4.978;HaplotypeScore=24.7492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.35;MQ0=14;MQRankSum=-4.315;QD=2.94;ReadPosRankSum=-3.350;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:66:99:233,0,296 chrI 226095 . C T 136.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;DP=149;Dels=0.00;FS=16.599;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.80;MQ0=47;MQRankSum=-1.688;QD=0.91;ReadPosRankSum=-2.977;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,65:149:99:166,0,469 chrI 226942 . G T 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.96;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:56,6,0 chrI 226945 . A G 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.96;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:51,6,0 chrI 226950 . A G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.36;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:53,6,0 chrI 226954 . G C 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.76;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:50,6,0 chrI 226957 . A G 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.76;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:55,6,0 chrI 226961 . C G 13.94 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=2.79;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:45,6,0 chrI 226964 . T C 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.57;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:49,6,0 chrI 226965 . G A 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.76;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:50,6,0 chrI 226968 . G A 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.36;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:53,6,0 chrI 226970 . T A 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.96;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:51,6,0 chrI 226986 . T G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.36;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:53,6,0 chrI 226989 . G A 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.36;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:53,6,0 chrI 226990 . C T 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.16;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:52,6,0 chrI 226999 . G A 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.16;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:52,6,0 chrI 227007 . T C 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.57;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:49,6,0 chrI 227012 . A G 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.96;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:51,6,0 chrI 227015 . C T 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.36;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:53,6,0 chrI 227019 . C T 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.16;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:52,6,0 chrI 227665 . G A 287 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=3;QD=19.13;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:320,36,0 chrI 227697 . C T 300 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.76;MQ0=4;QD=18.75;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:333,36,0 chrI 227707 . A C 187.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.48;MQ0=3;QD=13.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:220,27,0 chrI 227777 . T C 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.90;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:53,6,0 chrI 227778 . C T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.89;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:55,6,0 chrI 227853 . G A 99.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.21;MQ0=2;QD=11.03;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:9:15:132,15,0 chrI 227948 . C T 43.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.65;MQ0=3;QD=4.40;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:10:9:76,9,0 chrI 228756 . A G 149.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.19;MQ0=29;QD=3.31;SB=-2.506e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:21:182,21,0 chrII 64 . G C 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=33;Dels=0.00;FS=2.341;HaplotypeScore=14.0466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.90;MQ0=2;MQRankSum=-0.645;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:33:96:219,0,96 chrII 102 . G A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.593;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.10;MQ0=0;MQRankSum=-5.240;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,59:99:99:990,0,766 chrII 103 . T C 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.048;DP=98;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=3.3196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.952;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,56:98:99:906,0,769 chrII 139 . G A 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=119;Dels=0.00;FS=3.539;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=10.55;ReadPosRankSum=3.803;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:1286,0,810 chrII 200 . T A 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.169;DP=99;Dels=0.00;FS=9.328;HaplotypeScore=10.7024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.92;MQ0=1;MQRankSum=-3.177;QD=0.45;ReadPosRankSum=-4.891;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,15:99:75:75,0,1801 chrII 255 . C G 375.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=91;Dels=0.00;FS=4.632;HaplotypeScore=1.9765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.07;MQ0=19;MQRankSum=0.416;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,27:91:99:405,0,539 chrII 279 . T A 165.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.42;MQ0=25;MQRankSum=2.519;QD=2.32;ReadPosRankSum=-2.232;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,14:71:99:195,0,196 chrII 394 . T C 228.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;DP=75;Dels=0.00;FS=60.276;HaplotypeScore=13.7674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.57;MQ0=16;MQRankSum=3.107;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,19:75:99:258,0,211 chrII 408 . T C 100.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;DP=80;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=8.5492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.74;MQ0=10;MQRankSum=-4.041;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.243;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:130,0,478 chrII 465 . T C 660.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=108;Dels=0.00;FS=38.064;HaplotypeScore=5.7153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.09;MQ0=1;MQRankSum=-6.051;QD=6.11;ReadPosRankSum=2.490;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:108:99:690,0,578 chrII 490 . T C 728.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=121;Dels=0.00;FS=5.068;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.08;MQ0=9;MQRankSum=-2.295;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,65:121:99:758,0,368 chrII 620 . A C 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;DP=188;Dels=0.00;FS=6.287;HaplotypeScore=7.8342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=7.61;MQ0=147;MQRankSum=2.262;QD=0.15;ReadPosRankSum=-1.784;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,77:188:59:59,0,68 chrII 796 . T C 421 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.02;MQ0=11;MQRankSum=0.932;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.449;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:47:37:454,37,0 chrII 1254 . T C 34.05 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=7.05;MQ0=86;MQRankSum=0.135;QD=0.35;ReadPosRankSum=2.141;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,21:98:17:64,0,17 chrII 1372 . G C 468 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.22;MQ0=6;QD=18.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:26:54:501,54,0 chrII 1507 . G A 156.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;DP=64;Dels=0.00;FS=7.533;HaplotypeScore=3.4318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.78;MQ0=20;MQRankSum=0.728;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.775;SB=-5.236e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:44:186,0,44 chrII 1670 . A G 77.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=13;Dels=0.00;FS=6.264;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.03;MQ0=2;MQRankSum=2.520;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.769;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:13:12:110,12,0 chrII 1691 . T C 132.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=1;MQRankSum=0.934;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.104;SB=-5.311e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:18:165,18,0 chrII 1785 . C T 178.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=24;Dels=0.00;FS=5.836;HaplotypeScore=4.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.04;MQ0=1;MQRankSum=1.295;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.505;SB=-3.166e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:24:44:208,0,44 chrII 1831 . A T 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=31;Dels=0.00;FS=16.628;HaplotypeScore=5.3040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.64;MQ0=4;MQRankSum=-1.820;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.249e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:31:46:46,0,238 chrII 1850 . G A 208.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.574;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.40;MQ0=3;MQRankSum=1.913;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.478;SB=-2.450e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:25:27:241,27,0 chrII 1925 . G C 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.95;MQ0=1;QD=4.95;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:51,6,0 chrII 1927 . C T 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.95;MQ0=1;QD=5.20;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:52,6,0 chrII 1928 . G T 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.95;MQ0=1;QD=4.71;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:50,6,0 chrII 1931 . T G 16.85 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.95;MQ0=1;QD=4.21;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:48,6,0 chrII 6098 . C T 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=41;Dels=0.00;FS=4.363;HaplotypeScore=15.3071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.24;MQ0=8;MQRankSum=-1.402;QD=0.56;ReadPosRankSum=2.714;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:53:53,0,137 chrII 6116 . T A 110.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=47;Dels=0.00;FS=3.584;HaplotypeScore=5.2735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.23;MQ0=8;MQRankSum=2.090;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.336;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:47:31:140,0,31 chrII 6130 . T C 108.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=48;Dels=0.00;FS=6.459;HaplotypeScore=7.2983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.06;MQ0=8;MQRankSum=2.195;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.974;SB=-6.533e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:52:138,0,52 chrII 6139 . G A 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.48;MQ0=7;MQRankSum=-2.255;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.051;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:50:50,0,132 chrII 6219 . A T 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.105;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.55;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=1.15;ReadPosRankSum=3.105;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:27:61:61,0,128 chrII 6258 . C T 86.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=26;Dels=0.00;FS=4.262;HaplotypeScore=11.6517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.75;MQ0=0;MQRankSum=2.948;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.636;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:116,0,190 chrII 6274 . C T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;DP=41;Dels=0.00;FS=2.449;HaplotypeScore=5.9137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.92;MQ0=0;MQRankSum=2.351;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,4:41:75:75,0,219 chrII 6285 . T C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DP=43;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.44;MQ0=0;MQRankSum=2.328;QD=0.58;ReadPosRankSum=-2.879;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,3:42:55:55,0,131 chrII 6302 . A G 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=49;Dels=0.00;FS=62.423;HaplotypeScore=6.9019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.49;MQ0=1;MQRankSum=3.015;QD=1.59;ReadPosRankSum=3.150;SB=-2.695e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:49:99:108,0,151 chrII 6440 . G C 307 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DP=62;Dels=0.00;FS=3.768;HaplotypeScore=22.4222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.96;MQ0=5;MQRankSum=-1.386;QD=4.95;ReadPosRankSum=1.663;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:62:39:340,39,0 chrII 6588 . T A 196.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=224;Dels=0.00;FS=130.625;HaplotypeScore=155.4888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.76;MQ0=0;MQRankSum=-6.038;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.508;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,103:224:99:226,0,2044 chrII 6589 . T A 224.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;DP=217;Dels=0.00;FS=148.790;HaplotypeScore=118.3479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.14;MQ0=0;MQRankSum=-6.229;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.193;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,102:217:99:254,0,2015 chrII 6592 . C A 218.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.301;DP=214;Dels=0.00;FS=150.546;HaplotypeScore=65.3634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.15;MQ0=0;MQRankSum=-6.433;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.327;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,102:214:99:248,0,1891 chrII 6593 . G T 211.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.752;DP=213;Dels=0.00;FS=151.542;HaplotypeScore=120.9892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.19;MQ0=0;MQRankSum=-6.557;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.243;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,102:213:99:241,0,1850 chrII 6595 . A C 194.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.924;DP=209;Dels=0.00;FS=155.667;HaplotypeScore=173.2660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.42;MQ0=0;MQRankSum=-7.166;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.818;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,103:209:99:224,0,1973 chrII 6603 . C T 1841.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=295;Dels=0.00;FS=133.309;HaplotypeScore=316.9549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.10;MQ0=2;MQRankSum=9.575;QD=6.24;ReadPosRankSum=8.173;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,148:295:76:1871,0,76 chrII 6619 . T A 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DP=268;Dels=0.00;FS=31.530;HaplotypeScore=13.3723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.71;MQ0=3;MQRankSum=1.023;QD=0.09;ReadPosRankSum=6.470;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,51:268:54:54,0,1591 chrII 6631 . A G 75.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.992;DP=317;Dels=0.00;FS=52.812;HaplotypeScore=19.8697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.01;MQ0=3;MQRankSum=3.300;QD=0.24;ReadPosRankSum=-9.136;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,104:317:99:105,0,1404 chrII 6633 . G A 69.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.469;DP=317;Dels=0.00;FS=39.595;HaplotypeScore=17.2990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.98;MQ0=3;MQRankSum=3.543;QD=0.22;ReadPosRankSum=-9.729;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,105:317:99:99,0,1340 chrII 6661 . A G 286.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.211;DP=260;Dels=0.00;FS=9.727;HaplotypeScore=114.9103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.18;MQ0=7;MQRankSum=5.207;QD=1.10;ReadPosRankSum=2.611;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,88:260:99:316,0,541 chrII 6663 . C A 308.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=255;Dels=0.00;FS=9.852;HaplotypeScore=117.1781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.66;MQ0=7;MQRankSum=4.506;QD=1.21;ReadPosRankSum=2.291;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,88:255:99:338,0,600 chrII 6676 . G A 197.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DP=211;Dels=0.00;FS=9.620;HaplotypeScore=29.1006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.77;MQ0=7;MQRankSum=8.645;QD=0.93;ReadPosRankSum=5.834;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,62:211:99:227,0,417 chrII 6677 . G T 202.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;DP=211;Dels=0.00;FS=12.264;HaplotypeScore=29.8346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.77;MQ0=7;MQRankSum=8.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=5.505;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,63:211:99:232,0,435 chrII 6680 . A G 489.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=191;Dels=0.00;FS=99.685;HaplotypeScore=47.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.71;MQ0=7;MQRankSum=-0.175;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,174:191:86:519,0,86 chrII 6684 . T C 410.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.425;DP=174;Dels=0.00;FS=12.451;HaplotypeScore=67.3509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.16;MQ0=6;MQRankSum=6.571;QD=2.36;ReadPosRankSum=2.774;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,84:174:99:440,0,127 chrII 6689 . G A 211.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=131;Dels=0.00;FS=41.413;HaplotypeScore=92.9225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.41;MQ0=6;MQRankSum=1.403;QD=1.61;ReadPosRankSum=-3.391;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,107:131:99:241,0,245 chrII 6690 . A G 108.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.556;DP=132;Dels=0.00;FS=13.672;HaplotypeScore=92.9225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.34;MQ0=6;MQRankSum=7.170;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.383;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,48:132:99:138,0,358 chrII 6698 . T G 18.07 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.236;DP=75;Dels=0.00;FS=6.091;HaplotypeScore=86.9311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.08;MQ0=5;MQRankSum=0.286;QD=0.24;ReadPosRankSum=-3.580;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:48:48,0,268 chrII 6699 . A T 27.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=75;Dels=0.00;FS=26.354;HaplotypeScore=86.9311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.08;MQ0=5;MQRankSum=3.101;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.948;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,51:75:57:57,0,263 chrII 6704 . T A 416.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=79;Dels=0.00;FS=2.299;HaplotypeScore=81.7827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.35;MQ0=5;MQRankSum=-0.645;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,70:79:64:446,0,64 chrII 6713 . A T 151.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=82;Dels=0.00;FS=8.102;HaplotypeScore=28.2076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.47;MQ0=5;MQRankSum=-0.626;QD=1.84;ReadPosRankSum=2.004;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:181,0,340 chrII 6735 . C A 192.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DP=106;Dels=0.00;FS=1.642;HaplotypeScore=89.1984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.28;MQ0=5;MQRankSum=-0.351;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.323;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,42:106:99:222,0,570 chrII 6743 . C T 116.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.935;DP=107;Dels=0.00;FS=2.855;HaplotypeScore=71.1995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.88;MQ0=7;MQRankSum=2.169;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,31:107:99:146,0,597 chrII 6754 . A C,T 450.01 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0395;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=23.07;MQ0=5;MQRankSum=3.393;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,35,39:107:99:510,194,304,186,0,295 chrII 6755 . T C 241.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.736;DP=106;Dels=0.00;FS=39.162;HaplotypeScore=37.4881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.12;MQ0=5;MQRankSum=1.709;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.923;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,35:106:99:271,0,393 chrII 6762 . C T 184.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DP=90;Dels=0.00;FS=59.661;HaplotypeScore=77.5685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.84;MQ0=5;MQRankSum=2.168;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.274;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,31:90:99:214,0,421 chrII 6764 . A T 159.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DP=90;Dels=0.00;FS=34.766;HaplotypeScore=96.6833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.97;MQ0=5;MQRankSum=0.246;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.365;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,25:90:99:189,0,443 chrII 6766 . A C 489.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.625;DP=89;Dels=0.00;FS=5.112;HaplotypeScore=100.2641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.86;MQ0=6;MQRankSum=3.795;QD=5.49;ReadPosRankSum=-1.709;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,53:89:68:519,0,68 chrII 6767 . A T 169.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=90;Dels=0.00;FS=74.975;HaplotypeScore=100.2641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.94;MQ0=6;MQRankSum=1.770;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,31:90:99:199,0,374 chrII 6769 . C T 450.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=90;Dels=0.00;FS=6.679;HaplotypeScore=103.2401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.94;MQ0=6;MQRankSum=3.630;QD=5.00;ReadPosRankSum=-2.318;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,57:90:61:480,0,61 chrII 6774 . C T 533.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.766;DP=95;Dels=0.00;FS=10.576;HaplotypeScore=124.2289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.76;MQ0=7;MQRankSum=4.632;QD=5.61;ReadPosRankSum=-3.169;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,62:95:32:563,0,32 chrII 6776 . G A 231.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.660;DP=98;Dels=0.00;FS=27.730;HaplotypeScore=145.4243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.44;MQ0=7;MQRankSum=4.580;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,30:98:99:261,0,322 chrII 6779 . G C 148.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DP=102;Dels=0.00;FS=46.812;HaplotypeScore=138.4118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.73;MQ0=7;MQRankSum=-1.141;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,30:102:99:178,0,398 chrII 6783 . C T 143.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DP=99;Dels=0.00;FS=47.343;HaplotypeScore=88.9840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.70;MQ0=7;MQRankSum=-0.598;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.353;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,28:99:99:173,0,421 chrII 6786 . A G 218.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=118;Dels=0.00;FS=38.081;HaplotypeScore=86.9974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.83;MQ0=8;MQRankSum=5.605;QD=1.85;ReadPosRankSum=2.144;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,34:118:99:248,0,340 chrII 6787 . A C 462.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.901;DP=120;Dels=0.00;FS=5.689;HaplotypeScore=67.2583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.67;MQ0=8;MQRankSum=4.045;QD=3.85;ReadPosRankSum=-2.993;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,86:120:70:492,0,70 chrII 6796 . C G 838.45 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.240;DP=158;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=44.7612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.78;MQ0=9;MQRankSum=3.731;QD=5.31;ReadPosRankSum=-3.343;SB=-3.885e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,124:158:7:870,7,0 chrII 6814 . G A 364.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;DP=173;Dels=0.00;FS=30.401;HaplotypeScore=19.1801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.11;MQ0=9;MQRankSum=4.418;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.125;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,52:173:99:394,0,643 chrII 6819 . C T 352.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;DP=178;Dels=0.00;FS=0.780;HaplotypeScore=19.1085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.86;MQ0=9;MQRankSum=3.203;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,56:178:99:382,0,755 chrII 6831 . T C 722.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=173;Dels=0.00;FS=64.053;HaplotypeScore=28.0601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.88;MQ0=9;MQRankSum=1.522;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.343;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,89:173:99:752,0,654 chrII 6841 . T A 1053.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=187;Dels=0.00;FS=15.996;HaplotypeScore=28.6275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.28;MQ0=7;MQRankSum=-1.718;QD=5.63;ReadPosRankSum=2.162;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,130:187:99:1083,0,411 chrII 6859 . C G 760.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DP=287;Dels=0.00;FS=23.873;HaplotypeScore=20.3589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.46;MQ0=9;MQRankSum=2.740;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,73:287:99:790,0,1940 chrII 6939 . T G 416.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=561;Dels=0.00;FS=7.686;HaplotypeScore=124.7134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.97;MQ0=2;MQRankSum=-1.104;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:465,92:561:99:446,0,7256 chrII 7024 . G A 155.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=322;Dels=0.00;FS=24.438;HaplotypeScore=46.4274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.98;MQ0=18;MQRankSum=0.504;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,51:322:99:185,0,4204 chrII 7044 . C T 923.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.188;DP=239;Dels=0.00;FS=5.531;HaplotypeScore=30.9425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.79;MQ0=19;MQRankSum=0.875;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.351;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,73:239:99:953,0,2446 chrII 7075 . A G 789.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=124;Dels=0.00;FS=16.478;HaplotypeScore=4.4646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.29;MQ0=21;MQRankSum=0.362;QD=6.36;ReadPosRankSum=4.428;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:124:99:819,0,664 chrII 7085 . C T 716.77 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.09;MQ0=20;MQRankSum=0.539;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.803;SB=-1.918e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,53:81:0:745,0,0 chrII 7100 . C T 612.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DP=76;Dels=0.00;FS=4.758;HaplotypeScore=2.8995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.97;MQ0=14;MQRankSum=1.118;QD=8.05;ReadPosRankSum=3.501;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,47:76:66:642,0,66 chrII 7116 . C A 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.65;MQ0=0;QD=10.21;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:58:72:625,72,0 chrII 7129 . A C 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DP=59;Dels=0.00;FS=25.410;HaplotypeScore=15.2936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:59:75:75,0,479 chrII 7133 . T G 72.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=61;Dels=0.00;FS=37.046;HaplotypeScore=17.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:61:99:102,0,520 chrII 7138 . C T 122.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.511;DP=73;Dels=0.00;FS=74.990;HaplotypeScore=13.2626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.702;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,22:73:99:152,0,557 chrII 7141 . A G 79.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=73;Dels=0.00;FS=79.819;HaplotypeScore=10.9512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.432;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:109,0,484 chrII 7150 . G C 224.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=71;Dels=0.00;FS=90.286;HaplotypeScore=14.2973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.055;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:254,0,493 chrII 7156 . A G 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.772;DP=73;Dels=0.00;FS=51.800;HaplotypeScore=25.4569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:255,0,484 chrII 7162 . T C 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;DP=98;Dels=0.00;FS=22.418;HaplotypeScore=34.1335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.11;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=0.14;ReadPosRankSum=0.078;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,18:98:44:44,0,1035 chrII 7167 . A G 684.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=108;Dels=0.00;FS=119.061;HaplotypeScore=18.4760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.074;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,75:108:99:714,0,497 chrII 7168 . T C 669.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.015;DP=108;Dels=0.00;FS=119.061;HaplotypeScore=18.4760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.674;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,75:108:99:699,0,504 chrII 7172 . C T 519.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.508;DP=109;Dels=0.00;FS=98.160;HaplotypeScore=17.6873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.240;QD=4.76;ReadPosRankSum=-2.500;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,79:109:99:549,0,493 chrII 7181 . G A 862.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=113;Dels=0.00;FS=92.755;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.27;MQ0=0;MQRankSum=-4.281;QD=7.63;ReadPosRankSum=-2.474;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,83:113:99:892,0,502 chrII 7183 . T C 843.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DP=113;Dels=0.00;FS=92.755;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.781;QD=7.46;ReadPosRankSum=-2.357;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,83:113:99:873,0,505 chrII 7186 . G A 805.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=114;Dels=0.00;FS=93.324;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.317;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.895;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,84:114:99:835,0,488 chrII 7209 . A G 1362.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.439;DP=157;Dels=0.00;FS=89.294;HaplotypeScore=4.7568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.056;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.123;SB=-5.602e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,124:157:99:1392,0,350 chrII 7211 . C T 1485.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.606;DP=170;Dels=0.00;FS=89.705;HaplotypeScore=4.7568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.984;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,131:170:99:1515,0,518 chrII 7217 . C A 1723.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=198;Dels=0.00;FS=67.839;HaplotypeScore=8.6223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.75;MQ0=4;MQRankSum=-3.301;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.183;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,159:198:99:1753,0,498 chrII 7273 . A G 3448.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.126;DP=329;Dels=0.00;FS=24.518;HaplotypeScore=5.3108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.45;MQ0=11;MQRankSum=4.397;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.608;SB=-1.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,253:329:99:3448,0,537 chrII 7294 . C T 679.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.486;DP=357;Dels=0.00;FS=12.594;HaplotypeScore=38.1985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQ0=12;MQRankSum=-1.607;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:273,84:357:99:709,0,3807 chrII 7362 . G A 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=188;Dels=0.00;FS=2.859;HaplotypeScore=47.2496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=0.21;ReadPosRankSum=-2.732;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,32:188:70:70,0,1999 chrII 7366 . T C 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.545;DP=178;Dels=0.00;FS=18.039;HaplotypeScore=90.6472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.04;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,115:178:99:1339,0,344 chrII 7393 . G T 624.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=114;Dels=0.00;FS=53.111;HaplotypeScore=81.6625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.537;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,77:114:99:654,0,332 chrII 7396 . T C 494.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;DP=118;Dels=0.00;FS=60.728;HaplotypeScore=62.0541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=4.19;ReadPosRankSum=2.463;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,75:118:99:524,0,403 chrII 7402 . A G 428.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DP=103;Dels=0.00;FS=49.335;HaplotypeScore=29.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=4.16;ReadPosRankSum=3.461;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,60:103:99:458,0,429 chrII 7403 . C G 427.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.839;DP=104;Dels=0.00;FS=50.022;HaplotypeScore=28.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=4.11;ReadPosRankSum=3.438;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,60:104:99:457,0,443 chrII 7404 . A G 306.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;DP=105;Dels=0.00;FS=25.067;HaplotypeScore=28.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=2.91;ReadPosRankSum=3.219;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:336,0,588 chrII 7405 . A G 413.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=105;Dels=0.00;FS=50.440;HaplotypeScore=28.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=3.93;ReadPosRankSum=3.053;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,60:105:99:443,0,436 chrII 7409 . T C 294.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;DP=111;Dels=0.00;FS=24.050;HaplotypeScore=29.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.10;MQ0=1;MQRankSum=-1.208;QD=2.65;ReadPosRankSum=2.194;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:111:99:324,0,596 chrII 7432 . C T 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;DP=84;Dels=0.00;FS=62.849;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.18;MQ0=1;MQRankSum=-1.052;QD=1.77;ReadPosRankSum=-4.604;SB=-2.199e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:179,0,427 chrII 7436 . G A 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.820;DP=75;Dels=0.00;FS=66.907;HaplotypeScore=5.3360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.99;MQ0=1;MQRankSum=-0.911;QD=1.81;ReadPosRankSum=-4.261;SB=-1.898e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:166,0,401 chrII 7481 . T C 505.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=137;Dels=0.00;FS=33.947;HaplotypeScore=93.8516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.60;MQ0=27;MQRankSum=-6.058;QD=3.69;ReadPosRankSum=3.537;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,83:137:99:535,0,277 chrII 7510 . G T 7624.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=363;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.00;MQ0=33;QD=21.00;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,353:362:99:7624,829,0 chrII 7549 . T C 2623.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.614;DP=390;Dels=0.00;FS=22.148;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.11;MQ0=62;MQRankSum=0.473;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.056;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,160:390:99:2653,0,3421 chrII 7669 . C T 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.16;MQ0=32;MQRankSum=0.354;QD=0.11;ReadPosRankSum=0.632;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,17:154:47:47,0,1480 chrII 7866 . C A 1241.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.949;DP=169;Dels=0.00;FS=15.200;HaplotypeScore=23.2140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.05;MQ0=46;MQRankSum=-1.313;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.160;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,89:169:99:1271,0,402 chrII 7945 . A G 398.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=194;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=32.6676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.91;MQ0=17;MQRankSum=-1.458;QD=2.05;ReadPosRankSum=-2.170;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,48:194:99:428,0,1708 chrII 7997 . G A 1298.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.443;DP=216;Dels=0.00;FS=56.486;HaplotypeScore=36.1830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.33;MQ0=25;MQRankSum=-0.812;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,106:216:99:1328,0,1125 chrII 8001 . T G 1312.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;DP=211;Dels=0.00;FS=67.191;HaplotypeScore=37.8875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.41;MQ0=23;MQRankSum=-0.843;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,100:211:99:1342,0,1152 chrII 8006 . A G 1013.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=202;Dels=0.00;FS=59.342;HaplotypeScore=35.2639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.15;MQ0=21;MQRankSum=-0.261;QD=5.01;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,78:202:99:1043,0,1107 chrII 8009 . A G 1200.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=198;Dels=0.00;FS=68.372;HaplotypeScore=43.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.10;MQ0=21;MQRankSum=-0.279;QD=6.06;ReadPosRankSum=-2.647;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,91:198:99:1230,0,1043 chrII 8023 . G T 962.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=169;Dels=0.00;FS=100.558;HaplotypeScore=26.7478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.43;MQ0=21;MQRankSum=1.329;QD=5.69;ReadPosRankSum=-9.948;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,76:169:99:992,0,759 chrII 8074 . T C 246.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;DP=58;Dels=0.00;FS=62.932;HaplotypeScore=9.5117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.78;MQ0=26;MQRankSum=1.621;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.781;SB=-3.023e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:23:276,0,23 chrII 8087 . C T 250.79 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DP=69;Dels=0.00;FS=87.583;HaplotypeScore=4.1173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.34;MQ0=36;MQRankSum=2.929;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-3.804e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:69:4:280,0,4 chrII 8161 . C G 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=86;Dels=0.00;FS=76.221;HaplotypeScore=17.4790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.00;MQ0=41;MQRankSum=4.506;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.888;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,18:86:71:71,0,183 chrII 8174 . T A 59.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;DP=91;Dels=0.00;FS=56.302;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.51;MQ0=43;MQRankSum=3.619;QD=0.65;ReadPosRankSum=-3.062;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,28:91:89:89,0,180 chrII 8186 . C T 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;DP=80;Dels=0.00;FS=71.150;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.31;MQ0=36;MQRankSum=4.871;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.907;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,21:80:99:110,0,177 chrII 8187 . T C 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DP=80;Dels=0.00;FS=59.432;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.31;MQ0=36;MQRankSum=4.472;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,22:80:99:110,0,177 chrII 8216 . C G 90.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DP=66;Dels=0.00;FS=44.502;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.89;MQ0=35;MQRankSum=3.583;QD=1.36;ReadPosRankSum=2.782;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,19:66:90:120,0,90 chrII 8221 . G A 104.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.282;DP=62;Dels=0.00;FS=41.289;HaplotypeScore=5.0299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.26;MQ0=35;MQRankSum=3.183;QD=1.68;ReadPosRankSum=2.936;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:62:47:134,0,47 chrII 8222 . T C 97.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=61;Dels=0.00;FS=37.389;HaplotypeScore=5.0299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.38;MQ0=34;MQRankSum=3.136;QD=1.59;ReadPosRankSum=2.767;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,18:61:45:127,0,45 chrII 8238 . T C 91.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=47;Dels=0.00;FS=16.021;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.53;MQ0=31;MQRankSum=0.556;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-2.707e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,14:47:15:124,15,0 chrII 8250 . A G 36.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=32;Dels=0.00;FS=18.921;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.97;MQ0=19;MQRankSum=0.691;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-9.731e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,11:32:9:69,9,0 chrII 8253 . C T 41.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=31;Dels=0.00;FS=18.195;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.36;MQ0=19;MQRankSum=0.752;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-9.645e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,10:31:9:74,9,0 chrII 8280 . G A 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=12;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.72;MQ0=7;MQRankSum=-0.731;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,4:12:6:58,6,0 chrII 8281 . G C 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=11;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.55;MQ0=6;MQRankSum=-0.731;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,4:11:6:52,6,0 chrII 8283 . A G 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=11;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.55;MQ0=6;MQRankSum=-0.731;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.731;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,4:11:6:50,6,0 chrII 8288 . T A 19.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=9;Dels=0.00;FS=11.761;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.68;MQ0=3;MQRankSum=-1.380;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.380;SB=-2.535e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:18:49,0,18 chrII 8315 . G A 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.10;MQ0=0;QD=1.98;SB=-5.851e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:49,6,0 chrII 8316 . A T 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.10;MQ0=0;QD=1.98;SB=-5.951e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:49,6,0 chrII 8317 . A G 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=2.8489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.10;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.751;SB=-5.351e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:6:50,6,0 chrII 8328 . G C 37.05 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DP=18;Dels=0.00;FS=6.864;HaplotypeScore=2.7476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.84;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=2.06;ReadPosRankSum=-2.162;SB=-6.504e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:18:17:67,0,17 chrII 8331 . C T 33.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=2.7476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=1.74;ReadPosRankSum=-2.325;SB=-9.803e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:19:18:63,0,18 chrII 8592 . C T 153.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=71;Dels=0.00;FS=20.913;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-3.133;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,17:71:99:183,0,1114 chrII 8616 . G A 285.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DP=62;Dels=0.00;FS=16.290;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.559;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.568;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,19:62:99:315,0,823 chrII 8647 . G A 400.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=54;Dels=0.00;FS=11.488;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.099;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.674;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:430,0,650 chrII 9085 . A T 26.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.076e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,2:4:6:58,6,0 chrII 9090 . A T 12.30 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.07;MQ0=1;MQRankSum=-0.358;QD=2.05;ReadPosRankSum=1.231;SB=-1.804e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:18:42,0,18 chrII 9266 . C T 79.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.73;MQ0=3;QD=7.23;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:12:112,12,0 chrII 9560 . C T 291.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.271;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:321,0,484 chrII 9679 . A G 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.23;MQ0=0;QD=17.95;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1613,180,0 chrII 9688 . C G 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.69;MQ0=0;QD=19.75;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1949,210,0 chrII 9832 . T G 1923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1956,219,0 chrII 9859 . T G 2394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:116:99:2427,273,0 chrII 9932 . T C 3198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=24.41;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:3231,354,0 chrII 10135 . C T 1180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.263;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,66:127:99:1210,0,1021 chrII 10136 . G T 1006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.158;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=2.343;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,61:127:99:1036,0,1212 chrII 10401 . G A 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=126;Dels=0.00;FS=17.033;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.071;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,54:126:99:988,0,1393 chrII 10463 . G C 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=71;Dels=0.00;FS=5.011;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.322;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:71:99:629,0,665 chrII 10572 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DP=83;Dels=0.00;FS=5.037;HaplotypeScore=6.0277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:552,0,613 chrII 10621 . C T 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2386,252,0 chrII 10627 . G A 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DP=113;Dels=0.00;FS=1.570;HaplotypeScore=9.7425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.227;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:896,0,1036 chrII 10674 . A C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=94;Dels=0.00;FS=11.730;HaplotypeScore=13.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.280;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:667,0,804 chrII 10708 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=93;Dels=0.00;FS=5.700;HaplotypeScore=46.7451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:616,0,918 chrII 10783 . G A 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.197;DP=80;Dels=0.00;FS=16.597;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.472;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.025;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:768,0,510 chrII 10795 . T A 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=75;Dels=0.00;FS=8.552;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.743;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:75:99:756,0,477 chrII 10801 . G T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.338;DP=69;Dels=0.00;FS=10.454;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,46:69:99:776,0,293 chrII 10810 . G A 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=60;Dels=0.00;FS=9.138;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.036;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,46:60:99:775,0,224 chrII 10862 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.309;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.349;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:412,0,548 chrII 10919 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.611;DP=70;Dels=0.00;FS=4.681;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:501,0,620 chrII 10943 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=66;Dels=0.00;FS=13.488;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:514,0,429 chrII 10980 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=52;Dels=0.00;FS=12.937;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.245;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:455,0,470 chrII 10994 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=51;Dels=0.00;FS=23.005;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:422,0,430 chrII 11039 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;DP=47;Dels=0.00;FS=6.062;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:494,0,375 chrII 11052 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=50;Dels=0.00;FS=6.090;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.525;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:481,0,480 chrII 11360 . T A 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=45;Dels=0.00;FS=6.935;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:45:79:79,0,602 chrII 11361 . G C 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=44;Dels=0.00;FS=7.425;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:44:66:66,0,581 chrII 11416 . C A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.512;DP=67;Dels=0.00;FS=3.599;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.348;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:469,0,766 chrII 11435 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=68;Dels=0.00;FS=3.357;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.017;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:506,0,799 chrII 11470 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=77;Dels=0.00;FS=3.098;HaplotypeScore=7.0060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.530;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.115;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:77:99:593,0,841 chrII 11545 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=104;Dels=0.00;FS=3.703;HaplotypeScore=7.3195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.837;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:104:99:692,0,1100 chrII 11687 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=49;Dels=0.00;FS=4.231;HaplotypeScore=5.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.850;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:282,0,484 chrII 11738 . G A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=57;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.860;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:474,0,470 chrII 11749 . T C 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=61;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.210;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:577,0,474 chrII 11855 . G A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;DP=56;Dels=0.00;FS=7.501;HaplotypeScore=7.2514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:324,0,565 chrII 12122 . T C 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:37:99:153,0,344 chrII 12208 . G A 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=20.03;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:714,78,0 chrII 12257 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=36;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.383;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:36:99:301,0,301 chrII 12485 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=29;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=6.2321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:261,0,264 chrII 12511 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=33;Dels=0.03;FS=8.162;HaplotypeScore=7.8094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.038;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:312,0,262 chrII 12728 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DP=55;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.424;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:452,0,582 chrII 12839 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;DP=46;Dels=0.00;FS=6.942;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:369,0,448 chrII 12855 . A C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=53;Dels=0.00;FS=8.377;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:408,0,442 chrII 13061 . G T 2676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.87;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2709,291,0 chrII 13169 . A C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=72;Dels=0.00;FS=9.033;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.430;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:446,0,964 chrII 13184 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=80;Dels=0.00;FS=3.133;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:80:99:446,0,917 chrII 13189 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=74;Dels=0.00;FS=1.910;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:442,0,921 chrII 13217 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=88;Dels=0.00;FS=7.983;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:687,0,761 chrII 13313 . G A 1587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=134;Dels=0.00;FS=3.449;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,83:134:99:1617,0,888 chrII 13497 . G A 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=100;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:100:99:843,0,853 chrII 13609 . G T 1310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DP=130;Dels=0.00;FS=5.489;HaplotypeScore=9.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.251;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,76:130:99:1340,0,803 chrII 13960 . T A 1176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.486;DP=148;Dels=0.00;FS=3.866;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.124;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,69:148:99:1206,0,1257 chrII 14056 . T G 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;DP=72;Dels=0.00;FS=1.086;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.356;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:641,0,492 chrII 14093 . A G 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.195;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:79:99:736,0,489 chrII 14472 . G A 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=23.02;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1414,156,0 chrII 15222 . T A 2138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=24.30;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2171,228,0 chrII 15234 . T C 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=20.56;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:1616,177,0 chrII 15510 . G T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.841;DP=82;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:82:99:697,0,714 chrII 15830 . A G 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=19.09;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1312,141,0 chrII 15835 . C T 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=19.63;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1348,141,0 chrII 15842 . C T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=6.80;ReadPosRankSum=-2.124;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:499,0,451 chrII 15880 . C T 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=17.73;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:96:902,96,0 chrII 16530 . C T 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.82;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1146,120,0 chrII 16749 . G A 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=18.53;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1052,114,0 chrII 17470 . T G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.420;DP=52;Dels=0.00;FS=4.062;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:359,0,598 chrII 17502 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;DP=50;Dels=0.00;FS=10.447;HaplotypeScore=4.1978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.357;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:277,0,475 chrII 17571 . C T 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.79;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1010,108,0 chrII 17715 . A G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DP=89;Dels=0.00;FS=1.743;HaplotypeScore=8.9402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.532;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:653,0,810 chrII 18082 . A T 3404.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=19.79;ReadPosRankSum=1.712;SB=-1.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,171:172:99:3404,375,0 chrII 18175 . T C 3189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=23.45;ReadPosRankSum=1.706;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:136:99:3222,351,0 chrII 18513 . A G 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=21.72;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1575,171,0 chrII 19466 . G A 1151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DP=141;Dels=0.00;FS=3.079;HaplotypeScore=9.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.616;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:141:99:1181,0,1040 chrII 19770 . A G 1244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=156;Dels=0.00;FS=0.604;HaplotypeScore=19.6427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.120;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,72:156:99:1274,0,1352 chrII 19902 . A G 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;DP=122;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:122:99:969,0,1191 chrII 19967 . T C 2576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=20.61;SB=-1.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2609,288,0 chrII 20268 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=94;Dels=0.00;FS=12.127;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.701;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:850,0,753 chrII 20442 . G C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;DP=74;Dels=0.00;FS=4.631;HaplotypeScore=4.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.023;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:74:99:556,0,572 chrII 20445 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DP=71;Dels=0.00;FS=6.387;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:71:99:573,0,562 chrII 20520 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:457,0,637 chrII 21461 . T C 1242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.207;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.985;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,76:153:99:1272,0,1490 chrII 21480 . G A 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.357;DP=144;Dels=0.00;FS=1.343;HaplotypeScore=6.6017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,68:144:99:1143,0,1376 chrII 21610 . A T 1679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.000;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.288;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,86:157:99:1709,0,1186 chrII 21612 . C T 1566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.829;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.368;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,83:154:99:1596,0,1318 chrII 21769 . T G 1836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.650;DP=192;Dels=0.00;FS=1.176;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.290;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,97:192:99:1866,0,1569 chrII 21977 . C A 1299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;DP=138;Dels=0.00;FS=2.401;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.169;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,79:138:99:1329,0,1062 chrII 21979 . C A 1303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;DP=138;Dels=0.00;FS=3.369;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,79:138:99:1333,0,1092 chrII 22222 . C T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=71;Dels=0.00;FS=3.658;HaplotypeScore=6.1774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:719,0,635 chrII 22280 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=79;Dels=0.00;FS=0.866;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=7.72;ReadPosRankSum=-3.034;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:640,0,639 chrII 22296 . C G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:533,0,517 chrII 22394 . G A 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.330;DP=90;Dels=0.00;FS=1.730;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:869,0,800 chrII 22415 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=77;Dels=0.00;FS=4.447;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:671,0,761 chrII 23230 . A G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=93;Dels=0.00;FS=6.668;HaplotypeScore=9.9218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.741;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:93:99:699,0,751 chrII 23537 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DP=84;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=7.1789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.052;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:500,0,749 chrII 23766 . G A 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;DP=46;Dels=0.00;FS=2.589;HaplotypeScore=5.0559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:269,0,401 chrII 23961 . C T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;DP=92;Dels=0.00;FS=4.629;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:684,0,823 chrII 24052 . C G 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.310;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.630;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:53:99:341,0,349 chrII 24096 . A G 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.403;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:75:75,0,159 chrII 24115 . T G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;DP=21;Dels=0.00;FS=6.923;HaplotypeScore=2.3204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:68:216,0,68 chrII 24209 . T C 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=19.59;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:836,93,0 chrII 24838 . A G 4931.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=206;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=23.94;ReadPosRankSum=1.715;SB=-2.557e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,203:206:99:4931,546,0 chrII 24859 . G A 4935.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=25.05;SB=-2.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:195:99:4935,534,0 chrII 24972 . C T 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.36;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1764,186,0 chrII 25059 . C T 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=23.23;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1961,213,0 chrII 25217 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=70;Dels=0.00;FS=3.641;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.322;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.659;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:368,0,613 chrII 25345 . A G 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=30;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=18.70;ReadPosRankSum=1.614;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:66:594,66,0 chrII 25639 . A T 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=16.47;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:774,84,0 chrII 25680 . C G 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=19.95;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1150,126,0 chrII 25978 . G A 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=22.01;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1552,177,0 chrII 26029 . G A 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=17.92;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1341,156,0 chrII 26040 . C T 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=17.79;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1581,180,0 chrII 26161 . G A 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=16.86;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1264,141,0 chrII 26500 . A C 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.75;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1083,120,0 chrII 26767 . T A 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.27;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1391,150,0 chrII 26815 . A G 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=61;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:508,0,439 chrII 26950 . T A 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.38;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1886,195,0 chrII 27032 . G T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DP=53;Dels=0.00;FS=7.963;HaplotypeScore=6.6318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.546;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:416,0,438 chrII 27157 . G A 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.36;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1214,135,0 chrII 27577 . G A 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=13.56;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:75:711,75,0 chrII 27850 . T C 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=16.68;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:667,72,0 chrII 27855 . C T 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=16.28;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:668,75,0 chrII 27998 . G A 438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.52;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:471,51,0 chrII 28250 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.385;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:302,0,228 chrII 28538 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=40;Dels=0.00;FS=1.243;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.913;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:386,0,226 chrII 28586 . G A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=37;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:324,0,382 chrII 28912 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DP=38;Dels=0.00;FS=1.303;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:384,0,223 chrII 29052 . T A 2832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=137;Dels=0.00;FS=5.916;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=20.67;ReadPosRankSum=2.846;SB=-1.661e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:137:99:2865,306,0 chrII 29064 . T C 2721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=142;Dels=0.00;FS=2.917;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=19.16;ReadPosRankSum=2.415;SB=-1.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,140:142:99:2754,303,0 chrII 29190 . A G 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=58;Dels=0.00;FS=3.865;HaplotypeScore=5.6540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.609;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:58:99:1103,123,0 chrII 29269 . A G 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=21.44;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1834,198,0 chrII 29346 . A G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DP=108;Dels=0.00;FS=20.602;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,42:108:99:616,0,1405 chrII 29361 . T C 2389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.09;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2422,267,0 chrII 29377 . A C 2384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.95;MQ0=0;QD=23.60;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2417,255,0 chrII 29658 . T A 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;DP=15;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=7.2421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.88;MQ0=3;MQRankSum=-2.180;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.134;SB=-6.392e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:40:46,0,40 chrII 30012 . C T 554 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=46;Dels=0.00;FS=5.714;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.44;MQ0=4;MQRankSum=2.829;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:46:69:587,69,0 chrII 30050 . A G 187.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DP=38;Dels=0.00;FS=6.690;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.32;MQ0=17;MQRankSum=2.663;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:38:27:220,27,0 chrII 30467 . A C 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.11;MQ0=9;MQRankSum=1.380;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.380;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:9:77,9,0 chrII 30848 . C G 86.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.49;MQ0=63;MQRankSum=1.291;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.992;SB=-6.430e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,13:96:15:119,15,0 chrII 31480 . A G 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DP=48;Dels=0.00;FS=3.323;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.63;MQ0=14;MQRankSum=0.781;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.664;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,12:48:40:40,0,43 chrII 31486 . C T 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=48;Dels=0.00;FS=2.863;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.22;MQ0=18;MQRankSum=0.362;QD=0.22;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,12:48:39:40,0,39 chrII 31502 . T C 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=44;Dels=0.00;FS=5.119;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.70;MQ0=31;MQRankSum=-1.774;QD=0.26;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,9:44:41:41,0,43 chrII 31525 . T C 84.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.54;MQ0=48;QD=1.63;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,7:52:12:117,12,0 chrII 32850 . T C 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;DP=91;Dels=0.00;FS=57.073;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.56;MQ0=35;MQRankSum=-2.488;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.575;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:91:99:100,0,577 chrII 32881 . C T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=107;Dels=0.00;FS=16.629;HaplotypeScore=8.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.14;MQ0=51;MQRankSum=0.738;QD=0.13;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,15:107:44:44,0,569 chrII 33250 . C T 221.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=102;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=5.5519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.98;MQ0=15;MQRankSum=-1.073;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,24:102:99:251,0,916 chrII 35839 . G A 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;DP=25;Dels=0.00;FS=7.132;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.00;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:99:114,0,125 chrII 36389 . T C 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.661;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:100:99:2230,240,0 chrII 36492 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=103;Dels=0.00;FS=3.693;HaplotypeScore=19.4612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:103:99:493,0,847 chrII 36830 . A G 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.186;DP=64;Dels=0.00;FS=2.216;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:446,0,514 chrII 37424 . G A 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=17.06;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:954,105,0 chrII 37454 . C T 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=18.32;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1004,105,0 chrII 37628 . C T 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.87;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1014,108,0 chrII 38273 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=33;Dels=0.00;FS=8.984;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.862;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:328,0,178 chrII 39013 . C T 167.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=27;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=6.5178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.049;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:197,0,318 chrII 39234 . A T 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.58;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:87:826,87,0 chrII 39405 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:539,0,659 chrII 39435 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.467;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.885;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:386,0,764 chrII 39607 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=49;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:550,0,384 chrII 40179 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DP=56;Dels=0.00;FS=5.730;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:527,0,521 chrII 40260 . G A 2209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.77;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2242,231,0 chrII 40329 . C T 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=104;Dels=0.00;FS=4.377;HaplotypeScore=6.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.432;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:967,0,851 chrII 40479 . T C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DP=31;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:259,0,171 chrII 40554 . A G 766.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.35;MQ0=0;MQRankSum=1.881;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.337;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:796,0,497 chrII 40699 . G A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DP=59;Dels=0.00;FS=8.301;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.676;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:371,0,748 chrII 40720 . C T 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=42;Dels=0.00;FS=7.503;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:345,0,504 chrII 40882 . T C 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=22.00;ReadPosRankSum=2.375;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1485,168,0 chrII 40983 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.394;DP=79;Dels=0.00;FS=9.175;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.444;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.745;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:79:99:572,0,762 chrII 40992 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;DP=81;Dels=0.00;FS=21.330;HaplotypeScore=5.9251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:573,0,726 chrII 41046 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.300;DP=66;Dels=0.00;FS=14.061;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=4.89;ReadPosRankSum=-2.017;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:353,0,812 chrII 41091 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=58;Dels=0.00;FS=9.626;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.330;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:532,0,505 chrII 41434 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;DP=79;Dels=0.00;FS=12.928;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:823,0,707 chrII 41484 . C T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=58;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.466;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:640,0,405 chrII 41506 . C A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;DP=62;Dels=0.00;FS=6.889;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=6.45;ReadPosRankSum=2.389;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:430,0,691 chrII 41913 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;DP=93;Dels=0.00;FS=12.261;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.999;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.004;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:671,0,825 chrII 42187 . C A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.581;DP=60;Dels=0.00;FS=4.016;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.308;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:547,0,345 chrII 42836 . A G 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.768;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:855,0,540 chrII 42921 . G A 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=100;Dels=0.00;FS=7.534;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.791;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,60:100:99:1138,0,691 chrII 43179 . G A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DP=45;Dels=0.00;FS=1.490;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:468,0,257 chrII 43330 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=42;Dels=0.00;FS=3.058;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.606;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:325,0,360 chrII 43348 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=41;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=6.1224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.243;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:362,0,285 chrII 43654 . T C 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=47;Dels=0.00;FS=17.021;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:476,0,355 chrII 43688 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;DP=53;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.275;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:418,0,460 chrII 43708 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=49;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:310,0,452 chrII 44047 . G A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.918;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:704,0,278 chrII 44098 . G T 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.379;DP=98;Dels=0.00;FS=1.662;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:98:99:994,0,787 chrII 44904 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.670;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:373,0,353 chrII 44974 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=55;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:405,0,226 chrII 45009 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.255;DP=69;Dels=0.00;FS=2.100;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.662;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:69:99:571,0,479 chrII 45075 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.530;DP=73;Dels=0.00;FS=1.992;HaplotypeScore=14.3106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:73:99:500,0,736 chrII 45269 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:371,0,523 chrII 45299 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.744;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:484,0,688 chrII 45824 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=48;Dels=0.00;FS=1.656;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:436,0,303 chrII 46603 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=51;Dels=0.00;FS=6.061;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.333;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:609,0,383 chrII 46720 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=88;Dels=0.00;FS=1.453;HaplotypeScore=15.0938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:552,0,588 chrII 46912 . C T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;DP=74;Dels=0.00;FS=4.556;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:639,0,519 chrII 46930 . C A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=72;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:541,0,538 chrII 47062 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.734;DP=60;Dels=0.00;FS=4.330;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:60:99:460,0,699 chrII 47213 . C A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=55;Dels=0.00;FS=3.885;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:397,0,555 chrII 47244 . A T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.682;DP=76;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=9.1039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:559,0,411 chrII 47612 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;DP=37;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=4.65;ReadPosRankSum=-2.420;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:202,0,339 chrII 47971 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DP=38;Dels=0.00;FS=4.947;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:465,0,153 chrII 48461 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.306;DP=81;Dels=0.00;FS=4.348;HaplotypeScore=7.3908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.640;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:81:99:667,0,540 chrII 48655 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;DP=55;Dels=0.00;FS=7.438;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:342,0,476 chrII 48695 . T A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=51;Dels=0.00;FS=2.373;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:297,0,560 chrII 48762 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=55;Dels=0.00;FS=5.430;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:426,0,612 chrII 48881 . G C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.861;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:356,0,465 chrII 48887 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.936;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:344,0,476 chrII 49026 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DP=57;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:291,0,707 chrII 49031 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.449;DP=58;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:266,0,685 chrII 49521 . C T 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=107;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=11.0831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.898;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:1045,0,934 chrII 49603 . A G 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.639;DP=70;Dels=0.00;FS=5.384;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=18.59;ReadPosRankSum=2.871;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:70:99:1334,150,0 chrII 49730 . T C 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DP=79;Dels=0.00;FS=1.888;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:642,0,795 chrII 49999 . A G 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:716,0,631 chrII 50071 . T C 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.625;DP=132;Dels=0.00;FS=0.700;HaplotypeScore=4.1368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.081;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:132:99:928,0,1320 chrII 50072 . G A 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.407;DP=131;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=4.1368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.432;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:963,0,1216 chrII 50401 . G A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.309;DP=95;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:863,0,611 chrII 50569 . A G 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;DP=95;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.624;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:95:99:908,0,866 chrII 50601 . C A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=66;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.552;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:644,0,576 chrII 50671 . C T 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=99;Dels=0.00;FS=3.881;HaplotypeScore=10.7667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.765;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,60:99:99:1134,0,597 chrII 50820 . C T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.668;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.031;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:775,0,488 chrII 50893 . G A 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;DP=102;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:102:99:1072,0,886 chrII 50947 . A G 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=132;Dels=0.00;FS=2.265;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.982;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,64:132:99:1048,0,1134 chrII 50954 . G C 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=132;Dels=0.00;FS=3.167;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.550;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,65:132:99:1020,0,1191 chrII 51316 . A G 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;DP=128;Dels=0.00;FS=0.673;HaplotypeScore=13.3132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.786;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:128:99:883,0,1445 chrII 51538 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;DP=67;Dels=0.00;FS=5.598;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,19:67:99:319,0,927 chrII 51584 . G C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=94;Dels=0.00;FS=0.785;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.240;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:94:99:653,0,948 chrII 51795 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=66;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.801;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:504,0,723 chrII 51976 . G A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=78;Dels=0.00;FS=7.974;HaplotypeScore=6.2667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:759,0,556 chrII 52217 . C T 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DP=77;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:77:99:862,0,425 chrII 52661 . C A 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.763;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,77:152:99:1144,0,1334 chrII 53037 . G A 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=121;Dels=0.00;FS=1.491;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,64:121:99:1163,0,856 chrII 53153 . T C 1261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.551;DP=152;Dels=0.00;FS=1.381;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.859;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,71:152:99:1291,0,1592 chrII 53512 . A C 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=109;Dels=0.00;FS=6.587;HaplotypeScore=9.7878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.439;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:109:99:896,0,813 chrII 53554 . G C 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.792;DP=79;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.410;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:771,0,595 chrII 53802 . A C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.895;DP=74;Dels=0.00;FS=9.200;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.192;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:74:99:430,0,958 chrII 53815 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DP=85;Dels=0.00;FS=7.423;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:85:99:539,0,947 chrII 54034 . G A 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;DP=108;Dels=0.00;FS=7.532;HaplotypeScore=7.1579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.795;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:108:99:1073,0,861 chrII 54042 . G A 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;DP=106;Dels=0.00;FS=12.891;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.971;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:106:99:969,0,923 chrII 54156 . T C 3676.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:155:99:3676,396,0 chrII 54607 . G A 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=18.98;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1988,219,0 chrII 54682 . T C 1771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.841;DP=95;Dels=0.00;FS=14.457;HaplotypeScore=9.8272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=18.64;ReadPosRankSum=2.884;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:95:99:1804,198,0 chrII 54813 . G A 1205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.348;DP=111;Dels=0.00;FS=4.712;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,63:111:99:1235,0,749 chrII 54988 . A G 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.59;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1287,138,0 chrII 55167 . T C 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.513;DP=114;Dels=0.00;FS=10.614;HaplotypeScore=11.9815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.450;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:114:99:1085,0,980 chrII 55182 . G A 1027.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.972;DP=110;Dels=0.00;FS=9.093;HaplotypeScore=8.0381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.899;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.209;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:110:99:1057,0,873 chrII 55191 . A G 803.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DP=114;Dels=0.00;FS=3.441;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.966;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:114:99:833,0,1253 chrII 55192 . A T 775.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.741;DP=115;Dels=0.00;FS=4.534;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.860;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:115:99:805,0,1256 chrII 55325 . C T 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;DP=105;Dels=0.00;FS=10.681;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:105:99:994,0,938 chrII 55537 . G C 2527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=24.53;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2560,276,0 chrII 55693 . A C 2830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=134;Dels=0.00;FS=3.457;HaplotypeScore=9.7474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=21.12;ReadPosRankSum=1.654;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:134:99:2863,318,0 chrII 56482 . G A 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=21.70;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1183,129,0 chrII 56575 . A T 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=20.56;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:835,90,0 chrII 56602 . G A 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=20.07;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:856,93,0 chrII 56699 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;DP=86;Dels=0.00;FS=15.648;HaplotypeScore=13.9060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.481;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:548,0,934 chrII 56865 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;DP=75;Dels=0.00;FS=6.007;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.663;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:530,0,743 chrII 56942 . A T 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=24.77;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1346,144,0 chrII 56961 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=51;Dels=0.00;FS=2.496;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:663,0,368 chrII 57292 . C G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=68;Dels=0.00;FS=8.988;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.772;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:68:99:705,0,541 chrII 57316 . T C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DP=71;Dels=0.00;FS=2.029;HaplotypeScore=11.1223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:596,0,616 chrII 57390 . C T 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=102;Dels=0.00;FS=2.958;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:1020,0,981 chrII 57674 . G C 2093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.03;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2126,225,0 chrII 57742 . C T 2013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=18.64;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2046,222,0 chrII 58180 . C T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=87;Dels=0.00;FS=1.762;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:87:99:727,0,851 chrII 58496 . A G 974.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;DP=96;Dels=0.00;FS=0.796;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.413;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:96:99:1004,0,855 chrII 58787 . A T 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=10.40;ReadPosRankSum=-2.876;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:91:99:976,0,691 chrII 58900 . A G 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=104;Dels=0.00;FS=3.629;HaplotypeScore=1.8824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:104:99:814,0,957 chrII 59001 . C T 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;DP=106;Dels=0.00;FS=1.596;HaplotypeScore=9.5047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.917;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:771,0,1105 chrII 59164 . G C 1936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1969,216,0 chrII 59191 . G C 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=107;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=17.4143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.749;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:107:99:942,0,827 chrII 59525 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.660;DP=64;Dels=0.00;FS=4.373;HaplotypeScore=8.9488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.743;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:426,0,527 chrII 59735 . T C 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.217;DP=112;Dels=0.00;FS=7.606;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:112:99:808,0,1207 chrII 59755 . T C 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;DP=91;Dels=0.00;FS=2.791;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.509;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:91:99:983,0,664 chrII 60298 . C T 1176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.535;DP=117;Dels=0.00;FS=7.432;HaplotypeScore=14.9174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.552;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,64:117:99:1206,0,899 chrII 60446 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:677,0,550 chrII 60470 . A G 1378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=19.69;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1411,153,0 chrII 60478 . G A 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=15.51;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1181,132,0 chrII 60545 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.584;DP=84;Dels=0.00;FS=5.612;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.939;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.378;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:84:99:607,0,681 chrII 60551 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=82;Dels=0.00;FS=5.698;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:82:99:597,0,697 chrII 60786 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=91;Dels=0.00;FS=1.721;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.019;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:799,0,902 chrII 60829 . C A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.517;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:106:99:876,0,1051 chrII 60917 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;DP=82;Dels=0.00;FS=1.887;HaplotypeScore=11.1111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:82:99:450,0,682 chrII 61024 . C A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.151;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.139;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:450,0,511 chrII 61031 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.73;MQ0=0;MQRankSum=-6.088;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:68:99:391,0,616 chrII 61067 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=82;Dels=0.00;FS=1.952;HaplotypeScore=41.9842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.138;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:373,0,800 chrII 61071 . G A 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.901;DP=82;Dels=0.00;FS=4.524;HaplotypeScore=42.1871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=-5.330;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,40:82:31:523,31,0 chrII 61089 . T A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.873;DP=93;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.574;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:460,0,800 chrII 61103 . T C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.985;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.294;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:604,0,935 chrII 61199 . A T 1204.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.240;DP=185;Dels=0.00;FS=9.524;HaplotypeScore=12.7420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.181;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.388;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,84:185:99:1234,0,1842 chrII 61202 . C T 1202.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=181;Dels=0.00;FS=5.920;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.254;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.878;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,84:181:99:1232,0,1922 chrII 61208 . C T 1157.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=177;Dels=0.00;FS=2.847;HaplotypeScore=5.0153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.357;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,84:177:99:1187,0,1882 chrII 61287 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.956;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:73:99:581,0,645 chrII 61304 . G A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.540;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:555,0,560 chrII 61376 . T C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DP=53;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.888;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:425,0,314 chrII 61447 . T C 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DP=112;Dels=0.00;FS=2.004;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.408;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.565;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:112:99:759,0,760 chrII 61654 . G A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=49;Dels=0.00;FS=9.257;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:394,0,232 chrII 61810 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=35;Dels=0.00;FS=1.328;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:439,0,161 chrII 61835 . A T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.179;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.276;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:319,0,154 chrII 62000 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=44;Dels=0.00;FS=4.519;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.179;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:398,0,263 chrII 62207 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.073;DP=59;Dels=0.00;FS=1.252;HaplotypeScore=6.9111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.500;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:451,0,711 chrII 62381 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DP=46;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:293,0,446 chrII 62709 . G T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=32;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.336;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:300,0,231 chrII 62879 . G C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;DP=39;Dels=0.00;FS=5.035;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:198,0,438 chrII 62891 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=45;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=3.24;ReadPosRankSum=-2.065;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:176,0,469 chrII 62924 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;DP=50;Dels=0.00;FS=8.572;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=1.816;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:515,0,278 chrII 62971 . T C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.398;DP=77;Dels=0.00;FS=7.597;HaplotypeScore=11.7507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.063;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:654,0,673 chrII 63113 . T C 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=63;Dels=0.00;FS=15.771;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.859;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:465,0,652 chrII 63115 . A T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DP=63;Dels=0.00;FS=12.586;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:497,0,617 chrII 63144 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DP=50;Dels=0.00;FS=13.561;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.052;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:230,0,511 chrII 63295 . G T 358.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=66;Dels=0.00;FS=3.460;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.165;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:388,0,723 chrII 63304 . T A 265.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DP=69;Dels=0.00;FS=6.436;HaplotypeScore=3.9064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.226;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:295,0,847 chrII 63305 . G C 280.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.358;DP=71;Dels=0.00;FS=4.826;HaplotypeScore=5.4838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.224;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:71:99:310,0,813 chrII 63428 . C G 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DP=131;Dels=0.00;FS=8.447;HaplotypeScore=18.9678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,57:131:99:950,0,1185 chrII 63717 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=76;Dels=0.00;FS=6.233;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:664,0,632 chrII 63732 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;DP=72;Dels=0.00;FS=6.635;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.337;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:597,0,710 chrII 63857 . T C 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=22.27;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1614,174,0 chrII 63955 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DP=49;Dels=0.00;FS=8.439;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:536,0,388 chrII 64139 . C T 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=76;Dels=0.00;FS=2.206;HaplotypeScore=6.5644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:846,0,646 chrII 64291 . G A 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=22.70;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1259,132,0 chrII 64716 . C G 1949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.67;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1982,219,0 chrII 64864 . A C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=36;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.617;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:306,0,263 chrII 65171 . T C 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:33:99:207,0,218 chrII 65595 . T G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;DP=59;Dels=0.00;FS=7.741;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.194;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:416,0,526 chrII 65606 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.471;DP=66;Dels=0.00;FS=13.122;HaplotypeScore=8.8735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:556,0,525 chrII 65953 . A C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.820;DP=71;Dels=0.00;FS=17.570;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=2.371;QD=6.39;ReadPosRankSum=2.035;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:484,0,332 chrII 65975 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=64;Dels=0.00;FS=12.540;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.428;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:380,0,482 chrII 66052 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=56;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=5.6367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.188;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:56:99:285,0,792 chrII 66467 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:56:99:471,0,457 chrII 66479 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DP=54;Dels=0.00;FS=2.328;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:363,0,618 chrII 66566 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DP=33;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:33:99:318,0,187 chrII 66889 . A T 87.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.143;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:84:117,0,84 chrII 66923 . A G 21.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:19:51,0,19 chrII 66975 . G T 55.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.66;SB=-3.121e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:88,9,0 chrII 67843 . T C 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=80;Dels=0.00;FS=10.876;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=9.89;ReadPosRankSum=2.007;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:80:99:821,0,480 chrII 67937 . C T 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.853;DP=102;Dels=0.00;FS=6.734;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,61:102:99:1107,0,727 chrII 68245 . G A 128.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,19:63:99:158,0,828 chrII 68662 . A C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DP=81;Dels=0.00;FS=4.304;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.771;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:737,0,755 chrII 68834 . C T 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.82;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1146,120,0 chrII 68867 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=47;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.862;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.096;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:451,0,444 chrII 69128 . C G 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=86;Dels=0.00;FS=9.134;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:86:99:829,0,825 chrII 69229 . A G 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:301,0,431 chrII 69278 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.083;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:640,0,378 chrII 69616 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;DP=73;Dels=0.04;FS=0.947;HaplotypeScore=9.9090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=6.08;ReadPosRankSum=-2.838;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:474,0,571 chrII 69727 . T C 1582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;DP=175;Dels=0.00;FS=0.596;HaplotypeScore=13.5151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.656;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,84:175:99:1612,0,1688 chrII 69772 . A G 1192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.228;DP=111;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.169;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,60:111:99:1222,0,851 chrII 69937 . G C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=78;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=3.5495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.167;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:570,0,512 chrII 70006 . A G 974.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.500;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:112:99:1004,0,809 chrII 71089 . C G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;DP=40;Dels=0.00;FS=7.160;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:40:99:174,0,375 chrII 71431 . G A 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:124,0,215 chrII 71634 . A T 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.248;DP=32;Dels=0.00;FS=16.802;HaplotypeScore=2.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:183,0,312 chrII 71860 . G C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=31;Dels=0.00;FS=3.854;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:262,0,211 chrII 71930 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.982;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:322,0,259 chrII 72095 . C T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=54;Dels=0.00;FS=1.088;HaplotypeScore=2.4485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:473,0,303 chrII 72117 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=54;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:421,0,291 chrII 72663 . T C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:192,0,254 chrII 73337 . T C 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=25.05;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1135,123,0 chrII 73354 . C T 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=25.38;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1099,117,0 chrII 73448 . A G 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=19.38;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:789,84,0 chrII 73452 . G C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.161;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:224,0,385 chrII 73470 . T C 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=19.97;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:732,81,0 chrII 73595 . G A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=24;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:230,0,187 chrII 73625 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=49;Dels=0.00;FS=10.571;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.331;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:452,0,417 chrII 73697 . A C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.267;DP=87;Dels=0.00;FS=6.233;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:652,0,1046 chrII 73758 . G T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;DP=66;Dels=0.00;FS=5.908;HaplotypeScore=6.5821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:500,0,708 chrII 73871 . C T 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=44;Dels=0.00;FS=9.551;HaplotypeScore=4.7291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:44:99:179,0,373 chrII 73943 . G A 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=42;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:84:84,0,464 chrII 74263 . C T 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=20.81;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:782,84,0 chrII 74291 . C A 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=18.42;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:770,84,0 chrII 74441 . A G 1868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=5.389;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=22.51;ReadPosRankSum=1.649;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1901,216,0 chrII 74528 . T C 1782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.276;DP=85;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=20.96;ReadPosRankSum=2.392;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:1815,195,0 chrII 74585 . C A 2865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=23.10;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:124:99:2898,303,0 chrII 74713 . G A 2240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=21.96;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2273,240,0 chrII 74767 . G A 3594.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.49;SB=-1.974e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:3594,384,0 chrII 76203 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=74;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=5.9551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.845;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:74:99:503,0,539 chrII 76212 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=84;Dels=0.00;FS=2.373;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:608,0,559 chrII 76314 . T G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.702;DP=51;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=4.1083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=9.04;ReadPosRankSum=2.421;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:491,0,534 chrII 76824 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.255;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.061;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:57:99:408,0,535 chrII 76869 . G A 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=23.15;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:797,87,0 chrII 76886 . A T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=38;Dels=0.00;FS=1.762;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:199,0,429 chrII 76902 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=46;Dels=0.00;FS=1.490;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.537;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:228,0,493 chrII 76947 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:383,0,602 chrII 77223 . T C 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:47:99:213,0,600 chrII 77239 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=53;Dels=0.00;FS=2.611;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=3.08;ReadPosRankSum=-2.185;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:53:99:193,0,651 chrII 77259 . G T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.859;DP=54;Dels=0.00;FS=17.228;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.163;QD=3.48;ReadPosRankSum=-2.087;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:54:99:218,0,687 chrII 77577 . T C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.804;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:714,0,504 chrII 77651 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;DP=81;Dels=0.00;FS=16.963;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.099;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:708,0,836 chrII 77699 . T A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=123;Dels=0.00;FS=15.169;HaplotypeScore=6.5221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.139;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:123:99:769,0,1232 chrII 77714 . G C 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=148;Dels=0.00;FS=3.898;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,70:148:99:994,0,1497 chrII 77748 . A G 1400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.814;DP=194;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.481;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,93:194:99:1430,0,1889 chrII 77835 . A C 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.157;DP=138;Dels=0.00;FS=2.460;HaplotypeScore=11.1875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,64:138:99:1129,0,1452 chrII 78183 . C T 1263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DP=144;Dels=0.00;FS=2.468;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.825;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:144:99:1293,0,1336 chrII 78207 . T C 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=120;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,65:120:99:1201,0,1004 chrII 78288 . T C 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=78;Dels=0.00;FS=3.034;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:590,0,835 chrII 78537 . T C 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;DP=119;Dels=0.00;FS=3.409;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.959;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:119:99:1179,0,884 chrII 78701 . C T 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DP=93;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:814,0,828 chrII 78705 . C T 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=95;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:768,0,855 chrII 79236 . G C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=66;Dels=0.00;FS=3.459;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:66:99:616,0,325 chrII 79311 . T G 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;DP=102;Dels=0.00;FS=3.796;HaplotypeScore=7.5797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=10.34;ReadPosRankSum=-2.132;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:1085,0,750 chrII 79393 . C A 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=84;Dels=0.00;FS=3.355;HaplotypeScore=10.1322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:84:99:810,0,531 chrII 79464 . A G,T 1447.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.87;MQ0=0;QD=17.43;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,39,44:83:99:1507,712,616,796,0,715 chrII 79469 . A T 678.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=86;Dels=0.00;FS=4.142;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=1.490;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.272;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:708,0,627 chrII 79470 . G A 571.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;DP=88;Dels=0.00;FS=2.933;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:88:99:601,0,724 chrII 79692 . A C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.692;DP=53;Dels=0.00;FS=5.759;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.604;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:506,0,553 chrII 79837 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.404;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:705,0,537 chrII 80019 . C T 191.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;DP=37;Dels=0.00;FS=6.140;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=5.16;ReadPosRankSum=-2.591;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:221,0,385 chrII 80231 . A T 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=24;Dels=0.00;FS=2.066;HaplotypeScore=6.4381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:100,0,212 chrII 80332 . A G 763.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.747;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:793,0,1006 chrII 80380 . A C 350.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=50;Dels=0.00;FS=8.890;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.216;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:380,0,559 chrII 80838 . A T 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;DP=94;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:721,0,730 chrII 81016 . A T 1762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DP=184;Dels=0.00;FS=5.269;HaplotypeScore=8.8878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,94:183:99:1792,0,1645 chrII 81388 . G A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DP=70;Dels=0.00;FS=6.178;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.786;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.442;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:724,0,386 chrII 81418 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=55;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.494;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:314,0,468 chrII 81427 . T A 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=44;Dels=0.00;FS=6.711;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.025;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.096;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:160,0,550 chrII 81448 . G A 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=42;Dels=0.00;FS=1.226;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.986;QD=1.98;ReadPosRankSum=-2.300;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:113,0,430 chrII 81451 . A G 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.447;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.298;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:77:77,0,414 chrII 81460 . C T 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.058;QD=2.12;ReadPosRankSum=-2.931;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:119,0,433 chrII 81478 . T C 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=42;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.492;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:143,0,383 chrII 81655 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=56;Dels=0.00;FS=10.148;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.439;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:430,0,536 chrII 81997 . T C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=78;Dels=0.00;FS=12.068;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:723,0,489 chrII 82480 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=49;Dels=0.00;FS=8.445;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:384,0,398 chrII 82573 . C T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=61;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.426;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:534,0,440 chrII 82750 . G T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=50;Dels=0.00;FS=1.146;HaplotypeScore=6.9491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:99:334,0,533 chrII 83210 . T C 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DP=91;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=4.1339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.774;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:947,0,937 chrII 83245 . C T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.041;DP=67;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:775,0,448 chrII 83659 . G A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.263;DP=78;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=3.4743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:562,0,539 chrII 83662 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DP=79;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=3.4743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:493,0,610 chrII 83698 . C T 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=17.45;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1516,171,0 chrII 83713 . G C 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=84;Dels=0.00;FS=2.040;HaplotypeScore=5.1381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.371;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:602,0,693 chrII 83808 . G A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DP=96;Dels=0.00;FS=2.673;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:96:99:715,0,841 chrII 83880 . T C 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.237;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:828,0,709 chrII 83944 . G A 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=87;Dels=0.00;FS=2.044;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=2.091;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.362;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,53:87:99:889,0,541 chrII 84321 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;DP=81;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:437,0,818 chrII 84352 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;DP=60;Dels=0.02;FS=5.863;HaplotypeScore=8.1651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,39:59:99:645,0,328 chrII 84413 . T A 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DP=111;Dels=0.02;FS=2.816;HaplotypeScore=16.7869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=0.17;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:6:50,6,0 chrII 84460 . A C 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.200;DP=132;Dels=0.00;FS=2.269;HaplotypeScore=11.2037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,73:132:99:1149,0,944 chrII 84553 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=8.67;ReadPosRankSum=2.141;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:550,0,631 chrII 84589 . C G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;DP=43;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.376;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:246,0,388 chrII 84590 . C G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;DP=43;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:246,0,390 chrII 84627 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=42;Dels=0.00;FS=3.109;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:274,0,283 chrII 84631 . C G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=42;Dels=0.00;FS=2.948;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.093;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:42:99:258,0,270 chrII 84685 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=81;Dels=0.00;FS=4.232;HaplotypeScore=5.0277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:698,0,600 chrII 84688 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DP=86;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=3.4503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:629,0,720 chrII 84718 . G A 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.247;DP=123;Dels=0.00;FS=5.750;HaplotypeScore=10.7752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,73:123:99:1110,0,723 chrII 84736 . C T 1107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.333;DP=138;Dels=0.00;FS=2.243;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.313;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,80:138:99:1137,0,869 chrII 84823 . C T 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=121;Dels=0.00;FS=4.463;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,65:121:99:971,0,873 chrII 84985 . A T 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=35;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:224,0,365 chrII 85060 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;DP=78;Dels=0.00;FS=6.934;HaplotypeScore=5.1610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:690,0,399 chrII 85339 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.057;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:377,0,416 chrII 85504 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=48;Dels=0.00;FS=1.169;HaplotypeScore=5.6767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=7.79;ReadPosRankSum=-2.043;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:404,0,383 chrII 85528 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.990;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:336,0,476 chrII 85816 . A G 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=33;Dels=0.00;FS=6.291;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:227,0,343 chrII 85903 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.087;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:377,0,171 chrII 86251 . A G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.478;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:272,0,473 chrII 86390 . G A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.497;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:681,0,425 chrII 86416 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;DP=71;Dels=0.00;FS=6.353;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:525,0,648 chrII 86465 . T A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=100;Dels=0.00;FS=2.608;HaplotypeScore=6.4365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.438;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:685,0,843 chrII 86473 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=99;Dels=0.00;FS=4.977;HaplotypeScore=10.3252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.347;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:768,0,730 chrII 87058 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=61;Dels=0.00;FS=7.357;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:568,0,606 chrII 87294 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=69;Dels=0.00;FS=2.090;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:565,0,528 chrII 87772 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=45;Dels=0.00;FS=6.548;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=2.532;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.920;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:305,0,369 chrII 87809 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=44;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=2.590;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:497,0,225 chrII 88046 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DP=49;Dels=0.00;FS=17.251;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.145;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:49:99:526,0,326 chrII 88087 . T G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=49;Dels=0.00;FS=20.180;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:519,0,319 chrII 88152 . G A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.049;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:408,0,221 chrII 88289 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=50;Dels=0.00;FS=17.862;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.614;SB=-2.858e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:50:99:579,0,334 chrII 88768 . T G 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.268;DP=110;Dels=0.00;FS=3.793;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.27;MQ0=3;MQRankSum=0.911;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.784;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,60:110:99:779,0,920 chrII 89325 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;DP=80;Dels=0.00;FS=1.838;HaplotypeScore=7.3258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:644,0,687 chrII 89547 . A G 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=22.84;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1175,126,0 chrII 89612 . C T 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=19.79;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:963,102,0 chrII 89621 . A C 913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=19.02;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:946,105,0 chrII 89628 . A G 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=18.10;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:938,102,0 chrII 89640 . G C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=58;Dels=0.00;FS=1.146;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:399,0,447 chrII 89674 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;DP=71;Dels=0.00;FS=1.337;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=4.77;ReadPosRankSum=2.352;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:369,0,594 chrII 89733 . C T 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=19.08;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2036,219,0 chrII 89751 . T C 2009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=19.13;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:2042,222,0 chrII 89785 . T C 2031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=101;Dels=0.00;FS=9.295;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=20.11;ReadPosRankSum=2.831;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:2064,225,0 chrII 89926 . A T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=77;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.016;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:540,0,792 chrII 90014 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=62;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.787;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:578,0,567 chrII 90193 . C A 669.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.242;DP=77;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=3.4581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=8.69;ReadPosRankSum=2.224;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:699,0,485 chrII 90196 . C A 632.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=8.00;ReadPosRankSum=2.817;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:662,0,534 chrII 90202 . T G 681.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=8.41;ReadPosRankSum=2.943;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:711,0,578 chrII 90237 . C T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=80;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:80:99:504,0,582 chrII 90273 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DP=89;Dels=0.00;FS=10.809;HaplotypeScore=38.0896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.145;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:89:99:277,0,805 chrII 90326 . C T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;DP=69;Dels=0.00;FS=7.109;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.297;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:193,0,861 chrII 90695 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.473;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.610;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:522,0,452 chrII 90715 . G C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=56;Dels=0.00;FS=5.658;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:543,0,487 chrII 90806 . G T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=29;Dels=0.00;FS=3.645;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:430,0,143 chrII 91278 . C T 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;DP=86;Dels=0.00;FS=1.963;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.735;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,55:86:99:1067,0,546 chrII 91811 . C T 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=66;Dels=0.00;FS=0.959;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.056;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:788,0,428 chrII 91895 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=46;Dels=0.00;FS=2.498;HaplotypeScore=4.6909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:371,0,402 chrII 91932 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.236;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:287,0,276 chrII 92047 . A T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.770;DP=80;Dels=0.00;FS=4.905;HaplotypeScore=10.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:678,0,542 chrII 92128 . C T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;DP=68;Dels=0.00;FS=8.653;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:534,0,637 chrII 92362 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=92;Dels=0.01;FS=5.797;HaplotypeScore=16.7798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,35:91:99:610,0,1105 chrII 92393 . C A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=84;Dels=0.00;FS=11.539;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.858;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,30:84:99:477,0,1112 chrII 92395 . C A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.523;DP=80;Dels=0.00;FS=5.437;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.532;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:438,0,1064 chrII 92890 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;DP=56;Dels=0.00;FS=16.663;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.999;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:265,0,639 chrII 92992 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=54;Dels=0.00;FS=2.399;HaplotypeScore=5.3352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.013;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:500,0,410 chrII 93100 . A G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;DP=83;Dels=0.00;FS=7.819;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.871;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:580,0,940 chrII 93235 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=72;Dels=0.00;FS=12.241;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,21:72:99:349,0,842 chrII 93469 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=79;Dels=0.00;FS=9.362;HaplotypeScore=43.2964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:79:99:620,0,725 chrII 93522 . T A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.891;DP=52;Dels=0.02;FS=9.569;HaplotypeScore=9.3396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:447,0,478 chrII 93526 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;DP=52;Dels=0.00;FS=6.646;HaplotypeScore=5.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.066;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:395,0,568 chrII 93696 . G A 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=32;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.124;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:244,0,289 chrII 93772 . C T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.269;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:547,0,331 chrII 93811 . T C 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=25.44;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1636,183,0 chrII 95085 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=89;Dels=0.00;FS=5.958;HaplotypeScore=9.4097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,51:89:99:653,0,564 chrII 95093 . T G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;DP=91;Dels=0.00;FS=11.058;HaplotypeScore=11.2752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:576,0,811 chrII 95270 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=54;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:355,0,414 chrII 95275 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=62;Dels=0.00;FS=5.239;HaplotypeScore=11.0190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.743;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:362,0,432 chrII 95343 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;DP=75;Dels=0.00;FS=4.730;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.278;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:383,0,832 chrII 95358 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;DP=80;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=3.59;ReadPosRankSum=2.660;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:80:99:317,0,1078 chrII 95360 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.663;DP=80;Dels=0.00;FS=3.186;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=4.08;ReadPosRankSum=2.392;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:80:99:356,0,1083 chrII 95376 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.251;DP=76;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.481;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:315,0,872 chrII 95739 . G A 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.256;DP=115;Dels=0.00;FS=20.339;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:115:99:1116,0,827 chrII 95759 . G A 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;DP=127;Dels=0.00;FS=8.265;HaplotypeScore=7.1386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,69:127:99:1149,0,1106 chrII 96328 . A G 473.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:503,0,322 chrII 96553 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=79;Dels=0.00;FS=5.299;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:546,0,899 chrII 96610 . A G 439.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=57;Dels=0.00;FS=2.978;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=7.70;ReadPosRankSum=2.465;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:469,0,714 chrII 96664 . A G 471.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=52;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.311;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:501,0,561 chrII 96723 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:351,0,825 chrII 96789 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.145;DP=70;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:477,0,665 chrII 97068 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.206;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:468,0,653 chrII 97117 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:281,0,508 chrII 97341 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=95;Dels=0.00;FS=1.695;HaplotypeScore=17.0014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.237;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:430,0,671 chrII 97345 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.999;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:94:99:435,0,811 chrII 97530 . T C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=39;Dels=0.00;FS=4.773;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.243;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:462,0,142 chrII 97590 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=55;Dels=0.00;FS=2.389;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:414,0,269 chrII 97608 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.287;DP=53;Dels=0.00;FS=2.424;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.633;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:357,0,436 chrII 97707 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.791;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.558;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:582,0,647 chrII 97805 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.787;DP=68;Dels=0.00;FS=0.929;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.314;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:533,0,517 chrII 97956 . C T 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=61;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:706,0,363 chrII 99188 . C T 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=22;Dels=0.00;FS=3.624;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.484;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:121,0,173 chrII 99228 . T C 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.560;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:122,0,205 chrII 99449 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DP=66;Dels=0.00;FS=5.551;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.152;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:474,0,652 chrII 99464 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=64;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:516,0,489 chrII 99756 . G C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DP=62;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:441,0,625 chrII 99759 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=68;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.755;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:477,0,644 chrII 99849 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=74;Dels=0.00;FS=1.040;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:74:99:755,0,468 chrII 100367 . A T 1606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;DP=166;Dels=0.00;FS=3.706;HaplotypeScore=6.5380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,83:166:99:1636,0,1488 chrII 100373 . A C 1423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.712;DP=158;Dels=0.00;FS=1.665;HaplotypeScore=5.7493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.467;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,79:158:99:1453,0,1252 chrII 100413 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.880;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:501,0,661 chrII 100740 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;DP=70;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:553,0,718 chrII 100878 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.069;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:291,0,278 chrII 100968 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DP=37;Dels=0.00;FS=10.780;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:313,0,248 chrII 101103 . A G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=44;Dels=0.00;FS=4.455;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:478,0,249 chrII 101121 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=45;Dels=0.00;FS=2.716;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=8.64;ReadPosRankSum=-2.724;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:45:99:419,0,251 chrII 101694 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.444;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:64:99:476,0,764 chrII 101914 . G A 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=31;Dels=0.00;FS=7.987;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:99:134,0,258 chrII 102050 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=74;Dels=0.00;FS=3.134;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:401,0,478 chrII 102053 . T C 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=73;Dels=0.00;FS=6.330;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=17.19;ReadPosRankSum=2.244;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:73:99:1288,141,0 chrII 102419 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;DP=91;Dels=0.00;FS=0.807;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:659,0,1054 chrII 102734 . C T 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=57;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:295,0,493 chrII 102762 . G A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=57;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:280,0,490 chrII 102770 . A G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=59;Dels=0.00;FS=2.209;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.360;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.767;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:283,0,574 chrII 102815 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=58;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=4.48;ReadPosRankSum=-2.275;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:290,0,566 chrII 102893 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.467;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:612,0,634 chrII 102914 . G A 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:84:99:735,0,692 chrII 103652 . C T 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.94;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1704,180,0 chrII 103960 . C A 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;DP=104;Dels=0.00;FS=15.405;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:1075,0,854 chrII 104641 . T C 4469.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=23.52;SB=-2.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:190:99:4469,495,0 chrII 104669 . G A 3407.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.771e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:3407,384,0 chrII 104735 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;DP=62;Dels=0.00;FS=3.461;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:561,0,464 chrII 104888 . T C 1343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.334;DP=145;Dels=0.00;FS=14.743;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,71:145:99:1373,0,1352 chrII 105235 . T C 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.643;DP=165;Dels=0.00;FS=1.235;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,74:165:99:1367,0,1706 chrII 105289 . A G 3401.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.94;SB=-1.895e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3401,369,0 chrII 105316 . T C 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=125;Dels=0.00;FS=0.668;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,62:125:99:979,0,1097 chrII 105346 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=102;Dels=0.01;FS=8.203;HaplotypeScore=13.1805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=4.27;ReadPosRankSum=2.549;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:101:99:466,0,453 chrII 105376 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.554;DP=71;Dels=0.00;FS=12.322;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:464,0,523 chrII 105390 . A G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DP=63;Dels=0.02;FS=13.886;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:282,0,443 chrII 105422 . A C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.930;DP=62;Dels=0.00;FS=14.879;HaplotypeScore=4.2987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:314,0,696 chrII 105449 . A G 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=19.31;ReadPosRankSum=1.689;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1578,174,0 chrII 105583 . G A 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=111;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=20.4534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,69:111:99:973,0,499 chrII 105621 . G A 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.694;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:984,0,641 chrII 105670 . C T 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.772;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:100:99:975,0,812 chrII 105799 . C T 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.86;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:909,96,0 chrII 105811 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=37;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.503;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:236,0,270 chrII 105868 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.648;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:408,0,322 chrII 105898 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=56;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.716;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:488,0,336 chrII 105973 . A G 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.112;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:62:99:772,0,264 chrII 106303 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=42;Dels=0.00;FS=15.105;HaplotypeScore=7.9646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.517;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:42:99:346,0,335 chrII 106348 . T A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=45;Dels=0.00;FS=12.220;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:304,0,281 chrII 106546 . C T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=84;Dels=0.00;FS=2.916;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.422;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:686,0,809 chrII 106651 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.409;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:650,0,489 chrII 106731 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=77;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.770;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:746,0,554 chrII 107123 . A T 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.49;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1945,207,0 chrII 107326 . T G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=68;Dels=0.00;FS=3.582;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.905;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:389,0,885 chrII 107418 . T C 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=24.01;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1642,180,0 chrII 107779 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=93;Dels=0.00;FS=0.791;HaplotypeScore=11.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:93:99:560,0,923 chrII 107893 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.013;DP=60;Dels=0.00;FS=9.445;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:405,0,699 chrII 107917 . G C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=61;Dels=0.00;FS=24.393;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:61:99:436,0,534 chrII 108154 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.769;DP=85;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=6.89;ReadPosRankSum=-2.359;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:85:99:616,0,821 chrII 108303 . C T 1372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.485;DP=121;Dels=0.00;FS=8.427;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.102;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,69:121:99:1402,0,905 chrII 108452 . T A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DP=84;Dels=0.00;FS=1.849;HaplotypeScore=5.7658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:815,0,811 chrII 108510 . T C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.186;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:559,0,508 chrII 108543 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=69;Dels=0.00;FS=0.929;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:696,0,528 chrII 108764 . T C 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.832;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,65:137:99:1095,0,1143 chrII 109370 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DP=65;Dels=0.00;FS=11.143;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:65:99:616,0,450 chrII 109581 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=57;Dels=0.00;FS=2.294;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:416,0,478 chrII 110028 . C G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.901;DP=52;Dels=0.00;FS=2.275;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:528,0,502 chrII 110153 . T G 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.520;DP=65;Dels=0.00;FS=11.415;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:506,0,660 chrII 110550 . T C 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:107:99:869,0,925 chrII 110721 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=74;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.248;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:657,0,719 chrII 110743 . C T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=70;Dels=0.00;FS=5.116;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.080;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:504,0,516 chrII 110746 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;DP=69;Dels=0.00;FS=5.116;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.959;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:490,0,541 chrII 111271 . A C 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=155;Dels=0.00;FS=10.150;HaplotypeScore=19.2206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.950;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.909;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,70:155:99:1180,0,1260 chrII 111288 . A C 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=129;Dels=0.00;FS=4.274;HaplotypeScore=13.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,59:129:99:975,0,1031 chrII 111306 . A C 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=133;Dels=0.00;FS=4.291;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,58:133:99:987,0,1243 chrII 111639 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;DP=58;Dels=0.00;FS=2.331;HaplotypeScore=32.6649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=9.95;ReadPosRankSum=-2.583;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:58:99:607,0,248 chrII 111699 . G A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=42;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:168,0,395 chrII 111739 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:388,0,436 chrII 111751 . T G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=57;Dels=0.00;FS=1.147;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:57:99:539,0,362 chrII 111931 . T G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=58;Dels=0.00;FS=10.115;HaplotypeScore=8.9181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.178;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:424,0,603 chrII 111970 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=37;Dels=0.00;FS=4.883;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:355,0,356 chrII 111999 . T C 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=32;Dels=0.00;FS=3.333;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.434;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:32:99:204,0,321 chrII 112018 . T G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.576;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:265,0,236 chrII 112192 . T C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=25;Dels=0.00;FS=2.114;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.079;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.025;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:272,0,189 chrII 112231 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=52;Dels=0.00;FS=1.335;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=9.54;ReadPosRankSum=2.174;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:526,0,373 chrII 112335 . C A 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1660,177,0 chrII 112372 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.797;DP=62;Dels=0.00;FS=6.690;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.007;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:416,0,796 chrII 112378 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=64;Dels=0.00;FS=4.404;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:410,0,771 chrII 112399 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.639;DP=61;Dels=0.00;FS=2.176;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:508,0,564 chrII 112452 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.196;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.165;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:397,0,543 chrII 112454 . C T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.990;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:399,0,546 chrII 112527 . A G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.363;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.844;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:322,0,414 chrII 112544 . A T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;DP=42;Dels=0.00;FS=3.255;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.207;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:453,0,265 chrII 112618 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DP=40;Dels=0.00;FS=6.928;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:350,0,326 chrII 112684 . C A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.687;DP=74;Dels=0.00;FS=13.379;HaplotypeScore=3.2319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:619,0,621 chrII 113452 . C T 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DP=118;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=7.9414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,61:118:99:1121,0,1034 chrII 114676 . G A 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=110;Dels=0.00;FS=0.714;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.276;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:110:99:1064,0,1047 chrII 114766 . T C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DP=91;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=10.0179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.096;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:734,0,719 chrII 114793 . A G 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;DP=94;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.518;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:873,0,797 chrII 115047 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=87;Dels=0.00;FS=4.416;HaplotypeScore=12.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.237;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:87:99:533,0,985 chrII 115263 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=47;Dels=0.00;FS=8.333;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:486,0,338 chrII 115635 . C T 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.112;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:823,0,489 chrII 115774 . G A 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:843,0,651 chrII 116038 . C T 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=19.37;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:827,90,0 chrII 116084 . C T 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=17.90;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:78:731,78,0 chrII 116102 . G A 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=15.94;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:591,63,0 chrII 116106 . T C 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.639;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:66:592,66,0 chrII 116143 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.414;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=5.15;ReadPosRankSum=2.852;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:236,0,286 chrII 116518 . C T 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=17.24;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1050,111,0 chrII 116701 . C T 1148 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=18.22;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1181,132,0 chrII 116704 . T C 1172 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=65;Dels=0.00;FS=14.528;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=18.03;ReadPosRankSum=2.892;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1205,129,0 chrII 116707 . A T 979 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=14.83;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1012,114,0 chrII 116801 . T G 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.558;DP=56;Dels=0.00;FS=24.238;HaplotypeScore=3.6293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.476;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:438,0,541 chrII 116832 . A G 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=44;Dels=0.00;FS=7.429;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=16.52;ReadPosRankSum=2.282;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:84:760,84,0 chrII 116848 . G T 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.14;MQ0=0;QD=17.24;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:619,66,0 chrII 116850 . G A 500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;QD=15.62;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:533,57,0 chrII 116939 . G A 454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=15.13;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:487,54,0 chrII 116947 . T G 514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=15.12;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:34:60:547,60,0 chrII 117595 . T C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=48;Dels=0.00;FS=4.200;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:390,0,472 chrII 117972 . G A 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.40;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1381,147,0 chrII 118289 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=55;Dels=0.00;FS=7.677;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.901;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:451,0,524 chrII 118370 . A G 2361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2394,264,0 chrII 118457 . C T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.076;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:614,0,716 chrII 118488 . C T 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.885;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:622,0,658 chrII 118727 . A C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:305,0,707 chrII 118815 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=76;Dels=0.00;FS=1.900;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:613,0,812 chrII 118818 . C A 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.344;DP=78;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.556;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:833,0,683 chrII 118905 . T C 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:758,0,959 chrII 118921 . C T 1817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=20.89;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1850,201,0 chrII 118929 . T C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;DP=81;Dels=0.00;FS=12.425;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:81:99:450,0,886 chrII 118953 . C T 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=16.82;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1261,138,0 chrII 118959 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=70;Dels=0.00;FS=9.348;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.307;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:541,0,428 chrII 119103 . T G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;DP=75;Dels=0.00;FS=5.076;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:781,0,497 chrII 119247 . A C 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=153;Dels=0.00;FS=3.737;HaplotypeScore=18.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.302;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,77:153:99:1367,0,1136 chrII 119319 . C G 1351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=147;Dels=0.00;FS=8.510;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.959;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,74:147:99:1381,0,1365 chrII 119323 . T C 1302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.707;DP=147;Dels=0.00;FS=5.517;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.583;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,72:147:99:1332,0,1406 chrII 119499 . A G 2163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2196,249,0 chrII 119604 . A G 1333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.918;DP=189;Dels=0.00;FS=0.542;HaplotypeScore=15.0784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.031;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,96:189:99:1363,0,1490 chrII 119614 . G C 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;DP=175;Dels=0.00;FS=0.564;HaplotypeScore=9.6119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.072;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,85:175:99:1308,0,1402 chrII 119739 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DP=108;Dels=0.00;FS=8.486;HaplotypeScore=9.7242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:758,0,914 chrII 119958 . C T 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=123;Dels=0.00;FS=4.508;HaplotypeScore=5.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,67:123:99:1096,0,822 chrII 119961 . G A 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=129;Dels=0.00;FS=5.667;HaplotypeScore=5.0713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.241;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,71:129:99:1026,0,810 chrII 120170 . G A 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=18.84;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1634,177,0 chrII 120369 . G C 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=21.87;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1695,186,0 chrII 120427 . C T 1401 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=21.55;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1434,150,0 chrII 120430 . G A 570.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.496;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:600,0,559 chrII 120437 . C A 550.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.215;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.937;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.078;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:580,0,569 chrII 120585 . A G 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=91;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:91:99:1976,222,0 chrII 120630 . G A 2476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2509,264,0 chrII 120701 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=92;Dels=0.00;FS=1.699;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.028;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.433;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:92:99:629,0,784 chrII 120888 . G C 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;DP=90;Dels=0.00;FS=4.014;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:861,0,724 chrII 121101 . C T 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.204;DP=134;Dels=0.00;FS=9.376;HaplotypeScore=13.9170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,61:134:99:973,0,1244 chrII 121125 . G A 1279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.120;DP=112;Dels=0.00;FS=7.581;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,69:112:99:1309,0,626 chrII 121194 . G A 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.51;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2102,225,0 chrII 121290 . T A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;DP=96;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.815;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:650,0,992 chrII 121360 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=69;Dels=0.00;FS=5.134;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.814;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:69:99:561,0,581 chrII 121421 . G A 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=21.13;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2231,234,0 chrII 121809 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DP=62;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:501,0,362 chrII 121848 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:507,0,444 chrII 121908 . G A 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=21.58;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1997,207,0 chrII 122705 . T G 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DP=83;Dels=0.00;FS=3.280;HaplotypeScore=5.6494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.424;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:785,0,868 chrII 122975 . C T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:520,0,641 chrII 122984 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;DP=70;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.267;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:472,0,709 chrII 123008 . G A 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=20.27;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1452,159,0 chrII 123103 . T A 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=17.03;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1515,165,0 chrII 123195 . G A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=44;Dels=0.00;FS=1.322;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.476;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,12:44:99:188,0,567 chrII 123301 . G C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DP=53;Dels=0.00;FS=2.305;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.135;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:308,0,576 chrII 123311 . C T 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=20.00;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1033,111,0 chrII 123320 . T C 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=18.27;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:855,96,0 chrII 123339 . C T 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.55;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:805,87,0 chrII 123764 . G A 1409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.697;DP=150;Dels=0.00;FS=3.303;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,75:150:99:1439,0,1412 chrII 123800 . C T 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=139;Dels=0.00;FS=1.509;HaplotypeScore=15.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=8.88;ReadPosRankSum=-2.247;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,70:139:99:1264,0,1250 chrII 123889 . A G 1082.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=109;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=8.8172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=9.93;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:1112,0,1089 chrII 123940 . C T 1788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.63;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1821,195,0 chrII 124174 . C G 2734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.67;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:139:99:2767,300,0 chrII 124286 . C A 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=20.11;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1159,123,0 chrII 124505 . A G 2070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=92;Dels=0.00;FS=8.225;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=22.50;ReadPosRankSum=2.396;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:2103,234,0 chrII 124574 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=20.61;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1146,126,0 chrII 124595 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DP=56;Dels=0.00;FS=11.571;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=1.853;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:321,0,382 chrII 124616 . C T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=61;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:404,0,345 chrII 124617 . A G 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=15.28;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:965,105,0 chrII 124932 . T C 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DP=66;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=3.2935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.082;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,50:66:99:1015,0,196 chrII 124959 . A C 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=20.79;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1447,156,0 chrII 124966 . A T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=63;Dels=0.00;FS=7.163;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.487;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,41:63:99:702,0,363 chrII 125022 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=56;Dels=0.00;FS=9.971;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.543;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:422,0,455 chrII 125552 . T C 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=18.63;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1039,114,0 chrII 125606 . G T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=55;Dels=0.00;FS=6.296;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.009;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,38:55:99:617,0,198 chrII 126130 . C T 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.876;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.092;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:985,0,804 chrII 126253 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=41;Dels=0.00;FS=1.571;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:331,0,407 chrII 126263 . T C 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=18.77;ReadPosRankSum=1.660;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:934,102,0 chrII 126335 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=77;Dels=0.00;FS=3.489;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.896;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:77:99:755,0,525 chrII 126692 . G T 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=93;Dels=0.00;FS=3.829;HaplotypeScore=24.0323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:803,0,732 chrII 126836 . G A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=79;Dels=0.00;FS=5.950;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:728,0,618 chrII 127166 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=57;Dels=0.00;FS=2.238;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:422,0,543 chrII 127620 . A G 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:230,0,273 chrII 127625 . A G 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=31;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.837;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.227;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:162,0,215 chrII 127828 . A C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.135;DP=69;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=9.7109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.914;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:652,0,723 chrII 127964 . C T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=52;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=7.7114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.009;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:418,0,539 chrII 128153 . A C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=49;Dels=0.00;FS=1.109;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:399,0,384 chrII 128244 . G T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;DP=31;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:87:277,0,87 chrII 128257 . A G 486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=14.73;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:519,57,0 chrII 128423 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.723;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:223,0,192 chrII 128479 . T G 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.091;DP=34;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:34:99:230,0,332 chrII 128480 . T A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DP=33;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:239,0,326 chrII 128547 . A G 527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=21.08;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:63:560,63,0 chrII 128669 . A G 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=43;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=8.1683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:43:99:366,0,176 chrII 128760 . A G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=27;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.315;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:204,0,297 chrII 128935 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.537;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:502,0,287 chrII 129254 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.506;DP=65;Dels=0.00;FS=5.068;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.294;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:65:99:774,0,382 chrII 129308 . T A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DP=57;Dels=0.00;FS=11.873;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=7.28;ReadPosRankSum=-2.977;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:445,0,532 chrII 129324 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=44;Dels=0.00;FS=2.638;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.446;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:479,0,201 chrII 129346 . C T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=50;Dels=0.00;FS=4.183;HaplotypeScore=5.2145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=1.626;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:50:99:404,0,312 chrII 129347 . G A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.686;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.837;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:274,0,495 chrII 129386 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DP=64;Dels=0.00;FS=3.612;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.116;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:567,0,483 chrII 129437 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DP=70;Dels=0.00;FS=6.886;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.671;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:752,0,310 chrII 129505 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DP=76;Dels=0.00;FS=1.937;HaplotypeScore=6.7428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.489;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:76:99:617,0,728 chrII 129668 . C T 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=16.75;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:887,96,0 chrII 129692 . C T 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=17.41;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1060,114,0 chrII 129791 . T A 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.76;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1404,156,0 chrII 130056 . G A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=55;Dels=0.00;FS=7.158;HaplotypeScore=3.6236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:396,0,332 chrII 130060 . G C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=57;Dels=0.00;FS=4.665;HaplotypeScore=4.3343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:340,0,337 chrII 130349 . G A 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1019,108,0 chrII 130370 . G T 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=20.75;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:780,84,0 chrII 130407 . A G 216.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=12.00;SB=-9.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:27:249,27,0 chrII 130710 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=56;Dels=0.00;FS=7.389;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:56:99:634,0,487 chrII 130769 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:293,0,320 chrII 130988 . T C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.258;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:99:186,0,378 chrII 131020 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=50;Dels=0.00;FS=6.133;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:50:99:361,0,514 chrII 131051 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;DP=59;Dels=0.00;FS=1.020;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.042;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:398,0,643 chrII 131140 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;DP=50;Dels=0.00;FS=3.842;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:445,0,364 chrII 131705 . G A 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.85;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1107,117,0 chrII 131783 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DP=50;Dels=0.00;FS=1.212;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.129;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:50:99:659,0,254 chrII 131878 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=53;Dels=0.00;FS=2.641;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:430,0,530 chrII 132280 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=39;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:385,0,251 chrII 132482 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=74;Dels=0.00;FS=7.304;HaplotypeScore=8.0533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.222;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:597,0,779 chrII 132564 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=54;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:388,0,337 chrII 132576 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=54;Dels=0.00;FS=2.386;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.365;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:323,0,368 chrII 132654 . T C 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;DP=118;Dels=0.00;FS=3.748;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.881;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:118:99:1012,0,1082 chrII 132854 . G A 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.582;DP=73;Dels=0.00;FS=1.926;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=10.53;ReadPosRankSum=-1.598;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:799,0,685 chrII 132945 . A G 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=94;Dels=0.00;FS=0.779;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.779;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:922,0,861 chrII 132975 . T A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;DP=90;Dels=0.00;FS=1.898;HaplotypeScore=5.9035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:676,0,684 chrII 133128 . C T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=84;Dels=0.00;FS=5.870;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.745;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.879;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:804,0,646 chrII 133163 . G C 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=19.97;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1531,168,0 chrII 133239 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.010;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:552,0,296 chrII 133595 . A G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;DP=47;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:185,0,421 chrII 133612 . A G 286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=11.00;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:36:319,36,0 chrII 133742 . C T 403.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.596;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:433,0,295 chrII 133779 . C T 661.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.025;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:691,0,627 chrII 133938 . A C 1354 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=25.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1387,150,0 chrII 134090 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.800;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.213;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:398,0,220 chrII 134935 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=46;Dels=0.00;FS=6.369;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.056;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:388,0,393 chrII 135183 . A C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DP=67;Dels=0.00;FS=6.465;HaplotypeScore=4.3146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.743;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:67:99:640,0,752 chrII 135214 . G A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.604;DP=77;Dels=0.00;FS=1.104;HaplotypeScore=9.4445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=10.14;ReadPosRankSum=-2.187;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:811,0,773 chrII 135402 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=60;Dels=0.00;FS=4.314;HaplotypeScore=4.7357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:598,0,526 chrII 135630 . T A 1287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;DP=148;Dels=0.00;FS=1.355;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,84:148:99:1317,0,981 chrII 135667 . A C 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.367;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:790,0,759 chrII 135827 . G A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.305;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:250,0,421 chrII 135923 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=92;Dels=0.00;FS=5.147;HaplotypeScore=4.3135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:539,0,814 chrII 136047 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.604;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:250,0,519 chrII 136215 . G A 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=12;Dels=0.00;FS=15.185;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.289;SB=-4.088e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:59:167,0,59 chrII 136582 . C G 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=24.15;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1482,162,0 chrII 136632 . T G 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=23.62;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1852,204,0 chrII 136840 . A T 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=24.67;ReadPosRankSum=1.664;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1316,138,0 chrII 137194 . C T 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=97;Dels=0.00;FS=4.745;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:865,0,798 chrII 137272 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;DP=73;Dels=0.00;FS=1.416;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.325;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:737,0,581 chrII 137341 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.299;DP=53;Dels=0.00;FS=2.741;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:304,0,617 chrII 137745 . A G 709 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.63;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:30:84:742,84,0 chrII 137801 . T C 251.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.810;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:281,0,108 chrII 137859 . T G 704 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=16.37;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:737,81,0 chrII 137868 . A G 757 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=15.14;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:90:790,90,0 chrII 137948 . A G 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=22.89;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1246,132,0 chrII 137954 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.603;DP=57;Dels=0.00;FS=5.342;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:509,0,523 chrII 138346 . T C 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.088;QD=13.58;ReadPosRankSum=1.652;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:69:617,69,0 chrII 138529 . G T 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.07;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1269,138,0 chrII 138580 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=51;Dels=0.00;FS=1.255;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:380,0,477 chrII 138734 . C T 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.917;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=21.52;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1152,126,0 chrII 138835 . A G 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=21.63;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:855,93,0 chrII 139079 . T G 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=38;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.639;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:90:814,90,0 chrII 140021 . C T 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.53;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1634,177,0 chrII 140061 . T C 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=19.51;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1477,159,0 chrII 140131 . T C 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.54;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:957,105,0 chrII 140360 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=54;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=5.61;ReadPosRankSum=2.647;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:333,0,433 chrII 140383 . A G 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;DP=53;Dels=0.00;FS=6.044;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:53:99:350,0,484 chrII 140643 . C A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=50;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.234;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:373,0,394 chrII 140863 . G T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=47;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.498;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:241,0,540 chrII 140976 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.048;DP=66;Dels=0.00;FS=8.949;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.608;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:404,0,800 chrII 141015 . G A 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=21.98;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1418,153,0 chrII 141175 . C T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.599;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:396,0,610 chrII 141178 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.630;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.605;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:403,0,603 chrII 141191 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.585;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.824;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:417,0,612 chrII 141207 . A G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;DP=69;Dels=0.00;FS=3.429;HaplotypeScore=4.9907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.485;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.951;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:306,0,712 chrII 141215 . C T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=67;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=4.9907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.136;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:267,0,714 chrII 141553 . C T 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.915;DP=80;Dels=0.00;FS=6.266;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:655,0,693 chrII 141579 . C T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=83;Dels=0.00;FS=2.899;HaplotypeScore=10.6021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=8.25;ReadPosRankSum=-2.245;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:715,0,625 chrII 141987 . A T 1192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;DP=157;Dels=0.00;FS=11.009;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.865;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,78:157:99:1222,0,1073 chrII 142133 . C T 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;DP=104;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=17.8151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:1033,0,756 chrII 142181 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;DP=77;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.549;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:565,0,604 chrII 142186 . G A 1634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=21.79;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1667,174,0 chrII 142208 . G A 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=20.28;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1757,183,0 chrII 142364 . A G 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=102;Dels=0.00;FS=3.848;HaplotypeScore=7.2729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.469;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,61:102:99:1169,0,593 chrII 142625 . C T 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.32;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1675,189,0 chrII 142804 . C G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=84;Dels=0.00;FS=7.894;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.328;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:710,0,733 chrII 142980 . G A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=70;Dels=0.00;FS=2.035;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.199;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.550;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:782,0,484 chrII 143066 . C G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.050;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:361,0,457 chrII 143298 . A T 1328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;DP=103;Dels=0.00;FS=5.101;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,63:103:99:1358,0,736 chrII 143327 . C T 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;DP=91;Dels=0.00;FS=3.116;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.066;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:91:99:905,0,558 chrII 143335 . C G 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.680;DP=85;Dels=0.00;FS=6.361;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.067;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.093;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,53:85:99:841,0,554 chrII 143491 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=69;Dels=0.00;FS=10.726;HaplotypeScore=2.7720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:564,0,575 chrII 143595 . A G 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:464,0,749 chrII 143613 . A G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.924;DP=87;Dels=0.00;FS=3.400;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:853,0,477 chrII 143759 . A T 81.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.477;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:111,0,559 chrII 144151 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:434,0,209 chrII 144610 . T C 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=41;Dels=0.00;FS=3.062;HaplotypeScore=6.3888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=5.46;ReadPosRankSum=2.110;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:254,0,290 chrII 144658 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=34;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=1.318;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.353;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:236,0,389 chrII 144660 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=33;Dels=0.00;FS=3.545;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:212,0,388 chrII 144742 . T C 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=33;Dels=0.00;FS=8.313;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.888;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:132,0,309 chrII 144820 . T G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:410,0,455 chrII 144853 . G A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:362,0,424 chrII 144937 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=58;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.766;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.101;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:464,0,545 chrII 144991 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=51;Dels=0.00;FS=5.891;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:51:99:285,0,604 chrII 145108 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=39;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.817;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.761;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:373,0,379 chrII 145474 . A G 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=19.32;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1250,138,0 chrII 145486 . A G 1129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=21.30;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1162,126,0 chrII 145639 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;DP=47;Dels=0.00;FS=18.916;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:47:99:283,0,522 chrII 145924 . A T 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DP=35;Dels=0.00;FS=13.675;HaplotypeScore=10.9313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=2.099;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.925;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:35:64:94,0,64 chrII 145980 . G C,T 526.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.00;MQ0=0;QD=15.03;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,13,22:35:99:586,379,352,207,0,159 chrII 146099 . C T 1106 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.08;MQ0=0;QD=15.58;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1139,123,0 chrII 146107 . C A 957 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;QD=15.19;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:990,105,0 chrII 146108 . A T 111.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=64;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.576;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.984;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:141,0,616 chrII 146113 . A T 78.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;DP=65;Dels=0.00;FS=4.494;HaplotypeScore=2.7800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.337;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.663;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:108,0,633 chrII 146114 . C T 924 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.03;MQ0=0;QD=14.22;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:957,105,0 chrII 146127 . C G 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=65;Dels=0.00;FS=7.060;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.127;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:144,0,608 chrII 146129 . T A 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DP=66;Dels=0.00;FS=7.060;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.424;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:154,0,644 chrII 146169 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;DP=47;Dels=0.00;FS=33.347;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.023;SB=-1.685e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:47:99:276,0,293 chrII 146217 . T G 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=25.09;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1112,120,0 chrII 146248 . A G 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=25.47;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1001,111,0 chrII 146288 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=41;Dels=0.00;FS=4.457;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:279,0,477 chrII 146312 . C G 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=20.03;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:814,90,0 chrII 146333 . G A 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=19.90;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:849,90,0 chrII 146444 . C T 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1043,111,0 chrII 146609 . G A 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.03;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1377,147,0 chrII 146672 . G T 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=21.61;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:984,105,0 chrII 146699 . G A 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=22.35;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:994,108,0 chrII 146783 . A T 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=21.10;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1130,123,0 chrII 147197 . A T 2783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=20.61;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:135:99:2816,300,0 chrII 148005 . A G 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.455;DP=96;Dels=0.00;FS=5.193;HaplotypeScore=7.3318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=8.15;ReadPosRankSum=-2.343;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:812,0,967 chrII 148172 . C T 3351.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=22.49;SB=-1.795e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3351,360,0 chrII 148327 . A T 2416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=113;Dels=0.00;FS=3.455;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=21.38;ReadPosRankSum=1.671;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2449,255,0 chrII 148600 . T A 2977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=24.40;SB=-1.566e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:3010,318,0 chrII 149311 . G A 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.59;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1307,141,0 chrII 149549 . T A 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=15.91;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:940,105,0 chrII 149762 . G A 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=21.36;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1293,138,0 chrII 149779 . T A 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=17.17;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:943,102,0 chrII 149857 . T C 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=16.19;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:729,81,0 chrII 149872 . T C 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=16.69;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:734,81,0 chrII 150200 . A T 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=17.35;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:484,51,0 chrII 150296 . A G 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=17.65;ReadPosRankSum=1.658;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1692,163,0 chrII 150351 . T C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=96;Dels=0.00;FS=126.868;HaplotypeScore=24.0001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:71:544,0,71 chrII 150507 . G A 594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=20.48;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:627,72,0 chrII 151365 . A G 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=23.56;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1729,186,0 chrII 151376 . G A 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=20.77;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1736,183,0 chrII 151397 . T C 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.950;QD=19.82;ReadPosRankSum=2.383;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1500,165,0 chrII 152366 . T A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;DP=55;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:569,0,452 chrII 152612 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=41;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.150;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:474,0,220 chrII 152624 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.399;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:387,0,253 chrII 152750 . A C 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=16.11;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1096,123,0 chrII 152894 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;DP=74;Dels=0.00;FS=3.160;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=2.750;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.114;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:564,0,774 chrII 153007 . C T 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:184,0,309 chrII 153338 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.077;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:417,0,442 chrII 154545 . C T 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=18.99;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1989,222,0 chrII 154798 . T C 2064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=23.72;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2097,234,0 chrII 155135 . A G 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=17.91;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:1860,210,0 chrII 155404 . T C 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=21.76;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1578,174,0 chrII 155739 . T G 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.38;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1618,174,0 chrII 155783 . A G 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.22;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1744,195,0 chrII 156200 . C T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;DP=106;Dels=0.00;FS=3.611;HaplotypeScore=4.8508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:106:99:662,0,1047 chrII 156203 . C A 2168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=21.05;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2201,237,0 chrII 156732 . G A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=82;Dels=0.00;FS=2.981;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.037;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:764,0,598 chrII 156788 . A G 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=108;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.694;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:1016,0,1064 chrII 156902 . A C 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.52;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1703,189,0 chrII 157474 . G A 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=96;Dels=0.00;FS=1.893;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:843,0,803 chrII 158114 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.728;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:585,0,710 chrII 158591 . C T 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=19.31;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1867,204,0 chrII 158800 . G T 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=18.75;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1139,126,0 chrII 158803 . A G 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=19.53;ReadPosRankSum=2.364;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1146,126,0 chrII 158953 . G A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.73;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1315,138,0 chrII 159079 . C T 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=12.60;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:57:537,57,0 chrII 159139 . T G 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=14.94;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:54:496,54,0 chrII 159797 . C T 394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.74;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:427,45,0 chrII 159857 . C G 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=23.59;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:87:788,87,0 chrII 159891 . A C 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=22.27;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:768,84,0 chrII 159926 . C A 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=17.51;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:821,93,0 chrII 160143 . T G 232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.57;SB=-1.329e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:14:30:265,30,0 chrII 160403 . G T 402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.33;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:48:435,48,0 chrII 160810 . T G 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.18;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:921,99,0 chrII 161065 . G A 1823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.96;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1856,207,0 chrII 161297 . G A 1574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.85;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1607,168,0 chrII 161484 . T G 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=137;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=58.8312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.957;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.641;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:137:99:1746,189,0 chrII 161682 . A T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=73;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:725,0,749 chrII 161687 . T C 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=23.24;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1776,195,0 chrII 161757 . G A 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1755,189,0 chrII 161840 . T C 2227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.49;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2260,249,0 chrII 162029 . C T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=54;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=8.2904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:54:99:339,0,431 chrII 162137 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=47;Dels=0.00;FS=4.652;HaplotypeScore=5.5257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:460,0,240 chrII 162251 . A G 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=17.83;ReadPosRankSum=1.659;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:48:99:889,99,0 chrII 162420 . T C 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DP=61;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=22.43;ReadPosRankSum=2.329;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1401,153,0 chrII 162682 . C G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;DP=54;Dels=0.00;FS=4.185;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.958;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:646,0,338 chrII 162773 . T C 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=15.88;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:94:99:1526,174,0 chrII 162963 . T A 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=103;Dels=0.00;FS=8.160;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.650;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:1031,0,1073 chrII 163080 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;DP=68;Dels=0.00;FS=8.606;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:605,0,761 chrII 163180 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=71;Dels=0.00;FS=2.265;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.017;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:626,0,476 chrII 163284 . A G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DP=82;Dels=0.00;FS=7.882;HaplotypeScore=4.2887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.597;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.232;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:618,0,861 chrII 163349 . G T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.020;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.891;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:363,0,672 chrII 163497 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:41:99:445,0,295 chrII 163746 . G T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;DP=91;Dels=0.00;FS=4.668;HaplotypeScore=10.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:675,0,888 chrII 163787 . A C 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=88;Dels=0.00;FS=0.833;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:88:99:628,0,950 chrII 163854 . T C 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1831,195,0 chrII 163892 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DP=64;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=3.0926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.787;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:646,0,518 chrII 163967 . A G 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=17.86;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:944,105,0 chrII 163989 . G A 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=17.04;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1260,138,0 chrII 164145 . T C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;DP=116;Dels=0.00;FS=16.306;HaplotypeScore=12.6786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.310;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:116:99:797,0,1178 chrII 164166 . G C 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=91;Dels=0.00;FS=16.954;HaplotypeScore=3.7765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:985,0,739 chrII 164378 . T C 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;DP=106;Dels=0.00;FS=3.103;HaplotypeScore=8.1728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.264;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:106:99:961,0,771 chrII 164419 . T C 2336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DP=113;Dels=0.00;FS=12.358;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=20.67;ReadPosRankSum=2.919;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:113:99:2369,273,0 chrII 164499 . G A 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.773;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,64:139:99:1089,0,1502 chrII 164611 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.956;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.978;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:690,0,327 chrII 164716 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.926;DP=87;Dels=0.00;FS=13.009;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=2.170;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:87:99:722,0,869 chrII 164828 . C T 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=15.75;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1230,141,0 chrII 164914 . A G 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=17.64;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:75:668,75,0 chrII 164957 . C A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:46:99:455,0,158 chrII 164995 . T G 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=12.99;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1163,129,0 chrII 165048 . C T 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=16.05;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:1911,201,0 chrII 165107 . A G 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=54;Dels=0.00;FS=4.938;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=21.93;ReadPosRankSum=1.602;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:1217,135,0 chrII 165259 . G A 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.92;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:966,102,0 chrII 165358 . A G 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DP=82;Dels=0.00;FS=15.479;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.109;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:764,0,473 chrII 165525 . G A 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=19.18;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1452,165,0 chrII 165680 . A C 124.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=2.14;SB=-4.071e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:21:157,21,0 chrII 165729 . T C 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=20.22;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1145,123,0 chrII 165754 . T G 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=18.72;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:913,99,0 chrII 165877 . T C 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=13.51;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:965,105,0 chrII 165925 . T C 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=3.129;QD=0.61;ReadPosRankSum=2.158;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:74:74,0,218 chrII 166019 . T C 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.667;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1262,138,0 chrII 166311 . C T 809 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=18.39;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:842,93,0 chrII 166339 . C T 255.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.712;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:285,0,256 chrII 166544 . G A 697 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.81;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:730,78,0 chrII 166572 . C T 515 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=21.46;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:60:548,60,0 chrII 166703 . G A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=22.19;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:854,93,0 chrII 166909 . C G 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=20.64;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1127,126,0 chrII 167174 . A G 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.87;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1306,144,0 chrII 167373 . C T 2259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=22.37;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2292,243,0 chrII 167426 . G A 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=18.01;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:77:99:1420,156,0 chrII 167527 . G A 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=21.21;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1263,141,0 chrII 167897 . A G 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;DP=43;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:165,0,570 chrII 167998 . G A 272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.46;MQ0=0;QD=6.33;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:33:305,33,0 chrII 168021 . A G 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=55;Dels=0.00;FS=4.308;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.334;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:55:99:268,0,458 chrII 168036 . A C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.867;DP=63;Dels=0.00;FS=13.159;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.536;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:599,0,450 chrII 168065 . T C 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=23.89;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1825,195,0 chrII 168150 . C G 2071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=23.80;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2104,240,0 chrII 168194 . G A 2225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.70;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2258,237,0 chrII 168448 . T C 5800.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=23.29;SB=-3.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,249:249:99:5800,639,0 chrII 168467 . T G 5067.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=22.93;SB=-2.887e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,221:221:99:5067,564,0 chrII 168536 . A G 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.310;DP=37;Dels=0.00;FS=12.464;HaplotypeScore=4.6490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=19.14;ReadPosRankSum=3.532;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:37:81:741,81,0 chrII 168653 . G A 3158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=23.22;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:3191,345,0 chrII 168711 . C T 3630.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=21.61;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:168:99:3630,396,0 chrII 168731 . A G 2856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=20.26;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:141:99:2889,318,0 chrII 168747 . A G 2650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=20.23;SB=-1.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:2683,288,0 chrII 168775 . A T 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.368;DP=99;Dels=0.00;FS=9.080;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=19.31;ReadPosRankSum=3.368;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:99:99:1945,207,0 chrII 168802 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=18.86;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:59:99:1146,123,0 chrII 168980 . C T 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=18.87;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:901,96,0 chrII 169483 . A G 4594.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.988e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,204:204:99:4594,498,0 chrII 169496 . G C 4443.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=21.36;SB=-1.875e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:208:99:4443,501,0 chrII 169566 . G T 2160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2193,234,0 chrII 169589 . A G 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=0;QD=24.96;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2030,219,0 chrII 169621 . C T 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=22.06;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:65:99:1467,159,0 chrII 169820 . G T 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=16.41;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1165,123,0 chrII 169875 . T C 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=57;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.52;MQ0=0;MQRankSum=1.361;QD=14.09;ReadPosRankSum=1.670;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:93:836,93,0 chrII 170167 . C G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.124;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:41:99:241,0,335 chrII 170206 . G T 114.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.243;DP=39;Dels=0.00;FS=9.506;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.460;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:39:99:144,0,436 chrII 170207 . C T 112.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DP=37;Dels=0.00;FS=9.506;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.962;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:142,0,447 chrII 170208 . C T 116.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.249;DP=36;Dels=0.00;FS=9.446;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.46;MQ0=0;MQRankSum=-4.216;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:146,0,413 chrII 170235 . C T 145.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=39;Dels=0.00;FS=11.935;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.118;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.771;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:175,0,498 chrII 170320 . A C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;DP=33;Dels=0.00;FS=4.266;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.345;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:408,0,235 chrII 170442 . T C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=31;Dels=0.00;FS=5.525;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.885;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:290,0,181 chrII 170692 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=71;Dels=0.00;FS=8.273;HaplotypeScore=8.5518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.765;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:632,0,561 chrII 170790 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.115;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:855,0,903 chrII 171183 . G T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.506;DP=73;Dels=0.00;FS=3.722;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.315;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:580,0,782 chrII 171433 . A G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.546;DP=120;Dels=0.00;FS=5.766;HaplotypeScore=7.4527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.349;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.196;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,51:120:99:763,0,1296 chrII 171454 . T C 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=120;Dels=0.00;FS=1.458;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.299;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:120:99:813,0,1326 chrII 171570 . A G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.033;DP=83;Dels=0.00;FS=8.161;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:83:99:695,0,722 chrII 171612 . G C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=66;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:561,0,400 chrII 171906 . A G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.611;DP=87;Dels=0.00;FS=4.176;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:760,0,840 chrII 172028 . G C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=84;Dels=0.00;FS=5.746;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:650,0,795 chrII 172038 . T A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:533,0,776 chrII 172113 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=68;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:464,0,628 chrII 172223 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:92:99:599,0,931 chrII 172245 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=96;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:543,0,984 chrII 172262 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;DP=94;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:94:99:612,0,1034 chrII 172315 . G A 758.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=104;Dels=0.00;FS=1.722;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=2.612;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:788,0,819 chrII 172322 . G T 675.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=99;Dels=0.01;FS=0.793;HaplotypeScore=6.5557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.444;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:705,0,648 chrII 172323 . T A 680.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;DP=99;Dels=0.01;FS=1.743;HaplotypeScore=7.3444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:710,0,647 chrII 172338 . T G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DP=89;Dels=0.01;FS=1.815;HaplotypeScore=4.4769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:577,0,668 chrII 172346 . A T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.931;DP=82;Dels=0.00;FS=1.845;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.489;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:614,0,520 chrII 172488 . A G 1611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.69;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1644,177,0 chrII 172596 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.137;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.452;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:487,0,662 chrII 172995 . A C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=6.53;ReadPosRankSum=-2.501;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:337,0,454 chrII 173028 . T C 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.59;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:87:807,87,0 chrII 173043 . A G 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:90:841,90,0 chrII 173659 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;DP=59;Dels=0.00;FS=3.667;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:471,0,716 chrII 174030 . G A 1785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=18.79;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1818,204,0 chrII 174060 . T C 2322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=114;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=3.8631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:2355,264,0 chrII 174535 . C T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=98;Dels=0.00;FS=11.832;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:722,0,1100 chrII 174555 . A C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.274;DP=102;Dels=0.00;FS=20.797;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.821;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:493,0,1202 chrII 174597 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;DP=108;Dels=0.00;FS=19.244;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.779;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,44:108:99:593,0,1224 chrII 174599 . G C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=107;Dels=0.00;FS=12.873;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.092;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:107:99:596,0,1052 chrII 174685 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;DP=91;Dels=0.00;FS=13.112;HaplotypeScore=22.9346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.180;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.790;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:91:99:293,0,509 chrII 174688 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.014;DP=92;Dels=0.00;FS=12.103;HaplotypeScore=34.5459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.534;QD=3.46;ReadPosRankSum=2.133;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:92:99:348,0,532 chrII 174758 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=76;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=4.68;ReadPosRankSum=3.234;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:386,0,594 chrII 174801 . A T 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=80;Dels=0.00;FS=8.242;HaplotypeScore=29.9622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=2.163;QD=12.38;ReadPosRankSum=2.143;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:1020,0,264 chrII 174853 . C T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.255;DP=111;Dels=0.00;FS=25.147;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-5.445;QD=0.41;ReadPosRankSum=1.528;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,43:111:75:75,0,1474 chrII 174871 . A T 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=118;Dels=0.00;FS=34.766;HaplotypeScore=101.0201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQ0=0;MQRankSum=-6.558;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.385;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,48:118:86:86,0,1359 chrII 175054 . A G 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=118;Dels=0.00;FS=5.807;HaplotypeScore=14.1922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,57:118:99:908,0,1045 chrII 175109 . T A 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=120;Dels=0.00;FS=10.231;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.213;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:120:99:1204,0,1102 chrII 175316 . C T 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=76;Dels=0.00;FS=14.414;HaplotypeScore=10.8019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:76:99:803,0,347 chrII 175409 . A G 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=17.82;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1619,174,0 chrII 175439 . G A 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=92;Dels=0.00;FS=1.937;HaplotypeScore=6.5944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.751;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:745,0,659 chrII 175505 . C A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.702;DP=65;Dels=0.00;FS=3.696;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:592,0,462 chrII 175526 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;DP=68;Dels=0.00;FS=0.969;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.784;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:492,0,525 chrII 175714 . A G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=63;Dels=0.00;FS=7.071;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.932;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.533;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:547,0,594 chrII 175784 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.202;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:398,0,492 chrII 175964 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;DP=62;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=3.1424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:349,0,641 chrII 176009 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.406;DP=67;Dels=0.00;FS=0.987;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:327,0,644 chrII 176084 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;DP=74;Dels=0.00;FS=14.551;HaplotypeScore=12.4824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:422,0,755 chrII 176261 . T C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=37;Dels=0.00;FS=4.743;HaplotypeScore=2.7537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:233,0,445 chrII 177092 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=70;Dels=0.00;FS=10.968;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.363;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:408,0,587 chrII 177622 . G A 3421.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.07;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:154:99:3421,366,0 chrII 177793 . G A 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=20.32;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1598,171,0 chrII 178351 . C T 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=20.82;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1095,117,0 chrII 178767 . C T 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=36;Dels=0.00;FS=1.297;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:147,0,418 chrII 180070 . T G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.767;DP=107;Dels=0.00;FS=13.599;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.371;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,41:107:99:628,0,1111 chrII 180175 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;DP=89;Dels=0.00;FS=2.817;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.363;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:89:99:799,0,813 chrII 180253 . A G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:221,0,355 chrII 180255 . G T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.209;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:199,0,365 chrII 180379 . A G 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=57;Dels=0.00;FS=5.179;HaplotypeScore=5.6423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:179,0,511 chrII 180607 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=51;Dels=0.00;FS=2.556;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:501,0,435 chrII 180832 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;DP=44;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:344,0,266 chrII 181033 . T C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:300,0,407 chrII 181034 . G T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.176;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:305,0,381 chrII 181279 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=52;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.294;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:408,0,519 chrII 181425 . A C 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=20.37;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:848,93,0 chrII 181635 . C T 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=18.58;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:702,75,0 chrII 181646 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=29;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.448;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:37:312,0,37 chrII 181705 . C G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=46;Dels=0.00;FS=1.137;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=2.593;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:46:99:383,0,382 chrII 181873 . A G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:81:99:420,0,814 chrII 182128 . T C 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=17.63;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:703,78,0 chrII 182137 . G T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;DP=40;Dels=0.00;FS=13.393;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.965;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:278,0,303 chrII 182323 . C G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:330,0,227 chrII 182436 . T C 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.34;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:78:710,78,0 chrII 182892 . G A 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=41;Dels=0.00;FS=2.990;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.460;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:41:99:203,0,392 chrII 182901 . C T 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=46;Dels=0.00;FS=12.058;HaplotypeScore=4.8206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:235,0,454 chrII 183084 . A C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;DP=37;Dels=0.00;FS=3.536;HaplotypeScore=3.8475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:369,0,414 chrII 183117 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.034;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:407,0,499 chrII 183198 . T C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.885;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:616,0,570 chrII 183369 . T C 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=58;Dels=0.00;FS=3.697;HaplotypeScore=6.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:629,0,522 chrII 183456 . A G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=103;Dels=0.00;FS=9.298;HaplotypeScore=3.8978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.010;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:739,0,768 chrII 183459 . C T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=101;Dels=0.00;FS=7.831;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.247;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:787,0,848 chrII 183619 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.671;DP=100;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=5.8206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.339;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:752,0,944 chrII 183726 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=62;Dels=0.00;FS=5.343;HaplotypeScore=9.0489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:62:99:502,0,462 chrII 183810 . C T 2542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.34;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2575,276,0 chrII 183889 . C T 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=21.01;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2407,261,0 chrII 184144 . C A 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:945,0,997 chrII 184146 . T C 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=102;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.339;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:1013,0,934 chrII 184218 . T A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.367;DP=92;Dels=0.00;FS=3.119;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.373;QD=3.84;ReadPosRankSum=-2.238;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:383,0,1134 chrII 184236 . G C 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=19.29;ReadPosRankSum=1.649;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1634,177,0 chrII 184249 . T C 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=19.00;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1686,177,0 chrII 184343 . T C 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=22.73;ReadPosRankSum=1.570;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1488,162,0 chrII 184388 . G A 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=85;Dels=0.00;FS=9.290;HaplotypeScore=5.2462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.752;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:745,0,821 chrII 184606 . C A 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=1.691;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.053;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:71:99:454,0,840 chrII 184799 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=85;Dels=0.00;FS=2.952;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=6.31;ReadPosRankSum=-2.411;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:566,0,739 chrII 184932 . A C 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.688;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:1444,153,0 chrII 184941 . T A 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.676;DP=87;Dels=0.00;FS=3.118;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1379,150,0 chrII 185376 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.509;DP=68;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.037;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:595,0,616 chrII 185442 . C G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;DP=51;Dels=0.00;FS=1.422;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.955;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:383,0,508 chrII 185468 . G T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=2.167;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,38:57:99:547,0,318 chrII 185478 . C G 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=19.87;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1245,132,0 chrII 185492 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.107;DP=73;Dels=0.00;FS=7.164;HaplotypeScore=3.4053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.296;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:447,0,722 chrII 185526 . A G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=106;Dels=0.00;FS=1.756;HaplotypeScore=14.9899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.544;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,41:106:99:616,0,929 chrII 185579 . A G 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=120;Dels=0.00;FS=1.466;HaplotypeScore=8.8967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:120:99:934,0,1241 chrII 185762 . T C 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;DP=50;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.910;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:50:99:460,0,532 chrII 185891 . T A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;DP=57;Dels=0.00;FS=5.389;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:589,0,481 chrII 185922 . A G 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=22.78;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1992,219,0 chrII 185954 . A G 1085.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.715;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:123:99:1115,0,1151 chrII 185979 . T A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=109;Dels=0.00;FS=0.727;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:783,0,1117 chrII 186008 . T G 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.985;DP=116;Dels=0.00;FS=3.836;HaplotypeScore=12.5902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:116:99:923,0,1196 chrII 186049 . T A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.580;DP=86;Dels=0.00;FS=1.233;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:708,0,802 chrII 186067 . A G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:97:99:668,0,1033 chrII 186185 . G A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.965;DP=98;Dels=0.00;FS=14.400;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:98:99:702,0,1043 chrII 186210 . G C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;DP=111;Dels=0.00;FS=10.912;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,45:111:99:654,0,1338 chrII 186253 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.788;DP=121;Dels=0.00;FS=7.366;HaplotypeScore=6.9657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:121:99:790,0,1254 chrII 186322 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;DP=90;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.211;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:90:99:530,0,841 chrII 186366 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=116;Dels=0.00;FS=7.529;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.892;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,45:116:99:469,0,1289 chrII 186379 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;DP=126;Dels=0.00;FS=11.766;HaplotypeScore=9.4888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.993;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.008;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,49:126:99:565,0,1254 chrII 186397 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;DP=116;Dels=0.00;FS=7.392;HaplotypeScore=5.2987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.300;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.912;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,45:116:99:508,0,1317 chrII 186418 . A G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;DP=157;Dels=0.00;FS=7.358;HaplotypeScore=9.4272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.439;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.867;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,58:157:99:545,0,1762 chrII 186424 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.873;DP=169;Dels=0.00;FS=7.012;HaplotypeScore=13.3386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.099;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.197;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,61:169:99:583,0,1905 chrII 186525 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;DP=120;Dels=0.00;FS=7.128;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.381;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:120:99:867,0,1158 chrII 186555 . A G 1236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.705;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:1266,0,973 chrII 186623 . C T 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=17.39;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1146,120,0 chrII 186648 . C G 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=19.82;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1143,123,0 chrII 186709 . A T 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=19.80;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1399,147,0 chrII 186753 . G A 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1781,195,0 chrII 186759 . G A 1745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.73;MQ0=0;QD=18.18;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1778,189,0 chrII 186778 . A G 2092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.701;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2125,234,0 chrII 186915 . T C 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=47;Dels=0.00;FS=8.814;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=16.89;ReadPosRankSum=2.343;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:47:90:827,90,0 chrII 186935 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DP=41;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=1.6567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:276,0,306 chrII 186982 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.236;DP=46;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:295,0,372 chrII 187153 . G A 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=17.19;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:944,99,0 chrII 187157 . G A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=53;Dels=0.00;FS=5.859;HaplotypeScore=4.8508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:264,0,452 chrII 187552 . T A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:566,0,426 chrII 187616 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.020;DP=71;Dels=0.00;FS=1.929;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.082;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:554,0,590 chrII 187714 . C T 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=83;Dels=0.00;FS=5.678;HaplotypeScore=2.6487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=2.020;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.206;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:953,0,693 chrII 187744 . T C 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=61;Dels=0.00;FS=12.253;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:61:99:792,0,426 chrII 187788 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;DP=41;Dels=0.00;FS=12.687;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:328,0,483 chrII 187873 . T C 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.18;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1011,111,0 chrII 188032 . G A 1154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=76;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.624;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,54:76:99:1184,0,254 chrII 188473 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=66;Dels=0.00;FS=8.865;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.562;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:66:99:618,0,403 chrII 188476 . A G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=63;Dels=0.00;FS=11.801;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:394,0,677 chrII 188701 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=48;Dels=0.00;FS=10.286;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.144;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:476,0,378 chrII 188734 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=48;Dels=0.00;FS=2.536;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.500;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:391,0,250 chrII 188743 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.331;DP=45;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=4.3666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.130;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:339,0,212 chrII 189163 . A C 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DP=81;Dels=0.00;FS=0.871;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.391;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:756,0,477 chrII 189209 . T A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.466;DP=98;Dels=0.00;FS=1.784;HaplotypeScore=5.5413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:781,0,842 chrII 189263 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.831;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.267;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:634,0,863 chrII 189376 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.991;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.326;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:104:99:715,0,889 chrII 189424 . T A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.355;DP=96;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=3.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.235;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:632,0,1034 chrII 189673 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.309;DP=48;Dels=0.00;FS=4.670;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:378,0,355 chrII 189739 . G C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=59;Dels=0.00;FS=7.666;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:59:99:243,0,412 chrII 189898 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.556;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:573,0,269 chrII 190027 . C T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DP=37;Dels=0.00;FS=8.457;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:518,0,132 chrII 190246 . C T 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=17.35;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:935,99,0 chrII 190255 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=58;Dels=0.00;FS=7.278;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.290;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:406,0,449 chrII 190308 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DP=71;Dels=0.00;FS=10.161;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:71:99:546,0,548 chrII 190351 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=59;Dels=0.00;FS=3.607;HaplotypeScore=4.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.285;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:618,0,323 chrII 190355 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=60;Dels=0.00;FS=3.667;HaplotypeScore=4.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:675,0,256 chrII 190452 . A G 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=18.33;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1206,132,0 chrII 190737 . A T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=74;Dels=0.00;FS=3.148;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:719,0,644 chrII 190816 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=76;Dels=0.00;FS=3.317;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.001;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:529,0,717 chrII 190944 . T C 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=82;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.335;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.645;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:729,0,692 chrII 190980 . G C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=78;Dels=0.00;FS=14.343;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:78:99:640,0,651 chrII 191084 . T A 151.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.224;DP=88;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.855;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.665;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,30:88:99:181,0,1190 chrII 191087 . A G 109.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;DP=90;Dels=0.00;FS=3.138;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.898;QD=1.21;ReadPosRankSum=2.372;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,26:90:99:139,0,1312 chrII 191088 . A G 112.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=90;Dels=0.00;FS=3.138;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.444;QD=1.24;ReadPosRankSum=2.257;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,26:90:99:142,0,1312 chrII 191090 . T G 85.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.420;DP=90;Dels=0.00;FS=3.138;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.657;QD=0.94;ReadPosRankSum=2.230;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,26:90:99:115,0,1383 chrII 191091 . G C 111.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;DP=91;Dels=0.00;FS=1.899;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.086;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.916;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,27:91:99:141,0,1270 chrII 191207 . T C 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=17.73;ReadPosRankSum=1.592;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:1363,126,0 chrII 191214 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=72;Dels=0.00;FS=4.890;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-6.571;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.123;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:72:99:227,0,824 chrII 191222 . C T 200.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=72;Dels=0.00;FS=2.072;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-6.844;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.187;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,25:72:99:230,0,769 chrII 191226 . C T 212.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.329;DP=64;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.396;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:64:99:242,0,710 chrII 191228 . C T 211.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DP=64;Dels=0.00;FS=2.260;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.322;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:64:99:241,0,729 chrII 191242 . C A 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.97;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1431,153,0 chrII 191281 . A G 260.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=58;Dels=0.00;FS=15.212;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-6.366;QD=4.48;ReadPosRankSum=2.955;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:290,0,303 chrII 191288 . T C 218.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DP=52;Dels=0.00;FS=13.393;HaplotypeScore=4.2952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=-6.105;QD=4.19;ReadPosRankSum=2.887;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:52:99:248,0,443 chrII 191289 . A G 253.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.526;DP=53;Dels=0.00;FS=12.582;HaplotypeScore=5.0839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.200;QD=4.77;ReadPosRankSum=3.167;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:283,0,329 chrII 191294 . C T 251.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=53;Dels=0.00;FS=5.765;HaplotypeScore=7.4499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.960;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.719;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:281,0,410 chrII 191298 . T A 255.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=54;Dels=0.00;FS=10.098;HaplotypeScore=5.0404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-6.254;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.041;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:285,0,442 chrII 191304 . C A 235.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;DP=53;Dels=0.00;FS=9.971;HaplotypeScore=4.2908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQ0=0;MQRankSum=-6.245;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.416;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:265,0,513 chrII 191311 . A C 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=53;Dels=0.00;FS=12.862;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.200;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.211;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:253,0,539 chrII 191363 . C T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;DP=62;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=5.0121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.699;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.582;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:291,0,706 chrII 191377 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.419;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.210;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:361,0,581 chrII 191424 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.621;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.911;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:76:99:412,0,683 chrII 191470 . A T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;DP=65;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=13.8677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.376;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.728;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:332,0,743 chrII 191521 . G C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:271,0,431 chrII 191528 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.072;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:300,0,389 chrII 191751 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;DP=64;Dels=0.00;FS=5.240;HaplotypeScore=5.8906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:481,0,641 chrII 191908 . C G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=64;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=8.9282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=6.88;ReadPosRankSum=2.416;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:64:99:470,0,441 chrII 192085 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.280;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:468,0,514 chrII 192289 . G C 2024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2057,231,0 chrII 192591 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.375;DP=103;Dels=0.00;FS=2.802;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:103:99:738,0,776 chrII 192948 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=24;Dels=0.00;FS=3.925;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:218,0,286 chrII 193380 . A G 475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.62;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:508,54,0 chrII 193398 . C T 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:50:50,0,153 chrII 193450 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.840;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:275,0,274 chrII 193664 . T C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=50;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=6.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:337,0,509 chrII 193708 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DP=46;Dels=0.04;FS=2.716;HaplotypeScore=31.4351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:300,0,275 chrII 193790 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=52;Dels=0.00;FS=3.951;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:428,0,380 chrII 194057 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=58;Dels=0.00;FS=4.279;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:396,0,446 chrII 194226 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=28;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:28:99:344,0,144 chrII 195009 . C T 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=41;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:281,0,309 chrII 195168 . A G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=4.37;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:161,0,335 chrII 195177 . T A 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=28;Dels=0.00;FS=1.637;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:123,0,284 chrII 195180 . C G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=29;Dels=0.00;FS=3.427;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:130,0,298 chrII 195594 . G A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=76;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.584;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:444,0,815 chrII 195603 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.944;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:483,0,933 chrII 195718 . C G 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.902;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:733,0,704 chrII 195719 . G A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=7.43;ReadPosRankSum=-2.164;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:95:99:736,0,720 chrII 195759 . T C 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.761;DP=146;Dels=0.00;FS=0.618;HaplotypeScore=19.6786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.487;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,68:146:99:1058,0,1304 chrII 195960 . A T 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;DP=113;Dels=0.00;FS=1.548;HaplotypeScore=12.2662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.180;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:113:99:896,0,1187 chrII 196145 . C A 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.309;DP=111;Dels=0.00;FS=12.808;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.199;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,61:111:99:1084,0,799 chrII 196155 . A G 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.372;DP=108;Dels=0.00;FS=19.996;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.449;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:108:99:1016,0,872 chrII 196241 . C T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DP=67;Dels=0.00;FS=9.923;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:599,0,468 chrII 196260 . G C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;DP=66;Dels=0.00;FS=9.519;HaplotypeScore=6.8125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:66:99:433,0,571 chrII 196417 . A G 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DP=124;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:124:99:1023,0,1249 chrII 196581 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.726;DP=52;Dels=0.00;FS=5.964;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.593;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:52:99:386,0,386 chrII 196633 . G A 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;DP=85;Dels=0.00;FS=5.574;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:855,0,571 chrII 196657 . T A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.213;DP=112;Dels=0.00;FS=0.695;HaplotypeScore=7.8020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=2.043;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:112:99:902,0,1055 chrII 196681 . A G 2631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=19.93;SB=-1.529e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2664,294,0 chrII 196964 . A T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=108;Dels=0.02;FS=0.768;HaplotypeScore=7.7776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.608;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:106:99:563,0,858 chrII 197035 . A G 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.050;DP=146;Dels=0.00;FS=4.027;HaplotypeScore=12.5417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.765;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,72:146:99:1264,0,1268 chrII 197076 . A C 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.226;DP=153;Dels=0.00;FS=1.262;HaplotypeScore=11.7501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.625;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,68:153:99:1269,0,1401 chrII 197246 . G T 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.827;DP=102;Dels=0.00;FS=10.013;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=2.947;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.007;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:864,0,993 chrII 197372 . T C 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.782;DP=117;Dels=0.00;FS=16.758;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.600;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.761;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,69:117:99:1367,0,707 chrII 197440 . G A 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.071;DP=74;Dels=0.00;FS=32.730;HaplotypeScore=13.4213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.304;QD=12.01;ReadPosRankSum=2.531;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,48:74:99:919,0,259 chrII 197464 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DP=42;Dels=0.00;FS=15.200;HaplotypeScore=4.3421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.148;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.260;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:42:99:434,0,161 chrII 197474 . G C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=39;Dels=0.00;FS=14.740;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.967;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:39:99:373,0,99 chrII 197588 . C G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.728;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.991;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.687;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:59:99:449,0,306 chrII 197703 . T A 556 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;DP=31;Dels=0.00;FS=8.966;HaplotypeScore=5.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.31;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.407;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:63:589,63,0 chrII 197706 . C A 565 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=28;Dels=0.00;FS=11.461;HaplotypeScore=3.9651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;MQRankSum=1.486;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.990;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:63:598,63,0 chrII 197712 . A C 338.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=23;Dels=0.00;FS=7.697;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=0;MQRankSum=2.128;QD=14.70;ReadPosRankSum=2.237;SB=-2.604e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:24:371,24,0 chrII 197713 . G T 385 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=0;QD=16.74;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:23:51:418,51,0 chrII 197715 . G T 385.12 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=23;Dels=0.00;FS=7.697;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=0;MQRankSum=2.237;QD=16.74;ReadPosRankSum=2.019;SB=-2.513e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:5:416,5,0 chrII 197761 . G A 368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=2;QD=13.14;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:42:401,42,0 chrII 197836 . C G 114.52 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=20;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.99;MQ0=8;MQRankSum=0.289;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.536;SB=-8.943e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:6:144,0,6 chrII 197842 . T G 90.22 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=21;Dels=0.00;FS=2.522;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.31;MQ0=8;MQRankSum=-0.694;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.694;SB=-6.395e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:10:120,0,10 chrII 197969 . C T 339.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;DP=78;Dels=0.00;FS=6.782;HaplotypeScore=2.8804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.21;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=4.35;ReadPosRankSum=3.884;SB=-5.613e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,36:78:1:368,1,0 chrII 198003 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=78;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=6.19;ReadPosRankSum=3.581;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:60:513,0,60 chrII 198029 . A G 444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.57;MQ0=0;QD=9.45;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:54:477,54,0 chrII 198051 . A T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.89;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:199,0,241 chrII 198085 . G C 398 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=12.06;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:51:431,51,0 chrII 198086 . T C 408 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=12.00;ReadPosRankSum=1.631;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:51:441,51,0 chrII 198093 . A G 434 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.46;MQ0=0;QD=14.97;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:467,54,0 chrII 198095 . A G 409 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.41;MQ0=0;QD=13.63;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:51:442,51,0 chrII 198168 . C T 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.99;MQ0=0;QD=21.79;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1079,114,0 chrII 198180 . C T 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;QD=23.04;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1231,132,0 chrII 198368 . A C 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.529;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1265,121,0 chrII 198512 . A G 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=21.97;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:81:758,81,0 chrII 198526 . A G 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=22.24;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:96:878,96,0 chrII 198605 . C T 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=24.18;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1097,117,0 chrII 198672 . C T 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.93;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1086,114,0 chrII 198751 . T C 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=17.28;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1156,126,0 chrII 198778 . T G 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=62;Dels=0.00;FS=2.967;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=17.42;ReadPosRankSum=2.211;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1113,120,0 chrII 198782 . C T 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=16.85;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1078,114,0 chrII 198826 . A C,G 864.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6946;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.481;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,44,24:69:99:924,287,209,637,0,601 chrII 198891 . G A 2016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=21.22;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2049,222,0 chrII 199139 . T C 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=18.37;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:731,81,0 chrII 199390 . T C 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.29;MQ0=0;QD=14.20;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1268,138,0 chrII 199391 . A C 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=87;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=4.3172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=13.79;ReadPosRankSum=2.393;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:87:99:1233,138,0 chrII 199405 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DP=75;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:492,0,419 chrII 199514 . C T 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.78;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:989,105,0 chrII 199762 . A C 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=23.10;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1419,156,0 chrII 199961 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=48;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:403,0,401 chrII 200008 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=37;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.441;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:290,0,360 chrII 200267 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=53;Dels=0.00;FS=9.951;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.223;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:485,0,506 chrII 200298 . C T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=67;Dels=0.00;FS=6.862;HaplotypeScore=8.5958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.094;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:635,0,642 chrII 200483 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DP=64;Dels=0.00;FS=14.715;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.393;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:64:99:550,0,458 chrII 200522 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=62;Dels=0.00;FS=5.436;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.069;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:62:99:399,0,649 chrII 200530 . G T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=61;Dels=0.00;FS=2.330;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:354,0,731 chrII 200854 . C T 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.190;DP=64;Dels=0.00;FS=2.241;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.445;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:743,0,389 chrII 200968 . C T 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.29;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1634,171,0 chrII 201063 . C T 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.70;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1730,186,0 chrII 201476 . G A 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.03;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1751,189,0 chrII 201611 . T C 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.630;QD=21.57;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:70:99:1543,168,0 chrII 201647 . C T 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=18.77;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1028,108,0 chrII 201779 . C G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:82:99:570,0,647 chrII 201782 . C T 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DP=84;Dels=0.00;FS=3.147;HaplotypeScore=8.9642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.112;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:84:99:643,0,520 chrII 201831 . G A 2295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=23.66;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2328,252,0 chrII 201868 . C G 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;DP=77;Dels=0.00;FS=3.030;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.670;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:817,0,625 chrII 201879 . C T 1847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=23.99;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1880,198,0 chrII 202001 . G C 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=19.22;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:744,84,0 chrII 202108 . A T 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=60;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=4.8629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=23.22;ReadPosRankSum=2.327;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1426,147,0 chrII 202227 . T A 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=20.23;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1004,108,0 chrII 202411 . G A 397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=15.88;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:45:430,45,0 chrII 202509 . T C 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.747;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.418;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:118,0,156 chrII 202580 . C G 356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=15.48;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:389,42,0 chrII 202724 . T C 241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=12.68;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:30:274,30,0 chrII 202739 . G T 211.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=15.07;SB=-1.599e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:244,27,0 chrII 203114 . C T 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=19.69;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:742,81,0 chrII 203566 . T C 322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=16.95;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:39:355,39,0 chrII 203783 . G C 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.18;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:411,45,0 chrII 203910 . C G 522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=15.35;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:555,63,0 chrII 204179 . T C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=40;Dels=0.00;FS=3.223;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.998;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.047;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:273,0,469 chrII 204182 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DP=43;Dels=0.00;FS=3.278;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.186;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:261,0,436 chrII 204215 . T C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:232,0,372 chrII 204404 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.521;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:428,0,305 chrII 204458 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.749;DP=49;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.419;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:353,0,526 chrII 204536 . A G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=47;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.979;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:349,0,319 chrII 204923 . A T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.763;DP=55;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.995;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:366,0,281 chrII 204924 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=55;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.740;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:55:99:343,0,306 chrII 204995 . C T 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=38;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=8.7540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:219,0,209 chrII 205151 . G A 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.701;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:691,0,580 chrII 205157 . C A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=71;Dels=0.00;FS=2.069;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:643,0,632 chrII 205343 . A C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DP=39;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:383,0,243 chrII 205834 . G A 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DP=93;Dels=0.00;FS=0.893;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:960,0,497 chrII 205854 . A T 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=103;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=8.3611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:863,0,682 chrII 205891 . T C 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=16.69;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:96:99:1635,183,0 chrII 206076 . C G 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=20.95;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1248,138,0 chrII 206280 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.504;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:639,0,261 chrII 206369 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DP=70;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.347;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:523,0,671 chrII 206394 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=63;Dels=0.00;FS=2.134;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=9.67;ReadPosRankSum=-2.242;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:63:99:639,0,392 chrII 207171 . C T 3163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.76;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3196,354,0 chrII 207220 . A G 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1570,171,0 chrII 207727 . C T 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.42;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:911,99,0 chrII 207923 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.364;DP=76;Dels=0.00;FS=1.953;HaplotypeScore=8.0600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:543,0,765 chrII 208189 . C T 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=22.79;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1628,174,0 chrII 208213 . C T 1596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=21.28;ReadPosRankSum=0.069;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1629,154,0 chrII 208351 . T A 2467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.491e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:125:99:2500,276,0 chrII 208417 . G A 2192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=22.60;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2225,240,0 chrII 208471 . A G 2182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2215,249,0 chrII 208543 . A G 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2458,264,0 chrII 208574 . A G 2710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=113;Dels=0.00;FS=3.049;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=23.98;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.531e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2743,294,0 chrII 208735 . C T 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=20.86;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1472,162,0 chrII 208745 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;DP=75;Dels=0.00;FS=3.247;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:75:99:455,0,828 chrII 208870 . C T 2597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=19.67;SB=-1.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:2630,291,0 chrII 208879 . G A 2660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2693,291,0 chrII 208915 . C T 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=14.77;SB=-1.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1584,174,0 chrII 208916 . C G 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=14.47;ReadPosRankSum=1.133;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:107:99:1581,177,0 chrII 208963 . C A 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=17.41;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:1826,192,0 chrII 209169 . T A 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=98;Dels=0.00;FS=8.139;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:98:99:1108,0,743 chrII 209225 . A G 1245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=122;Dels=0.00;FS=1.448;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.110;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,69:122:99:1275,0,899 chrII 209245 . G A 2977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=20.25;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:147:99:3010,333,0 chrII 209373 . C T 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=22.03;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2038,222,0 chrII 209754 . A G 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=21.70;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1205,129,0 chrII 210006 . T C 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=44;Dels=0.00;FS=4.030;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.652;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:44:90:807,90,0 chrII 210387 . A G 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.88;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1127,123,0 chrII 210531 . A G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=55;Dels=0.00;FS=14.793;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.347;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:55:99:582,0,445 chrII 210582 . G A 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=20.77;ReadPosRankSum=1.670;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1217,135,0 chrII 210974 . T C 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.72;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1805,198,0 chrII 210990 . G A 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=21.64;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1699,183,0 chrII 211106 . A G 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.585;DP=96;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=6.4339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:978,0,706 chrII 211332 . G A 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1871,198,0 chrII 211581 . C T 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=17.67;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1641,177,0 chrII 212351 . G A 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=23.14;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:866,93,0 chrII 212495 . G T 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.22;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:898,96,0 chrII 212638 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DP=54;Dels=0.00;FS=3.710;HaplotypeScore=3.5021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.543;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:576,0,558 chrII 212810 . T C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=20.36;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1723,186,0 chrII 212882 . A G 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=21.69;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1595,171,0 chrII 212886 . C G 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=19.38;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1448,159,0 chrII 213058 . C T 404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=16.16;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:437,48,0 chrII 213466 . A G 361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.06;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:42:394,42,0 chrII 213545 . G C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:236,0,244 chrII 213628 . T A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.641;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:294,0,209 chrII 213728 . T G 523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=16.87;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:556,60,0 chrII 213729 . C T 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:216,0,236 chrII 214190 . G C 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.81;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1407,159,0 chrII 214439 . G A 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=18.00;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:753,81,0 chrII 214468 . G T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=39;Dels=0.00;FS=1.360;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:279,0,276 chrII 214711 . G A 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.60;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:711,75,0 chrII 214801 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DP=44;Dels=0.00;FS=1.232;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:403,0,243 chrII 214810 . C T 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=16.93;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:81:778,81,0 chrII 214891 . G A 492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=19.68;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:60:525,60,0 chrII 215181 . G A 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=58;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=6.7043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=18.67;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:98:1116,98,0 chrII 215629 . A G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.450;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:294,0,322 chrII 215946 . G C 475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=15.83;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:30:57:508,57,0 chrII 215962 . G A 414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=12.55;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:51:447,51,0 chrII 215982 . G T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=36;Dels=0.00;FS=3.750;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:172,0,308 chrII 216520 . A G 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=17.72;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1114,120,0 chrII 216541 . A C 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.272;DP=50;Dels=0.00;FS=8.538;HaplotypeScore=3.5991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=15.52;ReadPosRankSum=3.129;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:90:809,90,0 chrII 216631 . A G 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=18.43;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:844,93,0 chrII 216685 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=2.837;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.301;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:42:99:384,0,297 chrII 216794 . T C 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.31;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:928,102,0 chrII 217015 . G C 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.25;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1803,195,0 chrII 217070 . C T 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=16.55;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1109,120,0 chrII 217109 . T C 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=15.62;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66:611,66,0 chrII 217360 . T A 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=128;Dels=0.00;FS=0.694;HaplotypeScore=12.7155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.832;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,62:128:99:1187,0,1210 chrII 217412 . G A 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=91;Dels=0.00;FS=11.930;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:1003,0,763 chrII 217636 . A G 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.12;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1381,150,0 chrII 217676 . C T 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=18.04;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1494,162,0 chrII 218039 . A G 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=58;Dels=0.00;FS=3.321;HaplotypeScore=4.3470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.553;QD=19.50;ReadPosRankSum=1.673;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1164,126,0 chrII 218057 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=58;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:512,0,335 chrII 218507 . T C 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=97;Dels=0.00;FS=6.857;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.554;QD=20.23;ReadPosRankSum=1.696;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:1995,225,0 chrII 218618 . A G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;DP=107;Dels=0.00;FS=3.937;HaplotypeScore=3.7883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.025;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:107:99:710,0,1131 chrII 218630 . C T 2165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=20.62;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2198,234,0 chrII 218666 . G A 2673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2706,294,0 chrII 218957 . G A 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;DP=87;Dels=0.00;FS=17.537;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:1010,0,680 chrII 219000 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=102;Dels=0.00;FS=3.710;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=6.32;ReadPosRankSum=-2.287;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:102:99:675,0,1050 chrII 219410 . C T 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.31;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1525,162,0 chrII 219506 . A G 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=19.62;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1112,123,0 chrII 220055 . C T 1808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=25.46;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1841,195,0 chrII 220122 . G A 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=15.26;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:674,78,0 chrII 220136 . C T 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=16.26;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72:667,72,0 chrII 220216 . A G 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=18.59;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:795,87,0 chrII 220331 . C T 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=21.49;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1537,168,0 chrII 220403 . A G 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=21.18;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1452,159,0 chrII 220405 . G A 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=20.57;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1432,156,0 chrII 220424 . A C 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=4.127;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=19.85;ReadPosRankSum=1.686;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1522,171,0 chrII 220451 . T G 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=20.15;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1464,165,0 chrII 220776 . C T 1660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;QD=20.49;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1693,177,0 chrII 220790 . C T 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.38;MQ0=0;QD=18.92;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1452,153,0 chrII 220911 . G T 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=18.48;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1308,138,0 chrII 220914 . C T 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=15.86;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1270,144,0 chrII 221818 . A T 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.98;MQ0=20;MQRankSum=0.727;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,15:24:6:49,6,0 chrII 225536 . A G 41.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.86;MQ0=28;QD=1.27;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:9:74,9,0 chrII 226856 . C T 102.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.62;MQ0=20;QD=1.65;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,42:62:15:135,15,0 chrII 226860 . A G 243 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.20;MQ0=20;QD=4.19;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:58:30:276,30,0 chrII 226862 . G T 216.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.20;MQ0=20;QD=3.72;SB=-2.382e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:58:27:249,27,0 chrII 226864 . G T 242 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.20;MQ0=20;QD=4.17;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:58:30:275,30,0 chrII 226865 . A G 246 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.20;MQ0=20;QD=4.24;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,38:58:30:279,30,0 chrII 226877 . A T 238 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.81;MQ0=19;QD=3.90;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,42:61:30:271,30,0 chrII 226878 . 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T A 267 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.58;MQ0=10;QD=5.13;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,42:52:33:300,33,0 chrII 226912 . A G 265 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.83;MQ0=9;QD=5.20;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:51:33:298,33,0 chrII 226931 . C G 200.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.22;MQ0=5;QD=6.45;SB=-2.382e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:31:27:233,27,0 chrII 226932 . T A 229.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.65;MQ0=4;QD=7.63;SB=-2.382e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:27:262,27,0 chrII 226936 . C A 251 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.11;MQ0=3;QD=8.66;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:30:284,30,0 chrII 226965 . G A 52.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.99;MQ0=0;QD=0.65;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:9:85,9,0 chrII 226979 . T C 211.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.603;QD=2.13;ReadPosRankSum=2.929;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:27:244,27,0 chrII 227201 . C T 2563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;QD=22.09;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2596,276,0 chrII 227302 . A G 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;DP=106;Dels=0.00;FS=13.267;HaplotypeScore=8.7986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:771,0,1000 chrII 227328 . G A 1514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=19.41;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1547,171,0 chrII 227387 . A T 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.11;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1360,147,0 chrII 227881 . T C 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=19.61;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2347,255,0 chrII 227900 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=105;Dels=0.00;FS=5.206;HaplotypeScore=8.6892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:105:99:563,0,919 chrII 228106 . T C 2160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=22.74;ReadPosRankSum=1.548;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:2193,246,0 chrII 228251 . T C 2185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.696;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2218,243,0 chrII 228551 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=79;Dels=0.00;FS=6.637;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:79:99:475,0,719 chrII 228581 . A G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.904;DP=103;Dels=0.00;FS=7.141;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:103:99:643,0,1095 chrII 228645 . C T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=88;Dels=0.00;FS=2.312;HaplotypeScore=13.6338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.322;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:599,0,807 chrII 229154 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=57;Dels=0.00;FS=1.514;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.024;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:568,0,656 chrII 229777 . T C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=93;Dels=0.00;FS=8.772;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:767,0,885 chrII 230037 . A T 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.33;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1253,132,0 chrII 230255 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.788;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:597,0,590 chrII 230576 . A G 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;DP=81;Dels=0.00;FS=4.316;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:81:99:782,0,719 chrII 230849 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=71;Dels=0.00;FS=10.524;HaplotypeScore=9.0283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:481,0,746 chrII 231252 . C T 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.210;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:99:99:1009,0,577 chrII 231614 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:645,0,808 chrII 231704 . A G 2214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=100;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.414;QD=22.14;ReadPosRankSum=1.626;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:100:99:2247,246,0 chrII 231837 . A G 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;DP=108;Dels=0.00;FS=10.270;HaplotypeScore=12.0197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:108:99:981,0,778 chrII 232618 . C T 2330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.98;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2363,258,0 chrII 233405 . C T 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=21.55;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1628,174,0 chrII 234340 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DP=63;Dels=0.00;FS=7.026;HaplotypeScore=5.6512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.833;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:455,0,609 chrII 234385 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.316;DP=64;Dels=0.00;FS=5.039;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.991;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:476,0,599 chrII 234604 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;DP=83;Dels=0.00;FS=3.275;HaplotypeScore=9.4992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.051;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,28:83:99:495,0,991 chrII 234613 . T A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=80;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=6.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.516;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,28:80:99:473,0,1007 chrII 234673 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=51;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.179;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:397,0,499 chrII 234856 . C G 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DP=120;Dels=0.00;FS=7.003;HaplotypeScore=8.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:120:99:962,0,1177 chrII 235113 . C T 1900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=25.00;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1933,204,0 chrII 235634 . T C 2359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.510;DP=111;Dels=0.00;FS=6.954;HaplotypeScore=11.9826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=21.25;ReadPosRankSum=4.635;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,103:111:99:2392,264,0 chrII 235845 . A G 95.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:15:128,15,0 chrII 236156 . C T 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=20.10;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1058,111,0 chrII 236256 . T A 1808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=19.03;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1841,195,0 chrII 236313 . C T 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=15.41;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1435,153,0 chrII 236383 . G A 905 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.42;MQ0=0;QD=19.67;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:938,102,0 chrII 236390 . G A 864 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;QD=19.20;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:897,96,0 chrII 236391 . G A 861 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;QD=19.13;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:894,96,0 chrII 236441 . T A 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=17.63;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:84:791,84,0 chrII 236489 . C A 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=23.00;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:746,78,0 chrII 236626 . T C 2029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=23.59;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2062,222,0 chrII 237151 . A G 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=10.544;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=25.43;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1762,198,0 chrII 237541 . C T 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.317;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:52:99:933,99,0 chrII 237656 . C T 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=19.74;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1375,147,0 chrII 237660 . T C 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=19.52;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1321,144,0 chrII 237729 . A G 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=18.15;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:868,96,0 chrII 237971 . A T 323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39:356,39,0 chrII 238080 . G C 511 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=20.44;SB=-6.523e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:544,63,0 chrII 238111 . A G 660 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=23.57;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:693,75,0 chrII 238137 . T C 579 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=20.68;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:612,69,0 chrII 238155 . C A 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.832;QD=0.96;ReadPosRankSum=-2.048;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:27:56:56,0,334 chrII 238163 . A T 414 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.583;SB=-6.655e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:48:447,48,0 chrII 238186 . G A 254 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=16.93;SB=-1.410e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:30:287,30,0 chrII 238189 . C T 201.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=15.46;SB=-1.946e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:27:234,27,0 chrII 238224 . T A 80.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=10.06;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:12:113,12,0 chrII 238287 . A C 398 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.62;MQ0=0;QD=13.72;SB=-6.657e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:48:431,48,0 chrII 238291 . T C 399 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=12.09;SB=-6.657e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:48:432,48,0 chrII 238346 . T G 1551 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=19.88;ReadPosRankSum=2.910;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:78:99:1584,171,0 chrII 238452 . A G 1353 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.74;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1386,153,0 chrII 238608 . A C 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=96;Dels=0.00;FS=7.148;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=20.28;ReadPosRankSum=2.398;SB=-1.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:96:99:1980,213,0 chrII 238611 . C T 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=19.75;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1909,213,0 chrII 238675 . C T 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=20.01;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1554,165,0 chrII 238737 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DP=74;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:561,0,701 chrII 238925 . C T 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;DP=145;Dels=0.00;FS=19.709;HaplotypeScore=15.3242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=6.06;ReadPosRankSum=-2.482;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,62:145:99:909,0,1399 chrII 238944 . T A 1331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.238;DP=130;Dels=0.00;FS=20.417;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.777;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,75:130:99:1361,0,1037 chrII 239405 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=81;Dels=0.00;FS=1.041;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:788,0,810 chrII 239434 . T A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.413;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:575,0,618 chrII 239528 . A C 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=3.133;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1507,165,0 chrII 239597 . C T 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.92;ReadPosRankSum=0.554;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1843,195,0 chrII 239625 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.462;DP=130;Dels=0.00;FS=5.974;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,51:130:99:463,0,1230 chrII 239864 . G A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=100;Dels=0.00;FS=5.086;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=9.11;ReadPosRankSum=-2.019;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:100:99:941,0,761 chrII 239951 . A G 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.29;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1372,150,0 chrII 240048 . C A 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.75;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1465,153,0 chrII 240157 . G T 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;DP=113;Dels=0.00;FS=1.530;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.841;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:988,0,967 chrII 240542 . C T 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=22.25;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1524,165,0 chrII 240840 . G A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.83;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:762,81,0 chrII 240963 . C T 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.40;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1563,171,0 chrII 241143 . A G 436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=18.17;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:469,51,0 chrII 241196 . C T 278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=11.58;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:36:311,36,0 chrII 241422 . T C 1736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=25.53;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1769,192,0 chrII 241482 . C T 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=26.83;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1911,204,0 chrII 241509 . G A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;DP=48;Dels=0.00;FS=6.492;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.816;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.795;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:468,0,537 chrII 241599 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=39;Dels=0.00;FS=1.481;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:305,0,429 chrII 242012 . T C 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=68;Dels=0.00;FS=17.137;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=20.22;ReadPosRankSum=2.867;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1408,150,0 chrII 242038 . A G 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=18.19;ReadPosRankSum=1.684;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:1361,147,0 chrII 242053 . C G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DP=56;Dels=0.00;FS=4.712;HaplotypeScore=8.9474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:56:99:387,0,308 chrII 242434 . G A 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=21.25;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1372,147,0 chrII 242746 . C G 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.52;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1561,174,0 chrII 243436 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=60;Dels=0.00;FS=7.248;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.893;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:452,0,502 chrII 243470 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=65;Dels=0.00;FS=5.094;HaplotypeScore=6.0859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.085;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:413,0,741 chrII 243486 . G A 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.88;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1154,120,0 chrII 243507 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;DP=43;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:296,0,492 chrII 243576 . C T 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.799;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:211,0,335 chrII 243609 . T C 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.51;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:829,90,0 chrII 243768 . C T 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.15;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1302,141,0 chrII 243846 . C T 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=18.02;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:862,90,0 chrII 244011 . A G 1427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=22.30;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1460,162,0 chrII 244215 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=73;Dels=0.00;FS=3.551;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.786;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:583,0,564 chrII 244779 . A G 2430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.50;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:113:99:2463,270,0 chrII 245034 . C T 2525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.38;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2558,270,0 chrII 245073 . A G 2226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=18.40;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2259,249,0 chrII 245305 . C T 2010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.10;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2043,228,0 chrII 245537 . G A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.203;DP=71;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:71:99:803,0,548 chrII 245747 . T C 1799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=101;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=17.81;ReadPosRankSum=1.520;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:101:99:1832,204,0 chrII 245877 . G A 3039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=25.75;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:3072,321,0 chrII 246027 . T G 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=21.23;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1944,210,0 chrII 246059 . G A 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=20.23;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1550,168,0 chrII 246172 . G A 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=17.39;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1581,168,0 chrII 246333 . G A 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=53;Dels=0.00;FS=2.486;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:333,0,198 chrII 246575 . T C 512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=12.80;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:60:545,60,0 chrII 246579 . A C 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=13.26;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:60:550,60,0 chrII 246816 . G A 571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=16.79;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:604,69,0 chrII 246960 . C T 1957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.966;DP=202;Dels=0.00;FS=6.042;HaplotypeScore=9.6850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=2.232;QD=9.69;ReadPosRankSum=2.550;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,100:202:99:1987,0,1998 chrII 247040 . C T 2829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:125:99:2862,306,0 chrII 247234 . A G 2596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=21.11;ReadPosRankSum=2.390;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:123:99:2629,285,0 chrII 247522 . G A 456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=19.83;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:51:489,51,0 chrII 247531 . C T 471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=18.12;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:504,54,0 chrII 247603 . A T 376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=17.09;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:409,45,0 chrII 247759 . G A 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=19.03;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1308,147,0 chrII 247789 . A G 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=20.26;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1350,147,0 chrII 247813 . C T 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=21.85;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1082,117,0 chrII 247993 . C T 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.47;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1379,147,0 chrII 248152 . A T 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=19.19;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1376,150,0 chrII 248212 . A G 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=84;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=19.98;ReadPosRankSum=1.607;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:1711,189,0 chrII 248555 . G T 2260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=112;Dels=0.00;FS=6.513;HaplotypeScore=5.0457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.639;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2293,255,0 chrII 248659 . G A 2894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=24.32;SB=-1.509e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2927,318,0 chrII 248671 . C G 2915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.77;SB=-1.544e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:128:99:2948,315,0 chrII 248728 . A G 3611.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=23.60;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:153:99:3611,390,0 chrII 248918 . C T 2212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=19.93;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2245,240,0 chrII 249073 . G A 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=19.06;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1615,171,0 chrII 249307 . C A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=41;Dels=0.00;FS=1.266;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:41:99:294,0,190 chrII 249400 . G C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=56;Dels=0.00;FS=2.310;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.549;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:552,0,461 chrII 249533 . T C 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=69;Dels=0.00;FS=3.765;HaplotypeScore=3.1091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=23.23;ReadPosRankSum=1.682;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1636,180,0 chrII 249570 . G A 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.19;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1728,183,0 chrII 249967 . A G 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.44;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1705,192,0 chrII 250250 . G A 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.41;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1992,222,0 chrII 250316 . G A 3801.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=23.76;SB=-1.649e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:160:99:3801,408,0 chrII 250466 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;DP=45;Dels=0.00;FS=1.263;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:262,0,519 chrII 250482 . C A 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=23.38;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:945,102,0 chrII 251004 . A T 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=17.71;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1255,141,0 chrII 251105 . T G 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=17.78;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:833,90,0 chrII 251109 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=47;Dels=0.00;FS=5.228;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.139;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:395,0,279 chrII 251134 . G T 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=17.53;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:997,105,0 chrII 251548 . G A 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=21.14;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1492,156,0 chrII 251790 . C T 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=23.78;ReadPosRankSum=1.321;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1436,153,0 chrII 251800 . C T 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=23.44;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1533,159,0 chrII 251820 . G C 1427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1460,162,0 chrII 251882 . A G 2015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=20.56;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2048,231,0 chrII 252013 . G A 2600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=22.03;ReadPosRankSum=1.321;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2633,276,0 chrII 252027 . C T 1994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=19.17;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2027,219,0 chrII 252036 . C T 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=15.12;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1485,156,0 chrII 252044 . C T 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.37;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1304,138,0 chrII 252161 . C G 2193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=20.31;SB=-1.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:108:99:2226,249,0 chrII 252193 . A G 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=21.37;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:113:99:2448,270,0 chrII 252572 . T G 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;QD=15.18;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:974,105,0 chrII 252578 . C T 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=0;QD=14.82;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:937,102,0 chrII 252589 . T C 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.58;MQ0=0;QD=14.36;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:952,105,0 chrII 252599 . T C 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=15.85;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1190,135,0 chrII 252680 . A G 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=19.56;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1441,156,0 chrII 252704 . G T 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=17.57;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:69:99:1245,129,0 chrII 252792 . T G 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.57;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1198,135,0 chrII 253219 . G A 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=25.54;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1310,138,0 chrII 253479 . A T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=39;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:383,0,374 chrII 253709 . G A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=53;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=7.4398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:482,0,439 chrII 254030 . C T 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=21.66;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1701,183,0 chrII 254096 . T A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.735;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:941,0,790 chrII 254124 . T C 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=3.404;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:789,0,789 chrII 254349 . C T 1919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.56;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1952,207,0 chrII 254368 . C T 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=20.53;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1983,216,0 chrII 254409 . C T 2496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=19.35;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2529,276,0 chrII 254436 . T C 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=122;Dels=0.00;FS=3.346;HaplotypeScore=9.4787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.461e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:122:99:2288,255,0 chrII 254493 . T G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.669;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.649;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.845;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:507,0,931 chrII 254671 . A G 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.304;DP=146;Dels=0.00;FS=13.361;HaplotypeScore=8.4244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:146:99:1024,0,1573 chrII 254728 . C T 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=131;Dels=0.00;FS=8.150;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.576;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,56:131:99:716,0,1557 chrII 254742 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DP=122;Dels=0.00;FS=13.436;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.755;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.358;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:122:99:760,0,1404 chrII 254834 . A G 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.73;ReadPosRankSum=1.663;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2006,216,0 chrII 254899 . T A 2814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=18.89;ReadPosRankSum=1.569;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:149:99:2847,309,0 chrII 254908 . T C 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=156;Dels=0.00;FS=2.806;HaplotypeScore=8.1946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,76:156:99:1084,0,1266 chrII 255033 . C T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=75;Dels=0.00;FS=3.999;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.351;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:75:99:417,0,750 chrII 255047 . A G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:349,0,570 chrII 255127 . A G 1170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=20.17;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1203,135,0 chrII 255469 . G A 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.80;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:1961,207,0 chrII 255688 . T A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.625;DP=82;Dels=0.00;FS=5.010;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.368;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:539,0,601 chrII 255740 . G A 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=134;Dels=0.00;FS=5.152;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.057;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,68:134:99:985,0,1130 chrII 255743 . C T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DP=142;Dels=0.00;FS=10.436;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.978;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,74:142:99:935,0,1070 chrII 255828 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DP=59;Dels=0.00;FS=9.678;HaplotypeScore=7.3726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:564,0,260 chrII 256267 . C A 2389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2422,261,0 chrII 256925 . T C 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=27.33;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1290,135,0 chrII 256941 . A T 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=26.26;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1346,141,0 chrII 257162 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=32;Dels=0.00;FS=1.419;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.095;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:383,0,276 chrII 257430 . C T 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=15.24;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:917,102,0 chrII 257913 . T C 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=19.80;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:93:845,93,0 chrII 257980 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=59;Dels=0.00;FS=7.142;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:534,0,466 chrII 258153 . T C 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.961;QD=21.53;ReadPosRankSum=2.909;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:1691,186,0 chrII 258208 . A C 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1173,129,0 chrII 258211 . A G 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=19.34;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1116,120,0 chrII 258297 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=62;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:511,0,457 chrII 258313 . G C 1566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=20.08;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1599,174,0 chrII 258385 . A C 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.894;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,62:136:99:1069,0,1182 chrII 258409 . C A 3113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.945e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:3146,342,0 chrII 258662 . C T 2762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2795,294,0 chrII 258851 . T C 2515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=23.73;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2548,273,0 chrII 258852 . G A 2487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=23.91;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2520,273,0 chrII 258896 . A G 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=21.81;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2279,255,0 chrII 258961 . A G 1787 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.05;MQ0=0;QD=17.02;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1820,195,0 chrII 258965 . T A 1876 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;QD=15.50;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:1909,210,0 chrII 258971 . C T 2029 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;QD=16.77;SB=-1.421e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2062,216,0 chrII 259158 . A G 3107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.575e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:141:99:3140,339,0 chrII 259235 . T C 3077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=21.52;SB=-1.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3110,333,0 chrII 259410 . A C 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=19.77;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:124:99:2484,270,0 chrII 259419 . T C 2222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.679;DP=121;Dels=0.00;FS=24.237;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=18.36;ReadPosRankSum=3.679;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:121:99:2255,249,0 chrII 259438 . A T 2550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=21.43;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2583,273,0 chrII 259451 . T A 2621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=22.03;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2654,282,0 chrII 259521 . C T 2271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=19.75;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2304,264,0 chrII 259561 . A G 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.303;QD=18.87;ReadPosRankSum=2.907;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:97:99:1863,207,0 chrII 265775 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;DP=97;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=6.2999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:97:99:835,0,1165 chrII 265831 . A G 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=24.49;SB=-1.680e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:3266,357,0 chrII 265907 . C G 1344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=164;Dels=0.00;FS=1.232;HaplotypeScore=15.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=8.20;ReadPosRankSum=-2.032;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,82:164:99:1374,0,1565 chrII 266107 . G A 2202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.77;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:106:99:2235,237,0 chrII 266250 . A T 5265.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=213;Dels=0.00;FS=8.609;HaplotypeScore=8.3579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=2.114;QD=24.72;ReadPosRankSum=2.368;SB=-2.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,211:213:99:5265,553,0 chrII 266324 . T C 2125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.699;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2158,237,0 chrII 266339 . T G 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=105;Dels=0.00;FS=2.585;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=19.60;ReadPosRankSum=2.933;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:2091,225,0 chrII 266358 . C T 2306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=19.54;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2339,249,0 chrII 266478 . G A 3358.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.86;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3358,357,0 chrII 266551 . C G 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=19.34;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:2276,249,0 chrII 266622 . T C 2514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2547,279,0 chrII 266791 . G A 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=21.00;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1230,132,0 chrII 266952 . A G 1384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=18.45;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1417,156,0 chrII 267510 . C T 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=20.94;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1122,117,0 chrII 267525 . T A 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.58;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1247,132,0 chrII 267594 . A G 2725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=116;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=1.9494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=23.49;ReadPosRankSum=1.672;SB=-1.518e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2758,297,0 chrII 268895 . G A 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.399;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.504;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:136,0,250 chrII 268913 . G A 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.964;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.275;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:171,0,290 chrII 268925 . C T 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=33;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.504;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.819;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:143,0,319 chrII 268930 . A G 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=33;Dels=0.00;FS=1.509;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.346;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.226;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:33:99:140,0,256 chrII 268949 . T C 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;DP=28;Dels=0.00;FS=6.276;HaplotypeScore=1.8561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.220;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.268;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:28:99:111,0,319 chrII 269396 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.127;DP=29;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:269,0,206 chrII 269402 . G A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=29;Dels=0.00;FS=3.315;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.240;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:230,0,228 chrII 269527 . C T 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.153;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:236,0,457 chrII 269532 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=48;Dels=0.00;FS=1.200;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.072;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:229,0,482 chrII 269578 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:668,0,575 chrII 269653 . C T 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2386,255,0 chrII 269824 . T C 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=15.85;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96:873,96,0 chrII 270284 . A C 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.47;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1089,120,0 chrII 270456 . A G 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=50;Dels=0.00;FS=18.002;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.146;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:112,0,276 chrII 270459 . G C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=51;Dels=0.00;FS=15.337;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.596;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:94:94,0,369 chrII 272240 . C T 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=85;Dels=0.00;FS=3.226;HaplotypeScore=8.3125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.270;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:929,0,671 chrII 273772 . T C 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DP=141;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.128;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,70:141:99:1098,0,1367 chrII 273781 . A G 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.543;DP=148;Dels=0.00;FS=0.608;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,75:148:99:1198,0,1506 chrII 273923 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=67;Dels=0.00;FS=10.001;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.610;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.783;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:436,0,886 chrII 274068 . G A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.560;DP=89;Dels=0.00;FS=13.048;HaplotypeScore=4.9600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.094;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:902,0,654 chrII 274120 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=71;Dels=0.00;FS=25.702;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.085;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:566,0,530 chrII 274140 . C A 719.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=89;Dels=0.00;FS=19.155;HaplotypeScore=47.2648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=7.480;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:749,0,710 chrII 274152 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=83;Dels=0.00;FS=12.423;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-6.601;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.178;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:644,0,626 chrII 274197 . T G 449.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DP=66;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.23;MQ0=0;MQRankSum=6.176;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.904;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:479,0,469 chrII 274206 . T G 382.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.202;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.164;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:412,0,374 chrII 274209 . C T 311.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.724;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:341,0,417 chrII 274212 . A T 304.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.909;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.112;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:334,0,364 chrII 274298 . T A 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=19;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:87:107,0,87 chrII 274303 . T A 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;DP=15;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:89:114,0,89 chrII 274372 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=59;Dels=0.00;FS=30.387;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:502,0,523 chrII 274384 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=70;Dels=0.00;FS=37.149;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:541,0,692 chrII 274439 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=60;Dels=0.00;FS=30.476;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:312,0,806 chrII 274460 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=56;Dels=0.00;FS=23.916;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.966;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:56:99:288,0,782 chrII 274509 . G T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=30;Dels=0.00;FS=13.497;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.266;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:263,0,280 chrII 274643 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.711;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.504;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:73:99:516,0,820 chrII 275600 . G A 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.751;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.230;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:71:99:608,0,542 chrII 275968 . T C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DP=64;Dels=0.00;FS=5.444;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.190;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:499,0,793 chrII 276052 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=46;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=2.094;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:241,0,469 chrII 276131 . T C 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=102;Dels=0.00;FS=3.849;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:102:99:946,0,763 chrII 276137 . T C 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=99;Dels=0.00;FS=9.104;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:99:99:988,0,808 chrII 276150 . T A 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=110;Dels=0.00;FS=6.711;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,60:110:99:1026,0,895 chrII 276249 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;DP=77;Dels=0.00;FS=17.284;HaplotypeScore=5.0783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.908;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:625,0,737 chrII 276361 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.626;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:246,0,386 chrII 276526 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=71;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:610,0,692 chrII 276676 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.238;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:275,0,505 chrII 276799 . C G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:47:99:396,0,359 chrII 276816 . G T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=41;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:308,0,425 chrII 277566 . G T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DP=38;Dels=0.00;FS=3.231;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.334;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:38:99:447,0,309 chrII 277912 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=50;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:327,0,628 chrII 278176 . G A 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DP=126;Dels=0.00;FS=4.261;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=7.85;ReadPosRankSum=-2.068;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,57:126:99:1019,0,1439 chrII 278501 . G A 1302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DP=162;Dels=0.00;FS=4.890;HaplotypeScore=8.1832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,75:162:99:1332,0,1718 chrII 278796 . T C 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.968;DP=125;Dels=0.00;FS=0.774;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,61:125:99:1111,0,1228 chrII 278884 . G C 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=134;Dels=0.00;FS=3.143;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.319;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,64:134:99:1271,0,1239 chrII 278927 . A G 1192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.730;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,72:149:99:1222,0,1457 chrII 278934 . A G 1187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=151;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,71:151:99:1217,0,1427 chrII 279504 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:156,0,191 chrII 279623 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=41;Dels=0.00;FS=2.843;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:281,0,342 chrII 279743 . T C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;DP=40;Dels=0.00;FS=7.508;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=3.90;ReadPosRankSum=-2.095;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:186,0,479 chrII 279910 . T C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=1.8857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:240,0,395 chrII 280053 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DP=49;Dels=0.00;FS=4.519;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:321,0,447 chrII 280259 . A C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=60;Dels=0.00;FS=12.377;HaplotypeScore=3.9360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:571,0,515 chrII 280418 . C T 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=95;Dels=0.00;FS=0.873;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.429;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1031,0,903 chrII 280496 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=100;Dels=0.00;FS=5.433;HaplotypeScore=20.5810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.202;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:100:99:884,0,789 chrII 280639 . A G 1159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.970;DP=153;Dels=0.00;FS=1.292;HaplotypeScore=13.3789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.961;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.631;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,75:153:99:1189,0,1380 chrII 280684 . G A 2254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.376;DP=216;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,121:216:99:2284,0,1739 chrII 280810 . A C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.408;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:461,0,872 chrII 280848 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=55;Dels=0.00;FS=12.128;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:397,0,362 chrII 280915 . G A 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:122:99:1034,0,994 chrII 280916 . T C 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.927;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,61:121:99:1060,0,1056 chrII 281105 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=61;Dels=0.00;FS=9.224;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:532,0,611 chrII 281251 . A G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=87;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.290;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:87:99:878,0,491 chrII 281281 . C T 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=86;Dels=0.00;FS=0.852;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.209;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:913,0,707 chrII 281826 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=40;Dels=0.00;FS=4.536;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.301;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:294,0,302 chrII 282024 . C T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:499,0,567 chrII 282128 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=4.86;ReadPosRankSum=-2.166;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:302,0,621 chrII 282212 . T G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;DP=49;Dels=0.00;FS=2.527;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:303,0,523 chrII 282492 . A G 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:58:99:252,0,575 chrII 282738 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;DP=37;Dels=0.00;FS=10.112;HaplotypeScore=5.0471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=2.362;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.173;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:397,0,322 chrII 283092 . A T 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;DP=76;Dels=0.00;FS=3.165;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.186;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:726,0,749 chrII 283145 . C T 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.907;DP=101;Dels=0.00;FS=25.452;HaplotypeScore=50.4373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=0.16;ReadPosRankSum=-3.183;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,22:101:46:46,0,902 chrII 283424 . C T 1818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=201;Dels=0.00;FS=2.470;HaplotypeScore=9.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.156;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,100:201:99:1848,0,1599 chrII 283573 . C T 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DP=115;Dels=0.00;FS=2.409;HaplotypeScore=13.1593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:968,0,874 chrII 283654 . C G 1233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.801;DP=137;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.144;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,70:137:99:1263,0,1195 chrII 283729 . G C 1272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=147;Dels=0.00;FS=18.912;HaplotypeScore=12.8511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.077;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,78:147:99:1302,0,1128 chrII 283800 . C T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;DP=99;Dels=0.00;FS=2.718;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.865;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.056;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:99:99:833,0,829 chrII 283860 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.825;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:67:99:266,0,780 chrII 283935 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.133;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:788,0,781 chrII 284108 . C T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=98;Dels=0.00;FS=6.498;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.466;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:98:99:922,0,706 chrII 284207 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=61;Dels=0.00;FS=9.154;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.443;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:61:99:534,0,648 chrII 284437 . G T 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.350;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:1086,0,898 chrII 284893 . T C 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DP=85;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:754,0,798 chrII 285109 . A G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;DP=120;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.828;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:120:99:946,0,1185 chrII 285666 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DP=35;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:261,0,307 chrII 285829 . G A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.201;DP=61;Dels=0.00;FS=5.496;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:547,0,355 chrII 286002 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=82;Dels=0.00;FS=6.181;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:471,0,950 chrII 286036 . C T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:68:99:426,0,764 chrII 286327 . G A 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;DP=58;Dels=0.00;FS=9.496;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.070;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:327,0,464 chrII 286738 . G T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.384;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:510,0,695 chrII 286762 . A G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.661;DP=73;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.215;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:73:99:794,0,464 chrII 286855 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=67;Dels=0.00;FS=6.536;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:502,0,512 chrII 286863 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=64;Dels=0.00;FS=3.501;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:560,0,510 chrII 286894 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=6.63;ReadPosRankSum=2.549;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:408,0,422 chrII 286939 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:631,0,439 chrII 287113 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;DP=65;Dels=0.00;FS=2.073;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:533,0,680 chrII 287260 . A C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=54;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.976;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:543,0,333 chrII 287483 . G A 1440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=24.41;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1473,159,0 chrII 287551 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.716;DP=46;Dels=0.00;FS=2.454;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.451;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:317,0,337 chrII 287818 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=52;Dels=0.00;FS=8.080;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:472,0,308 chrII 288039 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=66;Dels=0.00;FS=1.014;HaplotypeScore=11.7715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:66:99:525,0,601 chrII 288081 . A G 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=87;Dels=0.00;FS=11.230;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=3.014;QD=9.47;ReadPosRankSum=2.962;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:854,0,763 chrII 288197 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=48;Dels=0.00;FS=1.454;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.852;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:481,0,453 chrII 288273 . G T 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;DP=41;Dels=0.00;FS=5.573;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:244,0,320 chrII 288339 . A C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.108;DP=74;Dels=0.00;FS=13.855;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.487;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:74:99:574,0,558 chrII 288379 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DP=83;Dels=0.00;FS=2.039;HaplotypeScore=2.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.921;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:623,0,746 chrII 288498 . G A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;DP=71;Dels=0.00;FS=3.191;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:628,0,562 chrII 288671 . T A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;DP=49;Dels=0.00;FS=6.718;HaplotypeScore=10.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:49:99:614,0,297 chrII 288717 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.696;DP=69;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.007;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:685,0,492 chrII 288768 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=96;Dels=0.00;FS=5.862;HaplotypeScore=5.8632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=-6.543;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.041;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:96:99:322,0,975 chrII 288773 . T A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.090;DP=103;Dels=0.00;FS=5.676;HaplotypeScore=8.2293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=-7.480;QD=3.21;ReadPosRankSum=3.154;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:103:99:361,0,945 chrII 288780 . A G 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DP=99;Dels=0.00;FS=7.579;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-7.677;QD=2.53;ReadPosRankSum=3.206;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:99:99:280,0,992 chrII 288800 . T C 1588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=16.72;ReadPosRankSum=1.695;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:1621,177,0 chrII 288809 . A C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.773;DP=97;Dels=0.00;FS=3.726;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-6.612;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:97:99:386,0,972 chrII 288880 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=34;Dels=0.00;FS=5.294;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:290,0,231 chrII 288893 . C T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:279,0,166 chrII 288970 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.350;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:303,0,351 chrII 288985 . G A 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.935;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:352,0,345 chrII 288986 . T C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.262;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.272;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:359,0,351 chrII 289069 . G C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=59;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.297;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:455,0,495 chrII 289101 . G T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.859;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.032;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:439,0,336 chrII 289328 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;DP=40;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.114;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:251,0,461 chrII 289342 . T C 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.008;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:197,0,497 chrII 289364 . A C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;DP=41;Dels=0.00;FS=1.322;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:41:99:149,0,438 chrII 289391 . C T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:279,0,407 chrII 289601 . C A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.679;DP=56;Dels=0.00;FS=12.650;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:548,0,476 chrII 289642 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=58;Dels=0.00;FS=1.021;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:450,0,569 chrII 289723 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.326;DP=44;Dels=0.00;FS=6.422;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.591;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:449,0,309 chrII 289906 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:53:99:548,0,304 chrII 289966 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=64;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=2.103;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:514,0,486 chrII 290047 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:370,0,470 chrII 290619 . C T 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=25.77;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1734,180,0 chrII 292193 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=81;Dels=0.00;FS=4.712;HaplotypeScore=7.9676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.468;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:497,0,916 chrII 292201 . G C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=83;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=3.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.454;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.159;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:483,0,909 chrII 292212 . A T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.789;DP=89;Dels=0.00;FS=1.882;HaplotypeScore=6.3789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.040;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:532,0,950 chrII 292257 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;DP=85;Dels=0.00;FS=4.813;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.771;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.756;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:85:99:605,0,763 chrII 292285 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:101:99:682,0,1209 chrII 292578 . C T 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.361;DP=132;Dels=0.01;FS=6.698;HaplotypeScore=14.3461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.307;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,59:131:99:1107,0,1391 chrII 292600 . A G 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;DP=136;Dels=0.00;FS=6.774;HaplotypeScore=56.0837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,58:136:99:900,0,1362 chrII 292618 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.989;DP=128;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=57.0058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,54:128:99:809,0,1229 chrII 292676 . C T 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=103;Dels=0.00;FS=9.627;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.295;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:103:99:933,0,715 chrII 292748 . C G 946.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=124;Dels=0.00;FS=0.728;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=7.63;ReadPosRankSum=-2.132;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:124:99:976,0,1025 chrII 292752 . T C 953.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=129;Dels=0.00;FS=3.594;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.844;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,65:129:99:983,0,1028 chrII 292755 . A G 929.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;DP=130;Dels=0.00;FS=4.912;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:130:99:959,0,1179 chrII 292835 . C T 2815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=20.70;SB=-1.397e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2848,312,0 chrII 292860 . G A 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DP=113;Dels=0.00;FS=10.505;HaplotypeScore=8.4994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.170;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,63:113:99:1121,0,885 chrII 292870 . A G 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DP=101;Dels=0.00;FS=3.811;HaplotypeScore=9.8561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:101:99:885,0,684 chrII 292991 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;DP=90;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=8.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:529,0,857 chrII 293020 . A C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=81;Dels=0.00;FS=2.992;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.192;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:591,0,624 chrII 293099 . C T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=80;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=9.3263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:606,0,574 chrII 293501 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DP=56;Dels=0.00;FS=5.559;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.126;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:495,0,401 chrII 293504 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=56;Dels=0.00;FS=5.429;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.352;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:450,0,395 chrII 293630 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=65;Dels=0.00;FS=7.570;HaplotypeScore=9.1698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:484,0,689 chrII 294026 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;DP=58;Dels=0.00;FS=10.592;HaplotypeScore=10.2303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:58:99:403,0,391 chrII 294064 . T C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.805;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:206,0,385 chrII 294067 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:38:99:402,0,165 chrII 294216 . G A 830.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.098;DP=74;Dels=0.00;FS=8.862;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.258;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,47:74:99:860,0,333 chrII 294230 . C T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.040;DP=73;Dels=0.00;FS=5.415;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.432;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,47:73:99:777,0,333 chrII 294937 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=60;Dels=0.00;FS=5.468;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.236;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:515,0,644 chrII 295631 . G A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=88;Dels=0.00;FS=1.886;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.541;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:781,0,643 chrII 295710 . C G 2665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2698,297,0 chrII 295870 . C G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=43;Dels=0.00;FS=3.405;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.109;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:379,0,370 chrII 295912 . T C 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.67;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:900,102,0 chrII 295988 . T C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;DP=49;Dels=0.00;FS=4.962;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:49:99:347,0,496 chrII 296073 . G C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DP=65;Dels=0.00;FS=6.880;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:571,0,501 chrII 296198 . C G 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:144,0,149 chrII 296774 . A G 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DP=112;Dels=0.00;FS=3.750;HaplotypeScore=8.7690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.867;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,42:112:99:803,0,1113 chrII 297226 . G A 3031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.96;SB=-1.523e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:3064,327,0 chrII 297266 . A G 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;DP=152;Dels=0.00;FS=2.090;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.590;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,61:152:99:1103,0,1639 chrII 297515 . G A 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.880;DP=104;Dels=0.00;FS=15.406;HaplotypeScore=7.3457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=7.72;ReadPosRankSum=2.221;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:833,0,859 chrII 298141 . C T 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.58;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1889,204,0 chrII 298438 . T A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=62;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=2.007;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.514;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:663,0,535 chrII 298678 . A G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=46;Dels=0.00;FS=1.388;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:306,0,512 chrII 298717 . G A 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=26;Dels=0.00;FS=5.734;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:92:92,0,264 chrII 298721 . G A 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.54;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:48:454,48,0 chrII 298732 . A G 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DP=29;Dels=0.00;FS=9.015;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.202;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:139,0,333 chrII 298785 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=51;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=4.2553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:380,0,455 chrII 298966 . T C 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.50;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:798,84,0 chrII 298990 . G A 523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=16.34;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:60:556,60,0 chrII 299034 . A G 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=20.00;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:32:72:673,72,0 chrII 299056 . A T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=42;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=9.71;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:438,0,365 chrII 299092 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.344;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:540,0,502 chrII 299174 . T C 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.599;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1083,123,0 chrII 299182 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:333,0,481 chrII 299196 . T C 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=19.65;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1035,114,0 chrII 299230 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;DP=65;Dels=0.00;FS=2.113;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:401,0,468 chrII 299389 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:82:99:476,0,870 chrII 299524 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=64;Dels=0.00;FS=6.739;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.848;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:378,0,423 chrII 299581 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=3.611;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.949;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:646,0,271 chrII 299803 . C A 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=24.06;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1645,174,0 chrII 299876 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=51;Dels=0.00;FS=1.422;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=3.116;QD=6.00;ReadPosRankSum=2.209;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:336,0,491 chrII 299935 . C G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.141;DP=75;Dels=0.00;FS=1.228;HaplotypeScore=4.9822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=2.763;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.551;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:75:99:586,0,638 chrII 300001 . A T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=47;Dels=0.00;FS=8.994;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:380,0,229 chrII 300017 . A G 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=78;Dels=0.00;FS=1.453;HaplotypeScore=14.3889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=1.985;QD=2.03;ReadPosRankSum=2.414;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:78:99:188,0,284 chrII 300111 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.60;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.637;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:321,0,537 chrII 300849 . C T 219.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=37;Dels=0.00;FS=16.801;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.23;MQ0=6;MQRankSum=2.441;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.973;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:249,0,183 chrII 301002 . T C 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=18;Dels=0.00;FS=2.158;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.48;MQ0=2;MQRankSum=-1.313;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-5.550e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:80:133,0,80 chrII 301044 . C T 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.23;MQ0=1;QD=23.61;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:75:694,75,0 chrII 301140 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=44;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:242,0,356 chrII 301314 . A T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.615;DP=97;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:99:784,0,895 chrII 301324 . C T 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.206;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,58:102:99:1043,0,866 chrII 301399 . T C 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=19.88;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1564,168,0 chrII 301406 . T A 1129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=16.13;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1162,132,0 chrII 301455 . G A 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=18.60;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:926,99,0 chrII 301505 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;DP=42;Dels=0.00;FS=3.327;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=11.79;ReadPosRankSum=2.992;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:525,0,303 chrII 301530 . A G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=56;Dels=0.00;FS=5.623;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.746;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:56:99:478,0,457 chrII 301549 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=7.96;ReadPosRankSum=-2.074;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:563,0,714 chrII 301569 . T C 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=21.76;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1556,171,0 chrII 301570 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=71;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.440;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:71:99:384,0,831 chrII 301589 . G C 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,51:79:99:853,0,491 chrII 301683 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=60;Dels=0.00;FS=11.512;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:354,0,685 chrII 301937 . T A 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=19.99;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1412,156,0 chrII 301999 . G A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;DP=44;Dels=0.00;FS=7.186;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:499,0,312 chrII 302104 . A G 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=23.52;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:87:762,87,0 chrII 302192 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:270,0,317 chrII 302245 . G C 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=21.94;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:735,78,0 chrII 302254 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=37;Dels=0.00;FS=1.452;HaplotypeScore=4.1814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:256,0,266 chrII 302260 . T A 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=18.76;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:746,84,0 chrII 302285 . T C 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=15.53;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:87:794,87,0 chrII 302360 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.111;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:236,0,363 chrII 302473 . T C 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=16.36;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:573,63,0 chrII 302822 . C T 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1090,117,0 chrII 302839 . T G 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:880,99,0 chrII 303121 . A G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DP=93;Dels=0.00;FS=1.778;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,33:93:99:624,0,1141 chrII 303125 . G A 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=92;Dels=0.00;FS=2.862;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=2.309;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.347;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,58:92:99:1067,0,598 chrII 303237 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.592;DP=58;Dels=0.00;FS=12.675;HaplotypeScore=6.6633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:58:99:353,0,629 chrII 303295 . T G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=58;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:699,0,422 chrII 303435 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=81;Dels=0.00;FS=3.300;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.886;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:553,0,899 chrII 303446 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=66;Dels=0.00;FS=8.575;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=10.02;ReadPosRankSum=-2.007;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:691,0,523 chrII 303452 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=54;Dels=0.00;FS=9.250;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.503;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:461,0,488 chrII 303465 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;DP=59;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.190;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:549,0,411 chrII 303520 . T G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=58;Dels=0.00;FS=1.040;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.748;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:348,0,348 chrII 303528 . C G 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=15.16;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:912,99,0 chrII 303540 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=63;Dels=0.00;FS=7.520;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=8.38;ReadPosRankSum=-2.061;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:558,0,367 chrII 303588 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.512;DP=67;Dels=0.00;FS=15.658;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:497,0,641 chrII 303826 . A C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.312;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.497;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:604,0,665 chrII 304001 . T C 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=103;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:953,0,914 chrII 304221 . G C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;DP=66;Dels=0.00;FS=8.738;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:580,0,519 chrII 304314 . A G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DP=105;Dels=0.00;FS=1.573;HaplotypeScore=8.7721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.784;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:692,0,1106 chrII 304737 . A T 1253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=157;Dels=0.00;FS=1.443;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.686;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,73:157:99:1283,0,1446 chrII 306136 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;DP=105;Dels=0.00;FS=13.384;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.127;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,60:105:99:855,0,860 chrII 306242 . T G 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=24.83;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1771,198,0 chrII 306376 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=58;Dels=0.00;FS=12.745;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.657;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:429,0,406 chrII 306460 . A G 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DP=43;Dels=0.00;FS=1.676;HaplotypeScore=4.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:137,0,497 chrII 306605 . C T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=50;Dels=0.00;FS=4.235;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.032;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:50:99:669,0,181 chrII 306737 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.677;DP=33;Dels=0.00;FS=1.508;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:377,0,217 chrII 306976 . G C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=63;Dels=0.00;FS=3.542;HaplotypeScore=6.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.457;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:355,0,619 chrII 306980 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:60:99:403,0,481 chrII 307360 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;DP=75;Dels=0.01;FS=2.486;HaplotypeScore=8.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.848;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:623,0,389 chrII 307459 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=53;Dels=0.00;FS=4.010;HaplotypeScore=3.4973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:407,0,398 chrII 307512 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=48;Dels=0.00;FS=14.036;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.755;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:479,0,368 chrII 307537 . C T 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DP=59;Dels=0.00;FS=7.261;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:576,0,470 chrII 307575 . T A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.831;DP=63;Dels=0.00;FS=2.262;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:452,0,599 chrII 307597 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=58;Dels=0.00;FS=2.536;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:58:99:421,0,543 chrII 307613 . C A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=49;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.570;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:350,0,508 chrII 307634 . T C 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;DP=44;Dels=0.00;FS=3.264;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:245,0,509 chrII 307713 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=55;Dels=0.00;FS=7.527;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:450,0,415 chrII 307734 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=50;Dels=0.00;FS=4.235;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:378,0,425 chrII 307808 . C T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.176;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:356,0,260 chrII 307810 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.073;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.071;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:312,0,286 chrII 307858 . A G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.769;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.879;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:50:99:339,0,411 chrII 307944 . T C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.522;DP=68;Dels=0.00;FS=8.628;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.161;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:594,0,549 chrII 307989 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=65;Dels=0.00;FS=5.370;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:417,0,660 chrII 307994 . C A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;DP=63;Dels=0.00;FS=2.250;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:383,0,686 chrII 308006 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;DP=69;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.950;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.076;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:421,0,635 chrII 308083 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=64;Dels=0.00;FS=5.291;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.253;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:396,0,494 chrII 308205 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DP=39;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:421,0,404 chrII 308477 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=86;Dels=0.00;FS=23.227;HaplotypeScore=9.1431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.104;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:799,0,594 chrII 308593 . T C 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;DP=102;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.411;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:972,0,892 chrII 308634 . T A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;DP=48;Dels=0.00;FS=1.307;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.671;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:565,0,227 chrII 308690 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;DP=59;Dels=0.00;FS=2.094;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.616;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:539,0,464 chrII 308805 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=46;Dels=0.00;FS=4.736;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.011;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:261,0,419 chrII 308890 . A G 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=22.64;ReadPosRankSum=1.655;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1052,117,0 chrII 309001 . G A 1594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=163;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=12.0623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.467;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,85:163:99:1624,0,1645 chrII 309178 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=44;Dels=0.00;FS=1.263;HaplotypeScore=4.0397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:323,0,505 chrII 309264 . C T 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=96;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:808,0,615 chrII 309603 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:410,0,270 chrII 309822 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=51;Dels=0.00;FS=6.283;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:51:99:552,0,240 chrII 310030 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=21;Dels=0.00;FS=4.359;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:229,0,120 chrII 310032 . A G 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=23;Dels=0.00;FS=4.359;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.675;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:23:99:120,0,238 chrII 310088 . C T 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:36:99:298,0,308 chrII 310113 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;DP=43;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.810;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:429,0,330 chrII 310393 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;DP=32;Dels=0.00;FS=8.263;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:242,0,232 chrII 310571 . G A 1782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DP=172;Dels=0.00;FS=6.867;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.511;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,96:172:99:1812,0,1424 chrII 310706 . T C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=44;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=1.853;QD=12.57;ReadPosRankSum=-1.568;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:44:99:583,0,205 chrII 310972 . G C 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=15.71;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1054,120,0 chrII 311038 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;DP=51;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:356,0,464 chrII 311155 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=59;Dels=0.00;FS=3.878;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=8.80;ReadPosRankSum=-2.031;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:549,0,514 chrII 311366 . A C 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:90:99:863,0,810 chrII 311676 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;DP=116;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=21.9959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.979;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:116:99:786,0,987 chrII 312029 . G A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=63;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.390;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:482,0,589 chrII 312167 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=52;Dels=0.00;FS=4.378;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.848;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:361,0,486 chrII 312596 . G A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=35;Dels=0.00;FS=1.344;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:289,0,292 chrII 312686 . A G 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=34;Dels=0.00;FS=7.887;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:126,0,354 chrII 312995 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;DP=48;Dels=0.00;FS=2.808;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:509,0,256 chrII 313154 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=55;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=11.1575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.273;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:431,0,509 chrII 313313 . G A 87.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=20;Dels=0.00;FS=10.263;HaplotypeScore=2.9467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:117,0,133 chrII 313334 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=41;Dels=0.00;FS=6.182;HaplotypeScore=7.1038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:264,0,357 chrII 313427 . T C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.284;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:82:99:715,0,499 chrII 313448 . C T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=64;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.188;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:545,0,619 chrII 313673 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=8.00;ReadPosRankSum=-2.140;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:494,0,630 chrII 313835 . G A 1222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,72:139:99:1252,0,1175 chrII 314087 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.400;DP=79;Dels=0.00;FS=5.878;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.859;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:585,0,728 chrII 314198 . A G 1949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=21.66;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1982,216,0 chrII 314258 . G A 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:112:99:1035,0,951 chrII 314330 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:462,0,288 chrII 314492 . G A 1292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=162;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=21.5356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.230;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,72:162:99:1322,0,1623 chrII 314932 . A G 1510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.067;DP=128;Dels=0.00;FS=4.682;HaplotypeScore=9.6087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,81:128:99:1540,0,710 chrII 315206 . G T 1421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.614;DP=160;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=8.2815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,88:160:99:1451,0,1260 chrII 315267 . G T 1521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=227;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.930;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,101:227:99:1551,0,2283 chrII 315296 . G A 2001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;DP=223;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=8.97;ReadPosRankSum=-2.503;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,127:223:99:2031,0,1595 chrII 315318 . T A 4459.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.335;DP=210;Dels=0.00;FS=5.050;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=21.23;ReadPosRankSum=3.260;SB=-1.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,206:210:99:4459,495,0 chrII 315453 . C T 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;DP=112;Dels=0.00;FS=5.823;HaplotypeScore=15.7989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.403;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:112:99:1040,0,778 chrII 315469 . T C 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DP=103;Dels=0.00;FS=5.413;HaplotypeScore=7.2929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:103:99:852,0,984 chrII 315559 . A T 1426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.009;DP=159;Dels=0.00;FS=2.988;HaplotypeScore=22.9056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.515;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.330;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,75:159:99:1456,0,1263 chrII 315655 . T C 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DP=90;Dels=0.00;FS=0.878;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.048;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,54:90:99:934,0,436 chrII 315835 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=38;Dels=0.00;FS=13.191;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:410,0,281 chrII 315988 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;DP=67;Dels=0.00;FS=3.562;HaplotypeScore=5.1868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:67:99:471,0,435 chrII 316012 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=78;Dels=0.00;FS=3.145;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:78:99:639,0,547 chrII 316711 . C T 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=36;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:36:99:302,0,250 chrII 316739 . A T 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=35;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.253;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:202,0,411 chrII 316804 . C T 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:177,0,371 chrII 316890 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;DP=41;Dels=0.00;FS=9.062;HaplotypeScore=5.8608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=2.106;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.817;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,29:41:99:624,0,139 chrII 316923 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=12.74;ReadPosRankSum=2.308;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,27:38:99:514,0,129 chrII 317339 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DP=65;Dels=0.00;FS=9.517;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.912;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:492,0,588 chrII 317648 . A G 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;DP=99;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=10.35;ReadPosRankSum=2.294;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:99:99:1055,0,720 chrII 317666 . C T 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;DP=88;Dels=0.00;FS=4.143;HaplotypeScore=7.2815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=9.90;ReadPosRankSum=1.958;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:88:99:901,0,630 chrII 317789 . T C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.155;DP=86;Dels=0.00;FS=7.897;HaplotypeScore=11.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:86:99:536,0,691 chrII 317878 . T A 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.016;DP=148;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.199;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,72:148:99:1163,0,1091 chrII 317942 . T A 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=100;Dels=0.00;FS=4.247;HaplotypeScore=11.1350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:649,0,911 chrII 318192 . G C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.762;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=2.484;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.798;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:355,0,613 chrII 318225 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:543,0,734 chrII 318380 . A G 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.888;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:110:99:1008,0,959 chrII 318590 . C A 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=82;Dels=0.00;FS=10.097;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.771;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:751,0,573 chrII 318982 . C T 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DP=76;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:76:99:812,0,542 chrII 319000 . C T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.147;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:64:99:523,0,466 chrII 319018 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.060;DP=57;Dels=0.00;FS=3.804;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.745;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:505,0,249 chrII 319087 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:461,0,282 chrII 319525 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;DP=39;Dels=0.00;FS=1.333;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.643;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:39:99:214,0,416 chrII 319547 . T C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:331,0,485 chrII 319717 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;DP=71;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.259;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:620,0,765 chrII 319900 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=70;Dels=0.00;FS=2.247;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:636,0,730 chrII 320188 . T C 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=104;Dels=0.00;FS=0.795;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.757;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:1072,0,803 chrII 320415 . T A 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=122;Dels=0.00;FS=0.688;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:122:99:1161,0,1019 chrII 320539 . A G 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=23.72;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1646,183,0 chrII 320583 . G A 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=21.76;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1600,168,0 chrII 320597 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=73;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.047;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,47:73:99:668,0,508 chrII 320632 . C T 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=15.84;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1253,132,0 chrII 320638 . C G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;DP=77;Dels=0.00;FS=3.277;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.634;QD=5.70;ReadPosRankSum=2.256;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:469,0,380 chrII 320644 . T G 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.18;MQ0=0;QD=13.41;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1092,117,0 chrII 320656 . A G 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=82;Dels=0.00;FS=4.514;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1149,126,0 chrII 320788 . A T 1933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=18.59;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1966,219,0 chrII 320830 . T C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=97;Dels=0.00;FS=3.805;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:674,0,993 chrII 320836 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:633,0,978 chrII 320851 . T C 2030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.867;DP=98;Dels=0.00;FS=6.106;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=20.71;ReadPosRankSum=2.928;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:2063,225,0 chrII 320886 . C T 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;DP=84;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:736,0,601 chrII 320890 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=84;Dels=0.00;FS=1.904;HaplotypeScore=4.3114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=6.27;ReadPosRankSum=2.049;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:84:99:557,0,770 chrII 320918 . G A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;DP=90;Dels=0.00;FS=1.865;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:90:99:622,0,751 chrII 320988 . C A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=79;Dels=0.00;FS=1.853;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:741,0,690 chrII 321385 . C A 1260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.785;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,74:121:99:1290,0,696 chrII 321438 . A G 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=113;Dels=0.00;FS=3.545;HaplotypeScore=20.5379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.027;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:113:99:876,0,962 chrII 321553 . G A 2604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=23.04;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2637,282,0 chrII 321773 . C T 1341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;DP=169;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.885;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,77:164:99:1371,0,1510 chrII 321857 . G C,T 2549.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5291;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.48;MQ0=0;QD=18.47;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,66,71:138:99:2609,1172,1001,1437,0,1296 chrII 321867 . C T 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DP=133;Dels=0.00;FS=1.378;HaplotypeScore=58.1279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.175;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:133:99:877,0,1226 chrII 321906 . A G 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=19.92;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1627,177,0 chrII 321960 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:346,0,588 chrII 322041 . G A 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.888;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.247;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:1017,0,811 chrII 322122 . T C 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=107;Dels=0.00;FS=11.262;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:107:99:887,0,977 chrII 322182 . A T 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.503;DP=90;Dels=0.00;FS=8.750;HaplotypeScore=3.3052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:861,0,579 chrII 322479 . T C 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=90;Dels=0.00;FS=2.797;HaplotypeScore=6.3340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=2.091;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:90:99:664,0,855 chrII 322610 . G C 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=20.27;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1026,114,0 chrII 322620 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=51;Dels=0.00;FS=6.027;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:459,0,361 chrII 322797 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.608;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:573,0,477 chrII 322869 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=62;Dels=0.00;FS=9.035;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.364;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:368,0,684 chrII 322968 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DP=54;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:426,0,339 chrII 323106 . C T 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=19.06;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1062,114,0 chrII 323173 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=64;Dels=0.00;FS=7.500;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,41:64:99:733,0,391 chrII 323184 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=73;Dels=0.00;FS=13.134;HaplotypeScore=5.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=5.93;ReadPosRankSum=-2.701;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:463,0,734 chrII 323214 . C G 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.32;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1439,153,0 chrII 323577 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=62;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=6.0816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.389;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:62:99:623,0,425 chrII 324106 . A C 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.714;DP=119;Dels=0.00;FS=3.306;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.086;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:119:99:1093,0,856 chrII 324220 . G A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=54;Dels=0.00;FS=6.223;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=6.31;ReadPosRankSum=-2.411;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:371,0,597 chrII 324455 . T A 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;DP=71;Dels=0.00;FS=8.641;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:635,0,758 chrII 324525 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=51;Dels=0.00;FS=5.768;HaplotypeScore=8.7640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:300,0,484 chrII 324887 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;DP=42;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:259,0,390 chrII 324926 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DP=47;Dels=0.00;FS=2.606;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:294,0,436 chrII 325007 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:80:99:486,0,683 chrII 325175 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:446,0,583 chrII 325202 . A G 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.660;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:49:99:991,108,0 chrII 325275 . T A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DP=64;Dels=0.00;FS=3.557;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.552;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:615,0,371 chrII 325550 . A G 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.13;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1281,141,0 chrII 325595 . T C 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=22.13;ReadPosRankSum=1.682;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1560,171,0 chrII 325701 . T C 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.60;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1394,153,0 chrII 326112 . A T 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.33;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1106,117,0 chrII 326179 . A G 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.82;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1220,132,0 chrII 326297 . T C 1791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=23.57;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1824,195,0 chrII 326357 . C T 2054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;QD=24.75;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2087,225,0 chrII 326372 . C T 2122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=24.11;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2155,228,0 chrII 326394 . A G 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=82;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:1753,198,0 chrII 326572 . T G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.455;DP=87;Dels=0.00;FS=10.955;HaplotypeScore=11.4969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.634;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:87:99:601,0,815 chrII 326660 . C T 2371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=19.28;SB=-1.349e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:123:99:2404,261,0 chrII 326680 . C T 2016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=0;QD=15.27;SB=-1.728e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:2049,228,0 chrII 326704 . G A 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.29;MQ0=0;QD=12.56;SB=-2.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:155:99:2005,216,0 chrII 326734 . T A 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.66;MQ0=0;QD=8.58;SB=-1.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:1346,150,0 chrII 326744 . G A 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=0;QD=8.77;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:1304,138,0 chrII 326754 . A G 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.782;DP=137;Dels=0.00;FS=24.854;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.106;QD=9.27;ReadPosRankSum=3.782;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,132:137:99:1303,141,0 chrII 326757 . A T 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.06;MQ0=0;QD=8.31;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:1113,123,0 chrII 326765 . G T 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.81;MQ0=0;QD=9.39;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:1216,132,0 chrII 326899 . G A 2576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=21.11;SB=-1.648e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2609,282,0 chrII 326919 . A T 2734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=136;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=3.2398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=20.10;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.771e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:136:99:2767,291,0 chrII 327083 . T C 3399.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=22.51;SB=-1.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:3399,375,0 chrII 327098 . C A 3442.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=22.06;SB=-1.690e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:156:99:3442,375,0 chrII 327156 . T A,G 1563.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.81;MQ0=0;QD=17.76;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,42,46:88:99:1623,827,731,796,0,697 chrII 327179 . A G 1913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=1;QD=21.02;SB=-1.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1946,210,0 chrII 327300 . C A 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=21.40;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2237,240,0 chrII 327327 . C T 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=16.70;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1686,186,0 chrII 327363 . C T 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=102;Dels=0.00;FS=4.023;HaplotypeScore=4.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.183;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:1796,201,0 chrII 327403 . C T 2536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=22.05;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2569,276,0 chrII 327596 . A G 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=24.10;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2009,222,0 chrII 327608 . C G 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=23.54;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1893,207,0 chrII 327972 . T C 2336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=21.43;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2369,258,0 chrII 327980 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:716,0,986 chrII 327989 . T C 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=116;Dels=0.00;FS=9.245;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=16.70;ReadPosRankSum=2.407;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:116:99:1970,222,0 chrII 328001 . T C 2200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=135;Dels=0.00;FS=4.491;HaplotypeScore=5.1321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=16.30;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:135:99:2233,243,0 chrII 328068 . C T 3517.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=20.69;SB=-1.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:170:99:3517,372,0 chrII 328093 . G A 3485.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=17.51;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,199:199:99:3485,396,0 chrII 328179 . A G 2330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=21.18;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2363,258,0 chrII 328278 . A C 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=20.20;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1770,192,0 chrII 328337 . C T 1257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.326;DP=134;Dels=0.00;FS=1.388;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.058;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:134:99:1287,0,1124 chrII 328525 . A G 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=16.79;ReadPosRankSum=1.672;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:990,108,0 chrII 328531 . G A 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=15.21;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:96:900,96,0 chrII 328557 . A G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=16.14;ReadPosRankSum=1.672;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:953,105,0 chrII 328647 . A G 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=20.49;ReadPosRankSum=1.664;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:103:99:2143,231,0 chrII 328908 . A G 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=20.57;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1452,162,0 chrII 329472 . T C 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=17.82;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1013,111,0 chrII 329583 . C A 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.18;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1062,120,0 chrII 329654 . C T 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=19.93;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:66:631,66,0 chrII 329730 . T C 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=20.25;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:600,66,0 chrII 329757 . C A 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.56;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:497,57,0 chrII 329976 . T C 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=23.34;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1900,207,0 chrII 330203 . T A 2680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=21.10;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2713,300,0 chrII 330495 . C A 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.81;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1789,201,0 chrII 330647 . C T 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=26.38;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1431,150,0 chrII 331253 . C T 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=20.59;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1598,171,0 chrII 331350 . A G 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=56;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=20.25;ReadPosRankSum=1.669;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:99:1167,126,0 chrII 331446 . T A 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=22.14;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2402,267,0 chrII 331485 . T C 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:119:99:1157,0,1101 chrII 331527 . A G 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.042;DP=89;Dels=0.00;FS=1.812;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.825;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:755,0,695 chrII 331557 . G A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;DP=78;Dels=0.00;FS=9.483;HaplotypeScore=3.2215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=2.514;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:709,0,654 chrII 331580 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=68;Dels=0.00;FS=18.421;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:452,0,515 chrII 331783 . G A 1769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=182;Dels=0.00;FS=6.392;HaplotypeScore=5.9195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=2.002;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,96:182:99:1799,0,1619 chrII 331804 . A G 3913.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.295;DP=160;Dels=0.00;FS=6.915;HaplotypeScore=5.9428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=24.46;ReadPosRankSum=2.419;SB=-1.876e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,157:160:99:3913,423,0 chrII 331827 . T A 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.859;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,66:145:99:1057,0,1631 chrII 331937 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=48;Dels=0.00;FS=4.460;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:99:170,0,679 chrII 331973 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DP=110;Dels=0.00;FS=3.846;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,39:110:99:486,0,1149 chrII 332114 . A G 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,62:141:99:1069,0,1626 chrII 332368 . T A 1286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.669;DP=175;Dels=0.00;FS=8.189;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.274;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,92:175:99:1316,0,1068 chrII 332399 . A G 1562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;DP=208;Dels=0.00;FS=1.066;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,107:208:99:1592,0,1226 chrII 332411 . G A 1138.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.066;DP=210;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.757;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,99:210:99:1168,0,1561 chrII 332412 . T C 3445.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.81;MQ0=0;QD=16.40;SB=-2.671e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:210:99:3445,375,0 chrII 332421 . A G 863.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=207;Dels=0.00;FS=0.516;HaplotypeScore=6.0284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.030;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.684;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,89:207:99:893,0,1582 chrII 332422 . G T 3074 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.966;DP=205;Dels=0.00;FS=6.047;HaplotypeScore=6.0284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=15.00;ReadPosRankSum=2.691;SB=-2.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,202:205:99:3107,336,0 chrII 332452 . C T 1369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.354;DP=212;Dels=0.00;FS=2.514;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.014;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,109:212:99:1399,0,1255 chrII 332471 . G A 1371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.350;DP=188;Dels=0.00;FS=5.429;HaplotypeScore=6.5165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.953;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,93:188:99:1401,0,1355 chrII 332654 . T C 2830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2863,312,0 chrII 332657 . T G 1103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;DP=132;Dels=0.00;FS=6.888;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.107;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:132:99:1133,0,1249 chrII 332772 . A G 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;DP=121;Dels=0.00;FS=4.520;HaplotypeScore=9.3684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.554;QD=6.40;ReadPosRankSum=-2.681;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,55:121:99:804,0,1223 chrII 332940 . C G 2047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=23.26;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2080,228,0 chrII 332992 . C G 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;DP=82;Dels=0.00;FS=3.746;HaplotypeScore=8.2786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:82:99:962,0,591 chrII 333015 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=83;Dels=0.00;FS=6.292;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.046;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:83:99:746,0,728 chrII 333043 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DP=84;Dels=0.00;FS=5.639;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.313;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:84:99:554,0,867 chrII 333044 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DP=81;Dels=0.00;FS=4.377;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.222;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:552,0,834 chrII 333194 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DP=55;Dels=0.02;FS=2.471;HaplotypeScore=11.8954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.689;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.370;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:283,0,467 chrII 333196 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.109;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:270,0,484 chrII 333214 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.012;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.621;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:57:99:348,0,489 chrII 333270 . A T 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.68;MQ0=0;QD=14.68;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1193,126,0 chrII 333319 . T A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.990;DP=83;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.241;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:81:99:340,0,751 chrII 333321 . G A 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=16.58;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1459,159,0 chrII 333347 . T A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.924;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:736,0,585 chrII 333382 . T A 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1840,195,0 chrII 334051 . G A 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=88;Dels=0.00;FS=4.493;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:88:99:934,0,862 chrII 334070 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;DP=87;Dels=0.00;FS=4.206;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:748,0,864 chrII 334452 . G A 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=95;Dels=0.00;FS=5.850;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.022;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.081;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:95:99:878,0,735 chrII 335049 . T A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=53;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.500;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:532,0,282 chrII 335310 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=34;Dels=0.00;FS=1.491;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:267,0,221 chrII 335520 . T C 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;DP=71;Dels=0.00;FS=4.760;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.651;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:71:99:655,0,599 chrII 335919 . G A 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.177;DP=106;Dels=0.00;FS=2.626;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.401;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,63:106:99:1226,0,714 chrII 336060 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=44;Dels=0.00;FS=11.218;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.025;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:305,0,275 chrII 336668 . T A 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.887;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.829;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,50:118:99:673,0,989 chrII 336720 . G A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,35:47:99:687,0,135 chrII 336747 . A G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.510;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:50:99:605,0,261 chrII 337030 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=6.81;ReadPosRankSum=2.091;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:275,0,190 chrII 337074 . G A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:349,0,176 chrII 337088 . A C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=35;Dels=0.00;FS=3.529;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:256,0,193 chrII 337181 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.750;DP=72;Dels=0.00;FS=14.765;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=8.99;ReadPosRankSum=-2.069;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:677,0,624 chrII 337320 . C A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:307,0,316 chrII 337368 . G A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.637;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:294,0,199 chrII 337526 . T C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=53;Dels=0.00;FS=2.345;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=6.79;ReadPosRankSum=-2.290;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:390,0,501 chrII 337567 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;DP=62;Dels=0.00;FS=2.132;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.706;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:371,0,681 chrII 337611 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DP=80;Dels=0.00;FS=2.911;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=2.491;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:610,0,714 chrII 337897 . G A 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=123;Dels=0.00;FS=4.452;HaplotypeScore=6.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,67:123:99:1170,0,961 chrII 338312 . G A 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=106;Dels=0.00;FS=5.706;HaplotypeScore=8.9714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.737;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,61:106:99:1190,0,819 chrII 338656 . A T 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;DP=132;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:132:99:772,0,1033 chrII 338664 . A T 2274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=16.97;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2307,249,0 chrII 339083 . T G 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.05;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1336,144,0 chrII 339200 . C T 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=17.79;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:727,78,0 chrII 339326 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DP=69;Dels=0.00;FS=3.474;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:606,0,711 chrII 339413 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DP=67;Dels=0.00;FS=6.901;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:738,0,415 chrII 339511 . G A 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=23.39;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1226,141,0 chrII 339542 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:287,0,211 chrII 339674 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=57;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:535,0,466 chrII 339739 . T C 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.06;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1092,123,0 chrII 339902 . A G 638 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=17.24;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:72:671,72,0 chrII 339903 . A G 575 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.631;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:66:608,66,0 chrII 339905 . C T 263.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.822;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:293,0,249 chrII 339966 . G A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=52;Dels=0.00;FS=6.298;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.299;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:578,0,232 chrII 340242 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DP=65;Dels=0.00;FS=8.949;HaplotypeScore=5.8242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.848;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:625,0,448 chrII 340305 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:466,0,568 chrII 340466 . G A 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.919;DP=99;Dels=0.00;FS=3.942;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=9.15;ReadPosRankSum=2.461;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:936,0,877 chrII 340644 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;DP=75;Dels=0.00;FS=4.533;HaplotypeScore=5.4565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:580,0,549 chrII 340737 . G A 1730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=149;Dels=0.00;FS=1.319;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,90:149:99:1760,0,958 chrII 340743 . A C 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.318;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,62:156:99:1020,0,1740 chrII 340824 . G A 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=105;Dels=0.00;FS=9.514;HaplotypeScore=8.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:105:99:873,0,949 chrII 340913 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;DP=69;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:585,0,742 chrII 341038 . C T 2556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=21.48;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2589,294,0 chrII 341186 . T C 2704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=21.29;ReadPosRankSum=2.172;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:127:99:2737,300,0 chrII 341216 . G A 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.918;DP=117;Dels=0.00;FS=9.042;HaplotypeScore=5.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=2.118;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:117:99:1172,0,727 chrII 341233 . A G 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=101;Dels=0.00;FS=3.811;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1977,225,0 chrII 341309 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;DP=63;Dels=0.00;FS=5.204;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:513,0,631 chrII 341391 . T A 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;DP=99;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=9.5856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.060;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:880,0,772 chrII 341451 . A G 1787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.730;DP=192;Dels=0.00;FS=4.158;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,102:192:99:1817,0,1638 chrII 341533 . A G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:113:99:761,0,1210 chrII 341567 . A C 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=21.09;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:67:99:1446,162,0 chrII 341715 . T C 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DP=100;Dels=0.00;FS=1.821;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:100:99:662,0,719 chrII 341837 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:426,0,411 chrII 341973 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.151;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:276,0,302 chrII 341985 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=39;Dels=0.00;FS=4.847;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.441;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.278;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:306,0,353 chrII 342004 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=44;Dels=0.00;FS=15.121;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.583;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.770;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:246,0,452 chrII 342023 . G A 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=0;QD=16.12;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:78:726,78,0 chrII 342025 . G C 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=15.89;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:81:732,81,0 chrII 342041 . A G 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=50;Dels=0.00;FS=3.768;HaplotypeScore=3.9209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=15.56;ReadPosRankSum=1.525;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:71:811,71,0 chrII 342048 . A C 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.673;DP=51;Dels=0.00;FS=17.374;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.852;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:97:97,0,550 chrII 342153 . C T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DP=40;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:233,0,447 chrII 342383 . G T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.601;DP=55;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.783;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:559,0,456 chrII 342510 . T C 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;DP=91;Dels=0.00;FS=1.699;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:878,0,795 chrII 342642 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=67;Dels=0.00;FS=2.191;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.505;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:477,0,642 chrII 342652 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;DP=63;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=8.97;ReadPosRankSum=-2.311;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:595,0,454 chrII 342666 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=63;Dels=0.00;FS=3.576;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:563,0,550 chrII 342723 . C T 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=20.67;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1232,129,0 chrII 343061 . A T 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:40:99:161,0,684 chrII 343086 . A T 719.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.348;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=15.30;ReadPosRankSum=1.449;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,32:47:99:749,0,267 chrII 343406 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=48;Dels=0.00;FS=10.863;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.927;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:419,0,412 chrII 343713 . A G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;DP=33;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.711;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:292,0,311 chrII 343762 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=52;Dels=0.00;FS=2.388;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=8.81;ReadPosRankSum=2.022;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:488,0,400 chrII 343838 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=72;Dels=0.00;FS=3.242;HaplotypeScore=4.0411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.800;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:651,0,559 chrII 343845 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:555,0,512 chrII 343970 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:463,0,557 chrII 343994 . T G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.960;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:598,0,392 chrII 344093 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=77;Dels=0.00;FS=5.420;HaplotypeScore=5.7487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.056;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:666,0,903 chrII 344211 . C T 1558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=20.77;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1591,165,0 chrII 344225 . C T 1378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=17.44;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1411,159,0 chrII 344282 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;DP=56;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:372,0,503 chrII 344536 . T C 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=130;Dels=0.00;FS=2.051;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.131;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,55:130:99:1096,0,1422 chrII 344668 . G A 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;DP=116;Dels=0.00;FS=0.703;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.983;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:116:99:852,0,1170 chrII 344938 . C T 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=16.76;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1441,156,0 chrII 345050 . C T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DP=68;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.113;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:759,0,402 chrII 345172 . C T 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=24.08;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1767,183,0 chrII 345288 . A G 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.25;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1257,138,0 chrII 345609 . C A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DP=49;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.570;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:603,0,296 chrII 345769 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=80;Dels=0.00;FS=2.968;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:473,0,817 chrII 345781 . C T 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=19.93;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1707,183,0 chrII 345849 . C A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.339;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.253;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:80:99:530,0,843 chrII 345853 . A C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=75;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.953;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:452,0,866 chrII 345955 . C A 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=45;Dels=0.00;FS=4.430;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:286,0,490 chrII 346082 . A C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=54;Dels=0.00;FS=5.949;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.432;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:529,0,443 chrII 346270 . A G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=2.602;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.627;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:329,0,172 chrII 346363 . A G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=35;Dels=0.00;FS=1.387;HaplotypeScore=4.3927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.427;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:244,0,398 chrII 346390 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.457;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:342,0,284 chrII 346437 . C T 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=18.35;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:767,87,0 chrII 346636 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=30;Dels=0.00;FS=6.200;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.101;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:361,0,181 chrII 346663 . A G 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DP=36;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=6.4599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.516;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:36:99:301,0,321 chrII 346741 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:487,0,522 chrII 347227 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.389;DP=55;Dels=0.00;FS=10.652;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:439,0,438 chrII 347231 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DP=50;Dels=0.00;FS=14.108;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.952;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:50:99:415,0,437 chrII 347317 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.199;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:330,0,311 chrII 347455 . C A 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;DP=107;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=12.7461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:1027,0,839 chrII 347502 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=2.103;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.525;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:525,0,863 chrII 347559 . A T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;DP=76;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.215;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,48:76:99:820,0,420 chrII 347560 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=76;Dels=0.00;FS=3.683;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.889;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.652;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:76:99:777,0,446 chrII 347587 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=70;Dels=0.00;FS=7.265;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=4.229;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.170;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:513,0,646 chrII 347777 . A G 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.468;DP=105;Dels=0.00;FS=4.806;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=8.19;ReadPosRankSum=2.531;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:105:99:890,0,839 chrII 347803 . T A 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;DP=94;Dels=0.00;FS=3.894;HaplotypeScore=8.0216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.239;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:823,0,742 chrII 347856 . T G 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=107;Dels=0.00;FS=0.719;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.383;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:891,0,930 chrII 347935 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.912;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:500,0,500 chrII 348625 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DP=42;Dels=0.00;FS=12.051;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:342,0,305 chrII 348820 . G A 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=17.09;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1144,123,0 chrII 349371 . T A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DP=89;Dels=0.00;FS=3.180;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:548,0,1066 chrII 349415 . A T 2017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2050,216,0 chrII 349446 . A C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.893;DP=101;Dels=0.00;FS=0.764;HaplotypeScore=44.4823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.648;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:682,0,1027 chrII 349467 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.027;QD=5.34;ReadPosRankSum=2.130;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:548,0,998 chrII 349482 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.569;DP=93;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=4.1481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=-4.585;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.282;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:505,0,850 chrII 349506 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=72;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.484;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.913;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:430,0,670 chrII 349627 . T C 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.187;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:729,0,836 chrII 349989 . C T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=96;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=7.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:778,0,783 chrII 350030 . G A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=75;Dels=0.00;FS=4.773;HaplotypeScore=10.3463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.550;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,48:75:99:796,0,409 chrII 350081 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=69;Dels=0.00;FS=10.761;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:752,0,504 chrII 350135 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DP=62;Dels=0.00;FS=17.284;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.203;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:381,0,630 chrII 350166 . A G 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=68;Dels=0.00;FS=7.056;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.728;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:177,0,931 chrII 350168 . A G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=67;Dels=0.00;FS=6.965;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.232;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:185,0,917 chrII 350178 . C T 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-7.038;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:122,0,908 chrII 350197 . G A 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.15;MQ0=0;MQRankSum=-6.537;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.431;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:82:99:139,0,897 chrII 350246 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=80;Dels=0.00;FS=13.173;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.663;QD=3.36;ReadPosRankSum=-2.266;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:299,0,772 chrII 350323 . C G 1214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=13.64;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,58:89:99:1244,0,554 chrII 350376 . T C 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;DP=65;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=45.9206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=13.68;ReadPosRankSum=1.206;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,44:65:99:919,0,268 chrII 350410 . C A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;DP=72;Dels=0.00;FS=3.638;HaplotypeScore=4.4045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,51:72:99:836,0,261 chrII 350491 . G A 1159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.272;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:126:99:1189,0,1194 chrII 350507 . A G 1203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.986;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.002;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,70:136:99:1233,0,1249 chrII 350563 . G A 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=128;Dels=0.00;FS=8.480;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=8.98;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,75:128:99:1179,0,912 chrII 350580 . G A 1186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=106;Dels=0.00;FS=0.753;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.094;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,62:106:99:1216,0,758 chrII 350656 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=54;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.176;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:493,0,414 chrII 350657 . G A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=54;Dels=0.00;FS=3.998;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.598;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:483,0,429 chrII 350675 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;DP=62;Dels=0.00;FS=17.493;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.824;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:412,0,523 chrII 350686 . A C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=60;Dels=0.00;FS=14.256;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.355;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:271,0,726 chrII 350727 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;DP=52;Dels=0.00;FS=8.034;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.511;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:246,0,566 chrII 350797 . A G 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=74;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:752,0,751 chrII 350920 . G A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;DP=60;Dels=0.00;FS=15.080;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.668;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.407;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:192,0,678 chrII 350931 . C A 185.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.663;DP=57;Dels=0.00;FS=18.456;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-6.085;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.188;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:215,0,552 chrII 350936 . T A 172.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=56;Dels=0.00;FS=18.634;HaplotypeScore=3.5058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-5.354;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.807;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:202,0,571 chrII 350937 . T G 162.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=56;Dels=0.00;FS=16.184;HaplotypeScore=3.5058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-5.805;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.628;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:56:99:192,0,595 chrII 350939 . G A 176.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=55;Dels=0.00;FS=18.634;HaplotypeScore=2.7171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.490;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.909;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:206,0,561 chrII 351009 . G A 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=36;Dels=0.00;FS=5.085;HaplotypeScore=3.4681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=1.69;ReadPosRankSum=-2.964;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:91:91,0,457 chrII 351044 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=43;Dels=0.00;FS=5.428;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.927;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:43:99:190,0,525 chrII 351103 . G T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DP=67;Dels=0.00;FS=2.101;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.839;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:487,0,613 chrII 351380 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DP=69;Dels=0.00;FS=6.658;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.002;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:539,0,673 chrII 351436 . G A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;DP=105;Dels=0.00;FS=0.726;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-5.675;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.593;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:540,0,974 chrII 351623 . A G 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=101;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.661;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:978,0,598 chrII 351893 . T G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=3.401;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.970;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:370,0,364 chrII 351903 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=49;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:342,0,422 chrII 351972 . C T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.972;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:356,0,702 chrII 351999 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.122;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:595,0,598 chrII 352513 . C A 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.789;DP=90;Dels=0.00;FS=6.813;HaplotypeScore=8.1628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.531;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:947,0,523 chrII 352637 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.838;DP=73;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=8.3125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:726,0,659 chrII 352760 . G A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=96;Dels=0.00;FS=6.778;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.280;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:770,0,725 chrII 352932 . C A 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.670;DP=121;Dels=0.00;FS=5.635;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.821;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:121:99:1119,0,1015 chrII 353160 . G A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=102;Dels=0.00;FS=2.590;HaplotypeScore=4.1672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:830,0,938 chrII 353630 . A G 261.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=7.46;ReadPosRankSum=2.950;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:291,0,193 chrII 353632 . A G 704 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.883;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=2.025;QD=20.11;ReadPosRankSum=2.025;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:72:737,72,0 chrII 353634 . A G 804 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.97;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:837,102,0 chrII 353774 . G T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.774;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:372,0,263 chrII 353810 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DP=20;Dels=0.00;FS=2.831;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.902;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:271,0,141 chrII 353932 . A G 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.816;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:235,0,226 chrII 354093 . A T 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.070;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:773,0,691 chrII 354452 . T C 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.793;DP=95;Dels=0.00;FS=2.781;HaplotypeScore=8.7562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.106;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.811;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:95:99:895,0,934 chrII 354704 . A G 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DP=66;Dels=0.00;FS=6.832;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.995;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:66:99:730,0,454 chrII 355034 . C T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=64;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=6.4829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.146;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:581,0,452 chrII 355151 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=83;Dels=0.00;FS=5.768;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.738;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.054;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:485,0,615 chrII 355349 . C T 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.04;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:56:99:1211,132,0 chrII 355406 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;DP=74;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.252;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:74:99:368,0,698 chrII 355622 . C T 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:219,0,186 chrII 355626 . G A 554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=17.87;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:63:587,63,0 chrII 355748 . T G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.019;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.859;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:498,0,1034 chrII 355836 . A G 1611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.69;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1644,180,0 chrII 356060 . T C 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.416;DP=101;Dels=0.00;FS=17.861;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.139;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:778,0,939 chrII 356064 . C T 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=100;Dels=0.00;FS=15.822;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.838;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:732,0,910 chrII 356128 . T C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;DP=106;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=14.0756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.051;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:106:99:765,0,641 chrII 356462 . C G 1466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.404;DP=148;Dels=0.00;FS=6.153;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.742;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,76:148:99:1496,0,1268 chrII 356546 . C T 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.435;DP=140;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=11.3296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=7.27;ReadPosRankSum=-2.372;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,66:140:99:1048,0,1211 chrII 356648 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=98;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:539,0,940 chrII 356897 . C T 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.207;DP=118;Dels=0.00;FS=10.085;HaplotypeScore=24.4729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.710;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:118:99:1050,0,788 chrII 356920 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:420,0,613 chrII 357065 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.400;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:707,0,719 chrII 357199 . A G 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.695;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1526,168,0 chrII 357395 . G A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=62;Dels=0.00;FS=5.511;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.530;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:447,0,323 chrII 357454 . C T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=57;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:57:99:531,0,184 chrII 357536 . G T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.019;DP=34;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.294;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:402,0,238 chrII 357752 . G C 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=38;Dels=0.00;FS=1.378;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=4.95;ReadPosRankSum=1.504;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:218,0,364 chrII 357888 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.886;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:402,0,408 chrII 358049 . C T 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=25;Dels=0.00;FS=9.791;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:91:91,0,233 chrII 358277 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.816;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:59:99:539,0,339 chrII 358488 . T C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:77:99:711,0,876 chrII 359006 . G A 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.110;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:729,0,470 chrII 359116 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=88;Dels=0.00;FS=2.910;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.416;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:737,0,648 chrII 359471 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=56;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:456,0,498 chrII 359576 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;DP=71;Dels=0.00;FS=2.413;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:71:99:586,0,510 chrII 359654 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.228;DP=74;Dels=0.00;FS=14.781;HaplotypeScore=5.9244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.974;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.390;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:554,0,584 chrII 359662 . A G 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=72;Dels=0.00;FS=2.801;HaplotypeScore=4.3470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.593;QD=19.26;ReadPosRankSum=2.279;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1420,153,0 chrII 359957 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=80;Dels=0.00;FS=6.462;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.997;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:80:99:592,0,829 chrII 359978 . C T 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=21.81;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1734,183,0 chrII 360477 . A C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;DP=55;Dels=0.00;FS=3.908;HaplotypeScore=11.7168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:346,0,527 chrII 360862 . T C 1128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.903;DP=102;Dels=0.00;FS=1.637;HaplotypeScore=9.7824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.879;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:102:99:1158,0,696 chrII 361468 . T C 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.87;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:60:559,60,0 chrII 361648 . G T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:255,0,254 chrII 361669 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.057;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:227,0,261 chrII 362082 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.183;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:452,0,345 chrII 362104 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.913;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:329,0,764 chrII 362354 . C T 2495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=21.14;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2528,270,0 chrII 362377 . C T 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=112;Dels=0.00;FS=4.869;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.499;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,67:112:99:1095,0,811 chrII 362537 . C G 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.861;DP=160;Dels=0.00;FS=4.848;HaplotypeScore=11.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.297;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,77:160:99:1164,0,1348 chrII 362638 . C T 1684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=190;Dels=0.00;FS=1.794;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,95:190:99:1714,0,1617 chrII 362688 . T G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=104;Dels=0.00;FS=13.593;HaplotypeScore=11.7715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.645;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:675,0,1093 chrII 362702 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;DP=80;Dels=0.00;FS=7.534;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:411,0,847 chrII 362748 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=80;Dels=0.00;FS=4.564;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.406;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.414;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:538,0,698 chrII 362789 . T G 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.158;DP=120;Dels=0.00;FS=2.706;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.342;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,69:120:99:1054,0,640 chrII 362800 . G C 2253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=17.47;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2286,252,0 chrII 362833 . C T 1215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.719;DP=146;Dels=0.00;FS=0.624;HaplotypeScore=8.9197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,77:146:99:1245,0,908 chrII 362997 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=66;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.743;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:563,0,650 chrII 363144 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.704;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.224;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.830;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:117:99:534,0,1265 chrII 363224 . C T 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DP=84;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.640;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:773,0,821 chrII 363228 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.250;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:728,0,697 chrII 363277 . C G 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;DP=65;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.851;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:438,0,703 chrII 363362 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.888;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:494,0,757 chrII 363386 . G A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=76;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.298;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:76:99:518,0,762 chrII 363408 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=70;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.829;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:476,0,681 chrII 363414 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=71;Dels=0.00;FS=1.976;HaplotypeScore=4.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.227;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.638;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:487,0,618 chrII 363574 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.305;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:57:99:337,0,732 chrII 363616 . T C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:478,0,781 chrII 363700 . T G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;DP=81;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.466;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:81:99:579,0,714 chrII 363721 . C T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.546;DP=92;Dels=0.00;FS=10.628;HaplotypeScore=7.3991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:92:99:711,0,782 chrII 363722 . T A 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;DP=91;Dels=0.00;FS=8.617;HaplotypeScore=5.8217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.047;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:841,0,746 chrII 363749 . A C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=102;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=4.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.180;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:708,0,1009 chrII 363765 . T A 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.518;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.074;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:119:99:910,0,897 chrII 364073 . C T 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=21.54;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1799,195,0 chrII 364161 . T C 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=21.15;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1175,129,0 chrII 364171 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DP=55;Dels=0.00;FS=10.495;HaplotypeScore=7.9758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.413;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:317,0,580 chrII 364175 . A G 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DP=54;Dels=0.00;FS=8.477;HaplotypeScore=7.1871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.989;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:287,0,460 chrII 364188 . T C 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=57;Dels=0.00;FS=3.897;HaplotypeScore=5.6435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.908;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.838;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:267,0,644 chrII 364205 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=54;Dels=0.00;FS=3.964;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=2.100;QD=9.59;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:54:99:548,0,200 chrII 364214 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;DP=52;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:297,0,559 chrII 364373 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DP=64;Dels=0.02;FS=2.630;HaplotypeScore=9.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:63:99:351,0,590 chrII 364408 . A G 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.272;DP=50;Dels=0.00;FS=8.538;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=18.66;ReadPosRankSum=3.165;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:50:99:966,105,0 chrII 364419 . C T 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=20.09;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:937,102,0 chrII 364469 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DP=42;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:42:99:343,0,319 chrII 364642 . A G 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=23.95;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1997,228,0 chrII 364725 . G A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=117;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,55:117:99:863,0,1290 chrII 364786 . A C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.153;DP=72;Dels=0.00;FS=1.596;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.006;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:551,0,889 chrII 364841 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:488,0,718 chrII 364895 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=57;Dels=0.00;FS=7.892;HaplotypeScore=2.3404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:311,0,490 chrII 365120 . A C 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;DP=73;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:736,0,571 chrII 365126 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.004;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:72:99:566,0,538 chrII 365306 . G A 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=22.66;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1506,162,0 chrII 365326 . A G 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=21.10;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1763,192,0 chrII 365525 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=59;Dels=0.00;FS=11.945;HaplotypeScore=7.5390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:512,0,494 chrII 365654 . C T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=70;Dels=0.00;FS=10.325;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:578,0,570 chrII 365666 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=63;Dels=0.00;FS=9.612;HaplotypeScore=8.2394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=2.142;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.457;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:63:99:618,0,397 chrII 365830 . G A 2485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=25.89;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2518,264,0 chrII 366120 . C T 1835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.11;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1868,201,0 chrII 366249 . A G 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=126;Dels=0.00;FS=2.361;HaplotypeScore=8.8215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,65:126:99:939,0,1115 chrII 366264 . C T 2582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=20.02;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2615,285,0 chrII 366323 . T A 2631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=19.93;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2664,288,0 chrII 366409 . T C 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;DP=106;Dels=0.00;FS=8.724;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.954;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:106:99:1002,0,1063 chrII 366754 . C T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=83;Dels=0.00;FS=6.751;HaplotypeScore=9.7022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:534,0,776 chrII 366921 . C T 1161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=139;Dels=0.00;FS=2.266;HaplotypeScore=6.6806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=3.368;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,69:139:99:1191,0,1256 chrII 366946 . G C 1458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=160;Dels=0.00;FS=6.002;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,84:160:99:1488,0,1285 chrII 367200 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=86;Dels=0.00;FS=1.751;HaplotypeScore=10.2933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:754,0,730 chrII 367429 . T C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=76;Dels=0.00;FS=4.590;HaplotypeScore=12.7141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.211;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:698,0,507 chrII 367502 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=93;Dels=0.00;FS=7.266;HaplotypeScore=6.5166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:651,0,930 chrII 367503 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DP=94;Dels=0.00;FS=7.282;HaplotypeScore=5.7826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.035;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:94:99:614,0,954 chrII 367531 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.224;DP=88;Dels=0.00;FS=7.019;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.083;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:543,0,773 chrII 367587 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=65;Dels=0.00;FS=6.929;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:65:99:439,0,514 chrII 367601 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=63;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:465,0,482 chrII 367774 . A T 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.776;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:113:99:762,0,1019 chrII 367802 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;DP=119;Dels=0.00;FS=4.537;HaplotypeScore=14.4128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.197;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,49:119:99:769,0,1169 chrII 367884 . A G 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:947,0,1127 chrII 368051 . G A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.421;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:684,0,496 chrII 368084 . G T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=87;Dels=0.00;FS=0.936;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:87:99:676,0,861 chrII 368093 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=85;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:663,0,823 chrII 368247 . T C 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:125:99:1078,0,1332 chrII 368496 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.493;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:67:99:358,0,577 chrII 368536 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.474;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:371,0,703 chrII 368563 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:430,0,611 chrII 368565 . G A 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=18.32;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1352,147,0 chrII 368583 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=82;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=6.8711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.454;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.793;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:491,0,593 chrII 368630 . T G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=20.15;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1242,135,0 chrII 368716 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.953;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:416,0,598 chrII 368722 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=80;Dels=0.00;FS=1.884;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.074;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:385,0,628 chrII 368731 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;DP=74;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:307,0,731 chrII 369040 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:92:99:850,0,600 chrII 369044 . G A 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=91;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=2.409;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,55:91:99:899,0,570 chrII 369085 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:670,0,426 chrII 369587 . C T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DP=110;Dels=0.00;FS=6.014;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.875;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,45:110:99:751,0,1259 chrII 369657 . G A 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=71;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:71:99:789,0,437 chrII 369692 . C T 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=84;Dels=0.00;FS=1.933;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.935;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:753,0,773 chrII 369831 . G C 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=13.40;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:66:596,66,0 chrII 369847 . A C 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.668;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:96:869,96,0 chrII 369891 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;DP=69;Dels=0.00;FS=7.904;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:482,0,476 chrII 370007 . T G 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.082;DP=126;Dels=0.00;FS=0.700;HaplotypeScore=13.5797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.861;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.010;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,65:126:99:1232,0,1181 chrII 370707 . T C 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;DP=47;Dels=0.00;FS=3.103;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:245,0,565 chrII 370776 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=45;Dels=0.00;FS=3.221;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.011;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:365,0,255 chrII 370780 . T G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DP=44;Dels=0.00;FS=5.299;HaplotypeScore=7.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.844;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:279,0,308 chrII 370967 . C T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.424;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:279,0,146 chrII 371029 . A G 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=23;Dels=0.00;FS=7.649;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:23:99:200,0,183 chrII 371139 . T G 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:227,0,348 chrII 371146 . C T 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=41;Dels=0.00;FS=1.478;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:228,0,310 chrII 371555 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=26;Dels=0.00;FS=3.674;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=9.19;ReadPosRankSum=2.443;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:269,0,223 chrII 371707 . C G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;DP=44;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.491;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:292,0,271 chrII 371746 . A C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DP=48;Dels=0.00;FS=9.432;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:48:99:466,0,383 chrII 371941 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.443;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:619,0,652 chrII 372481 . A G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=65;Dels=0.00;FS=2.266;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.780;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:526,0,465 chrII 372547 . A G 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.22;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:985,108,0 chrII 372730 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=56;Dels=0.00;FS=3.701;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.194;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:557,0,391 chrII 372845 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;DP=55;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.531;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:512,0,423 chrII 372954 . C T 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=5.0049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=22.27;ReadPosRankSum=0.742;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1436,147,0 chrII 372958 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=64;Dels=0.00;FS=1.089;HaplotypeScore=4.9023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.225;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:371,0,701 chrII 373204 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:501,0,484 chrII 373289 . C T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=64;Dels=0.00;FS=6.683;HaplotypeScore=10.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:64:99:523,0,384 chrII 373440 . C A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.323;DP=73;Dels=0.00;FS=4.969;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:519,0,522 chrII 373487 . C G 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=52;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.784;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:145,0,517 chrII 373488 . A C 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=52;Dels=0.00;FS=4.065;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:52:93:852,93,0 chrII 373503 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;DP=68;Dels=0.00;FS=9.297;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=2.976;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.511;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:68:99:633,0,331 chrII 373603 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=54;Dels=0.00;FS=2.390;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.455;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:322,0,555 chrII 373731 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.824;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:636,0,693 chrII 373782 . A G 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=5.497;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=24.10;ReadPosRankSum=1.555;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:973,108,0 chrII 374149 . G C 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;DP=62;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:680,0,366 chrII 375157 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:682,0,277 chrII 375303 . T C 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=86;Dels=0.00;FS=1.827;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.283;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:86:99:789,0,634 chrII 375370 . T A 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;DP=85;Dels=0.00;FS=4.159;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:718,0,771 chrII 375505 . C T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.485;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:719,0,550 chrII 375801 . T C 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.135;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:113:99:893,0,1186 chrII 375942 . T C 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=80;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=7.6425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=1.389;QD=18.34;ReadPosRankSum=2.356;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:80:99:1500,168,0 chrII 375951 . C G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=4.182;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.347;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:83:99:781,0,636 chrII 375972 . G A 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1984,207,0 chrII 376093 . C T 1920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=22.59;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1953,207,0 chrII 376186 . C T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DP=81;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.687;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:829,0,594 chrII 376244 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.358;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:455,0,560 chrII 376298 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=46;Dels=0.00;FS=7.401;HaplotypeScore=8.2015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.080;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:214,0,448 chrII 376375 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=55;Dels=0.00;FS=10.819;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=2.860;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:364,0,521 chrII 376428 . T C 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=110;Dels=0.00;FS=0.762;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.688;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.555;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:110:99:860,0,917 chrII 376441 . A G 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DP=119;Dels=0.00;FS=1.600;HaplotypeScore=12.9597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.505;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,55:119:99:839,0,1132 chrII 376523 . A G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=48;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.981;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:330,0,524 chrII 376667 . A G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.018;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:266,0,450 chrII 376703 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:440,0,314 chrII 376898 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=43;Dels=0.00;FS=2.648;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:371,0,427 chrII 376916 . G T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=51;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:383,0,431 chrII 377588 . A G 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.954;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:222,0,164 chrII 377622 . T C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.846;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.051;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:206,0,262 chrII 377657 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;DP=45;Dels=0.00;FS=7.469;HaplotypeScore=2.6940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=2.138;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:374,0,338 chrII 377677 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=42;Dels=0.00;FS=15.478;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.749;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:42:99:299,0,312 chrII 377735 . C T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:291,0,280 chrII 377765 . T G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=49;Dels=0.00;FS=1.155;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.342;QD=3.57;ReadPosRankSum=2.281;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:205,0,369 chrII 377771 . A G 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.187;QD=2.38;ReadPosRankSum=2.019;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:154,0,459 chrII 377776 . T C 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DP=54;Dels=0.00;FS=6.607;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.745;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.903;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:176,0,568 chrII 377807 . G T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DP=47;Dels=0.00;FS=31.346;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.514;QD=0.24;ReadPosRankSum=-1.673;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:41:41,0,649 chrII 377820 . A G 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=41;Dels=0.00;FS=13.695;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.788;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:41:45:45,0,600 chrII 377867 . G A 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:69:69,0,438 chrII 378164 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=61;Dels=0.00;FS=3.613;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:349,0,526 chrII 378523 . G A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.662;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:534,0,973 chrII 378552 . G A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.833;DP=104;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.759;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:975,0,713 chrII 378718 . G T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=92;Dels=0.00;FS=10.539;HaplotypeScore=11.3142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:847,0,787 chrII 378868 . C G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=46;Dels=0.00;FS=2.695;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.066;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:339,0,421 chrII 379273 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DP=46;Dels=0.00;FS=11.360;HaplotypeScore=1.8893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:471,0,375 chrII 379311 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=54;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:212,0,606 chrII 379421 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:445,0,500 chrII 379464 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;DP=41;Dels=0.00;FS=1.389;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:41:99:189,0,530 chrII 379470 . G A 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=40;Dels=0.00;FS=3.270;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:40:99:116,0,535 chrII 379598 . T C 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=17.50;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:943,105,0 chrII 379969 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=39;Dels=0.00;FS=7.323;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.500;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:343,0,220 chrII 380351 . C G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=31;Dels=0.00;FS=3.448;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:282,0,139 chrII 380911 . T C 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=13.15;ReadPosRankSum=1.629;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:914,102,0 chrII 380932 . C T 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=15.28;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1011,108,0 chrII 380971 . C T 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=19.44;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1394,150,0 chrII 380972 . G A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=70;Dels=0.00;FS=2.207;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:365,0,698 chrII 381238 . G T 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.313;DP=113;Dels=0.00;FS=3.504;HaplotypeScore=12.1609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:113:99:913,0,1110 chrII 381271 . A G 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;DP=155;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=12.1034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.179;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,62:155:99:996,0,1545 chrII 381431 . A T 766 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.15;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:799,84,0 chrII 381433 . C G 120.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=39;Dels=0.00;FS=9.476;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.126;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:150,0,351 chrII 381440 . T A 337.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DP=40;Dels=0.00;FS=8.842;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:367,0,179 chrII 381465 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=37;Dels=0.00;FS=5.403;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:69:419,0,69 chrII 381522 . T C 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.52;MQ0=0;QD=16.21;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1330,144,0 chrII 381773 . C G 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;DP=87;Dels=0.00;FS=5.597;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=2.599;QD=0.12;ReadPosRankSum=-4.629;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,11:87:40:40,0,1054 chrII 381922 . A G 1724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DP=199;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=8.6715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,99:199:99:1754,0,1770 chrII 382146 . A G 2653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.69;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2686,285,0 chrII 382219 . G T 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;DP=98;Dels=0.00;FS=2.345;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=8.33;ReadPosRankSum=-2.289;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:98:99:846,0,698 chrII 382252 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:675,0,403 chrII 382450 . A G 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.074;DP=87;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:87:99:891,0,854 chrII 382571 . A G 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=21.50;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1409,153,0 chrII 382581 . G A 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=17.48;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1134,129,0 chrII 382644 . G A 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=20.33;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1131,123,0 chrII 382778 . A G 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;DP=123;Dels=0.00;FS=1.604;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:123:99:843,0,989 chrII 382823 . A G 2438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=21.20;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2471,267,0 chrII 382880 . C T 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=21.54;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:85:99:1864,195,0 chrII 382911 . C T 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=14.71;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:84:754,84,0 chrII 383116 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=61;Dels=0.00;FS=5.403;HaplotypeScore=6.3199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.356;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:61:99:443,0,469 chrII 383124 . A T 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=21.04;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1127,123,0 chrII 383168 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.487;DP=45;Dels=0.00;FS=4.772;HaplotypeScore=42.8830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:392,0,339 chrII 383249 . G A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=22;Dels=0.00;FS=6.373;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:150,0,147 chrII 383276 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=23;Dels=0.00;FS=3.976;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=2.246;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:193,0,220 chrII 383344 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.530;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:436,0,576 chrII 383351 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.695;DP=63;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:613,0,440 chrII 383378 . T C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=61;Dels=0.00;FS=2.546;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:450,0,553 chrII 383390 . C T 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=21.46;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1235,135,0 chrII 383409 . T A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=49;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=7.06;ReadPosRankSum=2.024;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:376,0,570 chrII 383512 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DP=55;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.708;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:587,0,311 chrII 383768 . C T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DP=43;Dels=0.00;FS=4.325;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.501;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:426,0,282 chrII 383866 . C T 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:907,0,712 chrII 384458 . C T 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.84;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1496,162,0 chrII 384578 . G A 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=22.34;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1552,165,0 chrII 384692 . T C 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.65;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1594,174,0 chrII 384884 . C T 1926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=25.01;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1959,201,0 chrII 385265 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;DP=54;Dels=0.00;FS=13.844;HaplotypeScore=4.5725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.119;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:561,0,379 chrII 385445 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.919;DP=68;Dels=0.00;FS=3.295;HaplotypeScore=3.5797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:393,0,739 chrII 385559 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DP=98;Dels=0.00;FS=3.794;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.185;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:721,0,1003 chrII 385759 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=62;Dels=0.00;FS=14.826;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.397;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:650,0,530 chrII 385766 . A T 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.507;DP=61;Dels=0.00;FS=21.916;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.515;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:664,0,556 chrII 385829 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=71;Dels=0.00;FS=1.014;HaplotypeScore=5.1308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:595,0,558 chrII 385925 . A C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DP=98;Dels=0.00;FS=26.334;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.781;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:657,0,757 chrII 386474 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=48;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.914;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:412,0,394 chrII 386919 . G A 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.482;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:93:99:828,0,712 chrII 386954 . A T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=85;Dels=0.00;FS=7.133;HaplotypeScore=4.2390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.473;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:730,0,569 chrII 386957 . T C 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=82;Dels=0.00;FS=5.717;HaplotypeScore=5.0277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.449;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:777,0,611 chrII 387022 . G A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.984;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:650,0,428 chrII 387065 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=56;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.586;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:381,0,537 chrII 387263 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=76;Dels=0.00;FS=4.451;HaplotypeScore=8.8601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.269;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:537,0,690 chrII 387453 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;DP=45;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:346,0,348 chrII 387602 . A T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=63;Dels=0.00;FS=4.972;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:355,0,552 chrII 387923 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.140;DP=53;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:372,0,502 chrII 387935 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;DP=56;Dels=0.00;FS=2.294;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:329,0,563 chrII 387954 . C T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.796;DP=69;Dels=0.00;FS=1.983;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.101;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:438,0,535 chrII 388325 . C G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.839;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:73:99:561,0,520 chrII 388901 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=52;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:438,0,427 chrII 389007 . G T 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.998;DP=25;Dels=0.00;FS=8.751;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:150,0,173 chrII 389242 . T C 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;DP=29;Dels=0.00;FS=9.751;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:197,0,361 chrII 389243 . T C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;DP=29;Dels=0.00;FS=9.436;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:29:99:203,0,332 chrII 389341 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.711;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.152;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:287,0,459 chrII 389411 . A C 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=19;Dels=0.00;FS=5.180;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.266;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:195,0,177 chrII 389492 . T C 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=18;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.639;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.452;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:99,0,238 chrII 389557 . G A 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.514;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:36:90:90,0,528 chrII 389570 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.219;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:56:99:269,0,717 chrII 389571 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.335;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:57:99:266,0,772 chrII 389585 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=68;Dels=0.00;FS=3.845;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.979;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.187;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:378,0,811 chrII 389614 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.439;DP=60;Dels=0.00;FS=5.982;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.722;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.544;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:381,0,659 chrII 389620 . G A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=58;Dels=0.00;FS=8.439;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.690;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.879;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:366,0,582 chrII 389683 . G A 160.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=30;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:190,0,319 chrII 389687 . T C 143.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DP=34;Dels=0.00;FS=6.154;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:173,0,319 chrII 389867 . C T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.537;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=5.27;ReadPosRankSum=-2.336;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:90:99:504,0,1013 chrII 389875 . T C 2026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=22.02;ReadPosRankSum=1.694;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:2059,222,0 chrII 389912 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;DP=102;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.392;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,39:102:99:640,0,1179 chrII 389935 . C A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=81;Dels=0.00;FS=1.068;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:589,0,787 chrII 390214 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=106;Dels=0.00;FS=6.942;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.363;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,36:106:99:563,0,1123 chrII 390252 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=80;Dels=0.00;FS=9.385;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.025;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:628,0,728 chrII 390461 . A T 1979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.61;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2012,225,0 chrII 390657 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.446;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:474,0,510 chrII 390676 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=55;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=1.8808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:572,0,488 chrII 390823 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:424,0,505 chrII 390895 . A T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.093;DP=71;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=5.8677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:499,0,844 chrII 391225 . C T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DP=109;Dels=0.00;FS=7.806;HaplotypeScore=9.4693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:109:99:847,0,1127 chrII 391350 . G T 1322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.255;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.191;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,70:125:99:1352,0,1014 chrII 391457 . C T 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.14;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1851,207,0 chrII 391835 . C T 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=18.33;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1316,141,0 chrII 391895 . C T 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=24.03;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1643,174,0 chrII 392090 . G A 2104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=92;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=7.5921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=22.87;ReadPosRankSum=1.656;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:2137,208,0 chrII 392135 . G A 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=21.85;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1781,186,0 chrII 392182 . T A 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=18.80;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1086,114,0 chrII 392192 . C T 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.600;DP=52;Dels=0.00;FS=4.936;HaplotypeScore=3.3688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:52:99:295,0,431 chrII 392522 . G A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=0.60;SB=-4.018e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:6:57,6,0 chrII 392785 . T G 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=20.16;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1263,141,0 chrII 392915 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=94;Dels=0.00;FS=16.581;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.98;MQ0=0;MQRankSum=4.004;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.998;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:677,0,235 chrII 393191 . A T 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=86;Dels=0.00;FS=1.833;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.853;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,53:86:99:895,0,473 chrII 393269 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:402,0,316 chrII 393489 . C T 1222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=132;Dels=0.00;FS=1.518;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.945;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,72:132:99:1252,0,1113 chrII 393507 . G A 1112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.966;DP=108;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.079;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,64:108:99:1142,0,855 chrII 393519 . A T 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,61:102:99:984,0,818 chrII 393698 . C T 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.460;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:287,0,107 chrII 393708 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;DP=38;Dels=0.00;FS=5.458;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:355,0,158 chrII 393947 . T C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DP=69;Dels=0.00;FS=8.312;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.171;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:69:99:483,0,661 chrII 394376 . G A 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=19.01;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1345,150,0 chrII 394415 . C A 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.39;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1735,186,0 chrII 394430 . C T 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=21.51;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1474,159,0 chrII 394461 . T A 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.056;DP=69;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:69:99:774,0,494 chrII 394726 . G C 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=19.79;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1656,177,0 chrII 394775 . C T 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.193;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.949;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:726,0,962 chrII 394782 . T C 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.758;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.291;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,45:110:99:731,0,1092 chrII 394873 . G A 1974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=18.45;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2007,219,0 chrII 395030 . A G 138.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=15.35;SB=-3.007e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:171,18,0 chrII 395115 . C T 325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=21.67;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:39:358,39,0 chrII 395218 . G A 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.86;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:59:99:1382,147,0 chrII 395228 . T C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:719,0,572 chrII 395235 . T G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.235;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:555,0,736 chrII 395258 . C A 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.12;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1659,186,0 chrII 395349 . G A 2248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=25.26;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:2281,246,0 chrII 395457 . G T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=46;Dels=0.02;FS=5.209;HaplotypeScore=13.1903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.086;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:293,0,496 chrII 395756 . G A 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=18.73;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:876,93,0 chrII 395962 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:367,0,318 chrII 396556 . T C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=18.51;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1088,123,0 chrII 396696 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=47;Dels=0.00;FS=6.452;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:375,0,482 chrII 396793 . T C 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:934,105,0 chrII 396967 . A G 728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=22.06;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:761,81,0 chrII 396972 . C T 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:66:573,66,0 chrII 397114 . G A 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=19.48;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1533,165,0 chrII 397162 . T C 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.630;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.630;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1449,159,0 chrII 397435 . A G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.31;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1684,186,0 chrII 397645 . A G 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=19.82;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1024,117,0 chrII 397782 . A T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=55;Dels=0.00;FS=7.391;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.561;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:506,0,532 chrII 397813 . T C 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=20.86;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:90:805,90,0 chrII 397849 . C T 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=19.42;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:868,99,0 chrII 397984 . A G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=17.42;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:84:782,84,0 chrII 398272 . G A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=34;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=8.26;ReadPosRankSum=-2.220;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:311,0,225 chrII 398292 . G A 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=20.74;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:842,90,0 chrII 398314 . G A 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.47;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:78:734,78,0 chrII 399535 . C T 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=22.75;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1125,123,0 chrII 399796 . G A 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1878,201,0 chrII 399991 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:497,0,544 chrII 400386 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;DP=43;Dels=0.00;FS=5.084;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.887;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:428,0,420 chrII 400486 . A G 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=19.50;ReadPosRankSum=1.578;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:46:99:930,102,0 chrII 400827 . T C 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=22.76;ReadPosRankSum=1.663;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1171,129,0 chrII 400907 . C T 2250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2283,243,0 chrII 401143 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.107;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:94:99:546,0,991 chrII 401562 . A C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DP=66;Dels=0.00;FS=10.885;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.321;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:513,0,525 chrII 401604 . C G 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=20.65;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1520,168,0 chrII 401612 . T C 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=19.24;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1418,156,0 chrII 401915 . A G 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=23.18;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:821,90,0 chrII 402150 . T C 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=21.37;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1123,123,0 chrII 402249 . T C 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.76;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1340,147,0 chrII 403146 . C T 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=18.25;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1146,123,0 chrII 403244 . C T 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.41;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1660,174,0 chrII 403354 . T C 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=17.01;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1224,135,0 chrII 403369 . T C 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=14.69;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:900,99,0 chrII 403621 . C G 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=21.29;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1779,192,0 chrII 403763 . T C 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=21.50;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1710,183,0 chrII 403944 . C T 1649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=21.14;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1682,180,0 chrII 404067 . T C 2547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=22.54;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2580,279,0 chrII 404090 . A G 2007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=116;Dels=0.00;FS=5.421;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=17.30;ReadPosRankSum=1.700;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:116:99:2040,222,0 chrII 404101 . C T 2277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=18.82;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2310,249,0 chrII 404406 . G A 2692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=22.25;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:2725,294,0 chrII 404586 . C T 2545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=17.80;SB=-1.453e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:2578,273,0 chrII 404589 . C T 2630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=18.65;SB=-1.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:2663,279,0 chrII 404662 . C T 2609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2642,282,0 chrII 405275 . G A 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=17.88;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2054,219,0 chrII 405577 . T A 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=20.70;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1068,117,0 chrII 405578 . A C 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=21.79;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1057,117,0 chrII 405625 . G A 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;QD=21.29;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1438,153,0 chrII 405659 . A C 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.570;DP=79;Dels=0.00;FS=30.123;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.092;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,56:79:99:997,0,327 chrII 405666 . C A 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.41;MQ0=0;QD=20.59;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1783,195,0 chrII 405695 . A C 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=20.73;ReadPosRankSum=1.693;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1878,204,0 chrII 405713 . T C 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.43;MQ0=0;QD=17.21;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1513,168,0 chrII 405716 . A T 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=87;Dels=0.00;FS=2.603;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.338;QD=17.84;ReadPosRankSum=2.919;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:1585,168,0 chrII 405749 . A G 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=96;Dels=0.00;FS=4.382;HaplotypeScore=4.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.696;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1446,162,0 chrII 405790 . A C 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.93;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=17.33;ReadPosRankSum=0.000;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:1939,210,0 chrII 405803 . G A 2083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=92.5815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=18.11;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:115:99:2116,219,0 chrII 405845 . T A 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=17.65;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1745,195,0 chrII 406051 . C T 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=16.37;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:966,111,0 chrII 406057 . T C 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=17.72;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1061,114,0 chrII 406266 . C T 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=23.74;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1695,180,0 chrII 406787 . T G 3462.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=24.04;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3462,378,0 chrII 407113 . T G 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=18.58;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1185,132,0 chrII 407115 . A T 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=19.34;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1271,135,0 chrII 407146 . A G 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=20.71;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1628,177,0 chrII 407450 . T C 1558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=21.05;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1591,171,0 chrII 407559 . T C 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=167.2245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.37;MQ0=0;QD=15.16;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1579,180,0 chrII 407570 . C T 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.08;MQ0=0;QD=14.12;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:1615,177,0 chrII 407571 . A G 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.39;MQ0=0;QD=13.92;SB=-1.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1606,180,0 chrII 407645 . G A 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=16.81;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1344,141,0 chrII 407754 . C T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=63;Dels=0.00;FS=2.362;HaplotypeScore=10.1559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.829;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.629;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:396,0,416 chrII 407778 . A G 477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=13.63;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:57:510,57,0 chrII 407830 . G A 631 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.03;MQ0=0;QD=18.56;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:664,72,0 chrII 407831 . A T 547 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.03;MQ0=0;QD=16.09;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:580,66,0 chrII 407836 . A G 682 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.92;MQ0=0;QD=16.63;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:715,78,0 chrII 408073 . G A 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1256,129,0 chrII 408107 . A G 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=22.72;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1010,108,0 chrII 408433 . A G 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.17;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:922,99,0 chrII 408643 . C T 408.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.863;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:438,0,415 chrII 408644 . T G 396.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.921;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:426,0,412 chrII 408652 . G C 340.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.574;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:43:99:370,0,347 chrII 408750 . G C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=58;Dels=0.00;FS=2.420;HaplotypeScore=8.9250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:485,0,566 chrII 408801 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.326;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:289,0,334 chrII 408987 . C T 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=22.30;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1572,165,0 chrII 409101 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=54;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:511,0,501 chrII 409116 . A C 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:924,99,0 chrII 409149 . A G 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=19.84;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1164,126,0 chrII 409264 . G A 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=22.95;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1869,204,0 chrII 409364 . A G 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=18.77;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1197,132,0 chrII 409999 . T C 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=15.62;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66:611,66,0 chrII 410209 . G T 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=20.98;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1187,126,0 chrII 410546 . T C 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=19.55;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:815,90,0 chrII 410961 . G A 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=16.44;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66:625,66,0 chrII 410985 . A G 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.624;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:96:880,96,0 chrII 410998 . C T 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.84;MQ0=0;QD=10.48;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:90:798,90,0 chrII 411003 . C T 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.92;MQ0=0;QD=10.10;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:81:770,81,0 chrII 411152 . T A 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.67;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:591,63,0 chrII 412233 . A C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.188;DP=69;Dels=0.00;FS=11.792;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:652,0,594 chrII 412403 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=37;Dels=0.00;FS=10.583;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=9.59;ReadPosRankSum=-1.931;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:385,0,260 chrII 412642 . A G 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=24.67;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1809,198,0 chrII 413099 . A G 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=50;Dels=0.00;FS=5.545;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.059;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:120,0,342 chrII 413111 . G A 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=46;Dels=0.00;FS=3.183;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.160;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.287;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:46:81:81,0,413 chrII 413117 . T A 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.227;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:117,0,407 chrII 413148 . A T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.473;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:279,0,575 chrII 413264 . C A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:254,0,180 chrII 413270 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=32;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:316,0,229 chrII 413321 . C A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:378,0,222 chrII 413777 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=97;Dels=0.00;FS=5.462;HaplotypeScore=9.6521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:97:99:704,0,943 chrII 414111 . A G 1573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.502;DP=215;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.916;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,102:215:99:1603,0,2088 chrII 414161 . T G 1550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;DP=156;Dels=0.00;FS=6.169;HaplotypeScore=12.9449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=9.94;ReadPosRankSum=3.013;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,84:156:99:1580,0,925 chrII 414756 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=64;Dels=0.00;FS=2.160;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.521;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:473,0,502 chrII 414849 . C T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.082;DP=72;Dels=0.00;FS=8.131;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.427;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:72:99:827,0,455 chrII 414987 . C G 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=87;Dels=0.01;FS=0.967;HaplotypeScore=10.2518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:949,0,616 chrII 415314 . T A 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=95;Dels=0.00;FS=10.932;HaplotypeScore=12.3076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=2.302;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:773,0,687 chrII 415534 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.729;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:373,0,785 chrII 415547 . T C 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=6.608;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=14.66;ReadPosRankSum=1.653;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1308,147,0 chrII 415575 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=79;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.421;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.029;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:370,0,625 chrII 415599 . C A 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.716;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.784;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.932;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:252,0,662 chrII 415607 . T C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.996;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.093;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:69:99:225,0,571 chrII 415620 . C A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DP=63;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.157;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:275,0,483 chrII 415649 . T G 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.815;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:111,0,513 chrII 415846 . C T 1216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.94;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1249,129,0 chrII 415863 . G C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=53;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:395,0,522 chrII 415869 . A C 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=18.95;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:57:99:1113,123,0 chrII 415997 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:330,0,423 chrII 416243 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DP=55;Dels=0.00;FS=3.749;HaplotypeScore=2.5395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.547;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:451,0,383 chrII 416328 . T C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DP=63;Dels=0.00;FS=4.985;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.944;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:497,0,526 chrII 416376 . T C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=49;Dels=0.00;FS=4.189;HaplotypeScore=5.0211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.296;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:243,0,393 chrII 416426 . A C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=7.77;ReadPosRankSum=-2.039;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:263,0,160 chrII 416559 . A C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=62;Dels=0.02;FS=14.029;HaplotypeScore=9.3894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.684;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.437;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:364,0,614 chrII 416935 . C A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;DP=47;Dels=0.00;FS=6.781;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:218,0,556 chrII 417239 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=72;Dels=0.00;FS=1.980;HaplotypeScore=5.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:437,0,679 chrII 417346 . G A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=56;Dels=0.00;FS=2.310;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.123;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:408,0,552 chrII 417468 . T C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=30;Dels=0.00;FS=3.773;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:378,0,128 chrII 417503 . A G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=40;Dels=0.00;FS=1.582;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.812;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:393,0,241 chrII 417588 . G A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.658;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.309;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:483,0,706 chrII 417692 . T C 231.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=29;Dels=0.00;FS=12.187;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.502;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:261,0,281 chrII 417694 . T C 212.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;DP=31;Dels=0.00;FS=15.375;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.352;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:242,0,323 chrII 417699 . G A 231.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=31;Dels=0.00;FS=8.607;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.052;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:261,0,279 chrII 417762 . A C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=28;Dels=0.00;FS=3.492;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=9.61;ReadPosRankSum=2.196;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:299,0,207 chrII 417795 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.747;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:228,0,209 chrII 417797 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:212,0,219 chrII 417889 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:156,0,171 chrII 417917 . G C 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;DP=24;Dels=0.00;FS=4.084;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.235;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:109,0,334 chrII 417944 . T A 166.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=34;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.917;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:196,0,335 chrII 417950 . C T 193.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=36;Dels=0.00;FS=7.479;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.531;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:223,0,308 chrII 417952 . T G 189.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DP=36;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.983;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:219,0,294 chrII 417959 . C T 185.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.554;DP=39;Dels=0.00;FS=6.884;HaplotypeScore=2.7714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.072;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:215,0,366 chrII 417968 . T C 141.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DP=43;Dels=0.00;FS=4.454;HaplotypeScore=4.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.32;MQ0=0;MQRankSum=-5.246;QD=3.28;ReadPosRankSum=2.164;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:171,0,446 chrII 417969 . T A 125.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=44;Dels=0.00;FS=6.222;HaplotypeScore=4.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-5.307;QD=2.84;ReadPosRankSum=2.180;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:155,0,448 chrII 417980 . T C 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=46;Dels=0.00;FS=8.553;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.800;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.433;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:92:92,0,530 chrII 418007 . G A 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DP=51;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQ0=0;MQRankSum=-5.463;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:87:87,0,566 chrII 418065 . G A 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DP=57;Dels=0.00;FS=2.424;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.232;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:57:99:138,0,546 chrII 418148 . A C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=63;Dels=0.00;FS=1.179;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.810;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.844;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:487,0,640 chrII 418150 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;DP=63;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.218;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:492,0,663 chrII 418183 . A T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.390;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:548,0,855 chrII 418255 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.683;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:609,0,438 chrII 418348 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=44;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.811;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.595;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:323,0,365 chrII 418383 . C A 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=19.89;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:729,81,0 chrII 418399 . A T 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=29;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.329;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:177,0,224 chrII 418404 . T G 492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.76;MQ0=0;QD=14.91;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:525,57,0 chrII 418420 . C T 445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.92;MQ0=0;QD=12.71;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:51:478,51,0 chrII 418450 . A G 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=17.13;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:701,75,0 chrII 418451 . C T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DP=40;Dels=0.00;FS=4.789;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:215,0,357 chrII 418484 . T C 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=17.36;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:953,102,0 chrII 418505 . T A 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=19.12;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1027,108,0 chrII 418524 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:536,0,413 chrII 418557 . A G 986 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=2.070;QD=18.96;ReadPosRankSum=2.355;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1019,111,0 chrII 418629 . T A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=32;Dels=0.00;FS=3.544;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.268;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:210,0,356 chrII 418649 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.630;DP=49;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:515,0,352 chrII 419086 . G A 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=71;Dels=0.00;FS=6.915;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.943;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:71:99:814,0,438 chrII 419139 . C T 1998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=23.79;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2031,219,0 chrII 419197 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:490,0,588 chrII 419204 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=49;Dels=0.00;FS=4.432;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:438,0,510 chrII 419913 . C G 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.75;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1957,210,0 chrII 419931 . T C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.834;DP=75;Dels=0.00;FS=2.139;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.977;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:787,0,554 chrII 419943 . C A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DP=71;Dels=0.00;FS=5.538;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:607,0,811 chrII 420047 . A G 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;DP=93;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=1.863;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:941,0,622 chrII 420134 . A G 1771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.731;DP=189;Dels=0.00;FS=11.922;HaplotypeScore=13.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.913;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,86:189:99:1801,0,1887 chrII 420351 . A G 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;DP=115;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=8.1686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=5.076;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:115:99:902,0,833 chrII 420402 . A G 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=140;Dels=0.00;FS=8.471;HaplotypeScore=20.3456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-5.511;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.786;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,62:140:99:178,0,1272 chrII 420411 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.413;DP=125;Dels=0.00;FS=3.360;HaplotypeScore=5.9309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.533;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.085;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:125:99:217,0,1241 chrII 420567 . G T 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=18.19;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1106,120,0 chrII 420692 . G A 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=52;Dels=0.00;FS=11.008;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=13.02;ReadPosRankSum=2.041;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:707,0,286 chrII 420720 . G A 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=21.66;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1549,171,0 chrII 420753 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=72;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=6.90;ReadPosRankSum=2.208;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:527,0,580 chrII 420843 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DP=46;Dels=0.00;FS=2.670;HaplotypeScore=2.6616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:516,0,312 chrII 420878 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=46;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:406,0,380 chrII 421030 . G C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:337,0,450 chrII 421082 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:360,0,360 chrII 421116 . C A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:402,0,361 chrII 421439 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=38;Dels=0.00;FS=7.182;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:38:99:320,0,360 chrII 421574 . G A 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=22.64;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1369,144,0 chrII 421673 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=71;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:537,0,863 chrII 421692 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DP=68;Dels=0.00;FS=0.933;HaplotypeScore=5.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.228;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:435,0,767 chrII 421695 . C G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=67;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=4.6519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.574;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:373,0,783 chrII 422076 . C G 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=21.15;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1471,159,0 chrII 422148 . T C 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.32;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1707,183,0 chrII 422164 . T C 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.46;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1538,168,0 chrII 422415 . C T 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.017;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:1000,0,1091 chrII 422475 . T A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;DP=88;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=13.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:740,0,750 chrII 422583 . T C 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=112;Dels=0.00;FS=2.507;HaplotypeScore=11.8914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.698;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:759,0,1037 chrII 422622 . A G 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.416;DP=128;Dels=0.00;FS=1.428;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.965;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:128:99:1132,0,1261 chrII 422634 . G A 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;DP=140;Dels=0.00;FS=4.029;HaplotypeScore=15.2057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,73:140:99:1286,0,1109 chrII 422762 . T G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=72;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.980;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:573,0,396 chrII 422913 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=91;Dels=0.00;FS=5.476;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.815;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.974;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:655,0,983 chrII 423054 . C T 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DP=70;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=10.53;ReadPosRankSum=-2.632;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:767,0,474 chrII 423264 . A G 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=17.93;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1396,156,0 chrII 423351 . G A 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;DP=51;Dels=0.00;FS=8.143;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.217;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:284,0,445 chrII 423506 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.302;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:488,0,444 chrII 423518 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.715;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:440,0,462 chrII 423550 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=48;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=8.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=8.06;ReadPosRankSum=-2.357;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:48:99:417,0,324 chrII 423698 . G T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;DP=69;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.686;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:544,0,622 chrII 423800 . C T 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;DP=80;Dels=0.00;FS=1.836;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:664,0,603 chrII 423950 . A G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:556,0,534 chrII 424031 . C T 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=81;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=2.3459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.836;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:718,0,743 chrII 424193 . G A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DP=67;Dels=0.00;FS=4.974;HaplotypeScore=5.4346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:575,0,510 chrII 424199 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=69;Dels=0.00;FS=2.067;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.797;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:69:99:514,0,495 chrII 424346 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;DP=64;Dels=0.00;FS=0.964;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.537;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:645,0,524 chrII 424367 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:710,0,523 chrII 424421 . A G 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=89;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.688;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:89:99:734,0,869 chrII 424448 . A G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.040;DP=90;Dels=0.00;FS=7.068;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.809;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:653,0,951 chrII 424451 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;DP=90;Dels=0.00;FS=5.165;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.731;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:685,0,877 chrII 424490 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=105;Dels=0.00;FS=10.097;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.484;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:653,0,1048 chrII 424607 . A G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=95;Dels=0.00;FS=8.156;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=5.71;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:572,0,930 chrII 424715 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.607;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.361;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:489,0,297 chrII 424811 . T C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=93;Dels=0.00;FS=8.885;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:559,0,808 chrII 424906 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=90;Dels=0.00;FS=2.578;HaplotypeScore=10.2851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=3.34;ReadPosRankSum=-2.052;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:90:99:331,0,879 chrII 425500 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DP=47;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:405,0,428 chrII 425596 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DP=54;Dels=0.00;FS=12.969;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.462;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:54:99:616,0,338 chrII 425780 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;DP=80;Dels=0.00;FS=15.357;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.939;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:582,0,954 chrII 425844 . T A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.545;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:536,0,444 chrII 425891 . T A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.143;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.883;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:421,0,304 chrII 425982 . A T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=55;Dels=0.00;FS=5.643;HaplotypeScore=2.7332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.803;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:321,0,493 chrII 426865 . C T 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=21.56;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1003,105,0 chrII 426936 . G C 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.620;DP=33;Dels=0.00;FS=5.871;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.234;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:221,0,210 chrII 427109 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;DP=95;Dels=0.00;FS=6.753;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.023;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:95:99:525,0,1104 chrII 427116 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=104;Dels=0.00;FS=6.453;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:104:99:574,0,1076 chrII 427377 . A G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;DP=55;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.239;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:686,0,368 chrII 427525 . T A 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.652;DP=67;Dels=0.00;FS=2.702;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.343;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:463,0,449 chrII 427545 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=74;Dels=0.00;FS=3.986;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=5.84;ReadPosRankSum=2.873;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:74:99:462,0,584 chrII 427719 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.757;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:457,0,758 chrII 427812 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:181,0,318 chrII 427872 . G A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=34;Dels=0.00;FS=5.278;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.328;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:297,0,329 chrII 427998 . G A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DP=53;Dels=0.00;FS=4.146;HaplotypeScore=4.3947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQ0=1;MQRankSum=0.048;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:53:99:337,0,365 chrII 428040 . T C 396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.25;MQ0=0;QD=7.20;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:48:429,48,0 chrII 428055 . A T 469 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:51:502,51,0 chrII 428058 . A G 385 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.655;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:48:418,48,0 chrII 428059 . G A 407 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=9.25;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:48:440,48,0 chrII 428060 . C T 450 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=10.00;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:51:483,51,0 chrII 428064 . G T 443 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.59;MQ0=0;QD=9.23;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:51:476,51,0 chrII 428433 . G A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=36;Dels=0.00;FS=7.891;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:228,0,327 chrII 428478 . A G 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=29;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=4.17;ReadPosRankSum=2.059;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:151,0,300 chrII 428484 . T G 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=29;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.749;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.351;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:156,0,335 chrII 428694 . C T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=38;Dels=0.00;FS=4.358;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:38:99:178,0,549 chrII 428751 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=51;Dels=0.00;FS=2.528;HaplotypeScore=5.0440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=1;MQRankSum=-0.605;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.277;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:298,0,635 chrII 428805 . T G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DP=62;Dels=0.00;FS=17.284;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=9.23;ReadPosRankSum=2.271;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:602,0,419 chrII 428862 . T A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;DP=73;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.844;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:513,0,631 chrII 428886 . A G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.656;DP=76;Dels=0.00;FS=7.304;HaplotypeScore=6.3418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:76:99:643,0,716 chrII 428982 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.172;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:68:99:696,0,595 chrII 429095 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=63;Dels=0.00;FS=6.287;HaplotypeScore=11.8281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:353,0,446 chrII 429123 . T G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.396;DP=76;Dels=0.00;FS=7.361;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.688;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.243;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:437,0,539 chrII 429124 . C A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=75;Dels=0.00;FS=7.361;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=5.59;ReadPosRankSum=2.285;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:449,0,515 chrII 429183 . T A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.257;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,65:112:99:916,0,663 chrII 429199 . G A 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;DP=103;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:103:99:808,0,686 chrII 429360 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=6.68;ReadPosRankSum=2.012;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:257,0,288 chrII 429746 . A G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;DP=60;Dels=0.00;FS=1.039;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:717,0,415 chrII 430040 . G A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=32;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:312,0,192 chrII 430055 . C T 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=32;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:237,0,240 chrII 430067 . A G 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=17.55;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:542,60,0 chrII 430145 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.474;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:269,0,152 chrII 430301 . A G 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=45;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.942;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:464,0,394 chrII 430514 . C A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.040;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:468,0,328 chrII 430642 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=70;Dels=0.00;FS=8.356;HaplotypeScore=4.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:652,0,573 chrII 430846 . C A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DP=63;Dels=0.00;FS=2.250;HaplotypeScore=14.9940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:63:99:537,0,362 chrII 431023 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DP=99;Dels=0.00;FS=1.703;HaplotypeScore=7.0799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.306;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:748,0,859 chrII 431229 . A G 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.080;DP=60;Dels=0.00;FS=2.698;HaplotypeScore=6.1029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=18.33;ReadPosRankSum=2.368;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1133,129,0 chrII 431273 . T C 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.77;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1570,174,0 chrII 431479 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;DP=42;Dels=0.00;FS=6.684;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.182;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:386,0,334 chrII 431655 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=66;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.969;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:646,0,601 chrII 431663 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=70;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.006;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:651,0,673 chrII 431703 . C T 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=24.31;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1613,168,0 chrII 431781 . A G 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=20.60;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:898,96,0 chrII 431787 . A C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=47;Dels=0.00;FS=2.638;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:230,0,547 chrII 431851 . C G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=45;Dels=0.00;FS=4.534;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:410,0,254 chrII 431912 . A T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.956;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:371,0,316 chrII 431999 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=61;Dels=0.00;FS=0.953;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:515,0,440 chrII 432022 . A T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=77;Dels=0.01;FS=4.537;HaplotypeScore=14.9308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.632;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:348,0,618 chrII 432025 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;DP=76;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=12.3870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.469;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:440,0,588 chrII 432185 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=51;Dels=0.00;FS=4.620;HaplotypeScore=5.1580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:99:227,0,757 chrII 432284 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:837,0,532 chrII 432329 . T C 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:90:99:978,0,662 chrII 432356 . A G 1146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;DP=111;Dels=0.00;FS=5.499;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,64:111:99:1176,0,793 chrII 432415 . C A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:845,0,971 chrII 432444 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=74;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.333;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:549,0,478 chrII 432497 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=65;Dels=0.00;FS=5.227;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:316,0,660 chrII 432974 . G C 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=107;Dels=0.00;FS=6.790;HaplotypeScore=9.5033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.967;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:107:99:1024,0,781 chrII 433187 . C T 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:638,0,883 chrII 433196 . C T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.230;DP=98;Dels=0.00;FS=2.588;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:686,0,877 chrII 433232 . C A 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=110;Dels=0.00;FS=1.546;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.531;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:913,0,1063 chrII 433640 . C T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=104;Dels=0.00;FS=5.102;HaplotypeScore=9.0153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.031;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:651,0,960 chrII 433856 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=48;Dels=0.00;FS=20.923;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:377,0,410 chrII 434350 . G C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;DP=84;Dels=0.00;FS=0.818;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:735,0,619 chrII 434430 . A T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=69;Dels=0.00;FS=2.120;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.955;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:69:99:392,0,802 chrII 434484 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DP=65;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=2.821;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:65:99:388,0,719 chrII 434637 . C T 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=112;Dels=0.00;FS=1.572;HaplotypeScore=5.9117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.711;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1050,0,1008 chrII 434976 . G T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=73;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:589,0,594 chrII 435201 . C T 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=92;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.203;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:745,0,848 chrII 435236 . C T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.784;DP=90;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.864;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:711,0,843 chrII 435261 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=85;Dels=0.00;FS=5.747;HaplotypeScore=6.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.586;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:553,0,806 chrII 435391 . G C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=75;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.212;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:618,0,549 chrII 435612 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;DP=97;Dels=0.00;FS=0.750;HaplotypeScore=7.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.455;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:97:99:788,0,722 chrII 435637 . T C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DP=97;Dels=0.00;FS=5.193;HaplotypeScore=6.5303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.238;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:97:99:710,0,774 chrII 435843 . G A 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DP=50;Dels=0.00;FS=22.648;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:50:99:212,0,475 chrII 436119 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.718;DP=65;Dels=0.00;FS=5.027;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:323,0,696 chrII 436656 . T C 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.686;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:782,0,576 chrII 436820 . A G 1533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=149;Dels=0.00;FS=5.528;HaplotypeScore=8.1783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.242;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,79:149:99:1563,0,1228 chrII 436888 . G A 1138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DP=111;Dels=0.00;FS=5.192;HaplotypeScore=6.6944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.238;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:1168,0,1007 chrII 436977 . C T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;DP=73;Dels=0.00;FS=8.462;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.676;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:639,0,653 chrII 437154 . T C 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.026;DP=119;Dels=0.00;FS=0.719;HaplotypeScore=11.9784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.891;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.031;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,61:119:99:1058,0,1105 chrII 437187 . G A 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=110;Dels=0.00;FS=10.449;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.245;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:913,0,1109 chrII 437295 . G A 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=121;Dels=0.00;FS=0.691;HaplotypeScore=8.0683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:121:99:939,0,990 chrII 437307 . A G 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;DP=123;Dels=0.00;FS=1.434;HaplotypeScore=6.6478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:1013,0,1060 chrII 437440 . A T 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;DP=97;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:1016,0,955 chrII 437604 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=77;Dels=0.00;FS=4.685;HaplotypeScore=7.6775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:520,0,873 chrII 437754 . C T 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.15;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1343,150,0 chrII 438061 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;DP=50;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:556,0,367 chrII 438085 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DP=54;Dels=0.00;FS=1.040;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.420;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:447,0,622 chrII 438126 . A C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=71;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=11.9602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.994;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:71:99:621,0,602 chrII 438156 . A G 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.909;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:834,0,748 chrII 438190 . A G 2230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=24.78;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2263,243,0 chrII 438300 . A C 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=86;Dels=0.00;FS=3.338;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.401;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:738,0,989 chrII 438423 . A T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.852;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:647,0,692 chrII 438492 . G A 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=112;Dels=0.00;FS=6.013;HaplotypeScore=5.8106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:112:99:986,0,957 chrII 438523 . A G 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=129;Dels=0.00;FS=1.404;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.025;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,61:129:99:1201,0,1101 chrII 438582 . T C 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=105;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=9.1493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=8.34;ReadPosRankSum=2.522;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:105:99:906,0,957 chrII 438870 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.733;DP=85;Dels=0.00;FS=0.943;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:85:99:809,0,615 chrII 438919 . C G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.461;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:84:99:573,0,730 chrII 438954 . T G 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.26;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1877,207,0 chrII 439191 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:612,0,503 chrII 439486 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DP=71;Dels=0.00;FS=7.838;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:71:99:501,0,893 chrII 440220 . A T 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;DP=79;Dels=0.00;FS=11.736;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:788,0,521 chrII 440349 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=62;Dels=0.00;FS=3.600;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.015;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:62:99:382,0,616 chrII 441419 . A C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=84;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.178;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:665,0,732 chrII 441607 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DP=64;Dels=0.00;FS=8.863;HaplotypeScore=5.0699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.671;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:530,0,501 chrII 441722 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DP=71;Dels=0.00;FS=3.317;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.035;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:532,0,640 chrII 441772 . T C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;DP=76;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=5.2519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.313;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:76:99:444,0,794 chrII 441927 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.310;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:35:99:262,0,332 chrII 442031 . G C 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=21.72;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1293,144,0 chrII 442040 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=58;Dels=0.00;FS=18.825;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.915;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:305,0,641 chrII 442059 . G C 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DP=49;Dels=0.00;FS=11.933;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.375;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.861;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:124,0,646 chrII 442063 . T C 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;DP=50;Dels=0.00;FS=14.186;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.021;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:134,0,667 chrII 442233 . C A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.833;DP=67;Dels=0.00;FS=9.075;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:484,0,760 chrII 442249 . G A 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=20.02;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1314,141,0 chrII 442309 . A G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=100;Dels=0.00;FS=1.974;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:100:99:651,0,1002 chrII 442819 . G A 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.560;DP=66;Dels=0.00;FS=3.368;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:642,0,571 chrII 443543 . T C 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;DP=104;Dels=0.00;FS=1.615;HaplotypeScore=8.7540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.758;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.527;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:815,0,978 chrII 443759 . G C 1378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;DP=142;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.289;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,80:142:99:1408,0,978 chrII 443945 . A C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=51;Dels=0.00;FS=6.303;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.947;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:543,0,286 chrII 444181 . G A 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=111;Dels=0.00;FS=3.876;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,65:111:99:987,0,830 chrII 444205 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;DP=92;Dels=0.00;FS=1.719;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:706,0,707 chrII 444343 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=55;Dels=0.00;FS=9.600;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:500,0,500 chrII 444358 . T A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.373;DP=55;Dels=0.00;FS=8.931;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:411,0,570 chrII 444564 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=54;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:54:99:589,0,281 chrII 444664 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=74;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=4.1451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:670,0,548 chrII 445482 . G A 1169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;DP=118;Dels=0.00;FS=3.466;HaplotypeScore=7.2897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,66:118:99:1199,0,789 chrII 445521 . C T 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.455;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,62:106:99:1200,0,600 chrII 445593 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;DP=100;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=10.1795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:667,0,987 chrII 445614 . A G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.246;DP=95;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.476;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:95:99:375,0,1236 chrII 445731 . C T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.306;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:85:99:756,0,526 chrII 445764 . C T 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;DP=86;Dels=0.00;FS=3.748;HaplotypeScore=4.3310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:793,0,616 chrII 445794 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=72;Dels=0.00;FS=6.181;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:725,0,417 chrII 445875 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DP=71;Dels=0.00;FS=3.534;HaplotypeScore=5.8966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:376,0,574 chrII 446007 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=55;Dels=0.00;FS=3.850;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.002;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:403,0,459 chrII 447158 . G A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=82;Dels=0.00;FS=2.902;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:650,0,687 chrII 447264 . T C 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.612;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:257,0,574 chrII 447300 . C T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:240,0,287 chrII 447536 . G T 1178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=129;Dels=0.00;FS=3.290;HaplotypeScore=12.0324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.027;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:129:99:1208,0,1022 chrII 447579 . A G 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;DP=109;Dels=0.00;FS=5.329;HaplotypeScore=14.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.016;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:109:99:1119,0,991 chrII 447685 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=44;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:375,0,282 chrII 447707 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=7.11;ReadPosRankSum=2.255;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:421,0,441 chrII 447726 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.549;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:533,0,579 chrII 447876 . G A 1085.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=88;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=6.7862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.743;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:88:99:1115,0,581 chrII 448135 . G A 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;DP=111;Dels=0.00;FS=2.440;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.988;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:111:99:1030,0,1075 chrII 448470 . G A 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.657;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,58:97:99:1007,0,343 chrII 448507 . G T 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.878;DP=107;Dels=0.00;FS=1.700;HaplotypeScore=7.2470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.170;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:915,0,579 chrII 448634 . T C 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=30;Dels=0.00;FS=1.477;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:226,0,337 chrII 449152 . T A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;DP=69;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=7.6675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:619,0,452 chrII 449253 . C T 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;DP=72;Dels=0.00;FS=1.069;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.558;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:718,0,702 chrII 449283 . C T 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=98;Dels=0.00;FS=0.754;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:791,0,865 chrII 449416 . T C 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=24.15;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1506,159,0 chrII 449482 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.958;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:675,0,578 chrII 449588 . G A 2436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=117;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=8.0381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.614;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2469,253,0 chrII 449792 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;DP=36;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:269,0,371 chrII 450377 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.574;DP=77;Dels=0.00;FS=2.534;HaplotypeScore=12.3341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.302;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:77:99:549,0,853 chrII 450500 . G A 1409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.886;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=10.76;ReadPosRankSum=2.785;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:131:99:1439,0,978 chrII 450742 . G A 2326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.286;DP=243;Dels=0.00;FS=6.459;HaplotypeScore=14.2168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,131:243:99:2356,0,1927 chrII 450938 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:395,0,469 chrII 451124 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=81;Dels=0.00;FS=6.069;HaplotypeScore=8.0223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.097;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:587,0,601 chrII 451343 . G A 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.466;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:132,0,276 chrII 451344 . A T 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DP=27;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.683;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:128,0,306 chrII 451373 . G A 590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:623,66,0 chrII 451442 . G A 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=29;Dels=0.00;FS=2.176;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:237,0,238 chrII 451454 . G T 232.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;DP=29;Dels=0.00;FS=6.495;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.065;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:262,0,208 chrII 451599 . C T 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:102,0,129 chrII 451713 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=38;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.990;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:38:99:435,0,320 chrII 452080 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=73;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=4.2093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.694;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:654,0,789 chrII 452218 . A G 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:513,57,0 chrII 452365 . T C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=37;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.234;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:203,0,320 chrII 452408 . C T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DP=41;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:148,0,243 chrII 452505 . G C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=38;Dels=0.00;FS=4.847;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.763;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:314,0,239 chrII 452883 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DP=64;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=3.7765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:64:99:549,0,485 chrII 452891 . G A 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=21.14;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1407,150,0 chrII 453012 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.545;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:646,0,701 chrII 453044 . C T 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=20.54;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1409,150,0 chrII 453048 . T C 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=20.30;ReadPosRankSum=1.677;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:1332,144,0 chrII 453164 . C T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DP=62;Dels=0.00;FS=13.959;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:533,0,499 chrII 453192 . A C 416.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.446;DP=78;Dels=0.00;FS=39.063;HaplotypeScore=9.0672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.881;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:78:99:446,0,767 chrII 453411 . A G 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.659;DP=133;Dels=0.02;FS=1.456;HaplotypeScore=27.3825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=2.011;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,62:131:99:984,0,1430 chrII 453417 . G A 2770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2803,294,0 chrII 453556 . A T 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.070;DP=142;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.966;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,64:142:99:1106,0,1554 chrII 453581 . G A 3015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=21.85;SB=-1.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3048,333,0 chrII 453604 . T C 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.274;DP=122;Dels=0.00;FS=10.019;HaplotypeScore=6.0583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,57:122:99:1024,0,1247 chrII 453630 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;DP=109;Dels=0.00;FS=11.275;HaplotypeScore=5.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:109:99:705,0,1241 chrII 453718 . G A 2568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.58;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2601,276,0 chrII 453774 . G A 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.075;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=2.073;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.009;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,59:95:99:1085,0,505 chrII 453841 . G T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.106;DP=67;Dels=0.00;FS=9.454;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:624,0,418 chrII 454021 . A G 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DP=50;Dels=0.00;FS=5.962;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.283;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:227,0,418 chrII 454027 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DP=51;Dels=0.00;FS=7.885;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.087;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:242,0,388 chrII 454122 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DP=53;Dels=0.00;FS=3.809;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:344,0,398 chrII 454135 . T C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:264,0,530 chrII 454183 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.883;DP=39;Dels=0.00;FS=2.909;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=3.178;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:39:99:388,0,149 chrII 454261 . G A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=31;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.166;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:31:99:220,0,248 chrII 454272 . A G 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=16.92;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:72:659,72,0 chrII 454336 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:360,0,409 chrII 454371 . T A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.923;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:674,0,567 chrII 454467 . T G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.437;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:501,0,410 chrII 454488 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:513,0,619 chrII 454587 . A G 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=29;Dels=0.00;FS=3.948;HaplotypeScore=5.3887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.926;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.199;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:142,0,407 chrII 454598 . C T 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=30;Dels=0.00;FS=1.630;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.162;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:119,0,428 chrII 454753 . T C 1180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.323;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:120:99:1210,0,1088 chrII 454872 . C T 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:128,0,202 chrII 454884 . T C 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=22;Dels=0.00;FS=1.719;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.050;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:110,0,211 chrII 455010 . T A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.381;DP=70;Dels=0.00;FS=3.758;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:646,0,534 chrII 455204 . C T 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=16.21;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:568,63,0 chrII 455272 . A G 384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=21.33;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:45:417,45,0 chrII 455317 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:41:264,0,41 chrII 455407 . A T 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:182,0,254 chrII 455703 . G A 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;DP=22;Dels=0.00;FS=7.282;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.870;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:134,0,124 chrII 455828 . A T 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=26;Dels=0.00;FS=1.598;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:108,0,295 chrII 455916 . C T 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=15.71;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:410,45,0 chrII 455991 . A G 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:99:168,0,206 chrII 456055 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:35:99:382,0,197 chrII 456132 . T G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=38;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=3.4061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.517;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:265,0,252 chrII 456187 . G C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.490;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.377;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:428,0,324 chrII 456231 . A G 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.348;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:254,0,339 chrII 456240 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:318,0,302 chrII 456336 . G T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.750;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.770;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.610;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:417,0,501 chrII 456431 . C G 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=19.62;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:759,81,0 chrII 456442 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=41;Dels=0.00;FS=2.700;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:293,0,273 chrII 456535 . C T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:172,0,172 chrII 456657 . G T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=49;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.451;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.661;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:533,0,387 chrII 456662 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=49;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.699;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:526,0,402 chrII 456718 . G C 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=37;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.874;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:270,0,346 chrII 456771 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=36;Dels=0.00;FS=4.748;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.716;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:194,0,274 chrII 456960 . T C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:55:55,0,167 chrII 457002 . G A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=31;Dels=0.00;FS=1.523;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.059;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:213,0,258 chrII 457014 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;DP=38;Dels=0.00;FS=1.471;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:382,0,248 chrII 457048 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.225;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:40:99:320,0,225 chrII 457101 . A G 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=19;Dels=0.00;FS=1.957;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:19:99:126,0,140 chrII 457215 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=36;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:386,0,287 chrII 457395 . G A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=55;Dels=0.00;FS=3.602;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.783;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:553,0,512 chrII 457519 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;DP=63;Dels=0.00;FS=3.252;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:589,0,612 chrII 457684 . T A 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=128;Dels=0.00;FS=8.430;HaplotypeScore=9.8004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,54:128:99:823,0,1503 chrII 457818 . C T 1115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=110;Dels=0.00;FS=6.688;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:110:99:1145,0,980 chrII 457994 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;DP=104;Dels=0.00;FS=17.508;HaplotypeScore=12.1034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.696;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:104:99:564,0,744 chrII 458104 . G A 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;DP=109;Dels=0.00;FS=0.746;HaplotypeScore=13.3214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:920,0,871 chrII 458570 . T C 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=128;Dels=0.00;FS=4.268;HaplotypeScore=7.7326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.057;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:128:99:1228,0,1057 chrII 458604 . A C 1159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DP=117;Dels=0.00;FS=4.551;HaplotypeScore=8.5565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:117:99:1189,0,884 chrII 458640 . G C 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.03;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1652,180,0 chrII 458748 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:514,0,554 chrII 458800 . C T 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=104;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=4.2350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.091;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,60:104:99:984,0,816 chrII 458813 . G C 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DP=103;Dels=0.00;FS=0.742;HaplotypeScore=6.8191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=9.67;ReadPosRankSum=1.463;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:1026,0,867 chrII 458841 . G A 1340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.210;DP=124;Dels=0.00;FS=4.456;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=10.81;ReadPosRankSum=-2.000;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,73:124:99:1370,0,934 chrII 458919 . C T 1354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.349;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,81:135:99:1384,0,868 chrII 459048 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=66;Dels=0.00;FS=4.672;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.969;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:501,0,679 chrII 459093 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=66;Dels=0.00;FS=2.176;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.967;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:621,0,555 chrII 459628 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.683;DP=108;Dels=0.00;FS=4.876;HaplotypeScore=17.6542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:108:99:561,0,1058 chrII 459672 . T C 1348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=158;Dels=0.00;FS=5.802;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.758;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,80:158:99:1378,0,1533 chrII 460202 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=98;Dels=0.00;FS=9.774;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.131;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:564,0,688 chrII 460203 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=96;Dels=0.00;FS=12.027;HaplotypeScore=1.9532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.408;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:96:99:522,0,722 chrII 460337 . A G 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=113;Dels=0.00;FS=12.533;HaplotypeScore=11.8641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=1.930;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.378;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:113:99:798,0,902 chrII 460385 . G A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=94;Dels=0.00;FS=6.696;HaplotypeScore=3.4264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:826,0,846 chrII 460418 . A T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:719,0,771 chrII 460459 . G A 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=20.17;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1909,201,0 chrII 460470 . T C 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DP=101;Dels=0.00;FS=8.465;HaplotypeScore=9.1991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=8.30;ReadPosRankSum=2.062;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:868,0,768 chrII 460520 . G A 2156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=20.15;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2189,234,0 chrII 460561 . A G 2214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=100;Dels=0.00;FS=4.949;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=22.14;ReadPosRankSum=1.594;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2247,246,0 chrII 460566 . A G 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=21.91;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2071,225,0 chrII 460668 . T C 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=145;Dels=0.00;FS=1.343;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.672;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,61:145:99:1144,0,1587 chrII 460748 . A G 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.928;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.387;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:110:99:909,0,1207 chrII 460876 . G C 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=143;Dels=0.00;FS=6.426;HaplotypeScore=22.7464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.030;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,67:143:99:999,0,1172 chrII 461012 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.948;DP=119;Dels=0.00;FS=7.078;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:119:99:663,0,1163 chrII 461079 . T A 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;DP=151;Dels=0.00;FS=2.876;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,74:151:99:1157,0,1314 chrII 461088 . A T 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.705;DP=151;Dels=0.00;FS=6.089;HaplotypeScore=6.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,78:151:99:1011,0,1315 chrII 461298 . A G 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=20.55;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1163,129,0 chrII 461718 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=30;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.166;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:197,0,220 chrII 461771 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DP=47;Dels=0.00;FS=2.919;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,34:47:99:636,0,221 chrII 461817 . A G 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=11.47;ReadPosRankSum=1.600;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:64:99:764,0,278 chrII 461852 . C G 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=100;Dels=0.00;FS=7.935;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:860,0,923 chrII 461887 . G C 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.200;DP=106;Dels=0.00;FS=7.737;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.615;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.859;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:106:99:920,0,1070 chrII 462116 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;DP=51;Dels=0.00;FS=5.973;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.029;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:592,0,321 chrII 462229 . G A 3018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=20.81;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:145:99:3051,327,0 chrII 462458 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.656;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:351,0,206 chrII 462560 . A G 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=22.40;ReadPosRankSum=1.314;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1332,147,0 chrII 462587 . G A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.19;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1315,138,0 chrII 462765 . T C 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.182;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.121;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:795,0,880 chrII 462876 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.930;DP=67;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.289;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:624,0,706 chrII 462933 . C T 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.795;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:37:81:81,0,600 chrII 463060 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.028;DP=77;Dels=0.00;FS=8.838;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.751;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:77:99:420,0,777 chrII 463266 . A C 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:69:616,69,0 chrII 463354 . G A 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=22.37;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:78:749,78,0 chrII 463357 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=32;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:264,0,338 chrII 463509 . A G 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=36;Dels=0.00;FS=3.136;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.634;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:36:72:652,72,0 chrII 463791 . G A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=26;Dels=0.00;FS=6.421;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.870;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:150,0,371 chrII 463984 . A T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=27;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.752;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:192,0,293 chrII 464001 . G A 477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=19.87;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:510,54,0 chrII 464055 . T C 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=4.7447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.825;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:33:110,0,33 chrII 464058 . T C 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=4.7447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.825;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:34:106,0,34 chrII 464079 . T C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=15;Dels=0.00;FS=6.166;HaplotypeScore=3.9663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=1.776;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-4.697e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:67:67,0,68 chrII 464184 . C T 58.11 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;DP=41;Dels=0.00;FS=3.038;HaplotypeScore=107.0439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.52;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-3.001e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,29:41:13:88,0,13 chrII 464259 . A T 165.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=27;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=4.5357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=1;MQRankSum=0.164;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.709;SB=-2.391e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:27:21:198,21,0 chrII 464478 . G A 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=21.08;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:792,84,0 chrII 464655 . A G 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=20.44;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1055,114,0 chrII 464667 . G A 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=20.22;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1024,111,0 chrII 464838 . A G 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DP=64;Dels=0.00;FS=3.425;HaplotypeScore=5.7469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.285;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:508,0,507 chrII 464940 . G T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.192;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:729,0,514 chrII 465103 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:514,0,296 chrII 465156 . T C 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.77;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1174,126,0 chrII 465458 . T C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DP=38;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.598;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:263,0,289 chrII 465493 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.530;DP=33;Dels=0.00;FS=5.523;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:99:242,0,281 chrII 465618 . G A 398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=14.21;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:48:431,48,0 chrII 465657 . G C 406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=16.24;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:439,48,0 chrII 465688 . T C 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;DP=30;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.033;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.113;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:30:99:133,0,228 chrII 465694 . T C 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;DP=28;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.783;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:128,0,230 chrII 465853 . C T 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.22;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:36:93:833,93,0 chrII 465979 . G A 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:18:99:130,0,130 chrII 466117 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=23;Dels=0.00;FS=2.093;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:314,0,135 chrII 466295 . A C,G 1265.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.08;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,36,24:60:99:1325,484,382,841,0,778 chrII 466414 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=35;Dels=0.00;FS=10.976;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:35:99:314,0,275 chrII 466676 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.533;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:329,0,422 chrII 466718 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;DP=42;Dels=0.00;FS=6.806;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.390;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:370,0,367 chrII 466724 . T C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=41;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.288;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:394,0,338 chrII 466848 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=41;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.933;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:384,0,253 chrII 466961 . T A 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=27;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.293;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:58:58,0,263 chrII 466995 . T A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=33;Dels=0.00;FS=3.166;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:198,0,338 chrII 467369 . G A 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.46;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:827,87,0 chrII 467538 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DP=43;Dels=0.00;FS=2.925;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:309,0,280 chrII 467580 . C T 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.87;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:490,54,0 chrII 467631 . A G 398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.441;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:30:48:431,48,0 chrII 467964 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=71;Dels=0.00;FS=0.900;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:546,0,724 chrII 468345 . A G 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.20;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1962,216,0 chrII 468566 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:63:99:697,0,448 chrII 468804 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=55;Dels=0.00;FS=9.720;HaplotypeScore=7.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.640;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:336,0,603 chrII 468834 . C T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=44;Dels=0.00;FS=1.327;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:580,0,244 chrII 468870 . C T 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.70;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1068,114,0 chrII 469009 . T A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;DP=76;Dels=0.00;FS=3.170;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:643,0,619 chrII 469086 . C T 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;DP=52;Dels=0.00;FS=6.071;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:196,0,568 chrII 469119 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;DP=47;Dels=0.00;FS=2.628;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:244,0,520 chrII 469122 . G A 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=49;Dels=0.00;FS=4.326;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:237,0,497 chrII 469152 . G A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:58:99:230,0,593 chrII 469374 . G A 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=29;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:61:61,0,309 chrII 469512 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=42;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:42:99:210,0,425 chrII 469575 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=70;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=2.035;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.031;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:70:99:295,0,567 chrII 469648 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DP=56;Dels=0.00;FS=4.808;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.133;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:406,0,679 chrII 469663 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=59;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=2.6938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.486;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:414,0,739 chrII 469766 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=47;Dels=0.00;FS=11.995;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=2.634;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.184;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:364,0,607 chrII 469816 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=45;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:302,0,562 chrII 470054 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:337,0,288 chrII 470150 . T C 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=17.88;ReadPosRankSum=1.662;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:909,99,0 chrII 470377 . C T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.929;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:717,0,453 chrII 470537 . C T 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=23.34;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1130,123,0 chrII 470582 . A T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=50;Dels=0.00;FS=6.133;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.870;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:349,0,541 chrII 470609 . A G 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=21.04;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1106,126,0 chrII 470873 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.035;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:355,0,373 chrII 470876 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=44;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.543;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:362,0,343 chrII 470903 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=39;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:261,0,346 chrII 471002 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=43;Dels=0.00;FS=3.253;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=2.423;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:496,0,278 chrII 471407 . A C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;DP=40;Dels=0.00;FS=1.243;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:40:99:372,0,288 chrII 471887 . C G 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=16.53;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:81:744,81,0 chrII 472037 . G T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=49;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=2.292;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:493,0,296 chrII 472319 . A C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DP=35;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.603;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:247,0,369 chrII 472718 . G A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=35;Dels=0.00;FS=3.084;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:168,0,331 chrII 472731 . T A 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=18.94;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:620,66,0 chrII 472853 . T C 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=20.66;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1190,132,0 chrII 473060 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.050;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.560;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:533,0,739 chrII 473078 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.265;DP=80;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=3.8376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.034;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:542,0,730 chrII 473093 . A C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.202;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.400;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:394,0,724 chrII 473105 . G A 207.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.851;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.243;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:237,0,657 chrII 473108 . G C 232.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=64;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=1.9532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQ0=0;MQRankSum=-6.020;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.047;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:262,0,677 chrII 473109 . C T 239.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;DP=64;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=1.9532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQ0=0;MQRankSum=-5.792;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:269,0,693 chrII 473429 . G A 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=18.76;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1871,210,0 chrII 473605 . T C,G 938.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.76;MQ0=0;QD=16.75;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,19,35:56:99:998,681,642,316,0,232 chrII 473789 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:39:99:262,0,377 chrII 473996 . A G 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=128;Dels=0.00;FS=5.408;HaplotypeScore=11.4196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,57:128:99:1021,0,1191 chrII 474031 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;DP=99;Dels=0.00;FS=6.546;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.148;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:99:99:637,0,693 chrII 474179 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;DP=31;Dels=0.00;FS=4.150;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:31:99:422,0,114 chrII 474261 . T A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=105;Dels=0.00;FS=6.406;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.565;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:811,0,967 chrII 474281 . G A 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DP=102;Dels=0.00;FS=4.951;HaplotypeScore=7.5442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.589;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:912,0,872 chrII 474308 . T A 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=107;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=70.8330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=2.362;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:107:99:960,0,885 chrII 474348 . A G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=66;Dels=0.00;FS=1.147;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:429,0,820 chrII 474992 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=30;Dels=0.00;FS=3.315;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.851;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:339,0,185 chrII 475550 . A G 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=42;Dels=0.00;FS=8.558;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=18.33;ReadPosRankSum=2.333;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:87:803,87,0 chrII 475721 . G A 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=19.11;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:740,81,0 chrII 475856 . T C 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.412;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:869,99,0 chrII 475859 . A T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=55;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=6.2669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:377,0,348 chrII 475985 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=37;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.110;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:292,0,150 chrII 475994 . G A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=29;Dels=0.00;FS=5.684;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:180,0,146 chrII 476201 . A G 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;DP=76;Dels=0.00;FS=2.109;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:751,0,683 chrII 476335 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:378,0,161 chrII 476506 . T G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=86;Dels=0.00;FS=2.901;HaplotypeScore=7.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:86:99:659,0,609 chrII 476581 . T G 1275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;DP=148;Dels=0.00;FS=0.669;HaplotypeScore=11.5555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,77:148:99:1305,0,1051 chrII 476602 . T G 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.046;DP=134;Dels=0.00;FS=2.489;HaplotypeScore=13.4013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.013;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:134:99:1180,0,1272 chrII 476730 . C T 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.081;DP=110;Dels=0.00;FS=4.370;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:1074,0,960 chrII 476894 . G A 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;DP=144;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=7.3349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.064;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,77:144:99:1232,0,1033 chrII 476910 . C T 1500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.315;DP=165;Dels=0.00;FS=0.681;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.328;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,89:165:99:1530,0,1118 chrII 476950 . A C 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.639;DP=224;Dels=0.00;FS=3.890;HaplotypeScore=10.4629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.120;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,89:224:99:1202,0,2592 chrII 476954 . C T 4765.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=21.08;SB=-2.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,225:226:99:4765,525,0 chrII 477006 . T A 1823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DP=266;Dels=0.00;FS=5.923;HaplotypeScore=101.3659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,118:266:99:1853,0,2789 chrII 477171 . G C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DP=68;Dels=0.00;FS=13.393;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:493,0,574 chrII 477246 . T G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.251;DP=91;Dels=0.00;FS=16.271;HaplotypeScore=7.0411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.619;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.620;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:91:99:675,0,626 chrII 477249 . T C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DP=87;Dels=0.00;FS=12.753;HaplotypeScore=3.0977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.911;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.748;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,50:87:99:654,0,537 chrII 477263 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.354;DP=89;Dels=0.00;FS=14.483;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.203;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:670,0,645 chrII 477343 . A G 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.439;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.615;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:989,111,0 chrII 477576 . C T 1305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=111;Dels=0.00;FS=3.487;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,63:111:99:1335,0,930 chrII 477943 . T C 202.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.488;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.33;MQ0=26;MQRankSum=-1.259;QD=2.73;ReadPosRankSum=-2.167;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,25:74:99:232,0,335 chrII 478987 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.438;DP=45;Dels=0.00;FS=1.286;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.90;MQ0=3;MQRankSum=0.301;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:368,0,382 chrII 479069 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,39:54:99:592,0,208 chrII 479201 . G A 1782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=25.10;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1815,192,0 chrII 479219 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;DP=66;Dels=0.00;FS=3.432;HaplotypeScore=8.7121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=8.71;ReadPosRankSum=3.322;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:605,0,594 chrII 479267 . C T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.781;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:296,0,204 chrII 479318 . T A 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.061;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:151,0,319 chrII 479376 . T C 301.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;DP=64;Dels=0.00;FS=2.637;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:64:99:331,0,942 chrII 479536 . C T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=66;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:66:99:520,0,588 chrII 479625 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=61;Dels=0.00;FS=2.303;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:542,0,409 chrII 479684 . A G 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=20.20;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1467,156,0 chrII 479744 . G T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=68;Dels=0.00;FS=2.338;HaplotypeScore=7.3625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.337;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:310,0,522 chrII 479752 . G A 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=16.71;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1119,117,0 chrII 480069 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.962;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:450,0,675 chrII 480074 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=73;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.715;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:401,0,788 chrII 480143 . C T 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.859;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.061;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:105:99:886,0,985 chrII 480150 . T C 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.012;DP=103;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.059;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:878,0,998 chrII 480237 . G A 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DP=103;Dels=0.00;FS=1.077;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=8.62;ReadPosRankSum=-2.390;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:918,0,1125 chrII 480324 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.083;DP=78;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:78:99:726,0,631 chrII 480510 . C A 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;DP=107;Dels=0.00;FS=5.002;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.065;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:1023,0,707 chrII 480563 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;DP=79;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=11.0648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=2.612;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.023;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:79:99:642,0,479 chrII 481140 . T C 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DP=68;Dels=0.00;FS=8.428;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.336;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.029;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:760,0,536 chrII 481146 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=71;Dels=0.00;FS=4.754;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.662;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:681,0,491 chrII 481261 . C T 5918.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=261;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=22.67;SB=-3.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,259:261:99:5918,654,0 chrII 481302 . C T 2446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.326;DP=267;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,137:267:99:2476,0,2368 chrII 481383 . G A 1132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=109;Dels=0.00;FS=2.594;HaplotypeScore=5.1860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:109:99:1162,0,896 chrII 481477 . T C 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=19.65;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2037,219,0 chrII 481661 . G A 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;DP=99;Dels=0.00;FS=1.636;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.593;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:99:99:807,0,1010 chrII 481670 . G A 2209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2242,240,0 chrII 481711 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.967;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:606,0,529 chrII 481964 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DP=59;Dels=0.00;FS=4.335;HaplotypeScore=4.7316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:364,0,465 chrII 482219 . G A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.480;DP=48;Dels=0.00;FS=12.227;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.904;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:393,0,341 chrII 482382 . C G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=48;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:436,0,371 chrII 482696 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=32;Dels=0.00;FS=8.042;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.044;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:303,0,204 chrII 482828 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:326,0,350 chrII 482984 . G A 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=15.71;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:520,57,0 chrII 483620 . G C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=10.65;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:722,0,499 chrII 483677 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=99;Dels=0.00;FS=2.906;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:769,0,1053 chrII 483785 . A G 2278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=23.73;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2311,249,0 chrII 483944 . A G 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=23.21;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1472,159,0 chrII 483971 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=58;Dels=0.00;FS=14.619;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:495,0,492 chrII 484231 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DP=71;Dels=0.00;FS=3.277;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.587;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:365,0,662 chrII 484506 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=68;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.054;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:508,0,852 chrII 484558 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;DP=64;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:288,0,695 chrII 484574 . G A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=69;Dels=0.00;FS=8.444;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.417;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:69:99:357,0,826 chrII 484617 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=76;Dels=0.00;FS=4.492;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:445,0,819 chrII 485107 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.325;DP=92;Dels=0.00;FS=8.554;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.872;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.355;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:92:99:584,0,724 chrII 485257 . T G 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.294;DP=125;Dels=0.00;FS=2.279;HaplotypeScore=8.9197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.730;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,61:125:99:1068,0,1045 chrII 485396 . T C 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.143;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:183,0,575 chrII 485585 . A G 1910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=94;Dels=0.00;FS=3.397;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=20.32;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1943,213,0 chrII 485633 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=48;Dels=0.00;FS=1.275;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.255;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,35:48:99:646,0,164 chrII 485764 . T C 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=36;Dels=0.00;FS=3.122;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=18.58;ReadPosRankSum=2.314;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:78:702,78,0 chrII 486033 . A G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=82;Dels=0.00;FS=28.624;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.237;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:760,0,945 chrII 486404 . G C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DP=58;Dels=0.00;FS=2.345;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:533,0,525 chrII 486737 . T C 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=19.75;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:61:99:1238,138,0 chrII 486878 . G A 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=18.98;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1722,186,0 chrII 486968 . A T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;DP=65;Dels=0.00;FS=2.931;HaplotypeScore=16.3302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.19;MQ0=0;MQRankSum=-4.236;QD=8.08;ReadPosRankSum=-3.135;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:555,0,154 chrII 486977 . T C 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=39;Dels=0.00;FS=7.738;HaplotypeScore=13.9641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.217;QD=0.31;ReadPosRankSum=-3.217;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,8:39:42:42,0,294 chrII 487454 . G A 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.50;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1866,204,0 chrII 487661 . C G 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.04;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1093,126,0 chrII 488016 . G A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:62:99:830,0,429 chrII 488088 . C A 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:164,0,225 chrII 488565 . C A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=37;Dels=0.00;FS=2.191;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:360,0,173 chrII 488579 . A G 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=16.27;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:570,63,0 chrII 488707 . G A 271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=16.94;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:33:304,33,0 chrII 488717 . G A 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;DP=18;Dels=0.00;FS=2.772;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:98:209,0,98 chrII 488755 . C G 427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.33;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:460,51,0 chrII 488757 . G A 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.33;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:481,51,0 chrII 488875 . T A 502 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=25.10;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:57:535,57,0 chrII 488899 . G A 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=23.57;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:57:528,57,0 chrII 489123 . A G 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=16;Dels=0.00;FS=5.119;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.164;SB=-9.690e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:169,0,148 chrII 489223 . G A 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=16.43;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:641,69,0 chrII 489238 . A G 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=18.58;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:646,69,0 chrII 489241 . A G 590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=17.88;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:623,69,0 chrII 489565 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;DP=29;Dels=0.00;FS=3.319;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=10.48;ReadPosRankSum=2.315;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:334,0,166 chrII 489688 . G A 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=14.11;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:527,60,0 chrII 489703 . T C 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=18.80;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:597,63,0 chrII 489712 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DP=32;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.941;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:193,0,270 chrII 489778 . C T 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=19.94;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:69:651,69,0 chrII 489805 . G A 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.20;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:775,84,0 chrII 490264 . C T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=24;Dels=0.00;FS=4.548;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.433;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:24:65:258,0,65 chrII 490612 . T A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=50;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:349,0,482 chrII 490619 . A C 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=46;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=4.3259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=17.91;ReadPosRankSum=0.358;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:71:857,71,0 chrII 491127 . G A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.161;QD=4.48;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:93:99:447,0,1055 chrII 491144 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.369;DP=103;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=5.0903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.894;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,41:103:99:413,0,1269 chrII 491155 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DP=117;Dels=0.00;FS=1.616;HaplotypeScore=7.3657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.466;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.953;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,41:117:99:386,0,1419 chrII 491162 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.885;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.954;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,47:130:99:332,0,1459 chrII 491265 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.432;DP=59;Dels=0.00;FS=9.270;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.156;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,41:59:99:594,0,229 chrII 492025 . A C 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.18;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:921,99,0 chrII 493122 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=57;Dels=0.00;FS=1.022;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.503;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:506,0,420 chrII 493123 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=60;Dels=0.00;FS=2.122;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.659;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:509,0,441 chrII 493536 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.215;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,38:104:99:620,0,1102 chrII 493755 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;DP=81;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=8.6558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.159;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:631,0,550 chrII 493841 . C T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DP=104;Dels=0.00;FS=3.653;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.810;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:800,0,974 chrII 493879 . T C 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=107;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.986;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:958,0,955 chrII 493930 . G A 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=123;Dels=0.00;FS=11.574;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.418;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.304;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:123:99:996,0,1046 chrII 493942 . G A 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.136;DP=121;Dels=0.00;FS=13.555;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,60:121:99:1040,0,1048 chrII 493999 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=94;Dels=0.00;FS=8.289;HaplotypeScore=8.1832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:94:99:601,0,625 chrII 494133 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=83;Dels=0.00;FS=11.186;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.214;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:596,0,706 chrII 494373 . A C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=55;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=6.1446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=2.536;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.402;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:453,0,557 chrII 494549 . T G 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.315;DP=93;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.771;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.794;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:947,0,998 chrII 494992 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=61;Dels=0.00;FS=5.776;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:333,0,655 chrII 495085 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;DP=40;Dels=0.00;FS=7.450;HaplotypeScore=3.3542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.268;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:371,0,344 chrII 495347 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=49;Dels=0.00;FS=2.450;HaplotypeScore=8.1363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:424,0,443 chrII 495627 . C T 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=23.22;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1496,156,0 chrII 495784 . C T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=77;Dels=0.00;FS=4.405;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:674,0,845 chrII 495979 . C G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=79;Dels=0.00;FS=7.552;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.135;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:79:99:526,0,632 chrII 495980 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.918;DP=77;Dels=0.00;FS=4.437;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.263;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:602,0,592 chrII 496048 . T C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DP=47;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:47:99:188,0,441 chrII 496333 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=54;Dels=0.00;FS=12.252;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:501,0,425 chrII 496540 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DP=79;Dels=0.00;FS=13.914;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:737,0,549 chrII 497477 . A T 1254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.575;DP=129;Dels=0.00;FS=8.405;HaplotypeScore=9.4992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,73:129:99:1284,0,950 chrII 498348 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DP=53;Dels=0.00;FS=3.966;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.814;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:470,0,464 chrII 498404 . T A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:271,0,409 chrII 498500 . T C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=70;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=5.8164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.974;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:710,0,543 chrII 498575 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=2.207;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:452,0,440 chrII 498596 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=47;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=2.378;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:269,0,456 chrII 498623 . C T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=4.72;ReadPosRankSum=-2.178;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:39:99:214,0,338 chrII 498674 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;DP=49;Dels=0.00;FS=4.189;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.763;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:530,0,336 chrII 498695 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.004;DP=45;Dels=0.00;FS=2.781;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.382;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:471,0,236 chrII 498697 . T C 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=20.37;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1011,111,0 chrII 498782 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:411,0,430 chrII 498806 . C T 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=45;Dels=0.00;FS=4.902;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:251,0,312 chrII 498905 . A G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=19.61;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:641,69,0 chrII 498911 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;DP=32;Dels=0.00;FS=2.222;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.356;QD=6.44;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:236,0,239 chrII 498923 . G C 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DP=32;Dels=0.00;FS=7.935;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.304;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:200,0,286 chrII 498935 . C T 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=19.14;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:722,81,0 chrII 498959 . G A 503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=17.34;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:57:536,57,0 chrII 499010 . G A 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=22.72;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:760,81,0 chrII 499037 . G A 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=20.62;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:734,78,0 chrII 499049 . T A 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=15.37;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:648,72,0 chrII 499070 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=43;Dels=0.00;FS=2.788;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.061;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:276,0,227 chrII 499194 . A C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:414,0,518 chrII 499401 . A C 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=21.69;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1096,123,0 chrII 499454 . T C 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=59;Dels=0.00;FS=1.022;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:268,0,736 chrII 499488 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:563,0,232 chrII 499494 . G T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:243,0,504 chrII 499676 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:303,0,567 chrII 499780 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=35;Dels=0.00;FS=3.216;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.539;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:236,0,368 chrII 499837 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;DP=40;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.659;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:493,0,245 chrII 499925 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=71;Dels=0.00;FS=1.942;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:732,0,571 chrII 499937 . T C 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.313;DP=67;Dels=0.00;FS=3.299;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=2.748;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:557,0,702 chrII 499985 . G A 1378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=21.53;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1411,150,0 chrII 500320 . T G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;DP=79;Dels=0.00;FS=3.115;HaplotypeScore=11.9622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:79:99:377,0,920 chrII 500417 . A C 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.102;DP=45;Dels=0.00;FS=3.142;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:274,0,293 chrII 500498 . T C 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.05;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1312,141,0 chrII 500522 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=56;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=3.3639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=2.265;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:611,0,380 chrII 500606 . C A 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:123,0,247 chrII 500677 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;DP=56;Dels=0.00;FS=1.285;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.409;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:291,0,540 chrII 500795 . G T 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.25;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1101,114,0 chrII 500843 . T A 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.34;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1420,153,0 chrII 500915 . A T 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.06;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1549,168,0 chrII 500944 . C G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=51;Dels=0.00;FS=12.126;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.966;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:51:99:317,0,520 chrII 500945 . A T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DP=54;Dels=0.00;FS=10.305;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.940;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:330,0,621 chrII 501073 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;DP=34;Dels=0.00;FS=3.387;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.320;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:305,0,236 chrII 501201 . A G 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=17.37;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:936,102,0 chrII 501422 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.120;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.247;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:412,0,448 chrII 501537 . C G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DP=101;Dels=0.00;FS=4.010;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-6.816;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.137;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:101:99:434,0,962 chrII 501576 . A T 2293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2326,246,0 chrII 501746 . T C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DP=58;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=4.3115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:444,0,476 chrII 501990 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=62;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:682,0,397 chrII 502058 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=76;Dels=0.00;FS=6.152;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:722,0,447 chrII 502224 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=56;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.841;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:611,0,297 chrII 502292 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.944;DP=43;Dels=0.00;FS=6.477;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.161;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:474,0,283 chrII 502305 . A T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:442,0,275 chrII 502313 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=42;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:409,0,268 chrII 502402 . T A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=46;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:377,0,428 chrII 502627 . A G 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.11;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:99:983,105,0 chrII 503196 . C T 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=19.46;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:928,99,0 chrII 503310 . G C 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.62;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1525,168,0 chrII 503568 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:549,0,175 chrII 503967 . A G 435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=16.73;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:51:468,51,0 chrII 504587 . C T 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45:414,45,0 chrII 504615 . T C 385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=22.65;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45:418,45,0 chrII 504739 . G A 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=19.12;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:683,78,0 chrII 504741 . C T 555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=16.32;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:66:588,66,0 chrII 504833 . T C 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.89;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:506,57,0 chrII 505396 . T A 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.281;DP=136;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=148.5894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.30;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.383;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:132:96:908,96,0 chrII 505399 . A T 599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DP=141;Dels=0.01;FS=23.810;HaplotypeScore=251.1658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=4.25;ReadPosRankSum=2.242;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,86:140:69:632,69,0 chrII 505431 . G A 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.93;MQ0=0;QD=4.39;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:84:753,84,0 chrII 505640 . T C 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=20.64;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:714,81,0 chrII 505691 . T C 525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=21.87;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:63:558,63,0 chrII 505856 . C T 3274.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=24.07;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:136:99:3274,348,0 chrII 506292 . A G 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.97;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1434,159,0 chrII 506342 . C T 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=23.08;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1510,159,0 chrII 506364 . G C 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=22.61;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1322,144,0 chrII 506696 . C T 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=20.31;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1069,114,0 chrII 506865 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=39;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.528;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:524,0,202 chrII 506915 . C T 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.16;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1318,141,0 chrII 507219 . A G 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=21.69;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1378,150,0 chrII 507323 . A T 2488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=24.16;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2521,267,0 chrII 507473 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;DP=67;Dels=0.00;FS=3.525;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.321;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:627,0,659 chrII 507533 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:557,0,741 chrII 507938 . C T 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=21.66;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1636,177,0 chrII 508130 . A G 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=66;Dels=0.00;FS=4.327;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=21.38;ReadPosRankSum=1.679;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1444,159,0 chrII 508226 . G A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DP=78;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.197;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:78:99:617,0,755 chrII 508255 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=72;Dels=0.00;FS=0.913;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.937;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:72:99:615,0,722 chrII 508385 . T A 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=85;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=19.45;ReadPosRankSum=2.363;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:1686,189,0 chrII 508631 . G A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,55:91:99:674,0,666 chrII 508784 . C T 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DP=108;Dels=0.00;FS=10.737;HaplotypeScore=6.5090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.151;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:108:99:1103,0,888 chrII 508875 . C A 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;DP=105;Dels=0.00;FS=6.610;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,61:105:99:1091,0,758 chrII 508946 . A G 1210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=113;Dels=0.00;FS=4.947;HaplotypeScore=11.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,66:113:99:1240,0,783 chrII 509103 . T C 1250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=124;Dels=0.00;FS=10.006;HaplotypeScore=4.9546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.953;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,70:124:99:1280,0,1082 chrII 509108 . T C 1222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.517;DP=129;Dels=0.00;FS=14.862;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.573;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.285;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,72:129:99:1252,0,997 chrII 509222 . G A 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.302;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:883,0,707 chrII 509321 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.715;DP=100;Dels=0.00;FS=1.950;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:100:99:623,0,1052 chrII 509360 . G A 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=92;Dels=0.00;FS=1.892;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=2.301;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:642,0,897 chrII 509396 . A T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=88;Dels=0.00;FS=2.940;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:666,0,871 chrII 509507 . C T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;DP=85;Dels=0.00;FS=7.184;HaplotypeScore=6.3706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.393;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:834,0,589 chrII 509627 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;DP=81;Dels=0.00;FS=3.109;HaplotypeScore=9.9065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:584,0,649 chrII 509717 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=62;Dels=0.00;FS=5.145;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.135;QD=9.26;ReadPosRankSum=2.323;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:604,0,497 chrII 509720 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;DP=62;Dels=0.00;FS=8.977;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.789;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:612,0,489 chrII 509885 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:498,0,447 chrII 510237 . A G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=60;Dels=0.00;FS=4.719;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.050;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:569,0,587 chrII 510488 . G T 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;DP=106;Dels=0.00;FS=3.622;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=8.16;ReadPosRankSum=-2.689;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:895,0,994 chrII 510700 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.878;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:688,0,664 chrII 511199 . A T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;DP=79;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.343;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:612,0,884 chrII 511946 . C T 1130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.094;DP=86;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=5.0511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.099;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,55:86:99:1160,0,411 chrII 512167 . T C 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.29;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1502,165,0 chrII 512285 . T C 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DP=66;Dels=0.00;FS=2.518;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.578;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:785,0,298 chrII 512345 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;DP=75;Dels=0.00;FS=6.613;HaplotypeScore=4.2081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:625,0,556 chrII 512481 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=36;Dels=0.00;FS=12.077;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.125;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:453,0,180 chrII 512880 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=68;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:572,0,588 chrII 512993 . G A 4058.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.67;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:178:99:4058,432,0 chrII 513202 . T C 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=75;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=20.28;ReadPosRankSum=1.640;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1554,174,0 chrII 513451 . G T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:550,0,729 chrII 513591 . G A 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;DP=140;Dels=0.00;FS=8.796;HaplotypeScore=5.1070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.915;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,72:140:99:1058,0,1292 chrII 513601 . A C 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.040;DP=144;Dels=0.00;FS=5.007;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.824;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,77:144:99:1180,0,1356 chrII 513777 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;DP=66;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.217;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:556,0,502 chrII 513828 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=60;Dels=0.00;FS=1.077;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.682;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:266,0,859 chrII 513994 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;DP=98;Dels=0.00;FS=5.219;HaplotypeScore=15.1451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.156;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:98:99:490,0,708 chrII 514077 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.590;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:741,0,757 chrII 514089 . T A 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;DP=88;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:689,0,729 chrII 514468 . C T 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=80;Dels=0.00;FS=4.340;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:591,0,860 chrII 514806 . C T 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.341;DP=75;Dels=0.00;FS=2.427;HaplotypeScore=6.7086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.908;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.691;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:576,0,611 chrII 514842 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:533,0,651 chrII 514935 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.335;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:611,0,384 chrII 515029 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=56;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:402,0,523 chrII 515050 . T G 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.531;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:505,0,406 chrII 515064 . T G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;DP=55;Dels=0.00;FS=5.623;HaplotypeScore=8.5406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:497,0,505 chrII 515097 . G A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=63;Dels=0.00;FS=5.852;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:63:99:632,0,452 chrII 515130 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=64;Dels=0.00;FS=1.155;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.193;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:64:99:387,0,879 chrII 515157 . G A 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=23.61;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1308,138,0 chrII 515211 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;DP=51;Dels=0.00;FS=8.059;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:325,0,463 chrII 515316 . C G 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.38;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1439,156,0 chrII 515369 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;DP=88;Dels=0.00;FS=10.427;HaplotypeScore=5.5098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:444,0,943 chrII 515542 . G T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=2.534;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:515,0,316 chrII 515762 . C T 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=49;Dels=0.00;FS=1.225;HaplotypeScore=8.7244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:137,0,563 chrII 515871 . G A 287.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=57;Dels=0.00;FS=5.389;HaplotypeScore=4.2221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.583;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:317,0,438 chrII 515876 . C T 372.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=54;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=4.2109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.100;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:402,0,383 chrII 515878 . C A 381.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=54;Dels=0.00;FS=7.679;HaplotypeScore=4.2109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.174;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:54:99:411,0,381 chrII 515879 . A G 378.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;DP=54;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=4.2109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.331;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:408,0,404 chrII 515936 . A C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;DP=64;Dels=0.00;FS=7.503;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.915;QD=7.20;ReadPosRankSum=2.104;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:491,0,430 chrII 515987 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=64;Dels=0.00;FS=3.721;HaplotypeScore=15.2207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.984;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:381,0,409 chrII 515996 . T C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.027;DP=52;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.808;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:52:99:389,0,371 chrII 516343 . A G 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=33;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:240,0,270 chrII 516344 . A G 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=18.70;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:69:650,69,0 chrII 516924 . C T 1124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=104;Dels=0.00;FS=1.658;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.731;QD=10.81;ReadPosRankSum=1.070;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:104:99:1154,0,774 chrII 517153 . C G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=51;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=4.8599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.369;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:415,0,474 chrII 517160 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;DP=52;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=2.3204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:421,0,562 chrII 517214 . C G 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.378;DP=88;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.174;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:88:99:842,0,758 chrII 517253 . G A 1270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;DP=114;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=7.6858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,70:114:99:1300,0,662 chrII 517283 . C A 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.164;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.893;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,60:98:99:1192,0,573 chrII 517291 . A C 1200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=107;Dels=0.00;FS=10.239;HaplotypeScore=4.9199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.832;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.830;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,64:107:99:1230,0,503 chrII 517334 . A G 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=96;Dels=0.00;FS=5.254;HaplotypeScore=10.2851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:1032,0,707 chrII 517410 . C T 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.252;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,48:70:99:969,0,363 chrII 517470 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.251;DP=48;Dels=0.00;FS=1.514;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:406,0,437 chrII 517497 . T C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;DP=50;Dels=0.00;FS=1.530;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.910;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:99:284,0,595 chrII 517631 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=64;Dels=0.00;FS=9.084;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:680,0,417 chrII 517735 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.168;DP=79;Dels=0.00;FS=3.135;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.362;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.791;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:79:99:638,0,681 chrII 517869 . G A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=50;Dels=0.00;FS=2.732;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.699;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.359;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:474,0,370 chrII 518106 . T A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=57;Dels=0.00;FS=3.717;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.001;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:381,0,603 chrII 518385 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=61;Dels=0.00;FS=4.031;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.350;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:619,0,620 chrII 518844 . C T 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.356;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:576,0,358 chrII 519060 . C T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:632,0,643 chrII 519087 . A G 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=68;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.502;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:594,0,659 chrII 519317 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=85;Dels=0.00;FS=5.980;HaplotypeScore=12.1801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=3.133;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.031;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:647,0,826 chrII 519590 . C T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=6.34;ReadPosRankSum=-2.137;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:518,0,725 chrII 519618 . C T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.107;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:81:99:651,0,656 chrII 519668 . A C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=98;Dels=0.00;FS=11.807;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,40:98:99:654,0,1086 chrII 519873 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.630;DP=77;Dels=0.00;FS=4.440;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:541,0,806 chrII 519924 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;DP=71;Dels=0.00;FS=3.239;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.306;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:754,0,543 chrII 520147 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;DP=72;Dels=0.00;FS=6.436;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.037;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:517,0,825 chrII 520292 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DP=84;Dels=0.00;FS=1.896;HaplotypeScore=9.7301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.936;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:84:99:585,0,939 chrII 520340 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;DP=80;Dels=0.00;FS=9.694;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:80:99:625,0,831 chrII 520452 . G A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=105;Dels=0.00;FS=1.598;HaplotypeScore=17.2415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.195;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:105:99:888,0,802 chrII 520537 . G A 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=96;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=7.56;ReadPosRankSum=2.150;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:96:99:756,0,834 chrII 520564 . G A 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=88;Dels=0.00;FS=1.776;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.142;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,50:88:99:779,0,619 chrII 520611 . T C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=91;Dels=0.00;FS=10.616;HaplotypeScore=14.1850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.110;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:91:99:814,0,627 chrII 520641 . A G 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=90;Dels=0.00;FS=17.468;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:974,0,525 chrII 520673 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.036;DP=91;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.698;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:91:99:703,0,658 chrII 520674 . T C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.703;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:88:99:698,0,669 chrII 520823 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;DP=90;Dels=0.00;FS=2.817;HaplotypeScore=9.0732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.323;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:855,0,666 chrII 520962 . T C 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DP=132;Dels=0.00;FS=8.216;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.753;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,63:132:99:831,0,1408 chrII 520965 . T G 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.713;DP=130;Dels=0.00;FS=6.755;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:130:99:825,0,1413 chrII 520983 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;DP=116;Dels=0.00;FS=4.133;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.227;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:116:99:624,0,1188 chrII 521049 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;DP=81;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=3.4272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=7.75;ReadPosRankSum=-2.958;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:81:99:658,0,941 chrII 521113 . T C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=83;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.139;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:608,0,831 chrII 521399 . T C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=2.692;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.652;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:811,0,629 chrII 521403 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:685,0,751 chrII 521427 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=78;Dels=0.00;FS=5.917;HaplotypeScore=4.1103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.688;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:78:99:539,0,786 chrII 521433 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.606;DP=77;Dels=0.00;FS=9.375;HaplotypeScore=4.8990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.457;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:503,0,813 chrII 521441 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=78;Dels=0.00;FS=11.611;HaplotypeScore=4.7776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=3.490;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.596;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:78:99:737,0,580 chrII 521451 . C T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=86;Dels=0.00;FS=17.179;HaplotypeScore=7.1579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:666,0,794 chrII 521478 . G A 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.365;DP=100;Dels=0.00;FS=8.274;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.131;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:821,0,744 chrII 521571 . G T 930.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;DP=96;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.972;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.264;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:960,0,747 chrII 521574 . G A 934.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.283;DP=98;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.852;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,58:98:99:964,0,680 chrII 521577 . T C 961.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,60:100:99:991,0,655 chrII 521631 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=6.83;ReadPosRankSum=2.113;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:87:99:624,0,675 chrII 521652 . T C 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DP=81;Dels=0.00;FS=3.058;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.591;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:81:99:664,0,538 chrII 521820 . G A 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=22.73;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1942,207,0 chrII 521946 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DP=98;Dels=0.00;FS=15.939;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:707,0,930 chrII 522687 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DP=77;Dels=0.00;FS=8.135;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:404,0,477 chrII 522696 . T C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.923;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:478,0,529 chrII 522774 . C T 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=94;Dels=0.00;FS=3.558;HaplotypeScore=6.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.106;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:94:99:656,0,823 chrII 522921 . A G 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=71;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=7.4443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:840,0,480 chrII 523000 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=60;Dels=0.00;FS=1.358;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:60:99:477,0,697 chrII 523035 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.549;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:260,0,679 chrII 523127 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;DP=66;Dels=0.00;FS=6.813;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:646,0,520 chrII 523206 . C T 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DP=82;Dels=0.00;FS=1.814;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:732,0,649 chrII 523217 . A G 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.716;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:724,0,871 chrII 523386 . G A 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;DP=86;Dels=0.00;FS=7.101;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:816,0,704 chrII 523695 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;DP=55;Dels=0.00;FS=6.827;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:472,0,276 chrII 523878 . A G 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=87;Dels=0.00;FS=15.045;HaplotypeScore=5.7087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.960;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.416;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:87:99:762,0,745 chrII 523893 . C A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=89;Dels=0.00;FS=5.509;HaplotypeScore=8.0623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.813;QD=6.87;ReadPosRankSum=-2.074;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:89:99:641,0,595 chrII 523926 . G C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;DP=76;Dels=0.00;FS=16.470;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.442;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.424;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:486,0,687 chrII 523940 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=78;Dels=0.00;FS=7.808;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:542,0,563 chrII 524097 . G A 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DP=69;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,49:69:99:946,0,330 chrII 524475 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DP=66;Dels=0.00;FS=2.135;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.187;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:498,0,724 chrII 524592 . G A 1167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.755;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.332;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:106:99:1197,0,812 chrII 524656 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=91;Dels=0.00;FS=4.230;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:622,0,840 chrII 524659 . C T 1812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=20.83;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1845,198,0 chrII 524698 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;DP=66;Dels=0.00;FS=5.697;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:361,0,808 chrII 524735 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=55;Dels=0.00;FS=23.940;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.315;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:332,0,662 chrII 524751 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.670;DP=58;Dels=0.00;FS=14.821;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:639,0,446 chrII 524916 . T A 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DP=111;Dels=0.00;FS=3.537;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.492;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:986,0,992 chrII 524964 . A G 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.655;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:113:99:849,0,1086 chrII 525072 . C T 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DP=151;Dels=0.00;FS=8.021;HaplotypeScore=19.7586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,73:151:99:1141,0,1390 chrII 525210 . A G 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=142;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=11.8149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=2.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,69:142:99:1246,0,1303 chrII 525342 . T C 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.520;DP=133;Dels=0.00;FS=5.458;HaplotypeScore=12.0500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.618;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,59:133:99:896,0,1324 chrII 525363 . C A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.583;DP=139;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,67:139:99:990,0,1280 chrII 525483 . T A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=120;Dels=0.00;FS=1.810;HaplotypeScore=7.3058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,53:120:99:676,0,1138 chrII 525492 . T A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,59:127:99:803,0,1065 chrII 525674 . G A 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.74;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2490,261,0 chrII 526366 . T C 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DP=104;Dels=0.00;FS=1.625;HaplotypeScore=6.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:104:99:668,0,1212 chrII 526374 . A G 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.34;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:1996,219,0 chrII 526512 . T C 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1021,114,0 chrII 526527 . T C 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=3.168;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=18.54;ReadPosRankSum=1.670;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1071,117,0 chrII 526551 . C A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.391;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:62:99:556,0,315 chrII 526594 . A G 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=20.13;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1744,192,0 chrII 526612 . G A 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1949,207,0 chrII 526673 . G A 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=21.31;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1866,198,0 chrII 526690 . C T 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=18.94;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1586,171,0 chrII 526739 . A T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=65;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:275,0,659 chrII 526922 . C A 2927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:2960,339,0 chrII 527211 . G A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:107:99:892,0,1186 chrII 527412 . A G 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=17.10;ReadPosRankSum=2.308;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:922,102,0 chrII 527451 . A C 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=18.75;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1027,108,0 chrII 527493 . C T 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=14.56;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:96:892,96,0 chrII 527516 . C T 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;QD=14.87;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:940,102,0 chrII 527518 . G A 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=13.02;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:66:99:892,99,0 chrII 527528 . A G 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=14.62;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:72:99:1086,126,0 chrII 527601 . G A 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=23.37;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1669,177,0 chrII 528069 . T C 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=6.690;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=15.40;ReadPosRankSum=1.650;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:75:680,75,0 chrII 528108 . T C 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=14.84;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:87:790,87,0 chrII 528286 . G T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=63;Dels=0.00;FS=2.121;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:659,0,492 chrII 528511 . C G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=48;Dels=0.00;FS=1.319;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,33:48:99:629,0,215 chrII 528775 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.458;DP=58;Dels=0.00;FS=5.533;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.618;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:375,0,522 chrII 528793 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;DP=71;Dels=0.00;FS=6.352;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.591;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:71:99:488,0,745 chrII 529032 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=58;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:529,0,357 chrII 529081 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=59;Dels=0.00;FS=3.815;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.514;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:545,0,548 chrII 529129 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=54;Dels=0.00;FS=5.651;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.635;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:473,0,518 chrII 529298 . A G 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.40;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:73:99:1522,171,0 chrII 529327 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=61;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.753;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:616,0,620 chrII 529459 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=53;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=2.378;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:544,0,361 chrII 529507 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:509,0,553 chrII 529552 . A G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DP=75;Dels=0.00;FS=1.929;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.712;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:544,0,933 chrII 529567 . A G 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DP=89;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=10.3470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.270;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:1088,0,655 chrII 529840 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:303,0,379 chrII 529864 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.148;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:368,0,548 chrII 530040 . C G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.698;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:339,0,422 chrII 530080 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.009;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:446,0,370 chrII 530098 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=46;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.455;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.605;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:265,0,421 chrII 530153 . T C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:325,0,509 chrII 530377 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:446,0,368 chrII 530473 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=59;Dels=0.00;FS=1.005;HaplotypeScore=3.2332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:330,0,714 chrII 530521 . T C 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=39;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.628;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:39:99:287,0,402 chrII 530672 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:429,0,433 chrII 531175 . A G 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=18.22;ReadPosRankSum=1.682;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1290,144,0 chrII 531256 . C T 2124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2157,237,0 chrII 531481 . A T 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=21.87;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1520,159,0 chrII 531496 . A G 1502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.46;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1535,168,0 chrII 531664 . C A 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.30;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:66:99:1637,168,0 chrII 532114 . T C 2277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2310,233,0 chrII 532216 . C T 2717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2750,291,0 chrII 532452 . T C 2292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=22.25;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:103:99:2325,249,0 chrII 532473 . C T 2060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=18.56;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2093,231,0 chrII 532578 . C T 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=19.70;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2279,252,0 chrII 532597 . T C 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;QD=17.62;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1707,183,0 chrII 532609 . T C 1326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.75;MQ0=0;QD=16.17;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1359,147,0 chrII 532643 . G A 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.03;MQ0=0;QD=10.86;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:84:793,84,0 chrII 532654 . G A 745 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.08;MQ0=0;QD=9.93;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:84:778,84,0 chrII 532658 . A G 794 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.21;MQ0=0;QD=11.34;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:90:827,90,0 chrII 532659 . A G 781 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.63;MQ0=0;QD=11.00;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:90:814,90,0 chrII 532705 . A T 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.646;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1299,138,0 chrII 532782 . G A 1920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=22.86;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1953,207,0 chrII 532827 . T G 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.064;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1708,192,0 chrII 532850 . C T 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=0;QD=17.36;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1509,174,0 chrII 532864 . A C 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=86;Dels=0.00;FS=4.574;HaplotypeScore=1.6229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.692;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1377,156,0 chrII 532899 . T C 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=13.24;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1079,123,0 chrII 532929 . G A 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=15.79;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1075,117,0 chrII 533002 . A G 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;QD=15.41;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1019,111,0 chrII 533078 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;DP=78;Dels=0.00;FS=0.936;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:525,0,673 chrII 533095 . A C 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=78;Dels=0.00;FS=2.883;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=17.26;ReadPosRankSum=2.387;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1379,153,0 chrII 533102 . G A 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=16.15;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1406,162,0 chrII 533146 . G A 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=15.53;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1167,129,0 chrII 533150 . G A 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=72;Dels=0.00;FS=1.914;HaplotypeScore=1.9248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=0.19;ReadPosRankSum=-3.085;SB=-4.276e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,4:72:6:45,6,0 chrII 533246 . A G 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=23.41;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1578,171,0 chrII 533310 . G A 2460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=24.60;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2493,270,0 chrII 533325 . T C 2206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=90;Dels=0.00;FS=8.751;HaplotypeScore=6.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=1.463;QD=24.51;ReadPosRankSum=1.655;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2239,249,0 chrII 533657 . C T 2565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=19.29;SB=-1.492e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2598,291,0 chrII 533723 . G A 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.334;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.549;QD=7.43;ReadPosRankSum=-2.640;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:123:99:944,0,1125 chrII 533727 . A C,G 2307.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.92;MQ0=0;QD=18.46;SB=-1.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,65,60:125:99:2367,1306,1176,1062,0,903 chrII 533745 . T A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.920;DP=107;Dels=0.00;FS=3.551;HaplotypeScore=5.2244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-6.147;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.490;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:578,0,1014 chrII 533760 . T A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=106;Dels=0.00;FS=2.543;HaplotypeScore=7.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-5.823;QD=4.13;ReadPosRankSum=2.630;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:468,0,1042 chrII 533767 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DP=97;Dels=0.00;FS=0.773;HaplotypeScore=4.9835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.697;QD=4.49;ReadPosRankSum=2.849;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:466,0,972 chrII 534460 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.384;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:451,0,583 chrII 534637 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=52;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.243;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:52:99:482,0,405 chrII 534745 . T C 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.64;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:799,90,0 chrII 534922 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=79;Dels=0.00;FS=5.125;HaplotypeScore=8.1309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.420;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:79:99:692,0,770 chrII 535096 . A T 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.675;DP=95;Dels=0.00;FS=5.749;HaplotypeScore=9.0664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.881;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:879,0,747 chrII 535193 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;DP=70;Dels=0.00;FS=5.025;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:696,0,526 chrII 535517 . C T 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.42;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1311,138,0 chrII 535535 . C T 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.98;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1112,117,0 chrII 535549 . A G 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=17.96;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:96:895,96,0 chrII 535736 . A G 2223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.90;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2256,243,0 chrII 535775 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=77;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=3.6415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:99:411,0,910 chrII 535883 . G A 1190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=119;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.358;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:1220,0,958 chrII 535991 . C G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=74;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.141;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:691,0,739 chrII 535995 . C T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=72;Dels=0.00;FS=6.240;HaplotypeScore=5.0065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.420;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:562,0,745 chrII 536426 . C A 3923.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=24.07;SB=-1.932e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:163:99:3923,417,0 chrII 536475 . G A 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=145;Dels=0.00;FS=5.247;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.738;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,71:145:99:1500,0,1405 chrII 536637 . A G 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DP=116;Dels=0.00;FS=6.118;HaplotypeScore=13.5992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.417;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:116:99:947,0,1178 chrII 536661 . T C 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;DP=118;Dels=0.00;FS=11.109;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.994;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:921,0,1134 chrII 536673 . T C 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=128;Dels=0.00;FS=24.380;HaplotypeScore=8.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.284;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:128:99:872,0,1131 chrII 536700 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=110;Dels=0.00;FS=18.579;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:110:99:644,0,1150 chrII 536726 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.710;DP=115;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=7.7752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,51:115:99:621,0,1157 chrII 536751 . T C 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=123;Dels=0.00;FS=2.298;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:123:99:844,0,1043 chrII 536808 . T A 2482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.40;SB=-1.448e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2515,276,0 chrII 536917 . C T 2325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=23.48;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2358,249,0 chrII 537038 . C G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=83;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:83:99:473,0,947 chrII 537174 . G A 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1945,207,0 chrII 537210 . G A 2079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=20.79;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2112,219,0 chrII 537282 . C T 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=19.16;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1355,147,0 chrII 537351 . C T 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.11;MQ0=0;QD=13.22;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:54:509,54,0 chrII 537387 . G A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=64;Dels=0.00;FS=5.332;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:121,0,379 chrII 537535 . G A 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=24.27;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1999,210,0 chrII 537793 . G T 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DP=105;Dels=0.00;FS=0.735;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.214;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.658;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:655,0,978 chrII 537796 . A G 1992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=107;Dels=0.00;FS=3.218;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=18.62;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.395e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:2025,222,0 chrII 537821 . G A 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=18.57;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1890,198,0 chrII 537829 . T C 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=16.38;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1589,180,0 chrII 537888 . G A 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=21.56;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1456,156,0 chrII 537962 . T A 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.400;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:75:668,75,0 chrII 537981 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;DP=45;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.24;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.492;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:234,0,478 chrII 538014 . C T 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;QD=20.46;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1138,123,0 chrII 538023 . A G 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.17;MQ0=0;QD=18.98;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1077,120,0 chrII 538047 . G A 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;QD=17.69;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1183,132,0 chrII 538048 . A G 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1210,135,0 chrII 538328 . C G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;DP=55;Dels=0.00;FS=2.377;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.186;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:429,0,535 chrII 538427 . A C 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=18.46;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:882,96,0 chrII 538428 . C T 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=18.67;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:892,96,0 chrII 538483 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=56;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:336,0,429 chrII 538507 . A G 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DP=51;Dels=0.00;FS=8.879;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:286,0,370 chrII 538781 . A C 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=70;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:914,0,530 chrII 538836 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.916;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:338,0,497 chrII 538837 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;DP=52;Dels=0.00;FS=1.068;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.179;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:334,0,537 chrII 538897 . A T 1788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=17.70;ReadPosRankSum=1.663;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1821,210,0 chrII 538919 . A C 2090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.672;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2123,231,0 chrII 538926 . G A 2295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=18.81;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2328,246,0 chrII 538968 . T A 2582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=17.81;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:2615,279,0 chrII 538990 . A G 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.926;DP=140;Dels=0.00;FS=4.486;HaplotypeScore=7.3446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,64:140:99:1000,0,1333 chrII 539015 . T C 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.069;DP=114;Dels=0.00;FS=0.753;HaplotypeScore=7.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.878;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:114:99:858,0,950 chrII 539105 . T C 984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.39;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1017,114,0 chrII 539253 . G A 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=15.14;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:926,105,0 chrII 539530 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.718;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:647,0,687 chrII 539561 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.322;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:52:99:370,0,463 chrII 539637 . T C 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.328;DP=66;Dels=0.00;FS=2.976;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=21.15;ReadPosRankSum=2.039;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1429,156,0 chrII 539810 . A T 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=3.543;HaplotypeScore=10.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=22.62;ReadPosRankSum=1.599;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1209,126,0 chrII 539825 . G T 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=23.40;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1156,123,0 chrII 539861 . A G 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=15.92;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:797,87,0 chrII 539908 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;DP=52;Dels=0.00;FS=9.394;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.148;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:52:99:584,0,225 chrII 539971 . T A 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;DP=70;Dels=0.00;FS=5.542;HaplotypeScore=6.5629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.315;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:637,0,503 chrII 540238 . A G 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DP=30;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.876;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:158,0,253 chrII 540296 . G A 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=30;Dels=0.00;FS=3.713;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.689;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:389,0,163 chrII 540405 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=33;Dels=0.00;FS=8.039;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.965;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.430;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:99:424,0,162 chrII 540838 . G A 2598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=24.06;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:108:99:2631,282,0 chrII 541023 . A T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=56;Dels=0.00;FS=2.664;HaplotypeScore=17.1604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.109;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.791;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:259,0,505 chrII 541093 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.111;DP=154;Dels=0.00;FS=8.854;HaplotypeScore=10.6567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.11;MQ0=0;MQRankSum=-8.209;QD=3.25;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,78:154:99:530,0,1346 chrII 541103 . A G 494.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=161;Dels=0.01;FS=4.844;HaplotypeScore=13.5745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.59;MQ0=0;MQRankSum=-7.814;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,83:160:99:524,0,1409 chrII 541108 . A T 583.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DP=166;Dels=0.00;FS=0.600;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.14;MQ0=0;MQRankSum=-7.325;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,84:166:99:613,0,1281 chrII 541110 . G A 1231.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.119;DP=166;Dels=0.00;FS=2.024;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.52;MQ0=0;MQRankSum=6.066;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.553;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,80:166:99:1261,0,648 chrII 541111 . T A 1335.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=169;Dels=0.00;FS=2.018;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.05;MQ0=0;MQRankSum=6.519;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.197;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,84:169:99:1365,0,690 chrII 541139 . G A 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DP=174;Dels=0.00;FS=2.798;HaplotypeScore=7.5810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.91;MQ0=0;MQRankSum=-6.025;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,90:174:99:942,0,1439 chrII 541145 . G A 1375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DP=168;Dels=0.01;FS=4.807;HaplotypeScore=16.3305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.95;MQ0=0;MQRankSum=5.721;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.002;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,82:167:99:1405,0,941 chrII 541156 . G A 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=148;Dels=0.00;FS=3.910;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.491;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,76:148:99:998,0,1351 chrII 541186 . A G 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;DP=139;Dels=0.00;FS=12.002;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.041;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,66:139:99:1104,0,1339 chrII 541344 . T C 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=47;Dels=0.00;FS=9.121;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.30;MQ0=0;MQRankSum=2.725;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.120;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:235,0,542 chrII 541358 . C T 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=51;Dels=0.00;FS=6.548;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.58;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:295,0,559 chrII 541386 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;DP=60;Dels=0.00;FS=7.111;HaplotypeScore=5.0800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.408;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:502,0,490 chrII 541425 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DP=66;Dels=0.00;FS=5.919;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.380;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:515,0,421 chrII 541490 . C T 69.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.99;SB=-1.862e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:35:12:102,12,0 chrII 541491 . A G 75.34 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=2.22;ReadPosRankSum=4.146;SB=-2.834e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:8:105,0,8 chrII 541502 . C T 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.57;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=0.80;ReadPosRankSum=-2.234;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:77:77,0,238 chrII 541503 . A G 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.57;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=0.37;ReadPosRankSum=-2.328;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:52:52,0,253 chrII 541521 . A T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=107;Dels=0.00;FS=5.359;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.225;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.010;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,67:107:99:746,0,393 chrII 541524 . A G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=117;Dels=0.00;FS=5.720;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.865;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.180;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,69:117:99:793,0,501 chrII 541574 . T A 736.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.584;DP=106;Dels=0.00;FS=6.751;HaplotypeScore=2.9796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.347;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.718;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:766,0,826 chrII 541579 . T G 680.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.364;DP=103;Dels=0.00;FS=6.329;HaplotypeScore=3.9712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.127;QD=6.60;ReadPosRankSum=-3.890;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:710,0,863 chrII 541582 . A G,T 1692.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.360;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,49,51:101:99:1752,923,818,829,0,720 chrII 541588 . C G 755.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.930;DP=97;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=3.9698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.089;QD=7.78;ReadPosRankSum=-5.451;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:97:99:785,0,707 chrII 542052 . T G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=83;Dels=0.00;FS=1.857;HaplotypeScore=14.8441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:689,0,554 chrII 542121 . C T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=2.125;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:804,0,565 chrII 542175 . A G 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DP=98;Dels=0.00;FS=13.846;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=2.343;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.561;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:98:99:904,0,793 chrII 542283 . T C 1967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.35;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:2000,216,0 chrII 542367 . G A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:683,0,528 chrII 542402 . G A 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=19.75;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1554,165,0 chrII 542430 . G A 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=76;Dels=0.00;FS=1.897;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.818;QD=4.43;ReadPosRankSum=-2.209;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:367,0,849 chrII 542433 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=80;Dels=0.00;FS=4.373;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.717;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:352,0,808 chrII 542481 . A C 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=18.76;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1834,201,0 chrII 542486 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.813;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.063;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:106:99:557,0,999 chrII 542535 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=100;Dels=0.00;FS=11.538;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:641,0,1027 chrII 542592 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=83;Dels=0.00;FS=2.915;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.624;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:529,0,750 chrII 542664 . G A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=82;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.014;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:829,0,631 chrII 542895 . G A 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;DP=80;Dels=0.00;FS=3.521;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=7.95;ReadPosRankSum=2.223;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:80:99:666,0,682 chrII 543006 . T C 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=19.96;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1530,165,0 chrII 543054 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;DP=59;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=8.1440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:59:99:323,0,538 chrII 543063 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=50;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=2.6287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:324,0,518 chrII 543092 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=58;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.951;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:445,0,513 chrII 543129 . G A 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,56:97:99:812,0,709 chrII 543246 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:470,0,964 chrII 543264 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.389;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:425,0,908 chrII 543299 . A G 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=22.74;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1579,171,0 chrII 543307 . C A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=66;Dels=0.00;FS=3.784;HaplotypeScore=7.3167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.072;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:520,0,544 chrII 543363 . C T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;DP=70;Dels=0.00;FS=3.762;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:523,0,736 chrII 543393 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.349;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:72:99:445,0,884 chrII 543495 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;DP=81;Dels=0.00;FS=2.135;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.346;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:450,0,778 chrII 543588 . T C 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=138;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.059;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,58:138:99:951,0,1202 chrII 543997 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=55;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.877;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:346,0,520 chrII 544134 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.489;DP=59;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=8.7942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:438,0,455 chrII 544218 . C G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.303;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:60:99:606,0,506 chrII 544278 . C G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=2.376;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.901;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:46:99:326,0,628 chrII 544298 . G A 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.733;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:341,0,572 chrII 544299 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=45;Dels=0.00;FS=1.158;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.896;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:322,0,563 chrII 544459 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.151;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.826;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.741;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:34:99:351,0,302 chrII 544475 . T A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DP=41;Dels=0.00;FS=1.286;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.732;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:344,0,324 chrII 544499 . C A 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=57;Dels=0.00;FS=5.801;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:308,0,455 chrII 544514 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=59;Dels=0.00;FS=4.105;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.190;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:366,0,530 chrII 544676 . T A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.977;DP=54;Dels=0.00;FS=7.739;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.563;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:424,0,505 chrII 544692 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=51;Dels=0.00;FS=14.720;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:507,0,418 chrII 544772 . A G 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.162;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.982;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:51:99:286,0,610 chrII 544773 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DP=52;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=10.2967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.970;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:52:99:607,0,359 chrII 544904 . C G 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.913;DP=88;Dels=0.00;FS=14.746;HaplotypeScore=3.3840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:88:99:641,0,820 chrII 544912 . A G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=89;Dels=0.00;FS=14.152;HaplotypeScore=6.0562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.914;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:89:99:695,0,781 chrII 544962 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=63;Dels=0.00;FS=5.048;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.471;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:675,0,408 chrII 544991 . C T 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.168;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:757,0,466 chrII 545201 . C T 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=92;Dels=0.00;FS=7.657;HaplotypeScore=11.7988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.028;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,56:92:99:994,0,486 chrII 545438 . C T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;DP=82;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.326;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:82:99:632,0,520 chrII 545558 . C T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=63;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.457;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:580,0,410 chrII 545774 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DP=73;Dels=0.00;FS=6.928;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:73:99:437,0,799 chrII 545985 . G A 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;QD=19.65;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1094,114,0 chrII 545996 . A C 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=17.00;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1036,117,0 chrII 545997 . C A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=59;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:263,0,556 chrII 546010 . C T 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=15.96;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:90:879,90,0 chrII 546015 . A C 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=15.77;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1058,120,0 chrII 546118 . C A 2173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=19.75;SB=-1.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2206,240,0 chrII 546124 . T C 2153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;QD=19.40;SB=-1.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2186,240,0 chrII 546140 . A T 2454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=19.63;SB=-1.517e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2487,264,0 chrII 546224 . T C 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.94;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1432,159,0 chrII 546316 . A G 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=19.95;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:871,96,0 chrII 546732 . C G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=47;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.288;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:455,0,383 chrII 546739 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DP=46;Dels=0.00;FS=2.505;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.407;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:386,0,432 chrII 546889 . T A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=50;Dels=0.00;FS=2.553;HaplotypeScore=6.6465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.031;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:475,0,367 chrII 546933 . A G 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.27;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1124,123,0 chrII 547137 . A G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=74;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.698;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:74:99:642,0,498 chrII 547559 . C T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.548;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:385,0,438 chrII 547596 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=51;Dels=0.00;FS=8.143;HaplotypeScore=6.9633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:338,0,437 chrII 547617 . C T 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=48;Dels=0.00;FS=12.736;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.612;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:249,0,420 chrII 547630 . C T 406.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DP=50;Dels=0.00;FS=13.787;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=4.016;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.046;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:436,0,288 chrII 547633 . G T 256.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=52;Dels=0.00;FS=8.411;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.473;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:286,0,399 chrII 547636 . C T 255.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;DP=53;Dels=0.00;FS=11.108;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.773;QD=4.81;ReadPosRankSum=-2.046;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:285,0,370 chrII 547945 . G A 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.671;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:94:99:906,0,785 chrII 547966 . A G 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=115;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=17.0092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=1.510;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,63:115:99:1097,0,820 chrII 548011 . T C 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DP=114;Dels=0.00;FS=9.237;HaplotypeScore=11.5947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=2.465;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.448;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:114:99:909,0,1043 chrII 548044 . T C 1083.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.913;DP=125;Dels=0.00;FS=10.319;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=2.335;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.126;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:125:99:1113,0,1223 chrII 548176 . G A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=42;Dels=0.00;FS=1.312;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:271,0,432 chrII 548206 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=54;Dels=0.00;FS=9.144;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.122;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:596,0,351 chrII 548239 . G A 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.286;DP=104;Dels=0.00;FS=5.286;HaplotypeScore=4.4160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,60:104:99:1015,0,613 chrII 548249 . C T 2413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=20.45;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2446,255,0 chrII 548258 . C T 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.640;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,63:120:99:946,0,908 chrII 548289 . A G 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DP=121;Dels=0.00;FS=2.490;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.533;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:121:99:907,0,1012 chrII 548425 . T C 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.28;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1034,114,0 chrII 548443 . T C 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=17.16;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:582,63,0 chrII 549084 . T A 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:278,0,313 chrII 549229 . G A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DP=53;Dels=0.00;FS=4.116;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:53:99:575,0,398 chrII 549310 . A T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=62;Dels=0.02;FS=1.091;HaplotypeScore=5.1931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.594;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:722,0,538 chrII 549465 . G T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;DP=37;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=3.3943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.345;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:175,0,388 chrII 549466 . C A 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=38;Dels=0.00;FS=1.310;HaplotypeScore=3.3943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.345;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.530;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:167,0,427 chrII 549489 . C T 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.341;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.009;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:156,0,679 chrII 549494 . G A 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.674;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.245;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:107,0,661 chrII 549503 . T C 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.596;DP=58;Dels=0.00;FS=2.338;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.243;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:152,0,754 chrII 549535 . A C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.512;DP=69;Dels=0.00;FS=10.982;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.800;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.712;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:69:99:342,0,752 chrII 549576 . A G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;DP=78;Dels=0.00;FS=11.805;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=10.86;ReadPosRankSum=2.229;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:877,0,601 chrII 549769 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=84;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,27:84:99:471,0,1159 chrII 549815 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=95;Dels=0.00;FS=4.212;HaplotypeScore=8.9522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.966;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:95:99:532,0,1354 chrII 550110 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.692;DP=92;Dels=0.00;FS=7.161;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.185;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,34:92:99:487,0,1063 chrII 550124 . A G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.614;DP=94;Dels=0.00;FS=10.589;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.055;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,34:94:99:373,0,1110 chrII 550133 . G A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=97;Dels=0.00;FS=14.376;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.431;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:97:99:307,0,1073 chrII 550142 . T C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;DP=91;Dels=0.00;FS=9.262;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.699;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.237;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,31:91:99:203,0,1010 chrII 550241 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.550;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:423,0,374 chrII 550268 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.542;DP=56;Dels=0.00;FS=5.291;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:478,0,521 chrII 550330 . C A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.539;DP=64;Dels=0.00;FS=3.722;HaplotypeScore=5.8893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:573,0,410 chrII 550736 . C T 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:98:99:831,0,933 chrII 550847 . A C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=75;Dels=0.00;FS=8.031;HaplotypeScore=14.8859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.595;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:522,0,529 chrII 550907 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=89;Dels=0.00;FS=5.409;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:517,0,917 chrII 550916 . A T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.245;DP=95;Dels=0.00;FS=2.781;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.288;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.751;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:356,0,1004 chrII 551016 . C T 1506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;DP=166;Dels=0.00;FS=5.667;HaplotypeScore=13.6996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,84:166:99:1536,0,1491 chrII 551109 . A G 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DP=74;Dels=0.00;FS=6.244;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.613;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:773,0,532 chrII 551302 . A G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DP=91;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.806;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:584,0,680 chrII 551347 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;DP=77;Dels=0.00;FS=4.765;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:77:99:477,0,720 chrII 551377 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.462;DP=83;Dels=0.00;FS=11.361;HaplotypeScore=5.5272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=5.12;ReadPosRankSum=-2.742;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:455,0,789 chrII 551397 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=82;Dels=0.00;FS=9.903;HaplotypeScore=9.0104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.870;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:414,0,794 chrII 551704 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=38;Dels=0.00;FS=3.398;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:204,0,349 chrII 551855 . G C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DP=42;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.509;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:346,0,345 chrII 552046 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=42;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:406,0,372 chrII 552407 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=47;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=2.5677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.467;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:47:99:537,0,317 chrII 552503 . G A 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;DP=55;Dels=0.00;FS=2.320;HaplotypeScore=8.1880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:354,0,479 chrII 552671 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=49;Dels=0.00;FS=3.977;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:300,0,426 chrII 552681 . G A 449.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;DP=50;Dels=0.00;FS=6.477;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=1.966;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.324;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:479,0,178 chrII 552684 . C T 432.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=55;Dels=0.00;FS=14.136;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.259;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:462,0,267 chrII 552685 . C T 253.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=53;Dels=0.00;FS=10.956;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:283,0,420 chrII 552703 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=57;Dels=0.00;FS=12.865;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:392,0,405 chrII 552727 . T G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.668;DP=57;Dels=0.00;FS=4.683;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:309,0,447 chrII 552811 . G A 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;DP=58;Dels=0.00;FS=3.941;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:633,0,431 chrII 552889 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DP=55;Dels=0.00;FS=2.474;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=2.373;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:266,0,650 chrII 553211 . T G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=61;Dels=0.00;FS=6.840;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:342,0,548 chrII 553227 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=71;Dels=0.00;FS=5.845;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:476,0,586 chrII 553255 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=82;Dels=0.00;FS=3.157;HaplotypeScore=8.6932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=6.29;ReadPosRankSum=2.175;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:546,0,601 chrII 553403 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=61;Dels=0.00;FS=11.572;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.787;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:422,0,650 chrII 553479 . C G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DP=63;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.310;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:63:99:549,0,552 chrII 553663 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=34;Dels=0.00;FS=1.373;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.190;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:421,0,284 chrII 553726 . G A 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=41;Dels=0.00;FS=12.800;HaplotypeScore=5.0216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:284,0,298 chrII 553780 . G A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;DP=47;Dels=0.00;FS=8.333;HaplotypeScore=2.6912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:282,0,390 chrII 553783 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=47;Dels=0.00;FS=8.333;HaplotypeScore=3.4799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:296,0,362 chrII 553854 . T C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=58;Dels=0.00;FS=2.274;HaplotypeScore=9.5427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.160;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.240;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:58:99:406,0,536 chrII 553921 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.803;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:510,0,525 chrII 554133 . T C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DP=55;Dels=0.00;FS=2.680;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.684;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:448,0,551 chrII 554441 . T C 2236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=22.36;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2269,246,0 chrII 554460 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=82;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.491;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:667,0,853 chrII 554537 . G A 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=18.12;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:776,84,0 chrII 554599 . T C 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=65;Dels=0.00;FS=8.062;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=21.85;ReadPosRankSum=2.374;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1453,159,0 chrII 554815 . T C 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=23.04;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1254,135,0 chrII 554862 . T C 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.12;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:645,72,0 chrII 555375 . A C 124.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=8.87;SB=-1.091e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:157,18,0 chrII 555518 . G A 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=19.76;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:685,72,0 chrII 555562 . G A 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;QD=14.84;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63:582,63,0 chrII 555569 . A G 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;QD=14.79;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:60:521,60,0 chrII 555623 . C G 324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=12.96;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:39:357,39,0 chrII 555624 . A G 320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=12.80;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:39:353,39,0 chrII 555819 . C T 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.63;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1142,123,0 chrII 555881 . G T 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=21.25;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:798,84,0 chrII 555964 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:722,0,572 chrII 556105 . G A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=75;Dels=0.00;FS=8.154;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:677,0,547 chrII 556110 . G A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;DP=79;Dels=0.00;FS=7.640;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.349;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:629,0,691 chrII 556141 . C G 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=81;Dels=0.00;FS=5.989;HaplotypeScore=13.4505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.014;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:81:99:588,0,640 chrII 556201 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=65;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=50.6983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:358,0,591 chrII 556272 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=63;Dels=0.00;FS=3.459;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.823;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:332,0,621 chrII 556275 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=66;Dels=0.00;FS=6.602;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:337,0,682 chrII 556310 . C A 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=97;Dels=0.00;FS=3.022;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.163;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:97:99:868,0,898 chrII 556539 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=71;Dels=0.00;FS=2.118;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.095;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:578,0,766 chrII 556857 . T C 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.97;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1291,141,0 chrII 556887 . T C 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.31;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1037,117,0 chrII 557204 . G T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.824;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:565,0,313 chrII 557225 . G A 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=21.54;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1024,108,0 chrII 557246 . A G 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=19.86;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:887,99,0 chrII 557317 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DP=60;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.568;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:489,0,580 chrII 557352 . C T 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.87;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1291,138,0 chrII 557651 . T A 2163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=23.26;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2196,231,0 chrII 557658 . A G 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DP=91;Dels=0.00;FS=1.706;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.707;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:905,0,778 chrII 557763 . G C 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.02;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1322,144,0 chrII 558378 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DP=48;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:48:99:450,0,481 chrII 558380 . G C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:408,0,492 chrII 558397 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=46;Dels=0.00;FS=2.595;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:393,0,551 chrII 558401 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=48;Dels=0.00;FS=2.527;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:372,0,463 chrII 558471 . A G 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DP=43;Dels=0.00;FS=9.359;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:240,0,383 chrII 558499 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=41;Dels=0.00;FS=15.810;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.771;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:236,0,386 chrII 558504 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=37;Dels=0.00;FS=21.341;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.334;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-1.589e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:226,0,330 chrII 558576 . T C 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=18.54;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1071,114,0 chrII 558582 . G A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;DP=62;Dels=0.00;FS=9.368;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.038;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:62:99:547,0,280 chrII 558597 . A C 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=18.48;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1197,132,0 chrII 558866 . C G 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=23.28;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1872,201,0 chrII 558881 . C T 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=23.73;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1765,186,0 chrII 559000 . C T 2057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=22.12;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2090,222,0 chrII 559131 . T C 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.69;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1833,198,0 chrII 559186 . A G 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=18.84;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:85:99:1634,177,0 chrII 559359 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=73;Dels=0.00;FS=3.134;HaplotypeScore=5.0175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:466,0,643 chrII 559378 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=85;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=8.6423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.556;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:424,0,799 chrII 559515 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;DP=57;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:368,0,652 chrII 559650 . C T 364.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:394,0,496 chrII 559695 . A G 535.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.600;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:565,0,777 chrII 559732 . T C 467.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.515;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:497,0,682 chrII 559922 . C G 1591 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=23.75;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1624,180,0 chrII 559960 . C T 784.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.300;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.341;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:814,0,332 chrII 560022 . C A 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.571;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:127,0,724 chrII 560024 . G A 108.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-5.028;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:138,0,720 chrII 560037 . A G 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.374;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.233;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:133,0,716 chrII 560167 . T A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.243;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.667;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:736,0,455 chrII 560494 . G C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=40;Dels=0.00;FS=6.884;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.960;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:377,0,357 chrII 560987 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;DP=113;Dels=0.00;FS=2.117;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.332;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:113:99:753,0,872 chrII 561284 . T A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DP=60;Dels=0.00;FS=2.491;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:581,0,403 chrII 561291 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DP=60;Dels=0.00;FS=2.404;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.439;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:396,0,612 chrII 561879 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.082;DP=71;Dels=0.00;FS=10.521;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.731;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:568,0,754 chrII 562338 . A C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.708;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:376,0,386 chrII 562452 . C T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;DP=88;Dels=0.00;FS=1.828;HaplotypeScore=12.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.318;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:727,0,698 chrII 562617 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=55;Dels=0.00;FS=10.055;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.158;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:362,0,479 chrII 562763 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=70;Dels=0.00;FS=7.393;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.886;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:491,0,582 chrII 562894 . A G 239.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.156;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:269,0,256 chrII 562936 . C T 50.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:80:80,0,187 chrII 562937 . C T 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:73:73,0,185 chrII 562976 . A G 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:81:81,0,134 chrII 563013 . T A 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=15;Dels=0.00;FS=10.710;HaplotypeScore=8.3881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.065;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:61:61,0,86 chrII 563175 . A T 349.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:379,0,347 chrII 563201 . G A 294.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.563;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:324,0,334 chrII 563203 . C T 267.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:297,0,357 chrII 563317 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;DP=43;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.741;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:367,0,463 chrII 563527 . T C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DP=39;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:39:99:238,0,282 chrII 563635 . A G 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=33;Dels=0.00;FS=1.556;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.151;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:188,0,297 chrII 563644 . G A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:170,0,326 chrII 563695 . G A 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DP=43;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.036;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:255,0,493 chrII 563969 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=28;Dels=0.00;FS=3.227;HaplotypeScore=3.5789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:298,0,158 chrII 564041 . T G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=24;Dels=0.00;FS=18.842;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.043;SB=-1.018e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:253,0,192 chrII 564550 . C G 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.141;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:75:75,0,126 chrII 564636 . T C 249.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.276;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:279,0,265 chrII 564639 . G A 296.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.229;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:326,0,260 chrII 564727 . G C 119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.880;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:149,0,174 chrII 565153 . A G 1760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=20.23;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:1793,201,0 chrII 565250 . G A 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.38;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1389,147,0 chrII 565460 . G T 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=132;Dels=0.00;FS=5.511;HaplotypeScore=8.4373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=8.77;ReadPosRankSum=-2.240;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:132:99:1187,0,1301 chrII 565493 . C T 4009.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=26.20;SB=-1.601e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:153:99:4009,424,0 chrII 565566 . A G 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=71;Dels=0.00;FS=6.998;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.894;QD=19.52;ReadPosRankSum=2.311;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1419,159,0 chrII 565627 . G A 1179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=20.68;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1212,129,0 chrII 565630 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;DP=57;Dels=0.00;FS=6.030;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:484,0,422 chrII 565711 . T C 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=17.67;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:881,99,0 chrII 565735 . G A 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=16.99;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1188,126,0 chrII 565750 . T C 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=84;Dels=0.00;FS=5.389;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=16.75;ReadPosRankSum=1.649;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1440,159,0 chrII 565856 . C T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=98;Dels=0.00;FS=6.538;HaplotypeScore=14.2687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.293;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:98:99:872,0,670 chrII 566056 . T C 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=61;Dels=0.00;FS=6.240;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=19.46;ReadPosRankSum=2.369;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1220,135,0 chrII 566061 . G A 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=19.45;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1239,129,0 chrII 566217 . G C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=76;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:654,0,603 chrII 566469 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=85;Dels=0.00;FS=1.948;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.528;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:557,0,816 chrII 566478 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=76;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.197;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:565,0,719 chrII 566552 . G A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:647,0,579 chrII 566670 . T A 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.372;DP=150;Dels=0.00;FS=0.611;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=2.075;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.160;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,72:150:99:1304,0,1474 chrII 566827 . C A 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.034;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:807,0,584 chrII 566838 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;DP=93;Dels=0.00;FS=1.887;HaplotypeScore=10.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:93:99:726,0,610 chrII 566995 . A G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;DP=78;Dels=0.00;FS=2.998;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:673,0,544 chrII 567265 . C A 1814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.985;DP=178;Dels=0.00;FS=11.326;HaplotypeScore=14.9302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,100:178:99:1844,0,1528 chrII 567480 . G A 1940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.992;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,100:173:99:1970,0,1163 chrII 567602 . C T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:93:99:686,0,776 chrII 567651 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;DP=45;Dels=0.00;FS=2.929;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:273,0,537 chrII 567658 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=52;Dels=0.00;FS=2.556;HaplotypeScore=4.0834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:303,0,515 chrII 567682 . G C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.549;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:288,0,680 chrII 567697 . A G 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.630;DP=66;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=4.47;ReadPosRankSum=2.338;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:325,0,822 chrII 568357 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:428,0,473 chrII 568406 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=70;Dels=0.00;FS=4.691;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:543,0,778 chrII 568465 . G T 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;DP=113;Dels=0.00;FS=0.703;HaplotypeScore=7.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.423;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:113:99:836,0,975 chrII 568676 . G C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;DP=67;Dels=0.00;FS=12.874;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=8.52;ReadPosRankSum=-2.261;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:601,0,442 chrII 568762 . T G 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DP=103;Dels=0.00;FS=4.860;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.370;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.975;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:940,0,1168 chrII 568819 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.646;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:424,0,863 chrII 568820 . T G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.033;DP=85;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=11.3783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:85:99:408,0,925 chrII 569064 . T C 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.51;SB=-1.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1899,201,0 chrII 569301 . T A 2507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=21.43;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2540,273,0 chrII 569302 . T C 2472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=20.77;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2505,279,0 chrII 569460 . C T 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=18.72;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1774,195,0 chrII 569856 . T G 2770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=25.65;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2803,312,0 chrII 569872 . G C 2632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=26.86;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2665,285,0 chrII 570256 . G A 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=17.29;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1347,153,0 chrII 570264 . T C 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=71;Dels=0.00;FS=3.072;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=17.08;ReadPosRankSum=2.311;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1246,141,0 chrII 570267 . C T 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=15.26;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1193,135,0 chrII 570301 . A G 1868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=16.98;ReadPosRankSum=1.354;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:1901,204,0 chrII 570508 . G T 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=16.61;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1362,156,0 chrII 570582 . A G 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=106;Dels=0.00;FS=3.807;HaplotypeScore=15.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:106:99:944,0,782 chrII 570929 . G A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.341;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:619,0,585 chrII 571034 . G A 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=106;Dels=0.00;FS=10.976;HaplotypeScore=6.5203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.085;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:995,0,846 chrII 571050 . G A 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;DP=108;Dels=0.00;FS=10.831;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.854;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:108:99:866,0,856 chrII 571089 . C T 2383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=22.06;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2416,261,0 chrII 571218 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=72;Dels=0.00;FS=1.964;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:539,0,558 chrII 571243 . C T 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=89;Dels=0.00;FS=2.816;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:753,0,615 chrII 571349 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;DP=105;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=16.5867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:105:99:361,0,471 chrII 571411 . A G 3062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=20.83;SB=-1.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:147:99:3095,339,0 chrII 571717 . T G 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.139;DP=137;Dels=0.00;FS=3.347;HaplotypeScore=15.3885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.283;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,72:137:99:1269,0,911 chrII 571870 . T G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;DP=69;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.834;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:561,0,528 chrII 571949 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=69;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.644;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:360,0,688 chrII 572114 . T C 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;DP=97;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=14.0324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=2.029;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.168;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:97:99:826,0,811 chrII 572291 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=78;Dels=0.00;FS=4.538;HaplotypeScore=9.1623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:599,0,750 chrII 572340 . G T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.292;DP=91;Dels=0.00;FS=9.681;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.229;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:91:99:756,0,910 chrII 572565 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=75;Dels=0.00;FS=8.014;HaplotypeScore=10.8632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.777;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:401,0,634 chrII 572944 . A G 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;DP=113;Dels=0.00;FS=12.775;HaplotypeScore=11.0356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:113:99:1068,0,792 chrII 572996 . C T 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:106:99:977,0,1000 chrII 573399 . A G 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.262;DP=96;Dels=0.00;FS=1.732;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.799;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:813,0,1011 chrII 573446 . G A 2191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=24.90;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2224,234,0 chrII 573536 . A G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:85:99:742,0,980 chrII 573554 . G A 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=88;Dels=0.00;FS=5.838;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=8.14;ReadPosRankSum=-2.127;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:746,0,856 chrII 573621 . C A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:87:99:592,0,871 chrII 573669 . G T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=101;Dels=0.00;FS=2.710;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:101:99:818,0,753 chrII 573743 . G A 1375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;DP=164;Dels=0.00;FS=0.585;HaplotypeScore=10.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,94:164:99:1405,0,1157 chrII 573792 . A T 1388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=142;Dels=0.00;FS=1.393;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.889;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.564;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,80:142:99:1418,0,997 chrII 573799 . T G 1223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;DP=135;Dels=0.00;FS=2.272;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.763;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.940;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,74:135:99:1253,0,971 chrII 573826 . G A 3161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=24.13;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3194,339,0 chrII 573868 . T C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=102;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.409;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:617,0,1297 chrII 573886 . G A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.591;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:101:99:748,0,1127 chrII 573907 . A G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=84;Dels=0.00;FS=6.007;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:626,0,742 chrII 573913 . G T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=85;Dels=0.00;FS=2.957;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:636,0,634 chrII 573927 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=100;Dels=0.00;FS=6.425;HaplotypeScore=5.2177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:705,0,759 chrII 574371 . T C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:432,0,557 chrII 574556 . T G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=33;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:276,0,292 chrII 574593 . C A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:393,0,222 chrII 574678 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=48;Dels=0.00;FS=4.519;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:273,0,450 chrII 574683 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=49;Dels=0.00;FS=2.738;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:275,0,444 chrII 574755 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;DP=59;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=6.19;ReadPosRankSum=-2.011;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:395,0,593 chrII 574962 . G T 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=24.56;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1261,135,0 chrII 575422 . G A 363.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=40;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.821;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:393,0,313 chrII 575423 . G A 359.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=39;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.761;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.836;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:389,0,343 chrII 575427 . T A 369.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;DP=40;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:399,0,378 chrII 575460 . G A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=31;Dels=0.00;FS=1.400;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.036;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.640;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:217,0,356 chrII 575523 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.752;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:414,0,182 chrII 575601 . C T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=44;Dels=0.00;FS=2.638;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=2.290;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.723;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:476,0,217 chrII 575685 . C G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=47;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:554,0,225 chrII 575784 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;DP=104;Dels=0.00;FS=14.027;HaplotypeScore=15.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.411;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:104:99:726,0,1037 chrII 575877 . G C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=67;Dels=0.00;FS=3.770;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:547,0,543 chrII 575882 . A C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=67;Dels=0.00;FS=3.596;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.742;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:550,0,636 chrII 575949 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DP=42;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.070;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:417,0,289 chrII 576022 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=48;Dels=0.00;FS=12.665;HaplotypeScore=60.7122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.919;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:69:391,0,69 chrII 576057 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=94;Dels=0.00;FS=5.928;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:677,0,341 chrII 576135 . G A 1419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DP=104;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.110;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,68:104:99:1449,0,659 chrII 576166 . C T 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;DP=89;Dels=0.00;FS=3.032;HaplotypeScore=5.8217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=2.318;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:89:99:1101,0,673 chrII 576434 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=85;Dels=0.00;FS=3.065;HaplotypeScore=5.8888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.323;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:85:99:769,0,497 chrII 576971 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=85;Dels=0.00;FS=9.186;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.063;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:85:99:740,0,623 chrII 576997 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.607;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:619,0,630 chrII 577235 . T A 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;DP=77;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:804,0,382 chrII 577418 . T C 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;DP=43;Dels=0.00;FS=5.540;HaplotypeScore=7.8772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.013;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:43:99:174,0,360 chrII 577738 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;DP=46;Dels=0.00;FS=2.717;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:480,0,330 chrII 578174 . A C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=53;Dels=0.00;FS=7.031;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:565,0,339 chrII 578954 . A G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=64;Dels=0.00;FS=12.760;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:522,0,510 chrII 579032 . A T 784.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.195;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,48:68:99:814,0,211 chrII 579038 . A C 724.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=70;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.770;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,47:70:99:754,0,222 chrII 579042 . A G 719.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.541;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.880;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,45:68:99:749,0,213 chrII 579082 . G A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,26:85:99:230,0,997 chrII 579131 . A G 1225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=98;Dels=0.00;FS=1.579;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=12.50;ReadPosRankSum=-2.610;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,56:98:99:1255,0,882 chrII 579408 . G T 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.118;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,64:127:99:1138,0,1187 chrII 579501 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=55;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:523,0,450 chrII 579644 . A G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=64;Dels=0.00;FS=2.157;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:628,0,525 chrII 579647 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;DP=64;Dels=0.00;FS=2.157;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.446;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:643,0,511 chrII 579920 . T C 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=41;Dels=0.00;FS=4.649;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.983;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:248,0,303 chrII 579936 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=38;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:264,0,220 chrII 579957 . G A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.090;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:316,0,177 chrII 580057 . G A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=76;Dels=0.00;FS=3.002;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.389;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:564,0,566 chrII 580260 . G T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=42;Dels=0.00;FS=4.638;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:371,0,239 chrII 580371 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=53;Dels=0.00;FS=2.337;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.078;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:373,0,440 chrII 580507 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;DP=72;Dels=0.00;FS=4.656;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.102;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:526,0,690 chrII 580560 . A C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=51;Dels=0.00;FS=4.001;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:372,0,386 chrII 580575 . T C 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=50;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.970;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.354;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:327,0,426 chrII 580722 . A T 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.322;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:149,0,550 chrII 580746 . C T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:234,0,528 chrII 580772 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=53;Dels=0.00;FS=6.435;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:550,0,315 chrII 580809 . A T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.260;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.808;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:487,0,660 chrII 580868 . T C 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=20.45;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1178,129,0 chrII 580923 . A T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=39;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:233,0,335 chrII 581091 . A C 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=25.03;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84:784,84,0 chrII 581181 . C A 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;DP=40;Dels=0.00;FS=2.785;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.135;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:320,0,354 chrII 581216 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.093;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:264,0,396 chrII 581322 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;DP=64;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.487;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:640,0,407 chrII 581355 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=51;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:512,0,415 chrII 581460 . A G 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.03;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:790,87,0 chrII 581465 . A G 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=19.47;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:656,72,0 chrII 581484 . G C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;DP=40;Dels=0.00;FS=17.646;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:40:80:519,0,80 chrII 581615 . A G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DP=112;Dels=0.00;FS=4.982;HaplotypeScore=13.0862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:112:99:871,0,1021 chrII 581695 . G A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=114;Dels=0.00;FS=8.926;HaplotypeScore=5.3404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:114:99:797,0,1227 chrII 581822 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=43;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:471,0,231 chrII 582285 . T C 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.97;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1581,171,0 chrII 582334 . T G 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.23;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1125,120,0 chrII 582375 . T A 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=38;Dels=0.00;FS=3.079;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=21.74;ReadPosRankSum=2.321;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:90:859,90,0 chrII 582406 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=51;Dels=0.00;FS=3.975;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.029;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:367,0,487 chrII 582433 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=45;Dels=0.00;FS=8.659;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.736;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.647;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:323,0,453 chrII 582458 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=45;Dels=0.00;FS=8.484;HaplotypeScore=5.3634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.608;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:349,0,347 chrII 582470 . A T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.471;DP=43;Dels=0.02;FS=9.155;HaplotypeScore=21.1638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.484;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:311,0,330 chrII 582806 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=47;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.450;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:47:99:337,0,397 chrII 583100 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=40;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:381,0,314 chrII 583262 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:250,0,235 chrII 583267 . G A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:222,0,241 chrII 583514 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DP=40;Dels=0.00;FS=6.160;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.783;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:99:357,0,254 chrII 583576 . T A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=39;Dels=0.00;FS=2.255;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.308;QD=8.51;ReadPosRankSum=-3.754;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:362,0,250 chrII 583619 . A T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=2.406;QD=9.06;ReadPosRankSum=-2.195;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:456,0,374 chrII 583825 . T G 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=17.99;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:68:99:1256,141,0 chrII 583826 . T G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;DP=61;Dels=0.00;FS=24.793;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=1.834;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.213;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:472,0,479 chrII 583912 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:616,0,499 chrII 583984 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.799;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:670,0,680 chrII 584093 . A G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;DP=70;Dels=0.00;FS=2.899;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.090;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:545,0,495 chrII 584397 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.836;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:558,0,618 chrII 584634 . C T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;DP=95;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.654;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:95:99:776,0,805 chrII 584764 . G A 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=94;Dels=0.00;FS=1.716;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.441;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:825,0,823 chrII 585012 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.604;DP=57;Dels=0.00;FS=1.307;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:464,0,617 chrII 585092 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=66;Dels=0.00;FS=0.976;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:99:471,0,566 chrII 585569 . C T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=29;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:267,0,207 chrII 585769 . T C 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=42;Dels=0.00;FS=7.503;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=15.21;ReadPosRankSum=2.215;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:75:672,75,0 chrII 585814 . C T 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=17.82;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1138,123,0 chrII 585983 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=41;Dels=0.00;FS=12.884;HaplotypeScore=3.9178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:41:99:328,0,446 chrII 586072 . T C 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=31;Dels=0.00;FS=9.702;HaplotypeScore=6.5203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.659;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:31:99:249,0,273 chrII 586133 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=54;Dels=0.00;FS=5.471;HaplotypeScore=4.1100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:512,0,455 chrII 586153 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=73;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=7.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.722;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:73:99:604,0,612 chrII 586221 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.042;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:470,0,731 chrII 586315 . G C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.717;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:605,0,712 chrII 586488 . A T 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.618;DP=116;Dels=0.00;FS=12.245;HaplotypeScore=6.0542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:116:99:734,0,1044 chrII 586853 . A G 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.340;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:103:99:749,0,1003 chrII 586961 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=92;Dels=0.00;FS=10.235;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:754,0,752 chrII 586964 . A T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DP=93;Dels=0.00;FS=8.306;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:705,0,750 chrII 587130 . G T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.849;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:450,0,358 chrII 587405 . C T 1175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=101;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.651;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:1205,0,609 chrII 587432 . A T 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.474;DP=91;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.372;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:939,0,659 chrII 587603 . C T 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=113;Dels=0.00;FS=1.614;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:793,0,667 chrII 587830 . G C 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.32;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:758,84,0 chrII 588089 . A G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=65;Dels=0.02;FS=2.209;HaplotypeScore=2.9224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.559;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:64:99:756,0,403 chrII 588182 . T C 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.601;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:205,0,511 chrII 588254 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DP=56;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=3.1091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:56:99:663,0,376 chrII 588326 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.384;DP=56;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=7.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.860;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:415,0,495 chrII 588329 . G C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;DP=54;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.543;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:395,0,552 chrII 588368 . A C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;DP=62;Dels=0.00;FS=11.662;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:62:99:434,0,590 chrII 588892 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.242;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:726,0,620 chrII 588941 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:518,0,508 chrII 589117 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=97;Dels=0.00;FS=4.120;HaplotypeScore=8.7914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.812;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:560,0,631 chrII 589145 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=95;Dels=0.00;FS=7.239;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:95:99:500,0,629 chrII 589164 . T C 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=86;Dels=0.00;FS=7.202;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.691;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:86:99:1281,144,0 chrII 589235 . G T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.645;DP=47;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:47:99:377,0,383 chrII 589328 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=54;Dels=0.00;FS=6.037;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.273;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:364,0,578 chrII 589354 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=57;Dels=0.00;FS=9.553;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:366,0,623 chrII 589381 . C T 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=53;Dels=0.00;FS=12.659;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.904;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:209,0,506 chrII 589394 . G A 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=15.92;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96:861,96,0 chrII 589399 . A G 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.095;DP=52;Dels=0.00;FS=10.225;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.456;QD=2.85;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:178,0,527 chrII 589436 . A G 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.589;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.006;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:112,0,487 chrII 589450 . T C 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=40;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.331;QD=3.25;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:160,0,378 chrII 589471 . A G 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.712;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.243;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:100,0,330 chrII 589487 . C T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.023;DP=26;Dels=0.00;FS=1.810;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.361;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:75:75,0,255 chrII 589590 . G T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.637;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:322,0,399 chrII 589593 . G A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:309,0,386 chrII 589837 . C T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DP=38;Dels=0.00;FS=11.889;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.759;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:272,0,469 chrII 589871 . A G 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=15.78;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:617,69,0 chrII 589872 . G T 606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=16.38;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:639,69,0 chrII 589895 . T C 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.664;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:81:727,81,0 chrII 589941 . G A 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=17.10;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1230,135,0 chrII 590112 . A G 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=120;Dels=0.00;FS=7.301;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,53:120:99:1040,0,1296 chrII 590223 . T C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;DP=46;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.518;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:238,0,468 chrII 590242 . G T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=50;Dels=0.00;FS=4.936;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:415,0,344 chrII 590654 . A G 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.02;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:980,105,0 chrII 590742 . C T 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=18.87;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1033,111,0 chrII 590853 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;DP=44;Dels=0.00;FS=4.451;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.213;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:256,0,460 chrII 590898 . C T 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.50;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:888,93,0 chrII 590982 . T C 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.24;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1027,111,0 chrII 591204 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;DP=68;Dels=0.00;FS=3.440;HaplotypeScore=4.0973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.340;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:735,0,442 chrII 591250 . T C 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DP=35;Dels=0.00;FS=1.352;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.139;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:278,0,320 chrII 591285 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:28:99:265,0,179 chrII 591323 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.097;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:90:324,0,90 chrII 591378 . C A 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.67;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1397,153,0 chrII 591478 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=40;Dels=0.00;FS=3.259;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:40:99:213,0,354 chrII 591710 . A G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=1;MQRankSum=-0.341;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.250;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:558,0,508 chrII 592177 . A G 282.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=60;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.65;MQ0=17;MQRankSum=-0.101;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:312,0,380 chrII 592447 . G A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=80;Dels=0.00;FS=1.844;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.504;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:560,0,791 chrII 592495 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=108;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=10.1949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:108:99:633,0,992 chrII 592600 . G A 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=130;Dels=0.00;FS=12.616;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,64:130:99:913,0,1142 chrII 592623 . A G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;DP=103;Dels=0.00;FS=22.371;HaplotypeScore=4.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.648;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:712,0,905 chrII 592634 . T A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;DP=98;Dels=0.00;FS=18.290;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.261;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.595;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:628,0,889 chrII 592643 . G C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.717;DP=94;Dels=0.00;FS=16.937;HaplotypeScore=10.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.779;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.544;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:94:99:601,0,845 chrII 592744 . T A 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1316,138,0 chrII 592815 . A T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=100;Dels=0.00;FS=1.830;HaplotypeScore=7.9451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:100:99:593,0,1013 chrII 592905 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;DP=48;Dels=0.00;FS=4.240;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:471,0,327 chrII 592938 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=52;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.998;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:480,0,290 chrII 592973 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;DP=52;Dels=0.00;FS=3.925;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:419,0,236 chrII 593091 . T C 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=21.89;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1434,156,0 chrII 593122 . C A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:396,0,649 chrII 593354 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=29;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.421;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:234,0,283 chrII 593396 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.010;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:361,0,301 chrII 593459 . T G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190;DP=71;Dels=0.00;FS=4.009;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.502;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:71:99:692,0,421 chrII 593464 . C G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=72;Dels=0.00;FS=2.567;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:72:99:338,0,703 chrII 593719 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=31;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.741;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:307,0,201 chrII 593800 . G A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:234,0,222 chrII 593898 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;DP=32;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=6.75;ReadPosRankSum=2.352;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:246,0,296 chrII 593968 . A G 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=3.13;ReadPosRankSum=2.696;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:99:102,0,291 chrII 594007 . C T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=23;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=3.1222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=7.26;ReadPosRankSum=-2.123;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:197,0,198 chrII 594022 . C G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.248;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:192,0,184 chrII 594148 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:548,0,307 chrII 594298 . A T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.307;DP=70;Dels=0.00;FS=3.894;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.582;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:628,0,716 chrII 594303 . T A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=72;Dels=0.00;FS=2.317;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.397;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:614,0,721 chrII 594416 . G C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=67;Dels=0.00;FS=3.691;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=2.251;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.160;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:588,0,636 chrII 594492 . A G 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=22.02;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1200,129,0 chrII 594526 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;DP=64;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=9.59;ReadPosRankSum=-2.590;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:644,0,420 chrII 594781 . T C 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=17.56;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1227,135,0 chrII 594784 . T G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.945;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:488,0,588 chrII 595055 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.084;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:807,0,1001 chrII 595222 . C T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;DP=52;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=4.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.787;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.835;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:52:99:248,0,480 chrII 595246 . C T 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=19.55;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1128,123,0 chrII 595346 . G T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=51;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:259,0,387 chrII 595497 . A G 544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.652;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:63:577,63,0 chrII 595508 . A G 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=13.62;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:66:605,66,0 chrII 595530 . A G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=47;Dels=0.00;FS=6.054;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.352;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:322,0,251 chrII 595808 . C T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=27;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:27:99:271,0,140 chrII 595927 . T C 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=18.07;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1352,147,0 chrII 596041 . T C 1447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,71:130:99:1477,0,1202 chrII 596047 . G A 1519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.583;DP=130;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=4.3523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,73:130:99:1549,0,1120 chrII 596219 . C T 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=21.17;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:901,93,0 chrII 596258 . A T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DP=96;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.336;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:96:99:759,0,1022 chrII 596654 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=64;Dels=0.00;FS=2.043;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.363;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:466,0,579 chrII 596681 . T A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DP=78;Dels=0.00;FS=11.347;HaplotypeScore=2.5528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:410,0,806 chrII 596684 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=84;Dels=0.00;FS=13.202;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.849;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:390,0,771 chrII 596798 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=53;Dels=0.00;FS=10.558;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:399,0,399 chrII 596828 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;DP=55;Dels=0.00;FS=2.591;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=2.138;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.431;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:446,0,388 chrII 597100 . G A 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=15.48;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:46:81:745,81,0 chrII 597341 . A G 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;DP=73;Dels=0.00;FS=4.083;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.386;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:73:99:514,0,878 chrII 597493 . T A 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.167;DP=136;Dels=0.00;FS=12.415;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.705;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,56:136:99:1027,0,1437 chrII 597634 . A C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.643;DP=83;Dels=0.00;FS=3.594;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.860;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.181;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:83:99:640,0,656 chrII 597806 . C T 2546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=22.94;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:111:99:2579,270,0 chrII 597906 . C G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=69;Dels=0.00;FS=0.936;HaplotypeScore=4.9808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=2.376;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:621,0,605 chrII 598025 . T G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=56;Dels=0.00;FS=2.353;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.715;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.067;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:683,0,443 chrII 598133 . C T 1277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.700;DP=151;Dels=0.00;FS=5.231;HaplotypeScore=10.8976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,86:151:99:1307,0,1115 chrII 598137 . C T 3148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=20.71;SB=-1.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:152:99:3181,339,0 chrII 598243 . T C 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=94;Dels=0.00;FS=6.747;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.966;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:691,0,864 chrII 598254 . T G 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1756,195,0 chrII 598272 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DP=77;Dels=0.00;FS=12.228;HaplotypeScore=4.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:700,0,511 chrII 598635 . C T 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=92;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.855;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:761,0,880 chrII 598753 . G T 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=45;Dels=0.00;FS=2.280;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.376;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:280,0,325 chrII 598781 . C T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=48;Dels=0.00;FS=7.721;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.717;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:48:99:319,0,294 chrII 598928 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:342,0,568 chrII 599085 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DP=58;Dels=0.00;FS=10.513;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:399,0,596 chrII 599098 . T C 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=19.32;ReadPosRankSum=1.663;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:90:999,90,0 chrII 599150 . A T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.771;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:439,0,410 chrII 599573 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DP=68;Dels=0.00;FS=22.474;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:498,0,617 chrII 599687 . C T 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.34;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1329,144,0 chrII 599732 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=44;Dels=0.00;FS=2.493;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=7.91;ReadPosRankSum=-2.594;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:378,0,430 chrII 599869 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=80;Dels=0.00;FS=17.060;HaplotypeScore=8.1473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=7.71;ReadPosRankSum=-2.016;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:80:99:647,0,830 chrII 599903 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;DP=81;Dels=0.00;FS=14.867;HaplotypeScore=8.5893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.781;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:81:99:490,0,961 chrII 599979 . G T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;DP=96;Dels=0.00;FS=24.027;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.496;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:781,0,1023 chrII 600019 . C G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;DP=84;Dels=0.00;FS=11.488;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:84:99:797,0,722 chrII 600505 . T A 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:826,90,0 chrII 600570 . C T 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.96;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1183,129,0 chrII 600991 . T C 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=122;Dels=0.00;FS=1.614;HaplotypeScore=12.1892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.789;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:122:99:892,0,1298 chrII 601074 . G A 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.081;DP=96;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.178;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:959,0,713 chrII 601087 . A G 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;DP=82;Dels=0.00;FS=2.309;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.524;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:749,0,656 chrII 601097 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=75;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.265;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:661,0,634 chrII 601104 . G A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;DP=78;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.251;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:617,0,645 chrII 601142 . A G 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=19.66;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1193,132,0 chrII 601251 . G A 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DP=113;Dels=0.00;FS=10.397;HaplotypeScore=3.5601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.580;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:113:99:984,0,1113 chrII 601329 . C T 1664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;DP=151;Dels=0.00;FS=2.025;HaplotypeScore=5.0090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,80:151:99:1694,0,1261 chrII 601570 . G T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=74;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:594,0,665 chrII 602047 . G A 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=123;Dels=0.00;FS=2.301;HaplotypeScore=6.4442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:123:99:1095,0,1101 chrII 602171 . C T 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.514;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:902,0,975 chrII 602182 . T C 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.903;DP=114;Dels=0.00;FS=1.546;HaplotypeScore=9.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.593;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:114:99:850,0,1071 chrII 602361 . C T 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=17.77;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1668,180,0 chrII 602682 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:295,0,572 chrII 602687 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:299,0,509 chrII 602697 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=41;Dels=0.00;FS=2.948;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:263,0,462 chrII 602847 . G C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;DP=47;Dels=0.00;FS=6.118;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.416;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:335,0,376 chrII 602855 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;DP=49;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=3.6048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:277,0,434 chrII 603595 . A T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DP=110;Dels=0.00;FS=12.627;HaplotypeScore=49.0212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.463;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:850,0,1032 chrII 603825 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=76;Dels=0.00;FS=1.196;HaplotypeScore=7.6339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.326;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.695;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:76:99:760,0,389 chrII 603837 . A T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.953;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.461;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:513,0,397 chrII 603865 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=68;Dels=0.00;FS=10.093;HaplotypeScore=14.2860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.337;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:68:99:406,0,370 chrII 603916 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=66;Dels=0.00;FS=8.392;HaplotypeScore=3.1490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:377,0,616 chrII 603980 . T C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=58;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.140;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:305,0,566 chrII 603992 . A G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.618;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.321;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:299,0,608 chrII 604017 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.314;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:369,0,494 chrII 604051 . A T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=52;Dels=0.00;FS=2.501;HaplotypeScore=4.6519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:375,0,582 chrII 604155 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.788;DP=68;Dels=0.00;FS=0.986;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.694;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:526,0,601 chrII 604449 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.715;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.713;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:550,0,590 chrII 605039 . G A 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=19.90;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:988,105,0 chrII 605067 . G A 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=39;Dels=0.00;FS=7.160;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:372,0,292 chrII 605709 . C A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=35;Dels=0.00;FS=1.532;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,26:35:99:414,0,117 chrII 605773 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.976;DP=66;Dels=0.00;FS=2.176;HaplotypeScore=13.4850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.808;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:607,0,351 chrII 605775 . T C 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=71;Dels=0.01;FS=2.064;HaplotypeScore=17.0739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.169;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:573,0,502 chrII 605930 . T C 2171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.588;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:98:99:2204,243,0 chrII 605969 . A C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;DP=63;Dels=0.00;FS=1.032;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.610;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:282,0,641 chrII 605976 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.488;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:203,0,543 chrII 605997 . C T 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:70:70,0,486 chrII 606200 . A G 1011.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=119;Dels=0.00;FS=5.821;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:119:99:1041,0,938 chrII 606236 . A G 1182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.883;DP=136;Dels=0.00;FS=7.794;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.502;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:136:99:1212,0,1316 chrII 606458 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.199;DP=61;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:594,0,464 chrII 606494 . T A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=53;Dels=0.00;FS=2.588;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.219;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,36:53:99:564,0,290 chrII 606499 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=53;Dels=0.00;FS=2.557;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:99:308,0,585 chrII 606590 . C G 1263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=133;Dels=0.00;FS=1.873;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.699;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,74:133:99:1293,0,878 chrII 606638 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=120;Dels=0.00;FS=2.664;HaplotypeScore=19.6849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.810;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.333;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,38:120:99:621,0,1428 chrII 606658 . T C 1214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=95;Dels=0.00;FS=4.149;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.250;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.816;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,60:95:99:1244,0,485 chrII 607035 . T C 182.46 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-1.459e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:1:211,0,1 chrII 607269 . T C 575.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.732;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:605,0,555 chrII 607487 . G A 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.323;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.196;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:717,0,511 chrII 607539 . A C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;DP=83;Dels=0.00;FS=3.127;HaplotypeScore=3.5423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:763,0,776 chrII 607542 . A T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.698;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.807;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:690,0,850 chrII 607558 . T C 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.041;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:798,0,796 chrII 607602 . C T 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DP=115;Dels=0.00;FS=2.456;HaplotypeScore=15.2074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.083;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,69:115:99:1140,0,799 chrII 607669 . T A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.965;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,59:105:99:748,0,863 chrII 607705 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;DP=69;Dels=0.00;FS=3.297;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.438;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:69:99:483,0,570 chrII 607867 . C A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=77;Dels=0.00;FS=6.995;HaplotypeScore=10.3905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.961;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:502,0,519 chrII 608320 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=71;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.267;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:71:99:517,0,727 chrII 608350 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.306;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:407,0,638 chrII 608432 . A C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.447;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:83:99:591,0,816 chrII 608984 . T C 1326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,70:146:99:1356,0,1468 chrII 609073 . A G 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=82;Dels=0.00;FS=8.119;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.836;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:724,0,934 chrII 609102 . A G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;DP=73;Dels=0.00;FS=7.924;HaplotypeScore=8.1244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:73:99:630,0,759 chrII 609255 . A T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DP=109;Dels=0.00;FS=8.741;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:109:99:680,0,821 chrII 609397 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=76;Dels=0.00;FS=4.504;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:76:99:570,0,693 chrII 609547 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:344,0,694 chrII 609798 . G T 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DP=81;Dels=0.00;FS=3.487;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:688,0,584 chrII 610045 . A G 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=77;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.789;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,49:77:99:932,0,527 chrII 610094 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:746,0,456 chrII 610295 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=67;Dels=0.00;FS=3.493;HaplotypeScore=3.3345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.195;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:593,0,684 chrII 610362 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=74;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:609,0,552 chrII 610376 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,50:82:99:716,0,495 chrII 610417 . A T 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.543;DP=99;Dels=0.00;FS=8.301;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.784;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.447;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:848,0,766 chrII 610437 . A T 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DP=118;Dels=0.00;FS=4.532;HaplotypeScore=12.4839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.301;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,65:118:99:971,0,950 chrII 610492 . T G 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.986;DP=139;Dels=0.00;FS=0.630;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,65:139:99:1080,0,1418 chrII 610603 . G T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=69;Dels=0.00;FS=14.356;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=7.49;ReadPosRankSum=-2.124;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:547,0,674 chrII 610797 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.501;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:403,0,358 chrII 611052 . G T 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=43;Dels=0.00;FS=1.478;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:43:99:395,0,317 chrII 611232 . A C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;DP=43;Dels=0.00;FS=10.387;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.575;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:297,0,464 chrII 611442 . G A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:447,0,334 chrII 611711 . T C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;DP=54;Dels=0.00;FS=7.729;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:444,0,624 chrII 611905 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=66;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.194;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:99:453,0,556 chrII 612275 . A G 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=75;Dels=0.00;FS=4.976;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:800,0,666 chrII 612287 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.055;DP=63;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:663,0,579 chrII 612323 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.948;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:655,0,486 chrII 612575 . A G 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DP=88;Dels=0.00;FS=3.521;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:870,0,445 chrII 612968 . G A 527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=17.57;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:560,60,0 chrII 613112 . G T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.260;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:25:99:252,0,217 chrII 613145 . G A 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=25.21;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:78:739,78,0 chrII 613202 . G A 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=24.49;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:96:890,96,0 chrII 613370 . A G 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;DP=27;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:193,0,277 chrII 613388 . C T 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=16.32;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:539,60,0 chrII 613415 . A G 454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=29;Dels=0.00;FS=3.119;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=15.66;ReadPosRankSum=2.109;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:54:487,54,0 chrII 613517 . A G 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=23.34;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:850,90,0 chrII 614131 . A G 2006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2039,222,0 chrII 614154 . T A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.488;DP=80;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=6.5944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.784;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:80:99:826,0,402 chrII 614308 . G T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=79;Dels=0.00;FS=8.202;HaplotypeScore=11.7846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:565,0,546 chrII 614359 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.607;DP=80;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=8.8315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.507;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:80:99:455,0,647 chrII 614485 . G C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=59;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=2.5747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:379,0,591 chrII 614507 . C T 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=18.60;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1019,105,0 chrII 614520 . A G 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=20.28;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:966,108,0 chrII 614550 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=44;Dels=0.00;FS=1.354;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:343,0,390 chrII 614683 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;DP=35;Dels=0.00;FS=2.958;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:321,0,280 chrII 614824 . A G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=45;Dels=0.00;FS=2.724;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.869;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:161,0,416 chrII 614924 . G A 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.354;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:245,0,260 chrII 615097 . T A 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;DP=25;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.122;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:209,0,240 chrII 615157 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;DP=43;Dels=0.00;FS=6.428;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:440,0,301 chrII 615204 . C A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;DP=47;Dels=0.00;FS=6.227;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.097;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:258,0,375 chrII 615317 . G A 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:122,0,344 chrII 615346 . G A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.662;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:274,0,206 chrII 615566 . T C 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=36;Dels=0.00;FS=1.511;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:113,0,434 chrII 615644 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:202,0,186 chrII 615654 . G C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:208,0,135 chrII 615698 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=26;Dels=0.00;FS=6.622;HaplotypeScore=2.6934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=11.54;ReadPosRankSum=1.186;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:330,0,148 chrII 615775 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DP=33;Dels=0.00;FS=1.523;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:33:99:250,0,238 chrII 615881 . A G 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:239,0,214 chrII 615887 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.307;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:229,0,351 chrII 615970 . C G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;DP=37;Dels=0.00;FS=8.405;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:265,0,479 chrII 616310 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=63;Dels=0.00;FS=3.663;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:537,0,497 chrII 616376 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.684;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:413,0,468 chrII 616532 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:230,0,507 chrII 616646 . C T 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=17.53;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:997,105,0 chrII 616805 . A C 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.22;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:725,81,0 chrII 616838 . G A 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=18.63;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:797,84,0 chrII 617504 . A G 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=18.19;ReadPosRankSum=1.690;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:1561,177,0 chrII 617606 . A C 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.502;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:75:693,75,0 chrII 617783 . A T 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.56;SB=-1.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1928,204,0 chrII 617810 . T C 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.16;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1531,168,0 chrII 618086 . G A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=45;Dels=0.00;FS=6.448;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.853;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:441,0,261 chrII 618167 . T C 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=17.79;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:96:887,96,0 chrII 618353 . C T 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.239;DP=27;Dels=0.00;FS=9.061;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.331;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:189,0,252 chrII 618506 . A G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;DP=46;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:46:99:214,0,350 chrII 618525 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=51;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:362,0,312 chrII 618597 . T C 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.02;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:979,108,0 chrII 618600 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=44;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.473;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:408,0,362 chrII 618674 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;DP=28;Dels=0.00;FS=5.590;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:251,0,211 chrII 618736 . T G 576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=19.86;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:609,66,0 chrII 618746 . G A 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.731;DP=28;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.211;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.198;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:169,0,279 chrII 618793 . C T 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.953;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:110,0,486 chrII 618834 . A T 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;DP=31;Dels=0.00;FS=3.448;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.233;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:75:75,0,432 chrII 618841 . A T 43.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=33;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.017;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:73:73,0,404 chrII 618844 . A T 640 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=18.29;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:673,72,0 chrII 618861 . A G 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;DP=39;Dels=0.00;FS=4.981;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.466;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:72:72,0,398 chrII 618892 . G A 550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.13;MQ0=0;QD=13.75;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:63:583,63,0 chrII 618901 . G A 200.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;DP=40;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.609;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:230,0,225 chrII 618907 . A G 493 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.69;MQ0=0;QD=13.32;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:57:526,57,0 chrII 618908 . T C 482 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.69;MQ0=0;QD=13.03;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:57:515,57,0 chrII 618941 . T G 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=0;QD=18.30;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:710,78,0 chrII 619028 . C A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;DP=56;Dels=0.00;FS=6.351;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:56:99:433,0,493 chrII 619100 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DP=59;Dels=0.00;FS=5.844;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.633;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:619,0,492 chrII 619125 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DP=58;Dels=0.00;FS=5.822;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.079;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.501;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:58:99:573,0,426 chrII 619205 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;DP=52;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.421;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.655;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:551,0,386 chrII 619256 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;DP=38;Dels=0.00;FS=5.048;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.844;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:38:99:270,0,387 chrII 619415 . C T 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.577;DP=108;Dels=0.00;FS=9.195;HaplotypeScore=8.8254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=2.224;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.327;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,57:108:99:1182,0,955 chrII 619502 . T C 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=21.15;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1408,156,0 chrII 619507 . G A 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=22.37;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1442,153,0 chrII 619532 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=74;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:484,0,748 chrII 619534 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=76;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:76:99:524,0,780 chrII 619575 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=71;Dels=0.00;FS=13.072;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.227;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:460,0,828 chrII 619746 . A G 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=10.87;ReadPosRankSum=2.490;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:1128,0,793 chrII 619747 . A G 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=100;Dels=0.00;FS=3.026;HaplotypeScore=4.8298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=23.46;ReadPosRankSum=2.277;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:2379,252,0 chrII 620102 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=61;Dels=0.00;FS=8.872;HaplotypeScore=9.7731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.547;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:670,0,484 chrII 620149 . A G 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=2.150;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:804,0,426 chrII 620302 . G A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=119;Dels=0.00;FS=0.694;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=2.178;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.302;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:119:99:1107,0,821 chrII 620443 . G T 3136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.942e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:3169,333,0 chrII 620453 . A G 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.671;DP=137;Dels=0.00;FS=6.336;HaplotypeScore=6.5174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.427;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,61:137:99:966,0,1459 chrII 620472 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;DP=144;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=16.2046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.868;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,68:144:99:1029,0,1343 chrII 620480 . C T 1161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DP=141;Dels=0.00;FS=3.059;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=2.021;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.975;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,68:141:99:1191,0,1012 chrII 620498 . G A 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=118;Dels=0.00;FS=2.331;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,61:118:99:768,0,1086 chrII 620513 . G A 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=109;Dels=0.00;FS=4.649;HaplotypeScore=52.4879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=3.763;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.502;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:1027,0,668 chrII 620530 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=99;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=6.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.561;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.277;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:807,0,935 chrII 620577 . T C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=124;Dels=0.00;FS=4.602;HaplotypeScore=9.3321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.262;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,54:124:99:745,0,1383 chrII 620677 . T A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DP=76;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=4.0832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.654;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:687,0,661 chrII 620680 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DP=73;Dels=0.00;FS=6.196;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:73:99:620,0,762 chrII 620975 . T C 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=90;Dels=0.00;FS=5.500;HaplotypeScore=11.7865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.030;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:90:99:846,0,708 chrII 621057 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=82;Dels=0.00;FS=1.980;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.145;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:579,0,788 chrII 621176 . C T 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=113;Dels=0.00;FS=0.741;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:113:99:1190,0,907 chrII 621285 . G A 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.681;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1375,147,0 chrII 621546 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=53;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:424,0,386 chrII 621963 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=65;Dels=0.00;FS=7.158;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:654,0,374 chrII 622305 . T A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=60;Dels=0.00;FS=5.468;HaplotypeScore=3.2319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.608;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:636,0,440 chrII 622533 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;DP=41;Dels=0.00;FS=7.357;HaplotypeScore=5.0992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:380,0,244 chrII 622655 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=53;Dels=0.00;FS=5.552;HaplotypeScore=6.6387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:355,0,367 chrII 622710 . A G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=44;Dels=0.00;FS=7.322;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=6.77;ReadPosRankSum=2.150;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:328,0,192 chrII 622784 . A C 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;DP=49;Dels=0.00;FS=1.373;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.580;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:49:99:194,0,732 chrII 622789 . G T 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:51:99:788,0,191 chrII 622812 . T G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.829;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,20:68:99:238,0,1068 chrII 622849 . A T 2610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=22.89;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2643,282,0 chrII 622858 . C A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=116;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=5.7707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.021;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:116:99:596,0,1449 chrII 622888 . C A 2244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=18.39;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:121:99:2277,267,0 chrII 622971 . T C 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.200;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,69:136:99:1070,0,1344 chrII 622981 . A C 2921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=21.17;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:138:99:2954,330,0 chrII 623027 . T C 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=122;Dels=0.00;FS=7.209;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:122:99:801,0,1372 chrII 623061 . G A 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DP=118;Dels=0.00;FS=17.978;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:118:99:1169,0,905 chrII 623199 . G A 1722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.036;DP=189;Dels=0.01;FS=1.141;HaplotypeScore=33.5083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,93:188:99:1752,0,1818 chrII 623272 . C A 2507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=19.90;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2540,285,0 chrII 623409 . C T 998.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=147;Dels=0.00;FS=0.607;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,72:147:99:1028,0,1232 chrII 623413 . A T 2941 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=18.85;SB=-2.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:2974,321,0 chrII 623418 . A T 2952 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=17.89;SB=-1.828e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:2985,327,0 chrII 623423 . G C 988.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.614;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,81:171:99:1018,0,1455 chrII 623427 . A G 1460.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.793;DP=180;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,94:180:99:1490,0,1158 chrII 623484 . T C 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=171;Dels=0.00;FS=2.836;HaplotypeScore=12.7724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.389;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,75:171:99:1025,0,1465 chrII 623785 . C T 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=125;Dels=0.00;FS=0.675;HaplotypeScore=5.0170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=2.102;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:125:99:952,0,1235 chrII 623818 . A G 2129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=94;Dels=0.00;FS=3.057;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=22.65;ReadPosRankSum=2.397;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2162,240,0 chrII 623968 . G T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=61;Dels=0.00;FS=9.396;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.782;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:428,0,739 chrII 624009 . C T 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=22.14;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1871,201,0 chrII 624023 . C T 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.628;DP=92;Dels=0.00;FS=13.116;HaplotypeScore=4.0320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.781;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,58:92:99:997,0,574 chrII 624052 . A T 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;DP=129;Dels=0.00;FS=2.390;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,55:129:99:982,0,1320 chrII 624076 . T C 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DP=140;Dels=0.00;FS=1.443;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.374;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,59:140:99:985,0,1390 chrII 624174 . C A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=84;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=7.4725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:456,0,1040 chrII 624215 . A G 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;DP=82;Dels=0.00;FS=5.956;HaplotypeScore=6.2781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.481;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:82:99:869,0,562 chrII 624493 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=61;Dels=0.00;FS=7.122;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.516;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:424,0,660 chrII 624540 . A T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.296;DP=69;Dels=0.00;FS=8.573;HaplotypeScore=4.2350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:418,0,642 chrII 624736 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=64;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.589;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.790;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:325,0,651 chrII 624740 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.284;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:305,0,741 chrII 624762 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=56;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:294,0,672 chrII 624798 . A G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;DP=63;Dels=0.00;FS=1.003;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.915;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:443,0,619 chrII 624805 . G A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.285;DP=66;Dels=0.00;FS=2.195;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=6.20;ReadPosRankSum=2.243;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:66:99:439,0,589 chrII 624836 . C A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.270;DP=66;Dels=0.00;FS=6.598;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:495,0,612 chrII 625077 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=53;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:53:99:295,0,437 chrII 625150 . C G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.355;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:342,0,339 chrII 625203 . C A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.142;DP=46;Dels=0.00;FS=1.319;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:433,0,379 chrII 625210 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DP=51;Dels=0.00;FS=4.432;HaplotypeScore=5.0172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:51:99:478,0,377 chrII 625234 . T G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=57;Dels=0.00;FS=5.430;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.772;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:57:99:642,0,310 chrII 625298 . A G 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=23.85;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1297,141,0 chrII 625628 . A C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=52;Dels=0.00;FS=2.399;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:512,0,462 chrII 625690 . C A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=62;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:632,0,457 chrII 625721 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.198;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:72:99:637,0,532 chrII 625733 . G C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DP=73;Dels=0.00;FS=2.104;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.237;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:73:99:627,0,698 chrII 625761 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=68;Dels=0.00;FS=3.599;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=7.43;ReadPosRankSum=-2.841;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:535,0,619 chrII 625843 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=45;Dels=0.00;FS=4.667;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:549,0,291 chrII 625876 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.162;DP=45;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:414,0,330 chrII 626092 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=57;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.551;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:549,0,511 chrII 626278 . C T 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=22.74;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1329,147,0 chrII 626455 . G A 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=18.78;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1047,111,0 chrII 626470 . C T 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=17.78;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:833,90,0 chrII 626608 . T C 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.89;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:827,87,0 chrII 626656 . G A 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=17.95;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:697,75,0 chrII 626680 . A T 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=18.40;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:806,87,0 chrII 627001 . T A 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=19.79;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:805,90,0 chrII 627055 . A T 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.24;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:800,87,0 chrII 628267 . T C 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=13.47;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:75:666,75,0 chrII 628269 . T C 619 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=13.46;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:75:652,75,0 chrII 628345 . T C 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=12.87;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1024,111,0 chrII 628674 . T C 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=15.21;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:36:322,36,0 chrII 628807 . T C 227 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=14.19;SB=-1.492e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30:260,30,0 chrII 628898 . T C 368 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=12.27;SB=-6.793e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:29:45:401,45,0 chrII 628943 . C G 685 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=25.37;ReadPosRankSum=0.449;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:75:718,75,0 chrII 629013 . G A 842 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.06;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:35:93:875,93,0 chrII 629133 . A G 670 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=15.23;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:703,78,0 chrII 629145 . A G 674 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=14.65;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:81:707,81,0 chrII 629259 . G A 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=24.03;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1739,183,0 chrII 629323 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.415;DP=74;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=2.168;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:755,0,615 chrII 629636 . C T 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=20.84;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1471,153,0 chrII 629641 . G A 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.08;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1468,156,0 chrII 629782 . T C 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=20.78;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1176,126,0 chrII 630052 . C T 357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=14.28;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:45:390,45,0 chrII 630091 . T C 362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=16.45;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:42:395,42,0 chrII 630094 . A G 319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=15.19;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:39:352,39,0 chrII 630671 . T A 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.29;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1140,129,0 chrII 630784 . C T 1829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=19.25;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1862,198,0 chrII 630833 . C T 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=23.04;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1945,210,0 chrII 631243 . C T 2116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.51;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2149,231,0 chrII 631321 . T C 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.676;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1430,156,0 chrII 631353 . G A 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.70;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1123,120,0 chrII 631572 . A T 2207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=23.99;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2240,237,0 chrII 631668 . T C 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.25;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1346,144,0 chrII 631864 . T C 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=21.29;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:906,99,0 chrII 631870 . A G 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.62;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:954,102,0 chrII 632170 . G A 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=22.39;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1354,147,0 chrII 632747 . T C 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=23.28;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1360,150,0 chrII 632812 . G A 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=19.70;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1215,138,0 chrII 632857 . C T 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=22.57;ReadPosRankSum=0.279;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1455,156,0 chrII 632896 . G A 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=20.24;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1308,144,0 chrII 632908 . C T 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=20.53;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1265,135,0 chrII 632938 . G A 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1056,114,0 chrII 632980 . G A 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=18.35;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1024,114,0 chrII 633052 . G T 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=23.60;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1166,123,0 chrII 633129 . C T 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=23.77;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1364,144,0 chrII 633176 . T G 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=19.22;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1071,117,0 chrII 633308 . T A 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=18.05;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1080,117,0 chrII 633318 . T C 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=20.05;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1176,123,0 chrII 633358 . T C 928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=17.51;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:961,102,0 chrII 633402 . G C 728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=13.74;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:84:761,84,0 chrII 633409 . G A 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=15.33;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:84:784,84,0 chrII 633468 . T G 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=50;Dels=0.00;FS=7.482;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=13.98;ReadPosRankSum=2.350;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:50:81:732,81,0 chrII 633618 . A C 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=22.94;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1157,126,0 chrII 633636 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:293,0,434 chrII 633855 . T C 731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=20.89;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:764,84,0 chrII 633876 . G A 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=21.54;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1153,123,0 chrII 633957 . G A 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=18.17;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:1941,204,0 chrII 633960 . C T 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;QD=16.33;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:1764,189,0 chrII 634225 . C T 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=21.98;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1242,132,0 chrII 634599 . G A 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=19.69;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1293,138,0 chrII 635127 . G A 2691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=20.23;SB=-1.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:133:99:2724,309,0 chrII 635445 . A G 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=18.97;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1532,168,0 chrII 635476 . G A 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.265;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:808,0,598 chrII 635478 . C T 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=22.30;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1884,198,0 chrII 635928 . C A 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.04;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1396,153,0 chrII 635959 . G T 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.080;DP=72;Dels=0.00;FS=7.945;HaplotypeScore=4.1076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:649,0,546 chrII 636168 . C T 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=16.00;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1297,144,0 chrII 636267 . C T 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.03;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1907,204,0 chrII 636372 . T C 3962.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=24.76;ReadPosRankSum=2.419;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,158:160:99:3962,432,0 chrII 636537 . A G 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=19.42;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:1839,207,0 chrII 636709 . C G 2352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:106:99:2385,261,0 chrII 636994 . T C 938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=15.90;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:971,105,0 chrII 637063 . T A 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=81;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=12.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=18.40;ReadPosRankSum=0.606;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1523,165,0 chrII 637264 . T C 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.399;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:1002,114,0 chrII 637366 . T C 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=23.03;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1737,189,0 chrII 637651 . C G 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2038,225,0 chrII 637785 . T C 2621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.777;DP=130;Dels=0.00;FS=22.232;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.324;QD=20.16;ReadPosRankSum=3.705;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:130:99:2654,291,0 chrII 637795 . C A 2600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=19.85;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:2633,291,0 chrII 637928 . T G 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=19.67;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1056,117,0 chrII 637990 . C T 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.49;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1734,183,0 chrII 638086 . A G 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=22.22;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1433,156,0 chrII 638716 . A G 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.17;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:1024,111,0 chrII 639220 . C G 334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=13.36;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:42:367,42,0 chrII 639337 . C T 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.98;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:978,105,0 chrII 639427 . A G 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:983,108,0 chrII 639700 . C T 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.00;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:769,81,0 chrII 639745 . G A 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.80;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:886,93,0 chrII 639793 . G A 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=17.36;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:814,93,0 chrII 639832 . G A 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=20.06;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:996,108,0 chrII 640834 . T C 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=46;Dels=0.00;FS=9.938;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=18.61;ReadPosRankSum=2.182;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:889,99,0 chrII 641071 . T G 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.26;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:896,99,0 chrII 641302 . C T 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=20.82;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:616,66,0 chrII 641433 . A G 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.64;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:780,84,0 chrII 641467 . A G 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.06;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:31:75:686,75,0 chrII 641842 . C T 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.15;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1101,117,0 chrII 642049 . C T 524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.41;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:557,60,0 chrII 642483 . G A 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=23.00;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:976,105,0 chrII 642492 . A G 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=20.79;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:906,105,0 chrII 642773 . G A 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.42;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1503,171,0 chrII 642806 . A G 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.41;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1232,135,0 chrII 642969 . A G 518 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.08;MQ0=0;QD=13.63;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:60:551,60,0 chrII 642976 . A C 430 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.972;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:51:463,51,0 chrII 642978 . G A 439 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=10.71;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:51:472,51,0 chrII 643098 . G T 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=18.68;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1677,186,0 chrII 643134 . G A 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=20.01;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1734,192,0 chrII 643176 . G A 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;QD=17.11;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1539,174,0 chrII 643432 . G A 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.93;MQ0=0;QD=23.04;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1876,198,0 chrII 643489 . G T 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DP=70;Dels=0.00;FS=23.898;HaplotypeScore=7.8546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;MQRankSum=1.854;QD=15.27;ReadPosRankSum=2.427;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:70:93:1102,93,0 chrII 643492 . G T 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=62;Dels=0.00;FS=33.694;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=14.42;ReadPosRankSum=-1.934;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:62:62:927,62,0 chrII 643808 . G A 114.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=0;QD=12.70;SB=-1.373e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:147,15,0 chrII 643809 . A G 98.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=0;QD=10.92;SB=-1.373e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:131,15,0 chrII 643866 . A T 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.77;MQ0=0;QD=12.20;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:60:570,60,0 chrII 643914 . G A 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.75;MQ0=0;QD=17.89;SB=-1.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1822,192,0 chrII 643915 . T A 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=102;Dels=0.00;FS=3.047;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=17.28;ReadPosRankSum=2.401;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:1796,192,0 chrII 643931 . T C 2262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;QD=18.10;SB=-1.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2295,252,0 chrII 643991 . A C 2502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2535,273,0 chrII 644145 . G A 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=7.13;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:896,99,0 chrII 644333 . G T 3013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=21.52;ReadPosRankSum=0.493;SB=-1.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:140:99:3046,321,0 chrII 644482 . G C 5656.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=22.99;SB=-2.949e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,244:246:99:5656,621,0 chrII 644529 . C T 5576.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.30;SB=-2.664e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,249:250:99:5576,603,0 chrII 644646 . C T 2487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=20.55;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2520,282,0 chrII 644790 . T C 2968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=21.99;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:3001,318,0 chrII 645021 . C T 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=18.96;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1645,180,0 chrII 645058 . C A 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;QD=18.30;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1680,186,0 chrII 645081 . T C 1992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DP=119;Dels=0.00;FS=2.584;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=16.74;ReadPosRankSum=2.941;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:119:99:2025,219,0 chrII 645084 . C T 2166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=17.61;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2199,231,0 chrII 645127 . C A 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.44;MQ0=0;QD=13.76;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:1615,168,0 chrII 645132 . A G 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.53;MQ0=0;QD=12.17;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:1372,147,0 chrII 645158 . A G 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.939;DP=117;Dels=0.00;FS=14.549;HaplotypeScore=14.0321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=14.22;ReadPosRankSum=2.939;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:117:99:1697,186,0 chrII 645289 . G A 2969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.612e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3002,321,0 chrII 645341 . A G 2649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=109;Dels=0.00;FS=4.652;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=24.30;ReadPosRankSum=1.700;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:2682,300,0 chrII 645457 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=133;Dels=0.00;FS=2.451;HaplotypeScore=15.1839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=2.631;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.901;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,47:133:99:738,0,1418 chrII 645592 . C T 2318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.07;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2351,255,0 chrII 645632 . T C 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;DP=117;Dels=0.00;FS=5.942;HaplotypeScore=19.0783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.543;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,55:117:99:917,0,903 chrII 645738 . A G 1799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=20.92;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1832,204,0 chrII 645807 . T C 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.98;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1374,150,0 chrII 646209 . C T 2737 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.10;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2770,300,0 chrII 646524 . G A 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=20.39;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1562,165,0 chrII 646843 . A G 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=16.78;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1191,129,0 chrII 646863 . G A 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=21.26;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1564,168,0 chrII 646935 . A T 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2143,225,0 chrII 647284 . C T 4016.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=22.56;SB=-1.438e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:178:99:4016,435,0 chrII 647422 . C G 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.22;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1833,204,0 chrII 647496 . A C 2399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.926;DP=123;Dels=0.00;FS=2.525;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=19.50;ReadPosRankSum=2.943;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:123:99:2432,267,0 chrII 647502 . G A 2625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=20.35;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:129:99:2658,285,0 chrII 647924 . A G 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=19.82;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1500,168,0 chrII 648275 . C T 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.35;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1948,210,0 chrII 648361 . C A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:401,0,347 chrII 648554 . C T 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=19.14;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:741,78,0 chrII 648668 . A G 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=14.22;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:75:687,75,0 chrII 649511 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;DP=54;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:288,0,532 chrII 649517 . A T 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=18.71;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1006,105,0 chrII 649588 . C A 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=16.27;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1042,111,0 chrII 649931 . T C 2190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=94;Dels=0.00;FS=2.627;HaplotypeScore=6.0217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=23.30;ReadPosRankSum=2.397;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2223,243,0 chrII 650411 . A G 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.11;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1096,117,0 chrII 650502 . C T 414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=15.33;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:48:447,48,0 chrII 650526 . G A 406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=16.24;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:439,48,0 chrII 650548 . G A 444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=17.76;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:477,51,0 chrII 650605 . C T 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=20.19;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:578,60,0 chrII 650619 . A G 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=16.84;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:72:673,72,0 chrII 650631 . C T 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=13.68;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:75:635,75,0 chrII 650976 . G A 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=18.30;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:875,99,0 chrII 651090 . A G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=31;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:272,0,127 chrII 651310 . C A 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.72;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1504,165,0 chrII 651616 . T A 132.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.01;SB=-5.112e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:165,18,0 chrII 651951 . G A 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=22.85;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:69:650,69,0 chrII 652086 . C T 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=18.00;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:663,72,0 chrII 652113 . G A 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=18.53;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:867,90,0 chrII 652362 . C T 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=24.67;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81:773,81,0 chrII 652373 . G A 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=23.19;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:81:752,81,0 chrII 652587 . T C 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=15.89;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:66:605,66,0 chrII 652830 . T C 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=18.73;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1550,168,0 chrII 653007 . G A 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=20.00;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1253,132,0 chrII 653133 . C T 5645.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=24.12;SB=-2.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,231:234:99:5645,589,0 chrII 653235 . T A 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=0.19;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-9.176e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:111,2:113:6:53,6,0 chrII 653275 . A G 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=18.34;ReadPosRankSum=1.164;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1152,126,0 chrII 653427 . T C 2156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=19.60;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2189,234,0 chrII 653429 . G C 2097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=19.24;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:109:99:2130,234,0 chrII 653440 . C A 1981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=16.93;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2014,222,0 chrII 653517 . G A 1165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=114;Dels=0.00;FS=4.671;HaplotypeScore=4.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.392;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,61:114:99:1195,0,919 chrII 653730 . A G 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=21.97;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1747,195,0 chrII 653876 . G A 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=25.26;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2458,255,0 chrII 654127 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=21.22;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1476,159,0 chrII 654312 . C T 625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=17.36;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:658,69,0 chrII 654339 . C G 439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=12.91;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:54:472,54,0 chrII 654351 . T C 400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.86;MQ0=0;QD=13.33;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:30:48:433,48,0 chrII 654360 . T C 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=13.79;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:419,45,0 chrII 654388 . A G 309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=12.87;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:36:342,36,0 chrII 654500 . G A 390 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.41;MQ0=0;QD=12.58;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:45:423,45,0 chrII 654506 . C G 99.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=30;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=3.3839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:30:99:129,0,145 chrII 654507 . T C 285 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:36:318,36,0 chrII 654523 . G T 161.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.83;MQ0=0;QD=4.35;SB=-1.331e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:21:194,21,0 chrII 654525 . C T 195.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.83;MQ0=0;QD=5.27;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:24:228,24,0 chrII 655451 . G A 2866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2899,321,0 chrII 655511 . G A 2636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=24.41;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2669,282,0 chrII 656242 . A G 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=19.35;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1562,171,0 chrII 656467 . G A 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1905,201,0 chrII 656530 . G A 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=20.38;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1419,156,0 chrII 656574 . T C 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1463,159,0 chrII 656770 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=58;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:329,0,550 chrII 656779 . T C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=4.624;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=16.57;ReadPosRankSum=1.673;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:994,108,0 chrII 657120 . G T 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=22.18;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1785,201,0 chrII 657562 . A G 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=22.00;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1529,171,0 chrII 657572 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:645,0,632 chrII 657582 . T A 1932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=21.47;ReadPosRankSum=1.617;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1965,213,0 chrII 657722 . C T 2446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.44;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:2479,261,0 chrII 658596 . C T 1448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.735;DP=176;Dels=0.00;FS=0.554;HaplotypeScore=13.1198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,87:176:99:1478,0,1590 chrII 658786 . T C 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=75;Dels=0.00;FS=6.446;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=17.69;ReadPosRankSum=1.686;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1360,147,0 chrII 658797 . G A 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=18.06;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1640,177,0 chrII 659576 . G T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:455,0,471 chrII 659685 . A G 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.44;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:955,108,0 chrII 660237 . A G 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.73;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1217,138,0 chrII 660369 . A G 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=22.67;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:940,102,0 chrII 660402 . C T 622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=17.77;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:655,72,0 chrII 660728 . G A 441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.90;MQ0=0;QD=16.33;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:51:474,51,0 chrII 661314 . T C 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=17.11;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:649,72,0 chrII 661542 . A T 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=1;MQRankSum=-0.096;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.251;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:75:694,75,0 chrII 661659 . G A 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;DP=19;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.115;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:73:73,0,204 chrII 661818 . T A 532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=21.28;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:565,60,0 chrII 661878 . G A 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=23.19;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:81:752,81,0 chrII 662073 . G A 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=12.70;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:51:452,51,0 chrII 662094 . A G 422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=12.79;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:51:455,51,0 chrII 662112 . G A 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=13.04;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:72:646,72,0 chrII 662272 . C T 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=18.45;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1177,123,0 chrII 662354 . G A 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=19.51;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1067,111,0 chrII 662444 . G A 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=19.37;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1699,183,0 chrII 662477 . T A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=80;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=8.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.246;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:752,0,805 chrII 662669 . C T 1356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.120;DP=115;Dels=0.00;FS=1.235;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=11.79;ReadPosRankSum=2.091;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,64:115:99:1386,0,937 chrII 662749 . G A 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=18.46;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1307,144,0 chrII 662833 . A G 1237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DP=136;Dels=0.00;FS=5.179;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,66:136:99:1267,0,1442 chrII 663226 . G A 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.33;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1639,174,0 chrII 663478 . C T 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=23.11;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:888,96,0 chrII 663562 . G A 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=16.46;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:675,75,0 chrII 663901 . T C 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=14.52;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:51:454,51,0 chrII 664165 . T C 1337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=23.87;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1370,153,0 chrII 664354 . T A 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.02;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:970,102,0 chrII 664761 . G T 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=22.65;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1732,186,0 chrII 665011 . C T 1549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=142;Dels=0.00;FS=17.984;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,78:142:99:1579,0,1147 chrII 665139 . G C 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.25;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1627,183,0 chrII 665576 . C A 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.40;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:645,69,0 chrII 665795 . A G 532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.621;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:63:565,63,0 chrII 666366 . A T 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=19.60;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1699,186,0 chrII 666416 . T C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.394;DP=69;Dels=0.00;FS=2.186;HaplotypeScore=9.1507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.699;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,24:69:99:325,0,800 chrII 666708 . A G 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=21.60;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1372,150,0 chrII 666849 . T A 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=18.10;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:594,63,0 chrII 666875 . G A 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.81;MQ0=0;QD=17.50;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:628,69,0 chrII 666885 . G A 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=17.42;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:695,75,0 chrII 667131 . G A 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=16.97;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:75:661,75,0 chrII 667170 . C T 438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=16.85;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:471,51,0 chrII 667779 . A G 444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.561;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:54:477,54,0 chrII 668585 . A G 226.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=18.83;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:27:259,27,0 chrII 668596 . G A 267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=15.71;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:33:300,33,0 chrII 668651 . C T 450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=19.57;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:483,51,0 chrII 668968 . C T 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=20.24;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:57:539,57,0 chrII 668984 . A G 442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=16.37;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:51:475,51,0 chrII 669257 . C T 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=22.31;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:836,87,0 chrII 669262 . C T 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=21.86;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:820,87,0 chrII 669668 . G A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.87;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1433,153,0 chrII 670083 . T C 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DP=58;Dels=0.00;FS=11.831;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=16.78;ReadPosRankSum=2.703;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1006,111,0 chrII 670150 . C T 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.19;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1622,174,0 chrII 670277 . G C 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=113;Dels=0.00;FS=3.512;HaplotypeScore=3.4211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=14.77;ReadPosRankSum=1.606;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:113:99:1702,186,0 chrII 670302 . G A 2711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.60;SB=-1.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:154:99:2744,300,0 chrII 670480 . A T 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.36;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1504,165,0 chrII 670710 . C T 1260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=119;Dels=0.00;FS=5.685;HaplotypeScore=7.9273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.980;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,66:119:99:1290,0,812 chrII 670742 . T C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=20.86;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1723,192,0 chrII 670867 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=84;Dels=0.00;FS=0.826;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.493;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:645,0,691 chrII 671233 . G A 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=70;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.393;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:70:99:799,0,422 chrII 671376 . T C 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.60;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1156,126,0 chrII 671544 . A T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;DP=62;Dels=0.00;FS=11.760;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.686;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:561,0,665 chrII 671577 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=66;Dels=0.00;FS=5.136;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.125;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:570,0,661 chrII 672003 . A G 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=21.23;ReadPosRankSum=1.599;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1137,123,0 chrII 672013 . T C 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=21.26;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1181,126,0 chrII 672019 . C G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=57;Dels=0.00;FS=14.974;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.566;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:500,0,391 chrII 672147 . T G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=70;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=7.9337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.499;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:407,0,562 chrII 672200 . A C 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.18;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:699,75,0 chrII 672318 . G A 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=16.55;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:72:662,72,0 chrII 672507 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=30;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.867;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:224,0,291 chrII 673212 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=70;Dels=0.00;FS=4.310;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:629,0,715 chrII 673311 . G A 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=24.63;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1240,129,0 chrII 673342 . T A 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=13.72;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:66:582,66,0 chrII 673355 . T C 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=46;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=14.7007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.874;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:174,0,107 chrII 673390 . G T 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=17.41;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1321,138,0 chrII 673524 . T A 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.156;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,51:88:99:995,0,578 chrII 673645 . A G 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.93;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1660,183,0 chrII 673832 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=9.91;ReadPosRankSum=2.332;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:377,0,244 chrII 674295 . T A 3816.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=167;Dels=0.00;FS=3.024;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=22.85;ReadPosRankSum=2.420;SB=-2.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,165:167:99:3816,411,0 chrII 674848 . C T 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=20.11;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1501,162,0 chrII 674974 . T C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=95;Dels=0.00;FS=6.406;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:702,0,1059 chrII 675146 . G A 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=17.48;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1204,132,0 chrII 675204 . T A 2214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DP=128;Dels=0.00;FS=18.549;HaplotypeScore=1.9736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=17.30;ReadPosRankSum=3.266;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:128:99:2247,249,0 chrII 675206 . A G 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=128;Dels=0.00;FS=4.540;HaplotypeScore=2.9568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=17.08;ReadPosRankSum=1.407;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2219,252,0 chrII 675236 . C T 3155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.820e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:3188,339,0 chrII 675293 . A G 2823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=121;Dels=0.00;FS=7.554;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=23.33;ReadPosRankSum=2.389;SB=-1.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,119:121:99:2856,315,0 chrII 675612 . T C 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.88;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1787,204,0 chrII 675714 . G C 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=22.82;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1836,207,0 chrII 675804 . A G 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=21.44;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1534,165,0 chrII 675879 . G A 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=21.89;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1806,207,0 chrII 676050 . T C 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=0;QD=19.74;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1237,135,0 chrII 676055 . G C 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=17.08;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1126,129,0 chrII 676110 . G A 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=16.06;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1398,153,0 chrII 676125 . T C 1815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=19.31;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1848,207,0 chrII 676163 . T C 2286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=20.59;ReadPosRankSum=1.701;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2319,258,0 chrII 676305 . C A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.219;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,34:93:99:419,0,1118 chrII 676310 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;DP=94;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.438;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,35:94:99:420,0,1052 chrII 676339 . T C 2140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.338;DP=121;Dels=0.00;FS=14.184;HaplotypeScore=6.1473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=17.69;ReadPosRankSum=3.160;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:121:99:2173,231,0 chrII 676341 . A C 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=121;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=7.9572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=17.74;ReadPosRankSum=1.241;SB=-1.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:121:99:2180,234,0 chrII 676380 . C T 2499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=17.12;SB=-1.598e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:146:99:2532,279,0 chrII 676447 . C T 3291.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3291,357,0 chrII 676481 . A G 2614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=22.15;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2647,288,0 chrII 676577 . G A 2674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=20.41;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2707,297,0 chrII 676587 . C T 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.080;DP=131;Dels=0.00;FS=6.910;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.421;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:1082,0,1244 chrII 676632 . T C 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.701;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2099,234,0 chrII 676645 . T C 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=17.68;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:1713,189,0 chrII 676924 . G A 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=84;Dels=0.00;FS=1.797;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.243;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:993,0,744 chrII 677014 . A G 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=20.08;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1258,138,0 chrII 677110 . T C 3145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.69;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:152:99:3178,348,0 chrII 677653 . C T 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=20.82;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1053,117,0 chrII 677672 . G A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=57;Dels=0.00;FS=2.244;HaplotypeScore=5.5404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:676,0,377 chrII 677719 . A G 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=55;Dels=0.00;FS=6.197;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=2.077;QD=18.80;ReadPosRankSum=2.870;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:55:99:1067,117,0 chrII 678377 . C T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=31;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.377;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:229,0,335 chrII 678410 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=37;Dels=0.00;FS=1.332;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.251;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:395,0,228 chrII 678574 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;DP=64;Dels=0.00;FS=7.012;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.413;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.219;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:696,0,385 chrII 678648 . C T 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.97;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1396,153,0 chrII 678714 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:278,0,546 chrII 678941 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:442,0,314 chrII 678984 . A G 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.67;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1333,147,0 chrII 679024 . C T 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=23.24;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1683,177,0 chrII 679063 . G A 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=20.46;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1240,138,0 chrII 679168 . C G 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=19.92;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1029,111,0 chrII 679184 . A C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=46;Dels=0.00;FS=4.973;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.470;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:343,0,380 chrII 679276 . A C 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.95;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1087,120,0 chrII 679332 . G T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=63;Dels=0.00;FS=5.780;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:556,0,553 chrII 679502 . G A 2269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.41;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2302,264,0 chrII 679642 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=64;Dels=0.00;FS=1.125;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:356,0,479 chrII 679643 . G T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=68;Dels=0.00;FS=5.450;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.763;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:331,0,516 chrII 680168 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DP=41;Dels=0.00;FS=1.252;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.758;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:339,0,386 chrII 680333 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.996;DP=73;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=100.4331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.628;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.627;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:422,0,385 chrII 680372 . A G 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=39;Dels=0.00;FS=2.961;HaplotypeScore=3.4108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:39:94:94,0,214 chrII 680373 . A C 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=39;Dels=0.00;FS=1.294;HaplotypeScore=3.4108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.310;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:95:95,0,203 chrII 680448 . C G 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.579;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:81:81,0,135 chrII 680493 . T G 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:58:160,0,58 chrII 680550 . T C 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=12.80;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:54:481,54,0 chrII 680703 . G A 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;DP=39;Dels=0.00;FS=9.104;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:489,0,206 chrII 680726 . A G 679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=21.22;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:712,81,0 chrII 681025 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=41;Dels=0.00;FS=10.428;HaplotypeScore=5.8648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.693;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:383,0,338 chrII 681127 . T A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;DP=34;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.208;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:266,0,297 chrII 681206 . A T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.541;DP=37;Dels=0.00;FS=9.838;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.199;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:292,0,371 chrII 681344 . T G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;DP=30;Dels=0.00;FS=7.416;HaplotypeScore=4.4141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.932;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:30:99:130,0,353 chrII 681414 . A G 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.017;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:89:89,0,309 chrII 681488 . T A 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.820;DP=42;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=5.5116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.748;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:42:99:196,0,240 chrII 681492 . A G 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.324;DP=41;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=3.9890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.803;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:41:99:168,0,418 chrII 681526 . C T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=50;Dels=0.00;FS=5.768;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:247,0,521 chrII 681557 . G A 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=21.12;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1448,153,0 chrII 682145 . G T 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=16.06;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1093,120,0 chrII 682149 . A T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=69;Dels=0.00;FS=1.209;HaplotypeScore=5.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:343,0,590 chrII 682192 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=52;Dels=0.00;FS=6.047;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:597,0,368 chrII 682449 . T C 359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=16.32;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:392,42,0 chrII 682462 . C T 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.749;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:143,0,249 chrII 682491 . T A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=23;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.936;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:121,0,256 chrII 682551 . T C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.176;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:406,0,403 chrII 682583 . A G 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;DP=44;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.622;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:427,0,401 chrII 682677 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=26;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=2.6432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:263,0,173 chrII 682751 . C T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=36;Dels=0.00;FS=1.315;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.046;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:272,0,341 chrII 682968 . G A 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.37;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1465,156,0 chrII 683268 . A G 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=22.49;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1652,183,0 chrII 683415 . C T 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.09;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1293,138,0 chrII 683586 . T C 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=15.39;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:72:664,72,0 chrII 684585 . G T 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=20.94;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1499,162,0 chrII 684795 . A G 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=19.00;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1572,174,0 chrII 684797 . G A 1628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=20.10;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1661,177,0 chrII 685165 . A G 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=22.59;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1343,144,0 chrII 685306 . T C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DP=81;Dels=0.00;FS=6.168;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=20.86;ReadPosRankSum=2.863;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:1723,189,0 chrII 685510 . C T 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.64;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1498,156,0 chrII 685662 . T C 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=21.06;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1170,126,0 chrII 686539 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DP=78;Dels=0.00;FS=1.889;HaplotypeScore=4.3259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=7.10;ReadPosRankSum=-2.164;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:584,0,850 chrII 686563 . G A 2041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.43;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2074,222,0 chrII 686624 . C T 2757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=22.23;SB=-1.557e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2790,300,0 chrII 686767 . A G 1596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=21.57;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1629,177,0 chrII 686783 . G A 1788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=19.87;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1821,204,0 chrII 687029 . C T 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.66;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1441,150,0 chrII 687350 . T C 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.21;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1104,120,0 chrII 687626 . A T 938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=17.70;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:971,105,0 chrII 687872 . T A 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=17.88;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1231,138,0 chrII 687980 . G A 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1510,162,0 chrII 688355 . C T 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=15.31;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1304,144,0 chrII 688364 . G A 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=16.86;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1500,162,0 chrII 688475 . G A 1250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=19.53;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1283,138,0 chrII 688487 . C T 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=19.97;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1311,138,0 chrII 688640 . G A 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=22.61;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:892,93,0 chrII 688700 . A T 1170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=23.88;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1203,129,0 chrII 688949 . T A 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=23.70;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1479,159,0 chrII 689085 . A C 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=17.56;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:75:665,75,0 chrII 689156 . C T 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=20.41;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:788,87,0 chrII 689779 . A T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=26;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.789;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:255,0,170 chrII 689867 . G C 484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=18.62;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:517,57,0 chrII 689912 . G A 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=24.49;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:93:890,93,0 chrII 689996 . A C 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=24.02;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1330,144,0 chrII 690123 . T C 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.67;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:885,96,0 chrII 690313 . T C 2755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=21.03;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:131:99:2788,309,0 chrII 690330 . G A 2633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2666,288,0 chrII 690747 . T C 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.046;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,61:134:99:1042,0,1338 chrII 691208 . T C 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.994;DP=101;Dels=0.00;FS=21.114;HaplotypeScore=9.8962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=2.097;QD=18.09;ReadPosRankSum=3.949;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:101:99:1860,210,0 chrII 691367 . C T 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=19.54;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1303,138,0 chrII 691485 . G T 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=23.13;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1120,117,0 chrII 691521 . A G 2059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=23.67;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2092,225,0 chrII 691649 . G A 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=19.27;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2037,216,0 chrII 691707 . G C 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.32;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1739,198,0 chrII 691742 . T C 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=4.586;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=22.09;ReadPosRankSum=1.682;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1557,168,0 chrII 691776 . G T 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=18.92;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1944,222,0 chrII 691838 . G A 2995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=21.86;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:137:99:3028,318,0 chrII 691869 . G A 2371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=20.44;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2404,264,0 chrII 691880 . A G 2332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2365,255,0 chrII 691893 . T C 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=107;Dels=0.00;FS=3.392;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:1878,207,0 chrII 691937 . C T 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=17.65;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1286,144,0 chrII 691950 . C T 1250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=19.84;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1283,135,0 chrII 692083 . C A 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.98;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1632,171,0 chrII 692126 . G C 1502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.62;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1535,165,0 chrII 692195 . A G 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=21.68;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1746,192,0 chrII 692366 . A T 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1099,117,0 chrII 692680 . C T 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.14;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:830,90,0 chrII 692883 . C T 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=15.20;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:702,78,0 chrII 692889 . C T 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=14.70;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84:768,84,0 chrII 693069 . A T 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=3.070;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=24.46;ReadPosRankSum=1.685;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:1843,198,0 chrII 693391 . G A 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.82;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2320,249,0 chrII 693469 . C T 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=18.09;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1245,141,0 chrII 693612 . T G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.378;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.235;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:328,0,227 chrII 693651 . T C 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.02;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:813,90,0 chrII 693825 . T A 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=20.26;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:742,78,0 chrII 693923 . T C 684 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=13.68;ReadPosRankSum=2.857;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:50:78:717,78,0 chrII 693925 . G A 718 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;QD=14.36;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:50:78:751,78,0 chrII 693928 . C T 763 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;QD=14.96;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:87:796,87,0 chrII 694124 . G A 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=17.76;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1010,108,0 chrII 694133 . G A 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.62;MQ0=0;QD=17.31;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:968,102,0 chrII 694151 . T A 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;QD=14.53;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:75:687,75,0 chrII 694153 . T C 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:69:636,69,0 chrII 694443 . A T 787 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=21.86;ReadPosRankSum=2.168;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:87:820,87,0 chrII 694512 . A G 584 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=18.84;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:617,69,0 chrII 694728 . G A 35.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=6.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:68,9,0 chrII 695368 . T C 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=16.92;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1319,147,0 chrII 695575 . T C 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=23.31;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1455,156,0 chrII 695857 . A T 2124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=22.60;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2157,234,0 chrII 695858 . G A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=94;Dels=0.01;FS=4.123;HaplotypeScore=6.4571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.226;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,35:93:99:540,0,1178 chrII 696541 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DP=73;Dels=0.00;FS=4.789;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.962;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:692,0,322 chrII 696652 . T C 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=24.51;ReadPosRankSum=1.628;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2484,270,0 chrII 696781 . A G 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=22.51;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:866,96,0 chrII 697043 . T C 1760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=20.95;ReadPosRankSum=2.391;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1793,204,0 chrII 697455 . C T 2390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2423,258,0 chrII 697695 . C T 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1692,192,0 chrII 697855 . C A 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=22;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:154,0,254 chrII 697900 . T G 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=18.08;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:26:54:503,54,0 chrII 697933 . C A 414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=18.00;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:447,48,0 chrII 698030 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=45;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,32:45:99:548,0,178 chrII 698079 . A G 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=0.84;ReadPosRankSum=-2.585;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,8:57:65:78,0,65 chrII 698208 . C T 547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=21.04;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:580,60,0 chrII 698648 . A T 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=17.94;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1809,204,0 chrII 698907 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.345;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:203,0,408 chrII 698958 . T C 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=47;Dels=0.00;FS=4.674;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=19.60;ReadPosRankSum=1.496;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:47:99:954,105,0 chrII 699308 . T C 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.36;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:567,63,0 chrII 699380 . G A 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.74;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:485,54,0 chrII 699560 . T C 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.83;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1622,174,0 chrII 699675 . T C 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.49;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1372,147,0 chrII 699878 . A G 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=20.34;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1294,141,0 chrII 700005 . A G 1558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=21.34;ReadPosRankSum=1.685;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1591,171,0 chrII 700064 . G C 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1143,126,0 chrII 700097 . T C 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=17.82;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:906,99,0 chrII 700199 . A T 146.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=6.64;SB=-7.497e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:21:179,21,0 chrII 700223 . G C 258 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=11.22;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:33:291,33,0 chrII 700246 . T C 343 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=15.59;SB=-7.063e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:376,42,0 chrII 700423 . T C 2112 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=28.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2145,219,0 chrII 700682 . G A 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=19.17;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1279,138,0 chrII 700715 . C T 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=17.58;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1211,135,0 chrII 700736 . G A 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.462;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1202,126,0 chrII 701839 . C T 74.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.787;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:104,0,409 chrII 702291 . C T 417.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.193;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:447,0,514 chrII 702460 . G T 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.002;DP=142;Dels=0.00;FS=7.587;HaplotypeScore=16.2602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.915;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,76:142:99:1015,0,1154 chrII 703537 . G C 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.082;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:95:95,0,193 chrII 703539 . C A 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=20;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.899;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:93:93,0,231 chrII 703780 . A G 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DP=17;Dels=0.00;FS=2.187;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.681;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:80:113,0,80 chrII 704219 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.796;DP=65;Dels=0.00;FS=4.403;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:737,0,596 chrII 704358 . G T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=24;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.318;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:74:208,0,74 chrII 704507 . A T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=80;Dels=0.03;FS=3.087;HaplotypeScore=28.7186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.107;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:515,0,579 chrII 704528 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=60;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:60:99:511,0,629 chrII 704536 . C A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;DP=62;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.134;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:434,0,652 chrII 704563 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=48;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=20.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:396,0,429 chrII 705072 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.619;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:413,0,508 chrII 705558 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=56;Dels=0.00;FS=1.123;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:485,0,440 chrII 706067 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.042;DP=63;Dels=0.00;FS=5.085;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.063;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:452,0,789 chrII 707207 . A G 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=20.40;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1420,156,0 chrII 707436 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=69;Dels=0.00;FS=3.363;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.088;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:69:99:462,0,720 chrII 707452 . G T 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.551;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:484,0,734 chrII 707848 . C T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.729;DP=59;Dels=0.00;FS=4.891;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.308;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:627,0,274 chrII 708909 . A G 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=19.73;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1217,135,0 chrII 708952 . T C 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.88;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:889,96,0 chrII 710109 . A G 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.611;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1104,123,0 chrII 710295 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DP=68;Dels=0.00;FS=6.561;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=8.44;ReadPosRankSum=2.389;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:604,0,676 chrII 712022 . C G 58.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=51;Dels=0.00;FS=88.019;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=1.14;ReadPosRankSum=-4.534;SB=-6.302e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:51:88:88,0,583 chrII 712303 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;DP=58;Dels=0.00;FS=1.201;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:415,0,485 chrII 712536 . G A 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DP=88;Dels=0.00;FS=1.245;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=3.105;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,50:88:99:973,0,654 chrII 712962 . G A 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=126;Dels=0.00;FS=3.208;HaplotypeScore=8.1612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,64:126:99:1221,0,1056 chrII 713996 . T G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.040;DP=72;Dels=0.00;FS=12.385;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:422,0,616 chrII 715254 . G A 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=20.36;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:766,81,0 chrII 715566 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=67;Dels=0.00;FS=6.887;HaplotypeScore=9.5198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.135;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:548,0,563 chrII 716467 . C T 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=20.32;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:785,81,0 chrII 716483 . G A 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=14.89;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:81:718,81,0 chrII 716927 . T C 1961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.32;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1994,219,0 chrII 718117 . G A 1963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DP=190;Dels=0.00;FS=0.537;HaplotypeScore=20.0335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,105:190:99:1993,0,1639 chrII 718330 . A G 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:99:99:894,0,1057 chrII 720010 . G T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DP=81;Dels=0.00;FS=1.838;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.698;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:639,0,659 chrII 720938 . T C 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.019;DP=114;Dels=0.00;FS=4.656;HaplotypeScore=8.1108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:114:99:981,0,989 chrII 721088 . C T 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DP=75;Dels=0.00;FS=3.105;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.754;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:641,0,628 chrII 721881 . G A 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:689,0,478 chrII 722169 . G A 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=106;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:106:99:963,0,1042 chrII 722533 . C T 2535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.47;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2568,279,0 chrII 722589 . C T 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.96;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1504,165,0 chrII 723175 . G C 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.60;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1386,150,0 chrII 723360 . G T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=70;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.829;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:720,0,473 chrII 724613 . T G 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=19.95;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1669,189,0 chrII 724643 . C A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=69;Dels=0.00;FS=9.596;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=8.65;ReadPosRankSum=-2.536;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:627,0,520 chrII 724660 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;DP=61;Dels=0.00;FS=4.883;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.751;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:443,0,528 chrII 724784 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.795;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,27:38:44:456,0,44 chrII 724948 . A G 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.311;DP=79;Dels=0.00;FS=14.094;HaplotypeScore=9.1064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=10.53;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:862,0,692 chrII 725153 . C G 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:148,0,126 chrII 725168 . A G 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=14.04;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:48:426,48,0 chrII 728370 . C A 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=37;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=7.84;ReadPosRankSum=3.204;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:320,0,439 chrII 728499 . C A 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;DP=139;Dels=0.00;FS=4.149;HaplotypeScore=12.3142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,74:139:99:1093,0,1040 chrII 728914 . C A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;DP=105;Dels=0.00;FS=4.153;HaplotypeScore=20.5150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:105:99:664,0,886 chrII 729640 . G A 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=121;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.511;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,57:121:99:895,0,1163 chrII 730031 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=86;Dels=0.00;FS=2.875;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.778;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:692,0,715 chrII 730059 . T C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=104;Dels=0.00;FS=6.460;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.974;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:714,0,877 chrII 730165 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:78:99:529,0,912 chrII 730195 . T C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=94;Dels=0.00;FS=2.800;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.093;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,36:94:99:483,0,1089 chrII 730234 . T C 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:759,0,985 chrII 730392 . C G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=61;Dels=0.00;FS=1.005;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:605,0,327 chrII 730662 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;DP=55;Dels=0.00;FS=19.248;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.792;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:265,0,546 chrII 730763 . T C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=27;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.582;QD=11.78;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:348,0,183 chrII 730861 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:315,0,435 chrII 730949 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;DP=52;Dels=0.00;FS=7.971;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:421,0,580 chrII 731155 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:505,0,681 chrII 731212 . G A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=68;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.850;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:68:99:474,0,768 chrII 731292 . T C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=109;Dels=0.00;FS=3.641;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.126;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:109:99:885,0,1228 chrII 731394 . A T 1578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=150;Dels=0.00;FS=3.862;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.121;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,81:150:99:1608,0,1192 chrII 731473 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.017;DP=100;Dels=0.00;FS=5.367;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:606,0,1160 chrII 731475 . A T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=99;Dels=0.00;FS=5.367;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:621,0,1138 chrII 731541 . C T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DP=88;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=6.7665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:578,0,893 chrII 731564 . A G 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=98;Dels=0.00;FS=6.784;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.148;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:98:99:729,0,906 chrII 731596 . A G 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=102;Dels=0.00;FS=5.130;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.745;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:102:99:932,0,738 chrII 731934 . C T 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=90;Dels=0.00;FS=2.947;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.166;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:934,0,830 chrII 731970 . A T 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.315;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:1038,0,997 chrII 732110 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:577,0,1094 chrII 732123 . C T 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=20.15;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1988,213,0 chrII 732408 . G T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DP=73;Dels=0.00;FS=3.535;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:509,0,685 chrII 732496 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DP=79;Dels=0.00;FS=17.711;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.402;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:641,0,604 chrII 732591 . A G 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.422;DP=83;Dels=0.00;FS=4.686;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.214;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:729,0,812 chrII 732631 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DP=73;Dels=0.00;FS=6.919;HaplotypeScore=4.2020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.000;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:73:99:393,0,857 chrII 732633 . C G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=60;Dels=0.00;FS=7.655;HaplotypeScore=4.9907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.359;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:272,0,647 chrII 732678 . T C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=50;Dels=0.00;FS=5.930;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:191,0,679 chrII 732772 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.345;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:458,0,637 chrII 732837 . C G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=65;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.537;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:478,0,573 chrII 732930 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=48;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.021;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.376;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:48:99:447,0,314 chrII 733059 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=44;Dels=0.00;FS=11.780;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:478,0,377 chrII 733077 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=53;Dels=0.00;FS=18.579;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:612,0,411 chrII 733152 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:48:99:382,0,370 chrII 733320 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=42;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:42:99:437,0,234 chrII 733332 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;DP=36;Dels=0.00;FS=4.862;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.395;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:384,0,231 chrII 733473 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=34;Dels=0.00;FS=1.669;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.595;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:264,0,134 chrII 733476 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;DP=33;Dels=0.00;FS=3.654;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.418;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:263,0,160 chrII 733543 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:313,0,272 chrII 733629 . G A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DP=51;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:564,0,337 chrII 733707 . T C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;DP=51;Dels=0.00;FS=12.823;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:51:99:714,0,238 chrII 733809 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=44;Dels=0.00;FS=2.898;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=7.91;ReadPosRankSum=-2.645;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:378,0,322 chrII 733887 . C T 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=82;Dels=0.00;FS=1.873;HaplotypeScore=9.4847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,52:82:99:876,0,384 chrII 733953 . G A 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;DP=105;Dels=0.00;FS=1.740;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=10.66;ReadPosRankSum=-2.322;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,70:105:99:1149,0,637 chrII 734046 . C T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;DP=62;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.156;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:562,0,528 chrII 734409 . A G 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.781;DP=104;Dels=0.00;FS=1.727;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:104:99:925,0,846 chrII 734445 . A G 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=112;Dels=0.00;FS=2.986;HaplotypeScore=5.3859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:895,0,1078 chrII 734490 . G A 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.505;DP=86;Dels=0.00;FS=1.361;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:950,0,866 chrII 734508 . T C 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;DP=85;Dels=0.00;FS=6.232;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:85:99:753,0,973 chrII 734775 . G A 3005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=21.78;ReadPosRankSum=0.728;SB=-1.497e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,137:138:99:3038,326,0 chrII 734889 . G A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=82;Dels=0.00;FS=3.324;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:82:99:483,0,977 chrII 735096 . C T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=54;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=3.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:54:99:417,0,374 chrII 735232 . T A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=65;Dels=0.00;FS=2.061;HaplotypeScore=2.7652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:563,0,527 chrII 735240 . A T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=10.5973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.667;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:520,0,644 chrII 735363 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.368;DP=41;Dels=0.00;FS=1.435;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.784;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:268,0,445 chrII 735399 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.219;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:270,0,600 chrII 735582 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.582;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:511,0,546 chrII 735848 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.138;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:441,0,529 chrII 735882 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.383;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:294,0,220 chrII 737571 . T A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:428,0,645 chrII 737614 . C T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.063;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:564,0,308 chrII 737963 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.231;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:321,0,358 chrII 738015 . T G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=2.062;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:447,0,322 chrII 738941 . T C 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.326;DP=37;Dels=0.00;FS=10.673;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:185,0,377 chrII 739892 . T G 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=19.01;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1326,144,0 chrII 740580 . A T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=49;Dels=0.00;FS=6.255;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.132;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:405,0,527 chrII 740827 . G A 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=23.90;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1539,165,0 chrII 741344 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=78;Dels=0.00;FS=5.884;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.698;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:507,0,677 chrII 741349 . A G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.705;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:434,0,718 chrII 742394 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;DP=62;Dels=0.00;FS=2.892;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.538;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.238;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:541,0,360 chrII 742609 . A G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;DP=30;Dels=0.00;FS=1.584;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.104;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:238,0,269 chrII 742721 . C G 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.40;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:40:81:729,81,0 chrII 742956 . G T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=35;Dels=0.00;FS=8.712;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:400,0,242 chrII 743243 . T C 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=26;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.026;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:254,0,183 chrII 743714 . G A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.785;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.769;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:213,0,495 chrII 744063 . G A 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=21.18;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1240,132,0 chrII 744147 . G C 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=52;Dels=0.00;FS=2.679;HaplotypeScore=2.4344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:287,0,560 chrII 744252 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=39;Dels=0.00;FS=4.920;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:384,0,241 chrII 744342 . C T 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=21.11;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:772,84,0 chrII 744356 . A C 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=22.28;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:835,90,0 chrII 744368 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=46;Dels=0.00;FS=8.105;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.231;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:314,0,426 chrII 744413 . G T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.714;DP=72;Dels=0.00;FS=1.099;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:555,0,426 chrII 744417 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;DP=72;Dels=0.00;FS=1.165;HaplotypeScore=2.1188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.075;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:72:99:538,0,394 chrII 744466 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=84;Dels=0.00;FS=1.832;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.855;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:607,0,501 chrII 744516 . A G 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=20.43;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1361,150,0 chrII 744519 . A G 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=65;Dels=0.00;FS=20.536;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=21.18;ReadPosRankSum=3.317;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:1410,153,0 chrII 744640 . A T 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=25.06;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:93:885,93,0 chrII 744816 . C T 1961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=22.03;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1994,213,0 chrII 744823 . G A 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=22.19;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1897,204,0 chrII 745190 . G A 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=16.19;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1280,141,0 chrII 745192 . C G 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=16.56;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1209,135,0 chrII 745280 . C A 2785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=24.22;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2818,300,0 chrII 745349 . G C 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.92;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1803,204,0 chrII 745793 . G A 2382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=20.02;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:119:99:2415,258,0 chrII 746171 . G A 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=20.29;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2143,234,0 chrII 746288 . T C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=54;Dels=0.00;FS=1.118;HaplotypeScore=5.9020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:54:99:406,0,541 chrII 746478 . G A 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.77;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1840,204,0 chrII 746514 . C T 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=92;Dels=0.00;FS=3.463;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=21.17;ReadPosRankSum=0.057;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:1981,201,0 chrII 746583 . C T 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=20.06;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1738,183,0 chrII 746619 . C T 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=17.72;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1238,135,0 chrII 747177 . A T 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.12;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1659,177,0 chrII 748042 . A G 2473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=24.49;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2506,267,0 chrII 748066 . T C 2362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=22.28;ReadPosRankSum=2.403;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2395,264,0 chrII 748373 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;DP=63;Dels=0.00;FS=5.730;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:443,0,368 chrII 748404 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=19.19;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1146,126,0 chrII 748514 . A C 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=18.70;ReadPosRankSum=1.473;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:87:781,87,0 chrII 748583 . A T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:208,0,125 chrII 748630 . C G 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=23.74;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:674,72,0 chrII 749056 . C T 638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=18.76;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:671,72,0 chrII 749314 . C G 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=17.59;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:46:93:842,93,0 chrII 749547 . C A 3117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.98;SB=-1.667e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:3150,327,0 chrII 749992 . T C 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.15;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1048,117,0 chrII 750088 . T C 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=19.14;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:703,75,0 chrII 750157 . T C 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=18.62;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1113,120,0 chrII 750649 . A C 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=22.07;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1004,108,0 chrII 750709 . A C 600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=17.14;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:633,69,0 chrII 750714 . G T 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=17.68;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:81:758,81,0 chrII 750883 . G A 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.39;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1645,174,0 chrII 750970 . T C 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=20.07;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:956,102,0 chrII 751226 . A C 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.183;DP=47;Dels=0.00;FS=4.196;HaplotypeScore=45.5424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.481;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:57:57,0,66 chrII 751317 . T C 3777.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=22.62;ReadPosRankSum=2.420;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,164:167:99:3777,414,0 chrII 751319 . A C 1432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=169;Dels=0.00;FS=9.208;HaplotypeScore=8.8476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.532;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,92:169:99:1462,0,1513 chrII 751854 . A G 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=18.47;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:772,87,0 chrII 751983 . T G 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=20.55;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:999,114,0 chrII 752106 . G A 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=15.61;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93:798,93,0 chrII 752136 . A G 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=19.23;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:956,105,0 chrII 752153 . C T 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=17.98;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:950,102,0 chrII 752266 . A G 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=17.48;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:505,54,0 chrII 752292 . A G 409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.88;MQ0=0;QD=17.04;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:442,48,0 chrII 752329 . T C 282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.476;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:36:315,36,0 chrII 752333 . C T 303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.75;MQ0=0;QD=8.91;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:36:336,36,0 chrII 752344 . C T 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.21;MQ0=0;QD=10.75;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:54:506,54,0 chrII 752361 . G A 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=13.17;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:87:810,87,0 chrII 752372 . C G 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=2.84;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:206,0,474 chrII 752501 . G C 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=18.79;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:48:99:935,105,0 chrII 752535 . A C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=50;Dels=0.00;FS=1.107;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.252;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:277,0,553 chrII 752538 . A G 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=20.45;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1076,117,0 chrII 752597 . T C 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=19.87;ReadPosRankSum=2.360;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1126,123,0 chrII 752672 . T C 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=21.19;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1029,111,0 chrII 752718 . T C 1326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.12;MQ0=0;QD=20.09;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1359,147,0 chrII 752744 . C T 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=18.52;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1348,150,0 chrII 752777 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.553;DP=66;Dels=0.00;FS=8.638;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.885;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.189;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:275,0,674 chrII 752810 . T C 905 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.44;MQ0=0;QD=17.75;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:938,105,0 chrII 752814 . G A 879 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;QD=16.58;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:912,105,0 chrII 752817 . A G 866 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;QD=16.65;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:899,102,0 chrII 752863 . A C 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:127,0,531 chrII 752901 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:57:99:522,0,240 chrII 752916 . G A 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=14.27;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:918,102,0 chrII 752933 . C T 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=16.74;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1171,129,0 chrII 753131 . T A 2018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=20.18;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2051,222,0 chrII 753144 . C G 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=21.73;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2010,216,0 chrII 753196 . C A 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.98;MQ0=0;QD=12.49;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:78:695,78,0 chrII 753198 . C T 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.98;MQ0=0;QD=13.81;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:81:765,81,0 chrII 753285 . G A 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=20.25;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1572,171,0 chrII 753573 . T C 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=22.41;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1355,147,0 chrII 753610 . T C 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=20.66;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1252,138,0 chrII 753721 . T C 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.18;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1062,117,0 chrII 753723 . A G 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=20.48;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1057,117,0 chrII 753759 . C T 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=17.88;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:84:802,84,0 chrII 753909 . G A 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.82;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1516,171,0 chrII 753942 . C T 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.12;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1374,147,0 chrII 753990 . T C 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.68;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1462,159,0 chrII 754103 . A T 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=23.19;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1007,108,0 chrII 754139 . G A 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=23.18;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1169,126,0 chrII 754188 . G A 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=18.33;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1151,126,0 chrII 754197 . T C 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=20.12;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1220,135,0 chrII 754355 . G A 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.25;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1390,150,0 chrII 754404 . A G 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=20.95;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1206,132,0 chrII 754416 . A G 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=17.86;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:944,105,0 chrII 754436 . T C 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=16.56;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:96:861,96,0 chrII 754776 . G A 2045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=20.87;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2078,237,0 chrII 754911 . A G 2090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.72;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2123,234,0 chrII 755157 . G T 2736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2769,300,0 chrII 755817 . T C 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=23.28;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1849,195,0 chrII 756042 . T C 1870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=23.37;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1903,198,0 chrII 756063 . G A 1478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=20.82;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1511,168,0 chrII 756114 . T A 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=18.49;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1327,144,0 chrII 756213 . G A 3336.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:156:99:3336,372,0 chrII 756267 . T C 3977.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=22.60;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,175:176:99:3977,441,0 chrII 756533 . C A 3383.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3383,357,0 chrII 757005 . A G 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.55;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1234,132,0 chrII 757411 . T C 2212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=113;Dels=0.00;FS=9.387;HaplotypeScore=6.6268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=19.58;ReadPosRankSum=2.361;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:113:99:2245,243,0 chrII 757437 . G C 2150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=17.48;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:123:99:2183,240,0 chrII 757513 . C T 2982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=21.15;SB=-1.697e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3015,324,0 chrII 757931 . C T 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=18.48;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1234,132,0 chrII 758042 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;DP=78;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:78:99:703,0,676 chrII 758412 . A G 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.834;DP=109;Dels=0.00;FS=5.051;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,57:109:99:1144,0,978 chrII 758975 . T G 2789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=127;Dels=0.00;FS=3.893;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:127:99:2822,303,0 chrII 759145 . G A 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=117;Dels=0.00;FS=0.735;HaplotypeScore=8.4140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.755;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,66:117:99:1339,0,904 chrII 759402 . C A 2307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.56;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2340,243,0 chrII 759424 . C T 2206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.01;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2239,240,0 chrII 759735 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=55;Dels=0.00;FS=15.358;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:369,0,460 chrII 760323 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:53:99:355,0,619 chrII 760624 . G A 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=93;Dels=0.00;FS=4.445;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.035;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:774,0,1033 chrII 762665 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DP=67;Dels=0.00;FS=2.686;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=8.97;ReadPosRankSum=2.427;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:631,0,673 chrII 763146 . G T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=61;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:575,0,460 chrII 764397 . C A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:392,0,136 chrII 764652 . A G 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;DP=83;Dels=0.00;FS=13.657;HaplotypeScore=4.2657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.690;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:873,0,847 chrII 764667 . G A 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=70;Dels=0.00;FS=10.806;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.472;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:642,0,618 chrII 765684 . C G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:332,0,279 chrII 767663 . T C 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=19.29;ReadPosRankSum=1.673;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1152,129,0 chrII 767690 . A T 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=16.77;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1140,120,0 chrII 767691 . T C 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=15.48;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1055,117,0 chrII 767731 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=1.935;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:540,0,337 chrII 767899 . G A 3580.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:158:99:3580,378,0 chrII 767991 . A G 1842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=22.46;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1875,210,0 chrII 768165 . T A 2824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=129;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.89;ReadPosRankSum=1.624;SB=-1.636e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2857,294,0 chrII 768196 . G A 2157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.17;MQ0=0;QD=20.94;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2190,231,0 chrII 768210 . C G 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.31;MQ0=0;QD=14.69;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1531,165,0 chrII 768214 . G A 1436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.54;MQ0=0;QD=15.28;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1469,156,0 chrII 768260 . T G 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=18.60;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1540,171,0 chrII 768374 . G A 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.96;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1900,201,0 chrII 768981 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=71;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.911;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:563,0,673 chrII 769003 . G A 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=19.61;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1229,129,0 chrII 769150 . G A 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.01;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1421,153,0 chrII 769258 . C T 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=16.38;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1016,111,0 chrII 769303 . G C 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=19.26;ReadPosRankSum=1.448;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1227,138,0 chrII 769903 . G A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=19.78;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1101,117,0 chrII 770543 . G T 2124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.60;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2157,225,0 chrII 770771 . T C 413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=13.77;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:51:446,51,0 chrII 771164 . A T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DP=33;Dels=0.00;FS=3.384;HaplotypeScore=2.4546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.200;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:258,0,367 chrII 771838 . T A 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=5.082;HaplotypeScore=6.3637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=22.05;ReadPosRankSum=1.692;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1951,204,0 chrII 772129 . T C 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=20.03;ReadPosRankSum=1.452;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:87:774,87,0 chrII 772302 . T C 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.68;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1235,132,0 chrII 772498 . C T 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.00;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1449,159,0 chrII 772534 . C T 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=20.56;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1205,132,0 chrII 772685 . C T 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=21.49;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1881,201,0 chrII 772699 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:525,0,819 chrII 773042 . G A 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=14.19;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:87:799,87,0 chrII 773188 . G C 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=18.82;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:673,72,0 chrII 773200 . G A 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=21.71;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:641,69,0 chrII 773420 . A C 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1005,0,584 chrII 773550 . G C 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=23.94;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1254,138,0 chrII 773821 . T A 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.264;DP=53;Dels=0.00;FS=9.546;HaplotypeScore=6.2091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=16.79;ReadPosRankSum=2.310;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:923,99,0 chrII 774509 . T C 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=61;Dels=0.00;FS=5.549;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=24.05;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1500,168,0 chrII 774954 . T C 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.50;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:628,72,0 chrII 775070 . T C 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=20.93;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:67:99:1435,156,0 chrII 775411 . A G 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.56;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:659,75,0 chrII 776315 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.432;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.460;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:68:99:392,0,611 chrII 776502 . T C 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=84;Dels=0.00;FS=1.891;HaplotypeScore=5.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.511;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:84:99:823,0,750 chrII 777303 . A G 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=20.91;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:58:99:1246,135,0 chrII 778895 . T C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.099;DP=87;Dels=0.00;FS=4.402;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:783,0,845 chrII 779836 . G T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.120;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:393,0,245 chrII 779883 . C T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;DP=50;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=5.7968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:296,0,368 chrII 780187 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DP=31;Dels=0.00;FS=1.483;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:186,0,243 chrII 780425 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:356,0,692 chrII 783292 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.677;DP=98;Dels=0.00;FS=0.744;HaplotypeScore=3.4046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:850,0,640 chrII 783307 . C T 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.569;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:912,0,938 chrII 784284 . T A 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.472;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:1710,183,0 chrII 784600 . C T 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.01;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1462,156,0 chrII 785002 . A G 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=98;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=11.7095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:98:99:771,0,853 chrII 785761 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=66;Dels=0.00;FS=8.994;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.521;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:66:99:478,0,549 chrII 785852 . G A 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=17.40;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1129,123,0 chrII 785908 . G T 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.41;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1512,165,0 chrII 786053 . T C 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=22.90;ReadPosRankSum=1.681;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1590,174,0 chrII 786589 . T G 1519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DP=165;Dels=0.00;FS=5.113;HaplotypeScore=11.2515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.545;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,83:165:99:1549,0,1512 chrII 786902 . G T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=78;Dels=0.00;FS=4.754;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.182;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:78:99:561,0,727 chrII 787277 . T C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;DP=53;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=4.2886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.594;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:53:99:433,0,448 chrII 787344 . A T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.029;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:510,0,581 chrII 787939 . T C 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.490;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.773;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:114:99:839,0,1189 chrII 788140 . G A 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DP=95;Dels=0.00;FS=11.729;HaplotypeScore=11.4033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=3.483;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.412;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:793,0,821 chrII 788190 . T G 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=90;Dels=0.00;FS=2.786;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:830,0,793 chrII 788369 . C T 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.25;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1479,162,0 chrII 788663 . A G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DP=90;Dels=0.00;FS=1.798;HaplotypeScore=4.2205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.803;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:90:99:609,0,1165 chrII 789016 . A G 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.50;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1839,201,0 chrII 789183 . G A 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.30;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1897,198,0 chrII 792237 . A G 1078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DP=60;Dels=0.00;FS=2.634;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=17.97;ReadPosRankSum=2.815;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:60:99:1111,123,0 chrII 795756 . C G 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=24.27;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1198,129,0 chrII 796648 . C T 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.31;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1416,153,0 chrII 797599 . C G 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=19.85;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1085,120,0 chrII 798415 . C A 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=17.19;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1322,147,0 chrII 800655 . T C 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=20.53;ReadPosRankSum=1.664;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1080,117,0 chrII 800746 . T C 2435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.17;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2468,273,0 chrII 800911 . A C 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=15.87;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1001,111,0 chrII 801647 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.763;DP=220;Dels=0.00;FS=26.293;HaplotypeScore=26.3219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.716;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,133:220:99:362,0,1071 chrII 801650 . C A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.168;DP=222;Dels=0.00;FS=24.657;HaplotypeScore=7.4808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.44;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.962;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,135:222:99:429,0,960 chrII 801661 . A T 818.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.196;DP=241;Dels=0.00;FS=21.060;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=3.39;ReadPosRankSum=3.677;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,88:241:99:848,0,894 chrII 801662 . T A 716.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.190;DP=244;Dels=0.00;FS=25.110;HaplotypeScore=11.8624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=2.93;ReadPosRankSum=4.168;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,87:244:99:746,0,933 chrII 801665 . A C 801.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.344;DP=247;Dels=0.00;FS=22.308;HaplotypeScore=7.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=3.24;ReadPosRankSum=3.873;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,88:247:99:831,0,964 chrII 801676 . G T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DP=235;Dels=0.00;FS=10.735;HaplotypeScore=23.1433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.560;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.828;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,95:235:99:759,0,1325 chrII 801677 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.078;DP=234;Dels=0.00;FS=10.741;HaplotypeScore=24.8639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.937;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.631;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,93:234:99:715,0,1394 chrII 801689 . A G 599.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=233;Dels=0.00;FS=4.147;HaplotypeScore=75.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.493;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.169;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,108:233:99:629,0,1601 chrII 801690 . T G 623.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;DP=233;Dels=0.00;FS=4.146;HaplotypeScore=75.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.63;MQ0=0;MQRankSum=-5.403;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.719;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,107:233:99:653,0,1583 chrII 801693 . T C 457.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=245;Dels=0.00;FS=20.718;HaplotypeScore=78.4510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.779;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,93:245:99:487,0,1887 chrII 801699 . G A 581.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=252;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=77.7526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.82;MQ0=0;MQRankSum=-6.311;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,120:252:99:611,0,2039 chrII 801782 . C T 5044.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.73;MQ0=2;QD=22.32;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,226:226:99:5044,549,0 chrII 802153 . T C 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DP=230;Dels=0.00;FS=6.235;HaplotypeScore=13.9291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,83:230:99:1304,0,2756 chrII 802257 . C T 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=16.28;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:198:99:3257,372,0 chrII 802259 . G T 3123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=15.93;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,194:196:99:3156,357,0 chrII 802322 . G C 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.632;DP=144;Dels=0.00;FS=2.721;HaplotypeScore=5.2634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.053;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,68:144:99:1172,0,1245 chrII 802344 . A G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=151;Dels=0.00;FS=5.045;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.521;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,41:151:99:539,0,1915 chrII 802651 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.125;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,38:123:99:599,0,1771 chrII 802656 . T C 2884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2917,321,0 chrII 802719 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=152;Dels=0.00;FS=1.721;HaplotypeScore=26.1954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.151;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,49:152:99:660,0,2109 chrII 802725 . G A 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DP=151;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=30.9274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.517;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,29:151:99:231,0,2502 chrII 802960 . C T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DP=121;Dels=0.00;FS=2.042;HaplotypeScore=9.6221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.413;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,22:121:99:169,0,1921 chrII 803024 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;DP=97;Dels=0.00;FS=10.519;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,26:97:99:398,0,1541 chrII 803233 . T C 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DP=140;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=18.8395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.600;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,20:140:99:105,0,1994 chrII 803353 . A T 381.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=2.57;ReadPosRankSum=-2.089;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,45:148:99:411,0,2143 chrII 803355 . C G 421.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;DP=150;Dels=0.00;FS=0.661;HaplotypeScore=13.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.193;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,45:150:99:451,0,2002 chrII 803356 . A T 445.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DP=151;Dels=0.00;FS=0.659;HaplotypeScore=12.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,45:151:99:475,0,2023 chrII 803782 . A T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.506;DP=114;Dels=0.00;FS=2.865;HaplotypeScore=6.6104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.423;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,29:114:99:353,0,1780 chrII 803812 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=109;Dels=0.00;FS=15.994;HaplotypeScore=7.6207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,26:109:99:360,0,1664 chrII 804112 . C A 1790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=276;Dels=0.00;FS=10.876;HaplotypeScore=39.8171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,106:276:99:1820,0,3454 chrII 804298 . T C 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.307;DP=224;Dels=0.00;FS=5.314;HaplotypeScore=40.2139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.019;QD=0.25;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,35:224:85:85,0,4107 chrII 804303 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=204;Dels=0.00;FS=6.366;HaplotypeScore=36.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.245;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,67:204:99:758,0,2542 chrII 804327 . A T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;DP=158;Dels=0.00;FS=0.662;HaplotypeScore=7.1944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.754;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,51:158:99:519,0,2122 chrII 804376 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=158;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,33:158:99:236,0,2303 chrII 804707 . A G 4052.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=24.71;ReadPosRankSum=1.690;SB=-1.844e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,163:164:99:4052,441,0 chrII 804708 . C T 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DP=163;Dels=0.00;FS=2.871;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.380;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,26:163:99:110,0,2960 chrII 804727 . G A 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DP=207;Dels=0.00;FS=5.593;HaplotypeScore=11.6565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.578;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,28:207:69:69,0,3799 chrII 804767 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;DP=320;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:267,52:320:99:373,0,5184 chrII 805115 . C T 610 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.28;MQ0=24;MQRankSum=0.813;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.884;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:75:643,75,0 chrII 805314 . C G 1501.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=294;Dels=0.00;FS=5.066;HaplotypeScore=12.1778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQ0=16;MQRankSum=4.319;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.392;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,97:294:99:1531,0,3631 chrII 805343 . A T 4955.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=232;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.69;MQ0=21;MQRankSum=1.029;QD=21.36;ReadPosRankSum=1.665;SB=-2.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,231:232:99:4955,523,0 chrII 805905 . T C 363.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.85;MQ0=16;MQRankSum=1.098;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.869;SB=-4.083e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:52:1:392,1,0 chrII 806939 . A G 126.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.347;DP=239;Dels=0.00;FS=1.865;HaplotypeScore=19.2565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.16;MQ0=35;MQRankSum=-1.690;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.002;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,38:239:99:156,0,3741 chrII 807174 . T A 150.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=188;Dels=0.00;FS=4.106;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.91;MQ0=37;MQRankSum=0.046;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.498;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,37:188:99:180,0,2026 chrII 807206 . A G 2274 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.915;DP=197;Dels=0.00;FS=13.363;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.16;MQ0=52;MQRankSum=-3.290;QD=11.54;ReadPosRankSum=3.398;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,193:197:99:2307,249,0 chrII 807295 . A G 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=226;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=11.4512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.99;MQ0=1;MQRankSum=1.555;QD=0.05;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,27:226:42:42,0,3323 chrII 807331 . A G 1905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;DP=236;Dels=0.00;FS=4.049;HaplotypeScore=24.2535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.007;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,114:236:99:1935,0,2282 chrII 807957 . C G 1992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DP=285;Dels=0.00;FS=7.198;HaplotypeScore=12.2613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=2.927;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,136:285:99:2022,0,2669 chrII 808371 . T C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=99;Dels=0.00;FS=1.009;HaplotypeScore=10.6205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,27:99:99:304,0,1440 chrII 808450 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;DP=65;Dels=0.00;FS=8.591;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:355,0,874 chrII 809220 . T C 684 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.17;MQ0=7;QD=16.29;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:717,75,0 chrII 809299 . C T 78.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.45;MQ0=9;MQRankSum=-4.925;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:108,0,677 chrII 809355 . G C 340.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=87;Dels=0.00;FS=42.640;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.33;MQ0=6;MQRankSum=-2.972;QD=3.91;ReadPosRankSum=2.546;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:370,0,607 chrII 809420 . A G 280.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=123;Dels=0.00;FS=22.291;HaplotypeScore=43.2071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.47;MQ0=4;MQRankSum=-2.296;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.357;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,46:123:99:310,0,1298 chrII 809423 . C G 256.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=121;Dels=0.00;FS=20.185;HaplotypeScore=45.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.64;MQ0=4;MQRankSum=-1.311;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.500;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,45:121:99:286,0,1175 chrII 809444 . T A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DP=135;Dels=0.00;FS=15.641;HaplotypeScore=31.5378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.41;MQ0=3;MQRankSum=-1.950;QD=2.46;ReadPosRankSum=2.780;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,49:135:99:362,0,1284 chrII 809800 . T C 532.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.238;DP=192;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=83.9047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.57;MQ0=41;MQRankSum=-2.681;QD=2.77;ReadPosRankSum=-2.656;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,52:192:99:562,0,740 chrII 810340 . C T 484 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=14;QD=6.45;SB=-6.545e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,57:75:54:517,54,0 chrII 810344 . A G 439 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.820;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.17;MQ0=7;MQRankSum=-1.871;QD=9.54;ReadPosRankSum=2.820;SB=-6.571e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,36:46:51:472,51,0 chrII 810350 . A G 175.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.78;MQ0=6;MQRankSum=-1.333;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.367e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:32:24:208,24,0 chrII 810351 . G A 194.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.30;MQ0=6;QD=6.26;SB=-2.367e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:24:227,24,0 chrII 810353 . A T 191.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.30;MQ0=6;QD=6.16;SB=-2.367e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:24:224,24,0 chrII 810363 . G A 77.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.46;MQ0=8;QD=2.77;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:28:12:110,12,0 chrII 810373 . C T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.332;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.49;MQ0=9;MQRankSum=2.355;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.844;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:42:44,0,42 chrII 810394 . T C 11.36 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.16;MQ0=10;MQRankSum=0.296;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:20:41,0,20 chrII 810461 . T C 347 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.80;MQ0=14;QD=8.46;SB=-7.065e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:41:42:380,42,0 chrII 810491 . A T 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.398;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.03;MQ0=20;MQRankSum=0.805;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,8:55:53:53,0,346 chrII 810515 . G A 682 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=20;QD=10.49;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:65:78:715,78,0 chrII 810548 . C T 105.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.67;MQ0=23;MQRankSum=-0.227;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.096;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,26:82:99:135,0,499 chrIII 233 . C A 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.57;MQ0=1;MQRankSum=-0.248;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:41:41,0,61 chrIII 414 . C A 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=8;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=5.2862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:8:6:59,6,0 chrIII 418 . T C 22.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=10;Dels=0.00;FS=14.771;HaplotypeScore=7.2634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.35;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:10:6:54,6,0 chrIII 422 . T C 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.396;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.041;QD=1.83;ReadPosRankSum=2.041;SB=-6.664e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:13:6:55,6,0 chrIII 468 . G T 26.62 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.23;MQ0=1;QD=1.27;SB=21.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:21:6:57,6,0 chrIII 513 . C G 52.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=84.2052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.36;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=1.68;ReadPosRankSum=2.019;SB=-1.414e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:31:12:82,0,12 chrIII 544 . C T 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DP=37;Dels=0.00;FS=6.274;HaplotypeScore=9.4334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.73;MQ0=1;MQRankSum=-0.114;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.687;SB=-4.996e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,34:37:41:46,0,41 chrIII 550 . G A 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=37;Dels=0.00;FS=6.722;HaplotypeScore=18.1134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.22;MQ0=1;MQRankSum=-0.428;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.176;SB=-2.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,32:37:43:50,0,43 chrIII 658 . T C 48.07 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.006;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.94;MQ0=3;MQRankSum=2.200;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-7.465e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:15:78,0,15 chrIII 666 . T C 142.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.767;DP=68;Dels=0.00;FS=46.403;HaplotypeScore=30.0482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=3;MQRankSum=0.078;QD=2.09;ReadPosRankSum=2.892;SB=-7.497e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:21:175,21,0 chrIII 681 . C A 76.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=70;Dels=0.01;FS=2.533;HaplotypeScore=75.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.35;MQ0=2;MQRankSum=3.289;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.615;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,18:69:63:106,0,63 chrIII 686 . T C 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=84;Dels=0.04;FS=4.600;HaplotypeScore=80.7699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.67;MQ0=2;MQRankSum=-0.015;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.859;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:43:119,0,43 chrIII 701 . T C 155.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=84;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=40.3766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.83;MQ0=2;MQRankSum=1.104;QD=1.85;ReadPosRankSum=4.442;SB=-1.767e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:0:184,0,0 chrIII 706 . T C 155.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=79;Dels=0.00;FS=6.428;HaplotypeScore=29.4676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.78;MQ0=2;MQRankSum=1.963;QD=1.97;ReadPosRankSum=3.665;SB=-1.767e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:0:184,0,0 chrIII 723 . C A 129.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=64;Dels=0.02;FS=12.900;HaplotypeScore=31.2921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.61;MQ0=1;MQRankSum=-0.666;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.644;SB=-2.414e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:63:18:162,18,0 chrIII 724 . G T 239 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.44;MQ0=1;MQRankSum=0.673;QD=3.68;ReadPosRankSum=2.073;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,41:65:30:272,30,0 chrIII 726 . T G 228 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=66;Dels=0.02;FS=9.069;HaplotypeScore=26.4038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.24;MQ0=1;MQRankSum=1.762;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.070;SB=-2.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:65:30:261,30,0 chrIII 776 . T C 253 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.81;MQ0=2;QD=2.58;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:33:286,33,0 chrIII 780 . T C 239 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.95;MQ0=5;MQRankSum=-3.346;QD=2.10;ReadPosRankSum=4.651;SB=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,99:114:33:272,33,0 chrIII 782 . T C 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.717;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.78;MQ0=6;MQRankSum=1.292;QD=0.39;ReadPosRankSum=1.742;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:114:75:75,0,135 chrIII 827 . G A 217.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.314;DP=247;Dels=0.00;FS=31.297;HaplotypeScore=56.4010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.69;MQ0=22;MQRankSum=-3.155;QD=0.88;ReadPosRankSum=-3.112;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,97:247:99:247,0,1360 chrIII 837 . G T 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.175;DP=287;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.33;MQ0=22;MQRankSum=-1.227;QD=0.09;ReadPosRankSum=-4.666;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,38:287:57:57,0,2166 chrIII 859 . C T 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.347;DP=275;Dels=0.00;FS=62.416;HaplotypeScore=12.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.93;MQ0=25;MQRankSum=0.484;QD=0.13;ReadPosRankSum=1.956;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,43:275:66:66,0,1788 chrIII 920 . C T 51.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DP=107;Dels=0.00;FS=29.870;HaplotypeScore=48.6465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.40;MQ0=7;MQRankSum=0.763;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.492;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,16:107:81:81,0,951 chrIII 929 . A G 286.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;DP=68;Dels=0.00;FS=20.359;HaplotypeScore=45.8065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.00;MQ0=9;MQRankSum=0.099;QD=4.21;ReadPosRankSum=3.043;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:316,0,358 chrIII 930 . C T 94.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=68;Dels=0.00;FS=47.755;HaplotypeScore=44.8233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.00;MQ0=9;MQRankSum=2.111;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.096;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,14:68:99:124,0,539 chrIII 931 . A C 280.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=69;Dels=0.00;FS=17.191;HaplotypeScore=28.5291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.92;MQ0=9;MQRankSum=-0.111;QD=4.06;ReadPosRankSum=3.267;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:310,0,358 chrIII 947 . C A 201.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=80;Dels=0.00;FS=25.868;HaplotypeScore=40.9066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.66;MQ0=5;MQRankSum=2.803;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:231,0,532 chrIII 951 . C T 221.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=84;Dels=0.00;FS=16.826;HaplotypeScore=35.6152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.85;MQ0=5;MQRankSum=0.118;QD=2.63;ReadPosRankSum=-3.501;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,20:84:99:251,0,666 chrIII 955 . A G 145.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=82;Dels=0.00;FS=112.859;HaplotypeScore=32.4195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.10;MQ0=5;MQRankSum=1.659;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.811;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,25:82:99:175,0,711 chrIII 978 . A T 357.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.853;DP=119;Dels=0.00;FS=131.150;HaplotypeScore=23.8989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.19;MQ0=6;MQRankSum=0.527;QD=3.00;ReadPosRankSum=4.042;SB=-7.499e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,44:119:99:387,0,977 chrIII 983 . A G 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.029;DP=135;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=23.7087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.24;MQ0=6;MQRankSum=-0.176;QD=0.27;ReadPosRankSum=2.260;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,15:135:66:66,0,1482 chrIII 1006 . C T 430.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DP=183;Dels=0.00;FS=122.950;HaplotypeScore=69.5717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.49;MQ0=4;MQRankSum=-0.515;QD=2.35;ReadPosRankSum=-4.003;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,73:183:99:460,0,1364 chrIII 1016 . T C 330.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=220;Dels=0.00;FS=40.233;HaplotypeScore=79.6233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.04;MQ0=4;MQRankSum=-1.908;QD=1.50;ReadPosRankSum=-2.779;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,45:220:99:360,0,2266 chrIII 1028 . C A 754.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.293;DP=229;Dels=0.00;FS=84.471;HaplotypeScore=143.2726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.39;MQ0=5;MQRankSum=-0.005;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,88:229:99:784,0,1805 chrIII 1034 . C T 779.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=248;Dels=0.00;FS=108.865;HaplotypeScore=141.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.99;MQ0=4;MQRankSum=1.076;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.390;SB=-5.368e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,91:248:99:809,0,1625 chrIII 1040 . T C 74.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.208;DP=281;Dels=0.00;FS=16.183;HaplotypeScore=75.1123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.66;MQ0=6;MQRankSum=-0.246;QD=0.26;ReadPosRankSum=-3.359;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:237,41:281:99:104,0,2495 chrIII 1109 . T A 154.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.255;DP=230;Dels=0.00;FS=195.138;HaplotypeScore=30.9536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.24;MQ0=23;MQRankSum=3.673;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.067;SB=-9.102e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,61:230:99:184,0,864 chrIII 1114 . C T 22.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.631;DP=216;Dels=0.00;FS=352.661;HaplotypeScore=59.2948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.08;MQ0=22;MQRankSum=6.428;QD=0.10;ReadPosRankSum=2.369;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,37:216:52:52,0,839 chrIII 1116 . C T 32.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=207;Dels=0.00;FS=350.741;HaplotypeScore=52.4017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.61;MQ0=22;MQRankSum=6.599;QD=0.15;ReadPosRankSum=2.833;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,37:206:62:62,0,921 chrIII 1121 . A G 56.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=200;Dels=0.00;FS=339.562;HaplotypeScore=34.2208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.07;MQ0=21;MQRankSum=6.861;QD=0.28;ReadPosRankSum=3.049;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,40:200:86:86,0,796 chrIII 1132 . G T 212.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.346;DP=163;Dels=0.01;FS=298.633;HaplotypeScore=46.3593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.45;MQ0=19;MQRankSum=5.513;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.790;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,46:162:99:242,0,580 chrIII 1171 . C A 64.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=86;Dels=0.00;FS=12.896;HaplotypeScore=18.0849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.707;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,11:86:94:94,0,1069 chrIII 1218 . C T 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=71;Dels=0.00;FS=29.603;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.583;QD=1.34;ReadPosRankSum=3.792;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,11:71:99:125,0,1365 chrIII 1367 . G T 1832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=23.79;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:1865,195,0 chrIII 2869 . A G 362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=19.05;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:42:395,42,0 chrIII 3939 . C T 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.57;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1568,165,0 chrIII 4489 . T C 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=23.27;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:1755,183,0 chrIII 4490 . T C 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=23.34;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1737,189,0 chrIII 4794 . T G 825 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.76;MQ0=16;QD=16.18;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:93:858,93,0 chrIII 5504 . T C 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;QD=22.28;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:991,105,0 chrIII 5784 . C T 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.87;MQ0=0;QD=24.36;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1105,111,0 chrIII 6009 . C T 691 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.58;MQ0=6;QD=14.10;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:75:724,75,0 chrIII 6078 . G T 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=3;QD=13.95;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:1358,150,0 chrIII 6190 . C T 228.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.21;MQ0=0;QD=20.73;SB=-2.899e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27:261,27,0 chrIII 7958 . T C 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=0;QD=22.88;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:66:628,66,0 chrIII 8254 . G A 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.64;MQ0=2;QD=21.93;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:691,72,0 chrIII 8528 . T C 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.87;MQ0=1;QD=21.54;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1024,108,0 chrIII 8572 . T C 311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=2;QD=16.37;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:19:36:344,36,0 chrIII 8584 . A T 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=11;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.25;MQ0=3;MQRankSum=0.922;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,4:11:6:45,6,0 chrIII 8685 . C T 196.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.47;MQ0=7;QD=9.80;SB=-5.797e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:24:229,24,0 chrIII 8696 . G A 299 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=8;QD=10.68;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:36:332,36,0 chrIII 8743 . C T 886 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.96;MQ0=6;QD=19.26;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:96:919,96,0 chrIII 9461 . G T 39.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.03;MQ0=2;QD=7.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:72,9,0 chrIII 9739 . A G 546 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.34;MQ0=4;QD=20.22;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:579,63,0 chrIII 11126 . T C 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=1;QD=19.12;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:530,57,0 chrIII 11545 . G T 598 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.23;MQ0=5;QD=19.29;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:66:631,66,0 chrIII 11775 . G T 303 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.12;SB=-8.699e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:36:336,36,0 chrIII 14069 . G C 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.64;MQ0=0;QD=22.90;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1476,156,0 chrIII 14191 . G A 555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=22.20;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:588,60,0 chrIII 14356 . A T 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=14.03;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:524,60,0 chrIII 14631 . T A 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.00;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:51:501,51,0 chrIII 14819 . C G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=70;Dels=0.00;FS=2.053;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.656;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:482,0,808 chrIII 15506 . T C 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;DP=140;Dels=0.00;FS=2.206;HaplotypeScore=5.9234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.295;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,57:140:99:1021,0,1648 chrIII 17475 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DP=47;Dels=0.00;FS=8.105;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.748;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:360,0,466 chrIII 17635 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.61;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1476,156,0 chrIII 17724 . G C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=48;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:234,0,465 chrIII 18173 . G A 2696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.44;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2729,282,0 chrIII 18277 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.992;DP=84;Dels=0.00;FS=1.808;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.741;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:543,0,977 chrIII 18340 . A G 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;DP=101;Dels=0.00;FS=4.640;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.127;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:864,0,821 chrIII 18736 . G C 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=48;Dels=0.00;FS=5.945;HaplotypeScore=4.1244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.120;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:48:99:751,0,294 chrIII 19946 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.717;DP=110;Dels=0.00;FS=5.081;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.794;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:110:99:609,0,986 chrIII 21015 . C T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.945;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=11.68;ReadPosRankSum=2.048;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:50:99:614,0,213 chrIII 21055 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DP=49;Dels=0.00;FS=4.482;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:49:99:442,0,243 chrIII 21060 . T A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=47;Dels=0.00;FS=8.613;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:300,0,318 chrIII 21111 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;DP=41;Dels=0.00;FS=1.287;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:41:99:334,0,322 chrIII 21165 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;DP=39;Dels=0.00;FS=12.506;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=9.36;ReadPosRankSum=-2.155;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:395,0,397 chrIII 21204 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.243;DP=39;Dels=0.00;FS=4.617;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.657;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:354,0,387 chrIII 21858 . C G 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;DP=97;Dels=0.00;FS=1.723;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:97:99:888,0,903 chrIII 22203 . G A 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=17.67;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:80:99:1447,162,0 chrIII 22397 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=107;Dels=0.00;FS=3.868;HaplotypeScore=12.8235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=5.69;ReadPosRankSum=-2.365;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,43:107:99:639,0,1193 chrIII 23002 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;DP=62;Dels=0.00;FS=2.322;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:320,0,669 chrIII 23032 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.162;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:576,0,548 chrIII 23149 . T C 2126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=23.62;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2159,228,0 chrIII 23567 . C A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=68;Dels=0.00;FS=3.530;HaplotypeScore=6.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:646,0,718 chrIII 23980 . A C 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:257,0,577 chrIII 24619 . T G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;DP=60;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.753;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:563,0,480 chrIII 25125 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=33;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.435;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:217,0,275 chrIII 25319 . C T 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=70;Dels=0.00;FS=3.415;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=12.09;ReadPosRankSum=2.721;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,45:70:99:876,0,302 chrIII 25355 . G T 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=81;Dels=0.00;FS=3.121;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=11.30;ReadPosRankSum=-2.012;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,52:81:99:945,0,489 chrIII 25463 . T G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DP=45;Dels=0.00;FS=4.517;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.419;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:343,0,411 chrIII 25467 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DP=49;Dels=0.00;FS=6.529;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:49:99:314,0,387 chrIII 25689 . G A 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.32;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1250,129,0 chrIII 25808 . C T 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.24;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1218,126,0 chrIII 26192 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:703,0,462 chrIII 26423 . A G 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;DP=78;Dels=0.00;FS=9.047;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.525;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:819,0,750 chrIII 26609 . T A 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DP=95;Dels=0.00;FS=2.815;HaplotypeScore=15.9682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.964;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:903,0,571 chrIII 26769 . G A 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=118;Dels=0.00;FS=8.793;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.014;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,67:118:99:1098,0,853 chrIII 26798 . T C 1209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=125;Dels=0.00;FS=2.336;HaplotypeScore=11.2462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=9.67;ReadPosRankSum=1.444;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,73:125:99:1239,0,916 chrIII 26807 . T C 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DP=116;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=5.6998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.487;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.412;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,69:116:99:1225,0,852 chrIII 26923 . A C 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.938;DP=120;Dels=0.00;FS=10.095;HaplotypeScore=8.8735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.003;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:120:99:1164,0,964 chrIII 27372 . T A 1200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.817;DP=159;Dels=0.00;FS=13.780;HaplotypeScore=80.2976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=2.453;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.319;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,70:159:33:1230,0,33 chrIII 27420 . G A 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DP=106;Dels=0.00;FS=1.679;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.060;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:790,0,790 chrIII 27556 . T C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;DP=79;Dels=0.00;FS=5.896;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:652,0,705 chrIII 27651 . C T 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=66;Dels=0.00;FS=2.331;HaplotypeScore=38.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.453;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:745,0,388 chrIII 27717 . T C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;DP=57;Dels=0.00;FS=4.161;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.191;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:198,0,404 chrIII 27724 . G C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;DP=56;Dels=0.00;FS=7.999;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:233,0,444 chrIII 27744 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DP=64;Dels=0.00;FS=3.410;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:327,0,500 chrIII 28362 . G A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.926;DP=103;Dels=0.00;FS=0.806;HaplotypeScore=11.2896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:103:99:1020,0,793 chrIII 29261 . G A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:430,0,427 chrIII 29326 . T A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.043;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:263,0,360 chrIII 29373 . T G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.625;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:152,0,213 chrIII 29388 . G A 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:172,0,258 chrIII 29511 . A C 181.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.291;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=4.11;ReadPosRankSum=-2.422;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:44:99:211,0,639 chrIII 29668 . G A 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.209;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.114;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.109;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:42:99:158,0,529 chrIII 29675 . T A 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=54;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.746;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:73:73,0,676 chrIII 29700 . A G 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;DP=58;Dels=0.00;FS=4.488;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.330;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.910;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:42:42,0,732 chrIII 29722 . A G 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;DP=63;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.379;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:79:79,0,830 chrIII 29724 . A T 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.334;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:103,0,829 chrIII 29747 . A G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.192;QD=2.02;ReadPosRankSum=2.871;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:202,0,1106 chrIII 29774 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.217;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.806;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:230,0,975 chrIII 29830 . T A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;DP=79;Dels=0.00;FS=4.424;HaplotypeScore=3.5372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.065;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:498,0,1061 chrIII 29840 . C T 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=78;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=9.0580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.444;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:649,0,749 chrIII 29922 . A G 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;DP=75;Dels=0.00;FS=7.908;HaplotypeScore=4.1659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.237;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:652,0,514 chrIII 30013 . C T 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.957;DP=128;Dels=0.00;FS=2.296;HaplotypeScore=9.0844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=9.86;ReadPosRankSum=2.113;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,63:128:99:1292,0,1050 chrIII 30246 . C A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=60;Dels=0.00;FS=9.608;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.488;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:567,0,491 chrIII 30435 . T C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=59;Dels=0.00;FS=6.396;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:59:99:626,0,361 chrIII 30649 . G A 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:262,0,211 chrIII 30662 . A G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=36;Dels=0.00;FS=2.999;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:303,0,235 chrIII 30865 . C T 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DP=114;Dels=0.00;FS=1.938;HaplotypeScore=27.2821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=6.110;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.666;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:114:99:1228,0,642 chrIII 30903 . T C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.814;DP=112;Dels=0.00;FS=2.876;HaplotypeScore=20.4063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.764;QD=1.81;ReadPosRankSum=4.739;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,37:112:99:233,0,1502 chrIII 30932 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;DP=79;Dels=0.00;FS=3.183;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.286;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:481,0,743 chrIII 30957 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.560;DP=72;Dels=0.00;FS=4.811;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:570,0,654 chrIII 30991 . T C 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=62;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.185;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:61:99:744,0,350 chrIII 31129 . A G 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=112;Dels=0.00;FS=0.714;HaplotypeScore=8.7035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.252;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:112:99:907,0,943 chrIII 31156 . A C 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DP=110;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=47.2338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.633;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:969,0,1011 chrIII 31227 . T A 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DP=108;Dels=0.00;FS=6.057;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.772;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.041;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:868,0,941 chrIII 31414 . A G 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DP=139;Dels=0.00;FS=1.409;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.197;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,61:139:99:1228,0,1364 chrIII 31646 . A G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=75;Dels=0.00;FS=5.044;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.896;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:592,0,712 chrIII 32243 . G C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=58;Dels=0.00;FS=21.048;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.476;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:380,0,689 chrIII 32816 . C T 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.551;DP=114;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=6.5174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.761;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,61:114:99:1292,0,991 chrIII 33329 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:486,0,507 chrIII 33569 . A C 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=22.44;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1514,162,0 chrIII 34008 . T C 4508.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.88;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:197:99:4508,495,0 chrIII 34035 . C A 1691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.503;DP=205;Dels=0.00;FS=9.447;HaplotypeScore=12.2370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.882;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,89:205:99:1721,0,2079 chrIII 34309 . C T 1832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.19;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1865,192,0 chrIII 34403 . C T 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;DP=112;Dels=0.00;FS=0.699;HaplotypeScore=6.5776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.098;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,61:112:99:1114,0,979 chrIII 34434 . T C 2673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=22.85;SB=-1.531e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2706,288,0 chrIII 36653 . G A 658.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.676;DP=59;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=9.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.177;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:59:99:688,0,483 chrIII 37133 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.069;DP=67;Dels=0.00;FS=1.011;HaplotypeScore=11.4242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.026;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:659,0,563 chrIII 37525 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=72;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=4.8131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:457,0,817 chrIII 37664 . A G 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=18.58;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1612,171,0 chrIII 37731 . C T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;DP=53;Dels=0.00;FS=10.705;HaplotypeScore=7.8094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:289,0,705 chrIII 38022 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=38;Dels=0.00;FS=5.388;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:224,0,605 chrIII 38157 . G A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=82;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:720,0,711 chrIII 38664 . A G 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.66;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:68:99:1574,165,0 chrIII 38814 . T G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.919;DP=86;Dels=0.00;FS=3.168;HaplotypeScore=6.3905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.425;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:715,0,671 chrIII 39123 . A T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:729,0,783 chrIII 39240 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.378;DP=102;Dels=0.00;FS=3.060;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,37:102:99:428,0,1273 chrIII 39265 . T C 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.742;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.170;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,40:97:99:642,0,1210 chrIII 39326 . T G 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.198;DP=104;Dels=0.00;FS=4.055;HaplotypeScore=8.8815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.859;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:104:99:997,0,960 chrIII 39443 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=67;Dels=0.00;FS=3.437;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:512,0,627 chrIII 39512 . A G 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DP=105;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-7.392;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:105:99:789,0,1019 chrIII 39524 . G C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;DP=94;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-7.777;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.259;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:709,0,1001 chrIII 39525 . A C 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;DP=94;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-7.548;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:705,0,1023 chrIII 39539 . T A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.074;DP=101;Dels=0.00;FS=2.141;HaplotypeScore=4.1703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=-7.075;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.251;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:722,0,939 chrIII 39540 . C A 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=21.54;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:2230,228,0 chrIII 39552 . T C 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.942;DP=102;Dels=0.00;FS=2.041;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-6.151;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:846,0,933 chrIII 39812 . T A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=80;Dels=0.00;FS=0.969;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:609,0,1037 chrIII 39967 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;DP=60;Dels=0.00;FS=2.412;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.081;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:488,0,588 chrIII 39975 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.042;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:433,0,534 chrIII 40008 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:387,0,404 chrIII 40089 . G A 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=21.22;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1412,141,0 chrIII 40109 . C A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DP=97;Dels=0.00;FS=5.361;HaplotypeScore=15.1121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.029;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:781,0,644 chrIII 40144 . C T 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=102;Dels=0.00;FS=3.697;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:908,0,842 chrIII 40315 . G T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.199;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:30:99:334,0,188 chrIII 40374 . G C 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=29;Dels=0.00;FS=12.187;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.109;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:160,0,302 chrIII 40410 . G A 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=31;Dels=0.00;FS=5.961;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.101;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:157,0,342 chrIII 40515 . G C 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DP=86;Dels=0.00;FS=9.738;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.154;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:86:99:675,0,775 chrIII 40583 . C T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.146;DP=51;Dels=0.00;FS=4.193;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=4.47;ReadPosRankSum=2.309;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:258,0,416 chrIII 41458 . C A 1315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=135;Dels=0.00;FS=0.667;HaplotypeScore=19.7605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.582;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.781;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,67:135:99:1345,0,1177 chrIII 41566 . A G 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=93;Dels=0.00;FS=10.717;HaplotypeScore=25.2348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=3.764;QD=9.94;ReadPosRankSum=2.000;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:954,0,766 chrIII 41675 . C T 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.287;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,61:104:99:875,0,557 chrIII 42298 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.862;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:420,0,308 chrIII 42357 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.825;DP=72;Dels=0.00;FS=8.123;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.955;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.232;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:823,0,657 chrIII 43107 . T G 2229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.98;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:2262,246,0 chrIII 43835 . T G 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=19.06;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1501,159,0 chrIII 43874 . G A 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=18.12;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1646,174,0 chrIII 43877 . G A 1740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=20.00;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1773,180,0 chrIII 44267 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;DP=60;Dels=0.00;FS=5.712;HaplotypeScore=5.9222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.693;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:465,0,685 chrIII 45190 . C T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=65;Dels=0.00;FS=5.207;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:665,0,608 chrIII 46119 . G A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DP=77;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.159;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:676,0,729 chrIII 46258 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=54;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:397,0,578 chrIII 46458 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=89;Dels=0.00;FS=6.951;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:646,0,951 chrIII 46562 . T A 2235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=22.81;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2268,231,0 chrIII 46705 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=56;Dels=0.00;FS=7.903;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:403,0,545 chrIII 46714 . T A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;DP=51;Dels=0.00;FS=6.163;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.199;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:299,0,538 chrIII 46808 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=47;Dels=0.00;FS=6.723;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:530,0,208 chrIII 46895 . G A 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DP=88;Dels=0.00;FS=7.444;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.705;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:751,0,754 chrIII 47070 . A T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=68;Dels=0.00;FS=1.433;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.187;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:540,0,782 chrIII 47332 . G T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=47;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=3.1424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.355;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:353,0,487 chrIII 48029 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=37;Dels=0.00;FS=5.041;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:279,0,366 chrIII 48299 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:475,0,459 chrIII 48544 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.757;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:75:99:660,0,689 chrIII 48704 . A G 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;DP=46;Dels=0.00;FS=1.461;HaplotypeScore=17.4071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=1.24;ReadPosRankSum=-2.157;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:46:87:87,0,573 chrIII 48707 . G A 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=46;Dels=0.00;FS=8.237;HaplotypeScore=13.2313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=1.07;ReadPosRankSum=-2.410;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,10:46:79:79,0,584 chrIII 49221 . G A 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:211,0,486 chrIII 49400 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=31;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.842;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:31:99:310,0,159 chrIII 49436 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:318,0,204 chrIII 49571 . G A 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.114;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.226;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:36:99:164,0,352 chrIII 49655 . G A 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DP=21;Dels=0.00;FS=1.949;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.306;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:90:90,0,205 chrIII 49785 . A G 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DP=24;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:254,0,181 chrIII 50269 . A G 209.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.962;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:239,0,227 chrIII 50718 . A G 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=14;Dels=0.00;FS=8.616;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.468;SB=-6.190e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:158,0,116 chrIII 50770 . C T 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:225,0,227 chrIII 50897 . G T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=31;Dels=0.00;FS=8.846;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.264;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:389,0,201 chrIII 51119 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DP=24;Dels=0.00;FS=6.779;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.673;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:246,0,195 chrIII 51419 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.428;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:57:311,0,57 chrIII 51491 . C T 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:80:189,0,80 chrIII 51650 . G A 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.866;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.936;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:160,0,208 chrIII 52208 . C T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.400;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:221,0,101 chrIII 52334 . A G 98.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:128,0,164 chrIII 52365 . G C 124.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.860;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:26:99:154,0,104 chrIII 52383 . T C 123.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.122;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:153,0,111 chrIII 52449 . T C 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-6.038;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.504;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:113:99:755,0,1477 chrIII 52456 . A G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.792;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.663;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.440;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,48:115:99:761,0,1631 chrIII 52596 . T C 135.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.228;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:165,0,259 chrIII 52699 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=75;Dels=0.00;FS=4.643;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.838;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:605,0,807 chrIII 52716 . T C 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;DP=80;Dels=0.00;FS=1.934;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.960;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:637,0,935 chrIII 52747 . T C 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DP=91;Dels=0.00;FS=2.108;HaplotypeScore=7.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.663;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.910;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:690,0,950 chrIII 52762 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.041;DP=81;Dels=0.00;FS=3.599;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.710;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:81:99:526,0,850 chrIII 52785 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.786;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.735;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:440,0,740 chrIII 52792 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=73;Dels=0.00;FS=1.058;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=-4.916;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:450,0,717 chrIII 52803 . G A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=82;Dels=0.00;FS=2.296;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.826;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:451,0,844 chrIII 53295 . T C 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=30;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=8.13;ReadPosRankSum=-2.058;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:274,0,254 chrIII 53572 . C A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=28;Dels=0.00;FS=5.590;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.834;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:238,0,193 chrIII 53869 . T C 163.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:23:193,0,23 chrIII 53891 . T C 397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=34;Dels=0.00;FS=6.698;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=11.68;ReadPosRankSum=2.159;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:48:430,48,0 chrIII 54072 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=30;Dels=0.00;FS=6.107;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.290;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:310,0,235 chrIII 54298 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=34;Dels=0.00;FS=7.791;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=9.00;ReadPosRankSum=2.790;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:336,0,219 chrIII 54357 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=43;Dels=0.00;FS=2.793;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.983;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.998;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:43:99:493,0,218 chrIII 54426 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.583;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:424,0,364 chrIII 54441 . C T 728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=21.41;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:761,78,0 chrIII 54482 . C A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=38;Dels=0.00;FS=9.513;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:338,0,298 chrIII 54484 . A G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=40;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=2.270;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.177;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:349,0,310 chrIII 54535 . T C 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.31;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1905,204,0 chrIII 54588 . T C 2236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=20.14;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:111:99:2269,237,0 chrIII 54609 . A C 2023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=6.803;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=22.23;ReadPosRankSum=1.694;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2056,219,0 chrIII 54721 . C T 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=24.15;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1675,174,0 chrIII 55133 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=66;Dels=0.00;FS=2.067;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.314;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:444,0,647 chrIII 55139 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;DP=68;Dels=0.00;FS=0.927;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.951;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.638;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:465,0,669 chrIII 55716 . A G 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=31;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:31:66:612,66,0 chrIII 55822 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.946;DP=52;Dels=0.00;FS=4.222;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:408,0,459 chrIII 56210 . T C 2191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=23.31;ReadPosRankSum=2.397;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2224,243,0 chrIII 56229 . A G 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=126;Dels=0.00;FS=5.561;HaplotypeScore=26.4726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=9.85;ReadPosRankSum=2.583;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,64:126:99:1271,0,956 chrIII 56873 . G A 338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=14.08;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:39:371,39,0 chrIII 56968 . G A 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.408;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:86:86,0,144 chrIII 56979 . G A 232.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=23.20;SB=-1.514e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:27:265,27,0 chrIII 57190 . A C 88.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.881;QD=9.78;ReadPosRankSum=2.219;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:92:118,0,92 chrIII 57303 . A G 434 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=16.69;SB=-6.588e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:467,51,0 chrIII 57568 . A G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.842;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:321,0,575 chrIII 57639 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=29;Dels=0.00;FS=3.471;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:380,0,147 chrIII 59000 . G A 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:341,0,357 chrIII 59028 . G T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=31;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.415;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:273,0,324 chrIII 59115 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;DP=60;Dels=0.00;FS=1.059;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.713;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:495,0,634 chrIII 59171 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;DP=58;Dels=0.00;FS=1.185;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:430,0,562 chrIII 59459 . T G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=43;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.382;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:382,0,298 chrIII 59465 . A T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=39;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.450;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:372,0,299 chrIII 59775 . G A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=37;Dels=0.00;FS=7.143;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:307,0,249 chrIII 59925 . G A 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.61;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:38:84:816,84,0 chrIII 60024 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;DP=37;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:409,0,221 chrIII 60058 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=44;Dels=0.00;FS=1.161;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:322,0,421 chrIII 60198 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DP=21;Dels=0.00;FS=7.025;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-8.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:91:230,0,91 chrIII 60260 . A G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=36;Dels=0.00;FS=5.402;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=5.86;ReadPosRankSum=1.314;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:241,0,485 chrIII 60354 . C G 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.25;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1346,141,0 chrIII 60463 . G A 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=16.53;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:1917,219,0 chrIII 61231 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=77;Dels=0.00;FS=14.955;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.835;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:99:367,0,684 chrIII 61242 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;DP=80;Dels=0.00;FS=13.511;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.248;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:80:99:329,0,786 chrIII 61293 . A G 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;DP=61;Dels=0.00;FS=2.459;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.628;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,47:61:99:1061,0,128 chrIII 61327 . C T 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:60:99:255,0,993 chrIII 61358 . G T 959 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=23.97;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:992,114,0 chrIII 61605 . A T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=50;Dels=0.00;FS=11.081;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:558,0,345 chrIII 61630 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=49;Dels=0.00;FS=15.160;HaplotypeScore=6.3706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:304,0,533 chrIII 62035 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=37;Dels=0.00;FS=5.179;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:467,0,234 chrIII 62244 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.624;DP=35;Dels=0.00;FS=1.399;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:241,0,138 chrIII 62362 . G A 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=32;Dels=0.00;FS=5.514;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=3.91;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:155,0,403 chrIII 62386 . A G 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=28;Dels=0.00;FS=5.590;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.428;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:89:89,0,318 chrIII 62698 . T A 228.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=43;Dels=0.00;FS=2.996;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:258,0,178 chrIII 62729 . A G 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;DP=37;Dels=0.00;FS=2.971;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.541;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:197,0,133 chrIII 63044 . G A 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=16;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.158;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:165,0,157 chrIII 63257 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;DP=62;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.281;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:439,0,576 chrIII 63461 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:288,0,394 chrIII 63488 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:378,0,403 chrIII 63611 . T C 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=42;Dels=0.00;FS=4.087;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=18.88;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:87:826,87,0 chrIII 63878 . C G 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=20.03;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:774,81,0 chrIII 63929 . C T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DP=37;Dels=0.00;FS=2.937;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:243,0,313 chrIII 64304 . C T 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=24.53;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1284,138,0 chrIII 65580 . C G 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;DP=84;Dels=0.00;FS=4.704;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:858,0,701 chrIII 66138 . G C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=32;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.753;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:261,0,328 chrIII 66156 . A G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=31;Dels=0.00;FS=3.407;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=5.77;ReadPosRankSum=2.282;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:209,0,302 chrIII 66477 . A G 151.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=35;Dels=0.00;FS=5.058;HaplotypeScore=3.5974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:181,0,360 chrIII 66483 . C T 99.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=31;Dels=0.00;FS=5.615;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.142;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:129,0,334 chrIII 66486 . T C 103.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=31;Dels=0.00;FS=3.541;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:133,0,339 chrIII 66516 . G A 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;DP=25;Dels=0.00;FS=9.381;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.198;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:44:44,0,295 chrIII 66534 . A G 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=21;Dels=0.00;FS=11.747;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.847;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.109;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:46:46,0,205 chrIII 66929 . A T 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=26;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=5.6512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.256;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:191,0,172 chrIII 67074 . A G 342.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=34;Dels=0.00;FS=36.899;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.353;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:372,0,261 chrIII 67277 . G A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=35;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=4.57;ReadPosRankSum=-1.457;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:190,0,307 chrIII 67668 . A G 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.193;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:110,0,197 chrIII 67764 . C T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=36;Dels=0.00;FS=13.594;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:278,0,370 chrIII 67820 . T C 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=19.10;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:625,66,0 chrIII 67844 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.750;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:241,0,165 chrIII 67854 . A G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=33;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:221,0,233 chrIII 67872 . G T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DP=40;Dels=0.00;FS=3.186;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:347,0,208 chrIII 67884 . A C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=44;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=7.86;ReadPosRankSum=2.242;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:376,0,242 chrIII 68046 . T C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=53;Dels=0.00;FS=7.388;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.335;QD=0.70;ReadPosRankSum=2.122;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,16:53:67:67,0,652 chrIII 68058 . T C 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=53;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.107;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.621;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:112,0,787 chrIII 68067 . G A 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.088;DP=51;Dels=0.00;FS=4.439;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.361;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.360;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:130,0,699 chrIII 68070 . T G 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=19.92;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1089,114,0 chrIII 68114 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.466;DP=80;Dels=0.00;FS=10.948;HaplotypeScore=16.6058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.022;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:679,0,764 chrIII 68424 . G A 1732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.545;DP=176;Dels=0.00;FS=8.826;HaplotypeScore=9.2539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,91:176:99:1762,0,1596 chrIII 68556 . T C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;DP=61;Dels=0.00;FS=6.909;HaplotypeScore=8.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:492,0,479 chrIII 70158 . G T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.062;DP=67;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.524;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:67:99:705,0,543 chrIII 70425 . A T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DP=50;Dels=0.00;FS=13.759;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=6.58;ReadPosRankSum=2.150;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:359,0,537 chrIII 71079 . T C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;DP=30;Dels=0.00;FS=5.859;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:232,0,261 chrIII 72786 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;DP=39;Dels=0.00;FS=12.712;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.232;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:281,0,458 chrIII 74074 . T C 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=102;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=8.9316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.265;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:1025,0,860 chrIII 74146 . C G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;DP=50;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:495,0,487 chrIII 74327 . C A 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.293;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.143;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,64:120:99:1211,0,871 chrIII 74346 . A G 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;DP=114;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=5.9066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.842;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.020;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:114:99:1044,0,777 chrIII 74505 . C T 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=86;Dels=0.00;FS=2.269;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.090;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:86:99:877,0,317 chrIII 74562 . G T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.970;DP=99;Dels=0.00;FS=11.830;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=8.23;ReadPosRankSum=-2.430;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:99:99:845,0,903 chrIII 74673 . A G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=73;Dels=0.00;FS=4.524;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:673,0,635 chrIII 74692 . C T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=70;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.630;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:70:99:581,0,762 chrIII 75025 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=74;Dels=0.00;FS=14.854;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=5.00;ReadPosRankSum=-2.597;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:400,0,855 chrIII 75053 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;DP=57;Dels=0.00;FS=10.266;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:357,0,532 chrIII 75088 . T A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DP=63;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=9.6713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.818;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:469,0,386 chrIII 75130 . C T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DP=49;Dels=0.00;FS=4.452;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:407,0,280 chrIII 75202 . G A 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;DP=43;Dels=0.00;FS=2.883;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:43:99:454,0,321 chrIII 75288 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.138;DP=61;Dels=0.00;FS=7.119;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:61:99:429,0,589 chrIII 75503 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DP=67;Dels=0.00;FS=2.151;HaplotypeScore=8.2320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:646,0,614 chrIII 76131 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=83;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:670,0,730 chrIII 76147 . T G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;DP=84;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=5.1708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:575,0,773 chrIII 76973 . G A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:26:99:234,0,229 chrIII 77505 . A G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:182,0,554 chrIII 77849 . C T 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DP=33;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.059;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:106,0,417 chrIII 77866 . T A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=33;Dels=0.00;FS=5.460;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:192,0,332 chrIII 77900 . A G 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=16.39;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:656,72,0 chrIII 77941 . A C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;DP=56;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.357;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:447,0,327 chrIII 79096 . G T 2644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2677,285,0 chrIII 79170 . G A 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=20.61;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1187,132,0 chrIII 79507 . A G 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.382;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:201,0,388 chrIII 79613 . G A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=52;Dels=0.00;FS=1.058;HaplotypeScore=5.0314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:492,0,433 chrIII 80091 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:480,0,262 chrIII 80327 . G A 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=129;Dels=0.00;FS=1.664;HaplotypeScore=9.6489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,71:129:99:1339,0,1132 chrIII 80444 . C T 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.41;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1467,150,0 chrIII 81845 . A G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=82;Dels=0.00;FS=0.840;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.169;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:747,0,708 chrIII 82590 . C T 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.22;MQ0=0;QD=25.12;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1038,105,0 chrIII 82710 . G A 239.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.97;MQ0=1;QD=18.39;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:27:272,27,0 chrIII 82716 . A C 213.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.37;MQ0=1;QD=21.30;SB=-7.689e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27:246,27,0 chrIII 82723 . A G 77.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=2;QD=12.92;SB=-2.555e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,4:6:12:110,12,0 chrIII 82728 . C T 55.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=2;QD=11.19;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,3:5:9:88,9,0 chrIII 82729 . T C 49.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=2;QD=9.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,3:5:9:82,9,0 chrIII 82735 . G A 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.46;MQ0=2;QD=8.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,3:5:9:77,9,0 chrIII 82738 . T G 48.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.51;MQ0=3;QD=8.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,3:6:9:81,9,0 chrIII 82742 . C T 49.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.51;MQ0=3;QD=8.33;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,3:6:9:82,9,0 chrIII 82813 . T A 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.76;MQ0=10;QD=1.42;SB=-6.380e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:16:6:54,6,0 chrIII 83031 . T A 53.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=12;Dels=0.00;FS=10.792;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.448;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:9:86,9,0 chrIII 83118 . T G 1078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=22.00;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1111,123,0 chrIII 83421 . C T 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=19.00;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1097,114,0 chrIII 83576 . A G 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=22.05;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1246,132,0 chrIII 83594 . A G 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=18.05;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1098,114,0 chrIII 83597 . G T 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=16.24;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:991,102,0 chrIII 83607 . T A 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.45;MQ0=0;QD=15.03;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:93:920,93,0 chrIII 83631 . C T 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.81;MQ0=0;QD=10.79;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:69:659,69,0 chrIII 83635 . G A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=57;Dels=0.00;FS=1.352;HaplotypeScore=3.4414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:57:99:180,0,292 chrIII 84048 . C T 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;QD=21.70;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1357,141,0 chrIII 84070 . G A 396.77 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DP=41;Dels=0.00;FS=22.011;HaplotypeScore=34.8839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.92;MQ0=4;MQRankSum=1.512;QD=9.68;ReadPosRankSum=-4.768;SB=-5.271e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:0:425,0,0 chrIII 84097 . C T 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;DP=28;Dels=0.00;FS=29.290;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.56;MQ0=9;MQRankSum=2.601;QD=0.68;ReadPosRankSum=-2.023;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:43:49,0,43 chrIII 84099 . A G 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=28;Dels=0.00;FS=39.242;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.56;MQ0=9;MQRankSum=2.164;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.511;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:44:44,0,45 chrIII 84103 . A G 15.14 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;DP=30;Dels=0.00;FS=31.460;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.93;MQ0=10;MQRankSum=2.759;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:45:45,0,45 chrIII 84109 . T C 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=32;Dels=0.00;FS=33.350;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.36;MQ0=10;MQRankSum=3.066;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:44:44,0,49 chrIII 84111 . C T 17.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=32;Dels=0.00;FS=33.350;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.36;MQ0=10;MQRankSum=3.857;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:44:47,0,44 chrIII 84112 . G C 18.07 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;DP=32;Dels=0.00;FS=33.350;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.36;MQ0=10;MQRankSum=3.066;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:43:48,0,43 chrIII 84114 . T C 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DP=32;Dels=0.00;FS=33.350;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.36;MQ0=10;MQRankSum=3.660;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:42:42,0,49 chrIII 84116 . C G 16.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=32;Dels=0.00;FS=33.350;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.36;MQ0=10;MQRankSum=3.330;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:44:46,0,44 chrIII 84117 . T C 11.34 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=32;Dels=0.00;FS=33.350;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.36;MQ0=10;MQRankSum=3.725;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:41:41,0,45 chrIII 84133 . A G 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=36;Dels=0.00;FS=43.285;HaplotypeScore=27.0122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.41;MQ0=9;MQRankSum=3.294;QD=1.06;ReadPosRankSum=-2.123;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:42:68,0,42 chrIII 84152 . C T 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DP=36;Dels=0.00;FS=47.544;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.23;MQ0=10;MQRankSum=4.100;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:39:55,0,39 chrIII 84161 . A G 103.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DP=34;Dels=0.00;FS=32.443;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.36;MQ0=6;MQRankSum=4.043;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-2.728e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,20:34:15:136,15,0 chrIII 84165 . A G 111.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;DP=33;Dels=0.00;FS=31.588;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.13;MQ0=6;MQRankSum=4.009;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.611;SB=-2.728e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,19:33:15:144,15,0 chrIII 84166 . T C 109.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=33;Dels=0.00;FS=31.588;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.13;MQ0=6;MQRankSum=4.009;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.664;SB=-2.728e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,19:33:15:142,15,0 chrIII 84181 . G A 115.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.384;DP=38;Dels=0.00;FS=24.760;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.98;MQ0=4;MQRankSum=3.772;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.287;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:38:15:148,15,0 chrIII 84190 . G A 115.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=32;Dels=0.00;FS=16.675;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=1;MQRankSum=3.464;QD=3.60;ReadPosRankSum=2.497;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:32:15:148,15,0 chrIII 84194 . C T 115.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.01;MQ0=1;MQRankSum=2.748;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.891;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:15:148,15,0 chrIII 84195 . A G 106.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.01;MQ0=1;MQRankSum=2.748;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.891;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:15:139,15,0 chrIII 84204 . G A 106.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:15:139,15,0 chrIII 84205 . A G 105.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:15:138,15,0 chrIII 84208 . A G 115.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.743;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:15:148,15,0 chrIII 84209 . T A 110.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:15:143,15,0 chrIII 84216 . G A 109.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.50;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:15:142,15,0 chrIII 84407 . G A 140.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=67;Dels=0.00;FS=94.269;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.47;MQ0=11;MQRankSum=5.891;QD=2.09;ReadPosRankSum=-4.882;SB=-1.420e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,20:67:18:173,18,0 chrIII 84416 . G A 318 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.152;DP=77;Dels=0.00;FS=137.376;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.58;MQ0=11;MQRankSum=6.925;QD=4.13;ReadPosRankSum=-4.780;SB=-8.700e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,29:77:36:351,36,0 chrIII 84420 . C T 407 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.153;DP=82;Dels=0.00;FS=151.732;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.59;MQ0=11;MQRankSum=7.177;QD=4.96;ReadPosRankSum=-3.777;SB=-6.794e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,33:82:45:440,45,0 chrIII 84430 . G A 476 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=78;Dels=0.00;FS=163.041;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.32;MQ0=11;MQRankSum=7.023;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.324;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,36:78:54:509,54,0 chrIII 84431 . A G 463 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.634;DP=77;Dels=0.00;FS=163.041;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.45;MQ0=10;MQRankSum=7.023;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,35:77:54:496,54,0 chrIII 84434 . A G 494 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=75;Dels=0.00;FS=169.221;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.69;MQ0=10;MQRankSum=6.902;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,35:75:54:527,54,0 chrIII 84435 . T A 480 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DP=75;Dels=0.00;FS=169.221;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.69;MQ0=10;MQRankSum=6.902;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,35:75:54:513,54,0 chrIII 84442 . G A 479 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.029;DP=69;Dels=0.00;FS=151.590;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.46;MQ0=9;MQRankSum=6.552;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.429;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,35:69:54:512,54,0 chrIII 84617 . G A 173.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.20;MQ0=0;QD=19.23;SB=-2.994e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21:206,21,0 chrIII 84622 . T C 93.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.79;MQ0=0;QD=11.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:126,15,0 chrIII 90747 . C T 92.79 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=41;Dels=0.00;FS=24.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.95;MQ0=16;MQRankSum=1.653;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.050;SB=-3.805e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:4:122,0,4 chrIII 90748 . A C 92.79 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=41;Dels=0.00;FS=24.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.95;MQ0=16;MQRankSum=1.653;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.150;SB=-3.805e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:4:122,0,4 chrIII 90756 . C T 50.22 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DP=35;Dels=0.00;FS=23.636;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.86;MQ0=13;MQRankSum=1.542;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.085;SB=-3.229e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:35:10:80,0,10 chrIII 90770 . A T 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=17;Dels=0.00;FS=12.304;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.531;SB=-1.773e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:6:59,6,0 chrIII 90838 . T A 15.88 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.24;MQ0=0;QD=7.94;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:47,6,0 chrIII 90839 . C A 13.94 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.24;MQ0=0;QD=6.97;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:45,6,0 chrIII 90840 . T C 13.94 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=4;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.026;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,2:4:6:45,6,0 chrIII 91026 . C T 487.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.756;DP=56;Dels=0.00;FS=42.413;HaplotypeScore=3.5509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=4.203;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:517,0,469 chrIII 91321 . C G 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=24.44;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1377,147,0 chrIII 91728 . C T 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=10.84;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:69:629,69,0 chrIII 91977 . G A 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=19.23;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:81:783,81,0 chrIII 92106 . T C 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.95;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1580,168,0 chrIII 92187 . C T 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=18.05;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1062,108,0 chrIII 92193 . T C 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=16.18;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:939,99,0 chrIII 92292 . G A 2754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=24.59;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2787,291,0 chrIII 92556 . G C 1269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.590;DP=119;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,66:119:99:1299,0,906 chrIII 92671 . C T 2175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=25.00;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2208,228,0 chrIII 92716 . C T 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.55;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1995,201,0 chrIII 93194 . G A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:221,0,439 chrIII 93230 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DP=35;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:275,0,298 chrIII 93275 . C T 532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=17.73;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:60:565,60,0 chrIII 93278 . T A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=29;Dels=0.00;FS=12.187;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.764;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:217,0,257 chrIII 93455 . A G 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=19.35;ReadPosRankSum=1.642;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:79:99:1562,174,0 chrIII 93512 . A G 1189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=20.50;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1222,129,0 chrIII 93620 . T C 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:778,84,0 chrIII 93824 . A G 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.03;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1333,141,0 chrIII 94248 . C T 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1104,114,0 chrIII 94376 . T C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=58;Dels=0.00;FS=1.070;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=2.076;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.592;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:706,0,436 chrIII 94470 . T G 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=4.658;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.641;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:72:685,72,0 chrIII 94554 . G A 2601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=25.01;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2634,273,0 chrIII 94573 . G A 2497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=21.90;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2530,270,0 chrIII 94591 . C G 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=21.94;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2490,282,0 chrIII 95029 . A G 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.29;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1326,141,0 chrIII 95071 . A G 637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=14.48;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:72:670,72,0 chrIII 95149 . A G 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=21.93;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1217,126,0 chrIII 95527 . T C 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.53;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1244,132,0 chrIII 95697 . C T 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.64;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:87:848,87,0 chrIII 95776 . T C 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=56;Dels=0.00;FS=3.502;HaplotypeScore=4.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=18.91;ReadPosRankSum=1.670;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1092,117,0 chrIII 95815 . C T 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=17.74;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1452,156,0 chrIII 95935 . A C 1571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=19.89;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1604,171,0 chrIII 95946 . C G 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=17.28;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1467,153,0 chrIII 95967 . G T 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=15.20;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1401,147,0 chrIII 96019 . A G 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=17.97;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1147,123,0 chrIII 96055 . A G 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=26.01;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1828,192,0 chrIII 96799 . G A 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=19.79;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1161,129,0 chrIII 96805 . A T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=53;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:394,0,559 chrIII 96890 . G A 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=91;Dels=0.00;FS=15.848;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.303;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:827,0,679 chrIII 96988 . A G 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;DP=50;Dels=0.00;FS=4.429;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=1.60;ReadPosRankSum=-2.258;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:50:99:110,0,510 chrIII 97369 . A G 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=18.60;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:926,99,0 chrIII 97696 . A G 1846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1879,204,0 chrIII 98308 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.556;DP=98;Dels=0.00;FS=11.492;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:730,0,916 chrIII 98535 . C G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.579;DP=67;Dels=0.00;FS=5.756;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.529;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:67:99:357,0,788 chrIII 98578 . C T 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=19.81;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1281,135,0 chrIII 98617 . T C 1250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=59;Dels=0.00;FS=4.921;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=21.19;ReadPosRankSum=1.674;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1283,141,0 chrIII 98750 . G C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DP=58;Dels=0.00;FS=15.371;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.570;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:58:99:632,0,315 chrIII 98770 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;DP=47;Dels=0.00;FS=2.767;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:541,0,336 chrIII 99014 . A G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=48;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:329,0,429 chrIII 99163 . T C 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=20.97;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:809,87,0 chrIII 99195 . C A 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=22.33;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:993,105,0 chrIII 99209 . A G 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=19.33;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:980,108,0 chrIII 99392 . C T 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=23.41;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1063,111,0 chrIII 99481 . T C 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.50;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:853,93,0 chrIII 99547 . C T 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=21.31;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1482,153,0 chrIII 99655 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=55;Dels=0.00;FS=8.023;HaplotypeScore=7.4662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.697;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:364,0,595 chrIII 99700 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=56;Dels=0.00;FS=14.508;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:488,0,534 chrIII 100212 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:39:99:309,0,324 chrIII 100244 . T C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.623;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.946;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:191,0,400 chrIII 100272 . A G 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.905;DP=31;Dels=0.00;FS=1.523;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:112,0,283 chrIII 100295 . A G 471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=16.24;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:54:504,54,0 chrIII 100329 . C A 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=40;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:40:99:206,0,475 chrIII 100583 . G A 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=24;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.434;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:94:94,0,345 chrIII 100585 . A G 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=26;Dels=0.00;FS=1.760;HaplotypeScore=4.1755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.320;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:92:92,0,351 chrIII 100644 . A G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DP=47;Dels=0.00;FS=10.930;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.943;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:213,0,624 chrIII 100653 . T C 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=57;Dels=0.00;FS=7.533;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.260;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:248,0,715 chrIII 100869 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;DP=46;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.255;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:409,0,477 chrIII 100927 . C T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DP=54;Dels=0.00;FS=7.529;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:660,0,504 chrIII 101152 . C T 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=22.58;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1817,183,0 chrIII 101155 . C T 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=21.73;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1750,183,0 chrIII 101261 . T A 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.838;DP=110;Dels=0.00;FS=4.896;HaplotypeScore=6.0103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.027;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:110:99:930,0,1133 chrIII 101368 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.874;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:765,0,725 chrIII 101527 . C A 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=21.77;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2036,222,0 chrIII 101595 . G C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=80;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.343;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:80:99:540,0,633 chrIII 101597 . A G 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=17.23;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1429,156,0 chrIII 101813 . T G 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=13.74;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1187,132,0 chrIII 102083 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.620;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:298,0,309 chrIII 102360 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;DP=51;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.328;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.498;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:474,0,585 chrIII 102398 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:511,0,345 chrIII 102477 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=52;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:550,0,395 chrIII 102669 . C T 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=20.05;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1777,186,0 chrIII 102819 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.725;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:326,0,135 chrIII 103392 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=80;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=6.6752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:599,0,677 chrIII 103499 . C T 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.322;DP=79;Dels=0.00;FS=0.840;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:862,0,679 chrIII 103556 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.240;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:511,0,553 chrIII 103593 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.119;DP=44;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.936;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:408,0,438 chrIII 103649 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=30;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=3.5228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:285,0,224 chrIII 103757 . A C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.029;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.652;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:660,0,599 chrIII 103758 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.570;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.716;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:82:99:724,0,606 chrIII 103813 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.655;DP=71;Dels=0.01;FS=2.130;HaplotypeScore=12.2151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.064;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:70:99:417,0,502 chrIII 103955 . G A 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:233,0,190 chrIII 104476 . G A 52.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=1.10;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:9:85,9,0 chrIII 104541 . T C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;DP=59;Dels=0.00;FS=3.723;HaplotypeScore=10.7524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.958;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:340,0,592 chrIII 105155 . C T 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=18.68;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:668,69,0 chrIII 105651 . A C 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.674;DP=107;Dels=0.00;FS=1.658;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.122;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:915,0,949 chrIII 105854 . G T 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.93;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:625,63,0 chrIII 106308 . T C 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=28;Dels=0.00;FS=1.705;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.012;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:28:99:193,0,256 chrIII 106326 . A G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;DP=32;Dels=0.00;FS=6.872;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:303,0,184 chrIII 106362 . G C 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=20.26;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:35:81:742,81,0 chrIII 106626 . T A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=56;Dels=0.00;FS=4.256;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:529,0,472 chrIII 106731 . A T 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=23.35;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1924,201,0 chrIII 106757 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DP=63;Dels=0.00;FS=12.076;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:476,0,563 chrIII 106776 . G T 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;DP=56;Dels=0.00;FS=10.531;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=12.25;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:56:99:716,0,316 chrIII 106818 . C T 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=23.81;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1057,111,0 chrIII 106895 . C G 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=19.41;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1120,117,0 chrIII 106931 . C T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;DP=69;Dels=0.00;FS=3.361;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.848;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:644,0,480 chrIII 106955 . A G 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;DP=113;Dels=0.00;FS=10.934;HaplotypeScore=12.6624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.083;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:835,0,1137 chrIII 107060 . C T 662.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=88;Dels=0.00;FS=1.888;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.259;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:692,0,923 chrIII 107061 . T C 1937 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=22.01;ReadPosRankSum=2.394;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:1970,213,0 chrIII 107067 . T C 1669 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=20.86;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1702,183,0 chrIII 108225 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.276;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:277,0,466 chrIII 108227 . T A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.359;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:256,0,465 chrIII 108293 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=39;Dels=0.00;FS=10.436;HaplotypeScore=5.9189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.339;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.551;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:334,0,194 chrIII 108503 . T C 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.856;DP=90;Dels=0.00;FS=1.112;HaplotypeScore=10.5245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.759;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:914,0,890 chrIII 108581 . C G 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.657;DP=77;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:787,0,598 chrIII 108790 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.384;DP=82;Dels=0.00;FS=1.013;HaplotypeScore=2.6406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.206;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:480,0,753 chrIII 108793 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;DP=90;Dels=0.00;FS=1.003;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:538,0,791 chrIII 109046 . A G 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=25.97;ReadPosRankSum=0.917;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1799,176,0 chrIII 109290 . A C 1242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.966;DP=144;Dels=0.00;FS=10.317;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.889;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:144:99:1272,0,1179 chrIII 109320 . G A 1261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.130;DP=149;Dels=0.00;FS=14.746;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.715;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,77:149:99:1291,0,1215 chrIII 109596 . T G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.202;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.200;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:480,0,942 chrIII 109704 . G C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=85;Dels=0.00;FS=5.605;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.541;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:660,0,794 chrIII 109912 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=44;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:43:99:287,0,396 chrIII 110397 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.691;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:604,0,697 chrIII 111618 . C T 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=130;Dels=0.00;FS=5.318;HaplotypeScore=9.7200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.369;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,59:130:99:1049,0,1262 chrIII 111695 . T G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:95:99:646,0,925 chrIII 111960 . C T 1384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.982;DP=117;Dels=0.00;FS=4.535;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,66:117:99:1414,0,972 chrIII 112707 . A C 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.338;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:107:99:898,0,1023 chrIII 112840 . T G 1254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.883;DP=130;Dels=0.00;FS=14.583;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=9.65;ReadPosRankSum=2.303;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,67:130:99:1284,0,1218 chrIII 112907 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=94;Dels=0.00;FS=28.639;HaplotypeScore=8.8835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=2.190;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,35:94:99:344,0,1129 chrIII 112988 . G A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=65;Dels=0.00;FS=2.052;HaplotypeScore=10.3398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=7.29;ReadPosRankSum=-2.046;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:504,0,506 chrIII 113059 . C A 1434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.700;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=10.95;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,73:131:99:1464,0,901 chrIII 113166 . G A 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.011;DP=150;Dels=0.00;FS=6.393;HaplotypeScore=13.0243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,56:150:99:1087,0,1822 chrIII 113217 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=99;Dels=0.00;FS=9.521;HaplotypeScore=13.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.420;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,32:99:99:518,0,1261 chrIII 113224 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,31:90:99:497,0,1334 chrIII 113279 . T A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.981;QD=6.84;ReadPosRankSum=2.074;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:338,0,450 chrIII 113386 . G A 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=131;Dels=0.00;FS=5.321;HaplotypeScore=17.3510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.619;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:131:99:1111,0,1073 chrIII 113543 . A G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DP=97;Dels=0.00;FS=12.119;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.996;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:97:99:761,0,997 chrIII 113605 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=63;Dels=0.00;FS=9.950;HaplotypeScore=9.7367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.965;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:63:99:725,0,395 chrIII 113636 . A C 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.548;DP=71;Dels=0.00;FS=3.845;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.766;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:71:99:933,0,542 chrIII 113781 . C T 1282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.057;DP=126;Dels=0.00;FS=0.682;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=10.17;ReadPosRankSum=2.325;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,64:126:99:1312,0,1201 chrIII 113866 . A G 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;DP=96;Dels=0.00;FS=11.844;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.111;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:917,0,1027 chrIII 113902 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=78;Dels=0.00;FS=14.188;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.879;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:618,0,687 chrIII 113907 . G A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=80;Dels=0.00;FS=13.761;HaplotypeScore=1.9092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.893;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.112;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:617,0,626 chrIII 113921 . A T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.843;DP=77;Dels=0.00;FS=16.293;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:509,0,720 chrIII 113952 . C G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=79;Dels=0.00;FS=9.639;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.347;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:79:99:702,0,518 chrIII 114025 . G C 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=107;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.007;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.098;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:107:99:1023,0,650 chrIII 114169 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=46;Dels=0.00;FS=1.595;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:226,0,490 chrIII 114184 . C T 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.048;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:170,0,346 chrIII 114243 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.386;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.694;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:393,0,198 chrIII 114262 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.934;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:406,0,185 chrIII 114298 . A T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:269,0,270 chrIII 114307 . A G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.789;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.689;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:253,0,376 chrIII 114354 . A G 251.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.613;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.243;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:281,0,584 chrIII 114365 . T A 275.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.271;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:305,0,538 chrIII 114366 . G A 290.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.171;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.332;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:320,0,533 chrIII 114395 . G A 192.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.107;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:222,0,438 chrIII 114397 . T A 194.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.771;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.329;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.276;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:224,0,401 chrIII 114408 . A T 127.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.220;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.757;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.954;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:157,0,235 chrIII 114452 . T C 15.88 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=5.29;SB=-2.076e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:3:6:47,6,0 chrIII 114453 . A T 15.88 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=7.94;SB=-2.076e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:47,6,0 chrIII 114454 . A G 15.88 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=7.94;SB=-2.076e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:47,6,0 chrIII 114465 . T G 56.27 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.176e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:9:86,0,9 chrIII 114485 . A T 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.180;QD=6.33;ReadPosRankSum=2.180;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:125,0,139 chrIII 114620 . T C 267.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.445;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:297,0,451 chrIII 114644 . A G 222.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:252,0,493 chrIII 114679 . G C 236.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.771;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:42:99:266,0,401 chrIII 114698 . A C 203.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=5.97;ReadPosRankSum=2.432;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:233,0,277 chrIII 114714 . C T 177.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.296;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.971;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:207,0,417 chrIII 114728 . C T 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=45;Dels=0.00;FS=2.847;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.687;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:227,0,366 chrIII 114762 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:429,0,569 chrIII 114986 . G A 2064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=19.85;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2097,237,0 chrIII 115127 . C T 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;DP=118;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,69:118:99:1232,0,737 chrIII 115183 . T C 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;DP=108;Dels=0.00;FS=2.529;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:1011,0,735 chrIII 115351 . T C 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=121;Dels=0.00;FS=11.733;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.815;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:121:99:908,0,1092 chrIII 115623 . T C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=89;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.809;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:608,0,1070 chrIII 115632 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=99;Dels=0.00;FS=1.678;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:714,0,1059 chrIII 115736 . A T 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.971;DP=113;Dels=0.00;FS=4.681;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.156;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:113:99:946,0,1062 chrIII 116011 . G T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DP=78;Dels=0.00;FS=1.904;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:634,0,855 chrIII 116224 . T G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DP=79;Dels=0.00;FS=3.398;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.542;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:632,0,994 chrIII 116382 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DP=74;Dels=0.00;FS=4.708;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.868;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:74:99:694,0,622 chrIII 117007 . C A 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:816,0,607 chrIII 117089 . A G 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;DP=105;Dels=0.00;FS=22.057;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.383;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:1015,0,990 chrIII 117992 . C T 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=104;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.314;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:104:99:734,0,952 chrIII 118196 . C T 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.741;DP=126;Dels=0.00;FS=0.669;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.830;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,72:126:99:1292,0,885 chrIII 118342 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:75:99:675,0,543 chrIII 118354 . T A 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.785;DP=88;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.638;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:620,0,553 chrIII 118412 . C G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.107;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:559,0,1019 chrIII 118631 . G A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=94;Dels=0.00;FS=9.956;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.896;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:778,0,879 chrIII 118719 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.865;DP=66;Dels=0.00;FS=3.944;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:296,0,619 chrIII 119105 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=50;Dels=0.00;FS=5.972;HaplotypeScore=4.0738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.001;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:498,0,338 chrIII 119452 . A G 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;DP=81;Dels=0.00;FS=1.452;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=13.05;ReadPosRankSum=2.212;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,54:81:99:1087,0,318 chrIII 119474 . A C 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2386,255,0 chrIII 119587 . A G 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.74;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1344,144,0 chrIII 120341 . C T 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.699;DP=132;Dels=0.00;FS=0.657;HaplotypeScore=13.1554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.127;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,69:132:99:1129,0,972 chrIII 121150 . T C 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.535;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:849,0,650 chrIII 121210 . G A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=64;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:516,0,503 chrIII 122182 . G T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.392;DP=62;Dels=0.00;FS=15.263;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.446;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:593,0,555 chrIII 122194 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DP=60;Dels=0.00;FS=12.952;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.178;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:509,0,488 chrIII 122386 . G A 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=138;Dels=0.00;FS=2.252;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,69:138:99:971,0,1328 chrIII 122393 . T C 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;DP=130;Dels=0.00;FS=1.530;HaplotypeScore=8.8244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.155;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,65:130:99:1018,0,1309 chrIII 122563 . C G 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.60;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1516,162,0 chrIII 122778 . G C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:281,0,383 chrIII 122867 . G C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:417,0,259 chrIII 123001 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=56;Dels=0.00;FS=2.387;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=6.77;ReadPosRankSum=-2.256;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:409,0,302 chrIII 123248 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DP=53;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:484,0,339 chrIII 123295 . A T 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=54;Dels=0.00;FS=2.503;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,36:54:99:643,0,278 chrIII 123494 . C T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=30;Dels=0.00;FS=1.484;HaplotypeScore=3.4090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:172,0,278 chrIII 123560 . C T 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:185,0,175 chrIII 125001 . G A 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=95;Dels=0.00;FS=6.900;HaplotypeScore=5.1357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:918,0,914 chrIII 125023 . G A 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=100;Dels=0.00;FS=8.217;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:100:99:745,0,1035 chrIII 125134 . A G 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;DP=81;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.979;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:800,0,897 chrIII 125279 . C T 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=84;Dels=0.00;FS=1.817;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:84:99:819,0,725 chrIII 125321 . A G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DP=90;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:877,0,800 chrIII 125341 . T C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DP=95;Dels=0.00;FS=10.199;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.440;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:683,0,1118 chrIII 125835 . T C 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=102;Dels=0.00;FS=1.620;HaplotypeScore=9.9293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.204;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:102:99:760,0,662 chrIII 126074 . T C 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DP=102;Dels=0.00;FS=20.192;HaplotypeScore=7.3487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.594;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:900,0,930 chrIII 126323 . C A 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DP=95;Dels=0.00;FS=13.448;HaplotypeScore=17.5455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=8.99;ReadPosRankSum=-2.041;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,59:95:99:884,0,633 chrIII 126606 . A G 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.623;DP=85;Dels=0.00;FS=7.415;HaplotypeScore=8.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:85:99:811,0,734 chrIII 126802 . G A 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:114:99:1074,0,1088 chrIII 126856 . T C 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=117;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.807;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,54:117:99:900,0,1127 chrIII 126871 . A G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.295;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.823;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:946,0,1145 chrIII 126876 . T C 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;DP=107;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.301;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:845,0,1171 chrIII 127056 . G C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=69;Dels=0.00;FS=2.088;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=8.16;ReadPosRankSum=2.358;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:593,0,505 chrIII 127321 . C A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;DP=48;Dels=0.00;FS=2.557;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.100;QD=8.46;ReadPosRankSum=-2.328;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:436,0,280 chrIII 127386 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=44;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.622;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:542,0,197 chrIII 127464 . A G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;DP=21;Dels=0.00;FS=1.719;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:182,0,153 chrIII 127652 . T A 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.647;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.647;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:308,0,239 chrIII 127685 . C A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=4.24;ReadPosRankSum=-3.795;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:33:99:170,0,205 chrIII 127692 . T A 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=20;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.249;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.268;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:85:85,0,120 chrIII 127715 . T C 71.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.412;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:101,0,139 chrIII 128096 . A T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=39;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:425,0,344 chrIII 128224 . T C 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.320;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.88;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:952,102,0 chrIII 130242 . G A 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=19.89;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:769,81,0 chrIII 130372 . G A 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.67;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1056,111,0 chrIII 130462 . T C 599 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=10.15;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:69:632,69,0 chrIII 130940 . A G 2379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=25.04;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2412,261,0 chrIII 131280 . T C 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.353;DP=74;Dels=0.00;FS=1.936;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:713,0,685 chrIII 131861 . A G 1147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;DP=94;Dels=0.00;FS=2.714;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.700;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:1177,0,756 chrIII 131983 . T C 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1304,138,0 chrIII 132079 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:469,0,523 chrIII 133467 . C T 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.03;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1498,171,0 chrIII 133512 . C T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:438,0,415 chrIII 133715 . G A 1739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=23.82;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1772,183,0 chrIII 134374 . G A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=89;Dels=0.00;FS=2.934;HaplotypeScore=9.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:593,0,1012 chrIII 135971 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.580;DP=46;Dels=0.00;FS=8.803;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.992;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:383,0,497 chrIII 136064 . C T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.512;DP=69;Dels=0.00;FS=2.257;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:787,0,578 chrIII 136159 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.345;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:288,0,260 chrIII 136789 . T C 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=117;Dels=0.00;FS=5.282;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.729;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:117:99:948,0,972 chrIII 137529 . A G 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DP=81;Dels=0.00;FS=1.902;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.079;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:81:99:722,0,616 chrIII 137654 . G T 3038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.223;DP=260;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,153:260:99:3068,0,1948 chrIII 138145 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=46;Dels=0.00;FS=1.303;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:46:99:428,0,241 chrIII 139959 . G A 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=22.52;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1204,132,0 chrIII 140413 . C T 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.498;QD=8.91;ReadPosRankSum=-2.347;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:805,0,858 chrIII 140656 . A G 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.18;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1897,204,0 chrIII 142499 . G C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DP=47;Dels=0.00;FS=1.245;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:491,0,319 chrIII 142579 . A G 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=41;Dels=0.00;FS=10.964;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.494;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:41:99:201,0,551 chrIII 142587 . T C 171.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.159;DP=37;Dels=0.00;FS=12.608;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.757;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.676;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:37:99:201,0,423 chrIII 142603 . C T 154.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;DP=32;Dels=0.00;FS=22.202;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.381;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:184,0,363 chrIII 142950 . T G 1159.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.352;DP=148;Dels=0.00;FS=80.128;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQ0=2;MQRankSum=2.389;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.882;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,59:148:99:1189,0,1705 chrIII 143131 . T C 4008.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.917e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:164:99:4008,426,0 chrIII 144180 . T C 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.766;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:817,0,1080 chrIII 144359 . A T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.617;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:740,0,803 chrIII 144921 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=72;Dels=0.00;FS=2.160;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:72:99:557,0,603 chrIII 145017 . C T 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.51;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1407,147,0 chrIII 145264 . A G 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:350,0,310 chrIII 145673 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;DP=42;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.379;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:42:99:305,0,412 chrIII 145735 . T C 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=21.79;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:970,105,0 chrIII 146390 . A G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=33;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.343;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:332,0,294 chrIII 146420 . A G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.806;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:319,0,282 chrIII 148384 . T G 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.898;DP=117;Dels=0.00;FS=7.142;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.816;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:117:99:939,0,1173 chrIII 148618 . T G 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=78;Dels=0.00;FS=6.782;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=18.90;ReadPosRankSum=2.323;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1507,165,0 chrIII 148649 . T C 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=69;Dels=0.00;FS=3.411;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.223;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1259,135,0 chrIII 148694 . A T 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=19.04;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1309,141,0 chrIII 148833 . T C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.750;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:94:99:723,0,823 chrIII 148835 . C T 1790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=18.84;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1823,195,0 chrIII 148991 . G A 2067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=17.67;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2100,228,0 chrIII 148993 . C A 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.738;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.411;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.372;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,70:119:99:1105,0,912 chrIII 149289 . G T 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=83;Dels=0.00;FS=30.850;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=8.46;ReadPosRankSum=2.821;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:732,0,588 chrIII 149554 . A T 270.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;DP=43;Dels=0.00;FS=3.569;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.346;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:300,0,374 chrIII 149556 . A G 256.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;DP=42;Dels=0.00;FS=1.684;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.610;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:42:99:286,0,378 chrIII 149558 . A C 237.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DP=40;Dels=0.00;FS=1.845;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.001;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:267,0,417 chrIII 149565 . G A 181.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.813;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:211,0,368 chrIII 149569 . A G 98.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.407;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:128,0,363 chrIII 149571 . A T 74.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.138;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:34:99:104,0,392 chrIII 149572 . T A 77.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.330;QD=2.41;ReadPosRankSum=-2.067;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:32:99:107,0,377 chrIII 149581 . A T 46.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.218;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,5:32:76:76,0,432 chrIII 149582 . G T 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.518;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.370;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:31:49:49,0,474 chrIII 150179 . T A 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.64;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1806,192,0 chrIII 152269 . T C 2559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=24.14;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2592,273,0 chrIII 152546 . A G 2636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=22.15;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2669,288,0 chrIII 152773 . A T 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.086;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:113:99:923,0,1187 chrIII 152950 . A G 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:826,0,595 chrIII 152956 . C T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DP=85;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.004;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:85:99:686,0,610 chrIII 152962 . G A 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=86;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:773,0,546 chrIII 153418 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=40;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=6.5203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:279,0,354 chrIII 153575 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=9.34;ReadPosRankSum=2.252;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:740,0,557 chrIII 153646 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=74;Dels=0.00;FS=8.531;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:559,0,764 chrIII 153823 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.377;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:397,0,139 chrIII 154262 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=34;Dels=0.00;FS=4.317;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.276;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:398,0,230 chrIII 154902 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=80;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:664,0,690 chrIII 155412 . T A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=72;Dels=0.00;FS=7.940;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.958;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:614,0,844 chrIII 155475 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=67;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.711;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:538,0,750 chrIII 155616 . A G 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=104;Dels=0.00;FS=7.779;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:1079,0,844 chrIII 156351 . C T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=67;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=7.3595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:727,0,467 chrIII 156517 . G C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:35:99:359,0,306 chrIII 156868 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=51;Dels=0.00;FS=2.465;HaplotypeScore=2.7510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.792;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:406,0,653 chrIII 156960 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:530,0,433 chrIII 157349 . A G 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.147;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:775,0,387 chrIII 157998 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=67;Dels=0.00;FS=13.630;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.779;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:67:99:488,0,493 chrIII 158141 . C T 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=25.83;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1273,129,0 chrIII 158239 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=48;Dels=0.00;FS=1.119;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.495;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:431,0,437 chrIII 158345 . T C 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.84;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:841,90,0 chrIII 158378 . T C 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;DP=28;Dels=0.00;FS=9.436;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:83:83,0,397 chrIII 158565 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=33;Dels=0.00;FS=7.702;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:351,0,263 chrIII 158682 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.906;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.210;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:510,0,547 chrIII 158956 . T C 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=46;Dels=0.00;FS=2.706;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=22.07;ReadPosRankSum=2.343;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1048,114,0 chrIII 159008 . C T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.799;DP=73;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.108;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.543;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:820,0,485 chrIII 159689 . C T 2080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.22;SB=-1.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2113,210,0 chrIII 159755 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.483;DP=70;Dels=0.00;FS=12.693;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:732,0,522 chrIII 159774 . C A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.458;DP=59;Dels=0.00;FS=17.692;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:535,0,635 chrIII 159894 . A T 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=21.33;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1142,117,0 chrIII 160363 . T G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.692;DP=80;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=5.7750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.015;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:796,0,760 chrIII 160461 . G A 1330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.829;DP=172;Dels=0.00;FS=1.224;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,77:172:99:1360,0,1619 chrIII 160583 . G A 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=128;Dels=0.00;FS=7.008;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.012;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,54:128:99:802,0,1326 chrIII 161749 . G T 1880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.93;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1913,198,0 chrIII 162279 . G A 262.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:292,0,140 chrIII 162396 . G C 332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.44;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:42:365,42,0 chrIII 162640 . T G 208.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:238,0,568 chrIII 162941 . C A 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=68;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:559,0,700 chrIII 163319 . G A 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=65;Dels=0.00;FS=13.568;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.654;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:649,0,482 chrIII 163548 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=57;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.028;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.706;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:57:99:372,0,637 chrIII 163699 . T G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=49;Dels=0.00;FS=6.261;HaplotypeScore=4.2656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.314;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:269,0,481 chrIII 163757 . T G 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=17.58;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:824,90,0 chrIII 163810 . A G 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=1.715;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.207;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:33:99:151,0,196 chrIII 163816 . G A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:235,0,140 chrIII 164093 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.600;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:501,0,630 chrIII 164249 . G T 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=15.81;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:81:792,81,0 chrIII 164277 . A G 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=13.04;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:75:711,75,0 chrIII 164516 . G A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;DP=54;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:54:99:460,0,580 chrIII 165025 . T C 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=53;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:99:237,0,645 chrIII 165034 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=55;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:55:99:255,0,638 chrIII 165283 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=65;Dels=0.00;FS=2.252;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.023;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:65:99:651,0,282 chrIII 165407 . A C 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.294;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:749,0,922 chrIII 165593 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=44;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:487,0,372 chrIII 165706 . C T 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;DP=95;Dels=0.00;FS=0.817;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:712,0,650 chrIII 165982 . A G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=56;Dels=0.00;FS=2.454;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.485;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:429,0,580 chrIII 166020 . T C 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;DP=77;Dels=0.00;FS=4.312;HaplotypeScore=7.6316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:655,0,748 chrIII 166125 . G T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=94;Dels=0.00;FS=5.209;HaplotypeScore=3.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.542;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:789,0,604 chrIII 166247 . A G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DP=88;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:706,0,935 chrIII 166411 . T C 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;DP=95;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.448;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:1025,0,836 chrIII 166587 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;DP=75;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.646;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:481,0,849 chrIII 167168 . C G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=58;Dels=0.00;FS=10.891;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:430,0,642 chrIII 167724 . T C 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=81;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=9.8518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:81:99:739,0,600 chrIII 167812 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=87;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=5.61;ReadPosRankSum=2.301;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:518,0,923 chrIII 168219 . T C 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DP=91;Dels=0.00;FS=2.803;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=11.49;ReadPosRankSum=2.048;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:1076,0,593 chrIII 168408 . G A 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=20.59;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:836,87,0 chrIII 168670 . C T 66.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.93;MQ0=4;MQRankSum=0.731;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:12:96,0,12 chrIII 169420 . T C 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.06;MQ0=8;MQRankSum=1.495;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,5:15:6:59,6,0 chrIII 169421 . A C 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.06;MQ0=8;MQRankSum=1.495;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,5:15:6:55,6,0 chrIII 169433 . G A 83.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.17;MQ0=8;MQRankSum=2.003;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-2.949e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,9:19:12:116,12,0 chrIII 169445 . A G 81.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.70;MQ0=8;MQRankSum=2.041;QD=4.08;ReadPosRankSum=-2.256;SB=-2.951e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,10:20:12:114,12,0 chrIII 169454 . G T 53.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.70;MQ0=8;MQRankSum=2.041;QD=2.70;ReadPosRankSum=-2.256;SB=-3.195e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,10:20:9:86,9,0 chrIII 169460 . T G 78.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.24;MQ0=7;MQRankSum=2.041;QD=4.13;ReadPosRankSum=-2.256;SB=-2.851e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:19:12:111,12,0 chrIII 169751 . G T 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;DP=103;Dels=0.00;FS=32.162;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.473;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.991;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,19:103:69:69,0,1830 chrIII 170434 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=83;Dels=0.00;FS=5.620;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.669;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:83:99:650,0,840 chrIII 170625 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=57;Dels=0.00;FS=3.668;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:509,0,514 chrIII 170831 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=62;Dels=0.00;FS=3.697;HaplotypeScore=6.9302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.831;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:62:99:578,0,673 chrIII 170886 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=45;Dels=0.00;FS=1.167;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.648;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:45:99:450,0,334 chrIII 171878 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=65;Dels=0.00;FS=5.166;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:65:99:440,0,624 chrIII 173446 . T A 1317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DP=160;Dels=0.00;FS=0.637;HaplotypeScore=27.2309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.519;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,76:160:99:1347,0,1427 chrIII 173565 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=45;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=5.1234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.447;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.540;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:415,0,251 chrIII 173853 . G A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=60;Dels=0.00;FS=10.765;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:258,0,662 chrIII 173968 . A G 96.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=40;Dels=0.00;FS=17.446;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:40:99:126,0,536 chrIII 174733 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.942;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:270,0,271 chrIII 174914 . G C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=36;Dels=0.00;FS=4.748;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:323,0,350 chrIII 174996 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=22;Dels=0.00;FS=1.971;HaplotypeScore=2.7537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:22:50:265,0,50 chrIII 175038 . G C 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;DP=24;Dels=0.00;FS=3.755;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:197,0,127 chrIII 175122 . C T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DP=19;Dels=0.00;FS=7.425;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:146,0,227 chrIII 175128 . T A 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=19;Dels=0.00;FS=11.311;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:117,0,222 chrIII 175198 . C T 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:86:86,0,160 chrIII 175328 . A G 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=25;Dels=0.00;FS=7.132;HaplotypeScore=3.5355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:149,0,201 chrIII 175359 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DP=32;Dels=0.00;FS=8.080;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.886;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:318,0,280 chrIII 175493 . T G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.934;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:561,0,426 chrIII 175569 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=30;Dels=0.00;FS=2.674;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=15.03;ReadPosRankSum=1.391;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:30:99:481,0,112 chrIII 176520 . C T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.895;DP=99;Dels=0.00;FS=6.701;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.633;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:869,0,931 chrIII 176538 . G A 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;DP=106;Dels=0.00;FS=6.308;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:106:99:907,0,897 chrIII 176624 . T A 1105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=148;Dels=0.00;FS=0.627;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,71:148:99:1135,0,1509 chrIII 176637 . G A 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.637;DP=145;Dels=0.00;FS=3.909;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.567;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.933;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,70:145:99:1226,0,1477 chrIII 176648 . C T 1203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=149;Dels=0.00;FS=4.871;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.311;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,73:149:99:1233,0,1503 chrIII 176798 . G T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.798;DP=64;Dels=0.00;FS=3.652;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.316;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:619,0,386 chrIII 176807 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=64;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.976;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:64:99:517,0,467 chrIII 177141 . A T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=47;Dels=0.00;FS=4.372;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.893;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:489,0,419 chrIII 177325 . A G 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.17;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1363,144,0 chrIII 177399 . G A 2326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=22.58;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2359,258,0 chrIII 178141 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.707;DP=67;Dels=0.00;FS=2.074;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.077;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:586,0,539 chrIII 178367 . G A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.731;DP=91;Dels=0.00;FS=4.878;HaplotypeScore=4.8881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.180;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:1020,0,735 chrIII 178421 . C A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.592;DP=59;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=6.0413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.389;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:438,0,582 chrIII 178511 . G A 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=100;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=4.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.711;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.080;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:818,0,865 chrIII 178746 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=36;Dels=0.00;FS=4.938;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.183;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:291,0,297 chrIII 178994 . G C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=49;Dels=0.00;FS=1.263;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:463,0,525 chrIII 179047 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.521;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:355,0,224 chrIII 179049 . T A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=44;Dels=0.00;FS=4.546;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.697;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:393,0,299 chrIII 179122 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.344;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.800;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:733,0,678 chrIII 179185 . G A 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=107;Dels=0.00;FS=4.793;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.029;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.259;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:1076,0,774 chrIII 179391 . G C 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.265;DP=98;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=6.5053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=11.10;ReadPosRankSum=-2.174;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1118,0,943 chrIII 179888 . T G 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;DP=105;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.423;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:105:99:1032,0,958 chrIII 180127 . G A 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=23.86;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1870,192,0 chrIII 180527 . C T 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=90;Dels=0.00;FS=7.402;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=11.96;ReadPosRankSum=-2.870;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,59:90:99:1106,0,530 chrIII 180717 . A G 1137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=116;Dels=0.00;FS=9.018;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,65:116:99:1167,0,885 chrIII 180840 . G C 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=74;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.066;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:777,0,576 chrIII 180860 . G A 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;DP=75;Dels=0.00;FS=4.501;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.108;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:717,0,594 chrIII 180969 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=67;Dels=0.00;FS=3.973;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.211;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:509,0,475 chrIII 180978 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=73;Dels=0.00;FS=2.247;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=6.47;ReadPosRankSum=2.073;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:502,0,589 chrIII 181211 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;DP=49;Dels=0.00;FS=11.012;HaplotypeScore=5.9071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:520,0,396 chrIII 181373 . C T 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=88;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=2.056;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:87:99:810,0,673 chrIII 181465 . G A 1121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;DP=117;Dels=0.00;FS=3.675;HaplotypeScore=12.8036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=9.58;ReadPosRankSum=-2.123;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:117:99:1151,0,1130 chrIII 181524 . C A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.022;DP=103;Dels=0.00;FS=19.916;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.738;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:103:99:797,0,1258 chrIII 181556 . T C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DP=86;Dels=0.00;FS=21.718;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:86:99:888,0,711 chrIII 181625 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DP=91;Dels=0.00;FS=5.297;HaplotypeScore=3.5478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.377;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:786,0,829 chrIII 181637 . T C 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DP=90;Dels=0.00;FS=14.314;HaplotypeScore=6.8717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.327;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:869,0,944 chrIII 181685 . A G 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=102;Dels=0.00;FS=9.652;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.858;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:661,0,976 chrIII 182326 . G A 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:950,0,978 chrIII 182576 . C T 1053.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.053;DP=128;Dels=0.00;FS=3.234;HaplotypeScore=15.3711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:128:99:1083,0,1187 chrIII 183385 . C T 2315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=25.16;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2348,246,0 chrIII 183503 . C T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DP=84;Dels=0.00;FS=4.560;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:719,0,719 chrIII 183635 . C T 2498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.13;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2531,276,0 chrIII 183823 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=40;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:311,0,366 chrIII 183893 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.204;DP=77;Dels=0.00;FS=5.440;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:77:99:402,0,780 chrIII 184058 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=63;Dels=0.00;FS=17.712;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.078;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:681,0,414 chrIII 184133 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=47;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.465;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.761;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:493,0,438 chrIII 184376 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;DP=33;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:349,0,246 chrIII 184538 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;DP=52;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:318,0,601 chrIII 184685 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.934;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:349,0,200 chrIII 184808 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=56;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:357,0,746 chrIII 184874 . C A 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.53;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1182,123,0 chrIII 185117 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.629;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:395,0,340 chrIII 185129 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.529;DP=47;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:334,0,451 chrIII 185221 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.166;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:353,0,681 chrIII 185310 . C G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;DP=75;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=7.4872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:75:99:633,0,848 chrIII 185357 . C T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=52;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:614,0,403 chrIII 185444 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.348;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=6.14;ReadPosRankSum=2.504;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:65:99:429,0,925 chrIII 185468 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:497,0,696 chrIII 185558 . A G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=50;Dels=0.00;FS=2.522;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:339,0,425 chrIII 185604 . G A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;DP=70;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.473;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:441,0,716 chrIII 185655 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.252;DP=93;Dels=0.00;FS=5.447;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.598;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.079;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:93:99:539,0,1002 chrIII 185657 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DP=93;Dels=0.00;FS=6.808;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.535;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:93:99:529,0,949 chrIII 185682 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.018;DP=99;Dels=0.00;FS=5.104;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.308;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:99:99:601,0,1032 chrIII 185836 . A C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:652,0,691 chrIII 185887 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=57;Dels=0.00;FS=5.616;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.461;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:637,0,514 chrIII 186028 . C G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=82;Dels=0.00;FS=6.710;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:632,0,749 chrIII 186033 . C T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.674;DP=80;Dels=0.00;FS=6.603;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.215;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:80:99:606,0,718 chrIII 186237 . T A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=64;Dels=0.00;FS=8.904;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:698,0,566 chrIII 186911 . C A 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.160;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:29:99:153,0,327 chrIII 186984 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=45;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=5.1642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:354,0,346 chrIII 187010 . G A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=44;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.924;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:381,0,270 chrIII 187091 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;DP=43;Dels=0.00;FS=13.134;HaplotypeScore=5.1044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.355;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:43:99:275,0,384 chrIII 187273 . C A 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:174,0,329 chrIII 187328 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.300;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:350,0,398 chrIII 187394 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=36;Dels=0.00;FS=15.256;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:355,0,275 chrIII 187459 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;DP=41;Dels=0.00;FS=5.014;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:41:99:390,0,339 chrIII 187581 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.036;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:490,0,508 chrIII 187612 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=67;Dels=0.00;FS=5.405;HaplotypeScore=13.4510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=8.87;ReadPosRankSum=-1.824;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:624,0,523 chrIII 187655 . G A 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=25.45;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1662,174,0 chrIII 187736 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=52;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:364,0,617 chrIII 187803 . A T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DP=35;Dels=0.00;FS=7.880;HaplotypeScore=1.9913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:399,0,218 chrIII 187825 . G T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=34;Dels=0.00;FS=5.294;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.936;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:285,0,203 chrIII 187853 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:421,0,279 chrIII 187932 . G A 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=20.65;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1623,174,0 chrIII 188102 . C T 1221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.829;DP=119;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:119:99:1251,0,1282 chrIII 188202 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;DP=54;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.972;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:529,0,417 chrIII 188418 . C T 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=13.47;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:895,102,0 chrIII 188758 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=28;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.942;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:292,0,236 chrIII 188786 . G T 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=20.08;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:515,57,0 chrIII 188904 . C A 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.83;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1272,129,0 chrIII 188954 . C T 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1143,120,0 chrIII 188979 . G A 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=21.32;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1312,135,0 chrIII 189025 . G A 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=20.36;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1275,132,0 chrIII 189040 . A T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=65;Dels=0.00;FS=0.969;HaplotypeScore=5.2954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.243;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.612;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:65:99:410,0,527 chrIII 189052 . C G 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=17.00;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1053,114,0 chrIII 189331 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=39;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:39:99:295,0,367 chrIII 189534 . C T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.352;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:308,0,551 chrIII 189555 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;DP=54;Dels=0.00;FS=2.389;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:381,0,598 chrIII 189875 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DP=69;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.823;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.099;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:69:99:418,0,693 chrIII 190810 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:554,0,761 chrIII 191536 . C T 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=116;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.611;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:116:99:1204,0,1310 chrIII 191932 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=64;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.832;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:513,0,640 chrIII 192005 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DP=94;Dels=0.00;FS=2.014;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:94:99:755,0,751 chrIII 192239 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DP=46;Dels=0.00;FS=2.727;HaplotypeScore=7.4730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.080;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:343,0,330 chrIII 192293 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=41;Dels=0.00;FS=7.319;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.202;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:544,0,157 chrIII 192371 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DP=48;Dels=0.00;FS=17.328;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:487,0,410 chrIII 192473 . G C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=69;Dels=0.00;FS=2.301;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.706;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:554,0,763 chrIII 192710 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=68;Dels=0.00;FS=0.969;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.808;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:68:99:664,0,434 chrIII 192715 . C A 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=22.13;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1582,162,0 chrIII 192830 . C T 1428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.123;DP=116;Dels=0.00;FS=3.563;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.738;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.472;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,69:116:99:1458,0,840 chrIII 192868 . C T 1562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.228;DP=111;Dels=0.00;FS=2.477;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.209;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,68:111:99:1592,0,795 chrIII 193023 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=2.236;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.953;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:487,0,440 chrIII 193063 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DP=70;Dels=0.00;FS=3.730;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=2.921;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:656,0,483 chrIII 193066 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.834;DP=72;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:458,0,735 chrIII 193107 . C A 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=20.14;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1805,192,0 chrIII 193109 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DP=89;Dels=0.00;FS=1.805;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:89:99:455,0,1003 chrIII 193294 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.320;DP=61;Dels=0.00;FS=9.397;HaplotypeScore=4.9701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.706;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:608,0,526 chrIII 193320 . T C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=50;Dels=0.00;FS=4.373;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.426;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:50:99:711,0,277 chrIII 193503 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;DP=47;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.266;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:501,0,312 chrIII 193536 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=45;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.460;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:379,0,400 chrIII 193600 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=75;Dels=0.00;FS=7.987;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.303;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:607,0,541 chrIII 193675 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=51;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:471,0,428 chrIII 193815 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=12.38;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:352,0,206 chrIII 193828 . G A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.147;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:204,0,308 chrIII 194217 . A T 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DP=36;Dels=0.00;FS=3.050;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:156,0,407 chrIII 194218 . T C 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=36;Dels=0.00;FS=3.050;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:148,0,419 chrIII 194465 . T C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=56;Dels=0.00;FS=8.509;HaplotypeScore=6.7201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.030;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:438,0,531 chrIII 194544 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.889;DP=57;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:445,0,535 chrIII 194732 . C T 1271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=134;Dels=0.00;FS=2.208;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.576;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,78:134:99:1301,0,938 chrIII 195020 . A G 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=133;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=6.6853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.998;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,59:133:99:963,0,1364 chrIII 195038 . G A 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;DP=168;Dels=0.00;FS=12.667;HaplotypeScore=5.8141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.443;QD=6.61;ReadPosRankSum=-2.472;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,77:168:99:1140,0,1724 chrIII 195050 . T C 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.212;DP=171;Dels=0.00;FS=9.217;HaplotypeScore=12.8732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,72:171:99:1088,0,2015 chrIII 195140 . G A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;DP=56;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:423,0,447 chrIII 195587 . A T 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=80;Dels=0.00;FS=5.274;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.318;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:925,0,748 chrIII 195980 . G A 1321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.002;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,70:142:99:1351,0,1380 chrIII 196331 . C T 1115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.385;DP=138;Dels=0.00;FS=2.229;HaplotypeScore=26.3166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,65:138:99:1145,0,1258 chrIII 196646 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.323;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:1001,0,723 chrIII 196733 . C T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;DP=73;Dels=0.00;FS=1.127;HaplotypeScore=13.4510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,46:73:99:796,0,300 chrIII 196742 . C T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:258,0,740 chrIII 196835 . G T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.682;DP=65;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.379;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:713,0,454 chrIII 197217 . A C 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=95;Dels=0.00;FS=4.723;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.65;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:862,0,997 chrIII 197280 . A T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DP=73;Dels=0.00;FS=6.919;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.664;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:816,0,543 chrIII 197459 . T G 1184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.770;DP=178;Dels=0.00;FS=8.750;HaplotypeScore=144.7148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.802;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,79:178:99:1214,0,1441 chrIII 197465 . A G 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.429;DP=182;Dels=0.00;FS=0.717;HaplotypeScore=117.9181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=0.07;ReadPosRankSum=-5.658;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,34:182:43:43,0,1455 chrIII 197559 . T C 1173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.960;DP=117;Dels=0.00;FS=4.145;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.724;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:117:99:1203,0,854 chrIII 198348 . A G 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=21.14;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1386,147,0 chrIII 198707 . G T 252.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.115;DP=47;Dels=0.04;FS=7.182;HaplotypeScore=10.2224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.41;MQ0=6;MQRankSum=-2.325;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.228;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:282,0,232 chrIII 198944 . T A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=73;Dels=0.00;FS=6.904;HaplotypeScore=5.9797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.95;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:73:99:374,0,986 chrIII 199307 . A G 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.91;MQ0=10;MQRankSum=0.043;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,15:53:65:65,0,230 chrIII 201041 . C A 392.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.285;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.66;MQ0=36;MQRankSum=0.393;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:422,0,539 chrIII 201125 . G C 888.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=148;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.77;MQ0=37;MQRankSum=0.745;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.212;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,62:148:99:918,0,1127 chrIII 201173 . A T 1395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=187;Dels=0.00;FS=1.215;HaplotypeScore=10.3973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQ0=2;MQRankSum=-0.968;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,84:187:99:1425,0,1979 chrIII 201189 . A C 1312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.224;DP=177;Dels=0.00;FS=2.031;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.345;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,84:177:99:1342,0,1950 chrIII 201258 . C T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.648;DP=92;Dels=0.00;FS=2.257;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.643;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:580,0,1097 chrIII 201755 . C T 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.958;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.490;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:1207,0,838 chrIII 201978 . A G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DP=85;Dels=0.00;FS=0.829;HaplotypeScore=13.1024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=9.96;ReadPosRankSum=2.748;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:877,0,435 chrIII 202065 . C T 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=97;Dels=0.00;FS=2.639;HaplotypeScore=6.0710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=2.168;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.891;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:855,0,938 chrIII 202104 . A C 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.274;DP=84;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.050;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:84:99:802,0,860 chrIII 202304 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DP=71;Dels=0.00;FS=6.278;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.201;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:491,0,690 chrIII 202497 . G A 1218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DP=123;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.764;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:123:99:1248,0,1042 chrIII 202551 . T A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.266;DP=89;Dels=0.00;FS=2.832;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.626;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:892,0,818 chrIII 202704 . A G 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DP=90;Dels=0.00;FS=4.343;HaplotypeScore=17.6293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.876;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:779,0,673 chrIII 202932 . C A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=53;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=3.3380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=8.62;ReadPosRankSum=2.429;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:487,0,434 chrIII 202939 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=53;Dels=0.00;FS=5.598;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.648;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:439,0,426 chrIII 203124 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.762;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:63:99:428,0,468 chrIII 203412 . A G 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.616;DP=92;Dels=0.00;FS=5.331;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:842,0,828 chrIII 203463 . C G 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=82;Dels=0.00;FS=3.026;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.429;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:816,0,647 chrIII 203567 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.902;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.738;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:481,0,496 chrIII 203646 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;DP=61;Dels=0.00;FS=3.586;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:412,0,605 chrIII 203658 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;DP=66;Dels=0.00;FS=3.331;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.321;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:403,0,571 chrIII 203691 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=71;Dels=0.00;FS=10.290;HaplotypeScore=6.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.224;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:436,0,522 chrIII 203979 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=77;Dels=0.00;FS=1.896;HaplotypeScore=8.8365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.457;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:496,0,755 chrIII 204006 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.980;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:680,0,445 chrIII 204067 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=72;Dels=0.00;FS=6.226;HaplotypeScore=6.6880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:462,0,654 chrIII 204174 . T C 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.07;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1297,138,0 chrIII 204382 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=49;Dels=0.00;FS=8.463;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:460,0,342 chrIII 204507 . T A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=85;Dels=0.00;FS=8.836;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.021;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.050;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:634,0,482 chrIII 204515 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=84;Dels=0.00;FS=13.318;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.927;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:631,0,527 chrIII 204525 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DP=80;Dels=0.00;FS=13.940;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.039;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:624,0,514 chrIII 204530 . A T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;DP=84;Dels=0.00;FS=7.961;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.405;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:473,0,545 chrIII 204543 . G T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=75;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.547;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.801;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:413,0,628 chrIII 204670 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DP=57;Dels=0.00;FS=22.107;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:429,0,610 chrIII 204750 . G A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=49;Dels=0.00;FS=4.134;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:314,0,456 chrIII 204792 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.736;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:71:99:569,0,683 chrIII 205065 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;DP=57;Dels=0.00;FS=12.746;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:481,0,693 chrIII 205197 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DP=71;Dels=0.00;FS=10.164;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.593;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:589,0,643 chrIII 205338 . C T 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=18.66;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1507,159,0 chrIII 205454 . A T 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=18.83;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1502,162,0 chrIII 205472 . C A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=17.72;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1433,153,0 chrIII 205673 . G C 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=20.75;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1112,120,0 chrIII 205742 . A T 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;DP=25;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:58:58,0,385 chrIII 205779 . T A 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:19:65:65,0,299 chrIII 205780 . G A 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=1.80;ReadPosRankSum=-2.140;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:66:66,0,301 chrIII 206117 . A G 671.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=48;Dels=0.00;FS=4.680;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:701,0,312 chrIII 206313 . T A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=63;Dels=0.00;FS=18.519;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=3.157;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.772;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:63:99:381,0,858 chrIII 206913 . C T 1656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=139;Dels=0.00;FS=6.941;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.425;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,80:139:99:1686,0,1088 chrIII 207086 . G C 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.91;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1041,108,0 chrIII 207768 . G A 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.003;DP=83;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=11.61;ReadPosRankSum=2.072;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:994,0,621 chrIII 207992 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;DP=70;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=7.9077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=7.13;ReadPosRankSum=-2.010;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:529,0,546 chrIII 208139 . A G 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,60:104:99:950,0,798 chrIII 208264 . A C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=38;Dels=0.00;FS=3.592;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.414;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:203,0,281 chrIII 208542 . C T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:146,0,327 chrIII 208660 . G T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:96:240,0,96 chrIII 208696 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;DP=24;Dels=0.00;FS=4.100;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:290,0,116 chrIII 208702 . G A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=26;Dels=0.00;FS=3.687;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:293,0,117 chrIII 208885 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.637;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:207,0,171 chrIII 209941 . G C 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=19.88;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1226,135,0 chrIII 210036 . T C 299.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=47;Dels=0.00;FS=17.270;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:329,0,296 chrIII 210192 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;DP=70;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.664;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:521,0,407 chrIII 210245 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.772;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:485,0,464 chrIII 210436 . C A 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DP=22;Dels=0.00;FS=12.913;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.648;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:110,0,252 chrIII 210441 . C T 100.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=19;Dels=0.00;FS=17.433;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:130,0,190 chrIII 210469 . T C 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DP=26;Dels=0.00;FS=3.791;HaplotypeScore=21.8740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:115,0,292 chrIII 210591 . T C 588.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DP=113;Dels=0.00;FS=0.701;HaplotypeScore=30.2565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-5.713;QD=5.20;ReadPosRankSum=2.536;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:113:99:618,0,813 chrIII 210596 . G A 455.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=115;Dels=0.03;FS=0.707;HaplotypeScore=53.9192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.659;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.969;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:112:99:485,0,999 chrIII 210599 . T C 2100 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=121;Dels=0.02;FS=6.126;HaplotypeScore=59.8733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=17.36;ReadPosRankSum=2.768;SB=-1.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:118:99:2133,234,0 chrIII 210601 . T G 524.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.984;DP=126;Dels=0.02;FS=1.434;HaplotypeScore=60.5855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-4.045;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.419;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:554,0,1104 chrIII 210635 . A G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;DP=118;Dels=0.00;FS=4.528;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:118:99:690,0,1459 chrIII 210757 . G A 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=37;Dels=0.00;FS=1.257;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.977;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:342,0,276 chrIII 210769 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=6.03;ReadPosRankSum=-2.598;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:211,0,272 chrIII 211159 . T G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=47;Dels=0.00;FS=2.952;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.724;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:47:99:329,0,414 chrIII 211348 . C T 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=20.08;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:535,57,0 chrIII 211772 . G A 341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=17.95;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:39:374,39,0 chrIII 211997 . A G 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=23;Dels=0.00;FS=7.060;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:191,0,118 chrIII 211998 . G C 376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=16.35;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:409,45,0 chrIII 212051 . C T 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=21;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.852;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.323;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:107,0,136 chrIII 212063 . G T 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=17;Dels=0.00;FS=13.030;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.973;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:88:88,0,112 chrIII 212264 . G T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=24;Dels=0.00;FS=7.166;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-9.394e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:24:99:297,0,114 chrIII 212321 . C T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=22;Dels=0.00;FS=2.048;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-1.449e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,17:22:39:300,0,39 chrIII 212415 . A G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=18;Dels=0.00;FS=1.778;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:184,0,164 chrIII 212528 . A T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DP=17;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-7.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:40:253,0,40 chrIII 212637 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;DP=22;Dels=0.00;FS=4.545;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.848;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,16:22:72:321,0,72 chrIII 212942 . T C 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.837;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:217,0,216 chrIII 213069 . T C 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=23;Dels=0.00;FS=1.760;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.200;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:164,0,267 chrIII 213145 . T G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=34;Dels=0.00;FS=5.586;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.532;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:345,0,262 chrIII 213185 . G C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=37;Dels=0.00;FS=1.399;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.625;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:384,0,264 chrIII 213392 . C T 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=29;Dels=0.00;FS=8.557;HaplotypeScore=6.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=5.93;ReadPosRankSum=-2.553;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:202,0,145 chrIII 213542 . T C 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=32;Dels=0.00;FS=1.561;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:32:99:183,0,238 chrIII 213768 . A G 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=14;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:82:82,0,108 chrIII 213859 . G A 225.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=8.33;SB=-2.382e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:27:258,27,0 chrIII 213895 . A G 381.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;DP=33;Dels=0.00;FS=2.576;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.491;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,24:33:24:411,0,24 chrIII 214126 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DP=23;Dels=0.00;FS=4.993;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:264,0,252 chrIII 214135 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=24;Dels=0.00;FS=7.144;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:24:99:260,0,219 chrIII 214145 . A C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;DP=24;Dels=0.00;FS=3.976;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.664;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:188,0,233 chrIII 214369 . T C 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=36;Dels=0.00;FS=3.210;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.393;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:102,0,416 chrIII 214460 . T A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;DP=50;Dels=0.00;FS=6.381;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.949;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:381,0,454 chrIII 214574 . T C 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=71;Dels=0.00;FS=1.065;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.986;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:854,0,526 chrIII 214661 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=30;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.686;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:236,0,286 chrIII 214762 . C T 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.55;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1434,156,0 chrIII 215005 . G A 671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=19.17;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:704,75,0 chrIII 215029 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.838;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:44:99:312,0,328 chrIII 215332 . C T 190.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=29;Dels=0.00;FS=8.869;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.864;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:220,0,318 chrIII 215336 . A G 180.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;DP=30;Dels=0.00;FS=11.480;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:210,0,344 chrIII 215341 . A G 146.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=34;Dels=0.00;FS=5.093;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.313;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:176,0,356 chrIII 215487 . G T 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=21.14;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:773,81,0 chrIII 215506 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=42;Dels=0.00;FS=2.874;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:290,0,373 chrIII 215671 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=38;Dels=0.00;FS=2.826;HaplotypeScore=3.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:242,0,370 chrIII 215848 . C T 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=18.12;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:776,81,0 chrIII 215870 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=43;Dels=0.00;FS=2.619;HaplotypeScore=3.5495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.544;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.791;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:383,0,306 chrIII 215935 . G A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DP=45;Dels=0.00;FS=1.149;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.038;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:45:99:274,0,397 chrIII 216042 . T C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;DP=56;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=4.1940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:496,0,447 chrIII 216197 . A T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.005;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:596,0,883 chrIII 216257 . C T 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=20.11;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1863,195,0 chrIII 216268 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.624;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:442,0,908 chrIII 216352 . T C 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.226;DP=97;Dels=0.00;FS=5.931;HaplotypeScore=9.8322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.868;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:950,0,924 chrIII 216424 . G C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.364;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:83:99:737,0,646 chrIII 216488 . T G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=71;Dels=0.00;FS=0.935;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:335,0,924 chrIII 216750 . A C 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.406;DP=49;Dels=0.00;FS=4.706;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:49:99:260,0,594 chrIII 216898 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;DP=110;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.683;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:110:99:584,0,620 chrIII 217145 . A G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:195,0,238 chrIII 217266 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:437,0,398 chrIII 217443 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=43;Dels=0.00;FS=2.675;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.280;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:284,0,492 chrIII 217455 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;DP=47;Dels=0.00;FS=4.694;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.897;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:251,0,403 chrIII 217467 . A C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.499;DP=48;Dels=0.00;FS=13.640;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:232,0,608 chrIII 217833 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=67;Dels=0.00;FS=10.801;HaplotypeScore=6.3866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:424,0,733 chrIII 218091 . A T 158.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DP=38;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.090;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:188,0,305 chrIII 218143 . C T 301.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:40:99:331,0,298 chrIII 218372 . A C 829.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:101:99:859,0,1017 chrIII 218375 . A G 1124.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.524;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1154,0,964 chrIII 218655 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=105;Dels=0.00;FS=5.439;HaplotypeScore=6.2293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.656;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:105:99:610,0,1077 chrIII 218906 . A G 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=85;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.602;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:820,0,878 chrIII 218949 . T C 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DP=86;Dels=0.00;FS=1.807;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.811;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:684,0,875 chrIII 219276 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DP=81;Dels=0.01;FS=4.511;HaplotypeScore=7.9873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.625;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:80:99:524,0,723 chrIII 219318 . A G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;DP=83;Dels=0.00;FS=1.798;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.807;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:547,0,941 chrIII 219339 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.503;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.170;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:96:99:618,0,1090 chrIII 219412 . A G 1083.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=116;Dels=0.00;FS=1.490;HaplotypeScore=5.1823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.930;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.908;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:116:99:1113,0,1077 chrIII 219477 . G A 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DP=110;Dels=0.00;FS=12.755;HaplotypeScore=12.2360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.871;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:110:99:969,0,802 chrIII 219561 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=62;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:467,0,672 chrIII 219723 . G C 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=105;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=7.2578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:105:99:1045,0,766 chrIII 219844 . G A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=90;Dels=0.00;FS=2.988;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.804;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:1033,0,725 chrIII 219939 . C G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DP=77;Dels=0.00;FS=4.939;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.372;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:714,0,712 chrIII 219974 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=75;Dels=0.00;FS=4.605;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.930;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:75:99:511,0,757 chrIII 220054 . T G 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;DP=145;Dels=0.00;FS=3.075;HaplotypeScore=11.2730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.179;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,76:145:99:1031,0,1255 chrIII 220080 . A G 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;DP=157;Dels=0.00;FS=2.896;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-7.365;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.971;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,71:157:99:764,0,1508 chrIII 220083 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=154;Dels=0.00;FS=7.101;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-7.334;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.115;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,71:154:99:766,0,1484 chrIII 220106 . T A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.222;DP=152;Dels=0.00;FS=11.400;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.656;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.349;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,77:152:99:651,0,1685 chrIII 220112 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;DP=146;Dels=0.00;FS=6.069;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.455;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.398;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,68:146:99:637,0,1677 chrIII 220158 . G A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;DP=114;Dels=0.00;FS=14.426;HaplotypeScore=9.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.278;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:114:99:769,0,1130 chrIII 220477 . T C 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.324;DP=90;Dels=0.00;FS=3.948;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.539;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:795,0,728 chrIII 220494 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;DP=75;Dels=0.00;FS=1.933;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.938;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:75:99:658,0,597 chrIII 220550 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=78;Dels=0.00;FS=4.699;HaplotypeScore=9.4386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:78:99:646,0,511 chrIII 220575 . A G 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DP=78;Dels=0.00;FS=3.039;HaplotypeScore=4.1268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.940;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:600,0,705 chrIII 220640 . A G 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.366;DP=120;Dels=0.00;FS=10.472;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,45:120:99:730,0,1129 chrIII 221162 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=66;Dels=0.00;FS=8.274;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.071;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:596,0,585 chrIII 221240 . C A 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=66;Dels=0.00;FS=4.891;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:515,0,563 chrIII 221572 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;DP=52;Dels=0.00;FS=2.373;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.636;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:461,0,461 chrIII 221705 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.731;DP=59;Dels=0.00;FS=2.170;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.038;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:535,0,456 chrIII 222056 . A G 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;DP=48;Dels=0.00;FS=8.333;HaplotypeScore=5.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=5.15;ReadPosRankSum=2.343;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:277,0,537 chrIII 222227 . C G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=50;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=8.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.296;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:50:99:192,0,607 chrIII 222524 . G T 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=19.47;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:734,78,0 chrIII 222542 . G T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;DP=41;Dels=0.00;FS=12.008;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:366,0,249 chrIII 222699 . G A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=36;Dels=0.00;FS=7.396;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.672;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:36:99:240,0,437 chrIII 222776 . A G 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=29;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:206,0,266 chrIII 223280 . A G 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;DP=76;Dels=0.00;FS=3.869;HaplotypeScore=11.2332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:76:99:512,0,496 chrIII 223523 . A T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=24;Dels=0.00;FS=6.701;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.025;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:270,0,145 chrIII 223676 . T C 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DP=59;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:301,0,506 chrIII 224009 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=24;Dels=0.00;FS=10.209;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:317,0,176 chrIII 224038 . C T 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=17;Dels=0.00;FS=5.653;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.352;SB=-3.299e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:76:76,0,154 chrIII 224288 . A G 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=30;Dels=0.00;FS=5.539;HaplotypeScore=17.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=4.43;ReadPosRankSum=2.281;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:57:163,0,57 chrIII 224310 . A G 167.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=39;Dels=0.00;FS=2.695;HaplotypeScore=5.7485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:197,0,547 chrIII 224358 . T C 461.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:491,0,614 chrIII 224437 . T C 145.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.179;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:32:175,0,32 chrIII 224674 . T G 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;DP=31;Dels=0.00;FS=3.153;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.534;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:255,0,173 chrIII 224785 . A G 92.46 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=21;Dels=0.00;FS=6.422;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.464;QD=4.40;ReadPosRankSum=3.269;SB=-9.245e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:21:1:121,0,1 chrIII 224787 . A G 77.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.507;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.592;QD=3.21;ReadPosRankSum=3.338;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:107,0,106 chrIII 224789 . A G 66.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.775;QD=2.28;ReadPosRankSum=3.575;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:29:96:96,0,211 chrIII 224791 . A G 47.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.950;QD=1.34;ReadPosRankSum=3.797;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,7:35:77:77,0,331 chrIII 224793 . A G 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-4.062;QD=0.72;ReadPosRankSum=4.021;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,7:36:56:56,0,488 chrIII 224795 . A G 630.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=4.052;QD=15.75;ReadPosRankSum=-4.052;SB=-6.656e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,30:40:42:660,0,42 chrIII 224821 . T C 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.472;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.907;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:125,0,820 chrIII 224846 . T C 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=4.932;QD=13.85;ReadPosRankSum=2.885;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,44:67:99:958,0,360 chrIII 224861 . T G 1825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=23.10;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1858,213,0 chrIII 224874 . T A 464.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.200;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.831;QD=5.80;ReadPosRankSum=3.515;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,28:80:99:494,0,1209 chrIII 224924 . T C 546.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.376;DP=45;Dels=0.00;FS=4.228;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=12.13;ReadPosRankSum=2.189;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:576,0,278 chrIII 224961 . C T 460.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=11.50;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:40:99:490,0,253 chrIII 224994 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.360;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:358,0,440 chrIII 225006 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:208,0,394 chrIII 225042 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=35;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.354;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:262,0,326 chrIII 225051 . T C 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=32;Dels=0.00;FS=6.236;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.678;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.159;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:231,0,302 chrIII 225088 . T C 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=36;Dels=0.00;FS=5.301;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.321;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:248,0,454 chrIII 225105 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;DP=39;Dels=0.00;FS=2.843;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=4.126;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.326;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:579,0,150 chrIII 225116 . G C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=39;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.315;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:39:94:94,0,590 chrIII 225143 . G C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=73;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.637;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:220,0,920 chrIII 225150 . A T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=78;Dels=0.00;FS=1.100;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.580;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,28:78:99:217,0,918 chrIII 225173 . G C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.130;DP=79;Dels=0.00;FS=2.423;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.852;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.015;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:244,0,864 chrIII 225180 . G C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.780;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.659;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:304,0,727 chrIII 225200 . G T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.557;DP=90;Dels=0.00;FS=3.309;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.106;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.739;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:90:99:386,0,625 chrIII 225234 . A G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:407,0,323 chrIII 225256 . C G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:517,0,278 chrIII 225343 . T A 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=21.42;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:93:890,93,0 chrIII 225414 . A G 143.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=6.81;ReadPosRankSum=2.523;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:173,0,126 chrIII 225558 . G C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;DP=67;Dels=0.00;FS=5.200;HaplotypeScore=8.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.508;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:394,0,776 chrIII 227024 . G A 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=25;Dels=0.00;FS=1.706;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:81:81,0,269 chrIII 227236 . C G 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=31;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=3.4373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.021;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:230,0,345 chrIII 227570 . G A 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.23;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:791,87,0 chrIII 227581 . A T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.212;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:75:75,0,579 chrIII 227698 . A G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=66;Dels=0.00;FS=13.633;HaplotypeScore=9.7323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.533;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:659,0,614 chrIII 227763 . C A 3080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=25.67;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:120:99:3113,321,0 chrIII 227873 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=41;Dels=0.00;FS=4.859;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=5.68;ReadPosRankSum=2.765;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:41:99:263,0,434 chrIII 227908 . C G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;DP=46;Dels=0.00;FS=13.634;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.413;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:46:99:342,0,473 chrIII 228055 . T A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.280;DP=61;Dels=0.00;FS=5.557;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=1.889;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.320;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:381,0,477 chrIII 228130 . C T 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=19.27;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1112,120,0 chrIII 228291 . C A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DP=31;Dels=0.00;FS=7.334;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.893;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:402,0,287 chrIII 228338 . A G 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:26:99:153,0,243 chrIII 228554 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.565;DP=57;Dels=0.00;FS=12.939;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:578,0,577 chrIII 229023 . C T 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.782;DP=37;Dels=0.00;FS=3.179;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:37:99:135,0,400 chrIII 229187 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=83;Dels=0.00;FS=6.808;HaplotypeScore=10.3973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.218;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:725,0,600 chrIII 229246 . G C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=50;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.430;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:491,0,465 chrIII 229289 . A T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=52;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=14.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:52:99:199,0,499 chrIII 229345 . T G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.303;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:432,0,602 chrIII 229627 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.391;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:54:99:443,0,648 chrIII 230047 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.436;DP=52;Dels=0.00;FS=1.255;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:52:99:544,0,483 chrIII 230267 . A G 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.06;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1209,129,0 chrIII 230329 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=62;Dels=0.00;FS=3.788;HaplotypeScore=11.9075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.860;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:62:99:441,0,422 chrIII 230560 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:360,0,600 chrIII 230773 . G A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:423,0,614 chrIII 231025 . C T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;DP=58;Dels=0.00;FS=54.937;HaplotypeScore=7.7349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=0.31;ReadPosRankSum=-2.811;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,10:58:48:48,0,128 chrIII 231031 . C T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;DP=49;Dels=0.00;FS=72.189;HaplotypeScore=25.6747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=0.49;ReadPosRankSum=-2.993;SB=-6.511e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:49:54:54,0,90 chrIII 231037 . C T 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=39;Dels=0.00;FS=6.647;HaplotypeScore=3.4318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:39:33:135,0,33 chrIII 231524 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.853;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:596,0,247 chrIII 231858 . G T 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.82;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:707,72,0 chrIII 231898 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;DP=38;Dels=0.00;FS=2.958;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.567;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:244,0,373 chrIII 232471 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:53:99:307,0,637 chrIII 232532 . A C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;DP=99;Dels=0.00;FS=9.614;HaplotypeScore=13.7440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:723,0,1012 chrIII 232537 . C T 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=100;Dels=0.00;FS=9.841;HaplotypeScore=12.1508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.394;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:1108,0,843 chrIII 233004 . C T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=84;Dels=0.00;FS=11.410;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:84:99:404,0,944 chrIII 234235 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.089;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:35:99:501,0,134 chrIII 234551 . A G 420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:48:453,48,0 chrIII 234918 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.329;DP=54;Dels=0.00;FS=2.451;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:54:99:510,0,496 chrIII 235472 . A G 1450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.02;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1483,156,0 chrIII 235561 . T A 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.41;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1672,177,0 chrIII 235639 . T A 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=21.32;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1099,117,0 chrIII 235645 . T C 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DP=52;Dels=0.00;FS=10.962;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=19.69;ReadPosRankSum=2.786;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1057,114,0 chrIII 235669 . C T 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=19.16;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1106,114,0 chrIII 236232 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:430,0,465 chrIII 236387 . G A 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=24.67;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1834,186,0 chrIII 236451 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=69;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:539,0,567 chrIII 236598 . C T 1085.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DP=92;Dels=0.00;FS=8.666;HaplotypeScore=6.9166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:1115,0,691 chrIII 236772 . C G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;DP=86;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=6.2321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.457;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:489,0,632 chrIII 236789 . T C 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=108;Dels=0.00;FS=6.957;HaplotypeScore=40.9020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,73:108:99:919,0,183 chrIII 236969 . A G 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;DP=99;Dels=0.00;FS=5.088;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=2.340;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:880,0,947 chrIII 237018 . A G 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=116;Dels=0.00;FS=4.942;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:116:99:986,0,1034 chrIII 237321 . G A 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=76;Dels=0.00;FS=2.106;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.069;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:76:99:884,0,466 chrIII 237358 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:279,0,636 chrIII 237610 . T A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=58;Dels=0.00;FS=2.346;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=8.98;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:551,0,405 chrIII 237645 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=60;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.221;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:537,0,541 chrIII 237732 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=4.2772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=8.24;ReadPosRankSum=2.107;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:310,0,269 chrIII 237960 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:194,0,252 chrIII 238082 . T C 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:90:813,90,0 chrIII 238260 . G A 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=2.94;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:83:83,0,159 chrIII 238350 . C T 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.660;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:107,0,334 chrIII 238359 . C T 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.986;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:141,0,324 chrIII 238499 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.049;DP=47;Dels=0.00;FS=7.179;HaplotypeScore=7.2470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.994;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:388,0,421 chrIII 238562 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:424,0,483 chrIII 238725 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=32;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:317,0,116 chrIII 238947 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=70;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.711;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:70:99:353,0,731 chrIII 238995 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.572;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:350,0,270 chrIII 239036 . G C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=47;Dels=0.00;FS=2.700;HaplotypeScore=7.4311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:47:99:392,0,272 chrIII 239394 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=75;Dels=0.00;FS=7.050;HaplotypeScore=7.3318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.468;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:75:99:663,0,751 chrIII 239437 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:631,0,653 chrIII 239515 . A G 688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.72;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:721,75,0 chrIII 239957 . T C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:186,0,270 chrIII 240075 . C A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.569;DP=59;Dels=0.00;FS=2.225;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:59:99:395,0,530 chrIII 240280 . C T 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:251,0,563 chrIII 240337 . C T 205.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=39;Dels=0.00;FS=8.822;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:235,0,550 chrIII 240607 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.243;DP=44;Dels=0.00;FS=1.286;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:355,0,354 chrIII 240608 . T A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=43;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.061;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:322,0,384 chrIII 240922 . T C 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=18.36;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:804,87,0 chrIII 241156 . G A 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.54;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1476,153,0 chrIII 241573 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DP=63;Dels=0.00;FS=4.404;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.291;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:469,0,486 chrIII 241753 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=35;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=5.2486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:35:99:355,0,259 chrIII 241930 . A T 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=32;Dels=0.00;FS=8.695;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:303,0,341 chrIII 241995 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=63;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=8.0791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:476,0,408 chrIII 242071 . C T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DP=85;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.572;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:85:99:829,0,791 chrIII 242137 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=47;Dels=0.00;FS=4.889;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.206;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:287,0,599 chrIII 242143 . A G 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DP=38;Dels=0.00;FS=11.768;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.511;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:38:99:127,0,530 chrIII 242175 . A G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;DP=38;Dels=0.00;FS=1.303;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.269;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:420,0,237 chrIII 242230 . A T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:289,0,310 chrIII 242239 . A G 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DP=33;Dels=0.00;FS=1.340;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:217,0,272 chrIII 242251 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:270,0,165 chrIII 242407 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=100;Dels=0.00;FS=0.758;HaplotypeScore=13.6539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.256;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:552,0,913 chrIII 242483 . G A 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=76;Dels=0.00;FS=15.746;HaplotypeScore=7.0248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:852,0,474 chrIII 242723 . C T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;DP=74;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=5.6308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:536,0,700 chrIII 242777 . T A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.935;DP=71;Dels=0.00;FS=9.795;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.473;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:591,0,556 chrIII 242882 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=66;Dels=0.00;FS=2.069;HaplotypeScore=12.7307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=7.82;ReadPosRankSum=2.243;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:546,0,370 chrIII 242917 . C T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.995;DP=74;Dels=0.00;FS=5.163;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.369;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:473,0,523 chrIII 243218 . C G 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=10.95;ReadPosRankSum=2.305;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:829,0,517 chrIII 243734 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.443;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:403,0,449 chrIII 243779 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=88;Dels=0.00;FS=5.966;HaplotypeScore=13.6557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.040;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:88:99:422,0,834 chrIII 243794 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.043;DP=78;Dels=0.00;FS=7.512;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.023;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.087;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:369,0,852 chrIII 243914 . G A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.918;DP=85;Dels=0.00;FS=8.989;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.629;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:702,0,759 chrIII 243928 . T A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=72;Dels=0.00;FS=9.744;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.201;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:417,0,676 chrIII 243959 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=79;Dels=0.00;FS=9.309;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.940;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:538,0,775 chrIII 244604 . T C 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=76;Dels=0.00;FS=3.143;HaplotypeScore=11.2423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=2.090;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.715;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:437,0,641 chrIII 244643 . G A 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=75;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=5.36;ReadPosRankSum=-2.164;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:432,0,770 chrIII 244888 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.214;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:447,0,446 chrIII 245054 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DP=85;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=10.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.180;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:85:99:603,0,688 chrIII 245066 . G A 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=19.06;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1596,165,0 chrIII 245276 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.495;DP=73;Dels=0.00;FS=9.982;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=8.34;ReadPosRankSum=-2.280;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:639,0,607 chrIII 245365 . A T 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=9.07;ReadPosRankSum=-2.152;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:1055,0,1160 chrIII 245396 . A G 1082.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DP=115;Dels=0.00;FS=1.503;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:115:99:1112,0,1009 chrIII 245399 . G A 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.659;DP=115;Dels=0.00;FS=0.700;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.626;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:1066,0,1064 chrIII 245587 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.468;DP=70;Dels=0.00;FS=2.086;HaplotypeScore=8.9091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.586;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:474,0,778 chrIII 245631 . C A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.627;DP=63;Dels=0.00;FS=17.862;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:617,0,471 chrIII 245850 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.515;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:385,0,406 chrIII 245991 . G A 296.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=44;Dels=0.00;FS=5.423;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=2.068;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.104;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:326,0,415 chrIII 246171 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.142;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:34:99:303,0,156 chrIII 246183 . C A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.169;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:329,0,233 chrIII 246581 . C T 500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=16.13;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:57:533,57,0 chrIII 246789 . C A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=47;Dels=0.00;FS=4.810;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:47:99:379,0,394 chrIII 246813 . T G 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=20.37;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1072,114,0 chrIII 246818 . T A 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=17.22;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:911,96,0 chrIII 246853 . G A 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=16.96;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:93:881,93,0 chrIII 247156 . C A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=43;Dels=0.00;FS=4.454;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:257,0,523 chrIII 247183 . G A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DP=42;Dels=0.00;FS=2.752;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:371,0,241 chrIII 247418 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.093;DP=28;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:377,0,194 chrIII 247472 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;DP=40;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.604;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:334,0,243 chrIII 248057 . A G 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=24.02;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1090,114,0 chrIII 248549 . C T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=75;Dels=0.00;FS=6.525;HaplotypeScore=11.2262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:75:99:600,0,553 chrIII 249285 . A C 556.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;DP=128;Dels=0.00;FS=2.270;HaplotypeScore=7.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-5.462;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.446;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,62:128:99:586,0,1415 chrIII 249286 . C T 564.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.559;DP=128;Dels=0.00;FS=2.270;HaplotypeScore=7.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.654;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.331;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,62:128:99:594,0,1156 chrIII 249290 . C A 639.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.462;DP=121;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.543;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,62:121:99:669,0,1259 chrIII 249499 . C G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.548;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:381,0,434 chrIII 249541 . C G 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=17.27;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1052,114,0 chrIII 249797 . C A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.935;DP=58;Dels=0.00;FS=1.118;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.164;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:557,0,583 chrIII 249887 . A T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DP=51;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:415,0,515 chrIII 249898 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=52;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=9.0417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:507,0,472 chrIII 249971 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=48;Dels=0.00;FS=9.747;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:565,0,379 chrIII 249994 . C A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=43;Dels=0.00;FS=6.590;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.134;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:313,0,521 chrIII 250185 . T A 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=51;Dels=0.02;FS=6.110;HaplotypeScore=6.0968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.662;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1137,117,0 chrIII 250253 . T A 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=26.70;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1208,123,0 chrIII 250855 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.884;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:715,0,796 chrIII 250886 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=109;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:109:99:1001,0,825 chrIII 251323 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.085;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:295,0,167 chrIII 251657 . T C 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:183,0,173 chrIII 251939 . A G 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=23;Dels=0.00;FS=4.172;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:87:298,0,87 chrIII 251945 . G A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=24;Dels=0.00;FS=6.629;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.290;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:249,0,140 chrIII 252079 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=30;Dels=0.00;FS=1.419;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.670;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:304,0,179 chrIII 252128 . T C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=30;Dels=0.00;FS=1.720;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.766;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:30:99:247,0,125 chrIII 252239 . A C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=28;Dels=0.00;FS=8.916;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.412;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:220,0,176 chrIII 252242 . A C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DP=27;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.090;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:172,0,173 chrIII 252269 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;DP=28;Dels=0.00;FS=3.799;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:41:263,0,41 chrIII 252345 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=25;Dels=0.00;FS=4.043;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.821;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:57:317,0,57 chrIII 252377 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:446,0,221 chrIII 252425 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DP=41;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:340,0,303 chrIII 252633 . A G 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=34;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:230,0,219 chrIII 252801 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=71;Dels=0.00;FS=3.767;HaplotypeScore=5.0495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.541;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:601,0,630 chrIII 253015 . G T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;DP=42;Dels=0.00;FS=1.295;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:360,0,304 chrIII 253084 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;DP=48;Dels=0.00;FS=2.763;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:279,0,430 chrIII 253103 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;DP=44;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:414,0,356 chrIII 253152 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=51;Dels=0.00;FS=7.011;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.545;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:489,0,352 chrIII 253483 . G C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=25;Dels=0.00;FS=4.060;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.849;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:25:99:206,0,204 chrIII 253507 . T A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;DP=19;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=9.95;ReadPosRankSum=-2.675;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:79:219,0,79 chrIII 253696 . G A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:204,0,291 chrIII 253828 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=49;Dels=0.00;FS=1.326;HaplotypeScore=16.6837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.859;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:440,0,314 chrIII 253903 . C T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;DP=44;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.792;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:593,0,272 chrIII 253963 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;DP=42;Dels=0.00;FS=5.065;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,29:42:99:372,0,229 chrIII 254180 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.297;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:464,0,569 chrIII 254370 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.536;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:323,0,334 chrIII 254629 . G C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=64;Dels=0.00;FS=2.113;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:501,0,473 chrIII 254715 . G A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:247,0,302 chrIII 254941 . T A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=86;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.594;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:576,0,1005 chrIII 254947 . G T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.788;DP=87;Dels=0.00;FS=2.083;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:87:99:594,0,969 chrIII 254961 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;DP=93;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.112;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:584,0,944 chrIII 255150 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.867;DP=107;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.998;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:107:99:661,0,911 chrIII 255168 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=97;Dels=0.00;FS=1.904;HaplotypeScore=4.5283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.679;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:99:548,0,803 chrIII 255246 . C T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.673;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.339;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:74:99:737,0,577 chrIII 255699 . C T 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DP=83;Dels=0.00;FS=8.134;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:83:99:886,0,877 chrIII 255891 . C T 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.958;DP=98;Dels=0.00;FS=1.640;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.563;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:832,0,902 chrIII 256521 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.334;DP=59;Dels=0.00;FS=7.265;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.213;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:59:99:652,0,273 chrIII 257049 . T C 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DP=97;Dels=0.00;FS=3.748;HaplotypeScore=10.3308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.235;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:97:99:820,0,971 chrIII 257205 . A C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;DP=92;Dels=0.00;FS=4.006;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.137;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:640,0,1011 chrIII 257374 . T C 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.219;DP=126;Dels=0.00;FS=1.602;HaplotypeScore=8.1657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.151;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:126:99:1001,0,1542 chrIII 257455 . T C 2215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=20.14;ReadPosRankSum=1.701;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2248,240,0 chrIII 257462 . A C 2339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=19.49;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2372,252,0 chrIII 257484 . C T 2442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=18.09;SB=-1.531e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2475,258,0 chrIII 257531 . C G 2484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=19.26;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2517,270,0 chrIII 257592 . T G 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=94;Dels=0.00;FS=15.362;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=19.53;ReadPosRankSum=2.858;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:94:99:1869,198,0 chrIII 257960 . T C 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.61;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1615,174,0 chrIII 258066 . T C 2290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=95;Dels=0.00;FS=3.545;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=24.11;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2323,252,0 chrIII 258276 . C T 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=24.13;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1915,201,0 chrIII 258306 . G C 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.06;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1555,165,0 chrIII 258477 . G A 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=22.51;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1586,159,0 chrIII 258579 . T C 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=17.06;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1347,150,0 chrIII 258780 . T G 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=23.66;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1216,129,0 chrIII 258781 . T C 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=22.98;ReadPosRankSum=1.594;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1182,126,0 chrIII 258847 . A G 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=16.44;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:592,63,0 chrIII 258915 . G A 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=19.61;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1190,129,0 chrIII 259295 . A G 85.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.605;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:29:99:115,0,339 chrIII 259351 . G A 2185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=27.66;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2218,222,0 chrIII 259489 . A G 276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=14.53;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:33:309,33,0 chrIII 259496 . T C 240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=12.63;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:30:273,30,0 chrIII 259724 . T C 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2180,237,0 chrIII 259975 . G A 622 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=10.03;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:69:655,69,0 chrIII 260010 . A G 181.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=3.79;ReadPosRankSum=3.318;SB=-3.150e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,35:48:0:210,0,0 chrIII 260698 . A C 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.550;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:78:715,78,0 chrIII 261281 . C T 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;DP=25;Dels=0.00;FS=10.020;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.029;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:25:99:184,0,230 chrIII 261312 . G A 589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.63;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:622,66,0 chrIII 261331 . A G 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=19.59;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:75:699,75,0 chrIII 262105 . C T 333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=2.648;QD=11.10;ReadPosRankSum=2.746;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,23:30:39:366,39,0 chrIII 262154 . C T 303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=10.82;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:36:336,36,0 chrIII 262264 . T C 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.936;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:237,0,124 chrIII 262377 . C A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=39;Dels=0.00;FS=5.786;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:455,0,291 chrIII 262717 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;DP=52;Dels=0.00;FS=4.013;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:538,0,380 chrIII 262823 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:493,0,545 chrIII 262830 . T G 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;DP=62;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=2.074;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:684,0,587 chrIII 263029 . A G 2919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=25.61;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2952,318,0 chrIII 263282 . C T 1407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;DP=152;Dels=0.00;FS=3.839;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,79:152:99:1437,0,1204 chrIII 263356 . A G 795.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.068;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.858;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,44:82:24:828,24,0 chrIII 263484 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.085;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:42:99:381,0,325 chrIII 263790 . A C 571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=18.42;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:604,66,0 chrIII 263883 . C T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=8.42;ReadPosRankSum=2.408;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:333,0,239 chrIII 264135 . A T 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=18.79;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:559,57,0 chrIII 264282 . C T 581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=11.86;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:72:614,72,0 chrIII 264441 . A G 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=86;Dels=0.00;FS=11.862;HaplotypeScore=4.3013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=18.10;ReadPosRankSum=2.916;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:85:99:1590,174,0 chrIII 264462 . A T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=86;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=5.59;ReadPosRankSum=2.092;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:86:99:511,0,656 chrIII 264610 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.473;DP=77;Dels=0.00;FS=13.695;HaplotypeScore=14.5770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:402,0,1024 chrIII 264634 . G A 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=21.97;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1791,180,0 chrIII 264642 . T C 1571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=19.40;ReadPosRankSum=1.647;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1604,171,0 chrIII 264655 . T C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=85;Dels=0.00;FS=7.806;HaplotypeScore=4.8114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.456;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:449,0,879 chrIII 264754 . A T 1128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;DP=95;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.201;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,58:95:99:1158,0,688 chrIII 264887 . T C 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=4.459;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=19.49;ReadPosRankSum=1.629;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1339,144,0 chrIII 265045 . C T 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;DP=84;Dels=0.00;FS=5.945;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.178;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:814,0,652 chrIII 265091 . T C 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=19.62;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1073,117,0 chrIII 265240 . T C 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.67;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:69:660,69,0 chrIII 265352 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=48;Dels=0.00;FS=1.190;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.345;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:275,0,331 chrIII 265458 . C T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=34;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:229,0,342 chrIII 265550 . G C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DP=35;Dels=0.00;FS=11.394;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.253;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:431,0,269 chrIII 265580 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=41;Dels=0.00;FS=11.231;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:440,0,374 chrIII 265650 . A G 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=32;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:32:99:219,0,319 chrIII 265724 . A G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:261,0,150 chrIII 265795 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=32;Dels=0.00;FS=21.355;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.389e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:262,0,313 chrIII 266034 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:399,0,252 chrIII 266048 . C T 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=19.62;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:87:798,87,0 chrIII 266241 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=33;Dels=0.00;FS=7.791;HaplotypeScore=9.2970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.387;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:218,0,272 chrIII 266271 . G A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.18;MQ0=0;MQRankSum=1.719;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.336;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:254,0,124 chrIII 266282 . C T 384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.19;MQ0=0;QD=11.64;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:45:417,45,0 chrIII 266283 . G C 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.19;MQ0=0;QD=11.88;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:45:425,45,0 chrIII 266399 . C G 691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:724,75,0 chrIII 266947 . T C 1489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.094;DP=163;Dels=0.00;FS=12.444;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=3.296;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,81:163:99:1519,0,1655 chrIII 267154 . C G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DP=105;Dels=0.00;FS=17.607;HaplotypeScore=2.7649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.176;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:105:99:708,0,1052 chrIII 267157 . A G 2270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2303,243,0 chrIII 267200 . A G 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;DP=105;Dels=0.00;FS=13.765;HaplotypeScore=5.1295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.802;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:105:99:743,0,930 chrIII 267379 . A G 1480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.061;DP=170;Dels=0.00;FS=1.949;HaplotypeScore=16.7112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,81:170:99:1510,0,1809 chrIII 267459 . T A 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=91;Dels=0.00;FS=5.497;HaplotypeScore=9.8362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.451;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.030;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:793,0,925 chrIII 267523 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=72;Dels=0.00;FS=2.086;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:72:99:464,0,705 chrIII 267542 . C T 1440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=19.73;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1473,153,0 chrIII 267677 . G A 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DP=111;Dels=0.00;FS=4.683;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=9.48;ReadPosRankSum=-2.560;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,64:111:99:1082,0,709 chrIII 267793 . C G 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.50;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:68:99:1427,156,0 chrIII 267909 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.692;DP=25;Dels=0.00;FS=6.455;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.245;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:261,0,241 chrIII 268639 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=30;Dels=0.00;FS=8.869;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.031;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:30:99:289,0,209 chrIII 268657 . G A 294.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=36;Dels=0.00;FS=15.925;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.03;MQ0=6;MQRankSum=0.167;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-1.505e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:324,0,192 chrIII 268861 . C T 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:189,0,596 chrIII 268891 . T C 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.968;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.246;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:128,0,400 chrIII 268923 . G C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=39;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=5.1197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.767;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.918;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:55:55,0,348 chrIII 268966 . C T 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQ0=1;MQRankSum=-0.520;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:27:99:120,0,247 chrIII 268984 . G A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=38;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.67;MQ0=3;MQRankSum=-1.139;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:219,0,322 chrIII 269056 . G A 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=50;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.17;MQ0=11;MQRankSum=-0.447;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.014;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:125,0,450 chrIII 269072 . A G 213.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=45;Dels=0.00;FS=3.599;HaplotypeScore=4.9802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.18;MQ0=12;MQRankSum=0.745;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:243,0,225 chrIII 269098 . C T 144.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=42;Dels=0.00;FS=3.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.69;MQ0=15;MQRankSum=2.363;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:42:99:174,0,197 chrIII 269298 . A T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:493,0,591 chrIII 269319 . C T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=44;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:404,0,345 chrIII 269359 . T C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=54;Dels=0.00;FS=14.714;HaplotypeScore=7.3821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.566;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:448,0,466 chrIII 269369 . T A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=48;Dels=0.00;FS=7.144;HaplotypeScore=3.6203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.629;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.660;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:347,0,492 chrIII 269637 . T C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;DP=63;Dels=0.00;FS=0.995;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.103;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:63:99:423,0,662 chrIII 269679 . T A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=60;Dels=0.00;FS=2.197;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:444,0,531 chrIII 269744 . T A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DP=58;Dels=0.00;FS=2.737;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:373,0,394 chrIII 269932 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:273,0,267 chrIII 269988 . G C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=48;Dels=0.00;FS=4.201;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.227;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:353,0,417 chrIII 270408 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:387,0,255 chrIII 270483 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=32;Dels=0.00;FS=3.716;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:361,0,207 chrIII 270591 . T C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=74;Dels=0.00;FS=0.890;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.776;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:74:99:507,0,785 chrIII 271415 . T C 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;DP=41;Dels=0.00;FS=6.618;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:327,0,186 chrIII 271649 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=43;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:279,0,410 chrIII 271761 . A C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:149,0,368 chrIII 271811 . G T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=52;Dels=0.00;FS=9.528;HaplotypeScore=4.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.618;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:515,0,448 chrIII 272300 . A T 2477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DP=282;Dels=0.00;FS=5.554;HaplotypeScore=10.2773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.168;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,140:282:99:2507,0,2372 chrIII 272480 . T C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.847;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.655;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:747,0,471 chrIII 272570 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:740,0,799 chrIII 272975 . A C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=57;Dels=0.00;FS=2.532;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.919;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:584,0,318 chrIII 272988 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DP=73;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=15.7466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.276;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:73:99:590,0,385 chrIII 273072 . T C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.672;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:66:99:507,0,344 chrIII 273250 . A G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=34;Dels=0.00;FS=5.029;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.734;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:241,0,370 chrIII 273260 . C T 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=33;Dels=0.00;FS=5.418;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.057;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:99:286,0,295 chrIII 273312 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.493;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:386,0,260 chrIII 273348 . A T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=48;Dels=0.00;FS=3.103;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.549;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:489,0,309 chrIII 273439 . C T 190.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.187;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:220,0,616 chrIII 273446 . A G 167.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;DP=59;Dels=0.00;FS=6.215;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.468;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.099;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:197,0,768 chrIII 273450 . A T 153.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.253;DP=61;Dels=0.00;FS=6.240;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.801;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:183,0,774 chrIII 273452 . T G 161.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=61;Dels=0.00;FS=6.240;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.479;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.224;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:191,0,767 chrIII 273474 . T C 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.484;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.124;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:267,0,894 chrIII 273518 . T C 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=46;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:183,0,616 chrIII 273523 . T G 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.156;DP=50;Dels=0.00;FS=4.349;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.847;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:191,0,597 chrIII 273723 . T G 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=26.08;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1676,180,0 chrIII 273881 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;DP=72;Dels=0.00;FS=2.034;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.005;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.282;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:461,0,726 chrIII 273911 . C G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:447,0,580 chrIII 273985 . A G 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:99:99:791,0,931 chrIII 274039 . C T 1231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.443;DP=127;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.478;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,61:127:99:1261,0,1380 chrIII 274091 . G A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=87;Dels=0.00;FS=1.733;HaplotypeScore=6.0024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.311;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:754,0,821 chrIII 274100 . T A 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.370;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:832,0,704 chrIII 274122 . A C,G 785.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=50;Dels=0.00;FS=2.764;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=15.70;ReadPosRankSum=2.815;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,23,23:50:99:845,468,423,377,0,320 chrIII 274124 . T A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.763;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:292,0,462 chrIII 274530 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.473;DP=75;Dels=0.00;FS=2.539;HaplotypeScore=8.2693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:466,0,585 chrIII 274542 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;DP=79;Dels=0.00;FS=4.165;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.310;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:481,0,723 chrIII 274625 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=79;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=8.0534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.686;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:79:99:528,0,561 chrIII 275117 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DP=44;Dels=0.00;FS=4.420;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:354,0,555 chrIII 275254 . A G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DP=36;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.917;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:289,0,252 chrIII 275417 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;DP=48;Dels=0.00;FS=8.458;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:414,0,380 chrIII 275765 . C T 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.31;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1089,120,0 chrIII 276449 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.077;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:630,0,560 chrIII 276551 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=72;Dels=0.00;FS=8.332;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:346,0,737 chrIII 276586 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DP=69;Dels=0.00;FS=5.860;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:482,0,711 chrIII 276617 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;DP=54;Dels=0.00;FS=4.191;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.429;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:54:99:493,0,491 chrIII 276983 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:553,0,227 chrIII 277187 . C T 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=72;Dels=0.00;FS=8.971;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.637;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:762,0,641 chrIII 277277 . T C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=68;Dels=0.00;FS=10.606;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=8.50;ReadPosRankSum=-2.071;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:608,0,829 chrIII 277310 . G A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=64;Dels=0.00;FS=3.433;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.879;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:606,0,500 chrIII 277511 . A G 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.630;DP=97;Dels=0.00;FS=12.319;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,59:97:99:1050,0,709 chrIII 277564 . G T 186.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DP=74;Dels=0.00;FS=91.405;HaplotypeScore=8.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=2.51;ReadPosRankSum=-4.205;SB=-6.485e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,21:74:99:216,0,600 chrIII 277895 . A T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DP=76;Dels=0.00;FS=3.105;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:634,0,748 chrIII 278281 . T C 1346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.269;DP=145;Dels=0.00;FS=3.049;HaplotypeScore=4.3944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=2.347;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,71:145:99:1376,0,1500 chrIII 278428 . C T 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DP=105;Dels=0.00;FS=7.527;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.866;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.748;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:991,0,809 chrIII 278462 . T A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=109;Dels=0.00;FS=4.747;HaplotypeScore=9.6087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:921,0,930 chrIII 278483 . A G 1151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;DP=125;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:125:99:1181,0,1217 chrIII 278525 . G A 1304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.412;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,76:138:99:1334,0,1344 chrIII 278558 . A G 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DP=134;Dels=0.00;FS=4.772;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.506;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,75:134:99:1282,0,1130 chrIII 278585 . G A 1182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DP=128;Dels=0.00;FS=7.135;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.468;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:128:99:1212,0,1154 chrIII 278826 . A G 1221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=115;Dels=0.00;FS=8.922;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,67:115:99:1251,0,645 chrIII 278873 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.656;DP=84;Dels=0.00;FS=5.882;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.088;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:84:99:507,0,962 chrIII 278927 . G A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;DP=83;Dels=0.00;FS=7.354;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:829,0,553 chrIII 279149 . T C 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=73;Dels=0.00;FS=4.483;HaplotypeScore=5.3153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=19.53;ReadPosRankSum=1.685;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1459,165,0 chrIII 279286 . G A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=76;Dels=0.00;FS=3.138;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:771,0,625 chrIII 279350 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=49;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.105;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:481,0,303 chrIII 279416 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.050;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.772;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:47:99:369,0,275 chrIII 279422 . A C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:338,0,289 chrIII 279627 . C T 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.011;DP=94;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.900;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.671;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:1047,0,708 chrIII 279891 . T G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;DP=76;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=4.2735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:496,0,732 chrIII 279950 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=79;Dels=0.00;FS=3.167;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.613;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:765,0,470 chrIII 280381 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DP=62;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=6.6830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:553,0,549 chrIII 280971 . G A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=89;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.287;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.810;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:769,0,798 chrIII 281752 . C T 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.050;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:115:99:1035,0,945 chrIII 282816 . C T 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.306;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,55:119:99:899,0,1197 chrIII 283946 . T G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=50;Dels=0.00;FS=4.891;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.991;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:50:99:525,0,429 chrIII 284830 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=92;Dels=0.00;FS=10.347;HaplotypeScore=9.6544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.233;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:685,0,929 chrIII 284850 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=84;Dels=0.00;FS=9.055;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.687;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:532,0,980 chrIII 284917 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.426;DP=89;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=10.5590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.772;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:817,0,728 chrIII 285429 . T G 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DP=166;Dels=0.00;FS=9.314;HaplotypeScore=6.7187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,70:166:99:1207,0,1795 chrIII 286180 . G A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=54;Dels=0.00;FS=6.502;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.560;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:396,0,474 chrIII 286623 . T C 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DP=121;Dels=0.00;FS=7.986;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,57:121:99:1097,0,1255 chrIII 287002 . G A 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.773;DP=143;Dels=0.00;FS=6.417;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,69:143:99:1282,0,1362 chrIII 287614 . A G 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;DP=85;Dels=0.00;FS=3.471;HaplotypeScore=3.4334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:85:99:864,0,529 chrIII 288008 . G C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;DP=59;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.497;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:59:99:703,0,443 chrIII 288098 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=88;Dels=0.00;FS=9.117;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:646,0,899 chrIII 288099 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;DP=89;Dels=0.00;FS=11.044;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:89:99:697,0,916 chrIII 288246 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=85;Dels=0.00;FS=8.863;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.427;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:881,0,754 chrIII 288374 . A T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.342;DP=108;Dels=0.00;FS=2.610;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:785,0,1262 chrIII 288380 . T A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.641;DP=110;Dels=0.00;FS=1.582;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:879,0,1090 chrIII 288455 . G A 1341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=121;Dels=0.00;FS=4.989;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.803;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,75:121:99:1371,0,859 chrIII 289803 . T A 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=51;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:352,0,603 chrIII 289856 . G A 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.875;DP=61;Dels=0.00;FS=12.902;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.521;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:61:99:195,0,718 chrIII 289942 . C T 634.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.102;DP=100;Dels=0.00;FS=55.548;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=6.34;ReadPosRankSum=2.068;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,35:100:99:664,0,1307 chrIII 290141 . T C 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=50;Dels=0.00;FS=20.262;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.368;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:90:90,0,425 chrIII 290170 . T C 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=47;Dels=0.00;FS=13.913;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.517;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,9:47:41:41,0,673 chrIII 290917 . A G 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=3.625;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=22.06;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1202,129,0 chrIII 292937 . C T 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.61;MQ0=0;QD=19.27;SB=-8.799e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:322,33,0 chrIII 293855 . G A 2242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=20.02;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2275,246,0 chrIII 293907 . G T 1050.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.067;DP=118;Dels=0.00;FS=35.268;HaplotypeScore=6.3073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.164;QD=8.90;ReadPosRankSum=2.064;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,69:118:99:1080,0,817 chrIII 293908 . A T 1051.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;DP=121;Dels=0.00;FS=43.210;HaplotypeScore=6.3073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.624;QD=8.69;ReadPosRankSum=2.246;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,70:121:99:1081,0,934 chrIII 293909 . A C 1002.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;DP=124;Dels=0.00;FS=43.322;HaplotypeScore=7.0960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.469;QD=8.08;ReadPosRankSum=2.469;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,69:124:99:1032,0,902 chrIII 293920 . A G 1105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=128;Dels=0.00;FS=22.489;HaplotypeScore=13.8870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.297;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.456;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,77:128:99:1135,0,750 chrIII 294212 . C A 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.945;DP=214;Dels=0.00;FS=0.552;HaplotypeScore=15.0574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.903;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,63:214:99:1093,0,2773 chrIII 294237 . T C 1190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.568;DP=269;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=14.2397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,79:269:99:1220,0,3961 chrIII 294383 . A G 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;DP=139;Dels=0.00;FS=1.591;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.729;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.207;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,40:139:99:709,0,2003 chrIII 294389 . A T 3068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;QD=22.73;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3101,330,0 chrIII 294569 . C A 210.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=138;Dels=0.00;FS=11.550;HaplotypeScore=11.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.35;MQ0=1;MQRankSum=-4.951;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,28:138:99:240,0,1688 chrIII 294593 . T C 294.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.657;DP=110;Dels=0.00;FS=9.932;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-7.722;QD=2.67;ReadPosRankSum=-2.036;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,31:110:99:324,0,1352 chrIII 294609 . T C 61.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=88;Dels=0.00;FS=2.390;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.946;QD=0.69;ReadPosRankSum=-4.285;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,15:88:91:91,0,860 chrIII 295252 . G C 117.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DP=42;Dels=0.00;FS=89.297;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.81;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,30:42:99:147,0,195 chrIII 295260 . T G 151.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=67;Dels=0.00;FS=116.640;HaplotypeScore=36.9749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.085;SB=-2.750e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,12:67:99:181,0,273 chrIII 295261 . A G 136.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=64;Dels=0.00;FS=87.836;HaplotypeScore=36.9749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.960;SB=1.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:64:99:166,0,264 chrIII 295267 . C A 188.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.249;DP=73;Dels=0.00;FS=21.820;HaplotypeScore=48.1756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.673;QD=2.58;ReadPosRankSum=-2.929;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:218,0,456 chrIII 295272 . A G 53.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=83;Dels=0.00;FS=96.761;HaplotypeScore=36.8775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.931;QD=0.64;ReadPosRankSum=-4.696;SB=1.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,9:83:83:83,0,704 chrIII 295277 . T A 75.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.970;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.560;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:71:99:105,0,794 chrIII 295278 . A G 88.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.272;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.687;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:118,0,699 chrIII 295287 . T A 29.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.676;DP=68;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=-5.899;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:59:59,0,760 chrIII 295294 . C A 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.02;MQ0=0;MQRankSum=-5.669;QD=0.33;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:64:51:51,0,853 chrIII 295306 . A T 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=-5.889;QD=0.32;ReadPosRankSum=-3.906;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:49:49,0,876 chrIII 295309 . A C 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.365;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.550;QD=0.27;ReadPosRankSum=-3.170;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,16:57:45:45,0,875 chrIII 296689 . C A 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.79;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:78:755,78,0 chrIII 297919 . G A 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.28;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:714,72,0 chrIII 298117 . G A 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=20.67;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:839,90,0 chrIII 298326 . G A 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.28;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:941,99,0 chrIII 298402 . T C 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.21;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:78:733,78,0 chrIII 298408 . A G 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=19.61;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:78:739,78,0 chrIII 298441 . C T 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=20.18;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:699,72,0 chrIII 298456 . C T 510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=19.62;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:543,57,0 chrIII 298548 . G A 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=16.74;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:75:736,75,0 chrIII 298597 . G A 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=15.80;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:81:760,81,0 chrIII 298764 . C T 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=22.76;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:875,90,0 chrIII 298878 . C G 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.55;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:1022,108,0 chrIII 298949 . A C 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.59;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:801,87,0 chrIII 298992 . C T 512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=26;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=19.69;ReadPosRankSum=1.200;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:57:545,57,0 chrIII 299098 . C T 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=18.11;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:66:667,66,0 chrIII 299155 . C G 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=18.05;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:41:84:773,84,0 chrIII 299165 . G T 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=18.42;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:733,75,0 chrIII 299184 . C A 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=14.83;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:69:656,69,0 chrIII 299220 . T C 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=17.89;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:69:659,69,0 chrIII 299262 . A G 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=5.051;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.625;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:75:703,75,0 chrIII 299288 . A G 530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=19.63;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:563,63,0 chrIII 299395 . G A 478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=17.07;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:54:511,54,0 chrIII 299645 . T C 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=25.95;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:1097,117,0 chrIII 299687 . C T 883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=23.86;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:916,99,0 chrIII 300695 . G A 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.73;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1552,162,0 chrIII 300877 . A G 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=45;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=19.24;ReadPosRankSum=1.654;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:45:96:899,96,0 chrIII 300878 . C T 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=20.88;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:931,93,0 chrIII 301448 . G A 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=15.58;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:84:781,84,0 chrIII 301452 . A G 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=46;Dels=0.00;FS=11.244;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=15.28;ReadPosRankSum=2.847;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:78:736,78,0 chrIII 302683 . T C 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.07;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:918,96,0 chrIII 302979 . G A 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=19.26;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:919,93,0 chrIII 303499 . C T 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.23;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1632,165,0 chrIII 303775 . A G 174.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;DP=58;Dels=0.00;FS=26.077;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.809;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.066;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,14:58:99:204,0,787 chrIII 303796 . G A 167.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;DP=59;Dels=0.00;FS=26.128;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.074;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.523;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:59:99:197,0,901 chrIII 303967 . G A 79.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;DP=96;Dels=0.00;FS=5.499;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.269;QD=0.82;ReadPosRankSum=2.199;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,25:96:99:109,0,1264 chrIII 304019 . T C 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.340;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:115:99:1304,0,930 chrIII 304102 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=121;Dels=0.00;FS=0.833;HaplotypeScore=12.2178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.375;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,37:121:99:607,0,1428 chrIII 304178 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-6.479;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.857;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,40:154:99:265,0,1982 chrIII 304198 . G T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.668;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-7.512;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.404;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,39:141:99:169,0,2276 chrIII 304205 . A G 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;DP=146;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=12.7967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-8.368;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.523;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,36:146:99:117,0,2422 chrIII 304218 . A G 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.541;DP=174;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-7.745;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,40:174:63:63,0,2988 chrIII 304480 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DP=141;Dels=0.00;FS=0.779;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=2.931;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.914;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,38:141:99:481,0,1756 chrIII 304617 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.968;DP=183;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=72.4255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.643;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,50:183:99:399,0,2403 chrIII 304627 . G T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.892;DP=174;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=68.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,49:174:99:629,0,2047 chrIII 304704 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DP=109;Dels=0.00;FS=4.992;HaplotypeScore=5.7689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.482;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,28:109:99:328,0,1384 chrIII 304825 . G C 1601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;DP=121;Dels=0.00;FS=1.708;HaplotypeScore=8.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.441;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,87:121:99:1631,0,336 chrIII 304900 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DP=70;Dels=0.00;FS=5.488;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,23:70:99:309,0,925 chrIII 304929 . C T 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.981;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:55:99:183,0,824 chrIII 305013 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=55;Dels=0.00;FS=11.223;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:55:99:261,0,585 chrIII 305038 . T C 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,13:57:99:133,0,970 chrIII 305065 . C T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DP=57;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=22.4638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.982;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:57:99:338,0,679 chrIII 305066 . C A 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=58;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=21.6751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:58:99:164,0,868 chrIII 305105 . T C 110.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=87;Dels=0.00;FS=8.686;HaplotypeScore=13.5722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=1;MQRankSum=-2.349;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,14:87:99:140,0,1274 chrIII 305212 . G A 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=136;Dels=0.00;FS=7.684;HaplotypeScore=13.6147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=1;MQRankSum=1.803;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,35:136:99:372,0,1798 chrIII 305458 . C G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=82;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=8.8784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:82:99:394,0,856 chrIII 305705 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.562;DP=120;Dels=0.00;FS=3.927;HaplotypeScore=12.8235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.342;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,33:120:99:467,0,1869 chrIII 305737 . C T 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=83;Dels=0.00;FS=3.875;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.372;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,17:83:93:93,0,1256 chrIII 305763 . A G 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.546;QD=0.18;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,7:62:41:41,0,1007 chrIII 305797 . A C 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=97;Dels=0.00;FS=9.641;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.39;MQ0=2;MQRankSum=-3.833;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.539;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,22:97:73:73,0,1146 chrIII 305821 . A C 232.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.375;DP=123;Dels=0.00;FS=19.465;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.73;MQ0=2;MQRankSum=-3.286;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,39:123:99:262,0,1285 chrIII 305832 . C T 277.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DP=138;Dels=0.00;FS=11.979;HaplotypeScore=3.3927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.38;MQ0=3;MQRankSum=-2.179;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.212;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,42:138:99:307,0,1277 chrIII 305871 . T C 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DP=140;Dels=0.00;FS=2.028;HaplotypeScore=22.6852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.77;MQ0=3;MQRankSum=0.121;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.493;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,45:140:99:476,0,1412 chrIII 305908 . G A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQ0=1;MQRankSum=-0.291;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,43:143:99:357,0,1646 chrIII 306125 . A T 160.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DP=73;Dels=0.00;FS=29.219;HaplotypeScore=6.6949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.350;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.462;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,19:73:99:190,0,793 chrIII 306130 . A G 99.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;DP=72;Dels=0.00;FS=25.116;HaplotypeScore=6.6949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.695;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.214;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,19:72:99:129,0,961 chrIII 306132 . G A 102.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.520;DP=74;Dels=0.00;FS=21.445;HaplotypeScore=7.4836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.507;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.484;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,19:74:99:132,0,994 chrIII 306236 . T G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=73;Dels=0.00;FS=3.813;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=2;MQRankSum=-0.020;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.423;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,20:73:99:296,0,1089 chrIII 306397 . C G 160.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=117;Dels=0.00;FS=1.336;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.588;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,20:117:99:190,0,2117 chrIII 306561 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.785;DP=91;Dels=0.00;FS=1.779;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.250;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:91:99:566,0,883 chrIII 306575 . C T 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.781;DP=109;Dels=0.00;FS=3.738;HaplotypeScore=8.9915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=1;MQRankSum=-3.097;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.420;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:109:99:742,0,1034 chrIII 306783 . G A 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;DP=110;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:110:99:872,0,1049 chrIII 306843 . A G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=66;Dels=0.00;FS=2.248;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,19:66:99:292,0,912 chrIII 306954 . C A 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.725;DP=164;Dels=0.00;FS=0.611;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.688;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,54:164:99:942,0,2126 chrIII 306974 . C T 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=168;Dels=0.00;FS=6.317;HaplotypeScore=8.9197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=-7.536;QD=0.20;ReadPosRankSum=-2.057;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,31:168:64:64,0,3006 chrIII 307016 . G A 52.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.997;DP=160;Dels=0.01;FS=5.522;HaplotypeScore=10.6862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.91;MQ0=1;MQRankSum=-6.701;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.103;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,30:159:82:82,0,2499 chrIII 307039 . A T 2675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=1;QD=20.58;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2708,291,0 chrIII 307095 . G C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=122;Dels=0.00;FS=6.759;HaplotypeScore=42.7064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=2.161;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.361;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,30:122:99:419,0,1325 chrIII 307149 . A T 887.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;DP=142;Dels=0.00;FS=3.532;HaplotypeScore=4.1393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.81;MQ0=4;MQRankSum=3.719;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,54:142:99:917,0,1122 chrIII 307352 . T A 64.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.763;DP=168;Dels=0.00;FS=25.238;HaplotypeScore=26.9189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.28;MQ0=2;MQRankSum=-2.190;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.846;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,29:168:94:94,0,2787 chrIII 307354 . A G 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=167;Dels=0.00;FS=19.844;HaplotypeScore=24.4272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.09;MQ0=2;MQRankSum=-2.856;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.290;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,27:167:99:148,0,2451 chrIII 307451 . T G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=123;Dels=0.00;FS=8.083;HaplotypeScore=28.8353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.07;MQ0=3;MQRankSum=-4.367;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,34:123:99:417,0,1425 chrIII 307595 . A T 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;DP=91;Dels=0.00;FS=21.074;HaplotypeScore=13.9786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.82;MQ0=18;MQRankSum=-1.058;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,19:91:52:52,0,671 chrIII 307630 . G A 223.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=86;Dels=0.00;FS=48.207;HaplotypeScore=26.0380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=5;MQRankSum=-2.045;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:253,0,650 chrIII 307641 . T A 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=89;Dels=0.01;FS=11.957;HaplotypeScore=17.8107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.95;MQ0=4;MQRankSum=1.102;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,16:88:87:87,0,1014 chrIII 307653 . G A 149.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=93;Dels=0.00;FS=15.218;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.73;MQ0=4;MQRankSum=0.534;QD=1.60;ReadPosRankSum=-2.332;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,25:93:99:179,0,963 chrIII 307666 . T A 119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DP=112;Dels=0.00;FS=6.853;HaplotypeScore=16.1174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.89;MQ0=7;MQRankSum=-0.673;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.635;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,15:112:99:149,0,1146 chrIII 307697 . G T 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=130;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=16.3672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.88;MQ0=8;MQRankSum=1.996;QD=0.13;ReadPosRankSum=0.766;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,13:130:47:47,0,1298 chrIII 307722 . A G 506.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;DP=121;Dels=0.00;FS=20.760;HaplotypeScore=71.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.48;MQ0=11;MQRankSum=0.483;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.558;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:121:99:536,0,706 chrIII 307728 . C T 411.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.516;DP=110;Dels=0.00;FS=18.542;HaplotypeScore=66.6885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.66;MQ0=12;MQRankSum=0.043;QD=3.74;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,32:110:99:441,0,987 chrIII 307760 . T C 361.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=102;Dels=0.00;FS=52.201;HaplotypeScore=38.7733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.27;MQ0=12;MQRankSum=-2.261;QD=3.54;ReadPosRankSum=-2.129;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:391,0,673 chrIII 307763 . T C 250.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;DP=102;Dels=0.00;FS=35.637;HaplotypeScore=38.9762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.27;MQ0=12;MQRankSum=-1.901;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,27:102:99:280,0,758 chrIII 307768 . A C 385.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;DP=101;Dels=0.00;FS=54.803;HaplotypeScore=38.9214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.28;MQ0=11;MQRankSum=-1.785;QD=3.81;ReadPosRankSum=-3.142;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:415,0,694 chrIII 307772 . C T 366.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=102;Dels=0.00;FS=34.193;HaplotypeScore=39.9659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.65;MQ0=11;MQRankSum=-1.216;QD=3.59;ReadPosRankSum=-3.394;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:396,0,664 chrIII 314282 . G A 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DP=36;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.01;MQ0=3;MQRankSum=-3.418;QD=0.56;ReadPosRankSum=1.356;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:50:50,0,496 chrIII 315701 . C T 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DP=35;Dels=0.00;FS=22.005;HaplotypeScore=18.7604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.211;QD=1.03;ReadPosRankSum=-2.079;SB=-2.501e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:35:66:66,0,556 chrIII 315773 . G A 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.712;QD=0.69;ReadPosRankSum=-2.666;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:42:59:59,0,648 chrIII 315803 . G T 313.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.440;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=92.5734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.33;MQ0=5;MQRankSum=-4.357;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,60:154:99:343,0,1393 chrIII 315846 . T C 499.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=278;Dels=0.00;FS=4.262;HaplotypeScore=139.7148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.67;MQ0=9;MQRankSum=-3.797;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.728;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,69:278:99:529,0,2415 chrIII 315847 . G A 726.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.186;DP=279;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=147.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.94;MQ0=9;MQRankSum=-4.893;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.389;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,89:279:99:756,0,2008 chrIII 315884 . A G 630.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.809;DP=267;Dels=0.00;FS=83.623;HaplotypeScore=20.5485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.43;MQ0=5;MQRankSum=-11.361;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,121:267:99:660,0,2556 chrIII 315909 . A T 313.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;DP=155;Dels=0.00;FS=37.368;HaplotypeScore=32.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-9.639;QD=2.02;ReadPosRankSum=-2.935;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,48:155:99:343,0,2303 chrIII 316022 . G A 202.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.189;DP=206;Dels=0.00;FS=11.024;HaplotypeScore=15.2713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.36;MQ0=12;MQRankSum=-4.625;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,52:206:99:232,0,1745 chrIII 316056 . G A 394.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;DP=243;Dels=0.00;FS=3.412;HaplotypeScore=154.3362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.18;MQ0=17;MQRankSum=-4.863;QD=1.62;ReadPosRankSum=2.026;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,79:243:99:424,0,2105 chrIII 316082 . A G 204.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;DP=220;Dels=0.00;FS=4.396;HaplotypeScore=80.8869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.29;MQ0=12;MQRankSum=-3.660;QD=0.93;ReadPosRankSum=2.591;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,44:220:99:234,0,2047 chrIII 316095 . T G 627.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.130;DP=200;Dels=0.02;FS=19.337;HaplotypeScore=141.8854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.96;MQ0=10;MQRankSum=-1.442;QD=3.14;ReadPosRankSum=5.277;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,67:196:99:657,0,1057 chrIII 316096 . T C 254.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.165;DP=198;Dels=0.02;FS=5.068;HaplotypeScore=153.1551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.06;MQ0=9;MQRankSum=-0.109;QD=1.28;ReadPosRankSum=6.614;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,31:194:99:284,0,1495 chrIII 316167 . T C 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DP=128;Dels=0.00;FS=11.935;HaplotypeScore=136.4130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.981;QD=0.14;ReadPosRankSum=1.819;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,30:128:48:48,0,1380 chrIII 316174 . A C 230.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.792;DP=131;Dels=0.00;FS=123.334;HaplotypeScore=81.6103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-6.410e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,25:131:99:260,0,1496 chrIII 316221 . G A 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=113;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.60;MQ0=1;MQRankSum=-3.042;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.042;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,27:112:99:158,0,1019 chrIII 316223 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;DP=112;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.75;MQ0=2;MQRankSum=-5.038;QD=1.25;ReadPosRankSum=3.096;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,26:111:99:170,0,1041 chrIII 316311 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.675;DP=49;Dels=0.02;FS=27.282;HaplotypeScore=27.6436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.02;MQ0=3;MQRankSum=-0.826;QD=6.49;ReadPosRankSum=2.563;SB=-4.825e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,37:48:99:348,0,115 chrIII 316313 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.831;DP=46;Dels=0.00;FS=34.489;HaplotypeScore=14.3626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.77;MQ0=3;MQRankSum=0.401;QD=7.24;ReadPosRankSum=2.517;SB=-2.847e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,34:46:99:363,0,112 chrIII 316325 . T A 361.54 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=45;Dels=0.00;FS=10.280;HaplotypeScore=13.9146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.40;MQ0=4;MQRankSum=0.065;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.358;SB=17.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:45:25:394,25,0 chrIII 316371 . C T 244.34 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DP=42;Dels=0.00;FS=8.258;HaplotypeScore=23.9801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.69;MQ0=4;MQRankSum=2.837;QD=5.82;ReadPosRankSum=2.867;SB=-3.377e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:8:274,0,8 chrIII 316428 . G A 188.02 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;DP=29;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=17.2344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=1;MQRankSum=-0.737;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.381;SB=-2.373e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:21:218,0,21 chrIII 316431 . G A 178.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=26;Dels=0.00;FS=6.198;HaplotypeScore=25.3273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.08;MQ0=1;MQRankSum=-0.541;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.986;SB=-1.197e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,19:26:26:208,0,26 chrIII 316433 . G A 213.12 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.878;DP=26;Dels=0.00;FS=9.208;HaplotypeScore=29.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.08;MQ0=1;MQRankSum=-0.460;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.544;SB=-2.113e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:5:244,5,0 chrIII 316499 . A G 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=17;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=5.8861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.72;MQ0=1;MQRankSum=0.667;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.152;SB=2.090e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:49:164,0,49 chrIII 316502 . A G 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DP=19;Dels=0.00;FS=5.315;HaplotypeScore=7.8192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.053;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.634;SB=-6.478e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:19:60:164,0,60 chrIV 228 . C T 19.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.58;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.550;SB=-2.603e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:19:49,0,19 chrIV 1669 . A G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=23;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.11;MQ0=2;MQRankSum=0.851;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.836;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,17:23:45:231,0,45 chrIV 1702 . C T 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.97;MQ0=1;MQRankSum=1.231;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,2:6:6:43,6,0 chrIV 1709 . C T 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.11;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,2:5:6:43,6,0 chrIV 1730 . G A 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.88;MQ0=1;QD=4.01;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:3:6:43,6,0 chrIV 1963 . A G 17.16 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=14;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.14;MQ0=8;MQRankSum=-0.736;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-2.819e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:15:47,0,15 chrIV 2008 . T G 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.84;MQ0=6;QD=3.26;SB=-2.791e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:9:81,9,0 chrIV 2010 . T C 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=15;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=1.9581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.84;MQ0=6;MQRankSum=0.573;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.422;SB=1.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:15:6:54,6,0 chrIV 2035 . G T 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.83;MQ0=3;QD=2.83;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:6:51,6,0 chrIV 2842 . C T 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.62;MQ0=0;QD=5.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:59,6,0 chrIV 2845 . T C 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.62;MQ0=0;QD=3.96;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:6:51,6,0 chrIV 2846 . C A 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.62;MQ0=0;QD=4.95;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:51,6,0 chrIV 2854 . A G 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.62;MQ0=0;QD=4.95;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:51,6,0 chrIV 16804 . G A 54.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.90;MQ0=2;QD=10.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:87,9,0 chrIV 16977 . T C 1075 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=1;QD=25.60;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1108,117,0 chrIV 17067 . T C 40.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=2.56;SB=-9.817e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:9:73,9,0 chrIV 17068 . C T 45.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=2.87;SB=-9.815e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:9:78,9,0 chrIV 17151 . C T 321 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.37;SB=-8.696e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:36:354,36,0 chrIV 17251 . T A 1007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.13;MQ0=2;QD=15.49;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1040,102,0 chrIV 17352 . A G 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=19.70;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1530,162,0 chrIV 17357 . T C 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=0;QD=18.40;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1505,156,0 chrIV 17374 . T C 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.687;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1319,138,0 chrIV 17421 . A G 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.27;MQ0=0;QD=17.07;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:784,84,0 chrIV 17461 . T C 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.58;MQ0=0;QD=22.21;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:966,102,0 chrIV 17772 . A T 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=1;QD=22.18;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1408,141,0 chrIV 17799 . C T 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.24;MQ0=2;MQRankSum=0.770;QD=14.89;ReadPosRankSum=1.636;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:60:599,60,0 chrIV 17823 . A G 290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.72;MQ0=3;QD=9.35;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:33:323,33,0 chrIV 17886 . A G 361 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.41;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:394,42,0 chrIV 17888 . C T 391 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.77;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:424,42,0 chrIV 17889 . C T 394 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.91;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:427,42,0 chrIV 17893 . T G 358 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.27;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:391,39,0 chrIV 17894 . T C 324 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.73;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:357,39,0 chrIV 17898 . C T 388 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.64;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:421,42,0 chrIV 17906 . T C 204.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.57;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:237,27,0 chrIV 17907 . A G 200.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.29;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:233,27,0 chrIV 17909 . A G 176.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.57;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:209,27,0 chrIV 17910 . A G 171.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.22;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:204,27,0 chrIV 17911 . G C 171.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.22;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:204,27,0 chrIV 17912 . T C 220 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.71;SB=-1.465e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:30:253,30,0 chrIV 17917 . G A 243 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.57;MQ0=0;QD=9.72;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:30:276,30,0 chrIV 17918 . A C 241 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.57;MQ0=0;QD=9.64;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:30:274,30,0 chrIV 17921 . C A 256 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.13;MQ0=0;QD=9.48;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:30:289,30,0 chrIV 17955 . C T 304 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.96;MQ0=0;QD=11.26;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:33:337,33,0 chrIV 17973 . C T 453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.45;MQ0=0;QD=15.10;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:486,48,0 chrIV 18120 . G A 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.43;MQ0=0;QD=24.02;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1618,168,0 chrIV 18141 . A C 1250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.95;MQ0=0;QD=24.04;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1283,135,0 chrIV 18194 . G A 104.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.65;MQ0=0;QD=6.95;SB=-2.520e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:15:137,15,0 chrIV 18195 . A C 79.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.65;MQ0=0;QD=5.30;SB=-2.839e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:12:112,12,0 chrIV 18200 . A G 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.56;MQ0=0;QD=1.77;SB=-4.980e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:6:56,6,0 chrIV 18303 . C T 67.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=1;QD=16.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:100,9,0 chrIV 18325 . T C 141.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.16;SB=-7.359e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:174,18,0 chrIV 18333 . A G 138.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.27;SB=-2.707e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:18:171,18,0 chrIV 18342 . A G 133.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=14.79;SB=-3.011e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:166,18,0 chrIV 18345 . G A 140.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=15.57;SB=-3.111e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:173,18,0 chrIV 18351 . A G 139.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=15.46;SB=-2.807e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:172,18,0 chrIV 18369 . T A 54.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.46;MQ0=0;QD=2.89;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:9:87,9,0 chrIV 18375 . C G 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.46;MQ0=0;QD=2.68;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:9:83,9,0 chrIV 18376 . T C 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.46;MQ0=0;QD=2.68;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:9:83,9,0 chrIV 18377 . T C 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=20;Dels=0.00;FS=4.559;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.561;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:9:86,9,0 chrIV 18381 . A G 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=2.04;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:9:83,9,0 chrIV 18384 . A G 78.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=3.14;SB=-2.195e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:12:111,12,0 chrIV 18388 . C G 81.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=3.26;SB=-2.155e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:12:114,12,0 chrIV 18389 . C T 87.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=3.50;SB=-2.205e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:12:120,12,0 chrIV 18402 . G A 118.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=0;QD=3.94;SB=-1.983e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:15:151,15,0 chrIV 18404 . C A 109.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=0;QD=3.64;SB=-2.873e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:15:142,15,0 chrIV 18405 . A G 110.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=0;QD=3.68;SB=-2.823e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:15:143,15,0 chrIV 18408 . T A 118.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=0;QD=3.81;SB=-2.973e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:15:151,15,0 chrIV 18411 . A G 127.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=3.97;SB=-2.981e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:18:160,18,0 chrIV 18426 . C T 148.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=4.36;SB=-2.981e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:18:181,18,0 chrIV 18456 . A G 251 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.65;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:30:284,30,0 chrIV 18457 . A G 243 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.35;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:30:276,30,0 chrIV 18459 . C T 263 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.12;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:30:296,30,0 chrIV 18467 . C G 317 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.93;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:36:350,36,0 chrIV 18477 . G A 361 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.03;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:39:394,39,0 chrIV 18483 . G A 316 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.58;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:36:349,36,0 chrIV 18486 . T C 302 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.44;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:36:335,36,0 chrIV 18495 . A G 187.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.68;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:27:220,27,0 chrIV 18497 . T C 66.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=2.38;SB=-1.395e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:12:99,12,0 chrIV 18498 . G A 66.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=2.38;SB=-1.485e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:12:99,12,0 chrIV 18499 . C A 66.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.362;SB=-1.495e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:12:99,12,0 chrIV 18504 . A G 252 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.69;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:30:285,30,0 chrIV 18513 . T C 200.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.14;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:24:233,24,0 chrIV 18516 . A G 185.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.61;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:24:218,24,0 chrIV 18531 . A T 186.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.58;MQ0=0;QD=6.89;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:24:219,24,0 chrIV 18540 . A G 171.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.60;MQ0=0;QD=6.58;SB=-2.531e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:21:204,21,0 chrIV 18571 . C G 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.41;MQ0=0;QD=3.20;SB=-7.996e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:9:80,9,0 chrIV 18588 . G A 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;QD=4.00;SB=-5.196e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:9:80,9,0 chrIV 18590 . T G 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=0;QD=3.91;SB=-4.897e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:9:79,9,0 chrIV 18671 . G C 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=1.09;SB=-7.571e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:6:43,6,0 chrIV 18675 . T C 67.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=5.63;SB=-9.649e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:12:100,12,0 chrIV 18682 . A G 91.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=8.30;SB=-1.331e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:124,15,0 chrIV 18683 . G C 94.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=8.57;SB=-1.261e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:127,15,0 chrIV 18853 . T G 349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;QD=21.81;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:382,39,0 chrIV 19144 . T C 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.58;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:93:910,93,0 chrIV 19277 . C T 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=15.59;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:72:672,72,0 chrIV 19413 . C G 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.33;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1596,168,0 chrIV 19609 . T C 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=26.88;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1780,183,0 chrIV 19790 . A G 2027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.78;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:2060,216,0 chrIV 19934 . C T 2131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=24.22;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2164,216,0 chrIV 20081 . G A 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=23.92;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:894,90,0 chrIV 20112 . T G 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.582;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:941,102,0 chrIV 20160 . C G 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=18.64;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1375,141,0 chrIV 20223 . C T 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.22;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1497,147,0 chrIV 20319 . T C 357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=23.80;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:42:390,42,0 chrIV 20444 . A C 326 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=18.11;SB=-8.632e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:36:359,36,0 chrIV 20473 . G A 588 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=19.60;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:621,63,0 chrIV 20538 . T C 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=3.84;SB=-8.463e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:9:82,9,0 chrIV 20578 . C T 708 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=25.29;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:741,75,0 chrIV 20642 . T C 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=25.33;ReadPosRankSum=1.636;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:99:945,99,0 chrIV 20659 . T C 385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.59;MQ0=0;QD=22.65;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45:418,45,0 chrIV 20742 . G C 334 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=22.27;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:39:367,39,0 chrIV 20779 . T G 298 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;QD=11.46;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:39:331,39,0 chrIV 20785 . G A 246 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;QD=9.46;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:33:279,33,0 chrIV 20789 . C A 288 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;QD=11.08;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:36:321,36,0 chrIV 20969 . C T 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=19.06;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:967,96,0 chrIV 20979 . C G 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=17.58;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:96:912,96,0 chrIV 20989 . T G 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=19.64;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:897,93,0 chrIV 21086 . A T 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.19;MQ0=0;QD=8.31;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:51:490,51,0 chrIV 21113 . G T 435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.33;MQ0=0;QD=7.37;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:51:468,51,0 chrIV 21119 . A T 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=7.75;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:57:537,57,0 chrIV 21165 . G A 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=19.82;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1995,204,0 chrIV 21268 . T C 2250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=26.16;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2283,237,0 chrIV 21431 . C T 2579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=26.59;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2612,264,0 chrIV 21510 . A G 3021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=1.772;QD=23.79;ReadPosRankSum=2.411;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:127:99:3054,321,0 chrIV 21677 . A G 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=19.77;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1575,162,0 chrIV 21692 . T G 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=18.44;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1508,159,0 chrIV 21759 . A G 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=96;Dels=0.00;FS=3.291;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=20.29;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1981,204,0 chrIV 21781 . A G 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=20.78;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1612,168,0 chrIV 21807 . T C 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=18.73;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1194,126,0 chrIV 21893 . T A 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=26.82;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1803,180,0 chrIV 21929 . A G 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=22.79;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1811,195,0 chrIV 21964 . A G 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=24.12;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1577,165,0 chrIV 22006 . A G 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.05;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1548,162,0 chrIV 22049 . G T 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.19;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1495,156,0 chrIV 22139 . C G 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=21.83;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1430,150,0 chrIV 22166 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.627;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1366,141,0 chrIV 22312 . T C 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=23.63;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1238,129,0 chrIV 22379 . C T 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=23.62;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1096,111,0 chrIV 22481 . G A 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.06;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1107,111,0 chrIV 22513 . A G 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=20.90;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1099,114,0 chrIV 22594 . A G 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=23.33;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1736,180,0 chrIV 22713 . C T 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=22.07;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1335,135,0 chrIV 22728 . T A 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=20.10;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1299,138,0 chrIV 22889 . A C 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=17.47;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:732,78,0 chrIV 23062 . T C 2392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=117;Dels=0.00;FS=7.612;HaplotypeScore=9.8698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=20.44;ReadPosRankSum=2.387;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:2425,252,0 chrIV 23097 . G A 2929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=24.01;SB=-1.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2962,300,0 chrIV 23647 . T C 2015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=25.19;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2048,210,0 chrIV 24379 . C T 2065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.45;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2098,222,0 chrIV 25365 . G A 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.26;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1836,186,0 chrIV 25927 . C T 1971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.66;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2004,201,0 chrIV 26205 . A T 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=20.53;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1121,111,0 chrIV 26924 . T G 1259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=22.89;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1292,141,0 chrIV 26950 . C A 928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=19.74;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:47:96:961,96,0 chrIV 27078 . C G 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.40;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1008,105,0 chrIV 27235 . T C 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=71;Dels=0.00;FS=3.030;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=20.80;ReadPosRankSum=2.381;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1510,159,0 chrIV 27477 . G A 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.72;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1119,114,0 chrIV 27879 . G T 1721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.58;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1754,183,0 chrIV 27985 . A G 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.88;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2458,261,0 chrIV 28488 . G A 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=25.88;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1534,153,0 chrIV 28639 . T C 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=25.22;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1672,168,0 chrIV 29380 . T C 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=22.69;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:691,72,0 chrIV 29908 . G A 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=24.09;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1117,114,0 chrIV 30404 . C T 2610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.10;SB=-1.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2643,262,0 chrIV 30468 . G T 3188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=24.52;SB=-1.666e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:3221,342,0 chrIV 30545 . T C 2869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.33;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2902,300,0 chrIV 31202 . G A 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=23.37;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1295,132,0 chrIV 31224 . G T 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=21.06;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1128,111,0 chrIV 31253 . C T 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=19.27;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1401,144,0 chrIV 31492 . G A 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=20.07;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:956,96,0 chrIV 31511 . A G 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=18.73;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:857,90,0 chrIV 31685 . C T 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=19.70;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1136,114,0 chrIV 32605 . C T 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=25.47;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:90:899,90,0 chrIV 33153 . G A 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=22.09;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:541,54,0 chrIV 33219 . C T 1151 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=19.84;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1184,132,0 chrIV 33230 . T A 1818 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=19.031;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.70;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=22.72;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1851,183,0 chrIV 33236 . G A 2084 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.62;MQ0=0;QD=23.42;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2117,210,0 chrIV 33239 . G C 2196 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.26;MQ0=0;QD=21.53;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2229,228,0 chrIV 33253 . A T 3777.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=25.87;ReadPosRankSum=1.708;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:146:99:3777,364,0 chrIV 34063 . C T 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=19.03;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1346,141,0 chrIV 34077 . A G 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=17.03;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1106,117,0 chrIV 34338 . T C 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=3.263;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=24.08;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1309,135,0 chrIV 35164 . A G 2019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.48;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2052,219,0 chrIV 36417 . C T 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.61;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:87:883,87,0 chrIV 36708 . C T 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.63;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:920,90,0 chrIV 36896 . C T 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.65;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1381,141,0 chrIV 37123 . C T 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=54;Dels=0.00;FS=5.283;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=23.65;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1310,132,0 chrIV 38200 . C T 2733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=26.03;SB=-1.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2766,279,0 chrIV 39021 . G T 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=24.75;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:72:726,72,0 chrIV 40439 . T C 2717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.70;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2750,294,0 chrIV 40965 . G C 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.54;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1562,162,0 chrIV 41590 . T C 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.52;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:54:521,54,0 chrIV 41978 . A G 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1228,132,0 chrIV 42278 . C T 2105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.05;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2138,219,0 chrIV 42343 . G A 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=19.32;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1810,192,0 chrIV 42356 . G C 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=21.26;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1861,195,0 chrIV 42471 . C A 2320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=25.49;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2353,231,0 chrIV 42484 . G A 2194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=21.30;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2227,234,0 chrIV 43611 . G A 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=23.04;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1070,117,0 chrIV 43892 . A G 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.450;DP=66;Dels=0.00;FS=49.963;HaplotypeScore=76.9309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.451;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,53:66:38:452,38,0 chrIV 43901 . G A 519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.39;MQ0=0;QD=7.21;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:63:552,63,0 chrIV 44367 . T C 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=21.53;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:679,75,0 chrIV 45363 . T C 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=23.71;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:63:602,63,0 chrIV 45804 . T C 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=19.71;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:841,90,0 chrIV 46068 . G C 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=24.78;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1594,165,0 chrIV 46090 . C G 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=25.30;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1399,144,0 chrIV 46115 . G A 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=22.10;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:96:895,96,0 chrIV 46164 . T A 688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=19.11;ReadPosRankSum=1.636;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:81:721,81,0 chrIV 46179 . T G 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=23.45;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1065,111,0 chrIV 46259 . A T 2573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=24.27;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2606,270,0 chrIV 46818 . G A 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.66;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:790,84,0 chrIV 46848 . T C 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=37;Dels=0.00;FS=3.050;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=23.92;ReadPosRankSum=2.317;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:96:918,96,0 chrIV 47364 . C T 471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=18.12;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:504,54,0 chrIV 47365 . T C 440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=17.60;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:473,51,0 chrIV 48046 . A G 4532.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.423;DP=190;Dels=0.00;FS=9.405;HaplotypeScore=11.9656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=23.85;ReadPosRankSum=2.410;SB=-1.739e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,186:190:99:4532,484,0 chrIV 48149 . A C 5222.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=210;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=24.87;ReadPosRankSum=1.716;SB=-1.958e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,209:210:99:5222,553,0 chrIV 48241 . T C 2939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=26.01;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2972,309,0 chrIV 48267 . G T 2962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=26.93;SB=-1.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2995,298,0 chrIV 48349 . G A 4402.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=24.46;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,179:180:99:4402,448,0 chrIV 48549 . G A 2915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.53;SB=-1.491e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:2948,315,0 chrIV 48826 . G A 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=23.33;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1783,180,0 chrIV 49108 . C T 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.88;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:602,60,0 chrIV 49143 . C T 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.84;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:679,69,0 chrIV 49229 . T C 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.23;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1287,132,0 chrIV 49754 . A T 2045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.94;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2078,207,0 chrIV 50294 . C T 2297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=23.93;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2330,231,0 chrIV 50502 . C T 2464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=19.87;SB=-1.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2497,258,0 chrIV 51529 . T A 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.41;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:829,87,0 chrIV 51859 . T C 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=22.92;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:858,90,0 chrIV 51985 . T C 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=22.92;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:36:90:858,90,0 chrIV 52093 . C T 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=16.43;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:96:920,96,0 chrIV 52421 . T C 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=75;Dels=0.00;FS=6.707;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=17.69;ReadPosRankSum=2.382;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:75:99:1360,144,0 chrIV 52423 . C T 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=18.76;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1421,144,0 chrIV 52556 . G A 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.26;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1266,132,0 chrIV 53283 . G T 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.58;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:810,84,0 chrIV 53471 . G A 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=25.54;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1208,123,0 chrIV 53787 . C A 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=25.33;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2009,207,0 chrIV 53890 . A G 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=22.67;ReadPosRankSum=1.568;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:985,102,0 chrIV 54379 . A G 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=62;Dels=0.00;FS=4.914;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=23.73;ReadPosRankSum=1.676;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1504,162,0 chrIV 54490 . C T 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=24.35;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1202,120,0 chrIV 55290 . A G 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=66;Dels=0.00;FS=5.274;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=24.86;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:66:99:1674,177,0 chrIV 56817 . C T 835 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=20.87;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:868,87,0 chrIV 56962 . T A 1758 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.83;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1791,183,0 chrIV 57157 . T G 1676 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=20.44;ReadPosRankSum=1.690;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1709,183,0 chrIV 58177 . G A 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.78;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:897,96,0 chrIV 58661 . A G 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=90;Dels=0.00;FS=9.641;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=23.06;ReadPosRankSum=2.395;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:2108,222,0 chrIV 58765 . T A 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.37;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1187,120,0 chrIV 59062 . T A 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.657;DP=95;Dels=0.00;FS=36.039;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=18.14;ReadPosRankSum=4.577;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:95:99:1756,177,0 chrIV 59068 . T C 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=18.59;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:1836,198,0 chrIV 59114 . C T 1757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.82;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:1790,183,0 chrIV 62021 . C T 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.03;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1377,138,0 chrIV 62075 . A G 2304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.579;QD=20.39;ReadPosRankSum=1.671;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2337,240,0 chrIV 62157 . A G 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=14.87;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:1788,192,0 chrIV 62726 . T C 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=20.55;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:629,66,0 chrIV 62804 . A G 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=14.85;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:419,45,0 chrIV 62811 . A G 321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=10.70;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:39:354,39,0 chrIV 62951 . C T 541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=18.66;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57:574,57,0 chrIV 63385 . C G 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=20.81;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1115,117,0 chrIV 63606 . A G 388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:45:421,45,0 chrIV 63839 . G C 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.85;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:900,93,0 chrIV 63945 . T A 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=25.47;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1281,129,0 chrIV 64151 . T C 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=23.56;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1093,111,0 chrIV 65250 . T C 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.94;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:68:99:1525,162,0 chrIV 65350 . T C 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.27;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1825,192,0 chrIV 65456 . G A 3099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=24.99;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:3132,321,0 chrIV 65822 . C A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=18.85;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1315,144,0 chrIV 66230 . T C 2361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2394,252,0 chrIV 66345 . G C 2471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=24.47;SB=-1.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2504,261,0 chrIV 66381 . G A 2217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=24.91;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2250,225,0 chrIV 66478 . T C 1971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=112;Dels=0.00;FS=3.032;HaplotypeScore=14.4747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=17.60;ReadPosRankSum=2.405;SB=-1.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:112:99:2004,216,0 chrIV 66552 . G T 1764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.84;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1797,180,0 chrIV 66688 . C T 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.72;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1504,156,0 chrIV 66945 . A G 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=22.94;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:859,90,0 chrIV 67121 . C T 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.06;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1549,165,0 chrIV 67354 . T C 399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=23.47;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:42:432,42,0 chrIV 67529 . A C 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=15.92;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1163,123,0 chrIV 67659 . T C 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=26.48;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:801,87,0 chrIV 67718 . A G 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=27.69;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:476,48,0 chrIV 67805 . A C 111.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=13.91;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:144,15,0 chrIV 67840 . T C 173.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=10.82;SB=-1.221e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:21:206,21,0 chrIV 67845 . G C 232.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=13.65;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:265,27,0 chrIV 67866 . G A 317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=11.74;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:36:350,36,0 chrIV 68082 . G A 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=20.49;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:791,81,0 chrIV 68235 . A G 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1752,180,0 chrIV 68451 . T C 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=3.869;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:72:683,72,0 chrIV 68677 . T C 2677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=22.50;ReadPosRankSum=1.674;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:2710,285,0 chrIV 68840 . T C 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.87;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1107,114,0 chrIV 69465 . T G 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.33;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1444,153,0 chrIV 69621 . G T 3585.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:166:99:3585,372,0 chrIV 69675 . T A 2707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=23.34;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2740,279,0 chrIV 69815 . A G 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.01;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1546,165,0 chrIV 69920 . C A 2684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:138:99:2717,276,0 chrIV 69990 . A G 3441.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.73;SB=-1.623e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:3441,363,0 chrIV 70457 . A G 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.04;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1758,186,0 chrIV 70481 . C T 1914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=22.79;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:1947,195,0 chrIV 70718 . C T 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.00;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:969,96,0 chrIV 70900 . G A 1804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=25.06;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1837,186,0 chrIV 71168 . T G 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.10;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1447,153,0 chrIV 71207 . C T 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=19.54;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1225,129,0 chrIV 71264 . A G 1560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=23.64;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1593,165,0 chrIV 71523 . T G 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=23.50;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:54:99:1302,138,0 chrIV 71645 . C T 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.27;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1280,135,0 chrIV 71962 . T C 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=22.96;ReadPosRankSum=3.090;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:69:99:1617,171,0 chrIV 72290 . T C 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=97;Dels=0.00;FS=6.724;HaplotypeScore=8.7061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=21.54;ReadPosRankSum=2.399;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:2122,225,0 chrIV 72338 . C T 2518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1.499e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:111:99:2551,267,0 chrIV 72373 . G A 2496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=23.33;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2529,255,0 chrIV 72485 . C T 2129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=24.76;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2162,219,0 chrIV 72869 . G A 2542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=21.18;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2575,261,0 chrIV 72872 . A G 2413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=20.45;ReadPosRankSum=2.408;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:118:99:2446,252,0 chrIV 72956 . T C 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=98;Dels=0.00;FS=3.478;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=22.42;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2230,234,0 chrIV 73193 . C A 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.68;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1627,177,0 chrIV 73466 . G T 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1822,183,0 chrIV 73760 . C T 2360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=22.91;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2393,243,0 chrIV 74637 . A T 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.02;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1014,111,0 chrIV 74684 . C T 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=20.80;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1302,132,0 chrIV 74731 . G A 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.84;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1242,126,0 chrIV 74965 . G C 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=23.14;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1630,168,0 chrIV 75082 . G A 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=23.07;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1625,180,0 chrIV 75776 . C A 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=17.00;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1478,165,0 chrIV 76252 . T A 2252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.257e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2285,240,0 chrIV 76353 . G A 2102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.46;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:108:99:2135,219,0 chrIV 76974 . A G 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.594;DP=45;Dels=0.00;FS=12.887;HaplotypeScore=4.2378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=18.51;ReadPosRankSum=3.449;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:45:90:866,90,0 chrIV 77029 . T C 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.35;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:786,84,0 chrIV 77295 . A G 1832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=5.470;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=24.76;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1865,198,0 chrIV 77418 . T C 285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:33:318,33,0 chrIV 77733 . A G 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=16.41;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:69:640,69,0 chrIV 78196 . C T 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=24.64;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1265,129,0 chrIV 78270 . T C 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=23.82;ReadPosRankSum=2.367;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:60:99:1462,153,0 chrIV 78578 . G A 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=0;QD=20.33;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1619,168,0 chrIV 78587 . C T 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.62;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1647,162,0 chrIV 78590 . A G 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=19.16;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1585,165,0 chrIV 78617 . G C 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=17.65;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1251,135,0 chrIV 78644 . T A 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=16.25;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:96:959,96,0 chrIV 78728 . C T 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=19.49;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1027,105,0 chrIV 78945 . C G 967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=19.73;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:1000,105,0 chrIV 79219 . A G 1854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=8.016;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=24.08;ReadPosRankSum=1.687;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:77:99:1887,201,0 chrIV 79367 . G C 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=25.70;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:984,105,0 chrIV 80046 . G A 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=22.08;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1645,165,0 chrIV 80602 . G A 2620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=25.69;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2653,261,0 chrIV 80612 . A G 2444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2477,261,0 chrIV 81776 . T C 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=86;Dels=0.00;FS=3.384;HaplotypeScore=7.1469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=20.60;ReadPosRankSum=1.691;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1805,189,0 chrIV 81868 . A G 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=23.23;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:139:99:3261,339,0 chrIV 82474 . G A 2268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=25.20;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2301,240,0 chrIV 82548 . T C 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.87;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:96:927,96,0 chrIV 82687 . A G 2220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=24.40;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2253,237,0 chrIV 82754 . A T 3345.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=25.34;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:3345,346,0 chrIV 82818 . A G 2726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=25.01;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2759,288,0 chrIV 83386 . C T 2868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=23.13;SB=-1.622e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2901,295,0 chrIV 83723 . G A 3181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.798;DP=141;Dels=0.00;FS=3.167;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.388;QD=22.56;ReadPosRankSum=1.486;SB=-1.902e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:141:99:3214,321,0 chrIV 83830 . C T 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=19.74;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1494,156,0 chrIV 84159 . T C 3329.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=22.49;ReadPosRankSum=1.684;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,144:148:99:3329,351,0 chrIV 84201 . T C 3712.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.405;DP=162;Dels=0.00;FS=8.492;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=22.91;ReadPosRankSum=3.394;SB=-1.900e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,157:162:99:3712,396,0 chrIV 84392 . T C 2016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.17;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2049,207,0 chrIV 84899 . G A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=19.85;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1125,120,0 chrIV 85442 . T C 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=21.82;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1015,108,0 chrIV 87227 . C T 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=17.25;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:90:913,90,0 chrIV 87483 . G A 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=24.26;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1731,177,0 chrIV 87993 . C T 3767.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:3767,382,0 chrIV 88145 . A G 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=24.37;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1398,144,0 chrIV 88160 . A T 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=61;Dels=0.00;FS=4.631;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=22.18;ReadPosRankSum=1.619;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1386,141,0 chrIV 88301 . T C 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=21.16;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1514,159,0 chrIV 88514 . G C 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=17.45;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1150,120,0 chrIV 88736 . A G 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=23.76;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1625,171,0 chrIV 88760 . G A 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.47;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1582,159,0 chrIV 89333 . C T 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.29;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1710,171,0 chrIV 89420 . A C 1835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=23.23;ReadPosRankSum=1.557;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1868,192,0 chrIV 89537 . A G 1788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=84;Dels=0.00;FS=4.087;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=21.29;ReadPosRankSum=1.690;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:1821,183,0 chrIV 89546 . A G 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=19.96;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1650,171,0 chrIV 89588 . C T 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2038,207,0 chrIV 90575 . G A 1979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=16.63;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2012,210,0 chrIV 90577 . C T 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=16.12;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:1968,213,0 chrIV 90638 . A C 2279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=18.09;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:126:99:2312,243,0 chrIV 90975 . G A 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=25.29;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2309,231,0 chrIV 91201 . T C 2891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.74;SB=-1.433e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:133:99:2924,303,0 chrIV 91318 . T C 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=24.32;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1808,189,0 chrIV 91325 . G T 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.90;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:70:99:1566,156,0 chrIV 91537 . A G 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=18.69;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1341,138,0 chrIV 91555 . T C 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=18.21;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1362,141,0 chrIV 91807 . A G 1764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.25;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1797,189,0 chrIV 94411 . G A 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.48;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1064,108,0 chrIV 94538 . T G 2013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=91;Dels=0.00;FS=3.463;HaplotypeScore=12.8509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=22.12;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2046,213,0 chrIV 94715 . T G 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=18.74;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:539,57,0 chrIV 95016 . T G 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=12.66;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:81:767,81,0 chrIV 95033 . C T 532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=10.43;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:57:565,57,0 chrIV 95036 . C A 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=9.57;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:60:550,60,0 chrIV 95230 . C T 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=19.86;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1006,108,0 chrIV 95805 . C T 312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=3.90;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:36:345,36,0 chrIV 95871 . A G 2383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=18.76;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:127:99:2416,225,0 chrIV 96072 . T G 1710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=25.15;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1743,183,0 chrIV 96121 . G A 1179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=19.33;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1212,129,0 chrIV 96124 . T A 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=17.76;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1134,117,0 chrIV 96160 . C T 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=15.95;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:990,105,0 chrIV 96217 . T C 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=21.99;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1660,174,0 chrIV 96268 . G A 1969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=22.37;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2002,204,0 chrIV 96364 . C T 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=20.82;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1220,123,0 chrIV 96663 . G A 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=22.35;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1307,132,0 chrIV 96799 . T C 449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=21.38;ReadPosRankSum=1.569;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:51:482,51,0 chrIV 97285 . T C 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=4.191;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=22.95;ReadPosRankSum=1.568;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:997,102,0 chrIV 98294 . G A 2015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=19.37;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2048,210,0 chrIV 98297 . T A 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=20.09;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2122,210,0 chrIV 98345 . T C 2070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.636;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2103,222,0 chrIV 98435 . C T 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=25.46;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1968,195,0 chrIV 98507 . C T 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=21.01;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1714,171,0 chrIV 98744 . A G 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=50;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=22.38;ReadPosRankSum=1.663;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1152,120,0 chrIV 98807 . G A 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.74;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:829,90,0 chrIV 99245 . G A 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.27;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1692,171,0 chrIV 99689 . A G 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.35;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1442,150,0 chrIV 99908 . C A 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=20.13;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:798,81,0 chrIV 99917 . A G 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=19.26;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:81:765,81,0 chrIV 100715 . A G 2862 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=21.52;ReadPosRankSum=1.602;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:2895,297,0 chrIV 100717 . G A 2848 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=22.25;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2881,291,0 chrIV 100723 . G A 2989 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=21.98;ReadPosRankSum=1.121;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:136:99:3022,284,0 chrIV 100815 . G A 3707.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=19.61;SB=-1.563e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:189:99:3707,382,0 chrIV 100993 . A G 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=24.71;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1664,171,0 chrIV 101275 . T G 3035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=23.17;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:131:99:3068,330,0 chrIV 101584 . T G 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=20.42;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1748,186,0 chrIV 101608 . G A 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=20.52;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1695,168,0 chrIV 101707 . C T 3287.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.36;SB=-1.759e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:147:99:3287,345,0 chrIV 101871 . G A 2094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=25.54;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2127,219,0 chrIV 102008 . G A 2202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.02;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2235,237,0 chrIV 102763 . G A 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=40;Dels=0.00;FS=5.119;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=23.65;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:979,105,0 chrIV 102841 . C T 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=21.98;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1176,126,0 chrIV 103051 . C T 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=17.17;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96:943,96,0 chrIV 103054 . T C 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=3.900;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=18.28;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1020,105,0 chrIV 103171 . T C 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=21.33;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1206,129,0 chrIV 103365 . A T 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=20.93;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1310,132,0 chrIV 103456 . T C 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;QD=22.34;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:882,90,0 chrIV 103585 . A T 3165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=23.62;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:3198,325,0 chrIV 103700 . A G 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=23.54;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:99:951,99,0 chrIV 104093 . A G 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=22.95;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:57:538,57,0 chrIV 104219 . A G 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.88;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1432,150,0 chrIV 104599 . T A 4243.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=25.26;SB=-2.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:168:99:4243,427,0 chrIV 104780 . G A 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=26.07;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:737,75,0 chrIV 104854 . C T 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=20.39;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1440,138,0 chrIV 105189 . T C 513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:57:546,57,0 chrIV 105197 . T C 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=18.54;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:515,54,0 chrIV 105294 . G C 533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=20.50;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:566,60,0 chrIV 105308 . C G 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=18.30;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:527,57,0 chrIV 105345 . T C 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.605;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:48:454,48,0 chrIV 105366 . C T 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=14.45;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:48:481,48,0 chrIV 105373 . G A 400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.29;MQ0=0;QD=12.50;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:45:433,45,0 chrIV 105391 . T C 522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=18.00;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57:555,57,0 chrIV 105636 . C T 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DP=38;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=22.18;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:87:876,87,0 chrIV 105673 . T C 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=20.78;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:781,84,0 chrIV 105784 . A G 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=20.20;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1124,117,0 chrIV 105853 . G A 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=16.08;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:93:853,93,0 chrIV 106053 . C T 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=21.05;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:896,90,0 chrIV 106123 . A T 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=16.98;ReadPosRankSum=1.555;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:78:729,78,0 chrIV 106143 . C A 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=19.07;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:834,84,0 chrIV 106440 . T A 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=19.85;ReadPosRankSum=1.646;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:84:847,84,0 chrIV 106513 . T C 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=19.05;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:852,87,0 chrIV 106620 . A T 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=20.81;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:782,84,0 chrIV 106727 . A G 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=14.95;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:66:631,66,0 chrIV 106754 . C G 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=18.40;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:769,81,0 chrIV 106767 . G A 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=12.48;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:63:607,63,0 chrIV 106842 . C T 620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.65;MQ0=0;QD=12.40;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:66:653,66,0 chrIV 106846 . T C 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=12.58;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:69:662,69,0 chrIV 107282 . T C 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=3.912;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.408;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:57:538,57,0 chrIV 107346 . T C 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=4.130;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.181;QD=19.77;ReadPosRankSum=1.496;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:96:903,96,0 chrIV 107546 . G C 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=23.50;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1114,117,0 chrIV 107750 . G A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=20.02;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:854,87,0 chrIV 108611 . C T 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=21.72;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1206,123,0 chrIV 108917 . G A 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=23.31;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1898,189,0 chrIV 109021 . C A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.585;DP=76;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:578,0,787 chrIV 109279 . G A 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=22.73;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1942,198,0 chrIV 109468 . C T 1835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=25.85;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1868,183,0 chrIV 109530 . C T 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.15;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1335,138,0 chrIV 109836 . A G 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:538,57,0 chrIV 110285 . C T 728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=22.06;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:761,78,0 chrIV 110696 . T C 360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=27;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.476;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:39:393,39,0 chrIV 110881 . A G 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=18.70;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:57:538,57,0 chrIV 111349 . A G 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.51;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1185,126,0 chrIV 111521 . T C 3498.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=26.30;SB=-1.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3498,366,0 chrIV 111716 . C T 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.25;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1414,141,0 chrIV 112605 . T C 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.75;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1361,141,0 chrIV 112809 . T C 1815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.53;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1848,195,0 chrIV 113334 . A G 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=18.26;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1275,135,0 chrIV 113346 . C T 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=18.14;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1176,120,0 chrIV 113458 . G A 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=26.51;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1836,180,0 chrIV 113472 . A T 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=23.13;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1259,123,0 chrIV 113547 . G A 607 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=19.58;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:640,69,0 chrIV 113548 . T A 636 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=20.52;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:669,69,0 chrIV 113554 . T C 706 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=21.39;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:739,78,0 chrIV 114010 . T G 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=22.89;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1727,183,0 chrIV 114147 . C T 1861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=21.89;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1894,201,0 chrIV 114170 . T G 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=20.10;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1922,198,0 chrIV 114468 . C T 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=25.09;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1413,138,0 chrIV 114542 . T A 2094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=20.53;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2127,213,0 chrIV 114797 . T C 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=24.85;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1002,108,0 chrIV 115328 . T C 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=25.21;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1596,168,0 chrIV 115385 . C T 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.70;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1964,207,0 chrIV 115568 . C T 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=23.14;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:99:1005,105,0 chrIV 115939 . A G 2327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.76;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2360,246,0 chrIV 116482 . A G 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.76;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93:903,93,0 chrIV 116794 . G A 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=25.00;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1583,159,0 chrIV 117135 . T C 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=17.13;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1575,168,0 chrIV 117352 . G A 3516.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=20.09;SB=-1.895e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:175:99:3516,366,0 chrIV 117353 . G A 3660.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=21.03;SB=-2.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,173:174:99:3660,367,0 chrIV 117535 . G A 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=18.62;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1783,180,0 chrIV 117536 . G A 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=18.52;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1792,180,0 chrIV 117622 . T C 3423.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.323;DP=155;Dels=0.00;FS=7.065;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=22.08;ReadPosRankSum=2.418;SB=-1.817e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,153:155:99:3423,363,0 chrIV 117799 . C T 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.64;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1664,174,0 chrIV 117891 . T C 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=24.74;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1468,150,0 chrIV 117913 . A G 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=21.48;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1472,153,0 chrIV 117959 . C T 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.23;MQ0=0;QD=22.73;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1829,183,0 chrIV 118023 . A G 2161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DP=101;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=21.40;ReadPosRankSum=2.401;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:101:99:2194,228,0 chrIV 118053 . G A 2267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=22.45;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2300,231,0 chrIV 118130 . A G 2138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=99;Dels=0.00;FS=9.632;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.425;QD=21.60;ReadPosRankSum=2.400;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:2171,231,0 chrIV 118971 . T C 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.93;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1775,189,0 chrIV 119301 . G A 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=24.05;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1356,138,0 chrIV 119568 . C T 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.62;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1518,153,0 chrIV 119603 . A G 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=85;Dels=0.00;FS=3.115;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.650;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:1787,186,0 chrIV 120852 . G T 3111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:3144,316,0 chrIV 121089 . C T 3918.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=22.39;SB=-2.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:175:99:3918,414,0 chrIV 121098 . A G 3460.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=22.61;SB=-1.739e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:3460,363,0 chrIV 121296 . G A 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=21.96;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2053,210,0 chrIV 121593 . G A 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=18.89;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1280,138,0 chrIV 121624 . T C 1436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1469,150,0 chrIV 121990 . C T 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.98;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1187,120,0 chrIV 122142 . T C 1760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.253;DP=80;Dels=0.00;FS=9.372;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=22.00;ReadPosRankSum=3.343;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:80:99:1793,189,0 chrIV 122163 . C T 1980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=23.29;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2013,201,0 chrIV 122524 . G A 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=24.14;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1554,165,0 chrIV 122546 . G A 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=19.71;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1314,144,0 chrIV 122569 . A G 1360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=22.30;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1393,144,0 chrIV 122596 . A G 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=23.03;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1760,183,0 chrIV 122629 . C T 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.91;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1522,156,0 chrIV 122656 . T C 1560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=23.28;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1593,165,0 chrIV 122724 . G A 2173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=20.89;ReadPosRankSum=1.562;SB=-1.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2206,225,0 chrIV 123113 . C A 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=20.30;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1251,135,0 chrIV 123193 . C A 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.47;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:987,99,0 chrIV 123559 . A G 469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=16.75;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:51:502,51,0 chrIV 123695 . G T 3153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:139:99:3186,345,0 chrIV 123745 . A G 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1680,177,0 chrIV 124321 . C T 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=23.57;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1612,168,0 chrIV 124630 . A G 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=25.23;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:815,84,0 chrIV 124666 . C T 471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.09;MQ0=0;QD=14.72;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:51:504,51,0 chrIV 125130 . T C 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=26.25;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1477,150,0 chrIV 126981 . C T 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.05;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:854,84,0 chrIV 127476 . T C 382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.11;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:42:415,42,0 chrIV 129270 . G A 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=26.54;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1758,177,0 chrIV 130086 . T G 3483.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=141;Dels=0.00;FS=11.245;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.508;QD=24.70;ReadPosRankSum=2.415;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,139:141:99:3483,363,0 chrIV 130517 . G T 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=20.24;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2219,225,0 chrIV 130640 . G A 1448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.35;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1481,147,0 chrIV 130711 . G A 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=23.32;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:966,99,0 chrIV 130869 . C A 1904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.64;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:88:99:1937,198,0 chrIV 130934 . T G 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=23.12;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1536,162,0 chrIV 130967 . C A 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=19.32;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1173,120,0 chrIV 131075 . C T 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=22.39;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1421,147,0 chrIV 131512 . A G 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1763,183,0 chrIV 131626 . T C 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=21.51;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1732,183,0 chrIV 131677 . C T 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=20.06;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1297,132,0 chrIV 131889 . C T 2692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=24.70;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2725,279,0 chrIV 132259 . G A 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=19.99;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1372,135,0 chrIV 132280 . G A 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=18.69;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1472,150,0 chrIV 132292 . A G 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=17.33;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1298,135,0 chrIV 132560 . G A 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.53;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:700,78,0 chrIV 132709 . C A 671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=20.33;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:704,72,0 chrIV 132747 . T A 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=21.97;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:846,87,0 chrIV 133024 . C A 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=27.75;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1948,195,0 chrIV 133127 . A G 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.88;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:722,75,0 chrIV 133571 . A G 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.61;MQ0=0;QD=22.50;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1158,126,0 chrIV 134051 . T C 603 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.74;MQ0=4;QD=18.84;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:636,66,0 chrIV 134762 . C T 3675.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=18.01;SB=-2.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,204:204:99:3675,387,0 chrIV 135397 . T C 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=19.20;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:897,99,0 chrIV 136940 . A G 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=20.99;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1796,189,0 chrIV 136987 . G A 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=17.16;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1303,138,0 chrIV 137047 . G A 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=18.08;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1678,180,0 chrIV 137158 . C T 3080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=24.25;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:3113,318,0 chrIV 137357 . T C 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=20.63;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1374,144,0 chrIV 137498 . C T 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.32;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1132,114,0 chrIV 138066 . A C 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=24.80;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1496,159,0 chrIV 139681 . C A 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.09;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1984,210,0 chrIV 140094 . G A 1945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=20.69;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1978,198,0 chrIV 140397 . A G 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.34;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1463,153,0 chrIV 140808 . T C 2208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.694;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2241,231,0 chrIV 140835 . A C 1949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=24.36;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1982,201,0 chrIV 140862 . C T 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=20.51;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1079,108,0 chrIV 140967 . T C 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=21.88;ReadPosRankSum=1.628;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:81:755,81,0 chrIV 141831 . G T 2468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2501,255,0 chrIV 142408 . A G 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=23.42;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1555,162,0 chrIV 143626 . C T 2952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=26.12;SB=-1.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2985,303,0 chrIV 143902 . C G 4429.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=24.88;SB=-1.828e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:178:99:4429,463,0 chrIV 145686 . A G 2572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=133;Dels=0.00;FS=2.850;HaplotypeScore=5.7214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=19.34;ReadPosRankSum=2.263;SB=-1.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:133:99:2605,267,0 chrIV 145687 . T G 2444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.311;DP=131;Dels=0.00;FS=1.877;HaplotypeScore=4.4034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=18.66;ReadPosRankSum=2.696;SB=-1.421e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:131:99:2477,267,0 chrIV 145805 . T A 2815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=104.1962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=25.13;SB=-1.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2848,285,0 chrIV 146231 . T A 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=16.00;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:657,66,0 chrIV 146675 . A C 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=51;Dels=0.00;FS=4.065;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=21.75;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1142,120,0 chrIV 146729 . A G 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.53;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1325,141,0 chrIV 147362 . C T 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:54:520,54,0 chrIV 147377 . T C 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=20.62;ReadPosRankSum=1.432;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:24:57:528,57,0 chrIV 147467 . G A 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.70;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:714,72,0 chrIV 147548 . A G 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=17.78;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:904,96,0 chrIV 147986 . T C 529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=18.24;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:562,60,0 chrIV 148010 . T G 390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=13.93;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:423,45,0 chrIV 148141 . C G 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=18.66;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:630,66,0 chrIV 148274 . T C 375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=25;Dels=0.00;FS=4.949;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=15.00;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:42:408,42,0 chrIV 148598 . A T 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=25.50;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1104,114,0 chrIV 148745 . C T 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1751,192,0 chrIV 148986 . T C 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=19.22;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1167,123,0 chrIV 149003 . C T 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=18.79;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1762,204,0 chrIV 149500 . A G 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=53;Dels=0.00;FS=6.451;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=20.91;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1141,101,0 chrIV 149608 . G A 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.85;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:75:707,75,0 chrIV 149689 . T C 581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=20.03;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:614,66,0 chrIV 150172 . A G 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:701,75,0 chrIV 150223 . A G 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:93:869,93,0 chrIV 150307 . A G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.94;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1064,111,0 chrIV 150382 . G C 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=24.07;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1092,114,0 chrIV 150553 . A G 2284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=87;Dels=0.00;FS=3.206;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=26.25;ReadPosRankSum=1.260;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:2317,240,0 chrIV 150658 . A G 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.59;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:832,90,0 chrIV 150838 . T C 2393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.99;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:2426,255,0 chrIV 154611 . A G 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1746,183,0 chrIV 155343 . G T 1615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.53;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1648,165,0 chrIV 155368 . C A 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=88;Dels=0.00;FS=3.782;HaplotypeScore=5.6543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.329;QD=19.10;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1714,189,0 chrIV 155835 . T C 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=25.57;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1388,144,0 chrIV 155900 . G A 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.15;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1539,171,0 chrIV 156473 . T C 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=23.52;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1538,165,0 chrIV 156591 . G A 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=20.09;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1178,117,0 chrIV 157424 . T C 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=25.09;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1187,126,0 chrIV 157757 . C T 2447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=24.47;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2480,252,0 chrIV 157945 . A G 2012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.73;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2045,213,0 chrIV 158137 . G A 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=26.12;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1914,189,0 chrIV 158154 . G A 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=22.53;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1362,138,0 chrIV 158331 . T G 2341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=17.21;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2374,249,0 chrIV 158474 . T C 2371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DP=120;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=19.76;ReadPosRankSum=2.408;SB=-1.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:120:99:2404,246,0 chrIV 158505 . T A 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=19.15;SB=-1.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1814,183,0 chrIV 158510 . T C 1716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=95;Dels=0.00;FS=3.343;HaplotypeScore=4.3183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=18.06;ReadPosRankSum=1.550;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:1749,180,0 chrIV 158749 . C T 3332.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=23.46;SB=-1.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:142:99:3332,340,0 chrIV 158966 . T C 2537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=132;Dels=0.00;FS=3.212;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=19.22;ReadPosRankSum=1.548;SB=-1.663e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:132:99:2570,254,0 chrIV 158981 . A C 2955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.417;DP=154;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=1.771;QD=19.19;ReadPosRankSum=2.417;SB=-2.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,150:154:99:2988,315,0 chrIV 159017 . A G 3163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.235;DP=164;Dels=0.00;FS=12.641;HaplotypeScore=9.1342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=19.29;ReadPosRankSum=3.043;SB=-2.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,160:164:99:3196,330,0 chrIV 159190 . A G 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=67;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=6.0796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=23.72;ReadPosRankSum=0.804;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:67:99:1622,148,0 chrIV 159238 . C A 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=22.01;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2036,213,0 chrIV 159284 . A C 2496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=22.49;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2529,273,0 chrIV 159315 . G A 2719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2752,294,0 chrIV 159428 . T C 1995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=83;Dels=0.00;FS=5.519;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.866;QD=24.04;ReadPosRankSum=2.794;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2028,207,0 chrIV 159513 . T C 2144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=91;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=23.56;ReadPosRankSum=1.618;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2177,234,0 chrIV 159602 . C G 2589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.75;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:2622,279,0 chrIV 159954 . T C 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DP=80;Dels=0.00;FS=12.192;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=23.89;ReadPosRankSum=2.912;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:1944,201,0 chrIV 160523 . A G 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=24.42;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1596,168,0 chrIV 160552 . G A 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.96;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1342,132,0 chrIV 160643 . C T 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=22.05;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1290,132,0 chrIV 161006 . T C 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=24.41;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:985,102,0 chrIV 161007 . T C 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=24.15;ReadPosRankSum=1.646;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:999,102,0 chrIV 161421 . C T 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=17.06;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1466,156,0 chrIV 161584 . T C 3876.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=25.50;SB=-1.684e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:152:99:3876,406,0 chrIV 162718 . A T 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.34;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1870,192,0 chrIV 162819 . T C 1700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=21.25;ReadPosRankSum=1.646;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1733,186,0 chrIV 162933 . G A 1980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=21.52;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2013,201,0 chrIV 163031 . T C 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=105;Dels=0.00;FS=2.973;HaplotypeScore=9.4880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=19.24;ReadPosRankSum=2.355;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:105:99:2053,207,0 chrIV 163217 . G A 2500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:2533,267,0 chrIV 163327 . C A 4179.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=19.08;SB=-1.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,219:219:99:4179,450,0 chrIV 163443 . G C 2171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=23.10;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2204,234,0 chrIV 163644 . G A 2290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=19.57;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2323,246,0 chrIV 163695 . A G 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.238;DP=93;Dels=0.00;FS=2.794;HaplotypeScore=9.6766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=18.52;ReadPosRankSum=2.344;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:1755,183,0 chrIV 163734 . A G 1791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1824,195,0 chrIV 163809 . A G 1566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=4.924;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.653;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.692;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1599,171,0 chrIV 163842 . C A 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.24;MQ0=0;QD=11.96;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1097,108,0 chrIV 163851 . G A 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.97;MQ0=0;QD=9.69;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:915,99,0 chrIV 163864 . A G 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=9.36;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:90:847,90,0 chrIV 163869 . C T 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=8.06;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:72:726,72,0 chrIV 163896 . G A 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.62;MQ0=0;QD=9.68;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:72:730,72,0 chrIV 163902 . G A 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=8.70;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:72:703,72,0 chrIV 163967 . A G 1762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=24.14;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1795,186,0 chrIV 165233 . G A 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=17.73;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:902,96,0 chrIV 165265 . A G 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.650;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:75:726,75,0 chrIV 165386 . T C 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=21.20;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:902,93,0 chrIV 165538 . A G 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.84;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1289,135,0 chrIV 165740 . T C 2050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=24.40;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2083,216,0 chrIV 166025 . T C 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.02;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1695,174,0 chrIV 166634 . T C 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=22.16;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1119,117,0 chrIV 169703 . G T 1193 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;QD=21.69;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1226,120,0 chrIV 170698 . G A 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=18.17;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1505,162,0 chrIV 170878 . G T 2930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=27.13;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2963,298,0 chrIV 172151 . A T 3533.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=143;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=6.3257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=24.71;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.926e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:143:99:3533,367,0 chrIV 172218 . T C 1996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=24.34;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:82:99:2029,213,0 chrIV 172282 . T C 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=16.31;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:87:816,87,0 chrIV 172513 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DP=54;Dels=0.00;FS=3.951;HaplotypeScore=8.9736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:460,0,348 chrIV 172558 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DP=59;Dels=0.00;FS=12.977;HaplotypeScore=5.4617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:585,0,457 chrIV 172570 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=63;Dels=0.00;FS=11.569;HaplotypeScore=3.9233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:614,0,514 chrIV 172805 . T A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:318,0,691 chrIV 172927 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;DP=71;Dels=0.00;FS=2.497;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.938;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:718,0,759 chrIV 172966 . G A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=69;Dels=0.00;FS=1.060;HaplotypeScore=5.5239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.399;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:681,0,614 chrIV 173380 . C T 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=25.02;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1659,171,0 chrIV 173416 . T C 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.278;DP=66;Dels=0.00;FS=15.197;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.277;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:655,0,671 chrIV 173461 . C A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=86;Dels=0.00;FS=5.533;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:86:99:664,0,835 chrIV 173563 . T C 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.084;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:826,0,745 chrIV 173776 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.297;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:84:99:677,0,947 chrIV 174089 . G A 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=102;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=8.2555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.255;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:102:99:884,0,1007 chrIV 174272 . T G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=74;Dels=0.00;FS=4.678;HaplotypeScore=9.6391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.341;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:539,0,596 chrIV 174369 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DP=76;Dels=0.00;FS=11.704;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:658,0,782 chrIV 174831 . C T 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;DP=99;Dels=0.00;FS=5.158;HaplotypeScore=13.8567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:99:99:1010,0,755 chrIV 174887 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=82;Dels=0.00;FS=0.833;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=8.29;ReadPosRankSum=2.022;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:710,0,932 chrIV 174905 . T C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;DP=82;Dels=0.00;FS=2.943;HaplotypeScore=9.0479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:683,0,875 chrIV 174995 . T C 849 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=13.48;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:882,99,0 chrIV 174996 . T C 791 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=12.76;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:96:824,96,0 chrIV 174998 . G T 789 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=12.73;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:96:822,96,0 chrIV 175067 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DP=71;Dels=0.00;FS=2.012;HaplotypeScore=10.4897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:421,0,650 chrIV 175307 . C G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;DP=72;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.102;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:678,0,763 chrIV 175406 . G A 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:773,0,696 chrIV 175412 . G T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.895;DP=77;Dels=0.00;FS=1.872;HaplotypeScore=5.6584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.192;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:77:99:684,0,767 chrIV 175529 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.211;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:426,0,557 chrIV 175731 . A C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.782;DP=47;Dels=0.00;FS=6.901;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:47:99:528,0,231 chrIV 175847 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=32;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.961;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:315,0,243 chrIV 175931 . T C 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=25;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:249,0,189 chrIV 175946 . C T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:210,0,251 chrIV 175994 . A G 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=31;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.795;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:31:99:254,0,255 chrIV 176019 . A G 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.89;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:60:570,60,0 chrIV 176064 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DP=29;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.820;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:262,0,183 chrIV 176273 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=47;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:47:99:462,0,462 chrIV 176423 . T C 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.61;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1027,108,0 chrIV 176496 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=46;Dels=0.00;FS=9.385;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.777;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:518,0,311 chrIV 176513 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;DP=45;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.134;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:421,0,336 chrIV 176519 . T C 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.37;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:952,96,0 chrIV 176628 . C T 2629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=27.97;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2662,267,0 chrIV 176919 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=85;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=6.76;ReadPosRankSum=2.863;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:605,0,560 chrIV 177157 . C G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=68;Dels=0.00;FS=10.531;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.408;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:452,0,599 chrIV 177160 . T C 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=19.63;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1250,132,0 chrIV 177363 . A G 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=3.438;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=22.25;ReadPosRankSum=1.570;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1457,150,0 chrIV 177633 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:299,0,400 chrIV 177780 . T C 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1765,186,0 chrIV 177807 . C T 1998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=21.96;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2031,201,0 chrIV 178267 . A C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.607;DP=83;Dels=0.00;FS=2.940;HaplotypeScore=10.5429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=5.31;ReadPosRankSum=-2.891;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:83:99:471,0,763 chrIV 178389 . G A 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=24.39;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1960,195,0 chrIV 178453 . T G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=103;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=7.8527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,40:103:99:644,0,1012 chrIV 178489 . C G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=91;Dels=0.00;FS=6.057;HaplotypeScore=13.8399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.211;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:628,0,716 chrIV 178580 . A C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.314;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.178;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:62:99:554,0,753 chrIV 178909 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=1.796;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:544,0,552 chrIV 178930 . G A 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=21.50;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1409,150,0 chrIV 179020 . T C 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.656;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,40:104:99:784,0,1077 chrIV 179105 . C A 1904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=22.67;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1937,195,0 chrIV 179134 . C T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=85;Dels=0.00;FS=20.684;HaplotypeScore=6.3489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:571,0,974 chrIV 179240 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=79;Dels=0.00;FS=13.926;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.597;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:79:99:612,0,806 chrIV 179245 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=81;Dels=0.00;FS=9.328;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:784,0,596 chrIV 179328 . G C 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=24.17;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1628,168,0 chrIV 179480 . G A 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.419;DP=89;Dels=0.00;FS=13.709;HaplotypeScore=3.4849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.939;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:89:99:689,0,1121 chrIV 179487 . C G 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=24.34;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2175,225,0 chrIV 179632 . C T 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=3.318;HaplotypeScore=3.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=21.12;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1596,162,0 chrIV 179651 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=84;Dels=0.00;FS=11.333;HaplotypeScore=10.1394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=5.38;ReadPosRankSum=2.048;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:84:99:482,0,640 chrIV 179674 . G T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.887;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:601,0,692 chrIV 179696 . A C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;DP=83;Dels=0.00;FS=7.354;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:529,0,922 chrIV 179714 . A C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DP=78;Dels=0.00;FS=7.890;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.554;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:472,0,826 chrIV 179755 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.703;DP=87;Dels=0.00;FS=4.190;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.901;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:87:99:597,0,992 chrIV 179843 . C T 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DP=96;Dels=0.00;FS=1.664;HaplotypeScore=7.1665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.886;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:985,0,735 chrIV 179995 . A G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DP=86;Dels=0.00;FS=1.877;HaplotypeScore=7.3263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:86:99:706,0,766 chrIV 180067 . G A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=99;Dels=0.00;FS=2.655;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=8.23;ReadPosRankSum=2.290;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:99:99:845,0,934 chrIV 180071 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=98;Dels=0.00;FS=5.059;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=8.03;ReadPosRankSum=2.292;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:817,0,973 chrIV 180086 . G A 2489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=22.83;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:2522,267,0 chrIV 180121 . G A 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.42;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2238,240,0 chrIV 180183 . G A 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.667;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,59:98:99:1102,0,656 chrIV 180228 . A C 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.766;DP=84;Dels=0.00;FS=1.829;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:857,0,656 chrIV 180234 . A G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;DP=81;Dels=0.00;FS=4.371;HaplotypeScore=4.8106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:776,0,551 chrIV 180355 . G A 1176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.169;DP=113;Dels=0.00;FS=3.403;HaplotypeScore=9.2888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.871;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:113:99:1206,0,1007 chrIV 180382 . A G 2312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DP=105;Dels=0.00;FS=2.190;HaplotypeScore=5.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=22.02;ReadPosRankSum=2.549;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:2345,252,0 chrIV 180628 . A G 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DP=126;Dels=0.00;FS=1.538;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:126:99:1250,0,1036 chrIV 180644 . A C 2628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=21.02;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:125:99:2661,282,0 chrIV 180937 . G A 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=64;Dels=0.00;FS=10.191;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.383;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:642,0,525 chrIV 181049 . G A 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.722;DP=119;Dels=0.00;FS=21.172;HaplotypeScore=5.5485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.038;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:119:99:971,0,1234 chrIV 181978 . T G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.728;DP=62;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=3.4931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:288,0,702 chrIV 181988 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=62;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=4.8128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:324,0,597 chrIV 182019 . G C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=69;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.147;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:69:99:492,0,568 chrIV 182498 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;DP=69;Dels=0.00;FS=5.344;HaplotypeScore=3.2533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:69:99:595,0,471 chrIV 182600 . G C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DP=58;Dels=0.00;FS=7.340;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:546,0,473 chrIV 182859 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.056;DP=54;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=7.1553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:54:99:512,0,268 chrIV 183011 . C T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=63;Dels=0.00;FS=3.787;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.640;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,42:63:99:869,0,362 chrIV 183645 . C T 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=21.49;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:828,87,0 chrIV 183720 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=44;Dels=0.00;FS=4.442;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.235;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:397,0,400 chrIV 183726 . G A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=20.06;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1016,108,0 chrIV 183756 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.244;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:426,0,557 chrIV 183759 . G T 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=19.61;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1131,123,0 chrIV 183887 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.441;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:737,0,621 chrIV 183912 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.784;DP=78;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.255;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:638,0,654 chrIV 183975 . C T 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=19.24;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:918,93,0 chrIV 184169 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=52;Dels=0.00;FS=4.031;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:451,0,495 chrIV 184221 . A G 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=85;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=4.0491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=23.25;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:85:99:2009,210,0 chrIV 184320 . A G 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=25.40;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1735,180,0 chrIV 184697 . A T 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=181;Dels=0.00;FS=3.693;HaplotypeScore=7.5473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,66:181:99:1200,0,2350 chrIV 184893 . C T 2385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=25.37;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2418,243,0 chrIV 185023 . T C 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=115;Dels=0.00;FS=7.100;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.084;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,51:115:99:968,0,1221 chrIV 185188 . G A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DP=46;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:499,0,376 chrIV 185256 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=47;Dels=0.00;FS=11.685;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.830;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:558,0,416 chrIV 185428 . C T 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;DP=100;Dels=0.00;FS=5.072;HaplotypeScore=9.8888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=2.689;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:100:99:1108,0,657 chrIV 185449 . T C 525.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=88;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.678;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:555,0,930 chrIV 185452 . G A 413.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.169;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:86:99:443,0,924 chrIV 185458 . C G 354.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.774;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.495;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:384,0,849 chrIV 185528 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=60;Dels=0.00;FS=3.687;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.426;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:418,0,654 chrIV 185548 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=64;Dels=0.00;FS=3.549;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.962;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:399,0,788 chrIV 185567 . C T 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=21.01;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1588,165,0 chrIV 185597 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DP=78;Dels=0.00;FS=1.021;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.310;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.717;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:607,0,721 chrIV 185668 . C T 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:949,0,795 chrIV 185683 . T C 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=20.62;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1951,204,0 chrIV 185704 . A G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.882;DP=91;Dels=0.00;FS=5.326;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:794,0,822 chrIV 185746 . C T 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=20.77;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1757,180,0 chrIV 185783 . T C 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:684,0,733 chrIV 185908 . G A 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=96;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=8.7555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=2.938;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:861,0,854 chrIV 186151 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=49;Dels=0.00;FS=8.827;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.093;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:332,0,469 chrIV 186274 . T C 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.705;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:890,0,631 chrIV 186841 . C T 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=22.79;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1628,171,0 chrIV 187060 . C T 1244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=115;Dels=0.00;FS=0.725;HaplotypeScore=15.3423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.364;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,61:115:99:1274,0,1111 chrIV 187198 . G T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.991;DP=54;Dels=0.00;FS=5.948;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:359,0,439 chrIV 187216 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=49;Dels=0.00;FS=2.681;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:427,0,294 chrIV 187293 . A G 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.186;DP=42;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:280,0,479 chrIV 187299 . G A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=45;Dels=0.00;FS=8.659;HaplotypeScore=5.5413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.737;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:468,0,316 chrIV 187556 . C G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=73;Dels=0.00;FS=3.457;HaplotypeScore=5.7493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:73:99:649,0,950 chrIV 187696 . G T 1320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.566;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,72:162:99:1350,0,1839 chrIV 187789 . C T 1507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.970;DP=166;Dels=0.00;FS=2.724;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.507;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,82:166:99:1537,0,1543 chrIV 188103 . C G 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.777;DP=106;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=7.8469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:106:99:1031,0,853 chrIV 188150 . T C 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=8.53;ReadPosRankSum=2.098;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:85:99:755,0,745 chrIV 188469 . T C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;DP=65;Dels=0.00;FS=2.052;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:812,0,504 chrIV 188774 . C T 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;DP=107;Dels=0.00;FS=17.214;HaplotypeScore=5.0279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.022;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:107:99:1007,0,996 chrIV 189502 . C T 2866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=25.59;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2899,295,0 chrIV 189732 . G A 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=18.96;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1834,186,0 chrIV 190116 . G C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.750;DP=48;Dels=0.00;FS=2.553;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:419,0,451 chrIV 190140 . G A 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=17.53;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1155,120,0 chrIV 190212 . C A 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=17.81;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1137,111,0 chrIV 190248 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.398;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:256,0,459 chrIV 190497 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:256,0,341 chrIV 190604 . T G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.236;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:51:99:447,0,443 chrIV 190764 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=58;Dels=0.00;FS=5.073;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:606,0,587 chrIV 190810 . C T 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1245,132,0 chrIV 190888 . C G 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=25.81;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1530,162,0 chrIV 191044 . G C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=64;Dels=0.00;FS=4.987;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.658;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:461,0,575 chrIV 191112 . A G 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.59;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1130,117,0 chrIV 191355 . G A 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=23.78;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1341,144,0 chrIV 192247 . T C 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=23.03;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1484,156,0 chrIV 192278 . G C 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.14;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1671,174,0 chrIV 192319 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.247;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:701,0,824 chrIV 192451 . G A 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=23.03;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1622,177,0 chrIV 192473 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;DP=52;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.637;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:581,0,443 chrIV 192839 . C T 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=24.75;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1939,204,0 chrIV 193043 . A G 2424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=118;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=3.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=20.54;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.593e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2457,255,0 chrIV 193103 . C T 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;QD=18.49;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2122,216,0 chrIV 193107 . T C 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:1968,204,0 chrIV 193118 . A G 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=15.53;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:1757,180,0 chrIV 193121 . C T 1814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=16.49;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:1847,189,0 chrIV 193154 . T C 2113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.939;DP=114;Dels=0.00;FS=6.100;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=18.54;ReadPosRankSum=2.939;SB=-1.519e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:114:99:2146,228,0 chrIV 193178 . C T 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;QD=19.52;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2005,207,0 chrIV 193214 . T A 2378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2411,255,0 chrIV 193229 . C T 2249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.09;MQ0=0;QD=16.42;SB=-1.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:2282,261,0 chrIV 193242 . T C 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.76;MQ0=0;QD=16.44;SB=-1.569e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:1973,210,0 chrIV 193254 . A G 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=16.20;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2010,216,0 chrIV 193364 . G A 4391.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=24.67;SB=-2.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:178:99:4391,442,0 chrIV 193567 . G A 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=19.67;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1764,186,0 chrIV 193568 . G A 1726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=19.61;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1759,189,0 chrIV 193583 . T C 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.673;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2099,205,0 chrIV 193595 . A G 2065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=16.93;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:122:99:2098,228,0 chrIV 193645 . T C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.718;DP=140;Dels=0.00;FS=5.746;HaplotypeScore=14.8203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.490;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,60:140:99:660,0,1369 chrIV 193723 . G A 3979.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.87;SB=-1.841e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3979,400,0 chrIV 194241 . T C 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=19.68;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2237,228,0 chrIV 194352 . A C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DP=56;Dels=0.00;FS=18.222;HaplotypeScore=5.4752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:470,0,364 chrIV 194353 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=54;Dels=0.00;FS=18.520;HaplotypeScore=5.4752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:467,0,378 chrIV 195095 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=78;Dels=0.00;FS=5.971;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=7.53;ReadPosRankSum=-2.210;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:617,0,607 chrIV 195098 . C T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=79;Dels=0.00;FS=5.756;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=7.82;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:648,0,612 chrIV 195160 . G A 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=21.25;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1542,168,0 chrIV 195231 . A T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=59;Dels=0.00;FS=18.006;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.636;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:447,0,705 chrIV 195366 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=43;Dels=0.00;FS=1.268;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=10.98;ReadPosRankSum=-2.024;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:43:99:502,0,327 chrIV 195463 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.304;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:523,0,339 chrIV 195859 . G A 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=29;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:199,0,260 chrIV 195920 . A G 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;DP=42;Dels=0.00;FS=15.562;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=2.071;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:254,0,469 chrIV 196014 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DP=52;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=3.3381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.028;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:416,0,507 chrIV 196443 . C T 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.503;DP=101;Dels=0.00;FS=3.743;HaplotypeScore=7.8414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:101:99:1100,0,844 chrIV 196482 . A G 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=100;Dels=0.00;FS=1.621;HaplotypeScore=7.9410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.256;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:100:99:976,0,868 chrIV 196790 . C A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.574;DP=84;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=6.40;ReadPosRankSum=2.499;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:84:99:568,0,937 chrIV 196806 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=76;Dels=0.00;FS=2.288;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:76:99:514,0,518 chrIV 196851 . A G 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=18.64;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1133,117,0 chrIV 197342 . C T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=49;Dels=0.00;FS=4.237;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.498;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:533,0,294 chrIV 197472 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.983;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:181,0,175 chrIV 197574 . G A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=27;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:218,0,220 chrIV 197883 . G C 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.905;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:55:99:717,0,385 chrIV 198420 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.500;DP=78;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:568,0,672 chrIV 198533 . C G 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;DP=113;Dels=0.00;FS=3.818;HaplotypeScore=4.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:113:99:982,0,786 chrIV 198571 . A G 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;DP=117;Dels=0.00;FS=1.832;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:117:99:940,0,851 chrIV 198656 . T C 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=79;Dels=0.00;FS=23.295;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=13.57;ReadPosRankSum=-3.103;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:1102,0,525 chrIV 198659 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=74;Dels=0.00;FS=23.165;HaplotypeScore=4.7389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.853;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:543,0,1049 chrIV 198734 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=35;Dels=0.00;FS=1.908;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.909;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:35:99:383,0,117 chrIV 198797 . G A 185.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DP=26;Dels=0.00;FS=9.432;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:26:99:215,0,286 chrIV 198950 . A T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;DP=71;Dels=0.00;FS=4.973;HaplotypeScore=7.1298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.700;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:460,0,709 chrIV 199259 . G A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.810;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:22:99:188,0,205 chrIV 199393 . G A 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.66;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1234,123,0 chrIV 199455 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DP=33;Dels=0.00;FS=7.877;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:376,0,252 chrIV 199642 . C T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.196;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:80:172,0,80 chrIV 199779 . A T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;DP=61;Dels=0.00;FS=3.854;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,42:61:99:697,0,364 chrIV 199794 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.803;DP=62;Dels=0.00;FS=3.618;HaplotypeScore=4.8553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.463;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:381,0,666 chrIV 199937 . A G 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=20.81;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:803,87,0 chrIV 200220 . C T 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.43;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:783,84,0 chrIV 200331 . C T 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:186,0,372 chrIV 200337 . C T 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=14.26;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:589,66,0 chrIV 200994 . T C 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DP=63;Dels=0.00;FS=3.548;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=7.08;ReadPosRankSum=3.282;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:476,0,697 chrIV 201039 . T C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DP=93;Dels=0.00;FS=6.007;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.773;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:888,0,958 chrIV 201393 . C T 1846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1879,195,0 chrIV 202117 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.713;DP=58;Dels=0.00;FS=9.576;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.728;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:409,0,708 chrIV 202127 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=54;Dels=0.00;FS=10.000;HaplotypeScore=5.0860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.596;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:378,0,521 chrIV 202229 . T G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;DP=73;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=4.2962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.720;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.231;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:609,0,589 chrIV 202448 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.529;DP=58;Dels=0.00;FS=5.356;HaplotypeScore=9.5464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:324,0,598 chrIV 202579 . T G 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.922;DP=87;Dels=0.00;FS=5.465;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:752,0,959 chrIV 202591 . A G 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.527;DP=86;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=7.2241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.727;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:587,0,1106 chrIV 202790 . A T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=43;Dels=0.00;FS=6.590;HaplotypeScore=6.1030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:376,0,319 chrIV 203446 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=41;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.013;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:424,0,184 chrIV 203647 . G T 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=14;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:60:147,0,60 chrIV 203795 . G A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;DP=59;Dels=0.00;FS=6.714;HaplotypeScore=9.3942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=12.41;ReadPosRankSum=2.132;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,39:59:99:762,0,319 chrIV 204077 . G A 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.426;DP=69;Dels=0.00;FS=2.069;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.726;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:69:99:793,0,403 chrIV 204271 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;DP=70;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=10.07;ReadPosRankSum=2.081;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:735,0,589 chrIV 204319 . T C 607.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=8.80;ReadPosRankSum=-2.466;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:637,0,603 chrIV 204322 . C T 642.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=8.79;ReadPosRankSum=-3.019;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:672,0,648 chrIV 204324 . C T 663.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=8.72;ReadPosRankSum=2.723;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:693,0,670 chrIV 204349 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DP=70;Dels=0.00;FS=1.980;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.461;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:556,0,622 chrIV 204361 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.691;DP=68;Dels=0.00;FS=2.063;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.208;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:68:99:603,0,500 chrIV 204469 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.867;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:799,0,807 chrIV 204557 . A C 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DP=79;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.287;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:79:99:817,0,524 chrIV 204805 . G A 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=23.08;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1556,156,0 chrIV 204898 . G A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;DP=90;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=7.8687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:892,0,736 chrIV 205310 . A G 2207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;DP=211;Dels=0.00;FS=18.442;HaplotypeScore=7.9803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.303;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,108:211:99:2237,0,1970 chrIV 205528 . T C 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.735;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:927,0,814 chrIV 205765 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.863;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:350,0,306 chrIV 205771 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=51;Dels=0.00;FS=4.520;HaplotypeScore=9.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=5.71;ReadPosRankSum=2.214;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:321,0,232 chrIV 205915 . G A 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:159,0,100 chrIV 206764 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=63;Dels=0.00;FS=7.329;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:63:99:538,0,569 chrIV 209791 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.498;DP=65;Dels=0.00;FS=1.069;HaplotypeScore=7.2727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.252;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:610,0,580 chrIV 210091 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=55;Dels=0.00;FS=4.292;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.778;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:436,0,279 chrIV 210594 . G A 461.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:491,0,297 chrIV 210686 . A T 213.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.345;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:243,0,180 chrIV 211126 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;DP=29;Dels=0.00;FS=3.119;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:316,0,190 chrIV 211275 . G A 611.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.761;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.588;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:641,0,357 chrIV 211301 . C T 583.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.269;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:55:99:613,0,289 chrIV 211370 . G A 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.790;DP=69;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:69:99:799,0,682 chrIV 211536 . C T 453.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.106;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:31:99:483,0,161 chrIV 211684 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;DP=48;Dels=0.00;FS=6.243;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.464;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:362,0,409 chrIV 211831 . A G 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=40;Dels=0.00;FS=1.420;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.976;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:40:99:166,0,337 chrIV 211876 . G T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=42;Dels=0.00;FS=9.509;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:269,0,423 chrIV 211916 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=44;Dels=0.00;FS=1.228;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:488,0,281 chrIV 211933 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.905;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:412,0,411 chrIV 211978 . T C 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=41;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=4.8721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.041;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:311,0,351 chrIV 212036 . T C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=7.18;ReadPosRankSum=2.505;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:389,0,489 chrIV 212222 . A G 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.119;QD=0.82;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,4:28:53:53,0,495 chrIV 212267 . A G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.037;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,4:25:59:59,0,382 chrIV 212303 . C T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.952;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:233,0,276 chrIV 212370 . A T 284.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.997;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.341;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:314,0,572 chrIV 212428 . T A 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;DP=27;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=9.9267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.363;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:78:78,0,224 chrIV 212616 . T C 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=55;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.604;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1224,129,0 chrIV 213112 . A G 273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.625;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:33:306,33,0 chrIV 213530 . C T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DP=48;Dels=0.00;FS=4.896;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.399;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,33:48:99:613,0,154 chrIV 213539 . C T 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=20.22;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:781,78,0 chrIV 213698 . C T 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=17.97;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1165,126,0 chrIV 214436 . C T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=55;Dels=0.00;FS=3.920;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:657,0,419 chrIV 214858 . C T 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=16.90;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:844,87,0 chrIV 214965 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=33;Dels=0.00;FS=3.681;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.909;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:33:99:407,0,127 chrIV 215003 . T C 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=23.00;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:792,81,0 chrIV 215004 . T C 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=22.88;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:788,81,0 chrIV 215138 . C G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=52;Dels=0.00;FS=1.160;HaplotypeScore=5.9286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:52:99:379,0,613 chrIV 215204 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=41;Dels=0.00;FS=4.781;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:285,0,320 chrIV 215207 . T G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;DP=39;Dels=0.00;FS=1.390;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:312,0,321 chrIV 215266 . G A 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=22.36;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1352,138,0 chrIV 215523 . T C 2359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=24.83;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2392,246,0 chrIV 215739 . C A 1973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.696;DP=227;Dels=0.00;FS=2.959;HaplotypeScore=7.9608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=4.172;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.588;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,102:227:99:2003,0,2522 chrIV 215967 . G C 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=18.25;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1420,153,0 chrIV 216140 . A G 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=96;Dels=0.00;FS=5.430;HaplotypeScore=11.8594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.627;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:795,0,813 chrIV 216293 . G T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;DP=45;Dels=0.00;FS=4.325;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:268,0,411 chrIV 216340 . G A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DP=32;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.496;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:238,0,307 chrIV 216341 . G A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=32;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:225,0,308 chrIV 216405 . A T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=60;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=7.3181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.023;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:573,0,570 chrIV 216465 . A G 3390.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=158;Dels=0.01;FS=3.151;HaplotypeScore=11.9272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.158;SB=-2.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:157:99:3390,324,0 chrIV 216541 . G A 1190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DP=119;Dels=0.00;FS=10.428;HaplotypeScore=13.8145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,73:119:99:1220,0,869 chrIV 217137 . A G 1137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;DP=152;Dels=0.00;FS=13.695;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.535;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,71:152:99:1167,0,1604 chrIV 217351 . G A 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.195;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:787,0,730 chrIV 217405 . C T 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=20.69;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1750,171,0 chrIV 217435 . A T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=89;Dels=0.00;FS=9.284;HaplotypeScore=17.1406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.573;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:608,0,742 chrIV 217557 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=85;Dels=0.00;FS=15.782;HaplotypeScore=41.7603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=1;MQRankSum=1.749;QD=6.66;ReadPosRankSum=-2.206;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:596,0,1020 chrIV 217696 . T C 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=70;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=8.0255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:70:99:826,0,555 chrIV 217745 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;DP=55;Dels=0.00;FS=1.062;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:457,0,639 chrIV 217775 . T A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=72;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.951;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:401,0,880 chrIV 217841 . T C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=87;Dels=0.00;FS=10.547;HaplotypeScore=15.7827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.801;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:672,0,721 chrIV 217904 . A G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;DP=65;Dels=0.00;FS=26.864;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.841;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:443,0,777 chrIV 217905 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=65;Dels=0.00;FS=23.605;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.20;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.735;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:469,0,733 chrIV 217975 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.025;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:79:99:748,0,556 chrIV 218065 . T C 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;DP=84;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=1;MQRankSum=0.506;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.170;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:801,0,875 chrIV 218512 . C T 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DP=84;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=11.8015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.32;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=9.94;ReadPosRankSum=-2.628;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:84:99:865,0,702 chrIV 218569 . T A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=111;Dels=0.00;FS=3.866;HaplotypeScore=14.5472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=1.992;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,42:111:99:622,0,1339 chrIV 218572 . A T 1310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DP=109;Dels=0.00;FS=5.171;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.670;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,69:109:99:1340,0,646 chrIV 218669 . T C 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.018;DP=102;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:867,0,1273 chrIV 218767 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.750;DP=74;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=5.6732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:823,0,609 chrIV 218923 . T C 2367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.13;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2400,255,0 chrIV 219175 . G A 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.17;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:647,66,0 chrIV 219303 . C G 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.946;DP=105;Dels=0.00;FS=0.765;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.548;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:105:99:1048,0,876 chrIV 219340 . C A 2511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=24.62;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2544,258,0 chrIV 219761 . T C 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.598;DP=101;Dels=0.00;FS=3.001;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:986,0,664 chrIV 220373 . G A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.407;DP=77;Dels=0.00;FS=2.476;HaplotypeScore=9.1799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQ0=1;MQRankSum=-4.944;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:77:99:307,0,876 chrIV 220385 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=80;Dels=0.00;FS=7.084;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQ0=1;MQRankSum=-6.121;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.338;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:203,0,983 chrIV 220433 . G A 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;DP=70;Dels=0.00;FS=2.247;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.19;MQ0=0;MQRankSum=-5.029;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:172,0,970 chrIV 220445 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DP=65;Dels=0.00;FS=1.041;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.989;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:321,0,754 chrIV 220463 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=73;Dels=0.00;FS=1.062;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.26;MQ0=1;MQRankSum=-2.181;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.605;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:478,0,714 chrIV 221090 . C A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;DP=59;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.253;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:578,0,611 chrIV 221175 . G A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=60;Dels=0.00;FS=4.146;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.163;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:259,0,742 chrIV 221471 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=44;Dels=0.00;FS=6.351;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.128;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:403,0,330 chrIV 221511 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.461;DP=44;Dels=0.00;FS=5.232;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:44:99:357,0,278 chrIV 221893 . C T 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=156;Dels=0.00;FS=1.336;HaplotypeScore=10.7662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,70:156:99:1062,0,1761 chrIV 221899 . T A 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DP=158;Dels=0.00;FS=5.037;HaplotypeScore=9.8307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,72:158:99:1118,0,1855 chrIV 221995 . G A 1246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;DP=122;Dels=0.00;FS=0.706;HaplotypeScore=4.4840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.124;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:99:1276,0,1213 chrIV 222025 . C A 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.174;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.569;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,62:135:99:1123,0,1400 chrIV 222073 . A G 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.343;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:890,0,1222 chrIV 222082 . A G 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=123;Dels=0.00;FS=2.044;HaplotypeScore=9.1348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.789;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,52:123:99:782,0,1365 chrIV 222257 . G A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=100;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.866;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:100:99:975,0,922 chrIV 222481 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=13.60;ReadPosRankSum=-1.864;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:42:99:601,0,234 chrIV 222741 . C A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;DP=63;Dels=0.00;FS=2.123;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:772,0,437 chrIV 222906 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.178;DP=60;Dels=0.00;FS=3.956;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.054;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:60:99:516,0,633 chrIV 223242 . G A 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=21.53;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1497,156,0 chrIV 223377 . C T 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=23.17;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1701,183,0 chrIV 223821 . A C 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.504;DP=110;Dels=0.00;FS=4.712;HaplotypeScore=3.6557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:110:99:865,0,1302 chrIV 223847 . C G 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:811,0,709 chrIV 223943 . G A 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=25.04;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1435,144,0 chrIV 224112 . C T 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:60:99:1293,129,0 chrIV 224747 . G A 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:1095,0,899 chrIV 224809 . G A 2043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=24.61;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2076,210,0 chrIV 224854 . G A 2113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=24.86;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2146,213,0 chrIV 225248 . C T 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.75;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1719,171,0 chrIV 225458 . A G 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:985,0,1127 chrIV 225510 . C A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DP=85;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=5.7304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:685,0,999 chrIV 225743 . T C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=74;Dels=0.00;FS=0.906;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.513;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:74:99:359,0,814 chrIV 225919 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=53;Dels=0.00;FS=3.904;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.799;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:514,0,614 chrIV 226059 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.657;DP=46;Dels=0.00;FS=2.566;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:280,0,667 chrIV 226148 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.170;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:566,0,687 chrIV 226209 . C T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=61;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=10.2159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:523,0,536 chrIV 226314 . C T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:499,0,422 chrIV 226865 . G A 65.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=0.78;ReadPosRankSum=-2.221;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:83:95:95,0,963 chrIV 227035 . A G 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.74;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:90:829,90,0 chrIV 227115 . A G 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.424;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:141,0,146 chrIV 227127 . A G 256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=23.27;SB=-1.429e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:30:289,30,0 chrIV 227133 . C T 62.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.866;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:92:92,0,92 chrIV 227138 . G A 67.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.583;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:92:97,0,92 chrIV 227141 . G A 32.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.016;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.101;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:14:62:62,0,121 chrIV 227151 . G C 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=20;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.144;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.429;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:20:99:109,0,132 chrIV 227175 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=41;Dels=0.00;FS=3.304;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=3.271;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.250;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:338,0,301 chrIV 227285 . T A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=109;Dels=0.01;FS=9.040;HaplotypeScore=17.0201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-5.069;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:108:99:582,0,1039 chrIV 227289 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;DP=102;Dels=0.00;FS=10.910;HaplotypeScore=7.6288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.216;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:525,0,1075 chrIV 227299 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.692;DP=94;Dels=0.00;FS=12.922;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=-5.145;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:468,0,1112 chrIV 227300 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.113;DP=95;Dels=0.00;FS=15.323;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.825;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:95:99:440,0,1122 chrIV 227375 . T A 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DP=45;Dels=0.00;FS=4.829;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.998;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:158,0,631 chrIV 227641 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=51;Dels=0.00;FS=10.571;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.307;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:413,0,506 chrIV 228112 . T G 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=2;QD=19.00;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:69:660,69,0 chrIV 228430 . A G 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=49;Dels=0.00;FS=5.260;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=2;MQRankSum=1.659;QD=17.20;ReadPosRankSum=1.438;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:90:876,90,0 chrIV 228436 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=47;Dels=0.00;FS=1.295;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQ0=2;MQRankSum=-1.922;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.418;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:335,0,379 chrIV 228508 . G C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:432,0,629 chrIV 228626 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.128;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:548,0,362 chrIV 228856 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,42:66:99:754,0,285 chrIV 228893 . T C 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=20.12;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1381,147,0 chrIV 229033 . C T 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=19.59;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1659,174,0 chrIV 229042 . T C 1622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.896;DP=90;Dels=0.00;FS=6.130;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=18.02;ReadPosRankSum=2.850;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:90:99:1655,177,0 chrIV 229226 . C T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=72;Dels=0.00;FS=4.999;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:72:99:809,0,522 chrIV 229260 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;DP=57;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:500,0,436 chrIV 229467 . G A 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=25.05;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2237,231,0 chrIV 229690 . A C 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=20.98;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1774,186,0 chrIV 229702 . T C 1710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=19.43;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:1743,186,0 chrIV 229828 . G C 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;QD=19.24;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:1803,192,0 chrIV 229843 . A C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.423;DP=110;Dels=0.00;FS=1.625;HaplotypeScore=12.8474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.366;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:110:99:614,0,1192 chrIV 229868 . T A 2428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=104;Dels=0.00;FS=3.095;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=23.35;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2461,249,0 chrIV 230132 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=64;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=6.2246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.590;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:64:99:628,0,428 chrIV 230153 . A C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:663,0,795 chrIV 230620 . T A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.790;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:625,0,891 chrIV 230677 . T C 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=27.27;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:933,96,0 chrIV 230893 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=59;Dels=0.00;FS=3.838;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=2.043;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:415,0,619 chrIV 231253 . C T 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=11.47;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,54:78:99:925,0,364 chrIV 231260 . G A 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1808,189,0 chrIV 231317 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DP=102;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=2.129;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,41:102:99:617,0,1080 chrIV 231400 . A T 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.42;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1154,120,0 chrIV 231525 . A G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.494;DP=74;Dels=0.00;FS=6.182;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.393;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:624,0,772 chrIV 231562 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=86;Dels=0.00;FS=12.920;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=8.22;ReadPosRankSum=-2.103;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:737,0,834 chrIV 231593 . G A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=71;Dels=0.00;FS=10.851;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=10.11;ReadPosRankSum=-2.164;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:71:99:748,0,501 chrIV 231629 . A G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.646;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:683,0,959 chrIV 231806 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;DP=49;Dels=0.00;FS=6.285;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:49:99:579,0,312 chrIV 231960 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=79;Dels=0.00;FS=3.504;HaplotypeScore=6.2869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=8.81;ReadPosRankSum=2.451;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:726,0,815 chrIV 232043 . A T 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DP=20;Dels=0.00;FS=2.602;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.938;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:56:56,0,202 chrIV 232245 . C T 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=29;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:186,0,261 chrIV 232386 . C G 538.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.633;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:45:99:568,0,333 chrIV 232673 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:446,0,418 chrIV 232777 . C T 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=22.02;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1442,141,0 chrIV 232783 . G A 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=20.78;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1363,144,0 chrIV 232831 . T C 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=20.78;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:989,105,0 chrIV 232918 . T A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=53;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=1.9454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=2.518;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.592;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:450,0,442 chrIV 232936 . A G 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=18.23;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:890,90,0 chrIV 232994 . A G 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=22.47;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:752,78,0 chrIV 233071 . A C 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=20.83;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:93:887,93,0 chrIV 233134 . A G 372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=13.29;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:405,42,0 chrIV 233173 . G A 279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=10.33;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:33:312,33,0 chrIV 233198 . C T 345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=14.37;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:39:378,39,0 chrIV 233389 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=36;Dels=0.00;FS=5.077;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.118;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:307,0,266 chrIV 233551 . C A 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=27.35;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:963,99,0 chrIV 233563 . C A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=36;Dels=0.00;FS=3.775;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:36:99:448,0,315 chrIV 233636 . G A 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=18.32;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:766,78,0 chrIV 233727 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=44;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.196;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.322;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:378,0,388 chrIV 233865 . A C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=56;Dels=0.00;FS=1.201;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:56:99:425,0,568 chrIV 233915 . A C 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1194,126,0 chrIV 234088 . A C 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DP=81;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=10.3582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,45:81:99:1133,117,0 chrIV 234097 . A T 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=25.17;ReadPosRankSum=1.635;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1820,174,0 chrIV 234231 . C A 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=20.66;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2037,210,0 chrIV 234289 . G A 2513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=25.64;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2546,264,0 chrIV 234361 . T C 1726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=24.31;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1759,183,0 chrIV 234488 . T A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DP=69;Dels=0.00;FS=3.630;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.485;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:663,0,594 chrIV 234547 . C G 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.02;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1826,189,0 chrIV 234690 . G C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=46;Dels=0.00;FS=1.159;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:424,0,361 chrIV 234821 . C A 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;DP=133;Dels=0.00;FS=0.676;HaplotypeScore=11.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.256;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,56:133:99:1076,0,1613 chrIV 234968 . T C 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.350;DP=46;Dels=0.00;FS=3.074;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.13;ReadPosRankSum=1.751;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1051,111,0 chrIV 235223 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;DP=51;Dels=0.00;FS=10.823;HaplotypeScore=4.0904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.671;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:616,0,433 chrIV 235466 . T A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=56;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=2.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:395,0,680 chrIV 235604 . T C 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.43;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1019,108,0 chrIV 235676 . A G 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=22.80;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1036,108,0 chrIV 235902 . C G 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=24.39;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1106,111,0 chrIV 236074 . A G 2022 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.90;MQ0=0;QD=15.55;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2055,213,0 chrIV 236080 . T C 1816 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=14.30;ReadPosRankSum=2.372;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:127:99:1849,192,0 chrIV 236082 . A T 1781 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.74;MQ0=0;QD=14.13;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:1814,183,0 chrIV 236289 . A G 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=21.58;ReadPosRankSum=1.652;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1889,195,0 chrIV 236460 . T A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;DP=62;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=4.7441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:419,0,519 chrIV 236604 . C T 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=20.28;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:986,99,0 chrIV 236610 . A G 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.588;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:950,99,0 chrIV 236619 . T C 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=18.33;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:96:913,96,0 chrIV 236627 . G A 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=17.85;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1104,114,0 chrIV 236928 . A G 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=29;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=22.90;ReadPosRankSum=1.614;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:72:697,72,0 chrIV 237186 . A C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;DP=46;Dels=0.00;FS=6.176;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:323,0,305 chrIV 237219 . G A 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=14.49;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:75:685,75,0 chrIV 237312 . C T 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=17.70;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:81:741,81,0 chrIV 237441 . T G 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=17.66;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:651,69,0 chrIV 237522 . G A 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.90;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1029,102,0 chrIV 237570 . G A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=22.10;ReadPosRankSum=0.395;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1315,114,0 chrIV 237588 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=56;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:364,0,687 chrIV 237897 . G A 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=20.07;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:896,90,0 chrIV 238476 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=58;Dels=0.00;FS=2.370;HaplotypeScore=1.4450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:658,0,364 chrIV 238826 . G T 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.00;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:921,93,0 chrIV 239361 . G A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.127;DP=101;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=14.0458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=2.229;QD=9.04;ReadPosRankSum=-2.298;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:943,0,715 chrIV 239639 . A C 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=35;Dels=0.00;FS=1.480;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:216,0,356 chrIV 239853 . T C 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DP=61;Dels=0.00;FS=19.695;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.482;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:61:99:642,0,466 chrIV 239899 . A G 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=17.64;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:774,81,0 chrIV 239984 . C T 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.24;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:48:479,48,0 chrIV 240090 . T C 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=16.07;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81:756,81,0 chrIV 240232 . G A 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=23.51;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1632,162,0 chrIV 240258 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DP=51;Dels=0.00;FS=19.037;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.761;SB=-4.099e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:51:99:541,0,266 chrIV 240375 . G C 310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.85;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:343,36,0 chrIV 240480 . T C 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=20.68;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:674,72,0 chrIV 240564 . T G 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.44;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1239,129,0 chrIV 240647 . T C 867 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=22.23;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:900,93,0 chrIV 240655 . T C 254.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=38;Dels=0.00;FS=12.830;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.564;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:284,0,415 chrIV 240657 . A C 243.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;DP=38;Dels=0.00;FS=12.830;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.529;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:273,0,399 chrIV 240868 . G C 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=25.98;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1332,138,0 chrIV 241044 . T C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=25;Dels=0.00;FS=6.239;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:259,0,238 chrIV 241166 . G A 2245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=23.14;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2278,225,0 chrIV 241179 . C T 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.874;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:99:99:1003,0,815 chrIV 241206 . T C 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=109;Dels=0.00;FS=6.142;HaplotypeScore=6.9633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=20.69;ReadPosRankSum=2.405;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:2288,243,0 chrIV 241313 . A G 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=29;Dels=0.00;FS=3.512;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.060;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:29:86:86,0,271 chrIV 241739 . A G 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.885;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.655;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:240,0,231 chrIV 241816 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=27;Dels=0.00;FS=8.916;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.952;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:257,0,249 chrIV 241861 . T A 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=30;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.074;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:126,0,298 chrIV 241900 . T C 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.007;DP=38;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=3.5513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.095;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.175;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:108,0,415 chrIV 242001 . G C 170.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=6.80;SB=-2.371e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:21:203,21,0 chrIV 242056 . C A 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=38;Dels=0.00;FS=7.843;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.932;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:46:46,0,248 chrIV 242073 . A T 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=39;Dels=0.00;FS=1.303;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.605;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.833;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:59:59,0,307 chrIV 242081 . A C 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;DP=38;Dels=0.00;FS=1.290;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.787;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.881;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:96:96,0,241 chrIV 242141 . T C 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.190;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:116,0,251 chrIV 242142 . A T 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.980;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.231;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:118,0,262 chrIV 242179 . C A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.127;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:80:216,0,80 chrIV 242306 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;DP=27;Dels=0.00;FS=4.205;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.910;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.755;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:27:99:317,0,185 chrIV 242486 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=28;Dels=0.00;FS=3.876;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=1.843;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.691;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:241,0,272 chrIV 242941 . C G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.042;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.455;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:545,0,494 chrIV 242997 . G A 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=21.60;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1588,156,0 chrIV 243004 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=76;Dels=0.00;FS=16.988;HaplotypeScore=3.4231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.922;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:531,0,823 chrIV 243234 . A G 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.16;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1555,162,0 chrIV 243367 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;DP=37;Dels=0.00;FS=2.958;HaplotypeScore=3.3087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.250;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:274,0,222 chrIV 243379 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DP=40;Dels=0.00;FS=4.743;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:403,0,239 chrIV 243421 . C T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=46;Dels=0.00;FS=4.742;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.984;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:499,0,314 chrIV 243568 . G A 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=91;Dels=0.00;FS=21.937;HaplotypeScore=4.9874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=7.29;ReadPosRankSum=-3.133;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:693,0,1001 chrIV 243616 . C T 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=73;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.417;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:73:99:736,0,649 chrIV 243919 . T C 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DP=111;Dels=0.00;FS=1.579;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.720;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,42:111:99:768,0,1370 chrIV 243935 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DP=114;Dels=0.00;FS=0.714;HaplotypeScore=10.1756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.395;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,47:114:99:809,0,1298 chrIV 243985 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DP=114;Dels=0.00;FS=1.614;HaplotypeScore=8.1613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=2.007;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.927;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:114:99:786,0,1148 chrIV 244033 . G A 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=117;Dels=0.00;FS=0.745;HaplotypeScore=12.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:1058,0,972 chrIV 244138 . T G 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=21.36;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1678,177,0 chrIV 244150 . T C 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=22.22;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1788,186,0 chrIV 244177 . G T 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.79;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1779,192,0 chrIV 244397 . G A 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.213;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.717;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,59:119:99:1105,0,995 chrIV 244864 . G A 1330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.172;DP=116;Dels=0.00;FS=2.094;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:116:99:1360,0,1212 chrIV 245359 . C T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.889;DP=91;Dels=0.00;FS=8.842;HaplotypeScore=10.3101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.507;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.021;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:91:99:620,0,944 chrIV 246213 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=87;Dels=0.00;FS=4.389;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.243;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:640,0,1000 chrIV 246316 . T C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DP=94;Dels=0.00;FS=10.326;HaplotypeScore=6.6321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:787,0,1136 chrIV 246448 . G C 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;DP=124;Dels=0.00;FS=2.279;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:124:99:1057,0,1258 chrIV 246449 . T C 1258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.271;DP=126;Dels=0.00;FS=2.279;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=1.955;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.211;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,68:126:99:1288,0,1137 chrIV 246646 . T C 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.217;DP=128;Dels=0.00;FS=6.820;HaplotypeScore=10.2761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.452;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,53:128:99:773,0,1558 chrIV 246658 . G A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=118;Dels=0.00;FS=8.573;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.739;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,51:118:99:728,0,1492 chrIV 246664 . T G 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DP=115;Dels=0.00;FS=12.513;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.124;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.819;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,49:115:99:798,0,1396 chrIV 246743 . G C 2828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=19.50;ReadPosRankSum=0.327;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:145:99:2861,303,0 chrIV 246839 . A G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;DP=95;Dels=0.00;FS=1.689;HaplotypeScore=8.3161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:797,0,697 chrIV 246965 . T C 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;DP=74;Dels=0.00;FS=8.899;HaplotypeScore=8.5292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.988;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:602,0,588 chrIV 248088 . G A 2635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.78;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2668,282,0 chrIV 248500 . C T 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=130;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=4.0320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:130:99:1157,0,1406 chrIV 248513 . G C 3111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=24.50;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:3144,327,0 chrIV 248568 . T A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.874;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.755;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:265,0,997 chrIV 248573 . T C 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=76;Dels=0.00;FS=3.360;HaplotypeScore=4.9450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.933;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.371;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:213,0,995 chrIV 248586 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=63;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:358,0,668 chrIV 248600 . C G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=64;Dels=0.00;FS=3.466;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:475,0,644 chrIV 248899 . G A 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=24.90;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1477,150,0 chrIV 249264 . C T 3080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3113,324,0 chrIV 249432 . C T 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=19.40;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:906,90,0 chrIV 249508 . A G 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:106:99:1066,0,1108 chrIV 249541 . G A 1206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=128;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=8.5532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.485;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,62:128:99:1236,0,1389 chrIV 249574 . C A 1466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=131;Dels=0.00;FS=1.401;HaplotypeScore=8.7732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.053;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,71:131:99:1496,0,1175 chrIV 249579 . G A 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DP=133;Dels=0.00;FS=3.173;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:133:99:1282,0,1462 chrIV 249627 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;DP=80;Dels=0.00;FS=9.806;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:573,0,949 chrIV 249679 . T C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=53;Dels=0.00;FS=7.859;HaplotypeScore=4.7078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:53:99:394,0,511 chrIV 249699 . C T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;DP=42;Dels=0.00;FS=9.389;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.359;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:394,0,319 chrIV 249783 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=50;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:373,0,408 chrIV 249966 . T C 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=68;Dels=0.00;FS=8.727;HaplotypeScore=6.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:664,0,498 chrIV 250434 . G A 2239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=20.93;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:107:99:2272,231,0 chrIV 250440 . G A 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.094;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.602;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,61:110:99:1059,0,955 chrIV 250548 . T C 2948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=25.20;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2981,312,0 chrIV 250746 . A G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DP=55;Dels=0.00;FS=2.633;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:592,0,469 chrIV 251017 . G A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=20.29;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1433,156,0 chrIV 251082 . A G 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=19.65;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:976,102,0 chrIV 251097 . G A 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=16.65;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:982,99,0 chrIV 251115 . C T 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=17.31;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1037,102,0 chrIV 251292 . T C 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=106;Dels=0.00;FS=3.891;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:756,0,1108 chrIV 251443 . C T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=99;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=11.2013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.123;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:99:99:887,0,879 chrIV 251500 . T A 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;DP=84;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=3.9209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.266;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:846,0,752 chrIV 251506 . C T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=90;Dels=0.00;FS=4.038;HaplotypeScore=6.2210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.263;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:849,0,852 chrIV 251534 . C T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=2.140;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:849,0,919 chrIV 251630 . T A 2561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2594,279,0 chrIV 251673 . T C 2688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.767;DP=118;Dels=0.00;FS=8.097;HaplotypeScore=8.2399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=22.78;ReadPosRankSum=3.767;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,113:118:99:2721,285,0 chrIV 251943 . C G 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=114;Dels=0.00;FS=20.396;HaplotypeScore=6.5749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.595;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.591;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:114:99:968,0,1024 chrIV 252063 . T C 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=97;Dels=0.00;FS=3.635;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=21.66;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2134,222,0 chrIV 252202 . T A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=43;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:418,0,409 chrIV 252231 . C T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DP=57;Dels=0.00;FS=3.831;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.635;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:392,0,453 chrIV 252312 . C T 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=21.91;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1523,153,0 chrIV 252376 . A G 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.687;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1638,174,0 chrIV 252749 . G T 2892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.95;SB=-1.623e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:126:99:2925,292,0 chrIV 252925 . G A 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DP=102;Dels=0.00;FS=2.874;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:1105,0,983 chrIV 253388 . G A 3843.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=24.48;SB=-1.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:156:99:3843,385,0 chrIV 253390 . T C 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.553;DP=159;Dels=0.00;FS=4.932;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.749;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,63:159:99:1120,0,1966 chrIV 253602 . G A 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.206;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:83:99:1022,0,523 chrIV 253830 . A G 2123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=23.85;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2156,231,0 chrIV 253832 . T A 2041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2074,228,0 chrIV 253859 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=63;Dels=0.00;FS=2.070;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:476,0,546 chrIV 254130 . G A 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.585;DP=98;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.201;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:991,0,835 chrIV 254813 . T G 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=15.27;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1056,111,0 chrIV 254856 . A G 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=20.56;ReadPosRankSum=1.643;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1637,165,0 chrIV 254990 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;DP=88;Dels=0.00;FS=1.736;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.932;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:682,0,882 chrIV 255055 . C A,T 1337.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.96;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,38,29:67:99:1397,536,440,860,0,797 chrIV 255135 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:280,0,385 chrIV 255235 . A G 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.028;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:83:99:709,0,726 chrIV 255292 . C T 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=76;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=10.09;ReadPosRankSum=-2.484;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:797,0,668 chrIV 255364 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=2.457;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.982;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:698,0,655 chrIV 255481 . G A 992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=22.55;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1025,102,0 chrIV 255558 . A G 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.483;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:126:99:1076,0,1395 chrIV 255562 . A T 1360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.181;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:128:99:1390,0,1177 chrIV 255722 . C T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=68;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=5.21;ReadPosRankSum=-2.022;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,23:68:99:384,0,959 chrIV 255870 . C T 4694.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=26.37;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:178:99:4694,481,0 chrIV 255933 . C T 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=133;Dels=0.00;FS=4.165;HaplotypeScore=7.2793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=8.21;ReadPosRankSum=-2.113;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:133:99:1122,0,1511 chrIV 256111 . G A 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=88;Dels=0.00;FS=2.872;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:832,0,759 chrIV 256213 . T C 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.94;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1570,156,0 chrIV 256413 . A G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DP=32;Dels=0.00;FS=1.745;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.931;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:225,0,252 chrIV 256515 . G A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DP=72;Dels=0.00;FS=9.985;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:619,0,688 chrIV 256985 . T G 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;DP=75;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:591,0,755 chrIV 257200 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.595;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:867,0,1253 chrIV 257223 . G A 2384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=23.37;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2417,246,0 chrIV 257251 . C A 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=88;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:88:99:672,0,895 chrIV 257386 . C T 1204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.959;DP=106;Dels=0.00;FS=11.128;HaplotypeScore=11.9912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:1234,0,794 chrIV 257501 . T C 1343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:1373,0,1202 chrIV 257569 . G A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=87;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.441;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.285;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:763,0,801 chrIV 257584 . T C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=88;Dels=0.01;FS=5.454;HaplotypeScore=7.2390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.387;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.363;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:706,0,799 chrIV 257586 . G A,T 1741.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9824;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.72;MQ0=0;QD=20.48;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,41,44:85:99:1801,947,853,855,0,749 chrIV 257704 . G T 1203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=122;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=13.3369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,74:122:99:1233,0,777 chrIV 257828 . C T 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=79;Dels=0.00;FS=8.318;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:795,0,530 chrIV 257974 . G A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DP=53;Dels=0.00;FS=4.159;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:503,0,453 chrIV 257984 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=2.630;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.030;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:486,0,383 chrIV 258190 . T C 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=18.48;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:643,66,0 chrIV 258250 . G C 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=14.42;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:72:682,72,0 chrIV 258286 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.143;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:38:99:251,0,309 chrIV 258728 . G T 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.06;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:748,75,0 chrIV 258793 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=50;Dels=0.00;FS=12.063;HaplotypeScore=4.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:50:99:429,0,284 chrIV 258800 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=54;Dels=0.00;FS=12.766;HaplotypeScore=6.8378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:448,0,298 chrIV 258830 . C A 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.563;DP=84;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.610;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,53:84:99:929,0,545 chrIV 258881 . G A 1190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;DP=98;Dels=0.00;FS=3.883;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.608;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,60:98:99:1220,0,729 chrIV 259049 . G A 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=24.16;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1434,144,0 chrIV 259211 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DP=93;Dels=0.00;FS=8.355;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.443;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:741,0,821 chrIV 259359 . C A 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.811;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.484;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:106:99:1017,0,951 chrIV 259559 . C T 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=19.90;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:1904,179,0 chrIV 259624 . C G 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=100;Dels=0.00;FS=3.830;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.970;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:1166,0,822 chrIV 259676 . T C 2459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=23.64;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:104:99:2492,255,0 chrIV 259808 . A C 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.52;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1673,177,0 chrIV 259889 . G T 2603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=23.04;SB=-1.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:113:99:2636,267,0 chrIV 259996 . A T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:437,0,818 chrIV 260003 . A G 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.03;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1575,165,0 chrIV 260036 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:563,0,848 chrIV 260180 . T C 1858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1891,201,0 chrIV 260233 . A G 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DP=106;Dels=0.00;FS=0.727;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.749;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:106:99:944,0,1050 chrIV 260778 . T C 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=25.70;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1755,183,0 chrIV 260870 . A C 2054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.18;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2087,219,0 chrIV 260923 . C T 1064.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;DP=110;Dels=0.00;FS=3.534;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:110:99:1094,0,935 chrIV 261002 . T C 1965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=22.59;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1998,213,0 chrIV 261099 . A T 2352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=104;Dels=0.00;FS=3.458;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=22.62;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2385,243,0 chrIV 261140 . G C 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9360;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=22.80;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:2085,222,0 chrIV 261167 . T C 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=23.38;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1997,207,0 chrIV 261197 . A G 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=3.266;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.633;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1478,156,0 chrIV 261207 . T C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DP=69;Dels=0.00;FS=6.427;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:814,0,322 chrIV 261254 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.490;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.429;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:475,0,962 chrIV 261458 . C T 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=25.26;SB=-1.298e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:128:99:3265,331,0 chrIV 261620 . A G 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=20.99;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2006,210,0 chrIV 261627 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;DP=83;Dels=0.00;FS=2.943;HaplotypeScore=5.1230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:83:99:677,0,883 chrIV 261828 . T C 3515.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.912e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:157:99:3515,369,0 chrIV 262117 . A G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.269;DP=95;Dels=0.00;FS=6.601;HaplotypeScore=5.9826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.219;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:853,0,1084 chrIV 262128 . G A 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.419;DP=100;Dels=0.00;FS=6.471;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:100:99:945,0,1011 chrIV 262380 . C T 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.972;DP=79;Dels=0.00;FS=2.979;HaplotypeScore=5.7562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:830,0,713 chrIV 262660 . A G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=58;Dels=0.00;FS=9.576;HaplotypeScore=3.2851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:448,0,665 chrIV 262662 . G T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=60;Dels=0.00;FS=7.343;HaplotypeScore=4.8625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.938;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:518,0,612 chrIV 262793 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;DP=30;Dels=0.00;FS=9.661;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:445,0,156 chrIV 262975 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.716;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:570,0,518 chrIV 263532 . T A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.216;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=6.12;ReadPosRankSum=2.651;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:556,0,871 chrIV 263773 . T A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;DP=43;Dels=0.00;FS=4.769;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:549,0,257 chrIV 264134 . C G 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.64;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:75:714,75,0 chrIV 264197 . G A 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=17.63;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:791,87,0 chrIV 264290 . G A 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=24.05;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1476,147,0 chrIV 264370 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.064;DP=60;Dels=0.00;FS=6.196;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.212;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:60:99:478,0,781 chrIV 264828 . T G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;DP=77;Dels=0.00;FS=11.753;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.699;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:547,0,531 chrIV 265178 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=36;Dels=0.00;FS=3.145;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.633;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:268,0,439 chrIV 265445 . G A 388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=13.86;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:421,45,0 chrIV 265452 . T G 437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.11;MQ0=0;QD=16.81;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:470,51,0 chrIV 265606 . G T 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.42;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:451,48,0 chrIV 265841 . G A 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=25.54;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:69:697,69,0 chrIV 266053 . G A 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=25.87;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1689,171,0 chrIV 266248 . G A 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=22.08;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1645,177,0 chrIV 266302 . T C 1981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.85;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2014,213,0 chrIV 266398 . A G 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=19.73;SB=-1.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:2006,210,0 chrIV 266407 . A T 1910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=95;Dels=0.00;FS=3.664;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=20.11;ReadPosRankSum=1.658;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:1943,204,0 chrIV 266671 . G A 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=24.37;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1154,117,0 chrIV 266733 . A C 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=18.62;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:81:99:1541,162,0 chrIV 266739 . T C 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=90;Dels=0.00;FS=4.344;HaplotypeScore=7.9249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=16.23;ReadPosRankSum=1.692;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:90:99:1494,159,0 chrIV 266824 . T C 2113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=21.56;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:98:99:2146,222,0 chrIV 266920 . A G 805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=19.63;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:838,87,0 chrIV 267183 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=60;Dels=0.00;FS=1.025;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:445,0,585 chrIV 267316 . C T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=38;Dels=0.00;FS=1.293;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.370;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:221,0,386 chrIV 267359 . A T 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=22.78;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1195,120,0 chrIV 268132 . T C 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.94;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1685,174,0 chrIV 268432 . C T 3536.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=23.57;SB=-1.441e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:150:99:3536,364,0 chrIV 268580 . T C 1404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DP=112;Dels=0.00;FS=5.015;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,64:112:99:1434,0,1002 chrIV 268701 . A T 2661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=19.01;ReadPosRankSum=2.414;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,138:140:99:2694,270,0 chrIV 268714 . A G 2775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=18.38;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2808,294,0 chrIV 268735 . G T 3441.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.954e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:188:99:3441,372,0 chrIV 268855 . T C 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.869;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:946,0,846 chrIV 268919 . A G 1914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=22.00;ReadPosRankSum=2.077;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:1947,207,0 chrIV 269089 . G C 2797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=23.12;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:121:99:2830,300,0 chrIV 269283 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:842,0,647 chrIV 269350 . G A 2493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.46;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2526,270,0 chrIV 269406 . G A 2467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=25.17;SB=-1.255e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2500,249,0 chrIV 269496 . C G 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.308;DP=83;Dels=0.00;FS=112.926;HaplotypeScore=8.9020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=1.17;ReadPosRankSum=-5.751;SB=-6.498e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,26:83:99:127,0,886 chrIV 269517 . G T 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=58;Dels=0.00;FS=5.518;HaplotypeScore=8.8746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.368;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1100,114,0 chrIV 269544 . T G 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=20.11;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1340,144,0 chrIV 269772 . C T 2480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2513,264,0 chrIV 269891 . A G 591.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.543;DP=78;Dels=0.00;FS=8.076;HaplotypeScore=6.0217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.552;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:621,0,758 chrIV 269895 . T C 1784 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=23.17;ReadPosRankSum=1.687;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1817,192,0 chrIV 269898 . A C 585.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.432;DP=77;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=8.1399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.721;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:615,0,859 chrIV 270080 . T C 2834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=23.23;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2867,297,0 chrIV 270158 . C T 1477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.159;DP=152;Dels=0.01;FS=2.193;HaplotypeScore=15.6737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,86:150:99:1507,0,1140 chrIV 270174 . T C 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;DP=136;Dels=0.00;FS=4.647;HaplotypeScore=12.4655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.219;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,60:136:99:1018,0,1428 chrIV 270285 . G A 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=25.60;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:2030,198,0 chrIV 270858 . A C 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.762;DP=96;Dels=0.00;FS=8.488;HaplotypeScore=7.0697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:785,0,980 chrIV 270951 . A G 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.244;DP=146;Dels=0.00;FS=7.050;HaplotypeScore=8.6380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=2.106;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,73:146:99:1226,0,1227 chrIV 271119 . G A 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;DP=103;Dels=0.00;FS=1.582;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:103:99:1143,0,906 chrIV 271340 . G A 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;DP=83;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=4.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.388;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:798,0,754 chrIV 271431 . A T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.975;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.088;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:613,0,493 chrIV 271505 . T G 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;DP=84;Dels=0.00;FS=3.471;HaplotypeScore=5.0280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.242;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:84:99:751,0,666 chrIV 271629 . C G 2221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.68;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2254,231,0 chrIV 271671 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;DP=64;Dels=0.00;FS=7.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.475;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:633,0,683 chrIV 271787 . T G 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=32.3855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=2.412;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.360;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,38:60:99:731,0,228 chrIV 272291 . A G 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;DP=76;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=5.5546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.568;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:76:99:729,0,727 chrIV 272385 . A C 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=25.78;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2276,234,0 chrIV 272421 . A G 1991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=25.20;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2024,213,0 chrIV 272848 . G T 2773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.91;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2806,283,0 chrIV 272994 . G A 3037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.91;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:3070,313,0 chrIV 273139 . C A 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=21.33;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1142,114,0 chrIV 273171 . C T 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=19.41;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1081,111,0 chrIV 273273 . G A 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.74;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:925,93,0 chrIV 273339 . A G 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.87;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:618,66,0 chrIV 273764 . G A 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=20.49;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:791,81,0 chrIV 273848 . C T 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=27.26;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1096,111,0 chrIV 274059 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DP=41;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:227,0,475 chrIV 274409 . A T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;DP=46;Dels=0.00;FS=4.364;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:549,0,268 chrIV 274589 . T C 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.644;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1731,177,0 chrIV 274595 . G A 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=20.29;ReadPosRankSum=1.687;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:80:99:1656,150,0 chrIV 274672 . A G 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=51;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.663;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:51:99:1137,120,0 chrIV 274809 . A G 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=19.82;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:45:96:925,96,0 chrIV 274840 . C A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.472;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:578,0,505 chrIV 274870 . A C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1723,180,0 chrIV 274998 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DP=51;Dels=0.00;FS=3.546;HaplotypeScore=26.5722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.975;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:353,0,479 chrIV 275038 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=50;Dels=0.00;FS=1.319;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.553;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:403,0,352 chrIV 275070 . T A 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.347;DP=62;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=3.44;ReadPosRankSum=-2.543;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:243,0,531 chrIV 275118 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;DP=80;Dels=0.00;FS=1.919;HaplotypeScore=36.0449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.418;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:571,0,934 chrIV 275205 . A G 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=49;Dels=0.00;FS=5.763;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=22.29;ReadPosRankSum=1.662;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1125,117,0 chrIV 275289 . G C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=39;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.694;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:272,0,455 chrIV 275448 . T C 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=23.39;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1366,144,0 chrIV 275508 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;DP=51;Dels=0.00;FS=2.429;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.272;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:529,0,389 chrIV 275637 . A G 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=55;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=19.18;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1088,117,0 chrIV 275645 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.978;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:449,0,491 chrIV 275721 . T C 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=23.84;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:915,96,0 chrIV 275730 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DP=36;Dels=0.00;FS=1.546;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.285;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:492,0,226 chrIV 275859 . T C 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=56;Dels=0.00;FS=5.947;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,17:56:99:110,0,828 chrIV 275865 . A G 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;DP=59;Dels=0.00;FS=1.022;HaplotypeScore=6.3433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:147,0,756 chrIV 275877 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.963;DP=62;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:412,0,640 chrIV 276015 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DP=48;Dels=0.00;FS=4.057;HaplotypeScore=9.4460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=2.204;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:297,0,317 chrIV 276057 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=2.340;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.126;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:469,0,405 chrIV 276066 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.748;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:382,0,453 chrIV 276194 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=47;Dels=0.00;FS=6.632;HaplotypeScore=6.3231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.011;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:342,0,448 chrIV 276204 . G A 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=19.93;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:890,90,0 chrIV 276375 . T G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.230;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:403,0,657 chrIV 276645 . G A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.024;DP=48;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.623;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:499,0,137 chrIV 276677 . C A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=49;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=2.139;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:486,0,407 chrIV 276806 . G A 1555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.680;DP=154;Dels=0.00;FS=7.278;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.741;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,83:154:99:1585,0,1311 chrIV 276820 . G A 1579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=160;Dels=0.00;FS=14.801;HaplotypeScore=16.0950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.117;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,89:160:99:1609,0,1132 chrIV 276934 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.004;DP=64;Dels=0.00;FS=16.257;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=2.760;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:412,0,682 chrIV 277129 . G A 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=84;Dels=0.00;FS=3.177;HaplotypeScore=5.8488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:84:99:785,0,755 chrIV 277276 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.600;DP=64;Dels=0.00;FS=11.232;HaplotypeScore=7.3517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:64:99:626,0,535 chrIV 277603 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=51;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:625,0,341 chrIV 277642 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=63;Dels=0.00;FS=3.722;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:603,0,541 chrIV 277971 . C A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DP=81;Dels=0.00;FS=1.841;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=7.95;ReadPosRankSum=-2.201;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:81:99:674,0,653 chrIV 278280 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=67;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.997;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:731,0,654 chrIV 278671 . C T 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=19.35;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1523,153,0 chrIV 278692 . G A 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=21.37;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1465,153,0 chrIV 278971 . G A 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.80;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2091,222,0 chrIV 279031 . T C 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=21.60;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1545,159,0 chrIV 279220 . C G 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=63;Dels=0.00;FS=2.164;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:464,0,708 chrIV 279238 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.760;DP=82;Dels=0.00;FS=0.862;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.616;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:689,0,792 chrIV 279796 . C T 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.622;DP=81;Dels=0.00;FS=4.335;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.440;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:742,0,879 chrIV 280191 . T C 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.81;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1819,192,0 chrIV 280295 . T C 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.410;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.577;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:746,0,1118 chrIV 280298 . T A 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=7.83;ReadPosRankSum=2.411;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:774,0,1135 chrIV 280697 . C T 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=24.56;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1580,159,0 chrIV 280802 . A T 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=21.74;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1033,108,0 chrIV 280844 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;DP=39;Dels=0.00;FS=10.316;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:220,0,438 chrIV 280847 . G A 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=17.42;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:78:782,78,0 chrIV 280931 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DP=24;Dels=0.00;FS=10.020;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.077;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:24:99:241,0,189 chrIV 280934 . G A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;DP=28;Dels=0.00;FS=16.716;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:220,0,169 chrIV 280976 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;DP=29;Dels=0.00;FS=12.541;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.000;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:181,0,132 chrIV 281045 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=41;Dels=0.00;FS=2.883;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.670;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:299,0,405 chrIV 281207 . C T 789 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=20.23;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:822,87,0 chrIV 281210 . C T 757 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=0;QD=20.46;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:84:790,84,0 chrIV 281213 . G A 740 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.29;MQ0=0;QD=21.76;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:773,78,0 chrIV 281246 . T G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=39;Dels=0.00;FS=23.648;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.206;SB=-2.048e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:39:99:408,0,212 chrIV 281306 . C A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=20.83;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:762,84,0 chrIV 281314 . C T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DP=37;Dels=0.00;FS=4.957;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.173;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:278,0,385 chrIV 281327 . T C 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=20.32;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:602,63,0 chrIV 281392 . T C 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.96;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:564,57,0 chrIV 281405 . G C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=32;Dels=0.00;FS=5.402;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:312,0,136 chrIV 281474 . A G 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=21.13;ReadPosRankSum=0.649;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:62:99:1343,125,0 chrIV 281643 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=81;Dels=0.00;FS=3.215;HaplotypeScore=2.7130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:691,0,874 chrIV 281647 . A G 1815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=22.69;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1848,195,0 chrIV 281915 . G A 1441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=153;Dels=0.00;FS=2.146;HaplotypeScore=14.8385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=2.107;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.805;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,79:153:99:1471,0,1018 chrIV 281966 . T A 2936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.28;SB=-1.638e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2969,321,0 chrIV 282024 . T A 3080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.706;QD=23.51;ReadPosRankSum=1.309;SB=-1.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:131:99:3113,318,0 chrIV 282129 . A G 3902.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=25.34;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:154:99:3902,409,0 chrIV 282145 . G A 3476.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=24.14;SB=-1.317e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3476,375,0 chrIV 282844 . G A 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=17.80;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:852,87,0 chrIV 282856 . A G 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=14.72;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:87:813,87,0 chrIV 283024 . G A 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.62;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1330,132,0 chrIV 283309 . C T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DP=57;Dels=0.00;FS=10.500;HaplotypeScore=5.1348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:338,0,513 chrIV 283404 . T A 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;DP=137;Dels=0.00;FS=9.517;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,71:137:99:1271,0,1485 chrIV 283730 . A G 2135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=22.47;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:2168,228,0 chrIV 283742 . G A 2154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=23.93;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2187,225,0 chrIV 283794 . A C 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=20.05;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1497,159,0 chrIV 283814 . A G 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=20.92;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1581,165,0 chrIV 283830 . A G 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=19.68;ReadPosRankSum=1.674;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1194,126,0 chrIV 283896 . A G 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=18.43;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:844,87,0 chrIV 284033 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.489;DP=61;Dels=0.00;FS=3.515;HaplotypeScore=5.1287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:583,0,561 chrIV 284069 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.043;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:532,0,738 chrIV 284072 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.378;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:549,0,769 chrIV 284171 . C T 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=26.97;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1840,186,0 chrIV 284322 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.266;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:680,0,788 chrIV 284371 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.105;DP=70;Dels=0.00;FS=2.083;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.071;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:650,0,869 chrIV 284463 . A G 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;DP=131;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=16.0014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.564;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:131:99:1092,0,1000 chrIV 284500 . T C 1596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=174;Dels=0.00;FS=1.201;HaplotypeScore=12.6996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.441;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,91:174:99:1626,0,1420 chrIV 284539 . G A 1446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=160;Dels=0.00;FS=0.600;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.278;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,73:160:99:1476,0,1581 chrIV 284746 . C T 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;DP=89;Dels=0.00;FS=4.358;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.037;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:765,0,909 chrIV 285079 . A C 1173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=126;Dels=0.00;FS=2.797;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.723;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,55:126:99:1203,0,1276 chrIV 285215 . T C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=82;Dels=0.00;FS=9.179;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.666;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:722,0,748 chrIV 285457 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=96;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:96:99:807,0,736 chrIV 285472 . C T 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.375;DP=77;Dels=0.00;FS=1.863;HaplotypeScore=5.1208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:927,0,580 chrIV 285505 . A G 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=23.09;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2134,222,0 chrIV 285562 . G A 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DP=135;Dels=0.00;FS=1.477;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,70:135:99:1187,0,1337 chrIV 285568 . C T 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.563;DP=141;Dels=0.00;FS=0.675;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,71:141:99:1211,0,1308 chrIV 285994 . A C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;DP=48;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.919;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.392;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:394,0,476 chrIV 286258 . A G 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.10;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1447,150,0 chrIV 286630 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.993;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:459,0,248 chrIV 286925 . G A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.446;DP=42;Dels=0.00;FS=13.658;HaplotypeScore=1.6809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=1.736;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:394,0,215 chrIV 287409 . T C 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.82;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:616,63,0 chrIV 287439 . C T 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=16.11;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:48:484,48,0 chrIV 287535 . T C 521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.84;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:554,57,0 chrIV 287634 . G A 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=17.70;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:617,69,0 chrIV 288063 . G A 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=18.66;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:630,69,0 chrIV 288140 . G T 309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=16.26;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:36:342,36,0 chrIV 288549 . C T 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:603,63,0 chrIV 288597 . C T 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.64;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:877,93,0 chrIV 288618 . A G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.262;DP=52;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:454,0,484 chrIV 288636 . T G 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.269;DP=66;Dels=0.00;FS=5.014;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:66:99:479,0,638 chrIV 288667 . T G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=70;Dels=0.00;FS=9.994;HaplotypeScore=5.0035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=2.250;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:644,0,555 chrIV 288760 . C T 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.37;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:950,96,0 chrIV 288918 . C T 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=18.53;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:663,66,0 chrIV 288945 . G A 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.73;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1028,102,0 chrIV 289365 . G A 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=22.87;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1474,150,0 chrIV 289515 . T A 1132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.780;DP=103;Dels=0.00;FS=2.650;HaplotypeScore=6.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,60:103:99:1162,0,841 chrIV 289558 . T C 1179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=118;Dels=0.00;FS=7.140;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.094;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,60:118:99:1209,0,1074 chrIV 289917 . A T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;DP=110;Dels=0.00;FS=1.546;HaplotypeScore=16.9680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:758,0,1080 chrIV 290077 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=8.23;ReadPosRankSum=-2.832;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:74:99:639,0,696 chrIV 290079 . C T 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=22.09;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1668,177,0 chrIV 290715 . G C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;DP=42;Dels=0.00;FS=6.905;HaplotypeScore=5.4838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.315;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:334,0,384 chrIV 291018 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.284;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:46:99:457,0,249 chrIV 291204 . A G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.834;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:56:99:283,0,576 chrIV 291246 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.266;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:406,0,423 chrIV 291309 . G A 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=21.10;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1067,108,0 chrIV 291351 . G A 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=22.76;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1194,123,0 chrIV 291369 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.900;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.890;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:369,0,552 chrIV 291387 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.290;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.210;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:302,0,468 chrIV 291408 . A G 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=50;Dels=0.00;FS=2.498;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.121;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:50:99:350,0,395 chrIV 291582 . G A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.336;DP=68;Dels=0.00;FS=5.721;HaplotypeScore=8.7015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.910;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:628,0,708 chrIV 291726 . T A 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=16.43;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:84:789,84,0 chrIV 291738 . T C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=46;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.281;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.375;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:271,0,309 chrIV 291748 . C T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DP=50;Dels=0.00;FS=4.289;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.282;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:338,0,283 chrIV 291765 . C T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=54;Dels=0.00;FS=13.318;HaplotypeScore=8.1472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:54:99:319,0,375 chrIV 291846 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DP=67;Dels=0.00;FS=4.812;HaplotypeScore=9.5080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.044;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:623,0,581 chrIV 291889 . C T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DP=85;Dels=0.00;FS=5.564;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.506;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:719,0,806 chrIV 291961 . G A 1342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=130;Dels=0.00;FS=17.890;HaplotypeScore=10.8186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=6.561;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.014;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,71:130:99:1372,0,1153 chrIV 292005 . G A 1280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.782;DP=113;Dels=0.00;FS=11.359;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.14;MQ0=0;MQRankSum=-7.781;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,58:113:99:1310,0,1094 chrIV 292017 . T G 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.373;DP=106;Dels=0.00;FS=2.355;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=23.12;ReadPosRankSum=3.155;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:106:99:2484,267,0 chrIV 292036 . T C 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=72;Dels=0.00;FS=1.346;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.63;MQ0=0;MQRankSum=-5.955;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:981,0,504 chrIV 292139 . G A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=2.85;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,17:66:99:218,0,996 chrIV 292210 . G A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;DP=80;Dels=0.00;FS=1.884;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.791;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:80:99:783,0,783 chrIV 292219 . A G 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.362;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.709;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:802,0,926 chrIV 292273 . G A 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.381;DP=117;Dels=0.00;FS=12.248;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.768;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:117:99:930,0,1172 chrIV 292277 . A G 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;DP=113;Dels=0.00;FS=11.182;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.869;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:113:99:854,0,1172 chrIV 292317 . C T 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DP=134;Dels=0.00;FS=20.292;HaplotypeScore=66.1768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.867;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.761;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,76:134:99:1031,0,1068 chrIV 292351 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.269;DP=112;Dels=0.00;FS=4.830;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.593;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.085;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:529,0,1121 chrIV 292352 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.541;DP=113;Dels=0.00;FS=9.455;HaplotypeScore=7.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.10;MQ0=0;MQRankSum=-5.201;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:113:99:545,0,1166 chrIV 292402 . A G 1398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.149;DP=132;Dels=0.00;FS=28.795;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=2.168;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.201;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,71:132:99:1428,0,982 chrIV 292426 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.419;DP=113;Dels=0.00;FS=22.376;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,61:113:99:932,0,1085 chrIV 292428 . A G 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.888;DP=110;Dels=0.01;FS=12.020;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.088;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,57:109:99:910,0,1170 chrIV 292499 . G A 101.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=56;Dels=0.00;FS=13.085;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.039;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:131,0,608 chrIV 292500 . G A 111.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=56;Dels=0.00;FS=13.085;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.613;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:141,0,590 chrIV 292505 . T G 97.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;DP=58;Dels=0.00;FS=13.124;HaplotypeScore=2.4258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.540;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:127,0,592 chrIV 292517 . G A 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.60;MQ0=0;QD=15.88;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:986,99,0 chrIV 292555 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;DP=69;Dels=0.00;FS=9.076;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.428;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.760;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:363,0,683 chrIV 292574 . T A 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DP=70;Dels=0.00;FS=7.350;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.551;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.260;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:243,0,729 chrIV 292582 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;DP=82;Dels=0.00;FS=15.688;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.69;MQ0=0;MQRankSum=-6.236;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.118;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:323,0,989 chrIV 292597 . C T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=83;Dels=0.00;FS=20.921;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.949;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:398,0,971 chrIV 292605 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=86;Dels=0.00;FS=20.887;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.95;MQ0=0;MQRankSum=-5.423;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:425,0,957 chrIV 292611 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;DP=83;Dels=0.00;FS=20.987;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.32;MQ0=0;MQRankSum=-5.022;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.082;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:83:99:322,0,1016 chrIV 292625 . T G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=98;Dels=0.00;FS=20.025;HaplotypeScore=8.5983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.942;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:434,0,988 chrIV 292644 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.906;DP=95;Dels=0.00;FS=12.613;HaplotypeScore=3.3898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:488,0,936 chrIV 292751 . A G 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=22.79;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1674,174,0 chrIV 292776 . A G 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=17.88;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1070,114,0 chrIV 293191 . A T 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=40;Dels=0.00;FS=3.869;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=24.75;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:40:99:1023,111,0 chrIV 293951 . G A 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=89;Dels=0.00;FS=1.785;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:89:99:1091,0,547 chrIV 294427 . A G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DP=37;Dels=0.00;FS=1.438;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.353;QD=8.05;ReadPosRankSum=2.149;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:328,0,300 chrIV 294429 . T G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;DP=36;Dels=0.00;FS=1.438;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:271,0,355 chrIV 294517 . T C 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=104;Dels=0.00;FS=10.473;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=9.62;ReadPosRankSum=-2.425;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:104:99:1030,0,738 chrIV 294791 . C T 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.866;DP=80;Dels=0.00;FS=3.125;HaplotypeScore=4.4418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:798,0,905 chrIV 295157 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=52;Dels=0.00;FS=2.708;HaplotypeScore=5.8152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:485,0,269 chrIV 295338 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;DP=95;Dels=0.00;FS=8.660;HaplotypeScore=10.3100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.042;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:95:99:728,0,1119 chrIV 295469 . A G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.937;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:46:99:202,0,444 chrIV 295520 . T A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=39;Dels=0.00;FS=1.408;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.093;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.069;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:485,0,250 chrIV 295526 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=40;Dels=0.00;FS=7.610;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=12.13;ReadPosRankSum=2.678;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:515,0,280 chrIV 295789 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;DP=54;Dels=0.00;FS=2.503;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.223;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:475,0,529 chrIV 295928 . T C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=20.29;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1088,114,0 chrIV 295966 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;DP=40;Dels=0.00;FS=10.248;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.928;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:297,0,312 chrIV 296009 . C T 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=50;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:295,0,514 chrIV 296063 . G A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=75;Dels=0.00;FS=3.251;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=8.93;ReadPosRankSum=-2.055;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:700,0,588 chrIV 296415 . C T 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=17.97;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1219,123,0 chrIV 296793 . A G 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.621;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1365,141,0 chrIV 296817 . A G 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=21.87;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1520,162,0 chrIV 296942 . G A 1478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.42;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1511,159,0 chrIV 297184 . A G 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=21.09;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1657,177,0 chrIV 298579 . T C 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=19.36;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1679,174,0 chrIV 298866 . A G 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=43;Dels=0.00;FS=3.324;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=19.60;ReadPosRankSum=1.571;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:93:876,93,0 chrIV 299070 . A G 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.70;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1713,180,0 chrIV 299200 . C T 2278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.23;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2311,249,0 chrIV 299385 . T A 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=24.64;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2448,240,0 chrIV 299725 . A G 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.43;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2347,252,0 chrIV 299792 . G A 2011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=20.95;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2044,204,0 chrIV 300204 . A T 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.54;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1260,126,0 chrIV 300521 . C G 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=16.40;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:820,87,0 chrIV 300736 . T C 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.92;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:828,87,0 chrIV 300862 . C T 453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=20.59;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:486,48,0 chrIV 300983 . G T 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=18.86;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:87:844,87,0 chrIV 301024 . G A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=17.78;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:762,81,0 chrIV 301033 . G A 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=16.50;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:726,75,0 chrIV 301246 . C T 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.34;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:594,63,0 chrIV 301365 . A G 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=25.88;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:887,90,0 chrIV 301396 . A G 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.57;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:823,90,0 chrIV 301751 . T C 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.69;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:99:1009,105,0 chrIV 301888 . G A 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=20.20;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1164,117,0 chrIV 302207 . C T 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.78;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:691,75,0 chrIV 302250 . C T 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=20.70;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1192,129,0 chrIV 302429 . T G 2095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=26.52;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2128,225,0 chrIV 302474 . G A 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=21.85;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:929,93,0 chrIV 303051 . C A 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=21.52;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:48:485,48,0 chrIV 303088 . T A 435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=18.91;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:468,48,0 chrIV 303098 . A G 368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=16.00;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:401,42,0 chrIV 303104 . G C 341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=12.63;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:39:374,39,0 chrIV 303140 . C T 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=18.69;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:706,75,0 chrIV 303396 . C G 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.17;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:668,69,0 chrIV 303534 . C T 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=21.67;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:96:878,96,0 chrIV 303967 . G A 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.19;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1339,135,0 chrIV 304248 . C T 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=21.89;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:90:843,90,0 chrIV 304662 . C T 2304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=25.04;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2337,246,0 chrIV 304849 . T A 2226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=96;Dels=0.00;FS=3.711;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2259,225,0 chrIV 305411 . A G 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=46;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=21.65;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:87:1029,87,0 chrIV 305599 . G T 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.52;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1141,111,0 chrIV 306463 . C T 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.11;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1173,120,0 chrIV 306752 . T C 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.89;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:597,63,0 chrIV 307571 . C T 2578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=23.23;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2611,270,0 chrIV 307596 . G A 2126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.69;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2159,219,0 chrIV 307671 . A G 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=17.65;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:96:898,96,0 chrIV 307974 . C T 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;QD=18.88;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1430,150,0 chrIV 307984 . T C 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.01;MQ0=0;QD=19.43;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1354,144,0 chrIV 308212 . A C 2484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.86;MQ0=0;QD=18.40;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2517,261,0 chrIV 308238 . A G 1783 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.113;DP=125;Dels=0.00;FS=3.845;HaplotypeScore=3.9069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=14.26;ReadPosRankSum=4.013;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,119:125:99:1816,198,0 chrIV 308241 . C T 1774 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DP=120;Dels=0.00;FS=4.164;HaplotypeScore=2.9202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.75;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=14.78;ReadPosRankSum=1.674;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:1807,195,0 chrIV 308248 . T C 1690 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.30;MQ0=0;QD=14.44;SB=-1.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:1723,183,0 chrIV 308257 . G A 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.94;MQ0=0;QD=13.99;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1530,153,0 chrIV 308440 . T C 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2079,222,0 chrIV 309554 . G T 108.64 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=14;Dels=0.00;FS=8.129;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-2.764e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:14:5:138,0,5 chrIV 309607 . T C 227.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DP=24;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=60.8900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.589;SB=-1.296e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:4:258,4,0 chrIV 309630 . G A 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.96;MQ0=0;QD=14.41;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:51:523,51,0 chrIV 309716 . T A 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=43;Dels=0.00;FS=5.195;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=21.93;ReadPosRankSum=1.571;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:976,102,0 chrIV 310132 . T C 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=24.00;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1305,135,0 chrIV 310329 . A T 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.65;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1505,153,0 chrIV 310698 . T C 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1205,129,0 chrIV 311386 . A G 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.83;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1081,114,0 chrIV 311442 . T G 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.689;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1723,180,0 chrIV 311476 . A G 1934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1967,207,0 chrIV 311500 . A G 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.93;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1853,198,0 chrIV 311602 . G A 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=21.00;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:726,75,0 chrIV 311685 . C G 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=20.05;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:895,93,0 chrIV 311752 . C T 2027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=24.72;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2060,210,0 chrIV 311890 . T G 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=25.96;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1331,135,0 chrIV 312028 . T C 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=23.48;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1301,138,0 chrIV 312184 . C T 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=22.00;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1287,135,0 chrIV 312250 . T C 1922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.88;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:1955,201,0 chrIV 312391 . C T 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.44;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:869,87,0 chrIV 312431 . C T 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=14.96;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:75:706,75,0 chrIV 313108 . G A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=21.84;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1016,102,0 chrIV 314015 . T C 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=19.53;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:951,99,0 chrIV 317492 . A G 1969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=22.63;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:2002,207,0 chrIV 317652 . A G 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.444;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:973,102,0 chrIV 317822 . T A 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=22.56;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1770,177,0 chrIV 317913 . G T 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=23.05;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:886,87,0 chrIV 317937 . C T 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.39;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1063,108,0 chrIV 318023 . A G 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=21.22;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1200,123,0 chrIV 318193 . A G 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.631;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:78:715,78,0 chrIV 318317 . G A 1726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.64;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1759,177,0 chrIV 318398 . G A 1708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=24.75;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1741,174,0 chrIV 318563 . G A 1920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=24.30;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1953,213,0 chrIV 320548 . T C 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=78;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=5.3888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=24.24;ReadPosRankSum=2.386;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:78:99:1924,198,0 chrIV 320650 . C T 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=23.70;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2071,210,0 chrIV 320917 . A G 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=21.69;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1226,129,0 chrIV 321142 . A G 2968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=129;Dels=0.00;FS=6.620;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=23.01;ReadPosRankSum=2.392;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:129:99:3001,324,0 chrIV 322167 . A G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.017;DP=105;Dels=0.00;FS=9.514;HaplotypeScore=8.0603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.418;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:797,0,1230 chrIV 322563 . A T 2281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.28;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2314,243,0 chrIV 324593 . C T 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.94;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:984,102,0 chrIV 324892 . C T 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=24.42;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1816,180,0 chrIV 325079 . C A 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1692,180,0 chrIV 325302 . T C 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=1.681;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1476,153,0 chrIV 326534 . A C 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=41;Dels=0.00;FS=7.134;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=23.07;ReadPosRankSum=2.321;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:41:99:979,102,0 chrIV 327242 . G A 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.24;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:883,90,0 chrIV 327540 . G A 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=23.64;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1948,201,0 chrIV 328816 . A G 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.25;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1146,117,0 chrIV 328957 . A C 2688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=24.22;SB=-1.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2721,285,0 chrIV 329270 . G A 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=21.56;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1973,213,0 chrIV 329711 . G A 790 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=26.33;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81:823,81,0 chrIV 330288 . C T 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.41;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:584,63,0 chrIV 331393 . G C 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.60;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:777,78,0 chrIV 333204 . T C 3012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=26.42;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:3045,318,0 chrIV 334393 . T C 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.45;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:96:933,96,0 chrIV 335332 . A C 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=20.96;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:578,60,0 chrIV 335392 . A G 408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=19.43;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:45:441,45,0 chrIV 335410 . C T 291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=17.12;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:36:324,36,0 chrIV 335428 . C A 489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=21.26;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:51:522,51,0 chrIV 335476 . C T 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.46;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:790,84,0 chrIV 335524 . C T 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.16;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1726,186,0 chrIV 335650 . C T 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.32;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:40:99:966,99,0 chrIV 336884 . C G 2221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2254,231,0 chrIV 336922 . C G 2424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=20.72;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2457,255,0 chrIV 336943 . T C 2144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=21.02;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2177,231,0 chrIV 339391 . A G 1841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.45;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1874,198,0 chrIV 339743 . C T 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=20.12;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1562,162,0 chrIV 339880 . C T 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=18.82;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1595,171,0 chrIV 339988 . A T 1708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=5.956;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=25.49;ReadPosRankSum=1.681;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1741,177,0 chrIV 340208 . C T 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=22.98;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2147,210,0 chrIV 340351 . C T 1634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=20.95;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1667,171,0 chrIV 340395 . A T 1440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=55.3861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=18.46;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1473,150,0 chrIV 340555 . G T 3708.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=27.07;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:3708,382,0 chrIV 340916 . T C 2784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=23.39;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2817,291,0 chrIV 340965 . A T 2730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=24.59;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2763,277,0 chrIV 341033 . G A 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=21.47;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1042,105,0 chrIV 341261 . A G 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=21.42;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1597,168,0 chrIV 341423 . T A 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=20.86;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:805,81,0 chrIV 341464 . A G 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=18.64;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:90:872,90,0 chrIV 341565 . A C 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.55;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1352,141,0 chrIV 341596 . G A 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=23.92;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1229,126,0 chrIV 341782 . A G 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=22.68;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1031,111,0 chrIV 341812 . G A 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.87;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1202,120,0 chrIV 341953 . G A 2367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=25.18;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2400,237,0 chrIV 341978 . A C 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.06;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:2085,219,0 chrIV 342525 . C T 1762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.88;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1795,183,0 chrIV 342597 . C T 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=19.42;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2150,216,0 chrIV 342600 . A G 2033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=19.74;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2066,210,0 chrIV 342623 . A C 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=3.485;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=18.61;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1652,174,0 chrIV 342650 . T C 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=16.14;ReadPosRankSum=1.685;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1211,129,0 chrIV 342869 . A G 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=23.18;ReadPosRankSum=1.684;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1702,180,0 chrIV 343292 . G A 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=23.94;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1230,123,0 chrIV 343448 . T C 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=24.43;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:888,90,0 chrIV 343580 . C T 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=23.08;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1764,183,0 chrIV 344176 . T C 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=87;Dels=0.00;FS=3.612;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:87:99:1684,177,0 chrIV 344181 . C G 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=20.20;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1730,180,0 chrIV 344235 . T C 1170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.172;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1203,126,0 chrIV 345134 . T C 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=22.09;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1712,177,0 chrIV 345195 . A G 2080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=19.81;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2113,225,0 chrIV 345209 . A G 2291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DP=118;Dels=0.00;FS=2.567;HaplotypeScore=3.8227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=19.42;ReadPosRankSum=2.838;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:118:99:2324,246,0 chrIV 345566 . A G 2227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=22.27;ReadPosRankSum=2.327;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:2260,240,0 chrIV 346360 . C A 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=18.65;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1301,138,0 chrIV 346366 . C T 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=17.67;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1058,111,0 chrIV 346531 . T C 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=60;Dels=0.00;FS=2.847;HaplotypeScore=1.9399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=17.77;ReadPosRankSum=2.368;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1099,114,0 chrIV 346536 . T C 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=13.45;ReadPosRankSum=2.173;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:96:907,96,0 chrIV 346745 . G A 2233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=23.51;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2266,225,0 chrIV 346843 . A G 2501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=24.28;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2534,267,0 chrIV 346939 . A G 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DP=117;Dels=0.00;FS=2.710;HaplotypeScore=7.2948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.882;QD=20.07;ReadPosRankSum=2.387;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:2381,252,0 chrIV 347059 . T C 2654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=24.80;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:2687,282,0 chrIV 347619 . C G 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=19.96;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2009,213,0 chrIV 347623 . G A 1967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=19.10;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2000,207,0 chrIV 347851 . C T 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.43;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1626,165,0 chrIV 347958 . T C 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=19.31;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1674,174,0 chrIV 348204 . G A 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.68;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1736,174,0 chrIV 348778 . G A 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=22.96;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1617,162,0 chrIV 348793 . A T 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=19.87;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1404,147,0 chrIV 349114 . A G 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=71;Dels=0.00;FS=3.327;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=24.15;ReadPosRankSum=1.635;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1748,183,0 chrIV 349421 . G A 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=18.90;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1337,144,0 chrIV 349537 . T C 2092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=24.33;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2125,228,0 chrIV 349619 . A G 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.07;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1562,162,0 chrIV 349654 . A G 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=25.81;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1685,174,0 chrIV 350046 . A G 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=23.98;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2047,213,0 chrIV 350077 . A G 2225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.92;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2258,228,0 chrIV 350405 . G A 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.14;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1554,168,0 chrIV 350462 . A G 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=23.82;ReadPosRankSum=1.672;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1391,147,0 chrIV 350645 . C A 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=24.54;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1702,174,0 chrIV 350782 . A C 2596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=23.18;ReadPosRankSum=1.928;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:2629,257,0 chrIV 350863 . A G 3293.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=25.14;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3293,345,0 chrIV 351028 . A G 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=15.83;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1363,141,0 chrIV 351097 . G A 3699.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.69;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3699,379,0 chrIV 351207 . G T 3090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=24.14;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:128:99:3123,327,0 chrIV 351214 . C A 2654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=24.57;ReadPosRankSum=0.449;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2687,270,0 chrIV 351250 . T C 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=64;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=8.8670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=18.47;ReadPosRankSum=2.333;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:64:99:1215,126,0 chrIV 351451 . C T 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.47;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:101:99:1999,222,0 chrIV 351730 . A T 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=24.38;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1520,153,0 chrIV 351862 . G A 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=19.24;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1168,126,0 chrIV 351963 . A G 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=20.02;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1194,126,0 chrIV 351988 . C T 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=16.70;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1035,111,0 chrIV 351997 . T C 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:983,102,0 chrIV 352048 . G A 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=21.39;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1252,129,0 chrIV 352550 . T C 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=59;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=23.34;ReadPosRankSum=2.325;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1410,150,0 chrIV 352697 . T C 3070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.57;SB=-1.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:3103,330,0 chrIV 352902 . G A 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=25.63;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1981,201,0 chrIV 353125 . G A 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=25.31;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:96:944,96,0 chrIV 353156 . G A 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=22.47;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:752,75,0 chrIV 353410 . T C 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=22.54;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:912,96,0 chrIV 353682 . T G 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=20.26;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1492,150,0 chrIV 354052 . T C 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.36;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1528,162,0 chrIV 354130 . A G 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=19.28;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:90:862,90,0 chrIV 354238 . G A 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.93;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2231,234,0 chrIV 354286 . C T 2456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.64;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2489,249,0 chrIV 354574 . A G 2190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=24.07;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2223,234,0 chrIV 354889 . G A 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=23.17;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1817,192,0 chrIV 354974 . A G 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.63;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1331,141,0 chrIV 355467 . A G 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=21.07;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2035,219,0 chrIV 355605 . G A 3756.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=26.45;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3756,399,0 chrIV 355986 . G A 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.95;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1150,117,0 chrIV 356226 . A G 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.77;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:84:795,84,0 chrIV 356562 . C T 2279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=20.72;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2312,240,0 chrIV 356766 . A G 2458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=21.95;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:112:99:2491,264,0 chrIV 356951 . T G 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=17.81;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:1654,174,0 chrIV 356965 . A G 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=18.19;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1434,156,0 chrIV 357038 . G C 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=20.22;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1145,123,0 chrIV 357070 . C T 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.07;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1679,180,0 chrIV 357312 . T C 499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=13.86;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:54:532,54,0 chrIV 357529 . C T 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=18.58;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:646,66,0 chrIV 357632 . A C 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=23.52;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1703,180,0 chrIV 357787 . A G 454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=11.95;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:54:487,54,0 chrIV 357802 . C T 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=15.62;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:69:689,69,0 chrIV 358050 . G A 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=22.43;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1536,159,0 chrIV 358197 . C T 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=23.70;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1289,132,0 chrIV 358230 . T A 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=20.49;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1529,156,0 chrIV 358243 . T C 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=17.68;ReadPosRankSum=1.550;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1377,144,0 chrIV 358273 . A G 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=76;Dels=0.00;FS=4.437;HaplotypeScore=10.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.409;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:76:99:1139,123,0 chrIV 358299 . T C 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=86;Dels=0.00;FS=3.496;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.69;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1554,156,0 chrIV 358380 . C A 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;QD=13.82;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:1788,189,0 chrIV 358389 . C T 1726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;QD=14.88;SB=-1.297e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:1759,186,0 chrIV 358431 . G A 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.47;MQ0=0;QD=14.13;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1361,138,0 chrIV 358561 . A T 2971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=126;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=7.9244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=23.58;ReadPosRankSum=1.677;SB=-1.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:126:99:3004,321,0 chrIV 358643 . G T 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=20.34;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2108,222,0 chrIV 358690 . G T 2093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=20.72;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2126,216,0 chrIV 358707 . T G 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.83;MQ0=0;QD=18.48;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1844,192,0 chrIV 358755 . A G 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.04;MQ0=0;QD=17.53;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1295,138,0 chrIV 358884 . A C 1588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=20.62;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1621,171,0 chrIV 358932 . A G 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.648;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1459,156,0 chrIV 358989 . T A 2029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.374;DP=106;Dels=0.00;FS=8.695;HaplotypeScore=10.4123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=19.14;ReadPosRankSum=3.341;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:106:99:2062,207,0 chrIV 359007 . C T 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=19.16;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1777,180,0 chrIV 359028 . A G 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=15.55;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:1712,177,0 chrIV 359069 . T C 1587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=17.06;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1620,171,0 chrIV 359293 . T G 2181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=21.81;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2214,234,0 chrIV 359402 . C T 3850.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=23.05;SB=-2.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:3850,394,0 chrIV 359411 . A T 3571.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.876e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:163:99:3571,364,0 chrIV 359427 . A G 3450.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=156;Dels=0.00;FS=11.561;HaplotypeScore=5.8606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=22.12;ReadPosRankSum=2.941;SB=-1.765e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,151:156:99:3450,366,0 chrIV 359534 . A T 2162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=20.40;SB=-1.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2195,222,0 chrIV 359556 . C A 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=94;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=11.39;ReadPosRankSum=1.360;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1104,132,0 chrIV 359557 . A G 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.431;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:1093,132,0 chrIV 359718 . G A 2368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=21.14;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2401,240,0 chrIV 359736 . T G 2158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=19.44;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2191,225,0 chrIV 359743 . A G 2192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=18.42;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2225,228,0 chrIV 359793 . A T 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=18.87;SB=-1.556e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2147,228,0 chrIV 359869 . C T 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=24.56;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1654,168,0 chrIV 360257 . G A 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=21.78;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1035,105,0 chrIV 360665 . T C 1290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.86;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1323,138,0 chrIV 361162 . T C 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=24.15;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1651,171,0 chrIV 361672 . G A 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.58;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2037,201,0 chrIV 361711 . T C 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=42;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=19.21;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:42:90:840,90,0 chrIV 361844 . A G 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.49;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1855,192,0 chrIV 361942 . A G 2382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=103;Dels=0.00;FS=10.377;HaplotypeScore=9.2165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=23.13;ReadPosRankSum=2.912;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:103:99:2415,255,0 chrIV 362381 . A G 63.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.834;DP=95;Dels=0.00;FS=6.539;HaplotypeScore=78.0546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=0.67;ReadPosRankSum=-4.957;SB=-2.851e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,12:95:12:96,12,0 chrIV 362834 . G A 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.87;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1424,147,0 chrIV 362993 . T C 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=24.12;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1384,147,0 chrIV 363404 . G A 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.48;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1159,117,0 chrIV 363607 . A G 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=22.98;ReadPosRankSum=1.599;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1228,126,0 chrIV 363784 . G A 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=23.71;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1100,111,0 chrIV 364119 . G A 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=24.59;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1410,141,0 chrIV 364251 . G A 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.89;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1215,120,0 chrIV 364735 . G A 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=26.43;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1566,156,0 chrIV 364913 . G T 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=16.30;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:90:897,90,0 chrIV 364972 . A G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.465;DP=79;Dels=0.00;FS=9.019;HaplotypeScore=82.1066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=1.15;ReadPosRankSum=-5.197;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:79:99:121,0,691 chrIV 365027 . G A 3064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=25.11;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:3097,318,0 chrIV 365740 . T C 3735.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=26.68;ReadPosRankSum=1.707;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:140:99:3735,391,0 chrIV 365821 . A G 2506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=21.42;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2539,258,0 chrIV 365897 . T A 3848.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=189;Dels=0.00;FS=8.496;HaplotypeScore=14.1190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=20.36;ReadPosRankSum=2.384;SB=-1.874e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,187:189:99:3848,405,0 chrIV 366283 . G A 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=17.00;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1206,123,0 chrIV 366354 . C A 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=21.24;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1711,171,0 chrIV 366413 . C T 784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=20.10;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:39:84:817,84,0 chrIV 366464 . C T 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=22.00;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:693,75,0 chrIV 366543 . C T 360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=12.86;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:39:393,39,0 chrIV 366862 . C T 691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=26.58;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:72:724,72,0 chrIV 367162 . G A 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.66;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:69:675,69,0 chrIV 367213 . T C 520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=14.86;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:35:57:553,57,0 chrIV 367336 . A G 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.36;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:766,81,0 chrIV 367564 . G C 326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=18.11;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39:359,39,0 chrIV 367618 . G A 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.09;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:541,54,0 chrIV 368193 . A C 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=23.87;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:60:582,60,0 chrIV 368207 . A G 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.12;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:60:564,60,0 chrIV 368276 . C T 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.32;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:90:881,90,0 chrIV 368402 . G A 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=27.37;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1210,123,0 chrIV 368735 . G A 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=13.06;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:45:451,45,0 chrIV 368972 . G A 234.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=19.50;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:27:267,27,0 chrIV 369194 . C T 250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=13.16;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:30:283,30,0 chrIV 369366 . C A 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.55;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:62:99:1679,165,0 chrIV 369451 . G A 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=26.47;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81:827,81,0 chrIV 369971 . G T 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.93;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1339,135,0 chrIV 370142 . C T 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=17.16;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81:805,81,0 chrIV 370148 . C T 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=17.09;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84:819,84,0 chrIV 370499 . G A 461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=19.21;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:494,51,0 chrIV 370634 . G C 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=27.26;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1069,108,0 chrIV 370771 . A G 205.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=12.81;ReadPosRankSum=2.556;SB=-3.204e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:24:238,24,0 chrIV 370914 . T C 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.75;MQ0=0;QD=16.62;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:731,78,0 chrIV 370986 . A G 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=15.441;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.754;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,3:7:6:51,6,0 chrIV 371085 . T C 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=26.47;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:986,105,0 chrIV 371088 . A G 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=26.03;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:99:996,105,0 chrIV 371142 . A G 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=18.61;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:23:51:461,51,0 chrIV 371204 . T C 501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.68;MQ0=0;QD=15.18;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:534,57,0 chrIV 371211 . T C 341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=9.74;ReadPosRankSum=2.310;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:39:374,39,0 chrIV 371220 . A T 379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.60;MQ0=0;QD=11.15;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:42:412,42,0 chrIV 371249 . A G 364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.30;MQ0=0;QD=11.37;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:42:397,42,0 chrIV 371263 . A G 271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;QD=8.47;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:33:304,33,0 chrIV 371266 . C T 286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;QD=8.94;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:33:319,33,0 chrIV 371437 . T C 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=18.91;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1035,105,0 chrIV 371461 . T C 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=18.23;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:981,102,0 chrIV 371620 . G A 2034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=23.38;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2067,210,0 chrIV 371744 . A G 2131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.91;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2164,231,0 chrIV 371855 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=35;Dels=0.00;FS=5.073;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.455;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:253,0,332 chrIV 371907 . C T 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=18.45;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:96:974,96,0 chrIV 372963 . G A 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.40;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1726,177,0 chrIV 373080 . G A 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.44;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1559,159,0 chrIV 373453 . C T 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=21.02;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1420,150,0 chrIV 373602 . A G 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.55;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1476,153,0 chrIV 373723 . T C 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=14.77;ReadPosRankSum=1.191;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:978,99,0 chrIV 373728 . T C 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.323;DP=70;Dels=0.00;FS=9.056;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=13.13;ReadPosRankSum=3.323;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:70:99:952,99,0 chrIV 374540 . T G 2501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=23.59;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2534,267,0 chrIV 375345 . T C 2424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2457,252,0 chrIV 375433 . G T 2062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=23.98;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2095,213,0 chrIV 375458 . A G 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;QD=22.29;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1905,204,0 chrIV 375478 . C T 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=22.79;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2016,216,0 chrIV 375530 . T C 1969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=103;Dels=0.00;FS=12.609;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=19.12;ReadPosRankSum=2.931;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:103:99:2002,216,0 chrIV 375533 . A C 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=19.25;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1977,204,0 chrIV 375542 . G T 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.541;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:2037,222,0 chrIV 375611 . G A 2341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=21.48;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:109:99:2374,240,0 chrIV 375673 . A G 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=19.31;SB=-1.402e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2061,219,0 chrIV 375690 . G C 1716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=18.26;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1749,174,0 chrIV 375773 . T C 1809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1842,195,0 chrIV 375776 . T C 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=20.31;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1861,198,0 chrIV 375826 . A T 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=17.72;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1451,147,0 chrIV 375932 . T G 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=20.38;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1256,132,0 chrIV 375947 . A G 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=19.30;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1114,111,0 chrIV 376028 . T A 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=23.33;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1573,156,0 chrIV 376457 . C T 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=24.14;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2230,222,0 chrIV 376537 . A G 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=48;Dels=0.02;FS=5.909;HaplotypeScore=9.7135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=15.42;ReadPosRankSum=2.847;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:47:81:773,81,0 chrIV 376661 . T A 4004.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=24.56;SB=-2.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:162:99:4004,406,0 chrIV 377123 . A G 1945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=87;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.533;QD=22.36;ReadPosRankSum=1.573;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1978,213,0 chrIV 377176 . T C 2203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=94;Dels=0.00;FS=2.986;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=23.44;ReadPosRankSum=2.345;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2236,234,0 chrIV 377486 . T G 4395.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.02;SB=-2.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:183:99:4395,474,0 chrIV 377633 . G A 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.11;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:46:99:1096,108,0 chrIV 377936 . C T 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.41;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:1082,114,0 chrIV 378086 . T C 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.11;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1072,114,0 chrIV 378614 . A T 478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=25.16;ReadPosRankSum=1.552;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:51:511,51,0 chrIV 378664 . T C 258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.85;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:30:291,30,0 chrIV 379556 . T C 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.84;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1409,147,0 chrIV 380035 . G A 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=24.47;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1281,129,0 chrIV 380086 . A G 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DP=41;Dels=0.00;FS=6.283;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=19.46;ReadPosRankSum=2.678;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:90:831,90,0 chrIV 380427 . C T 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=23.80;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1128,111,0 chrIV 380668 . C T 2064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2097,219,0 chrIV 380743 . A G 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=65;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=19.69;ReadPosRankSum=2.374;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1313,141,0 chrIV 380808 . T C 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=16.94;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:643,69,0 chrIV 380824 . T C 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=5.488;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=17.83;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:90:853,90,0 chrIV 380924 . T C 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=24.10;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1431,147,0 chrIV 381444 . G C 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=19.02;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:93:908,93,0 chrIV 381458 . C G 939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=18.41;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:972,99,0 chrIV 381481 . A G 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=17.18;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1098,117,0 chrIV 381576 . T C 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.96;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:997,105,0 chrIV 381770 . C T 2604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=26.30;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2637,267,0 chrIV 382153 . G T 2822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=21.38;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:132:99:2855,289,0 chrIV 382330 . C T 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=19.95;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1230,132,0 chrIV 382372 . C T 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=23.13;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1120,114,0 chrIV 382655 . T C 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=32;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=3.2398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=18.06;ReadPosRankSum=0.542;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:41:611,41,0 chrIV 382829 . C T 385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.32;MQ0=0;QD=14.81;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:418,42,0 chrIV 382830 . C T 383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=15.32;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:42:416,42,0 chrIV 383033 . A G 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=29;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.609;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:69:646,69,0 chrIV 383065 . G A 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=19.12;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:492,54,0 chrIV 383227 . C T 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=17.94;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:589,60,0 chrIV 383229 . C T 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=17.50;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:593,60,0 chrIV 383380 . G C 253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.97;MQ0=0;QD=12.05;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30:286,30,0 chrIV 383389 . A G 141.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.08;MQ0=1;QD=8.82;SB=-1.391e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:18:174,18,0 chrIV 383394 . A C 127.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=1;QD=9.08;SB=-1.531e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:18:160,18,0 chrIV 383395 . G A 132.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=1;QD=9.44;SB=-1.531e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:18:165,18,0 chrIV 383405 . G C 146.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=1;QD=10.44;SB=-1.501e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:18:179,18,0 chrIV 383443 . G A 143.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.90;SB=-2.911e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:176,18,0 chrIV 383446 . T A 81.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.30;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:114,12,0 chrIV 383448 . G A 91.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.30;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:124,12,0 chrIV 383449 . G A 87.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.50;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:120,12,0 chrIV 383454 . C T 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.55;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:6:59,6,0 chrIV 383457 . A T 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.731;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:9:86,9,0 chrIV 383458 . A G 56.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.24;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:89,9,0 chrIV 383478 . T C 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.93;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:52,6,0 chrIV 383483 . T G 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.59;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:57,6,0 chrIV 383586 . T C 148.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=12;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.869;SB=-2.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:21:181,21,0 chrIV 383596 . T G 170.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=12.15;SB=-5.507e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:21:203,21,0 chrIV 383684 . T G 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=16.71;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:51:501,51,0 chrIV 383859 . C T 254.03 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=16;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.31;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.444;SB=-1.489e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,14:16:20:284,0,20 chrIV 383874 . A G 264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.44;MQ0=0;QD=20.31;SB=-1.479e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:30:297,30,0 chrIV 384257 . T C 390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=17.73;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:423,45,0 chrIV 384504 . G A 331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=15.05;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:364,39,0 chrIV 384505 . A G 316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=14.36;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:349,39,0 chrIV 384518 . T G 302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=13.13;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:36:335,36,0 chrIV 384804 . T C 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=41;Dels=0.00;FS=2.889;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=23.27;ReadPosRankSum=2.324;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:41:99:987,102,0 chrIV 385740 . G A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=21.84;ReadPosRankSum=1.386;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1125,114,0 chrIV 385961 . G A 380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.14;MQ0=0;QD=11.52;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:42:413,42,0 chrIV 385972 . C T 178.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.03;MQ0=0;QD=4.81;SB=-5.491e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:21:211,21,0 chrIV 385986 . A G 264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.18;MQ0=0;QD=10.15;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:33:297,33,0 chrIV 386094 . T A 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=20.47;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:647,66,0 chrIV 386135 . T C 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=17.35;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:90:866,90,0 chrIV 386657 . G A 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1109,114,0 chrIV 387713 . T C 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=10.18;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:72:695,72,0 chrIV 388147 . T C 412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=17.91;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:445,45,0 chrIV 388221 . G T 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=20.33;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:907,96,0 chrIV 388305 . A G 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.636;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:37:66:608,66,0 chrIV 388440 . A G 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=19.70;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:683,72,0 chrIV 388926 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=66;Dels=0.00;FS=8.020;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.425;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:550,0,599 chrIV 389086 . A T 2790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.956;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.902;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:115:99:2823,288,0 chrIV 389477 . G A 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.850;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:953,0,692 chrIV 389583 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.125;DP=79;Dels=0.00;FS=4.480;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.586;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:586,0,760 chrIV 390311 . T C 389.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.673;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=8.10;ReadPosRankSum=2.582;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:48:99:419,0,299 chrIV 390517 . C T 58.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=0.85;ReadPosRankSum=-3.628;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,12:68:88:88,0,1326 chrIV 391042 . G A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DP=70;Dels=0.00;FS=1.024;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.522;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:503,0,674 chrIV 391149 . G C 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=84;Dels=0.00;FS=4.170;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=11.30;ReadPosRankSum=1.693;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:84:99:979,0,741 chrIV 391407 . G C 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,58:94:99:1015,0,493 chrIV 391712 . T C 2253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.638;DP=111;Dels=0.00;FS=7.665;HaplotypeScore=13.8956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=2.074;QD=20.30;ReadPosRankSum=3.638;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:111:99:2286,243,0 chrIV 392020 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.038;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:385,0,274 chrIV 392128 . C G 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;DP=61;Dels=0.00;FS=5.509;HaplotypeScore=5.4674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:210,0,388 chrIV 392287 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;DP=56;Dels=0.00;FS=4.231;HaplotypeScore=10.3719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:56:99:671,0,239 chrIV 392478 . T C 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=98;Dels=0.00;FS=3.125;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.703;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:851,0,1132 chrIV 392938 . C A 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=18.76;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:990,99,0 chrIV 392959 . C G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.628;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:52:99:575,0,288 chrIV 393421 . A G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.851;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:202,0,387 chrIV 393423 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.442;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:208,0,363 chrIV 393509 . T A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;DP=45;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=2.478;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.382;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:380,0,386 chrIV 393651 . T C 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=24.38;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1569,165,0 chrIV 394097 . A T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;DP=66;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=6.4594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:650,0,579 chrIV 394249 . C T 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.247;DP=93;Dels=0.00;FS=0.789;HaplotypeScore=10.6024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.911;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:93:99:1080,0,765 chrIV 394339 . T C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=79;Dels=0.00;FS=10.087;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.575;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:702,0,809 chrIV 394385 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=56;Dels=0.00;FS=5.473;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:502,0,426 chrIV 394555 . C T 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.973;DP=86;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=5.9222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:86:99:803,0,820 chrIV 394798 . A C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=68;Dels=0.00;FS=2.086;HaplotypeScore=4.0967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.558;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:586,0,626 chrIV 394876 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=58;Dels=0.00;FS=9.553;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:483,0,640 chrIV 395086 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.348;DP=50;Dels=0.00;FS=2.612;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:413,0,516 chrIV 395248 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=39;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:440,0,292 chrIV 395367 . A C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,17:55:99:256,0,933 chrIV 395381 . C T 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=52;Dels=0.00;FS=1.531;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.719;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,34:52:99:812,0,350 chrIV 395470 . C T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;DP=49;Dels=0.00;FS=4.326;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.735;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:49:99:750,0,194 chrIV 395530 . C T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.163;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=11.93;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:67:99:829,0,492 chrIV 395767 . A T 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=20.94;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1080,108,0 chrIV 395957 . C A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=36;Dels=0.00;FS=1.313;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:36:99:344,0,205 chrIV 396610 . C A 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.40;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1041,105,0 chrIV 396862 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;DP=50;Dels=0.00;FS=2.527;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.847;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:384,0,660 chrIV 397012 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;DP=107;Dels=0.00;FS=1.662;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:807,0,1054 chrIV 397272 . T G 1454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.731;DP=158;Dels=0.00;FS=3.652;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.216;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,77:158:99:1484,0,1565 chrIV 397512 . A G 2332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=23.56;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2365,246,0 chrIV 397673 . C T 2602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=23.65;SB=-1.498e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2635,267,0 chrIV 397687 . T C 2087 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2120,231,0 chrIV 397688 . C T 2052 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.01;MQ0=0;QD=19.54;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2085,228,0 chrIV 397695 . G A 1879 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.31;MQ0=0;QD=17.56;SB=-1.389e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:1912,204,0 chrIV 397749 . G A 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=18.59;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1576,162,0 chrIV 397803 . A G 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=23.42;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1930,201,0 chrIV 397864 . C T 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2071,213,0 chrIV 397888 . C T 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=102;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:744,0,1015 chrIV 397902 . A G 2281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=23.04;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2314,240,0 chrIV 398236 . C G 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=107;Dels=0.05;FS=7.869;HaplotypeScore=21.8463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.013;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:102:99:987,0,938 chrIV 398297 . C A 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=92;Dels=0.00;FS=3.991;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:1019,0,876 chrIV 398518 . T C 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.338;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.673;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.153;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:114:99:893,0,1413 chrIV 398523 . T G 2529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=110;Dels=0.00;FS=3.512;HaplotypeScore=8.8796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=22.99;ReadPosRankSum=0.598;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2562,239,0 chrIV 398655 . G C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=44;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.057;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:416,0,412 chrIV 398669 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.298;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:456,0,342 chrIV 398697 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.462;DP=48;Dels=0.00;FS=6.639;HaplotypeScore=6.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.311;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:273,0,463 chrIV 398734 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;DP=68;Dels=0.00;FS=3.287;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:343,0,736 chrIV 398799 . T C 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DP=93;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=9.8784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.242;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:788,0,827 chrIV 398862 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.192;DP=80;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.500;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:474,0,970 chrIV 398875 . A C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=100;Dels=0.00;FS=0.799;HaplotypeScore=21.8095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.898;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.028;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:626,0,977 chrIV 398907 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;DP=100;Dels=0.00;FS=12.631;HaplotypeScore=7.9943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.358;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:624,0,1252 chrIV 399007 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.946;DP=84;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.418;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:685,0,1044 chrIV 399193 . A G 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=104;Dels=0.00;FS=13.838;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.959;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:814,0,1034 chrIV 399202 . C T 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.010;DP=108;Dels=0.00;FS=6.401;HaplotypeScore=6.6110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.127;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:876,0,1020 chrIV 399395 . C T 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.057;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,65:139:99:1126,0,1482 chrIV 399900 . C T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=39;Dels=0.00;FS=4.887;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:300,0,385 chrIV 400242 . A T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:307,0,372 chrIV 400395 . G A 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.158;DP=76;Dels=0.00;FS=0.878;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.411;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.665;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:76:99:983,0,550 chrIV 400404 . G C 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.074;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:83:99:921,0,644 chrIV 400491 . T C 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;DP=111;Dels=0.00;FS=0.740;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.553;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:111:99:849,0,1450 chrIV 400709 . T A 2377 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=25.29;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2410,246,0 chrIV 400905 . G T 927.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.945;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,41:64:99:957,0,462 chrIV 401117 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.195;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:540,0,487 chrIV 401199 . T A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:604,0,860 chrIV 401636 . T C 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.449;DP=81;Dels=0.00;FS=2.988;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.968;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:795,0,825 chrIV 402197 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.141;DP=71;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.729;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:632,0,559 chrIV 402202 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.960;DP=72;Dels=0.00;FS=8.351;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:484,0,664 chrIV 402371 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=66;Dels=0.00;FS=3.369;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.677;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:66:99:1366,144,0 chrIV 402662 . T C 1193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.533;DP=134;Dels=0.00;FS=11.125;HaplotypeScore=8.2474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.738;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.443;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,66:134:99:1223,0,1504 chrIV 402856 . C A 4600.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.47;SB=-1.915e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:188:99:4600,466,0 chrIV 403061 . G A 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.87;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1695,174,0 chrIV 403952 . T C 2087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DP=107;Dels=0.00;FS=11.757;HaplotypeScore=5.7153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=19.50;ReadPosRankSum=2.934;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:2120,228,0 chrIV 404304 . C T 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.97;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1395,138,0 chrIV 404459 . A T 2888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=25.56;SB=-1.435e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2921,297,0 chrIV 404478 . A G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;DP=117;Dels=0.00;FS=0.720;HaplotypeScore=8.2391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.844;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,49:117:99:877,0,1532 chrIV 404690 . A G 1894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.55;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1927,201,0 chrIV 404730 . A C 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.97;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1659,177,0 chrIV 404818 . G A 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=25.42;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2016,201,0 chrIV 404883 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=8.05;ReadPosRankSum=-2.016;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:658,0,831 chrIV 404981 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:598,0,686 chrIV 405116 . C A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=61;Dels=0.00;FS=10.699;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:505,0,515 chrIV 405143 . A G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.324;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.867;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:75:99:448,0,676 chrIV 405160 . T C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.117;DP=73;Dels=0.00;FS=4.750;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.865;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:438,0,750 chrIV 405303 . A T 1214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.783;DP=111;Dels=0.00;FS=1.833;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.910;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:111:99:1244,0,723 chrIV 405482 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;DP=64;Dels=0.00;FS=4.857;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.607;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:469,0,598 chrIV 405794 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=64;Dels=0.00;FS=4.076;HaplotypeScore=10.3267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.454;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:477,0,786 chrIV 406099 . C T 2274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2307,234,0 chrIV 406118 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;DP=104;Dels=0.00;FS=2.577;HaplotypeScore=5.0345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:647,0,1144 chrIV 406262 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:493,0,583 chrIV 406267 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=50;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:502,0,519 chrIV 406301 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=62;Dels=0.00;FS=9.702;HaplotypeScore=7.9273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:62:99:525,0,496 chrIV 406385 . C T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.246;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:83:99:640,0,671 chrIV 406775 . T C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DP=87;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=7.8080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=8.22;ReadPosRankSum=2.379;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:87:99:745,0,849 chrIV 406814 . T C 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=8.97;ReadPosRankSum=2.120;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:721,0,755 chrIV 406847 . G C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=61;Dels=0.00;FS=3.665;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:692,0,445 chrIV 406901 . A T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=46;Dels=0.00;FS=1.165;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.137;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:621,0,195 chrIV 406981 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.189;DP=40;Dels=0.00;FS=2.843;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.560;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.538;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:336,0,266 chrIV 407051 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.420;DP=79;Dels=0.00;FS=16.484;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.265;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:490,0,886 chrIV 407060 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.436;DP=91;Dels=0.00;FS=15.160;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.746;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:91:99:488,0,943 chrIV 407064 . C T 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.097;DP=91;Dels=0.00;FS=14.986;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=2.428;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:1007,0,610 chrIV 407223 . G C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;DP=42;Dels=0.00;FS=11.439;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.793;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:346,0,454 chrIV 407286 . C G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=36;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=7.31;ReadPosRankSum=2.169;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:36:99:293,0,338 chrIV 407982 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=46;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=5.4073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.033;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:46:99:399,0,307 chrIV 408038 . C T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;DP=45;Dels=0.00;FS=9.830;HaplotypeScore=7.4995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:289,0,418 chrIV 408128 . T A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=62;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:274,0,818 chrIV 408131 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.577;DP=62;Dels=0.00;FS=2.174;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.016;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:253,0,826 chrIV 408225 . G A 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.858;DP=83;Dels=0.00;FS=6.808;HaplotypeScore=4.8553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.396;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:83:99:894,0,707 chrIV 408416 . T A 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.492;DP=74;Dels=0.00;FS=3.660;HaplotypeScore=13.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=19.54;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1479,150,0 chrIV 408443 . T C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=75;Dels=0.00;FS=7.896;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.373;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:626,0,626 chrIV 408706 . T C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=47;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.683;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:99:568,0,282 chrIV 408811 . A T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=56;Dels=0.00;FS=5.672;HaplotypeScore=4.5037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:404,0,418 chrIV 408812 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=57;Dels=0.04;FS=7.924;HaplotypeScore=5.2377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.549;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:55:99:422,0,380 chrIV 408877 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=40;Dels=0.00;FS=6.934;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:361,0,263 chrIV 408894 . T G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DP=32;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.358;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:314,0,304 chrIV 409009 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=41;Dels=0.00;FS=2.673;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.961;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:369,0,365 chrIV 409324 . G A 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=38;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:38:99:255,0,320 chrIV 409414 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=46;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:391,0,442 chrIV 409441 . C T 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=48;Dels=0.00;FS=2.479;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:298,0,521 chrIV 409523 . T C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;DP=117;Dels=0.00;FS=1.501;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=6.30;ReadPosRankSum=2.240;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,49:117:99:767,0,1095 chrIV 409681 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.398;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:391,0,543 chrIV 409788 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:361,0,558 chrIV 409894 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=91;Dels=0.00;FS=1.827;HaplotypeScore=15.5937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.004;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:91:99:525,0,1149 chrIV 409954 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=53;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=5.9569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.258;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:53:99:368,0,612 chrIV 410087 . T G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.278;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:99:202,0,291 chrIV 410122 . G A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=51;Dels=0.00;FS=4.354;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.756;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.457;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:188,0,615 chrIV 410282 . G T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;DP=52;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=4.1335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.289;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:52:99:285,0,577 chrIV 410477 . C G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=39;Dels=0.00;FS=3.135;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:244,0,482 chrIV 410485 . A G 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=40;Dels=0.00;FS=1.426;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.360;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:227,0,505 chrIV 410499 . G C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.665;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:190,0,448 chrIV 410549 . C T 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:142,0,206 chrIV 410728 . C T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;DP=49;Dels=0.00;FS=7.144;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.161;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:49:99:333,0,492 chrIV 411047 . A C 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.462;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:105,0,195 chrIV 411287 . C T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=45;Dels=0.00;FS=3.446;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.035;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:296,0,581 chrIV 411544 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=45;Dels=0.00;FS=1.250;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:45:99:244,0,372 chrIV 411643 . C G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=55;Dels=0.00;FS=1.314;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.172;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:511,0,461 chrIV 411666 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;DP=78;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.925;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:692,0,550 chrIV 412127 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.737;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.397;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:403,0,636 chrIV 412190 . T C 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.277;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.287;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:173,0,622 chrIV 412382 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:371,0,361 chrIV 413173 . A G 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=8;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.322;SB=-2.042e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:44:44,0,68 chrIV 413236 . T G 262.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.021;QD=5.95;ReadPosRankSum=2.044;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:292,0,452 chrIV 413241 . G A 177.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.287;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.901;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.695;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:207,0,494 chrIV 413252 . C A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.231;DP=51;Dels=0.00;FS=3.055;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.830;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:247,0,549 chrIV 413288 . C T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;DP=37;Dels=0.00;FS=3.103;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.758;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:192,0,398 chrIV 413313 . T C 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;DP=23;Dels=0.00;FS=6.628;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.569;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:119,0,308 chrIV 413443 . G A 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.258;DP=17;Dels=0.00;FS=1.931;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.998;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:164,0,171 chrIV 413544 . T A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=65;Dels=0.00;FS=3.417;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.279;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:472,0,628 chrIV 413545 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=64;Dels=0.00;FS=2.124;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.497;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:497,0,642 chrIV 413595 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=59;Dels=0.00;FS=5.386;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.844;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:447,0,632 chrIV 414183 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=56;Dels=0.00;FS=3.946;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:601,0,492 chrIV 414243 . T C 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=41;Dels=0.00;FS=5.336;HaplotypeScore=5.2390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=23.07;ReadPosRankSum=1.225;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:979,105,0 chrIV 414546 . C T 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=94;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=6.3231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.260;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:94:99:1059,0,714 chrIV 414564 . A G 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=103;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.605;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:103:99:859,0,1068 chrIV 414726 . T C 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;DP=82;Dels=0.00;FS=11.445;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:800,0,837 chrIV 415078 . T C 1264.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.136;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:124:99:1294,0,1501 chrIV 415090 . T C 1411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.908;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.431;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:1441,0,1385 chrIV 415353 . G A 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.884;DP=120;Dels=0.00;FS=2.567;HaplotypeScore=5.7906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:120:99:1060,0,1145 chrIV 415413 . A G 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.131;DP=141;Dels=0.00;FS=5.309;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.658;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,58:141:99:1148,0,1105 chrIV 415430 . T C 2771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=21.48;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2804,294,0 chrIV 415728 . A G 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=107;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=4.7726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:915,0,1151 chrIV 415755 . G A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=110;Dels=0.00;FS=1.604;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.154;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:110:99:847,0,1039 chrIV 415969 . A G 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;DP=48;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=2.6221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.164;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:48:99:232,0,714 chrIV 416043 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;DP=51;Dels=0.00;FS=2.551;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:99:312,0,574 chrIV 416109 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=91;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.217;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:747,0,834 chrIV 416301 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=85;Dels=0.00;FS=3.071;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.438;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:85:99:473,0,874 chrIV 416304 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;DP=83;Dels=0.00;FS=4.350;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.438;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:499,0,933 chrIV 416488 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DP=79;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.237;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:79:99:651,0,899 chrIV 416544 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=89;Dels=0.00;FS=7.597;HaplotypeScore=10.4350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:616,0,743 chrIV 416574 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.116;DP=88;Dels=0.00;FS=5.771;HaplotypeScore=5.0404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:558,0,872 chrIV 416628 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=82;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=3.9822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:580,0,986 chrIV 416675 . A G 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.119;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:86:99:772,0,896 chrIV 416754 . C T 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DP=109;Dels=0.00;FS=7.780;HaplotypeScore=19.4282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.465;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,66:109:99:1225,0,695 chrIV 416856 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DP=67;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:67:99:433,0,742 chrIV 416872 . A C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.019;DP=81;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=13.7585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.049;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:387,0,1068 chrIV 417015 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=58;Dels=0.00;FS=2.296;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:549,0,553 chrIV 417206 . G A 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;DP=129;Dels=0.00;FS=5.433;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,61:129:99:1066,0,1321 chrIV 418485 . T C 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;DP=56;Dels=0.00;FS=2.620;HaplotypeScore=6.2436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.775;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:679,0,420 chrIV 418963 . C T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;DP=91;Dels=0.00;FS=1.722;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:698,0,1036 chrIV 419490 . G T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.040;DP=74;Dels=0.00;FS=2.062;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.460;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:842,0,578 chrIV 419688 . T G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.450;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:337,0,197 chrIV 419703 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:412,0,274 chrIV 419709 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.856;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.386;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:309,0,424 chrIV 419911 . G A 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.659;DP=75;Dels=0.00;FS=0.933;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,50:75:99:1023,0,437 chrIV 420417 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.157;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:236,0,160 chrIV 420453 . C T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:231,0,143 chrIV 420492 . G A 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=38;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.717;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:336,0,243 chrIV 420571 . C G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=42;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.351;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:42:99:360,0,418 chrIV 420755 . C T 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DP=66;Dels=0.00;FS=6.474;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,43:66:99:958,0,429 chrIV 420858 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=52;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=9.5764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:438,0,370 chrIV 420945 . A G 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;DP=88;Dels=0.00;FS=0.797;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=2.310;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.017;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:875,0,671 chrIV 421009 . A G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;DP=76;Dels=0.00;FS=3.593;HaplotypeScore=8.3179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,24:76:99:261,0,1208 chrIV 421109 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;DP=54;Dels=0.00;FS=12.548;HaplotypeScore=3.1942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.454;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:411,0,465 chrIV 421542 . A C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DP=53;Dels=0.00;FS=5.785;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:419,0,469 chrIV 421556 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;DP=62;Dels=0.00;FS=5.099;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:671,0,392 chrIV 421602 . T C 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=102;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=10.9596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.528;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:102:99:1070,0,809 chrIV 421791 . A C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=33;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.560;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:328,0,278 chrIV 421989 . C G 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;DP=130;Dels=0.00;FS=7.973;HaplotypeScore=5.3704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:130:99:1118,0,1186 chrIV 422005 . A T 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.240;DP=154;Dels=0.00;FS=7.168;HaplotypeScore=16.3667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.527;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,70:154:99:1308,0,1374 chrIV 422276 . C A 766.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;DP=92;Dels=0.00;FS=12.584;HaplotypeScore=2.6940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:796,0,735 chrIV 422278 . G A 768.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=92;Dels=0.00;FS=16.828;HaplotypeScore=2.6940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:92:99:798,0,733 chrIV 422280 . C G 797.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.662;DP=93;Dels=0.00;FS=17.101;HaplotypeScore=2.7487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:93:99:827,0,665 chrIV 422318 . G T 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,69:130:99:1182,0,1181 chrIV 422574 . C T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=92;Dels=0.00;FS=2.803;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.167;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:620,0,1021 chrIV 422595 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DP=77;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=8.9098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.118;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:354,0,807 chrIV 422672 . A G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=75;Dels=0.00;FS=8.335;HaplotypeScore=11.0873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.377;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:582,0,887 chrIV 422737 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.628;DP=123;Dels=0.00;FS=3.306;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-6.653;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:123:99:634,0,1575 chrIV 422745 . G C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;DP=109;Dels=0.00;FS=1.546;HaplotypeScore=58.4317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-7.404;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:109:99:502,0,1415 chrIV 422794 . C T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=131;Dels=0.00;FS=1.448;HaplotypeScore=7.8524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.290;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:131:99:331,0,1602 chrIV 422812 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=118;Dels=0.01;FS=6.055;HaplotypeScore=18.3775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.251;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:117:99:443,0,1320 chrIV 423046 . A G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;DP=73;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=2.6500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.853;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:616,0,583 chrIV 423061 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=87;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=3.9668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.721;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:661,0,677 chrIV 423118 . G C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=78;Dels=0.00;FS=2.082;HaplotypeScore=9.5829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.173;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:608,0,612 chrIV 423202 . A G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.894;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.916;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:531,0,352 chrIV 423322 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=61;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=7.1854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.931;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:450,0,485 chrIV 423383 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.960;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:444,0,501 chrIV 423385 . T G 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=22.69;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1145,123,0 chrIV 423430 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;DP=48;Dels=0.00;FS=4.670;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.309;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:362,0,399 chrIV 423515 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=43;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=4.9893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.975;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:588,0,269 chrIV 423563 . A T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=53;Dels=0.00;FS=7.618;HaplotypeScore=7.1508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:419,0,591 chrIV 423595 . C G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;DP=47;Dels=0.00;FS=8.562;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:47:99:347,0,415 chrIV 423680 . C T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.916;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:241,0,393 chrIV 423847 . G T 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.943;DP=82;Dels=0.00;FS=7.439;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:805,0,713 chrIV 423869 . C T 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DP=95;Dels=0.00;FS=5.508;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:95:99:901,0,1001 chrIV 423908 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=83;Dels=0.00;FS=4.565;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.158;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:83:99:562,0,992 chrIV 423912 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;DP=85;Dels=0.00;FS=3.103;HaplotypeScore=7.8281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.928;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:548,0,1012 chrIV 424011 . G A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.309;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:518,0,407 chrIV 424075 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DP=60;Dels=0.00;FS=16.444;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:500,0,607 chrIV 424226 . G A 2876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=25.23;SB=-1.526e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:2909,294,0 chrIV 424517 . A G 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=63;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:514,0,574 chrIV 424905 . C A 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.24;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1311,138,0 chrIV 425036 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:55:99:556,0,448 chrIV 425098 . G C 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.77;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1113,114,0 chrIV 425541 . G T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=88;Dels=0.00;FS=1.920;HaplotypeScore=7.4298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.823;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1001,0,755 chrIV 425858 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=83;Dels=0.00;FS=4.278;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:738,0,836 chrIV 425975 . C T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=108;Dels=0.00;FS=2.687;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:989,0,964 chrIV 426326 . C T 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.00;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1617,168,0 chrIV 426362 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=63;Dels=0.00;FS=0.987;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=2.632;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:467,0,615 chrIV 426545 . T C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.698;DP=76;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=5.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.197;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:554,0,890 chrIV 426781 . A T 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=23.92;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1444,144,0 chrIV 426788 . T C 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=58;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.264;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:629,0,525 chrIV 426944 . A G 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=21.89;ReadPosRankSum=1.672;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1281,132,0 chrIV 427319 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:610,0,826 chrIV 427330 . C T 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=27.55;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1796,183,0 chrIV 427996 . A T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:396,0,623 chrIV 428068 . T C 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=100;Dels=0.00;FS=10.554;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.007;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:100:99:947,0,1025 chrIV 428364 . T C 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=115;Dels=0.00;FS=9.306;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.754;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,61:115:99:1000,0,854 chrIV 428558 . T C 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:65:99:655,0,473 chrIV 428676 . G A 1095.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=107;Dels=0.00;FS=1.607;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:107:99:1125,0,939 chrIV 428925 . A G 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=67;Dels=0.00;FS=3.397;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:696,0,602 chrIV 429057 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DP=100;Dels=0.00;FS=0.818;HaplotypeScore=4.4585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.324;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:100:99:777,0,1207 chrIV 429337 . G A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.263;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:598,0,296 chrIV 431267 . T C 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=20.05;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1256,135,0 chrIV 431674 . G C 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.55;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1015,105,0 chrIV 431960 . G A 2108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:97:99:2141,216,0 chrIV 432174 . C T 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=18.96;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1095,108,0 chrIV 432463 . G A 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DP=87;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.108;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.631;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:872,0,764 chrIV 432487 . G C 1615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=22.12;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1648,174,0 chrIV 432803 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DP=49;Dels=0.00;FS=2.687;HaplotypeScore=8.6011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=2.034;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:49:99:375,0,427 chrIV 432926 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=35;Dels=0.00;FS=5.992;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:361,0,208 chrIV 432992 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DP=69;Dels=0.00;FS=15.606;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.410;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:591,0,600 chrIV 433044 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.328;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.498;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:290,0,536 chrIV 433099 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:450,0,534 chrIV 433146 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=58;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.008;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:657,0,541 chrIV 433160 . A C 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=22.71;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:896,96,0 chrIV 433175 . C T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=37;Dels=0.00;FS=1.337;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:376,0,273 chrIV 433233 . C T 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.140;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.381;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,38:57:99:764,0,334 chrIV 433257 . A G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=67;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=8.1623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=2.290;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:423,0,742 chrIV 433297 . C T 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=23.44;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1088,111,0 chrIV 433317 . C A 282.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.863;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:312,0,419 chrIV 433376 . G A 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=19.50;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:501,51,0 chrIV 433396 . A G 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=15.21;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:535,57,0 chrIV 433401 . C T 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=16.11;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:597,60,0 chrIV 433434 . C T 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;DP=98;Dels=0.00;FS=1.660;HaplotypeScore=7.1811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.654;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,56:98:99:991,0,736 chrIV 433470 . C G 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=105;Dels=0.00;FS=2.542;HaplotypeScore=1.9125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=10.19;ReadPosRankSum=-2.117;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,58:105:99:1100,0,981 chrIV 433489 . A T 1130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.359;DP=119;Dels=0.00;FS=3.343;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.057;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,60:119:99:1160,0,1094 chrIV 433591 . T A 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=20.48;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1139,114,0 chrIV 433703 . T C 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=63;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=20.32;ReadPosRankSum=2.254;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1313,135,0 chrIV 433742 . T C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.819;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:811,0,851 chrIV 433889 . A G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=86;Dels=0.00;FS=5.980;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:689,0,1126 chrIV 434021 . C T 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=122;Dels=0.00;FS=1.487;HaplotypeScore=8.0606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.209;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:122:99:1050,0,1338 chrIV 434124 . A G 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.73;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:89:99:1836,198,0 chrIV 434129 . T C 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=89;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:89:99:1820,192,0 chrIV 434153 . T C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.622;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.457;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,22:77:99:304,0,1104 chrIV 434166 . A C 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;DP=63;Dels=0.00;FS=6.066;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.508;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,15:63:99:129,0,1058 chrIV 434178 . G A 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.16;MQ0=0;QD=23.52;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1703,171,0 chrIV 434351 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DP=86;Dels=0.00;FS=6.274;HaplotypeScore=35.6549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.76;MQ0=0;MQRankSum=-5.532;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.687;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:86:99:526,0,992 chrIV 434368 . G C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=74;Dels=0.00;FS=2.492;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.349;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:513,0,734 chrIV 434371 . T A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;DP=75;Dels=0.00;FS=6.048;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.763;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:503,0,683 chrIV 434379 . G A 417.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=68;Dels=0.00;FS=16.807;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.455;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:447,0,779 chrIV 434468 . G A 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=8.33;SB=-2.847e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:82,9,0 chrIV 434492 . C T 52.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.80;MQ0=1;QD=8.83;SB=-3.047e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:85,9,0 chrIV 434516 . G C 51.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.80;MQ0=1;QD=8.66;SB=-2.947e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:84,9,0 chrIV 434559 . A G 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=7;Dels=0.00;FS=10.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=1;MQRankSum=0.406;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,4:7:9:82,9,0 chrIV 434582 . C T 56.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.48;MQ0=0;QD=18.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:89,9,0 chrIV 434589 . G A 49.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.48;MQ0=0;QD=16.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:82,9,0 chrIV 434590 . C T 55.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.48;MQ0=0;QD=18.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:88,9,0 chrIV 434648 . C T 84.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.05;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.09;ReadPosRankSum=0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:12:117,12,0 chrIV 434679 . T C 81.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.93;MQ0=0;QD=16.30;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:114,12,0 chrIV 434684 . A G 70.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.93;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:12:103,12,0 chrIV 434693 . G A 42.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.32;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:75,9,0 chrIV 434695 . G T 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=0;QD=13.89;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:59,6,0 chrIV 434776 . T A 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=0;QD=17.79;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1029,105,0 chrIV 434834 . C T 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.95;MQ0=0;QD=21.68;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1941,210,0 chrIV 434864 . A T 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;QD=23.63;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1687,168,0 chrIV 434947 . A G 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.531;DP=59;Dels=0.00;FS=3.236;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.687;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,16:59:97:97,0,854 chrIV 435004 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.424;DP=66;Dels=0.00;FS=5.610;HaplotypeScore=4.9279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.06;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:454,0,684 chrIV 435072 . T C 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.71;MQ0=0;QD=22.79;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1423,150,0 chrIV 435113 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=72;Dels=0.00;FS=10.695;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.35;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.595;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:740,0,613 chrIV 435139 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=69;Dels=0.00;FS=39.294;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:730,0,621 chrIV 435200 . G T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.125;DP=43;Dels=0.00;FS=23.184;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.416;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:43:99:381,0,359 chrIV 435202 . A C 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=22.02;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:936,99,0 chrIV 435213 . T A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=42;Dels=0.00;FS=19.150;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.231;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:319,0,332 chrIV 435214 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.758;DP=38;Dels=0.00;FS=16.065;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.382;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:310,0,354 chrIV 435246 . T C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DP=41;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.70;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.828;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:347,0,282 chrIV 435323 . A T 237.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=13.17;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:27:270,27,0 chrIV 435397 . G A 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.231;DP=42;Dels=0.00;FS=7.156;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=3.836;QD=14.48;ReadPosRankSum=3.782;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,29:42:45:641,45,0 chrIV 435518 . A T 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=61;Dels=0.00;FS=6.850;HaplotypeScore=4.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=17.02;ReadPosRankSum=2.369;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1071,114,0 chrIV 435532 . T C 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=22.47;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1426,150,0 chrIV 435564 . T C 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.04;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=22.86;ReadPosRankSum=2.385;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1770,186,0 chrIV 435606 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.377;DP=89;Dels=0.01;FS=10.549;HaplotypeScore=9.4995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:768,0,888 chrIV 435820 . A G 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=20.42;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:809,84,0 chrIV 435908 . G A 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=21.66;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1831,183,0 chrIV 435935 . C T 105.79 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;DP=65;Dels=0.00;FS=4.367;HaplotypeScore=53.0900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.37;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=1.63;ReadPosRankSum=-3.947;SB=-7.949e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,7:65:4:135,0,4 chrIV 436026 . T C 1782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=23.76;ReadPosRankSum=1.686;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1815,189,0 chrIV 436092 . G A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=43;Dels=0.00;FS=2.619;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:309,0,519 chrIV 436162 . A G 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=20.24;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:620,66,0 chrIV 436237 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;DP=74;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=3.5980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.18;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.237;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:350,0,366 chrIV 436257 . G A 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;QD=13.79;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1274,129,0 chrIV 436270 . G C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.252;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:485,0,660 chrIV 436436 . T C 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;DP=67;Dels=0.00;FS=8.455;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.220;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:691,0,591 chrIV 436482 . T A 2647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2680,273,0 chrIV 436525 . C T 1267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,68:132:99:1297,0,1246 chrIV 436543 . C T 1183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=126;Dels=0.00;FS=6.936;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:126:99:1213,0,1163 chrIV 436565 . T C 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.811;DP=112;Dels=0.00;FS=19.106;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.871;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1265,0,1081 chrIV 436884 . C T 748.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DP=132;Dels=0.00;FS=127.314;HaplotypeScore=10.4194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=5.166;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.514;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,48:132:99:778,0,1698 chrIV 436994 . T C 2335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;QD=23.35;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2368,240,0 chrIV 437035 . C A 2018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;QD=20.18;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2051,207,0 chrIV 437130 . A G 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.80;MQ0=0;QD=21.27;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1054,111,0 chrIV 437599 . A G 1431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.128;DP=134;Dels=0.00;FS=94.749;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.948;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,80:134:99:1461,0,1151 chrIV 437637 . C T 3079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.66;MQ0=0;QD=21.53;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3112,324,0 chrIV 437695 . T G 2642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=26.69;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2675,282,0 chrIV 437717 . T C 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=83;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.762;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:836,0,1048 chrIV 437759 . T C 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.065;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:668,0,687 chrIV 437881 . C T 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=17.09;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:100:99:1742,195,0 chrIV 437896 . G A 2132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=23.17;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:2165,213,0 chrIV 437955 . A G 2161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.361;DP=95;Dels=0.00;FS=2.450;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=22.75;ReadPosRankSum=3.267;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:95:99:2194,231,0 chrIV 438856 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=68;Dels=0.00;FS=3.241;HaplotypeScore=7.5056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:553,0,688 chrIV 439479 . A G 2060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.914;DP=82;Dels=0.00;FS=15.323;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=25.12;ReadPosRankSum=2.914;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:2093,222,0 chrIV 439658 . A G 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=103;Dels=0.00;FS=7.740;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:824,0,1034 chrIV 439746 . A T 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.53;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1540,165,0 chrIV 439768 . T C 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=84;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=23.49;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2006,207,0 chrIV 439851 . C G 3300.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=26.61;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:3300,339,0 chrIV 439906 . A G 1508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;DP=127;Dels=0.00;FS=3.606;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,70:127:99:1538,0,1073 chrIV 440205 . C G 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=107;Dels=0.00;FS=1.595;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.676;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:107:99:981,0,999 chrIV 440496 . A G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=63;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.676;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:545,0,540 chrIV 440778 . A G 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.804;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:922,0,1094 chrIV 440838 . A G 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=117;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=2.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.215;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,45:117:99:810,0,1428 chrIV 440866 . C G 1293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=128;Dels=0.00;FS=0.685;HaplotypeScore=5.7801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.603;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,72:128:99:1323,0,941 chrIV 440889 . T C 2825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=21.73;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.416e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:2858,303,0 chrIV 440913 . T C 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DP=132;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=4.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.069;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.967;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,72:132:99:941,0,1150 chrIV 440916 . A C 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;DP=130;Dels=0.00;FS=3.248;HaplotypeScore=6.6093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.916;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,68:130:99:872,0,1199 chrIV 441071 . A G 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.618;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.618;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:100:99:1817,189,0 chrIV 441158 . G A 1657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.361;DP=158;Dels=0.00;FS=0.604;HaplotypeScore=15.5840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,91:158:99:1687,0,1212 chrIV 441238 . T G 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.053;DP=134;Dels=0.00;FS=5.360;HaplotypeScore=6.7183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.847;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:134:99:825,0,1658 chrIV 441348 . T C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;DP=84;Dels=0.00;FS=4.171;HaplotypeScore=5.6310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:672,0,602 chrIV 441367 . C T 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=19.14;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1622,162,0 chrIV 441465 . A G 2809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=20.96;SB=-1.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2842,303,0 chrIV 441629 . G A 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.32;MQ0=0;QD=16.34;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1095,114,0 chrIV 441636 . A G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=60;Dels=0.00;FS=7.027;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=17.18;ReadPosRankSum=2.368;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1064,111,0 chrIV 441738 . C T 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.24;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1590,159,0 chrIV 441813 . G C 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=102;Dels=0.00;FS=7.966;HaplotypeScore=6.8104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:102:99:917,0,817 chrIV 441971 . C T 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=19.30;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1384,138,0 chrIV 442273 . T C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DP=59;Dels=0.00;FS=15.228;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=10.63;ReadPosRankSum=2.042;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:657,0,513 chrIV 442292 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=62;Dels=0.00;FS=17.975;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.718;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:511,0,666 chrIV 442638 . G T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.145;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:619,0,599 chrIV 442746 . T C 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.452;DP=102;Dels=0.00;FS=1.688;HaplotypeScore=9.1731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.177;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.323;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:102:99:1035,0,1128 chrIV 442782 . A G 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DP=100;Dels=0.00;FS=1.709;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:813,0,1052 chrIV 442788 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:728,0,1132 chrIV 442843 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=47;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=2.479;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.394;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:463,0,316 chrIV 443218 . T C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=48;Dels=0.00;FS=5.351;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=20.02;ReadPosRankSum=1.588;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:994,105,0 chrIV 443491 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:330,0,372 chrIV 443547 . A G 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=25.82;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:78:756,78,0 chrIV 443786 . C T 4207.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=26.97;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:156:99:4207,427,0 chrIV 444063 . C G 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.716;DP=118;Dels=0.00;FS=6.577;HaplotypeScore=11.1646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,62:118:99:989,0,911 chrIV 444228 . T A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;DP=65;Dels=0.00;FS=6.205;HaplotypeScore=7.8161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:624,0,620 chrIV 444518 . T C 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=23.20;ReadPosRankSum=2.352;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:1193,126,0 chrIV 445249 . A G 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=25.05;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1135,117,0 chrIV 445581 . T C 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=2.199;QD=21.08;ReadPosRankSum=2.367;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1277,135,0 chrIV 445817 . C T 2958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.649;QD=23.48;ReadPosRankSum=1.233;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:126:99:2991,280,0 chrIV 445993 . A G 2070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.667;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:108:99:2103,219,0 chrIV 446016 . G A 1988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=20.29;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2021,204,0 chrIV 446066 . A G 1768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=22.10;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1801,186,0 chrIV 446126 . T C 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=89;Dels=0.00;FS=10.711;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=17.27;ReadPosRankSum=2.394;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:89:99:1570,162,0 chrIV 446188 . A G 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.679;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1182,126,0 chrIV 446498 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.055;DP=41;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=7.5769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=12.05;ReadPosRankSum=-2.152;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:41:99:524,0,258 chrIV 446573 . T C 229.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:259,0,452 chrIV 446580 . G A 438.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;DP=35;Dels=0.00;FS=1.324;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.529;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:468,0,226 chrIV 446581 . T C 414.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=34;Dels=0.00;FS=1.445;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.090;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:444,0,192 chrIV 446658 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=33;Dels=0.00;FS=9.678;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.497;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:297,0,394 chrIV 446812 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=32;Dels=0.00;FS=5.632;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.358;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:330,0,161 chrIV 446850 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;DP=28;Dels=0.00;FS=8.921;HaplotypeScore=3.1942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=12.57;ReadPosRankSum=-1.750;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:39:382,0,39 chrIV 446874 . C T 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=5.31;ReadPosRankSum=-2.350;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:216,0,384 chrIV 446913 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;DP=44;Dels=0.00;FS=12.777;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.897;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:410,0,469 chrIV 446954 . G A 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.99;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1757,177,0 chrIV 447357 . C T 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=25.74;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1706,174,0 chrIV 447589 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DP=66;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:618,0,604 chrIV 447952 . G C 3637.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=22.18;SB=-1.255e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:3637,381,0 chrIV 448175 . A G 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=26.79;ReadPosRankSum=1.650;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1158,120,0 chrIV 448388 . T C 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=23.85;ReadPosRankSum=1.637;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1774,183,0 chrIV 448634 . G C 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=20.38;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1378,144,0 chrIV 449024 . A G 2864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=26.77;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2897,300,0 chrIV 449411 . A C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=68;Dels=0.00;FS=2.071;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:498,0,781 chrIV 449471 . G A 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=16.26;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:87:846,87,0 chrIV 449477 . C G 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=16.58;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:48:84:829,84,0 chrIV 449521 . A G 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=19.07;ReadPosRankSum=2.343;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:96:910,96,0 chrIV 449562 . G A 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.63;MQ0=0;QD=23.69;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1028,105,0 chrIV 449566 . G C 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=23.90;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:965,102,0 chrIV 449578 . T C 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.23;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=24.06;ReadPosRankSum=1.636;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:71:899,71,0 chrIV 449579 . T C 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=25.72;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:959,99,0 chrIV 449650 . G T 679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=18.86;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:78:712,78,0 chrIV 449654 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.627;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:374,0,275 chrIV 449709 . A G 604 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.25;MQ0=0;QD=20.83;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:637,66,0 chrIV 449722 . A T 359 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.354;QD=14.36;ReadPosRankSum=2.254;SB=-6.553e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:54:392,54,0 chrIV 449727 . C A 498 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.58;MQ0=0;QD=21.65;SB=-6.550e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:531,54,0 chrIV 449742 . T C 321 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=20.06;SB=-8.153e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:354,36,0 chrIV 449745 . A G 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.258;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:164,0,111 chrIV 449770 . T C 56.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.747;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:9:89,9,0 chrIV 449988 . G A 109.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=18.21;SB=-2.976e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:142,15,0 chrIV 450139 . C T 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=22.23;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1500,153,0 chrIV 450232 . G A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=26.62;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1284,129,0 chrIV 451246 . G T 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.02;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1178,114,0 chrIV 451471 . A G 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.093;DP=89;Dels=0.00;FS=0.914;HaplotypeScore=9.4779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.013;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:89:99:969,0,687 chrIV 451837 . G C 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.551;DP=62;Dels=0.00;FS=5.721;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=11.74;ReadPosRankSum=1.496;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:758,0,287 chrIV 452236 . T C 1992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2025,207,0 chrIV 452771 . C T 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.44;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:87:871,87,0 chrIV 452803 . T C 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.15;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:839,87,0 chrIV 452897 . A G 136.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.371;SB=-1.377e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:15:18:169,18,0 chrIV 452966 . A G 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.345;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:115:99:1123,0,1356 chrIV 453755 . T C 3015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=22.67;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:133:99:3048,315,0 chrIV 453843 . C T 2464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=118;Dels=0.00;FS=3.667;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.122;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:118:99:2497,264,0 chrIV 453852 . A T 2557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=114;Dels=0.00;FS=3.848;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=22.43;ReadPosRankSum=1.641;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:2590,264,0 chrIV 453908 . G A 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.31;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2036,204,0 chrIV 454502 . C T 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=19.39;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1216,132,0 chrIV 454817 . T C 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.27;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:783,84,0 chrIV 455170 . G A 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.138;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:202,0,384 chrIV 455311 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:486,0,584 chrIV 455316 . G A 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=23.07;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1348,135,0 chrIV 455506 . T C 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=26.47;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1568,162,0 chrIV 455545 . A T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=25.37;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1758,177,0 chrIV 455618 . T C 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=3.158;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=22.50;ReadPosRankSum=1.675;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1383,141,0 chrIV 456230 . A C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;DP=68;Dels=0.00;FS=3.363;HaplotypeScore=9.1793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:410,0,780 chrIV 456343 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=56;Dels=0.00;FS=9.842;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.082;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:592,0,516 chrIV 456352 . T C 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=56;Dels=0.00;FS=5.491;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.799;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:469,0,661 chrIV 456445 . T G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DP=60;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=10.3481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.707;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:672,0,548 chrIV 456683 . G T 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.168;DP=107;Dels=0.00;FS=1.570;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:107:99:1033,0,1045 chrIV 456852 . T C 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.573;DP=102;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=3.9839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:102:99:858,0,1309 chrIV 457671 . C T 3542.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=24.26;SB=-1.722e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3542,358,0 chrIV 458036 . G A 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.210;DP=110;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=11.2863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:110:99:1031,0,944 chrIV 458135 . T C 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=100;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=8.5552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.027;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:100:99:959,0,933 chrIV 458153 . A T 2333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=108;Dels=0.00;FS=3.573;HaplotypeScore=7.9721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=21.60;ReadPosRankSum=1.603;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2366,249,0 chrIV 458209 . C T 3334.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=21.51;SB=-1.747e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:155:99:3334,334,0 chrIV 458379 . G A 1486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;DP=144;Dels=0.00;FS=5.103;HaplotypeScore=6.4613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.884;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,72:144:99:1516,0,1479 chrIV 458401 . G A 3503.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=25.02;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:140:99:3503,349,0 chrIV 458653 . T C 2358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.82;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2391,252,0 chrIV 458851 . G A 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=99;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:960,0,865 chrIV 459304 . G A 2381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=24.80;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2414,237,0 chrIV 459332 . G A 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.842;DP=106;Dels=0.00;FS=2.530;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.016;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:823,0,1200 chrIV 459391 . G A 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=103;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=7.8262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.162;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:870,0,787 chrIV 459458 . T A 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.066;DP=105;Dels=0.00;FS=4.828;HaplotypeScore=8.5140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=9.50;ReadPosRankSum=-2.212;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,62:105:99:1028,0,840 chrIV 459514 . G T 3340.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.69;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3340,337,0 chrIV 459567 . G A 3793.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=24.16;SB=-1.898e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3793,382,0 chrIV 459811 . A G 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=77;Dels=0.00;FS=2.825;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=21.40;ReadPosRankSum=2.320;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:77:99:1681,174,0 chrIV 460219 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=60;Dels=0.00;FS=11.485;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:538,0,465 chrIV 460279 . G A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=73;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=2.515;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:560,0,645 chrIV 460660 . C G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.064;DP=117;Dels=0.00;FS=6.441;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.734;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:117:99:674,0,824 chrIV 460852 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;DP=45;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.997;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:457,0,415 chrIV 460993 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:382,0,477 chrIV 461027 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.256;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:355,0,565 chrIV 461088 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;DP=45;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.356;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:511,0,262 chrIV 461168 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=46;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:403,0,393 chrIV 461311 . C A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.167;DP=59;Dels=0.00;FS=14.285;HaplotypeScore=8.3110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=10.39;ReadPosRankSum=-3.057;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:643,0,440 chrIV 461425 . C T 250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.63;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:16:30:283,30,0 chrIV 461469 . G C 191.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.69;SB=-1.338e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:224,24,0 chrIV 461615 . T C 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=23.32;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1805,189,0 chrIV 461656 . A G 1923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.62;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1956,207,0 chrIV 461758 . A G 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.92;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:66:629,66,0 chrIV 462097 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DP=52;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.257;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:487,0,576 chrIV 462476 . C T 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.432;DP=119;Dels=0.00;FS=3.472;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:119:99:1164,0,1018 chrIV 462658 . T C 1780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.726;DP=197;Dels=0.00;FS=0.636;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.384;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,88:197:99:1810,0,2212 chrIV 462910 . T C 1815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.710;DP=232;Dels=0.00;FS=2.953;HaplotypeScore=10.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.987;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,105:232:99:1845,0,2598 chrIV 463263 . C A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.325;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:629,0,508 chrIV 464012 . C T 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=24.04;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1211,123,0 chrIV 464078 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.122;DP=43;Dels=0.00;FS=2.793;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:498,0,444 chrIV 464138 . C T 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=23.74;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:959,99,0 chrIV 464336 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=44;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.663;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:500,0,282 chrIV 464487 . C G 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=22.30;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1371,144,0 chrIV 464538 . T C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;DP=68;Dels=0.00;FS=3.437;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:483,0,645 chrIV 464571 . T C 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.17;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1324,135,0 chrIV 464945 . C A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DP=55;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:593,0,396 chrIV 465051 . T A 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.49;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:93:929,93,0 chrIV 465056 . C G 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.07;MQ0=0;QD=13.68;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:84:813,84,0 chrIV 465343 . T A 2472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=24.48;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2505,258,0 chrIV 465360 . C T 2617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=22.56;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2650,267,0 chrIV 465487 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;DP=66;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:467,0,646 chrIV 465495 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;DP=66;Dels=0.00;FS=1.137;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.216;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:66:99:402,0,714 chrIV 465541 . C G 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=21.74;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1533,159,0 chrIV 465563 . T A 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=20.40;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1889,201,0 chrIV 465662 . G A 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=20.90;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1872,189,0 chrIV 465690 . G A 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=17.65;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1780,180,0 chrIV 465718 . C G 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:614,0,605 chrIV 465882 . G A 1854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=24.08;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1887,192,0 chrIV 466062 . A G 529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=30;Dels=0.00;FS=2.674;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=17.63;ReadPosRankSum=2.286;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:60:562,60,0 chrIV 466170 . A G 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.49;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:828,87,0 chrIV 466356 . A G 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=19.75;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:981,102,0 chrIV 466362 . T C 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=19.26;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:938,102,0 chrIV 466410 . T C 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=15.69;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:51:488,51,0 chrIV 466737 . C T 1263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=20.05;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1296,132,0 chrIV 467306 . C T 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=23.37;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1622,165,0 chrIV 467442 . C T 2581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=28.36;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2614,258,0 chrIV 467595 . T C 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.63;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1498,159,0 chrIV 467790 . C T 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=20.84;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1742,186,0 chrIV 467803 . T A 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=8.97;ReadPosRankSum=2.161;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:739,0,701 chrIV 468822 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=34;Dels=0.00;FS=3.067;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.099;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:355,0,206 chrIV 469108 . T C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=96;Dels=0.00;FS=1.827;HaplotypeScore=11.4557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.426;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:702,0,960 chrIV 469111 . C T 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=92;Dels=0.00;FS=1.888;HaplotypeScore=9.9585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:92:99:716,0,918 chrIV 469194 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DP=54;Dels=0.00;FS=6.460;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:747,0,395 chrIV 469707 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DP=64;Dels=0.00;FS=2.583;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:449,0,593 chrIV 469779 . A T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=86;Dels=0.00;FS=1.764;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:750,0,665 chrIV 470435 . A G 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.938;DP=99;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=5.9449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:99:99:744,0,1208 chrIV 470731 . A T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=44;Dels=0.00;FS=2.614;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.036;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:567,0,261 chrIV 470848 . C T 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DP=79;Dels=0.00;FS=3.055;HaplotypeScore=8.4454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.623;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:664,0,788 chrIV 471249 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=76;Dels=0.00;FS=4.683;HaplotypeScore=9.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:76:99:567,0,718 chrIV 471530 . A G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=49;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:253,0,642 chrIV 472248 . T C 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DP=23;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.68;MQ0=1;MQRankSum=-3.989;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.033;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:65:65,0,133 chrIV 472458 . A G 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.58;MQ0=11;MQRankSum=-0.133;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:49:49,0,131 chrIV 472549 . T C 200.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.96;MQ0=7;MQRankSum=-0.144;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.087;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:230,0,260 chrIV 472918 . G A 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.19;MQ0=0;QD=22.35;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1486,150,0 chrIV 473912 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DP=72;Dels=0.00;FS=4.091;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:336,0,933 chrIV 474265 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=57;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:353,0,519 chrIV 474320 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DP=62;Dels=0.00;FS=5.212;HaplotypeScore=2.6884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:361,0,692 chrIV 474321 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;DP=63;Dels=0.00;FS=5.125;HaplotypeScore=4.2110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:63:99:365,0,703 chrIV 474455 . C A 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.257;DP=96;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:837,0,948 chrIV 474625 . T G 1538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=23.66;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1571,162,0 chrIV 474628 . A G 1622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=23.85;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1655,174,0 chrIV 475191 . A C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.708;DP=68;Dels=0.00;FS=3.402;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.646;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:68:99:692,0,569 chrIV 475206 . A G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=76;Dels=0.00;FS=9.961;HaplotypeScore=4.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.879;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:712,0,690 chrIV 475233 . T C 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.350;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:821,0,784 chrIV 475394 . C A 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DP=98;Dels=0.00;FS=3.880;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:966,0,934 chrIV 475405 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.085;DP=92;Dels=0.00;FS=5.215;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:809,0,914 chrIV 475608 . T C 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=97;Dels=0.00;FS=10.100;HaplotypeScore=10.5900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.047;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:99:934,0,1130 chrIV 475850 . G C 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DP=88;Dels=0.00;FS=1.762;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:835,0,918 chrIV 476220 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.376;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:500,0,627 chrIV 476358 . T C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=33;Dels=0.00;FS=13.519;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.377;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:60:60,0,324 chrIV 476502 . A T 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=15;Dels=0.00;FS=5.497;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.174;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:115,0,175 chrIV 476684 . G A 1372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.563;DP=119;Dels=0.00;FS=2.651;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.278;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:1402,0,1169 chrIV 476833 . C A 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=97;Dels=0.00;FS=14.936;HaplotypeScore=4.1521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.729;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:1025,0,948 chrIV 476875 . G C 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=109;Dels=0.00;FS=20.908;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:109:99:1128,0,1011 chrIV 477034 . A G 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.269;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.793;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,62:115:99:1092,0,964 chrIV 477069 . T G 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.381;DP=146;Dels=0.00;FS=2.096;HaplotypeScore=7.8918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,71:146:99:1180,0,1549 chrIV 477077 . G A 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=145;Dels=0.00;FS=0.618;HaplotypeScore=5.7785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.859;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,69:145:99:1005,0,1383 chrIV 477210 . T C 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DP=139;Dels=0.00;FS=25.634;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.143;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,75:139:99:1225,0,1131 chrIV 477220 . C T 1450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.086;DP=139;Dels=0.00;FS=27.709;HaplotypeScore=4.7494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,81:139:99:1480,0,1133 chrIV 477309 . G A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:110:99:902,0,893 chrIV 477415 . C T 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;DP=129;Dels=0.00;FS=12.514;HaplotypeScore=4.8480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.753;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,60:129:99:958,0,1401 chrIV 477445 . A G 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.257;DP=128;Dels=0.00;FS=9.560;HaplotypeScore=3.9853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:128:99:1001,0,1403 chrIV 477475 . A T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.930;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.722;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,50:131:99:916,0,1426 chrIV 477857 . G A 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;DP=44;Dels=0.00;FS=12.777;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:44:99:200,0,513 chrIV 478019 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;DP=69;Dels=0.00;FS=3.387;HaplotypeScore=3.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.930;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:661,0,708 chrIV 478092 . G C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:64:99:522,0,712 chrIV 478327 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=54;Dels=0.00;FS=5.672;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:437,0,489 chrIV 478496 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=51;Dels=0.00;FS=6.646;HaplotypeScore=6.3549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.743;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:51:99:360,0,491 chrIV 478585 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.765;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:651,0,569 chrIV 479106 . C T 1443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DP=171;Dels=0.00;FS=3.588;HaplotypeScore=25.7964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.924;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,84:171:99:1473,0,1488 chrIV 479557 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.697;DP=69;Dels=0.00;FS=15.890;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:727,0,481 chrIV 479694 . G A 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:110:99:933,0,938 chrIV 479946 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:317,0,741 chrIV 480076 . G C 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=108;Dels=0.00;FS=2.591;HaplotypeScore=9.5366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.093;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:108:99:1018,0,733 chrIV 480096 . G A 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;DP=113;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=8.7142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=8.15;ReadPosRankSum=-2.201;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:951,0,832 chrIV 480135 . A G 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.995;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:767,0,752 chrIV 480222 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DP=56;Dels=0.00;FS=5.552;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.082;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:651,0,356 chrIV 480231 . T C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=55;Dels=0.00;FS=2.332;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:616,0,392 chrIV 480345 . T C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:706,0,648 chrIV 480624 . G A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.830;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:385,0,563 chrIV 480726 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=45;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=5.7278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:473,0,402 chrIV 480846 . G A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.282;DP=76;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=5.6467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=2.099;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:885,0,741 chrIV 480887 . A G 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:800,0,784 chrIV 480972 . C A 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.190;DP=71;Dels=0.00;FS=10.946;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.829;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:71:99:887,0,457 chrIV 482148 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.853;DP=43;Dels=0.00;FS=7.504;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=7.79;ReadPosRankSum=2.228;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:365,0,556 chrIV 482388 . G A 1992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.018;DP=147;Dels=0.00;FS=4.356;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,84:147:99:2022,0,1321 chrIV 482540 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;DP=80;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=10.3246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.084;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:80:99:638,0,585 chrIV 482955 . T C 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=20.55;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1780,186,0 chrIV 483136 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;DP=36;Dels=0.00;FS=13.808;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.151;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:36:99:242,0,296 chrIV 483171 . C T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=38;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:473,0,231 chrIV 483341 . T C 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=18.32;ReadPosRankSum=1.669;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:99:1059,111,0 chrIV 483420 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.097;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:320,0,613 chrIV 483422 . G A 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=22.73;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1192,123,0 chrIV 483501 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DP=41;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.423;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:365,0,434 chrIV 483504 . C T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.916;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:341,0,384 chrIV 483545 . T G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:262,0,344 chrIV 483591 . T A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.067;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:249,0,381 chrIV 483735 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DP=82;Dels=0.00;FS=3.307;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.771;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.856;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:738,0,775 chrIV 483836 . T G 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.280;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.596;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,61:128:99:1265,0,1383 chrIV 483939 . A T 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.160;DP=82;Dels=0.00;FS=0.862;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.179;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:902,0,562 chrIV 484026 . A G 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.952;DP=159;Dels=0.00;FS=2.912;HaplotypeScore=7.9092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.873;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,77:159:99:1265,0,1540 chrIV 484028 . A G 3651.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=21.86;ReadPosRankSum=1.607;SB=-1.650e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:167:99:3651,390,0 chrIV 484050 . T A 1778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.224;DP=224;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=10.1292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.884;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,110:224:99:1808,0,2370 chrIV 484429 . C T 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DP=82;Dels=0.00;FS=4.280;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:752,0,393 chrIV 484952 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.914;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:661,0,487 chrIV 485150 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=2.143;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:507,0,487 chrIV 485454 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=63;Dels=0.00;FS=5.310;HaplotypeScore=9.6079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.911;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:532,0,568 chrIV 485593 . A G 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:81:754,81,0 chrIV 485604 . C T 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=36;Dels=0.00;FS=13.878;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.907;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:235,0,379 chrIV 485672 . G A 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=15.94;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1133,117,0 chrIV 485723 . C T 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=18.15;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1358,141,0 chrIV 486009 . A G 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;DP=127;Dels=0.00;FS=4.546;HaplotypeScore=4.2723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.586;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:127:99:1095,0,1363 chrIV 486079 . A G 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=124;Dels=0.00;FS=5.581;HaplotypeScore=8.6715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,58:124:99:1003,0,1072 chrIV 486303 . G A 1590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DP=169;Dels=0.00;FS=5.457;HaplotypeScore=13.3776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.419;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,85:169:99:1620,0,1365 chrIV 487279 . A G 2872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.13;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2905,300,0 chrIV 487532 . C G 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=123;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=12.6326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.214;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,60:123:99:957,0,1164 chrIV 488021 . C T 1307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.029;DP=149;Dels=0.00;FS=12.446;HaplotypeScore=11.7595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,73:149:99:1337,0,1468 chrIV 488048 . A G 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.248;DP=118;Dels=0.00;FS=12.170;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.499;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.766;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,51:118:99:898,0,1311 chrIV 488094 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=83;Dels=0.00;FS=0.833;HaplotypeScore=11.0915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.156;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:83:99:682,0,610 chrIV 488205 . G A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.032;DP=80;Dels=0.00;FS=4.372;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.756;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:879,0,707 chrIV 488584 . T C 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.775;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.051;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:887,0,899 chrIV 488654 . A G 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DP=126;Dels=0.00;FS=4.391;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:126:99:1110,0,990 chrIV 489433 . C T 67.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.361;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:62:97,0,62 chrIV 489543 . T C 408.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.167;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.927;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:438,0,225 chrIV 489556 . C T 117.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.216;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:147,0,234 chrIV 491016 . A C 1343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=123;Dels=0.00;FS=1.465;HaplotypeScore=14.2367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.744;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,71:123:99:1373,0,678 chrIV 491144 . C T 489.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.925;DP=75;Dels=0.00;FS=12.322;HaplotypeScore=7.5338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:75:99:519,0,616 chrIV 491145 . A T 441.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=72;Dels=0.00;FS=12.356;HaplotypeScore=5.1677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.442;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.220;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:471,0,646 chrIV 491146 . G A 406.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;DP=73;Dels=0.00;FS=12.327;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.305;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:73:99:436,0,614 chrIV 491787 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.902;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:543,0,948 chrIV 491804 . T A 2008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=98;Dels=0.00;FS=9.025;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=20.49;ReadPosRankSum=2.374;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:2041,204,0 chrIV 491805 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;DP=100;Dels=0.00;FS=0.789;HaplotypeScore=6.1960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.548;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:100:99:645,0,957 chrIV 492120 . T C 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=83;Dels=0.00;FS=5.863;HaplotypeScore=10.5000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.659;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:790,0,654 chrIV 492626 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;DP=59;Dels=0.00;FS=3.115;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:517,0,729 chrIV 492686 . T G 1484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=24.73;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1517,156,0 chrIV 492702 . T C 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=20.58;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1515,156,0 chrIV 493794 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=61;Dels=0.00;FS=11.331;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.079;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:627,0,449 chrIV 494419 . A G 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=71;Dels=0.00;FS=8.661;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.507;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:982,0,433 chrIV 494981 . C T 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.904;DP=59;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:568,0,585 chrIV 495483 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=77;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=3.111;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.992;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:569,0,723 chrIV 495642 . G T 1109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.036;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,66:130:99:1139,0,1373 chrIV 496104 . A T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.121;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:796,0,538 chrIV 497387 . C A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;DP=49;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:658,0,351 chrIV 497463 . T A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,59:89:99:1107,0,367 chrIV 497525 . C T 1209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.969;DP=120;Dels=0.00;FS=1.501;HaplotypeScore=9.3162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:120:99:1239,0,1088 chrIV 497940 . G C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;DP=74;Dels=0.00;FS=5.466;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:599,0,607 chrIV 498016 . T C 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.882;DP=79;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:724,0,528 chrIV 498305 . C T 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=19.08;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:968,99,0 chrIV 499386 . A T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.604;DP=95;Dels=0.00;FS=3.935;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.462;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:632,0,1090 chrIV 499704 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DP=64;Dels=0.00;FS=2.583;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:425,0,577 chrIV 499794 . G A 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=17.37;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1544,156,0 chrIV 500512 . C T 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=25.08;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1964,201,0 chrIV 500594 . A G 3640.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=147;Dels=0.00;FS=8.914;HaplotypeScore=5.6608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=24.76;ReadPosRankSum=2.383;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,145:147:99:3640,378,0 chrIV 500673 . G A 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.744;DP=119;Dels=0.00;FS=2.457;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.910;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.709;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,66:119:99:1225,0,964 chrIV 501531 . G A 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:692,0,375 chrIV 501667 . A C 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.25;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1479,153,0 chrIV 502097 . G T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.841;DP=40;Dels=0.00;FS=4.590;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.639;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:264,0,408 chrIV 502181 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;DP=60;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=5.7725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=3.074;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.645;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:726,0,424 chrIV 502981 . T A 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=91;Dels=0.00;FS=2.995;HaplotypeScore=6.4506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:973,0,874 chrIV 503212 . G C 1706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=166;Dels=0.00;FS=4.728;HaplotypeScore=15.7577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.969;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,93:166:99:1736,0,1299 chrIV 503249 . C A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;DP=98;Dels=0.00;FS=1.600;HaplotypeScore=11.4528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:836,0,953 chrIV 503375 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;DP=55;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=21.9386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.326;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:214,0,548 chrIV 503628 . T C 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=101;Dels=0.00;FS=1.608;HaplotypeScore=10.1322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.832;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:884,0,954 chrIV 503809 . T C 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.382;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=8.05;ReadPosRankSum=2.008;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:505,0,557 chrIV 503927 . C T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.263;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.966;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:109:99:847,0,1055 chrIV 504046 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;DP=76;Dels=0.00;FS=4.993;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:707,0,906 chrIV 504071 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.721;DP=72;Dels=0.00;FS=4.899;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.820;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.358;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:436,0,900 chrIV 504159 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:294,0,509 chrIV 504183 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=47;Dels=0.00;FS=2.959;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:302,0,533 chrIV 504204 . C T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=56;Dels=0.00;FS=4.273;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:404,0,637 chrIV 504609 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.650;DP=45;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:267,0,468 chrIV 504869 . A G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=65;Dels=0.00;FS=15.638;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:625,0,576 chrIV 504877 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=63;Dels=0.00;FS=6.775;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=2.140;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:543,0,543 chrIV 505206 . C T 206.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=4.04;ReadPosRankSum=3.115;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:236,0,296 chrIV 505225 . T C 223.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.713;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:42:99:253,0,188 chrIV 505262 . T A 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.542;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.051;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:74:74,0,306 chrIV 505264 . T G 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.542;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.207;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:63:63,0,319 chrIV 505274 . T A 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.595;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.659;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.559;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:25:59:59,0,428 chrIV 505380 . T A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:150,0,325 chrIV 505429 . C G 178.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DP=22;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.599;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:22:99:208,0,146 chrIV 505529 . C A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.345;DP=66;Dels=0.00;FS=1.909;HaplotypeScore=6.5028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:66:99:547,0,783 chrIV 505841 . G A 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.349;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,59:97:99:1104,0,710 chrIV 506222 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:540,0,374 chrIV 506283 . C T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=41;Dels=0.00;FS=9.275;HaplotypeScore=6.7557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.904;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:41:99:271,0,201 chrIV 506367 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=49;Dels=0.00;FS=6.133;HaplotypeScore=7.0785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.710;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:459,0,444 chrIV 506641 . T A 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;DP=25;Dels=0.00;FS=28.709;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-7.398e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:184,0,273 chrIV 506998 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=53;Dels=0.00;FS=10.048;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.381;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:411,0,499 chrIV 507180 . C T 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.77;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:921,93,0 chrIV 507490 . G A 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=19.09;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:930,105,0 chrIV 507578 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=53;Dels=0.00;FS=6.268;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.278;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:428,0,596 chrIV 507718 . A T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=3.161;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.704;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:670,0,629 chrIV 507786 . T C 475.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.531;DP=46;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.493;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.053;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:505,0,244 chrIV 507791 . A T 428.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;DP=46;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.476;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.312;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:458,0,236 chrIV 507975 . A G 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.340;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.223;QD=13.49;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-8.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,38:65:77:910,77,0 chrIV 508741 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=7.67;ReadPosRankSum=-2.283;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:475,0,559 chrIV 508764 . T C 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:713,0,590 chrIV 509004 . A T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=75;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:496,0,959 chrIV 509186 . A T 3225.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=19.67;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:3258,330,0 chrIV 509322 . T C 71.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:18:99:101,0,236 chrIV 509407 . G T 1448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.98;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1481,150,0 chrIV 509488 . G A 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=17.97;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1291,141,0 chrIV 509559 . A G 1357.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.499;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.284;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,61:114:99:1387,0,1187 chrIV 509676 . C T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DP=58;Dels=0.00;FS=3.838;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:291,0,681 chrIV 509797 . C T 1106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=125;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=7.1734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,73:125:99:1136,0,980 chrIV 509821 . T C 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DP=108;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.444;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:108:99:824,0,995 chrIV 509831 . T C 2019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=19.79;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2052,213,0 chrIV 510079 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;DP=76;Dels=0.00;FS=2.022;HaplotypeScore=7.9625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.190;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.016;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:480,0,725 chrIV 510085 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=73;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.421;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.481;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:480,0,687 chrIV 510199 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=61;Dels=0.00;FS=9.315;HaplotypeScore=4.4643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.094;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:675,0,424 chrIV 510253 . C G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;DP=44;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=6.4930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:44:99:399,0,331 chrIV 511129 . C T 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.19;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1446,153,0 chrIV 511850 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=50;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.887;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.732;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:377,0,465 chrIV 512368 . C A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.345;DP=65;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:498,0,818 chrIV 512370 . T C 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DP=66;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.044;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:827,0,629 chrIV 512392 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=61;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.711;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:524,0,541 chrIV 512393 . G A 1382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=22.66;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1415,147,0 chrIV 512419 . G A 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=74;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=17.0774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:717,0,489 chrIV 512478 . A C 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.804;DP=101;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:99:99:764,0,1158 chrIV 512519 . G A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;DP=111;Dels=0.00;FS=4.781;HaplotypeScore=7.8921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.112;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:111:99:990,0,995 chrIV 512522 . T C 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=108;Dels=0.00;FS=4.818;HaplotypeScore=5.5373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:108:99:959,0,924 chrIV 512720 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.883;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:561,0,527 chrIV 513405 . A C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=72;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=15.7090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:72:99:281,0,735 chrIV 513524 . C T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.079;DP=98;Dels=0.00;FS=10.984;HaplotypeScore=12.3826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.52;MQ0=3;MQRankSum=1.203;QD=5.26;ReadPosRankSum=2.543;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:545,0,517 chrIV 513586 . T C 4204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=1;MQRankSum=0.482;QD=24.58;ReadPosRankSum=1.712;SB=-1.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:171:99:4204,442,0 chrIV 513731 . T G 18.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.81;MQ0=3;MQRankSum=0.358;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:21:48,0,21 chrIV 513733 . T G 18.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.62;MQ0=4;MQRankSum=1.231;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:21:48,0,21 chrIV 513735 . A T 20.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.62;MQ0=4;MQRankSum=1.231;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:22:50,0,22 chrIV 513742 . A T 20.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.71;MQ0=11;MQRankSum=-0.358;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.358;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,2:16:24:50,0,24 chrIV 515408 . T C 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.534;DP=308;Dels=0.00;FS=73.479;HaplotypeScore=12.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.55;MQ0=46;MQRankSum=-0.740;QD=0.06;ReadPosRankSum=2.059;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:272,36:308:48:48,0,2337 chrIV 516241 . T A 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.055;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.07;MQ0=41;MQRankSum=1.550;QD=0.37;ReadPosRankSum=2.535;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,34:116:73:73,0,171 chrIV 516871 . T C 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.058;DP=302;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.87;MQ0=68;MQRankSum=0.378;QD=0.11;ReadPosRankSum=0.015;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:265,37:302:62:62,0,229 chrIV 518913 . T C 32.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.33;MQ0=56;MQRankSum=0.529;QD=0.47;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,8:68:62:62,0,99 chrIV 518915 . T G 32.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.58;MQ0=53;MQRankSum=0.135;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,6:65:62:62,0,96 chrIV 518917 . A G 34.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.77;MQ0=51;MQRankSum=0.380;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,6:63:64:64,0,93 chrIV 519063 . G A 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.07;MQ0=37;MQRankSum=0.296;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.296;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:47:42:48,0,42 chrIV 519318 . A T 247.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.613;DP=79;Dels=0.00;FS=2.499;HaplotypeScore=27.1124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.95;MQ0=25;MQRankSum=1.713;QD=3.13;ReadPosRankSum=2.756;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,17:79:99:277,0,625 chrIV 519322 . T A 40.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;DP=80;Dels=0.00;FS=14.121;HaplotypeScore=28.0956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.80;MQ0=26;MQRankSum=-3.030;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,9:80:70:70,0,815 chrIV 519323 . T G 23.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=78;Dels=0.00;FS=18.174;HaplotypeScore=28.0956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.02;MQ0=25;MQRankSum=-2.522;QD=0.30;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,10:78:53:53,0,812 chrIV 519324 . G T 327.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.605;DP=77;Dels=0.00;FS=7.894;HaplotypeScore=27.3070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.08;MQ0=25;MQRankSum=2.962;QD=4.25;ReadPosRankSum=2.266;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:357,0,494 chrIV 519358 . T G 100.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=60;Dels=0.00;FS=12.967;HaplotypeScore=3.3080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.45;MQ0=25;MQRankSum=0.962;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.151;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,10:60:99:130,0,288 chrIV 519360 . T G 106.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=57;Dels=0.00;FS=18.179;HaplotypeScore=11.7397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.62;MQ0=23;MQRankSum=0.483;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.365;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,8:57:99:136,0,247 chrIV 519362 . A T 120.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=55;Dels=0.00;FS=23.127;HaplotypeScore=10.9510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.21;MQ0=23;MQRankSum=1.066;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.979;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,8:55:99:150,0,192 chrIV 519369 . A T 149.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;DP=55;Dels=0.00;FS=4.041;HaplotypeScore=18.3112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.61;MQ0=23;MQRankSum=0.019;QD=2.71;ReadPosRankSum=4.353;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:77:179,0,77 chrIV 519856 . A G 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DP=99;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=10.9892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:99:99:405,0,662 chrIV 519895 . T C 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=64;Dels=0.00;FS=24.776;HaplotypeScore=50.7027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.810;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.118;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,8:64:42:42,0,532 chrIV 519954 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.486;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.200;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,21:94:99:259,0,909 chrIV 519960 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=99;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.706;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,27:99:99:344,0,985 chrIV 519970 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DP=109;Dels=0.00;FS=3.013;HaplotypeScore=10.7218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.897;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,35:109:99:354,0,1182 chrIV 520004 . G A 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.485;DP=142;Dels=0.00;FS=27.202;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-5.029;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.617;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,61:142:99:997,0,1755 chrIV 520031 . A G 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DP=142;Dels=0.00;FS=22.065;HaplotypeScore=7.0098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.905;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.754;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,62:142:99:810,0,1578 chrIV 520061 . C A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;DP=127;Dels=0.00;FS=34.651;HaplotypeScore=14.6368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.993;QD=4.47;ReadPosRankSum=-2.518;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:127:99:598,0,1585 chrIV 520078 . A G 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.073;DP=97;Dels=0.00;FS=15.217;HaplotypeScore=7.8486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-7.777;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,40:97:99:160,0,1438 chrIV 520108 . A G 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.822;DP=88;Dels=0.00;FS=9.927;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-7.639;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.550;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:211,0,1221 chrIV 520115 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DP=85;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.510;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:202,0,1069 chrIV 520121 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DP=79;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-6.035;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:273,0,996 chrIV 520152 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DP=86;Dels=0.00;FS=3.571;HaplotypeScore=6.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.994;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:422,0,923 chrIV 520210 . C A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;DP=80;Dels=0.00;FS=6.544;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.469;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.491;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:415,0,977 chrIV 520212 . A G 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.607;DP=84;Dels=0.00;FS=8.054;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.963;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.279;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:431,0,1024 chrIV 520246 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.974;DP=102;Dels=0.00;FS=17.449;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.64;MQ0=0;MQRankSum=-5.307;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:102:99:318,0,1448 chrIV 520247 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.130;DP=99;Dels=0.00;FS=20.779;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-5.471;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,34:99:99:317,0,1387 chrIV 520268 . A G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.023;DP=107;Dels=0.00;FS=13.879;HaplotypeScore=3.2834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQ0=0;MQRankSum=-7.177;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,36:107:99:185,0,1582 chrIV 520309 . G A 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;DP=143;Dels=0.00;FS=20.106;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQ0=0;MQRankSum=-9.701;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,60:143:99:175,0,1718 chrIV 520315 . G A 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DP=143;Dels=0.00;FS=34.967;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-10.032;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.470;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,59:143:99:186,0,1662 chrIV 520322 . T A 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=133;Dels=0.00;FS=30.637;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.06;MQ0=0;MQRankSum=-9.576;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,58:133:99:200,0,1627 chrIV 520334 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.991;DP=131;Dels=0.00;FS=27.847;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=-8.797;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:131:99:215,0,1551 chrIV 520710 . C T 1527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=168;Dels=0.00;FS=7.969;HaplotypeScore=9.4145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.509;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,77:168:99:1557,0,1881 chrIV 520815 . A G 2835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.03;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2868,300,0 chrIV 521406 . T C 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;DP=87;Dels=0.00;FS=4.661;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.737;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:816,0,1003 chrIV 521623 . C T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DP=116;Dels=0.00;FS=10.493;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:116:99:698,0,1396 chrIV 521753 . C T 1674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=125;Dels=0.00;FS=5.767;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,72:125:99:1704,0,1000 chrIV 521776 . C G 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:101:99:1087,0,892 chrIV 521778 . A G 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.415;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:99:99:830,0,943 chrIV 521976 . A G 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.837;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:716,0,752 chrIV 523042 . T C 617.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.557;DP=93;Dels=0.00;FS=55.497;HaplotypeScore=99.6942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=-5.845;QD=6.63;ReadPosRankSum=-3.276;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:93:99:647,0,673 chrIV 523048 . A T 410 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.713;DP=81;Dels=0.01;FS=50.731;HaplotypeScore=57.3145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;MQRankSum=-7.411;QD=5.06;ReadPosRankSum=-2.808;SB=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,33:80:54:443,54,0 chrIV 523054 . A T 398 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.924;DP=82;Dels=0.00;FS=67.004;HaplotypeScore=11.4966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=-7.389;QD=4.85;ReadPosRankSum=-3.781;SB=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,30:82:31:431,31,0 chrIV 523058 . C T 66.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;DP=74;Dels=0.01;FS=39.945;HaplotypeScore=21.9290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.881;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,18:73:96:96,0,884 chrIV 523059 . T A 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=74;Dels=0.01;FS=49.999;HaplotypeScore=19.9678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-6.141;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.046;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,17:73:75:75,0,991 chrIV 523083 . A T 23.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DP=76;Dels=0.00;FS=32.307;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.977;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,15:76:53:53,0,1433 chrIV 523087 . T C 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;DP=77;Dels=0.00;FS=35.605;HaplotypeScore=8.1092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.772;QD=0.16;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,14:77:42:42,0,1378 chrIV 523092 . T G 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DP=80;Dels=0.00;FS=43.122;HaplotypeScore=4.1658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-5.742;QD=0.15;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,14:80:42:42,0,1391 chrIV 524808 . T C 414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.25;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:447,45,0 chrIV 525250 . G T 409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=28;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=5.8246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.362;SB=-2.284e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:45:442,45,0 chrIV 525682 . T C 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=18.00;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:42:411,42,0 chrIV 525758 . T G 367.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=1.552;QD=19.32;ReadPosRankSum=1.187;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:26:400,26,0 chrIV 525988 . G A 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=22;Dels=0.00;FS=8.704;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.551;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:40:40,0,286 chrIV 526042 . C T 65.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.209;DP=25;Dels=0.00;FS=12.418;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.817;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:95:95,0,342 chrIV 526063 . A G 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=31;Dels=0.00;FS=8.356;HaplotypeScore=3.6557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=0.40;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:31:42:42,0,497 chrIV 526135 . G A 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DP=31;Dels=0.00;FS=7.334;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.957;QD=1.94;ReadPosRankSum=2.044;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:90:90,0,320 chrIV 526183 . T C 62.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DP=38;Dels=0.00;FS=20.058;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.640;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.497;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:92:92,0,405 chrIV 526186 . C T 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=36;Dels=0.00;FS=19.489;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.471;QD=1.08;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:69:69,0,433 chrIV 526215 . G A 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;DP=38;Dels=0.00;FS=25.928;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.435;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.651;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:47:47,0,527 chrIV 526303 . C A 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=42;Dels=0.00;FS=22.620;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.334;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:125,0,480 chrIV 526727 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=52;Dels=0.00;FS=2.708;HaplotypeScore=12.7053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:229,0,632 chrIV 527319 . C G 3831.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=23.22;SB=-2.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:165:99:3831,408,0 chrIV 527586 . T C 540.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=82;Dels=0.00;FS=5.034;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.66;MQ0=5;MQRankSum=0.209;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:570,0,841 chrIV 527743 . A G 104.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;DP=52;Dels=0.00;FS=31.982;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.73;MQ0=6;MQRankSum=-0.683;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.732;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,13:52:99:134,0,607 chrIV 527845 . C T 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=44;Dels=0.00;FS=21.693;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,7:44:51:51,0,729 chrIV 527883 . C T 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=35;Dels=0.00;FS=30.121;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.86;MQ0=6;MQRankSum=0.673;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:35:53:53,0,380 chrIV 528042 . C T 1112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=125;Dels=0.00;FS=5.554;HaplotypeScore=8.2236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.48;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,64:125:99:1142,0,1148 chrIV 537808 . G C 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.71;MQ0=9;QD=1.52;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:13:6:51,6,0 chrIV 537811 . T C 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.31;MQ0=8;QD=1.57;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:12:6:50,6,0 chrIV 537817 . C T 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.22;MQ0=6;QD=1.80;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,6:11:6:51,6,0 chrIV 537828 . C T 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.11;MQ0=5;QD=1.78;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:6:49,6,0 chrIV 537832 . T C 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.22;MQ0=6;QD=1.71;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:11:6:50,6,0 chrIV 537838 . A G 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.96;MQ0=5;QD=1.49;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:12:6:49,6,0 chrIV 537865 . G A 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.75;MQ0=8;QD=2.81;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,8:16:9:77,9,0 chrIV 537934 . T C 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.82;MQ0=8;QD=1.84;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,7:14:6:57,6,0 chrIV 538039 . T G 55.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.38;MQ0=7;QD=2.80;SB=-9.796e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:20:9:88,9,0 chrIV 538042 . G A 57.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.38;MQ0=7;QD=2.90;SB=-9.796e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:20:9:90,9,0 chrIV 538051 . C T 132.13 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.06;MQ0=6;QD=6.29;SB=-1.415e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,15:21:18:165,18,0 chrIV 538054 . A G 127.13 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.06;MQ0=6;QD=6.05;SB=-1.415e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,15:21:18:160,18,0 chrIV 538057 . T C 107.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.27;MQ0=6;QD=5.11;SB=-2.718e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,15:21:15:140,15,0 chrIV 538066 . C T 85.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.89;MQ0=5;MQRankSum=0.934;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.246;SB=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:19:12:118,12,0 chrIV 538069 . A G 82.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.89;MQ0=5;MQRankSum=2.180;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.713;SB=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:19:12:115,12,0 chrIV 538120 . G T 174.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=1;QD=6.96;SB=-7.497e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:21:207,21,0 chrIV 538141 . T A 283 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.24;MQ0=0;QD=8.58;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:33:316,33,0 chrIV 538156 . A G 243 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.72;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:30:276,30,0 chrIV 538159 . G A 207.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.28;SB=-2.381e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:27:240,27,0 chrIV 538162 . C A 187.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.48;SB=-2.382e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:27:220,27,0 chrIV 538163 . G C 155.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.20;SB=-4.096e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:24:188,24,0 chrIV 538165 . G C 189.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.56;SB=-2.381e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:27:222,27,0 chrIV 538167 . T C 191.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=7.35;SB=-2.202e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:27:224,27,0 chrIV 538168 . A G 190.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=7.04;SB=-4.902e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:27:223,27,0 chrIV 538174 . A G 269 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=4.89;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:33:302,33,0 chrIV 538183 . G A 387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.09;MQ0=0;QD=6.14;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:45:420,45,0 chrIV 538369 . T C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:492,0,373 chrIV 538384 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.307;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:409,0,270 chrIV 538433 . G T 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=26;Dels=0.00;FS=9.853;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.48;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:81:81,0,268 chrIV 538464 . C T 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=32;Dels=0.00;FS=5.341;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.01;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.557;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,5:32:60:60,0,483 chrIV 538483 . C A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;DP=54;Dels=0.00;FS=3.819;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.96;MQ0=0;MQRankSum=2.518;QD=6.74;ReadPosRankSum=-3.746;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:394,0,425 chrIV 538491 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.533;DP=74;Dels=0.00;FS=6.826;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.93;MQ0=0;MQRankSum=3.476;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.880;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:660,0,652 chrIV 538827 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.651;DP=69;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:671,0,903 chrIV 538966 . A C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=42;Dels=0.00;FS=10.201;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.381;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:504,0,332 chrIV 539017 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=33;Dels=0.00;FS=5.555;HaplotypeScore=0.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:366,0,287 chrIV 539024 . C A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=34;Dels=0.00;FS=5.610;HaplotypeScore=1.9861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:368,0,279 chrIV 539137 . C T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=68;Dels=0.00;FS=2.101;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.257;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:644,0,460 chrIV 539196 . C A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=71;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:436,0,663 chrIV 539207 . T C 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DP=66;Dels=0.00;FS=11.779;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:527,0,734 chrIV 539475 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=68;Dels=0.00;FS=4.974;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.577;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:526,0,783 chrIV 539551 . G A 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DP=101;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=8.1880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:101:99:906,0,789 chrIV 540228 . C T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;DP=65;Dels=0.00;FS=3.526;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:727,0,431 chrIV 540249 . G C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=66;Dels=0.00;FS=16.375;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.769;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.735;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:451,0,716 chrIV 540514 . A T 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=82;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.974;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,50:82:99:1134,0,504 chrIV 540564 . T A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.390;DP=72;Dels=0.00;FS=15.440;HaplotypeScore=13.5010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=11.38;ReadPosRankSum=3.357;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:849,0,366 chrIV 540619 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=65;Dels=0.00;FS=13.723;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:654,0,797 chrIV 540965 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.621;DP=53;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.464;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:388,0,564 chrIV 540969 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=54;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.945;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.646;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:329,0,563 chrIV 541985 . T A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.273;DP=95;Dels=0.00;FS=1.667;HaplotypeScore=7.0571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.317;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:730,0,978 chrIV 542266 . G C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=70;Dels=0.00;FS=2.337;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.507;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:70:99:581,0,730 chrIV 542914 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.682;DP=94;Dels=0.00;FS=7.792;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.435;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:702,0,906 chrIV 543029 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=75;Dels=0.01;FS=1.956;HaplotypeScore=5.0153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:479,0,970 chrIV 543049 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=66;Dels=0.00;FS=4.919;HaplotypeScore=5.6769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:449,0,862 chrIV 543598 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.961;DP=72;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=11.39;ReadPosRankSum=1.088;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:72:99:850,0,643 chrIV 544220 . C T 308.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=32;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:338,0,347 chrIV 544361 . G A 248.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=24;Dels=0.00;FS=3.388;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.897;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:278,0,214 chrIV 545047 . G A 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.881;DP=66;Dels=0.00;FS=11.594;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.942;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,46:66:99:979,0,341 chrIV 545374 . C T 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DP=90;Dels=0.00;FS=12.961;HaplotypeScore=7.7479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.416;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:928,0,823 chrIV 547875 . C A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.606;DP=86;Dels=0.00;FS=3.296;HaplotypeScore=6.0937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.045;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:86:99:686,0,829 chrIV 547876 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DP=79;Dels=0.00;FS=4.870;HaplotypeScore=4.3183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:704,0,800 chrIV 548352 . C T 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.754;DP=94;Dels=0.00;FS=5.631;HaplotypeScore=8.9437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:94:99:931,0,713 chrIV 549071 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:621,0,510 chrIV 550672 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=59;Dels=0.00;FS=4.133;HaplotypeScore=4.1687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=8.81;ReadPosRankSum=-2.062;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:550,0,532 chrIV 550727 . A T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=59;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=5.4073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:516,0,536 chrIV 550868 . G A 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=37;Dels=0.00;FS=12.877;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:354,0,205 chrIV 550889 . C G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;DP=41;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.952;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:294,0,286 chrIV 550893 . C G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=36;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.413;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:36:99:293,0,236 chrIV 551003 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=32;Dels=0.00;FS=3.247;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.187;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:380,0,215 chrIV 551004 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=32;Dels=0.00;FS=3.247;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.771;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.109;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:370,0,220 chrIV 551018 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=28;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.942;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:312,0,139 chrIV 551063 . C G 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=26;Dels=0.00;FS=9.558;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:26:99:126,0,204 chrIV 551099 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.813;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:292,0,502 chrIV 551214 . A G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=31;Dels=0.00;FS=1.446;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:213,0,329 chrIV 551387 . C A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=31;Dels=0.00;FS=3.495;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:359,0,235 chrIV 551587 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:208,0,210 chrIV 551702 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;DP=36;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.652;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:36:99:528,0,147 chrIV 551843 . G T 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=53;Dels=0.00;FS=5.785;HaplotypeScore=4.4783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:53:99:220,0,109 chrIV 552354 . T C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=30;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=3.4264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:338,0,188 chrIV 552943 . A C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.964;DP=119;Dels=0.00;FS=0.982;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.928;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:119:99:842,0,1379 chrIV 553031 . G A 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=136;Dels=0.00;FS=4.305;HaplotypeScore=13.3649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.572;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,71:136:99:1068,0,1137 chrIV 553189 . A G 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:614,0,657 chrIV 553651 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:277,0,316 chrIV 553753 . A G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DP=50;Dels=0.00;FS=5.955;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=3.72;ReadPosRankSum=-2.386;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:216,0,626 chrIV 554794 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;DP=41;Dels=0.00;FS=9.551;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:324,0,419 chrIV 554837 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=48;Dels=0.00;FS=2.731;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:48:99:298,0,553 chrIV 555214 . A G 1178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.158;DP=156;Dels=0.00;FS=7.179;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.845;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,68:156:99:1208,0,1836 chrIV 555283 . C T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=88;Dels=0.00;FS=9.910;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:88:99:599,0,787 chrIV 555327 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=58;Dels=0.00;FS=1.014;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=2.748;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:593,0,195 chrIV 555346 . G A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=54;Dels=0.00;FS=3.980;HaplotypeScore=4.0904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.982;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:54:99:247,0,524 chrIV 555362 . C T 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DP=47;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.783;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:47:99:118,0,543 chrIV 555365 . C A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.365;DP=46;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.535;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:150,0,573 chrIV 555379 . C T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=34;Dels=0.00;FS=11.168;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.460;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.405;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:74:74,0,499 chrIV 555381 . C G 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DP=33;Dels=0.00;FS=11.713;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.074;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.363;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:73:73,0,482 chrIV 555524 . C A 231.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.172;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:261,0,267 chrIV 555588 . C T 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=20;Dels=0.00;FS=5.006;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.658;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:91:91,0,215 chrIV 556326 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:310,0,570 chrIV 556732 . T C 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=105;Dels=0.00;FS=9.083;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.284;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.212;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:105:99:925,0,751 chrIV 556859 . T G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.812;DP=58;Dels=0.00;FS=4.616;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=8.29;ReadPosRankSum=2.741;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:511,0,450 chrIV 556934 . A C 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.11;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1258,132,0 chrIV 556996 . A G 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;DP=127;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.882;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,47:127:99:834,0,1219 chrIV 557054 . C T 1429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DP=121;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=8.0392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,71:121:99:1459,0,972 chrIV 557161 . A G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=44;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.203;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:364,0,369 chrIV 557710 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=102;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=6.3300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:790,0,962 chrIV 557749 . G C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;DP=75;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=5.1290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.366;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:624,0,731 chrIV 557899 . T C 2090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=109;Dels=0.00;FS=9.463;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=19.17;ReadPosRankSum=2.337;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:2123,225,0 chrIV 557923 . A G 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.723;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,58:113:99:976,0,922 chrIV 558249 . A G 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.603;DP=75;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=8.84;ReadPosRankSum=2.784;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:693,0,548 chrIV 558325 . A G 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=74;Dels=0.00;FS=9.077;HaplotypeScore=20.7108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.554;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.299;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:698,0,310 chrIV 558895 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=63;Dels=0.00;FS=2.306;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:367,0,660 chrIV 558963 . T C 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;DP=73;Dels=0.00;FS=2.076;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:611,0,802 chrIV 559020 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.326;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.499;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:556,0,461 chrIV 559132 . T A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=23;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:256,0,214 chrIV 559236 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.944;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:313,0,335 chrIV 559461 . A T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=50;Dels=0.00;FS=3.538;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.757;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:559,0,350 chrIV 559582 . G T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DP=55;Dels=0.00;FS=8.239;HaplotypeScore=3.2213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:423,0,640 chrIV 559897 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.088;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:726,0,1170 chrIV 559935 . C T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=68;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=1.9243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.816;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:564,0,712 chrIV 560449 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;DP=75;Dels=0.00;FS=1.088;HaplotypeScore=7.6765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.447;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:585,0,722 chrIV 560536 . T A 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;DP=100;Dels=0.00;FS=2.857;HaplotypeScore=6.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=8.48;ReadPosRankSum=2.735;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:878,0,1145 chrIV 560715 . G A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;DP=46;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.579;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:359,0,381 chrIV 560858 . A G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=6.06;ReadPosRankSum=-2.282;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:248,0,272 chrIV 561251 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=70;Dels=0.00;FS=3.115;HaplotypeScore=19.5706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.427;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:70:99:574,0,541 chrIV 561417 . G A 1244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.073;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,72:132:99:1274,0,1042 chrIV 561566 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.933;DP=85;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=12.5018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:375,0,542 chrIV 562925 . A G 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;DP=41;Dels=0.00;FS=4.781;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.935;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.704;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:191,0,536 chrIV 562970 . G T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.871;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.485;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:229,0,661 chrIV 562989 . G C 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;DP=40;Dels=0.00;FS=1.370;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.680;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.560;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:144,0,599 chrIV 563017 . A T 68.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.614;QD=1.58;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:43:98:98,0,420 chrIV 563021 . G A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=43;Dels=0.00;FS=2.749;HaplotypeScore=24.4084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.024;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:43:99:133,0,353 chrIV 563080 . C A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.965;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.109;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:214,0,306 chrIV 563081 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.965;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.919;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:246,0,335 chrIV 563188 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=38;Dels=0.00;FS=9.999;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.029;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:385,0,225 chrIV 563209 . G C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=31;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.800;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.549;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:31:99:284,0,141 chrIV 563218 . G T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=33;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.356;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:271,0,170 chrIV 563438 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;DP=55;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.113;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:576,0,370 chrIV 563468 . G A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=51;Dels=0.00;FS=1.250;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:677,0,403 chrIV 563790 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;DP=49;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=5.3454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:49:99:425,0,299 chrIV 564360 . T C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=28;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:188,0,319 chrIV 564366 . C T 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=27;Dels=0.00;FS=4.222;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:205,0,273 chrIV 564745 . G A 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=25.76;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1089,117,0 chrIV 564873 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.882;DP=94;Dels=0.00;FS=5.465;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.576;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:309,0,1155 chrIV 564879 . C T 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.157;DP=93;Dels=0.00;FS=2.208;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.243;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:688,0,1049 chrIV 565245 . G A 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.669;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:649,0,799 chrIV 565254 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.990;DP=70;Dels=0.00;FS=3.297;HaplotypeScore=2.5787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.872;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:70:99:532,0,805 chrIV 565313 . C T 1358 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=19.97;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1391,147,0 chrIV 565317 . T G 351.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=5.32;ReadPosRankSum=2.290;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:381,0,735 chrIV 565322 . A G 1346 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=19.23;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1379,141,0 chrIV 565468 . A G 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=85;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.346;QD=8.27;ReadPosRankSum=2.008;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:85:99:733,0,769 chrIV 565653 . G T 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;DP=113;Dels=0.00;FS=1.653;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,68:113:99:1130,0,625 chrIV 565863 . A G 1386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.422;DP=126;Dels=0.00;FS=2.374;HaplotypeScore=7.8961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.525;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:126:99:1416,0,1110 chrIV 566376 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;DP=70;Dels=0.00;FS=15.329;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.979;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:452,0,612 chrIV 566726 . G A 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=18.49;ReadPosRankSum=1.629;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1290,129,0 chrIV 566734 . T C 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.270;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:76:99:260,0,928 chrIV 566816 . G A 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.921;DP=100;Dels=0.00;FS=0.763;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.975;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:100:99:965,0,853 chrIV 567068 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;DP=80;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=9.4327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.485;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:80:99:680,0,666 chrIV 567111 . C T 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=81;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=5.5646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.125;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:764,0,702 chrIV 567155 . C A 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=83;Dels=0.00;FS=5.683;HaplotypeScore=12.1811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:801,0,801 chrIV 568017 . C T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.578;DP=82;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=7.1835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.345;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:729,0,564 chrIV 568131 . A G 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=69;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=21.12;ReadPosRankSum=1.681;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1490,156,0 chrIV 568436 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;DP=60;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.592;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:570,0,525 chrIV 568569 . A G 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.546;DP=87;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.794;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:831,0,825 chrIV 568816 . G A 3129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=28.45;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:3162,316,0 chrIV 568863 . G A 2202 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=22.24;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2235,243,0 chrIV 568871 . G A 2577 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=24.08;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2610,261,0 chrIV 568873 . C T 1160.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;DP=107;Dels=0.00;FS=6.565;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.220;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,65:107:99:1190,0,756 chrIV 569056 . A G 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=20.09;ReadPosRankSum=1.686;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1540,165,0 chrIV 569057 . G A 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=20.84;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1575,168,0 chrIV 569081 . A G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;DP=112;Dels=0.00;FS=4.132;HaplotypeScore=10.7815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:112:99:708,0,1046 chrIV 569606 . T A,G 559.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.65;MQ0=0;QD=16.44;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,16,18:34:99:619,361,331,258,0,216 chrIV 569915 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.870;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:84:99:663,0,1052 chrIV 570044 . G A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DP=73;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=11.5566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:73:99:683,0,487 chrIV 570168 . T C 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.805;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.457;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:808,0,1228 chrIV 570290 . A T 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=110;Dels=0.00;FS=5.225;HaplotypeScore=7.3033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.327;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:1009,0,1202 chrIV 570369 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;DP=44;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=5.4711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:444,0,319 chrIV 570373 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DP=43;Dels=0.00;FS=9.292;HaplotypeScore=5.5258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.284;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:292,0,491 chrIV 570480 . T A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=71;Dels=0.00;FS=2.039;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.929;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:490,0,639 chrIV 570653 . G A 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.114;DP=78;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=3.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:824,0,612 chrIV 570745 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=43;Dels=0.00;FS=12.219;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.405;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:369,0,338 chrIV 570926 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=92;Dels=0.00;FS=6.866;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.071;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:769,0,1068 chrIV 571144 . C A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.203;DP=43;Dels=0.00;FS=7.310;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.353;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:43:99:437,0,384 chrIV 571473 . C T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=68;Dels=0.00;FS=8.606;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.025;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:669,0,528 chrIV 571718 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.194;DP=72;Dels=0.00;FS=2.062;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.029;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:72:99:485,0,943 chrIV 571806 . A G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.903;DP=79;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=7.2480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.631;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:727,0,873 chrIV 572100 . C T 1375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.110;DP=123;Dels=0.00;FS=5.670;HaplotypeScore=19.6856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.341;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,73:123:99:1405,0,794 chrIV 572145 . A G 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.128;DP=122;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.229;QD=10.12;ReadPosRankSum=-2.339;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,67:122:99:1265,0,1140 chrIV 572184 . C T 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=113;Dels=0.00;FS=6.235;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.559;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.946;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:113:99:1082,0,1086 chrIV 572190 . T C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;DP=98;Dels=0.00;FS=8.268;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=7.98;ReadPosRankSum=2.272;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:98:99:812,0,917 chrIV 572208 . G A 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.261;DP=95;Dels=0.00;FS=10.468;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,59:95:99:1003,0,631 chrIV 572492 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.884;DP=90;Dels=0.00;FS=4.460;HaplotypeScore=9.8796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:500,0,914 chrIV 572610 . C T 2126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=24.16;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2159,219,0 chrIV 572797 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=68;Dels=0.00;FS=3.396;HaplotypeScore=5.5413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.367;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:68:99:488,0,852 chrIV 572826 . C T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.352;DP=75;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=6.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:613,0,751 chrIV 572934 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.311;DP=92;Dels=0.00;FS=5.432;HaplotypeScore=8.7142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:694,0,1039 chrIV 573174 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;DP=60;Dels=0.00;FS=1.086;HaplotypeScore=2.4626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.206;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.175;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:395,0,533 chrIV 573177 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.754;DP=62;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=4.7739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.289;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.444;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:380,0,587 chrIV 573595 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.315;DP=54;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:54:99:391,0,402 chrIV 573702 . A G 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.254;DP=103;Dels=0.00;FS=0.734;HaplotypeScore=5.6417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:1066,0,1059 chrIV 573826 . C T 1190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;DP=109;Dels=0.00;FS=9.382;HaplotypeScore=6.6051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.222;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:109:99:1220,0,1037 chrIV 573896 . G C 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=78;Dels=0.00;FS=10.450;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.388;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:961,0,718 chrIV 573928 . A G 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=26.10;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1938,198,0 chrIV 573980 . G A 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:109:99:1015,0,1040 chrIV 573991 . C T 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DP=107;Dels=0.00;FS=7.566;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:958,0,952 chrIV 574093 . G A 3973.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.23;SB=-1.987e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:3973,426,0 chrIV 574753 . T C 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=18.00;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:861,90,0 chrIV 575468 . A C 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=19.52;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1380,147,0 chrIV 575774 . G A 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=90;Dels=0.00;FS=0.917;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:1027,0,649 chrIV 575873 . A G 1363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;DP=148;Dels=0.00;FS=3.910;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.449;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,67:148:99:1393,0,1404 chrIV 575960 . T G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=61;Dels=0.00;FS=9.438;HaplotypeScore=3.4061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.527;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:567,0,626 chrIV 576025 . C A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.975;DP=59;Dels=0.00;FS=7.032;HaplotypeScore=5.0559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.855;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:379,0,631 chrIV 576258 . C T 1575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;QD=19.21;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1608,171,0 chrIV 576298 . A C 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;DP=101;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=9.8025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.287;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,60:101:99:806,0,492 chrIV 576445 . A G 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;DP=145;Dels=0.00;FS=16.261;HaplotypeScore=8.0269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,57:145:99:1170,0,1909 chrIV 576524 . G T 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.292;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:1044,0,689 chrIV 576577 . G A 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.514;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.096;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:827,0,917 chrIV 578168 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DP=48;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.524;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.075;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:551,0,444 chrIV 578566 . T A 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=21.82;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1386,141,0 chrIV 578638 . T C 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=19.74;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1316,132,0 chrIV 578647 . C T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;DP=57;Dels=0.00;FS=2.223;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=3.643;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:524,0,270 chrIV 578649 . T C 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.74;MQ0=0;QD=17.54;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1015,105,0 chrIV 578722 . A G 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.880;DP=62;Dels=0.00;FS=3.514;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.483;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:301,0,658 chrIV 578728 . A G 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=18.82;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1181,123,0 chrIV 578841 . G A 2469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=25.72;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2502,255,0 chrIV 578941 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;DP=83;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.064;QD=5.67;ReadPosRankSum=2.875;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:83:99:501,0,1119 chrIV 579199 . C A 1006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=122;Dels=0.00;FS=4.513;HaplotypeScore=12.4725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,67:122:99:1036,0,1213 chrIV 579222 . A T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.592;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.915;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:595,0,1086 chrIV 579531 . G A 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=97;Dels=0.00;FS=3.982;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.508;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.409;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:97:99:991,0,931 chrIV 579755 . A G 1772 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=23.95;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1805,189,0 chrIV 579762 . A C 1836 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=24.81;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1869,192,0 chrIV 579764 . G A 563.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=75;Dels=0.00;FS=1.940;HaplotypeScore=2.7487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.411;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:593,0,877 chrIV 579809 . A G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DP=73;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=4.2580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.893;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:655,0,711 chrIV 579813 . A G 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=20.68;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1584,165,0 chrIV 579869 . C T 2564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2597,261,0 chrIV 579879 . A G 2487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.437e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:127:99:2520,273,0 chrIV 579940 . G A 3096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=21.21;SB=-1.917e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:146:99:3129,319,0 chrIV 580006 . T C 2269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:124:99:2302,243,0 chrIV 580011 . T C 2121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=113;Dels=0.00;FS=5.344;HaplotypeScore=4.2178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=18.77;ReadPosRankSum=2.936;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:113:99:2154,225,0 chrIV 580119 . G C 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=21.61;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1200,126,0 chrIV 580191 . T C 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=22.32;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1484,156,0 chrIV 580230 . T C 1850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=23.72;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1883,198,0 chrIV 580374 . C T 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=63;Dels=0.00;FS=3.158;HaplotypeScore=5.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=23.92;ReadPosRankSum=1.617;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:63:99:1540,146,0 chrIV 580561 . C T 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=111;Dels=0.00;FS=9.343;HaplotypeScore=6.5570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:1012,0,1210 chrIV 580820 . T A 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=22.84;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2111,210,0 chrIV 580899 . T C 2662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.504e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2695,282,0 chrIV 580972 . A G 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.23;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:69:99:1589,165,0 chrIV 581004 . A C 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=25.19;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1645,168,0 chrIV 581058 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=64;Dels=0.00;FS=2.216;HaplotypeScore=4.7609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.149;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:64:99:397,0,703 chrIV 581091 . C T 1739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.19;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1772,177,0 chrIV 581181 . T C 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=3.350;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=23.26;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:2219,237,0 chrIV 581218 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=84;Dels=0.00;FS=9.129;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.632;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:84:99:660,0,934 chrIV 581388 . A G 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=23.79;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1960,207,0 chrIV 581421 . G A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.793;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:677,0,840 chrIV 581521 . G A 2215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2248,228,0 chrIV 581857 . A G 2161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=24.01;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2194,228,0 chrIV 581897 . A C 1842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:87:99:1875,204,0 chrIV 582132 . G T 2103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=23.37;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2136,213,0 chrIV 582144 . G A 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;DP=87;Dels=0.00;FS=4.183;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.791;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,55:87:99:1111,0,620 chrIV 582182 . C A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.916;DP=72;Dels=0.00;FS=2.034;HaplotypeScore=7.9172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=2.171;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.132;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,24:72:99:460,0,817 chrIV 582217 . G A 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=22.05;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1356,135,0 chrIV 582238 . A T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=70;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.050;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:562,0,595 chrIV 582466 . T G 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=21.62;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1914,204,0 chrIV 582525 . T A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;DP=48;Dels=0.00;FS=3.443;HaplotypeScore=8.5378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.024;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:48:99:375,0,273 chrIV 582555 . A G 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=19.82;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:96:905,96,0 chrIV 582571 . T C 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=22.07;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:938,99,0 chrIV 582739 . A G 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=22.22;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1566,168,0 chrIV 583013 . A G 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.97;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1802,192,0 chrIV 583094 . T C 1961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1994,210,0 chrIV 583433 . A G 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=22.64;ReadPosRankSum=1.683;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1618,168,0 chrIV 583657 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.008;DP=80;Dels=0.00;FS=8.372;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.839;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:620,0,956 chrIV 583733 . A G 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=19.93;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1129,117,0 chrIV 583765 . G A 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=19.98;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:992,99,0 chrIV 583767 . A G 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:96:874,96,0 chrIV 583846 . A G 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=22.67;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1348,138,0 chrIV 583925 . G A 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=23.30;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1431,144,0 chrIV 583943 . A G 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=19.64;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1172,123,0 chrIV 584012 . T C 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=20.05;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:90:835,90,0 chrIV 584144 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;DP=64;Dels=0.00;FS=0.955;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.750;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:563,0,573 chrIV 584270 . T C 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;DP=72;Dels=0.00;FS=3.475;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.596;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:739,0,855 chrIV 584489 . A T 2638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=23.98;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2671,279,0 chrIV 584515 . C T 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=20.45;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:1996,201,0 chrIV 584534 . G A 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.98;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1931,195,0 chrIV 584634 . G A 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.884;DP=148;Dels=0.00;FS=4.475;HaplotypeScore=9.0006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.40;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.611;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,66:148:99:195,0,127 chrIV 584913 . G C 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1714,180,0 chrIV 584993 . A T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=80;Dels=0.00;FS=3.289;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:619,0,975 chrIV 585389 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=8.84;ReadPosRankSum=2.109;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:472,0,344 chrIV 585467 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=61;Dels=0.00;FS=29.619;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=2.278;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.080;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:645,0,345 chrIV 585476 . C G 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DP=54;Dels=0.00;FS=19.102;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.852;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:54:99:641,0,351 chrIV 585554 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=54;Dels=0.00;FS=2.260;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:576,0,500 chrIV 585872 . T C 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.688;DP=98;Dels=0.00;FS=26.730;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.872;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:968,0,1056 chrIV 586061 . A G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.520;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:655,0,733 chrIV 586326 . T G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DP=86;Dels=0.00;FS=11.134;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:86:99:768,0,856 chrIV 586361 . T C 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=93;Dels=0.00;FS=3.962;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.990;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:93:99:788,0,1017 chrIV 586700 . A G 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.154;DP=107;Dels=0.00;FS=0.752;HaplotypeScore=11.3860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.683;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:882,0,944 chrIV 586725 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.568;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.820;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:101:99:788,0,1120 chrIV 586742 . C G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:793,0,1187 chrIV 586820 . T C 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=89;Dels=0.00;FS=4.285;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:960,0,702 chrIV 586838 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=90;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=5.5961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:663,0,753 chrIV 587113 . C T 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DP=102;Dels=0.00;FS=8.117;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.294;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:1079,0,1139 chrIV 587237 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=99;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=8.9200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:99:99:568,0,831 chrIV 587347 . C T 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.304;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.078;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:98:99:721,0,1096 chrIV 588134 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.794;DP=83;Dels=0.00;FS=5.036;HaplotypeScore=4.0973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.252;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:572,0,672 chrIV 588140 . G A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.822;DP=82;Dels=0.00;FS=3.556;HaplotypeScore=6.8634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:82:99:686,0,502 chrIV 588182 . A G 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;DP=107;Dels=0.00;FS=3.370;HaplotypeScore=5.5573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.757;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.536;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:1045,0,649 chrIV 588263 . T C 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.452;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=2.185;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,61:112:99:1039,0,881 chrIV 588300 . C T 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=96;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.607;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:783,0,859 chrIV 588381 . A T 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=21.68;ReadPosRankSum=1.691;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1876,186,0 chrIV 588386 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DP=88;Dels=0.00;FS=1.897;HaplotypeScore=11.7168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.022;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:88:99:412,0,977 chrIV 588450 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;DP=62;Dels=0.00;FS=19.009;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:396,0,524 chrIV 588465 . A G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=54;Dels=0.00;FS=22.534;HaplotypeScore=19.4901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:475,0,439 chrIV 588509 . A G 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=20.30;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:703,75,0 chrIV 588560 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:295,0,306 chrIV 588583 . G A 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=21.92;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:844,90,0 chrIV 588705 . G T 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=24.69;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1490,156,0 chrIV 588711 . G T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;DP=60;Dels=0.00;FS=13.199;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.623;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:570,0,626 chrIV 589025 . G A 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=62;Dels=0.00;FS=2.905;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.669;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:62:99:827,0,444 chrIV 589061 . G A 1122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.143;DP=68;Dels=0.00;FS=4.180;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.845;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,47:68:99:1152,0,359 chrIV 589136 . G A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=1.563;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:89:99:1033,0,620 chrIV 589186 . G A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.886;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.612;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:943,0,844 chrIV 589256 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=66;Dels=0.00;FS=0.985;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.099;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:478,0,618 chrIV 589421 . C A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;DP=76;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.105;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:557,0,688 chrIV 589440 . T C 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=62;Dels=0.00;FS=7.132;HaplotypeScore=6.2615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=20.53;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1306,135,0 chrIV 589449 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=60;Dels=0.00;FS=2.710;HaplotypeScore=5.1515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.533;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:497,0,536 chrIV 589456 . G C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=60;Dels=0.00;FS=1.353;HaplotypeScore=3.6108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.266;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:510,0,454 chrIV 589460 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;DP=61;Dels=0.00;FS=1.255;HaplotypeScore=3.6108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.050;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:428,0,573 chrIV 589498 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=43;Dels=0.00;FS=5.583;HaplotypeScore=5.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.583;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:442,0,205 chrIV 589510 . A T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DP=38;Dels=0.00;FS=3.259;HaplotypeScore=4.2725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.136;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:199,0,371 chrIV 589546 . T A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=38;Dels=0.00;FS=3.279;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:324,0,175 chrIV 589613 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;DP=56;Dels=0.00;FS=1.214;HaplotypeScore=9.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:56:99:330,0,285 chrIV 589643 . T G 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:72:666,72,0 chrIV 589702 . C G 387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.69;MQ0=0;QD=9.67;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:40:45:420,45,0 chrIV 589875 . C T 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=23.02;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1092,114,0 chrIV 589956 . G A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.743;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:547,0,823 chrIV 590018 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DP=74;Dels=0.00;FS=22.053;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.312;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.482;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,27:74:99:452,0,924 chrIV 590019 . A G 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=73;Dels=0.00;FS=26.241;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.404;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.953;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:442,0,901 chrIV 590058 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;DP=83;Dels=0.00;FS=8.305;HaplotypeScore=5.4250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.923;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:638,0,919 chrIV 590081 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.238;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:385,0,831 chrIV 590120 . T G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;DP=51;Dels=0.00;FS=2.540;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.016;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:51:99:377,0,536 chrIV 590175 . A G 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DP=41;Dels=0.00;FS=9.768;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.355;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:235,0,367 chrIV 590328 . A G 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=39;Dels=0.00;FS=2.889;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=21.18;ReadPosRankSum=2.324;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:90:859,90,0 chrIV 590529 . A C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=28;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.395;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:310,0,221 chrIV 590870 . A G 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=24.19;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:662,69,0 chrIV 590898 . T C 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=19.23;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:72:706,72,0 chrIV 590927 . T C 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;DP=35;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:218,0,261 chrIV 591021 . A G 2000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=93;Dels=0.00;FS=3.350;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=21.51;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2033,213,0 chrIV 591031 . A G 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=93;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=6.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.918;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:819,0,862 chrIV 591092 . C T 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=86;Dels=0.00;FS=0.847;HaplotypeScore=10.2118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.948;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:926,0,809 chrIV 591104 . C A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.866;DP=84;Dels=0.00;FS=3.193;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.079;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:876,0,844 chrIV 591129 . A G 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=24.13;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1867,198,0 chrIV 591187 . A G 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=71;Dels=0.00;FS=6.708;HaplotypeScore=1.6809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.420;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:587,0,842 chrIV 591205 . C T 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=26.95;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1731,177,0 chrIV 591255 . G A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.426;DP=51;Dels=0.00;FS=1.169;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:51:99:694,0,224 chrIV 591382 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=49;Dels=0.00;FS=3.794;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.090;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:513,0,338 chrIV 591500 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.539;DP=63;Dels=0.00;FS=7.643;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:458,0,556 chrIV 591514 . T A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.092;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:624,0,533 chrIV 591737 . T C 588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=23.52;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:66:621,66,0 chrIV 591926 . A C 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=16.57;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:497,54,0 chrIV 591986 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.899;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:236,0,188 chrIV 592009 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.448;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:57:369,0,57 chrIV 592050 . T C 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=20.61;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:713,75,0 chrIV 592072 . T C 620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=20.67;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:66:653,66,0 chrIV 592090 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=45;Dels=0.00;FS=6.611;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.985;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:266,0,486 chrIV 592124 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=53;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.065;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:53:99:605,0,355 chrIV 592160 . G A 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=59;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=7.7510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:693,0,427 chrIV 592179 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=43;Dels=0.00;FS=5.209;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:483,0,338 chrIV 592191 . C T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;DP=48;Dels=0.00;FS=14.701;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:347,0,451 chrIV 592224 . A G 536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.37;MQ0=0;QD=16.75;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:569,63,0 chrIV 592368 . C G 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=9.03;ReadPosRankSum=2.151;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:98:99:915,0,937 chrIV 592380 . G T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;DP=102;Dels=0.00;FS=1.077;HaplotypeScore=2.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.799;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.539;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:827,0,1029 chrIV 592385 . T C 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;DP=105;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.894;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:105:99:838,0,909 chrIV 592479 . C T 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=112;Dels=0.00;FS=8.449;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:1063,0,1335 chrIV 592486 . C A 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.241;DP=103;Dels=0.00;FS=12.200;HaplotypeScore=3.2513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:103:99:1159,0,859 chrIV 592490 . A G 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=102;Dels=0.00;FS=8.444;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:102:99:999,0,897 chrIV 592609 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DP=68;Dels=0.00;FS=18.478;HaplotypeScore=2.7130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.714;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.534;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:351,0,604 chrIV 592618 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DP=87;Dels=0.00;FS=17.783;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:87:99:398,0,707 chrIV 592795 . C A 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.667;DP=111;Dels=0.00;FS=21.169;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=9.54;ReadPosRankSum=-2.050;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:1089,0,1065 chrIV 593008 . T A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DP=67;Dels=0.00;FS=3.556;HaplotypeScore=5.2908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=1.962;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:297,0,595 chrIV 593018 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;DP=61;Dels=0.00;FS=7.179;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:521,0,442 chrIV 593022 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=63;Dels=0.00;FS=9.185;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.305;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:500,0,695 chrIV 593084 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.712;DP=96;Dels=0.00;FS=2.782;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.673;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:96:99:485,0,1336 chrIV 593085 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.123;DP=97;Dels=0.00;FS=3.890;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.478;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:97:99:513,0,1342 chrIV 593192 . T C 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;DP=80;Dels=0.00;FS=5.633;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.357;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:80:99:781,0,655 chrIV 593211 . A C 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=67;Dels=0.00;FS=6.799;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=24.52;ReadPosRankSum=1.629;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1676,174,0 chrIV 593254 . T A 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=24.52;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1774,183,0 chrIV 593313 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=48;Dels=0.00;FS=2.479;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.197;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:388,0,474 chrIV 593316 . A G 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1019,105,0 chrIV 593463 . A G 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=15.77;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:979,102,0 chrIV 593517 . T G 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=19.11;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:931,99,0 chrIV 593642 . T C 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=60;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=10.0237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=17.20;ReadPosRankSum=0.836;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:60:97:1065,97,0 chrIV 593721 . A G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.359;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:404,0,644 chrIV 593751 . C T 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=19.35;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:981,102,0 chrIV 593816 . T A 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=25.19;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1116,114,0 chrIV 593881 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=36;Dels=0.00;FS=3.462;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=12.86;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:36:99:493,0,153 chrIV 594013 . A T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.038;DP=49;Dels=0.00;FS=11.419;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=8.84;ReadPosRankSum=2.348;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:463,0,378 chrIV 594035 . T A 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=19.23;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:879,93,0 chrIV 594137 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=58;Dels=0.00;FS=14.253;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.595;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:410,0,565 chrIV 594249 . G C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.111;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:812,0,615 chrIV 594326 . G A 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=38;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:352,0,306 chrIV 595029 . A G 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=24.33;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:78:763,78,0 chrIV 595059 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;DP=36;Dels=0.00;FS=4.943;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.449;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:261,0,426 chrIV 595292 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.623;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.721;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:562,0,565 chrIV 595528 . A G 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.34;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1977,207,0 chrIV 595641 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:32:99:363,0,140 chrIV 596055 . T C 928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.20;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:961,99,0 chrIV 596097 . T C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=46;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:390,0,499 chrIV 596391 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DP=49;Dels=0.00;FS=4.397;HaplotypeScore=9.2262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.240;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:49:99:402,0,539 chrIV 596624 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:413,0,483 chrIV 596731 . T G 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.99;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1922,207,0 chrIV 596770 . C T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=21.30;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1758,177,0 chrIV 596817 . T C 2429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=24.29;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2462,258,0 chrIV 596843 . A T 1265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.862;DP=113;Dels=0.00;FS=3.737;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,60:113:99:1295,0,976 chrIV 596913 . G A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.943;DP=90;Dels=0.00;FS=14.024;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.775;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:709,0,795 chrIV 596914 . A G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.428;DP=84;Dels=0.00;FS=14.497;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.330;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:708,0,829 chrIV 597058 . C T 33.77 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=44.9927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;QD=0.51;SB=-7.648e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:6:65,6,0 chrIV 597096 . C T 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.00;MQ0=0;QD=17.99;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1274,129,0 chrIV 597114 . T C 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=78;Dels=0.00;FS=5.006;HaplotypeScore=38.0381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.687;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:78:99:1248,141,0 chrIV 597115 . A T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.234;DP=81;Dels=0.00;FS=6.231;HaplotypeScore=38.0381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:551,0,445 chrIV 597218 . C T 1173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.716;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,67:119:99:1203,0,1047 chrIV 597245 . G A 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=122;Dels=0.00;FS=0.709;HaplotypeScore=12.3762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.924;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:122:99:982,0,1482 chrIV 597383 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=71;Dels=0.00;FS=2.037;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:451,0,947 chrIV 597485 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=124;Dels=0.00;FS=1.481;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.751;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,58:124:99:884,0,1362 chrIV 597488 . T C 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DP=124;Dels=0.00;FS=4.516;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:124:99:962,0,1462 chrIV 597619 . A G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=76;Dels=0.00;FS=1.959;HaplotypeScore=14.9707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.823;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:672,0,587 chrIV 597668 . T C 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=22.54;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1611,174,0 chrIV 597689 . C T 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=20.10;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1701,183,0 chrIV 597800 . T C 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=19.87;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1444,153,0 chrIV 598134 . A T 2294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.71;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2327,252,0 chrIV 598184 . T G 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.63;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1504,162,0 chrIV 598232 . C T 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=19.09;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:663,66,0 chrIV 598369 . A G 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=23.60;ReadPosRankSum=1.669;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1331,132,0 chrIV 598426 . A C 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=21.82;ReadPosRankSum=1.628;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:81:753,81,0 chrIV 598569 . G A 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=26.23;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1397,141,0 chrIV 598655 . G A 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=19.08;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:78:777,78,0 chrIV 598656 . C T 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=17.51;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:716,75,0 chrIV 598729 . C T 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=20.72;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1214,120,0 chrIV 598737 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=56;Dels=0.00;FS=2.738;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.214;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.066;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:385,0,649 chrIV 599029 . G C 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=21.04;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1527,165,0 chrIV 599091 . C T 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=23.48;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1747,174,0 chrIV 599181 . C T 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.96;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:981,99,0 chrIV 599314 . T C 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.25;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:834,87,0 chrIV 599370 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:367,0,642 chrIV 599393 . T C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;DP=63;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=5.4346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.378;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:448,0,589 chrIV 599507 . C T 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=68;Dels=0.00;FS=2.238;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:762,0,570 chrIV 599571 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.310;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:40:99:234,0,453 chrIV 599574 . A T 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.600;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:198,0,484 chrIV 599654 . G A 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=22.22;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1544,153,0 chrIV 599733 . A G 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.295;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=2.369;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,53:121:99:917,0,1522 chrIV 599796 . A T 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;DP=103;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=10.2386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.989;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:919,0,1012 chrIV 599820 . G A 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=20.89;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1683,183,0 chrIV 599864 . G T 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.551;DP=53;Dels=0.00;FS=7.759;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.193;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:693,0,367 chrIV 599964 . C G 2239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2272,240,0 chrIV 600037 . T C 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=22.90;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:1819,189,0 chrIV 600120 . T C 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=17.84;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1389,147,0 chrIV 600127 . T A 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=20.09;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1439,141,0 chrIV 600177 . C T 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=18.96;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1455,153,0 chrIV 600312 . G T 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.82;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1449,144,0 chrIV 600466 . T C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.580;DP=115;Dels=0.00;FS=8.900;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.933;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,45:115:99:712,0,1425 chrIV 600473 . G A 2708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=22.20;SB=-1.585e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2741,288,0 chrIV 600479 . G A 2783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=120.5812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=21.24;SB=-1.680e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2816,297,0 chrIV 600632 . A G 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=20.77;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1009,105,0 chrIV 600722 . T C 3626.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.858;DP=150;Dels=0.00;FS=2.361;HaplotypeScore=6.4169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=24.17;ReadPosRankSum=2.885;SB=-1.801e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,146:150:99:3626,360,0 chrIV 600764 . G A 2657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=98.5838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;QD=23.10;SB=-1.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2690,270,0 chrIV 600792 . G T 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.73;MQ0=0;QD=18.17;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1632,168,0 chrIV 600858 . C T 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=21.27;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:820,84,0 chrIV 600978 . A T 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=19.17;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:934,93,0 chrIV 601038 . T A 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=33;Dels=0.00;FS=1.654;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=1.36;ReadPosRankSum=-2.355;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:75:75,0,302 chrIV 601041 . A G 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.439;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:99,0,225 chrIV 601251 . T A 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:90:90,0,122 chrIV 601274 . C T 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.567;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:60:60,0,123 chrIV 601302 . T C 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.517;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:52:52,0,190 chrIV 601431 . A C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;DP=49;Dels=0.00;FS=1.291;HaplotypeScore=10.4082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.715;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.309;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:297,0,607 chrIV 601524 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;DP=44;Dels=0.00;FS=4.732;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:386,0,390 chrIV 601683 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=33;Dels=0.00;FS=1.533;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.705;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:482,0,171 chrIV 601830 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:430,0,764 chrIV 601851 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=86;Dels=0.00;FS=0.818;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.771;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.131;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:86:99:474,0,728 chrIV 601857 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=101;Dels=0.00;FS=2.783;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.081;QD=4.11;ReadPosRankSum=2.320;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,41:101:99:445,0,740 chrIV 601952 . C G 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=51;Dels=0.00;FS=11.273;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.818;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.630;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:479,0,451 chrIV 601955 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;DP=50;Dels=0.00;FS=11.105;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.388;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:426,0,444 chrIV 601976 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=52;Dels=0.00;FS=6.111;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:401,0,392 chrIV 602002 . G T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=56;Dels=0.00;FS=18.312;HaplotypeScore=3.3282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:434,0,525 chrIV 602153 . T C 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.622;DP=115;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.866;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,62:115:99:1144,0,1025 chrIV 602350 . C T 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=104;Dels=0.00;FS=3.676;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:843,0,1027 chrIV 602645 . C T 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;DP=136;Dels=0.00;FS=3.126;HaplotypeScore=13.4961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,71:136:99:1228,0,1108 chrIV 602876 . C T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=86;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=15.5196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=8.15;ReadPosRankSum=-2.264;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:731,0,793 chrIV 602949 . T A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.221;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:676,0,687 chrIV 603005 . G A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=129;Dels=0.00;FS=7.613;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:129:99:943,0,1163 chrIV 603685 . T C 1593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.826;DP=166;Dels=0.00;FS=2.940;HaplotypeScore=11.7574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.347;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,82:166:99:1623,0,1812 chrIV 603991 . C A 2808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.081;DP=266;Dels=0.00;FS=2.107;HaplotypeScore=18.2500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=2.017;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.793;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,136:266:99:2838,0,2631 chrIV 604016 . A G 2012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.127;DP=214;Dels=0.00;FS=4.975;HaplotypeScore=6.7761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.816;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,104:214:99:2042,0,2173 chrIV 604439 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.844;DP=82;Dels=0.00;FS=2.990;HaplotypeScore=6.8785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:639,0,788 chrIV 604670 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;DP=52;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.421;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:435,0,551 chrIV 605187 . A G 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DP=101;Dels=0.00;FS=2.574;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:962,0,909 chrIV 605480 . T C 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.073;DP=84;Dels=0.00;FS=9.271;HaplotypeScore=5.6080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:84:99:980,0,826 chrIV 605558 . T C 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;DP=90;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.185;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:90:99:769,0,948 chrIV 605615 . G C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=83;Dels=0.00;FS=5.639;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=9.33;ReadPosRankSum=-2.364;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:804,0,858 chrIV 605682 . A T 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.565;DP=108;Dels=0.00;FS=10.987;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.847;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:1084,0,1010 chrIV 605973 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.426;QD=5.05;ReadPosRankSum=-2.016;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:434,0,911 chrIV 605980 . G C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=74;Dels=0.00;FS=4.932;HaplotypeScore=3.5402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.641;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:397,0,875 chrIV 606952 . T G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.704;DP=69;Dels=0.00;FS=3.028;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:567,0,575 chrIV 607227 . T G 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;DP=106;Dels=0.00;FS=9.375;HaplotypeScore=12.6367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.802;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.897;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:106:99:1207,0,948 chrIV 607313 . G A 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.773;DP=139;Dels=0.00;FS=6.403;HaplotypeScore=15.7619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.209;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,57:139:99:1040,0,1806 chrIV 607474 . C T 1735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;DP=165;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=7.0633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,88:165:99:1765,0,1425 chrIV 607657 . A G 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;DP=97;Dels=0.00;FS=2.862;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:97:99:997,0,887 chrIV 608316 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.435;DP=53;Dels=0.00;FS=5.881;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:290,0,621 chrIV 608333 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=72;Dels=0.00;FS=0.948;HaplotypeScore=3.4293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:541,0,724 chrIV 608354 . G A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DP=86;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:86:99:683,0,749 chrIV 608390 . T C 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=118;Dels=0.00;FS=19.585;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.319;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,59:118:99:916,0,1086 chrIV 608921 . G A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=79;Dels=0.00;FS=0.890;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:79:99:728,0,663 chrIV 609152 . T A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DP=64;Dels=0.00;FS=3.454;HaplotypeScore=6.1340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:565,0,672 chrIV 611056 . A G 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=25.74;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1397,141,0 chrIV 611095 . A T 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=22.84;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1472,147,0 chrIV 611157 . A G 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=70;Dels=0.00;FS=1.002;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,45:70:99:979,0,407 chrIV 611584 . A T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;DP=72;Dels=0.00;FS=1.910;HaplotypeScore=3.4826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:650,0,680 chrIV 611602 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;DP=82;Dels=0.00;FS=1.834;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.760;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:707,0,727 chrIV 611625 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DP=102;Dels=0.00;FS=6.483;HaplotypeScore=13.6388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.193;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:102:99:765,0,1042 chrIV 611678 . C T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=95;Dels=0.00;FS=5.437;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.074;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:95:99:989,0,866 chrIV 611706 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DP=72;Dels=0.00;FS=4.970;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:650,0,753 chrIV 611859 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.505;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.784;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.071;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:53:99:588,0,458 chrIV 611871 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.777;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:510,0,446 chrIV 611969 . G C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;DP=84;Dels=0.00;FS=5.006;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:84:99:747,0,688 chrIV 612020 . A G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=77;Dels=0.00;FS=7.687;HaplotypeScore=9.3322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.436;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:774,0,463 chrIV 612078 . C T 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;DP=56;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:801,0,345 chrIV 612171 . T G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=52;Dels=0.02;FS=9.168;HaplotypeScore=7.4631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.757;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:51:99:616,0,163 chrIV 612253 . C G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DP=45;Dels=0.00;FS=1.335;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=11.71;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:45:99:557,0,313 chrIV 612294 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=43;Dels=0.00;FS=1.217;HaplotypeScore=3.4009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.006;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:362,0,382 chrIV 612323 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:491,0,386 chrIV 612573 . G A 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=27.21;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1557,156,0 chrIV 612828 . G T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DP=73;Dels=0.00;FS=13.239;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.813;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:73:99:626,0,694 chrIV 613325 . T C 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.264;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:760,0,680 chrIV 613362 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:707,0,796 chrIV 613386 . T G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.162;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.287;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:626,0,732 chrIV 613520 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DP=44;Dels=0.00;FS=11.095;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.685;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:411,0,587 chrIV 613567 . G T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DP=44;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:405,0,432 chrIV 613630 . C T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=3.9853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=7.55;ReadPosRankSum=2.043;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:279,0,316 chrIV 613738 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.662;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:427,0,447 chrIV 613744 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.627;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:382,0,434 chrIV 613810 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=78;Dels=0.00;FS=6.835;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.256;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,28:78:99:367,0,877 chrIV 613813 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;DP=82;Dels=0.00;FS=10.394;HaplotypeScore=3.8923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.399;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:82:99:391,0,817 chrIV 613864 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.254;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:98:99:626,0,1163 chrIV 613945 . T A 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.797;DP=100;Dels=0.00;FS=2.809;HaplotypeScore=7.2480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:787,0,1148 chrIV 613999 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;DP=65;Dels=0.00;FS=3.322;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.747;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:395,0,893 chrIV 614005 . G C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:70:99:341,0,759 chrIV 614045 . G T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DP=62;Dels=0.00;FS=2.249;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.918;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:316,0,786 chrIV 614064 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.466;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.040;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:365,0,795 chrIV 614065 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.163;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:64:99:332,0,764 chrIV 614093 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.266;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.447;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:299,0,697 chrIV 614186 . G A 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.384;DP=119;Dels=0.00;FS=1.727;HaplotypeScore=9.4287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.602;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,45:119:99:872,0,1288 chrIV 614205 . G T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;DP=136;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.005;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.193;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,51:136:99:789,0,1628 chrIV 614223 . G T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.814;DP=173;Dels=0.00;FS=4.555;HaplotypeScore=8.1736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=4.64;ReadPosRankSum=-3.794;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,83:173:99:833,0,1734 chrIV 614280 . T C 1137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DP=167;Dels=0.00;FS=2.701;HaplotypeScore=6.4572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.623;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,75:167:99:1167,0,1765 chrIV 614321 . C T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.829;DP=103;Dels=0.00;FS=5.041;HaplotypeScore=8.5250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.965;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:103:99:872,0,1024 chrIV 614483 . G A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;DP=50;Dels=0.00;FS=2.602;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=3.48;ReadPosRankSum=-2.019;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:204,0,482 chrIV 614534 . T C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;DP=94;Dels=0.00;FS=2.246;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.403;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:94:99:710,0,1083 chrIV 614618 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DP=72;Dels=0.00;FS=2.081;HaplotypeScore=10.3535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.170;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:72:99:515,0,676 chrIV 614675 . A G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;DP=62;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.195;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:604,0,514 chrIV 614729 . A G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;DP=48;Dels=0.00;FS=4.201;HaplotypeScore=4.6979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:478,0,328 chrIV 614789 . T C 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=39;Dels=0.00;FS=5.041;HaplotypeScore=8.2554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.173;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:253,0,342 chrIV 614940 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.739;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.625;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,20:65:99:256,0,901 chrIV 615060 . T C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.209;DP=73;Dels=0.00;FS=8.768;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.158;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:804,0,631 chrIV 615092 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=54;Dels=0.00;FS=2.443;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:494,0,362 chrIV 615095 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=55;Dels=0.00;FS=2.446;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:481,0,398 chrIV 615114 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;DP=57;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=5.4711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.830;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:412,0,537 chrIV 615161 . T A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:617,0,703 chrIV 615243 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.098;DP=97;Dels=0.00;FS=2.768;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.381;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,37:97:99:598,0,1172 chrIV 615258 . T C 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.007;DP=109;Dels=0.00;FS=1.610;HaplotypeScore=2.7778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.742;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,41:109:99:655,0,1423 chrIV 615413 . A G 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.080;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:752,0,495 chrIV 615437 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;DP=62;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.613;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:511,0,562 chrIV 615449 . A T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=66;Dels=0.00;FS=6.721;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.128;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:582,0,639 chrIV 615581 . C T 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=70;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:831,0,481 chrIV 615641 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=56;Dels=0.00;FS=13.492;HaplotypeScore=6.7698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:645,0,348 chrIV 615694 . G T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;DP=56;Dels=0.00;FS=5.908;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:449,0,392 chrIV 615735 . C G 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=58;Dels=0.00;FS=3.708;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.164;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:427,0,371 chrIV 615758 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;DP=58;Dels=0.00;FS=3.796;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:487,0,446 chrIV 615816 . C T 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=20.14;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1060,108,0 chrIV 615959 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DP=35;Dels=0.00;FS=4.938;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.050;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:369,0,225 chrIV 615973 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;DP=35;Dels=0.00;FS=5.072;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.129;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:370,0,211 chrIV 615975 . C T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=35;Dels=0.00;FS=10.281;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=11.09;ReadPosRankSum=2.205;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:418,0,210 chrIV 616169 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=3.592;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.863;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:45:99:411,0,256 chrIV 616214 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;DP=65;Dels=0.00;FS=0.976;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=1.475;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:274,0,823 chrIV 616434 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.769;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:85:99:720,0,1113 chrIV 616559 . G A 2560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.15;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2593,261,0 chrIV 616624 . G T 2050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.71;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2083,207,0 chrIV 616628 . A G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=106;Dels=0.00;FS=1.613;HaplotypeScore=4.1878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:674,0,976 chrIV 616689 . T C 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.891;DP=123;Dels=0.00;FS=10.210;HaplotypeScore=6.0217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:1002,0,1143 chrIV 616883 . G A 1426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=146;Dels=0.00;FS=1.405;HaplotypeScore=11.7342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.508;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,71:146:99:1456,0,1487 chrIV 617177 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;DP=88;Dels=0.00;FS=1.915;HaplotypeScore=12.5915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.901;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:88:99:796,0,494 chrIV 617842 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.247;DP=70;Dels=0.00;FS=1.986;HaplotypeScore=3.8791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.726;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:705,0,610 chrIV 619185 . T G 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.673;QD=18.03;ReadPosRankSum=1.553;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1115,117,0 chrIV 619220 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=57;Dels=0.00;FS=3.749;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:577,0,425 chrIV 619621 . C T 1870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1903,192,0 chrIV 619719 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;DP=95;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=7.9046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=5.43;ReadPosRankSum=-3.110;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,37:95:99:546,0,1158 chrIV 620042 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=70;Dels=0.00;FS=5.383;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:488,0,844 chrIV 620090 . T C 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=22.10;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:917,99,0 chrIV 620108 . T C 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=18.72;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:913,96,0 chrIV 621146 . G A 272.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:302,0,498 chrIV 621147 . G A 281.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:44:99:311,0,514 chrIV 621781 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DP=53;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:506,0,491 chrIV 621798 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DP=56;Dels=0.00;FS=9.230;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:455,0,506 chrIV 621887 . A G 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.625;DP=57;Dels=0.00;FS=9.033;HaplotypeScore=160.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=0.44;ReadPosRankSum=-2.402;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,4:57:55:55,0,62 chrIV 621980 . A G 1380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=130;Dels=0.00;FS=2.313;HaplotypeScore=16.6706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=10.62;ReadPosRankSum=2.125;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,70:130:99:1410,0,1103 chrIV 622834 . A G 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=81;Dels=0.00;FS=4.261;HaplotypeScore=5.5197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:804,0,560 chrIV 623653 . G A 3347.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.625e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:138:99:3347,337,0 chrIV 623966 . C A 3355.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=22.98;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3355,345,0 chrIV 624036 . A G 1740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;DP=198;Dels=0.00;FS=1.752;HaplotypeScore=10.7863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=8.79;ReadPosRankSum=2.222;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,90:198:99:1770,0,2143 chrIV 624125 . A G 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:889,0,1215 chrIV 624397 . C T 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.067;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:930,0,988 chrIV 624547 . C T 1805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=154;Dels=0.00;FS=8.380;HaplotypeScore=10.6028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,97:154:99:1835,0,1055 chrIV 624733 . G T 3287.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.48;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:153:99:3287,354,0 chrIV 624795 . G A 1633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DP=167;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=17.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,84:167:99:1663,0,1568 chrIV 624969 . T G 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=22.62;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1232,126,0 chrIV 625030 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DP=75;Dels=0.00;FS=6.132;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:512,0,630 chrIV 625043 . T A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.092;DP=71;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.847;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.570;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:456,0,709 chrIV 625164 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=69;Dels=0.00;FS=20.937;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.130;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.390;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:467,0,571 chrIV 625173 . A G 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=16.36;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1260,135,0 chrIV 625219 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=53;Dels=0.00;FS=15.718;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.724;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:297,0,510 chrIV 625250 . C T 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=20.57;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1226,120,0 chrIV 625283 . T C 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DP=50;Dels=0.00;FS=4.076;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.495;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:291,0,524 chrIV 625468 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;DP=126;Dels=0.00;FS=1.591;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.417;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,48:126:99:727,0,1436 chrIV 625639 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;DP=58;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.106;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:58:99:450,0,624 chrIV 625681 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.345;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:628,0,674 chrIV 625756 . G A 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.950;DP=119;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:119:99:996,0,1252 chrIV 625778 . A G 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.369;DP=115;Dels=0.00;FS=1.551;HaplotypeScore=13.3792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,46:115:99:780,0,1351 chrIV 625867 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.787;DP=76;Dels=0.00;FS=7.921;HaplotypeScore=7.3188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.848;QD=8.76;ReadPosRankSum=-2.533;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:76:99:696,0,919 chrIV 626028 . T C 513.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=111;Dels=0.00;FS=5.091;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.191;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,35:111:99:543,0,1620 chrIV 626035 . A G 482.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=108;Dels=0.00;FS=3.861;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.551;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.847;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,35:108:99:512,0,1500 chrIV 626036 . T C 450.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=106;Dels=0.00;FS=5.256;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.946;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.904;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,34:106:99:480,0,1596 chrIV 626103 . G C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;DP=78;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.163;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.120;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:418,0,774 chrIV 626127 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DP=53;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=33.2943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.422;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.083;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:373,0,285 chrIV 626150 . C A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.638;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,32:46:99:349,0,185 chrIV 626206 . A G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=40;Dels=0.00;FS=13.098;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:40:99:242,0,399 chrIV 626402 . G A 184.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;DP=39;Dels=0.00;FS=4.658;HaplotypeScore=2.7587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=3.508;QD=4.72;ReadPosRankSum=-3.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:39:99:214,0,221 chrIV 626694 . G A 440.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=50;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:470,0,571 chrIV 626707 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=52;Dels=0.00;FS=4.538;HaplotypeScore=6.3242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:480,0,637 chrIV 628076 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DP=66;Dels=0.00;FS=9.168;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=5.50;ReadPosRankSum=-2.323;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:393,0,837 chrIV 628502 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:302,0,336 chrIV 628602 . A G 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=17.41;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:84:799,84,0 chrIV 628689 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=45;Dels=0.00;FS=1.197;HaplotypeScore=8.7623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=2.540;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.316;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:469,0,229 chrIV 628833 . T C 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=23.61;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:81:765,81,0 chrIV 629487 . G A 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=24.32;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1103,114,0 chrIV 629532 . G C 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.18;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1142,120,0 chrIV 629595 . T A 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.20;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2075,228,0 chrIV 629725 . G A 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=19.79;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1161,123,0 chrIV 629726 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.137;DP=57;Dels=0.00;FS=9.553;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:388,0,623 chrIV 629864 . A C 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DP=86;Dels=0.00;FS=4.128;HaplotypeScore=7.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.840;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:910,0,752 chrIV 629973 . A G 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=79;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=2.3479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.129;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:79:99:859,0,645 chrIV 630571 . G T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:479,0,463 chrIV 630905 . T C 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=18;Dels=0.00;FS=2.029;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=4.06;ReadPosRankSum=-2.482;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:103,0,239 chrIV 630909 . A T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=10.48;ReadPosRankSum=1.518;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:99:250,0,102 chrIV 631537 . A G 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=114;Dels=0.00;FS=0.710;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.777;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:114:99:892,0,1059 chrIV 631794 . A G 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.289;DP=105;Dels=0.00;FS=7.227;HaplotypeScore=14.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.345;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:105:99:1126,0,899 chrIV 632423 . T C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=52;Dels=0.00;FS=3.775;HaplotypeScore=5.4604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.842;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:492,0,491 chrIV 632607 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=79;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=10.7178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.907;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:79:99:816,0,556 chrIV 632746 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=70;Dels=0.00;FS=15.307;HaplotypeScore=13.4524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:470,0,845 chrIV 632937 . G A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:78:99:665,0,610 chrIV 632958 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.434;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.312;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:62:99:592,0,422 chrIV 633060 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DP=75;Dels=0.00;FS=4.929;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:600,0,721 chrIV 633231 . G A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=75;Dels=0.00;FS=1.961;HaplotypeScore=5.3454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.350;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:75:99:567,0,733 chrIV 633784 . A C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.461;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:214,0,277 chrIV 633804 . T C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.953;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:271,0,238 chrIV 633852 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.213;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:35:99:257,0,246 chrIV 633933 . A T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;DP=46;Dels=0.00;FS=4.565;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.265;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:595,0,274 chrIV 633960 . G A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DP=48;Dels=0.00;FS=11.083;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.303;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:519,0,401 chrIV 633999 . G C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;DP=54;Dels=0.00;FS=15.567;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:374,0,591 chrIV 634044 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=51;Dels=0.00;FS=2.626;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.142;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:426,0,599 chrIV 634755 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=30;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=1.8606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.914;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:405,0,151 chrIV 634905 . G A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;DP=30;Dels=0.00;FS=8.700;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:248,0,286 chrIV 635008 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=59;Dels=0.00;FS=2.203;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.520;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:59:99:682,0,482 chrIV 635025 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:649,0,367 chrIV 635043 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DP=51;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:566,0,358 chrIV 635124 . A T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=31;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.686;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:204,0,295 chrIV 635301 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=43;Dels=0.00;FS=2.971;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=11.12;ReadPosRankSum=2.383;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:43:99:508,0,241 chrIV 635526 . A G 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:51:51,0,166 chrIV 636089 . C A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=59;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.656;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:503,0,370 chrIV 636237 . G A 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1108,129,0 chrIV 636391 . A T 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=5.260;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=26.28;ReadPosRankSum=1.659;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1268,129,0 chrIV 636465 . A C 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.63;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:963,102,0 chrIV 636564 . G A 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.52;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1970,198,0 chrIV 636673 . T C 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;DP=106;Dels=0.00;FS=0.767;HaplotypeScore=3.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.555;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:106:99:891,0,1437 chrIV 636737 . A T 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=55;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=21.69;ReadPosRankSum=2.360;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1226,126,0 chrIV 637011 . A C 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=17.16;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1354,144,0 chrIV 637211 . T C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.531;DP=45;Dels=0.00;FS=2.550;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:315,0,387 chrIV 638525 . A T 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DP=81;Dels=0.00;FS=1.789;HaplotypeScore=11.6548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:779,0,735 chrIV 639152 . T C 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;DP=105;Dels=0.00;FS=7.588;HaplotypeScore=3.6372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.962;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:105:99:944,0,1116 chrIV 639896 . C T 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.065;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:36:46:46,0,327 chrIV 640089 . T A 1767.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DP=134;Dels=0.00;FS=14.505;HaplotypeScore=14.1791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,75:134:99:1797,0,1316 chrIV 640224 . T G 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=60;Dels=0.00;FS=0.994;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.947;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:684,0,476 chrIV 640683 . G A 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=95;Dels=0.00;FS=2.727;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:95:99:1061,0,698 chrIV 641150 . C T 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,55:90:99:1092,0,606 chrIV 641340 . G C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=88;Dels=0.00;FS=4.732;HaplotypeScore=4.5788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:618,0,849 chrIV 642192 . A C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=53;Dels=0.00;FS=3.998;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:484,0,551 chrIV 643058 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:351,0,432 chrIV 643559 . T A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=45;Dels=0.00;FS=4.579;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:552,0,325 chrIV 643795 . C T 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=46;Dels=0.00;FS=2.724;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.672;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.372;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:653,0,306 chrIV 644629 . T A 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.36;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1208,123,0 chrIV 645268 . C G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=54;Dels=0.00;FS=8.505;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.02;MQ0=1;MQRankSum=-2.070;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.634;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:54:99:582,0,404 chrIV 645352 . C T 217.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=49;Dels=0.00;FS=13.870;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.86;MQ0=1;MQRankSum=-2.036;QD=4.43;ReadPosRankSum=-2.932;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:247,0,316 chrIV 645550 . A T 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.93;MQ0=6;QD=1.24;SB=-1.766e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:6:51,6,0 chrIV 645571 . A G 226.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.65;MQ0=10;MQRankSum=0.869;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.448;SB=-1.946e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,11:22:27:259,27,0 chrIV 645572 . C T 202.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.16;MQ0=10;QD=9.62;SB=-1.946e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:21:27:235,27,0 chrIV 651420 . G C 41.03 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=23;Dels=0.00;FS=9.425;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.98;MQ0=1;MQRankSum=-0.047;QD=1.78;ReadPosRankSum=3.325;SB=1.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:23:19:71,0,19 chrIV 651528 . A G 164.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;DP=107;Dels=0.00;FS=12.748;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.854;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,32:107:99:194,0,1465 chrIV 651580 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=112;Dels=0.00;FS=4.872;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=-8.632;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.405;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:312,0,1381 chrIV 651590 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;DP=109;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.31;MQ0=0;MQRankSum=-8.222;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.883;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:109:99:369,0,1284 chrIV 651672 . G A 494.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;DP=84;Dels=0.00;FS=43.438;HaplotypeScore=3.4559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=4.710;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.601;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,25:84:99:524,0,1302 chrIV 651714 . G C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.151;DP=74;Dels=0.00;FS=24.159;HaplotypeScore=4.6823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=3.625;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.628;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,21:74:99:404,0,1075 chrIV 651778 . C A 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;DP=110;Dels=0.00;FS=16.167;HaplotypeScore=2.5205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,45:110:99:808,0,1291 chrIV 651813 . C T 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=134;Dels=0.00;FS=10.011;HaplotypeScore=9.4847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-4.613;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:134:99:951,0,1372 chrIV 651881 . C T 1179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=174;Dels=0.00;FS=4.016;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-6.151;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.556;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,79:174:99:1209,0,1727 chrIV 651974 . G A 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=102;Dels=0.00;FS=3.821;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,59:102:99:1068,0,849 chrIV 652069 . A T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;DP=68;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.727;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:546,0,757 chrIV 652106 . C A 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;DP=82;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.717;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.668;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:612,0,746 chrIV 652118 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;DP=81;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.213;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:81:99:590,0,720 chrIV 652176 . A C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.592;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.231;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.582;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:93:99:649,0,709 chrIV 652186 . G C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQ0=0;MQRankSum=-5.729;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.519;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:93:99:491,0,662 chrIV 652203 . A T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.878;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-5.555;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.684;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:438,0,841 chrIV 652205 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.442;DP=93;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=5.8064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.104;QD=4.88;ReadPosRankSum=2.096;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:93:99:484,0,844 chrIV 652594 . T C 1209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.623;DP=118;Dels=0.00;FS=4.684;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,67:118:99:1239,0,897 chrIV 652990 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DP=50;Dels=0.00;FS=23.359;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.590;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:50:99:502,0,522 chrIV 653143 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=66;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.665;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.358;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:66:99:597,0,328 chrIV 653150 . C T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=57;Dels=0.00;FS=3.825;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.626;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:620,0,361 chrIV 653208 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.188;DP=57;Dels=0.00;FS=2.548;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:526,0,550 chrIV 653246 . T C 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=23.20;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1286,132,0 chrIV 653323 . T G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:58:99:311,0,242 chrIV 655316 . A T 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.448;DP=45;Dels=0.00;FS=56.460;HaplotypeScore=14.1291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=0.36;ReadPosRankSum=-2.653;SB=-5.655e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,9:45:46:46,0,546 chrIV 656349 . T C 2829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2862,300,0 chrIV 657366 . G A 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.33;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:770,78,0 chrIV 657574 . C T 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=48;Dels=0.00;FS=4.386;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.320;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.506;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:395,0,480 chrIV 658108 . C T 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;DP=45;Dels=0.02;FS=6.825;HaplotypeScore=17.3973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:44:99:195,0,413 chrIV 658436 . T G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.444;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:182,0,214 chrIV 658469 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.115;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:202,0,195 chrIV 658478 . C T 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=33;Dels=0.00;FS=1.363;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:237,0,292 chrIV 658643 . C T 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:207,0,334 chrIV 658682 . G A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=32;Dels=0.00;FS=1.406;HaplotypeScore=2.2857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.982;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:268,0,316 chrIV 658775 . C T 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=33;Dels=0.00;FS=1.434;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:185,0,446 chrIV 659198 . G T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DP=39;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.930;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:399,0,255 chrIV 659338 . C T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.279;DP=59;Dels=0.00;FS=1.059;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=9.90;ReadPosRankSum=1.681;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:614,0,626 chrIV 659402 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=86;Dels=0.00;FS=5.962;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:678,0,904 chrIV 659467 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.875;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:78:99:816,0,498 chrIV 659689 . T C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;DP=95;Dels=0.00;FS=0.783;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.828;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:734,0,1225 chrIV 659864 . A T 1248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=124;Dels=0.00;FS=4.347;HaplotypeScore=4.5567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,67:124:99:1278,0,1040 chrIV 659912 . G C 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.134;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,61:110:99:1092,0,715 chrIV 660025 . G C 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;DP=102;Dels=0.00;FS=1.597;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:1049,0,1032 chrIV 660107 . C T 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.438;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:968,0,766 chrIV 660131 . C T 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=94;Dels=0.00;FS=2.642;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.942;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:803,0,919 chrIV 660153 . C T 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.165;DP=101;Dels=0.00;FS=1.665;HaplotypeScore=6.7199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.680;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.071;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:114,0,884 chrIV 660155 . T A 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.174;DP=102;Dels=0.00;FS=1.664;HaplotypeScore=7.7032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.972;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:102:99:118,0,861 chrIV 660197 . C T 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.764;DP=111;Dels=0.00;FS=0.734;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.891;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.811;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,62:111:99:817,0,989 chrIV 660200 . T C 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.233;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.291;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,69:121:99:816,0,1032 chrIV 660237 . G A 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.746;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,67:120:99:992,0,1010 chrIV 660248 . T C 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=119;Dels=0.00;FS=0.696;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,66:119:99:1068,0,1005 chrIV 660411 . T C 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;DP=121;Dels=0.00;FS=5.588;HaplotypeScore=5.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=7.98;ReadPosRankSum=2.108;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:121:99:996,0,1329 chrIV 660498 . A G 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;DP=107;Dels=0.00;FS=4.934;HaplotypeScore=11.8558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.825;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:908,0,953 chrIV 660681 . C G 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;DP=119;Dels=0.00;FS=1.473;HaplotypeScore=10.0517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.957;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:119:99:953,0,1087 chrIV 660748 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DP=105;Dels=0.00;FS=4.979;HaplotypeScore=11.1767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:105:99:612,0,1153 chrIV 660773 . T C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DP=96;Dels=0.00;FS=0.804;HaplotypeScore=6.9979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.954;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.290;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:96:99:497,0,1004 chrIV 660788 . T C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;DP=94;Dels=0.00;FS=0.782;HaplotypeScore=7.0822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.725;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.589;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:482,0,1205 chrIV 660950 . A G 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;DP=117;Dels=0.00;FS=2.443;HaplotypeScore=9.9104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:117:99:831,0,1213 chrIV 661049 . G A 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.744;DP=118;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.744;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,54:118:99:989,0,1269 chrIV 661137 . A G 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.117;DP=88;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:805,0,857 chrIV 661159 . G T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.041;DP=87;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:87:99:729,0,809 chrIV 661166 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=87;Dels=0.00;FS=1.757;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.300;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:608,0,811 chrIV 661181 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=87;Dels=0.00;FS=0.821;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:510,0,973 chrIV 661358 . A T 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.751;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:846,0,731 chrIV 662378 . T C 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.325;DP=61;Dels=0.00;FS=6.913;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:494,0,645 chrIV 662769 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=51;Dels=0.00;FS=2.388;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.669;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:437,0,568 chrIV 662835 . T C 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.77;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1078,111,0 chrIV 663117 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.724;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:296,0,447 chrIV 663138 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=59;Dels=0.00;FS=2.207;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.544;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:59:99:386,0,570 chrIV 663384 . C T 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=30;Dels=0.00;FS=9.047;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.458;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:30:99:150,0,337 chrIV 663656 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=83;Dels=0.00;FS=7.225;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:83:99:682,0,664 chrIV 663819 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.699;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.334;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:388,0,484 chrIV 663861 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DP=74;Dels=0.00;FS=2.059;HaplotypeScore=9.4902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.463;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:74:99:460,0,796 chrIV 663915 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=85;Dels=0.00;FS=5.690;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.076;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:580,0,882 chrIV 664068 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:470,0,526 chrIV 664186 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.767;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:649,0,769 chrIV 664257 . C T 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.942;DP=105;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=8.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.795;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:1051,0,908 chrIV 664347 . T G 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.101;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:34:99:138,0,297 chrIV 664395 . G A 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=34;Dels=0.00;FS=7.652;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:288,0,191 chrIV 664456 . A G 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.60;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:982,102,0 chrIV 664477 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=51;Dels=0.00;FS=1.091;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.043;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:344,0,527 chrIV 665204 . A G 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;DP=110;Dels=0.00;FS=7.714;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.105;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:1170,0,945 chrIV 665593 . G A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.581;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:741,0,541 chrIV 665718 . C T 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DP=95;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=10.1941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:95:99:744,0,795 chrIV 665841 . A G 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=72;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=5.8007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:688,0,578 chrIV 666159 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.880;DP=61;Dels=0.00;FS=6.941;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:661,0,429 chrIV 666663 . T C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DP=76;Dels=0.00;FS=3.534;HaplotypeScore=12.0764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:804,0,677 chrIV 666947 . C G 1257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;DP=129;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.106;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,73:129:99:1287,0,906 chrIV 666968 . G A 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=114;Dels=0.00;FS=0.723;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.982;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,65:114:99:959,0,778 chrIV 666977 . A T 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.602;DP=115;Dels=0.00;FS=0.718;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.334;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,64:115:99:771,0,993 chrIV 666994 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;DP=98;Dels=0.00;FS=1.615;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.217;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.114;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:411,0,928 chrIV 667014 . C A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=86;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.775;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:282,0,929 chrIV 667027 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.600;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.169;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.741;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:81:99:218,0,811 chrIV 667031 . T A 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=-5.644;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:103,0,911 chrIV 667151 . C T 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DP=95;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=9.24;ReadPosRankSum=-2.259;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:908,0,926 chrIV 667309 . G A 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.823;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.624;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:97:99:858,0,728 chrIV 667439 . C G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;DP=90;Dels=0.00;FS=0.893;HaplotypeScore=8.0702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:746,0,893 chrIV 667469 . A T 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.621;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:641,0,846 chrIV 667473 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.846;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:635,0,800 chrIV 667994 . G A 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.259;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.953;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:746,0,621 chrIV 668232 . C A 821.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.488;DP=94;Dels=0.00;FS=2.054;HaplotypeScore=6.9662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.94;MQ0=14;MQRankSum=-4.366;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:851,0,590 chrIV 668243 . T C 611.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.17;MQ0=13;MQRankSum=-2.826;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.843;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:641,0,569 chrIV 668271 . C G 271.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.013;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.59;MQ0=14;MQRankSum=-0.093;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.259;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,18:64:99:301,0,499 chrIV 668582 . T C 97.11 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.10;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.747;SB=0.098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:13:127,0,13 chrIV 668687 . A T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.589;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:6:55,6,0 chrIV 670000 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=69;Dels=0.00;FS=3.248;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.822;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:633,0,563 chrIV 670255 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=55;Dels=0.00;FS=2.439;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.845;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:55:99:375,0,610 chrIV 670324 . T A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.066;DP=68;Dels=0.00;FS=2.164;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:647,0,619 chrIV 670418 . A T 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.790;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:1092,0,884 chrIV 670636 . G C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DP=52;Dels=0.00;FS=3.956;HaplotypeScore=6.9562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.099;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:52:99:313,0,480 chrIV 670771 . A C 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.037;DP=88;Dels=0.00;FS=4.237;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,51:88:99:929,0,763 chrIV 671025 . C T 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;DP=105;Dels=0.00;FS=1.600;HaplotypeScore=9.1058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:105:99:940,0,759 chrIV 671041 . T A 1141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=125;Dels=0.00;FS=3.271;HaplotypeScore=11.9260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.835;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,69:125:99:1171,0,896 chrIV 671079 . A G 1245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.243;DP=144;Dels=0.00;FS=5.259;HaplotypeScore=10.3100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,89:144:99:1275,0,1113 chrIV 671086 . G C 1207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=150;Dels=0.00;FS=5.118;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.702;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,88:150:99:1237,0,1053 chrIV 671207 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;DP=69;Dels=0.00;FS=9.630;HaplotypeScore=2.7223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.359;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:455,0,843 chrIV 671226 . C G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=68;Dels=0.00;FS=7.480;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.872;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:397,0,808 chrIV 671379 . T C 1208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;DP=121;Dels=0.00;FS=11.889;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.703;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.569;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,62:121:99:1238,0,1237 chrIV 671460 . G A 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.083;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:102:99:871,0,952 chrIV 671508 . G A 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=95;Dels=0.00;FS=2.136;HaplotypeScore=15.3612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:95:99:758,0,870 chrIV 671820 . A G 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;DP=131;Dels=0.00;FS=0.664;HaplotypeScore=13.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.360;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:131:99:1003,0,1302 chrIV 671958 . T C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=113;Dels=0.00;FS=7.649;HaplotypeScore=14.6566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.101;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:113:99:812,0,1258 chrIV 672124 . G A 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.096;DP=92;Dels=0.00;FS=0.825;HaplotypeScore=0.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.800;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:917,0,848 chrIV 672136 . T C 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=89;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=4.4443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:887,0,821 chrIV 672138 . A G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=92;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=4.4443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.750;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:853,0,872 chrIV 672351 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=94;Dels=0.00;FS=4.013;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:94:99:774,0,1027 chrIV 672752 . G A 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.62;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1394,138,0 chrIV 672815 . A T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=56;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:56:99:343,0,617 chrIV 672849 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:331,0,664 chrIV 672865 . A G 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=20.79;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1322,141,0 chrIV 673035 . T A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:553,0,920 chrIV 673237 . A G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=60;Dels=0.00;FS=1.025;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.343;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:544,0,524 chrIV 673272 . A G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;DP=55;Dels=0.00;FS=2.276;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:586,0,452 chrIV 673716 . C G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=63;Dels=0.00;FS=1.141;HaplotypeScore=5.5011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:63:99:483,0,505 chrIV 673838 . C T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DP=90;Dels=0.00;FS=5.276;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.624;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:782,0,948 chrIV 673951 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=53;Dels=0.00;FS=4.017;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.791;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.864;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:329,0,620 chrIV 673957 . T C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=50;Dels=0.00;FS=4.061;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.967;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:293,0,597 chrIV 673965 . G A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.003;DP=53;Dels=0.00;FS=3.983;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.163;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:53:99:280,0,598 chrIV 673982 . A G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DP=52;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.110;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:329,0,496 chrIV 674236 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DP=83;Dels=0.00;FS=16.074;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:83:99:726,0,615 chrIV 674321 . T C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;DP=45;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=2.76;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:154,0,584 chrIV 674365 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.117;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:249,0,312 chrIV 674440 . C A 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=33;Dels=0.00;FS=6.377;HaplotypeScore=5.9768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.992;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:136,0,431 chrIV 674458 . T G 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DP=35;Dels=0.00;FS=4.042;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.191;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:68:68,0,524 chrIV 674459 . A G 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=34;Dels=0.00;FS=3.712;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.589;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:99:99,0,394 chrIV 674519 . A G 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=23.17;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:983,102,0 chrIV 674711 . T C 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=27;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:27:99:137,0,306 chrIV 674716 . C G 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=25;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:132,0,264 chrIV 674810 . A G 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=14.03;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:51:496,51,0 chrIV 674872 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;DP=27;Dels=0.04;FS=6.085;HaplotypeScore=5.4719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-1.425e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:176,0,106 chrIV 675008 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;DP=45;Dels=0.00;FS=2.619;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.697;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:274,0,437 chrIV 675634 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.090;DP=49;Dels=0.00;FS=10.519;HaplotypeScore=8.8534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=6.61;ReadPosRankSum=-2.270;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:354,0,436 chrIV 675664 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;DP=47;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=8.74;ReadPosRankSum=-2.501;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:441,0,428 chrIV 675790 . C A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:360,0,277 chrIV 675810 . T A 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=15.33;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:96:861,96,0 chrIV 675833 . A G 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.188;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.122;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:94:94,0,938 chrIV 675841 . C G 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.179;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:68:90:90,0,969 chrIV 675985 . A G 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=101;Dels=0.00;FS=1.765;HaplotypeScore=9.4300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:961,0,1043 chrIV 676644 . T C 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=111;Dels=0.00;FS=9.235;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.161;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:111:99:966,0,1016 chrIV 677241 . G A 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.769;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:858,0,783 chrIV 677543 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DP=58;Dels=0.00;FS=5.341;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.809;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:567,0,668 chrIV 677658 . A G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;DP=81;Dels=0.00;FS=12.222;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.883;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:673,0,751 chrIV 677713 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.347;DP=53;Dels=0.00;FS=1.752;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:53:99:624,0,288 chrIV 677729 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.136;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:522,0,326 chrIV 678076 . T C 795 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=26.50;ReadPosRankSum=1.617;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:87:828,87,0 chrIV 678110 . G A 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=26.17;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1289,129,0 chrIV 678128 . C T 2091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=26.81;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2124,213,0 chrIV 678156 . T C 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=24.97;ReadPosRankSum=2.383;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1881,201,0 chrIV 678344 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=57;Dels=0.00;FS=1.165;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:675,0,487 chrIV 678436 . G A 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=21.94;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1569,159,0 chrIV 678481 . G A 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:454,0,894 chrIV 678613 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=52;Dels=0.00;FS=6.313;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:433,0,282 chrIV 678773 . T C 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=25.60;ReadPosRankSum=1.571;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1134,114,0 chrIV 679260 . A G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DP=43;Dels=0.00;FS=4.603;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.292;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:319,0,328 chrIV 679286 . T A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.455;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:466,0,275 chrIV 679438 . A T 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=26;Dels=0.00;FS=4.374;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:186,0,278 chrIV 679489 . C T 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:126,0,192 chrIV 679624 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.364;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.015;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:609,0,594 chrIV 679781 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DP=66;Dels=0.00;FS=7.139;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:694,0,496 chrIV 679834 . T G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;DP=60;Dels=0.00;FS=2.252;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:454,0,629 chrIV 679949 . C G 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=115;Dels=0.00;FS=3.485;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:115:99:1040,0,1313 chrIV 679996 . A G 1116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.714;DP=112;Dels=0.00;FS=1.608;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.301;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:112:99:1146,0,1115 chrIV 680091 . C A 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.259;DP=82;Dels=0.00;FS=2.878;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.265;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:707,0,629 chrIV 680123 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=78;Dels=0.00;FS=1.870;HaplotypeScore=43.2283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.402;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.350;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:575,0,538 chrIV 680244 . G A 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=101;Dels=0.00;FS=2.633;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:101:99:768,0,1084 chrIV 680288 . C T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.445;DP=70;Dels=0.00;FS=4.851;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:70:99:838,0,525 chrIV 680316 . C A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.527;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:696,0,428 chrIV 680401 . G T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:789,0,400 chrIV 680423 . A G 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.03;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2016,213,0 chrIV 680490 . G C 2377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=24.26;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2410,255,0 chrIV 680614 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=42;Dels=0.00;FS=5.707;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.390;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:262,0,252 chrIV 680639 . A G 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=18.05;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:84:809,84,0 chrIV 680727 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;DP=38;Dels=0.00;FS=1.290;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:270,0,318 chrIV 680751 . C T 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=39;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:303,0,342 chrIV 680772 . A T 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=40;Dels=0.00;FS=1.252;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.122;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:211,0,438 chrIV 680813 . A G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=66;Dels=0.00;FS=2.186;HaplotypeScore=2.6618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:339,0,579 chrIV 681125 . A G 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=71;Dels=0.00;FS=11.202;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.454;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:591,0,854 chrIV 681246 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;DP=55;Dels=0.00;FS=5.435;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.401;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:398,0,686 chrIV 681251 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=56;Dels=0.00;FS=5.551;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=2.078;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:685,0,400 chrIV 681282 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.764;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:442,0,547 chrIV 681304 . G A 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=23.97;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1447,147,0 chrIV 681417 . C T 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;DP=60;Dels=0.00;FS=1.025;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.427;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:60:99:767,0,225 chrIV 681664 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DP=76;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=9.3322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.446;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:624,0,759 chrIV 681734 . G T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.321;DP=56;Dels=0.00;FS=12.138;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:56:99:455,0,331 chrIV 681886 . C T 77.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=36;Dels=0.00;FS=5.187;HaplotypeScore=11.5431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.647;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.150;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:36:99:107,0,523 chrIV 681918 . C T 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.842;DP=71;Dels=0.00;FS=11.060;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.124;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:117,0,822 chrIV 682085 . G A 205.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;DP=23;Dels=0.00;FS=8.468;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:235,0,148 chrIV 682093 . T C 122.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=21;Dels=0.00;FS=7.659;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:152,0,208 chrIV 682121 . A C 175.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=24;Dels=0.00;FS=10.887;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.058;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:205,0,268 chrIV 682165 . G A 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.033;DP=44;Dels=0.00;FS=6.517;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=6.59;ReadPosRankSum=2.048;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:44:99:320,0,608 chrIV 682178 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=47;Dels=0.00;FS=8.859;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.711;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:320,0,684 chrIV 682303 . T C 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.059;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.237;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:115:99:1000,0,1505 chrIV 682420 . G A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=44;Dels=0.00;FS=1.181;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=11.59;ReadPosRankSum=1.544;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:540,0,481 chrIV 682509 . C G 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.605;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.400;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:821,0,781 chrIV 682954 . A G 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=29;Dels=0.00;FS=3.630;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:159,0,424 chrIV 682960 . T C 71.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.910;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=1.92;ReadPosRankSum=-2.545;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:101,0,405 chrIV 683501 . T C 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.924;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:800,0,658 chrIV 683520 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.835;DP=71;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.259;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.377;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:650,0,594 chrIV 683610 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;DP=72;Dels=0.00;FS=1.994;HaplotypeScore=2.7021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.306;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:752,0,449 chrIV 683639 . T A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.671;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:605,0,429 chrIV 683768 . T C 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.906;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:101:99:1065,0,779 chrIV 683805 . C T 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;DP=94;Dels=0.00;FS=4.039;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.336;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,59:94:99:1250,0,675 chrIV 683812 . G A 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DP=99;Dels=0.00;FS=2.826;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.882;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,60:99:99:1138,0,598 chrIV 683834 . G C 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=98;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.945;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,58:98:99:1008,0,831 chrIV 683860 . T G 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.220;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,66:114:99:1121,0,873 chrIV 683886 . A G 1095.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.143;DP=127;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.366;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,76:127:99:1125,0,1037 chrIV 683890 . C T 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=131;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.117;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,77:130:99:1121,0,965 chrIV 683918 . C T 2403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=21.85;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2436,246,0 chrIV 684013 . T G 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;DP=112;Dels=0.00;FS=9.091;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.597;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:112:99:1122,0,987 chrIV 684395 . G A 1194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.243;DP=99;Dels=0.00;FS=3.729;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:99:99:1224,0,739 chrIV 685013 . C T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=44;Dels=0.00;FS=5.050;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.038;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:44:99:549,0,241 chrIV 685091 . A T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.629;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:628,0,445 chrIV 685095 . A T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=67;Dels=0.00;FS=3.401;HaplotypeScore=5.7684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:682,0,455 chrIV 685142 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=94;Dels=0.00;FS=4.073;HaplotypeScore=13.0246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:94:99:711,0,841 chrIV 685189 . A T 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.506;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:870,0,725 chrIV 685290 . A G 1184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;DP=116;Dels=0.00;FS=5.819;HaplotypeScore=7.8045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.153;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,69:116:99:1214,0,977 chrIV 685473 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=81;Dels=0.00;FS=7.327;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:726,0,837 chrIV 685531 . C G 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=111;Dels=0.00;FS=7.503;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.757;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,62:111:99:1050,0,789 chrIV 685659 . G A 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.86;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1799,192,0 chrIV 685681 . C T 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.817;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:74:99:944,0,414 chrIV 685708 . T G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;DP=63;Dels=0.00;FS=3.429;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:433,0,655 chrIV 685822 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.391;DP=94;Dels=0.00;FS=8.705;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:643,0,929 chrIV 685839 . G A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=115;Dels=0.00;FS=9.400;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.367;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:115:99:815,0,1058 chrIV 686038 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.407;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:613,0,604 chrIV 686344 . A T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;DP=91;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.823;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:737,0,741 chrIV 686709 . C A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.663;DP=59;Dels=0.00;FS=7.997;HaplotypeScore=5.6512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:466,0,550 chrIV 686865 . A G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DP=95;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=9.8698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.122;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.030;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:95:99:668,0,940 chrIV 686871 . T C 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=91;Dels=0.00;FS=8.428;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.298;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.044;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:713,0,1038 chrIV 687169 . C G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.331;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.001;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:897,0,547 chrIV 687255 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=79;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:508,0,746 chrIV 687261 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.556;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:530,0,696 chrIV 687279 . T G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;DP=99;Dels=0.00;FS=2.616;HaplotypeScore=11.9583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.213;QD=6.68;ReadPosRankSum=2.085;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:691,0,847 chrIV 687424 . C G 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;DP=102;Dels=0.00;FS=3.690;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=8.79;ReadPosRankSum=-2.075;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:927,0,1061 chrIV 687427 . A G 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=97;Dels=0.00;FS=1.634;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=7.98;ReadPosRankSum=-2.511;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:804,0,967 chrIV 687440 . A T 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.025;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:704,0,1200 chrIV 687498 . T A 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.026;DP=114;Dels=0.00;FS=1.618;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:114:99:984,0,1259 chrIV 687533 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.657;DP=126;Dels=0.00;FS=2.447;HaplotypeScore=13.0638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,57:126:99:646,0,1603 chrIV 687534 . G A 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.934;DP=125;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=12.0972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:672,0,1574 chrIV 687589 . A C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;DP=88;Dels=0.00;FS=5.481;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.481;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.838;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:647,0,1132 chrIV 687632 . G A 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1485,147,0 chrIV 687643 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:525,0,672 chrIV 687691 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=86;Dels=0.00;FS=2.122;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:538,0,840 chrIV 687745 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=77;Dels=0.01;FS=10.693;HaplotypeScore=7.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=5.42;ReadPosRankSum=2.406;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:76:99:447,0,608 chrIV 687746 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.736;DP=74;Dels=0.00;FS=8.641;HaplotypeScore=7.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=5.58;ReadPosRankSum=2.236;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:443,0,601 chrIV 687830 . A G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.934;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.841;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.816;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:109:99:686,0,1135 chrIV 688177 . G A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=106;Dels=0.02;FS=0.765;HaplotypeScore=55.5704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:104:99:770,0,864 chrIV 688353 . A G 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.188;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.459;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:696,0,885 chrIV 688415 . A G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DP=75;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=8.59;ReadPosRankSum=2.349;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:674,0,715 chrIV 688432 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;DP=67;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=1.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.320;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:584,0,683 chrIV 688437 . C A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.229;DP=68;Dels=0.00;FS=0.943;HaplotypeScore=3.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.981;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:68:99:582,0,658 chrIV 688474 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:466,0,819 chrIV 688518 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=47;Dels=0.00;FS=4.196;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.075;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:429,0,411 chrIV 688530 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=52;Dels=0.00;FS=10.323;HaplotypeScore=7.4723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:563,0,348 chrIV 688602 . C A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.073;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:70:99:557,0,523 chrIV 688608 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=74;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=7.0352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:579,0,542 chrIV 688643 . A T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=65;Dels=0.00;FS=3.776;HaplotypeScore=9.5608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.325;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:597,0,570 chrIV 688689 . T G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.824;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:668,0,863 chrIV 688821 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;DP=71;Dels=0.00;FS=6.668;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.433;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:519,0,865 chrIV 688841 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;DP=70;Dels=0.00;FS=10.417;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.868;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:592,0,742 chrIV 689214 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;DP=67;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.162;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:632,0,540 chrIV 689315 . T C 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.668;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.380;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:743,0,817 chrIV 689403 . A G 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;DP=89;Dels=0.00;FS=0.799;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.377;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:898,0,862 chrIV 689526 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;DP=94;Dels=0.00;FS=12.110;HaplotypeScore=7.7142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.718;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:94:99:565,0,1003 chrIV 689532 . C G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.502;DP=85;Dels=0.00;FS=10.775;HaplotypeScore=3.5299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.172;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:555,0,919 chrIV 689618 . A G 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=75;Dels=0.00;FS=14.300;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.923;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:743,0,676 chrIV 689756 . C T 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=87;Dels=0.00;FS=7.353;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.365;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:878,0,729 chrIV 689810 . A C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=72;Dels=0.00;FS=10.419;HaplotypeScore=10.3212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.875;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:72:99:545,0,698 chrIV 690128 . G A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=10.81;ReadPosRankSum=-2.219;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:754,0,579 chrIV 690152 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.369;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:828,0,771 chrIV 690212 . G A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DP=85;Dels=0.00;FS=1.805;HaplotypeScore=5.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.107;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:840,0,744 chrIV 690267 . C A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=48;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:353,0,392 chrIV 690503 . T A 1182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,61:108:99:1212,0,930 chrIV 690684 . A G 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=24.12;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1577,174,0 chrIV 690691 . G T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=56;Dels=0.00;FS=2.619;HaplotypeScore=1.9598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.204;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:596,0,615 chrIV 690751 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=48;Dels=0.00;FS=1.266;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:481,0,413 chrIV 690855 . C T 1249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.436;DP=122;Dels=0.00;FS=2.332;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=10.24;ReadPosRankSum=-2.762;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,66:122:99:1279,0,936 chrIV 690909 . C G 1708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.492;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.085;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,96:176:99:1738,0,1334 chrIV 690968 . C G 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,74:136:99:1232,0,1210 chrIV 691366 . C G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.576;DP=49;Dels=0.00;FS=3.285;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.813;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:420,0,303 chrIV 691370 . T G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;DP=49;Dels=0.00;FS=3.388;HaplotypeScore=5.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.769;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:397,0,291 chrIV 691402 . T A 468 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.742;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:63:501,63,0 chrIV 691713 . C T 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=19.62;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1230,123,0 chrIV 691930 . T A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=23;Dels=0.00;FS=4.228;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=2.143;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:266,0,136 chrIV 691936 . T C 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=21;Dels=0.00;FS=1.719;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.462;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:116,0,277 chrIV 691984 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;DP=50;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=9.66;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:50:99:513,0,519 chrIV 692140 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DP=30;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:284,0,249 chrIV 692149 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=27;Dels=0.00;FS=5.907;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:266,0,204 chrIV 692170 . A G 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=26;Dels=0.00;FS=3.628;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.821;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:171,0,246 chrIV 692212 . C T 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=24;Dels=0.00;FS=1.507;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.703;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:109,0,210 chrIV 692241 . G T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.231;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:172,0,212 chrIV 692320 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DP=48;Dels=0.00;FS=6.211;HaplotypeScore=3.3901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.792;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:348,0,606 chrIV 692518 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=42;Dels=0.00;FS=1.435;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=2.178;QD=10.38;ReadPosRankSum=-2.465;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:466,0,441 chrIV 692575 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=31;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:395,0,192 chrIV 692593 . A G 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=16.72;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:451,48,0 chrIV 692602 . A G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=29;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:99:204,0,243 chrIV 692655 . T A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.720;DP=38;Dels=0.00;FS=16.965;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:379,0,266 chrIV 692797 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:595,0,456 chrIV 692839 . T C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.748;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:425,0,549 chrIV 693070 . G C 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=105;Dels=0.00;FS=3.654;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.765;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:105:99:1034,0,784 chrIV 693184 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=2.935;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:627,0,611 chrIV 693255 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DP=45;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=9.3232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.553;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:335,0,436 chrIV 693728 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=42;Dels=0.00;FS=4.368;HaplotypeScore=4.5072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.733;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:462,0,357 chrIV 693982 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=54;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:590,0,329 chrIV 694033 . T C 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=23.19;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1123,117,0 chrIV 694079 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=57;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:469,0,560 chrIV 694241 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;DP=52;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=44.6785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=8.65;ReadPosRankSum=-2.064;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:480,0,370 chrIV 694457 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.143;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:361,0,560 chrIV 694473 . T G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;DP=48;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.905;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:389,0,455 chrIV 694503 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=47;Dels=0.00;FS=11.229;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.798;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:430,0,368 chrIV 694587 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=67;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=8.4590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.502;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:67:99:758,0,426 chrIV 694789 . A C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=37;Dels=0.00;FS=1.363;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.970;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:275,0,467 chrIV 694831 . A C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;DP=38;Dels=0.00;FS=3.120;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:38:99:233,0,467 chrIV 695272 . T C 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=86;Dels=0.00;FS=3.168;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.941;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.528;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:739,0,889 chrIV 695335 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.096;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:530,0,465 chrIV 695576 . A C 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.581;DP=152;Dels=0.00;FS=2.157;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.025;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,60:152:99:1016,0,1626 chrIV 695620 . G A 1980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.52;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2013,219,0 chrIV 695635 . C T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=84;Dels=0.00;FS=10.195;HaplotypeScore=3.5767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.540;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.742;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:699,0,1029 chrIV 695803 . T C 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DP=112;Dels=0.00;FS=3.753;HaplotypeScore=5.6210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.735;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:112:99:826,0,1077 chrIV 695821 . G A 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=109;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.136;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:109:99:818,0,916 chrIV 696046 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DP=71;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.192;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.655;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:672,0,602 chrIV 696052 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=67;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.782;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:578,0,649 chrIV 696062 . G T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.311;DP=61;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.561;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.065;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:417,0,539 chrIV 696106 . C G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=34;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:324,0,262 chrIV 696130 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=44;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.256;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:445,0,314 chrIV 696145 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=48;Dels=0.00;FS=5.089;HaplotypeScore=5.8669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.463;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:484,0,321 chrIV 696199 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.458;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:563,0,684 chrIV 696549 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.498;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:525,0,516 chrIV 696637 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.250;DP=58;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.809;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:486,0,651 chrIV 696745 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DP=44;Dels=0.00;FS=4.935;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.497;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:407,0,477 chrIV 696847 . G C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;DP=71;Dels=0.00;FS=7.679;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.114;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:71:99:595,0,715 chrIV 696886 . A G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=81;Dels=0.00;FS=4.669;HaplotypeScore=6.7698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.879;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:81:99:717,0,788 chrIV 696979 . G A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;DP=71;Dels=0.00;FS=17.005;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:921,0,532 chrIV 697096 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;DP=51;Dels=0.00;FS=2.564;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.846;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.878;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:316,0,617 chrIV 697105 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;DP=52;Dels=0.00;FS=4.103;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:288,0,484 chrIV 697118 . A G 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=19.29;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:824,87,0 chrIV 697144 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=35;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.084;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:270,0,348 chrIV 697201 . G A 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=51;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=4.3325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:523,0,333 chrIV 697575 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.979;DP=59;Dels=0.00;FS=7.306;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.508;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:581,0,486 chrIV 697612 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DP=72;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.881;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:649,0,579 chrIV 697648 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=2.047;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.176;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:54:99:504,0,374 chrIV 697693 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=5.2189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:246,0,407 chrIV 697699 . T G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=32;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:32:99:209,0,310 chrIV 697705 . G A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.769;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:214,0,299 chrIV 697759 . G A 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.869;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:132,0,211 chrIV 697891 . G A 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.685;DP=72;Dels=0.00;FS=2.413;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.387;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:773,0,397 chrIV 697912 . A T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.513;DP=70;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:606,0,397 chrIV 698225 . T A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.066;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:684,0,508 chrIV 698243 . T A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=68;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.038;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:702,0,704 chrIV 698270 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.547;DP=82;Dels=0.00;FS=4.469;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:665,0,872 chrIV 698272 . T G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DP=81;Dels=0.00;FS=7.636;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:742,0,886 chrIV 698347 . A G 1275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=125;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.424;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,67:125:99:1305,0,971 chrIV 698417 . T C 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.328;DP=95;Dels=0.00;FS=10.205;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:95:99:833,0,1026 chrIV 698508 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=90;Dels=0.00;FS=5.436;HaplotypeScore=11.8410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.349;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.182;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:667,0,846 chrIV 698668 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.680;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.764;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:89:99:661,0,828 chrIV 698670 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DP=86;Dels=0.00;FS=0.900;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.926;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:627,0,829 chrIV 699022 . T A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DP=48;Dels=0.00;FS=4.125;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.841;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.330;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:362,0,434 chrIV 699153 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DP=36;Dels=0.00;FS=1.615;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,26:36:99:566,0,172 chrIV 699202 . T A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:396,0,301 chrIV 699280 . T C 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.660;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:85:85,0,112 chrIV 699810 . C G 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=22.18;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:876,93,0 chrIV 699938 . G A 2085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=23.97;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:87:99:2118,213,0 chrIV 700210 . A G 2144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=24.09;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:2177,225,0 chrIV 700250 . G A 2481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.76;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2514,273,0 chrIV 700377 . G A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=78;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=7.6567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.158;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:805,0,489 chrIV 700440 . C T 2566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1.510e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2599,261,0 chrIV 700598 . C T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=99;Dels=0.00;FS=1.636;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.863;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:99:99:827,0,927 chrIV 700614 . A G 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=19.19;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:1683,180,0 chrIV 700773 . T C 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=20.58;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1165,123,0 chrIV 700855 . G A 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=17.75;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1187,120,0 chrIV 701064 . A G 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=73;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=8.6558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.334;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:838,0,577 chrIV 701178 . G A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DP=58;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.741;QD=4.72;ReadPosRankSum=-2.026;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:304,0,492 chrIV 701238 . C G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:568,0,868 chrIV 701262 . T C 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,32:87:99:505,0,1112 chrIV 701279 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;DP=94;Dels=0.00;FS=1.714;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,36:94:99:623,0,1178 chrIV 701448 . T C 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DP=77;Dels=0.00;FS=7.802;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.985;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.995;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:573,0,692 chrIV 701457 . G A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.153;DP=78;Dels=0.00;FS=9.535;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.308;QD=7.63;ReadPosRankSum=2.012;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:625,0,767 chrIV 701669 . A G 1122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.762;DP=129;Dels=0.00;FS=3.803;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.663;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,61:129:99:1152,0,1407 chrIV 701674 . G C 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DP=129;Dels=0.00;FS=3.827;HaplotypeScore=11.8030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.721;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,61:129:99:1048,0,1346 chrIV 702278 . T A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=55;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.810;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:535,0,458 chrIV 702480 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=101;Dels=0.00;FS=1.682;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.691;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:778,0,809 chrIV 702555 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.572;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:409,0,267 chrIV 702706 . A G 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=64;Dels=0.00;FS=7.033;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.866;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:648,0,603 chrIV 702757 . A T 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=83;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.153;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:871,0,826 chrIV 702817 . T C 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;DP=83;Dels=0.00;FS=2.016;HaplotypeScore=9.5964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.517;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:792,0,698 chrIV 702967 . A G 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.651;DP=68;Dels=0.00;FS=3.400;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:459,0,564 chrIV 703275 . A G 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=93;Dels=0.00;FS=1.689;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:826,0,731 chrIV 703309 . A G 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=1.524;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.505;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:105:99:911,0,848 chrIV 703359 . G A 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=120;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=4.021;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,65:120:99:995,0,789 chrIV 703370 . A G 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=132;Dels=0.00;FS=3.865;HaplotypeScore=7.6567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:132:99:958,0,1088 chrIV 703386 . G C 2518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=18.12;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:139:99:2551,264,0 chrIV 703521 . G A 2167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=22.57;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2200,228,0 chrIV 703850 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.320;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:584,0,861 chrIV 703854 . G C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=83;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=2.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:83:99:545,0,868 chrIV 703905 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=67;Dels=0.00;FS=6.512;HaplotypeScore=8.6461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=7.18;ReadPosRankSum=2.155;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:511,0,484 chrIV 704286 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.469;DP=63;Dels=0.00;FS=0.987;HaplotypeScore=2.6406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.236;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:692,0,482 chrIV 704345 . T A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:377,0,503 chrIV 704410 . A T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=49;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=4.6936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.738;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.375;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:506,0,393 chrIV 705119 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=62;Dels=0.00;FS=5.056;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.356;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:514,0,669 chrIV 705383 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=50;Dels=0.00;FS=4.041;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:354,0,494 chrIV 705884 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.815;DP=62;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:576,0,538 chrIV 706032 . T C 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=22.79;ReadPosRankSum=1.666;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1241,129,0 chrIV 706217 . A T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=52;Dels=0.00;FS=2.388;HaplotypeScore=8.0561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.561;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:476,0,329 chrIV 707014 . A C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:445,0,206 chrIV 707342 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=5.6367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.743;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:502,0,355 chrIV 707384 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;DP=36;Dels=0.00;FS=7.519;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:369,0,382 chrIV 707654 . T C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=45;Dels=0.00;FS=4.332;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.762;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:462,0,399 chrIV 707900 . A T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;DP=84;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.583;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:719,0,840 chrIV 707905 . T A 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=88;Dels=0.00;FS=2.878;HaplotypeScore=5.8661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:804,0,846 chrIV 708086 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:324,0,622 chrIV 708341 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.449;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:644,0,591 chrIV 708514 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=65;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:561,0,668 chrIV 708639 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.906;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:568,0,652 chrIV 709011 . T C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DP=65;Dels=0.00;FS=11.276;HaplotypeScore=3.3162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.020;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:654,0,470 chrIV 709040 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=59;Dels=0.00;FS=6.794;HaplotypeScore=7.9465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.341;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:555,0,485 chrIV 709210 . G C 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;DP=105;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:105:99:934,0,907 chrIV 709257 . A G 970.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=143;Dels=0.00;FS=0.658;HaplotypeScore=13.3979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.651;QD=6.78;ReadPosRankSum=2.353;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,67:143:99:1000,0,1217 chrIV 709260 . T C 1017.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=146;Dels=0.00;FS=5.294;HaplotypeScore=17.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.700;QD=6.97;ReadPosRankSum=2.517;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,66:146:99:1047,0,1147 chrIV 709261 . A C 1089.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=151;Dels=0.00;FS=2.174;HaplotypeScore=15.6545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.374;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.421;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,72:151:99:1119,0,1171 chrIV 709611 . G A 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=103;Dels=0.00;FS=3.882;HaplotypeScore=8.5543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.525;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:735,0,1118 chrIV 709623 . T C 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;DP=103;Dels=0.00;FS=1.629;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.974;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.808;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:913,0,946 chrIV 709686 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:99:99:748,0,871 chrIV 709887 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;DP=48;Dels=0.00;FS=4.179;HaplotypeScore=2.6808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.291;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:510,0,347 chrIV 709938 . A G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=44;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=4.1401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=7.00;ReadPosRankSum=-2.102;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:338,0,291 chrIV 710100 . G A 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=52;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.604;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:336,0,501 chrIV 710109 . G A 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=20.76;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1092,117,0 chrIV 710130 . C T 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=22.78;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1195,120,0 chrIV 710277 . A G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DP=46;Dels=0.00;FS=6.250;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:332,0,488 chrIV 710371 . A G 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.452;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:75:727,75,0 chrIV 710478 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=51;Dels=0.00;FS=5.870;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=9.88;ReadPosRankSum=2.142;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:534,0,365 chrIV 710492 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:500,0,460 chrIV 710715 . C T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=51;Dels=0.00;FS=11.698;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:341,0,677 chrIV 710850 . A G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=42;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.448;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:281,0,400 chrIV 710853 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.516;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:299,0,421 chrIV 710996 . T C 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=23.54;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1657,171,0 chrIV 711174 . C T 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.052;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:254,0,296 chrIV 711312 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;DP=48;Dels=0.00;FS=1.368;HaplotypeScore=4.1889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.676;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:360,0,298 chrIV 711314 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=48;Dels=0.00;FS=2.914;HaplotypeScore=4.1889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=6.56;ReadPosRankSum=2.249;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:345,0,352 chrIV 711352 . T A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.097;DP=56;Dels=0.00;FS=2.352;HaplotypeScore=7.1789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.933;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:511,0,394 chrIV 711426 . T C 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=35;Dels=0.00;FS=3.120;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:207,0,483 chrIV 711528 . A C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=64;Dels=0.00;FS=1.136;HaplotypeScore=6.5992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:606,0,511 chrIV 711759 . T C 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=58;Dels=0.00;FS=7.142;HaplotypeScore=9.5627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.947;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:427,0,510 chrIV 711909 . C G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=59;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.591;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:59:99:699,0,482 chrIV 711924 . A G 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.278;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.010;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:665,0,595 chrIV 711956 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:52:99:323,0,695 chrIV 712092 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;DP=67;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.212;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:67:99:807,0,436 chrIV 712122 . G A 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;DP=58;Dels=0.00;FS=2.303;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.006;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.987;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:832,0,363 chrIV 712473 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=37;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.139;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:433,0,272 chrIV 712698 . A T 1774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;DP=143;Dels=0.00;FS=6.390;HaplotypeScore=11.0273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.810;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,87:143:99:1804,0,909 chrIV 712818 . A G 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.486;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:622,0,442 chrIV 712857 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;DP=75;Dels=0.00;FS=6.043;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.925;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.288;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:637,0,714 chrIV 713009 . A G 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=96;Dels=0.00;FS=11.378;HaplotypeScore=5.8687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.055;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,56:96:99:749,0,798 chrIV 713011 . G C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=94;Dels=0.00;FS=10.932;HaplotypeScore=5.0800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.032;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,56:94:99:745,0,730 chrIV 713074 . G T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.802;DP=117;Dels=0.00;FS=42.991;HaplotypeScore=12.3714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=-6.752;QD=5.49;ReadPosRankSum=2.135;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,60:117:99:672,0,1061 chrIV 713084 . G T 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=113;Dels=0.00;FS=43.631;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQ0=0;MQRankSum=-7.201;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,66:113:99:701,0,957 chrIV 713108 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=84;Dels=0.00;FS=11.324;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.257;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:84:99:517,0,860 chrIV 713109 . C T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=79;Dels=0.00;FS=9.460;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.91;MQ0=0;MQRankSum=-5.321;QD=6.27;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:525,0,835 chrIV 713130 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;DP=77;Dels=0.00;FS=6.063;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.703;QD=4.62;ReadPosRankSum=2.621;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:77:99:386,0,852 chrIV 713166 . C T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=79;Dels=0.00;FS=27.054;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.072;QD=8.95;ReadPosRankSum=-2.003;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:737,0,482 chrIV 713335 . T C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=70;Dels=0.00;FS=15.238;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.412;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:657,0,607 chrIV 713336 . T A 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=23.45;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1651,168,0 chrIV 713505 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=57;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.743;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:455,0,348 chrIV 713520 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.867;DP=65;Dels=0.00;FS=5.276;HaplotypeScore=2.6963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:639,0,342 chrIV 713559 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;DP=64;Dels=0.00;FS=3.230;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:319,0,637 chrIV 713623 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DP=63;Dels=0.00;FS=8.082;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:603,0,434 chrIV 713871 . C T 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:72:72,0,282 chrIV 714483 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=59;Dels=0.00;FS=1.178;HaplotypeScore=13.3351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.023;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:523,0,456 chrIV 714487 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.539;DP=62;Dels=0.00;FS=1.141;HaplotypeScore=5.7106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.832;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:555,0,561 chrIV 714663 . A T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DP=66;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.665;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,42:66:99:777,0,362 chrIV 714714 . C T 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.872;QD=10.22;ReadPosRankSum=-2.220;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,40:60:99:643,0,349 chrIV 714933 . T C 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=20.09;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1379,141,0 chrIV 715349 . G A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=83;Dels=0.00;FS=4.300;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.572;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:687,0,733 chrIV 715352 . T C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=77;Dels=0.00;FS=1.947;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.469;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:555,0,643 chrIV 715627 . C T 1300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=124;Dels=0.00;FS=0.707;HaplotypeScore=7.3535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,68:124:99:1330,0,961 chrIV 715629 . A G 1299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=125;Dels=0.00;FS=0.698;HaplotypeScore=6.5648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.207;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.284;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,69:125:99:1329,0,988 chrIV 715691 . G A 1199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.838;DP=122;Dels=0.00;FS=8.607;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,66:122:99:1229,0,1066 chrIV 715715 . T A 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=120;Dels=0.00;FS=4.513;HaplotypeScore=5.7648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.894;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:120:99:1103,0,1301 chrIV 715933 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:81:99:677,0,812 chrIV 716020 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.069;DP=77;Dels=0.00;FS=3.141;HaplotypeScore=6.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=8.53;ReadPosRankSum=-2.084;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:77:99:687,0,405 chrIV 716118 . T C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;DP=54;Dels=0.00;FS=1.043;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.313;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:410,0,635 chrIV 716179 . T C 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.482;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:237,0,233 chrIV 716374 . A G 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=79;Dels=0.00;FS=11.961;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.720;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:591,0,832 chrIV 716407 . A T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;DP=82;Dels=0.00;FS=1.933;HaplotypeScore=11.1714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=6.43;ReadPosRankSum=-2.898;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:557,0,563 chrIV 716464 . T C 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=91;Dels=0.00;FS=14.544;HaplotypeScore=4.8172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.759;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:1097,0,542 chrIV 716510 . A G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=71;Dels=0.00;FS=3.888;HaplotypeScore=4.9893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:71:99:651,0,717 chrIV 716521 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=72;Dels=0.00;FS=2.294;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.978;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:573,0,747 chrIV 716641 . A G 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=108;Dels=0.00;FS=0.767;HaplotypeScore=8.5702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:843,0,1055 chrIV 716654 . G T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.282;DP=107;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.893;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:107:99:825,0,1102 chrIV 716660 . C T 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:120:99:780,0,1337 chrIV 716832 . G A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=110;Dels=0.00;FS=3.476;HaplotypeScore=9.5608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.442;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:719,0,912 chrIV 716915 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.281;DP=75;Dels=0.00;FS=5.672;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=7.56;ReadPosRankSum=3.549;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:75:99:597,0,676 chrIV 717247 . T C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=48;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.203;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:459,0,569 chrIV 717264 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=46;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.396;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:443,0,478 chrIV 717285 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:483,0,298 chrIV 717372 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=30;Dels=0.00;FS=15.713;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.032;QD=6.07;ReadPosRankSum=-2.032;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:212,0,244 chrIV 717377 . G C 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=16.93;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:57:541,57,0 chrIV 717532 . C T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=59;Dels=0.00;FS=2.260;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.481;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:648,0,315 chrIV 717546 . C T 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.601;DP=51;Dels=0.00;FS=2.617;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=12.02;ReadPosRankSum=2.309;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:643,0,231 chrIV 717634 . C A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.244;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:339,0,214 chrIV 717729 . G C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=41;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:234,0,536 chrIV 717736 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DP=42;Dels=0.00;FS=4.921;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:212,0,530 chrIV 717744 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=51;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.236;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:319,0,561 chrIV 717791 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=84;Dels=0.00;FS=1.750;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.834;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.960;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:409,0,816 chrIV 717813 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.106;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.295;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:450,0,721 chrIV 717834 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=87;Dels=0.00;FS=4.109;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.063;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.015;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:87:99:421,0,762 chrIV 717840 . G A 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=17.56;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1684,174,0 chrIV 717936 . G A 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=94;Dels=0.00;FS=5.186;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.839;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:94:99:1025,0,1005 chrIV 717987 . T C 1116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=85;Dels=0.00;FS=2.567;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.388;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.020;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,53:85:99:1146,0,510 chrIV 718146 . C T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;DP=99;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.121;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.295;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:785,0,790 chrIV 718187 . C A 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.987;DP=105;Dels=0.00;FS=2.689;HaplotypeScore=6.5062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.010;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:105:99:912,0,791 chrIV 718242 . T A 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.136;DP=104;Dels=0.00;FS=8.411;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.339;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.485;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:104:99:950,0,667 chrIV 718259 . G A 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.003;DP=87;Dels=0.00;FS=4.432;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=10.12;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:910,0,565 chrIV 718296 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=88;Dels=0.00;FS=1.997;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.258;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.779;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:563,0,672 chrIV 718303 . T C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DP=87;Dels=0.00;FS=3.408;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.653;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:87:99:492,0,675 chrIV 718331 . A C 395.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.963;DP=88;Dels=0.00;FS=3.295;HaplotypeScore=5.9339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=-5.023;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.021;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:425,0,682 chrIV 718335 . C T 430.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.580;DP=82;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=7.0544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-4.375;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.135;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:460,0,670 chrIV 718341 . G A 414.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DP=84;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=6.6214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.577;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:444,0,658 chrIV 718416 . C A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=56;Dels=0.00;FS=6.048;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.706;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,36:56:99:554,0,434 chrIV 718455 . A T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.184;DP=69;Dels=0.00;FS=11.068;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:713,0,578 chrIV 718506 . T C 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.795;DP=70;Dels=0.00;FS=2.035;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.798;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:831,0,628 chrIV 718640 . T G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=57;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.418;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:677,0,377 chrIV 718760 . G A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=73;Dels=0.00;FS=11.419;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=11.63;ReadPosRankSum=1.138;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,45:73:99:879,0,598 chrIV 718867 . A G 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;DP=90;Dels=0.00;FS=4.300;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:694,0,967 chrIV 718958 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=81;Dels=0.00;FS=8.097;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:81:99:572,0,1079 chrIV 719116 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DP=72;Dels=0.00;FS=14.449;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.836;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:652,0,784 chrIV 719380 . G A 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;DP=101;Dels=0.00;FS=3.681;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.497;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:919,0,900 chrIV 719391 . T C 2146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2179,231,0 chrIV 719512 . T A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=65;Dels=0.00;FS=3.645;HaplotypeScore=4.7203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.388;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:705,0,648 chrIV 719554 . C T 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.435;DP=104;Dels=0.00;FS=15.358;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.775;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:1009,0,1192 chrIV 719695 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=94;Dels=0.00;FS=1.759;HaplotypeScore=9.5815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.516;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:758,0,1024 chrIV 719745 . A G 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=20.10;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1500,156,0 chrIV 719860 . C G 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=24.25;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1852,195,0 chrIV 719959 . G A 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.478;DP=96;Dels=0.00;FS=0.817;HaplotypeScore=10.3815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.332;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:96:99:788,0,784 chrIV 720029 . T G 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.720;DP=114;Dels=0.00;FS=14.420;HaplotypeScore=9.3675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.729;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:114:99:862,0,1332 chrIV 720061 . A G 2299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=104;Dels=0.00;FS=3.896;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:2332,246,0 chrIV 720086 . G C 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:972,0,526 chrIV 720284 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.578;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:675,0,530 chrIV 720439 . T A 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=18.30;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1753,180,0 chrIV 720440 . C T 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=17.13;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1643,174,0 chrIV 720596 . T G 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.254;DP=89;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.423;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:846,0,482 chrIV 720637 . A T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;DP=65;Dels=0.00;FS=2.077;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.256;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:446,0,693 chrIV 720645 . A G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=66;Dels=0.00;FS=2.119;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.776;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:609,0,541 chrIV 720763 . G T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=63;Dels=0.00;FS=2.254;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:513,0,700 chrIV 720993 . C G 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.950;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:1068,0,840 chrIV 721110 . G A 423.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=57;Dels=0.00;FS=2.999;HaplotypeScore=3.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:453,0,738 chrIV 721119 . C T 369.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;DP=54;Dels=0.00;FS=3.068;HaplotypeScore=4.3512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:399,0,587 chrIV 721283 . A G 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.32;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1132,120,0 chrIV 722011 . C T 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=32;Dels=0.00;FS=2.222;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.245;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:245,0,198 chrIV 722058 . C T 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:183,0,285 chrIV 722085 . A G 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.415;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:81:81,0,411 chrIV 722199 . G A 132.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.449;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:162,0,134 chrIV 722348 . A G 112.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=20;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.988;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:142,0,215 chrIV 722407 . A G 312.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:342,0,499 chrIV 722585 . C T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.275;DP=59;Dels=0.00;FS=6.801;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.405;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:520,0,714 chrIV 722672 . T C 110.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.167;DP=32;Dels=0.00;FS=6.778;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.419;QD=3.44;ReadPosRankSum=-2.012;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:140,0,436 chrIV 722772 . T C 213.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DP=60;Dels=0.00;FS=11.155;HaplotypeScore=8.6932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:60:99:243,0,558 chrIV 722776 . A G 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.277;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=17.56;ReadPosRankSum=2.364;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1034,111,0 chrIV 722840 . A C 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.663;DP=31;Dels=0.00;FS=14.989;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:179,0,363 chrIV 722862 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=54;Dels=0.00;FS=17.900;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:54:99:380,0,429 chrIV 723133 . G A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.349;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:216,0,420 chrIV 723157 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.034;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:157,0,238 chrIV 723163 . G A 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=22;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.701;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:22:99:123,0,262 chrIV 723345 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:437,0,458 chrIV 723847 . C T 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=92;Dels=0.00;FS=3.096;HaplotypeScore=11.3371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:92:99:947,0,730 chrIV 723895 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.119;DP=99;Dels=0.00;FS=1.978;HaplotypeScore=4.1172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.430;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:99:99:655,0,985 chrIV 723901 . T C 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=99;Dels=0.00;FS=0.914;HaplotypeScore=8.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.167;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:99:99:777,0,995 chrIV 723910 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=84;Dels=0.00;FS=2.290;HaplotypeScore=8.0534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.582;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:543,0,789 chrIV 723916 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.826;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.778;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:386,0,765 chrIV 724081 . G A 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=25.36;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1783,180,0 chrIV 724549 . A C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:99:413,0,218 chrIV 724570 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=42;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=5.7566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:402,0,195 chrIV 724610 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;DP=67;Dels=0.00;FS=10.760;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.455;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:515,0,501 chrIV 724885 . C A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DP=27;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=4.1057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:256,0,172 chrIV 725095 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:48:99:582,0,232 chrIV 725197 . T C 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DP=51;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=4.1267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=12.71;ReadPosRankSum=2.710;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:678,0,424 chrIV 725245 . C T 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=25.69;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1343,135,0 chrIV 725380 . T G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;DP=44;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:218,0,439 chrIV 725461 . T C 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=24.96;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1905,198,0 chrIV 725814 . T C 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.050;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:861,0,877 chrIV 726400 . T C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=75;Dels=0.00;FS=1.934;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:716,0,619 chrIV 726762 . C G 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=96;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=5.3282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.140;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:864,0,941 chrIV 727008 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.996;DP=71;Dels=0.00;FS=1.950;HaplotypeScore=8.0575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.142;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:526,0,773 chrIV 727284 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;DP=69;Dels=0.00;FS=1.986;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:640,0,740 chrIV 727318 . T A 1570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=73;Dels=0.00;FS=7.522;HaplotypeScore=6.3707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=21.51;ReadPosRankSum=2.281;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1603,162,0 chrIV 727392 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=84;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:738,0,757 chrIV 727626 . A G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.343;DP=59;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:571,0,522 chrIV 727685 . A G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;DP=57;Dels=0.00;FS=2.244;HaplotypeScore=5.8950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=7.44;ReadPosRankSum=2.017;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:57:99:454,0,478 chrIV 727987 . A G 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;DP=118;Dels=0.00;FS=1.522;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.274;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:118:99:918,0,1447 chrIV 728215 . C T 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.011;DP=109;Dels=0.00;FS=5.015;HaplotypeScore=12.7598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.667;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:109:99:823,0,932 chrIV 728250 . G A 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.197;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:130:99:1128,0,1278 chrIV 728296 . A G 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.163;DP=164;Dels=0.00;FS=8.248;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.473;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,67:164:99:1159,0,2057 chrIV 728391 . C A 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=98;Dels=0.00;FS=10.227;HaplotypeScore=11.3378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.865;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:98:99:818,0,1099 chrIV 728813 . T G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DP=51;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=6.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.556;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:491,0,475 chrIV 728918 . C T 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=23.40;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1367,135,0 chrIV 728966 . A C 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=19.77;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1219,129,0 chrIV 729030 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=69;Dels=0.00;FS=6.592;HaplotypeScore=6.3445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:765,0,619 chrIV 729266 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=69;Dels=0.00;FS=13.302;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=8.19;ReadPosRankSum=2.430;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:69:99:595,0,669 chrIV 729398 . T C 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=116;Dels=0.00;FS=4.767;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=6.97;ReadPosRankSum=2.227;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,45:116:99:838,0,1609 chrIV 729422 . G A 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;DP=118;Dels=0.00;FS=1.513;HaplotypeScore=6.3460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:118:99:970,0,1444 chrIV 729596 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;DP=69;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=4.7385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.708;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:69:99:511,0,686 chrIV 729752 . T C 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DP=132;Dels=0.00;FS=1.445;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.201;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.851;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,52:132:99:824,0,1537 chrIV 730077 . A G 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.639;DP=114;Dels=0.00;FS=4.658;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:114:99:817,0,1046 chrIV 730085 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;DP=107;Dels=0.00;FS=3.627;HaplotypeScore=5.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.978;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:107:99:644,0,1034 chrIV 730340 . G A 1358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;DP=135;Dels=0.00;FS=7.908;HaplotypeScore=16.7034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.207;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,76:135:99:1388,0,909 chrIV 730611 . A C 1329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;DP=119;Dels=0.00;FS=1.473;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.650;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:1359,0,1115 chrIV 730704 . G A 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.91;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1369,144,0 chrIV 730734 . A G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.341;DP=91;Dels=0.00;FS=10.420;HaplotypeScore=10.8817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.514;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:91:99:756,0,885 chrIV 731928 . T C 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.80;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1385,144,0 chrIV 732134 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=57;Dels=0.00;FS=3.721;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:509,0,400 chrIV 732272 . T C 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;DP=34;Dels=0.00;FS=8.335;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=2.76;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:34:99:124,0,374 chrIV 732683 . C T 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=80;Dels=0.00;FS=11.497;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1019,0,674 chrIV 732688 . A G 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=85;Dels=0.00;FS=11.113;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.986;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:85:99:743,0,1103 chrIV 733047 . C T 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;DP=89;Dels=0.00;FS=0.829;HaplotypeScore=5.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:748,0,1018 chrIV 733147 . G T 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DP=139;Dels=0.00;FS=12.050;HaplotypeScore=10.0377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,62:139:99:1304,0,1562 chrIV 733376 . C T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=116;Dels=0.00;FS=9.713;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:116:99:989,0,916 chrIV 733522 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;DP=107;Dels=0.00;FS=5.473;HaplotypeScore=7.9984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.138;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:107:99:349,0,913 chrIV 733614 . G C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:75:99:747,0,494 chrIV 733663 . C T 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=90;Dels=0.00;FS=1.812;HaplotypeScore=3.6557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.631;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,58:90:99:1040,0,602 chrIV 733883 . A G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=57;Dels=0.00;FS=6.524;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.724;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:634,0,268 chrIV 734411 . T C 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=64;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:631,0,618 chrIV 734832 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=93;Dels=0.01;FS=1.801;HaplotypeScore=9.9040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=6.42;ReadPosRankSum=2.196;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:627,0,778 chrIV 734833 . A T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=96;Dels=0.00;FS=1.785;HaplotypeScore=8.3267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=6.73;ReadPosRankSum=2.059;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:676,0,837 chrIV 735306 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;DP=78;Dels=0.00;FS=3.120;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:78:99:688,0,852 chrIV 735360 . A G 1910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.58;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1943,207,0 chrIV 735402 . C T 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=69;Dels=0.00;FS=10.444;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.655;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:69:99:780,0,551 chrIV 735567 . A T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;DP=67;Dels=0.00;FS=2.367;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.032;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:782,0,414 chrIV 735825 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;DP=48;Dels=0.00;FS=11.820;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=8.65;ReadPosRankSum=-2.105;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:445,0,541 chrIV 736175 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DP=67;Dels=0.00;FS=5.094;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:67:99:668,0,604 chrIV 736692 . C T 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=86;Dels=0.00;FS=2.823;HaplotypeScore=4.8854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:798,0,960 chrIV 736713 . G A 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DP=102;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:102:99:908,0,806 chrIV 736769 . G A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.812;DP=89;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.667;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:88:99:1000,0,700 chrIV 736908 . T C 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;DP=99;Dels=0.00;FS=0.763;HaplotypeScore=11.7546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.504;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:1001,0,761 chrIV 738672 . A G 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=24.85;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1698,183,0 chrIV 738708 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.659;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:363,0,730 chrIV 739050 . C T 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=93;Dels=0.00;FS=8.829;HaplotypeScore=3.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:93:99:745,0,771 chrIV 739056 . G A 2156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=22.23;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2189,222,0 chrIV 740178 . C T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=75;Dels=0.00;FS=10.061;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.447;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:581,0,893 chrIV 740249 . T A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:702,0,528 chrIV 740275 . T A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;DP=73;Dels=0.00;FS=2.231;HaplotypeScore=12.2036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=10.22;ReadPosRankSum=3.159;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:73:99:776,0,584 chrIV 740635 . T G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;DP=83;Dels=0.00;FS=8.774;HaplotypeScore=8.5464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:668,0,767 chrIV 740795 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=44;Dels=0.00;FS=7.853;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.327;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:455,0,326 chrIV 741444 . C G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=48;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:48:99:410,0,500 chrIV 741499 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=53;Dels=0.00;FS=1.108;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:463,0,587 chrIV 741656 . T A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DP=30;Dels=0.00;FS=8.443;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:276,0,273 chrIV 741803 . G C 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:132,0,166 chrIV 741894 . A G 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.794;DP=55;Dels=0.00;FS=18.338;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.314;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:588,0,374 chrIV 742242 . T A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=2.398;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:399,0,769 chrIV 742728 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:366,0,507 chrIV 743773 . A G 3822.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=26.36;SB=-1.853e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:3822,394,0 chrIV 743795 . G T 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.471;DP=107;Dels=0.00;FS=4.928;HaplotypeScore=4.0174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:107:99:706,0,1321 chrIV 743850 . T C 1382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.42;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1415,147,0 chrIV 744329 . A T 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.470;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1542,156,0 chrIV 744524 . C T 1571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=20.14;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1604,162,0 chrIV 745067 . G A 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=19.82;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:806,87,0 chrIV 745106 . A G 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=19.93;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:870,90,0 chrIV 745512 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.968;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:25:99:299,0,182 chrIV 745766 . G A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=25.24;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:891,90,0 chrIV 745886 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;DP=36;Dels=0.00;FS=9.049;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=12.00;ReadPosRankSum=-3.331;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:36:99:462,0,176 chrIV 745916 . C T 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.65;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:859,90,0 chrIV 745998 . A T 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=21.28;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1012,102,0 chrIV 746034 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;DP=49;Dels=0.00;FS=2.450;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:378,0,622 chrIV 746064 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DP=62;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:304,0,737 chrIV 746167 . C T 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.49;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1344,132,0 chrIV 746186 . C T 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=22.55;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1183,117,0 chrIV 746245 . T A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DP=71;Dels=0.00;FS=2.137;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=2.463;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.676;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:71:99:241,0,808 chrIV 746280 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=77;Dels=0.00;FS=3.402;HaplotypeScore=8.7901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:461,0,984 chrIV 746550 . A C 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=21.67;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1225,126,0 chrIV 747029 . T C 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=21.61;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1265,132,0 chrIV 747352 . G T 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.374;DP=92;Dels=0.00;FS=1.663;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:959,0,783 chrIV 747550 . G A 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;DP=54;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=48.9655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.236;QD=1.30;ReadPosRankSum=-3.674;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:100,0,326 chrIV 747674 . A C 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=16.86;ReadPosRankSum=1.485;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1230,126,0 chrIV 747733 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:76:99:665,0,546 chrIV 747916 . C A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DP=53;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.358;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:580,0,498 chrIV 748054 . C T 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=21.24;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1116,114,0 chrIV 748297 . T C 193.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.822;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:223,0,201 chrIV 748461 . G A 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DP=21;Dels=0.00;FS=6.232;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=0.81;ReadPosRankSum=-2.436;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:21:47:47,0,242 chrIV 748734 . A G 456.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;DP=56;Dels=0.00;FS=3.068;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:486,0,670 chrIV 749258 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.376;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:560,0,751 chrIV 749263 . C T 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.501;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:788,0,594 chrIV 749441 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;DP=94;Dels=0.00;FS=9.436;HaplotypeScore=17.6706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:565,0,727 chrIV 749663 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DP=62;Dels=0.00;FS=9.158;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.092;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:62:99:493,0,670 chrIV 749759 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=58;Dels=0.00;FS=2.294;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.984;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:58:99:525,0,429 chrIV 749852 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=47;Dels=0.00;FS=7.059;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:524,0,276 chrIV 749897 . T A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.977;DP=49;Dels=0.00;FS=6.290;HaplotypeScore=3.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.531;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:405,0,339 chrIV 750047 . A G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.502;DP=63;Dels=0.00;FS=1.013;HaplotypeScore=6.8481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.928;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:463,0,507 chrIV 750050 . A G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;DP=65;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=6.8481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.612;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:65:99:511,0,500 chrIV 750110 . T C 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.529;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:613,0,641 chrIV 750688 . C T 1208.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.816;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.903;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,60:106:99:1238,0,731 chrIV 750696 . A T 711.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;DP=100;Dels=0.00;FS=0.742;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:741,0,1138 chrIV 750698 . G A 630.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.196;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:99:660,0,1135 chrIV 750778 . T C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;DP=86;Dels=0.00;FS=9.006;HaplotypeScore=6.3482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.337;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:86:99:745,0,794 chrIV 751203 . C A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.028;DP=101;Dels=0.00;FS=3.752;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:767,0,1092 chrIV 751285 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.179;DP=106;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.296;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:106:99:573,0,1158 chrIV 751326 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=103;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=7.7769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.088;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,39:103:99:671,0,939 chrIV 751490 . G A 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=71;Dels=0.00;FS=9.650;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,46:71:99:851,0,397 chrIV 751663 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;DP=66;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:592,0,638 chrIV 751891 . A G 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=83;Dels=0.00;FS=13.469;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.047;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:864,0,625 chrIV 752043 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DP=62;Dels=0.00;FS=3.503;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:566,0,505 chrIV 752433 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=65;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.016;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:634,0,663 chrIV 753137 . T A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.719;DP=77;Dels=0.00;FS=10.203;HaplotypeScore=8.6961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.442;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:677,0,662 chrIV 753275 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.849;DP=51;Dels=0.00;FS=8.268;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:276,0,663 chrIV 753357 . A G 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.70;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:716,78,0 chrIV 753375 . G T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:28:99:259,0,217 chrIV 753551 . T C 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.251;DP=84;Dels=0.00;FS=2.256;HaplotypeScore=7.1400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=2.278;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.202;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:971,0,658 chrIV 753577 . A T 1146.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=104;Dels=0.00;FS=6.500;HaplotypeScore=6.7698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.135;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:1176,0,953 chrIV 753858 . G A 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=107;Dels=0.00;FS=1.988;HaplotypeScore=10.1293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:1018,0,816 chrIV 754044 . G T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.965;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:581,0,285 chrIV 754071 . C G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=3.2806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:534,0,270 chrIV 754425 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=32;Dels=0.00;FS=5.822;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:32:99:497,0,137 chrIV 754878 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=72;Dels=0.00;FS=8.794;HaplotypeScore=11.0754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.524;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:557,0,816 chrIV 755101 . T C 2232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=105;Dels=0.00;FS=3.938;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:2265,240,0 chrIV 755117 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.852;DP=127;Dels=0.00;FS=0.697;HaplotypeScore=7.2017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:127:99:772,0,1329 chrIV 755182 . A C 1635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.461;DP=166;Dels=0.00;FS=0.572;HaplotypeScore=8.5249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.764;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,84:166:99:1665,0,1480 chrIV 755458 . C G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:388,0,664 chrIV 755654 . G A 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.83;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:945,93,0 chrIV 755785 . A G 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=51;Dels=0.00;FS=5.850;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.455;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1200,126,0 chrIV 755819 . A G 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=23.03;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:908,96,0 chrIV 756074 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;DP=84;Dels=0.00;FS=6.163;HaplotypeScore=10.6409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.415;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:84:99:615,0,718 chrIV 756751 . A G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=81;Dels=0.00;FS=0.871;HaplotypeScore=10.8549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.153;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:81:99:659,0,842 chrIV 756842 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;DP=69;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=5.5961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.344;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:382,0,859 chrIV 756915 . C T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;DP=78;Dels=0.00;FS=1.891;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.677;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:715,0,618 chrIV 757187 . C A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DP=58;Dels=0.00;FS=7.455;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:701,0,377 chrIV 757202 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=63;Dels=0.00;FS=7.346;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.342;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:63:99:359,0,702 chrIV 757409 . A T 66.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=43;Dels=0.00;FS=5.314;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.523;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:43:96:96,0,616 chrIV 757412 . G A 50.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=42;Dels=0.00;FS=5.246;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.320;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:42:80:80,0,577 chrIV 757414 . A C 57.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.663;DP=41;Dels=0.00;FS=5.098;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.281;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.898;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:41:87:87,0,601 chrIV 757430 . T C 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQ0=1;MQRankSum=-4.180;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:46:69:69,0,659 chrIV 757452 . T C 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.46;MQ0=1;MQRankSum=-2.683;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.775;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:45:62:62,0,550 chrIV 757454 . A G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.98;MQ0=1;MQRankSum=-2.708;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.775;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:59:59,0,489 chrIV 757478 . C A 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=41;Dels=0.00;FS=1.293;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.63;MQ0=3;MQRankSum=0.665;QD=1.46;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:90:90,0,322 chrIV 757506 . A G 437 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.42;MQ0=6;QD=11.50;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:51:470,51,0 chrIV 757508 . G T 176.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=38;Dels=0.00;FS=5.387;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.42;MQ0=6;MQRankSum=2.763;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.151;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:206,0,160 chrIV 757538 . A G 161.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=25;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.29;MQ0=7;MQRankSum=1.540;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.858;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:25:21:194,21,0 chrIV 757558 . A G 63.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=18;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=2.8894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.02;MQ0=6;MQRankSum=1.664;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.555;SB=-6.780e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:16:93,0,16 chrIV 757564 . C A 103.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.41;MQ0=7;QD=5.43;SB=-1.611e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:15:136,15,0 chrIV 757578 . G C 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.70;MQ0=5;QD=1.74;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,3:8:6:45,6,0 chrIV 757698 . A G 311 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.07;MQ0=4;QD=11.96;SB=-8.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:36:344,36,0 chrIV 757700 . G A 52.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.49;MQ0=5;MQRankSum=0.372;QD=1.93;ReadPosRankSum=2.436;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:27:82:82,0,170 chrIV 757724 . C T 261.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=43;Dels=0.00;FS=3.091;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.88;MQ0=6;MQRankSum=0.077;QD=6.07;ReadPosRankSum=2.305;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:291,0,268 chrIV 757730 . A G 239.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=46;Dels=0.00;FS=1.378;HaplotypeScore=6.9548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.20;MQ0=6;MQRankSum=0.043;QD=5.20;ReadPosRankSum=-2.006;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:269,0,333 chrIV 757736 . T C 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=48;Dels=0.00;FS=4.064;HaplotypeScore=10.3520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.65;MQ0=6;MQRankSum=0.371;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.485;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,7:48:86:86,0,512 chrIV 757750 . A G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=43;Dels=0.00;FS=17.046;HaplotypeScore=6.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.75;MQ0=3;MQRankSum=-1.257;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.900;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:214,0,436 chrIV 757756 . C A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=48;Dels=0.00;FS=28.091;HaplotypeScore=9.3032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.30;MQ0=3;MQRankSum=-1.243;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.071;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:48:99:241,0,400 chrIV 757793 . G A 224.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DP=76;Dels=0.00;FS=7.785;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.72;MQ0=2;MQRankSum=1.709;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.724;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,22:76:99:254,0,876 chrIV 757824 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;DP=101;Dels=0.00;FS=18.739;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.36;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.743;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,38:101:99:413,0,1061 chrIV 757901 . G A 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=59;Dels=0.00;FS=4.687;HaplotypeScore=14.9574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.82;MQ0=5;MQRankSum=-1.931;QD=0.24;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,7:59:44:44,0,754 chrIV 757913 . G A 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.51;MQ0=5;MQRankSum=-3.030;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.848;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:50:99:127,0,384 chrIV 757961 . T C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=36;Dels=0.00;FS=3.153;HaplotypeScore=9.0686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.10;MQ0=4;MQRankSum=-4.249;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.178;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:36:55:55,0,209 chrIV 758006 . G A 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.92;MQ0=5;MQRankSum=3.382;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:33:87:87,0,140 chrIV 758024 . A G 108.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.05;MQ0=4;MQRankSum=1.789;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.193;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:48:138,0,48 chrIV 758025 . T A 113.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.36;MQ0=4;MQRankSum=1.606;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.913;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:50:143,0,50 chrIV 758030 . A G 115.42 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.97;MQ0=6;MQRankSum=1.854;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.058;SB=-5.297e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:7:145,0,7 chrIV 758032 . C A 122.42 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=26;Dels=0.00;FS=2.098;HaplotypeScore=2.6576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.12;MQ0=6;MQRankSum=3.115;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-5.863e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:7:152,0,7 chrIV 758124 . A G 65.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.96;MQ0=5;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.733;SB=-2.239e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:15:12:98,12,0 chrIV 758126 . G T 15.25 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=11;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.13;MQ0=3;MQRankSum=1.754;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:11:13:45,0,13 chrIV 758156 . A G 123.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.06;MQ0=5;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.448;SB=-2.207e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:18:156,18,0 chrIV 758182 . C A 67.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.62;MQ0=5;MQRankSum=1.226;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.614;SB=-6.526e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:55:97,0,55 chrIV 758310 . T C 121.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.51;MQ0=1;QD=12.13;SB=-2.384e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:154,15,0 chrIV 758342 . T C 138.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.25;MQ0=1;QD=15.35;SB=-1.076e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:171,18,0 chrIV 758348 . A G 169.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=1;QD=16.91;SB=-5.768e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:21:202,21,0 chrIV 759249 . C T 163.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.93;MQ0=2;MQRankSum=3.835;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.962;SB=-6.533e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:52:193,0,52 chrIV 759254 . C A 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.02;MQ0=2;MQRankSum=3.835;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.115;SB=-6.533e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:52:161,0,52 chrIV 759266 . A G 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.95;MQ0=2;MQRankSum=-3.245;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.261;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:48:48,0,221 chrIV 759302 . T C 249 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.25;MQ0=2;QD=13.83;SB=-1.465e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:30:282,30,0 chrIV 759308 . A G 162.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.08;MQ0=1;QD=10.80;SB=-7.279e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:21:195,21,0 chrIV 759433 . A T 221.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=33;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=8.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.01;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:251,0,137 chrIV 759441 . C T 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.825;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,6:31:49:49,0,393 chrIV 759468 . A G 473 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.14;MQ0=0;QD=16.31;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:506,54,0 chrIV 759470 . G T 457 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DP=29;Dels=0.00;FS=14.150;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.14;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=15.76;ReadPosRankSum=1.333;SB=-6.587e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:29:51:490,51,0 chrIV 759494 . C T 55.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.956;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.58;MQ0=3;MQRankSum=2.428;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,5:38:85:85,0,413 chrIV 759495 . A G 48.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.85;MQ0=3;MQRankSum=2.577;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,5:38:78:78,0,426 chrIV 759500 . A G 331.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.95;MQ0=3;MQRankSum=-1.702;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-6.451e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,32:37:78:361,0,78 chrIV 759526 . C A 178.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.48;MQ0=4;MQRankSum=0.170;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.374;SB=2.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:30:21:211,21,0 chrIV 759564 . C A 779 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.903;DP=63;Dels=0.00;FS=10.165;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.17;MQ0=4;MQRankSum=-0.879;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.785;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,56:63:78:812,78,0 chrIV 759578 . T C 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=64;Dels=0.00;FS=22.512;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=2;MQRankSum=-0.415;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:64:42:690,42,0 chrIV 759584 . T C 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.98;MQ0=2;QD=11.33;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:81:792,81,0 chrIV 759625 . A T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DP=73;Dels=0.00;FS=15.452;HaplotypeScore=16.2446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.29;MQ0=1;MQRankSum=1.444;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.535;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:575,0,148 chrIV 759632 . C A 64.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=75;Dels=0.00;FS=13.092;HaplotypeScore=19.2730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.43;MQ0=1;MQRankSum=0.925;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,17:75:94:94,0,663 chrIV 759660 . A G 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.223;DP=40;Dels=0.00;FS=24.424;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.38;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=12.27;ReadPosRankSum=3.223;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,36:40:54:524,54,0 chrIV 759662 . G T 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.603;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=2.86;ReadPosRankSum=-2.167;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:133,0,296 chrIV 759686 . T C 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;DP=51;Dels=0.00;FS=16.882;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;MQRankSum=1.839;QD=15.43;ReadPosRankSum=-1.530;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:51:87:820,87,0 chrIV 759714 . A G 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.710;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.646;QD=2.59;ReadPosRankSum=-2.085;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:78:99:232,0,985 chrIV 759756 . C A 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=7.92;ReadPosRankSum=2.041;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:806,0,997 chrIV 759794 . A T 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.196;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:91:99:956,0,625 chrIV 759809 . C T 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=67;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,41:67:99:773,0,374 chrIV 759818 . C T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;DP=59;Dels=0.00;FS=2.286;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:59:99:659,0,347 chrIV 759888 . T C 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=38;Dels=0.00;FS=3.375;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.017;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,27:38:99:628,0,158 chrIV 760206 . G C 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.21;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1031,108,0 chrIV 760217 . C T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=41;Dels=0.00;FS=4.533;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.216;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:418,0,331 chrIV 760275 . G C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;DP=44;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.377;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:44:99:356,0,450 chrIV 760350 . A G 3062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=22.51;SB=-1.576e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:136:99:3095,324,0 chrIV 760456 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DP=62;Dels=0.00;FS=9.188;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:529,0,551 chrIV 760734 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.208;DP=75;Dels=0.00;FS=6.243;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:75:99:577,0,890 chrIV 760775 . T C 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=24.66;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1907,207,0 chrIV 761335 . T C 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=22.85;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1244,129,0 chrIV 761363 . A G 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.087;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:694,0,629 chrIV 761375 . T C 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=74;Dels=0.00;FS=8.862;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=21.35;ReadPosRankSum=2.383;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1613,171,0 chrIV 761455 . A G 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.825;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:806,0,535 chrIV 761459 . C A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.930;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:531,0,767 chrIV 761482 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:477,0,816 chrIV 761715 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=82;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:807,0,909 chrIV 762689 . T C 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;DP=124;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.037;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:124:99:1187,0,1071 chrIV 762834 . G A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.420;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,43:68:99:736,0,435 chrIV 762896 . T A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.276;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:536,0,341 chrIV 763036 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:58:99:241,0,723 chrIV 763076 . A T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=57;Dels=0.00;FS=1.155;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:242,0,645 chrIV 763101 . T A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=56;Dels=0.00;FS=8.571;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:474,0,372 chrIV 763207 . A G 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=21.24;ReadPosRankSum=1.662;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1074,114,0 chrIV 763658 . A C 1143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=140;Dels=0.00;FS=12.544;HaplotypeScore=20.4706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,64:140:99:1173,0,1443 chrIV 764003 . C T 1363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.491;DP=155;Dels=0.00;FS=7.664;HaplotypeScore=17.8501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.569;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,85:155:99:1393,0,1304 chrIV 764292 . C T 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.214;DP=101;Dels=0.00;FS=3.416;HaplotypeScore=3.7397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,35:101:99:568,0,1208 chrIV 764691 . G A 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=45;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.981;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:306,0,567 chrIV 764844 . T A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=78;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:847,0,650 chrIV 764930 . C T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=59;Dels=0.00;FS=2.353;HaplotypeScore=6.2942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:627,0,359 chrIV 764994 . A G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=50;Dels=0.00;FS=13.490;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.636;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:475,0,184 chrIV 765216 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;DP=47;Dels=0.00;FS=2.546;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:510,0,427 chrIV 765331 . C T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;DP=55;Dels=0.00;FS=17.769;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-4.027e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,40:55:99:847,0,132 chrIV 765398 . T A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=45;Dels=0.00;FS=8.725;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:366,0,589 chrIV 765617 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=37;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,27:37:91:589,0,91 chrIV 765670 . C G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=47;Dels=0.00;FS=4.727;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.064;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,32:47:99:630,0,192 chrIV 766047 . A C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.609;DP=62;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.407;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:477,0,674 chrIV 766600 . G A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;DP=139;Dels=0.00;FS=20.116;HaplotypeScore=14.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=2.51;ReadPosRankSum=-4.082;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,43:139:99:379,0,2183 chrIV 767007 . C T 3807.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.01;SB=-2.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:173:99:3807,394,0 chrIV 767076 . C T 1806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=190;Dels=0.00;FS=7.457;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.716;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,96:190:99:1836,0,1766 chrIV 767342 . C G 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=117;Dels=0.00;FS=4.292;HaplotypeScore=5.8739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.493;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:117:99:925,0,902 chrIV 767443 . A G 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=20.19;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1810,186,0 chrIV 767552 . G A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=81;Dels=0.00;FS=4.403;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.075;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:81:99:710,0,722 chrIV 767675 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.212;DP=75;Dels=0.00;FS=7.934;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.097;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:645,0,630 chrIV 767888 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;DP=53;Dels=0.00;FS=1.642;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:497,0,397 chrIV 768037 . T C 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1380,144,0 chrIV 768366 . C A 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.989;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.042;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:73:99:699,0,646 chrIV 768390 . T A 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.371;DP=91;Dels=0.00;FS=4.005;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:934,0,677 chrIV 769198 . G C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:312,0,314 chrIV 770352 . C T 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=24.65;ReadPosRankSum=0.166;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:1882,169,0 chrIV 773527 . A C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=64;Dels=0.00;FS=5.157;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:477,0,654 chrIV 773623 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.511;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:393,0,308 chrIV 774079 . G A 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=98;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=4.1937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:972,0,850 chrIV 774592 . A G 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;DP=77;Dels=0.00;FS=10.446;HaplotypeScore=7.1392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.433;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:77:99:813,0,700 chrIV 774849 . T C 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.085;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:921,0,992 chrIV 776256 . A G 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;DP=94;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=6.5987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.391;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:94:99:861,0,757 chrIV 776259 . C A 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.818;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:874,0,739 chrIV 776609 . G A 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=84;Dels=0.00;FS=3.008;HaplotypeScore=7.8527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.845;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:1102,0,709 chrIV 776795 . T A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:511,0,462 chrIV 777116 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DP=45;Dels=0.00;FS=7.552;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.194;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:391,0,500 chrIV 778228 . T C 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DP=98;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=11.0834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.959;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:868,0,1186 chrIV 778271 . C T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=80;Dels=0.00;FS=2.971;HaplotypeScore=3.9554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:640,0,976 chrIV 778694 . G A 1126.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-6.970;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,72:139:99:1156,0,1186 chrIV 778709 . C T 962.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.005;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.32;MQ0=0;MQRankSum=-6.852;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.623;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:120:99:992,0,1022 chrIV 778721 . G A 871.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.607;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=-6.897;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:901,0,933 chrIV 778722 . G A 867.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.952;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=-6.392;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:897,0,905 chrIV 779220 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=45;Dels=0.00;FS=2.893;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:383,0,513 chrIV 779524 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.355;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:352,0,636 chrIV 779717 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;DP=45;Dels=0.00;FS=2.524;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.172;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:363,0,382 chrIV 779870 . T G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.806;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:91:99:706,0,1011 chrIV 780587 . C G 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;DP=102;Dels=0.00;FS=12.340;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:102:99:694,0,974 chrIV 781103 . T C 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.309;DP=62;Dels=0.00;FS=15.022;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=18.90;ReadPosRankSum=3.309;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:62:99:1205,126,0 chrIV 781139 . G A 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.624;DP=100;Dels=0.00;FS=3.873;HaplotypeScore=8.5711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:100:99:802,0,963 chrIV 781241 . G C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DP=81;Dels=0.00;FS=4.457;HaplotypeScore=8.1237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.743;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:81:99:567,0,819 chrIV 781371 . G T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:474,0,493 chrIV 781395 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=48;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.857;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:455,0,493 chrIV 781404 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;DP=51;Dels=0.00;FS=3.907;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.107;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:451,0,518 chrIV 781421 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=52;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.119;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:403,0,447 chrIV 781568 . G A 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=90;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=12.6395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:90:99:881,0,799 chrIV 781624 . A G 1051.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DP=99;Dels=0.00;FS=5.423;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=10.62;ReadPosRankSum=1.697;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:1081,0,1101 chrIV 781717 . G A 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DP=104;Dels=0.00;FS=2.016;HaplotypeScore=8.1085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:104:99:1256,0,1081 chrIV 781779 . A T 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.808;DP=118;Dels=0.00;FS=5.141;HaplotypeScore=8.7982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=9.92;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:118:99:1201,0,1242 chrIV 782125 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;DP=47;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=6.3945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.628;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:489,0,341 chrIV 782410 . A G 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.138;DP=111;Dels=0.00;FS=4.972;HaplotypeScore=6.2937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.876;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,56:111:99:1008,0,1120 chrIV 782863 . T C 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;DP=81;Dels=0.00;FS=6.093;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.373;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:729,0,859 chrIV 783691 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=84;Dels=0.00;FS=1.869;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.548;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:570,0,945 chrIV 784060 . G A 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;DP=102;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=11.5819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.285;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:102:99:929,0,708 chrIV 784102 . C T 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=99;Dels=0.00;FS=2.639;HaplotypeScore=14.9511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.783;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:99:99:841,0,741 chrIV 784297 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=75;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=6.5699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.324;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:519,0,724 chrIV 784305 . G C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.345;QD=7.18;ReadPosRankSum=-2.021;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:576,0,706 chrIV 784774 . A G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=54;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.454;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:443,0,369 chrIV 785156 . C A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=65;Dels=0.00;FS=2.475;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:554,0,578 chrIV 785712 . A G 2191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=21.27;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2224,237,0 chrIV 785881 . G T 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.579;DP=99;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=10.2162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:99:99:934,0,891 chrIV 786128 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.633;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:74:99:676,0,902 chrIV 786426 . C T 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=104;Dels=0.00;FS=2.590;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:966,0,1114 chrIV 787046 . A G 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;DP=80;Dels=0.00;FS=0.862;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.801;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:701,0,791 chrIV 787499 . T C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=67;Dels=0.00;FS=6.956;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.384;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:616,0,457 chrIV 787750 . T C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.046;DP=89;Dels=0.00;FS=4.672;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.151;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:763,0,1165 chrIV 788247 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=66;Dels=0.00;FS=14.360;HaplotypeScore=6.5376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.033;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:618,0,571 chrIV 788528 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DP=50;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=8.5489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.370;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,13:50:99:226,0,830 chrIV 788607 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=69;Dels=0.00;FS=10.554;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.539;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:371,0,938 chrIV 788889 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=68;Dels=0.00;FS=8.886;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:68:99:434,0,679 chrIV 789368 . T A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.382;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:834,0,470 chrIV 789392 . C A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=57;Dels=0.00;FS=2.328;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:574,0,404 chrIV 789767 . G T 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.802;DP=104;Dels=0.00;FS=6.821;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.580;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:104:99:852,0,1324 chrIV 790182 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=78;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.607;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:377,0,884 chrIV 790216 . G T 1203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.48;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1236,123,0 chrIV 790489 . A G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=82;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.950;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:792,0,724 chrIV 791482 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=43;Dels=0.00;FS=4.894;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.064;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:278,0,503 chrIV 791869 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:526,0,329 chrIV 792022 . T A 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=81;Dels=0.00;FS=3.742;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.338;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:742,0,835 chrIV 792772 . T G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=37;Dels=0.00;FS=2.870;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:402,0,214 chrIV 793254 . T C 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=19.51;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1145,120,0 chrIV 793726 . A T 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=33;Dels=0.00;FS=5.222;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:110,0,423 chrIV 793822 . C T 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:150,0,238 chrIV 794057 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;DP=49;Dels=0.00;FS=6.875;HaplotypeScore=2.4964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:408,0,576 chrIV 794820 . T C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;DP=54;Dels=0.00;FS=1.209;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:477,0,529 chrIV 795041 . G C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=61;Dels=0.00;FS=3.649;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:61:99:579,0,588 chrIV 795391 . A G 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DP=68;Dels=0.00;FS=2.196;HaplotypeScore=7.1904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.044;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:68:99:693,0,532 chrIV 795459 . C T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=10.07;ReadPosRankSum=-1.864;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:644,0,570 chrIV 795537 . C G 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=24.30;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1321,141,0 chrIV 795827 . C A 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;DP=86;Dels=0.00;FS=5.935;HaplotypeScore=5.8150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:1073,0,637 chrIV 795883 . G A 2071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2104,219,0 chrIV 795893 . G A 2192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=22.37;SB=-1.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2225,222,0 chrIV 795956 . G A 1823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.050;DP=158;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=11.54;ReadPosRankSum=-2.653;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,92:158:99:1853,0,1085 chrIV 796092 . C T 3346.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=24.07;SB=-1.894e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3346,337,0 chrIV 796104 . T A 2892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=19.03;SB=-1.498e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:152:99:2925,318,0 chrIV 796175 . G T 2672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2705,276,0 chrIV 797276 . A T 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;DP=74;Dels=0.00;FS=3.658;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.870;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:803,0,684 chrIV 797669 . T C 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.675;DP=110;Dels=0.00;FS=3.645;HaplotypeScore=12.9150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:110:99:846,0,1220 chrIV 798512 . C T 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.498;DP=76;Dels=0.00;FS=4.489;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.078;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:591,0,817 chrIV 798575 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=84;Dels=0.00;FS=8.090;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.071;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:747,0,883 chrIV 799705 . T C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.390;DP=86;Dels=0.00;FS=4.226;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:86:99:647,0,867 chrIV 799997 . T C 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.615;DP=89;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=6.6503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:1087,0,628 chrIV 800015 . T C 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=84;Dels=0.00;FS=10.096;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=12.50;ReadPosRankSum=-1.353;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,53:84:99:1080,0,522 chrIV 800045 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=71;Dels=0.00;FS=20.820;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.050;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,47:71:99:657,0,529 chrIV 800065 . C G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=58;Dels=0.00;FS=24.142;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.152;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,40:58:99:664,0,261 chrIV 800174 . C T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=57;Dels=0.00;FS=2.336;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.058;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:426,0,700 chrIV 800342 . G A 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=74;Dels=0.00;FS=30.563;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.498;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:911,0,609 chrIV 800855 . T G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.414;DP=39;Dels=0.00;FS=10.843;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:296,0,350 chrIV 800862 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=44;Dels=0.00;FS=17.587;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.235;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:292,0,352 chrIV 800990 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=43;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=7.77;ReadPosRankSum=2.131;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:364,0,500 chrIV 801463 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=70;Dels=0.00;FS=3.166;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.945;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:636,0,568 chrIV 801527 . C T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;DP=105;Dels=0.00;FS=3.660;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.306;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:105:99:827,0,1097 chrIV 801804 . G A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;DP=54;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.059;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:379,0,435 chrIV 801845 . G A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=69;Dels=0.00;FS=6.621;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:474,0,595 chrIV 801982 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.164;DP=101;Dels=0.00;FS=4.158;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.646;QD=3.94;ReadPosRankSum=-5.055;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:428,0,881 chrIV 802100 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.146;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.577;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:70:99:424,0,801 chrIV 802112 . A T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.376;DP=70;Dels=0.00;FS=2.541;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.333;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:380,0,785 chrIV 802129 . T C 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;DP=54;Dels=0.00;FS=6.611;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=2.811;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.339;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:631,0,385 chrIV 802553 . A C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.430;DP=65;Dels=0.00;FS=18.863;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:281,0,912 chrIV 802606 . C A 366.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;DP=90;Dels=0.00;FS=74.410;HaplotypeScore=3.7175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:90:99:396,0,1340 chrIV 802610 . C T 330.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=87;Dels=0.01;FS=55.772;HaplotypeScore=4.5062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.612;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,29:86:99:360,0,1232 chrIV 802627 . A C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;DP=103;Dels=0.00;FS=60.571;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,34:103:99:621,0,1409 chrIV 802666 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=111;Dels=0.00;FS=55.322;HaplotypeScore=10.9007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=4.46;ReadPosRankSum=2.797;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,33:111:99:525,0,1778 chrIV 802711 . G A 103.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=91;Dels=0.00;FS=46.734;HaplotypeScore=8.2116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,20:91:99:133,0,1656 chrIV 802822 . T A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.132;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.753;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:59:99:317,0,875 chrIV 802824 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.276;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.219;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:309,0,824 chrIV 802905 . T C 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;DP=102;Dels=0.00;FS=2.183;HaplotypeScore=15.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=1;MQRankSum=-5.248;QD=0.11;ReadPosRankSum=-3.790;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,12:102:41:41,0,1695 chrIV 805589 . T G 321.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.37;MQ0=4;MQRankSum=0.084;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.042;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:351,0,282 chrIV 805615 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=47;Dels=0.00;FS=5.519;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.91;MQ0=3;MQRankSum=0.255;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.446;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:370,0,455 chrIV 805620 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=49;Dels=0.00;FS=9.879;HaplotypeScore=3.5429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.76;MQ0=3;MQRankSum=-1.089;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.605;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:401,0,464 chrIV 805658 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=51;Dels=0.00;FS=23.798;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:361,0,649 chrIV 805735 . G A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;DP=61;Dels=0.00;FS=18.606;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:483,0,705 chrIV 805798 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=99;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.116;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.944;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,34:99:99:649,0,1109 chrIV 805830 . T C 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;DP=100;Dels=0.00;FS=5.035;HaplotypeScore=9.0871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.906;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:100:99:891,0,1146 chrIV 806046 . G A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=49;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:366,0,499 chrIV 806121 . C G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:422,0,694 chrIV 806142 . G T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.118;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:72:99:456,0,895 chrIV 806174 . A C 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.786;DP=106;Dels=0.00;FS=4.930;HaplotypeScore=5.8341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:863,0,1248 chrIV 806233 . G A 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=102;Dels=0.00;FS=9.748;HaplotypeScore=11.2468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.367;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.334;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:102:99:1163,0,882 chrIV 806292 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DP=45;Dels=0.00;FS=17.719;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:589,0,298 chrIV 806407 . T C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=26;Dels=0.00;FS=6.641;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:326,0,223 chrIV 806486 . G C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=65;Dels=0.00;FS=2.115;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.773;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:368,0,718 chrIV 806513 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=80;Dels=0.00;FS=3.116;HaplotypeScore=8.5518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:334,0,839 chrIV 806514 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=82;Dels=0.00;FS=3.054;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:82:99:343,0,843 chrIV 806584 . T C 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=21.78;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2167,231,0 chrIV 806752 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=37;Dels=0.00;FS=2.862;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.813;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:336,0,327 chrIV 807025 . C T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=64;Dels=0.00;FS=6.757;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.725;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:64:99:600,0,686 chrIV 807121 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=42;Dels=0.00;FS=7.362;HaplotypeScore=4.2034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=7.71;ReadPosRankSum=2.204;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:354,0,458 chrIV 807222 . T C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.787;DP=33;Dels=0.00;FS=10.692;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.803;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:259,0,414 chrIV 807376 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=2.062;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.717;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:457,0,462 chrIV 807529 . A G 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.888;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.268;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:863,0,605 chrIV 807559 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:577,0,673 chrIV 807839 . C A 1141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,72:147:99:1171,0,1476 chrIV 808031 . G A 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.127;DP=67;Dels=0.00;FS=2.067;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=2.080;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.393;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:804,0,554 chrIV 808521 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=35;Dels=0.00;FS=1.496;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.208;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:250,0,326 chrIV 808649 . A G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DP=52;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.919;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.323;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:289,0,689 chrIV 808808 . G A 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=25.30;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1146,114,0 chrIV 808830 . T A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DP=47;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.959;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.514;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:292,0,645 chrIV 808940 . C A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:563,0,406 chrIV 808977 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=43;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:43:99:211,0,509 chrIV 808996 . C G 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;DP=51;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.410;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:99:147,0,693 chrIV 809670 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:432,0,510 chrIV 810443 . A C 1697 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.668;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=22.33;ReadPosRankSum=2.908;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:1730,177,0 chrIV 810702 . C T 262.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.598;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:292,0,428 chrIV 810771 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;DP=70;Dels=0.00;FS=6.366;HaplotypeScore=3.2513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:402,0,293 chrIV 810988 . A G 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.464;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:112:99:1118,0,919 chrIV 811032 . A G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:642,0,857 chrIV 811697 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.494;DP=103;Dels=0.00;FS=2.631;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:807,0,1110 chrIV 811787 . G A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=62;Dels=0.00;FS=0.948;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:458,0,544 chrIV 811992 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:51:99:419,0,383 chrIV 812567 . G C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.189;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:356,0,320 chrIV 812940 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=32;Dels=0.00;FS=9.454;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=16.91;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-2.078e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,23:32:99:571,0,137 chrIV 812947 . C T 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=34;Dels=0.00;FS=11.732;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.835;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:34:99:143,0,629 chrIV 813125 . A G 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DP=92;Dels=0.00;FS=15.560;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.056;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:92:99:925,0,814 chrIV 813568 . G A 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=18.97;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1683,180,0 chrIV 814094 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;DP=48;Dels=0.00;FS=4.412;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=7.23;ReadPosRankSum=2.526;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:377,0,384 chrIV 814114 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.290;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.834;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:56:99:466,0,433 chrIV 814135 . C T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=7.61;ReadPosRankSum=2.014;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:593,0,512 chrIV 814278 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=37;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.326;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:306,0,329 chrIV 814586 . T C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DP=44;Dels=0.00;FS=2.788;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=9.16;ReadPosRankSum=2.106;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:433,0,376 chrIV 815156 . T A 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=41;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.866;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:41:99:608,0,248 chrIV 815194 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;DP=43;Dels=0.00;FS=3.014;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.936;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:43:99:588,0,186 chrIV 815495 . A G 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=22.18;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1031,108,0 chrIV 815632 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DP=75;Dels=0.00;FS=1.873;HaplotypeScore=1.9907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:772,0,817 chrIV 815666 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.077;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:82:99:613,0,719 chrIV 815797 . C G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=60;Dels=0.00;FS=3.656;HaplotypeScore=8.7037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:568,0,396 chrIV 815851 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=44;Dels=0.00;FS=6.714;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.371;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:484,0,341 chrIV 815880 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=29;Dels=0.00;FS=3.267;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:317,0,242 chrIV 816386 . C G 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=104;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.466;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:1140,0,790 chrIV 816398 . A G 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.868;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.524;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:920,0,952 chrIV 816494 . A G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:106:99:946,0,1014 chrIV 816619 . G A 1839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.131;DP=192;Dels=0.00;FS=18.803;HaplotypeScore=7.1594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.752;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.875;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,101:192:99:1869,0,1565 chrIV 816662 . C T 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=168;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=15.4631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=6.50;ReadPosRankSum=-2.396;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,93:168:99:1122,0,1114 chrIV 817315 . G A 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;DP=86;Dels=0.00;FS=7.122;HaplotypeScore=6.3257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:86:99:895,0,886 chrIV 817438 . G C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=2.076;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:269,0,209 chrIV 817489 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=53;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=7.00;ReadPosRankSum=-2.432;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:401,0,471 chrIV 817539 . A G 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.264;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.006;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:101:99:850,0,914 chrIV 817854 . C T 1231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=115;Dels=0.00;FS=12.879;HaplotypeScore=11.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.876;QD=10.70;ReadPosRankSum=-2.211;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,63:115:99:1261,0,811 chrIV 818317 . A G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:174,0,368 chrIV 818363 . C A 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.524;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:105,0,146 chrIV 818486 . C T 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.400;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:183,0,99 chrIV 818791 . T C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=15.05;ReadPosRankSum=0.654;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:39:99:617,0,250 chrIV 818821 . A G 120.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.171;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:150,0,369 chrIV 819242 . A G 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=107;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:881,0,1075 chrIV 819541 . C T 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=105;Dels=0.00;FS=3.605;HaplotypeScore=4.1632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=9.70;ReadPosRankSum=2.259;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:1049,0,1013 chrIV 819584 . G A 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=102;Dels=0.00;FS=4.894;HaplotypeScore=8.8310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=8.54;ReadPosRankSum=-2.833;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:901,0,963 chrIV 819656 . G A 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;DP=89;Dels=0.00;FS=2.799;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.949;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:973,0,744 chrIV 819998 . A T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.522;DP=105;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=5.9000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.112;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:989,0,1046 chrIV 820028 . C T 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DP=107;Dels=0.00;FS=2.504;HaplotypeScore=6.3902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.540;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:1127,0,974 chrIV 820419 . G A 3029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=26.11;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:3062,301,0 chrIV 820442 . G A 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.970;DP=116;Dels=0.00;FS=10.907;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.938;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:116:99:1040,0,1186 chrIV 820472 . T C 2155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=23.68;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2188,231,0 chrIV 820541 . T G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;DP=70;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:410,0,1033 chrIV 820638 . T C 2156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=25.36;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2189,225,0 chrIV 820678 . G A 2191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2224,234,0 chrIV 820777 . C T 3054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=25.24;SB=-1.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:3087,310,0 chrIV 820879 . C T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.364;DP=131;Dels=0.00;FS=3.199;HaplotypeScore=19.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.432;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:131:99:787,0,1420 chrIV 820898 . C A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.155;DP=128;Dels=0.00;FS=0.677;HaplotypeScore=4.2001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.951;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:128:99:836,0,1414 chrIV 820913 . G T 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.258;DP=138;Dels=0.00;FS=4.250;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,62:138:99:839,0,1576 chrIV 820921 . G A 3068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=22.23;SB=-1.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3101,307,0 chrIV 821052 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=62;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.491;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:582,0,294 chrIV 821234 . G A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.015;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.124;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:350,0,593 chrIV 821264 . A T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=47;Dels=0.00;FS=7.850;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.316;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:315,0,540 chrIV 821309 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;DP=35;Dels=0.00;FS=14.182;HaplotypeScore=4.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.035;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:35:99:263,0,443 chrIV 821327 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.109;DP=32;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:309,0,340 chrIV 821485 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;DP=46;Dels=0.00;FS=22.618;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.671;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:405,0,440 chrIV 821498 . T C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=47;Dels=0.00;FS=4.427;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:47:99:449,0,388 chrIV 821555 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;DP=37;Dels=0.00;FS=7.684;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.626;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:342,0,386 chrIV 821579 . A G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=33;Dels=0.00;FS=8.821;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:326,0,281 chrIV 821605 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.012;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:349,0,387 chrIV 821822 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=56;Dels=0.00;FS=2.369;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=2.078;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:601,0,410 chrIV 822225 . G C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DP=64;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:532,0,676 chrIV 822347 . C T 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=140;Dels=0.00;FS=4.436;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.734;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,57:140:99:932,0,1786 chrIV 822353 . T A 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=140;Dels=0.00;FS=2.346;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.640;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,55:140:99:864,0,1923 chrIV 822483 . G A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=61;Dels=0.00;FS=5.894;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:679,0,367 chrIV 822554 . T C 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;DP=120;Dels=0.00;FS=11.662;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.310;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:120:99:1021,0,1145 chrIV 822572 . T A 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.672;DP=141;Dels=0.00;FS=4.055;HaplotypeScore=9.3952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,64:141:99:1286,0,1315 chrIV 822719 . T C 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;DP=91;Dels=0.00;FS=1.832;HaplotypeScore=7.8625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:1024,0,777 chrIV 823181 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=58;Dels=0.00;FS=7.175;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:384,0,668 chrIV 823188 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;DP=55;Dels=0.00;FS=2.338;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:376,0,647 chrIV 823198 . T G 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=56;Dels=0.00;FS=3.168;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.609;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1184,123,0 chrIV 823234 . T C 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=20.90;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1266,135,0 chrIV 824938 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;DP=87;Dels=0.00;FS=8.927;HaplotypeScore=12.7124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:627,0,837 chrIV 825422 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;DP=106;Dels=0.00;FS=2.637;HaplotypeScore=5.7572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.440;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:106:99:796,0,1195 chrIV 825834 . A G 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;DP=125;Dels=0.00;FS=2.480;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,56:125:99:1014,0,1358 chrIV 825844 . C T 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=123;Dels=0.00;FS=3.538;HaplotypeScore=2.6711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.145;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:1037,0,1267 chrIV 826114 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.127;DP=84;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:567,0,913 chrIV 826324 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;DP=50;Dels=0.00;FS=2.632;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.409;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:329,0,493 chrIV 826369 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.836;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:386,0,273 chrIV 828748 . T C 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.884;DP=78;Dels=0.00;FS=2.608;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=23.00;ReadPosRankSum=2.884;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:78:99:1827,192,0 chrIV 829122 . T C 2761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=114;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=24.22;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:2794,300,0 chrIV 829221 . C T 1593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=137;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,77:137:99:1623,0,1283 chrIV 829291 . A G 1402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=123;Dels=0.00;FS=4.490;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:123:99:1432,0,1039 chrIV 829373 . T C 2219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=108;Dels=0.00;FS=4.206;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.604;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2252,240,0 chrIV 830274 . A T 2220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=95;Dels=0.00;FS=9.599;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=23.37;ReadPosRankSum=2.884;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:95:99:2253,228,0 chrIV 830619 . A G 2668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=109;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=24.48;ReadPosRankSum=1.668;SB=-1.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:2701,288,0 chrIV 830754 . A T 2861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=112;Dels=0.00;FS=7.054;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=25.54;ReadPosRankSum=2.406;SB=-1.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,110:112:99:2894,292,0 chrIV 830962 . T C 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=96;Dels=0.00;FS=3.827;HaplotypeScore=12.5891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.458;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:96:99:816,0,1012 chrIV 831133 . A G 2692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DP=117;Dels=0.00;FS=6.760;HaplotypeScore=6.2725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=23.01;ReadPosRankSum=2.408;SB=-1.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:2725,291,0 chrIV 831279 . A G 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=18.86;ReadPosRankSum=1.685;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:1429,153,0 chrIV 831397 . A G 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=19.74;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:94:99:1889,201,0 chrIV 831797 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;DP=93;Dels=0.00;FS=1.698;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:835,0,915 chrIV 831877 . T C 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=85;Dels=0.00;FS=2.311;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.627;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:753,0,1049 chrIV 832831 . T C 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.621;DP=118;Dels=0.00;FS=9.911;HaplotypeScore=4.1713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:118:99:1339,0,1205 chrIV 832844 . T G 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.513;DP=115;Dels=0.00;FS=11.408;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.090;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.383;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:1138,0,1216 chrIV 833173 . G T 2322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.70;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2355,252,0 chrIV 833261 . C T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=74;Dels=0.00;FS=6.240;HaplotypeScore=9.7801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:711,0,679 chrIV 833314 . T G 1363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.928;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:122:99:1393,0,982 chrIV 833772 . G T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=56;Dels=0.00;FS=2.338;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.665;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:510,0,322 chrIV 834184 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;DP=57;Dels=0.00;FS=1.138;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.946;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:541,0,425 chrIV 834683 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;DP=35;Dels=0.00;FS=1.464;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=12.57;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:35:99:470,0,152 chrIV 834790 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:262,0,140 chrIV 835165 . C A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=26;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.408;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:26:99:219,0,131 chrIV 835216 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=1.770;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:51:99:402,0,445 chrIV 835337 . C A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;DP=54;Dels=0.00;FS=1.141;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.673;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:54:99:627,0,473 chrIV 835499 . G A 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=18;Dels=0.00;FS=2.077;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.883;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:104,0,134 chrIV 836028 . G A 447.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=35;Dels=0.00;FS=8.325;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.223;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:28:480,28,0 chrIV 836148 . A G 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.82;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:993,102,0 chrIV 836255 . A T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DP=35;Dels=0.00;FS=5.816;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.519;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:86:406,0,86 chrIV 836436 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DP=46;Dels=0.00;FS=3.681;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:510,0,498 chrIV 836888 . G C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=37;Dels=0.00;FS=3.497;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:350,0,426 chrIV 837158 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;DP=36;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:186,0,458 chrIV 837953 . C T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:197,0,104 chrIV 838649 . T C 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:291,0,287 chrIV 838745 . C T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.913;DP=65;Dels=0.00;FS=5.150;HaplotypeScore=7.9616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:65:99:759,0,271 chrIV 838835 . T C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DP=59;Dels=0.00;FS=2.274;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.339;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:59:99:341,0,640 chrIV 839020 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;DP=33;Dels=0.00;FS=11.654;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:336,0,190 chrIV 839045 . A T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DP=29;Dels=0.00;FS=1.561;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.721;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:97:355,0,97 chrIV 839087 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:416,0,120 chrIV 839141 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DP=57;Dels=0.00;FS=14.216;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:402,0,481 chrIV 839157 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;DP=66;Dels=0.00;FS=13.459;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.481;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:486,0,618 chrIV 839339 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=6.51;ReadPosRankSum=-2.319;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:401,0,571 chrIV 839342 . A G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DP=59;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=5.66;ReadPosRankSum=-2.416;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:59:99:364,0,580 chrIV 839558 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=90;Dels=0.00;FS=18.136;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.740;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:442,0,950 chrIV 839672 . A T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.351;DP=82;Dels=0.00;FS=2.952;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.464;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:755,0,812 chrIV 840230 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=53;Dels=0.00;FS=47.410;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:577,0,486 chrIV 840362 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;DP=33;Dels=0.00;FS=28.221;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-1.629e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:282,0,282 chrIV 840549 . G C 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=90;Dels=0.00;FS=55.391;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.273;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,59:90:99:1202,0,593 chrIV 840598 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=44;Dels=0.00;FS=18.583;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:472,0,448 chrIV 840697 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;DP=42;Dels=0.00;FS=1.721;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:376,0,487 chrIV 841000 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.355;DP=66;Dels=0.00;FS=3.570;HaplotypeScore=10.8661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.510;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:66:99:449,0,450 chrIV 841009 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.483;DP=68;Dels=0.00;FS=4.916;HaplotypeScore=10.1322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.345;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:490,0,610 chrIV 841276 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;DP=39;Dels=0.00;FS=7.152;HaplotypeScore=3.8572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.096;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:350,0,242 chrIV 841648 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;DP=42;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:418,0,476 chrIV 841738 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=59;Dels=0.00;FS=5.184;HaplotypeScore=6.2110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.840;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:524,0,561 chrIV 841756 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:510,0,460 chrIV 842028 . C T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=51;Dels=0.00;FS=4.435;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:51:99:534,0,287 chrIV 842068 . T A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=71;Dels=0.00;FS=3.466;HaplotypeScore=3.9571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.217;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:586,0,530 chrIV 842070 . A T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.422;DP=72;Dels=0.00;FS=6.449;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.353;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.040;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:72:99:601,0,550 chrIV 842326 . A G 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=22.69;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1145,120,0 chrIV 842336 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.796;DP=51;Dels=0.00;FS=6.493;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.010;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:371,0,532 chrIV 842380 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=49;Dels=0.00;FS=2.424;HaplotypeScore=0.9979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.633;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:365,0,456 chrIV 842450 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DP=51;Dels=0.00;FS=4.116;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.902;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:313,0,487 chrIV 842455 . A G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=49;Dels=0.00;FS=2.575;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=6.12;ReadPosRankSum=2.596;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:330,0,523 chrIV 842465 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=44;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.814;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:44:99:320,0,357 chrIV 842576 . C T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=48;Dels=0.00;FS=1.127;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.197;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:388,0,464 chrIV 842680 . G A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=47;Dels=0.00;FS=6.531;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:430,0,360 chrIV 842936 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.214;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.237;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:604,0,544 chrIV 842964 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=50;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:479,0,459 chrIV 843125 . G T 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=25.75;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1398,141,0 chrIV 843506 . A G 150.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;DP=55;Dels=0.00;FS=26.399;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.123;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,16:55:99:180,0,780 chrIV 843524 . A G 583.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.911;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=4.599;QD=12.96;ReadPosRankSum=4.284;SB=-8.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:45:21:613,0,21 chrIV 843581 . T C 83.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DP=50;Dels=0.00;FS=2.847;HaplotypeScore=1.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.556;QD=1.66;ReadPosRankSum=2.338;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:113,0,742 chrIV 843608 . A G 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=41;Dels=0.00;FS=23.254;HaplotypeScore=4.3375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.037;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:161,0,462 chrIV 843647 . T C 72.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=22;Dels=0.00;FS=25.506;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.806;SB=-6.518e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:99:102,0,281 chrIV 843659 . G A 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;DP=21;Dels=0.00;FS=18.402;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.276;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.614;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,16:21:64:306,0,64 chrIV 843818 . C A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DP=31;Dels=0.00;FS=28.691;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:279,0,275 chrIV 843832 . G A 278.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=32;Dels=0.00;FS=27.833;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.266;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:308,0,385 chrIV 843857 . C A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;DP=42;Dels=0.00;FS=7.173;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:230,0,546 chrIV 843911 . T G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.756;DP=55;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=7.1811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.903;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.205;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:357,0,514 chrIV 844040 . C T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;DP=33;Dels=0.00;FS=7.731;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:208,0,339 chrIV 844178 . C T 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=22.92;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1179,117,0 chrIV 844368 . C G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=37;Dels=0.00;FS=12.979;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:339,0,213 chrIV 844392 . A T 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=37;Dels=0.00;FS=30.807;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=4.35;ReadPosRankSum=-2.112;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:191,0,414 chrIV 844646 . A T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=12.93;ReadPosRankSum=-2.122;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:599,0,225 chrIV 844694 . G C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.222;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:410,0,372 chrIV 845065 . G A 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=84;Dels=0.01;FS=3.097;HaplotypeScore=10.1167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.712;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:83:99:993,0,526 chrIV 845136 . C T 1700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=22.67;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1733,177,0 chrIV 845187 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=46;Dels=0.00;FS=2.593;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=2.566;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.629;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:440,0,421 chrIV 845277 . G T 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.683;DP=90;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:90:99:743,0,1023 chrIV 845309 . T A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.577;DP=112;Dels=0.00;FS=4.741;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,47:112:99:747,0,1306 chrIV 845391 . G C 3322.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.90;SB=-1.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:139:99:3322,337,0 chrIV 845494 . T G 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.429;DP=94;Dels=0.00;FS=1.898;HaplotypeScore=4.2350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.151;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:848,0,1101 chrIV 845513 . T C 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.009;DP=94;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.734;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:94:99:862,0,1131 chrIV 845567 . T C 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=86;Dels=0.00;FS=4.104;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.533;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:880,0,698 chrIV 845568 . T C 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=89;Dels=0.00;FS=2.833;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.606;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:89:99:848,0,728 chrIV 845613 . G T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=106;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.222;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:106:99:642,0,797 chrIV 845739 . G A 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=108;Dels=0.00;FS=2.138;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.302;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:108:99:960,0,919 chrIV 845818 . T G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.747;DP=91;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.013;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:672,0,1030 chrIV 845959 . A C 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:73:99:880,0,488 chrIV 846137 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:728,0,1049 chrIV 846477 . C T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.287;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=9.20;ReadPosRankSum=1.140;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:922,0,862 chrIV 846900 . T G 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.748;DP=80;Dels=0.00;FS=9.477;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=7.94;ReadPosRankSum=-2.322;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:665,0,840 chrIV 846996 . G A 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=77;Dels=0.00;FS=1.907;HaplotypeScore=10.2386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.142;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:903,0,562 chrIV 847053 . A G 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;DP=92;Dels=0.00;FS=0.785;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.945;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:837,0,733 chrIV 847524 . T C 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;DP=58;Dels=0.00;FS=4.012;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,17:58:99:221,0,823 chrIV 847527 . T G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=57;Dels=0.00;FS=6.200;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,16:57:99:214,0,831 chrIV 847680 . T C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;DP=71;Dels=0.00;FS=8.529;HaplotypeScore=8.4974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.225;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:648,0,740 chrIV 847796 . T A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.506;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:625,0,581 chrIV 847822 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=64;Dels=0.00;FS=3.486;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:598,0,712 chrIV 847853 . C T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=68;Dels=0.00;FS=10.853;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:614,0,756 chrIV 848136 . T C 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.40;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1332,138,0 chrIV 848316 . A G 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=21;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:75:75,0,231 chrIV 848940 . C A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=112;Dels=0.00;FS=12.530;HaplotypeScore=5.1420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:112:99:980,0,1222 chrIV 848977 . C G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.871;DP=83;Dels=0.00;FS=3.191;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:83:99:761,0,765 chrIV 849395 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:306,0,861 chrIV 849478 . A G 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=76;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=6.7246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.207;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:740,0,690 chrIV 849539 . C G 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=80;Dels=0.00;FS=4.571;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:694,0,600 chrIV 849555 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=73;Dels=0.00;FS=8.899;HaplotypeScore=6.2351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:510,0,533 chrIV 849735 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:36:99:318,0,356 chrIV 849796 . T C 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=24.91;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1353,144,0 chrIV 849849 . G A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=88;Dels=0.00;FS=8.852;HaplotypeScore=15.7565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.250;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:769,0,582 chrIV 849999 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;DP=40;Dels=0.00;FS=5.031;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:397,0,458 chrIV 850164 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=63;Dels=0.00;FS=2.445;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:63:99:453,0,719 chrIV 850221 . A C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=91;Dels=0.00;FS=3.278;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:91:99:804,0,1029 chrIV 850484 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=72;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:454,0,732 chrIV 850495 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:69:99:379,0,771 chrIV 850508 . A T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.113;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:315,0,704 chrIV 850697 . T C 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.500;DP=78;Dels=0.00;FS=7.672;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.259;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:468,0,830 chrIV 850922 . T C 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=40;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.192;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:276,0,342 chrIV 850955 . G A 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.845;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:93:93,0,223 chrIV 851004 . T C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;DP=29;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:169,0,198 chrIV 851043 . T C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=37;Dels=0.00;FS=4.212;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:37:99:324,0,273 chrIV 851114 . T A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;DP=55;Dels=0.00;FS=5.342;HaplotypeScore=7.3414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:55:99:331,0,146 chrIV 851221 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;DP=60;Dels=0.00;FS=2.957;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.447;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:618,0,603 chrIV 851413 . C T 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DP=75;Dels=0.00;FS=26.604;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.193;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:846,0,662 chrIV 851427 . C T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;DP=79;Dels=0.00;FS=18.601;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:756,0,704 chrIV 851792 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.351;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:573,0,562 chrIV 851816 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.659;DP=61;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.981;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:61:99:636,0,535 chrIV 851855 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=74;Dels=0.00;FS=12.317;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:74:99:517,0,609 chrIV 851875 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.748;DP=69;Dels=0.00;FS=10.564;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.437;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.343;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:484,0,667 chrIV 851927 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DP=76;Dels=0.00;FS=4.637;HaplotypeScore=9.6795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.196;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:538,0,656 chrIV 852118 . G C 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=101;Dels=0.00;FS=1.881;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.393;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:101:99:916,0,1184 chrIV 852542 . C G 1222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.391;DP=156;Dels=0.00;FS=7.501;HaplotypeScore=20.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,69:156:99:1252,0,1567 chrIV 852619 . T C 1682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.431;DP=154;Dels=0.00;FS=2.306;HaplotypeScore=12.7141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.747;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,84:154:99:1712,0,1230 chrIV 852794 . C T 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=96;Dels=0.00;FS=2.674;HaplotypeScore=14.1781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=2.146;QD=7.97;ReadPosRankSum=-2.011;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:795,0,850 chrIV 852904 . G A 1209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=100;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=7.2095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.040;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.946;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,62:100:99:1239,0,666 chrIV 853192 . G A 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=9.31;ReadPosRankSum=-2.459;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:107:99:1026,0,884 chrIV 853448 . A C 2244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.04;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2277,243,0 chrIV 853808 . C G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=109;Dels=0.00;FS=9.068;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.210;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:109:99:765,0,1234 chrIV 853958 . A G 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.663;DP=85;Dels=0.00;FS=4.457;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-4.830;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:506,0,573 chrIV 853984 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.101;DP=89;Dels=0.00;FS=7.690;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-6.764;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:439,0,650 chrIV 853985 . A C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=90;Dels=0.00;FS=9.566;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.773;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:90:99:436,0,715 chrIV 853996 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;DP=88;Dels=0.00;FS=5.763;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-6.230;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.110;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:424,0,773 chrIV 854017 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.664;DP=87;Dels=0.00;FS=10.485;HaplotypeScore=8.5001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.885;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.093;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:87:99:554,0,675 chrIV 854335 . C T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=77;Dels=0.00;FS=1.924;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.611;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:806,0,665 chrIV 854367 . C T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.297;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.422;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:89:99:777,0,729 chrIV 854519 . T C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;DP=84;Dels=0.00;FS=12.802;HaplotypeScore=6.9952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.045;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:536,0,925 chrIV 855322 . G C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DP=89;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=6.9313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:583,0,830 chrIV 855709 . C T 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.16;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1141,117,0 chrIV 855748 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=54;Dels=0.00;FS=3.004;HaplotypeScore=6.5106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:415,0,408 chrIV 855817 . T C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DP=71;Dels=0.00;FS=4.806;HaplotypeScore=8.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=2.881;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.458;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:658,0,512 chrIV 855848 . A G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=76;Dels=0.00;FS=1.892;HaplotypeScore=4.1329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:897,0,533 chrIV 856201 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;DP=91;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=5.0051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.033;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:91:99:765,0,788 chrIV 856278 . A T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=81;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=9.3898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:671,0,905 chrIV 856679 . A G 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.537;DP=114;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:114:99:985,0,1532 chrIV 857522 . A G 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=78;Dels=0.00;FS=0.871;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.670;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:754,0,779 chrIV 857609 . C A 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.364;DP=93;Dels=0.00;FS=0.835;HaplotypeScore=7.8554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.061;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:93:99:842,0,930 chrIV 857627 . A C 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=83;Dels=0.00;FS=10.094;HaplotypeScore=7.8751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=21.46;ReadPosRankSum=2.330;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:83:99:1814,195,0 chrIV 857630 . T C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;DP=78;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=5.3312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.219;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:604,0,761 chrIV 858371 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:432,0,594 chrIV 858496 . T A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;DP=68;Dels=0.00;FS=6.541;HaplotypeScore=3.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=9.28;ReadPosRankSum=-2.214;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:661,0,775 chrIV 858787 . C G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DP=27;Dels=0.00;FS=1.471;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.540;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:27:99:259,0,195 chrIV 858828 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=43;Dels=0.00;FS=1.232;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:469,0,276 chrIV 858862 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=66;Dels=0.00;FS=5.432;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.020;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:457,0,506 chrIV 859191 . T G 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.724;DP=91;Dels=0.00;FS=6.589;HaplotypeScore=11.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.439;QD=7.57;ReadPosRankSum=2.643;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:91:99:719,0,893 chrIV 859510 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.519;DP=74;Dels=0.00;FS=4.544;HaplotypeScore=5.1493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=2.360;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.650;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:612,0,629 chrIV 859605 . G A 1126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.871;DP=155;Dels=0.00;FS=3.303;HaplotypeScore=7.2648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,66:155:99:1156,0,1489 chrIV 859708 . G A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;DP=102;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=15.2624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.807;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:102:99:921,0,826 chrIV 859980 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.364;DP=120;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=14.1163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.613;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:120:99:790,0,1284 chrIV 860353 . C T 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=96;Dels=0.00;FS=2.781;HaplotypeScore=5.2330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=10.45;ReadPosRankSum=2.682;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:96:99:1033,0,716 chrIV 860382 . C G 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=88;Dels=0.00;FS=11.019;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=9.36;ReadPosRankSum=-2.464;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:88:99:854,0,699 chrIV 860602 . G A 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.020;DP=101;Dels=0.00;FS=1.957;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=8.45;ReadPosRankSum=-2.055;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:101:99:883,0,862 chrIV 860620 . C T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;DP=98;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:809,0,805 chrIV 860671 . A G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=11.64;ReadPosRankSum=2.200;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:763,0,280 chrIV 860689 . C T 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=13.42;ReadPosRankSum=2.628;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:52:99:728,0,174 chrIV 860711 . T G 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.116;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:38:99:175,0,514 chrIV 860755 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=32;Dels=0.00;FS=1.604;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:261,0,172 chrIV 860764 . T C 591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=17.38;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:66:624,66,0 chrIV 861013 . T A 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.597;DP=34;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:209,0,353 chrIV 861202 . G C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=47;Dels=0.00;FS=9.253;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:484,0,418 chrIV 861257 . A G 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.17;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:880,93,0 chrIV 861292 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;DP=35;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:292,0,343 chrIV 861707 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.683;DP=64;Dels=0.00;FS=7.092;HaplotypeScore=7.5585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.979;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:64:99:584,0,557 chrIV 861716 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:74:99:767,0,563 chrIV 862580 . T G 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=19.05;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1138,117,0 chrIV 862602 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=61;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=2.402;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:441,0,411 chrIV 862854 . T C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=57;Dels=0.00;FS=7.529;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.248;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:554,0,469 chrIV 863028 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=46;Dels=0.00;FS=11.120;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:46:99:584,0,393 chrIV 863397 . T C 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;DP=107;Dels=0.00;FS=12.879;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.270;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:1077,0,978 chrIV 863455 . G A 1248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=129;Dels=0.00;FS=2.281;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.525;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,65:129:99:1278,0,1094 chrIV 863555 . A G 1161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.341;DP=123;Dels=0.00;FS=7.099;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:123:99:1191,0,1383 chrIV 863664 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=62;Dels=0.00;FS=2.149;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.119;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:556,0,480 chrIV 863685 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=74;Dels=0.00;FS=5.003;HaplotypeScore=5.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.379;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:586,0,670 chrIV 863835 . T C 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=122;Dels=0.00;FS=5.637;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.235;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,51:122:99:942,0,1407 chrIV 863843 . G A 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.843;DP=124;Dels=0.00;FS=5.503;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=1.712;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,56:124:99:993,0,1217 chrIV 863931 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;DP=63;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:580,0,715 chrIV 864201 . C G 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=51;Dels=0.00;FS=2.612;HaplotypeScore=7.5038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.859;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:51:99:465,0,314 chrIV 864225 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=52;Dels=0.00;FS=4.077;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.532;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:292,0,606 chrIV 864550 . T C 2350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.31;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2383,246,0 chrIV 864611 . C A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;DP=65;Dels=0.00;FS=0.936;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.888;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:600,0,661 chrIV 864669 . G T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=65;Dels=0.00;FS=3.148;HaplotypeScore=2.9677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:588,0,444 chrIV 864686 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:663,0,487 chrIV 864727 . A G 464.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.257;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:494,0,372 chrIV 864765 . T C 600.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.558;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:630,0,667 chrIV 865291 . C T 2237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=25.42;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2270,228,0 chrIV 865399 . A G 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=31;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.210;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:99:210,0,275 chrIV 865489 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=6.47;ReadPosRankSum=2.105;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:308,0,384 chrIV 865525 . T C 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=37;Dels=0.00;FS=1.280;HaplotypeScore=2.4432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:179,0,418 chrIV 865546 . T C 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.169;DP=40;Dels=0.00;FS=3.009;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:161,0,407 chrIV 865573 . T C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DP=35;Dels=0.00;FS=5.402;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:35:99:199,0,236 chrIV 865865 . G C 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=39;Dels=0.00;FS=1.287;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.779;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:252,0,477 chrIV 865993 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;DP=43;Dels=0.00;FS=4.862;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.498;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:43:99:256,0,478 chrIV 866129 . C T 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.604;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:160,0,205 chrIV 866146 . A G 442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=18.42;ReadPosRankSum=1.445;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:51:475,51,0 chrIV 866195 . T G 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.564;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:245,0,241 chrIV 866436 . T C 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.59;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1134,120,0 chrIV 866723 . G T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=34;Dels=0.00;FS=19.121;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:288,0,357 chrIV 866949 . C T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.121;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:30:99:199,0,221 chrIV 866998 . T C 606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=24.24;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:639,66,0 chrIV 867546 . G A 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;DP=32;Dels=0.00;FS=1.566;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.075;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:179,0,279 chrIV 867677 . G A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=21;Dels=0.00;FS=21.239;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.317;SB=-4.574e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:192,0,184 chrIV 867821 . C A 181.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=29;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.093;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:211,0,229 chrIV 867828 . T C 151.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=28;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.416;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.756;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:181,0,230 chrIV 867831 . A C 159.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=29;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.874;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.321;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:29:99:189,0,217 chrIV 867837 . A G 146.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.676;DP=29;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.923;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:29:99:176,0,252 chrIV 867841 . C T 132.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.488;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.054;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.046;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:162,0,227 chrIV 867847 . T C 86.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.804;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:116,0,299 chrIV 868027 . G A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=32;Dels=0.00;FS=1.607;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:32:99:315,0,283 chrIV 868086 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=36;Dels=0.00;FS=1.498;HaplotypeScore=5.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:265,0,434 chrIV 868348 . G T 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.11;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:962,99,0 chrIV 868576 . A G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.130;DP=78;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.688;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:610,0,815 chrIV 868578 . G A 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1771,189,0 chrIV 868817 . C T 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;DP=73;Dels=0.00;FS=12.672;HaplotypeScore=5.9897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:73:99:889,0,550 chrIV 868916 . C A 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=68;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:463,0,698 chrIV 869149 . G T 559.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.834;DP=69;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=4.3762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.281;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:589,0,447 chrIV 869151 . C A 530.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=70;Dels=0.00;FS=4.689;HaplotypeScore=3.2792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:560,0,455 chrIV 869159 . C T 622.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=69;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=3.2524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.752;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:652,0,418 chrIV 869237 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DP=62;Dels=0.00;FS=3.741;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.875;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:523,0,627 chrIV 869369 . C T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=91;Dels=0.00;FS=3.011;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:869,0,1033 chrIV 869558 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=72;Dels=0.00;FS=3.697;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.028;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.965;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:619,0,797 chrIV 869651 . C T 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=95;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=5.1872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:953,0,758 chrIV 869984 . G A 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=24.55;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1727,171,0 chrIV 870200 . G C 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.34;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1284,132,0 chrIV 870583 . C A 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=103;Dels=0.00;FS=5.256;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.083;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:103:99:1079,0,868 chrIV 870699 . A T 2340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=98;Dels=0.00;FS=7.125;HaplotypeScore=38.8871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=23.88;ReadPosRankSum=1.697;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2373,240,0 chrIV 870717 . T C 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;DP=87;Dels=0.00;FS=2.505;HaplotypeScore=17.0671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.104;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:87:28:762,0,28 chrIV 870727 . A C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.109;DP=71;Dels=0.00;FS=1.290;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:564,0,921 chrIV 870749 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.226;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:375,0,621 chrIV 870787 . T C 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=24;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=5.38;ReadPosRankSum=-2.202;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:159,0,245 chrIV 870917 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=65;Dels=0.00;FS=5.014;HaplotypeScore=4.5070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.013;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:518,0,720 chrIV 871042 . G T 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.737;DP=105;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=8.4454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,60:105:99:1264,0,824 chrIV 871373 . G A 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=20.22;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2035,207,0 chrIV 871483 . G T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=66;Dels=0.00;FS=5.363;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,44:66:99:724,0,225 chrIV 871540 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.333;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,41:61:99:725,0,190 chrIV 871554 . G C 579.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.164;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,31:47:99:609,0,182 chrIV 871619 . A G 14.26 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.709;SB=-8.868e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:14:44,0,14 chrIV 871688 . C T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=43;Dels=0.00;FS=12.588;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.05;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=4.84;ReadPosRankSum=-2.298;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:238,0,556 chrIV 871796 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=38;Dels=0.00;FS=6.303;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.86;MQ0=1;MQRankSum=-0.716;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.905;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:445,0,369 chrIV 871806 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;DP=29;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.49;MQ0=1;MQRankSum=0.345;QD=8.28;ReadPosRankSum=-2.137;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:270,0,312 chrIV 871816 . G A 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=22;Dels=0.00;FS=7.659;HaplotypeScore=10.8718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.00;MQ0=1;MQRankSum=-0.462;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:162,0,269 chrIV 877407 . T A 84.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.32;MQ0=53;QD=1.48;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,4:57:12:117,12,0 chrIV 877864 . G A 54.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQ0=0;MQRankSum=-5.933;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.016;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:84:84,0,711 chrIV 878016 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=51.4910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.28;MQ0=0;MQRankSum=2.206;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.829;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,36:96:99:714,0,1086 chrIV 878048 . A T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.199;DP=84;Dels=0.00;FS=3.626;HaplotypeScore=12.0899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.28;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.299;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:678,0,649 chrIV 878088 . G C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=45;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.545;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:413,0,197 chrIV 878186 . A T 414.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.644;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.194;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:444,0,715 chrIV 878246 . C A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.003;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:349,0,329 chrIV 878261 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.00;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.086;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:310,0,351 chrIV 878287 . A T 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.664;DP=47;Dels=0.00;FS=1.981;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.55;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:203,0,350 chrIV 884283 . G A 34.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=7.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.10;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-4.080e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:18:64,0,18 chrIV 884320 . C T 186.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.202;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:216,0,181 chrIV 884517 . G A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.400;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:145,0,104 chrIV 884597 . G A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.433;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:54:168,0,54 chrIV 884657 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.028;DP=67;Dels=0.00;FS=3.589;HaplotypeScore=6.9923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:67:99:656,0,715 chrIV 884761 . T A 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=26.19;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2102,210,0 chrIV 884974 . C G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=88;Dels=0.00;FS=2.817;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:88:99:705,0,894 chrIV 885302 . T C 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=93;Dels=0.00;FS=8.549;HaplotypeScore=6.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:93:99:1104,0,671 chrIV 885407 . G A 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=103;Dels=0.00;FS=6.370;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:103:99:1075,0,828 chrIV 885734 . C T 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;DP=110;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=7.7069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.755;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:110:99:1138,0,1136 chrIV 885908 . A G 1164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.888;DP=129;Dels=0.00;FS=1.403;HaplotypeScore=15.7060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.040;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,67:129:99:1194,0,1307 chrIV 886178 . A G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=76;Dels=0.00;FS=12.178;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.104;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:616,0,631 chrIV 886289 . A G 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.859;DP=141;Dels=0.00;FS=1.335;HaplotypeScore=15.6948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.899;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.686;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,72:141:99:1159,0,1244 chrIV 887044 . A G 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=23.98;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1280,138,0 chrIV 887192 . A C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.127;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:41:99:558,0,217 chrIV 887448 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:285,0,357 chrIV 887943 . G A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=78;Dels=0.00;FS=12.217;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:610,0,638 chrIV 889122 . T C 437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=25.71;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:48:470,48,0 chrIV 889739 . C T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=82;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=20.7309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.834;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:82:99:711,0,653 chrIV 890069 . T C 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.40;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:806,81,0 chrIV 890632 . T C 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:637,0,409 chrIV 890651 . C A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.699;DP=47;Dels=0.00;FS=1.119;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:433,0,542 chrIV 891174 . A T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DP=31;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=2.869;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:427,0,190 chrIV 892147 . T C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DP=49;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:314,0,505 chrIV 892194 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=39;Dels=0.00;FS=3.341;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.650;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:305,0,525 chrIV 892662 . G C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.386;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.965;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:290,0,306 chrIV 892764 . C T 582.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.036;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:612,0,587 chrIV 893039 . A G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.215;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:761,0,401 chrIV 893390 . T C 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=24;Dels=0.00;FS=15.656;HaplotypeScore=4.1445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.154;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:24:99:123,0,201 chrIV 893393 . C T 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=24;Dels=0.04;FS=10.488;HaplotypeScore=4.1445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.154;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:112,0,231 chrIV 893441 . T C 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=36;Dels=0.00;FS=10.824;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.080;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:124,0,388 chrIV 893442 . C T 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.950;DP=36;Dels=0.00;FS=10.499;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.150;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:114,0,413 chrIV 893751 . C G 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=20.55;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:485,51,0 chrIV 893888 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.813;DP=57;Dels=0.00;FS=4.308;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:369,0,646 chrIV 893934 . T C 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=21.53;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2035,213,0 chrIV 893952 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=85;Dels=0.00;FS=2.848;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.659;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:640,0,869 chrIV 893982 . A G 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.636;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1615,174,0 chrIV 894453 . A T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=68;Dels=0.00;FS=15.658;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:465,0,563 chrIV 894589 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DP=46;Dels=0.00;FS=2.717;HaplotypeScore=7.1947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:485,0,307 chrIV 894714 . C A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.985;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:326,0,280 chrIV 895397 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:251,0,372 chrIV 895472 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.567;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:533,0,383 chrIV 895550 . T A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=62;Dels=0.00;FS=13.851;HaplotypeScore=8.7052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.519;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:427,0,642 chrIV 895556 . T C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=59;Dels=0.00;FS=9.759;HaplotypeScore=5.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.288;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:340,0,681 chrIV 895577 . A T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=65;Dels=0.00;FS=2.883;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.227;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:368,0,828 chrIV 895607 . T C 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.377;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:327,0,958 chrIV 897167 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;DP=126;Dels=0.00;FS=2.378;HaplotypeScore=11.5131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.031;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,48:126:99:737,0,1578 chrIV 897260 . A G 1164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;DP=149;Dels=0.00;FS=1.322;HaplotypeScore=14.3700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.607;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,71:149:99:1194,0,1229 chrIV 897287 . G A 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;DP=142;Dels=0.00;FS=8.155;HaplotypeScore=10.5576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,68:142:99:1169,0,1589 chrIV 897434 . A T 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.597;DP=86;Dels=0.00;FS=10.932;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.463;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:664,0,929 chrIV 897959 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;DP=87;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.860;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.554;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:87:99:693,0,750 chrIV 898087 . T C 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=26.10;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1625,168,0 chrIV 898114 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DP=54;Dels=0.00;FS=7.653;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.372;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:488,0,479 chrIV 898400 . C A 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.243;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:243,0,523 chrIV 898406 . T G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=44;Dels=0.00;FS=4.575;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.480;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:233,0,516 chrIV 898436 . A G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.936;DP=40;Dels=0.00;FS=4.527;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:221,0,457 chrIV 898456 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.006;DP=40;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:264,0,445 chrIV 898763 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DP=65;Dels=0.00;FS=9.372;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.506;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:442,0,769 chrIV 898787 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=65;Dels=0.00;FS=2.116;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:445,0,805 chrIV 898970 . C T 3532.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=25.78;SB=-1.495e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:137:99:3532,361,0 chrIV 899129 . G A 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.595;DP=123;Dels=0.00;FS=9.932;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:123:99:1102,0,1358 chrIV 899142 . T C 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=129;Dels=0.00;FS=4.659;HaplotypeScore=8.4863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,57:129:99:1063,0,1333 chrIV 899304 . G A 1258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=175;Dels=0.00;FS=4.671;HaplotypeScore=20.6019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.958;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,82:175:99:1288,0,1737 chrIV 899488 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=46;Dels=0.00;FS=4.591;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:316,0,455 chrIV 899489 . T G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=45;Dels=0.00;FS=4.591;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.336;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:291,0,465 chrIV 899581 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.758;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:63:99:413,0,701 chrIV 899680 . C T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=79;Dels=0.00;FS=16.624;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.288;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:632,0,1125 chrIV 900294 . C T 3041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.57;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:3074,307,0 chrIV 900632 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=81;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=12.7962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.781;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:932,0,466 chrIV 900880 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;DP=59;Dels=0.00;FS=7.709;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.934;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:59:99:355,0,427 chrIV 901041 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:383,0,487 chrIV 901107 . T A 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=49;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=21.02;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1063,105,0 chrIV 901288 . C G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=45;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:317,0,439 chrIV 901517 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.675;DP=69;Dels=0.00;FS=10.267;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.487;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:663,0,517 chrIV 901599 . T G 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:77:99:784,0,748 chrIV 901669 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.889;DP=45;Dels=0.00;FS=12.464;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:528,0,376 chrIV 901798 . A G 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=79;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:79:99:600,0,902 chrIV 902051 . G T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.661;DP=66;Dels=0.00;FS=0.943;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.304;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:756,0,401 chrIV 902065 . A C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;DP=64;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=3.9093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=10.52;ReadPosRankSum=2.059;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:64:99:703,0,527 chrIV 902156 . T C 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=100;Dels=0.00;FS=0.757;HaplotypeScore=8.9537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.328;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:100:99:966,0,919 chrIV 902257 . G A 1373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.890;DP=175;Dels=0.00;FS=3.585;HaplotypeScore=12.0022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,72:175:99:1403,0,1940 chrIV 902350 . G A 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.300;DP=108;Dels=0.00;FS=4.106;HaplotypeScore=4.5162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.332;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:108:99:1271,0,931 chrIV 902361 . T C 2222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=22.44;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2255,237,0 chrIV 902688 . G A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.931;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:830,0,417 chrIV 902746 . T C 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.006;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:879,0,434 chrIV 902824 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=96;Dels=0.00;FS=0.791;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=5.44;ReadPosRankSum=2.763;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,37:96:99:552,0,1016 chrIV 902880 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=84;Dels=0.00;FS=3.006;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=4.95;ReadPosRankSum=-2.851;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:446,0,996 chrIV 902950 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=63;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:636,0,394 chrIV 903517 . T C 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=79;Dels=0.00;FS=4.383;HaplotypeScore=6.6550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.432;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:79:99:675,0,638 chrIV 903611 . C G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=86;Dels=0.00;FS=4.074;HaplotypeScore=5.5573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.726;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:649,0,790 chrIV 903899 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:641,0,901 chrIV 903976 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.796;DP=92;Dels=0.00;FS=7.127;HaplotypeScore=5.9897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.512;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:92:99:667,0,747 chrIV 904395 . C T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.561;DP=75;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.967;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:527,0,677 chrIV 904531 . C A 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=121;Dels=0.00;FS=3.456;HaplotypeScore=4.8668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,66:121:99:1182,0,1053 chrIV 904648 . A T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=66;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.741;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:694,0,625 chrIV 904826 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.582;DP=94;Dels=0.00;FS=6.832;HaplotypeScore=8.0625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:670,0,828 chrIV 904871 . C T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.943;DP=103;Dels=0.00;FS=11.082;HaplotypeScore=7.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.348;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:825,0,1030 chrIV 904915 . C T 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=99;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:936,0,973 chrIV 905063 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=63;Dels=0.00;FS=8.557;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:430,0,462 chrIV 905128 . A T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=55;Dels=0.00;FS=1.187;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=6.00;ReadPosRankSum=-2.301;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:360,0,628 chrIV 905409 . T C 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;DP=68;Dels=0.00;FS=12.470;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:749,0,646 chrIV 905602 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;DP=58;Dels=0.00;FS=3.683;HaplotypeScore=4.3679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:546,0,544 chrIV 905609 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=64;Dels=0.00;FS=3.328;HaplotypeScore=4.2625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:563,0,554 chrIV 906063 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:627,0,671 chrIV 906101 . A G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:569,0,667 chrIV 906310 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=79;Dels=0.00;FS=2.982;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.169;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:732,0,696 chrIV 907064 . T G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;DP=93;Dels=0.00;FS=5.422;HaplotypeScore=13.4872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.681;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:93:99:651,0,1039 chrIV 907102 . G A 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;DP=80;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.092;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:732,0,794 chrIV 907206 . C T 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;DP=89;Dels=0.00;FS=7.131;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:1124,0,671 chrIV 907227 . G A 1116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=113;Dels=0.00;FS=7.926;HaplotypeScore=10.2118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.950;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,69:113:99:1146,0,773 chrIV 907286 . A G 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.571;DP=112;Dels=0.00;FS=17.149;HaplotypeScore=7.4135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.882;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:949,0,1204 chrIV 907521 . T A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=60;Dels=0.00;FS=5.265;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:592,0,423 chrIV 907628 . A G 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=103;Dels=0.00;FS=4.038;HaplotypeScore=16.4280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.775;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,63:103:99:949,0,554 chrIV 907707 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.562;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:584,0,640 chrIV 907779 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;DP=48;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.830;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.572;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:300,0,284 chrIV 907782 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.818;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.183;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:311,0,256 chrIV 907830 . T G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=44;Dels=0.00;FS=9.028;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.988;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.110;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:402,0,291 chrIV 907845 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=7.96;ReadPosRankSum=2.065;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:412,0,506 chrIV 907920 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:424,0,923 chrIV 908078 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DP=50;Dels=0.00;FS=2.461;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:516,0,391 chrIV 908478 . T C 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=9.89;ReadPosRankSum=2.573;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:910,0,789 chrIV 908567 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=76;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=6.2293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.292;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:76:99:668,0,671 chrIV 908649 . A G 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=23.27;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1755,180,0 chrIV 909033 . G C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:368,0,524 chrIV 909366 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:381,0,185 chrIV 909447 . T A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=21.45;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:891,90,0 chrIV 909834 . A C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=68;Dels=0.00;FS=8.318;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:546,0,755 chrIV 909908 . C A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=52;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=5.5344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:451,0,518 chrIV 910025 . A G 149.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=39;Dels=0.00;FS=3.503;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.889;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:39:99:179,0,657 chrIV 910427 . A T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=89;Dels=0.00;FS=8.520;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.074;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:834,0,895 chrIV 910506 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.856;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.279;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,31:86:99:442,0,1133 chrIV 910601 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.480;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.014;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:730,0,575 chrIV 910688 . T C 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1395,147,0 chrIV 910761 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=66;Dels=0.00;FS=3.417;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.279;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:520,0,617 chrIV 910905 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.964;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.459;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.395;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:54:99:351,0,447 chrIV 910968 . C T 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DP=81;Dels=0.00;FS=11.609;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.538;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:81:99:923,0,570 chrIV 911274 . T C 1079.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=128;Dels=0.00;FS=22.722;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.538;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.410;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:128:99:1109,0,1244 chrIV 911317 . C T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=162;Dels=0.00;FS=25.160;HaplotypeScore=4.9519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-7.863;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.010;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,89:162:99:821,0,1566 chrIV 911326 . G A 722.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=172;Dels=0.00;FS=21.682;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQ0=0;MQRankSum=-9.390;QD=4.20;ReadPosRankSum=-2.510;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,98:172:99:752,0,1443 chrIV 911330 . T C 705.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.902;DP=182;Dels=0.00;FS=27.008;HaplotypeScore=13.0998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.28;MQ0=0;MQRankSum=-10.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,102:182:99:735,0,1492 chrIV 911333 . G A 648.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=187;Dels=0.00;FS=18.431;HaplotypeScore=14.9560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQ0=0;MQRankSum=-10.094;QD=3.47;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,107:187:99:678,0,1674 chrIV 911343 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=197;Dels=0.00;FS=9.990;HaplotypeScore=8.2297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.64;MQ0=0;MQRankSum=-9.228;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,116:197:99:624,0,1693 chrIV 911472 . A C 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=79;Dels=0.00;FS=2.104;HaplotypeScore=6.8143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:827,0,718 chrIV 911858 . C T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.617;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.089;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:99:279,0,544 chrIV 911925 . G T 1767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.21;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1800,183,0 chrIV 912021 . G A 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=105;Dels=0.00;FS=8.430;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.007;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.119;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:1074,0,1161 chrIV 912072 . T G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;DP=70;Dels=0.00;FS=13.197;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:569,0,773 chrIV 912148 . G A 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=38;Dels=0.00;FS=1.534;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:143,0,130 chrIV 912340 . A G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DP=70;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=7.4999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.288;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:702,0,434 chrIV 912471 . A C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DP=31;Dels=0.00;FS=10.965;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.244;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:31:99:326,0,287 chrIV 912557 . T C 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.022;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:146,0,277 chrIV 912700 . A C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.890;DP=62;Dels=0.00;FS=4.012;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:62:99:564,0,705 chrIV 912778 . T C 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.273;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.344;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:217,0,315 chrIV 912782 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=37;Dels=0.00;FS=2.937;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.844;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.564;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:226,0,345 chrIV 912884 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;DP=68;Dels=0.00;FS=2.254;HaplotypeScore=4.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.653;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.301;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:641,0,614 chrIV 912902 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=66;Dels=0.00;FS=4.354;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.778;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:429,0,712 chrIV 912983 . C T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.544;DP=70;Dels=0.00;FS=6.178;HaplotypeScore=6.1686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.429;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:686,0,481 chrIV 913034 . A G 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.798;DP=101;Dels=0.00;FS=2.566;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.031;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:1005,0,1006 chrIV 913112 . T G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:598,0,697 chrIV 913116 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=71;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.782;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:536,0,659 chrIV 913396 . G A 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DP=90;Dels=0.00;FS=5.545;HaplotypeScore=17.2824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:1051,0,583 chrIV 913596 . T G 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;DP=98;Dels=0.00;FS=13.224;HaplotypeScore=8.2337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.357;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:961,0,751 chrIV 913633 . A G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DP=65;Dels=0.00;FS=13.625;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.384;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:556,0,578 chrIV 913716 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.680;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:598,0,277 chrIV 913736 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DP=56;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.282;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,36:56:99:654,0,259 chrIV 913863 . T C 345.64 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=31;Dels=0.00;FS=5.280;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=11.15;ReadPosRankSum=2.523;SB=-1.376e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,22:31:5:375,0,5 chrIV 913903 . G A 108.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.506;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:80:138,0,80 chrIV 913904 . A G 105.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.619;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:99:135,0,114 chrIV 913905 . A T 112.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.454;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:99:142,0,113 chrIV 913973 . G C 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=11;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:59:59,0,142 chrIV 914065 . C T 56.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:89,9,0 chrIV 914155 . T C 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:11:62:92,0,62 chrIV 914554 . G A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DP=58;Dels=0.00;FS=3.954;HaplotypeScore=4.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.249;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:566,0,691 chrIV 914816 . G A 2649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.526e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2682,285,0 chrIV 914902 . A G 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=64;Dels=0.00;FS=7.592;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=24.77;ReadPosRankSum=2.373;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1618,171,0 chrIV 914952 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DP=44;Dels=0.00;FS=1.360;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.407;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:44:99:397,0,425 chrIV 915199 . C T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.173;DP=79;Dels=0.00;FS=9.256;HaplotypeScore=4.7096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:583,0,867 chrIV 915370 . T A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=94;Dels=0.00;FS=8.833;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=6.14;ReadPosRankSum=2.917;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:94:99:607,0,944 chrIV 915378 . A T 2010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=20.30;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2043,207,0 chrIV 915388 . T A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=106;Dels=0.00;FS=10.026;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,63:106:99:1107,0,638 chrIV 915430 . G A 1433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=128;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=7.4488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.183;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,82:128:99:1463,0,552 chrIV 915455 . A G 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=4.32;ReadPosRankSum=2.535;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,39:117:99:535,0,1313 chrIV 915507 . A C 1125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;DP=79;Dels=0.00;FS=8.215;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.111;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,52:79:99:1155,0,458 chrIV 916142 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DP=72;Dels=0.00;FS=6.603;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.405;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:579,0,967 chrIV 916254 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DP=30;Dels=0.00;FS=5.859;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:291,0,191 chrIV 917149 . G A 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=15.87;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:87:890,87,0 chrIV 917293 . A C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;DP=63;Dels=0.00;FS=17.409;HaplotypeScore=4.3534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.063;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:495,0,844 chrIV 917327 . T C 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=52;Dels=0.00;FS=4.062;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:327,0,601 chrIV 917577 . A G 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=31;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.120;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:31:99:224,0,271 chrIV 917683 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.116;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:472,0,473 chrIV 917833 . A G 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=14.56;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:81:790,81,0 chrIV 918196 . A C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;DP=44;Dels=0.00;FS=4.454;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.546;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:333,0,355 chrIV 918363 . A G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:347,0,552 chrIV 918400 . T A 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=44;Dels=0.00;FS=10.631;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:272,0,605 chrIV 918495 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.402;DP=85;Dels=0.00;FS=8.989;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.707;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:528,0,1061 chrIV 918501 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=91;Dels=0.00;FS=7.235;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:91:99:406,0,962 chrIV 918524 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.760;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:290,0,725 chrIV 918606 . G T 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.18;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1071,111,0 chrIV 918774 . G T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.248;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:332,0,665 chrIV 918797 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DP=58;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.108;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:436,0,620 chrIV 918893 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.947;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.012;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:573,0,694 chrIV 918920 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.863;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:58:99:576,0,419 chrIV 919002 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.970;DP=61;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:61:99:697,0,447 chrIV 919279 . A T 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=86;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:1141,0,674 chrIV 920390 . G A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.801;DP=99;Dels=0.00;FS=1.686;HaplotypeScore=7.2915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.386;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:99:99:770,0,1042 chrIV 920392 . T A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.194;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.130;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:769,0,1003 chrIV 920565 . G A 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;DP=107;Dels=0.00;FS=4.990;HaplotypeScore=4.3768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.003;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.644;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,63:107:99:1198,0,641 chrIV 920628 . C T 3736.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=23.95;SB=-2.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3736,379,0 chrIV 920989 . C T 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=84;Dels=0.00;FS=5.658;HaplotypeScore=8.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.438;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:944,0,582 chrIV 921045 . G A 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DP=86;Dels=0.00;FS=2.866;HaplotypeScore=9.5576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:86:99:929,0,737 chrIV 921130 . G A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DP=57;Dels=0.00;FS=4.097;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:393,0,706 chrIV 921264 . C A 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.100;DP=84;Dels=0.00;FS=8.260;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.390;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,55:84:99:1204,0,484 chrIV 921382 . T C 1342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.981;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.214;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,66:127:99:1372,0,1265 chrIV 921602 . G A 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=98;Dels=0.00;FS=5.809;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:98:99:1016,0,777 chrIV 921790 . A T 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.694;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:61:122,0,61 chrIV 922174 . C T 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=27.38;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:84:827,84,0 chrIV 922223 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:513,0,349 chrIV 922344 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.978;DP=81;Dels=0.00;FS=0.835;HaplotypeScore=3.4062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.339;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:81:99:529,0,905 chrIV 922382 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.675;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:102:99:649,0,1251 chrIV 922571 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=63;Dels=0.00;FS=5.544;HaplotypeScore=6.6413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.585;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:495,0,451 chrIV 922733 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.609;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:68:99:529,0,492 chrIV 922757 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.046;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:462,0,809 chrIV 922835 . T C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=78;Dels=0.00;FS=1.985;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.475;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:78:99:456,0,1162 chrIV 922979 . T G 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.452;DP=108;Dels=0.00;FS=1.881;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:108:99:1060,0,1310 chrIV 923087 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DP=52;Dels=0.00;FS=9.880;HaplotypeScore=6.8079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:313,0,347 chrIV 923102 . C T 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;DP=45;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:246,0,353 chrIV 923384 . G T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;DP=38;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=9.71;ReadPosRankSum=2.598;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:399,0,364 chrIV 923675 . A G 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.69;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1553,162,0 chrIV 923895 . A G 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DP=97;Dels=0.00;FS=2.758;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.581;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:902,0,924 chrIV 923952 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DP=73;Dels=0.00;FS=4.494;HaplotypeScore=9.5366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:681,0,698 chrIV 924049 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.878;DP=48;Dels=0.00;FS=8.122;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:353,0,472 chrIV 924083 . T A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=56;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.925;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:347,0,530 chrIV 924094 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=65;Dels=0.00;FS=6.611;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.656;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:304,0,689 chrIV 924110 . C T 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=75;Dels=0.00;FS=8.163;HaplotypeScore=8.6932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.244;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:431,0,755 chrIV 924234 . C A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=104;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:811,0,1115 chrIV 924311 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=78;Dels=0.00;FS=3.740;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.551;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:78:99:769,0,655 chrIV 924351 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=73;Dels=0.00;FS=2.231;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.053;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:603,0,706 chrIV 924439 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;DP=84;Dels=0.00;FS=7.125;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.149;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:84:99:774,0,785 chrIV 924474 . C T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=95;Dels=0.00;FS=1.841;HaplotypeScore=6.4472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.583;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:820,0,928 chrIV 924561 . C T 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;DP=83;Dels=0.00;FS=2.987;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:894,0,650 chrIV 924619 . G T 2553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.08;SB=-1.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2586,255,0 chrIV 924667 . T C 1250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.032;DP=133;Dels=0.00;FS=3.150;HaplotypeScore=10.3741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.092;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,61:133:99:1280,0,1391 chrIV 924698 . G A 1369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.745;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,65:145:99:1399,0,1465 chrIV 924889 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=76;Dels=0.00;FS=3.644;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.091;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:639,0,745 chrIV 924961 . A T 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=113;Dels=0.00;FS=10.505;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:113:99:1034,0,1356 chrIV 925130 . C T 1257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.512;DP=147;Dels=0.00;FS=6.476;HaplotypeScore=14.1197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.685;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,66:147:99:1287,0,1554 chrIV 925283 . T C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.563;DP=98;Dels=0.00;FS=8.828;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:98:99:825,0,1004 chrIV 925321 . T C 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.842;DP=127;Dels=0.00;FS=4.301;HaplotypeScore=12.4277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.027;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,52:127:99:925,0,1268 chrIV 925675 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;DP=60;Dels=0.00;FS=8.026;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:469,0,611 chrIV 925876 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=84;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=10.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:84:99:650,0,957 chrIV 925956 . G A 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DP=89;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.453;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1093,0,725 chrIV 926246 . A G 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.378;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1013,0,779 chrIV 926551 . C T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=43;Dels=0.00;FS=2.123;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.938;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:43:99:275,0,334 chrIV 926737 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.668;DP=32;Dels=0.00;FS=8.695;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.336;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:262,0,291 chrIV 926907 . G C 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:71:71,0,90 chrIV 926953 . A G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DP=26;Dels=0.00;FS=2.054;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:164,0,326 chrIV 926985 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=33;Dels=0.00;FS=4.263;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.813;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:361,0,282 chrIV 927028 . G T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;DP=38;Dels=0.00;FS=1.587;HaplotypeScore=4.9413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=13.71;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:38:99:551,0,207 chrIV 927195 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=24;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.375;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:226,0,122 chrIV 927608 . C A 227.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=11.95;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:27:260,27,0 chrIV 927625 . A T 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DP=24;Dels=0.00;FS=12.525;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:55:55,0,229 chrIV 927628 . C T 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;DP=24;Dels=0.00;FS=12.525;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.627;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:59:59,0,225 chrIV 927838 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=35;Dels=0.00;FS=6.332;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.569;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:343,0,267 chrIV 927868 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=29;Dels=0.00;FS=1.536;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.469;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:256,0,181 chrIV 928114 . A T 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.31;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:970,102,0 chrIV 928279 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:256,0,234 chrIV 928579 . C G 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;DP=26;Dels=0.00;FS=25.580;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=0.47;ReadPosRankSum=-3.150;SB=0.163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:26:42:42,0,247 chrIV 928756 . C T 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=18.58;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:646,66,0 chrIV 928925 . G A 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:125,0,134 chrIV 928988 . T C 334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=15.90;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:39:367,39,0 chrIV 929038 . C T 163.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.754;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:24:99:193,0,199 chrIV 929658 . A T 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=19.26;ReadPosRankSum=2.270;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1612,177,0 chrIV 929662 . G A 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.27;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1756,186,0 chrIV 929778 . A C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=8.22;ReadPosRankSum=2.078;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:367,0,256 chrIV 929900 . G C 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=23.42;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:806,84,0 chrIV 929923 . A G 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=34;Dels=0.00;FS=7.278;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=20.94;ReadPosRankSum=2.232;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:78:745,78,0 chrIV 930059 . T C 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=24.00;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:93:873,93,0 chrIV 930719 . G A 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=26;Dels=0.00;FS=1.828;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.232;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:232,0,203 chrIV 930822 . A T 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.815;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:60:584,60,0 chrIV 930823 . A T 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.968;QD=15.00;ReadPosRankSum=2.314;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:60:573,60,0 chrIV 931013 . G C 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=23.74;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1220,132,0 chrIV 931376 . C A 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=22.24;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1034,105,0 chrIV 932859 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=33;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.423;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:255,0,308 chrIV 933233 . T G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.681;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:495,0,430 chrIV 933755 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=70;Dels=0.00;FS=8.222;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.883;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:529,0,681 chrIV 933821 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;DP=89;Dels=0.00;FS=0.797;HaplotypeScore=12.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.891;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:89:99:778,0,662 chrIV 933861 . A G 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;DP=100;Dels=0.00;FS=3.752;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:849,0,847 chrIV 933867 . C A 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.993;DP=93;Dels=0.00;FS=3.881;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.387;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.673;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:832,0,838 chrIV 933896 . A G 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.252;DP=101;Dels=0.00;FS=5.085;HaplotypeScore=10.2896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:831,0,1023 chrIV 934007 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DP=76;Dels=0.00;FS=10.097;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:76:99:584,0,725 chrIV 934175 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=77;Dels=0.00;FS=4.671;HaplotypeScore=6.5279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:624,0,772 chrIV 934184 . G A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;DP=77;Dels=0.00;FS=8.170;HaplotypeScore=4.1948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.271;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:669,0,807 chrIV 934256 . C A 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DP=89;Dels=0.00;FS=16.146;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:823,0,696 chrIV 934358 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DP=68;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=3.2340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.533;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:692,0,462 chrIV 934364 . C T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=70;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:737,0,501 chrIV 934508 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;DP=58;Dels=0.00;FS=2.265;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.386;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:367,0,583 chrIV 934903 . T C 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=23.81;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1962,204,0 chrIV 934913 . G A 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;DP=76;Dels=0.00;FS=10.133;HaplotypeScore=2.8670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:774,0,743 chrIV 935012 . A G 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=21.26;ReadPosRankSum=0.121;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:96:947,96,0 chrIV 935079 . G C 1760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=21.73;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:81:99:1793,189,0 chrIV 935138 . G A 3623.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=26.84;SB=-1.732e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3623,367,0 chrIV 935192 . T G 1437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DP=121;Dels=0.00;FS=1.604;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=11.88;ReadPosRankSum=2.121;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,66:121:99:1467,0,1187 chrIV 935384 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=86;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=6.9300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.813;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:86:99:647,0,861 chrIV 935575 . T C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.234;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:544,0,437 chrIV 935721 . C T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DP=78;Dels=0.00;FS=7.591;HaplotypeScore=10.8661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.985;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:536,0,669 chrIV 935955 . A T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.270;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.048;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:469,0,544 chrIV 935988 . T C 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=56;Dels=0.00;FS=3.765;HaplotypeScore=5.2009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:468,0,481 chrIV 936158 . C A 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;DP=111;Dels=0.00;FS=1.570;HaplotypeScore=15.0161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,69:111:99:1264,0,733 chrIV 936221 . A G 1893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=21.76;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1926,201,0 chrIV 936290 . A T 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=20.44;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1668,177,0 chrIV 936485 . T A 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=122;Dels=0.00;FS=6.964;HaplotypeScore=64.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=16.19;ReadPosRankSum=2.369;SB=-1.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:2008,204,0 chrIV 936486 . G C 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=15.56;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:122:99:1931,201,0 chrIV 936499 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DP=132;Dels=0.00;FS=9.687;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.216;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.794;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,52:132:99:606,0,1009 chrIV 936518 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DP=125;Dels=0.00;FS=8.608;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.433;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.136;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,50:125:99:641,0,1076 chrIV 936546 . T A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.483;DP=118;Dels=0.00;FS=20.331;HaplotypeScore=3.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,50:118:99:668,0,933 chrIV 936630 . C T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:442,0,259 chrIV 936663 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=35;Dels=0.00;FS=3.111;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:332,0,241 chrIV 936728 . A G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;DP=64;Dels=0.00;FS=7.579;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:420,0,739 chrIV 937029 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=52;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.210;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:439,0,447 chrIV 937139 . T C 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=19.71;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1551,162,0 chrIV 937167 . C T 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=20.27;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1817,183,0 chrIV 937331 . G A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:829,0,590 chrIV 937517 . C T 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=81;Dels=0.00;FS=9.179;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.366;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:851,0,709 chrIV 937744 . G A 1141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;DP=141;Dels=0.00;FS=3.018;HaplotypeScore=13.6317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.900;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,68:141:99:1171,0,1482 chrIV 937793 . A C 1610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.531;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,82:160:99:1640,0,1420 chrIV 937875 . T C 3003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=26.81;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:3036,312,0 chrIV 938009 . A T 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=24.23;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1705,171,0 chrIV 938147 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;DP=79;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=7.1845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:418,0,857 chrIV 938500 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=61;Dels=0.00;FS=9.078;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.344;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:486,0,483 chrIV 938510 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;DP=67;Dels=0.00;FS=24.815;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.327;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:421,0,563 chrIV 938591 . T C 1812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=23.23;ReadPosRankSum=1.643;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1845,192,0 chrIV 939008 . T A 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:920,0,803 chrIV 939076 . C A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.480;DP=64;Dels=0.00;FS=11.212;HaplotypeScore=7.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:498,0,671 chrIV 939122 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=40;Dels=0.00;FS=21.975;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:331,0,367 chrIV 939227 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=51;Dels=0.00;FS=2.465;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:496,0,378 chrIV 939749 . A G 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=18.63;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1002,105,0 chrIV 939974 . C T 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.075;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:80:99:900,0,615 chrIV 940972 . G C 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.125;DP=94;Dels=0.00;FS=9.168;HaplotypeScore=7.3948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=12.40;ReadPosRankSum=2.396;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:94:99:1199,132,0 chrIV 940995 . T A 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=18.87;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1675,180,0 chrIV 941063 . T C 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=24.28;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1441,153,0 chrIV 941099 . C T 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=19.45;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1064,108,0 chrIV 941151 . T C 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=17.66;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1128,117,0 chrIV 942067 . T G 71.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DP=34;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:101,0,438 chrIV 942069 . G A 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=32;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:109,0,411 chrIV 942748 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DP=48;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:48:99:611,0,237 chrIV 943157 . A G 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DP=73;Dels=0.00;FS=3.315;HaplotypeScore=13.2263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:759,0,360 chrIV 949789 . T C 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=75;Dels=0.00;FS=2.669;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=22.87;ReadPosRankSum=2.154;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1748,180,0 chrIV 949927 . A G 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=25.09;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1739,186,0 chrIV 950587 . G A 2622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=105;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=24.97;ReadPosRankSum=1.261;SB=-1.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2655,262,0 chrIV 952329 . T C 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.219;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=21.81;ReadPosRankSum=2.912;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:1669,174,0 chrIV 954791 . C A 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=18.89;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:93:921,93,0 chrIV 955111 . A G 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=28;Dels=0.00;FS=6.690;HaplotypeScore=2.5747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.609;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:57:524,57,0 chrIV 955620 . A C 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.93;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1524,159,0 chrIV 955831 . C T 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=22.25;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:87:834,87,0 chrIV 955880 . T G 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=22.59;ReadPosRankSum=2.324;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:96:914,96,0 chrIV 957637 . T C 2334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=107;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=3.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=21.81;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:107:99:2367,252,0 chrIV 960128 . C T 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.00;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1433,150,0 chrIV 960833 . G A 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=21.13;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1322,114,0 chrIV 960835 . T C 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=5.301;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=21.32;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1355,141,0 chrIV 961077 . C A 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=19.39;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:925,93,0 chrIV 961189 . A G 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=43;Dels=0.00;FS=4.087;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:43:99:1002,105,0 chrIV 961222 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=20.61;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1476,150,0 chrIV 961234 . C G 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=19.97;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1391,144,0 chrIV 961561 . A T 2362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=24.10;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2395,243,0 chrIV 961848 . G A 2974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.38;SB=-1.623e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:122:99:3007,298,0 chrIV 962280 . A G 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=83;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=22.93;ReadPosRankSum=1.690;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1936,204,0 chrIV 962545 . G A 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=26.30;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1190,117,0 chrIV 962572 . C A 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=23.47;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1089,111,0 chrIV 962700 . A G 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.56;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1143,120,0 chrIV 962922 . A G 1802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=23.40;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1835,192,0 chrIV 962979 . C T 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=17.10;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1110,132,0 chrIV 962980 . T C 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=17.46;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1098,132,0 chrIV 963042 . G A 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.36;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:885,90,0 chrIV 963291 . G A 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.95;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1395,147,0 chrIV 963747 . C T 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=23.80;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1342,135,0 chrIV 963777 . T C 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=25.56;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1413,144,0 chrIV 963941 . A G 2378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=110;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=4.8876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=21.62;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-1.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2411,223,0 chrIV 964950 . A G 3484.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=26.00;ReadPosRankSum=1.706;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:134:99:3484,366,0 chrIV 965160 . C T 1392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=18.81;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1425,156,0 chrIV 965565 . T A 2780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=24.60;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2813,285,0 chrIV 965626 . C T 3139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=24.91;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3172,316,0 chrIV 967640 . C A 2749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.83;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2782,277,0 chrIV 968773 . C T 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=19.36;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:730,72,0 chrIV 969630 . T C 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=17.96;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1003,102,0 chrIV 974630 . A G 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.48;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2089,225,0 chrIV 974689 . T A 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=17.11;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1282,144,0 chrIV 974882 . A T 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=17.34;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1455,153,0 chrIV 974883 . G A 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=17.91;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1502,159,0 chrIV 975126 . G T 2266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.85;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2299,231,0 chrIV 975612 . C A 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=20.79;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1031,108,0 chrIV 976554 . C T 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=19.66;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:898,96,0 chrIV 976691 . T C 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;MQRankSum=2.143;QD=1.49;ReadPosRankSum=-2.302;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,2:16:6:55,6,0 chrIV 976894 . C G 243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=16.20;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:30:276,30,0 chrIV 977045 . C T 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=23.79;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1175,117,0 chrIV 978598 . A G 1993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.91;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2026,210,0 chrIV 979392 . C T 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=24.26;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1537,156,0 chrIV 979983 . A G 2566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=99;Dels=0.00;FS=6.143;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=25.92;ReadPosRankSum=2.929;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:2599,270,0 chrIV 980779 . G C 965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=23.54;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:998,105,0 chrIV 981157 . A T 1941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=21.10;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1974,198,0 chrIV 981218 . C T 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.32;MQ0=10;MQRankSum=-0.736;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.736;SB=1.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,2:13:6:55,6,0 chrIV 981219 . T C 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.76;MQ0=11;MQRankSum=-0.736;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.736;SB=1.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,2:14:6:51,6,0 chrIV 981221 . G A 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.26;MQ0=12;MQRankSum=-0.736;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.736;SB=1.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,2:15:6:59,6,0 chrIV 981921 . G A 171.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.74;MQ0=7;MQRankSum=0.942;QD=6.84;ReadPosRankSum=2.556;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:25:27:204,27,0 chrIV 981945 . A G 171.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;DP=39;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.67;MQ0=12;MQRankSum=4.074;QD=4.38;ReadPosRankSum=3.928;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,12:39:27:204,27,0 chrIV 987131 . G T 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;QD=6.60;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:51,6,0 chrIV 992964 . T A 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;QD=19.38;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1525,153,0 chrIV 993763 . G A 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.60;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1826,198,0 chrIV 998303 . A G 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=15.57;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:90:874,90,0 chrIV 998484 . T C 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=46;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=21.85;ReadPosRankSum=2.343;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1038,108,0 chrIV 998628 . A T 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.00;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1045,108,0 chrIV 1003824 . C T 3495.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.46;SB=-1.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3495,372,0 chrIV 1004080 . T G 1910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.74;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1943,201,0 chrIV 1005381 . T A 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=19.80;ReadPosRankSum=1.582;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:96:944,96,0 chrIV 1005656 . G A 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=19.26;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1458,162,0 chrIV 1006085 . G A 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=19.85;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:97:99:1958,213,0 chrIV 1006268 . T A 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=19.05;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1614,174,0 chrIV 1008496 . T C 174.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=14.51;SB=-6.207e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:21:207,21,0 chrIV 1008697 . G A 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.53;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:60:585,60,0 chrIV 1008843 . G A 1479 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=23.11;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1512,153,0 chrIV 1008848 . C T 1408 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=23.86;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1441,147,0 chrIV 1011936 . A T 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=17.14;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:530,54,0 chrIV 1011970 . A G 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=19.28;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:727,75,0 chrIV 1012657 . G A 3728.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.32;SB=-2.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:3728,379,0 chrIV 1013236 . A T 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=19.78;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1042,111,0 chrIV 1013385 . T G 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=18.47;ReadPosRankSum=2.406;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:116:99:2175,234,0 chrIV 1013882 . G C 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.05;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1003,108,0 chrIV 1013924 . A G 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.23;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:53:99:1158,126,0 chrIV 1015219 . G A 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.69;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:886,90,0 chrIV 1016050 . T C 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=18.77;ReadPosRankSum=1.646;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:84:784,84,0 chrIV 1016202 . T A 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=21.49;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:957,96,0 chrIV 1016821 . A T 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.682;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1233,138,0 chrIV 1016830 . T C 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=18.83;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1332,141,0 chrIV 1017553 . G C 984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.92;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1017,108,0 chrIV 1017610 . A C 1934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=25.45;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1967,210,0 chrIV 1017776 . G A 2233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.01;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2266,243,0 chrIV 1018128 . C G 2983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=22.95;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:130:99:3016,312,0 chrIV 1018330 . T C 2828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.487e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2861,303,0 chrIV 1018931 . T G 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.00;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1305,138,0 chrIV 1019235 . C A 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=59;Dels=0.00;FS=3.485;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=18.88;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1147,114,0 chrIV 1019829 . G A 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.31;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1290,129,0 chrIV 1019915 . A G 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.09;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1594,165,0 chrIV 1020315 . G C 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.45;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1509,159,0 chrIV 1021040 . G A 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=25.28;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2131,216,0 chrIV 1022417 . A G 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=20.54;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1101,117,0 chrIV 1023353 . C T 302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.52;MQ0=0;QD=7.95;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:38:36:335,36,0 chrIV 1028509 . T C 2390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=19.92;ReadPosRankSum=0.606;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:2423,255,0 chrIV 1032798 . A G 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=61;Dels=0.00;FS=8.988;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=25.79;ReadPosRankSum=2.288;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1606,168,0 chrIV 1036179 . A C 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=22.75;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1466,156,0 chrIV 1037205 . T C 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=21.55;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:895,96,0 chrIV 1037347 . A G 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=24.02;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2003,210,0 chrIV 1039385 . A G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=23.71;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1242,132,0 chrIV 1040939 . A G 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=23.79;ReadPosRankSum=1.688;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1889,198,0 chrIV 1043299 . G A 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=21.77;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1753,177,0 chrIV 1043842 . A C 1484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.19;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1517,156,0 chrIV 1044571 . G A 2592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=21.97;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2625,264,0 chrIV 1044635 . C A 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1518,153,0 chrIV 1044637 . A T 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=73;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=19.38;ReadPosRankSum=1.683;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1448,147,0 chrIV 1049568 . G C 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.34;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1542,162,0 chrIV 1049727 . G A 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=25.32;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1476,147,0 chrIV 1051775 . G A 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=18.02;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:56:99:1042,105,0 chrIV 1051797 . A G 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=22.89;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1109,114,0 chrIV 1052196 . A T 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=18.67;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1321,138,0 chrIV 1052308 . G A 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=26.72;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1957,192,0 chrIV 1052478 . G C 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=21.79;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1820,189,0 chrIV 1052743 . G A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=18.02;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1691,177,0 chrIV 1052815 . C T 1886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.57;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1919,198,0 chrIV 1052882 . T C 1263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=24.29;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1296,135,0 chrIV 1052914 . G A 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=24.75;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1295,129,0 chrIV 1053051 . C T 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.05;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1043,105,0 chrIV 1053089 . A G 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.57;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1516,159,0 chrIV 1053134 . T A 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.31;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1193,123,0 chrIV 1053228 . C T 1708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=23.72;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1741,174,0 chrIV 1053274 . G A 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=19.39;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1313,132,0 chrIV 1053283 . G A 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.30;MQ0=0;QD=19.19;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1165,114,0 chrIV 1053286 . C T 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.30;MQ0=0;QD=18.66;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1134,114,0 chrIV 1053397 . G A 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=20.48;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1487,147,0 chrIV 1053747 . A G 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=22.14;ReadPosRankSum=1.643;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:81:99:1826,189,0 chrIV 1053820 . C T 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=22.15;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1849,186,0 chrIV 1053840 . C T 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.77;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1905,189,0 chrIV 1053946 . C T 2399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.42;SB=-1.337e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2432,243,0 chrIV 1054003 . A C 1835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=24.80;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1868,192,0 chrIV 1054018 . A G 1996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=24.95;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2029,207,0 chrIV 1054225 . A G 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=75;Dels=0.00;FS=2.792;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=20.33;ReadPosRankSum=2.351;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1558,165,0 chrIV 1054527 . T G 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.42;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1258,129,0 chrIV 1054662 . A C 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.15;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1675,174,0 chrIV 1054717 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=68;Dels=0.00;FS=18.569;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-4.210;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.590;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:68:99:470,0,587 chrIV 1054827 . T G 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;DP=59;Dels=0.00;FS=5.834;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQ0=0;MQRankSum=4.384;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.344;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:59:68:68,0,480 chrIV 1054871 . G A 333.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.298;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,18:22:3:363,0,3 chrIV 1054894 . C A 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=38;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=2.11;ReadPosRankSum=-2.859;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,8:38:99:110,0,604 chrIV 1055184 . G A 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=51;Dels=0.00;FS=11.818;HaplotypeScore=4.8827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=15.24;ReadPosRankSum=-2.185;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,37:51:84:810,84,0 chrIV 1055202 . G C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=39;Dels=0.00;FS=17.624;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=12.62;ReadPosRankSum=1.385;SB=-2.525e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:522,0,189 chrIV 1055204 . G A 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;DP=38;Dels=0.00;FS=14.738;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=3.82;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:175,0,533 chrIV 1055277 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=45;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=8.0121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:45:99:433,0,315 chrIV 1055412 . A G 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.143;DP=74;Dels=0.00;FS=2.466;HaplotypeScore=6.6818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=19.43;ReadPosRankSum=3.048;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:1471,153,0 chrIV 1055562 . G A 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=26.07;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1936,192,0 chrIV 1055660 . C A 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=20.17;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:63:618,63,0 chrIV 1055678 . T C 492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=18.92;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:525,57,0 chrIV 1055826 . T G 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=21.97;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:758,81,0 chrIV 1055999 . A C 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=24.00;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2001,219,0 chrIV 1056052 . A G 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=7.439;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=24.80;ReadPosRankSum=1.675;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1546,165,0 chrIV 1056091 . G A 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=24.78;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1371,138,0 chrIV 1056097 . A G 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=22.72;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1328,141,0 chrIV 1056135 . C T 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=18.80;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:691,69,0 chrIV 1056271 . T C 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=5.019;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=16.44;ReadPosRankSum=1.668;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:90:921,90,0 chrIV 1056272 . T C 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=16.24;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:93:926,93,0 chrIV 1056299 . C A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=15.07;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1284,132,0 chrIV 1056324 . C T 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=14.39;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1371,138,0 chrIV 1056332 . T C 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=12.94;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1262,132,0 chrIV 1056448 . T C 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=19.94;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1349,141,0 chrIV 1056784 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=39;Dels=0.00;FS=1.438;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.891;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:425,0,209 chrIV 1057123 . T C 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=23.19;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1239,132,0 chrIV 1057366 . C T 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=20.67;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1480,150,0 chrIV 1057426 . C T 1739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=23.82;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1772,183,0 chrIV 1057517 . G A 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=25.78;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2379,237,0 chrIV 1057526 . T C 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;QD=23.37;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1973,207,0 chrIV 1057573 . T C 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.37;MQ0=0;QD=20.33;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1009,111,0 chrIV 1057601 . C T 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=18.72;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:707,72,0 chrIV 1057603 . C T 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=18.89;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:713,75,0 chrIV 1057627 . G A 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=20.09;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:937,99,0 chrIV 1057712 . G A 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=17.35;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1265,129,0 chrIV 1057776 . G A 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=1;QD=16.65;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:982,99,0 chrIV 1057799 . T C 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.28;MQ0=1;QD=16.50;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:990,105,0 chrIV 1057818 . T A 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.05;MQ0=1;QD=13.49;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:93:910,93,0 chrIV 1057855 . T C 601 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=13.98;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:69:634,69,0 chrIV 1057856 . G A 630 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=14.65;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:69:663,69,0 chrIV 1057925 . T A 221.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=14.73;ReadPosRankSum=1.504;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:27:254,27,0 chrIV 1057986 . A G 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=17.57;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:806,87,0 chrIV 1058083 . A G 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=21.22;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:40:93:882,93,0 chrIV 1058179 . A G 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=24.77;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1197,129,0 chrIV 1058335 . G A 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=18.54;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:96:960,96,0 chrIV 1058545 . G T 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.25;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1138,114,0 chrIV 1058617 . C T 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=23.09;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:841,84,0 chrIV 1058864 . C T 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=26.46;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1356,138,0 chrIV 1059080 . G A 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=20.81;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1427,156,0 chrIV 1059094 . C T 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=21.68;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1334,141,0 chrIV 1059143 . G A 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=20.02;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1034,105,0 chrIV 1059399 . G C 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=22.88;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1543,159,0 chrIV 1059459 . A C 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.632;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:70:99:1731,177,0 chrIV 1059662 . C T 1764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=24.16;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1797,180,0 chrIV 1059836 . A G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;DP=61;Dels=0.00;FS=3.794;HaplotypeScore=13.2667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:61:99:547,0,440 chrIV 1059944 . G A 103.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DP=101;Dels=0.00;FS=1.670;HaplotypeScore=33.5878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=1.02;ReadPosRankSum=-3.159;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:101:99:133,0,366 chrIV 1059947 . A G 112.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;DP=104;Dels=0.00;FS=2.766;HaplotypeScore=37.1417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=1.08;ReadPosRankSum=-3.652;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,34:104:99:142,0,425 chrIV 1059954 . A G 67.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.503;DP=98;Dels=0.01;FS=1.810;HaplotypeScore=11.5425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=0.68;ReadPosRankSum=-5.394;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,29:97:97:97,0,631 chrIV 1059955 . A G 76.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=98;Dels=0.00;FS=1.784;HaplotypeScore=11.5408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.175;QD=0.78;ReadPosRankSum=-5.627;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,29:98:99:106,0,630 chrIV 1059983 . A T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=70;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:501,0,452 chrIV 1060010 . T C 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1802,189,0 chrIV 1060244 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.047;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:694,0,632 chrIV 1060533 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DP=52;Dels=0.00;FS=6.438;HaplotypeScore=4.0973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.515;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:424,0,539 chrIV 1061183 . C T 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.351;DP=88;Dels=0.00;FS=1.855;HaplotypeScore=6.8823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=9.97;ReadPosRankSum=2.057;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:907,0,647 chrIV 1061386 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=111;Dels=0.00;FS=4.680;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:111:99:1029,0,1222 chrIV 1061571 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=82;Dels=0.00;FS=7.538;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.071;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.938;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:596,0,942 chrIV 1061631 . G A 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;DP=105;Dels=0.00;FS=9.396;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.460;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:105:99:672,0,1111 chrIV 1061634 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DP=110;Dels=0.00;FS=10.716;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.551;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:748,0,1186 chrIV 1065086 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.438;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:554,0,969 chrIV 1066882 . A G 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=22.50;ReadPosRankSum=1.485;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:978,102,0 chrIV 1067784 . C T 3895.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=27.24;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3895,391,0 chrIV 1069346 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.520;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:589,0,783 chrIV 1071558 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=45;Dels=0.00;FS=4.656;HaplotypeScore=13.4897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.756;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:387,0,322 chrIV 1071771 . G A 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=65;Dels=0.00;FS=4.445;HaplotypeScore=1.9454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.462;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1346,141,0 chrIV 1072384 . G C 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.89;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1825,195,0 chrIV 1072576 . G A 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=21.76;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1687,183,0 chrIV 1072962 . G A 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.96;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2163,225,0 chrIV 1073936 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.109;DP=99;Dels=0.00;FS=2.744;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.968;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:721,0,1121 chrIV 1074630 . C T 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.789;DP=72;Dels=0.00;FS=0.963;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.731;QD=13.26;ReadPosRankSum=-1.837;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:985,0,582 chrIV 1074638 . A G 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=74;Dels=0.00;FS=4.863;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:821,0,669 chrIV 1074698 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.504;DP=69;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:601,0,665 chrIV 1074737 . A G 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=103;Dels=0.00;FS=0.741;HaplotypeScore=10.7141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.876;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.441;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:103:99:731,0,942 chrIV 1074754 . C T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;DP=105;Dels=0.00;FS=3.715;HaplotypeScore=5.5613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.080;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:105:99:583,0,1152 chrIV 1074776 . T G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.910;DP=99;Dels=0.00;FS=7.285;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.601;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.608;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,38:99:99:471,0,1264 chrIV 1074842 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=82;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.242;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.455;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:847,0,639 chrIV 1074879 . A G 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=77;Dels=0.00;FS=3.020;HaplotypeScore=4.7584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:762,0,480 chrIV 1074890 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=66;Dels=0.00;FS=9.957;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.672;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:445,0,434 chrIV 1074897 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.177;DP=63;Dels=0.00;FS=7.728;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:502,0,405 chrIV 1074927 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=69;Dels=0.00;FS=10.655;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.108;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.859;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:478,0,495 chrIV 1075079 . C T 1227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.447;DP=131;Dels=0.00;FS=2.257;HaplotypeScore=11.0129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,68:131:99:1257,0,1079 chrIV 1075290 . A G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=43;Dels=0.00;FS=4.375;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.554;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:319,0,403 chrIV 1075328 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=73;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:539,0,533 chrIV 1075347 . A G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.339;DP=101;Dels=0.00;FS=8.203;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=4.91;ReadPosRankSum=2.025;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:101:99:526,0,975 chrIV 1075360 . A T 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.068;DP=140;Dels=0.00;FS=0.627;HaplotypeScore=6.4477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.008;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,73:140:99:967,0,1297 chrIV 1075561 . G A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DP=77;Dels=0.00;FS=3.158;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.264;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.321;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,47:77:99:676,0,578 chrIV 1075570 . T G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.488;DP=76;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.505;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:76:99:534,0,654 chrIV 1075577 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.747;DP=73;Dels=0.00;FS=1.933;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.385;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:462,0,648 chrIV 1075592 . T A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQ0=0;MQRankSum=-5.723;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.093;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:230,0,778 chrIV 1075596 . A G 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;DP=73;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=5.7071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-5.217;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.839;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:179,0,854 chrIV 1075670 . C G 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.389;DP=90;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.291;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:565,0,714 chrIV 1075724 . T C 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:117:99:937,0,817 chrIV 1075812 . G A 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=123;Dels=0.00;FS=11.870;HaplotypeScore=7.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:123:99:966,0,1189 chrIV 1075857 . T C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DP=94;Dels=0.00;FS=5.394;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:94:99:804,0,897 chrIV 1075948 . G T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=74;Dels=0.00;FS=14.926;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:524,0,751 chrIV 1076035 . A G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:375,0,435 chrIV 1076140 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=57;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.783;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:352,0,599 chrIV 1076725 . A T 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.841;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:957,0,506 chrIV 1076910 . G A 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=96;Dels=0.00;FS=3.732;HaplotypeScore=10.1612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.986;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:936,0,878 chrIV 1077082 . A G 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=82;Dels=0.00;FS=4.372;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:876,0,527 chrIV 1077155 . G T 1330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DP=138;Dels=0.00;FS=9.544;HaplotypeScore=17.2676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,74:138:99:1360,0,1244 chrIV 1077589 . A T 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;DP=122;Dels=0.00;FS=1.604;HaplotypeScore=9.1217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:122:99:1121,0,1064 chrIV 1078302 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=100;Dels=0.00;FS=2.609;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.990;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:100:99:881,0,903 chrIV 1078809 . G A 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.238;DP=106;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:1164,0,1066 chrIV 1079189 . G A 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=67;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:602,0,730 chrIV 1079222 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=64;Dels=0.00;FS=10.061;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:663,0,627 chrIV 1079273 . C T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;DP=54;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.896;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:520,0,427 chrIV 1079646 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DP=35;Dels=0.00;FS=3.124;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.351;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:363,0,207 chrIV 1079855 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=83;Dels=0.00;FS=4.441;HaplotypeScore=8.0367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.957;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:83:99:636,0,855 chrIV 1080184 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=40;Dels=0.00;FS=3.270;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:386,0,230 chrIV 1080523 . C T 469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.54;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:502,51,0 chrIV 1081029 . T C 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.848;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.498;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:157,0,403 chrIV 1081972 . C T 413.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.466;DP=41;Dels=0.00;FS=2.699;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:443,0,292 chrIV 1081973 . C T 418.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DP=41;Dels=0.00;FS=2.699;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:41:99:448,0,278 chrIV 1081977 . G A 309.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=40;Dels=0.00;FS=2.812;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.873;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:339,0,312 chrIV 1082031 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:99:364,0,251 chrIV 1082390 . G T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=72;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:634,0,591 chrIV 1082404 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=81;Dels=0.00;FS=2.051;HaplotypeScore=5.7601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.223;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:638,0,662 chrIV 1084457 . A G 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.107;DP=127;Dels=0.00;FS=0.690;HaplotypeScore=15.1630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:127:99:994,0,1176 chrIV 1085928 . C G 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.162;DP=83;Dels=0.00;FS=0.851;HaplotypeScore=7.0839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.863;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.280;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:83:99:831,0,697 chrIV 1086372 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=75;Dels=0.00;FS=4.735;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:75:99:592,0,801 chrIV 1087865 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;DP=74;Dels=0.00;FS=14.909;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:74:99:586,0,626 chrIV 1087952 . G A 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;DP=115;Dels=0.00;FS=1.533;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=1;MQRankSum=-2.618;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:115:99:945,0,1160 chrIV 1087970 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=107;Dels=0.00;FS=2.647;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=1;MQRankSum=-3.670;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.290;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:107:99:704,0,1214 chrIV 1088026 . C T 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;DP=100;Dels=0.00;FS=9.813;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.286;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:1026,0,1048 chrIV 1088057 . A G 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;DP=81;Dels=0.00;FS=11.171;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:824,0,795 chrIV 1088864 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.052;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:311,0,458 chrIV 1088898 . G A 325.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.060;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:355,0,626 chrIV 1088912 . G A 352.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:382,0,690 chrIV 1088958 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=75;Dels=0.00;FS=9.218;HaplotypeScore=9.4838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.062;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:397,0,405 chrIV 1088972 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.835;DP=64;Dels=0.00;FS=2.121;HaplotypeScore=5.7238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.075;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:391,0,371 chrIV 1089304 . C T 200.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=11.11;ReadPosRankSum=2.355;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:230,0,130 chrIV 1089625 . T C 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=35;Dels=0.00;FS=1.624;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.995;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:35:99:134,0,425 chrIV 1089672 . G A 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=28;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.602;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:144,0,348 chrIV 1090085 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.585;DP=61;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=10.2258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.032;QD=3.54;ReadPosRankSum=-2.200;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:246,0,474 chrIV 1090107 . C G 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;DP=66;Dels=0.00;FS=4.152;HaplotypeScore=86.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.696;QD=1.97;ReadPosRankSum=1.536;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:66:99:160,0,519 chrIV 1090133 . G A 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=60;Dels=0.02;FS=5.297;HaplotypeScore=5.7892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.508;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:132,0,313 chrIV 1090145 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=68;Dels=0.00;FS=5.094;HaplotypeScore=7.3476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.943;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:68:99:402,0,397 chrIV 1090269 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DP=41;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=1.7825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.352;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:375,0,442 chrIV 1090281 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DP=45;Dels=0.00;FS=5.084;HaplotypeScore=4.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.528;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:346,0,487 chrIV 1090306 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=44;Dels=0.00;FS=2.971;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:44:99:348,0,325 chrIV 1090321 . G T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.904;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:268,0,343 chrIV 1090559 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.766;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:57:99:355,0,575 chrIV 1090578 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:54:99:338,0,512 chrIV 1091087 . T C 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.384;DP=78;Dels=0.00;FS=14.641;HaplotypeScore=6.3524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.001;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:78:99:1055,0,531 chrIV 1091102 . A G 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=77;Dels=0.00;FS=19.125;HaplotypeScore=4.0100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.056;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:828,0,642 chrIV 1091480 . C T 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=79;Dels=0.00;FS=6.119;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.678;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:79:99:1042,0,564 chrIV 1091512 . C T 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.258;DP=88;Dels=0.00;FS=7.145;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:88:99:929,0,645 chrIV 1091514 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.222;DP=85;Dels=0.00;FS=5.660;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:690,0,908 chrIV 1091591 . A G 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=108;Dels=0.00;FS=3.557;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:887,0,1047 chrIV 1092275 . C A 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.288;DP=99;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=7.2829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:99:99:1144,0,772 chrIV 1092317 . G T 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=90;Dels=0.00;FS=5.338;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=2.811;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:885,0,747 chrIV 1092548 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=81;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:81:99:654,0,771 chrIV 1093040 . C T 1453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;DP=152;Dels=0.00;FS=3.415;HaplotypeScore=11.9844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.995;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,84:152:99:1483,0,1028 chrIV 1093101 . G T 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.400;DP=123;Dels=0.00;FS=3.297;HaplotypeScore=4.2728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.396;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:1048,0,1199 chrIV 1093107 . T C 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.022;DP=128;Dels=0.00;FS=2.248;HaplotypeScore=5.0615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:1068,0,1182 chrIV 1093319 . T C 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DP=102;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=5.5413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.165;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,40:102:99:776,0,1240 chrIV 1093491 . T C 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=120;Dels=0.00;FS=14.513;HaplotypeScore=10.3309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.309;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:120:99:1029,0,1168 chrIV 1093601 . A G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=80;Dels=0.00;FS=3.207;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:80:99:558,0,676 chrIV 1093742 . G T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=5.275;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.600;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:609,0,457 chrIV 1093818 . C T 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=90;Dels=0.00;FS=3.237;HaplotypeScore=4.1719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:90:99:788,0,517 chrIV 1093879 . T C 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=111;Dels=0.00;FS=3.569;HaplotypeScore=4.9533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:111:99:1049,0,850 chrIV 1093912 . A G 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.786;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=10.47;ReadPosRankSum=2.001;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:108:99:1161,0,926 chrIV 1094122 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:549,0,708 chrIV 1094292 . A G 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.114;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:906,0,1063 chrIV 1095022 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;DP=56;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.560;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:371,0,609 chrIV 1095230 . T G 2758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.85;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2791,294,0 chrIV 1095542 . T G 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=20.83;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1616,168,0 chrIV 1102257 . T C 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=23.67;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1051,114,0 chrIV 1102674 . G A 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=19.38;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2068,228,0 chrIV 1102795 . T G 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=24.16;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1893,195,0 chrIV 1102958 . T C 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=120;Dels=0.00;FS=2.451;HaplotypeScore=8.0773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.686;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:120:99:884,0,1296 chrIV 1103168 . A T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;DP=83;Dels=0.00;FS=6.026;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.430;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:922,0,786 chrIV 1103400 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=58;Dels=0.00;FS=15.080;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.089;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:682,0,426 chrIV 1103455 . G A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=89;Dels=0.00;FS=12.432;HaplotypeScore=3.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.498;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:770,0,964 chrIV 1103480 . C T 2085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=22.18;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2118,213,0 chrIV 1103488 . T A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.485;DP=98;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=4.3956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.128;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:863,0,885 chrIV 1103531 . A G 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=20.93;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2147,228,0 chrIV 1104014 . G A 2889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=25.12;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2922,294,0 chrIV 1104203 . T C 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DP=72;Dels=0.00;FS=8.159;HaplotypeScore=7.1432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.627;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:686,0,721 chrIV 1104401 . G A 3383.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=25.63;SB=-1.415e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:132:99:3383,348,0 chrIV 1104470 . C T 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.66;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2006,201,0 chrIV 1104782 . A G 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;DP=103;Dels=0.00;FS=4.284;HaplotypeScore=9.4231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=11.06;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,64:103:99:1169,0,729 chrIV 1104914 . A G 2519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=122;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=20.65;ReadPosRankSum=1.306;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:122:99:2552,267,0 chrIV 1104929 . C T 2514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=22.05;SB=-1.418e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:2547,258,0 chrIV 1104966 . T G 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.42;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2320,252,0 chrIV 1105164 . C T 1488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=144;Dels=0.00;FS=2.166;HaplotypeScore=6.6026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.014;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,75:144:99:1518,0,1405 chrIV 1105249 . A T 3366.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.568e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3366,351,0 chrIV 1105360 . C T 1148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.926;DP=119;Dels=0.00;FS=6.967;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,58:119:99:1178,0,1154 chrIV 1105780 . G A 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.29;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1244,123,0 chrIV 1106241 . T C 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.95;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1456,153,0 chrIV 1106617 . C G 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.58;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1546,165,0 chrIV 1107083 . C T 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=20.11;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:93:938,93,0 chrIV 1107118 . G A 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=20.12;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1200,120,0 chrIV 1107137 . T C 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=74;Dels=0.00;FS=3.507;HaplotypeScore=2.4258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=19.65;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1487,156,0 chrIV 1107272 . T C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;DP=89;Dels=0.00;FS=4.008;HaplotypeScore=6.0589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.778;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:779,0,790 chrIV 1107444 . C T 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=22.79;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1583,168,0 chrIV 1107805 . G A 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.201;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:894,0,369 chrIV 1107815 . T G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.059;DP=73;Dels=0.00;FS=1.961;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=2.013;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.751;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:485,0,884 chrIV 1108111 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=44;Dels=0.00;FS=14.720;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.304;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:452,0,299 chrIV 1108114 . T C 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=21.59;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:918,96,0 chrIV 1108484 . A G 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=21.03;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1253,132,0 chrIV 1108662 . G A 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=15.65;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:93:925,93,0 chrIV 1108673 . C G 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=14.19;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:84:799,84,0 chrIV 1108696 . C G 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=15.94;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84:830,84,0 chrIV 1109217 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:256,0,252 chrIV 1109334 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.301;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:500,0,729 chrIV 1109358 . T C 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.73;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1706,183,0 chrIV 1109568 . T C 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.85;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1388,150,0 chrIV 1109736 . A C 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.19;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1386,144,0 chrIV 1109781 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DP=53;Dels=0.00;FS=13.254;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:501,0,341 chrIV 1109890 . T G 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=18.05;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1170,123,0 chrIV 1110323 . T C 621.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:651,0,547 chrIV 1110376 . A C 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=63;Dels=0.00;FS=3.080;HaplotypeScore=29.7839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,31:63:40:603,40,0 chrIV 1110379 . A T 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.414;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,36:68:66:659,66,0 chrIV 1110572 . A G 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=90;Dels=0.00;FS=6.690;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.325;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:922,0,873 chrIV 1110624 . C T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=97;Dels=0.00;FS=2.681;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:97:99:833,0,1017 chrIV 1110668 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=75;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=2.108;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.365;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:682,0,588 chrIV 1111002 . G A 3312.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.68;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3312,369,0 chrIV 1111210 . A G 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.994;DP=124;Dels=0.00;FS=13.866;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:124:99:1074,0,871 chrIV 1111246 . G A 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.779;DP=129;Dels=0.00;FS=11.202;HaplotypeScore=9.8879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:129:99:1114,0,1155 chrIV 1111414 . T A 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=109;Dels=0.00;FS=0.752;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:109:99:1286,0,952 chrIV 1111479 . C A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;DP=90;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=13.9632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.951;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:892,0,784 chrIV 1111575 . C T 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.002;DP=156;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=24.8870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.499;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.754;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,77:156:99:1226,0,1721 chrIV 1111626 . A C 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.819;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.012;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,66:140:99:1103,0,1771 chrIV 1111638 . C T 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DP=137;Dels=0.00;FS=0.652;HaplotypeScore=5.1948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.280;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:137:99:986,0,1377 chrIV 1111780 . G A 1761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DP=211;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,93:211:99:1791,0,2285 chrIV 1112115 . A G 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.044;DP=135;Dels=0.00;FS=3.092;HaplotypeScore=4.2925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.163;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,62:135:99:1143,0,1329 chrIV 1112180 . C A 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=93;Dels=0.00;FS=7.210;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:712,0,969 chrIV 1112508 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.775;DP=70;Dels=0.00;FS=3.285;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:772,0,576 chrIV 1112991 . G A 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=82;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.191;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:952,0,820 chrIV 1113023 . T A 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=81;Dels=0.00;FS=0.921;HaplotypeScore=8.7703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.905;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:900,0,748 chrIV 1113060 . A G 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=124;Dels=0.00;FS=6.901;HaplotypeScore=15.6883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.136;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,58:124:99:1120,0,1110 chrIV 1113068 . C T 1364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;DP=123;Dels=0.00;FS=14.543;HaplotypeScore=6.6920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,66:123:99:1394,0,1102 chrIV 1113112 . C T 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.099;DP=138;Dels=0.00;FS=3.750;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,60:138:99:1170,0,1552 chrIV 1113224 . C T 3575.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=24.32;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:147:99:3575,372,0 chrIV 1113239 . A C 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.543;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.492;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,62:137:99:1107,0,1587 chrIV 1113545 . C A 1277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DP=141;Dels=0.00;FS=2.316;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.123;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.357;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,73:141:99:1307,0,1296 chrIV 1113548 . T C 3133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=21.61;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:145:99:3166,327,0 chrIV 1113753 . A G 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=19.36;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2143,225,0 chrIV 1113766 . T C 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=115;Dels=0.00;FS=8.663;HaplotypeScore=6.2178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=18.95;ReadPosRankSum=2.406;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:115:99:2212,237,0 chrIV 1113867 . C T 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.14;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:1826,186,0 chrIV 1114059 . T C 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.416;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:872,0,890 chrIV 1116982 . A T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:781,0,933 chrIV 1117736 . T A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:630,0,701 chrIV 1118027 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.314;DP=58;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.382;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:382,0,654 chrIV 1119109 . G A 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DP=56;Dels=0.00;FS=1.061;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:631,0,345 chrIV 1119147 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;DP=55;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:586,0,506 chrIV 1120112 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.511;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:703,0,689 chrIV 1120245 . G A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;DP=72;Dels=0.00;FS=3.661;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.814;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:519,0,762 chrIV 1123442 . G C 2152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=23.39;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2185,231,0 chrIV 1123519 . G C 1357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=117;Dels=0.00;FS=0.690;HaplotypeScore=5.8345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.767;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,66:117:99:1387,0,929 chrIV 1123610 . T G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.262;DP=77;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.006;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:695,0,561 chrIV 1124047 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.621;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:580,0,660 chrIV 1124465 . G A 3064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=25.75;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:3097,313,0 chrIV 1125071 . A G 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:132:99:1016,0,1427 chrIV 1125098 . A T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.357;DP=122;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=6.5858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.082;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.024;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,54:122:99:570,0,1431 chrIV 1125103 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;DP=123;Dels=0.00;FS=3.414;HaplotypeScore=8.2440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.527;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:123:99:644,0,1302 chrIV 1125139 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DP=121;Dels=0.00;FS=1.481;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.105;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.750;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:121:99:543,0,1398 chrIV 1125356 . C A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=2.952;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:845,0,682 chrIV 1126889 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=68;Dels=0.00;FS=5.024;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.107;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:495,0,691 chrIV 1126921 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;DP=70;Dels=0.00;FS=8.305;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.449;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:753,0,541 chrIV 1127082 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.416;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:388,0,238 chrIV 1127449 . C T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:838,0,630 chrIV 1127544 . C G 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.85;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1085,114,0 chrIV 1127826 . C A 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.682;DP=79;Dels=0.00;FS=6.570;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:79:99:751,0,556 chrIV 1127922 . C T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DP=59;Dels=0.00;FS=0.985;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:729,0,477 chrIV 1127928 . T C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=59;Dels=0.00;FS=0.989;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.267;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:516,0,685 chrIV 1128060 . G A 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:327,0,413 chrIV 1128108 . G A 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=18.05;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:755,81,0 chrIV 1128135 . G A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:264,0,549 chrIV 1128562 . G T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:331,0,628 chrIV 1128837 . A G 717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=23.13;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:750,78,0 chrIV 1129980 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.759;DP=60;Dels=0.00;FS=2.228;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=2.318;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.773;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:570,0,479 chrIV 1130061 . T C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DP=54;Dels=0.00;FS=2.705;HaplotypeScore=5.3775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.136;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:54:99:588,0,444 chrIV 1130324 . G A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=69;Dels=0.00;FS=4.886;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.081;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:820,0,444 chrIV 1130680 . G A 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.92;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:807,81,0 chrIV 1131916 . G A 1538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.304;DP=137;Dels=0.00;FS=3.068;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,67:137:99:1568,0,1334 chrIV 1132333 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DP=106;Dels=0.00;FS=3.686;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:899,0,1284 chrIV 1132357 . A G 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=98;Dels=0.00;FS=2.705;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.203;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:849,0,880 chrIV 1132452 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;DP=64;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.837;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:593,0,602 chrIV 1132734 . A G 1148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;DP=106;Dels=0.00;FS=7.618;HaplotypeScore=5.7315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:106:99:1178,0,961 chrIV 1132828 . C A 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DP=107;Dels=0.00;FS=1.558;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:1098,0,1022 chrIV 1132875 . A G 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=116;Dels=0.00;FS=1.525;HaplotypeScore=10.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:116:99:1054,0,1067 chrIV 1132989 . C T 1185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=119;Dels=0.00;FS=5.838;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:1215,0,926 chrIV 1133095 . T C 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=136;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.528;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,61:136:99:1088,0,1345 chrIV 1133213 . C T 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=121;Dels=0.00;FS=1.456;HaplotypeScore=12.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,60:121:99:1008,0,1043 chrIV 1133503 . A T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=86;Dels=0.00;FS=6.003;HaplotypeScore=9.6955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=6.64;ReadPosRankSum=-2.337;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:601,0,828 chrIV 1133593 . A T 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DP=111;Dels=0.00;FS=0.716;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:813,0,927 chrIV 1133634 . C T 1214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.875;DP=116;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,66:116:99:1244,0,936 chrIV 1133710 . A T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.717;DP=103;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.477;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:648,0,1147 chrIV 1133759 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;DP=65;Dels=0.00;FS=5.034;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:421,0,641 chrIV 1133767 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;DP=63;Dels=0.00;FS=2.122;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.408;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:409,0,645 chrIV 1133923 . G C 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=122;Dels=0.00;FS=3.454;HaplotypeScore=7.1789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.230;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,51:122:99:757,0,1331 chrIV 1135584 . C T 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.74;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1166,117,0 chrIV 1136363 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DP=73;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.066;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:554,0,721 chrIV 1136387 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=66;Dels=0.00;FS=3.282;HaplotypeScore=5.5603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.294;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:631,0,734 chrIV 1136466 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=59;Dels=0.00;FS=9.206;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.544;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.066;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:342,0,587 chrIV 1136470 . T A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;DP=59;Dels=0.00;FS=12.041;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.342;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.521;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:374,0,554 chrIV 1136725 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DP=70;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:659,0,605 chrIV 1137089 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;DP=43;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.012;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:436,0,343 chrIV 1137173 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;DP=87;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:685,0,977 chrIV 1137447 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DP=38;Dels=0.00;FS=2.909;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=5.97;ReadPosRankSum=-2.321;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:257,0,390 chrIV 1137538 . G A 2444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=21.25;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2477,249,0 chrIV 1137761 . G A 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=35;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=3.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=19.51;ReadPosRankSum=1.535;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:72:716,72,0 chrIV 1138271 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=34;Dels=0.00;FS=11.789;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:450,0,290 chrIV 1138398 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=57;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.812;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:57:99:587,0,430 chrIV 1138406 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:487,0,358 chrIV 1138886 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.389;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:446,0,569 chrIV 1138945 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=74;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.990;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:587,0,637 chrIV 1138987 . A C 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=21.44;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1555,162,0 chrIV 1139004 . C G 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=20.95;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1625,171,0 chrIV 1139381 . T A 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=155;Dels=0.00;FS=1.295;HaplotypeScore=12.4264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,68:155:99:977,0,1782 chrIV 1139520 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;DP=52;Dels=0.00;FS=3.937;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:412,0,582 chrIV 1139550 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.436;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.018;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:592,0,670 chrIV 1139792 . T C 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DP=73;Dels=0.00;FS=3.168;HaplotypeScore=10.2904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.124;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:628,0,727 chrIV 1139987 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=53;Dels=0.00;FS=4.222;HaplotypeScore=5.3799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.790;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:466,0,427 chrIV 1140038 . T C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.777;DP=56;Dels=0.00;FS=5.355;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.074;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:438,0,565 chrIV 1140095 . A G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;DP=74;Dels=0.00;FS=4.808;HaplotypeScore=13.7038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=2.175;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:643,0,848 chrIV 1140165 . T C 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=26.31;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:2085,216,0 chrIV 1140266 . T C 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DP=78;Dels=0.00;FS=5.585;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=10.64;ReadPosRankSum=1.042;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:78:99:860,0,735 chrIV 1141061 . T C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;DP=81;Dels=0.00;FS=3.487;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.169;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:654,0,749 chrIV 1141130 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DP=67;Dels=0.00;FS=7.282;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=6.02;ReadPosRankSum=-2.683;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:67:99:433,0,882 chrIV 1141245 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=50;Dels=0.00;FS=3.989;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.126;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:568,0,505 chrIV 1141283 . G C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.026;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:67:99:446,0,707 chrIV 1141284 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:416,0,694 chrIV 1141710 . A G 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.481;DP=135;Dels=0.00;FS=2.504;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,61:135:99:1172,0,1501 chrIV 1141725 . T C 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;DP=139;Dels=0.00;FS=2.278;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.543;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.197;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,61:139:99:1065,0,1746 chrIV 1142034 . T C 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;DP=130;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=17.0038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.468;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:130:99:909,0,1169 chrIV 1142250 . A G 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.691;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:118:99:917,0,1455 chrIV 1142868 . T C 1330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=112;Dels=0.00;FS=2.751;HaplotypeScore=13.5289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.431;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1360,0,1175 chrIV 1143051 . C T 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=70;Dels=0.00;FS=2.254;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=11.73;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:851,0,591 chrIV 1143075 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DP=96;Dels=0.00;FS=4.476;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.395;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,31:96:99:519,0,1327 chrIV 1143493 . C T 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=89;Dels=0.00;FS=6.905;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.794;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.370;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:89:99:1116,0,687 chrIV 1143838 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.006;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:658,0,641 chrIV 1143894 . A C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;DP=66;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=6.5134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:591,0,591 chrIV 1144305 . C T 1205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.306;DP=113;Dels=0.00;FS=4.579;HaplotypeScore=8.2775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:1235,0,913 chrIV 1144484 . C T 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1910,192,0 chrIV 1145144 . A G 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.549;DP=83;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=15.9524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:441,0,951 chrIV 1145465 . G A 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=92;Dels=0.00;FS=6.985;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:92:99:972,0,738 chrIV 1145628 . C T 1224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DP=120;Dels=0.00;FS=5.661;HaplotypeScore=10.1727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:120:99:1254,0,912 chrIV 1146161 . G T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.757;DP=74;Dels=0.00;FS=3.507;HaplotypeScore=3.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.414;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:692,0,553 chrIV 1146376 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=76;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=6.9183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:627,0,737 chrIV 1146414 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=44;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.348;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:381,0,418 chrIV 1146468 . T C 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=22;Dels=0.00;FS=2.199;HaplotypeScore=13.6058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:22:95:95,0,242 chrIV 1146477 . A G 67.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=29;Dels=0.00;FS=9.015;HaplotypeScore=19.9803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:97:97,0,223 chrIV 1146894 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=46;Dels=0.00;FS=8.606;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.551;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:446,0,399 chrIV 1147285 . A T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DP=103;Dels=0.00;FS=3.707;HaplotypeScore=6.5236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.115;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:738,0,887 chrIV 1147320 . G A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.312;DP=80;Dels=0.00;FS=4.633;HaplotypeScore=5.7155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.763;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.659;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:80:99:743,0,727 chrIV 1147469 . C T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=51;Dels=0.00;FS=1.228;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:531,0,291 chrIV 1147489 . T A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DP=51;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:483,0,368 chrIV 1147847 . C A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:384,0,519 chrIV 1147951 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DP=60;Dels=0.00;FS=12.319;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.904;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:405,0,396 chrIV 1148075 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DP=51;Dels=0.00;FS=2.416;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:313,0,551 chrIV 1148777 . T A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=64;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:597,0,619 chrIV 1149047 . A C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=63;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.498;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:63:99:537,0,642 chrIV 1149318 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.051;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.449;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:703,0,1030 chrIV 1149565 . G A 4459.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:192:99:4459,477,0 chrIV 1149762 . C T 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.882;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:114:99:841,0,1020 chrIV 1149773 . C G 2148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=19.01;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2181,234,0 chrIV 1150691 . A G 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=3.499;HaplotypeScore=3.2917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=23.38;ReadPosRankSum=1.622;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2231,234,0 chrIV 1150695 . G A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.516;DP=89;Dels=0.00;FS=1.718;HaplotypeScore=2.5577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.415;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:764,0,963 chrIV 1150962 . G T 3579.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=27.74;SB=-1.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3579,358,0 chrIV 1150994 . G A 2818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=23.68;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2851,297,0 chrIV 1151028 . A G 3870.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=24.19;SB=-1.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3870,411,0 chrIV 1151234 . G A 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=74;Dels=0.00;FS=6.436;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.71;MQ0=0;MQRankSum=-5.780;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:74:99:245,0,821 chrIV 1151236 . A G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=71;Dels=0.00;FS=5.134;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.446;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.196;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,22:71:99:195,0,774 chrIV 1151301 . T C 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;DP=55;Dels=0.00;FS=9.675;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-5.531;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,16:55:74:74,0,826 chrIV 1151324 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;DP=67;Dels=0.00;FS=8.928;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=-6.748;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:242,0,856 chrIV 1151451 . T A 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;DP=91;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=5.0966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=2.270;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.207;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:91:99:883,0,659 chrIV 1152100 . T G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.885;DP=61;Dels=0.00;FS=5.273;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.724;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:402,0,673 chrIV 1152431 . T A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=64;Dels=0.00;FS=9.828;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:719,0,540 chrIV 1152671 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.093;DP=45;Dels=0.00;FS=6.176;HaplotypeScore=3.0943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:265,0,579 chrIV 1153559 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=63;Dels=0.00;FS=6.775;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.749;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:650,0,625 chrIV 1154048 . T C 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=70;Dels=0.00;FS=10.700;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.498;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,46:70:99:743,0,315 chrIV 1154148 . T C 1389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=84;Dels=0.00;FS=6.602;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=16.54;ReadPosRankSum=0.512;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,61:84:99:1419,0,265 chrIV 1157271 . A G 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=3.724;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=22.58;ReadPosRankSum=1.628;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:81:778,81,0 chrIV 1159971 . G A 88.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.00;MQ0=20;QD=3.28;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:27:12:121,12,0 chrIV 1159979 . G C 107.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.48;MQ0=22;QD=3.70;SB=-1.373e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:15:140,15,0 chrIV 1161132 . G A 422.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.30;MQ0=21;MQRankSum=-0.318;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:51:70:452,0,70 chrIV 1161206 . T G 288.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.05;MQ0=19;MQRankSum=-1.051;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:318,0,337 chrIV 1161213 . T A 179.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.80;MQ0=18;MQRankSum=-1.713;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:209,0,313 chrIV 1161214 . C T 182.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.594;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.61;MQ0=18;MQRankSum=-2.082;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:212,0,298 chrIV 1161225 . G A 78.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.92;MQ0=14;MQRankSum=-0.743;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:108,0,310 chrIV 1161228 . T A 54.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.88;MQ0=14;MQRankSum=-2.204;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:84:84,0,335 chrIV 1161230 . A T 62.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.11;MQ0=13;MQRankSum=-3.428;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:92:92,0,336 chrIV 1161242 . A G 40.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.29;MQ0=10;MQRankSum=-1.631;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.723;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:70:70,0,288 chrIV 1161243 . A C 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.00;MQ0=10;MQRankSum=-1.826;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.462;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:75:75,0,264 chrIV 1161246 . C T 46.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.41;MQ0=9;MQRankSum=-1.012;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.094;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:40:76:76,0,248 chrIV 1161249 . G A 49.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.926;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.81;MQ0=7;MQRankSum=-1.694;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.066;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:79:79,0,216 chrIV 1161251 . G T 54.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.936;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.75;MQ0=7;MQRankSum=-0.024;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:84:84,0,185 chrIV 1161252 . G A 49.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.75;MQ0=7;MQRankSum=-1.391;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:79:79,0,204 chrIV 1161258 . T C 55.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.28;MQ0=6;MQRankSum=-1.603;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:38:85:85,0,149 chrIV 1161261 . G A 62.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.52;MQ0=8;MQRankSum=-0.700;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:92:92,0,170 chrIV 1161264 . A G 47.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.38;MQ0=8;MQRankSum=-0.952;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:77:77,0,176 chrIV 1161267 . A C 56.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.86;MQ0=9;MQRankSum=-1.832;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:86:86,0,151 chrIV 1161269 . C G 56.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.31;MQ0=8;MQRankSum=-2.066;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.197;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:86:86,0,166 chrIV 1161276 . A G 55.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.18;MQ0=12;MQRankSum=-2.182;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.983;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:85:85,0,215 chrIV 1161283 . A T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.98;MQ0=10;MQRankSum=-2.318;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.916;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:62:62,0,196 chrIV 1161289 . G T 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.20;MQ0=10;MQRankSum=-1.269;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.402;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:69:69,0,143 chrIV 1161556 . G A 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=22.48;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:775,78,0 chrIV 1161568 . C T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:42:99:221,0,500 chrIV 1162471 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;DP=72;Dels=0.00;FS=3.925;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:650,0,826 chrIV 1162637 . T A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.849;DP=72;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.743;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:653,0,745 chrIV 1163407 . T A 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.198;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:56:56,0,457 chrIV 1163557 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.709;DP=39;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.245;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:277,0,430 chrIV 1163614 . G C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.872;DP=37;Dels=0.00;FS=7.143;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=6.62;ReadPosRankSum=2.305;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:275,0,459 chrIV 1163658 . T A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.814;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:407,0,475 chrIV 1163731 . C T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:289,0,373 chrIV 1163878 . A T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DP=40;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.466;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:404,0,490 chrIV 1164160 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;DP=55;Dels=0.00;FS=4.013;HaplotypeScore=5.6184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.800;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:376,0,562 chrIV 1164217 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=67;Dels=0.00;FS=5.756;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.90;MQ0=0;MQRankSum=-6.594;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.846;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:67:99:250,0,744 chrIV 1164241 . T C 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;DP=60;Dels=0.00;FS=4.127;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-6.340;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:107,0,841 chrIV 1164439 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DP=79;Dels=0.00;FS=4.939;HaplotypeScore=9.4792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.593;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.696;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:79:99:462,0,761 chrIV 1164451 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.054;QD=5.74;ReadPosRankSum=2.721;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:524,0,767 chrIV 1164852 . T A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=17;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.151;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:265,0,107 chrIV 1165262 . T A 718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=22.44;ReadPosRankSum=1.621;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:75:751,75,0 chrIV 1165439 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.735;DP=60;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.712;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:583,0,509 chrIV 1165501 . C A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=57;Dels=0.00;FS=7.956;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.049;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:501,0,728 chrIV 1166801 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.799;DP=56;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=12.5529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:357,0,507 chrIV 1166853 . C T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.838;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:551,0,363 chrIV 1167232 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;DP=62;Dels=0.00;FS=5.809;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:670,0,547 chrIV 1167511 . A T 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;DP=101;Dels=0.00;FS=5.098;HaplotypeScore=23.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=2.203;QD=8.70;ReadPosRankSum=4.317;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:101:52:909,0,52 chrIV 1168316 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DP=42;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.416;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:265,0,395 chrIV 1170434 . G A 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.235;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,68:123:99:1006,0,886 chrIV 1170752 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;DP=28;Dels=0.00;FS=10.193;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:261,0,259 chrIV 1171385 . C T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.186;DP=62;Dels=0.00;FS=7.163;HaplotypeScore=10.7105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=9.97;ReadPosRankSum=-2.243;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:648,0,448 chrIV 1171430 . G C 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=21.62;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1503,162,0 chrIV 1171863 . T A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;DP=68;Dels=0.00;FS=3.396;HaplotypeScore=9.0960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.902;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:543,0,543 chrIV 1172380 . A G 1647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.765;DP=202;Dels=0.00;FS=0.516;HaplotypeScore=9.3430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,90:202:99:1677,0,2296 chrIV 1172576 . G C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;DP=66;Dels=0.00;FS=3.874;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:617,0,685 chrIV 1172908 . T C 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=19.66;ReadPosRankSum=1.691;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1704,180,0 chrIV 1172914 . G A 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:637,0,746 chrIV 1173007 . G A 1560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.29;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1593,168,0 chrIV 1173622 . G A 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=16.25;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:48:488,48,0 chrIV 1173661 . G C 383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=17.41;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:416,45,0 chrIV 1173670 . C T 436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=17.44;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:469,48,0 chrIV 1173678 . T C 500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.609;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:57:533,57,0 chrIV 1173839 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=72;Dels=0.00;FS=4.711;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.209;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:682,0,722 chrIV 1173894 . C T 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=24.48;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2016,204,0 chrIV 1174054 . C A 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=20.20;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:942,96,0 chrIV 1174213 . T C 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=20.18;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1728,189,0 chrIV 1174270 . T C 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.318;DP=114;Dels=0.02;FS=2.546;HaplotypeScore=26.1704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.134;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:746,0,1274 chrIV 1174282 . G A 2583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=21.89;SB=-1.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2616,279,0 chrIV 1174395 . G A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.139;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:621,0,720 chrIV 1174496 . C G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DP=62;Dels=0.00;FS=11.413;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.065;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:609,0,418 chrIV 1174544 . C T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.914;DP=115;Dels=0.00;FS=15.997;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.549;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:115:99:869,0,1178 chrIV 1174551 . C T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;DP=121;Dels=0.00;FS=10.283;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.794;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:121:99:829,0,1217 chrIV 1174575 . T C 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.089;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.195;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,56:135:99:833,0,1627 chrIV 1174611 . A G 1125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.417;DP=157;Dels=0.00;FS=2.865;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.092;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,72:157:99:1155,0,1887 chrIV 1174695 . C T 1332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,83:141:99:1362,0,1043 chrIV 1174702 . C T 2878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=20.71;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:139:99:2911,303,0 chrIV 1174722 . T C 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.660;DP=107;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=7.85;ReadPosRankSum=2.138;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,64:107:99:870,0,816 chrIV 1174749 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=83;Dels=0.00;FS=3.406;HaplotypeScore=2.4637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.024;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,28:83:99:404,0,629 chrIV 1175004 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.076;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:477,0,880 chrIV 1175016 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.468;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=1.383;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.651;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:87:99:410,0,922 chrIV 1175302 . C T 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=25.68;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1548,156,0 chrIV 1175327 . G A 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.663;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:68:99:633,0,831 chrIV 1175430 . A G 1035.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.905;DP=115;Dels=0.00;FS=6.453;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.47;MQ0=7;MQRankSum=0.710;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,49:115:99:1065,0,1330 chrIV 1176138 . C T 1672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.231;DP=149;Dels=0.00;FS=8.814;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.153;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,83:149:99:1702,0,1273 chrIV 1176513 . C T 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=89;Dels=0.00;FS=2.779;HaplotypeScore=6.4060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.768;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:813,0,917 chrIV 1176852 . T C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=55;Dels=0.00;FS=4.047;HaplotypeScore=6.2977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:483,0,498 chrIV 1176969 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.442;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:58:99:494,0,664 chrIV 1177256 . T C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=64;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:516,0,590 chrIV 1177557 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DP=45;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:447,0,440 chrIV 1177824 . A C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.939;DP=55;Dels=0.00;FS=19.182;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=8.04;ReadPosRankSum=2.082;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:472,0,579 chrIV 1177862 . A T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;DP=51;Dels=0.00;FS=17.102;HaplotypeScore=4.7357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:496,0,571 chrIV 1178350 . C A 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=8.78;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:87:814,87,0 chrIV 1178975 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=61;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.602;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:61:99:680,0,387 chrIV 1179516 . T C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:479,0,415 chrIV 1180249 . C T 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;DP=91;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=12.2906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.544;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,58:91:99:1225,0,526 chrIV 1180472 . A G 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.272;DP=98;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:876,0,1032 chrIV 1180484 . A T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.193;DP=107;Dels=0.01;FS=6.245;HaplotypeScore=18.0262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=7.89;ReadPosRankSum=2.270;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:106:99:874,0,1036 chrIV 1180885 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=97;Dels=0.00;FS=2.715;HaplotypeScore=9.6617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:654,0,1201 chrIV 1181165 . T C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.093;DP=66;Dels=0.00;FS=14.017;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.284;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.021;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,44:66:99:723,0,348 chrIV 1181208 . T A 188.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;DP=56;Dels=0.00;FS=19.772;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.442;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.406;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:56:99:218,0,904 chrIV 1181379 . T C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DP=80;Dels=0.00;FS=18.916;HaplotypeScore=21.7966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=10.69;ReadPosRankSum=3.435;SB=-4.905e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,50:80:64:885,0,64 chrIV 1181427 . A T 1158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.289;DP=107;Dels=0.00;FS=9.495;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=10.82;ReadPosRankSum=-2.282;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:107:99:1188,0,901 chrIV 1181542 . G A 224.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=51;Dels=0.00;FS=44.002;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,15:51:99:254,0,767 chrIV 1181621 . A G 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.194;DP=77;Dels=0.00;FS=11.676;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.666;QD=7.57;ReadPosRankSum=-2.481;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:613,0,814 chrIV 1181697 . G T 1466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DP=127;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=12.0942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.344;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,74:127:99:1496,0,897 chrIV 1181805 . C G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;DP=76;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:683,0,782 chrIV 1181944 . G A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:781,0,690 chrIV 1182010 . T C 3344.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=157;Dels=0.00;FS=7.810;HaplotypeScore=12.4632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=21.30;ReadPosRankSum=1.709;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:157:99:3344,348,0 chrIV 1182098 . T C 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=104;Dels=0.00;FS=2.613;HaplotypeScore=11.5252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:1010,0,871 chrIV 1183454 . C T 555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=16.82;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:60:588,60,0 chrIV 1184604 . T A 2575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.41;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2608,267,0 chrIV 1184776 . C T 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=24.31;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1540,162,0 chrIV 1184872 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;DP=49;Dels=0.00;FS=1.292;HaplotypeScore=8.0633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.296;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:323,0,403 chrIV 1185094 . T C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=60;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=9.3913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.675;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:555,0,357 chrIV 1185509 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=56;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=6.8218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.807;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:664,0,337 chrIV 1185640 . G A 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.059;DP=106;Dels=0.00;FS=2.904;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=11.47;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,63:106:99:1246,0,838 chrIV 1186629 . T C 3490.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=24.07;SB=-1.722e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:3490,366,0 chrIV 1187297 . T C 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:854,0,636 chrIV 1187416 . T C 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=22.97;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1388,147,0 chrIV 1187870 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.519;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.761;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:460,0,379 chrIV 1188416 . T C 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;DP=111;Dels=0.00;FS=6.214;HaplotypeScore=12.6366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:111:99:987,0,1293 chrIV 1188878 . C T 1408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.683;DP=147;Dels=0.00;FS=6.149;HaplotypeScore=16.3956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.555;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,80:147:99:1438,0,1095 chrIV 1189030 . A T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.185;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:935,0,564 chrIV 1189130 . C T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=103;Dels=0.00;FS=12.918;HaplotypeScore=4.2553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:103:99:962,0,766 chrIV 1189463 . C T 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.66;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1479,153,0 chrIV 1189499 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DP=59;Dels=0.00;FS=11.721;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.771;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:624,0,403 chrIV 1189652 . T C 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.22;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1380,141,0 chrIV 1190196 . T C 379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:42:412,42,0 chrIV 1190854 . G A 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=24.96;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:2279,231,0 chrIV 1191194 . C T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=72;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:611,0,520 chrIV 1191476 . A T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.518;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.608;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:741,0,689 chrIV 1191567 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;DP=60;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:481,0,496 chrIV 1191935 . G A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.006;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:570,0,568 chrIV 1193260 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.500;DP=82;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:530,0,851 chrIV 1193348 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;DP=69;Dels=0.00;FS=23.137;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:513,0,747 chrIV 1193452 . T C 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=79;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=12.4526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:79:99:725,0,735 chrIV 1194510 . T G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.159;DP=89;Dels=0.00;FS=5.385;HaplotypeScore=7.2583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:735,0,810 chrIV 1195901 . A G 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.305;DP=113;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=10.7221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.836;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:113:99:882,0,1077 chrIV 1196291 . A G 1116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.624;DP=102;Dels=0.00;FS=2.544;HaplotypeScore=8.2755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.726;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:1146,0,828 chrIV 1196388 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DP=67;Dels=0.00;FS=2.315;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:556,0,789 chrIV 1196619 . A G 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;DP=133;Dels=0.01;FS=0.671;HaplotypeScore=18.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.063;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,55:132:99:962,0,1285 chrIV 1197080 . A G 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=20.97;ReadPosRankSum=1.646;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:90:872,90,0 chrIV 1198189 . A T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=94;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=20.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.483;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:845,0,794 chrIV 1198463 . C T 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=96;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=11.7534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,56:96:99:1050,0,596 chrIV 1198548 . G C 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=11.81;ReadPosRankSum=-2.284;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:904,0,416 chrIV 1198799 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;DP=88;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.644;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:790,0,1017 chrIV 1199588 . T C 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=62;Dels=0.00;FS=5.368;HaplotypeScore=5.5946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.048;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:705,0,419 chrIV 1199943 . A G 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.271;DP=104;Dels=0.00;FS=9.199;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:104:99:1052,0,1010 chrIV 1200168 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.037;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:663,0,804 chrIV 1201621 . C T 3464.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=24.39;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3464,363,0 chrIV 1202719 . C T 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=127;Dels=0.00;FS=0.684;HaplotypeScore=10.8706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.919;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,61:127:99:1127,0,1247 chrIV 1202749 . C T 1271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.729;DP=129;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=5.7075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=2.745;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,66:129:99:1301,0,1116 chrIV 1202939 . T C 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=104;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=9.2570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:757,0,915 chrIV 1203594 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;DP=55;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=4.9450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.456;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:455,0,513 chrIV 1203603 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.239;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.832;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:523,0,510 chrIV 1203676 . G A 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.401;DP=73;Dels=0.00;FS=8.325;HaplotypeScore=9.7137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:73:99:673,0,659 chrIV 1203709 . G A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.436;DP=80;Dels=0.00;FS=1.892;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.202;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:780,0,764 chrIV 1203716 . G A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=87;Dels=0.00;FS=1.848;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.074;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:700,0,813 chrIV 1206028 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=53;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:530,0,426 chrIV 1206705 . G A 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=4.56;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:54,6,0 chrIV 1214903 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.977;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:752,0,565 chrIV 1216318 . G A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;DP=74;Dels=0.00;FS=4.507;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.862;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:759,0,597 chrIV 1217031 . T C 2017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=25.21;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2050,216,0 chrIV 1217821 . A T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.517;DP=92;Dels=0.00;FS=12.978;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:617,0,1105 chrIV 1218917 . C T 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DP=107;Dels=0.00;FS=15.301;HaplotypeScore=12.7384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,65:107:99:974,0,678 chrIV 1218963 . A G 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.486;DP=84;Dels=0.00;FS=9.092;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.023;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:888,0,488 chrIV 1219431 . C A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DP=107;Dels=0.00;FS=5.677;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.721;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:888,0,900 chrIV 1219509 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;DP=77;Dels=0.00;FS=16.670;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:809,0,378 chrIV 1219871 . C T 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=107;Dels=0.00;FS=11.054;HaplotypeScore=6.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:1086,0,980 chrIV 1223971 . C A 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.019;DP=81;Dels=0.00;FS=3.556;HaplotypeScore=5.7415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:717,0,776 chrIV 1225730 . G A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.446;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.775;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:430,0,357 chrIV 1225837 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;DP=29;Dels=0.00;FS=1.708;HaplotypeScore=2.7044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=12.28;ReadPosRankSum=1.098;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,21:29:99:386,0,120 chrIV 1226784 . C T 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DP=83;Dels=0.00;FS=4.170;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.333;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:835,0,683 chrIV 1229224 . C T 71.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=10;Dels=0.00;FS=8.751;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-1.639e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:10:12:104,12,0 chrIV 1229881 . C G 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=99;Dels=0.00;FS=9.927;HaplotypeScore=4.7513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:800,0,1047 chrIV 1232362 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;DP=57;Dels=0.00;FS=3.642;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:506,0,468 chrIV 1235582 . G A 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=18.15;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1503,153,0 chrIV 1235594 . A G 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=17.51;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1381,147,0 chrIV 1236269 . C T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=95;Dels=0.00;FS=2.337;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:640,0,1183 chrIV 1237546 . T A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;DP=72;Dels=0.00;FS=6.047;HaplotypeScore=6.2120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.088;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.794;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:72:99:392,0,862 chrIV 1238608 . C T 2715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=21.90;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2748,297,0 chrIV 1238647 . G A 2215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=17.58;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:126:99:2248,234,0 chrIV 1238648 . G A 2308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=18.92;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2341,237,0 chrIV 1239039 . T C 502 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=10.91;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:60:535,60,0 chrIV 1239087 . T C 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=26.65;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1552,168,0 chrIV 1239354 . C A 2592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.78;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2625,267,0 chrIV 1239990 . T A 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=25.38;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1911,210,0 chrIV 1240134 . A G 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.94;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:72:99:1685,177,0 chrIV 1240175 . G A 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=24.36;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1665,168,0 chrIV 1240227 . T C 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DP=76;Dels=0.00;FS=5.855;HaplotypeScore=5.7214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=21.61;ReadPosRankSum=2.905;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:76:99:1675,177,0 chrIV 1240251 . C T 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.63;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1958,204,0 chrIV 1240320 . C T 2337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=22.47;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2370,218,0 chrIV 1240455 . T C 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1424,144,0 chrIV 1240551 . T C 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.557;QD=24.39;ReadPosRankSum=1.688;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:1984,207,0 chrIV 1240855 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.626;DP=79;Dels=0.00;FS=4.430;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:462,0,715 chrIV 1240919 . C T 686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=13.45;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:51:72:719,72,0 chrIV 1241008 . C G 872 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=10.38;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:90:905,90,0 chrIV 1241013 . C T 390.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.118;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:85:99:420,0,273 chrIV 1241016 . C T 949 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.19;MQ0=0;QD=11.57;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:96:982,96,0 chrIV 1241303 . T C 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=22.61;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:960,102,0 chrIV 1242241 . T A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.194;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:582,0,271 chrIV 1243174 . G T 2196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;QD=25.84;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2229,225,0 chrIV 1243541 . C T 111.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.44;MQ0=14;MQRankSum=1.055;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.568;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:141,0,301 chrIV 1246491 . A G 1208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:131:99:1238,0,1330 chrIV 1247494 . A C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=57;Dels=0.00;FS=1.132;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.125;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.366;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:425,0,746 chrIV 1248206 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=37;Dels=0.00;FS=5.540;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.168;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:402,0,284 chrIV 1248433 . G A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DP=60;Dels=0.00;FS=1.158;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:495,0,659 chrIV 1248513 . C T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=59;Dels=0.00;FS=2.328;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.005;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:398,0,635 chrIV 1249116 . T C 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;DP=63;Dels=0.00;FS=3.501;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.641;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:736,0,416 chrIV 1250650 . T C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DP=91;Dels=0.00;FS=6.807;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.460;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:811,0,1004 chrIV 1252116 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=77;Dels=0.00;FS=10.592;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.036;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:603,0,771 chrIV 1252450 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=53;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:519,0,439 chrIV 1253205 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:369,0,585 chrIV 1253397 . T C 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=23.33;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1106,117,0 chrIV 1254620 . C T 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=119;Dels=0.00;FS=2.203;HaplotypeScore=12.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:119:99:888,0,1012 chrIV 1257095 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=47;Dels=0.00;FS=2.593;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=7.21;ReadPosRankSum=2.095;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:369,0,429 chrIV 1257906 . A T 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=3.96;ReadPosRankSum=2.113;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:47:99:216,0,631 chrIV 1258982 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=35;Dels=0.00;FS=1.421;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:304,0,383 chrIV 1259876 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.465;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:675,0,999 chrIV 1259970 . G C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.828;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:60:99:445,0,550 chrIV 1259982 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:680,0,527 chrIV 1260275 . A G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:417,0,423 chrIV 1261051 . C T 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=70;Dels=0.00;FS=5.204;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:701,0,574 chrIV 1261102 . A G 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.18;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1706,177,0 chrIV 1261386 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;DP=104;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=3.4398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,41:104:99:738,0,1417 chrIV 1262394 . T C 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;DP=43;Dels=0.00;FS=4.566;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:239,0,559 chrIV 1263265 . T G 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=25.06;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1662,168,0 chrIV 1263702 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;DP=70;Dels=0.00;FS=2.146;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.774;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:654,0,654 chrIV 1265753 . C T 1159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.833;DP=106;Dels=0.00;FS=6.178;HaplotypeScore=7.9273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.231;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:1189,0,1013 chrIV 1267001 . G A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.756;DP=46;Dels=0.00;FS=6.907;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.075;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:578,0,358 chrIV 1267239 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=48;Dels=0.00;FS=5.740;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:48:99:513,0,254 chrIV 1267740 . A G 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.29;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1523,159,0 chrIV 1267782 . T A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=85;Dels=0.00;FS=1.226;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:636,0,654 chrIV 1267950 . T C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;DP=39;Dels=0.00;FS=2.931;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:262,0,438 chrIV 1267989 . A T 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.740;DP=38;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:249,0,417 chrIV 1268154 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.192;DP=34;Dels=0.00;FS=9.028;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=10.65;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:392,0,333 chrIV 1268315 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.724;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:317,0,471 chrIV 1268647 . C A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:263,0,261 chrIV 1269374 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=49;Dels=0.00;FS=4.055;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=2.704;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:446,0,405 chrIV 1270902 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:518,0,613 chrIV 1271005 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=6.84;ReadPosRankSum=-2.195;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:83:99:598,0,882 chrIV 1271055 . A C 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.954;DP=108;Dels=0.00;FS=7.792;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.806;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:108:99:997,0,933 chrIV 1271701 . T A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;DP=85;Dels=0.00;FS=2.905;HaplotypeScore=4.2879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.525;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:795,0,726 chrIV 1271755 . G C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:74:99:594,0,702 chrIV 1271758 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;DP=72;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=4.8128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.359;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:603,0,723 chrIV 1271812 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:387,0,610 chrIV 1271941 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.516;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:556,0,335 chrIV 1271979 . A G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;DP=45;Dels=0.00;FS=2.791;HaplotypeScore=4.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:569,0,398 chrIV 1271999 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DP=45;Dels=0.00;FS=9.798;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:411,0,414 chrIV 1272164 . G A 2138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=24.02;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2171,216,0 chrIV 1272748 . T C 2388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.700;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2421,255,0 chrIV 1273219 . A T 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=24.44;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1646,165,0 chrIV 1273337 . A G 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=19.96;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1570,162,0 chrIV 1273367 . C T 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=21.23;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1583,159,0 chrIV 1273683 . C A 1989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.86;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:2022,207,0 chrIV 1273940 . A G 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.47;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1696,177,0 chrIV 1274047 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=63;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=1.887;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:519,0,697 chrIV 1274092 . C T 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=22.16;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1252,129,0 chrIV 1274124 . G C 1456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=20.51;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1489,153,0 chrIV 1274423 . C T 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=19.87;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:1742,195,0 chrIV 1274427 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DP=85;Dels=0.00;FS=4.605;HaplotypeScore=2.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:624,0,899 chrIV 1274440 . G C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;DP=90;Dels=0.00;FS=6.212;HaplotypeScore=6.3145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:90:99:588,0,900 chrIV 1274484 . G A 2122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=21.01;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2155,225,0 chrIV 1274509 . T A 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;DP=89;Dels=0.00;FS=18.200;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.261;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,56:89:99:1019,0,671 chrIV 1274626 . T C 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=21.70;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:988,99,0 chrIV 1274677 . A G 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=19.23;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:706,72,0 chrIV 1274715 . G A 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;QD=19.23;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1110,111,0 chrIV 1274773 . G A 958 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.80;MQ0=0;QD=15.21;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:991,108,0 chrIV 1274775 . C T 1055 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.80;MQ0=0;QD=16.75;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1088,111,0 chrIV 1274778 . T C 1013 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;QD=16.34;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1046,111,0 chrIV 1274808 . T C 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.674;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:72:678,72,0 chrIV 1274844 . T C 708 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.81;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.687;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:78:741,78,0 chrIV 1274848 . C T 722 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=9.14;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:81:755,81,0 chrIV 1274852 . A G 743 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.46;MQ0=0;QD=9.78;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:81:776,81,0 chrIV 1274867 . A G 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.31;MQ0=0;QD=11.28;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:87:834,87,0 chrIV 1274975 . A G 997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.19;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1030,105,0 chrIV 1274988 . G A 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=19.96;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:96:951,96,0 chrIV 1275009 . A T 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.663;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:955,99,0 chrIV 1275068 . A G 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=17.64;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1391,147,0 chrIV 1275069 . A G 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=17.58;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1422,150,0 chrIV 1275195 . T C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=64;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.892;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:462,0,558 chrIV 1275540 . T C 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=21.58;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1263,138,0 chrIV 1275780 . G A 2455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=24.07;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2488,264,0 chrIV 1276281 . T C 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=67;Dels=0.00;FS=3.882;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:1103,117,0 chrIV 1276339 . C A 2106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.89;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2139,213,0 chrIV 1276486 . A G 2826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=117;Dels=0.00;FS=4.661;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=24.15;ReadPosRankSum=1.673;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2859,303,0 chrIV 1276608 . A G 2547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=24.03;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2580,270,0 chrIV 1276635 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,38:98:99:603,0,1142 chrIV 1277231 . C A 2185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=25.11;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2218,225,0 chrIV 1277282 . G T 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=23.24;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1567,162,0 chrIV 1277377 . A T 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.11;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1553,156,0 chrIV 1277378 . T C 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.833;DP=72;Dels=0.00;FS=5.815;HaplotypeScore=1.8279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.956;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:760,0,452 chrIV 1277726 . G A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.873;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:430,0,356 chrIV 1278481 . C G 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=20.87;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:90:868,90,0 chrIV 1278613 . A C 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=75;Dels=0.00;FS=21.339;HaplotypeScore=13.9874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:75:99:894,0,476 chrIV 1278689 . T C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=52;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:536,0,304 chrIV 1278804 . G A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=63;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.930;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:715,0,573 chrIV 1278866 . G A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;DP=54;Dels=0.00;FS=2.478;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:258,0,509 chrIV 1278956 . G T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:65:99:674,0,453 chrIV 1279390 . G A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:82:99:867,0,467 chrIV 1279875 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=28;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.673;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:201,0,333 chrIV 1280606 . G A 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=21.79;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:72:99:1602,159,0 chrIV 1280622 . C T 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=19.55;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:75:99:1499,156,0 chrIV 1280715 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=11.71;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:51:99:627,0,398 chrIV 1282163 . A G 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=91;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=3.4684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.067;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:852,0,862 chrIV 1282206 . G A 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.075;DP=62;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.233;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:807,0,405 chrIV 1282243 . C A 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.977;DP=55;Dels=0.00;FS=3.920;HaplotypeScore=6.6500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.486;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:756,0,423 chrIV 1282523 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=69;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=7.8161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.779;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:630,0,652 chrIV 1283016 . G A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=84;Dels=0.00;FS=12.588;HaplotypeScore=8.0561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=10.26;ReadPosRankSum=2.345;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:892,0,643 chrIV 1283387 . T C 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.07;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1634,168,0 chrIV 1283766 . G T 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=17.69;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1077,126,0 chrIV 1283771 . G A 402.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.696;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:432,0,579 chrIV 1283884 . T A 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.358;SB=2.103e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:43:43,0,52 chrIV 1284111 . T A 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=25.12;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1063,117,0 chrIV 1284875 . C A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=71;Dels=0.00;FS=5.675;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=8.08;ReadPosRankSum=-2.574;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:71:99:604,0,617 chrIV 1284983 . G A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.291;DP=72;Dels=0.00;FS=24.198;HaplotypeScore=8.6715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:72:99:688,0,559 chrIV 1285743 . G T 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=78;Dels=0.00;FS=2.144;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.509;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:764,0,825 chrIV 1285878 . T C 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=67;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.390;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:629,0,750 chrIV 1286166 . G A 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.773;DP=97;Dels=0.00;FS=3.852;HaplotypeScore=10.8911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.986;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:97:99:929,0,889 chrIV 1286550 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=59;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:611,0,456 chrIV 1288278 . G A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=64;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=4.9934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:606,0,611 chrIV 1290053 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:404,0,450 chrIV 1290073 . A C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=52;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=3.085;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:52:99:516,0,463 chrIV 1290378 . C G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DP=55;Dels=0.00;FS=10.201;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.558;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:55:99:491,0,285 chrIV 1290595 . C T 1312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.664;DP=135;Dels=0.00;FS=0.660;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.271;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,68:135:99:1342,0,1317 chrIV 1291676 . C T 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=24.02;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1042,105,0 chrIV 1292354 . C T 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.860;DP=112;Dels=0.00;FS=4.828;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.515;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,69:112:99:1367,0,867 chrIV 1292358 . C T 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.747;DP=112;Dels=0.00;FS=10.984;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.726;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,68:112:99:1190,0,792 chrIV 1292515 . G C 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=24.12;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1480,153,0 chrIV 1293581 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:67:99:503,0,528 chrIV 1295993 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.446;DP=87;Dels=0.00;FS=13.332;HaplotypeScore=8.6530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.641;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:87:99:398,0,1069 chrIV 1297616 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=69;Dels=0.00;FS=12.129;HaplotypeScore=7.3899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.551;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:382,0,618 chrIV 1298144 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.221;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=4.68;ReadPosRankSum=-2.223;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:362,0,834 chrIV 1298262 . A G 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.015;DP=122;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=8.0921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.279;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:122:99:1085,0,1353 chrIV 1298290 . A G 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;DP=112;Dels=0.00;FS=3.403;HaplotypeScore=9.5527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.451;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:1221,0,1105 chrIV 1298337 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=76;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.420;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:76:99:637,0,831 chrIV 1298424 . T A 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.745;DP=102;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=9.4327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.532;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:1099,0,925 chrIV 1299595 . A G 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=95;Dels=0.00;FS=3.827;HaplotypeScore=8.5797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.368;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:916,0,872 chrIV 1301046 . A G 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=89;Dels=0.00;FS=7.336;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.626;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:1090,0,581 chrIV 1301255 . A T 1332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;DP=133;Dels=0.00;FS=1.388;HaplotypeScore=6.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,66:133:99:1362,0,1430 chrIV 1301379 . C A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=51;Dels=0.00;FS=8.626;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:51:99:439,0,400 chrIV 1301552 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:112:99:697,0,959 chrIV 1302507 . T G 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.274;DP=115;Dels=0.00;FS=2.399;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.891;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:115:99:985,0,1340 chrIV 1302530 . T C 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.145;DP=102;Dels=0.00;FS=9.604;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:928,0,1175 chrIV 1302786 . G A 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=21.78;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1645,177,0 chrIV 1305377 . C G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=69;Dels=0.00;FS=0.986;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:69:99:695,0,659 chrIV 1305496 . A G 2280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.51;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2313,240,0 chrIV 1305601 . T C 1565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.974;DP=139;Dels=0.00;FS=0.670;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.432;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,76:139:99:1595,0,1191 chrIV 1305938 . A T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=71;Dels=0.00;FS=8.329;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.111;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:318,0,683 chrIV 1305986 . G A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;DP=59;Dels=0.00;FS=4.107;HaplotypeScore=7.8458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.667;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:59:99:681,0,270 chrIV 1306050 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=54;Dels=0.00;FS=7.859;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:549,0,373 chrIV 1306115 . T G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.873;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.334;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:531,0,553 chrIV 1306124 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=63;Dels=0.00;FS=3.741;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=7.76;ReadPosRankSum=2.085;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:519,0,481 chrIV 1306509 . G T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.645;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:54:99:375,0,508 chrIV 1306639 . C A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=46;Dels=0.00;FS=3.792;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:478,0,329 chrIV 1307877 . G A 40.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;DP=16;Dels=0.00;FS=9.859;HaplotypeScore=8.6309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.56;MQ0=1;MQRankSum=2.298;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-6.517e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:70:70,0,84 chrIV 1307879 . C T 23.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=16;Dels=0.00;FS=6.008;HaplotypeScore=8.6309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.56;MQ0=1;MQRankSum=2.192;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:53:53,0,84 chrIV 1307883 . T C 115.03 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.32;MQ0=2;MQRankSum=1.733;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.103;SB=-4.603e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:20:145,0,20 chrIV 1308312 . A G 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.38;MQ0=11;MQRankSum=-0.417;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.139;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:30:49:49,0,153 chrIV 1308619 . A T 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=24;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=4.17;ReadPosRankSum=2.371;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:130,0,253 chrIV 1308650 . C T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DP=13;Dels=0.00;FS=5.756;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=1.85;ReadPosRankSum=-2.855;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:54:54,0,169 chrIV 1309620 . C T 440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.13;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:473,48,0 chrIV 1310046 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;DP=38;Dels=0.00;FS=1.239;HaplotypeScore=5.1925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:239,0,315 chrIV 1310395 . G A 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=21.22;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1412,153,0 chrIV 1311648 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=95;Dels=0.00;FS=5.323;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:95:99:601,0,1334 chrIV 1311839 . G A 1368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.778;DP=142;Dels=0.00;FS=0.633;HaplotypeScore=7.5268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.122;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,66:142:99:1398,0,1515 chrIV 1312365 . T C 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=16.60;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1029,105,0 chrIV 1312462 . A C 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=22.11;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1205,126,0 chrIV 1316274 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=54;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=4.8128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:645,0,409 chrIV 1316641 . A G 1782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.85;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1815,186,0 chrIV 1316659 . T C 1802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=22.81;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1835,192,0 chrIV 1316939 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.194;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:561,0,469 chrIV 1317763 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=90;Dels=0.00;FS=12.574;HaplotypeScore=9.6449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.541;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:884,0,842 chrIV 1317903 . G C 3405.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=23.16;SB=-1.879e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:147:99:3405,352,0 chrIV 1318030 . A C 1982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.43;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2015,210,0 chrIV 1318086 . G T 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.44;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1627,162,0 chrIV 1318331 . C T 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=15.29;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1042,111,0 chrIV 1318378 . G A 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.81;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:865,90,0 chrIV 1318845 . T C 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=15.00;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:993,102,0 chrIV 1319753 . T A 1130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:1160,0,1260 chrIV 1320489 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.523;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:87:99:823,0,471 chrIV 1320900 . C T 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.80;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1198,123,0 chrIV 1321561 . A G 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=91;Dels=0.00;FS=2.789;HaplotypeScore=3.9417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:91:99:707,0,1054 chrIV 1321633 . A G 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.921;DP=91;Dels=0.00;FS=9.639;HaplotypeScore=10.6032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=21.35;ReadPosRankSum=2.921;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:91:99:1976,210,0 chrIV 1321800 . C G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;DP=95;Dels=0.00;FS=4.135;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.725;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,57:95:99:946,0,621 chrIV 1323775 . C T 3491.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.90;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:167:99:3491,358,0 chrIV 1324081 . T G 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=123;Dels=0.00;FS=0.694;HaplotypeScore=10.8549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.400;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,57:123:99:1099,0,1259 chrIV 1325711 . A C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=49;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=3.3381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.862;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:49:99:265,0,466 chrIV 1325849 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;DP=60;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.280;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:460,0,513 chrIV 1326523 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=83;Dels=0.00;FS=1.147;HaplotypeScore=7.4896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:593,0,971 chrIV 1326578 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=92;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=8.6091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:828,0,945 chrIV 1326818 . C T 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.084;DP=151;Dels=0.00;FS=1.334;HaplotypeScore=16.4214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.275;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.060;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,63:151:99:1068,0,1472 chrIV 1327399 . T A 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.103;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,57:95:99:1256,0,674 chrIV 1328369 . A T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.178;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:488,0,556 chrIV 1329853 . A T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=65;Dels=0.00;FS=2.609;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.688;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:597,0,667 chrIV 1329918 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=10.02;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:641,0,619 chrIV 1331345 . C T 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;DP=118;Dels=0.00;FS=8.589;HaplotypeScore=12.1670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,65:118:99:1104,0,946 chrIV 1331502 . G A 2080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2113,210,0 chrIV 1332047 . G A 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.393;DP=83;Dels=0.00;FS=4.182;HaplotypeScore=7.1694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:946,0,775 chrIV 1332858 . C T 1333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DP=155;Dels=0.00;FS=4.776;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=8.60;ReadPosRankSum=-2.685;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,84:155:99:1363,0,1320 chrIV 1332967 . A G 1477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.664;DP=136;Dels=0.00;FS=4.602;HaplotypeScore=9.8569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,74:136:99:1507,0,1328 chrIV 1333470 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=52;Dels=0.00;FS=9.248;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.254;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:461,0,382 chrIV 1333527 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;DP=50;Dels=0.00;FS=4.116;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:340,0,650 chrIV 1333822 . T C 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:141,0,344 chrIV 1334424 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=38;Dels=0.00;FS=7.066;HaplotypeScore=4.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:386,0,345 chrIV 1335357 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;DP=31;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.588;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:333,0,226 chrIV 1335398 . C A 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=20.39;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:665,69,0 chrIV 1337684 . C G 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1734,186,0 chrIV 1337715 . T C 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=85;Dels=0.00;FS=4.929;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.691;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:1551,162,0 chrIV 1338262 . G T 1491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=165;Dels=0.00;FS=4.740;HaplotypeScore=16.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,80:165:99:1521,0,1797 chrIV 1338321 . T G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.896;DP=54;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.761;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:266,0,670 chrIV 1338585 . A T 1855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1888,198,0 chrIV 1340128 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DP=49;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.598;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:377,0,561 chrIV 1340783 . T C 22.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=57;Dels=0.00;FS=16.338;HaplotypeScore=49.2919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=0.39;ReadPosRankSum=-2.841;SB=-7.889e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,3:57:32:52,0,32 chrIV 1340784 . T C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=56;Dels=0.00;FS=11.083;HaplotypeScore=49.2919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=0.45;ReadPosRankSum=2.362;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,54:56:28:55,0,28 chrIV 1341095 . C T 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.16;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:927,93,0 chrIV 1341293 . T C 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=27.66;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1416,150,0 chrIV 1341693 . C T 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=17.43;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1340,144,0 chrIV 1341826 . G C 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=21.21;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1475,156,0 chrIV 1342306 . G T 2253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=22.31;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2286,228,0 chrIV 1342433 . G A 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=22.73;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1215,120,0 chrIV 1342603 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=81;Dels=0.00;FS=9.558;HaplotypeScore=8.6413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:81:99:647,0,652 chrIV 1342986 . G A 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.101;DP=115;Dels=0.00;FS=1.503;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.957;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:115:99:1051,0,1213 chrIV 1343249 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=97;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=12.3518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.711;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:663,0,872 chrIV 1343337 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=70;Dels=0.00;FS=5.213;HaplotypeScore=4.6733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.138;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:436,0,655 chrIV 1344089 . A C 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.572;DP=107;Dels=0.00;FS=0.739;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.407;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:107:99:872,0,1245 chrIV 1344556 . C T 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;QD=15.49;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:84:823,84,0 chrIV 1344681 . C T 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=17.54;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1261,138,0 chrIV 1344727 . A G 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=17.52;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1505,156,0 chrIV 1345064 . A G 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=20.35;ReadPosRankSum=1.398;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:69:664,69,0 chrIV 1345327 . T A 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.733;DP=41;Dels=0.05;FS=1.639;HaplotypeScore=12.0091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:108,0,450 chrIV 1345632 . T A 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=21.72;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1032,102,0 chrIV 1346057 . G A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:268,0,381 chrIV 1346089 . A C 830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=23.06;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:863,90,0 chrIV 1346336 . G C 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=21.40;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:68:99:1488,153,0 chrIV 1347437 . G A 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.26;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1970,210,0 chrIV 1347542 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=55;Dels=0.00;FS=5.572;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.254;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:429,0,477 chrIV 1347642 . A T 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=84;Dels=0.00;FS=3.152;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.117;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:882,0,370 chrIV 1347991 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=94;Dels=0.00;FS=10.130;HaplotypeScore=9.2539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.996;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:727,0,576 chrIV 1348868 . G A 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=73;Dels=0.00;FS=3.451;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.394;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:895,0,425 chrIV 1349687 . T C 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=26.24;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1319,138,0 chrIV 1350135 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.677;DP=50;Dels=0.00;FS=1.591;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.340;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:312,0,471 chrIV 1350585 . T C 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.486;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:818,0,718 chrIV 1351481 . A G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:547,0,453 chrIV 1351660 . A T 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=18;Dels=0.00;FS=1.957;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=2.208;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:191,0,140 chrIV 1352461 . A C 4108.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.05;MQ0=0;QD=26.33;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:156:99:4108,444,0 chrIV 1352644 . T A 2520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.72;MQ0=0;QD=21.18;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2553,264,0 chrIV 1352748 . C G 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.74;MQ0=9;MQRankSum=0.747;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:17:6:50,6,0 chrIV 1352749 . T A 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.74;MQ0=9;MQRankSum=0.747;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:17:6:53,6,0 chrIV 1352769 . C T 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.89;MQ0=4;MQRankSum=0.751;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:13:6:59,6,0 chrIV 1352772 . A C 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.05;MQ0=5;MQRankSum=0.751;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:14:6:57,6,0 chrIV 1352775 . G T 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.05;MQ0=5;MQRankSum=0.751;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:14:6:53,6,0 chrIV 1352785 . G A 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.31;MQ0=6;MQRankSum=0.751;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:15:6:50,6,0 chrIV 1352786 . T C 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.31;MQ0=6;MQRankSum=0.751;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:15:6:50,6,0 chrIV 1352787 . A G 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.31;MQ0=6;MQRankSum=0.751;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:15:6:50,6,0 chrIV 1352792 . G A 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.31;MQ0=6;MQRankSum=0.751;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:15:6:58,6,0 chrIV 1353101 . T G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=108;Dels=0.00;FS=39.617;HaplotypeScore=4.9641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.983;QD=6.67;ReadPosRankSum=2.694;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:108:99:750,0,1086 chrIV 1353103 . A G 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.004;DP=105;Dels=0.00;FS=33.465;HaplotypeScore=4.9641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.991;QD=7.05;ReadPosRankSum=2.484;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:105:99:770,0,1094 chrIV 1353158 . T A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.675;DP=71;Dels=0.00;FS=3.661;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.249;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:519,0,771 chrIV 1353214 . A G 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.878;DP=94;Dels=0.00;FS=3.567;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:94:99:759,0,1312 chrIV 1353245 . A C 1189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;DP=129;Dels=0.00;FS=4.833;HaplotypeScore=4.7750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.095;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:129:99:1219,0,1259 chrIV 1353261 . C T 1144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=135;Dels=0.00;FS=0.634;HaplotypeScore=8.8565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.872;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,72:135:99:1174,0,882 chrIV 1353325 . C T 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.069;DP=147;Dels=0.00;FS=6.709;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=6.91;ReadPosRankSum=-2.857;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,66:147:99:1046,0,1385 chrIV 1353994 . T C 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.24;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1034,108,0 chrIV 1354278 . G C 1667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=25.26;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1700,177,0 chrIV 1354322 . T A 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1382,153,0 chrIV 1354359 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DP=63;Dels=0.00;FS=2.620;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.368;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:548,0,720 chrIV 1354597 . T C 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=82;Dels=0.00;FS=8.639;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.672;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.631;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:677,0,776 chrIV 1354674 . A G 1472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.313;DP=161;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=18.6953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,84:161:99:1502,0,1406 chrIV 1355395 . G A 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;DP=92;Dels=0.00;FS=5.312;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.008;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:942,0,790 chrIV 1355431 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;DP=61;Dels=0.00;FS=3.600;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:493,0,521 chrIV 1355617 . T A 1548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=169;Dels=0.00;FS=5.571;HaplotypeScore=34.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.322;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,90:169:99:1578,0,1401 chrIV 1355682 . C T 1228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.504;DP=108;Dels=0.00;FS=1.244;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:108:99:1258,0,981 chrIV 1357207 . A G 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=20.43;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1116,114,0 chrIV 1359336 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=2.075;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.240;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:740,0,709 chrIV 1359514 . C T 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=75;Dels=0.00;FS=13.295;HaplotypeScore=7.9721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.623;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:75:99:836,0,559 chrIV 1359892 . T A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.720;DP=66;Dels=0.00;FS=6.617;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=10.29;ReadPosRankSum=2.237;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:709,0,552 chrIV 1360070 . T C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.432;DP=66;Dels=0.00;FS=4.782;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.430;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:589,0,520 chrIV 1361031 . A G 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.364;DP=97;Dels=0.00;FS=7.498;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.417;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:97:99:1232,0,877 chrIV 1362063 . T A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=23.19;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:87:891,87,0 chrIV 1362143 . G A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=78;Dels=0.00;FS=5.924;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.780;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.103;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:826,0,504 chrIV 1362190 . T A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;DP=113;Dels=0.00;FS=6.013;HaplotypeScore=6.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:113:99:811,0,900 chrIV 1362263 . A G 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DP=91;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=7.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.502;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:737,0,1064 chrIV 1362620 . G A 3030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.44;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3063,318,0 chrIV 1362669 . C G 4070.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.37;SB=-2.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:4070,435,0 chrIV 1362905 . C T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=54;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:496,0,508 chrIV 1363282 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=55;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=4.9279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:55:99:627,0,450 chrIV 1364136 . T C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;DP=52;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.541;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:337,0,677 chrIV 1364563 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=101;Dels=0.00;FS=3.887;HaplotypeScore=14.6820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.282;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.024;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:607,0,983 chrIV 1364576 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.184;DP=107;Dels=0.00;FS=11.828;HaplotypeScore=10.2235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.158;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,42:107:99:601,0,1439 chrIV 1364702 . G A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=119;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=14.9422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,54:119:99:829,0,1076 chrIV 1364750 . A G 2378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=3.829;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=24.02;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2411,252,0 chrIV 1366309 . G A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=46;Dels=0.00;FS=7.274;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=2.249;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.764;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:504,0,337 chrIV 1366750 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=34;Dels=0.00;FS=3.581;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.594;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:346,0,312 chrIV 1367576 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.550;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.395;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:579,0,570 chrIV 1368022 . C T 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DP=77;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=5.6946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:732,0,673 chrIV 1368624 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=69;Dels=0.00;FS=2.084;HaplotypeScore=4.9255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:69:99:525,0,866 chrIV 1369007 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=51;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:535,0,389 chrIV 1370720 . C G 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=139;Dels=0.00;FS=6.697;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.378;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,56:139:99:966,0,1612 chrIV 1371004 . T C 1923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=21.37;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1956,207,0 chrIV 1371121 . C T 2190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=19.91;SB=-1.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2223,222,0 chrIV 1371136 . C T 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=19.13;SB=-1.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2061,207,0 chrIV 1371862 . A G 2043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.96;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:2076,213,0 chrIV 1372366 . C T 2500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.32;SB=-1.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2533,258,0 chrIV 1372422 . G A 3681.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.90;SB=-1.332e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:154:99:3681,370,0 chrIV 1372812 . C T 2747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=25.20;SB=-1.472e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2780,279,0 chrIV 1373275 . C T 2401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.83;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2434,246,0 chrIV 1373320 . C T 2912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.89;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:133:99:2945,315,0 chrIV 1373769 . G A 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=21.51;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1259,129,0 chrIV 1374217 . G T 4075.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=25.00;SB=-1.436e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:163:99:4075,412,0 chrIV 1374352 . T C 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=23.04;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1139,120,0 chrIV 1374505 . T G 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.31;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1752,180,0 chrIV 1374590 . A G 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=17.96;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:859,93,0 chrIV 1374919 . C T 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=27.30;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1507,153,0 chrIV 1375261 . C T 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=18.98;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1001,111,0 chrIV 1377324 . A G 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.529;DP=107;Dels=0.00;FS=2.533;HaplotypeScore=8.0381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:107:99:919,0,1266 chrIV 1377654 . G A 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.545;DP=91;Dels=0.00;FS=7.029;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1018,0,683 chrIV 1378193 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=6.68;ReadPosRankSum=-2.173;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:451,0,495 chrIV 1379791 . A C 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.17;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1701,177,0 chrIV 1379888 . C T 2392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2425,249,0 chrIV 1379910 . T C 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.142;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,55:93:99:1046,0,636 chrIV 1380132 . C T 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;DP=95;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.978;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:867,0,1080 chrIV 1380625 . A G 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=23.04;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:81:99:1899,201,0 chrIV 1380970 . A G 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.023;DP=84;Dels=0.00;FS=2.041;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:852,0,759 chrIV 1381685 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=63;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=7.9803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.854;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:509,0,640 chrIV 1384186 . G T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=48;Dels=0.00;FS=2.379;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:468,0,442 chrIV 1384513 . A C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.201;DP=81;Dels=0.00;FS=10.087;HaplotypeScore=8.1667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:81:99:644,0,882 chrIV 1385054 . A G 1475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.283;DP=142;Dels=0.00;FS=3.023;HaplotypeScore=4.9964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.039;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,74:142:99:1505,0,1352 chrIV 1385155 . G A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=57;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.505;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:570,0,382 chrIV 1385256 . C A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:710,0,358 chrIV 1385323 . C T 818.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.813;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:101:99:848,0,913 chrIV 1386851 . T C 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=18.30;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:893,96,0 chrIV 1387061 . G C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=48;Dels=0.00;FS=2.450;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:314,0,464 chrIV 1387160 . G A 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=18.31;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:674,72,0 chrIV 1387313 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=69;Dels=0.00;FS=8.450;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:509,0,745 chrIV 1387364 . C A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:70:99:376,0,772 chrIV 1387370 . A T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.483;DP=79;Dels=0.00;FS=2.355;HaplotypeScore=5.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:404,0,876 chrIV 1387436 . T C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=63;Dels=0.00;FS=1.215;HaplotypeScore=2.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=2.834;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:616,0,490 chrIV 1387755 . G A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.759;DP=96;Dels=0.00;FS=10.374;HaplotypeScore=6.2811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.343;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:1069,0,802 chrIV 1388621 . T A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;DP=50;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:503,0,480 chrIV 1388649 . G C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.769;DP=57;Dels=0.00;FS=3.724;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:548,0,496 chrIV 1389010 . T A 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=70;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=23.04;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1646,165,0 chrIV 1390268 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DP=49;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:538,0,376 chrIV 1390466 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=43;Dels=0.00;FS=7.315;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.625;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.271;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:385,0,412 chrIV 1390794 . T A 462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.00;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:51:495,51,0 chrIV 1391355 . T C 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.10;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:2020,207,0 chrIV 1391478 . G A 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.52;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:824,84,0 chrIV 1391636 . A G 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=14.65;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:87:824,87,0 chrIV 1392190 . G A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.765;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:225,0,382 chrIV 1392387 . C A 1355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.784;DP=110;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.847;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,63:110:99:1385,0,958 chrIV 1393267 . C T 1899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.798;DP=203;Dels=0.00;FS=1.109;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.526;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,100:203:99:1929,0,2021 chrIV 1393917 . C A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;DP=89;Dels=0.00;FS=24.962;HaplotypeScore=3.5140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:840,0,762 chrIV 1394087 . C T 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=14.43;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:78:769,78,0 chrIV 1395024 . C A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=66;Dels=0.00;FS=10.754;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.901;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:539,0,752 chrIV 1395925 . T C 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=83;Dels=0.00;FS=5.918;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:713,0,1044 chrIV 1396254 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;DP=79;Dels=0.00;FS=4.405;HaplotypeScore=6.0626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.290;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:79:99:732,0,549 chrIV 1396990 . C T 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=82;Dels=0.00;FS=3.105;HaplotypeScore=4.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.051;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:959,0,726 chrIV 1397334 . C T 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.249;DP=71;Dels=0.00;FS=4.707;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:643,0,700 chrIV 1397565 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=81;Dels=0.00;FS=18.715;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=8.78;ReadPosRankSum=2.333;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:741,0,738 chrIV 1397647 . C G 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;DP=84;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.490;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:881,0,705 chrIV 1398006 . G A 2664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=24.67;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2697,271,0 chrIV 1398346 . C T 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=110;Dels=0.00;FS=0.727;HaplotypeScore=8.4191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,62:110:99:1200,0,771 chrIV 1398466 . T C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:104:99:716,0,1093 chrIV 1398785 . T C 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=126;Dels=0.00;FS=0.690;HaplotypeScore=8.3837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,52:126:99:895,0,1304 chrIV 1398909 . C T 2265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=20.97;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:108:99:2298,231,0 chrIV 1399211 . T C 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=112;Dels=0.00;FS=1.672;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=2.175;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.163;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,60:112:99:1225,0,1062 chrIV 1399661 . G A 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=60;Dels=0.00;FS=4.027;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.003;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:432,0,756 chrIV 1399937 . T C 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=8.40;ReadPosRankSum=2.270;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:104:99:904,0,1131 chrIV 1400042 . G A 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.122;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:105:99:1043,0,1015 chrIV 1400433 . C T 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=76;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:712,0,721 chrIV 1400438 . G A 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=74;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:690,0,778 chrIV 1400633 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;DP=52;Dels=0.00;FS=5.881;HaplotypeScore=5.7807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:554,0,362 chrIV 1400704 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:283,0,261 chrIV 1400903 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=49;Dels=0.00;FS=2.809;HaplotypeScore=2.6722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.559;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:392,0,482 chrIV 1400933 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.510;QD=10.38;ReadPosRankSum=-2.376;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:61:99:663,0,544 chrIV 1400971 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=3.676;QD=7.08;ReadPosRankSum=-2.854;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:554,0,718 chrIV 1401279 . A G 413.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;DP=119;Dels=0.00;FS=1.582;HaplotypeScore=7.1187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-7.393;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.912;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,48:119:99:443,0,1367 chrIV 1401283 . A G 378.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DP=125;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=10.9961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-7.187;QD=3.02;ReadPosRankSum=2.801;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,46:125:99:408,0,1521 chrIV 1401284 . A G 357.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=124;Dels=0.00;FS=1.531;HaplotypeScore=10.2075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-7.293;QD=2.88;ReadPosRankSum=2.728;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,46:124:99:387,0,1580 chrIV 1401288 . C T 384.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.326;DP=129;Dels=0.00;FS=0.697;HaplotypeScore=10.2509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-7.092;QD=2.98;ReadPosRankSum=2.877;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,48:129:99:414,0,1606 chrIV 1401289 . C T 390.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.662;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-7.114;QD=3.00;ReadPosRankSum=3.378;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,47:130:99:420,0,1587 chrIV 1401432 . T G 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=23.00;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:93:99:2172,225,0 chrIV 1401497 . T C 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.678;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1325,135,0 chrIV 1401563 . T C 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=22.72;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1419,150,0 chrIV 1401828 . C A 1448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=19.05;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1481,165,0 chrIV 1401839 . A T 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.336;DP=75;Dels=0.00;FS=15.869;HaplotypeScore=6.2507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=19.91;ReadPosRankSum=3.313;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:1526,153,0 chrIV 1401877 . A G 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=19.58;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1110,117,0 chrIV 1402134 . A G 3030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=132;Dels=0.00;FS=3.472;HaplotypeScore=10.1049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=22.95;ReadPosRankSum=1.652;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:132:99:3063,303,0 chrIV 1402144 . G C 2624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=21.51;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:122:99:2657,285,0 chrIV 1402305 . C T 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=23.10;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1488,156,0 chrIV 1402695 . T C 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.62;MQ0=0;QD=21.83;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1474,153,0 chrIV 1402760 . A G 370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=18.50;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:42:403,42,0 chrIV 1402890 . C G 1985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=24.21;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2018,219,0 chrIV 1402910 . T C 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=12.095;HaplotypeScore=6.1037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=22.85;ReadPosRankSum=1.647;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1884,213,0 chrIV 1402911 . A T 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=81;Dels=0.00;FS=9.195;HaplotypeScore=6.1037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=23.26;ReadPosRankSum=2.115;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:81:99:1917,216,0 chrIV 1403082 . C T 2055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=21.41;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2088,213,0 chrIV 1403147 . T G 3344.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.577;SB=-1.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:132:99:3344,351,0 chrIV 1403669 . A C 637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=16.76;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:69:670,69,0 chrIV 1403689 . A G 519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;QD=15.26;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:60:552,60,0 chrIV 1403771 . C T 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=20.60;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:90:857,90,0 chrIV 1404228 . G A 4549.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.98;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:207:99:4549,475,0 chrIV 1404335 . C G 4009.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:173:99:4009,435,0 chrIV 1404745 . G A 2372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.76;SB=-1.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:109:99:2405,240,0 chrIV 1404826 . C T 3860.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.83;SB=-1.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:162:99:3860,394,0 chrIV 1404973 . T C 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1958,204,0 chrIV 1405144 . C T 4227.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.73;SB=-2.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:186:99:4227,433,0 chrIV 1405366 . A G 2429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.28;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2462,267,0 chrIV 1405690 . C T 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=17.69;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:86:99:1554,168,0 chrIV 1405860 . C T 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.33;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:63:605,63,0 chrIV 1405995 . G A 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.68;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1724,186,0 chrIV 1406105 . C G 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=25.07;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1738,183,0 chrIV 1406179 . T C 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=21.09;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1024,108,0 chrIV 1406350 . T C 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.81;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1869,198,0 chrIV 1406418 . A C 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=21.00;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1650,174,0 chrIV 1406432 . C T 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=18.82;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1802,195,0 chrIV 1406526 . A G 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DP=84;Dels=0.00;FS=3.063;HaplotypeScore=7.4156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=22.11;ReadPosRankSum=0.778;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1890,181,0 chrIV 1406566 . A G 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.49;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1817,192,0 chrIV 1406875 . G A 2379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=22.87;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2412,240,0 chrIV 1406893 . C A 2551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2584,261,0 chrIV 1406925 . C T 2412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=23.42;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2445,246,0 chrIV 1406984 . G A 2395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2428,246,0 chrIV 1407015 . T G 2682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.29;SB=-1.729e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:126:99:2715,285,0 chrIV 1407144 . A G 2996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=127;Dels=0.00;FS=6.483;HaplotypeScore=5.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=23.59;ReadPosRankSum=2.411;SB=-1.644e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:127:99:3029,321,0 chrIV 1407493 . C T 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.78;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2102,228,0 chrIV 1407535 . A G 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.70;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1213,129,0 chrIV 1407605 . T C 2496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=112;Dels=0.00;FS=6.690;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=22.29;ReadPosRankSum=1.701;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2529,258,0 chrIV 1407845 . C T 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.70;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1463,150,0 chrIV 1407899 . C T 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.69;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1407,144,0 chrIV 1408247 . C T 3141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.76;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:138:99:3174,327,0 chrIV 1408334 . C T 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=19.55;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:815,81,0 chrIV 1408568 . T C 1817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.65;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1850,192,0 chrIV 1408733 . G A 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=21.93;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:932,96,0 chrIV 1408760 . T C 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=20.82;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:970,99,0 chrIV 1408799 . A G 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=18.15;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:759,78,0 chrIV 1408802 . T C 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.220;DP=44;Dels=0.00;FS=6.769;HaplotypeScore=4.9683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=16.59;ReadPosRankSum=2.336;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:44:81:763,81,0 chrIV 1409023 . C T 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=23.89;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:893,90,0 chrIV 1409059 . A T 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=22.57;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1026,105,0 chrIV 1409126 . A T 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=50;Dels=0.00;FS=4.861;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=18.58;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:96:962,96,0 chrIV 1409468 . T C 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=48;Dels=0.00;FS=4.025;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=22.21;ReadPosRankSum=1.588;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1099,114,0 chrIV 1409602 . T C 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.28;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1615,171,0 chrIV 1409794 . A G 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=21.52;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1367,141,0 chrIV 1409803 . C T 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=21.68;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1377,141,0 chrIV 1409847 . C T 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=23.18;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1980,201,0 chrIV 1411239 . G A 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=19.89;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:93:928,93,0 chrIV 1412047 . A G 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.36;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:631,69,0 chrIV 1412121 . A G 710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=15.43;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:46:81:743,81,0 chrIV 1412132 . T G 915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=18.67;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:948,99,0 chrIV 1412438 . T C 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=21.24;ReadPosRankSum=1.564;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:96:904,96,0 chrIV 1412444 . C T 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=19.26;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:707,72,0 chrIV 1412922 . C T 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=23.21;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1124,114,0 chrIV 1412942 . T C 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=20.25;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:81:762,81,0 chrIV 1413131 . C T 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=16.44;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:84:822,84,0 chrIV 1413176 . T G 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=21.25;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1159,123,0 chrIV 1413182 . C G 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=19.77;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1160,123,0 chrIV 1413377 . T C 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.55;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:777,84,0 chrIV 1413485 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:403,0,539 chrIV 1413914 . T C 2683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=23.96;ReadPosRankSum=1.639;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2716,282,0 chrIV 1414004 . C T 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=136;Dels=0.00;FS=12.593;HaplotypeScore=12.1251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.169;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,60:136:99:1060,0,1178 chrIV 1414276 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=80;Dels=0.00;FS=1.950;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:737,0,603 chrIV 1414565 . G C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=67;Dels=0.00;FS=2.051;HaplotypeScore=4.8172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.899;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:648,0,676 chrIV 1414748 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.516;DP=55;Dels=0.00;FS=5.785;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:505,0,648 chrIV 1414935 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=67;Dels=0.00;FS=1.120;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:67:99:421,0,985 chrIV 1415193 . A T 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.325;DP=152;Dels=0.00;FS=10.237;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.972;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,61:152:99:1192,0,1760 chrIV 1416353 . A G 3056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:134:99:3089,321,0 chrIV 1416401 . G A 1967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=187;Dels=0.00;FS=3.456;HaplotypeScore=9.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=2.695;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,107:187:99:1997,0,1425 chrIV 1416431 . G A 4048.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=25.14;SB=-1.884e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:161:99:4048,409,0 chrIV 1416436 . A G 1255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;DP=163;Dels=0.00;FS=5.795;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,74:163:99:1285,0,1748 chrIV 1416545 . A C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=48;Dels=0.00;FS=4.167;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:341,0,621 chrIV 1416560 . G A 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=41;Dels=0.00;FS=12.066;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=4.93;ReadPosRankSum=-2.871;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:232,0,481 chrIV 1416716 . T C 1079.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=95;Dels=0.00;FS=2.003;HaplotypeScore=6.0600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.265;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,57:95:99:1109,0,649 chrIV 1416927 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=86;Dels=0.00;FS=8.235;HaplotypeScore=6.9424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,31:86:99:540,0,953 chrIV 1416976 . G A 2760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.26;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2793,297,0 chrIV 1417161 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;DP=68;Dels=0.00;FS=14.923;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:569,0,636 chrIV 1417489 . C T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;DP=68;Dels=0.00;FS=2.317;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.512;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,44:68:99:922,0,301 chrIV 1417509 . T C 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.657;DP=68;Dels=0.00;FS=7.874;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.588;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:679,0,621 chrIV 1417545 . G T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.995;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.103;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:727,0,596 chrIV 1417646 . C T 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=19.20;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:993,102,0 chrIV 1417694 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=40;Dels=0.00;FS=7.143;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.541;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:40:99:265,0,459 chrIV 1417872 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.291;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:414,0,568 chrIV 1418031 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DP=54;Dels=0.00;FS=7.686;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.886;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:497,0,519 chrIV 1418091 . G A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:625,0,381 chrIV 1418553 . G C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;DP=65;Dels=0.00;FS=1.836;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:619,0,743 chrIV 1418607 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.536;DP=39;Dels=0.00;FS=1.894;HaplotypeScore=2.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:373,0,505 chrIV 1418662 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:282,0,212 chrIV 1418907 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=70;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:473,0,779 chrIV 1418910 . A T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.542;DP=71;Dels=0.00;FS=4.603;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.641;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:474,0,771 chrIV 1418937 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;DP=86;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.053;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.416;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:491,0,893 chrIV 1419138 . C A 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.939;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:80:80,0,221 chrIV 1421672 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;DP=47;Dels=0.00;FS=6.531;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.897;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:343,0,550 chrIV 1422449 . G A 143.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;DP=19;Dels=0.00;FS=4.337;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:82:173,0,82 chrIV 1424958 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=104;Dels=0.00;FS=9.711;HaplotypeScore=5.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.719;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:689,0,984 chrIV 1425361 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;DP=64;Dels=0.00;FS=2.413;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.663;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:461,0,656 chrIV 1426405 . T A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=66;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=8.5073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=8.89;ReadPosRankSum=2.159;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:617,0,689 chrIV 1426822 . T C 1214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=116;Dels=0.00;FS=2.728;HaplotypeScore=11.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.189;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:116:99:1244,0,1089 chrIV 1427755 . C A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;DP=60;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=8.7149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.221;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:469,0,400 chrIV 1429122 . T C 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.27;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1586,165,0 chrIV 1429215 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.180;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:223,0,208 chrIV 1429245 . A G 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.444;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:81:753,81,0 chrIV 1429400 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=42;Dels=0.00;FS=3.776;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=8.26;ReadPosRankSum=-2.471;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:377,0,235 chrIV 1429971 . C G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:39:99:205,0,329 chrIV 1431080 . G C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.275;DP=45;Dels=0.00;FS=4.524;HaplotypeScore=4.3554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:45:99:340,0,476 chrIV 1432529 . C A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=49;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.410;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:407,0,492 chrIV 1433710 . A T 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=19.50;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:891,90,0 chrIV 1434409 . T G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=99;Dels=0.00;FS=5.206;HaplotypeScore=6.4047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.361;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,38:99:99:539,0,1112 chrIV 1434489 . A T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.139;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:594,0,928 chrIV 1434754 . C G 3105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=24.84;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:3138,333,0 chrIV 1435743 . G T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.256;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:493,0,529 chrIV 1435866 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;DP=65;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=3.309;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.704;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:458,0,466 chrIV 1437335 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.065;DP=56;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.666;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:403,0,612 chrIV 1437794 . G A 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.944;DP=83;Dels=0.00;FS=0.851;HaplotypeScore=6.8680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.844;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.479;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:83:99:819,0,771 chrIV 1438464 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=66;Dels=0.00;FS=13.271;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:578,0,423 chrIV 1438494 . T C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;DP=59;Dels=0.00;FS=3.551;HaplotypeScore=6.2183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.550;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:507,0,582 chrIV 1438524 . G C 1421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=21.21;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1454,150,0 chrIV 1438565 . G C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.919;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:487,0,419 chrIV 1441011 . G C 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=20.66;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1665,171,0 chrIV 1441031 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.067;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:697,0,606 chrIV 1441330 . T C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=96;Dels=0.00;FS=1.684;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.689;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:814,0,856 chrIV 1441482 . G A 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=18.35;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1740,177,0 chrIV 1441483 . T C 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=18.57;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1686,180,0 chrIV 1441919 . C T 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=20.40;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1767,186,0 chrIV 1441973 . T C 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1898,204,0 chrIV 1442315 . A G 1676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=23.28;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1709,177,0 chrIV 1442725 . T C 2167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.698;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2200,225,0 chrIV 1442972 . C T 2088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.98;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2121,216,0 chrIV 1443134 . T C 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.72;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1532,162,0 chrIV 1443307 . C T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.30;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1307,141,0 chrIV 1443488 . G A 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=26;Dels=0.00;FS=6.226;HaplotypeScore=1.4725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.882;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:127,0,234 chrIV 1443515 . A T 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=11.70;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:51:501,51,0 chrIV 1443643 . A T 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=0.93;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:9:82,9,0 chrIV 1443800 . T C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.559;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:247,0,518 chrIV 1443836 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=41;Dels=0.00;FS=9.489;HaplotypeScore=4.7771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:291,0,431 chrIV 1443906 . C A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DP=52;Dels=0.00;FS=5.699;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=7.96;ReadPosRankSum=-2.322;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:444,0,449 chrIV 1443911 . C T 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=53;Dels=0.00;FS=2.455;HaplotypeScore=3.2304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.543;QD=5.60;ReadPosRankSum=-2.565;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:327,0,500 chrIV 1444058 . C A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=47;Dels=0.00;FS=9.558;HaplotypeScore=5.0559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:339,0,419 chrIV 1444256 . C T 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:260,0,360 chrIV 1444337 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:330,0,256 chrIV 1444364 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=28;Dels=0.00;FS=1.518;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:226,0,263 chrIV 1444544 . C T 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=21.43;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1169,123,0 chrIV 1444709 . T C,G 476.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.74;MQ0=0;QD=16.41;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,20,8:29:99:536,173,130,364,0,343 chrIV 1444711 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DP=28;Dels=0.00;FS=17.597;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.839;SB=-1.238e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:28:99:331,0,107 chrIV 1444817 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=39;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:267,0,410 chrIV 1444847 . A G 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=22.94;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:836,90,0 chrIV 1444985 . A T 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=21.65;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1267,126,0 chrIV 1445015 . G A 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=18.92;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:960,105,0 chrIV 1445114 . C T 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=21.34;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:716,78,0 chrIV 1445129 . C T 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=22.49;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:865,87,0 chrIV 1445240 . G A 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DP=42;Dels=0.00;FS=1.226;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:42:99:152,0,546 chrIV 1445249 . C T 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=21.15;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:900,93,0 chrIV 1445459 . T A 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=24.11;ReadPosRankSum=0.412;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1552,153,0 chrIV 1445462 . T G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.392;DP=62;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=6.9346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:484,0,721 chrIV 1445609 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.811;DP=37;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:319,0,406 chrIV 1445641 . T C 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=19.91;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:710,78,0 chrIV 1445712 . C T 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.91;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:766,84,0 chrIV 1445739 . T C 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=6.342;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=22.09;ReadPosRankSum=1.547;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1270,138,0 chrIV 1446020 . T C 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=22.82;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:672,69,0 chrIV 1446136 . C T 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=19.08;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1235,126,0 chrIV 1446425 . G A 609 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=16.46;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:642,69,0 chrIV 1446428 . C T 615 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=15.37;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:66:648,66,0 chrIV 1446434 . G A 628 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=14.60;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:66:661,66,0 chrIV 1446482 . G A 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=36;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:185,0,234 chrIV 1446792 . C T 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=26.32;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1349,135,0 chrIV 1446878 . A G 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=24.98;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1332,141,0 chrIV 1446950 . T C 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=21.56;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1154,123,0 chrIV 1447014 . G A 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=20.97;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1606,159,0 chrIV 1447053 . G A 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=19.77;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1654,174,0 chrIV 1447054 . T C 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=19.67;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1646,174,0 chrIV 1447111 . T C 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=71;Dels=0.00;FS=3.072;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=18.65;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1357,144,0 chrIV 1447149 . C T 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=23.36;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1458,153,0 chrIV 1447231 . G A 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=22.96;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1617,162,0 chrIV 1447282 . C T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.919;DP=72;Dels=0.00;FS=4.667;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:72:99:518,0,695 chrIV 1447296 . A G 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=20.02;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1114,123,0 chrIV 1447297 . T A 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=20.43;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1136,123,0 chrIV 1447313 . C T 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=22.38;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1398,138,0 chrIV 1447378 . G A 1421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=23.68;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1454,144,0 chrIV 1447428 . G C 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=21.95;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1372,144,0 chrIV 1447449 . T G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.829;DP=60;Dels=0.00;FS=12.252;HaplotypeScore=10.6119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.674;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:374,0,691 chrIV 1447558 . C A 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=17.49;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1467,153,0 chrIV 1447568 . G C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.096;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.714;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:534,0,793 chrIV 1447682 . G A 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=19.28;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1132,132,0 chrIV 1447808 . C A 2238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=21.94;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2271,246,0 chrIV 1447837 . G A 2508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=25.08;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2541,252,0 chrIV 1447962 . A G 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=63;Dels=0.00;FS=2.990;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=22.59;ReadPosRankSum=2.372;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1456,153,0 chrIV 1447991 . C T 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=19.12;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1257,135,0 chrIV 1448237 . G A 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.81;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1470,150,0 chrIV 1448315 . G A 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=23.20;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1634,165,0 chrIV 1448483 . T A 3373.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=26.35;SB=-1.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3373,340,0 chrIV 1448600 . A G 3380.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=133;Dels=0.00;FS=4.904;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=25.41;ReadPosRankSum=1.628;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:3380,354,0 chrIV 1448696 . A T 2972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=123;Dels=0.00;FS=7.871;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=24.16;ReadPosRankSum=2.370;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:123:99:3005,312,0 chrIV 1448726 . C G 2432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=19.15;SB=-1.689e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2465,258,0 chrIV 1448735 . G A 2227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=17.54;SB=-1.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2260,237,0 chrIV 1448745 . A G 2360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=18.88;SB=-1.602e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2393,249,0 chrIV 1448987 . T A 2567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=20.70;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2600,270,0 chrIV 1449089 . T C 2064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=20.04;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2097,219,0 chrIV 1449123 . A G 2349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=21.35;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2382,246,0 chrIV 1449406 . G A 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=96;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=4.7708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:853,0,1038 chrIV 1449611 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=69;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.633;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:514,0,720 chrIV 1450068 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;DP=104;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=6.3300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:672,0,1103 chrIV 1450091 . G A 1979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.99;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2012,204,0 chrIV 1450510 . A T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DP=113;Dels=0.00;FS=4.570;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=1.677;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:113:99:916,0,1045 chrIV 1450513 . T A 1112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.021;DP=115;Dels=0.00;FS=1.522;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.866;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:115:99:1142,0,857 chrIV 1450588 . C A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.892;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:698,0,462 chrIV 1450638 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.690;DP=66;Dels=0.00;FS=19.029;HaplotypeScore=7.8752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.377;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.271;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:656,0,410 chrIV 1450681 . T A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=60;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=36.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.496;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.446;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:548,0,458 chrIV 1450720 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.402;DP=68;Dels=0.00;FS=3.862;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.586;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.336;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:68:99:737,0,636 chrIV 1450764 . A G 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;DP=91;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=5.4601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.554;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:940,0,768 chrIV 1450894 . C T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=90;Dels=0.00;FS=5.634;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.579;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:90:99:825,0,622 chrIV 1450897 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.006;DP=89;Dels=0.00;FS=4.162;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.597;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.726;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:867,0,630 chrIV 1450914 . T C 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=78;Dels=0.00;FS=6.128;HaplotypeScore=3.5465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.301;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:78:99:731,0,618 chrIV 1450998 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:459,0,266 chrIV 1451009 . A T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=54;Dels=0.02;FS=1.398;HaplotypeScore=7.0558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:489,0,321 chrIV 1451028 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DP=60;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=7.8637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:496,0,287 chrIV 1451042 . C G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=71;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=9.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.201;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.242;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:485,0,411 chrIV 1451054 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DP=71;Dels=0.00;FS=17.787;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.834;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:554,0,564 chrIV 1451166 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.104;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:473,0,719 chrIV 1451277 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;DP=65;Dels=0.00;FS=6.906;HaplotypeScore=8.6194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=5.74;ReadPosRankSum=-2.503;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:403,0,472 chrIV 1451427 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;DP=52;Dels=0.00;FS=6.061;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.387;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:445,0,482 chrIV 1451517 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:445,0,480 chrIV 1451576 . C G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:44:99:311,0,384 chrIV 1451577 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:324,0,397 chrIV 1451724 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.055;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:466,0,437 chrIV 1451955 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=41;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:436,0,417 chrIV 1452195 . A G 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:138,0,345 chrIV 1452222 . A G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=29;Dels=0.00;FS=3.646;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.394;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:192,0,317 chrIV 1452255 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=33;Dels=0.00;FS=1.465;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.477;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:204,0,419 chrIV 1452420 . G C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DP=51;Dels=0.00;FS=8.143;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:499,0,580 chrIV 1452434 . A T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=39;Dels=0.00;FS=4.657;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.789;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:340,0,406 chrIV 1452539 . T G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=42;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.717;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:334,0,522 chrIV 1452589 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=57;Dels=0.00;FS=1.027;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:57:99:448,0,477 chrIV 1452642 . G C 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;DP=77;Dels=0.00;FS=4.394;HaplotypeScore=8.8166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.650;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:823,0,491 chrIV 1452762 . G A 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=115;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=17.5502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:1116,0,1236 chrIV 1452807 . C A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DP=85;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.721;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.955;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:85:99:892,0,756 chrIV 1452825 . A G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=92;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.597;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:653,0,889 chrIV 1452837 . T C 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.395;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:93:99:613,0,878 chrIV 1452974 . G A 1290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DP=116;Dels=0.00;FS=4.515;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.339;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:116:99:1320,0,1074 chrIV 1453212 . T G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;DP=84;Dels=0.00;FS=1.118;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:538,0,926 chrIV 1453261 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=92;Dels=0.00;FS=7.887;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:668,0,801 chrIV 1453296 . T A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=84;Dels=0.00;FS=7.877;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.480;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:485,0,712 chrIV 1453300 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.200;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:488,0,697 chrIV 1454207 . C T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=97;Dels=0.00;FS=3.902;HaplotypeScore=8.7160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.861;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:99:833,0,1121 chrIV 1454822 . G A 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.266;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.130;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:1187,0,800 chrIV 1454951 . A G 2810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.854;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=21.29;ReadPosRankSum=1.798;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:132:99:2843,297,0 chrIV 1455133 . A G 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=22.02;ReadPosRankSum=1.680;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1486,156,0 chrIV 1455219 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.660;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:536,0,724 chrIV 1455507 . A G 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=26.00;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2009,207,0 chrIV 1455570 . T C 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=24.09;ReadPosRankSum=1.599;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1310,135,0 chrIV 1455696 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=66;Dels=0.00;FS=2.197;HaplotypeScore=4.4585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.799;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:560,0,574 chrIV 1455713 . G A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.163;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:562,0,674 chrIV 1455714 . G A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:560,0,625 chrIV 1455747 . A G 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:1089,0,855 chrIV 1455920 . C G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.253;DP=57;Dels=0.00;FS=8.118;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:57:99:407,0,359 chrIV 1455937 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;DP=56;Dels=0.00;FS=2.797;HaplotypeScore=4.8306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.609;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:56:99:474,0,269 chrIV 1456074 . T G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=76;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.903;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:781,0,565 chrIV 1456144 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.429;DP=80;Dels=0.00;FS=7.752;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:497,0,1011 chrIV 1456194 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=54;Dels=0.00;FS=3.899;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:664,0,415 chrIV 1456284 . G C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.798;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:422,0,245 chrIV 1456302 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=2.495;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:236,0,415 chrIV 1456713 . A G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=58;Dels=0.00;FS=7.319;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.199;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:420,0,876 chrIV 1456746 . G A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=6.00;ReadPosRankSum=-2.130;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:474,0,1025 chrIV 1456749 . G T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=79;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=5.60;ReadPosRankSum=-2.936;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:472,0,1030 chrIV 1456794 . C G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;DP=93;Dels=0.00;FS=4.052;HaplotypeScore=3.2332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=5.13;ReadPosRankSum=2.204;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:93:99:507,0,1206 chrIV 1456812 . C A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=90;Dels=0.00;FS=5.439;HaplotypeScore=3.3087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.158;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:619,0,943 chrIV 1457142 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.711;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.569;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:528,0,566 chrIV 1457335 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;DP=55;Dels=0.00;FS=3.987;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.361;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:447,0,547 chrIV 1457379 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=71;Dels=0.00;FS=1.991;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.826;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:636,0,831 chrIV 1457633 . C A 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;DP=87;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:87:99:872,0,755 chrIV 1457664 . G A 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.050;DP=94;Dels=0.00;FS=3.409;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.292;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:998,0,898 chrIV 1457763 . C T 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DP=107;Dels=0.00;FS=0.720;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1127,0,964 chrIV 1457829 . G A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.957;DP=71;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=11.16;ReadPosRankSum=-2.158;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:822,0,487 chrIV 1457981 . C T 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.168;DP=101;Dels=0.00;FS=2.001;HaplotypeScore=10.8734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.748;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.306;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:977,0,705 chrIV 1458101 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:336,0,662 chrIV 1458188 . G A 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.450;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.055;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:40:99:132,0,314 chrIV 1458243 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.009;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:430,0,415 chrIV 1458332 . C T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=43;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=0.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:384,0,435 chrIV 1458347 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DP=42;Dels=0.00;FS=4.566;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:332,0,440 chrIV 1458387 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.582;DP=47;Dels=0.00;FS=6.321;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:267,0,421 chrIV 1458423 . T C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;DP=42;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:271,0,307 chrIV 1458432 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;DP=40;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.366;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:266,0,357 chrIV 1458576 . G A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:248,0,296 chrIV 1458625 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DP=36;Dels=0.00;FS=3.154;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:343,0,233 chrIV 1458636 . G T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;DP=37;Dels=0.00;FS=5.019;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.437;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.751;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:309,0,241 chrIV 1458809 . A T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.251;DP=54;Dels=0.00;FS=2.457;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=2.033;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.725;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:684,0,389 chrIV 1458898 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.798;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.169;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:242,0,506 chrIV 1458903 . C T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=40;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=2.4116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.759;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.074;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:238,0,456 chrIV 1458915 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=41;Dels=0.00;FS=5.146;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:255,0,424 chrIV 1458931 . T C 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=37;Dels=0.00;FS=3.227;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:219,0,429 chrIV 1458951 . C T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.136;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.340;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:258,0,297 chrIV 1459000 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.394;DP=71;Dels=0.00;FS=21.129;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:677,0,511 chrIV 1459011 . C T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DP=75;Dels=0.00;FS=14.495;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=10.39;ReadPosRankSum=-3.303;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:809,0,780 chrIV 1459382 . G A 1537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=162;Dels=0.00;FS=5.682;HaplotypeScore=9.0167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,88:162:99:1567,0,1309 chrIV 1459584 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:522,0,669 chrIV 1459601 . C G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;DP=70;Dels=0.00;FS=3.294;HaplotypeScore=5.5326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.916;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:456,0,630 chrIV 1459669 . C G 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.129;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:562,0,366 chrIV 1459776 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=82;Dels=0.00;FS=5.209;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:82:99:656,0,644 chrIV 1459800 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.045;DP=81;Dels=0.00;FS=0.921;HaplotypeScore=10.2376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.005;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:81:99:692,0,515 chrIV 1459840 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;DP=56;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.698;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:488,0,440 chrIV 1459862 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=46;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=4.3512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.047;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:46:99:300,0,380 chrIV 1460367 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;DP=44;Dels=0.00;FS=4.185;HaplotypeScore=1.8410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:273,0,363 chrIV 1460373 . T C 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=17.29;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:81:759,81,0 chrIV 1460401 . T C 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=44;Dels=0.00;FS=2.622;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.351;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.418;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:278,0,445 chrIV 1460431 . T A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=37;Dels=0.00;FS=1.364;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.676;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:242,0,430 chrIV 1460433 . G A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.305;DP=37;Dels=0.00;FS=1.364;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.356;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:240,0,401 chrIV 1460475 . G C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=30;Dels=0.00;FS=1.536;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.011;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:30:99:178,0,334 chrIV 1460510 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=32;Dels=0.00;FS=8.162;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=1.804;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:224,0,242 chrIV 1460534 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=44;Dels=0.00;FS=4.631;HaplotypeScore=3.5086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:44:99:418,0,422 chrIV 1460585 . T C 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=86;Dels=0.00;FS=2.862;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:845,0,634 chrIV 1460694 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;DP=58;Dels=0.00;FS=2.330;HaplotypeScore=4.0285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.624;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:58:99:577,0,426 chrIV 1460721 . A G 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=23.92;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1612,168,0 chrIV 1460763 . A T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;DP=71;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.950;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:436,0,715 chrIV 1460774 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.735;DP=74;Dels=0.00;FS=1.927;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.632;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:439,0,726 chrIV 1460798 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DP=68;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.936;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:68:99:385,0,603 chrIV 1460813 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.467;DP=60;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.970;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:293,0,619 chrIV 1460832 . T C 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=19.38;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1215,129,0 chrIV 1460859 . G A 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=63;Dels=0.00;FS=5.894;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:432,0,732 chrIV 1460877 . G A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DP=70;Dels=0.00;FS=5.103;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.606;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:381,0,759 chrIV 1460907 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.447;DP=82;Dels=0.00;FS=11.833;HaplotypeScore=4.3338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.103;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.123;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:561,0,682 chrIV 1460919 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;DP=81;Dels=0.00;FS=14.169;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.693;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:81:99:502,0,749 chrIV 1460932 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.075;DP=87;Dels=0.00;FS=17.917;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.026;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:589,0,808 chrIV 1460968 . T C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;DP=103;Dels=0.00;FS=4.856;HaplotypeScore=8.1179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:767,0,869 chrIV 1461071 . C T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=102;Dels=0.00;FS=2.700;HaplotypeScore=12.3377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:782,0,1005 chrIV 1461391 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=81;Dels=0.00;FS=2.802;HaplotypeScore=5.0622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.604;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:615,0,642 chrIV 1461432 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:634,0,671 chrIV 1461557 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;DP=49;Dels=0.00;FS=14.027;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.678;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.356;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:328,0,564 chrIV 1461567 . G C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=48;Dels=0.00;FS=20.475;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.184;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:348,0,530 chrIV 1461591 . C T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.093;DP=50;Dels=0.00;FS=25.563;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:339,0,577 chrIV 1461847 . T G 65.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.807;DP=72;Dels=0.00;FS=37.133;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.523;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,15:72:95:95,0,899 chrIV 1461955 . T C 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=24.73;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2036,213,0 chrIV 1462035 . A C 228.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.287;DP=73;Dels=0.00;FS=64.430;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.455;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,17:73:99:258,0,1134 chrIV 1462081 . T C 140.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;DP=69;Dels=0.00;FS=19.055;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.831;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.831;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,19:69:99:170,0,1034 chrIV 1462089 . C A 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=66;Dels=0.00;FS=12.757;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.167;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,19:66:99:124,0,999 chrIV 1462110 . A G 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=63;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.557;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.936;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,19:63:99:114,0,943 chrIV 1462394 . C T 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DP=102;Dels=0.00;FS=6.518;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.135;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:823,0,1187 chrIV 1462442 . T C 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:99:99:1042,0,779 chrIV 1462526 . A G 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.865;DP=127;Dels=0.00;FS=3.241;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=3.875;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.194;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,56:127:99:991,0,1458 chrIV 1462655 . C T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;DP=98;Dels=0.00;FS=1.650;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=2.739;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:590,0,1034 chrIV 1462703 . A G 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;DP=106;Dels=0.00;FS=7.642;HaplotypeScore=9.5309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=2.617;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.320;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:811,0,1144 chrIV 1462739 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.607;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:671,0,695 chrIV 1462835 . A C 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;DP=68;Dels=0.00;FS=5.206;HaplotypeScore=4.8306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=3.313;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:469,0,591 chrIV 1462865 . C T 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.896;DP=96;Dels=0.00;FS=16.564;HaplotypeScore=25.5518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=2.635;QD=10.44;ReadPosRankSum=3.141;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,60:96:33:1032,0,33 chrIV 1462873 . G C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;DP=90;Dels=0.00;FS=5.826;HaplotypeScore=48.7849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.708;QD=0.28;ReadPosRankSum=-3.205;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,9:90:55:55,0,879 chrIV 1462877 . G T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.371;DP=90;Dels=0.00;FS=7.919;HaplotypeScore=3.3648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.644;QD=0.20;ReadPosRankSum=-4.047;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,10:90:48:48,0,973 chrIV 1463461 . C T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:407,0,583 chrIV 1463528 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=64;Dels=0.00;FS=3.625;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:309,0,835 chrIV 1463543 . C A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DP=67;Dels=0.00;FS=2.076;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:67:99:312,0,791 chrIV 1463657 . A G 1549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=173;Dels=0.00;FS=0.570;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,85:173:99:1579,0,1620 chrIV 1463798 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=61;Dels=0.00;FS=2.272;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.222;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:487,0,622 chrIV 1463894 . C A 1610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.457;DP=126;Dels=0.00;FS=19.696;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.370;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,74:126:99:1640,0,930 chrIV 1463897 . T G 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.666;DP=132;Dels=0.00;FS=13.023;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=6.63;ReadPosRankSum=-2.515;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,58:132:99:905,0,1657 chrIV 1463912 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=120;Dels=0.00;FS=6.265;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,47:120:99:692,0,1480 chrIV 1464119 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.819;DP=40;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.081;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:351,0,415 chrIV 1464206 . G A 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.688;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:80:99:869,0,490 chrIV 1464362 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.782;DP=78;Dels=0.00;FS=35.067;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.281;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:78:99:658,0,872 chrIV 1464424 . T C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=49;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:477,0,446 chrIV 1464464 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DP=51;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.367;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:524,0,470 chrIV 1464656 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=81;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:81:99:612,0,680 chrIV 1464658 . C T 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=21.58;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1716,171,0 chrIV 1464680 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=65;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:443,0,584 chrIV 1465157 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DP=63;Dels=0.00;FS=3.548;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.567;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:556,0,568 chrIV 1465190 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;DP=61;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=5.1372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=2.274;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.371;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:490,0,597 chrIV 1465247 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.186;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:434,0,463 chrIV 1465349 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=61;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:513,0,693 chrIV 1465397 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DP=68;Dels=0.00;FS=1.032;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.103;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:498,0,824 chrIV 1465643 . C T 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DP=50;Dels=0.00;FS=7.031;HaplotypeScore=5.5646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:301,0,594 chrIV 1465769 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=83;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=6.4036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.066;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:478,0,823 chrIV 1465791 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;DP=93;Dels=0.00;FS=2.085;HaplotypeScore=5.6353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.524;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:93:99:476,0,911 chrIV 1465800 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DP=93;Dels=0.00;FS=3.308;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:93:99:523,0,916 chrIV 1465952 . G A 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.890;DP=126;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=11.0641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,51:126:99:1022,0,1336 chrIV 1466217 . T C 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=124;Dels=0.00;FS=4.490;HaplotypeScore=4.6749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:124:99:1012,0,1145 chrIV 1466338 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:548,0,859 chrIV 1466344 . A T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.265;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.415;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:509,0,906 chrIV 1466364 . G A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=73;Dels=0.00;FS=3.582;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.878;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:629,0,658 chrIV 1466633 . T C 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=22.77;ReadPosRankSum=1.642;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1786,189,0 chrIV 1466643 . C A 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=23.28;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1523,153,0 chrIV 1466759 . G T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;DP=66;Dels=0.00;FS=1.045;HaplotypeScore=6.6005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.396;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:66:99:504,0,590 chrIV 1466914 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:574,0,582 chrIV 1466994 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=59;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:413,0,613 chrIV 1467056 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.392;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:344,0,349 chrIV 1467059 . C T 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.37;MQ0=0;QD=18.06;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:93:936,93,0 chrIV 1467118 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=43;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.461;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:43:99:337,0,352 chrIV 1467130 . C A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=35;Dels=0.00;FS=3.111;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:340,0,212 chrIV 1467260 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=50;Dels=0.00;FS=5.986;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:495,0,364 chrIV 1467392 . T A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=24;Dels=0.00;FS=3.963;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=8.00;ReadPosRankSum=2.016;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:222,0,185 chrIV 1467544 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=58;Dels=0.00;FS=3.874;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.805;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.679;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:364,0,511 chrIV 1467545 . T A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=58;Dels=0.00;FS=5.673;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.988;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:350,0,565 chrIV 1467660 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=53;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.577;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:490,0,486 chrIV 1467713 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;DP=45;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.296;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:45:99:402,0,344 chrIV 1467761 . G T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:344,0,291 chrIV 1467803 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=3.047;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.137;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:599,0,648 chrIV 1467833 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DP=66;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=2.6906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:607,0,673 chrIV 1467965 . C T 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:791,0,710 chrIV 1468015 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.219;DP=71;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=4.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.090;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:71:99:552,0,605 chrIV 1468017 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;DP=70;Dels=0.00;FS=3.317;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.223;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:572,0,609 chrIV 1468145 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=53;Dels=0.00;FS=1.111;HaplotypeScore=6.3090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.559;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:316,0,638 chrIV 1468191 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.651;DP=74;Dels=0.00;FS=10.412;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:381,0,742 chrIV 1468321 . G C 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=15.94;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:70:99:1165,123,0 chrIV 1468372 . G C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=52;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=6.3215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.269;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:322,0,486 chrIV 1468381 . G C 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=17.69;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1077,114,0 chrIV 1468406 . C T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DP=62;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.683;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:491,0,576 chrIV 1468562 . G A 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.21;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1650,168,0 chrIV 1468720 . C A 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.62;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1684,168,0 chrIV 1468785 . G A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.142;DP=108;Dels=0.00;FS=16.623;HaplotypeScore=3.5052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.063;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:108:99:820,0,1016 chrIV 1468817 . C A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=76;Dels=0.00;FS=12.099;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.377;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.453;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:535,0,569 chrIV 1468900 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;DP=44;Dels=0.00;FS=12.662;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:458,0,348 chrIV 1468935 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;DP=41;Dels=0.00;FS=22.623;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=7.85;ReadPosRankSum=2.367;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:352,0,264 chrIV 1469010 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=43;Dels=0.00;FS=3.595;HaplotypeScore=3.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.262;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:397,0,257 chrIV 1469061 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=60;Dels=0.00;FS=8.028;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.375;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:60:99:401,0,344 chrIV 1469141 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.481;DP=60;Dels=0.00;FS=3.586;HaplotypeScore=6.7678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:504,0,552 chrIV 1469161 . A G 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=19.14;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1124,120,0 chrIV 1469271 . A G 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:70:70,0,205 chrIV 1469311 . T A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=26;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:226,0,261 chrIV 1469501 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.146;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.227;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:500,0,552 chrIV 1469510 . C T 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=20.69;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1378,144,0 chrIV 1469739 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=55;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:464,0,526 chrIV 1469751 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.966;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:506,0,558 chrIV 1469888 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=61;Dels=0.00;FS=5.680;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:507,0,672 chrIV 1469963 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=49;Dels=0.00;FS=5.538;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.699;QD=12.57;ReadPosRankSum=2.716;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:646,0,309 chrIV 1470056 . A G 578.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:608,0,528 chrIV 1470079 . T G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.570;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:531,0,573 chrIV 1470784 . G A 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DP=109;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,63:109:99:1086,0,720 chrIV 1470869 . A G 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;DP=44;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:325,0,490 chrIV 1471220 . G A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.156;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:192,0,305 chrIV 1471232 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=25;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.444;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:181,0,322 chrIV 1471256 . C T 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=20;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:99,0,239 chrIV 1471461 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQ0=0;MQRankSum=2.119;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.659;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:52:99:256,0,519 chrIV 1471524 . T C 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.480;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.780;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:95:99:834,0,1027 chrIV 1471549 . C T 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.043;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:899,0,1122 chrIV 1471573 . G A 647.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.876;DP=94;Dels=0.00;FS=3.025;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.192;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:677,0,1119 chrIV 1471657 . A G 232.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;DP=18;Dels=0.00;FS=4.102;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.725;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:262,0,105 chrIV 1471830 . G A 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.699;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:89:99:986,0,813 chrIV 1471977 . T C 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;DP=102;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=6.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=8.73;ReadPosRankSum=2.002;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:102:99:920,0,926 chrIV 1471999 . G A 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:85:99:939,0,626 chrIV 1472290 . A G 1206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=111;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.848;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:1236,0,728 chrIV 1472336 . C A 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;DP=98;Dels=0.00;FS=3.846;HaplotypeScore=8.6939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:963,0,784 chrIV 1472819 . G A 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.716;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:853,0,638 chrIV 1473027 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=69;Dels=0.00;FS=13.448;HaplotypeScore=5.7547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.905;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:69:99:611,0,423 chrIV 1473079 . C A 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=69;Dels=0.00;FS=18.656;HaplotypeScore=4.7715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=10.42;ReadPosRankSum=1.653;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:749,0,579 chrIV 1473233 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.978;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:54:99:690,0,361 chrIV 1473269 . A G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=42;Dels=0.00;FS=1.297;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=10.98;ReadPosRankSum=2.396;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:491,0,295 chrIV 1473316 . A G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=27;Dels=0.00;FS=3.862;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:326,0,133 chrIV 1473585 . G T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:335,0,332 chrIV 1473634 . G C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=35;Dels=0.00;FS=1.500;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.991;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:35:99:319,0,371 chrIV 1473635 . G C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DP=34;Dels=0.00;FS=1.459;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.845;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:331,0,311 chrIV 1473860 . C A 1565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.112;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,76:132:99:1595,0,1131 chrIV 1473918 . A G 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;DP=86;Dels=0.00;FS=0.953;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:86:99:816,0,741 chrIV 1473919 . A G 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=22.30;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1951,198,0 chrIV 1474139 . A C 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.361;DP=111;Dels=0.00;FS=2.631;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.563;QD=19.79;ReadPosRankSum=2.272;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:2230,228,0 chrIV 1474394 . T A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;DP=61;Dels=0.00;FS=3.639;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:520,0,503 chrIV 1474416 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.118;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.686;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:528,0,522 chrIV 1474441 . A G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;DP=58;Dels=0.00;FS=2.232;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.618;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:558,0,514 chrIV 1474473 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DP=56;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:529,0,419 chrIV 1474481 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DP=58;Dels=0.00;FS=1.185;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.072;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:475,0,480 chrIV 1474567 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=54;Dels=0.00;FS=3.900;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.273;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:371,0,577 chrIV 1474570 . T C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;DP=57;Dels=0.00;FS=4.548;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.012;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:358,0,715 chrIV 1474679 . C T 519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=15.26;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:57:552,57,0 chrIV 1474686 . A G 676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=18.78;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:709,75,0 chrIV 1474716 . T C 101.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:131,0,385 chrIV 1474811 . A T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;DP=32;Dels=0.00;FS=2.062;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.509;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:199,0,208 chrIV 1474885 . A G 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1810,192,0 chrIV 1475249 . G A 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:38:93:936,93,0 chrIV 1475397 . G A 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.29;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:865,87,0 chrIV 1475547 . G C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;DP=46;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:308,0,419 chrIV 1475652 . T C 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=21.68;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:770,81,0 chrIV 1476051 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.96;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1207,123,0 chrIV 1476401 . G C 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=14.51;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:66:628,66,0 chrIV 1476502 . T C 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.382;DP=135;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,53:135:99:861,0,1444 chrIV 1476572 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;DP=88;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:671,0,933 chrIV 1477116 . A G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=32;Dels=0.00;FS=3.180;HaplotypeScore=4.7659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:192,0,255 chrIV 1477131 . G C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=21;Dels=0.00;FS=7.384;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:182,0,130 chrIV 1477174 . T A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=31;Dels=0.00;FS=1.544;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.701;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:340,0,163 chrIV 1477202 . G A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:289,0,162 chrIV 1477205 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.104;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:276,0,171 chrIV 1477505 . T C 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;DP=32;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:162,0,290 chrIV 1478891 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;DP=40;Dels=0.00;FS=5.065;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.356;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:325,0,369 chrIV 1478931 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=36;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.617;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:36:99:432,0,188 chrIV 1479403 . G A 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;DP=78;Dels=0.00;FS=6.902;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:78:99:739,0,563 chrIV 1480271 . C A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.022;DP=85;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=3.7218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.215;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:85:99:708,0,915 chrIV 1480346 . C G 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=92;Dels=0.00;FS=2.872;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.911;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:928,0,903 chrIV 1481613 . A C 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=80;Dels=0.00;FS=0.906;HaplotypeScore=10.8693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:768,0,680 chrIV 1482162 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=69;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=6.6021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.706;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.779;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:581,0,711 chrIV 1483110 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;DP=70;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.470;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:70:99:543,0,731 chrIV 1483360 . C T 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DP=78;Dels=0.00;FS=0.857;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:885,0,656 chrIV 1483377 . T C 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=80;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.383;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:810,0,669 chrIV 1483478 . C T 2589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=23.12;SB=-1.391e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2622,279,0 chrIV 1483610 . A G 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DP=109;Dels=0.00;FS=1.658;HaplotypeScore=9.5755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.044;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:109:99:969,0,1046 chrIV 1483867 . C T 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.712;DP=102;Dels=0.00;FS=9.371;HaplotypeScore=13.7684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:1087,0,747 chrIV 1484273 . G A 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.84;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1722,174,0 chrIV 1484422 . A G 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=22.44;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:99:1043,111,0 chrIV 1484599 . G A 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.845;DP=102;Dels=0.00;FS=3.891;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:951,0,944 chrIV 1484729 . T C 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=20.72;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1691,180,0 chrIV 1484733 . A G 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DP=71;Dels=0.00;FS=8.752;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.669;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:635,0,627 chrIV 1484812 . G A 2861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=26.25;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:109:99:2894,289,0 chrIV 1484977 . A G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:100:99:776,0,881 chrIV 1485012 . G T 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1972,198,0 chrIV 1485138 . C T 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.226;DP=87;Dels=0.00;FS=3.516;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:840,0,720 chrIV 1485210 . C T 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.181;DP=94;Dels=0.00;FS=5.058;HaplotypeScore=14.0740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.923;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:94:99:765,0,833 chrIV 1485375 . A T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.026;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:54:54,0,235 chrIV 1485403 . G A 29.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=0.88;SB=-3.077e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:6:61,6,0 chrIV 1485510 . G A 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.304;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:155,0,217 chrIV 1485530 . T A 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=18.14;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:42:414,42,0 chrIV 1485542 . C T 219.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=13.69;SB=-3.102e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:27:252,27,0 chrIV 1485724 . T G 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=26.90;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:84:813,84,0 chrIV 1485812 . A G 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=24.70;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1120,120,0 chrIV 1485842 . T G 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DP=66;Dels=0.00;FS=2.437;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.462;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,44:66:99:978,0,420 chrIV 1486110 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=57;Dels=0.00;FS=12.147;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:392,0,672 chrIV 1486166 . C T 2245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=24.67;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2278,228,0 chrIV 1486178 . A G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=89;Dels=0.00;FS=7.472;HaplotypeScore=3.2215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.970;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.148;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:89:99:610,0,1096 chrIV 1486808 . T C 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DP=70;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.094;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:664,0,692 chrIV 1486923 . A C 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=47;Dels=0.00;FS=4.801;HaplotypeScore=5.6753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:99:577,0,298 chrIV 1487095 . T A 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=22.46;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2054,204,0 chrIV 1487113 . G T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=91;Dels=0.00;FS=4.120;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.485;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:91:99:627,0,899 chrIV 1487442 . C G 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=22.60;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1389,144,0 chrIV 1487487 . C G 776.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=106;Dels=0.00;FS=6.510;HaplotypeScore=5.6818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=7.32;ReadPosRankSum=2.376;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:806,0,765 chrIV 1487490 . G A 1589 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=15.28;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:1622,186,0 chrIV 1487491 . A G 1614 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=15.52;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:1647,186,0 chrIV 1487875 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;DP=86;Dels=0.00;FS=7.394;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=2.103;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:86:99:746,0,732 chrIV 1487917 . C A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:562,0,1138 chrIV 1487920 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=95;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.371;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:95:99:506,0,1211 chrIV 1487967 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;DP=77;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=10.0227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:564,0,798 chrIV 1488034 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.603;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.637;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:609,0,362 chrIV 1488040 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.370;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:47:99:552,0,340 chrIV 1488084 . A T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.925;DP=74;Dels=0.00;FS=4.632;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.744;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:517,0,725 chrIV 1488306 . G A 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:85:99:956,0,616 chrIV 1488682 . C T 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:942,0,735 chrIV 1488754 . C A 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DP=88;Dels=0.00;FS=6.989;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=8.60;ReadPosRankSum=-2.753;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:787,0,899 chrIV 1488904 . C T 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.61;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1929,195,0 chrIV 1489122 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.465;DP=65;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:65:99:419,0,613 chrIV 1489245 . C T 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.896;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:286,0,542 chrIV 1489362 . T A 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DP=15;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.467;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:53:53,0,229 chrIV 1489545 . A T 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.570;DP=125;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:125:99:980,0,1571 chrIV 1489546 . A T 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;DP=125;Dels=0.00;FS=3.153;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:125:99:1014,0,1558 chrIV 1489717 . G C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=64;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:676,0,526 chrIV 1489778 . G A 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;DP=115;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=2.890;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.159;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:994,0,1093 chrIV 1490059 . G T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=45;Dels=0.00;FS=1.343;HaplotypeScore=6.4047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:597,0,243 chrIV 1490249 . C T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=49;Dels=0.00;FS=16.484;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:426,0,415 chrIV 1490594 . C T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DP=57;Dels=0.00;FS=3.749;HaplotypeScore=9.0884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:562,0,484 chrIV 1490862 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=49;Dels=0.00;FS=1.178;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:406,0,337 chrIV 1490879 . A G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.019;DP=52;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.789;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.789;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:253,0,457 chrIV 1490977 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=63;Dels=0.00;FS=13.568;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:469,0,750 chrIV 1491114 . A C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.694;DP=54;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.157;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:634,0,348 chrIV 1491138 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.616;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:339,0,326 chrIV 1491321 . C G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=57;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.136;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:456,0,656 chrIV 1491446 . A T 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;DP=78;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.101;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:882,0,664 chrIV 1491519 . C T 1189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.828;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:98:99:1219,0,844 chrIV 1491574 . G A 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.758;DP=79;Dels=0.00;FS=3.276;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.849;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.329;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:79:99:809,0,810 chrIV 1491605 . T A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;DP=63;Dels=0.00;FS=5.384;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:610,0,629 chrIV 1491619 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=65;Dels=0.00;FS=3.533;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.189;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:65:99:624,0,519 chrIV 1491666 . A G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.645;DP=73;Dels=0.00;FS=3.200;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:643,0,720 chrIV 1491852 . A G 1535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=139;Dels=0.00;FS=0.625;HaplotypeScore=3.4433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.222;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,77:139:99:1565,0,1204 chrIV 1491879 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=104;Dels=0.00;FS=1.581;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.187;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:992,0,1005 chrIV 1491889 . G A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:902,0,1006 chrIV 1491939 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=73;Dels=0.00;FS=6.436;HaplotypeScore=9.3597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:497,0,465 chrIV 1491981 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=59;Dels=0.00;FS=3.551;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:603,0,453 chrIV 1492309 . T G 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=23.68;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1430,150,0 chrIV 1492426 . A G 618.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=116.6951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.751;SB=-3.151e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,34:66:22:651,22,0 chrIV 1492576 . C T 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.19;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1339,135,0 chrIV 1492777 . T C 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;DP=92;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=7.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:946,0,950 chrIV 1492828 . C T 2410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1.310e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2443,243,0 chrIV 1492922 . G A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=89;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=8.31;ReadPosRankSum=-2.412;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:89:99:770,0,947 chrIV 1493045 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;DP=97;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=7.9754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.519;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.414;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:601,0,945 chrIV 1493055 . T C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=89;Dels=0.00;FS=0.806;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.232;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.098;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:89:99:545,0,928 chrIV 1493088 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=93;Dels=0.00;FS=3.895;HaplotypeScore=40.6667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.287;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:714,0,944 chrIV 1493150 . T C 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DP=92;Dels=0.00;FS=5.771;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:1053,0,657 chrIV 1493251 . A G 705.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DP=81;Dels=0.00;FS=7.326;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.267;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.212;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:735,0,586 chrIV 1493255 . C T 722.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DP=86;Dels=0.00;FS=4.120;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.913;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.719;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:752,0,659 chrIV 1493260 . G T 701.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=90;Dels=0.00;FS=12.047;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.965;QD=7.79;ReadPosRankSum=2.482;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:731,0,726 chrIV 1493304 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=81;Dels=0.00;FS=13.412;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.640;QD=7.67;ReadPosRankSum=-2.906;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:651,0,583 chrIV 1493450 . A C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=100;Dels=0.00;FS=1.716;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.717;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,35:100:99:581,0,948 chrIV 1493468 . G T 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.716;DP=91;Dels=0.00;FS=4.684;HaplotypeScore=5.1280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=10.04;ReadPosRankSum=-2.167;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,60:91:99:944,0,589 chrIV 1493474 . G A 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=88;Dels=0.00;FS=4.585;HaplotypeScore=3.5507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.950;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,58:88:99:997,0,647 chrIV 1493509 . T A 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=100;Dels=0.00;FS=8.751;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.062;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:100:99:994,0,963 chrIV 1493527 . C T 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=90;Dels=0.00;FS=8.715;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:766,0,791 chrIV 1493678 . G A 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DP=99;Dels=0.00;FS=5.000;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.417;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1124,0,976 chrIV 1493685 . C A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=87;Dels=0.00;FS=7.480;HaplotypeScore=3.9640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.024;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:879,0,994 chrIV 1493732 . T G 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=22.47;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1673,168,0 chrIV 1493806 . A G 1210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.408;DP=142;Dels=0.00;FS=8.846;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.624;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,69:142:99:1240,0,1122 chrIV 1493820 . A G 2935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=151;Dels=0.00;FS=3.277;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.709;SB=-2.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,150:151:99:2968,309,0 chrIV 1493831 . G A 3192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:168:99:3225,342,0 chrIV 1493865 . A G 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.668;DP=194;Dels=0.00;FS=3.373;HaplotypeScore=8.9508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.317;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,105:194:99:1012,0,1474 chrIV 1493869 . G A 3067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.20;MQ0=0;QD=15.11;SB=-2.588e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,203:203:99:3100,327,0 chrIV 1493904 . C A 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.358;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.208;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,88:168:99:1132,0,1498 chrIV 1493916 . T C 3405.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.787;DP=181;Dels=0.00;FS=11.109;HaplotypeScore=14.1060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=18.81;ReadPosRankSum=3.744;SB=-2.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,176:181:99:3405,366,0 chrIV 1493956 . C T 3587.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=21.22;SB=-1.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:3587,370,0 chrIV 1493975 . C T 1288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;DP=158;Dels=0.00;FS=16.184;HaplotypeScore=9.7278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.356;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,79:158:99:1318,0,1135 chrIV 1494025 . C T 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.444;DP=136;Dels=0.00;FS=5.318;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.778;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,65:136:99:1098,0,1132 chrIV 1494103 . C T 1158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DP=153;Dels=0.00;FS=10.257;HaplotypeScore=14.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,76:153:99:1188,0,1493 chrIV 1494119 . G A 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.088;DP=143;Dels=0.00;FS=5.216;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.390;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,66:143:99:984,0,1604 chrIV 1494542 . T G 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;DP=53;Dels=0.00;FS=10.400;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:53:99:656,0,478 chrIV 1494612 . T C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.771;DP=60;Dels=0.00;FS=1.061;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.030;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:591,0,409 chrIV 1494779 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.044;DP=55;Dels=0.00;FS=10.402;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.280;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:597,0,390 chrIV 1495218 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=83;Dels=0.00;FS=4.525;HaplotypeScore=7.1469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.381;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:765,0,662 chrIV 1495512 . A C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.327;DP=95;Dels=0.00;FS=5.900;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.308;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:95:99:522,0,1155 chrIV 1495521 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=98;Dels=0.00;FS=4.092;HaplotypeScore=5.7912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:510,0,1094 chrIV 1495550 . G A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DP=89;Dels=0.00;FS=1.884;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.451;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:350,0,949 chrIV 1495580 . C A 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=19.47;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1980,201,0 chrIV 1495680 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=74;Dels=0.00;FS=12.776;HaplotypeScore=2.9677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:74:99:681,0,864 chrIV 1495814 . G A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.043;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.635;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:764,0,462 chrIV 1496077 . T C 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=102;Dels=0.00;FS=7.426;HaplotypeScore=5.3818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.978;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:919,0,1278 chrIV 1496312 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;DP=98;Dels=0.00;FS=5.916;HaplotypeScore=8.2718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.318;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:753,0,959 chrIV 1496471 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=48;Dels=0.00;FS=4.509;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=13.25;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:666,0,321 chrIV 1496498 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DP=58;Dels=0.00;FS=7.918;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.555;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:363,0,683 chrIV 1496691 . C A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=41;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=1.9164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:441,0,440 chrIV 1496788 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=57;Dels=0.00;FS=17.709;HaplotypeScore=7.2017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=10.02;ReadPosRankSum=2.197;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:601,0,478 chrIV 1497025 . T C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.056;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.156;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:499,0,369 chrIV 1497133 . A T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=37;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:292,0,310 chrIV 1497205 . G A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=53;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:53:99:444,0,435 chrIV 1497214 . G A 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=20.46;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1138,114,0 chrIV 1497316 . A G 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=29;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.589;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:155,0,437 chrIV 1497405 . T A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DP=48;Dels=0.00;FS=1.240;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:452,0,417 chrIV 1497535 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.525;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:456,0,291 chrIV 1497552 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.763;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:421,0,321 chrIV 1497589 . G A 158.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.421;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:188,0,390 chrIV 1497594 . T C 98.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;DP=40;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.956;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:40:99:128,0,420 chrIV 1497598 . G T 77.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=36;Dels=0.00;FS=5.048;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:107,0,381 chrIV 1497628 . A G 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:89:89,0,276 chrIV 1497679 . G C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DP=33;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=4.8825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:33:99:186,0,335 chrIV 1497793 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.538;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.902;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:262,0,495 chrIV 1497881 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=72;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=6.65;ReadPosRankSum=-2.264;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:509,0,853 chrIV 1497890 . G A 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.963;DP=70;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,47:70:99:1029,0,384 chrIV 1497922 . T A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=44;Dels=0.00;FS=1.185;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:283,0,469 chrIV 1498087 . C G 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=18.88;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:826,87,0 chrIV 1498175 . A T 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.641;DP=135;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=9.5572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.708;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:135:99:1106,0,1452 chrIV 1498188 . A G 1382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.635;DP=131;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=8.4579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.867;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:131:99:1412,0,1343 chrIV 1498235 . C T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=76;Dels=0.00;FS=35.523;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=2.151;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:916,0,622 chrIV 1498558 . A G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DP=65;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:580,0,378 chrIV 1498564 . C G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;DP=55;Dels=0.00;FS=5.651;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:574,0,427 chrIV 1498915 . T C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;DP=56;Dels=0.00;FS=7.465;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:389,0,567 chrIV 1498969 . G C 2486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.89;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:125:99:2519,270,0 chrIV 1499290 . C T 1722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.381;DP=171;Dels=0.00;FS=1.230;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=2.467;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.036;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,93:171:99:1752,0,1615 chrIV 1499328 . G A 3344.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.14;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:3344,340,0 chrIV 1499347 . T C 1219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DP=143;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.058;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,73:142:99:1249,0,1017 chrIV 1499382 . T C 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.569;DP=159;Dels=0.01;FS=0.685;HaplotypeScore=24.7609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,75:158:99:1075,0,1557 chrIV 1499487 . C T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=108;Dels=0.00;FS=6.207;HaplotypeScore=5.7703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.835;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:778,0,870 chrIV 1499708 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=62;Dels=0.00;FS=5.098;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:541,0,628 chrIV 1499760 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.791;DP=61;Dels=0.00;FS=7.038;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:442,0,487 chrIV 1500051 . C T 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.18;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1164,117,0 chrIV 1500134 . C T 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=22.42;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1580,159,0 chrIV 1500757 . A G 2746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:125:99:2779,294,0 chrIV 1500841 . G T 1378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DP=105;Dels=0.00;FS=3.971;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.740;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,68:105:99:1408,0,561 chrIV 1500945 . G A 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=25.41;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1456,144,0 chrIV 1501006 . A C 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=19.62;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1269,132,0 chrIV 1501020 . T C 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=16.16;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1164,123,0 chrIV 1501077 . T A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=84;Dels=0.00;FS=4.149;HaplotypeScore=5.5031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=13.00;ReadPosRankSum=2.215;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1125,111,0 chrIV 1501080 . T C 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=84;Dels=0.00;FS=5.047;HaplotypeScore=4.5084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.363;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,52:84:99:656,0,187 chrIV 1501132 . G C 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=19.67;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1567,165,0 chrIV 1501182 . G C 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=19.85;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:986,102,0 chrIV 1501183 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=48;Dels=0.00;FS=4.269;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.915;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:443,0,306 chrIV 1501212 . C T 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=17.30;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:829,90,0 chrIV 1501236 . T A 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=19.04;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:93:928,93,0 chrIV 1501238 . T C 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=19.62;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:955,99,0 chrIV 1501321 . T A 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=18.04;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1260,141,0 chrIV 1501322 . T C 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=20.19;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1386,147,0 chrIV 1501359 . G A 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=18.82;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1407,141,0 chrIV 1501368 . C G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=65;Dels=0.00;FS=10.754;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.007;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:503,0,420 chrIV 1501372 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=63;Dels=0.00;FS=8.767;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:440,0,452 chrIV 1501404 . C T 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=18.51;ReadPosRankSum=1.687;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:77:99:1458,147,0 chrIV 1501442 . T G 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.114;DP=63;Dels=0.00;FS=10.508;HaplotypeScore=3.8844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:366,0,807 chrIV 1501453 . T C 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=24.02;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1570,168,0 chrIV 1501555 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.910;DP=48;Dels=0.00;FS=4.181;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:302,0,438 chrIV 1501681 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DP=59;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:500,0,546 chrIV 1501829 . A G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=59;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:463,0,429 chrIV 1501840 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.837;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:586,0,307 chrIV 1501879 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=57;Dels=0.00;FS=3.897;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:57:99:539,0,250 chrIV 1501882 . C T 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=56;Dels=0.00;FS=2.429;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.623;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:56:99:655,0,229 chrIV 1501936 . T C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;DP=56;Dels=0.00;FS=6.161;HaplotypeScore=5.4417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:56:99:596,0,299 chrIV 1502059 . G C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=43;Dels=0.00;FS=2.929;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.798;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:419,0,387 chrIV 1502106 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;DP=40;Dels=0.00;FS=1.478;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.246;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:366,0,353 chrIV 1502214 . A G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;DP=68;Dels=0.00;FS=12.860;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:425,0,718 chrIV 1502224 . A T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=64;Dels=0.00;FS=16.424;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=2.144;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:376,0,721 chrIV 1502303 . C G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.371;DP=47;Dels=0.00;FS=8.652;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:557,0,407 chrIV 1502362 . G A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DP=40;Dels=0.00;FS=4.661;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.029;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:335,0,315 chrIV 1502377 . G A 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=16.85;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:606,66,0 chrIV 1502494 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=65;Dels=0.00;FS=4.002;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:530,0,754 chrIV 1502543 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.991;DP=52;Dels=0.00;FS=2.610;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.306;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:472,0,527 chrIV 1502550 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;DP=55;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.601;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:55:99:589,0,468 chrIV 1502666 . T C 1502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=18.77;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1535,162,0 chrIV 1502742 . T A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=85;Dels=0.00;FS=2.941;HaplotypeScore=3.4557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.082;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,32:85:99:564,0,949 chrIV 1502817 . C T 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.398;DP=93;Dels=0.00;FS=0.795;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:770,0,949 chrIV 1502831 . T G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DP=75;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:674,0,699 chrIV 1502849 . C T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.579;DP=68;Dels=0.00;FS=10.482;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:713,0,515 chrIV 1502903 . A C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=70;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=2.493;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:515,0,601 chrIV 1502908 . C A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:565,0,553 chrIV 1503023 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=69;Dels=0.00;FS=6.919;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:519,0,884 chrIV 1503107 . T C 1193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.808;DP=141;Dels=0.00;FS=5.780;HaplotypeScore=8.8070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.761;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,61:141:99:1223,0,1594 chrIV 1503206 . T C 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=73;Dels=0.00;FS=8.312;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.640;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:921,0,522 chrIV 1503301 . T C 350.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DP=75;Dels=0.00;FS=0.893;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.174;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:380,0,1068 chrIV 1503303 . G A 342.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.298;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:372,0,949 chrIV 1503306 . A T 324.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;DP=70;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.099;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:354,0,853 chrIV 1503329 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=69;Dels=0.00;FS=5.103;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=5.32;ReadPosRankSum=-2.096;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:397,0,653 chrIV 1503368 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DP=68;Dels=0.00;FS=13.069;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=2.229;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.872;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:450,0,349 chrIV 1503576 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.707;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:480,0,325 chrIV 1503587 . A G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.739;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.059;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:364,0,355 chrIV 1503593 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.058;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.329;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:379,0,361 chrIV 1503632 . T A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:238,0,313 chrIV 1503648 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:236,0,314 chrIV 1503693 . G C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=27;Dels=0.00;FS=7.371;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.666;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:313,0,120 chrIV 1503776 . A G 361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=21.24;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:42:394,42,0 chrIV 1503947 . G A 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.08;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.296e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:32:77,0,32 chrIV 1503965 . G A 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.41;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.922;SB=-2.194e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:30:99,0,30 chrIV 1503993 . G A 200.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DP=18;Dels=0.00;FS=2.162;HaplotypeScore=2.6984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.74;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:18:24:233,24,0 chrIV 1504019 . A G 217.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=20;Dels=0.00;FS=2.473;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.88;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.799;SB=-1.686e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:20:27:250,27,0 chrIV 1504024 . C T 205.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=19;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.61;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=10.79;ReadPosRankSum=2.404;SB=-1.825e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:19:24:238,24,0 chrIV 1504046 . A G 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;QD=14.30;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:45:419,45,0 chrIV 1504103 . G A 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.11;MQ0=0;QD=24.36;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1129,114,0 chrIV 1504127 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=43;Dels=0.00;FS=14.319;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.90;MQ0=3;MQRankSum=-1.550;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,32:43:99:744,0,101 chrIV 1504154 . T G 237.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DP=23;Dels=0.00;FS=4.964;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.79;MQ0=4;MQRankSum=-2.271;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:73:267,0,73 chrIV 1504160 . G A 170.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DP=19;Dels=0.00;FS=2.158;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.86;MQ0=4;MQRankSum=-1.927;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:79:200,0,79 chrIV 1504166 . T C 66.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.77;MQ0=4;MQRankSum=-1.855;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:69:96,0,69 chrIV 1504193 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=18;Dels=0.00;FS=11.139;HaplotypeScore=4.4088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.41;MQ0=3;MQRankSum=0.849;QD=11.28;ReadPosRankSum=2.024;SB=-8.195e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:48:233,0,48 chrIV 1504222 . T C 221.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.69;MQ0=0;QD=20.09;SB=-1.319e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27:254,27,0 chrIV 1504234 . G A 162.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=10.80;ReadPosRankSum=2.237;SB=-1.119e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:15:21:195,21,0 chrIV 1504290 . A G 297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.02;MQ0=1;MQRankSum=0.193;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:33:330,33,0 chrIV 1504297 . C T 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DP=19;Dels=0.00;FS=2.077;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.78;MQ0=1;MQRankSum=1.148;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.148;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:151,0,103 chrIV 1504301 . T C 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DP=20;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.56;MQ0=1;MQRankSum=1.511;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.021;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:165,0,113 chrIV 1504322 . G A 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=28;Dels=0.00;FS=7.395;HaplotypeScore=2.9838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.13;MQ0=3;MQRankSum=-2.068;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.194;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:73:73,0,265 chrIV 1504370 . G A 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.82;MQ0=3;MQRankSum=0.317;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:85:119,0,85 chrIV 1504373 . G A 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.59;MQ0=3;MQRankSum=0.245;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.365;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:48:48,0,194 chrIV 1504388 . G A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DP=24;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.17;MQ0=2;MQRankSum=0.134;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.868;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:74:188,0,74 chrIV 1504438 . T C 141.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.64;MQ0=0;QD=12.83;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:174,18,0 chrIV 1504583 . G A 239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.06;MQ0=2;QD=11.38;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:30:272,30,0 chrIV 1504663 . T C 432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DP=66;Dels=0.00;FS=6.359;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.86;MQ0=0;MQRankSum=3.984;QD=6.55;ReadPosRankSum=2.008;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,32:66:51:465,51,0 chrIV 1504680 . A G 25.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;DP=37;Dels=0.00;FS=2.620;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.040;QD=0.68;ReadPosRankSum=-2.190;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:55:55,0,432 chrIV 1504685 . T C 24.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;DP=39;Dels=0.00;FS=4.972;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.789;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.873;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:54:54,0,413 chrIV 1504689 . T G 30.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;DP=37;Dels=0.00;FS=4.688;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.510;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.167;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:60:60,0,361 chrIV 1504713 . A G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=0.88;ReadPosRankSum=-3.467;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:59:59,0,164 chrIV 1504938 . G A 3125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.662e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3158,324,0 chrIV 1504947 . A G 2943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:2976,321,0 chrIV 1504951 . C G 3336.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.05;MQ0=0;QD=21.52;SB=-2.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3336,360,0 chrIV 1504971 . C A 4277.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.08;MQ0=0;QD=22.51;SB=-2.456e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,189:190:99:4277,438,0 chrIV 1505138 . T A 3082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=28.28;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:3115,310,0 chrIV 1505243 . A G 2024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=24.99;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2057,210,0 chrIV 1505437 . A G 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=123;Dels=0.00;FS=0.696;HaplotypeScore=10.3896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.720;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,64:123:99:1207,0,979 chrIV 1505562 . A G 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=24.68;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1958,204,0 chrIV 1505599 . C T 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DP=80;Dels=0.00;FS=11.369;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.241;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:80:99:764,0,697 chrIV 1505642 . C T 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=20.98;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1753,183,0 chrIV 1505691 . G C 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.21;MQ0=0;QD=19.10;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:988,105,0 chrIV 1505695 . C A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;DP=44;Dels=0.00;FS=6.624;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.460;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:294,0,335 chrIV 1505703 . A G 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=4.102;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=15.53;ReadPosRankSum=1.636;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:63:592,63,0 chrIV 1505716 . T C 298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=12.42;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:36:331,36,0 chrIV 1505722 . C T 229.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.31;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:27:262,27,0 chrIV 1505728 . G A 200.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.29;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:24:233,24,0 chrIV 1505732 . C T 10.42 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=11;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=0.95;ReadPosRankSum=2.228;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:40:40,0,127 chrIV 1505745 . C A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;DP=43;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=7.3198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.95;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.900;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:190,0,155 chrIV 1505782 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=80;Dels=0.00;FS=4.817;HaplotypeScore=6.7057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:511,0,457 chrIV 1505808 . A T 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DP=100;Dels=0.00;FS=5.627;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:100:99:757,0,762 chrIV 1505809 . C G 1850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=18.50;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1883,195,0 chrIV 1505850 . G A 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=86;Dels=0.00;FS=7.884;HaplotypeScore=74.1145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=19.51;ReadPosRankSum=2.307;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:86:99:1711,171,0 chrIV 1505869 . C T 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=18.69;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1659,174,0 chrIV 1505904 . T C 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=78;Dels=0.00;FS=5.924;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=20.21;ReadPosRankSum=2.909;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:78:99:1609,168,0 chrIV 1505951 . A G 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=24.25;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1949,204,0 chrIV 1506008 . C T 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=21.24;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1775,189,0 chrIV 1506010 . G C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.730;DP=82;Dels=0.00;FS=18.575;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.439;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:603,0,764 chrIV 1506237 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DP=63;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:639,0,351 chrIV 1506371 . G A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=57;Dels=0.00;FS=4.043;HaplotypeScore=7.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:264,0,573 chrIV 1506542 . G A 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.51;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1181,129,0 chrIV 1506740 . A G 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=4.075;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=23.20;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1100,117,0 chrIV 1506853 . C T 1190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=17.25;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1223,123,0 chrIV 1506970 . G A 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=19.98;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:992,99,0 chrIV 1506992 . G C 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=18.50;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:884,90,0 chrIV 1507078 . A G 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=57;Dels=0.00;FS=2.978;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=19.19;ReadPosRankSum=2.320;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1127,117,0 chrIV 1507082 . C G 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;QD=19.50;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1164,120,0 chrIV 1507104 . C A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=58;Dels=0.00;FS=21.014;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.064;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:390,0,350 chrIV 1507107 . C G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DP=55;Dels=0.00;FS=25.828;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.299;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:410,0,344 chrIV 1507339 . A T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=65;Dels=0.00;FS=2.153;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:669,0,648 chrIV 1507485 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=39;Dels=0.00;FS=1.496;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.949;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,28:39:99:428,0,151 chrIV 1507540 . T G 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=57;Dels=0.00;FS=12.285;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=13.56;ReadPosRankSum=2.362;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:57:84:806,84,0 chrIV 1507563 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=62;Dels=0.00;FS=7.059;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.239;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:287,0,409 chrIV 1507780 . G A 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.58;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1619,162,0 chrIV 1507857 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DP=67;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:698,0,666 chrIV 1507936 . A T 1778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.479;DP=151;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=5.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.703;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.535;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,85:151:99:1808,0,1079 chrIV 1507981 . A G 3482.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=145;Dels=0.00;FS=9.022;HaplotypeScore=16.3862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=2.719;QD=24.01;ReadPosRankSum=2.793;SB=-1.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,138:145:99:3482,343,0 chrIV 1508241 . G A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=95;Dels=0.00;FS=3.187;HaplotypeScore=8.6026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:796,0,749 chrIV 1508454 . G A 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:36:75:692,75,0 chrIV 1508550 . T C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=70;Dels=0.00;FS=2.064;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.476;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:711,0,602 chrIV 1508583 . G T 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=22.71;ReadPosRankSum=0.140;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1736,161,0 chrIV 1508644 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.564;DP=77;Dels=0.00;FS=3.848;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:725,0,776 chrIV 1508840 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=41;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:470,0,298 chrIV 1509009 . C G 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;DP=111;Dels=0.00;FS=3.946;HaplotypeScore=4.3059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.178;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:111:99:987,0,1142 chrIV 1509036 . T C 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:1026,0,1122 chrIV 1509057 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.010;DP=70;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:70:99:488,0,979 chrIV 1509300 . T C 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=55;Dels=0.00;FS=2.675;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:276,0,467 chrIV 1509666 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;DP=56;Dels=0.00;FS=2.209;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:446,0,535 chrIV 1509719 . C T 1894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.52;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1927,210,0 chrIV 1509792 . G T 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;DP=92;Dels=0.00;FS=7.971;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.307;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:924,0,730 chrIV 1509993 . A G 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;DP=90;Dels=0.00;FS=7.010;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.201;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:730,0,966 chrIV 1510047 . A C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.948;DP=49;Dels=0.00;FS=4.070;HaplotypeScore=4.7708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:49:99:306,0,573 chrIV 1510050 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:305,0,470 chrIV 1510168 . A C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=46;Dels=0.00;FS=4.351;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:365,0,491 chrIV 1510214 . C T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:665,0,406 chrIV 1510368 . C T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=60;Dels=0.00;FS=10.227;HaplotypeScore=8.0785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.656;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.590;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:60:99:414,0,593 chrIV 1510383 . A C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.263;DP=51;Dels=0.00;FS=11.119;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.569;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:344,0,536 chrIV 1510411 . A G 953 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=19.45;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:986,102,0 chrIV 1510417 . G A 140.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=48;Dels=0.00;FS=9.045;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.863;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.372;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:170,0,541 chrIV 1510421 . G T 130.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=42;Dels=0.00;FS=9.995;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.143;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.404;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:42:99:160,0,480 chrIV 1510422 . G A 137.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DP=43;Dels=0.00;FS=7.545;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.637;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.203;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:43:99:167,0,478 chrIV 1510501 . G A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=64;Dels=0.00;FS=2.266;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:393,0,617 chrIV 1510510 . C A 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.54;MQ0=0;QD=20.06;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1377,135,0 chrIV 1510552 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;DP=87;Dels=0.00;FS=4.986;HaplotypeScore=10.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.305;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.183;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:566,0,934 chrIV 1510882 . G A 2965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.635e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2998,306,0 chrIV 1510896 . G A 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.904;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:128:99:1103,0,1131 chrIV 1511013 . C T 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.78;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1745,183,0 chrIV 1511041 . C T 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=17.34;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1160,129,0 chrIV 1511078 . C T 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=19.70;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1550,156,0 chrIV 1511153 . C A 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.00;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1373,141,0 chrIV 1511255 . T C 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=19.69;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1707,180,0 chrIV 1511348 . C T 2044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:108:99:2077,213,0 chrIV 1511510 . G T 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=25.90;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1898,192,0 chrIV 1511560 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=56;Dels=0.00;FS=2.365;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:506,0,701 chrIV 1511653 . A G 1408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=159;Dels=0.00;FS=1.978;HaplotypeScore=8.0279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.815;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,72:159:99:1438,0,1656 chrIV 1511659 . C T 4069.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=24.51;SB=-1.985e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:4069,415,0 chrIV 1511737 . A G 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.649;DP=121;Dels=0.00;FS=22.125;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.434;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,54:121:99:1071,0,1449 chrIV 1511886 . A G 3310.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=25.27;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3310,345,0 chrIV 1512085 . T C 1313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=188;Dels=0.00;FS=7.650;HaplotypeScore=12.1265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.905;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,78:188:99:1343,0,1896 chrIV 1512312 . G A 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.93;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1753,177,0 chrIV 1512432 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=61;Dels=0.00;FS=1.032;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.038;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:61:99:521,0,606 chrIV 1512553 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=51;Dels=0.00;FS=15.755;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=2.515;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:509,0,518 chrIV 1512765 . A G 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=41;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.476;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:301,0,415 chrIV 1513043 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.876;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:463,0,439 chrIV 1513649 . T C 2933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=126;Dels=0.00;FS=2.856;HaplotypeScore=8.8416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=23.28;ReadPosRankSum=2.410;SB=-1.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:126:99:2966,306,0 chrIV 1513839 . G T 2123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.83;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2156,225,0 chrIV 1514025 . A G 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.799;DP=121;Dels=0.02;FS=22.452;HaplotypeScore=33.8212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:119:99:898,0,1089 chrIV 1514173 . G C 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;DP=94;Dels=0.00;FS=8.426;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=9.81;ReadPosRankSum=-2.246;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:952,0,949 chrIV 1514235 . A G 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2288,237,0 chrIV 1514258 . T C 2522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=23.57;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2555,267,0 chrIV 1514370 . C T 1445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=125;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,72:125:99:1475,0,1073 chrIV 1514403 . A G 1342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;DP=135;Dels=0.00;FS=4.166;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.353;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:135:99:1372,0,1250 chrIV 1514440 . C T 1524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.893;DP=136;Dels=0.00;FS=5.312;HaplotypeScore=14.4260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,69:136:99:1554,0,1367 chrIV 1514500 . A G 1158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=128;Dels=0.00;FS=11.147;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,67:128:99:1188,0,1110 chrIV 1514514 . G A 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=113;Dels=0.00;FS=14.111;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.722;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:972,0,1023 chrIV 1514528 . T C 2196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=102;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=21.53;ReadPosRankSum=2.305;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:2229,237,0 chrIV 1514569 . A T 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=20.47;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1650,180,0 chrIV 1514618 . T G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;DP=105;Dels=0.00;FS=2.646;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:793,0,989 chrIV 1514712 . T C 1285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.652;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.546;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:141:99:1315,0,1103 chrIV 1514724 . G A 1325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.120;DP=143;Dels=0.00;FS=5.096;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.394;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,67:143:99:1355,0,1453 chrIV 1514773 . A C 3138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.647e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:3171,325,0 chrIV 1514828 . A T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=110;Dels=0.00;FS=0.740;HaplotypeScore=13.9287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=6.43;ReadPosRankSum=3.179;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,46:110:99:737,0,1011 chrIV 1514837 . A G 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;DP=102;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=9.3430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:102:99:948,0,695 chrIV 1514885 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.524;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=2.448;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:884,0,976 chrIV 1515052 . T C 1841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.653;DP=222;Dels=0.00;FS=0.588;HaplotypeScore=9.9845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.524;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,106:222:99:1871,0,1863 chrIV 1515083 . C T 1517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DP=191;Dels=0.00;FS=5.331;HaplotypeScore=18.5977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.671;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,103:191:99:1547,0,1484 chrIV 1515144 . C T 2329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;DP=264;Dels=0.00;FS=0.484;HaplotypeScore=22.6304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=8.82;ReadPosRankSum=-2.605;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,132:264:99:2359,0,2646 chrIV 1515183 . T C 7364.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=283;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=26.02;SB=-3.596e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,283:283:99:7364,769,0 chrIV 1515216 . A G 5885.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.425;DP=241;Dels=0.00;FS=8.817;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=24.42;ReadPosRankSum=3.352;SB=-2.998e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,237:241:99:5885,619,0 chrIV 1515303 . A T 5241.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=24.04;SB=-2.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,218:218:99:5241,532,0 chrIV 1515322 . G A 2388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.223;DP=234;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=8.8166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.486;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,124:234:99:2418,0,2032 chrIV 1515420 . T C 7355.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=306;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=24.04;SB=-3.810e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,300:306:99:7355,763,0 chrIV 1515447 . G T 2249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.885;DP=252;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.305;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.226;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,126:252:99:2279,0,2358 chrIV 1515455 . C T 5341.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.63;SB=-2.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,236:236:99:5341,541,0 chrIV 1515582 . T C 3527.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=21.77;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:162:99:3527,364,0 chrIV 1515661 . A G 3333.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=22.99;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,144:145:99:3333,348,0 chrIV 1515708 . T C 1477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.564;DP=161;Dels=0.00;FS=3.923;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.691;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,77:161:99:1507,0,1588 chrIV 1515863 . T C 983.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.353;DP=148;Dels=0.00;FS=6.242;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,55:148:99:1013,0,2245 chrIV 1515864 . G C 2013.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;DP=144;Dels=0.00;FS=4.928;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.188;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,89:144:99:2043,0,1006 chrIV 1515866 . A C 837.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=140;Dels=0.00;FS=5.049;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.900;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,52:140:99:867,0,2146 chrIV 1515907 . A G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=136;Dels=0.00;FS=8.004;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.888;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,44:136:99:735,0,1913 chrIV 1515946 . G A 1266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=135;Dels=0.00;FS=0.789;HaplotypeScore=43.3022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.403;QD=9.38;ReadPosRankSum=2.326;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,80:135:99:1296,0,658 chrIV 1515956 . G A 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.979;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.761;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,84:144:99:1265,0,772 chrIV 1515965 . G T 2767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=18.95;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:2800,282,0 chrIV 1516038 . T G 1112.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DP=99;Dels=0.00;FS=8.103;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.069;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:99:99:1142,0,614 chrIV 1516045 . C G 502.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DP=104;Dels=0.00;FS=3.651;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:532,0,1317 chrIV 1516046 . G A 536.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;DP=104;Dels=0.00;FS=1.614;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:104:99:566,0,1357 chrIV 1516083 . C T 1370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=125;Dels=0.00;FS=5.324;HaplotypeScore=9.5786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,73:125:99:1400,0,649 chrIV 1516137 . G A 2527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=16.20;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:2560,276,0 chrIV 1516250 . T G 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=138;Dels=0.00;FS=7.942;HaplotypeScore=5.6200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,80:138:99:1500,0,866 chrIV 1516258 . T C 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.327;DP=144;Dels=0.00;FS=7.719;HaplotypeScore=9.0397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.124;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,60:144:99:934,0,1770 chrIV 1516301 . G A 1471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.796;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.734;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,82:150:99:1501,0,1157 chrIV 1516312 . G A 3009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=18.81;ReadPosRankSum=1.600;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,159:160:99:3042,324,0 chrIV 1516433 . G A 1345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;DP=115;Dels=0.00;FS=11.995;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.639;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,65:115:99:1375,0,825 chrIV 1516441 . A G 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=108;Dels=0.00;FS=10.251;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,44:108:99:676,0,1369 chrIV 1516634 . C A 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.756;DP=165;Dels=0.00;FS=7.987;HaplotypeScore=151.6463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.08;MQ0=0;MQRankSum=-6.144;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,75:165:99:1123,0,1620 chrIV 1516658 . T C 2750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=79.8469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.84;MQ0=0;QD=14.86;SB=-2.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,185:185:99:2783,297,0 chrIV 1516666 . G A 3092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=74.9632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.80;MQ0=0;QD=16.53;SB=-2.408e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:187:99:3125,316,0 chrIV 1516703 . C T 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=175;Dels=0.00;FS=4.471;HaplotypeScore=10.3141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.69;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.681;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,81:175:99:1138,0,1043 chrIV 1516810 . T C 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=112;Dels=0.00;FS=6.992;HaplotypeScore=8.8839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:1150,0,640 chrIV 1516853 . T G 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=20.56;ReadPosRankSum=1.690;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:87:99:1822,192,0 chrIV 1516976 . G C 3125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=22.32;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:3158,324,0 chrIV 1516982 . C T 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.837;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,55:132:99:1002,0,1347 chrIV 1517088 . T A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.939;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.941;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:545,0,597 chrIV 1517095 . C A,G 1288.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.78;MQ0=0;QD=19.52;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,37,28:66:99:1348,682,601,666,0,585 chrIV 1517115 . C G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:65:99:568,0,609 chrIV 1517124 . A G 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=7.186;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=21.24;ReadPosRankSum=1.630;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1477,159,0 chrIV 1517286 . A T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.800;DP=33;Dels=0.00;FS=14.079;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.639;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:388,0,299 chrIV 1517334 . A G 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=20.55;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1122,117,0 chrIV 1517349 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=57;Dels=0.00;FS=9.731;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=2.415;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.488;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:332,0,618 chrIV 1517383 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=59;Dels=0.00;FS=7.136;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=2.801;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:416,0,550 chrIV 1517502 . T A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.278;DP=64;Dels=0.00;FS=1.020;HaplotypeScore=3.9065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=2.055;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:661,0,506 chrIV 1517600 . C T 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.906;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:43:99:151,0,331 chrIV 1517708 . A C 1995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=16.76;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:119:99:2028,225,0 chrIV 1517709 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.494;DP=122;Dels=0.00;FS=6.163;HaplotypeScore=9.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.839;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:122:99:560,0,1129 chrIV 1517744 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.776;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,44:119:99:374,0,1444 chrIV 1517745 . C T 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=18.95;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2288,240,0 chrIV 1517758 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=129;Dels=0.00;FS=2.853;HaplotypeScore=13.1828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.854;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.161;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,45:129:99:377,0,1357 chrIV 1517827 . G C 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=79;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:910,0,717 chrIV 1517833 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=75;Dels=0.00;FS=3.362;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.577;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:658,0,799 chrIV 1517934 . C A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=80;Dels=0.00;FS=1.529;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.909;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:529,0,1015 chrIV 1517966 . A G 2327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=23.99;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2360,246,0 chrIV 1518071 . C T 1649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=150;Dels=0.00;FS=1.349;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=3.203;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,84:150:99:1679,0,1214 chrIV 1518137 . A G 1053.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=117;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.876;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.555;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:117:99:1083,0,1102 chrIV 1518269 . A G 2158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=23.98;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2191,231,0 chrIV 1518332 . T C 2736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:2769,262,0 chrIV 1518334 . C A 2681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2714,288,0 chrIV 1518353 . C T 1281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.623;DP=136;Dels=0.00;FS=3.283;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.356;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,83:136:99:1311,0,910 chrIV 1518365 . G A 1328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.564;DP=149;Dels=0.00;FS=1.399;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,88:149:99:1358,0,993 chrIV 1518421 . C G 1743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=150;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=7.0800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=5.810;QD=11.62;ReadPosRankSum=2.748;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,87:150:99:1773,0,660 chrIV 1518445 . A C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.468;DP=129;Dels=0.00;FS=3.313;HaplotypeScore=8.7565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-8.174;QD=2.50;ReadPosRankSum=-8.520;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,46:129:99:353,0,1915 chrIV 1518694 . C T 2658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=24.39;SB=-1.395e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:109:99:2691,270,0 chrIV 1518704 . G A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.542;DP=104;Dels=0.00;FS=4.966;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.375;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,62:104:99:867,0,789 chrIV 1518705 . A T 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DP=103;Dels=0.00;FS=4.919;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=2.278;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.601;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,61:103:99:870,0,799 chrIV 1518758 . T C 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=136;Dels=0.00;FS=4.090;HaplotypeScore=13.4937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=4.805;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.676;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,63:136:99:1119,0,1441 chrIV 1518842 . T A 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;DP=111;Dels=0.00;FS=3.478;HaplotypeScore=9.6593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=2.068;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.749;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:111:99:953,0,1137 chrIV 1518926 . T A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DP=82;Dels=0.00;FS=15.898;HaplotypeScore=10.4091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:436,0,937 chrIV 1518943 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=77;Dels=0.00;FS=6.445;HaplotypeScore=53.8084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.686;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:77:99:750,0,419 chrIV 1518997 . C G 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=18.60;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1930,201,0 chrIV 1519082 . G A 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=18.67;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1844,207,0 chrIV 1519083 . A G 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.618;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1826,204,0 chrIV 1519105 . G A 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.32;MQ0=0;QD=21.76;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1970,198,0 chrIV 1519177 . C A 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=23.11;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1789,195,0 chrIV 1519267 . T C 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.08;MQ0=0;QD=20.62;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1373,144,0 chrIV 1519279 . C T 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=20.02;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1234,138,0 chrIV 1519310 . T G 1084 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=18.69;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1117,123,0 chrIV 1519313 . C G 1123 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.77;MQ0=0;QD=17.28;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1156,123,0 chrIV 1519316 . C A 1153 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.65;MQ0=0;QD=16.96;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1186,126,0 chrIV 1519393 . G A 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=73;Dels=0.00;FS=3.070;HaplotypeScore=3.5117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1329,114,0 chrIV 1519398 . G A 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DP=69;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=18.35;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1299,105,0 chrIV 1519407 . T C 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DP=75;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.444;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1306,121,0 chrIV 1519429 . G A 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.224;DP=75;Dels=0.00;FS=3.436;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.624;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1394,125,0 chrIV 1519461 . A G 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.56;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=17.08;ReadPosRankSum=1.674;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1041,111,0 chrIV 1519463 . A G 997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=17.19;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1030,111,0 chrIV 1519512 . T C 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=22.41;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1288,135,0 chrIV 1519563 . G A 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=25.31;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1577,159,0 chrIV 1519598 . T A 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.09;MQ0=0;QD=19.20;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1012,102,0 chrIV 1519615 . C T 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.01;MQ0=0;QD=11.37;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:63:590,63,0 chrIV 1519618 . G A 462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.59;MQ0=0;QD=8.56;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:54:495,54,0 chrIV 1519850 . T C 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.36;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:929,96,0 chrIV 1520098 . G C 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=22.18;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1475,156,0 chrIV 1520273 . G A 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=23.31;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1175,129,0 chrIV 1520281 . C T 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=22.76;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1262,126,0 chrIV 1520285 . C T 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=23.02;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1322,132,0 chrIV 1520501 . G A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.312;DP=94;Dels=0.00;FS=12.575;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.555;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:94:99:629,0,951 chrIV 1520813 . C T 1762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=23.18;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1795,180,0 chrIV 1520843 . G A 2175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2208,225,0 chrIV 1520921 . A G 2656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2689,285,0 chrIV 1521015 . T C 1990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.57;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2023,210,0 chrIV 1521081 . G A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=74;Dels=0.00;FS=8.552;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:492,0,739 chrIV 1521084 . T A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;DP=78;Dels=0.00;FS=3.218;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.724;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:452,0,760 chrIV 1521171 . C T 2250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=23.94;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2283,231,0 chrIV 1521256 . C T 2447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=23.30;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2480,255,0 chrIV 1521296 . A G 2754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=22.95;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:2787,294,0 chrIV 1521369 . A C 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=94;Dels=0.00;FS=4.453;HaplotypeScore=7.6098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.694;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:94:99:2111,222,0 chrIV 1521435 . A T 2084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=23.42;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2117,213,0 chrIV 1521557 . T C 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=78;Dels=0.00;FS=2.664;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=17.86;ReadPosRankSum=2.387;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1426,147,0 chrIV 1521582 . A C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=75;Dels=0.00;FS=4.535;HaplotypeScore=4.4595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:284,0,646 chrIV 1521594 . T C 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.36;MQ0=0;QD=13.54;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1103,117,0 chrIV 1521638 . C T 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=16.42;SB=-1.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:1872,207,0 chrIV 1521711 . T C 2253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.66;SB=-1.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2286,240,0 chrIV 1521747 . C A 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DP=99;Dels=0.00;FS=5.054;HaplotypeScore=7.7549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:99:99:950,0,860 chrIV 1521834 . A G 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=75;Dels=0.00;FS=5.805;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.339;QD=8.55;ReadPosRankSum=2.906;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:72:674,72,0 chrIV 1521941 . A G 3028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=145;Dels=0.00;FS=2.994;HaplotypeScore=7.1792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=20.88;ReadPosRankSum=2.416;SB=-1.786e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,143:145:99:3061,330,0 chrIV 1522055 . T C 1855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=25.07;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1888,189,0 chrIV 1522245 . A G 2317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.955;DP=101;Dels=0.00;FS=7.597;HaplotypeScore=2.7591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=22.94;ReadPosRankSum=4.086;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:101:99:2350,243,0 chrIV 1522332 . T C 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=21.85;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1169,123,0 chrIV 1522334 . A G 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1165,126,0 chrIV 1522398 . G A 622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.34;MQ0=0;QD=12.20;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:66:655,66,0 chrIV 1522415 . G A 710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.39;MQ0=0;QD=14.79;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:78:743,78,0 chrIV 1522423 . C T 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.70;MQ0=0;QD=13.67;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:90:812,90,0 chrIV 1522501 . C T 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.99;MQ0=0;QD=15.27;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1041,105,0 chrIV 1522507 . T G 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;DP=70;Dels=0.00;FS=5.636;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.627;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,18:70:52:52,0,880 chrIV 1522539 . T C 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.63;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.655;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:72:694,72,0 chrIV 1522544 . C T 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.01;MQ0=0;QD=13.56;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:63:616,63,0 chrIV 1522592 . A T 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;QD=8.55;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:57:512,57,0 chrIV 1522616 . C T 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;QD=9.87;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:69:665,69,0 chrIV 1522631 . G C 499 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.05;MQ0=0;QD=8.75;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:57:532,57,0 chrIV 1522634 . C T 469 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.62;MQ0=0;QD=8.69;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:57:502,57,0 chrIV 1522636 . G A 500 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.53;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:57:533,57,0 chrIV 1522649 . A G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=51;Dels=0.00;FS=2.480;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.565;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:122,0,200 chrIV 1522700 . G A 396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=12.37;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:48:429,48,0 chrIV 1522713 . T G 463 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.11;MQ0=0;QD=12.18;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:57:496,57,0 chrIV 1522718 . G A 570 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=14.62;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:603,69,0 chrIV 1522722 . T C 545 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.41;MQ0=0;QD=13.29;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:69:578,69,0 chrIV 1522755 . T C 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=43;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=14.00;ReadPosRankSum=1.564;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:43:72:635,72,0 chrIV 1522807 . C T 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;QD=23.22;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1403,138,0 chrIV 1522830 . T C 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=0;QD=21.66;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1289,135,0 chrIV 1522920 . G A 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.92;MQ0=0;QD=18.97;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:78:735,78,0 chrIV 1522934 . G T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DP=37;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:204,0,411 chrIV 1522967 . G A 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=16.78;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:570,63,0 chrIV 1522973 . C T 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=14.53;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:63:527,63,0 chrIV 1522982 . T C 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;DP=38;Dels=0.00;FS=4.146;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:122,0,385 chrIV 1522984 . T C 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.57;MQ0=0;QD=12.92;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:63:550,63,0 chrIV 1523060 . G C 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.59;MQ0=0;QD=18.22;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:853,96,0 chrIV 1523071 . A G 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=20.38;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:84:787,84,0 chrIV 1523096 . A G 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:84:776,84,0 chrIV 1523136 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.306;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:326,0,208 chrIV 1523171 . G C 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=19.90;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:809,84,0 chrIV 1523192 . G C 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:861,90,0 chrIV 1523224 . A G 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.27;MQ0=1;MQRankSum=0.434;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.226;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:117,0,462 chrIV 1523232 . A C 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=3;QD=17.49;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:69:645,69,0 chrIV 1523281 . C T 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;DP=19;Dels=0.00;FS=5.332;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.62;MQ0=6;MQRankSum=2.927;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-4.050e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:31:45,0,31 chrIV 1523284 . T C 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=17;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.20;MQ0=6;MQRankSum=2.637;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-4.350e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:31:49,0,31 chrIV 1523425 . G T 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DP=30;Dels=0.00;FS=13.512;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.33;MQ0=11;MQRankSum=-1.197;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.858;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:30:86:86,0,88 chrIV 1523437 . A G 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DP=29;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.16;MQ0=13;MQRankSum=-2.329;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:86:86,0,91 chrIV 1523440 . T C 55.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.05;MQ0=14;MQRankSum=2.887;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.945;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:85:85,0,86 chrIV 1523482 . C T 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;DP=37;Dels=0.00;FS=7.830;HaplotypeScore=7.2351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.06;MQ0=23;MQRankSum=2.177;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.000;SB=0.631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,8:37:40:57,0,40 chrIV 1523563 . C T 15.88 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.34;MQ0=6;MQRankSum=0.731;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,4:11:6:47,6,0 chrIV 1523571 . G A 41.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.23;MQ0=5;QD=4.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,4:9:9:74,9,0 chrIV 1523572 . T G 40.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.23;MQ0=5;QD=4.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,4:9:9:73,9,0 chrIV 1523586 . T A 39.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.95;MQ0=0;QD=9.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:72,9,0 chrIV 1523612 . A G 55.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.16;MQ0=0;QD=11.10;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:88,12,0 chrIV 1523615 . C G 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523616 . A T 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523617 . A G 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523619 . C T 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523634 . C T 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523636 . G A 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523637 . G A 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523638 . T A 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523639 . T A 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=0;QD=8.24;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:65,9,0 chrIV 1523650 . T G 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.65;MQ0=0;QD=5.50;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:65,9,0 chrIV 1523657 . T G 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.01;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.747;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:9:65,9,0 chrIV 1523661 . C T 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.01;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.747;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:9:65,9,0 chrIV 1523671 . A G 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.39;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:9:65,9,0 chrIV 1523763 . A G 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.983;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.57;MQ0=4;MQRankSum=3.265;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.859;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,5:61:76:76,0,157 chrIV 1523820 . T C 33.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.26;MQ0=2;MQRankSum=-3.203;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,26:32:63:63,0,104 chrIV 1523822 . G C 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.99;MQ0=2;MQRankSum=-2.801;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.882;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:27:66:66,0,66 chrIV 1523823 . T C 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.41;MQ0=2;MQRankSum=-2.752;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.799;SB=-6.518e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,17:22:63:66,0,63 chrIV 1524126 . G A 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=36;Dels=0.00;FS=21.968;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.41;MQ0=0;MQRankSum=2.898;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:35:171,0,35 chrIV 1524141 . G A 118.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=20;Dels=0.00;FS=4.559;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.76;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-8.563e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:18:151,18,0 chrIV 1524154 . C T 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.92;MQ0=0;QD=3.66;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:65,9,0 chrIV 1524158 . A C 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.03;MQ0=0;QD=1.51;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:43,6,0 chrIV 1524165 . A G 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.89;MQ0=0;QD=1.72;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:43,6,0 chrIV 1524311 . T C 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=14;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.49;MQ0=4;MQRankSum=0.248;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:14:6:52,6,0 chrIV 1524351 . G T 54.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.40;MQ0=19;MQRankSum=2.177;QD=0.39;ReadPosRankSum=-2.137;SB=-2.042e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,29:140:84:84,0,213 chrIV 1524367 . G T 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.876;DP=168;Dels=0.00;FS=6.308;HaplotypeScore=29.0173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.22;MQ0=21;MQRankSum=1.631;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.831;SB=-5.833e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,17:168:79:79,0,721 chrIV 1524372 . C G 494.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.679;DP=169;Dels=0.00;FS=7.233;HaplotypeScore=15.1620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.07;MQ0=21;MQRankSum=-1.227;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,96:169:99:524,0,269 chrIV 1524416 . G A 163.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.75;MQ0=9;MQRankSum=1.101;QD=1.16;ReadPosRankSum=4.560;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,41:140:99:193,0,559 chrIV 1524418 . C A 173.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=138;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=19.2680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.80;MQ0=9;MQRankSum=1.042;QD=1.25;ReadPosRankSum=4.912;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,42:138:99:203,0,585 chrIV 1524442 . G A 196.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=66;Dels=0.00;FS=4.961;HaplotypeScore=21.3283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.22;MQ0=5;MQRankSum=3.097;QD=2.97;ReadPosRankSum=-3.048;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,18:66:99:226,0,239 chrIV 1524448 . A G 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=32;Dels=0.00;FS=8.741;HaplotypeScore=6.4156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.73;MQ0=3;MQRankSum=0.664;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.318;SB=-6.502e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,6:32:57:57,0,114 chrIV 1524458 . G A 62.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.042;DP=17;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=2.6000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.66;MQ0=2;MQRankSum=1.042;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.116;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:12:95,12,0 chrIV 1524468 . T A 61.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=14;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.75;MQ0=2;MQRankSum=1.159;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.448;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12:94,12,0 chrIV 1524477 . A G 61.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=15;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.32;MQ0=2;MQRankSum=1.448;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.448;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:12:94,12,0 chrIV 1524506 . G T 62.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.84;MQ0=2;QD=4.47;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:12:95,12,0 chrIV 1524526 . T G 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=12;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=3.7894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.31;MQ0=2;MQRankSum=0.296;QD=1.51;ReadPosRankSum=2.166;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:48:48,0,107 chrIV 1524533 . A T 78.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.78;MQ0=2;MQRankSum=0.361;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:48:108,0,48 chrIV 1524542 . C T 171.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.12;MQ0=2;QD=17.10;SB=-4.291e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:24:204,24,0 chrIV 1524543 . C T 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=10;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.12;MQ0=2;MQRankSum=0.322;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:49:49,0,108 chrIV 1524548 . A G 78.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DP=10;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.12;MQ0=2;MQRankSum=0.322;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.920;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:46:108,0,46 chrIV 1524552 . C T 77.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=10;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.12;MQ0=2;MQRankSum=0.956;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.920;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:49:107,0,49 chrIV 1524595 . G A 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=28;Dels=0.00;FS=5.444;HaplotypeScore=14.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.560;QD=1.11;ReadPosRankSum=2.279;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,23:28:61:61,0,106 chrIV 1524600 . A G 132.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=29;Dels=0.00;FS=12.863;HaplotypeScore=11.0167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=4.56;ReadPosRankSum=2.281;SB=-5.511e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:18:165,18,0 chrIV 1524614 . G C 47.05 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DP=26;Dels=0.00;FS=6.668;HaplotypeScore=20.7732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.167;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.241;SB=0.363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,23:26:17:77,0,17 chrIV 1524615 . C A 88.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.62;MQ0=0;QD=3.40;SB=-6.226e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:12:121,12,0 chrIV 1524619 . C T 56.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=25;Dels=0.00;FS=10.300;HaplotypeScore=17.8541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:9:89,9,0 chrIV 1524620 . A T 57.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.68;MQ0=0;QD=2.32;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:25:9:90,9,0 chrIV 1524630 . A G 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DP=50;Dels=0.00;FS=5.282;HaplotypeScore=22.2622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.55;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-2.750e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:50:82:82,0,204 chrIV 1524636 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;DP=88;Dels=0.00;FS=14.204;HaplotypeScore=30.2655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.16;MQ0=2;MQRankSum=0.005;QD=2.99;ReadPosRankSum=5.082;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:293,0,244 chrIV 1524652 . G A 329.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.865;DP=143;Dels=0.00;FS=18.949;HaplotypeScore=88.0630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.92;MQ0=8;MQRankSum=3.482;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,31:143:99:359,0,757 chrIV 1524653 . G A 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.551;DP=172;Dels=0.00;FS=13.064;HaplotypeScore=98.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.19;MQ0=13;MQRankSum=-2.402;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,51:172:99:151,0,932 chrIV 1524683 . G A 600.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.092;DP=281;Dels=0.00;FS=74.994;HaplotypeScore=130.2190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.99;MQ0=17;MQRankSum=-2.328;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,114:281:99:630,0,2027 chrIV 1524685 . T A 1052.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;DP=284;Dels=0.00;FS=138.346;HaplotypeScore=135.5263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.97;MQ0=17;MQRankSum=6.256;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.565;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,61:284:99:1082,0,1675 chrIV 1524689 . G A 317.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.432;DP=283;Dels=0.00;FS=90.970;HaplotypeScore=167.6322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.92;MQ0=17;MQRankSum=-2.049;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,83:283:99:347,0,2218 chrIV 1524698 . G A 205.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.379;DP=282;Dels=0.00;FS=5.972;HaplotypeScore=273.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.00;MQ0=17;MQRankSum=0.304;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.057;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,54:282:99:235,0,2486 chrIV 1524700 . A G 1004.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.749;DP=282;Dels=0.00;FS=134.048;HaplotypeScore=175.1968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.00;MQ0=17;MQRankSum=6.693;QD=3.56;ReadPosRankSum=5.648;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,61:282:99:1034,0,1657 chrIV 1524707 . G A 1889.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.973;DP=281;Dels=0.00;FS=4.957;HaplotypeScore=163.6397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.01;MQ0=18;MQRankSum=2.589;QD=6.72;ReadPosRankSum=-2.098;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,145:281:99:1919,0,882 chrIV 1524717 . A G 283.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=272;Dels=0.00;FS=119.016;HaplotypeScore=71.2468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.06;MQ0=21;MQRankSum=-1.733;QD=1.04;ReadPosRankSum=-3.067;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,77:272:99:313,0,2110 chrIV 1524740 . C T 779.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=185;Dels=0.01;FS=91.700;HaplotypeScore=36.3336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.88;MQ0=14;MQRankSum=-5.660;QD=4.21;ReadPosRankSum=4.778;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,110:183:99:809,0,1108 chrIV 1524751 . C T 775.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;DP=148;Dels=0.00;FS=1.306;HaplotypeScore=41.5750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.57;MQ0=8;MQRankSum=-3.191;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,132:148:81:805,0,81 chrIV 1524779 . T A 280 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=62;Dels=0.00;FS=5.947;HaplotypeScore=24.3743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.11;MQ0=12;MQRankSum=0.409;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-2.407e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:36:313,36,0 chrIV 1524780 . T C 143.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=63;Dels=0.00;FS=1.400;HaplotypeScore=22.3939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.40;MQ0=12;MQRankSum=3.257;QD=2.27;ReadPosRankSum=3.662;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,15:63:83:173,0,83 chrIV 1524794 . C T 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.963;DP=49;Dels=0.00;FS=13.156;HaplotypeScore=14.9691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.59;MQ0=14;MQRankSum=-0.510;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.793;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,9:49:67:67,0,315 chrIV 1524824 . G A 53.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.05;MQ0=12;MQRankSum=1.790;QD=0.83;ReadPosRankSum=2.449;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,7:64:83:83,0,357 chrIV 1524838 . G T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.24;MQ0=11;MQRankSum=0.636;QD=0.19;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,10:61:41:41,0,275 chrIV 1524864 . G A 254.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.135;DP=72;Dels=0.00;FS=1.209;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.14;MQ0=11;MQRankSum=3.297;QD=3.53;ReadPosRankSum=-3.139;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:72:99:284,0,192 chrIV 1524886 . T A,C 590.02 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=77;Dels=0.00;FS=6.746;HaplotypeScore=7.1436;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=21.46;MQ0=7;MQRankSum=-1.336;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.683;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,18,58:77:51:650,533,518,117,0,51 chrIV 1524898 . A G 553.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=79;Dels=0.00;FS=22.996;HaplotypeScore=29.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.31;MQ0=7;MQRankSum=1.977;QD=7.00;ReadPosRankSum=4.736;SB=-4.680e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:26:583,0,26 chrIV 1524905 . T A 482.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;DP=68;Dels=0.00;FS=16.155;HaplotypeScore=31.5692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.78;MQ0=7;MQRankSum=3.146;QD=7.09;ReadPosRankSum=2.060;SB=-9.959e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:28:512,0,28 chrIV 1524907 . G T 497.54 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.257;DP=70;Dels=0.00;FS=11.328;HaplotypeScore=34.3827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.53;MQ0=7;MQRankSum=4.424;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.285;SB=-5.410e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,36:70:2:527,2,0 chrIV 1524949 . G A 52.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.86;MQ0=6;MQRankSum=-1.830;QD=0.76;ReadPosRankSum=1.980;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:82:82,0,494 chrIV 1524973 . G A 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=117.1713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.61;MQ0=5;MQRankSum=-2.091;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,23:111:70:70,0,542 chrIV 1525003 . G A 444.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=118;Dels=0.00;FS=7.467;HaplotypeScore=16.8938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.69;MQ0=6;MQRankSum=1.969;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:118:99:474,0,361 chrIV 1525023 . A T 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.341;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.45;MQ0=3;MQRankSum=-0.637;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,18:113:57:57,0,709 chrIV 1525062 . A G 96.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.85;MQ0=2;MQRankSum=-2.220;QD=1.78;ReadPosRankSum=3.738;SB=-4.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:54:15:129,15,0 chrIV 1525071 . G A 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.541;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.52;MQ0=1;MQRankSum=-1.801;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.412;SB=-1.671e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,14:37:6:55,6,0 chrIV 1525313 . T G 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.727;SB=1.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:49,6,0 chrIV 1525472 . A C 54.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.82;MQ0=7;QD=5.00;SB=-2.721e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:11:9:87,9,0 chrIV 1525481 . T C 52.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.23;MQ0=8;QD=4.82;SB=-2.721e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:11:9:85,9,0 chrIV 1525482 . G T 54.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.50;MQ0=9;QD=4.58;SB=-2.721e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:12:9:87,9,0 chrIX 19166 . G T 113.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.20;MQ0=122;MQRankSum=0.296;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,54:141:99:143,0,195 chrIX 19225 . C T 259.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.70;MQ0=45;MQRankSum=-0.079;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.585;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:289,0,124 chrIX 19415 . T A 3777.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.08;MQ0=97;QD=15.23;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,248:248:99:3777,420,0 chrIX 19456 . T C 337.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.887;DP=230;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.05;MQ0=100;MQRankSum=-1.376;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.359;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,66:230:99:367,0,2224 chrIX 19458 . G A 321.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=238;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.78;MQ0=105;MQRankSum=0.100;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,34:238:99:351,0,2225 chrIX 19607 . G A 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.369;DP=55;Dels=0.00;FS=29.614;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.284;QD=2.20;ReadPosRankSum=-2.350;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:151,0,571 chrIX 19619 . C T 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=59;Dels=0.00;FS=35.512;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.53;MQ0=0;MQRankSum=-4.637;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:57:57,0,683 chrIX 19631 . C T 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DP=68;Dels=0.00;FS=19.721;HaplotypeScore=6.5816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.023;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:61:61,0,878 chrIX 19685 . A G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=117;Dels=0.00;FS=1.759;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.46;MQ0=1;MQRankSum=-5.063;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.080;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,38:117:99:417,0,1317 chrIX 19966 . T C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.062;DP=67;Dels=0.00;FS=9.883;HaplotypeScore=5.5323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.95;MQ0=3;MQRankSum=-2.923;QD=0.45;ReadPosRankSum=3.000;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,18:67:60:60,0,743 chrIX 20039 . A C 1119 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.38;MQ0=4;QD=15.12;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1152,129,0 chrIX 20107 . G A 137.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=72;Dels=0.00;FS=10.595;HaplotypeScore=30.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.06;MQ0=5;MQRankSum=-2.814;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.769;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:72:99:167,0,794 chrIX 20112 . C T 382.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=76;Dels=0.00;FS=8.887;HaplotypeScore=30.0102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.22;MQ0=5;MQRankSum=3.152;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.031;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,22:76:99:412,0,514 chrIX 20198 . G A 574.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DP=102;Dels=0.00;FS=10.227;HaplotypeScore=14.7193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.11;MQ0=5;MQRankSum=0.347;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.452;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,39:102:99:604,0,774 chrIX 20218 . C T 371.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=102;Dels=0.00;FS=1.746;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.65;MQ0=5;MQRankSum=1.613;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.303;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,34:102:99:401,0,844 chrIX 20247 . T C 294.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.957;DP=81;Dels=0.00;FS=3.489;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.27;MQ0=4;MQRankSum=4.129;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.712;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,22:81:99:324,0,556 chrIX 20260 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DP=61;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.83;MQ0=2;MQRankSum=-4.763;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:319,0,342 chrIX 20287 . T C 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=39;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.25;MQ0=3;MQRankSum=3.713;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-6.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:39:47:124,0,47 chrIX 20296 . C T 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;DP=31;Dels=0.00;FS=4.649;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.23;MQ0=5;MQRankSum=-3.391;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,23:31:57:57,0,58 chrIX 20299 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DP=27;Dels=0.00;FS=4.876;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=5;MQRankSum=-3.344;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.867;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,21:27:61:61,0,65 chrIX 20325 . A G 274 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=33;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.68;MQ0=8;MQRankSum=0.901;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.595;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:36:307,36,0 chrIX 20382 . A G 734.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=74;Dels=0.00;FS=1.091;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.23;MQ0=16;MQRankSum=4.806;QD=9.92;ReadPosRankSum=2.050;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:25:764,0,25 chrIX 20437 . G A 893.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=91;Dels=0.00;FS=4.258;HaplotypeScore=24.8187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.19;MQ0=8;MQRankSum=6.496;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:923,0,226 chrIX 20494 . A G 521 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.62;MQ0=4;QD=11.58;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:63:554,63,0 chrIX 20548 . C G 307.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.66;MQ0=4;MQRankSum=0.282;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.906;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:337,0,311 chrIX 20664 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=47;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.29;MQ0=1;MQRankSum=-0.838;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.676;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:339,0,331 chrIX 20698 . G A 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=39;Dels=0.00;FS=12.768;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.16;MQ0=4;MQRankSum=-3.925;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:64:64,0,448 chrIX 20726 . G T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.27;MQ0=11;MQRankSum=-4.255;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.461;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,17:55:74:74,0,606 chrIX 20791 . C T 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=95;Dels=0.00;FS=3.662;HaplotypeScore=14.0758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.55;MQ0=10;MQRankSum=-5.448;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.491;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,24:95:99:161,0,1014 chrIX 20888 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;DP=58;Dels=0.00;FS=8.258;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.76;MQ0=3;MQRankSum=-2.036;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.565;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:99:273,0,618 chrIX 20889 . C T 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.74;MQ0=3;QD=19.39;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1119,126,0 chrIX 20953 . C T 99.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.35;MQ0=11;MQRankSum=0.397;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.845;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:129,0,320 chrIX 21121 . G A 271.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.84;MQ0=13;MQRankSum=2.788;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-7.607e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:33:301,0,33 chrIX 21139 . G A 50.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.40;MQ0=13;MQRankSum=-3.544;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:80:80,0,318 chrIX 21142 . G A 61.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.827;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.40;MQ0=13;MQRankSum=-3.296;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:91:91,0,319 chrIX 21145 . A G 43.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.552;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.71;MQ0=12;MQRankSum=-3.189;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:73:73,0,342 chrIX 21151 . C T 48.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DP=50;Dels=0.00;FS=4.658;HaplotypeScore=1.8561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.49;MQ0=12;MQRankSum=-3.538;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:50:78:78,0,311 chrIX 21169 . T C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;DP=57;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.92;MQ0=12;MQRankSum=-2.917;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,17:57:58:58,0,415 chrIX 21172 . A C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.777;DP=60;Dels=0.00;FS=5.351;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.28;MQ0=12;MQRankSum=-1.576;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:60:60:60,0,491 chrIX 21233 . C T 356.03 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.092;DP=42;Dels=0.00;FS=11.622;HaplotypeScore=19.8863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.73;MQ0=2;MQRankSum=0.356;QD=8.48;ReadPosRankSum=-3.174;SB=-2.818e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:20:386,0,20 chrIX 21234 . G A 491 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.73;MQ0=2;QD=11.69;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:57:524,57,0 chrIX 21239 . A G 42.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=37;Dels=0.00;FS=11.579;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.89;MQ0=2;MQRankSum=0.083;QD=1.16;ReadPosRankSum=3.717;SB=-7.697e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,15:37:9:75,9,0 chrIX 21244 . T A 310.03 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DP=35;Dels=0.00;FS=7.636;HaplotypeScore=5.8346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.59;MQ0=2;MQRankSum=1.730;QD=8.86;ReadPosRankSum=-4.171;SB=-2.818e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:20:340,0,20 chrIX 21264 . T A 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.42;MQ0=4;QD=1.24;SB=-3.077e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:6:51,6,0 chrIX 21273 . C T 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.25;MQ0=5;QD=1.84;SB=-2.774e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:14:6:57,6,0 chrIX 21279 . C T 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.11;MQ0=9;MQRankSum=-1.666;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.666;SB=-2.551e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,8:18:6:52,6,0 chrIX 21289 . C T 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.67;MQ0=40;QD=1.00;SB=-5.447e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:9:81,9,0 chrIX 21314 . T A 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.30;MQ0=45;MQRankSum=-0.550;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.588e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:52:43:43,0,45 chrIX 21342 . C T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.88;MQ0=49;MQRankSum=0.551;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.429;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,16:64:62:62,0,85 chrIX 21419 . C T 585 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.81;MQ0=14;MQRankSum=-0.523;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.349;SB=-6.648e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:59:48:618,48,0 chrIX 21741 . A G 2770 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.88;MQ0=11;MQRankSum=1.706;QD=19.51;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,141:142:99:2803,312,0 chrIX 21742 . A G 232.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;DP=141;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.98;MQ0=11;MQRankSum=1.779;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,31:141:99:262,0,1984 chrIX 21951 . T C 109.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=139;Dels=0.00;FS=18.623;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.84;MQ0=116;MQRankSum=0.484;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-6.795e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,91:139:30:139,0,30 chrIX 22039 . C G 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DP=80;Dels=0.00;FS=3.425;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.31;MQ0=48;MQRankSum=2.959;QD=0.17;ReadPosRankSum=-2.471;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:80:43:43,0,240 chrIX 22109 . T A 219.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=70;Dels=0.00;FS=3.814;HaplotypeScore=22.6718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.74;MQ0=8;MQRankSum=0.668;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.853;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,24:70:99:249,0,537 chrIX 22531 . A T 745.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.111;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=4.306;QD=15.52;ReadPosRankSum=-2.354;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,35:48:99:775,0,201 chrIX 22614 . T C 766 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.56;MQ0=3;MQRankSum=0.796;QD=18.24;ReadPosRankSum=0.159;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:42:45:799,45,0 chrIX 22632 . A G 644 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.90;MQ0=4;MQRankSum=0.168;QD=18.40;ReadPosRankSum=0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,30:35:56:677,56,0 chrIX 22647 . A T 549 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.43;MQ0=5;MQRankSum=0.133;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.333;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:32:44:582,44,0 chrIX 22769 . C G 53.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.85;MQ0=5;MQRankSum=0.876;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:63:83,0,63 chrIX 22790 . G T 125.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.67;MQ0=9;MQRankSum=3.132;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:155,0,163 chrIX 22872 . A G 850.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=79;Dels=0.00;FS=1.636;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.10;MQ0=12;MQRankSum=3.154;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,59:79:99:880,0,181 chrIX 22928 . T C 198.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=47;Dels=0.00;FS=12.693;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.09;MQ0=10;MQRankSum=1.275;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.932;SB=-4.485e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,34:47:44:228,0,44 chrIX 22938 . G A 202.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=38;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.68;MQ0=11;MQRankSum=0.375;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-6.428e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,30:38:18:232,0,18 chrIX 23371 . G A 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=45;Dels=0.00;FS=51.614;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.79;MQ0=8;MQRankSum=0.046;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-5.189e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:125,0,253 chrIX 23888 . T C 41.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;QD=6.00;SB=-5.272e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:74,9,0 chrIX 23893 . G T 42.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;QD=6.14;SB=-5.572e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:75,9,0 chrIX 24157 . G T 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.71;MQ0=0;QD=4.36;SB=-2.826e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:53,6,0 chrIX 24160 . A C 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.71;MQ0=0;QD=3.57;SB=-2.826e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:49,6,0 chrIX 24163 . G A 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=3.47;SB=-2.926e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:52,6,0 chrIX 24340 . G A 363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.17;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:42:396,42,0 chrIX 24646 . A G 333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.81;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:42:366,42,0 chrIX 24792 . C T 371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=19.53;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:404,45,0 chrIX 25066 . A G 170.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=13.08;SB=-5.003e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:203,24,0 chrIX 25228 . G A 292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;QD=20.86;SB=-7.799e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:36:325,36,0 chrIX 25306 . G A 167.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.31;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.366e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:17:21:200,21,0 chrIX 25400 . C G 150.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=36;Dels=0.00;FS=5.048;HaplotypeScore=28.6507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:180,0,311 chrIX 25401 . T G 136.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=36;Dels=0.00;FS=8.042;HaplotypeScore=30.8338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:36:99:166,0,246 chrIX 25403 . A C 71.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;DP=34;Dels=0.00;FS=9.910;HaplotypeScore=26.7278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.88;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.710;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:99:101,0,349 chrIX 25404 . C A 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=35;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=26.5231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:35:75:75,0,299 chrIX 25405 . A T 48.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=31;Dels=0.00;FS=1.609;HaplotypeScore=28.5049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:78:78,0,278 chrIX 25418 . T C 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=30;Dels=0.00;FS=12.916;HaplotypeScore=24.1222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.56;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:30:99:117,0,225 chrIX 25426 . A G 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=28;Dels=0.00;FS=9.416;HaplotypeScore=23.2509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.73;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=0.96;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:57:57,0,267 chrIX 25429 . G T 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=27;Dels=0.00;FS=6.631;HaplotypeScore=33.9873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.83;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:63:63,0,255 chrIX 25443 . T C 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.599;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:24:99:111,0,101 chrIX 25498 . T G 14.91 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=3.73;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:46,6,0 chrIX 25523 . T G 16.16 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.37;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.406;SB=-4.941e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:17:46,0,17 chrIX 25527 . T C 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.76;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-6.484e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:42:43,0,42 chrIX 25569 . T C 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:21:43:43,0,159 chrIX 25635 . C T 43.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.06;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.747;SB=-4.847e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:9:76,9,0 chrIX 25636 . T A 64.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.06;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.747;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:12:97,12,0 chrIX 25645 . A T 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.90;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:51,6,0 chrIX 25765 . A G 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.54;MQ0=0;QD=16.66;SB=-2.621e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:82,9,0 chrIX 25792 . T G 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.54;MQ0=0;QD=14.99;SB=-2.721e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:77,9,0 chrIX 29565 . G A 45.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;QD=1.48;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:9:78,9,0 chrIX 29619 . T G 306 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.605;SB=-7.612e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:39:339,39,0 chrIX 29628 . G C 492 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=15.37;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:525,60,0 chrIX 29750 . C G 828 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=23.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:96:861,96,0 chrIX 29855 . C A 1007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=25.17;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:1040,111,0 chrIX 29986 . G A 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=23.14;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1375,153,0 chrIX 30282 . C G 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=21.28;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1480,162,0 chrIX 30416 . A G 2877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.38;MQ0=0;QD=23.97;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2910,336,0 chrIX 30537 . G A 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.98;MQ0=0;QD=23.33;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1573,171,0 chrIX 30598 . G A 2049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;QD=21.12;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2082,222,0 chrIX 30599 . G A 2010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;QD=20.72;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2043,222,0 chrIX 30609 . A C 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.696;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:1763,201,0 chrIX 30672 . C G 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.81;MQ0=0;QD=4.22;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:60:523,60,0 chrIX 30688 . A C 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.37;MQ0=0;QD=6.28;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:81:730,81,0 chrIX 30792 . A G 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.946;DP=82;Dels=0.00;FS=10.462;HaplotypeScore=15.1654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=9.88;ReadPosRankSum=3.984;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,64:82:96:843,96,0 chrIX 30845 . C T 604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.95;MQ0=0;QD=10.60;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:69:637,69,0 chrIX 31283 . A G 2450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=21.12;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2483,288,0 chrIX 31766 . C T 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=19.71;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:87:782,87,0 chrIX 31904 . G A 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1386,153,0 chrIX 31909 . A G 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=17.62;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1390,156,0 chrIX 31948 . G A 1190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=18.03;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1223,132,0 chrIX 32095 . C G 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=21.24;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:840,96,0 chrIX 32147 . G C 469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=14.21;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:57:502,57,0 chrIX 32156 . A G 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=13.15;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:51:467,51,0 chrIX 32295 . A T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.32;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1476,168,0 chrIX 32483 . C T 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=22.48;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1022,111,0 chrIX 32809 . C T 1846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1879,216,0 chrIX 32963 . C G 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=18.41;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1506,168,0 chrIX 33147 . T C 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=20.44;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1382,156,0 chrIX 33348 . A T 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=69;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=19.36;ReadPosRankSum=1.515;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1369,134,0 chrIX 33441 . T C 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=19.00;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1306,150,0 chrIX 33484 . A G 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=4.281;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:93:832,93,0 chrIX 33485 . T C 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=69;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.83;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=11.70;ReadPosRankSum=2.898;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:93:840,93,0 chrIX 33510 . A G 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.39;MQ0=0;QD=10.13;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:935,105,0 chrIX 33515 . C A 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.92;MQ0=0;QD=9.21;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:93:853,93,0 chrIX 33529 . T G 717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.40;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.692;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:84:750,84,0 chrIX 33531 . A G 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.40;MQ0=0;QD=8.70;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:84:790,84,0 chrIX 33548 . T G 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;QD=8.12;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:93:821,93,0 chrIX 33549 . G T 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;QD=7.90;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:90:799,90,0 chrIX 33562 . G T 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.02;MQ0=0;QD=8.52;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:1140,129,0 chrIX 33581 . C A 119.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=131.3638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.28;MQ0=0;QD=0.83;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:144:18:152,18,0 chrIX 33599 . A T 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.96;MQ0=0;QD=11.37;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:1716,192,0 chrIX 34168 . C T 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.49;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:72:668,72,0 chrIX 34666 . A C 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.55;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:805,90,0 chrIX 34677 . G A 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=16.70;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:968,111,0 chrIX 34809 . G A 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=21.80;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1319,144,0 chrIX 34826 . G T 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=19.86;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1304,141,0 chrIX 34975 . C A 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.74;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:821,87,0 chrIX 35111 . C T 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=17.01;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1564,177,0 chrIX 35118 . C G 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=16.79;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:1695,192,0 chrIX 35226 . C T 2228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=23.96;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2261,249,0 chrIX 35247 . T C 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=20.51;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1653,189,0 chrIX 35312 . G A 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=16.21;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:568,63,0 chrIX 35674 . T C 847 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.00;MQ0=0;QD=12.64;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:96:880,96,0 chrIX 35677 . G A 862 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=13.06;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:96:895,96,0 chrIX 35680 . G A 724 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.45;MQ0=0;QD=11.68;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:81:757,81,0 chrIX 35685 . G A 620 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.36;MQ0=0;QD=10.51;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:72:653,72,0 chrIX 35691 . T C 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.673;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.673;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:63:542,63,0 chrIX 35770 . T C 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=15.12;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1485,171,0 chrIX 35773 . T G 1486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=15.64;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1519,171,0 chrIX 35804 . C T 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=14.96;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1379,147,0 chrIX 35871 . C T 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=13.73;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:96:843,96,0 chrIX 35894 . A G 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;QD=15.84;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:999,111,0 chrIX 35903 . G T 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=14.98;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:962,105,0 chrIX 35910 . T G 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;QD=14.81;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:951,108,0 chrIX 35983 . C T 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=17.44;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1533,168,0 chrIX 36103 . G A 1378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=16.60;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1411,162,0 chrIX 36218 . C T 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=22.00;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:979,108,0 chrIX 36317 . A G 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=23.79;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1389,153,0 chrIX 36359 . T C 1033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=20.25;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1066,123,0 chrIX 36369 . G A 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=19.41;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1178,129,0 chrIX 36456 . C A 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=22.23;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1011,108,0 chrIX 36580 . A C 527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=13.87;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:63:560,63,0 chrIX 36599 . C T 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=13.73;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:63:541,63,0 chrIX 36609 . C T 676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=17.79;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:709,75,0 chrIX 36687 . A G 492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.68;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:525,60,0 chrIX 36782 . G T 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.97;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:626,69,0 chrIX 36846 . C T 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=19.92;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:770,87,0 chrIX 37089 . C T 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.93;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1180,129,0 chrIX 37220 . G A 458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=73;Dels=0.00;FS=4.643;HaplotypeScore=13.6247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.01;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.060;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:73:54:491,54,0 chrIX 37252 . T C 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.646;DP=134;Dels=0.00;FS=8.025;HaplotypeScore=28.4948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=15.78;ReadPosRankSum=3.682;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,126:134:99:2148,243,0 chrIX 37420 . T C 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=73;Dels=0.00;FS=33.590;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-5.500;QD=0.32;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,14:73:53:53,0,1059 chrIX 37424 . G A 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DP=72;Dels=0.00;FS=37.117;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=5.044;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.960;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,58:72:64:957,0,64 chrIX 37443 . C T 116.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.399;DP=92;Dels=0.00;FS=71.551;HaplotypeScore=8.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.302;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,29:92:99:146,0,983 chrIX 37486 . A C 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.239;DP=139;Dels=0.00;FS=190.425;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=-7.563;QD=0.14;ReadPosRankSum=0.623;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,57:139:49:49,0,1547 chrIX 37510 . C T 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;DP=165;Dels=0.00;FS=223.567;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.55;MQ0=0;MQRankSum=-9.064;QD=0.14;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,68:165:53:53,0,2044 chrIX 37634 . A C 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.882;DP=95;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.302;QD=16.97;ReadPosRankSum=2.925;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:95:99:1645,183,0 chrIX 37646 . C G 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=15.16;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:1352,156,0 chrIX 37723 . G C,T 1146.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8477;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.93;MQ0=0;QD=12.59;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,65,25:91:68:1206,194,68,1012,0,985 chrIX 37745 . A G 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=100;Dels=0.00;FS=70.775;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-8.017;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:100:99:187,0,814 chrIX 37768 . T G 84.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.645;DP=113;Dels=0.00;FS=81.510;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.92;MQ0=0;MQRankSum=-8.213;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:113:99:114,0,980 chrIX 37771 . G A 1373 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;QD=12.15;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:1406,156,0 chrIX 37774 . T C 90.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.730;DP=120;Dels=0.00;FS=87.251;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.63;MQ0=0;MQRankSum=-8.639;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:120:99:120,0,967 chrIX 37786 . C T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DP=150;Dels=0.00;FS=65.138;HaplotypeScore=20.3751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.58;MQ0=0;MQRankSum=-8.119;QD=1.65;ReadPosRankSum=-2.008;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,96:150:99:277,0,841 chrIX 37792 . T A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=151;Dels=0.00;FS=43.216;HaplotypeScore=17.1150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.32;MQ0=0;MQRankSum=-8.573;QD=3.28;ReadPosRankSum=-2.200;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,101:151:99:526,0,858 chrIX 37797 . G T 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=152;Dels=0.00;FS=35.552;HaplotypeScore=14.8036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.80;MQ0=0;MQRankSum=8.433;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.504;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,48:152:99:857,0,504 chrIX 37804 . G A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.166;DP=163;Dels=0.00;FS=20.779;HaplotypeScore=6.8020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.66;MQ0=0;MQRankSum=-8.182;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,114:163:99:585,0,757 chrIX 37822 . T C 2380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.67;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,189:192:99:2413,276,0 chrIX 37942 . G A 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;DP=108;Dels=0.00;FS=4.106;HaplotypeScore=5.2501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.721;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.187;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,79:108:99:917,0,413 chrIX 37960 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=110;Dels=0.00;FS=13.730;HaplotypeScore=8.5274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.79;MQ0=0;MQRankSum=-6.250;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,78:110:99:451,0,472 chrIX 37984 . T G 765 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.664;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:103:90:798,90,0 chrIX 37987 . T C 70.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.280;DP=100;Dels=0.00;FS=82.652;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.468;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.792;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,64:100:99:100,0,504 chrIX 37991 . T C 73.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=101;Dels=0.00;FS=93.246;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.35;MQ0=0;MQRankSum=-5.903;QD=0.72;ReadPosRankSum=2.245;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,64:101:99:103,0,540 chrIX 38006 . C T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;DP=100;Dels=0.00;FS=90.660;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.78;MQ0=0;MQRankSum=4.023;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.986;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,37:100:83:551,0,83 chrIX 38050 . C T 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.65;MQ0=0;QD=8.54;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:66:605,66,0 chrIX 38095 . C T 335.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=78;Dels=0.00;FS=1.968;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.05;MQ0=0;MQRankSum=-6.138;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.131;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:365,0,505 chrIX 38101 . T C,G 1089.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.796;DP=84;Dels=0.00;FS=14.054;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.47;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=12.96;ReadPosRankSum=2.892;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,36,45:84:99:1149,581,509,568,0,496 chrIX 38102 . T C 480.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=87;Dels=0.00;FS=5.723;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.03;MQ0=0;MQRankSum=-6.062;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.387;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:510,0,446 chrIX 38202 . T A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.289;DP=238;Dels=0.00;FS=5.382;HaplotypeScore=17.9643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.246;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,38:238:99:214,0,3435 chrIX 38251 . G A 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;DP=243;Dels=0.00;FS=26.452;HaplotypeScore=20.5741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.60;MQ0=0;MQRankSum=9.168;QD=0.84;ReadPosRankSum=-2.895;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,46:243:99:233,0,4234 chrIX 38269 . T A 3307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=226;Dels=0.00;FS=2.025;HaplotypeScore=8.1598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.243;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,163:226:99:3307,0,911 chrIX 38278 . C G 2940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;DP=222;Dels=0.00;FS=2.785;HaplotypeScore=11.1367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.91;MQ0=0;MQRankSum=-6.980;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,154:222:99:2970,0,881 chrIX 38289 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=218;Dels=0.00;FS=7.562;HaplotypeScore=12.7622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.302;QD=2.15;ReadPosRankSum=-2.255;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,53:218:99:498,0,3198 chrIX 38437 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=138;Dels=0.00;FS=25.182;HaplotypeScore=6.1091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.348;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,89:138:99:992,0,781 chrIX 38447 . T C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;DP=125;Dels=0.00;FS=23.678;HaplotypeScore=8.2743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.132;QD=5.46;ReadPosRankSum=-2.653;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,82:125:99:712,0,650 chrIX 38464 . T C 400.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=117;Dels=0.00;FS=5.560;HaplotypeScore=4.1013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.23;MQ0=0;MQRankSum=-7.668;QD=3.42;ReadPosRankSum=-3.297;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,79:117:99:430,0,706 chrIX 38467 . T C 713.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=115;Dels=0.00;FS=3.993;HaplotypeScore=20.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.00;MQ0=0;MQRankSum=7.705;QD=6.20;ReadPosRankSum=3.947;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,36:115:99:743,0,400 chrIX 38470 . C A 301.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DP=114;Dels=0.00;FS=7.307;HaplotypeScore=19.6652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.82;MQ0=0;MQRankSum=-8.022;QD=2.64;ReadPosRankSum=-2.510;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,76:114:99:331,0,788 chrIX 38475 . C T 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=78;Dels=0.00;FS=1.011;HaplotypeScore=20.6151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQ0=0;MQRankSum=-6.885;QD=0.36;ReadPosRankSum=2.322;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:58:58,0,767 chrIX 38478 . G A 41.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;DP=76;Dels=0.00;FS=2.179;HaplotypeScore=23.1691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-7.493;QD=0.54;ReadPosRankSum=3.575;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:71:71,0,704 chrIX 38479 . T C 35.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;DP=76;Dels=0.00;FS=2.179;HaplotypeScore=23.1691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-7.129;QD=0.46;ReadPosRankSum=3.648;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:65:65,0,782 chrIX 38485 . T C 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.88;MQ0=0;MQRankSum=-7.698;QD=0.52;ReadPosRankSum=2.999;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:75:75,0,697 chrIX 38487 . C G 42.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=-7.283;QD=0.49;ReadPosRankSum=2.727;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:85:72:72,0,676 chrIX 38488 . T C 13.22 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.87;MQ0=0;MQRankSum=-7.446;QD=0.16;ReadPosRankSum=2.753;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:43:43,0,697 chrIX 38492 . A T 53.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.45;MQ0=0;MQRankSum=-7.793;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.227;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,57:89:83:83,0,675 chrIX 38494 . A C 76.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.21;MQ0=0;MQRankSum=-7.237;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.563;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,56:88:99:106,0,592 chrIX 38498 . C T 86.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.083;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.58;MQ0=0;MQRankSum=-7.244;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.932;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,58:87:99:116,0,545 chrIX 38500 . A G 81.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.58;MQ0=0;MQRankSum=-7.343;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.157;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,58:87:99:111,0,577 chrIX 38503 . T G 126.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.08;MQ0=0;MQRankSum=-8.023;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.797;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,61:95:99:156,0,592 chrIX 38506 . G A 184.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=99;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=7.2647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.29;MQ0=0;MQRankSum=-7.807;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.610;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,66:99:99:214,0,572 chrIX 38515 . T G 179.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.67;MQ0=0;MQRankSum=-7.503;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,66:95:99:209,0,557 chrIX 38517 . A T 129.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.42;MQ0=0;MQRankSum=-7.453;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,66:94:99:159,0,477 chrIX 38520 . A G 152.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.40;MQ0=0;MQRankSum=-7.446;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.318;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,65:98:99:182,0,607 chrIX 38521 . T C 146.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=98;Dels=0.00;FS=1.778;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.40;MQ0=0;MQRankSum=-7.735;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.601;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,65:98:99:176,0,600 chrIX 38524 . C A 147.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=117;Dels=0.00;FS=5.253;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQ0=0;MQRankSum=-7.805;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.603;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,84:117:99:177,0,663 chrIX 38533 . C T 199.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DP=137;Dels=0.00;FS=6.116;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.83;MQ0=0;MQRankSum=-8.619;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,101:137:99:229,0,667 chrIX 38536 . C T 304.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.212;DP=133;Dels=0.00;FS=10.580;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.11;MQ0=0;MQRankSum=-8.594;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,95:133:99:334,0,709 chrIX 38539 . G T 247.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=128;Dels=0.00;FS=7.672;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQ0=0;MQRankSum=-8.450;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,92:128:99:277,0,663 chrIX 38542 . T C 251.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;DP=123;Dels=0.00;FS=7.970;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.05;MQ0=0;MQRankSum=-8.460;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,88:123:99:281,0,701 chrIX 38545 . T C 262.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=117;Dels=0.00;FS=10.128;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQ0=0;MQRankSum=-7.928;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,84:117:99:292,0,606 chrIX 38548 . C A 271.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=118;Dels=0.00;FS=13.847;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.74;MQ0=0;MQRankSum=-8.440;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,82:118:99:301,0,675 chrIX 38549 . C T 272.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DP=118;Dels=0.00;FS=15.666;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.74;MQ0=0;MQRankSum=-8.548;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.108;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,82:118:99:302,0,671 chrIX 38588 . A T 1162.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=238;Dels=0.00;FS=8.623;HaplotypeScore=6.3020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.38;MQ0=0;MQRankSum=-10.280;QD=4.88;ReadPosRankSum=3.260;SB=-1.518e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,189:238:99:1192,0,869 chrIX 38590 . C T 1130.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.934;DP=239;Dels=0.00;FS=9.745;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.51;MQ0=0;MQRankSum=-10.586;QD=4.73;ReadPosRankSum=4.125;SB=-1.530e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,188:239:99:1160,0,840 chrIX 38591 . A G 1052.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;DP=239;Dels=0.00;FS=9.745;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.51;MQ0=0;MQRankSum=-10.926;QD=4.40;ReadPosRankSum=4.162;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,188:239:99:1082,0,839 chrIX 38593 . A T 1088.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.591;DP=242;Dels=0.00;FS=8.475;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.87;MQ0=0;MQRankSum=-10.828;QD=4.50;ReadPosRankSum=4.096;SB=-1.553e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,189:242:99:1118,0,793 chrIX 38596 . C T 1056.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.381;DP=238;Dels=0.00;FS=10.107;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.38;MQ0=0;MQRankSum=-10.406;QD=4.44;ReadPosRankSum=3.609;SB=-1.537e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,189:238:99:1086,0,757 chrIX 38600 . T A 1124.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.999;DP=242;Dels=0.00;FS=14.272;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.87;MQ0=0;MQRankSum=-11.097;QD=4.64;ReadPosRankSum=3.700;SB=-1.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,188:242:99:1154,0,842 chrIX 38601 . C G 1089.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=241;Dels=0.00;FS=12.793;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.75;MQ0=0;MQRankSum=-10.802;QD=4.52;ReadPosRankSum=3.477;SB=-1.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,188:241:99:1119,0,814 chrIX 38602 . C T 1105.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.072;DP=240;Dels=0.00;FS=12.793;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.63;MQ0=0;MQRankSum=-10.834;QD=4.60;ReadPosRankSum=3.215;SB=-1.442e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,188:240:99:1135,0,815 chrIX 38609 . G C,T 2374.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=351;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=35.17;MQ0=0;QD=6.76;SB=-4.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,53,297:350:99:2434,1414,1285,1020,0,849 chrIX 38611 . C A 1207.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.556;DP=350;Dels=0.00;FS=3.428;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.08;MQ0=0;MQRankSum=-11.223;QD=3.45;ReadPosRankSum=-2.116;SB=-3.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,298:350:99:1237,0,838 chrIX 38620 . A T 1215.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.201;DP=366;Dels=0.00;FS=0.553;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.70;MQ0=0;MQRankSum=-11.211;QD=3.32;ReadPosRankSum=-2.960;SB=-3.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,315:366:99:1245,0,819 chrIX 38629 . C T 1551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=357;Dels=0.00;FS=4.446;HaplotypeScore=2.4413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.82;MQ0=0;MQRankSum=-10.411;QD=4.34;ReadPosRankSum=-2.953;SB=-2.924e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,308:357:99:1581,0,784 chrIX 38632 . G A 1613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;DP=352;Dels=0.00;FS=2.613;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.21;MQ0=0;MQRankSum=-10.820;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-3.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,298:352:99:1643,0,795 chrIX 38659 . G A 2207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;DP=354;Dels=0.00;FS=4.477;HaplotypeScore=13.6634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.50;MQ0=0;MQRankSum=-9.412;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,295:354:99:2237,0,885 chrIX 38676 . T C 2366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DP=336;Dels=0.00;FS=6.785;HaplotypeScore=15.3608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.04;MQ0=0;MQRankSum=-7.650;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.902e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,273:336:99:2396,0,887 chrIX 38719 . C G 1693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=276;Dels=0.00;FS=14.327;HaplotypeScore=16.4649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.205;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,117:276:99:1723,0,2654 chrIX 38929 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.381;DP=264;Dels=0.00;FS=2.613;HaplotypeScore=16.1644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.14;MQ0=0;MQRankSum=9.208;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,42:264:99:230,0,3826 chrIX 38988 . T C 3920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=293;Dels=0.00;FS=2.215;HaplotypeScore=16.3075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.39;MQ0=0;MQRankSum=-9.897;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,230:293:99:3920,0,305 chrIX 39041 . A T 5447.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=377;Dels=0.00;FS=5.272;HaplotypeScore=270.7278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.366;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,275:377:99:5447,0,1238 chrIX 39175 . A G 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=107;Dels=0.00;FS=49.006;HaplotypeScore=14.1101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQ0=0;MQRankSum=-7.031;QD=7.31;ReadPosRankSum=-2.447;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,64:107:99:812,0,414 chrIX 39258 . C T 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=26.00;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:631,69,0 chrIX 39286 . A C 478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=19.12;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:511,57,0 chrIX 39289 . T C 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=18.92;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:506,57,0 chrIX 39328 . G A 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=17.39;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:72:659,72,0 chrIX 39386 . C T 383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=9.12;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:42:48:416,48,0 chrIX 39393 . T G 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=40;Dels=0.00;FS=6.478;HaplotypeScore=5.3176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.02;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:63:537,63,0 chrIX 39427 . A G 278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=33;Dels=0.00;FS=5.643;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.628;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:36:311,36,0 chrIX 39470 . C T 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=14.96;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:48:422,48,0 chrIX 39475 . G A 449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=17.96;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:482,51,0 chrIX 39962 . T A 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=21.22;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1561,168,0 chrIX 40145 . G A 5144.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.66;SB=-2.399e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,226:227:99:5144,570,0 chrIX 40190 . A G 3566.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.31;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:153:99:3566,399,0 chrIX 40512 . G A 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.22;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1049,114,0 chrIX 40681 . G A 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.09;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:63:564,63,0 chrIX 40928 . G A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.52;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:762,84,0 chrIX 40953 . G A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.83;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:891,96,0 chrIX 41223 . A G 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.08;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1197,135,0 chrIX 41415 . A G 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=19.32;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:883,99,0 chrIX 41439 . A T 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=20.02;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1014,111,0 chrIX 41532 . A G 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=80;Dels=0.00;FS=3.049;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=20.32;ReadPosRankSum=2.388;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:80:99:1659,186,0 chrIX 41810 . G A 1682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.29;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1715,189,0 chrIX 41898 . T C 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=20.58;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:815,90,0 chrIX 41905 . A G 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=19.09;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:644,72,0 chrIX 42365 . A G 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.625;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:78:717,78,0 chrIX 42679 . T C 1448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.62;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1481,168,0 chrIX 42862 . A T 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DP=102;Dels=0.00;FS=5.459;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.842;QD=20.02;ReadPosRankSum=2.812;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:2075,222,0 chrIX 43318 . G A 2111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=20.30;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2144,240,0 chrIX 43434 . C G 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=21.67;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2005,225,0 chrIX 43493 . T C 2033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.37;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2066,231,0 chrIX 43753 . C A 1574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.17;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1607,174,0 chrIX 44120 . C T 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=16.09;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:725,81,0 chrIX 44230 . A T 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=20.76;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:884,96,0 chrIX 44331 . G A 400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;QD=7.55;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:48:433,48,0 chrIX 44632 . C T 1932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=20.34;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1965,216,0 chrIX 44674 . G A 1802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=20.48;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1835,201,0 chrIX 44800 . C T 2404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.04;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2437,261,0 chrIX 44854 . A T 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=62;Dels=0.00;FS=5.066;HaplotypeScore=7.4478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=19.34;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1232,135,0 chrIX 44890 . G A 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=82;Dels=0.00;FS=3.575;HaplotypeScore=7.2736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.563;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1218,135,0 chrIX 44979 . C T 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.28;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1344,153,0 chrIX 45115 . C T 2044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.29;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:96:99:2077,231,0 chrIX 45203 . A G 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.88;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1520,174,0 chrIX 45259 . T C 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=20.71;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1255,141,0 chrIX 45367 . G A 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=20.75;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1340,147,0 chrIX 45530 . C T 2247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=23.16;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2280,249,0 chrIX 45559 . A C 2309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=22.64;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:2342,267,0 chrIX 45691 . T G 2008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=20.49;ReadPosRankSum=1.625;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:98:99:2041,231,0 chrIX 45705 . G A 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=19.67;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:1843,182,0 chrIX 45746 . A G 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=20.70;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1710,192,0 chrIX 45805 . T C 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=23.35;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1831,201,0 chrIX 45859 . C T 2062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=21.71;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2095,231,0 chrIX 45886 . A G 2007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2040,228,0 chrIX 45981 . G A 2915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=23.32;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:2948,315,0 chrIX 45992 . A G 2629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.20;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2662,294,0 chrIX 46057 . C G 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=18.00;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1581,186,0 chrIX 46102 . C A 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=23.87;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1871,201,0 chrIX 46189 . T C 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2276,255,0 chrIX 46556 . C T 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=19.30;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1731,189,0 chrIX 46584 . A G 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=16.85;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1516,171,0 chrIX 47054 . G T 1448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=18.81;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1481,162,0 chrIX 47108 . A G 1077 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=15.84;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1110,129,0 chrIX 47114 . A G 993 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=65;Dels=0.00;FS=5.325;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=15.28;ReadPosRankSum=2.889;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:65:99:1026,114,0 chrIX 47117 . C T 975 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.31;MQ0=0;QD=15.98;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1008,108,0 chrIX 47222 . A G 1058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=22.04;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1091,123,0 chrIX 47766 . G A 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.19;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:965,102,0 chrIX 47916 . T C 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=19.38;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1409,159,0 chrIX 48813 . A G 997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=17.80;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1030,114,0 chrIX 48876 . A C 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=3.647;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.693;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1272,144,0 chrIX 48879 . C T 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=14.58;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1258,138,0 chrIX 49422 . T C 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=17.24;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:688,75,0 chrIX 49521 . G A 304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=76.2579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.70;MQ0=0;QD=3.42;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:39:337,39,0 chrIX 49550 . T C 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=10.84;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:976,111,0 chrIX 49641 . T G 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.09;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96:833,96,0 chrIX 49836 . A G 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=23.30;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1268,144,0 chrIX 51147 . G A 2864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=20.91;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:137:99:2897,336,0 chrIX 51226 . A G 2143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=23.29;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2176,243,0 chrIX 51375 . T C 2698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=19.27;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:140:99:2731,306,0 chrIX 51702 . C T 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=23.74;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2288,252,0 chrIX 51730 . C T 2440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=25.15;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2473,264,0 chrIX 51756 . G C 2062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=22.17;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2095,240,0 chrIX 52260 . G A 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=17.90;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:749,84,0 chrIX 53091 . G C 351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=12.10;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:45:384,45,0 chrIX 53103 . A G 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=16.93;ReadPosRankSum=1.494;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:60:524,60,0 chrIX 53238 . T C 364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=20.22;ReadPosRankSum=1.542;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:45:397,45,0 chrIX 53717 . A G 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=5.643;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=19.36;ReadPosRankSum=1.628;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:78:672,78,0 chrIX 53800 . A G 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=19.70;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:762,87,0 chrIX 54404 . G C 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=18.52;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:496,57,0 chrIX 54480 . T C 234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.089e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:267,30,0 chrIX 54551 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.906;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:290,0,227 chrIX 55054 . T C 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:640,72,0 chrIX 55071 . C A 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=18.56;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:664,72,0 chrIX 55251 . G A 324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.25;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:357,39,0 chrIX 55428 . G T 293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=12.74;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:36:326,36,0 chrIX 55461 . A T 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.535;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:57:521,57,0 chrIX 55663 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=28;Dels=0.00;FS=1.542;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.270;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:241,0,152 chrIX 55666 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.216;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:27:99:241,0,106 chrIX 55678 . A C 414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=17.25;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:447,51,0 chrIX 55716 . T C 302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=15.10;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:39:335,39,0 chrIX 55756 . C T 293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.24;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:36:326,36,0 chrIX 55837 . T C 379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=18.05;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:45:412,45,0 chrIX 56028 . T A 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.03;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1421,168,0 chrIX 56300 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=37;Dels=0.00;FS=1.324;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:315,0,276 chrIX 56518 . T G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=64;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=11.4859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.908;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:391,0,621 chrIX 56622 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.867;DP=62;Dels=0.00;FS=3.044;HaplotypeScore=5.2060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:542,0,473 chrIX 56679 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DP=98;Dels=0.00;FS=5.312;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.220;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:98:99:642,0,766 chrIX 56841 . G A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=70;Dels=0.00;FS=3.273;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:474,0,394 chrIX 56947 . T G 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DP=96;Dels=0.00;FS=2.459;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:96:99:745,0,872 chrIX 57063 . C T 2632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=24.60;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2665,288,0 chrIX 57096 . C T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=82;Dels=0.00;FS=5.844;HaplotypeScore=3.5662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.264;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:750,0,687 chrIX 57153 . C T 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=18.62;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1020,114,0 chrIX 57170 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.237;DP=59;Dels=0.00;FS=3.854;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:552,0,521 chrIX 57683 . A G 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=108;Dels=0.00;FS=1.846;HaplotypeScore=9.5576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.363;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:108:99:980,0,558 chrIX 57890 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;DP=68;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.360;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:663,0,577 chrIX 57911 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.063;DP=68;Dels=0.00;FS=0.980;HaplotypeScore=5.0066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:563,0,581 chrIX 57929 . C T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;DP=66;Dels=0.00;FS=1.109;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.069;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:676,0,503 chrIX 58130 . C T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.261;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:456,0,364 chrIX 58256 . C G 1993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=21.43;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2026,234,0 chrIX 58382 . C T 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.03;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1465,162,0 chrIX 58436 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DP=84;Dels=0.00;FS=3.293;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:714,0,565 chrIX 58508 . A G 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=19.12;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1716,192,0 chrIX 58511 . G A 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=19.62;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1760,189,0 chrIX 58961 . G A 1342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.354;DP=146;Dels=0.00;FS=0.612;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.421;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,71:146:99:1372,0,1248 chrIX 59054 . C T 1132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.129;DP=128;Dels=0.00;FS=2.404;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:128:99:1162,0,1030 chrIX 59333 . T C 1630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=186;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=8.8254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,94:186:99:1660,0,1627 chrIX 59546 . T C 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=120;Dels=0.00;FS=5.764;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.428;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,68:120:99:1120,0,695 chrIX 59552 . T G 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=20.96;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2402,270,0 chrIX 59639 . T A 2810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=125;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=22.48;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:125:99:2843,303,0 chrIX 59981 . T C 984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=16.68;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1017,114,0 chrIX 60280 . T C 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.75;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:93:823,93,0 chrIX 60838 . G A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=55;Dels=0.00;FS=1.245;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.717;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.323;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:311,0,413 chrIX 60844 . T C 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=6.247;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.674;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:931,108,0 chrIX 60857 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=68;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=5.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.054;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.649;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:333,0,443 chrIX 60879 . A C 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=14.97;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:976,108,0 chrIX 61274 . G A 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=18.34;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:675,72,0 chrIX 61323 . C T 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:678,75,0 chrIX 61466 . C A 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.59;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1242,135,0 chrIX 61826 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=54;Dels=0.00;FS=10.098;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:472,0,450 chrIX 62027 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DP=55;Dels=0.00;FS=5.637;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=8.44;ReadPosRankSum=-2.409;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:494,0,501 chrIX 62057 . A C 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.04;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:980,111,0 chrIX 62211 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=47;Dels=0.00;FS=9.045;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.266;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:399,0,324 chrIX 62276 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.318;DP=42;Dels=0.00;FS=7.027;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.476;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:42:99:357,0,277 chrIX 62364 . T A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=50;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.814;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:379,0,238 chrIX 62438 . A G 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:179,0,291 chrIX 62815 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=30;Dels=0.00;FS=4.298;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:337,0,142 chrIX 62861 . C G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DP=32;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:32:99:214,0,276 chrIX 62971 . G A 1486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.714;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.562;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,81:149:99:1516,0,1091 chrIX 63495 . C T 2270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.15;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2303,255,0 chrIX 63566 . C T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=64;Dels=0.00;FS=2.355;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:547,0,592 chrIX 63655 . A G 2426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.39;SB=-1.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2459,276,0 chrIX 63770 . T C 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DP=131;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=15.5580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.014;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:131:99:794,0,1167 chrIX 63799 . T C 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.743;DP=108;Dels=0.00;FS=3.684;HaplotypeScore=6.6441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.290;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,57:108:99:938,0,757 chrIX 63838 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=76;Dels=0.01;FS=7.693;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:676,0,495 chrIX 64041 . C T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=84;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.799;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:476,0,677 chrIX 64048 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=83;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.847;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.292;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:490,0,720 chrIX 64057 . C A 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=16.23;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1364,153,0 chrIX 64177 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=68;Dels=0.00;FS=3.512;HaplotypeScore=3.4648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.527;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:624,0,546 chrIX 64231 . G A 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=19.27;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1401,156,0 chrIX 64245 . C A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.754;DP=73;Dels=0.00;FS=3.131;HaplotypeScore=2.6040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:444,0,713 chrIX 64310 . G A 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=21.38;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1551,168,0 chrIX 64321 . T C 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=77;Dels=0.00;FS=3.181;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.004;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:686,0,563 chrIX 64334 . T G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;DP=70;Dels=0.00;FS=3.323;HaplotypeScore=4.5998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:596,0,662 chrIX 64552 . T C 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=96;Dels=0.00;FS=3.997;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.107;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:96:99:935,0,860 chrIX 64705 . A G 2010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=84;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=23.93;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2043,225,0 chrIX 64944 . C T 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=22.87;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1931,213,0 chrIX 65121 . T A 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=18.68;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1714,186,0 chrIX 65290 . C T 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=20.72;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1753,186,0 chrIX 65299 . G A 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=19.48;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1728,192,0 chrIX 65341 . T C 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=95;Dels=0.00;FS=4.370;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=17.97;ReadPosRankSum=1.620;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:95:99:1740,198,0 chrIX 65359 . T A 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;QD=17.41;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1687,186,0 chrIX 65368 . T C 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=16.03;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1572,180,0 chrIX 65406 . A G 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=15.46;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1533,171,0 chrIX 65518 . C A 1655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=20.95;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1688,183,0 chrIX 65522 . T C 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=20.21;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1589,180,0 chrIX 65551 . C T 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=19.53;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1478,162,0 chrIX 65571 . A T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;DP=73;Dels=0.00;FS=17.812;HaplotypeScore=6.0771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:438,0,537 chrIX 65711 . T C 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=19.06;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1539,171,0 chrIX 65714 . T A 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=17.94;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1558,168,0 chrIX 65758 . G A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=17.64;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1691,186,0 chrIX 66115 . T A 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=15.28;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1194,138,0 chrIX 66117 . T C 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=17.62;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1390,162,0 chrIX 66143 . A C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DP=86;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.147;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:638,0,584 chrIX 66647 . G A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=68;Dels=0.00;FS=8.373;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.201;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:585,0,626 chrIX 66681 . G A 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.443;DP=85;Dels=0.00;FS=2.918;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.454;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:846,0,750 chrIX 66808 . T G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.631;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:699,0,708 chrIX 66906 . G T 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.598;DP=82;Dels=0.00;FS=5.671;HaplotypeScore=5.2251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.194;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:82:99:811,0,590 chrIX 66928 . C T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;DP=85;Dels=0.00;FS=5.687;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:787,0,587 chrIX 66948 . A G 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=86;Dels=0.00;FS=4.194;HaplotypeScore=8.7508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.499;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:694,0,552 chrIX 66963 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=85;Dels=0.00;FS=20.363;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.821;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:548,0,775 chrIX 67128 . C T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:595,0,599 chrIX 67219 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=65;Dels=0.00;FS=3.451;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.258;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:385,0,693 chrIX 67222 . C T 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=19.12;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1314,150,0 chrIX 67321 . T C 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=20.91;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1706,192,0 chrIX 67390 . G A,C 1213.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.13;MQ0=0;QD=14.10;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,41,45:86:99:1273,680,608,593,0,506 chrIX 67392 . T C 1410 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:84:99:1443,162,0 chrIX 67395 . A T 1485 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;QD=17.07;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1518,165,0 chrIX 67430 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=73;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:353,0,469 chrIX 67456 . T C 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=11.59;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:87:775,87,0 chrIX 67458 . T C 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=11.81;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:87:789,87,0 chrIX 67690 . G C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DP=81;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:81:99:609,0,675 chrIX 67705 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DP=73;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.857;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:538,0,472 chrIX 67842 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=69;Dels=0.00;FS=3.480;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.344;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:69:99:637,0,410 chrIX 67951 . C T 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=21.99;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2386,261,0 chrIX 68072 . G T 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=20.26;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1654,183,0 chrIX 68113 . T C 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=17.93;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1109,126,0 chrIX 68156 . G T 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DP=73;Dels=0.00;FS=1.027;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.712;QD=12.99;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,54:73:99:978,0,171 chrIX 68186 . C T 2805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=22.62;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2838,306,0 chrIX 68384 . A T 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=66;Dels=0.02;FS=3.222;HaplotypeScore=12.2612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=18.92;ReadPosRankSum=1.677;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1282,138,0 chrIX 68461 . A G 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.57;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1884,210,0 chrIX 68548 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=82;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=11.7642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.659;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.767;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:82:99:472,0,739 chrIX 68567 . C T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.612;DP=82;Dels=0.00;FS=4.645;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:583,0,683 chrIX 68595 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=86;Dels=0.00;FS=7.942;HaplotypeScore=7.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:428,0,657 chrIX 68663 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;DP=92;Dels=0.00;FS=2.771;HaplotypeScore=8.7121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:92:99:550,0,914 chrIX 68857 . A G 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=20.29;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1027,117,0 chrIX 68879 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=51;Dels=0.00;FS=11.371;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.172;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.794;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:302,0,380 chrIX 68891 . C T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.260;DP=47;Dels=0.00;FS=14.461;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.810;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.856;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:347,0,247 chrIX 68901 . T C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=43;Dels=0.00;FS=15.786;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:305,0,223 chrIX 69033 . C T 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=18.78;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1385,150,0 chrIX 69138 . T C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;DP=55;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.360;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:54:99:647,0,199 chrIX 69429 . C T 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=78;Dels=0.00;FS=4.469;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.995;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,50:78:99:1071,0,488 chrIX 69624 . C A 3431.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=20.79;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:3431,369,0 chrIX 69636 . T C 1455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.542;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,88:139:99:1485,0,702 chrIX 69651 . A G 2157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.738;DP=143;Dels=0.00;FS=16.176;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.384;QD=15.08;ReadPosRankSum=4.676;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,134:143:99:2190,246,0 chrIX 69658 . T C 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.69;MQ0=0;QD=16.30;SB=-1.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2054,228,0 chrIX 69770 . T G 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=17.49;ReadPosRankSum=3.098;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:1170,118,0 chrIX 69789 . G A 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=18.36;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1355,156,0 chrIX 69950 . A G 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=24.65;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1561,171,0 chrIX 70239 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=46;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.448;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:364,0,284 chrIX 70241 . T C 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=17.33;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:46:96:830,96,0 chrIX 70339 . G T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.672;DP=67;Dels=0.00;FS=6.443;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:679,0,467 chrIX 70598 . G A 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.35;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1334,150,0 chrIX 70698 . T C 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.735;DP=120;Dels=0.00;FS=3.487;HaplotypeScore=8.8622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:120:99:844,0,1155 chrIX 70904 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.438;DP=72;Dels=0.00;FS=17.295;HaplotypeScore=6.5797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=6.04;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:465,0,616 chrIX 70913 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=73;Dels=0.00;FS=22.500;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:73:99:558,0,579 chrIX 70962 . G A 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=89;Dels=0.00;FS=4.509;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.933;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,58:89:99:938,0,447 chrIX 71000 . A G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DP=106;Dels=0.00;FS=1.785;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.923;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:625,0,1058 chrIX 71060 . G C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.438;DP=126;Dels=0.00;FS=1.473;HaplotypeScore=7.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.353;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:126:99:842,0,1039 chrIX 71177 . G A 2384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2417,267,0 chrIX 71236 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.933;DP=95;Dels=0.00;FS=8.463;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.353;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:95:99:735,0,725 chrIX 71252 . C A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DP=87;Dels=0.00;FS=15.332;HaplotypeScore=11.0573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.309;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:504,0,677 chrIX 71255 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=86;Dels=0.00;FS=15.272;HaplotypeScore=11.0573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.604;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:525,0,636 chrIX 71393 . T C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=73;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.672;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:516,0,580 chrIX 71501 . C T 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.238;DP=123;Dels=0.00;FS=1.470;HaplotypeScore=10.2185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,61:123:99:961,0,815 chrIX 71504 . T C 2299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=118;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=10.2436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=19.48;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.402e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:118:99:2332,264,0 chrIX 71693 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.504;DP=82;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.484;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:677,0,670 chrIX 71714 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=68;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.044;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:493,0,513 chrIX 71726 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;DP=55;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=9.29;ReadPosRankSum=-2.056;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:541,0,387 chrIX 71768 . G A 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=20.20;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1063,117,0 chrIX 71830 . G A 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DP=92;Dels=0.00;FS=1.311;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.234;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:692,0,626 chrIX 72015 . C G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=56;Dels=0.00;FS=1.074;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.813;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:56:99:507,0,254 chrIX 72065 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.725;DP=50;Dels=0.00;FS=4.503;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.156;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:239,0,316 chrIX 72176 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=42;Dels=0.00;FS=9.204;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.792;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:348,0,314 chrIX 72177 . C G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DP=42;Dels=0.02;FS=6.967;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:330,0,315 chrIX 72223 . C T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=58;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.315;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,39:58:99:600,0,313 chrIX 72260 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.291;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:400,0,806 chrIX 72311 . G A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;DP=68;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.324;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:776,0,539 chrIX 72464 . T C 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=22.52;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1069,120,0 chrIX 72564 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.565;DP=67;Dels=0.00;FS=2.076;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.217;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.326;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:668,0,462 chrIX 72570 . G T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,48:76:99:703,0,445 chrIX 72581 . G A 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,50:79:99:690,0,520 chrIX 72621 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=75;Dels=0.00;FS=3.212;HaplotypeScore=5.7940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.619;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.455;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:658,0,565 chrIX 72642 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.974;DP=80;Dels=0.00;FS=1.914;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.461;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:614,0,725 chrIX 72672 . G A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:381,0,555 chrIX 72684 . T G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=57;Dels=0.00;FS=1.021;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.620;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.242;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:330,0,552 chrIX 72697 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=55;Dels=0.00;FS=3.749;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:288,0,555 chrIX 72757 . T A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=43;Dels=0.00;FS=2.885;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.693;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:290,0,436 chrIX 72762 . T C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=43;Dels=0.00;FS=1.254;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:293,0,418 chrIX 72784 . T C 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;DP=51;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:287,0,495 chrIX 72792 . C A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=54;Dels=0.00;FS=3.874;HaplotypeScore=5.8943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.541;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:469,0,325 chrIX 72796 . T C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.504;DP=55;Dels=0.00;FS=10.000;HaplotypeScore=4.3170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.42;ReadPosRankSum=-2.099;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:273,0,560 chrIX 72950 . T A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=53;Dels=0.00;FS=5.202;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:399,0,430 chrIX 72971 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.499;DP=54;Dels=0.00;FS=7.923;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=2.764;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:485,0,333 chrIX 72998 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.121;DP=57;Dels=0.00;FS=1.201;HaplotypeScore=14.9653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.122;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:391,0,431 chrIX 73076 . A G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=57;Dels=0.00;FS=3.871;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:478,0,530 chrIX 73100 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=65;Dels=0.00;FS=7.224;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.020;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:446,0,684 chrIX 73117 . T C 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.783;DP=76;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=5.9182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:460,0,843 chrIX 73733 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.438;DP=74;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.919;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:744,0,535 chrIX 73905 . G C 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=97;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=14.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:97:99:875,0,614 chrIX 73950 . T C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.521;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:85:99:600,0,699 chrIX 73989 . A G 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=91;Dels=0.00;FS=1.706;HaplotypeScore=6.5042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:909,0,785 chrIX 74340 . A G 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=54;Dels=0.00;FS=2.941;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=18.44;ReadPosRankSum=2.176;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1029,114,0 chrIX 74541 . G A 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=20.06;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1377,153,0 chrIX 74562 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DP=64;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=5.1514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.241;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:452,0,412 chrIX 74610 . C T 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=17.15;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:736,81,0 chrIX 74646 . A G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=36;Dels=0.00;FS=7.624;HaplotypeScore=2.6342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.492;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:36:99:216,0,291 chrIX 74670 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=35;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=4.2194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.766;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.281;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:266,0,334 chrIX 74736 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=78;Dels=0.00;FS=10.170;HaplotypeScore=7.1947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.310;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,29:78:99:314,0,823 chrIX 74754 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.703;DP=77;Dels=0.00;FS=3.141;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.675;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:281,0,858 chrIX 74780 . G T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.800;DP=102;Dels=0.00;FS=2.675;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:668,0,973 chrIX 74808 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;DP=101;Dels=0.00;FS=1.714;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=7.99;ReadPosRankSum=-2.314;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:837,0,836 chrIX 74922 . T C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:263,0,400 chrIX 74967 . T A 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=33;Dels=0.00;FS=6.139;HaplotypeScore=5.2712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=5.03;ReadPosRankSum=-2.341;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:196,0,324 chrIX 75045 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=51;Dels=0.00;FS=8.687;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.360;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:335,0,493 chrIX 75152 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=61;Dels=0.00;FS=4.462;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:486,0,392 chrIX 75437 . G A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.425;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:60:99:282,0,713 chrIX 75750 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.446;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:363,0,438 chrIX 75847 . T C 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=74;Dels=0.00;FS=5.268;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1187,132,0 chrIX 75941 . A G 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DP=131;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=19.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.845;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:1221,0,925 chrIX 76028 . G T 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;DP=53;Dels=0.02;FS=29.374;HaplotypeScore=8.7484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=1.32;ReadPosRankSum=-3.293;SB=0.079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:52:99:100,0,112 chrIX 76283 . A G 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=18.19;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1670,189,0 chrIX 76340 . C T 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=17.91;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1215,135,0 chrIX 76381 . G A 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=17.65;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:986,111,0 chrIX 76556 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=41;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:401,0,230 chrIX 76624 . C T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.286;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:398,0,210 chrIX 76900 . C T 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=20.22;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:842,93,0 chrIX 76912 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:355,0,283 chrIX 76959 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.136;DP=52;Dels=0.00;FS=2.620;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:52:99:492,0,364 chrIX 77020 . C T 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.86;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1618,174,0 chrIX 77092 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=8.00;ReadPosRankSum=-2.215;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:678,0,784 chrIX 77152 . G A 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=72;Dels=0.00;FS=7.242;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.774;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:72:99:768,0,500 chrIX 77257 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.467;DP=72;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=2.347;QD=5.19;ReadPosRankSum=-2.713;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:404,0,812 chrIX 77291 . A G 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DP=82;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:721,0,546 chrIX 77307 . T C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=90;Dels=0.00;FS=1.705;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=7.97;ReadPosRankSum=3.312;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:747,0,700 chrIX 77331 . G A 2472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.88;SB=-1.298e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2505,279,0 chrIX 77387 . T A 1270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=151;Dels=0.00;FS=2.081;HaplotypeScore=18.1356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,80:151:99:1300,0,1263 chrIX 77427 . A T 3073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.76;SB=-1.695e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3106,342,0 chrIX 77497 . C A 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.121;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.982;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:91:99:882,0,821 chrIX 77531 . A G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.128;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:471,0,561 chrIX 77546 . T C 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=21.58;ReadPosRankSum=1.679;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1457,162,0 chrIX 77585 . G T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:82:99:592,0,652 chrIX 77594 . T G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=3.331;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.488;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:89:99:697,0,613 chrIX 77604 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.257;DP=90;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,54:90:99:740,0,639 chrIX 77663 . C T 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=120;Dels=0.00;FS=5.736;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,68:120:99:1043,0,965 chrIX 77692 . G T 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=117;Dels=0.00;FS=3.484;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=7.35;ReadPosRankSum=2.283;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:117:99:890,0,1107 chrIX 77697 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=120;Dels=0.00;FS=4.624;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.504;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,56:120:99:921,0,1010 chrIX 77788 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=72;Dels=0.00;FS=10.556;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:626,0,543 chrIX 78087 . C T 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;DP=84;Dels=0.00;FS=2.096;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.152;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:939,0,599 chrIX 78274 . A G 2437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.19;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:115:99:2470,279,0 chrIX 78328 . T C 2248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.48;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2281,252,0 chrIX 78415 . A G 2388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2421,270,0 chrIX 78442 . C T 2625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2658,291,0 chrIX 78571 . C T 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DP=134;Dels=0.00;FS=3.131;HaplotypeScore=7.5773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,71:134:99:1225,0,1055 chrIX 78597 . C A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;DP=107;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:107:99:805,0,1041 chrIX 78622 . C G 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=90;Dels=0.00;FS=4.143;HaplotypeScore=4.2645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.521;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:716,0,791 chrIX 79417 . G A 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=24.09;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1695,186,0 chrIX 79502 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.22;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1366,156,0 chrIX 79550 . T C 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=21.51;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1173,129,0 chrIX 79636 . T C 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=21.70;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1357,153,0 chrIX 79682 . A G 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.601;DP=102;Dels=0.00;FS=2.715;HaplotypeScore=7.0120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:102:99:863,0,795 chrIX 79786 . G A 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.88;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1149,132,0 chrIX 79822 . G A 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=18.50;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:625,66,0 chrIX 79846 . G C 489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=16.30;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:30:36:522,36,0 chrIX 79900 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DP=43;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=6.81;ReadPosRankSum=-2.581;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:323,0,424 chrIX 79996 . A G 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.81;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1320,147,0 chrIX 80086 . A G 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DP=40;Dels=0.00;FS=3.270;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:175,0,390 chrIX 80297 . G T 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DP=23;Dels=0.00;FS=4.191;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.109;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:23:56:56,0,132 chrIX 80335 . G A 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=9;Dels=0.00;FS=6.455;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-5.952e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:54:54,0,106 chrIX 80414 . A G 404.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.501;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:434,0,362 chrIX 80696 . A G 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.65;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:996,114,0 chrIX 80882 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DP=105;Dels=0.00;FS=6.251;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.081;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:105:99:741,0,943 chrIX 81014 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=68;Dels=0.00;FS=6.575;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:664,0,541 chrIX 81401 . T C 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.39;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1175,129,0 chrIX 81995 . G A 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.12;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1038,117,0 chrIX 82157 . T C 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=20.44;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:1014,114,0 chrIX 82232 . C T 353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=14.12;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:42:386,42,0 chrIX 82237 . G A 390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=15.00;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:423,45,0 chrIX 82457 . T C 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=53;Dels=0.00;FS=3.938;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=17.36;ReadPosRankSum=1.532;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:953,108,0 chrIX 82610 . C T 499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=20.79;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:532,57,0 chrIX 82619 . G A 348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;QD=16.57;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:42:381,42,0 chrIX 82622 . C T 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=17.55;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:419,45,0 chrIX 82673 . T C 334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.65;MQ0=0;QD=15.18;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:367,42,0 chrIX 82694 . A G 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;QD=18.61;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:93:796,93,0 chrIX 82733 . A G 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;QD=21.64;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1656,186,0 chrIX 82899 . G A 530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=11.52;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:66:563,66,0 chrIX 82900 . A C 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=16.76;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:804,87,0 chrIX 83061 . C T 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.24;MQ0=0;QD=16.24;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1625,171,0 chrIX 83067 . T C 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=96;Dels=0.00;FS=6.601;HaplotypeScore=88.6753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.696;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1523,168,0 chrIX 83087 . T C 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=148;Dels=0.00;FS=10.027;HaplotypeScore=95.2780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.117;QD=11.32;ReadPosRankSum=2.416;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:148:99:1708,189,0 chrIX 83104 . A C 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.97;MQ0=0;QD=12.85;SB=-1.639e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:2230,252,0 chrIX 83517 . C G 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.78;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:63:99:1279,144,0 chrIX 83571 . T C 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=16.87;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:944,108,0 chrIX 83625 . G A 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=14.28;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:75:690,75,0 chrIX 83676 . A G 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.35;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:664,72,0 chrIX 83721 . T G 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.70;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:683,78,0 chrIX 84138 . T C 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.08;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1424,162,0 chrIX 84510 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=58;Dels=0.00;FS=2.212;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:594,0,390 chrIX 85177 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.504;DP=59;Dels=0.00;FS=6.385;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.391;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:59:99:349,0,436 chrIX 85300 . T C 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=15.93;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:1785,201,0 chrIX 85309 . C T 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=15.02;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1235,132,0 chrIX 85444 . G A 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=40;Dels=0.00;FS=12.474;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:40:99:252,0,336 chrIX 85680 . C T 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=17.92;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:78:714,78,0 chrIX 85688 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DP=39;Dels=0.00;FS=3.255;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:292,0,253 chrIX 85716 . C A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.837;DP=47;Dels=0.00;FS=12.655;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.396;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:276,0,341 chrIX 85758 . G A 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=16.93;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1032,114,0 chrIX 85764 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DP=65;Dels=0.00;FS=3.694;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:65:99:592,0,337 chrIX 85821 . C T 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.83;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1714,189,0 chrIX 85860 . T C 1568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=21.48;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1601,180,0 chrIX 86294 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=40;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:443,0,210 chrIX 86303 . A G 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.886;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:142,0,389 chrIX 86586 . T G 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=16.69;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:901,102,0 chrIX 86720 . C T 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.50;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:893,99,0 chrIX 86751 . C T 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=18.05;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:737,81,0 chrIX 86925 . A G 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.18;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:800,90,0 chrIX 87121 . G A 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=22.41;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:952,102,0 chrIX 87180 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DP=35;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.050;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:367,0,236 chrIX 87283 . C T 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.02;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1391,150,0 chrIX 87642 . C T 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=17.51;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1259,138,0 chrIX 88151 . T C 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=23.61;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1615,180,0 chrIX 88444 . G A 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=15.63;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1487,165,0 chrIX 88448 . T C 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=13.93;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:94:99:1342,150,0 chrIX 88522 . A G 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=18.09;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2005,225,0 chrIX 89503 . A C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.692;DP=70;Dels=0.00;FS=1.005;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.235;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:516,0,636 chrIX 89552 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=74;Dels=0.00;FS=10.910;HaplotypeScore=2.7697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:661,0,635 chrIX 90515 . C T 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.50;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:708,75,0 chrIX 90617 . A G 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=17.21;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:43:87:773,87,0 chrIX 90986 . A G 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=20.12;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1220,135,0 chrIX 91112 . G C 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=20.26;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1755,195,0 chrIX 91116 . T G 1660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=19.76;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1693,189,0 chrIX 91130 . C T 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=19.66;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1645,180,0 chrIX 91187 . T C 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=17.94;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1181,138,0 chrIX 91232 . T C 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=19.98;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1192,132,0 chrIX 91277 . C T 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=20.64;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1065,114,0 chrIX 91316 . G A 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=17.33;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1038,114,0 chrIX 91343 . A G 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=16.35;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1194,135,0 chrIX 91352 . A G 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=14.87;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1148,129,0 chrIX 91579 . C A 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=17.90;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:731,78,0 chrIX 91661 . C T 503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=26;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=19.35;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:60:536,60,0 chrIX 91709 . A T 668 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=20.87;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:701,78,0 chrIX 91712 . T C 591 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.621;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:72:624,72,0 chrIX 91718 . A G 653 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=19.79;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:686,78,0 chrIX 91814 . C T 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=16.87;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:792,84,0 chrIX 91834 . T A 530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=34;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.631;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:63:563,63,0 chrIX 91967 . T C 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=16.73;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:769,87,0 chrIX 91970 . A G 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=17.03;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:697,78,0 chrIX 92024 . T G 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.11;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:649,75,0 chrIX 92242 . C A 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=21.46;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:63:591,63,0 chrIX 92420 . T C 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1189,138,0 chrIX 92809 . C T 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=21.33;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1377,147,0 chrIX 92857 . C T 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.26;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1269,144,0 chrIX 92947 . G A 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.59;MQ0=0;QD=19.83;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1520,165,0 chrIX 92948 . A T 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.59;MQ0=0;QD=19.35;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1484,165,0 chrIX 92997 . G A 696 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.94;MQ0=0;QD=14.20;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:84:729,84,0 chrIX 92998 . A C 753 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.94;MQ0=0;QD=15.37;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:87:786,87,0 chrIX 92999 . A T 748 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.94;MQ0=0;QD=15.27;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:87:781,87,0 chrIX 93013 . G T 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=0;QD=14.53;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:81:745,81,0 chrIX 93053 . C A 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=15.05;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:620,69,0 chrIX 93433 . C T 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.96;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1039,111,0 chrIX 93577 . T C 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=64;Dels=0.00;FS=4.210;HaplotypeScore=5.7670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.673;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:64:99:1175,135,0 chrIX 93762 . A G 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=17.85;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:497,57,0 chrIX 94207 . A G 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=16.62;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:81:698,81,0 chrIX 94563 . T C 1934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.573;DP=84;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=23.02;ReadPosRankSum=3.592;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:84:99:1967,225,0 chrIX 94832 . G A 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=21.97;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2054,231,0 chrIX 94863 . C T 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=97;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=4.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=17.22;ReadPosRankSum=1.696;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:1703,189,0 chrIX 94886 . T C 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=17.28;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:1744,195,0 chrIX 94907 . A G 1634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=16.67;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1667,189,0 chrIX 94908 . T A 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=16.88;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1687,189,0 chrIX 94942 . G A 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=16.86;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1584,174,0 chrIX 95341 . C G 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=17.57;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:929,108,0 chrIX 95505 . C T 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=13.69;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:950,114,0 chrIX 95590 . C T 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=15.49;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:55:96:885,96,0 chrIX 95670 . G A 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=17.18;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:686,78,0 chrIX 96305 . T C 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=24.13;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1360,150,0 chrIX 96554 . A T 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1833,207,0 chrIX 96780 . A G 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=62;Dels=0.00;FS=9.545;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=20.52;ReadPosRankSum=2.371;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1305,147,0 chrIX 97661 . A T 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.597;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:52:99:957,108,0 chrIX 97931 . C T 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.84;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:994,108,0 chrIX 98050 . G A 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=19.19;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:935,99,0 chrIX 98109 . G A 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=18.41;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:788,87,0 chrIX 98144 . G A 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.979;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:96:868,96,0 chrIX 98294 . C A 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.49;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:902,99,0 chrIX 98414 . T C 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.63;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1309,147,0 chrIX 98932 . A G 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.18;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1042,117,0 chrIX 99159 . T C 2877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:138:99:2910,327,0 chrIX 99281 . T A 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=18.33;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:858,93,0 chrIX 99686 . C T 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=19.79;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1082,129,0 chrIX 99748 . G A 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=19.59;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1385,153,0 chrIX 100199 . G A 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.82;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1699,195,0 chrIX 100355 . A G 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=20.10;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:837,93,0 chrIX 100367 . T C 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=18.10;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:793,90,0 chrIX 100415 . T C 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.77;MQ0=0;QD=9.05;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:72:630,72,0 chrIX 100423 . T C 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.67;MQ0=0;QD=8.39;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:63:570,63,0 chrIX 100449 . T G 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.81;MQ0=0;QD=11.69;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:87:781,87,0 chrIX 100450 . T C 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.81;MQ0=0;QD=11.70;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:87:782,87,0 chrIX 100465 . G A 746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=0;QD=10.66;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:87:779,87,0 chrIX 100595 . A G 1622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.85;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1655,183,0 chrIX 100882 . C T 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=18.12;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1120,126,0 chrIX 101006 . T C 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.10;MQ0=0;QD=14.93;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:75:675,75,0 chrIX 101012 . C T 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=0;QD=13.37;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:66:608,66,0 chrIX 101027 . G A 565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;QD=13.45;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:66:598,66,0 chrIX 101030 . G A 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.93;MQ0=0;QD=13.15;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:66:572,66,0 chrIX 101046 . C T 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.53;MQ0=0;QD=14.60;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:72:661,72,0 chrIX 101270 . A T 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=16.33;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:93:866,93,0 chrIX 101294 . T C 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=17.42;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:869,99,0 chrIX 101315 . C A 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=17.00;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:934,99,0 chrIX 101321 . T C 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;QD=17.00;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:968,108,0 chrIX 101379 . G C 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.96;MQ0=0;QD=19.21;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:955,111,0 chrIX 101388 . C T 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;QD=20.84;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1096,120,0 chrIX 101395 . T G 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.93;MQ0=0;QD=18.88;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:977,108,0 chrIX 101559 . T C 717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.641;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:84:750,84,0 chrIX 101723 . C T 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=22.10;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1602,177,0 chrIX 101771 . A C 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=22.82;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1516,171,0 chrIX 101828 . C T 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=22.05;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1246,135,0 chrIX 101954 . G A 2178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.93;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2211,246,0 chrIX 102011 . T C 1954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=22.99;ReadPosRankSum=1.691;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1987,219,0 chrIX 102310 . C T 2059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=17.75;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2092,231,0 chrIX 102483 . A T 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=75;Dels=0.00;FS=2.620;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=17.51;ReadPosRankSum=2.904;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:1346,150,0 chrIX 102495 . A C 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=16.29;ReadPosRankSum=1.687;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1287,144,0 chrIX 102496 . T A 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.17;MQ0=0;QD=17.30;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1365,147,0 chrIX 102597 . C T 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=17.81;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:995,108,0 chrIX 102974 . C T 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=15.31;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:63:584,63,0 chrIX 102994 . T C 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=13.03;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:54:476,54,0 chrIX 103157 . T C 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=19.56;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1226,138,0 chrIX 103177 . G A 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=18.02;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:862,93,0 chrIX 103303 . G A 600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=12.77;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:69:633,69,0 chrIX 103318 . A G 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=13.73;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:81:733,81,0 chrIX 103339 . T G 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=13.50;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:69:600,69,0 chrIX 103404 . T C 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=17.42;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:451,51,0 chrIX 103474 . C G 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:831,96,0 chrIX 103838 . A T 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.83;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1380,150,0 chrIX 103927 . T C 2026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.84;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2059,228,0 chrIX 104128 . G A 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=19.83;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1302,141,0 chrIX 104428 . A C 1568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=23.40;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1601,177,0 chrIX 104728 . C T 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.89;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1261,141,0 chrIX 104822 . G T 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=18.96;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1114,123,0 chrIX 104826 . T C 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=15.67;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:989,111,0 chrIX 104962 . T G 2168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.658;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2201,255,0 chrIX 105090 . T C 2194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=24.38;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2227,246,0 chrIX 105326 . A G 1783 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=16.66;ReadPosRankSum=2.404;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:1816,207,0 chrIX 105352 . T C 1733 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=17.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:1766,195,0 chrIX 105355 . T C 1432 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.784;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:99:99:1465,140,0 chrIX 105420 . A G 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:80,9,0 chrIX 106629 . G A 939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=19.98;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:972,111,0 chrIX 106806 . A G 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.39;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:746,84,0 chrIX 107346 . T G 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=23.20;ReadPosRankSum=2.274;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1332,153,0 chrIX 109487 . T C 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=73;Dels=0.00;FS=3.070;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=18.25;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1365,153,0 chrIX 109941 . G A 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=17.94;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1612,177,0 chrIX 110073 . A G 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=16.70;ReadPosRankSum=2.373;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1102,123,0 chrIX 110559 . G A 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.74;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1298,147,0 chrIX 111631 . C T 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.60;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:982,108,0 chrIX 112228 . A G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=20.91;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:953,105,0 chrIX 112372 . G A 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=20.35;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1905,207,0 chrIX 112832 . C G 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=17.67;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:740,84,0 chrIX 112855 . C A 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=16.24;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:650,75,0 chrIX 113517 . G A 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=17.62;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:87:826,87,0 chrIX 113518 . G A 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.30;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:794,84,0 chrIX 113749 . G T 2433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.72;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2466,270,0 chrIX 113799 . C A 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=20.00;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1413,153,0 chrIX 113838 . C T 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=15.18;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:90:777,90,0 chrIX 114177 . C T 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=23.27;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1080,117,0 chrIX 114240 . G T 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=22.47;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1089,117,0 chrIX 114270 . T C 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=20.42;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1013,114,0 chrIX 114355 . A G 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=20.20;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:841,96,0 chrIX 114394 . G A 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.29;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1169,132,0 chrIX 114791 . A G 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1470,162,0 chrIX 114808 . G A 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=17.51;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1434,162,0 chrIX 115136 . C T 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=2.139;QD=21.01;ReadPosRankSum=0.964;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:112:99:2386,267,0 chrIX 115936 . A T 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=86;Dels=0.00;FS=4.109;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=22.65;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1981,216,0 chrIX 116428 . A G 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.86;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1582,180,0 chrIX 117012 . T A 3643.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=161;Dels=0.00;FS=3.065;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=22.63;ReadPosRankSum=1.710;SB=-1.987e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,160:161:99:3643,399,0 chrIX 117336 . A T 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=18.97;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2006,222,0 chrIX 117383 . G T 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=17.77;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:1828,198,0 chrIX 117411 . T C 875.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=84;Dels=0.05;FS=3.024;HaplotypeScore=22.4301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-6.594e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:80:17:908,17,0 chrIX 117852 . C T 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=21.36;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1443,165,0 chrIX 118634 . A G 2033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=16.94;ReadPosRankSum=1.674;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:2066,234,0 chrIX 118726 . G A 2233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=23.26;SB=-1.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2266,252,0 chrIX 119687 . G A 2604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.25;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2637,288,0 chrIX 120214 . T A 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.31;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1455,162,0 chrIX 120514 . T C 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.45;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1685,189,0 chrIX 120883 . T G 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.52;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1410,156,0 chrIX 121460 . A G 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=18.69;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:874,99,0 chrIX 121652 . G A 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=17.36;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:849,96,0 chrIX 122282 . G T 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=21.97;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:912,99,0 chrIX 122620 . A T 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.41;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1639,183,0 chrIX 122940 . A T 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.67;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1294,141,0 chrIX 124278 . T C 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.74;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1598,183,0 chrIX 124830 . A G 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=3.724;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=20.24;ReadPosRankSum=1.628;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:78:701,78,0 chrIX 125295 . C T 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.77;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:882,99,0 chrIX 125455 . C G 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=20.01;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1474,168,0 chrIX 125593 . T C 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=21.15;ReadPosRankSum=1.618;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1958,216,0 chrIX 126263 . T C 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=4.988;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=22.29;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:947,108,0 chrIX 126566 . T C 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.222;DP=65;Dels=0.00;FS=8.062;HaplotypeScore=4.5283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=16.63;ReadPosRankSum=2.374;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1114,126,0 chrIX 127117 . G C 3011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=23.16;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:3044,339,0 chrIX 127636 . T C 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=16.55;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1291,144,0 chrIX 127637 . T C 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.50;MQ0=0;QD=16.92;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1302,147,0 chrIX 127743 . G A 1761 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;QD=18.54;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1794,198,0 chrIX 127746 . G T 1781 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=18.36;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1814,201,0 chrIX 127749 . C T 1731 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=17.14;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1764,201,0 chrIX 127774 . G A 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=17.15;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1817,201,0 chrIX 128572 . G A 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=11.42;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:51:467,51,0 chrIX 130004 . T A 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=18.06;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:936,102,0 chrIX 130049 . G T 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=18.64;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1226,138,0 chrIX 130167 . T C 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=15.05;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:620,69,0 chrIX 130270 . T C 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=18.61;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:945,105,0 chrIX 130336 . C T 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=20.67;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1170,132,0 chrIX 130430 . C T 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=24.89;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1551,171,0 chrIX 130461 . T C 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=23.12;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:50:99:1189,135,0 chrIX 130480 . G A 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:894,96,0 chrIX 130537 . C T 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=13.45;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:66:571,66,0 chrIX 130586 . G A 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.49;MQ0=0;QD=8.13;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:57:529,57,0 chrIX 130592 . C T 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.24;MQ0=0;QD=8.26;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:72:628,72,0 chrIX 130684 . G T 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=21.37;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2490,270,0 chrIX 130712 . G A 2456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=20.99;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2489,273,0 chrIX 130771 . A T 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=77;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=20.04;ReadPosRankSum=1.592;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1576,171,0 chrIX 130852 . T C 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=22.06;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1114,126,0 chrIX 130859 . G T 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1188,126,0 chrIX 130876 . C T 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1440,156,0 chrIX 131485 . C T 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=18.86;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1523,165,0 chrIX 131490 . T C 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=16.63;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1463,165,0 chrIX 131557 . T C 2900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=21.48;ReadPosRankSum=2.413;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:135:99:2933,336,0 chrIX 131617 . G A 1969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.31;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2002,216,0 chrIX 131737 . C T 2216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=16.92;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2249,240,0 chrIX 131742 . C G 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=13.50;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:133:99:1828,213,0 chrIX 131883 . C A 2149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=116;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=10.4508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=18.53;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2182,227,0 chrIX 131983 . A G 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=17.26;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1086,123,0 chrIX 132018 . G A 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=15.22;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1235,138,0 chrIX 132156 . G A 2608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2641,291,0 chrIX 132429 . T G 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.61;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:739,81,0 chrIX 132543 . T C 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=20.82;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1199,138,0 chrIX 132615 . G A 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.67;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:832,96,0 chrIX 132907 . T C 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:207,0,298 chrIX 132978 . C G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DP=54;Dels=0.00;FS=1.042;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.796;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:452,0,474 chrIX 133074 . T A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=50;Dels=0.00;FS=4.240;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:616,0,233 chrIX 133108 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.239;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:42:99:269,0,407 chrIX 133353 . C T 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=20.23;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1166,129,0 chrIX 133368 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.194;DP=65;Dels=0.00;FS=2.172;HaplotypeScore=3.5067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.712;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:480,0,433 chrIX 133465 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:383,0,524 chrIX 133668 . G A 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=21.06;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1381,150,0 chrIX 133698 . A G 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=20.20;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1225,138,0 chrIX 133869 . T C 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=21.64;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1353,150,0 chrIX 133870 . T C 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=63;Dels=0.00;FS=3.040;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=20.60;ReadPosRankSum=2.371;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:63:99:1331,150,0 chrIX 133892 . C G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=70;Dels=0.00;FS=1.986;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:70:99:601,0,485 chrIX 134277 . A G 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=98;Dels=0.00;FS=10.984;HaplotypeScore=5.4663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=2.070;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.622;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:938,0,605 chrIX 134472 . G A 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=20.40;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:951,102,0 chrIX 134641 . T C 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.57;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1500,171,0 chrIX 134773 . G A 1446 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=22.59;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1479,159,0 chrIX 134776 . G A 370.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DP=63;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=3.6314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:400,0,605 chrIX 134779 . T C 1303 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.626;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1336,150,0 chrIX 134788 . T C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=61;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=3.7195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=18.61;ReadPosRankSum=2.329;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1168,132,0 chrIX 134885 . A G 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=19.87;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1126,126,0 chrIX 134890 . C T 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=18.91;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1073,120,0 chrIX 134917 . A G 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.279;DP=52;Dels=0.00;FS=5.450;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=14.42;ReadPosRankSum=3.279;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:52:87:783,87,0 chrIX 134920 . G A 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=15.70;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:84:771,84,0 chrIX 134985 . T C 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=30;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:144,0,302 chrIX 135055 . T C 582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=15.32;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:69:615,69,0 chrIX 135075 . A G 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=13.50;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:75:654,75,0 chrIX 135273 . C T 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=15.59;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1062,120,0 chrIX 135274 . T A 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=14.58;ReadPosRankSum=1.681;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1010,114,0 chrIX 135361 . T C 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.84;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:926,105,0 chrIX 135454 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=45;Dels=0.00;FS=3.604;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.709;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:375,0,448 chrIX 135647 . G A 2497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=20.81;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2530,288,0 chrIX 135991 . G C 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=18.12;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1501,165,0 chrIX 136028 . C T 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=18.53;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1330,144,0 chrIX 136044 . T A 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=17.13;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:941,105,0 chrIX 136075 . A G 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.042;DP=31;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.954;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:31:60:515,60,0 chrIX 136100 . T C 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=19.94;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:35:81:731,81,0 chrIX 136134 . G A 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=21.03;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:811,90,0 chrIX 136172 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DP=44;Dels=0.00;FS=1.389;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=2.088;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.775;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:44:99:354,0,423 chrIX 136210 . A T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DP=37;Dels=0.00;FS=5.824;HaplotypeScore=12.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.046;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:274,0,288 chrIX 136233 . A T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DP=26;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.291;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.856;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:157,0,229 chrIX 136619 . A G 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=23.02;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1184,138,0 chrIX 136762 . G A 2242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=23.60;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2275,249,0 chrIX 136845 . T C 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=23.30;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1198,132,0 chrIX 136846 . T C 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=22.94;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1180,132,0 chrIX 136891 . C T 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=22.39;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:884,96,0 chrIX 137062 . A G 1498 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.05;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1531,168,0 chrIX 137125 . G A 127.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=18;Dels=0.00;FS=27.868;HaplotypeScore=22.2816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.07;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.873;SB=1.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:28:157,0,28 chrIX 137138 . A C 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=12;Dels=0.00;FS=23.222;HaplotypeScore=17.6263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;MQRankSum=1.866;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.866;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:12:9:80,9,0 chrIX 137143 . A G 13.25 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DP=11;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=14.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-4.011e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:18:43,0,18 chrIX 137160 . A T 133.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=9.51;SB=-8.111e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:166,18,0 chrIX 137334 . C T 520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=22.61;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:60:553,60,0 chrIX 137403 . T C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=21.79;ReadPosRankSum=2.787;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:84:752,84,0 chrIX 137636 . A T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=63;Dels=0.00;FS=2.146;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:681,0,455 chrIX 137742 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=59;Dels=0.00;FS=1.022;HaplotypeScore=5.0866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.987;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:205,0,749 chrIX 137855 . G C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=57;Dels=0.00;FS=6.889;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.450;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.041;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:434,0,354 chrIX 137929 . A G 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DP=44;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=10.3262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.597;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:44:99:206,0,248 chrIX 138305 . T C 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.31;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:619,72,0 chrIX 138346 . T C 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.90;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:69:610,69,0 chrIX 138455 . A C 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.641;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:75:685,75,0 chrIX 138495 . C T 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=14.85;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:523,57,0 chrIX 138740 . C T 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=21.45;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:57:505,57,0 chrIX 138792 . T A 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=22.17;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:964,105,0 chrIX 139216 . C G 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=19.27;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1767,198,0 chrIX 139233 . G T 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=18.59;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1502,165,0 chrIX 139242 . A T 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=71;Dels=0.00;FS=11.623;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.720;QD=18.45;ReadPosRankSum=2.311;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1343,147,0 chrIX 139314 . G C 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.695;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.588;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:53:112,0,53 chrIX 139367 . A G 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.556;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.068;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:133,0,199 chrIX 139370 . A G 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.923;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.639;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:117,0,286 chrIX 139397 . G C 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=55;Dels=0.00;FS=3.186;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.872;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.407;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:106,0,622 chrIX 139404 . G T 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.749;DP=58;Dels=0.00;FS=7.134;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.660;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:58:99:119,0,664 chrIX 139442 . A G 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;DP=78;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.920;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.470;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:78:96:96,0,907 chrIX 139448 . C A 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=82;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQ0=0;MQRankSum=-6.904;QD=0.84;ReadPosRankSum=2.133;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:82:99:99,0,938 chrIX 139458 . T C 86.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.711;DP=89;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=-7.645;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.676;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:116,0,1014 chrIX 139461 . T C 117.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.460;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-7.320;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.600;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:147,0,978 chrIX 139466 . T A 121.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;DP=89;Dels=0.00;FS=1.755;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQ0=0;MQRankSum=-6.864;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.186;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:151,0,955 chrIX 139513 . T A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DP=91;Dels=0.00;FS=7.501;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.996;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:301,0,852 chrIX 139519 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;DP=110;Dels=0.00;FS=6.924;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.530;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.854;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:110:99:452,0,988 chrIX 139542 . T A 1344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DP=129;Dels=0.00;FS=17.162;HaplotypeScore=6.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=3.678;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,75:129:99:1374,0,676 chrIX 139595 . A G 1829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.979;DP=185;Dels=0.00;FS=8.982;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=2.604;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.015;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,94:185:99:1859,0,1720 chrIX 139685 . T C 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=101;Dels=0.00;FS=2.752;HaplotypeScore=4.9573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:947,0,980 chrIX 139695 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;DP=84;Dels=0.00;FS=2.952;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.611;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:766,0,796 chrIX 139714 . T G 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.206;DP=82;Dels=0.00;FS=9.484;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.573;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:594,0,895 chrIX 139850 . G A 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;DP=109;Dels=0.00;FS=3.835;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.543;QD=10.07;ReadPosRankSum=-2.518;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,69:109:99:1128,0,593 chrIX 140720 . T G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.166;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.725;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:430,0,476 chrIX 141013 . G A 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=20.21;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1609,180,0 chrIX 141022 . A G 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=18.91;ReadPosRankSum=2.387;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1508,171,0 chrIX 141141 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=56;Dels=0.00;FS=5.822;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.349;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:521,0,446 chrIX 141212 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=57;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:472,0,481 chrIX 141270 . A G 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=92;Dels=0.00;FS=7.103;HaplotypeScore=15.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:92:99:906,0,527 chrIX 141321 . T G 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=22.49;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1810,204,0 chrIX 141332 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=82;Dels=0.00;FS=1.826;HaplotypeScore=5.8902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=6.96;ReadPosRankSum=-2.618;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:601,0,781 chrIX 141727 . T C 1319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.175;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,77:168:99:1349,0,1653 chrIX 141911 . A G 1902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=23.20;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1935,219,0 chrIX 141990 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.686;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.688;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,64:121:99:778,0,842 chrIX 142169 . G A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DP=51;Dels=0.00;FS=6.133;HaplotypeScore=1.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.686;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:51:99:222,0,493 chrIX 142171 . A T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=51;Dels=0.00;FS=8.060;HaplotypeScore=1.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.060;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.089;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:99:213,0,529 chrIX 142201 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DP=59;Dels=0.00;FS=7.082;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.344;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:397,0,561 chrIX 142209 . C G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;DP=60;Dels=0.00;FS=5.037;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.500;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:407,0,594 chrIX 142244 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.700;DP=78;Dels=0.00;FS=4.460;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.457;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:641,0,625 chrIX 142386 . C T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.631;DP=72;Dels=0.01;FS=22.149;HaplotypeScore=36.9491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=2.312;QD=0.20;ReadPosRankSum=-4.934;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,11:71:44:44,0,683 chrIX 142390 . C T 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DP=59;Dels=0.00;FS=7.146;HaplotypeScore=5.9173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.328;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.664;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:120,0,496 chrIX 142413 . G T 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.317;DP=64;Dels=0.00;FS=11.313;HaplotypeScore=3.6850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.66;MQ0=0;MQRankSum=-5.136;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:85:85,0,499 chrIX 142456 . A T 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;DP=99;Dels=0.00;FS=41.358;HaplotypeScore=7.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.02;MQ0=0;MQRankSum=-8.538;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.958;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:205,0,791 chrIX 142469 . T G 166.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=91;Dels=0.00;FS=25.080;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=-8.196;QD=1.82;ReadPosRankSum=2.432;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:196,0,648 chrIX 142470 . A G 170.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=90;Dels=0.00;FS=25.786;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.74;MQ0=0;MQRankSum=-8.142;QD=1.89;ReadPosRankSum=2.106;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:200,0,640 chrIX 142478 . C A 169.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=88;Dels=0.00;FS=17.509;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.36;MQ0=0;MQRankSum=-8.030;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.454;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:199,0,734 chrIX 142488 . C G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=91;Dels=0.00;FS=11.519;HaplotypeScore=43.6934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=-7.873;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:91:99:261,0,669 chrIX 142542 . T C 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=18.93;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1396,159,0 chrIX 142544 . C A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.685;DP=71;Dels=0.00;FS=2.023;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.089;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.438;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:335,0,738 chrIX 142556 . G T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=69;Dels=0.00;FS=6.373;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.150;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:375,0,651 chrIX 142618 . G T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DP=73;Dels=0.00;FS=1.973;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.286;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:542,0,637 chrIX 142906 . C T 2504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=21.77;SB=-1.400e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2537,276,0 chrIX 143092 . G A 1942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=21.11;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1975,219,0 chrIX 143302 . C T 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=19.45;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1686,186,0 chrIX 143352 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=60;Dels=0.00;FS=2.281;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:554,0,511 chrIX 143995 . A G 343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=14.29;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:42:376,42,0 chrIX 144132 . T C 38.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=16;Dels=0.00;FS=39.035;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=2.44;ReadPosRankSum=2.874;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:16:9:71,9,0 chrIX 145668 . A G 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.700;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.017;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:652,0,562 chrIX 145805 . T A 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.06;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:918,105,0 chrIX 145988 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;DP=58;Dels=0.00;FS=7.912;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:457,0,591 chrIX 146867 . C A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.029;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.368;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:335,0,173 chrIX 146919 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:16:62:62,0,225 chrIX 146932 . G A 262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=14.56;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:33:295,33,0 chrIX 146985 . T G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=47;Dels=0.00;FS=6.445;HaplotypeScore=18.0485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.232;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:152,0,493 chrIX 147145 . T G 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.53;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:87:769,87,0 chrIX 147414 . C T 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.76;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1611,174,0 chrIX 147476 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;DP=88;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=10.2187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.157;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:661,0,749 chrIX 147523 . G C 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.08;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1141,126,0 chrIX 148596 . A G 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.619;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.619;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1247,138,0 chrIX 149536 . G T 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=23.55;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1587,168,0 chrIX 149761 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=41;Dels=0.00;FS=2.700;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:459,0,280 chrIX 149978 . C G 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=20.66;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:880,99,0 chrIX 150052 . G C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=58;Dels=0.00;FS=3.806;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:405,0,578 chrIX 150261 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;DP=32;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:288,0,314 chrIX 150475 . T G 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.336;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:851,0,807 chrIX 150599 . C T 1007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1040,120,0 chrIX 150682 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.490;DP=47;Dels=0.00;FS=4.288;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.632;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:397,0,373 chrIX 151326 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:397,0,549 chrIX 151658 . G C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;DP=33;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.528;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:220,0,273 chrIX 151731 . A G 396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=17.22;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:429,48,0 chrIX 151788 . T G 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=12.11;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:63:578,63,0 chrIX 151869 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DP=55;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.311;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:55:99:441,0,379 chrIX 151882 . T C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.939;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:423,0,363 chrIX 151917 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;DP=59;Dels=0.00;FS=9.158;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.381;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:301,0,481 chrIX 151918 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;DP=59;Dels=0.00;FS=9.158;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.051;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:309,0,490 chrIX 152033 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.069;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:68:99:506,0,653 chrIX 152184 . T A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.017;DP=56;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.197;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:552,0,504 chrIX 152419 . A T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=65;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=9.48;ReadPosRankSum=-2.083;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:646,0,424 chrIX 153385 . T A 1164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.119;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:124:99:1194,0,1230 chrIX 153400 . A T 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.522;DP=109;Dels=0.00;FS=3.799;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.220;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.526;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,60:109:99:1005,0,913 chrIX 153463 . A G 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=17.25;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:999,114,0 chrIX 153608 . G A 1797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.670;DP=232;Dels=0.00;FS=3.049;HaplotypeScore=12.3050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,111:231:99:1827,0,1846 chrIX 153611 . G A 1656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.339;DP=233;Dels=0.00;FS=4.650;HaplotypeScore=13.7222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.354;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,114:233:99:1686,0,1881 chrIX 153725 . A G 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=20.88;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1745,192,0 chrIX 153930 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=60;Dels=0.00;FS=3.656;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:434,0,557 chrIX 154095 . G A 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;DP=91;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=17.4235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.603;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:91:99:903,0,642 chrIX 154387 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;DP=80;Dels=0.00;FS=4.824;HaplotypeScore=2.7090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.334;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:652,0,691 chrIX 154476 . G A 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.114;DP=132;Dels=0.00;FS=7.090;HaplotypeScore=12.2653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,70:132:99:965,0,877 chrIX 154922 . A G 3461.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=20.85;SB=-1.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:3461,390,0 chrIX 155033 . A T 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.23;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1455,171,0 chrIX 155480 . A C 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=22.95;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2167,240,0 chrIX 155631 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=81;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.820;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:577,0,658 chrIX 155654 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DP=66;Dels=0.00;FS=12.117;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:501,0,645 chrIX 155792 . G A 2260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2293,252,0 chrIX 156015 . A G 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=22.68;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1825,207,0 chrIX 156029 . G A 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=19.34;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1329,153,0 chrIX 156304 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=88;Dels=0.00;FS=7.247;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:88:99:768,0,789 chrIX 157218 . C T 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=112;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=5.8291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.324;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,62:112:99:1021,0,758 chrIX 157808 . T G 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.648;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:90:806,90,0 chrIX 158408 . G A 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=110;Dels=0.00;FS=27.848;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.821;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,65:110:99:967,0,491 chrIX 158843 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:320,0,419 chrIX 158912 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=42;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:42:99:382,0,320 chrIX 159305 . C G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=33;Dels=0.00;FS=7.791;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:271,0,295 chrIX 159842 . A G 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.171;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:140,0,219 chrIX 160022 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DP=39;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.757;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:364,0,288 chrIX 160170 . C T 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:736,84,0 chrIX 160245 . T G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;DP=79;Dels=0.00;FS=4.774;HaplotypeScore=9.0195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.800;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:686,0,705 chrIX 160280 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=76;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:646,0,714 chrIX 161147 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=74;Dels=0.00;FS=6.962;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.990;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:492,0,640 chrIX 161738 . T C 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.36;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:788,90,0 chrIX 161795 . T C 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=36;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:252,0,272 chrIX 162177 . T C 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=29;Dels=0.00;FS=6.362;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:29:99:116,0,386 chrIX 163353 . A G 663.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.554;QD=8.84;ReadPosRankSum=-2.228;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:693,0,709 chrIX 163686 . G A 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=95;Dels=0.00;FS=2.715;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:95:99:810,0,817 chrIX 163812 . C T 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:54:99:649,0,249 chrIX 164017 . C T 2433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.45;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2466,270,0 chrIX 164332 . C T 2230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.86;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2263,246,0 chrIX 164475 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DP=61;Dels=0.00;FS=3.703;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.642;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:542,0,529 chrIX 164504 . G T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=66;Dels=0.00;FS=3.402;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.188;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:642,0,508 chrIX 164522 . G A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=84;Dels=0.00;FS=11.294;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.729;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.429;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:776,0,609 chrIX 164883 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=62;Dels=0.00;FS=3.781;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,40:62:99:641,0,366 chrIX 165018 . A G 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=32;Dels=0.00;FS=8.162;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.133;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:134,0,286 chrIX 165039 . C G 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=14.71;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:66:592,66,0 chrIX 165870 . C T 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.171;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:921,0,497 chrIX 166083 . T G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DP=56;Dels=0.00;FS=3.538;HaplotypeScore=8.2320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.989;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:595,0,436 chrIX 166116 . G C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=54;Dels=0.00;FS=3.158;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:553,0,430 chrIX 166141 . T A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DP=59;Dels=0.00;FS=4.966;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:598,0,483 chrIX 166175 . C T 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=21.51;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:872,96,0 chrIX 166203 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=47;Dels=0.00;FS=9.192;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.318;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.901;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:47:99:363,0,373 chrIX 166298 . C A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=67;Dels=0.00;FS=0.986;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.270;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:688,0,621 chrIX 166383 . A G 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.943;DP=109;Dels=0.00;FS=2.497;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:109:99:961,0,1154 chrIX 166442 . G A 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=115;Dels=0.00;FS=0.712;HaplotypeScore=9.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:115:99:945,0,905 chrIX 166463 . A C 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.206;DP=104;Dels=0.00;FS=4.978;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.964;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:104:99:952,0,836 chrIX 166510 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.086;DP=71;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:524,0,591 chrIX 166640 . T C 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DP=136;Dels=0.00;FS=3.198;HaplotypeScore=330.6916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.627;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,68:136:99:984,0,840 chrIX 166805 . T C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=51;Dels=0.00;FS=2.620;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:313,0,385 chrIX 166889 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.995;DP=40;Dels=0.00;FS=6.590;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.091;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:374,0,122 chrIX 166931 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=54;Dels=0.00;FS=6.502;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:411,0,342 chrIX 167048 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;DP=87;Dels=0.00;FS=9.094;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=1.361;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.144;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:575,0,885 chrIX 167454 . T C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=92;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=9.5555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:92:99:842,0,710 chrIX 167496 . G C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=103;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.419;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:103:99:812,0,1039 chrIX 167635 . T C 1053.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=126;Dels=0.00;FS=9.699;HaplotypeScore=9.7720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.246;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,68:126:99:1083,0,1099 chrIX 167769 . T C 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=111;Dels=0.00;FS=11.112;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:111:99:724,0,1125 chrIX 167860 . T C 1409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.516;DP=181;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=10.6692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,85:181:99:1439,0,1670 chrIX 168127 . T C 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.845;DP=116;Dels=0.00;FS=29.494;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:116:99:941,0,965 chrIX 168175 . A G 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DP=126;Dels=0.00;FS=7.358;HaplotypeScore=16.5760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=7.75;ReadPosRankSum=2.020;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,63:126:99:1006,0,668 chrIX 168187 . A G 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.375;DP=114;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.737;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:114:99:960,0,736 chrIX 168217 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=90;Dels=0.00;FS=4.862;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:727,0,497 chrIX 168244 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=83;Dels=0.00;FS=2.051;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:642,0,546 chrIX 168373 . A G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;DP=77;Dels=0.00;FS=2.074;HaplotypeScore=8.3795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:522,0,810 chrIX 168381 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=77;Dels=0.00;FS=6.664;HaplotypeScore=12.9337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.063;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:77:99:554,0,632 chrIX 168511 . A G 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;DP=38;Dels=0.00;FS=10.253;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:341,0,362 chrIX 168871 . C T 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=23;Dels=0.00;FS=6.897;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.512;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:23:83:83,0,248 chrIX 168934 . A G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.462;DP=27;Dels=0.00;FS=3.628;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:242,0,269 chrIX 169225 . C A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=36;Dels=0.00;FS=1.341;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.373;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:385,0,182 chrIX 169256 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;DP=36;Dels=0.00;FS=1.370;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:379,0,278 chrIX 169445 . C G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;DP=40;Dels=0.00;FS=1.422;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.488;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:282,0,425 chrIX 169544 . C T 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=22;Dels=0.00;FS=11.029;HaplotypeScore=6.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:162,0,255 chrIX 169666 . C G 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=135;Dels=0.00;FS=1.382;HaplotypeScore=5.2205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.548;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.041;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,67:135:99:724,0,1045 chrIX 169671 . A G 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;DP=136;Dels=0.00;FS=3.083;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.654;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,67:136:99:799,0,1028 chrIX 169795 . C A 188.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=52.8233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.928;SB=-1.103e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,9:32:24:221,24,0 chrIX 169923 . C G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;DP=61;Dels=0.00;FS=5.770;HaplotypeScore=7.9256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.179;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:61:99:428,0,574 chrIX 170139 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=48;Dels=0.00;FS=6.171;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.991;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:318,0,331 chrIX 170156 . C A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;DP=38;Dels=0.00;FS=4.536;HaplotypeScore=5.6584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.038;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:303,0,236 chrIX 170375 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=71;Dels=0.00;FS=12.511;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:430,0,683 chrIX 170432 . A T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DP=69;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:500,0,374 chrIX 170717 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.778;DP=89;Dels=0.00;FS=7.558;HaplotypeScore=6.9919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:758,0,730 chrIX 170918 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.038;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.517;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:380,0,451 chrIX 170921 . A T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=60;Dels=0.00;FS=2.188;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.959;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:423,0,417 chrIX 171065 . C T 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;DP=128;Dels=0.00;FS=8.075;HaplotypeScore=12.6197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.075;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:128:99:1007,0,1013 chrIX 171154 . T C 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DP=105;Dels=0.00;FS=4.003;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.433;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:105:99:949,0,777 chrIX 171278 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;DP=71;Dels=0.00;FS=0.917;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.984;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:580,0,563 chrIX 171281 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=68;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.047;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:595,0,475 chrIX 171404 . G A 1523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.090;DP=157;Dels=0.00;FS=6.936;HaplotypeScore=11.1848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.154;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,80:157:99:1553,0,1120 chrIX 171517 . A G 507.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;DP=90;Dels=0.00;FS=5.528;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=-5.517;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.109;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:537,0,956 chrIX 171518 . G C 525.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=90;Dels=0.00;FS=5.528;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=-5.751;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.109;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:555,0,947 chrIX 171525 . T C 545.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;DP=91;Dels=0.00;FS=9.116;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.707;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:91:99:575,0,900 chrIX 171535 . C T 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=19.10;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1618,180,0 chrIX 171556 . T A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=69;Dels=0.00;FS=3.790;HaplotypeScore=4.4564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=-6.456;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.426;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:324,0,656 chrIX 171558 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=71;Dels=0.00;FS=2.208;HaplotypeScore=5.2450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.730;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.941;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:309,0,723 chrIX 171616 . T A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=72;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:484,0,730 chrIX 171632 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DP=68;Dels=0.00;FS=3.460;HaplotypeScore=38.9112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.713;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.860;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:68:99:419,0,717 chrIX 171655 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:70:99:336,0,738 chrIX 171701 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=82;Dels=0.00;FS=4.489;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.912;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.185;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:501,0,807 chrIX 171711 . T A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=95;Dels=0.00;FS=8.364;HaplotypeScore=6.6110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.035;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:562,0,895 chrIX 171806 . A G 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=97;Dels=0.00;FS=5.169;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.422;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:900,0,933 chrIX 171999 . T C 1135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.756;DP=119;Dels=0.00;FS=8.423;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.215;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:119:99:1165,0,1014 chrIX 172044 . G A 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.754;DP=83;Dels=0.00;FS=11.179;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.191;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:807,0,650 chrIX 172050 . T A 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=79;Dels=0.00;FS=11.408;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.875;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:729,0,727 chrIX 172074 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;DP=89;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=11.1687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.678;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.805;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:89:99:706,0,741 chrIX 172231 . G A 2252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=19.25;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2285,252,0 chrIX 172693 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=57;Dels=0.00;FS=9.871;HaplotypeScore=8.3967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.043;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:439,0,473 chrIX 172731 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=48;Dels=0.00;FS=2.864;HaplotypeScore=5.0765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:456,0,437 chrIX 172920 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.017;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:514,0,717 chrIX 173151 . T C 147.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=52;Dels=0.00;FS=23.429;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.271;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:52:99:177,0,623 chrIX 173286 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=85;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=10.7751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:689,0,670 chrIX 173363 . G T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;DP=87;Dels=0.02;FS=1.771;HaplotypeScore=60.1618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=2.150;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:528,0,602 chrIX 173732 . G A 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=21.98;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1132,120,0 chrIX 174017 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.514;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:536,0,453 chrIX 174172 . A C 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.568;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:832,0,788 chrIX 174244 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;DP=53;Dels=0.00;FS=1.248;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.688;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:457,0,510 chrIX 174252 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=47;Dels=0.00;FS=3.114;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:47:99:378,0,584 chrIX 174273 . A G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=45;Dels=0.00;FS=2.912;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.704;QD=3.44;ReadPosRankSum=-2.212;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:185,0,479 chrIX 174304 . T G 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=47;Dels=0.00;FS=15.930;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.974;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:135,0,598 chrIX 174345 . T A 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=16.53;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1570,177,0 chrIX 174391 . T A 3543.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=174;Dels=0.00;FS=2.959;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=20.36;ReadPosRankSum=2.379;SB=-2.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,172:174:99:3543,390,0 chrIX 174414 . G A 1893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=228;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=14.2715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,124:228:99:1923,0,1734 chrIX 174453 . A T 1574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DP=217;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=16.0785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.778;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.348;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,112:217:99:1604,0,1905 chrIX 174511 . G C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DP=106;Dels=0.00;FS=0.782;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.081;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:106:99:747,0,1142 chrIX 174542 . C A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.917;DP=90;Dels=0.00;FS=1.829;HaplotypeScore=7.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.139;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:90:99:501,0,1012 chrIX 174546 . T G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=91;Dels=0.00;FS=4.126;HaplotypeScore=8.7077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.776;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:471,0,941 chrIX 174626 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=79;Dels=0.00;FS=3.839;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.843;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.291;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:559,0,520 chrIX 174641 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=97;Dels=0.00;FS=6.917;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.966;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.891;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:597,0,647 chrIX 174643 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=97;Dels=0.00;FS=6.917;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-6.047;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.781;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:630,0,669 chrIX 174652 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=102;Dels=0.00;FS=17.825;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.525;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.391;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:604,0,678 chrIX 174680 . C A 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.752;DP=116;Dels=0.00;FS=6.851;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.803;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:116:99:813,0,714 chrIX 174681 . G A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.662;DP=120;Dels=0.00;FS=4.085;HaplotypeScore=6.6949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.090;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:120:99:781,0,778 chrIX 174751 . G A 1355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DP=141;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=16.9064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,79:141:99:1385,0,911 chrIX 174904 . A C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DP=81;Dels=0.00;FS=5.696;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.756;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:683,0,653 chrIX 175006 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=51;Dels=0.00;FS=1.183;HaplotypeScore=5.8387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.775;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:51:63:741,0,63 chrIX 175120 . C A 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.91;MQ0=0;QD=16.53;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1124,120,0 chrIX 175126 . A C 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.677;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1038,117,0 chrIX 175220 . A G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.512;DP=82;Dels=0.00;FS=1.013;HaplotypeScore=2.6155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:569,0,524 chrIX 175438 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:213,0,330 chrIX 175751 . A G,T 626.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.48;MQ0=0;QD=15.27;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,24,17:41:99:686,290,239,396,0,360 chrIX 175755 . T G 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=16.45;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:691,78,0 chrIX 175785 . T C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=31;Dels=0.00;FS=1.497;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=2.093;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:31:99:262,0,215 chrIX 175811 . G A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.568;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:214,0,186 chrIX 175864 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=39;Dels=0.00;FS=13.729;HaplotypeScore=2.7568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:425,0,211 chrIX 175887 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=41;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.123;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:549,0,215 chrIX 175942 . G C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=31;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:316,0,208 chrIX 175960 . C T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:215,0,276 chrIX 176017 . C A 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DP=31;Dels=0.00;FS=16.809;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:171,0,353 chrIX 176261 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:274,0,284 chrIX 176379 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DP=47;Dels=0.00;FS=2.913;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=9.17;ReadPosRankSum=-2.205;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:47:99:461,0,192 chrIX 176412 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=46;Dels=0.00;FS=6.534;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:358,0,427 chrIX 176421 . G T 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=20.81;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:928,99,0 chrIX 176578 . C T 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=18.67;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:537,60,0 chrIX 176678 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=43;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:285,0,257 chrIX 177411 . A G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=33;Dels=0.00;FS=14.829;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:329,0,147 chrIX 177448 . T C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=38;Dels=0.00;FS=7.552;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.160;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:315,0,146 chrIX 177586 . G A 604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.57;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:637,69,0 chrIX 177598 . G A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;DP=27;Dels=0.00;FS=4.312;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=9.74;ReadPosRankSum=2.048;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:293,0,190 chrIX 177853 . T C 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;DP=52;Dels=0.00;FS=3.073;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.550;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:113,0,524 chrIX 177911 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=69;Dels=0.00;FS=7.964;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=4.55;ReadPosRankSum=-2.768;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:344,0,485 chrIX 177966 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=60;Dels=0.00;FS=5.141;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:387,0,588 chrIX 177974 . G A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.126;DP=58;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=1.757;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:439,0,544 chrIX 178045 . G T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;DP=50;Dels=0.00;FS=10.631;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:497,0,414 chrIX 178111 . C T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.217;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:210,0,160 chrIX 178144 . A G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=22;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.801;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:180,0,137 chrIX 178160 . C T 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=20.08;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:535,60,0 chrIX 179020 . C A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=6.35;ReadPosRankSum=-2.083;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:214,0,210 chrIX 179065 . T C 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=35;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.755;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:161,0,380 chrIX 179188 . G T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.998;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:56:283,0,56 chrIX 179273 . A G 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=18.86;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:96:825,96,0 chrIX 179398 . G A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.867;DP=64;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.967;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:647,0,556 chrIX 179673 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.442;DP=107;Dels=0.00;FS=5.800;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:734,0,738 chrIX 179763 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DP=89;Dels=0.00;FS=5.119;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.362;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:89:99:427,0,1093 chrIX 179764 . A G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.618;DP=89;Dels=0.00;FS=5.119;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.961;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:89:99:417,0,1164 chrIX 180009 . T A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DP=57;Dels=0.00;FS=7.465;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.676;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:485,0,390 chrIX 180087 . C A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;DP=85;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:705,0,858 chrIX 180128 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DP=95;Dels=0.00;FS=3.879;HaplotypeScore=9.0516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.949;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:692,0,927 chrIX 180248 . C A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;DP=65;Dels=0.00;FS=5.713;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:603,0,560 chrIX 180349 . A T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DP=67;Dels=0.00;FS=8.612;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:698,0,499 chrIX 180360 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;DP=80;Dels=0.00;FS=8.043;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:80:99:765,0,617 chrIX 180379 . A G 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=90;Dels=0.00;FS=13.467;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.204;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:613,0,892 chrIX 180412 . G A 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.185;DP=118;Dels=0.00;FS=12.987;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=6.47;ReadPosRankSum=-2.301;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:117:99:794,0,1149 chrIX 180565 . T A 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;DP=87;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:850,0,726 chrIX 180792 . A T 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=19.73;ReadPosRankSum=1.693;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1809,195,0 chrIX 180798 . C T 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=18.02;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1727,195,0 chrIX 180891 . C G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=87;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.310;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:532,0,854 chrIX 181236 . A G 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.04;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1309,144,0 chrIX 181451 . G C 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=101;Dels=0.00;FS=5.058;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.474;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:101:99:759,0,1063 chrIX 181566 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=91;Dels=0.00;FS=2.832;HaplotypeScore=7.9820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.504;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:91:99:656,0,864 chrIX 181676 . A G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DP=92;Dels=0.00;FS=1.708;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.799;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:674,0,807 chrIX 181677 . A G 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=20.39;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1909,210,0 chrIX 181986 . C T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DP=72;Dels=0.00;FS=6.268;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:72:99:711,0,452 chrIX 182483 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.138;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.420;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:91:99:658,0,800 chrIX 182837 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=80;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:643,0,775 chrIX 182939 . C T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;DP=88;Dels=0.00;FS=7.191;HaplotypeScore=6.2209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:715,0,792 chrIX 183064 . T G 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=21.32;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1291,144,0 chrIX 183089 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=65;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=4.8310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:552,0,433 chrIX 183280 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.292;DP=89;Dels=0.00;FS=7.546;HaplotypeScore=30.8378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:89:99:257,0,426 chrIX 183332 . A G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.569;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.398;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:86:99:571,0,846 chrIX 183373 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.916;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:730,0,912 chrIX 183552 . G T 3076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.97;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:154:99:3109,339,0 chrIX 183567 . T C 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.653;DP=182;Dels=0.00;FS=0.553;HaplotypeScore=13.4036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,77:182:99:1116,0,2087 chrIX 183795 . A C 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.646;DP=110;Dels=0.00;FS=0.754;HaplotypeScore=10.3336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.189;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:110:99:1003,0,1019 chrIX 183943 . A G 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.123;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:824,0,906 chrIX 184053 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.893;DP=72;Dels=0.00;FS=3.432;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.937;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:663,0,681 chrIX 184585 . T A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.146;DP=80;Dels=0.00;FS=0.955;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:836,0,560 chrIX 184665 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=48;Dels=0.00;FS=10.961;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.073;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:448,0,217 chrIX 184857 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=43;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=7.9074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.414;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:443,0,237 chrIX 184925 . C A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=4.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:304,0,408 chrIX 184947 . T A 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:237,0,362 chrIX 185013 . T G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=33;Dels=0.00;FS=18.263;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:251,0,240 chrIX 185152 . T A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;DP=43;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.640;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:268,0,433 chrIX 185367 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.670;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,41:63:99:728,0,442 chrIX 185961 . A G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.533;DP=69;Dels=0.00;FS=2.048;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.502;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:69:99:448,0,721 chrIX 186053 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=77;Dels=0.00;FS=6.043;HaplotypeScore=7.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:500,0,754 chrIX 186216 . G A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.321;DP=63;Dels=0.00;FS=5.199;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:836,0,355 chrIX 186691 . G A 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.246;DP=127;Dels=0.00;FS=0.701;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.680;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:127:99:1198,0,965 chrIX 186739 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=90;Dels=0.00;FS=0.851;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:90:99:537,0,1127 chrIX 187102 . T A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=60;Dels=0.00;FS=9.578;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.698;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:429,0,517 chrIX 187360 . A G 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=87;Dels=0.00;FS=1.733;HaplotypeScore=13.4989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.541;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:866,0,658 chrIX 187644 . C G 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=89;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=4.5190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.539;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:89:99:787,0,595 chrIX 187747 . G A 1237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.386;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,73:136:99:1267,0,1035 chrIX 187968 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;DP=52;Dels=0.00;FS=5.759;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.703;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.659;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:498,0,482 chrIX 187970 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=55;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:514,0,489 chrIX 188112 . C T 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.067;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:160,0,190 chrIX 188629 . G A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=55;Dels=0.00;FS=1.148;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:253,0,549 chrIX 188822 . C G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=64;Dels=0.00;FS=3.732;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.349;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:64:99:604,0,336 chrIX 188845 . G A 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=80;Dels=0.00;FS=6.037;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.555;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:714,0,405 chrIX 188870 . A T 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:104:99:762,0,782 chrIX 188877 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;DP=99;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:99:99:730,0,735 chrIX 188919 . A T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;DP=86;Dels=0.00;FS=4.223;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:553,0,920 chrIX 189195 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.931;DP=86;Dels=0.00;FS=5.494;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:86:99:506,0,756 chrIX 189202 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.160;DP=83;Dels=0.00;FS=7.191;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.820;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.056;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:83:99:399,0,831 chrIX 189322 . A G 287.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=67;Dels=0.00;FS=3.864;HaplotypeScore=8.5001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.909;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:317,0,632 chrIX 189329 . A G 205.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.589;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:65:99:235,0,704 chrIX 189332 . C T 213.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.387;DP=61;Dels=0.00;FS=2.385;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-4.694;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:61:99:243,0,678 chrIX 189347 . T C 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=61;Dels=0.00;FS=3.894;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.541;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:99:219,0,602 chrIX 189367 . T C 784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=15.68;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:50:96:817,96,0 chrIX 189470 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=54;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.503;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:389,0,476 chrIX 189692 . A G 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=52;Dels=0.00;FS=6.929;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:325,0,514 chrIX 189696 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=43;Dels=0.00;FS=7.002;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=5.49;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:266,0,425 chrIX 189725 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=49;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.641;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:370,0,435 chrIX 189777 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=51;Dels=0.00;FS=7.859;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:455,0,516 chrIX 189841 . A G 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=96;Dels=0.00;FS=5.246;HaplotypeScore=6.5307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.133;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:1016,0,729 chrIX 189843 . A G 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;DP=103;Dels=0.00;FS=3.883;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:103:99:764,0,1161 chrIX 189896 . G A 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.401;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,64:149:99:1075,0,1645 chrIX 190035 . A C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:507,0,273 chrIX 190120 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;DP=76;Dels=0.00;FS=3.249;HaplotypeScore=5.1468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:76:99:529,0,613 chrIX 190142 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=81;Dels=0.00;FS=23.347;HaplotypeScore=2.7652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.602;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:587,0,514 chrIX 190151 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=83;Dels=0.00;FS=24.929;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.481;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:516,0,551 chrIX 190174 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=91;Dels=0.00;FS=9.819;HaplotypeScore=7.5991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=4.70;ReadPosRankSum=2.521;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:458,0,636 chrIX 190296 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=55;Dels=0.00;FS=1.277;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:404,0,537 chrIX 190372 . T G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:398,0,547 chrIX 190373 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.655;DP=59;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=5.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.125;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:59:99:544,0,430 chrIX 190391 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=56;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.555;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:447,0,536 chrIX 190526 . C T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=46;Dels=0.00;FS=6.624;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.842;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.707;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:46:99:435,0,223 chrIX 190788 . C A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;DP=46;Dels=0.00;FS=2.826;HaplotypeScore=6.4381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=3.28;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:181,0,526 chrIX 190795 . C G 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:97:97,0,503 chrIX 190811 . T A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.371;DP=47;Dels=0.00;FS=6.423;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=2.330;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:546,0,185 chrIX 190867 . G T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=35;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:35:99:243,0,321 chrIX 190898 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=52;Dels=0.00;FS=2.381;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:52:99:479,0,410 chrIX 190922 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=86;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.364;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:86:99:451,0,879 chrIX 190936 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.529;DP=96;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.668;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,33:96:99:454,0,1194 chrIX 191063 . C T 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;DP=92;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.673;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:92:99:979,0,693 chrIX 191204 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=72;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.213;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:590,0,631 chrIX 191287 . G A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:628,0,950 chrIX 191327 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.913;DP=100;Dels=0.00;FS=4.482;HaplotypeScore=9.0870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.810;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:100:99:645,0,1022 chrIX 191432 . A G 1993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.98;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2026,225,0 chrIX 191501 . G A 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=17.80;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1528,171,0 chrIX 191573 . T C 1791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.32;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1824,207,0 chrIX 191635 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;DP=74;Dels=0.00;FS=3.841;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.138;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:760,0,536 chrIX 192113 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;DP=68;Dels=0.00;FS=1.975;HaplotypeScore=3.4352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=1.911;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.178;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:641,0,554 chrIX 192137 . C T 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=21.04;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1716,189,0 chrIX 192374 . G A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.209;DP=93;Dels=0.00;FS=5.283;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:778,0,696 chrIX 192411 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=92;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=7.1053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.788;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:92:99:539,0,851 chrIX 192413 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=91;Dels=0.00;FS=1.713;HaplotypeScore=4.7393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.089;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.951;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:91:99:528,0,849 chrIX 192482 . T C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.561;DP=63;Dels=0.00;FS=9.145;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:63:99:223,0,711 chrIX 192491 . C A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.168;DP=59;Dels=0.00;FS=5.757;HaplotypeScore=3.4119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:214,0,615 chrIX 192530 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DP=70;Dels=0.00;FS=0.921;HaplotypeScore=7.1594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:408,0,736 chrIX 192621 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=51;Dels=0.00;FS=5.891;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:294,0,662 chrIX 192670 . T C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;DP=75;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.386;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:497,0,834 chrIX 192753 . C T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DP=70;Dels=0.00;FS=8.285;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:571,0,526 chrIX 193021 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=63;Dels=0.00;FS=14.229;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:498,0,387 chrIX 193203 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.234;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:51:99:321,0,550 chrIX 193298 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;DP=58;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=9.7296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:58:99:210,0,554 chrIX 193744 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=45;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=7.9707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.964;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:45:99:271,0,374 chrIX 193815 . A G 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.46;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1196,132,0 chrIX 194026 . A G 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.77;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1056,117,0 chrIX 194170 . C T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;DP=51;Dels=0.00;FS=1.179;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.047;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:496,0,310 chrIX 194267 . C T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.950;DP=43;Dels=0.00;FS=9.513;HaplotypeScore=6.7948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:347,0,246 chrIX 194587 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=62;Dels=0.00;FS=15.316;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:624,0,447 chrIX 194686 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=63;Dels=0.00;FS=3.442;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.865;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:592,0,488 chrIX 195072 . G A 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=72;Dels=0.00;FS=0.941;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:635,0,638 chrIX 195082 . T C 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1526,174,0 chrIX 195274 . C G 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.357;QD=20.36;ReadPosRankSum=0.230;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:85:99:1764,198,0 chrIX 195521 . T A 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.20;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1254,135,0 chrIX 195532 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=47;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:448,0,363 chrIX 195634 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=37;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:256,0,354 chrIX 195661 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;DP=46;Dels=0.00;FS=11.969;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.819;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:214,0,467 chrIX 195716 . G A 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=77;Dels=0.00;FS=2.039;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=10.65;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:850,0,477 chrIX 195787 . G T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.078;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:550,0,745 chrIX 195861 . A G 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=20.86;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:805,90,0 chrIX 195961 . C T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;DP=41;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=3.61;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:178,0,428 chrIX 196033 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;DP=101;Dels=0.00;FS=6.460;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.218;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,41:101:99:703,0,1007 chrIX 196067 . T A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=106;Dels=0.00;FS=2.622;HaplotypeScore=11.4402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:106:99:747,0,1159 chrIX 196201 . C T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DP=63;Dels=0.00;FS=2.370;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.389;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:666,0,433 chrIX 196228 . T G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.789;DP=71;Dels=0.00;FS=5.551;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:71:99:579,0,540 chrIX 196321 . C G 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DP=103;Dels=0.00;FS=7.704;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.317;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:103:99:719,0,894 chrIX 196366 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.193;DP=69;Dels=0.00;FS=7.135;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.074;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.728;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:550,0,444 chrIX 196407 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.324;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:473,0,786 chrIX 196459 . C G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=90;Dels=0.00;FS=6.850;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:90:99:615,0,1107 chrIX 197092 . G A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;DP=104;Dels=0.00;FS=35.983;HaplotypeScore=5.8902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.24;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.349;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,27:104:99:275,0,1309 chrIX 197130 . G C 2215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=154;Dels=0.00;FS=36.090;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.911;QD=14.38;ReadPosRankSum=-2.143;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,115:154:99:2245,0,519 chrIX 197177 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=137;Dels=0.00;FS=9.723;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.91;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=3.28;ReadPosRankSum=-2.185;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,34:137:99:480,0,2100 chrIX 197241 . T A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=70;Dels=0.00;FS=6.691;HaplotypeScore=6.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.71;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.859;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:70:99:381,0,611 chrIX 197253 . A C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;DP=68;Dels=0.00;FS=2.723;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.44;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.136;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:574,0,519 chrIX 197364 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;DP=68;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:552,0,469 chrIX 197377 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=77;Dels=0.00;FS=5.961;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:508,0,585 chrIX 197446 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=94;Dels=0.00;FS=5.246;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.311;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:618,0,904 chrIX 197448 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;DP=95;Dels=0.00;FS=5.246;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.372;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:621,0,848 chrIX 197490 . G A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;DP=85;Dels=0.00;FS=9.006;HaplotypeScore=10.6586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:85:99:610,0,753 chrIX 197558 . A G 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=16.42;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1199,141,0 chrIX 197560 . C T 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=15.60;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1172,132,0 chrIX 197573 . T A 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=12.53;ReadPosRankSum=2.313;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1161,132,0 chrIX 197782 . G T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=59;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.131;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:675,0,320 chrIX 197823 . C T 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.357;DP=107;Dels=0.00;FS=3.535;HaplotypeScore=12.5529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:1015,0,793 chrIX 197949 . G A 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.842;DP=103;Dels=0.00;FS=9.559;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:964,0,1013 chrIX 198073 . A G 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.98;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:93:811,93,0 chrIX 198256 . T A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DP=82;Dels=0.00;FS=4.281;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.730;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:603,0,734 chrIX 198411 . C G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;DP=67;Dels=0.00;FS=7.901;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=2.829;QD=5.34;ReadPosRankSum=2.842;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:67:99:388,0,779 chrIX 198924 . A G 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=96;Dels=0.00;FS=2.708;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,58:96:99:1063,0,689 chrIX 199233 . C T 2564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:115:99:2597,282,0 chrIX 199368 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=54;Dels=0.00;FS=3.322;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=3.005;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.688;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:54:99:480,0,309 chrIX 199418 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DP=60;Dels=0.00;FS=1.111;HaplotypeScore=8.1468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.315;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:220,0,440 chrIX 199422 . T C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=54;Dels=0.00;FS=1.125;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:228,0,432 chrIX 199445 . T C 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=4.574;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.571;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:75:664,75,0 chrIX 199577 . G T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.220;DP=102;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:685,0,870 chrIX 199623 . T A 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=100;Dels=0.00;FS=5.599;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.343;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:1457,156,0 chrIX 199628 . C T 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=13.15;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1230,138,0 chrIX 199690 . C T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=2.464;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.310;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:418,0,420 chrIX 200213 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=70;Dels=0.00;FS=5.040;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:405,0,693 chrIX 200296 . C T 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.375;DP=107;Dels=0.00;FS=3.884;HaplotypeScore=7.0697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=2.119;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.972;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:107:99:832,0,969 chrIX 200298 . G A 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=103;Dels=0.00;FS=5.206;HaplotypeScore=4.7584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:103:99:1047,0,740 chrIX 200326 . C T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;DP=107;Dels=0.00;FS=2.516;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.822;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.041;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:756,0,863 chrIX 200335 . C T 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.547;DP=107;Dels=0.00;FS=2.550;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.357;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.507;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:107:99:810,0,868 chrIX 200410 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;DP=74;Dels=0.00;FS=23.319;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:587,0,709 chrIX 200428 . A C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DP=70;Dels=0.00;FS=30.850;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.843;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:515,0,761 chrIX 200433 . T G 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;DP=71;Dels=0.00;FS=27.362;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.662;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:520,0,667 chrIX 200457 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=68;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=5.0157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:409,0,725 chrIX 200700 . T C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.480;DP=66;Dels=0.00;FS=18.547;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:462,0,437 chrIX 200903 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.781;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:33:99:283,0,199 chrIX 201027 . T C 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:106,0,223 chrIX 201057 . T C 450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=16.67;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:483,54,0 chrIX 201167 . C G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=38;Dels=0.00;FS=1.480;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.902;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:38:99:204,0,284 chrIX 201431 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;DP=58;Dels=0.00;FS=8.603;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.126;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:553,0,490 chrIX 201525 . T C 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=20.02;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:954,108,0 chrIX 201537 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=44;Dels=0.00;FS=7.408;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=5.30;ReadPosRankSum=2.494;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:263,0,461 chrIX 201555 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;DP=46;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:291,0,444 chrIX 201561 . A G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:310,0,373 chrIX 201607 . G C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=6.74;ReadPosRankSum=2.586;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:347,0,384 chrIX 201645 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DP=52;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.781;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:469,0,463 chrIX 201647 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.347;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.059;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.943;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:492,0,436 chrIX 201729 . C T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=86;Dels=0.00;FS=7.313;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:651,0,753 chrIX 201814 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.130;DP=74;Dels=0.00;FS=1.921;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:74:99:558,0,650 chrIX 201914 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;DP=58;Dels=0.00;FS=7.798;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:634,0,403 chrIX 201950 . C A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=67;Dels=0.00;FS=3.460;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:646,0,560 chrIX 202086 . G A 2240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.93;SB=-1.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2273,255,0 chrIX 202271 . A G 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.628;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:855,0,787 chrIX 202303 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.863;DP=69;Dels=0.00;FS=4.969;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.594;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:652,0,615 chrIX 202381 . A T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=75;Dels=0.00;FS=2.333;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.719;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:489,0,610 chrIX 202393 . G A 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=19.53;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1810,198,0 chrIX 202633 . A T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.282;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:504,0,269 chrIX 202695 . T G 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=46;Dels=0.00;FS=2.809;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=16.46;ReadPosRankSum=2.343;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:90:790,90,0 chrIX 202909 . C G 3947.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.11;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,185:187:99:3947,438,0 chrIX 202963 . A G 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.797;DP=123;Dels=0.00;FS=8.495;HaplotypeScore=6.3145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.531;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:123:99:960,0,1202 chrIX 203308 . T G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DP=86;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.500;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:677,0,805 chrIX 203415 . A G 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.814;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,68:131:99:977,0,1207 chrIX 203744 . G A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=97;Dels=0.00;FS=1.882;HaplotypeScore=12.0950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.852;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.823;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:683,0,943 chrIX 204156 . A T 2854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=19.03;SB=-1.653e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:2887,327,0 chrIX 204369 . G A 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=119;Dels=0.00;FS=2.487;HaplotypeScore=11.8577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:119:99:953,0,827 chrIX 204609 . A T 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=19.21;ReadPosRankSum=1.597;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1512,168,0 chrIX 204746 . C T 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=2.999;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.558;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:109:99:728,0,954 chrIX 204891 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.267;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.405;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:63:99:395,0,657 chrIX 204908 . T C 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=21.22;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1179,132,0 chrIX 204976 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:501,0,565 chrIX 204990 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:497,0,634 chrIX 205055 . T G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,38:103:99:564,0,770 chrIX 205061 . G A 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.164;DP=105;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,65:104:99:886,0,535 chrIX 205094 . C A 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.407;DP=120;Dels=0.00;FS=5.806;HaplotypeScore=13.1709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.26;MQ0=0;MQRankSum=2.608;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,72:120:99:1190,0,692 chrIX 205156 . A C 2281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.09;MQ0=0;QD=22.15;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2314,264,0 chrIX 205159 . A G 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;DP=102;Dels=0.00;FS=5.265;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.112;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:102:99:698,0,933 chrIX 205192 . G A 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.89;MQ0=0;QD=19.88;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1047,120,0 chrIX 205198 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DP=43;Dels=0.00;FS=4.488;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:43:99:405,0,265 chrIX 205209 . A T 228.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.388;DP=30;Dels=0.00;FS=3.142;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.31;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.226;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:258,0,248 chrIX 205210 . T C 180.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.87;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.207;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:210,0,258 chrIX 205211 . C T 227.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.87;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.115;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:257,0,205 chrIX 205213 . T A 231.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=28;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.87;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.412;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:261,0,177 chrIX 205217 . A C 184.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:214,0,139 chrIX 210751 . C G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DP=70;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.255;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.817;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:70:99:473,0,573 chrIX 210848 . A G 1266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;DP=132;Dels=0.00;FS=4.206;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.483;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,70:132:99:1296,0,1153 chrIX 210861 . A T 1316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;DP=152;Dels=0.00;FS=7.266;HaplotypeScore=14.1101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.88;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.798;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,86:152:99:1346,0,1124 chrIX 210959 . T A 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=85;Dels=0.00;FS=4.549;HaplotypeScore=11.0648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.634;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:801,0,645 chrIX 211064 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.714;DP=77;Dels=0.00;FS=2.646;HaplotypeScore=12.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.383;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:548,0,626 chrIX 211150 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=89;Dels=0.00;FS=3.009;HaplotypeScore=8.4937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.889;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:89:99:428,0,792 chrIX 211179 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.192;DP=102;Dels=0.00;FS=5.033;HaplotypeScore=9.6509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.551;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:102:99:693,0,968 chrIX 211211 . T C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;DP=111;Dels=0.00;FS=1.537;HaplotypeScore=11.4649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.068;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:111:99:767,0,973 chrIX 211324 . C T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=74;Dels=0.00;FS=1.953;HaplotypeScore=12.9959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=7.04;ReadPosRankSum=3.061;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:74:99:551,0,501 chrIX 211352 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=68;Dels=0.00;FS=6.799;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:552,0,568 chrIX 211502 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.643;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,47:111:99:731,0,986 chrIX 211519 . C T 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=117;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=8.2388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.861;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.912;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,67:117:99:1067,0,804 chrIX 211652 . A G 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.26;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1330,150,0 chrIX 212110 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=34;Dels=0.00;FS=1.852;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.205;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:260,0,305 chrIX 212171 . A G 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=19.89;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1246,141,0 chrIX 212182 . C T 389.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DP=59;Dels=0.00;FS=14.246;HaplotypeScore=3.5137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.751;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.088;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:419,0,494 chrIX 212200 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;DP=62;Dels=0.00;FS=9.346;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.502;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:488,0,462 chrIX 212310 . G A 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=20.20;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1710,195,0 chrIX 212456 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;DP=46;Dels=0.00;FS=2.119;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:466,0,395 chrIX 212523 . A G 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=21.73;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:989,111,0 chrIX 212552 . G C 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=21.49;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:957,108,0 chrIX 212838 . G A 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DP=76;Dels=0.00;FS=3.030;HaplotypeScore=9.0729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:733,0,566 chrIX 213122 . G A 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=75;Dels=0.00;FS=6.515;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.144;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:75:99:928,0,423 chrIX 213251 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.841;DP=42;Dels=0.00;FS=18.757;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.404;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:318,0,319 chrIX 213299 . A T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DP=42;Dels=0.00;FS=9.166;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.599;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:358,0,171 chrIX 213605 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;DP=26;Dels=0.00;FS=6.239;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:290,0,169 chrIX 213938 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=44;Dels=0.00;FS=2.548;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.813;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:292,0,337 chrIX 213953 . T C 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=48;Dels=0.00;FS=3.072;HaplotypeScore=6.2886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=18.00;ReadPosRankSum=2.348;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:897,102,0 chrIX 214397 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.984;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.783;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:431,0,631 chrIX 214484 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.731;DP=71;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:481,0,834 chrIX 214643 . A G 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=83;Dels=0.00;FS=4.423;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=8.94;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:772,0,665 chrIX 214803 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;DP=107;Dels=0.03;FS=0.888;HaplotypeScore=78.1332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:705,0,873 chrIX 214842 . T G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.197;DP=66;Dels=0.00;FS=13.625;HaplotypeScore=9.5862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.720;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.625;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:414,0,558 chrIX 214890 . A T 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=22.21;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1099,120,0 chrIX 214988 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.649;DP=77;Dels=0.00;FS=1.061;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.982;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:608,0,408 chrIX 215033 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DP=98;Dels=0.00;FS=2.043;HaplotypeScore=15.0110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=6.74;ReadPosRankSum=-2.513;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:691,0,558 chrIX 215186 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=49;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.491;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:399,0,354 chrIX 215257 . G A 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=33;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:162,0,260 chrIX 215372 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.269;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.783;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:34:99:239,0,246 chrIX 215380 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=31;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.206;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:234,0,209 chrIX 215732 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DP=43;Dels=0.00;FS=1.602;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.161;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:520,0,344 chrIX 215993 . C T 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=17.77;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1188,129,0 chrIX 215997 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DP=67;Dels=0.00;FS=3.442;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:67:99:477,0,439 chrIX 216106 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.375;DP=91;Dels=0.00;FS=2.985;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.903;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,34:91:99:493,0,1081 chrIX 216122 . T C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DP=102;Dels=0.00;FS=2.799;HaplotypeScore=13.1452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,39:102:99:548,0,1167 chrIX 216129 . A G 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.311;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.445;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:1054,0,627 chrIX 216326 . A G 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=19.28;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:939,105,0 chrIX 216335 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=49;Dels=0.00;FS=8.815;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:306,0,421 chrIX 216395 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DP=62;Dels=0.00;FS=2.725;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=7.27;ReadPosRankSum=2.157;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:481,0,389 chrIX 216408 . A T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=75;Dels=0.00;FS=6.044;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:513,0,480 chrIX 216471 . G C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=101;Dels=0.00;FS=22.140;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:101:99:683,0,739 chrIX 216864 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=86;Dels=0.00;FS=9.006;HaplotypeScore=10.2102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.744;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:86:99:704,0,789 chrIX 217264 . T C 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DP=102;Dels=0.00;FS=0.764;HaplotypeScore=8.7640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.260;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,61:102:99:1014,0,679 chrIX 217335 . C T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.013;DP=88;Dels=0.00;FS=12.101;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:711,0,919 chrIX 217389 . A G 2366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=6.511;HaplotypeScore=4.7010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=22.97;ReadPosRankSum=1.698;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2399,270,0 chrIX 217459 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;DP=69;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:599,0,683 chrIX 217612 . T A 1445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.312;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,75:149:99:1475,0,1132 chrIX 217641 . A G 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.702;DP=139;Dels=0.00;FS=4.091;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.276;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,64:139:99:1169,0,1582 chrIX 217682 . A G 1440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.033;DP=157;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.666;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,84:157:99:1470,0,1328 chrIX 217875 . G A 1820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=188;Dels=0.00;FS=7.669;HaplotypeScore=6.0840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.931;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.618;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,96:188:99:1850,0,1602 chrIX 218196 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;DP=112;Dels=0.00;FS=11.468;HaplotypeScore=20.1731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.066;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:112:99:681,0,833 chrIX 218229 . A G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.458;DP=67;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:470,0,494 chrIX 218274 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.660;DP=48;Dels=0.00;FS=4.181;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:215,0,513 chrIX 218344 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.185;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:434,0,631 chrIX 218409 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.511;DP=56;Dels=0.00;FS=5.736;HaplotypeScore=2.7697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.802;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:431,0,341 chrIX 218556 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=31;Dels=0.00;FS=6.284;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:316,0,109 chrIX 218754 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;DP=32;Dels=0.00;FS=1.470;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:363,0,212 chrIX 218780 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:307,0,211 chrIX 218801 . A G 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;DP=32;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=2.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:286,0,230 chrIX 219135 . T G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:297,0,300 chrIX 219186 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.584;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:290,0,224 chrIX 219192 . T C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.550;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:203,0,209 chrIX 219459 . G T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=50;Dels=0.00;FS=1.395;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.097;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:464,0,324 chrIX 219851 . G A 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.668;DP=95;Dels=0.00;FS=3.528;HaplotypeScore=10.4371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1106,0,804 chrIX 220677 . A T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;DP=84;Dels=0.00;FS=6.003;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.351;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:675,0,883 chrIX 220939 . G C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=45;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:421,0,373 chrIX 220962 . G A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.264;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:492,0,388 chrIX 221031 . G A 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.733;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:909,0,623 chrIX 221256 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=44;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.175;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:388,0,451 chrIX 222278 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.371;DP=64;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.390;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:397,0,675 chrIX 222311 . A T 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=43;Dels=0.00;FS=2.827;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=19.74;ReadPosRankSum=2.336;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:96:882,96,0 chrIX 222583 . A G 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;DP=111;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.697;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,45:111:99:696,0,1203 chrIX 223114 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=84;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:675,0,671 chrIX 223281 . G T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=86;Dels=0.00;FS=4.137;HaplotypeScore=3.3564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:724,0,644 chrIX 223286 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.923;DP=92;Dels=0.00;FS=1.709;HaplotypeScore=5.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:92:99:703,0,649 chrIX 223322 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=106;Dels=0.00;FS=1.560;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.666;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,47:106:99:607,0,861 chrIX 223465 . C G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=77;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=7.9621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.127;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.338;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:77:99:527,0,590 chrIX 223474 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.782;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:536,0,493 chrIX 223504 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.068;DP=80;Dels=0.00;FS=3.065;HaplotypeScore=6.4493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:80:99:657,0,502 chrIX 223691 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=70;Dels=0.00;FS=8.736;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.018;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:585,0,478 chrIX 224666 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.475;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.630;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:681,0,525 chrIX 224745 . T C 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DP=95;Dels=0.00;FS=3.849;HaplotypeScore=6.8466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.553;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:803,0,721 chrIX 224976 . G A 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=17.99;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1274,144,0 chrIX 225885 . C T 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1026,114,0 chrIX 226583 . C T 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=22.68;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1961,210,0 chrIX 226854 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:434,0,770 chrIX 227051 . G A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.458;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.622;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.492;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:356,0,678 chrIX 227053 . G A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=4.95;ReadPosRankSum=1.665;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:337,0,699 chrIX 227151 . C T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=48;Dels=0.00;FS=12.606;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:231,0,519 chrIX 227301 . A T 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:87:797,87,0 chrIX 227309 . C T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DP=48;Dels=0.00;FS=1.354;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:208,0,424 chrIX 227464 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;DP=42;Dels=0.00;FS=1.368;HaplotypeScore=7.1579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:424,0,348 chrIX 227732 . A T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;DP=71;Dels=0.00;FS=10.928;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:644,0,604 chrIX 228015 . G A 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=84;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=9.5539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.321;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:602,0,633 chrIX 228090 . G T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:598,0,727 chrIX 228239 . T C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;DP=77;Dels=0.00;FS=10.087;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.499;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:811,0,497 chrIX 228423 . A T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.938;DP=77;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.369;QD=7.42;ReadPosRankSum=-2.562;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:601,0,846 chrIX 228430 . A C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.625;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=6.70;ReadPosRankSum=-2.829;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:559,0,824 chrIX 228699 . A G 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DP=113;Dels=0.00;FS=3.637;HaplotypeScore=8.5434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,60:113:99:1018,0,789 chrIX 228759 . C T 1357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.065;DP=109;Dels=0.00;FS=1.555;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,64:109:99:1387,0,551 chrIX 228786 . T C 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.752;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:109:99:1026,0,831 chrIX 228791 . G A 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.111;DP=112;Dels=0.00;FS=0.718;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.138;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:112:99:1117,0,816 chrIX 228903 . A G 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.343;DP=103;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:749,0,880 chrIX 229345 . T C 1245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.173;DP=130;Dels=0.00;FS=1.404;HaplotypeScore=11.5566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.539;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,70:130:99:1275,0,1117 chrIX 229455 . G C 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DP=78;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:689,0,609 chrIX 229515 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=88;Dels=0.00;FS=10.995;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:617,0,849 chrIX 230147 . T C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;DP=66;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.809;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:596,0,470 chrIX 230680 . G A 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.401;DP=73;Dels=0.00;FS=6.035;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=11.12;ReadPosRankSum=1.228;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:842,0,510 chrIX 230953 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:285,0,557 chrIX 230993 . C A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;DP=75;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.866;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:694,0,555 chrIX 231138 . A G 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DP=145;Dels=0.00;FS=17.630;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=8.66;ReadPosRankSum=2.291;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,68:145:99:1286,0,1187 chrIX 231300 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:82:99:693,0,611 chrIX 231324 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=81;Dels=0.00;FS=1.816;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.479;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:81:99:657,0,607 chrIX 231377 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=74;Dels=0.00;FS=3.148;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:508,0,668 chrIX 231757 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.21;MQ0=0;MQRankSum=-7.142;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.647;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:663,0,605 chrIX 232253 . A C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.829;DP=49;Dels=0.00;FS=8.536;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.754;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:496,0,390 chrIX 232425 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=80;Dels=0.00;FS=0.852;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.493;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.116;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:571,0,687 chrIX 232438 . A G 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.314;DP=87;Dels=0.00;FS=2.811;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.418;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:520,0,901 chrIX 232454 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.339;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:592,0,881 chrIX 232621 . G C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=42;Dels=0.00;FS=1.250;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:42:99:387,0,157 chrIX 232759 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=67;Dels=0.00;FS=6.622;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.508;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:608,0,520 chrIX 232800 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;DP=79;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.632;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:645,0,671 chrIX 233049 . G A 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=17.71;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:1928,228,0 chrIX 233111 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=72;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=8.03;ReadPosRankSum=3.491;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:608,0,244 chrIX 234371 . A G 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=71;Dels=0.00;FS=3.257;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.871;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:71:99:665,0,374 chrIX 234965 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;DP=65;Dels=0.00;FS=2.576;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:539,0,719 chrIX 235944 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.886;DP=95;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=6.71;ReadPosRankSum=-2.123;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:95:99:667,0,723 chrIX 236624 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=52;Dels=0.00;FS=10.476;HaplotypeScore=8.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:357,0,529 chrIX 236678 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=83;Dels=0.00;FS=3.327;HaplotypeScore=4.3470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:508,0,602 chrIX 236759 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;DP=59;Dels=0.00;FS=8.367;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.214;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:59:99:297,0,577 chrIX 237799 . A C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=72;Dels=0.00;FS=2.151;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.586;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:804,0,380 chrIX 237829 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=83;Dels=0.00;FS=1.814;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:750,0,514 chrIX 238349 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.769;DP=70;Dels=0.00;FS=1.989;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:563,0,537 chrIX 238662 . A G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.931;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:628,0,661 chrIX 238849 . G A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.021;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:495,0,126 chrIX 239129 . T A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=47;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:407,0,332 chrIX 239299 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.184;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:35:99:236,0,311 chrIX 239431 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=49;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=8.9966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:403,0,313 chrIX 239653 . C T 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.305;DP=37;Dels=0.00;FS=1.364;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:219,0,373 chrIX 239659 . C T 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=40;Dels=0.00;FS=1.249;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:207,0,404 chrIX 240673 . G T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=44;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.421;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:357,0,314 chrIX 241041 . A C 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:25:142,0,25 chrIX 241170 . C G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=92;Dels=0.00;FS=2.473;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.336;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:92:99:593,0,343 chrIX 241892 . A G 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=21.53;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:808,93,0 chrIX 241991 . A G 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:78:78,0,230 chrIX 242419 . G C 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=57;Dels=0.00;FS=2.599;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:465,0,591 chrIX 242535 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DP=62;Dels=0.00;FS=5.116;HaplotypeScore=6.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:462,0,595 chrIX 242543 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.595;DP=61;Dels=0.00;FS=0.994;HaplotypeScore=4.3155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:381,0,595 chrIX 242713 . C T 1115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=135;Dels=0.00;FS=17.977;HaplotypeScore=14.9262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,69:135:99:1145,0,942 chrIX 242863 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=57;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.567;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:467,0,400 chrIX 242937 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=77;Dels=0.00;FS=8.782;HaplotypeScore=4.3233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:651,0,526 chrIX 243202 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;DP=46;Dels=0.00;FS=7.060;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.495;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:186,0,369 chrIX 243230 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.222;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:186,0,331 chrIX 243264 . T C 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.012;DP=40;Dels=0.00;FS=10.025;HaplotypeScore=7.9766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:139,0,499 chrIX 243482 . A C 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.162;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:185,0,338 chrIX 243813 . T G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DP=35;Dels=0.00;FS=14.508;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.327;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:354,0,307 chrIX 243933 . C T 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=76;Dels=0.00;FS=1.873;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.314;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:772,0,456 chrIX 244502 . G A 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:143,0,215 chrIX 244618 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=58;Dels=0.00;FS=2.224;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.966;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:455,0,390 chrIX 244765 . T G 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=26;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.077;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:197,0,208 chrIX 244863 . C T 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:206,0,136 chrIX 244871 . C T 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.290;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:170,0,188 chrIX 244901 . G A 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=25;Dels=0.00;FS=6.879;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:88:185,0,88 chrIX 245022 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:255,0,175 chrIX 245220 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:416,0,440 chrIX 245431 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=32;Dels=0.00;FS=3.552;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,23:32:99:426,0,134 chrIX 245567 . G C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;DP=64;Dels=0.00;FS=5.147;HaplotypeScore=8.2783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.150;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:64:99:385,0,619 chrIX 245601 . A T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=66;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:604,0,671 chrIX 245693 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=43;Dels=0.00;FS=1.433;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:545,0,309 chrIX 245762 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.331;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:31:85:322,0,85 chrIX 245765 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.549;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:33:83:328,0,83 chrIX 245832 . C T 403.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.295;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:433,0,350 chrIX 245890 . G C 465.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.493;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:73:99:495,0,461 chrIX 245930 . G A 284.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.222;DP=35;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.050;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:314,0,265 chrIX 245931 . G A 275.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=35;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.050;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:305,0,264 chrIX 245932 . G A 236.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=35;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.050;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:266,0,269 chrIX 245946 . G A 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=33;Dels=0.00;FS=3.291;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.77;MQ0=0;MQRankSum=4.796;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.095;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:182,0,234 chrIX 245951 . A G 114.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DP=26;Dels=0.00;FS=3.388;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.171;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:144,0,203 chrIX 246074 . A G 635.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.33;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:665,0,437 chrIX 246094 . G T 1028.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.575;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.66;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.355;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,48:73:99:1058,0,438 chrIX 246179 . T A 677.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=17.36;ReadPosRankSum=-2.364;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:99:707,0,155 chrIX 246592 . A G 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=34;Dels=0.00;FS=8.500;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:34:82:82,0,476 chrIX 246643 . A C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DP=52;Dels=0.00;FS=6.313;HaplotypeScore=4.2081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=2.854;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.624;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:386,0,425 chrIX 246729 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.99;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:79:99:511,0,470 chrIX 246817 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=79;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.124;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.241;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:548,0,524 chrIX 246958 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;DP=48;Dels=0.00;FS=15.444;HaplotypeScore=4.7918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.486;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:487,0,348 chrIX 247009 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=48;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.263;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.226;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:452,0,296 chrIX 247032 . T C 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=20.31;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:825,93,0 chrIX 247121 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=34;Dels=0.00;FS=5.586;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.516;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.142;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:233,0,379 chrIX 247126 . G C 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:679,75,0 chrIX 247167 . G C 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=23;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.775;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:146,0,171 chrIX 247172 . G A 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=23;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.581;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:139,0,195 chrIX 247194 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=41;Dels=0.00;FS=1.559;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.896;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.598;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:41:99:318,0,263 chrIX 247255 . G A 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.125;DP=81;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.007;QD=10.95;ReadPosRankSum=2.366;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:81:99:917,0,497 chrIX 247296 . C T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=74;Dels=0.00;FS=4.950;HaplotypeScore=10.2386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.641;QD=7.26;ReadPosRankSum=-2.715;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,47:74:99:567,0,417 chrIX 247307 . C T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.699;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:50:99:417,0,396 chrIX 247315 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.638;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.537;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:426,0,347 chrIX 247361 . G A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=37;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.859;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:246,0,232 chrIX 247384 . G C 44.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=25;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.161;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:74:74,0,153 chrIX 247387 . T C 25.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.439;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:21:55:55,0,144 chrIX 247394 . A C 25.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.633;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:55:55,0,163 chrIX 247434 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.986;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:227,0,277 chrIX 247451 . C T 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;DP=34;Dels=0.00;FS=3.127;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.95;MQ0=0;MQRankSum=-4.848;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:249,0,250 chrIX 247477 . T G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=34;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=-4.960;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:209,0,318 chrIX 247481 . C G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=34;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=-4.960;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:215,0,280 chrIX 247491 . A G 100.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.855;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:35:99:130,0,403 chrIX 247492 . A T 111.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.899;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:141,0,399 chrIX 247495 . C T 112.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.776;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:142,0,351 chrIX 247598 . A C 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=52;Dels=0.00;FS=20.619;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-6.105;QD=0.40;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:51:51,0,658 chrIX 247608 . G A 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=57;Dels=0.00;FS=17.610;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.097;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:90:90,0,659 chrIX 247613 . C T 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=56;Dels=0.00;FS=9.804;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.999;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.577;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:106,0,677 chrIX 247623 . G A 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;DP=46;Dels=0.00;FS=2.550;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.404;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:91:91,0,511 chrIX 247635 . T A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.958;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.130;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:193,0,436 chrIX 247681 . T C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.230;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:324,0,496 chrIX 247784 . T C 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.374;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:237,0,304 chrIX 247791 . C A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.496;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.497;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:230,0,442 chrIX 247822 . C T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=65;Dels=0.00;FS=22.917;HaplotypeScore=9.4482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:259,0,527 chrIX 247828 . A T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=79;Dels=0.00;FS=15.515;HaplotypeScore=11.0256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=2.66;ReadPosRankSum=-1.851;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:240,0,710 chrIX 247879 . T A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DP=107;Dels=0.00;FS=37.838;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.496;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.183;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:769,0,920 chrIX 247894 . C G 625.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=106;Dels=0.00;FS=54.787;HaplotypeScore=4.3310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.856;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:106:99:655,0,874 chrIX 247899 . A C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=108;Dels=0.00;FS=36.408;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.839;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:687,0,892 chrIX 247930 . T C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=79;Dels=0.00;FS=12.452;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.707;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.005;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:515,0,647 chrIX 248292 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=66;Dels=0.00;FS=3.549;HaplotypeScore=13.0793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=2.401;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.047;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:355,0,427 chrIX 248343 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=78;Dels=0.00;FS=10.194;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.375;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:640,0,651 chrIX 248675 . T A 439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=15.68;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:472,54,0 chrIX 248721 . C G 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:117,0,375 chrIX 249005 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:257,0,310 chrIX 249346 . G T 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=40;Dels=0.00;FS=5.923;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.477;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:219,0,261 chrIX 249546 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.456;DP=60;Dels=0.00;FS=5.822;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.971;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:60:99:334,0,529 chrIX 249665 . A T 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.97;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1747,195,0 chrIX 250194 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=60;Dels=0.00;FS=0.986;HaplotypeScore=3.5507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:493,0,469 chrIX 250317 . C G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=59;Dels=0.00;FS=6.543;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:59:99:585,0,366 chrIX 250337 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=57;Dels=0.00;FS=6.873;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:465,0,490 chrIX 250521 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=50;Dels=0.00;FS=13.272;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:322,0,523 chrIX 250530 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;DP=52;Dels=0.00;FS=13.070;HaplotypeScore=1.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:344,0,514 chrIX 250581 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;DP=50;Dels=0.00;FS=7.803;HaplotypeScore=8.6819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:458,0,219 chrIX 250597 . G A 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=43;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=4.7385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.980;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:189,0,418 chrIX 250668 . C T 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=14.83;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:69:641,69,0 chrIX 250683 . T C 553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=13.49;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:66:586,66,0 chrIX 250698 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:181,0,310 chrIX 250881 . T C 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=17.86;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1087,123,0 chrIX 251208 . T A 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.685;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1312,153,0 chrIX 251499 . C T 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=19.58;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1560,174,0 chrIX 251544 . G A 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=13.27;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:57:524,57,0 chrIX 251549 . A G 330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;QD=10.00;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:42:363,42,0 chrIX 251559 . T C 390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=39;Dels=0.00;FS=2.645;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=10.00;ReadPosRankSum=2.324;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:48:423,48,0 chrIX 251784 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.217;DP=73;Dels=0.00;FS=2.473;HaplotypeScore=3.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:431,0,804 chrIX 251795 . C T 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DP=59;Dels=0.00;FS=4.193;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.377;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:59:99:295,0,683 chrIX 251868 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=45;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.047;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:280,0,337 chrIX 251878 . A C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.480;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:397,0,342 chrIX 251980 . T C 4488.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.90;SB=-2.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:196:99:4488,501,0 chrIX 252102 . A C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.112;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:445,0,445 chrIX 252259 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=80;Dels=0.00;FS=3.239;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.358;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:654,0,658 chrIX 252323 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.344;DP=90;Dels=0.00;FS=8.528;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.021;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:90:99:881,0,565 chrIX 252351 . A G 2077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.77;SB=-1.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2110,237,0 chrIX 252405 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=87;Dels=0.00;FS=1.773;HaplotypeScore=6.3482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:581,0,739 chrIX 252448 . T C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.636;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:547,0,672 chrIX 253139 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.713;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:284,0,454 chrIX 253199 . C G 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=18.50;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:921,105,0 chrIX 253318 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DP=51;Dels=0.00;FS=4.244;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:529,0,350 chrIX 253488 . G A 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.45;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:934,105,0 chrIX 253527 . C A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:309,0,383 chrIX 254025 . A G 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;DP=47;Dels=0.00;FS=1.156;HaplotypeScore=5.8954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:47:99:147,0,314 chrIX 254034 . T A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=42;Dels=0.00;FS=10.095;HaplotypeScore=5.0085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.749e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:42:80:276,0,80 chrIX 254108 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=65;Dels=0.00;FS=14.221;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.667;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:730,0,318 chrIX 254153 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=7.29;ReadPosRankSum=3.065;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:555,0,639 chrIX 254261 . T C 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=19.26;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:81:707,81,0 chrIX 254311 . C A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:248,0,129 chrIX 254336 . G A 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=26;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:104,0,168 chrIX 254355 . T C 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=15.00;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:78:678,78,0 chrIX 254748 . T A 1566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=21.45;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1599,174,0 chrIX 254764 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=75;Dels=0.00;FS=6.955;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.022;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:557,0,619 chrIX 254765 . A C 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;DP=76;Dels=0.00;FS=8.808;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.162;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:690,0,561 chrIX 254905 . T C 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;DP=122;Dels=0.00;FS=2.785;HaplotypeScore=21.1160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.053;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:122:99:805,0,821 chrIX 255654 . A C 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.28;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1781,195,0 chrIX 256045 . C T 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=25.35;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:616,66,0 chrIX 256094 . T A 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=35;Dels=0.00;FS=9.500;HaplotypeScore=5.3887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:108,0,487 chrIX 256304 . T C 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.350;DP=110;Dels=0.00;FS=4.222;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.144;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:110:99:974,0,1180 chrIX 256581 . C T 2721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.60;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2754,297,0 chrIX 256673 . T C 3027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=135;Dels=0.00;FS=2.973;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=22.42;ReadPosRankSum=2.322;SB=-1.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:135:99:3060,348,0 chrIX 256715 . T C 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.570;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:108:99:1938,219,0 chrIX 256728 . G T 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=19.58;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1834,195,0 chrIX 256751 . A G 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.21;MQ0=0;QD=14.87;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1267,147,0 chrIX 256752 . G A 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.62;MQ0=0;QD=15.33;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1336,147,0 chrIX 256796 . T C 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=13.51;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:90:803,90,0 chrIX 256885 . C G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;DP=69;Dels=0.00;FS=8.229;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:658,0,548 chrIX 256921 . G A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=19.17;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1605,177,0 chrIX 256951 . G A 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=18.15;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:1921,210,0 chrIX 256984 . A G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.159;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQ0=0;MQRankSum=-5.672;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.486;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,59:118:99:653,0,889 chrIX 257003 . C A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=121;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=56.2999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-7.405;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,60:121:99:545,0,1095 chrIX 257011 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;DP=131;Dels=0.00;FS=3.206;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQ0=0;MQRankSum=-7.801;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,62:131:99:582,0,1064 chrIX 257018 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=134;Dels=0.00;FS=6.635;HaplotypeScore=4.1100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.23;MQ0=0;MQRankSum=-7.447;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.935;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,64:134:99:476,0,1332 chrIX 257077 . C G 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=119;Dels=0.00;FS=2.417;HaplotypeScore=10.9333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.284;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:119:99:920,0,966 chrIX 257135 . G A 1208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=109;Dels=0.00;FS=0.725;HaplotypeScore=9.0032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,64:109:99:1238,0,725 chrIX 257350 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DP=51;Dels=0.00;FS=1.460;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:472,0,325 chrIX 257381 . T A 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=18.47;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1437,156,0 chrIX 257418 . G C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;DP=74;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:74:99:367,0,740 chrIX 257434 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.997;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:377,0,511 chrIX 257464 . T A 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=49;Dels=0.02;FS=5.051;HaplotypeScore=2.6884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.444;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:60:548,60,0 chrIX 257516 . A G 264 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.89;MQ0=0;QD=6.00;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:33:297,33,0 chrIX 257521 . C T 241 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=6.03;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:30:274,30,0 chrIX 257522 . G T 269 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=6.56;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:33:302,33,0 chrIX 257534 . C A 275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=6.55;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:33:308,33,0 chrIX 257575 . T G 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=12.09;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:66:589,66,0 chrIX 257638 . C T 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.502;DP=67;Dels=0.00;FS=6.271;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:623,0,623 chrIX 257646 . T C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.899;DP=71;Dels=0.00;FS=5.844;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:706,0,661 chrIX 257809 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=53;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.166;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:435,0,456 chrIX 257823 . A G 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.08;MQ0=0;QD=18.71;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:819,93,0 chrIX 257834 . T C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.696;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.250;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:324,0,348 chrIX 257945 . T C 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=20.40;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1787,201,0 chrIX 258263 . G A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.167;DP=88;Dels=0.00;FS=5.916;HaplotypeScore=13.2785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=9.91;ReadPosRankSum=2.874;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:88:99:902,0,425 chrIX 258417 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=91;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=8.7969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.110;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:91:99:660,0,798 chrIX 258854 . T A 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DP=101;Dels=0.00;FS=2.149;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:101:99:1073,0,808 chrIX 259266 . C T 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.52;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1389,153,0 chrIX 259323 . T A 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.65;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1169,129,0 chrIX 259400 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=89;Dels=0.00;FS=5.687;HaplotypeScore=8.7914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.693;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:89:99:489,0,667 chrIX 259413 . T C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.409;DP=98;Dels=0.00;FS=6.663;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=7.64;ReadPosRankSum=-2.127;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:98:99:779,0,706 chrIX 259533 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DP=58;Dels=0.00;FS=5.212;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:517,0,384 chrIX 259701 . G A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=82;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:834,0,541 chrIX 259784 . A G 648.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.359;DP=78;Dels=0.00;FS=3.417;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.432;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.688;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:678,0,692 chrIX 259788 . T C 656.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DP=82;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.216;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:686,0,667 chrIX 259794 . T C 549.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.559;DP=77;Dels=0.00;FS=2.144;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:579,0,752 chrIX 259913 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=34;Dels=0.00;FS=7.871;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:397,0,139 chrIX 259923 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DP=31;Dels=0.00;FS=3.477;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:312,0,147 chrIX 260018 . T A 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=55;Dels=0.00;FS=13.552;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.920;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,17:55:99:183,0,681 chrIX 260022 . C T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;DP=58;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=1.780;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:169,0,687 chrIX 260067 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:772,0,290 chrIX 260120 . G A 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=24.25;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1464,162,0 chrIX 260123 . C T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=65;Dels=0.00;FS=3.743;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.059;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:561,0,527 chrIX 260167 . G A 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1241,141,0 chrIX 260168 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.750;DP=60;Dels=0.00;FS=11.671;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.879;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:308,0,667 chrIX 260232 . C T 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=20.28;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1392,153,0 chrIX 260247 . A C 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=70;Dels=0.00;FS=6.864;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.630;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:70:99:1290,147,0 chrIX 260291 . G A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=71;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=2.352;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.202;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:598,0,544 chrIX 260320 . A G 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=76;Dels=0.00;FS=4.752;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.038;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,26:76:99:287,0,912 chrIX 260331 . A G 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=19.70;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1530,168,0 chrIX 260350 . C T 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=19.05;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1500,159,0 chrIX 260376 . C T 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=15.67;ReadPosRankSum=1.294;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1271,138,0 chrIX 260388 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.197;DP=75;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=2.93;ReadPosRankSum=2.428;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:250,0,720 chrIX 260414 . T A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.669;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:438,0,555 chrIX 260478 . G C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=84;Dels=0.00;FS=5.717;HaplotypeScore=9.6622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.215;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:84:99:484,0,657 chrIX 260488 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=89;Dels=0.00;FS=1.777;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.848;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:89:99:548,0,738 chrIX 260769 . T C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=78;Dels=0.00;FS=3.139;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.909;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:648,0,720 chrIX 260930 . A G 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=84;Dels=0.00;FS=9.570;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.270;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,53:84:99:989,0,441 chrIX 261061 . C T 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=21.68;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1507,162,0 chrIX 261156 . A T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;DP=49;Dels=0.00;FS=11.977;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.333;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.047;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:283,0,447 chrIX 261197 . T A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;DP=78;Dels=0.00;FS=33.041;HaplotypeScore=16.4416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=8.67;ReadPosRankSum=2.215;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:706,0,521 chrIX 261221 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DP=100;Dels=0.00;FS=45.604;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.403;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,39:100:99:688,0,1003 chrIX 261261 . G A 2624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=23.02;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2657,297,0 chrIX 261499 . A G 916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=19.08;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:949,105,0 chrIX 261520 . T C 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:494,0,373 chrIX 261805 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:66:99:443,0,523 chrIX 262330 . C G 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=22.30;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1081,120,0 chrIX 262342 . C A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=60;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:60:99:516,0,424 chrIX 262414 . T G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=86;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:603,0,533 chrIX 262483 . A G 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.958;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:123:99:976,0,1044 chrIX 262504 . T C 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=130;Dels=0.00;FS=1.428;HaplotypeScore=16.6466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.676;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:130:99:962,0,1160 chrIX 262630 . T A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.560;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:578,0,309 chrIX 262771 . G A 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:97:99:870,0,672 chrIX 263059 . G A 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=102;Dels=0.00;FS=0.744;HaplotypeScore=6.6949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,57:102:99:837,0,728 chrIX 263188 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=72;Dels=0.00;FS=1.955;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:646,0,590 chrIX 263203 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=70;Dels=0.00;FS=10.318;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=8.80;ReadPosRankSum=2.012;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:646,0,510 chrIX 263455 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DP=53;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=3.2433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:351,0,545 chrIX 263590 . T A 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=75;Dels=0.00;FS=0.921;HaplotypeScore=5.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:75:99:925,0,439 chrIX 263605 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;DP=82;Dels=0.00;FS=3.070;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.257;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:82:99:552,0,1015 chrIX 263668 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DP=61;Dels=0.00;FS=3.451;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.917;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:518,0,638 chrIX 263753 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=45;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.149;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:350,0,455 chrIX 263911 . A G 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=20.48;ReadPosRankSum=1.624;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1364,153,0 chrIX 264166 . T A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=74;Dels=0.00;FS=6.770;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.246;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:580,0,729 chrIX 264361 . C T 1726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=23.64;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1759,192,0 chrIX 264604 . C T 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.17;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1910,210,0 chrIX 265508 . C T 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=19.32;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:941,102,0 chrIX 265532 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.658;DP=52;Dels=0.00;FS=4.062;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.880;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:577,0,243 chrIX 265537 . C A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.212;DP=54;Dels=0.00;FS=3.900;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:268,0,563 chrIX 265732 . A C 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=20.64;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:69:611,69,0 chrIX 265793 . G T 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:31:99:301,0,211 chrIX 265961 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=58;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.222;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:491,0,380 chrIX 266696 . G A 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;DP=32;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.437;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:251,0,341 chrIX 266717 . A G 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=32;Dels=0.00;FS=8.426;HaplotypeScore=2.6204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:168,0,360 chrIX 266720 . C T 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=33;Dels=0.00;FS=7.731;HaplotypeScore=3.4091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:184,0,380 chrIX 266869 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DP=39;Dels=0.00;FS=5.407;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.269;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:253,0,178 chrIX 266933 . C T 322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=11.93;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:355,39,0 chrIX 267269 . C A 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.514;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:89:212,0,89 chrIX 267287 . A G 223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=11.74;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:30:256,30,0 chrIX 267291 . C T 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DP=16;Dels=0.00;FS=4.467;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-5.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:76:110,0,76 chrIX 267404 . C T 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=17.65;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:54:492,54,0 chrIX 267668 . A T 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DP=12;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=2.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.749;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:12:84:84,0,86 chrIX 267764 . A G 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=14.88;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:34:63:539,63,0 chrIX 267767 . A G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=37;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.564;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:183,0,207 chrIX 267785 . C T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=31;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.731;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:215,0,232 chrIX 268176 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.742;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:387,0,416 chrIX 268188 . T A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=6.65;ReadPosRankSum=2.362;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:356,0,515 chrIX 268262 . G T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=56;Dels=0.00;FS=4.107;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:450,0,485 chrIX 268278 . C G 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=19.35;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1233,138,0 chrIX 268399 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;DP=45;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:45:99:437,0,279 chrIX 268466 . G T 338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=11.27;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:42:371,42,0 chrIX 268483 . G C 283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=9.43;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:36:316,36,0 chrIX 268526 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=50;Dels=0.00;FS=1.144;HaplotypeScore=5.6140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.393;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:233,0,378 chrIX 268542 . A G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.456;DP=47;Dels=0.00;FS=6.888;HaplotypeScore=1.9025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.524;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:212,0,400 chrIX 268579 . A G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.969;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:332,0,312 chrIX 268690 . A G 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=23.08;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:910,102,0 chrIX 268813 . T C 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:252,0,374 chrIX 269349 . C T 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=16.29;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:603,69,0 chrIX 269376 . G A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DP=36;Dels=0.00;FS=1.383;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.736;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.081;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:246,0,328 chrIX 269523 . C T 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DP=26;Dels=0.00;FS=1.598;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:182,0,233 chrIX 269580 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=6.50;ReadPosRankSum=2.150;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:277,0,363 chrIX 269763 . C G 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=17.71;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:635,72,0 chrIX 269793 . C T 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=28;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:227,0,158 chrIX 269835 . C T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=27;Dels=0.00;FS=3.769;HaplotypeScore=4.8353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.817;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:148,0,188 chrIX 269976 . T C 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.65;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:518,60,0 chrIX 270121 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DP=31;Dels=0.00;FS=5.384;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.211;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:242,0,263 chrIX 270435 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=51;Dels=0.00;FS=6.667;HaplotypeScore=2.5677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:51:99:296,0,546 chrIX 270439 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=46;Dels=0.00;FS=4.903;HaplotypeScore=2.6949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:251,0,478 chrIX 270588 . C A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=139;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=9.5366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.573;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,75:139:99:893,0,971 chrIX 270694 . T A 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.729;DP=166;Dels=0.00;FS=10.026;HaplotypeScore=9.1073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.457;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.504;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,76:166:99:942,0,1570 chrIX 270915 . C A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.801;DP=78;Dels=0.00;FS=2.737;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:78:99:576,0,552 chrIX 271009 . T C 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=96;Dels=0.00;FS=1.930;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=2.517;QD=9.14;ReadPosRankSum=2.332;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:907,0,701 chrIX 271273 . T C 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.13;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1652,183,0 chrIX 271484 . T C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DP=71;Dels=0.00;FS=6.636;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.412;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:477,0,679 chrIX 271556 . T C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;DP=90;Dels=0.00;FS=2.768;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:745,0,759 chrIX 271960 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.589;DP=106;Dels=0.00;FS=2.580;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=7.06;ReadPosRankSum=2.017;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:106:99:778,0,1141 chrIX 272006 . T C 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,59:140:99:983,0,1290 chrIX 272078 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=111;Dels=0.00;FS=1.626;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,46:111:99:758,0,1203 chrIX 272261 . T C 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DP=106;Dels=0.00;FS=1.646;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.584;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,41:106:99:700,0,1388 chrIX 272280 . A G 1297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;DP=106;Dels=0.00;FS=1.647;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,69:106:99:1327,0,634 chrIX 272369 . C T 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.120;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:119:99:930,0,1166 chrIX 272672 . C T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;DP=89;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:611,0,780 chrIX 273029 . T G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=74;Dels=0.00;FS=3.563;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.017;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:868,0,545 chrIX 273060 . G T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=74;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.440;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:74:99:948,0,485 chrIX 273183 . A C 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=23.26;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2219,249,0 chrIX 273224 . A G 1227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.020;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,67:121:99:1257,0,711 chrIX 273263 . G A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=100;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:720,0,974 chrIX 273421 . C T 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=13.88;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:81:741,81,0 chrIX 273430 . A G 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=12.43;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:78:692,78,0 chrIX 273469 . G C 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=15.44;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1191,135,0 chrIX 273538 . G A 2986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=21.18;SB=-1.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3019,336,0 chrIX 273547 . C T 3094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=20.91;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:148:99:3127,339,0 chrIX 273624 . C T 2701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2734,297,0 chrIX 273888 . T G 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=19.01;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1326,150,0 chrIX 274009 . G A 2644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=19.02;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2677,297,0 chrIX 274203 . T C 231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.470;SB=-1.549e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:30:264,30,0 chrIX 274263 . T C 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.00;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:673,75,0 chrIX 274306 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=38;Dels=0.00;FS=39.625;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.080;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:38:99:413,0,176 chrIX 274413 . G A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=48;Dels=0.00;FS=6.800;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.712;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:268,0,580 chrIX 274516 . C T 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.22;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:762,81,0 chrIX 274816 . C T 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=24;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:24:99:206,0,116 chrIX 274830 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:194,0,165 chrIX 274972 . A G 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=14.59;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:87:777,87,0 chrIX 275112 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=49;Dels=0.00;FS=9.592;HaplotypeScore=2.7591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.090;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:454,0,561 chrIX 275129 . A G 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=21;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.810;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:208,0,204 chrIX 275131 . T C 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=20;Dels=0.00;FS=3.197;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.076;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:194,0,164 chrIX 275192 . G A 89.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.872;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:119,0,146 chrIX 275372 . A G 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=11.44;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:48:422,48,0 chrIX 275399 . C A 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:284,0,109 chrIX 275507 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:443,0,414 chrIX 275789 . C T 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=17;Dels=0.00;FS=4.560;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=11.53;ReadPosRankSum=-2.196;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:226,0,108 chrIX 275972 . A G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=49;Dels=0.00;FS=10.519;HaplotypeScore=8.1153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:292,0,350 chrIX 276080 . C T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=43;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.692;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:339,0,345 chrIX 276104 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DP=42;Dels=0.00;FS=2.786;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:428,0,300 chrIX 276321 . T A 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:215,0,360 chrIX 276447 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:358,0,327 chrIX 276483 . T C 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=18.57;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:776,90,0 chrIX 276611 . C T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=24;Dels=0.00;FS=4.471;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.159;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:259,0,204 chrIX 276744 . T C 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.10;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:969,108,0 chrIX 276932 . C T 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=16.86;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:657,72,0 chrIX 277223 . G A 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=25;Dels=0.00;FS=3.960;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:165,0,214 chrIX 277232 . C T 461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=20.04;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:494,54,0 chrIX 277347 . T C 522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=18.64;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:555,63,0 chrIX 277526 . T C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.580;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:224,0,225 chrIX 277591 . A T 1347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.304;DP=147;Dels=0.00;FS=2.520;HaplotypeScore=11.2151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,82:147:99:1377,0,1284 chrIX 277596 . T C 1301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.501;DP=162;Dels=0.00;FS=2.434;HaplotypeScore=10.4264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,88:162:99:1331,0,1453 chrIX 277716 . C A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;DP=56;Dels=0.00;FS=3.067;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:576,0,535 chrIX 277761 . A C 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.49;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:90:791,90,0 chrIX 277905 . C A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DP=123;Dels=0.00;FS=4.570;HaplotypeScore=12.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,66:123:99:1020,0,882 chrIX 278148 . G C 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=21.07;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2035,222,0 chrIX 278157 . T A 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.86;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1910,210,0 chrIX 278242 . C T 1481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=124;Dels=0.00;FS=15.297;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.721;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,76:124:99:1511,0,837 chrIX 278276 . G A 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DP=121;Dels=0.00;FS=2.729;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,78:121:99:1308,0,708 chrIX 278371 . G A 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=24.10;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1214,132,0 chrIX 278374 . G C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=49;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:442,0,410 chrIX 278518 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DP=70;Dels=0.00;FS=15.395;HaplotypeScore=4.9807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.167;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:641,0,578 chrIX 278568 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;DP=86;Dels=0.00;FS=15.886;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.686;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:86:99:746,0,626 chrIX 278878 . G A 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=16.11;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1306,144,0 chrIX 278890 . A G 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=13.69;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1238,138,0 chrIX 278998 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=53;Dels=0.00;FS=12.582;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:586,0,311 chrIX 279154 . T C 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.54;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:875,96,0 chrIX 279199 . C T 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=20.31;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1089,123,0 chrIX 279316 . T C 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=18.66;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1246,141,0 chrIX 279526 . T C 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=21.08;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1635,186,0 chrIX 279602 . A G 2169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.83;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2202,246,0 chrIX 279700 . T A 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=84;Dels=0.00;FS=8.450;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:1064,0,584 chrIX 280080 . T G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=36;Dels=0.00;FS=6.232;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.04;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.066;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:390,0,239 chrIX 280264 . C T 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.83;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1320,144,0 chrIX 280331 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=41;Dels=0.00;FS=1.543;HaplotypeScore=8.7258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.556;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:532,0,236 chrIX 280479 . T C 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;DP=145;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=7.9621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.585;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,59:145:99:996,0,1487 chrIX 280761 . T C 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:115:99:836,0,837 chrIX 280877 . A G 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=18.65;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1264,144,0 chrIX 280907 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;DP=51;Dels=0.00;FS=1.070;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.846;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:505,0,311 chrIX 281033 . C T 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=34;Dels=0.00;FS=7.652;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:382,0,206 chrIX 281171 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=36;Dels=0.00;FS=1.344;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.417;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:218,0,220 chrIX 281282 . T G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=31;Dels=0.00;FS=5.930;HaplotypeScore=2.6342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:180,0,213 chrIX 281719 . C T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:152,0,256 chrIX 281795 . T C 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.03;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:682,75,0 chrIX 281888 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=52;Dels=0.00;FS=2.563;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:460,0,347 chrIX 281969 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=48;Dels=0.00;FS=4.070;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.850;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:514,0,307 chrIX 282020 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;DP=45;Dels=0.00;FS=4.589;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.115;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:457,0,348 chrIX 282224 . T C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=68;Dels=0.00;FS=3.498;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=9.66;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:687,0,565 chrIX 282436 . C T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=65;Dels=0.00;FS=8.767;HaplotypeScore=9.5539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:65:99:590,0,565 chrIX 282578 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:360,0,269 chrIX 282798 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=63;Dels=0.00;FS=5.174;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:486,0,784 chrIX 283346 . C T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=31;Dels=0.00;FS=5.930;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:201,0,267 chrIX 283369 . C T 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=35;Dels=0.00;FS=6.447;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:35:99:109,0,385 chrIX 283390 . A T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=54;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=6.31;ReadPosRankSum=-2.019;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:371,0,609 chrIX 283475 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.125;DP=63;Dels=0.00;FS=6.789;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.501;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:566,0,499 chrIX 283496 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.331;DP=79;Dels=0.00;FS=4.594;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,47:79:99:623,0,512 chrIX 283497 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=79;Dels=0.00;FS=3.160;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:79:99:558,0,482 chrIX 283758 . T A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.340;DP=87;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=6.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.269;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:474,0,851 chrIX 283770 . T C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DP=79;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.141;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:378,0,778 chrIX 283774 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.721;DP=83;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:395,0,900 chrIX 283803 . A C 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DP=106;Dels=0.00;FS=0.780;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:106:99:611,0,996 chrIX 283818 . G T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DP=109;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,46:109:99:595,0,1146 chrIX 283856 . T C 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;DP=112;Dels=0.00;FS=2.524;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:901,0,1004 chrIX 283914 . G A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=76;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=17.5490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:76:99:688,0,415 chrIX 284092 . A G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=86;Dels=0.00;FS=4.110;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:580,0,795 chrIX 284112 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.839;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.756;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:90:99:601,0,799 chrIX 284253 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=83;Dels=0.00;FS=9.196;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.051;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:83:99:758,0,624 chrIX 284273 . T C 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DP=77;Dels=0.00;FS=6.130;HaplotypeScore=4.8278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.654;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:740,0,419 chrIX 284292 . G A 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=81;Dels=0.00;FS=9.771;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.486;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:857,0,564 chrIX 284368 . G C 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;DP=90;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.777;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:90:99:992,0,584 chrIX 284579 . G A 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;DP=95;Dels=0.00;FS=7.286;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.298;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:95:99:1013,0,675 chrIX 284643 . C T 2918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.80;SB=-1.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2951,315,0 chrIX 284868 . G T 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.653;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.034;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.122;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:119:99:1008,0,856 chrIX 285060 . T A 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=111;Dels=0.00;FS=1.646;HaplotypeScore=15.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.763;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:111:99:851,0,776 chrIX 285202 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.364;DP=70;Dels=0.01;FS=0.916;HaplotypeScore=5.4933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.772;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.868;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:412,0,757 chrIX 285218 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=81;Dels=0.00;FS=8.264;HaplotypeScore=3.7084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.731;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:489,0,641 chrIX 285229 . A C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=92;Dels=0.00;FS=5.832;HaplotypeScore=9.2341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.553;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:484,0,849 chrIX 285322 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=65;Dels=0.00;FS=3.864;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:448,0,725 chrIX 285394 . C G 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=73;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.381;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:622,0,694 chrIX 285457 . C G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=88;Dels=0.00;FS=4.080;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:88:99:747,0,554 chrIX 285492 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.970;DP=86;Dels=0.00;FS=4.128;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.260;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:86:99:624,0,848 chrIX 285554 . A G 1904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=94;Dels=0.00;FS=8.078;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=20.26;ReadPosRankSum=2.344;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:94:99:1937,216,0 chrIX 285572 . T C 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:823,0,767 chrIX 285709 . A G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;DP=74;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:628,0,526 chrIX 285783 . G A 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=18.17;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1341,150,0 chrIX 285848 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=99;Dels=0.01;FS=0.811;HaplotypeScore=21.5302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.509;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:98:99:553,0,709 chrIX 285874 . G A 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.118;DP=110;Dels=0.00;FS=4.952;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:853,0,936 chrIX 285902 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.446;DP=88;Dels=0.00;FS=7.834;HaplotypeScore=8.4774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.425;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:88:99:647,0,749 chrIX 285920 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=74;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=3.9209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:412,0,640 chrIX 285923 . C G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=77;Dels=0.00;FS=2.385;HaplotypeScore=8.6530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:77:99:378,0,578 chrIX 286125 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.842;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.134;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:452,0,222 chrIX 286132 . T C 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=42;Dels=0.00;FS=2.999;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=2.258;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:42:99:209,0,462 chrIX 286178 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.087;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:310,0,206 chrIX 286189 . C A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=36;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:264,0,256 chrIX 286316 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;DP=50;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.592;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:353,0,362 chrIX 286346 . G A 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=6.3648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=2.029;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:308,0,286 chrIX 286569 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DP=21;Dels=0.00;FS=1.999;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.973;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:58:264,0,58 chrIX 286680 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.547;DP=36;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.146;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:370,0,200 chrIX 286696 . G A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=42;Dels=0.00;FS=4.525;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:365,0,216 chrIX 286810 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:403,0,339 chrIX 286869 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DP=57;Dels=0.00;FS=3.008;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:57:99:603,0,429 chrIX 287126 . T C 1967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.238;DP=204;Dels=0.00;FS=1.751;HaplotypeScore=14.0209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,108:204:99:1997,0,1873 chrIX 287156 . A G 1894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.877;DP=216;Dels=0.00;FS=1.060;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=8.77;ReadPosRankSum=2.648;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,112:216:99:1924,0,1930 chrIX 287429 . A G 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;DP=142;Dels=0.00;FS=2.168;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,69:142:99:953,0,1257 chrIX 287904 . T C 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.798;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:90:99:964,0,528 chrIX 287980 . T C 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;DP=90;Dels=0.00;FS=8.943;HaplotypeScore=4.2651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.325;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:856,0,604 chrIX 288084 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.452;DP=79;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=4.9316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.720;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:634,0,633 chrIX 288099 . T A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=84;Dels=0.00;FS=2.961;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:596,0,659 chrIX 288210 . C G 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=86;Dels=0.00;FS=1.865;HaplotypeScore=6.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:86:99:848,0,510 chrIX 288567 . A G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.511;DP=69;Dels=0.00;FS=4.707;HaplotypeScore=3.9391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.798;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:582,0,480 chrIX 288825 . A G 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=76;Dels=0.00;FS=4.658;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=18.63;ReadPosRankSum=1.687;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1449,171,0 chrIX 289127 . C T 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=17.10;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:905,96,0 chrIX 289162 . T A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=76;Dels=0.00;FS=3.614;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:621,0,438 chrIX 289409 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=56;Dels=0.00;FS=13.224;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:411,0,564 chrIX 289540 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.935;DP=52;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.371;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:52:99:368,0,402 chrIX 289593 . G T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=67;Dels=0.00;FS=8.837;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.937;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:445,0,765 chrIX 289643 . G A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=55;Dels=0.00;FS=2.307;HaplotypeScore=14.5176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:423,0,465 chrIX 290108 . G C 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DP=93;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.563;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:93:99:874,0,814 chrIX 290201 . A G 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.172;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=88.6594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=0.33;ReadPosRankSum=1.926;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:102:64:64,0,291 chrIX 290288 . G A 1941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.040;DP=184;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=10.6314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,103:184:99:1971,0,1573 chrIX 290346 . G T 1346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;DP=158;Dels=0.00;FS=1.980;HaplotypeScore=9.7462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,86:158:99:1376,0,1273 chrIX 290536 . C T 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:106:99:1005,0,680 chrIX 290668 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;DP=39;Dels=0.00;FS=8.165;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.266;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.653;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:397,0,141 chrIX 290902 . G A 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.612;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:128,0,294 chrIX 290956 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=21;Dels=0.00;FS=10.650;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:194,0,136 chrIX 291694 . G A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;DP=77;Dels=0.00;FS=9.697;HaplotypeScore=3.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.453;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:671,0,509 chrIX 291981 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:45:99:464,0,307 chrIX 292353 . A C 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.65;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1045,117,0 chrIX 292835 . A G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;DP=95;Dels=0.00;FS=0.862;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.105;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:763,0,634 chrIX 294956 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;DP=67;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:581,0,470 chrIX 295261 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.653;DP=43;Dels=0.00;FS=7.712;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:349,0,324 chrIX 296453 . T A 1863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=19.41;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1896,210,0 chrIX 296620 . C T 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.304;DP=99;Dels=0.00;FS=2.618;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:786,0,801 chrIX 296757 . T C 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;DP=110;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:110:99:922,0,820 chrIX 297683 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=82;Dels=0.00;FS=9.492;HaplotypeScore=15.5684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:462,0,686 chrIX 297783 . C T 1201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DP=107;Dels=0.00;FS=1.731;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.882;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,69:107:99:1231,0,617 chrIX 298465 . C A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DP=56;Dels=0.00;FS=21.787;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:400,0,608 chrIX 298867 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;DP=57;Dels=0.00;FS=17.918;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,38:57:99:616,0,168 chrIX 299044 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=85;Dels=0.00;FS=2.970;HaplotypeScore=3.4866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:592,0,737 chrIX 299047 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DP=86;Dels=0.00;FS=1.798;HaplotypeScore=4.2205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:605,0,720 chrIX 299287 . T A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;DP=95;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=4.3382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.472;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:630,0,1063 chrIX 299898 . T G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DP=45;Dels=0.00;FS=104.588;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=9.40;ReadPosRankSum=-4.581;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,33:45:99:453,0,132 chrIX 299901 . C G 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=25;Dels=0.00;FS=51.003;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=1.88;ReadPosRankSum=-3.742;SB=-2.982e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:77:77,0,195 chrIX 300209 . T A 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=135;Dels=0.00;FS=0.699;HaplotypeScore=3.8520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-6.322;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.215;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:135:99:1021,0,1307 chrIX 300210 . T A 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DP=135;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=3.8520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.499;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.810;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:135:99:1043,0,1341 chrIX 300325 . T A 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.310;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,69:140:99:927,0,1322 chrIX 300371 . T C 1430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=163;Dels=0.00;FS=0.661;HaplotypeScore=12.0349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.757;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,83:163:99:1460,0,1385 chrIX 300482 . G A 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=144;Dels=0.00;FS=67.533;HaplotypeScore=91.0624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.58;MQ0=1;MQRankSum=-5.140;QD=0.95;ReadPosRankSum=-2.159;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,49:144:99:167,0,1415 chrIX 300505 . G C 74.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=125;Dels=0.00;FS=152.221;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.04;MQ0=2;MQRankSum=-5.796;QD=0.59;ReadPosRankSum=-2.165;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,42:125:99:104,0,1358 chrIX 300511 . C A 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=125;Dels=0.00;FS=138.703;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.04;MQ0=2;MQRankSum=-5.625;QD=0.09;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,41:125:41:41,0,1389 chrIX 300519 . C T 98.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.987;DP=126;Dels=0.00;FS=126.884;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.73;MQ0=2;MQRankSum=-5.389;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.927;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,39:126:99:128,0,1422 chrIX 300524 . T A 104.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DP=122;Dels=0.00;FS=109.396;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.64;MQ0=2;MQRankSum=-5.415;QD=0.85;ReadPosRankSum=2.562;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,35:122:99:134,0,1317 chrIX 300532 . T A 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=123;Dels=0.00;FS=72.883;HaplotypeScore=18.0302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.59;MQ0=2;MQRankSum=-5.344;QD=0.15;ReadPosRankSum=2.869;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,32:123:49:49,0,1413 chrIX 300536 . T C 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;DP=123;Dels=0.00;FS=60.768;HaplotypeScore=15.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.87;MQ0=2;MQRankSum=-5.547;QD=0.12;ReadPosRankSum=2.754;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,32:123:44:44,0,1290 chrIX 300538 . T C 16.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=121;Dels=0.00;FS=56.677;HaplotypeScore=15.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.10;MQ0=2;MQRankSum=-6.051;QD=0.13;ReadPosRankSum=2.055;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,32:121:46:46,0,1327 chrIX 300544 . T C 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;DP=117;Dels=0.00;FS=25.406;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.61;MQ0=1;MQRankSum=-6.180;QD=0.10;ReadPosRankSum=1.196;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,33:117:42:42,0,1334 chrIX 300655 . T C 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=86;Dels=0.00;FS=28.043;HaplotypeScore=3.3840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.520;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:86:99:905,0,536 chrIX 300677 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=91;Dels=0.00;FS=12.007;HaplotypeScore=6.5400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.939;QD=1.66;ReadPosRankSum=-4.320;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,23:91:99:181,0,1270 chrIX 300680 . G A 110.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DP=93;Dels=0.00;FS=15.348;HaplotypeScore=5.7514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-6.405;QD=1.18;ReadPosRankSum=-4.308;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,22:93:99:140,0,1325 chrIX 301525 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;DP=44;Dels=0.00;FS=4.651;HaplotypeScore=4.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:548,0,256 chrIX 301548 . T A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=48;Dels=0.00;FS=4.916;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:242,0,619 chrIX 301652 . T C 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;DP=112;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=6.3445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.148;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1114,0,968 chrIX 301883 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.001;DP=102;Dels=0.00;FS=1.666;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.054;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:102:99:500,0,1120 chrIX 301893 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.223;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.853;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,45:115:99:439,0,1389 chrIX 301894 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.032;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,45:116:99:495,0,1282 chrIX 301970 . T A 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=153;Dels=0.00;FS=12.957;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.230;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.293;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,74:153:99:1076,0,1445 chrIX 301993 . T G 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;DP=123;Dels=0.00;FS=10.010;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.446;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.890;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:123:99:935,0,1105 chrIX 302007 . C G 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=113;Dels=0.00;FS=10.732;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,60:113:99:835,0,934 chrIX 302019 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.545;DP=106;Dels=0.00;FS=7.413;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.967;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:677,0,1008 chrIX 302126 . C T 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DP=66;Dels=0.00;FS=9.303;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:568,0,579 chrIX 302140 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=71;Dels=0.00;FS=2.599;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:433,0,598 chrIX 302223 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.493;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:479,0,568 chrIX 302272 . G C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;DP=69;Dels=0.00;FS=1.041;HaplotypeScore=4.3492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.441;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:69:99:467,0,551 chrIX 302275 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.843;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.487;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.504;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:495,0,594 chrIX 302298 . A C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.860;DP=88;Dels=0.00;FS=2.462;HaplotypeScore=6.5420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.876;QD=4.70;ReadPosRankSum=2.468;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:88:99:444,0,816 chrIX 302411 . A T 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;DP=52;Dels=0.00;FS=6.258;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:52:99:159,0,600 chrIX 302472 . T C 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=32;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.021;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:80:80,0,305 chrIX 302650 . G C 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DP=40;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.212;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:40:99:205,0,426 chrIX 302871 . T G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.837;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:321,0,710 chrIX 303220 . C T 1238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,72:137:99:1268,0,1119 chrIX 303292 . A G 1138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.002;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,78:173:99:1168,0,1678 chrIX 303361 . A G 1370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.343;DP=172;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=10.3998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,78:172:99:1400,0,1801 chrIX 303435 . A G 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=133;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.439;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:133:99:1045,0,1337 chrIX 303507 . G C 1258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.370;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,68:129:99:1288,0,1124 chrIX 303690 . T C 1451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.776;DP=198;Dels=0.00;FS=1.100;HaplotypeScore=25.1516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,99:198:99:1481,0,1787 chrIX 304133 . G C 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;DP=152;Dels=0.00;FS=0.645;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.157;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,66:152:99:1121,0,1767 chrIX 304231 . C G 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=23.39;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1764,195,0 chrIX 304473 . T C 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.547;DP=103;Dels=0.00;FS=5.671;HaplotypeScore=9.0964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.566;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,62:103:99:1082,0,664 chrIX 305089 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;DP=60;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.142;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:625,0,395 chrIX 305101 . T G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=65;Dels=0.00;FS=3.406;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.085;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:490,0,484 chrIX 305568 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=43;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:403,0,316 chrIX 305620 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=48;Dels=0.00;FS=6.337;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.506;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:466,0,263 chrIX 305776 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DP=71;Dels=0.00;FS=1.160;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:562,0,792 chrIX 305977 . A T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:469,0,483 chrIX 306037 . C A 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=17.11;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1436,159,0 chrIX 306076 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=71;Dels=0.00;FS=2.460;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=7.59;ReadPosRankSum=2.300;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:569,0,326 chrIX 306403 . A G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:727,0,455 chrIX 306481 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.364;DP=67;Dels=0.00;FS=1.341;HaplotypeScore=8.3708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:67:99:376,0,837 chrIX 306523 . A G 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=20.64;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1189,135,0 chrIX 307120 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;DP=52;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=5.9977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.425;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:396,0,523 chrIX 307366 . G A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=42;Dels=0.00;FS=2.759;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.309;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:314,0,281 chrIX 307779 . T G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:72:99:593,0,380 chrIX 307943 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:426,0,464 chrIX 307976 . A C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=117;Dels=0.00;FS=12.172;HaplotypeScore=16.6955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.153;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:117:99:645,0,909 chrIX 308091 . T C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.559;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:69:99:712,0,540 chrIX 308167 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=5.72;ReadPosRankSum=-2.225;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:76:99:465,0,771 chrIX 308369 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=109;Dels=0.00;FS=2.440;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.341;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.856;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:109:99:667,0,841 chrIX 308383 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=96;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.235;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:96:99:513,0,873 chrIX 308815 . C A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.142;DP=91;Dels=0.00;FS=8.581;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:91:99:1069,0,608 chrIX 308852 . G A 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.055;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:89:99:931,0,513 chrIX 308908 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:484,0,752 chrIX 309998 . G A 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=36;Dels=0.00;FS=2.958;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.050;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:164,0,356 chrIX 310160 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DP=68;Dels=0.00;FS=2.686;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.260;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.210;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:68:99:610,0,660 chrIX 310171 . A G 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=72;Dels=0.00;FS=1.062;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:662,0,606 chrIX 310223 . A G 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=17.67;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1217,138,0 chrIX 310226 . G A 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=16.17;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1149,132,0 chrIX 310286 . G T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.074;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=2.062;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.460;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:523,0,381 chrIX 310383 . G T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DP=70;Dels=0.00;FS=8.305;HaplotypeScore=2.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.166;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:750,0,558 chrIX 310412 . G C 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=19.58;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1325,153,0 chrIX 310533 . G A 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.251;DP=86;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:638,0,231 chrIX 310545 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:383,0,422 chrIX 310671 . A G 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=21.40;ReadPosRankSum=1.611;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1253,144,0 chrIX 310732 . T G 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=20.40;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1094,126,0 chrIX 310769 . G A 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=21.83;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1299,144,0 chrIX 310807 . C T 468.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;DP=57;Dels=0.00;FS=8.519;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:498,0,502 chrIX 310815 . G C 452.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;DP=56;Dels=0.00;FS=9.337;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:482,0,492 chrIX 310816 . A T 446.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;DP=57;Dels=0.00;FS=6.385;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:476,0,530 chrIX 310874 . A G 606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;QD=16.83;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:72:639,72,0 chrIX 310945 . G T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:40:99:218,0,364 chrIX 311139 . T C 679 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=17.41;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:712,84,0 chrIX 311141 . C T 116.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=38;Dels=0.00;FS=1.371;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.015;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:146,0,452 chrIX 311143 . G A 121.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=38;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=3.4223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=2.174;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.198;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:38:99:151,0,421 chrIX 311178 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.316;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:321,0,358 chrIX 311272 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=23;Dels=0.00;FS=4.993;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.262;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:263,0,177 chrIX 311461 . G A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=33;Dels=0.00;FS=3.384;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.419;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:305,0,269 chrIX 311489 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=29;Dels=0.00;FS=5.590;HaplotypeScore=5.1781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:29:99:320,0,191 chrIX 311518 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=24;Dels=0.00;FS=1.660;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=7.54;ReadPosRankSum=2.665;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:211,0,142 chrIX 311545 . A G 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.22;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:452,51,0 chrIX 311839 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;DP=40;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=3.0330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.298;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:310,0,344 chrIX 311953 . T G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;DP=27;Dels=0.00;FS=9.966;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:304,0,145 chrIX 312013 . C T 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DP=16;Dels=0.00;FS=5.193;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:107,0,127 chrIX 312025 . A G 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=19;Dels=0.00;FS=2.003;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:94:94,0,158 chrIX 312034 . C T 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=20;Dels=0.00;FS=1.848;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:120,0,201 chrIX 312474 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=42;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:353,0,229 chrIX 312591 . A T 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.919;DP=136;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=7.2196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.314;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,73:136:99:815,0,1128 chrIX 312613 . A T 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.095;DP=147;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,72:147:99:949,0,1297 chrIX 313552 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DP=67;Dels=0.00;FS=8.033;HaplotypeScore=6.3300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.873;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:388,0,833 chrIX 313898 . G A 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DP=152;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.824;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,77:152:99:1225,0,1194 chrIX 314131 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DP=56;Dels=0.00;FS=0.995;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:512,0,626 chrIX 314695 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.935;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:422,0,476 chrIX 314742 . T C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.491;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:273,0,461 chrIX 314767 . A T 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.149;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:251,0,296 chrIX 314838 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;DP=43;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:43:99:344,0,218 chrIX 315261 . C G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.846;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:54:99:447,0,284 chrIX 315279 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.354;DP=49;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.330;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:49:99:442,0,206 chrIX 315641 . T C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.902;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:326,0,200 chrIX 315783 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=49;Dels=0.00;FS=11.083;HaplotypeScore=5.8085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:436,0,257 chrIX 315806 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.055;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:342,0,291 chrIX 315831 . G C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.194;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:545,0,492 chrIX 315884 . A G 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=77;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:723,0,715 chrIX 315923 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;DP=84;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.640;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:621,0,903 chrIX 315969 . G A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.710;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.980;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:943,0,1115 chrIX 316019 . T C 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=116;Dels=0.00;FS=6.063;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.602;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:116:99:1286,0,796 chrIX 316046 . A G 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;DP=96;Dels=0.00;FS=12.827;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:96:99:1015,0,788 chrIX 316055 . A C 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DP=89;Dels=0.00;FS=12.672;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:896,0,665 chrIX 316151 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:494,0,315 chrIX 316207 . C T 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=7.07;ReadPosRankSum=-2.312;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:124:99:907,0,1050 chrIX 316244 . A T 1465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DP=191;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.801;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,97:190:99:1495,0,1511 chrIX 316351 . A T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=94;Dels=0.00;FS=9.240;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.806;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:717,0,762 chrIX 316369 . T C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.784;DP=76;Dels=0.00;FS=6.605;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.269;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:483,0,768 chrIX 316450 . C T 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;DP=78;Dels=0.00;FS=6.606;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.396;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:840,0,609 chrIX 316577 . G C 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=124;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=6.7951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,68:124:99:1116,0,1093 chrIX 316645 . A G 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.027;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:113:99:800,0,912 chrIX 316715 . A T 1669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;DP=158;Dels=0.00;FS=4.687;HaplotypeScore=5.3887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.646;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.522;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,83:158:99:1699,0,1450 chrIX 316929 . G C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;DP=52;Dels=0.00;FS=6.194;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.066;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:52:99:513,0,373 chrIX 316998 . G A 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:101:99:909,0,698 chrIX 317012 . A C 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.84;ReadPosRankSum=2.205;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:853,0,812 chrIX 317056 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;DP=93;Dels=0.00;FS=7.959;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.586;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:93:99:630,0,807 chrIX 317065 . T G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DP=93;Dels=0.00;FS=15.537;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.410;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:93:99:521,0,853 chrIX 317145 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:642,0,611 chrIX 317443 . A G 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DP=41;Dels=0.00;FS=9.873;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.137;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.982;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:41:99:167,0,483 chrIX 318063 . A G 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.850;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.788;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:38:92:92,0,572 chrIX 318065 . A T 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.181;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:84:84,0,624 chrIX 318078 . T C 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=51;Dels=0.00;FS=1.458;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.522;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,12:51:99:113,0,711 chrIX 318129 . C T 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.501;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,10:41:99:111,0,659 chrIX 318185 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=60;Dels=0.00;FS=1.915;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:473,0,729 chrIX 318254 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;DP=40;Dels=0.00;FS=1.618;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.135;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:368,0,411 chrIX 318288 . C T 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.47;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:932,99,0 chrIX 318344 . A C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=53;Dels=0.00;FS=21.540;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:454,0,440 chrIX 318368 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=64;Dels=0.00;FS=9.987;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.794;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:246,0,599 chrIX 318383 . C G 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=62;Dels=0.00;FS=14.680;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.067;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:62:99:109,0,613 chrIX 318392 . A G 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DP=62;Dels=0.00;FS=9.674;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.487;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:62:99:128,0,651 chrIX 318395 . G A 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;DP=63;Dels=0.00;FS=9.682;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.592;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.353;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:63:99:118,0,591 chrIX 318650 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=79;Dels=0.00;FS=25.928;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:705,0,702 chrIX 318694 . T A 1762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1795,201,0 chrIX 319106 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.497;DP=59;Dels=0.00;FS=7.327;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:59:99:544,0,415 chrIX 319209 . T C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;DP=111;Dels=0.00;FS=14.266;HaplotypeScore=12.3068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.604;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:787,0,758 chrIX 319670 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=65;Dels=0.00;FS=3.442;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.774;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:464,0,515 chrIX 320609 . T C 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=22.32;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:881,96,0 chrIX 320712 . T C 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.27;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1659,186,0 chrIX 320919 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=47;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.754;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:47:99:283,0,510 chrIX 321421 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:368,0,480 chrIX 322202 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=109;Dels=0.00;FS=1.609;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.695;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:109:99:622,0,1045 chrIX 322437 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DP=64;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.336;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:522,0,523 chrIX 322476 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DP=62;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:452,0,442 chrIX 322620 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=78;Dels=0.00;FS=0.862;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.560;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:575,0,605 chrIX 322623 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=76;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.670;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:620,0,569 chrIX 323343 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;DP=56;Dels=0.00;FS=3.856;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.388;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:391,0,558 chrIX 323487 . A C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=53;Dels=0.00;FS=7.625;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:351,0,404 chrIX 323727 . C A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=82;Dels=0.00;FS=5.891;HaplotypeScore=4.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.704;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:82:99:721,0,695 chrIX 323807 . G A 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=77;Dels=0.00;FS=7.758;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:806,0,597 chrIX 323829 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=71;Dels=0.00;FS=6.268;HaplotypeScore=7.4225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:512,0,748 chrIX 323883 . A G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;DP=77;Dels=0.00;FS=9.477;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.430;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:77:99:559,0,661 chrIX 323885 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=76;Dels=0.00;FS=9.477;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.939;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.356;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:577,0,596 chrIX 323976 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;DP=47;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=5.7694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.718;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:47:99:490,0,315 chrIX 324390 . T C 1739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.33;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1772,198,0 chrIX 324408 . C G 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=20.00;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1333,150,0 chrIX 324424 . C A 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=21.97;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1395,150,0 chrIX 324521 . A C 408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.02;MQ0=0;QD=15.11;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:48:441,48,0 chrIX 324536 . G A 441 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.32;MQ0=0;QD=15.75;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:474,54,0 chrIX 324559 . A G 528 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=15.53;ReadPosRankSum=1.631;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:63:561,63,0 chrIX 324573 . T C 486 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.62;MQ0=0;QD=15.19;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:519,57,0 chrIX 324597 . C T 382 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.15;MQ0=0;QD=16.61;SB=-6.790e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:45:415,45,0 chrIX 324627 . G T 237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=14.81;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30:270,30,0 chrIX 325047 . C T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=22.77;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1126,123,0 chrIX 325450 . C T 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.62;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1390,150,0 chrIX 325886 . A G 226.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=72;Dels=0.00;FS=43.972;HaplotypeScore=10.4717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.034;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,17:72:99:256,0,1002 chrIX 326195 . C G 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=104;Dels=0.00;FS=2.872;HaplotypeScore=3.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,58:104:99:1090,0,833 chrIX 326249 . A G 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=85;Dels=0.00;FS=3.166;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=21.12;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1828,207,0 chrIX 326411 . G T 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:79:99:790,0,576 chrIX 326540 . A G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=95;Dels=0.00;FS=4.553;HaplotypeScore=7.3159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=2.066;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.325;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:653,0,863 chrIX 326669 . G A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.435;DP=73;Dels=0.00;FS=8.095;HaplotypeScore=9.6141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=9.59;ReadPosRankSum=2.036;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:730,0,511 chrIX 326760 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DP=60;Dels=0.00;FS=3.746;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:321,0,642 chrIX 326875 . T C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DP=61;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.596;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:588,0,507 chrIX 327164 . C A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;DP=66;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=6.8381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.568;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:66:99:518,0,582 chrIX 327320 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.038;DP=47;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.053;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:413,0,441 chrIX 327359 . A G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=104;Dels=0.00;FS=0.745;HaplotypeScore=6.3847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.266;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:756,0,1009 chrIX 327797 . C T 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;DP=148;Dels=0.00;FS=2.566;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=7.95;ReadPosRankSum=-2.162;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,72:148:99:1207,0,1594 chrIX 328162 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;DP=93;Dels=0.00;FS=2.818;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.630;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:93:99:688,0,750 chrIX 328167 . G A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=88;Dels=0.00;FS=2.868;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:834,0,698 chrIX 328196 . C T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=82;Dels=0.00;FS=11.956;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=7.44;ReadPosRankSum=-2.476;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:640,0,718 chrIX 328390 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=90;Dels=0.00;FS=2.939;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:90:99:726,0,539 chrIX 328453 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.275;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:525,0,548 chrIX 328585 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=39;Dels=0.00;FS=13.230;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:39:99:416,0,247 chrIX 329074 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=32;Dels=0.00;FS=8.313;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.624;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:234,0,349 chrIX 329134 . T A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=52;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.367;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:446,0,463 chrIX 329599 . G A 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=19.78;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1299,141,0 chrIX 329647 . A G 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.30;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:885,102,0 chrIX 330361 . G A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=49;Dels=0.00;FS=6.502;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:492,0,224 chrIX 330697 . A G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.977;DP=68;Dels=0.00;FS=6.530;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:705,0,577 chrIX 331384 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=64;Dels=0.00;FS=5.122;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:383,0,621 chrIX 331927 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.055;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:413,0,452 chrIX 332173 . A G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;DP=54;Dels=0.00;FS=12.908;HaplotypeScore=7.2480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=7.98;ReadPosRankSum=3.009;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:461,0,391 chrIX 332248 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=10.09;ReadPosRankSum=-2.487;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:494,0,267 chrIX 332459 . C T 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.33;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:643,69,0 chrIX 332503 . C G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=53;Dels=0.00;FS=1.136;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:381,0,518 chrIX 332541 . A G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;DP=73;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:73:99:674,0,476 chrIX 332714 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.113;DP=34;Dels=0.03;FS=5.460;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.092;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:332,0,232 chrIX 332947 . C A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;DP=46;Dels=0.00;FS=4.485;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:309,0,368 chrIX 333073 . A C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:67:99:390,0,818 chrIX 333088 . G A 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.121;DP=65;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.306;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:816,0,349 chrIX 333345 . T C 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.88;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:888,99,0 chrIX 333452 . G A 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DP=50;Dels=0.00;FS=1.621;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:178,0,443 chrIX 333801 . A G 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=36;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.768;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:36:99:194,0,429 chrIX 333942 . T C 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=20.35;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1437,162,0 chrIX 334061 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;DP=42;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=6.0664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.817;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:323,0,312 chrIX 334096 . A T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DP=42;Dels=0.00;FS=6.684;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:371,0,269 chrIX 334155 . T A 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.897;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.464;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:269,0,233 chrIX 334179 . T C 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DP=37;Dels=0.00;FS=5.506;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.469;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:92:92,0,348 chrIX 334188 . T A 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=34;Dels=0.00;FS=8.801;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.999;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:44:44,0,421 chrIX 334200 . A T 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=15.38;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:479,54,0 chrIX 334640 . T C 1242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=141;Dels=0.00;FS=1.689;HaplotypeScore=25.0962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.094;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,64:141:99:1272,0,1345 chrIX 334696 . T C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=83;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.580;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:811,0,781 chrIX 334734 . C A 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.950;DP=49;Dels=0.00;FS=2.490;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:608,0,378 chrIX 334764 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:383,0,403 chrIX 334815 . T C 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=113;Dels=0.01;FS=10.789;HaplotypeScore=15.5677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.947;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:112:99:922,0,1216 chrIX 334877 . A G 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;DP=98;Dels=0.00;FS=5.219;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.372;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:98:99:919,0,943 chrIX 334906 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DP=61;Dels=0.00;FS=7.125;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:455,0,626 chrIX 334919 . T C 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=4.017;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=22.21;ReadPosRankSum=1.673;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1321,147,0 chrIX 334989 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.245;DP=74;Dels=0.00;FS=3.435;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.146;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:658,0,588 chrIX 335001 . G A 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.96;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1630,177,0 chrIX 335022 . T A 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=17.42;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1531,168,0 chrIX 335035 . C A 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=17.13;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1626,177,0 chrIX 335052 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.980;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.725;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:640,0,703 chrIX 335079 . C G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=104;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.579;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:104:99:651,0,792 chrIX 335344 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.718;DP=61;Dels=0.00;FS=9.224;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.491;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:437,0,704 chrIX 335376 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;DP=69;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:354,0,822 chrIX 335541 . C T 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;DP=102;Dels=0.00;FS=6.513;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:1008,0,762 chrIX 335555 . T A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=96;Dels=0.00;FS=4.023;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.103;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:845,0,905 chrIX 335581 . A T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.718;DP=93;Dels=0.00;FS=5.738;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:809,0,901 chrIX 335743 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;DP=69;Dels=0.00;FS=12.857;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.524;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:357,0,808 chrIX 335815 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;DP=66;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.147;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:397,0,615 chrIX 335817 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=68;Dels=0.00;FS=3.784;HaplotypeScore=5.0599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:430,0,593 chrIX 336156 . T C 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=17.81;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:585,66,0 chrIX 336197 . G A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;DP=44;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.208;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:44:99:430,0,238 chrIX 336223 . T C 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=48;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.818;QD=20.19;ReadPosRankSum=2.345;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:48:99:1002,111,0 chrIX 336248 . A G 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=52;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:431,0,419 chrIX 336289 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;DP=45;Dels=0.00;FS=6.267;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.851;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:354,0,185 chrIX 336424 . G A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=62;Dels=0.00;FS=10.406;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.552;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:324,0,808 chrIX 336464 . T A 195.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.836;DP=87;Dels=0.00;FS=32.728;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,23:87:99:225,0,1416 chrIX 336486 . G A 1372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DP=104;Dels=0.00;FS=7.603;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=13.19;ReadPosRankSum=3.375;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,67:104:99:1402,0,655 chrIX 336519 . C G 2407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.92;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2440,276,0 chrIX 336595 . T G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.956;DP=89;Dels=0.00;FS=2.377;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:89:99:646,0,1014 chrIX 336672 . A G 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DP=48;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=16.1723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:197,0,594 chrIX 336673 . A C,G 800.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1957;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.70;MQ0=0;QD=16.00;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,30,17:50:99:860,266,191,594,0,561 chrIX 336731 . T C 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=8.24;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:67:66:585,66,0 chrIX 336770 . G A 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=131;Dels=0.00;FS=22.284;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,56:131:99:985,0,1170 chrIX 336869 . A G 1621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;DP=170;Dels=0.00;FS=0.569;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,87:170:99:1651,0,1378 chrIX 336989 . C T 1153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=113;Dels=0.00;FS=7.518;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,63:113:99:1183,0,833 chrIX 337002 . G A 1228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.796;DP=123;Dels=0.00;FS=2.319;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,67:123:99:1258,0,924 chrIX 337034 . G A 1346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DP=136;Dels=0.00;FS=1.528;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=1.895;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.053;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,75:136:99:1376,0,995 chrIX 337083 . A T 2174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=19.94;ReadPosRankSum=1.667;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:2207,240,0 chrIX 337098 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.392;DP=93;Dels=0.00;FS=6.186;HaplotypeScore=5.1852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.521;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:657,0,766 chrIX 337127 . C G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.544;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:85:99:628,0,788 chrIX 337182 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.712;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:580,0,701 chrIX 337219 . T G 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=84;Dels=0.00;FS=11.787;HaplotypeScore=70.7396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=20.08;ReadPosRankSum=2.362;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1720,192,0 chrIX 337321 . C A 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.879;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:144:99:1787,201,0 chrIX 337390 . G A 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=96;Dels=0.01;FS=3.441;HaplotypeScore=12.5051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=2.470;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:883,0,805 chrIX 337425 . G C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=45;Dels=0.00;FS=12.710;HaplotypeScore=5.5568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.651;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:400,0,476 chrIX 337478 . G A 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:341,0,203 chrIX 337519 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.081;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:432,0,263 chrIX 337589 . C A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DP=61;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.223;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:472,0,582 chrIX 337621 . C T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;DP=82;Dels=0.00;FS=1.847;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:540,0,872 chrIX 337721 . A G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=125;Dels=0.00;FS=7.269;HaplotypeScore=11.0334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.016;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,52:125:99:717,0,1116 chrIX 337799 . C G 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=19.37;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:924,102,0 chrIX 337905 . T A 280.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=46;Dels=0.00;FS=6.348;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:310,0,501 chrIX 337914 . A T 374.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=45;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.504;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:404,0,372 chrIX 337915 . A T 317.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;DP=45;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.695;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:347,0,394 chrIX 337948 . T C 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=20.80;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:990,111,0 chrIX 337953 . A G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.403;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:347,0,387 chrIX 338032 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=76;Dels=0.00;FS=3.525;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.930;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:495,0,726 chrIX 338050 . A G 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.637;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1321,150,0 chrIX 338323 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=39;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:260,0,411 chrIX 338491 . C T 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DP=134;Dels=0.00;FS=1.422;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,63:134:99:1095,0,1220 chrIX 338777 . C T 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=17.33;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:93:813,93,0 chrIX 338798 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.967;DP=47;Dels=0.00;FS=9.764;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.138;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:99:436,0,246 chrIX 339383 . A G 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=17.19;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:480,54,0 chrIX 339502 . T C 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.663;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1036,117,0 chrIX 339595 . T C 2173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=22.17;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2206,249,0 chrIX 340156 . G A 565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.18;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:598,66,0 chrIX 340345 . G A 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=43;Dels=0.00;FS=3.038;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:186,0,439 chrIX 340540 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;DP=34;Dels=0.00;FS=7.319;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.069;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:242,0,287 chrIX 340669 . T C 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;DP=52;Dels=0.00;FS=7.393;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:222,0,447 chrIX 340684 . T C 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=56;Dels=0.00;FS=2.717;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.899;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:278,0,586 chrIX 340768 . T A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.200;DP=55;Dels=0.00;FS=8.029;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.553;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.569;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:646,0,387 chrIX 340799 . G A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DP=53;Dels=0.00;FS=7.933;HaplotypeScore=5.0601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:53:99:381,0,592 chrIX 340813 . C T 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;DP=54;Dels=0.00;FS=5.816;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.380;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:605,0,347 chrIX 340927 . A C 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.32;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:846,93,0 chrIX 341117 . G T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=44;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=6.6305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:387,0,432 chrIX 341215 . C A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DP=73;Dels=0.00;FS=10.990;HaplotypeScore=10.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:73:99:781,0,507 chrIX 341299 . T C 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=70;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:820,0,554 chrIX 341340 . T A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.097;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:385,0,405 chrIX 341341 . T A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.472;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:431,0,387 chrIX 341514 . T G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,18:64:99:246,0,853 chrIX 341515 . G C 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,18:63:99:254,0,858 chrIX 341595 . C A 1842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.02;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1875,207,0 chrIX 341662 . C T 1751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=23.04;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1784,195,0 chrIX 341674 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=64;Dels=0.00;FS=4.256;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.846;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:440,0,720 chrIX 341686 . T C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.655;DP=68;Dels=0.00;FS=4.431;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.861;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:745,0,348 chrIX 341700 . G A 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=22.69;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1871,204,0 chrIX 341777 . A C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=71;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.685;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:600,0,668 chrIX 341828 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;DP=49;Dels=0.00;FS=7.171;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.768;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:302,0,435 chrIX 341838 . A G 192.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.491;DP=47;Dels=0.00;FS=14.805;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:222,0,496 chrIX 341987 . C T 1115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=142;Dels=0.00;FS=8.985;HaplotypeScore=13.9306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.865;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:142:99:1145,0,1158 chrIX 342151 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=55;Dels=0.00;FS=5.994;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:55:99:263,0,706 chrIX 342194 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=86;Dels=0.00;FS=14.030;HaplotypeScore=4.1696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:423,0,940 chrIX 342470 . T A 620.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=74;Dels=0.00;FS=4.631;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:650,0,626 chrIX 342473 . C T 580.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=79;Dels=0.00;FS=10.190;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.203;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:610,0,691 chrIX 342478 . G A 546.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=85;Dels=0.00;FS=11.965;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.154;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:85:99:576,0,709 chrIX 343172 . T C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DP=108;Dels=0.00;FS=3.354;HaplotypeScore=4.7527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.745;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:108:99:394,0,899 chrIX 343174 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=110;Dels=0.00;FS=4.632;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.459;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,45:110:99:415,0,886 chrIX 343482 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=90;Dels=0.00;FS=1.013;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.938;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,33:90:99:567,0,1172 chrIX 343776 . G A 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=110;Dels=0.00;FS=3.668;HaplotypeScore=19.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:856,0,778 chrIX 343874 . T C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DP=46;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:46:99:293,0,251 chrIX 344094 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.780;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.695;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:408,0,357 chrIX 344344 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=2.6953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:270,0,335 chrIX 344740 . C A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DP=47;Dels=0.00;FS=4.288;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=5.85;ReadPosRankSum=-2.034;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:305,0,402 chrIX 345129 . G C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=77;Dels=0.00;FS=8.684;HaplotypeScore=6.7155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.493;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:537,0,712 chrIX 345192 . A C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;DP=75;Dels=0.00;FS=6.608;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:512,0,747 chrIX 345247 . A C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;DP=71;Dels=0.00;FS=10.401;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.007;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:692,0,343 chrIX 345363 . T A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;DP=92;Dels=0.00;FS=2.732;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:621,0,950 chrIX 345656 . A C 2013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.54;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2046,231,0 chrIX 345705 . T C 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=16.04;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1140,132,0 chrIX 345745 . T C 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=58;Dels=0.00;FS=4.694;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.609;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:58:87:796,87,0 chrIX 345871 . T C 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.04;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1254,138,0 chrIX 345893 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.012;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:474,0,632 chrIX 346096 . A G 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=28;Dels=0.00;FS=5.946;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:166,0,309 chrIX 346366 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=51;Dels=0.00;FS=4.529;HaplotypeScore=1.8583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=7.90;ReadPosRankSum=-2.010;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:433,0,505 chrIX 346531 . G T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;DP=49;Dels=0.00;FS=1.486;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.162;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:331,0,540 chrIX 346599 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DP=51;Dels=0.00;FS=10.817;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.656;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:551,0,341 chrIX 346836 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=78;Dels=0.00;FS=9.480;HaplotypeScore=2.7007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.618;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:509,0,742 chrIX 347270 . A T 1179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=19.33;ReadPosRankSum=1.674;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1212,132,0 chrIX 348305 . C T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;DP=43;Dels=0.00;FS=5.519;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:338,0,299 chrIX 348722 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=62;Dels=0.00;FS=3.514;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.317;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:549,0,576 chrIX 350044 . T C 311 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=1;QD=22.21;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39:344,39,0 chrIX 350262 . C A 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=11;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.143;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:100,0,109 chrIX 350660 . C G 444.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:42:99:474,0,300 chrIX 351996 . G C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DP=63;Dels=0.00;FS=2.127;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=3.430;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:63:99:376,0,480 chrIX 353322 . C T 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DP=78;Dels=0.00;FS=4.648;HaplotypeScore=11.8655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.542;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:744,0,520 chrIX 354832 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=54;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:496,0,517 chrIX 354862 . C G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=64;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.477;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:99:462,0,653 chrIX 354867 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.441;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:595,0,534 chrIX 354945 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;DP=78;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.706;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:474,0,1000 chrIX 355385 . C G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=48;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.383;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:338,0,361 chrIX 355580 . A T 1480 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.85;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1513,165,0 chrIX 355620 . T G 202.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.963;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.991;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:232,0,171 chrIX 356037 . C T 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:865,90,0 chrIX 356207 . T G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.321;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:485,0,669 chrIX 356503 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=56;Dels=0.00;FS=3.901;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:347,0,580 chrIX 357029 . C T 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:102:99:863,0,738 chrIX 357800 . C T 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.54;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1264,138,0 chrIX 358140 . T A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=49;Dels=0.00;FS=10.698;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=9.12;ReadPosRankSum=-2.100;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:477,0,224 chrIX 359933 . C T 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.973;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:653,0,919 chrIX 360067 . A G 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.607;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:900,0,477 chrIX 360413 . C A 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.456;DP=93;Dels=0.00;FS=3.997;HaplotypeScore=16.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:935,0,703 chrIX 360493 . C T 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;DP=112;Dels=0.00;FS=4.676;HaplotypeScore=6.6556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1050,0,1047 chrIX 361596 . T C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=36;Dels=0.00;FS=1.282;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.914;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:272,0,252 chrIX 362255 . G A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=44;Dels=0.00;FS=17.240;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,31:44:99:665,0,226 chrIX 362714 . G A 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=16.62;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1313,144,0 chrIX 362718 . G A 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=15.68;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1256,141,0 chrIX 363069 . G A 820 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=24.85;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:853,96,0 chrIX 363379 . A G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=33;Dels=0.00;FS=9.936;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.488;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:375,0,222 chrIX 363624 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.178;DP=84;Dels=0.00;FS=1.109;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:84:99:789,0,717 chrIX 363644 . A G 1835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=80;Dels=0.00;FS=5.966;HaplotypeScore=4.9802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=22.94;ReadPosRankSum=1.601;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:1868,207,0 chrIX 363854 . T C 3437.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=21.48;SB=-1.369e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:160:99:3437,384,0 chrIX 364352 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;DP=35;Dels=0.00;FS=3.820;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:283,0,272 chrIX 364389 . G A 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.425;DP=26;Dels=0.00;FS=1.820;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.052;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:169,0,271 chrIX 364447 . A G 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=23;Dels=0.00;FS=3.183;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.111;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,16:23:85:346,0,85 chrIX 364558 . T C 291.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.222;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:321,0,244 chrIX 364631 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.639;DP=54;Dels=0.00;FS=4.350;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:303,0,636 chrIX 364849 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.797;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.465;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:553,0,318 chrIX 365116 . T C 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;DP=107;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:1070,0,887 chrIX 365623 . C T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.553;DP=121;Dels=0.00;FS=4.903;HaplotypeScore=18.8801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.486;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:121:99:948,0,941 chrIX 366229 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DP=27;Dels=0.00;FS=3.771;HaplotypeScore=2.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.237;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:257,0,278 chrIX 366567 . C T 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=26;Dels=0.00;FS=1.596;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=3.69;ReadPosRankSum=-2.398;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:126,0,290 chrIX 366603 . C T 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=28;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=4.32;ReadPosRankSum=-2.952;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:151,0,118 chrIX 367155 . A G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.450;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:110:99:727,0,1132 chrIX 367284 . T C 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;DP=80;Dels=0.00;FS=1.898;HaplotypeScore=8.4460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:699,0,394 chrIX 367547 . T C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=56;Dels=0.00;FS=5.429;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.363;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:478,0,363 chrIX 367896 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=36;Dels=0.00;FS=2.987;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:256,0,322 chrIX 367929 . T A 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DP=27;Dels=0.00;FS=5.787;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:114,0,194 chrIX 368031 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.264;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:430,0,323 chrIX 368158 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.740;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.827;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:279,0,615 chrIX 368159 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=52;Dels=0.00;FS=1.059;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.199;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:52:99:283,0,564 chrIX 368784 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=41;Dels=0.00;FS=9.155;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:360,0,227 chrIX 369078 . T C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=39;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.621;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:459,0,255 chrIX 369090 . T C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DP=38;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.923;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:482,0,264 chrIX 369093 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;DP=37;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.939;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:480,0,232 chrIX 369135 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=39;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:39:99:524,0,172 chrIX 369375 . A G 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;DP=37;Dels=0.00;FS=12.041;HaplotypeScore=7.4411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:140,0,347 chrIX 369452 . C A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=35;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=6.74;ReadPosRankSum=2.261;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:266,0,342 chrIX 369511 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:211,0,203 chrIX 369589 . G A 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.02;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1074,120,0 chrIX 370336 . C G 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=139;Dels=0.00;FS=5.335;HaplotypeScore=8.8967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=3.107;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,58:139:99:961,0,1549 chrIX 370356 . A G 1324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;DP=131;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.572;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,70:131:99:1354,0,876 chrIX 370388 . G A 2337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=22.69;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2370,252,0 chrIX 370396 . T G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;DP=96;Dels=0.00;FS=1.678;HaplotypeScore=7.8114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.176;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:776,0,823 chrIX 370566 . C T 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DP=170;Dels=0.00;FS=4.360;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.429;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,77:170:99:1072,0,1515 chrIX 370657 . T C 1990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.558;DP=166;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.684;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,97:166:99:2020,0,1237 chrIX 370829 . C G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.217;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:75:99:683,0,338 chrIX 370919 . G A 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DP=89;Dels=0.00;FS=1.949;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.096;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:880,0,584 chrIX 371225 . C A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=30;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:276,0,273 chrIX 371341 . A G 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DP=43;Dels=0.00;FS=1.400;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.460;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:43:99:325,0,339 chrIX 371441 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.391;DP=36;Dels=0.00;FS=3.050;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:352,0,273 chrIX 371627 . T C 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;DP=62;Dels=0.00;FS=2.293;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=7.08;ReadPosRankSum=2.040;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:469,0,620 chrIX 371714 . G A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.137;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:694,0,546 chrIX 371792 . C A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=55;Dels=0.00;FS=5.884;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.654;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:530,0,377 chrIX 371807 . G A 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=60;Dels=0.00;FS=5.443;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.038;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:572,0,329 chrIX 371957 . C T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=104;Dels=0.00;FS=8.278;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,58:104:99:827,0,745 chrIX 371963 . G A 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=97;Dels=0.00;FS=6.855;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.917;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:742,0,845 chrIX 372143 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=49;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.030;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:472,0,343 chrIX 372359 . T G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.697;DP=95;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:95:99:735,0,781 chrIX 372446 . G A 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=21.32;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1227,135,0 chrIX 372481 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=42;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.937;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:337,0,320 chrIX 372491 . T G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=34;Dels=0.00;FS=1.630;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:34:99:320,0,176 chrIX 372506 . A G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.331;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:283,0,131 chrIX 372590 . T A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;DP=47;Dels=0.00;FS=2.640;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:351,0,347 chrIX 372678 . C A 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=23.65;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1594,171,0 chrIX 373034 . T C 248.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.368;DP=71;Dels=0.00;FS=63.131;HaplotypeScore=42.6123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=3.49;ReadPosRankSum=5.597;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,18:71:99:278,0,243 chrIX 373063 . A G 1184 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=19.73;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1217,135,0 chrIX 373113 . A G 528.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.062;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:558,0,902 chrIX 373284 . A G 324.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:354,0,355 chrIX 373695 . A C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DP=44;Dels=0.00;FS=4.300;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:363,0,351 chrIX 373728 . C G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=41;Dels=0.00;FS=2.919;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:294,0,378 chrIX 373876 . G A 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=15.88;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:90:811,90,0 chrIX 373971 . A G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.897;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:84:99:668,0,770 chrIX 374268 . T C 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DP=73;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.668;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:678,0,709 chrIX 374496 . C G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=62;Dels=0.00;FS=5.042;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.070;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:583,0,598 chrIX 374542 . G A 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.892;DP=61;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:712,0,385 chrIX 374562 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=90;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.118;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:765,0,661 chrIX 374576 . A G 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=95;Dels=0.00;FS=0.817;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.689;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:759,0,747 chrIX 374674 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=76;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.036;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:76:99:574,0,434 chrIX 374861 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:556,0,861 chrIX 374992 . C A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=75;Dels=0.00;FS=12.265;HaplotypeScore=3.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.090;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:715,0,588 chrIX 375017 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=66;Dels=0.00;FS=13.352;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.387;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:589,0,467 chrIX 375181 . T C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;DP=85;Dels=0.00;FS=5.985;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.819;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,29:85:99:483,0,1027 chrIX 375200 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.269;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,41:125:99:560,0,1203 chrIX 375219 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=131;Dels=0.00;FS=1.438;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.223;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,49:131:99:534,0,1667 chrIX 375220 . G C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=132;Dels=0.00;FS=1.438;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.520;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,49:132:99:544,0,1651 chrIX 376391 . A G 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.97;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:968,105,0 chrIX 376672 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=46;Dels=0.00;FS=13.953;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.663;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:369,0,200 chrIX 376792 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=70;Dels=0.00;FS=4.766;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:610,0,597 chrIX 377168 . A T 2006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;DP=176;Dels=0.00;FS=12.015;HaplotypeScore=14.5298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.040;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,106:176:99:2036,0,1103 chrIX 377238 . T C 1429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DP=133;Dels=0.00;FS=3.448;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=10.74;ReadPosRankSum=2.628;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,75:133:99:1459,0,601 chrIX 377556 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=112;Dels=0.00;FS=19.252;HaplotypeScore=8.5618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.552;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,67:112:99:992,0,773 chrIX 378064 . G A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.551;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:198,0,272 chrIX 378238 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.845;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:408,0,240 chrIX 378389 . A T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DP=62;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:442,0,326 chrIX 379276 . A C 688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.85;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:721,81,0 chrIX 379413 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DP=59;Dels=0.00;FS=21.191;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.805;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:474,0,503 chrIX 379472 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=61;Dels=0.00;FS=3.561;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.825;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:428,0,647 chrIX 379476 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DP=62;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.749;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.607;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:415,0,612 chrIX 379493 . C G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=64;Dels=0.00;FS=6.739;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:64:99:474,0,466 chrIX 379574 . T C 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;DP=97;Dels=0.00;FS=2.172;HaplotypeScore=11.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:900,0,736 chrIX 379942 . A C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.829;DP=67;Dels=0.00;FS=2.064;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.025;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:299,0,555 chrIX 379944 . G C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=69;Dels=0.00;FS=2.068;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.414;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:69:99:375,0,445 chrIX 380031 . A T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:222,0,306 chrIX 380306 . C T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DP=35;Dels=0.00;FS=1.391;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:174,0,309 chrIX 380325 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;DP=39;Dels=0.00;FS=5.278;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:348,0,221 chrIX 380666 . A G 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=49;Dels=0.00;FS=11.221;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:346,0,515 chrIX 380678 . A G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;DP=48;Dels=0.00;FS=11.861;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:547,0,305 chrIX 380757 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:263,0,318 chrIX 380768 . C T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:34:99:399,0,235 chrIX 380934 . A G 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=41;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.423;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:150,0,152 chrIX 380951 . C A 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=67;Dels=0.04;FS=2.228;HaplotypeScore=13.4473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.359;QD=0.52;ReadPosRankSum=-3.062;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:65:65,0,363 chrIX 380973 . A G 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=62;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.833;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:117,0,532 chrIX 380999 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=64;Dels=0.00;FS=3.636;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.782;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.059;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:201,0,683 chrIX 381073 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=32;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.499;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:207,0,352 chrIX 381084 . A C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.929;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.092;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:34:99:199,0,335 chrIX 381270 . A T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=59;Dels=0.00;FS=8.332;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.477;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:272,0,597 chrIX 381277 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=56;Dels=0.00;FS=6.017;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.296;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:56:99:283,0,533 chrIX 381521 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;DP=51;Dels=0.00;FS=4.344;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:426,0,472 chrIX 381525 . C G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DP=54;Dels=0.00;FS=2.389;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:460,0,466 chrIX 381591 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.018;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:321,0,224 chrIX 381607 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:269,0,302 chrIX 381696 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=33;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.608;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:302,0,217 chrIX 381841 . T C 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=109;Dels=0.00;FS=0.719;HaplotypeScore=8.9908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:109:99:890,0,823 chrIX 382512 . A G 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:168,0,243 chrIX 382710 . G T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=24;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:93:197,0,93 chrIX 383179 . G A 181.03 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.004;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:20:211,0,20 chrIX 383251 . A G 159.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=11.36;SB=-2.707e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:21:192,21,0 chrIX 383395 . G A 118.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.693;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:148,0,117 chrIX 383416 . C T 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:100,0,157 chrIX 383530 . G A 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=21.39;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1231,132,0 chrIX 384118 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=55;Dels=0.00;FS=7.858;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.725;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:530,0,335 chrIX 384159 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=12.24;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,40:58:99:740,0,267 chrIX 384189 . T C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DP=46;Dels=0.00;FS=3.351;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.161;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:568,0,239 chrIX 384418 . T C 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;DP=32;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:194,0,312 chrIX 384590 . C T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=51;Dels=0.00;FS=32.284;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.645;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.713;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:400,0,532 chrIX 384629 . A G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.023;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:283,0,232 chrIX 384665 . G A 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.769;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:200,0,272 chrIX 384715 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:392,0,249 chrIX 385125 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.312;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:157,0,316 chrIX 385422 . G C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=69;Dels=0.00;FS=3.525;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:69:99:609,0,604 chrIX 385599 . T C 99.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DP=31;Dels=0.00;FS=8.915;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.859;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.710;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:129,0,246 chrIX 385600 . T C 99.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=32;Dels=0.00;FS=8.575;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.017;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.032;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:129,0,245 chrIX 385607 . A G 128.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DP=30;Dels=0.00;FS=8.869;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.697;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.066;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:30:99:158,0,198 chrIX 385724 . G A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.327;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:594,0,476 chrIX 385892 . A C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.166;DP=68;Dels=0.00;FS=6.339;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.319;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:493,0,603 chrIX 385951 . C T 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=44;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.947;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:142,0,439 chrIX 385961 . A G 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=53;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.803;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:227,0,434 chrIX 386028 . T G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DP=56;Dels=0.00;FS=5.664;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:353,0,448 chrIX 386051 . A G 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.37;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1133,126,0 chrIX 386125 . A T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;DP=62;Dels=0.00;FS=7.433;HaplotypeScore=12.2178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.706;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:275,0,429 chrIX 386244 . A G 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=33;Dels=0.00;FS=3.290;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.910;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.560;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:208,0,216 chrIX 386249 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=29;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=3.387;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:203,0,181 chrIX 386266 . C T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.627;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.409;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:192,0,162 chrIX 386321 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=31;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.640;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.020;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:294,0,245 chrIX 386334 . A T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DP=35;Dels=0.00;FS=13.713;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.606;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:241,0,198 chrIX 386360 . G A 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=33;Dels=0.00;FS=8.272;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.016;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.376;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:33:99:134,0,290 chrIX 386386 . T C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=34;Dels=0.00;FS=5.402;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.942;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:94:94,0,347 chrIX 386399 . G A 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DP=31;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:103,0,311 chrIX 386447 . T G 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=21;Dels=0.00;FS=1.719;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:137,0,228 chrIX 386492 . G C 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=23;Dels=0.00;FS=3.796;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.362;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:165,0,159 chrIX 386511 . C T 388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;QD=13.86;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:48:421,48,0 chrIX 386589 . A G 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.686;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:75:75,0,478 chrIX 386592 . G A 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.329;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.826;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:88:88,0,441 chrIX 386665 . G T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;DP=29;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.526;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,21:29:77:370,0,77 chrIX 386758 . G A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.64;MQ0=0;MQRankSum=-4.221;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:33:99:221,0,338 chrIX 386815 . G A 348.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.645;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.294;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:378,0,238 chrIX 386817 . C T 377.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.046;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:407,0,233 chrIX 386823 . G A 414.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DP=45;Dels=0.00;FS=2.744;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.005;QD=9.20;ReadPosRankSum=1.308;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:444,0,264 chrIX 386922 . G A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=34;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:271,0,253 chrIX 386957 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DP=33;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=2.108;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:274,0,199 chrIX 386979 . C T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:193,0,159 chrIX 386988 . G A 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.189;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:144,0,217 chrIX 386994 . G A 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:165,0,244 chrIX 387056 . G A 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=19.48;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:481,51,0 chrIX 387090 . C T 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=18;Dels=0.00;FS=13.030;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-3.025e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:72:154,0,72 chrIX 387107 . A T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=17;Dels=0.00;FS=14.622;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.060;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.553;SB=-3.589e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:44:214,0,44 chrIX 387109 . C T 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DP=18;Dels=0.00;FS=9.610;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.261;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.955;SB=-3.747e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:18:44:223,0,44 chrIX 387229 . T A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.122;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.217;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:267,0,209 chrIX 387314 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;DP=52;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=6.6312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.440;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:549,0,447 chrIX 387325 . A C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.172;DP=49;Dels=0.00;FS=1.465;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQ0=0;MQRankSum=5.425;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:340,0,587 chrIX 387368 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;DP=51;Dels=0.00;FS=5.420;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.749;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:51:99:647,0,344 chrIX 387393 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=35;Dels=0.00;FS=3.210;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.622;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:463,0,234 chrIX 387419 . A C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.179;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:36:99:355,0,190 chrIX 387502 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=31;Dels=0.00;FS=5.599;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.268;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:377,0,166 chrIX 387531 . T C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.075;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.443;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:271,0,259 chrIX 387587 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.105;DP=46;Dels=0.00;FS=6.232;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.560;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.217;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:329,0,482 chrIX 387630 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=43;Dels=0.00;FS=8.856;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=4.665;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.219;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:454,0,240 chrIX 387640 . G A 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=38;Dels=0.00;FS=1.296;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.492;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.969;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:163,0,468 chrIX 387779 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=62;Dels=0.00;FS=3.705;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.989;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:595,0,367 chrIX 387804 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;DP=61;Dels=0.00;FS=5.210;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.014;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:537,0,347 chrIX 387808 . T C 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=63;Dels=0.00;FS=1.003;HaplotypeScore=4.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=3.644;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.506;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:311,0,522 chrIX 387870 . G T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=34;Dels=0.00;FS=5.222;HaplotypeScore=6.5424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.127;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:34:99:351,0,214 chrIX 387908 . A G 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:313,0,155 chrIX 387914 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=25;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.094;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.877;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:256,0,159 chrIX 387959 . T C 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=26;Dels=0.00;FS=5.724;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.749;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:108,0,216 chrIX 388037 . T C 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=45;Dels=0.00;FS=4.061;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.872;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:139,0,430 chrIX 388144 . A T 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;DP=25;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.90;MQ0=0;MQRankSum=-4.270;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:236,0,184 chrIX 388158 . C A 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=25;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.270;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:202,0,227 chrIX 388181 . G C 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.61;MQ0=0;QD=21.13;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:688,78,0 chrIX 388183 . G C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=32;Dels=0.00;FS=8.080;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.743;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:99:272,0,228 chrIX 388217 . T G 89.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=21;Dels=0.00;FS=1.899;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.078;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.905;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:119,0,173 chrIX 388220 . A G 332 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=15.81;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:42:365,42,0 chrIX 388227 . C T 70.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=19;Dels=0.00;FS=2.098;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.747;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.042;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:100,0,155 chrIX 388256 . G A 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=21;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.938;QD=5.91;ReadPosRankSum=-2.268;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:99:154,0,123 chrIX 388279 . T C 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.945;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.295;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:16:84:84,0,108 chrIX 388304 . C T 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=19;Dels=0.00;FS=1.829;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.817;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.837;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:116,0,148 chrIX 388426 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DP=44;Dels=0.00;FS=1.650;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.766;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:460,0,359 chrIX 388444 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=44;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.327;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:408,0,357 chrIX 388455 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;DP=44;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.752;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:427,0,373 chrIX 388464 . G A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=38;Dels=0.00;FS=3.497;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:295,0,278 chrIX 388520 . A C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.791;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:228,0,385 chrIX 388551 . A C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.282;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.859;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:308,0,396 chrIX 388703 . G A 1384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=20.66;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1417,159,0 chrIX 388882 . C A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=45;Dels=0.00;FS=22.164;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.298;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-2.326e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:457,0,313 chrIX 388886 . G T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=44;Dels=0.00;FS=15.829;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=4.260;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.130;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:306,0,415 chrIX 388951 . G A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.765;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:371,0,501 chrIX 388964 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;DP=54;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.804;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:304,0,535 chrIX 388981 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.951;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:263,0,496 chrIX 388987 . G A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.017;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.271;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:297,0,504 chrIX 389030 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.136;DP=86;Dels=0.00;FS=4.311;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:86:99:553,0,748 chrIX 389094 . G T 2612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=21.77;SB=-1.415e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2645,291,0 chrIX 389156 . C T 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=23.59;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1779,192,0 chrIX 389168 . T A 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=19.06;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1615,183,0 chrIX 389212 . T C 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=17.70;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:865,99,0 chrIX 389244 . C A 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=45;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.278;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:144,0,555 chrIX 389250 . G A 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;DP=40;Dels=0.00;FS=1.754;HaplotypeScore=24.9782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.492;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:130,0,500 chrIX 389291 . G A 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.474;DP=32;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.776;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:185,0,222 chrIX 389295 . C T 483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.76;MQ0=0;QD=14.64;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:516,57,0 chrIX 389404 . C A 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DP=134;Dels=0.00;FS=14.661;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:134:99:973,0,1551 chrIX 389433 . T C 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;DP=123;Dels=0.00;FS=16.668;HaplotypeScore=3.5858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,57:123:99:975,0,1334 chrIX 389434 . A G 1232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=122;Dels=0.00;FS=16.255;HaplotypeScore=3.5858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,64:122:99:1262,0,1060 chrIX 389444 . T C 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.411;DP=122;Dels=0.00;FS=10.564;HaplotypeScore=6.7091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.978;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:122:99:1110,0,1094 chrIX 389512 . T A 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.266;DP=99;Dels=0.00;FS=15.910;HaplotypeScore=18.4618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=19.96;ReadPosRankSum=4.850;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:99:99:2009,219,0 chrIX 389745 . C T 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=17.49;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:925,105,0 chrIX 389949 . T C 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=8.939;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:87:771,87,0 chrIX 389968 . C T 516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.63;MQ0=0;QD=13.95;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60:549,60,0 chrIX 390114 . C T 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DP=21;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.106;SB=-9.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:191,0,152 chrIX 390119 . T C 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;DP=21;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.386;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:159,0,197 chrIX 390169 . G A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:145,0,199 chrIX 390207 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DP=20;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.140;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:182,0,226 chrIX 390275 . A G 299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=18;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:36:332,36,0 chrIX 390679 . G A 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=16.94;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66:643,66,0 chrIX 390703 . T A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=34;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:246,0,186 chrIX 390718 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;DP=32;Dels=0.00;FS=6.271;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:32:99:289,0,180 chrIX 390814 . A T 104.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=1;QD=11.58;SB=-8.476e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:137,15,0 chrIX 390856 . G A 237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=1;QD=14.81;SB=-1.559e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30:270,30,0 chrIX 390876 . G A 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.40;MQ0=1;MQRankSum=1.557;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:124,0,208 chrIX 390899 . T G 562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=1;QD=19.38;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:595,66,0 chrIX 391028 . A G 205.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=1;QD=10.25;SB=-5.002e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:27:238,27,0 chrIX 391042 . G C 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=31;Dels=0.00;FS=2.022;HaplotypeScore=5.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.04;MQ0=1;MQRankSum=1.725;QD=1.16;ReadPosRankSum=-2.003;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:31:66:66,0,199 chrIX 391126 . A G 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.05;MQ0=2;MQRankSum=0.415;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:140,0,125 chrIX 391147 . T G 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=27;Dels=0.00;FS=3.862;HaplotypeScore=4.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.90;MQ0=2;MQRankSum=-0.299;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:92:92,0,152 chrIX 391153 . G A 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=27;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=6.2546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.83;MQ0=2;MQRankSum=-2.445;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.729;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:93:93,0,179 chrIX 391198 . G A 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.53;MQ0=1;QD=15.07;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:54:485,54,0 chrIX 391213 . G A 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=27;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=8.2908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.449;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:27:99:141,0,117 chrIX 391255 . T A 37.08 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=10;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.036;SB=0.060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:15:67,0,15 chrIX 391258 . T A 14.21 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=7;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.754;SB=0.013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:18:44,0,18 chrIX 391259 . A G 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.727;SB=1.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:55,6,0 chrIX 391260 . C A 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.727;SB=1.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:56,6,0 chrIX 391282 . T G 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.95;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:55,6,0 chrIX 391288 . G A 52.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.93;MQ0=1;QD=7.57;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:85,9,0 chrIX 391294 . T A 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=9;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.02;MQ0=1;MQRankSum=-0.572;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.589;SB=1.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:6:55,6,0 chrIX 391295 . A G 46.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=9;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.02;MQ0=1;MQRankSum=0.572;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.067;SB=2.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:9:79,9,0 chrIX 391300 . A T 48.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=10;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.41;MQ0=1;MQRankSum=0.572;QD=4.90;ReadPosRankSum=1.067;SB=2.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:10:9:81,9,0 chrIX 391339 . C A 175.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.61;MQ0=2;QD=8.33;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:24:208,24,0 chrIX 391340 . A G 174.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.61;MQ0=2;MQRankSum=1.552;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:24:207,24,0 chrIX 391360 . A G 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;DP=26;Dels=0.00;FS=12.539;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.17;MQ0=4;MQRankSum=2.396;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.954;SB=-5.431e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:26:53:53,0,120 chrIX 391372 . G T 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.71;MQ0=4;MQRankSum=-1.091;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.317;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:71:71,0,77 chrIX 391453 . G T 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.78;MQ0=15;MQRankSum=-1.675;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.759;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:90:90,0,98 chrIX 391493 . G C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.007;DP=89;Dels=0.00;FS=6.065;HaplotypeScore=28.0009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.70;MQ0=22;MQRankSum=-2.096;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.566;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,19:89:67:67,0,415 chrIX 391510 . T A 234.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=84;Dels=0.00;FS=3.420;HaplotypeScore=11.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.54;MQ0=20;MQRankSum=1.840;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.934;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:264,0,219 chrIX 391511 . A G 223.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DP=84;Dels=0.00;FS=3.420;HaplotypeScore=11.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.54;MQ0=20;MQRankSum=1.948;QD=2.65;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:253,0,207 chrIX 391516 . A T 42.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.329;DP=82;Dels=0.00;FS=9.778;HaplotypeScore=11.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.61;MQ0=19;MQRankSum=2.146;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.950;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,24:82:72:72,0,317 chrIX 391555 . T A 86.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DP=30;Dels=0.00;FS=2.098;HaplotypeScore=3.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.33;MQ0=10;MQRankSum=1.292;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.456;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:33:116,0,33 chrIX 391556 . A G 77.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=30;Dels=0.00;FS=2.098;HaplotypeScore=3.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.33;MQ0=10;MQRankSum=1.595;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.304;SB=-1.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:29:107,0,29 chrIX 391672 . T A 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.81;MQ0=11;MQRankSum=0.135;QD=0.57;ReadPosRankSum=1.000;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:41:43,0,41 chrIX 391750 . G T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DP=17;Dels=0.00;FS=2.808;HaplotypeScore=2.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.98;MQ0=8;MQRankSum=1.422;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,3:17:6:55,6,0 chrIX 391789 . A G 55.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.61;MQ0=11;MQRankSum=-0.922;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.495;SB=-4.196e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:35:85,0,35 chrIX 391806 . C T 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=25;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.79;MQ0=11;MQRankSum=0.533;QD=2.04;ReadPosRankSum=2.533;SB=-3.097e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:25:81:81,0,82 chrIX 391831 . T G 156.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=42;Dels=0.00;FS=18.408;HaplotypeScore=2.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.09;MQ0=6;MQRankSum=-1.704;QD=3.71;ReadPosRankSum=2.190;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:42:99:186,0,155 chrIX 391837 . G A 363 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.75;MQ0=5;QD=8.85;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:45:396,45,0 chrIX 391849 . A T 124.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.751;DP=43;Dels=0.00;FS=8.091;HaplotypeScore=3.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.44;MQ0=4;MQRankSum=0.548;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:154,0,195 chrIX 391909 . A G 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.500;DP=36;Dels=0.00;FS=8.513;HaplotypeScore=7.3608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.34;MQ0=4;MQRankSum=0.468;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:81:81,0,238 chrIX 391933 . C T 222 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=5;QD=6.94;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:30:255,30,0 chrIX 392002 . G T 327.04 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.93;MQ0=7;MQRankSum=-0.835;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.064;SB=-1.774e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:23:360,23,0 chrIX 392038 . G A 52.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=15;Dels=0.00;FS=13.222;HaplotypeScore=3.8928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.09;MQ0=6;MQRankSum=1.159;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-2.636e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:12:82,0,12 chrIX 392077 . G A 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.45;MQ0=2;QD=4.96;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:56,6,0 chrIX 392089 . G A 54.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.11;MQ0=3;QD=6.11;SB=-2.872e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:87,9,0 chrIX 392167 . A G 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;DP=22;Dels=0.00;FS=9.590;HaplotypeScore=9.8553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.36;MQ0=8;MQRankSum=0.267;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-6.087e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:63:63,0,64 chrIX 392184 . C T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=21;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=6.6409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.64;MQ0=8;MQRankSum=-1.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=2.533;SB=-6.735e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:21:40:41,0,40 chrIX 392697 . C T 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=13;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=9.3474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-4.176e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:13:6:51,6,0 chrIX 392833 . T A 84.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.78;MQ0=0;QD=14.04;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:117,15,0 chrIX 392834 . G C 89.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.78;MQ0=0;QD=14.88;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:122,15,0 chrIX 392929 . C T 139.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.99;MQ0=0;QD=15.46;SB=-8.888e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:172,18,0 chrIX 392932 . G T 131.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.99;MQ0=0;QD=14.57;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:164,18,0 chrIX 392939 . C G 126.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.27;MQ0=0;QD=18.02;SB=-7.763e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:159,18,0 chrIX 392998 . G A 31.12 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-2.506e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:13:61,0,13 chrIX 393028 . G A 63.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.90;MQ0=0;QD=15.88;SB=-2.755e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:96,12,0 chrIX 393067 . A G 148.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.74;MQ0=0;QD=8.71;SB=-1.291e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:21:181,21,0 chrIX 393074 . C T 224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=22;Dels=0.00;FS=6.193;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.19;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.148;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,19:22:30:257,30,0 chrIX 393106 . C T 364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.21;MQ0=0;QD=12.55;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:45:397,45,0 chrIX 393156 . C T 476.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.17;MQ0=0;QD=13.22;SB=-2.761e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:36:57:509,57,0 chrIX 393177 . G T 404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.13;MQ0=0;QD=12.24;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:33:48:437,48,0 chrIX 393181 . G A 440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.83;MQ0=0;QD=12.94;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:54:473,54,0 chrIX 393220 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQ0=0;MQRankSum=2.829;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:35:70:319,0,70 chrIX 393280 . A G 445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.46;MQ0=0;QD=19.35;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:478,54,0 chrIX 393338 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.09;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:25:265,0,25 chrIX 393359 . C T 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.55;MQ0=0;QD=12.57;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:410,48,0 chrIX 393395 . C G 259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.03;MQ0=0;QD=10.36;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:36:292,36,0 chrIX 393403 . C A 133.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.51;MQ0=0;QD=6.66;SB=-1.292e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:20:21:164,21,0 chrIX 393406 . C T 246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=10.25;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:33:279,33,0 chrIX 393415 . A G 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=14.11;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:63:541,63,0 chrIX 393423 . T C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=43;Dels=0.00;FS=10.255;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.80;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.040;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,13:43:99:154,0,371 chrIX 393506 . T G 579.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=78;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:78:99:609,0,514 chrIX 393511 . C T 1513 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=20.17;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1546,168,0 chrIX 393516 . C T 1496 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.32;MQ0=0;QD=20.49;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1529,165,0 chrIX 393592 . T A 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=20.06;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1056,120,0 chrIX 393622 . C T 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=17.95;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1092,123,0 chrIX 393627 . T A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.148;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:241,0,509 chrIX 393657 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;DP=57;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=2.4258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.732;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:210,0,490 chrIX 393659 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=59;Dels=0.02;FS=2.219;HaplotypeScore=4.3589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.206;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.583;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:205,0,440 chrIX 393738 . C T 1013 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.12;MQ0=0;QD=14.68;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1046,114,0 chrIX 393745 . T G 953 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.48;MQ0=0;QD=13.61;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:986,111,0 chrIX 393746 . A T 890 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.85;MQ0=0;QD=12.36;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:923,108,0 chrIX 393794 . G A 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=80.6552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;QD=16.23;SB=-1.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:1656,177,0 chrIX 393829 . T C 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1829,204,0 chrIX 393886 . G C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=80;Dels=0.01;FS=1.854;HaplotypeScore=16.2908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.203;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:581,0,737 chrIX 393889 . A C 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=20.93;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1728,192,0 chrIX 393931 . T A 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.443;DP=85;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=18.80;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1631,164,0 chrIX 393945 . C T 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=22.22;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1522,165,0 chrIX 393995 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=62;Dels=0.00;FS=5.205;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:550,0,361 chrIX 394019 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;DP=61;Dels=0.00;FS=2.151;HaplotypeScore=5.2092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.459;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:445,0,543 chrIX 394030 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=58;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=6.0816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.806;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:401,0,414 chrIX 394156 . G A 1188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=116;Dels=0.00;FS=2.451;HaplotypeScore=10.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=1;MQRankSum=-1.466;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.269;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,67:116:99:1218,0,715 chrIX 394211 . T G 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:104:99:1977,222,0 chrIX 394214 . G A 2034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;QD=19.94;SB=-1.317e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2067,225,0 chrIX 394234 . G A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DP=93;Dels=0.00;FS=1.708;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.451;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:93:99:650,0,700 chrIX 394293 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.628;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:309,0,680 chrIX 394357 . T A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=46;Dels=0.00;FS=4.237;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:271,0,354 chrIX 394371 . C G 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.32;MQ0=0;QD=16.02;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:754,84,0 chrIX 394423 . T C 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=16.15;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:986,111,0 chrIX 394427 . C T 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.773;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.222;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,15:61:99:105,0,710 chrIX 394650 . T C 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=16.00;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84:769,84,0 chrIX 394651 . C T 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=15.28;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:81:736,81,0 chrIX 394680 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=53;Dels=0.00;FS=2.427;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.572;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.731;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:229,0,540 chrIX 394808 . A G 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;DP=49;Dels=0.02;FS=1.278;HaplotypeScore=54.1919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.271;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.963;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,13:48:99:176,0,494 chrIX 394846 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;DP=50;Dels=0.02;FS=2.706;HaplotypeScore=11.1500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQ0=0;MQRankSum=1.190;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.926;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:380,0,247 chrIX 394847 . T C 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.43;MQ0=0;QD=15.08;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:90:787,90,0 chrIX 394906 . A T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.053;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.775;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:63:99:355,0,688 chrIX 394916 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DP=62;Dels=0.00;FS=11.990;HaplotypeScore=24.7383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.63;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:62:99:271,0,726 chrIX 394975 . G A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=4.334;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.627;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:357,0,166 chrIX 394992 . A G 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=39;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.001;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.776;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:49:49,0,320 chrIX 395011 . T C 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=13.39;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:57:515,57,0 chrIX 395062 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=44;Dels=0.00;FS=9.024;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.540;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:351,0,311 chrIX 395073 . C A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=45;Dels=0.00;FS=8.834;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:357,0,320 chrIX 395123 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=59;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=5.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.160;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:333,0,275 chrIX 395125 . A G 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.95;MQ0=0;QD=13.13;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:84:755,84,0 chrIX 395136 . A G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=51;Dels=0.00;FS=3.002;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:289,0,266 chrIX 395274 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=42;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=2.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:329,0,382 chrIX 395275 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=43;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=2.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:358,0,345 chrIX 395303 . G A 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;DP=38;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:183,0,414 chrIX 395356 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=2.219;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:204,0,278 chrIX 395422 . T A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;DP=82;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:630,0,822 chrIX 395439 . T G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.815;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:717,0,740 chrIX 395469 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=104;Dels=0.00;FS=6.378;HaplotypeScore=16.7731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.395;QD=5.68;ReadPosRankSum=2.470;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:104:99:621,0,713 chrIX 395561 . T C 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=101;Dels=0.00;FS=1.789;HaplotypeScore=6.7315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:875,0,978 chrIX 395574 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.735;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:572,0,896 chrIX 395693 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=42;Dels=0.00;FS=4.948;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.315;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:328,0,329 chrIX 395873 . A G 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=116;Dels=0.00;FS=3.690;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:116:99:896,0,1110 chrIX 395890 . G A 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;DP=124;Dels=0.00;FS=1.509;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:124:99:1134,0,934 chrIX 395916 . C T 2970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.789e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:141:99:3003,324,0 chrIX 395990 . G A 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DP=91;Dels=0.00;FS=3.235;HaplotypeScore=5.0670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.402;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:952,0,807 chrIX 396021 . A G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=69;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:686,0,654 chrIX 396038 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;DP=61;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:453,0,618 chrIX 396045 . T G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=58;Dels=0.00;FS=3.697;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.082;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:349,0,567 chrIX 396138 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DP=53;Dels=0.00;FS=5.672;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:480,0,452 chrIX 396186 . A G 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:247,0,303 chrIX 396227 . A T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=69;Dels=0.00;FS=1.089;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:580,0,480 chrIX 396307 . C A 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=91;Dels=0.00;FS=3.101;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:742,0,610 chrIX 396434 . C G 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=18.00;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:789,90,0 chrIX 396463 . G A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;DP=41;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:247,0,312 chrIX 396464 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:246,0,305 chrIX 396489 . C T 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=30;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.477;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.826;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:83:83,0,296 chrIX 396504 . G A 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.679;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.502;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:68:68,0,272 chrIX 396505 . C T 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.048;DP=30;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.127;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:30:63:63,0,270 chrIX 396557 . A G 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DP=37;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:52:52,0,338 chrIX 396639 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.250;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:304,0,473 chrIX 396649 . G C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=56;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:56:99:431,0,418 chrIX 396753 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=56;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.008;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:487,0,451 chrIX 396773 . T A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;DP=46;Dels=0.00;FS=6.249;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.367;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:346,0,347 chrIX 396834 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;DP=41;Dels=0.00;FS=7.302;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.192;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:352,0,372 chrIX 396851 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=51;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:428,0,496 chrIX 396889 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.402;DP=57;Dels=0.00;FS=3.769;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.107;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:626,0,405 chrIX 396902 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.334;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,35:53:99:558,0,275 chrIX 396906 . A G 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=18.78;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:991,111,0 chrIX 396988 . T A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.661;DP=63;Dels=0.00;FS=4.972;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.607;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:332,0,723 chrIX 397058 . A G 454.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.042;DP=83;Dels=0.00;FS=4.170;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:484,0,702 chrIX 397061 . C T 677.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.760;DP=82;Dels=0.00;FS=4.299;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:82:99:707,0,464 chrIX 397063 . T C 1452 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=18.15;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1485,165,0 chrIX 397090 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.534;DP=57;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.267;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:335,0,452 chrIX 397113 . T A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.477;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:221,0,386 chrIX 397230 . T A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;DP=63;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=6.3300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.743;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:381,0,495 chrIX 397305 . G A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.567;DP=80;Dels=0.00;FS=5.883;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:540,0,814 chrIX 397309 . A T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.566;DP=82;Dels=0.00;FS=5.591;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:558,0,799 chrIX 397426 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=71;Dels=0.00;FS=6.353;HaplotypeScore=4.7096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.732;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:510,0,734 chrIX 397439 . C A 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=67;Dels=0.00;FS=6.740;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.436;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:559,0,604 chrIX 397575 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=49;Dels=0.00;FS=14.027;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:522,0,318 chrIX 397626 . A C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=50;Dels=0.00;FS=6.343;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:279,0,394 chrIX 397647 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DP=81;Dels=0.00;FS=13.849;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:81:99:517,0,500 chrIX 397671 . G T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.290;DP=90;Dels=0.00;FS=8.573;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.193;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:90:99:604,0,686 chrIX 397755 . C T 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=78;Dels=0.00;FS=3.116;HaplotypeScore=9.0484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.610;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:78:99:1022,0,433 chrIX 397837 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:41:99:285,0,357 chrIX 397968 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;DP=51;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.355;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:51:99:550,0,214 chrIX 397974 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,39:56:99:563,0,272 chrIX 398084 . G A 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.772;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.604;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:637,0,626 chrIX 398092 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=84;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.287;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:703,0,627 chrIX 398246 . T C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=50;Dels=0.00;FS=4.675;HaplotypeScore=7.4968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.850;QD=5.26;ReadPosRankSum=2.103;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:293,0,542 chrIX 398250 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=51;Dels=0.00;FS=6.289;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.161;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:304,0,479 chrIX 398401 . T C 1121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.871;DP=121;Dels=0.00;FS=10.156;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.723;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.655;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,67:121:99:1151,0,1017 chrIX 398416 . C T 2494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=21.14;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2527,282,0 chrIX 398457 . G C 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=18.37;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:94:99:1760,195,0 chrIX 398466 . T A 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.688;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1569,168,0 chrIX 398482 . T G 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=17.61;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1037,117,0 chrIX 398494 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=49;Dels=0.00;FS=4.148;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:368,0,339 chrIX 398541 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.773;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=2.239;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.352;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:43:99:323,0,276 chrIX 398583 . G C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:55:99:319,0,343 chrIX 398957 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=67;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.122;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:570,0,640 chrIX 399062 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=65;Dels=0.00;FS=11.038;HaplotypeScore=13.3214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.558;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:554,0,390 chrIX 399239 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.980;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:436,0,373 chrIX 399252 . T A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:316,0,386 chrIX 399357 . G A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;DP=101;Dels=0.00;FS=8.788;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.130;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:101:99:447,0,974 chrIX 399370 . A C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;DP=98;Dels=0.00;FS=9.341;HaplotypeScore=5.7670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-5.333;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:98:99:462,0,987 chrIX 399384 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.868;DP=94;Dels=0.00;FS=16.635;HaplotypeScore=3.4380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.960;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:429,0,1035 chrIX 399393 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=92;Dels=0.00;FS=18.686;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-6.550;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:370,0,1015 chrIX 399396 . T A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DP=89;Dels=0.00;FS=16.348;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.954;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:399,0,977 chrIX 399404 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=80;Dels=0.00;FS=16.657;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=-6.816;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:299,0,894 chrIX 399414 . A G 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=72;Dels=0.00;FS=7.691;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=17.90;ReadPosRankSum=2.381;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1322,147,0 chrIX 399545 . A T 2331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.08;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2364,255,0 chrIX 399657 . A C 4198.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=180;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=12.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=23.32;ReadPosRankSum=1.636;SB=-2.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,179:180:99:4198,477,0 chrIX 399998 . A G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.849;DP=61;Dels=0.00;FS=2.213;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.25;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:373,0,297 chrIX 400007 . T A 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.44;MQ0=0;QD=11.13;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:81:734,81,0 chrIX 400141 . A G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=97;Dels=0.00;FS=2.894;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.158;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:609,0,765 chrIX 400481 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;DP=67;Dels=0.00;FS=3.371;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:588,0,591 chrIX 400508 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DP=60;Dels=0.00;FS=2.188;HaplotypeScore=7.0429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:432,0,433 chrIX 400841 . G C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=55;Dels=0.00;FS=3.743;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:548,0,351 chrIX 400889 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=35;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=4.31;ReadPosRankSum=-2.368;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:181,0,288 chrIX 401170 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.738;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:388,0,513 chrIX 401177 . T C,G 905.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.78;MQ0=0;QD=20.57;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,20,24:44:99:965,494,434,470,0,407 chrIX 401181 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=45;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:415,0,437 chrIX 401259 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:457,0,224 chrIX 401266 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=1.706;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:46:99:253,0,433 chrIX 401270 . C A 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=17.40;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:96:868,96,0 chrIX 401296 . A G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=46;Dels=0.00;FS=4.810;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:339,0,372 chrIX 401375 . C T 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.79;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1863,207,0 chrIX 402055 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:567,0,379 chrIX 402165 . T C 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=14.54;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63:571,63,0 chrIX 402236 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;DP=68;Dels=0.00;FS=5.945;HaplotypeScore=10.4158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.948;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:541,0,401 chrIX 402302 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=101;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=2.092;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:726,0,516 chrIX 402516 . G A 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DP=84;Dels=0.00;FS=10.604;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.189;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:838,0,630 chrIX 402533 . A T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=79;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=10.01;ReadPosRankSum=-2.023;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:821,0,581 chrIX 402823 . C T 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=20.34;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:104:99:2148,228,0 chrIX 402833 . A G 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=85;Dels=0.00;FS=2.916;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.649;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:613,0,768 chrIX 403138 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;DP=80;Dels=0.00;FS=4.416;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.336;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:80:99:692,0,510 chrIX 403232 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.896;DP=74;Dels=0.00;FS=1.977;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:526,0,532 chrIX 403261 . T C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=96;Dels=0.00;FS=2.687;HaplotypeScore=6.6579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:672,0,767 chrIX 403289 . A G 2502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.678;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:130:99:2535,282,0 chrIX 403447 . C T 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=21.54;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1735,186,0 chrIX 403510 . C T 2279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.30;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2312,255,0 chrIX 403621 . C T 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=102;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.445;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,60:102:99:980,0,779 chrIX 403622 . C T 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DP=106;Dels=0.00;FS=1.601;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.388;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,62:106:99:1053,0,766 chrIX 403638 . C A 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.827;DP=108;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.293;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,62:108:99:957,0,765 chrIX 403748 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=98;Dels=0.00;FS=6.549;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:487,0,1101 chrIX 403760 . A G 1945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=21.61;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1978,216,0 chrIX 403814 . T C 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DP=119;Dels=0.00;FS=3.048;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=19.91;ReadPosRankSum=2.345;SB=-1.416e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:119:99:2402,276,0 chrIX 403850 . G A 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:115:99:2331,258,0 chrIX 403943 . C T 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=108;Dels=0.00;FS=1.633;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.089;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,70:108:99:1144,0,583 chrIX 403997 . G A 2370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.57;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2403,264,0 chrIX 404058 . C T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=83;Dels=0.00;FS=0.852;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:531,0,782 chrIX 404267 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=75;Dels=0.00;FS=3.779;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:488,0,604 chrIX 404297 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=80;Dels=0.00;FS=12.287;HaplotypeScore=10.2734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:605,0,565 chrIX 404489 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.326;DP=75;Dels=0.00;FS=0.890;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:681,0,715 chrIX 404597 . C G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:577,0,541 chrIX 404738 . A T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=59;Dels=0.00;FS=7.277;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:547,0,440 chrIX 404792 . T C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.978;DP=121;Dels=0.00;FS=2.442;HaplotypeScore=9.9752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:121:99:825,0,950 chrIX 404802 . A G 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DP=146;Dels=0.00;FS=0.639;HaplotypeScore=11.2950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.150;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,62:146:99:869,0,1225 chrIX 405160 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=73;Dels=0.00;FS=17.391;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.132;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:517,0,496 chrIX 405278 . C G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=54;Dels=0.00;FS=3.809;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:319,0,446 chrIX 405428 . T G 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=19.61;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:837,96,0 chrIX 405473 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=37;Dels=0.00;FS=3.893;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:337,0,269 chrIX 405539 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;DP=49;Dels=0.00;FS=8.728;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:49:99:300,0,402 chrIX 405590 . G T 277.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=43;Dels=0.00;FS=21.965;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:307,0,436 chrIX 405665 . T C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;DP=41;Dels=0.00;FS=9.593;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:225,0,458 chrIX 405749 . A G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.196;DP=49;Dels=0.00;FS=4.125;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:225,0,380 chrIX 405812 . T G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.442;DP=76;Dels=0.00;FS=3.026;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:542,0,755 chrIX 405821 . C T 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=21.54;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1799,195,0 chrIX 405854 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=78;Dels=0.00;FS=9.249;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:424,0,815 chrIX 405945 . A G 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=15.34;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:524,60,0 chrIX 405973 . C T 466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=12.59;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:57:499,57,0 chrIX 406065 . G T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=21;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=10.9705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.063;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:54:54,0,110 chrIX 406173 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;DP=69;Dels=0.00;FS=20.828;HaplotypeScore=9.3935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.944;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:69:99:529,0,424 chrIX 406184 . G T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.161;DP=55;Dels=0.00;FS=4.055;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.425;QD=6.18;ReadPosRankSum=3.434;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:55:99:370,0,378 chrIX 406186 . G C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.710;DP=50;Dels=0.00;FS=4.055;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.750;QD=6.44;ReadPosRankSum=3.450;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:352,0,374 chrIX 406436 . T C 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=19.51;ReadPosRankSum=1.599;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1067,120,0 chrIX 406590 . T C 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.601;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.624;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:268,0,222 chrIX 406596 . G A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.517;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:289,0,265 chrIX 406941 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=31;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.156;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:356,0,125 chrIX 407041 . T C 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:176,0,319 chrIX 407154 . A C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;DP=47;Dels=0.00;FS=4.880;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:381,0,476 chrIX 407232 . C A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DP=28;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.723;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.218;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:230,0,272 chrIX 407301 . C T 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.942;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:99:301,0,143 chrIX 407554 . G T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=61;Dels=0.00;FS=3.601;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:436,0,590 chrIX 407727 . A G 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=86;Dels=0.00;FS=5.635;HaplotypeScore=3.4848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.991;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:713,0,751 chrIX 407939 . C T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=11.74;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:57:99:699,0,295 chrIX 407953 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=52;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:423,0,503 chrIX 408091 . C T 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=109;Dels=0.00;FS=0.807;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:109:99:767,0,817 chrIX 408110 . T G 2323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.74;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2356,270,0 chrIX 408244 . A T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DP=68;Dels=0.00;FS=5.502;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=3.91;ReadPosRankSum=-2.071;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:296,0,835 chrIX 408521 . C T 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;DP=94;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:967,0,648 chrIX 408614 . C T 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;DP=152;Dels=0.01;FS=10.068;HaplotypeScore=13.2007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,74:151:99:923,0,1500 chrIX 408637 . C G 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=135;Dels=0.00;FS=5.268;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,62:135:99:948,0,1337 chrIX 408665 . C T 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=114;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:114:99:896,0,913 chrIX 409106 . A T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=8.31;ReadPosRankSum=2.499;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:379,0,267 chrIX 409125 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=58;Dels=0.00;FS=7.769;HaplotypeScore=4.9808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:501,0,277 chrIX 409294 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=36;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.963;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:264,0,318 chrIX 409388 . T C 273.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;DP=42;Dels=0.00;FS=22.620;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:303,0,400 chrIX 409496 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:281,0,184 chrIX 409532 . C T 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=52;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.821;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.349;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:327,0,295 chrIX 409601 . G T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DP=27;Dels=0.00;FS=8.852;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.561;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:152,0,274 chrIX 409607 . C T 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;DP=29;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.041;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:136,0,289 chrIX 409769 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=52;Dels=0.00;FS=1.190;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:52:99:507,0,286 chrIX 409838 . A G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.405;DP=72;Dels=0.00;FS=5.429;HaplotypeScore=3.5920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.142;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:630,0,768 chrIX 409916 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;DP=37;Dels=0.00;FS=2.844;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.659;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:251,0,274 chrIX 410027 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:458,0,356 chrIX 410111 . G A 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=24.28;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2145,234,0 chrIX 410260 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=64;Dels=0.00;FS=1.069;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.076;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:568,0,691 chrIX 410318 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;DP=64;Dels=0.00;FS=6.832;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:489,0,650 chrIX 410510 . C A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:113:99:724,0,954 chrIX 410511 . C G 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.711;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,60:115:99:958,0,709 chrIX 410521 . A G 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=19.46;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1960,222,0 chrIX 410703 . A G 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=151;Dels=0.00;FS=17.214;HaplotypeScore=13.2362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.166;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,69:151:99:1123,0,1398 chrIX 410784 . T C 2430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=18.98;SB=-1.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:2463,282,0 chrIX 410842 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.458;DP=108;Dels=0.00;FS=3.686;HaplotypeScore=10.4270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.373;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:108:99:627,0,1109 chrIX 411094 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.711;DP=59;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=5.6220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:59:99:365,0,391 chrIX 411193 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=69;Dels=0.00;FS=5.103;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=3.043;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:540,0,485 chrIX 411211 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DP=64;Dels=0.00;FS=7.828;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:481,0,479 chrIX 411310 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=45;Dels=0.00;FS=6.267;HaplotypeScore=8.4830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.763;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:351,0,316 chrIX 411442 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=64;Dels=0.00;FS=7.864;HaplotypeScore=9.4964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.904;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:516,0,516 chrIX 411481 . T A 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.77;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1150,123,0 chrIX 411499 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=51;Dels=0.00;FS=8.184;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.660;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:446,0,429 chrIX 411520 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=56;Dels=0.00;FS=3.749;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.647;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:372,0,506 chrIX 411643 . G C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=92;Dels=0.00;FS=3.927;HaplotypeScore=4.3512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.053;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,32:92:99:430,0,1185 chrIX 411868 . C T 2886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=18.99;SB=-1.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:152:99:2919,324,0 chrIX 411882 . C T 1265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.675;DP=157;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=4.8625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.751;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,91:157:99:1295,0,1103 chrIX 411905 . T C 3484.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=19.91;SB=-2.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:175:99:3484,399,0 chrIX 412003 . T A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=95;Dels=0.00;FS=5.437;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=8.26;ReadPosRankSum=2.535;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:815,0,902 chrIX 412084 . A G 4141.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=25.10;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:4141,459,0 chrIX 412153 . A T 3622.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=23.83;SB=-1.638e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:152:99:3622,390,0 chrIX 412186 . G A 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=17.88;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1857,207,0 chrIX 412202 . T C 1841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=21.16;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1874,207,0 chrIX 412218 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.876;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,25:80:99:402,0,809 chrIX 412260 . G A 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=22.80;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1857,201,0 chrIX 412306 . T C 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.256;DP=115;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=8.1460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.771;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,66:115:99:830,0,861 chrIX 412312 . A G 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:119:99:841,0,837 chrIX 412381 . A G 3822.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.961e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:178:99:3822,429,0 chrIX 412585 . A G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=95;Dels=0.00;FS=0.779;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.536;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:630,0,1033 chrIX 412588 . A G 2250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=102;Dels=0.00;FS=2.946;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=22.06;ReadPosRankSum=2.377;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:2283,249,0 chrIX 412645 . G T 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=20.10;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2143,231,0 chrIX 412802 . T C 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;DP=106;Dels=0.00;FS=2.656;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=2.088;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.726;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:106:99:788,0,905 chrIX 412962 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=50;Dels=0.00;FS=8.273;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:50:99:398,0,352 chrIX 413129 . G T 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;DP=74;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.239;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:664,0,624 chrIX 414362 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.325;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:355,0,738 chrIX 414641 . T C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;DP=90;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.731;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.295;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:770,0,894 chrIX 414735 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=82;Dels=0.00;FS=10.914;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.645;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:582,0,772 chrIX 414918 . G A 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.42;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1932,210,0 chrIX 415204 . A G 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1122,126,0 chrIX 415315 . C T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=51;Dels=0.00;FS=4.146;HaplotypeScore=4.2220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:420,0,269 chrIX 415367 . G C 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=18.77;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:934,105,0 chrIX 415528 . C T 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.00;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:964,108,0 chrIX 415609 . G T 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=17.74;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:849,90,0 chrIX 415643 . C T 679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=16.97;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:78:712,78,0 chrIX 415662 . A C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.549;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:285,0,307 chrIX 415702 . A G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.095;DP=53;Dels=0.00;FS=2.686;HaplotypeScore=1.9454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=7.62;ReadPosRankSum=2.579;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:434,0,494 chrIX 415811 . A C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=62;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.818;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:614,0,420 chrIX 415829 . A T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.493;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.466;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:717,0,418 chrIX 415834 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=69;Dels=0.00;FS=1.983;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.604;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:610,0,551 chrIX 416052 . C G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.830;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.185;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:413,0,486 chrIX 416240 . G A 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=17.73;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:955,105,0 chrIX 416282 . T A 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=15.02;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1009,114,0 chrIX 416335 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=46;Dels=0.00;FS=1.169;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.558;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:305,0,382 chrIX 416339 . C T 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=18.19;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:906,102,0 chrIX 416380 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=35;Dels=0.00;FS=10.992;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.185;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:236,0,261 chrIX 416543 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;DP=49;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.010;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:334,0,468 chrIX 416627 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;DP=36;Dels=0.00;FS=6.863;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:323,0,238 chrIX 416694 . C G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DP=47;Dels=0.00;FS=5.030;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=1.739;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:47:99:377,0,436 chrIX 417395 . C T 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=97;Dels=0.00;FS=6.801;HaplotypeScore=6.4493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:649,0,760 chrIX 417719 . T C 1219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;DP=143;Dels=0.00;FS=13.339;HaplotypeScore=13.7071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,71:143:99:1249,0,1237 chrIX 417992 . C T 5865.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=269;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=21.80;SB=-2.853e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,269:269:99:5865,648,0 chrIX 418028 . G A 5567.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.82;SB=-3.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,244:244:99:5567,621,0 chrIX 418265 . C T 3756.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=18.23;SB=-1.650e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,205:206:99:3756,417,0 chrIX 418524 . A G 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=79;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=21.63;ReadPosRankSum=2.263;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1742,195,0 chrIX 418530 . A G 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=20.58;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1638,180,0 chrIX 418547 . T A 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=20.53;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1737,189,0 chrIX 418607 . G A 2507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.360;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.673;SB=-1.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:124:99:2540,266,0 chrIX 418859 . G T 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=21.82;SB=-1.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2150,237,0 chrIX 418899 . G A 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=107;Dels=0.00;FS=2.525;HaplotypeScore=11.9533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.532;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:934,0,863 chrIX 418993 . A G 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=19.73;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1789,204,0 chrIX 419095 . G A 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.69;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1553,171,0 chrIX 419141 . G A 2169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=23.32;ReadPosRankSum=1.695;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2202,215,0 chrIX 419420 . A G 344.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;DP=48;Dels=0.00;FS=22.161;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.528;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:374,0,391 chrIX 419495 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=76;Dels=0.00;FS=29.349;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=2.105;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:515,0,234 chrIX 419510 . A G 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;DP=92;Dels=0.00;FS=29.678;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=9.54;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:92:99:908,0,651 chrIX 419726 . G A 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=23.25;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:777,84,0 chrIX 419811 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.887;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:496,0,571 chrIX 419999 . A G 1566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DP=79;Dels=0.00;FS=2.947;HaplotypeScore=4.9991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=19.82;ReadPosRankSum=2.388;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1599,180,0 chrIX 420044 . A G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=65;Dels=0.00;FS=8.590;HaplotypeScore=11.6497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.754;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:571,0,447 chrIX 420080 . T A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=29;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.505;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:29:99:241,0,163 chrIX 420167 . T G 550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.92;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:583,66,0 chrIX 420215 . T C 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=24.26;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:882,99,0 chrIX 420376 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=57;Dels=0.00;FS=3.773;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.075;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:57:99:296,0,495 chrIX 420518 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=55;Dels=0.00;FS=2.339;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.697;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:302,0,383 chrIX 420530 . G A 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.817;DP=49;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:233,0,453 chrIX 420788 . C G 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=18.48;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:920,102,0 chrIX 420791 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.360;DP=48;Dels=0.00;FS=4.148;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:380,0,375 chrIX 420815 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:261,0,341 chrIX 421122 . T A 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DP=37;Dels=0.00;FS=1.316;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:215,0,360 chrIX 421228 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DP=42;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.307;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:281,0,451 chrIX 421278 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:422,0,310 chrIX 421475 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=81;Dels=0.00;FS=6.674;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.653;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:81:99:603,0,675 chrIX 421490 . T G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;DP=75;Dels=0.00;FS=3.779;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:560,0,752 chrIX 422134 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=43;Dels=0.00;FS=4.591;HaplotypeScore=5.1727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:424,0,300 chrIX 422341 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;DP=54;Dels=0.00;FS=8.058;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.287;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:330,0,511 chrIX 422694 . G A 400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.18;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:433,45,0 chrIX 422857 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.862;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:397,0,491 chrIX 422867 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=64;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.246;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:339,0,556 chrIX 422955 . A G 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.49;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:910,102,0 chrIX 423054 . T C 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:46:99:1020,114,0 chrIX 423451 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;DP=40;Dels=0.00;FS=7.663;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.141;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:40:99:334,0,369 chrIX 423556 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=66;Dels=0.00;FS=6.725;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.071;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:525,0,610 chrIX 423571 . T C 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.735;DP=64;Dels=0.00;FS=5.193;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.040;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:468,0,546 chrIX 424069 . G C 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:52:99:226,0,462 chrIX 424169 . T C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;DP=89;Dels=0.00;FS=5.351;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.071;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:797,0,792 chrIX 424253 . A G 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.88;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1915,210,0 chrIX 424322 . T C 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.38;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:950,105,0 chrIX 424438 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=35;Dels=0.00;FS=3.111;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:236,0,353 chrIX 424518 . C A 1103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.102;DP=120;Dels=0.00;FS=2.388;HaplotypeScore=14.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.624;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,62:120:99:1133,0,1040 chrIX 424571 . C T 2410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=18.12;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2443,273,0 chrIX 424605 . T A 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=93;Dels=0.00;FS=8.693;HaplotypeScore=11.8480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.952;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:813,0,726 chrIX 424642 . C T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=71;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.760;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:785,0,387 chrIX 424776 . A G 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=0;QD=18.11;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:667,75,0 chrIX 424793 . T C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;DP=35;Dels=0.00;FS=3.009;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:223,0,312 chrIX 424866 . T C 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=20.42;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1340,153,0 chrIX 424960 . G C 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=19.62;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1210,138,0 chrIX 424980 . C T 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=20.96;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1123,123,0 chrIX 425064 . A G 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=19.07;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:69:605,69,0 chrIX 425130 . A T 473 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=13.51;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:54:506,54,0 chrIX 425132 . G A 427 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=12.20;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:51:460,51,0 chrIX 425135 . C T 452 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.90;MQ0=0;QD=12.91;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:54:485,54,0 chrIX 425137 . G T 495 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.90;MQ0=0;QD=14.14;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:57:528,57,0 chrIX 425156 . C T 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;DP=39;Dels=0.00;FS=4.773;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.041;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:111,0,363 chrIX 425170 . T C 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.636;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:60:542,60,0 chrIX 425242 . G A 137.03 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=53;Dels=0.00;FS=4.254;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=2.59;ReadPosRankSum=-5.478;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:19:167,0,19 chrIX 425281 . G A 208.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.71;MQ0=0;QD=4.16;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:27:241,27,0 chrIX 425284 . T G 232 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.41;MQ0=0;QD=4.55;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:30:265,30,0 chrIX 425287 . G A 234 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.77;MQ0=0;QD=4.42;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:30:267,30,0 chrIX 425311 . T C 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;QD=13.03;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:867,99,0 chrIX 425407 . G A 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=17.95;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1451,159,0 chrIX 425460 . A G 1858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.22;MQ0=0;QD=21.60;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:1891,216,0 chrIX 425513 . G A 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=23.52;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1585,174,0 chrIX 425546 . A G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=78;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.453;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:691,0,661 chrIX 425620 . G A 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,54:93:99:970,0,636 chrIX 425655 . G A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.011;DP=107;Dels=0.00;FS=7.642;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.014;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:107:99:625,0,1043 chrIX 425664 . C A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=101;Dels=0.00;FS=4.890;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.687;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:101:99:520,0,1137 chrIX 425707 . T A 2155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=19.59;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2188,240,0 chrIX 425741 . A G 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=19.94;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1808,204,0 chrIX 425781 . A G 1870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=18.70;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1903,216,0 chrIX 425799 . T A 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.321;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1828,201,0 chrIX 425817 . A G 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.67;MQ0=0;QD=16.15;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1729,195,0 chrIX 425822 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.824;DP=108;Dels=0.00;FS=6.073;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.680;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.239;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:678,0,691 chrIX 425829 . C T 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.30;MQ0=0;QD=16.21;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1686,186,0 chrIX 425839 . C T 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.79;MQ0=0;QD=15.80;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:1976,225,0 chrIX 425875 . T C 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=18.78;SB=-1.492e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2212,252,0 chrIX 425933 . G A 2281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;QD=21.72;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2314,261,0 chrIX 425941 . C T 2217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=20.53;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2250,252,0 chrIX 425954 . G A 1930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=20.10;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1963,219,0 chrIX 426001 . A G 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.12;MQ0=0;QD=18.47;SB=-1.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1972,222,0 chrIX 426032 . T C 1974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2007,225,0 chrIX 426151 . T A 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1960,216,0 chrIX 426346 . T C 1280 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.684;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1313,128,0 chrIX 426348 . G A 1272 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1305,126,0 chrIX 426350 . T C 1176 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=18.09;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1209,141,0 chrIX 426351 . C G 1272 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=19.87;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1305,150,0 chrIX 426391 . C T 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=15.74;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:867,96,0 chrIX 426410 . G C 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.00;MQ0=0;QD=12.28;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:60:90:782,90,0 chrIX 426423 . A C 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.23;MQ0=0;QD=14.89;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1090,123,0 chrIX 426461 . C T 1305 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.23;MQ0=0;QD=15.91;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1338,150,0 chrIX 426462 . A G 1263 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.23;MQ0=0;QD=15.40;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1296,147,0 chrIX 426471 . T C 1323 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=85;Dels=0.00;FS=6.829;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=15.56;ReadPosRankSum=2.392;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:1356,150,0 chrIX 426627 . C A 3799.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.60;SB=-1.682e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3799,420,0 chrIX 426830 . G A 1823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1856,204,0 chrIX 426856 . T A 2471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DP=128;Dels=0.00;FS=13.015;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=19.30;ReadPosRankSum=2.411;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:128:99:2504,279,0 chrIX 426859 . T A 2434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=18.58;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2467,282,0 chrIX 426874 . A G 2734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=19.53;ReadPosRankSum=2.414;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:140:99:2767,312,0 chrIX 427016 . A C 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=20.52;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1839,207,0 chrIX 427026 . C T 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=15.96;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:81:99:1326,150,0 chrIX 427189 . A G 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=21.49;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1301,147,0 chrIX 427341 . A T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;DP=87;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=7.4205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:464,0,828 chrIX 427441 . G A 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=23.39;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1647,183,0 chrIX 427464 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;DP=64;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-4.302;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.108;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:549,0,717 chrIX 427584 . A C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=77;Dels=0.00;FS=0.893;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.823;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:535,0,675 chrIX 427600 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=88;Dels=0.00;FS=7.552;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.331;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:569,0,845 chrIX 427665 . A T 1393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.589;DP=121;Dels=0.00;FS=5.944;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.589;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,69:121:99:1423,0,842 chrIX 427692 . G A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.939;DP=102;Dels=0.00;FS=4.019;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:679,0,1200 chrIX 427863 . T C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;DP=73;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.681;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,24:73:99:300,0,947 chrIX 427930 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DP=103;Dels=0.00;FS=5.223;HaplotypeScore=5.8966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=3.874;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:671,0,691 chrIX 427997 . A T 1221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=124;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,75:124:99:1251,0,851 chrIX 428035 . T A 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.818;DP=106;Dels=0.00;FS=11.360;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:106:99:787,0,1021 chrIX 428126 . G A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.179;DP=57;Dels=0.00;FS=9.705;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.277;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:228,0,637 chrIX 428138 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.135;DP=71;Dels=0.00;FS=11.290;HaplotypeScore=10.2916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.591;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:318,0,743 chrIX 428213 . A G 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.78;MQ0=0;QD=20.23;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1267,141,0 chrIX 428221 . A T 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;DP=68;Dels=0.00;FS=25.282;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.501;QD=0.31;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,19:68:51:51,0,1009 chrIX 428225 . G T 61.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=59;Dels=0.00;FS=31.360;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.527;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,15:59:91:91,0,917 chrIX 428248 . G A 157.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=46;Dels=0.00;FS=18.871;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.982;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.416;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:187,0,588 chrIX 428267 . T C 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.486;DP=46;Dels=0.00;FS=16.636;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.359;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:200,0,442 chrIX 428297 . G A 194.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=49;Dels=0.00;FS=14.545;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:224,0,408 chrIX 428303 . A G 222.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=54;Dels=0.00;FS=15.954;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:252,0,429 chrIX 428304 . G C 410.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=54;Dels=0.00;FS=16.322;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.043;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:440,0,234 chrIX 428359 . A G 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=15.56;ReadPosRankSum=2.341;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:84:733,84,0 chrIX 428394 . G A 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=12.42;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:36:51:480,51,0 chrIX 428399 . C T 510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=13.78;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:60:543,60,0 chrIX 428461 . C G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DP=90;Dels=0.00;FS=8.958;HaplotypeScore=8.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=2.46;ReadPosRankSum=-3.047;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:90:99:251,0,976 chrIX 428473 . T G 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;DP=96;Dels=0.00;FS=8.292;HaplotypeScore=1.9601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=1.607;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.592;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,58:96:99:1007,0,410 chrIX 428479 . T C 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;DP=99;Dels=0.00;FS=3.837;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.892;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:943,0,410 chrIX 428519 . A C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=112;Dels=0.00;FS=28.137;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.164;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,47:112:99:722,0,968 chrIX 428537 . G A 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=114;Dels=0.00;FS=32.658;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.067;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.637;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,75:114:99:1078,0,495 chrIX 428597 . A T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;DP=83;Dels=0.00;FS=34.336;HaplotypeScore=37.1218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.026;QD=6.19;ReadPosRankSum=3.536;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:544,0,139 chrIX 428607 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=72;Dels=0.00;FS=20.609;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.568;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,49:72:99:573,0,189 chrIX 428609 . G A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.52;MQ0=0;QD=13.65;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1016,111,0 chrIX 428656 . C G 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.15;MQ0=0;QD=14.37;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:90:780,90,0 chrIX 428720 . T G 602 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:635,72,0 chrIX 428722 . A G 573 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=18.48;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:606,69,0 chrIX 428729 . C T 653 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=17.65;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:686,75,0 chrIX 428764 . G A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=80;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.115;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:80:99:385,0,615 chrIX 428776 . A C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.534;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.609;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:88:99:372,0,729 chrIX 428868 . G A 1026.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.783;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:116:99:1056,0,904 chrIX 428891 . C T 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DP=115;Dels=0.00;FS=10.391;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.502;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:926,0,875 chrIX 428913 . T C 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DP=121;Dels=0.00;FS=12.072;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.931;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:121:99:865,0,960 chrIX 428948 . C T 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=20.30;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1637,177,0 chrIX 428983 . A C 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=4.191;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.677;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1419,159,0 chrIX 429037 . T C 1574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=24.59;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1607,177,0 chrIX 429066 . A G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.900;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:522,0,669 chrIX 429127 . T C 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=85;Dels=0.00;FS=11.452;HaplotypeScore=7.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:85:99:1045,0,407 chrIX 429153 . A G 1221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DP=106;Dels=0.00;FS=12.053;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=1.907;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.381;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,66:106:99:1251,0,521 chrIX 429213 . C T 635.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=118;Dels=0.00;FS=0.740;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.986;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.333;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,44:118:99:665,0,1285 chrIX 429218 . G A 592.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=118;Dels=0.00;FS=6.318;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.908;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.099;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,44:118:99:622,0,1332 chrIX 429223 . G A 2279 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=19.31;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:118:99:2312,255,0 chrIX 429241 . T G 2118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=18.91;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2151,249,0 chrIX 429315 . C T 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=109;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:839,0,1007 chrIX 429333 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=102;Dels=0.00;FS=3.695;HaplotypeScore=5.5546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.905;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:102:99:700,0,911 chrIX 429337 . T G 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=97;Dels=0.00;FS=2.689;HaplotypeScore=3.1451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.491;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:661,0,877 chrIX 429417 . C T 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=80;Dels=0.00;FS=11.077;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=13.50;ReadPosRankSum=2.083;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,52:80:99:1110,0,354 chrIX 429462 . T A 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=19.10;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1867,204,0 chrIX 429465 . G A 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=17.90;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1751,192,0 chrIX 429503 . G A 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.872;DP=118;Dels=0.00;FS=18.510;HaplotypeScore=4.1100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.355;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.396;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:572,0,968 chrIX 429512 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=116;Dels=0.00;FS=14.273;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=-4.080;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:116:99:567,0,833 chrIX 429534 . C T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;DP=93;Dels=0.00;FS=14.474;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.568;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.519;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:520,0,817 chrIX 429541 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=96;Dels=0.00;FS=12.022;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.811;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.136;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:533,0,663 chrIX 429623 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=113;Dels=0.00;FS=3.597;HaplotypeScore=6.1498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.573;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,43:113:99:600,0,1140 chrIX 429664 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.875;DP=91;Dels=0.00;FS=1.822;HaplotypeScore=5.0314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:449,0,996 chrIX 429743 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=54;Dels=0.00;FS=2.328;HaplotypeScore=6.6101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:424,0,486 chrIX 429951 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.669;DP=115;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.319;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:110:99:630,0,741 chrIX 429953 . A G 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=117;Dels=0.00;FS=13.152;HaplotypeScore=72.8420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.549;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,67:117:82:903,82,0 chrIX 430005 . C T 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.201;DP=109;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=5.586;QD=9.08;ReadPosRankSum=2.760;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:109:99:1020,0,451 chrIX 430024 . C A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.232;DP=110;Dels=0.00;FS=4.750;HaplotypeScore=4.8732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:710,0,1087 chrIX 430092 . A G 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=98;Dels=0.00;FS=3.808;HaplotypeScore=5.5479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:978,0,848 chrIX 430199 . A G 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.067;DP=118;Dels=0.00;FS=5.793;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,65:118:99:1077,0,897 chrIX 430215 . T C 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.616;DP=124;Dels=0.00;FS=9.768;HaplotypeScore=8.8446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=2.434;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,58:124:99:861,0,1126 chrIX 430247 . G C 2325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=20.39;SB=-1.241e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2358,258,0 chrIX 430295 . G C 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=96;Dels=0.00;FS=3.208;HaplotypeScore=5.2182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.781;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:757,0,692 chrIX 430308 . C T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.084;DP=103;Dels=0.00;FS=0.826;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.675;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:103:99:838,0,737 chrIX 430403 . T C 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=152;Dels=0.00;FS=0.606;HaplotypeScore=7.6882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.974;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.956;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,74:152:99:1128,0,1191 chrIX 430418 . G T 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.135;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.341;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.230;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:145:99:1132,0,1165 chrIX 430457 . C T 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,67:113:99:836,0,821 chrIX 430460 . A G 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.643;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,69:113:99:906,0,755 chrIX 430567 . A G 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.637;DP=106;Dels=0.00;FS=3.004;HaplotypeScore=15.1724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=9.58;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:106:99:1046,0,941 chrIX 430585 . G A 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=17.33;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:85:99:1506,180,0 chrIX 430586 . C G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=85;Dels=0.00;FS=3.380;HaplotypeScore=10.5405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.388;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:85:99:522,0,754 chrIX 430825 . G A 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=90;Dels=0.00;FS=2.049;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.402;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,57:90:99:881,0,406 chrIX 430912 . G A 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;DP=76;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=11.8668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.021;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:523,0,530 chrIX 431143 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,43:65:99:642,0,388 chrIX 431296 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.057;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:604,0,539 chrIX 431302 . T A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:475,0,716 chrIX 431389 . C T 1400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.264;DP=143;Dels=0.00;FS=0.624;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.041;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,80:143:99:1430,0,997 chrIX 431611 . A C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=56;Dels=0.00;FS=2.305;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:340,0,452 chrIX 431680 . T A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.725;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:601,0,567 chrIX 431747 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.002;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:337,0,585 chrIX 431755 . T C 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=6.752;HaplotypeScore=5.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=1;MQRankSum=-0.756;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.683;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1294,147,0 chrIX 431874 . A C 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=69;Dels=0.00;FS=54.849;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.372;QD=0.22;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,15:69:45:45,0,1280 chrIX 431988 . A C 256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.45;MQ0=1;QD=9.14;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:33:289,33,0 chrIX 432007 . C A 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.538;DP=38;Dels=0.00;FS=5.664;HaplotypeScore=8.3207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.97;MQ0=2;MQRankSum=-3.503;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:38:52:52,0,336 chrIX 432102 . T A 721 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=9;QD=14.42;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:81:754,81,0 chrIX 432363 . G A 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.78;MQ0=4;MQRankSum=-0.572;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:40:40,0,70 chrIX 432374 . C T 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.01;MQ0=3;MQRankSum=-0.077;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.386;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:65:65,0,157 chrIX 432527 . A T 242 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.89;MQ0=3;MQRankSum=-1.735;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.123;SB=0.404 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:33:275,33,0 chrIX 432529 . T C 312 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.08;MQ0=3;MQRankSum=-1.542;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.964;SB=0.100 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:39:345,39,0 chrIX 432723 . T C 102.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=29;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=4.5117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.27;MQ0=5;MQRankSum=0.615;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:52:132,0,52 chrIX 432857 . A G 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;DP=25;Dels=0.00;FS=2.378;HaplotypeScore=16.1989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.62;MQ0=1;MQRankSum=-0.968;QD=0.68;ReadPosRankSum=2.363;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,4:25:47:47,0,187 chrIX 432859 . G A 259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=1;QD=11.77;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:33:292,33,0 chrIX 432980 . G A 75.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=25;Dels=0.04;FS=14.548;HaplotypeScore=3.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.38;MQ0=3;MQRankSum=-0.387;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-2.651e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,14:24:12:108,12,0 chrIX 432981 . G A 81.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.26;MQ0=3;QD=3.54;SB=-2.952e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:12:114,12,0 chrIX 433052 . C T 77.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;DP=42;Dels=0.00;FS=10.272;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.25;MQ0=4;MQRankSum=-1.606;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:42:99:107,0,392 chrIX 433072 . G A 735 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.45;MQ0=4;QD=15.31;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:768,87,0 chrIX 433113 . A C 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;DP=66;Dels=0.00;FS=11.448;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.245;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.228;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:66:99:143,0,830 chrIX 433182 . T C 111.22 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.40;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-5.411e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:10:141,0,10 chrIX 433202 . T C 16.85 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:3:6:48,6,0 chrIX 433213 . G A 52.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.81;MQ0=2;QD=4.82;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:9:85,9,0 chrIX 433253 . G A 460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=2;QD=14.84;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54:493,54,0 chrIX 433284 . T C 159.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DP=55;Dels=0.00;FS=10.976;HaplotypeScore=13.4514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.44;MQ0=5;MQRankSum=-1.866;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.117;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:55:99:189,0,336 chrIX 433359 . C A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;DP=52;Dels=0.00;FS=11.834;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.13;MQ0=3;MQRankSum=1.101;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.657;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:216,0,153 chrIX 433660 . A G 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;DP=37;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=8.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.00;MQ0=3;MQRankSum=-2.674;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:57:86,0,57 chrIX 433676 . G A 135.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;DP=41;Dels=0.00;FS=5.682;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.64;MQ0=4;MQRankSum=3.676;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.590;SB=-2.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,10:41:22:165,0,22 chrIX 433677 . T C 134.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=41;Dels=0.00;FS=5.682;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.64;MQ0=4;MQRankSum=3.540;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.590;SB=-2.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,10:41:24:164,0,24 chrIX 433724 . A T 195.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.47;MQ0=4;QD=5.42;SB=-2.702e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:27:228,27,0 chrIX 433757 . A G 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=16;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.08;MQ0=5;MQRankSum=1.186;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:33:41,0,33 chrIX 437459 . C G 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.80;MQ0=1;QD=5.20;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:52,6,0 chrIX 437475 . C G 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.80;MQ0=1;QD=5.45;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:53,6,0 chrIX 437755 . C T 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.95;MQ0=14;QD=1.03;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,16:25:6:57,6,0 chrIX 438330 . A G 180.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.03;MQ0=0;QD=16.37;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24:213,24,0 chrIX 438358 . C T 174.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.03;MQ0=0;QD=15.82;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24:207,24,0 chrIX 438374 . G T 185.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.03;MQ0=0;QD=16.82;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24:218,24,0 chrIX 438417 . T C 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=6.02;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:43,6,0 chrIX 438432 . G A 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=4.01;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrIX 438443 . A G 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=4.01;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrIX 438445 . C T 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=4.01;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrIX 438449 . T C 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=4.01;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrIX 438451 . A G 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=4.01;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrIX 438456 . T G 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=4.01;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrIX 438461 . C T 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=4.01;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrIX 438463 . T C 12.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=4.01;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrIX 438567 . C T 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=6.27;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:50,6,0 chrIX 438570 . A C 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=6.93;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:52,6,0 chrIX 438621 . G A 51.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.07;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:9:84,9,0 chrIX 438622 . G T 54.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.07;MQ0=0;QD=13.74;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:87,9,0 chrIX 438630 . G A 53.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.27;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:9:86,9,0 chrIX 438634 . C A 52.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.27;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:9:85,9,0 chrIX 438636 . T G 50.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.27;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:9:83,9,0 chrIX 438638 . C G 45.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.27;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:9:78,9,0 chrIX 438644 . G T 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.12;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.736;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:50,6,0 chrIX 438663 . T G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;QD=3.63;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:6:53,6,0 chrIX 438666 . C G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:53,6,0 chrIX 438668 . C G 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:55,6,0 chrIX 438669 . T A 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;QD=4.30;SB=-2.826e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:57,6,0 chrIX 438672 . A G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:53,6,0 chrIX 438674 . T G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:53,6,0 chrIX 438677 . T C 42.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.742;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:9:75,9,0 chrIX 438686 . G A 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:9:79,9,0 chrIX 438690 . C T 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:9:77,9,0 chrIX 438797 . C T 54.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=10.90;SB=-4.255e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:87,12,0 chrIX 438807 . G A 54.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=9.09;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:87,12,0 chrIX 438812 . T C 54.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=9.09;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:87,12,0 chrIX 438856 . G A 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.88;MQ0=0;QD=21.41;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78:654,78,0 chrIX 438862 . G A 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.88;MQ0=0;QD=21.59;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78:659,78,0 chrIX 438878 . T A 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.23;MQ0=0;QD=22.25;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:567,66,0 chrIX 438915 . C T 285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.22;MQ0=0;QD=20.36;SB=-5.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:36:318,36,0 chrIX 439126 . A G 201.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=29;Dels=0.00;FS=41.143;HaplotypeScore=5.6605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.88;MQ0=2;MQRankSum=2.048;QD=6.93;ReadPosRankSum=-2.689;SB=-4.847e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:231,0,101 chrIX 439128 . T A 184.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=29;Dels=0.00;FS=52.231;HaplotypeScore=5.6605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.88;MQ0=2;MQRankSum=1.965;QD=6.35;ReadPosRankSum=-2.839;SB=-2.684e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:84:214,0,84 chrIX 439132 . A G 166.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=27;Dels=0.00;FS=33.613;HaplotypeScore=4.9073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.60;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-2.602e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:196,0,123 chrIX 439143 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=27;Dels=0.00;FS=49.825;HaplotypeScore=2.9406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.41;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-2.602e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:228,0,101 chrIX 439158 . T G 429 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.50;MQ0=0;QD=17.16;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:462,60,0 chrIX 439160 . A G 22.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=28;Dels=0.00;FS=12.688;HaplotypeScore=1.9472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.943;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:28:52:52,0,295 chrIX 439163 . A T 436 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.47;MQ0=0;QD=15.03;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:469,60,0 chrIX 439183 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=39;Dels=0.00;FS=95.161;HaplotypeScore=30.0987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.85;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.531;SB=-3.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:335,0,114 chrIX 439186 . C T 428.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=38;Dels=0.00;FS=58.007;HaplotypeScore=36.6756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.02;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.462;SB=-7.878e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:0:457,0,0 chrIX 439202 . T C 233 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.17;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.576;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:23:33:266,33,0 chrIX 439204 . T C 138.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=23;Dels=0.00;FS=21.444;HaplotypeScore=17.8679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.17;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-8.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:44:168,0,44 chrIX 439207 . G A 121.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=22;Dels=0.00;FS=56.967;HaplotypeScore=20.0602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.62;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-2.982e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:47:151,0,47 chrIX 439208 . C T 225 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.62;MQ0=0;QD=10.23;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:30:258,30,0 chrIX 439215 . A G 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DP=23;Dels=0.00;FS=38.085;HaplotypeScore=15.3175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-2.750e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:23:49:49,0,134 chrIX 439235 . A G 156.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=15;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=11.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.004;SB=-1.128e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:15:21:189,21,0 chrIX 439237 . C G 56.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=15;Dels=0.00;FS=33.015;HaplotypeScore=11.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.34;MQ0=0;MQRankSum=2.133;QD=3.73;ReadPosRankSum=2.400;SB=-2.750e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:15:61:86,0,61 chrIX 439239 . G A 51.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;DP=16;Dels=0.00;FS=28.621;HaplotypeScore=14.4044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.90;MQ0=0;MQRankSum=2.719;QD=3.19;ReadPosRankSum=2.039;SB=0.782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:81:81,0,96 chrIX 439241 . T C 164.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.36;MQ0=0;QD=11.72;SB=-1.499e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:24:197,24,0 chrIX 439278 . A G 16.85 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.23;MQ0=4;QD=1.87;SB=-2.076e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:48,6,0 chrIX 439388 . G C 125.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=11;Dels=0.00;FS=18.195;HaplotypeScore=8.6937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.66;MQ0=0;MQRankSum=2.037;QD=11.38;ReadPosRankSum=2.037;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:11:18:158,18,0 chrIX 439392 . G A 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.66;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.382;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:60:60,0,83 chrIX 439442 . G A 32.22 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DP=10;Dels=0.00;FS=7.368;HaplotypeScore=11.5239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.17;MQ0=0;MQRankSum=2.166;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.818;SB=-7.111e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:10:62,0,10 chrIX 439463 . T G 83.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.93;MQ0=1;QD=8.35;SB=-5.053e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:12:116,12,0 chrIX 439465 . A G 75.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.91;MQ0=2;QD=6.86;SB=-5.053e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:12:108,12,0 chrIX 439535 . T C 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=22;Dels=0.00;FS=6.107;HaplotypeScore=6.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.23;MQ0=4;MQRankSum=0.725;QD=2.05;ReadPosRankSum=-2.174;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:75:75,0,115 chrIX 439551 . T C 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=17;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=6.0381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.19;MQ0=4;MQRankSum=0.259;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.718;SB=0.205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:53:53,0,59 chrIX 439567 . A G 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DP=12;Dels=0.00;FS=8.195;HaplotypeScore=3.9268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.37;MQ0=1;MQRankSum=1.931;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-4.899e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:58:58,0,73 chrIX 439608 . T C 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HaplotypeScore=6.6196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.925e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:54:75,0,54 chrIX 439626 . G A 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.14;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:59:59,0,76 chrIX 439685 . C A 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.73;MQ0=0;QD=7.93;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:55,6,0 chrIX 439700 . T G 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.05;MQ0=0;QD=3.97;SB=-2.580e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:47,6,0 chrM 13976 . A G 1204 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.09;MQ0=0;QD=22.30;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1237,150,0 chrM 13987 . G T 159.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.01;MQ0=0;QD=7.57;SB=-4.096e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:24:192,24,0 chrM 13989 . G T 33.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.26;SB=-9.815e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:9:66,9,0 chrM 20525 . A G 2672 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=969;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.90;MQ0=0;QD=2.76;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,949:969:99:2705,329,0 chrM 20537 . A T 4755.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=980;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.686;SB=-1.655e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,979:980:99:4755,555,0 chrM 20570 . T C 13059.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.015;DP=935;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=1.823;QD=13.97;ReadPosRankSum=3.416;SB=-2.932e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,930:935:99:13059,1573,0 chrM 20642 . G A 18382.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=920;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=19.98;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.036e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,919:920:99:18382,2159,0 chrM 20651 . C A 15123.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;DP=894;DS;Dels=0.00;FS=10.449;HaplotypeScore=17.1883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.30;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.562;SB=-8.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,890:894:99:15123,1735,0 chrM 20934 . T G 8624.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=553;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=15.59;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,549:553:99:8624,1095,0 chrM 24934 . T A 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=8.653;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.576;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:60:488,60,0 chrM 25150 . A G 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=4.76;SB=-5.580e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:55,6,0 chrM 25344 . T C 185.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.20;MQ0=0;QD=18.50;SB=-8.296e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:27:218,27,0 chrM 26386 . T C 2753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.70;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2786,315,0 chrM 26539 . C T 70.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=10.07;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:103,12,0 chrM 26570 . A G 108.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=15.45;SB=-7.359e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:141,18,0 chrM 26571 . A C 121.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=17.30;SB=-7.359e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:154,18,0 chrM 26581 . T C 153.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=17.01;SB=-5.768e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21:186,21,0 chrM 26709 . A T 135.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=12.28;SB=-1.076e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:168,18,0 chrM 28837 . C T 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=19.63;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1976,222,0 chrM 29015 . T A 4658.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=283;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=16.46;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,283:283:99:4658,525,0 chrM 29017 . C T 4948.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=294;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=16.83;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,290:294:99:4948,587,0 chrM 29170 . C T 944 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=16.56;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:977,111,0 chrM 29179 . G T 1116 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.07;MQ0=0;QD=18.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1149,138,0 chrM 29200 . C T 1312 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=19.58;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1345,144,0 chrM 29203 . T C 1272 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=19.27;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1305,144,0 chrM 29206 . G A 984 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=18.22;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1017,111,0 chrM 29207 . G T 1000 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=18.52;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1033,117,0 chrM 29208 . G C 891 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=16.50;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:924,102,0 chrM 29209 . A T 933 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=17.28;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:966,111,0 chrM 29215 . C T 900 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=16.67;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:933,108,0 chrM 29218 . G A 994 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=18.41;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1027,117,0 chrM 29219 . G C 990 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=18.33;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1023,114,0 chrM 29220 . C T 940 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=17.41;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:973,111,0 chrM 29224 . T C 1048 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=19.05;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1081,117,0 chrM 29239 . T C 857 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=18.63;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:890,99,0 chrM 29249 . G A 534 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.69;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:567,66,0 chrM 29252 . G T 420 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.48;SB=-6.553e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:453,54,0 chrM 41631 . G A 404 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.44;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:51:437,51,0 chrM 41727 . C A 500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=17.24;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:63:533,63,0 chrM 41882 . G A 391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.38;MQ0=0;QD=16.29;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:424,48,0 chrM 52363 . G C 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=8.92;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 chrM 61480 . A T 187 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.58;SB=-1.085e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:30:220,30,0 chrM 61483 . T C 264 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.448;SB=-1.085e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:30:297,30,0 chrM 61485 . C T 229 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.08;SB=-1.302e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:30:262,30,0 chrM 61881 . G A 142.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.72;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.991e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:21:175,21,0 chrM 61903 . C T 372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.66;MQ0=0;QD=12.40;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:405,48,0 chrM 74051 . T C 7966.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.037;DP=367;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=12.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=21.71;ReadPosRankSum=4.181;SB=-1.705e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,360:367:99:7966,879,0 chrM 74225 . T A 12254.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=528;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=23.21;SB=-4.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,528:528:99:12254,1453,0 chrM 74327 . T C 6225.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=342;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=18.20;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,334:342:99:6225,711,0 chrM 74384 . T A 8934.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=489;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=18.27;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,489:489:99:8934,1034,0 chrM 74414 . A G 13319.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.788;DP=674;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=19.76;ReadPosRankSum=3.836;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,669:674:99:13319,1627,0 chrM 74462 . G A 17538.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=885;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,885:885:99:17538,1992,0 chrM 79281 . T A 20170.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.800;DP=867;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=79.1455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=23.26;ReadPosRankSum=6.978;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,849:867:99:20170,2406,0 chrM 79713 . C T 18906.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=993;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.574;SB=-5.492e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,986:993:99:18906,2238,0 chrM 79999 . G C 7458.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=362;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.60;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,361:362:99:7458,822,0 chrM 80001 . C A 7458.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=360;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=0;QD=20.72;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,359:360:99:7458,819,0 chrM 80004 . C T 7101.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=358;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.89;MQ0=0;QD=19.84;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,358:358:99:7101,833,0 chrM 80007 . C T 6396.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=358;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.89;MQ0=0;QD=17.87;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,358:358:99:6396,749,0 chrM 80016 . A T 4844.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.428;DP=262;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.619;QD=18.49;ReadPosRankSum=3.428;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,258:262:99:4844,575,0 chrM 80019 . C T 3849.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.96;MQ0=0;QD=15.71;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,245:245:99:3849,467,0 chrV 263 . T A 85.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.65;MQ0=35;MQRankSum=1.226;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.409;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,30:67:15:118,15,0 chrV 291 . T C 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.71;MQ0=25;MQRankSum=1.133;QD=0.45;ReadPosRankSum=-2.383;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,7:35:6:47,6,0 chrV 769 . T C 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DP=25;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.05;MQ0=11;MQRankSum=0.636;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,15:25:9:81,9,0 chrV 1133 . T G 75.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.19;MQ0=1;MQRankSum=-1.042;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.504;SB=-5.183e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:12:108,12,0 chrV 1218 . G T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.52;MQ0=4;MQRankSum=0.736;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:10:6:55,6,0 chrV 1554 . G A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=45;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=8.1108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.97;MQ0=1;MQRankSum=1.689;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.871;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,8:45:99:121,0,439 chrV 1567 . C T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DP=33;Dels=0.00;FS=5.401;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.14;MQ0=1;MQRankSum=-3.076;QD=3.52;ReadPosRankSum=2.560;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:146,0,245 chrV 1573 . T C 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=29;Dels=0.00;FS=6.239;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.39;MQ0=1;MQRankSum=-2.747;QD=3.79;ReadPosRankSum=3.563;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:29:99:140,0,142 chrV 1608 . T G 114.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.04;MQ0=0;QD=8.78;SB=-7.217e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:18:147,18,0 chrV 1645 . T C 12.99 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.42;MQ0=1;MQRankSum=0.751;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:10:6:44,6,0 chrV 1680 . T G 36.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.35;MQ0=4;QD=2.31;SB=-2.547e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:9:69,9,0 chrV 1738 . A G 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.13;MQ0=6;MQRankSum=-0.742;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.376e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:6:49,6,0 chrV 1755 . G A 16.85 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=11;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=1.9157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.15;MQ0=4;MQRankSum=-0.742;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-2.276e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:6:48,6,0 chrV 1815 . C A 16.85 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DP=61;Dels=0.00;FS=6.701;HaplotypeScore=13.4383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.20;MQ0=32;MQRankSum=3.194;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-2.480e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,13:61:6:48,6,0 chrV 6219 . A G 155.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;DP=61;Dels=0.00;FS=8.193;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.08;MQ0=12;MQRankSum=-1.876;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:99:185,0,651 chrV 6259 . A C 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.10;MQ0=1;QD=16.98;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:59:99:1035,111,0 chrV 6271 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DP=58;Dels=0.00;FS=2.229;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.48;MQ0=1;MQRankSum=-3.860;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:323,0,628 chrV 6303 . G A 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.40;MQ0=0;QD=13.65;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:93:893,93,0 chrV 6304 . C T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.118;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:222,0,475 chrV 6382 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=121;Dels=0.00;FS=13.789;HaplotypeScore=28.7435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.591;QD=0.26;ReadPosRankSum=5.729;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,22:121:62:62,0,248 chrV 6407 . A G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=68;Dels=0.00;FS=8.653;HaplotypeScore=18.1484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.502;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:282,0,466 chrV 6611 . G C 2571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=23.37;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2604,282,0 chrV 6782 . C A 1229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.264;DP=151;Dels=0.00;FS=1.474;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.967;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.926;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,65:151:99:1259,0,1523 chrV 6808 . T A 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DP=144;Dels=0.00;FS=14.922;HaplotypeScore=29.8944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=6.10;ReadPosRankSum=2.555;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,59:144:99:909,0,1226 chrV 6921 . G A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.450;DP=106;Dels=0.00;FS=4.797;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-6.736;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:710,0,949 chrV 6965 . T C 86.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;DP=77;Dels=0.00;FS=14.222;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-6.377;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,21:77:99:116,0,1132 chrV 6968 . G A 88.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=72;Dels=0.00;FS=21.531;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.519;QD=1.22;ReadPosRankSum=-2.219;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:72:99:118,0,1108 chrV 6973 . C G 43.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=73;Dels=0.00;FS=16.512;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-6.166;QD=0.59;ReadPosRankSum=-2.771;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,17:73:73:73,0,1107 chrV 6974 . A G 42.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=72;Dels=0.00;FS=17.284;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.003;QD=0.58;ReadPosRankSum=-3.187;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,17:72:72:72,0,1175 chrV 7063 . A G 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.196;QD=0.45;ReadPosRankSum=2.722;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,24:77:65:65,0,1114 chrV 7069 . T A 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;DP=82;Dels=0.00;FS=3.115;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.435;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.628;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:82:91:91,0,1195 chrV 7205 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.478;DP=97;Dels=0.00;FS=3.824;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.719;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:97:99:754,0,750 chrV 7235 . C A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.225;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.570;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:902,0,845 chrV 7376 . G C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;DP=53;Dels=0.00;FS=2.977;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=3.682;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.281;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,39:53:99:565,0,210 chrV 7546 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;DP=77;Dels=0.00;FS=9.843;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.394;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.026;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:538,0,987 chrV 7581 . T C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DP=68;Dels=0.00;FS=8.628;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.236;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:410,0,770 chrV 7660 . C T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DP=94;Dels=0.00;FS=3.889;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:775,0,855 chrV 7846 . A C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.872;DP=62;Dels=0.00;FS=2.065;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:596,0,541 chrV 7941 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.640;DP=62;Dels=0.00;FS=2.827;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:447,0,479 chrV 8258 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:342,0,353 chrV 8344 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=54;Dels=0.00;FS=4.250;HaplotypeScore=10.7076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:375,0,442 chrV 8647 . C T 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.001;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.849;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:906,0,691 chrV 8932 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.844;DP=78;Dels=0.00;FS=6.544;HaplotypeScore=4.2795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:491,0,933 chrV 8946 . C T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.689;DP=65;Dels=0.00;FS=11.396;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:476,0,739 chrV 9297 . G A 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.117;DP=119;Dels=0.00;FS=2.375;HaplotypeScore=8.8826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=8.17;ReadPosRankSum=2.106;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:119:99:1002,0,1249 chrV 9542 . T C 3774.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=170;Dels=0.00;FS=9.193;HaplotypeScore=10.4625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=22.20;ReadPosRankSum=2.957;SB=-2.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,160:170:99:3774,414,0 chrV 9596 . G A 1332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=2.242;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.119;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,83:167:99:1362,0,1311 chrV 9699 . T G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;DP=92;Dels=0.00;FS=13.408;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.313;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:632,0,949 chrV 9733 . G C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;DP=84;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.085;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:783,0,730 chrV 9859 . G A 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.94;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2381,246,0 chrV 9894 . A G 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.317;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:116:99:966,0,1113 chrV 10058 . G A 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;DP=103;Dels=0.00;FS=13.047;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:103:99:841,0,924 chrV 10202 . A T 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.193;DP=137;Dels=0.00;FS=12.140;HaplotypeScore=10.4235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=5.56;ReadPosRankSum=-2.863;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,64:137:99:792,0,1412 chrV 10389 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.261;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:694,0,682 chrV 10476 . T C 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;DP=101;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,59:101:99:1166,0,812 chrV 10492 . A G 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;DP=91;Dels=0.00;FS=3.265;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:91:99:954,0,825 chrV 10561 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.223;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:114:99:777,0,1177 chrV 10568 . C T 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.201;DP=106;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=5.5909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:904,0,1042 chrV 10621 . T C 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=22.19;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1742,186,0 chrV 10640 . C T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.528;DP=72;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:72:99:676,0,604 chrV 10653 . T A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.602;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:610,0,828 chrV 10700 . T A 2208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=22.08;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2241,243,0 chrV 10731 . C T 2168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=22.58;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2201,231,0 chrV 10779 . T C 2012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.12;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:100:99:2045,222,0 chrV 10946 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;DP=79;Dels=0.00;FS=9.526;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.056;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:473,0,663 chrV 10979 . A G 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;DP=92;Dels=0.00;FS=6.774;HaplotypeScore=5.8966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.567;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:861,0,692 chrV 11032 . T C 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=99;Dels=0.00;FS=3.769;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.487;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:903,0,834 chrV 11049 . T C 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.726;DP=121;Dels=0.00;FS=1.594;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.044;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,51:121:99:846,0,1300 chrV 11100 . A G 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DP=102;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,41:102:99:752,0,1335 chrV 11186 . T C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=113;Dels=0.00;FS=6.175;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.331;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:113:99:733,0,1286 chrV 11195 . T G 2486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=131;Dels=0.00;FS=4.873;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.678;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:131:99:2519,256,0 chrV 11261 . T C 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=95;Dels=0.00;FS=7.354;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.269;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:95:99:1043,0,651 chrV 11331 . A T 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DP=95;Dels=0.00;FS=5.237;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:974,0,879 chrV 11349 . T C 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.497;DP=117;Dels=0.00;FS=15.968;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.764;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.701;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:117:99:879,0,1101 chrV 11351 . T C 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.545;DP=115;Dels=0.00;FS=7.310;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.602;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:115:99:1029,0,928 chrV 11370 . C A 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=123;Dels=0.00;FS=11.669;HaplotypeScore=66.2330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:123:99:1044,0,969 chrV 11439 . C G 3356.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=23.47;SB=-1.889e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3356,366,0 chrV 11496 . C T 2441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.522;DP=229;Dels=0.00;FS=3.730;HaplotypeScore=19.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.177;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,120:229:99:2471,0,1844 chrV 11548 . A G 1737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.479;DP=202;Dels=0.00;FS=1.178;HaplotypeScore=23.1239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.504;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,94:202:99:1767,0,2134 chrV 11716 . G T 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.929;DP=143;Dels=0.00;FS=3.193;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,61:143:99:986,0,1570 chrV 11741 . G A 1590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.538;DP=167;Dels=0.00;FS=2.843;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.026;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,89:167:99:1620,0,1165 chrV 11744 . G A 1166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.106;DP=166;Dels=0.00;FS=3.804;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.239;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,78:166:99:1196,0,1550 chrV 11756 . C T 3436.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=18.67;SB=-1.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:184:99:3436,369,0 chrV 11785 . G T 1329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DP=188;Dels=0.00;FS=5.409;HaplotypeScore=9.8378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,92:188:99:1359,0,1648 chrV 11847 . T G 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=118;Dels=0.00;FS=21.201;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,50:118:99:903,0,1393 chrV 12024 . G A 3164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=19.06;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:3197,330,0 chrV 12028 . A C 1411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=160;Dels=0.00;FS=0.690;HaplotypeScore=5.0946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.048;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,90:160:99:1441,0,1057 chrV 12036 . C A 2426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=17.21;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:2459,255,0 chrV 12071 . A C 3282.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=180;Dels=0.00;FS=4.845;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=18.23;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.497e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,176:180:99:3282,354,0 chrV 12186 . G A 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.460;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,60:129:99:1059,0,1195 chrV 12215 . T C 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.325;DP=135;Dels=0.00;FS=0.632;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.377;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,66:135:99:909,0,1298 chrV 12258 . A C 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.692;DP=149;Dels=0.00;FS=4.758;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.036;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,82:149:99:890,0,959 chrV 12309 . T C 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.881;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.951;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,78:140:99:1069,0,848 chrV 12413 . A T 3594.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=161;Dels=0.00;FS=2.982;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=22.32;ReadPosRankSum=2.388;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,159:161:99:3594,387,0 chrV 12467 . G A 1316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.618;DP=134;Dels=0.00;FS=1.420;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,77:134:99:1346,0,1062 chrV 12511 . T A 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=140;Dels=0.00;FS=1.346;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,71:140:99:1192,0,1269 chrV 12532 . C T 1528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.570;DP=138;Dels=0.00;FS=1.636;HaplotypeScore=12.8140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,75:138:99:1558,0,1200 chrV 12571 . C T 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=129;Dels=0.00;FS=8.714;HaplotypeScore=11.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=7.87;ReadPosRankSum=2.805;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:129:99:1045,0,1310 chrV 12600 . C T 2185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=20.05;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2218,237,0 chrV 12612 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.504;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.979;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:619,0,699 chrV 12625 . G A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=72;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.752;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.713;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:359,0,633 chrV 12629 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.964;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.638;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:343,0,639 chrV 12766 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;DP=93;Dels=0.00;FS=20.969;HaplotypeScore=3.8111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.275;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,34:93:99:446,0,1107 chrV 12869 . C T 1963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.602;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.444;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,99:181:99:1993,0,1535 chrV 12937 . C T 1863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=22.18;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1896,201,0 chrV 13004 . A C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.379;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:395,0,334 chrV 13167 . T G 1669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.355;DP=147;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=5.0197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,93:147:99:1699,0,819 chrV 13215 . G A 1632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.651;DP=160;Dels=0.00;FS=0.675;HaplotypeScore=9.4988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,82:160:99:1662,0,1390 chrV 13307 . A G 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=126;Dels=0.00;FS=1.772;HaplotypeScore=26.0699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:126:99:1163,0,1040 chrV 13446 . T A 1291.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DP=157;Dels=0.00;FS=9.511;HaplotypeScore=8.0791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.543;QD=8.22;ReadPosRankSum=2.145;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,87:157:99:1321,0,1344 chrV 13447 . C T 1197.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=159;Dels=0.00;FS=5.801;HaplotypeScore=8.8678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-5.403;QD=7.53;ReadPosRankSum=2.171;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,88:159:99:1227,0,1314 chrV 13449 . G T 1211.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=158;Dels=0.00;FS=8.222;HaplotypeScore=8.0791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-6.408;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.550;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,86:158:99:1241,0,1329 chrV 13454 . C T 1504.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.285;DP=181;Dels=0.00;FS=14.757;HaplotypeScore=12.7058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=-6.189;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.001;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,106:181:99:1534,0,1261 chrV 13502 . T C 1495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.611;DP=247;Dels=0.00;FS=12.581;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.792;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.913;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,126:247:99:1525,0,2440 chrV 13681 . A T 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=117;Dels=0.00;FS=9.122;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.596;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:117:99:983,0,1188 chrV 13773 . T G 1297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.105;DP=139;Dels=0.00;FS=1.610;HaplotypeScore=8.2200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=3.158;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,68:139:99:1327,0,1167 chrV 13805 . C G 1218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;DP=146;Dels=0.00;FS=0.629;HaplotypeScore=9.1487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=2.711;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,67:146:99:1248,0,1468 chrV 14025 . A G 1933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=94;Dels=0.00;FS=3.007;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=20.56;ReadPosRankSum=2.397;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:1966,216,0 chrV 14061 . A G 1568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.40;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1601,174,0 chrV 14175 . A T 2322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=22.33;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2355,246,0 chrV 14277 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=57;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.823;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:473,0,584 chrV 14370 . T C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;DP=61;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=11.0298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:547,0,594 chrV 14408 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.323;DP=78;Dels=0.00;FS=7.284;HaplotypeScore=5.0382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:716,0,625 chrV 14425 . C T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.720;DP=74;Dels=0.00;FS=10.195;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:74:99:796,0,633 chrV 14438 . T A 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;QD=24.86;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1972,204,0 chrV 14476 . G A 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=19.69;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1313,141,0 chrV 14482 . A G 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.602;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1049,114,0 chrV 14512 . C G 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=18.47;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:36:75:698,75,0 chrV 14579 . T A 756 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=15.12;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84:789,84,0 chrV 14582 . T C 155.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.812;DP=50;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:185,0,428 chrV 14585 . A G 186.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=51;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:216,0,448 chrV 14592 . A G 381.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=51;Dels=0.00;FS=1.469;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=1.769;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.186;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:411,0,204 chrV 14610 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.373;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:377,0,188 chrV 14659 . A T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;DP=24;Dels=0.00;FS=16.333;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=2.477;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.588;SB=-1.048e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:24:99:326,0,111 chrV 14660 . T A 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=23;Dels=0.00;FS=12.879;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.365;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:86:86,0,342 chrV 14785 . T A 201.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=12.56;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:24:234,24,0 chrV 14798 . C T 88.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=17;Dels=0.00;FS=5.315;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.327;SB=-1.225e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:12:121,12,0 chrV 14808 . A T 114.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=7.14;SB=-1.473e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:147,15,0 chrV 14875 . C T 399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=19.95;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:432,45,0 chrV 14921 . T A 288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=22.15;SB=-8.599e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33:321,33,0 chrV 14947 . T A 81.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.519;SB=-1.175e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:17:12:114,12,0 chrV 15022 . A C 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=63;Dels=0.00;FS=17.381;HaplotypeScore=3.5242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=5.417;QD=9.64;ReadPosRankSum=4.063;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:25:637,0,25 chrV 15032 . T C 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.715;DP=64;Dels=0.00;FS=16.871;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.682;QD=0.22;ReadPosRankSum=-2.203;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:44:44,0,721 chrV 15052 . G A 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DP=47;Dels=0.00;FS=2.763;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.131;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.441;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:107,0,589 chrV 15054 . A T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;DP=48;Dels=0.00;FS=2.719;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=3.879;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:596,0,108 chrV 15198 . C G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=70;Dels=0.00;FS=7.517;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.194;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:70:99:584,0,564 chrV 15229 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;DP=79;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=6.8447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQ0=0;MQRankSum=3.844;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.977;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:79:99:640,0,858 chrV 15479 . T C 2084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=22.17;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2117,225,0 chrV 15541 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;DP=78;Dels=0.00;FS=2.080;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.237;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:540,0,662 chrV 15562 . C T 673.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.171;DP=94;Dels=0.00;FS=14.526;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQ0=0;MQRankSum=-7.646;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.268;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:94:99:703,0,610 chrV 15565 . T C 606.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=89;Dels=0.00;FS=14.929;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=-7.539;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.982;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:636,0,549 chrV 15567 . G A 794.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;DP=89;Dels=0.00;FS=17.483;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=7.791;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:824,0,584 chrV 15568 . G A 576.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=85;Dels=0.00;FS=12.954;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-7.432;QD=6.78;ReadPosRankSum=2.548;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:606,0,824 chrV 15593 . C T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=110;Dels=0.00;FS=8.938;HaplotypeScore=46.3924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-8.955;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.605;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:729,0,1144 chrV 15594 . G T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.625;DP=108;Dels=0.00;FS=5.933;HaplotypeScore=47.9698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-8.492;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:758,0,1098 chrV 15608 . C T 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.433;DP=107;Dels=0.00;FS=5.919;HaplotypeScore=4.6996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQ0=0;MQRankSum=8.821;QD=9.70;ReadPosRankSum=2.112;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:1068,0,688 chrV 15621 . C T 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.202;DP=110;Dels=0.00;FS=4.019;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-6.623;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.163;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:747,0,1101 chrV 15655 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;DP=91;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.740;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.155;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:606,0,806 chrV 15662 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DP=90;Dels=0.00;FS=1.930;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.312;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:90:99:614,0,644 chrV 15698 . T A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:493,0,775 chrV 15826 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=38;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:452,0,205 chrV 15966 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;DP=64;Dels=0.00;FS=8.816;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=3.117;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.397;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:596,0,583 chrV 17065 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;DP=46;Dels=0.00;FS=16.769;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:405,0,268 chrV 17311 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;DP=67;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:553,0,664 chrV 17320 . G A 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=19.12;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1161,123,0 chrV 17400 . T A 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.30;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1474,162,0 chrV 17824 . A G 443.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.402;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,31:94:99:473,0,998 chrV 17871 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.164;DP=83;Dels=0.00;FS=4.181;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:640,0,751 chrV 17918 . T A 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=46;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=7.7033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.281;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:69:644,69,0 chrV 18011 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.673;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,26:76:99:450,0,1092 chrV 18031 . G A 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:915,0,475 chrV 18035 . C T 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=22.75;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1694,174,0 chrV 18138 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=59;Dels=0.00;FS=1.329;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.741;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.435;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:323,0,677 chrV 18162 . T A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=56;Dels=0.00;FS=3.338;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.513;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.483;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:226,0,717 chrV 18174 . A T 1229 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=7.709;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=20.83;ReadPosRankSum=1.674;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1262,135,0 chrV 18178 . A C 280.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.547;QD=4.91;ReadPosRankSum=-2.007;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:310,0,653 chrV 18182 . T C 223.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.212;DP=58;Dels=0.00;FS=1.306;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQ0=0;MQRankSum=-6.481;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:253,0,725 chrV 18193 . T A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=68;Dels=0.00;FS=2.381;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQ0=0;MQRankSum=-6.021;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:359,0,827 chrV 18224 . C T 459.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.189;DP=77;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=4.9816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.138;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:489,0,736 chrV 18229 . C T 531.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.391;DP=80;Dels=0.00;FS=4.515;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.797;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:80:99:561,0,699 chrV 18232 . G A 524.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=77;Dels=0.00;FS=4.553;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.096;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:554,0,675 chrV 18285 . A T 2668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=22.80;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2701,282,0 chrV 18339 . G A 1156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.818;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.118;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,68:151:99:1186,0,1689 chrV 18343 . G A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.770;DP=154;Dels=0.00;FS=1.327;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,74:154:99:1069,0,1640 chrV 18400 . T C 1109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.694;DP=122;Dels=0.00;FS=4.468;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=2.538;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,61:122:99:1139,0,742 chrV 18487 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:292,0,622 chrV 18502 . C A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DP=61;Dels=0.00;FS=2.300;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=4.562;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.857;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:730,0,290 chrV 18516 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;DP=51;Dels=0.00;FS=4.289;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.388;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.236;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:342,0,530 chrV 18609 . T C 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=73;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.886;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:821,0,491 chrV 18636 . C A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.357;DP=89;Dels=0.00;FS=2.506;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:776,0,843 chrV 18812 . T C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=75;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.314;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:648,0,777 chrV 18885 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=2.660;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:560,0,329 chrV 18949 . T C 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.547;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.926;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:64:64,0,513 chrV 18960 . T C 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DP=30;Dels=0.00;FS=1.903;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.759;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:58:58,0,500 chrV 18961 . T G 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=30;Dels=0.00;FS=1.903;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.759;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:56:56,0,504 chrV 18962 . T C 37.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.682;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.795;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:27:67:67,0,428 chrV 18963 . G A 37.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;DP=27;Dels=0.00;FS=4.101;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.071;QD=1.37;ReadPosRankSum=-2.351;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:27:67:67,0,450 chrV 18965 . G T 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.558;QD=1.61;ReadPosRankSum=-3.394;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:75:75,0,426 chrV 19144 . T C 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=91;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=18.95;ReadPosRankSum=1.655;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:91:99:1757,189,0 chrV 19236 . C A 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=20.49;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1119,117,0 chrV 19305 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=43;Dels=0.00;FS=9.605;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=2.739;QD=11.88;ReadPosRankSum=2.994;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:541,0,169 chrV 19307 . G A 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=44;Dels=0.00;FS=9.819;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.794;QD=3.30;ReadPosRankSum=-3.013;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:175,0,496 chrV 19431 . C T 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=21.30;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1503,153,0 chrV 19504 . T C 231.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.445;DP=65;Dels=0.00;FS=32.999;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.933;QD=3.55;ReadPosRankSum=-3.527;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:65:99:261,0,810 chrV 19513 . C T 140.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DP=59;Dels=0.00;FS=26.345;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.292;QD=2.37;ReadPosRankSum=-3.147;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:59:99:170,0,673 chrV 19517 . A T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DP=57;Dels=0.00;FS=16.691;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.812;QD=0.67;ReadPosRankSum=-2.868;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,16:57:68:68,0,655 chrV 19529 . T A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.035;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.94;MQ0=2;MQRankSum=2.512;QD=10.86;ReadPosRankSum=4.580;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,42:59:99:671,0,107 chrV 19630 . T C 235 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.40;MQ0=4;MQRankSum=0.651;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.434;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:30:268,30,0 chrV 19717 . C A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DP=25;Dels=0.00;FS=25.506;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.21;MQ0=3;MQRankSum=-1.216;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-7.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,19:25:99:194,0,121 chrV 19893 . C T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;DP=44;Dels=0.00;FS=10.538;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.85;MQ0=1;MQRankSum=3.584;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:333,0,197 chrV 20557 . C T 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;DP=36;Dels=0.00;FS=34.776;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.63;MQ0=22;MQRankSum=0.452;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.872;SB=-2.750e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:65:65,0,111 chrV 21110 . A T 1649 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.19;MQ0=13;QD=20.61;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1682,174,0 chrV 21290 . C G 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=2;MQRankSum=1.337;QD=20.03;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:39:87:814,87,0 chrV 21300 . T G 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=2;QD=18.19;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:66:597,66,0 chrV 21301 . T C 544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=2;MQRankSum=0.990;QD=17.55;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:31:37:577,37,0 chrV 21355 . G T 188.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=48;Dels=0.00;FS=21.076;HaplotypeScore=4.4419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.54;MQ0=5;MQRankSum=-2.009;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:218,0,283 chrV 21381 . A G 1137 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.00;MQ0=6;MQRankSum=-0.157;QD=18.64;ReadPosRankSum=1.669;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:61:99:1170,126,0 chrV 21406 . C T 501.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.400;DP=92;Dels=0.00;FS=47.867;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.51;MQ0=7;MQRankSum=-0.989;QD=5.45;ReadPosRankSum=2.386;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,35:92:99:531,0,813 chrV 21440 . T G 1786 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=12;QD=17.17;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1819,198,0 chrV 21521 . C A 340.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.979;DP=99;Dels=0.00;FS=88.881;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=6;MQRankSum=-0.591;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.187;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,30:99:99:370,0,1483 chrV 21547 . T C 227.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;DP=88;Dels=0.00;FS=61.198;HaplotypeScore=12.3393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=2;MQRankSum=-0.855;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,20:88:99:257,0,1354 chrV 21548 . T C 242.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;DP=88;Dels=0.00;FS=58.072;HaplotypeScore=12.3393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=2;MQRankSum=-0.721;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,20:88:99:272,0,1420 chrV 21741 . A T 396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.60;MQ0=1;MQRankSum=-1.156;QD=15.84;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:45:429,45,0 chrV 21762 . C A 446 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.53;MQ0=1;QD=17.15;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:479,51,0 chrV 21768 . A G 203.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=28;Dels=0.00;FS=13.704;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.01;MQ0=1;MQRankSum=-0.659;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:28:99:233,0,168 chrV 21771 . A G 153.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=27;Dels=0.00;FS=36.491;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=1;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-6.410e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:27:99:183,0,203 chrV 21849 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DP=44;Dels=0.00;FS=7.009;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:44:99:609,0,236 chrV 21876 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;DP=47;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=3.1136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQ0=1;MQRankSum=2.459;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.868;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:47:99:569,0,212 chrV 21951 . A G 358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.15;MQ0=1;MQRankSum=-1.600;QD=13.26;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:42:391,42,0 chrV 21990 . A G 94.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.57;MQ0=0;QD=7.86;SB=-2.044e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:15:127,15,0 chrV 21993 . A T 120.13 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.76;MQ0=1;QD=9.24;SB=-7.359e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:18:153,18,0 chrV 21999 . G A 123.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.00;MQ0=1;QD=8.80;SB=-1.076e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:156,18,0 chrV 22026 . C T 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=17;Dels=0.00;FS=5.756;HaplotypeScore=1.7333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.48;MQ0=3;MQRankSum=2.133;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.800;SB=-4.295e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:50:128,0,50 chrV 22082 . A G 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=28;Dels=0.00;FS=19.260;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.90;MQ0=2;MQRankSum=-0.923;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:68:68,0,236 chrV 22083 . C T 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=28;Dels=0.00;FS=19.260;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.90;MQ0=2;MQRankSum=-0.795;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:65:65,0,228 chrV 22101 . A T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=26;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.34;MQ0=1;MQRankSum=0.272;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.272;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:26:69:233,0,69 chrV 22188 . A C 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;DP=28;Dels=0.00;FS=5.077;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.939;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.868;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:28:57:57,0,445 chrV 22191 . G A 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=27;Dels=0.00;FS=4.961;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.537;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.671;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:27:48:48,0,429 chrV 22200 . A G 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DP=26;Dels=0.00;FS=4.813;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.830;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.396;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:26:53:53,0,373 chrV 22296 . A T 16.12 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.62;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.550;SB=-6.921e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:33:46,0,33 chrV 22302 . T G 15.88 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=3.97;SB=-2.680e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:47,6,0 chrV 22305 . A G 16.85 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=4.21;SB=-2.780e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:48,6,0 chrV 22506 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.383;DP=32;Dels=0.00;FS=3.448;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.79;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.981;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:32:99:319,0,214 chrV 22542 . G C 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.44;MQ0=0;QD=21.24;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:99:904,99,0 chrV 22614 . C G 125.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.27;MQ0=4;QD=7.82;SB=-5.463e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:18:158,18,0 chrV 22641 . C A 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.66;MQ0=4;QD=2.25;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:6:56,6,0 chrV 22644 . T A 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.57;MQ0=2;QD=2.18;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:6:53,6,0 chrV 22812 . C T 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.318;DP=30;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.74;MQ0=3;MQRankSum=-3.060;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.157;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:30:52:52,0,219 chrV 22854 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=48;Dels=0.00;FS=1.492;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.92;MQ0=3;MQRankSum=1.415;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.834;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:410,0,274 chrV 22863 . G A 1058 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.79;MQ0=5;QD=19.59;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1091,114,0 chrV 22917 . G A 604.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=70;Dels=0.00;FS=7.113;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.98;MQ0=6;MQRankSum=-0.195;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.249;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:634,0,625 chrV 23118 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=3;MQRankSum=-1.877;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.693;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,33:49:99:526,0,268 chrV 23151 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;DP=48;Dels=0.00;FS=1.291;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.69;MQ0=3;MQRankSum=-1.510;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:493,0,268 chrV 23160 . G A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.00;MQ0=3;MQRankSum=-1.056;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:451,0,261 chrV 23192 . C T 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=1;QD=15.59;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1015,105,0 chrV 23309 . A G 2034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=23.11;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2067,228,0 chrV 23494 . C T 2174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=23.63;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:2207,228,0 chrV 23825 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=54;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.391;QD=5.19;ReadPosRankSum=-2.491;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:310,0,442 chrV 23976 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;DP=72;Dels=0.00;FS=12.891;HaplotypeScore=9.9924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:72:99:525,0,628 chrV 24002 . G T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=52;Dels=0.00;FS=11.133;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.861;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:530,0,397 chrV 24025 . G C 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=21.17;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:922,99,0 chrV 24122 . C T 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.921;DP=84;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.751;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.318;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:943,0,656 chrV 24135 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;DP=90;Dels=0.00;FS=5.541;HaplotypeScore=12.0774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=4.144;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.753;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:701,0,887 chrV 24163 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.254;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:73:99:530,0,700 chrV 24165 . C G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=73;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=5.7334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.859;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:73:99:517,0,752 chrV 24222 . A T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DP=69;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:449,0,682 chrV 24232 . C T 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=20.72;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1276,132,0 chrV 24259 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=56;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.946;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:242,0,626 chrV 24354 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=97;Dels=0.00;FS=2.860;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.422;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.825;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:492,0,1074 chrV 24380 . A G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.994;DP=113;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=6.7100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.820;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:113:99:619,0,1232 chrV 24388 . A G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-4.803;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:111:99:582,0,1218 chrV 24392 . A T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;DP=110;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=3.4053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.103;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:510,0,1200 chrV 24419 . G A 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.997;DP=116;Dels=0.00;FS=0.699;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.282;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.210;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:116:99:714,0,1144 chrV 24446 . T C 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DP=112;Dels=0.00;FS=4.697;HaplotypeScore=8.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.863;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.091;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:833,0,1054 chrV 24575 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=76;Dels=0.00;FS=13.295;HaplotypeScore=11.1687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.560;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:76:99:509,0,827 chrV 24581 . C A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=72;Dels=0.00;FS=18.958;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:404,0,738 chrV 24596 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=61;Dels=0.00;FS=8.369;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.864;QD=5.39;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:359,0,708 chrV 24650 . T G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.395;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:530,0,679 chrV 24661 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DP=88;Dels=0.00;FS=1.745;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.952;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:517,0,757 chrV 24670 . C T 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=19.38;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1816,198,0 chrV 24749 . G A 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=107;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.149;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:528,0,1095 chrV 24754 . A G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=104;Dels=0.00;FS=1.601;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.704;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:659,0,916 chrV 24870 . G A 2609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.433;QD=22.49;ReadPosRankSum=0.508;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2642,279,0 chrV 24902 . G A 2726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=24.56;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2759,288,0 chrV 24966 . G A 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;DP=113;Dels=0.00;FS=9.148;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.220;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,56:113:99:1067,0,1121 chrV 25051 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=63;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.137;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:63:99:432,0,536 chrV 25057 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.677;DP=60;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=2.737;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:559,0,440 chrV 25095 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DP=66;Dels=0.00;FS=4.976;HaplotypeScore=3.6979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.170;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:427,0,510 chrV 25103 . A T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=63;Dels=0.00;FS=6.929;HaplotypeScore=5.2045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.427;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.227;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:376,0,472 chrV 25106 . A G 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=59;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=5.1092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=15.46;ReadPosRankSum=2.283;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:945,102,0 chrV 25120 . T A 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=15.80;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:96:886,96,0 chrV 25188 . G T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=60;Dels=0.00;FS=1.509;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.069;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:542,0,534 chrV 25194 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.293;DP=61;Dels=0.00;FS=1.556;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.989;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:578,0,607 chrV 25237 . C T 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=22.72;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1487,153,0 chrV 25332 . C T 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=16.03;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1107,120,0 chrV 25369 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.710;DP=50;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=3.5228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:326,0,355 chrV 25407 . G A 53.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=1.02;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:9:86,9,0 chrV 25565 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=36;Dels=0.00;FS=3.563;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:395,0,211 chrV 25571 . A T 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=20.22;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:680,72,0 chrV 25590 . A G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;DP=39;Dels=0.00;FS=3.819;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.757;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:272,0,487 chrV 25685 . G A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=43;Dels=0.00;FS=10.538;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:307,0,428 chrV 25874 . A C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.027;DP=68;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.114;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,43:68:99:612,0,387 chrV 25914 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;DP=58;Dels=0.00;FS=7.496;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:510,0,395 chrV 25974 . T G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.935;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:403,0,468 chrV 26021 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;DP=59;Dels=0.00;FS=9.043;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.702;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:313,0,555 chrV 26265 . A C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.863;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:273,0,420 chrV 26313 . G T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:40:99:290,0,274 chrV 26322 . C G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=35;Dels=0.00;FS=1.391;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:326,0,205 chrV 26413 . A G 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.395;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:108,0,138 chrV 26422 . T C 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:128,0,103 chrV 26594 . G A 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.26;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1046,111,0 chrV 26678 . C T 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=16.52;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:63:578,63,0 chrV 26685 . C T 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=17.14;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:513,54,0 chrV 27044 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:350,0,345 chrV 27119 . A G 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=26;Dels=0.00;FS=23.158;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:163,0,317 chrV 27260 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=67;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.787;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:527,0,619 chrV 27272 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=52;Dels=0.00;FS=3.950;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:271,0,547 chrV 27604 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;DP=62;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.416;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:615,0,586 chrV 27636 . C A 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=24.63;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1486,153,0 chrV 27912 . T C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=36;Dels=0.00;FS=7.399;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:264,0,267 chrV 27980 . A T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=44;Dels=0.00;FS=3.214;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:344,0,276 chrV 28151 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;DP=53;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:436,0,599 chrV 28167 . T C 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=49;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:573,0,356 chrV 28312 . A G 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.85;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:72:679,72,0 chrV 28427 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DP=55;Dels=0.00;FS=5.379;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.943;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:553,0,358 chrV 28622 . C T 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=21.93;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:932,102,0 chrV 28649 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=41;Dels=0.00;FS=9.548;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:363,0,298 chrV 28676 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=54;Dels=0.00;FS=3.824;HaplotypeScore=4.3133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:54:99:571,0,457 chrV 28694 . T G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=61;Dels=0.00;FS=3.503;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.326;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:583,0,531 chrV 28988 . C T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;DP=54;Dels=0.00;FS=19.109;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.927;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:192,0,680 chrV 29072 . C T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;DP=58;Dels=0.00;FS=7.216;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:58:99:496,0,475 chrV 29294 . A G 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=105;Dels=0.00;FS=1.679;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:105:99:614,0,1261 chrV 29399 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;DP=93;Dels=0.00;FS=3.200;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,34:93:99:566,0,1045 chrV 29909 . C T 2393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.372e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2426,255,0 chrV 29962 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=72;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.068;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:650,0,479 chrV 30121 . T A 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=102;Dels=0.00;FS=1.633;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:751,0,1060 chrV 30664 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=82;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=5.0600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:568,0,726 chrV 30760 . A G 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=76;Dels=0.00;FS=1.014;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:479,0,749 chrV 31093 . A C 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=23.32;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:104:99:2458,267,0 chrV 31263 . G A 664.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.613;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.077;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:694,0,390 chrV 31273 . G A 667.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.522;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:697,0,424 chrV 31336 . C T 348.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:60:99:378,0,575 chrV 31408 . A C 796.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.981;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:107:99:826,0,1093 chrV 31663 . A G 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.95;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:93:905,93,0 chrV 31867 . T C 2171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=23.86;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2204,243,0 chrV 31965 . T G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.768;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:471,0,443 chrV 32214 . G C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=65;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.332;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:584,0,504 chrV 32941 . A C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=40;Dels=0.00;FS=1.243;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.552;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:475,0,322 chrV 33002 . A C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:394,0,503 chrV 33344 . C T 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.422;DP=110;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=9.7496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:110:99:995,0,1123 chrV 33440 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DP=57;Dels=0.00;FS=13.121;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.548;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,38:57:99:627,0,232 chrV 33455 . T C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;DP=62;Dels=0.00;FS=7.829;HaplotypeScore=4.2745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.282;QD=11.18;ReadPosRankSum=2.032;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,42:62:99:723,0,176 chrV 33469 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.041;DP=61;Dels=0.00;FS=1.433;HaplotypeScore=11.0080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=11.21;ReadPosRankSum=3.363;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,42:61:58:714,0,58 chrV 33483 . T C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.787;DP=76;Dels=0.00;FS=2.918;HaplotypeScore=9.0540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=8.87;ReadPosRankSum=2.093;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:76:99:704,0,111 chrV 33782 . C A 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=25;Dels=0.00;FS=1.850;HaplotypeScore=6.9448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=4.44;ReadPosRankSum=-2.801;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:141,0,296 chrV 34622 . T C 1505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.607;DP=191;Dels=0.00;FS=3.403;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.304;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,91:191:99:1535,0,1859 chrV 34703 . T C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.561;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:888,0,1064 chrV 34852 . C T 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.417;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:86:99:870,0,576 chrV 35699 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.349;DP=114;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,43:114:99:685,0,1154 chrV 36053 . A C 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.428;DP=134;Dels=0.00;FS=2.208;HaplotypeScore=12.0319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.020;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:134:99:1292,0,1240 chrV 36245 . T A 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.321;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.244;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:129:99:1030,0,838 chrV 36420 . G A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DP=86;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=9.0836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:902,0,721 chrV 36559 . C T 1433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.628;DP=161;Dels=0.00;FS=4.511;HaplotypeScore=10.2422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.747;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,76:161:99:1463,0,1790 chrV 36687 . G A 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.534;DP=120;Dels=0.00;FS=4.801;HaplotypeScore=9.7960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.096;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,49:120:99:957,0,1265 chrV 37036 . G A 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.211;DP=121;Dels=0.00;FS=5.412;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.241;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,53:121:99:788,0,1181 chrV 37747 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=39;Dels=0.00;FS=1.280;HaplotypeScore=4.3155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:99:298,0,400 chrV 38716 . C T 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.42;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1524,162,0 chrV 39166 . T G 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=39;Dels=0.00;FS=5.540;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:39:99:255,0,363 chrV 39651 . T A 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.34;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1150,126,0 chrV 39794 . A G 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=17.84;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1068,117,0 chrV 40307 . A G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=22.70;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:782,84,0 chrV 40517 . G A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DP=37;Dels=0.00;FS=2.887;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:258,0,408 chrV 40520 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=37;Dels=0.00;FS=1.314;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.751;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:410,0,239 chrV 40622 . G A 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.344;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.886;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:126,0,290 chrV 40623 . A G 532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.634;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:63:565,63,0 chrV 40835 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.421;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:37:99:186,0,335 chrV 40895 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=42;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.043;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:42:99:418,0,190 chrV 41345 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;DP=51;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:51:99:414,0,427 chrV 41432 . C G 456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=19.00;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:54:489,54,0 chrV 41545 . T C 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=18.07;ReadPosRankSum=1.571;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:87:810,87,0 chrV 41566 . T C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=54;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=6.6361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:228,0,553 chrV 41687 . A C 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=22.30;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1505,156,0 chrV 41690 . T A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.935;DP=63;Dels=0.00;FS=9.290;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:577,0,479 chrV 41711 . C G 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=17.71;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:777,84,0 chrV 41973 . G T 2217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2250,240,0 chrV 42215 . T C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=22;Dels=0.00;FS=1.971;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=2.91;ReadPosRankSum=-2.148;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:94:94,0,184 chrV 42238 . A T 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;DP=29;Dels=0.00;FS=7.040;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.013;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:228,0,238 chrV 42418 . G A 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=22.59;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1750,198,0 chrV 42490 . G A 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:75:75,0,162 chrV 42502 . G A 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=21;Dels=0.00;FS=8.280;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.810;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:149,0,189 chrV 42517 . G A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DP=20;Dels=0.00;FS=8.038;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.152;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:150,0,175 chrV 42557 . T C 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:200,0,381 chrV 42735 . T A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DP=82;Dels=0.00;FS=4.372;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=2.770;QD=9.18;ReadPosRankSum=2.192;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:82:99:783,0,518 chrV 43007 . G A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=40;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.325;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:374,0,307 chrV 43057 . A T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=58;Dels=0.00;FS=2.303;HaplotypeScore=3.2851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:437,0,561 chrV 43074 . T C 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=17.21;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:997,108,0 chrV 43103 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.728;DP=63;Dels=0.00;FS=11.015;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:63:99:418,0,514 chrV 43104 . C T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=61;Dels=0.00;FS=8.317;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.229;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:61:99:383,0,515 chrV 43204 . A G 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=25.70;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1421,150,0 chrV 43259 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.133;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:283,0,343 chrV 43295 . C T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;DP=27;Dels=0.00;FS=6.805;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:243,0,281 chrV 43485 . C T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:35:99:152,0,271 chrV 43494 . A G 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=17.29;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:690,75,0 chrV 43578 . A G 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=13.73;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:78:706,78,0 chrV 43817 . C T 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.144;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:125,0,148 chrV 43838 . A G 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.591;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:23:99:157,0,162 chrV 43959 . G A 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=18.30;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:454,48,0 chrV 44010 . T G 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=30;Dels=0.00;FS=1.484;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.953;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:313,0,176 chrV 44019 . C T 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=31;Dels=0.00;FS=1.385;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:106,0,330 chrV 44468 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.172;DP=53;Dels=0.00;FS=9.971;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:359,0,583 chrV 44529 . A G 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.615;DP=75;Dels=0.00;FS=6.430;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.310;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:75:99:785,0,606 chrV 44568 . T C 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=67;Dels=0.00;FS=5.769;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.033;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:690,0,583 chrV 44601 . T G 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=18.32;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1279,141,0 chrV 44613 . T C 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=19.83;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1342,147,0 chrV 44641 . A G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.441;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:373,0,477 chrV 44763 . A G 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.45;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1993,216,0 chrV 44860 . A G 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:773,0,466 chrV 44999 . C G 3435.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=24.36;SB=-1.689e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:141:99:3435,375,0 chrV 45023 . G A 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=117;Dels=0.00;FS=3.366;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.070;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:117:99:984,0,1306 chrV 45208 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.380;DP=77;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:644,0,761 chrV 45606 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.780;DP=96;Dels=0.00;FS=10.427;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:96:99:602,0,998 chrV 45816 . A G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DP=80;Dels=0.00;FS=3.158;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.677;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:80:99:610,0,822 chrV 45866 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;DP=69;Dels=0.00;FS=10.438;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.006;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:620,0,764 chrV 45963 . T C 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=20.04;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1676,183,0 chrV 46022 . C T 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=15.80;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1139,129,0 chrV 46030 . C G 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=18.26;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1220,129,0 chrV 46142 . T C 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;DP=33;Dels=0.00;FS=11.504;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:160,0,312 chrV 46313 . A G 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=114;Dels=0.00;FS=2.794;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.990;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:114:99:965,0,1273 chrV 46329 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.054;DP=101;Dels=0.02;FS=1.778;HaplotypeScore=6.4223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:881,0,1020 chrV 46348 . C T 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=24.20;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1727,183,0 chrV 46731 . A C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;DP=55;Dels=0.00;FS=1.039;HaplotypeScore=46.2919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:244,0,671 chrV 46749 . T C 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.57;MQ0=0;QD=14.36;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:90:823,90,0 chrV 46866 . T C 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=19.39;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1487,159,0 chrV 46910 . A G 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.07;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1445,159,0 chrV 46984 . C T 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=20.37;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1133,129,0 chrV 47064 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:66:99:386,0,762 chrV 47089 . T C 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=23.79;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1508,165,0 chrV 47165 . A G 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=23.49;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1090,120,0 chrV 47412 . A C 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.155;DP=91;Dels=0.00;FS=7.365;HaplotypeScore=9.9029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.349;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,34:91:99:673,0,1022 chrV 47483 . A G 1182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=110;Dels=0.00;FS=11.921;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,60:110:99:1212,0,852 chrV 47764 . A G 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;DP=102;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=13.3376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.048;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.538;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:102:99:789,0,898 chrV 47863 . C T 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.922;DP=115;Dels=0.00;FS=1.507;HaplotypeScore=8.8784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:115:99:812,0,1087 chrV 48081 . C G 2518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=21.52;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2551,279,0 chrV 48099 . T C 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=101;Dels=0.00;FS=3.799;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.340;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:101:99:889,0,683 chrV 48112 . G A 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=19.01;SB=-1.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1934,201,0 chrV 48124 . A G 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;DP=107;Dels=0.00;FS=9.388;HaplotypeScore=12.2848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:107:99:805,0,692 chrV 48175 . C T 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:934,0,915 chrV 48289 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DP=69;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.411;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.110;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:639,0,577 chrV 48384 . T C 4612.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=206;Dels=0.00;FS=3.032;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=22.39;ReadPosRankSum=2.426;SB=-2.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,203:206:99:4612,501,0 chrV 48555 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.275;DP=63;Dels=0.00;FS=12.242;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.467;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:632,0,652 chrV 48609 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=52;Dels=0.00;FS=12.204;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.144;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:406,0,479 chrV 48636 . C T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.558;DP=77;Dels=0.00;FS=8.849;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.058;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:77:99:611,0,707 chrV 48663 . G A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.725;DP=88;Dels=0.00;FS=14.660;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.451;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.457;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:719,0,932 chrV 48831 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.693;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.124;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:555,0,866 chrV 48849 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=78;Dels=0.00;FS=1.867;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:424,0,797 chrV 48856 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=73;Dels=0.00;FS=4.651;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:496,0,748 chrV 48897 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.599;DP=70;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=4.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.952;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:70:99:484,0,682 chrV 48972 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=58;Dels=0.00;FS=5.380;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:586,0,520 chrV 49043 . T G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;DP=74;Dels=0.00;FS=12.007;HaplotypeScore=10.1086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=7.26;ReadPosRankSum=2.403;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:567,0,760 chrV 49056 . A G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=78;Dels=0.00;FS=9.366;HaplotypeScore=5.8761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.268;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:626,0,707 chrV 49185 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DP=80;Dels=0.00;FS=4.290;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.465;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:80:99:604,0,677 chrV 49341 . C T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=82;Dels=0.00;FS=2.051;HaplotypeScore=41.2370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,59:82:99:800,0,321 chrV 49343 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=79;Dels=0.00;FS=6.071;HaplotypeScore=38.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.949;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:79:99:668,0,156 chrV 49397 . T C 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=12.22;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1084,117,0 chrV 49411 . T G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.390;DP=84;Dels=0.00;FS=5.560;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.981;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:450,0,541 chrV 49751 . C T 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;DP=102;Dels=0.00;FS=3.714;HaplotypeScore=10.3688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,57:102:99:1020,0,844 chrV 49908 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DP=77;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.986;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:726,0,725 chrV 50125 . A T 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=19.95;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1789,186,0 chrV 50151 . A C 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=77;Dels=0.00;FS=6.669;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=18.87;ReadPosRankSum=2.386;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1486,162,0 chrV 50218 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.107;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.863;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:697,0,736 chrV 50409 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=6.84;ReadPosRankSum=2.662;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:557,0,756 chrV 50649 . C T 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;DP=61;Dels=0.00;FS=2.121;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.764;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.966;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:712,0,390 chrV 50703 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;DP=59;Dels=0.00;FS=10.074;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.208;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.449;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:59:99:667,0,358 chrV 50835 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:550,0,610 chrV 50838 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:501,0,577 chrV 50918 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;DP=69;Dels=0.00;FS=2.101;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:541,0,310 chrV 51006 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.355;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:406,0,539 chrV 51087 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.093;DP=57;Dels=0.00;FS=9.997;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:336,0,662 chrV 51120 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.415;DP=67;Dels=0.00;FS=2.150;HaplotypeScore=7.3480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=8.45;ReadPosRankSum=2.020;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:67:99:596,0,654 chrV 51366 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:452,0,372 chrV 51423 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.696;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:592,0,256 chrV 51661 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.677;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:543,0,339 chrV 51743 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DP=67;Dels=0.00;FS=9.364;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:66:99:567,0,553 chrV 51780 . A G 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=77;Dels=0.00;FS=8.278;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=21.81;ReadPosRankSum=2.386;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1712,189,0 chrV 51785 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=84;Dels=0.00;FS=6.069;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.444;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:84:99:741,0,575 chrV 51822 . C T 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=25.15;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2347,246,0 chrV 51919 . T C 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;DP=102;Dels=0.00;FS=5.328;HaplotypeScore=9.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.895;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:853,0,735 chrV 51959 . C T 2209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=23.50;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2242,234,0 chrV 52075 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;DP=83;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.262;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:639,0,918 chrV 52448 . A T 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=64;Dels=0.00;FS=1.382;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.349;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:50:50,0,148 chrV 52570 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.086;DP=69;Dels=0.00;FS=3.333;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.759;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:685,0,581 chrV 52700 . G T 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.498;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.005;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:72:99:908,0,633 chrV 53433 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:241,0,215 chrV 53456 . G A 330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=19.41;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39:363,39,0 chrV 53463 . A G 306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=15.30;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:36:339,36,0 chrV 53537 . G T 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.76;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:896,93,0 chrV 53618 . T G 2553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=22.59;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2586,276,0 chrV 53637 . G A 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=117;Dels=0.00;FS=3.441;HaplotypeScore=9.1977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=2.168;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.812;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:117:99:793,0,1208 chrV 53704 . T C 2086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.43;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2119,231,0 chrV 54177 . A T 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.294;DP=123;Dels=0.00;FS=1.474;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.379;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,67:123:99:1023,0,1019 chrV 55152 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DP=87;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:661,0,840 chrV 55530 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=69;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=6.5221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.270;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:534,0,627 chrV 55841 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=64;Dels=0.00;FS=2.115;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.602;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:475,0,623 chrV 56093 . C G 1418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;DP=130;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=13.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.596;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,73:130:99:1448,0,1045 chrV 56129 . A C 3010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=23.52;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:3043,333,0 chrV 56149 . A C 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.748;DP=121;Dels=0.00;FS=4.247;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.257;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:121:99:879,0,1440 chrV 56166 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=112;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:685,0,1274 chrV 56171 . A G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=108;Dels=0.00;FS=3.888;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.847;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:108:99:689,0,1131 chrV 56315 . T C 1718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.063;DP=207;Dels=0.00;FS=4.826;HaplotypeScore=17.7266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,106:207:99:1748,0,2038 chrV 56577 . G A 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=114;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.384;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:114:99:1050,0,971 chrV 57203 . C T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;DP=61;Dels=0.00;FS=3.635;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:396,0,685 chrV 57448 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;DP=67;Dels=0.00;FS=13.513;HaplotypeScore=3.4090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:444,0,490 chrV 57449 . T A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.984;DP=66;Dels=0.00;FS=14.417;HaplotypeScore=2.5769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.058;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:470,0,457 chrV 57614 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=51;Dels=0.00;FS=8.018;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.837;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:548,0,314 chrV 57707 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DP=85;Dels=0.00;FS=8.582;HaplotypeScore=9.0022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:541,0,775 chrV 57806 . T C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=122;Dels=0.01;FS=2.070;HaplotypeScore=8.2353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.977;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,52:121:99:797,0,1385 chrV 57836 . T C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=72;Dels=0.00;FS=1.144;HaplotypeScore=19.2205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.901;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:325,0,761 chrV 57855 . T A 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DP=61;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=7.4267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=15.36;ReadPosRankSum=1.750;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:970,111,0 chrV 57861 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=57;Dels=0.00;FS=8.426;HaplotypeScore=4.1995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.690;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:241,0,643 chrV 57926 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=67;Dels=0.00;FS=2.067;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.469;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:598,0,441 chrV 57938 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DP=70;Dels=0.00;FS=2.003;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.868;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:401,0,766 chrV 58022 . A G 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;DP=47;Dels=0.00;FS=13.624;HaplotypeScore=4.3259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.118;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:301,0,580 chrV 58103 . C A 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=119;Dels=0.00;FS=14.022;HaplotypeScore=7.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.578;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:119:99:918,0,925 chrV 58114 . A G 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.738;DP=136;Dels=0.00;FS=6.063;HaplotypeScore=11.2317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.016;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.182;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,71:136:99:980,0,978 chrV 58183 . A G 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=130;Dels=0.00;FS=9.554;HaplotypeScore=11.3480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.961;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,56:130:99:892,0,1290 chrV 58245 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.531;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=7.4341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:403,0,869 chrV 58398 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DP=68;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=10.9823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:666,0,592 chrV 58461 . T C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.997;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.021;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:99:99:657,0,1083 chrV 59244 . T C 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=76;Dels=0.00;FS=12.024;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.130;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:76:99:843,0,453 chrV 59312 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;DP=77;Dels=0.00;FS=2.413;HaplotypeScore=8.9653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:77:99:542,0,700 chrV 59461 . T C 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;DP=26;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:122,0,367 chrV 59504 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=44;Dels=0.00;FS=3.595;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.893;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:380,0,537 chrV 59555 . G A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=77;Dels=0.00;FS=7.968;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:704,0,754 chrV 59904 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=74;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:467,0,706 chrV 59952 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.338;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:587,0,680 chrV 60057 . A G 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.72;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1157,126,0 chrV 60147 . G C 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:874,96,0 chrV 60162 . C T 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=19.64;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:96:897,96,0 chrV 60658 . G T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:659,0,401 chrV 60891 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=70;Dels=0.00;FS=2.241;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:573,0,597 chrV 60924 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;DP=65;Dels=0.00;FS=15.685;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.074;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:65:99:627,0,513 chrV 60976 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=46;Dels=0.02;FS=4.591;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=1.749;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:293,0,269 chrV 61123 . G A 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.320;DP=109;Dels=0.00;FS=4.681;HaplotypeScore=26.1268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.562;QD=6.94;ReadPosRankSum=-3.471;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,56:109:99:786,0,1000 chrV 61194 . A G 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=104;Dels=0.00;FS=7.808;HaplotypeScore=49.8274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=1.760;QD=16.70;ReadPosRankSum=2.401;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:104:99:1770,195,0 chrV 61261 . T A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;DP=75;Dels=0.00;FS=10.145;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.932;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:526,0,528 chrV 61280 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=18.94;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1207,123,0 chrV 61449 . C A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=90;Dels=0.00;FS=0.866;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.428;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:90:99:583,0,1112 chrV 61456 . A G 2053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.695;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2086,228,0 chrV 61507 . C T 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=20.56;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1760,183,0 chrV 61565 . G A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.013;DP=62;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.922;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:547,0,605 chrV 61667 . A G 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=20.51;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1592,174,0 chrV 61799 . G A 2675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=23.88;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2708,282,0 chrV 61877 . A G 1510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=129;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=11.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.538;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,72:129:99:1540,0,978 chrV 62026 . G A 1085.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.734;DP=106;Dels=0.00;FS=5.544;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=3.002;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.449;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:106:99:1115,0,854 chrV 62117 . T C 1349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.732;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,76:121:99:1379,0,798 chrV 62511 . C T 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;QD=15.49;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1365,147,0 chrV 62539 . G A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.840;DP=110;Dels=0.00;FS=15.269;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.200;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:110:99:518,0,948 chrV 62547 . A T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=116;Dels=0.00;FS=14.325;HaplotypeScore=8.7969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.865;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:116:99:518,0,1123 chrV 62601 . G A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;DP=113;Dels=0.00;FS=16.391;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.508;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:113:99:803,0,1370 chrV 62630 . T G 1214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=115;Dels=0.00;FS=6.411;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.277;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:115:99:1244,0,1101 chrV 62717 . C G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=101;Dels=0.00;FS=3.984;HaplotypeScore=8.0928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:871,0,1000 chrV 62771 . T G 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=93;Dels=0.00;FS=1.705;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.878;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:93:99:830,0,897 chrV 63059 . C A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=79;Dels=0.00;FS=9.999;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:491,0,795 chrV 63139 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:509,0,654 chrV 63253 . A C 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=18.75;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1552,168,0 chrV 63369 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.724;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:529,0,375 chrV 63498 . G C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;DP=57;Dels=0.00;FS=22.551;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.968;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:583,0,318 chrV 63676 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.605;DP=65;Dels=0.00;FS=4.895;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:637,0,471 chrV 63726 . A C 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.604;DP=83;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=8.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.340;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.719;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:828,0,670 chrV 63829 . T G 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.949;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQ0=3;MQRankSum=-2.743;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,16:65:43:43,0,1011 chrV 63847 . A C 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;QD=16.13;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:791,90,0 chrV 63934 . C T 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=3.240;QD=18.53;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:43:38:830,38,0 chrV 64152 . C A 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.740;DP=146;Dels=0.00;FS=13.403;HaplotypeScore=141.4687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,70:146:99:810,0,814 chrV 64213 . A G 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DP=76;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,58:76:99:919,0,162 chrV 64237 . C T 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.730;DP=62;Dels=0.00;FS=8.319;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,45:62:99:801,0,244 chrV 64295 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=29;Dels=0.00;FS=3.696;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:250,0,223 chrV 64355 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DP=67;Dels=0.00;FS=10.600;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=9.45;ReadPosRankSum=2.893;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:663,0,657 chrV 64403 . C T 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.431;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:103:99:868,0,969 chrV 64421 . A T 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DP=110;Dels=0.00;FS=6.141;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.333;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:110:99:726,0,1180 chrV 64488 . A G 1154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.153;DP=124;Dels=0.00;FS=7.035;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.088;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,64:124:99:1184,0,1225 chrV 64639 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.999;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:59:99:513,0,466 chrV 64710 . T C 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;DP=118;Dels=0.00;FS=0.718;HaplotypeScore=10.5000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:118:99:1140,0,840 chrV 64760 . G A 1389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;DP=143;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.422;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,78:143:99:1419,0,1193 chrV 64919 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.918;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:477,0,504 chrV 65190 . A G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;DP=44;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:279,0,356 chrV 65210 . A G 293.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.574;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:323,0,188 chrV 65418 . G A 829.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.556;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:859,0,582 chrV 65424 . C T 774.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.976;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:63:99:804,0,448 chrV 65622 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=37;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.793;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:490,0,340 chrV 65697 . G C 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;DP=67;Dels=0.00;FS=2.797;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:611,0,511 chrV 65944 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=41;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:41:99:315,0,334 chrV 66105 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.069;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:408,0,694 chrV 66141 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.945;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.678;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:382,0,498 chrV 66168 . G A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=54;Dels=0.00;FS=1.610;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.927;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:365,0,366 chrV 66258 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;DP=50;Dels=0.00;FS=10.545;HaplotypeScore=4.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:263,0,420 chrV 66738 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;DP=74;Dels=0.00;FS=5.309;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.585;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:732,0,676 chrV 66817 . G T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:252,0,366 chrV 67018 . G C 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DP=101;Dels=0.00;FS=3.279;HaplotypeScore=52.2079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:101:99:851,0,920 chrV 67131 . A G 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.073;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=3.143;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:52:99:730,0,357 chrV 67159 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.566;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:521,0,607 chrV 67341 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=73;Dels=0.00;FS=4.629;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:748,0,876 chrV 68268 . A G 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DP=30;Dels=0.00;FS=15.828;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:235,0,276 chrV 68346 . A G 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:40:99:341,0,454 chrV 68379 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.801;DP=32;Dels=0.00;FS=4.266;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.803;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.113;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:265,0,386 chrV 68442 . C G 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=30;Dels=0.00;FS=5.469;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.097;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.476;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:141,0,221 chrV 68457 . C T 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=39;Dels=0.00;FS=7.160;HaplotypeScore=2.7568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.678;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:211,0,177 chrV 68472 . C T 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=47;Dels=0.00;FS=12.363;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.673;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,31:47:99:235,0,254 chrV 68475 . C T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=50;Dels=0.00;FS=12.280;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,35:50:99:238,0,232 chrV 68547 . G A 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=19.74;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1178,123,0 chrV 68643 . A G 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=19.47;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:695,78,0 chrV 68702 . C G 449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=14.48;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:54:482,54,0 chrV 68713 . G C 198.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=36;Dels=0.00;FS=6.275;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:228,0,167 chrV 68714 . C G 466 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=12.59;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:54:499,54,0 chrV 68718 . T G 280.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=39;Dels=0.00;FS=5.931;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.380;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:310,0,164 chrV 68798 . T G 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=34;Dels=0.00;FS=3.067;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:206,0,275 chrV 68910 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;DP=70;Dels=0.00;FS=15.238;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.906;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:575,0,743 chrV 68945 . G T 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.071;DP=86;Dels=0.00;FS=23.176;HaplotypeScore=3.5500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=3.112;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.649;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:86:99:709,0,854 chrV 68996 . G A 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=22.50;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2148,231,0 chrV 69059 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.780;DP=68;Dels=0.00;FS=11.688;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.509;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:68:99:529,0,782 chrV 69083 . T C 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:910,99,0 chrV 69184 . T C 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.512;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:102,0,121 chrV 69202 . T G 123.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:153,0,99 chrV 69208 . C T 83.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.52;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:113,0,116 chrV 69209 . A C 267 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.16;MQ0=0;QD=9.89;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:33:300,33,0 chrV 69229 . C T 263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=9.39;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:30:296,30,0 chrV 69251 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=38;Dels=0.00;FS=1.631;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:264,0,212 chrV 69310 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DP=71;Dels=0.00;FS=3.509;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.425;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:336,0,369 chrV 69459 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.713;DP=48;Dels=0.00;FS=18.665;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.588;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:48:99:355,0,343 chrV 69468 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;DP=43;Dels=0.00;FS=12.815;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.721;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:297,0,238 chrV 69568 . T G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=19;Dels=0.00;FS=9.745;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=11.90;ReadPosRankSum=1.141;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:58:256,0,58 chrV 69726 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:333,0,353 chrV 70005 . A G 310.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=42;Dels=0.00;FS=7.582;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.725;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:340,0,333 chrV 70335 . A C 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=60;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:58:99:758,0,184 chrV 70485 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;DP=29;Dels=0.00;FS=3.638;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.112;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:215,0,408 chrV 70531 . G A 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DP=22;Dels=0.00;FS=10.942;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:22:99:166,0,102 chrV 70685 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=35;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.271;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:35:99:276,0,343 chrV 70702 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.426;DP=42;Dels=0.00;FS=4.519;HaplotypeScore=5.1230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:402,0,416 chrV 70852 . T C 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.099;DP=46;Dels=0.00;FS=8.817;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=18.98;ReadPosRankSum=3.255;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:906,99,0 chrV 70912 . A G 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DP=39;Dels=0.00;FS=11.101;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:39:99:301,0,367 chrV 70954 . A G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.058;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:164,0,257 chrV 70969 . A C 436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=14.06;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:51:469,51,0 chrV 70986 . C T 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;DP=37;Dels=0.00;FS=4.803;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.315;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.414;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:135,0,341 chrV 70998 . C T 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=34;Dels=0.00;FS=5.284;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.612;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:92:92,0,316 chrV 71054 . G A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=41;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:41:99:145,0,414 chrV 71062 . C T 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;DP=53;Dels=0.00;FS=3.824;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.218;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:224,0,479 chrV 71182 . G C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DP=57;Dels=0.00;FS=5.279;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.002;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:504,0,302 chrV 71197 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=55;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=7.6722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.497;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:419,0,453 chrV 71279 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.418;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:581,0,556 chrV 71422 . A C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;DP=77;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.270;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:733,0,770 chrV 71485 . G A 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=104;Dels=0.00;FS=0.741;HaplotypeScore=3.4666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.340;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:104:99:832,0,933 chrV 71491 . T C 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.158;DP=103;Dels=0.00;FS=1.610;HaplotypeScore=5.0175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,57:103:99:876,0,906 chrV 71524 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.552;DP=97;Dels=0.00;FS=9.983;HaplotypeScore=5.8677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.545;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.074;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:758,0,849 chrV 71590 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.784;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.261;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.492;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:587,0,435 chrV 71593 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.116;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.829;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:599,0,444 chrV 71786 . C A 974.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.193;DP=94;Dels=0.00;FS=0.785;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.567;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:94:99:1004,0,705 chrV 71842 . T G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.698;DP=100;Dels=0.00;FS=0.752;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.205;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:758,0,970 chrV 71971 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DP=70;Dels=0.00;FS=1.999;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:618,0,624 chrV 72016 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:732,0,675 chrV 72037 . A C 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.543;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:92:99:673,0,792 chrV 72089 . A G 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.026;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.027;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:100:99:884,0,836 chrV 72232 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.462;DP=56;Dels=0.00;FS=6.907;HaplotypeScore=8.1205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.558;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:306,0,440 chrV 72249 . A G 219.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DP=54;Dels=0.00;FS=21.098;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.857;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:249,0,542 chrV 72306 . C G 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;DP=31;Dels=0.00;FS=1.503;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:255,0,189 chrV 72502 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DP=53;Dels=0.00;FS=7.985;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:504,0,387 chrV 72523 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;DP=41;Dels=0.00;FS=9.155;HaplotypeScore=3.5598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:327,0,377 chrV 72694 . T G 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.617;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:75:699,75,0 chrV 72800 . C G 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=19.84;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1045,114,0 chrV 72942 . C T 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=20.31;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1069,114,0 chrV 72990 . T G 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=21.43;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1897,207,0 chrV 73003 . T A 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=21.44;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1984,207,0 chrV 73131 . G A 2054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=23.08;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:89:99:2087,222,0 chrV 73422 . T C 2739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=19.43;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:2772,300,0 chrV 73464 . C A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=147;Dels=0.00;FS=5.614;HaplotypeScore=57.0670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=3.626;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,74:147:99:803,0,581 chrV 73467 . A T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=142;Dels=0.00;FS=2.307;HaplotypeScore=61.7142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.756;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,73:142:99:581,0,837 chrV 73592 . C T 2617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=20.45;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2650,276,0 chrV 73600 . G C 2499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=18.93;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2532,279,0 chrV 73670 . G A 1974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=20.35;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2007,210,0 chrV 73686 . C T 1879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=22.91;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1912,207,0 chrV 74271 . T G 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=24.12;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1263,141,0 chrV 74850 . T C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:203,0,325 chrV 74982 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=83;Dels=0.00;FS=10.477;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.629;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,24:83:99:208,0,1009 chrV 74994 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;DP=80;Dels=0.00;FS=17.884;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.956;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,27:80:99:295,0,1037 chrV 75225 . A G 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=55;Dels=0.00;FS=5.362;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=20.35;ReadPosRankSum=1.669;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1152,123,0 chrV 75516 . A C 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=19.09;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:644,69,0 chrV 75539 . T C 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.274;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:69:600,69,0 chrV 75589 . G A 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=16.80;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:1999,204,0 chrV 75594 . C T 2023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:130:99:2056,216,0 chrV 75731 . T G 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=18.85;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1522,165,0 chrV 75745 . A G 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=16.65;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1515,162,0 chrV 75860 . A C 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:106:99:1016,0,1165 chrV 76029 . A G 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=22.17;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1097,114,0 chrV 76078 . C T 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=21.70;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1270,132,0 chrV 76107 . G C 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DP=77;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.345;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:686,0,712 chrV 76232 . C A 2517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=21.51;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2550,273,0 chrV 76273 . A C 2797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=123;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=22.74;ReadPosRankSum=2.409;SB=-1.439e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:123:99:2830,309,0 chrV 76357 . A G 2308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=104;Dels=0.00;FS=5.257;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.532;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2341,261,0 chrV 76382 . A G 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=21.65;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1808,201,0 chrV 76386 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.364;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:82:99:357,0,1060 chrV 76472 . A G 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=21.39;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:69:99:1509,165,0 chrV 76636 . G A 2942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2975,309,0 chrV 76912 . A G 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.72;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1336,144,0 chrV 77032 . A G 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=60;Dels=0.00;FS=2.962;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=18.03;ReadPosRankSum=2.368;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1115,123,0 chrV 77098 . T C 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.06;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1065,120,0 chrV 77310 . G A 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=19.76;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1199,126,0 chrV 77423 . G T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.755;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:593,0,515 chrV 77444 . T C 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=21.67;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1528,162,0 chrV 77484 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=50;Dels=0.00;FS=3.905;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.966;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:373,0,384 chrV 77500 . G A 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=16.37;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:966,108,0 chrV 77558 . C T 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.48;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:96:935,96,0 chrV 77697 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=64;Dels=0.00;FS=3.549;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:458,0,703 chrV 77918 . C T 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.12;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1161,123,0 chrV 78396 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.544;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:416,0,346 chrV 78451 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:38:99:239,0,344 chrV 78595 . C G 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.43;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1075,117,0 chrV 78764 . G A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.963;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:250,0,290 chrV 78787 . C T 511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.25;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:57:544,57,0 chrV 78893 . T G 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:692,75,0 chrV 78895 . C G 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=18.25;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:690,75,0 chrV 79059 . T C 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=21.32;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1163,126,0 chrV 79095 . A G 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=5.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.670;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:313,0,438 chrV 79285 . A G 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=40;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=17.22;ReadPosRankSum=1.473;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:78:722,78,0 chrV 79309 . C T 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=20.41;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:584,60,0 chrV 79396 . C T 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=19.87;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:490,54,0 chrV 79416 . G A 429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=19.50;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:462,48,0 chrV 79508 . T A 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=14.97;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:991,105,0 chrV 79544 . T C 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=14.83;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:72:641,72,0 chrV 79549 . C T 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=16.26;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:69:651,69,0 chrV 79607 . G A 216.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;QD=7.71;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:27:249,27,0 chrV 79621 . C G 299 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.53;MQ0=0;QD=7.67;SB=-8.701e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:36:332,36,0 chrV 79626 . A G 309 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.64;MQ0=0;QD=8.13;SB=-8.701e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:36:342,36,0 chrV 79648 . C T 527 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.18;MQ0=0;QD=10.54;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:60:560,60,0 chrV 80081 . C T 5170.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=22.00;SB=-2.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,235:235:99:5170,547,0 chrV 80083 . C T 4986.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=21.58;SB=-2.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,231:231:99:4986,537,0 chrV 80096 . A G 4687.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=212;Dels=0.00;FS=3.969;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.258;SB=-2.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,211:212:99:4687,507,0 chrV 80182 . T C 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=22.81;ReadPosRankSum=1.497;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1379,150,0 chrV 80303 . T A 2536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.44;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2569,273,0 chrV 80437 . G C 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DP=64;Dels=0.00;FS=4.191;HaplotypeScore=7.0201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=20.30;ReadPosRankSum=1.677;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:1332,144,0 chrV 80485 . C T 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=21.44;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1341,138,0 chrV 80509 . G A 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=21.69;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1378,150,0 chrV 80557 . T G 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=1.553;QD=18.22;ReadPosRankSum=1.673;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1090,120,0 chrV 80633 . A G 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.41;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:870,93,0 chrV 80671 . G A 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=21.02;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:937,105,0 chrV 80717 . G A 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.80;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1094,117,0 chrV 80728 . C G 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=17.46;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:906,99,0 chrV 80737 . A G 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=17.14;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:890,99,0 chrV 81049 . C T 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=18.28;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:54:490,54,0 chrV 81181 . A G 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.694;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1554,171,0 chrV 81300 . A C 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.491;DP=121;Dels=0.00;FS=16.296;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.497;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.110;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:121:99:933,0,1449 chrV 81333 . T A 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=11.80;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:79:99:965,111,0 chrV 81356 . A G 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=19.33;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:922,99,0 chrV 81369 . T A 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=45;Dels=0.00;FS=1.579;HaplotypeScore=2.3696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.600;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.248;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:45:99:103,0,619 chrV 81593 . A T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;DP=57;Dels=0.00;FS=5.061;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.511;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:317,0,362 chrV 81713 . G A 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=19.75;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1277,132,0 chrV 82262 . T A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=32;Dels=0.00;FS=8.806;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.536;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:256,0,285 chrV 82641 . T A 2493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=20.60;ReadPosRankSum=2.408;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,119:121:99:2526,273,0 chrV 82782 . A G 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=56;Dels=0.00;FS=5.643;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=23.12;ReadPosRankSum=1.669;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:99:1328,144,0 chrV 82869 . A C 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=98;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,29:98:99:115,0,820 chrV 82875 . T G 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=110;Dels=0.00;FS=2.933;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=12.60;ReadPosRankSum=2.405;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:110:99:1419,156,0 chrV 82885 . T C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.319;DP=119;Dels=0.00;FS=2.476;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,43:119:99:284,0,1209 chrV 82923 . A T 3153 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=205;Dels=0.00;FS=3.319;HaplotypeScore=6.2851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=15.38;ReadPosRankSum=1.681;SB=-2.707e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,203:204:99:3186,330,0 chrV 82928 . G A 3432.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.00;MQ0=0;QD=15.67;SB=-2.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,218:219:99:3432,372,0 chrV 82932 . T C 1481.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.755;DP=231;Dels=0.00;FS=2.946;HaplotypeScore=12.4280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.036;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.409;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,121:231:99:1511,0,1409 chrV 82970 . A G 4991.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=257;Dels=0.00;FS=7.159;HaplotypeScore=17.7150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=19.42;ReadPosRankSum=2.430;SB=-3.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,255:257:99:4991,540,0 chrV 83036 . C T 1489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=132;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=4.8102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,80:132:99:1519,0,787 chrV 83038 . A C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DP=134;Dels=0.00;FS=1.446;HaplotypeScore=4.8102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.714;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,50:134:99:745,0,1386 chrV 83138 . G A 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=22.25;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1301,138,0 chrV 83167 . C T 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=17.10;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1264,135,0 chrV 83329 . G T 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=13.76;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:1836,204,0 chrV 83473 . G A 427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.35;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:48:460,48,0 chrV 83548 . C T 339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=13.04;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:39:372,39,0 chrV 83617 . T C 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:60:538,60,0 chrV 83692 . G A 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=18.06;ReadPosRankSum=1.625;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:66:629,66,0 chrV 83783 . T C 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;DP=48;Dels=0.00;FS=1.308;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.607;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:183,0,280 chrV 83919 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:29:99:295,0,229 chrV 84238 . G C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=44;Dels=0.00;FS=1.149;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.214;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:44:99:336,0,322 chrV 84562 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=37;Dels=0.00;FS=5.123;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=11.68;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:37:99:462,0,215 chrV 84797 . G A 336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=24.00;SB=-1.949e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39:369,39,0 chrV 84810 . A C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.350;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:198,0,187 chrV 85009 . G A 294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=19.60;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:327,36,0 chrV 85103 . A C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DP=28;Dels=0.00;FS=7.040;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=12.61;ReadPosRankSum=1.061;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,21:28:56:383,0,56 chrV 85219 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=44;Dels=0.00;FS=6.234;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:355,0,384 chrV 85317 . T C 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=19;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:125,0,192 chrV 85340 . G C 66.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=16;Dels=0.00;FS=9.249;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.573;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:96:96,0,185 chrV 85578 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;DP=50;Dels=0.00;FS=2.702;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.297;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:430,0,380 chrV 85693 . T C 296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=14.80;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:36:329,36,0 chrV 85780 . G A 81.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:111,0,257 chrV 85781 . A G 75.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.984;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.305;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:105,0,303 chrV 85782 . G A 260.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.82;MQ0=0;MQRankSum=3.239;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.391;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:290,0,142 chrV 85978 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DP=47;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:386,0,445 chrV 85986 . A C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=45;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:394,0,474 chrV 85999 . C A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:410,0,407 chrV 86770 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=48;Dels=0.00;FS=15.065;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.596;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:324,0,548 chrV 86861 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=65;Dels=0.00;FS=16.501;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.956;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.659;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:65:99:750,0,482 chrV 87182 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=60;Dels=0.00;FS=6.509;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,40:60:99:654,0,275 chrV 87323 . T C 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=19;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.211;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:151,0,99 chrV 87554 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DP=45;Dels=0.00;FS=1.245;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:443,0,285 chrV 87617 . G T 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.753;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:656,0,453 chrV 87749 . C G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.150;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:492,0,476 chrV 88286 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DP=55;Dels=0.00;FS=1.201;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:461,0,562 chrV 88595 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.834;DP=54;Dels=0.00;FS=2.329;HaplotypeScore=9.0582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.642;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:508,0,319 chrV 89263 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=40;Dels=0.00;FS=7.545;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:323,0,441 chrV 89480 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=43;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.645;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:393,0,331 chrV 89642 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.313;DP=85;Dels=0.00;FS=9.788;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:85:99:552,0,935 chrV 89944 . T G 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.534;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.137;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,83:196:99:1065,0,2376 chrV 89953 . G A 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;DP=211;Dels=0.00;FS=0.527;HaplotypeScore=14.5237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.386;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,94:211:99:1221,0,2217 chrV 90719 . C T 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=21.21;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1369,144,0 chrV 90720 . C T 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=21.47;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1407,144,0 chrV 90830 . A G 1575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=24.23;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1608,174,0 chrV 91322 . G A 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=22.92;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1385,144,0 chrV 91637 . C T 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.25;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1092,117,0 chrV 91715 . C T 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.48;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:977,102,0 chrV 91751 . G A 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=20.25;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:66:600,66,0 chrV 92201 . G A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=60;Dels=0.00;FS=6.550;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=8.75;ReadPosRankSum=3.028;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:555,0,649 chrV 92765 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=61;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=5.0222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:506,0,527 chrV 93797 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=63;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=2.988;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:601,0,585 chrV 93914 . T C 1474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.147;DP=145;Dels=0.00;FS=7.080;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.784;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,79:145:99:1504,0,1063 chrV 94126 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.829;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:290,0,684 chrV 94157 . G A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.397;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=3.151;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:67:99:771,0,318 chrV 94351 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.289;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:565,0,512 chrV 94535 . T C 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.583;DP=115;Dels=0.00;FS=1.553;HaplotypeScore=8.2425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.620;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,44:115:99:833,0,1452 chrV 94674 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.535;DP=65;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:667,0,544 chrV 95043 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=54;Dels=0.00;FS=10.015;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:384,0,600 chrV 95227 . A G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DP=28;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:349,0,213 chrV 95480 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.631;DP=45;Dels=0.00;FS=1.158;HaplotypeScore=1.4725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.471;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:351,0,467 chrV 96109 . C T 965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.54;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:998,108,0 chrV 96439 . G T 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.13;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1781,189,0 chrV 96763 . A G 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=75;Dels=0.00;FS=12.450;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.745;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:75:99:688,0,662 chrV 96835 . A T 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=105;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:105:99:927,0,935 chrV 96904 . T G 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.762;DP=120;Dels=0.00;FS=4.486;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.978;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.065;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:120:99:1198,0,1005 chrV 97322 . C T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.070;DP=79;Dels=0.00;FS=3.314;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:79:99:777,0,500 chrV 97416 . G A 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=18.03;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1133,120,0 chrV 97801 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=36;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.507;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:308,0,363 chrV 98574 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;DP=96;Dels=0.00;FS=6.544;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:767,0,925 chrV 98966 . T C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.592;DP=91;Dels=0.00;FS=0.783;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.328;QD=6.44;ReadPosRankSum=-2.619;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:91:99:616,0,980 chrV 98997 . C T 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=78;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=10.78;ReadPosRankSum=-1.610;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:78:99:871,0,473 chrV 99283 . G A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=115;Dels=0.00;FS=7.140;HaplotypeScore=6.0338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.910;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:115:99:975,0,1132 chrV 99314 . G A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DP=92;Dels=0.00;FS=0.785;HaplotypeScore=11.1292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.172;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:867,0,809 chrV 99441 . T G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;DP=103;Dels=0.00;FS=11.040;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.862;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:692,0,1036 chrV 99489 . T C 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.700;DP=145;Dels=0.00;FS=10.496;HaplotypeScore=11.4153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.565;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,66:145:99:1086,0,1087 chrV 99519 . A G 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=137;Dels=0.00;FS=2.211;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.044;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,69:137:99:997,0,961 chrV 99522 . G A 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=133;Dels=0.00;FS=1.393;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,70:133:99:952,0,982 chrV 100635 . T G 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.980;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.377;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:1026,0,862 chrV 101643 . T A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;DP=47;Dels=0.00;FS=3.739;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:440,0,440 chrV 103136 . A G 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=110;Dels=0.00;FS=17.580;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.859;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:110:99:881,0,829 chrV 103660 . A T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.409;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:606,0,535 chrV 103937 . A G 1147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:117:99:1177,0,1099 chrV 103985 . G A 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=73;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=10.2737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.707;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:761,0,584 chrV 104015 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.198;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:809,0,584 chrV 104404 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=77;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:807,0,483 chrV 104442 . T C 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.723;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.084;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:873,0,586 chrV 105054 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.750;DP=107;Dels=0.00;FS=0.747;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,42:107:99:625,0,1387 chrV 105743 . G A 3736.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=23.95;SB=-1.941e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3736,393,0 chrV 106896 . G A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=105;Dels=0.00;FS=17.480;HaplotypeScore=11.2122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:105:99:781,0,898 chrV 107341 . C G 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=19.52;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:853,90,0 chrV 107580 . G T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.212;DP=63;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:613,0,563 chrV 107830 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;DP=59;Dels=0.00;FS=1.046;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.159;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:486,0,594 chrV 109103 . A G 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=18.11;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1355,147,0 chrV 109146 . T C 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=15.12;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:87:819,87,0 chrV 109271 . C T 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=22.47;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1044,114,0 chrV 109342 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:350,0,399 chrV 109476 . G A 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.90;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:890,90,0 chrV 111431 . G A 4211.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=26.82;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:157:99:4211,442,0 chrV 112422 . A G 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.737;DP=136;Dels=0.00;FS=14.054;HaplotypeScore=8.0575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.467;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,65:136:99:1019,0,1210 chrV 112974 . A G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=84;Dels=0.00;FS=7.231;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:618,0,666 chrV 113148 . G A 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.867;DP=90;Dels=0.00;FS=4.009;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,54:90:99:866,0,624 chrV 113863 . C G 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.796;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:943,0,876 chrV 114633 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.488;DP=56;Dels=0.00;FS=8.187;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.841;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:541,0,420 chrV 115406 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.578;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:623,0,610 chrV 116053 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DP=40;Dels=0.00;FS=11.935;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:433,0,212 chrV 117072 . C T 2116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=19.41;SB=-1.418e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:108:99:2149,222,0 chrV 117134 . T C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=77;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=12.3866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:77:99:638,0,409 chrV 117343 . A G 1257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.859;DP=142;Dels=0.00;FS=8.910;HaplotypeScore=8.8461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.481;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,66:142:99:1287,0,1620 chrV 117705 . T A 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.14;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1213,123,0 chrV 117889 . C T 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.169;DP=78;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=10.4600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.924;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:780,0,642 chrV 118141 . A G 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;DP=78;Dels=0.00;FS=2.344;HaplotypeScore=11.2423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.525;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:78:99:464,0,757 chrV 118149 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.382;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.621;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:477,0,822 chrV 118257 . C G 1322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=154;Dels=0.00;FS=8.821;HaplotypeScore=3.0544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.375;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,98:154:99:1352,0,1047 chrV 118286 . T C 1824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=169;Dels=0.00;FS=25.955;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.007;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,109:169:99:1854,0,965 chrV 118304 . A G 3419.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.711;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,163:164:99:3419,372,0 chrV 118421 . T C 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;DP=69;Dels=0.00;FS=33.123;HaplotypeScore=7.4668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=17.33;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,56:69:49:1226,0,49 chrV 118464 . C T 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=72;Dels=0.01;FS=40.449;HaplotypeScore=15.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=14.06;ReadPosRankSum=1.086;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,52:71:99:1042,0,231 chrV 118511 . A G 1633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=143;Dels=0.00;FS=39.178;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.953;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.416;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,87:143:99:1663,0,819 chrV 118608 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.473;DP=75;Dels=0.00;FS=40.786;HaplotypeScore=6.7412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.919;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.293;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,59:75:99:421,0,254 chrV 118743 . G A 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=50;Dels=0.00;FS=6.606;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.231;SB=-2.988e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,42:50:55:712,0,55 chrV 119169 . T A 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:187,0,523 chrV 122096 . G T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=77;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=10.6171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:654,0,717 chrV 122351 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:444,0,455 chrV 122365 . T A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DP=69;Dels=0.01;FS=12.571;HaplotypeScore=9.7474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.364;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:540,0,425 chrV 123378 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.057;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:466,0,384 chrV 123803 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.834;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:55:99:415,0,600 chrV 124202 . C T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=75;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:669,0,399 chrV 124517 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=65;Dels=0.00;FS=3.494;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=7.57;ReadPosRankSum=-2.069;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:522,0,590 chrV 124766 . T C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.538;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:438,0,525 chrV 124970 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;DP=52;Dels=0.00;FS=3.023;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:426,0,322 chrV 125141 . A G 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=17.02;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1003,108,0 chrV 125211 . A T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=39;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:252,0,375 chrV 125221 . C G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:248,0,440 chrV 125279 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DP=42;Dels=0.00;FS=1.163;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.233;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:239,0,321 chrV 125368 . A T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=27;Dels=0.00;FS=6.085;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:283,0,202 chrV 126547 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=76;Dels=0.00;FS=14.857;HaplotypeScore=8.2425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.090;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:519,0,616 chrV 127024 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;DP=87;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:87:99:581,0,914 chrV 127042 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.211;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:86:99:641,0,875 chrV 127050 . A G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.440;DP=89;Dels=0.00;FS=1.767;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:634,0,962 chrV 127286 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.340;DP=138;Dels=0.00;FS=8.360;HaplotypeScore=14.2226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.595;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,56:138:99:847,0,1357 chrV 127516 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=38;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.941;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:304,0,177 chrV 127548 . G T 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=38;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=2.7510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:345,0,263 chrV 127687 . G C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=60;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.608;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:412,0,534 chrV 128035 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:387,0,249 chrV 128750 . C T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=68;Dels=0.00;FS=26.348;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:809,0,507 chrV 128953 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DP=63;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.929;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:474,0,602 chrV 129112 . C T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.169;DP=67;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,46:67:99:834,0,355 chrV 129286 . C T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=62;Dels=0.00;FS=2.293;HaplotypeScore=5.4752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:62:99:258,0,649 chrV 129322 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;DP=68;Dels=0.00;FS=2.129;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:502,0,769 chrV 129481 . C T 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.242;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1009,0,743 chrV 129523 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.021;DP=81;Dels=0.00;FS=5.799;HaplotypeScore=8.1824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.590;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:81:99:921,0,576 chrV 129628 . A G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;DP=48;Dels=0.00;FS=9.560;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:306,0,388 chrV 130108 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.630;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:401,0,699 chrV 130174 . T C 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=20.50;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1550,171,0 chrV 130380 . T C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=79;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=7.5964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.231;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:765,0,745 chrV 130887 . G A 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=20.71;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:675,75,0 chrV 131173 . C A 405.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.925;DP=87;Dels=0.00;FS=26.667;HaplotypeScore=3.7314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.953;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:87:99:435,0,1128 chrV 131177 . A C 370.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.198;DP=89;Dels=0.00;FS=24.329;HaplotypeScore=6.2753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.340;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.082;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:89:99:400,0,1238 chrV 131211 . G C 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;DP=77;Dels=0.00;FS=38.568;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.783;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,51:77:99:1085,0,332 chrV 131352 . A G 1105.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;DP=89;Dels=0.00;FS=71.442;HaplotypeScore=9.6420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=5.348;QD=12.42;ReadPosRankSum=2.980;SB=-5.214e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,57:89:13:1138,13,0 chrV 131667 . C T 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=119;Dels=0.00;FS=2.585;HaplotypeScore=9.2172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,54:119:99:886,0,1178 chrV 131751 . G A 2442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.033;DP=259;Dels=0.00;FS=3.716;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,128:259:99:2472,0,2628 chrV 132445 . G T 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=14;Dels=0.00;FS=10.710;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:63:63,0,148 chrV 132588 . G A 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=0.51;ReadPosRankSum=-3.478;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:55:58:58,0,810 chrV 132767 . T A 304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=20.27;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:337,36,0 chrV 132795 . A G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DP=27;Dels=0.00;FS=11.146;HaplotypeScore=6.5566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.130;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.704;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:215,0,240 chrV 133048 . T C 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;DP=67;Dels=0.00;FS=5.207;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:67:99:527,0,393 chrV 133078 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=55;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.571;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:351,0,437 chrV 133566 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=49;Dels=0.00;FS=1.183;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:49:99:492,0,323 chrV 133592 . A C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DP=37;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=2.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.475;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:407,0,297 chrV 134484 . G A 2354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=23.54;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2387,255,0 chrV 134580 . A G 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.961;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.233;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:745,0,818 chrV 134795 . T C 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=5.195;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.652;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:87:809,87,0 chrV 134805 . C T 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=18.66;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:910,93,0 chrV 134844 . T G 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=17.44;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1341,144,0 chrV 135505 . T C 1228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;DP=92;Dels=0.00;FS=19.805;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.375;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,57:92:99:1258,0,525 chrV 135537 . C G 2354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2387,255,0 chrV 135550 . T C 1971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.19;MQ0=0;QD=21.66;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2004,210,0 chrV 135609 . G T 198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.64;MQ0=2;QD=7.33;SB=-4.902e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:26:30:231,30,0 chrV 135610 . A G 187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=27;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.64;MQ0=2;MQRankSum=-1.723;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.246;SB=-4.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:30:220,30,0 chrV 135621 . G A 223.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.31;MQ0=5;QD=10.62;SB=-2.368e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:27:256,27,0 chrV 135624 . T G 214.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.31;MQ0=5;QD=10.19;SB=-2.368e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:27:247,27,0 chrV 135629 . T G 225.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=7;QD=10.71;SB=-2.272e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:21:27:258,27,0 chrV 135630 . G A 235.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=7;QD=11.19;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,14:21:27:268,27,0 chrV 135655 . T A 85.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.76;MQ0=10;QD=5.34;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:16:12:118,12,0 chrV 135778 . A T 301 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.85;MQ0=4;QD=7.34;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:41:36:334,36,0 chrV 135896 . C T 1072 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.733;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.85;MQ0=7;MQRankSum=-0.067;QD=18.17;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:59:95:1105,95,0 chrV 135929 . T C 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=1;MQRankSum=0.671;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.559;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1260,116,0 chrV 136024 . T C 2382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=25.34;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2415,252,0 chrV 136113 . C T 1745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=136;Dels=0.00;FS=4.489;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.398;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,92:136:99:1775,0,744 chrV 136262 . G A 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=9.62;SB=-1.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:148:99:1467,153,0 chrV 136376 . C T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.984;DP=90;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=6.7226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.073;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:90:99:686,0,947 chrV 136419 . T A 2691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=111;Dels=0.00;FS=5.013;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=24.24;ReadPosRankSum=1.670;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2724,276,0 chrV 136461 . C G 2765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=23.24;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:119:99:2798,303,0 chrV 136509 . A T 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.195;DP=119;Dels=0.00;FS=3.257;HaplotypeScore=107.5376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=2.468;QD=0.13;ReadPosRankSum=-4.681;SB=-7.776e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:110,9:119:6:47,6,0 chrV 136691 . C T 1757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=24.07;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1790,192,0 chrV 136730 . G A 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=25.20;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1822,189,0 chrV 136755 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;DP=94;Dels=0.00;FS=10.265;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.727;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:644,0,783 chrV 137525 . A G 2950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=23.79;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.530e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:124:99:2983,327,0 chrV 137752 . C T 2195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=103;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=9.8949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=21.31;ReadPosRankSum=0.866;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2228,246,0 chrV 137844 . G A 2351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=21.18;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2384,255,0 chrV 137916 . G A 2698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=24.31;SB=-1.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2731,285,0 chrV 138269 . T C 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=82;Dels=0.00;FS=8.671;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.604;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:1623,180,0 chrV 138369 . A G 2327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=20.59;ReadPosRankSum=1.701;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:113:99:2360,255,0 chrV 138567 . G A 2398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=23.28;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2431,258,0 chrV 138640 . G A 2863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=25.34;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2896,303,0 chrV 138653 . T C 2627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2660,291,0 chrV 138659 . A G 2520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1.470e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2553,282,0 chrV 138936 . T C 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.291;DP=99;Dels=0.00;FS=3.753;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQ0=0;MQRankSum=4.781;QD=7.01;ReadPosRankSum=3.469;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:724,0,841 chrV 139176 . G T 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=20.07;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1518,159,0 chrV 139269 . A C 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;QD=21.16;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:943,102,0 chrV 139492 . T G 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=23.70;ReadPosRankSum=2.362;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1360,144,0 chrV 139659 . A G 408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=17.74;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:441,48,0 chrV 140032 . T C 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.106;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:53:53,0,205 chrV 140109 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:283,0,195 chrV 140235 . G A 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=12;Dels=0.00;FS=11.761;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.904e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:78:163,0,78 chrV 140298 . G A 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=27;Dels=0.00;FS=4.314;HaplotypeScore=3.1104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=18.04;ReadPosRankSum=0.193;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:36:520,36,0 chrV 140379 . G T 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=19.55;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1206,132,0 chrV 140430 . T A 997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=16.34;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1030,108,0 chrV 140458 . A T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DP=50;Dels=0.00;FS=2.739;HaplotypeScore=7.1225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.290;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:321,0,339 chrV 140700 . C T 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=18.76;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:746,78,0 chrV 141117 . A G 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=6.398;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.660;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:96:868,96,0 chrV 141189 . G A 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=20.98;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1397,150,0 chrV 141251 . G T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.388;DP=78;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:775,0,571 chrV 141485 . G A 1532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=22.20;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1565,162,0 chrV 141527 . T C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;DP=61;Dels=0.00;FS=2.200;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:496,0,491 chrV 141536 . G T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.225;DP=68;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=6.5111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:438,0,643 chrV 141779 . T C 1825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=22.26;ReadPosRankSum=1.690;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1858,198,0 chrV 142188 . C T 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=22.03;ReadPosRankSum=1.030;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1663,180,0 chrV 142227 . C T 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=20.74;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1132,123,0 chrV 142528 . G C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.935;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:480,0,487 chrV 142607 . C A 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.10;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:877,90,0 chrV 143292 . A G 362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.62;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:42:395,42,0 chrV 143305 . A G 269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.21;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:33:302,33,0 chrV 143606 . T A 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=7.853;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=21.15;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1344,150,0 chrV 143676 . C T 1771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.60;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1804,189,0 chrV 144159 . C T 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=26.07;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1780,183,0 chrV 144265 . T C 2939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=24.29;ReadPosRankSum=1.674;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:121:99:2972,324,0 chrV 144521 . A G 1887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=18.68;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:1920,204,0 chrV 145503 . A G 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.45;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:56:99:1234,132,0 chrV 146273 . T C 2310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=20.44;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2343,249,0 chrV 146300 . G T 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1745,183,0 chrV 146442 . C T 2146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2179,225,0 chrV 146906 . A G 1982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=23.88;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2015,216,0 chrV 147672 . C T 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=21.15;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1831,201,0 chrV 148485 . T C 3397.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=151;Dels=0.00;FS=7.137;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=22.50;ReadPosRankSum=1.709;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:151:99:3397,369,0 chrV 148773 . A G 2466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.71;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2499,282,0 chrV 149372 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;DP=38;Dels=0.00;FS=5.431;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.253;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:268,0,433 chrV 150005 . C T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.529;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:62:99:674,0,449 chrV 150086 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DP=76;Dels=0.00;FS=2.281;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:525,0,683 chrV 150239 . A C 1785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.51;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1818,195,0 chrV 150922 . A G 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=18.94;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:923,99,0 chrV 151707 . A G 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=24.30;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1807,192,0 chrV 151918 . T C 1591 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=19.40;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1624,177,0 chrV 152071 . A T 432.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=14.90;ReadPosRankSum=-2.776;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:462,0,171 chrV 152132 . C A 1973 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=24.06;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2006,210,0 chrV 152148 . G A 379.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.028;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,33:91:99:409,0,1284 chrV 152206 . G A 1355 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=20.22;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1388,144,0 chrV 152275 . T C 1582 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=23.26;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1615,177,0 chrV 152297 . A G 1175 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=21.76;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1208,135,0 chrV 152563 . C A 2306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2339,246,0 chrV 152574 . A G 2016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=20.36;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2049,222,0 chrV 153075 . C A 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=27.42;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1843,189,0 chrV 153129 . A C 1427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=24.19;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1460,156,0 chrV 153175 . A T 638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.72;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:671,72,0 chrV 153551 . A G 2240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=23.09;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:97:99:2273,249,0 chrV 153840 . G A 3987.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.76;SB=-1.971e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3987,415,0 chrV 153989 . G T 1765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=22.63;ReadPosRankSum=1.597;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:78:99:1798,171,0 chrV 154060 . C T 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:94:99:712,0,889 chrV 154091 . G T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=99;Dels=0.00;FS=10.308;HaplotypeScore=18.9283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:776,0,710 chrV 154354 . T C 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=19.09;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1045,114,0 chrV 154390 . C G 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=19.98;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1112,120,0 chrV 154437 . C A 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1704,177,0 chrV 154531 . T A 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.97;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1683,183,0 chrV 154915 . A C 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.28;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1416,153,0 chrV 155585 . C T 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=24.52;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1406,147,0 chrV 155613 . A T 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=25.78;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1528,159,0 chrV 155918 . G T 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=17.18;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:978,108,0 chrV 155956 . C T 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=18.81;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1406,156,0 chrV 155964 . T C 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=19.20;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1588,168,0 chrV 155979 . A G 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1584,171,0 chrV 156083 . A G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.811;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:393,0,148 chrV 156540 . T G 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=15.16;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:75:715,75,0 chrV 156762 . T C 2067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=23.76;ReadPosRankSum=1.692;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:2100,228,0 chrV 157149 . G A 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=23.09;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1811,192,0 chrV 157238 . G A 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.17;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1580,165,0 chrV 157279 . T C 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=23.77;ReadPosRankSum=1.582;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1673,186,0 chrV 157328 . A T 2416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=24.40;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2449,252,0 chrV 157488 . C T 830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=18.04;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:863,93,0 chrV 157503 . A G 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=22.00;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:913,99,0 chrV 157726 . A G 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.92;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:966,105,0 chrV 157769 . A G 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.88;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1227,135,0 chrV 157792 . A G 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.65;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1241,135,0 chrV 158171 . G A 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=16.88;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:725,78,0 chrV 158386 . T C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=19.54;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1088,120,0 chrV 158690 . G A 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=18.14;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:686,72,0 chrV 158705 . A G 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=19.97;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:772,84,0 chrV 159092 . A G 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=19.37;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:924,102,0 chrV 159381 . T C 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=18.84;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:81:749,81,0 chrV 159422 . T C 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=22.61;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:960,102,0 chrV 159475 . C A 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=18.92;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1187,126,0 chrV 159570 . A G 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=19.41;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1023,111,0 chrV 159624 . G A 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=22.74;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1011,108,0 chrV 159810 . G A 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.95;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:974,102,0 chrV 159875 . A G 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=23;Dels=0.00;FS=5.166;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=21.48;ReadPosRankSum=1.583;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:57:527,57,0 chrV 160010 . T C 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=14.93;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:78:720,78,0 chrV 160020 . G A 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=14.00;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:75:677,75,0 chrV 160038 . T A 731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=15.55;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:84:764,84,0 chrV 160192 . A C 1890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=20.32;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1923,207,0 chrV 160282 . C T 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=22.73;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1488,159,0 chrV 160481 . G A 3751.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.44;SB=-2.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,159:160:99:3751,414,0 chrV 160729 . T C 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.03;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1615,180,0 chrV 160912 . T C 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.19;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:87:796,87,0 chrV 161110 . T C 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=22.84;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1061,114,0 chrV 161191 . G A 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=18.54;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:923,99,0 chrV 161419 . C T 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.43;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1450,150,0 chrV 161770 . T C 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.52;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1159,123,0 chrV 161933 . A G 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=24.24;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:81:736,81,0 chrV 162008 . T C 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=19.89;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:84:789,84,0 chrV 162250 . T C 688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=38;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=3.9461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=1.641;QD=18.11;ReadPosRankSum=1.459;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:78:721,78,0 chrV 162251 . G A 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=37;Dels=0.00;FS=3.921;HaplotypeScore=3.9461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=19.84;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:81:767,81,0 chrV 162656 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:572,0,630 chrV 165100 . A T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.880;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:806,0,1065 chrV 165294 . G A 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.31;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2331,246,0 chrV 165458 . A G 1128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.396;DP=132;Dels=0.00;FS=11.436;HaplotypeScore=9.7748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=2.074;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:132:99:1158,0,1436 chrV 165526 . G A 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DP=109;Dels=0.00;FS=0.762;HaplotypeScore=6.4962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.561;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:909,0,1041 chrV 165547 . T G 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=106;Dels=0.00;FS=2.582;HaplotypeScore=7.4233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.952;QD=18.91;ReadPosRankSum=2.837;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:106:99:2037,225,0 chrV 165567 . G A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=20.34;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1925,201,0 chrV 165924 . G A 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.68;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:1942,210,0 chrV 166110 . G A 2618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=22.57;SB=-1.332e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2651,276,0 chrV 166858 . T C 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.146;DP=97;Dels=0.00;FS=5.703;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.184;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,55:97:99:983,0,663 chrV 166861 . C T 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=93;Dels=0.00;FS=2.844;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.798;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:93:99:633,0,986 chrV 167040 . C T 1264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.501;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.568;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,69:144:99:1294,0,1393 chrV 167329 . A C 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.161;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:106:99:923,0,955 chrV 167374 . C T 1238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.540;DP=130;Dels=0.00;FS=2.224;HaplotypeScore=16.1834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,69:130:99:1268,0,940 chrV 167641 . A C 3171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.49;SB=-1.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3204,348,0 chrV 168779 . C T 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1463,156,0 chrV 168930 . G A 2318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=108;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=8.8569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2351,252,0 chrV 169005 . A G 2256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.297e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2289,249,0 chrV 169109 . C T 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=21.20;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2089,216,0 chrV 169164 . G A 1850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=19.68;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1883,207,0 chrV 169269 . A C 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.053;DP=76;Dels=0.00;FS=2.152;HaplotypeScore=7.4364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.236;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,47:76:99:822,0,488 chrV 169431 . C T 2201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=22.46;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2234,234,0 chrV 169452 . G A 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=20.80;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2175,228,0 chrV 169464 . T C 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=19.20;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1972,213,0 chrV 169611 . A G 1936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=87;Dels=0.00;FS=10.959;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=22.25;ReadPosRankSum=2.337;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:1969,216,0 chrV 169674 . T C 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.23;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2147,231,0 chrV 169761 . A G 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.64;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1867,198,0 chrV 170228 . C A 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=100;Dels=0.00;FS=6.319;HaplotypeScore=4.9802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.777;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:100:99:994,0,624 chrV 170319 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=51;Dels=0.00;FS=1.068;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.915;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:419,0,465 chrV 170635 . T A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.336;DP=42;Dels=0.00;FS=1.172;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.505;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:192,0,355 chrV 170706 . C T 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=104;Dels=0.00;FS=4.344;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:763,0,800 chrV 171200 . T A 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1674,174,0 chrV 171287 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DP=51;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:509,0,356 chrV 171549 . A G 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.41;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1023,114,0 chrV 171809 . A T 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=25.26;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1397,147,0 chrV 171972 . G A 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.49;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:955,99,0 chrV 172094 . T G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;DP=76;Dels=0.00;FS=7.986;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.257;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:667,0,701 chrV 173217 . T G 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.23;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:776,84,0 chrV 173402 . C T 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=19.83;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1679,177,0 chrV 173562 . C T 2899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=24.99;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2932,309,0 chrV 173645 . C T 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=19.45;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1861,195,0 chrV 173841 . C T 3003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=25.67;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:3036,318,0 chrV 173889 . G A 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=18.97;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1721,189,0 chrV 173893 . C A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=17.86;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1605,168,0 chrV 173989 . A G 3290.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=23.84;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.763e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,137:138:99:3290,357,0 chrV 174633 . G A 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=18.22;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1582,171,0 chrV 174650 . C T 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=19.87;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1662,177,0 chrV 174784 . G T 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=15.56;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:78:702,78,0 chrV 174794 . A G 637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=14.81;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:75:670,75,0 chrV 174957 . G A 1890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=23.92;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1923,198,0 chrV 175045 . T G 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=69;Dels=0.00;FS=6.477;HaplotypeScore=7.8094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=19.51;ReadPosRankSum=2.379;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1379,150,0 chrV 175154 . A G 2606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=25.06;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2639,279,0 chrV 175314 . C G 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=21.18;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1219,135,0 chrV 175352 . A G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.01;MQ0=0;QD=14.14;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:69:641,69,0 chrV 175361 . G A 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.73;MQ0=0;QD=14.78;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:81:772,81,0 chrV 175373 . T G 638 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.02;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:72:671,72,0 chrV 175376 . C T 655 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.94;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:72:688,72,0 chrV 175379 . A G 608 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.94;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:69:641,69,0 chrV 175383 . T C 500 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.11;MQ0=0;QD=11.90;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:60:533,60,0 chrV 175384 . C A 557 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.08;MQ0=0;QD=12.66;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:63:590,63,0 chrV 175385 . T A 588 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;QD=13.07;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:66:621,66,0 chrV 175389 . T C 641 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=11.45;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:72:674,72,0 chrV 175491 . G A 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=17.18;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1253,129,0 chrV 175496 . T C 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=17.04;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1277,141,0 chrV 175565 . G A 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=11.56;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:96:900,96,0 chrV 175575 . A G 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.682;QD=11.72;ReadPosRankSum=1.682;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:90:842,90,0 chrV 175587 . T A 616 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.79;MQ0=0;QD=11.20;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:72:649,72,0 chrV 175593 . T A 447 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=8.94;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:54:480,54,0 chrV 175595 . T C 519 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=10.38;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:60:552,60,0 chrV 175646 . A T 316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.94;MQ0=0;QD=6.45;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:36:349,36,0 chrV 175655 . C T 234.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=5.71;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:27:267,27,0 chrV 175674 . T C 249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.49;MQ0=0;QD=5.53;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:30:282,30,0 chrV 175700 . T C 247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.11;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=5.26;ReadPosRankSum=2.345;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:30:280,30,0 chrV 175772 . T C 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=1.887;QD=20.14;ReadPosRankSum=2.234;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1181,129,0 chrV 175840 . T C 2592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=23.35;ReadPosRankSum=2.383;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:2625,282,0 chrV 176447 . A G 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=18.09;ReadPosRankSum=2.384;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:78:99:1444,156,0 chrV 176969 . C G 3908.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.12;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:169:99:3908,423,0 chrV 177073 . G A 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=19.85;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2276,240,0 chrV 177079 . G A 2447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=20.39;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2480,264,0 chrV 177138 . G C 2248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=18.73;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2281,249,0 chrV 177351 . C T 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.15;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1141,114,0 chrV 177453 . T A 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=18.31;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:802,84,0 chrV 177489 . T C 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.29;MQ0=0;QD=15.86;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:66:620,66,0 chrV 177849 . G A 3337.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=24.54;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:3337,363,0 chrV 178044 . A G 1216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=14.83;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1249,132,0 chrV 178287 . T C 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=19.78;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1398,153,0 chrV 178671 . T A 1764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.00;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1797,201,0 chrV 178691 . G A 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=18.37;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:98:99:1833,207,0 chrV 178728 . T A 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=18.33;ReadPosRankSum=1.640;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1408,150,0 chrV 178729 . A C 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=18.19;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1379,150,0 chrV 178786 . T C 2477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2510,273,0 chrV 178894 . T G 2587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=125;Dels=0.00;FS=11.324;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=20.70;ReadPosRankSum=2.847;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:125:99:2620,288,0 chrV 179014 . A G 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=17.32;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1505,165,0 chrV 179020 . A G 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.344;DP=80;Dels=0.00;FS=8.951;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.174;QD=17.61;ReadPosRankSum=3.344;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:80:99:1442,159,0 chrV 179042 . G A 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=15.30;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1058,111,0 chrV 179058 . A C 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.65;MQ0=0;QD=14.59;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:996,111,0 chrV 179137 . C T 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=19.52;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1712,180,0 chrV 179143 . G T 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=16.35;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:86:99:1439,153,0 chrV 179334 . T C 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=23.31;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1455,159,0 chrV 179359 . C T 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=22.20;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1365,147,0 chrV 179485 . A G 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=18.54;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1164,126,0 chrV 179488 . C A 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=18.90;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1148,120,0 chrV 179545 . A G 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=16.63;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1214,135,0 chrV 179605 . T C 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=24.25;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1561,171,0 chrV 179647 . T C 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=23.43;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1650,180,0 chrV 179788 . G A 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=17.72;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:93:848,93,0 chrV 179823 . C A 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=25.18;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1317,138,0 chrV 179843 . A G 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=58;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=5.2742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=23.36;ReadPosRankSum=1.672;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1388,150,0 chrV 180216 . A G 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.34;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1548,171,0 chrV 180460 . C T 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=19.44;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1394,147,0 chrV 181108 . C T 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=21.98;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1308,144,0 chrV 181135 . T C 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=21.82;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1233,135,0 chrV 181486 . G A 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=23.00;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2402,270,0 chrV 181705 . T C 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.36;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1311,138,0 chrV 182014 . A G 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=23.43;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1298,141,0 chrV 182044 . G C 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.21;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:1666,180,0 chrV 182242 . G A 3285.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=131;Dels=0.00;FS=3.111;HaplotypeScore=7.4676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=25.08;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-1.753e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:131:99:3285,339,0 chrV 182338 . T C 3153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=22.20;SB=-1.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:142:99:3186,351,0 chrV 182340 . A T 3444.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.871e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3444,355,0 chrV 182381 . A T 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1979,201,0 chrV 182701 . A G 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=22.17;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:964,102,0 chrV 183057 . C G 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=20.41;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:625,69,0 chrV 183309 . C A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=18.06;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1315,147,0 chrV 183424 . A G 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=23.61;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2111,237,0 chrV 183430 . G A 2188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=25.15;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2221,231,0 chrV 183549 . C T 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.63;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:644,69,0 chrV 183617 . A G 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=18.88;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1298,147,0 chrV 183864 . T C 589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=19.63;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:622,66,0 chrV 183869 . A G 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=18.00;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:573,63,0 chrV 183910 . C G 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:713,78,0 chrV 183957 . A G 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.15;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1344,150,0 chrV 184027 . A G 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.56;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:917,99,0 chrV 184268 . T C 1894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=21.28;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1927,210,0 chrV 184291 . A C 2008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=21.83;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2041,219,0 chrV 184684 . T C 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=20.51;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:997,108,0 chrV 185755 . C T 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=20.16;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:678,72,0 chrV 185983 . T C 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.20;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1165,126,0 chrV 186279 . G C 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=22.39;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1421,153,0 chrV 186424 . A G 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=57;Dels=0.00;FS=5.362;HaplotypeScore=6.7003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=20.77;ReadPosRankSum=1.606;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:57:99:1217,135,0 chrV 186591 . C T 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=19.37;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1641,171,0 chrV 186610 . C T 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.65;MQ0=0;QD=14.89;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1269,132,0 chrV 186622 . T C 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=14.26;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1302,141,0 chrV 186649 . A G 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=90;Dels=0.00;FS=5.692;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.693;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:90:99:1229,135,0 chrV 186791 . T G 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.91;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:99:929,102,0 chrV 187027 . T C 4253.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=25.02;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:170:99:4253,462,0 chrV 187071 . G T 2487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=27.03;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2520,255,0 chrV 187243 . G A 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=19.58;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1678,174,0 chrV 187252 . T C 1852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=19.29;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1885,204,0 chrV 187305 . G A 2121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=18.28;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2154,222,0 chrV 187309 . A C 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=17.44;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2108,219,0 chrV 187357 . G A 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=18.96;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1986,204,0 chrV 187406 . A G 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=20.29;ReadPosRankSum=1.676;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1311,141,0 chrV 187426 . A G 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.950;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.35;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=17.98;ReadPosRankSum=3.248;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:1094,117,0 chrV 187466 . G A 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=14.07;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:69:652,69,0 chrV 187482 . T A 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.634;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:60:567,60,0 chrV 187519 . T C 544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.81;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.634;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:63:577,63,0 chrV 187631 . A G 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=35;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=5.8866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.95;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.325;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:30:467,30,0 chrV 187642 . T C 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.47;MQ0=0;QD=15.48;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:51:451,51,0 chrV 187648 . G A 408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.47;MQ0=0;QD=15.11;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:48:441,48,0 chrV 187679 . C T 582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;QD=14.92;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:66:615,66,0 chrV 187705 . A G 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.20;MQ0=0;QD=16.79;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:688,75,0 chrV 187751 . A T 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;QD=18.12;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:758,78,0 chrV 187774 . T A 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;QD=14.22;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:54:488,54,0 chrV 187805 . C T 388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.09;MQ0=0;QD=12.93;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:45:421,45,0 chrV 187817 . T A 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.28;MQ0=0;QD=12.67;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:48:451,48,0 chrV 187824 . C G 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.90;MQ0=0;QD=13.29;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:54:485,54,0 chrV 187838 . A G 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.56;MQ0=0;QD=14.27;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:461,48,0 chrV 187860 . T C 510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.42;MQ0=0;QD=11.33;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:60:543,60,0 chrV 187885 . T C 536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.23;MQ0=0;QD=12.47;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:63:569,63,0 chrV 187916 . C T 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=9.19;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:45:373,45,0 chrV 187939 . A G 376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.49;MQ0=0;QD=8.95;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:45:409,45,0 chrV 188016 . T C 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=22.22;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:744,81,0 chrV 188018 . T C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=22.47;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:752,81,0 chrV 188040 . G A 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=18.09;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:72:666,72,0 chrV 188051 . C T 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.77;MQ0=0;QD=21.38;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:824,87,0 chrV 188144 . T C 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=18.14;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:813,87,0 chrV 188246 . G C 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=23.21;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1333,144,0 chrV 188310 . T C 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=25.89;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1250,132,0 chrV 188435 . A G 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=20.21;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:81:720,81,0 chrV 188732 . T C 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.77;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1035,111,0 chrV 188774 . G A 638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=19.94;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:671,69,0 chrV 188775 . C T 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=20.65;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:673,69,0 chrV 188873 . G A 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.90;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1872,198,0 chrV 189662 . A G 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=23.81;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:72:652,72,0 chrV 190070 . A G 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=15.21;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:72:672,72,0 chrV 190355 . C T 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.87;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1431,156,0 chrV 190835 . G A 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.61;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:713,81,0 chrV 192429 . C T 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=14.52;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:512,57,0 chrV 192719 . G A 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=21.00;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1167,126,0 chrV 193011 . T C 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.83;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:740,81,0 chrV 193525 . T C 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.40;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:501,54,0 chrV 193624 . T C 350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:42:383,42,0 chrV 193678 . A G 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.39;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:60:548,60,0 chrV 193876 . G A 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.51;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1345,141,0 chrV 193912 . C A 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=22.09;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1447,150,0 chrV 193997 . G A 728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=24.27;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:78:761,78,0 chrV 194101 . C A 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.14;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:520,54,0 chrV 194625 . T A 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=19.97;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1391,144,0 chrV 194646 . T G 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=17.77;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1188,129,0 chrV 194686 . A G 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=13.24;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:78:708,78,0 chrV 194840 . A G 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=22.03;ReadPosRankSum=1.628;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:87:760,87,0 chrV 194937 . G A 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.78;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:567,60,0 chrV 195529 . A G 688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.24;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:75:721,75,0 chrV 195746 . A G 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.67;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:849,93,0 chrV 195765 . A G 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.00;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:753,81,0 chrV 195830 . T G 536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=15.76;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:569,63,0 chrV 195872 . G C 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=13.26;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:51:484,51,0 chrV 195875 . T C 469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=13.79;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:54:502,54,0 chrV 195975 . T C 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=18.20;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:93:852,93,0 chrV 196106 . T C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=17.74;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:93:849,93,0 chrV 196131 . T C 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=16.07;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:84:756,84,0 chrV 196271 . C T 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=22.19;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1631,171,0 chrV 196352 . T C 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.78;MQ0=0;QD=11.40;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:60:523,60,0 chrV 196355 . T C 477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;QD=11.63;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:57:510,57,0 chrV 196385 . A G 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=9.33;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:54:481,54,0 chrV 196391 . G A 548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=10.75;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:63:581,63,0 chrV 196478 . T C 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=16.12;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:50:90:839,90,0 chrV 196526 . C T 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=19.24;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:668,69,0 chrV 196529 . A T 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.80;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:597,66,0 chrV 196554 . T C 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=14.68;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:72:635,72,0 chrV 196708 . G A 2798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=22.56;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:124:99:2831,312,0 chrV 196832 . C T 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=25.60;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1057,114,0 chrV 196881 . T C 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.32;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:792,87,0 chrV 196983 . T C 1993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=22.14;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2026,216,0 chrV 196986 . C T 2034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=23.93;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2067,219,0 chrV 197103 . T C 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=3.347;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1436,156,0 chrV 197145 . G A 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=24.66;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1562,162,0 chrV 197322 . A G 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=18.03;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:610,69,0 chrV 197352 . T C 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=19.13;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1028,114,0 chrV 197415 . A G 2060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=3.057;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:2093,234,0 chrV 197493 . G A 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.06;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1357,144,0 chrV 197649 . T C 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=58;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=19.95;ReadPosRankSum=2.277;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:58:99:1190,132,0 chrV 197724 . T C 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=21.01;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2071,219,0 chrV 197916 . C A 2295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=21.86;SB=-1.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:105:99:2328,252,0 chrV 198126 . G A 2121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.33;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:2154,222,0 chrV 198538 . T C 1555 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=19.68;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1588,174,0 chrV 198629 . A G 1085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.60;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1118,120,0 chrV 198667 . G T 1478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=24.63;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1511,159,0 chrV 198865 . A G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=25.33;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:69:641,69,0 chrV 199099 . C T 1832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.34;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1865,198,0 chrV 199206 . G C 2077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=23.60;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2110,225,0 chrV 199231 . C T 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=21.73;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2163,237,0 chrV 199252 . T C 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=19.24;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1899,207,0 chrV 199270 . A G 1771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=18.07;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1804,201,0 chrV 199328 . T C 2526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=22.35;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2559,273,0 chrV 199354 . G A 2954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.38;SB=-1.560e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2987,309,0 chrV 200053 . T C 2090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=22.23;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2123,234,0 chrV 200350 . C T 1785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=20.28;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1818,189,0 chrV 200851 . G A 2438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=23.44;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2471,261,0 chrV 202172 . T A 2688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2721,294,0 chrV 202232 . G A 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.11;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1094,114,0 chrV 202851 . C T 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=22.35;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:927,99,0 chrV 203211 . A G 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=15.36;ReadPosRankSum=1.485;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:75:678,75,0 chrV 203226 . T C 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;QD=14.33;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:87:778,87,0 chrV 203238 . C T 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=13.84;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:78:739,78,0 chrV 203277 . T C 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=5.082;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.673;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:930,102,0 chrV 203996 . A G 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=23.70;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:910,96,0 chrV 204069 . T C 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=23.51;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1185,126,0 chrV 204096 . A G 1203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=22.70;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1236,132,0 chrV 204137 . G T 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=21.52;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1152,120,0 chrV 205086 . T G 2012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.40;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:94:99:2045,216,0 chrV 206276 . T C 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=19.59;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:836,90,0 chrV 206288 . T C 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=16.86;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:775,87,0 chrV 206411 . G A 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=21.50;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1409,156,0 chrV 206666 . G T 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=25.51;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1436,156,0 chrV 206836 . G C 1700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=22.67;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1733,186,0 chrV 207285 . A C 2765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.60;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2798,297,0 chrV 207355 . T C 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=17.60;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1406,150,0 chrV 207576 . G A 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.15;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:797,84,0 chrV 208568 . C A 3218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=16.17;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:199:99:3251,375,0 chrV 208688 . T C 2492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=21.30;SB=-1.331e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2525,276,0 chrV 208703 . A G 3060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=21.25;SB=-1.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:144:99:3093,327,0 chrV 208850 . C G 5550.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=23.82;SB=-3.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,232:233:99:5550,606,0 chrV 209069 . G A 1923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=19.04;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:1956,222,0 chrV 209424 . A G 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=17.83;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1085,117,0 chrV 209778 . A G 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=19.70;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:821,87,0 chrV 209836 . G A 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=19.25;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1053,108,0 chrV 209849 . T C 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=51;Dels=0.00;FS=5.677;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=17.45;ReadPosRankSum=2.862;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:923,99,0 chrV 209903 . G T 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=18.26;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1567,165,0 chrV 209918 . G A 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=16.91;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1521,162,0 chrV 210140 . G T 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=23.86;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:892,93,0 chrV 210179 . G C 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=13.44;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:63:584,63,0 chrV 210347 . A G 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.72;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1419,150,0 chrV 210455 . G A 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=19.62;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:661,72,0 chrV 210469 . G A 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=21.10;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:687,72,0 chrV 210480 . G T 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=15.57;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:578,63,0 chrV 210504 . G A 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=17.23;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:481,51,0 chrV 210614 . C A 2383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=19.22;SB=-1.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2416,252,0 chrV 210793 . T C 503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=20.96;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:536,57,0 chrV 210833 . A G 532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=16.62;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:565,60,0 chrV 210930 . G T 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=22.60;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1886,198,0 chrV 210995 . G A 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=18.97;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1380,150,0 chrV 210996 . A G 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=18.82;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1388,156,0 chrV 211091 . T C 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.47;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1582,171,0 chrV 211245 . T A 620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=22.14;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:72:653,72,0 chrV 211340 . A G 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=17.70;ReadPosRankSum=1.571;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:87:794,87,0 chrV 211386 . C T 724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=21.29;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:757,81,0 chrV 211413 . G T 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=17.33;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:84:830,84,0 chrV 211419 . T C 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=20.61;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:940,102,0 chrV 211468 . T A 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DP=64;Dels=0.00;FS=15.022;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=17.83;ReadPosRankSum=3.195;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:1174,123,0 chrV 211502 . G A 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=24.40;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1497,159,0 chrV 211559 . G A 805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.18;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:838,93,0 chrV 211741 . T G 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=14.39;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:78:695,78,0 chrV 211760 . G A 594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=12.91;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:72:627,72,0 chrV 211770 . C A 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.24;MQ0=0;QD=11.32;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:57:497,57,0 chrV 212255 . C A 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=23.18;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1540,159,0 chrV 212373 . A C 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=18.26;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1019,111,0 chrV 212393 . G A 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=19.04;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1385,141,0 chrV 212430 . T C 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=100;Dels=0.00;FS=2.913;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=19.16;ReadPosRankSum=2.401;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:1949,210,0 chrV 212442 . C T 1859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.94;MQ0=0;QD=16.75;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1892,204,0 chrV 212499 . C A 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.97;MQ0=0;QD=13.59;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:2167,225,0 chrV 212506 . T C 2138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.958;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=12.96;ReadPosRankSum=2.958;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,162:165:99:2171,246,0 chrV 212585 . C A 2063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.67;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2096,222,0 chrV 212901 . A G 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=15.62;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1158,126,0 chrV 213076 . C T 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=16.94;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:66:592,66,0 chrV 213244 . G A 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=18.12;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1084,114,0 chrV 213423 . G A 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=22.82;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:786,81,0 chrV 213535 . A G 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=24.18;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:93:855,93,0 chrV 213822 . G A 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;QD=20.22;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1529,156,0 chrV 213865 . T A 195.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.75;MQ0=0;QD=2.91;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:24:228,24,0 chrV 213896 . T C 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:1376,150,0 chrV 214393 . C T 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=17.94;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1899,201,0 chrV 214752 . G T 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=17.93;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1001,111,0 chrV 214893 . C T 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.85;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1248,132,0 chrV 216589 . C G 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=19.87;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:828,90,0 chrV 217039 . T C 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=23.10;ReadPosRankSum=1.619;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1442,156,0 chrV 217294 . T A 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=20.38;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2010,207,0 chrV 218253 . A C 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.80;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1676,186,0 chrV 219873 . G A 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=22.72;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1760,183,0 chrV 220108 . C T 3122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=21.68;SB=-2.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:144:99:3155,322,0 chrV 220164 . T C 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=21.79;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2212,246,0 chrV 220674 . T G 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.13;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:688,75,0 chrV 220990 . T C 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=16.97;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:31:60:559,60,0 chrV 221810 . C A 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=22.37;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2091,213,0 chrV 221903 . T C 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=20.84;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:825,90,0 chrV 221992 . T G 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.89;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:411,45,0 chrV 222178 . T A 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.63;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1211,126,0 chrV 222207 . A G 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=19.75;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1455,159,0 chrV 222253 . G A 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=18.26;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1311,138,0 chrV 222592 . T A 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=21.01;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1672,174,0 chrV 223004 . G A 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=19.65;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1153,123,0 chrV 223180 . A C 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.472;DP=81;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.039;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:1345,147,0 chrV 223618 . A G 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=20.56;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1143,126,0 chrV 223768 . A G 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=17.98;ReadPosRankSum=1.410;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:87:806,87,0 chrV 224276 . A G 938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=4.221;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.452;QD=25.35;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:971,105,0 chrV 225229 . C T 990 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=17.37;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1023,120,0 chrV 225233 . G A 1186 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=19.77;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1219,123,0 chrV 225238 . G T 1079 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=17.40;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1112,129,0 chrV 225346 . A C 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:195,0,134 chrV 225419 . A G 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.653;QD=3.25;ReadPosRankSum=2.011;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:160,0,209 chrV 225493 . T G 115.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=36;Dels=0.00;FS=2.808;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.996;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:145,0,478 chrV 225494 . G A 677 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=19.34;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:710,78,0 chrV 225496 . A G 665 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=19.56;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:698,75,0 chrV 225499 . T C 620 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=18.24;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:653,72,0 chrV 225501 . G A 289.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.616;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:319,0,160 chrV 225668 . T G 562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=23.42;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:63:595,63,0 chrV 225774 . A G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.272;DP=59;Dels=0.00;FS=26.906;HaplotypeScore=38.2008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.463;QD=8.70;ReadPosRankSum=4.313;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:543,0,368 chrV 225778 . A G 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=18.72;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1100,120,0 chrV 225821 . G T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=96;Dels=0.00;FS=10.030;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.524;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:665,0,1129 chrV 225827 . C T 2389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=24.38;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2422,249,0 chrV 225849 . A G 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;DP=111;Dels=0.00;FS=19.220;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,47:111:99:721,0,1531 chrV 225875 . A G 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.505;DP=134;Dels=0.00;FS=22.022;HaplotypeScore=8.9276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,59:134:99:952,0,1465 chrV 225937 . A G 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=85;Dels=0.00;FS=26.986;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.865;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:953,0,727 chrV 226491 . C T 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=17.16;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1595,168,0 chrV 226500 . G A 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=16.49;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1534,159,0 chrV 226861 . C T 2208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=22.08;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2241,228,0 chrV 227640 . T C 2392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=21.55;ReadPosRankSum=1.354;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2425,247,0 chrV 228104 . A G 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=19.70;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1274,135,0 chrV 228468 . A G 2262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=91;Dels=0.00;FS=13.335;HaplotypeScore=5.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=24.86;ReadPosRankSum=2.369;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:2295,243,0 chrV 228601 . G A 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.33;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1462,156,0 chrV 229119 . A G 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=45;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=3.2358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=20.16;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:940,102,0 chrV 229595 . A G 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DP=62;Dels=0.00;FS=6.225;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.034;QD=22.77;ReadPosRankSum=2.887;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1445,156,0 chrV 229716 . C T 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=21.24;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:649,66,0 chrV 229778 . C T 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=19.73;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:48:467,48,0 chrV 230512 . A G 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=75;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=19.97;ReadPosRankSum=2.350;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:75:99:1531,168,0 chrV 231027 . A T 2834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=115;Dels=0.00;FS=7.462;HaplotypeScore=8.1717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=24.64;ReadPosRankSum=2.407;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:2867,303,0 chrV 231116 . G A 1716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=20.93;ReadPosRankSum=0.823;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:82:99:1749,167,0 chrV 231721 . G A 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.77;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1666,186,0 chrV 232364 . G C 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1787,195,0 chrV 233470 . G A 3020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=22.88;SB=-1.601e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:3053,318,0 chrV 233662 . T C 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.66;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1181,129,0 chrV 234239 . G A 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=21.12;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:96:941,96,0 chrV 234299 . T C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.92;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:849,93,0 chrV 234408 . A G 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.31;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1327,141,0 chrV 234626 . T C 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=23.79;ReadPosRankSum=1.534;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1698,180,0 chrV 234669 . G T 1574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=25.80;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1607,165,0 chrV 234749 . G A 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=26.36;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1219,123,0 chrV 234931 . G A 2444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=19.71;SB=-1.439e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2477,261,0 chrV 235302 . T C 2027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.57;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2060,216,0 chrV 235505 . C T 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.05;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1929,201,0 chrV 235773 . A G 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=6.255;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.641;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:96:869,96,0 chrV 236202 . A G 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=20.74;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1070,117,0 chrV 236637 . G A 498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=15.09;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:531,57,0 chrV 236672 . G A 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=16.41;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:755,78,0 chrV 237439 . A G 2207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=19.53;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2240,249,0 chrV 237481 . G C 2515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=21.68;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2548,279,0 chrV 238031 . G A 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=20.52;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1675,177,0 chrV 238084 . C T 2180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.44;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2213,228,0 chrV 238313 . G A 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=25.28;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1120,114,0 chrV 238917 . T A 2711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2744,303,0 chrV 239206 . T C 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=19.42;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1781,192,0 chrV 239875 . A G 2530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.59;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:112:99:2563,276,0 chrV 240029 . C G 1984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=21.11;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2017,219,0 chrV 240035 . T C 1829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=20.78;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1862,201,0 chrV 240100 . T G 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=96;Dels=0.00;FS=5.430;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=17.51;ReadPosRankSum=2.884;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:96:99:1714,186,0 chrV 240112 . G C 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=18.27;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:96:99:1787,195,0 chrV 240310 . C T 2437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.56;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2470,258,0 chrV 240371 . G T 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=20.51;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1510,156,0 chrV 240446 . G A 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=19.34;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1348,141,0 chrV 240598 . C T 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=22.04;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1135,120,0 chrV 240731 . G A 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=21.37;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:845,90,0 chrV 241047 . A G 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=14.17;ReadPosRankSum=1.634;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:57:529,57,0 chrV 241059 . G A 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.68;MQ0=0;QD=14.59;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:602,66,0 chrV 241084 . G A 638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=15.56;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:69:671,69,0 chrV 241109 . G A 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=16.10;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:87:822,87,0 chrV 241166 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;DP=60;Dels=0.00;FS=7.540;HaplotypeScore=8.8826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=2.586;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.015;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:415,0,621 chrV 241256 . A G 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.08;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1210,138,0 chrV 241358 . G A 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=21.41;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:911,93,0 chrV 241371 . A G 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=20.04;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:935,99,0 chrV 241573 . G A 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:215,0,161 chrV 241688 . T A 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=23.50;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:503,54,0 chrV 241698 . C T 402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=21.16;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:435,45,0 chrV 241759 . C T 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=22.56;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:755,78,0 chrV 241799 . C A 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=20.50;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:689,72,0 chrV 241800 . C G 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=19.62;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:661,72,0 chrV 241849 . G A 225.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.84;MQ0=0;QD=10.23;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:27:258,27,0 chrV 241868 . T A 142.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=40.5933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.04;MQ0=0;QD=5.26;SB=-8.914e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:18:175,18,0 chrV 241873 . T A 139.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.599;QD=4.22;ReadPosRankSum=2.787;SB=-8.914e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:18:172,18,0 chrV 241909 . T C 284.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.172;DP=60;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.512;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.275;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:314,0,418 chrV 241980 . G A 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=24.74;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1468,156,0 chrV 242043 . A G 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=25.29;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1095,114,0 chrV 242159 . T C 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.127;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:219,0,227 chrV 242167 . G A 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;QD=16.65;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:599,63,0 chrV 242244 . C T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=60;Dels=0.00;FS=7.515;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:599,0,472 chrV 242286 . G T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=22.75;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1307,138,0 chrV 242361 . C T 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1044,114,0 chrV 242413 . T C 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=19.17;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1068,114,0 chrV 242456 . A G 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=47;Dels=0.00;FS=3.297;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:78:729,78,0 chrV 242461 . T A 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;QD=18.98;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:925,96,0 chrV 242472 . T C 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=18.11;ReadPosRankSum=1.655;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:93:848,93,0 chrV 242752 . A G 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=53;Dels=0.00;FS=3.458;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=19.98;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:53:99:1092,120,0 chrV 242945 . C T 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=73;Dels=0.00;FS=3.461;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=20.59;ReadPosRankSum=0.854;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:1536,159,0 chrV 243107 . C T 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=19.64;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1192,123,0 chrV 243157 . A C 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.42;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1839,204,0 chrV 243299 . T C 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=20.45;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1117,120,0 chrV 243350 . A G 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=19.93;ReadPosRankSum=1.673;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1189,132,0 chrV 243372 . A G 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.097;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=21.61;ReadPosRankSum=2.185;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:57:99:1265,119,0 chrV 243452 . G A 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=52;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=21.62;ReadPosRankSum=1.199;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1157,100,0 chrV 243707 . A G 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=24;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=7.7112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=1.50;ReadPosRankSum=2.087;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:66:66,0,100 chrV 243719 . G T 118.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=7.38;SB=-2.214e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:18:151,18,0 chrV 243816 . A G 193.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.59;MQ0=0;QD=16.09;SB=-3.878e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:226,24,0 chrV 243825 . T C 185.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.93;MQ0=0;QD=13.22;SB=-4.041e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:24:218,24,0 chrV 243828 . G A 192.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.77;MQ0=0;QD=12.00;SB=-4.041e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:24:225,24,0 chrV 243885 . G A 195.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=0;QD=8.48;SB=-5.704e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:23:24:228,24,0 chrV 243892 . A T 221.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=11.05;SB=-5.902e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:27:254,27,0 chrV 243981 . G A 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=27.90;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93:898,93,0 chrV 244092 . A T 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=24.26;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:785,84,0 chrV 244113 . G A 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;QD=20.48;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:668,69,0 chrV 244116 . T C 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=16.07;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:515,54,0 chrV 244404 . T G 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=19.85;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:78:99:1581,174,0 chrV 244512 . G T 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=21.35;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:695,75,0 chrV 244596 . T C 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=15.55;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:87:826,87,0 chrV 244650 . C T 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=14.95;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:66:631,66,0 chrV 245552 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;DP=80;Dels=0.00;FS=11.825;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.174;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:802,0,459 chrV 245593 . G C 2294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.85;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2327,258,0 chrV 245855 . G C 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=21.44;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1705,186,0 chrV 245951 . C G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=80;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=8.1349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.292;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:572,0,766 chrV 246143 . G A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=58;Dels=0.00;FS=2.207;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.459;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:58:99:553,0,497 chrV 246194 . T C 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=17.27;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1432,162,0 chrV 246195 . C T 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=16.85;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1381,159,0 chrV 246282 . G A 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=92;Dels=0.00;FS=7.015;HaplotypeScore=8.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.792;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:92:99:846,0,759 chrV 246498 . A C 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=16.39;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84:787,84,0 chrV 246542 . C G 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=22.84;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1746,186,0 chrV 246588 . T C 2189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=20.08;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2222,243,0 chrV 246604 . T C 2402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:119:99:2435,267,0 chrV 246716 . C T 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.48;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:837,87,0 chrV 246845 . G C 2155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=24.21;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:89:99:2188,237,0 chrV 247147 . G A 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.55;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2016,216,0 chrV 247282 . T C 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=46;Dels=0.00;FS=7.626;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=19.57;ReadPosRankSum=2.231;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:46:99:933,102,0 chrV 247354 . G A 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=19.15;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1278,135,0 chrV 247516 . G A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.569;DP=79;Dels=0.00;FS=3.071;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:863,0,646 chrV 248286 . A G 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=24.60;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1337,150,0 chrV 248691 . T G 2350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=23.74;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2383,267,0 chrV 248794 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=81;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:652,0,869 chrV 248822 . A G 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1792,189,0 chrV 248843 . A G 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=92;Dels=0.00;FS=2.612;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=19.80;ReadPosRankSum=2.394;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:92:99:1855,201,0 chrV 248941 . A G 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=22.68;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1779,192,0 chrV 248998 . T C 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.82;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1699,183,0 chrV 249123 . G A 2424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=25.25;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2457,255,0 chrV 249376 . A G 2943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=24.52;SB=-1.504e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2976,321,0 chrV 249511 . T C 2396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=22.82;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2429,264,0 chrV 249543 . A G 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;DP=118;Dels=0.00;FS=4.597;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.558;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:118:99:869,0,1048 chrV 249550 . G A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.007;DP=117;Dels=0.00;FS=5.977;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.797;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:117:99:876,0,1159 chrV 249613 . C T 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=19.60;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:1993,216,0 chrV 249616 . T A 2033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=5.977;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=20.54;ReadPosRankSum=1.662;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2066,216,0 chrV 249629 . C T 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;QD=20.29;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1961,210,0 chrV 249705 . C A 3292.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;QD=23.86;SB=-1.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3292,351,0 chrV 249834 . T A 3504.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=22.32;ReadPosRankSum=1.710;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:157:99:3504,372,0 chrV 249909 . A C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,23:68:99:289,0,909 chrV 249919 . G C 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=53;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=42.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=18.19;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:997,108,0 chrV 250205 . C A 26.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.54;MQ0=0;QD=8.92;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:58,6,0 chrV 250453 . C T 1659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=168;Dels=0.00;FS=5.519;HaplotypeScore=22.6369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,88:168:99:1689,0,1569 chrV 250455 . A T 1565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=165;Dels=0.01;FS=6.784;HaplotypeScore=21.4152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=1.773;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.242;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,77:164:99:1595,0,1637 chrV 250528 . C A 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.137;DP=96;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=11.9849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:960,0,740 chrV 250573 . G A 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=24.51;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1577,165,0 chrV 250605 . T C 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=22.92;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1225,132,0 chrV 250625 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DP=46;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:46:99:227,0,634 chrV 250852 . G T 1493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=172;Dels=0.00;FS=6.879;HaplotypeScore=14.5079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.279;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,81:172:99:1523,0,1930 chrV 251006 . C G 2080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2113,225,0 chrV 251267 . C T 2316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=20.68;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2349,246,0 chrV 251279 . A G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DP=97;Dels=0.00;FS=0.769;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.947;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:97:99:793,0,912 chrV 251309 . G A 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=23.21;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:80:99:1890,201,0 chrV 251322 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=7.04;ReadPosRankSum=-2.121;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:537,0,685 chrV 251651 . C T 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=20.17;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1808,186,0 chrV 251721 . G A 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=23.36;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1575,162,0 chrV 251925 . T A 1252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.22;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:59:99:1285,141,0 chrV 252072 . G A 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.82;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:700,75,0 chrV 252103 . C A 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=19.93;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:631,66,0 chrV 252647 . A C 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=25.96;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1227,132,0 chrV 254274 . T A 3031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=21.20;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.708e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:143:99:3064,339,0 chrV 254379 . A G 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=49;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.250;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:431,0,393 chrV 254391 . G A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=18.66;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:854,90,0 chrV 255026 . A G 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;DP=140;Dels=0.00;FS=6.688;HaplotypeScore=17.4016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.496;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,61:140:99:1190,0,1568 chrV 255332 . C T 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.300;DP=157;Dels=0.00;FS=3.747;HaplotypeScore=7.4635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,75:157:99:1006,0,1354 chrV 255344 . G A 2966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=18.65;SB=-1.809e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,158:159:99:2999,321,0 chrV 255489 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=44;Dels=0.00;FS=11.649;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.919;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:449,0,357 chrV 256159 . T C 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=17.82;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:906,96,0 chrV 256289 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;DP=80;Dels=0.00;FS=3.199;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.347;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:753,0,659 chrV 256376 . T C 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.423;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.640;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:84:99:764,0,847 chrV 256632 . C T 1240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=121;Dels=0.00;FS=0.703;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,71:121:99:1270,0,928 chrV 256810 . A G 2277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=23.23;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2310,258,0 chrV 256999 . A G 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=101;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:757,0,856 chrV 258361 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;DP=73;Dels=0.00;FS=4.934;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.174;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:509,0,820 chrV 258489 . C T 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=71;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:71:99:673,0,481 chrV 258531 . G T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:85:99:635,0,690 chrV 258552 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.171;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.163;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:93:99:583,0,806 chrV 258579 . G A 1355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.592;DP=113;Dels=0.00;FS=3.636;HaplotypeScore=9.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=2.441;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.769;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,70:113:99:1385,0,570 chrV 258666 . G A 2652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.68;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2685,288,0 chrV 259303 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;DP=61;Dels=0.00;FS=3.570;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.902;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:497,0,589 chrV 259415 . C G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DP=74;Dels=0.00;FS=12.242;HaplotypeScore=6.2770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.340;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:525,0,750 chrV 259466 . T C 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DP=83;Dels=0.00;FS=2.379;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:791,0,683 chrV 259641 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=56;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.194;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:56:99:500,0,432 chrV 259696 . T G 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DP=80;Dels=0.00;FS=3.564;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.938;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.435;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:588,0,736 chrV 259719 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DP=101;Dels=0.00;FS=15.544;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.981;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.564;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:101:99:733,0,1030 chrV 259740 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=105;Dels=0.00;FS=33.615;HaplotypeScore=99.6277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.095;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:105:99:754,0,1151 chrV 259762 . T A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DP=150;Dels=0.00;FS=64.224;HaplotypeScore=15.0284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.616;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.641;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,52:150:99:726,0,1557 chrV 259785 . G A 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.017;DP=186;Dels=0.00;FS=24.869;HaplotypeScore=18.3878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,80:186:99:1164,0,2181 chrV 260054 . A G 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DP=103;Dels=0.00;FS=3.272;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.812;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:103:99:846,0,847 chrV 260078 . T C 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=21.54;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2402,264,0 chrV 260094 . C T 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.355;DP=109;Dels=0.00;FS=6.780;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.687;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.786;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:109:99:977,0,990 chrV 260120 . C T 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.709;DP=112;Dels=0.00;FS=6.517;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.371;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,61:112:99:1070,0,910 chrV 260269 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=52;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:386,0,565 chrV 260327 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:444,0,385 chrV 260511 . C T 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.90;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1180,123,0 chrV 260905 . C T 1459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=125;Dels=0.00;FS=3.377;HaplotypeScore=4.2243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.796;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,74:125:99:1489,0,964 chrV 261125 . T G 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=2.205;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.616;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:127:99:1017,0,1101 chrV 261193 . A T 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=19.98;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1731,177,0 chrV 261299 . C T 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=17.95;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:823,90,0 chrV 261315 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;DP=41;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.600;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.758;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:418,0,227 chrV 261338 . T A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=36;Dels=0.00;FS=8.505;HaplotypeScore=14.3198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:64:344,0,64 chrV 261345 . A C 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=16.74;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:66:619,66,0 chrV 261462 . T A 82.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.044;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:14:12:115,12,0 chrV 261787 . G A 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.70;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:654,69,0 chrV 261846 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=78;Dels=0.00;FS=7.753;HaplotypeScore=3.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.475;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.537;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:452,0,685 chrV 261965 . C T 1286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.064;DP=127;Dels=0.00;FS=1.793;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.133;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:127:99:1316,0,1092 chrV 262023 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=43;Dels=0.00;FS=2.619;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:300,0,360 chrV 262033 . T A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;DP=40;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.724;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.368;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:291,0,249 chrV 262042 . C T 600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=14.29;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:66:633,66,0 chrV 262066 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=34;Dels=0.00;FS=5.231;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=2.359;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:204,0,123 chrV 262133 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.881;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:542,0,330 chrV 262212 . A G 2588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:113:99:2621,279,0 chrV 262352 . G T 2039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=19.61;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2072,216,0 chrV 262462 . A T 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=18.44;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2061,225,0 chrV 262797 . T C 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=18.91;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1508,162,0 chrV 263456 . C T 637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=18.20;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:670,72,0 chrV 263549 . T C 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=22.17;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1186,126,0 chrV 263652 . T C 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DP=38;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=19.66;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:84:780,84,0 chrV 265533 . T C 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=20.71;ReadPosRankSum=1.655;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:965,108,0 chrV 265623 . C T 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=22.05;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1356,144,0 chrV 265690 . A G 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=20.30;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:906,99,0 chrV 265937 . T C 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=20.73;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63:572,63,0 chrV 266124 . T A 611.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.038;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=9.70;ReadPosRankSum=-4.162;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:641,0,680 chrV 266261 . T A 304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.60;MQ0=0;QD=13.82;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:337,39,0 chrV 266375 . A G 2576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=110;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=3.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=23.42;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2609,259,0 chrV 266605 . A G 146.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DP=67;Dels=0.00;FS=5.048;HaplotypeScore=6.2728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=-6.319;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.317;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:176,0,837 chrV 266608 . T G 86.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=57;Dels=0.00;FS=7.786;HaplotypeScore=6.2728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.493;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.921;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:57:99:116,0,750 chrV 266610 . T C 69.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DP=58;Dels=0.00;FS=7.786;HaplotypeScore=6.2728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-5.629;QD=1.19;ReadPosRankSum=2.023;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:58:99:99,0,763 chrV 266611 . A T 84.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.440;DP=58;Dels=0.00;FS=5.801;HaplotypeScore=7.2462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-5.832;QD=1.45;ReadPosRankSum=2.005;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:58:99:114,0,697 chrV 266614 . A G 78.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;DP=57;Dels=0.00;FS=7.892;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.463;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.103;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:108,0,823 chrV 266617 . T C 78.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=59;Dels=0.00;FS=12.181;HaplotypeScore=4.4617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQ0=0;MQRankSum=-5.743;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:108,0,749 chrV 266620 . G A 86.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=57;Dels=0.00;FS=11.823;HaplotypeScore=3.6296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQ0=0;MQRankSum=-6.150;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:116,0,693 chrV 266625 . C T 56.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.830;DP=55;Dels=0.00;FS=6.301;HaplotypeScore=3.6296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.677;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.103;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,18:55:86:86,0,744 chrV 266626 . A G 54.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;DP=54;Dels=0.00;FS=8.472;HaplotypeScore=3.6296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.669;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.209;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:84:84,0,759 chrV 266629 . T C 60.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=52;Dels=0.00;FS=4.531;HaplotypeScore=2.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=-6.009;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.273;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:90:90,0,705 chrV 266632 . A G 33.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;DP=52;Dels=0.00;FS=2.809;HaplotypeScore=1.8675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.75;MQ0=0;MQRankSum=-5.708;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.085;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:63:63,0,707 chrV 266644 . G A 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;DP=55;Dels=0.00;FS=4.842;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.929;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:85:85,0,724 chrV 266650 . A G 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;DP=60;Dels=0.00;FS=2.764;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.112;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:107,0,774 chrV 266854 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=37;Dels=0.00;FS=4.743;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.562;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:226,0,345 chrV 266991 . T C 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;DP=49;Dels=0.00;FS=2.410;HaplotypeScore=9.8147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:278,0,477 chrV 267133 . A G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:253,0,402 chrV 267136 . A C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:263,0,420 chrV 267318 . T C 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=1;QD=21.97;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1351,150,0 chrV 267350 . C T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=57;Dels=0.00;FS=2.293;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=1;MQRankSum=2.489;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:593,0,397 chrV 267518 . A T 214.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.760;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:244,0,550 chrV 267519 . C T 236.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.911;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:46:99:266,0,509 chrV 267523 . G C 258.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.514;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.911;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:46:99:288,0,508 chrV 267526 . G A 266.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.658;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:296,0,526 chrV 267673 . G A 2177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.92;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2210,234,0 chrV 267773 . A T 1247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.252;DP=130;Dels=0.00;FS=1.980;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:130:99:1277,0,1359 chrV 268219 . G A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.354;DP=93;Dels=0.00;FS=11.061;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.396;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:93:99:815,0,657 chrV 268231 . C T 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=16.78;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:87:99:1493,165,0 chrV 268451 . A C 3450.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=27.17;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:3450,372,0 chrV 268713 . C T 3617.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.47;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3617,378,0 chrV 268771 . A T 3525.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=21.49;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:3525,378,0 chrV 268978 . G T 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=19.44;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1044,111,0 chrV 269034 . A C 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=19.77;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1575,171,0 chrV 269057 . A G 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=17.24;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1533,165,0 chrV 269239 . T C 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=18.15;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:650,69,0 chrV 269894 . T C 2029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=95;Dels=0.00;FS=3.056;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=21.36;ReadPosRankSum=2.398;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:95:99:2062,222,0 chrV 269910 . G T 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=21.16;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1980,210,0 chrV 269950 . T C 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=19.05;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1119,120,0 chrV 270049 . A T 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=22.57;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1094,117,0 chrV 270213 . A T 2545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.524e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2578,267,0 chrV 270233 . T C 2132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=21.54;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2165,231,0 chrV 270466 . C A 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=16.51;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1651,168,0 chrV 270473 . T C 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=16.90;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:1993,213,0 chrV 271135 . T A 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=18.97;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1152,120,0 chrV 271156 . G A 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=20.75;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1444,150,0 chrV 271177 . C T 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=23.15;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1538,156,0 chrV 271202 . T C 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=20.98;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1397,150,0 chrV 271319 . T C 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.67;MQ0=0;QD=20.22;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1327,144,0 chrV 271332 . A G 1134 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.18;MQ0=0;QD=19.22;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1167,132,0 chrV 271333 . T A 1170 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.18;MQ0=0;QD=19.83;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1203,132,0 chrV 271334 . T C 1175 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.18;MQ0=0;QD=19.92;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1208,132,0 chrV 271367 . G A 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=0;QD=22.31;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1126,114,0 chrV 271374 . G A 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=19.86;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:907,96,0 chrV 271409 . G A 512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=14.22;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:57:545,57,0 chrV 271934 . T C 3484.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=25.25;ReadPosRankSum=1.707;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:138:99:3484,372,0 chrV 272025 . C T 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=23.07;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1786,192,0 chrV 272076 . A G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=100;Dels=0.00;FS=7.823;HaplotypeScore=12.1576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.604;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:100:99:878,0,927 chrV 272169 . T C 5244.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=221;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=23.73;ReadPosRankSum=1.701;SB=-2.932e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,219:221:99:5244,564,0 chrV 272259 . T C 4093.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=24.22;ReadPosRankSum=1.712;SB=-1.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,168:169:99:4093,441,0 chrV 272511 . C T 3010 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=20.90;SB=-1.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3043,321,0 chrV 272517 . T C 3053 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=159;Dels=0.00;FS=8.511;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=19.20;ReadPosRankSum=2.388;SB=-1.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,157:159:99:3086,330,0 chrV 272521 . G A 3038 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=18.52;SB=-1.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:3071,318,0 chrV 272655 . C A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;DP=50;Dels=0.00;FS=2.490;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.133;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:50:99:625,0,289 chrV 273721 . T A 3519.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=144;Dels=0.00;FS=2.789;HaplotypeScore=13.6093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=24.44;ReadPosRankSum=2.415;SB=-1.455e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:144:99:3519,364,0 chrV 274385 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DP=60;Dels=0.00;FS=2.238;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.830;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:60:99:443,0,386 chrV 274390 . C T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=56;Dels=0.00;FS=2.293;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:384,0,432 chrV 276619 . G T 1263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=19.43;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1296,144,0 chrV 276799 . A C 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.03;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1156,126,0 chrV 278705 . T G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.404;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:419,0,513 chrV 279543 . G A 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.546;DP=103;Dels=0.00;FS=3.694;HaplotypeScore=8.1614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=8.07;ReadPosRankSum=2.159;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:103:99:861,0,1087 chrV 279872 . A G 1268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=151;Dels=0.00;FS=11.931;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=8.40;ReadPosRankSum=-4.278;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,73:151:99:1298,0,1599 chrV 280130 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=90;Dels=0.00;FS=1.375;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.824;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:755,0,824 chrV 280968 . A G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=43;Dels=0.00;FS=2.675;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.937;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:282,0,349 chrV 281160 . G A 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.835;DP=92;Dels=0.00;FS=1.868;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.156;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1027,0,776 chrV 283424 . T C 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=92;Dels=0.00;FS=7.888;HaplotypeScore=3.5386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=15.80;ReadPosRankSum=2.044;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:1487,159,0 chrV 283533 . T G 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=22.70;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2099,225,0 chrV 286762 . G A 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=27.28;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1097,114,0 chrV 287527 . C T 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.74;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1443,150,0 chrV 288745 . A G 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.02;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1486,162,0 chrV 289034 . G A 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=21.76;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1295,138,0 chrV 289889 . G A 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;QD=17.12;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:75:718,75,0 chrV 290833 . G A 1826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.74;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1859,204,0 chrV 294112 . A G 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.56;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1068,117,0 chrV 294584 . A T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DP=71;Dels=0.00;FS=6.747;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:594,0,734 chrV 294714 . T G 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=18.13;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:67:99:1248,138,0 chrV 294839 . T A 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=99;Dels=0.00;FS=5.584;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.170;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:699,0,1005 chrV 295532 . A G 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;DP=33;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.200;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:166,0,382 chrV 296561 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=39;Dels=0.00;FS=4.987;HaplotypeScore=7.5989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.870;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:291,0,241 chrV 298190 . A G 486.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=10.13;ReadPosRankSum=-2.188;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:516,0,492 chrV 298538 . T C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=91;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.569;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:647,0,863 chrV 298743 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;DP=72;Dels=0.00;FS=6.312;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:408,0,897 chrV 300738 . G A 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:278,0,676 chrV 300750 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=51;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=6.27;ReadPosRankSum=-2.723;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:350,0,541 chrV 301990 . T C 1506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;DP=146;Dels=0.00;FS=1.324;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.842;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,77:146:99:1536,0,970 chrV 302655 . T C 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.750;DP=80;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=7.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.361;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:771,0,600 chrV 305502 . A C 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;DP=100;Dels=0.00;FS=2.493;HaplotypeScore=5.5201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.202;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,41:100:99:753,0,1321 chrV 308135 . G A 4594.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=24.83;SB=-1.563e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:185:99:4594,472,0 chrV 308710 . C T 1270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.608;DP=124;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=6.8403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.004;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,68:124:99:1300,0,1104 chrV 309985 . C A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=60;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.453;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:594,0,429 chrV 310175 . C T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.425;DP=90;Dels=0.00;FS=17.347;HaplotypeScore=9.7269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:880,0,705 chrV 312465 . A G 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=73;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:73:99:937,0,521 chrV 312677 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=65;Dels=0.00;FS=4.873;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:618,0,536 chrV 313206 . C A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.855;DP=96;Dels=0.00;FS=0.765;HaplotypeScore=10.6415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:830,0,748 chrV 314857 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.084;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:615,0,731 chrV 315976 . T A 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DP=69;Dels=0.00;FS=12.850;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=18.43;ReadPosRankSum=2.897;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1305,135,0 chrV 317740 . G T 1913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.05;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1946,201,0 chrV 317912 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=53;Dels=0.00;FS=3.854;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:406,0,432 chrV 318318 . G T 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.109;DP=112;Dels=0.00;FS=3.481;HaplotypeScore=5.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.040;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,62:112:99:1228,0,986 chrV 318483 . A G 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.766;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:446,0,475 chrV 322554 . G C 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;DP=117;Dels=0.00;FS=9.043;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.108;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:117:99:1016,0,1132 chrV 326897 . T C 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.939;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:90:90,0,129 chrV 327363 . A C 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.76;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:602,63,0 chrV 327970 . G A 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=19.00;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1021,105,0 chrV 328271 . G A 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.42;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1274,129,0 chrV 331977 . G A 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.40;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1310,138,0 chrV 332072 . G C 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=24.75;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1988,213,0 chrV 332139 . G A 2039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=25.17;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2072,219,0 chrV 332272 . C T 2070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.64;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2103,222,0 chrV 332460 . C T 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.38;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1949,207,0 chrV 332482 . G A 1600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=21.92;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1633,171,0 chrV 332507 . C T 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=17.16;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:62:99:1097,114,0 chrV 332539 . C G 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=18.27;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1202,135,0 chrV 332823 . C T 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;DP=55;Dels=0.00;FS=4.202;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:226,0,587 chrV 333114 . A G 1762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.49;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1795,195,0 chrV 333160 . A T 566 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=17.15;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:599,63,0 chrV 333164 . T C 495 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.536e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:528,57,0 chrV 333251 . G A 453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=20.59;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:486,51,0 chrV 333273 . G T 510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=18.89;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:543,57,0 chrV 333437 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.512;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:315,0,336 chrV 333575 . C T 547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.26;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:580,63,0 chrV 333619 . C T 580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=18.71;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:613,63,0 chrV 333669 . C G 679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=19.97;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:78:712,78,0 chrV 333688 . A G 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=23.91;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:87:798,87,0 chrV 333779 . C T 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=19.74;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:941,102,0 chrV 334031 . A G 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.25;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:834,90,0 chrV 334132 . C T 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=21.47;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:892,93,0 chrV 334139 . G A 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=18.77;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:840,90,0 chrV 334216 . C T 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.46;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84:790,84,0 chrV 334274 . T G 399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=14.78;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:48:432,48,0 chrV 334331 . T C 439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=15.14;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:51:472,51,0 chrV 334416 . G T 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=21.41;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:911,96,0 chrV 334487 . G A 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=23.00;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:746,78,0 chrV 334623 . G C 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=17.64;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:527,57,0 chrV 334650 . C A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=31;Dels=0.00;FS=3.734;HaplotypeScore=3.2257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:273,0,151 chrV 334750 . C T 466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=16.07;ReadPosRankSum=1.486;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:54:499,54,0 chrV 334787 . A G 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=15.85;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:572,63,0 chrV 335604 . T C 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:51:481,51,0 chrV 335632 . G A 328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=21.87;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:39:361,39,0 chrV 335812 . T C 334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.70;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:39:367,39,0 chrV 337672 . T C 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=21.68;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1247,135,0 chrV 339494 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DP=74;Dels=0.00;FS=2.598;HaplotypeScore=4.9948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.348;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,27:74:99:467,0,714 chrV 339590 . G A 559.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DP=65;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:589,0,594 chrV 342178 . T C 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=20.43;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1443,159,0 chrV 342707 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=37;Dels=0.00;FS=5.403;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:410,0,166 chrV 344349 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=65;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.881;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:462,0,542 chrV 345622 . C T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.739;DP=78;Dels=0.00;FS=0.906;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.421;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:820,0,654 chrV 345835 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;DP=80;Dels=0.00;FS=1.009;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:551,0,760 chrV 346000 . G A 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.304;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:78:99:787,0,526 chrV 346068 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:701,0,692 chrV 346218 . T C 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.048;DP=86;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=7.4478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.896;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:858,0,765 chrV 346707 . C T 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=19.26;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1728,180,0 chrV 347091 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DP=72;Dels=0.00;FS=2.445;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=5.94;ReadPosRankSum=-2.306;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:72:99:458,0,475 chrV 347271 . T A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=88;Dels=0.00;FS=2.841;HaplotypeScore=8.8244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:588,0,838 chrV 347283 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=78;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:491,0,710 chrV 347367 . T C 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:629,0,250 chrV 347446 . T A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=65;Dels=0.00;FS=3.439;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:581,0,463 chrV 347488 . C G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;DP=70;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=6.0041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:690,0,598 chrV 347924 . T G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=32;Dels=0.00;FS=5.473;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.540;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:32:99:334,0,289 chrV 348013 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:230,0,345 chrV 348107 . T G 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=71;Dels=0.00;FS=5.373;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.984;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:71:99:723,0,421 chrV 348327 . A C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=53;Dels=0.00;FS=1.144;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.190;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:556,0,438 chrV 349236 . C T 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=29;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:29:99:187,0,222 chrV 349582 . T C 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=17.88;ReadPosRankSum=1.333;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:54:498,54,0 chrV 349661 . C T 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=29;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:171,0,280 chrV 349710 . G A 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=17.04;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:425,45,0 chrV 350741 . C T 710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=19.72;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:743,78,0 chrV 352321 . C T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=60;Dels=0.00;FS=27.404;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.992;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:741,0,284 chrV 352394 . A G 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=18.19;ReadPosRankSum=0.609;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:75:706,75,0 chrV 352574 . T A 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.344;DP=70;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=24.37;ReadPosRankSum=2.344;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1739,180,0 chrV 353583 . C A 2520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.72;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:116:99:2553,267,0 chrV 353654 . G A 3313.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=24.72;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:134:99:3313,340,0 chrV 353854 . C A 2358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.67;SB=-1.269e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2391,264,0 chrV 353866 . T A 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=115;Dels=0.00;FS=5.828;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.014;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,46:115:99:865,0,1417 chrV 354576 . C T 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=129;Dels=0.00;FS=2.321;HaplotypeScore=8.4577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=3.550;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:129:99:924,0,964 chrV 354761 . G A 3284.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=21.46;SB=-2.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:3284,342,0 chrV 354793 . T G 3801.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=22.36;SB=-2.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:170:99:3801,405,0 chrV 355019 . T C 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=17.24;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1567,165,0 chrV 355336 . C G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.62;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1064,117,0 chrV 355397 . A G 1926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=22.14;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1959,219,0 chrV 355532 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;DP=73;Dels=0.00;FS=1.925;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:488,0,769 chrV 356079 . G T 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.05;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:2150,228,0 chrV 356220 . A G 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.23;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1668,177,0 chrV 356363 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.02;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1207,126,0 chrV 356837 . A G 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.74;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1695,183,0 chrV 357876 . C T 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=18.21;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1617,168,0 chrV 357948 . G C 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.095;DP=95;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.872;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:866,0,955 chrV 358073 . T A 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=130;Dels=0.00;FS=1.426;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=9.20;ReadPosRankSum=1.019;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,58:130:99:1226,0,1287 chrV 358357 . G A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.378;DP=61;Dels=0.00;FS=3.712;HaplotypeScore=8.1150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:400,0,473 chrV 359292 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=46;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.836;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.165;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:264,0,401 chrV 360247 . A G 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.76;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1556,165,0 chrV 360318 . C A 1250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.858;DP=144;Dels=0.00;FS=1.109;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.196;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,74:144:99:1280,0,1314 chrV 360409 . C A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.931;DP=106;Dels=0.00;FS=1.668;HaplotypeScore=13.4856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.442;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,36:106:99:668,0,1336 chrV 360556 . A G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=47;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.762;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:633,0,245 chrV 360622 . C A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=59;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.558;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:510,0,587 chrV 360939 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=68;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.509;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:510,0,612 chrV 360974 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:510,0,764 chrV 361242 . G A 1151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=107;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.135;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,65:106:99:1181,0,762 chrV 361243 . T C 2301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=21.31;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2334,252,0 chrV 361817 . C T 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.659;DP=93;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=7.4155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.512;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:786,0,817 chrV 361905 . G T 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=71;Dels=0.00;FS=1.024;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:71:99:207,0,809 chrV 361960 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=62;Dels=0.00;FS=11.787;HaplotypeScore=10.6405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.444;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.008;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:552,0,610 chrV 362084 . A T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=48;Dels=0.00;FS=6.267;HaplotypeScore=9.6348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:401,0,384 chrV 362194 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=66;Dels=0.00;FS=5.051;HaplotypeScore=7.4956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.301;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:299,0,758 chrV 362205 . A G 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.500;DP=69;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=5.9182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.431;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:69:99:239,0,996 chrV 362257 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=78;Dels=0.00;FS=8.258;HaplotypeScore=4.9647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.298;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,29:78:99:424,0,972 chrV 362296 . T C 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=105;Dels=0.00;FS=6.132;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.534;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:841,0,1120 chrV 362305 . G A 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.080;DP=113;Dels=0.00;FS=8.748;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=-7.118;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.169;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:857,0,1089 chrV 362334 . G A 638.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.296;DP=116;Dels=0.00;FS=15.602;HaplotypeScore=7.3883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.06;MQ0=0;MQRankSum=-7.754;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.144;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:116:99:668,0,1184 chrV 362343 . G A 538.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.078;DP=108;Dels=0.00;FS=7.568;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQ0=0;MQRankSum=-8.021;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.784;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:568,0,1077 chrV 362344 . A T 437.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.112;DP=108;Dels=0.00;FS=7.568;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQ0=0;MQRankSum=-8.525;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.630;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:467,0,1173 chrV 362389 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=98;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.46;MQ0=0;MQRankSum=-5.549;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.826;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:259,0,903 chrV 362397 . G T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.052;DP=90;Dels=0.00;FS=3.603;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.648;QD=2.23;ReadPosRankSum=2.179;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:231,0,790 chrV 362413 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.257;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.804;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:276,0,637 chrV 362438 . T A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.177;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.260;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:525,0,651 chrV 362559 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=59;Dels=0.00;FS=7.365;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.603;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:400,0,561 chrV 362609 . C T 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=18.58;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1705,189,0 chrV 362612 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=90;Dels=0.00;FS=4.817;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.381;QD=5.66;ReadPosRankSum=3.092;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:539,0,858 chrV 362681 . T G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=120;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=11.9356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.242;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,41:120:99:420,0,1416 chrV 362682 . G C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=122;Dels=0.00;FS=0.724;HaplotypeScore=12.7243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=-5.895;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.854;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,41:122:99:417,0,1351 chrV 362788 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.863;DP=69;Dels=0.00;FS=24.489;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.087;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.182;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:623,0,712 chrV 362832 . C T 1256 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=22.84;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1289,135,0 chrV 362834 . A T 238.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=55;Dels=0.00;FS=21.787;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:268,0,648 chrV 362837 . G A 287.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=54;Dels=0.00;FS=22.698;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:317,0,662 chrV 362962 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;DP=67;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:651,0,625 chrV 363002 . C T 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2079,219,0 chrV 363023 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=95;Dels=0.00;FS=1.782;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.660;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.362;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,37:95:99:598,0,1090 chrV 363243 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=57;Dels=0.00;FS=1.180;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.260;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:309,0,527 chrV 363470 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;DP=86;Dels=0.00;FS=3.322;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.05;MQ0=1;MQRankSum=-1.024;QD=5.80;ReadPosRankSum=-2.300;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:529,0,929 chrV 363833 . T C 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=20.94;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2085,231,0 chrV 364042 . C T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.866;DP=88;Dels=0.00;FS=6.078;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:88:99:657,0,767 chrV 364059 . T A 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=19.60;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1895,195,0 chrV 364071 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.432;DP=95;Dels=0.00;FS=2.951;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.524;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:672,0,653 chrV 364082 . C T 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=15.96;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1533,168,0 chrV 364150 . C T 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=18.57;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1147,120,0 chrV 364196 . G A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.593;DP=88;Dels=0.00;FS=2.034;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:630,0,827 chrV 364465 . G A 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.485;DP=76;Dels=0.00;FS=0.941;HaplotypeScore=11.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.271;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:742,0,491 chrV 365083 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=47;Dels=0.00;FS=2.877;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.005;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.957;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:47:99:290,0,218 chrV 365086 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=47;Dels=0.00;FS=4.694;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.566;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:332,0,268 chrV 365839 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;DP=34;Dels=0.00;FS=8.263;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.019;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:227,0,286 chrV 366285 . G A 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=25.51;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1079,111,0 chrV 366524 . A T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.077;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:509,0,511 chrV 366566 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.275;DP=75;Dels=0.00;FS=1.169;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.830;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.289;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:629,0,620 chrV 366886 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=40;Dels=0.00;FS=5.268;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:323,0,317 chrV 366971 . C A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=82;Dels=0.00;FS=7.511;HaplotypeScore=5.8526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:859,0,704 chrV 367302 . G A 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.518;DP=91;Dels=0.00;FS=1.926;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.407;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:870,0,716 chrV 367786 . G A 2981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.29;SB=-1.575e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:3014,312,0 chrV 368184 . C T 2630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=24.35;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2663,282,0 chrV 368706 . A G 1869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=21.99;ReadPosRankSum=1.690;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:85:99:1902,204,0 chrV 368771 . C T 1847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.68;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1880,204,0 chrV 368857 . T G 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1995,216,0 chrV 369120 . C T 2023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.80;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2056,213,0 chrV 369257 . T C 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=79;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=20.33;ReadPosRankSum=1.688;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1639,177,0 chrV 369931 . C T 2193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:2226,231,0 chrV 370582 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.209;DP=73;Dels=0.00;FS=10.774;HaplotypeScore=10.4637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.811;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:73:99:792,0,424 chrV 370893 . A T 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.680;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1250,129,0 chrV 370904 . A G 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=16.00;ReadPosRankSum=1.632;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1137,126,0 chrV 371216 . G A 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.35;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1698,177,0 chrV 371457 . T G 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;DP=101;Dels=0.00;FS=6.250;HaplotypeScore=15.1541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:898,0,895 chrV 371849 . C T 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=17.68;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:98:99:1766,180,0 chrV 371859 . C T 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=14.95;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1214,126,0 chrV 371903 . G A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=16.18;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1101,120,0 chrV 371929 . T C 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=18.24;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1237,135,0 chrV 372057 . T C 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=16.80;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1192,135,0 chrV 372248 . T A 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=23.52;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1256,129,0 chrV 372263 . A G 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=19.75;ReadPosRankSum=0.804;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1139,123,0 chrV 372487 . T C 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.556;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1329,144,0 chrV 372581 . G A 1984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=20.04;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2017,216,0 chrV 372742 . A T 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=18.50;ReadPosRankSum=1.633;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1328,144,0 chrV 373736 . A G 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.19;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1446,153,0 chrV 374086 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DP=66;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.663;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:539,0,602 chrV 374954 . C G 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.366;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:127:99:882,0,1000 chrV 375017 . C T 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.75;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1921,207,0 chrV 375908 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=41;Dels=0.00;FS=10.847;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:348,0,337 chrV 376468 . A C 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=17.50;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:36:75:663,75,0 chrV 377190 . T C 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.34;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:882,96,0 chrV 377281 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.805;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:468,0,542 chrV 377631 . T G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=54;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.208;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:415,0,429 chrV 378586 . C T 2490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2523,270,0 chrV 379332 . C A 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.02;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1420,150,0 chrV 379864 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=46;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:329,0,484 chrV 382369 . C A 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:48:451,48,0 chrV 383543 . T G 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.35;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1307,141,0 chrV 385002 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;DP=74;Dels=0.00;FS=8.590;HaplotypeScore=6.9166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.862;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:74:99:639,0,400 chrV 386503 . G A 2586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=23.51;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2619,273,0 chrV 386623 . G A 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=17.08;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1041,108,0 chrV 387695 . T A 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=17.53;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1295,135,0 chrV 389531 . A G 1740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=83;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=7.9754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.690;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1773,192,0 chrV 389576 . C T 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=14.80;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:87:773,87,0 chrV 389822 . C T 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=18.36;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1557,168,0 chrV 389845 . C T 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DP=87;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=4.6895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=19.82;ReadPosRankSum=1.095;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1757,180,0 chrV 390437 . C T 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.93;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1134,117,0 chrV 390625 . C T 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=63;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.790;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:696,0,453 chrV 392305 . C T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=55;Dels=0.00;FS=8.756;HaplotypeScore=3.7765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,38:55:99:756,0,271 chrV 392684 . C T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;DP=57;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:583,0,403 chrV 393496 . T A 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=21.88;ReadPosRankSum=1.455;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1696,180,0 chrV 393768 . C T 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=20.51;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1366,141,0 chrV 393855 . A G 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=21.27;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1713,186,0 chrV 393902 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;DP=83;Dels=0.00;FS=3.117;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:765,0,791 chrV 394021 . C T 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=20.71;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:903,96,0 chrV 394151 . C G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:40:99:490,0,128 chrV 394357 . A G 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.84;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1344,147,0 chrV 394911 . G A 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.56;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1995,216,0 chrV 395447 . C T 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.92;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1458,153,0 chrV 395872 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=45;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.214;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:407,0,350 chrV 396456 . C T 489.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=51;Dels=0.00;FS=6.221;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.553;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:519,0,483 chrV 397753 . T G 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=147;Dels=0.00;FS=3.037;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.709;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,63:147:99:1091,0,1365 chrV 398975 . T G 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=18.17;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:978,105,0 chrV 399140 . C T 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.45;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1587,168,0 chrV 399487 . C T 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=22.25;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:56:99:1279,132,0 chrV 399921 . T C 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=17.82;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:45:425,45,0 chrV 400127 . A T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=64;Dels=0.00;FS=13.461;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.657;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:453,0,683 chrV 400132 . C G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=68;Dels=0.00;FS=10.600;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:68:99:639,0,459 chrV 400313 . C T 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.835;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:105,0,382 chrV 400481 . T C 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.26;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:926,99,0 chrV 400856 . C T 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.72;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:63:605,63,0 chrV 400882 . A G 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=20.60;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:69:651,69,0 chrV 400915 . T C 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=19.46;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:792,87,0 chrV 401085 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;DP=43;Dels=0.00;FS=2.659;HaplotypeScore=8.0024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:343,0,374 chrV 401106 . G T 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=20.96;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1060,114,0 chrV 401545 . A G 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;DP=74;Dels=0.00;FS=1.100;HaplotypeScore=9.0087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=10.14;ReadPosRankSum=2.125;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:780,0,717 chrV 401613 . C A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.324;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:573,0,378 chrV 402583 . G A 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;DP=77;Dels=0.00;FS=3.313;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.005;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,51:77:99:956,0,402 chrV 403529 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;DP=74;Dels=0.00;FS=2.173;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.053;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:419,0,936 chrV 403557 . T C 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=66;Dels=0.00;FS=4.638;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=20.42;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:66:99:1381,153,0 chrV 404317 . T C 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.64;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1526,162,0 chrV 404924 . T G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=60;Dels=0.00;FS=7.757;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.464;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:551,0,576 chrV 406913 . A T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DP=51;Dels=0.00;FS=2.429;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=6.06;ReadPosRankSum=-2.068;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:339,0,487 chrV 406963 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;DP=54;Dels=0.00;FS=4.017;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.140;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:54:99:519,0,358 chrV 407189 . A C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DP=54;Dels=0.00;FS=2.985;HaplotypeScore=9.3863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.897;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:419,0,472 chrV 407658 . C A 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.021;DP=98;Dels=0.00;FS=3.918;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:775,0,731 chrV 407664 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.456;DP=98;Dels=0.00;FS=4.068;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:766,0,754 chrV 407957 . G T 2462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2495,261,0 chrV 408097 . C T 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.693;DP=103;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=5.8308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.058;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:1073,0,698 chrV 408422 . T C 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.04;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1646,174,0 chrV 408780 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.410;DP=68;Dels=0.00;FS=4.857;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.004;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:612,0,583 chrV 409170 . T C 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.16;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1303,141,0 chrV 409298 . C T 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.124;DP=89;Dels=0.00;FS=4.103;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:762,0,685 chrV 409510 . C T 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.49;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:914,96,0 chrV 410293 . C T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=25.37;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1758,180,0 chrV 410311 . C G 1716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=22.58;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1749,189,0 chrV 410317 . G A 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=20.42;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:86:99:1789,183,0 chrV 410460 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=68;Dels=0.00;FS=1.975;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.965;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:685,0,672 chrV 410473 . G A 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=22.96;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1617,177,0 chrV 410808 . G A 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.97;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:60:542,60,0 chrV 410863 . A G 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.15;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:718,78,0 chrV 410947 . G A 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=17.23;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:66:636,66,0 chrV 411559 . T C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=75;Dels=0.00;FS=1.954;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.436;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.101;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:594,0,755 chrV 412969 . T G 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.65;SB=-2.951e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:6:51,6,0 chrV 413281 . T A 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=17.92;ReadPosRankSum=1.683;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1341,153,0 chrV 415310 . T C 1740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=83;Dels=0.00;FS=6.180;HaplotypeScore=5.8841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.826;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:99:1773,195,0 chrV 416792 . C T 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.37;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1532,159,0 chrV 416841 . C T 2104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=19.85;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2137,225,0 chrV 416905 . T G 2530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=20.57;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2563,282,0 chrV 417297 . A G 2288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=97;Dels=0.00;FS=5.888;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;QD=23.59;ReadPosRankSum=1.696;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2321,255,0 chrV 417511 . G A 2199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=21.77;ReadPosRankSum=1.446;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:2232,237,0 chrV 418504 . A G 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=20.77;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1549,168,0 chrV 418792 . G A 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:999,108,0 chrV 419085 . C G 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=20.10;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1219,129,0 chrV 419378 . T C 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=17.06;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:954,102,0 chrV 419568 . G A 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=19.78;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:567,60,0 chrV 419631 . T G 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=16.03;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66:610,66,0 chrV 420292 . C T 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.04;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:890,99,0 chrV 420596 . C A 2631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=24.14;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2664,276,0 chrV 420990 . G A 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=17.50;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:488,60,0 chrV 421040 . C T 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=22.44;ReadPosRankSum=1.200;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:96:908,96,0 chrV 421100 . C T 894 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:927,96,0 chrV 421229 . C T 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=24.86;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:928,96,0 chrV 422021 . C T 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=20.60;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1702,183,0 chrV 422183 . C T 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.80;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:76:99:1614,165,0 chrV 422613 . G C 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.17;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:942,102,0 chrV 423401 . G A 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1986,210,0 chrV 423827 . A G 3906.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=22.32;ReadPosRankSum=2.323;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,173:175:99:3906,426,0 chrV 424454 . T C 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.159;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=12.13;ReadPosRankSum=1.249;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1037,0,751 chrV 424671 . T C 2379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.32;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2412,258,0 chrV 425002 . G A 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=19.27;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1305,138,0 chrV 425066 . A G 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=16.16;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:112:99:1843,201,0 chrV 425334 . A G 2429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=20.76;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2462,264,0 chrV 425353 . C T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DP=124;Dels=0.00;FS=3.731;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=6.21;ReadPosRankSum=-2.538;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:124:99:800,0,1036 chrV 425833 . G C 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=20.65;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1272,141,0 chrV 425936 . C T 2422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=24.97;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2455,258,0 chrV 426243 . A G 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.27;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:980,108,0 chrV 426331 . C A 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=20.60;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1207,126,0 chrV 426348 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.572;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:358,0,399 chrV 426433 . A G 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=18.64;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:965,105,0 chrV 426481 . C T 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=19.87;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:788,81,0 chrV 426512 . G T 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=21.41;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:825,84,0 chrV 426811 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=73;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.829;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:646,0,567 chrV 426940 . G T 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=23.61;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1851,192,0 chrV 426961 . T C 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=22.12;ReadPosRankSum=2.368;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1360,147,0 chrV 427627 . T A 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=18.17;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1232,129,0 chrV 427920 . A G 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=19.97;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:75:672,75,0 chrV 428227 . G A 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=18.14;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1176,138,0 chrV 428251 . T G 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=24.02;ReadPosRankSum=1.674;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1450,153,0 chrV 428507 . G A 2119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=24.64;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2152,222,0 chrV 428593 . T C 2422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=106;Dels=0.00;FS=3.013;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=22.85;ReadPosRankSum=2.403;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2455,267,0 chrV 428611 . C T 2687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=23.78;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2720,285,0 chrV 428644 . A G 2000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=5.031;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=22.99;ReadPosRankSum=1.652;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:2033,222,0 chrV 428691 . T C 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=23.85;ReadPosRankSum=1.665;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2490,267,0 chrV 428860 . T C 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=9.8573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=19.54;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:91:99:1811,192,0 chrV 428948 . A G 2460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.85;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2493,273,0 chrV 429094 . A G 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=20.78;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1820,201,0 chrV 429408 . C T 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=19.67;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1567,162,0 chrV 429460 . A C 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=19.69;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1490,162,0 chrV 429466 . C T 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=20.09;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1660,174,0 chrV 429589 . A G 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=18.34;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1555,165,0 chrV 429823 . A T 3853.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=23.93;SB=-1.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3853,411,0 chrV 430009 . G A 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=20.28;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1270,129,0 chrV 430033 . G A 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=18.73;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1812,192,0 chrV 430454 . A T 2064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=21.50;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2097,228,0 chrV 430574 . A G 589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=90;Dels=0.00;FS=8.778;HaplotypeScore=10.5913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.989;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:90:52:622,52,0 chrV 430597 . A G 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=10.43;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:79:93:857,93,0 chrV 430620 . T G 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=14.13;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:923,102,0 chrV 430652 . G A 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=19.92;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1308,135,0 chrV 430822 . A G 1829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=22.58;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1862,198,0 chrV 430837 . G A 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=17.96;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1560,174,0 chrV 430885 . G T 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=76;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.457;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:76:99:568,0,752 chrV 430899 . T C 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=22.52;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1632,174,0 chrV 430927 . T A 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=77;Dels=0.00;FS=3.367;HaplotypeScore=6.6971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=20.32;ReadPosRankSum=1.687;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1598,168,0 chrV 430967 . T C 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=18.70;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1529,168,0 chrV 431050 . C A 2695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2728,297,0 chrV 431114 . G A 3352.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=22.96;SB=-1.664e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:146:99:3352,348,0 chrV 431224 . C T 2804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.25;MQ0=0;QD=23.56;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2837,306,0 chrV 431454 . G T 3341.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.00;MQ0=0;QD=22.57;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:148:99:3341,360,0 chrV 431494 . G C 16.85 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.61;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,2:5:6:48,6,0 chrV 431836 . C T 158.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.89;MQ0=0;QD=1.74;SB=-1.541e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:21:191,21,0 chrV 432587 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.832;DP=104;Dels=0.00;FS=4.898;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:715,0,997 chrV 434126 . C A 163.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.038;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:193,0,246 chrV 434456 . C T 1092.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;DP=64;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.97;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=17.06;ReadPosRankSum=1.651;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,48:64:99:1122,0,251 chrV 434623 . T C 327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=18;Dels=0.00;FS=5.563;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=18.17;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:39:360,39,0 chrV 434631 . T C 72.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=20;Dels=0.00;FS=18.512;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.747;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:102,0,168 chrV 435581 . G A 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DP=112;Dels=0.00;FS=4.629;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.065;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:978,0,1052 chrV 435733 . C A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.328;DP=77;Dels=0.00;FS=2.123;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.490;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.482;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:975,0,640 chrV 435843 . G T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.402;DP=82;Dels=0.00;FS=14.470;HaplotypeScore=4.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:82:99:558,0,868 chrV 435844 . A C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;DP=79;Dels=0.00;FS=24.836;HaplotypeScore=3.5601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:540,0,889 chrV 435863 . A T 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=21.57;ReadPosRankSum=1.636;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1586,165,0 chrV 435886 . G A 238.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=66;Dels=0.00;FS=50.890;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.474;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:268,0,770 chrV 436572 . C T 1192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=111;Dels=0.00;FS=35.547;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,69:111:99:1222,0,858 chrV 436985 . C G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:71:99:538,0,782 chrV 438230 . T A 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=22.01;ReadPosRankSum=1.595;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1728,195,0 chrV 438396 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=62;Dels=0.00;FS=1.151;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.135;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:445,0,581 chrV 438466 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=62;Dels=0.00;FS=9.210;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.469;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:451,0,628 chrV 438514 . G C 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=19.31;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1578,174,0 chrV 438684 . C A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.576;DP=81;Dels=0.00;FS=2.744;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.795;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.608;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:511,0,884 chrV 439255 . A G 2501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=23.37;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2534,276,0 chrV 439285 . C T 2296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2329,246,0 chrV 440824 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=70;Dels=0.00;FS=8.776;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.183;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:663,0,547 chrV 441142 . T G 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.452;DP=113;Dels=0.00;FS=7.373;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.192;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:113:99:916,0,1033 chrV 442211 . A G 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.238;DP=60;Dels=0.00;FS=3.594;HaplotypeScore=9.7359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:298,0,418 chrV 442543 . A G 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.788;DP=93;Dels=0.00;FS=10.270;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:93:99:1100,0,696 chrV 442565 . G A 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=121;Dels=0.00;FS=3.547;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.505;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,70:121:99:1246,0,812 chrV 442568 . T G 1284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.041;DP=124;Dels=0.00;FS=4.554;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.359;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,77:124:99:1314,0,867 chrV 442769 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=77;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:583,0,634 chrV 442961 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;DP=92;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=18.3298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.818;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:92:99:615,0,761 chrV 449277 . T C 135.52 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.01;MQ0=4;MQRankSum=-1.393;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-7.226e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:6:165,0,6 chrV 449310 . C T 210.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.17;MQ0=1;MQRankSum=-0.791;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.107;SB=-1.054e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:4:241,4,0 chrV 449629 . C T 20.08 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.36;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:19:50,0,19 chrV 449630 . A T 12.29 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.36;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:21:42,0,21 chrV 449986 . A C 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=83;Dels=0.00;FS=21.229;HaplotypeScore=12.0915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.228;QD=0.47;ReadPosRankSum=-2.722;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:83:69:69,0,942 chrV 450386 . C T 1993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=22.14;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:2026,219,0 chrV 451138 . A G 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=88;Dels=0.00;FS=5.467;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.386;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:884,0,726 chrV 453740 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.816;DP=43;Dels=0.00;FS=10.324;HaplotypeScore=6.0242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:517,0,273 chrV 453798 . C T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;DP=34;Dels=0.00;FS=5.347;HaplotypeScore=5.8660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:404,0,199 chrV 453830 . T C 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=38;Dels=0.00;FS=3.029;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:291,0,232 chrV 453920 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;DP=107;Dels=0.00;FS=1.559;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.480;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:107:99:809,0,1087 chrV 455575 . A G 1384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.839;DP=141;Dels=0.00;FS=4.874;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=2.489;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.825;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,71:141:99:1414,0,1461 chrV 455676 . T C 2377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=23.77;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2410,261,0 chrV 456087 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=78;Dels=0.00;FS=4.467;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.235;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:517,0,820 chrV 457376 . C G 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;DP=91;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.536;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:1037,0,855 chrV 458086 . G A 1585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.979;DP=181;Dels=0.00;FS=1.173;HaplotypeScore=10.5316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.814;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,91:181:99:1615,0,1675 chrV 458181 . C G 1190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=125;Dels=0.00;FS=1.469;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=9.52;ReadPosRankSum=2.020;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:125:99:1220,0,1012 chrV 458699 . G A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;DP=43;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=4.9417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.692;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:379,0,395 chrV 459263 . T C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=84;Dels=0.00;FS=3.045;HaplotypeScore=16.4575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:84:99:544,0,643 chrV 462222 . C G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.517;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.074;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.604;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:289,0,410 chrV 462226 . G A 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.51;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:907,96,0 chrV 462249 . A G 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;QD=16.18;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:955,105,0 chrV 462261 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.578;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.347;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:337,0,564 chrV 462271 . A C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=82;Dels=0.00;FS=1.894;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.977;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:583,0,383 chrV 462407 . A T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=12.39;ReadPosRankSum=1.358;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:91:253,0,91 chrV 462446 . G A 260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=14.44;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:293,30,0 chrV 462447 . C T 230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=12.78;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:263,30,0 chrV 464291 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=42;Dels=0.00;FS=12.377;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:296,0,369 chrV 464494 . G A 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=22.27;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1458,153,0 chrV 465077 . T A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=70;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.472;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:588,0,663 chrV 467553 . T C 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.71;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1464,159,0 chrV 467772 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=50;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=7.50;ReadPosRankSum=2.219;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:405,0,523 chrV 467922 . C T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:66:99:666,0,396 chrV 468178 . A G 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=15.28;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:629,69,0 chrV 468183 . C G 609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=16.92;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:642,69,0 chrV 468194 . T C 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=16.88;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:590,63,0 chrV 468269 . C T 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.46;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1623,171,0 chrV 468307 . G T 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.032;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:856,0,844 chrV 468390 . C T 2187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=23.77;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2220,228,0 chrV 468645 . T C 2812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.99;SB=-1.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2845,312,0 chrV 469078 . A G 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=23.61;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2111,222,0 chrV 469424 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.837;DP=93;Dels=0.00;FS=16.881;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,36:93:99:501,0,1206 chrV 469657 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;DP=142;Dels=0.00;FS=0.714;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=2.60;ReadPosRankSum=-4.162;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,51:142:99:399,0,1931 chrV 470775 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=66;Dels=0.00;FS=8.765;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.335;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:564,0,567 chrV 470796 . T C 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.423;DP=79;Dels=0.00;FS=4.316;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:713,0,651 chrV 470952 . G C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=94;Dels=0.00;FS=8.331;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:94:99:765,0,872 chrV 471138 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=69;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:637,0,632 chrV 471221 . G C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.349;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:567,0,223 chrV 471259 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=49;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=2.730;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:385,0,274 chrV 471282 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=55;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.275;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:381,0,355 chrV 471284 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.259;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.695;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:367,0,329 chrV 471306 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.642;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.294;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:375,0,329 chrV 471322 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.418;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.709;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:276,0,391 chrV 471819 . G A 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DP=91;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=7.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:974,0,711 chrV 474158 . A G 133.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.09;SB=-1.349e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:18:166,18,0 chrV 476809 . G A 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=18.63;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1766,183,0 chrV 477753 . A G 2306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2339,258,0 chrV 478595 . A G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.98;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1242,135,0 chrV 478997 . T G 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=19.77;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1140,123,0 chrV 479237 . T C 2192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.57;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2225,240,0 chrV 480036 . A G 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=24.18;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1822,198,0 chrV 480047 . G C 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=23.83;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1677,183,0 chrV 480122 . C T 2072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=20.51;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2105,222,0 chrV 480265 . C T 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2407,255,0 chrV 480335 . A G 1436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=18.89;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1469,156,0 chrV 480365 . A G 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1432,156,0 chrV 480402 . T C 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=19.38;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1409,150,0 chrV 480485 . T C 1448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=19.57;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1481,159,0 chrV 480557 . C G 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=20.26;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:95:99:1958,216,0 chrV 483316 . C T 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=25.65;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1649,174,0 chrV 483439 . C T 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.04;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:484,51,0 chrV 483535 . A T 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.83;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:846,87,0 chrV 483550 . G A 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=18.04;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:881,90,0 chrV 483728 . C T 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=15.17;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:51:488,51,0 chrV 484002 . T C 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=38;Dels=0.00;FS=3.641;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=18.74;ReadPosRankSum=1.639;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:81:745,81,0 chrV 484306 . T A 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=18.39;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:842,93,0 chrV 484412 . G C 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=20.33;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1090,117,0 chrV 484534 . A T 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=23.36;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1271,132,0 chrV 484537 . C T 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=24.71;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1318,135,0 chrV 484694 . G A 1740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=21.22;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1773,201,0 chrV 484787 . G A 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=21.56;ReadPosRankSum=0.600;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:98:1154,98,0 chrV 484851 . T G 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=20.00;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1013,108,0 chrV 484910 . A G 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=19.79;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:706,78,0 chrV 484935 . A G 580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=20.71;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:613,66,0 chrV 485264 . A G 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.672;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1317,144,0 chrV 485312 . T C 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=20.54;ReadPosRankSum=1.681;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1430,156,0 chrV 485333 . A G 1382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=20.63;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1415,156,0 chrV 485396 . G A 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.08;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1976,204,0 chrV 485579 . C T 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=20.32;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1232,135,0 chrV 485599 . T C 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=20.16;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1142,123,0 chrV 485936 . C T 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.09;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1557,171,0 chrV 485993 . T C 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=21.54;ReadPosRankSum=0.750;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1476,159,0 chrV 487792 . G C 2330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=20.09;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2363,255,0 chrV 487834 . T C 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.33;MQ0=2;QD=1.39;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,2:10:6:45,6,0 chrV 488195 . G C 223.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.17;MQ0=0;QD=3.38;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:27:256,27,0 chrV 488211 . T G 453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;QD=6.57;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:51:486,51,0 chrV 488214 . A G 493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=7.36;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:57:526,57,0 chrV 488315 . A G 2529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=22.38;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2562,282,0 chrV 488358 . T C 2651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=116;Dels=0.00;FS=3.569;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=22.85;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2684,291,0 chrV 488467 . C T 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.02;MQ0=0;QD=21.01;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1945,210,0 chrV 489879 . C T 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.47;MQ0=0;QD=22.90;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:720,75,0 chrV 489888 . G A 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=21.30;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:523,54,0 chrV 489897 . T C 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=19.87;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:490,51,0 chrV 490102 . G A 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.16;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:678,75,0 chrV 490286 . G A 990 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.36;MQ0=0;QD=12.22;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1023,111,0 chrV 490291 . G A 977 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.730;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1010,105,0 chrV 490294 . A G 973 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;QD=11.72;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1006,108,0 chrV 490306 . A G 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.37;MQ0=0;QD=11.47;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1008,111,0 chrV 491353 . G A 2379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=24.53;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:2412,249,0 chrV 492129 . C T 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=18.12;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:903,93,0 chrV 498534 . G A 2278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=25.60;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2311,243,0 chrV 498570 . C A 1829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=27.30;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1862,189,0 chrV 498949 . T C 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=15.57;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:65:99:1045,120,0 chrV 499617 . A G 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=14.50;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1527,165,0 chrV 499745 . G A 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.99;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1596,165,0 chrV 500063 . G T 1486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=20.36;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1519,159,0 chrV 500524 . C G 3547.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=25.34;SB=-1.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:3547,378,0 chrV 500567 . G T 3542.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=26.63;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3542,369,0 chrV 500606 . T A 2515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.29;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2548,276,0 chrV 500680 . C T 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=19.75;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1159,123,0 chrV 500712 . T A 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=18.97;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1380,147,0 chrV 500783 . G T 1768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=17.50;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1801,189,0 chrV 500797 . C T 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=17.79;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1670,177,0 chrV 500798 . T C 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=17.17;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1613,177,0 chrV 501338 . C T 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=26.40;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1828,192,0 chrV 501719 . A T 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=97;Dels=0.00;FS=3.821;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.695;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2068,222,0 chrV 501764 . T C 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.49;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1450,156,0 chrV 501989 . T G 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=77;Dels=0.00;FS=4.890;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.685;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:77:99:1724,186,0 chrV 502911 . T C 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=16.42;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:81:739,81,0 chrV 502929 . T A 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=16.39;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:754,84,0 chrV 502939 . T C 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=17.30;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:829,90,0 chrV 502995 . T A 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=20.61;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2115,222,0 chrV 503046 . C T 3334.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=23.31;SB=-1.859e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3334,345,0 chrV 503099 . T C 2624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=23.02;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2657,294,0 chrV 503231 . G C 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=20.36;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:542,57,0 chrV 503447 . G A 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=17.94;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1504,156,0 chrV 503456 . C T 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=18.68;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1397,150,0 chrV 503618 . T C 499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.96;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:532,57,0 chrV 503711 . G A 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=17.31;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57:535,57,0 chrV 503840 . T C 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=16.74;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:602,66,0 chrV 503864 . T C 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=15.06;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:530,57,0 chrV 503909 . T A 261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=7.25;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:33:294,33,0 chrV 504013 . A G 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=21.10;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:898,99,0 chrV 504050 . C T 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=22.73;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1192,123,0 chrV 504112 . G A 1920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=22.59;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1953,204,0 chrV 504185 . G A 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=22.14;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1428,150,0 chrV 504211 . A C 565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=17.12;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:598,63,0 chrV 504218 . A G 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=15.77;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:506,54,0 chrV 504280 . G C 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=18.08;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:503,54,0 chrV 504324 . T C 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=16.42;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:772,84,0 chrV 504333 . G A 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=16.72;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:50:90:869,90,0 chrV 504390 . G A 1817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;QD=16.98;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:1850,192,0 chrV 504471 . T A 2951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=150;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.779e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:150:99:2984,330,0 chrV 504506 . A G 2290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=112;Dels=0.00;FS=4.019;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2323,255,0 chrV 504710 . T C 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;QD=17.55;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1595,171,0 chrV 504711 . A T 1622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=18.64;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1655,174,0 chrV 504723 . G A 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1662,174,0 chrV 504739 . T C 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=16.47;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1713,186,0 chrV 504934 . C T 2865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=20.61;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:139:99:2898,309,0 chrV 505084 . C T 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=19.81;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1598,177,0 chrV 505198 . G A 2880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.80;SB=-1.703e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2913,303,0 chrV 506069 . C T 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.18;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1748,183,0 chrV 506330 . T C 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=21.35;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1058,111,0 chrV 506405 . T C 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.32;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1232,132,0 chrV 506534 . A G 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=68;Dels=0.00;FS=12.850;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=22.29;ReadPosRankSum=2.897;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1549,168,0 chrV 506573 . T C 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=24.08;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1839,198,0 chrV 506669 . A G 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=19.03;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1479,156,0 chrV 506678 . C T 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=17.65;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1392,150,0 chrV 507153 . C A 2603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=23.04;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2636,273,0 chrV 507644 . G A 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.92;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1602,165,0 chrV 507906 . C T 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=21.63;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1893,195,0 chrV 508179 . A G 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=23.32;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1409,153,0 chrV 508274 . T C 1989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2022,219,0 chrV 508304 . A G 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1315,144,0 chrV 508632 . C G 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=19.40;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1255,135,0 chrV 508911 . A G 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=16.56;ReadPosRankSum=1.571;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:81:745,81,0 chrV 509188 . G A 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.11;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1215,126,0 chrV 509412 . A G 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=22.50;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:72:663,72,0 chrV 509583 . A G 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.48;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1897,210,0 chrV 510158 . G A 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.75;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1514,165,0 chrV 510191 . G A 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.20;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1796,189,0 chrV 511446 . C T 928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=21.58;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:961,99,0 chrV 511692 . A G 214.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.77;MQ0=0;QD=8.23;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:27:247,27,0 chrV 511711 . C T 257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.16;MQ0=0;QD=9.88;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:30:290,30,0 chrV 511800 . T C 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=43;Dels=0.00;FS=5.755;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.454;QD=17.77;ReadPosRankSum=2.837;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:87:797,87,0 chrV 511824 . C T 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=17.91;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:821,87,0 chrV 512486 . G A 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.89;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1653,168,0 chrV 512996 . A T 1885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.643;QD=24.17;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1918,182,0 chrV 513049 . T C 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=24.75;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1988,216,0 chrV 513154 . G A 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1695,183,0 chrV 513424 . A T 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=85;Dels=0.00;FS=15.238;HaplotypeScore=10.6003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=20.62;ReadPosRankSum=3.089;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:85:99:1786,189,0 chrV 514323 . G A 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.38;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:794,81,0 chrV 514855 . A G 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.43;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1276,135,0 chrV 514906 . G A 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.07;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1269,132,0 chrV 515086 . T G 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=16.70;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:935,102,0 chrV 515785 . T C 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=64;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=6.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=21.56;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:64:99:1413,156,0 chrV 515827 . A G 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=23.08;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:933,99,0 chrV 515835 . A C 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=21.79;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:970,105,0 chrV 516235 . A T 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=22.90;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1384,144,0 chrV 516328 . C T 2173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.89;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2206,237,0 chrV 516427 . A G 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.48;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1876,207,0 chrV 516916 . G A 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.76;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1507,168,0 chrV 516964 . T C 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=17.61;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1125,123,0 chrV 517529 . T C 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;QD=19.97;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1611,174,0 chrV 517582 . C T 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.64;MQ0=0;QD=13.47;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1218,129,0 chrV 518188 . T C 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.17;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1423,150,0 chrV 518374 . A G 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.679;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:962,105,0 chrV 518390 . T C 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=16.14;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1082,117,0 chrV 518464 . G A 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.15;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1384,144,0 chrV 518749 . C T 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=22.89;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:857,90,0 chrV 518973 . A G 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=19.54;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:756,81,0 chrV 519649 . C T 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.13;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1028,111,0 chrV 519704 . C A 2039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=24.87;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:2072,216,0 chrV 520101 . A T 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.98;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1527,159,0 chrV 520240 . A C 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.249;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=20.67;ReadPosRankSum=2.350;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:1046,114,0 chrV 520484 . A G 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=22.55;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1093,117,0 chrV 520915 . A T 3033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=28.08;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:3066,316,0 chrV 521007 . T A 2160 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=28.42;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2193,219,0 chrV 521308 . T C 1894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=19.94;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1927,210,0 chrV 521361 . G T 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=20.01;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1734,180,0 chrV 521398 . A G 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.16;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1806,195,0 chrV 521557 . T A 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=20.60;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1269,138,0 chrV 521706 . G A 3694.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.926e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:170:99:3694,384,0 chrV 521857 . T C 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=55;Dels=0.00;FS=6.264;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=23.35;ReadPosRankSum=2.360;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1317,138,0 chrV 522010 . C T 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=20.71;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1400,144,0 chrV 522683 . C A 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;QD=13.59;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:930,102,0 chrV 522685 . T C 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.575;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:907,99,0 chrV 522702 . G A 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.91;MQ0=0;QD=10.63;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:84:756,84,0 chrV 522704 . A T 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.575;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:84:754,84,0 chrV 522739 . A C 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=13.83;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1112,123,0 chrV 522887 . T C 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=18.33;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:821,90,0 chrV 523179 . A G 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.28;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:763,81,0 chrV 523260 . C A 2988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.614e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:3021,321,0 chrV 523467 . C T 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.60;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1269,141,0 chrV 523488 . A G 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.20;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1390,150,0 chrV 523592 . A G 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.360;DP=93;Dels=0.00;FS=2.431;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=20.00;ReadPosRankSum=3.360;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:93:99:1893,201,0 chrV 523683 . T C 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=24.18;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1121,123,0 chrV 523831 . G A 2024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=22.00;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2057,213,0 chrV 524194 . G A 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.33;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:968,99,0 chrV 524394 . G A 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=20.72;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:634,69,0 chrV 524427 . C T 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:454,48,0 chrV 524961 . C T 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.32;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:90:881,90,0 chrV 525075 . G A 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=19.76;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1792,201,0 chrV 525282 . A G 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=20.17;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:860,93,0 chrV 525390 . T G 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=14.36;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:78:708,78,0 chrV 525414 . G A 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=13.72;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:90:870,90,0 chrV 525645 . G A 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.94;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2212,234,0 chrV 526682 . G C 528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=19.56;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:561,60,0 chrV 526712 . A T 301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=17.71;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:36:334,36,0 chrV 527192 . T C 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=25.63;ReadPosRankSum=2.364;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1494,162,0 chrV 527435 . C T 2950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=25.88;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2983,309,0 chrV 527504 . G A 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=24.11;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1986,210,0 chrV 527771 . C T 2638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.14;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:114:99:2671,282,0 chrV 528932 . C T 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.68;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1253,135,0 chrV 530245 . A G 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.26;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1755,189,0 chrV 530754 . G A 3588.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=24.08;SB=-1.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3588,378,0 chrV 531187 . A G 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=52;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=19.15;ReadPosRankSum=2.355;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1029,111,0 chrV 531723 . T A 2259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.37;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2292,237,0 chrV 531999 . T A 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.37;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:970,102,0 chrV 532386 . G A 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=22.62;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1526,156,0 chrV 532728 . T C 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=76;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=21.43;ReadPosRankSum=2.385;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1662,183,0 chrV 532794 . C T 2009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.463;DP=104;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.526;QD=19.32;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:103:99:2042,202,0 chrV 533214 . C T 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=20.49;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1877,201,0 chrV 533244 . C A 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=20.64;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1973,207,0 chrV 533265 . G A 2748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2781,294,0 chrV 533502 . T G 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.35;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1562,168,0 chrV 534290 . A G 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.577;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1284,138,0 chrV 534723 . T C 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.73;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:921,102,0 chrV 534777 . T C 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=17.63;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:703,78,0 chrV 534888 . A T 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=16.89;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:827,90,0 chrV 535431 . T A 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=20.57;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1452,153,0 chrV 535583 . A G 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.44;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1791,198,0 chrV 535647 . C T 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=25.13;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1767,186,0 chrV 535681 . G A 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=22.39;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1712,177,0 chrV 535805 . G A 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=18.61;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1838,192,0 chrV 536075 . C T 2538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.02;MQ0=0;QD=23.50;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2571,273,0 chrV 536254 . T A 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2003,207,0 chrV 536255 . T G 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=21.81;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1909,204,0 chrV 536413 . G A 2116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.59;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2149,219,0 chrV 536476 . C T 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=18.61;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1280,132,0 chrV 536698 . C T 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=20.97;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1983,213,0 chrV 536714 . T C 2229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=22.29;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2262,246,0 chrV 536854 . T C 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=21.93;ReadPosRankSum=2.393;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:87:99:1941,213,0 chrV 537183 . A G 3841.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=24.94;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:154:99:3841,391,0 chrV 537238 . G A 2979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.23;SB=-1.890e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:3012,309,0 chrV 537307 . C T 3412.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=19.39;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:176:99:3412,378,0 chrV 537801 . A C 2550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=21.98;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:116:99:2583,279,0 chrV 538885 . G C 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=22.61;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1480,156,0 chrV 538899 . T C 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=21.05;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1654,177,0 chrV 538976 . C T 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=22.36;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1509,156,0 chrV 539053 . G C 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=23.25;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1219,129,0 chrV 539207 . A T 2357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=103;Dels=0.00;FS=4.943;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.665;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2390,252,0 chrV 539462 . T G 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=18.70;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:893,99,0 chrV 539736 . A C 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.62;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:914,99,0 chrV 540722 . T C 2714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.67;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2747,294,0 chrV 541003 . C G 2092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2125,228,0 chrV 541065 . C T 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=18.54;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1980,216,0 chrV 541074 . C G 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=17.34;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:111:99:1958,210,0 chrV 541873 . G A 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=21.37;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1529,156,0 chrV 542337 . A T 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=24.00;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1233,132,0 chrV 542582 . A G 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.56;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1003,108,0 chrV 542706 . G C 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.02;MQ0=0;QD=16.36;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:87:802,87,0 chrV 542715 . C G 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.51;MQ0=0;QD=13.73;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:81:747,81,0 chrV 542721 . T A 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=13.66;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:66:634,66,0 chrV 542730 . G A 553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.96;MQ0=0;QD=12.02;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:63:586,63,0 chrV 542808 . T A 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.90;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1266,138,0 chrV 542893 . A G 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=20.52;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1695,189,0 chrV 542915 . C A 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=20.76;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1341,141,0 chrV 542939 . G A 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=19.53;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:912,96,0 chrV 542994 . G A 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=14.36;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:75:665,75,0 chrV 543054 . A G 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=23.96;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1207,132,0 chrV 543103 . T C 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=23.44;ReadPosRankSum=1.621;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1486,156,0 chrV 543135 . C T 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=21.80;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1450,150,0 chrV 545025 . G T 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=18.83;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:485,51,0 chrV 545850 . G A 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=19.91;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1347,144,0 chrV 545863 . T C 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=19.18;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1280,141,0 chrV 546069 . A C 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.03;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:738,81,0 chrV 546108 . C T 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=22.38;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:973,102,0 chrV 546141 . T A 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=51;Dels=0.00;FS=3.096;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=19.57;ReadPosRankSum=2.208;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1031,111,0 chrV 546421 . T C 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=6.092;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=17.23;ReadPosRankSum=1.505;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1101,123,0 chrV 546436 . G A 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=18.83;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1615,162,0 chrV 546545 . T C 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=25.05;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1611,174,0 chrV 548061 . T C 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=21.83;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1605,171,0 chrV 548298 . A G 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=20.26;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:884,96,0 chrV 548318 . G A 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=20.77;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:926,96,0 chrV 548325 . A G 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=19.77;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:96:903,96,0 chrV 548345 . A G 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.582;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:81:747,81,0 chrV 548501 . T C 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=84;Dels=0.00;FS=4.514;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=18.32;ReadPosRankSum=1.648;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:84:99:1572,171,0 chrV 548562 . A T 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=90;Dels=0.00;FS=3.040;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=17.53;ReadPosRankSum=2.310;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1611,174,0 chrV 548672 . C T 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=23.53;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1586,165,0 chrV 548869 . A T 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.65;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1324,144,0 chrV 549055 . A G 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=20.34;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1172,129,0 chrV 549124 . A G 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.06;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:986,108,0 chrV 549289 . G A 2434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.86;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2467,273,0 chrV 549370 . T C 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=24.54;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:941,102,0 chrV 549585 . C T 2343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=17.62;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:133:99:2376,255,0 chrV 549631 . A G 2072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=22.04;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:94:99:2105,231,0 chrV 549645 . T C 2245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=21.80;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2278,249,0 chrV 549677 . A T 2275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.891;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2308,237,0 chrV 549690 . A C 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=21.56;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1909,204,0 chrV 549802 . A T 1910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.58;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1943,207,0 chrV 549929 . C T 2261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2294,243,0 chrV 549988 . G A 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=22.01;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1860,195,0 chrV 550011 . C T 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=24.60;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1878,195,0 chrV 550074 . G A 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.35;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1485,156,0 chrV 550177 . G T 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=18.59;SB=-1.389e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:123:99:2320,252,0 chrV 550210 . A G 2071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=100;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=20.71;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2104,228,0 chrV 550227 . C T 2153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2186,228,0 chrV 550261 . G T 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=18.08;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1642,177,0 chrV 550284 . T C 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=15.91;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1147,123,0 chrV 550287 . G A 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=18.20;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1143,120,0 chrV 550341 . T C 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=16.37;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:950,102,0 chrV 550381 . A G 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=19.31;ReadPosRankSum=2.365;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1153,123,0 chrV 550566 . C T 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=24.23;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1705,177,0 chrV 550744 . G C 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=22.85;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:787,84,0 chrV 550785 . T A 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=23.27;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1220,126,0 chrV 550834 . C T 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=22.74;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1807,186,0 chrV 550949 . C T 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=23.07;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1394,150,0 chrV 551265 . T C 2650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=20.87;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2683,306,0 chrV 551369 . G A 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=85;Dels=0.02;FS=5.714;HaplotypeScore=24.6429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=15.84;ReadPosRankSum=1.690;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1379,153,0 chrV 551411 . T C 1926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=18.17;ReadPosRankSum=1.699;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:1959,213,0 chrV 551439 . A G 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=15.05;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1734,189,0 chrV 551444 . A C 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=15.09;SB=-1.257e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:1783,192,0 chrV 551815 . T C 3543.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.992e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:3543,390,0 chrV 551830 . C T 3486.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.051;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=20.15;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-2.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,172:173:99:3486,348,0 chrV 551927 . T C 2729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DP=126;Dels=0.00;FS=6.072;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.951;QD=21.66;ReadPosRankSum=2.199;SB=-1.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:126:99:2762,291,0 chrV 552374 . A G 3326.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.937;DP=143;Dels=0.00;FS=6.097;HaplotypeScore=7.5057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=23.26;ReadPosRankSum=2.937;SB=-1.828e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,140:143:99:3326,366,0 chrV 552479 . C A 2104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=25.05;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2137,219,0 chrV 552597 . C T 1660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=19.76;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1693,177,0 chrV 552602 . A G 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=18.51;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1625,177,0 chrV 552684 . T C 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.91;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1435,156,0 chrV 553016 . G A 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=20.98;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1229,129,0 chrV 553226 . T C 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=19.67;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:96:859,96,0 chrV 553237 . G A 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=21.23;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1031,108,0 chrV 553261 . T C 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=20.38;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:950,99,0 chrV 553262 . T C 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=20.25;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1005,108,0 chrV 553466 . A G 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.91;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:846,90,0 chrV 553849 . C T 3172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=24.40;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:3205,336,0 chrV 554060 . G T 4916.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=20.92;SB=-1.991e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,233:235:99:4916,525,0 chrV 554139 . G T 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.37;MQ0=0;QD=20.09;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2122,228,0 chrV 554157 . C T 1092 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.94;MQ0=0;QD=14.76;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1125,117,0 chrV 554160 . G A 756 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.65;MQ0=0;QD=13.03;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:90:789,90,0 chrV 554162 . A G 642 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=54;Dels=0.00;FS=9.795;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.70;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=11.89;ReadPosRankSum=2.757;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:75:675,75,0 chrV 554170 . G A 400 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.65;MQ0=0;QD=7.14;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:45:433,45,0 chrV 554189 . A G 503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;QD=7.29;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:57:536,57,0 chrV 554200 . C T 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.26;MQ0=0;QD=9.89;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:81:785,81,0 chrV 554219 . T C 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.36;MQ0=0;QD=15.29;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1562,162,0 chrV 554292 . C T 1804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=18.04;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1837,192,0 chrV 554301 . T C 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.99;MQ0=0;QD=14.84;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1205,132,0 chrV 554319 . A G 589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.17;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=7.01;ReadPosRankSum=2.333;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:69:622,69,0 chrV 554324 . A G 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=5.661;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.689;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:57:550,57,0 chrV 554330 . G A 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.77;MQ0=0;QD=7.29;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:63:616,63,0 chrV 554406 . T G 784 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.11;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.681;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:87:817,87,0 chrV 554409 . G A 807 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.44;MQ0=0;QD=12.42;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:87:840,87,0 chrV 554414 . C T 720 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.65;MQ0=0;QD=12.41;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:78:753,78,0 chrV 554416 . A G 669 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.65;MQ0=0;QD=11.53;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:75:702,75,0 chrV 554422 . C A 726 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;QD=12.10;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:78:759,78,0 chrV 554437 . C T 805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.04;MQ0=0;QD=13.64;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:87:838,87,0 chrV 554500 . C A 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.01;MQ0=0;QD=15.06;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:52:93:816,93,0 chrV 554536 . A T 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.60;MQ0=0;QD=21.54;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1498,153,0 chrV 554683 . G A 2250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=23.44;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2283,234,0 chrV 554720 . C T 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.36;MQ0=0;QD=18.60;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:85:99:1614,162,0 chrV 554734 . C T 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=21.37;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1572,171,0 chrV 554819 . A T 1216 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=21.71;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1249,132,0 chrV 554822 . A C 1184 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=21.14;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:56:99:1217,132,0 chrV 554823 . T C 1206 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=21.54;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1239,132,0 chrV 554883 . T C 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=16.32;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1241,135,0 chrV 554931 . T C 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.904;DP=75;Dels=0.00;FS=12.310;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=18.52;ReadPosRankSum=2.904;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:75:99:1422,156,0 chrV 554949 . C T 1815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.61;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1848,192,0 chrV 554977 . A G 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=22.38;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1756,186,0 chrV 555084 . G A 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=19.64;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1977,207,0 chrV 555089 . A T 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=103;Dels=0.00;FS=8.969;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=18.53;ReadPosRankSum=2.330;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:103:99:1942,198,0 chrV 555117 . G A 2341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=19.35;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2374,246,0 chrV 555177 . T A 2308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=21.98;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2341,258,0 chrV 555234 . G A 1986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=24.82;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2019,210,0 chrV 555415 . A T 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.633;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1020,108,0 chrV 555535 . T C 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=86;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=20.65;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:86:99:1809,192,0 chrV 555788 . G C 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=24.56;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1973,213,0 chrV 555914 . T C 3125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=24.41;SB=-1.408e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3158,339,0 chrV 555949 . A T 2883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.787e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2916,306,0 chrV 555951 . C T 2948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.851e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2981,309,0 chrV 556026 . G A 2311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.27;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2344,246,0 chrV 556205 . A C 2420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=18.62;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:2453,258,0 chrV 556281 . G A 2473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=20.44;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2506,258,0 chrV 556443 . C T 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.41;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:907,96,0 chrV 556607 . A G 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=52;Dels=0.00;FS=3.181;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=20.40;ReadPosRankSum=1.666;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1094,117,0 chrV 556662 . C T 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=16.91;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1132,120,0 chrV 556665 . C T 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=15.11;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:955,99,0 chrV 556734 . C T 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=22.60;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1502,162,0 chrV 556791 . G A 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=21.93;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1502,165,0 chrV 556815 . A G 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=19.37;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1350,147,0 chrV 556831 . C T 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1320,138,0 chrV 557076 . T C 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=4.301;HaplotypeScore=5.9170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.683;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:72:99:1466,162,0 chrV 557148 . A G 2258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=102;Dels=0.00;FS=5.459;HaplotypeScore=7.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=22.14;ReadPosRankSum=2.931;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,99:102:99:2291,252,0 chrV 557265 . G A 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.91;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1523,162,0 chrV 557490 . T A 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.97;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1641,168,0 chrV 557616 . C T 1823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.96;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1856,195,0 chrV 557877 . T C 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.98;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1751,189,0 chrV 558228 . T C 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=19.11;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1084,117,0 chrV 558441 . T A 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=23.06;ReadPosRankSum=1.633;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1670,171,0 chrV 558633 . C T 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.43;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1019,108,0 chrV 558763 . T G 2309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=22.42;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2342,258,0 chrV 558993 . G A 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=19.73;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1789,189,0 chrV 559099 . A G 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=74;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=4.8065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=20.80;ReadPosRankSum=2.315;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1572,171,0 chrV 559376 . C T 2456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2489,264,0 chrV 559384 . C T 2413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=23.43;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2446,252,0 chrV 559558 . C T 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=59;Dels=0.00;FS=4.486;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=22.36;ReadPosRankSum=-1.615;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1352,121,0 chrV 559696 . T C 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.830;DP=66;Dels=0.00;FS=5.707;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=21.35;ReadPosRankSum=2.892;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:1442,159,0 chrV 559831 . T C 1764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=20.51;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1797,195,0 chrV 559837 . G A 1804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=20.27;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1837,192,0 chrV 559859 . T C 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=21.20;ReadPosRankSum=1.666;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2238,237,0 chrV 559862 . T C 2166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=20.24;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2199,234,0 chrV 560011 . A G 1840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1873,198,0 chrV 560026 . T C 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=20.04;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1917,204,0 chrV 560290 . A C 2745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=19.33;ReadPosRankSum=1.029;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:142:99:2778,300,0 chrV 560376 . T C 2568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=24.00;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2601,279,0 chrV 560680 . T C 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=118;Dels=0.00;FS=3.729;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=19.94;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2386,261,0 chrV 560686 . A G 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=19.62;SB=-1.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2309,255,0 chrV 560715 . A G 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=103;Dels=0.00;FS=7.562;HaplotypeScore=8.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=14.76;ReadPosRankSum=1.871;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:103:99:1553,192,0 chrV 560716 . G A 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=104;Dels=0.01;FS=3.794;HaplotypeScore=8.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=15.24;ReadPosRankSum=1.093;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:1618,195,0 chrV 560810 . A C 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=59;Dels=0.00;FS=4.847;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=21.92;ReadPosRankSum=1.673;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1326,147,0 chrV 560836 . C T 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;QD=23.23;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1125,120,0 chrV 561097 . C T 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=0;QD=19.89;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1326,138,0 chrV 561145 . C T 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.47;MQ0=0;QD=18.43;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:844,90,0 chrV 561154 . G A 735 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.35;MQ0=0;QD=21.00;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:768,78,0 chrV 561160 . C T 575 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=17.97;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:608,69,0 chrV 561163 . A G 653 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=19.79;ReadPosRankSum=1.628;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:75:686,75,0 chrV 561166 . G A 640 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.00;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:673,72,0 chrV 561193 . A G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.34;MQ0=0;QD=19.21;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:782,87,0 chrV 561211 . G A 715 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;QD=21.03;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:748,78,0 chrV 561220 . A G 700 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.634;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:78:733,78,0 chrV 561227 . T C 658 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.75;MQ0=0;QD=19.94;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:691,75,0 chrV 561269 . G A 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=14.62;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:54:530,54,0 chrV 561292 . C G 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.50;MQ0=0;QD=14.74;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:63:593,63,0 chrV 561299 . C T 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.50;MQ0=0;QD=14.50;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:60:584,60,0 chrV 561309 . T C 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=7.231;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.26;MQ0=0;MQRankSum=1.452;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.639;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:54:490,54,0 chrV 561353 . C T 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.24;MQ0=0;QD=15.62;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:736,84,0 chrV 561355 . C T 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.24;MQ0=0;QD=15.13;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:714,84,0 chrV 561364 . T A 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.685;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.410;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.652;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:81:738,81,0 chrV 561373 . T C 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=40;Dels=0.00;FS=6.249;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=16.25;ReadPosRankSum=1.831;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:78:683,78,0 chrV 561379 . C T 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.400;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:42:373,42,0 chrV 561430 . A T 461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:494,51,0 chrV 561461 . A G 267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=19.07;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:33:300,33,0 chrV 561500 . A G 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=8.59;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:57,6,0 chrV 561555 . A C 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.98;MQ0=0;QD=6.59;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:65,9,0 chrV 561569 . C T 81.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.14;MQ0=0;QD=11.61;SB=-7.376e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:114,15,0 chrV 561578 . C T 110.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.12;MQ0=0;QD=12.24;SB=-1.019e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:143,18,0 chrV 561590 . G A 142.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.93;SB=-1.009e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:21:175,21,0 chrV 561678 . G A 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;QD=19.73;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1039,111,0 chrV 561690 . G A 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;QD=15.91;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:781,90,0 chrV 561692 . T A 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=13.56;ReadPosRankSum=1.578;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:72:643,72,0 chrV 561717 . C T 513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=0;QD=10.69;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:60:546,60,0 chrV 561736 . G A 377 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.77;MQ0=0;QD=7.69;SB=-7.067e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:42:410,42,0 chrV 561746 . G A 436 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=7.93;SB=-6.588e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:51:469,51,0 chrV 561766 . A G 419 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=8.22;SB=-6.657e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:48:452,48,0 chrV 561802 . C A 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.28;MQ0=0;QD=11.69;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:84:793,84,0 chrV 561809 . T C 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:96:883,96,0 chrV 561858 . C T 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.05;MQ0=0;QD=13.45;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1284,138,0 chrV 561877 . G A 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;QD=16.53;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1438,153,0 chrV 561906 . C A 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;QD=16.35;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1423,150,0 chrV 561915 . A G 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=93;Dels=0.00;FS=14.904;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=14.67;ReadPosRankSum=2.924;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:93:99:1397,150,0 chrV 562072 . T C 2306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2339,252,0 chrV 562097 . T C 2211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;QD=23.27;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2244,249,0 chrV 562113 . C A 2450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=23.33;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2483,258,0 chrV 562155 . C T 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=23.62;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2490,261,0 chrV 562173 . T G 2193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.02;MQ0=0;QD=23.33;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:94:99:2226,237,0 chrV 562264 . A G 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=57;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=20.84;ReadPosRankSum=2.360;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:57:99:1221,132,0 chrV 562315 . T C 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=19.93;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:68:99:1388,150,0 chrV 562359 . C T 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=79;Dels=0.00;FS=4.241;HaplotypeScore=13.7669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=17.04;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1379,150,0 chrV 562436 . C A 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=14.50;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1048,108,0 chrV 562473 . A G 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.702;DP=73;Dels=0.00;FS=17.322;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=16.34;ReadPosRankSum=3.702;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:73:99:1226,129,0 chrV 562518 . A G 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=19.62;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1269,138,0 chrV 562559 . C T 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=19.33;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:51:99:1019,105,0 chrV 562570 . A G 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=19.67;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:977,105,0 chrV 562582 . A G 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=16.93;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:778,84,0 chrV 562610 . C T 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=16.86;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93:859,93,0 chrV 562667 . C T 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=18.61;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1038,108,0 chrV 562683 . G A 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=19.59;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1228,129,0 chrV 562846 . A G 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=19.88;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1365,150,0 chrV 562873 . T A 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=16.95;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1287,135,0 chrV 562888 . G A 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.22;MQ0=0;QD=16.83;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1127,120,0 chrV 562916 . G C 1259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=17.99;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1292,135,0 chrV 563000 . G A 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.37;MQ0=0;QD=21.65;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1397,156,0 chrV 563005 . A G 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.12;MQ0=0;QD=18.58;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1389,159,0 chrV 563017 . A C 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.73;MQ0=0;QD=17.59;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1317,150,0 chrV 563018 . T C 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.12;MQ0=0;QD=18.15;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1376,156,0 chrV 563066 . A G 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;QD=14.88;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1476,162,0 chrV 563074 . G A 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;QD=15.39;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1541,165,0 chrV 563104 . A G 2273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=119;Dels=0.00;FS=5.166;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.672;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:119:99:2306,255,0 chrV 563174 . A G 2691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=123;Dels=0.00;FS=4.143;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=21.88;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.310e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:123:99:2724,297,0 chrV 563249 . T G 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=20.80;ReadPosRankSum=2.263;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1676,189,0 chrV 563275 . A C 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=63;Dels=0.00;FS=7.853;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:63:99:1167,129,0 chrV 563299 . T A 925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.46;MQ0=0;QD=11.28;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:958,111,0 chrV 563318 . T C 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.12;MQ0=0;QD=11.08;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1141,132,0 chrV 563320 . A G 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.93;MQ0=0;QD=11.61;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1229,138,0 chrV 563347 . A G 2032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.81;MQ0=0;QD=16.00;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2065,219,0 chrV 563414 . C T 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.62;MQ0=0;QD=18.12;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2008,213,0 chrV 563421 . T A 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.18;MQ0=0;QD=17.93;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1934,204,0 chrV 563452 . T C 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;QD=17.13;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1746,189,0 chrV 563474 . T G 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.56;MQ0=0;QD=16.45;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1546,171,0 chrV 563507 . C T 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.89;MQ0=0;QD=16.71;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1520,171,0 chrV 563513 . A G 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=94;Dels=0.00;FS=3.887;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.12;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.875;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:1638,192,0 chrV 563545 . G T 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=20.59;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1701,195,0 chrV 563565 . G A 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.95;MQ0=0;QD=19.73;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1671,192,0 chrV 563580 . G T 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.60;MQ0=0;QD=17.74;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1594,183,0 chrV 563607 . T C 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=15.80;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:90:807,90,0 chrV 563620 . T A 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=15.23;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:703,78,0 chrV 563665 . A T 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;QD=19.29;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:60:573,60,0 chrV 563747 . C A 1890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=23.05;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1923,201,0 chrV 563781 . G A 2284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.65;MQ0=0;QD=25.10;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2317,246,0 chrV 563807 . A G 2091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=3.415;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.99;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=23.23;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2124,231,0 chrV 563882 . T A 2140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;QD=23.78;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2173,234,0 chrV 563956 . T C 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=46;Dels=0.00;FS=2.614;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.66;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=23.30;ReadPosRankSum=2.847;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:1105,120,0 chrV 563964 . C G 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=0;QD=22.49;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1090,120,0 chrV 564006 . C T 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.30;MQ0=0;QD=21.80;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1472,159,0 chrV 564048 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.41;MQ0=0;QD=19.32;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1366,159,0 chrV 564065 . A G 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.67;MQ0=0;QD=18.72;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1287,150,0 chrV 564074 . T A 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.61;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.635;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1240,141,0 chrV 564097 . T C 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=5.326;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=17.67;ReadPosRankSum=1.686;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1358,150,0 chrV 564135 . C A 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=18.44;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1471,159,0 chrV 564147 . C T 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;QD=20.35;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1498,159,0 chrV 564195 . C A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.03;MQ0=0;QD=11.76;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:87:762,87,0 chrV 564197 . C T 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.68;MQ0=0;QD=12.28;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:87:745,87,0 chrV 564206 . G A 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.00;MQ0=0;QD=10.30;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:66:620,66,0 chrV 564212 . G A 536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.94;MQ0=0;QD=8.79;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:60:569,60,0 chrV 564252 . C T 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.61;MQ0=0;QD=9.17;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:66:629,66,0 chrV 564265 . T C 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:75:680,75,0 chrV 564272 . A T 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.63;MQ0=0;QD=12.08;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:81:746,81,0 chrV 564300 . T C 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=15.67;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81:738,81,0 chrV 564304 . C A 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.86;MQ0=0;QD=16.62;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:87:814,87,0 chrV 564343 . A T 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=0;QD=17.40;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:781,90,0 chrV 564355 . T C 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.84;MQ0=0;QD=15.81;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:697,81,0 chrV 564360 . T C 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.32;MQ0=0;QD=15.95;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:687,81,0 chrV 564372 . A G 437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.96;MQ0=0;QD=14.10;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:470,57,0 chrV 564381 . A G 427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.58;MQ0=0;QD=13.77;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:460,57,0 chrV 564395 . T G 304 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.39;MQ0=0;QD=11.69;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:337,45,0 chrV 564396 . G A 305 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.39;MQ0=0;QD=11.73;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:338,45,0 chrV 564397 . C T 305 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.39;MQ0=0;QD=11.73;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:338,45,0 chrV 564403 . A G 321 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.16;MQ0=0;QD=11.07;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:45:354,45,0 chrV 564406 . T G 354 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.38;MQ0=0;QD=11.80;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:387,48,0 chrV 564431 . G A 305 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=11.30;SB=-7.613e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:338,39,0 chrV 564461 . G A 366 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=0;QD=15.91;SB=-6.793e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:399,45,0 chrV 564462 . T A 359 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.94;MQ0=0;QD=15.61;SB=-6.793e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:392,45,0 chrV 564472 . T G 374 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.20;MQ0=0;QD=14.96;SB=-6.657e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:407,48,0 chrV 564485 . T C 365 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=16.59;SB=-6.792e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:398,45,0 chrV 564486 . G C 367 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=16.68;SB=-6.792e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:400,45,0 chrV 564535 . C T 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.76;MQ0=0;QD=13.69;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:512,60,0 chrV 564567 . T C 527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.77;MQ0=0;QD=11.98;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:60:560,60,0 chrV 564590 . T C 581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.16;MQ0=0;QD=14.52;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:40:69:614,69,0 chrV 564680 . T C 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.73;MQ0=0;QD=1.78;SB=-3.051e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:10:6:49,6,0 chrV 564809 . C T 752 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=23.50;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:785,81,0 chrV 564814 . T C 714 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:747,81,0 chrV 564841 . G A 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=22.91;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:835,81,0 chrV 564865 . A G 138.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.18;MQ0=0;QD=8.13;SB=-2.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:18:171,18,0 chrV 564880 . A C 100.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.73;MQ0=0;QD=6.27;SB=-2.927e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:15:133,15,0 chrV 564894 . A G 81.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=0;QD=5.43;SB=-2.952e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:12:114,12,0 chrV 564898 . T C 83.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=5.22;SB=-2.952e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:12:116,12,0 chrV 564904 . A G 76.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=4.78;SB=-2.852e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:12:109,12,0 chrV 564968 . T C 184.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.94;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.552;SB=-2.704e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:24:217,24,0 chrV 565013 . A G 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=19.24;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:58:99:1149,123,0 chrV 565036 . G C 2176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.18;MQ0=0;QD=25.60;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:85:99:2209,237,0 chrV 565093 . T C 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.32;MQ0=0;QD=22.49;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1652,189,0 chrV 565120 . T A 942 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.49;MQ0=0;QD=16.82;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:975,117,0 chrV 565122 . T G 831 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.44;MQ0=0;QD=16.29;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:864,105,0 chrV 565125 . A G 850 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=16.35;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:883,105,0 chrV 565208 . G A 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.64;MQ0=0;QD=16.00;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:929,102,0 chrV 565243 . G T 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.88;MQ0=0;QD=12.03;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:84:815,84,0 chrV 565254 . T A 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.01;MQ0=0;QD=10.42;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:81:773,81,0 chrV 565289 . T C 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.29;MQ0=0;QD=7.39;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:66:617,66,0 chrV 565315 . G A 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.72;MQ0=0;QD=10.45;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:984,99,0 chrV 565361 . A G 1130 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;QD=14.68;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1163,129,0 chrV 565365 . T C 1120 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.88;MQ0=0;QD=14.36;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1153,129,0 chrV 565371 . A G 1091 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=14.55;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1124,126,0 chrV 565372 . A C 1073 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.83;MQ0=0;QD=14.31;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1106,126,0 chrV 565382 . A C 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.69;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1180,132,0 chrV 565388 . C G 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.12;MQ0=0;QD=17.04;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1192,135,0 chrV 565436 . C G 609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.09;MQ0=0;QD=19.03;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:642,78,0 chrV 565441 . G C 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=20.23;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:660,78,0 chrV 565475 . T C 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.16;MQ0=0;QD=21.62;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:81:660,81,0 chrV 565488 . T C 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.64;MQ0=0;QD=16.86;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:657,81,0 chrV 565507 . C T 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.13;MQ0=0;QD=16.48;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:824,105,0 chrV 565512 . A G 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=18.52;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:922,105,0 chrV 565539 . A C 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.66;MQ0=0;QD=22.27;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1993,219,0 chrV 565639 . C T 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.13;MQ0=0;QD=23.68;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1738,186,0 chrV 565651 . T C 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=0;QD=24.48;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1575,171,0 chrV 565675 . G T 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=22.15;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:919,99,0 chrV 565711 . G A 91.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.32;MQ0=0;QD=9.13;SB=-2.214e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:124,15,0 chrV 565722 . A T 46.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.27;MQ0=0;QD=5.87;SB=-2.247e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:79,9,0 chrV 565729 . T C 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=8.92;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:58,6,0 chrV 565731 . A G 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=8.59;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:57,6,0 chrV 565737 . A T 30.77 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.38;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:62,6,0 chrV 565740 . T A 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.39;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:56,6,0 chrV 565742 . G A 28.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.38;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:60,6,0 chrV 565746 . T A 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.90;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:51,6,0 chrV 565794 . T C 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=2.53;SB=-1.757e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:54,6,0 chrV 565800 . A G 26.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=2.23;SB=-1.772e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:58,6,0 chrV 565808 . C G 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=3.57;SB=-9.813e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:82,9,0 chrV 565834 . T G 61.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.714;SB=-2.513e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,16:17:11:91,0,11 chrV 565880 . C T 319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=0;QD=13.87;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:36:352,36,0 chrV 565885 . A C 251 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.46;MQ0=0;QD=13.21;SB=-1.513e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:30:284,30,0 chrV 565891 . T A 285 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=16.76;SB=-1.080e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:33:318,33,0 chrV 565893 . C T 287 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=16.88;SB=-1.080e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:33:320,33,0 chrV 565894 . A G 284 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=16.71;SB=-1.080e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:33:317,33,0 chrV 565901 . G A 142.06 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=8.88;SB=-7.483e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:21:175,21,0 chrV 565902 . A G 142.06 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=8.88;SB=-7.483e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:21:175,21,0 chrV 565903 . A G 152.06 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=9.50;SB=-7.470e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:21:185,21,0 chrV 565905 . A G 219.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=13.69;SB=-2.354e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:27:252,27,0 chrV 565909 . T G 213.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=12.53;SB=-2.375e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:246,27,0 chrV 565932 . A G 360 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;QD=12.86;SB=-7.067e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:393,42,0 chrV 565935 . A G 348 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;QD=12.43;SB=-7.067e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:381,42,0 chrV 565938 . T A 347 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=12.85;SB=-7.613e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:380,39,0 chrV 565939 . T G 338 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=12.52;SB=-7.613e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:371,39,0 chrV 565944 . A G 254 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.609;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:30:287,30,0 chrV 565950 . A T 286 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=10.21;ReadPosRankSum=2.275;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:33:319,33,0 chrV 565953 . T C 306 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.33;SB=-8.700e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:36:339,36,0 chrV 565980 . T G 395 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.67;MQ0=0;QD=13.62;SB=-6.794e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:45:428,45,0 chrV 565986 . A G 395 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=13.17;SB=-6.794e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:45:428,45,0 chrV 566006 . G C 429 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=13.84;SB=-6.657e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:48:462,48,0 chrV 566008 . G A 397 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=12.81;SB=-6.794e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:45:430,45,0 chrV 566018 . A G 323 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=12.42;ReadPosRankSum=1.600;SB=-7.612e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:39:356,39,0 chrV 566019 . T C 313 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.44;MQ0=0;QD=12.52;SB=-7.612e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:39:346,39,0 chrV 566034 . T C 320 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.44;MQ0=0;QD=12.80;SB=-7.612e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:39:353,39,0 chrV 566041 . C T 268 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=12.18;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:33:301,33,0 chrV 566046 . T C 278 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.75;MQ0=0;QD=12.64;SB=-8.692e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:36:311,36,0 chrV 566053 . G A 211.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=13.19;SB=-2.368e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:27:244,27,0 chrV 566055 . G A 209.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=13.06;SB=-2.368e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:27:242,27,0 chrV 566064 . G T 153.06 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=10.93;SB=-7.442e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:21:186,21,0 chrV 566067 . A G 120.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=8.58;SB=-1.410e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:153,18,0 chrV 566070 . A G 145.06 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=10.36;SB=-7.442e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:21:178,21,0 chrV 566149 . G A 39.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.18;MQ0=0;QD=5.71;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:72,9,0 chrV 566151 . T C 38.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.18;MQ0=0;QD=5.57;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:71,9,0 chrV 566152 . G A 39.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.18;MQ0=0;QD=5.71;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:72,9,0 chrV 566155 . G A 39.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.18;MQ0=0;QD=5.71;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:72,9,0 chrV 566160 . G T 40.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.32;MQ0=0;QD=4.10;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:9:73,9,0 chrV 566166 . C T 40.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.58;MQ0=0;QD=2.73;SB=-9.815e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:9:73,9,0 chrV 566169 . T C 39.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.58;MQ0=0;QD=2.66;SB=-9.815e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:9:72,9,0 chrV 566175 . G A 40.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.03;MQ0=0;QD=2.56;SB=-9.817e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:9:73,9,0 chrV 566181 . T C 63.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.46;MQ0=0;QD=3.34;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:12:96,12,0 chrV 566184 . G A 67.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.18;MQ0=0;QD=3.38;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:12:100,12,0 chrV 566202 . C T 68.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.58;MQ0=0;QD=2.74;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:12:101,12,0 chrV 566512 . C A 54.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=13.63;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:87,12,0 chrV 566542 . G C 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.22;MQ0=0;QD=16.39;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:410,54,0 chrV 566565 . G A 415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.32;MQ0=0;QD=13.83;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:57:448,57,0 chrV 566568 . T G 435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.61;MQ0=0;QD=14.03;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:468,60,0 chrV 566580 . T C 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:75:597,75,0 chrV 566672 . C G 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.90;MQ0=0;QD=25.85;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:57:550,57,0 chrV 566696 . G T 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.49;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:82,9,0 chrV 566754 . T C 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.35;MQ0=0;QD=8.59;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:57,6,0 chrV 566760 . C T 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.35;MQ0=0;QD=8.59;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:57,6,0 chrV 566768 . T C 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.35;MQ0=0;QD=7.93;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:55,6,0 chrV 566795 . T G 54.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.32;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:87,9,0 chrV 567098 . G T 162.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;QD=18.01;SB=-3.104e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21:195,21,0 chrV 567115 . T G 265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.39;MQ0=0;QD=8.28;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:32:33:298,33,0 chrV 567180 . A G 161.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.87;MQ0=0;QD=17.90;SB=-4.053e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21:194,21,0 chrV 567198 . A T 78.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=9.81;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:12:111,12,0 chrV 567202 . G T 46.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=9.39;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:79,9,0 chrV 567203 . T C 43.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=8.79;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:76,9,0 chrV 567207 . T G 43.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=5.50;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:76,9,0 chrV 567210 . C T 48.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=6.12;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:81,9,0 chrV 567215 . A G 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=5.00;SB=-9.645e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:77,9,0 chrV 567221 . G C 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=1.16;SB=-1.766e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:45,6,0 chrV 567234 . A C 100.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=6.68;SB=-2.726e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:15:133,15,0 chrV 567247 . A G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=1.56;SB=-1.773e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:6:53,6,0 chrV 567249 . A G 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=3.64;SB=-9.813e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:83,9,0 chrV 567251 . A G 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=3.86;SB=-9.813e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:86,9,0 chrV 567252 . G T 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=3.64;SB=-9.813e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:83,9,0 chrV 567283 . G A 87.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.71;MQ0=0;QD=3.23;SB=-4.327e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:15:120,15,0 chrV 567296 . T C 150.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=6.00;SB=-4.307e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:21:183,21,0 chrV 567300 . T C 145.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=6.04;SB=-4.307e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:21:178,21,0 chrV 567324 . A G 142.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.76;MQ0=0;QD=6.76;SB=-4.307e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:21:175,21,0 chrV 567339 . G C 145.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.94;MQ0=0;QD=7.63;SB=-4.307e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:21:178,21,0 chrV 567354 . A T 76.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=8.50;SB=-2.849e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:109,12,0 chrV 567355 . T G 67.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.63;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.393;SB=-2.349e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:12:100,12,0 chrV 567375 . A G 114.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.91;MQ0=0;QD=12.68;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:147,18,0 chrV 567388 . C G 167.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.28;MQ0=0;QD=13.92;SB=-1.539e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:200,24,0 chrV 567395 . G A 140.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.28;MQ0=0;QD=11.67;SB=-1.269e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:21:173,21,0 chrV 567403 . C T 124.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.90;MQ0=0;QD=11.28;SB=-1.289e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:157,18,0 chrV 567436 . T C 210.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=15;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.35;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=14.00;ReadPosRankSum=1.504;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:27:243,27,0 chrV 567461 . A G 260 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.42;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=15.29;ReadPosRankSum=1.531;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:33:293,33,0 chrV 567466 . A C 254 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.86;MQ0=0;QD=15.88;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:33:287,33,0 chrV 567470 . G A 263 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=17.53;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:296,33,0 chrV 567473 . T C 232 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=14.50;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30:265,30,0 chrV 567475 . C T 215 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=11.94;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:248,30,0 chrV 567560 . T G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.84;MQ0=0;QD=16.28;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:782,87,0 chrV 567575 . T C 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.87;MQ0=0;QD=18.15;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:995,105,0 chrV 567597 . G A 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.50;MQ0=0;QD=17.04;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:953,102,0 chrV 567642 . G T 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=25.13;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1993,210,0 chrV 567681 . A T 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.36;MQ0=0;QD=24.01;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1666,180,0 chrV 567699 . T G 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=18.77;ReadPosRankSum=1.588;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:934,111,0 chrV 567720 . T C 307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.97;MQ0=0;QD=11.81;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:42:340,42,0 chrV 567724 . A G 261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.02;MQ0=0;QD=10.87;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:36:294,36,0 chrV 567741 . G C 104.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.16;MQ0=0;QD=5.21;SB=-1.843e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:15:137,15,0 chrV 567743 . A C 126.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.76;MQ0=0;QD=5.48;SB=-2.091e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:23:18:159,18,0 chrV 567757 . G A 301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=0;QD=10.75;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:36:334,36,0 chrV 567867 . G A 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.37;MQ0=0;QD=13.76;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:81:790,81,0 chrV 567885 . G A 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.62;MQ0=0;QD=14.42;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1100,114,0 chrV 567899 . C A 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.21;MQ0=0;QD=15.82;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1583,171,0 chrV 567958 . G T 3389.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;QD=20.29;SB=-1.545e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:3389,357,0 chrV 567960 . T A 3442.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=168;Dels=0.00;FS=2.692;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=20.49;ReadPosRankSum=2.420;SB=-1.648e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,166:168:99:3442,363,0 chrV 567994 . T C 3035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.15;MQ0=0;QD=19.21;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:158:99:3068,333,0 chrV 568004 . G A 2584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.04;MQ0=0;QD=17.94;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:2617,285,0 chrV 568023 . T G 252 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=92;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.83;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.609;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:91:33:285,33,0 chrV 568073 . T A 243 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.24;MQ0=0;QD=14.29;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:33:276,33,0 chrV 568074 . C T 225 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.13;MQ0=0;QD=14.06;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30:258,30,0 chrV 568077 . A G 218 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.24;MQ0=0;QD=12.82;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:30:251,30,0 chrV 568090 . T C 226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.98;MQ0=0;QD=15.07;SB=-1.739e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:30:259,30,0 chrV 568123 . A G 265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.71;MQ0=0;QD=13.95;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:33:298,33,0 chrV 568132 . A G 213.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.18;MQ0=0;QD=12.53;SB=-4.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:246,27,0 chrV 568152 . A G 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;QD=15.44;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:45:419,45,0 chrV 568309 . G A 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=18.72;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1287,135,0 chrV 568351 . C T 555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.16;MQ0=0;QD=14.23;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:63:588,63,0 chrV 568377 . T C 316 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.49;MQ0=0;QD=14.36;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:349,39,0 chrV 568378 . G A 324 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.49;MQ0=0;QD=14.73;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:357,39,0 chrV 568383 . A G 309 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=0;QD=14.05;SB=-7.610e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:342,39,0 chrV 568387 . C T 213.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;QD=11.21;SB=-2.378e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:27:246,27,0 chrV 568407 . A G 70.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.751;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:12:103,12,0 chrV 568408 . C T 73.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=9.19;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:12:106,12,0 chrV 568423 . C T 29.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=3.72;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:61,6,0 chrV 568461 . G A 29.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=3.72;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:61,6,0 chrV 568469 . G A 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=3.68;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:57,6,0 chrV 568471 . T C 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=3.82;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:58,6,0 chrV 568484 . A G 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=3.40;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:55,6,0 chrV 569519 . C T 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.225;DP=59;Dels=0.00;FS=5.345;HaplotypeScore=2.9202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=1;MQRankSum=4.871;QD=14.44;ReadPosRankSum=2.170;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,40:59:96:885,96,0 chrV 569562 . A T 148.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.39;MQ0=4;QD=3.53;SB=-2.507e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:42:21:181,21,0 chrV 569588 . T A 18.10 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.61;MQ0=5;MQRankSum=1.621;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.974;SB=-2.818e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:20:48,0,20 chrV 569595 . T C 76.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.056;DP=30;Dels=0.00;FS=3.388;HaplotypeScore=9.7553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.79;MQ0=6;MQRankSum=1.680;QD=2.55;ReadPosRankSum=-2.491;SB=-2.351e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,16:30:12:109,12,0 chrV 569615 . T C 53.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.33;MQ0=6;MQRankSum=2.283;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.483;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,9:46:78:83,0,78 chrV 569619 . C G,T 174.01 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7524;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=20.34;MQ0=4;MQRankSum=1.094;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,9,32:43:83:234,133,121,101,0,83 chrV 569627 . G A 189.45 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=45;Dels=0.00;FS=19.138;HaplotypeScore=47.4898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.93;MQ0=4;MQRankSum=-0.458;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.737;SB=-1.464e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:45:7:221,7,0 chrV 569628 . A G 73.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=46;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=46.6231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.76;MQ0=4;MQRankSum=-0.410;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.410;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:91:103,0,91 chrV 569681 . A G 117.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;DP=25;Dels=0.00;FS=6.435;HaplotypeScore=12.4836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.59;MQ0=3;MQRankSum=0.313;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.175;SB=2.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:25:18:150,18,0 chrV 569697 . A T 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=19;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=4.6660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.36;MQ0=2;MQRankSum=-0.241;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.203;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:60:60,0,114 chrV 569706 . A T 78.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.14;MQ0=1;QD=6.54;SB=-7.555e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:12:111,12,0 chrV 569712 . G T 28.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=10;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=4.8943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.85;MQ0=1;MQRankSum=0.751;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.751;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:11:58,0,11 chrV 569799 . G T 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.941;DP=98;Dels=0.00;FS=2.322;HaplotypeScore=24.0853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.05;MQ0=20;MQRankSum=1.189;QD=0.29;ReadPosRankSum=-4.317;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,11:98:58:58,0,390 chrV 569805 . C G 35.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=100;Dels=0.00;FS=12.922;HaplotypeScore=30.4645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.11;MQ0=21;MQRankSum=0.996;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.206;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,17:100:65:65,0,398 chrV 569806 . G A 256.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=99;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=29.6758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.11;MQ0=21;MQRankSum=2.430;QD=2.59;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:286,0,173 chrV 569812 . T G 67.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.299;DP=99;Dels=0.00;FS=4.682;HaplotypeScore=31.2865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.34;MQ0=20;MQRankSum=3.259;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.025;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,15:99:97:97,0,395 chrV 569838 . A G 177.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.694;DP=101;Dels=0.00;FS=1.796;HaplotypeScore=11.6836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.78;MQ0=16;MQRankSum=1.818;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.764;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,31:101:99:207,0,384 chrV 569870 . T C 234.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=75;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=39.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.05;MQ0=12;MQRankSum=1.232;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.627;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:75:99:264,0,443 chrV 569890 . T C 207.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.97;MQ0=8;MQRankSum=0.218;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:237,0,250 chrV 569918 . G A 173.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.37;MQ0=5;MQRankSum=-0.676;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:203,0,213 chrV 569999 . A G 51.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=7;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.71;MQ0=3;MQRankSum=0.727;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,3:7:9:84,9,0 chrV 570014 . G A 39.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=6;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.21;MQ0=2;MQRankSum=0.727;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,3:6:9:72,9,0 chrV 570023 . G A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.63;MQ0=1;QD=4.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:52,6,0 chrVI 661 . C T 169.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.04;MQ0=40;QD=3.52;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,9:48:24:202,24,0 chrVI 899 . G A 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=8;Dels=0.00;FS=7.068;HaplotypeScore=2.9712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-2.042e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:38:61,0,38 chrVI 986 . C T 72.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=53;Dels=0.00;FS=5.302;HaplotypeScore=11.2493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.64;MQ0=21;MQRankSum=0.156;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.654;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,10:53:99:102,0,147 chrVI 990 . T C 66.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=55;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=11.1371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.69;MQ0=24;MQRankSum=1.584;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.101;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,10:55:96:96,0,144 chrVI 1626 . A G 103.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.57;MQ0=80;MQRankSum=3.180;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.563;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,14:106:61:133,0,61 chrVI 1637 . G A 52.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.25;MQ0=104;MQRankSum=3.053;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.689;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,9:133:82:82,0,95 chrVI 5009 . C T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DP=17;Dels=0.00;FS=10.170;HaplotypeScore=2.7515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.43;MQ0=3;MQRankSum=1.557;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.401;SB=-6.793e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:39:62,0,39 chrVI 5269 . G T 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=49;Dels=0.00;FS=1.850;HaplotypeScore=11.4527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.66;MQ0=5;MQRankSum=-0.128;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,8:49:81:81,0,260 chrVI 5357 . C G 144.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.69;MQ0=2;QD=8.47;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:21:177,21,0 chrVI 5362 . C T 78.64 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=16;Dels=0.00;FS=2.757;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.84;MQ0=3;MQRankSum=2.083;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:5:108,0,5 chrVI 5404 . T A 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.95;MQ0=5;QD=1.65;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:51,6,0 chrVI 5448 . C T 78.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DP=29;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=1.9722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.29;MQ0=10;MQRankSum=1.021;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.919;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:32:108,0,32 chrVI 5455 . T C 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;DP=32;Dels=0.00;FS=8.822;HaplotypeScore=4.7520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.84;MQ0=10;MQRankSum=1.050;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:32:56:56,0,109 chrVI 5459 . A G 129.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=33;Dels=0.00;FS=7.471;HaplotypeScore=9.6010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.15;MQ0=10;MQRankSum=1.954;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:29:159,0,29 chrVI 5466 . C T 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=33;Dels=0.00;FS=34.031;HaplotypeScore=10.6270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.27;MQ0=8;MQRankSum=0.645;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-6.086e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:33:49:49,0,129 chrVI 5470 . A T 23.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=35;Dels=0.00;FS=16.332;HaplotypeScore=5.7649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.60;MQ0=9;MQRankSum=0.862;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.485;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:53:53,0,137 chrVI 5472 . T C 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=40;Dels=0.00;FS=5.853;HaplotypeScore=5.7649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.11;MQ0=10;MQRankSum=0.699;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:49:49,0,154 chrVI 5502 . C T 31.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.292;DP=50;Dels=0.00;FS=32.623;HaplotypeScore=26.9169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.82;MQ0=9;MQRankSum=-1.415;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:61:61,0,289 chrVI 5503 . C T 56.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=52;Dels=0.00;FS=4.877;HaplotypeScore=26.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.52;MQ0=9;MQRankSum=1.983;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.516;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:52:86:86,0,257 chrVI 5506 . C A 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=52;Dels=0.00;FS=11.792;HaplotypeScore=26.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.58;MQ0=9;MQRankSum=0.298;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,6:52:56:56,0,313 chrVI 5519 . T C 57.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=51;Dels=0.00;FS=14.235;HaplotypeScore=26.9716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.49;MQ0=9;MQRankSum=0.898;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.520;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,9:51:87:87,0,214 chrVI 5527 . C T 64.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.711;DP=50;Dels=0.00;FS=17.381;HaplotypeScore=14.2506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.10;MQ0=6;MQRankSum=0.322;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.302;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,10:50:94:94,0,231 chrVI 5529 . C G 85.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=48;Dels=0.00;FS=13.983;HaplotypeScore=14.2506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.19;MQ0=6;MQRankSum=0.251;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.639;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:48:99:115,0,212 chrVI 5531 . A C 87.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;DP=47;Dels=0.00;FS=14.050;HaplotypeScore=63.7814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.45;MQ0=6;MQRankSum=-0.106;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.685;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,10:47:99:117,0,194 chrVI 5540 . C G 75.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=49;Dels=0.00;FS=17.109;HaplotypeScore=69.3694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.26;MQ0=5;MQRankSum=0.459;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.434;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,11:49:99:105,0,233 chrVI 5546 . C T 111.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;DP=45;Dels=0.00;FS=5.664;HaplotypeScore=54.6320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.49;MQ0=4;MQRankSum=0.866;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:45:99:141,0,215 chrVI 5548 . C T 89.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.979;DP=43;Dels=0.00;FS=20.610;HaplotypeScore=53.8433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.31;MQ0=4;MQRankSum=-0.047;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.140;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:43:99:119,0,231 chrVI 5553 . A G 80.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;DP=43;Dels=0.00;FS=20.610;HaplotypeScore=11.7516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.01;MQ0=4;MQRankSum=0.453;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:43:99:110,0,251 chrVI 5554 . G C 407 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.01;MQ0=4;QD=9.47;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:43:51:440,51,0 chrVI 5564 . T G 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;DP=43;Dels=0.00;FS=18.837;HaplotypeScore=12.9117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.79;MQ0=5;MQRankSum=1.491;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-6.492e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:43:78:78,0,274 chrVI 5569 . T A 106.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DP=38;Dels=0.00;FS=32.902;HaplotypeScore=6.4220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.21;MQ0=5;MQRankSum=0.092;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.929;SB=-1.821e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:136,0,236 chrVI 5581 . C T 188.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=25;Dels=0.00;FS=41.460;HaplotypeScore=1.9761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.87;MQ0=5;MQRankSum=2.887;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.292;SB=1.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,15:25:24:221,24,0 chrVI 5625 . T C 451 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=29;Dels=0.00;FS=25.119;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.02;MQ0=3;MQRankSum=0.625;QD=15.55;ReadPosRankSum=-1.876;SB=-7.895e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:38:484,38,0 chrVI 5626 . A G 426 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;DP=29;Dels=0.00;FS=25.119;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.02;MQ0=3;MQRankSum=1.203;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.876;SB=-9.975e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:34:459,34,0 chrVI 5660 . T C 510 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=31;Dels=0.00;FS=26.675;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.61;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=16.45;ReadPosRankSum=1.407;SB=-7.896e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:38:543,38,0 chrVI 5667 . T C 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=0;QD=17.59;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:596,66,0 chrVI 5673 . T C 471.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=33;Dels=0.00;FS=39.130;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;MQRankSum=2.736;QD=14.28;ReadPosRankSum=3.239;SB=-1.765e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:33:17:504,17,0 chrVI 5688 . G T 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.27;MQ0=0;QD=15.00;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:528,57,0 chrVI 5714 . T C 183.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=33;Dels=0.00;FS=81.107;HaplotypeScore=3.7407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.23;MQ0=1;MQRankSum=3.888;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.436;SB=-3.034e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:21:213,0,21 chrVI 5731 . C T 30.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DP=29;Dels=0.00;FS=72.401;HaplotypeScore=2.8539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.07;MQ0=2;MQRankSum=1.927;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.171;SB=-3.016e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:57:60,0,57 chrVI 5734 . C G 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DP=28;Dels=0.00;FS=39.678;HaplotypeScore=3.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.87;MQ0=2;MQRankSum=2.293;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:58:58,0,60 chrVI 5735 . C T 32.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=29;Dels=0.00;FS=73.023;HaplotypeScore=3.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.97;MQ0=2;MQRankSum=2.256;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.092;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:62:62,0,82 chrVI 5736 . C T 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.178;DP=29;Dels=0.00;FS=73.023;HaplotypeScore=3.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.97;MQ0=2;MQRankSum=2.402;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.043;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:58:58,0,73 chrVI 5739 . C T 32.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DP=29;Dels=0.00;FS=73.023;HaplotypeScore=3.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.97;MQ0=2;MQRankSum=2.402;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.946;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:62:62,0,83 chrVI 5740 . C T 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;DP=30;Dels=0.00;FS=73.023;HaplotypeScore=3.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.53;MQ0=3;MQRankSum=1.480;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.607;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:66:66,0,77 chrVI 5761 . A C 64.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=28;Dels=0.00;FS=18.623;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.39;MQ0=5;MQRankSum=0.175;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.035;SB=-8.817e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:28:11:94,0,11 chrVI 5764 . C T 101.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=5;QD=3.75;SB=-1.843e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:15:134,15,0 chrVI 5791 . C T 214.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=37;Dels=0.00;FS=27.185;HaplotypeScore=2.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.86;MQ0=5;MQRankSum=-0.046;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-8.402e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,28:37:32:244,0,32 chrVI 5862 . G T 119.06 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.58;MQ0=0;QD=13.23;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21:152,21,0 chrVI 5865 . T G 75.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=10.75;SB=-2.044e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:108,15,0 chrVI 5866 . T C 75.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=10.75;SB=-2.044e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:108,15,0 chrVI 5905 . T C 45.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.32;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:78,9,0 chrVI 5910 . G C 75.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.54;MQ0=0;QD=15.10;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:108,12,0 chrVI 5922 . A T 162.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=14.73;SB=-2.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21:195,21,0 chrVI 5928 . A G 221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.51;MQ0=0;QD=14.73;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:30:254,30,0 chrVI 6045 . G C 280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.44;MQ0=0;QD=12.17;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:23:36:313,36,0 chrVI 6052 . A G 114.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=14;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.07;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=8.15;ReadPosRankSum=2.100;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:18:147,18,0 chrVI 6065 . A G 12.99 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:3:6:44,6,0 chrVI 6128 . A G 39.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=9.99;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:72,9,0 chrVI 6135 . A C 40.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.93;MQ0=0;QD=8.19;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:73,9,0 chrVI 6149 . G C 109.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.24;MQ0=0;QD=9.92;SB=-1.247e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:142,18,0 chrVI 6158 . C T 111.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.24;MQ0=0;QD=10.10;SB=-1.247e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:144,18,0 chrVI 6160 . T G 107.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.24;MQ0=0;QD=9.74;SB=-1.247e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:140,18,0 chrVI 6170 . C T 111.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.24;MQ0=0;QD=10.10;SB=-1.247e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:144,18,0 chrVI 6201 . A G 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=0;QD=3.66;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:65,9,0 chrVI 6203 . C G 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=0;QD=3.66;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:65,9,0 chrVI 6204 . T C 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=0;QD=3.66;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:65,9,0 chrVI 6206 . A G 32.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=0;QD=3.66;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:65,9,0 chrVI 6216 . C T 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=0;QD=3.66;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:65,9,0 chrVI 6230 . G A 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=5.95;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:49,6,0 chrVI 6232 . C T 16.85 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=5.62;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:48,6,0 chrVI 6233 . T G 16.85 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=5.62;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:48,6,0 chrVI 6270 . G A 130.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.59;SB=-5.688e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:163,18,0 chrVI 6276 . C T 130.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.59;SB=-5.463e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:163,18,0 chrVI 6327 . C T 320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=20.00;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:353,39,0 chrVI 6334 . C T 227 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;QD=15.13;SB=-1.465e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:30:260,30,0 chrVI 6351 . A G 277 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=17.31;SB=-8.563e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:310,36,0 chrVI 6354 . C A 235 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=14.69;SB=-1.465e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30:268,30,0 chrVI 6384 . C T 132.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.68;SB=-1.247e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:165,18,0 chrVI 6386 . C T 130.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.46;SB=-1.247e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:163,18,0 chrVI 6402 . C T 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.16;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:81,9,0 chrVI 7032 . T A 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.63;MQ0=16;MQRankSum=-1.920;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.890;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,25:34:69:69,0,111 chrVI 7037 . G A 72.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.87;MQ0=16;MQRankSum=-2.864;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.854;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,24:34:80:102,0,80 chrVI 7415 . T C 212.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.226;DP=53;Dels=0.00;FS=45.832;HaplotypeScore=6.8372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.29;MQ0=14;MQRankSum=-2.324;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.873;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:242,0,355 chrVI 7499 . G A 725.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.557;DP=156;Dels=0.00;FS=10.918;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.86;MQ0=43;MQRankSum=1.336;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.915;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,68:156:99:755,0,827 chrVI 7511 . A G 79.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=181;Dels=0.00;FS=5.670;HaplotypeScore=33.5860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.17;MQ0=60;MQRankSum=-0.347;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,45:181:99:109,0,1199 chrVI 7520 . T C 871.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=171;Dels=0.00;FS=20.178;HaplotypeScore=20.8741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.30;MQ0=70;MQRankSum=-0.601;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.191;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,132:171:99:901,0,271 chrVI 7619 . A T 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=29;Dels=0.00;FS=6.818;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.09;MQ0=17;MQRankSum=1.932;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.932;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:29:6:47,6,0 chrVI 7719 . A T 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.76;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:50,6,0 chrVI 7741 . C T 53.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.53;MQ0=4;QD=4.91;SB=-8.463e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:9:86,9,0 chrVI 7829 . G A 221.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DP=72;Dels=0.00;FS=24.315;HaplotypeScore=4.2735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.64;MQ0=4;MQRankSum=1.036;QD=3.07;ReadPosRankSum=2.104;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:251,0,648 chrVI 7834 . A G 577.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;DP=81;Dels=0.00;FS=24.439;HaplotypeScore=2.6961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.65;MQ0=13;MQRankSum=-1.068;QD=7.12;ReadPosRankSum=-2.304;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:607,0,318 chrVI 8038 . C T 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.91;MQ0=3;QD=4.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:53,6,0 chrVI 8493 . T C 516 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.24;MQ0=5;QD=19.11;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:60:549,60,0 chrVI 8532 . A G 203.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.64;MQ0=6;QD=11.94;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:236,27,0 chrVI 8569 . A C 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.63;MQ0=11;QD=1.68;SB=-2.576e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:6:53,6,0 chrVI 8661 . A G 181.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.70;MQ0=4;QD=7.54;SB=-9.877e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:24:214,24,0 chrVI 8668 . A C 245 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.55;MQ0=4;QD=8.75;SB=-7.399e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:33:278,33,0 chrVI 8753 . T C 712 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.70;MQ0=9;QD=15.82;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:84:745,84,0 chrVI 8776 . T C 439 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.16;MQ0=10;QD=12.54;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:54:472,54,0 chrVI 8787 . T C 234 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.80;MQ0=10;QD=9.75;SB=-1.410e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:30:267,30,0 chrVI 8801 . A G 266 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.31;MQ0=9;QD=11.57;SB=-1.032e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:33:299,33,0 chrVI 8849 . G C 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.90;MQ0=0;QD=11.24;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9:77,9,0 chrVI 8910 . C A 80.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.80;MQ0=2;QD=8.95;SB=-5.555e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:113,12,0 chrVI 9061 . G A 296 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.68;MQ0=4;QD=10.96;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:36:329,36,0 chrVI 9068 . G T 248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.36;MQ0=2;QD=12.40;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:30:281,30,0 chrVI 9077 . C G 101.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=1;QD=7.79;SB=-2.707e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:15:134,15,0 chrVI 9079 . G T 104.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.69;SB=-2.685e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:15:137,15,0 chrVI 9100 . C G 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.00;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:77,9,0 chrVI 9106 . T G 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=2.83;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:51,6,0 chrVI 9139 . G A 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.40;MQ0=2;QD=4.96;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:56,6,0 chrVI 9286 . G A 257 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.17;MQ0=6;QD=12.85;SB=-9.777e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:33:290,33,0 chrVI 9382 . G A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.21;MQ0=16;QD=0.95;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:6:52,6,0 chrVI 10580 . A G 207.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.55;MQ0=31;QD=4.81;SB=-2.399e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:27:240,27,0 chrVI 10690 . A T 104.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.69;MQ0=26;QD=3.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:15:137,15,0 chrVI 10940 . T C 228 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.06;MQ0=8;QD=6.91;SB=-1.085e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:30:261,30,0 chrVI 10955 . G A 173.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.79;MQ0=6;QD=6.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:24:206,24,0 chrVI 11064 . A G 262 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=4;QD=8.45;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:33:295,33,0 chrVI 11104 . G A 211.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.07;MQ0=5;QD=9.59;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:27:244,27,0 chrVI 11107 . C T 205.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.46;MQ0=6;QD=9.76;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:27:238,27,0 chrVI 11260 . T C 1210 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.264;DP=90;Dels=0.02;FS=5.351;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=4;MQRankSum=0.159;QD=13.44;ReadPosRankSum=3.328;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:88:99:1243,147,0 chrVI 11277 . T C 1298 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.34;MQ0=4;QD=15.09;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1331,150,0 chrVI 11305 . G T 1311 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.56;MQ0=4;QD=13.52;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1344,150,0 chrVI 11404 . A G 311 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.13;MQ0=20;QD=7.77;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:39:344,39,0 chrVI 11547 . G A 232 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.78;MQ0=10;QD=5.80;SB=-1.085e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:30:265,30,0 chrVI 11581 . T C 410 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.50;MQ0=16;QD=7.07;SB=-6.588e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:51:443,51,0 chrVI 11630 . C T 938 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.96;MQ0=8;QD=13.21;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:971,105,0 chrVI 11659 . C T 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.59;MQ0=1;QD=18.46;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1362,150,0 chrVI 11941 . C G 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.94;MQ0=16;QD=1.10;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:6:51,6,0 chrVI 12112 . C T 465 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.51;MQ0=23;QD=10.57;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:54:498,54,0 chrVI 12139 . C T 98.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.76;MQ0=25;QD=3.17;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:15:131,15,0 chrVI 12151 . A G 98.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=37;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.00;MQ0=30;MQRankSum=0.742;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.742;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:15:131,15,0 chrVI 12416 . T A 1360 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=20;MQRankSum=-1.582;QD=15.11;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1393,156,0 chrVI 12742 . T C 484 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.34;MQ0=0;QD=16.13;SB=-6.532e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:57:517,57,0 chrVI 12746 . A G 456 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.44;MQ0=0;QD=13.82;SB=-6.534e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:489,57,0 chrVI 12763 . G T 581 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=53;Dels=0.00;FS=58.182;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.39;MQ0=13;MQRankSum=2.331;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.104;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:53:66:614,66,0 chrVI 12767 . T C 589 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.45;MQ0=20;QD=9.50;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:72:622,72,0 chrVI 12795 . C T 237 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.43;MQ0=69;QD=2.39;SB=-1.506e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:30:270,30,0 chrVI 13396 . C T 42.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.82;MQ0=16;QD=1.72;SB=-2.721e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:9:75,9,0 chrVI 13483 . G A 222.64 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.574;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.49;MQ0=15;MQRankSum=1.097;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-1.276e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,28:39:11:255,11,0 chrVI 14991 . T A 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.40;MQ0=1;QD=3.10;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:56,6,0 chrVI 15030 . C T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.57;MQ0=1;QD=4.76;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:55,6,0 chrVI 30187 . G A 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=18.23;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1163,135,0 chrVI 30312 . T C 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=19.99;ReadPosRankSum=1.635;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1472,168,0 chrVI 30348 . T C 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:922,105,0 chrVI 30357 . C T 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;QD=15.36;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:924,102,0 chrVI 30382 . G A 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=15.59;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1015,108,0 chrVI 30393 . G T 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=12.26;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:81:744,81,0 chrVI 30510 . G C 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=23.98;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1160,129,0 chrVI 30544 . A T 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=20.26;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1350,159,0 chrVI 30616 . T C 2759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=17.80;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:155:99:2792,318,0 chrVI 30834 . T A 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=39;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.641;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:75:683,75,0 chrVI 30887 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.188;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:485,0,268 chrVI 30954 . T A 1007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=69;Dels=0.00;FS=5.601;HaplotypeScore=6.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=14.59;ReadPosRankSum=1.682;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1040,114,0 chrVI 30964 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=62;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:422,0,247 chrVI 31117 . T A 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=19.32;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:748,87,0 chrVI 31360 . G T 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=16.22;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:698,78,0 chrVI 31448 . G C 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=20.17;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1324,144,0 chrVI 31460 . A C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.365;DP=73;Dels=0.00;FS=2.050;HaplotypeScore=5.0355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.420;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:545,0,460 chrVI 31484 . G C 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=14.26;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1202,135,0 chrVI 31506 . A C 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=12.46;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1117,123,0 chrVI 31522 . G A 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.68;MQ0=0;QD=9.50;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:888,105,0 chrVI 31531 . C G 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.81;MQ0=0;QD=9.02;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:93:836,93,0 chrVI 31596 . A G 609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=14.85;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:72:642,72,0 chrVI 31613 . A G 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=16.15;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:679,78,0 chrVI 31648 . A G 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=1;QD=17.31;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:968,111,0 chrVI 31669 . T G 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=59;Dels=0.00;FS=3.321;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=17.22;ReadPosRankSum=1.673;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1049,117,0 chrVI 31855 . T A 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=18.86;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1429,156,0 chrVI 31946 . A C 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=19.45;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1492,168,0 chrVI 31980 . C T 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=17.30;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1244,141,0 chrVI 32162 . G A 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=23.25;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1405,150,0 chrVI 32204 . C T 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=23.52;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1515,165,0 chrVI 32259 . T G 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=69;Dels=0.00;FS=5.751;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=18.67;ReadPosRankSum=2.898;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1321,150,0 chrVI 32484 . C G 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:75:679,75,0 chrVI 32508 . T C 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=17.14;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:410,45,0 chrVI 32748 . A C 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.11;MQ0=0;QD=4.71;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:50,6,0 chrVI 32754 . T C 202.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=0;QD=4.04;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:27:235,27,0 chrVI 32800 . C T 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.99;MQ0=0;QD=14.35;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:90:822,90,0 chrVI 32818 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=54;Dels=0.00;FS=4.029;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.671;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:405,0,400 chrVI 32886 . C A 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=21.36;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1592,177,0 chrVI 32918 . G A 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;QD=22.36;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1777,195,0 chrVI 32931 . T G 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=18.32;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1389,162,0 chrVI 32955 . A C 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;QD=15.01;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1159,132,0 chrVI 32964 . C T 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;QD=14.64;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1131,126,0 chrVI 33008 . A T 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=14.45;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1666,186,0 chrVI 33158 . T A 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;QD=17.82;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1013,111,0 chrVI 33177 . C A 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=16.27;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1009,108,0 chrVI 33187 . A C 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=17.00;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1053,120,0 chrVI 33222 . G A 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=18.55;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:82:99:1554,171,0 chrVI 33267 . T A 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=22.28;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2038,222,0 chrVI 33328 . C T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.937;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,52:119:99:782,0,1056 chrVI 33340 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.140;DP=116;Dels=0.00;FS=5.106;HaplotypeScore=8.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.999;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,51:116:99:750,0,908 chrVI 33496 . G A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;DP=47;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:460,0,444 chrVI 33689 . G A 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;DP=100;Dels=0.00;FS=7.984;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.457;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:760,0,916 chrVI 33797 . T C 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.190;DP=106;Dels=0.00;FS=1.627;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.023;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:106:99:777,0,1154 chrVI 33886 . A C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.258;DP=97;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=6.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.282;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:726,0,887 chrVI 34508 . G A 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=16.62;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:96:864,96,0 chrVI 34667 . T A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.995;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:80:99:496,0,627 chrVI 34741 . T G 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=19.47;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:734,84,0 chrVI 34775 . A G 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.817;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.292;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:167,0,290 chrVI 34780 . C T 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.021;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.115;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:147,0,251 chrVI 34881 . T C 130.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=31;Dels=0.00;FS=1.523;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.059;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:160,0,264 chrVI 34884 . G A 131.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:161,0,232 chrVI 34886 . A G 144.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:174,0,208 chrVI 34967 . T C 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=17.56;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:81:718,81,0 chrVI 35042 . T C 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.255;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.641;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:158,0,444 chrVI 35048 . T G 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;DP=44;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.115;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.355;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:150,0,425 chrVI 35114 . T C 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.697;DP=30;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=2.5769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.329;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:30:99:160,0,225 chrVI 35118 . A G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;DP=30;Dels=0.00;FS=7.987;HaplotypeScore=1.7882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.967;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:161,0,204 chrVI 35261 . T C 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:171,0,367 chrVI 35262 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=29;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=2.225;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.292;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:299,0,165 chrVI 35310 . G A 403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=16.12;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:436,48,0 chrVI 35313 . C T 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=17.15;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:496,54,0 chrVI 35368 . T C 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=6.00;ReadPosRankSum=2.192;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:204,0,172 chrVI 35370 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.299;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=6.45;ReadPosRankSum=2.103;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:217,0,232 chrVI 35385 . G A 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.293;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=9.48;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:286,0,171 chrVI 35514 . A G 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=19.98;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:43:99:892,99,0 chrVI 35586 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.844;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:66:99:281,0,507 chrVI 35589 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;DP=73;Dels=0.00;FS=1.027;HaplotypeScore=10.4865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.894;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:73:99:228,0,450 chrVI 35604 . A C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=76;Dels=0.00;FS=2.382;HaplotypeScore=8.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:76:99:284,0,782 chrVI 35661 . C T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.387;DP=113;Dels=0.00;FS=5.522;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:113:99:834,0,1100 chrVI 35729 . C T 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.660;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:908,0,650 chrVI 35789 . A G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;DP=60;Dels=0.00;FS=6.537;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:393,0,712 chrVI 35794 . A G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=58;Dels=0.00;FS=6.563;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.597;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:668,0,390 chrVI 35807 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=50;Dels=0.00;FS=7.847;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.087;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:510,0,350 chrVI 35855 . G C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=68;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.232;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.773;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:307,0,521 chrVI 35905 . A C 2339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.683;SB=-1.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:140:99:2372,273,0 chrVI 35915 . C T 2546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=16.97;SB=-1.815e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:2579,285,0 chrVI 35920 . G A 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.358;DP=159;Dels=0.00;FS=1.251;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.194;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,85:159:99:1014,0,1034 chrVI 35940 . A T 2942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=17.83;SB=-1.965e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:2975,324,0 chrVI 36075 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;DP=74;Dels=0.00;FS=10.093;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=4.97;ReadPosRankSum=2.190;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:398,0,601 chrVI 36181 . T C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=71;Dels=0.00;FS=4.138;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:617,0,588 chrVI 36247 . A G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.643;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:547,0,730 chrVI 36301 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=74;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:559,0,596 chrVI 36358 . T C 1216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=18.42;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1249,138,0 chrVI 36394 . G A 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=19.98;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1272,138,0 chrVI 36423 . T G 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=18.35;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1171,135,0 chrVI 36462 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=56;Dels=0.00;FS=7.142;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.684;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:389,0,407 chrVI 36552 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.090;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.188;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:267,0,235 chrVI 36642 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=48;Dels=0.00;FS=2.536;HaplotypeScore=11.3198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=4.71;ReadPosRankSum=-2.203;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:256,0,369 chrVI 36795 . A T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.305;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:525,0,894 chrVI 36857 . G C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:477,0,574 chrVI 36925 . G T 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.41;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1826,207,0 chrVI 37000 . A G 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.172;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:85:99:863,0,606 chrVI 37039 . G C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;DP=72;Dels=0.00;FS=8.236;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.913;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:624,0,576 chrVI 37159 . C T 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.579;DP=88;Dels=0.00;FS=24.237;HaplotypeScore=5.7968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:633,0,534 chrVI 37222 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.281;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:506,0,439 chrVI 37497 . A G 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=19.35;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1252,141,0 chrVI 37537 . A G 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=19.83;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:945,108,0 chrVI 37852 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=51;Dels=0.00;FS=2.464;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:626,0,242 chrVI 37951 . A T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=73;Dels=0.00;FS=1.921;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:711,0,524 chrVI 38005 . G A 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.849;DP=98;Dels=0.00;FS=8.248;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.880;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,60:98:99:1264,0,577 chrVI 38029 . C T 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.946;DP=92;Dels=0.00;FS=7.234;HaplotypeScore=5.0371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.947;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,59:92:99:852,0,545 chrVI 38035 . C T 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=84;Dels=0.00;FS=4.405;HaplotypeScore=4.2484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,53:84:99:798,0,482 chrVI 38041 . C T 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.794;DP=84;Dels=0.00;FS=3.127;HaplotypeScore=5.1092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.576;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,56:84:99:848,0,452 chrVI 38255 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=48;Dels=0.00;FS=21.054;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.321;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:377,0,370 chrVI 38588 . G T 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.845;DP=103;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=10.3308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:1022,0,886 chrVI 38681 . T C 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.441;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.362;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:132:99:1129,0,865 chrVI 38909 . A G 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.731;DP=88;Dels=0.00;FS=12.344;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=19.02;ReadPosRankSum=3.695;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:1707,192,0 chrVI 38918 . T C 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.260;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.653;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:92:99:1647,186,0 chrVI 39269 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=4.03;ReadPosRankSum=-2.771;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:91:99:397,0,878 chrVI 39374 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DP=40;Dels=0.00;FS=1.333;HaplotypeScore=4.1929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:381,0,178 chrVI 39419 . G C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.482;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.746;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:53:99:281,0,577 chrVI 39488 . G A 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.03;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1475,162,0 chrVI 39521 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;DP=57;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:57:99:552,0,465 chrVI 39609 . G T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.422;DP=51;Dels=0.00;FS=3.925;HaplotypeScore=1.7608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:380,0,494 chrVI 39674 . C G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=46;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.987;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:365,0,411 chrVI 39808 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=88;Dels=0.00;FS=4.071;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.306;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:725,0,661 chrVI 39950 . C A 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.823;DP=111;Dels=0.00;FS=10.726;HaplotypeScore=12.0309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.336;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:111:99:1128,0,873 chrVI 39981 . A G 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.100;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,64:149:99:1023,0,1365 chrVI 40027 . C T 1395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;DP=135;Dels=0.00;FS=3.175;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.337;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,83:135:99:1425,0,963 chrVI 40189 . A G 3944.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=20.54;SB=-1.647e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:192:99:3944,441,0 chrVI 40232 . A C 5124.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=20.91;SB=-2.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,243:245:99:5124,570,0 chrVI 40338 . A T 4629.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=205;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=22.58;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2.397e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,204:205:99:4629,498,0 chrVI 40564 . C T 2324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=19.21;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2357,261,0 chrVI 40603 . T C 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=20.17;ReadPosRankSum=1.632;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2131,240,0 chrVI 40630 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.502;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.291;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:96:99:561,0,740 chrVI 40771 . G A 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=20.75;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1631,177,0 chrVI 40798 . G A 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=85;Dels=0.00;FS=12.998;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:714,0,711 chrVI 40841 . G A 2376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=25.01;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2409,267,0 chrVI 41032 . G A 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=25.65;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1367,147,0 chrVI 41068 . G T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.825;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:366,0,383 chrVI 41221 . G C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=70;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=10.4111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=6.83;ReadPosRankSum=-3.055;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:508,0,548 chrVI 41296 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:42:99:449,0,298 chrVI 41461 . A C 499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=18.48;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:532,60,0 chrVI 41500 . G A 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.13;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:90:798,90,0 chrVI 41563 . G T 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.37;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:827,90,0 chrVI 41626 . T A 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;DP=54;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:372,0,603 chrVI 41688 . G A 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=22.68;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1235,132,0 chrVI 41722 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;DP=50;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=8.56;ReadPosRankSum=-2.981;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:458,0,458 chrVI 41739 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.895;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:425,0,454 chrVI 41791 . A G 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.70;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:749,84,0 chrVI 41842 . T C 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=23.17;ReadPosRankSum=1.650;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1006,114,0 chrVI 41899 . T G 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.88;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1521,177,0 chrVI 41939 . C T 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DP=83;Dels=0.00;FS=7.509;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:763,0,766 chrVI 42070 . C G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=2.737;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:48:99:358,0,415 chrVI 42167 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;DP=60;Dels=0.00;FS=2.300;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:611,0,448 chrVI 42240 . A G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;DP=62;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.690;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:434,0,615 chrVI 42346 . A G 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=48;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=18.62;ReadPosRankSum=2.348;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:927,108,0 chrVI 42349 . T C 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DP=45;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.714;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:268,0,353 chrVI 42562 . T C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.815;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.795;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:389,0,516 chrVI 42617 . A G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DP=66;Dels=0.00;FS=1.013;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.007;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:404,0,676 chrVI 42633 . G A 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=20.35;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1376,153,0 chrVI 42684 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;DP=98;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.139;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:98:99:693,0,885 chrVI 42725 . T A 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.476;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:1014,0,621 chrVI 42772 . T A 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DP=73;Dels=0.00;FS=1.487;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,50:73:99:933,0,405 chrVI 42842 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.648;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:398,0,544 chrVI 42955 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=73;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.826;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:647,0,752 chrVI 42970 . T G 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:724,0,627 chrVI 42992 . G A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.708;DP=81;Dels=0.00;FS=1.841;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:826,0,710 chrVI 43072 . A G 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=19.04;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1785,198,0 chrVI 43129 . T C 1448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=18.81;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1481,165,0 chrVI 43169 . C T 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=24.15;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1820,198,0 chrVI 43198 . A G 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=23.35;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1831,207,0 chrVI 43492 . G A 1132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.036;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.071;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,63:121:99:1162,0,885 chrVI 43673 . G A 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.13;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1312,144,0 chrVI 43907 . G A 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=16.14;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1050,120,0 chrVI 43976 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.979;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.398;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:401,0,564 chrVI 44192 . A G 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.54;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1656,189,0 chrVI 44552 . A G 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.804;DP=137;Dels=0.00;FS=2.220;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.284;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,66:137:99:1079,0,1341 chrVI 44724 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.758;DP=96;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=3.425;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,35:96:99:599,0,1106 chrVI 44748 . T C 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=20.65;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1809,204,0 chrVI 44754 . C T 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.218;DP=84;Dels=0.00;FS=1.094;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.500;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:84:99:701,0,580 chrVI 44763 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=85;Dels=0.00;FS=2.373;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.058;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:518,0,528 chrVI 44772 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.865;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=5.66;ReadPosRankSum=-2.351;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:74:99:449,0,503 chrVI 44835 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.079;DP=85;Dels=0.00;FS=1.046;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.130;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:85:99:519,0,643 chrVI 44841 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.124;DP=80;Dels=0.00;FS=2.344;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:80:99:493,0,586 chrVI 45217 . A G 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=23.18;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1354,150,0 chrVI 45282 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;DP=61;Dels=0.00;FS=8.105;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=7.79;ReadPosRankSum=-2.390;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:505,0,521 chrVI 45619 . A C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.681;DP=94;Dels=0.00;FS=3.896;HaplotypeScore=12.0515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.751;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:619,0,848 chrVI 45764 . A G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.930;DP=87;Dels=0.00;FS=3.068;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.021;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:702,0,729 chrVI 45896 . C A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:545,0,587 chrVI 45929 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.234;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.700;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:71:99:255,0,458 chrVI 45941 . T C 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=11.48;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:93:802,93,0 chrVI 46010 . T C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DP=63;Dels=0.00;FS=5.013;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:462,0,592 chrVI 46185 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DP=57;Dels=0.00;FS=2.411;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:339,0,497 chrVI 46215 . A G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=58;Dels=0.00;FS=1.146;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.978;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:373,0,510 chrVI 46302 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.417;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:334,0,477 chrVI 46380 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.886;DP=59;Dels=0.00;FS=5.296;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:365,0,540 chrVI 46778 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=59;Dels=0.00;FS=1.025;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:342,0,701 chrVI 46863 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=1.521;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:416,0,399 chrVI 46872 . C T 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.45;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1084,117,0 chrVI 46902 . G A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:38:99:357,0,254 chrVI 47034 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=52;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=4.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:379,0,505 chrVI 47103 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=48;Dels=0.00;FS=6.932;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:512,0,285 chrVI 47620 . T C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=33;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:340,0,128 chrVI 47625 . T C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;DP=37;Dels=0.00;FS=3.391;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:338,0,123 chrVI 47639 . C T 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=37;Dels=0.00;FS=1.463;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:203,0,183 chrVI 47740 . G A 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=33;Dels=0.00;FS=1.533;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:125,0,294 chrVI 47833 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;DP=44;Dels=0.00;FS=1.513;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:44:99:181,0,603 chrVI 48016 . T A 127.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=27;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.256;QD=4.70;ReadPosRankSum=-2.305;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:157,0,284 chrVI 48019 . A T 106.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;DP=29;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.906;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.855;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:136,0,288 chrVI 48022 . A C 104.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=29;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.601;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:134,0,269 chrVI 48036 . G C 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.346;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.334;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:79:79,0,283 chrVI 48049 . G C 430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=14.33;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:463,54,0 chrVI 48052 . G T 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.526;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.825;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:161,0,256 chrVI 48096 . C T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DP=27;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:148,0,172 chrVI 48102 . T A 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=32;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.488;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.209;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:148,0,199 chrVI 48220 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;DP=44;Dels=0.00;FS=7.710;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.842;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:435,0,331 chrVI 48275 . T G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;DP=34;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=8.53;ReadPosRankSum=2.869;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:34:99:320,0,182 chrVI 48411 . C T 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.126;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:149,0,322 chrVI 48454 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.019;DP=45;Dels=0.00;FS=7.359;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:552,0,185 chrVI 48535 . G C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.697;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:225,0,153 chrVI 48545 . T G 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:147,0,262 chrVI 48548 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DP=32;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=2.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:280,0,182 chrVI 48613 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;DP=66;Dels=0.00;FS=3.935;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.243;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:66:99:430,0,634 chrVI 48712 . T C 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;DP=59;Dels=0.00;FS=8.633;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,39:59:99:826,0,231 chrVI 48771 . G A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.592;DP=53;Dels=0.00;FS=12.889;HaplotypeScore=2.6722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.409;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:628,0,332 chrVI 48940 . G T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;DP=133;Dels=0.00;FS=2.187;HaplotypeScore=8.9595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,70:133:99:1029,0,1087 chrVI 49181 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.819;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:582,0,560 chrVI 49201 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=82;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.450;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:493,0,645 chrVI 49360 . T A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=75;Dels=0.00;FS=5.952;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.054;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:607,0,637 chrVI 49381 . T C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.752;DP=83;Dels=0.00;FS=5.876;HaplotypeScore=5.8062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:648,0,564 chrVI 49453 . C T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:536,0,427 chrVI 49819 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.201;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:54:99:342,0,445 chrVI 49826 . G A 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:288,0,411 chrVI 49963 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:89:99:615,0,1134 chrVI 50137 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=58;Dels=0.00;FS=2.278;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:330,0,396 chrVI 50195 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;DP=57;Dels=0.00;FS=5.552;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:280,0,451 chrVI 50233 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=60;Dels=0.00;FS=18.279;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.257;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:60:99:508,0,357 chrVI 50320 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;DP=116;Dels=0.00;FS=6.924;HaplotypeScore=9.8629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.779;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:116:99:707,0,717 chrVI 50410 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:486,0,419 chrVI 50685 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=53;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:310,0,561 chrVI 50825 . C T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.790;DP=80;Dels=0.00;FS=2.054;HaplotypeScore=6.6880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.811;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:599,0,787 chrVI 51009 . T A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;DP=73;Dels=0.00;FS=4.756;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:546,0,471 chrVI 51067 . A G 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.154;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,68:140:99:1096,0,1302 chrVI 51257 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.913;DP=98;Dels=0.00;FS=7.020;HaplotypeScore=49.5958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.131;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.696;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:617,0,909 chrVI 51270 . C A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=119;Dels=0.00;FS=13.659;HaplotypeScore=8.9587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.076;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.272;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:119:99:404,0,1247 chrVI 51333 . A G 3624.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=168;Dels=0.01;FS=12.392;HaplotypeScore=15.4218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=21.57;ReadPosRankSum=2.420;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,163:167:99:3624,411,0 chrVI 51343 . A G 1079.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.212;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,76:163:99:1109,0,1530 chrVI 51526 . C T 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=99;Dels=0.00;FS=4.024;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.557;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:843,0,786 chrVI 51603 . G A 3382.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=19.33;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:175:99:3382,378,0 chrVI 51748 . G A 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;DP=81;Dels=0.00;FS=0.890;HaplotypeScore=5.1128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=2.064;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.714;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,52:81:99:1091,0,492 chrVI 51970 . A G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=103;Dels=0.00;FS=0.818;HaplotypeScore=13.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.294;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:103:99:712,0,953 chrVI 52024 . A T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.815;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=6.10;ReadPosRankSum=-2.233;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:500,0,510 chrVI 52276 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DP=78;Dels=0.00;FS=3.046;HaplotypeScore=5.9314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:477,0,733 chrVI 52423 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:361,0,466 chrVI 52648 . T C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.759;DP=82;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=11.3912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.765;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:425,0,697 chrVI 52738 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.613;DP=100;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:595,0,1066 chrVI 52838 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DP=30;Dels=0.00;FS=13.325;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:395,0,190 chrVI 52925 . T G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=40;Dels=0.00;FS=19.028;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.204;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:485,0,232 chrVI 53035 . C T 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:112,0,294 chrVI 53077 . T A 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.029;QD=24.09;ReadPosRankSum=2.345;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1165,126,0 chrVI 54007 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=54;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:542,0,298 chrVI 54444 . G A 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.967;DP=167;Dels=0.00;FS=3.649;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.295;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,77:167:99:1198,0,1476 chrVI 54465 . T C 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;DP=178;Dels=0.00;FS=3.569;HaplotypeScore=23.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.445;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,81:178:99:1051,0,1442 chrVI 54858 . A G 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.687;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1435,162,0 chrVI 54904 . A G 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.46;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1785,204,0 chrVI 55127 . G A 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:99,0,349 chrVI 55132 . A G 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=18.39;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:548,63,0 chrVI 55223 . G C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.633;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:256,0,432 chrVI 55480 . G A 332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=20.75;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:365,39,0 chrVI 55594 . C A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.509;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:42:99:435,0,201 chrVI 55864 . A G 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.00;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:84:726,84,0 chrVI 56074 . T C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.296;DP=42;Dels=0.00;FS=2.756;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:284,0,462 chrVI 56167 . A C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:24:99:273,0,125 chrVI 56298 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.784;DP=72;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:560,0,665 chrVI 56477 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DP=18;Dels=0.00;FS=5.008;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.275e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:234,0,112 chrVI 56854 . G A 268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=14.89;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:33:301,33,0 chrVI 57139 . C A 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=33;Dels=0.00;FS=5.366;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.737;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:288,0,297 chrVI 57672 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;DP=48;Dels=0.00;FS=7.454;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.852;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:378,0,385 chrVI 57825 . C T 256.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.019;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.020;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,17:68:99:286,0,946 chrVI 57870 . A G 1155 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1188,141,0 chrVI 58170 . T C 804 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=25.12;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:93:837,93,0 chrVI 58233 . G T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=38;Dels=0.00;FS=2.695;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.092;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:478,0,237 chrVI 58312 . A T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:426,0,201 chrVI 58319 . C G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:44:99:185,0,378 chrVI 58327 . G A 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.604;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:163,0,342 chrVI 58653 . T C 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=17.77;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:815,93,0 chrVI 58715 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=62;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:285,0,621 chrVI 58816 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=53;Dels=0.00;FS=5.667;HaplotypeScore=9.8629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.187;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:326,0,317 chrVI 58949 . A G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DP=52;Dels=0.00;FS=12.688;HaplotypeScore=4.9809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.958;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:347,0,562 chrVI 58952 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DP=58;Dels=0.00;FS=15.452;HaplotypeScore=6.5583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.780;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:356,0,616 chrVI 58994 . T C 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.522;DP=86;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:656,0,797 chrVI 59306 . A C 1286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.679;DP=135;Dels=0.00;FS=0.701;HaplotypeScore=13.6907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,71:135:99:1316,0,1049 chrVI 59567 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.870;DP=72;Dels=0.00;FS=6.280;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.397;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:575,0,632 chrVI 59638 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;DP=50;Dels=0.00;FS=4.620;HaplotypeScore=3.5159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:369,0,405 chrVI 59726 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=35;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.370;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:311,0,293 chrVI 59811 . C A 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.08;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1129,123,0 chrVI 59950 . A T 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.651;DP=112;Dels=0.00;FS=4.385;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:857,0,1322 chrVI 59951 . A G 2549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=22.36;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:114:99:2582,297,0 chrVI 60218 . G A 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:109:99:1003,0,926 chrVI 60234 . G A 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.969;DP=91;Dels=0.00;FS=0.801;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.928;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.203;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:913,0,754 chrVI 61110 . T A 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=16.62;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:814,96,0 chrVI 61214 . A G 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=23.93;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1397,153,0 chrVI 61226 . T C 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.37;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1241,138,0 chrVI 61419 . C T 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=18.15;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:777,84,0 chrVI 61610 . C T 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=23.43;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1439,162,0 chrVI 61686 . C T 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=17.93;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:57:535,57,0 chrVI 61694 . A G 422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=16.88;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:455,51,0 chrVI 61808 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=42;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.013;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:372,0,398 chrVI 62102 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.310;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:475,0,361 chrVI 62822 . A G 565.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.189;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:98:99:595,0,783 chrVI 62831 . C T 1635 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=18.17;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1668,183,0 chrVI 62852 . A G 701.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.795;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,51:88:99:731,0,492 chrVI 63014 . C T 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=26.15;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1288,141,0 chrVI 63136 . T A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=43;Dels=0.02;FS=8.450;HaplotypeScore=5.1312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:519,0,307 chrVI 63394 . C G 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=17.29;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:759,87,0 chrVI 63396 . T C 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=41;Dels=0.00;FS=4.786;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:41:99:249,0,268 chrVI 63422 . T C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;DP=40;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:314,0,210 chrVI 64052 . T G 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=17.09;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:785,90,0 chrVI 64249 . G A 2647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=22.06;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2680,297,0 chrVI 64449 . C G 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=58;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:58:99:514,0,333 chrVI 64491 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;DP=64;Dels=0.00;FS=3.721;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:329,0,453 chrVI 64781 . A T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.569;DP=75;Dels=0.00;FS=3.266;HaplotypeScore=13.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:550,0,733 chrVI 64877 . T C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=49;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=8.2944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.392;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:425,0,299 chrVI 64959 . A T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=77;Dels=0.00;FS=7.835;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.769;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:621,0,538 chrVI 65029 . T A 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.198;DP=102;Dels=0.00;FS=5.031;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.687;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:886,0,928 chrVI 65065 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=123;Dels=0.00;FS=4.555;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.978;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,61:123:99:1029,0,992 chrVI 65094 . C T 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.234;DP=113;Dels=0.00;FS=12.980;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:1043,0,976 chrVI 65123 . A T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=77;Dels=0.00;FS=6.010;HaplotypeScore=9.3304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.332;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:659,0,516 chrVI 65183 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=51;Dels=0.00;FS=2.461;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:423,0,308 chrVI 65500 . A G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.993;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:434,0,324 chrVI 65504 . G A 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=19.59;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1032,120,0 chrVI 65802 . T G 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=15.29;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:675,78,0 chrVI 66059 . G T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=49;Dels=0.00;FS=2.579;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.992;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:388,0,264 chrVI 66081 . A T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=41;Dels=0.00;FS=1.227;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:290,0,297 chrVI 66428 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.687;DP=53;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=8.1248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:428,0,379 chrVI 66782 . C T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=41;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.065;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:300,0,292 chrVI 66907 . C G 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=72;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.547;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,46:72:99:810,0,309 chrVI 66948 . C T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=74;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=10.74;ReadPosRankSum=-3.034;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:825,0,487 chrVI 68557 . G A 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DP=83;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:738,0,684 chrVI 68669 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.908;DP=70;Dels=0.00;FS=3.912;HaplotypeScore=6.0744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.279;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:490,0,666 chrVI 68671 . T G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DP=69;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.943;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.185;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:473,0,674 chrVI 68758 . T C 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.715;DP=119;Dels=0.00;FS=3.047;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:119:99:1079,0,993 chrVI 68816 . A G 188.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.333;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:218,0,124 chrVI 68825 . A G 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=6.05;ReadPosRankSum=2.127;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:151,0,144 chrVI 68887 . G C 176.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.274;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.349;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:206,0,309 chrVI 68888 . A G 174.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.273;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:204,0,326 chrVI 68994 . A G 87.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:26:99:117,0,335 chrVI 69022 . G A 124.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.895;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:154,0,423 chrVI 69412 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.341;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:447,0,174 chrVI 69547 . G A 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.308;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:206,0,400 chrVI 69559 . T C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.376;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.366;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:191,0,425 chrVI 69598 . T A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=7.44;ReadPosRankSum=-2.053;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:298,0,257 chrVI 69625 . C T 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.078;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:298,0,253 chrVI 69634 . G A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=30;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=7.93;ReadPosRankSum=2.224;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:268,0,188 chrVI 69682 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.140;DP=47;Dels=0.00;FS=2.843;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.094;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,31:47:99:541,0,262 chrVI 69706 . G C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DP=52;Dels=0.00;FS=4.540;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.838;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:52:99:497,0,349 chrVI 69778 . T C 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=48;Dels=0.00;FS=2.627;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.935;QD=19.69;ReadPosRankSum=2.348;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:978,111,0 chrVI 69817 . T C 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.40;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:906,105,0 chrVI 70009 . G A 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=19.73;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:901,99,0 chrVI 70057 . C T 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.55;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1266,138,0 chrVI 70279 . A T 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.09;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1158,126,0 chrVI 70295 . G A 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=15.52;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:933,105,0 chrVI 70309 . T C 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=18.14;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1103,126,0 chrVI 70348 . T A 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=19.33;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1135,123,0 chrVI 70408 . G A 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=17.93;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1396,162,0 chrVI 70639 . G A 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=20.29;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1068,117,0 chrVI 70822 . T C 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=16.29;ReadPosRankSum=1.473;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:78:701,78,0 chrVI 70827 . G A 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=14.20;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:72:672,72,0 chrVI 70891 . G A 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=17.04;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:96:868,96,0 chrVI 70957 . T C 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=41;Dels=0.00;FS=8.926;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=2.149;QD=18.49;ReadPosRankSum=2.149;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:90:791,90,0 chrVI 71011 . A G 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=17.85;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:87:747,87,0 chrVI 71083 . A G 2350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=22.17;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2383,279,0 chrVI 71132 . T C 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.837;DP=135;Dels=0.00;FS=0.751;HaplotypeScore=18.9718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=3.446;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:135:99:1044,0,1310 chrVI 71197 . A G 2395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=23.71;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2428,273,0 chrVI 71500 . G A 2434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=17.14;SB=-1.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:2467,279,0 chrVI 71518 . A G 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=111;Dels=0.00;FS=11.940;HaplotypeScore=2.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.937;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:111:99:2115,227,0 chrVI 71932 . G A 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=19.55;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1851,207,0 chrVI 71950 . C T 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=20.03;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:99:99:2016,213,0 chrVI 71959 . C T 1812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=19.07;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1845,201,0 chrVI 72261 . T A 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=22.29;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1549,171,0 chrVI 72603 . T A 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=18.98;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:849,93,0 chrVI 72607 . T G 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=18.21;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:798,93,0 chrVI 72636 . T C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=61;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:410,0,276 chrVI 72806 . G A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.244;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:213,0,214 chrVI 72876 . C T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=42;Dels=0.00;FS=9.212;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.556;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:340,0,314 chrVI 72886 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=44;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.259;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:304,0,347 chrVI 72919 . G C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=43;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=9.1834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.765;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:307,0,349 chrVI 73033 . T C 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=20.61;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1043,120,0 chrVI 73237 . A G 308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=14.67;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:39:341,39,0 chrVI 73332 . T C 130.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:160,0,378 chrVI 73433 . A T 408.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.327;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:438,0,374 chrVI 73540 . A G 322 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.77;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:355,39,0 chrVI 73633 . T C 422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=22.21;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:51:455,51,0 chrVI 73933 . G A 427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.41;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:460,54,0 chrVI 73981 . T C 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=31;Dels=0.00;FS=6.340;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=16.00;ReadPosRankSum=2.773;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:60:529,60,0 chrVI 74035 . G A 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=16.00;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:72:641,72,0 chrVI 74044 . A G 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.93;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:571,66,0 chrVI 74155 . A G 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:957,108,0 chrVI 74360 . A T 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=20;Dels=0.00;FS=4.887;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:113,0,170 chrVI 74817 . G C 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=35;Dels=0.00;FS=12.125;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=1.09;ReadPosRankSum=2.830;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:68:68,0,350 chrVI 74825 . A C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=30;Dels=0.00;FS=10.212;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.69;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=6.17;ReadPosRankSum=-2.090;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:90:215,0,90 chrVI 74858 . A G 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.87;MQ0=0;QD=1.88;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:9:79,9,0 chrVI 74862 . A G 14.91 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=0;QD=0.57;SB=-1.238e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:26:6:46,6,0 chrVI 75044 . T A 805.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DP=112;Dels=0.00;FS=12.880;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:112:99:835,0,982 chrVI 75052 . G A 799.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.695;DP=103;Dels=0.00;FS=17.801;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.980;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:829,0,723 chrVI 75054 . A G 1841 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=18.79;ReadPosRankSum=1.661;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:1874,216,0 chrVI 75055 . A T 1887 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=19.66;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1920,210,0 chrVI 75101 . A G 270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.02;MQ0=0;QD=10.38;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:36:303,36,0 chrVI 75322 . A G 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=21.30;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1439,162,0 chrVI 75397 . T C 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DP=34;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.494;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:34:99:205,0,275 chrVI 75434 . C T 478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:57:511,57,0 chrVI 75446 . G A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.271;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.454;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:133,0,159 chrVI 75453 . C T 300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=16.67;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39:333,39,0 chrVI 75463 . C T 250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=16.67;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:283,33,0 chrVI 75514 . C T 251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=13.21;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:33:284,33,0 chrVI 76018 . G A 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=8.16;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:27:237,27,0 chrVI 76126 . T C 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=20.27;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:96:844,96,0 chrVI 76268 . G T 111.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=12.36;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:144,15,0 chrVI 76442 . G A 724 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;QD=11.68;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:62:87:757,87,0 chrVI 76481 . G A 559 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=12.42;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:66:592,66,0 chrVI 76487 . T C 459 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.34;MQ0=0;QD=11.77;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:54:492,54,0 chrVI 76495 . A C 375 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=39;Dels=0.00;FS=10.792;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=9.62;ReadPosRankSum=2.576;SB=-6.794e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:39:45:408,45,0 chrVI 76499 . A C 319.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=38;Dels=0.00;FS=66.324;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.443;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.540;SB=-1.420e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:38:18:352,18,0 chrVI 76503 . T C 179.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=25;Dels=0.00;FS=63.103;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.105;QD=7.16;ReadPosRankSum=2.463;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:209,0,191 chrVI 76505 . T A 153.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.347;DP=26;Dels=0.00;FS=67.252;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.663;QD=5.88;ReadPosRankSum=-2.662;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:183,0,203 chrVI 76507 . T A 146.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.399;DP=26;Dels=0.00;FS=67.252;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.452;QD=5.62;ReadPosRankSum=-3.399;SB=-3.016e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:176,0,204 chrVI 76682 . A G 148.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.81;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:10:21:181,21,0 chrVI 76783 . A G 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=21.00;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:600,66,0 chrVI 76851 . G A 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=22.05;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:893,99,0 chrVI 76860 . C T 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=21.08;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:87:792,87,0 chrVI 76866 . C T 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=20.00;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:673,75,0 chrVI 76914 . T C 429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=15.32;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:51:462,51,0 chrVI 76992 . T C 341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=13.64;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:42:374,42,0 chrVI 77007 . T G 355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=16.14;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:388,45,0 chrVI 77296 . C A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.536;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:285,0,172 chrVI 77340 . G A 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=17.24;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:809,90,0 chrVI 77599 . G A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;DP=42;Dels=0.00;FS=6.795;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:253,0,498 chrVI 77928 . T C 544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.76;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:577,66,0 chrVI 77976 . G A 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=19.33;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:903,96,0 chrVI 78202 . A G 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.89;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:36:96:821,96,0 chrVI 78244 . G A 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.39;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:739,87,0 chrVI 78307 . T C 483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=16.10;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:57:516,57,0 chrVI 78568 . A G 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.82;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1636,189,0 chrVI 78613 . A T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DP=73;Dels=0.00;FS=0.911;HaplotypeScore=9.8651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:546,0,629 chrVI 78750 . G A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.23;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1125,123,0 chrVI 78805 . G T 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=20.71;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1462,162,0 chrVI 78930 . A G 3605.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=156;Dels=0.00;FS=4.421;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=23.11;ReadPosRankSum=1.687;SB=-1.444e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,154:156:99:3605,405,0 chrVI 79343 . G C 2975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.80;SB=-1.536e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:142:99:3008,342,0 chrVI 79488 . C T 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=19.41;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1722,195,0 chrVI 79515 . A G 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=19.12;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1333,150,0 chrVI 79638 . C T 1168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=17.43;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1201,129,0 chrVI 79755 . T C 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=14.26;ReadPosRankSum=1.686;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:77:99:1131,129,0 chrVI 79758 . T C 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=15.32;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1197,132,0 chrVI 79809 . A G 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=18.33;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1628,186,0 chrVI 80049 . G A 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:1730,192,0 chrVI 80160 . T C 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.677;DP=52;Dels=0.00;FS=6.047;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=2.621;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:204,0,557 chrVI 80214 . C A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=83;Dels=0.00;FS=1.084;HaplotypeScore=7.3476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.231;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.188;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:576,0,481 chrVI 80232 . T C 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=20.23;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1813,201,0 chrVI 80328 . T A 1850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.88;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1883,204,0 chrVI 80524 . T C 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=22.51;ReadPosRankSum=1.629;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1541,174,0 chrVI 80683 . C T 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.77;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1328,141,0 chrVI 80725 . A T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;DP=77;Dels=0.00;FS=4.631;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.293;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:601,0,498 chrVI 80830 . A T 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=88;Dels=0.00;FS=8.340;HaplotypeScore=3.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=21.78;ReadPosRankSum=2.366;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:1950,213,0 chrVI 81019 . C T 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.81;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1240,135,0 chrVI 81060 . A G 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=19.05;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1443,168,0 chrVI 81445 . C T 1989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.72;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2022,231,0 chrVI 81673 . A G 1634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=90;Dels=0.00;FS=3.059;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=18.16;ReadPosRankSum=2.313;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1667,195,0 chrVI 81686 . T C 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:100:99:1783,201,0 chrVI 81803 . C T 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.66;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2276,243,0 chrVI 81877 . A G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;DP=61;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.068;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:322,0,328 chrVI 81880 . C G 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=14.02;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:902,105,0 chrVI 81945 . T C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.729;DP=111;Dels=0.00;FS=3.611;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:111:99:722,0,1064 chrVI 82157 . T C 2562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=21.53;ReadPosRankSum=1.645;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:2595,297,0 chrVI 82265 . T C 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.423;DP=116;Dels=0.00;FS=0.691;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:817,0,927 chrVI 82679 . T A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.275;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:573,0,420 chrVI 82879 . A G 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.524;DP=138;Dels=0.00;FS=2.166;HaplotypeScore=12.8471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.968;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.421;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,64:138:99:1043,0,1374 chrVI 82990 . T G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;DP=71;Dels=0.00;FS=2.125;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=9.48;ReadPosRankSum=2.492;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:703,0,547 chrVI 83029 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.930;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:81:99:647,0,602 chrVI 83044 . A G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.496;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:531,0,674 chrVI 83101 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.768;DP=58;Dels=0.00;FS=3.720;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.474;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:557,0,431 chrVI 83105 . G A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;DP=61;Dels=0.00;FS=3.615;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.571;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:495,0,419 chrVI 83181 . A G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.956;DP=126;Dels=0.00;FS=6.829;HaplotypeScore=12.8091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:126:99:761,0,992 chrVI 83323 . C T 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.361;DP=111;Dels=0.00;FS=9.042;HaplotypeScore=6.6775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,60:111:99:1061,0,747 chrVI 83368 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.718;DP=83;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:83:99:690,0,590 chrVI 83401 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=68;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=8.0702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.463;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:487,0,590 chrVI 83410 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.515;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:550,0,402 chrVI 83560 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.830;DP=114;Dels=0.00;FS=1.888;HaplotypeScore=11.1796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.032;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:114:99:732,0,1109 chrVI 83611 . A G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.075;DP=116;Dels=0.00;FS=3.386;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:116:99:669,0,967 chrVI 83687 . G A 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.705;DP=119;Dels=0.00;FS=5.659;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.082;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,62:119:99:1084,0,947 chrVI 83894 . A G 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.434;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:169,0,553 chrVI 83900 . T C 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=20.09;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:917,105,0 chrVI 84102 . C G 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=72;Dels=0.00;FS=4.715;HaplotypeScore=5.8819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:72:99:696,0,555 chrVI 84193 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.596;DP=77;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:707,0,626 chrVI 84235 . A G 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.411;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:818,0,537 chrVI 84382 . A G 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;DP=102;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=10.4474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.642;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:102:99:837,0,939 chrVI 84403 . G T 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.700;DP=92;Dels=0.00;FS=4.008;HaplotypeScore=6.7054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.727;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:92:99:840,0,765 chrVI 84512 . T C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=82;Dels=0.00;FS=4.197;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:715,0,681 chrVI 84689 . T A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;DP=80;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.851;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:587,0,584 chrVI 84736 . A T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.820;DP=68;Dels=0.00;FS=3.327;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.439;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:671,0,502 chrVI 85406 . T C 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=19.47;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1240,138,0 chrVI 85575 . C T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.679;DP=85;Dels=0.00;FS=11.136;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.142;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:665,0,821 chrVI 85688 . G C 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.02;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1399,162,0 chrVI 85718 . T A 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=21.35;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1485,165,0 chrVI 85912 . C G 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DP=111;Dels=0.00;FS=0.739;HaplotypeScore=6.7103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:111:99:962,0,954 chrVI 86322 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.128;DP=91;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.696;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:671,0,689 chrVI 86374 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;DP=72;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:72:99:379,0,800 chrVI 86446 . T C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DP=43;Dels=0.00;FS=2.648;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.619;QD=7.40;ReadPosRankSum=2.520;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:348,0,277 chrVI 86452 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.379;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:401,0,250 chrVI 86499 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=37;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:260,0,290 chrVI 86631 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DP=44;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=5.7689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:304,0,410 chrVI 86721 . G T 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.586;DP=72;Dels=0.00;FS=6.240;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.262;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:72:99:799,0,497 chrVI 87106 . G A 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=121;Dels=0.00;FS=10.080;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.881;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:121:99:924,0,895 chrVI 87400 . C T 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=18.13;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1447,159,0 chrVI 87438 . A G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.475;DP=100;Dels=0.00;FS=6.890;HaplotypeScore=7.4241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.398;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:655,0,858 chrVI 87634 . G A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=109;Dels=0.00;FS=12.528;HaplotypeScore=1.7882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.561;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:975,0,1049 chrVI 87650 . T C 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DP=120;Dels=0.00;FS=6.917;HaplotypeScore=7.3814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.485;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:120:99:1073,0,981 chrVI 87991 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=86;Dels=0.00;FS=16.503;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=4.73;ReadPosRankSum=-2.644;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:86:99:437,0,719 chrVI 88000 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=73;Dels=0.00;FS=20.217;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.919;QD=3.69;ReadPosRankSum=-3.747;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,21:73:99:299,0,659 chrVI 88015 . T C 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=63;Dels=0.00;FS=4.749;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.465;QD=0.43;ReadPosRankSum=-4.891;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,12:63:57:57,0,657 chrVI 88475 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=5.66;ReadPosRankSum=1.163;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:522,0,813 chrVI 88711 . A T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=47;Dels=0.00;FS=16.895;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.867;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:411,0,368 chrVI 88726 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;DP=53;Dels=0.00;FS=11.291;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.203;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:413,0,389 chrVI 88828 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=46;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=7.70;ReadPosRankSum=2.373;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:384,0,374 chrVI 88843 . T A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=57;Dels=0.00;FS=7.296;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.514;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:482,0,384 chrVI 88861 . G T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.132;DP=68;Dels=0.00;FS=2.029;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.734;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:507,0,608 chrVI 89012 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DP=43;Dels=0.00;FS=1.322;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=2.189;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.257;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:302,0,211 chrVI 89086 . A T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.535;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:66:222,0,66 chrVI 89089 . T A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;DP=19;Dels=0.00;FS=2.098;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.798;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:70:204,0,70 chrVI 89110 . C T 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.504;DP=24;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:90:159,0,90 chrVI 89149 . G C 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.982;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:126,0,213 chrVI 89173 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=48;Dels=0.00;FS=6.551;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:342,0,260 chrVI 89272 . G C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=86;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=7.3915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.855;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:86:99:513,0,936 chrVI 89605 . T A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.686;DP=99;Dels=0.00;FS=1.633;HaplotypeScore=13.6723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.778;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:780,0,831 chrVI 89727 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=46;Dels=0.00;FS=1.190;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:293,0,469 chrVI 90217 . A G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=50;Dels=0.00;FS=3.989;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.350;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:425,0,454 chrVI 90244 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.369;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:42:99:429,0,160 chrVI 90286 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.993;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.150;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:50:99:322,0,272 chrVI 90659 . C T 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=18.18;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:651,72,0 chrVI 90767 . C T 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=17.21;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:81:756,81,0 chrVI 90772 . T G 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=16.51;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:78:677,78,0 chrVI 90819 . A G 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=32;Dels=0.00;FS=9.420;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:156,0,261 chrVI 90829 . G A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=33;Dels=0.00;FS=7.731;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:192,0,254 chrVI 90851 . C A 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=17.68;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:96:864,96,0 chrVI 90883 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=60;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:377,0,558 chrVI 91116 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.194;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:414,0,318 chrVI 91190 . C T 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=67;Dels=0.00;FS=2.174;HaplotypeScore=15.8177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.468;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:67:99:761,0,450 chrVI 91475 . C T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=57;Dels=0.00;FS=3.852;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:627,0,360 chrVI 91573 . C T 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.121;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.473;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:997,0,974 chrVI 91902 . C T 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.422;DP=94;Dels=0.00;FS=6.686;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:94:99:978,0,666 chrVI 92092 . G T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;DP=42;Dels=0.00;FS=1.498;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:404,0,298 chrVI 92105 . A G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=46;Dels=0.00;FS=3.337;HaplotypeScore=2.7134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.848;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.110;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:407,0,370 chrVI 92119 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=46;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=4.2726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.124;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:357,0,393 chrVI 92208 . A G 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=2.151;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.090;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:191,0,370 chrVI 92236 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=33;Dels=0.00;FS=15.134;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.095;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:302,0,265 chrVI 92382 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.727;DP=51;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.047;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:396,0,569 chrVI 92383 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;DP=51;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.005;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:51:99:362,0,563 chrVI 92476 . G A 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;DP=49;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=24.7739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.304;QD=0.82;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:70:70,0,337 chrVI 92487 . C A 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.161;DP=52;Dels=0.00;FS=4.289;HaplotypeScore=20.2972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.00;MQ0=0;MQRankSum=-5.105;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.500;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:52:77:77,0,348 chrVI 92502 . G A 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.459;DP=53;Dels=0.00;FS=8.635;HaplotypeScore=25.6010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.406;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.270;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:99,0,353 chrVI 92517 . A C 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DP=68;Dels=0.00;FS=6.430;HaplotypeScore=10.6464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.619;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.470;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,16:68:69:69,0,418 chrVI 92534 . A G 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.342;DP=70;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=74.0937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.19;MQ0=0;MQRankSum=-4.013;QD=1.41;ReadPosRankSum=2.944;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:129,0,447 chrVI 92559 . A G 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;DP=48;Dels=0.00;FS=17.502;HaplotypeScore=33.4886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.212;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:64:64,0,465 chrVI 92570 . A G 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=59;Dels=0.00;FS=3.943;HaplotypeScore=30.4600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.907;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.565;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:59:99:118,0,444 chrVI 92605 . T C 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=48;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.013;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:43:43,0,559 chrVI 92623 . T G 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.592;DP=48;Dels=0.00;FS=1.212;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.089;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.733;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:48:44:44,0,574 chrVI 92735 . T A 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;DP=100;Dels=0.00;FS=1.022;HaplotypeScore=106.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=3.298;QD=0.98;ReadPosRankSum=-5.182;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,17:100:99:128,0,927 chrVI 92770 . G A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=79;Dels=0.00;FS=11.372;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.035;QD=5.94;ReadPosRankSum=-2.005;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:499,0,720 chrVI 92797 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DP=63;Dels=0.00;FS=7.434;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.344;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.213;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:416,0,618 chrVI 93077 . A C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.305;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:478,0,642 chrVI 94111 . G A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=41;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:41:99:180,0,314 chrVI 94477 . A G 636 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=18.71;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:669,78,0 chrVI 94480 . G A 631 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=20.35;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:664,72,0 chrVI 94481 . T C 603 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=19.45;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:636,72,0 chrVI 94726 . A G 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=18.77;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:690,75,0 chrVI 94729 . C T 576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=16.94;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:609,69,0 chrVI 94981 . T C 461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.82;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:57:494,57,0 chrVI 95387 . G C 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=18.08;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:503,54,0 chrVI 95546 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.552;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.298;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:445,0,275 chrVI 95585 . T A 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.64;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:648,75,0 chrVI 95632 . G A 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.24;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:564,63,0 chrVI 95849 . T C 474 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=13.94;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:507,57,0 chrVI 96502 . T C 282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=13.43;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:36:315,36,0 chrVI 96678 . C T 2313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.62;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2346,267,0 chrVI 96802 . G A 395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=17.17;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:428,48,0 chrVI 96814 . G A 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=14.29;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:54:476,54,0 chrVI 96832 . C T 320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=14.55;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:353,39,0 chrVI 96955 . G T 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=14.96;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:93:856,93,0 chrVI 96991 . C T 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=16.48;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1170,129,0 chrVI 97103 . G C 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=22.51;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:956,108,0 chrVI 97235 . T C 302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=15.89;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:39:335,39,0 chrVI 97308 . G A 244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=13.56;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:277,30,0 chrVI 97641 . A T 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=21;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=25.7064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.306;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:56:86,0,56 chrVI 97737 . C T 260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33:293,33,0 chrVI 97944 . C T 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=25.63;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1622,174,0 chrVI 98071 . C T 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=19.37;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:827,90,0 chrVI 98138 . G T 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=13.36;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:72:661,72,0 chrVI 98152 . A T 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=12.85;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:78:714,78,0 chrVI 98252 . G C 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=19.55;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1871,210,0 chrVI 98281 . C T 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=19.25;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1284,144,0 chrVI 98282 . C A 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;QD=16.48;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1088,126,0 chrVI 98330 . G A 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=19.77;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:883,99,0 chrVI 98578 . A T 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=19.69;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1096,123,0 chrVI 98654 . C G 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.20;MQ0=0;QD=14.57;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66:572,66,0 chrVI 98744 . T C 198.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.655;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:27:231,27,0 chrVI 98747 . A T 301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.657;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:36:334,36,0 chrVI 98785 . C T 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=14.28;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:93:847,93,0 chrVI 98835 . T A 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=19.42;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:965,105,0 chrVI 98867 . G A 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=21.02;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:979,108,0 chrVI 99734 . A G 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=23.02;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1115,126,0 chrVI 99800 . C G 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.47;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:892,99,0 chrVI 99816 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.908;DP=48;Dels=0.00;FS=6.349;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.115;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:48:99:348,0,475 chrVI 99817 . G A 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=20.02;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:994,108,0 chrVI 100276 . G T 2414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=19.31;SB=-1.395e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:125:99:2447,273,0 chrVI 100367 . A G 2206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;QD=16.84;SB=-1.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2239,252,0 chrVI 100382 . G A 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.68;MQ0=0;QD=16.69;SB=-1.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2003,216,0 chrVI 100428 . T C 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;QD=13.67;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1250,141,0 chrVI 100449 . C T 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=14.66;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1308,144,0 chrVI 100481 . C G 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=16.56;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:977,114,0 chrVI 100486 . G C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=53;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:53:99:240,0,475 chrVI 100526 . G A 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.97;MQ0=0;QD=15.83;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96:856,96,0 chrVI 100551 . C G 958 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.55;MQ0=0;QD=14.30;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:991,114,0 chrVI 100558 . A G 1013 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=0;QD=14.90;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1046,117,0 chrVI 100560 . T C 973 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=0;QD=14.31;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1006,117,0 chrVI 100561 . A G 939 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=0;QD=13.81;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:972,114,0 chrVI 100566 . T C 1002 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=84;Dels=0.00;FS=8.103;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.650;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1035,117,0 chrVI 100594 . T G 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.20;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.653;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1184,135,0 chrVI 100633 . A G 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DP=79;Dels=0.00;FS=2.762;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=14.10;ReadPosRankSum=2.388;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1147,132,0 chrVI 100677 . T C 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=75;Dels=0.00;FS=9.314;HaplotypeScore=6.2913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=19.32;ReadPosRankSum=2.220;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1482,171,0 chrVI 100859 . G T 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.696;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:128:99:1039,0,1229 chrVI 100932 . G A 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=18.95;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:1928,225,0 chrVI 100946 . A C 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=19.83;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1917,222,0 chrVI 101264 . A T 1347 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.692;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1380,153,0 chrVI 101280 . C A 490.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.169;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=1.536;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:520,0,654 chrVI 101336 . A C 951 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.673;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:984,108,0 chrVI 101439 . A G 236.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=22;Dels=0.00;FS=38.642;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.65;MQ0=0;MQRankSum=2.681;QD=10.75;ReadPosRankSum=-2.171;SB=-4.212e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:22:13:269,13,0 chrVI 101518 . G C 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.31;MQ0=0;QD=13.83;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:66:600,66,0 chrVI 101582 . G T 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.545;DP=84;Dels=0.00;FS=5.157;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=2.862;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.312;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:908,0,714 chrVI 101826 . G A 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=21.35;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1570,168,0 chrVI 101859 . G A 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=19.16;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1355,150,0 chrVI 101913 . A G 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=18.61;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1429,165,0 chrVI 102071 . G A 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=18.77;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:765,84,0 chrVI 102170 . A G 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:973,111,0 chrVI 102345 . G A 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=21.27;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:884,96,0 chrVI 102443 . T C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.755;DP=37;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=2.7687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.230;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:259,0,419 chrVI 102489 . T G 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.09;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:937,105,0 chrVI 102528 . T C 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=32;Dels=0.00;FS=5.883;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.621;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:63:537,63,0 chrVI 102609 . G A 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=16.42;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:87:772,87,0 chrVI 102624 . C T 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=0;QD=13.47;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:81:747,81,0 chrVI 102635 . G A 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;QD=13.64;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:87:783,87,0 chrVI 102744 . C T 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=22.10;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1867,198,0 chrVI 102761 . T C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.189;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:702,0,666 chrVI 102816 . G A 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.73;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1989,219,0 chrVI 102880 . A T 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=21.37;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1230,141,0 chrVI 102885 . A G 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=20.59;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1083,126,0 chrVI 102899 . G A 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=19.78;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:943,99,0 chrVI 102960 . T C 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=19.47;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:773,87,0 chrVI 103002 . A G 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=46;Dels=0.00;FS=3.031;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=21.22;ReadPosRankSum=2.343;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1009,114,0 chrVI 103192 . A G 1904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.010;DP=107;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=17.79;ReadPosRankSum=4.093;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:105:99:1937,216,0 chrVI 103369 . G A 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=14.37;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:938,102,0 chrVI 103374 . A G 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:90:772,90,0 chrVI 103388 . T A 710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.31;MQ0=0;QD=11.64;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:81:743,81,0 chrVI 103389 . T G 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;MQ0=0;QD=11.85;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:84:744,84,0 chrVI 103493 . T C 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=19.24;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1322,153,0 chrVI 103509 . C T 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=19.81;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1499,162,0 chrVI 103548 . G A 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=18.83;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1728,192,0 chrVI 103553 . G A 1566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=17.02;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1599,183,0 chrVI 103689 . C T 2306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=21.55;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2339,264,0 chrVI 103749 . G C 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=19.79;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1161,132,0 chrVI 103824 . T C 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=17.97;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:644,75,0 chrVI 103865 . A C 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=13.60;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:72:645,72,0 chrVI 103933 . A G 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=73.4546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=17.55;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:805,90,0 chrVI 104017 . C T 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.63;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1617,177,0 chrVI 104113 . T C 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=24.15;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:75:661,75,0 chrVI 104192 . G A 151.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=13.73;SB=-1.268e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21:184,21,0 chrVI 104220 . G A 374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=20.78;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:45:407,45,0 chrVI 104240 . C T 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=19.05;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:452,51,0 chrVI 104265 . C T 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=15.89;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:605,69,0 chrVI 104388 . C T 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.92;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:950,102,0 chrVI 104884 . G A 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=14.60;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84:763,84,0 chrVI 104938 . T C 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=17.43;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1166,132,0 chrVI 105370 . A G 357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=18.79;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:390,45,0 chrVI 105427 . A G 287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=10.63;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:36:320,36,0 chrVI 105691 . G A 568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=18.32;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:601,66,0 chrVI 105822 . C T 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.36;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:567,63,0 chrVI 105937 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DP=32;Dels=0.00;FS=11.215;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.652;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:32:99:381,0,140 chrVI 106096 . G A 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=22.24;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1056,114,0 chrVI 106194 . A G 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=22.17;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1230,138,0 chrVI 106461 . T C 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=21.57;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1090,123,0 chrVI 106494 . C G 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=18.18;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1124,129,0 chrVI 106510 . C A 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=16.83;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1144,129,0 chrVI 106655 . A T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=34;Dels=0.00;FS=5.501;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:315,0,180 chrVI 106692 . T C 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=18.32;ReadPosRankSum=2.232;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:78:656,78,0 chrVI 106724 . A G 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=28;Dels=0.00;FS=9.428;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:155,0,278 chrVI 106816 . T G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.192;DP=59;Dels=0.00;FS=4.433;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.902;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:475,0,542 chrVI 106837 . C T 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=35.6625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=22.88;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1612,174,0 chrVI 106991 . A C 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=20.34;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1050,120,0 chrVI 107084 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:273,0,260 chrVI 107085 . T C 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=15.70;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:78:708,78,0 chrVI 107101 . T A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=69;Dels=0.00;FS=3.854;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1101,120,0 chrVI 107198 . T C 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DP=154;Dels=0.00;FS=8.504;HaplotypeScore=24.7913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.439;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,79:154:99:950,0,917 chrVI 107221 . C T 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=130;Dels=0.00;FS=8.447;HaplotypeScore=10.2352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.697;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,69:130:99:780,0,964 chrVI 107363 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;DP=60;Dels=0.00;FS=29.107;HaplotypeScore=6.2353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.534;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:60:99:561,0,457 chrVI 107391 . C A 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.508;DP=57;Dels=0.00;FS=18.880;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:57:99:612,0,365 chrVI 107432 . T C 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=22.42;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1670,189,0 chrVI 107527 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=2.402;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.021;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:778,0,766 chrVI 107735 . A G 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=151;Dels=0.00;FS=1.300;HaplotypeScore=12.6118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.702;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,80:151:99:762,0,1110 chrVI 107738 . C T 2609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=17.39;SB=-1.565e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:2642,288,0 chrVI 107770 . T A 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=113;Dels=0.00;FS=0.781;HaplotypeScore=3.9746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=5.47;ReadPosRankSum=-3.182;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,67:113:78:651,78,0 chrVI 107821 . G A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=146.6575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.09;MQ0=1;MQRankSum=2.458;QD=1.86;ReadPosRankSum=-4.337;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,16:81:40:181,0,40 chrVI 107825 . G A 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;DP=77;Dels=0.00;FS=1.443;HaplotypeScore=115.9298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.98;MQ0=1;MQRankSum=2.098;QD=0.95;ReadPosRankSum=-4.633;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,10:77:99:103,0,241 chrVI 107838 . C T 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;DP=78;Dels=0.00;FS=6.150;HaplotypeScore=39.5778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.84;MQ0=1;MQRankSum=-1.228;QD=1.50;ReadPosRankSum=-4.817;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,15:78:99:147,0,513 chrVI 107844 . G A 571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.49;MQ0=1;QD=8.40;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:66:604,66,0 chrVI 108011 . C A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;DP=69;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=2.214;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.282;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:555,0,597 chrVI 108539 . T G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:390,0,356 chrVI 109112 . C T 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.037;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.548;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:653,0,449 chrVI 109331 . T G 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=90;Dels=0.00;FS=5.438;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=8.46;ReadPosRankSum=2.852;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:90:99:791,0,744 chrVI 109402 . A C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=75;Dels=0.00;FS=4.535;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.055;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:440,0,546 chrVI 109415 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=76;Dels=0.00;FS=2.058;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:76:99:509,0,436 chrVI 109624 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=62;Dels=0.00;FS=3.414;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.058;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:500,0,538 chrVI 110535 . A T 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=122;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.886;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:122:99:1026,0,1008 chrVI 110813 . A T 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=108;Dels=0.00;FS=2.543;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.199;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.057;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:108:99:836,0,992 chrVI 111189 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=45;Dels=0.00;FS=7.916;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.358;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:45:99:297,0,385 chrVI 111421 . T C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.945;DP=77;Dels=0.00;FS=3.122;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.496;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:733,0,581 chrVI 111687 . A G 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.181;DP=82;Dels=0.00;FS=5.755;HaplotypeScore=7.7289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:700,0,672 chrVI 112154 . T C 251.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.434;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:68:99:281,0,634 chrVI 112256 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;DP=59;Dels=0.00;FS=1.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:292,0,558 chrVI 112333 . A G 146.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;DP=30;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:176,0,300 chrVI 112349 . T C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=32;Dels=0.00;FS=3.291;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:206,0,369 chrVI 112749 . G A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DP=45;Dels=0.00;FS=2.771;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.967;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:274,0,375 chrVI 113238 . C T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.874;DP=38;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.944;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:359,0,290 chrVI 113247 . T C 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=22.19;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:854,99,0 chrVI 113274 . A T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;DP=31;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:257,0,171 chrVI 113283 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:230,0,271 chrVI 113328 . C T 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DP=37;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=4.0174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:195,0,410 chrVI 113389 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=42;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.486;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:317,0,287 chrVI 113399 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DP=38;Dels=0.00;FS=2.826;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.979;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:257,0,283 chrVI 113483 . C T 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.712;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:202,0,424 chrVI 113586 . C A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=51;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:337,0,301 chrVI 113778 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.152;DP=51;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:379,0,438 chrVI 113799 . C T 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=20.64;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1189,132,0 chrVI 113820 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=62;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.076;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:514,0,393 chrVI 113835 . T G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:99:238,0,563 chrVI 113910 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=31;Dels=0.00;FS=5.979;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.806;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:31:99:363,0,157 chrVI 114126 . T A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.994;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.905;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:455,0,281 chrVI 114156 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=60;Dels=0.00;FS=9.093;HaplotypeScore=5.1675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.215;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:334,0,372 chrVI 114171 . A T 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=71;Dels=0.00;FS=4.710;HaplotypeScore=4.9647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=18.63;ReadPosRankSum=1.683;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1356,150,0 chrVI 114217 . G A 345.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.043;DP=65;Dels=0.05;FS=24.512;HaplotypeScore=14.7598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=3.091;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:375,0,317 chrVI 114234 . A G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;DP=70;Dels=0.00;FS=15.038;HaplotypeScore=9.9047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.423;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:288,0,596 chrVI 114251 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=79;Dels=0.00;FS=6.436;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.505;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.468;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:79:99:282,0,725 chrVI 114275 . C G 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=18.25;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1347,150,0 chrVI 114277 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=72;Dels=0.00;FS=6.125;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.315;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:246,0,851 chrVI 114294 . A T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.021;DP=75;Dels=0.00;FS=3.697;HaplotypeScore=4.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.320;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:272,0,845 chrVI 114340 . T C 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=21.95;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1679,189,0 chrVI 114541 . T C 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=104;Dels=0.00;FS=4.218;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=17.49;ReadPosRankSum=1.698;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:1852,216,0 chrVI 114563 . A C 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.048;DP=112;Dels=0.00;FS=4.764;HaplotypeScore=14.8189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:112:99:1001,0,629 chrVI 114850 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;DP=82;Dels=0.00;FS=13.672;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:82:99:577,0,726 chrVI 114918 . C T 3407.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=19.36;SB=-1.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:176:99:3407,390,0 chrVI 115080 . C T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.044;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.997;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:697,0,817 chrVI 115088 . T C 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=23.64;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1924,213,0 chrVI 115106 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.36;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:512,0,541 chrVI 115119 . T C 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.63;MQ0=0;QD=16.49;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1072,123,0 chrVI 115181 . G A 180.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.92;MQ0=0;QD=3.91;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:24:213,24,0 chrVI 115265 . T A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.418;DP=65;Dels=0.00;FS=17.245;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.162;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:424,0,424 chrVI 115291 . C T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DP=65;Dels=0.00;FS=3.845;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:65:99:347,0,575 chrVI 115411 . A C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.197;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:511,0,461 chrVI 115494 . C G 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=16.96;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1220,141,0 chrVI 115754 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DP=78;Dels=0.00;FS=4.648;HaplotypeScore=43.0405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.304;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:78:99:344,0,781 chrVI 116037 . A G 626.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.478;DP=100;Dels=0.00;FS=18.264;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:100:99:656,0,875 chrVI 116042 . G A 726.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.706;DP=101;Dels=0.00;FS=15.395;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.608;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:756,0,674 chrVI 116045 . T C 1744 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=100;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:1777,204,0 chrVI 116186 . C T 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.36;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1208,129,0 chrVI 116258 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.921;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.530;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:462,0,441 chrVI 116295 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=53;Dels=0.00;FS=1.365;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:386,0,341 chrVI 116297 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.345;DP=53;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:53:99:430,0,365 chrVI 116377 . G A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;DP=64;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:350,0,595 chrVI 116573 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=59;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:270,0,581 chrVI 116660 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.827;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:502,0,523 chrVI 116839 . G C 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=19.09;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1274,141,0 chrVI 117179 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.585;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:478,0,358 chrVI 117833 . G A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DP=55;Dels=0.00;FS=16.821;HaplotypeScore=7.2470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,39:55:99:593,0,287 chrVI 118097 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=29;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=3.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.676;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:255,0,213 chrVI 118346 . A G 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=21.91;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1435,159,0 chrVI 118499 . T C 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=17.87;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1034,120,0 chrVI 118563 . C A 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=21.96;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1592,171,0 chrVI 118595 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.505;DP=68;Dels=0.00;FS=3.665;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=2.710;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:654,0,482 chrVI 118597 . C G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;DP=65;Dels=0.00;FS=3.704;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.751;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.739;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:409,0,729 chrVI 118614 . G C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=58;Dels=0.00;FS=3.764;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:409,0,549 chrVI 118653 . T C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.095;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:315,0,273 chrVI 118682 . T C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DP=48;Dels=0.00;FS=2.627;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.396;QD=3.35;ReadPosRankSum=2.076;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:191,0,422 chrVI 118701 . T C 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.127;DP=52;Dels=0.00;FS=6.082;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:249,0,623 chrVI 118737 . C T 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=55;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,18:55:99:237,0,634 chrVI 118792 . C A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:478,0,558 chrVI 118816 . C T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.805;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:435,0,651 chrVI 118946 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.578;DP=44;Dels=0.00;FS=4.451;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=2.227;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:418,0,308 chrVI 119009 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;DP=35;Dels=0.00;FS=7.794;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.522;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:266,0,276 chrVI 119078 . G T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.433;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:72:99:393,0,770 chrVI 119143 . G A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.682;DP=138;Dels=0.01;FS=0.728;HaplotypeScore=9.6420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.561;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:137:99:578,0,1354 chrVI 119156 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.739;DP=137;Dels=0.00;FS=4.835;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.614;QD=3.90;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,60:137:99:564,0,1437 chrVI 119224 . G C 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=21.14;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1745,192,0 chrVI 119266 . C A,G 627.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.34;MQ0=0;QD=13.34;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,30,17:47:99:687,181,115,506,0,482 chrVI 119276 . A G 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=11.4471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=16.02;ReadPosRankSum=1.582;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:90:770,90,0 chrVI 119328 . T C 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=16.10;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:870,102,0 chrVI 119374 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.099;DP=85;Dels=0.00;FS=7.567;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:626,0,829 chrVI 119414 . G A 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=22.65;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2230,243,0 chrVI 119659 . C T 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=19.59;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1600,180,0 chrVI 119681 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.661;DP=70;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=5.4319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:496,0,543 chrVI 119749 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=78;Dels=0.00;FS=4.473;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:78:99:641,0,596 chrVI 120002 . T A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=104;Dels=0.00;FS=7.838;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:104:99:867,0,856 chrVI 120015 . C T 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;DP=98;Dels=0.00;FS=1.704;HaplotypeScore=5.1106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,57:98:99:805,0,740 chrVI 120204 . T C 1478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=3.889;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=20.53;ReadPosRankSum=1.683;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1511,171,0 chrVI 120376 . G A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=2.401;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:674,0,843 chrVI 120381 . C T 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.638;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:824,0,690 chrVI 120516 . C T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;DP=95;Dels=0.00;FS=2.790;HaplotypeScore=9.6333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.762;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:95:99:583,0,985 chrVI 120550 . C T 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2231,243,0 chrVI 120736 . G A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=68;Dels=0.00;FS=3.241;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:483,0,719 chrVI 120772 . G C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.052;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:73:99:608,0,697 chrVI 120970 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DP=91;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.192;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:91:99:550,0,940 chrVI 121195 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.906;DP=106;Dels=0.00;FS=15.438;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=5.49;ReadPosRankSum=-2.102;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:106:99:612,0,954 chrVI 121761 . T A 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=83;Dels=0.00;FS=8.644;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=22.88;ReadPosRankSum=2.361;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:99:1932,207,0 chrVI 123799 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.424;DP=73;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=8.2896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.604;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:577,0,536 chrVI 125664 . G A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.996;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.727;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:797,0,607 chrVI 126367 . G A 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=95;Dels=0.00;FS=2.761;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:824,0,780 chrVI 126743 . G A 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.504;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:691,0,532 chrVI 127002 . T G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=57;Dels=0.00;FS=7.819;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=5.23;ReadPosRankSum=2.379;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:328,0,471 chrVI 128175 . T C 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=19.48;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1085,123,0 chrVI 128325 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.098;DP=85;Dels=0.00;FS=1.997;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.931;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.005;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:85:99:493,0,876 chrVI 128803 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.965;DP=51;Dels=0.00;FS=2.625;HaplotypeScore=5.1197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:523,0,418 chrVI 128932 . A G 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=40;Dels=0.00;FS=4.859;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:197,0,451 chrVI 128987 . C T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.278;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:385,0,310 chrVI 129074 . C T 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.62;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1002,111,0 chrVI 129214 . C T 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.501;DP=74;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=8.3026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.890;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:74:99:811,0,520 chrVI 129281 . T G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=33;Dels=0.00;FS=5.871;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=12.64;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,24:33:82:447,0,82 chrVI 129743 . T A 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.20;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:861,96,0 chrVI 131087 . T C 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.661;DP=126;Dels=0.00;FS=8.735;HaplotypeScore=8.9250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.783;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.867;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:126:99:1015,0,1061 chrVI 131200 . C T 1421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.20;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1454,165,0 chrVI 131317 . T A 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.41;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1339,153,0 chrVI 131567 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.288;DP=49;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.756;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:49:99:468,0,323 chrVI 131646 . T C 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.190;DP=61;Dels=0.00;FS=8.629;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=20.31;ReadPosRankSum=3.307;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1272,144,0 chrVI 131953 . A G 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.49;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1585,180,0 chrVI 132250 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;DP=97;Dels=0.00;FS=31.522;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.452;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:97:99:623,0,1032 chrVI 132559 . A G 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.834;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=11.96;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:83:99:1023,0,480 chrVI 132585 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.117;DP=81;Dels=0.00;FS=11.579;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:81:99:501,0,951 chrVI 132667 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=87;Dels=0.00;FS=16.038;HaplotypeScore=8.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.166;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:678,0,657 chrVI 132730 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=75;Dels=0.00;FS=24.007;HaplotypeScore=8.9197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:549,0,605 chrVI 132951 . A G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;DP=66;Dels=0.00;FS=17.409;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.278;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:66:99:692,0,396 chrVI 133255 . A G 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DP=62;Dels=0.00;FS=5.582;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=16.65;ReadPosRankSum=2.887;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1065,120,0 chrVI 133441 . A G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;DP=69;Dels=0.00;FS=3.775;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:547,0,538 chrVI 134104 . A T 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=93;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.196;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:965,0,792 chrVI 134123 . T G 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.76;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1854,213,0 chrVI 134248 . G A 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DP=62;Dels=0.00;FS=3.703;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.376;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:62:99:774,0,349 chrVI 134422 . A G 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=132;Dels=0.00;FS=5.322;HaplotypeScore=15.9716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.109;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:132:99:1025,0,1040 chrVI 134477 . C T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.126;DP=95;Dels=0.00;FS=9.604;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:95:99:776,0,808 chrVI 134528 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.725;DP=57;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.993;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:436,0,545 chrVI 134670 . C T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.803;DP=85;Dels=0.00;FS=5.849;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.253;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:524,0,891 chrVI 134777 . C T 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=107;Dels=0.00;FS=3.677;HaplotypeScore=11.4015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.308;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:1025,0,625 chrVI 134989 . C A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;DP=67;Dels=0.00;FS=4.857;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:359,0,729 chrVI 135481 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DP=46;Dels=0.00;FS=7.340;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.022;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:194,0,478 chrVI 135730 . T G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.684;DP=52;Dels=0.00;FS=5.482;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:52:99:564,0,358 chrVI 135874 . G A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=48;Dels=0.00;FS=4.283;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:420,0,360 chrVI 135975 . T A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.171;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:109:99:791,0,1191 chrVI 135976 . T A 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=108;Dels=0.00;FS=0.805;HaplotypeScore=4.2735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:801,0,1091 chrVI 136585 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.929;DP=50;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=8.30;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:445,0,416 chrVI 137019 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=55;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=3.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.615;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:369,0,620 chrVI 137241 . C G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.186;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:572,0,572 chrVI 137349 . A C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;DP=78;Dels=0.00;FS=2.005;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.477;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.262;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:514,0,897 chrVI 137735 . G A 1768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=85;Dels=0.00;FS=15.664;HaplotypeScore=7.1167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=1;MQRankSum=1.187;QD=20.80;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:1801,139,0 chrVI 137880 . T C 362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.28;MQ0=0;QD=19.05;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:395,45,0 chrVI 138191 . T A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.74;MQ0=4;QD=4.30;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,2:6:6:57,6,0 chrVI 138202 . A C 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=1;QD=6.93;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:3:6:52,6,0 chrVI 138231 . C T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.49;MQ0=28;QD=0.79;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,2:30:6:55,6,0 chrVI 143871 . A T 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-2.175e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:52,6,0 chrVI 144370 . C A 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=18.82;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:748,84,0 chrVI 144681 . T A 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=22.87;ReadPosRankSum=1.659;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1131,123,0 chrVI 144890 . G A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=79;Dels=0.00;FS=20.874;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-5.013;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:79:99:121,0,906 chrVI 144966 . G A 877.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=125;Dels=0.00;FS=32.258;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:125:99:907,0,1334 chrVI 145086 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=77;Dels=0.00;FS=34.562;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=7.21;ReadPosRankSum=2.222;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:77:99:585,0,766 chrVI 145110 . A G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=67;Dels=0.00;FS=29.755;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.314;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:572,0,576 chrVI 145405 . T C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.178;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,51:133:99:747,0,1477 chrVI 145543 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=59;Dels=0.00;FS=2.212;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:508,0,422 chrVI 145894 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=81;Dels=0.00;FS=1.869;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:817,0,576 chrVI 146049 . T C 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=92;Dels=0.00;FS=1.767;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.406;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:717,0,645 chrVI 146074 . C T 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.086;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.454;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:735,0,872 chrVI 146172 . T C 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.500;DP=85;Dels=0.00;FS=7.339;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.036;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:858,0,606 chrVI 146334 . G A 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:327,0,515 chrVI 146341 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DP=56;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:365,0,553 chrVI 146469 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.862;DP=56;Dels=0.00;FS=4.072;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.018;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:269,0,519 chrVI 146545 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.994;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:55:99:316,0,491 chrVI 146869 . G C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;DP=41;Dels=0.00;FS=20.853;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.849e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:320,0,257 chrVI 146887 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=45;Dels=0.00;FS=23.822;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-2.229e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:292,0,376 chrVI 147065 . A T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=44;Dels=0.00;FS=9.819;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.184;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:255,0,257 chrVI 147067 . A T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=45;Dels=0.00;FS=9.267;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.460;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:181,0,246 chrVI 147109 . G A 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=47;Dels=0.00;FS=5.030;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.398;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:106,0,408 chrVI 147121 . C T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.622;DP=42;Dels=0.00;FS=6.236;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.050;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:68:68,0,391 chrVI 147171 . C G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DP=32;Dels=0.00;FS=7.935;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=2.492;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:309,0,169 chrVI 147298 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:293,0,227 chrVI 147466 . G A 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=17.93;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1288,144,0 chrVI 147986 . G A 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.52;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1023,111,0 chrVI 148339 . G A 123.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=23;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:92:153,0,92 chrVI 148358 . G A 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:151,0,171 chrVI 148368 . C G 218.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=27;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:248,0,141 chrVI 148496 . C T 65.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.173;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:95:95,0,431 chrVI 148573 . G A 53.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9:86,9,0 chrVI 148700 . C T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:62:62,0,474 chrVI 148751 . G A 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.639;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.409;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:114,0,432 chrVI 148756 . T C 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.250;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.253;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:127,0,453 chrVI 148828 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=22;Dels=0.00;FS=4.200;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.375;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:157,0,254 chrVI 148875 . T C 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DP=37;Dels=0.00;FS=16.785;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:231,0,375 chrVI 148977 . T C 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=18.96;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1095,123,0 chrVI 148978 . T C 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=19.31;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1095,123,0 chrVI 149084 . C T 2386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=25.12;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:2419,258,0 chrVI 149230 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=84;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:84:99:659,0,849 chrVI 149493 . A G 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.375;DP=84;Dels=0.00;FS=9.374;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.069;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:822,0,603 chrVI 149514 . G A 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=21.80;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1995,210,0 chrVI 149844 . T A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=84;Dels=0.00;FS=8.940;HaplotypeScore=48.9596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.861;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:771,0,565 chrVI 149865 . T A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.698;DP=80;Dels=0.00;FS=9.716;HaplotypeScore=5.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.025;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:665,0,495 chrVI 150002 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.030;DP=93;Dels=0.00;FS=21.477;HaplotypeScore=10.3800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.098;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:753,0,769 chrVI 150192 . G A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.127;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:791,0,470 chrVI 150453 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.031;DP=75;Dels=0.00;FS=8.636;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.721;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:75:99:464,0,858 chrVI 150579 . G A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.230;DP=56;Dels=0.00;FS=7.437;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:504,0,588 chrVI 150801 . G A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.355;DP=68;Dels=0.00;FS=6.718;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.543;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:451,0,667 chrVI 150822 . T A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.057;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:581,0,595 chrVI 150855 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=72;Dels=0.00;FS=1.974;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.724;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:72:99:486,0,790 chrVI 151032 . T C 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.138;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,59:128:99:958,0,1256 chrVI 151587 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=58;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.633;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:488,0,432 chrVI 151716 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.545;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:440,0,617 chrVI 152831 . G A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=48;Dels=0.00;FS=8.290;HaplotypeScore=8.1081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.691;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:337,0,397 chrVI 152981 . C T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DP=74;Dels=0.00;FS=2.104;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=8.23;ReadPosRankSum=-2.151;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:639,0,730 chrVI 153106 . C T 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:38:99:179,0,339 chrVI 153178 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DP=59;Dels=0.00;FS=3.817;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.874;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:441,0,557 chrVI 153193 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.890;DP=57;Dels=0.00;FS=2.293;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=2.538;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:451,0,473 chrVI 153323 . T A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;DP=84;Dels=0.00;FS=1.797;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.359;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:420,0,712 chrVI 153342 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=98;Dels=0.00;FS=0.769;HaplotypeScore=9.9042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=3.62;ReadPosRankSum=2.142;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:385,0,927 chrVI 153360 . A G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.627;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:89:99:294,0,912 chrVI 153410 . A G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=65;Dels=0.00;FS=0.985;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.393;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:266,0,803 chrVI 153710 . C T 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DP=90;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.771;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:762,0,652 chrVI 153974 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.746;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:74:99:395,0,587 chrVI 153977 . T C 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1309,153,0 chrVI 154568 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.291;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.724;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:324,0,477 chrVI 154845 . A G 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=58;Dels=0.00;FS=6.277;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.393;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:280,0,749 chrVI 154989 . C T 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.930;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:947,0,631 chrVI 155037 . T G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.652;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:45:99:563,0,279 chrVI 155068 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=43;Dels=0.00;FS=12.493;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.193;SB=-2.235e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:487,0,231 chrVI 155127 . G T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.029;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.028;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:436,0,358 chrVI 155140 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.961;DP=61;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=5.1582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.351;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:61:99:558,0,440 chrVI 155178 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;DP=65;Dels=0.00;FS=6.730;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:65:99:672,0,376 chrVI 155228 . C A 1121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.590;DP=120;Dels=0.00;FS=0.682;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:120:99:1151,0,1046 chrVI 155241 . T G 2858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=126;Dels=0.00;FS=3.487;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=22.68;ReadPosRankSum=1.649;SB=-1.324e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:126:99:2891,324,0 chrVI 155336 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:682,0,598 chrVI 155681 . G T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.923;DP=55;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.290;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:55:99:392,0,432 chrVI 156120 . A G 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:198,0,292 chrVI 156339 . C A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=63;Dels=0.00;FS=2.375;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:427,0,584 chrVI 156354 . T G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=66;Dels=0.00;FS=2.376;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=1.744;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.138;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:490,0,619 chrVI 156375 . T C 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=22.67;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1416,165,0 chrVI 156651 . G A 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.59;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1760,192,0 chrVI 156765 . C T 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=16.57;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1408,156,0 chrVI 156770 . A G 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=15.20;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1264,150,0 chrVI 156786 . A G 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=14.70;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1194,135,0 chrVI 156928 . C T 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=20.93;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1184,129,0 chrVI 157162 . G A 1168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=19.47;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1201,135,0 chrVI 157272 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=69;Dels=0.00;FS=4.699;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:537,0,529 chrVI 157416 . T C 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.96;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:931,105,0 chrVI 157867 . G A 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.87;MQ0=0;QD=13.92;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1119,120,0 chrVI 157872 . G A 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.53;MQ0=0;QD=14.82;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1130,120,0 chrVI 157884 . T A 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.22;MQ0=0;QD=11.20;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:87:806,87,0 chrVI 157890 . A G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;DP=75;Dels=0.00;FS=2.179;HaplotypeScore=64.2686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.884;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:284,0,405 chrVI 157913 . G A 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.36;MQ0=0;QD=10.21;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:81:717,81,0 chrVI 158024 . T A 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=18.03;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1259,141,0 chrVI 158037 . G A 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.56;MQ0=0;QD=16.49;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1006,108,0 chrVI 158046 . G C 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=16.68;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:867,99,0 chrVI 158080 . T C 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.682;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:70:99:1119,129,0 chrVI 158086 . T C 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.82;MQ0=0;QD=14.09;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1005,114,0 chrVI 158136 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.206;DP=89;Dels=0.00;FS=2.849;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.530;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:639,0,793 chrVI 158168 . G A 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=20.19;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1588,177,0 chrVI 158256 . A T 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=21.81;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1647,183,0 chrVI 158283 . A G 1331 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=5.643;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.687;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1364,159,0 chrVI 158289 . G A 1143 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.48;MQ0=0;QD=15.24;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1176,135,0 chrVI 158290 . G A 1279 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.48;MQ0=0;QD=17.05;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1312,141,0 chrVI 158337 . A G 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=12.57;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:913,105,0 chrVI 158348 . T G 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.53;MQ0=0;QD=13.45;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:894,105,0 chrVI 158375 . T C 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.26;MQ0=0;QD=18.33;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1041,117,0 chrVI 158505 . A G 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=20.86;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1577,180,0 chrVI 158535 . G A 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=23.03;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2175,234,0 chrVI 158715 . A G 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=88;Dels=0.00;FS=4.531;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=16.82;ReadPosRankSum=1.693;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1513,171,0 chrVI 158716 . A G 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=18.15;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1558,174,0 chrVI 158744 . T A 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=16.38;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1409,159,0 chrVI 158840 . G T 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=17.27;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1397,159,0 chrVI 158910 . C G 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=114;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=4.1760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.505;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:114:99:779,0,1011 chrVI 159117 . T A 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=83;Dels=0.00;FS=4.667;HaplotypeScore=4.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.845;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:83:99:1295,144,0 chrVI 159165 . G A 2201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=21.16;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2234,243,0 chrVI 159235 . G C 2040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=21.25;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2073,228,0 chrVI 159554 . A G 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.26;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1680,189,0 chrVI 159623 . G A 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=18.04;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:935,102,0 chrVI 159710 . G A 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.34;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1130,123,0 chrVI 159955 . T G 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.42;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1468,171,0 chrVI 160138 . T A 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=128;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=6.7716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.357;SB=-1.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2448,285,0 chrVI 160515 . G A 2291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=21.82;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2324,252,0 chrVI 160553 . G A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=78;Dels=0.03;FS=2.270;HaplotypeScore=41.3709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:451,0,772 chrVI 160603 . A C 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=13.66;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:75:634,75,0 chrVI 160696 . G A 2988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:131:99:3021,330,0 chrVI 161044 . G C 2118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=18.26;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2151,252,0 chrVI 161071 . C T 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=19.60;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1993,213,0 chrVI 161110 . G A 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=18.28;SB=-1.310e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:2172,237,0 chrVI 161152 . T C 1942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=100;Dels=0.00;FS=2.968;HaplotypeScore=4.0178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=19.42;ReadPosRankSum=2.327;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:1975,228,0 chrVI 161167 . T C 2232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=114;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=19.58;ReadPosRankSum=2.320;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:2265,264,0 chrVI 161393 . T C 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.582;DP=67;Dels=0.00;FS=5.125;HaplotypeScore=5.9035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.771;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.635;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:721,0,386 chrVI 161436 . T C 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=17.67;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1676,189,0 chrVI 161506 . A G 2233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.018;DP=115;Dels=0.00;FS=4.670;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=19.42;ReadPosRankSum=4.106;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:115:99:2266,261,0 chrVI 161565 . A G 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.717;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=19.45;ReadPosRankSum=3.717;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:80:99:1589,180,0 chrVI 161583 . T C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=9.09;ReadPosRankSum=2.117;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:68:99:648,0,295 chrVI 161636 . A G 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=70;Dels=0.01;FS=5.836;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=23.91;ReadPosRankSum=1.682;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1707,192,0 chrVI 161858 . C T 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=18.47;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1086,120,0 chrVI 161877 . G A 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=17.59;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:842,90,0 chrVI 161967 . G C 2033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=100;Dels=0.01;FS=3.053;HaplotypeScore=19.5836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=1;MQRankSum=2.400;QD=20.33;ReadPosRankSum=0.616;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:2066,212,0 chrVI 162051 . A G 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=19.00;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:1914,222,0 chrVI 162111 . A G 2841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=24.28;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2874,315,0 chrVI 162183 . A T 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=22.46;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1785,192,0 chrVI 162197 . T C 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=15.14;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:90:805,90,0 chrVI 162211 . T A 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=20.09;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:957,105,0 chrVI 162392 . T C 2734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=137;Dels=0.00;FS=7.084;HaplotypeScore=12.6624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.122;QD=19.96;ReadPosRankSum=2.268;SB=-1.431e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:137:99:2767,321,0 chrVI 162613 . G A 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=21.15;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:900,96,0 chrVI 162772 . C T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:65:99:525,0,513 chrVI 162872 . A G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.395;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1064,100,0 chrVI 163321 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.006;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:435,0,624 chrVI 163435 . A G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.125;DP=133;Dels=0.00;FS=7.159;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.881;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,42:133:99:551,0,1773 chrVI 163447 . A G 2681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.98;SB=-1.543e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:99:2714,303,0 chrVI 163549 . G A 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=17.80;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:763,87,0 chrVI 164557 . A G 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=4.281;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=19.64;ReadPosRankSum=1.629;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1349,159,0 chrVI 164883 . G T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;DP=79;Dels=0.01;FS=4.636;HaplotypeScore=16.8889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:78:99:499,0,485 chrVI 164935 . A T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;DP=68;Dels=0.00;FS=6.967;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:724,0,475 chrVI 165111 . A G 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.999;DP=60;Dels=0.00;FS=5.443;HaplotypeScore=3.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.833;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:662,0,357 chrVI 166074 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=9.42;ReadPosRankSum=2.223;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:388,0,168 chrVI 166578 . A T 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=112;Dels=0.00;FS=1.723;HaplotypeScore=9.7898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.575;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:112:99:1070,0,802 chrVI 166669 . C T 1443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DP=126;Dels=0.00;FS=5.725;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.343;QD=11.45;ReadPosRankSum=-2.082;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,76:126:99:1473,0,849 chrVI 166715 . T C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.913;DP=78;Dels=0.00;FS=1.910;HaplotypeScore=10.7534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.130;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:658,0,648 chrVI 167082 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=79;Dels=0.00;FS=1.834;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:758,0,575 chrVI 167178 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.182;DP=47;Dels=0.00;FS=11.630;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.649;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:383,0,402 chrVI 167198 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=38;Dels=0.00;FS=8.287;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:405,0,280 chrVI 167265 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.944;DP=61;Dels=0.00;FS=1.428;HaplotypeScore=5.8324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.195;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:470,0,329 chrVI 167366 . C T 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.070;DP=123;Dels=0.00;FS=6.972;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.080;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,51:123:99:780,0,1103 chrVI 167402 . C T 60.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=63;Dels=0.00;FS=8.377;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-4.208;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.413;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:63:90:90,0,939 chrVI 167403 . C G 57.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;DP=63;Dels=0.00;FS=8.377;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.624;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:63:87:87,0,937 chrVI 167410 . A G 1099 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=63;Dels=0.00;FS=7.788;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=17.44;ReadPosRankSum=2.372;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1132,132,0 chrVI 167598 . T C 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:127,0,375 chrVI 167615 . G A 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.840;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:73:73,0,375 chrVI 167705 . A G 364 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=18.20;SB=-6.777e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:397,45,0 chrVI 167776 . T C 168.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.803;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:198,0,323 chrVI 167782 . T C 149.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.483;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:179,0,312 chrVI 167789 . C T 157.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.741;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:187,0,370 chrVI 168102 . T A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.351;DP=73;Dels=0.00;FS=1.977;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.783;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:605,0,587 chrVI 168104 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;DP=73;Dels=0.00;FS=3.321;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.087;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:521,0,661 chrVI 168202 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=6.45;ReadPosRankSum=-2.337;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:101:99:681,0,804 chrVI 168241 . T C 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=17.54;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1506,168,0 chrVI 168380 . T C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=45;Dels=0.00;FS=4.517;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:304,0,207 chrVI 168408 . G C 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;QD=13.52;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:479,57,0 chrVI 168422 . C T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.037;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:233,0,169 chrVI 168596 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;DP=80;Dels=0.00;FS=3.002;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.604;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:714,0,435 chrVI 168665 . A G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;DP=45;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=4.3421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.400;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:393,0,288 chrVI 168728 . A G 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.71;MQ0=0;QD=16.55;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:662,72,0 chrVI 168886 . A T 412.46 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.075;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=35.7734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.965;SB=-1.125e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:1:441,0,1 chrVI 168984 . T C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.479;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:225,0,278 chrVI 169035 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:391,0,257 chrVI 169207 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=39;Dels=0.00;FS=1.795;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:325,0,322 chrVI 169244 . G A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=39;Dels=0.00;FS=1.448;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:374,0,351 chrVI 169392 . A G 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=18.61;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1224,141,0 chrVI 169591 . T C 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=22.85;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1427,165,0 chrVI 169635 . A G 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=17.73;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1522,168,0 chrVI 169649 . T G 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=18.27;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1531,177,0 chrVI 169872 . A G 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1677,189,0 chrVI 169900 . A C 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=21.76;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1665,192,0 chrVI 169942 . T C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;DP=68;Dels=0.00;FS=3.453;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.863;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:555,0,395 chrVI 170021 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:66:99:561,0,268 chrVI 170209 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.187;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:277,0,534 chrVI 170262 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:380,0,533 chrVI 170423 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;DP=68;Dels=0.00;FS=4.623;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=7.07;ReadPosRankSum=-2.086;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:511,0,575 chrVI 170473 . G A 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=77;Dels=0.00;FS=2.037;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=11.30;ReadPosRankSum=2.162;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,50:77:99:900,0,339 chrVI 170497 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=72;Dels=0.00;FS=7.063;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,21:72:99:242,0,929 chrVI 170686 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.710;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:533,0,696 chrVI 170689 . A C 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=70;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.030;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:696,0,525 chrVI 170794 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:423,0,433 chrVI 170946 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.854;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:52:99:485,0,401 chrVI 171023 . A G 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=18.29;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:90:99:1679,189,0 chrVI 171103 . G T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=70;Dels=0.00;FS=5.112;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:264,0,922 chrVI 171241 . C T 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=107;Dels=0.00;FS=1.574;HaplotypeScore=15.2131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.532;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,58:107:99:868,0,697 chrVI 171355 . G A 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.938;DP=130;Dels=0.00;FS=0.663;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,54:130:99:838,0,1419 chrVI 171376 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.819;DP=110;Dels=0.00;FS=6.008;HaplotypeScore=12.7461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.357;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.369;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:110:99:658,0,1047 chrVI 171434 . C T 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.42;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:850,93,0 chrVI 171485 . T C 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;DP=50;Dels=0.00;FS=5.640;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.160;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:494,0,329 chrVI 171501 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.614;DP=58;Dels=0.00;FS=10.120;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=9.02;ReadPosRankSum=-2.463;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:553,0,438 chrVI 171967 . T C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.512;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:588,0,1110 chrVI 172334 . G C 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=126;Dels=0.00;FS=1.910;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=6.90;ReadPosRankSum=-2.391;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,68:126:99:899,0,924 chrVI 172481 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=45;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.375;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:391,0,343 chrVI 172581 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=46;Dels=0.00;FS=15.650;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.632;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:250,0,396 chrVI 172598 . A T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;DP=51;Dels=0.00;FS=10.783;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.228;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:194,0,417 chrVI 172612 . A G 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.668;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:96:869,96,0 chrVI 172672 . C T 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;DP=50;Dels=0.00;FS=2.687;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.023;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:50:99:173,0,552 chrVI 173151 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DP=52;Dels=0.00;FS=4.481;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:430,0,525 chrVI 173233 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;DP=51;Dels=0.00;FS=4.193;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.565;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:380,0,426 chrVI 173376 . G A 2501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=23.59;SB=-1.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2534,276,0 chrVI 173398 . C T 2283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2316,249,0 chrVI 173500 . C T 1588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=21.46;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1621,174,0 chrVI 173599 . C T 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.35;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1374,153,0 chrVI 173765 . A G 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=16.32;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1012,114,0 chrVI 173916 . T A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.228;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:765,0,550 chrVI 174110 . C G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=66;Dels=0.00;FS=2.113;HaplotypeScore=56.4905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:99:295,0,521 chrVI 174484 . A G 233.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DP=49;Dels=0.00;FS=2.317;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.666;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:263,0,393 chrVI 174519 . G A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=49;Dels=0.00;FS=5.705;HaplotypeScore=4.7584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=5.82;ReadPosRankSum=-2.322;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:315,0,404 chrVI 174556 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DP=82;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:82:99:586,0,477 chrVI 174898 . G A 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=28;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.054;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:160,0,303 chrVI 175060 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.150;DP=54;Dels=0.00;FS=7.031;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.404;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:54:99:580,0,410 chrVI 175153 . T C 481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=20.04;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:514,57,0 chrVI 175342 . C A 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=16.93;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:87:778,87,0 chrVI 176010 . T G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=53;Dels=0.00;FS=2.584;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:374,0,496 chrVI 176167 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.313;DP=54;Dels=0.00;FS=4.032;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.989;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:446,0,426 chrVI 176340 . T C 229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=14.31;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30:262,30,0 chrVI 176410 . G T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.600;DP=48;Dels=0.00;FS=3.319;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:310,0,240 chrVI 176518 . T C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=88;Dels=0.00;FS=8.744;HaplotypeScore=1.9559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.255;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:715,0,510 chrVI 176548 . G A 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=83;Dels=0.00;FS=13.469;HaplotypeScore=11.2395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.146;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:742,0,531 chrVI 176588 . T C 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=34;Dels=0.00;FS=11.504;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.847;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:248,0,251 chrVI 177078 . G A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DP=32;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.903;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:311,0,239 chrVI 177201 . G A 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:123,0,149 chrVI 177230 . G A 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=19;Dels=0.00;FS=7.701;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.674;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:147,0,148 chrVI 177249 . G A 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=26;Dels=0.00;FS=13.493;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.052;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:130,0,186 chrVI 177296 . G A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DP=34;Dels=0.00;FS=14.361;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:246,0,197 chrVI 177337 . C T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;DP=57;Dels=0.00;FS=2.548;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:599,0,434 chrVI 177366 . T C 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=20.80;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1364,153,0 chrVI 177410 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;DP=48;Dels=0.00;FS=6.457;HaplotypeScore=3.8562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:343,0,354 chrVI 177453 . A G 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=4.938;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.667;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1145,132,0 chrVI 177516 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.632;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:530,0,532 chrVI 177753 . T C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DP=103;Dels=0.00;FS=2.554;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.742;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:885,0,936 chrVI 177798 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.873;DP=59;Dels=0.00;FS=9.253;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:467,0,437 chrVI 177890 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.419;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:462,0,306 chrVI 177999 . T C 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=14.06;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:90:778,90,0 chrVI 178043 . T C 554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=12.59;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:66:587,66,0 chrVI 178052 . T C 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.37;MQ0=0;QD=12.62;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:40:60:538,60,0 chrVI 178054 . A T 492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.23;MQ0=0;QD=12.95;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:57:525,57,0 chrVI 178063 . G A 533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.54;MQ0=0;QD=14.03;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:63:566,63,0 chrVI 178069 . T C 126.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;DP=39;Dels=0.00;FS=2.645;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:156,0,301 chrVI 178083 . A G 349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.82;MQ0=0;QD=11.26;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:42:382,42,0 chrVI 178096 . C T 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.323;DP=29;Dels=0.00;FS=2.741;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=1.48;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:73:73,0,230 chrVI 178120 . A C 149.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.561;SB=-5.107e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:21:182,21,0 chrVI 178184 . T C 71.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=7.15;SB=-1.044e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:12:104,12,0 chrVI 178193 . T C 129.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.470;SB=-1.351e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:18:162,18,0 chrVI 178195 . A T 138.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=10.63;SB=-1.431e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:18:171,18,0 chrVI 178204 . G A 190.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=11.88;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:24:223,24,0 chrVI 178210 . T C 111.34 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;DP=19;Dels=0.00;FS=18.921;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.41;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-5.228e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:8:141,0,8 chrVI 178224 . A G 293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.50;MQ0=0;QD=12.21;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:36:326,36,0 chrVI 178261 . A C 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;QD=14.56;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:63:528,63,0 chrVI 178373 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.332;DP=31;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:327,0,151 chrVI 178394 . T C 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=32;Dels=0.00;FS=5.322;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:32:99:137,0,278 chrVI 178425 . G C 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=33;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=2.85;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:124,0,237 chrVI 178431 . G T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=1.409;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.893;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:208,0,123 chrVI 178440 . G A 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=31;Dels=0.00;FS=3.776;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:31:99:111,0,279 chrVI 178543 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=31;Dels=0.00;FS=1.525;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.457;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:31:99:390,0,154 chrVI 178649 . T C 35.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.524;DP=40;Dels=0.00;FS=1.333;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.687;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:40:65:65,0,395 chrVI 178655 . C T 47.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.407;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:77:77,0,387 chrVI 178657 . T C 44.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.828;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:74:74,0,386 chrVI 179064 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;DP=57;Dels=0.00;FS=4.191;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:261,0,647 chrVI 179094 . A G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=45;Dels=0.00;FS=2.529;HaplotypeScore=2.7384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=1.633;QD=6.07;ReadPosRankSum=-2.501;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:303,0,443 chrVI 179345 . T C 33.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.527;DP=120;Dels=0.00;FS=0.827;HaplotypeScore=17.2461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.299;QD=0.28;ReadPosRankSum=-4.113;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,26:120:63:63,0,793 chrVI 179349 . A T 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DP=116;Dels=0.03;FS=6.776;HaplotypeScore=16.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.083;QD=0.12;ReadPosRankSum=-3.723;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,19:112:44:44,0,776 chrVI 179350 . A T 24.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;DP=115;Dels=0.03;FS=8.591;HaplotypeScore=17.4239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.856;QD=0.21;ReadPosRankSum=-4.297;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,20:111:54:54,0,733 chrVI 179606 . G C 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=91;Dels=0.00;FS=1.688;HaplotypeScore=6.9765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.522;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:877,0,576 chrVI 179773 . G C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=64;Dels=0.00;FS=3.494;HaplotypeScore=8.7017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:64:99:399,0,610 chrVI 179957 . T C 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=17.59;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1247,144,0 chrVI 179981 . T C 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=19.57;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1344,150,0 chrVI 180152 . C T 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.49;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1549,168,0 chrVI 180324 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DP=63;Dels=0.00;FS=4.021;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.393;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:589,0,424 chrVI 180406 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.410;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:296,0,569 chrVI 180531 . C T 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.098;DP=84;Dels=0.00;FS=6.126;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:721,0,681 chrVI 180546 . T C 1767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=19.85;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1800,210,0 chrVI 180611 . G T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.133;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:59:99:559,0,362 chrVI 180656 . C G 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:194,0,276 chrVI 180923 . T C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=90;Dels=0.00;FS=8.625;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.374;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:90:99:657,0,801 chrVI 180962 . T A 173.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DP=47;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.543;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:203,0,462 chrVI 180970 . G T 182.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.655;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:212,0,349 chrVI 180971 . G A 174.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.564;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:204,0,366 chrVI 181094 . A C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=65;Dels=0.00;FS=2.195;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.059;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:748,0,265 chrVI 181123 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=87;Dels=0.00;FS=6.529;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.404;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.245;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:87:99:817,0,248 chrVI 181125 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=89;Dels=0.00;FS=8.170;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.679;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:730,0,285 chrVI 181154 . A C 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;DP=90;Dels=0.00;FS=9.047;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.367;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:90:99:773,0,231 chrVI 181178 . G T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.449;DP=76;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:667,0,411 chrVI 181345 . A G 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.570;DP=139;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.623;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:139:99:1161,0,1445 chrVI 181370 . A G 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.464;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.807;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.109;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:149:99:948,0,1606 chrVI 181376 . G A 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.014;DP=146;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.123;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,76:146:99:1089,0,1418 chrVI 181417 . T A 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.768;DP=127;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.908;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.203;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:127:99:784,0,1273 chrVI 181494 . G A 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.665;DP=131;Dels=0.00;FS=1.850;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,59:131:99:1150,0,1395 chrVI 181559 . T G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DP=98;Dels=0.00;FS=2.857;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:664,0,896 chrVI 181586 . A G 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=101;Dels=0.00;FS=1.866;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.069;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:101:99:804,0,868 chrVI 181596 . T G 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.907;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:927,0,867 chrVI 181692 . A G 2858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=20.13;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,141:142:99:2891,321,0 chrVI 181733 . T G 3331.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=20.44;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:163:99:3331,387,0 chrVI 181766 . A G 1051.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.141;DP=146;Dels=0.00;FS=28.699;HaplotypeScore=9.6688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.192;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,70:146:99:1081,0,1386 chrVI 181817 . A G 1974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.119;DP=116;Dels=0.00;FS=26.803;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=17.02;ReadPosRankSum=4.367;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,107:116:99:2007,228,0 chrVI 181832 . A G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.861;DP=107;Dels=0.00;FS=2.738;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.555;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:107:99:878,0,735 chrVI 181852 . A G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=100;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.287;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:100:99:735,0,774 chrVI 181971 . G C 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=132;Dels=0.00;FS=0.659;HaplotypeScore=7.2215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,74:132:99:1170,0,894 chrVI 182036 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DP=60;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=9.52;ReadPosRankSum=-4.037;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:60:99:601,0,385 chrVI 182123 . G T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=2.730;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:75:99:268,0,276 chrVI 182354 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.372;DP=46;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:388,0,386 chrVI 182376 . G A 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.881;DP=46;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.046;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:336,0,385 chrVI 182391 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=35;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.549;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:242,0,305 chrVI 182440 . C T 68.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.529;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:98:98,0,163 chrVI 182459 . A G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:152,0,272 chrVI 182538 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.961;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=1.436;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:43:99:250,0,292 chrVI 182910 . A G 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.537;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:27:120,0,27 chrVI 183137 . G C 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:171,0,160 chrVI 183183 . G A 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.048;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:18:99:187,0,136 chrVI 183446 . C T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;DP=51;Dels=0.00;FS=2.838;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.910;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.530;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:208,0,205 chrVI 183467 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=48;Dels=0.00;FS=1.248;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.834;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.010;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:302,0,233 chrVI 183476 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.716;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.801;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:293,0,256 chrVI 183482 . C T 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.026;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.409;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:235,0,233 chrVI 183574 . C T 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.670;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.855;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:51:51,0,144 chrVI 183726 . T G 94.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.467;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:124,0,138 chrVI 183936 . G A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=39;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=2.466;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:204,0,448 chrVI 183941 . A G 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.684;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:405,0,185 chrVI 184083 . G A 414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:48:447,48,0 chrVI 184168 . C T 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.938;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:86:86,0,100 chrVI 184225 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.443;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:210,0,165 chrVI 184226 . T G 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.689;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.752;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:200,0,138 chrVI 184277 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.555;DP=39;Dels=0.00;FS=3.028;HaplotypeScore=24.4056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:364,0,234 chrVI 184289 . C G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=40;Dels=0.00;FS=5.634;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:329,0,228 chrVI 184295 . C T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DP=40;Dels=0.00;FS=5.073;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:339,0,272 chrVI 184339 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DP=40;Dels=0.00;FS=13.899;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:40:99:170,0,259 chrVI 184476 . C T 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=29;Dels=0.00;FS=1.762;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:244,0,349 chrVI 184513 . A T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.498;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:208,0,257 chrVI 184798 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=55;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:389,0,366 chrVI 184844 . T A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.680;DP=51;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.105;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:239,0,606 chrVI 184878 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DP=44;Dels=0.00;FS=4.754;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:331,0,464 chrVI 184915 . T C 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=35;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:122,0,345 chrVI 185422 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;DP=58;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=1.411;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.194;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:379,0,573 chrVI 185546 . G A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.025;DP=60;Dels=0.00;FS=12.357;HaplotypeScore=5.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.687;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:709,0,253 chrVI 185722 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:42:99:336,0,213 chrVI 185806 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.318;DP=85;Dels=0.00;FS=5.849;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:677,0,714 chrVI 186001 . G A 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=34;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:215,0,207 chrVI 186097 . G A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:238,0,125 chrVI 186267 . A G 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.380;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:67:67,0,209 chrVI 186433 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:296,0,234 chrVI 186589 . T C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.494;DP=60;Dels=0.00;FS=15.860;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:456,0,667 chrVI 186667 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=66;Dels=0.00;FS=14.006;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.450;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:521,0,640 chrVI 186748 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=58;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:443,0,558 chrVI 186763 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.484;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:425,0,509 chrVI 186886 . T C 1412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.607;DP=164;Dels=0.00;FS=4.606;HaplotypeScore=11.9082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.431;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,79:164:99:1442,0,1531 chrVI 186936 . T C 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=128;Dels=0.00;FS=2.405;HaplotypeScore=8.8215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:128:99:959,0,1302 chrVI 187015 . A C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DP=49;Dels=0.00;FS=1.137;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:498,0,254 chrVI 187090 . C T 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.012;DP=86;Dels=0.00;FS=13.068;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:960,0,627 chrVI 187135 . G A 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=100;Dels=0.00;FS=4.178;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.469;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:984,0,814 chrVI 187666 . T C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.008;DP=56;Dels=0.00;FS=5.471;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.493;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:269,0,552 chrVI 187771 . G A 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.98;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:892,96,0 chrVI 187801 . C T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.493;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.252;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:392,0,472 chrVI 188023 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=83;Dels=0.00;FS=9.558;HaplotypeScore=9.0199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.334;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:847,0,728 chrVI 188077 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:468,0,527 chrVI 188203 . C T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DP=71;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.063;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:564,0,608 chrVI 188423 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DP=91;Dels=0.00;FS=0.797;HaplotypeScore=12.7771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.042;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:710,0,768 chrVI 188428 . T G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.805;DP=86;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:674,0,878 chrVI 188704 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=89;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=7.60;ReadPosRankSum=-2.076;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:89:99:706,0,841 chrVI 189096 . G A 2271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.63;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:105:99:2304,249,0 chrVI 189156 . G T 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=20.81;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1448,162,0 chrVI 189505 . G A 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.04;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1404,159,0 chrVI 189631 . T C 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=4.938;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=20.77;ReadPosRankSum=1.536;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1134,129,0 chrVI 189700 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=23.27;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1476,159,0 chrVI 189752 . T C 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.83;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:950,108,0 chrVI 189828 . A C 576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=14.77;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:609,69,0 chrVI 189847 . G A 546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=13.65;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:63:579,63,0 chrVI 189863 . C T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.213;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.245;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:201,0,326 chrVI 190129 . A G 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=19.62;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:69:602,69,0 chrVI 190170 . T C 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;QD=13.56;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:66:589,66,0 chrVI 190174 . G A 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=11.70;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:63:571,63,0 chrVI 190474 . A G 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.78;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:968,111,0 chrVI 190520 . A C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=60;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.724;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:354,0,629 chrVI 190627 . G A 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.82;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1539,165,0 chrVI 190831 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=17.81;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1476,165,0 chrVI 190849 . C T 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=18.66;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1526,168,0 chrVI 190897 . A T 2290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=100;Dels=0.00;FS=3.047;HaplotypeScore=11.1687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=22.90;ReadPosRankSum=2.351;SB=-1.331e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:2323,249,0 chrVI 191180 . C T 2737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.78;MQ0=0;QD=21.22;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2770,306,0 chrVI 191392 . C T 3400.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.26;MQ0=0;QD=18.48;SB=-1.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:184:99:3400,419,0 chrVI 191395 . A T 3851.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.18;MQ0=0;QD=19.85;SB=-1.509e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,194:194:99:3851,438,0 chrVI 191409 . A T 3610.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=19.30;ReadPosRankSum=1.047;SB=-1.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,186:187:99:3610,411,0 chrVI 191416 . G T 2959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.58;MQ0=0;QD=16.35;SB=-1.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:181:99:2992,350,0 chrVI 191439 . G A 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.08;MQ0=0;QD=16.91;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2231,246,0 chrVI 191495 . A G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.64;MQ0=0;QD=13.87;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:87:782,87,0 chrVI 191500 . T C 67.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=44.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.19;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.599;SB=-2.885e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:12:100,12,0 chrVI 191655 . T C 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.88;MQ0=0;QD=15.27;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1117,143,0 chrVI 191661 . T A 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.34;MQ0=0;QD=13.52;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:966,122,0 chrVI 191671 . G T 586 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.18;MQ0=0;QD=13.02;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:81:619,81,0 chrVI 191674 . T C 550 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.35;MQ0=0;QD=12.79;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:78:583,78,0 chrVI 191680 . C T 488 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.42;MQ0=0;QD=12.51;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:521,69,0 chrVI 191684 . A G 217.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.839;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:247,0,137 chrVI 191687 . A G 487 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.96;MQ0=0;QD=12.17;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:69:520,69,0 chrVI 191758 . A G 453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.34;MQ0=0;QD=15.10;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:57:486,57,0 chrVI 191775 . T C 405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.69;MQ0=0;QD=13.50;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:51:438,51,0 chrVI 191780 . C T 338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.71;MQ0=0;QD=13.00;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:371,42,0 chrVI 191793 . T C 163.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.22;MQ0=0;QD=9.06;SB=-9.304e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:24:196,24,0 chrVI 191794 . A G 172.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.22;MQ0=0;QD=9.56;SB=-9.104e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:24:205,24,0 chrVI 191799 . A G 154.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.563;DP=21;Dels=0.00;FS=7.347;HaplotypeScore=5.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.58;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=7.34;ReadPosRankSum=2.462;SB=-7.107e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:21:21:187,21,0 chrVI 191802 . G C 21.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;DP=21;Dels=0.00;FS=1.808;HaplotypeScore=5.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.58;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.320;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:51:51,0,89 chrVI 191827 . T C 169.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.47;MQ0=0;QD=4.33;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:24:202,24,0 chrVI 191836 . C T 244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=6.26;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:30:277,30,0 chrVI 191847 . G T 246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=6.31;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:30:279,30,0 chrVI 191856 . A C 226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.76;MQ0=0;QD=5.65;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:30:259,30,0 chrVI 191860 . T C 238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=0;QD=6.10;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:30:271,30,0 chrVI 191880 . T C 351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.18;MQ0=0;QD=7.47;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:42:384,42,0 chrVI 191885 . G A 375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.12;MQ0=0;QD=7.50;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:45:408,45,0 chrVI 191914 . T C 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.30;MQ0=0;QD=8.96;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:51:454,51,0 chrVI 191930 . G A 431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.93;MQ0=0;QD=11.05;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:51:464,51,0 chrVI 191937 . G C 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=43;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=1.9577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:132,0,181 chrVI 191945 . T C 396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.654;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:51:429,51,0 chrVI 191963 . G C 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.18;MQ0=0;QD=11.69;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:60:524,60,0 chrVI 191994 . G T 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.70;MQ0=0;QD=12.18;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:57:496,57,0 chrVI 192013 . C T 360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=12.00;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:45:393,45,0 chrVI 192028 . C T 337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.36;MQ0=0;QD=12.96;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:370,42,0 chrVI 192045 . A G 266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.75;MQ0=0;QD=10.64;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:36:299,36,0 chrVI 192050 . A C 211.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=0;QD=9.59;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:27:244,27,0 chrVI 192065 . C G 208.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=12.24;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:241,27,0 chrVI 192074 . A G 144.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=8.47;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:21:177,21,0 chrVI 192100 . C T 132.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=7.77;SB=-1.651e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:18:165,18,0 chrVI 192104 . A G 122.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=7.18;SB=-1.571e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:18:155,18,0 chrVI 192122 . G A 122.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=8.14;SB=-1.231e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:18:155,18,0 chrVI 192128 . C A 67.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.10;MQ0=0;QD=3.97;SB=-1.565e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:12:100,12,0 chrVI 192134 . T C 113.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.10;MQ0=0;QD=6.65;SB=-1.791e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:18:146,18,0 chrVI 192166 . G C 174.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.45;MQ0=0;QD=8.29;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:24:207,24,0 chrVI 192172 . T C 147.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=6.13;SB=-2.381e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:21:180,21,0 chrVI 192234 . T C 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=60;Dels=0.00;FS=7.709;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=14.95;ReadPosRankSum=2.327;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:930,105,0 chrVI 192240 . C T 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.82;MQ0=0;QD=16.56;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1076,120,0 chrVI 192358 . G A 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=18.19;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1270,138,0 chrVI 192485 . T C 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.648;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:63:548,63,0 chrVI 192545 . C T 170.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.43;MQ0=0;QD=6.54;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:24:203,24,0 chrVI 192551 . T A 182.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.706;QD=5.69;ReadPosRankSum=2.372;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:32:24:215,24,0 chrVI 192564 . A G 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=12.61;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:63:550,63,0 chrVI 192590 . A G 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=16.07;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:756,84,0 chrVI 192593 . C T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=45;Dels=0.00;FS=3.091;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:248,0,310 chrVI 192707 . T C 2778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=21.37;SB=-1.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:2811,312,0 chrVI 192732 . T C 2625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=21.52;SB=-1.585e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2658,300,0 chrVI 192850 . A C 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=16.67;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:683,75,0 chrVI 192981 . G A 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=20.61;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1496,165,0 chrVI 193000 . G A 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=19.90;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1625,177,0 chrVI 193023 . G A 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=17.04;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1464,159,0 chrVI 193272 . C T 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.185;DP=78;Dels=0.00;FS=9.919;HaplotypeScore=5.9639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.987;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:843,0,663 chrVI 193278 . A T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.069;DP=82;Dels=0.00;FS=9.788;HaplotypeScore=7.2886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:618,0,836 chrVI 193303 . G A 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=16.46;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1416,165,0 chrVI 193326 . G C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;DP=60;Dels=0.00;FS=15.080;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.768;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:331,0,418 chrVI 193435 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.503;DP=73;Dels=0.00;FS=8.166;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.804;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.888;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:554,0,418 chrVI 193556 . G C 3407.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.16;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:160:99:3407,384,0 chrVI 193671 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DP=69;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.643;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:542,0,498 chrVI 193734 . T C 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.790;DP=92;Dels=0.00;FS=6.037;HaplotypeScore=5.2736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=20.10;ReadPosRankSum=2.923;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:92:99:1882,213,0 chrVI 193779 . T C 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.604;DP=184;Dels=0.00;FS=11.981;HaplotypeScore=30.6910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.068;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,79:184:99:1179,0,1785 chrVI 193872 . T A 2932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=19.42;SB=-1.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2965,333,0 chrVI 194072 . A G 4108.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.394;DP=185;Dels=0.00;FS=8.899;HaplotypeScore=6.5165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=22.21;ReadPosRankSum=3.375;SB=-2.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,181:185:99:4108,462,0 chrVI 194081 . C T 1583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DP=185;Dels=0.00;FS=15.884;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.964;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,101:185:99:1613,0,1423 chrVI 194154 . C T 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;QD=15.67;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1537,180,0 chrVI 194162 . A G 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=16.09;ReadPosRankSum=1.695;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:94:99:1545,177,0 chrVI 194187 . T C 1189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=92;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.694;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1222,141,0 chrVI 194193 . A G 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=92;Dels=0.00;FS=2.802;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=12.61;ReadPosRankSum=2.395;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:92:99:1193,135,0 chrVI 194247 . G T 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=15.88;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:1494,165,0 chrVI 194306 . C A 2190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;QD=18.40;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:119:99:2223,243,0 chrVI 194319 . C T 2406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=17.96;SB=-1.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:2439,267,0 chrVI 194474 . C T 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;DP=103;Dels=0.00;FS=8.099;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,59:103:99:1002,0,780 chrVI 194540 . G A 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=20.06;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2079,237,0 chrVI 194593 . G T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=19.17;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1758,195,0 chrVI 194775 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:403,0,699 chrVI 195777 . A G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;DP=42;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=6.6789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=8.90;ReadPosRankSum=-2.063;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:404,0,406 chrVI 196159 . A G 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.326;DP=72;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:858,0,516 chrVI 196316 . C A 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=16.67;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:800,90,0 chrVI 196332 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;DP=46;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:438,0,283 chrVI 197402 . G A 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=16.44;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:970,111,0 chrVI 197486 . A T 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.60;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:940,102,0 chrVI 197758 . G A 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=19.97;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1211,129,0 chrVI 197775 . G A 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=18.21;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1089,123,0 chrVI 197849 . G A 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=21.66;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:921,105,0 chrVI 198089 . C T 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.69;MQ0=0;QD=15.98;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:944,102,0 chrVI 198092 . A G 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.617;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:960,114,0 chrVI 198116 . T C 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=17.85;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1122,129,0 chrVI 198275 . G T 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=19.20;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:993,108,0 chrVI 198427 . C T 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=17.39;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:607,66,0 chrVI 198446 . A G 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=15.05;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:650,75,0 chrVI 198501 . G A 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=16.74;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:93:803,93,0 chrVI 198541 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;DP=42;Dels=0.00;FS=6.795;HaplotypeScore=6.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.999;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:375,0,278 chrVI 198590 . A G 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=17.27;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:603,69,0 chrVI 198602 . G A 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=15.53;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:592,69,0 chrVI 198638 . T C 622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=17.77;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:655,72,0 chrVI 198689 . C T 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=15.31;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:54:93:860,93,0 chrVI 199057 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=103.7204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.765;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:618,0,554 chrVI 199107 . C T 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.88;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2484,276,0 chrVI 199207 . G A 2371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2404,258,0 chrVI 199246 . T C 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.30;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1950,225,0 chrVI 199313 . A C 2128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:134:99:2161,240,0 chrVI 199316 . C T 2310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=17.11;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:2343,252,0 chrVI 199373 . C T 2550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=16.89;SB=-1.872e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2583,282,0 chrVI 199469 . C A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.726;DP=113;Dels=0.00;FS=3.486;HaplotypeScore=50.6757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.789;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,63:113:99:655,0,483 chrVI 199471 . A C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.938;DP=116;Dels=0.00;FS=7.243;HaplotypeScore=52.2531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:116:99:660,0,574 chrVI 199558 . A T 2868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=125;Dels=0.00;FS=4.437;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=22.94;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:125:99:2901,312,0 chrVI 199576 . A C 2811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=133;Dels=0.00;FS=4.540;HaplotypeScore=9.3406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:133:99:2844,318,0 chrVI 199828 . G C 3318.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=23.20;SB=-1.600e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:143:99:3318,372,0 chrVI 199917 . T C 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DP=102;Dels=0.00;FS=2.619;HaplotypeScore=8.5283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:102:99:761,0,1117 chrVI 199969 . A G 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=62;Dels=0.00;FS=3.382;HaplotypeScore=5.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=19.26;ReadPosRankSum=1.562;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1227,138,0 chrVI 200563 . G A 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.174;DP=69;Dels=0.00;FS=2.068;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:631,0,699 chrVI 200883 . C G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=45;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:45:99:389,0,418 chrVI 202974 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=46;Dels=0.00;FS=2.751;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.501;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:46:99:290,0,382 chrVI 203342 . A T 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.018;DP=108;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=8.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:108:99:1065,0,725 chrVI 203623 . G A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.086;DP=95;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=8.9656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.021;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:888,0,615 chrVI 203665 . A G 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;DP=127;Dels=0.00;FS=3.231;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.31;ReadPosRankSum=2.031;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,54:127:99:958,0,1273 chrVI 203808 . G C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=74;Dels=0.00;FS=4.656;HaplotypeScore=5.0883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.252;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:74:99:516,0,751 chrVI 203845 . A G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=50;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:470,0,345 chrVI 204006 . G C 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=17.54;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1208,138,0 chrVI 204061 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;DP=56;Dels=0.00;FS=7.992;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.410;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:370,0,333 chrVI 204274 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.909;DP=50;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:50:99:472,0,246 chrVI 204282 . G C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DP=55;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:55:99:438,0,233 chrVI 204345 . G C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=46;Dels=0.00;FS=6.868;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.181;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.984;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:46:99:288,0,459 chrVI 204676 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DP=66;Dels=0.00;FS=4.925;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.02;MQ0=0;MQRankSum=2.090;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:578,0,589 chrVI 204767 . A G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;DP=76;Dels=0.00;FS=9.112;HaplotypeScore=10.7985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.753;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:454,0,644 chrVI 204770 . G C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=78;Dels=0.00;FS=9.320;HaplotypeScore=11.6646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.790;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:78:99:484,0,458 chrVI 204826 . A G 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.964;DP=128;Dels=0.00;FS=63.692;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=2.399;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.725;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,77:128:99:1246,0,854 chrVI 204894 . G T 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=70.5551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.37;MQ0=0;QD=16.03;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1219,135,0 chrVI 204918 . T A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=79;Dels=0.00;FS=63.021;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.67;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=7.65;ReadPosRankSum=3.456;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,60:79:99:634,0,185 chrVI 205105 . G C 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=17.38;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:676,75,0 chrVI 205293 . C T 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=19.41;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:693,78,0 chrVI 205515 . T C 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;QD=20.76;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:739,84,0 chrVI 205838 . G C 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.21;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:667,78,0 chrVI 206011 . T C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=45;Dels=0.00;FS=73.472;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.168;SB=-8.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:497,0,148 chrVI 206058 . A C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.633;DP=56;Dels=0.00;FS=74.964;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=9.20;ReadPosRankSum=-2.441;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,39:56:99:545,0,328 chrVI 206167 . G T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=39;Dels=0.00;FS=9.999;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:39:99:307,0,368 chrVI 206215 . C T 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.182;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:228,0,249 chrVI 206307 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;DP=45;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.146;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:210,0,565 chrVI 206355 . T C 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DP=39;Dels=0.00;FS=10.843;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:139,0,643 chrVI 206437 . T G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=44;Dels=0.00;FS=9.057;HaplotypeScore=13.8424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:44:99:221,0,397 chrVI 206445 . G C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=44;Dels=0.00;FS=8.668;HaplotypeScore=7.8812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.394;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:475,0,324 chrVI 206552 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;DP=59;Dels=0.00;FS=3.913;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:59:99:545,0,401 chrVI 206614 . C T 331.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DP=47;Dels=0.00;FS=5.595;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.615;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:361,0,335 chrVI 206615 . C T 337.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=49;Dels=0.00;FS=5.538;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:367,0,360 chrVI 206619 . G A 327.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=52;Dels=0.00;FS=7.248;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:357,0,324 chrVI 206706 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=80;Dels=0.00;FS=6.524;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.665;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:443,0,820 chrVI 206741 . T A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=62;Dels=0.00;FS=1.127;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:398,0,654 chrVI 206918 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.199;DP=89;Dels=0.00;FS=2.112;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.225;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:89:99:593,0,619 chrVI 206984 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.783;DP=109;Dels=0.00;FS=5.078;HaplotypeScore=9.8518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:109:99:664,0,977 chrVI 207041 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=59;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:485,0,481 chrVI 207125 . A G 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.168;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:685,0,663 chrVI 207175 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.806;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:558,0,485 chrVI 207192 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=68;Dels=0.00;FS=3.295;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:524,0,781 chrVI 207248 . T C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=8.95;ReadPosRankSum=-2.548;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:64:99:603,0,529 chrVI 207261 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;DP=56;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.740;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:514,0,506 chrVI 207279 . G A 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=20.33;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:826,90,0 chrVI 207335 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=65;Dels=0.00;FS=2.131;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.684;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:456,0,614 chrVI 207357 . G C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:80:99:489,0,759 chrVI 207374 . G C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.932;DP=88;Dels=0.00;FS=3.038;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.512;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:426,0,926 chrVI 207456 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.569;DP=90;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=7.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.767;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:703,0,982 chrVI 207472 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.208;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.745;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:792,0,903 chrVI 207604 . C G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;DP=44;Dels=0.00;FS=2.793;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.717;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:345,0,421 chrVI 207607 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=46;Dels=0.00;FS=6.254;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.176;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:361,0,409 chrVI 207679 . A C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;DP=47;Dels=0.00;FS=4.796;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:242,0,321 chrVI 207696 . G A 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=55;Dels=0.00;FS=1.168;HaplotypeScore=5.7777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:252,0,393 chrVI 207700 . G A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;DP=52;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.022;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:235,0,343 chrVI 207745 . C G 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=14.29;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1062,126,0 chrVI 207856 . A G 53.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DP=52;Dels=0.00;FS=15.743;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.639;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:83:83,0,245 chrVI 207862 . G A 77.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=53;Dels=0.00;FS=10.223;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:107,0,260 chrVI 207865 . T C 42.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=53;Dels=0.00;FS=10.215;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.817;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:72:72,0,276 chrVI 208024 . T A 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.660;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1096,123,0 chrVI 208153 . A G 257 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;QD=17.13;SB=-9.777e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:290,33,0 chrVI 208165 . T C 170.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=13.08;SB=-3.228e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:24:203,24,0 chrVI 208427 . A T 286.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.022;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:316,0,277 chrVI 208546 . G A 229.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.473;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.088;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:259,0,190 chrVI 208668 . T C 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=24.15;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:75:685,75,0 chrVI 210967 . C G 355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=19.72;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:45:388,45,0 chrVI 211598 . G A 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=27;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:182,0,200 chrVI 211652 . T C 686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.445;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:81:719,81,0 chrVI 211683 . T A 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=18.03;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:736,81,0 chrVI 211826 . T C 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=17.47;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:592,66,0 chrVI 211851 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.742;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:241,0,285 chrVI 212121 . C T 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.51;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:874,99,0 chrVI 212247 . G A 588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.37;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:621,69,0 chrVI 212652 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=89;Dels=0.00;FS=7.240;HaplotypeScore=10.6118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:89:99:522,0,990 chrVI 213465 . C T 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=20.33;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:887,96,0 chrVI 213825 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.178;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:193,0,236 chrVI 213938 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.387;DP=57;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:441,0,489 chrVI 214157 . G A 483.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=40;Dels=0.00;FS=2.776;HaplotypeScore=6.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.242;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:24:516,24,0 chrVI 214589 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DP=31;Dels=0.00;FS=3.561;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:199,0,296 chrVI 214635 . G A 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=4.28;ReadPosRankSum=-2.467;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:184,0,360 chrVI 214657 . A G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=52;Dels=0.00;FS=4.176;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:326,0,456 chrVI 214843 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.025;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:526,0,320 chrVI 216530 . C A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.426;DP=48;Dels=0.00;FS=11.252;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.392;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:335,0,433 chrVI 216563 . C T 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;DP=62;Dels=0.00;FS=4.473;HaplotypeScore=11.1860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=4.39;ReadPosRankSum=-2.909;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:302,0,676 chrVI 217258 . C G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;DP=52;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.216;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:382,0,580 chrVI 217272 . A C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=61;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.514;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:495,0,548 chrVI 217312 . A C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=86;Dels=0.00;FS=7.184;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:657,0,670 chrVI 217578 . A T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.266;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:519,0,666 chrVI 217696 . G A 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;DP=96;Dels=0.00;FS=4.055;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.163;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:842,0,671 chrVI 218127 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=58;Dels=0.00;FS=1.066;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:571,0,375 chrVI 218244 . C T 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DP=88;Dels=0.00;FS=13.272;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:88:99:695,0,783 chrVI 218274 . T C 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.950;DP=101;Dels=0.00;FS=1.708;HaplotypeScore=9.6688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:101:99:927,0,899 chrVI 218594 . T C 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.561;DP=105;Dels=0.00;FS=1.592;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:872,0,785 chrVI 218781 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.096;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:468,0,360 chrVI 218907 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=54;Dels=0.00;FS=2.408;HaplotypeScore=1.5572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:392,0,495 chrVI 218949 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.673;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:66:99:641,0,304 chrVI 220148 . C T 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.31;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2061,225,0 chrVI 221115 . C T 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=25.16;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:964,105,0 chrVI 221528 . C G 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=17.41;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:59:99:1060,120,0 chrVI 221957 . G A 2626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.20;SB=-1.580e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2659,291,0 chrVI 222020 . C A 5013.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=25.32;SB=-2.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:198:99:5013,532,0 chrVI 222306 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;DP=91;Dels=0.00;FS=9.826;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.520;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:899,0,755 chrVI 222359 . T G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=86;Dels=0.00;FS=18.148;HaplotypeScore=6.1889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.834;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:86:99:598,0,751 chrVI 222369 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=73;Dels=0.00;FS=21.111;HaplotypeScore=5.0613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.021;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:442,0,571 chrVI 222373 . C G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=65;Dels=0.00;FS=25.135;HaplotypeScore=3.4448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.79;MQ0=0;MQRankSum=-6.073;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.072;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:323,0,630 chrVI 222381 . G A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=62;Dels=0.00;FS=19.893;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.418;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.407;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:62:99:254,0,500 chrVI 222408 . G T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=49;Dels=0.00;FS=1.752;HaplotypeScore=1.9628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.01;MQ0=0;MQRankSum=-5.304;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.619;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:340,0,332 chrVI 222435 . A G 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=39;Dels=0.00;FS=1.795;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.206;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.295;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:252,0,196 chrVI 222453 . C A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DP=37;Dels=0.00;FS=5.701;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.294;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.349;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:261,0,217 chrVI 222456 . C T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.458;DP=38;Dels=0.00;FS=5.846;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.161;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:275,0,223 chrVI 222477 . T C 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=31;Dels=0.00;FS=3.917;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:31:99:166,0,170 chrVI 222531 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.037;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:364,0,131 chrVI 222612 . T A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:292,0,150 chrVI 222772 . T C 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=36;Dels=0.00;FS=14.719;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=2.845;QD=6.06;ReadPosRankSum=-2.845;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:36:99:248,0,244 chrVI 222858 . T C 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;DP=24;Dels=0.00;FS=3.851;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.206;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.775;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:109,0,219 chrVI 223531 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;DP=81;Dels=0.00;FS=7.508;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.111;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:594,0,783 chrVI 223558 . T G 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=93;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.786;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:737,0,856 chrVI 223620 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DP=66;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:502,0,500 chrVI 223681 . A T 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=49;Dels=0.00;FS=2.579;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:49:99:200,0,464 chrVI 224029 . G A 160.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.310;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.375;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:70:190,0,70 chrVI 224053 . A G 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.897;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.368;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:56:56,0,324 chrVI 224143 . T C 15.17 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.720;SB=0.027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:10:18:45,0,18 chrVI 224558 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;DP=76;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=6.6919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=2.910;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.728;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:319,0,429 chrVI 224612 . T C 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=63;Dels=0.00;FS=5.387;HaplotypeScore=4.9111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.34;MQ0=0;MQRankSum=-4.560;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.585;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:166,0,225 chrVI 224816 . T A 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:237,0,253 chrVI 225030 . A C 183.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=10.17;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:24:216,24,0 chrVI 225259 . A C 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;DP=19;Dels=0.00;FS=7.521;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.307;SB=-1.312e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:158,0,101 chrVI 225264 . C G 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=19;Dels=0.00;FS=5.035;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-1.319e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:19:48:179,0,48 chrVI 225483 . C T 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.377;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:105,0,105 chrVI 225676 . A C 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:216,0,229 chrVI 225899 . G A 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DP=23;Dels=0.00;FS=1.760;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.154;SB=-9.284e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:165,0,140 chrVI 225913 . G A 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.016;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:202,0,158 chrVI 226022 . A G 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;DP=33;Dels=0.00;FS=3.133;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:173,0,237 chrVI 226791 . G A 319.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;DP=43;Dels=0.02;FS=1.210;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.401;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.278;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:349,0,330 chrVI 226794 . G A 379.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=46;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.648;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.055;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:409,0,312 chrVI 226796 . A G 406.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=47;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.750;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:436,0,301 chrVI 226804 . C A 391.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=50;Dels=0.00;FS=2.528;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.920;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.662;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:421,0,328 chrVI 226930 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;DP=61;Dels=0.05;FS=1.028;HaplotypeScore=15.1300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.772;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:58:99:527,0,363 chrVI 227890 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:256,0,244 chrVI 228093 . C T 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=17;Dels=0.00;FS=9.249;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=4.53;ReadPosRankSum=2.440;SB=-3.482e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:107,0,126 chrVI 229067 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.231;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:24:88:230,0,88 chrVI 229079 . T A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=26;Dels=0.00;FS=1.775;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:258,0,137 chrVI 229234 . T G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.488;DP=54;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=5.1642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.082;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:360,0,365 chrVI 229320 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.483;DP=59;Dels=0.00;FS=1.058;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:526,0,499 chrVI 229402 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=51;Dels=0.00;FS=7.947;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.943;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:539,0,375 chrVI 229517 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.957;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:266,0,333 chrVI 229520 . A G 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.061;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.599;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:287,0,333 chrVI 229838 . T A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=65;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:474,0,690 chrVI 229862 . T A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.818;DP=95;Dels=0.00;FS=4.128;HaplotypeScore=7.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:663,0,895 chrVI 230333 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=53;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.619;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.374;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:53:99:435,0,305 chrVI 230627 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=46;Dels=0.00;FS=6.579;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:448,0,304 chrVI 230870 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=58;Dels=0.00;FS=19.420;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.764;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:309,0,488 chrVI 230891 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=54;Dels=0.00;FS=15.604;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.121;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:373,0,487 chrVI 230918 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=57;Dels=0.00;FS=2.207;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:346,0,506 chrVI 230993 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DP=62;Dels=0.00;FS=8.643;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.232;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:552,0,523 chrVI 231775 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.315;DP=77;Dels=0.00;FS=5.810;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.825;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:645,0,838 chrVI 233077 . A G 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;DP=63;Dels=0.00;FS=3.787;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:211,0,463 chrVI 233456 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;DP=66;Dels=0.00;FS=2.061;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.020;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:602,0,560 chrVI 233790 . C G 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=83;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=15.5081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=9.71;ReadPosRankSum=2.637;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:836,0,601 chrVI 233830 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=71;Dels=0.00;FS=1.995;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=3.056;QD=6.68;ReadPosRankSum=2.089;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:504,0,681 chrVI 234038 . G T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.532;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:89:99:845,0,670 chrVI 234085 . G C 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=19.89;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:1505,171,0 chrVI 234160 . G A 1570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.81;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1603,177,0 chrVI 234233 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=78;Dels=0.00;FS=0.878;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.026;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:603,0,827 chrVI 234355 . A G 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;DP=80;Dels=0.00;FS=4.793;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.698;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:841,0,652 chrVI 234388 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;DP=61;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=4.0100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.383;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:549,0,467 chrVI 234460 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=60;Dels=0.00;FS=14.749;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:619,0,467 chrVI 234589 . T A 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=17.48;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1117,123,0 chrVI 234593 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=61;Dels=0.00;FS=2.738;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:61:99:380,0,471 chrVI 234612 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DP=57;Dels=0.00;FS=2.264;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:418,0,372 chrVI 234694 . A G 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.647;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1586,180,0 chrVI 234848 . G A 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DP=72;Dels=0.00;FS=1.365;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=10.78;ReadPosRankSum=-2.630;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:806,0,474 chrVI 234904 . A G 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=17.43;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1253,144,0 chrVI 234914 . G A 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=17.27;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1328,147,0 chrVI 235051 . G C 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:104:99:970,0,604 chrVI 235072 . T C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.166;DP=107;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.192;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:107:99:603,0,950 chrVI 235110 . C T 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=98;Dels=0.00;FS=8.242;HaplotypeScore=8.2787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:98:99:391,0,818 chrVI 235131 . G A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=80;Dels=0.00;FS=3.798;HaplotypeScore=6.6547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,52:80:99:822,0,299 chrVI 235279 . A G 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=135;Dels=0.00;FS=0.672;HaplotypeScore=10.3800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=7.11;ReadPosRankSum=2.233;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,62:135:99:990,0,1160 chrVI 235282 . T C 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.700;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,63:138:99:902,0,1297 chrVI 235321 . A G 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;DP=145;Dels=0.00;FS=0.636;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=8.07;ReadPosRankSum=2.592;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,70:145:99:1200,0,1217 chrVI 235342 . A G 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;DP=140;Dels=0.00;FS=0.621;HaplotypeScore=7.4372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,67:140:99:1141,0,1134 chrVI 235446 . G A 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=96;Dels=0.00;FS=6.010;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:96:99:982,0,793 chrVI 235489 . C T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=99;Dels=0.00;FS=6.522;HaplotypeScore=3.7536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:826,0,867 chrVI 236083 . G A 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=129;Dels=0.00;FS=4.309;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:129:99:1060,0,1126 chrVI 236462 . A T 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=103;Dels=0.00;FS=6.598;HaplotypeScore=17.6802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.742;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:906,0,806 chrVI 237463 . T A 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.089;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:231,0,572 chrVI 237962 . G A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.903;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:100:99:723,0,931 chrVI 237965 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.613;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:576,0,979 chrVI 238213 . C A 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=77;Dels=0.00;FS=1.966;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:77:99:856,0,509 chrVI 238621 . A G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:113:99:735,0,867 chrVI 238704 . C T 1085.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.050;DP=150;Dels=0.00;FS=27.943;HaplotypeScore=11.9356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.508;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.117;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,71:150:99:1115,0,1459 chrVI 238707 . A G 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.781;DP=155;Dels=0.00;FS=22.361;HaplotypeScore=12.7243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.277;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,72:155:99:1003,0,1652 chrVI 238769 . C G 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;DP=170;Dels=0.00;FS=0.592;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.867;QD=5.66;ReadPosRankSum=1.147;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,79:170:99:993,0,1395 chrVI 238784 . T C 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.647;DP=159;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.612;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.868;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,77:159:99:993,0,1362 chrVI 238877 . A C 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;DP=104;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:104:99:1007,0,734 chrVI 238901 . A G 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.648;DP=82;Dels=0.00;FS=0.840;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.901;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.039;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:782,0,643 chrVI 239066 . C T 1548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.876;DP=174;Dels=0.00;FS=4.929;HaplotypeScore=14.3669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.870;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.257;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,86:174:99:1578,0,1287 chrVI 239277 . T A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;DP=61;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:310,0,508 chrVI 239360 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.442;DP=73;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=8.3339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=7.74;ReadPosRankSum=2.171;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:595,0,417 chrVI 239478 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;DP=74;Dels=0.00;FS=0.991;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.168;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.152;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:501,0,526 chrVI 239489 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;DP=82;Dels=0.00;FS=1.981;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.213;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:487,0,521 chrVI 239639 . C G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.740;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:353,0,352 chrVI 239766 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.113;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:353,0,283 chrVI 239793 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=6.60;ReadPosRankSum=2.131;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:314,0,353 chrVI 239828 . G T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=48;Dels=0.00;FS=4.412;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:328,0,450 chrVI 239854 . T C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=69;Dels=0.00;FS=6.882;HaplotypeScore=8.1137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.730;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.132;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:69:99:325,0,683 chrVI 239986 . G A 1103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.332;DP=107;Dels=0.01;FS=6.491;HaplotypeScore=7.4767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,62:106:99:1133,0,691 chrVI 240002 . G A 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=90;Dels=0.00;FS=8.230;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.189;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:856,0,728 chrVI 240289 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=75;Dels=0.00;FS=1.088;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:75:99:529,0,670 chrVI 240352 . G C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;DP=75;Dels=0.00;FS=17.423;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.369;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:75:99:626,0,560 chrVI 240610 . T C 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.592;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:26:99:131,0,285 chrVI 240613 . G A 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:139,0,262 chrVI 241183 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DP=48;Dels=0.00;FS=6.523;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.086;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:477,0,374 chrVI 241694 . T C 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:278,0,212 chrVI 241696 . A G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.139;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:99:266,0,239 chrVI 241803 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.749;DP=82;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.174;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:675,0,621 chrVI 241821 . G A 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DP=95;Dels=0.00;FS=0.827;HaplotypeScore=6.7800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:95:99:818,0,610 chrVI 241871 . G T 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=101;Dels=0.00;FS=14.591;HaplotypeScore=9.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:101:99:831,0,609 chrVI 241949 . T C 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DP=74;Dels=0.00;FS=3.596;HaplotypeScore=4.1949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:808,0,541 chrVI 241984 . G C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=68;Dels=0.00;FS=2.165;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.419;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:641,0,465 chrVI 242750 . C T 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DP=110;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.651;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.692;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:110:99:915,0,922 chrVI 242843 . C G 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.113;DP=99;Dels=0.00;FS=6.506;HaplotypeScore=12.8091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.846;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:99:99:905,0,744 chrVI 243163 . T C 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=4.004;HaplotypeScore=7.5191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=18.24;ReadPosRankSum=1.693;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1638,192,0 chrVI 243783 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=44;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:334,0,388 chrVI 243805 . T G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.975;DP=42;Dels=0.00;FS=9.053;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.252;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:362,0,398 chrVI 243833 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.210;DP=49;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.650;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:310,0,425 chrVI 243850 . C G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DP=45;Dels=0.00;FS=11.612;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.838;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:45:99:264,0,291 chrVI 243927 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=40;Dels=0.00;FS=6.978;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:40:99:260,0,256 chrVI 244123 . T C 391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=25;Dels=0.00;FS=5.351;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=15.64;ReadPosRankSum=1.156;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:25:48:424,48,0 chrVI 244267 . G C 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=15.78;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1169,135,0 chrVI 244268 . C A 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=15.55;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:78:99:1246,141,0 chrVI 244420 . C T 339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=9.16;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:42:372,42,0 chrVI 244444 . A T 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=13.47;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:66:612,66,0 chrVI 244843 . G A 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=17.35;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:571,63,0 chrVI 245376 . C T 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=46;Dels=0.00;FS=5.972;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.374;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.926;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:225,0,346 chrVI 245396 . T C 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=45;Dels=0.00;FS=4.211;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.814;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.023;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:151,0,346 chrVI 245404 . G A 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=44;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.714;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.298;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:152,0,370 chrVI 245419 . C T 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;DP=49;Dels=0.00;FS=5.847;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.48;MQ0=0;MQRankSum=-4.445;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:160,0,359 chrVI 245429 . T C 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=52;Dels=0.00;FS=3.943;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.736;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.211;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:109,0,376 chrVI 245438 . T C 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=-5.328;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.605;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:166,0,521 chrVI 245484 . T G 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.677;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1132,129,0 chrVI 245505 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.899;QD=7.94;ReadPosRankSum=2.307;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:538,0,537 chrVI 245636 . G A 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=20.55;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:711,78,0 chrVI 245661 . G A 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=19.69;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:663,72,0 chrVI 245724 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.795;DP=49;Dels=0.00;FS=8.132;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=3.356;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.673;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:573,0,326 chrVI 245864 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.538;DP=61;Dels=0.00;FS=5.511;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.196;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:314,0,448 chrVI 245900 . T C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=51;Dels=0.00;FS=2.791;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.010;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:262,0,416 chrVI 245910 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:328,0,336 chrVI 246034 . A T 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;DP=122;Dels=0.00;FS=9.241;HaplotypeScore=18.2805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,50:122:99:856,0,1582 chrVI 246259 . A C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=80;Dels=0.00;FS=7.698;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.019;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:626,0,596 chrVI 246293 . G A 460.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=69;Dels=0.00;FS=4.063;HaplotypeScore=5.1690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.069;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:490,0,571 chrVI 246299 . G A 357.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.125;DP=67;Dels=0.00;FS=4.044;HaplotypeScore=6.9311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.028;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:387,0,565 chrVI 246301 . T C 349.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=65;Dels=0.00;FS=4.226;HaplotypeScore=5.7835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.542;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:65:99:379,0,570 chrVI 246533 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=66;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:515,0,693 chrVI 246625 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.262;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:524,0,463 chrVI 246790 . T G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DP=76;Dels=0.00;FS=7.934;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.503;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:400,0,872 chrVI 246893 . A G 2672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2705,309,0 chrVI 247017 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;DP=58;Dels=0.00;FS=7.311;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:685,0,298 chrVI 247084 . T C 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DP=53;Dels=0.00;FS=20.342;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.252;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:678,0,236 chrVI 247276 . C A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.667;DP=55;Dels=0.00;FS=5.664;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:648,0,321 chrVI 247393 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=64;Dels=0.00;FS=14.448;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.007;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:99:483,0,557 chrVI 247441 . T C 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=94;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=19.84;ReadPosRankSum=1.622;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1898,219,0 chrVI 247549 . A G 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.93;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1317,147,0 chrVI 247588 . A G 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.39;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:846,93,0 chrVI 247915 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310;DP=65;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:647,0,497 chrVI 248195 . G T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.490;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:787,0,610 chrVI 248365 . A G 1842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.67;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:85:99:1875,210,0 chrVI 248432 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DP=65;Dels=0.00;FS=2.060;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.576;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:436,0,650 chrVI 248492 . G A 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.46;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2212,240,0 chrVI 248756 . G A 2683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=23.13;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2716,297,0 chrVI 248790 . C G 2212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=21.69;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2245,246,0 chrVI 248810 . C T 1814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=17.96;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1847,204,0 chrVI 248816 . C T 1768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=17.68;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1801,192,0 chrVI 248849 . T C 1615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=16.48;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1648,189,0 chrVI 248984 . T C 1385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=137;Dels=0.00;FS=4.688;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=10.11;ReadPosRankSum=2.109;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,71:137:99:1415,0,932 chrVI 249566 . T C 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=20.27;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1148,129,0 chrVI 249889 . T G 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.84;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1671,195,0 chrVI 250075 . T G 5900.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=258;Dels=0.00;FS=5.859;HaplotypeScore=10.9123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.840;QD=22.87;ReadPosRankSum=2.707;SB=-2.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,254:258:99:5900,639,0 chrVI 250283 . T C 2095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=17.91;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2128,243,0 chrVI 250303 . G C 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.670;DP=118;Dels=0.00;FS=4.879;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:118:99:866,0,897 chrVI 250363 . G A 1767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=17.50;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1800,201,0 chrVI 250409 . T G 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=5.563;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=16.21;ReadPosRankSum=1.694;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:1524,174,0 chrVI 250838 . A G 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DP=73;Dels=0.00;FS=1.991;HaplotypeScore=9.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.514;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:73:99:508,0,602 chrVI 250952 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:271,0,392 chrVI 250973 . A T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:253,0,417 chrVI 251006 . C G 717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=20.49;ReadPosRankSum=0.050;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:62:750,62,0 chrVI 251033 . G A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;DP=20;Dels=0.00;FS=8.038;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.526;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.279e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:86:259,0,86 chrVI 251165 . A G 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.89;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:864,96,0 chrVI 251816 . T C 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.881;DP=61;Dels=0.00;FS=9.967;HaplotypeScore=3.3746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=15.51;ReadPosRankSum=2.605;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,57:61:99:979,111,0 chrVI 251842 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.725;DP=60;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.551;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:241,0,593 chrVI 251958 . A C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.554;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:403,0,357 chrVI 252169 . G C 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=20.52;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1141,129,0 chrVI 252203 . A G 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1059,120,0 chrVI 252230 . C T 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=14.84;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:894,99,0 chrVI 252341 . A T 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;DP=88;Dels=0.00;FS=5.553;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:805,0,575 chrVI 252493 . G T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;DP=62;Dels=0.00;FS=6.287;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:438,0,467 chrVI 252657 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.107;DP=111;Dels=0.00;FS=0.727;HaplotypeScore=11.4954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,40:111:99:489,0,1337 chrVI 252784 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=59;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:59:99:615,0,249 chrVI 253053 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.605;DP=73;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:447,0,622 chrVI 253095 . C T 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.81;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1538,168,0 chrVI 253134 . T C 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.55;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1386,156,0 chrVI 253193 . A G 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.85;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1084,120,0 chrVI 253476 . G A 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=10.56;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:78:698,78,0 chrVI 253673 . T G 600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=20.69;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:633,72,0 chrVI 253709 . T G 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.87;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:828,96,0 chrVI 253927 . G A 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=18.60;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1298,138,0 chrVI 254049 . C G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=43;Dels=0.00;FS=6.873;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.683;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:180,0,417 chrVI 254081 . C T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DP=30;Dels=0.00;FS=9.375;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:152,0,378 chrVI 254393 . T G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=36;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.263;QD=4.00;ReadPosRankSum=2.754;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:174,0,291 chrVI 254401 . T C 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=16.69;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:617,69,0 chrVI 254411 . A G 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;DP=35;Dels=0.00;FS=11.247;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.680;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.413;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:100,0,311 chrVI 254423 . A G 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DP=37;Dels=0.00;FS=5.123;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.168;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:37:99:111,0,252 chrVI 254453 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=48;Dels=0.00;FS=8.423;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:372,0,417 chrVI 254504 . A G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DP=53;Dels=0.00;FS=8.348;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=2.387;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.387;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:461,0,405 chrVI 254764 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=48;Dels=0.00;FS=3.206;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:501,0,339 chrVI 254774 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;DP=49;Dels=0.00;FS=4.708;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.950;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:493,0,390 chrVI 254882 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.631;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:710,0,791 chrVI 254963 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=81;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=6.8882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.358;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:677,0,836 chrVI 255149 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.291;DP=92;Dels=0.00;FS=5.527;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.941;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:92:99:692,0,643 chrVI 255164 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=85;Dels=0.00;FS=2.905;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.435;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:586,0,689 chrVI 255242 . C T 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.034;DP=85;Dels=0.00;FS=4.490;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.217;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,50:85:99:885,0,578 chrVI 255245 . A G 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;DP=81;Dels=0.00;FS=4.574;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.511;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:81:99:799,0,622 chrVI 255548 . G A 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:793,87,0 chrVI 255999 . A G 413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=17.21;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:446,51,0 chrVI 256037 . C T 113.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=34;Dels=0.00;FS=8.804;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:143,0,371 chrVI 256052 . C T 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DP=41;Dels=0.05;FS=6.618;HaplotypeScore=8.4432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:154,0,376 chrVI 256499 . G A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=34;Dels=0.00;FS=1.678;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=11.47;ReadPosRankSum=1.134;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:420,0,146 chrVI 256615 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=46;Dels=0.00;FS=5.736;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.967;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:326,0,314 chrVI 256766 . C A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.013;DP=59;Dels=0.00;FS=5.239;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.909;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:472,0,585 chrVI 256769 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;DP=59;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=3.1291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=5.68;ReadPosRankSum=2.369;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:365,0,558 chrVI 257096 . T C 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=15.31;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72:630,72,0 chrVI 257106 . C T 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=39;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.071;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:189,0,273 chrVI 257355 . A C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;DP=78;Dels=0.00;FS=7.568;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:375,0,664 chrVI 257361 . C T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=83;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:83:99:393,0,693 chrVI 258487 . T A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;DP=99;Dels=0.00;FS=4.151;HaplotypeScore=8.2860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=8.41;ReadPosRankSum=2.184;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:863,0,918 chrVI 258551 . C A 2037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=24.84;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2070,228,0 chrVI 259014 . A G 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=64;Dels=0.00;FS=2.234;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.968;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:652,0,338 chrVI 259217 . A G 1338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.603;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,73:122:99:1368,0,773 chrVI 259358 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;DP=50;Dels=0.00;FS=11.340;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:496,0,274 chrVI 259573 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=2.596;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.764;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:122:99:755,0,1228 chrVI 259914 . C T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.354;DP=110;Dels=0.00;FS=6.204;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:737,0,1119 chrVI 259953 . T A 2173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.37;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2206,246,0 chrVI 260810 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=73;Dels=0.00;FS=6.568;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.175;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:455,0,804 chrVI 261100 . C T 1123.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=114;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=9.6363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.973;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.826;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:114:99:1153,0,878 chrVI 261104 . C T 636.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DP=115;Dels=0.01;FS=3.613;HaplotypeScore=11.0077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:114:99:666,0,1098 chrVI 261109 . C T 681.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.539;DP=114;Dels=0.00;FS=2.514;HaplotypeScore=8.4638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:114:99:711,0,1064 chrVI 261800 . T C 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=97;Dels=0.00;FS=3.143;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:1062,0,693 chrVI 262022 . T C 2717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=134;Dels=0.00;FS=7.317;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=20.28;ReadPosRankSum=2.358;SB=-1.517e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,132:134:99:2750,309,0 chrVI 262451 . T C 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.430;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:903,0,1089 chrVI 262558 . T C 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=102;Dels=0.00;FS=5.226;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:933,0,664 chrVI 263080 . C T 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.182;DP=153;Dels=0.00;FS=1.354;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.572;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,73:153:99:1179,0,1255 chrVI 263563 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=54;Dels=0.00;FS=3.900;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:473,0,497 chrVI 264121 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DP=76;Dels=0.00;FS=8.247;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:533,0,806 chrVI 264331 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.594;DP=50;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:50:99:384,0,604 chrVI 264371 . C G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.870;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:472,0,389 chrVI 264434 . T C 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DP=55;Dels=0.00;FS=4.182;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.177;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:276,0,610 chrVI 264756 . A G 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=42;Dels=0.00;FS=7.469;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=2.95;ReadPosRankSum=2.050;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:154,0,447 chrVI 265114 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=46;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.298;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:46:99:481,0,291 chrVI 265273 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DP=63;Dels=0.00;FS=1.173;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=3.691;QD=8.92;ReadPosRankSum=-2.110;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:592,0,310 chrVI 265935 . G A 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.506;DP=138;Dels=0.00;FS=0.643;HaplotypeScore=11.3894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.387;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:138:99:1192,0,1354 chrVI 265986 . T C 1117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.993;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.770;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,64:129:99:1147,0,1257 chrVI 266145 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=97;Dels=0.00;FS=10.884;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.628;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:97:99:670,0,939 chrVI 266168 . G C 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=114;Dels=0.00;FS=13.566;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:114:99:924,0,1010 chrVI 266412 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;DP=60;Dels=0.00;FS=3.594;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.259;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:479,0,495 chrVI 266623 . G T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DP=101;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.342;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:101:99:887,0,698 chrVI 267162 . C T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:525,0,538 chrVI 267341 . A T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=87;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.796;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:87:99:880,0,500 chrVI 267633 . G T 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.296;DP=75;Dels=0.00;FS=6.150;HaplotypeScore=8.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.147;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:723,0,513 chrVI 267901 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.283;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:295,0,299 chrVI 268516 . C T 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=19.80;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:825,96,0 chrVI 268851 . G T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=128;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:598,0,1311 chrVI 268853 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.959;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.898;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:128:99:741,0,1362 chrVI 268894 . T A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.589;DP=117;Dels=0.00;FS=0.791;HaplotypeScore=12.8218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.269;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.346;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:117:99:537,0,1271 chrVI 269031 . A G 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.394;DP=138;Dels=0.00;FS=1.351;HaplotypeScore=20.6835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,63:138:99:1038,0,1382 chrVI 269289 . A G 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.731;DP=150;Dels=0.00;FS=2.060;HaplotypeScore=5.0222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,62:150:99:915,0,1587 chrVI 269633 . A G 2466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.678;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:127:99:2499,276,0 chrVI 269754 . T A 3293.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=23.52;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:140:99:3293,354,0 chrVI 269961 . C G 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=28;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:28:99:124,0,219 chrVI 270091 . C T 2403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.35;MQ0=0;QD=23.33;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2436,264,0 chrVII 461 . C T 578.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;DP=146;Dels=0.00;FS=2.877;HaplotypeScore=79.4003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.90;MQ0=8;MQRankSum=0.098;QD=3.96;ReadPosRankSum=2.721;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,36:146:99:608,0,1258 chrVII 466 . A C 637.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.769;DP=140;Dels=0.00;FS=16.254;HaplotypeScore=40.0016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.15;MQ0=8;MQRankSum=-3.709;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.580;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,57:140:99:667,0,1292 chrVII 508 . C T 1098.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.005;DP=183;Dels=0.00;FS=71.745;HaplotypeScore=23.4830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.33;MQ0=10;MQRankSum=-5.961;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,86:183:99:1128,0,1764 chrVII 520 . T G 635.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.725;DP=184;Dels=0.00;FS=51.750;HaplotypeScore=9.8131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.10;MQ0=13;MQRankSum=-7.119;QD=3.45;ReadPosRankSum=-2.178;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,77:184:99:665,0,2070 chrVII 663 . G A 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;DP=147;Dels=0.00;FS=32.258;HaplotypeScore=50.6591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.50;MQ0=1;MQRankSum=-6.515;QD=0.14;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,32:147:50:50,0,1978 chrVII 673 . T A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;DP=174;Dels=0.01;FS=15.578;HaplotypeScore=78.4238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.57;MQ0=3;MQRankSum=-9.267;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,74:173:99:427,0,1757 chrVII 680 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=197;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.52;MQ0=3;MQRankSum=-10.317;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.933;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,88:196:99:441,0,1767 chrVII 699 . T C 112.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.296;DP=241;Dels=0.00;FS=19.535;HaplotypeScore=67.4788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.82;MQ0=4;MQRankSum=-5.131;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,66:241:99:142,0,2646 chrVII 710 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.387;DP=266;Dels=0.00;FS=31.909;HaplotypeScore=140.5139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.17;MQ0=3;MQRankSum=-6.908;QD=1.96;ReadPosRankSum=-4.129;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,104:266:99:551,0,2528 chrVII 717 . C T 215.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=289;Dels=0.00;FS=90.082;HaplotypeScore=143.1921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.66;MQ0=3;MQRankSum=-1.964;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.924;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,50:289:99:245,0,2934 chrVII 978 . A G 305.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.438;DP=184;Dels=0.00;FS=79.069;HaplotypeScore=54.0124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=1;MQRankSum=-8.164;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.786;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,64:184:99:335,0,2330 chrVII 987 . A T 799.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.503;DP=199;Dels=0.00;FS=19.126;HaplotypeScore=53.1090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.76;MQ0=1;MQRankSum=0.241;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,50:199:99:829,0,1833 chrVII 988 . G T 384.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=195;Dels=0.00;FS=88.050;HaplotypeScore=53.1090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.04;MQ0=1;MQRankSum=-8.220;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,77:195:99:414,0,2247 chrVII 1011 . A G 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.647;DP=231;Dels=0.00;FS=100.222;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQ0=2;MQRankSum=-8.947;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.740;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,101:231:99:700,0,2339 chrVII 1025 . A G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.435;DP=235;Dels=0.00;FS=70.969;HaplotypeScore=7.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQ0=2;MQRankSum=-8.053;QD=3.69;ReadPosRankSum=2.787;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,103:235:99:897,0,2584 chrVII 1046 . T C 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;DP=285;Dels=0.00;FS=13.861;HaplotypeScore=13.7980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=2;MQRankSum=-8.124;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,143:285:99:1500,0,2360 chrVII 1070 . A T 1612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;DP=261;Dels=0.00;FS=4.179;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQ0=1;MQRankSum=-6.609;QD=6.18;ReadPosRankSum=-2.169;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,150:261:99:1642,0,2210 chrVII 1080 . C T 1804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.146;DP=255;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=-5.534;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.364;SB=-1.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,141:255:99:1834,0,2150 chrVII 1104 . T C 1840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.557;DP=232;Dels=0.00;FS=8.678;HaplotypeScore=25.0102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.256;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.961;SB=-1.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,136:232:99:1870,0,1688 chrVII 1136 . C T 1638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.404;DP=190;Dels=0.00;FS=3.446;HaplotypeScore=10.6609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.654;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,102:190:99:1668,0,1626 chrVII 1214 . A G 1800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DP=173;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=45.2493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-6.676;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.318;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,97:173:99:1830,0,1295 chrVII 1217 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.019;DP=180;Dels=0.00;FS=2.264;HaplotypeScore=48.8985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=5.976;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,44:180:99:506,0,2613 chrVII 1234 . C T 2129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.358;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-7.200;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.709;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,106:184:99:2159,0,1290 chrVII 1354 . T C 2834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.104;DP=184;Dels=0.00;FS=3.350;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.648;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.971;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,142:184:99:2864,0,461 chrVII 1422 . G C 2078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=207;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=31.2804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.771;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.425;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,129:207:99:2108,0,1105 chrVII 1535 . T C 1319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;DP=165;Dels=0.00;FS=0.615;HaplotypeScore=6.0575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.170;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.409;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,98:165:99:1349,0,1193 chrVII 1551 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=183;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=46.7760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.909;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.238;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,37:183:99:181,0,2609 chrVII 1557 . G T 1257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.635;DP=181;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=41.5216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.236;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,107:181:99:1287,0,1382 chrVII 1562 . G C 1308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=193;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=12.4982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.867;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,112:193:99:1338,0,1443 chrVII 1782 . G A 2097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.615;DP=203;Dels=0.00;FS=5.123;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.937;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,127:203:99:2127,0,1282 chrVII 1959 . C T 2094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.634;DP=201;Dels=0.00;FS=0.583;HaplotypeScore=16.4733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.398;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.000;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,121:201:99:2124,0,1105 chrVII 1999 . G A 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=127;Dels=0.00;FS=5.108;HaplotypeScore=44.1464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=8.46;ReadPosRankSum=-2.436;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,73:127:99:1105,0,762 chrVII 2004 . G A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;DP=121;Dels=0.00;FS=12.274;HaplotypeScore=39.3849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,30:121:99:295,0,1445 chrVII 2026 . A G 1370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=144;Dels=0.00;FS=15.454;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.088;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,80:144:99:1400,0,897 chrVII 2061 . A T 1445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.265;DP=156;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.143;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.518;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,89:156:99:1475,0,971 chrVII 2086 . G A 2633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.692;DP=185;Dels=0.00;FS=6.745;HaplotypeScore=3.7567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,142:185:99:2663,0,436 chrVII 2184 . C G 894.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=10.28;ReadPosRankSum=2.442;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:87:99:924,0,606 chrVII 2188 . G A 873.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.352;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:903,0,633 chrVII 2231 . C T 500.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.023;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=8.33;ReadPosRankSum=-2.107;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:60:99:530,0,417 chrVII 2283 . C A 416.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.857;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,23:29:65:446,0,65 chrVII 2300 . A G 308.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.366;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:338,0,156 chrVII 2572 . A T 427.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.958;DP=50;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=8.54;ReadPosRankSum=-2.529;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:457,0,305 chrVII 2686 . T C 524.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.707;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,39:59:99:554,0,436 chrVII 2738 . C T 630.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:660,0,426 chrVII 2817 . G A 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,65:105:99:1114,0,735 chrVII 2839 . T A 1255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.871;DP=111;Dels=0.00;FS=8.017;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.730;QD=11.31;ReadPosRankSum=2.224;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,69:111:99:1285,0,695 chrVII 2899 . C T 1267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.264;DP=112;Dels=0.00;FS=1.686;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.505;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,75:112:99:1297,0,618 chrVII 2966 . T C 1238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.653;DP=121;Dels=0.00;FS=12.721;HaplotypeScore=9.6581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,73:121:99:1268,0,832 chrVII 3367 . G C 2183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=190;Dels=0.00;FS=3.444;HaplotypeScore=13.3416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=11.49;ReadPosRankSum=2.454;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,107:190:99:2213,0,1525 chrVII 3417 . C T 2446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=226;Dels=0.00;FS=16.291;HaplotypeScore=20.7925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,131:226:99:2476,0,1844 chrVII 3823 . G C 1572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=230;Dels=0.00;FS=0.501;HaplotypeScore=32.0945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,96:230:99:1602,0,1854 chrVII 3929 . G C 2857.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;DP=442;Dels=0.00;FS=4.402;HaplotypeScore=45.4692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.472;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:263,173:442:99:2887,0,4588 chrVII 4017 . T C 3836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.766;DP=322;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-1.732e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,196:322:99:3836,0,2115 chrVII 4400 . T C 1573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.758;DP=164;Dels=0.00;FS=6.978;HaplotypeScore=14.9809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,89:164:99:1603,0,1328 chrVII 4502 . T A 1698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=166;Dels=0.00;FS=0.613;HaplotypeScore=24.5257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.454;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.294;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,102:166:99:1728,0,1015 chrVII 4504 . T C 2178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=167;Dels=0.00;FS=6.225;HaplotypeScore=26.2878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,129:167:99:2208,0,434 chrVII 4516 . C T 2336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.894;DP=178;Dels=0.00;FS=4.975;HaplotypeScore=88.5544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,134:178:99:2366,0,511 chrVII 4574 . G A 1630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.662;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.936;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,103:190:99:1660,0,1510 chrVII 4631 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.306;DP=148;Dels=0.00;FS=16.282;HaplotypeScore=7.0180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.058;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,32:148:99:380,0,2357 chrVII 4761 . C A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.921;DP=210;Dels=0.00;FS=4.266;HaplotypeScore=24.2535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.227;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,43:210:99:450,0,3288 chrVII 4809 . G C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;DP=208;Dels=0.00;FS=13.010;HaplotypeScore=12.2317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.923;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,42:208:99:478,0,3333 chrVII 4815 . T G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.497;DP=202;Dels=0.00;FS=9.244;HaplotypeScore=12.2594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=2.093;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,44:202:99:528,0,3411 chrVII 4981 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DP=63;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.009;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:640,0,325 chrVII 4984 . T G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=9.62;ReadPosRankSum=2.124;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:63:99:636,0,350 chrVII 4998 . A G 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;DP=88;Dels=0.00;FS=7.710;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.909;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,71:88:99:1193,0,117 chrVII 5025 . C T 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.018;DP=111;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=5.8085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.186;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,66:111:99:1045,0,705 chrVII 5092 . C A 2505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=156;Dels=0.00;FS=5.326;HaplotypeScore=18.7500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.404;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,139:156:27:2535,0,27 chrVII 5138 . C A 2056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DP=183;Dels=0.00;FS=5.650;HaplotypeScore=16.3481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=11.24;ReadPosRankSum=-2.982;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,118:183:99:2086,0,1066 chrVII 5182 . C T 1839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.774;DP=200;Dels=0.00;FS=8.537;HaplotypeScore=7.3422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.602;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,124:200:99:1869,0,1180 chrVII 5183 . A C 1745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.183;DP=204;Dels=0.00;FS=9.642;HaplotypeScore=8.8761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.143;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,123:204:99:1775,0,1275 chrVII 5343 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.691;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=2.201;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,23:98:99:285,0,1506 chrVII 5398 . T C 1422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=116;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,77:116:99:1452,0,713 chrVII 5526 . G A 2997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=272;Dels=0.00;FS=6.557;HaplotypeScore=56.9711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.358;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.498;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,185:272:99:3027,0,1315 chrVII 5533 . C T 4432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.176;DP=260;Dels=0.00;FS=3.209;HaplotypeScore=47.2510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.702;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-1.909e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,219:260:99:4432,0,347 chrVII 5604 . A T 3044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.960;DP=322;Dels=0.00;FS=2.647;HaplotypeScore=32.4115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-1.651e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,211:322:99:3074,0,1959 chrVII 5707 . G A 1292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;DP=141;Dels=0.00;FS=13.340;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.030;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,85:141:99:1322,0,776 chrVII 5717 . A C 1611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.464;DP=142;Dels=0.00;FS=7.989;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,92:142:99:1641,0,710 chrVII 5754 . A C 2111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=12.27;ReadPosRankSum=2.887;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,142:172:99:2141,0,250 chrVII 5755 . G A 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.267;DP=172;Dels=0.00;FS=0.714;HaplotypeScore=33.7199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=6.01;ReadPosRankSum=2.339;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,78:172:99:1064,0,1365 chrVII 5800 . C T 2744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.923;DP=229;Dels=0.00;FS=2.357;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.227;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,164:229:99:2774,0,787 chrVII 5921 . A G 2177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.327;DP=215;Dels=0.00;FS=10.649;HaplotypeScore=21.4062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.577;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,123:215:99:2207,0,1793 chrVII 6091 . T A 71.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=24;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:101,0,247 chrVII 6214 . G A 2460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.820;DP=222;Dels=0.00;FS=2.516;HaplotypeScore=45.2670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.78;MQ0=0;MQRankSum=-9.901;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,135:222:99:2490,0,1411 chrVII 6461 . A G 589.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.065;DP=164;Dels=0.00;FS=8.293;HaplotypeScore=28.4225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.81;MQ0=9;MQRankSum=-1.757;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.772;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,52:164:99:619,0,1713 chrVII 6476 . C A 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.895;DP=167;Dels=0.00;FS=1.680;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.16;MQ0=6;MQRankSum=-6.240;QD=0.29;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,37:167:79:79,0,2261 chrVII 6509 . A G 699.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.641;DP=145;Dels=0.00;FS=45.687;HaplotypeScore=8.5530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.62;MQ0=1;MQRankSum=-7.770;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.926;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,61:145:99:729,0,1342 chrVII 6545 . T C 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;DP=119;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=14.2821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.57;MQ0=0;MQRankSum=-6.192;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,26:119:99:114,0,1587 chrVII 6557 . A G 721.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.931;DP=143;Dels=0.00;FS=46.825;HaplotypeScore=16.9339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQ0=0;MQRankSum=-10.207;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,73:143:99:751,0,1322 chrVII 6575 . C T 889.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.218;DP=153;Dels=0.00;FS=57.381;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.86;MQ0=0;MQRankSum=-9.569;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,82:153:99:919,0,1242 chrVII 6652 . T C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=189;Dels=0.00;FS=2.697;HaplotypeScore=24.5580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.94;MQ0=1;MQRankSum=4.121;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,53:189:99:444,0,2033 chrVII 6665 . G A 356.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=189;Dels=0.00;FS=89.877;HaplotypeScore=16.9499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.42;MQ0=2;MQRankSum=-9.062;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,57:189:99:386,0,2180 chrVII 6671 . T C 335.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.537;DP=177;Dels=0.00;FS=78.011;HaplotypeScore=14.8078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.92;MQ0=1;MQRankSum=-8.970;QD=1.89;ReadPosRankSum=-2.449;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,47:177:99:365,0,2238 chrVII 6676 . C T 264.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;DP=173;Dels=0.00;FS=74.891;HaplotypeScore=13.9629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.49;MQ0=1;MQRankSum=-9.199;QD=1.53;ReadPosRankSum=-4.021;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,45:173:99:294,0,2172 chrVII 6679 . G A 155.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.295;DP=166;Dels=0.00;FS=56.388;HaplotypeScore=11.6141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.67;MQ0=1;MQRankSum=-9.215;QD=0.93;ReadPosRankSum=-3.531;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,41:166:99:185,0,2164 chrVII 6681 . A G 146.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=170;Dels=0.00;FS=59.142;HaplotypeScore=10.6563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.65;MQ0=1;MQRankSum=-8.157;QD=0.86;ReadPosRankSum=-2.108;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,34:170:99:176,0,2081 chrVII 6683 . A G 150.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;DP=165;Dels=0.00;FS=63.171;HaplotypeScore=26.9835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.19;MQ0=1;MQRankSum=-8.559;QD=0.91;ReadPosRankSum=-3.184;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,34:165:99:180,0,2285 chrVII 6816 . A G 61.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=105;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=25.8186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.48;MQ0=7;MQRankSum=-1.498;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.810;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,21:105:91:91,0,1243 chrVII 6997 . A G 187.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;DP=99;Dels=0.00;FS=58.137;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.52;MQ0=5;MQRankSum=0.734;QD=1.89;ReadPosRankSum=-2.015;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,20:99:99:217,0,1310 chrVII 7126 . C G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.028;DP=106;Dels=0.00;FS=13.550;HaplotypeScore=14.2895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.75;MQ0=1;MQRankSum=-4.641;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,36:106:99:394,0,1108 chrVII 7134 . A G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;DP=109;Dels=0.00;FS=16.369;HaplotypeScore=20.4170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.16;MQ0=1;MQRankSum=-4.102;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,31:109:99:288,0,1109 chrVII 7378 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.705;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.41;MQ0=1;MQRankSum=-1.309;QD=2.91;ReadPosRankSum=3.244;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,31:130:99:408,0,2116 chrVII 7398 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;DP=140;Dels=0.00;FS=3.049;HaplotypeScore=28.8743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQ0=1;MQRankSum=-1.084;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.813;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,28:140:99:368,0,2275 chrVII 7600 . C T 256.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.950;DP=108;Dels=0.00;FS=14.121;HaplotypeScore=23.0723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.545;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.276;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,25:108:99:286,0,1572 chrVII 7857 . A G 176.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.72;MQ0=6;MQRankSum=-0.722;QD=1.87;ReadPosRankSum=-2.574;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,25:94:99:206,0,1009 chrVII 7948 . A G 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=114;Dels=0.00;FS=6.812;HaplotypeScore=36.7999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQ0=3;MQRankSum=3.551;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,32:114:99:465,0,1041 chrVII 8051 . A G 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=131;Dels=0.00;FS=20.013;HaplotypeScore=23.9527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=2;MQRankSum=-5.423;QD=0.13;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,21:131:47:47,0,2240 chrVII 8205 . A G 167.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;DP=67;Dels=0.00;FS=6.287;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQ0=6;MQRankSum=-3.696;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.689;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,14:67:99:197,0,1023 chrVII 8216 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=77;Dels=0.00;FS=3.720;HaplotypeScore=6.2321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQ0=3;MQRankSum=-2.796;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,19:77:99:178,0,1118 chrVII 8487 . C T 106.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.482;DP=87;Dels=0.00;FS=48.926;HaplotypeScore=14.6457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.90;MQ0=6;MQRankSum=-5.470;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.195;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,28:87:99:136,0,788 chrVII 8488 . C T 107.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.167;DP=82;Dels=0.00;FS=49.886;HaplotypeScore=9.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.04;MQ0=6;MQRankSum=-5.237;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.149;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,28:82:99:137,0,755 chrVII 8501 . C T 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.115;DP=88;Dels=0.00;FS=76.160;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.06;MQ0=6;MQRankSum=-6.236;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.261;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:88:99:161,0,771 chrVII 8505 . A C 91.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=89;Dels=0.00;FS=66.664;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.84;MQ0=6;MQRankSum=-5.632;QD=1.02;ReadPosRankSum=2.228;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,32:89:99:121,0,894 chrVII 8529 . A G 121.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DP=80;Dels=0.00;FS=65.026;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQ0=3;MQRankSum=-6.606;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.046;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:151,0,813 chrVII 8533 . T C 140.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.475;DP=75;Dels=0.00;FS=66.636;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.77;MQ0=3;MQRankSum=-6.839;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.064;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:170,0,797 chrVII 8539 . G A 117.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.630;DP=73;Dels=0.00;FS=66.455;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.07;MQ0=2;MQRankSum=-6.783;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:147,0,813 chrVII 8547 . C T 79.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DP=77;Dels=0.00;FS=65.172;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQ0=3;MQRankSum=-6.472;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.214;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,24:77:99:109,0,852 chrVII 8553 . T C 57.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DP=87;Dels=0.00;FS=84.576;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQ0=3;MQRankSum=-7.065;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:87:87:87,0,977 chrVII 8560 . C T 58.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.521;DP=80;Dels=0.00;FS=74.504;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQ0=3;MQRankSum=-6.467;QD=0.73;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,25:80:88:88,0,967 chrVII 8562 . T A 45.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;DP=81;Dels=0.00;FS=74.536;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.97;MQ0=3;MQRankSum=-6.649;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.702;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,25:81:75:75,0,998 chrVII 8825 . C T 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;DP=109;Dels=0.00;FS=12.702;HaplotypeScore=11.0697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.176;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,34:109:67:67,0,1281 chrVII 8831 . C T 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;DP=108;Dels=0.00;FS=11.973;HaplotypeScore=7.6026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.428;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,32:108:70:70,0,1317 chrVII 8876 . C T 483.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=108;Dels=0.00;FS=2.654;HaplotypeScore=63.0286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.219;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,39:108:99:513,0,998 chrVII 8879 . T C 152.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;DP=108;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=61.4513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.517;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.558;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,30:108:99:182,0,1382 chrVII 8880 . G C 156.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=106;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=59.6710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.816;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.813;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,29:106:99:186,0,1302 chrVII 8977 . A G 1148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;DP=141;Dels=0.00;FS=0.630;HaplotypeScore=30.4714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.807;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.517;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,73:141:99:1178,0,1154 chrVII 9029 . G T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.475;DP=161;Dels=0.00;FS=1.650;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.177;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,29:161:99:290,0,2571 chrVII 9044 . T G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.177;DP=177;Dels=0.00;FS=3.244;HaplotypeScore=19.3366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.988;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.189;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,40:177:99:362,0,2809 chrVII 9188 . C T 1164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.588;DP=204;Dels=0.00;FS=0.686;HaplotypeScore=18.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.755;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.744;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,69:203:99:1194,0,2728 chrVII 9203 . G T 1164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.049;DP=203;Dels=0.00;FS=5.867;HaplotypeScore=13.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.772;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,72:203:99:1194,0,2613 chrVII 9264 . G C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=149;Dels=0.00;FS=4.206;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.194;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,48:149:99:733,0,2041 chrVII 9285 . G T 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=139;Dels=0.00;FS=1.670;HaplotypeScore=35.1786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:138:99:937,0,1017 chrVII 9314 . T C 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.213;QD=0.28;ReadPosRankSum=1.516;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,15:125:65:65,0,1888 chrVII 9317 . T C 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.176;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.556;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,15:124:62:62,0,1766 chrVII 9355 . T C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=125;Dels=0.00;FS=3.360;HaplotypeScore=33.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.305;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:125:99:885,0,1002 chrVII 9425 . C T 2045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DP=210;Dels=0.00;FS=1.942;HaplotypeScore=7.7760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.570;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.523;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,134:210:99:2075,0,1324 chrVII 9430 . A G 2020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.240;DP=216;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.008;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,142:216:99:2050,0,1366 chrVII 9448 . G A 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.230;DP=225;Dels=0.00;FS=1.881;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=2.220;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,82:225:99:1010,0,2503 chrVII 9477 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=218;Dels=0.00;FS=14.434;HaplotypeScore=55.8864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-8.694;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.530;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,57:218:99:612,0,2688 chrVII 9492 . G T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.957;DP=205;Dels=0.00;FS=13.903;HaplotypeScore=107.4760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-6.965;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.046;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,55:205:99:558,0,2395 chrVII 9493 . A G 1803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.262;DP=203;Dels=0.01;FS=3.723;HaplotypeScore=105.1100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.810;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.825;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,124:200:99:1833,0,1211 chrVII 9524 . T C 1982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=182;Dels=0.00;FS=1.921;HaplotypeScore=15.4298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,117:182:99:2012,0,1049 chrVII 9589 . T G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DP=129;Dels=0.00;FS=3.788;HaplotypeScore=21.6343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.391;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,36:129:99:429,0,1806 chrVII 9659 . A G 126.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DP=103;Dels=0.00;FS=6.705;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.213;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.824;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,19:103:99:156,0,1698 chrVII 9663 . C T 93.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.128;DP=108;Dels=0.00;FS=1.973;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.092;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.209;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,23:108:99:123,0,1583 chrVII 9664 . T C 82.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.016;DP=106;Dels=0.00;FS=1.965;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.553;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.222;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,23:106:99:112,0,1689 chrVII 9710 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.125;DP=149;Dels=0.00;FS=7.085;HaplotypeScore=8.9520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-5.773;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.199;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,43:149:99:612,0,1948 chrVII 9720 . A G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.562;DP=163;Dels=0.00;FS=5.217;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-5.975;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.687;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,47:163:99:678,0,2393 chrVII 9746 . G C 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=173;Dels=0.00;FS=2.982;HaplotypeScore=8.0188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-6.039;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.467;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,50:173:99:740,0,2383 chrVII 9786 . C G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=1.858;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.196;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,49:126:99:678,0,1352 chrVII 9795 . C G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.928;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.971;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,20:117:99:192,0,1588 chrVII 9800 . T C 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=109;Dels=0.00;FS=2.297;HaplotypeScore=21.1397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.434;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.485;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,16:109:99:127,0,1460 chrVII 9823 . G A 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=110;Dels=0.00;FS=15.280;HaplotypeScore=25.2870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.656;QD=0.10;ReadPosRankSum=-1.686;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,20:110:41:41,0,1277 chrVII 9841 . T C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.747;DP=109;Dels=0.00;FS=2.877;HaplotypeScore=40.4187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-6.537;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.003;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,28:109:99:240,0,1494 chrVII 9848 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.601;DP=110;Dels=0.00;FS=2.627;HaplotypeScore=38.2390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=3.112;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,35:110:99:451,0,1173 chrVII 9859 . G C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=119;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-6.167;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.159;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,32:119:99:302,0,1541 chrVII 9885 . T A 1467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=151;Dels=0.01;FS=2.993;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.121;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,89:150:99:1497,0,1098 chrVII 9915 . A G 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DP=164;Dels=0.00;FS=12.265;HaplotypeScore=8.6626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.384;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,53:164:99:844,0,2075 chrVII 10024 . T A 88.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.222;DP=160;Dels=0.00;FS=16.075;HaplotypeScore=92.5443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-8.309;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,46:160:99:118,0,2109 chrVII 10028 . C T 34.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.196;DP=148;Dels=0.00;FS=22.494;HaplotypeScore=83.5992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-8.851;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,38:148:64:64,0,1991 chrVII 10029 . G A 1159.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.213;DP=149;Dels=0.00;FS=6.622;HaplotypeScore=85.1765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.742;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,90:149:99:1189,0,866 chrVII 10093 . C T 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DP=112;Dels=0.00;FS=2.558;HaplotypeScore=23.7712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:112:99:926,0,1002 chrVII 10123 . T A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;DP=96;Dels=0.00;FS=3.007;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:96:99:731,0,1164 chrVII 10154 . G C 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DP=105;Dels=0.00;FS=22.060;HaplotypeScore=8.2042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.140;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.257;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,16:105:69:69,0,1815 chrVII 10166 . G A 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.645;DP=110;Dels=0.00;FS=1.568;HaplotypeScore=25.2217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.436;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,57:110:99:957,0,879 chrVII 10182 . T G 161.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.325;DP=137;Dels=0.00;FS=27.567;HaplotypeScore=8.7540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-7.194;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,27:137:99:191,0,2081 chrVII 10191 . T C 132.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.643;DP=132;Dels=0.00;FS=29.322;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-7.650;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,27:132:99:162,0,2104 chrVII 10198 . G A 93.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=144;Dels=0.00;FS=27.353;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-7.631;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,30:144:99:123,0,2068 chrVII 10242 . T A 1614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=168;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=52.3643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.546;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,96:168:99:1644,0,1256 chrVII 10243 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.709;DP=166;Dels=0.00;FS=20.534;HaplotypeScore=51.6303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.169;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.314;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,37:166:99:265,0,2710 chrVII 10302 . G A 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=144;Dels=0.00;FS=33.313;HaplotypeScore=10.4433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-7.131;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,52:144:99:794,0,1731 chrVII 10310 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.285;DP=133;Dels=0.00;FS=20.699;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-6.516;QD=5.06;ReadPosRankSum=2.918;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,42:133:99:703,0,1780 chrVII 10346 . C A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DP=121;Dels=0.00;FS=20.892;HaplotypeScore=13.4017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-6.863;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.186;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,39:121:99:481,0,1592 chrVII 10505 . T A 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=96;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=10.7573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:761,0,971 chrVII 10597 . A G 83.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=96;Dels=0.00;FS=11.062;HaplotypeScore=5.2764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=6;MQRankSum=-5.914;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,16:96:99:113,0,1544 chrVII 10613 . T A 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=94;Dels=0.00;FS=15.794;HaplotypeScore=10.4244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=4;MQRankSum=-4.044;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,19:94:56:56,0,1279 chrVII 10615 . C T 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.225;DP=87;Dels=0.00;FS=6.959;HaplotypeScore=12.0017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=4;MQRankSum=-5.611;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.546;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,13:87:73:73,0,1400 chrVII 11076 . A G 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=90;Dels=0.00;FS=5.981;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.33;MQ0=2;MQRankSum=-3.804;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.106;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:90:99:188,0,965 chrVII 11108 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DP=67;Dels=0.00;FS=15.650;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.144;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.251;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:355,0,544 chrVII 11149 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=43;Dels=0.00;FS=9.978;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:258,0,391 chrVII 11164 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DP=37;Dels=0.00;FS=5.457;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:186,0,461 chrVII 11253 . C T 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=59;Dels=0.00;FS=5.448;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.621;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:59:83:83,0,707 chrVII 11256 . T A 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.679;DP=59;Dels=0.00;FS=5.448;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.621;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:59:94:94,0,637 chrVII 11286 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.461;DP=77;Dels=0.00;FS=6.314;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.11;MQ0=3;MQRankSum=-6.671;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:322,0,578 chrVII 11371 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.183;DP=74;Dels=0.00;FS=5.770;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.39;MQ0=2;MQRankSum=-4.760;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:74:99:297,0,839 chrVII 11390 . A C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.501;DP=72;Dels=0.00;FS=2.185;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.589;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.130;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:72:99:363,0,923 chrVII 11415 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=78;Dels=0.00;FS=1.859;HaplotypeScore=9.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.918;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:367,0,733 chrVII 11454 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.74;MQ0=0;MQRankSum=-6.824;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.369;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:461,0,691 chrVII 11565 . C T 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=66;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.355;QD=10.47;ReadPosRankSum=2.675;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:721,0,573 chrVII 11606 . A G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=41;Dels=0.00;FS=3.075;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.601;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:425,0,323 chrVII 11631 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.553;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:261,0,269 chrVII 11635 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:267,0,240 chrVII 11691 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DP=33;Dels=0.00;FS=3.387;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.634;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.994;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:227,0,209 chrVII 11747 . C G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQ0=0;MQRankSum=-5.953;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:359,0,400 chrVII 11768 . T C 311.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=68;Dels=0.00;FS=6.349;HaplotypeScore=35.0612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=-7.093;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:341,0,543 chrVII 11806 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.314;DP=76;Dels=0.00;FS=3.923;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQ0=0;MQRankSum=-6.326;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:565,0,633 chrVII 11826 . T G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=73;Dels=0.00;FS=3.165;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQ0=0;MQRankSum=-6.277;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.326;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:534,0,683 chrVII 11838 . G A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.037;DP=73;Dels=0.00;FS=5.113;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.30;MQ0=0;MQRankSum=-5.798;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:474,0,567 chrVII 11900 . T G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;DP=45;Dels=0.00;FS=3.830;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.349;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.420;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:292,0,399 chrVII 11908 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DP=41;Dels=0.00;FS=4.643;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.012;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:250,0,311 chrVII 11932 . A G 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=25;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.031;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.260;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:210,0,129 chrVII 11980 . G A 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.100;DP=40;Dels=0.00;FS=7.291;HaplotypeScore=5.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.082;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.462;SB=-9.892e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:83:83,0,566 chrVII 11990 . A T 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;DP=39;Dels=0.00;FS=14.182;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.015;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-9.592e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:79:79,0,642 chrVII 12003 . T C 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.557;DP=42;Dels=0.00;FS=15.869;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.142;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:42:44:44,0,650 chrVII 12007 . C T 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;DP=42;Dels=0.00;FS=16.853;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:42:42:42,0,688 chrVII 12214 . C T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DP=86;Dels=0.00;FS=1.445;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-7.339;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,26:86:48:48,0,1439 chrVII 12259 . T G 55.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.178;DP=63;Dels=0.00;FS=25.346;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-6.510;QD=0.87;ReadPosRankSum=2.271;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:63:85:85,0,1022 chrVII 12260 . C G 73.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.876;DP=63;Dels=0.00;FS=25.799;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-6.481;QD=1.16;ReadPosRankSum=2.185;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:63:99:103,0,880 chrVII 12263 . A G 60.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=64;Dels=0.00;FS=25.761;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.604;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.861;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:90:90,0,797 chrVII 12269 . C T 64.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=62;Dels=0.00;FS=25.685;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.543;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.370;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:94:94,0,818 chrVII 12277 . A G 114.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;DP=64;Dels=0.00;FS=30.960;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-6.410;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.022;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:64:99:144,0,843 chrVII 12322 . A C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.236;DP=59;Dels=0.00;FS=12.105;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.239;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.831;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:224,0,705 chrVII 12329 . G T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DP=66;Dels=0.00;FS=22.218;HaplotypeScore=3.9178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-5.020;QD=2.91;ReadPosRankSum=2.592;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:222,0,844 chrVII 12339 . A C 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;DP=73;Dels=0.00;FS=13.187;HaplotypeScore=7.0725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-5.293;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.642;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:187,0,1052 chrVII 12355 . A G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;DP=77;Dels=0.00;FS=12.786;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.699;QD=1.58;ReadPosRankSum=-1.976;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,26:77:99:152,0,1037 chrVII 12479 . G A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DP=80;Dels=0.00;FS=2.604;HaplotypeScore=9.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-6.185;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.714;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,19:80:99:145,0,1040 chrVII 12505 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQ0=0;MQRankSum=-6.172;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:80:99:592,0,742 chrVII 12524 . A T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=87;Dels=0.00;FS=4.128;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-6.361;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.030;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:713,0,839 chrVII 12565 . A T 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.640;DP=94;Dels=0.00;FS=1.724;HaplotypeScore=14.8791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=-6.983;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.125;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:1011,0,853 chrVII 12610 . T C 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.921;DP=94;Dels=0.00;FS=5.345;HaplotypeScore=7.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.788;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.414;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:94:99:926,0,878 chrVII 12663 . T C 1329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.403;DP=138;Dels=0.00;FS=0.696;HaplotypeScore=10.3743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.742;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,73:138:99:1359,0,1329 chrVII 12742 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DP=85;Dels=0.00;FS=10.502;HaplotypeScore=8.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.480;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:85:99:517,0,854 chrVII 12756 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.962;DP=83;Dels=0.00;FS=15.763;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-5.598;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.530;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:83:99:398,0,1065 chrVII 12769 . A G 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=69;Dels=0.00;FS=17.752;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-5.701;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.067;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:280,0,804 chrVII 12778 . C T 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;DP=61;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.413;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:61:99:187,0,820 chrVII 12793 . C T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=53;Dels=0.00;FS=5.683;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.905;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:53:74:74,0,713 chrVII 12853 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DP=69;Dels=0.00;FS=8.880;HaplotypeScore=5.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.852;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.029;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:69:99:390,0,814 chrVII 12857 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DP=72;Dels=0.00;FS=10.632;HaplotypeScore=3.5509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.945;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.745;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:422,0,843 chrVII 12874 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=79;Dels=0.00;FS=4.610;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.577;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:501,0,845 chrVII 12884 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.939;DP=82;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-6.038;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:508,0,910 chrVII 12937 . T C 565.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=77;Dels=0.00;FS=12.003;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.022;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.484;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:595,0,638 chrVII 12940 . T C 685.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=84;Dels=0.00;FS=9.195;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-4.395;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.269;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:715,0,750 chrVII 12946 . C T 625.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;DP=87;Dels=0.00;FS=5.277;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.230;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:655,0,738 chrVII 13009 . T C 1212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.608;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.495;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.104;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:131:99:1242,0,1173 chrVII 13045 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.574;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.312;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.996;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:114:99:874,0,1087 chrVII 13050 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;DP=108;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-4.316;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:727,0,1041 chrVII 13066 . C T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=97;Dels=0.00;FS=1.743;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.737;QD=5.99;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:611,0,965 chrVII 13105 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.880;DP=63;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.281;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.017;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:377,0,593 chrVII 13111 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;DP=57;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.214;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:57:99:393,0,462 chrVII 13120 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;DP=53;Dels=0.00;FS=1.078;HaplotypeScore=5.6450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.903;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.242;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:409,0,452 chrVII 13185 . C T 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=59;Dels=0.00;FS=2.243;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.937;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:202,0,647 chrVII 13197 . G A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.870;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.777;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:271,0,667 chrVII 13203 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.363;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-5.612;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.501;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:236,0,751 chrVII 13216 . T C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.257;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.054;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:331,0,687 chrVII 13261 . T A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;DP=65;Dels=0.00;FS=2.058;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.583;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.455;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:482,0,611 chrVII 13281 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.889;DP=61;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.152;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:506,0,578 chrVII 13389 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=58;Dels=0.00;FS=2.225;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.149;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:420,0,620 chrVII 13652 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.108;DP=69;Dels=0.00;FS=4.828;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.972;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:530,0,805 chrVII 13749 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;DP=76;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:495,0,745 chrVII 14197 . T A 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:284,0,511 chrVII 14524 . A C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=38;Dels=0.00;FS=18.075;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:318,0,281 chrVII 15337 . A G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.344;DP=76;Dels=0.00;FS=3.269;HaplotypeScore=8.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:76:99:572,0,777 chrVII 15420 . C G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=78;Dels=0.00;FS=1.963;HaplotypeScore=4.3172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:530,0,671 chrVII 15437 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;DP=77;Dels=0.00;FS=4.749;HaplotypeScore=13.0221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.548;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.632;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:564,0,504 chrVII 15512 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.350;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.313;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:65:99:500,0,408 chrVII 15518 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.719;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:415,0,485 chrVII 15533 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.059;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:422,0,590 chrVII 15557 . A G 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=70;Dels=0.00;FS=1.086;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.338;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:459,0,616 chrVII 15596 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.914;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:354,0,562 chrVII 15647 . T C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;DP=65;Dels=0.00;FS=6.968;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.045;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:444,0,737 chrVII 15689 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DP=65;Dels=0.00;FS=11.814;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.281;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:398,0,821 chrVII 15770 . T C 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=33;Dels=0.00;FS=1.686;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.831;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:150,0,131 chrVII 15803 . C T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:229,0,126 chrVII 15848 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.776;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:261,0,228 chrVII 15887 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=37;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:334,0,318 chrVII 15899 . T A 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=37;Dels=0.00;FS=3.084;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.383;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:212,0,420 chrVII 16079 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;DP=70;Dels=0.00;FS=2.207;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:279,0,751 chrVII 16087 . T G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.798;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:231,0,798 chrVII 16175 . A C 1265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.005;DP=127;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.330;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.002;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,64:127:99:1295,0,1423 chrVII 16202 . A C 1446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.088;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.037;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.975;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,69:134:99:1476,0,1394 chrVII 16482 . T C 1078.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.878;DP=166;Dels=0.00;FS=12.406;HaplotypeScore=9.6191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQ0=0;MQRankSum=-9.600;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,79:166:99:1108,0,1793 chrVII 16485 . A G 1067.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;DP=162;Dels=0.00;FS=8.243;HaplotypeScore=8.0417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=-10.219;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,75:162:99:1097,0,1660 chrVII 16489 . T G 1031.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.554;DP=158;Dels=0.00;FS=14.827;HaplotypeScore=5.1059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQ0=0;MQRankSum=-10.038;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,75:158:99:1061,0,1750 chrVII 16503 . C T 742.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.469;DP=145;Dels=0.00;FS=14.423;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-9.899;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,63:145:99:772,0,1659 chrVII 16504 . G T 692.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.584;DP=143;Dels=0.00;FS=20.972;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.15;MQ0=0;MQRankSum=-10.108;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.238;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,60:143:99:722,0,1659 chrVII 16509 . T C 513.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.036;DP=141;Dels=0.00;FS=13.479;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.37;MQ0=0;MQRankSum=-9.695;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,60:141:99:543,0,1846 chrVII 16556 . C T 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.783;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:74:99:302,0,1007 chrVII 16563 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.069;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:258,0,779 chrVII 16596 . C T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=61;Dels=0.00;FS=11.246;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.116;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:438,0,652 chrVII 16612 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;DP=61;Dels=0.00;FS=7.136;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.239;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:61:99:422,0,480 chrVII 16638 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;DP=66;Dels=0.00;FS=3.535;HaplotypeScore=35.8861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.497;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.151;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:506,0,482 chrVII 16681 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.596;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:618,0,629 chrVII 16762 . C A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=68;Dels=0.00;FS=6.208;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.749;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:446,0,417 chrVII 16765 . T C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.454;DP=66;Dels=0.00;FS=9.670;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.548;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.202;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:423,0,463 chrVII 16798 . A G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=72;Dels=0.00;FS=3.909;HaplotypeScore=4.8353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.444;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:72:99:463,0,540 chrVII 16807 . T A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;DP=74;Dels=0.00;FS=4.041;HaplotypeScore=5.8232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.453;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.117;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:368,0,721 chrVII 16848 . G C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=74;Dels=0.00;FS=7.464;HaplotypeScore=5.0564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.952;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:463,0,600 chrVII 16905 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=43;Dels=0.00;FS=12.831;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:429,0,251 chrVII 16946 . T A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=48;Dels=0.00;FS=2.914;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.323;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.135;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:378,0,422 chrVII 16997 . G A 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;DP=30;Dels=0.00;FS=4.738;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.596;QD=5.07;ReadPosRankSum=-2.182;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:182,0,293 chrVII 17017 . C T 112.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.578;DP=25;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=2.7989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.188;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:142,0,275 chrVII 17039 . A G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.946;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.016;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:216,0,179 chrVII 17111 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.395;DP=46;Dels=0.00;FS=7.226;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.327;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.079;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:487,0,445 chrVII 17166 . G T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.364;DP=37;Dels=0.00;FS=7.987;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.091;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:425,0,259 chrVII 17176 . T C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=48;Dels=0.00;FS=7.462;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.835;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.417;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:306,0,323 chrVII 17223 . C T 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.598;DP=88;Dels=0.00;FS=1.371;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-7.130;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:108,0,913 chrVII 17232 . T G 65.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;DP=91;Dels=0.00;FS=3.341;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.38;MQ0=0;MQRankSum=-7.893;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:95:95,0,1013 chrVII 17234 . A G 75.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.759;DP=91;Dels=0.00;FS=3.363;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.72;MQ0=0;MQRankSum=-8.142;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:105,0,918 chrVII 17240 . C A 84.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.770;DP=92;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.24;MQ0=0;MQRankSum=-8.160;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:92:99:114,0,943 chrVII 17260 . G A 232.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.726;DP=93;Dels=0.00;FS=7.805;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.09;MQ0=0;MQRankSum=-8.253;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.383;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:262,0,952 chrVII 17261 . C T 235.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.114;DP=94;Dels=0.00;FS=7.972;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.28;MQ0=0;MQRankSum=-7.720;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.004;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:265,0,973 chrVII 17265 . C T 241.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.991;DP=97;Dels=0.00;FS=7.989;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.54;MQ0=0;MQRankSum=-8.387;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,56:97:99:271,0,959 chrVII 17289 . G C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.254;DP=112;Dels=0.00;FS=10.847;HaplotypeScore=6.7152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.76;MQ0=0;MQRankSum=-9.034;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.391;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,64:112:99:425,0,1016 chrVII 17299 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DP=113;Dels=0.00;FS=20.091;HaplotypeScore=4.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.65;MQ0=0;MQRankSum=-8.913;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.347;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,64:113:99:462,0,930 chrVII 17314 . A C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.012;DP=120;Dels=0.00;FS=19.858;HaplotypeScore=5.8697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.13;MQ0=0;MQRankSum=-8.686;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.618;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:120:99:517,0,1203 chrVII 17321 . T A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=121;Dels=0.00;FS=13.074;HaplotypeScore=2.7697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.90;MQ0=0;MQRankSum=-8.330;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.197;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:121:99:466,0,1122 chrVII 17346 . A C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=159;Dels=0.00;FS=8.506;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.55;MQ0=0;MQRankSum=-9.347;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.174;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,77:159:99:470,0,1665 chrVII 17359 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.922;DP=173;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=12.3275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-9.771;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,80:173:99:483,0,1943 chrVII 17393 . T G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.726;DP=138;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=5.9226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-7.243;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.029;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,57:138:99:443,0,1813 chrVII 17401 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.417;DP=128;Dels=0.00;FS=4.490;HaplotypeScore=5.9661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=-7.694;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.409;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,51:128:99:391,0,1597 chrVII 17412 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.028;DP=140;Dels=0.00;FS=7.457;HaplotypeScore=12.7403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.492;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.901;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,51:140:99:383,0,1899 chrVII 17428 . T A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=118;Dels=0.00;FS=4.713;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.480;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,43:118:99:548,0,1563 chrVII 17611 . G A 1665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.390;DP=176;Dels=0.00;FS=7.916;HaplotypeScore=6.4884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-6.757;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.079;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,94:176:99:1695,0,1369 chrVII 17668 . A G 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=148;Dels=0.00;FS=13.270;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-7.956;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.132;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,74:148:99:1122,0,1216 chrVII 17711 . C T 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.498;DP=134;Dels=0.00;FS=8.366;HaplotypeScore=8.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-8.713;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,63:134:99:930,0,1269 chrVII 17713 . A G 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.573;DP=133;Dels=0.00;FS=6.472;HaplotypeScore=5.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQ0=0;MQRankSum=-8.980;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.221;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:133:99:876,0,1398 chrVII 17724 . C A 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.977;DP=128;Dels=0.00;FS=4.476;HaplotypeScore=4.0411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=-8.858;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.007;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,62:128:99:862,0,1217 chrVII 17785 . G C 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;DP=86;Dels=0.00;FS=7.850;HaplotypeScore=11.0046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.708;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.093;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:437,0,810 chrVII 17798 . A T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=70;Dels=0.00;FS=10.294;HaplotypeScore=6.3300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.258;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:471,0,634 chrVII 17818 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.863;DP=67;Dels=0.00;FS=8.431;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:503,0,675 chrVII 17862 . T A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;DP=48;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=2.5205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:295,0,553 chrVII 17874 . T G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.025;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:45:99:314,0,454 chrVII 17959 . C G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;DP=49;Dels=0.00;FS=14.642;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:559,0,377 chrVII 18342 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;DP=63;Dels=0.00;FS=2.124;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.840;QD=9.02;ReadPosRankSum=-2.313;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:598,0,494 chrVII 18346 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.212;DP=66;Dels=0.00;FS=4.729;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.484;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:582,0,529 chrVII 18380 . A G 383.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DP=84;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.70;MQ0=0;MQRankSum=-7.574;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.098;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:413,0,727 chrVII 18382 . G T 298.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQ0=0;MQRankSum=-7.642;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.772;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:85:99:328,0,744 chrVII 18388 . T C 295.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.517;DP=88;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.63;MQ0=0;MQRankSum=-7.802;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.964;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:325,0,851 chrVII 18389 . C G 291.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DP=86;Dels=0.00;FS=2.878;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.25;MQ0=0;MQRankSum=-7.617;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.470;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:86:99:321,0,740 chrVII 18418 . A G 563.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.155;DP=115;Dels=0.00;FS=8.329;HaplotypeScore=1.6316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.96;MQ0=0;MQRankSum=-9.171;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:115:99:593,0,939 chrVII 18425 . A G 541.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;DP=119;Dels=0.00;FS=8.525;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.80;MQ0=0;MQRankSum=-8.718;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.552;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,60:119:99:571,0,1025 chrVII 18426 . A T 544.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;DP=120;Dels=0.00;FS=6.768;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQ0=0;MQRankSum=-9.230;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.790;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,60:120:99:574,0,1061 chrVII 18452 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.533;DP=116;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=4.2461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.48;MQ0=0;MQRankSum=-8.802;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,61:116:99:658,0,1011 chrVII 18461 . T A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-8.541;QD=5.16;ReadPosRankSum=-2.224;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:561,0,954 chrVII 18516 . A T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=115;Dels=0.00;FS=8.911;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.242;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,62:115:99:491,0,834 chrVII 18535 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.691;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.997;QD=5.33;ReadPosRankSum=-2.242;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:104:99:584,0,734 chrVII 18545 . A T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.275;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.152;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.231;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:560,0,882 chrVII 18561 . G T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.553;DP=91;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.836;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.147;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:694,0,810 chrVII 18598 . A C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DP=77;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=17.0973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.455;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.790;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:77:99:535,0,735 chrVII 18654 . T G 1085.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.401;DP=106;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=10.3906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.265;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.577;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,65:106:99:1115,0,784 chrVII 18690 . A G 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.643;DP=108;Dels=0.00;FS=5.889;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.351;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,64:108:99:1045,0,908 chrVII 18699 . C T 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DP=110;Dels=0.00;FS=2.968;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.533;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.712;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,69:110:99:1071,0,791 chrVII 18729 . C T 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.435;DP=116;Dels=0.00;FS=4.083;HaplotypeScore=6.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.368;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,66:116:99:959,0,950 chrVII 18748 . T C 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.751;DP=95;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.236;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.582;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:659,0,1031 chrVII 18909 . A G 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.458;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQ0=0;MQRankSum=-6.912;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.173;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,60:103:99:700,0,699 chrVII 18919 . C T 664.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.359;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.84;MQ0=0;MQRankSum=-7.062;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.617;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,63:109:99:694,0,740 chrVII 18921 . T C 637.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.717;DP=107;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQ0=0;MQRankSum=-7.267;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.754;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:107:99:667,0,814 chrVII 18929 . T C 655.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.571;DP=108;Dels=0.00;FS=1.653;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQ0=0;MQRankSum=-7.008;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,65:108:99:685,0,765 chrVII 18954 . T A 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=118;Dels=0.00;FS=8.674;HaplotypeScore=6.9860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=-5.382;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,71:118:99:922,0,817 chrVII 18987 . C G 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=97;Dels=0.00;FS=15.930;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.004;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.156;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:826,0,849 chrVII 19051 . A T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.758;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:657,0,735 chrVII 19093 . A G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;DP=71;Dels=0.00;FS=6.199;HaplotypeScore=4.7096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.976;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.618;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:522,0,630 chrVII 19168 . C T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.961;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.187;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:319,0,613 chrVII 19173 . T C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.343;DP=59;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.826;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:59:99:358,0,598 chrVII 19183 . G T 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;DP=54;Dels=0.00;FS=2.375;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-5.691;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:382,0,554 chrVII 19186 . A T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=54;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.586;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:351,0,530 chrVII 19222 . G A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=63;Dels=0.00;FS=3.722;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.661;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.417;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:63:99:357,0,693 chrVII 19226 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.022;DP=63;Dels=0.00;FS=2.195;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.198;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:365,0,666 chrVII 19266 . A G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DP=78;Dels=0.00;FS=4.379;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.244;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.805;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:702,0,849 chrVII 19332 . A G 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DP=87;Dels=0.00;FS=4.033;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.464;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:614,0,923 chrVII 19374 . G A 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=-5.374;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:162,0,484 chrVII 19378 . A G 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.413;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.732;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:109,0,553 chrVII 19402 . A G 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;DP=48;Dels=0.00;FS=13.500;HaplotypeScore=3.4999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.452;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.252;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:146,0,404 chrVII 19409 . A G 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=50;Dels=0.00;FS=7.790;HaplotypeScore=4.2886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.57;MQ0=0;MQRankSum=-6.029;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.583;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:139,0,431 chrVII 19443 . C T 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.615;DP=61;Dels=0.00;FS=5.415;HaplotypeScore=37.1127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.137;QD=1.62;ReadPosRankSum=-2.467;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:61:99:129,0,500 chrVII 19445 . A G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.640;DP=62;Dels=0.00;FS=7.059;HaplotypeScore=37.3156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.999;QD=1.48;ReadPosRankSum=-2.337;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:122,0,517 chrVII 19473 . T G 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=61;Dels=0.00;FS=5.436;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQ0=0;MQRankSum=-4.112;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:61:99:198,0,460 chrVII 19481 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=60;Dels=0.00;FS=5.502;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.086;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.532;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:230,0,436 chrVII 19530 . G C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;DP=60;Dels=0.00;FS=20.736;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.907;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:60:99:285,0,511 chrVII 19575 . A G 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=70;Dels=0.00;FS=13.185;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.592;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:255,0,694 chrVII 19599 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=76;Dels=0.00;FS=9.862;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.201;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.044;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:312,0,757 chrVII 19600 . C A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.643;DP=76;Dels=0.00;FS=7.837;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.946;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.975;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:324,0,715 chrVII 19636 . T C 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.205;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:239,0,687 chrVII 19660 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.147;DP=69;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-5.110;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:210,0,739 chrVII 19669 . G A 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=66;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.341;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:172,0,558 chrVII 19681 . T C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=61;Dels=0.00;FS=3.561;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.755;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.284;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:149,0,613 chrVII 19896 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=39;Dels=0.00;FS=2.747;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:392,0,341 chrVII 20174 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;DP=73;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:563,0,728 chrVII 20333 . G T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;DP=70;Dels=0.00;FS=8.318;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:677,0,643 chrVII 20726 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.959;DP=61;Dels=0.00;FS=2.492;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.420;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.237;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:558,0,585 chrVII 21025 . A C 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;DP=41;Dels=0.00;FS=6.928;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-5.417;QD=1.05;ReadPosRankSum=2.221;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:73:73,0,426 chrVII 21035 . G A 167.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;DP=39;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.05;MQ0=0;MQRankSum=-4.897;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.928;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:197,0,273 chrVII 21039 . A C 161.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=40;Dels=0.00;FS=7.319;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-5.125;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.264;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:191,0,316 chrVII 21041 . A G 168.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=45;Dels=0.00;FS=4.741;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.968;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.879;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:198,0,331 chrVII 21088 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.592;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.909;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:441,0,467 chrVII 21096 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.549;DP=67;Dels=0.00;FS=1.245;HaplotypeScore=4.5487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:67:99:502,0,507 chrVII 21169 . C A 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;DP=105;Dels=0.00;FS=0.789;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-4.118;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.208;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,66:105:99:1117,0,582 chrVII 21172 . C T 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.939;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.454;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,68:109:99:1124,0,589 chrVII 21218 . C T 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.216;DP=111;Dels=0.00;FS=3.584;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQ0=0;MQRankSum=-5.284;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.480;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,66:111:99:1143,0,711 chrVII 21225 . T C 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.226;DP=100;Dels=0.00;FS=5.045;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.472;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.462;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:100:99:886,0,811 chrVII 21241 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DP=85;Dels=0.00;FS=10.925;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.231;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:722,0,739 chrVII 21271 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=73;Dels=0.00;FS=12.091;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.040;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:667,0,635 chrVII 21318 . C A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.512;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:446,0,274 chrVII 21409 . T C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=33;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.847;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:206,0,177 chrVII 21412 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.426;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.941;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:199,0,216 chrVII 21445 . T G 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=40;Dels=0.00;FS=9.774;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.492;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:245,0,330 chrVII 21464 . C A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DP=45;Dels=0.00;FS=11.235;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.056;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:239,0,391 chrVII 21492 . G A 154.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DP=41;Dels=0.00;FS=12.239;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.164;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.510;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:184,0,389 chrVII 21493 . A T 135.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=42;Dels=0.00;FS=9.704;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.251;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.768;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:165,0,467 chrVII 21497 . A G 138.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;DP=42;Dels=0.00;FS=7.173;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.251;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.818;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:168,0,451 chrVII 21504 . C T 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=45;Dels=0.00;FS=8.763;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.01;MQ0=0;MQRankSum=-5.472;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.762;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:191,0,380 chrVII 21513 . G C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;DP=46;Dels=0.00;FS=6.823;HaplotypeScore=21.8740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.646;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.274;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:188,0,469 chrVII 21538 . T C 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.617;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.40;MQ0=0;MQRankSum=-5.816;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:145,0,478 chrVII 21565 . C T 134.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=61;Dels=0.00;FS=13.945;HaplotypeScore=5.0455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.361;QD=2.20;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:164,0,456 chrVII 21569 . G A 136.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.502;DP=63;Dels=0.00;FS=7.043;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.54;MQ0=0;MQRankSum=-6.819;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:166,0,508 chrVII 21574 . G A 80.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=66;Dels=0.00;FS=8.471;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.30;MQ0=0;MQRankSum=-6.989;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.013;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:110,0,569 chrVII 21579 . A T 98.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=67;Dels=0.00;FS=10.538;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.09;MQ0=0;MQRankSum=-6.797;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.385;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:128,0,566 chrVII 21586 . T A 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;DP=73;Dels=0.00;FS=7.832;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.17;MQ0=0;MQRankSum=-7.078;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.152;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:140,0,561 chrVII 21602 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=79;Dels=0.00;FS=5.957;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.00;MQ0=0;MQRankSum=-6.726;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.425;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:205,0,564 chrVII 21626 . G A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.273;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.80;MQ0=0;MQRankSum=-6.640;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.462;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:307,0,591 chrVII 21664 . G T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.904;DP=68;Dels=0.00;FS=8.134;HaplotypeScore=7.2774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.600;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:68:99:243,0,726 chrVII 21694 . C T 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.769;DP=49;Dels=0.00;FS=3.996;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=-5.029;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:203,0,706 chrVII 21710 . G A 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=48;Dels=0.00;FS=1.291;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-4.206;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.202;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:159,0,683 chrVII 21712 . T A 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=47;Dels=0.00;FS=2.834;HaplotypeScore=1.4105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=-4.366;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.077;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:157,0,709 chrVII 21722 . T A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=43;Dels=0.00;FS=1.408;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.541;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.842;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:43:99:150,0,607 chrVII 21919 . G C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.574;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:433,0,212 chrVII 22018 . A T 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-5.212;QD=1.11;ReadPosRankSum=-2.144;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:89:89,0,621 chrVII 22111 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=58;Dels=0.00;FS=1.299;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.539;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:411,0,434 chrVII 22192 . G A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DP=87;Dels=0.02;FS=0.972;HaplotypeScore=13.8358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.324;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:85:99:776,0,688 chrVII 22195 . A T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;DP=90;Dels=0.00;FS=5.406;HaplotypeScore=11.2651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.501;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:722,0,721 chrVII 22309 . G A 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=30;Dels=0.00;FS=1.468;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:284,0,351 chrVII 22661 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=39;Dels=0.00;FS=2.747;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:495,0,274 chrVII 22985 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=44;Dels=0.00;FS=2.638;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:398,0,260 chrVII 23122 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DP=51;Dels=0.00;FS=2.522;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:436,0,408 chrVII 23134 . T C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=50;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:432,0,416 chrVII 23140 . G A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=52;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:430,0,439 chrVII 23215 . G T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;DP=70;Dels=0.00;FS=10.352;HaplotypeScore=6.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:424,0,683 chrVII 23231 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DP=87;Dels=0.00;FS=5.693;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:538,0,817 chrVII 23244 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.061;DP=81;Dels=0.00;FS=4.519;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.253;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.812;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:417,0,848 chrVII 23473 . C A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.350;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.430;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:386,0,485 chrVII 23602 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.467;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:518,0,570 chrVII 23885 . G A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.322;DP=118;Dels=0.00;FS=2.431;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:118:99:921,0,838 chrVII 23922 . C T 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.283;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.651;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:959,0,808 chrVII 24075 . C T 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:161,0,161 chrVII 24501 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;DP=36;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.610;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:298,0,373 chrVII 24525 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.033;DP=28;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:280,0,271 chrVII 25032 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.873;DP=56;Dels=0.00;FS=5.513;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.671;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:639,0,330 chrVII 25176 . C T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.090;DP=61;Dels=0.00;FS=4.404;HaplotypeScore=8.7121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.392;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:639,0,544 chrVII 25442 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.128;DP=86;Dels=0.00;FS=2.426;HaplotypeScore=5.2639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.763;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:86:99:598,0,760 chrVII 25445 . C A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.899;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:588,0,656 chrVII 25542 . C A 1305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.475;DP=157;Dels=0.00;FS=2.639;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.959;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,70:157:99:1335,0,1446 chrVII 26122 . A T 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.502;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:153,0,496 chrVII 26299 . A G 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;DP=109;Dels=0.00;FS=7.740;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,41:109:99:731,0,1368 chrVII 26801 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.365;DP=44;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:279,0,230 chrVII 26807 . A C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.163;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.633;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:190,0,259 chrVII 26984 . T G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=59;Dels=0.00;FS=5.296;HaplotypeScore=4.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.296;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:452,0,456 chrVII 27002 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:402,0,438 chrVII 27491 . C T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=93;Dels=0.00;FS=8.105;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.358;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:806,0,872 chrVII 28127 . G A 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.551;DP=81;Dels=0.00;FS=4.373;HaplotypeScore=11.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.718;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:761,0,579 chrVII 28204 . T C 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=56;Dels=0.00;FS=3.943;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.162;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:56:99:602,0,408 chrVII 28256 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=46;Dels=0.00;FS=1.209;HaplotypeScore=4.3114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:276,0,401 chrVII 28634 . T G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.562;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.103;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:602,0,596 chrVII 28799 . C G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:518,0,779 chrVII 29079 . T C 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.813;DP=102;Dels=0.00;FS=1.701;HaplotypeScore=9.0703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.734;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:102:99:659,0,1182 chrVII 29398 . C T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;DP=111;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=15.8102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.194;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:111:99:880,0,944 chrVII 29571 . G A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.990;DP=71;Dels=0.00;FS=3.383;HaplotypeScore=5.6873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:694,0,612 chrVII 30029 . C T 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=65;Dels=0.00;FS=6.617;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:568,0,496 chrVII 30591 . A G 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.486;DP=104;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=11.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.387;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:949,0,983 chrVII 31372 . C G 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;DP=85;Dels=0.01;FS=2.984;HaplotypeScore=11.0719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.516;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:84:99:826,0,808 chrVII 31473 . C A 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.820;DP=87;Dels=0.00;FS=1.738;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:985,0,740 chrVII 32037 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;DP=67;Dels=0.00;FS=7.093;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:490,0,795 chrVII 32155 . C A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=97;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=6.7113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.850;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:97:99:902,0,774 chrVII 32779 . T A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.121;DP=74;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:682,0,528 chrVII 32862 . C T 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DP=73;Dels=0.00;FS=3.346;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.003;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:851,0,440 chrVII 32898 . T C 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.847;DP=97;Dels=0.00;FS=2.694;HaplotypeScore=9.3984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=2.612;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.712;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:858,0,652 chrVII 33274 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=55;Dels=0.00;FS=21.923;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:419,0,482 chrVII 33441 . G A 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.295;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=13.26;ReadPosRankSum=1.191;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:85:99:1157,0,590 chrVII 33572 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.018;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.659;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:299,0,304 chrVII 33654 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DP=39;Dels=0.00;FS=4.865;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:39:99:427,0,314 chrVII 33765 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.150;DP=55;Dels=0.00;FS=5.871;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.227;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:419,0,478 chrVII 33815 . A C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.033;DP=47;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:350,0,520 chrVII 34019 . C T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DP=79;Dels=0.00;FS=4.119;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.948;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:751,0,779 chrVII 34081 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.609;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.543;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:508,0,909 chrVII 34247 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.170;DP=81;Dels=0.00;FS=29.868;HaplotypeScore=4.2657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:81:99:619,0,995 chrVII 34292 . C G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=80;Dels=0.00;FS=1.887;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.931;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:897,0,599 chrVII 34666 . T C 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;DP=95;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:887,0,851 chrVII 34691 . T C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;DP=84;Dels=0.00;FS=10.960;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.912;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:597,0,847 chrVII 34702 . C A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.843;DP=78;Dels=0.00;FS=13.511;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:485,0,818 chrVII 34805 . G A 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.114;DP=106;Dels=0.00;FS=1.660;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=2.556;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.439;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:106:99:895,0,758 chrVII 34992 . G A 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DP=109;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=13.4213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:109:99:1076,0,780 chrVII 35217 . A G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=56;Dels=0.00;FS=2.266;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.820;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:375,0,555 chrVII 35336 . C A 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.352;DP=100;Dels=0.00;FS=6.934;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:100:99:1023,0,745 chrVII 35451 . C G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.082;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:546,0,437 chrVII 35496 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=55;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=3.3564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:558,0,388 chrVII 35543 . T C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DP=66;Dels=0.00;FS=3.441;HaplotypeScore=6.6418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.673;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:337,0,736 chrVII 35796 . G A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=50;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.587;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:309,0,580 chrVII 35799 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DP=52;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.504;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:322,0,527 chrVII 35877 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DP=77;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=11.9386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=5.87;ReadPosRankSum=2.718;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:77:99:482,0,604 chrVII 35919 . A T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;DP=72;Dels=0.00;FS=8.375;HaplotypeScore=12.9618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=5.74;ReadPosRankSum=-2.128;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:72:99:443,0,650 chrVII 36018 . C G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;DP=44;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:258,0,506 chrVII 36152 . A G 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.305;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:801,0,540 chrVII 36691 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.288;DP=46;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.862;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:46:99:363,0,435 chrVII 36711 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=62;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.040;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:452,0,557 chrVII 36880 . G T 1492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=135;Dels=0.00;FS=0.660;HaplotypeScore=8.0012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.111;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,74:135:99:1522,0,1124 chrVII 36979 . A C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DP=30;Dels=0.00;FS=9.149;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:421,0,181 chrVII 37058 . G A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;DP=99;Dels=0.00;FS=10.247;HaplotypeScore=6.5908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.147;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:99:99:820,0,965 chrVII 37094 . T C 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.765;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:141:99:1204,0,1387 chrVII 37198 . A C 1607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.670;DP=179;Dels=0.00;FS=27.210;HaplotypeScore=11.9337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.206;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.242;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,84:179:99:1637,0,1884 chrVII 37220 . C T 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;DP=158;Dels=0.00;FS=12.700;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.213;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,73:158:99:1066,0,1796 chrVII 37229 . G A 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.132;DP=162;Dels=0.00;FS=5.275;HaplotypeScore=18.6548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,80:162:99:1138,0,1585 chrVII 37436 . A C 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.140;DP=142;Dels=0.00;FS=8.786;HaplotypeScore=15.7326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.519;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,67:142:99:1070,0,1043 chrVII 37655 . A T 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=103;Dels=0.00;FS=4.799;HaplotypeScore=13.1558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.114;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:831,0,1003 chrVII 39197 . A G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=101;Dels=0.00;FS=8.999;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.095;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:101:99:853,0,780 chrVII 39775 . A G 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.821;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.633;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:61:99:459,0,455 chrVII 39784 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.577;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:479,0,388 chrVII 39973 . T C 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.010;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:51:99:235,0,551 chrVII 39988 . G A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;DP=40;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:274,0,414 chrVII 39991 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.562;DP=42;Dels=0.00;FS=3.026;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:270,0,390 chrVII 40063 . C T 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=36;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:260,0,356 chrVII 40138 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=42;Dels=0.00;FS=6.658;HaplotypeScore=4.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.131;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:332,0,329 chrVII 40655 . G C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DP=39;Dels=0.00;FS=1.294;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:418,0,248 chrVII 40792 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.841;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.930;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:90:99:682,0,1093 chrVII 41174 . A G 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.724;DP=169;Dels=0.00;FS=4.830;HaplotypeScore=11.0621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=6.30;ReadPosRankSum=2.116;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,75:169:99:1095,0,1702 chrVII 41301 . G T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.049;DP=86;Dels=0.00;FS=2.916;HaplotypeScore=15.1717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=6.50;ReadPosRankSum=-3.094;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:86:99:589,0,845 chrVII 41417 . A C 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;DP=105;Dels=0.00;FS=3.619;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:105:99:1082,0,967 chrVII 41439 . C T 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=112;Dels=0.00;FS=0.712;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.632;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:112:99:846,0,1263 chrVII 41491 . T C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DP=84;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:84:99:482,0,990 chrVII 42016 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;DP=46;Dels=0.00;FS=3.040;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:507,0,435 chrVII 42130 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=98;Dels=0.00;FS=0.782;HaplotypeScore=13.7353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:694,0,1008 chrVII 42721 . G A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=63;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=10.0871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.329;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:63:99:754,0,408 chrVII 42910 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=56;Dels=0.00;FS=5.355;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.500;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:495,0,605 chrVII 43204 . A T 265.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.549;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:295,0,209 chrVII 43308 . T G 671.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.292;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:701,0,889 chrVII 43365 . A C 386.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=7.28;ReadPosRankSum=2.132;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:53:99:416,0,714 chrVII 43400 . A G 235.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.867;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:265,0,327 chrVII 43798 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.322;DP=71;Dels=0.00;FS=0.913;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:71:99:487,0,855 chrVII 44082 . A T 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.243;DP=123;Dels=0.00;FS=0.687;HaplotypeScore=7.2157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:123:99:920,0,1519 chrVII 44099 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=136;Dels=0.00;FS=2.319;HaplotypeScore=11.9393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.609;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,62:136:99:992,0,1366 chrVII 44224 . T C 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;DP=87;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.888;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:87:99:948,0,739 chrVII 44254 . C T 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.930;DP=82;Dels=0.00;FS=4.707;HaplotypeScore=4.3684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:82:99:914,0,628 chrVII 44336 . G A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=91;Dels=0.00;FS=12.709;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.707;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:723,0,826 chrVII 44898 . C T 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.447;DP=98;Dels=0.00;FS=1.636;HaplotypeScore=11.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.726;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:98:99:970,0,725 chrVII 45399 . G A 1538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.854;DP=134;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=7.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,77:134:99:1568,0,892 chrVII 45429 . C T 1468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=141;Dels=0.00;FS=0.694;HaplotypeScore=10.4267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.160;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:141:99:1498,0,1043 chrVII 45537 . C A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.171;DP=95;Dels=0.00;FS=5.209;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:990,0,784 chrVII 45639 . C T 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DP=129;Dels=0.00;FS=7.570;HaplotypeScore=13.0878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=6.95;ReadPosRankSum=-2.255;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,73:129:99:927,0,861 chrVII 45669 . A T 1218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=129;Dels=0.00;FS=1.474;HaplotypeScore=12.8873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.414;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,68:129:99:1248,0,929 chrVII 45694 . A G 1397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;DP=133;Dels=0.00;FS=0.675;HaplotypeScore=8.5503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.200;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,76:133:99:1427,0,985 chrVII 45723 . G A 1138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=139;Dels=0.00;FS=7.871;HaplotypeScore=7.2254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.331;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,74:139:99:1168,0,1220 chrVII 45763 . A G 1117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.346;DP=140;Dels=0.00;FS=10.732;HaplotypeScore=14.2848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,65:140:99:1147,0,1474 chrVII 46050 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.498;DP=91;Dels=0.00;FS=12.477;HaplotypeScore=9.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:778,0,833 chrVII 46230 . T C 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;DP=117;Dels=0.00;FS=2.455;HaplotypeScore=19.6076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.041;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:117:99:942,0,914 chrVII 46296 . T C 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;DP=101;Dels=0.00;FS=13.492;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.076;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:828,0,969 chrVII 47302 . T C 1416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.850;DP=181;Dels=0.00;FS=6.330;HaplotypeScore=17.5058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.817;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,82:181:99:1446,0,1899 chrVII 47512 . T C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.301;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=2.389;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.040;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:716,0,993 chrVII 47568 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.700;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:497,0,819 chrVII 47968 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;DP=42;Dels=0.00;FS=12.965;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.591;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:42:99:336,0,426 chrVII 47998 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;DP=44;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:395,0,352 chrVII 51531 . T C 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.90;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1466,159,0 chrVII 51897 . A G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=108;Dels=0.00;FS=6.087;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.882;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.799;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:108:99:797,0,1080 chrVII 51903 . A G 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=112;Dels=0.00;FS=8.997;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:817,0,914 chrVII 52267 . T C 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DP=97;Dels=0.00;FS=2.630;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.588;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:774,0,805 chrVII 52589 . G A 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=113;Dels=0.00;FS=5.013;HaplotypeScore=8.4142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.823;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,61:113:99:969,0,983 chrVII 52732 . T C 1268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=144;Dels=0.01;FS=2.966;HaplotypeScore=28.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,72:143:99:1298,0,1233 chrVII 52740 . T A 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;DP=120;Dels=0.00;FS=7.134;HaplotypeScore=9.7022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.178;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,56:120:99:1012,0,1207 chrVII 52959 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.269;DP=105;Dels=0.00;FS=3.960;HaplotypeScore=12.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.067;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:105:99:593,0,796 chrVII 53213 . T C 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;DP=37;Dels=0.00;FS=18.553;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:167,0,417 chrVII 53416 . T G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=76;Dels=0.00;FS=5.992;HaplotypeScore=6.5326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.156;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:653,0,760 chrVII 53419 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.605;DP=75;Dels=0.00;FS=4.273;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:622,0,786 chrVII 54056 . C T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=111;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:916,0,868 chrVII 54122 . G A 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.435;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.171;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,51:81:99:1103,0,309 chrVII 54197 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=53;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:536,0,406 chrVII 54246 . T G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=31;Dels=0.00;FS=6.576;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.771;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:263,0,248 chrVII 54324 . G C 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.981;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:286,0,239 chrVII 54455 . C G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=45;Dels=0.00;FS=6.584;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.329;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:45:99:545,0,219 chrVII 54690 . C T 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:19:99:105,0,205 chrVII 54816 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.545;DP=44;Dels=0.00;FS=6.479;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:369,0,343 chrVII 54821 . T G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.927;DP=45;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:373,0,319 chrVII 54879 . A G 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=5.66;ReadPosRankSum=2.492;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:211,0,295 chrVII 54933 . G A 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=32;Dels=0.00;FS=7.141;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:185,0,361 chrVII 55015 . G T 572 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=18.45;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:605,63,0 chrVII 55016 . C T 161.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:191,0,268 chrVII 55023 . C T 163.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.570;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:193,0,283 chrVII 55107 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=32;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:276,0,312 chrVII 55152 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:350,0,249 chrVII 55419 . T C 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DP=27;Dels=0.00;FS=1.507;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:204,0,336 chrVII 55455 . C A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;DP=35;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.411;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:230,0,330 chrVII 55464 . G A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=35;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:218,0,333 chrVII 55850 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.043;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.953;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:303,0,191 chrVII 55935 . C G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=26;Dels=0.00;FS=10.101;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.647;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:281,0,180 chrVII 55998 . T G 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=11;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.143;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:58:58,0,115 chrVII 56041 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:20:89:250,0,89 chrVII 56063 . C G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;DP=34;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:215,0,354 chrVII 56091 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DP=44;Dels=0.00;FS=2.544;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.308;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:408,0,267 chrVII 56095 . A T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DP=46;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:435,0,279 chrVII 56199 . C T 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:391,0,231 chrVII 56406 . C A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DP=58;Dels=0.00;FS=2.209;HaplotypeScore=4.6688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:430,0,505 chrVII 57157 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:177,0,112 chrVII 58851 . T C 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;DP=76;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.457;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:840,0,683 chrVII 58896 . A G 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.139;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.672;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,71:135:99:1193,0,1153 chrVII 58999 . T A 1634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.824;DP=192;Dels=0.00;FS=5.475;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.646;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,93:192:99:1664,0,2243 chrVII 59379 . T C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=66;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.994;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:597,0,681 chrVII 60204 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:716,0,856 chrVII 60729 . T C 1244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;DP=130;Dels=0.00;FS=1.478;HaplotypeScore=12.3920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.228;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,67:130:99:1274,0,1286 chrVII 61349 . G A 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=116;Dels=0.00;FS=3.480;HaplotypeScore=10.7132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.625;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,68:116:99:996,0,816 chrVII 61936 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=123;Dels=0.00;FS=1.656;HaplotypeScore=7.4480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:123:99:807,0,919 chrVII 64305 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;DP=88;Dels=0.00;FS=19.111;HaplotypeScore=9.2107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:666,0,808 chrVII 64348 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.293;DP=80;Dels=0.00;FS=6.130;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:80:99:758,0,717 chrVII 64632 . A T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.101;DP=79;Dels=0.00;FS=7.800;HaplotypeScore=2.5757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:470,0,992 chrVII 66126 . T G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.380;DP=58;Dels=0.00;FS=2.223;HaplotypeScore=4.3561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.072;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:416,0,578 chrVII 66339 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.685;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:446,0,543 chrVII 66605 . G A 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.240;DP=68;Dels=0.00;FS=8.421;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.184;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:695,0,610 chrVII 66617 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;DP=71;Dels=0.00;FS=10.380;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.485;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:623,0,640 chrVII 66622 . T C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.482;DP=67;Dels=0.00;FS=8.548;HaplotypeScore=3.1583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:589,0,649 chrVII 66712 . G C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.432;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:50:99:518,0,370 chrVII 66921 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.777;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.625;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:664,0,483 chrVII 67009 . G A 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.555;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.433;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,54:89:99:1101,0,502 chrVII 67253 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.757;DP=50;Dels=0.00;FS=4.061;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.292;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:421,0,489 chrVII 67624 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;DP=35;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:35:99:228,0,338 chrVII 68009 . T A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;DP=63;Dels=0.00;FS=9.128;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.479;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:724,0,515 chrVII 68067 . A G 1438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=120;Dels=0.00;FS=7.312;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.113;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,75:120:99:1468,0,658 chrVII 68203 . T C 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.537;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.576;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:611,0,506 chrVII 68211 . G A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=56;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:621,0,407 chrVII 68385 . G A 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=76;Dels=0.00;FS=2.385;HaplotypeScore=6.4713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.096;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,50:76:99:746,0,361 chrVII 68542 . T C 1248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.179;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,68:118:99:1278,0,848 chrVII 69214 . A T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=84;Dels=0.00;FS=0.995;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.125;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:719,0,1029 chrVII 69249 . G T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=65;Dels=0.00;FS=1.106;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:573,0,769 chrVII 69315 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=45;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:292,0,352 chrVII 69396 . C A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=140;Dels=0.01;FS=3.198;HaplotypeScore=13.0100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=2.39;ReadPosRankSum=-2.462;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,52:138:99:365,0,776 chrVII 69424 . T C 1167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.296;DP=173;Dels=0.00;FS=13.636;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.788;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,73:173:99:1197,0,1685 chrVII 70474 . T C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;DP=74;Dels=0.00;FS=8.589;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:722,0,695 chrVII 70531 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=60;Dels=0.00;FS=3.662;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.060;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:411,0,521 chrVII 70537 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:376,0,593 chrVII 70633 . T A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.907;DP=86;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=9.0813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.532;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:710,0,838 chrVII 70861 . T C 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:755,0,1016 chrVII 71410 . G A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.092;DP=91;Dels=0.00;FS=4.416;HaplotypeScore=14.2701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:91:99:687,0,669 chrVII 71685 . A G 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.757;DP=104;Dels=0.00;FS=4.341;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=2.657;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.097;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:104:99:812,0,1274 chrVII 72738 . A G 1079.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.803;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:115:99:1109,0,1162 chrVII 72773 . C T 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.717;DP=137;Dels=0.00;FS=1.361;HaplotypeScore=5.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.274;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,73:137:99:1232,0,886 chrVII 72788 . G A 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DP=139;Dels=0.00;FS=0.635;HaplotypeScore=10.5394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.942;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,73:139:99:1032,0,1002 chrVII 72874 . C T 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.159;DP=150;Dels=0.00;FS=3.196;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.213;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,66:150:99:1127,0,1618 chrVII 72941 . G A 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;DP=123;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.207;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,47:123:99:733,0,1493 chrVII 72966 . C T 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.698;DP=122;Dels=0.00;FS=1.621;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.279;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,47:122:99:873,0,1338 chrVII 73077 . G A 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=94;Dels=0.00;FS=3.915;HaplotypeScore=8.0589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.123;QD=8.60;ReadPosRankSum=-2.716;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:838,0,786 chrVII 73286 . A G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;DP=104;Dels=0.00;FS=1.679;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.189;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:104:99:432,0,1424 chrVII 73336 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.747;DP=130;Dels=0.00;FS=2.370;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.846;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,53:130:99:470,0,1584 chrVII 73362 . G T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.198;DP=118;Dels=0.00;FS=2.452;HaplotypeScore=3.5441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.605;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:118:99:487,0,1337 chrVII 73438 . C T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;DP=92;Dels=0.00;FS=4.031;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:92:99:962,0,700 chrVII 73453 . A G 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.290;DP=87;Dels=0.00;FS=4.047;HaplotypeScore=4.3421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.851;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:948,0,681 chrVII 73493 . C G 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=82;Dels=0.00;FS=4.328;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.978;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:82:99:839,0,553 chrVII 73615 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;DP=65;Dels=0.00;FS=4.478;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.498;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,21:65:99:297,0,719 chrVII 73684 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.679;DP=140;Dels=0.00;FS=3.725;HaplotypeScore=4.1658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.630;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.816;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,55:140:99:741,0,1477 chrVII 73941 . C G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=75;Dels=0.03;FS=3.169;HaplotypeScore=17.8528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.815;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:756,0,626 chrVII 74322 . A G 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.421;DP=111;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.877;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:111:99:914,0,1130 chrVII 74365 . C T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=87;Dels=0.00;FS=9.763;HaplotypeScore=15.0268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:87:99:614,0,700 chrVII 74414 . G A 529.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;DP=54;Dels=0.00;FS=6.611;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:559,0,332 chrVII 74421 . A G 491.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;DP=50;Dels=0.00;FS=15.572;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:521,0,236 chrVII 74423 . G T 498.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.547;DP=50;Dels=0.00;FS=11.995;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.027;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:50:99:528,0,213 chrVII 74453 . T G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;DP=46;Dels=0.00;FS=12.307;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.717;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:531,0,157 chrVII 74547 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=57;Dels=0.00;FS=9.494;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:403,0,576 chrVII 74670 . A G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=44;Dels=0.00;FS=2.716;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:319,0,469 chrVII 74769 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.493;DP=36;Dels=0.00;FS=3.111;HaplotypeScore=2.6756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.894;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.790;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:469,0,184 chrVII 74942 . T G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.859;DP=47;Dels=0.00;FS=4.880;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.257;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:376,0,472 chrVII 74983 . A G 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=39;Dels=0.00;FS=4.824;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.702;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:219,0,327 chrVII 75107 . G A 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.756;DP=68;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.064;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:779,0,469 chrVII 75209 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=63;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:63:99:480,0,606 chrVII 75210 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=61;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:493,0,549 chrVII 75249 . A T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.511;DP=54;Dels=0.00;FS=13.110;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.064;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.634;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:273,0,666 chrVII 75280 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=63;Dels=0.00;FS=20.239;HaplotypeScore=6.3158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:401,0,680 chrVII 75494 . G T 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=59;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=6.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.220;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:112,0,378 chrVII 75619 . G A 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=53;Dels=0.00;FS=6.091;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.059;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.418;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:53:99:209,0,613 chrVII 75625 . A G 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=58;Dels=0.00;FS=1.070;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.988;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.039;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:211,0,697 chrVII 75663 . T C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.239;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,26:76:99:223,0,929 chrVII 75728 . G T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.763;DP=73;Dels=0.00;FS=6.138;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.781;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:526,0,665 chrVII 75778 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.417;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:368,0,389 chrVII 76021 . A T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.886;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:565,0,376 chrVII 76058 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=65;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:65:99:383,0,695 chrVII 76149 . G A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=71;Dels=0.00;FS=3.398;HaplotypeScore=8.7721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.140;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.114;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:71:99:763,0,428 chrVII 76247 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=8.71;ReadPosRankSum=-2.264;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:579,0,504 chrVII 76490 . C T 1192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=89;Dels=0.00;FS=3.242;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=13.39;ReadPosRankSum=3.474;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,62:89:99:1222,0,234 chrVII 76512 . G A 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.027;DP=86;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,60:86:99:1192,0,311 chrVII 76519 . G A 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.271;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=13.00;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,57:86:99:1148,0,359 chrVII 76663 . G C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=45;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:353,0,296 chrVII 76882 . T C 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=25.20;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1520,165,0 chrVII 76989 . T C 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.305;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:87:87,0,255 chrVII 77025 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=42;Dels=0.00;FS=5.131;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=7.24;ReadPosRankSum=-2.194;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:334,0,262 chrVII 77052 . C T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=63;Dels=0.00;FS=2.166;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.591;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:590,0,355 chrVII 77580 . G A 1187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=120;Dels=0.00;FS=3.354;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,69:120:99:1217,0,820 chrVII 77983 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.825;DP=112;Dels=0.00;FS=2.533;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:112:99:807,0,883 chrVII 78029 . A G 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.890;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1044,0,756 chrVII 78636 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DP=60;Dels=0.00;FS=8.867;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:614,0,578 chrVII 78859 . A G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=28;Dels=0.00;FS=6.854;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.599;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:195,0,235 chrVII 78965 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.496;DP=55;Dels=0.00;FS=15.856;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.554;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:372,0,565 chrVII 78970 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;DP=55;Dels=0.00;FS=15.856;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.503;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:375,0,548 chrVII 78986 . A C 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.858;DP=46;Dels=0.00;FS=8.109;HaplotypeScore=85.0527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-5.641;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:274,0,533 chrVII 79019 . T C 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.063e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:6:50,6,0 chrVII 79032 . A G 268.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.142;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=7.44;ReadPosRankSum=2.797;SB=-2.595e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:24:298,0,24 chrVII 79107 . T C 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.241;DP=93;Dels=0.00;FS=7.391;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:738,0,1203 chrVII 79268 . A G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DP=42;Dels=0.00;FS=9.259;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=9.50;ReadPosRankSum=2.583;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:42:99:429,0,166 chrVII 79414 . T C 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;DP=113;Dels=0.00;FS=12.472;HaplotypeScore=9.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.685;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.124;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:113:99:860,0,933 chrVII 79504 . T G 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=145;Dels=0.01;FS=0.648;HaplotypeScore=26.0847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.405;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,60:144:99:1017,0,1360 chrVII 79586 . C A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=52;Dels=0.00;FS=4.062;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.056;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:332,0,590 chrVII 79663 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DP=80;Dels=0.00;FS=2.040;HaplotypeScore=10.5107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:80:99:434,0,703 chrVII 80122 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DP=54;Dels=0.00;FS=3.860;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:503,0,559 chrVII 80305 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=30;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:260,0,326 chrVII 80875 . C A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=34;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.844;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:283,0,412 chrVII 80909 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=57;Dels=0.00;FS=8.685;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:437,0,651 chrVII 80976 . T A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=75;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.061;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:558,0,876 chrVII 81268 . G A 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=104;Dels=0.00;FS=6.312;HaplotypeScore=14.2127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:104:99:904,0,707 chrVII 81306 . T A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;DP=89;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=10.2104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.548;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:747,0,610 chrVII 81381 . G A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.601;DP=97;Dels=0.00;FS=7.066;HaplotypeScore=10.3883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.459;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:97:99:892,0,549 chrVII 81447 . G A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=63;Dels=0.00;FS=3.732;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.372;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:771,0,409 chrVII 82753 . C T 1166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.404;DP=138;Dels=0.00;FS=2.148;HaplotypeScore=21.2881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,71:138:99:1196,0,997 chrVII 82858 . A G 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=142;Dels=0.00;FS=5.361;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.603;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,52:142:99:815,0,1404 chrVII 84203 . T C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.665;DP=72;Dels=0.00;FS=3.596;HaplotypeScore=6.5159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:783,0,515 chrVII 84308 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;DP=71;Dels=0.00;FS=3.469;HaplotypeScore=7.3476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.459;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:71:99:467,0,630 chrVII 84678 . A T 348.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DP=60;Dels=0.00;FS=3.023;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=5.80;ReadPosRankSum=-2.634;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:378,0,466 chrVII 84714 . T A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.294;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:422,0,338 chrVII 84785 . A G 251.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:31:99:281,0,271 chrVII 85120 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:396,0,464 chrVII 85190 . A C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=50;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=6.2569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.223;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:457,0,471 chrVII 85238 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DP=45;Dels=0.00;FS=11.996;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.745;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.382;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:526,0,311 chrVII 85271 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.332;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.412;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:421,0,376 chrVII 85337 . C T 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;DP=38;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.478;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:189,0,380 chrVII 85539 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.790;DP=59;Dels=0.00;FS=2.411;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:405,0,428 chrVII 85628 . C T 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.939;DP=72;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=12.1386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.948;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:72:99:773,0,541 chrVII 86297 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=53;Dels=0.00;FS=11.108;HaplotypeScore=1.6385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:517,0,342 chrVII 86321 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;DP=56;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=5.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.217;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.952;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:56:99:526,0,338 chrVII 86411 . A C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=54;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=4.8616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.987;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:426,0,409 chrVII 86533 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=63;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.606;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:507,0,505 chrVII 86645 . C T 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=45;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:45:99:301,0,443 chrVII 86720 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=42;Dels=0.00;FS=1.949;HaplotypeScore=3.5478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.250;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:419,0,246 chrVII 86891 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.735;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:511,0,406 chrVII 87038 . G T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=43;Dels=0.00;FS=5.519;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.182;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:383,0,341 chrVII 87051 . C A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DP=41;Dels=0.00;FS=5.146;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:362,0,354 chrVII 87769 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.160;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:57:99:509,0,344 chrVII 87882 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=64;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=21.4390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=7.78;ReadPosRankSum=-2.124;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:528,0,572 chrVII 88301 . T C 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.324;DP=104;Dels=0.00;FS=2.185;HaplotypeScore=9.4327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.849;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:1096,0,1001 chrVII 88664 . C T 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.793;DP=127;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:127:99:954,0,1139 chrVII 88681 . A G 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.069;DP=123;Dels=0.00;FS=5.482;HaplotypeScore=6.3762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:123:99:952,0,1175 chrVII 88718 . T C 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.237;DP=136;Dels=0.00;FS=0.638;HaplotypeScore=11.7306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.802;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,67:136:99:957,0,1201 chrVII 89311 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=79;Dels=0.00;FS=1.706;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.005;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:532,0,683 chrVII 89339 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=104;Dels=0.00;FS=6.144;HaplotypeScore=6.3706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.546;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:767,0,556 chrVII 90444 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.023;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.111;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:74:99:391,0,811 chrVII 90978 . A G 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;DP=88;Dels=0.00;FS=12.853;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:827,0,925 chrVII 91031 . C T 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.631;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:903,0,859 chrVII 91652 . G T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=58;Dels=0.00;FS=3.915;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.902;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:550,0,396 chrVII 91958 . T C 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:231,0,221 chrVII 91977 . G A 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DP=22;Dels=0.00;FS=1.860;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.141;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:200,0,125 chrVII 92135 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:299,0,252 chrVII 92390 . A T 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DP=76;Dels=0.00;FS=3.327;HaplotypeScore=11.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.025;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:861,0,551 chrVII 93270 . C T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;DP=85;Dels=0.00;FS=4.591;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.050;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:916,0,722 chrVII 93327 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.027;DP=46;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.379;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:525,0,389 chrVII 93381 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.791;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:461,0,264 chrVII 93397 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DP=41;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:390,0,327 chrVII 93435 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.466;DP=32;Dels=0.00;FS=5.525;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:99:283,0,200 chrVII 93622 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.257;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.618;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:568,0,366 chrVII 94124 . G A 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;DP=41;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.941;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:354,0,346 chrVII 94586 . T C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=100;Dels=0.00;FS=4.896;HaplotypeScore=5.9158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.670;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:719,0,1042 chrVII 94815 . C G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DP=58;Dels=0.00;FS=3.770;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:423,0,458 chrVII 95005 . T A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=90;Dels=0.00;FS=2.915;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:665,0,679 chrVII 95206 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.054;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:41:99:412,0,295 chrVII 96070 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=34;Dels=0.00;FS=6.332;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.224;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:346,0,346 chrVII 96091 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.550;DP=33;Dels=0.00;FS=6.951;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.566;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:265,0,428 chrVII 96214 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=49;Dels=0.00;FS=1.228;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.031;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:261,0,491 chrVII 96337 . T C 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=29;Dels=0.00;FS=6.004;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:90:90,0,267 chrVII 96763 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.677;DP=44;Dels=0.00;FS=2.544;HaplotypeScore=4.9657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:332,0,427 chrVII 96869 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=37;Dels=0.00;FS=9.940;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:334,0,280 chrVII 97616 . T C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=43;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:43:99:273,0,370 chrVII 97982 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;DP=55;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=6.3847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:351,0,509 chrVII 98012 . T A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=45;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=4.0242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:249,0,443 chrVII 98090 . C A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=41;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:282,0,416 chrVII 98124 . G T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;DP=39;Dels=0.00;FS=1.307;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:291,0,435 chrVII 98211 . A C 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.902;DP=34;Dels=0.00;FS=8.157;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:91:91,0,400 chrVII 98228 . G T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=35;Dels=0.00;FS=4.982;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:234,0,308 chrVII 98329 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;DP=66;Dels=0.00;FS=15.866;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.466;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:461,0,455 chrVII 98330 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.842;DP=66;Dels=0.00;FS=13.217;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.570;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.630;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:439,0,383 chrVII 98387 . T G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=67;Dels=0.00;FS=3.843;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=6.60;ReadPosRankSum=2.726;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:472,0,550 chrVII 98456 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=46;Dels=0.00;FS=10.389;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:329,0,605 chrVII 98492 . C T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:192,0,437 chrVII 98507 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DP=44;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:295,0,498 chrVII 98592 . A C 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.505;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:465,0,691 chrVII 98608 . G C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;DP=72;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=34.5919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.098;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.304;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:462,0,736 chrVII 98668 . A C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=105;Dels=0.00;FS=0.738;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.253;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.470;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:105:99:797,0,783 chrVII 98671 . C T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.452;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.311;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.210;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,59:103:99:827,0,728 chrVII 98756 . A C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=70;Dels=0.00;FS=8.030;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:559,0,502 chrVII 98775 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=68;Dels=0.00;FS=3.435;HaplotypeScore=42.5837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:413,0,513 chrVII 98879 . G A 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.224;DP=87;Dels=0.00;FS=3.145;HaplotypeScore=4.1213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.132;QD=12.67;ReadPosRankSum=1.822;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:87:99:1132,0,761 chrVII 98918 . C T 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DP=89;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=11.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:89:99:927,0,759 chrVII 98947 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.691;DP=82;Dels=0.00;FS=0.840;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.430;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:752,0,738 chrVII 99292 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.691;DP=87;Dels=0.00;FS=4.355;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.134;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:758,0,868 chrVII 99303 . T A 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=90;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:917,0,816 chrVII 99361 . G A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DP=59;Dels=0.00;FS=5.238;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.903;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:503,0,505 chrVII 99508 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;DP=47;Dels=0.00;FS=1.240;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.905;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:444,0,518 chrVII 99853 . T C 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=60;Dels=0.00;FS=3.579;HaplotypeScore=3.3087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=8.78;ReadPosRankSum=2.008;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:557,0,345 chrVII 100110 . T C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DP=57;Dels=0.00;FS=5.625;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.105;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:515,0,452 chrVII 100285 . C G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;DP=68;Dels=0.00;FS=5.046;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:418,0,709 chrVII 100351 . T A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.303;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:643,0,866 chrVII 100684 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;DP=70;Dels=0.00;FS=3.692;HaplotypeScore=8.7696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=2.091;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.105;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:297,0,780 chrVII 100717 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.158;DP=82;Dels=0.00;FS=1.831;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:529,0,972 chrVII 100756 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DP=88;Dels=0.00;FS=2.011;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.347;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:621,0,952 chrVII 100825 . C T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=64;Dels=0.00;FS=5.319;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.685;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:614,0,588 chrVII 100858 . C T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=70;Dels=0.00;FS=3.758;HaplotypeScore=9.9331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:70:99:665,0,599 chrVII 100904 . T C 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.709;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.846;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:77:99:720,0,617 chrVII 101050 . A G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.946;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:420,0,835 chrVII 101053 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.662;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:470,0,892 chrVII 102179 . T A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.913;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:683,0,946 chrVII 102510 . G A 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,20:27:96:175,0,96 chrVII 102955 . C G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=46;Dels=0.00;FS=8.890;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.227;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:415,0,495 chrVII 104051 . G T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.483;DP=65;Dels=0.00;FS=115.210;HaplotypeScore=3.9847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=3.60;ReadPosRankSum=-5.815;SB=-3.016e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:264,0,412 chrVII 105018 . G A 1186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=103;Dels=0.00;FS=4.197;HaplotypeScore=13.2869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,64:103:99:1216,0,706 chrVII 105105 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.698;DP=86;Dels=0.00;FS=2.894;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:726,0,906 chrVII 105177 . G A 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DP=94;Dels=0.00;FS=5.440;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.911;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.104;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,56:94:99:1014,0,640 chrVII 105270 . T C 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;DP=108;Dels=0.00;FS=3.752;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:108:99:1092,0,936 chrVII 105363 . C T 1374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.103;DP=122;Dels=0.00;FS=1.511;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,76:122:99:1404,0,674 chrVII 105393 . C T 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=106;Dels=0.00;FS=1.625;HaplotypeScore=10.2894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.192;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:106:99:981,0,747 chrVII 105414 . A G 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:827,0,641 chrVII 105492 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.000;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:625,0,429 chrVII 105549 . T C 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.540;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:772,0,619 chrVII 105594 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.124;DP=84;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.200;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:84:99:703,0,628 chrVII 106751 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.342;DP=52;Dels=0.00;FS=6.035;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:368,0,435 chrVII 107089 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.479;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:301,0,451 chrVII 107169 . C T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.137;DP=104;Dels=0.00;FS=6.195;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=8.83;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:948,0,951 chrVII 107461 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=72;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.810;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:718,0,600 chrVII 107775 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.756;DP=67;Dels=0.00;FS=2.909;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:693,0,688 chrVII 108238 . G C 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=29;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:311,0,248 chrVII 108343 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;DP=39;Dels=0.00;FS=2.958;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:39:99:293,0,432 chrVII 108369 . A C 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.387;DP=33;Dels=0.00;FS=1.639;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.179;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:184,0,516 chrVII 108374 . A C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.995;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:192,0,453 chrVII 108797 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;DP=59;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:549,0,514 chrVII 109424 . T G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;DP=65;Dels=0.00;FS=6.801;HaplotypeScore=5.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:573,0,598 chrVII 109776 . T C 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.583;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:742,0,773 chrVII 109784 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:481,0,728 chrVII 109841 . C T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.585;DP=117;Dels=0.00;FS=7.062;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.947;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,55:117:99:820,0,1161 chrVII 109972 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.672;DP=83;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:529,0,719 chrVII 110008 . T A 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.270;DP=113;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=8.9399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=2.308;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.852;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:113:99:860,0,861 chrVII 110083 . C T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=75;Dels=0.00;FS=6.096;HaplotypeScore=9.7086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.791;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:75:99:717,0,696 chrVII 110518 . A T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.195;DP=87;Dels=0.00;FS=7.181;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.011;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:87:99:714,0,975 chrVII 110740 . A G 243.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=94;Dels=0.00;FS=52.770;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=2.59;ReadPosRankSum=2.168;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,27:94:99:273,0,1132 chrVII 111678 . C T 441.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.268;DP=105;Dels=0.01;FS=68.256;HaplotypeScore=10.2986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.518;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,32:104:99:471,0,1350 chrVII 111703 . A T 578.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190;DP=115;Dels=0.00;FS=65.786;HaplotypeScore=4.6956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=1.442;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.342;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,38:115:99:608,0,1755 chrVII 111770 . G C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=104;Dels=0.00;FS=13.349;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.519;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,41:104:99:779,0,1240 chrVII 111789 . T C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DP=88;Dels=0.00;FS=14.897;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:88:99:811,0,847 chrVII 111809 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=89;Dels=0.00;FS=12.947;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.696;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.927;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:636,0,898 chrVII 111921 . G C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;DP=90;Dels=0.00;FS=1.981;HaplotypeScore=9.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.454;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.932;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:90:99:563,0,983 chrVII 111953 . T C 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=103;Dels=0.00;FS=2.604;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.287;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:103:99:762,0,1152 chrVII 111969 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.866;DP=94;Dels=0.00;FS=2.838;HaplotypeScore=5.4838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.709;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:94:99:650,0,1112 chrVII 111972 . A G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DP=95;Dels=0.00;FS=1.711;HaplotypeScore=7.0612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:683,0,1019 chrVII 112033 . G T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.686;DP=80;Dels=0.00;FS=14.020;HaplotypeScore=7.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:697,0,764 chrVII 112158 . C T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DP=37;Dels=0.00;FS=24.419;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.247;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:359,0,284 chrVII 112175 . C A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=37;Dels=0.00;FS=12.041;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.960;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:340,0,320 chrVII 112232 . G A 328.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DP=45;Dels=0.00;FS=8.984;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.770;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:358,0,516 chrVII 112240 . A T 393.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;DP=48;Dels=0.00;FS=9.012;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.699;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:423,0,518 chrVII 112250 . C T 310.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=48;Dels=0.00;FS=9.012;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.259;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:340,0,507 chrVII 112754 . A G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.705;DP=75;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=4.2915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.198;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:461,0,813 chrVII 112793 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:549,0,903 chrVII 112826 . T A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.442;DP=99;Dels=0.00;FS=1.659;HaplotypeScore=6.7307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.319;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:647,0,1042 chrVII 112862 . T C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.770;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=2.447;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.949;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:787,0,900 chrVII 112949 . A G 224.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;DP=70;Dels=0.00;FS=16.723;HaplotypeScore=72.5014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.012;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,21:70:99:254,0,627 chrVII 112994 . G A 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=54;Dels=0.00;FS=11.539;HaplotypeScore=10.6433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.335;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:54:97:97,0,563 chrVII 113123 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DP=103;Dels=0.00;FS=5.033;HaplotypeScore=5.1459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:504,0,981 chrVII 113471 . G A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.351;DP=116;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=11.3792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.394;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,63:116:99:1020,0,1045 chrVII 113653 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DP=92;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=16.9213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:614,0,817 chrVII 113828 . A C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.334;DP=72;Dels=0.00;FS=3.239;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=2.352;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:72:99:698,0,586 chrVII 113994 . G T 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.051;DP=43;Dels=0.00;FS=1.608;HaplotypeScore=4.7687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.456;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:43:99:251,0,338 chrVII 114332 . G A 784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=22.40;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:817,84,0 chrVII 114793 . C A 3313.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=22.85;SB=-1.775e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:145:99:3313,357,0 chrVII 114971 . C A 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;DP=79;Dels=0.00;FS=2.132;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=3.308;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.318;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:996,0,469 chrVII 115038 . G T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.542;DP=123;Dels=0.00;FS=15.991;HaplotypeScore=10.5325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.01;MQ0=1;MQRankSum=-3.056;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,77:123:99:1029,0,705 chrVII 115044 . G C 1064.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DP=131;Dels=0.00;FS=13.240;HaplotypeScore=7.7673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.12;MQ0=1;MQRankSum=-3.055;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,81:131:99:1094,0,745 chrVII 115059 . T A 867.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=147;Dels=0.00;FS=6.296;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.19;MQ0=1;MQRankSum=-4.782;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.862;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,82:147:99:897,0,1125 chrVII 115063 . G A 813.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.221;DP=146;Dels=0.00;FS=5.128;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.49;MQ0=1;MQRankSum=-5.661;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.457;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,78:146:99:843,0,1091 chrVII 115065 . G A 872.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;DP=148;Dels=0.00;FS=6.302;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.04;MQ0=1;MQRankSum=-5.522;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.213;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,80:148:99:902,0,1052 chrVII 115074 . G T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.026;DP=153;Dels=0.00;FS=9.911;HaplotypeScore=8.9475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.62;MQ0=1;MQRankSum=-4.071;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,83:153:99:847,0,1118 chrVII 115232 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.109;DP=62;Dels=0.00;FS=14.256;HaplotypeScore=11.1569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:295,0,721 chrVII 115250 . T C 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=21.85;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1453,159,0 chrVII 115467 . C T 3209.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=26.10;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:123:99:3243,339,0 chrVII 115589 . C T 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.31;MQ0=0;QD=18.58;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:83:99:1575,159,0 chrVII 115633 . G A 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;QD=19.69;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2238,234,0 chrVII 115872 . C A 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=21.88;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:1805,198,0 chrVII 115965 . T C 2455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=22.94;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2488,267,0 chrVII 116078 . A G 1189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=18.58;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1222,135,0 chrVII 116382 . T C 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=20.31;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1272,138,0 chrVII 116400 . A G 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=18.61;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1168,129,0 chrVII 116454 . C T 1168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=17.97;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1201,126,0 chrVII 116502 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=68;Dels=0.00;FS=6.575;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.006;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:529,0,611 chrVII 116907 . C T 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.05;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:795,81,0 chrVII 117360 . T C 1570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.137;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=24.92;ReadPosRankSum=2.333;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1603,171,0 chrVII 117574 . G A 2652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=25.26;ReadPosRankSum=1.633;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2685,279,0 chrVII 117596 . G C 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=130;Dels=0.00;FS=0.652;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:130:99:932,0,1325 chrVII 117609 . A C 2955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=20.10;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.903e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:147:99:2988,327,0 chrVII 117630 . A G 2939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=19.46;SB=-1.942e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2972,321,0 chrVII 117810 . C T 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=22.33;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2020,210,0 chrVII 117824 . A T 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=18.55;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1777,183,0 chrVII 117825 . A G 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=17.53;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1681,186,0 chrVII 117896 . G A 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=19.02;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2163,228,0 chrVII 118133 . C T 1873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=19.72;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1906,201,0 chrVII 118274 . C T 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.199;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:962,99,0 chrVII 118535 . C T 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=20.55;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1492,156,0 chrVII 119177 . G A 1532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.21;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1565,165,0 chrVII 119852 . C T 883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.40;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:96:916,96,0 chrVII 119894 . G A 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=23.06;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1163,123,0 chrVII 120263 . T G 541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=13.52;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:63:574,63,0 chrVII 120910 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DP=62;Dels=0.00;FS=14.412;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:378,0,655 chrVII 120933 . G A 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.27;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1692,171,0 chrVII 121176 . A G 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=23.25;ReadPosRankSum=1.686;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1777,198,0 chrVII 121571 . T C 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=21.56;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1413,153,0 chrVII 121697 . C T 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=22.25;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1279,135,0 chrVII 121738 . G A 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DP=74;Dels=0.00;FS=6.241;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:692,0,552 chrVII 121769 . G T 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1678,174,0 chrVII 121774 . C T 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=16.91;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:1572,171,0 chrVII 121840 . G A 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=21.52;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1346,141,0 chrVII 121902 . A G 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=23.16;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1191,129,0 chrVII 121931 . G A 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=15.64;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:93:909,93,0 chrVII 121932 . T C 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=15.98;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:928,102,0 chrVII 122047 . G A 2359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=23.36;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2392,252,0 chrVII 122120 . G A 2704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=23.51;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2737,297,0 chrVII 122226 . T A 643 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=16.07;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:69:676,69,0 chrVII 122234 . G C 723 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=15.72;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:84:756,84,0 chrVII 122235 . T A 741 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=16.47;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81:774,81,0 chrVII 122391 . C A 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.25;MQ0=0;QD=18.44;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1342,138,0 chrVII 122394 . A G 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=17.13;ReadPosRankSum=1.595;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1335,147,0 chrVII 122405 . C A 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.11;MQ0=0;QD=16.57;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1226,129,0 chrVII 122445 . T C 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1206,132,0 chrVII 122455 . T G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=78;Dels=0.00;FS=2.083;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:423,0,460 chrVII 122466 . T A 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=5.191;HaplotypeScore=3.9733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.687;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1360,138,0 chrVII 122499 . T A 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=16.02;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1042,108,0 chrVII 122622 . G A 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=24.73;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1962,201,0 chrVII 122646 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=66;Dels=0.00;FS=0.965;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.062;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:502,0,681 chrVII 122674 . A T 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=22.91;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1980,207,0 chrVII 122793 . A G 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=19.53;ReadPosRankSum=1.669;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:57:99:1146,126,0 chrVII 123249 . G A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DP=37;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=5.35;ReadPosRankSum=-2.233;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:228,0,346 chrVII 123330 . G C 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=19.95;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:90:831,90,0 chrVII 123533 . C T 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.27;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:1075,114,0 chrVII 123568 . T A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DP=62;Dels=0.00;FS=13.123;HaplotypeScore=9.4272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.994;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:651,0,406 chrVII 123644 . T A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=58;Dels=0.00;FS=5.322;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:556,0,536 chrVII 123715 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=67;Dels=0.00;FS=3.743;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:640,0,470 chrVII 123716 . G T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=66;Dels=0.00;FS=2.240;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.072;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:402,0,603 chrVII 123776 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;DP=56;Dels=0.00;FS=1.059;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:56:99:413,0,501 chrVII 123812 . C T 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.375;DP=47;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.759;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:395,0,417 chrVII 123839 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=49;Dels=0.00;FS=6.523;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:299,0,501 chrVII 124158 . G A 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=21.40;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:953,99,0 chrVII 124205 . C T 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.42;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:564,60,0 chrVII 124322 . C T 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=22.24;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1056,111,0 chrVII 124342 . T C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:203,0,327 chrVII 124460 . A G 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.25;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:60:572,60,0 chrVII 124525 . G A 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=18.92;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:771,81,0 chrVII 124541 . T C 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=18.91;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:846,93,0 chrVII 124671 . A G 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.594;QD=21.94;ReadPosRankSum=1.663;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1130,126,0 chrVII 124719 . A G 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=18.80;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:691,78,0 chrVII 124761 . A G 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=17.50;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:488,54,0 chrVII 124850 . T C 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=35;Dels=0.00;FS=3.136;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=20.60;ReadPosRankSum=2.310;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:84:754,84,0 chrVII 124916 . A G 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=20.33;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1070,117,0 chrVII 124931 . T C 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.629;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1294,141,0 chrVII 125048 . C T 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=25.69;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1780,186,0 chrVII 125090 . T C 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=24.34;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1445,153,0 chrVII 125128 . G A 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=20.59;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1392,141,0 chrVII 125147 . T C 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=67;Dels=0.00;FS=1.046;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.217;QD=1.49;ReadPosRankSum=2.089;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:67:99:130,0,843 chrVII 125174 . G T 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.568;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:145,0,665 chrVII 125177 . G A 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=0;QD=16.27;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:1074,111,0 chrVII 125195 . T C 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=14.42;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1129,123,0 chrVII 125277 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=71;Dels=0.00;FS=5.050;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.219;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:703,0,641 chrVII 125279 . G A 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=21.11;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1532,171,0 chrVII 125306 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=68;Dels=0.00;FS=6.869;HaplotypeScore=5.1007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.555;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:624,0,514 chrVII 125333 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.744;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:480,0,618 chrVII 125498 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;DP=87;Dels=0.00;FS=14.894;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.247;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.038;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:587,0,834 chrVII 125513 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.716;DP=93;Dels=0.00;FS=3.893;HaplotypeScore=6.7318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.902;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:620,0,863 chrVII 125604 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.399;DP=80;Dels=0.00;FS=7.766;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:626,0,859 chrVII 125640 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;DP=68;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=6.7937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=2.005;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:698,0,461 chrVII 125655 . G T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=58;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:363,0,592 chrVII 125658 . T C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DP=59;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.280;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:325,0,590 chrVII 125730 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=55;Dels=0.00;FS=1.161;HaplotypeScore=3.5017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.331;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:597,0,438 chrVII 125786 . A G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=73;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:739,0,444 chrVII 125810 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.134;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,56:88:99:714,0,362 chrVII 126017 . A G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=44;Dels=0.00;FS=6.650;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.529;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:44:99:306,0,474 chrVII 126093 . T C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=35;Dels=0.00;FS=5.138;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:191,0,333 chrVII 126106 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:269,0,257 chrVII 126149 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.237;DP=47;Dels=0.00;FS=6.947;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.560;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:47:99:461,0,324 chrVII 126167 . A T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=55;Dels=0.00;FS=3.833;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:549,0,385 chrVII 126177 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DP=55;Dels=0.00;FS=2.307;HaplotypeScore=1.8279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:443,0,473 chrVII 126362 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DP=34;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:284,0,437 chrVII 126466 . A G 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=22.60;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1050,114,0 chrVII 126593 . C A 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:195,0,265 chrVII 126626 . C T 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=25;Dels=0.00;FS=10.020;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.174;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:225,0,184 chrVII 126683 . A G 74.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=33;Dels=0.00;FS=15.268;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.588;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:99:104,0,422 chrVII 126761 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.720;DP=38;Dels=0.00;FS=1.608;HaplotypeScore=6.0698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:38:99:358,0,145 chrVII 126775 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.325;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.083;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:386,0,195 chrVII 126809 . T C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.688;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:154,0,343 chrVII 126818 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.547;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:177,0,348 chrVII 126887 . A G 486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.69;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:519,57,0 chrVII 126965 . A G 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.78;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:594,66,0 chrVII 127046 . A G 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=18.37;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:75:676,75,0 chrVII 127208 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=40;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.958;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:458,0,305 chrVII 127350 . G T 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:228,0,337 chrVII 127453 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=65;Dels=0.00;FS=9.198;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:661,0,629 chrVII 127817 . T C 1995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=92;Dels=0.00;FS=7.333;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=21.68;ReadPosRankSum=1.694;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:2028,219,0 chrVII 127838 . C T 2496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=18.49;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2529,285,0 chrVII 128174 . C A 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=23.41;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1461,150,0 chrVII 128183 . T C 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=20.74;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1298,138,0 chrVII 128273 . C T 1427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=20.68;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1460,159,0 chrVII 128438 . C T 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=23.89;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1514,156,0 chrVII 128542 . A G 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.77;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1383,147,0 chrVII 128627 . A G 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=55;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1068,114,0 chrVII 128648 . T A 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=23.56;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1376,141,0 chrVII 128890 . C G 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=19.33;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1096,117,0 chrVII 129074 . T G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;DP=60;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:60:99:357,0,644 chrVII 129077 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;DP=61;Dels=0.00;FS=2.188;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.908;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:61:99:637,0,411 chrVII 129145 . C G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DP=52;Dels=0.00;FS=2.985;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.416;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:52:99:629,0,299 chrVII 129170 . G C 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=21.18;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1092,120,0 chrVII 129312 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=51;Dels=0.00;FS=2.466;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.368;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:490,0,492 chrVII 129354 . G A 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.426;DP=71;Dels=0.00;FS=2.085;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:753,0,624 chrVII 129417 . G C 2568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.05;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2601,279,0 chrVII 129467 . G A 1472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.248;DP=135;Dels=0.00;FS=2.762;HaplotypeScore=15.3409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.601;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,69:135:99:1502,0,1205 chrVII 129556 . C T 2293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.05;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2326,246,0 chrVII 130374 . G A 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.21;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:518,54,0 chrVII 130449 . T C 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.23;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:967,105,0 chrVII 130911 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=61;Dels=0.00;FS=1.158;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.926;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:61:99:634,0,473 chrVII 130936 . G C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:62:99:486,0,581 chrVII 130951 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.447;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:64:99:510,0,698 chrVII 131010 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.849;DP=52;Dels=0.00;FS=8.560;HaplotypeScore=5.7650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:52:99:359,0,444 chrVII 131145 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;DP=90;Dels=0.00;FS=0.839;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=7.53;ReadPosRankSum=2.020;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:90:99:708,0,914 chrVII 131213 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=75;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:507,0,660 chrVII 131368 . A T 1376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,73:128:99:1406,0,1066 chrVII 131402 . C T 1277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.172;DP=143;Dels=0.01;FS=2.994;HaplotypeScore=15.6392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:142:99:1307,0,1255 chrVII 131485 . A G 2275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=21.87;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2308,249,0 chrVII 131489 . A G 2222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=22.00;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2255,246,0 chrVII 131597 . A G 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DP=108;Dels=0.00;FS=0.741;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.400;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:108:99:870,0,684 chrVII 131888 . G A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DP=78;Dels=0.00;FS=4.347;HaplotypeScore=4.1809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:681,0,719 chrVII 132076 . T A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DP=90;Dels=0.00;FS=5.885;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.194;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:723,0,774 chrVII 132304 . T C 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.554;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:845,0,641 chrVII 132340 . G A 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.971;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=10.63;ReadPosRankSum=2.074;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:1072,0,857 chrVII 132398 . T C 1189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.367;DP=128;Dels=0.00;FS=0.658;HaplotypeScore=7.9298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.577;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:1219,0,1316 chrVII 132676 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.731;DP=93;Dels=0.00;FS=8.531;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:691,0,929 chrVII 132872 . A G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=51;Dels=0.00;FS=1.396;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.711;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:584,0,253 chrVII 132965 . A G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DP=46;Dels=0.00;FS=5.945;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.828;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.562;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:556,0,323 chrVII 133213 . C T 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.71;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:965,105,0 chrVII 133278 . T C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=57;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:482,0,663 chrVII 133650 . A C 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=16.37;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:426,45,0 chrVII 134263 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DP=59;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.069;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:561,0,406 chrVII 134502 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DP=58;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=2.227;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.024;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:58:99:565,0,532 chrVII 134563 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;DP=59;Dels=0.00;FS=3.671;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.008;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:59:99:509,0,504 chrVII 134584 . C T 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=64;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.325;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:64:99:605,0,537 chrVII 134668 . A G 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=126;Dels=0.00;FS=9.717;HaplotypeScore=8.2169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.623;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:126:99:1057,0,1203 chrVII 135724 . A G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.088;DP=90;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.480;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:90:99:670,0,778 chrVII 135812 . G T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.720;DP=50;Dels=0.00;FS=4.897;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.458;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:50:99:663,0,270 chrVII 136153 . A G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;DP=62;Dels=0.00;FS=1.058;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:310,0,736 chrVII 136414 . T A 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.47;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:842,90,0 chrVII 136555 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;DP=59;Dels=0.00;FS=10.689;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:377,0,552 chrVII 136591 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.020;DP=72;Dels=0.00;FS=11.404;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.933;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:72:99:404,0,691 chrVII 136657 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.404;DP=60;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.811;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:356,0,472 chrVII 136660 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.161;DP=60;Dels=0.00;FS=3.586;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.553;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:372,0,479 chrVII 136777 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;DP=63;Dels=0.00;FS=2.244;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:494,0,678 chrVII 136894 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=57;Dels=0.00;FS=5.895;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=2.465;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.149;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:697,0,360 chrVII 137017 . A G 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=41;Dels=0.00;FS=2.684;HaplotypeScore=8.8991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.209;QD=20.22;ReadPosRankSum=2.330;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:93:862,93,0 chrVII 137326 . T C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DP=44;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:44:99:423,0,377 chrVII 137377 . C T 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=48;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=3.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:345,0,469 chrVII 137398 . G T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.395;DP=45;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.670;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:291,0,459 chrVII 137467 . T G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.212;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=2.279;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.188;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:477,0,872 chrVII 137617 . A G 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;DP=62;Dels=0.00;FS=1.003;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.603;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:62:99:676,0,416 chrVII 137665 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DP=61;Dels=0.00;FS=0.989;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.382;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:61:99:706,0,528 chrVII 137722 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=63;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=9.19;ReadPosRankSum=-2.443;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:609,0,544 chrVII 137852 . C T 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.650;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.456;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:110:99:860,0,947 chrVII 138010 . C T 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DP=107;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=10.7711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.530;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.032;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:107:99:1051,0,791 chrVII 138020 . T C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.257;DP=99;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=7.2659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.088;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:99:99:842,0,850 chrVII 138112 . T C 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DP=68;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=7.8554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:742,0,501 chrVII 138155 . G A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DP=81;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.672;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.332;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:610,0,701 chrVII 138766 . G A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=47;Dels=0.00;FS=7.541;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,34:47:99:606,0,146 chrVII 138791 . C T 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=19.77;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:56:99:1140,117,0 chrVII 138853 . A T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:289,0,569 chrVII 139024 . A G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.694;DP=40;Dels=0.00;FS=4.727;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.012;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:310,0,393 chrVII 139048 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=51;Dels=0.00;FS=1.068;HaplotypeScore=9.5036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.991;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:468,0,402 chrVII 139174 . G A 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=54;Dels=0.00;FS=2.342;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.942;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.892;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:244,0,539 chrVII 139179 . A T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=56;Dels=0.00;FS=5.491;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.550;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:240,0,566 chrVII 139322 . A G 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=108;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=8.67;ReadPosRankSum=2.149;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:966,0,1079 chrVII 139341 . A G 2583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=25.08;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2616,288,0 chrVII 139366 . T C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.270;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:885,0,875 chrVII 139372 . T C 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.971;DP=87;Dels=0.00;FS=2.832;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:784,0,962 chrVII 139538 . A G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.372;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:119:99:853,0,1115 chrVII 139539 . T C 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.756;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.282;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,55:119:99:874,0,1117 chrVII 139626 . A G 1677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.154;DP=236;Dels=0.00;FS=4.397;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.955;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,115:236:99:1707,0,2107 chrVII 139627 . A G 1724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.110;DP=233;Dels=0.00;FS=2.227;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.809;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.515;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,116:233:99:1754,0,2176 chrVII 139686 . C A 1255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DP=181;Dels=0.00;FS=2.027;HaplotypeScore=7.8067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,96:181:99:1285,0,1738 chrVII 139797 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=76;Dels=0.00;FS=3.361;HaplotypeScore=7.2101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,26:76:99:305,0,1023 chrVII 139824 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.063;DP=107;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:766,0,1204 chrVII 139909 . A G 1738.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.388;DP=183;Dels=0.00;FS=2.713;HaplotypeScore=8.9425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=-6.311;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,101:183:99:1768,0,1646 chrVII 139917 . A G 1721.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.733;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.821;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.172;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,98:183:99:1751,0,1745 chrVII 139919 . T G 1705.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.250;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.513;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,100:187:99:1735,0,1700 chrVII 140030 . A G 2016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=24.00;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2049,222,0 chrVII 140046 . G A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.517;DP=68;Dels=0.00;FS=2.148;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:826,0,471 chrVII 140080 . G C 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:291,0,352 chrVII 140188 . C T 1535 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=17.64;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1568,162,0 chrVII 140207 . G A 1687 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=19.85;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1720,180,0 chrVII 140223 . C T 518.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.517;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.52;MQ0=0;MQRankSum=-6.867;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:74:99:548,0,436 chrVII 140227 . T A 469.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.467;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.705;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:499,0,466 chrVII 140232 . T C 402.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.272;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=0;MQRankSum=-6.878;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.054;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:432,0,503 chrVII 140234 . T G 387.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=0;MQRankSum=-6.565;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:417,0,447 chrVII 140259 . G A 203.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.381;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:233,0,339 chrVII 140267 . C T 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.596;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.421;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:114,0,280 chrVII 140416 . C T 1075 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1108,114,0 chrVII 140631 . T C 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=25.57;ReadPosRankSum=1.646;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:2079,222,0 chrVII 140686 . G A 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=19.82;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:39:81:806,81,0 chrVII 140806 . G A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.03;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1315,141,0 chrVII 140941 . T C 2166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.06;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:108:99:2199,240,0 chrVII 141046 . A G 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=22.55;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:935,102,0 chrVII 141082 . A C 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=21.46;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:60:548,60,0 chrVII 141115 . T C 582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=19.40;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:615,69,0 chrVII 141144 . A G 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=17.26;ReadPosRankSum=1.668;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:965,102,0 chrVII 141196 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.062;DP=78;Dels=0.00;FS=6.395;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:492,0,735 chrVII 141286 . C G 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=20.32;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1516,162,0 chrVII 141481 . T A 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=23.93;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1397,144,0 chrVII 141723 . A G 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=22.19;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1564,168,0 chrVII 141743 . C T 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=22.11;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:70:99:1581,165,0 chrVII 141776 . T C 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.70;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1275,135,0 chrVII 141849 . G T 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=20.04;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1556,162,0 chrVII 141864 . A G 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=18.88;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1600,171,0 chrVII 141946 . T C 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=94;Dels=0.00;FS=12.126;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.884;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:756,0,1019 chrVII 142006 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.147;DP=87;Dels=0.00;FS=5.935;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=1;MQRankSum=-0.203;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:685,0,742 chrVII 142031 . A T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=1;MQRankSum=3.178;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.055;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:514,0,464 chrVII 142176 . G A 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=16.38;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1065,108,0 chrVII 142177 . C A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.747;DP=64;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=5.9622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.625;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:430,0,416 chrVII 142353 . C T 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:232,0,385 chrVII 142388 . A G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;DP=31;Dels=0.00;FS=3.325;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.711;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:152,0,361 chrVII 142398 . G T 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=33;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:180,0,344 chrVII 142482 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=42;Dels=0.00;FS=10.196;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.743;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:352,0,375 chrVII 142616 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=66;Dels=0.00;FS=1.183;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=8.95;ReadPosRankSum=2.483;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:621,0,610 chrVII 142631 . A G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.122;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.523;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:633,0,590 chrVII 142650 . C G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;DP=55;Dels=0.00;FS=1.422;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:421,0,546 chrVII 142656 . G A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=54;Dels=0.00;FS=1.442;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.353;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:316,0,548 chrVII 142677 . C T 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=17.29;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:742,75,0 chrVII 142710 . G T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;DP=35;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=1.799;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:265,0,233 chrVII 142738 . T C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;DP=41;Dels=0.00;FS=11.939;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:191,0,439 chrVII 142773 . T C 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DP=38;Dels=0.00;FS=10.815;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:38:99:200,0,506 chrVII 142926 . T C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;DP=71;Dels=0.00;FS=1.955;HaplotypeScore=1.9601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.742;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:515,0,670 chrVII 142935 . T C 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;DP=86;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.970;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:872,0,573 chrVII 142953 . G A 2412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2445,255,0 chrVII 143025 . C T 1427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DP=122;Dels=0.00;FS=4.757;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.412;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:122:99:1457,0,940 chrVII 143073 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.334;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:682,0,457 chrVII 143078 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.618;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:466,0,658 chrVII 143359 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.045;DP=59;Dels=0.00;FS=1.688;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:457,0,392 chrVII 143828 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.540;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=4.579;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:508,0,512 chrVII 143923 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=55;Dels=0.00;FS=5.626;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:55:99:670,0,415 chrVII 144099 . T C 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.126;DP=80;Dels=0.00;FS=4.574;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.083;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:80:99:276,0,944 chrVII 144117 . C A 323.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.003;DP=78;Dels=0.00;FS=16.692;HaplotypeScore=4.9801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.628;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:78:99:353,0,881 chrVII 144119 . G A 311.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;DP=76;Dels=0.00;FS=14.708;HaplotypeScore=4.9801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-7.068;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:341,0,891 chrVII 144123 . G A 261.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DP=79;Dels=0.00;FS=13.879;HaplotypeScore=7.3461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=-6.547;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:79:99:291,0,890 chrVII 144175 . G A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.253;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:69:99:309,0,801 chrVII 144176 . G A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.252;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:315,0,784 chrVII 144235 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.929;DP=58;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.356;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:302,0,649 chrVII 144248 . G A 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;DP=53;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=25.3913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.769;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.553;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:269,0,517 chrVII 144298 . T C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;DP=55;Dels=0.00;FS=12.387;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.130;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:300,0,530 chrVII 144318 . C T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;DP=68;Dels=0.00;FS=15.665;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.415;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:340,0,608 chrVII 144323 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=73;Dels=0.00;FS=12.082;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.462;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:373,0,609 chrVII 144347 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;DP=68;Dels=0.00;FS=13.531;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.233;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:485,0,536 chrVII 144382 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;DP=83;Dels=0.00;FS=7.443;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.248;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:553,0,458 chrVII 144455 . A T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DP=101;Dels=0.00;FS=15.622;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.004;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.067;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:589,0,870 chrVII 144459 . A G 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=18.27;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1897,204,0 chrVII 144484 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=115;Dels=0.00;FS=9.199;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.245;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.564;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:115:99:402,0,1235 chrVII 144500 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.286;DP=111;Dels=0.00;FS=12.985;HaplotypeScore=4.5310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-6.748;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:111:99:262,0,1364 chrVII 144516 . T A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=118;Dels=0.00;FS=17.078;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.187;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,51:118:99:254,0,1507 chrVII 144562 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.250;DP=69;Dels=0.00;FS=8.408;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.238;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.240;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:444,0,644 chrVII 144725 . A C 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=19.04;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:108:99:2089,228,0 chrVII 144744 . T C 2533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=145;Dels=0.00;FS=4.651;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:145:99:2566,282,0 chrVII 144765 . T A 3115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=17.70;SB=-2.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:176:99:3148,330,0 chrVII 144768 . C T 3176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=18.15;SB=-2.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:175:99:3209,336,0 chrVII 144828 . G A 2533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=18.90;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:134:99:2566,273,0 chrVII 144867 . T C 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=24.13;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1650,177,0 chrVII 144924 . C T 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.15;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:941,102,0 chrVII 145098 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;DP=78;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:527,0,594 chrVII 145450 . T C 155.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.919;SB=-6.499e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:55:185,0,55 chrVII 145485 . G A 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.766;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:79:79,0,136 chrVII 145515 . G A 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.533;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.134;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:13:40:40,0,133 chrVII 145655 . A G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.412;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:196,0,117 chrVII 145728 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=60;Dels=0.00;FS=3.014;HaplotypeScore=6.8374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=2.150;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.381;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:455,0,675 chrVII 145758 . G C 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=22.46;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1605,174,0 chrVII 145800 . T C 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=94;Dels=0.00;FS=5.917;HaplotypeScore=15.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.679;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:838,0,701 chrVII 145962 . T C 1115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;DP=128;Dels=0.00;FS=10.493;HaplotypeScore=11.0465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,61:128:99:1145,0,1206 chrVII 146025 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=100;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.018;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.514;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:604,0,862 chrVII 146033 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.305;DP=110;Dels=0.00;FS=3.734;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.440;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.145;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:110:99:602,0,1023 chrVII 146134 . C T 1328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.365;DP=125;Dels=0.00;FS=1.477;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,70:125:99:1358,0,791 chrVII 146193 . A G 1169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;DP=124;Dels=0.00;FS=0.681;HaplotypeScore=5.1145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.108;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,61:124:99:1199,0,1070 chrVII 146595 . T C 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.837;DP=98;Dels=0.00;FS=3.918;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,59:98:99:1078,0,765 chrVII 147077 . T C 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.439;DP=130;Dels=0.00;FS=3.177;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.595;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,60:130:99:1126,0,1390 chrVII 147379 . T G 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;DP=96;Dels=0.00;FS=3.879;HaplotypeScore=11.3686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.938;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:661,0,977 chrVII 147385 . G A 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=19.32;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1791,192,0 chrVII 147477 . T C 2195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=100;Dels=0.00;FS=6.797;HaplotypeScore=5.7196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=21.95;ReadPosRankSum=2.376;SB=-1.221e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:2228,240,0 chrVII 148097 . G T 1247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DP=139;Dels=0.00;FS=3.047;HaplotypeScore=5.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.751;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,71:139:99:1277,0,1269 chrVII 148118 . T C 1513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.470;DP=155;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,78:155:99:1543,0,1570 chrVII 148145 . T C 1460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.663;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.084;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,80:165:99:1490,0,1665 chrVII 148265 . C T 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=103;Dels=0.00;FS=3.718;HaplotypeScore=7.9480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:953,0,1023 chrVII 148376 . T C 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;DP=112;Dels=0.00;FS=13.715;HaplotypeScore=10.5294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=7.75;ReadPosRankSum=2.104;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:112:99:898,0,972 chrVII 148402 . C T 1212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DP=123;Dels=0.00;FS=12.023;HaplotypeScore=15.8702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.430;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,67:123:99:1242,0,877 chrVII 148615 . C A 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.099;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,63:96:99:1061,0,530 chrVII 148710 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=103;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=9.9116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.917;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,38:103:99:741,0,988 chrVII 148767 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.067;DP=78;Dels=0.00;FS=4.345;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.088;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.195;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:585,0,742 chrVII 148771 . G T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.678;DP=76;Dels=0.00;FS=3.154;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.155;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.251;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:580,0,702 chrVII 148854 . C G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.917;DP=90;Dels=0.00;FS=4.111;HaplotypeScore=13.3665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=8.27;ReadPosRankSum=2.343;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:90:99:774,0,547 chrVII 148891 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=115;Dels=0.00;FS=2.565;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.924;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,49:115:99:557,0,1229 chrVII 148906 . A C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.967;DP=123;Dels=0.01;FS=10.053;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.266;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,43:122:99:477,0,1620 chrVII 148947 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;DP=145;Dels=0.00;FS=6.593;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,55:145:99:628,0,1775 chrVII 148957 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.512;DP=152;Dels=0.00;FS=5.064;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.685;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,58:152:99:792,0,1827 chrVII 148993 . G C 3434.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=23.20;SB=-1.765e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3434,375,0 chrVII 149107 . T C 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.898;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.598;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:863,0,460 chrVII 149109 . C G 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=23.09;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1626,174,0 chrVII 149140 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;DP=61;Dels=0.00;FS=9.119;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.762;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:505,0,469 chrVII 149142 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;DP=60;Dels=0.00;FS=6.110;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.906;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:493,0,513 chrVII 149252 . G C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=92;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.295;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:92:99:300,0,852 chrVII 149279 . A T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=76;Dels=0.00;FS=12.842;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.475;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.449;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:292,0,738 chrVII 149298 . G T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=66;Dels=0.00;FS=11.451;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.183;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:283,0,606 chrVII 149346 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.596;DP=49;Dels=0.00;FS=13.789;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.811;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:298,0,355 chrVII 149387 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.314;DP=60;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:376,0,472 chrVII 149393 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.178;DP=58;Dels=0.00;FS=3.321;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.026;QD=6.16;ReadPosRankSum=-2.276;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:387,0,459 chrVII 149498 . G T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;DP=21;Dels=0.00;FS=6.410;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.178;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:238,0,143 chrVII 150130 . G A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=56;Dels=0.00;FS=15.169;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=9.34;ReadPosRankSum=2.045;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:553,0,392 chrVII 150177 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;DP=65;Dels=0.00;FS=3.385;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=4.363;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.886;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:564,0,614 chrVII 150234 . C T 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=82;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.586;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,28:82:99:225,0,1036 chrVII 150271 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.382;DP=99;Dels=0.00;FS=6.644;HaplotypeScore=8.2438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.945;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,37:99:99:495,0,1036 chrVII 150302 . T A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.799;DP=98;Dels=0.00;FS=8.289;HaplotypeScore=9.9412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.173;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:639,0,1100 chrVII 150329 . T C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=78;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.245;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:583,0,768 chrVII 150335 . A C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.607;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:491,0,828 chrVII 150399 . T C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.639;DP=49;Dels=0.00;FS=8.425;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.166;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:49:99:316,0,452 chrVII 150444 . G T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:417,0,348 chrVII 150466 . T G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.228;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:485,0,611 chrVII 150477 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DP=68;Dels=0.00;FS=4.924;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.672;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.301;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:385,0,636 chrVII 150487 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=75;Dels=0.00;FS=4.706;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.845;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:453,0,617 chrVII 150517 . A G 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.178;DP=115;Dels=0.00;FS=0.720;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.485;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,65:115:99:967,0,830 chrVII 150806 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=97;Dels=0.00;FS=4.120;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.963;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:676,0,848 chrVII 150832 . T A 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;DP=99;Dels=0.00;FS=2.217;HaplotypeScore=6.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:666,0,897 chrVII 150894 . G A 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.051;DP=127;Dels=0.00;FS=4.555;HaplotypeScore=19.8927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.401;QD=8.76;ReadPosRankSum=2.041;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:127:99:1143,0,976 chrVII 150923 . A G 1176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.352;DP=120;Dels=0.00;FS=0.670;HaplotypeScore=6.2725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:120:99:1206,0,1054 chrVII 150956 . C A 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=113;Dels=0.00;FS=1.517;HaplotypeScore=9.4339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:113:99:944,0,925 chrVII 150964 . C T 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.094;DP=111;Dels=0.00;FS=2.533;HaplotypeScore=11.1572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.679;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:111:99:957,0,847 chrVII 151493 . T C 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.927;DP=119;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=11.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.958;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:119:99:1077,0,1137 chrVII 151562 . A G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:706,0,871 chrVII 151622 . G A 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.268;DP=90;Dels=0.00;FS=1.742;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.226;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:904,0,661 chrVII 151697 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:582,0,508 chrVII 151811 . A G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=79;Dels=0.00;FS=1.215;HaplotypeScore=10.2761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.631;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:79:99:717,0,510 chrVII 152066 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=38;Dels=0.00;FS=10.146;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.285;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:38:99:296,0,355 chrVII 152150 . T C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=56;Dels=0.00;FS=3.784;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:597,0,459 chrVII 152183 . T G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.773;DP=53;Dels=0.00;FS=4.101;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.381;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.440;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:426,0,408 chrVII 152342 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.050;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:515,0,574 chrVII 152354 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.925;DP=59;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.582;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:59:99:471,0,558 chrVII 152410 . C A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=50;Dels=0.00;FS=8.282;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.757;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:340,0,486 chrVII 152484 . G C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DP=82;Dels=0.00;FS=4.571;HaplotypeScore=5.3301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:82:99:606,0,802 chrVII 152516 . T C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;DP=75;Dels=0.00;FS=4.478;HaplotypeScore=10.3212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.539;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:709,0,533 chrVII 152561 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=51;Dels=0.00;FS=10.278;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.599;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:400,0,396 chrVII 152609 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=43;Dels=0.00;FS=2.756;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:268,0,483 chrVII 152680 . A T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.321;DP=57;Dels=0.00;FS=2.615;HaplotypeScore=8.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.890;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:497,0,451 chrVII 152750 . T C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.650;DP=78;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:604,0,839 chrVII 152759 . C A 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.850;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.462;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:89:99:813,0,742 chrVII 152783 . T C 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.525;DP=118;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=5.7953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.501;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,57:118:99:902,0,1214 chrVII 152788 . G A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=126;Dels=0.00;FS=3.235;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.408;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.251;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,62:126:99:1000,0,1148 chrVII 152800 . C T 1117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.357;DP=141;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.409;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,76:141:99:1147,0,1172 chrVII 152914 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.234;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:380,0,570 chrVII 152918 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.872;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.465;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:292,0,485 chrVII 152948 . G A 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:186,0,371 chrVII 153123 . G C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=99;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=7.9766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:99:99:702,0,878 chrVII 153164 . C T 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=73;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.613;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:748,0,629 chrVII 153186 . T C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=71;Dels=0.00;FS=8.264;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.059;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:600,0,632 chrVII 153437 . G A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=32;Dels=0.00;FS=1.446;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:280,0,313 chrVII 153480 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.801;DP=61;Dels=0.00;FS=2.442;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.801;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:449,0,479 chrVII 153481 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DP=61;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.791;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:428,0,511 chrVII 153503 . T A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=62;Dels=0.00;FS=2.267;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:560,0,484 chrVII 153551 . T G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DP=59;Dels=0.00;FS=5.163;HaplotypeScore=7.9061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.092;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:538,0,492 chrVII 153574 . A T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.101;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:627,0,517 chrVII 153602 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.028;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=9.24;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:603,0,492 chrVII 153827 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.730;DP=49;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:346,0,495 chrVII 153833 . G A 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=42;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:269,0,357 chrVII 153920 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,47:67:99:655,0,207 chrVII 154562 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DP=86;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=15.0237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.284;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:598,0,518 chrVII 154771 . T C 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.885;DP=62;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=2.352;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:720,0,599 chrVII 155445 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;DP=31;Dels=0.00;FS=5.710;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:214,0,311 chrVII 155795 . A C 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.104;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:221,0,196 chrVII 156057 . T C 177.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.807;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.489;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:45:99:207,0,344 chrVII 156212 . C T 258.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:288,0,408 chrVII 156252 . G A 880 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=23.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:913,93,0 chrVII 156430 . C G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:433,0,328 chrVII 156735 . G A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:79:99:759,0,508 chrVII 157262 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=74;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.990;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:523,0,610 chrVII 157782 . T C 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.392;QD=19.56;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1226,135,0 chrVII 157819 . G C 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:773,0,908 chrVII 157962 . G C 2615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.99;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2648,282,0 chrVII 158256 . C T 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=20.45;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1853,198,0 chrVII 158425 . G A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DP=33;Dels=0.00;FS=1.352;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.055;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:220,0,275 chrVII 158457 . C G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.476;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:285,0,211 chrVII 158922 . A T 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=42;Dels=0.00;FS=9.261;HaplotypeScore=108.8630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=3.10;ReadPosRankSum=-2.032;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,9:42:99:160,0,232 chrVII 158928 . A T 208.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=37;Dels=0.00;FS=5.002;HaplotypeScore=20.9145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.27;MQ0=0;MQRankSum=2.407;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:21:238,0,21 chrVII 158937 . A G 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=34;Dels=0.00;FS=21.408;HaplotypeScore=14.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.341;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,7:34:99:103,0,323 chrVII 158939 . T C 63.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.959;DP=34;Dels=0.00;FS=21.408;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.365;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.724;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,7:34:93:93,0,320 chrVII 158952 . T C 79.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=34;Dels=0.00;FS=16.236;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.773;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:99:109,0,302 chrVII 158955 . G A 96.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.380;DP=33;Dels=0.00;FS=12.656;HaplotypeScore=10.3179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.349;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.127;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:126,0,248 chrVII 158961 . G A 91.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DP=34;Dels=0.00;FS=8.547;HaplotypeScore=11.1066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.270;QD=2.68;ReadPosRankSum=2.000;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:121,0,254 chrVII 158964 . C T 98.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:34:99:128,0,178 chrVII 158967 . G A 89.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DP=35;Dels=0.00;FS=8.544;HaplotypeScore=10.8490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.020;QD=2.54;ReadPosRankSum=2.162;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:35:99:119,0,296 chrVII 159045 . G A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=52;Dels=0.00;FS=2.819;HaplotypeScore=6.1250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=4.586;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.141;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,13:52:99:170,0,282 chrVII 159141 . G A 3758.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=17.90;SB=-2.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,210:210:99:3758,390,0 chrVII 159156 . T C 3776.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=216;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.716;SB=-1.952e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,213:216:99:3776,411,0 chrVII 159246 . G C 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=26.25;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1739,186,0 chrVII 159509 . T C 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;DP=122;Dels=0.00;FS=3.354;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:122:99:845,0,1320 chrVII 159559 . A G 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=96;Dels=0.00;FS=3.102;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1910,213,0 chrVII 159586 . C T 1566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=20.88;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1599,168,0 chrVII 159617 . C T 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=18.36;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1061,111,0 chrVII 159705 . G A 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=23.00;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:999,102,0 chrVII 159755 . T C 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=19.16;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:646,69,0 chrVII 160577 . A G 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=16.70;ReadPosRankSum=2.362;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:968,102,0 chrVII 160667 . C T 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.65;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1188,123,0 chrVII 160700 . C T 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=24.68;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1267,132,0 chrVII 160781 . G A 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1566,168,0 chrVII 160952 . A G 2513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=25.13;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2546,279,0 chrVII 160998 . C A 2651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.25;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2684,276,0 chrVII 161187 . T C 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.901;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:89:993,89,0 chrVII 161445 . T C 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.00;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1639,177,0 chrVII 161978 . T G 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=75;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.375;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:866,0,584 chrVII 162080 . G A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.731;DP=79;Dels=0.00;FS=3.006;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:674,0,649 chrVII 162378 . G C 1105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DP=97;Dels=0.00;FS=6.654;HaplotypeScore=5.8902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=11.39;ReadPosRankSum=1.291;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,57:97:99:1135,0,695 chrVII 162554 . T C 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DP=86;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=9.1075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:784,0,719 chrVII 162614 . A C 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;DP=99;Dels=0.00;FS=1.748;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.573;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:99:99:808,0,882 chrVII 162754 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DP=74;Dels=0.00;FS=4.283;HaplotypeScore=3.8910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.822;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,25:74:99:439,0,788 chrVII 162856 . A T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.086;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:579,0,227 chrVII 162922 . G A 311.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:341,0,378 chrVII 162943 . C T 888 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=21.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:921,96,0 chrVII 163149 . A G 148.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DP=15;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.220;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:78:178,0,78 chrVII 163245 . A T 385.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.015;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:415,0,625 chrVII 163257 . A G 382.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.385;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.281;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:65:99:412,0,637 chrVII 163275 . C G 449.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.410;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:77:99:479,0,741 chrVII 163360 . A C 596.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.641;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:626,0,1217 chrVII 163361 . G T 626.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.726;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:656,0,1191 chrVII 163491 . C T 1126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.446;DP=111;Dels=0.00;FS=2.528;HaplotypeScore=7.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.770;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.197;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:111:99:1156,0,782 chrVII 163894 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=57;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.973;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,38:57:99:607,0,364 chrVII 164025 . A G 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:224,0,151 chrVII 164066 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DP=45;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:334,0,286 chrVII 164429 . T A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.584;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.187;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:430,0,329 chrVII 164486 . C T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DP=47;Dels=0.00;FS=2.778;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.970;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,32:47:99:727,0,241 chrVII 164774 . T C 2805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2838,303,0 chrVII 164885 . A G 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=15.44;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:527,57,0 chrVII 164981 . T A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=116;Dels=0.01;FS=3.610;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.292;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.832;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,47:115:99:569,0,1174 chrVII 164982 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.123;DP=115;Dels=0.00;FS=1.573;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,45:115:99:494,0,1206 chrVII 165111 . T C 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=21.18;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1304,141,0 chrVII 165308 . G T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=58;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.703;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:438,0,584 chrVII 165349 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DP=61;Dels=0.00;FS=2.208;HaplotypeScore=11.1848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.837;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:453,0,527 chrVII 165434 . G A 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=93;Dels=0.00;FS=2.862;HaplotypeScore=51.1835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=1.980;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:825,0,741 chrVII 165441 . T A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.928;DP=89;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.579;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:763,0,771 chrVII 165469 . G A 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=21.80;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1559,165,0 chrVII 165497 . G C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;DP=48;Dels=0.00;FS=6.116;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=11.50;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:582,0,300 chrVII 165523 . C A 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=23.50;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:973,99,0 chrVII 165778 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:430,0,799 chrVII 165780 . C A 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=20.04;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1576,162,0 chrVII 165832 . T A 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.398;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.466;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:172,0,234 chrVII 165842 . A G 412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:48:445,48,0 chrVII 165854 . A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=32;Dels=0.00;FS=6.789;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.039;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:130,0,161 chrVII 165866 . A G 273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=9.75;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:33:306,33,0 chrVII 165923 . C T 72.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=30;Dels=0.00;FS=13.560;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.737;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:30:99:102,0,237 chrVII 165944 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=34;Dels=0.00;FS=20.438;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.703;SB=-1.898e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:270,0,213 chrVII 166095 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=58;Dels=0.00;FS=17.893;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:443,0,388 chrVII 166195 . T G 43.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-5.872e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:9:76,9,0 chrVII 166667 . C G 2286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=20.05;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:114:99:2319,255,0 chrVII 166966 . C T 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=98;Dels=0.00;FS=2.675;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.615;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:98:99:792,0,846 chrVII 167076 . T C 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:966,105,0 chrVII 167099 . C T 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=17.41;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:96:886,96,0 chrVII 167210 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=42;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=3.7718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:42:99:454,0,227 chrVII 167443 . A G 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.344;DP=99;Dels=0.00;FS=10.031;HaplotypeScore=14.5960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:99:99:1228,0,892 chrVII 167578 . C T 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=18.94;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:923,96,0 chrVII 167583 . G C 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=18.76;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:877,96,0 chrVII 167889 . C T 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=19.82;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1539,156,0 chrVII 167983 . T C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=117;Dels=0.00;FS=2.897;HaplotypeScore=15.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.882;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:117:99:797,0,787 chrVII 168156 . T C 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.09;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:957,102,0 chrVII 168285 . C T 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.80;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:945,99,0 chrVII 168518 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.010;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:373,0,469 chrVII 168582 . A T 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=57;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=5.7993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:484,0,491 chrVII 168663 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.478;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.326;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:453,0,291 chrVII 168814 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=63;Dels=0.00;FS=7.041;HaplotypeScore=1.7882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.775;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:645,0,434 chrVII 168906 . T C 2063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=22.18;ReadPosRankSum=1.694;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:93:99:2096,231,0 chrVII 168920 . A G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.613;DP=79;Dels=0.00;FS=8.085;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.339;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:678,0,809 chrVII 169048 . T C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.131;DP=57;Dels=0.00;FS=18.070;HaplotypeScore=4.1418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=7.37;ReadPosRankSum=-2.318;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:450,0,711 chrVII 169165 . C T 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=22.05;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1488,153,0 chrVII 169257 . G A 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;DP=99;Dels=0.00;FS=4.006;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,63:99:99:1026,0,644 chrVII 169612 . A G 2124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.368;DP=100;Dels=0.00;FS=9.202;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=21.24;ReadPosRankSum=3.333;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,96:100:99:2157,234,0 chrVII 169648 . A G 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.009;DP=90;Dels=0.00;FS=1.797;HaplotypeScore=7.5018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.946;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:90:99:864,0,725 chrVII 169889 . G A 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.553;DP=142;Dels=0.00;FS=3.065;HaplotypeScore=14.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.711;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.956;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:142:99:1246,0,1164 chrVII 170211 . T C 1785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=94;Dels=0.00;FS=5.418;HaplotypeScore=11.1915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.695;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1818,195,0 chrVII 170580 . T C 302.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.507;DP=65;Dels=0.00;FS=8.809;HaplotypeScore=10.1313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=4.65;ReadPosRankSum=2.977;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:332,0,580 chrVII 170641 . G A 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=12.35;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:60:564,60,0 chrVII 170718 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.158;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.784;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:77:99:607,0,679 chrVII 170880 . A C 161.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=14.64;SB=-8.804e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21:194,21,0 chrVII 171278 . G T 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=23.09;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:818,84,0 chrVII 171282 . T C 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;QD=20.55;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:711,78,0 chrVII 171310 . T C 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=20;Dels=0.00;FS=3.197;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:180,0,140 chrVII 171503 . G C 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=22.83;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1243,135,0 chrVII 171569 . G A 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=15.98;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:93:880,93,0 chrVII 171571 . A T 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;QD=14.14;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:78:754,78,0 chrVII 171676 . G A 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=18.16;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1177,132,0 chrVII 171763 . G A 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=21.98;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1220,126,0 chrVII 171909 . G A 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=20.56;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1904,204,0 chrVII 171921 . T C 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=88;Dels=0.00;FS=3.032;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=17.98;ReadPosRankSum=2.392;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:88:99:1615,174,0 chrVII 171949 . T C 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.234;DP=81;Dels=0.00;FS=9.302;HaplotypeScore=8.7769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=16.27;ReadPosRankSum=3.344;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:81:99:1351,147,0 chrVII 171995 . A G 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=3.129;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.685;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1439,156,0 chrVII 172009 . A C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=80;Dels=0.00;FS=7.491;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.554;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:80:99:515,0,720 chrVII 172032 . T C 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=20.29;ReadPosRankSum=1.647;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:1697,180,0 chrVII 172111 . G A 1804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=20.98;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1837,192,0 chrVII 172132 . G A 2076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=22.09;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2109,222,0 chrVII 172210 . G A 1841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=20.23;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1874,204,0 chrVII 172231 . A T 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=20.63;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1498,159,0 chrVII 172290 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=58;Dels=0.00;FS=2.259;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:58:99:281,0,597 chrVII 172407 . A T 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.05;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1738,189,0 chrVII 172596 . A G 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=22.33;ReadPosRankSum=1.652;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:993,108,0 chrVII 172879 . G A 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=20.62;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1765,204,0 chrVII 173276 . C T 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=20.73;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:117:99:2458,252,0 chrVII 173282 . C T 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=107;Dels=0.00;FS=17.953;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.916;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,64:107:99:1091,0,743 chrVII 173305 . G A 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=122;Dels=0.00;FS=11.981;HaplotypeScore=5.1396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.923;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,67:122:99:1046,0,923 chrVII 173856 . T A 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=16.53;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:909,102,0 chrVII 174098 . C G 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.96;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1570,168,0 chrVII 174187 . G T 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.63;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1152,123,0 chrVII 174324 . T C 992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.08;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1025,111,0 chrVII 174394 . A G 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=18.88;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1562,174,0 chrVII 174507 . A G 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=4.685;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.663;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1233,132,0 chrVII 174745 . C A 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=21.33;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:2102,216,0 chrVII 174818 . A G 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=3.193;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=20.26;ReadPosRankSum=1.590;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1512,165,0 chrVII 175028 . T C 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.83;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1357,147,0 chrVII 175102 . G A 2211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.77;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2244,234,0 chrVII 175787 . A G 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=20.49;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1488,162,0 chrVII 175866 . G A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=18.41;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1101,114,0 chrVII 175871 . A G 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=18.55;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1109,120,0 chrVII 175893 . C G 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=16.68;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:917,99,0 chrVII 176084 . G A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.660;DP=50;Dels=0.00;FS=1.193;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.427;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:534,0,471 chrVII 176107 . T C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=20.29;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1088,117,0 chrVII 176415 . A G 1203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=21.87;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1236,135,0 chrVII 177152 . A C 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=21.81;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1211,129,0 chrVII 177165 . C T 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=21.14;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1280,135,0 chrVII 177524 . T C 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=18.61;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1336,147,0 chrVII 177632 . C T 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=20.05;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1697,174,0 chrVII 177687 . T C 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.494;DP=113;Dels=0.00;FS=0.704;HaplotypeScore=4.8668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:1065,0,852 chrVII 177783 . C T 3225.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.914e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:3258,339,0 chrVII 177792 . T G 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=132;Dels=0.00;FS=2.292;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.232;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,50:132:99:808,0,1577 chrVII 177876 . A G 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=39;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=3.3673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=17.10;ReadPosRankSum=2.324;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:78:700,78,0 chrVII 177882 . T C 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=17.97;ReadPosRankSum=1.625;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:66:608,66,0 chrVII 178052 . G T 2235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=18.02;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2268,240,0 chrVII 178133 . G A 2577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=26.03;SB=-1.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2610,270,0 chrVII 178179 . C T 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.15;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1577,165,0 chrVII 178295 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=46;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=5.5069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:440,0,287 chrVII 178402 . G A 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.93;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2005,207,0 chrVII 178509 . T C 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.32;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1740,189,0 chrVII 178542 . T G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=92;Dels=0.00;FS=4.205;HaplotypeScore=4.1827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:92:99:792,0,711 chrVII 179910 . G A 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=20.08;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1097,114,0 chrVII 180027 . A G 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=19.95;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:891,99,0 chrVII 180873 . A G 442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=16.37;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:51:475,51,0 chrVII 181036 . A G 688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.520;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:78:721,78,0 chrVII 181069 . C G 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=13.71;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:81:732,81,0 chrVII 181935 . T A 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=22.92;ReadPosRankSum=2.374;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1523,159,0 chrVII 182104 . T C 1949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=87;Dels=0.00;FS=9.653;HaplotypeScore=8.5893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=22.40;ReadPosRankSum=2.919;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:1982,213,0 chrVII 182242 . T G 2605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=24.81;ReadPosRankSum=1.633;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2638,282,0 chrVII 182388 . C A 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.26;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1451,153,0 chrVII 182485 . T G 2842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.11;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2875,306,0 chrVII 182617 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=47;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.255;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:307,0,616 chrVII 182781 . A G 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.87;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1786,189,0 chrVII 182995 . G A 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=20.38;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1358,141,0 chrVII 183038 . T C 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=24.36;ReadPosRankSum=2.353;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:77:99:1909,207,0 chrVII 183250 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DP=84;Dels=0.00;FS=8.792;HaplotypeScore=7.9661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:828,0,673 chrVII 183346 . A G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=83;Dels=0.00;FS=9.587;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.868;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:763,0,506 chrVII 183481 . A G 1106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;DP=127;Dels=0.00;FS=2.286;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.925;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:127:99:1136,0,1216 chrVII 183647 . A T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=82;Dels=0.00;FS=9.405;HaplotypeScore=8.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.611;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:522,0,968 chrVII 183709 . T C 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=21.08;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1382,150,0 chrVII 183823 . A G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.166;DP=116;Dels=0.00;FS=12.579;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,50:116:99:760,0,1368 chrVII 183946 . T G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=80;Dels=0.00;FS=11.826;HaplotypeScore=9.2022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:80:99:761,0,634 chrVII 183996 . A G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.274;DP=73;Dels=0.00;FS=23.269;HaplotypeScore=2.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:558,0,660 chrVII 184072 . T C 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=104;Dels=0.00;FS=3.985;HaplotypeScore=7.9803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.570;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:104:99:577,0,1122 chrVII 184074 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.310;DP=101;Dels=0.00;FS=5.311;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,38:101:99:550,0,1174 chrVII 184145 . T A 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.432;DP=120;Dels=0.00;FS=1.481;HaplotypeScore=12.8909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=3.417;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,69:120:99:1031,0,868 chrVII 184213 . G T 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=18.07;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1948,213,0 chrVII 184280 . C G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:461,0,592 chrVII 184357 . C T 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.960;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:999,0,772 chrVII 184422 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.885;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.808;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:538,0,772 chrVII 184438 . T C 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=21.79;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1689,183,0 chrVII 184447 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=77;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.973;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:542,0,789 chrVII 184464 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.484;DP=80;Dels=0.00;FS=4.307;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.370;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:517,0,724 chrVII 184572 . C T 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.36;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1397,147,0 chrVII 185139 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.123;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:528,0,450 chrVII 185143 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.795;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:68:99:486,0,519 chrVII 185240 . T G 2133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=22.69;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2166,237,0 chrVII 185248 . C A 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=99;Dels=0.00;FS=8.477;HaplotypeScore=4.7726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.172;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:985,0,737 chrVII 185280 . T C 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=81;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=21.46;ReadPosRankSum=2.357;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:81:99:1771,192,0 chrVII 185393 . A C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:440,0,553 chrVII 185549 . G A 1178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.588;DP=112;Dels=0.00;FS=1.514;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.546;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:112:99:1208,0,1029 chrVII 185620 . T C 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1786,192,0 chrVII 185671 . T A 350.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.447;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:380,0,569 chrVII 185672 . T A 335.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=67;Dels=0.00;FS=0.921;HaplotypeScore=32.9327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.372;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:365,0,543 chrVII 185681 . T C 283.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.133;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.334;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:313,0,572 chrVII 185806 . G A 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.74;MQ0=0;QD=18.12;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1247,129,0 chrVII 185836 . A G 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.96;MQ0=0;QD=8.68;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:57:60:528,60,0 chrVII 185846 . G A 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1014,102,0 chrVII 185889 . C T 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.541;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.551;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:831,0,519 chrVII 185982 . C T 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=1;QD=14.88;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:96:926,96,0 chrVII 186184 . G T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:296,0,153 chrVII 186206 . G A 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=1.781;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:47:99:167,0,553 chrVII 186207 . C T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.057;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,13:49:99:148,0,553 chrVII 186330 . G A 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=23.17;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1493,153,0 chrVII 186349 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=60;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.529;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:60:99:356,0,703 chrVII 186367 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=65;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=2.578;QD=8.40;ReadPosRankSum=2.408;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:576,0,409 chrVII 186430 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=61;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=8.1708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.772;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:530,0,517 chrVII 186769 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=73;Dels=0.00;FS=3.214;HaplotypeScore=5.7543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.844;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:73:99:581,0,768 chrVII 186792 . C T 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=25.18;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1594,165,0 chrVII 186999 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;DP=46;Dels=0.00;FS=8.671;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=4.89;ReadPosRankSum=-2.116;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:255,0,612 chrVII 187003 . T C 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;QD=23.05;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1047,114,0 chrVII 187054 . T G 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=77;Dels=0.00;FS=5.703;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=24.43;ReadPosRankSum=2.909;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:1914,207,0 chrVII 187102 . C G 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.473;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:1047,0,878 chrVII 187174 . A G 2140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=24.88;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2173,237,0 chrVII 187348 . G T 2074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;QD=23.04;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2107,216,0 chrVII 187354 . A G 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1812,195,0 chrVII 187556 . C G 2602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=23.65;ReadPosRankSum=1.026;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:110:99:2635,282,0 chrVII 187678 . A G 2829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.695e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2862,306,0 chrVII 187883 . G T 2743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.65;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2776,288,0 chrVII 188242 . A G 1749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.59;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1782,195,0 chrVII 188702 . G T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.909;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:471,0,396 chrVII 188705 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.478;DP=54;Dels=0.00;FS=1.156;HaplotypeScore=5.7023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.222;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:316,0,497 chrVII 188786 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;DP=40;Dels=0.00;FS=12.800;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=11.30;ReadPosRankSum=1.094;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:482,0,266 chrVII 188827 . A G 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.96;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1135,123,0 chrVII 188911 . T C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=2.363;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.889;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:507,0,411 chrVII 188978 . T A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;DP=48;Dels=0.00;FS=6.089;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.392;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:416,0,513 chrVII 189517 . T C 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.795;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.178;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:904,0,834 chrVII 189602 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;DP=73;Dels=0.00;FS=17.812;HaplotypeScore=12.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:589,0,593 chrVII 189613 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;DP=63;Dels=0.00;FS=19.119;HaplotypeScore=4.2988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.394;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:402,0,591 chrVII 189647 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=53;Dels=0.00;FS=10.686;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:283,0,564 chrVII 189679 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;DP=40;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.503;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:348,0,288 chrVII 189823 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;DP=54;Dels=0.00;FS=1.045;HaplotypeScore=4.7942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:54:99:599,0,330 chrVII 189910 . T G 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.59;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:981,105,0 chrVII 189920 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.473;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:290,0,542 chrVII 189986 . C T 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.428;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:147,0,294 chrVII 190037 . C G 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=18.98;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:811,87,0 chrVII 190157 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=63;Dels=0.00;FS=7.025;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:63:99:605,0,472 chrVII 190253 . G A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.675;DP=58;Dels=0.00;FS=1.165;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.770;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:58:99:728,0,459 chrVII 190288 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.692;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:401,0,525 chrVII 190333 . C T 690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=20.91;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:723,75,0 chrVII 190505 . C T 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=22.76;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1945,201,0 chrVII 190638 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;DP=65;Dels=0.00;FS=5.100;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.343;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:535,0,607 chrVII 190661 . G A 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=21.65;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1224,126,0 chrVII 191102 . A G 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=19.39;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1584,171,0 chrVII 191348 . A G 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.58;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:87:815,87,0 chrVII 191489 . A G 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=22.72;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1237,141,0 chrVII 191625 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DP=44;Dels=0.00;FS=9.468;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.598;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:619,0,117 chrVII 191638 . G T 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.537;DP=45;Dels=0.00;FS=6.533;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:156,0,553 chrVII 191779 . A G 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;DP=121;Dels=0.00;FS=1.456;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:121:99:811,0,858 chrVII 191788 . T C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=123;Dels=0.00;FS=0.669;HaplotypeScore=5.1145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.043;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:747,0,1026 chrVII 191826 . A T 2553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=129;Dels=0.00;FS=7.406;HaplotypeScore=4.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=19.79;ReadPosRankSum=2.372;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:129:99:2586,270,0 chrVII 191871 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;DP=92;Dels=0.00;FS=8.732;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQ0=0;MQRankSum=2.255;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:716,0,1038 chrVII 191881 . G A 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.817;DP=83;Dels=0.00;FS=9.119;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.967;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.976;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:83:99:1014,0,588 chrVII 191888 . G A 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.250;DP=87;Dels=0.00;FS=11.245;HaplotypeScore=9.9470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.510;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:87:99:1016,0,568 chrVII 192146 . G A 2194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=19.25;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2227,243,0 chrVII 192234 . C T 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=9.51;SB=-1.448e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:111:99:1089,111,0 chrVII 192254 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=101;Dels=0.00;FS=0.742;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.018;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:101:99:440,0,433 chrVII 192314 . G A 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=0;QD=13.43;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1363,147,0 chrVII 192323 . T C 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=98;Dels=0.00;FS=9.125;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=14.01;ReadPosRankSum=3.367;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:98:99:1406,153,0 chrVII 192332 . G C 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=0;QD=14.92;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1510,165,0 chrVII 192348 . T C 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.752;DP=111;Dels=0.00;FS=1.627;HaplotypeScore=8.9316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.290;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:111:99:854,0,751 chrVII 192722 . C T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.461;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.896;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:106:99:778,0,818 chrVII 192749 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.785;DP=76;Dels=0.01;FS=5.999;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.063;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:682,0,488 chrVII 192839 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DP=91;Dels=0.00;FS=2.848;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:835,0,889 chrVII 192842 . G A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=95;Dels=0.00;FS=1.726;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.769;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:776,0,919 chrVII 193025 . C T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.910;DP=85;Dels=0.00;FS=0.873;HaplotypeScore=17.7566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.085;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,54:85:99:880,0,415 chrVII 193366 . A G 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=18.15;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1757,195,0 chrVII 193367 . G T 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=18.98;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:1855,198,0 chrVII 193460 . G A 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=18.83;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1822,192,0 chrVII 193477 . G A 2124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=20.23;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2157,219,0 chrVII 193504 . C T 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=20.70;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1979,204,0 chrVII 193537 . T A 2503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=18.54;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2536,279,0 chrVII 193564 . A C 2384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=116;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=20.55;ReadPosRankSum=2.407;SB=-1.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:2417,261,0 chrVII 193573 . G A 2390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=20.96;SB=-1.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:2423,252,0 chrVII 193598 . G A 2870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=21.74;SB=-1.671e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2903,306,0 chrVII 193839 . T C 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=18.09;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1426,156,0 chrVII 193852 . T C 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=19.02;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1650,174,0 chrVII 194064 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;DP=104;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=11.7574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:104:99:675,0,807 chrVII 194481 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:443,0,376 chrVII 194880 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=34;Dels=0.00;FS=3.614;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=2.047;QD=9.50;ReadPosRankSum=-2.047;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:353,0,230 chrVII 195062 . T C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DP=33;Dels=0.00;FS=5.384;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:154,0,352 chrVII 195078 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:331,0,166 chrVII 195096 . T G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DP=27;Dels=0.00;FS=1.574;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.801;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:249,0,189 chrVII 195255 . T A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:193,0,394 chrVII 195492 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.454;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:53:99:313,0,526 chrVII 195522 . G A 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:212,0,266 chrVII 195534 . G T 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:30:99:165,0,103 chrVII 195543 . T C 178.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=28;Dels=0.00;FS=5.969;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.998;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:77:208,0,77 chrVII 195546 . G A 11.34 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=27;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:41:41,0,226 chrVII 195549 . A G 34.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;DP=29;Dels=0.00;FS=6.301;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:64:64,0,249 chrVII 195555 . G A 50.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=32;Dels=0.00;FS=8.915;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.580;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.062;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:80:80,0,240 chrVII 195635 . C G 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:30:99:166,0,253 chrVII 195692 . G A 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DP=51;Dels=0.00;FS=5.141;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.591;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:952,99,0 chrVII 195696 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=61;Dels=0.00;FS=3.788;HaplotypeScore=3.9402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.259;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:360,0,476 chrVII 195804 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.660;DP=81;Dels=0.00;FS=11.171;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.000;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:643,0,608 chrVII 195843 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=60;Dels=0.00;FS=17.191;HaplotypeScore=5.0573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.778;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:504,0,284 chrVII 195876 . G A 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DP=30;Dels=0.00;FS=12.386;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=1.630;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.360;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:134,0,288 chrVII 195912 . A G 359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:42:392,42,0 chrVII 196212 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=50;Dels=0.00;FS=2.522;HaplotypeScore=5.0210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.792;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:426,0,510 chrVII 196275 . C G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=34;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:314,0,307 chrVII 196356 . G A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DP=53;Dels=0.00;FS=10.511;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.367;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:516,0,238 chrVII 196468 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.203;DP=47;Dels=0.00;FS=4.980;HaplotypeScore=1.9494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.777;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.968;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:444,0,523 chrVII 196474 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.881;DP=46;Dels=0.00;FS=3.153;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:542,0,492 chrVII 196504 . G C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=55;Dels=0.00;FS=3.728;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.665;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:497,0,578 chrVII 196614 . T C 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.68;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1594,174,0 chrVII 196684 . G A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=25;Dels=0.00;FS=1.721;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=13.44;ReadPosRankSum=-2.028;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:99:366,0,107 chrVII 196757 . A T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.012;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:497,0,270 chrVII 196769 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=56;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=9.1070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:537,0,368 chrVII 197043 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;DP=34;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:214,0,247 chrVII 197057 . T C 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;DP=29;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.546;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:136,0,292 chrVII 197059 . G A 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=29;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.633;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:160,0,274 chrVII 197150 . C A 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.467;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:159,0,351 chrVII 197175 . T C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:348,0,184 chrVII 197229 . C G 345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=15.68;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:378,42,0 chrVII 197247 . G A 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=26;Dels=0.00;FS=18.180;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:175,0,200 chrVII 197362 . G A 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;DP=35;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:175,0,262 chrVII 197373 . G T 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.676;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:244,0,278 chrVII 197380 . A G 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:239,0,224 chrVII 197465 . A G 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:28:99:133,0,320 chrVII 197628 . G A 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.248;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:131,0,199 chrVII 197813 . T C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=33;Dels=0.00;FS=5.281;HaplotypeScore=24.8036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:263,0,359 chrVII 197942 . C T 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=20.66;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:694,72,0 chrVII 197989 . G A 636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=21.93;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:669,69,0 chrVII 198003 . T A 211.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=6.59;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:24:244,24,0 chrVII 198124 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:281,0,434 chrVII 198274 . C T 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=20.41;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:829,84,0 chrVII 198286 . C T 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=18.07;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:774,81,0 chrVII 198393 . C T 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=33;Dels=0.00;FS=5.170;HaplotypeScore=1.7860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.850;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:209,0,375 chrVII 198476 . T C 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.92;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1151,123,0 chrVII 198995 . T G 1442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.646;DP=181;Dels=0.00;FS=2.602;HaplotypeScore=15.0254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,84:181:99:1472,0,1784 chrVII 199026 . A G 1930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DP=201;Dels=0.00;FS=1.089;HaplotypeScore=18.9089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.130;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,98:201:99:1960,0,1815 chrVII 199690 . A G 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=20.41;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1074,117,0 chrVII 199819 . G T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.771;DP=69;Dels=0.00;FS=20.593;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:581,0,588 chrVII 199882 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=56;Dels=0.00;FS=12.396;HaplotypeScore=5.0112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=7.39;ReadPosRankSum=2.197;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:444,0,468 chrVII 199894 . A G 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=20.08;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1218,132,0 chrVII 199917 . T G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=59;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=3.5031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:399,0,588 chrVII 200005 . C T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=48;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=4.6865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:360,0,407 chrVII 200228 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=90;Dels=0.00;FS=2.093;HaplotypeScore=9.0679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:90:99:731,0,841 chrVII 200312 . T A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;DP=70;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.351;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:664,0,671 chrVII 200350 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:536,0,702 chrVII 200351 . C T 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=22.75;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1694,177,0 chrVII 200398 . T G 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.665;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.748;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:107:99:711,0,1165 chrVII 200448 . G A 3530.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.69;SB=-1.853e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3530,364,0 chrVII 200572 . C T 2368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.96;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2401,249,0 chrVII 200590 . T C 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=107;Dels=0.00;FS=0.739;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.894;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:107:99:977,0,818 chrVII 200728 . C T 2372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=20.81;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2405,258,0 chrVII 200782 . T C 3049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.991;DP=134;Dels=0.00;FS=15.831;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=22.75;ReadPosRankSum=4.991;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,122:134:99:3082,333,0 chrVII 200965 . C T 2109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.30;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2142,219,0 chrVII 201040 . A G 2567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.72;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2600,282,0 chrVII 201093 . C T 3007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=23.87;SB=-1.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3040,315,0 chrVII 201499 . G A 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.91;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1293,141,0 chrVII 201788 . G A 3063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.93;SB=-1.521e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3096,318,0 chrVII 202082 . A T 2845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.71;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2878,300,0 chrVII 202338 . G T 3538.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.44;SB=-1.554e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:3538,378,0 chrVII 202439 . A G 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.273;DP=112;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=6.7131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.308;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,44:112:99:869,0,1325 chrVII 202475 . A G 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=21.01;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1861,201,0 chrVII 202481 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.029;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:90:99:609,0,892 chrVII 202611 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=83;Dels=0.00;FS=9.590;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.930;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:731,0,594 chrVII 203897 . A T 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DP=84;Dels=0.00;FS=2.315;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=22.21;ReadPosRankSum=3.699;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:84:99:1899,192,0 chrVII 203969 . C A 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=17;Dels=0.00;FS=5.315;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:134,0,178 chrVII 203987 . A T 312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.897;DP=18;Dels=0.00;FS=10.086;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=17.33;ReadPosRankSum=2.037;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:36:345,36,0 chrVII 204092 . T G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=25.40;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1684,180,0 chrVII 204113 . C T 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=24.44;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1573,165,0 chrVII 204186 . A G 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=6.628;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=19.93;ReadPosRankSum=1.657;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:950,105,0 chrVII 204202 . C T 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=22.36;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:905,96,0 chrVII 204226 . G A 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;QD=22.63;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1142,117,0 chrVII 204286 . G A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=20.85;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1284,144,0 chrVII 204321 . A G 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=20.10;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1500,168,0 chrVII 204339 . G A 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=18.73;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1419,156,0 chrVII 204358 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;DP=92;Dels=0.00;FS=2.826;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:92:99:514,0,985 chrVII 204427 . T C 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DP=75;Dels=0.00;FS=7.728;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.738;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:664,0,850 chrVII 204579 . A T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=59;Dels=0.00;FS=17.027;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.055;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:378,0,702 chrVII 204618 . C A 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.19;MQ0=0;QD=18.45;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1048,117,0 chrVII 204648 . T C 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=13.56;ReadPosRankSum=1.321;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:90:833,90,0 chrVII 204665 . T G 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;QD=12.42;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:93:840,93,0 chrVII 204733 . C T 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=17.70;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1343,144,0 chrVII 204736 . A G 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.68;ReadPosRankSum=1.685;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1324,147,0 chrVII 204746 . T C 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=75;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=18.19;ReadPosRankSum=2.351;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1397,159,0 chrVII 204760 . T C 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=66;Dels=0.00;FS=6.929;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=19.02;ReadPosRankSum=2.375;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1288,141,0 chrVII 204785 . T G 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.103;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.279;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:938,102,0 chrVII 204825 . T C 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.66;MQ0=0;QD=22.55;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1724,186,0 chrVII 204867 . G A 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.90;MQ0=0;QD=18.16;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1958,198,0 chrVII 204881 . T C 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=14.09;ReadPosRankSum=2.322;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:117:99:1681,183,0 chrVII 204927 . C T 611 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.54;MQ0=0;QD=7.10;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:75:644,75,0 chrVII 204928 . G T 564 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.54;MQ0=0;QD=6.56;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:75:597,75,0 chrVII 204931 . C G 456 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=403.0339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.01;MQ0=0;QD=5.49;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:66:489,66,0 chrVII 204972 . G A 108.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=72.7799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.42;MQ0=0;QD=1.13;SB=-7.283e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:15:141,15,0 chrVII 205098 . C T 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.16;MQ0=0;QD=16.99;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1239,138,0 chrVII 205114 . A T 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.52;MQ0=0;QD=15.95;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1022,111,0 chrVII 205122 . T C 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.63;MQ0=0;QD=14.34;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:908,99,0 chrVII 205126 . A C 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;QD=13.13;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:96:860,96,0 chrVII 205152 . C T 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.20;MQ0=0;QD=11.99;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:96:836,96,0 chrVII 205170 . A G 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;QD=15.43;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1298,138,0 chrVII 205215 . T C 2522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.853;DP=130;Dels=0.00;FS=13.437;HaplotypeScore=12.2893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=19.40;ReadPosRankSum=2.884;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,127:130:99:2555,276,0 chrVII 205307 . T A 3622.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=164;Dels=0.00;FS=6.320;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=22.09;ReadPosRankSum=2.359;SB=-2.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,162:164:99:3622,387,0 chrVII 205484 . C G 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=20.84;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1221,132,0 chrVII 205559 . C A 2121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.86;MQ0=0;QD=20.79;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2154,222,0 chrVII 205653 . G A 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.70;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1076,111,0 chrVII 205830 . T G 387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.901;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:45:420,45,0 chrVII 205832 . C T 391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=15.04;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:424,45,0 chrVII 205869 . G T 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=15.48;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:45:451,45,0 chrVII 206145 . G A 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.14;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:808,81,0 chrVII 206526 . T C 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=19.82;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1242,135,0 chrVII 206601 . C T 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=24.36;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1470,150,0 chrVII 206716 . T C 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=17.16;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:582,63,0 chrVII 206722 . G A 604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=18.87;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:637,66,0 chrVII 206738 . T C 524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=17.47;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:557,60,0 chrVII 206741 . C A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=29;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:247,0,161 chrVII 207071 . T C 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=24.12;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1239,132,0 chrVII 207473 . T C 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.476;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:66:610,66,0 chrVII 207551 . T C 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=22.53;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:844,90,0 chrVII 207807 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=46;Dels=0.00;FS=18.419;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:310,0,511 chrVII 208005 . T C 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=24.49;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:96:890,96,0 chrVII 208034 . C T 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.94;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1018,111,0 chrVII 208043 . T A 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=19.63;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1054,111,0 chrVII 208356 . A G 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=6.714;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.505;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1513,162,0 chrVII 208622 . G A 2916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=20.25;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:2949,333,0 chrVII 208639 . T A 3133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3166,325,0 chrVII 208815 . A G 306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.32;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.650;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:36:339,36,0 chrVII 208818 . A C 297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.46;MQ0=0;QD=7.42;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:36:330,36,0 chrVII 208835 . G T 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=10.57;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:60:530,60,0 chrVII 208848 . A T 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;QD=17.02;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:986,99,0 chrVII 208875 . A G 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.688;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:1526,165,0 chrVII 208955 . G A 2736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=24.21;SB=-1.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2769,291,0 chrVII 208986 . G A 2351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=23.75;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2384,246,0 chrVII 209066 . A G 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=22.60;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1050,114,0 chrVII 209071 . C T 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=22.09;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1005,102,0 chrVII 209130 . A G 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=20.47;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:688,75,0 chrVII 209279 . G A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.03;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1315,138,0 chrVII 209671 . G T 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=23.55;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1022,111,0 chrVII 209792 . A G 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=22;Dels=0.00;FS=4.775;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:280,0,145 chrVII 209969 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DP=35;Dels=0.00;FS=9.165;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.700;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:305,0,217 chrVII 209977 . C T 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=34;Dels=0.00;FS=6.332;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.397;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:254,0,319 chrVII 210083 . C G 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=19.07;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:910,99,0 chrVII 210093 . A G 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;QD=18.69;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:930,99,0 chrVII 210122 . A T 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=84;Dels=0.00;FS=8.103;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=21.06;ReadPosRankSum=1.608;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1802,192,0 chrVII 210392 . A G 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.715;DP=127;Dels=0.00;FS=1.444;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=2.420;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.218;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:127:99:1102,0,1286 chrVII 210517 . T C 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=22.51;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1181,129,0 chrVII 210785 . A G 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.50;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1125,123,0 chrVII 210946 . T C 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=20.51;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:90:833,90,0 chrVII 211015 . G A 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=18.32;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1114,120,0 chrVII 211168 . C T 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.02;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1138,117,0 chrVII 211576 . G A 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=22.44;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1155,120,0 chrVII 211747 . T C 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.49;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1270,135,0 chrVII 211975 . C T 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=20.64;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2035,216,0 chrVII 212216 . T C 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=21.19;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1241,132,0 chrVII 212554 . G A 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.21;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1104,114,0 chrVII 212679 . A T 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=24.91;ReadPosRankSum=1.634;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:93:905,93,0 chrVII 212731 . C T 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.03;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:748,81,0 chrVII 212869 . G A 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.23;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1705,177,0 chrVII 213175 . G A 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.52;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1048,108,0 chrVII 213411 . C A 2796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=27.41;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2829,291,0 chrVII 213438 . C G 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;DP=104;Dels=0.00;FS=4.590;HaplotypeScore=9.8315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.746;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,57:104:99:1182,0,841 chrVII 213648 . C T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:49:99:376,0,291 chrVII 213927 . A G 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=15.05;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:66:590,66,0 chrVII 214440 . G A 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=19.85;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1224,129,0 chrVII 214616 . G A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.672;DP=52;Dels=0.00;FS=4.060;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.958;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:575,0,359 chrVII 214683 . G A 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=24.78;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1247,132,0 chrVII 214710 . T C 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=22.67;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1144,123,0 chrVII 214758 . C G 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=21.92;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1173,129,0 chrVII 214822 . C T 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=23.93;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1852,192,0 chrVII 214926 . C T 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.68;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1575,168,0 chrVII 214978 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=82;Dels=0.00;FS=8.245;HaplotypeScore=6.0669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.755;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:725,0,770 chrVII 215125 . T C 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=23.71;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2001,210,0 chrVII 215143 . A G 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.927;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:98:99:1618,152,0 chrVII 215210 . G A 2412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2445,258,0 chrVII 215394 . C T 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=20.80;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1385,150,0 chrVII 215404 . A G 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=19.70;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1136,123,0 chrVII 215575 . A G 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=19.83;ReadPosRankSum=1.688;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1580,174,0 chrVII 215826 . C T 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=24.33;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:96:909,96,0 chrVII 215900 . T C 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=18.93;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:847,90,0 chrVII 215909 . C T 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=17.34;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:81:796,81,0 chrVII 216083 . G A 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=19.51;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:833,87,0 chrVII 216207 . A G 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=23.85;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1750,189,0 chrVII 216267 . T C 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=25.14;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1491,165,0 chrVII 216479 . T C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=4.2840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=24.64;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:994,108,0 chrVII 216543 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=55;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.259;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:471,0,520 chrVII 216869 . A G 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.10;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:1094,120,0 chrVII 217019 . A G 2329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=96;Dels=0.00;FS=5.673;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.696;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2362,252,0 chrVII 217121 . A G 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.68;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1802,195,0 chrVII 217417 . G C 2122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.40;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2155,231,0 chrVII 217461 . A G 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=20.92;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2020,219,0 chrVII 217697 . G A 2032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.85;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2065,219,0 chrVII 217800 . T C 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=19.97;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1491,159,0 chrVII 217847 . A G 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=73;Dels=0.00;FS=6.707;HaplotypeScore=4.5725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=20.18;ReadPosRankSum=2.382;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1506,168,0 chrVII 217946 . T C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=59;Dels=0.00;FS=3.697;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.947;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:660,0,439 chrVII 218139 . G A 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.56;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1588,165,0 chrVII 218369 . T G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=54;Dels=0.00;FS=13.096;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:530,0,389 chrVII 218370 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=54;Dels=0.00;FS=10.113;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.192;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:373,0,548 chrVII 218406 . A G 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.01;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1546,171,0 chrVII 218582 . C A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=66;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:66:99:730,0,408 chrVII 218628 . T C 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=21.78;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1449,156,0 chrVII 218669 . A G 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=86;Dels=0.00;FS=4.381;HaplotypeScore=10.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1925,210,0 chrVII 218745 . G A 2806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=23.38;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2839,303,0 chrVII 218798 . T C 1453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.787;DP=153;Dels=0.00;FS=2.289;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.235;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,75:153:99:1483,0,1569 chrVII 218858 . A G 2934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=24.66;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2967,318,0 chrVII 218900 . C T 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=21.35;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1762,186,0 chrVII 218949 . C A 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.22;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1327,138,0 chrVII 218950 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.623;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:573,0,430 chrVII 218961 . T G 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=17.97;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1183,126,0 chrVII 219119 . A G 3019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=19.99;ReadPosRankSum=1.663;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:151:99:3052,324,0 chrVII 219263 . A G 2106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=98;Dels=0.00;FS=4.597;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.626;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2139,237,0 chrVII 219322 . A G 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=23.63;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1711,183,0 chrVII 219563 . T C 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=19.82;ReadPosRankSum=1.031;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1698,164,0 chrVII 219626 . T A,C 1343.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.98;MQ0=0;QD=19.75;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,34,34:68:99:1403,665,578,738,0,657 chrVII 219733 . T C 2325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=23.48;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2358,252,0 chrVII 219776 . C T 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=20.85;SB=-1.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1993,201,0 chrVII 219779 . A G 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=19.30;ReadPosRankSum=1.619;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1809,198,0 chrVII 219792 . T C 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=19.76;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1752,186,0 chrVII 219956 . A G 2107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=23.94;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2140,234,0 chrVII 219971 . A G 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=22.33;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1909,207,0 chrVII 220064 . A G 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=19.22;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:1724,189,0 chrVII 220109 . C A 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=21.64;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1656,177,0 chrVII 220121 . C T 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=18.97;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1475,156,0 chrVII 220229 . A G 2008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.69;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:102:99:2041,216,0 chrVII 220380 . G A 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=24.11;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1938,210,0 chrVII 220475 . T C 2549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=25.49;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2582,273,0 chrVII 220519 . G A 1710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.85;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1743,183,0 chrVII 220697 . C A 3647.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=24.31;SB=-2.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:3647,376,0 chrVII 220747 . G A 3221.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.951e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3254,336,0 chrVII 220760 . G C 2997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=19.21;SB=-1.808e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:156:99:3030,333,0 chrVII 220839 . G A 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.574;DP=92;Dels=0.00;FS=10.391;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=2.297;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.736;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:986,0,754 chrVII 220877 . T A 2945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2978,309,0 chrVII 220928 . C A 3736.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.35;SB=-1.874e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3736,408,0 chrVII 221031 . A G 6514.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=261;Dels=0.00;FS=4.299;HaplotypeScore=15.6713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=24.96;ReadPosRankSum=0.936;SB=-2.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,260:261:99:6514,700,0 chrVII 221066 . C A 4623.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=25.26;SB=-1.636e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:183:99:4623,492,0 chrVII 221076 . T A 1391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=9.09;ReadPosRankSum=-2.302;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,74:153:99:1421,0,1568 chrVII 221407 . A G 2267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=104;Dels=0.00;FS=13.735;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=21.80;ReadPosRankSum=3.372;SB=-1.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:2300,252,0 chrVII 221698 . A G 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=19.40;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1430,156,0 chrVII 221962 . G A 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2219,231,0 chrVII 221994 . C T 1710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=23.11;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1743,183,0 chrVII 222046 . C T 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=25.31;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1678,171,0 chrVII 222140 . G T 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.83;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1595,165,0 chrVII 222215 . G A 2668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2701,285,0 chrVII 222244 . G A 2554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=19.80;SB=-1.602e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:129:99:2587,273,0 chrVII 222265 . G A 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=17.34;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2131,234,0 chrVII 222370 . C A 2244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=23.37;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2277,249,0 chrVII 222592 . A G 2221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=21.99;ReadPosRankSum=1.698;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2254,243,0 chrVII 222691 . A G 1427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=20.39;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1460,159,0 chrVII 223151 . T C 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=20.32;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1191,129,0 chrVII 223273 . C T 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=15.05;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:78:695,78,0 chrVII 223275 . G A 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=17.48;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:767,78,0 chrVII 223303 . G A 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=14.95;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:72:691,72,0 chrVII 223507 . G A 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=21.25;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1924,204,0 chrVII 223519 . G A 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=21.67;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1983,195,0 chrVII 223550 . T C 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=64;Dels=0.00;FS=2.580;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=16.34;ReadPosRankSum=2.334;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1079,117,0 chrVII 223742 . C T 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1958,204,0 chrVII 223756 . C T 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=16.79;SB=-1.410e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1796,186,0 chrVII 223768 . G A 1994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=17.80;SB=-1.431e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:112:99:2027,216,0 chrVII 223861 . C T 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1753,183,0 chrVII 223948 . A G 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=20.59;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1536,165,0 chrVII 224029 . C T 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=17.54;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1243,126,0 chrVII 224122 . A G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=52;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=8.1209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.028;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:216,0,312 chrVII 224467 . G C 554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=16.79;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:63:587,63,0 chrVII 224560 . T C 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;QD=19.29;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:52:99:1036,111,0 chrVII 224572 . C T 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.40;MQ0=0;QD=21.68;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1117,114,0 chrVII 224584 . A G 1007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1040,111,0 chrVII 224620 . C A 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2008,207,0 chrVII 224644 . A G 1790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=93;Dels=0.00;FS=3.664;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1823,198,0 chrVII 224653 . G A 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=20.21;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1852,204,0 chrVII 224828 . C T 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.92;MQ0=0;QD=13.90;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1020,108,0 chrVII 224869 . G A 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.574;DP=70;Dels=0.00;FS=4.822;HaplotypeScore=42.4577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.427;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,16:70:75:75,0,389 chrVII 224909 . C T 137.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=2.29;SB=-6.601e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:18:170,18,0 chrVII 224983 . G A 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=14.29;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1219,132,0 chrVII 224994 . T C 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=16.88;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1181,129,0 chrVII 225202 . G A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=7.08;ReadPosRankSum=-2.068;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:724,0,717 chrVII 225389 . C T 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=16.85;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84:808,84,0 chrVII 225550 . A G 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=3.388;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=19.96;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:991,108,0 chrVII 225598 . C G 1852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=21.29;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1885,207,0 chrVII 225759 . A G 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=15.03;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:529,57,0 chrVII 225764 . G T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=31;Dels=0.00;FS=1.484;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.004;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:174,0,184 chrVII 226054 . C T 955.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.679;DP=92;Dels=0.00;FS=1.151;HaplotypeScore=2.4602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.231;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:985,0,853 chrVII 226055 . C A 401.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.475;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:431,0,916 chrVII 226056 . A T 398.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.724;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:428,0,1014 chrVII 226057 . A C 494.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.111;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.546;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:96:99:524,0,1013 chrVII 226152 . C T 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.61;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1073,111,0 chrVII 226182 . T C 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.03;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:754,81,0 chrVII 226396 . G A 2161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2194,228,0 chrVII 226434 . A G 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=3.327;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=23.07;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1694,183,0 chrVII 226902 . C T 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=21.38;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1038,105,0 chrVII 226920 . T C 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=18.27;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:782,84,0 chrVII 226965 . T C 460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=16.43;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:493,54,0 chrVII 227049 . T C 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=28;Dels=0.00;FS=12.922;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.152;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:213,0,168 chrVII 227280 . A G 2509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=24.36;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2542,285,0 chrVII 227523 . T C 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=7.618;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=19.21;ReadPosRankSum=1.666;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1032,111,0 chrVII 227723 . A G 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=85;Dels=0.00;FS=4.618;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:85:99:722,0,947 chrVII 228148 . C T 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.09;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:716,72,0 chrVII 228350 . C T 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=20.04;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1736,180,0 chrVII 228403 . T A 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=18.22;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1855,204,0 chrVII 228580 . A G 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.27;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:66:612,66,0 chrVII 228659 . C G 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=23.22;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:2309,246,0 chrVII 228682 . C G 2550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=18.75;SB=-1.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2583,279,0 chrVII 228702 . A C 2391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.56;MQ0=0;QD=15.83;SB=-1.697e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2424,258,0 chrVII 228739 . C T 1774 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=0;QD=11.75;SB=-1.805e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:1807,186,0 chrVII 228740 . C T 1769 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.57;MQ0=0;QD=11.79;SB=-1.793e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:1802,183,0 chrVII 228746 . C T 1463 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.47;MQ0=0;QD=9.20;SB=-1.624e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:159:99:1496,156,0 chrVII 228769 . G A 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.86;MQ0=0;QD=8.32;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:1189,129,0 chrVII 228776 . G C 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=0;QD=6.53;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:136:99:921,99,0 chrVII 228801 . T C 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.337;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:1125,123,0 chrVII 228955 . G A 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=21.64;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1526,159,0 chrVII 229060 . C T 2687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.20;MQ0=0;QD=23.16;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:116:99:2720,282,0 chrVII 229174 . G A 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=21.91;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1742,183,0 chrVII 229302 . A G 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=22.08;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:585,63,0 chrVII 229543 . T A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DP=69;Dels=0.00;FS=6.541;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:791,0,614 chrVII 229594 . C T 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=23.63;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1238,129,0 chrVII 229638 . T C 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:997,105,0 chrVII 229770 . A G 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=71;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=20.58;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1494,162,0 chrVII 230024 . C A 2140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=24.60;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2173,222,0 chrVII 230072 . A G 2788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.23;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2821,309,0 chrVII 230207 . A G 3799.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=156;Dels=0.00;FS=4.856;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=24.35;ReadPosRankSum=1.688;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,155:156:99:3799,420,0 chrVII 230410 . G T 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.989;DP=115;Dels=0.00;FS=5.851;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:115:99:1066,0,1172 chrVII 230483 . G A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=83;Dels=0.00;FS=6.138;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:916,0,515 chrVII 230648 . A C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.266;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,33:94:99:325,0,943 chrVII 230653 . T C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=103;Dels=0.00;FS=1.758;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.235;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,34:103:99:341,0,845 chrVII 230701 . C T 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.539;DP=107;Dels=0.00;FS=3.705;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.221;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,41:107:99:656,0,1236 chrVII 230742 . A G 2178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=23.93;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2211,237,0 chrVII 231071 . G A 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=18.82;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1256,129,0 chrVII 231409 . T A 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.781;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:633,0,522 chrVII 231460 . G A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.390;DP=76;Dels=0.00;FS=7.901;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.823;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.604;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:780,0,580 chrVII 231712 . A G 2096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=24.09;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2129,231,0 chrVII 231874 . G A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=109;Dels=0.00;FS=8.334;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.187;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:109:99:709,0,1136 chrVII 231980 . C T 1466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.354;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.880;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,85:137:99:1496,0,781 chrVII 232041 . C T 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.727;DP=127;Dels=0.00;FS=8.542;HaplotypeScore=8.2407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.246;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,63:127:99:1104,0,1088 chrVII 232073 . C G 2813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.68;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:136:99:2846,306,0 chrVII 232111 . T C 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.575;DP=118;Dels=0.00;FS=9.791;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:118:99:993,0,1166 chrVII 232321 . T C 2933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=123;Dels=0.00;FS=2.739;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=23.85;ReadPosRankSum=2.410;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:123:99:2966,321,0 chrVII 232352 . G A 1205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.420;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:134:99:1235,0,1246 chrVII 232533 . C T 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.847;DP=83;Dels=0.00;FS=3.244;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:891,0,400 chrVII 232615 . T A 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=19.88;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2279,243,0 chrVII 232858 . G A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;DP=42;Dels=0.00;FS=4.821;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:337,0,316 chrVII 232997 . C T 2667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.523e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2700,279,0 chrVII 233677 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=41;Dels=0.00;FS=1.193;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.013;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:486,0,347 chrVII 233683 . C T 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.44;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:947,96,0 chrVII 233704 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:323,0,396 chrVII 233748 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=48;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,33:48:99:415,0,182 chrVII 233752 . G A 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=14.39;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:54:81:810,81,0 chrVII 233788 . A G 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=51;Dels=0.00;FS=6.910;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=2.55;ReadPosRankSum=-2.079;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:51:99:160,0,558 chrVII 233794 . C T 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=52;Dels=0.00;FS=6.570;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.774;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,36:52:99:605,0,222 chrVII 233812 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=52;Dels=0.00;FS=9.671;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.616;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:52:99:228,0,634 chrVII 234033 . A C 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.746;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:769,0,564 chrVII 234162 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=79;Dels=0.00;FS=7.726;HaplotypeScore=9.1811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.657;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:561,0,887 chrVII 234279 . G C 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.51;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1625,177,0 chrVII 234499 . C G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.607;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:79:99:644,0,765 chrVII 234553 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.145;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.603;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:603,0,430 chrVII 234706 . A T 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;DP=103;Dels=0.00;FS=3.751;HaplotypeScore=12.7202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.088;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:683,0,1040 chrVII 235227 . G A 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.77;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:926,102,0 chrVII 235392 . C T 3129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.89;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3162,330,0 chrVII 235464 . G A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1433,165,0 chrVII 235629 . T A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.037;DP=114;Dels=0.00;FS=10.694;HaplotypeScore=11.9188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.884;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.027;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,58:114:99:893,0,1037 chrVII 235941 . G A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.697;DP=80;Dels=0.00;FS=4.415;HaplotypeScore=2.6487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:829,0,842 chrVII 236083 . A G 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=66;Dels=0.00;FS=3.526;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.442;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:66:99:731,0,574 chrVII 236277 . C T 2131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=26.64;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:2164,222,0 chrVII 236530 . A C 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.51;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:1838,198,0 chrVII 236710 . G A 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=16.45;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1119,123,0 chrVII 236853 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.405;DP=78;Dels=0.00;FS=4.608;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=7.97;ReadPosRankSum=2.272;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:652,0,514 chrVII 236862 . A C 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:87:99:1530,168,0 chrVII 236877 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.428;DP=82;Dels=0.00;FS=7.379;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:509,0,652 chrVII 237052 . A G 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.80;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1559,168,0 chrVII 237071 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.447;DP=64;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=4.2901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.278;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:531,0,707 chrVII 237114 . A G 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.39;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1552,168,0 chrVII 237133 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=65;Dels=0.00;FS=4.980;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.049;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:661,0,474 chrVII 237207 . C T 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=17.47;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:1780,195,0 chrVII 237218 . A G 2261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=107;Dels=0.00;FS=6.573;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=21.13;ReadPosRankSum=2.403;SB=-1.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:107:99:2294,246,0 chrVII 237456 . A G 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.905;DP=82;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.840;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:82:99:802,0,548 chrVII 237523 . A G 2072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=87;Dels=0.00;FS=6.159;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=23.82;ReadPosRankSum=2.919;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:2105,228,0 chrVII 237668 . A G 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=39;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=15.26;ReadPosRankSum=2.324;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:69:628,69,0 chrVII 237697 . T C 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=18.12;ReadPosRankSum=0.347;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:60:758,60,0 chrVII 237739 . A G 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=22.34;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1016,111,0 chrVII 238828 . T C 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=20.39;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:41:93:869,93,0 chrVII 238829 . T C 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=21.20;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:881,93,0 chrVII 238995 . C A 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.06;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1577,162,0 chrVII 239108 . T C 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=3.237;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.674;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1054,114,0 chrVII 239207 . C T 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=21.54;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1390,144,0 chrVII 239246 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.573;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:485,0,404 chrVII 239336 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DP=57;Dels=0.00;FS=11.036;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.140;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:590,0,539 chrVII 239625 . A T 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=23.41;ReadPosRankSum=1.676;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1508,156,0 chrVII 239681 . A G 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=22.42;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1939,213,0 chrVII 239783 . G A 3585.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=18.11;SB=-1.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:198:99:3585,367,0 chrVII 239787 . C T 3438.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=17.19;SB=-1.453e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:200:99:3438,352,0 chrVII 240467 . C T 2291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.41;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2324,246,0 chrVII 241157 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.575;DP=68;Dels=0.00;FS=0.969;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:534,0,576 chrVII 241162 . A G 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=20.03;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1355,147,0 chrVII 241508 . T C 1978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=21.04;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2011,219,0 chrVII 241602 . C A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:686,0,554 chrVII 241743 . G A 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.87;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:855,87,0 chrVII 242295 . T A 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=61;Dels=0.00;FS=3.559;HaplotypeScore=7.0612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=20.10;ReadPosRankSum=1.615;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1259,129,0 chrVII 242772 . A G 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=90;Dels=0.00;FS=3.745;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=21.42;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1961,213,0 chrVII 242796 . A G 2097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=22.79;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2130,234,0 chrVII 243089 . G A 2534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=23.68;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2567,267,0 chrVII 243186 . T C 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=20.47;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1507,162,0 chrVII 243225 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:358,0,403 chrVII 243744 . C T 1384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.789;DP=158;Dels=0.00;FS=4.822;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.323;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,89:158:99:1414,0,1199 chrVII 243903 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:439,0,584 chrVII 244125 . A G 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.706;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:1048,0,1323 chrVII 244800 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;DP=66;Dels=0.00;FS=5.729;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.374;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:705,0,599 chrVII 244917 . A G 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=2.122;QD=6.83;ReadPosRankSum=2.128;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:101:99:720,0,1007 chrVII 245373 . G A 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=19.49;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1612,171,0 chrVII 245422 . C T 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=22.40;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1265,132,0 chrVII 245770 . T C 582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=14.92;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:615,66,0 chrVII 245772 . A G 571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=39;Dels=0.00;FS=9.108;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=14.64;ReadPosRankSum=2.324;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:66:604,66,0 chrVII 246082 . G A 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.52;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1115,120,0 chrVII 246204 . C T 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=19.72;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1078,114,0 chrVII 246459 . A C 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.75;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1029,111,0 chrVII 247758 . T C 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=22.57;ReadPosRankSum=1.652;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:44:99:1026,111,0 chrVII 248177 . C A 930 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=20.67;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:963,99,0 chrVII 248203 . C T 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=20.62;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:899,93,0 chrVII 248213 . C A 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;QD=19.76;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:843,90,0 chrVII 248225 . G C 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=19.55;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:854,93,0 chrVII 248592 . G T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.535;DP=69;Dels=0.00;FS=9.657;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.270;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:674,0,701 chrVII 248605 . T A 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=25.23;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1673,174,0 chrVII 248886 . A T 3210.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:137:99:3244,342,0 chrVII 249040 . G A 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=20.26;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1613,165,0 chrVII 249058 . A G 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=20.70;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1710,183,0 chrVII 249219 . T C 2216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DP=95;Dels=0.00;FS=4.462;HaplotypeScore=9.4800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.659;QD=23.33;ReadPosRankSum=1.696;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2249,240,0 chrVII 249639 . A G 3404.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=143;Dels=0.00;FS=7.486;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=23.80;ReadPosRankSum=2.414;SB=-1.605e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:143:99:3404,369,0 chrVII 249944 . A G 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.570;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1386,150,0 chrVII 250058 . C A 3636.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=24.57;SB=-1.627e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3636,384,0 chrVII 250183 . C A 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=16.10;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:677,72,0 chrVII 250194 . C T 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=16.07;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:78:756,78,0 chrVII 250426 . A G 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=20.27;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1330,144,0 chrVII 250677 . T A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=19.42;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1043,108,0 chrVII 250680 . G A 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=19.48;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1046,111,0 chrVII 250751 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.750;DP=37;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.322;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:178,0,284 chrVII 251511 . G A 1751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.04;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1784,186,0 chrVII 251831 . C T 2580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=25.05;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2613,273,0 chrVII 251869 . C T 2067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=23.49;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:2100,219,0 chrVII 252024 . C T 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.76;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:884,93,0 chrVII 252272 . G C 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:573,63,0 chrVII 252274 . G A 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=22.46;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63:617,63,0 chrVII 252343 . T C 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=21.37;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:84:781,84,0 chrVII 252406 . G A 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=14.10;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1034,117,0 chrVII 252410 . C A 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=17.65;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1251,126,0 chrVII 252804 . A T 3615.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.718e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3615,396,0 chrVII 252951 . G A 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.750;DP=88;Dels=0.01;FS=1.808;HaplotypeScore=13.0429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:87:99:905,0,674 chrVII 253383 . C T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;DP=44;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=8.3643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.068;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:418,0,246 chrVII 253692 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=54;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.969;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:507,0,389 chrVII 253849 . A G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.366;DP=97;Dels=0.00;FS=4.382;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.314;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.739;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:97:99:706,0,1144 chrVII 253915 . A T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DP=81;Dels=0.00;FS=5.437;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.385;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:567,0,920 chrVII 253916 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;DP=83;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.518;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.687;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:541,0,918 chrVII 253953 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=57;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:421,0,634 chrVII 254069 . A G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.352;DP=108;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.393;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:868,0,1068 chrVII 254073 . G C 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.585;DP=115;Dels=0.00;FS=0.781;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=4.183;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,63:115:99:1087,0,810 chrVII 254092 . C T 1064.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.762;DP=135;Dels=0.00;FS=4.626;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.042;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,61:135:99:1094,0,1231 chrVII 254134 . G T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=143;Dels=0.00;FS=3.179;HaplotypeScore=11.1428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.558;QD=4.58;ReadPosRankSum=2.581;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,61:143:99:685,0,1498 chrVII 254139 . T C 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;DP=135;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=5.6767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.279;QD=4.76;ReadPosRankSum=2.470;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,57:135:99:673,0,1432 chrVII 254177 . A G 2105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=1.703;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.527;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2138,231,0 chrVII 254184 . T A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=113;Dels=0.00;FS=0.715;HaplotypeScore=5.4869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.045;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:335,0,1249 chrVII 254193 . T A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;DP=102;Dels=0.00;FS=1.627;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.028;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:321,0,1180 chrVII 254273 . C A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=63;Dels=0.00;FS=0.985;HaplotypeScore=2.3913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.420;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:466,0,516 chrVII 254281 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=66;Dels=0.00;FS=0.917;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:418,0,601 chrVII 254298 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.016;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:266,0,633 chrVII 254318 . G A 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.686;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.410;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:78:78,0,519 chrVII 254344 . C G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;DP=61;Dels=0.00;FS=6.882;HaplotypeScore=5.9234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.683;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:61:99:229,0,532 chrVII 254369 . T A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.459;DP=60;Dels=0.00;FS=24.138;HaplotypeScore=26.0959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.397;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.575;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:235,0,429 chrVII 254422 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;DP=51;Dels=0.00;FS=10.067;HaplotypeScore=3.3634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.760;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:51:99:260,0,575 chrVII 254427 . C A 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=49;Dels=0.00;FS=9.783;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.623;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:237,0,565 chrVII 254489 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=57;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=9.5130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-4.940;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.333;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:362,0,441 chrVII 254952 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=59;Dels=0.00;FS=13.859;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=1;MQRankSum=-0.902;QD=8.70;ReadPosRankSum=2.897;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:543,0,527 chrVII 255865 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=42;Dels=0.00;FS=9.322;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:368,0,470 chrVII 256090 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=32;Dels=0.00;FS=10.606;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.642;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:276,0,236 chrVII 256121 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.342;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:314,0,211 chrVII 256172 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=45;Dels=0.00;FS=1.413;HaplotypeScore=3.5205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.169;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:452,0,367 chrVII 256325 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.137;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:329,0,279 chrVII 256487 . A G 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.33;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1014,111,0 chrVII 256533 . A G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=64;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=3.9976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.524;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:586,0,584 chrVII 256673 . G A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=1.993;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:499,0,671 chrVII 256814 . T C 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DP=60;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:476,0,577 chrVII 256831 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DP=55;Dels=0.00;FS=3.749;HaplotypeScore=2.6904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.160;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:442,0,539 chrVII 256952 . C T 2095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2128,222,0 chrVII 257061 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=71;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=4.3353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.331;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:71:99:452,0,615 chrVII 257078 . A T 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.50;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96:943,96,0 chrVII 257091 . T G 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;DP=51;Dels=0.00;FS=9.170;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.904;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.269;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:51:99:350,0,475 chrVII 257334 . G A 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=17.80;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:941,99,0 chrVII 257392 . A C 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=34;Dels=0.00;FS=5.237;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:200,0,384 chrVII 257571 . A T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.311;DP=41;Dels=0.00;FS=1.534;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.055;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:352,0,478 chrVII 257839 . T C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DP=49;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.397;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:548,0,336 chrVII 258369 . C T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:414,0,565 chrVII 258772 . G A 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;DP=82;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.999;QD=10.98;ReadPosRankSum=-2.107;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:930,0,640 chrVII 258841 . G T 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.360;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:709,0,393 chrVII 258958 . A G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.025;DP=118;Dels=0.00;FS=2.385;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.527;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,51:118:99:871,0,1351 chrVII 259155 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.918;DP=46;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=5.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:305,0,326 chrVII 259167 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=46;Dels=0.00;FS=2.577;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.299;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:310,0,281 chrVII 259222 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.343;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.130;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:321,0,492 chrVII 259336 . A G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=106;Dels=0.00;FS=13.167;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.266;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:106:99:739,0,1079 chrVII 259380 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DP=75;Dels=0.00;FS=5.952;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:592,0,687 chrVII 259491 . G T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=78;Dels=0.00;FS=4.541;HaplotypeScore=6.7784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.252;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:78:99:598,0,697 chrVII 259594 . G A 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;DP=56;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.588;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:637,0,235 chrVII 259611 . C A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.214;DP=66;Dels=0.00;FS=12.111;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=10.88;ReadPosRankSum=2.137;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:66:99:748,0,276 chrVII 259862 . C A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DP=60;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=8.9833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:507,0,592 chrVII 260137 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.270;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:528,0,308 chrVII 260198 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DP=66;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=11.8077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:619,0,449 chrVII 260886 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=49;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.212;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:412,0,528 chrVII 261126 . C T 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DP=68;Dels=0.00;FS=6.541;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:655,0,581 chrVII 261404 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.648;DP=64;Dels=0.00;FS=11.587;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.090;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:64:99:477,0,789 chrVII 261737 . G T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.129;DP=92;Dels=0.00;FS=7.570;HaplotypeScore=8.8815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,35:92:99:614,0,1105 chrVII 261844 . A T 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;DP=146;Dels=0.00;FS=0.661;HaplotypeScore=30.7593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.758;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,63:146:99:863,0,1279 chrVII 261867 . T G 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.788;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.252;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,57:110:99:969,0,948 chrVII 261942 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DP=80;Dels=0.00;FS=4.438;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.681;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:80:99:619,0,726 chrVII 261966 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=74;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=1.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:506,0,732 chrVII 262041 . T C 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:531,0,630 chrVII 262200 . A T 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DP=116;Dels=0.00;FS=16.127;HaplotypeScore=5.4869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=3.470;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:1140,0,1040 chrVII 262283 . T C 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;DP=97;Dels=0.00;FS=4.169;HaplotypeScore=5.6240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.487;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:775,0,947 chrVII 262340 . G T 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.151;DP=101;Dels=0.00;FS=1.728;HaplotypeScore=10.4376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,42:101:99:765,0,1055 chrVII 262671 . A C 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.823;DP=103;Dels=0.00;FS=15.454;HaplotypeScore=4.2781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:777,0,1041 chrVII 262734 . A T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DP=93;Dels=0.00;FS=3.016;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.327;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:615,0,860 chrVII 262798 . G C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=98;Dels=0.00;FS=2.655;HaplotypeScore=9.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:98:99:737,0,972 chrVII 262950 . T A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.589;DP=80;Dels=0.00;FS=1.938;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.494;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:513,0,639 chrVII 262977 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.531;DP=96;Dels=0.00;FS=1.699;HaplotypeScore=9.8867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:96:99:774,0,740 chrVII 263121 . A C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DP=92;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=8.0058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.179;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:92:99:660,0,768 chrVII 263213 . G T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=88;Dels=0.00;FS=7.500;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=2.569;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:759,0,711 chrVII 263233 . G T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.690;DP=76;Dels=0.00;FS=4.460;HaplotypeScore=4.9315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:637,0,523 chrVII 263307 . C T 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;DP=75;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.664;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:605,0,743 chrVII 263342 . T G 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.728;DP=68;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.191;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:68:99:685,0,487 chrVII 263382 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=60;Dels=0.00;FS=3.600;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.538;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:589,0,605 chrVII 263421 . T C 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;DP=67;Dels=0.00;FS=3.299;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:755,0,505 chrVII 263571 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.107;DP=104;Dels=0.00;FS=3.710;HaplotypeScore=6.5516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:104:99:788,0,1040 chrVII 263642 . A T 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DP=98;Dels=0.00;FS=1.088;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:949,0,1060 chrVII 263678 . G A 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;DP=84;Dels=0.00;FS=1.525;HaplotypeScore=3.4894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:972,0,804 chrVII 263851 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.858;DP=83;Dels=0.00;FS=11.727;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:83:99:513,0,893 chrVII 263909 . C T 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=126;Dels=0.00;FS=3.320;HaplotypeScore=10.4726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,63:126:99:1053,0,1122 chrVII 263981 . C T 1742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.106;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.549;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,89:171:99:1772,0,1270 chrVII 264114 . C A 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.550;DP=32;Dels=0.00;FS=11.536;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:336,0,255 chrVII 264177 . G T 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=78;Dels=0.00;FS=3.911;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.889;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:683,0,483 chrVII 264286 . A C 1292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.072;DP=131;Dels=0.00;FS=8.074;HaplotypeScore=11.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=2.130;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.706;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:131:99:1322,0,1196 chrVII 264360 . C T 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DP=101;Dels=0.00;FS=9.984;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.163;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:101:99:1035,0,757 chrVII 264482 . G T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=38;Dels=0.00;FS=9.999;HaplotypeScore=7.7734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.996;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:230,0,327 chrVII 264565 . T C 1051.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.985;DP=142;Dels=0.00;FS=3.135;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.914;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,57:142:99:1081,0,1504 chrVII 264580 . A T 1616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DP=164;Dels=0.00;FS=3.723;HaplotypeScore=13.2434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,98:164:99:1646,0,1257 chrVII 264652 . C T 1494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.239;DP=131;Dels=0.00;FS=5.256;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:131:99:1524,0,1172 chrVII 265003 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=99;Dels=0.00;FS=1.669;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.772;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:537,0,974 chrVII 265218 . T C 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.867;DP=112;Dels=0.00;FS=3.486;HaplotypeScore=9.1959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:1019,0,1132 chrVII 265436 . C T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=95;Dels=0.00;FS=2.730;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=8.11;ReadPosRankSum=-2.019;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:800,0,850 chrVII 265689 . C G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=76;Dels=0.00;FS=17.379;HaplotypeScore=6.4594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.205;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:524,0,674 chrVII 266074 . G A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.524;DP=113;Dels=0.00;FS=8.067;HaplotypeScore=6.7908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,41:113:99:586,0,1507 chrVII 266080 . T A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=117;Dels=0.00;FS=6.378;HaplotypeScore=3.5636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,44:117:99:506,0,1675 chrVII 266087 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=115;Dels=0.00;FS=6.623;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.828;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,44:115:99:525,0,1477 chrVII 266369 . G C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DP=107;Dels=0.00;FS=1.901;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.344;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:107:99:681,0,1049 chrVII 267395 . T G 299.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.719;DP=85;Dels=0.01;FS=54.959;HaplotypeScore=15.1436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=3.52;ReadPosRankSum=-4.806;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,52:84:99:329,0,411 chrVII 267458 . C T 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.56;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1650,168,0 chrVII 267480 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.832;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:78:99:391,0,890 chrVII 267717 . T G 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=97;Dels=0.00;FS=5.053;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.196;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:938,0,898 chrVII 268323 . C G 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=79;Dels=0.00;FS=3.144;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:641,0,801 chrVII 268551 . A G 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.309;DP=96;Dels=0.00;FS=2.707;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.265;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:745,0,830 chrVII 268566 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=87;Dels=0.00;FS=2.891;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.198;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:87:99:584,0,846 chrVII 269022 . T A 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=27;Dels=0.00;FS=20.538;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:78:78,0,418 chrVII 269104 . T A 583.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.624;DP=80;Dels=0.00;FS=13.309;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.548;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:613,0,710 chrVII 269505 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DP=71;Dels=0.00;FS=3.335;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:71:99:562,0,644 chrVII 269626 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;DP=73;Dels=0.00;FS=1.964;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.619;QD=6.59;ReadPosRankSum=-2.013;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:511,0,713 chrVII 269881 . A G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.192;DP=79;Dels=0.00;FS=1.889;HaplotypeScore=5.4752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:605,0,664 chrVII 269908 . C G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=79;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.862;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:79:99:545,0,624 chrVII 269977 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.710;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:267,0,256 chrVII 270001 . C T 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:249,0,287 chrVII 270046 . A G 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=46;Dels=0.00;FS=7.526;HaplotypeScore=5.9634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:346,0,300 chrVII 270346 . A G 1318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.818;DP=128;Dels=0.00;FS=2.634;HaplotypeScore=2.6797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:128:99:1348,0,1233 chrVII 270688 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=71;Dels=0.00;FS=1.277;HaplotypeScore=7.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.168;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:730,0,366 chrVII 270793 . G T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;DP=43;Dels=0.00;FS=5.876;HaplotypeScore=4.9401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:339,0,235 chrVII 272144 . G A 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.452;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:91:91,0,94 chrVII 272666 . A G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=22;Dels=0.00;FS=4.129;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:121,0,270 chrVII 273125 . C T 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:99:107,0,377 chrVII 273251 . A G 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.803;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:123,0,186 chrVII 273347 . T C 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;DP=27;Dels=0.00;FS=5.734;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.054;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:27:99:170,0,245 chrVII 273408 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=36;Dels=0.00;FS=11.247;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.116;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:381,0,243 chrVII 273424 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.997;DP=43;Dels=0.00;FS=19.152;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=2.272;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:355,0,415 chrVII 273458 . G A 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;DP=40;Dels=0.00;FS=9.548;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=2.690;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.944;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:202,0,381 chrVII 273503 . A G 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=15.91;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:542,60,0 chrVII 273687 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:258,0,188 chrVII 273824 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.770;DP=61;Dels=0.00;FS=5.106;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.745;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:678,0,550 chrVII 273860 . C A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.313;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:54:99:476,0,420 chrVII 273866 . C T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.914;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.383;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:338,0,498 chrVII 273899 . A G 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DP=39;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:245,0,360 chrVII 273905 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;DP=42;Dels=0.00;FS=2.759;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:290,0,317 chrVII 274142 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:382,0,508 chrVII 274251 . T C 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=81;Dels=0.00;FS=1.883;HaplotypeScore=5.7141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:798,0,620 chrVII 274448 . A C 307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=10.23;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:36:340,36,0 chrVII 274637 . A G 498.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;DP=51;Dels=0.00;FS=4.065;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.434;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:528,0,233 chrVII 274741 . T A 369.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.635;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.954;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:399,0,331 chrVII 274742 . T A 376.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.297;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:406,0,340 chrVII 274754 . T G 367.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.708;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.849;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:397,0,417 chrVII 274764 . A G 436.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.743;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.686;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:466,0,520 chrVII 274882 . C G 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.035;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:28:99:100,0,378 chrVII 275009 . T C 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=22.97;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1756,192,0 chrVII 275322 . C T 2151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2184,222,0 chrVII 275428 . A G 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;DP=94;Dels=0.00;FS=5.203;HaplotypeScore=5.9477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:855,0,780 chrVII 275443 . A G 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.506;DP=93;Dels=0.00;FS=5.351;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.763;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:93:99:707,0,801 chrVII 275467 . C T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.895;DP=84;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=5.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:666,0,789 chrVII 275482 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.790;DP=85;Dels=0.00;FS=1.741;HaplotypeScore=6.5987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:85:99:637,0,905 chrVII 275692 . C T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=90;Dels=0.00;FS=3.101;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.093;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:561,0,608 chrVII 275701 . C T 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=17.72;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1681,186,0 chrVII 275734 . G A 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;DP=99;Dels=0.00;FS=4.023;HaplotypeScore=6.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.589;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:99:99:844,0,802 chrVII 275758 . A G 2009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=21.60;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2042,222,0 chrVII 275782 . T C 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=89;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:89:99:1853,204,0 chrVII 276180 . G A 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1911,195,0 chrVII 276276 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.473;DP=64;Dels=0.00;FS=12.845;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:446,0,612 chrVII 276379 . G A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=17.33;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1125,126,0 chrVII 276429 . A G 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=66;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=7.2514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=19.47;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1318,141,0 chrVII 276488 . G T 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=18.52;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1385,150,0 chrVII 276844 . A T 1006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.966;DP=127;Dels=0.00;FS=3.259;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,72:127:99:1036,0,1042 chrVII 276845 . G A 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=124;Dels=0.00;FS=0.682;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,70:124:99:988,0,980 chrVII 276866 . T G 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=148;Dels=0.00;FS=4.057;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.427;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,57:148:99:979,0,1446 chrVII 278853 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.856;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:663,0,955 chrVII 278904 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.874;DP=59;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:531,0,644 chrVII 278917 . T A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:386,0,586 chrVII 279123 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DP=67;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=11.7385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:67:99:567,0,305 chrVII 279203 . C T 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=115;Dels=0.00;FS=3.392;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:115:99:1020,0,1049 chrVII 279435 . C T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=28;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:248,0,269 chrVII 279477 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.380;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.324;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:181,0,563 chrVII 279888 . G A 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.945;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:17:99:102,0,179 chrVII 280795 . C T 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.810;DP=115;Dels=0.00;FS=6.032;HaplotypeScore=5.9918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:115:99:957,0,1161 chrVII 281047 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DP=55;Dels=0.00;FS=8.101;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:458,0,320 chrVII 281913 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;DP=69;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=2.829;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:449,0,636 chrVII 282117 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DP=49;Dels=0.00;FS=5.986;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.272;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:474,0,417 chrVII 282222 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;DP=53;Dels=0.00;FS=6.433;HaplotypeScore=6.7021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.110;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:489,0,491 chrVII 282456 . G C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=44;Dels=0.00;FS=9.221;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.086;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.035;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:420,0,282 chrVII 282702 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;DP=51;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.287;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:278,0,556 chrVII 283173 . G A 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=35;Dels=0.00;FS=3.368;HaplotypeScore=6.0217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.529;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:99:182,0,495 chrVII 283332 . T C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;DP=89;Dels=0.00;FS=3.020;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.542;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:704,0,813 chrVII 283431 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;DP=86;Dels=0.00;FS=1.893;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:697,0,767 chrVII 283596 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.773;DP=81;Dels=0.00;FS=3.212;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.155;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:81:99:561,0,866 chrVII 283608 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.052;DP=93;Dels=0.00;FS=5.469;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:93:99:692,0,964 chrVII 284046 . T C 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.138;DP=74;Dels=0.00;FS=3.322;HaplotypeScore=7.1767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:74:99:659,0,642 chrVII 284212 . C G 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.80;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1675,180,0 chrVII 284855 . A G 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=22.79;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1993,216,0 chrVII 285253 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.185;DP=41;Dels=0.00;FS=4.743;HaplotypeScore=4.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.900;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:313,0,473 chrVII 285462 . A C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=55;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:456,0,567 chrVII 286036 . G T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DP=47;Dels=0.02;FS=1.857;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:354,0,543 chrVII 286047 . C T 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=24.83;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1225,129,0 chrVII 286072 . A T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=58;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=7.3006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:478,0,538 chrVII 286154 . G C 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.44;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1533,165,0 chrVII 286247 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=69;Dels=0.00;FS=8.487;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:581,0,763 chrVII 286609 . C T 1418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.557;DP=163;Dels=0.00;FS=2.056;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=8.70;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,89:163:99:1448,0,1359 chrVII 286632 . A G 3495.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=24.79;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3495,372,0 chrVII 286703 . G A 1494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.056;DP=145;Dels=0.00;FS=2.538;HaplotypeScore=13.9320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.134;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,77:145:99:1524,0,1338 chrVII 286799 . C T 1144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.817;DP=155;Dels=0.00;FS=0.606;HaplotypeScore=8.9928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,67:155:99:1174,0,1743 chrVII 287108 . T C 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.471;DP=84;Dels=0.00;FS=2.850;HaplotypeScore=4.2726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:853,0,902 chrVII 287195 . C T 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=97;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=8.1112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=7.26;ReadPosRankSum=2.562;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:734,0,800 chrVII 287266 . G A 2421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.74;SB=-1.364e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2454,258,0 chrVII 287340 . G A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.406;DP=70;Dels=0.00;FS=6.365;HaplotypeScore=34.2842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:849,0,441 chrVII 287520 . T C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.977;DP=72;Dels=0.00;FS=15.009;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.563;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:653,0,542 chrVII 287579 . C T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.618;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=10.86;ReadPosRankSum=2.111;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:92:99:1029,0,654 chrVII 287631 . G A 1064.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.948;DP=110;Dels=0.00;FS=3.557;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:110:99:1094,0,995 chrVII 287675 . G A 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=99;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=9.0686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,56:99:99:976,0,751 chrVII 287846 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.217;DP=81;Dels=0.00;FS=11.527;HaplotypeScore=5.7448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:538,0,829 chrVII 287936 . G T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;DP=72;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.311;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:614,0,724 chrVII 288017 . T C 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;DP=93;Dels=0.00;FS=2.777;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.828;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:843,0,778 chrVII 288097 . T G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=72;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:564,0,723 chrVII 288473 . G A 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.30;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1371,141,0 chrVII 288622 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.194;DP=77;Dels=0.00;FS=5.959;HaplotypeScore=8.8470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.370;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:77:99:482,0,948 chrVII 288952 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.879;DP=79;Dels=0.00;FS=10.802;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:79:99:579,0,852 chrVII 289120 . T C 1231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=107;Dels=0.00;FS=7.647;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.941;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,60:107:99:1261,0,856 chrVII 289212 . T C 1655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=81;Dels=0.00;FS=3.287;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.604;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1688,183,0 chrVII 289440 . T C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.783;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:94:99:568,0,1038 chrVII 289648 . A T 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DP=99;Dels=0.00;FS=1.610;HaplotypeScore=12.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=9.94;ReadPosRankSum=3.029;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:1014,0,681 chrVII 289892 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=47;Dels=0.00;FS=4.502;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:403,0,507 chrVII 290008 . C G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=69;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=7.3567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=2.103;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:69:99:447,0,489 chrVII 290097 . G A 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;DP=87;Dels=0.00;FS=1.795;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.705;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:87:99:963,0,614 chrVII 290117 . G A 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.891;DP=95;Dels=0.00;FS=1.666;HaplotypeScore=9.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.675;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:875,0,648 chrVII 290162 . G C 2403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=21.46;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2436,267,0 chrVII 290846 . T C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.270;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:825,0,598 chrVII 290891 . T C 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.751;DP=70;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,45:70:99:806,0,164 chrVII 291088 . C G 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.93;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1289,138,0 chrVII 291494 . A G 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.207;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.485;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,57:96:99:1193,0,686 chrVII 291643 . A G 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=88.6735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=18.90;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1810,201,0 chrVII 291815 . G T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=76;Dels=0.00;FS=3.106;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.603;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:719,0,793 chrVII 291925 . T C 2178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=22.93;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:2211,240,0 chrVII 291992 . G A 1427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,81:146:99:1457,0,1156 chrVII 292086 . T C 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.821;DP=127;Dels=0.00;FS=12.978;HaplotypeScore=7.3178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.734;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:1017,0,1461 chrVII 292224 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.007;DP=77;Dels=0.00;FS=3.138;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.264;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:487,0,771 chrVII 292374 . T G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.482;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.767;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.858;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,40:101:99:625,0,1230 chrVII 292839 . G A 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=121;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:121:99:998,0,1042 chrVII 293093 . T A 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.070;DP=128;Dels=0.00;FS=9.611;HaplotypeScore=7.9766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.178;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:128:99:1061,0,1408 chrVII 293254 . T C 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.436;DP=102;Dels=0.00;FS=3.635;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:102:99:680,0,1033 chrVII 293255 . G A 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DP=102;Dels=0.00;FS=3.683;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:695,0,996 chrVII 293305 . A G 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.556;DP=107;Dels=0.00;FS=6.094;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=3.633;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.296;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:1079,0,814 chrVII 293898 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.200;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:310,0,246 chrVII 294111 . G A 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=32;Dels=0.00;FS=12.247;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.304;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:184,0,397 chrVII 294227 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.010;DP=72;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:639,0,707 chrVII 294308 . C T 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.591;DP=61;Dels=0.00;FS=4.110;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.927;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.484;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:870,0,283 chrVII 294368 . C T 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=25;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=1.7172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:87:298,0,87 chrVII 294404 . T C 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=20.41;ReadPosRankSum=2.338;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:99:931,102,0 chrVII 294462 . A G 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.75;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1142,123,0 chrVII 294757 . A C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.188;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:619,0,332 chrVII 294779 . G A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=61;Dels=0.00;FS=3.705;HaplotypeScore=5.5779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=2.098;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.733;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:617,0,478 chrVII 295088 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=45;Dels=0.00;FS=11.095;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.709;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:281,0,355 chrVII 295124 . C G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=58;Dels=0.00;FS=8.332;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=2.527;QD=9.09;ReadPosRankSum=2.225;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:557,0,365 chrVII 295232 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.929;DP=68;Dels=0.00;FS=3.640;HaplotypeScore=8.8087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:68:99:422,0,591 chrVII 295251 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=62;Dels=0.00;FS=3.630;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:406,0,615 chrVII 295430 . A G 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.768;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.079;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:135,0,265 chrVII 295562 . G A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DP=40;Dels=0.00;FS=4.005;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:250,0,367 chrVII 295605 . C G 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=16.72;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:69:635,69,0 chrVII 295612 . T C 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.670;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.826;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:187,0,317 chrVII 295816 . G A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DP=37;Dels=0.00;FS=1.445;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:312,0,344 chrVII 295864 . G A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=30;Dels=0.00;FS=4.151;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:30:99:253,0,264 chrVII 295958 . G C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=52;Dels=0.00;FS=8.114;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:52:99:525,0,370 chrVII 296120 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.740;DP=59;Dels=0.00;FS=2.203;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:584,0,498 chrVII 296162 . T C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:515,0,466 chrVII 296534 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.290;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:435,0,520 chrVII 296999 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.910;DP=95;Dels=0.00;FS=2.965;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:95:99:663,0,976 chrVII 298874 . C T 1342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=124;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.241;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:124:99:1372,0,1117 chrVII 299133 . T A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=90;Dels=0.00;FS=1.718;HaplotypeScore=7.2480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:722,0,916 chrVII 299192 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;DP=75;Dels=0.00;FS=2.836;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:422,0,379 chrVII 299216 . A G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.683;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.996;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:279,0,297 chrVII 299249 . G A 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.714;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.597;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:36:99:148,0,248 chrVII 299630 . C G 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.95;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:871,96,0 chrVII 299664 . T C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.622;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:240,0,229 chrVII 299945 . T A 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=19.84;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1382,150,0 chrVII 300190 . G A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.189;DP=48;Dels=0.00;FS=4.397;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.453;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:381,0,501 chrVII 300493 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=78;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.472;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.077;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:622,0,799 chrVII 300598 . C T 1228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.916;DP=134;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,65:134:99:1258,0,1399 chrVII 300752 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=55;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:510,0,487 chrVII 300952 . T C 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=80;Dels=0.00;FS=6.189;HaplotypeScore=5.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.688;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:1431,159,0 chrVII 301018 . T C 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=22.10;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1315,144,0 chrVII 301042 . G A 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=19.77;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1318,141,0 chrVII 301132 . G C 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=21.94;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:64:99:1437,156,0 chrVII 301260 . G A 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=21.70;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:966,99,0 chrVII 301324 . G A 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=21.58;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1263,129,0 chrVII 301394 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.438;DP=73;Dels=0.00;FS=4.723;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:502,0,793 chrVII 301405 . A G 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=21.59;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1544,168,0 chrVII 301525 . T A 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=90;Dels=0.00;FS=2.653;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=20.87;ReadPosRankSum=2.365;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1911,201,0 chrVII 301726 . A T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.383;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:658,0,583 chrVII 301819 . G T 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.51;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1744,180,0 chrVII 301891 . A T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=76;Dels=0.00;FS=1.974;HaplotypeScore=10.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:611,0,558 chrVII 302104 . A G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=19.17;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:953,105,0 chrVII 302319 . A G 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=18.37;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1466,156,0 chrVII 302394 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=69;Dels=0.00;FS=4.707;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:636,0,739 chrVII 302483 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:99:510,0,156 chrVII 302788 . G A 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=21.62;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1114,114,0 chrVII 303055 . C T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=64;Dels=0.00;FS=0.991;HaplotypeScore=6.8815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.870;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:676,0,569 chrVII 303079 . T C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:706,0,664 chrVII 303261 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.740;DP=82;Dels=0.00;FS=2.950;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:606,0,897 chrVII 303497 . T C 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=114;Dels=0.00;FS=3.492;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.112;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:114:99:1005,0,954 chrVII 303645 . T C 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=20.77;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1508,162,0 chrVII 303745 . T A 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.185;DP=96;Dels=0.00;FS=2.910;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.852;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:789,0,944 chrVII 303887 . C T 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.54;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1993,207,0 chrVII 303997 . T C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.445;DP=132;Dels=0.00;FS=4.251;HaplotypeScore=8.0056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,57:132:99:955,0,1644 chrVII 304012 . A G 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=122;Dels=0.00;FS=0.840;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.571;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:122:99:814,0,1359 chrVII 304107 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.765;DP=74;Dels=0.00;FS=29.578;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.878;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:696,0,703 chrVII 304140 . A G 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DP=96;Dels=0.00;FS=23.867;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.303;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:849,0,832 chrVII 304214 . T A 1815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;DP=223;Dels=0.00;FS=4.665;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,96:223:99:1845,0,2615 chrVII 304247 . A G 1635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DP=230;Dels=0.00;FS=0.494;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.159;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.459;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,89:230:99:1665,0,2623 chrVII 304566 . T C 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.576;DP=137;Dels=0.00;FS=5.291;HaplotypeScore=16.9959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.052;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:137:99:899,0,1327 chrVII 304609 . A T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=85;Dels=0.00;FS=2.957;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.148;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:557,0,748 chrVII 304611 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.859;DP=84;Dels=0.00;FS=4.223;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.909;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:553,0,836 chrVII 305050 . G A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;DP=121;Dels=0.00;FS=4.465;HaplotypeScore=22.7076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:121:99:1033,0,928 chrVII 305095 . A G 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.574;DP=110;Dels=0.00;FS=12.384;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:847,0,1303 chrVII 305110 . T C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.169;DP=113;Dels=0.00;FS=7.538;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.104;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,46:113:99:594,0,1404 chrVII 305233 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DP=63;Dels=0.00;FS=6.916;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:480,0,719 chrVII 305542 . A T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=56;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.229;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:445,0,561 chrVII 305553 . A T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=53;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.167;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:455,0,642 chrVII 305644 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.784;DP=48;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:382,0,415 chrVII 305680 . T G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:473,0,726 chrVII 305743 . G A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;DP=69;Dels=0.00;FS=4.707;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=9.84;ReadPosRankSum=2.743;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:709,0,585 chrVII 305802 . G A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.541;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:32:99:274,0,320 chrVII 305941 . T C 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.625;DP=69;Dels=0.00;FS=4.824;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.108;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:465,0,645 chrVII 306050 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.287;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:84:99:524,0,785 chrVII 306133 . A G 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.472;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=11.28;ReadPosRankSum=1.687;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:876,0,575 chrVII 306325 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=79;Dels=0.00;FS=4.416;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:410,0,721 chrVII 306341 . T G 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.719;DP=86;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.675;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:520,0,798 chrVII 306650 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:513,0,627 chrVII 306793 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;DP=86;Dels=0.00;FS=5.892;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:586,0,704 chrVII 307064 . C G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:59:59,0,112 chrVII 307122 . T C 451.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.764;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.846;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:481,0,409 chrVII 307221 . A T 175.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.118;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=4.73;ReadPosRankSum=-2.991;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:205,0,575 chrVII 307499 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.154;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:202,0,475 chrVII 307868 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.570;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:204,0,343 chrVII 308468 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.836;DP=67;Dels=0.00;FS=5.322;HaplotypeScore=2.6420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.729;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:740,0,576 chrVII 309489 . C T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DP=49;Dels=0.00;FS=5.167;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:49:99:490,0,254 chrVII 309574 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=38;Dels=0.00;FS=7.781;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.998;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:318,0,430 chrVII 310038 . A T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:502,0,586 chrVII 310446 . C G 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.690;DP=100;Dels=0.00;FS=4.033;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:100:99:931,0,696 chrVII 310627 . A G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;DP=91;Dels=0.00;FS=11.138;HaplotypeScore=6.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.078;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.084;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:705,0,910 chrVII 310899 . G A 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=102;Dels=0.00;FS=1.656;HaplotypeScore=10.3281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.962;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:102:99:846,0,558 chrVII 311370 . G A 1428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DP=145;Dels=0.00;FS=2.121;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,85:145:99:1458,0,1202 chrVII 311762 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DP=79;Dels=0.00;FS=13.686;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.210;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:697,0,564 chrVII 311795 . A T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=74;Dels=0.00;FS=1.941;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.228;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:660,0,729 chrVII 312743 . T G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.436;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:717,0,1060 chrVII 312838 . T G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=75;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=10.2031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:498,0,717 chrVII 312897 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.313;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.544;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:685,0,777 chrVII 312966 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=91;Dels=0.00;FS=3.943;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=6.59;ReadPosRankSum=-2.389;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:630,0,994 chrVII 313613 . G C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:47:99:405,0,375 chrVII 314032 . A G 2484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.35;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2517,276,0 chrVII 314428 . T C 1204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.717;DP=149;Dels=0.00;FS=6.297;HaplotypeScore=27.3077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,73:149:99:1234,0,1226 chrVII 314597 . A C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DP=37;Dels=0.00;FS=25.935;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.109e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:403,0,373 chrVII 314617 . G A 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.50;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:87:812,87,0 chrVII 314687 . C T 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.224;DP=83;Dels=0.00;FS=4.307;HaplotypeScore=6.1199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:811,0,626 chrVII 315261 . T C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=69;Dels=0.00;FS=1.981;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:719,0,658 chrVII 315457 . A G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.121;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:443,0,585 chrVII 315504 . A G 1660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=24.41;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1693,186,0 chrVII 316175 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=85;Dels=0.00;FS=9.005;HaplotypeScore=11.0552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.981;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:85:99:660,0,830 chrVII 316332 . A G 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;DP=80;Dels=0.00;FS=3.938;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=11.80;ReadPosRankSum=-2.046;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:974,0,737 chrVII 316588 . G A 3182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=21.07;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:151:99:3215,348,0 chrVII 317507 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.957;DP=68;Dels=0.00;FS=4.801;HaplotypeScore=12.1773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.098;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:652,0,484 chrVII 317746 . T C 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.122;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:92:99:751,0,1083 chrVII 318105 . T A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.207;DP=113;Dels=0.00;FS=5.384;HaplotypeScore=17.4349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.986;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:113:99:663,0,1209 chrVII 318591 . A G 1505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.274;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.907;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,85:172:99:1535,0,1673 chrVII 318614 . T C 1657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.082;DP=156;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,85:156:99:1687,0,1358 chrVII 319280 . A G 417.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.467;DP=60;Dels=0.00;FS=102.600;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.622;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.213;SB=-1.366e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:447,0,645 chrVII 319295 . A G 461.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;DP=59;Dels=0.00;FS=83.092;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.530;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.329;SB=-6.246e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:491,0,736 chrVII 319346 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.429;DP=54;Dels=0.00;FS=66.577;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.720;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.910;SB=-7.689e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:733,0,394 chrVII 319883 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.638;DP=50;Dels=0.00;FS=11.368;HaplotypeScore=2.7739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.838;QD=12.12;ReadPosRankSum=2.179;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:636,0,362 chrVII 319966 . A C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.352;DP=73;Dels=0.00;FS=4.522;HaplotypeScore=4.8608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.274;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.539;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:454,0,812 chrVII 319967 . A C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;DP=75;Dels=0.00;FS=3.074;HaplotypeScore=4.8608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.645;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.090;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:439,0,802 chrVII 320181 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=65;Dels=0.00;FS=9.102;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:576,0,628 chrVII 320414 . A G 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.113;DP=91;Dels=0.00;FS=4.011;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.355;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:91:99:661,0,953 chrVII 320657 . G A 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.371;DP=105;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.324;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:105:99:1013,0,855 chrVII 320828 . T C 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.621;DP=74;Dels=0.00;FS=3.722;HaplotypeScore=4.3183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.761;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.922;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:74:99:630,0,701 chrVII 320959 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:77:99:738,0,636 chrVII 321024 . G A 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.538;DP=86;Dels=0.00;FS=5.302;HaplotypeScore=13.3214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:761,0,799 chrVII 321469 . C A 407.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:437,0,192 chrVII 321718 . G C 306.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.748;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:37:99:336,0,404 chrVII 321972 . T A 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=38;Dels=0.00;FS=1.336;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.079;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:308,0,406 chrVII 323883 . G T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=67;Dels=0.00;FS=10.434;HaplotypeScore=4.1674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.891;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:604,0,563 chrVII 323920 . A T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=70;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.339;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.522;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:569,0,627 chrVII 323966 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;DP=46;Dels=0.00;FS=2.692;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-5.221;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:46:99:318,0,458 chrVII 323971 . A T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;DP=50;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-5.329;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.471;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:290,0,512 chrVII 324002 . C G 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=47;Dels=0.00;FS=11.229;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-5.110;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:178,0,579 chrVII 324005 . C G 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=44;Dels=0.00;FS=15.130;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.09;MQ0=0;MQRankSum=-5.428;QD=2.82;ReadPosRankSum=-1.720;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:154,0,559 chrVII 324023 . A T 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;DP=49;Dels=0.00;FS=15.061;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-5.691;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:180,0,642 chrVII 324040 . A T 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=54;Dels=0.00;FS=29.370;HaplotypeScore=30.9283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.923;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.453;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:164,0,732 chrVII 324062 . G A 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=55;Dels=0.00;FS=23.834;HaplotypeScore=4.3133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.563;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:127,0,631 chrVII 324082 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;DP=45;Dels=0.00;FS=11.103;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.289;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:197,0,490 chrVII 324119 . A G 87.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=40;Dels=0.00;FS=13.945;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.330;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:117,0,426 chrVII 324177 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DP=40;Dels=0.00;FS=20.146;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.315;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:226,0,435 chrVII 324248 . T C 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=20.198;HaplotypeScore=9.9608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-5.073;QD=0.55;ReadPosRankSum=-3.059;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,12:60:63:63,0,814 chrVII 324278 . A G 162.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=72;Dels=0.00;FS=12.015;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-6.487;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:72:99:192,0,988 chrVII 324279 . T C 153.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=72;Dels=0.00;FS=14.172;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-6.526;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:72:99:183,0,967 chrVII 324280 . T C 150.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=73;Dels=0.00;FS=14.172;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-6.526;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:73:99:180,0,931 chrVII 324296 . A T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=77;Dels=0.00;FS=6.451;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.310;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:77:99:218,0,1039 chrVII 324307 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.870;DP=79;Dels=0.00;FS=4.430;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-6.118;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.849;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:79:99:261,0,1052 chrVII 324328 . C G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=82;Dels=0.00;FS=1.878;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.405;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.710;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:82:99:258,0,955 chrVII 324359 . C T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-4.525;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:199,0,707 chrVII 324414 . T C 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=16;Dels=0.00;FS=2.933;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.691;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.883;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:48:48,0,252 chrVII 324535 . C A 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.988;DP=43;Dels=0.00;FS=34.055;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-4.611;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:61:61,0,308 chrVII 324620 . A G 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=58;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.285;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:58:66:66,0,635 chrVII 324640 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=71;Dels=0.00;FS=2.074;HaplotypeScore=5.8381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-5.043;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.169;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:71:99:258,0,746 chrVII 324676 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.339;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.972;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:326,0,431 chrVII 324799 . A C 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.554;QD=3.06;ReadPosRankSum=2.400;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:35:99:137,0,523 chrVII 324805 . G A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DP=37;Dels=0.00;FS=1.687;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.464;QD=3.78;ReadPosRankSum=2.679;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:37:99:170,0,507 chrVII 324837 . A C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;DP=43;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.399;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:308,0,426 chrVII 324884 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=48;Dels=0.00;FS=21.115;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=-5.279;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.894;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:303,0,539 chrVII 324905 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DP=43;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.588;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:328,0,477 chrVII 324953 . G A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=-5.224;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.487;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:58:99:315,0,804 chrVII 324957 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=58;Dels=0.00;FS=2.322;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-5.286;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:329,0,771 chrVII 325035 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.660;DP=55;Dels=0.00;FS=2.505;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.406;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:634,0,442 chrVII 325049 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=54;Dels=0.00;FS=4.047;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.302;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.434;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:519,0,438 chrVII 325050 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=54;Dels=0.00;FS=4.047;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.667;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.451;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:502,0,426 chrVII 325096 . T A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;DP=54;Dels=0.00;FS=21.223;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.945;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:280,0,508 chrVII 325115 . A G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DP=56;Dels=0.00;FS=7.121;HaplotypeScore=18.3631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.086;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,16:56:59:59,0,675 chrVII 325136 . C T 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=58;Dels=0.00;FS=12.077;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.254;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:138,0,716 chrVII 325138 . G A 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;DP=63;Dels=0.00;FS=12.077;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.52;MQ0=0;MQRankSum=-6.270;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:63:99:126,0,716 chrVII 325152 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.191;DP=68;Dels=0.00;FS=8.929;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.917;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:68:99:218,0,859 chrVII 325191 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.024;DP=91;Dels=0.00;FS=10.820;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-6.373;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.458;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:307,0,1018 chrVII 325209 . A T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=96;Dels=0.00;FS=5.883;HaplotypeScore=2.6992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-7.019;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:441,0,1026 chrVII 325221 . A T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=102;Dels=0.00;FS=8.884;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-7.320;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.562;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:452,0,1120 chrVII 325246 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DP=109;Dels=0.00;FS=1.646;HaplotypeScore=4.4903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-8.722;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:109:99:360,0,1278 chrVII 325250 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DP=105;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=-8.735;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:375,0,1216 chrVII 325257 . A T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DP=114;Dels=0.00;FS=0.714;HaplotypeScore=116.5273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.11;MQ0=0;MQRankSum=-8.811;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:114:99:387,0,1242 chrVII 325283 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQ0=0;MQRankSum=-9.203;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:115:99:276,0,1185 chrVII 325285 . A T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.517;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-8.858;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:114:99:341,0,1330 chrVII 325306 . G A 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.350;DP=117;Dels=0.00;FS=1.530;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=-8.926;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.052;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:352,0,1141 chrVII 325307 . T A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=115;Dels=0.00;FS=1.529;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.79;MQ0=0;MQRankSum=-8.286;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:115:99:348,0,1121 chrVII 325329 . A T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.098;DP=111;Dels=0.00;FS=6.812;HaplotypeScore=10.1186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.57;MQ0=0;MQRankSum=-6.592;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.688;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,63:111:99:360,0,953 chrVII 325363 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.871;DP=73;Dels=0.00;FS=6.798;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.700;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:486,0,479 chrVII 325559 . A G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.229;DP=110;Dels=0.00;FS=2.427;HaplotypeScore=7.4754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.551;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:110:99:868,0,884 chrVII 325744 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=36;Dels=0.00;FS=5.238;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:343,0,301 chrVII 325752 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=33;Dels=0.00;FS=8.506;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:262,0,311 chrVII 325765 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DP=36;Dels=0.00;FS=10.343;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.450;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.288;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:279,0,249 chrVII 325784 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=38;Dels=0.00;FS=5.439;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.600;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:296,0,255 chrVII 325875 . A G 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=53;Dels=0.00;FS=1.209;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:514,0,542 chrVII 326056 . C A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.686;DP=33;Dels=0.00;FS=2.691;HaplotypeScore=7.0498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:99:381,0,118 chrVII 326290 . C T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=14;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.077;SB=-6.517e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:14:41:41,0,87 chrVII 326437 . C A 171.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.876;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.908;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:201,0,311 chrVII 326922 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DP=85;Dels=0.00;FS=8.924;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.085;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:85:99:765,0,851 chrVII 326974 . G C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.449;DP=84;Dels=0.00;FS=2.988;HaplotypeScore=10.7538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=2.171;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:84:99:550,0,886 chrVII 327045 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=97;Dels=0.00;FS=2.752;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.948;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:97:99:738,0,844 chrVII 327148 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.425;DP=96;Dels=0.00;FS=5.558;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:602,0,906 chrVII 327158 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.061;DP=102;Dels=0.00;FS=5.104;HaplotypeScore=8.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.948;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:102:99:536,0,1012 chrVII 327277 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.979;DP=58;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=4.57;ReadPosRankSum=2.109;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:58:99:295,0,806 chrVII 327346 . C G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:329,0,573 chrVII 327366 . T C 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.954;DP=73;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.347;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:469,0,599 chrVII 327658 . C T 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.021;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,47:110:99:877,0,1206 chrVII 327680 . T G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;DP=115;Dels=0.00;FS=6.138;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.234;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,40:115:99:636,0,1164 chrVII 327683 . G T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.395;DP=114;Dels=0.00;FS=6.090;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,44:114:99:659,0,1296 chrVII 327858 . A G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.501;DP=144;Dels=0.00;FS=21.816;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.852;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,59:144:99:792,0,1616 chrVII 327874 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.917;DP=162;Dels=0.00;FS=10.628;HaplotypeScore=12.2824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=3.99;ReadPosRankSum=2.928;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,51:162:99:677,0,1946 chrVII 327931 . C T 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=162;Dels=0.00;FS=23.059;HaplotypeScore=18.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,54:162:99:735,0,1929 chrVII 328027 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.169;DP=110;Dels=0.00;FS=11.262;HaplotypeScore=6.6594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:110:99:506,0,1257 chrVII 328052 . A G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=91;Dels=0.00;FS=4.283;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=3.20;ReadPosRankSum=2.489;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,28:91:99:321,0,1159 chrVII 328069 . T A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;DP=84;Dels=0.00;FS=6.400;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:366,0,999 chrVII 328120 . A G 404.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;DP=56;Dels=0.00;FS=21.996;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.088;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:434,0,464 chrVII 328175 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=81;Dels=0.00;FS=7.694;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=4.387;QD=10.54;ReadPosRankSum=-2.008;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,53:81:99:884,0,433 chrVII 328195 . C G 351.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.957;DP=80;Dels=0.00;FS=2.522;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.700;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,21:80:99:381,0,904 chrVII 328214 . C T 232.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.861;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-6.054;QD=2.94;ReadPosRankSum=-2.953;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,17:79:99:262,0,1000 chrVII 328219 . C T 78.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-5.859;QD=1.00;ReadPosRankSum=-3.038;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,16:78:99:108,0,967 chrVII 328226 . A T 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=72;Dels=0.00;FS=2.790;HaplotypeScore=7.5222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.220;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.198;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,12:72:99:100,0,911 chrVII 328371 . T C 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;DP=44;Dels=0.00;FS=12.250;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.236;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:134,0,433 chrVII 328382 . C T 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.717;DP=45;Dels=0.00;FS=6.692;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.37;MQ0=0;MQRankSum=-5.402;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.217;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:139,0,464 chrVII 328430 . T A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.550;DP=49;Dels=0.00;FS=4.576;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.46;MQ0=0;MQRankSum=-6.010;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:145,0,629 chrVII 328436 . A T 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;DP=51;Dels=0.00;FS=4.511;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQ0=0;MQRankSum=-6.124;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:205,0,623 chrVII 328520 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=61;Dels=0.00;FS=4.487;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.835;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.097;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:615,0,454 chrVII 328535 . T G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.497;DP=56;Dels=0.00;FS=4.731;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.719;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.522;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,36:56:99:543,0,402 chrVII 328552 . C A 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.554;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.319;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.879;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:352,0,432 chrVII 328565 . T A 110.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.872;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.754;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:140,0,393 chrVII 328570 . C T 112.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.475;DP=59;Dels=0.03;FS=3.361;HaplotypeScore=4.3215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.46;MQ0=0;MQRankSum=-5.749;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:142,0,410 chrVII 328574 . C T 304.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.078;DP=57;Dels=0.00;FS=5.297;HaplotypeScore=4.3762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.32;MQ0=0;MQRankSum=-5.931;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:334,0,416 chrVII 328575 . A G 287.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.662;DP=60;Dels=0.00;FS=2.954;HaplotypeScore=5.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.31;MQ0=0;MQRankSum=-6.274;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:60:99:317,0,453 chrVII 328715 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.354;DP=61;Dels=0.00;FS=11.275;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.365;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:263,0,724 chrVII 328743 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;DP=82;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-5.361;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:82:99:430,0,850 chrVII 328755 . G T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-5.738;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:92:99:451,0,940 chrVII 328779 . C G 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=107;Dels=0.00;FS=2.691;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.106;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.060;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,60:107:99:941,0,936 chrVII 328810 . G A 1526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.101;DP=139;Dels=0.00;FS=10.833;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.879;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,80:139:99:1556,0,1082 chrVII 328846 . T C 2087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.558;DP=207;Dels=0.00;FS=36.387;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.376;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.916;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,114:207:99:2117,0,1882 chrVII 328862 . G C 1914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.148;DP=208;Dels=0.00;FS=41.479;HaplotypeScore=14.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.082;QD=9.20;ReadPosRankSum=2.390;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,111:208:99:1944,0,1764 chrVII 329009 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.712;DP=59;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:353,0,616 chrVII 329109 . A G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.149;DP=146;Dels=0.00;FS=5.152;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.467;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,63:146:99:774,0,1662 chrVII 329301 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.415;DP=92;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=6.73;ReadPosRankSum=2.051;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:92:99:649,0,952 chrVII 329321 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=73;Dels=0.00;FS=7.941;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:619,0,732 chrVII 329347 . T C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;DP=65;Dels=0.00;FS=4.883;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:410,0,656 chrVII 329584 . C A 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.104;DP=101;Dels=0.00;FS=0.744;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.541;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:897,0,801 chrVII 330032 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.545;DP=74;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.348;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:562,0,700 chrVII 330257 . T C 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=75;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.695;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:746,0,669 chrVII 330502 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=57;Dels=0.00;FS=8.279;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.433;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,39:57:99:767,0,272 chrVII 330639 . A C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.514;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:814,0,950 chrVII 330658 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=103;Dels=0.00;FS=4.895;HaplotypeScore=9.7113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:765,0,867 chrVII 330839 . G C 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=43;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.908;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:84:762,84,0 chrVII 330881 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DP=54;Dels=0.00;FS=11.818;HaplotypeScore=12.6076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.243;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:54:99:181,0,678 chrVII 330986 . T A 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=140;Dels=0.00;FS=1.337;HaplotypeScore=10.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=8.94;ReadPosRankSum=2.181;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,66:140:99:1282,0,1223 chrVII 331579 . C G 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=105;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.019;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:105:99:893,0,1016 chrVII 332360 . G A 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.434;DP=120;Dels=0.00;FS=13.174;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,69:120:99:1024,0,848 chrVII 332537 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DP=72;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.901;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:591,0,474 chrVII 332582 . C T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=60;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.769;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.379;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:665,0,471 chrVII 332710 . C T 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.668;DP=123;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:1172,0,1012 chrVII 332753 . C T 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DP=87;Dels=0.00;FS=1.775;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.489;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:830,0,663 chrVII 333068 . T C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;DP=75;Dels=0.00;FS=11.993;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:75:99:545,0,555 chrVII 333218 . G A 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=67;Dels=0.00;FS=18.917;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:750,0,523 chrVII 333509 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.495;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:379,0,847 chrVII 333749 . A G 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.896;DP=64;Dels=0.00;FS=0.969;HaplotypeScore=5.7377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.136;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:762,0,527 chrVII 334169 . T C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.853;DP=83;Dels=0.00;FS=10.183;HaplotypeScore=4.5885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.840;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.984;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:450,0,945 chrVII 334310 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;DP=97;Dels=0.00;FS=2.689;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:97:99:747,0,1083 chrVII 334340 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=96;Dels=0.00;FS=8.476;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.452;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,37:96:99:596,0,1192 chrVII 334364 . C A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;DP=83;Dels=0.00;FS=4.329;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.705;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:468,0,841 chrVII 334584 . T C 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;DP=91;Dels=0.00;FS=3.943;HaplotypeScore=8.8433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.886;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:877,0,728 chrVII 334633 . T C 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.051;DP=118;Dels=0.00;FS=13.729;HaplotypeScore=8.6558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.297;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:118:99:1059,0,1037 chrVII 334704 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.771;DP=113;Dels=0.00;FS=3.645;HaplotypeScore=11.8540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.533;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.235;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:113:99:737,0,1327 chrVII 334808 . A G 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DP=88;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=5.2124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.353;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.776;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,33:88:76:76,0,1031 chrVII 334812 . G A 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.717;DP=87;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=8.7275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.422;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.739;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:87:84:84,0,990 chrVII 334832 . A G 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=85;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.220;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.830;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,32:85:99:127,0,1012 chrVII 334871 . C A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=77;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=3.1346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.479;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.870;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:396,0,674 chrVII 334897 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=58;Dels=0.00;FS=2.475;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:386,0,540 chrVII 334918 . T G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.719;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.934;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:480,0,242 chrVII 334948 . C T 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=50;Dels=0.00;FS=1.269;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:50:99:382,0,320 chrVII 335095 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;DP=93;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=6.3692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.184;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.159;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:665,0,866 chrVII 335140 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=63;Dels=0.00;FS=2.181;HaplotypeScore=6.4974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.676;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.105;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:318,0,658 chrVII 335182 . A G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=52;Dels=0.00;FS=2.402;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.029;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:321,0,515 chrVII 335193 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.387;DP=53;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.029;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.166;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:319,0,502 chrVII 335215 . T G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;DP=48;Dels=0.00;FS=2.577;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.309;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.869;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:257,0,341 chrVII 335348 . A G 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;DP=37;Dels=0.00;FS=7.216;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.356;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:179,0,469 chrVII 335352 . C T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=37;Dels=0.00;FS=7.216;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:148,0,465 chrVII 335555 . A G 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.930;DP=62;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.545;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:62:99:681,0,410 chrVII 335597 . G C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.490;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:73:99:748,0,600 chrVII 335620 . C G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=63;Dels=0.00;FS=3.784;HaplotypeScore=7.4186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:63:99:573,0,549 chrVII 335764 . C T 330.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:360,0,415 chrVII 335765 . C T 330.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=48;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:360,0,426 chrVII 335771 . A G 237.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.656;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.952;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:49:99:267,0,520 chrVII 335798 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=50;Dels=0.00;FS=2.609;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:256,0,464 chrVII 335821 . C T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;DP=46;Dels=0.00;FS=8.981;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.046;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:271,0,448 chrVII 335873 . C T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.884;DP=48;Dels=0.00;FS=17.982;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.161;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:379,0,398 chrVII 335970 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=87;Dels=0.00;FS=12.804;HaplotypeScore=6.4358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.811;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:538,0,773 chrVII 335980 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.677;DP=77;Dels=0.00;FS=14.775;HaplotypeScore=3.9643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.165;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:77:99:541,0,665 chrVII 336244 . C T 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;DP=54;Dels=0.00;FS=10.824;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.737;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,36:54:99:641,0,233 chrVII 336541 . G A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DP=74;Dels=0.00;FS=6.759;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:764,0,708 chrVII 336889 . G A 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=102;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:102:99:976,0,864 chrVII 336959 . A C 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DP=92;Dels=0.00;FS=4.378;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.037;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:758,0,714 chrVII 337363 . T C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.094;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:706,0,1175 chrVII 337507 . A T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.118;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.757;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:397,0,735 chrVII 337618 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.963;DP=93;Dels=0.00;FS=5.422;HaplotypeScore=6.3319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:93:99:476,0,862 chrVII 337619 . A T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=93;Dels=0.00;FS=3.787;HaplotypeScore=6.3319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,35:93:99:454,0,837 chrVII 338014 . T C 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=37;Dels=0.00;FS=3.626;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.485;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:111,0,295 chrVII 338072 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DP=51;Dels=0.00;FS=2.815;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:389,0,437 chrVII 338293 . T C 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.273;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.430;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:74:74,0,408 chrVII 338427 . A G 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:116,0,238 chrVII 338449 . T C 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=42;Dels=0.00;FS=4.701;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.948;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:77:77,0,351 chrVII 338511 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=6.85;ReadPosRankSum=2.050;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:352,0,492 chrVII 338625 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;DP=44;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:340,0,353 chrVII 338951 . T A 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=21.94;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1064,111,0 chrVII 339118 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.970;DP=49;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.170;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:446,0,391 chrVII 339606 . G T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DP=58;Dels=0.00;FS=2.269;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:611,0,397 chrVII 339639 . G A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DP=54;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:423,0,444 chrVII 339750 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.198;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:365,0,355 chrVII 339874 . A C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.760;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:402,0,401 chrVII 340068 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;DP=52;Dels=0.00;FS=2.399;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.064;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:644,0,245 chrVII 340131 . A T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=64;Dels=0.00;FS=2.139;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.042;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:676,0,450 chrVII 340324 . G T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.278;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:538,0,482 chrVII 340644 . C T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.545;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:826,0,842 chrVII 340670 . G C 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=93;Dels=0.00;FS=16.251;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:852,0,701 chrVII 340698 . G A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;DP=92;Dels=0.00;FS=10.401;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.144;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:684,0,728 chrVII 340773 . C T 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.291;DP=113;Dels=0.00;FS=4.362;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.031;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,65:113:99:1166,0,623 chrVII 341281 . G A 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.465;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.602;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,62:124:99:1126,0,963 chrVII 341429 . T G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=55;Dels=0.00;FS=5.623;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:437,0,500 chrVII 341493 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.448;DP=60;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=12.05;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:753,0,395 chrVII 341659 . C A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;DP=69;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.043;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:744,0,366 chrVII 341785 . C T 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:798,0,576 chrVII 341829 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.146;DP=72;Dels=0.00;FS=8.199;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.385;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:722,0,470 chrVII 341959 . T C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=88;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.703;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:88:99:825,0,977 chrVII 342012 . T C 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.171;DP=91;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.964;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:915,0,1010 chrVII 342051 . A G 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;DP=75;Dels=0.00;FS=1.275;HaplotypeScore=4.2468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.811;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.258;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:682,0,771 chrVII 342055 . A C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DP=76;Dels=0.00;FS=2.840;HaplotypeScore=5.0355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.249;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:712,0,713 chrVII 342083 . A G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.388;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:633,0,615 chrVII 342191 . A T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=59;Dels=0.00;FS=2.370;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:371,0,668 chrVII 342332 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;DP=52;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=6.5528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.257;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:396,0,558 chrVII 342398 . C T 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=42;Dels=0.00;FS=5.432;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.802;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:42:99:226,0,382 chrVII 342416 . G A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.738;DP=40;Dels=0.00;FS=5.885;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.590;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:235,0,277 chrVII 342704 . A G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.613;DP=33;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:32:99:204,0,434 chrVII 342962 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:392,0,162 chrVII 343629 . C A 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.524;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:788,0,517 chrVII 343639 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.308;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:597,0,559 chrVII 343914 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;DP=59;Dels=0.00;FS=14.968;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.908;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:552,0,438 chrVII 344216 . A C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.448;DP=97;Dels=0.00;FS=6.035;HaplotypeScore=5.2200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.468;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:97:99:737,0,1290 chrVII 344309 . T G 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=101;Dels=0.00;FS=1.729;HaplotypeScore=9.1216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:824,0,987 chrVII 344394 . T C 1408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.892;DP=165;Dels=0.00;FS=1.390;HaplotypeScore=13.2554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,74:165:99:1438,0,1643 chrVII 344550 . T C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.666;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,40:115:99:554,0,1435 chrVII 344608 . T C 1889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;DP=204;Dels=0.00;FS=13.544;HaplotypeScore=16.9182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.323;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,100:204:99:1919,0,1793 chrVII 344881 . A G 1079.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.609;DP=126;Dels=0.00;FS=3.206;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.998;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,64:126:99:1109,0,967 chrVII 344989 . G A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DP=71;Dels=0.00;FS=2.665;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:482,0,749 chrVII 344998 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DP=78;Dels=0.00;FS=4.209;HaplotypeScore=2.4626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.474;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.315;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:510,0,828 chrVII 345064 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DP=55;Dels=0.00;FS=2.409;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.413;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:526,0,426 chrVII 345331 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DP=34;Dels=0.00;FS=1.741;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.601;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:386,0,242 chrVII 345471 . T C 1263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=155;Dels=0.00;FS=4.903;HaplotypeScore=20.9519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.385;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,75:155:99:1293,0,1176 chrVII 345912 . T C 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.767;DP=198;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.272;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,79:197:99:911,0,2675 chrVII 345925 . T C 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.595;DP=206;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.138;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.896;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,77:205:99:896,0,2782 chrVII 345936 . T C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;DP=209;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=14.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.224;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,81:209:99:955,0,2661 chrVII 346166 . G A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=130;Dels=0.00;FS=15.515;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=7.99;ReadPosRankSum=-2.193;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,59:130:99:1069,0,1365 chrVII 346250 . T C 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.602;DP=120;Dels=0.00;FS=5.781;HaplotypeScore=6.5839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,55:120:99:906,0,1091 chrVII 346294 . A G 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DP=172;Dels=0.00;FS=15.489;HaplotypeScore=27.8277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.382;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,74:172:99:1090,0,1459 chrVII 346793 . C T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=87;Dels=0.00;FS=2.866;HaplotypeScore=6.5930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.842;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:87:99:662,0,844 chrVII 346831 . G A 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=112;Dels=0.00;FS=3.490;HaplotypeScore=7.3726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.477;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1030,0,928 chrVII 346985 . G A 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.675;DP=105;Dels=0.00;FS=7.841;HaplotypeScore=8.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=10.94;ReadPosRankSum=2.319;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,61:105:99:1179,0,619 chrVII 347106 . G A 1258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.118;DP=127;Dels=0.00;FS=1.570;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.083;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:127:99:1288,0,1161 chrVII 347168 . G A 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.524;DP=129;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.512;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,66:128:99:1124,0,1127 chrVII 347223 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=105;Dels=0.00;FS=6.131;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.846;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:105:99:746,0,1058 chrVII 347274 . C T 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=96;Dels=0.00;FS=6.848;HaplotypeScore=4.0258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.548;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:929,0,597 chrVII 347523 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=82;Dels=0.00;FS=1.929;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.283;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:471,0,917 chrVII 347526 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.162;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.264;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.106;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:74:99:439,0,914 chrVII 347562 . C T 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=47;Dels=0.00;FS=6.311;HaplotypeScore=5.0399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.410;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:167,0,492 chrVII 347577 . T C 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=18.64;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:909,99,0 chrVII 347679 . A T 1187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.825;DP=130;Dels=0.00;FS=7.130;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.351;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:130:99:1217,0,1111 chrVII 348496 . C T 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.632;DP=78;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=10.72;ReadPosRankSum=-2.662;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:866,0,655 chrVII 348923 . T G 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.65;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1890,207,0 chrVII 349044 . G A 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=113;Dels=0.00;FS=7.489;HaplotypeScore=19.0716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:113:99:813,0,981 chrVII 349165 . A G 1418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=10.91;ReadPosRankSum=2.973;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,70:130:99:1448,0,949 chrVII 349285 . C T 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.668;DP=124;Dels=0.00;FS=5.749;HaplotypeScore=8.9037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.357;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,55:124:99:1011,0,1397 chrVII 349512 . A G 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.673;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.935;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,68:107:99:1271,0,339 chrVII 349962 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.431;DP=56;Dels=0.00;FS=4.143;HaplotypeScore=2.5220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.749;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:755,0,455 chrVII 350485 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=89;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=45.3997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.520;QD=4.28;ReadPosRankSum=-3.839;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:89:99:411,0,478 chrVII 350521 . T A 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=14.63;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1233,129,0 chrVII 351015 . A G 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.307;DP=81;Dels=0.00;FS=1.960;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.987;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:81:99:830,0,924 chrVII 351063 . T C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=25.22;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1723,186,0 chrVII 351287 . G A 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=81;Dels=0.00;FS=19.743;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.531;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:81:99:907,0,484 chrVII 352026 . A G 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.807;DP=106;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.490;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:106:99:979,0,927 chrVII 352151 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.976;DP=95;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=6.4840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.287;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:95:99:605,0,996 chrVII 352206 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:525,0,1004 chrVII 352268 . T C 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.442;DP=104;Dels=0.00;FS=3.659;HaplotypeScore=8.4407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=10.02;ReadPosRankSum=3.899;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:104:99:1072,0,750 chrVII 352482 . T A 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;DP=101;Dels=0.00;FS=30.579;HaplotypeScore=11.3633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=3.820;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.317;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:799,0,879 chrVII 352556 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=97;Dels=0.00;FS=2.687;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.085;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.849;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:97:99:706,0,1013 chrVII 352563 . A G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=98;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=10.4194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.446;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:756,0,922 chrVII 352599 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.768;DP=74;Dels=0.00;FS=14.482;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:74:99:667,0,611 chrVII 352723 . T C 446.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.288;DP=76;Dels=0.00;FS=2.240;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.555;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.660;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:476,0,415 chrVII 352724 . G A 464.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.449;DP=75;Dels=0.00;FS=2.240;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.573;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.800;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:494,0,398 chrVII 352729 . T C 400.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.368;DP=77;Dels=0.00;FS=2.293;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.124;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:430,0,520 chrVII 352734 . C T 423.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.354;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:453,0,499 chrVII 352740 . A C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.470;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.744;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:501,0,523 chrVII 352838 . T C 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;DP=89;Dels=0.00;FS=8.917;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:680,0,857 chrVII 352844 . G A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=93;Dels=0.00;FS=8.633;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.478;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.219;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:762,0,796 chrVII 353196 . A C 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:110:99:880,0,726 chrVII 353270 . C T 3596.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=24.30;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3596,384,0 chrVII 353297 . G C 2990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=23.18;SB=-1.705e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:3023,324,0 chrVII 353314 . A C 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;DP=116;Dels=0.00;FS=0.686;HaplotypeScore=4.8625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,63:116:99:1051,0,1055 chrVII 353777 . G A 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=20.63;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1498,153,0 chrVII 353852 . G T 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=22.61;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1435,153,0 chrVII 353915 . T C 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=77;Dels=0.00;FS=3.007;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=22.57;ReadPosRankSum=2.386;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1771,195,0 chrVII 353981 . C T 1873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.84;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1906,195,0 chrVII 354039 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DP=71;Dels=0.00;FS=16.643;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.972;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:442,0,949 chrVII 354128 . G T 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=0;QD=20.91;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1204,123,0 chrVII 354140 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=53;Dels=0.00;FS=5.598;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:360,0,572 chrVII 354145 . C T 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.68;MQ0=0;QD=18.00;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1095,120,0 chrVII 354206 . G A 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=20.14;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1302,132,0 chrVII 354230 . G A 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=19.96;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1570,168,0 chrVII 354275 . T C 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=20.92;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1686,183,0 chrVII 354432 . C T 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=16.43;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1167,123,0 chrVII 354732 . T C 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=53;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=18.64;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:99:1021,111,0 chrVII 354740 . G A 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=17.68;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:864,90,0 chrVII 354828 . T C 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.75;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1139,123,0 chrVII 354898 . A G 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.97;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1527,165,0 chrVII 355070 . G A 93.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.236;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:123,0,461 chrVII 355076 . A C 691 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=17.72;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:724,78,0 chrVII 355078 . T C 618 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.66;MQ0=0;QD=16.70;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:651,72,0 chrVII 355088 . T C 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=47;Dels=0.00;FS=2.943;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=13.49;ReadPosRankSum=2.345;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:72:667,72,0 chrVII 355098 . T C 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=13.81;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:75:682,75,0 chrVII 355292 . G A 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.59;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78:775,78,0 chrVII 355706 . C T 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:893,99,0 chrVII 355780 . G C 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.43;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1914,210,0 chrVII 355928 . T C 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.536;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.948;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1028,111,0 chrVII 356350 . C A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DP=32;Dels=0.00;FS=8.426;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:218,0,315 chrVII 356393 . A T 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=24.79;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:727,75,0 chrVII 356914 . A G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DP=79;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:673,0,878 chrVII 357041 . C T 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.32;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:881,90,0 chrVII 357373 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.177;DP=49;Dels=0.00;FS=1.248;HaplotypeScore=6.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.912;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:49:99:527,0,464 chrVII 357841 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;DP=88;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=16.1264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.451;QD=5.26;ReadPosRankSum=2.281;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:88:99:493,0,815 chrVII 357863 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=78;Dels=0.00;FS=6.781;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.922;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:78:99:358,0,810 chrVII 358102 . T C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;DP=51;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.172;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:225,0,554 chrVII 358168 . A T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.800;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:512,0,671 chrVII 358192 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=76;Dels=0.00;FS=1.906;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.54;MQ0=0;MQRankSum=2.899;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.405;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:732,0,626 chrVII 358202 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=85;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.487;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:732,0,605 chrVII 358237 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.138;DP=79;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:445,0,848 chrVII 358264 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DP=90;Dels=0.00;FS=5.581;HaplotypeScore=7.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.210;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:90:99:490,0,759 chrVII 358304 . G A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=100;Dels=0.00;FS=2.604;HaplotypeScore=13.5010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:593,0,1033 chrVII 358378 . A G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;DP=74;Dels=0.00;FS=17.047;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:794,0,597 chrVII 358522 . G A 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=57;Dels=0.00;FS=11.144;HaplotypeScore=2.4203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:327,0,479 chrVII 358537 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.370;DP=64;Dels=0.00;FS=6.454;HaplotypeScore=2.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=1.510;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.121;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:441,0,486 chrVII 358656 . C T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;DP=87;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:87:99:872,0,711 chrVII 358777 . C T 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.792;DP=96;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=6.7135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.384;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:920,0,1013 chrVII 358861 . T G 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.000;DP=87;Dels=0.00;FS=10.298;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.094;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:810,0,1088 chrVII 359313 . T G 1237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.658;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,66:139:99:1267,0,1470 chrVII 360498 . A G 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.012;DP=94;Dels=0.00;FS=3.128;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.185;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:835,0,746 chrVII 360816 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=71;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=2.162;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:495,0,642 chrVII 361547 . A G 2901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=22.84;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:127:99:2934,321,0 chrVII 361611 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:701,0,903 chrVII 362066 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;DP=29;Dels=0.00;FS=4.151;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.264;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:99:267,0,286 chrVII 362150 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=54;Dels=0.00;FS=6.959;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.769;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.129;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:54:99:396,0,627 chrVII 364650 . C G 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=90;Dels=0.00;FS=4.010;HaplotypeScore=4.1445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-8.142;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:600,0,920 chrVII 365023 . G A 1214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.553;DP=123;Dels=0.00;FS=1.461;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,69:123:99:1244,0,987 chrVII 365076 . G A 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.048;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.119;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,73:132:99:1221,0,1067 chrVII 365699 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.095;DP=52;Dels=0.00;FS=8.143;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:526,0,442 chrVII 365727 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.601;DP=54;Dels=0.00;FS=1.179;HaplotypeScore=5.0175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:450,0,562 chrVII 365991 . G A 1343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;DP=86;Dels=0.00;FS=35.837;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.643;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,65:86:99:1373,0,139 chrVII 366235 . G A 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.121;DP=98;Dels=0.00;FS=65.592;HaplotypeScore=10.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=11.20;ReadPosRankSum=-2.852;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,66:98:99:1128,0,469 chrVII 366269 . T C 1051.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.713;DP=92;Dels=0.00;FS=43.533;HaplotypeScore=7.1958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,57:92:99:1081,0,751 chrVII 366621 . C T 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.573;DP=108;Dels=0.00;FS=4.875;HaplotypeScore=9.6742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=2.189;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.017;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:108:99:1047,0,827 chrVII 367258 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=51;Dels=0.00;FS=2.657;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:51:99:589,0,248 chrVII 367741 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=43;Dels=0.00;FS=14.701;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:433,0,309 chrVII 367828 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DP=63;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=10.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.708;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:63:99:659,0,450 chrVII 368041 . T G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=74;Dels=0.00;FS=5.994;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:493,0,949 chrVII 368341 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=47;Dels=0.00;FS=6.714;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:307,0,358 chrVII 369167 . G A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.773;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:84:99:879,0,980 chrVII 369353 . T C 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.736;DP=102;Dels=0.00;FS=5.255;HaplotypeScore=6.3358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.298;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:102:99:840,0,885 chrVII 369363 . C T 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=123;Dels=0.00;FS=15.519;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:123:99:1039,0,1090 chrVII 369600 . A G 1584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.333;DP=129;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=3.4738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.947;QD=12.28;ReadPosRankSum=1.256;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,77:129:99:1614,0,1091 chrVII 369666 . G T 1115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.616;DP=113;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=15.8908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.091;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.062;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,67:113:99:1145,0,649 chrVII 369881 . C A 1872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.873;DP=158;Dels=0.00;FS=5.969;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,94:158:99:1902,0,1159 chrVII 369922 . G A 1283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=124;Dels=0.00;FS=1.653;HaplotypeScore=7.9719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.083;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:124:99:1313,0,1104 chrVII 370317 . C T 1175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.382;DP=125;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=7.2836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.141;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,72:125:99:1205,0,972 chrVII 370641 . G T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DP=91;Dels=0.00;FS=6.928;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:776,0,856 chrVII 370647 . A G 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=89;Dels=0.00;FS=4.120;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.423;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:801,0,887 chrVII 370737 . C G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DP=65;Dels=0.00;FS=8.410;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.112;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:525,0,247 chrVII 371244 . C T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.450;DP=57;Dels=0.00;FS=2.297;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.281;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:407,0,412 chrVII 371263 . G A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DP=53;Dels=0.00;FS=5.559;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:280,0,411 chrVII 371265 . A G 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;DP=58;Dels=0.00;FS=5.668;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.151;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:58:99:277,0,468 chrVII 371335 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DP=60;Dels=0.00;FS=10.682;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:416,0,678 chrVII 371489 . T G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=45;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:358,0,403 chrVII 371528 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=59;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=2.401;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:379,0,604 chrVII 371640 . T C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.649;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:515,0,474 chrVII 371877 . A G 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.177;DP=95;Dels=0.00;FS=1.713;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.124;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,37:95:99:588,0,1214 chrVII 371937 . A G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.464;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:651,0,1066 chrVII 372033 . G C 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;DP=75;Dels=0.00;FS=3.154;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:631,0,735 chrVII 372223 . T G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:421,0,500 chrVII 372293 . G A 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;DP=78;Dels=0.00;FS=6.849;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:735,0,442 chrVII 372417 . G A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.338;DP=71;Dels=0.00;FS=3.668;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:71:99:704,0,623 chrVII 372605 . A T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:296,0,402 chrVII 372717 . G A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=64;Dels=0.00;FS=5.235;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:719,0,412 chrVII 372926 . A C 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;DP=36;Dels=0.00;FS=1.501;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.451;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:193,0,417 chrVII 373258 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.331;DP=63;Dels=0.00;FS=4.441;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.093;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:473,0,768 chrVII 373471 . A T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:524,0,377 chrVII 373531 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;DP=70;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:395,0,695 chrVII 373580 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.486;DP=89;Dels=0.00;FS=4.094;HaplotypeScore=5.2012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.119;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.038;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:89:99:532,0,989 chrVII 373624 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.430;DP=80;Dels=0.00;FS=6.507;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:80:99:678,0,858 chrVII 373646 . C T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DP=71;Dels=0.00;FS=5.249;HaplotypeScore=4.2415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.065;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:527,0,738 chrVII 373713 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=48;Dels=0.02;FS=6.115;HaplotypeScore=4.1100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:430,0,364 chrVII 373766 . C T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=87;Dels=0.00;FS=36.658;HaplotypeScore=7.7289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:717,0,576 chrVII 373781 . A G 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=83;Dels=0.00;FS=28.064;HaplotypeScore=6.1249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:740,0,563 chrVII 373940 . C G 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;DP=138;Dels=0.00;FS=6.616;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.903;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,70:138:99:1106,0,1222 chrVII 373957 . A T 1243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DP=147;Dels=0.00;FS=2.153;HaplotypeScore=8.2821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,79:147:99:1273,0,1201 chrVII 373958 . C T 1217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.824;DP=149;Dels=0.00;FS=3.023;HaplotypeScore=7.4155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.321;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.092;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,80:149:99:1247,0,1253 chrVII 374354 . A G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DP=87;Dels=0.00;FS=5.934;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.191;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:491,0,835 chrVII 374582 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.417;DP=74;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=12.8931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:74:99:735,0,483 chrVII 374962 . C G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:521,0,313 chrVII 374973 . G A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:441,0,293 chrVII 375001 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=29;Dels=0.00;FS=1.735;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,21:29:99:407,0,142 chrVII 375036 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:223,0,255 chrVII 375227 . A T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=5.70;ReadPosRankSum=-2.053;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:275,0,374 chrVII 375494 . G T 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:1065,0,777 chrVII 375538 . G C 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;DP=102;Dels=0.00;FS=9.560;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:102:99:1017,0,913 chrVII 376112 . T A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;DP=99;Dels=0.00;FS=4.190;HaplotypeScore=5.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.778;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.235;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:893,0,888 chrVII 376235 . C T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=83;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=5.8568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:809,0,775 chrVII 376314 . G A 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.115;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:695,0,528 chrVII 376364 . A G 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;DP=91;Dels=0.00;FS=0.813;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.234;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:948,0,769 chrVII 376705 . G A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.996;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.413;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:106:99:990,0,935 chrVII 376883 . A T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=56;Dels=0.00;FS=15.018;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.699;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:612,0,466 chrVII 377024 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;DP=66;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.043;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:592,0,554 chrVII 377048 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.903;DP=65;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=5.0701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:556,0,536 chrVII 377049 . C T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.095;DP=67;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=3.4927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.101;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.094;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:551,0,595 chrVII 377277 . A G 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DP=79;Dels=0.00;FS=14.072;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.365;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:767,0,530 chrVII 377766 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=88;Dels=0.00;FS=5.668;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.303;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.308;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:88:99:556,0,989 chrVII 378078 . C A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.210;DP=64;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:281,0,657 chrVII 379743 . A G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=85;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=8.62;ReadPosRankSum=-2.799;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:763,0,476 chrVII 380141 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.708;DP=64;Dels=0.00;FS=6.640;HaplotypeScore=3.1291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.491;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:587,0,474 chrVII 380177 . A T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DP=64;Dels=0.00;FS=2.813;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:465,0,577 chrVII 380323 . G A 1327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.293;DP=116;Dels=0.00;FS=16.547;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,68:116:99:1357,0,877 chrVII 380368 . T C 1260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.415;DP=124;Dels=0.00;FS=2.482;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,70:124:99:1290,0,1192 chrVII 380930 . A G 1153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.731;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.659;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,61:107:99:1183,0,845 chrVII 381313 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=87;Dels=0.00;FS=5.830;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:700,0,653 chrVII 381438 . A G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=84;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=7.44;ReadPosRankSum=2.350;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:655,0,754 chrVII 381441 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DP=83;Dels=0.00;FS=1.851;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.545;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:607,0,754 chrVII 381517 . C G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.824;DP=115;Dels=0.00;FS=1.847;HaplotypeScore=16.3434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.792;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,44:115:99:658,0,1405 chrVII 381897 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DP=80;Dels=0.00;FS=4.673;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.737;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:522,0,709 chrVII 382144 . A C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=75;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:681,0,706 chrVII 382210 . A G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.213;DP=81;Dels=0.00;FS=4.407;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:81:99:750,0,776 chrVII 382476 . A G 2487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2520,270,0 chrVII 382993 . G A 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=90;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:1009,0,777 chrVII 383010 . G A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.828;DP=84;Dels=0.00;FS=1.956;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:815,0,710 chrVII 383348 . T C 1263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.559;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1296,141,0 chrVII 383402 . A C 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=20.90;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:93:848,93,0 chrVII 383465 . C T 2788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=25.58;ReadPosRankSum=1.315;SB=-1.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:2821,291,0 chrVII 383573 . G T 1930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1963,201,0 chrVII 383584 . T C 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=18.55;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1665,180,0 chrVII 383893 . A G 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=6.20;ReadPosRankSum=2.463;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:346,0,340 chrVII 383977 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.520;DP=40;Dels=0.00;FS=7.257;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.008;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:177,0,417 chrVII 384196 . C A 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:111,0,182 chrVII 384239 . T C 430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=18.70;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:463,51,0 chrVII 384425 . T C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;DP=21;Dels=0.00;FS=7.384;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:154,0,135 chrVII 384641 . C A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=25;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.626;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:188,0,191 chrVII 384678 . G A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.521;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:190,0,169 chrVII 385178 . T A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.395;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:312,0,199 chrVII 385194 . C T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:29:99:285,0,203 chrVII 385288 . A T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=36;Dels=0.00;FS=1.365;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.190;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.328;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:250,0,319 chrVII 385495 . A C 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.23;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.929;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:156,0,335 chrVII 385519 . T C 328.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=31;Dels=0.00;FS=21.206;HaplotypeScore=2.9794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.93;MQ0=0;MQRankSum=2.659;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,26:31:77:358,0,77 chrVII 385522 . G T 234.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=31;Dels=0.00;FS=21.206;HaplotypeScore=2.9794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.93;MQ0=0;MQRankSum=2.659;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.907;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,26:31:86:264,0,86 chrVII 385525 . A G 207.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=26;Dels=0.00;FS=15.836;HaplotypeScore=2.9794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.02;MQ0=0;MQRankSum=2.187;QD=7.96;ReadPosRankSum=-2.483;SB=-6.502e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,21:26:66:237,0,66 chrVII 385531 . C T 164.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;DP=24;Dels=0.00;FS=19.638;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.44;MQ0=0;MQRankSum=2.275;QD=6.83;ReadPosRankSum=-3.057;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,19:24:99:194,0,99 chrVII 385534 . C T 152.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=23;Dels=0.00;FS=23.395;HaplotypeScore=1.9092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.83;MQ0=0;MQRankSum=1.645;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.925;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,17:23:97:182,0,97 chrVII 385540 . A G 146.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=22;Dels=0.00;FS=18.182;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.24;MQ0=0;MQRankSum=2.175;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,16:22:99:176,0,106 chrVII 385542 . T C 143.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=23;Dels=0.00;FS=21.256;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.43;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:173,0,122 chrVII 385555 . C A 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=27;Dels=0.00;FS=17.975;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.66;MQ0=0;MQRankSum=3.004;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,21:27:99:255,0,110 chrVII 385570 . T C 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;DP=23;Dels=0.00;FS=21.256;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.04;MQ0=0;MQRankSum=3.317;QD=5.87;ReadPosRankSum=2.199;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,18:23:99:165,0,101 chrVII 385619 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=25;Dels=0.00;FS=3.965;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:217,0,147 chrVII 385714 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=28;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:433,0,99 chrVII 386494 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:419,0,166 chrVII 386539 . T C 698 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=13.96;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:78:731,78,0 chrVII 386548 . C A 716 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.94;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=14.32;ReadPosRankSum=1.109;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:81:749,81,0 chrVII 386549 . A C 709 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.94;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.109;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:81:742,81,0 chrVII 386557 . A C 715 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=13.75;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:81:748,81,0 chrVII 386563 . T C 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=14.48;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:78:699,78,0 chrVII 386581 . G A 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.75;MQ0=0;QD=17.15;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72:702,72,0 chrVII 386593 . C T 386 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.49;MQ0=0;QD=10.72;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:45:419,45,0 chrVII 386596 . C T 302 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.28;MQ0=0;QD=10.41;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:39:335,39,0 chrVII 386599 . C T 404 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=14.43;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:437,45,0 chrVII 386608 . G A 350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=0;QD=10.94;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:42:383,42,0 chrVII 386978 . C G 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.02;MQ0=0;QD=14.17;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:42:373,42,0 chrVII 386979 . G C 352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.02;MQ0=0;QD=14.67;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:42:385,42,0 chrVII 387205 . C A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=52;Dels=0.00;FS=1.111;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.702;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:248,0,549 chrVII 387637 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.404;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:43:99:452,0,337 chrVII 387793 . T C 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.943;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:253,0,198 chrVII 387970 . T A 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:154,0,213 chrVII 387977 . T C 405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=17.61;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:438,48,0 chrVII 388177 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DP=29;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.458;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:273,0,266 chrVII 388315 . T C 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.567;DP=45;Dels=0.00;FS=11.658;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.048;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:235,0,608 chrVII 388381 . C A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=46;Dels=0.00;FS=5.131;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:378,0,510 chrVII 388573 . A G 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=83;Dels=0.00;FS=25.284;HaplotypeScore=4.6810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.379;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,52:83:99:1123,0,388 chrVII 388627 . C T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.138;DP=70;Dels=0.00;FS=6.416;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=10.41;ReadPosRankSum=-2.246;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:759,0,449 chrVII 389105 . G A 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=23.58;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2320,237,0 chrVII 389155 . T C 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;DP=111;Dels=0.00;FS=0.716;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.268;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:889,0,1052 chrVII 389336 . C T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.405;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,58:149:99:972,0,1775 chrVII 389368 . G C 1458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DP=139;Dels=0.00;FS=0.639;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,77:139:99:1488,0,1122 chrVII 389472 . A C 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DP=91;Dels=0.00;FS=6.913;HaplotypeScore=11.1575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:776,0,830 chrVII 389508 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;DP=80;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.373;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:467,0,1039 chrVII 389529 . C A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=7.21;ReadPosRankSum=-2.561;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:484,0,770 chrVII 389751 . A G 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.073;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:113:99:1102,0,855 chrVII 389891 . C T 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.807;DP=85;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.159;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:85:99:953,0,592 chrVII 389935 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.937;DP=71;Dels=0.00;FS=3.319;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:71:99:732,0,563 chrVII 390234 . T A 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.403;DP=118;Dels=0.00;FS=2.434;HaplotypeScore=12.7768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.108;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:118:99:1192,0,735 chrVII 390274 . A T 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;DP=97;Dels=0.00;FS=7.450;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:97:99:1028,0,960 chrVII 390472 . C G 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=23.11;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1997,219,0 chrVII 390484 . A T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.319;DP=88;Dels=0.00;FS=5.438;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.900;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:690,0,829 chrVII 390686 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=57;Dels=0.00;FS=9.903;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.530;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:466,0,373 chrVII 390921 . T C 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.39;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2115,228,0 chrVII 391138 . G T 2735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=25.80;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2768,285,0 chrVII 391186 . T C 2341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=104;Dels=0.00;FS=3.316;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=22.51;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2374,261,0 chrVII 391249 . G A 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.68;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1738,177,0 chrVII 391279 . A G 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=16.29;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:90:831,90,0 chrVII 391406 . T C 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.76;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1382,147,0 chrVII 392010 . G A 2388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=21.51;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2421,267,0 chrVII 392315 . T C 2488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.39;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:122:99:2521,273,0 chrVII 394511 . T A 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;QD=18.47;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1049,108,0 chrVII 394661 . A G 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=18.33;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1939,207,0 chrVII 395021 . G C 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.16;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1217,138,0 chrVII 395241 . C G 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=24.51;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1087,117,0 chrVII 395381 . A G 2737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.392;DP=133;Dels=0.00;FS=5.247;HaplotypeScore=14.3423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=2.104;QD=20.58;ReadPosRankSum=3.392;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:133:99:2770,300,0 chrVII 395698 . T C 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=21.28;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1757,192,0 chrVII 395734 . T C 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=17.77;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:66:99:1206,138,0 chrVII 395752 . G C 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=16.67;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:93:850,93,0 chrVII 395788 . A G 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=17.89;ReadPosRankSum=1.676;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1142,123,0 chrVII 395803 . G A 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=17.65;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1392,150,0 chrVII 395815 . A G 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.682;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1400,150,0 chrVII 395869 . G A 283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=3.63;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:36:316,36,0 chrVII 395882 . C T 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=17.64;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1515,156,0 chrVII 396018 . T C 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=24.03;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1643,177,0 chrVII 396062 . T C 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=19.83;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:985,111,0 chrVII 396092 . C T 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=15.91;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:75:717,75,0 chrVII 396110 . A G 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.76;MQ0=0;QD=14.73;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:81:740,81,0 chrVII 396170 . T C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=19.18;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1088,117,0 chrVII 396232 . T C 1760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1793,195,0 chrVII 396235 . C T 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=20.51;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1838,189,0 chrVII 396269 . A G 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.323;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=17.36;ReadPosRankSum=2.387;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1387,150,0 chrVII 396578 . G A 992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=20.24;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1025,105,0 chrVII 396581 . C T 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=20.83;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:991,102,0 chrVII 397325 . T C 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.69;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:662,72,0 chrVII 397448 . T A 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=53;Dels=0.00;FS=3.458;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=19.30;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1056,111,0 chrVII 397692 . A G 405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.58;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:48:438,48,0 chrVII 397937 . A G 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=22.69;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1054,114,0 chrVII 398706 . G A 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=21.34;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1164,117,0 chrVII 399014 . T C 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=16.07;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:917,102,0 chrVII 399032 . G A 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:87:767,87,0 chrVII 399494 . T C 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.43;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1019,111,0 chrVII 399537 . T A 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=19.70;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:72:683,72,0 chrVII 400162 . T C 874 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.84;MQ0=0;QD=17.14;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:907,102,0 chrVII 400432 . A G 275 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=21.15;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33:308,33,0 chrVII 400495 . C T 320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=18.82;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:36:353,36,0 chrVII 401117 . A G 1685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.55;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1718,180,0 chrVII 401528 . T C 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=24.30;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1904,204,0 chrVII 401617 . G T 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.12;MQ0=0;QD=18.59;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:795,81,0 chrVII 401621 . T G 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.40;MQ0=0;QD=15.62;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66:611,66,0 chrVII 401919 . G A 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=13.42;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:87:825,87,0 chrVII 402035 . T A 53.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=27;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.98;MQ0=15;MQRankSum=1.448;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-3.091e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,11:27:9:86,9,0 chrVII 402042 . A G 50.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=27;Dels=0.00;FS=9.031;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.31;MQ0=19;MQRankSum=0.747;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,7:27:9:83,9,0 chrVII 402043 . T C 50.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=28;Dels=0.00;FS=9.031;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.05;MQ0=20;MQRankSum=0.747;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,7:28:9:83,9,0 chrVII 402046 . G A 48.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=28;Dels=0.00;FS=9.031;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.05;MQ0=20;MQRankSum=0.747;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,7:28:9:81,9,0 chrVII 402048 . T G 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=29;Dels=0.00;FS=9.031;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.81;MQ0=21;MQRankSum=0.747;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,7:29:6:57,6,0 chrVII 402056 . G A 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=27;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.94;MQ0=21;MQRankSum=0.736;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,5:27:6:57,6,0 chrVII 402057 . C T 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=27;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.94;MQ0=21;MQRankSum=0.736;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,5:27:6:57,6,0 chrVII 402058 . T A 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=27;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.94;MQ0=21;MQRankSum=0.736;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,5:27:6:57,6,0 chrVII 402248 . C A 21.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=12;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.41;MQ0=3;MQRankSum=1.666;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-2.027e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:16:51,0,16 chrVII 402262 . C A 19.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=15;Dels=0.00;FS=10.792;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.94;MQ0=6;MQRankSum=1.203;QD=1.27;ReadPosRankSum=-2.054;SB=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:16:49,0,16 chrVII 402268 . T C 17.15 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=15;Dels=0.00;FS=10.792;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.94;MQ0=6;MQRankSum=2.054;QD=1.14;ReadPosRankSum=-2.054;SB=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:16:47,0,16 chrVII 402269 . C A 15.19 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=15;Dels=0.00;FS=10.792;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.94;MQ0=6;MQRankSum=1.422;QD=1.01;ReadPosRankSum=-2.054;SB=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:16:45,0,16 chrVII 402273 . A G 18.13 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=16;Dels=0.00;FS=8.751;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.57;MQ0=6;MQRankSum=2.072;QD=1.13;ReadPosRankSum=-2.383;SB=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:16:48,0,16 chrVII 402421 . T A 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.26;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:59,6,0 chrVII 402469 . G A 78.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.93;MQ0=0;QD=13.09;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:111,12,0 chrVII 402508 . A T 26.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.89;MQ0=0;QD=8.92;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:58,6,0 chrVII 403700 . T C 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.56;MQ0=1;QD=2.53;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:54,6,0 chrVII 403770 . T C 186.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.83;MQ0=9;QD=8.86;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:24:219,24,0 chrVII 404050 . G A 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DP=19;Dels=0.00;FS=7.474;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.45;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.531;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:93:184,0,93 chrVII 404288 . G A 109.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.821;DP=18;Dels=0.00;FS=25.407;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.56;MQ0=0;MQRankSum=3.510;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.224e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:18:15:142,15,0 chrVII 404404 . G A 197.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.84;MQ0=8;QD=9.85;SB=-3.661e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:24:230,24,0 chrVII 405296 . T A 605 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.824;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.82;MQ0=5;MQRankSum=-0.154;QD=12.87;ReadPosRankSum=2.824;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:47:66:638,66,0 chrVII 405315 . T C 751 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=7;QD=15.33;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:84:784,84,0 chrVII 405345 . G A 367 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=6;QD=9.41;SB=-7.067e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:39:42:400,42,0 chrVII 405346 . G A 363 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.42;MQ0=6;QD=9.55;SB=-7.067e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:42:396,42,0 chrVII 405349 . G T 315 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.42;MQ0=6;QD=8.29;SB=-8.701e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:36:348,36,0 chrVII 405432 . C T 1568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=24.89;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1601,165,0 chrVII 405433 . T A 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=21.08;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1361,159,0 chrVII 405802 . A G 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=22.79;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1651,180,0 chrVII 406015 . C G 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.65;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2111,225,0 chrVII 406378 . C T 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=24.03;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1475,156,0 chrVII 407124 . G A 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=20.84;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1638,168,0 chrVII 408078 . G A 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.029;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:980,105,0 chrVII 408180 . T C 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.95;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1541,165,0 chrVII 408490 . G A 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.58;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1495,156,0 chrVII 408708 . G A 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=17.30;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:950,105,0 chrVII 408709 . A C 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:947,102,0 chrVII 408767 . G A 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=17.42;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:991,102,0 chrVII 408864 . G A 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=17.02;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:96:918,96,0 chrVII 408942 . C T 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.36;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1151,120,0 chrVII 409104 . T C 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=19.36;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1098,120,0 chrVII 410420 . C T 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=19.88;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1584,162,0 chrVII 410531 . G A 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=17.36;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:606,66,0 chrVII 410597 . G A 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=24.74;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:973,99,0 chrVII 410720 . G A 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=20.66;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:756,78,0 chrVII 410750 . A G 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=18.16;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:850,96,0 chrVII 411540 . C A 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;DP=61;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:667,0,534 chrVII 411573 . G A 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.59;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1307,138,0 chrVII 411935 . G T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DP=55;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=2.8427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=1.960;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.280;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:540,0,433 chrVII 412277 . C T 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=17.38;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1041,111,0 chrVII 412387 . T G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;DP=48;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:504,0,457 chrVII 412400 . C T 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=20.49;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:955,99,0 chrVII 412411 . C T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;DP=37;Dels=0.00;FS=7.182;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:356,0,300 chrVII 412477 . C T 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.748;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:723,0,335 chrVII 412619 . A C 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=18.53;ReadPosRankSum=1.653;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1664,183,0 chrVII 412625 . T C 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=38.6765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=18.49;ReadPosRankSum=1.694;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1734,192,0 chrVII 412672 . T C 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.891;DP=95;Dels=0.01;FS=9.835;HaplotypeScore=17.9413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.254;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:669,0,942 chrVII 412771 . G C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.118;DP=81;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:716,0,942 chrVII 412810 . A G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.465;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:625,0,732 chrVII 412828 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.838;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:85:99:652,0,747 chrVII 412850 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.088;DP=65;Dels=0.00;FS=4.848;HaplotypeScore=8.0392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.553;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:490,0,487 chrVII 412864 . T A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=58;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:380,0,505 chrVII 412886 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=56;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=23.8070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.659;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:334,0,567 chrVII 412932 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:413,0,325 chrVII 413016 . T C 294.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;DP=47;Dels=0.00;FS=9.938;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=2.584;QD=6.26;ReadPosRankSum=-2.188;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:324,0,364 chrVII 413051 . T C 304.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=52;Dels=0.00;FS=3.096;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.510;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:334,0,322 chrVII 413167 . T C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.632;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.204;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:568,0,570 chrVII 413312 . C T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.222;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:800,0,716 chrVII 413440 . C T 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=35;Dels=0.00;FS=3.775;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.817;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.117;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:286,0,378 chrVII 413728 . C G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=74;Dels=0.00;FS=6.239;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=9.09;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:74:99:703,0,481 chrVII 413797 . C T 442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=17.00;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:48:475,48,0 chrVII 414206 . C G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=62;Dels=0.00;FS=12.215;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:497,0,500 chrVII 414265 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;DP=58;Dels=0.00;FS=4.280;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.428;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:415,0,536 chrVII 414479 . C T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DP=30;Dels=0.00;FS=15.964;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:241,0,371 chrVII 414518 . C T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=40;Dels=0.00;FS=9.548;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:359,0,322 chrVII 414527 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=40;Dels=0.00;FS=6.647;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.598;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:348,0,351 chrVII 414653 . G A 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.97;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:768,81,0 chrVII 414724 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=63;Dels=0.00;FS=8.969;HaplotypeScore=5.1800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:512,0,441 chrVII 414752 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DP=50;Dels=0.00;FS=5.768;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:396,0,353 chrVII 414872 . C T 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=13.09;ReadPosRankSum=1.758;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,41:56:99:763,0,186 chrVII 415124 . A G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;DP=77;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=2.583;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:727,0,738 chrVII 415307 . G A 1684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.16;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1717,177,0 chrVII 415371 . G T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:627,0,474 chrVII 415592 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.737;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:400,0,653 chrVII 415922 . T C 3064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=129;Dels=0.00;FS=2.699;HaplotypeScore=7.1734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=23.75;ReadPosRankSum=2.411;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:129:99:3097,336,0 chrVII 416624 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=43;Dels=0.00;FS=6.825;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.430;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:334,0,382 chrVII 416947 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=60;Dels=0.00;FS=2.791;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.694;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:525,0,519 chrVII 416956 . G A 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=19.60;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1248,129,0 chrVII 417018 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.591;DP=100;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:784,0,354 chrVII 417308 . A G 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=18.43;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1268,135,0 chrVII 417363 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=64;Dels=0.00;FS=5.014;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:484,0,591 chrVII 417671 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;DP=52;Dels=0.00;FS=2.357;HaplotypeScore=5.7166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:388,0,621 chrVII 418253 . G A 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=25.76;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2094,219,0 chrVII 418271 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.637;DP=85;Dels=0.00;FS=5.602;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:755,0,795 chrVII 418292 . A T 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=23.53;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2386,246,0 chrVII 418458 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=65;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=5.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.453;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:643,0,570 chrVII 418502 . A G 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=21.19;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1686,183,0 chrVII 419249 . C G 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;DP=91;Dels=0.00;FS=2.078;HaplotypeScore=5.0668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.999;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1018,0,816 chrVII 419557 . C T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.864;DP=110;Dels=0.00;FS=7.677;HaplotypeScore=8.8722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.269;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:110:99:972,0,935 chrVII 420166 . G A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.910;DP=83;Dels=0.00;FS=2.936;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.124;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:975,0,483 chrVII 420882 . C T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=51;Dels=0.02;FS=4.373;HaplotypeScore=12.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.572;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:400,0,359 chrVII 420974 . T C 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;DP=72;Dels=0.00;FS=2.043;HaplotypeScore=6.4017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.972;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:557,0,532 chrVII 421027 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.498;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:433,0,541 chrVII 421036 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=67;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.026;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:513,0,522 chrVII 421238 . G T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.024;DP=106;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.036;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.604;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:105:99:834,0,873 chrVII 421243 . A G 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.826;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.256;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:907,0,878 chrVII 421272 . A G 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.549;DP=92;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:92:99:795,0,769 chrVII 421299 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.762;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:419,0,523 chrVII 421310 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;DP=64;Dels=0.00;FS=1.293;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.683;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:552,0,521 chrVII 421321 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.021;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.038;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:636,0,456 chrVII 421465 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.488;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:555,0,764 chrVII 421471 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.522;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:480,0,959 chrVII 421478 . T G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=87;Dels=0.00;FS=2.894;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:490,0,898 chrVII 421678 . C T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.537;DP=91;Dels=0.00;FS=2.854;HaplotypeScore=44.3105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:782,0,898 chrVII 421865 . A G 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DP=68;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=2.771;QD=6.40;ReadPosRankSum=-2.574;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:465,0,538 chrVII 421889 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.496;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=2.494;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.931;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:365,0,469 chrVII 421943 . A G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;DP=48;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:364,0,315 chrVII 422059 . T G 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=57;Dels=0.00;FS=14.201;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:662,0,338 chrVII 422141 . A T 327.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.550;DP=110;Dels=0.00;FS=115.405;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.599;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.817;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,30:110:99:357,0,806 chrVII 422142 . T G 282.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=112;Dels=0.00;FS=125.301;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.617;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.737;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,29:112:99:312,0,966 chrVII 422202 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=57;Dels=0.00;FS=20.627;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.399;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:705,0,398 chrVII 422207 . G A 386.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=54;Dels=0.00;FS=14.477;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:416,0,671 chrVII 422236 . G T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=42;Dels=0.00;FS=8.955;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=14.43;ReadPosRankSum=-1.360;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,29:42:99:636,0,225 chrVII 422330 . T G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.928;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:312,0,416 chrVII 422386 . C T 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;QD=17.68;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:758,81,0 chrVII 422434 . A G 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:78:700,78,0 chrVII 422440 . G C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=49;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:227,0,379 chrVII 422454 . C G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=60;Dels=0.00;FS=5.500;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=2.391;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:418,0,397 chrVII 422564 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DP=67;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.585;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:603,0,548 chrVII 422588 . T C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=80;Dels=0.00;FS=4.319;HaplotypeScore=6.5050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:80:99:589,0,696 chrVII 422613 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=88;Dels=0.00;FS=1.807;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.715;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:88:99:436,0,778 chrVII 422776 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=48;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.794;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:455,0,504 chrVII 422836 . T A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=58;Dels=0.00;FS=2.274;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.303;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:519,0,576 chrVII 422866 . T A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=75;Dels=0.00;FS=4.563;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=2.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:767,0,663 chrVII 422918 . C G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;DP=92;Dels=0.00;FS=5.698;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.820;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:92:99:654,0,1091 chrVII 422951 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;DP=108;Dels=0.00;FS=3.935;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:600,0,1232 chrVII 423035 . T C 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;DP=113;Dels=0.00;FS=10.703;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.854;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.006;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:113:99:928,0,969 chrVII 423215 . T C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.183;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:554,0,867 chrVII 423339 . C T 1314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.288;DP=111;Dels=0.00;FS=3.517;HaplotypeScore=5.7386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.214;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,63:111:99:1344,0,849 chrVII 423472 . A C 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;DP=105;Dels=0.00;FS=4.824;HaplotypeScore=10.4109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.093;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:105:99:843,0,1121 chrVII 423778 . C A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:409,0,286 chrVII 423906 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=51;Dels=0.00;FS=8.916;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:51:99:703,0,161 chrVII 423934 . C A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=50;Dels=0.00;FS=2.809;HaplotypeScore=8.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.273;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,35:50:99:615,0,166 chrVII 424042 . A G 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;DP=28;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:127,0,348 chrVII 424327 . A T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;DP=41;Dels=0.00;FS=4.533;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.183;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:349,0,357 chrVII 424338 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DP=45;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.379;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.945;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:344,0,353 chrVII 424620 . C T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:43:99:393,0,346 chrVII 424652 . A C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.984;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:416,0,343 chrVII 424942 . A T 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=23.15;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1746,186,0 chrVII 425130 . A T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.148;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:1029,0,1091 chrVII 425181 . C T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=43;Dels=0.00;FS=4.651;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.385;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:593,0,230 chrVII 425227 . G C 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=88;Dels=0.00;FS=3.629;HaplotypeScore=5.2251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:924,0,608 chrVII 425325 . T A 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.650;DP=116;Dels=0.00;FS=10.182;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:116:99:992,0,1110 chrVII 425340 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DP=97;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.250;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:734,0,912 chrVII 425446 . A C 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.46;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1020,111,0 chrVII 425497 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DP=37;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.689;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:388,0,366 chrVII 426119 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;DP=69;Dels=0.00;FS=3.845;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.062;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:579,0,475 chrVII 426136 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DP=79;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.270;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:615,0,591 chrVII 426211 . T C 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.753;DP=125;Dels=0.00;FS=7.248;HaplotypeScore=10.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.096;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,59:125:99:1128,0,1241 chrVII 426538 . G T 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.018;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:123:99:1028,0,780 chrVII 426675 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;DP=71;Dels=0.00;FS=2.023;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:650,0,663 chrVII 426969 . G T 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=101;Dels=0.00;FS=1.852;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.815;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:873,0,944 chrVII 427248 . A G 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.275;DP=110;Dels=0.00;FS=15.507;HaplotypeScore=6.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.969;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:701,0,1191 chrVII 427447 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;DP=72;Dels=0.00;FS=4.377;HaplotypeScore=7.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.568;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:72:99:396,0,681 chrVII 427600 . A G 1875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.331;DP=98;Dels=0.00;FS=13.846;HaplotypeScore=11.0439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=19.13;ReadPosRankSum=3.367;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:98:99:1908,210,0 chrVII 427741 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.021;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:79:99:584,0,476 chrVII 428022 . C T 1146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=10.42;ReadPosRankSum=-1.855;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:110:99:1176,0,839 chrVII 428076 . A G 643.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=8.04;ReadPosRankSum=3.550;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:673,0,305 chrVII 428441 . T C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:17:60:60,0,314 chrVII 428542 . C G 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.27;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:1102,120,0 chrVII 428698 . A T 728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=25.10;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78:761,78,0 chrVII 428728 . T A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.204;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:335,0,354 chrVII 428729 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=39;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:345,0,365 chrVII 428940 . C T 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.451;DP=73;Dels=0.00;FS=15.080;HaplotypeScore=9.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:792,0,497 chrVII 429150 . G C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DP=53;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:369,0,548 chrVII 429467 . A T 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.973;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.478;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:892,0,505 chrVII 429706 . A C 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=198;Dels=0.00;FS=4.703;HaplotypeScore=12.9272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.888;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,69:198:99:1087,0,2312 chrVII 429786 . A G 1559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.557;DP=233;Dels=0.00;FS=11.467;HaplotypeScore=69.9527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,104:233:99:1589,0,2873 chrVII 429811 . T C 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.622;DP=203;Dels=0.00;FS=9.125;HaplotypeScore=15.2183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=5.10;ReadPosRankSum=-2.050;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,93:203:99:1065,0,2316 chrVII 429832 . G A 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DP=185;Dels=0.01;FS=10.407;HaplotypeScore=30.2661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,86:183:99:969,0,2078 chrVII 429941 . T C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=141;Dels=0.00;FS=14.518;HaplotypeScore=8.3466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.867;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,46:141:99:583,0,1979 chrVII 430401 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DP=59;Dels=0.00;FS=7.160;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.358;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:549,0,499 chrVII 430509 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.506;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.372;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:692,0,607 chrVII 430559 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;DP=63;Dels=0.00;FS=6.388;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:597,0,676 chrVII 430810 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.969;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.462;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:82:99:556,0,828 chrVII 430867 . G A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DP=83;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=40.4934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:546,0,783 chrVII 430953 . A C 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DP=105;Dels=0.00;FS=0.750;HaplotypeScore=11.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.869;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,61:105:99:1095,0,724 chrVII 431116 . T C 2009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=23.64;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2042,222,0 chrVII 431146 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;DP=59;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:439,0,587 chrVII 431168 . G C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=59;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.782;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:492,0,462 chrVII 431474 . A G 159.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:189,0,174 chrVII 431867 . A G 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=20.27;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:945,102,0 chrVII 432654 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=45;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.124;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:459,0,296 chrVII 432913 . C A 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;DP=28;Dels=0.00;FS=6.262;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:173,0,279 chrVII 432925 . A T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.781;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:178,0,269 chrVII 432934 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.750;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:181,0,223 chrVII 433234 . A G 429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=39;Dels=0.00;FS=2.823;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=11.00;ReadPosRankSum=2.321;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:39:51:462,51,0 chrVII 433416 . T A 127.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DP=17;Dels=0.00;FS=6.864;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.261;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:157,0,130 chrVII 433556 . C T 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.278;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:57:57,0,134 chrVII 433865 . A T 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=27;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=9.0435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.126;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:216,0,127 chrVII 433976 . A T 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=21;Dels=0.00;FS=16.767;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=4.33;ReadPosRankSum=2.096;SB=-9.750e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:121,0,286 chrVII 434030 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=21;Dels=0.00;FS=5.684;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.317;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:85:300,0,85 chrVII 434259 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;DP=52;Dels=0.00;FS=13.888;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.152;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:644,0,356 chrVII 434327 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=47;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.268;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:47:99:178,0,540 chrVII 434361 . T C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;DP=49;Dels=0.00;FS=4.341;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:305,0,552 chrVII 434380 . G T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.793;DP=54;Dels=0.00;FS=2.470;HaplotypeScore=5.1870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.105;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.604;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:54:99:270,0,559 chrVII 434403 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=65;Dels=0.00;FS=6.598;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.020;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:411,0,567 chrVII 434442 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DP=77;Dels=0.00;FS=4.619;HaplotypeScore=31.3741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.773;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:378,0,844 chrVII 434447 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.528;DP=80;Dels=0.00;FS=4.481;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.504;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:383,0,834 chrVII 434505 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.754;DP=75;Dels=0.01;FS=4.832;HaplotypeScore=14.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=-6.035;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:74:99:317,0,876 chrVII 434580 . G A 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.430;DP=62;Dels=0.00;FS=2.262;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.495;QD=1.00;ReadPosRankSum=-2.405;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:92:92,0,508 chrVII 434630 . A G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.110;DP=85;Dels=0.00;FS=5.686;HaplotypeScore=4.4114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=-6.796;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.524;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:85:99:279,0,763 chrVII 434654 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.301;DP=72;Dels=0.00;FS=10.034;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-6.295;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.706;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:373,0,666 chrVII 434679 . C A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=65;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQ0=0;MQRankSum=-6.902;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.543;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:194,0,719 chrVII 434704 . T C 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=61;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=7.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-6.562;QD=1.03;ReadPosRankSum=2.281;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:93:93,0,740 chrVII 434720 . A C 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-6.100;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.505;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:72:72,0,847 chrVII 434752 . C G 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;DP=58;Dels=0.00;FS=6.627;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.164;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:58:80:80,0,693 chrVII 434758 . C A 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=53;Dels=0.00;FS=1.268;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.151;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.993;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:53:97:97,0,724 chrVII 434905 . G A 1167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.246;DP=118;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:118:99:1197,0,1120 chrVII 435041 . G C 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=98;Dels=0.00;FS=16.235;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.175;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.487;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:841,0,810 chrVII 435053 . C A 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.344;DP=111;Dels=0.00;FS=7.451;HaplotypeScore=8.0955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.403;QD=7.97;ReadPosRankSum=2.009;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:111:99:915,0,825 chrVII 435054 . A G 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;DP=112;Dels=0.00;FS=10.593;HaplotypeScore=8.9276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.725;QD=7.71;ReadPosRankSum=2.363;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:112:99:894,0,882 chrVII 435126 . T C 1600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.228;DP=160;Dels=0.00;FS=2.791;HaplotypeScore=7.4915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.528;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,87:160:99:1630,0,1259 chrVII 435215 . A C 1293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=117;Dels=0.00;FS=12.869;HaplotypeScore=5.1375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,66:117:99:1323,0,793 chrVII 435314 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=54;Dels=0.00;FS=3.998;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.401;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:510,0,453 chrVII 435340 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;DP=55;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:466,0,482 chrVII 435410 . G A 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.425;DP=116;Dels=0.00;FS=2.891;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.622;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,77:116:99:1202,0,639 chrVII 435457 . C T 1112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;DP=128;Dels=0.00;FS=1.684;HaplotypeScore=14.9302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,83:128:99:1142,0,652 chrVII 435514 . T C 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.122;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,60:107:99:1032,0,528 chrVII 435545 . A G 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,57:94:99:1040,0,580 chrVII 435577 . T C 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;DP=94;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=9.8212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.284;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,56:94:99:926,0,578 chrVII 435609 . G A 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.187;DP=84;Dels=0.00;FS=6.010;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.323;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,53:84:99:989,0,578 chrVII 435682 . T C 723.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.924;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:753,0,388 chrVII 435691 . T C 651.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.205;DP=63;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:681,0,469 chrVII 435692 . T C 658.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.800;DP=63;Dels=0.00;FS=2.194;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.510;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:688,0,473 chrVII 435931 . T C 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.866;DP=101;Dels=0.00;FS=0.763;HaplotypeScore=6.0051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:1201,0,622 chrVII 436038 . C T 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.716;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=9.15;ReadPosRankSum=-2.281;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:835,0,762 chrVII 436123 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.235;DP=64;Dels=0.00;FS=0.985;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:734,0,500 chrVII 436337 . G A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;DP=78;Dels=0.00;FS=5.008;HaplotypeScore=14.4772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:867,0,562 chrVII 436601 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DP=75;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:543,0,627 chrVII 436605 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=73;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.636;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:407,0,653 chrVII 436628 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=76;Dels=0.00;FS=11.906;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=6.41;ReadPosRankSum=2.347;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:517,0,666 chrVII 436774 . T C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=79;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=8.2020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.126;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:545,0,801 chrVII 436994 . G A 1422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DP=133;Dels=0.00;FS=2.223;HaplotypeScore=11.1346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,77:133:99:1452,0,842 chrVII 437195 . A C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:470,0,352 chrVII 437304 . G A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DP=99;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.156;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1020,0,882 chrVII 437336 . T C 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;DP=109;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:109:99:980,0,832 chrVII 437348 . A G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.496;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:702,0,825 chrVII 437349 . G A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.964;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.658;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:715,0,793 chrVII 438009 . G T 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=93;Dels=0.00;FS=7.443;HaplotypeScore=10.8678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.396;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:780,0,953 chrVII 438031 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DP=74;Dels=0.00;FS=5.351;HaplotypeScore=8.6469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:525,0,838 chrVII 438069 . A T 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:155,0,568 chrVII 438333 . G T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.695;DP=102;Dels=0.00;FS=3.733;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:102:99:733,0,968 chrVII 438567 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.692;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.305;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:227,0,360 chrVII 438674 . A G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;DP=71;Dels=0.00;FS=4.786;HaplotypeScore=5.7924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.826;QD=8.28;ReadPosRankSum=2.464;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:618,0,309 chrVII 438728 . A T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.322;DP=94;Dels=0.00;FS=5.527;HaplotypeScore=12.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:415,0,719 chrVII 438750 . C A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.132;DP=97;Dels=0.00;FS=2.718;HaplotypeScore=9.5017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:97:99:697,0,780 chrVII 438803 . T A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.412;DP=89;Dels=0.01;FS=14.152;HaplotypeScore=4.4222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:616,0,888 chrVII 438997 . G A 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.890;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.887;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,54:90:99:1099,0,612 chrVII 439216 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;DP=70;Dels=0.00;FS=10.551;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.858;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:486,0,880 chrVII 439277 . C T 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.168;DP=83;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:83:99:1169,0,579 chrVII 439789 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;DP=68;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:533,0,726 chrVII 439864 . A T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=43;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.633;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:231,0,461 chrVII 440586 . T C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;DP=76;Dels=0.00;FS=23.634;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-5.697;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.627;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:76:99:722,0,746 chrVII 440605 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.403;DP=63;Dels=0.00;FS=43.997;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.946;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:623,0,657 chrVII 440621 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;DP=53;Dels=0.00;FS=62.075;HaplotypeScore=15.3298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-6.200;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:488,0,597 chrVII 440626 . C T 285.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=46;Dels=0.00;FS=54.840;HaplotypeScore=16.8524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.555;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-6.502e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:315,0,584 chrVII 440636 . A T 205.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=45;Dels=0.00;FS=71.711;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.398;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.990;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:235,0,602 chrVII 440671 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DP=34;Dels=0.00;FS=40.329;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.760;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:61:61,0,520 chrVII 440674 . T A 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=31;Dels=0.00;FS=39.014;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.709;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:31:40:40,0,539 chrVII 440683 . C A 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DP=31;Dels=0.00;FS=35.212;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.425;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:31:40:40,0,506 chrVII 440693 . T A 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=20.88;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:722,78,0 chrVII 440784 . C G 416.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;DP=55;Dels=0.00;FS=41.644;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=1;MQRankSum=0.270;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.227;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:446,0,522 chrVII 440972 . A T 248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.021;DP=73;Dels=0.00;FS=15.360;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=3.40;ReadPosRankSum=3.876;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:73:36:281,36,0 chrVII 440974 . T A 248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.082;DP=74;Dels=0.00;FS=19.107;HaplotypeScore=16.5210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=3.35;ReadPosRankSum=3.694;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:36:281,36,0 chrVII 440984 . T C 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.776;DP=83;Dels=0.00;FS=8.137;HaplotypeScore=14.6773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.014;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,28:83:99:291,0,994 chrVII 441041 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.119;DP=81;Dels=0.00;FS=2.309;HaplotypeScore=4.8065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.148;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:408,0,993 chrVII 441353 . G A 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=19.91;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1785,195,0 chrVII 441458 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;DP=98;Dels=0.00;FS=2.898;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,39:98:99:524,0,1076 chrVII 441493 . T G 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=21.27;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1820,198,0 chrVII 442082 . A G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.780;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:374,0,356 chrVII 442175 . A C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;DP=40;Dels=0.00;FS=6.693;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=14.88;ReadPosRankSum=1.281;SB=-1.789e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,33:40:93:625,0,93 chrVII 442184 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=40;Dels=0.00;FS=5.634;HaplotypeScore=3.1597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.302;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:40:99:541,0,135 chrVII 442196 . G A 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=39;Dels=0.00;FS=1.756;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.576;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,6:39:80:80,0,587 chrVII 442299 . C G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=38;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:368,0,292 chrVII 442339 . A G 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=19.20;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:513,57,0 chrVII 442464 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DP=52;Dels=0.00;FS=5.881;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:413,0,409 chrVII 442935 . C T 3182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=21.94;SB=-1.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:145:99:3215,354,0 chrVII 442968 . A T 1676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;DP=146;Dels=0.00;FS=3.980;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,81:146:99:1706,0,1356 chrVII 442998 . T C 1495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.259;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.919;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,79:149:99:1525,0,1390 chrVII 443007 . G A 3528.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.626e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:3528,384,0 chrVII 443095 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=68;Dels=0.00;FS=3.770;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:527,0,484 chrVII 443161 . C T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=58;Dels=0.00;FS=1.022;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:291,0,673 chrVII 443525 . T A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DP=67;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=4.2243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.781;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:586,0,525 chrVII 443602 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.546;DP=82;Dels=0.00;FS=1.818;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.759;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:534,0,910 chrVII 443639 . G T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=72;Dels=0.00;FS=8.488;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.742;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:645,0,534 chrVII 443945 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=68;Dels=0.00;FS=10.982;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.389;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.520;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:577,0,463 chrVII 443969 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.663;DP=69;Dels=0.00;FS=20.937;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.859;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:458,0,484 chrVII 443972 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.470;DP=68;Dels=0.00;FS=18.454;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.886;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:68:99:457,0,471 chrVII 444070 . C A 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DP=90;Dels=0.00;FS=4.149;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.608;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:90:99:958,0,761 chrVII 444107 . C A 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=98;Dels=0.00;FS=5.356;HaplotypeScore=7.8554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:813,0,856 chrVII 444185 . G C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:74:99:672,0,520 chrVII 444190 . C T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.344;DP=73;Dels=0.00;FS=1.916;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:644,0,452 chrVII 444466 . T C 2776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:2809,300,0 chrVII 445967 . C T 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;DP=67;Dels=0.00;FS=7.937;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,22:67:99:287,0,987 chrVII 446000 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.727;DP=69;Dels=0.00;FS=4.969;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:578,0,745 chrVII 446059 . T C 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.557;DP=92;Dels=0.00;FS=5.426;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.369;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:964,0,638 chrVII 446068 . C T 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.338;DP=88;Dels=0.00;FS=2.899;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,54:88:99:1008,0,607 chrVII 446205 . G A 2100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=20.19;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2133,219,0 chrVII 446220 . A T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;DP=107;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=15.9998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.768;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:741,0,684 chrVII 446231 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.701;DP=96;Dels=0.00;FS=4.272;HaplotypeScore=11.4089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.019;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:96:99:512,0,885 chrVII 446320 . A G 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.955;DP=117;Dels=0.00;FS=15.710;HaplotypeScore=11.2355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.126;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:117:99:908,0,1179 chrVII 446369 . G A 1308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=127;Dels=0.00;FS=0.670;HaplotypeScore=6.0138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.266;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,74:127:99:1338,0,917 chrVII 446399 . C T 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=111;Dels=0.00;FS=1.598;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.873;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,62:111:99:1067,0,891 chrVII 446904 . A G 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.705;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:77:77,0,246 chrVII 447151 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.028;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:26:61:323,0,61 chrVII 447761 . G C 1085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=19.73;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1118,123,0 chrVII 447953 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.692;DP=37;Dels=0.00;FS=5.701;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:375,0,378 chrVII 448106 . T C 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=20.35;ReadPosRankSum=1.452;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:84:786,84,0 chrVII 448446 . T C 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.212;DP=97;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:978,0,1011 chrVII 448538 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=63;Dels=0.00;FS=2.195;HaplotypeScore=2.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:727,0,499 chrVII 448899 . T C 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.616;DP=90;Dels=0.00;FS=1.245;HaplotypeScore=55.2922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=0.63;ReadPosRankSum=-5.262;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,23:90:87:87,0,1072 chrVII 449504 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=24;Dels=0.00;FS=1.973;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.968;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:294,0,160 chrVII 449525 . C T 390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=15.60;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:48:423,48,0 chrVII 449549 . T C 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=21;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:148,0,187 chrVII 449637 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;DP=37;Dels=0.00;FS=1.378;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.441;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:314,0,302 chrVII 449763 . A G 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;DP=22;Dels=0.00;FS=7.282;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.082;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.604;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:143,0,291 chrVII 449772 . G T 209.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=19;Dels=0.00;FS=7.701;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=3.169;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.479;SB=-8.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:239,0,144 chrVII 449774 . A G 115.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DP=19;Dels=0.00;FS=7.701;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.662;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:145,0,244 chrVII 449776 . C T 122.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=19;Dels=0.00;FS=7.701;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.747;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:152,0,222 chrVII 449791 . T C 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=16;Dels=0.00;FS=8.383;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:92:92,0,169 chrVII 449829 . C T 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.749;DP=22;Dels=0.00;FS=5.617;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:74:156,0,74 chrVII 449895 . G A 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:187,0,129 chrVII 449999 . T C 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:63:65,0,63 chrVII 450372 . C G 454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.89;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:51:487,51,0 chrVII 450587 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=37;Dels=0.00;FS=3.169;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:283,0,211 chrVII 450623 . C G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;DP=41;Dels=0.00;FS=4.442;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.726;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:212,0,383 chrVII 450626 . G A 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.680;DP=37;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:212,0,393 chrVII 450653 . G A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=42;Dels=0.00;FS=6.647;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:247,0,391 chrVII 450770 . A G 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=21.56;ReadPosRankSum=1.529;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:84:766,84,0 chrVII 450890 . C T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=40;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=6.4415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:341,0,275 chrVII 450908 . G C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=27;Dels=0.00;FS=6.239;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:27:99:246,0,140 chrVII 451307 . A G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=27;Dels=0.00;FS=3.488;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:322,0,130 chrVII 451596 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=41;Dels=0.00;FS=6.803;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:368,0,367 chrVII 451682 . C T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=27;Dels=0.00;FS=13.493;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.540;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:27:99:199,0,303 chrVII 451690 . C T 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DP=27;Dels=0.00;FS=12.411;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:281,0,177 chrVII 451829 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:255,0,209 chrVII 451921 . T C 385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=11.67;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:45:418,45,0 chrVII 452296 . A C 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.65;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:648,69,0 chrVII 452571 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;DP=49;Dels=0.00;FS=4.055;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.472;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:352,0,427 chrVII 452691 . C T 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=21;Dels=0.00;FS=10.942;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:113,0,183 chrVII 452776 . G A 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=23;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.147;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:152,0,222 chrVII 452796 . C T 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:173,0,218 chrVII 453255 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.531;DP=35;Dels=0.00;FS=6.054;HaplotypeScore=5.0404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=10.60;ReadPosRankSum=-2.341;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:35:99:401,0,142 chrVII 454129 . C T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=2.070;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.631;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:192,0,549 chrVII 454604 . A T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DP=45;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.894;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:355,0,341 chrVII 455013 . G A 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.23;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1187,123,0 chrVII 456180 . T C 2952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.626;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.359;SB=-1.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:133:99:2985,301,0 chrVII 456426 . C T 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=78;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.699;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:693,0,743 chrVII 456589 . A T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=89;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:581,0,900 chrVII 456674 . C T 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.610;DP=119;Dels=0.00;FS=2.716;HaplotypeScore=9.7156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,65:119:99:1198,0,989 chrVII 456812 . G A 3172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=24.59;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:129:99:3205,328,0 chrVII 457022 . G A 1233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.877;DP=133;Dels=0.00;FS=23.858;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,75:133:99:1263,0,1108 chrVII 457145 . G A 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.006;DP=166;Dels=0.00;FS=8.809;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=5.19;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,61:166:99:891,0,2126 chrVII 457418 . G A 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.183;DP=102;Dels=0.00;FS=1.740;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,36:102:99:642,0,1316 chrVII 457592 . A G 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;DP=106;Dels=0.00;FS=0.762;HaplotypeScore=12.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.302;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,47:106:99:685,0,932 chrVII 457631 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DP=105;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=11.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,42:105:99:646,0,1113 chrVII 457688 . C G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.349;DP=86;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:638,0,731 chrVII 457721 . G A 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=17.61;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1512,159,0 chrVII 458024 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.963;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:367,0,182 chrVII 458281 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:242,0,384 chrVII 458368 . G A 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.701;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:272,0,294 chrVII 458896 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:371,0,435 chrVII 459164 . C T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;DP=66;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:632,0,744 chrVII 459352 . G A 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.179;DP=145;Dels=0.00;FS=2.508;HaplotypeScore=9.5833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,74:145:99:1031,0,1096 chrVII 459355 . A G 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;DP=141;Dels=0.00;FS=1.511;HaplotypeScore=8.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.433;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,72:141:99:1008,0,1151 chrVII 459382 . T G 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.152;DP=133;Dels=0.00;FS=3.379;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.741;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:133:99:1027,0,1210 chrVII 459620 . G A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DP=24;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:230,0,201 chrVII 459691 . G C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.730;DP=81;Dels=0.01;FS=4.447;HaplotypeScore=13.3759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.920;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:448,0,766 chrVII 459766 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.283;DP=124;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=9.5101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=-7.307;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.645;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:387,0,964 chrVII 459767 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.865;DP=124;Dels=0.00;FS=4.353;HaplotypeScore=9.5101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=-6.814;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.247;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,62:124:99:349,0,992 chrVII 459799 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;DP=115;Dels=0.00;FS=1.504;HaplotypeScore=11.7937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.690;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.079;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:115:99:546,0,957 chrVII 459867 . T A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=63;Dels=0.00;FS=3.747;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:485,0,542 chrVII 459980 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:387,0,314 chrVII 460066 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.522;DP=71;Dels=0.00;FS=6.943;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.992;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:480,0,777 chrVII 460330 . T C 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=19.51;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1028,111,0 chrVII 460477 . A G 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;DP=28;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:247,0,245 chrVII 460703 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;DP=51;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=4.0939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:409,0,378 chrVII 460726 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=47;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:287,0,428 chrVII 460786 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:598,0,340 chrVII 460823 . C A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DP=50;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=12.56;ReadPosRankSum=1.524;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,35:50:99:658,0,262 chrVII 460947 . A G 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.423;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:153,0,385 chrVII 461071 . T C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;DP=86;Dels=0.00;FS=4.524;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:747,0,888 chrVII 461146 . A G 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=70;Dels=0.00;FS=9.798;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=22.66;ReadPosRankSum=2.380;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1619,177,0 chrVII 461375 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.488;DP=87;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.050;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,32:87:99:370,0,1032 chrVII 461612 . T C 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.399;DP=125;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=11.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.483;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:125:99:990,0,1405 chrVII 461695 . T C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.410;DP=95;Dels=0.00;FS=2.870;HaplotypeScore=4.2176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.430;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,35:95:99:545,0,1165 chrVII 461875 . G A 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=25.02;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1559,162,0 chrVII 462190 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=73;Dels=0.00;FS=3.703;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.836;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.101;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:73:99:537,0,651 chrVII 462196 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=70;Dels=0.00;FS=3.578;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.124;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:588,0,504 chrVII 462465 . G A 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=124;Dels=0.00;FS=1.457;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,61:124:99:1077,0,1219 chrVII 462744 . C T 1292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.361;DP=125;Dels=0.01;FS=5.535;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.438;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:1322,0,1208 chrVII 463027 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;DP=66;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=5.0765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:443,0,693 chrVII 463073 . A G 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.748;DP=76;Dels=0.00;FS=1.958;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.667;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:767,0,762 chrVII 463348 . A G 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.678;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.711;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:828,0,619 chrVII 463372 . C A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=75;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.565;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:797,0,527 chrVII 463981 . A G 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.163;DP=124;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:124:99:1101,0,1236 chrVII 464215 . T C 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=88;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=8.4554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:850,0,652 chrVII 464366 . C T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.538;DP=133;Dels=0.00;FS=1.584;HaplotypeScore=14.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.125;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:133:99:849,0,1261 chrVII 464965 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.428;DP=97;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=6.5557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.200;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:97:99:523,0,1033 chrVII 464972 . T C 1880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=19.38;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1913,207,0 chrVII 465091 . T C 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.623;DP=79;Dels=0.00;FS=5.209;HaplotypeScore=2.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.027;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:717,0,871 chrVII 465118 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DP=76;Dels=0.00;FS=1.065;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=8.57;ReadPosRankSum=-2.334;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:681,0,808 chrVII 465145 . G T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=53;Dels=0.00;FS=1.582;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.596;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:357,0,703 chrVII 465428 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;DP=73;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.006;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:807,0,452 chrVII 465447 . T A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.356;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:359,0,635 chrVII 465488 . G A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.580;DP=28;Dels=0.00;FS=4.295;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.902;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:254,0,239 chrVII 465503 . A T 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.244;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:187,0,281 chrVII 465534 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.054;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:255,0,297 chrVII 465790 . C T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DP=32;Dels=0.00;FS=9.138;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.302;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:252,0,244 chrVII 465905 . G A 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.336;DP=71;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.355;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:827,0,577 chrVII 466029 . A T 2232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2265,234,0 chrVII 466092 . T C 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=20.10;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1038,114,0 chrVII 466230 . G A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.699;DP=85;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:762,0,908 chrVII 466268 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.386;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:444,0,579 chrVII 466305 . C T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=8.00;ReadPosRankSum=-2.395;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:48:99:414,0,398 chrVII 466371 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.105;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.136;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:49:99:346,0,516 chrVII 466404 . T C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=47;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:290,0,434 chrVII 466974 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=77;Dels=0.00;FS=10.117;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.631;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:515,0,773 chrVII 467277 . A T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:402,0,850 chrVII 467379 . G A 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=70;Dels=0.00;FS=4.104;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.365;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,46:70:99:878,0,407 chrVII 467387 . T C 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=21.30;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:61:99:1332,147,0 chrVII 467451 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:329,0,466 chrVII 467473 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;DP=52;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=3.4224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.179;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:296,0,463 chrVII 468372 . G A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=66;Dels=0.00;FS=3.385;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.036;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:560,0,659 chrVII 468710 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.671;DP=97;Dels=0.00;FS=4.053;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:97:99:639,0,912 chrVII 469734 . A T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=58;Dels=0.00;FS=2.209;HaplotypeScore=7.9256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:476,0,554 chrVII 470028 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.724;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:579,0,817 chrVII 470055 . C T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.485;DP=62;Dels=0.00;FS=2.205;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:580,0,604 chrVII 470316 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.202;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:715,0,515 chrVII 470499 . G A 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.500;DP=64;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.908;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:638,0,523 chrVII 470529 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:71:99:643,0,561 chrVII 471171 . A G 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=72;Dels=0.00;FS=10.402;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:565,0,654 chrVII 471172 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.253;DP=73;Dels=0.00;FS=6.566;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:73:99:703,0,582 chrVII 471870 . G A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.777;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:35:99:218,0,282 chrVII 472019 . T C 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=24.87;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:1028,114,0 chrVII 472038 . G A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.93;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:891,99,0 chrVII 472176 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.20;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1146,123,0 chrVII 472215 . A G 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=24.56;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:991,108,0 chrVII 472246 . G C 521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=20.84;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:554,60,0 chrVII 472372 . C A 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.70;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1174,132,0 chrVII 472609 . A G 638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=16.79;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:671,72,0 chrVII 472821 . G C 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=20.59;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:75:99:1577,171,0 chrVII 473079 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:406,0,531 chrVII 473495 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=66;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:651,0,579 chrVII 473502 . T C 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=23.98;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1568,165,0 chrVII 473949 . A T 1684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=17.91;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1717,177,0 chrVII 473951 . G T 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=94;Dels=0.00;FS=8.823;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=17.55;ReadPosRankSum=2.370;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:94:99:1683,174,0 chrVII 474296 . A G 4381.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=209;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.715;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.715;SB=-2.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,201:209:99:4381,477,0 chrVII 474400 . C T 3693.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=24.95;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:148:99:3693,373,0 chrVII 474600 . G A 3377.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.45;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3377,349,0 chrVII 474708 . T C 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=19.89;ReadPosRankSum=1.690;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:1704,186,0 chrVII 474714 . G A 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=18.70;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1529,168,0 chrVII 474798 . C T 1735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.41;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1768,192,0 chrVII 474965 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.581;DP=56;Dels=0.00;FS=9.215;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.401;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:488,0,508 chrVII 475074 . C T 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=21.01;ReadPosRankSum=1.545;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1609,171,0 chrVII 475388 . T C 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=21.20;ReadPosRankSum=1.617;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1305,141,0 chrVII 475390 . A T 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=21.38;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1316,135,0 chrVII 475414 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.447;DP=81;Dels=0.00;FS=3.030;HaplotypeScore=8.0785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=2.211;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.907;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:606,0,681 chrVII 475766 . G A 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=23.85;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2203,231,0 chrVII 475858 . C T 2285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=23.56;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2318,243,0 chrVII 476186 . A G 1722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.198;DP=189;Dels=0.00;FS=21.213;HaplotypeScore=18.2121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=9.11;ReadPosRankSum=2.922;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,93:189:99:1752,0,1882 chrVII 476814 . C T 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=16.92;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:845,87,0 chrVII 476820 . A G 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=16.65;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84:799,84,0 chrVII 477384 . T C 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.79;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:927,102,0 chrVII 477678 . G T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DP=65;Dels=0.00;FS=10.067;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:602,0,543 chrVII 477857 . C T 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DP=21;Dels=0.00;FS=11.974;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=5.57;ReadPosRankSum=2.570;SB=-1.035e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:147,0,101 chrVII 478085 . C T 1247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.496;DP=134;Dels=0.00;FS=0.682;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,67:134:99:1277,0,1107 chrVII 478308 . A G,T 823.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.05;MQ0=0;QD=18.70;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,24,20:44:99:883,440,383,444,0,393 chrVII 478509 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=56;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:422,0,627 chrVII 478785 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.452;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:87:99:992,0,547 chrVII 478940 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.705;DP=68;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.772;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:640,0,669 chrVII 479125 . C A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;DP=56;Dels=0.00;FS=14.065;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:379,0,477 chrVII 479241 . A G 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=27;Dels=0.00;FS=13.640;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:201,0,361 chrVII 479290 . C G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.498;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:253,0,163 chrVII 479323 . A C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.871;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.538;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:186,0,518 chrVII 479326 . A T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:212,0,525 chrVII 479349 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DP=59;Dels=0.00;FS=3.395;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:359,0,603 chrVII 479356 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=5.76;ReadPosRankSum=-2.040;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:370,0,575 chrVII 479387 . T A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.155;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:340,0,388 chrVII 479658 . G A 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=10;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:61:91,0,61 chrVII 479741 . C T 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=19;Dels=0.00;FS=6.107;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.362;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:149,0,152 chrVII 480161 . C A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.217;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:377,0,343 chrVII 480192 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:321,0,323 chrVII 480357 . A T 159.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.370;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:189,0,525 chrVII 480363 . T G 47.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.085;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.405;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:77:77,0,532 chrVII 480365 . T C 46.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;DP=45;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.520;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:45:76:76,0,531 chrVII 480366 . A G 47.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=44;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=-5.447;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:77:77,0,532 chrVII 480369 . T C 24.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=44;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.551;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:44:54:54,0,549 chrVII 480381 . C T 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.075;QD=0.61;ReadPosRankSum=-2.430;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:56:56,0,481 chrVII 480384 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.289;DP=43;Dels=0.00;FS=1.167;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.368;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:62:62,0,514 chrVII 480515 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.437;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:453,0,358 chrVII 480612 . A G 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=24.12;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1625,174,0 chrVII 481776 . T C 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=22.59;ReadPosRankSum=1.625;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:81:756,81,0 chrVII 482042 . C T 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=20.20;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:861,93,0 chrVII 482421 . A G 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=23.63;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1876,207,0 chrVII 482446 . G A 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=21.04;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1569,174,0 chrVII 482679 . T C 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=17.07;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1757,195,0 chrVII 482801 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.234;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.074;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:650,0,889 chrVII 482923 . G A 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=25.92;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1692,174,0 chrVII 482953 . C A 1930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=24.43;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1963,201,0 chrVII 482980 . T C 1949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=24.06;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1982,213,0 chrVII 483277 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.007;DP=66;Dels=0.00;FS=2.117;HaplotypeScore=8.9460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:66:99:714,0,536 chrVII 483370 . A G 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=23.00;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1574,171,0 chrVII 483704 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;DP=69;Dels=0.00;FS=8.761;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.383;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:69:99:642,0,450 chrVII 484544 . G A 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DP=90;Dels=0.00;FS=5.685;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,56:90:99:1096,0,571 chrVII 484725 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;DP=72;Dels=0.00;FS=4.670;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:529,0,538 chrVII 484843 . C T 2131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.67;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2164,228,0 chrVII 484951 . A G 1444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.655;DP=154;Dels=0.00;FS=2.881;HaplotypeScore=15.2421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.074;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,76:154:99:1474,0,1254 chrVII 485217 . A T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.778;DP=77;Dels=0.00;FS=8.665;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=5.57;ReadPosRankSum=2.209;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:459,0,707 chrVII 485223 . G A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=78;Dels=0.00;FS=7.978;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:503,0,727 chrVII 485256 . A G 1932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=19.13;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:101:99:1965,213,0 chrVII 485424 . T C 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.173;DP=43;Dels=0.00;FS=18.243;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.272;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:216,0,501 chrVII 485694 . A T 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=54;Dels=0.00;FS=13.178;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=6.76;ReadPosRankSum=2.028;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:395,0,452 chrVII 485796 . T G 105.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;DP=33;Dels=0.00;FS=15.933;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:135,0,349 chrVII 486003 . T C 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.55;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1175,126,0 chrVII 486391 . G C 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;DP=68;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:724,0,572 chrVII 486595 . C T 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;DP=51;Dels=0.00;FS=2.492;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.027;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:605,0,386 chrVII 486820 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.537;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:497,0,357 chrVII 487057 . C T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.827;DP=80;Dels=0.00;FS=3.094;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=10.04;ReadPosRankSum=-2.342;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:833,0,528 chrVII 487114 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=55;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=6.6268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:506,0,501 chrVII 487204 . G C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.715;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:482,0,768 chrVII 487305 . C T 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=20.04;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1035,111,0 chrVII 487329 . G A 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=22.05;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1290,135,0 chrVII 487652 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;DP=55;Dels=0.00;FS=2.680;HaplotypeScore=5.5706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.207;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:395,0,483 chrVII 487937 . G A 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=19.63;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1270,129,0 chrVII 489115 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:350,0,249 chrVII 489423 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=64;Dels=0.00;FS=2.233;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:320,0,840 chrVII 489481 . A G 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.31;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1525,165,0 chrVII 489526 . T C 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;DP=84;Dels=0.00;FS=7.427;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.189;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:912,0,601 chrVII 489693 . T A 2311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=25.68;ReadPosRankSum=1.347;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2344,252,0 chrVII 489734 . T C 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1924,213,0 chrVII 489810 . T C 2010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=22.84;ReadPosRankSum=1.692;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:2043,222,0 chrVII 489944 . A G 2333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=21.21;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:110:99:2366,233,0 chrVII 490077 . C T 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=19.23;SB=-1.319e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2148,231,0 chrVII 490117 . C T 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2448,258,0 chrVII 490298 . C T 2729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=24.37;SB=-1.319e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2762,285,0 chrVII 490467 . G A 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=24.90;SB=-1.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2448,252,0 chrVII 490539 . C G 2502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.85;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2535,273,0 chrVII 490647 . G A 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=24.35;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1957,204,0 chrVII 490786 . C G 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.58;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1092,117,0 chrVII 490997 . C T 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=21.79;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1253,132,0 chrVII 491066 . G A 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=20.91;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1622,174,0 chrVII 491171 . A G 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.14;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1329,144,0 chrVII 491249 . G C 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=20.55;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:75:99:1574,168,0 chrVII 491259 . A T 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.96;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1662,171,0 chrVII 491350 . G A 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.75;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:903,93,0 chrVII 491698 . C A 1885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=21.67;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:1918,201,0 chrVII 491950 . T C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;DP=96;Dels=0.00;FS=7.033;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,36:96:99:594,0,979 chrVII 492059 . C A 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.810;DP=88;Dels=0.00;FS=1.005;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:825,0,730 chrVII 492175 . G A 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.658;DP=92;Dels=0.01;FS=2.936;HaplotypeScore=11.7578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.632;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:1082,0,597 chrVII 492276 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:530,0,800 chrVII 492296 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.639;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:535,0,936 chrVII 492371 . A C 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=74;Dels=0.00;FS=12.903;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:756,0,597 chrVII 492468 . C T 1602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DP=122;Dels=0.00;FS=1.656;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,75:122:99:1632,0,835 chrVII 492864 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.254;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:320,0,331 chrVII 493704 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;DP=32;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.180;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:348,0,161 chrVII 493751 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.900;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:403,0,289 chrVII 493773 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;DP=48;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.670;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:379,0,512 chrVII 493848 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.860;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:449,0,555 chrVII 493944 . G A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DP=62;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.253;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:62:99:314,0,569 chrVII 493949 . C T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.148;DP=63;Dels=0.00;FS=5.543;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.515;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:347,0,600 chrVII 494197 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:452,0,233 chrVII 494624 . A G 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=19.80;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:528,57,0 chrVII 494636 . C T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.692;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:285,0,212 chrVII 494870 . C T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.831;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:88:99:821,0,747 chrVII 494918 . G A 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.967;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.110;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,53:86:99:1046,0,613 chrVII 495047 . A C 1540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=128;Dels=0.00;FS=3.592;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,72:128:99:1570,0,1130 chrVII 495657 . A C 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.330;DP=93;Dels=0.00;FS=4.691;HaplotypeScore=11.2348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,55:93:99:821,0,658 chrVII 495671 . A G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.570;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.566;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.138;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:89:99:781,0,588 chrVII 495756 . A G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=66;Dels=0.00;FS=6.842;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:66:99:670,0,428 chrVII 496008 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.404;DP=55;Dels=0.00;FS=4.297;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=8.85;ReadPosRankSum=2.251;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:55:99:517,0,436 chrVII 496647 . C T 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.47;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:81:797,81,0 chrVII 496768 . C G 108.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.263;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:138,0,139 chrVII 496875 . A G 102.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:132,0,159 chrVII 496881 . A G 105.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.739;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.273;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:135,0,167 chrVII 496909 . T C 213.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=16.39;SB=-2.272e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:27:246,27,0 chrVII 496948 . A G,T 66.14 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.400e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,5,3:9:43:126,52,43,74,0,68 chrVII 497019 . T G 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.49;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:82,9,0 chrVII 497059 . T C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.867;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:55:55,0,144 chrVII 497123 . C G 874.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.428;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:904,0,477 chrVII 497155 . C T 886.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:916,0,637 chrVII 497405 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.401;DP=89;Dels=0.00;FS=5.685;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.539;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:89:99:223,0,1156 chrVII 497413 . A T 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.399;DP=108;Dels=0.00;FS=9.555;HaplotypeScore=36.7305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.381;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,41:108:99:150,0,1544 chrVII 497422 . T A 1965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=15.72;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.713e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:125:99:1998,210,0 chrVII 497763 . G A 2360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=19.03;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2393,264,0 chrVII 497968 . A G 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=18.84;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1220,132,0 chrVII 498201 . G C 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=20.71;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:83:99:1752,192,0 chrVII 498425 . T G 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=20.60;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:80:99:1681,183,0 chrVII 498521 . T C 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=18.39;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:75:99:1412,153,0 chrVII 498665 . C T 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.05;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1422,150,0 chrVII 499429 . T C 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=20.95;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1206,132,0 chrVII 499455 . T C 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=21.33;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1270,138,0 chrVII 499647 . T C 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=77;Dels=0.00;FS=7.988;HaplotypeScore=6.9923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=20.70;ReadPosRankSum=2.322;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1627,174,0 chrVII 499817 . C T 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=20.56;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1390,150,0 chrVII 499980 . T C 1907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=23.54;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1940,210,0 chrVII 500059 . T G 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=22.84;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1792,195,0 chrVII 500187 . A G 2315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=23.62;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:2348,252,0 chrVII 500228 . A G 2400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=24.74;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2433,264,0 chrVII 500260 . C A 2185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=23.75;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2218,231,0 chrVII 500434 . A G 2010 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=104;Dels=0.00;FS=3.543;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.33;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2043,225,0 chrVII 500440 . G T 1868 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=19.26;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:1901,204,0 chrVII 500444 . C G 1848 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.21;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:1881,204,0 chrVII 500449 . C T 618.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.712;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.033;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:648,0,951 chrVII 500467 . G A 2031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=18.13;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2064,219,0 chrVII 500745 . G C 2083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=23.14;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2116,225,0 chrVII 500877 . A T 2715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=23.61;SB=-1.433e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2748,288,0 chrVII 501547 . A T 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=22.68;ReadPosRankSum=1.689;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1870,198,0 chrVII 501606 . T C 2395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=23.48;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2428,264,0 chrVII 501886 . T C 2502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.34;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2535,273,0 chrVII 502135 . G A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.72;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1691,186,0 chrVII 502282 . G T 2399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=21.23;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2432,267,0 chrVII 502321 . C T 2322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DP=111;Dels=0.00;FS=9.211;HaplotypeScore=11.8642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=2.306;QD=20.92;ReadPosRankSum=2.020;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:111:99:2355,240,0 chrVII 502398 . T A 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=17.72;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1699,186,0 chrVII 502400 . G C 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.533;DP=93;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=5.7549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=7.67;ReadPosRankSum=2.081;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:93:99:743,0,611 chrVII 502491 . G A 2311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.58;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2344,255,0 chrVII 502807 . C T 2221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=21.15;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2254,231,0 chrVII 502964 . A G 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=6.255;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.687;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1360,147,0 chrVII 502974 . T C 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=17.36;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1335,141,0 chrVII 503498 . T C 2271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.31;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2304,252,0 chrVII 503654 . A G 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=89;Dels=0.00;FS=2.632;HaplotypeScore=10.5388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=19.89;ReadPosRankSum=2.394;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:89:99:1803,195,0 chrVII 503685 . T C 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.98;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1484,159,0 chrVII 503816 . A G 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.00;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1053,111,0 chrVII 504168 . G C 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=21.40;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1681,180,0 chrVII 504342 . T A 2535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=24.85;ReadPosRankSum=2.401;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:2568,264,0 chrVII 504558 . C T 1079.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;DP=173;Dels=0.00;FS=1.353;HaplotypeScore=11.1702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,73:173:99:1109,0,1858 chrVII 504753 . T C 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=17.72;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1344,144,0 chrVII 504945 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=92;Dels=0.00;FS=1.728;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.212;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:678,0,950 chrVII 505867 . A T 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=17.93;ReadPosRankSum=1.688;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1503,159,0 chrVII 506019 . C T 2015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.14;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2048,219,0 chrVII 506275 . C T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;DP=64;Dels=0.00;FS=9.218;HaplotypeScore=6.4285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:722,0,343 chrVII 506941 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:445,0,480 chrVII 507086 . A C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.338;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:644,0,376 chrVII 507124 . G A 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DP=81;Dels=0.00;FS=1.823;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:860,0,710 chrVII 507137 . A T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=85;Dels=0.00;FS=1.828;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=8.16;ReadPosRankSum=2.450;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:724,0,914 chrVII 507154 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.776;DP=80;Dels=0.00;FS=7.546;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=9.03;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:752,0,748 chrVII 507287 . A T 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=26.00;ReadPosRankSum=1.219;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1437,150,0 chrVII 507304 . A G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DP=65;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=6.18;ReadPosRankSum=2.157;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:432,0,813 chrVII 507486 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=39;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.071;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:365,0,219 chrVII 507742 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.123;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:518,0,661 chrVII 508075 . A G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.459;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:946,0,1080 chrVII 508084 . A G 2339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=19.66;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2372,261,0 chrVII 508201 . T C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=48;Dels=0.00;FS=1.380;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=3.35;ReadPosRankSum=2.937;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:99:191,0,707 chrVII 508206 . A G 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.657;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:45:99:223,0,463 chrVII 508419 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;DP=154;Dels=0.00;FS=10.462;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=5.24;ReadPosRankSum=3.117;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,66:154:99:837,0,1426 chrVII 508460 . G A 3071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=19.94;SB=-1.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:154:99:3104,336,0 chrVII 508488 . A G 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.905;DP=129;Dels=0.00;FS=2.357;HaplotypeScore=4.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.907;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,48:129:99:806,0,1664 chrVII 508605 . T C 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=35;Dels=0.00;FS=12.441;HaplotypeScore=78.2872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=0.94;ReadPosRankSum=-3.041;SB=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,5:35:9:65,9,0 chrVII 508665 . G C 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;DP=41;Dels=0.00;FS=13.716;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.499;QD=2.44;ReadPosRankSum=2.171;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:130,0,372 chrVII 508787 . T G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.829;DP=90;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=16.6998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=2.206;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.233;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:90:99:377,0,865 chrVII 509101 . A G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=75;Dels=0.00;FS=5.122;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.855;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:706,0,718 chrVII 509188 . G A 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;DP=131;Dels=0.00;FS=5.727;HaplotypeScore=4.3004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,55:131:99:689,0,1341 chrVII 509560 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=67;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=6.9603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.761;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:395,0,755 chrVII 509862 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=41;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:400,0,232 chrVII 509895 . T G 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=15.12;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:75:683,75,0 chrVII 509926 . T A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DP=44;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:270,0,317 chrVII 510416 . A G 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:96:873,96,0 chrVII 510553 . A G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.90;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:953,102,0 chrVII 510702 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=51;Dels=0.00;FS=3.917;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:444,0,424 chrVII 510742 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;DP=47;Dels=0.00;FS=8.283;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.367;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:312,0,406 chrVII 510755 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.132;DP=49;Dels=0.00;FS=8.418;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=2.030;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.647;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:281,0,497 chrVII 510898 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=40;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.464;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:368,0,341 chrVII 511330 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.086;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:476,0,393 chrVII 511938 . G A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DP=62;Dels=0.00;FS=5.125;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.711;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:62:99:575,0,290 chrVII 512024 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.373;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:675,0,473 chrVII 512135 . T C 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.03;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1668,180,0 chrVII 512279 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;DP=77;Dels=0.00;FS=1.992;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=6.22;ReadPosRankSum=2.320;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:77:99:509,0,909 chrVII 512350 . A T 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=72;Dels=0.00;FS=3.496;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=8.44;ReadPosRankSum=2.074;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:638,0,797 chrVII 512816 . C T 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.303;DP=72;Dels=0.00;FS=5.599;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:732,0,528 chrVII 512835 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=69;Dels=0.00;FS=8.859;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.863;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:69:99:760,0,393 chrVII 512843 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DP=73;Dels=0.00;FS=13.418;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.817;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:433,0,746 chrVII 512884 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=79;Dels=0.00;FS=3.483;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=10.44;ReadPosRankSum=3.309;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:855,0,274 chrVII 513154 . C A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=73;Dels=0.00;FS=18.214;HaplotypeScore=10.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:483,0,800 chrVII 513253 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.556;DP=83;Dels=0.00;FS=1.109;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.346;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.761;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:83:99:447,0,666 chrVII 513264 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.383;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.482;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:88:99:681,0,606 chrVII 513303 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;DP=88;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.013;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:88:99:705,0,649 chrVII 513842 . C T 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=24;Dels=0.00;FS=1.893;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:84:84,0,303 chrVII 514313 . G A 1275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.365;DP=150;Dels=0.00;FS=0.668;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,76:150:99:1305,0,1250 chrVII 514414 . T C 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.810;DP=137;Dels=0.00;FS=1.443;HaplotypeScore=9.7930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,52:137:99:994,0,1904 chrVII 514497 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;DP=61;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=5.4346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.873;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:513,0,513 chrVII 514511 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;DP=67;Dels=0.00;FS=2.084;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:565,0,583 chrVII 514736 . C G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.966;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:627,0,933 chrVII 514934 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;DP=67;Dels=0.00;FS=2.125;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.707;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:441,0,712 chrVII 515594 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DP=46;Dels=0.00;FS=1.159;HaplotypeScore=3.3826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:461,0,376 chrVII 515741 . G A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=82;Dels=0.00;FS=2.952;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.020;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:730,0,747 chrVII 516638 . C T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.618;DP=85;Dels=0.00;FS=1.958;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:727,0,765 chrVII 516678 . G T 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:91:99:1010,0,579 chrVII 516867 . G A 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.995;DP=65;Dels=0.00;FS=3.745;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,44:65:99:828,0,266 chrVII 517302 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=29;Dels=0.00;FS=12.657;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.230;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:182,0,298 chrVII 517444 . T C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.815;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:240,0,225 chrVII 517587 . T C 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=29;Dels=0.00;FS=6.029;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.441;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:201,0,147 chrVII 517605 . C G 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=27;Dels=0.04;FS=9.631;HaplotypeScore=13.1786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.363;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:162,0,126 chrVII 517615 . A G 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=27;Dels=0.00;FS=8.852;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.464;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:136,0,168 chrVII 517670 . T A 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.364;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:131,0,180 chrVII 517674 . A G 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DP=25;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.006;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:133,0,182 chrVII 517686 . G A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:177,0,170 chrVII 517761 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;DP=39;Dels=0.00;FS=9.548;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:352,0,339 chrVII 517812 . C T 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=34;Dels=0.00;FS=8.157;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:154,0,420 chrVII 517815 . T C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DP=36;Dels=0.00;FS=7.545;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.150;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:149,0,421 chrVII 517876 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.769;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:199,0,407 chrVII 517909 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.703;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:307,0,255 chrVII 518049 . G A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.501;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:33:99:216,0,215 chrVII 518439 . T C 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=29;Dels=0.00;FS=12.541;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.474;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:134,0,233 chrVII 518449 . A T 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=30;Dels=0.00;FS=15.713;HaplotypeScore=7.4139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.200;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:30:99:190,0,231 chrVII 518845 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=38;Dels=0.00;FS=10.037;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.449;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:38:99:392,0,244 chrVII 518896 . C G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=41;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:41:99:318,0,319 chrVII 519255 . A T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=29;Dels=0.00;FS=6.237;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:233,0,344 chrVII 519278 . G A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=36;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:396,0,290 chrVII 519381 . G A 167.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=9.83;SB=-8.606e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:21:200,21,0 chrVII 520131 . C A 305.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;DP=60;Dels=0.00;FS=11.534;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=5.08;ReadPosRankSum=-2.716;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:335,0,523 chrVII 520140 . A G 992 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=56;Dels=0.00;FS=6.422;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=17.71;ReadPosRankSum=2.274;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1025,111,0 chrVII 520141 . G C 233.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=54;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:263,0,555 chrVII 520321 . G A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=44;Dels=0.00;FS=5.395;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.760;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:519,0,229 chrVII 520519 . G C 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=76;Dels=0.00;FS=11.822;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.469;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:656,0,676 chrVII 520558 . T A 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.296;DP=106;Dels=0.00;FS=7.825;HaplotypeScore=5.8260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=7.78;ReadPosRankSum=2.022;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:855,0,1245 chrVII 520680 . A G 2970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.896;DP=125;Dels=0.00;FS=7.694;HaplotypeScore=13.4294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=23.76;ReadPosRankSum=1.121;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:125:99:3003,324,0 chrVII 520898 . A G 2846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=18.85;ReadPosRankSum=1.709;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:151:99:2879,321,0 chrVII 521004 . T C 2784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2817,309,0 chrVII 521128 . G A 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=22.11;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1271,129,0 chrVII 521192 . G A 2037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.15;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2070,216,0 chrVII 521252 . C G 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:882,0,988 chrVII 521762 . C A 1268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.851;DP=147;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.644;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,69:147:99:1298,0,1233 chrVII 522036 . A C 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=138;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=18.2857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.306;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,58:138:99:867,0,1122 chrVII 522131 . C T 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.94;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1616,168,0 chrVII 522136 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=71;Dels=0.00;FS=0.936;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:71:99:706,0,447 chrVII 522641 . A T 1710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DP=173;Dels=0.00;FS=1.893;HaplotypeScore=21.5311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,91:173:99:1740,0,1454 chrVII 522653 . A G 3418.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=143;Dels=0.00;FS=8.068;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=23.90;ReadPosRankSum=2.415;SB=-1.424e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,139:143:99:3418,372,0 chrVII 522677 . T C 2178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=21.15;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2211,240,0 chrVII 522791 . C T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.309;DP=89;Dels=0.00;FS=12.670;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:89:99:651,0,1015 chrVII 522852 . T C 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.603;DP=152;Dels=0.00;FS=9.337;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.196;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,60:152:99:995,0,1707 chrVII 523052 . G A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=99;Dels=0.00;FS=2.800;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.574;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:854,0,1088 chrVII 523190 . G T 2359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.36;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2392,252,0 chrVII 523348 . C T 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=22.50;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1788,186,0 chrVII 523385 . C T 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;QD=17.71;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1538,156,0 chrVII 523392 . A G 1382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.16;MQ0=0;QD=17.06;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1415,150,0 chrVII 523412 . A G 1046 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=76;Dels=0.00;FS=2.710;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=13.76;ReadPosRankSum=2.385;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1079,117,0 chrVII 523415 . G T 1087 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.23;MQ0=0;QD=15.31;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1120,117,0 chrVII 523417 . C T 1100 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;QD=14.86;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1133,120,0 chrVII 524012 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.425;DP=69;Dels=0.00;FS=3.208;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=2.132;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.485;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:690,0,734 chrVII 524176 . C T 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=19.97;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1251,138,0 chrVII 524215 . C T 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.81;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1276,141,0 chrVII 524258 . G A 1337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=19.38;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1370,141,0 chrVII 524356 . C T 1879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=23.20;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1912,201,0 chrVII 524588 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=48;Dels=0.00;FS=1.200;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:546,0,237 chrVII 524803 . T C 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.09;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1931,213,0 chrVII 524944 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.134;DP=72;Dels=0.00;FS=7.409;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.371;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:514,0,970 chrVII 525131 . G C 1808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;DP=203;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,99:203:99:1838,0,2000 chrVII 525205 . C T 3778.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=25.02;SB=-1.904e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:3778,399,0 chrVII 525390 . T C 2999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=131;Dels=0.00;FS=8.997;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.623;QD=22.89;ReadPosRankSum=1.705;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:131:99:3032,330,0 chrVII 525747 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=30;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:274,0,288 chrVII 525947 . A G 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=22.22;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:922,102,0 chrVII 526005 . A G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.074;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:433,0,164 chrVII 526059 . C A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DP=45;Dels=0.00;FS=2.929;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,31:45:99:603,0,169 chrVII 526684 . T C 2037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=96;Dels=0.00;FS=11.272;HaplotypeScore=2.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=21.22;ReadPosRankSum=2.927;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:96:99:2070,222,0 chrVII 526833 . T A 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=108;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=11.39;ReadPosRankSum=1.698;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:1263,144,0 chrVII 527159 . A G 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=20.71;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:2145,234,0 chrVII 528447 . A C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=25;Dels=0.00;FS=6.825;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:149,0,185 chrVII 528489 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=61;Dels=0.00;FS=2.596;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:459,0,331 chrVII 528501 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.979;DP=84;Dels=0.00;FS=1.907;HaplotypeScore=8.0301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:454,0,511 chrVII 528828 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DP=68;Dels=0.00;FS=3.648;HaplotypeScore=7.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:618,0,692 chrVII 528948 . T C 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.207;DP=115;Dels=0.01;FS=3.514;HaplotypeScore=26.5365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.442;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:798,0,634 chrVII 529080 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;DP=76;Dels=0.00;FS=7.481;HaplotypeScore=4.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.517;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:726,0,691 chrVII 529158 . T C 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;DP=82;Dels=0.00;FS=5.860;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:729,0,836 chrVII 529248 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=80;Dels=0.00;FS=2.968;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=2.111;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.321;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:693,0,596 chrVII 529347 . A T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=59;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:436,0,428 chrVII 529383 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.237;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.090;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:403,0,437 chrVII 529504 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.097;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.877;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:477,0,325 chrVII 529563 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DP=62;Dels=0.00;FS=1.002;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:374,0,540 chrVII 529630 . A G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=59;Dels=0.00;FS=4.105;HaplotypeScore=5.0573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.159;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:241,0,398 chrVII 529644 . A T 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=11.37;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:75:715,75,0 chrVII 529812 . G A 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.489;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:196,0,283 chrVII 530016 . A C 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=119;Dels=0.00;FS=9.619;HaplotypeScore=90.2158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.838;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.231;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,71:119:87:87,0,507 chrVII 530034 . A C 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=135;Dels=0.00;FS=3.333;HaplotypeScore=79.5156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.50;MQ0=1;MQRankSum=-2.611;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:135:99:254,0,244 chrVII 530071 . A T 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DP=101;Dels=0.00;FS=3.844;HaplotypeScore=14.3666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQ0=1;MQRankSum=-3.423;QD=0.53;ReadPosRankSum=-4.506;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,17:101:84:84,0,719 chrVII 530076 . T C 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=103;Dels=0.00;FS=2.449;HaplotypeScore=8.6193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.42;MQ0=1;MQRankSum=-4.007;QD=0.15;ReadPosRankSum=-5.305;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,16:103:45:45,0,795 chrVII 530308 . A G 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=20.10;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1400,153,0 chrVII 530472 . A T 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=21.33;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1803,183,0 chrVII 530583 . G A 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=26.40;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1538,156,0 chrVII 530631 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.417;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:459,0,449 chrVII 530647 . A G 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=19.97;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1191,132,0 chrVII 530805 . A T 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=21.76;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1513,156,0 chrVII 531034 . T C 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=17.76;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1560,177,0 chrVII 531080 . T C 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=19.76;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1713,186,0 chrVII 531192 . T A 522.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;DP=56;Dels=0.00;FS=3.039;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=4.549;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.577;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:552,0,664 chrVII 531261 . G T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.025;DP=41;Dels=0.00;FS=9.796;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.243;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:41:99:444,0,363 chrVII 531322 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;DP=25;Dels=0.00;FS=4.117;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:283,0,166 chrVII 531465 . C G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DP=65;Dels=0.00;FS=5.373;HaplotypeScore=3.4721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.67;MQ0=0;MQRankSum=3.439;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:499,0,522 chrVII 531481 . T G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.577;DP=73;Dels=0.00;FS=3.436;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQ0=0;MQRankSum=5.200;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.168;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:571,0,626 chrVII 531594 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DP=43;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=2.521;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:435,0,242 chrVII 531684 . A T 211.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.819;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.308;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:241,0,275 chrVII 531741 . A C 353.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.675;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.211;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:383,0,366 chrVII 531943 . T A 498.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.315;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:528,0,786 chrVII 531976 . T C 542.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.101;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:572,0,680 chrVII 532003 . A G 490.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.631;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:520,0,790 chrVII 532171 . C A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:671,0,982 chrVII 532237 . C T 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.725;DP=85;Dels=0.00;FS=2.866;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:975,0,710 chrVII 532420 . C T 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.595;DP=98;Dels=0.00;FS=6.470;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.069;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:920,0,798 chrVII 532429 . T C 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.287;DP=97;Dels=0.00;FS=6.616;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.600;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.686;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:911,0,917 chrVII 532483 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;DP=87;Dels=0.00;FS=4.830;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.056;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:87:99:464,0,927 chrVII 532771 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:450,0,565 chrVII 532815 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.450;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:405,0,472 chrVII 533626 . C T 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=19.73;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1197,126,0 chrVII 533759 . T C 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=19.68;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1568,168,0 chrVII 534011 . T C 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=3.823;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.648;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1552,168,0 chrVII 534162 . A G 1992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=5.283;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=24.59;ReadPosRankSum=1.604;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:2025,222,0 chrVII 534518 . C T 4972.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=26.45;SB=-2.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:188:99:4972,520,0 chrVII 534684 . A G 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=21.40;ReadPosRankSum=1.626;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1424,156,0 chrVII 534707 . G A 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=20.50;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1509,162,0 chrVII 534739 . T C 1993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=22.14;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2026,219,0 chrVII 534756 . A C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=108;Dels=0.00;FS=3.711;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:108:99:767,0,943 chrVII 534871 . C T 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=109;Dels=0.00;FS=3.588;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.390;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:109:99:979,0,755 chrVII 534914 . A G 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2016,222,0 chrVII 534961 . T C 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=93;Dels=0.00;FS=5.836;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=19.12;ReadPosRankSum=1.657;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1811,192,0 chrVII 534966 . G A 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=74.2626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=19.76;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1851,189,0 chrVII 535018 . T A 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=80;Dels=0.00;FS=12.557;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=19.34;ReadPosRankSum=2.325;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1580,165,0 chrVII 535120 . A G 1814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=20.85;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1847,201,0 chrVII 535135 . C T 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=21.74;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1685,180,0 chrVII 535212 . G T 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.987;DP=39;Dels=0.00;FS=5.058;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=1;MQRankSum=-4.395;QD=1.18;ReadPosRankSum=-4.189;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,9:39:76:76,0,547 chrVII 535692 . A C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;DP=48;Dels=0.00;FS=32.589;HaplotypeScore=4.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.25;MQ0=0;MQRankSum=2.385;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.016;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:48:99:312,0,471 chrVII 541591 . C T 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.69;MQ0=36;QD=0.64;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,3:39:6:56,6,0 chrVII 541712 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DP=90;Dels=0.00;FS=1.684;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.45;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:370,0,334 chrVII 541754 . C T 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.536;DP=109;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:109:99:959,0,875 chrVII 541808 . G A 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=124;Dels=0.00;FS=9.284;HaplotypeScore=13.1807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:124:99:1159,0,1177 chrVII 542099 . A C 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;DP=133;Dels=0.00;FS=0.649;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.968;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,61:133:99:904,0,1420 chrVII 542100 . G A 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DP=132;Dels=0.00;FS=0.649;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.922;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,61:132:99:969,0,1396 chrVII 542283 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=65;Dels=0.00;FS=6.721;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.007;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:507,0,653 chrVII 542317 . T G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.718;DP=83;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=8.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:669,0,720 chrVII 542757 . A G 2528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=19.01;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2561,279,0 chrVII 543267 . G A 2731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.17;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2764,288,0 chrVII 543437 . T A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=58;Dels=0.00;FS=4.088;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:422,0,654 chrVII 543476 . A T 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=22.64;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1052,108,0 chrVII 543670 . C A 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=19.93;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1986,216,0 chrVII 544219 . A G 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=19.18;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:762,81,0 chrVII 544222 . C T 746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=19.63;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:779,81,0 chrVII 544260 . A T 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=19.15;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:933,99,0 chrVII 544286 . T G 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=18.91;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1716,183,0 chrVII 544385 . T C 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.96;MQ0=0;QD=14.83;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:112:99:1694,186,0 chrVII 544396 . A G 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.16;MQ0=0;QD=17.28;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1260,135,0 chrVII 544465 . C T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=20.89;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1307,138,0 chrVII 544552 . A T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=59;Dels=0.00;FS=2.373;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:527,0,498 chrVII 544651 . A C 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=22.00;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1551,168,0 chrVII 544686 . T A 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.01;MQ0=0;QD=22.08;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1468,150,0 chrVII 544845 . C T 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=17.66;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1234,132,0 chrVII 544851 . C T 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.60;MQ0=0;QD=16.37;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1146,123,0 chrVII 544864 . C A 1267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.52;MQ0=0;QD=17.60;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1300,144,0 chrVII 544909 . G A 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=20.34;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1518,162,0 chrVII 544938 . G C 1797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1830,198,0 chrVII 544952 . T C 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=0;QD=20.81;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1719,189,0 chrVII 545033 . G A 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=19.95;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1250,135,0 chrVII 545099 . C T 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=23.56;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1423,147,0 chrVII 545156 . A C 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=20.65;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1685,180,0 chrVII 545169 . T A 1826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.82;MQ0=0;QD=20.99;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1859,192,0 chrVII 545175 . G C 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.62;MQ0=0;QD=19.72;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1650,183,0 chrVII 545191 . T C 1812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=19.28;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1845,204,0 chrVII 545226 . G C 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.45;MQ0=0;QD=15.47;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1317,147,0 chrVII 545236 . A G 1360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.50;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=16.19;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1393,156,0 chrVII 545279 . A T 136.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=120;Dels=0.02;FS=4.624;HaplotypeScore=115.0437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.672;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:18:169,18,0 chrVII 545319 . T A 2026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=16.34;ReadPosRankSum=2.350;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:124:99:2059,213,0 chrVII 545369 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=90;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:720,0,1014 chrVII 545582 . C T 3117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.94;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.665e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3150,342,0 chrVII 545825 . C T 2540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=21.53;SB=-1.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2573,267,0 chrVII 545844 . T C 2343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=117;Dels=0.00;FS=4.337;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=20.03;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:117:99:2376,255,0 chrVII 545856 . C T 2253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=19.94;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2286,243,0 chrVII 545954 . C A 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=20.29;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:66:99:1372,141,0 chrVII 546367 . G A 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.53;MQ0=0;QD=16.06;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1575,168,0 chrVII 546385 . T C 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.96;MQ0=0;QD=17.87;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1588,174,0 chrVII 546392 . G A 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=86.4896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;QD=18.46;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1713,174,0 chrVII 546506 . C T 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.552;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:80:99:1638,177,0 chrVII 546634 . T A 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=23.45;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:713,72,0 chrVII 547524 . G A 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=23;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.452;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:155,0,242 chrVII 547674 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=58;Dels=0.00;FS=3.897;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.876;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.120;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:576,0,614 chrVII 548764 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=53;Dels=0.00;FS=2.449;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:472,0,474 chrVII 548923 . T C 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.69;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:93:879,93,0 chrVII 548953 . A G 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=20.50;ReadPosRankSum=1.634;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:36:84:771,84,0 chrVII 549148 . T C 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=18.98;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1134,126,0 chrVII 549283 . C T 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=22.48;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:977,99,0 chrVII 549407 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.503;DP=52;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=5.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:52:99:470,0,437 chrVII 549493 . T C 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=20.46;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1322,147,0 chrVII 549656 . T C 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.94;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1196,129,0 chrVII 549847 . C T 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.35;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:793,81,0 chrVII 550438 . A C 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=16.23;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1169,126,0 chrVII 551356 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.848;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:53:99:566,0,382 chrVII 551439 . A G 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.10;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:687,72,0 chrVII 551650 . A G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;DP=72;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.548;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.984;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:695,0,598 chrVII 551689 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DP=65;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=2.123;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.659;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:372,0,702 chrVII 551923 . G A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.921;DP=73;Dels=0.00;FS=1.926;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:632,0,777 chrVII 552400 . C A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DP=75;Dels=0.00;FS=4.501;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.048;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:532,0,668 chrVII 553045 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.288;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.138;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:422,0,353 chrVII 553108 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;DP=53;Dels=0.00;FS=4.308;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:574,0,260 chrVII 553252 . G C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.347;DP=56;Dels=0.00;FS=2.386;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.516;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:331,0,457 chrVII 553492 . T C 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=34;Dels=0.00;FS=5.093;HaplotypeScore=4.1793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:207,0,360 chrVII 553651 . C T 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.650;DP=105;Dels=0.00;FS=3.430;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:105:99:932,0,1015 chrVII 553711 . T C 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=101;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.755;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.354;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1078,0,887 chrVII 553796 . C T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.244;DP=76;Dels=0.00;FS=2.109;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:806,0,522 chrVII 553821 . C A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=61;Dels=0.00;FS=2.213;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.946;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:604,0,495 chrVII 553824 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;DP=63;Dels=0.00;FS=2.176;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.562;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:63:99:537,0,502 chrVII 553878 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.300;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:439,0,211 chrVII 553967 . A G 3086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=21.28;ReadPosRankSum=1.708;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,144:145:99:3119,333,0 chrVII 554033 . C A 3327.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=23.76;SB=-1.319e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:3327,354,0 chrVII 554608 . T C 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=74;Dels=0.00;FS=8.361;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.898;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,47:74:99:768,0,454 chrVII 554830 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=52;Dels=0.00;FS=13.701;HaplotypeScore=1.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:448,0,434 chrVII 554853 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;DP=62;Dels=0.00;FS=3.708;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.689;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:451,0,594 chrVII 554980 . G A 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.233;DP=92;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:92:99:1031,0,599 chrVII 555047 . C T 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.601;DP=93;Dels=0.00;FS=8.248;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.031;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.594;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:808,0,848 chrVII 555048 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.144;DP=93;Dels=0.00;FS=6.740;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.194;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:93:99:760,0,804 chrVII 555111 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.193;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:448,0,623 chrVII 555234 . A C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;DP=45;Dels=0.00;FS=2.892;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:509,0,195 chrVII 555723 . G A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=58;Dels=0.00;FS=10.597;HaplotypeScore=8.7668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.060;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:676,0,487 chrVII 556096 . A G 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=21.23;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:967,102,0 chrVII 556156 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:361,0,412 chrVII 556169 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.236;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.746;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:343,0,440 chrVII 556175 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=51;Dels=0.00;FS=2.665;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=5.10;ReadPosRankSum=2.949;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:290,0,414 chrVII 556181 . T G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;DP=49;Dels=0.00;FS=8.815;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=5.61;ReadPosRankSum=2.291;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:305,0,496 chrVII 556822 . C G 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=76;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.805;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:76:99:682,0,796 chrVII 556902 . C T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.362;DP=80;Dels=0.00;FS=6.316;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=7.86;ReadPosRankSum=2.327;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:659,0,699 chrVII 557007 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.251;DP=98;Dels=0.00;FS=12.119;HaplotypeScore=8.1360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:98:99:921,0,892 chrVII 557021 . A T 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.129;DP=95;Dels=0.00;FS=22.680;HaplotypeScore=4.1521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:945,0,883 chrVII 557243 . T C 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.757;DP=99;Dels=0.00;FS=8.863;HaplotypeScore=6.4047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.888;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.844;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:99:99:815,0,1176 chrVII 557597 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=33;Dels=0.00;FS=18.742;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:311,0,309 chrVII 558497 . G A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DP=99;Dels=0.00;FS=0.767;HaplotypeScore=13.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=9.00;ReadPosRankSum=-2.135;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:99:99:921,0,784 chrVII 558800 . G T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;DP=79;Dels=0.00;FS=1.970;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:79:99:389,0,852 chrVII 558809 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=4.95;ReadPosRankSum=2.211;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:411,0,864 chrVII 558946 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.142;DP=78;Dels=0.00;FS=1.949;HaplotypeScore=11.2612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:78:99:703,0,587 chrVII 558969 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.033;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:67:99:517,0,655 chrVII 559340 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.415;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.990;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:612,0,568 chrVII 559498 . G A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.495;DP=61;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.402;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:61:99:593,0,527 chrVII 560083 . G A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DP=59;Dels=0.00;FS=11.880;HaplotypeScore=7.3996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:564,0,556 chrVII 560314 . A C 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.425;DP=105;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=12.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.395;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:105:99:801,0,1141 chrVII 560350 . C T 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.528;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.055;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:861,0,1336 chrVII 560364 . C T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DP=112;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.281;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:112:99:751,0,1347 chrVII 560495 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.683;DP=79;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:416,0,840 chrVII 560557 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.168;DP=105;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.003;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:105:99:703,0,1175 chrVII 561090 . T G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:318,0,409 chrVII 561434 . A C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.456;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.601;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:78:99:586,0,857 chrVII 561528 . C T 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.049;DP=118;Dels=0.00;FS=45.015;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.987;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:118:99:882,0,1375 chrVII 561585 . A C 2430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.369;DP=101;Dels=0.00;FS=19.990;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=24.06;ReadPosRankSum=3.335;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:101:99:2463,270,0 chrVII 561645 . G A 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=63;Dels=0.00;FS=24.872;HaplotypeScore=8.7258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=3.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.480;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,10:63:63:63,0,1230 chrVII 561745 . A C 388.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;DP=74;Dels=0.00;FS=2.954;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=-6.815;QD=5.24;ReadPosRankSum=-2.772;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:418,0,840 chrVII 561747 . G T 395.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=75;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-6.815;QD=5.27;ReadPosRankSum=-2.441;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:75:99:425,0,842 chrVII 561756 . G A 345.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-6.789;QD=4.54;ReadPosRankSum=-6.402;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:375,0,958 chrVII 567760 . A T 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.94;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:59,6,0 chrVII 568130 . G C 603.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.296;DP=73;Dels=0.00;FS=4.781;HaplotypeScore=2.7485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.277;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:633,0,808 chrVII 568138 . G A 383.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=65;Dels=0.00;FS=4.934;HaplotypeScore=1.9827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=5.89;ReadPosRankSum=2.360;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:65:99:413,0,778 chrVII 568139 . G A 442.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.569;DP=64;Dels=0.00;FS=4.787;HaplotypeScore=1.9827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.412;QD=6.91;ReadPosRankSum=2.060;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:472,0,746 chrVII 568150 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.312;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:450,0,719 chrVII 568237 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;DP=53;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:53:99:300,0,636 chrVII 568306 . A G 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.811;DP=94;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.149;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:840,0,918 chrVII 568323 . A G 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=121;Dels=0.00;FS=0.699;HaplotypeScore=8.3472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:121:99:1027,0,1270 chrVII 568421 . G T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:601,0,884 chrVII 568463 . T A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:702,0,620 chrVII 568505 . G C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.535;DP=48;Dels=0.00;FS=2.707;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.702;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.852;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:489,0,328 chrVII 568510 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=47;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.785;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:464,0,328 chrVII 568593 . T C 236.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.177;DP=37;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:266,0,477 chrVII 568617 . G A 429.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.458;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:459,0,523 chrVII 568646 . G C 453.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:483,0,524 chrVII 568662 . G A 409.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.461;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.873;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.383;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:439,0,424 chrVII 568669 . A T 403.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.054;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.564;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:433,0,382 chrVII 568674 . G C 358.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.279;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:388,0,319 chrVII 568734 . T G 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=14;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=4.6547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.452;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:50:50,0,151 chrVII 574724 . T C 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=2.10;ReadPosRankSum=2.219;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:156,0,133 chrVII 574745 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.588;DP=68;Dels=0.00;FS=4.663;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.416;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:277,0,264 chrVII 574931 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DP=50;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:626,0,463 chrVII 575122 . A G 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.711;DP=81;Dels=0.00;FS=8.228;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=17.58;ReadPosRankSum=3.711;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:81:99:1457,159,0 chrVII 575328 . T A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1020,0,711 chrVII 575439 . A G 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;DP=76;Dels=0.00;FS=0.994;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.479;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:681,0,853 chrVII 575640 . A G 1103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.516;DP=107;Dels=0.00;FS=1.575;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=10.31;ReadPosRankSum=2.857;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:107:99:1133,0,954 chrVII 575955 . C T 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.92;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1085,111,0 chrVII 576078 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;DP=53;Dels=0.00;FS=5.910;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=6.83;ReadPosRankSum=2.022;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:392,0,328 chrVII 576318 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:367,0,505 chrVII 576519 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;DP=85;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=11.7935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.381;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:645,0,905 chrVII 576592 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=68;Dels=0.00;FS=11.650;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.775;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:68:99:666,0,642 chrVII 577029 . A T 1376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;DP=128;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=4.8092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.117;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,73:128:99:1406,0,1060 chrVII 577147 . A C 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;DP=89;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.292;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:935,0,787 chrVII 577388 . C A 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.237;DP=133;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=16.4073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,68:133:99:1170,0,995 chrVII 577533 . A C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.985;DP=80;Dels=0.00;FS=1.837;HaplotypeScore=8.7077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.589;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:574,0,917 chrVII 577565 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=6.22;ReadPosRankSum=-2.806;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:397,0,632 chrVII 577621 . A T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.944;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:818,0,626 chrVII 577801 . A G 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=89;Dels=0.00;FS=5.964;HaplotypeScore=7.2880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:684,0,963 chrVII 577881 . A G 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DP=38;Dels=0.00;FS=4.981;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:198,0,359 chrVII 578083 . T A 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;DP=36;Dels=0.00;FS=5.579;HaplotypeScore=7.3939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:186,0,387 chrVII 578218 . T A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=23;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.202;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:257,0,135 chrVII 578265 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=12.03;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:30:99:391,0,145 chrVII 578356 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=28;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=8.21;ReadPosRankSum=-2.137;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:260,0,209 chrVII 578379 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.698;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.330;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:322,0,289 chrVII 578422 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:502,0,396 chrVII 578448 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DP=49;Dels=0.00;FS=5.268;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.608;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:480,0,451 chrVII 578512 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.037;DP=51;Dels=0.00;FS=8.985;HaplotypeScore=4.8825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.187;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:406,0,327 chrVII 578520 . C A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.068;DP=51;Dels=0.00;FS=6.667;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.888;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:446,0,407 chrVII 578702 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.857;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:509,0,731 chrVII 578731 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.117;DP=91;Dels=0.00;FS=9.305;HaplotypeScore=4.1793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:91:99:579,0,1221 chrVII 578860 . T C 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.683;DP=112;Dels=0.00;FS=4.998;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.173;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:933,0,1131 chrVII 578924 . A G 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;DP=150;Dels=0.00;FS=1.310;HaplotypeScore=10.5723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.481;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,69:150:99:1182,0,1410 chrVII 579120 . T C 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=22.76;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2172,237,0 chrVII 579186 . A G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.442;DP=129;Dels=0.00;FS=0.703;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.545;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:129:99:689,0,1171 chrVII 579190 . A C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.223;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,62:134:99:683,0,1184 chrVII 579227 . G A 4387.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=23.59;SB=-2.264e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:186:99:4387,454,0 chrVII 579280 . G A 1785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DP=207;Dels=0.00;FS=1.704;HaplotypeScore=15.7788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,103:207:99:1815,0,1943 chrVII 579473 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.991;DP=100;Dels=0.00;FS=1.726;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.315;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,38:100:99:563,0,1109 chrVII 579474 . G C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=98;Dels=0.00;FS=1.715;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.930;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.382;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,37:98:99:558,0,1043 chrVII 579508 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DP=93;Dels=0.00;FS=1.867;HaplotypeScore=7.4930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.205;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:93:99:553,0,979 chrVII 579634 . A G 2225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.142;DP=210;Dels=0.00;FS=2.375;HaplotypeScore=17.4810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.208;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,117:210:99:2255,0,1724 chrVII 579733 . T C 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.212;DP=123;Dels=0.00;FS=1.487;HaplotypeScore=15.5000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.075;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:123:99:1016,0,1121 chrVII 579775 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=59;Dels=0.00;FS=3.558;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.429;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.156;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:429,0,549 chrVII 579785 . T A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.897;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.199;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:365,0,403 chrVII 579795 . A G 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=47;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.040;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.444;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:177,0,503 chrVII 579802 . G T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.259;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.022;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.252;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:169,0,537 chrVII 579827 . T C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.934;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:199,0,416 chrVII 579860 . A T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:538,0,459 chrVII 579915 . C T 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;DP=108;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=6.5909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,57:108:99:1117,0,691 chrVII 580060 . G A 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.062;DP=114;Dels=0.00;FS=4.010;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.070;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:1091,0,1139 chrVII 580103 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.866;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.395;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:646,0,645 chrVII 580178 . G T 362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=16.45;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:395,42,0 chrVII 580283 . G A 392.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.465;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:422,0,464 chrVII 580388 . G A 590.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:620,0,764 chrVII 580425 . C G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;DP=35;Dels=0.00;FS=3.536;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:354,0,335 chrVII 580852 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=43;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.834;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:418,0,287 chrVII 581134 . G C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=67;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:589,0,464 chrVII 581206 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;DP=66;Dels=0.00;FS=2.507;HaplotypeScore=11.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.507;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:617,0,552 chrVII 581386 . T G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=64;Dels=0.00;FS=2.342;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:457,0,611 chrVII 581392 . A G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=65;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=1.755;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:375,0,618 chrVII 581718 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.156;DP=68;Dels=0.00;FS=3.384;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:68:99:645,0,511 chrVII 581805 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;DP=77;Dels=0.01;FS=0.919;HaplotypeScore=19.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=2;MQRankSum=0.125;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:479,0,581 chrVII 582344 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DP=40;Dels=0.00;FS=4.982;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.782;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:307,0,493 chrVII 582411 . G A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.263;DP=68;Dels=0.00;FS=16.794;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.345;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:763,0,500 chrVII 582650 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;DP=42;Dels=0.00;FS=4.504;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.063;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:353,0,352 chrVII 582800 . C T 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=23.03;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1714,186,0 chrVII 583389 . A T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.339;DP=25;Dels=0.00;FS=10.488;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.239;SB=-9.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:259,0,108 chrVII 583751 . C A 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.156;DP=86;Dels=0.00;FS=4.915;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.568;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.078;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:843,0,799 chrVII 583803 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.867;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:604,0,341 chrVII 583953 . G A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.326;DP=95;Dels=0.00;FS=10.405;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,54:95:99:990,0,617 chrVII 584022 . G A 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.292;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.447;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:945,0,795 chrVII 584220 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.275;DP=41;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.458;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:294,0,389 chrVII 584298 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=46;Dels=0.00;FS=3.414;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.160;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:342,0,483 chrVII 584388 . G C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;DP=48;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=6.54;ReadPosRankSum=-2.292;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:344,0,316 chrVII 584539 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;DP=80;Dels=0.00;FS=2.803;HaplotypeScore=13.0278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.209;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:80:99:587,0,909 chrVII 584635 . A T 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=17.78;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1100,126,0 chrVII 584636 . T A 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=16.48;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1022,126,0 chrVII 584683 . C G 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=19.15;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:99:914,99,0 chrVII 584900 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:503,0,479 chrVII 584916 . G A 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=18.87;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1297,144,0 chrVII 585062 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.632;DP=97;Dels=0.00;FS=0.873;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.018;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:755,0,846 chrVII 585274 . T C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:240,0,465 chrVII 585438 . G A 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.646;DP=58;Dels=0.00;FS=15.018;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:620,0,404 chrVII 585575 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.847;DP=58;Dels=0.00;FS=5.572;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.379;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:58:99:510,0,445 chrVII 585680 . A G 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.10;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:86:99:1934,210,0 chrVII 585819 . A G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.510;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:712,0,730 chrVII 586087 . A G 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=16.34;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1095,117,0 chrVII 586267 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;DP=61;Dels=0.00;FS=3.044;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.827;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:435,0,552 chrVII 586443 . G A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:396,0,411 chrVII 586992 . A G 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.099;DP=103;Dels=0.00;FS=6.327;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.921;QD=9.71;ReadPosRankSum=-1.392;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:103:99:1030,0,927 chrVII 587006 . G A 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.939;DP=99;Dels=0.00;FS=6.667;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:827,0,862 chrVII 587013 . G A 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.112;DP=101;Dels=0.00;FS=14.861;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:833,0,743 chrVII 587292 . T C 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.431;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:1019,0,668 chrVII 587364 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:444,0,462 chrVII 587508 . G A 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.208;DP=113;Dels=0.00;FS=2.404;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.924;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:113:99:838,0,1044 chrVII 587567 . T C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.057;DP=105;Dels=0.00;FS=7.841;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=6.70;ReadPosRankSum=3.057;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:105:99:734,0,1044 chrVII 588195 . T C 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.630;DP=101;Dels=0.00;FS=3.800;HaplotypeScore=12.5433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.326;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:985,0,734 chrVII 588283 . A T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=7.9356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:497,0,522 chrVII 588402 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.918;DP=39;Dels=0.00;FS=4.987;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:526,0,129 chrVII 588484 . A T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DP=59;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.563;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:305,0,535 chrVII 588489 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.732;DP=61;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:299,0,529 chrVII 588807 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;DP=35;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.050;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:269,0,344 chrVII 588888 . G T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:231,0,348 chrVII 589047 . C T 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.63;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1309,132,0 chrVII 589232 . A T 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:298,0,174 chrVII 589637 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.404;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:387,0,330 chrVII 589799 . A G 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.107;DP=89;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:927,0,847 chrVII 589840 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.065;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:618,0,496 chrVII 590065 . A G 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DP=86;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=9.0786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:86:99:772,0,893 chrVII 590527 . C G 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=25.67;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1419,150,0 chrVII 590615 . A T 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;DP=66;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.944;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.058;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:622,0,643 chrVII 590933 . C A 3638.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.18;SB=-1.930e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:164:99:3638,376,0 chrVII 590990 . C T 1625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.562;DP=189;Dels=0.00;FS=1.173;HaplotypeScore=13.4743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.197;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,87:189:99:1655,0,1943 chrVII 591059 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=69;Dels=0.00;FS=2.041;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.364;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:69:99:597,0,746 chrVII 591253 . C T 1547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.926;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.421;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,79:139:99:1577,0,1240 chrVII 591793 . A C 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=111;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:1161,0,1133 chrVII 592123 . A T 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=82;Dels=0.00;FS=3.227;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=23.18;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1934,201,0 chrVII 592178 . G T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.929;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.812;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:60:99:433,0,335 chrVII 592271 . G A 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=21.71;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2030,207,0 chrVII 592278 . A G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=97;Dels=0.00;FS=6.622;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:678,0,907 chrVII 592414 . G C 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.68;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1686,180,0 chrVII 592594 . A C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DP=28;Dels=0.00;FS=8.916;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=2.451;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.723;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:256,0,138 chrVII 592927 . C G 227.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=40;Dels=0.00;FS=5.821;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.300;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:257,0,437 chrVII 592944 . T A 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:771,87,0 chrVII 592971 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.428;DP=35;Dels=0.00;FS=5.816;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.690;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:344,0,297 chrVII 592987 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=42;Dels=0.00;FS=4.999;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:373,0,337 chrVII 593101 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;DP=41;Dels=0.00;FS=27.086;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.236;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.490;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:593,0,110 chrVII 593499 . C A 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=94;Dels=0.00;FS=12.274;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.284;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:969,0,893 chrVII 593756 . G A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.339;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:625,0,691 chrVII 593790 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;DP=98;Dels=0.00;FS=4.144;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.908;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:772,0,823 chrVII 594413 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;DP=48;Dels=0.00;FS=4.134;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.475;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:375,0,444 chrVII 594506 . C T 397.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.916;DP=49;Dels=0.00;FS=11.949;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:427,0,593 chrVII 594509 . A T 372.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DP=50;Dels=0.00;FS=11.949;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:402,0,624 chrVII 594510 . A T 399.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=50;Dels=0.00;FS=11.709;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:429,0,633 chrVII 594770 . T A 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:672,0,501 chrVII 594822 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.318;DP=81;Dels=0.00;FS=4.305;HaplotypeScore=3.4894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:81:99:386,0,744 chrVII 595403 . C T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=85;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:85:99:659,0,798 chrVII 595660 . C T 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DP=78;Dels=0.00;FS=5.053;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:906,0,563 chrVII 595888 . T C 1378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.757;DP=149;Dels=0.00;FS=6.957;HaplotypeScore=8.2084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.716;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,70:149:99:1408,0,1466 chrVII 595912 . G A 1331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=145;Dels=0.00;FS=3.242;HaplotypeScore=4.9455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.901;QD=9.18;ReadPosRankSum=2.384;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,75:145:99:1361,0,1251 chrVII 595917 . G C 1339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.556;DP=139;Dels=0.00;FS=5.644;HaplotypeScore=5.8381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.419;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,76:139:99:1369,0,963 chrVII 596110 . T C 2312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=19.27;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:120:99:2345,255,0 chrVII 596121 . T C 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.654;DP=136;Dels=0.00;FS=3.239;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,63:136:99:936,0,1322 chrVII 596280 . A T 1580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.319;DP=156;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=15.8489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.842;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,84:156:99:1610,0,1291 chrVII 596370 . T A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=85;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.354;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:585,0,704 chrVII 596396 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.896;DP=79;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:79:99:615,0,650 chrVII 596464 . T C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=65;Dels=0.00;FS=2.432;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:683,0,407 chrVII 596542 . A G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.337;DP=74;Dels=0.00;FS=6.817;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.184;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:673,0,635 chrVII 596544 . T C 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;DP=76;Dels=0.00;FS=6.871;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:668,0,694 chrVII 596935 . A T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=50;Dels=0.00;FS=3.088;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.275;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:325,0,534 chrVII 597126 . G C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=74;Dels=0.00;FS=6.926;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:74:99:692,0,633 chrVII 598080 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.060;DP=53;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:604,0,271 chrVII 598680 . C T 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.431;DP=115;Dels=0.00;FS=0.699;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:115:99:913,0,965 chrVII 598883 . A G 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DP=74;Dels=0.00;FS=1.981;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.746;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:74:99:591,0,455 chrVII 599246 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;DP=64;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=6.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:440,0,548 chrVII 599286 . C T 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=17.04;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1396,153,0 chrVII 599330 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.386;DP=84;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.740;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:992,0,711 chrVII 599373 . T G 2050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=24.70;ReadPosRankSum=1.690;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2083,225,0 chrVII 599515 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.346;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:551,0,552 chrVII 600661 . A G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;DP=53;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:53:99:454,0,638 chrVII 600721 . G A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=57;Dels=0.00;FS=5.791;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:57:99:629,0,396 chrVII 601612 . T A 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;DP=76;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.451;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:985,0,579 chrVII 602057 . G A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=75;Dels=0.00;FS=4.580;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.117;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:75:99:941,0,551 chrVII 602565 . C G 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;DP=122;Dels=0.00;FS=6.919;HaplotypeScore=10.1553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.133;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:122:99:1043,0,1026 chrVII 603795 . C G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=76;Dels=0.00;FS=5.876;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.768;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:601,0,690 chrVII 604120 . C A 2127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.17;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:2160,219,0 chrVII 604495 . A G 1434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.097;DP=232;Dels=0.00;FS=5.549;HaplotypeScore=31.4522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.350;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,100:232:99:1464,0,2151 chrVII 604722 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=93;Dels=0.00;FS=1.753;HaplotypeScore=6.6973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.269;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:789,0,856 chrVII 605491 . G A 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=139;Dels=0.00;FS=9.866;HaplotypeScore=15.5953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.898;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.906;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,76:139:99:1034,0,784 chrVII 605541 . A G 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DP=151;Dels=0.00;FS=3.161;HaplotypeScore=16.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.355;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,75:151:99:1200,0,1239 chrVII 605648 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.059;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.780;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:71:99:382,0,853 chrVII 605710 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;DP=75;Dels=0.00;FS=4.893;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.656;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:361,0,640 chrVII 606127 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;DP=59;Dels=0.00;FS=2.286;HaplotypeScore=6.5724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:608,0,448 chrVII 606544 . G C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=44;Dels=0.00;FS=1.240;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.990;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:296,0,373 chrVII 606621 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=55;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:452,0,512 chrVII 606678 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.511;DP=75;Dels=0.00;FS=1.993;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.985;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:75:99:524,0,810 chrVII 606799 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.056;DP=60;Dels=0.00;FS=1.014;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:553,0,630 chrVII 606906 . A T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=68;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.628;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:578,0,677 chrVII 607146 . A G 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.489;DP=118;Dels=0.00;FS=4.264;HaplotypeScore=7.4024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:118:99:886,0,1435 chrVII 607245 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.009;DP=111;Dels=0.00;FS=3.501;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:111:99:809,0,1201 chrVII 607269 . T A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=97;Dels=0.00;FS=5.476;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.153;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.598;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:705,0,756 chrVII 607298 . A G 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;DP=109;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.807;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:505,0,1012 chrVII 607417 . T A 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;DP=135;Dels=0.01;FS=3.387;HaplotypeScore=13.0818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.289;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.148;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,62:134:99:1046,0,1352 chrVII 607457 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.160;DP=98;Dels=0.00;FS=3.599;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.012;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:98:99:519,0,1062 chrVII 607458 . C T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.520;DP=97;Dels=0.00;FS=3.688;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.538;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:97:99:518,0,1050 chrVII 607773 . C A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=78;Dels=0.00;FS=4.417;HaplotypeScore=11.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=7.44;ReadPosRankSum=-2.804;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:610,0,856 chrVII 607810 . C T 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.854;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:106:99:824,0,1284 chrVII 607851 . C A 1572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.631;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.678;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,69:109:99:1602,0,651 chrVII 608216 . A G 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.568;DP=94;Dels=0.00;FS=2.880;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.070;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,59:94:99:1032,0,627 chrVII 608396 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.740;DP=94;Dels=0.00;FS=12.341;HaplotypeScore=6.8326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.043;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:94:99:672,0,989 chrVII 608589 . A C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.773;DP=62;Dels=0.00;FS=3.906;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.108;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:588,0,583 chrVII 608627 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.601;DP=58;Dels=0.00;FS=10.117;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:471,0,601 chrVII 608636 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=60;Dels=0.00;FS=7.922;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.728;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:421,0,667 chrVII 608825 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DP=46;Dels=0.00;FS=4.727;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:430,0,388 chrVII 609250 . A C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;DP=66;Dels=0.00;FS=4.215;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.873;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:598,0,618 chrVII 609307 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DP=55;Dels=0.00;FS=4.865;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:614,0,380 chrVII 609316 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DP=54;Dels=0.00;FS=5.094;HaplotypeScore=3.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.943;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:424,0,435 chrVII 609325 . A T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=53;Dels=0.02;FS=3.055;HaplotypeScore=5.8217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:450,0,295 chrVII 609528 . T A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=87;Dels=0.00;FS=4.913;HaplotypeScore=10.5820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.876;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:529,0,913 chrVII 609644 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.075;DP=95;Dels=0.00;FS=0.779;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.434;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:95:99:681,0,854 chrVII 609928 . C T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;DP=71;Dels=0.00;FS=2.059;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:595,0,648 chrVII 610674 . G A 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.759;DP=129;Dels=0.00;FS=9.819;HaplotypeScore=4.1514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.503;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,69:129:99:1169,0,1000 chrVII 611358 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.869;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:374,0,334 chrVII 611628 . C T 47.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-6.072e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:16:77,0,16 chrVII 611766 . C T 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.690;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:103,0,176 chrVII 612759 . C T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.183;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:551,0,321 chrVII 612801 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=48;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:374,0,353 chrVII 613239 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=47;Dels=0.00;FS=2.779;HaplotypeScore=5.9133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:453,0,299 chrVII 613257 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=58;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.784;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:573,0,321 chrVII 613680 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=57;Dels=0.00;FS=4.130;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:511,0,587 chrVII 613788 . G T 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DP=30;Dels=0.00;FS=6.094;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.935;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:109,0,287 chrVII 613877 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=39;Dels=0.00;FS=9.525;HaplotypeScore=3.3655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:370,0,216 chrVII 614445 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.059;DP=41;Dels=0.00;FS=2.883;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.668;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:358,0,383 chrVII 614457 . G A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.750;DP=36;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=2.2702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:458,0,206 chrVII 614781 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.281;DP=68;Dels=0.00;FS=3.638;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:68:99:409,0,671 chrVII 615761 . C G 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;DP=94;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=5.7406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.242;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:94:99:872,0,905 chrVII 616248 . G A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=57;Dels=0.00;FS=8.448;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:439,0,480 chrVII 617190 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.622;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:263,0,407 chrVII 619702 . T C 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=102;Dels=0.00;FS=3.904;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:699,0,767 chrVII 620294 . A C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.521;DP=78;Dels=0.00;FS=1.865;HaplotypeScore=12.4256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.188;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:78:99:711,0,811 chrVII 620376 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;DP=84;Dels=0.00;FS=1.874;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:675,0,811 chrVII 620815 . A G 1383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.832;DP=200;Dels=0.00;FS=5.048;HaplotypeScore=17.6045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,85:200:99:1413,0,2108 chrVII 621574 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.281;DP=105;Dels=0.00;FS=3.838;HaplotypeScore=14.1129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.916;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:105:99:899,0,984 chrVII 622044 . A T 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.747;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,62:111:99:1200,0,906 chrVII 622130 . A G 1305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DP=158;Dels=0.00;FS=3.096;HaplotypeScore=13.7723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,70:158:99:1335,0,1873 chrVII 622579 . G A 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.254;DP=156;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.874;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,73:156:99:1032,0,1308 chrVII 622738 . C T 1122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=100;Dels=0.00;FS=9.717;HaplotypeScore=8.8659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.209;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:100:99:1152,0,765 chrVII 623101 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=62;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:396,0,611 chrVII 623199 . G A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.511;DP=74;Dels=0.00;FS=1.022;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.315;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:619,0,580 chrVII 623404 . C A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=53;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=8.8377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:503,0,495 chrVII 623585 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;DP=66;Dels=0.00;FS=16.366;HaplotypeScore=9.6847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.824;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.809;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:524,0,523 chrVII 623695 . A G 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=78;Dels=0.00;FS=20.610;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.233;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:78:99:829,0,556 chrVII 623700 . G A 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;DP=76;Dels=0.00;FS=15.495;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:76:99:877,0,546 chrVII 624410 . T G 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=46;Dels=0.00;FS=1.407;HaplotypeScore=2.5838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.213;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:46:78:78,0,633 chrVII 624442 . A G 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;DP=63;Dels=0.00;FS=2.195;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.236;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:286,0,728 chrVII 624487 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.288;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:73:99:428,0,734 chrVII 624490 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.709;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:485,0,690 chrVII 624507 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.085;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.249;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:386,0,615 chrVII 624532 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.796;DP=57;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.555;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.065;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:302,0,589 chrVII 624564 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.931;QD=6.76;ReadPosRankSum=-2.182;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:429,0,476 chrVII 625088 . G A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.970;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:665,0,568 chrVII 625204 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DP=75;Dels=0.00;FS=5.476;HaplotypeScore=12.0258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.830;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:617,0,305 chrVII 625418 . A G 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=18;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:49:129,0,49 chrVII 625784 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=25;Dels=0.00;FS=1.958;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.543;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:81:356,0,81 chrVII 625889 . G A 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=27;Dels=0.00;FS=7.156;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:209,0,200 chrVII 625898 . A G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.567;DP=24;Dels=0.00;FS=4.675;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-1.948e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:24:99:244,0,126 chrVII 625957 . G A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.767;DP=31;Dels=0.00;FS=1.497;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:31:99:293,0,159 chrVII 626137 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DP=39;Dels=0.00;FS=1.378;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:366,0,121 chrVII 626170 . C T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=46;Dels=0.00;FS=1.169;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=11.76;ReadPosRankSum=1.587;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:571,0,250 chrVII 626202 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=36;Dels=0.00;FS=1.586;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=9.92;ReadPosRankSum=-1.669;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:387,0,222 chrVII 626335 . C T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.957;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:222,0,187 chrVII 626350 . C T 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:184,0,240 chrVII 626453 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,30:43:99:468,0,198 chrVII 626470 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=43;Dels=0.00;FS=4.897;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.204;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:343,0,229 chrVII 626794 . A T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;DP=76;Dels=0.00;FS=11.341;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.526;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:647,0,623 chrVII 626899 . C T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;DP=50;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=8.7732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=5.78;ReadPosRankSum=-1.913;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:50:99:319,0,402 chrVII 627362 . A T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=63;Dels=0.00;FS=6.104;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.794;QD=10.49;ReadPosRankSum=-2.454;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:691,0,462 chrVII 627924 . A C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:626,0,685 chrVII 628345 . T C 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.655;DP=75;Dels=0.00;FS=6.138;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.808;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:613,0,711 chrVII 628917 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=77;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:77:99:452,0,775 chrVII 628958 . T G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;DP=89;Dels=0.00;FS=7.059;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.543;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:477,0,823 chrVII 630680 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.992;DP=68;Dels=0.00;FS=12.787;HaplotypeScore=4.1920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:438,0,608 chrVII 634321 . G T 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=93;Dels=0.00;FS=13.356;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=19.82;ReadPosRankSum=0.629;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:93:99:1876,185,0 chrVII 634339 . G A 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=21.73;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1945,204,0 chrVII 634381 . C T 2191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=19.92;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2224,243,0 chrVII 634480 . G A 2649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=24.53;SB=-1.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:108:99:2682,273,0 chrVII 634557 . G A 2668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=22.42;SB=-1.436e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:2701,273,0 chrVII 634626 . A G 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.441;DP=96;Dels=0.00;FS=0.818;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.431;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,59:96:99:1016,0,604 chrVII 634640 . G A 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=19.68;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:99:99:1981,216,0 chrVII 634957 . G C 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DP=74;Dels=0.00;FS=1.941;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:832,0,579 chrVII 637382 . C G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=89;Dels=0.00;FS=2.967;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:89:99:601,0,710 chrVII 637615 . T A 1334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=141;Dels=0.00;FS=6.346;HaplotypeScore=7.5490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=1.388;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.481;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,70:141:99:1364,0,1466 chrVII 637696 . G C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;DP=117;Dels=0.01;FS=3.495;HaplotypeScore=16.9179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.368;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,61:116:99:510,0,645 chrVII 638787 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.105;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.064;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:467,0,326 chrVII 638835 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=45;Dels=0.00;FS=4.590;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:425,0,278 chrVII 638846 . A T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:376,0,301 chrVII 638935 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=43;Dels=0.00;FS=3.850;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.887;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:379,0,340 chrVII 639017 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.132;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,39:57:99:663,0,241 chrVII 639055 . T G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:621,0,167 chrVII 639145 . G C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:349,0,505 chrVII 639262 . G T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=26;Dels=0.00;FS=3.442;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:201,0,238 chrVII 639331 . T C 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=48;Dels=0.00;FS=2.934;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:278,0,666 chrVII 639460 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DP=52;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=2.271;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.062;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:434,0,439 chrVII 639673 . G A 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DP=77;Dels=0.03;FS=81.540;HaplotypeScore=11.6246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=0.35;ReadPosRankSum=3.710;SB=-6.410e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,52:75:57:57,0,285 chrVII 639859 . G C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DP=29;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.317;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:29:99:154,0,257 chrVII 639931 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.800;DP=25;Dels=0.00;FS=6.701;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.202;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:189,0,236 chrVII 640411 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.835;DP=40;Dels=0.00;FS=7.194;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:293,0,382 chrVII 640432 . A G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=41;Dels=0.00;FS=9.774;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:272,0,389 chrVII 640786 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;DP=34;Dels=0.00;FS=11.171;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:244,0,403 chrVII 641220 . T C 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=39;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:248,0,363 chrVII 642162 . G A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.778;DP=119;Dels=0.00;FS=5.028;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.414;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.206;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,66:119:99:1107,0,743 chrVII 642396 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=8.25;ReadPosRankSum=2.619;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:525,0,330 chrVII 643196 . T C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.560;DP=88;Dels=0.00;FS=13.322;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:88:99:712,0,790 chrVII 643405 . T C 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.365;DP=150;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=11.7095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.813;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,62:150:99:901,0,1562 chrVII 643451 . A G 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=123;Dels=0.00;FS=2.293;HaplotypeScore=11.1451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:123:99:925,0,976 chrVII 645493 . T G 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.404;DP=80;Dels=0.00;FS=12.869;HaplotypeScore=5.8258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.926;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:844,0,655 chrVII 648752 . G A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQ0=3;MQRankSum=0.175;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:335,0,270 chrVII 649033 . A C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=64;Dels=0.00;FS=2.368;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=1.937;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:588,0,596 chrVII 649105 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.982;DP=67;Dels=0.00;FS=4.812;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:668,0,568 chrVII 650357 . A G 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;DP=63;Dels=0.00;FS=12.889;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:707,0,402 chrVII 650619 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=91;Dels=0.00;FS=3.894;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,55:91:99:802,0,440 chrVII 650626 . C T 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=92;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.596;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:92:99:791,0,537 chrVII 650689 . A G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:526,0,691 chrVII 650748 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=30;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.908;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:283,0,208 chrVII 651239 . G A 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=9.66;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,69:119:99:1179,0,884 chrVII 651434 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DP=36;Dels=0.00;FS=7.993;HaplotypeScore=4.3133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.286;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:36:99:468,0,263 chrVII 652013 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.874;DP=38;Dels=0.00;FS=6.644;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.482;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:234,0,342 chrVII 652017 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=39;Dels=0.00;FS=4.646;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:259,0,342 chrVII 652593 . G T 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.006;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,41:63:99:899,0,412 chrVII 653088 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.533;DP=54;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:528,0,418 chrVII 653248 . A C 147.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.028;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:33:99:177,0,131 chrVII 653526 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.849;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,22:79:99:246,0,1048 chrVII 653975 . A G 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=60;Dels=0.00;FS=11.596;HaplotypeScore=2.7202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.245;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:67:67,0,667 chrVII 654783 . T C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=30;Dels=0.00;FS=6.219;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=7.80;ReadPosRankSum=2.074;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:30:99:264,0,230 chrVII 655063 . C G 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;DP=34;Dels=0.00;FS=8.183;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.957;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:99:136,0,462 chrVII 655090 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=40;Dels=0.00;FS=4.527;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.335;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:181,0,468 chrVII 655504 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=58;Dels=0.00;FS=12.438;HaplotypeScore=6.5376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=2.610;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:457,0,445 chrVII 656248 . T G 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DP=109;Dels=0.00;FS=2.657;HaplotypeScore=10.5023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.226;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.246;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:109:99:968,0,1237 chrVII 656502 . A T 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.953;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:99:1190,0,1168 chrVII 656911 . T C 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;DP=56;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.501;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:659,0,409 chrVII 656948 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.551;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:522,0,474 chrVII 657040 . C G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=55;Dels=0.00;FS=10.102;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:513,0,584 chrVII 657221 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.411;DP=69;Dels=0.00;FS=3.322;HaplotypeScore=2.5747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:353,0,483 chrVII 657312 . A T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.882;DP=58;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:587,0,584 chrVII 657389 . G A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.260;DP=66;Dels=0.00;FS=9.457;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.716;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:66:99:621,0,470 chrVII 657546 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=67;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.525;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:370,0,656 chrVII 657793 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.958;DP=67;Dels=0.00;FS=2.018;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:370,0,395 chrVII 657794 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=70;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.119;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:70:99:353,0,439 chrVII 658597 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=76;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.644;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:599,0,732 chrVII 658613 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.946;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:85:99:607,0,914 chrVII 658876 . T A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;DP=72;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:456,0,644 chrVII 660121 . C T 1332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.955;DP=123;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=4.1301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=10.83;ReadPosRankSum=-1.918;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:123:99:1362,0,1178 chrVII 660621 . T C 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=131;Dels=0.01;FS=8.180;HaplotypeScore=13.5629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.991;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:130:99:887,0,1143 chrVII 661260 . T A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.360;DP=75;Dels=0.00;FS=2.254;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:603,0,492 chrVII 661323 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;DP=82;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=7.2336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:82:99:453,0,683 chrVII 661442 . C G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=59;Dels=0.00;FS=3.765;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:59:99:647,0,464 chrVII 661475 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DP=61;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.191;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:660,0,583 chrVII 661628 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;DP=45;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:366,0,501 chrVII 661734 . T C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;DP=76;Dels=0.00;FS=9.691;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.727;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:626,0,659 chrVII 661735 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;DP=75;Dels=0.00;FS=9.832;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:610,0,648 chrVII 661892 . T A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:439,0,318 chrVII 664238 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=51;Dels=0.00;FS=2.388;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:401,0,443 chrVII 664328 . A G 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.680;DP=43;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:239,0,459 chrVII 664517 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:568,0,450 chrVII 664995 . G A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;DP=86;Dels=0.00;FS=1.782;HaplotypeScore=5.8410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:86:99:615,0,924 chrVII 665377 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.852;DP=73;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=7.8281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:629,0,720 chrVII 666547 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=67;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.008;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:490,0,659 chrVII 666548 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.072;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:498,0,676 chrVII 668284 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=58;Dels=0.00;FS=4.770;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:302,0,559 chrVII 670910 . C A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.298;DP=93;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:780,0,783 chrVII 671248 . C A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.264;DP=69;Dels=0.00;FS=0.989;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:69:99:347,0,765 chrVII 671252 . C G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=70;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.943;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.151;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:70:99:282,0,746 chrVII 671327 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;DP=55;Dels=0.00;FS=8.008;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.643;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:358,0,622 chrVII 672032 . A G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DP=25;Dels=0.00;FS=3.862;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:244,0,226 chrVII 672695 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=29;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:303,0,211 chrVII 674150 . C T 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.424;DP=50;Dels=0.00;FS=5.751;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:249,0,454 chrVII 674712 . C A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.393;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:512,0,607 chrVII 674874 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;DP=68;Dels=0.00;FS=6.594;HaplotypeScore=3.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=7.96;ReadPosRankSum=2.352;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:571,0,626 chrVII 677835 . C G 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=19;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.674;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:158,0,109 chrVII 678429 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=47;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:474,0,348 chrVII 680605 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=50;Dels=0.00;FS=1.160;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:522,0,342 chrVII 681086 . G A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=56;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:553,0,348 chrVII 681289 . G A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DP=65;Dels=0.00;FS=3.476;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:567,0,454 chrVII 681411 . T C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;DP=29;Dels=0.00;FS=6.273;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:348,0,136 chrVII 682394 . C T 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=20.66;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1789,173,0 chrVII 682525 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.164;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:586,0,503 chrVII 682639 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.657;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:505,0,462 chrVII 683391 . A T 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.69;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1349,138,0 chrVII 684022 . A G 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;DP=88;Dels=0.00;FS=1.751;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:913,0,826 chrVII 684041 . G A 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.088;DP=86;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=2.7510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:86:99:910,0,820 chrVII 684165 . A G 1207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DP=134;Dels=0.00;FS=4.263;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.095;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,62:134:99:1237,0,1428 chrVII 684595 . A G 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DP=108;Dels=0.00;FS=7.576;HaplotypeScore=8.9192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.292;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:857,0,1015 chrVII 684623 . G T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=101;Dels=0.00;FS=2.589;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.303;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:834,0,821 chrVII 684644 . G A 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.134;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.517;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.019;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:105:99:757,0,829 chrVII 684645 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.853;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.894;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:747,0,808 chrVII 684687 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.198;DP=92;Dels=0.00;FS=5.331;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.949;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:758,0,826 chrVII 684802 . T C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.553;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=7.89;ReadPosRankSum=2.090;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:79:99:653,0,890 chrVII 685328 . T A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DP=78;Dels=0.00;FS=4.633;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:780,0,688 chrVII 685491 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=97;Dels=0.00;FS=6.599;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.371;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:730,0,827 chrVII 685720 . G T 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.234;DP=91;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.125;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:889,0,756 chrVII 685949 . G A 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.737;DP=90;Dels=0.00;FS=10.836;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:1012,0,690 chrVII 686099 . A T 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=89;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.533;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,54:89:99:1047,0,662 chrVII 686121 . T C 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=86;Dels=0.00;FS=1.809;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.290;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,50:86:99:980,0,641 chrVII 686253 . C A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=74;Dels=0.00;FS=1.994;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.073;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:547,0,924 chrVII 686708 . C T 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.669;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:859,0,773 chrVII 686720 . T C 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.349;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:856,0,689 chrVII 686883 . G T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=58;Dels=0.00;FS=15.018;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:500,0,617 chrVII 686910 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=62;Dels=0.02;FS=8.949;HaplotypeScore=8.4460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.252;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:525,0,613 chrVII 687012 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=89;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=14.9302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:755,0,684 chrVII 687222 . A G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.156;DP=81;Dels=0.00;FS=14.110;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:584,0,856 chrVII 687223 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.965;DP=81;Dels=0.00;FS=14.110;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.043;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:615,0,844 chrVII 687321 . A C 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.891;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.035;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:87:99:857,0,796 chrVII 687814 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.886;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.948;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:453,0,730 chrVII 688371 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.422;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=9.05;ReadPosRankSum=2.097;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:419,0,351 chrVII 688494 . T C 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.969;DP=109;Dels=0.00;FS=2.484;HaplotypeScore=12.5493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.018;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:109:99:980,0,975 chrVII 688726 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;DP=79;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=5.1357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.250;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:724,0,756 chrVII 689170 . G T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=45;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:426,0,347 chrVII 689263 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;DP=62;Dels=0.00;FS=3.875;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:538,0,746 chrVII 689420 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;DP=55;Dels=0.00;FS=2.335;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.503;QD=7.96;ReadPosRankSum=-2.401;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:468,0,580 chrVII 689454 . A G 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=18.80;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1067,117,0 chrVII 689458 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DP=55;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=2.4839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.145;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:297,0,471 chrVII 689803 . C T 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.097;DP=59;Dels=0.00;FS=13.189;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.332;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:709,0,316 chrVII 689812 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=60;Dels=0.00;FS=10.003;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.514;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:664,0,351 chrVII 690035 . G A 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.820;DP=93;Dels=0.01;FS=1.699;HaplotypeScore=13.0090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.618;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:738,0,888 chrVII 690039 . G C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=98;Dels=0.00;FS=1.664;HaplotypeScore=15.3518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.093;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:98:99:704,0,834 chrVII 690131 . C T 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=19.43;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1063,111,0 chrVII 690262 . T C 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=110;Dels=0.00;FS=14.332;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,37:110:99:573,0,1342 chrVII 690379 . A G 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=81;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.235;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:816,0,733 chrVII 690505 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.906;DP=78;Dels=0.00;FS=5.933;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.874;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:575,0,960 chrVII 690685 . G A 1224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.326;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,63:113:99:1254,0,810 chrVII 690847 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=93;Dels=0.00;FS=2.756;HaplotypeScore=6.8490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.855;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:716,0,1037 chrVII 690893 . C T 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.347;DP=86;Dels=0.00;FS=2.855;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:86:99:883,0,759 chrVII 691114 . G A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.230;DP=69;Dels=0.00;FS=0.921;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:69:99:822,0,466 chrVII 691370 . C A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=56;Dels=0.00;FS=19.528;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=11.50;ReadPosRankSum=1.548;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:674,0,285 chrVII 691567 . A G 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;DP=76;Dels=0.00;FS=3.084;HaplotypeScore=9.7200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.065;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:635,0,576 chrVII 692182 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.098;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:84:99:579,0,914 chrVII 692218 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;DP=69;Dels=0.00;FS=2.156;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:69:99:494,0,734 chrVII 692371 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=39;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.902;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:266,0,368 chrVII 692729 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=50;Dels=0.00;FS=1.208;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:325,0,378 chrVII 692791 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=60;Dels=0.00;FS=3.426;HaplotypeScore=3.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:453,0,639 chrVII 692857 . T C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:341,0,286 chrVII 692867 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;DP=35;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.150;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:308,0,204 chrVII 693017 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:525,0,448 chrVII 694371 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=78;Dels=0.00;FS=4.481;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:842,0,769 chrVII 695091 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=2.245;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.564;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:687,0,950 chrVII 695230 . T A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DP=76;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:543,0,898 chrVII 695464 . T A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;DP=101;Dels=0.00;FS=0.763;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:796,0,1117 chrVII 696190 . T C 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=131;Dels=0.00;FS=3.117;HaplotypeScore=11.9225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.379;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:131:99:1221,0,1124 chrVII 696936 . A G 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.363;DP=85;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=3.5654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=2.073;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:85:99:1033,0,724 chrVII 696994 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;DP=55;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=6.15;ReadPosRankSum=2.376;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:368,0,578 chrVII 697071 . A G 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;DP=129;Dels=0.01;FS=2.688;HaplotypeScore=10.1642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.067;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:128:99:1090,0,1181 chrVII 697514 . A G 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;DP=87;Dels=0.00;FS=1.833;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.013;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:748,0,593 chrVII 697547 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.992;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:752,0,519 chrVII 697548 . G A 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=20.41;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1686,177,0 chrVII 697829 . A G 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.03;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1355,147,0 chrVII 697892 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.208;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:501,0,592 chrVII 698057 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=84;Dels=0.00;FS=1.836;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:365,0,707 chrVII 698120 . C T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=8.51;ReadPosRankSum=2.479;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:821,0,832 chrVII 698252 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.104;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.185;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:352,0,266 chrVII 698376 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.975;DP=70;Dels=0.00;FS=2.219;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.983;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:651,0,534 chrVII 698504 . A G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.596;DP=93;Dels=0.00;FS=5.900;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.531;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:667,0,841 chrVII 698507 . T A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=87;Dels=0.00;FS=14.412;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.065;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:660,0,813 chrVII 698531 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=92;Dels=0.00;FS=2.826;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.638;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.533;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:92:99:574,0,1012 chrVII 699232 . T C 1105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;DP=119;Dels=0.00;FS=2.399;HaplotypeScore=13.3102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,60:119:99:1135,0,996 chrVII 699298 . C T 1483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.941;DP=141;Dels=0.00;FS=6.339;HaplotypeScore=13.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.743;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,72:141:99:1513,0,1135 chrVII 699348 . C T 1212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.286;DP=135;Dels=0.00;FS=0.646;HaplotypeScore=12.9644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=8.98;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:135:99:1242,0,1243 chrVII 699813 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.259;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.299;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,33:107:99:496,0,1343 chrVII 699971 . C A 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DP=100;Dels=0.00;FS=2.728;HaplotypeScore=8.0301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,64:100:99:1123,0,469 chrVII 700024 . C T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=69;Dels=0.01;FS=42.014;HaplotypeScore=22.0548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=1.712;QD=0.64;ReadPosRankSum=-4.670;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,17:68:74:74,0,335 chrVII 700028 . T C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=72;Dels=0.01;FS=9.484;HaplotypeScore=15.5739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=3.25;ReadPosRankSum=2.866;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:71:79:264,0,79 chrVII 700051 . T C 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.027;DP=78;Dels=0.00;FS=8.394;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.120;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:717,0,699 chrVII 700436 . T C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.997;DP=97;Dels=0.00;FS=8.667;HaplotypeScore=6.4213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.031;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:97:99:888,0,742 chrVII 700532 . A T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;DP=54;Dels=0.00;FS=2.379;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.835;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:372,0,521 chrVII 700554 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DP=50;Dels=0.00;FS=10.716;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.959;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.097;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:310,0,451 chrVII 700580 . G C 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=48;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.914;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:237,0,455 chrVII 700611 . T C 241.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=48;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.490;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:271,0,457 chrVII 700613 . A C 235.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;DP=48;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.742;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.631;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:265,0,422 chrVII 700617 . G A 274.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;DP=49;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.64;MQ0=0;MQRankSum=-5.750;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.030;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:304,0,385 chrVII 700627 . C T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;DP=43;Dels=0.00;FS=4.854;HaplotypeScore=10.3027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=-5.077;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.497;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:279,0,328 chrVII 700641 . C A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.971;DP=37;Dels=0.00;FS=4.846;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.770;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:301,0,254 chrVII 700652 . T A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=36;Dels=0.00;FS=7.473;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.353;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:259,0,272 chrVII 700660 . C T 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.380;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:153,0,223 chrVII 700775 . G A 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.379;DP=76;Dels=0.00;FS=9.691;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:76:99:637,0,597 chrVII 701087 . G C 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;DP=96;Dels=0.00;FS=9.327;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.562;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:869,0,870 chrVII 701229 . A T 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=107;Dels=0.00;FS=12.847;HaplotypeScore=14.3942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.234;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:823,0,757 chrVII 701232 . C T 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.969;DP=102;Dels=0.00;FS=15.858;HaplotypeScore=14.5619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.520;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:102:99:830,0,707 chrVII 701313 . T A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=32;Dels=0.00;FS=5.724;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.180;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:32:99:337,0,112 chrVII 701385 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;DP=31;Dels=0.00;FS=28.843;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.819;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.874;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,24:31:98:474,0,98 chrVII 701596 . G A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;DP=56;Dels=0.00;FS=11.767;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:748,0,402 chrVII 701914 . T A 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=92;Dels=0.00;FS=6.780;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:881,0,761 chrVII 701981 . C T 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.389;DP=109;Dels=0.00;FS=2.569;HaplotypeScore=14.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,65:109:99:1143,0,713 chrVII 702018 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.043;DP=101;Dels=0.00;FS=3.908;HaplotypeScore=5.0421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.522;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:802,0,717 chrVII 702020 . G A 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.722;DP=102;Dels=0.00;FS=2.703;HaplotypeScore=6.5101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.942;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,58:102:99:878,0,760 chrVII 702160 . T C 1095.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;DP=120;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=9.13;ReadPosRankSum=2.262;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,60:120:99:1125,0,1189 chrVII 702626 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=50;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.210;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:446,0,516 chrVII 702776 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DP=90;Dels=0.00;FS=2.921;HaplotypeScore=3.6674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.896;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:505,0,836 chrVII 702790 . A C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;DP=87;Dels=0.00;FS=7.544;HaplotypeScore=5.8048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.117;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:461,0,840 chrVII 702791 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=86;Dels=0.00;FS=5.815;HaplotypeScore=6.7836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.291;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:454,0,748 chrVII 702821 . T C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.927;DP=78;Dels=0.00;FS=1.853;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.213;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:406,0,782 chrVII 703087 . T A 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.170;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.140;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,47:71:99:970,0,428 chrVII 703157 . G A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=74;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.098;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:805,0,590 chrVII 703431 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;DP=59;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:471,0,628 chrVII 703454 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.841;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.372;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:339,0,458 chrVII 705215 . C T 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=27.26;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1996,204,0 chrVII 706333 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:374,0,488 chrVII 706337 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=47;Dels=0.00;FS=2.754;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.695;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:266,0,459 chrVII 707080 . T C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.001;DP=89;Dels=0.01;FS=1.058;HaplotypeScore=24.6430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.060;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.871;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:88:99:456,0,805 chrVII 712963 . A G 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.711;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:819,0,829 chrVII 713686 . G A 1178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.492;DP=114;Dels=0.00;FS=2.445;HaplotypeScore=9.2565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,61:114:99:1208,0,1031 chrVII 713767 . T G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;DP=46;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:510,0,380 chrVII 714424 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.875;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:538,0,955 chrVII 714699 . G T 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.511;DP=77;Dels=0.00;FS=1.912;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:77:99:878,0,533 chrVII 715352 . T C 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.058;DP=105;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.388;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:951,0,1051 chrVII 716116 . A T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=46;Dels=0.00;FS=2.736;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=1.744;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.525;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:242,0,559 chrVII 716136 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.154;DP=38;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.199;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:38:99:428,0,197 chrVII 717036 . A G 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.01;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1672,186,0 chrVII 717714 . A T 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=18.48;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:643,66,0 chrVII 718052 . T G 55.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DP=39;Dels=0.00;FS=37.798;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-6.476e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:39:85:85,0,424 chrVII 720024 . T A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;DP=70;Dels=0.00;FS=3.260;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.511;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:681,0,693 chrVII 720308 . A G 1785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=22.59;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1818,198,0 chrVII 720342 . C T 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=21.27;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1586,165,0 chrVII 721075 . T G 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.16;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1355,150,0 chrVII 721368 . A G 2394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=101;Dels=0.00;FS=3.054;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=23.70;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2427,264,0 chrVII 722334 . G A 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=17.52;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:93:839,93,0 chrVII 722341 . G A 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=18.07;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:774,81,0 chrVII 722662 . T A 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=5.071;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=19.47;ReadPosRankSum=1.655;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:93:909,93,0 chrVII 723583 . C T 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=25.33;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2490,261,0 chrVII 723984 . T C 4089.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=182;Dels=0.00;FS=6.141;HaplotypeScore=11.1171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=22.47;ReadPosRankSum=1.761;SB=-2.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,180:182:99:4089,432,0 chrVII 724567 . C T 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=20.45;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1383,150,0 chrVII 724918 . G A 1290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.45;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1323,135,0 chrVII 724987 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:602,0,765 chrVII 725021 . C T 2043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=25.22;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2076,213,0 chrVII 725111 . T C 2420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=25.47;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2453,264,0 chrVII 725478 . C T 2518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.16;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2551,264,0 chrVII 725577 . G A 3320.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=22.90;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:3320,343,0 chrVII 725720 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;DP=77;Dels=0.00;FS=1.996;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.689;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:77:99:392,0,855 chrVII 726549 . C A 254.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.234;DP=105;Dels=0.00;FS=2.767;HaplotypeScore=9.4038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.048;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.561;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:105:99:284,0,489 chrVII 726550 . A T 285.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DP=105;Dels=0.00;FS=3.883;HaplotypeScore=9.4038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.432;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.484;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:315,0,480 chrVII 726553 . C T 390.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.374;DP=116;Dels=0.00;FS=0.740;HaplotypeScore=10.1925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.991;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,58:116:99:420,0,545 chrVII 726692 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DP=68;Dels=0.00;FS=1.749;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:732,0,638 chrVII 726889 . C T 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=20.81;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1989,210,0 chrVII 727123 . G A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DP=50;Dels=0.00;FS=1.111;HaplotypeScore=2.7335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:560,0,312 chrVII 727267 . T A 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=20.84;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1617,171,0 chrVII 727448 . C T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.889;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:751,0,397 chrVII 729257 . G T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.215;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:210,0,166 chrVII 729374 . T C 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=20.60;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:548,60,0 chrVII 730905 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.403;DP=50;Dels=0.00;FS=1.407;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:342,0,693 chrVII 730986 . C T 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.546;DP=76;Dels=0.00;FS=1.227;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:76:99:965,0,536 chrVII 731129 . G A 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.794;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:690,0,858 chrVII 731803 . A T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:500,0,500 chrVII 731805 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.476;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:66:99:455,0,522 chrVII 733088 . G T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.482;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:423,0,488 chrVII 734501 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:560,0,681 chrVII 734668 . A T 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=21.78;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1819,192,0 chrVII 734932 . T C 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;DP=87;Dels=0.00;FS=7.303;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.813;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:896,0,880 chrVII 734999 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.565;DP=109;Dels=0.00;FS=12.693;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.111;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:109:99:807,0,1241 chrVII 735252 . A G 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.387;DP=112;Dels=0.00;FS=21.143;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.082;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:112:99:1095,0,825 chrVII 735469 . T C 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.786;DP=108;Dels=0.00;FS=3.591;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:108:99:941,0,862 chrVII 735644 . C A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=109;Dels=0.00;FS=8.086;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,40:109:99:579,0,1404 chrVII 735690 . G A 1211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;DP=110;Dels=0.00;FS=0.715;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.434;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,65:110:99:1241,0,855 chrVII 735833 . T A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=89;Dels=0.00;FS=14.490;HaplotypeScore=10.1127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.67;MQ0=0;MQRankSum=2.461;QD=4.11;ReadPosRankSum=-2.805;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,28:89:99:396,0,1298 chrVII 736284 . T A 775.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=67;Dels=0.00;FS=6.822;HaplotypeScore=1.9248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.99;MQ0=4;MQRankSum=-1.248;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.379;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:805,0,647 chrVII 737189 . C A 3927.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.24;SB=-2.311e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:169:99:3927,403,0 chrVII 737862 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.425;DP=79;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=7.95;ReadPosRankSum=2.102;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:658,0,600 chrVII 738152 . C T 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.822;DP=65;Dels=0.00;FS=1.183;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:431,0,758 chrVII 738177 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.663;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.852;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:698,0,389 chrVII 738178 . C T 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.174;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:431,0,634 chrVII 738192 . G A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.082;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:575,0,395 chrVII 738263 . G C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=42;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:342,0,443 chrVII 738379 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=83;Dels=0.00;FS=1.977;HaplotypeScore=8.9855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.287;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:517,0,672 chrVII 738435 . T A 2068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=23.24;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2101,222,0 chrVII 738466 . T C 2032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=24.48;ReadPosRankSum=1.607;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2065,219,0 chrVII 738493 . G A 2012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=23.40;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2045,210,0 chrVII 738540 . G A 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.30;MQ0=0;QD=19.86;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1344,138,0 chrVII 738565 . C T 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.66;MQ0=0;QD=18.91;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1357,141,0 chrVII 738759 . T C 2247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.432;DP=107;Dels=0.00;FS=15.687;HaplotypeScore=7.8904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=21.00;ReadPosRankSum=3.447;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:107:99:2280,229,0 chrVII 738861 . C T 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.59;MQ0=0;QD=23.60;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1803,201,0 chrVII 738891 . A T 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;QD=20.72;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1649,174,0 chrVII 739026 . A C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DP=84;Dels=0.00;FS=7.235;HaplotypeScore=3.6659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.649;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:704,0,861 chrVII 739067 . C G 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=21.00;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1671,186,0 chrVII 739069 . A T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=2.294;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.462;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:582,0,594 chrVII 739081 . T C 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=3.571;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=20.17;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1364,150,0 chrVII 739088 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.313;DP=68;Dels=0.00;FS=3.350;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.479;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:484,0,634 chrVII 739200 . C T 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.906;DP=71;Dels=0.00;FS=13.726;HaplotypeScore=16.6096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=12.80;ReadPosRankSum=4.292;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:93:942,93,0 chrVII 739206 . A G 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.697;DP=72;Dels=0.00;FS=8.270;HaplotypeScore=4.6965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.304;QD=14.89;ReadPosRankSum=3.697;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:72:99:1105,123,0 chrVII 739263 . T A 324.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=74;Dels=0.00;FS=7.958;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:354,0,463 chrVII 739268 . T C 486.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;DP=76;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.75;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.629;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:516,0,335 chrVII 739273 . C T 353.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.162;DP=77;Dels=0.00;FS=11.611;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:383,0,491 chrVII 739306 . A C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;DP=66;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.539;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:498,0,494 chrVII 739449 . T C 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=18.98;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1001,111,0 chrVII 739461 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.209;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.800;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:256,0,469 chrVII 739469 . G A 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;QD=17.77;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:815,87,0 chrVII 739476 . C G 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.33;MQ0=0;QD=14.98;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:72:647,72,0 chrVII 739619 . A C 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=18.38;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:805,84,0 chrVII 739622 . A T 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=18.52;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:811,84,0 chrVII 739868 . C A 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=18.28;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1093,120,0 chrVII 739889 . T A 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:962,105,0 chrVII 740304 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.397;DP=46;Dels=0.00;FS=4.040;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.396;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:377,0,454 chrVII 740339 . T C 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.07;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:54:99:1117,123,0 chrVII 740372 . T C 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=17.15;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:90:856,90,0 chrVII 740444 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=35;Dels=0.00;FS=3.267;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:445,0,166 chrVII 740993 . A G 386 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=16.08;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:419,45,0 chrVII 741000 . A C 371 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=16.13;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:404,45,0 chrVII 741002 . A G 360 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=15.65;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:393,42,0 chrVII 741047 . C T 401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=19.10;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:45:434,45,0 chrVII 741068 . C T 426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=19.36;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:459,48,0 chrVII 741442 . C T 594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=21.21;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:627,66,0 chrVII 741491 . T C 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.49;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:820,90,0 chrVII 741692 . C T 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=20.23;ReadPosRankSum=0.911;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:1995,210,0 chrVII 741756 . A G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;DP=72;Dels=0.00;FS=7.838;HaplotypeScore=6.3489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.331;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,46:72:99:868,0,374 chrVII 741819 . A G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DP=86;Dels=0.00;FS=8.595;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:735,0,969 chrVII 742025 . C A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DP=51;Dels=0.00;FS=10.821;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.912;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:539,0,383 chrVII 742069 . T C 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=81;Dels=0.00;FS=5.174;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.644;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:81:99:1586,168,0 chrVII 742081 . G A 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=19.13;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1774,183,0 chrVII 742129 . T C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;DP=92;Dels=0.00;FS=3.131;HaplotypeScore=14.4208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:92:99:478,0,506 chrVII 742162 . T C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.423;DP=88;Dels=0.00;FS=1.077;HaplotypeScore=57.9863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,16:88:60:60,0,496 chrVII 742219 . A T 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.10;MQ0=0;QD=18.16;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1486,156,0 chrVII 742255 . G A 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.75;MQ0=0;QD=13.49;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1288,135,0 chrVII 742270 . T C 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:893,99,0 chrVII 742276 . C T 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.19;MQ0=0;QD=12.07;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:90:842,90,0 chrVII 742290 . G A 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.45;MQ0=0;QD=12.03;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:75:731,75,0 chrVII 742302 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.230;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:202,0,359 chrVII 742390 . A G 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=90;Dels=0.00;FS=4.006;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.777;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:975,0,631 chrVII 742513 . T C 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=55;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=18.36;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1043,114,0 chrVII 742639 . A T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.799;DP=109;Dels=0.00;FS=2.472;HaplotypeScore=10.3308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,56:109:99:809,0,1088 chrVII 742966 . G C 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=17.51;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:1609,174,0 chrVII 743032 . G A 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.25;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1924,201,0 chrVII 743284 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=48;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:405,0,392 chrVII 743456 . G A 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.61;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1436,144,0 chrVII 743539 . A G 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=20.59;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1289,138,0 chrVII 743755 . G A 2136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.42;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2169,240,0 chrVII 743797 . G A 1922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.36;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1955,204,0 chrVII 743803 . T C 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.696;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:1866,201,0 chrVII 743899 . T C 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.91;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1316,141,0 chrVII 744064 . C T 2541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=110;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=5.8302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=23.10;ReadPosRankSum=0.819;SB=-1.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2574,270,0 chrVII 744469 . A G 2062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=22.17;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2095,228,0 chrVII 744682 . T C 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=23.89;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1753,192,0 chrVII 744730 . A G 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=16.78;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1157,135,0 chrVII 744731 . G A 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=16.42;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1166,132,0 chrVII 744769 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.763;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:374,0,467 chrVII 745003 . A C 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=20.63;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1931,207,0 chrVII 745285 . T A 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.716;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:278,0,420 chrVII 745446 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.447;DP=86;Dels=0.05;FS=3.010;HaplotypeScore=28.9220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.005;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:644,0,702 chrVII 745560 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=49;Dels=0.00;FS=12.780;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=13.08;ReadPosRankSum=-2.153;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:671,0,265 chrVII 745588 . G A 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:93:852,93,0 chrVII 745694 . C G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=75;Dels=0.00;FS=3.226;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.774;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:496,0,717 chrVII 745712 . G T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;DP=99;Dels=0.00;FS=5.135;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.627;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.477;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:514,0,948 chrVII 745730 . T G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DP=105;Dels=0.00;FS=6.144;HaplotypeScore=8.7885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.54;MQ0=0;MQRankSum=-6.365;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:105:99:491,0,967 chrVII 745746 . C G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;DP=92;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=102.3044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=-6.733;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:92:99:337,0,865 chrVII 745777 . C T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;DP=85;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=1.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.679;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:356,0,863 chrVII 745888 . G A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=51;Dels=0.00;FS=2.589;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:451,0,304 chrVII 745891 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.567;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.056;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:47:99:461,0,246 chrVII 745981 . C T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=33;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=8.2189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:33:99:240,0,180 chrVII 746194 . G A 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=25.12;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1540,162,0 chrVII 746541 . A C 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=19.01;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1459,159,0 chrVII 746615 . T C 78.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=50;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.465e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:12:111,12,0 chrVII 746628 . C A 292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=55;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.597;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:36:325,36,0 chrVII 746824 . A G 2482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=21.96;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2515,276,0 chrVII 746836 . T C 2099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=20.58;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:2132,231,0 chrVII 747045 . C T 2012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=19.92;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2045,219,0 chrVII 747090 . T G 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=11.49;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1148,123,0 chrVII 747244 . G A 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=21.36;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1849,207,0 chrVII 747255 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.590;DP=78;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:828,0,691 chrVII 747409 . A G 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.15;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:111:99:2381,258,0 chrVII 747544 . C T 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=87;Dels=0.00;FS=3.496;HaplotypeScore=3.6139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.958;QD=20.75;ReadPosRankSum=1.569;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:1838,189,0 chrVII 747545 . A G 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=88;Dels=0.00;FS=3.485;HaplotypeScore=3.6139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=19.59;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:1757,189,0 chrVII 747860 . G A 3512.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.751e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:163:99:3512,381,0 chrVII 747900 . G A 1323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=149;Dels=0.00;FS=2.267;HaplotypeScore=15.6461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.586;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,75:149:99:1353,0,1450 chrVII 748014 . A G 3616.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=23.79;SB=-1.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:152:99:3616,390,0 chrVII 748310 . A G 2420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.883;DP=112;Dels=0.00;FS=5.368;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=21.61;ReadPosRankSum=2.829;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:2453,264,0 chrVII 748553 . C T 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;DP=90;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.954;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:811,0,780 chrVII 748625 . A G 1354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.162;DP=162;Dels=0.00;FS=19.143;HaplotypeScore=7.6298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,79:162:99:1384,0,1667 chrVII 748643 . T C 1326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.018;DP=157;Dels=0.00;FS=13.778;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.521;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,74:157:99:1356,0,1590 chrVII 748756 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=61;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.938;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.167;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:702,0,516 chrVII 748979 . T C 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.359;DP=114;Dels=0.00;FS=0.718;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:114:99:921,0,1101 chrVII 749294 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=85;Dels=0.00;FS=2.881;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.824;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:661,0,669 chrVII 749414 . T C 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.168;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,48:116:99:777,0,1219 chrVII 749486 . C T 1261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=2.455;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:120:99:1291,0,1050 chrVII 749615 . A T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.785;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:684,0,877 chrVII 749684 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=105;Dels=0.00;FS=3.793;HaplotypeScore=3.4362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:587,0,1085 chrVII 749702 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.246;DP=109;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:109:99:606,0,1102 chrVII 749720 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,41:106:99:615,0,1083 chrVII 749782 . T C 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=16.71;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1336,144,0 chrVII 749791 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.704;DP=69;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.005;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:481,0,535 chrVII 749804 . A G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=66;Dels=0.00;FS=2.360;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.651;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:470,0,393 chrVII 749818 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.604;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.378;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.253;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:532,0,339 chrVII 749837 . C A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.036;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:522,0,404 chrVII 749969 . A G 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=118;Dels=0.00;FS=5.933;HaplotypeScore=9.1355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.938;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,54:118:99:926,0,1160 chrVII 750123 . G A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:430,0,363 chrVII 750173 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=67;Dels=0.00;FS=3.437;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:507,0,601 chrVII 750272 . A T 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=122;Dels=0.00;FS=4.620;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:99:973,0,1244 chrVII 750344 . C T 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=89;Dels=0.00;FS=0.805;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.757;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:882,0,816 chrVII 750394 . C A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=55;Dels=0.00;FS=4.010;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.549;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:498,0,471 chrVII 750612 . T A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=87;Dels=0.00;FS=7.388;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:87:99:595,0,1168 chrVII 750918 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.773;DP=68;Dels=0.00;FS=3.744;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:406,0,724 chrVII 750949 . C G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DP=97;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=11.9777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=3.79;ReadPosRankSum=2.064;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,37:97:99:398,0,1145 chrVII 750972 . G A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.356;DP=124;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=8.1769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:124:99:741,0,1408 chrVII 751238 . G A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;DP=127;Dels=0.00;FS=0.671;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,52:127:99:879,0,1418 chrVII 751388 . T A 1294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=180;Dels=0.01;FS=11.547;HaplotypeScore=34.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,100:179:99:1324,0,1455 chrVII 751583 . A C 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.223;DP=102;Dels=0.00;FS=8.510;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:749,0,871 chrVII 751595 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.297;DP=105;Dels=0.00;FS=8.024;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=7.26;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:105:99:792,0,715 chrVII 751660 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=81;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.213;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:587,0,580 chrVII 751927 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:544,0,432 chrVII 752078 . C T 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DP=75;Dels=0.00;FS=2.135;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:739,0,589 chrVII 752129 . A C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;DP=67;Dels=0.00;FS=4.830;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:67:99:441,0,685 chrVII 752357 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:455,0,267 chrVII 752411 . T C 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.703;DP=69;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=10.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.580;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:759,0,373 chrVII 752477 . T G 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.539;DP=75;Dels=0.00;FS=1.991;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:684,0,676 chrVII 752554 . T C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.259;DP=83;Dels=0.00;FS=6.497;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:704,0,917 chrVII 752597 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=54;Dels=0.00;FS=3.798;HaplotypeScore=3.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:526,0,459 chrVII 752843 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.553;DP=54;Dels=0.00;FS=10.852;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:399,0,403 chrVII 752846 . A T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;DP=54;Dels=0.00;FS=14.133;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.069;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:432,0,430 chrVII 752902 . C T 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DP=57;Dels=0.00;FS=5.821;HaplotypeScore=7.6168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.890;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:246,0,442 chrVII 752948 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=6.47;ReadPosRankSum=2.098;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:334,0,387 chrVII 753204 . C T 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=100;Dels=0.00;FS=5.250;HaplotypeScore=7.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=2.011;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:100:99:695,0,861 chrVII 753494 . G A 1637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.325;DP=184;Dels=0.00;FS=0.541;HaplotypeScore=10.3804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.410;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,88:184:99:1667,0,1776 chrVII 753925 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.560;DP=56;Dels=0.00;FS=9.874;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.527;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:434,0,505 chrVII 754427 . G T 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=34;Dels=0.00;FS=1.444;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:155,0,335 chrVII 754453 . C T 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.627;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:167,0,404 chrVII 754545 . G A 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=22;Dels=0.00;FS=8.073;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:141,0,277 chrVII 754555 . G A 250.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;DP=21;Dels=0.00;FS=4.191;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.616;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:280,0,138 chrVII 754634 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:54:99:493,0,517 chrVII 754648 . C G 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=23.15;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1422,156,0 chrVII 754670 . G C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=73;Dels=0.01;FS=3.920;HaplotypeScore=11.6375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.362;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:72:99:547,0,717 chrVII 754860 . C G 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=20;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:255,0,139 chrVII 755085 . T C 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.624;DP=84;Dels=0.00;FS=3.127;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.288;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:805,0,893 chrVII 755549 . T A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=77;Dels=0.01;FS=4.805;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:477,0,942 chrVII 756297 . C T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:545,0,444 chrVII 756484 . G A 1356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=160;Dels=0.00;FS=1.294;HaplotypeScore=23.5995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,98:160:99:1386,0,992 chrVII 756717 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;DP=63;Dels=0.00;FS=19.378;HaplotypeScore=4.1514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=9.54;ReadPosRankSum=-2.201;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:631,0,464 chrVII 756925 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=45;Dels=0.00;FS=6.176;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:335,0,478 chrVII 757121 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=61;Dels=0.00;FS=2.212;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:61:99:368,0,363 chrVII 757351 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=45;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.029;QD=6.44;ReadPosRankSum=-2.442;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:320,0,418 chrVII 757480 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DP=35;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:295,0,298 chrVII 757758 . C G 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.67;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1280,138,0 chrVII 758035 . G A 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.379;DP=79;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:79:99:904,0,572 chrVII 758187 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:51:99:433,0,434 chrVII 758589 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.108;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:658,0,741 chrVII 759037 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.400;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:646,0,587 chrVII 759633 . G A 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=83;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=12.3311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.497;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,50:83:99:858,0,524 chrVII 759759 . G A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=38;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:294,0,329 chrVII 759786 . C G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=53;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=2.553;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.062;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:352,0,453 chrVII 759896 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.833;DP=99;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=12.0309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:774,0,611 chrVII 759905 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.996;DP=95;Dels=0.00;FS=0.860;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:658,0,840 chrVII 760114 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.239;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:598,0,672 chrVII 760128 . G T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;DP=78;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:727,0,697 chrVII 760589 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=73;Dels=0.00;FS=0.927;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.624;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:625,0,716 chrVII 760976 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.705;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:328,0,738 chrVII 761743 . A G 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:866,0,1157 chrVII 761877 . T C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;DP=98;Dels=0.00;FS=9.040;HaplotypeScore=14.1465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.333;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:814,0,911 chrVII 761973 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;DP=63;Dels=0.00;FS=2.094;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:523,0,627 chrVII 761980 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=63;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:641,0,515 chrVII 762039 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:454,0,507 chrVII 762141 . C G 1525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.971;DP=154;Dels=0.00;FS=0.648;HaplotypeScore=9.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,83:154:99:1555,0,1043 chrVII 762371 . T C 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.965;DP=70;Dels=0.00;FS=1.933;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=2.377;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.129;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:757,0,624 chrVII 763036 . G A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=69;Dels=0.00;FS=4.675;HaplotypeScore=5.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.405;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:516,0,800 chrVII 763187 . A G 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=66;Dels=0.00;FS=19.802;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:698,0,550 chrVII 763227 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.068;DP=65;Dels=0.00;FS=10.982;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:529,0,675 chrVII 763324 . G C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DP=67;Dels=0.00;FS=10.361;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:509,0,687 chrVII 763399 . A C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=42;Dels=0.00;FS=1.351;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.696;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:227,0,387 chrVII 763413 . T C 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=27;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.386;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:27:99:118,0,281 chrVII 763508 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.677;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.338;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:498,0,217 chrVII 763543 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.711;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:320,0,646 chrVII 763555 . G A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=53;Dels=0.00;FS=2.335;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.670;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:553,0,453 chrVII 763747 . G T 1200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.18;MQ0=0;MQRankSum=1.415;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.492;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:83:99:1230,0,624 chrVII 763899 . A G 96.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=55;Dels=0.00;FS=13.770;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.27;MQ0=1;MQRankSum=-2.337;QD=1.75;ReadPosRankSum=2.363;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,10:55:99:126,0,857 chrVII 763960 . T C 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;DP=84;Dels=0.00;FS=17.798;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.76;MQ0=4;MQRankSum=-1.019;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,16:84:76:76,0,1328 chrVII 764373 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.537;DP=103;Dels=0.00;FS=1.783;HaplotypeScore=28.0904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.17;MQ0=3;MQRankSum=-0.793;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.265;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,33:103:99:409,0,1166 chrVII 764377 . C G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;DP=103;Dels=0.00;FS=2.180;HaplotypeScore=28.8791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.56;MQ0=3;MQRankSum=0.558;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,19:103:99:161,0,1445 chrVII 764470 . A G 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;DP=85;Dels=0.00;FS=3.470;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.06;MQ0=1;MQRankSum=-0.289;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.413;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,21:85:99:243,0,1097 chrVII 764644 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=76;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.552;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,21:76:99:304,0,838 chrVII 764662 . G A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=90;Dels=0.00;FS=18.269;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.70;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,55:90:99:955,0,561 chrVII 764689 . A G 1215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DP=84;Dels=0.00;FS=4.734;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.42;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.479;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,67:84:99:1245,0,201 chrVII 764701 . A G 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.489;DP=83;Dels=0.00;FS=20.605;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.560;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,17:83:99:125,0,1193 chrVII 764826 . A T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;DP=70;Dels=0.00;FS=14.892;HaplotypeScore=9.5856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.47;MQ0=1;MQRankSum=-4.031;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.118;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,18:70:99:256,0,854 chrVII 764890 . G A 205.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.730;DP=56;Dels=0.00;FS=13.983;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.38;MQ0=5;MQRankSum=2.020;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.233;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,17:56:99:235,0,620 chrVII 764998 . T A 491.11 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DP=42;Dels=0.00;FS=26.324;HaplotypeScore=5.5477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.39;MQ0=0;MQRankSum=4.664;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-2.978e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:13:521,0,13 chrVII 765005 . T A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.709;DP=51;Dels=0.00;FS=6.493;HaplotypeScore=10.9591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.15;MQ0=0;MQRankSum=2.476;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.068;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:502,0,132 chrVII 765096 . T C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.428;DP=52;Dels=0.00;FS=4.131;HaplotypeScore=5.0157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.743;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:52:99:499,0,357 chrVII 765286 . A C 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=78;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=2.374;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.016;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:78:99:655,0,511 chrVII 765415 . A G 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;DP=102;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=12.7166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:987,0,995 chrVII 766068 . A G 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=25.26;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1675,180,0 chrVII 766123 . C T 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DP=98;Dels=0.00;FS=4.091;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:795,0,929 chrVII 766129 . G A 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=21.33;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2145,228,0 chrVII 766440 . A T 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=31;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.661;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:198,0,295 chrVII 766550 . T A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=42;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.112;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:407,0,408 chrVII 766737 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:361,0,415 chrVII 766797 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=40;Dels=0.00;FS=2.747;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:40:99:311,0,248 chrVII 766938 . A G 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=74;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.548;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:535,0,689 chrVII 767034 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;DP=61;Dels=0.00;FS=3.580;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.530;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:603,0,406 chrVII 767046 . C A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.807;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:422,0,593 chrVII 767234 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.371;DP=75;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.109;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:589,0,743 chrVII 767249 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.363;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=2.186;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.034;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:615,0,532 chrVII 767259 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=63;Dels=0.00;FS=5.014;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.144;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:498,0,516 chrVII 767304 . T C 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=69;Dels=0.00;FS=3.637;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=16.10;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:69:99:1144,126,0 chrVII 767328 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=62;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.825;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.641;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:282,0,593 chrVII 767333 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=62;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.305;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.115;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:269,0,554 chrVII 767344 . C T 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=16.05;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1269,138,0 chrVII 767355 . C T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=80;Dels=0.00;FS=6.020;HaplotypeScore=5.9314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.285;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:80:99:379,0,640 chrVII 767373 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;DP=85;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.353;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.779;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:319,0,798 chrVII 767458 . A T 1128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=108;Dels=0.00;FS=0.723;HaplotypeScore=11.9443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.303;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:108:99:1158,0,936 chrVII 767464 . G A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=105;Dels=0.01;FS=3.552;HaplotypeScore=14.7184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:921,0,985 chrVII 767698 . A G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.406;DP=67;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:551,0,318 chrVII 767878 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.102;DP=47;Dels=0.00;FS=5.972;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.287;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:513,0,350 chrVII 767966 . G T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=56;Dels=0.00;FS=2.374;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.260;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:577,0,390 chrVII 768079 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=67;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.182;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:650,0,648 chrVII 768165 . G A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.624;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.133;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:674,0,549 chrVII 768214 . T C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:647,0,632 chrVII 768250 . C T 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:747,0,560 chrVII 768310 . C T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.209;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:776,0,641 chrVII 768334 . A G 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.427;DP=91;Dels=0.00;FS=4.132;HaplotypeScore=8.9750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:866,0,768 chrVII 768496 . A G 1240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DP=117;Dels=0.00;FS=5.814;HaplotypeScore=14.4973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.583;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:117:99:1270,0,857 chrVII 768552 . G A 1331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.964;DP=117;Dels=0.00;FS=7.646;HaplotypeScore=12.8429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,63:117:99:1361,0,789 chrVII 768583 . T C 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=100;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.170;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:100:99:1120,0,797 chrVII 768616 . T A 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.838;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:1074,0,747 chrVII 768739 . G A 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.917;DP=109;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=7.1178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.973;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:109:99:1015,0,858 chrVII 768793 . G A 1388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.275;DP=121;Dels=0.00;FS=1.683;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,69:121:99:1418,0,869 chrVII 768844 . A G 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DP=112;Dels=0.00;FS=5.376;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.577;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,65:112:99:1271,0,754 chrVII 769024 . A T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=58;Dels=0.00;FS=4.275;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=2.134;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.211;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:527,0,548 chrVII 769074 . C T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=64;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:456,0,712 chrVII 769183 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:675,0,990 chrVII 769305 . T A 2416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=22.37;ReadPosRankSum=1.572;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2449,255,0 chrVII 769360 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.277;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,33:91:99:528,0,1085 chrVII 769395 . T C 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;DP=89;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=16.3322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:89:99:721,0,961 chrVII 769730 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;DP=91;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=7.5099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.113;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1001,0,809 chrVII 769748 . A C 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.21;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1921,207,0 chrVII 770437 . G C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;DP=65;Dels=0.02;FS=2.105;HaplotypeScore=15.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.823;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:607,0,467 chrVII 770497 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;DP=74;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:539,0,730 chrVII 770589 . T C 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.751;DP=103;Dels=0.00;FS=11.378;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:1028,0,958 chrVII 770598 . G A 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.399;DP=95;Dels=0.00;FS=16.597;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:1092,0,826 chrVII 771015 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.688;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,36:55:99:579,0,252 chrVII 771068 . G A 609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DP=31;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=19.65;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:66:642,66,0 chrVII 771837 . A G 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=22.51;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1136,126,0 chrVII 772053 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;DP=67;Dels=0.00;FS=5.024;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=9.42;ReadPosRankSum=2.239;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:661,0,446 chrVII 772150 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.326;DP=75;Dels=0.00;FS=2.381;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-4.450;QD=2.97;ReadPosRankSum=-2.936;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:253,0,989 chrVII 772366 . A G 2241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;DP=230;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=12.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.773;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,115:230:99:2271,0,2169 chrVII 772517 . C A 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.916;DP=82;Dels=0.00;FS=6.893;HaplotypeScore=5.0348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.251;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:82:99:807,0,854 chrVII 772705 . A G 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.845;DP=110;Dels=0.00;FS=5.319;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.155;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:999,0,998 chrVII 772853 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.298;DP=91;Dels=0.00;FS=12.037;HaplotypeScore=10.7550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.535;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:91:99:680,0,837 chrVII 773187 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;DP=52;Dels=0.00;FS=15.007;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:598,0,284 chrVII 773198 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.536;DP=49;Dels=0.00;FS=15.915;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=2.434;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:323,0,617 chrVII 773402 . A G 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;DP=94;Dels=0.00;FS=2.317;HaplotypeScore=15.8835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.431;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:1121,0,767 chrVII 773458 . G A 1200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.896;DP=104;Dels=0.00;FS=5.049;HaplotypeScore=4.3856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:1230,0,877 chrVII 773492 . T G 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.200;DP=87;Dels=0.00;FS=4.887;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:970,0,853 chrVII 773594 . C G 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=25.26;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2079,225,0 chrVII 773614 . T C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;DP=90;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.301;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:90:99:608,0,1095 chrVII 773709 . A G 1715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.088;DP=174;Dels=0.00;FS=17.468;HaplotypeScore=13.1287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,100:174:99:1745,0,1285 chrVII 773807 . A G 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.141;DP=114;Dels=0.00;FS=12.125;HaplotypeScore=3.0968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.175;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.473;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:114:99:1159,0,1185 chrVII 773833 . A G 564.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=99;Dels=0.00;FS=3.932;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.56;MQ0=0;MQRankSum=-6.040;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.942;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,39:99:99:594,0,1154 chrVII 773834 . A G 555.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DP=96;Dels=0.00;FS=2.751;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.533;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.648;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,38:96:99:585,0,1271 chrVII 773841 . A G 606.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.861;DP=106;Dels=0.00;FS=3.790;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.91;MQ0=0;MQRankSum=-5.770;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:106:99:636,0,1271 chrVII 773858 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.868;DP=102;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=4.9154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-5.877;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.782;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,39:102:99:554,0,1376 chrVII 773885 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.163;DP=92;Dels=0.00;FS=1.787;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.287;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,32:92:99:387,0,1235 chrVII 773895 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;DP=92;Dels=0.00;FS=0.813;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,34:92:99:318,0,1281 chrVII 773955 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.709;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:486,0,900 chrVII 773971 . A T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.123;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.678;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.014;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:322,0,851 chrVII 773998 . G A 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.929;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:212,0,719 chrVII 773999 . A G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.480;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.849;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.252;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:215,0,791 chrVII 774009 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.429;DP=79;Dels=0.00;FS=1.176;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQ0=0;MQRankSum=-7.496;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:274,0,693 chrVII 774012 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.384;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-7.687;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:282,0,711 chrVII 774023 . T A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQ0=0;MQRankSum=-7.003;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.907;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:398,0,632 chrVII 774035 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DP=96;Dels=0.00;FS=5.722;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.27;MQ0=0;MQRankSum=-7.291;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.354;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:96:99:404,0,611 chrVII 774039 . C T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.161;DP=96;Dels=0.00;FS=5.730;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.474;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.603;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:96:99:379,0,602 chrVII 774082 . A T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;DP=111;Dels=0.00;FS=7.629;HaplotypeScore=14.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.949;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:111:99:527,0,913 chrVII 774107 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;DP=87;Dels=0.00;FS=7.097;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:548,0,957 chrVII 774170 . C T 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.554;DP=132;Dels=0.00;FS=0.795;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.882;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.877;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,64:132:99:1121,0,1293 chrVII 774186 . T A 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=129;Dels=0.02;FS=5.137;HaplotypeScore=12.1085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.120;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.501;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,59:127:99:1058,0,1493 chrVII 774283 . G T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:972,0,965 chrVII 774330 . C T 1151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DP=114;Dels=0.00;FS=4.235;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.853;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:114:99:1181,0,1154 chrVII 774447 . A G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=88;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.865;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.092;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:448,0,641 chrVII 774460 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.669;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.418;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:616,0,661 chrVII 774486 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=73;Dels=0.00;FS=10.944;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=8.04;ReadPosRankSum=-2.579;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:617,0,543 chrVII 774621 . C T 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.400;DP=111;Dels=0.00;FS=0.767;HaplotypeScore=5.7570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:111:99:1024,0,1074 chrVII 774636 . G A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=99;Dels=0.00;FS=2.988;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.565;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:879,0,977 chrVII 774677 . G C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=79;Dels=0.00;FS=4.905;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.868;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:783,0,668 chrVII 774950 . C T 2055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=26.01;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2088,219,0 chrVII 775204 . A G 2256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=24.00;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2289,249,0 chrVII 775301 . T C 2531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2564,270,0 chrVII 775320 . G A 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.011;DP=100;Dels=0.00;FS=2.668;HaplotypeScore=3.3522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=6.37;ReadPosRankSum=-2.793;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:100:99:667,0,1178 chrVII 775407 . G T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=74;Dels=0.00;FS=6.925;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.837;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.672;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:524,0,550 chrVII 775756 . G A 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=83;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:753,0,781 chrVII 775804 . C A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=9.90;ReadPosRankSum=1.370;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:96:99:980,0,697 chrVII 776007 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.770;DP=75;Dels=0.00;FS=0.955;HaplotypeScore=6.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.366;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:570,0,723 chrVII 776119 . A T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.692;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:590,0,644 chrVII 776502 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;DP=64;Dels=0.00;FS=5.151;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=6.81;ReadPosRankSum=2.023;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:466,0,587 chrVII 777660 . A G 316.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.724;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:346,0,278 chrVII 777699 . G A 303.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:333,0,244 chrVII 777866 . A T 345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.16;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:39:378,39,0 chrVII 777919 . G C 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.998;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:52:52,0,525 chrVII 777929 . G C 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.297;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.045;QD=0.59;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:50:50,0,504 chrVII 777949 . A G 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.177;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.645;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:44:44,0,612 chrVII 777959 . T G 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.247;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.406;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.398;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:41:41,0,620 chrVII 777976 . A G 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.001;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.699;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:43:43,0,455 chrVII 778087 . C A 148.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=37;Dels=0.00;FS=3.103;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.326;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:178,0,473 chrVII 778108 . T C 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.838;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:148,0,419 chrVII 778136 . A T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=41;Dels=0.00;FS=1.571;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.491;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.065;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:229,0,458 chrVII 778162 . T A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=40;Dels=0.00;FS=2.874;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:310,0,403 chrVII 778255 . T A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=99;Dels=0.00;FS=9.967;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,35:99:99:551,0,1493 chrVII 778257 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;DP=101;Dels=0.00;FS=7.316;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:101:99:510,0,1369 chrVII 778287 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.085;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:454,0,1008 chrVII 778290 . T G 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=85;Dels=0.00;FS=1.875;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.415;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.478;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:405,0,981 chrVII 778326 . G T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.416;DP=72;Dels=0.00;FS=6.312;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.559;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.393;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:648,0,691 chrVII 778489 . T C 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;DP=95;Dels=0.00;FS=7.397;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=8.71;ReadPosRankSum=2.327;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:857,0,996 chrVII 778561 . G A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.832;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.598;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,38:99:99:679,0,1166 chrVII 778614 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;DP=112;Dels=0.00;FS=3.737;HaplotypeScore=13.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.194;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.558;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,42:112:99:643,0,1266 chrVII 778618 . T C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.690;DP=103;Dels=0.00;FS=2.723;HaplotypeScore=8.8175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.179;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.177;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:103:99:658,0,1225 chrVII 778637 . C G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.028;DP=90;Dels=0.00;FS=2.916;HaplotypeScore=9.0791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.518;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.643;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:90:99:519,0,1136 chrVII 778789 . G A 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.392;DP=84;Dels=0.01;FS=11.159;HaplotypeScore=9.0027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.005;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:1157,0,486 chrVII 778828 . A C 1107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=103;Dels=0.00;FS=16.222;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.959;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.610;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:1137,0,673 chrVII 778881 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.892;DP=118;Dels=0.00;FS=8.843;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=-6.591;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,47:118:99:799,0,1279 chrVII 778888 . C T 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.510;DP=121;Dels=0.00;FS=8.686;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-6.845;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,49:121:99:878,0,1172 chrVII 779080 . C G 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;DP=58;Dels=0.00;FS=4.960;HaplotypeScore=4.6519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=3.237;QD=20.95;ReadPosRankSum=1.339;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:58:99:1248,138,0 chrVII 779150 . C T 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.536;DP=75;Dels=0.00;FS=46.582;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=-6.704;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.517;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,27:75:55:55,0,1051 chrVII 779161 . G A 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.227;DP=78;Dels=0.00;FS=49.545;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-7.160;QD=0.13;ReadPosRankSum=1.277;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,26:78:40:40,0,1128 chrVII 779172 . C T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.447;DP=83;Dels=0.00;FS=60.549;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-6.795;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,28:83:68:68,0,1151 chrVII 779180 . T G 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DP=79;Dels=0.00;FS=54.063;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-6.040;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:79:81:81,0,1232 chrVII 779185 . C T 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;DP=78;Dels=0.00;FS=44.752;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.434;QD=1.03;ReadPosRankSum=-2.246;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,26:78:99:110,0,1116 chrVII 779229 . T C 373.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;DP=79;Dels=0.00;FS=34.778;HaplotypeScore=6.6898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.067;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:79:99:403,0,878 chrVII 779235 . T A 452.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.740;DP=79;Dels=0.00;FS=34.662;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=1.250;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.738;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:482,0,903 chrVII 779264 . A G 490.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=81;Dels=0.00;FS=32.938;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:520,0,809 chrVII 779319 . C T 357.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.483;DP=81;Dels=0.00;FS=35.484;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.18;MQ0=0;MQRankSum=-6.712;QD=4.41;ReadPosRankSum=-2.819;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:81:99:387,0,926 chrVII 779320 . T C 324.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DP=80;Dels=0.00;FS=29.304;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.794;QD=4.05;ReadPosRankSum=-2.922;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:80:99:354,0,914 chrVII 779385 . T C 475.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DP=139;Dels=0.00;FS=72.220;HaplotypeScore=14.5522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,36:139:99:505,0,1690 chrVII 779446 . A G 1337.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.552;DP=164;Dels=0.00;FS=53.271;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.878;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,67:164:99:1367,0,1774 chrVII 779458 . T C 1305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.708;DP=161;Dels=0.00;FS=29.264;HaplotypeScore=13.8680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.948;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,67:161:99:1335,0,1853 chrVII 779554 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.137;DP=80;Dels=0.00;FS=30.574;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.722;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.106;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:80:99:588,0,910 chrVII 779581 . G T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=84;Dels=0.00;FS=20.197;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.660;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,27:84:99:396,0,1108 chrVII 779595 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DP=85;Dels=0.00;FS=11.938;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.605;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:85:99:383,0,1189 chrVII 779721 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.216;DP=105;Dels=0.00;FS=12.036;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.633;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,42:105:99:632,0,1166 chrVII 779747 . T G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.633;DP=109;Dels=0.00;FS=0.734;HaplotypeScore=9.5527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.227;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:109:99:689,0,1327 chrVII 779766 . T G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=103;Dels=0.00;FS=3.728;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.941;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:705,0,1097 chrVII 779781 . C T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DP=100;Dels=0.00;FS=2.628;HaplotypeScore=38.2179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-7.024;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.705;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:399,0,1077 chrVII 779803 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.407;DP=101;Dels=0.00;FS=0.744;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.39;MQ0=0;MQRankSum=-7.274;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:495,0,1006 chrVII 779827 . A C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=83;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.87;MQ0=0;MQRankSum=-7.027;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.289;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:324,0,706 chrVII 779835 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.130;DP=77;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=74.2525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=-6.927;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.516;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:323,0,754 chrVII 779908 . A T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=58;Dels=0.00;FS=0.969;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.872;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.855;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:459,0,569 chrVII 779916 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=53;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.984;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.187;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:461,0,453 chrVII 779958 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=63;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.417;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.272;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:63:99:578,0,594 chrVII 780023 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=68;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.833;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.354;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:326,0,778 chrVII 780034 . A T 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=65;Dels=0.00;FS=1.027;HaplotypeScore=3.7271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.153;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.059;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,20:65:99:179,0,741 chrVII 780035 . G A 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.035;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.240;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,20:67:99:151,0,954 chrVII 780103 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.149;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.127;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.763;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:596,0,600 chrVII 780207 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=93;Dels=0.00;FS=3.981;HaplotypeScore=4.2512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.779;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:568,0,1040 chrVII 780213 . T G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.658;DP=97;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.716;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:97:99:499,0,1147 chrVII 780279 . C G 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.444;DP=112;Dels=0.01;FS=14.472;HaplotypeScore=8.7927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.463;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.248;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:111:99:755,0,932 chrVII 780280 . C G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;DP=113;Dels=0.01;FS=12.598;HaplotypeScore=10.4135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.344;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.380;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:112:99:788,0,900 chrVII 780295 . T A 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=122;Dels=0.02;FS=4.927;HaplotypeScore=17.3413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=6.22;ReadPosRankSum=2.256;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,58:119:99:789,0,1076 chrVII 780373 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,29:86:99:382,0,1335 chrVII 780388 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=68;Dels=0.00;FS=4.487;HaplotypeScore=20.2908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.628;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,22:68:99:250,0,1038 chrVII 780500 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.680;DP=89;Dels=0.00;FS=3.392;HaplotypeScore=10.2347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.207;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:641,0,880 chrVII 780518 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.514;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:83:99:676,0,764 chrVII 780617 . G C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.550;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:621,0,440 chrVII 780725 . T A 236.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=46;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=4.7293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.894;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:46:99:266,0,471 chrVII 780728 . T C 205.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=47;Dels=0.00;FS=2.838;HaplotypeScore=6.3846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.884;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.573;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:235,0,515 chrVII 780734 . A G 174.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;DP=49;Dels=0.00;FS=4.617;HaplotypeScore=6.2661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.570;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:204,0,509 chrVII 780851 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:281,0,233 chrVII 780980 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.626;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:403,0,251 chrVII 781040 . A T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=39;Dels=0.00;FS=2.747;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:319,0,439 chrVII 781239 . G T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=62;Dels=0.00;FS=4.138;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.191;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:661,0,511 chrVII 781379 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.432;DP=58;Dels=0.00;FS=3.542;HaplotypeScore=2.7223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:398,0,512 chrVII 781556 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.019;DP=53;Dels=0.00;FS=6.114;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.579;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:365,0,520 chrVII 781580 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=42;Dels=0.00;FS=9.551;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.743;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:199,0,387 chrVII 781585 . A T 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.708;DP=40;Dels=0.00;FS=6.483;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.036;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:102,0,417 chrVII 781593 . C T 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.369;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.273;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:112,0,349 chrVII 781621 . C T 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=25;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.073;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:69:69,0,255 chrVII 781643 . T A 91.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=29;Dels=0.00;FS=10.017;HaplotypeScore=15.9688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.728;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:121,0,294 chrVII 781787 . C T 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;DP=68;Dels=0.00;FS=1.803;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.554;QD=9.79;ReadPosRankSum=-2.169;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:696,0,786 chrVII 781934 . C T 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DP=102;Dels=0.00;FS=3.344;HaplotypeScore=4.2439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.216;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,57:102:99:1187,0,844 chrVII 781952 . T C 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=94;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.905;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:1042,0,793 chrVII 782072 . G T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.802;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:82:99:545,0,571 chrVII 782249 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:752,0,512 chrVII 782600 . T C 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.887;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:75:99:637,0,642 chrVII 782618 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=61;Dels=0.00;FS=3.898;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:434,0,642 chrVII 782936 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.571;DP=69;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.499;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:652,0,553 chrVII 783224 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;DP=62;Dels=0.00;FS=3.847;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.820;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:441,0,652 chrVII 783795 . A G 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;DP=119;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.992;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,66:119:99:1130,0,784 chrVII 783814 . A T 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=105;Dels=0.00;FS=1.705;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.993;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:1015,0,1043 chrVII 783845 . C T 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.148;DP=93;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=8.43;ReadPosRankSum=-3.248;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:93:99:814,0,987 chrVII 783929 . T C 1255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=131;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=10.3927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.876;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,63:131:99:1285,0,1286 chrVII 783956 . A G 1345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.497;DP=141;Dels=0.00;FS=8.819;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,75:141:99:1375,0,1353 chrVII 783979 . T C 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.861;DP=149;Dels=0.00;FS=2.058;HaplotypeScore=12.2440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.810;QD=7.31;ReadPosRankSum=2.042;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,77:149:99:1119,0,1393 chrVII 783986 . G A 1158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.889;DP=145;Dels=0.00;FS=3.921;HaplotypeScore=11.3923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.530;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,75:145:99:1188,0,1307 chrVII 784161 . T G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:111:99:615,0,1072 chrVII 784197 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DP=75;Dels=0.00;FS=12.538;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:99:415,0,1011 chrVII 784337 . A G 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.498;DP=119;Dels=0.00;FS=2.546;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.465;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,62:119:99:909,0,1162 chrVII 784352 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.863;DP=115;Dels=0.00;FS=2.682;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.201;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:115:99:850,0,1033 chrVII 784526 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;DP=75;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.427;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:651,0,702 chrVII 784625 . A T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=69;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.624;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:525,0,874 chrVII 784779 . G T 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.881;DP=92;Dels=0.00;FS=9.173;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.212;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:945,0,735 chrVII 785199 . C T 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=25.51;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:2150,228,0 chrVII 785257 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=43;Dels=0.00;FS=1.285;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:358,0,488 chrVII 785343 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.941;DP=46;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=31.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=3.63;ReadPosRankSum=-2.011;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:197,0,498 chrVII 785620 . T C 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.574;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.925;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:631,0,771 chrVII 785710 . T A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.854;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:228,0,338 chrVII 785771 . T C 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=35;Dels=0.00;FS=3.216;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:166,0,383 chrVII 785851 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DP=30;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:186,0,309 chrVII 785945 . G T 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.994;DP=91;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.805;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1050,0,694 chrVII 786402 . C T 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=16.55;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1291,132,0 chrVII 786618 . A G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.960;DP=112;Dels=0.00;FS=3.633;HaplotypeScore=11.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:112:99:878,0,1087 chrVII 786669 . A G 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=109;Dels=0.00;FS=6.988;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.069;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:109:99:926,0,938 chrVII 786698 . A G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=79;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.005;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:642,0,835 chrVII 786726 . A G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.836;DP=62;Dels=0.00;FS=2.553;HaplotypeScore=2.7542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.526;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:375,0,773 chrVII 786733 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.577;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.659;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:322,0,556 chrVII 786802 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=38;Dels=0.00;FS=10.058;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:434,0,301 chrVII 786848 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=42;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:392,0,327 chrVII 786858 . A C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=45;Dels=0.00;FS=2.729;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.354;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:364,0,415 chrVII 786930 . T C 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.684;DP=80;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=3.0498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.794;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.746;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:912,0,732 chrVII 786968 . G A 1083.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.661;DP=102;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.873;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.805;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:102:99:1113,0,763 chrVII 786976 . C A 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=18.59;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1780,192,0 chrVII 787086 . C A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;DP=31;Dels=0.00;FS=16.108;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.541;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:334,0,148 chrVII 787089 . C T 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=31;Dels=0.00;FS=15.529;HaplotypeScore=7.1947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:114,0,326 chrVII 787107 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=32;Dels=0.00;FS=9.840;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:343,0,197 chrVII 787264 . T C 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.548;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.664;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,37:50:99:848,0,114 chrVII 787302 . G A 193.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=39;Dels=0.00;FS=2.695;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:223,0,539 chrVII 787546 . C T 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.76;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:693,72,0 chrVII 787750 . G A 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=24.44;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:913,96,0 chrVII 788060 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=34;Dels=0.00;FS=5.641;HaplotypeScore=5.7711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.856;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:34:99:323,0,226 chrVII 788083 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=52;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:362,0,452 chrVII 788249 . A T 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=108;Dels=0.00;FS=9.393;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.992;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:976,0,977 chrVII 788385 . A C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;DP=37;Dels=0.00;FS=5.620;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.806;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.412;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:297,0,310 chrVII 788427 . A G 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=28;Dels=0.00;FS=6.094;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=2.39;ReadPosRankSum=1.176;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:97:97,0,365 chrVII 788472 . G A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.869;QD=3.67;ReadPosRankSum=-2.645;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:188,0,316 chrVII 788486 . T A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.859;DP=68;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=41.2510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.509;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.288;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:198,0,389 chrVII 788504 . T G 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.733;DP=99;Dels=0.00;FS=3.864;HaplotypeScore=10.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.478;QD=0.18;ReadPosRankSum=2.337;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:48:48,0,839 chrVII 788558 . T C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.567;DP=123;Dels=0.00;FS=5.603;HaplotypeScore=4.1738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.407;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:123:99:955,0,1156 chrVII 788938 . A G 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.896;DP=125;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.166;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,55:125:99:888,0,1496 chrVII 788947 . C T 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;DP=128;Dels=0.00;FS=2.321;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,61:128:99:936,0,1362 chrVII 789015 . C T 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.793;DP=91;Dels=0.00;FS=5.641;HaplotypeScore=8.7508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=10.63;ReadPosRankSum=2.536;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:91:99:997,0,652 chrVII 789189 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.940;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:730,0,743 chrVII 789213 . C T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.874;DP=85;Dels=0.00;FS=2.905;HaplotypeScore=7.2480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.233;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:796,0,742 chrVII 789273 . A G 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.52;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1767,189,0 chrVII 789318 . G A 2019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=21.71;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2052,219,0 chrVII 789345 . C T 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.565;DP=92;Dels=0.00;FS=1.705;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:92:99:1010,0,634 chrVII 789378 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=86;Dels=0.00;FS=2.927;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:86:99:532,0,1000 chrVII 789498 . C T 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.46;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1448,150,0 chrVII 789681 . A C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.196;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:502,0,478 chrVII 789735 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;DP=74;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.317;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:694,0,493 chrVII 789789 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:470,0,628 chrVII 789939 . C T 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=70;Dels=0.00;FS=4.853;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:70:99:768,0,490 chrVII 789975 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.622;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=9.55;ReadPosRankSum=2.654;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:765,0,625 chrVII 790041 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:460,0,493 chrVII 790122 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=47;Dels=0.00;FS=13.823;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:524,0,366 chrVII 790504 . T C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;DP=75;Dels=0.00;FS=19.069;HaplotypeScore=3.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:574,0,626 chrVII 790684 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DP=41;Dels=0.00;FS=3.143;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.430;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:260,0,524 chrVII 790861 . C T 2031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2064,213,0 chrVII 790909 . T C 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=23.16;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1747,189,0 chrVII 790915 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.039;DP=71;Dels=0.00;FS=2.085;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:744,0,546 chrVII 791092 . A T 2108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.69;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2141,225,0 chrVII 791137 . G A 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.721;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,59:102:99:1082,0,711 chrVII 791235 . G C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=71;Dels=0.00;FS=4.766;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.836;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:453,0,769 chrVII 791316 . T A 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.12;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1200,120,0 chrVII 791734 . T C 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DP=93;Dels=0.00;FS=5.663;HaplotypeScore=9.5527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.529;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:93:99:823,0,997 chrVII 791799 . G A 2554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=22.80;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2587,264,0 chrVII 791887 . C T 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=84;Dels=0.00;FS=18.139;HaplotypeScore=9.9393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:876,0,513 chrVII 791896 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=77;Dels=0.00;FS=16.974;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:433,0,870 chrVII 791920 . A G 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=77;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=22.17;ReadPosRankSum=1.687;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1740,186,0 chrVII 792001 . T G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.638;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.465;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:583,0,773 chrVII 792094 . C T 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.959;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.906;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:841,0,1025 chrVII 792731 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DP=74;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:636,0,646 chrVII 792915 . T C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;DP=102;Dels=0.00;FS=5.103;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.356;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:819,0,1098 chrVII 792995 . G C 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=123;Dels=0.00;FS=6.317;HaplotypeScore=6.6731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=2.331;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.405;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:123:99:1264,0,1016 chrVII 792997 . A C 2936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=23.49;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:125:99:2969,315,0 chrVII 793207 . C A 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=92;Dels=0.00;FS=2.970;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:691,0,594 chrVII 793218 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=90;Dels=0.00;FS=2.903;HaplotypeScore=7.2659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.048;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:792,0,637 chrVII 793300 . C T 3196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=19.97;SB=-1.823e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3229,351,0 chrVII 793301 . A T 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.580;DP=159;Dels=0.00;FS=1.277;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,64:159:99:861,0,1788 chrVII 793351 . G A 1529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;DP=178;Dels=0.00;FS=5.455;HaplotypeScore=13.9576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.751;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,102:178:99:1559,0,1048 chrVII 793393 . G A 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.513;DP=136;Dels=0.00;FS=0.636;HaplotypeScore=13.3721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.752;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,69:136:99:1138,0,1196 chrVII 793440 . C T 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.890;DP=134;Dels=0.00;FS=5.284;HaplotypeScore=7.9987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.055;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:134:99:1096,0,1163 chrVII 793442 . T G 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.162;DP=130;Dels=0.00;FS=7.951;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.431;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:130:99:1097,0,1232 chrVII 793585 . G C 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=22.31;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1639,180,0 chrVII 793612 . A C 2482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=23.64;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2515,276,0 chrVII 793703 . A G 1926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.118;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=18.52;ReadPosRankSum=2.260;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:104:99:1959,216,0 chrVII 793785 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:78:99:649,0,587 chrVII 793906 . C T 398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.93;MQ0=0;QD=3.02;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:48:431,48,0 chrVII 793924 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.190;DP=138;Dels=0.00;FS=26.812;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.932;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,61:138:99:288,0,689 chrVII 793952 . G A 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.68;MQ0=0;QD=15.21;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:123:99:1904,201,0 chrVII 793963 . C T 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.057;DP=113;Dels=0.00;FS=9.852;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,65:113:99:1049,0,676 chrVII 794027 . C T 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=22.32;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1618,168,0 chrVII 794041 . T C 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=21.18;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1579,168,0 chrVII 794156 . A C 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;DP=123;Dels=0.00;FS=12.039;HaplotypeScore=7.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.94;MQ0=0;MQRankSum=2.373;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.391;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:123:99:1058,0,1302 chrVII 795142 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.650;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:509,0,414 chrVII 795163 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.140;DP=54;Dels=0.00;FS=6.944;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:508,0,450 chrVII 795193 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.192;DP=62;Dels=0.00;FS=2.369;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.190;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:486,0,561 chrVII 795501 . A G 2535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.476e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2568,276,0 chrVII 795705 . G A 2690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.53;SB=-1.424e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:2723,300,0 chrVII 795876 . T G 2745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:126:99:2778,300,0 chrVII 795956 . T C 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.079;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=2.235;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,67:146:99:1126,0,1520 chrVII 796056 . A G 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=110;Dels=0.00;FS=10.856;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:110:99:822,0,1097 chrVII 796187 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=89;Dels=0.00;FS=5.409;HaplotypeScore=12.1312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.516;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:721,0,766 chrVII 796217 . T G 2172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2205,231,0 chrVII 796263 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=92;Dels=0.00;FS=10.446;HaplotypeScore=8.3402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.752;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:473,0,990 chrVII 796264 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.816;DP=92;Dels=0.00;FS=8.588;HaplotypeScore=8.3402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.098;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:483,0,996 chrVII 796304 . G A 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=82;Dels=0.00;FS=5.607;HaplotypeScore=5.8487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=16.54;ReadPosRankSum=1.602;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1389,147,0 chrVII 796396 . G A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.488;DP=102;Dels=0.00;FS=8.598;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.720;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:782,0,942 chrVII 796413 . G T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;DP=87;Dels=0.00;FS=7.769;HaplotypeScore=2.4993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.149;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:684,0,701 chrVII 796494 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=55;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:640,0,466 chrVII 796516 . A G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=69;Dels=0.00;FS=2.052;HaplotypeScore=7.4987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.957;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:584,0,787 chrVII 797305 . T C 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=55;Dels=0.00;FS=3.707;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.604;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:81:732,81,0 chrVII 797326 . A G 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=12.75;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:90:836,90,0 chrVII 797329 . C T 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;QD=12.73;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:886,99,0 chrVII 797633 . C A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DP=41;Dels=0.00;FS=15.118;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:351,0,164 chrVII 797667 . G A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=33;Dels=0.00;FS=14.361;HaplotypeScore=3.6237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:222,0,351 chrVII 797697 . G T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.474;DP=32;Dels=0.00;FS=5.121;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.566;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:273,0,338 chrVII 797707 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:322,0,208 chrVII 797776 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.417;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:389,0,494 chrVII 797870 . G C 1922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1955,210,0 chrVII 797918 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=43;Dels=0.00;FS=22.854;HaplotypeScore=5.8509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.379;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:389,0,273 chrVII 797989 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.789;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:204,0,172 chrVII 798002 . T C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.737;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:224,0,182 chrVII 798046 . T C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=30;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:172,0,188 chrVII 798196 . A G 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.582;QD=18.85;ReadPosRankSum=1.657;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:900,99,0 chrVII 799244 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=39;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=5.8568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.700;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:506,0,198 chrVII 799451 . C T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=8.70;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:317,0,283 chrVII 799595 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=59;Dels=0.00;FS=7.487;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:59:99:447,0,635 chrVII 799613 . G A 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=23.98;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1472,150,0 chrVII 799658 . T A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.777;DP=74;Dels=0.00;FS=8.066;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.327;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:629,0,700 chrVII 799904 . C T 974.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.762;DP=114;Dels=0.00;FS=3.426;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:114:99:1004,0,1160 chrVII 800250 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=50;Dels=0.00;FS=6.700;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:307,0,539 chrVII 800289 . A G 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.510;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:194,0,233 chrVII 800398 . T C 453.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:483,0,554 chrVII 800442 . T G 393.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:423,0,390 chrVII 801025 . A G 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.944;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.609;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:143,0,188 chrVII 801142 . G A 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.752;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:890,0,805 chrVII 801604 . C T 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.399;DP=63;Dels=0.00;FS=1.021;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:655,0,501 chrVII 801751 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;DP=60;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:649,0,464 chrVII 802060 . G T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;DP=72;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.267;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:687,0,717 chrVII 802496 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.706;DP=58;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.518;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:656,0,414 chrVII 802512 . G A 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=24.65;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1389,141,0 chrVII 802532 . T C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=68;Dels=0.00;FS=11.982;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.476;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:674,0,422 chrVII 802550 . A G 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=20.00;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1353,147,0 chrVII 802559 . C G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;DP=68;Dels=0.00;FS=2.355;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:408,0,669 chrVII 802619 . C T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;DP=61;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=11.2194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:376,0,504 chrVII 802712 . G A 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=114;Dels=0.00;FS=9.230;HaplotypeScore=18.2121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=10.08;ReadPosRankSum=2.841;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,66:114:99:1179,0,790 chrVII 802784 . A G 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.890;DP=95;Dels=0.00;FS=3.883;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:95:99:855,0,893 chrVII 802790 . G A 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.435;DP=97;Dels=0.00;FS=1.671;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:97:99:978,0,836 chrVII 802832 . G T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=88;Dels=0.00;FS=8.869;HaplotypeScore=10.1941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,51:88:99:755,0,690 chrVII 803009 . T C 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;DP=101;Dels=0.00;FS=0.763;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.915;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:101:99:1052,0,826 chrVII 803036 . T A 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=100;Dels=0.00;FS=8.684;HaplotypeScore=7.9676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.480;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,62:100:99:1062,0,730 chrVII 803156 . C T 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.672;DP=91;Dels=0.00;FS=1.731;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:961,0,854 chrVII 803378 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.647;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.531;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:98:99:552,0,1086 chrVII 803574 . A G 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=87;Dels=0.00;FS=2.954;HaplotypeScore=5.3379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:800,0,716 chrVII 803618 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=84;Dels=0.00;FS=2.036;HaplotypeScore=10.2753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.792;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:84:99:645,0,460 chrVII 803660 . G A 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.256;DP=77;Dels=0.00;FS=5.212;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.206;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,50:77:99:807,0,332 chrVII 803802 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;DP=117;Dels=0.00;FS=1.629;HaplotypeScore=10.0314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,41:117:99:645,0,1450 chrVII 803825 . T C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=103;Dels=0.00;FS=2.796;HaplotypeScore=4.5037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,34:103:99:499,0,1394 chrVII 803918 . C T 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.959;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.526;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:649,0,610 chrVII 803987 . C T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.243;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:719,0,831 chrVII 804353 . T C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.143;DP=87;Dels=0.00;FS=4.352;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.272;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:653,0,946 chrVII 804429 . G A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DP=63;Dels=0.00;FS=2.262;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:535,0,579 chrVII 804767 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.733;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:55:99:376,0,558 chrVII 804812 . A G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.77;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1061,117,0 chrVII 804950 . C T 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.996;DP=82;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:801,0,750 chrVII 805132 . A C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=102;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=10.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.205;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,39:102:99:545,0,1274 chrVII 805202 . G A 1137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.921;DP=118;Dels=0.00;FS=1.681;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=2.571;QD=9.64;ReadPosRankSum=2.118;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:118:99:1167,0,1157 chrVII 805279 . T A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=49;Dels=0.00;FS=2.788;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.423;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:49:99:265,0,700 chrVII 805410 . G T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.982;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:651,0,524 chrVII 805540 . A G 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=90;Dels=0.00;FS=3.514;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=7.82;ReadPosRankSum=3.703;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:734,0,679 chrVII 805780 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.502;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:82:99:468,0,1049 chrVII 805798 . G C 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=10.69;ReadPosRankSum=2.374;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:832,0,514 chrVII 806066 . T C 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.599;DP=100;Dels=0.00;FS=3.719;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.341;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:1121,0,896 chrVII 806101 . G T 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.598;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.100;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:86:99:982,0,679 chrVII 806778 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=45;Dels=0.00;FS=7.251;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.683;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:251,0,381 chrVII 806961 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DP=51;Dels=0.00;FS=3.101;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:482,0,430 chrVII 807249 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;DP=52;Dels=0.00;FS=4.013;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:469,0,284 chrVII 807532 . G T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.172;DP=45;Dels=0.00;FS=4.875;HaplotypeScore=2.4115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:367,0,464 chrVII 807533 . A C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.674;DP=45;Dels=0.00;FS=2.843;HaplotypeScore=2.4115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:338,0,502 chrVII 807574 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=47;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=11.30;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:561,0,265 chrVII 807662 . T A 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=19.17;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1164,123,0 chrVII 807712 . G A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=43;Dels=0.00;FS=6.562;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.971;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.697;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:439,0,360 chrVII 807765 . G T 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=24.42;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1083,114,0 chrVII 807906 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;DP=45;Dels=0.02;FS=1.204;HaplotypeScore=15.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.007;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:44:99:329,0,281 chrVII 807938 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.432;DP=52;Dels=0.00;FS=2.413;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=1.026;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:592,0,428 chrVII 807996 . A G 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.939;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:442,0,641 chrVII 808049 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=55;Dels=0.00;FS=3.987;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.237;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.042;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:224,0,592 chrVII 808061 . G A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=44;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-4.464;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:150,0,485 chrVII 808065 . T G 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.925;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.056;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:146,0,478 chrVII 808074 . A G 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.954;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.373;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:124,0,397 chrVII 808093 . C G 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.404;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:147,0,351 chrVII 808199 . G T 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;DP=26;Dels=0.00;FS=6.198;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:111,0,257 chrVII 808200 . A G 74.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.889;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.630;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:104,0,297 chrVII 808247 . T C 116.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:146,0,180 chrVII 808336 . T C 1433 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=19.11;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1466,165,0 chrVII 808348 . G A 428.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.730;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:458,0,723 chrVII 808482 . T G 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=1.47;ReadPosRankSum=2.001;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:77:77,0,295 chrVII 808486 . A T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=32;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=2.401;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.369;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:74:74,0,287 chrVII 808622 . T C 516.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.338;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:546,0,585 chrVII 808820 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=2.325;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.181;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:387,0,342 chrVII 809001 . T C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.451;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:389,0,318 chrVII 809070 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=60;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=5.8739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.022;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:679,0,254 chrVII 809504 . T C 1920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.444;DP=258;Dels=0.00;FS=15.044;HaplotypeScore=25.8038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.543;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,108:258:99:1950,0,2842 chrVII 809835 . T A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.759;DP=87;Dels=0.00;FS=2.990;HaplotypeScore=12.7992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.082;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.861;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:681,0,633 chrVII 810028 . A C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=46;Dels=0.00;FS=14.239;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=1.911;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.483;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:402,0,329 chrVII 810037 . C G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=49;Dels=0.00;FS=20.666;HaplotypeScore=3.4908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.068;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:312,0,465 chrVII 810051 . C T 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.330;DP=53;Dels=0.00;FS=9.875;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:295,0,512 chrVII 810204 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DP=67;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=6.3945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.116;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:569,0,628 chrVII 810523 . T C 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=14.75;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:505,57,0 chrVII 810779 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.337;DP=90;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=20.6283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.014;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:707,0,808 chrVII 810921 . T C 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=23.41;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:829,90,0 chrVII 810987 . A G 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=18.21;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1180,126,0 chrVII 811192 . C T 2830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.64;MQ0=0;QD=26.70;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2863,297,0 chrVII 811300 . A G 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=20.64;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1602,171,0 chrVII 811341 . T C 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=93;Dels=0.00;FS=4.122;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=22.74;ReadPosRankSum=1.695;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2148,231,0 chrVII 819307 . C T 62.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=5.61;MQ0=123;QD=0.34;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,173:186:12:95,12,0 chrVII 823350 . C A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.058;DP=83;Dels=0.00;FS=5.050;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.471;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:564,0,421 chrVII 823390 . T A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=68;Dels=0.00;FS=10.719;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:570,0,486 chrVII 823409 . T G 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.55;MQ0=0;QD=19.23;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1360,141,0 chrVII 823433 . T G 168.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=7.00;SB=-3.007e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:21:201,21,0 chrVII 823436 . C A 149.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.31;MQ0=0;QD=6.21;SB=-2.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:21:182,21,0 chrVII 823442 . A T 230.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.10;MQ0=0;QD=8.85;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:27:263,27,0 chrVII 823443 . C G 212.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.33;MQ0=0;QD=7.85;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:27:245,27,0 chrVII 823461 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=33;Dels=0.00;FS=5.567;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.393;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:99:223,0,149 chrVII 823583 . T C 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;DP=108;Dels=0.00;FS=11.883;HaplotypeScore=20.6406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.116;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,54:108:90:1018,90,0 chrVII 824079 . C A 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=21.95;ReadPosRankSum=1.155;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:955,99,0 chrVII 824168 . C A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=40;Dels=0.00;FS=5.659;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.566;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:419,0,203 chrVII 824393 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=37;Dels=0.00;FS=2.995;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=7.97;ReadPosRankSum=-2.282;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:325,0,279 chrVII 824411 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=39;Dels=0.00;FS=5.130;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.385;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:336,0,290 chrVII 826599 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DP=70;Dels=0.00;FS=0.964;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:479,0,724 chrVII 827509 . G C 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;DP=101;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1052,0,948 chrVII 827544 . C T 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:91:99:771,0,759 chrVII 827791 . C T 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=99;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,56:99:99:952,0,841 chrVII 827996 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=75;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.006;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.665;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:529,0,681 chrVII 828031 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=67;Dels=0.00;FS=1.074;HaplotypeScore=7.8751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:348,0,575 chrVII 828034 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=64;Dels=0.00;FS=2.459;HaplotypeScore=7.0864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:332,0,542 chrVII 828418 . C T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:318,0,530 chrVII 828517 . A G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DP=77;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=5.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:77:99:526,0,862 chrVII 828825 . T C 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;DP=72;Dels=0.00;FS=2.169;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:758,0,435 chrVII 828863 . C A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=79;Dels=0.00;FS=3.889;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.516;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:820,0,611 chrVII 829589 . C T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DP=58;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.748;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:551,0,346 chrVII 829617 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;DP=53;Dels=0.00;FS=1.043;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:434,0,378 chrVII 829683 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;DP=58;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.937;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:399,0,542 chrVII 829847 . C T 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=56;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.009;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,36:56:99:688,0,265 chrVII 829946 . G C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.675;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:62:99:670,0,471 chrVII 829998 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;DP=58;Dels=0.00;FS=12.260;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.032;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:660,0,369 chrVII 830281 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=54;Dels=0.00;FS=12.582;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:530,0,490 chrVII 830432 . A T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.068;DP=75;Dels=0.00;FS=3.431;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.910;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:549,0,949 chrVII 830676 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.764;DP=75;Dels=0.00;FS=3.186;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.444;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:511,0,672 chrVII 830690 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;DP=86;Dels=0.00;FS=1.781;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.438;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:86:99:576,0,652 chrVII 830766 . A C 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=107;Dels=0.00;FS=6.252;HaplotypeScore=8.3080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.084;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:107:99:1045,0,913 chrVII 830771 . G A 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.211;DP=104;Dels=0.00;FS=6.058;HaplotypeScore=4.3212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=9.86;ReadPosRankSum=2.163;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:1055,0,1019 chrVII 830787 . C T 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.603;DP=102;Dels=0.00;FS=5.110;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:1009,0,912 chrVII 830921 . A G 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=74;Dels=0.00;FS=3.200;HaplotypeScore=7.5810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:74:99:701,0,576 chrVII 830992 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:611,0,659 chrVII 831041 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=63;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:516,0,512 chrVII 831108 . G A 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.391;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.995;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:110:99:1060,0,909 chrVII 831241 . C T 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=100;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.913;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.780;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:1061,0,893 chrVII 831291 . G A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.914;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:82:99:849,0,716 chrVII 831330 . C T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.626;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:806,0,836 chrVII 832073 . C T 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=19.67;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1449,153,0 chrVII 832077 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=77;Dels=0.00;FS=7.978;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.778;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:377,0,762 chrVII 832207 . G A 2865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.61;SB=-1.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2898,303,0 chrVII 832415 . G A 2715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=25.37;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2748,282,0 chrVII 832717 . T C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=44;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=4.2868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.988;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:243,0,462 chrVII 832782 . T C 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:45:99:120,0,407 chrVII 832890 . A G 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.958;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:117:99:1010,0,1123 chrVII 833104 . C T 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=26.11;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1756,180,0 chrVII 833158 . A C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=52;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:378,0,472 chrVII 833212 . C T 1809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=16.75;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1842,192,0 chrVII 833214 . T C 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=120;Dels=0.00;FS=2.540;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.622;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:120:99:577,0,822 chrVII 833472 . G A 1143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DP=143;Dels=0.00;FS=4.776;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.127;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,66:143:99:1173,0,1555 chrVII 833529 . C T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.958;DP=114;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=8.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:989,0,1148 chrVII 833556 . C T 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.295;DP=131;Dels=0.00;FS=2.622;HaplotypeScore=5.0795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.638;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:1200,0,1096 chrVII 833622 . A T 1236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=161;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=20.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.303;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,74:161:99:1266,0,1715 chrVII 833760 . C G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=98;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=9.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.315;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:98:99:577,0,894 chrVII 833792 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DP=67;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:276,0,737 chrVII 833796 . G A 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=18.46;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1288,135,0 chrVII 833804 . C A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DP=66;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:290,0,735 chrVII 833865 . T C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.157;DP=83;Dels=0.00;FS=1.860;HaplotypeScore=6.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.920;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:83:99:617,0,928 chrVII 833973 . T C 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;DP=101;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=11.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.579;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:860,0,914 chrVII 834003 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;DP=87;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.960;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:705,0,801 chrVII 834032 . A T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.677;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:218,0,729 chrVII 834033 . A T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:231,0,729 chrVII 834078 . G A 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:82:99:528,0,714 chrVII 834198 . G A 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.433;DP=116;Dels=0.00;FS=5.847;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:1106,0,1209 chrVII 834264 . C A 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.988;DP=101;Dels=0.00;FS=4.148;HaplotypeScore=5.7605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.167;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:101:99:1172,0,804 chrVII 834267 . G A 2300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=21.50;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:107:99:2333,255,0 chrVII 834413 . G A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DP=89;Dels=0.00;FS=14.946;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:840,0,823 chrVII 834807 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.638;DP=53;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:400,0,491 chrVII 834852 . C T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;DP=50;Dels=0.00;FS=11.012;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:564,0,261 chrVII 834860 . A G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DP=57;Dels=0.00;FS=15.477;HaplotypeScore=7.4273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.336;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:303,0,707 chrVII 834928 . T C 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.75;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1490,159,0 chrVII 835147 . T C 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=20.80;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1302,141,0 chrVII 835244 . C T 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=52;Dels=0.00;FS=6.024;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.735;QD=13.00;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,36:52:99:706,0,182 chrVII 835248 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;DP=58;Dels=0.00;FS=7.869;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.765;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:99:211,0,747 chrVII 835531 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.198;DP=55;Dels=0.00;FS=8.092;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=9.33;ReadPosRankSum=2.238;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:55:99:543,0,313 chrVII 835894 . T G 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=83;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=3.4938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.412;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:903,0,514 chrVII 836201 . T G 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.024;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:112:99:973,0,1244 chrVII 836224 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DP=103;Dels=0.00;FS=2.601;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.228;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:874,0,1064 chrVII 836443 . T C 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.651;DP=113;Dels=0.00;FS=1.646;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:859,0,1339 chrVII 836910 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;DP=69;Dels=0.00;FS=1.604;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.715;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:69:99:379,0,771 chrVII 837183 . G A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.829;DP=72;Dels=0.00;FS=10.803;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:702,0,580 chrVII 837339 . C T 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=11.75;ReadPosRankSum=2.243;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:817,0,376 chrVII 837417 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=42;Dels=0.00;FS=1.250;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.214;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:258,0,296 chrVII 837489 . G C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;DP=49;Dels=0.00;FS=3.119;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.513;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:433,0,242 chrVII 837741 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.628;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=5.86;ReadPosRankSum=-2.517;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:59:99:376,0,595 chrVII 837778 . G A 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.61;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:981,102,0 chrVII 837909 . C T 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.50;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1468,159,0 chrVII 838145 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DP=87;Dels=0.00;FS=4.129;HaplotypeScore=6.4025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:583,0,838 chrVII 838381 . G A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=100;Dels=0.00;FS=8.423;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:902,0,973 chrVII 838490 . T C 2193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=106;Dels=0.00;FS=3.836;HaplotypeScore=6.0193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.499;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:106:99:2226,240,0 chrVII 838500 . A C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.317;DP=112;Dels=0.00;FS=12.908;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:112:99:706,0,1214 chrVII 838632 . T C 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.492;DP=142;Dels=0.00;FS=1.341;HaplotypeScore=12.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,65:142:99:1095,0,1496 chrVII 838743 . G A 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.077;DP=112;Dels=0.00;FS=0.698;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.319;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,62:112:99:1204,0,826 chrVII 839088 . G A 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.406;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.567;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:99:99:1013,0,722 chrVII 839538 . T A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=42;Dels=0.00;FS=1.193;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:350,0,288 chrVII 839652 . C T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.533;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:319,0,546 chrVII 839712 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.431;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:448,0,537 chrVII 839904 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;DP=81;Dels=0.00;FS=4.913;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:688,0,922 chrVII 840766 . T C 1406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.611;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,72:133:99:1436,0,1042 chrVII 840814 . A G 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.403;DP=87;Dels=0.00;FS=1.833;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.949;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.516;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:684,0,1026 chrVII 840852 . T G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.954;DP=60;Dels=0.00;FS=1.025;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:609,0,418 chrVII 841068 . T G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.945;DP=102;Dels=0.00;FS=7.863;HaplotypeScore=18.0849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.020;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:625,0,941 chrVII 841352 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:46:99:308,0,132 chrVII 841664 . T C 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.562;DP=93;Dels=0.00;FS=4.881;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.351;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:668,0,949 chrVII 841665 . C T 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=93;Dels=0.00;FS=4.881;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:726,0,846 chrVII 841693 . A G 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;DP=101;Dels=0.00;FS=6.812;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:101:99:879,0,958 chrVII 842090 . G A 1338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DP=151;Dels=0.00;FS=0.618;HaplotypeScore=10.6336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,84:151:99:1368,0,1163 chrVII 842206 . T C 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=23.85;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1750,189,0 chrVII 842218 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.966;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:732,0,494 chrVII 842447 . G A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;DP=102;Dels=0.00;FS=5.373;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.512;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:702,0,1190 chrVII 842495 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DP=71;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.031;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:361,0,950 chrVII 842514 . T C 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=59;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.541;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:187,0,816 chrVII 842531 . C T 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=63;Dels=0.00;FS=1.125;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.438;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:216,0,755 chrVII 842565 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.278;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.557;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.009;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:79:99:402,0,723 chrVII 842582 . T G 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.909;DP=85;Dels=0.00;FS=3.208;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.990;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.918;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:508,0,837 chrVII 842585 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;DP=88;Dels=0.00;FS=3.028;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.657;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.973;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:501,0,815 chrVII 842605 . A C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.676;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.378;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:112:99:653,0,1101 chrVII 842710 . C G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DP=96;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.798;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:95:99:660,0,889 chrVII 843110 . G A 1986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=22.83;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2019,213,0 chrVII 843118 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.320;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:671,0,775 chrVII 843390 . G C 1886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.57;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1919,207,0 chrVII 843634 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=48;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=2.390;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:263,0,494 chrVII 843669 . A T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=48;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.638;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:334,0,476 chrVII 843717 . T C 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.35;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1254,135,0 chrVII 844261 . A C 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.19;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1401,150,0 chrVII 844451 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.486;DP=83;Dels=0.00;FS=3.436;HaplotypeScore=9.0254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.663;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:671,0,994 chrVII 844511 . C T 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.936;DP=109;Dels=0.00;FS=8.243;HaplotypeScore=10.3431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:109:99:655,0,1414 chrVII 844697 . G T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=85;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.904;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:731,0,765 chrVII 844977 . T C 2350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=114;Dels=0.00;FS=4.079;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.543;QD=20.61;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:114:99:2383,258,0 chrVII 844986 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=104;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:594,0,1034 chrVII 845298 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;DP=53;Dels=0.00;FS=32.123;HaplotypeScore=27.4792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=10.42;ReadPosRankSum=1.182;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:582,0,306 chrVII 845570 . T G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=63;Dels=0.00;FS=12.884;HaplotypeScore=3.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.021;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:702,0,587 chrVII 845572 . A C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=67;Dels=0.00;FS=17.573;HaplotypeScore=2.6711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.243;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:616,0,753 chrVII 845584 . T G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=69;Dels=0.00;FS=15.227;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.146;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:712,0,663 chrVII 845605 . A G 865 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=20.60;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:898,96,0 chrVII 845612 . C T 296.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=39;Dels=0.00;FS=24.388;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.363;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:326,0,286 chrVII 845614 . C A 606 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=16.38;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:66:639,66,0 chrVII 845774 . G A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.064;DP=95;Dels=0.00;FS=2.710;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.086;QD=5.37;ReadPosRankSum=-2.243;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:540,0,1044 chrVII 845775 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.232;DP=98;Dels=0.00;FS=3.782;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.989;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.789;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:457,0,1145 chrVII 845801 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DP=108;Dels=0.00;FS=11.370;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.443;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.792;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:108:99:622,0,1201 chrVII 845834 . C A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.261;DP=97;Dels=0.00;FS=4.144;HaplotypeScore=12.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:643,0,1011 chrVII 845902 . G A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=40;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:307,0,380 chrVII 845918 . A C 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=19.56;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:698,75,0 chrVII 846025 . C T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=56;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.849;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.466;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:540,0,317 chrVII 846115 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;DP=76;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.747;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:755,0,551 chrVII 846304 . T C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.198;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:78:99:652,0,821 chrVII 846377 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=53;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.198;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.737;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:422,0,611 chrVII 846385 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.065;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.947;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:416,0,617 chrVII 846397 . G C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=58;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.077;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.086;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:479,0,559 chrVII 846529 . C T 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=18.74;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1270,132,0 chrVII 846611 . T G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.315;DP=47;Dels=0.00;FS=1.514;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:263,0,446 chrVII 846613 . A C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=48;Dels=0.00;FS=1.536;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.881;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:48:99:259,0,455 chrVII 846634 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;DP=45;Dels=0.00;FS=1.379;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.012;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:257,0,444 chrVII 846696 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.650;DP=39;Dels=0.00;FS=2.183;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.594;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:229,0,348 chrVII 846715 . T C 130.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.533;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.565;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.463;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:160,0,343 chrVII 846724 . A G 187.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.437;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.422;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:217,0,312 chrVII 846740 . A T 158.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.925;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:188,0,340 chrVII 846741 . A G 147.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.032;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.993;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.794;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:177,0,337 chrVII 846746 . C T 84.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.983;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:114,0,300 chrVII 846750 . G A 58.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.612;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:88:88,0,301 chrVII 846917 . C T 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;DP=26;Dels=0.00;FS=1.757;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=2.19;ReadPosRankSum=-2.028;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:87:87,0,410 chrVII 846990 . A G 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.609;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.871;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.712;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:27:99:135,0,322 chrVII 847077 . G A 301.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,15:20:40:331,0,40 chrVII 847143 . G A 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;DP=26;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:200,0,214 chrVII 847197 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:373,0,344 chrVII 847338 . T A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.494;DP=41;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:395,0,363 chrVII 847392 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.737;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:359,0,241 chrVII 847512 . A G 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;DP=31;Dels=0.00;FS=3.390;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.799;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:193,0,429 chrVII 848688 . A G 848.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:61:99:878,0,373 chrVII 848849 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.032;DP=46;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.930;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:509,0,280 chrVII 849134 . C G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=42;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:42:99:294,0,456 chrVII 849405 . T C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=47;Dels=0.00;FS=6.851;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=10.28;ReadPosRankSum=2.399;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:513,0,413 chrVII 849423 . C T 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.326;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,29:42:99:591,0,177 chrVII 849504 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;DP=46;Dels=0.00;FS=22.164;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:494,0,250 chrVII 849524 . G C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=44;Dels=0.00;FS=7.053;HaplotypeScore=5.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.585;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:44:99:358,0,277 chrVII 849571 . C G 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=21.22;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1582,168,0 chrVII 849596 . G T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DP=78;Dels=0.00;FS=4.500;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:669,0,609 chrVII 849600 . A G 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=19.51;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1555,168,0 chrVII 849759 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=90;Dels=0.00;FS=2.819;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:670,0,934 chrVII 849939 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=71;Dels=0.00;FS=0.927;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.918;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:725,0,346 chrVII 849971 . G C 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.23;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1247,135,0 chrVII 850101 . G A 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.419;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:959,0,627 chrVII 850236 . T C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.732;DP=69;Dels=0.00;FS=12.919;HaplotypeScore=7.3166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.751;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:536,0,644 chrVII 850247 . C G 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=22.12;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1537,165,0 chrVII 850524 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;DP=60;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.478;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:60:99:703,0,384 chrVII 850549 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.961;DP=61;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=3.4503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:579,0,535 chrVII 850641 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=62;Dels=0.00;FS=14.483;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=2.101;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.061;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:578,0,488 chrVII 850869 . A T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DP=41;Dels=0.00;FS=2.928;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.573;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:213,0,360 chrVII 850875 . G C 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=44;Dels=0.00;FS=4.387;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.321;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.317;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:170,0,382 chrVII 850923 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.206;DP=97;Dels=0.00;FS=10.794;HaplotypeScore=13.4541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.358;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.764;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:443,0,996 chrVII 850938 . T A 1154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=128;Dels=0.00;FS=12.073;HaplotypeScore=19.9628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=3.642;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.221;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:128:99:1184,0,771 chrVII 851062 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;DP=63;Dels=0.00;FS=1.100;HaplotypeScore=5.1988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:591,0,536 chrVII 851197 . T G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=64;Dels=0.00;FS=4.419;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:550,0,310 chrVII 851262 . G C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=90;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.006;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:90:99:615,0,543 chrVII 851656 . C G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.769;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:61:99:672,0,456 chrVII 851801 . A G 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.54;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:834,90,0 chrVII 851827 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=34;Dels=0.00;FS=1.365;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.832;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:339,0,237 chrVII 851899 . T C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=24;Dels=0.00;FS=2.114;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.259;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:149,0,210 chrVII 851923 . C A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.915;DP=36;Dels=0.00;FS=9.440;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:303,0,254 chrVII 851981 . C T 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=19.53;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1322,138,0 chrVII 852002 . A G 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DP=63;Dels=0.00;FS=6.225;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=18.56;ReadPosRankSum=2.821;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:63:99:1202,132,0 chrVII 852034 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=65;Dels=0.00;FS=5.166;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:65:99:458,0,602 chrVII 852106 . A G 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DP=41;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:350,0,366 chrVII 852119 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=37;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.364;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:343,0,306 chrVII 852133 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:292,0,327 chrVII 852310 . C T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;DP=45;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.739;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:394,0,320 chrVII 853006 . T A 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=98;Dels=0.00;FS=5.562;HaplotypeScore=2.5787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:1055,0,923 chrVII 853120 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.956;DP=57;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=2.155;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.113;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:57:99:488,0,521 chrVII 853279 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.692;DP=128;Dels=0.00;FS=5.545;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,56:128:99:899,0,1343 chrVII 853470 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=3.329;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:68:99:620,0,445 chrVII 853531 . T G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;DP=64;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:64:99:330,0,541 chrVII 853758 . C T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.799;DP=93;Dels=0.00;FS=16.817;HaplotypeScore=11.2752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:93:99:922,0,443 chrVII 853870 . A G 2059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.94;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2092,231,0 chrVII 854194 . G A 2617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.10;SB=-1.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2650,276,0 chrVII 854240 . C A 2408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:126:99:2441,270,0 chrVII 854257 . C T 2733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=22.22;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:123:99:2766,285,0 chrVII 854544 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,55:91:99:842,0,549 chrVII 854692 . C T 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=21.18;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1431,144,0 chrVII 854779 . G A 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=20.29;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1595,168,0 chrVII 854830 . G A 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=18.08;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1895,207,0 chrVII 854905 . G C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;DP=49;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.808;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:501,0,386 chrVII 855067 . C T 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=18.04;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:917,96,0 chrVII 855163 . T C 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=22.04;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1245,135,0 chrVII 855164 . T C 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=22.91;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1247,135,0 chrVII 855381 . G A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:294,0,278 chrVII 855417 . G A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=36;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:240,0,328 chrVII 855729 . A G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=7.45;ReadPosRankSum=-2.182;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:261,0,358 chrVII 855821 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=42;Dels=0.00;FS=16.704;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.771;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:42:99:553,0,235 chrVII 856125 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=66;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:569,0,733 chrVII 856717 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:284,0,273 chrVII 856894 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DP=41;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.413;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:398,0,230 chrVII 856993 . T G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.222;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:183,0,331 chrVII 857036 . A G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=30;Dels=0.00;FS=3.568;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:253,0,118 chrVII 857160 . C T 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=21.75;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:729,75,0 chrVII 857181 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.954;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:265,0,274 chrVII 857217 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DP=29;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:29:99:370,0,167 chrVII 857340 . G C 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.81;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:649,69,0 chrVII 857441 . G A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.020;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQ0=2;MQRankSum=-0.029;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:198,0,273 chrVII 857585 . C T 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DP=77;Dels=0.00;FS=3.115;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:771,0,538 chrVII 857653 . G T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.599;DP=78;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:715,0,746 chrVII 857688 . A G 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=21.02;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1168,129,0 chrVII 857717 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.020;DP=47;Dels=0.00;FS=4.183;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:47:99:344,0,376 chrVII 857780 . G A 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=18.80;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:90:860,90,0 chrVII 857788 . C T 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=17.69;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:90:882,90,0 chrVII 857836 . C T 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=14.04;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:87:791,87,0 chrVII 857876 . A C 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=19.84;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1184,129,0 chrVII 857963 . T C 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=18.60;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1744,204,0 chrVII 857965 . C T 1799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=18.74;ReadPosRankSum=1.696;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1832,210,0 chrVII 858001 . G C 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1626,174,0 chrVII 858064 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;DP=52;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=5.81;ReadPosRankSum=2.188;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:332,0,492 chrVII 858110 . C T 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=22.68;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1167,117,0 chrVII 858225 . G T 2233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=24.54;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2266,231,0 chrVII 858261 . C A 2265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=25.45;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2298,237,0 chrVII 858310 . C T 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=24.83;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2094,222,0 chrVII 858478 . G C 2743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=24.49;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2776,294,0 chrVII 858511 . C T 2618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=22.77;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2651,279,0 chrVII 858611 . C A 2475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=24.75;SB=-1.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:2508,255,0 chrVII 858672 . C T 241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=149.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=1.42;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:170:33:274,33,0 chrVII 858803 . A T 2555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=113;Dels=0.01;FS=6.088;HaplotypeScore=87.0691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=22.61;ReadPosRankSum=2.825;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:2588,273,0 chrVII 858852 . G C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.531;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:710,0,516 chrVII 859003 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DP=61;Dels=0.02;FS=19.886;HaplotypeScore=25.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:60:99:380,0,671 chrVII 859016 . A G 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;DP=59;Dels=0.00;FS=16.010;HaplotypeScore=24.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=11.05;ReadPosRankSum=2.282;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:43:682,0,43 chrVII 859075 . G A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;DP=42;Dels=0.00;FS=11.374;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:304,0,276 chrVII 859310 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=60;Dels=0.00;FS=9.576;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:678,0,354 chrVII 859352 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.080;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:39:99:391,0,198 chrVII 859374 . G A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.523;DP=38;Dels=0.00;FS=5.036;HaplotypeScore=3.2332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:38:99:295,0,376 chrVII 859418 . C A 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.014;DP=67;Dels=0.03;FS=12.626;HaplotypeScore=20.4465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.001;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:367,0,707 chrVII 859422 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.123;DP=73;Dels=0.00;FS=10.139;HaplotypeScore=20.9022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.969;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:73:99:344,0,735 chrVII 859580 . T C 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.718;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=6.04;ReadPosRankSum=2.276;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,41:111:99:700,0,1523 chrVII 859584 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=112;Dels=0.00;FS=0.782;HaplotypeScore=11.0882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.088;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,44:112:99:621,0,1502 chrVII 859603 . G A 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=93;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.157;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1046,0,697 chrVII 859646 . A G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=72;Dels=0.00;FS=1.994;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:792,0,435 chrVII 859664 . A C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=52;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=1.536;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.518;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:450,0,448 chrVII 859719 . T C 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.315;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.372;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:476,0,479 chrVII 859804 . A G 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,50:143:99:773,0,1656 chrVII 859808 . T G 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DP=145;Dels=0.00;FS=0.833;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,53:145:99:841,0,1565 chrVII 859825 . A G 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.617;DP=147;Dels=0.00;FS=1.646;HaplotypeScore=11.6858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,56:147:99:926,0,1710 chrVII 860213 . A G 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.12;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1060,117,0 chrVII 860477 . A G 2151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=22.88;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2184,234,0 chrVII 860513 . T C 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=22.73;ReadPosRankSum=1.605;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1897,198,0 chrVII 860534 . A G 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=20.03;ReadPosRankSum=1.049;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1475,162,0 chrVII 860594 . G A 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=17.04;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1464,153,0 chrVII 860672 . C A 2496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=18.91;SB=-1.463e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:2529,264,0 chrVII 860690 . A G 2805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=19.62;ReadPosRankSum=1.585;SB=-1.669e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:143:99:2838,306,0 chrVII 860732 . G A 3145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=18.28;SB=-1.844e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:172:99:3178,333,0 chrVII 860821 . T C 2096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.17;SB=-1.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2129,231,0 chrVII 860831 . C A 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=20.64;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1808,186,0 chrVII 860945 . G A 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=19.76;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1258,135,0 chrVII 860975 . T C 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=70;Dels=0.00;FS=11.982;HaplotypeScore=4.8009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.921;QD=21.40;ReadPosRankSum=2.309;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1531,168,0 chrVII 861152 . C T 1571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.95;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1604,165,0 chrVII 861190 . G C 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=18.09;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1245,135,0 chrVII 861193 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=60;Dels=0.00;FS=3.576;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.296;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:509,0,433 chrVII 861356 . G A 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;QD=21.72;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:967,102,0 chrVII 861401 . C T 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=0;QD=13.58;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:943,105,0 chrVII 861407 . A G 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;QD=13.17;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:942,102,0 chrVII 861419 . T G 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.347;DP=82;Dels=0.00;FS=13.277;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.788;QD=10.04;ReadPosRankSum=3.347;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:93:856,93,0 chrVII 861437 . G A 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.848;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:97:99:1313,138,0 chrVII 861475 . A G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;QD=18.14;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1684,183,0 chrVII 861480 . T C 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=88;Dels=0.00;FS=14.665;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:669,0,602 chrVII 861578 . T C 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=23.69;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1312,141,0 chrVII 861656 . A G 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=22.75;ReadPosRankSum=1.646;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:943,102,0 chrVII 861773 . C T 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=20.06;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1297,135,0 chrVII 861857 . A G 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=21.13;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1639,177,0 chrVII 861908 . T C 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=20.45;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1117,120,0 chrVII 861944 . A G 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.00;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1173,126,0 chrVII 861978 . C A 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.78;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1231,129,0 chrVII 862016 . A G 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.20;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1072,120,0 chrVII 862103 . A G 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=17.42;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:956,105,0 chrVII 862114 . C G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=62;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:62:99:285,0,350 chrVII 862214 . T C 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=75;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.938;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:611,0,592 chrVII 862232 . T C 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=20.92;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1560,168,0 chrVII 862303 . C T 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=22.33;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:78:99:1775,180,0 chrVII 862364 . T C 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=22.09;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1579,171,0 chrVII 862412 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.035;DP=64;Dels=0.00;FS=16.467;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:640,0,582 chrVII 862491 . T C 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=21.46;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1492,159,0 chrVII 862544 . A G 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;QD=19.44;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1569,168,0 chrVII 862549 . A G 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=19.18;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1529,165,0 chrVII 862646 . A T 1854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1887,198,0 chrVII 862925 . G A 2428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=25.03;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2461,249,0 chrVII 862964 . G A 3076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=24.22;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:3109,324,0 chrVII 863021 . C T 4432.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.20;SB=-1.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,191:191:99:4432,466,0 chrVII 863057 . G A 5194.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=24.73;SB=-2.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:210:99:5194,550,0 chrVII 863144 . A G 3065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=132;Dels=0.00;FS=3.571;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=23.22;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:132:99:3098,342,0 chrVII 863180 . A G 2235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=19.96;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:112:99:2268,246,0 chrVII 863198 . C T 2927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=23.05;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2960,306,0 chrVII 863249 . T C 2688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=19.76;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:2721,294,0 chrVII 863267 . T C 2941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2974,318,0 chrVII 863549 . T C 1312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=146;Dels=0.00;FS=5.112;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=8.99;ReadPosRankSum=2.118;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,78:146:99:1342,0,1235 chrVII 863753 . T C 1006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.361;DP=102;Dels=0.00;FS=3.883;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.240;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,58:102:99:1036,0,727 chrVII 863789 . T A 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=124;Dels=0.00;FS=15.176;HaplotypeScore=14.3395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=2.654;QD=8.36;ReadPosRankSum=-1.429;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:1067,0,1111 chrVII 863849 . T C 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.497;DP=163;Dels=0.00;FS=14.165;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.109;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,79:163:99:1304,0,1502 chrVII 863960 . G A 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;DP=116;Dels=0.00;FS=1.642;HaplotypeScore=12.6674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:116:99:718,0,1178 chrVII 864551 . G A 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.003;DP=132;Dels=0.00;FS=2.601;HaplotypeScore=15.0602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:132:99:1127,0,1375 chrVII 864725 . T C 1587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=20.61;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1620,177,0 chrVII 864758 . C T 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.67;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1583,165,0 chrVII 865266 . C T 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;DP=117;Dels=0.00;FS=0.719;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:879,0,801 chrVII 865351 . T G 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=76;Dels=0.00;FS=1.894;HaplotypeScore=5.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.362;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:614,0,673 chrVII 865499 . G C 2781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.61;SB=-1.527e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:123:99:2814,303,0 chrVII 865578 . C T 1829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=22.58;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1862,192,0 chrVII 865622 . A G 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=20.97;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1375,150,0 chrVII 865628 . T C 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=22.52;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1474,159,0 chrVII 865978 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;DP=73;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:671,0,932 chrVII 866222 . T A 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.32;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1899,192,0 chrVII 866494 . T C 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.30;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:608,66,0 chrVII 866722 . A C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.444;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.919;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:787,0,562 chrVII 866978 . T C 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=17.71;ReadPosRankSum=1.609;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:57:529,57,0 chrVII 867732 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DP=62;Dels=0.00;FS=4.012;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:542,0,605 chrVII 867757 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=56;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.984;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:578,0,424 chrVII 868308 . T G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:29:99:273,0,252 chrVII 868348 . A C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;DP=41;Dels=0.00;FS=6.928;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:312,0,244 chrVII 868406 . G T 334.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.324;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.557;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:364,0,654 chrVII 868409 . C A 1230 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=19.84;ReadPosRankSum=1.501;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1263,132,0 chrVII 868413 . G A 347.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DP=63;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.904;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:377,0,662 chrVII 868460 . T C 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=15.65;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1097,120,0 chrVII 868490 . A T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.853;DP=56;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=1.367;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:56:99:181,0,429 chrVII 868494 . A C 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=12.98;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:75:682,75,0 chrVII 868670 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=40;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.126;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:431,0,342 chrVII 869033 . G A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;DP=56;Dels=0.00;FS=3.990;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:720,0,167 chrVII 869060 . T C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=45;Dels=0.00;FS=6.506;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:199,0,543 chrVII 869127 . C A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.692;DP=54;Dels=0.00;FS=4.130;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=11.39;ReadPosRankSum=2.051;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:645,0,315 chrVII 869330 . A G 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=20.48;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1344,147,0 chrVII 869564 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.351;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:447,0,573 chrVII 869612 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.093;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:71:99:520,0,719 chrVII 869762 . G C 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=95;Dels=0.00;FS=6.205;HaplotypeScore=7.3263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:95:99:986,0,761 chrVII 869963 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.159;DP=93;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=4.2694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.850;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:711,0,860 chrVII 870055 . T C 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.762;DP=134;Dels=0.00;FS=6.624;HaplotypeScore=16.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,69:134:99:1202,0,1058 chrVII 870093 . T C 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.871;DP=148;Dels=0.01;FS=1.323;HaplotypeScore=19.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.075;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,64:146:99:1057,0,1584 chrVII 870103 . A G 1353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.603;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,77:153:99:1383,0,1106 chrVII 870131 . C T 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.055;DP=143;Dels=0.01;FS=0.654;HaplotypeScore=73.9081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,70:142:99:1727,180,0 chrVII 870344 . C T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;DP=99;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:821,0,861 chrVII 870352 . G A 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=100;Dels=0.00;FS=2.770;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:100:99:809,0,879 chrVII 870646 . C T 1785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.52;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:87:99:1818,198,0 chrVII 870676 . C T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;DP=84;Dels=0.00;FS=10.604;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.510;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:756,0,663 chrVII 870793 . C T 2018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=22.67;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2051,213,0 chrVII 870916 . A G 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=3.294;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=23.03;ReadPosRankSum=1.688;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1852,204,0 chrVII 871006 . C T 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=19.11;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1371,144,0 chrVII 871036 . A G 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=19.57;ReadPosRankSum=1.685;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1501,159,0 chrVII 871474 . C T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=55;Dels=0.00;FS=13.056;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:396,0,509 chrVII 871517 . T C 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=24.66;ReadPosRankSum=2.340;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1685,180,0 chrVII 871574 . A T 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=55;Dels=0.00;FS=6.612;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=18.45;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1048,114,0 chrVII 871675 . A G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;DP=58;Dels=0.00;FS=8.660;HaplotypeScore=2.8787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:558,0,520 chrVII 872246 . C G 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.58;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1494,162,0 chrVII 873254 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=55;Dels=0.00;FS=8.192;HaplotypeScore=6.3445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.726;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:539,0,406 chrVII 873311 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;DP=46;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:241,0,572 chrVII 873382 . C T 961 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=21.84;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:994,102,0 chrVII 873389 . T C 946 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=19.71;ReadPosRankSum=1.588;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:979,108,0 chrVII 873392 . G A 936 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=18.72;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:969,105,0 chrVII 873502 . C T 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=16.49;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:742,81,0 chrVII 873790 . C T 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.61;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1308,138,0 chrVII 873895 . G A 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.59;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1287,132,0 chrVII 874466 . A T 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=20.36;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1438,150,0 chrVII 874585 . C T 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=19.68;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1076,111,0 chrVII 874608 . G A 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=19.40;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1139,120,0 chrVII 874653 . G A 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.72;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1532,159,0 chrVII 875122 . G A 1271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.532;DP=136;Dels=0.00;FS=4.399;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,69:136:99:1301,0,1088 chrVII 875149 . A G 3792.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.637e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:176:99:3792,414,0 chrVII 875194 . C T 3936.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=20.50;SB=-2.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,192:192:99:3936,415,0 chrVII 875418 . G A 2800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=22.95;SB=-1.283e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2833,303,0 chrVII 875435 . C T 2626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=23.45;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2659,279,0 chrVII 875496 . G A 1459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.085;DP=111;Dels=0.00;FS=10.664;HaplotypeScore=5.0367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=13.14;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,75:111:99:1489,0,547 chrVII 875517 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.736;DP=111;Dels=0.00;FS=8.504;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,39:111:99:599,0,1354 chrVII 875660 . T C 3737.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=24.11;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3737,405,0 chrVII 875675 . T C 3439.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=22.77;ReadPosRankSum=2.417;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:151:99:3439,381,0 chrVII 875843 . T G 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=18.43;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1673,183,0 chrVII 875845 . A T 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=19.20;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1723,180,0 chrVII 876033 . G A 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2309,237,0 chrVII 876057 . T C 1921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=22.87;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1954,213,0 chrVII 876081 . G A 1936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=23.05;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1969,204,0 chrVII 876351 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;DP=56;Dels=0.00;FS=1.478;HaplotypeScore=5.5477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:534,0,375 chrVII 876384 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.524;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:485,0,402 chrVII 876387 . T C 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=21.08;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1277,141,0 chrVII 876560 . C T 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=21.42;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1061,111,0 chrVII 876569 . G A 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=17.36;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:901,99,0 chrVII 876711 . T C 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=24.82;ReadPosRankSum=1.628;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:93:852,93,0 chrVII 876825 . C T 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=23.94;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:847,87,0 chrVII 876879 . T C 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:135,0,351 chrVII 876915 . A G 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=21.62;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:93:898,93,0 chrVII 876951 . A G 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.058;DP=49;Dels=0.00;FS=1.966;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:346,0,607 chrVII 876960 . T A 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=24.62;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1264,132,0 chrVII 876965 . T C 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DP=53;Dels=0.00;FS=1.985;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:613,0,361 chrVII 877046 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.012;DP=53;Dels=0.00;FS=2.528;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:397,0,523 chrVII 877072 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=4.33;ReadPosRankSum=-2.329;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:203,0,349 chrVII 877148 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=29;Dels=0.00;FS=1.441;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:246,0,182 chrVII 877263 . A G 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=39;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=0.54;ReadPosRankSum=-3.312;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,7:39:51:51,0,345 chrVII 878070 . G A 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=67;Dels=0.00;FS=7.443;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.783;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.990;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:964,0,466 chrVII 878193 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=107;Dels=0.00;FS=4.131;HaplotypeScore=8.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,45:107:99:479,0,979 chrVII 878219 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=3.18;ReadPosRankSum=-2.887;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,33:95:99:332,0,1007 chrVII 878256 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=99;Dels=0.00;FS=21.207;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,32:99:99:538,0,1418 chrVII 878298 . G A 2934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2967,315,0 chrVII 878586 . A C 129.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DP=38;Dels=0.00;FS=8.179;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.768;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:159,0,464 chrVII 878834 . T C 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=17.33;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:934,102,0 chrVII 878835 . A T 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=17.49;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:960,102,0 chrVII 878949 . T C 3540.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=27.44;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:3540,384,0 chrVII 878997 . A C 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=24.28;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1854,195,0 chrVII 879079 . A G 916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.13;MQ0=0;QD=10.78;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:949,105,0 chrVII 879230 . C T 2093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=20.72;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2126,222,0 chrVII 879247 . T C 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=20.22;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1651,186,0 chrVII 879283 . A G 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.881;DP=59;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=18.02;ReadPosRankSum=2.812;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:1096,120,0 chrVII 879321 . A C 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=21.10;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1721,189,0 chrVII 879340 . C T 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.32;MQ0=0;QD=19.07;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1673,180,0 chrVII 879396 . A T 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.548;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=19.31;ReadPosRankSum=1.585;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:1867,207,0 chrVII 879438 . C T 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=23.14;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1884,204,0 chrVII 879516 . C T 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=23.60;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1756,183,0 chrVII 879687 . T G 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=104;Dels=0.00;FS=2.568;HaplotypeScore=9.5772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.466;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:104:99:807,0,814 chrVII 879737 . T G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=86;Dels=0.00;FS=26.096;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:480,0,844 chrVII 879749 . T A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=75;Dels=0.00;FS=26.792;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.013;QD=4.77;ReadPosRankSum=2.293;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:388,0,881 chrVII 879853 . T A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=55;Dels=0.00;FS=4.129;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.412;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,17:55:99:256,0,743 chrVII 879872 . T G 188.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DP=46;Dels=0.00;FS=6.888;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.373;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:46:99:218,0,640 chrVII 879875 . T C 1070 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=23.26;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1103,120,0 chrVII 879882 . A G 636.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;DP=50;Dels=0.00;FS=6.290;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=12.72;ReadPosRankSum=1.379;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:666,0,232 chrVII 879907 . T G 1190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=21.64;ReadPosRankSum=1.669;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1223,132,0 chrVII 880017 . C T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=85;Dels=0.00;FS=1.822;HaplotypeScore=10.3281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:527,0,907 chrVII 880253 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=64;Dels=0.00;FS=5.000;HaplotypeScore=3.4062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.672;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:582,0,506 chrVII 880297 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=87;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=5.77;ReadPosRankSum=-2.099;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:87:99:532,0,746 chrVII 880304 . A G 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=17.79;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1563,168,0 chrVII 880389 . C T 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=94;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=10.77;ReadPosRankSum=1.564;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:94:99:1042,0,817 chrVII 880494 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=42;Dels=0.00;FS=4.566;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.379;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:371,0,354 chrVII 880548 . C T 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=22.75;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1216,129,0 chrVII 881235 . T C 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;DP=22;Dels=0.00;FS=4.228;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:110,0,306 chrVII 881265 . A G 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.983;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:120,0,237 chrVII 881307 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;DP=34;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:320,0,282 chrVII 881331 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=34;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:370,0,311 chrVII 881397 . T C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;DP=34;Dels=0.00;FS=10.358;HaplotypeScore=3.5687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:223,0,290 chrVII 881406 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=34;Dels=0.00;FS=7.681;HaplotypeScore=3.5455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:246,0,275 chrVII 881583 . C T 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.48;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:934,99,0 chrVII 881676 . A G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;DP=42;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:339,0,324 chrVII 881678 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.349;DP=42;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:343,0,276 chrVII 881694 . T C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=52;Dels=0.00;FS=5.759;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.174;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:459,0,360 chrVII 881739 . A T 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=20.71;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1089,114,0 chrVII 881907 . C T 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DP=69;Dels=0.00;FS=1.061;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:839,0,380 chrVII 881935 . T C 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.846;DP=81;Dels=0.00;FS=3.397;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.883;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.797;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,51:81:99:852,0,550 chrVII 881946 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=76;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:471,0,758 chrVII 881985 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.043;DP=69;Dels=0.00;FS=6.799;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:69:99:553,0,647 chrVII 882051 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=65;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.027;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.543;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:579,0,656 chrVII 882099 . A C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=65;Dels=0.00;FS=3.438;HaplotypeScore=4.8333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.372;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.134;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:597,0,584 chrVII 882202 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.473;DP=72;Dels=0.00;FS=10.447;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:574,0,746 chrVII 882264 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=83;Dels=0.01;FS=19.904;HaplotypeScore=6.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:631,0,621 chrVII 882402 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.230;DP=75;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=11.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.84;MQ0=0;MQRankSum=-6.186;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:605,0,797 chrVII 882416 . T A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.446;DP=63;Dels=0.00;FS=2.244;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.088;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:410,0,751 chrVII 882443 . A G 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=49;Dels=0.00;FS=2.654;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.029;QD=3.43;ReadPosRankSum=-2.242;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:49:99:198,0,600 chrVII 882517 . G A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.916;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:229,0,373 chrVII 882535 . G A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=43;Dels=0.00;FS=3.519;HaplotypeScore=3.3361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.397;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:217,0,411 chrVII 882564 . C T 127.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=40;Dels=0.00;FS=7.672;HaplotypeScore=5.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.171;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:157,0,371 chrVII 882565 . C T 90.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=40;Dels=0.00;FS=7.672;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.706;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:120,0,387 chrVII 882573 . T A 105.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=45;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.096;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.728;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:135,0,354 chrVII 882589 . T C 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=53;Dels=0.00;FS=5.876;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQ0=0;MQRankSum=-5.608;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.193;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:122,0,412 chrVII 882614 . C T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.085;DP=61;Dels=0.00;FS=1.078;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.859;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:175,0,495 chrVII 882628 . G A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DP=71;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.33;MQ0=0;MQRankSum=4.154;QD=8.17;ReadPosRankSum=-2.317;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:610,0,181 chrVII 882635 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=74;Dels=0.00;FS=1.043;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.71;MQ0=0;MQRankSum=4.019;QD=8.49;ReadPosRankSum=-2.285;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:74:99:658,0,149 chrVII 882652 . G A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.02;MQ0=0;MQRankSum=-5.689;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.354;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:293,0,706 chrVII 882672 . T A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.19;MQ0=0;MQRankSum=-6.774;QD=2.61;ReadPosRankSum=-2.143;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:110:99:317,0,981 chrVII 882679 . G C 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.57;MQ0=0;QD=15.52;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1616,174,0 chrVII 882684 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.870;DP=102;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.57;MQ0=0;MQRankSum=-5.631;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,37:102:99:258,0,1056 chrVII 882692 . A T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.663;DP=114;Dels=0.00;FS=3.555;HaplotypeScore=7.1386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.616;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,42:114:99:285,0,1194 chrVII 882696 . A G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.647;DP=118;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=9.1053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-6.190;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.020;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,41:118:99:279,0,1365 chrVII 882826 . C T 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=92;Dels=0.00;FS=3.986;HaplotypeScore=4.8262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.340;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.661;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:895,0,817 chrVII 883069 . T C 913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=18.63;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:946,102,0 chrVII 883103 . G A 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.76;MQ0=0;QD=14.75;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:90:859,90,0 chrVII 883112 . G A 883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.08;MQ0=0;QD=15.22;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:96:916,96,0 chrVII 883184 . G A 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.98;MQ0=0;QD=14.98;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:87:842,87,0 chrVII 883187 . G A 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.68;MQ0=0;QD=14.35;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:87:822,87,0 chrVII 883250 . G A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;DP=30;Dels=0.00;FS=10.544;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=1;MQRankSum=-0.209;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.023;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:213,0,145 chrVII 883403 . T G 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.04;MQ0=1;QD=21.92;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1173,129,0 chrVII 883457 . A G 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.82;MQ0=3;QD=16.67;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:900,102,0 chrVII 883496 . A G 326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.11;MQ0=3;QD=8.81;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:39:359,39,0 chrVII 883502 . T C 268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.71;MQ0=1;MQRankSum=-1.733;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:33:301,33,0 chrVII 883646 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.697;DP=89;Dels=0.00;FS=9.510;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.386;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.429;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:490,0,1110 chrVII 883691 . G A 92.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.853;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:71:99:122,0,956 chrVII 883694 . G A 70.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=74;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.558;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,27:74:99:100,0,1004 chrVII 883700 . G A 35.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=71;Dels=0.00;FS=1.337;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.22;MQ0=0;MQRankSum=-6.248;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:65:65,0,976 chrVII 883702 . T A 73.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.837;DP=70;Dels=0.00;FS=2.914;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-6.105;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:103,0,871 chrVII 883706 . G A 72.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.29;MQ0=0;MQRankSum=-6.206;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.842;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:102,0,853 chrVII 883935 . C G 1366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.062;DP=177;Dels=0.00;FS=32.485;HaplotypeScore=10.0056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.180;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,88:177:99:1396,0,1866 chrVII 884075 . G A 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=21.07;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1234,132,0 chrVII 884107 . G A 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1997,204,0 chrVII 884168 . C G 2591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=19.78;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:131:99:2624,282,0 chrVII 884326 . C T 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=19.05;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1176,123,0 chrVII 884396 . T C 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.667;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:109:99:1909,207,0 chrVII 885001 . C T 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=16.56;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:944,99,0 chrVII 885109 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.777;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.351;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:460,0,368 chrVII 885165 . C T 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=19.37;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:827,90,0 chrVII 885186 . G C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.157;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:35:99:262,0,211 chrVII 885274 . T G 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=14.46;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:539,60,0 chrVII 885279 . G A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;DP=36;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=2.9677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:177,0,243 chrVII 885330 . C T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=2.063;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.987;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:317,0,325 chrVII 885450 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.780;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:619,0,691 chrVII 885746 . G A 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=12.41;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:1175,123,0 chrVII 885775 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=82;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.342;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:502,0,825 chrVII 885870 . T A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;DP=69;Dels=0.00;FS=3.392;HaplotypeScore=10.2867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=7.64;ReadPosRankSum=-2.417;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:557,0,569 chrVII 886023 . T C 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=19.81;SB=-1.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2054,222,0 chrVII 886229 . A G 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.01;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1609,177,0 chrVII 887000 . C G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=60;Dels=0.00;FS=7.155;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.706;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:60:99:667,0,559 chrVII 887135 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.644;DP=86;Dels=0.00;FS=0.818;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.067;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:86:99:641,0,867 chrVII 887509 . A C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=41;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:199,0,600 chrVII 887698 . G T 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.24;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1045,111,0 chrVII 888094 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DP=67;Dels=0.00;FS=2.345;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:533,0,663 chrVII 888112 . G A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=57;Dels=0.00;FS=4.535;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.186;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:365,0,741 chrVII 888123 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DP=60;Dels=0.00;FS=5.560;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:60:99:416,0,739 chrVII 888230 . T C 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.759;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:73:99:718,0,424 chrVII 888247 . T A 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=18.94;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1321,138,0 chrVII 888312 . T A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:26:66:268,0,66 chrVII 888345 . A T 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=22.63;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1142,120,0 chrVII 888361 . A T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.272;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.010;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:473,0,472 chrVII 888444 . T A 61.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:91:91,0,92 chrVII 888569 . C T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:48:48,0,188 chrVII 888672 . G A 207.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DP=21;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.457;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:237,0,181 chrVII 888716 . A G 353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.557;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=2.681;QD=11.39;ReadPosRankSum=-2.432;SB=-4.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,16:31:45:386,45,0 chrVII 888794 . C T 396.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.611;DP=55;Dels=0.00;FS=6.227;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:426,0,637 chrVII 889049 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.774;DP=52;Dels=0.00;FS=8.018;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:52:99:355,0,520 chrVII 889286 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DP=65;Dels=0.00;FS=13.344;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:405,0,612 chrVII 889560 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=45;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=10.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:45:99:319,0,381 chrVII 890309 . C T 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.83;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1928,204,0 chrVII 890569 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.360;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:575,0,553 chrVII 891078 . C T 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.50;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1366,144,0 chrVII 891245 . G A 1414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.214;DP=161;Dels=0.00;FS=21.927;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=3.130;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,79:161:99:1444,0,1341 chrVII 891264 . T C 1212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.792;DP=160;Dels=0.00;FS=24.648;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=7.58;ReadPosRankSum=2.017;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,80:160:99:1242,0,1473 chrVII 891293 . A G 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=152;Dels=0.00;FS=4.215;HaplotypeScore=12.6427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=2.675;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.912;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,76:152:99:1180,0,1025 chrVII 891371 . T C 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=19.36;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1582,168,0 chrVII 891431 . A C 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=17.63;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:985,108,0 chrVII 891611 . T C 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=90;Dels=0.00;FS=3.583;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=17.98;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1651,180,0 chrVII 891656 . C T 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.51;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1366,141,0 chrVII 891990 . T C 1938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=23.35;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1971,213,0 chrVII 892025 . C T 2013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=22.87;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2046,222,0 chrVII 892112 . A G 1622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=5.378;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=23.51;ReadPosRankSum=1.682;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1655,180,0 chrVII 892181 . G A 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=18.15;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1213,132,0 chrVII 892212 . G T 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.328;QD=20.52;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1264,132,0 chrVII 892437 . A C 3566.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=158;Dels=0.00;FS=4.685;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=22.57;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:158:99:3566,381,0 chrVII 892452 . T C 3626.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DP=158;Dels=0.00;FS=2.464;HaplotypeScore=8.1773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=22.95;ReadPosRankSum=2.955;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,153:158:99:3626,390,0 chrVII 892563 . A C 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.37;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1358,153,0 chrVII 893054 . G A 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.467;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.399;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:191,0,304 chrVII 893214 . G T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=47;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=5.0773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:389,0,502 chrVII 893319 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;DP=52;Dels=0.00;FS=7.429;HaplotypeScore=5.4752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:694,0,303 chrVII 893535 . A T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;DP=48;Dels=0.00;FS=4.301;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.804;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:263,0,429 chrVII 893550 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=47;Dels=0.00;FS=1.172;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:311,0,399 chrVII 893659 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=49;Dels=0.00;FS=3.694;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.161;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:581,0,227 chrVII 893850 . T C 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=20.39;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1297,138,0 chrVII 894066 . A T 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=17.79;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:780,81,0 chrVII 894078 . T A 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=17.13;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:684,72,0 chrVII 894109 . T C 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:909,99,0 chrVII 894312 . C T 1568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=25.29;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1601,165,0 chrVII 894336 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.643;DP=55;Dels=0.00;FS=12.140;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.503;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:509,0,513 chrVII 894371 . G A 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.23;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:96:923,96,0 chrVII 894398 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.002;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:284,0,349 chrVII 894432 . C T 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=18.21;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:725,78,0 chrVII 894512 . A G 1566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1599,177,0 chrVII 894617 . A T 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=65;Dels=0.00;FS=11.078;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:723,0,334 chrVII 894711 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.392;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:312,0,131 chrVII 895006 . G C 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.63;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1255,135,0 chrVII 895091 . G A 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=18.37;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:78:768,78,0 chrVII 895096 . A G 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=16.29;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:42:78:717,78,0 chrVII 895227 . A G 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.26;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1126,123,0 chrVII 895361 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:619,0,602 chrVII 895450 . C T 1994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=24.62;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2027,210,0 chrVII 895768 . G A 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=22.93;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2143,222,0 chrVII 896035 . A G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=108;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=10.8064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.785;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,42:108:99:619,0,1149 chrVII 896532 . G A 2254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=22.77;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2287,237,0 chrVII 897236 . G A 2480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2513,276,0 chrVII 897311 . A G 3061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=24.89;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:3094,333,0 chrVII 897358 . A T 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.580;DP=82;Dels=0.00;FS=30.190;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:982,0,682 chrVII 897795 . G A 2645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=24.95;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:2678,268,0 chrVII 897834 . C T 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1855,192,0 chrVII 897873 . G A 2022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=20.42;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2055,219,0 chrVII 897937 . A G 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.595;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.636;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,61:118:99:1058,0,1118 chrVII 898059 . G A 2998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.666e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:136:99:3031,315,0 chrVII 898083 . T C 2463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=19.09;SB=-1.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2496,273,0 chrVII 898325 . A G 3454.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.58;SB=-1.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:153:99:3454,375,0 chrVII 898342 . A T 1379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.703;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,82:171:99:1409,0,1613 chrVII 898755 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=62;Dels=0.00;FS=1.496;HaplotypeScore=8.2650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=2.430;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:373,0,390 chrVII 898998 . A G 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=58;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=22.47;ReadPosRankSum=1.672;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1336,147,0 chrVII 899421 . T C 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=22.06;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1445,156,0 chrVII 899490 . T C 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=21.11;ReadPosRankSum=2.355;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:79:99:1701,183,0 chrVII 899896 . G A 2797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1.561e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:140:99:2830,291,0 chrVII 900087 . C T 1930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=20.32;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:1963,207,0 chrVII 900146 . T C 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=20.41;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1992,213,0 chrVII 900405 . C T 2358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.25;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2391,255,0 chrVII 900753 . C A 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.01;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1504,159,0 chrVII 901156 . T G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DP=83;Dels=0.00;FS=4.911;HaplotypeScore=21.8095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:596,0,603 chrVII 901215 . C A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.883;DP=88;Dels=0.00;FS=1.212;HaplotypeScore=15.5000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:88:99:835,0,704 chrVII 901763 . T C 1064.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.630;DP=136;Dels=0.00;FS=3.117;HaplotypeScore=4.1523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.116;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,64:136:99:1094,0,1349 chrVII 902028 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.584;DP=60;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:460,0,587 chrVII 902287 . C T 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1882,195,0 chrVII 902358 . C T 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=22.17;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1341,141,0 chrVII 902387 . A G 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=22.27;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1436,156,0 chrVII 902486 . C T 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=21.63;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1309,135,0 chrVII 902502 . T C 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=3.409;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=18.81;ReadPosRankSum=1.672;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1105,120,0 chrVII 902555 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:62:99:330,0,577 chrVII 902791 . G A 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=23.08;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1210,126,0 chrVII 902985 . A G 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.29;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:42:81:717,81,0 chrVII 903333 . A C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.401;DP=62;Dels=0.00;FS=8.176;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.484;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:605,0,445 chrVII 903733 . C A 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;DP=53;Dels=0.00;FS=3.118;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.027;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:464,0,400 chrVII 904076 . T C 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.33;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:46:99:968,105,0 chrVII 904249 . C T 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.92;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:966,99,0 chrVII 904632 . C T 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=51;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.170;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:443,0,314 chrVII 904835 . T G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=59;Dels=0.00;FS=1.136;HaplotypeScore=9.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:400,0,665 chrVII 904836 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=58;Dels=0.00;FS=2.421;HaplotypeScore=8.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:591,0,425 chrVII 904983 . G A 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.944;DP=101;Dels=0.00;FS=12.697;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.149;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:101:99:1202,0,875 chrVII 905027 . T C 2173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=25.56;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2206,234,0 chrVII 905084 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;DP=51;Dels=0.00;FS=15.336;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.531;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:415,0,469 chrVII 905148 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DP=65;Dels=0.00;FS=1.727;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.490;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:594,0,431 chrVII 905266 . A G 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=64;Dels=0.00;FS=2.269;HaplotypeScore=9.3263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.109;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.878;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:99:446,0,559 chrVII 905275 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;DP=65;Dels=0.00;FS=2.206;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.618;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.877;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:446,0,657 chrVII 905342 . G C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DP=69;Dels=0.00;FS=6.518;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:600,0,627 chrVII 905510 . T C 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:193,0,206 chrVII 905641 . C G 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=2.388;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.031;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:107,0,133 chrVII 905668 . C T 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.970;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.733;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:90:90,0,107 chrVII 905690 . T C 168.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=32;Dels=0.00;FS=2.013;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.070;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.307;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:81:198,0,81 chrVII 905694 . C T 164.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.070;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.921;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:33:99:194,0,112 chrVII 905698 . C T 181.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.482;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.592;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:211,0,148 chrVII 905710 . T G 544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=13.60;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:63:577,63,0 chrVII 906305 . C T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=48;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.057;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:356,0,380 chrVII 906371 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.855;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:250,0,148 chrVII 906509 . T G 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=27;Dels=0.00;FS=9.181;HaplotypeScore=4.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.537;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:224,0,225 chrVII 906524 . T C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;DP=25;Dels=0.00;FS=6.763;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.026;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:192,0,229 chrVII 906737 . A G 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:219,0,106 chrVII 906984 . C T 746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.31;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:779,81,0 chrVII 907178 . A G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=27;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=9.41;ReadPosRankSum=-2.135;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:27:99:284,0,114 chrVII 907391 . T C 553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=18.43;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:63:586,63,0 chrVII 907442 . C T 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=18.03;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:628,69,0 chrVII 907598 . T C 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=20.19;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:679,75,0 chrVII 907907 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.209;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:274,0,225 chrVII 907928 . T C 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=31;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.501;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:267,0,134 chrVII 907942 . C G 355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=12.24;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:42:388,42,0 chrVII 908054 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=40;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.301;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:40:99:328,0,272 chrVII 908105 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DP=31;Dels=0.00;FS=5.401;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:181,0,285 chrVII 908177 . T A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:194,0,266 chrVII 908207 . G A 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=23.32;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:72:686,72,0 chrVII 908426 . C T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:271,0,450 chrVII 908432 . C T 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.404;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:205,0,494 chrVII 908492 . C A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DP=77;Dels=0.00;FS=8.625;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:431,0,726 chrVII 908765 . C T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.798;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:92:99:818,0,678 chrVII 908833 . G A 3788.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=21.52;SB=-1.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:168:99:3788,391,0 chrVII 909179 . G A 1363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.453;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,75:132:99:1393,0,1060 chrVII 909227 . A G 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.256;DP=139;Dels=0.00;FS=4.130;HaplotypeScore=3.3999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=1.999;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.831;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,71:139:99:1201,0,1357 chrVII 909555 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.161;DP=65;Dels=0.00;FS=2.152;HaplotypeScore=5.1792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.807;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.494;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:676,0,540 chrVII 909569 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;DP=58;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=4.8238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.897;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:631,0,389 chrVII 909620 . T C 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=20.87;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1202,132,0 chrVII 909701 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.065;DP=55;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.881;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:546,0,432 chrVII 909722 . A G 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=50;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.594;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1082,114,0 chrVII 909752 . G T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.012;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:496,0,335 chrVII 910072 . G T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=46;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.560;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:250,0,287 chrVII 910249 . G A 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.17;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1494,162,0 chrVII 910303 . T C 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=20.03;ReadPosRankSum=2.371;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1275,138,0 chrVII 910437 . C T 2375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.28;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2408,255,0 chrVII 910647 . T C 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.97;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1434,150,0 chrVII 910912 . C T 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=19.44;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1394,150,0 chrVII 911092 . A G 1692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=20.14;ReadPosRankSum=1.608;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1725,186,0 chrVII 911134 . C T 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=21.06;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1444,150,0 chrVII 911141 . C T 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=19.51;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1360,144,0 chrVII 911221 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=65;Dels=0.00;FS=22.955;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.497;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.175;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:484,0,529 chrVII 911599 . T C 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=20.68;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:736,81,0 chrVII 911648 . A G 88.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=23;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:118,0,207 chrVII 911703 . G C 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=17.89;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:75:677,75,0 chrVII 911813 . A T 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:50:30:123,0,30 chrVII 911857 . G A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.360;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:254,0,623 chrVII 911975 . G A 492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=24.60;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:525,54,0 chrVII 912200 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:536,0,445 chrVII 912251 . G A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.581;DP=37;Dels=0.00;FS=10.112;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.204;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:335,0,410 chrVII 912377 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=54;Dels=0.00;FS=7.725;HaplotypeScore=4.4048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:373,0,507 chrVII 912379 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=54;Dels=0.00;FS=5.094;HaplotypeScore=4.4048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=2.255;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:534,0,374 chrVII 912398 . C T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;DP=61;Dels=0.00;FS=5.342;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:456,0,575 chrVII 912431 . T C 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DP=73;Dels=0.00;FS=8.069;HaplotypeScore=7.3061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:815,0,491 chrVII 912560 . C T 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.539;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,55:93:99:1144,0,728 chrVII 912800 . C T 1475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.976;DP=198;Dels=0.00;FS=2.484;HaplotypeScore=10.9988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.802;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.248;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,97:198:99:1505,0,1869 chrVII 913000 . T C 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1173,129,0 chrVII 913222 . G A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.215;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,49:74:99:876,0,376 chrVII 913454 . C T 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.097;DP=103;Dels=0.00;FS=2.615;HaplotypeScore=9.0702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.670;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:883,0,738 chrVII 913488 . T C 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;DP=102;Dels=0.00;FS=17.690;HaplotypeScore=10.7408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.454;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:102:99:1029,0,716 chrVII 914517 . C T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;DP=30;Dels=0.00;FS=3.873;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:30:99:152,0,251 chrVII 914538 . G A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;DP=29;Dels=0.00;FS=6.262;HaplotypeScore=4.1268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:121,0,250 chrVII 915630 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;DP=31;Dels=0.00;FS=4.463;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.317;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:31:99:309,0,197 chrVII 916101 . G A 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=38;Dels=0.00;FS=1.594;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:286,0,353 chrVII 916182 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=54;Dels=0.00;FS=7.915;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.238;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:360,0,290 chrVII 916575 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=71;Dels=0.00;FS=5.103;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:680,0,705 chrVII 916672 . C T 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.263;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:966,0,808 chrVII 916742 . T C 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=85;Dels=0.00;FS=17.434;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:85:99:791,0,671 chrVII 916904 . T C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.846;DP=124;Dels=0.05;FS=3.480;HaplotypeScore=16.8160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:118:99:516,0,1170 chrVII 916905 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DP=124;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=17.7992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.176;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,53:124:99:512,0,1199 chrVII 916953 . T C 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.73;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1277,138,0 chrVII 917004 . C T 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=23.10;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1719,174,0 chrVII 917241 . C T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.839;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.593;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:620,0,485 chrVII 917280 . G A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DP=62;Dels=0.00;FS=6.716;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:569,0,463 chrVII 917290 . G A 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=21.80;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1210,129,0 chrVII 917370 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=61;Dels=0.00;FS=1.039;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.833;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.611;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:621,0,312 chrVII 917381 . A G 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=19.96;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1071,114,0 chrVII 917406 . C G 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DP=44;Dels=0.00;FS=12.662;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:206,0,526 chrVII 917454 . A G 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=16.05;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:707,75,0 chrVII 917483 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=53;Dels=0.00;FS=5.733;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.312;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:412,0,422 chrVII 917548 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.066;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:724,0,724 chrVII 917775 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=50;Dels=0.00;FS=10.596;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.413;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:317,0,528 chrVII 917785 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=51;Dels=0.00;FS=6.118;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=2.508;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:561,0,388 chrVII 917879 . T C 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.571;DP=98;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.672;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:884,0,794 chrVII 918026 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.555;DP=53;Dels=0.00;FS=7.797;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:466,0,554 chrVII 918053 . A G 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.516;DP=57;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:57:99:648,0,415 chrVII 918091 . G A 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DP=84;Dels=0.00;FS=5.454;HaplotypeScore=9.7361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.537;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:894,0,778 chrVII 918194 . C T 1330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.594;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.321;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,68:120:99:1360,0,1001 chrVII 918242 . T C 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.436;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:978,0,660 chrVII 918281 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=61;Dels=0.00;FS=1.042;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.216;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:61:99:494,0,460 chrVII 918571 . C T 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.179;DP=78;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.526;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:890,0,558 chrVII 918846 . T C 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=21.99;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1528,162,0 chrVII 918902 . A G 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DP=52;Dels=0.00;FS=6.100;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=22.85;ReadPosRankSum=2.865;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:1221,132,0 chrVII 918971 . T C 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=21.60;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:1783,189,0 chrVII 919087 . G A 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=21.39;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:910,93,0 chrVII 919382 . T C 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=18.88;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:845,93,0 chrVII 919415 . C T 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=23.45;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:924,96,0 chrVII 919444 . A G 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.594;QD=22.50;ReadPosRankSum=1.663;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1158,123,0 chrVII 919531 . G A 3604.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=25.38;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:142:99:3604,373,0 chrVII 919661 . C T 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:96:99:1008,0,730 chrVII 919762 . A C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=37;Dels=0.00;FS=6.057;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.690;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:266,0,337 chrVII 919955 . G A 1293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.240;DP=117;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=19.4262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.672;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:117:99:1323,0,905 chrVII 920047 . T C 939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=20.87;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:972,105,0 chrVII 920060 . G A 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;QD=15.95;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:703,81,0 chrVII 920114 . T A 189.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;DP=63;Dels=0.00;FS=23.814;HaplotypeScore=11.9504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.824;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.855;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:24:222,24,0 chrVII 920124 . A T 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.235;DP=76;Dels=0.00;FS=5.553;HaplotypeScore=70.6178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.63;MQ0=0;MQRankSum=4.429;QD=0.79;ReadPosRankSum=-5.138;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,18:76:90:90,0,96 chrVII 920237 . C T 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=19.38;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1060,111,0 chrVII 920238 . A G 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=19.20;ReadPosRankSum=1.667;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1070,114,0 chrVII 920335 . C G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=32;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.247;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:209,0,312 chrVII 920724 . G A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.280;DP=89;Dels=0.00;FS=2.219;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:89:99:941,0,655 chrVII 920740 . A G 1930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.93;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1963,213,0 chrVII 920955 . G A 2143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.84;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2176,237,0 chrVII 921221 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;DP=47;Dels=0.00;FS=13.099;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.905;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:352,0,225 chrVII 921308 . C T 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.41;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1217,126,0 chrVII 921861 . T A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.173;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.863;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:734,0,624 chrVII 921947 . G A 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.807;DP=98;Dels=0.00;FS=2.013;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:98:99:1159,0,867 chrVII 922006 . G A 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.187;DP=90;Dels=0.00;FS=2.077;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.807;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:972,0,896 chrVII 922091 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=57;Dels=0.00;FS=10.418;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.366;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:538,0,626 chrVII 922150 . G A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=81;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:748,0,739 chrVII 922161 . T C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.311;DP=81;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.473;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:712,0,798 chrVII 922607 . C T 1906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.300;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,95:161:99:1936,0,1187 chrVII 922984 . G C 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:871,0,665 chrVII 923476 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=68;Dels=0.00;FS=3.421;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.802;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:463,0,671 chrVII 923851 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:506,0,799 chrVII 924165 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.625;DP=72;Dels=0.00;FS=10.438;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.754;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:72:99:536,0,741 chrVII 924648 . G T 1394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.060;DP=153;Dels=0.00;FS=5.870;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,76:153:99:1424,0,1476 chrVII 924706 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DP=86;Dels=0.00;FS=11.642;HaplotypeScore=6.3738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.304;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:668,0,946 chrVII 924899 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.532;DP=98;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=11.0834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.588;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:98:99:660,0,951 chrVII 925190 . G T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DP=36;Dels=0.00;FS=1.452;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.927;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:36:99:517,0,111 chrVII 925313 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.056;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:464,0,363 chrVII 926236 . A G 2240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.18;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2273,243,0 chrVII 926465 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;DP=53;Dels=0.00;FS=3.981;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.882;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:368,0,585 chrVII 926609 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DP=75;Dels=0.00;FS=4.537;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.359;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:607,0,701 chrVII 927088 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:508,0,530 chrVII 927149 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.849;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:510,0,684 chrVII 927158 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DP=78;Dels=0.00;FS=1.893;HaplotypeScore=7.2998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.759;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:78:99:554,0,680 chrVII 927250 . G A 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=71;Dels=0.00;FS=6.217;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.732;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:729,0,511 chrVII 927284 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=70;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.745;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:587,0,602 chrVII 927341 . T A 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DP=77;Dels=0.00;FS=13.489;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=2.725;QD=19.83;ReadPosRankSum=2.751;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:1560,159,0 chrVII 927609 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=63;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:595,0,550 chrVII 927650 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:398,0,455 chrVII 927723 . C A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;DP=59;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.554;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:59:99:677,0,511 chrVII 927944 . A T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=62;Dels=0.00;FS=7.215;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.246;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:473,0,614 chrVII 927992 . G C 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=24.91;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2175,231,0 chrVII 928933 . G A 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=19.67;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1213,129,0 chrVII 929033 . A C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DP=50;Dels=0.00;FS=1.144;HaplotypeScore=2.9315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.319;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:347,0,567 chrVII 929519 . C T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=79;Dels=0.00;FS=7.621;HaplotypeScore=6.5609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.060;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:699,0,682 chrVII 929945 . G A 1484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.823;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.505;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,83:165:99:1514,0,1323 chrVII 930476 . C T 1264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.912;DP=142;Dels=0.00;FS=1.533;HaplotypeScore=10.4052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.325;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,66:142:99:1294,0,1363 chrVII 930575 . C T 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.989;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:123:99:1157,0,1169 chrVII 930638 . A G 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=105;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=5.9274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:105:99:835,0,1114 chrVII 930769 . C T 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=143;Dels=0.00;FS=12.775;HaplotypeScore=12.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.019;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,70:143:99:996,0,1182 chrVII 930875 . T G 2545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.797;DP=213;Dels=0.01;FS=27.414;HaplotypeScore=38.8140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=1.808;QD=11.95;ReadPosRankSum=1.282;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,122:211:99:2575,0,1660 chrVII 930881 . T C 1228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.548;DP=201;Dels=0.00;FS=22.464;HaplotypeScore=37.2642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,74:201:99:1258,0,2550 chrVII 930912 . T G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=105;Dels=0.00;FS=3.529;HaplotypeScore=4.7304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,36:105:99:654,0,1540 chrVII 930939 . A C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.248;DP=65;Dels=0.00;FS=4.163;HaplotypeScore=35.1674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,20:65:99:316,0,972 chrVII 930975 . G A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=45;Dels=0.00;FS=10.538;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=2.312;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.833;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:349,0,372 chrVII 931025 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;DP=98;Dels=0.00;FS=3.202;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=2.327;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:855,0,701 chrVII 931052 . G T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=134;Dels=0.00;FS=4.743;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.473;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,61:134:99:874,0,1372 chrVII 931106 . T C 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;DP=131;Dels=0.00;FS=31.322;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.810;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,50:131:99:967,0,1531 chrVII 931109 . C G 1534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=131;Dels=0.00;FS=28.019;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=2.778;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,79:131:99:1564,0,967 chrVII 931123 . T C 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.496;DP=126;Dels=0.00;FS=25.646;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.131;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,54:126:99:951,0,1352 chrVII 931166 . A C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=43;Dels=0.00;FS=1.926;HaplotypeScore=7.4846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.776;QD=3.91;ReadPosRankSum=-3.689;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:198,0,396 chrVII 931551 . T G 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=17;Dels=0.00;FS=4.560;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.75;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:84:84,0,115 chrVII 931627 . T C 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.344;DP=56;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.04;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.294;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:173,0,826 chrVII 931830 . A G 724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.53;MQ0=1;MQRankSum=1.631;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.306;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:84:757,84,0 chrVII 932191 . G A 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.675;DP=91;Dels=0.00;FS=0.781;HaplotypeScore=7.0756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:1034,0,783 chrVII 932243 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DP=81;Dels=0.00;FS=34.559;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:553,0,977 chrVII 932258 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=75;Dels=0.00;FS=37.101;HaplotypeScore=7.9046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=2.975;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:765,0,462 chrVII 932498 . T C 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.87;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1895,204,0 chrVII 932508 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.387;DP=79;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.437;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:489,0,1037 chrVII 933365 . T C 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=23.26;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1615,174,0 chrVII 933512 . T C 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.653;DP=86;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=6.5165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.128;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:86:99:870,0,825 chrVII 933869 . G T 3922.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=23.91;SB=-1.634e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:164:99:3922,409,0 chrVII 934463 . C T 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.69;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1508,156,0 chrVII 934700 . G A 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.75;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1398,147,0 chrVII 934919 . C T 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.21;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1495,156,0 chrVII 935000 . A G 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=19.32;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1250,135,0 chrVII 935054 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;DP=65;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.860;QD=5.91;ReadPosRankSum=3.478;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:65:99:414,0,587 chrVII 935765 . G A 2638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=25.37;SB=-1.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2671,273,0 chrVII 935861 . T A 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.56;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1930,201,0 chrVII 935993 . A G 1360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.146;DP=190;Dels=0.00;FS=6.296;HaplotypeScore=12.8702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=7.16;ReadPosRankSum=2.230;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,85:190:99:1390,0,2064 chrVII 936413 . G C 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;DP=75;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=9.2430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.224;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1418,159,0 chrVII 937218 . A G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;DP=53;Dels=0.00;FS=4.083;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:326,0,602 chrVII 937613 . T G 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;DP=34;Dels=0.00;FS=8.471;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=4.91;ReadPosRankSum=2.184;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:34:99:197,0,390 chrVII 937780 . A G 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.51;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1726,186,0 chrVII 937863 . T C 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=19.70;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1215,129,0 chrVII 938447 . T C 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.21;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1854,198,0 chrVII 938528 . C A 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=20.48;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:1794,186,0 chrVII 938768 . A C 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=22.34;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1932,210,0 chrVII 938789 . T C 2060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=22.39;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2093,222,0 chrVII 939128 . G A 3403.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.80;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:143:99:3403,351,0 chrVII 939290 . T C 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=24.08;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1622,174,0 chrVII 939705 . T G 1738 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.76;MQ0=0;QD=14.13;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:123:99:1771,192,0 chrVII 939707 . T G 1783 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.24;MQ0=0;QD=15.24;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:1816,195,0 chrVII 939713 . A G 1766 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DP=120;Dels=0.00;FS=5.732;HaplotypeScore=4.1850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.093;QD=14.72;ReadPosRankSum=2.941;SB=-1.260e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:120:99:1799,195,0 chrVII 940082 . C T 2721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=23.66;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2754,285,0 chrVII 940454 . G C 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=117;Dels=0.00;FS=3.577;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.868;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,44:117:99:573,0,1390 chrVII 940459 . G A 2439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:119:99:2472,258,0 chrVII 940588 . C T 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.88;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2163,231,0 chrVII 940669 . C T 1078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.73;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1111,117,0 chrVII 940722 . C T 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=20.22;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1327,138,0 chrVII 940909 . G A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.821;DP=54;Dels=0.00;FS=3.370;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.164;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:456,0,600 chrVII 941028 . A G 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=17.85;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:497,54,0 chrVII 942040 . G C 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.23;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:843,90,0 chrVII 942301 . C A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.149;DP=82;Dels=0.00;FS=5.560;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=8.18;ReadPosRankSum=-2.138;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:701,0,665 chrVII 942359 . G C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.326;DP=85;Dels=0.00;FS=7.501;HaplotypeScore=12.2289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:85:99:811,0,745 chrVII 942366 . C T 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=90;Dels=0.00;FS=7.077;HaplotypeScore=12.4349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.791;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.894;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:769,0,901 chrVII 942440 . C G 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:100:99:834,0,1049 chrVII 942469 . T G 1735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=24.10;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1768,189,0 chrVII 942610 . C T 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DP=139;Dels=0.00;FS=7.668;HaplotypeScore=7.2357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,80:139:99:1282,0,1060 chrVII 942635 . C T 3969.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=21.69;SB=-2.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:183:99:3969,418,0 chrVII 942659 . C A 1672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=221;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,109:221:99:1702,0,1897 chrVII 943619 . T C 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=128;Dels=0.00;FS=4.396;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.916;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,76:128:99:1292,0,746 chrVII 943671 . C T 2849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=24.14;SB=-1.438e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2882,300,0 chrVII 944106 . C T 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=16.98;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1103,114,0 chrVII 944660 . T C 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=18.36;ReadPosRankSum=1.667;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1006,111,0 chrVII 944684 . G A 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=14.63;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:78:706,78,0 chrVII 944976 . A G 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:46:99:405,0,340 chrVII 944981 . T A 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=19.55;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:893,93,0 chrVII 945155 . C G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;DP=88;Dels=0.02;FS=4.915;HaplotypeScore=32.8141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.729;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.865;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:620,0,897 chrVII 945166 . C T 1840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.72;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1873,195,0 chrVII 945207 . G T 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=25.02;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1259,132,0 chrVII 945470 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=45;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.079;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:440,0,483 chrVII 945978 . C T 2063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2096,216,0 chrVII 946206 . T C 1058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=21.16;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:50:99:1091,117,0 chrVII 946228 . C T 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.00;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1137,117,0 chrVII 946366 . C T 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.170;DP=90;Dels=0.00;FS=2.979;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=1.526;QD=18.29;ReadPosRankSum=2.310;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1679,156,0 chrVII 946369 . G A 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=17.57;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1562,162,0 chrVII 946383 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.495;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:539,0,635 chrVII 946464 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=54;Dels=0.00;FS=2.474;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.706;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:630,0,312 chrVII 946664 . G A 2665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.79;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:112:99:2698,294,0 chrVII 946974 . A G 4085.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.719;QD=20.84;ReadPosRankSum=2.424;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,193:196:99:4085,441,0 chrVII 947039 . T C 1648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.763;DP=194;Dels=0.00;FS=5.552;HaplotypeScore=13.7359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.411;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,98:194:99:1678,0,1725 chrVII 947080 . T C 3600.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=165;Dels=0.00;FS=12.386;HaplotypeScore=9.2593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=21.82;ReadPosRankSum=2.957;SB=-1.693e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,161:165:99:3600,384,0 chrVII 947194 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=90;Dels=0.00;FS=5.797;HaplotypeScore=1.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:90:99:650,0,1003 chrVII 947252 . C T 2183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=24.26;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2216,228,0 chrVII 947600 . A G 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DP=86;Dels=0.00;FS=2.614;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=18.71;ReadPosRankSum=2.871;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:1642,180,0 chrVII 948052 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.554;DP=78;Dels=0.00;FS=4.342;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.115;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:678,0,568 chrVII 948145 . G A 3327.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.94;SB=-1.740e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:3327,345,0 chrVII 948202 . T G 2395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=21.01;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2428,264,0 chrVII 948229 . G A 2331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=19.42;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2364,264,0 chrVII 948283 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.944;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.581;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:629,0,512 chrVII 948447 . T C 2643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=121;Dels=0.00;FS=6.130;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=21.84;ReadPosRankSum=2.368;SB=-1.595e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,119:121:99:2676,285,0 chrVII 948586 . C T 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=18.77;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1722,186,0 chrVII 948589 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;DP=88;Dels=0.00;FS=7.263;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.986;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:88:99:463,0,986 chrVII 948604 . A G 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;DP=97;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=6.5307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=10.61;ReadPosRankSum=2.677;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:97:99:1059,0,659 chrVII 948634 . C T 1868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=20.30;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1901,198,0 chrVII 948637 . C A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.649;DP=95;Dels=0.00;FS=6.824;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.391;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:95:99:441,0,979 chrVII 948715 . G A 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.35;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2068,216,0 chrVII 949001 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.050;DP=88;Dels=0.00;FS=1.695;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=2.646;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.830;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:641,0,737 chrVII 949014 . T C 1571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:83:99:1604,171,0 chrVII 949072 . C T 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=15.58;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81:734,81,0 chrVII 949266 . T C 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=28;Dels=0.00;FS=15.418;HaplotypeScore=47.0575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.887;SB=-7.065e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,3:28:36:56,0,36 chrVII 949432 . C G 448.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=73;Dels=0.00;FS=28.524;HaplotypeScore=5.8707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:73:99:478,0,821 chrVII 949462 . T C 339.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=72;Dels=0.00;FS=19.025;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.080;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:369,0,976 chrVII 949472 . T C 324.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.268;DP=69;Dels=0.00;FS=22.057;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.084;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,22:69:99:354,0,940 chrVII 949496 . G T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.613;DP=59;Dels=0.00;FS=12.909;HaplotypeScore=7.5585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=2.685;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:471,0,537 chrVII 949596 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=65;Dels=0.00;FS=9.091;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:564,0,466 chrVII 949799 . C G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.530;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:248,0,386 chrVII 949816 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.501;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:283,0,404 chrVII 949940 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.824;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.178;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:732,0,627 chrVII 950132 . A G 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.421;DP=30;Dels=0.00;FS=4.155;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:63:63,0,495 chrVII 950138 . C G 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=29;Dels=0.00;FS=4.084;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:66:66,0,435 chrVII 950156 . A G 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=36;Dels=0.00;FS=2.951;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.352;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:65:65,0,409 chrVII 950426 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=35;Dels=0.00;FS=10.281;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.050;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:320,0,195 chrVII 950639 . G A 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.263;DP=91;Dels=0.00;FS=1.893;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.172;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.646;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1066,0,816 chrVII 950926 . G A 1401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.642;DP=130;Dels=0.00;FS=12.640;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.324;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,76:130:99:1431,0,839 chrVII 951099 . A C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=2.510;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:506,0,530 chrVII 951246 . T G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.788;DP=60;Dels=0.00;FS=3.558;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:575,0,469 chrVII 951384 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.729;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-5.146;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.352;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:597,0,550 chrVII 951406 . A G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.030;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:330,0,377 chrVII 951468 . G T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=79;Dels=0.00;FS=1.919;HaplotypeScore=9.5599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.419;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:699,0,661 chrVII 951500 . G C 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=22.46;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1897,213,0 chrVII 951537 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=91;Dels=0.00;FS=13.894;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.553;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.975;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:621,0,978 chrVII 951544 . G A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.161;DP=89;Dels=0.00;FS=9.555;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.176;QD=6.02;ReadPosRankSum=-2.297;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:566,0,1068 chrVII 951566 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=74;Dels=0.00;FS=10.461;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.996;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:322,0,1046 chrVII 951573 . T A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.579;DP=70;Dels=0.00;FS=12.988;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.118;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:267,0,878 chrVII 951595 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.373;DP=68;Dels=0.00;FS=2.131;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.774;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.091;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:319,0,763 chrVII 951635 . G A 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=16.11;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1080,117,0 chrVII 951655 . C T 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.59;MQ0=0;QD=17.62;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1337,138,0 chrVII 951659 . G A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.934;DP=75;Dels=0.00;FS=2.815;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.443;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.736;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:75:99:546,0,541 chrVII 951675 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;DP=73;Dels=0.00;FS=4.423;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.009;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.604;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:469,0,482 chrVII 951689 . A G 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.97;MQ0=0;QD=17.89;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1464,162,0 chrVII 951690 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.288;DP=80;Dels=0.00;FS=12.706;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.111;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.733;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:590,0,580 chrVII 951700 . G A 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.235;DP=84;Dels=0.00;FS=12.038;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.974;QD=8.76;ReadPosRankSum=-2.703;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:766,0,564 chrVII 951726 . C G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=91;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=48.3012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.10;MQ0=0;MQRankSum=4.542;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:604,0,510 chrVII 951733 . A T 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.93;MQ0=0;QD=9.59;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:84:819,84,0 chrVII 951752 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.673;DP=86;Dels=0.00;FS=1.853;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.519;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.676;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:86:99:484,0,540 chrVII 951758 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.975;DP=90;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.62;MQ0=0;MQRankSum=-6.591;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.643;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:454,0,630 chrVII 951773 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.961;DP=96;Dels=0.00;FS=12.476;HaplotypeScore=4.9244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.19;MQ0=0;MQRankSum=-6.604;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:397,0,592 chrVII 951785 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=94;Dels=0.00;FS=10.267;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.41;MQ0=0;MQRankSum=-7.230;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:94:99:263,0,709 chrVII 951823 . T C 27.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=64;Dels=0.00;FS=10.123;HaplotypeScore=45.2840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.384;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.814;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:64:57:57,0,584 chrVII 951824 . G A 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=64;Dels=0.00;FS=11.705;HaplotypeScore=45.2840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.399;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.502;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:64:56:56,0,163 chrVII 951825 . A G,T 204.02 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5665;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.10;MQ0=0;QD=3.19;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,23,41:64:52:264,185,173,79,0,52 chrVII 951836 . A T 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=67;Dels=0.00;FS=7.485;HaplotypeScore=5.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.053;QD=0.28;ReadPosRankSum=1.835;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:67:49:49,0,651 chrVII 951845 . A C 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;DP=63;Dels=0.00;FS=5.888;HaplotypeScore=4.1112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.262;QD=0.33;ReadPosRankSum=1.558;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,18:63:51:51,0,563 chrVII 951926 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=41;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.583;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.691;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:333,0,340 chrVII 951976 . G A 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=18.91;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:884,93,0 chrVII 952025 . T G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;DP=94;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=8.1186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.046;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:94:99:697,0,839 chrVII 952040 . C T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;DP=93;Dels=0.00;FS=1.833;HaplotypeScore=1.9248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQ0=0;MQRankSum=3.166;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:722,0,718 chrVII 952043 . G A 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=95;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=1.9248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.938;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.635;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:775,0,718 chrVII 952051 . T G 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.600;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:1840,207,0 chrVII 952076 . A G 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;QD=16.99;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:1851,204,0 chrVII 952100 . A C 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.602;DP=114;Dels=0.00;FS=7.571;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.136;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:114:99:874,0,673 chrVII 952133 . G T 1573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.650;DP=147;Dels=0.00;FS=1.701;HaplotypeScore=13.4255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,87:147:99:1603,0,1025 chrVII 952189 . G C 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.980;DP=124;Dels=0.01;FS=5.019;HaplotypeScore=13.1619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:123:99:1339,0,982 chrVII 952261 . T A 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;DP=105;Dels=0.00;FS=0.936;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.170;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:105:99:1038,0,1170 chrVII 952285 . G A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.797;DP=109;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.828;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:109:99:748,0,1102 chrVII 952286 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=107;Dels=0.00;FS=0.752;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.148;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:680,0,1043 chrVII 952297 . T C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.175;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:109:99:482,0,945 chrVII 952318 . G A 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;DP=113;Dels=0.00;FS=6.012;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.338;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.918;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:113:99:464,0,853 chrVII 952426 . A G 2816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.976;DP=256;Dels=0.00;FS=2.863;HaplotypeScore=10.7424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,148:256:99:2846,0,1749 chrVII 952450 . T C 2157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.175;DP=261;Dels=0.00;FS=2.100;HaplotypeScore=14.8904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.388;QD=8.26;ReadPosRankSum=-2.470;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,122:261:99:2187,0,2721 chrVII 952472 . T C 2041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.714;DP=226;Dels=0.00;FS=2.975;HaplotypeScore=13.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,112:226:99:2071,0,2077 chrVII 952505 . C T 1284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=7.51;ReadPosRankSum=-2.154;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,82:171:99:1314,0,1619 chrVII 952725 . G A 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=100;Dels=0.00;FS=2.726;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:841,0,565 chrVII 952860 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=63;Dels=0.00;FS=2.353;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:363,0,544 chrVII 953031 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:253,0,298 chrVII 953112 . A G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=43;Dels=0.00;FS=2.788;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:374,0,452 chrVII 953316 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=52;Dels=0.00;FS=4.409;HaplotypeScore=7.5656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.879;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:519,0,313 chrVII 953335 . C A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=1.759;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:248,0,439 chrVII 953343 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=1.983;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:246,0,376 chrVII 953555 . T C 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=19.23;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1052,111,0 chrVII 953569 . T A 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;DP=50;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.634;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.451;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:389,0,410 chrVII 953572 . C A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;DP=52;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.432;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.426;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:357,0,437 chrVII 953629 . A C 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.246;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1266,138,0 chrVII 953711 . C T 375.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DP=54;Dels=0.00;FS=1.065;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.778;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.527;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:405,0,394 chrVII 953716 . C T 387.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.102;DP=54;Dels=0.02;FS=1.076;HaplotypeScore=4.6547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.510;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:417,0,359 chrVII 953718 . G T 880 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=16.60;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:913,99,0 chrVII 953861 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:500,0,375 chrVII 953865 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.356;DP=61;Dels=0.00;FS=2.191;HaplotypeScore=5.0765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=2.660;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.319;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:414,0,595 chrVII 953935 . T C 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.91;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1435,159,0 chrVII 954007 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;DP=77;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:733,0,599 chrVII 954301 . A G 2441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=24.17;SB=-1.317e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2474,270,0 chrVII 954359 . A G 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.583;DP=112;Dels=0.00;FS=7.451;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=7.12;ReadPosRankSum=-2.242;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:112:99:827,0,1189 chrVII 954455 . G C 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=21.61;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1459,156,0 chrVII 954667 . C G 4128.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=24.57;SB=-1.694e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:168:99:4128,441,0 chrVII 954681 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.922;DP=146;Dels=0.00;FS=5.553;HaplotypeScore=9.5555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.831;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,50:146:99:752,0,2083 chrVII 954701 . C T 2767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=24.06;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2800,303,0 chrVII 954734 . T C 1957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=21.27;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1990,213,0 chrVII 954914 . T C 1244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.420;DP=174;Dels=0.00;FS=2.701;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.831;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,72:174:99:1274,0,1973 chrVII 954938 . T C 1283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:147:99:1313,0,1366 chrVII 955004 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=75;Dels=0.00;FS=12.154;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=7.28;ReadPosRankSum=2.025;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:75:99:576,0,687 chrVII 955008 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;DP=72;Dels=0.00;FS=12.128;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:609,0,625 chrVII 955019 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=69;Dels=0.00;FS=12.885;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:494,0,624 chrVII 955104 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DP=80;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=8.0494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.998;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:646,0,798 chrVII 955246 . G C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=96;Dels=0.00;FS=1.715;HaplotypeScore=10.4274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.409;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:96:99:549,0,900 chrVII 955247 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.287;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.119;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:548,0,961 chrVII 955260 . G A 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=20.34;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1538,156,0 chrVII 955274 . A C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=63;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.652;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.238;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:63:99:396,0,473 chrVII 955308 . G C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DP=57;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=2.243;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.571;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:487,0,347 chrVII 955379 . C T 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=21.41;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1746,183,0 chrVII 955387 . A G 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=79;Dels=0.00;FS=14.208;HaplotypeScore=6.0300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:751,0,573 chrVII 955481 . G A 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.222;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:824,0,600 chrVII 955499 . A G 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;DP=95;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.833;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,56:95:99:975,0,590 chrVII 955592 . A T 2410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=23.86;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2443,258,0 chrVII 955631 . A G 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=104;Dels=0.00;FS=13.517;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=3.655;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.887;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:104:99:687,0,1159 chrVII 955670 . T C 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=85;Dels=0.00;FS=5.816;HaplotypeScore=3.5605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=2.917;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:85:99:1970,210,0 chrVII 955691 . A C 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;DP=90;Dels=0.00;FS=8.609;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:753,0,790 chrVII 955696 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=92;Dels=0.00;FS=12.190;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:735,0,769 chrVII 955819 . C T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.060;DP=104;Dels=0.00;FS=0.723;HaplotypeScore=8.7986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:972,0,795 chrVII 955886 . T C 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.324;DP=114;Dels=0.00;FS=3.481;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:114:99:831,0,969 chrVII 955942 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.841;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=2.311;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:639,0,966 chrVII 955952 . C G 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;DP=89;Dels=0.00;FS=0.825;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.192;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:89:99:965,0,609 chrVII 955973 . T A 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.692;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.234;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:818,0,735 chrVII 955988 . T C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;DP=86;Dels=0.00;FS=4.329;HaplotypeScore=12.0570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:86:99:589,0,812 chrVII 956057 . C T 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=15.32;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:952,105,0 chrVII 956065 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.497;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:249,0,549 chrVII 956077 . T A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=2.995;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:541,0,350 chrVII 956093 . A G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.508;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.435;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.788;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:319,0,848 chrVII 956144 . C G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:484,0,855 chrVII 956159 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.166;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:83:99:555,0,954 chrVII 956182 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=92;Dels=0.00;FS=4.064;HaplotypeScore=8.7243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.392;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:92:99:542,0,1041 chrVII 956252 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;DP=74;Dels=0.00;FS=4.563;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.458;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:537,0,623 chrVII 956270 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;DP=72;Dels=0.00;FS=1.955;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.523;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:532,0,532 chrVII 956516 . T G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.930;DP=39;Dels=0.00;FS=5.129;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:344,0,310 chrVII 956576 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.068;DP=58;Dels=0.00;FS=5.372;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:475,0,379 chrVII 956708 . G A 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.940;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:86:99:875,0,567 chrVII 956731 . G A 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.985;DP=87;Dels=0.00;FS=7.984;HaplotypeScore=6.7928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:1016,0,566 chrVII 956798 . G A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=78;Dels=0.00;FS=14.257;HaplotypeScore=11.1855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:647,0,659 chrVII 956849 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=62;Dels=0.00;FS=2.487;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:62:99:663,0,424 chrVII 956978 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.032;DP=80;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:80:99:534,0,839 chrVII 957005 . A T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;DP=81;Dels=0.00;FS=1.869;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:826,0,547 chrVII 957266 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;DP=51;Dels=0.00;FS=2.730;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:51:99:508,0,231 chrVII 957426 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.359;DP=67;Dels=0.00;FS=1.420;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.018;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.563;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:500,0,670 chrVII 957431 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.158;DP=66;Dels=0.00;FS=1.413;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.121;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.499;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:478,0,670 chrVII 957465 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DP=52;Dels=0.00;FS=3.114;HaplotypeScore=13.8626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.843;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.936;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:251,0,536 chrVII 957479 . G A 385.12 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.733;DP=37;Dels=0.00;FS=27.407;HaplotypeScore=8.3004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-1.271e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:37:5:416,5,0 chrVII 957482 . G A 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=30;Dels=0.00;FS=1.630;HaplotypeScore=9.2669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.299;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:30:58:58,0,327 chrVII 957485 . G A 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=33;Dels=0.00;FS=5.748;HaplotypeScore=24.9354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.563;QD=0.85;ReadPosRankSum=-2.341;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:58:58,0,327 chrVII 957494 . G A 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=30;Dels=0.03;FS=4.091;HaplotypeScore=38.0409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.707;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.554;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:29:43:43,0,257 chrVII 957830 . G A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=29;Dels=0.00;FS=3.645;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=1.767;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:181,0,386 chrVII 958076 . T C 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=47;Dels=0.00;FS=2.864;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=18.28;ReadPosRankSum=2.345;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:96:892,96,0 chrVII 958078 . A T 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=17.45;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:853,93,0 chrVII 958224 . A C 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=46;Dels=0.00;FS=1.413;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.373;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:217,0,260 chrVII 958233 . G A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:180,0,296 chrVII 958252 . C T 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=14.02;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:69:678,69,0 chrVII 958287 . A T 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;QD=14.88;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:96:911,96,0 chrVII 958374 . T C 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.42;MQ0=0;QD=12.51;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:90:846,90,0 chrVII 958376 . C G 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.773;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:90:829,90,0 chrVII 958479 . A G 2401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=24.25;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2434,270,0 chrVII 958516 . T C 2585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=24.86;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2618,279,0 chrVII 958592 . A G 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=22.31;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1037,114,0 chrVII 958623 . A C 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.833;DP=42;Dels=0.00;FS=6.318;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=16.40;ReadPosRankSum=2.735;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:78:722,78,0 chrVII 958673 . C T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.230;DP=69;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.031;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:69:99:684,0,448 chrVII 958955 . G A 507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=14.91;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:540,57,0 chrVII 959010 . G T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;DP=80;Dels=0.00;FS=7.464;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:670,0,565 chrVII 959188 . C G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=7.18;ReadPosRankSum=-2.137;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:231,0,295 chrVII 959282 . A T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=51;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=5.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.467;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:584,0,385 chrVII 959305 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;DP=49;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:425,0,548 chrVII 959502 . A C 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=85;Dels=0.00;FS=2.290;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.181;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:85:99:773,0,659 chrVII 959629 . T C 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=66;Dels=0.00;FS=3.748;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.678;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:66:99:1442,156,0 chrVII 959802 . A C 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=11.32;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:1357,147,0 chrVII 960080 . T C 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=21.11;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1553,168,0 chrVII 960362 . C A 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.58;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:90:882,90,0 chrVII 960918 . G A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=106;Dels=0.00;FS=7.197;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:754,0,1084 chrVII 960936 . A G 1988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=95;Dels=0.00;FS=8.799;HaplotypeScore=5.9670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=20.93;ReadPosRankSum=1.694;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:95:99:2021,222,0 chrVII 960996 . T G 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.951;DP=87;Dels=0.00;FS=2.297;HaplotypeScore=7.3444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=2.039;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:87:99:860,0,549 chrVII 961324 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.844;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.517;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:70:99:509,0,728 chrVII 962129 . A T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;DP=68;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=4.94;ReadPosRankSum=-2.544;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:366,0,916 chrVII 962142 . T C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.211;DP=73;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.714;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:885,0,445 chrVII 963324 . A C 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=84;Dels=0.00;FS=1.828;HaplotypeScore=7.4502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:577,0,818 chrVII 963805 . C T 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=20.29;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:56:99:1169,123,0 chrVII 963897 . T C 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=20.92;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:87:828,87,0 chrVII 963916 . G A 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=19.48;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:851,90,0 chrVII 963952 . T C 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=21.06;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1044,114,0 chrVII 964040 . C G 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=21.75;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1186,129,0 chrVII 964269 . T C 2146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=20.44;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2179,237,0 chrVII 964575 . T C 3086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.518e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:3119,336,0 chrVII 965476 . A T 695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=19.86;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:728,75,0 chrVII 965676 . T G 2483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2516,267,0 chrVII 965972 . G A 2277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=20.70;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2310,258,0 chrVII 967790 . T A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.335;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:224,0,500 chrVII 968764 . C T 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=15.52;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1166,126,0 chrVII 970290 . A T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:505,0,680 chrVII 971305 . A G 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=17.00;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:72:679,72,0 chrVII 971746 . C T 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.04;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1254,129,0 chrVII 971893 . G C 299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:332,36,0 chrVII 972322 . T C 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=52;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=21.10;ReadPosRankSum=1.666;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:95:1130,95,0 chrVII 972982 . G A 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=16.64;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:732,78,0 chrVII 973057 . G A 984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.88;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1017,108,0 chrVII 973111 . A G 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.51;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:1038,117,0 chrVII 973243 . G A 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.68;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1075,114,0 chrVII 974135 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=39;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=7.8192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=6.49;ReadPosRankSum=-2.037;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:283,0,406 chrVII 974583 . A C 2478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=116;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=9.0772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=21.36;ReadPosRankSum=1.643;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2511,270,0 chrVII 974638 . A G 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=19.66;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1193,126,0 chrVII 974639 . C T 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=18.51;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1125,126,0 chrVII 974684 . A T 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=17.42;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1374,156,0 chrVII 975047 . T C 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=14.32;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1078,117,0 chrVII 975265 . A C 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=14.62;ReadPosRankSum=1.631;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:57:530,57,0 chrVII 975463 . G A 514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=19.04;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:547,57,0 chrVII 975718 . G A 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.834;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.180;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:77:99:833,0,650 chrVII 976931 . T C 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.72;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1575,171,0 chrVII 977842 . A G 419.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=7.10;ReadPosRankSum=3.241;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:449,0,294 chrVII 978594 . T C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;DP=55;Dels=0.00;FS=4.076;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:638,0,375 chrVII 979368 . A G 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.785;DP=130;Dels=0.00;FS=1.538;HaplotypeScore=12.6624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,56:130:99:906,0,1464 chrVII 979414 . G A 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.808;DP=124;Dels=0.00;FS=3.726;HaplotypeScore=7.8831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.024;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,45:124:99:801,0,1565 chrVII 979418 . A G 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=126;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=7.1998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,47:126:99:730,0,1495 chrVII 979545 . A G 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.68;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1217,132,0 chrVII 979647 . T A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.263;DP=103;Dels=0.00;FS=6.550;HaplotypeScore=7.3159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.040;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:835,0,1070 chrVII 979683 . A C 2801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=22.23;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2834,312,0 chrVII 981478 . A G 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=21.50;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1065,114,0 chrVII 982687 . C T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:385,0,757 chrVII 983061 . G C 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;QD=21.34;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1356,147,0 chrVII 983063 . C T 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=20.44;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1280,135,0 chrVII 983089 . T C 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.18;MQ0=0;QD=15.47;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:96:884,96,0 chrVII 983091 . G C 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.62;MQ0=0;QD=14.44;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:87:813,87,0 chrVII 983112 . G A 564 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=12.82;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:63:597,63,0 chrVII 983114 . T C 534 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=12.14;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:60:567,60,0 chrVII 983122 . G C 220.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=7.33;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:27:253,27,0 chrVII 983124 . A T 235.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=7.83;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:27:268,27,0 chrVII 983125 . A G 221.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=7.37;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:27:254,27,0 chrVII 983126 . C T 239.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=7.97;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:27:272,27,0 chrVII 983160 . A G 208.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;QD=7.43;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:27:241,27,0 chrVII 983164 . C T 141.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=4.70;SB=-3.251e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:18:174,18,0 chrVII 983588 . G A 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=22.80;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1378,141,0 chrVII 984033 . C T 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=24.97;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1506,159,0 chrVII 984084 . A G 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.27;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:945,102,0 chrVII 984165 . A G 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.672;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1218,132,0 chrVII 984317 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.692;DP=110;Dels=0.00;FS=1.528;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.027;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:110:99:711,0,985 chrVII 984362 . C T 2175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=20.14;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2208,222,0 chrVII 984464 . C T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=40;Dels=0.00;FS=4.646;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=6.18;ReadPosRankSum=-2.719;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:277,0,345 chrVII 984558 . T C 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.644;DP=89;Dels=0.00;FS=16.884;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=18.30;ReadPosRankSum=3.644;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:1662,177,0 chrVII 984603 . G A 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.07;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2238,243,0 chrVII 984677 . A G 2832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.29;SB=-1.484e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2865,309,0 chrVII 985136 . C T 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=24.57;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1163,117,0 chrVII 985210 . T C 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=18.05;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1206,132,0 chrVII 985218 . G A 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1304,138,0 chrVII 985412 . T G 270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.88;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:33:303,33,0 chrVII 985797 . C T 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=24.38;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:667,69,0 chrVII 985817 . G A 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=16.44;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:592,66,0 chrVII 985834 . T A 417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=11.91;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:51:450,51,0 chrVII 985898 . A G 627 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=19.00;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:660,72,0 chrVII 986049 . A C 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.48;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:656,72,0 chrVII 986277 . G A 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=21.61;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1092,114,0 chrVII 986380 . A T 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=25.66;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1521,159,0 chrVII 986418 . C T 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=24.27;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1562,162,0 chrVII 986494 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:425,0,457 chrVII 986601 . T C 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=20.71;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:758,81,0 chrVII 986691 . T A 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=19.91;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:710,75,0 chrVII 986764 . G T 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.52;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:75:99:1497,156,0 chrVII 986783 . G A 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.16;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1585,165,0 chrVII 986821 . C T 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=19.27;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1266,138,0 chrVII 986874 . G A 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.20;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:943,102,0 chrVII 986910 . G A 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.73;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:685,72,0 chrVII 986969 . G A 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=21.58;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:702,75,0 chrVII 986990 . T C 414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=21.79;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:48:447,48,0 chrVII 987011 . T A 264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=18.86;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:33:297,33,0 chrVII 987032 . C A 136.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=12.38;SB=-8.688e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:169,18,0 chrVII 987084 . T G 82.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=9.17;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:115,12,0 chrVII 987134 . T A 146.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=8.12;SB=-1.391e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:18:179,18,0 chrVII 987273 . A G 344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.23;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:377,42,0 chrVII 987364 . A T 511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=42;Dels=0.00;FS=6.128;HaplotypeScore=4.7617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.648;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:69:544,69,0 chrVII 987415 . C T 53.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.23;MQ0=0;QD=4.15;SB=-8.896e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:9:86,9,0 chrVII 987417 . T C 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.470;SB=-8.395e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:9:81,9,0 chrVII 987450 . T C 159.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=12.24;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:21:192,21,0 chrVII 987489 . A G 269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=16.81;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:33:302,33,0 chrVII 987590 . C T 257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=14.28;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:290,30,0 chrVII 987595 . C T 260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=12.38;SB=-8.902e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30:293,30,0 chrVII 987623 . G C 149.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.051;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:179,0,129 chrVII 987713 . A G 313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=19.56;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:346,36,0 chrVII 987788 . T G 215.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=17.92;SB=-2.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:27:248,27,0 chrVII 987829 . T C 162.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=9.53;SB=-3.107e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:21:195,21,0 chrVII 987872 . T G 105.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=7.02;SB=-2.726e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:15:138,15,0 chrVII 987900 . T G 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=1.57;SB=-1.770e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:50,6,0 chrVII 987926 . G A 142.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;QD=10.15;SB=-7.279e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:14:21:175,21,0 chrVII 987961 . A G 334 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.52;MQ0=0;QD=15.18;SB=-7.065e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:367,42,0 chrVII 987973 . G A 352 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=15.30;SB=-7.066e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:385,42,0 chrVII 987979 . C T 380 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=14.62;SB=-6.794e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:413,45,0 chrVII 987992 . T C 396 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=12.77;ReadPosRankSum=3.153;SB=-6.657e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:31:48:429,48,0 chrVII 988045 . C T 589 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=23.56;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:622,66,0 chrVII 988071 . A C 315.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.747;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:26:99:345,0,212 chrVII 988108 . T C 466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.569;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:54:499,54,0 chrVII 988142 . G A 346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=19.22;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39:379,39,0 chrVII 988162 . T C 272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=13.60;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:33:305,33,0 chrVII 988195 . T C 300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=15.79;ReadPosRankSum=1.552;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:36:333,36,0 chrVII 988333 . C T 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=22.27;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:768,81,0 chrVII 988358 . G A 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=20.67;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:922,93,0 chrVII 988387 . C T 1058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=21.16;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1091,111,0 chrVII 988528 . C T 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=15.51;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66:607,66,0 chrVII 989604 . T C 2335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.03;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2368,252,0 chrVII 989845 . C T 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=24.58;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1508,159,0 chrVII 989850 . T C 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=24.49;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1429,150,0 chrVII 990245 . T C 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.453;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.80;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:820,0,768 chrVII 990356 . C T 2249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=22.95;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2282,237,0 chrVII 990395 . C T 2773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=23.11;SB=-1.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2806,303,0 chrVII 990478 . G A 2527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=22.17;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2560,264,0 chrVII 990505 . T C 2162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=20.02;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2195,243,0 chrVII 990538 . A G 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=18.44;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1674,180,0 chrVII 990540 . A C 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.69;MQ0=0;QD=17.75;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1595,174,0 chrVII 990576 . A G 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=97;Dels=0.00;FS=8.935;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=12.55;ReadPosRankSum=2.399;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:1250,135,0 chrVII 990609 . G T 529 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.31;MQ0=0;QD=7.35;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:57:562,57,0 chrVII 990610 . G C 500 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.81;MQ0=0;QD=6.85;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:57:533,57,0 chrVII 990611 . A C 520 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.22;MQ0=0;QD=6.84;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:60:553,60,0 chrVII 990621 . C T 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.87;MQ0=0;QD=8.65;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:84:803,84,0 chrVII 990659 . T C 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=16.67;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1450,159,0 chrVII 990718 . T G 2188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=110;Dels=0.00;FS=3.338;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=19.89;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2221,243,0 chrVII 990841 . C A 2380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=22.04;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2413,255,0 chrVII 990893 . C A 2164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.03;MQ0=0;QD=21.43;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2197,225,0 chrVII 990971 . A T 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=22.50;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1248,135,0 chrVII 991004 . G A 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=22.66;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:962,99,0 chrVII 991010 . G A 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=21.75;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:990,102,0 chrVII 991027 . C G 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=18.69;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:930,102,0 chrVII 991617 . G A 1305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=22.50;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1338,138,0 chrVII 991689 . T C 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.674;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1156,126,0 chrVII 991695 . G A 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1143,117,0 chrVII 991740 . C G 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=21.24;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1520,165,0 chrVII 991757 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DP=75;Dels=0.00;FS=6.555;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=2.611;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.793;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:75:99:608,0,627 chrVII 991917 . A C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;DP=80;Dels=0.00;FS=11.183;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.915;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:694,0,816 chrVII 991938 . G A 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=20.78;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1446,165,0 chrVII 991998 . T C 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=18.86;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:90:844,90,0 chrVII 992004 . A G 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=19.77;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:883,96,0 chrVII 992205 . A G 4295.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.339;DP=178;Dels=0.00;FS=11.775;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=24.13;ReadPosRankSum=2.339;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,175:177:99:4295,474,0 chrVII 992313 . C T 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.76;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1643,171,0 chrVII 992385 . C T 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=16.88;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1485,165,0 chrVII 992448 . C T 3654.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.815e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3654,382,0 chrVII 992799 . G A 2081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=20.81;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2114,219,0 chrVII 992805 . C T 2019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=19.60;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2052,210,0 chrVII 992889 . T C 2406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=22.28;ReadPosRankSum=2.403;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:108:99:2439,264,0 chrVII 993608 . G T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=56;Dels=0.00;FS=2.329;HaplotypeScore=10.3398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:432,0,511 chrVII 994032 . A C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.438;DP=67;Dels=0.00;FS=14.119;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:67:99:473,0,767 chrVII 994228 . C T 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=20.42;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:666,78,0 chrVII 994491 . G A 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=22.88;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1154,117,0 chrVII 994520 . C G 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=19.29;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:52:99:1036,111,0 chrVII 994656 . T C 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.569;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:50:650,50,0 chrVII 994670 . T A 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.91;MQ0=0;QD=11.67;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:66:628,66,0 chrVII 994685 . A G 596 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=3.707;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.604;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:69:629,69,0 chrVII 994687 . T C 644 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:72:677,72,0 chrVII 994688 . T C 663 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.34;MQ0=0;QD=12.28;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:75:696,75,0 chrVII 994715 . A G 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.41;MQ0=0;QD=13.84;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:90:808,90,0 chrVII 994782 . G A 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.43;MQ0=0;QD=20.39;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1073,111,0 chrVII 994826 . G A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=21.36;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1101,114,0 chrVII 994829 . G A 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=20.69;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1047,111,0 chrVII 994918 . G T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=52;Dels=0.00;FS=3.779;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:418,0,503 chrVII 995040 . G A 2828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=21.92;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2861,327,0 chrVII 995093 . G A 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.35;MQ0=0;QD=16.42;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1002,102,0 chrVII 995121 . G T 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=12.66;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:60:590,60,0 chrVII 995127 . A G 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.254;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:168,0,338 chrVII 995158 . T C 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;QD=17.48;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:767,84,0 chrVII 995225 . C A 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.22;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1115,114,0 chrVII 995268 . T C 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.84;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1096,117,0 chrVII 995282 . G A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=18.36;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1043,108,0 chrVII 995326 . G A 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=17.09;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:2016,210,0 chrVII 995359 . G A 3113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=19.46;SB=-1.812e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3146,333,0 chrVII 995370 . T C 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.479;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.209;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,65:156:99:974,0,1515 chrVII 995395 . T C 2358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=18.71;SB=-1.443e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2391,261,0 chrVII 995429 . C T 1326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=17.68;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1359,144,0 chrVII 995575 . A G 2133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=22.22;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2166,234,0 chrVII 995637 . G A 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1882,195,0 chrVII 995677 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=59;Dels=0.00;FS=7.898;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.799;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.632;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:471,0,557 chrVII 995719 . A C 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=19.42;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:810,87,0 chrVII 995950 . G T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=57;Dels=0.00;FS=3.796;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:448,0,502 chrVII 996064 . C T 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=22.44;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:90:841,90,0 chrVII 996153 . C T 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=23.42;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:806,87,0 chrVII 996178 . A G 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.809;DP=37;Dels=0.00;FS=7.791;HaplotypeScore=5.1102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.173;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:245,0,306 chrVII 996317 . A G 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=21.88;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1477,162,0 chrVII 996354 . A G 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=22.78;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1924,207,0 chrVII 996376 . G A 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=18.72;ReadPosRankSum=0.907;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:88:99:1680,158,0 chrVII 996426 . A G 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=19.47;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1863,181,0 chrVII 996469 . A G 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=23.19;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1911,210,0 chrVII 997222 . T G 2116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.19;MQ0=0;QD=18.56;SB=-1.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:114:99:2149,231,0 chrVII 997225 . A G 2184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=18.99;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2217,234,0 chrVII 997412 . A T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=93;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.718;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:796,0,828 chrVII 997667 . C T 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=21.37;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1721,174,0 chrVII 997840 . A G 2420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=110;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.463e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2453,270,0 chrVII 998074 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=76;Dels=0.00;FS=6.020;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:584,0,791 chrVII 998281 . C T 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=16.82;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1530,159,0 chrVII 998284 . C T 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.93;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1611,168,0 chrVII 998967 . T C 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=77;Dels=0.00;FS=2.534;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=22.16;ReadPosRankSum=2.909;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:1739,189,0 chrVII 999229 . T C 1978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=21.04;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2011,216,0 chrVII 999231 . A G 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=92;Dels=0.00;FS=22.635;HaplotypeScore=5.8485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.647;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:92:99:737,0,756 chrVII 999249 . T C 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=75;Dels=0.00;FS=7.289;HaplotypeScore=4.6383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.640;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1499,159,0 chrVII 999251 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.466;DP=75;Dels=0.00;FS=12.139;HaplotypeScore=4.6383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.67;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.276;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:589,0,561 chrVII 999269 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=69;Dels=0.00;FS=4.008;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.344;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:396,0,512 chrVII 999313 . A G 723 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.71;MQ0=0;QD=14.76;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:81:756,81,0 chrVII 999317 . A G 694 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=14.77;ReadPosRankSum=2.345;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:81:727,81,0 chrVII 999319 . G C 780 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=15.92;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:87:813,87,0 chrVII 999344 . G T 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=16.38;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:84:803,84,0 chrVII 999392 . C T 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=13.66;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:50:72:716,72,0 chrVII 999528 . T C 544 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=18.76;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:577,63,0 chrVII 999604 . A G 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=24.41;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78:692,78,0 chrVII 999647 . A G 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.36;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:33:84:771,84,0 chrVII 999668 . G C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=22.47;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:81:752,81,0 chrVII 999737 . A C 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=25.05;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:99:1110,120,0 chrVII 1000197 . A G 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.86;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:693,78,0 chrVII 1000228 . G A 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;DP=22;Dels=0.00;FS=1.971;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.379;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:155,0,148 chrVII 1000371 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.643;DP=56;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:56:99:521,0,447 chrVII 1000433 . A G 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=18.93;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1869,210,0 chrVII 1000436 . G A 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=16.32;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:1665,195,0 chrVII 1000855 . C T 5404.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=25.02;SB=-2.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,215:216:99:5404,559,0 chrVII 1001148 . T C 2166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=99;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=21.88;ReadPosRankSum=1.697;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2199,234,0 chrVII 1002934 . A G 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=18.00;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1185,135,0 chrVII 1003183 . A G 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=24.18;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1387,153,0 chrVII 1003444 . G A 2199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=18.64;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:118:99:2232,234,0 chrVII 1003534 . G A 1991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=21.18;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2024,219,0 chrVII 1003675 . C T 915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=19.89;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:96:948,96,0 chrVII 1003734 . G T 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DP=101;Dels=0.00;FS=1.637;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:1062,0,941 chrVII 1003785 . C T 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DP=123;Dels=0.00;FS=7.029;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=8.78;ReadPosRankSum=-2.610;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:123:99:1110,0,1261 chrVII 1004007 . A G 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=0;QD=18.34;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1115,120,0 chrVII 1004008 . G A 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=18.81;ReadPosRankSum=1.674;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1143,120,0 chrVII 1004023 . A G 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;QD=16.56;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1275,138,0 chrVII 1004042 . A G 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=16.86;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:1702,189,0 chrVII 1004073 . C T 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=19.26;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1882,192,0 chrVII 1004074 . C T 1762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=17.80;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1795,192,0 chrVII 1004159 . C T 2068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=110;Dels=0.00;FS=4.856;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=18.80;ReadPosRankSum=0.366;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:110:99:2101,228,0 chrVII 1004169 . C A 1885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.16;MQ0=0;QD=20.49;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1918,207,0 chrVII 1004183 . C G 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=20.10;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1641,177,0 chrVII 1004292 . C T 207.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:237,0,220 chrVII 1004505 . C T 685 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=20.15;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:718,78,0 chrVII 1004566 . G A 560 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=24.35;SB=-6.523e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:593,63,0 chrVII 1004584 . G C 519 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=21.62;SB=-6.523e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:63:552,63,0 chrVII 1004599 . C T 629 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.46;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:662,69,0 chrVII 1004716 . G A 75.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.10;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:108,12,0 chrVII 1005100 . T C 178.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=12.72;ReadPosRankSum=2.100;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:24:211,24,0 chrVII 1005304 . A T 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=17.79;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:869,93,0 chrVII 1005412 . T C 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=20.36;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:54:481,54,0 chrVII 1005543 . G C 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=22.27;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:612,69,0 chrVII 1005829 . T C 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=23.53;ReadPosRankSum=2.646;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:45:99:1092,117,0 chrVII 1005907 . T G 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=22.33;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1239,135,0 chrVII 1006061 . G A 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.39;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1350,144,0 chrVII 1006143 . C A 2107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=20.86;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2140,219,0 chrVII 1006156 . G A 2807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=18.71;SB=-1.688e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:2840,303,0 chrVII 1006351 . A G 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=21.13;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1153,120,0 chrVII 1006364 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=63;Dels=0.00;FS=5.315;HaplotypeScore=7.5335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:384,0,646 chrVII 1006715 . C T 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=15.39;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:63:618,63,0 chrVII 1007114 . G A 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=34;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=22.38;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:84:794,84,0 chrVII 1007125 . C T 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=21.16;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:710,75,0 chrVII 1007272 . A G 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=22.10;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1934,207,0 chrVII 1007291 . A G 1985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=22.06;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2018,222,0 chrVII 1007547 . C A 2136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=26.05;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2169,228,0 chrVII 1007580 . A G 1710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=19.00;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1743,189,0 chrVII 1007596 . G A 2268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=18.74;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2301,240,0 chrVII 1008064 . T C 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=22.03;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1663,171,0 chrVII 1008148 . A G 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=22.89;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:903,96,0 chrVII 1008259 . T C 1852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.79;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1885,204,0 chrVII 1008397 . A G 2057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=88;Dels=0.00;FS=9.445;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.806;QD=23.37;ReadPosRankSum=2.282;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:2090,225,0 chrVII 1008418 . T G 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=21.40;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1424,156,0 chrVII 1008427 . C T 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=21.11;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1342,135,0 chrVII 1008469 . C T 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=15.42;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:69:650,69,0 chrVII 1008481 . T C 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=14.91;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:81:734,81,0 chrVII 1008513 . C T 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=18.91;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1451,156,0 chrVII 1008592 . T C 2202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=5.215;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=21.38;ReadPosRankSum=1.631;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2235,240,0 chrVII 1008710 . T C 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=87;Dels=0.00;FS=4.160;HaplotypeScore=7.5849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=18.20;ReadPosRankSum=1.692;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:1616,174,0 chrVII 1008781 . T C 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=16.83;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:740,81,0 chrVII 1008855 . A G 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=18.58;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1148,123,0 chrVII 1008859 . T G 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=19.18;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1184,126,0 chrVII 1009042 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=47;Dels=0.00;FS=1.338;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:338,0,354 chrVII 1009069 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=42;Dels=0.02;FS=2.925;HaplotypeScore=3.4814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:259,0,364 chrVII 1009086 . C T 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=19.37;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:866,90,0 chrVII 1009123 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=38;Dels=0.00;FS=1.448;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:307,0,371 chrVII 1009263 . A G 184.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=15.34;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:217,24,0 chrVII 1009276 . A G 187.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=15.59;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:220,24,0 chrVII 1009496 . G A 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=16.98;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:729,75,0 chrVII 1009506 . A T 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=17.58;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:701,75,0 chrVII 1011163 . C G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=45;Dels=0.00;FS=1.482;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:503,0,260 chrVII 1011166 . C A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;DP=45;Dels=0.00;FS=1.584;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.058;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:504,0,235 chrVII 1011203 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=45;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.565;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:353,0,336 chrVII 1011205 . C T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DP=46;Dels=0.00;FS=4.736;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:383,0,353 chrVII 1011221 . G C 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=36;Dels=0.00;FS=7.519;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.933;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:213,0,332 chrVII 1011277 . C T 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=20;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:121,0,309 chrVII 1011306 . C T 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DP=21;Dels=0.00;FS=5.935;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:70:70,0,253 chrVII 1011328 . T A 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=30;Dels=0.00;FS=4.091;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:174,0,242 chrVII 1011503 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=27;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:274,0,177 chrVII 1011639 . A G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=10;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.568;SB=-6.518e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:59:59,0,109 chrVII 1011792 . C T 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=18;Dels=0.00;FS=2.029;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:56:56,0,189 chrVII 1018063 . A G 590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.07;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:623,66,0 chrVII 1046308 . A G 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=20.93;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1938,210,0 chrVII 1046581 . G T 2830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=18.87;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:2863,318,0 chrVII 1046800 . C T 2085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.43;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2118,228,0 chrVII 1048054 . T C 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=19.72;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:822,87,0 chrVII 1048158 . C T 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=24.16;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1386,153,0 chrVII 1048356 . C T 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=25.82;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1944,204,0 chrVII 1048402 . G A 34.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=132;Dels=0.00;FS=45.821;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.18;MQ0=0;MQRankSum=-7.046;QD=0.26;ReadPosRankSum=-5.674;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,48:132:64:64,0,1502 chrVII 1048405 . T C 70.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=134;Dels=0.00;FS=45.443;HaplotypeScore=2.6155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.23;MQ0=0;MQRankSum=-6.333;QD=0.52;ReadPosRankSum=-3.443;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,50:134:99:100,0,1546 chrVII 1048409 . G A 101.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.089;DP=130;Dels=0.00;FS=49.450;HaplotypeScore=3.2806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.542;QD=0.78;ReadPosRankSum=-2.711;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,52:130:99:131,0,1299 chrVII 1048419 . T C 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.805;DP=125;Dels=0.00;FS=47.338;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.83;MQ0=0;MQRankSum=-6.342;QD=1.06;ReadPosRankSum=4.222;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:162,0,1071 chrVII 1048437 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DP=108;Dels=0.00;FS=38.564;HaplotypeScore=3.4987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=3.73;ReadPosRankSum=7.638;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,68:108:99:433,0,375 chrVII 1048509 . A T 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=18.65;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:947,96,0 chrVII 1048815 . T C 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=17.09;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:785,87,0 chrVII 1048990 . C T 2032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=18.64;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2065,213,0 chrVII 1049349 . T C 543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.97;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:576,63,0 chrVII 1049943 . G A 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=20.76;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:988,99,0 chrVII 1050080 . G A 3681.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.58;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:163:99:3681,382,0 chrVII 1050332 . G T 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.31;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2038,225,0 chrVII 1051177 . A C 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1052,114,0 chrVII 1051213 . G T 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=21.78;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:730,75,0 chrVII 1051223 . T A 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=17.50;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:32:63:593,63,0 chrVII 1051345 . C G 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=16.61;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:797,87,0 chrVII 1051381 . C T 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=20.28;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:58:99:1209,123,0 chrVII 1051846 . C T 78.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=30;Dels=0.00;FS=2.764;HaplotypeScore=11.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-1.225e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:30:12:111,12,0 chrVII 1051899 . A G 345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=19.17;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:18:42:378,42,0 chrVII 1051991 . A G 376 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=19.79;SB=-6.759e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:409,45,0 chrVII 1052009 . G A 348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=19.33;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:18:39:381,39,0 chrVII 1052105 . G A 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=20.63;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:755,78,0 chrVII 1052107 . C T 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=18.26;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:654,69,0 chrVII 1052548 . A G 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=19.88;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1345,144,0 chrVII 1052907 . T C 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.72;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1131,126,0 chrVII 1052940 . G A 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=20.13;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1301,135,0 chrVII 1053156 . C T 1945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=0;QD=17.06;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:1978,201,0 chrVII 1053157 . C T 1883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;QD=15.56;SB=-1.404e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:1916,207,0 chrVII 1053627 . C T 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.86;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1651,177,0 chrVII 1053897 . T A 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=16.67;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1100,120,0 chrVII 1054083 . A G 1879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DP=83;Dels=0.00;FS=4.139;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=22.64;ReadPosRankSum=1.649;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1912,188,0 chrVII 1054260 . G A 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=21.52;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1389,150,0 chrVII 1054411 . T C 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=23.14;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1375,147,0 chrVII 1054476 . A T 1863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=22.45;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1896,207,0 chrVII 1055001 . G A 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=15.42;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1159,117,0 chrVII 1055127 . A G 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=57;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=20.54;ReadPosRankSum=1.611;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1204,129,0 chrVII 1055697 . A G 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=20.21;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:39:90:821,90,0 chrVII 1056558 . C T 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=27.10;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1686,171,0 chrVII 1056872 . A G 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=19.62;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1367,153,0 chrVII 1057381 . T C 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.842;DP=70;Dels=0.00;FS=11.755;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=21.04;ReadPosRankSum=2.900;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:70:99:1506,165,0 chrVII 1057542 . G A 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=20.85;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1305,141,0 chrVII 1057568 . T A 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=18.18;ReadPosRankSum=2.341;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1269,132,0 chrVII 1057570 . C A 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=18.10;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1282,132,0 chrVII 1057752 . C T 2698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=26.98;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2731,282,0 chrVII 1057780 . C T 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=25.03;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1585,165,0 chrVII 1058359 . A G 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.96;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1112,120,0 chrVII 1058948 . G A 2599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=20.63;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:126:99:2632,285,0 chrVII 1058963 . A G 2637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=22.16;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:119:99:2670,291,0 chrVII 1059089 . C T 2579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=25.28;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2612,279,0 chrVII 1059129 . C T 2610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.05;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:124:99:2643,291,0 chrVII 1059189 . G A 3462.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=24.38;SB=-1.679e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3462,358,0 chrVII 1059339 . A G 2025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2058,219,0 chrVII 1059363 . G A 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=19.82;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2094,228,0 chrVII 1059407 . C A 2157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.36;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2190,222,0 chrVII 1059513 . C T 2910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=19.40;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:2943,321,0 chrVII 1059621 . G C 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=21.53;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1669,180,0 chrVII 1059629 . G A 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=21.00;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1461,150,0 chrVII 1059977 . T G 2547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.937;DP=112;Dels=0.00;FS=5.959;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=22.74;ReadPosRankSum=2.937;SB=-1.364e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:112:99:2580,276,0 chrVII 1060055 . C T 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.89;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1934,204,0 chrVII 1060130 . A C 2171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.60;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2204,237,0 chrVII 1060260 . C T 2671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.43;SB=-1.424e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:114:99:2704,288,0 chrVII 1060496 . T C 2460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=21.77;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2493,273,0 chrVII 1061003 . T C 2230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2263,246,0 chrVII 1061468 . C G 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.77;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1855,201,0 chrVII 1061571 . A G 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.12;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1183,126,0 chrVII 1061633 . A G 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.96;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1794,198,0 chrVII 1061731 . C T 3575.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.16;SB=-1.651e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3575,364,0 chrVII 1062031 . T C 1804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=93;Dels=0.00;FS=9.271;HaplotypeScore=8.1918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=19.40;ReadPosRankSum=1.695;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1837,201,0 chrVII 1062188 . C G 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=16.47;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:102:99:1713,186,0 chrVII 1062599 . A G 672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.17;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:75:705,75,0 chrVII 1062869 . A G 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=21.94;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:713,78,0 chrVII 1062938 . A G 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=19.84;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:787,87,0 chrVII 1063067 . G T 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=23.39;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:688,75,0 chrVII 1063172 . A C 278 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;QD=13.90;SB=-1.080e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:33:311,33,0 chrVII 1063193 . T C 365 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=18.25;SB=-7.050e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:42:398,42,0 chrVII 1063349 . T C 643 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=22.17;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:676,72,0 chrVII 1063368 . A G 601 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=23.12;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:634,69,0 chrVII 1063378 . C T 469 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=22.33;SB=-6.580e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:502,51,0 chrVII 1063387 . T C 380 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.35;SB=-6.725e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45:413,45,0 chrVII 1063495 . T C 94.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.85;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:127,15,0 chrVII 1063668 . A C 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=2.85;SB=-5.364e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:54,6,0 chrVII 1063699 . C T 51.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=6.50;SB=-5.885e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:84,9,0 chrVII 1063846 . T C 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=25.79;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:910,99,0 chrVII 1064413 . A G 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=18.96;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:943,102,0 chrVII 1064837 . C T 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.47;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:797,84,0 chrVII 1064940 . T C 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=20.10;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:616,69,0 chrVII 1064969 . A G 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=19.93;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:41:93:850,93,0 chrVII 1065116 . A C 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=24.12;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1215,132,0 chrVII 1065185 . T C 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=20.47;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:729,78,0 chrVII 1065232 . G A 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.83;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:461,51,0 chrVII 1065342 . G A 433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=19.68;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:466,48,0 chrVII 1065367 . C A 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=16.87;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1062,108,0 chrVII 1065390 . T A 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=15.00;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:993,102,0 chrVII 1065591 . T C 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=23.42;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1204,129,0 chrVII 1065722 . C T 2041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=26.86;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2074,222,0 chrVII 1065775 . C T 1873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=21.78;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1906,195,0 chrVII 1065808 . A T 2260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=114;Dels=0.00;FS=2.790;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=19.82;ReadPosRankSum=2.363;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:2293,237,0 chrVII 1065857 . A G 2682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=22.92;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2715,294,0 chrVII 1065874 . A G 2385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=112;Dels=0.00;FS=12.546;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=21.29;ReadPosRankSum=2.937;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:112:99:2418,264,0 chrVII 1065897 . C A 2307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=23.07;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:2340,240,0 chrVII 1065929 . T C 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=90;Dels=0.00;FS=2.592;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=19.47;ReadPosRankSum=2.231;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1785,195,0 chrVII 1066008 . G A 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=19.12;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1945,207,0 chrVII 1066011 . T C 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.34;MQ0=0;QD=19.22;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1993,216,0 chrVII 1066023 . C T 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=15.86;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1762,192,0 chrVII 1066025 . G A 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=17.76;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2111,216,0 chrVII 1066097 . C T 3127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:138:99:3160,330,0 chrVII 1066166 . A G 2545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=21.57;SB=-1.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2578,276,0 chrVII 1066178 . T C 2897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.820e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:2930,312,0 chrVII 1066252 . C G 2733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2766,300,0 chrVII 1066308 . A G 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=98;Dels=0.00;FS=6.157;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.120;QD=20.45;ReadPosRankSum=2.399;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:98:99:2037,222,0 chrVII 1066316 . C T 1995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=20.57;SB=-1.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2028,210,0 chrVII 1066557 . A T 2155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=19.59;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2188,243,0 chrVII 1066596 . G A 2055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=23.09;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2088,219,0 chrVII 1066693 . A G 2007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=101;Dels=0.00;FS=2.676;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.384;QD=19.87;ReadPosRankSum=2.348;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:101:99:2040,219,0 chrVII 1066820 . G A 2607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=25.31;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2640,270,0 chrVII 1067117 . A T 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=164;Dels=0.00;FS=18.870;HaplotypeScore=144.7984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=1.929;QD=0.12;ReadPosRankSum=-2.618;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,4:164:50:50,0,62 chrVII 1067118 . A T 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=166;Dels=0.00;FS=18.263;HaplotypeScore=144.7984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=0.40;ReadPosRankSum=2.870;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,162:166:26:97,0,26 chrVII 1067171 . C A 5309.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=259;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.50;SB=-2.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,258:259:99:5309,570,0 chrVII 1067738 . G T 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.363;DP=85;Dels=0.00;FS=54.420;HaplotypeScore=8.0357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=6.290;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,63:85:58:1148,58,0 chrVII 1067897 . G A 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=16.21;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1508,165,0 chrVII 1067985 . T A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=67;Dels=0.00;FS=11.292;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:628,0,522 chrVII 1068123 . G C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DP=97;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=9.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-6.871;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:97:99:583,0,973 chrVII 1068149 . G A 2084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.08;MQ0=0;QD=19.48;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2117,222,0 chrVII 1068305 . A G 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.05;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=20.74;ReadPosRankSum=1.422;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1443,156,0 chrVII 1068524 . T C 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=18.69;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:874,96,0 chrVII 1068533 . G A 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.86;MQ0=0;QD=16.53;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:87:777,87,0 chrVII 1068569 . T C 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.69;MQ0=0;QD=11.43;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:75:650,75,0 chrVII 1068602 . T C 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.72;MQ0=0;QD=9.77;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:57:492,57,0 chrVII 1068608 . A G 424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.56;MQ0=0;QD=9.64;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:54:457,54,0 chrVII 1068695 . C T 504.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=42;Dels=0.00;FS=10.000;HaplotypeScore=3.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;MQRankSum=1.992;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-2.866e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:11:537,11,0 chrVII 1068728 . T C 315.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=46;Dels=0.00;FS=5.175;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.97;MQ0=1;MQRankSum=-1.934;QD=6.85;ReadPosRankSum=2.252;SB=-7.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:1:344,1,0 chrVII 1068731 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DP=45;Dels=0.00;FS=18.410;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.53;MQ0=1;MQRankSum=-2.444;QD=5.11;ReadPosRankSum=2.936;SB=-6.502e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,39:45:62:260,0,62 chrVII 1068740 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;DP=42;Dels=0.00;FS=9.833;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.99;MQ0=1;MQRankSum=-3.606;QD=3.33;ReadPosRankSum=2.131;SB=-6.647e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,37:42:99:170,0,106 chrVII 1068743 . T G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;DP=42;Dels=0.00;FS=8.118;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.59;MQ0=2;MQRankSum=-3.599;QD=3.33;ReadPosRankSum=2.208;SB=-8.782e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,37:42:99:170,0,107 chrVII 1068831 . G A 295.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.17;MQ0=3;MQRankSum=0.347;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-1.913e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:14:328,14,0 chrVII 1068842 . T C 288.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.93;MQ0=3;MQRankSum=0.204;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.612;SB=-2.463e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:12:321,12,0 chrVII 1068848 . G A 316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=38;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.05;MQ0=3;MQRankSum=-0.644;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.337;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:39:349,39,0 chrVII 1068856 . G A 334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.39;MQ0=2;QD=9.03;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:39:367,39,0 chrVII 1068865 . C A 396 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.31;MQ0=2;QD=11.31;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:45:429,45,0 chrVII 1068869 . C A 295 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=37;Dels=0.00;FS=2.646;HaplotypeScore=1.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.47;MQ0=2;MQRankSum=-0.850;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.882;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:36:328,36,0 chrVII 1068872 . T C 267 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=37;Dels=0.00;FS=2.590;HaplotypeScore=1.4725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.19;MQ0=2;MQRankSum=0.560;QD=7.22;ReadPosRankSum=2.799;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:33:300,33,0 chrVII 1068878 . G A 255 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.32;MQ0=0;QD=7.50;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:33:288,33,0 chrVII 1069265 . A G 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=21.47;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1278,138,0 chrVII 1069334 . T C 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.33;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1293,141,0 chrVII 1069551 . C A 2026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2059,210,0 chrVII 1069607 . T C 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=20.50;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:54:99:1140,123,0 chrVII 1069845 . G A 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=18.42;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1838,207,0 chrVII 1069912 . G A 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=19.77;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1516,156,0 chrVII 1070011 . C T 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=16.58;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1243,129,0 chrVII 1070200 . T C 2554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=127;Dels=0.00;FS=13.130;HaplotypeScore=7.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=20.11;ReadPosRankSum=2.913;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:127:99:2587,282,0 chrVII 1070598 . C A 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=18.70;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1566,171,0 chrVII 1070793 . T C 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=23.49;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1419,156,0 chrVII 1071136 . G A 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;QD=11.64;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:72:673,72,0 chrVII 1071144 . T C 613 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.58;MQ0=0;QD=12.02;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:69:646,69,0 chrVII 1071147 . A G 597 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;QD=12.18;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:66:630,66,0 chrVII 1071149 . C T 631 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=13.15;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:69:664,69,0 chrVII 1071150 . A G 623 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=12.98;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:69:656,69,0 chrVII 1071302 . A G 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=23.34;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1060,117,0 chrVII 1071417 . C T 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=21.68;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1659,180,0 chrVII 1071815 . G T 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=18.01;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1438,150,0 chrVII 1071822 . A C 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=16.51;ReadPosRankSum=1.913;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1321,116,0 chrVII 1072024 . G T 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.56;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1413,153,0 chrVII 1072028 . G A 1290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=18.70;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1323,144,0 chrVII 1072066 . C G 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=20.07;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1538,165,0 chrVII 1072360 . C T 2717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=20.58;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:132:99:2750,303,0 chrVII 1072449 . A G 1740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=19.12;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1773,192,0 chrVII 1072470 . T C 2422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=19.07;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:127:99:2455,264,0 chrVII 1072500 . G A 2910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=154;Dels=0.00;FS=6.077;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.215;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:154:99:2943,303,0 chrVII 1072504 . T A 2945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=18.18;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:162:99:2978,312,0 chrVII 1072524 . C T 3147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=18.62;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:3180,330,0 chrVII 1072562 . T G 3787.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.942e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:180:99:3787,408,0 chrVII 1072638 . A T 3930.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=22.20;SB=-2.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:177:99:3930,423,0 chrVII 1072664 . A G 3802.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=159;Dels=0.00;FS=10.423;HaplotypeScore=13.5714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.336;QD=23.91;ReadPosRankSum=2.905;SB=-1.854e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,156:159:99:3802,414,0 chrVII 1072724 . G T 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.06;MQ0=0;QD=24.94;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2203,228,0 chrVII 1072857 . C T 2822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=21.54;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2855,297,0 chrVII 1072907 . G T 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.52;MQ0=0;QD=15.25;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:994,102,0 chrVII 1073156 . G A 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=84;Dels=0.00;FS=5.093;HaplotypeScore=6.4084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.412;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:81:772,81,0 chrVII 1073165 . A G 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.36;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.692;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:89:75:676,75,0 chrVII 1073188 . G A 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=11.56;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1027,108,0 chrVII 1073194 . T A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=11.56;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1016,108,0 chrVII 1073204 . T C 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.33;MQ0=0;QD=10.14;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:96:895,96,0 chrVII 1073216 . T A 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.22;MQ0=0;QD=10.44;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:910,99,0 chrVII 1073220 . A G 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.86;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.693;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:89:96:873,96,0 chrVII 1073324 . T A 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=24.66;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1611,165,0 chrVII 1073366 . T A 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=29;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.375;QD=20.52;ReadPosRankSum=1.494;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:63:628,63,0 chrVII 1073371 . C T 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.38;MQ0=0;QD=17.81;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:692,75,0 chrVII 1073426 . G T 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.25;MQ0=0;QD=22.62;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1752,180,0 chrVII 1073467 . G A 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.39;MQ0=0;QD=21.40;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1895,198,0 chrVII 1073551 . A T 2670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.74;MQ0=0;QD=23.63;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2703,279,0 chrVII 1073621 . T G 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=14.25;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:78:717,78,0 chrVII 1073622 . T G 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.40;MQ0=0;QD=14.56;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:75:688,75,0 chrVII 1073680 . G T 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=23.75;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:793,81,0 chrVII 1073763 . G A 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=19.71;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1807,204,0 chrVII 1073844 . G A 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=20.17;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1304,138,0 chrVII 1073875 . T A 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=30;Dels=0.00;FS=3.081;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=16.83;ReadPosRankSum=2.037;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:57:538,57,0 chrVII 1074147 . G C 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=26.11;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:529,57,0 chrVII 1074275 . A G 565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=16.62;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:66:598,66,0 chrVII 1074289 . G T 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=17.41;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:677,75,0 chrVII 1074352 . C T 676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=15.72;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:75:709,75,0 chrVII 1074353 . A T 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=42;Dels=0.00;FS=6.808;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=15.83;ReadPosRankSum=2.330;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:75:698,75,0 chrVII 1074439 . T C 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=24.21;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1510,165,0 chrVII 1074472 . T C 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=25.35;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1630,174,0 chrVII 1074534 . C T 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=23.55;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:810,84,0 chrVII 1074589 . G C 331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=19.47;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39:364,39,0 chrVII 1074660 . A C 417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;DP=25;Dels=0.00;FS=6.576;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=16.68;ReadPosRankSum=2.718;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:25:51:450,51,0 chrVII 1074661 . C A 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=25;Dels=0.00;FS=6.576;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=16.72;ReadPosRankSum=2.718;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:25:51:451,51,0 chrVII 1074672 . C G 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.36;MQ0=0;QD=13.29;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:54:498,54,0 chrVII 1074691 . T C 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=15.79;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96:870,96,0 chrVII 1074739 . T C 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=91;Dels=0.00;FS=9.448;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=19.16;ReadPosRankSum=2.342;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:1777,195,0 chrVII 1074817 . C T 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=22.84;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2020,213,0 chrVII 1074995 . G A 360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=21.18;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:42:393,42,0 chrVII 1075132 . C T 1102 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.85;MQ0=0;QD=18.37;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1135,117,0 chrVII 1075138 . T C 1014 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.99;MQ0=0;QD=17.79;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1047,114,0 chrVII 1075139 . T C 994 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=60;Dels=0.00;FS=4.091;HaplotypeScore=2.7776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=16.57;ReadPosRankSum=1.556;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1027,114,0 chrVII 1075157 . T C 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=13.58;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:81:739,81,0 chrVII 1075171 . T C 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=15.57;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:93:858,93,0 chrVII 1075291 . T G 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=24.00;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1329,144,0 chrVII 1075322 . A T 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=16.58;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:912,99,0 chrVII 1075323 . A T 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=6.892;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=17.30;ReadPosRankSum=1.654;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:81:794,81,0 chrVII 1075431 . C T 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1146,120,0 chrVII 1075509 . T A 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=18.00;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:789,87,0 chrVII 1075526 . C T 695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=18.78;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:78:728,78,0 chrVII 1075581 . A G 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=22.44;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:87:796,87,0 chrVII 1075696 . C T 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:96:933,96,0 chrVII 1075820 . C A 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=11.92;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:66:629,66,0 chrVII 1075964 . G A 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.60;MQ0=0;QD=25.78;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:987,102,0 chrVII 1076562 . C G 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DP=42;Dels=0.00;FS=2.741;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.71;MQ0=13;MQRankSum=1.344;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.448;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:42:99:161,0,367 chrVII 1077153 . T C 157.77 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.30;MQ0=14;MQRankSum=0.746;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,33:40:0:186,0,0 chrVII 1080123 . C A 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.99;MQ0=1;QD=6.94;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:59,6,0 chrVII 1080688 . C T 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.01;MQ0=1;QD=4.45;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:11:9:81,9,0 chrVII 1080758 . C G 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.75;MQ0=3;QD=18.24;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1036,117,0 chrVII 1080936 . T C 12.35 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.03;MQ0=5;MQRankSum=0.731;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.731;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:14:42,0,14 chrVII 1081252 . C G 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.63;MQ0=0;QD=3.57;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:49,6,0 chrVII 1081257 . C T 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.81;MQ0=0;QD=3.63;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:53,6,0 chrVII 1081262 . T A 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.62;MQ0=0;QD=2.69;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:50,6,0 chrVII 1081320 . C T 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.03;MQ0=16;QD=2.14;SB=-8.463e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:22:9:79,9,0 chrVII 1081791 . C T 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.77;MQ0=27;MQRankSum=0.457;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:90:90,0,126 chrVII 1081815 . T C 75.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.90;MQ0=31;QD=1.94;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:12:108,12,0 chrVII 1081846 . G A 17.20 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.36;MQ0=15;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.140e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:22:13:47,0,13 chrVII 1081848 . T C 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.74;MQ0=14;QD=2.14;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:9:77,9,0 chrVII 1082192 . C T 370.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=56;Dels=0.00;FS=23.797;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.28;MQ0=20;MQRankSum=2.053;QD=6.61;ReadPosRankSum=-2.881;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:400,0,204 chrVII 1082268 . T C 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.16;MQ0=2;QD=20.77;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:490,54,0 chrVII 1082304 . C T 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.240;DP=36;Dels=0.00;FS=5.553;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.66;MQ0=0;MQRankSum=2.693;QD=14.06;ReadPosRankSum=2.894;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,32:36:57:539,57,0 chrVII 1082317 . G A 456.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.703;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;MQRankSum=3.395;QD=9.70;ReadPosRankSum=2.730;SB=-2.371e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,37:47:1:485,1,0 chrVII 1082352 . T G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.72;MQ0=3;MQRankSum=2.639;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.962;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:45:64:276,0,64 chrVII 1082390 . T G 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=31;Dels=0.00;FS=4.301;HaplotypeScore=6.7251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.82;MQ0=3;MQRankSum=-1.963;QD=0.58;ReadPosRankSum=-2.759;SB=-6.517e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:31:48:48,0,213 chrVII 1082396 . T C 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=29;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=8.3025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.59;MQ0=3;MQRankSum=1.349;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:158,0,107 chrVII 1082419 . G A 55.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.06;MQ0=0;QD=5.60;SB=-5.685e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:9:88,9,0 chrVII 1082456 . T C 38.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.56;MQ0=0;QD=5.57;SB=-2.547e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:71,9,0 chrVII 1082458 . A C 38.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.56;MQ0=0;QD=5.57;SB=-2.547e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:71,9,0 chrVII 1082469 . A G 37.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.56;MQ0=0;QD=5.42;SB=-2.547e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:70,9,0 chrVII 1082475 . T A 40.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.56;MQ0=0;QD=5.85;SB=-2.547e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:73,9,0 chrVII 1082477 . C A 86.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.59;MQ0=0;QD=9.58;SB=-2.514e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:119,15,0 chrVII 1082508 . C T 241 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.41;MQ0=1;QD=11.48;SB=-1.032e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:274,33,0 chrVII 1082514 . C T 298 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.11;MQ0=1;MQRankSum=0.578;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.908;SB=-8.563e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:36:331,36,0 chrVII 1082587 . A G 133.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.05;MQ0=5;MQRankSum=-1.735;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.519;SB=-5.512e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:22:18:166,18,0 chrVII 1082592 . G A 118.79 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=26;Dels=0.00;FS=9.084;HaplotypeScore=5.0704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.28;MQ0=5;MQRankSum=1.032;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.124;SB=-8.379e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,20:26:4:148,0,4 chrVII 1082775 . A G 216.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.01;MQ0=0;QD=9.00;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:27:249,27,0 chrVII 1082858 . G T 165.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-5.881e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:198,21,0 chrVII 1082861 . T C 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=8;Dels=0.00;FS=14.472;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=13.88;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-2.884e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:29:141,0,29 chrVII 1082879 . G A 18.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.731;SB=-2.328e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:18:48,0,18 chrVII 1082883 . A G 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.19;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:83,9,0 chrVII 1082885 . C T 20.08 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.731;SB=-4.828e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:18:50,0,18 chrVII 1082905 . T C 214.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.81;MQ0=0;QD=11.89;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:27:247,27,0 chrVII 1082925 . C T 236.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.25;MQ0=0;QD=13.11;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:27:269,27,0 chrVII 1082949 . T C 215.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=3.882;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.419;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:27:248,27,0 chrVII 1082972 . G A 323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.03;MQ0=0;QD=13.46;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:39:356,39,0 chrVII 1082981 . T C 268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.48;MQ0=0;QD=11.65;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:33:301,33,0 chrVII 1082991 . G A 141.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.44;MQ0=0;QD=10.08;SB=-5.911e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:174,18,0 chrVII 1082996 . G A 144.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.00;MQ0=0;QD=13.10;SB=-5.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:177,18,0 chrVII 1083004 . G C 101.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.79;MQ0=0;QD=10.13;SB=-5.714e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:134,15,0 chrVII 1083007 . A G 107.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.89;MQ0=0;QD=6.31;SB=-5.426e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:15:140,15,0 chrVII 1083020 . T G 105.52 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=19;Dels=0.00;FS=8.102;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.32;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.139;SB=-3.528e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:6:135,0,6 chrVII 1083027 . T C 134.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.48;MQ0=0;QD=7.06;SB=-5.614e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:18:167,18,0 chrVII 1083057 . A G 51.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.827;QD=2.60;ReadPosRankSum=2.205;SB=-2.796e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:9:84,9,0 chrVII 1083060 . T C 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.70;MQ0=0;QD=1.40;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:6:55,6,0 chrVII 1083061 . T G 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.70;MQ0=0;QD=1.40;SB=-1.757e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:6:55,6,0 chrVII 1083066 . A G 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.97;MQ0=0;QD=1.49;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:6:55,6,0 chrVII 1083136 . A G 82.22 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.639;SB=0.316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:10:112,0,10 chrVII 1083143 . T A 147.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;QD=10.51;SB=-1.334e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:180,18,0 chrVII 1083148 . T C 139.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;QD=9.94;SB=-1.334e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:172,18,0 chrVII 1083152 . G A 96.14 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=6.87;ReadPosRankSum=2.073;SB=1.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:14:12:126,0,12 chrVII 1083163 . T C 89.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.134;SB=-6.424e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:11:119,0,11 chrVII 1083172 . A G 115.52 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.555e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:6:145,0,6 chrVII 1083181 . C T 176.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.77;MQ0=0;QD=14.67;SB=-7.062e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:21:209,21,0 chrVII 1083184 . G A 125.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-1.301e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:7:155,0,7 chrVII 1083193 . G A 121.42 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=10.12;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-2.234e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:7:151,0,7 chrVII 1083197 . C A 121.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-8.044e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:8:151,0,8 chrVII 1083199 . T G 121.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;DP=12;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=8.5207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.041;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.537;SB=-8.044e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:8:151,0,8 chrVII 1083201 . C G 118.42 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-1.301e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:7:148,0,7 chrVII 1083207 . G T 112.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-4.822e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:8:142,0,8 chrVII 1083226 . C G 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.751;SB=-7.326e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:6:56,6,0 chrVII 1083238 . A G 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=3.10;SB=-9.426e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:56,6,0 chrVII 1083251 . C T 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=3.54;SB=-7.826e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:56,6,0 chrVII 1083282 . T C 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=16;Dels=0.00;FS=9.276;HaplotypeScore=9.5471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.813;SB=0.079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:38:66,0,38 chrVII 1083289 . T C 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=18;Dels=0.00;FS=21.847;HaplotypeScore=3.5629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.79;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-2.752e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:31:120,0,31 chrVII 1083316 . A T 131.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=22;Dels=0.00;FS=13.415;HaplotypeScore=1.6229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.176e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:22:23:161,0,23 chrVII 1083379 . T C 13.32 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DP=20;Dels=0.00;FS=13.554;HaplotypeScore=3.7727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.31;MQ0=3;MQRankSum=0.732;QD=0.67;ReadPosRankSum=-2.293;SB=-5.311e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:13:43,0,13 chrVII 1083404 . T G 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=14;Dels=0.00;FS=17.404;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.82;MQ0=3;MQRankSum=-1.768;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.118;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:14:6:45,6,0 chrVII 1083539 . T C 38.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.12;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-4.221e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:9:71,9,0 chrVII 1083596 . A T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=51;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=8.4410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.35;MQ0=3;MQRankSum=1.589;QD=6.10;ReadPosRankSum=4.375;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:341,0,143 chrVII 1083619 . G A 240.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.00;MQ0=4;MQRankSum=1.937;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:270,0,189 chrVII 1083624 . A T 277.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=51;Dels=0.00;FS=12.825;HaplotypeScore=21.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.00;MQ0=4;MQRankSum=-0.999;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:51:99:307,0,180 chrVII 1083637 . A G 178.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;DP=69;Dels=0.00;FS=9.988;HaplotypeScore=21.5126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.47;MQ0=4;MQRankSum=0.032;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.997;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,16:69:99:208,0,286 chrVII 1083655 . T G 166.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=87;Dels=0.00;FS=5.151;HaplotypeScore=50.4721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.29;MQ0=4;MQRankSum=2.183;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.390;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:196,0,363 chrVII 1083662 . A G 585 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=86;Dels=0.00;FS=12.061;HaplotypeScore=54.3179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.45;MQ0=4;MQRankSum=-1.448;QD=6.80;ReadPosRankSum=2.791;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:86:49:618,49,0 chrVII 1083663 . A G 218.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.877;DP=91;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=55.1222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.65;MQ0=3;MQRankSum=2.435;QD=2.40;ReadPosRankSum=3.075;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:91:99:248,0,246 chrVII 1083664 . G A 268.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=91;Dels=0.00;FS=24.381;HaplotypeScore=56.0163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.82;MQ0=2;MQRankSum=0.614;QD=2.95;ReadPosRankSum=4.021;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:91:99:298,0,198 chrVII 1083847 . T G 125.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;DP=78;Dels=0.00;FS=69.035;HaplotypeScore=34.0732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.21;MQ0=3;MQRankSum=-3.584;QD=1.60;ReadPosRankSum=2.387;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,19:78:99:155,0,1205 chrVII 1083875 . A C 280.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DP=78;Dels=0.00;FS=44.760;HaplotypeScore=14.9946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.99;MQ0=3;MQRankSum=-5.496;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:78:99:310,0,963 chrVII 1083888 . C T 475.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=88;Dels=0.00;FS=36.704;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.35;MQ0=2;MQRankSum=-5.631;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.216;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:505,0,968 chrVII 1084000 . C G 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=1;MQRankSum=-3.243;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.157;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,7:51:65:65,0,706 chrVII 1084008 . G A 96.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=1;MQRankSum=-4.808;QD=1.96;ReadPosRankSum=-2.159;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:49:99:126,0,614 chrVII 1084297 . T G 69.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=13;Dels=0.00;FS=2.533;HaplotypeScore=5.3242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.793;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:96:99,0,96 chrVII 1084298 . T A 52.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.788;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.135;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:82:82,0,97 chrVII 1084303 . G A 47.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=12;Dels=0.00;FS=6.154;HaplotypeScore=5.5288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.466;SB=-6.302e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:12:77:77,0,92 chrVIII 66 . C T 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=25;Dels=0.00;FS=16.298;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-5.192e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:78:78,0,326 chrVIII 67 . T A 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;DP=25;Dels=0.00;FS=16.298;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-4.694e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:69:69,0,340 chrVIII 118 . C T 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=59;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.40;MQ0=20;MQRankSum=0.261;QD=0.80;ReadPosRankSum=-2.243;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,8:59:77:77,0,535 chrVIII 138 . A G 325.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.28;MQ0=31;MQRankSum=2.798;QD=6.02;ReadPosRankSum=2.068;SB=-9.214e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,20:54:18:358,18,0 chrVIII 355 . T C 265 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.767;DP=33;Dels=0.03;FS=86.734;HaplotypeScore=15.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.07;MQ0=0;MQRankSum=2.830;QD=8.03;ReadPosRankSum=4.767;SB=-1.032e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,14:32:33:298,33,0 chrVIII 361 . G A 85.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DP=37;Dels=0.00;FS=1.713;HaplotypeScore=7.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.67;MQ0=4;MQRankSum=1.563;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.639;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,7:37:99:115,0,227 chrVIII 382 . A T 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;DP=60;Dels=0.00;FS=3.304;HaplotypeScore=17.2994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.22;MQ0=19;MQRankSum=-0.288;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.956;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:60:87:87,0,343 chrVIII 444 . T A 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=96;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.57;MQ0=58;MQRankSum=0.339;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.226;SB=-6.302e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,11:96:81:81,0,201 chrVIII 988 . C T 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;DP=69;Dels=0.00;FS=7.920;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.63;MQ0=17;MQRankSum=0.608;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,35:69:6:57,6,0 chrVIII 1264 . G A 34.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.71;MQ0=6;MQRankSum=3.001;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.388;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,7:21:9:67,9,0 chrVIII 1306 . C T 89.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;DP=41;Dels=0.00;FS=3.526;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.66;MQ0=9;MQRankSum=3.210;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.737;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,21:41:15:122,15,0 chrVIII 1585 . G A 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.17;MQ0=17;MQRankSum=2.281;QD=0.25;ReadPosRankSum=-2.212;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,4:48:6:43,6,0 chrVIII 1714 . A T 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=32;Dels=0.00;FS=9.840;HaplotypeScore=22.2488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.43;MQ0=10;MQRankSum=1.120;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.313;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:32:46:46,0,92 chrVIII 5266 . C T 819.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.315;DP=154;Dels=0.00;FS=2.601;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.79;MQ0=43;MQRankSum=1.379;QD=5.32;ReadPosRankSum=3.719;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,87:154:99:849,0,236 chrVIII 5293 . G T 167.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;DP=154;Dels=0.00;FS=9.529;HaplotypeScore=54.9079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.00;MQ0=48;MQRankSum=-0.856;QD=1.08;ReadPosRankSum=4.525;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,46:154:99:197,0,943 chrVIII 5298 . C T 928.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=146;Dels=0.00;FS=16.116;HaplotypeScore=47.2834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.19;MQ0=44;MQRankSum=3.243;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.837;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,86:146:99:958,0,210 chrVIII 5306 . C T 844.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.438;DP=127;Dels=0.00;FS=5.333;HaplotypeScore=18.2340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.10;MQ0=36;MQRankSum=3.196;QD=6.65;ReadPosRankSum=-2.090;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,61:127:99:874,0,263 chrVIII 5334 . C T 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DP=59;Dels=0.00;FS=8.215;HaplotypeScore=9.6877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.79;MQ0=20;MQRankSum=-2.541;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.502;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:59:45:45,0,252 chrVIII 5355 . T A 117.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;DP=55;Dels=0.00;FS=4.314;HaplotypeScore=5.7246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.92;MQ0=16;MQRankSum=1.785;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.956;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,17:55:99:147,0,136 chrVIII 5369 . A G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.109;DP=48;Dels=0.00;FS=5.260;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.58;MQ0=7;MQRankSum=-2.335;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.246;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,12:48:59:59,0,114 chrVIII 5379 . T A 288.21 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=43;Dels=0.00;FS=15.911;HaplotypeScore=2.9654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.00;MQ0=4;MQRankSum=-0.844;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.194e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:16:321,16,0 chrVIII 5385 . T A 234.79 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=41;Dels=0.00;FS=15.563;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.17;MQ0=4;MQRankSum=-1.155;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.636;SB=-7.983e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:41:10:267,10,0 chrVIII 5434 . A G 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=50;Dels=0.00;FS=17.495;HaplotypeScore=8.5388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.86;MQ0=14;MQRankSum=0.441;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,10:50:64:64,0,171 chrVIII 5477 . C T 248.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DP=96;Dels=0.00;FS=12.965;HaplotypeScore=22.5813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.75;MQ0=27;MQRankSum=-1.971;QD=2.58;ReadPosRankSum=-3.979;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,80:96:45:278,0,45 chrVIII 5478 . C T 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=97;Dels=0.00;FS=9.097;HaplotypeScore=28.8652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.75;MQ0=26;MQRankSum=2.346;QD=0.20;ReadPosRankSum=3.640;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,16:97:49:49,0,271 chrVIII 5485 . C A 38.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.892;DP=111;Dels=0.00;FS=32.270;HaplotypeScore=36.7903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.54;MQ0=26;MQRankSum=0.758;QD=0.34;ReadPosRankSum=5.369;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,25:111:68:68,0,345 chrVIII 5489 . G A 388.02 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.108;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.06;MQ0=32;MQRankSum=-2.044;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.857;SB=-2.192e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,87:114:26:421,26,0 chrVIII 5556 . C T 791 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.309;DP=153;Dels=0.00;FS=34.782;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.38;MQ0=13;MQRankSum=0.768;QD=5.17;ReadPosRankSum=-2.699;SB=-9.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,136:153:50:824,50,0 chrVIII 5586 . T C 119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;DP=102;Dels=0.00;FS=4.134;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.27;MQ0=14;MQRankSum=2.482;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,14:102:99:149,0,264 chrVIII 5625 . T C 131.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=40;Dels=0.00;FS=4.993;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.54;MQ0=17;MQRankSum=0.339;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.139;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:94:161,0,94 chrVIII 5631 . A G 156.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=42;Dels=0.00;FS=4.809;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.17;MQ0=16;MQRankSum=1.620;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.260;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:91:186,0,91 chrVIII 5635 . T C 63.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=43;Dels=0.00;FS=4.501;HaplotypeScore=2.9614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.16;MQ0=15;MQRankSum=-1.082;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:93:93,0,185 chrVIII 5642 . T C 290.98 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;DP=43;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=3.9760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.18;MQ0=14;MQRankSum=-2.023;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.420;SB=-1.269e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:43:3:320,0,3 chrVIII 5645 . T C 230.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.099;DP=44;Dels=0.00;FS=6.683;HaplotypeScore=3.9760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.37;MQ0=14;MQRankSum=1.033;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:57:260,0,57 chrVIII 5724 . C T 441 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.49;MQ0=4;QD=10.26;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:51:474,51,0 chrVIII 5747 . C T 10.52 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=22;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=1.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.23;MQ0=2;MQRankSum=0.322;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.920;SB=-1.357e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:13:40,0,13 chrVIII 5803 . G T 42.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.49;MQ0=0;QD=3.07;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:75,9,0 chrVIII 5822 . G A 45.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.60;MQ0=0;QD=1.77;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:9:78,9,0 chrVIII 5830 . C T 51.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.56;MQ0=0;QD=1.86;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:9:84,9,0 chrVIII 5837 . A C 45.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.52;MQ0=0;QD=1.53;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:9:78,9,0 chrVIII 5838 . A G 48.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.52;MQ0=0;QD=1.63;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:9:81,9,0 chrVIII 5839 . T C 49.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.52;MQ0=0;QD=1.67;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:9:82,9,0 chrVIII 5849 . A G 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.34;MQ0=0;QD=1.23;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:9:80,9,0 chrVIII 5942 . G A 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=29;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=5.2411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.79;MQ0=3;MQRankSum=-2.180;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.246;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:42:42,0,144 chrVIII 5992 . G C 66.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.91;MQ0=4;MQRankSum=-0.239;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:96:96,0,126 chrVIII 6239 . G A 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.15;MQ0=5;MQRankSum=2.637;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.466;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,5:16:6:50,6,0 chrVIII 6252 . T G 75.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.66;MQ0=3;QD=4.72;SB=-5.183e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:12:108,12,0 chrVIII 6296 . C T 19.17 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.44;MQ0=2;MQRankSum=3.165;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-1.140e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:13:49,0,13 chrVIII 6303 . C T 22.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.90;MQ0=2;MQRankSum=2.652;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-1.140e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:13:52,0,13 chrVIII 6475 . C T 11.44 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=11;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.05;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.474;SB=-1.899e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:13:41,0,13 chrVIII 6523 . T C 25.23 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;DP=13;Dels=0.00;FS=6.264;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.87;MQ0=1;MQRankSum=-2.219;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.849;SB=-2.167e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:10:55,0,10 chrVIII 6529 . T G 56.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.87;MQ0=1;QD=4.35;SB=-8.949e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:12:89,12,0 chrVIII 6531 . A C 56.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.87;MQ0=1;QD=4.35;SB=-8.949e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:12:89,12,0 chrVIII 6600 . G A 82.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.26;MQ0=1;QD=6.88;SB=-5.045e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:12:115,12,0 chrVIII 6611 . C T 116.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=15;Dels=0.00;FS=19.590;HaplotypeScore=9.9132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.62;MQ0=1;MQRankSum=-0.639;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-1.247e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:15:18:149,18,0 chrVIII 6643 . C T 188.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.81;MQ0=0;QD=8.95;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:27:221,27,0 chrVIII 6644 . C T 48.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.81;MQ0=0;MQRankSum=3.234;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:47:78,0,47 chrVIII 6645 . T G 48.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.81;MQ0=0;MQRankSum=3.234;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:47:78,0,47 chrVIII 6737 . G A 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.48;MQ0=4;QD=3.21;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:77,9,0 chrVIII 6772 . C T 122.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=19;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.27;MQ0=2;MQRankSum=2.965;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.156;SB=-1.016e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:19:18:155,18,0 chrVIII 6773 . G A 137.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DP=19;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.27;MQ0=2;MQRankSum=3.266;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.357;SB=-1.026e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:19:18:170,18,0 chrVIII 6865 . T C 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=21.10;ReadPosRankSum=1.621;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:78:687,78,0 chrVIII 6947 . A G 432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.97;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:51:465,51,0 chrVIII 7000 . G A 276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.33;MQ0=0;QD=18.40;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:309,36,0 chrVIII 7006 . T C 230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.94;MQ0=0;QD=16.43;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:30:263,30,0 chrVIII 7057 . A G 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.751;SB=-5.926e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:6:54,6,0 chrVIII 7085 . A G 94.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=17;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=1.9841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-1.013e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,16:17:8:124,0,8 chrVIII 7087 . T C 103.18 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DP=17;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=1.9841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.94;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-8.354e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:11:133,0,11 chrVIII 7090 . T C 93.18 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=17;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=1.9841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.94;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-1.032e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,16:17:11:123,0,11 chrVIII 7099 . T C 110.42 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=18;Dels=0.00;FS=2.112;HaplotypeScore=1.9905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=2.563;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.873;SB=-1.172e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:7:140,0,7 chrVIII 7102 . C T 109.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=18;Dels=0.00;FS=2.112;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.873;SB=-1.221e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:8:139,0,8 chrVIII 7103 . A T 94.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=18;Dels=0.00;FS=2.112;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.873;SB=-1.268e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:8:124,0,8 chrVIII 7107 . T G 118.34 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=14;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-1.143e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:14:8:148,0,8 chrVIII 7113 . G T 176.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=17;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=10.36;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-1.241e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:1:205,1,0 chrVIII 7118 . C G 167.20 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=17;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.222e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,16:17:2:196,0,2 chrVIII 7119 . C A 177.46 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=17;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-1.305e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,16:17:1:206,0,1 chrVIII 7129 . T A 177.79 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=23;Dels=0.00;FS=7.499;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.255;SB=-1.128e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:23:4:207,0,4 chrVIII 7140 . T A 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.12;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:39:322,39,0 chrVIII 7141 . A T 294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.31;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:39:327,39,0 chrVIII 7152 . C T 360 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=13.33;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:42:393,42,0 chrVIII 7155 . C T 342 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=13.68;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:42:375,42,0 chrVIII 7156 . T A 349 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=13.96;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:42:382,42,0 chrVIII 7157 . G C 334 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=13.36;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:42:367,42,0 chrVIII 7164 . C A 380 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=10.86;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:45:413,45,0 chrVIII 7168 . C A 356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=9.62;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:42:389,42,0 chrVIII 7176 . C T 273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.75;MQ0=0;QD=7.18;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:36:306,36,0 chrVIII 7205 . T C 81.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.79;SB=-2.095e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:12:114,12,0 chrVIII 7207 . T C 105.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.19;SB=-2.123e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:15:138,15,0 chrVIII 7208 . A G 98.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.78;SB=-2.163e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:15:131,15,0 chrVIII 7209 . T C 106.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.25;SB=-2.223e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:15:139,15,0 chrVIII 7214 . A G 99.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.84;SB=-2.263e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:15:132,15,0 chrVIII 7215 . C T 100.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.90;SB=-2.333e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:15:133,15,0 chrVIII 7217 . A G 72.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.27;SB=-2.235e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:12:105,12,0 chrVIII 7219 . A G 67.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.97;SB=-2.165e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:12:100,12,0 chrVIII 7220 . G T 64.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.79;SB=-2.235e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:12:97,12,0 chrVIII 7221 . A T 67.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.97;SB=-2.195e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:12:100,12,0 chrVIII 7227 . A G 101.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-2.513e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:15:134,15,0 chrVIII 7228 . A G 81.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.29;SB=-2.515e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:12:114,12,0 chrVIII 7237 . G A 175.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.00;SB=-3.151e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:21:208,21,0 chrVIII 7255 . G T 235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.28;MQ0=0;QD=10.22;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:30:268,30,0 chrVIII 7262 . G A 319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.29;MQ0=0;QD=13.29;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:36:352,36,0 chrVIII 7387 . G C 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.69;MQ0=0;QD=24.90;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1054,114,0 chrVIII 7411 . C T 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=0;QD=23.44;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:947,99,0 chrVIII 7426 . G C 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=24.22;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1026,108,0 chrVIII 7477 . G A 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=24.58;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:918,96,0 chrVIII 7727 . A C 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=22.50;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1248,144,0 chrVIII 7741 . C T 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=20.94;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1101,123,0 chrVIII 7823 . A G 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.64;MQ0=0;QD=24.08;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1213,132,0 chrVIII 7825 . A G 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.12;MQ0=0;QD=23.70;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1218,135,0 chrVIII 7938 . A C 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.43;MQ0=0;QD=24.83;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1498,165,0 chrVIII 7965 . G C 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=24.24;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1536,162,0 chrVIII 7987 . G A 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=22.64;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1414,156,0 chrVIII 8066 . A T 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.31;MQ0=0;QD=17.21;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:842,90,0 chrVIII 8080 . A G 686 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.66;MQ0=0;QD=15.95;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:719,81,0 chrVIII 8084 . T C 638 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.69;MQ0=0;QD=15.56;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:671,75,0 chrVIII 8086 . T C 598 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.69;MQ0=0;QD=14.59;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:69:631,69,0 chrVIII 8096 . G A 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=16.51;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:710,75,0 chrVIII 8105 . A G 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.57;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=18.07;ReadPosRankSum=1.655;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:93:846,93,0 chrVIII 8122 . G T 706 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=18.58;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:739,78,0 chrVIII 8128 . G A 746 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.34;MQ0=0;QD=16.95;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:779,84,0 chrVIII 8131 . G A 661 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=15.74;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:694,75,0 chrVIII 8144 . C T 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.36;MQ0=0;QD=13.61;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:945,99,0 chrVIII 8151 . C T 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.67;MQ0=0;QD=11.41;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:93:786,93,0 chrVIII 8165 . T C 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DP=86;Dels=0.00;FS=9.347;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.081;QD=13.57;ReadPosRankSum=3.353;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:86:99:1200,132,0 chrVIII 8183 . G T 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.56;MQ0=0;QD=13.72;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1487,162,0 chrVIII 8210 . G A 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.13;MQ0=0;QD=13.72;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:1570,174,0 chrVIII 8233 . G A 1448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.83;MQ0=0;QD=14.34;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1481,165,0 chrVIII 8248 . T C 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DP=98;Dels=0.00;FS=2.813;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.40;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=12.16;ReadPosRankSum=2.171;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:98:99:1225,135,0 chrVIII 8261 . G C 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=14.40;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1286,138,0 chrVIII 8267 . T C 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.12;MQ0=0;QD=14.20;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1183,126,0 chrVIII 8295 . C G 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.50;MQ0=0;QD=14.44;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:96:885,96,0 chrVIII 8307 . C T 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;QD=14.11;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:908,99,0 chrVIII 8316 . G T 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.60;MQ0=0;QD=16.22;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1006,108,0 chrVIII 8360 . G A 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.67;MQ0=0;QD=14.26;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:78:703,78,0 chrVIII 8399 . G T 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.03;MQ0=0;QD=15.35;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:75:647,75,0 chrVIII 8417 . G C 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.68;MQ0=0;QD=14.42;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:40:66:610,66,0 chrVIII 8434 . T C 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=7.097;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=16.07;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:75:692,75,0 chrVIII 8441 . T C 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.16;MQ0=0;QD=15.98;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:90:800,90,0 chrVIII 8813 . A G 161.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=11.50;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:21:194,21,0 chrVIII 9010 . T C 250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=18;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:30:283,30,0 chrVIII 9035 . T C 131.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.542;SB=-1.391e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:19:18:164,18,0 chrVIII 9047 . G A 227.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=14.19;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:27:260,27,0 chrVIII 9077 . A G 167.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=17;Dels=0.00;FS=7.533;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.531;SB=-5.707e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:21:200,21,0 chrVIII 9080 . G A 134.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.26;MQ0=0;QD=8.38;SB=-5.714e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:18:167,18,0 chrVIII 9673 . A G 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.61;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1135,123,0 chrVIII 9812 . C T 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=21.15;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1154,123,0 chrVIII 10046 . A T 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=22.09;ReadPosRankSum=1.680;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1513,159,0 chrVIII 10208 . G A 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=16.75;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66:636,66,0 chrVIII 10218 . C T 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=16.73;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:60:585,60,0 chrVIII 10411 . G A 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=17.25;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:585,63,0 chrVIII 10434 . G C 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=21.14;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:498,54,0 chrVIII 10455 . C T 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=21.64;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:509,54,0 chrVIII 10670 . T C 553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=19.75;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:586,63,0 chrVIII 10701 . G A 609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.75;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:69:642,69,0 chrVIII 11082 . T C 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.48;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1113,126,0 chrVIII 11276 . T A 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=19.15;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1048,111,0 chrVIII 11308 . G A 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=21.54;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1390,147,0 chrVIII 11515 . T C 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=21.15;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1344,150,0 chrVIII 11520 . T A 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=20.21;ReadPosRankSum=1.509;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1286,138,0 chrVIII 11535 . T C 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=66;Dels=0.00;FS=2.685;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=20.35;ReadPosRankSum=2.338;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1376,150,0 chrVIII 11599 . A G 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;QD=21.61;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:746,81,0 chrVIII 11625 . C G 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=21.37;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:674,72,0 chrVIII 11689 . G A 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=17.44;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:63:591,63,0 chrVIII 11987 . C G 403 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.853;DP=47;Dels=0.00;FS=50.453;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.73;MQ0=20;MQRankSum=3.845;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,21:47:45:436,45,0 chrVIII 12001 . A G 454 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.189;DP=53;Dels=0.00;FS=55.168;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.22;MQ0=22;MQRankSum=3.945;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.299;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,24:53:54:487,54,0 chrVIII 12097 . C T 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.891;DP=37;Dels=0.00;FS=27.102;HaplotypeScore=9.2777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.64;MQ0=0;MQRankSum=4.063;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.888;SB=-6.389e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:32:108,0,32 chrVIII 12109 . A C 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.123;DP=33;Dels=0.00;FS=54.152;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.89;MQ0=3;MQRankSum=3.802;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-2.983e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:36:76,0,36 chrVIII 12250 . A G 10.46 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=10;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.77;MQ0=6;MQRankSum=0.727;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.085e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:17:40,0,17 chrVIII 12253 . G A 12.30 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=10;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.01;MQ0=5;MQRankSum=0.358;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.231;SB=-2.076e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:18:42,0,18 chrVIII 12262 . G A 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.89;MQ0=3;MQRankSum=1.754;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.754;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,4:10:9:80,9,0 chrVIII 12332 . A G 68.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=24;Dels=0.00;FS=32.048;HaplotypeScore=5.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.16;MQ0=0;MQRankSum=2.433;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.167;SB=-5.221e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:24:12:101,12,0 chrVIII 12344 . G T 96.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=23;Dels=0.00;FS=27.788;HaplotypeScore=6.6571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.53;MQ0=0;MQRankSum=2.348;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.261;SB=-2.726e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:15:129,15,0 chrVIII 12345 . G T 96.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=23;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=7.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.53;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.726e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:23:15:129,15,0 chrVIII 12348 . T A 96.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=23;Dels=0.00;FS=27.788;HaplotypeScore=5.8250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.53;MQ0=0;MQRankSum=2.422;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-2.726e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:15:129,15,0 chrVIII 12353 . A G 94.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=23;Dels=0.00;FS=15.000;HaplotypeScore=6.6571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.53;MQ0=0;MQRankSum=2.328;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.871;SB=-2.726e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:23:15:127,15,0 chrVIII 12367 . G A 60.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;DP=21;Dels=0.00;FS=34.611;HaplotypeScore=9.3316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.49;MQ0=0;MQRankSum=2.922;QD=2.86;ReadPosRankSum=3.345;SB=-3.062e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:16:90,0,16 chrVIII 12400 . G T 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=37;Dels=0.00;FS=9.354;HaplotypeScore=18.7032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=1.14;ReadPosRankSum=-1.115;SB=0.631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,28:37:72:72,0,179 chrVIII 12403 . T C 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=36;Dels=0.00;FS=58.374;HaplotypeScore=24.3865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.58;MQ0=0;MQRankSum=1.894;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.385;SB=0.205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:74:74,0,181 chrVIII 12452 . T C 129.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.46;MQ0=0;QD=9.22;SB=-5.763e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:162,18,0 chrVIII 12481 . T C 18.12 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=31;Dels=0.00;FS=73.045;HaplotypeScore=22.2757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.73;MQ0=0;MQRankSum=4.156;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.806;SB=-3.060e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:31:17:48,0,17 chrVIII 12505 . A G 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.82;MQ0=0;QD=1.54;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:9:86,9,0 chrVIII 12511 . T A 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=31;Dels=0.00;FS=58.670;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.77;MQ0=0;MQRankSum=3.725;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.575;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,25:31:9:86,9,0 chrVIII 12512 . T C 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=0;QD=1.76;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:9:83,9,0 chrVIII 12513 . A C 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=0;QD=1.76;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:9:83,9,0 chrVIII 12520 . T C 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.94;MQ0=0;QD=1.69;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:9:86,9,0 chrVIII 12522 . A G 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.94;MQ0=0;QD=1.69;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:9:86,9,0 chrVIII 12528 . G A 43.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.23;MQ0=0;QD=1.69;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:9:76,9,0 chrVIII 12529 . G T 43.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.23;MQ0=0;QD=1.69;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:9:76,9,0 chrVIII 12530 . C G 43.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=26;Dels=0.00;FS=41.746;HaplotypeScore=1.8245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.23;MQ0=0;MQRankSum=3.091;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.812;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:9:76,9,0 chrVIII 12533 . G A 52.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;QD=1.51;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:9:85,9,0 chrVIII 12537 . C A 48.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DP=35;Dels=0.00;FS=47.190;HaplotypeScore=1.8245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;MQRankSum=3.189;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.530;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:9:81,9,0 chrVIII 12546 . T C 54.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=1.62;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:9:87,9,0 chrVIII 12548 . C T 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=1.38;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:9:79,9,0 chrVIII 12630 . A G 38.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=2.78;SB=-7.497e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:71,9,0 chrVIII 12662 . A G 55.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=19;Dels=0.00;FS=10.569;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.59;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.465;SB=-8.607e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:19:16:85,0,16 chrVIII 12664 . G A 54.07 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;DP=20;Dels=0.00;FS=10.569;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.38;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.332;SB=-8.508e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,18:20:15:84,0,15 chrVIII 12721 . T A 636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=50;Dels=0.00;FS=2.986;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.17;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=12.72;ReadPosRankSum=1.163;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:57:669,57,0 chrVIII 12722 . T G 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.223;DP=50;Dels=0.00;FS=2.986;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.17;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.312;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:56:649,56,0 chrVIII 12758 . A G 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.49;MQ0=0;QD=18.80;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1424,165,0 chrVIII 12791 . C T 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.12;MQ0=0;QD=16.59;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1377,153,0 chrVIII 12803 . G T 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DP=87;Dels=0.00;FS=3.904;HaplotypeScore=8.1039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.12;MQ0=0;MQRankSum=1.329;QD=17.71;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:1574,168,0 chrVIII 12866 . G A 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=19.67;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1528,162,0 chrVIII 12931 . G A 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=21.40;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:953,99,0 chrVIII 12972 . T C 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=15.29;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:568,63,0 chrVIII 12985 . C T 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=15.48;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:714,78,0 chrVIII 13001 . G A 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=56;Dels=0.00;FS=4.102;HaplotypeScore=2.7591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.26;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=12.54;ReadPosRankSum=1.604;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:78:735,78,0 chrVIII 13117 . T G 2249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=22.05;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2282,249,0 chrVIII 13126 . T C 2454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=111;Dels=0.00;FS=5.407;HaplotypeScore=3.0675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.155;QD=22.11;ReadPosRankSum=2.937;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:111:99:2487,270,0 chrVIII 13155 . C T 2406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2439,258,0 chrVIII 13185 . A G 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=20.01;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1794,195,0 chrVIII 13244 . C T 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=22.12;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1670,174,0 chrVIII 13277 . A C 1760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1793,195,0 chrVIII 13526 . A G 3685.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=158;Dels=0.00;FS=9.657;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=23.32;ReadPosRankSum=2.386;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,152:158:99:3685,402,0 chrVIII 13589 . A G 2965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.50;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2998,327,0 chrVIII 13787 . A G 5359.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=233;Dels=0.00;FS=5.266;HaplotypeScore=9.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=23.00;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,231:233:99:5359,585,0 chrVIII 13798 . G T 2127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.133;DP=224;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.993;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,123:224:99:2157,0,2017 chrVIII 13851 . G A 4456.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=22.62;SB=-2.651e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:197:99:4456,475,0 chrVIII 13901 . C T 2946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1.485e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:144:99:2979,321,0 chrVIII 13934 . A G 2525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DP=112;Dels=0.00;FS=9.150;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=22.54;ReadPosRankSum=2.847;SB=-1.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:2558,279,0 chrVIII 13957 . G T 2067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=19.32;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2100,234,0 chrVIII 14034 . A C 4439.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=23.24;SB=-2.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:191:99:4439,480,0 chrVIII 14074 . C T 4602.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:208:99:4602,490,0 chrVIII 14102 . T G 3567.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=19.07;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:187:99:3567,390,0 chrVIII 14130 . G C 3024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=18.44;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:164:99:3057,327,0 chrVIII 14146 . C T 2710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=17.48;SB=-1.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:2743,294,0 chrVIII 14198 . G A 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=128;Dels=0.00;FS=1.436;HaplotypeScore=15.8243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.503;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,49:128:99:692,0,1246 chrVIII 14381 . T C 4185.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=190;Dels=0.00;FS=5.377;HaplotypeScore=16.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=22.03;ReadPosRankSum=2.962;SB=-1.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,179:190:99:4185,462,0 chrVIII 14584 . G C 1560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=17.93;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1593,180,0 chrVIII 14669 . C T 2517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=20.30;SB=-1.241e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2550,270,0 chrVIII 14685 . T C 2341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=19.35;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:2374,255,0 chrVIII 14739 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;DP=120;Dels=0.00;FS=12.301;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.470;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:120:99:511,0,1034 chrVIII 14784 . A G 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=91.8970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=14.73;ReadPosRankSum=3.364;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:96:99:1447,158,0 chrVIII 14947 . C T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,38:58:99:751,0,202 chrVIII 15020 . C T 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.200;DP=79;Dels=0.00;FS=16.902;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.678;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:79:99:877,0,447 chrVIII 15755 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=71;Dels=0.00;FS=1.975;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:472,0,795 chrVIII 15928 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;DP=58;Dels=0.00;FS=7.677;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:58:99:612,0,327 chrVIII 16308 . T C 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=20.91;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1476,159,0 chrVIII 16326 . G A 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=18.25;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1274,135,0 chrVIII 16461 . A G 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.177;DP=70;Dels=0.00;FS=0.911;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.474;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:652,0,549 chrVIII 16717 . T C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.383;DP=62;Dels=0.00;FS=3.503;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.88;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.654;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:499,0,444 chrVIII 16733 . G A 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=20.06;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1578,171,0 chrVIII 16805 . A G 1998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=22.20;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:2031,219,0 chrVIII 16849 . G C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=80;Dels=0.00;FS=8.369;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=1.595;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.844;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:595,0,895 chrVIII 17019 . G A 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=87;Dels=0.00;FS=2.995;HaplotypeScore=7.5281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.950;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,32:87:99:572,0,997 chrVIII 17120 . A C 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.22;MQ0=0;QD=17.57;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1368,147,0 chrVIII 17127 . T A 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=62.5348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.37;MQ0=0;QD=15.48;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1163,126,0 chrVIII 17132 . T G 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=70.4705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=13.81;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1069,114,0 chrVIII 17151 . A G 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.26;MQ0=0;QD=11.58;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:87:786,87,0 chrVIII 17157 . A G 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.64;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.679;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:84:775,84,0 chrVIII 17315 . C G 1201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;DP=133;Dels=0.00;FS=9.826;HaplotypeScore=13.5348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:133:99:1231,0,1112 chrVIII 17359 . A T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=98;Dels=0.00;FS=1.640;HaplotypeScore=14.3234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=6.12;ReadPosRankSum=-2.004;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:630,0,978 chrVIII 17470 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:676,0,425 chrVIII 17528 . G C 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=13.20;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:878,99,0 chrVIII 17627 . T C 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=66;Dels=0.00;FS=21.511;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.903;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,41:66:99:744,0,372 chrVIII 17641 . G A 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=21.66;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1311,138,0 chrVIII 18917 . G A 5488.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=24.95;SB=-2.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,220:220:99:5488,580,0 chrVIII 18954 . T C 1478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.557;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.558;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,84:163:99:1508,0,1562 chrVIII 19013 . G A 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=22.49;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2237,237,0 chrVIII 19035 . G A 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=21.87;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1979,207,0 chrVIII 19058 . A C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DP=75;Dels=0.00;FS=4.829;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.121;QD=7.60;ReadPosRankSum=2.135;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:600,0,517 chrVIII 19101 . A G 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=19.50;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1086,120,0 chrVIII 19172 . G A 1815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=18.91;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1848,201,0 chrVIII 19808 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.913;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:470,0,720 chrVIII 19872 . G T 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;DP=84;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,52:84:99:839,0,522 chrVIII 19879 . C T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.160;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:81:99:776,0,545 chrVIII 19914 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=76;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.352;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:579,0,650 chrVIII 20117 . T C 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;DP=107;Dels=0.00;FS=3.584;HaplotypeScore=14.3017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:107:99:744,0,1034 chrVIII 20294 . G T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.443;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:497,0,393 chrVIII 20950 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=75;Dels=0.00;FS=9.742;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:647,0,767 chrVIII 21198 . T C 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.720;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:87:99:806,0,738 chrVIII 21351 . A T 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=128;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=8.8815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,68:128:99:998,0,1027 chrVIII 21911 . C A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=33;Dels=0.00;FS=1.503;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:281,0,295 chrVIII 21975 . G A 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=27;Dels=0.00;FS=3.751;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.397;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:27:64:64,0,276 chrVIII 22203 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DP=68;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:789,0,540 chrVIII 23105 . T C 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=42;Dels=0.00;FS=10.249;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=3.57;ReadPosRankSum=2.775;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:42:99:180,0,504 chrVIII 23501 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=68;Dels=0.00;FS=13.146;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.159;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:68:99:514,0,515 chrVIII 23604 . T C 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;DP=131;Dels=0.00;FS=6.715;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:131:99:995,0,1226 chrVIII 23611 . T C 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;DP=133;Dels=0.00;FS=4.172;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:133:99:986,0,1203 chrVIII 23641 . T C 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=126;Dels=0.00;FS=2.259;HaplotypeScore=9.0844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.305;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:126:99:882,0,1136 chrVIII 23734 . C T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.336;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:531,0,289 chrVIII 24238 . G A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=79;Dels=0.00;FS=9.540;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.212;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:79:99:688,0,702 chrVIII 24273 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DP=63;Dels=0.00;FS=7.002;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.324;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:556,0,631 chrVIII 24484 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=86;Dels=0.00;FS=5.737;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:86:99:744,0,608 chrVIII 24487 . T G 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=84;Dels=0.00;FS=8.924;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:759,0,618 chrVIII 24526 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=68;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.019;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:566,0,540 chrVIII 24674 . C T 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=18.02;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1078,114,0 chrVIII 24799 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=66;Dels=0.00;FS=5.761;HaplotypeScore=11.7656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:380,0,643 chrVIII 24880 . T G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.873;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.727;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:63:99:500,0,580 chrVIII 24929 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DP=58;Dels=0.00;FS=3.754;HaplotypeScore=8.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.621;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:58:99:466,0,549 chrVIII 25004 . C T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=59;Dels=0.00;FS=3.698;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.195;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:540,0,640 chrVIII 25276 . G A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=62;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.385;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.335;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:628,0,455 chrVIII 25318 . C T 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.054;DP=69;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.215;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:761,0,563 chrVIII 25348 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.375;DP=76;Dels=0.00;FS=4.537;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.382;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.723;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:621,0,798 chrVIII 25360 . T C 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=78;Dels=0.00;FS=0.857;HaplotypeScore=6.8096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.114;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:637,0,890 chrVIII 25432 . G A 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=20.58;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1268,141,0 chrVIII 25522 . G T 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DP=64;Dels=0.00;FS=8.863;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.130;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:723,0,431 chrVIII 25552 . C A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=67;Dels=0.00;FS=12.847;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=2.175;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:676,0,343 chrVIII 25581 . T C 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=65;Dels=0.00;FS=3.442;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.323;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:65:99:527,0,507 chrVIII 25653 . G A 276.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=77;Dels=0.00;FS=6.517;HaplotypeScore=8.2654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQ0=0;MQRankSum=-6.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.137;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:306,0,549 chrVIII 25656 . T C 252.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;DP=78;Dels=0.00;FS=8.595;HaplotypeScore=10.0487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.021;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.266;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:78:99:282,0,561 chrVIII 25657 . C G 252.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=71;Dels=0.00;FS=8.928;HaplotypeScore=5.3167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.66;MQ0=0;MQRankSum=-6.566;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.366;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:282,0,510 chrVIII 25673 . T A 256.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=82;Dels=0.00;FS=12.373;HaplotypeScore=16.8349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.26;MQ0=0;MQRankSum=-6.045;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.996;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:286,0,516 chrVIII 25676 . A T 238.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DP=77;Dels=0.04;FS=5.162;HaplotypeScore=16.8349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.524;QD=3.09;ReadPosRankSum=2.162;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:74:99:268,0,518 chrVIII 25677 . C T 224.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=77;Dels=0.04;FS=6.903;HaplotypeScore=15.8402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=-6.077;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.930;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:74:99:254,0,542 chrVIII 25834 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.240;DP=53;Dels=0.00;FS=7.730;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=6.40;ReadPosRankSum=2.102;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:369,0,388 chrVIII 25892 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.516;DP=52;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.486;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:328,0,388 chrVIII 25898 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=52;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.628;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.179;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:292,0,409 chrVIII 25911 . T C 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=47;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:260,0,436 chrVIII 25945 . G A 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=18.20;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1107,117,0 chrVIII 26177 . C T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=39;Dels=0.00;FS=4.270;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.074;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:267,0,441 chrVIII 26179 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;DP=38;Dels=0.00;FS=4.270;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.103;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:258,0,490 chrVIII 26799 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:40:88:440,0,88 chrVIII 27080 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.769;DP=70;Dels=0.00;FS=3.871;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=7.43;ReadPosRankSum=2.025;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:70:99:550,0,711 chrVIII 27733 . T C 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DP=90;Dels=0.00;FS=7.025;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=9.76;ReadPosRankSum=2.320;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:908,0,502 chrVIII 27969 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;DP=140;Dels=0.00;FS=0.691;HaplotypeScore=12.4254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.506;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,56:140:99:921,0,1636 chrVIII 27972 . A C 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.699;DP=137;Dels=0.00;FS=0.688;HaplotypeScore=9.9539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.849;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.213;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,55:137:99:897,0,1591 chrVIII 27988 . A C 2547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=118;Dels=0.00;FS=6.569;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=21.58;ReadPosRankSum=1.703;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2580,285,0 chrVIII 27996 . T G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;DP=100;Dels=0.00;FS=3.520;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.234;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:100:99:491,0,1259 chrVIII 28030 . C T 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=18.12;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:903,99,0 chrVIII 28073 . C T 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.44;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1463,153,0 chrVIII 28143 . A G 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DP=135;Dels=0.00;FS=6.448;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.934;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,67:135:99:1124,0,1293 chrVIII 28335 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DP=65;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.436;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:414,0,645 chrVIII 28356 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DP=63;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.568;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:302,0,660 chrVIII 28362 . G T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DP=62;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:326,0,640 chrVIII 28416 . C T 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DP=121;Dels=0.00;FS=0.704;HaplotypeScore=11.9706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,69:121:99:841,0,891 chrVIII 28452 . T C 1370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=172;Dels=0.00;FS=0.586;HaplotypeScore=9.2909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.536;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,89:172:99:1400,0,1326 chrVIII 28477 . T C 1482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DP=186;Dels=0.00;FS=6.319;HaplotypeScore=12.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.796;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.653;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,91:186:99:1512,0,1656 chrVIII 28758 . C T 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.78;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1732,183,0 chrVIII 28917 . A G 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.126;DP=78;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.684;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:78:99:588,0,800 chrVIII 29141 . T C 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=95;Dels=0.00;FS=1.754;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:854,0,933 chrVIII 29200 . A G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;DP=55;Dels=0.00;FS=2.316;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.183;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:55:99:454,0,342 chrVIII 29281 . T C 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;DP=96;Dels=0.00;FS=2.798;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:96:99:689,0,1063 chrVIII 29694 . G A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DP=65;Dels=0.00;FS=6.721;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:570,0,575 chrVIII 29709 . T A 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.08;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1380,144,0 chrVIII 29863 . G A 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.89;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:646,69,0 chrVIII 29916 . G C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;DP=40;Dels=0.00;FS=1.249;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:367,0,239 chrVIII 30017 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=67;Dels=0.00;FS=3.400;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:512,0,661 chrVIII 30051 . C T 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=22.39;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1869,198,0 chrVIII 30386 . C T 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.75;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2035,210,0 chrVIII 30556 . T C 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=22.16;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1407,150,0 chrVIII 30659 . T C 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=24.54;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1579,168,0 chrVIII 30979 . C T 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=19.88;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1723,192,0 chrVIII 31011 . C T 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.106;DP=106;Dels=0.00;FS=15.193;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.133;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:836,0,1009 chrVIII 31041 . G A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=130;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=5.2284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,67:130:99:1107,0,1072 chrVIII 31100 . T A 1223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=154;Dels=0.00;FS=2.051;HaplotypeScore=14.4404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,73:154:99:1253,0,1584 chrVIII 31175 . A C 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.946;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.277;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:802,0,958 chrVIII 31191 . A G 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.088;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.103;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:787,0,786 chrVIII 31196 . T G 1904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=23.22;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1937,210,0 chrVIII 31221 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.303;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:621,0,648 chrVIII 31264 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=82;Dels=0.00;FS=20.001;HaplotypeScore=9.6702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:82:99:704,0,656 chrVIII 31447 . T C 1334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=121;Dels=0.00;FS=1.470;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.147;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,73:121:99:1364,0,873 chrVIII 31482 . A G 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=110;Dels=0.00;FS=2.546;HaplotypeScore=7.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.117;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:110:99:1108,0,786 chrVIII 31488 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.498;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:772,0,1040 chrVIII 31566 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=84;Dels=0.00;FS=4.280;HaplotypeScore=4.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:680,0,803 chrVIII 31709 . T C 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=107;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.877;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:936,0,948 chrVIII 31980 . A G 1506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=142;Dels=0.00;FS=4.183;HaplotypeScore=5.8746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.360;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,82:142:99:1536,0,1026 chrVIII 32029 . G A 2781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:2814,309,0 chrVIII 32064 . G A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=123;Dels=0.00;FS=11.624;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=6.54;ReadPosRankSum=-2.090;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:123:99:834,0,1183 chrVIII 32088 . A C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;DP=125;Dels=0.00;FS=3.465;HaplotypeScore=7.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.709;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.973;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:698,0,1433 chrVIII 32115 . A T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DP=136;Dels=0.00;FS=4.303;HaplotypeScore=6.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,69:136:99:948,0,1392 chrVIII 32175 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=122;Dels=0.00;FS=0.674;HaplotypeScore=12.1188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.958;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.415;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:122:99:1029,0,1030 chrVIII 32190 . G A 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,72:135:99:1129,0,1134 chrVIII 32408 . G T 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.329;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.415;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,66:126:99:1102,0,1043 chrVIII 32578 . C G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.457;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:377,0,508 chrVIII 32731 . C T 164.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:194,0,392 chrVIII 32836 . G T 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=12.87;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:63:535,63,0 chrVIII 32859 . G A 239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=17.07;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:30:272,30,0 chrVIII 33038 . T A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=11.72;ReadPosRankSum=1.759;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:70:241,0,70 chrVIII 33068 . T C 119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.854;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:149,0,314 chrVIII 33105 . C T 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1402,150,0 chrVIII 33167 . G A 2435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=25.10;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2468,264,0 chrVIII 33302 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=40;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.108;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:411,0,320 chrVIII 33337 . G A 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.15;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:819,87,0 chrVIII 33397 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=52;Dels=0.00;FS=2.379;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:423,0,392 chrVIII 33602 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=39;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:334,0,343 chrVIII 34071 . C T 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=17.52;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1172,129,0 chrVIII 34368 . A G 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.93;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1703,183,0 chrVIII 34565 . G C 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.93;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:82:99:1831,201,0 chrVIII 34710 . A G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DP=80;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.048;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:750,0,490 chrVIII 34938 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DP=63;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:615,0,530 chrVIII 35022 . T A 250.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:280,0,371 chrVIII 35149 . C T 1083.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:121:99:1113,0,912 chrVIII 35271 . T G 327.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:357,0,352 chrVIII 35378 . A G 415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.58;MQ0=1;QD=17.29;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:51:448,51,0 chrVIII 35854 . C A 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:86:114,0,86 chrVIII 35975 . A G 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=28;Dels=0.00;FS=2.708;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.568;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.551;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:76:76,0,378 chrVIII 36073 . C T 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=15.97;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:512,54,0 chrVIII 36223 . A G 847.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=5.111;QD=15.40;ReadPosRankSum=1.031;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,41:55:28:880,28,0 chrVIII 36306 . C T 494.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=87;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.315;QD=5.68;ReadPosRankSum=3.188;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:524,0,856 chrVIII 36501 . C G 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=17.61;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:1512,165,0 chrVIII 36636 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.957;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:586,0,533 chrVIII 37489 . G A 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=25.65;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:96:905,96,0 chrVIII 37675 . A G 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=34;Dels=0.00;FS=1.508;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:219,0,358 chrVIII 37931 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=40;Dels=0.00;FS=2.694;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.930;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:250,0,233 chrVIII 38887 . T C 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=86;Dels=0.00;FS=1.772;HaplotypeScore=4.9429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.317;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:677,0,748 chrVIII 38923 . T C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.952;DP=51;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=3.4503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.388;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:425,0,475 chrVIII 39238 . G C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.913;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:538,0,453 chrVIII 39521 . C G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.065;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.090;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:445,0,493 chrVIII 39721 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=41;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:267,0,428 chrVIII 39746 . C T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DP=32;Dels=0.00;FS=19.453;HaplotypeScore=17.5844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.561;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.403;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:32:99:222,0,241 chrVIII 39758 . T C 169.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=6.50;SB=-3.381e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:21:202,21,0 chrVIII 39833 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.414;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:428,0,490 chrVIII 39899 . C G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:423,0,600 chrVIII 39974 . C T 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=65;Dels=0.00;FS=7.448;HaplotypeScore=3.4293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.411;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:696,0,438 chrVIII 40047 . A T 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DP=88;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.547;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:892,0,665 chrVIII 40215 . A G 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=37;Dels=0.00;FS=1.363;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.259;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:217,0,219 chrVIII 40287 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=45;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=4.3045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.701;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:441,0,230 chrVIII 40899 . T C 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.85;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1034,114,0 chrVIII 41245 . T A 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.683;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1532,168,0 chrVIII 41310 . T C 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.45;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:934,99,0 chrVIII 41487 . T A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;DP=62;Dels=0.00;FS=4.170;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.256;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:376,0,592 chrVIII 41560 . C T 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=61;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=7.5018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.006;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:576,0,467 chrVIII 41694 . T A 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=18.42;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1230,135,0 chrVIII 41712 . G A 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=19.16;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:64:99:1259,132,0 chrVIII 41868 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DP=54;Dels=0.00;FS=2.329;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.601;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:424,0,537 chrVIII 41934 . C T 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=17.54;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1506,156,0 chrVIII 42121 . C A 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;DP=100;Dels=0.00;FS=0.749;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.184;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:100:99:1064,0,722 chrVIII 42222 . G A 2423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=21.63;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2456,270,0 chrVIII 42238 . A G,T 1977.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.32;MQ0=0;QD=19.38;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,54,48:102:99:2037,987,858,1050,0,933 chrVIII 42616 . G A 2129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=23.92;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2162,237,0 chrVIII 42646 . G A 2216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=19.10;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2249,240,0 chrVIII 42657 . T C 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=118;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=16.20;ReadPosRankSum=2.260;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:118:99:1945,213,0 chrVIII 42709 . C T 2663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=18.49;SB=-1.642e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:144:99:2696,285,0 chrVIII 42789 . C T 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.270;DP=150;Dels=0.00;FS=6.248;HaplotypeScore=18.1397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,75:150:99:1226,0,1311 chrVIII 42880 . T C 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=18.77;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:102:99:1948,213,0 chrVIII 42932 . T C 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=99;Dels=0.00;FS=3.873;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.368;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:805,0,813 chrVIII 42946 . T C 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=20.71;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1876,201,0 chrVIII 43002 . G A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.717;DP=101;Dels=0.00;FS=4.225;HaplotypeScore=5.2462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:101:99:764,0,722 chrVIII 43213 . G A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.549;DP=62;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:708,0,526 chrVIII 43359 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=9.11;ReadPosRankSum=2.736;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:440,0,343 chrVIII 43430 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=52;Dels=0.00;FS=4.620;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:52:99:350,0,437 chrVIII 43614 . C T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,31:47:99:536,0,289 chrVIII 43881 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=85;Dels=0.00;FS=9.121;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:670,0,895 chrVIII 43928 . G T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=87;Dels=0.00;FS=14.147;HaplotypeScore=5.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:697,0,976 chrVIII 44670 . A G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;DP=92;Dels=0.00;FS=1.767;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.831;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:92:99:871,0,814 chrVIII 44691 . C T 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.041;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.638;QD=8.82;ReadPosRankSum=-2.310;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:90:99:824,0,816 chrVIII 44706 . G A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.845;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:90:99:728,0,854 chrVIII 44715 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:598,0,703 chrVIII 44969 . A G 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;DP=100;Dels=0.00;FS=0.749;HaplotypeScore=17.7696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.496;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:822,0,772 chrVIII 45099 . C G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;DP=80;Dels=0.00;FS=1.857;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.316;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.955;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:705,0,695 chrVIII 45102 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=81;Dels=0.00;FS=1.802;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.100;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.640;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:705,0,696 chrVIII 45773 . G A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=107;Dels=0.00;FS=1.553;HaplotypeScore=13.5130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.919;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:955,0,1101 chrVIII 45816 . A G 1144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.182;DP=131;Dels=0.00;FS=5.395;HaplotypeScore=12.8249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:131:99:1174,0,1133 chrVIII 46007 . A G 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.947;DP=94;Dels=0.00;FS=3.919;HaplotypeScore=5.1128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:94:99:656,0,887 chrVIII 46055 . A G 2123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=21.66;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2156,231,0 chrVIII 46079 . G A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.469;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:100:99:955,0,793 chrVIII 46220 . A T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DP=94;Dels=0.00;FS=2.739;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:789,0,981 chrVIII 46286 . G A 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;DP=101;Dels=0.00;FS=5.088;HaplotypeScore=18.9283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:101:99:968,0,686 chrVIII 46562 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;DP=68;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.238;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:277,0,722 chrVIII 46772 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=49;Dels=0.00;FS=4.093;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.819;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:328,0,405 chrVIII 47072 . A G 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.60;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1276,135,0 chrVIII 47159 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;DP=36;Dels=0.00;FS=10.480;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=11.58;ReadPosRankSum=-2.824;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:447,0,208 chrVIII 47341 . A G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;DP=27;Dels=0.00;FS=7.832;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:248,0,288 chrVIII 48088 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=68;Dels=0.00;FS=4.853;HaplotypeScore=7.8739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:363,0,511 chrVIII 48187 . G A 1006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=127;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,64:127:99:1036,0,1052 chrVIII 48214 . G A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.595;DP=95;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=5.3821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.417;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:503,0,1017 chrVIII 48220 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.459;DP=85;Dels=0.00;FS=1.127;HaplotypeScore=10.4439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=3.186;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.295;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:823,0,400 chrVIII 48299 . T C 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.265;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.955;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:69:641,69,0 chrVIII 48365 . T G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;DP=32;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.929;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:256,0,253 chrVIII 48551 . A G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DP=128;Dels=0.00;FS=8.179;HaplotypeScore=8.1895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:128:99:946,0,1056 chrVIII 48651 . T C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=82;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:783,0,841 chrVIII 48939 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:220,0,217 chrVIII 48948 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:204,0,265 chrVIII 49098 . A G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=44;Dels=0.00;FS=2.622;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:326,0,451 chrVIII 49107 . A C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=47;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:428,0,282 chrVIII 49196 . T C 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:120,0,190 chrVIII 49395 . G C 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;DP=36;Dels=0.00;FS=7.987;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.207;QD=0.97;ReadPosRankSum=-3.392;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:65:65,0,239 chrVIII 49510 . C T 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DP=27;Dels=0.00;FS=3.558;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.830;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:102,0,197 chrVIII 49626 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.053;DP=37;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:421,0,271 chrVIII 49719 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:477,0,534 chrVIII 49817 . A C 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.18;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:626,69,0 chrVIII 50050 . A G 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.807;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:73:99:728,0,602 chrVIII 50254 . T C 1980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=25.06;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2013,219,0 chrVIII 50351 . T C 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=19.87;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1583,174,0 chrVIII 50566 . C G 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.91;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1915,204,0 chrVIII 50752 . T C 1879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.713;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=24.09;ReadPosRankSum=3.713;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:1912,207,0 chrVIII 51053 . C A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=117;Dels=0.00;FS=2.433;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:117:99:763,0,1308 chrVIII 51089 . G A 2399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=24.23;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2432,267,0 chrVIII 51217 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;DP=98;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=8.87;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:899,0,914 chrVIII 51314 . C A 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=19.93;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1687,180,0 chrVIII 51378 . A T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=68;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.383;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:513,0,466 chrVIII 51408 . C A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=52;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.754;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:52:99:271,0,370 chrVIII 51422 . G C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.490;QD=4.30;ReadPosRankSum=-2.320;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:215,0,258 chrVIII 51441 . T C 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DP=51;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=3.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=2.69;ReadPosRankSum=-2.083;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:167,0,225 chrVIII 51652 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=22;Dels=0.00;FS=12.900;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=2.185;SB=-1.609e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:69:249,0,69 chrVIII 51671 . A G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=22;Dels=0.05;FS=16.380;HaplotypeScore=2.6711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.323;SB=-3.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:196,0,156 chrVIII 51686 . G A 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.096;DP=22;Dels=0.00;FS=7.025;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=6.45;ReadPosRankSum=3.162;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:172,0,190 chrVIII 51773 . T C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=22;Dels=0.00;FS=1.713;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.267;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:149,0,300 chrVIII 51856 . G T 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=26.88;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:920,96,0 chrVIII 51891 . T A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=39;Dels=0.00;FS=3.255;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.583;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:198,0,447 chrVIII 51937 . C G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=32;Dels=0.00;FS=3.448;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.486;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:32:99:164,0,328 chrVIII 52133 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;DP=43;Dels=0.00;FS=2.759;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.394;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:310,0,502 chrVIII 52179 . A G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.594;DP=44;Dels=0.00;FS=4.534;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.369;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:202,0,567 chrVIII 52183 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.038;DP=49;Dels=0.00;FS=4.134;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:242,0,512 chrVIII 52244 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=53;Dels=0.00;FS=9.895;HaplotypeScore=5.0003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.157;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.321;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:307,0,351 chrVIII 52259 . G C 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.065;DP=47;Dels=0.00;FS=6.369;HaplotypeScore=3.4356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.318;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:47:99:286,0,353 chrVIII 52373 . T C 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:165,0,286 chrVIII 52419 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DP=46;Dels=0.00;FS=1.225;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=1.436;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:242,0,360 chrVIII 52427 . A T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;DP=49;Dels=0.00;FS=1.148;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=1.376;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:314,0,323 chrVIII 52538 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DP=45;Dels=0.00;FS=1.181;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:285,0,359 chrVIII 52666 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:401,0,550 chrVIII 52712 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DP=53;Dels=0.00;FS=16.639;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.429;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:537,0,362 chrVIII 52925 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=52;Dels=0.00;FS=7.660;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.676;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:621,0,294 chrVIII 52973 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=69;Dels=0.00;FS=4.801;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.98;MQ0=0;MQRankSum=5.108;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:501,0,549 chrVIII 52980 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;DP=70;Dels=0.00;FS=3.496;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.859;QD=5.90;ReadPosRankSum=2.039;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:443,0,570 chrVIII 52993 . G A 415.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=73;Dels=0.00;FS=2.036;HaplotypeScore=5.9300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.664;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:445,0,567 chrVIII 52996 . T C 391.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.458;DP=70;Dels=0.00;FS=2.165;HaplotypeScore=5.9300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.18;MQ0=0;MQRankSum=-6.009;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:70:99:421,0,532 chrVIII 52999 . C T 407.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.992;DP=69;Dels=0.00;FS=2.165;HaplotypeScore=6.2132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-5.036;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:437,0,490 chrVIII 53006 . T A 395.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DP=72;Dels=0.00;FS=3.221;HaplotypeScore=10.4292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.526;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:425,0,459 chrVIII 53097 . G T 1366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.277;DP=126;Dels=0.00;FS=2.741;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=1;MQRankSum=0.912;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,74:126:99:1396,0,811 chrVIII 53214 . T C 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.704;DP=87;Dels=0.00;FS=3.566;HaplotypeScore=12.8986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,54:87:99:845,0,665 chrVIII 53336 . T C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=40;Dels=0.00;FS=8.387;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:496,0,171 chrVIII 53483 . G A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=2.138;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:647,0,440 chrVIII 53579 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.904;DP=54;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:454,0,321 chrVIII 54187 . T G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.925;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:398,0,178 chrVIII 54245 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=56;Dels=0.00;FS=3.822;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:485,0,466 chrVIII 54264 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DP=63;Dels=0.00;FS=2.076;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.021;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:639,0,496 chrVIII 54302 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=67;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.681;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:67:99:585,0,517 chrVIII 54588 . C G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DP=39;Dels=0.00;FS=8.629;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=2.088;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.411;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:39:99:182,0,297 chrVIII 54726 . A G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=42;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=9.6688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:306,0,359 chrVIII 54763 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=52;Dels=0.00;FS=23.262;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.028;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:481,0,506 chrVIII 54769 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=58;Dels=0.00;FS=24.804;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.120;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:461,0,575 chrVIII 54946 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,28:39:99:543,0,129 chrVIII 55333 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=54;Dels=0.00;FS=1.099;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.651;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,18:54:99:274,0,729 chrVIII 55348 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=51;Dels=0.00;FS=2.388;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.770;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:358,0,535 chrVIII 55477 . C T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.391;DP=64;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:340,0,769 chrVIII 55489 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=60;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=3.2191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:270,0,681 chrVIII 55690 . A G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:196,0,471 chrVIII 55934 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=78;Dels=0.00;FS=2.998;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:599,0,665 chrVIII 55990 . G T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DP=43;Dels=0.00;FS=6.825;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.188;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:334,0,442 chrVIII 56087 . C T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=58;Dels=0.00;FS=1.217;HaplotypeScore=3.8776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:534,0,573 chrVIII 56225 . T C 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=16.17;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1003,111,0 chrVIII 56250 . C T 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=70;Dels=0.00;FS=3.266;HaplotypeScore=8.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=1.633;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.940;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1218,129,0 chrVIII 56252 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;DP=72;Dels=0.00;FS=1.955;HaplotypeScore=7.1279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.663;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.558;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:422,0,582 chrVIII 56364 . T G 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=19.84;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1303,144,0 chrVIII 56423 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=107;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=52.8681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.772;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.380;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,28:107:99:337,0,432 chrVIII 56430 . C G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.333;DP=81;Dels=0.00;FS=13.302;HaplotypeScore=40.9296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.97;MQ0=0;MQRankSum=-6.470;QD=3.65;ReadPosRankSum=2.768;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,23:81:99:326,0,237 chrVIII 56463 . T C 58.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=84;Dels=0.00;FS=6.976;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.039;QD=0.69;ReadPosRankSum=-4.747;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,11:84:88:88,0,925 chrVIII 56466 . C T 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=88;Dels=0.00;FS=5.012;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.870;QD=0.48;ReadPosRankSum=-4.870;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,11:88:72:72,0,1015 chrVIII 56538 . T A 2247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=100;Dels=0.00;FS=4.559;HaplotypeScore=9.3224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=22.47;ReadPosRankSum=1.697;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2280,240,0 chrVIII 56604 . G A 2299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=25.26;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2332,246,0 chrVIII 56867 . T C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.058;DP=62;Dels=0.00;FS=9.188;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.922;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:444,0,691 chrVIII 56881 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=64;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.360;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:481,0,724 chrVIII 57044 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.439;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.255;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:487,0,519 chrVIII 57176 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=55;Dels=0.00;FS=16.195;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=6.95;ReadPosRankSum=-2.207;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:412,0,512 chrVIII 57484 . A G 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;DP=89;Dels=0.00;FS=3.265;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:1039,0,526 chrVIII 57572 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=38;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:335,0,341 chrVIII 57580 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:357,0,289 chrVIII 57605 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=39;Dels=0.00;FS=9.750;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:332,0,295 chrVIII 57698 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=73;Dels=0.00;FS=6.297;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.872;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:73:99:734,0,514 chrVIII 57836 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;DP=62;Dels=0.00;FS=7.243;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:633,0,700 chrVIII 57891 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=74;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=11.3141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:74:99:603,0,642 chrVIII 57905 . G A 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=84;Dels=0.00;FS=1.266;HaplotypeScore=10.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.012;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:693,0,901 chrVIII 57977 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;DP=68;Dels=0.00;FS=18.114;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.245;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:567,0,675 chrVIII 58040 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:692,0,546 chrVIII 58390 . A G 2126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=1;MQRankSum=1.538;QD=19.50;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:2159,237,0 chrVIII 58411 . A T 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=120;Dels=0.00;FS=1.814;HaplotypeScore=10.2993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=1;MQRankSum=-0.768;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.673;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:120:99:1057,0,127 chrVIII 58546 . G A 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=61;Dels=0.00;FS=2.538;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:666,0,431 chrVIII 58620 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=66;Dels=0.00;FS=2.746;HaplotypeScore=3.1473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.073;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:442,0,740 chrVIII 58670 . A C 244.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=78;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=2.6124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:274,0,778 chrVIII 58676 . A G 1551 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=18.25;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1584,171,0 chrVIII 58677 . A G 1584 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=18.00;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1617,171,0 chrVIII 58723 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.288;DP=116;Dels=0.00;FS=2.970;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=1.726;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.930;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:116:99:637,0,901 chrVIII 58733 . A T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=128;Dels=0.00;FS=4.479;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=5.59;ReadPosRankSum=2.576;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:128:99:746,0,944 chrVIII 58766 . C T 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;DP=125;Dels=0.00;FS=1.125;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.891;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,65:125:99:844,0,984 chrVIII 59106 . T C 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=22.56;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1432,162,0 chrVIII 59575 . G A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=53;Dels=0.00;FS=1.077;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:423,0,363 chrVIII 59614 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:635,0,418 chrVIII 59645 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.056;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.071;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:599,0,482 chrVIII 59750 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.526;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.018;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:696,0,627 chrVIII 59801 . T C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.933;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:554,0,544 chrVIII 59916 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.973;DP=78;Dels=0.00;FS=11.509;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:616,0,639 chrVIII 59936 . G C 1514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=19.66;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1547,168,0 chrVIII 59990 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;DP=87;Dels=0.00;FS=2.948;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:87:99:599,0,777 chrVIII 60191 . C T 731.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.602;DP=102;Dels=0.00;FS=2.686;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.434;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:761,0,804 chrVIII 60199 . G A 609.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.728;QD=6.55;ReadPosRankSum=2.435;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:639,0,712 chrVIII 60200 . A G 608.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;DP=93;Dels=0.02;FS=0.799;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.795;QD=6.54;ReadPosRankSum=2.337;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:638,0,709 chrVIII 60493 . T C 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;DP=102;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:849,0,975 chrVIII 60692 . C T 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.416;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:1013,0,837 chrVIII 60764 . T C 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=68;Dels=0.00;FS=7.361;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=18.62;ReadPosRankSum=2.266;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1299,138,0 chrVIII 60785 . C T 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=17.80;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1297,135,0 chrVIII 61032 . T C 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=83;Dels=0.00;FS=7.447;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.596;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:873,0,407 chrVIII 61047 . G T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;DP=75;Dels=0.00;FS=8.182;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:289,0,811 chrVIII 61049 . C T 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=17.86;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1337,144,0 chrVIII 61125 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=56;Dels=0.00;FS=2.439;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=2.933;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:522,0,504 chrVIII 61373 . A G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.144;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:87:99:717,0,632 chrVIII 61550 . A T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;DP=39;Dels=0.00;FS=10.863;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.524;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:440,0,229 chrVIII 61765 . T A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=75;Dels=0.00;FS=4.535;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.293;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:782,0,507 chrVIII 62234 . C T 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.315;DP=75;Dels=0.00;FS=11.981;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:823,0,566 chrVIII 62455 . G A 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.559;DP=129;Dels=0.00;FS=1.654;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.342;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:129:99:1129,0,1228 chrVIII 62587 . G A 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=18.68;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1752,183,0 chrVIII 62629 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=117;Dels=0.00;FS=6.663;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:117:99:634,0,950 chrVIII 62698 . T C 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=-6.118;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.769;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:808,0,820 chrVIII 62702 . G A 2031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.48;MQ0=0;QD=20.52;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2064,219,0 chrVIII 62711 . A C 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=20.63;ReadPosRankSum=2.389;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:81:99:1704,183,0 chrVIII 62714 . G C 599.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.576;DP=78;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.959;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:629,0,622 chrVIII 62730 . C A 503.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=72;Dels=0.00;FS=3.259;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.206;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:533,0,538 chrVIII 62734 . C G,T 1104.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.82;MQ0=0;QD=16.00;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,33,36:69:99:1164,577,505,587,0,518 chrVIII 62846 . A G 266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=10.64;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:24:33:299,33,0 chrVIII 62903 . G A 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.838;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:278,0,369 chrVIII 62972 . C T 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=24.26;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1634,171,0 chrVIII 62986 . T A 478.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.986;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:508,0,470 chrVIII 63044 . T C 200.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:230,0,523 chrVIII 63067 . G T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:256,0,441 chrVIII 63144 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;DP=66;Dels=0.00;FS=1.147;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=8.17;ReadPosRankSum=3.252;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:569,0,685 chrVIII 63183 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=89;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=9.21;ReadPosRankSum=-2.371;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:850,0,992 chrVIII 63279 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;DP=74;Dels=0.00;FS=3.223;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:74:99:624,0,764 chrVIII 63324 . T G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=72;Dels=0.00;FS=1.969;HaplotypeScore=15.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.757;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:790,0,552 chrVIII 63396 . G A 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DP=102;Dels=0.00;FS=1.600;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.328;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:841,0,863 chrVIII 63582 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DP=67;Dels=0.00;FS=1.165;HaplotypeScore=8.1194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.748;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.344;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:67:99:333,0,577 chrVIII 63583 . T G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.813;DP=68;Dels=0.00;FS=2.483;HaplotypeScore=7.3307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.067;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:68:99:324,0,630 chrVIII 63837 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DP=66;Dels=0.00;FS=17.279;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.463;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:488,0,817 chrVIII 63931 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.162;DP=62;Dels=0.00;FS=11.766;HaplotypeScore=14.6513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=9.63;ReadPosRankSum=2.092;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:627,0,236 chrVIII 64045 . G C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:641,0,642 chrVIII 64083 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DP=52;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:52:99:313,0,755 chrVIII 64185 . A C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;DP=63;Dels=0.00;FS=1.884;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:356,0,692 chrVIII 64224 . G A 1096.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.225;DP=98;Dels=0.00;FS=7.849;HaplotypeScore=9.1101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.466;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,58:98:99:1126,0,526 chrVIII 64236 . G A 2079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.43;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2112,225,0 chrVIII 64282 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=85;Dels=0.00;FS=2.077;HaplotypeScore=8.2904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.579;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:85:99:689,0,861 chrVIII 64360 . A T 679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DP=40;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.473;QD=16.97;ReadPosRankSum=1.646;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:78:712,78,0 chrVIII 64407 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DP=36;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.513;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:349,0,287 chrVIII 64729 . G T 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=58;Dels=0.00;FS=2.150;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=9.67;ReadPosRankSum=1.387;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:591,0,402 chrVIII 64748 . A G 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=20.74;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1526,168,0 chrVIII 65200 . A G 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.85;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:488,54,0 chrVIII 65284 . G A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=7.27;ReadPosRankSum=-2.256;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:350,0,401 chrVIII 65380 . A G 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=15.30;ReadPosRankSum=1.667;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:93:859,93,0 chrVIII 65566 . A G 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.46;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1156,123,0 chrVIII 65967 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DP=51;Dels=0.00;FS=5.876;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:409,0,499 chrVIII 65979 . A G 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=39;Dels=0.00;FS=3.582;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.453;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:158,0,483 chrVIII 66117 . G A 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.661;DP=121;Dels=0.00;FS=2.904;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.538;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,70:121:99:1250,0,717 chrVIII 66280 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.196;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:353,0,386 chrVIII 66482 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=59;Dels=0.00;FS=1.086;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.660;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:446,0,480 chrVIII 66559 . A G 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=44;Dels=0.00;FS=10.118;HaplotypeScore=90.9291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.078;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.893;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:187,0,274 chrVIII 66700 . G A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=27;Dels=0.00;FS=5.891;HaplotypeScore=7.2826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.659;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:253,0,171 chrVIII 66839 . C G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;DP=35;Dels=0.00;FS=7.902;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:274,0,241 chrVIII 66992 . A G 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.007;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:87:87,0,250 chrVIII 67317 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=31;Dels=0.00;FS=1.779;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.853;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:227,0,294 chrVIII 67565 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=61;Dels=0.00;FS=28.972;HaplotypeScore=4.8333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.816;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:406,0,419 chrVIII 67629 . G T 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=8.62;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:66:550,66,0 chrVIII 67664 . A T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DP=49;Dels=0.00;FS=8.463;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.031;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:399,0,268 chrVIII 67971 . C T 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=19.59;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:84:758,84,0 chrVIII 68025 . G A 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=17.68;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:758,84,0 chrVIII 68079 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;DP=46;Dels=0.00;FS=2.797;HaplotypeScore=8.8634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.466;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,32:46:99:530,0,123 chrVIII 68121 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=47;Dels=0.00;FS=8.694;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.543;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:323,0,403 chrVIII 68259 . C A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;DP=46;Dels=0.00;FS=4.309;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.562;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:434,0,250 chrVIII 68352 . T C 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.15;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:96:879,96,0 chrVIII 68367 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;DP=42;Dels=0.00;FS=4.452;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:328,0,401 chrVIII 68441 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=43;Dels=0.00;FS=2.836;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.246;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:43:99:439,0,128 chrVIII 68508 . A C 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.16;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1626,180,0 chrVIII 68532 . A G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:93:99:674,0,995 chrVIII 69096 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:335,0,614 chrVIII 69126 . G A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=38;Dels=0.00;FS=2.913;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:362,0,156 chrVIII 69180 . G A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.406;DP=64;Dels=0.00;FS=0.955;HaplotypeScore=5.0038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.252;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:567,0,395 chrVIII 69194 . T C 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.698;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:666,0,545 chrVIII 69246 . C T 1520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.325;DP=170;Dels=0.00;FS=0.571;HaplotypeScore=9.2015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,76:170:99:1550,0,1561 chrVIII 69672 . C T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=66;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.097;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:581,0,523 chrVIII 69830 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=31;Dels=0.00;FS=3.568;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=2.307;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:270,0,263 chrVIII 69998 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=33;Dels=0.00;FS=3.133;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.310;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:283,0,207 chrVIII 70234 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=4.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:88:99:828,0,484 chrVIII 70302 . G A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.135;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:468,0,351 chrVIII 70542 . A G 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=18.62;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1057,111,0 chrVIII 70548 . T C 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=65;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=5.0591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=18.08;ReadPosRankSum=2.374;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1208,129,0 chrVIII 70653 . G A 503.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:533,0,667 chrVIII 70662 . G A 429.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=76;Dels=0.00;FS=3.161;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:459,0,667 chrVIII 70663 . C T 394.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=75;Dels=0.00;FS=6.243;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:75:99:424,0,599 chrVIII 70875 . C A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;DP=48;Dels=0.00;FS=10.976;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.608;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:329,0,504 chrVIII 70950 . G A 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=113;Dels=0.00;FS=7.489;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.039;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,65:113:99:1120,0,729 chrVIII 71457 . T C 2113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=22.72;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2146,217,0 chrVIII 71685 . G A 1349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=168;Dels=0.00;FS=9.117;HaplotypeScore=16.8673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=2.317;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.652;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,82:168:99:1379,0,1434 chrVIII 71900 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.522;DP=102;Dels=0.00;FS=1.797;HaplotypeScore=29.4674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.352;QD=5.66;ReadPosRankSum=2.710;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,61:102:99:607,0,270 chrVIII 71979 . A G 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.113;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.614;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,74:140:99:894,0,1100 chrVIII 71994 . A G 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;DP=142;Dels=0.00;FS=5.066;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.427;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,79:142:99:1017,0,1221 chrVIII 72011 . G A 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=131;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.339;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,69:131:99:861,0,1204 chrVIII 72058 . T C 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=82;Dels=0.00;FS=12.355;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.166;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:82:99:761,0,757 chrVIII 72171 . G A 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.720;DP=74;Dels=0.00;FS=10.968;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=12.30;ReadPosRankSum=1.716;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:940,0,375 chrVIII 72247 . C T 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=20.60;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1640,171,0 chrVIII 72256 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.946;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:532,0,682 chrVIII 72400 . A G 1436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=24.34;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1469,162,0 chrVIII 72478 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=75;Dels=0.00;FS=10.461;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:75:99:319,0,765 chrVIII 72487 . A G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.589;DP=82;Dels=0.00;FS=11.866;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:82:99:407,0,955 chrVIII 72547 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:678,0,573 chrVIII 72569 . T C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;DP=72;Dels=0.00;FS=0.941;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.649;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:716,0,602 chrVIII 72635 . G T 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DP=72;Dels=0.00;FS=4.694;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:706,0,560 chrVIII 72697 . C G 1941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=22.06;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:1974,216,0 chrVIII 72739 . A G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.768;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:404,0,989 chrVIII 72757 . T A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=67;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=5.3086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:273,0,802 chrVIII 72759 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=67;Dels=0.00;FS=2.190;HaplotypeScore=5.9071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.226;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,23:67:99:264,0,806 chrVIII 72808 . G A 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.816;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:68:68,0,405 chrVIII 72925 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.735;DP=86;Dels=0.00;FS=12.492;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.337;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:506,0,915 chrVIII 73129 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DP=54;Dels=0.00;FS=17.228;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.561;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:408,0,557 chrVIII 73231 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.750;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:256,0,278 chrVIII 73264 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=40;Dels=0.00;FS=4.980;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.177;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:334,0,318 chrVIII 73285 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.640;DP=39;Dels=0.00;FS=5.821;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.185;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:273,0,304 chrVIII 73438 . A C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.091;DP=69;Dels=0.00;FS=3.387;HaplotypeScore=9.9376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:459,0,541 chrVIII 73516 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.258;DP=55;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:522,0,450 chrVIII 73687 . C A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=43;Dels=0.00;FS=6.190;HaplotypeScore=3.5539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.446;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:417,0,309 chrVIII 73735 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;DP=42;Dels=0.00;FS=7.200;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:375,0,430 chrVIII 73741 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;DP=40;Dels=0.00;FS=5.217;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:380,0,379 chrVIII 73843 . A G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=68;Dels=0.00;FS=2.063;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:690,0,490 chrVIII 73929 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=53;Dels=0.00;FS=8.537;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:458,0,499 chrVIII 74059 . T G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=74;Dels=0.00;FS=7.918;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:640,0,451 chrVIII 74089 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=55;Dels=0.00;FS=12.331;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=6.53;ReadPosRankSum=-2.183;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:389,0,309 chrVIII 74101 . G A 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=41;Dels=0.00;FS=1.400;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:128,0,254 chrVIII 74246 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.623;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:603,0,614 chrVIII 74339 . C G 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=102;Dels=0.00;FS=6.417;HaplotypeScore=4.5122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.971;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,63:102:99:1292,0,652 chrVIII 74400 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.488;DP=48;Dels=0.00;FS=5.764;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.797;QD=6.00;ReadPosRankSum=-2.188;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:318,0,428 chrVIII 74409 . A T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=44;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.018;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.997;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:222,0,444 chrVIII 74435 . T C 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.455;QD=1.33;ReadPosRankSum=2.959;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:70:70,0,403 chrVIII 74445 . G A 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.013;DP=24;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.491;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.869;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:122,0,237 chrVIII 74477 . C A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=31;Dels=0.00;FS=3.180;HaplotypeScore=5.8652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:170,0,249 chrVIII 74519 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=27;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:224,0,192 chrVIII 74573 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.312;DP=59;Dels=0.00;FS=5.545;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.888;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:353,0,518 chrVIII 74611 . T C 510.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;DP=79;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.687;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.447;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:540,0,535 chrVIII 74612 . C T 435.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=79;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.825;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.673;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:465,0,521 chrVIII 74618 . A G 510.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DP=84;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.436;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.672;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:84:99:540,0,572 chrVIII 74631 . C G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=84;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:84:99:503,0,588 chrVIII 74632 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=84;Dels=0.00;FS=3.084;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:495,0,611 chrVIII 74649 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=85;Dels=0.00;FS=7.628;HaplotypeScore=27.2694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.601;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.658;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:85:99:519,0,330 chrVIII 74664 . T G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.562;DP=63;Dels=0.00;FS=1.003;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.448;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.792;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:63:99:428,0,270 chrVIII 74714 . T C 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DP=62;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.448;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:168,0,450 chrVIII 74727 . C T 145.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=64;Dels=0.00;FS=9.413;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQ0=0;MQRankSum=-6.139;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:175,0,553 chrVIII 74730 . T C 134.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;DP=63;Dels=0.00;FS=5.399;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.062;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.681;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:164,0,602 chrVIII 74734 . C G 161.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DP=63;Dels=0.00;FS=2.289;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.807;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.149;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:63:99:191,0,570 chrVIII 74755 . A G 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=74;Dels=0.00;FS=2.260;HaplotypeScore=9.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.954;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.576;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:74:99:167,0,793 chrVIII 74776 . G C 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.094;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:167,0,822 chrVIII 74806 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;DP=64;Dels=0.00;FS=6.164;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-3.682;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:285,0,815 chrVIII 74846 . G A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;DP=48;Dels=0.00;FS=22.291;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.135;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:376,0,484 chrVIII 74924 . A T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:399,0,396 chrVIII 74974 . A G 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.345;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:107,0,287 chrVIII 75030 . G T 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.915;DP=90;Dels=0.01;FS=2.920;HaplotypeScore=13.7203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.170;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.878;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:89:99:786,0,612 chrVIII 76673 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=70;Dels=0.00;FS=17.766;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:70:99:501,0,667 chrVIII 76691 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;DP=78;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=6.19;ReadPosRankSum=-2.155;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:513,0,733 chrVIII 76739 . A G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.945;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:742,0,876 chrVIII 76976 . C A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DP=85;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.598;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:755,0,745 chrVIII 77201 . G A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.094;DP=84;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=14.3234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.811;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:791,0,637 chrVIII 77331 . T A 2197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=227;Dels=0.00;FS=4.526;HaplotypeScore=8.9805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.284;SB=-1.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,114:227:99:2227,0,1898 chrVIII 77475 . G A 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=143;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=9.6622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,77:143:99:1204,0,1306 chrVIII 77502 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.077;DP=89;Dels=0.00;FS=5.641;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.240;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:703,0,1033 chrVIII 77694 . G A 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.838;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:119:99:997,0,890 chrVIII 77766 . C T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.127;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:109:99:776,0,981 chrVIII 77853 . C T 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DP=95;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=9.6489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,61:95:99:999,0,548 chrVIII 77919 . G A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=92;Dels=0.00;FS=4.473;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:92:99:795,0,720 chrVIII 78204 . G A 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=122;Dels=0.00;FS=3.577;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=8.94;ReadPosRankSum=-2.245;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:122:99:1121,0,782 chrVIII 78570 . C T 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=21.71;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1097,117,0 chrVIII 78572 . C T 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=23.13;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:99:1074,114,0 chrVIII 78707 . T A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.095;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:467,0,223 chrVIII 78752 . A G 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=15.59;ReadPosRankSum=3.204;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:66:610,66,0 chrVIII 78809 . G C 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.445;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:99,0,350 chrVIII 79037 . A G 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=24.81;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1199,129,0 chrVIII 79061 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:322,0,718 chrVIII 79120 . C T 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=21.97;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1659,177,0 chrVIII 79208 . G A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1925,210,0 chrVIII 79319 . A T 1969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=83;Dels=0.00;FS=3.060;HaplotypeScore=12.1910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=23.72;ReadPosRankSum=2.356;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:83:99:2002,210,0 chrVIII 79512 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=72;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:569,0,677 chrVIII 79578 . C A 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;DP=81;Dels=0.00;FS=1.813;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:828,0,719 chrVIII 79756 . T A 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=92;Dels=0.00;FS=5.705;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:886,0,1013 chrVIII 79894 . T A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=97;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=4.4544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.938;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:665,0,1015 chrVIII 79902 . G A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=100;Dels=0.00;FS=3.752;HaplotypeScore=7.4313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:686,0,933 chrVIII 79937 . T G 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.372;DP=112;Dels=0.00;FS=2.589;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=7.10;ReadPosRankSum=-2.696;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:112:99:825,0,1287 chrVIII 80012 . C G 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=96;Dels=0.00;FS=3.776;HaplotypeScore=5.2032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.761;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:994,0,837 chrVIII 80068 . G A 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.546;DP=103;Dels=0.00;FS=4.986;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:718,0,1017 chrVIII 80077 . A G 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=104;Dels=0.00;FS=2.775;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=19.01;ReadPosRankSum=2.208;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:104:99:2010,219,0 chrVIII 80210 . G C 2167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=20.25;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2200,237,0 chrVIII 80249 . G T 2394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.82;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2427,258,0 chrVIII 80292 . A T 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=116;Dels=0.00;FS=4.572;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:116:99:1084,0,1154 chrVIII 80479 . A G 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=72;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=21.79;ReadPosRankSum=1.684;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1602,171,0 chrVIII 80498 . A G 1033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;DP=72;Dels=0.03;FS=7.838;HaplotypeScore=26.5199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=2.089;QD=14.35;ReadPosRankSum=-1.834;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:70:99:1066,117,0 chrVIII 80825 . G A 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2091,228,0 chrVIII 80882 . A G 2458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=106;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=8.8244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=23.19;ReadPosRankSum=2.357;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2491,270,0 chrVIII 81666 . G C 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.21;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1185,129,0 chrVIII 81685 . A G 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=20.11;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1501,162,0 chrVIII 81923 . A G 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;DP=24;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:123,0,180 chrVIII 82223 . T C 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=22.24;ReadPosRankSum=1.648;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:945,102,0 chrVIII 82351 . A C 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=20.65;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1107,120,0 chrVIII 82408 . A G 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.82;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1391,147,0 chrVIII 82486 . G C 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=16.00;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:513,54,0 chrVIII 82509 . A G 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=18.59;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:535,57,0 chrVIII 82570 . T A 513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=18.32;ReadPosRankSum=1.609;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:57:546,57,0 chrVIII 82588 . G A 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=34;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=18.12;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:69:649,69,0 chrVIII 82815 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=40;Dels=0.00;FS=2.812;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:322,0,355 chrVIII 83043 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;DP=65;Dels=0.00;FS=2.100;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.558;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:489,0,538 chrVIII 83128 . T C 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=22.03;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2038,225,0 chrVIII 83436 . C A 2366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=23.43;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2399,252,0 chrVIII 83441 . C T 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=22.80;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2381,252,0 chrVIII 83454 . G A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;DP=107;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=3.8597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.091;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,60:107:99:1033,0,876 chrVIII 83700 . T C 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=95;Dels=0.00;FS=4.291;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.695;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:1826,204,0 chrVIII 83781 . A T 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=79;Dels=0.00;FS=6.012;HaplotypeScore=14.4590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=18.20;ReadPosRankSum=2.883;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:1471,156,0 chrVIII 83838 . T C 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=20.67;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1232,132,0 chrVIII 83933 . G A 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=21.32;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1675,177,0 chrVIII 83943 . T G 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=20.70;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1689,180,0 chrVIII 84104 . G A 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=21.81;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1625,171,0 chrVIII 84194 . C A 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=18.68;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1079,117,0 chrVIII 84302 . T C 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=75;Dels=0.00;FS=3.193;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=17.80;ReadPosRankSum=1.685;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:75:99:1368,150,0 chrVIII 84445 . G A 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=20.56;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:917,96,0 chrVIII 84491 . A G 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=13.80;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:66:599,66,0 chrVIII 84663 . C G 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.24;MQ0=0;QD=18.15;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1122,123,0 chrVIII 84686 . A G 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.667;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:93:837,93,0 chrVIII 84687 . T C 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.21;MQ0=0;QD=15.00;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:87:813,87,0 chrVIII 84699 . A G 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.669;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:90:831,90,0 chrVIII 84708 . G A 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;QD=11.42;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:878,102,0 chrVIII 84777 . A C 2713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=25.36;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2746,300,0 chrVIII 84820 . A G 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=19.43;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:985,108,0 chrVIII 84829 . T C 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=18.43;ReadPosRankSum=1.639;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:78:715,78,0 chrVIII 84887 . T C 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=19.72;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:881,96,0 chrVIII 84910 . T C 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=21.51;ReadPosRankSum=1.644;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:93:872,93,0 chrVIII 84920 . C T 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=21.02;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:874,93,0 chrVIII 84967 . G T 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=42;Dels=0.00;FS=2.853;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.42;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:391,0,174 chrVIII 84969 . C T 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=16.93;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:727,78,0 chrVIII 85001 . T C 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=19.88;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1166,126,0 chrVIII 85109 . C T 1952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=21.22;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1985,219,0 chrVIII 85132 . C T 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;QD=22.03;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1950,204,0 chrVIII 85218 . C G 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=22.46;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1246,132,0 chrVIII 85351 . A G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=43;Dels=0.00;FS=14.736;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.826;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:241,0,429 chrVIII 85374 . A G 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.37;MQ0=0;QD=19.44;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:908,99,0 chrVIII 85386 . T C 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=18.03;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:78:700,78,0 chrVIII 85389 . G T 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=32;Dels=0.00;FS=12.041;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=16.87;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:38:573,38,0 chrVIII 92153 . G A 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=32;Dels=0.00;FS=29.026;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.55;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=0.84;ReadPosRankSum=-2.232;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,5:32:57:57,0,190 chrVIII 92155 . C T 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=31;Dels=0.00;FS=28.288;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.74;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:31:43:43,0,204 chrVIII 92232 . C T 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.47;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=19.73;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:69:842,69,0 chrVIII 92259 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=26;Dels=0.00;FS=32.300;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.17;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.869;SB=-6.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:26:99:275,0,141 chrVIII 92264 . T C 83.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DP=24;Dels=0.00;FS=26.945;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.844;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:113,0,307 chrVIII 92289 . G A 269.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;DP=17;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.72;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=15.84;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-1.463e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:15:302,15,0 chrVIII 92299 . G A 172.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=0;QD=14.34;SB=-1.399e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:205,24,0 chrVIII 92312 . A G 155.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.76;MQ0=0;QD=12.92;SB=-1.229e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:21:188,21,0 chrVIII 92313 . A G 173.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.47;MQ0=0;QD=13.31;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:206,24,0 chrVIII 92343 . C A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=25;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.146;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:96:356,0,96 chrVIII 92406 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=59;Dels=0.00;FS=11.549;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.68;MQ0=0;MQRankSum=3.534;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,15:59:99:202,0,895 chrVIII 92432 . C A 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.658;DP=58;Dels=0.00;FS=11.554;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.912;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.888;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,43:58:99:954,0,198 chrVIII 92455 . C T 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=58;Dels=0.00;FS=9.629;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.049;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,43:58:99:768,0,200 chrVIII 92474 . C G 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=55;Dels=0.00;FS=8.337;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,40:55:99:751,0,231 chrVIII 92505 . T G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DP=58;Dels=0.00;FS=7.316;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=10.69;ReadPosRankSum=2.021;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,39:58:99:650,0,238 chrVIII 92522 . A T 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=17.87;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1266,138,0 chrVIII 92526 . A G 174.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DP=72;Dels=0.00;FS=12.937;HaplotypeScore=12.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:72:99:204,0,782 chrVIII 92570 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.158;DP=76;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:75:99:427,0,633 chrVIII 92608 . G A 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=19.36;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:788,87,0 chrVIII 92625 . G A 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;DP=43;Dels=0.00;FS=1.254;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.24;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.132;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:255,0,340 chrVIII 92658 . A G 883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;QD=17.66;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:916,105,0 chrVIII 92677 . T A 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;QD=20.29;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1088,120,0 chrVIII 92692 . T G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=19.77;ReadPosRankSum=1.666;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1061,117,0 chrVIII 92694 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=53;Dels=0.00;FS=6.992;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:616,0,202 chrVIII 92735 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.58;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.793;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:328,0,644 chrVIII 92759 . A C 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.47;MQ0=0;QD=21.37;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1123,123,0 chrVIII 92864 . C T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=43;Dels=0.00;FS=2.788;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:278,0,432 chrVIII 92914 . C A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=46;Dels=0.00;FS=12.290;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.37;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:392,0,320 chrVIII 92927 . G T 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.24;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=21.84;ReadPosRankSum=1.417;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:994,102,0 chrVIII 92971 . T C 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;QD=17.75;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:36:72:672,72,0 chrVIII 92978 . C G 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.95;MQ0=0;QD=17.58;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:578,63,0 chrVIII 93014 . G C 302 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.65;MQ0=0;QD=13.13;SB=-7.610e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:39:335,39,0 chrVIII 93026 . T C 212.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.40;MQ0=0;QD=11.16;SB=-2.368e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:27:245,27,0 chrVIII 93033 . C T 234 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=13.00;SB=-1.516e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:267,30,0 chrVIII 93035 . G A 219 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=12.17;SB=-1.516e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:252,30,0 chrVIII 93055 . A G 233 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=0;QD=13.71;SB=-1.513e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:30:266,30,0 chrVIII 93056 . A G 202.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=0;QD=11.88;SB=-2.368e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:235,27,0 chrVIII 93062 . A G 209.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.46;MQ0=0;QD=11.00;SB=-2.378e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:27:242,27,0 chrVIII 93068 . A G 209.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.54;MQ0=0;QD=10.45;SB=-2.380e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:27:242,27,0 chrVIII 93086 . C T 223.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.12;SB=-2.375e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:256,27,0 chrVIII 93088 . T C 216.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.71;SB=-2.375e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:249,27,0 chrVIII 93095 . A G 186.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.46;SB=-4.095e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:24:219,24,0 chrVIII 93101 . T C 165.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.88;SB=-7.497e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:21:198,21,0 chrVIII 93125 . C T 254 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.16;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:33:287,33,0 chrVIII 93128 . G C 271 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.42;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:33:304,33,0 chrVIII 93136 . C T 202.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.63;SB=-4.094e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:24:235,24,0 chrVIII 93137 . C T 185.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.74;SB=-4.094e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:24:218,24,0 chrVIII 93140 . C T 171.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.00;SB=-4.094e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:24:204,24,0 chrVIII 93143 . T C 165.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.69;SB=-4.094e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:24:198,24,0 chrVIII 93146 . T C 175.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.21;SB=-4.093e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:24:208,24,0 chrVIII 93151 . T C 196.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.89;SB=-4.093e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:24:229,24,0 chrVIII 93153 . T C 186.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.34;SB=-4.093e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:24:219,24,0 chrVIII 93158 . G A 133.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.51;SB=-1.415e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:166,18,0 chrVIII 93159 . T A 141.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.08;SB=-1.415e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:174,18,0 chrVIII 93161 . C T 138.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.87;SB=-1.415e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:171,18,0 chrVIII 93163 . C T 133.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=8.88;SB=-1.418e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:18:166,18,0 chrVIII 93164 . G C 129.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=8.61;SB=-1.418e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:18:162,18,0 chrVIII 93251 . C T 341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;QD=24.36;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:374,42,0 chrVIII 93257 . C T 319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.71;MQ0=0;QD=24.54;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:352,39,0 chrVIII 93284 . A G 143.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=11.92;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:21:176,21,0 chrVIII 93290 . C T 147.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=0;QD=13.37;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21:180,21,0 chrVIII 93302 . G A 91.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=7.61;SB=-1.002e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:15:124,15,0 chrVIII 93305 . G A 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=2.48;SB=-8.964e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:6:56,6,0 chrVIII 93546 . A G 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.55;SB=-5.980e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:59,6,0 chrVIII 93547 . T C 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.96;SB=-5.680e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:56,6,0 chrVIII 93555 . A G 22.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.70;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:54,6,0 chrVIII 93557 . G A 22.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.70;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:54,6,0 chrVIII 93558 . C T 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.44;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:57,6,0 chrVIII 93563 . T C 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.44;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:57,6,0 chrVIII 93566 . A T 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.94;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:59,6,0 chrVIII 93585 . T C 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.96;SB=-2.826e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:56,6,0 chrVIII 93602 . A G 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=2.64;ReadPosRankSum=2.054;SB=-2.776e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:6:55,6,0 chrVIII 93655 . G A 74.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=9.31;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:12:107,12,0 chrVIII 93659 . T A 55.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=8.00;SB=-8.463e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9:88,9,0 chrVIII 93665 . C T 75.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=10.79;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:108,12,0 chrVIII 93752 . A G 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=22.28;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:835,93,0 chrVIII 93770 . A T 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.06;MQ0=0;QD=19.29;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:631,69,0 chrVIII 93824 . T A 41.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=13.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:74,9,0 chrVIII 93928 . G T 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.46;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:58,6,0 chrVIII 93929 . A G 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.13;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:56,6,0 chrVIII 93932 . A G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.63;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:53,6,0 chrVIII 93935 . C T 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.46;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:58,6,0 chrVIII 93938 . C A 29.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.96;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:61,6,0 chrVIII 93950 . T C 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.13;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:56,6,0 chrVIII 93961 . A G 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.30;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:57,6,0 chrVIII 93962 . C T 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.96;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:55,6,0 chrVIII 93968 . A G 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=2.97;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:52,6,0 chrVIII 93971 . T G 52.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.62;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:85,9,0 chrVIII 93974 . G A 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.26;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:56,6,0 chrVIII 93977 . T C 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.93;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:55,6,0 chrVIII 93980 . 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C T 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.63;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:59,6,0 chrVIII 94034 . T G 77.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.751;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:12:110,12,0 chrVIII 94038 . A G 78.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.72;SB=-5.053e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:111,12,0 chrVIII 94040 . T C 82.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.17;SB=-5.053e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:115,12,0 chrVIII 94041 . 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A T 46.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.22;SB=-9.645e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:79,9,0 chrVIII 94070 . T C 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.66;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:83,9,0 chrVIII 94081 . T C 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.70;SB=-9.645e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:9:79,9,0 chrVIII 94090 . T C 51.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.72;SB=-9.775e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:9:84,9,0 chrVIII 94097 . A T 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.50;SB=-9.796e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:9:86,9,0 chrVIII 94099 . A T 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.50;SB=-9.796e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:9:86,9,0 chrVIII 94108 . C T 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=2.25;SB=-1.770e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:6:56,6,0 chrVIII 94972 . A G 22.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.96;MQ0=0;QD=0.39;SB=-1.118e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:6:54,6,0 chrVIII 94976 . T C 22.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.12;MQ0=0;QD=0.39;SB=-1.388e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:6:54,6,0 chrVIII 94977 . C T 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.12;MQ0=0;QD=0.40;SB=-1.508e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:6:55,6,0 chrVIII 94981 . A G 48.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.98;MQ0=0;QD=0.77;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:9:81,9,0 chrVIII 95092 . A G 1907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=22.70;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1940,213,0 chrVIII 95107 . G A 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=19.77;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1615,183,0 chrVIII 95119 . T C 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.123;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:731,0,605 chrVIII 95127 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.93;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.815;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:485,0,749 chrVIII 95292 . G A 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.88;MQ0=0;QD=19.50;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1281,135,0 chrVIII 95322 . C T 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.49;MQ0=0;QD=20.11;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1179,123,0 chrVIII 95481 . C A 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=19.78;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1279,135,0 chrVIII 95661 . A T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=45;Dels=0.00;FS=1.263;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:239,0,509 chrVIII 95675 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:181,0,488 chrVIII 96126 . A G 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=15.95;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:974,105,0 chrVIII 96263 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:218,0,230 chrVIII 96393 . C T 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=19.83;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:727,78,0 chrVIII 96465 . T C 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DP=27;Dels=0.00;FS=3.738;HaplotypeScore=7.0885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.003;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:155,0,220 chrVIII 96485 . C T 489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=19.56;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:522,57,0 chrVIII 96527 . T G 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=16.29;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:538,60,0 chrVIII 96581 . G A 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=42;Dels=0.00;FS=7.588;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.785;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:42:99:146,0,447 chrVIII 96654 . T A 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=20.75;ReadPosRankSum=1.660;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1029,108,0 chrVIII 97362 . C T 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.65;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1392,144,0 chrVIII 97536 . T C 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:758,87,0 chrVIII 97599 . A G 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=16.25;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:75:683,75,0 chrVIII 97611 . G T 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=17.43;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:90:852,90,0 chrVIII 97650 . T C 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=19.20;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1012,108,0 chrVIII 97684 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=52;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.767;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:52:99:402,0,460 chrVIII 97838 . C T 536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.11;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:569,60,0 chrVIII 97856 . C T 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.51;MQ0=0;QD=20.03;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:69:634,69,0 chrVIII 97875 . G A 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.93;MQ0=0;QD=15.28;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:78:690,78,0 chrVIII 97896 . C T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;DP=45;Dels=0.00;FS=8.725;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.683;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:248,0,457 chrVIII 98376 . C T 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=24.09;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:93:852,93,0 chrVIII 98412 . G C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.190;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:36:99:240,0,323 chrVIII 98484 . A T 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.71;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1305,138,0 chrVIII 98525 . C T 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=17.25;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1396,156,0 chrVIII 98622 . C G 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=16.71;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:501,57,0 chrVIII 98643 . C A 285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.85;MQ0=0;QD=11.40;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:33:318,33,0 chrVIII 98933 . A G 1135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DP=138;Dels=0.00;FS=1.629;HaplotypeScore=10.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.719;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,65:138:99:1165,0,1268 chrVIII 99007 . A G 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=19.66;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:93:839,93,0 chrVIII 99089 . G A 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=24.98;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1482,159,0 chrVIII 99112 . A G 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=21.21;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:68:99:1475,165,0 chrVIII 100079 . A G 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=24.80;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:901,99,0 chrVIII 100241 . A G 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=11.56;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:36:322,36,0 chrVIII 100462 . T C 253.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;DP=28;Dels=0.00;FS=16.166;HaplotypeScore=3.2930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=9.04;ReadPosRankSum=2.252;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:283,0,167 chrVIII 101005 . C T 2971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.01;SB=-1.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:135:99:3004,315,0 chrVIII 101246 . A T 1938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=21.53;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1971,207,0 chrVIII 101284 . C T 1261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=117;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,71:117:99:1291,0,914 chrVIII 102030 . A G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=65;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.081;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:604,0,471 chrVIII 102754 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DP=63;Dels=0.00;FS=2.726;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=11.02;ReadPosRankSum=2.761;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,41:63:99:724,0,324 chrVIII 103079 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:445,0,373 chrVIII 103616 . A G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=80;Dels=0.00;FS=0.847;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.801;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:80:99:708,0,665 chrVIII 104040 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=88;Dels=0.00;FS=15.922;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.081;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:881,0,609 chrVIII 104052 . G A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DP=81;Dels=0.00;FS=20.540;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.952;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:622,0,729 chrVIII 104091 . A C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DP=66;Dels=0.00;FS=9.760;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.944;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:636,0,513 chrVIII 104146 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=75;Dels=0.00;FS=5.142;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.241;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:661,0,420 chrVIII 104425 . C G 236.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=52;Dels=0.00;FS=10.512;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:266,0,429 chrVIII 104426 . A C 879 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=16.28;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:96:912,96,0 chrVIII 104429 . G A 251.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;DP=57;Dels=0.00;FS=12.836;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,36:57:99:281,0,424 chrVIII 104461 . A C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DP=64;Dels=0.00;FS=0.991;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.194;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,42:64:99:515,0,448 chrVIII 104540 . A T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=51;Dels=0.00;FS=2.369;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.255;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:348,0,327 chrVIII 104606 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.950;DP=50;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:50:99:331,0,527 chrVIII 105532 . C T 1435 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.64;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1468,168,0 chrVIII 105646 . T G 182.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=9.58;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:24:215,24,0 chrVIII 105670 . T A 86.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.495;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:15:119,15,0 chrVIII 105958 . T C 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=25.52;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1615,174,0 chrVIII 106261 . T A 3001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=20.84;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3034,333,0 chrVIII 106528 . T C 2221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2254,240,0 chrVIII 107541 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=74;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.980;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:549,0,786 chrVIII 107723 . G A 3374.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=21.49;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:157:99:3374,360,0 chrVIII 107993 . T A 2609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.61;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2642,279,0 chrVIII 108134 . C T 3664.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=20.47;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:179:99:3664,379,0 chrVIII 108351 . C T 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.50;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1113,123,0 chrVIII 108387 . G A 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.18;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1053,111,0 chrVIII 108431 . G A 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:960,102,0 chrVIII 108437 . C T 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=19.69;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:978,108,0 chrVIII 108568 . G A 942 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.43;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:975,105,0 chrVIII 108797 . A G 406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=21.37;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:48:439,48,0 chrVIII 109025 . A G 2275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=25.00;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2308,258,0 chrVIII 110021 . C T 2051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=25.64;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2084,222,0 chrVIII 110256 . C T 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=19.35;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1252,135,0 chrVIII 110439 . A G 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.76;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1258,138,0 chrVIII 110477 . C T 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=22.34;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1217,126,0 chrVIII 111246 . T C 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=21.69;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:879,96,0 chrVIII 111289 . G A 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=16.51;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:81:776,81,0 chrVIII 111464 . G C 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=69;Dels=0.00;FS=6.864;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=21.70;ReadPosRankSum=1.121;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1530,168,0 chrVIII 111477 . G T 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=21.65;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1505,165,0 chrVIII 111623 . G T 3028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=24.42;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:3061,321,0 chrVIII 111695 . G A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.14;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1433,159,0 chrVIII 111971 . C T 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=17.34;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:1594,174,0 chrVIII 112034 . T C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;DP=76;Dels=0.00;FS=9.625;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.269;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:568,0,697 chrVIII 112492 . A T 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=20.70;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1813,192,0 chrVIII 112829 . A T 2622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=114;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=10.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=23.00;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:114:99:2655,276,0 chrVIII 112944 . T C 1560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=18.80;ReadPosRankSum=1.605;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:83:99:1593,171,0 chrVIII 112966 . G A 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=18.27;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1513,162,0 chrVIII 113512 . A C 2111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=4.723;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=23.72;ReadPosRankSum=1.693;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2144,237,0 chrVIII 113571 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=63;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.520;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:620,0,546 chrVIII 114144 . A G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=19.89;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1684,183,0 chrVIII 114181 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DP=85;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=12.2635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=6.28;ReadPosRankSum=2.088;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:564,0,764 chrVIII 114241 . C T 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.666;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,53:86:99:929,0,494 chrVIII 114337 . G A 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.22;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1388,147,0 chrVIII 114567 . G A 2083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2116,234,0 chrVIII 114674 . A G 2034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=22.85;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:2067,231,0 chrVIII 114900 . A G 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=19.75;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1475,162,0 chrVIII 115399 . T C 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.177;DP=147;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=230.8950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=0.35;ReadPosRankSum=-6.054;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,14:147:81:81,0,104 chrVIII 115401 . T C 102.05 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DP=147;Dels=0.00;FS=5.312;HaplotypeScore=231.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=2.124;QD=0.69;ReadPosRankSum=4.740;SB=-1.634e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,136:147:17:132,0,17 chrVIII 115445 . C T 3945.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=18.79;SB=-2.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,210:210:99:3945,423,0 chrVIII 115855 . T C 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.599;DP=103;Dels=0.00;FS=5.204;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.900;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:892,0,871 chrVIII 115907 . T C 515.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;DP=108;Dels=0.00;FS=1.614;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.50;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.235;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:108:99:545,0,926 chrVIII 115912 . G A 792.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=109;Dels=0.00;FS=3.523;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.482;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,57:109:99:822,0,564 chrVIII 115917 . A T 1671 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=15.76;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1704,180,0 chrVIII 115977 . A T 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=0;QD=17.64;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1515,168,0 chrVIII 116063 . A G 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.15;MQ0=0;QD=23.80;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1675,186,0 chrVIII 116184 . A T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.87;MQ0=0;QD=20.29;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1758,186,0 chrVIII 116213 . G A 1514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.40;MQ0=0;QD=20.46;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1547,171,0 chrVIII 116228 . G T 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.69;MQ0=0;QD=19.70;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1294,141,0 chrVIII 116242 . C T 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.84;MQ0=0;QD=19.17;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1241,135,0 chrVIII 116251 . C T 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.57;MQ0=0;QD=21.83;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1452,156,0 chrVIII 116306 . T C 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.70;MQ0=0;QD=20.58;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1124,126,0 chrVIII 116310 . C T 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.30;MQ0=0;QD=21.76;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1208,126,0 chrVIII 116318 . T C 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.70;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1173,126,0 chrVIII 116330 . G A 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.30;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1133,120,0 chrVIII 116378 . C A 477 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.84;MQ0=0;QD=14.03;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:54:510,54,0 chrVIII 116442 . G A 200.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=29;Dels=0.00;FS=6.486;HaplotypeScore=15.0907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.25;MQ0=2;MQRankSum=0.694;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:29:99:230,0,157 chrVIII 116445 . A T 310.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=29;Dels=0.00;FS=42.443;HaplotypeScore=12.9040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.25;MQ0=2;MQRankSum=2.150;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-4.137e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:29:1:339,1,0 chrVIII 116452 . G A 282.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=25;Dels=0.00;FS=45.270;HaplotypeScore=11.6699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.37;MQ0=2;MQRankSum=2.273;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-3.018e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:31:312,0,31 chrVIII 116463 . T G 252.07 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=24;Dels=0.00;FS=12.603;HaplotypeScore=3.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.30;MQ0=2;MQRankSum=1.802;QD=10.50;ReadPosRankSum=-1.097;SB=-1.608e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,19:24:15:282,0,15 chrVIII 116466 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=25;Dels=0.00;FS=24.266;HaplotypeScore=2.6652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.24;MQ0=2;MQRankSum=3.811;QD=8.48;ReadPosRankSum=-2.488;SB=-2.750e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:64:242,0,64 chrVIII 116484 . A G 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.99;MQ0=2;MQRankSum=0.031;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.939;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:81:104,0,81 chrVIII 116565 . C T 192.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=41;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=4.5573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.66;MQ0=11;MQRankSum=-1.386;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-6.797e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,29:41:24:225,24,0 chrVIII 116778 . A G 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=32;Dels=0.00;FS=2.062;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.371;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.067;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:32:68:68,0,240 chrVIII 116801 . A T 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.14;MQ0=0;QD=14.41;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:90:811,90,0 chrVIII 116814 . A G 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.06;MQ0=0;QD=19.38;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1254,132,0 chrVIII 116923 . C T 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.74;MQ0=0;QD=16.08;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1561,165,0 chrVIII 116958 . G A 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.90;MQ0=0;QD=16.83;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1632,168,0 chrVIII 116975 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=0;QD=14.58;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1476,156,0 chrVIII 116997 . T C 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:90:850,90,0 chrVIII 117152 . A G 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.510;QD=16.19;ReadPosRankSum=1.555;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1312,144,0 chrVIII 117170 . A G 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=18.43;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1765,192,0 chrVIII 117292 . C A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=93;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=2.141;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,36:93:99:605,0,1137 chrVIII 117334 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;DP=82;Dels=0.00;FS=4.657;HaplotypeScore=15.5082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.426;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,25:82:99:276,0,992 chrVIII 117335 . T C 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;DP=81;Dels=0.00;FS=3.300;HaplotypeScore=14.7195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.144;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,25:81:99:267,0,1030 chrVIII 117358 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=73;Dels=0.00;FS=8.024;HaplotypeScore=4.9772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.588;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:337,0,794 chrVIII 117383 . T G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=78;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.675;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.501;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:328,0,698 chrVIII 117412 . T C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=70;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.098;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.006;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:247,0,531 chrVIII 117417 . T A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=67;Dels=0.00;FS=0.929;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.341;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:236,0,609 chrVIII 117423 . A C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=66;Dels=0.02;FS=0.949;HaplotypeScore=4.4838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.888;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.573;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:243,0,585 chrVIII 117504 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;DP=72;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.764;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:71:99:604,0,365 chrVIII 117534 . A T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.595;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.390;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:501,0,599 chrVIII 117556 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.791;QD=4.83;ReadPosRankSum=-2.027;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:89:99:460,0,743 chrVIII 117572 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DP=107;Dels=0.00;FS=2.606;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=-6.041;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:512,0,1031 chrVIII 117586 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DP=116;Dels=0.00;FS=3.499;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-4.298;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.623;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:116:99:452,0,1147 chrVIII 117605 . G C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=110;Dels=0.00;FS=8.992;HaplotypeScore=8.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.389;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.562;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:110:99:490,0,1083 chrVIII 117608 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;DP=112;Dels=0.00;FS=4.672;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.719;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.198;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:112:99:482,0,1102 chrVIII 117849 . C T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.526;DP=69;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.691;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:665,0,663 chrVIII 117936 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=76;Dels=0.00;FS=1.078;HaplotypeScore=16.3520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=4.234;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:605,0,367 chrVIII 118068 . A G 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=19.92;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2005,225,0 chrVIII 118187 . T C 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.73;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1173,129,0 chrVIII 118511 . A G 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=71;Dels=0.00;FS=5.546;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=18.03;ReadPosRankSum=2.755;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:71:99:1313,144,0 chrVIII 118687 . C T 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=17.17;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:634,72,0 chrVIII 118950 . C A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DP=52;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.213;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:544,0,364 chrVIII 119053 . C T 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=20.51;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:915,96,0 chrVIII 119057 . A G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.676;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:41:99:164,0,526 chrVIII 119178 . C A 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=20.67;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1170,126,0 chrVIII 119193 . A C 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=17.64;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:968,105,0 chrVIII 119414 . A G 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.121;DP=72;Dels=0.00;FS=3.877;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,46:72:99:840,0,429 chrVIII 119726 . A G 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=19;Dels=0.00;FS=4.867;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.986;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:94:94,0,269 chrVIII 119759 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DP=62;Dels=0.00;FS=7.541;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.742;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:621,0,524 chrVIII 119946 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:413,0,432 chrVIII 120226 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DP=47;Dels=0.00;FS=9.045;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.074;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:381,0,487 chrVIII 120385 . T G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.160;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:393,0,538 chrVIII 120445 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.148;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.754;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:502,0,627 chrVIII 120946 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=42;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=4.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.786;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:405,0,367 chrVIII 121315 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=52;Dels=0.00;FS=7.513;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:424,0,488 chrVIII 121477 . A T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=37;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.346;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:275,0,380 chrVIII 121745 . A T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:297,0,354 chrVIII 121908 . T C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.886;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:603,0,995 chrVIII 121909 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:551,0,983 chrVIII 122014 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.052;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:396,0,230 chrVIII 122053 . C T 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.92;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:54:498,54,0 chrVIII 122655 . G A 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;DP=21;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:58:58,0,310 chrVIII 123473 . A G 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:252,0,121 chrVIII 123801 . C A 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.615;DP=28;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.077;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:205,0,134 chrVIII 123874 . A G 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=29;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.572;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:190,0,351 chrVIII 123915 . C T 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:26:99:99,0,162 chrVIII 123926 . C T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:24:77:178,0,77 chrVIII 123929 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=26;Dels=0.00;FS=4.925;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.436;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:80:181,0,80 chrVIII 124092 . T A 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.37;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1342,144,0 chrVIII 124427 . C T 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=36;Dels=0.00;FS=3.715;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:100,0,265 chrVIII 124457 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=33;Dels=0.00;FS=3.545;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:266,0,155 chrVIII 124744 . G A 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=21.13;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:688,72,0 chrVIII 125040 . A G 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=3.458;HaplotypeScore=5.2996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=22.45;ReadPosRankSum=1.664;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1178,129,0 chrVIII 125084 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;DP=29;Dels=0.00;FS=1.536;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:335,0,267 chrVIII 125108 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:283,0,235 chrVIII 125140 . T C 422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=16.23;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:51:455,51,0 chrVIII 125163 . C T 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=26;Dels=0.00;FS=3.751;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:122,0,207 chrVIII 125201 . C T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=34;Dels=0.00;FS=1.431;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:34:99:285,0,152 chrVIII 125247 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.727;DP=39;Dels=0.00;FS=4.662;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.242;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:430,0,171 chrVIII 125249 . C T 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=42;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:171,0,433 chrVIII 125354 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:445,0,430 chrVIII 125441 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=47;Dels=0.00;FS=9.919;HaplotypeScore=3.4684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:522,0,435 chrVIII 125465 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=46;Dels=0.00;FS=1.620;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.024;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:453,0,301 chrVIII 125771 . C T 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=20.00;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1353,147,0 chrVIII 125900 . T G 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.531;DP=42;Dels=0.00;FS=4.268;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:230,0,309 chrVIII 125937 . T C 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=20.03;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:674,72,0 chrVIII 125953 . G T 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.259;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:138,0,220 chrVIII 125980 . C T 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=24;Dels=0.00;FS=3.666;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=1.645;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:187,0,144 chrVIII 126017 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.945;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:360,0,361 chrVIII 126034 . C A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.193;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:391,0,375 chrVIII 126068 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.120;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:553,0,604 chrVIII 126073 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.539;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=4.356;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.489;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:636,0,497 chrVIII 126131 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.542;DP=57;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=3.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.214;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:330,0,596 chrVIII 126142 . C G 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=53;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=33.7571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.444;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:53:99:277,0,483 chrVIII 126148 . C A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;DP=57;Dels=0.00;FS=5.324;HaplotypeScore=42.7080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.983;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:241,0,501 chrVIII 126205 . T G 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.609;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:210,0,262 chrVIII 126255 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;DP=40;Dels=0.00;FS=6.884;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=2.037;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:283,0,323 chrVIII 126397 . T G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.075;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:53:99:372,0,483 chrVIII 126572 . T C 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=24.53;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1137,123,0 chrVIII 126605 . A C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=42;Dels=0.00;FS=1.363;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.838;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:42:99:345,0,359 chrVIII 126792 . C T 3507.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.54;SB=-1.509e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3507,372,0 chrVIII 126873 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=88;Dels=0.00;FS=1.939;HaplotypeScore=10.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=1.426;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:88:99:678,0,702 chrVIII 127010 . A T 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=108;Dels=0.00;FS=5.656;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.446;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:108:99:946,0,773 chrVIII 127040 . A T 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=113;Dels=0.00;FS=3.762;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.384;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,63:113:99:1119,0,925 chrVIII 127648 . G A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=51;Dels=0.00;FS=4.234;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.515;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:681,0,397 chrVIII 127727 . C G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:374,0,173 chrVIII 127758 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;DP=29;Dels=0.00;FS=2.681;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:293,0,232 chrVIII 127766 . G C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DP=30;Dels=0.00;FS=2.483;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:321,0,281 chrVIII 127853 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DP=36;Dels=0.00;FS=2.200;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.479;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:363,0,353 chrVIII 127914 . G A 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;DP=72;Dels=0.00;FS=16.715;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=12.15;ReadPosRankSum=-2.524;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:905,0,544 chrVIII 127976 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;DP=82;Dels=0.00;FS=7.687;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:82:99:497,0,980 chrVIII 128112 . G A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:453,0,467 chrVIII 128119 . C T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=53;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:385,0,464 chrVIII 128376 . A C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.999;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.680;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:378,0,569 chrVIII 128669 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=53;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:487,0,395 chrVIII 128736 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.695;DP=59;Dels=0.00;FS=3.735;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.145;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:411,0,555 chrVIII 128904 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DP=69;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=9.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:502,0,700 chrVIII 129223 . A T 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.580;DP=123;Dels=0.00;FS=1.438;HaplotypeScore=7.3111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.617;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:123:99:1020,0,902 chrVIII 129228 . C T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.839;DP=117;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=4.5361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.256;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:117:99:972,0,1058 chrVIII 129265 . C T 1141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DP=119;Dels=0.00;FS=8.376;HaplotypeScore=15.0629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.181;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,64:119:99:1171,0,857 chrVIII 129445 . A G 1095.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.951;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,59:125:99:1125,0,1170 chrVIII 129589 . G C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=95;Dels=0.00;FS=5.901;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.192;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:95:99:624,0,1014 chrVIII 130015 . A G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:88:99:853,0,679 chrVIII 130043 . C T 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.391;DP=96;Dels=0.00;FS=0.774;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:905,0,638 chrVIII 130198 . A C 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.573;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=10.12;ReadPosRankSum=2.153;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:92:99:961,0,674 chrVIII 130265 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=78;Dels=0.00;FS=5.923;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:469,0,806 chrVIII 130305 . G T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=74;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.551;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:74:99:376,0,685 chrVIII 130328 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=78;Dels=0.00;FS=7.854;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.716;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:540,0,750 chrVIII 130533 . G A 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=123;Dels=0.00;FS=4.477;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.677;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,61:123:99:931,0,1222 chrVIII 130538 . T C 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=123;Dels=0.00;FS=2.385;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,57:123:99:971,0,1150 chrVIII 130619 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;DP=53;Dels=0.00;FS=5.866;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:342,0,598 chrVIII 130652 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DP=74;Dels=0.00;FS=2.189;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:436,0,891 chrVIII 130746 . T C 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;DP=120;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=12.8036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,58:120:99:897,0,1077 chrVIII 130783 . T C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;DP=91;Dels=0.00;FS=1.728;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:683,0,860 chrVIII 131183 . C T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:212,0,136 chrVIII 131216 . C T 395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=19.75;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:45:428,45,0 chrVIII 131324 . T C 1736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=19.95;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1769,195,0 chrVIII 131505 . T A 1486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=22.52;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1519,171,0 chrVIII 131549 . G T 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=20.96;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1228,132,0 chrVIII 131693 . G T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:73:99:397,0,725 chrVIII 131716 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.934;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.275;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:90:99:412,0,762 chrVIII 131723 . C A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.999;DP=92;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:520,0,741 chrVIII 131898 . G A 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.079;DP=87;Dels=0.00;FS=0.892;HaplotypeScore=2.4947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.763;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.295;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:927,0,841 chrVIII 131900 . T A 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.333;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:733,0,946 chrVIII 132095 . C A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.631;DP=64;Dels=0.00;FS=2.705;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.977;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:64:99:329,0,581 chrVIII 132165 . T C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DP=84;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=5.7953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:84:99:658,0,771 chrVIII 132504 . T G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:577,0,518 chrVIII 132652 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;DP=66;Dels=0.00;FS=8.753;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:537,0,664 chrVIII 132728 . A C 967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.15;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1000,108,0 chrVIII 132840 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=101;Dels=0.00;FS=4.995;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:738,0,1027 chrVIII 132907 . G A 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=155;Dels=0.00;FS=2.878;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,66:155:99:1055,0,1805 chrVIII 132911 . T C 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;DP=153;Dels=0.00;FS=3.859;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.582;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,63:153:99:1024,0,1807 chrVIII 132947 . G A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=108;Dels=0.01;FS=4.930;HaplotypeScore=12.6469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=1.789;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:107:99:681,0,1180 chrVIII 133025 . T A 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=67;Dels=0.00;FS=8.758;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=3.236;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.320;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,43:67:99:895,0,352 chrVIII 133235 . T C 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=61;Dels=0.00;FS=14.460;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=3.964;QD=11.85;ReadPosRankSum=5.204;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:753,0,276 chrVIII 133389 . T A 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;DP=71;Dels=0.00;FS=13.020;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,48:71:99:922,0,413 chrVIII 133512 . C T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DP=79;Dels=0.00;FS=5.863;HaplotypeScore=4.1268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=2.157;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.782;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:79:99:887,0,613 chrVIII 133583 . T C 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;DP=97;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQ0=0;MQRankSum=4.794;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.460;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:1027,0,676 chrVIII 133719 . T C 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;DP=128;Dels=0.00;FS=2.279;HaplotypeScore=43.4828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.832;QD=7.80;ReadPosRankSum=2.013;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,61:128:99:1028,0,819 chrVIII 133826 . A G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.393;DP=158;Dels=0.00;FS=21.352;HaplotypeScore=8.1150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQ0=0;MQRankSum=-8.601;QD=1.49;ReadPosRankSum=2.286;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,49:158:99:266,0,2252 chrVIII 133995 . T A 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DP=48;Dels=0.00;FS=6.293;HaplotypeScore=5.7547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=4.098;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,38:48:31:716,31,0 chrVIII 134252 . A C 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;DP=122;Dels=0.00;FS=52.863;HaplotypeScore=40.2520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=7.827;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,89:122:99:1988,151,0 chrVIII 134524 . G A 1821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DP=189;Dels=0.00;FS=6.172;HaplotypeScore=11.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.527;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.946;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,92:189:99:1851,0,1761 chrVIII 134749 . G A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=85;Dels=0.00;FS=5.034;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:845,0,783 chrVIII 134861 . A T 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.649;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.260;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:846,0,569 chrVIII 135273 . G A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=66;Dels=0.00;FS=16.162;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:724,0,590 chrVIII 135417 . A C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.342;DP=91;Dels=0.00;FS=9.065;HaplotypeScore=14.6791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:91:99:429,0,1078 chrVIII 136404 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=71;Dels=0.00;FS=0.989;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:694,0,699 chrVIII 136467 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=61;Dels=0.00;FS=7.060;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:561,0,616 chrVIII 136628 . T G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;DP=68;Dels=0.00;FS=2.127;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:564,0,544 chrVIII 136639 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;DP=64;Dels=0.00;FS=2.255;HaplotypeScore=2.7687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:602,0,452 chrVIII 136744 . G A 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=21.50;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1366,147,0 chrVIII 136896 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=75;Dels=0.00;FS=0.873;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.949;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:627,0,701 chrVIII 137007 . G A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:376,0,424 chrVIII 137022 . T C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.853;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:444,0,402 chrVIII 137028 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.874;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:400,0,453 chrVIII 137643 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;DP=24;Dels=0.00;FS=7.228;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.949;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:87:264,0,87 chrVIII 137688 . A G 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=19;Dels=0.00;FS=2.199;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:154,0,105 chrVIII 137850 . G A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=30;Dels=0.00;FS=12.541;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:214,0,208 chrVIII 137880 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:36:99:280,0,376 chrVIII 137997 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:436,0,252 chrVIII 138316 . G A 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;DP=72;Dels=0.00;FS=2.076;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.062;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:746,0,580 chrVIII 138337 . G C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=75;Dels=0.00;FS=3.260;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:75:99:712,0,666 chrVIII 138375 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:491,0,476 chrVIII 138465 . T C 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=87;Dels=0.00;FS=1.776;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.324;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:87:99:751,0,855 chrVIII 138502 . T G 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.582;DP=82;Dels=0.00;FS=0.839;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.084;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:856,0,672 chrVIII 138587 . T C 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=20.31;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:947,99,0 chrVIII 138689 . T G 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.671;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:87:99:850,0,751 chrVIII 138717 . T C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=2.067;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:687,0,658 chrVIII 139068 . A G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;DP=75;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:689,0,665 chrVIII 139207 . G C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=60;Dels=0.00;FS=1.003;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.021;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:566,0,529 chrVIII 139248 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=83;Dels=0.00;FS=4.322;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:734,0,636 chrVIII 139383 . C T 1215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;DP=118;Dels=0.00;FS=5.317;HaplotypeScore=6.6195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.349;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.539;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,72:118:99:1245,0,797 chrVIII 139404 . C T 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=106;Dels=0.00;FS=5.058;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,64:106:99:938,0,766 chrVIII 139405 . C T 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DP=107;Dels=0.00;FS=5.003;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,66:107:99:949,0,739 chrVIII 139444 . G A 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.592;DP=98;Dels=0.00;FS=5.215;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.790;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,60:98:99:864,0,576 chrVIII 139506 . C T 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=99;Dels=0.00;FS=6.597;HaplotypeScore=12.0362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.764;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:99:99:1006,0,876 chrVIII 139652 . G A 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=126;Dels=0.00;FS=9.750;HaplotypeScore=9.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,54:126:99:909,0,1281 chrVIII 139958 . A T 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=116;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:116:99:930,0,1351 chrVIII 140065 . G A 1684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.87;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1717,180,0 chrVIII 140068 . T G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:705,0,675 chrVIII 140191 . A G 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=82;Dels=0.00;FS=5.845;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.006;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:816,0,608 chrVIII 140398 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.297;DP=58;Dels=0.00;FS=5.342;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.591;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:431,0,397 chrVIII 140403 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.461;DP=57;Dels=0.00;FS=14.508;HaplotypeScore=6.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:395,0,377 chrVIII 140488 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:244,0,378 chrVIII 140536 . C T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.375;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:53:99:472,0,483 chrVIII 140991 . A G 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.261;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:268,0,287 chrVIII 141325 . C G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=51;Dels=0.00;FS=1.263;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:484,0,364 chrVIII 141337 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=51;Dels=0.00;FS=7.498;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.859;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:473,0,360 chrVIII 141479 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.722;DP=73;Dels=0.00;FS=6.352;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:601,0,521 chrVIII 141659 . A C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;DP=54;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=29.2892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.959;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:27:519,0,27 chrVIII 141740 . A T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.117;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:756,0,565 chrVIII 142155 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:450,0,502 chrVIII 142191 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.264;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:677,0,487 chrVIII 142299 . T C 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:291,0,446 chrVIII 142302 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.373;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.184;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:276,0,357 chrVIII 142335 . T C 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:209,0,245 chrVIII 142800 . G C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DP=38;Dels=0.00;FS=5.502;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:296,0,384 chrVIII 142863 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.831;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:264,0,487 chrVIII 143214 . A T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=56;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:473,0,619 chrVIII 143824 . A G 152.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DP=28;Dels=0.00;FS=9.932;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:182,0,306 chrVIII 143930 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.667;DP=99;Dels=0.00;FS=1.783;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:584,0,1023 chrVIII 144253 . T C 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=36;Dels=0.00;FS=18.553;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:252,0,327 chrVIII 144280 . G T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=55;Dels=0.00;FS=11.488;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.128;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:418,0,493 chrVIII 144393 . A G 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=23.23;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1543,168,0 chrVIII 144613 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:321,0,154 chrVIII 144688 . T C 523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.87;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:556,60,0 chrVIII 144730 . A G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DP=40;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:299,0,301 chrVIII 144796 . C G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DP=46;Dels=0.00;FS=6.249;HaplotypeScore=8.8815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:381,0,327 chrVIII 145045 . T C 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=24;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=6.88;ReadPosRankSum=2.326;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:195,0,216 chrVIII 145315 . G C 406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=15.62;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:48:439,48,0 chrVIII 145363 . C T 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.097;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:228,0,164 chrVIII 145441 . C T 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=25;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:123,0,178 chrVIII 145684 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DP=50;Dels=0.00;FS=14.662;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:663,0,367 chrVIII 145768 . A G 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:804,0,709 chrVIII 145828 . G A 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;DP=89;Dels=0.00;FS=8.085;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:89:99:871,0,736 chrVIII 145861 . G C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:540,0,689 chrVIII 145867 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.040;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:521,0,753 chrVIII 146182 . G A 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.791;DP=115;Dels=0.00;FS=5.903;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.271;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:1159,0,1003 chrVIII 146380 . C A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.38;MQ0=0;MQRankSum=-6.444;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.216;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:123:99:888,0,832 chrVIII 146382 . G A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.43;MQ0=0;MQRankSum=-6.725;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:876,0,793 chrVIII 146416 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.703;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.45;MQ0=1;MQRankSum=7.281;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.488;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:661,0,692 chrVIII 146822 . C A 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=108;Dels=0.00;FS=5.474;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:108:99:857,0,1118 chrVIII 146932 . C T 1279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=154;Dels=0.00;FS=12.783;HaplotypeScore=13.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=8.31;ReadPosRankSum=-2.733;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,83:154:99:1309,0,1314 chrVIII 147004 . C T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=118;Dels=0.00;FS=1.519;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.205;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,45:118:99:785,0,1444 chrVIII 149347 . C T 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.451;DP=92;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.588;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:958,0,696 chrVIII 149382 . T C 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=91;Dels=0.00;FS=7.519;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:1002,0,581 chrVIII 149511 . A C 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=17.37;ReadPosRankSum=1.693;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1579,174,0 chrVIII 149519 . T C 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=17.92;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1610,171,0 chrVIII 149564 . A C 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;QD=14.85;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1384,147,0 chrVIII 149577 . A G 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.691;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1263,138,0 chrVIII 149614 . T C 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;QD=14.06;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1186,129,0 chrVIII 149622 . A G 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.15;MQ0=0;QD=14.35;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1181,129,0 chrVIII 149665 . G A 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=19.11;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1485,156,0 chrVIII 149706 . G A 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=22.19;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1320,141,0 chrVIII 149795 . T A 2161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;QD=24.84;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2194,231,0 chrVIII 149856 . G A 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.94;MQ0=0;QD=23.70;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1455,153,0 chrVIII 149906 . C T 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=22.75;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1466,156,0 chrVIII 149951 . T C 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=17.09;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1127,126,0 chrVIII 149962 . A G 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=18.49;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1161,126,0 chrVIII 150051 . C T 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.77;MQ0=0;QD=14.28;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84:747,84,0 chrVIII 150079 . G A 642 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.55;MQ0=0;QD=13.66;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:72:675,72,0 chrVIII 150081 . A G 662 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.55;MQ0=0;QD=14.09;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:75:695,75,0 chrVIII 150083 . C T 688 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.55;MQ0=0;QD=14.64;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:75:721,75,0 chrVIII 150086 . G A 652 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=11.64;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:72:685,72,0 chrVIII 150136 . C G 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.60;MQ0=0;QD=13.62;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:959,105,0 chrVIII 150142 . A G 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.90;MQ0=0;QD=13.87;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:990,108,0 chrVIII 150182 . T C 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=76;Dels=0.00;FS=29.491;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:717,0,393 chrVIII 150224 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DP=78;Dels=0.00;FS=1.927;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.961;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:618,0,738 chrVIII 150232 . C T 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=20.07;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1639,180,0 chrVIII 150248 . G T 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=19.84;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1541,171,0 chrVIII 150338 . A G 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=24.40;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1180,132,0 chrVIII 150392 . A T 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;QD=20.32;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:805,93,0 chrVIII 150421 . T C 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.12;MQ0=0;QD=18.59;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1037,120,0 chrVIII 150444 . T C 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.90;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=17.71;ReadPosRankSum=1.681;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1237,120,0 chrVIII 150470 . A G 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=17.78;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1260,144,0 chrVIII 150476 . C T 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=18.32;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1297,141,0 chrVIII 150619 . C T 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;QD=16.30;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1011,108,0 chrVIII 150639 . C T 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=17.80;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1190,132,0 chrVIII 150723 . T C 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=20.14;ReadPosRankSum=2.305;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1060,117,0 chrVIII 150802 . T C 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=21.27;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:96:905,96,0 chrVIII 150919 . G T 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.78;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1398,153,0 chrVIII 151003 . A G 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=22.37;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1532,168,0 chrVIII 151118 . C G 1326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=24.11;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1359,144,0 chrVIII 151171 . T G 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=22.75;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1307,138,0 chrVIII 151313 . C T 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.80;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1210,129,0 chrVIII 151416 . T C 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.81;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1429,159,0 chrVIII 151599 . T C 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=16.93;ReadPosRankSum=1.606;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:964,102,0 chrVIII 151640 . A G 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=19.81;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1479,156,0 chrVIII 151733 . T C 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=21.27;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1224,132,0 chrVIII 151824 . A G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DP=62;Dels=0.00;FS=9.277;HaplotypeScore=9.6451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.007;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:294,0,734 chrVIII 151950 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=63;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=8.32;ReadPosRankSum=2.151;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:554,0,464 chrVIII 152094 . A C 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=24.21;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1631,180,0 chrVIII 152121 . G A 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.58;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1587,183,0 chrVIII 152274 . C T 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=21.83;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1561,168,0 chrVIII 152397 . C T 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.64;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1684,180,0 chrVIII 152625 . T C 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=24.77;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1643,177,0 chrVIII 152677 . C T 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=21.15;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1471,153,0 chrVIII 152692 . A G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=77;Dels=0.00;FS=4.678;HaplotypeScore=13.4510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:77:99:539,0,678 chrVIII 152769 . T C 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.90;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2071,231,0 chrVIII 152802 . T C 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.59;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1863,201,0 chrVIII 152925 . T C 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=22.61;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1548,162,0 chrVIII 152944 . T C 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=18.87;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1052,111,0 chrVIII 152946 . G A 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=59;Dels=0.00;FS=5.099;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=15.81;ReadPosRankSum=-1.543;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:59:99:966,105,0 chrVIII 153195 . A G 2169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=24.93;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2202,237,0 chrVIII 153282 . G A 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=20.64;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1230,135,0 chrVIII 153442 . G A 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.570;DP=93;Dels=0.00;FS=12.447;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:984,0,690 chrVIII 153651 . G A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.281;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:564,0,446 chrVIII 153731 . T C 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.562;QD=20.97;ReadPosRankSum=1.619;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1333,147,0 chrVIII 153859 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=69;Dels=0.00;FS=6.813;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.213;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:533,0,845 chrVIII 153963 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=63;Dels=0.00;FS=2.305;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:576,0,478 chrVIII 153991 . C T 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=78;Dels=0.00;FS=3.362;HaplotypeScore=7.2470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:638,0,675 chrVIII 154167 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=67;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:738,0,431 chrVIII 154199 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=55;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.003;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:573,0,395 chrVIII 154225 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=48;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:534,0,258 chrVIII 154229 . C T 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=18.90;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:940,102,0 chrVIII 154554 . C T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;DP=63;Dels=0.00;FS=4.921;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:525,0,578 chrVIII 154571 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=66;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:605,0,577 chrVIII 154608 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.181;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:499,0,590 chrVIII 154677 . T A 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=21.64;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1613,171,0 chrVIII 154680 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DP=74;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:421,0,804 chrVIII 154704 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;DP=71;Dels=0.00;FS=7.017;HaplotypeScore=4.2355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.806;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:71:99:290,0,919 chrVIII 154746 . G A 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=23.05;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1762,189,0 chrVIII 154932 . C T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.650;DP=74;Dels=0.00;FS=0.959;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.719;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:627,0,716 chrVIII 154980 . A T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=70;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.898;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:473,0,747 chrVIII 155037 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.713;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,27:86:99:445,0,1214 chrVIII 155087 . C T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=68;Dels=0.00;FS=4.838;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.128;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:804,0,498 chrVIII 155157 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=69;Dels=0.00;FS=2.241;HaplotypeScore=5.7087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.088;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:401,0,807 chrVIII 155175 . T C 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=21.63;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1374,150,0 chrVIII 155186 . A G 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=21.67;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1355,141,0 chrVIII 155332 . G T 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DP=83;Dels=0.00;FS=9.151;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.072;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:83:99:911,0,613 chrVIII 155521 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DP=52;Dels=0.00;FS=10.225;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=2.132;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:453,0,443 chrVIII 155572 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=63;Dels=0.00;FS=2.139;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=8.46;ReadPosRankSum=2.142;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:563,0,440 chrVIII 155587 . G A 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=20.99;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1439,156,0 chrVIII 155635 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=70;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.510;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:643,0,633 chrVIII 155735 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=67;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.061;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:541,0,742 chrVIII 155994 . G T 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=78;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.909;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:78:99:813,0,408 chrVIII 156096 . A C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.502;DP=65;Dels=0.00;FS=10.760;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:555,0,639 chrVIII 156276 . C A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;DP=71;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=4.4418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.432;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:719,0,636 chrVIII 156307 . T C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;DP=64;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:548,0,602 chrVIII 156420 . T C 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;DP=68;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.080;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:637,0,663 chrVIII 156477 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.092;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:601,0,865 chrVIII 156690 . A C 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=100;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:100:99:982,0,804 chrVIII 156698 . T G 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;DP=100;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:100:99:956,0,779 chrVIII 156724 . C T 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.407;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:873,0,754 chrVIII 156924 . G A 2188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.53;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2221,237,0 chrVIII 157305 . A G 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.46;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1097,120,0 chrVIII 157424 . A G 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=20.69;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:695,75,0 chrVIII 157495 . T A 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DP=58;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.506;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:853,99,0 chrVIII 157497 . A T 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=58;Dels=0.03;FS=3.254;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1039,123,0 chrVIII 157616 . A G 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=23.67;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1595,168,0 chrVIII 157807 . T C 1456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=20.51;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1489,165,0 chrVIII 158014 . G A 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=17.13;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1181,129,0 chrVIII 158092 . G T 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=16.22;ReadPosRankSum=1.434;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1541,177,0 chrVIII 158098 . G T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.152;DP=87;Dels=0.00;FS=4.874;HaplotypeScore=7.9787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:87:99:809,0,431 chrVIII 158374 . A G 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=15.00;ReadPosRankSum=1.646;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:69:648,69,0 chrVIII 158566 . G A 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=24.19;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:904,96,0 chrVIII 158962 . G C 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=24.46;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1158,123,0 chrVIII 159088 . A T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=42;Dels=0.00;FS=2.659;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.466;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:313,0,387 chrVIII 159238 . T G 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=17.70;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:812,90,0 chrVIII 159377 . T A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=59;Dels=0.00;FS=3.765;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.153;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:417,0,452 chrVIII 159406 . G T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DP=66;Dels=0.00;FS=4.919;HaplotypeScore=9.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.313;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:66:99:606,0,410 chrVIII 159599 . G A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:225,0,335 chrVIII 159782 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.562;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:233,0,285 chrVIII 159887 . A C 524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=16.37;ReadPosRankSum=1.621;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:63:557,63,0 chrVIII 160035 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.109;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:13:62:62,0,95 chrVIII 160808 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=50;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:457,0,430 chrVIII 160876 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.802;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:585,0,675 chrVIII 161504 . T C 147.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:177,0,346 chrVIII 161666 . T C 580.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.816;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=11.60;ReadPosRankSum=4.993;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:96:610,0,96 chrVIII 161961 . G A 565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=17.12;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:598,63,0 chrVIII 162659 . C T 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=20.51;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1079,114,0 chrVIII 162812 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=43;Dels=0.00;FS=6.729;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.974;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:43:99:475,0,189 chrVIII 162899 . A C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=52;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=3.4174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.688;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.809;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:52:99:581,0,277 chrVIII 163422 . G C 1486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.52;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1519,165,0 chrVIII 163498 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;DP=71;Dels=0.00;FS=3.214;HaplotypeScore=8.9382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=2.121;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.202;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:681,0,524 chrVIII 163731 . C T 2226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=21.20;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2259,240,0 chrVIII 164197 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.319;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:376,0,565 chrVIII 164870 . T C 2258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.16;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2291,246,0 chrVIII 165566 . A G 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=18.21;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:75:652,75,0 chrVIII 165647 . A G 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=19.96;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:951,105,0 chrVIII 165673 . G C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=52;Dels=0.00;FS=2.449;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.980;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.010;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:52:99:297,0,389 chrVIII 165678 . C T 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=19.61;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:994,105,0 chrVIII 165698 . A G 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.62;MQ0=0;QD=15.41;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:96:865,96,0 chrVIII 165727 . G A 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=12.09;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:93:843,93,0 chrVIII 165797 . T C 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.50;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1753,189,0 chrVIII 165835 . G A 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=19.26;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1420,156,0 chrVIII 165848 . G C 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=18.99;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1514,162,0 chrVIII 165867 . T G 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=20.41;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1584,168,0 chrVIII 165986 . A G 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=19.33;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1077,120,0 chrVIII 166195 . A G 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.92;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2020,222,0 chrVIII 166266 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.008;DP=76;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.569;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:646,0,531 chrVIII 166541 . G A 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1150,126,0 chrVIII 166604 . A G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;DP=63;Dels=0.00;FS=7.343;HaplotypeScore=14.3545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:432,0,471 chrVIII 166655 . C T 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=21.05;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1317,144,0 chrVIII 166793 . A G 1979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=22.24;ReadPosRankSum=1.693;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:89:99:2012,219,0 chrVIII 166864 . G A 2825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=26.90;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2858,306,0 chrVIII 166940 . T C 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=21.68;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:1052,114,0 chrVIII 167064 . T C 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.79;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1628,177,0 chrVIII 167145 . A G 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.716;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:976,0,795 chrVIII 167156 . A G 2159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:107:99:2192,240,0 chrVIII 167277 . T C 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=18.33;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:51:99:968,105,0 chrVIII 167345 . G C 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DP=35;Dels=0.00;FS=4.301;HaplotypeScore=2.5747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.587;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:255,0,150 chrVIII 167413 . C T 652 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=18.11;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:685,75,0 chrVIII 167543 . T C 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.01;MQ0=0;QD=20.84;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:929,96,0 chrVIII 167557 . T A 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.17;MQ0=0;QD=18.30;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:765,81,0 chrVIII 167569 . C T 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.03;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:714,75,0 chrVIII 167575 . G T 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.62;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:666,72,0 chrVIII 167580 . G A 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.77;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:656,69,0 chrVIII 167593 . T C 591 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.89;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:624,66,0 chrVIII 167656 . T C 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=16.89;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:54:506,54,0 chrVIII 167876 . C A 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=12.00;ReadPosRankSum=1.106;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:26:162,0,26 chrVIII 168187 . A G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.514;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:338,0,567 chrVIII 168681 . G T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.521;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:489,0,288 chrVIII 168718 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.980;DP=63;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.007;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:546,0,515 chrVIII 168804 . G A 2483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=22.17;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2516,267,0 chrVIII 168881 . T C 1051.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.253;DP=132;Dels=0.00;FS=11.243;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.274;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:132:99:1081,0,1613 chrVIII 169388 . A G 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.129;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:165,0,229 chrVIII 169493 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=73;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.002;QD=8.77;ReadPosRankSum=2.053;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:73:99:670,0,415 chrVIII 169574 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=79;Dels=0.00;FS=6.048;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:79:99:615,0,739 chrVIII 169586 . T A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=68;Dels=0.00;FS=8.377;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=9.50;ReadPosRankSum=2.072;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:676,0,521 chrVIII 169760 . A G 1305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=21.75;ReadPosRankSum=0.462;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1338,144,0 chrVIII 169769 . G A 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1313,116,0 chrVIII 169868 . C T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=20.54;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1758,195,0 chrVIII 171171 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=67;Dels=0.00;FS=3.779;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:403,0,688 chrVIII 171273 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=50;Dels=0.00;FS=1.308;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:373,0,419 chrVIII 171279 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.114;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:373,0,429 chrVIII 171537 . A C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DP=45;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=5.1252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.363;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:442,0,265 chrVIII 171548 . A C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=50;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=6.8343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.514;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:50:99:256,0,518 chrVIII 171564 . G A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DP=61;Dels=0.00;FS=1.042;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:61:99:630,0,329 chrVIII 171761 . G T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=56;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:419,0,257 chrVIII 171902 . T G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:418,0,268 chrVIII 172258 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DP=37;Dels=0.00;FS=2.864;HaplotypeScore=5.0320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.410;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:309,0,326 chrVIII 172443 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:58:99:498,0,350 chrVIII 172560 . G T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.651;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.394;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:417,0,256 chrVIII 172608 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:226,0,212 chrVIII 172701 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.169;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=5.39;ReadPosRankSum=-1.939;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:337,0,504 chrVIII 172837 . C G 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:868,96,0 chrVIII 172909 . C T 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=43;Dels=0.00;FS=10.843;HaplotypeScore=8.0083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:43:99:220,0,286 chrVIII 173105 . G A 170.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.092;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:200,0,113 chrVIII 173140 . A C 245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=25;Dels=0.00;FS=6.402;HaplotypeScore=15.7193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.361;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,15:25:30:278,30,0 chrVIII 173207 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=34;Dels=0.00;FS=3.673;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.655;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:34:99:203,0,426 chrVIII 173271 . A G 371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=17.67;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:45:404,45,0 chrVIII 173272 . A G 63.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=22;Dels=0.00;FS=12.913;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.848;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:93:93,0,257 chrVIII 173295 . G A 374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.04;MQ0=0;QD=15.58;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:42:407,42,0 chrVIII 174093 . T C 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.27;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:735,81,0 chrVIII 174120 . A C 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=19.23;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:75:706,75,0 chrVIII 174165 . A C 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.639;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:75:685,75,0 chrVIII 174625 . G A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=22;Dels=0.00;FS=4.801;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.185e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:22:72:219,0,72 chrVIII 175012 . C T 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.89;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1178,126,0 chrVIII 175141 . T C 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=15;Dels=0.00;FS=9.249;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=2.87;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-7.004e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:73:73,0,170 chrVIII 175480 . C T 1818 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=23.01;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1851,195,0 chrVIII 176426 . A G 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=35;Dels=0.00;FS=5.997;HaplotypeScore=5.3884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=18.11;ReadPosRankSum=2.793;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:35:72:667,72,0 chrVIII 176480 . G A 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=20.66;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1128,120,0 chrVIII 176518 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DP=64;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=12.0309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:64:99:508,0,582 chrVIII 176679 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.817;DP=51;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.292;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:373,0,478 chrVIII 176898 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=100;Dels=0.00;FS=2.228;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=6.58;ReadPosRankSum=2.728;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:688,0,780 chrVIII 177049 . A G 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=25.09;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:93:861,93,0 chrVIII 177076 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=35;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:377,0,273 chrVIII 177333 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;DP=32;Dels=0.00;FS=5.757;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:278,0,266 chrVIII 177610 . T C 363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=12.96;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:45:396,45,0 chrVIII 177619 . A C 518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=16.71;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:551,60,0 chrVIII 177676 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:422,0,314 chrVIII 177766 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.863;DP=70;Dels=0.00;FS=8.206;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.950;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:441,0,528 chrVIII 177778 . G C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;DP=77;Dels=0.00;FS=4.554;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.808;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:493,0,579 chrVIII 177793 . C G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;DP=78;Dels=0.00;FS=6.072;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:582,0,597 chrVIII 177867 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=51;Dels=0.00;FS=2.381;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:445,0,288 chrVIII 178041 . G T 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=19.05;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1671,174,0 chrVIII 178061 . C G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=115;Dels=0.00;FS=3.643;HaplotypeScore=18.1831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=1.484;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.246;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:115:99:710,0,935 chrVIII 178097 . T A 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=144;Dels=0.02;FS=11.982;HaplotypeScore=30.1165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,64:141:99:1130,0,1322 chrVIII 178104 . C T 1213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.542;DP=139;Dels=0.00;FS=14.303;HaplotypeScore=18.6240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.233;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,74:139:99:1243,0,1095 chrVIII 178121 . G A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=120;Dels=0.00;FS=18.787;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.098;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.004;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,67:120:99:1069,0,992 chrVIII 178125 . A G 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.903;DP=116;Dels=0.00;FS=11.005;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.475;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,63:116:99:1090,0,1061 chrVIII 178134 . C T 1215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.251;DP=118;Dels=0.00;FS=9.254;HaplotypeScore=9.6649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.307;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.561;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,68:118:99:1245,0,906 chrVIII 178170 . A T 72.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.902;DP=85;Dels=0.00;FS=1.981;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.070;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:102,0,800 chrVIII 178171 . T G 59.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=84;Dels=0.00;FS=4.875;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.350;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:89:89,0,953 chrVIII 178172 . T C 58.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=84;Dels=0.00;FS=4.875;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.453;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:84:88:88,0,961 chrVIII 178173 . T A 117.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=85;Dels=0.00;FS=4.933;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.733;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:147,0,982 chrVIII 178196 . C A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.615;DP=67;Dels=0.00;FS=15.172;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=2.307;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:820,0,405 chrVIII 178230 . A G 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=68;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=20.63;ReadPosRankSum=1.577;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1436,165,0 chrVIII 178458 . A G 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=75;Dels=0.00;FS=1.984;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.967;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:723,0,519 chrVIII 178552 . G A 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.639;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:938,0,660 chrVIII 178619 . G A 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=20.65;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1726,180,0 chrVIII 178632 . A G 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=19.25;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1669,183,0 chrVIII 178659 . A T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;DP=105;Dels=0.00;FS=3.704;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.595;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:105:99:511,0,1010 chrVIII 178672 . A G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=100;Dels=0.00;FS=5.088;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.454;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:100:99:321,0,1018 chrVIII 178799 . T C 1809 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=21.80;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1842,204,0 chrVIII 178801 . A G 482.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=85;Dels=0.00;FS=13.597;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:85:99:512,0,933 chrVIII 178808 . G A 537.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=87;Dels=0.00;FS=15.545;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.112;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:87:99:567,0,791 chrVIII 178843 . C T 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=20.25;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1997,213,0 chrVIII 178873 . T A 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;DP=94;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=10.3308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.626;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,59:94:99:1063,0,394 chrVIII 178909 . C T 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=18.10;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1318,138,0 chrVIII 179026 . C T 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=20.03;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1275,135,0 chrVIII 179071 . T A 984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=16.40;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1017,108,0 chrVIII 179085 . A G 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=15.63;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1049,114,0 chrVIII 179088 . C T 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=69;Dels=0.00;FS=4.784;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.330;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.527;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:298,0,614 chrVIII 179112 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=73;Dels=0.00;FS=10.008;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.773;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:371,0,650 chrVIII 179142 . T C 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=18.88;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1581,174,0 chrVIII 179208 . G A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=80;Dels=0.00;FS=7.446;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:741,0,707 chrVIII 179241 . C T 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=20.12;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1602,171,0 chrVIII 179265 . C T 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=23.41;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1695,177,0 chrVIII 179371 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:255,0,580 chrVIII 179402 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.560;DP=46;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=3.2003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:376,0,360 chrVIII 179572 . T C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=67;Dels=0.00;FS=7.038;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:660,0,603 chrVIII 179748 . C T 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.81;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:840,90,0 chrVIII 179923 . C T 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.77;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1056,114,0 chrVIII 180100 . G A 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=19.15;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1278,144,0 chrVIII 180223 . T A 3392.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:3392,357,0 chrVIII 180918 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.575;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:311,0,504 chrVIII 180987 . G A 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:333,0,520 chrVIII 181049 . G A 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.253;DP=135;Dels=0.00;FS=4.134;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.241;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,61:135:99:1050,0,1324 chrVIII 181082 . A G 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.964;DP=156;Dels=0.00;FS=2.841;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.731;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,70:156:99:1228,0,1683 chrVIII 181124 . T G 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;DP=145;Dels=0.00;FS=2.967;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.751;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,66:145:99:990,0,1681 chrVIII 181132 . A G 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.628;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,65:140:99:890,0,1606 chrVIII 181265 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.088;DP=89;Dels=0.00;FS=5.685;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.460;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:89:99:524,0,1136 chrVIII 181842 . G A 659.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=82;Dels=0.00;FS=14.614;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:689,0,506 chrVIII 181848 . G C 543.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.656;DP=95;Dels=0.00;FS=23.235;HaplotypeScore=4.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.903;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:95:99:573,0,864 chrVIII 181849 . C T 596.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.559;DP=94;Dels=0.00;FS=20.683;HaplotypeScore=2.6722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.734;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:626,0,822 chrVIII 182092 . T C 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=22.70;ReadPosRankSum=1.674;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1395,150,0 chrVIII 182246 . A C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.344;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:614,0,338 chrVIII 182297 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=47;Dels=0.00;FS=2.919;HaplotypeScore=5.9481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:199,0,301 chrVIII 182330 . T C 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DP=38;Dels=0.00;FS=3.262;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.147;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.111;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:145,0,411 chrVIII 182333 . A T 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.879;DP=37;Dels=0.00;FS=3.262;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.766;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:182,0,360 chrVIII 182354 . A G 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:35:99:149,0,360 chrVIII 182378 . A G 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;DP=39;Dels=0.00;FS=2.961;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:39:99:211,0,279 chrVIII 182747 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=23;Dels=0.00;FS=4.216;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=9.83;ReadPosRankSum=2.140;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:256,0,144 chrVIII 182852 . T C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.756;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:28:99:243,0,209 chrVIII 182918 . T C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=23;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.277;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:169,0,178 chrVIII 183041 . C G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.891;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:40:99:426,0,243 chrVIII 183062 . A T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.323;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:338,0,345 chrVIII 183365 . A T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DP=81;Dels=0.00;FS=3.031;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.278;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.798;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:603,0,757 chrVIII 183402 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=100;Dels=0.00;FS=2.895;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:100:99:658,0,1073 chrVIII 183482 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=85;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.496;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:85:99:768,0,781 chrVIII 183721 . T C 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=80;Dels=0.00;FS=5.051;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=20.54;ReadPosRankSum=1.602;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1676,183,0 chrVIII 183728 . G A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=85;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:688,0,709 chrVIII 183741 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;DP=101;Dels=0.00;FS=5.732;HaplotypeScore=5.9117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:714,0,962 chrVIII 183744 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DP=104;Dels=0.00;FS=5.895;HaplotypeScore=5.9117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:104:99:691,0,971 chrVIII 183845 . T C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=87;Dels=0.00;FS=1.764;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.119;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:712,0,772 chrVIII 183913 . C G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=49;Dels=0.00;FS=2.602;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:415,0,431 chrVIII 183923 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.617;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.072;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:458,0,380 chrVIII 184065 . A G 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=71;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.22;MQ0=0;MQRankSum=3.893;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.213;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:635,0,428 chrVIII 184104 . C T 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=19.30;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1191,135,0 chrVIII 184122 . T A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=62;Dels=0.00;FS=1.013;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.798;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:556,0,460 chrVIII 184171 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;DP=43;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:352,0,319 chrVIII 184258 . A G 2372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.566;DP=105;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=22.59;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:2405,258,0 chrVIII 184281 . G A 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.213;DP=132;Dels=0.00;FS=1.426;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:132:99:1166,0,1080 chrVIII 184323 . A G 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=114;Dels=0.00;FS=6.676;HaplotypeScore=7.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.968;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:114:99:933,0,949 chrVIII 184350 . A G 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=2.645;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:817,0,806 chrVIII 184374 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=58;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.262;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:397,0,672 chrVIII 184572 . A G 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.265;DP=77;Dels=0.00;FS=6.507;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:600,0,553 chrVIII 184766 . C T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:420,0,477 chrVIII 184847 . A G 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=42;Dels=0.00;FS=6.167;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:222,0,582 chrVIII 184872 . A G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.939;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:44:99:215,0,561 chrVIII 185022 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=30;Dels=0.00;FS=1.737;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.783;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:277,0,219 chrVIII 185064 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=32;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:443,0,161 chrVIII 185403 . C T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=46;Dels=0.00;FS=2.670;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:533,0,310 chrVIII 185480 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;DP=58;Dels=0.00;FS=5.697;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:533,0,423 chrVIII 185547 . C T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.152;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:717,0,561 chrVIII 185766 . C T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DP=45;Dels=0.00;FS=8.695;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:193,0,415 chrVIII 186657 . C T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.555;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.985;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:418,0,252 chrVIII 186876 . C T 1010 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=22.44;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:45:99:1043,111,0 chrVIII 186921 . G A 197.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=26;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:227,0,193 chrVIII 187275 . A C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.449;DP=38;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:403,0,282 chrVIII 187320 . A C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:236,0,304 chrVIII 187518 . A C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=52;Dels=0.00;FS=1.172;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.624;QD=6.94;ReadPosRankSum=2.395;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:391,0,436 chrVIII 187527 . T A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DP=58;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.575;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:403,0,452 chrVIII 187908 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=45;Dels=0.00;FS=2.817;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:375,0,223 chrVIII 188065 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=45;Dels=0.00;FS=6.351;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:45:99:581,0,253 chrVIII 188188 . G A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.039;DP=41;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.033;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:366,0,362 chrVIII 188673 . C A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=22.95;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1433,150,0 chrVIII 188821 . C T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=35;Dels=0.00;FS=15.608;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.90;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.370;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:275,0,368 chrVIII 188841 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;DP=27;Dels=0.00;FS=6.631;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:285,0,181 chrVIII 188853 . G A 541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;QD=20.81;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:574,60,0 chrVIII 188873 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=26;Dels=0.00;FS=12.087;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:244,0,136 chrVIII 188964 . C T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;DP=27;Dels=0.00;FS=21.986;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.505;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:212,0,235 chrVIII 189054 . T C 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=18.04;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1386,150,0 chrVIII 189143 . A G 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=19.30;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:747,78,0 chrVIII 189187 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=32;Dels=0.00;FS=5.599;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.141;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:333,0,251 chrVIII 189221 . C G 486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.25;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:519,57,0 chrVIII 189257 . G A 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DP=25;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=2.381;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:106,0,222 chrVIII 189330 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:35:99:300,0,282 chrVIII 189356 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.202;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:411,0,332 chrVIII 189365 . G A 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=48;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=6.48;ReadPosRankSum=2.420;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:341,0,409 chrVIII 189505 . T C 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=34;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.570;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:197,0,215 chrVIII 189608 . A G 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:87:110,0,87 chrVIII 190024 . C T 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=25.05;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1085,114,0 chrVIII 190064 . T C 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.21;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:677,75,0 chrVIII 190125 . A T 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.157;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:303,0,137 chrVIII 190671 . C T 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,15:20:96:236,0,96 chrVIII 190872 . A T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=33;Dels=0.00;FS=3.779;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:33:99:309,0,134 chrVIII 191072 . T C 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.22;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:944,102,0 chrVIII 191248 . A G 525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.75;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:558,63,0 chrVIII 191304 . C T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.456;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:233,0,114 chrVIII 191348 . A T 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=19.11;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:60:568,60,0 chrVIII 191460 . T C 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=27;Dels=0.00;FS=5.302;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:144,0,226 chrVIII 191478 . C T 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:18:99:106,0,112 chrVIII 191529 . T A 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=21;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.529;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:63:320,0,63 chrVIII 191643 . C A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:421,0,199 chrVIII 191691 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=33;Dels=0.00;FS=3.307;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:342,0,217 chrVIII 192124 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=24;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:178,0,213 chrVIII 192252 . G A 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=26;Dels=0.00;FS=9.631;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.311;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:278,0,154 chrVIII 192454 . G A 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.243;DP=121;Dels=0.00;FS=1.799;HaplotypeScore=17.5723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.041;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,62:121:99:1058,0,1023 chrVIII 192892 . C T 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=17.17;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:943,111,0 chrVIII 192904 . A T 183.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=45;Dels=0.00;FS=20.369;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.659;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:213,0,519 chrVIII 192973 . G A 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=18.36;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1520,168,0 chrVIII 193075 . G A 172.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.59;MQ0=1;QD=4.78;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:21:205,21,0 chrVIII 193114 . T C 222.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.72;MQ0=0;QD=6.53;SB=-1.369e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:27:255,27,0 chrVIII 193183 . T G 498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.39;MQ0=2;QD=15.09;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:531,57,0 chrVIII 193626 . G C 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=18.53;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:867,93,0 chrVIII 193633 . A G 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=20.77;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:947,105,0 chrVIII 194191 . G A 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.68;MQ0=0;QD=9.37;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:63:567,63,0 chrVIII 194221 . G T 250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=2.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.543;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.679e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:30:283,30,0 chrVIII 194236 . G A 523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.68;MQ0=0;QD=8.44;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:63:556,63,0 chrVIII 194266 . G A 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.71;MQ0=0;QD=10.16;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:63:592,63,0 chrVIII 194446 . T G 679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=1;QD=18.35;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:712,78,0 chrVIII 194627 . T A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=65;Dels=0.00;FS=7.548;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:442,0,564 chrVIII 194783 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=30;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.633;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:266,0,255 chrVIII 195481 . C T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=82;Dels=0.00;FS=7.967;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.127;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:82:99:847,0,475 chrVIII 196135 . C T 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=18.60;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1744,192,0 chrVIII 196160 . G A 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=21.14;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1788,195,0 chrVIII 196216 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:63:99:428,0,489 chrVIII 196468 . A G 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=20.74;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1132,123,0 chrVIII 196532 . A G 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=18.20;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:834,90,0 chrVIII 196732 . T C 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DP=43;Dels=0.00;FS=2.593;HaplotypeScore=5.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.105;QD=16.88;ReadPosRankSum=2.278;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:84:759,84,0 chrVIII 196831 . C T 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.95;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:991,108,0 chrVIII 197030 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.528;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:226,0,147 chrVIII 197350 . A G 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:1071,0,921 chrVIII 197355 . C A 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,60:109:99:981,0,919 chrVIII 197728 . T A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DP=72;Dels=0.00;FS=1.994;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:560,0,695 chrVIII 197824 . C A 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.802;DP=102;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.125;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:913,0,862 chrVIII 197974 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.211;DP=53;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:467,0,423 chrVIII 198244 . T A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=54;Dels=0.00;FS=5.640;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:518,0,437 chrVIII 198281 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=62;Dels=0.00;FS=4.994;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:481,0,610 chrVIII 198394 . G C 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=91;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=8.8446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:846,0,767 chrVIII 198412 . T G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.247;DP=90;Dels=0.00;FS=1.756;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:90:99:640,0,913 chrVIII 198438 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=9.29;ReadPosRankSum=2.289;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:708,0,504 chrVIII 198453 . G A 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;DP=65;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=3.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:320,0,636 chrVIII 198473 . A G 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=141.1049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,18:86:99:139,0,643 chrVIII 198549 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.058;DP=59;Dels=0.00;FS=4.297;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.728;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,40:59:99:569,0,315 chrVIII 198648 . A G 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=117;Dels=0.00;FS=2.381;HaplotypeScore=7.1753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:1013,0,1022 chrVIII 199753 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=108;Dels=0.00;FS=11.110;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.154;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,44:108:99:741,0,1238 chrVIII 199794 . T C 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.250;DP=138;Dels=0.00;FS=2.201;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,57:138:99:996,0,1616 chrVIII 199875 . T C 1334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DP=138;Dels=0.00;FS=6.460;HaplotypeScore=13.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.870;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,74:138:99:1364,0,1147 chrVIII 199940 . C T 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=85;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:84:99:708,0,632 chrVIII 200453 . C T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.872;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.502;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:80:99:775,0,574 chrVIII 200617 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=37;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:308,0,442 chrVIII 200796 . T G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=48;Dels=0.00;FS=1.209;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.848;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:347,0,584 chrVIII 201335 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=49;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.230;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:378,0,443 chrVIII 201548 . G A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=66;Dels=0.00;FS=8.979;HaplotypeScore=10.1617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:371,0,759 chrVIII 201705 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=75;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:554,0,879 chrVIII 201817 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;DP=73;Dels=0.00;FS=4.662;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:414,0,810 chrVIII 201845 . C G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=74;Dels=0.00;FS=14.551;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:534,0,733 chrVIII 202037 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=80;Dels=0.00;FS=1.799;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.405;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:591,0,663 chrVIII 202143 . T G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.439;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.354;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:103:99:659,0,1082 chrVIII 202145 . G A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;DP=97;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.696;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.329;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:615,0,1087 chrVIII 202219 . T C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;DP=119;Dels=0.00;FS=13.702;HaplotypeScore=13.1210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.659;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:119:99:763,0,1109 chrVIII 202236 . C A 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=123;Dels=0.00;FS=8.299;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:123:99:959,0,1066 chrVIII 202259 . C T 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.245;DP=121;Dels=0.00;FS=2.312;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,66:121:99:973,0,980 chrVIII 202307 . C T 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.825;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.452;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:103:99:933,0,914 chrVIII 202480 . T C 1138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.615;DP=125;Dels=0.00;FS=0.673;HaplotypeScore=7.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.102;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,62:125:99:1168,0,1222 chrVIII 202550 . C T 1316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.332;DP=134;Dels=0.00;FS=10.836;HaplotypeScore=15.5831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.530;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.440;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,69:134:99:1346,0,1031 chrVIII 202635 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;DP=88;Dels=0.00;FS=13.913;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.483;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.207;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:799,0,647 chrVIII 202714 . A T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=73;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:610,0,776 chrVIII 202737 . A C 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=22.81;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1721,186,0 chrVIII 202738 . A T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.866;DP=72;Dels=0.00;FS=10.290;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:689,0,707 chrVIII 202839 . C G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=75;Dels=0.00;FS=6.188;HaplotypeScore=11.5779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:75:99:647,0,668 chrVIII 202861 . C T 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;DP=70;Dels=0.00;FS=3.264;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.725;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:664,0,530 chrVIII 202893 . C T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.635;DP=84;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:800,0,591 chrVIII 202988 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=61;Dels=0.00;FS=2.369;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.382;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:578,0,567 chrVIII 203255 . T G 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=19.00;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1097,120,0 chrVIII 203274 . C A 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=19.95;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1350,141,0 chrVIII 203292 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=69;Dels=0.00;FS=6.476;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:69:99:294,0,596 chrVIII 203310 . G A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DP=63;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=6.5319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:294,0,485 chrVIII 203380 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=69;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.123;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:530,0,634 chrVIII 203446 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=79;Dels=0.00;FS=7.680;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.181;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:619,0,867 chrVIII 203456 . C G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=76;Dels=0.00;FS=7.693;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.016;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:537,0,821 chrVIII 203496 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DP=79;Dels=0.00;FS=9.343;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.015;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:746,0,719 chrVIII 203533 . G A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=54;Dels=0.00;FS=2.328;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.278;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:499,0,487 chrVIII 203615 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;DP=35;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.083;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:249,0,382 chrVIII 203675 . G A 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;DP=76;Dels=0.00;FS=21.699;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.759;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:717,0,626 chrVIII 203842 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;DP=95;Dels=0.00;FS=3.836;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:1001,0,916 chrVIII 203888 . A G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.835;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:83:99:794,0,768 chrVIII 204117 . A C 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DP=84;Dels=0.00;FS=7.812;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:731,0,926 chrVIII 204484 . A G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DP=89;Dels=0.00;FS=2.787;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.259;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:727,0,805 chrVIII 204520 . C T 1159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.159;DP=140;Dels=0.00;FS=2.305;HaplotypeScore=9.7149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=8.28;ReadPosRankSum=2.101;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,69:140:99:1189,0,1180 chrVIII 204545 . A G 1488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.884;DP=156;Dels=0.00;FS=4.918;HaplotypeScore=9.7598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.274;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,82:156:99:1518,0,1393 chrVIII 204704 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.130;DP=39;Dels=0.00;FS=15.785;HaplotypeScore=3.5296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:343,0,287 chrVIII 204882 . C T 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:899,0,759 chrVIII 205191 . A C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.716;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:342,0,375 chrVIII 205278 . A T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.691;DP=55;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=5.1201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:436,0,406 chrVIII 205476 . C A 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:308,0,151 chrVIII 205941 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.350;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.864;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:371,0,452 chrVIII 206063 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:215,0,364 chrVIII 206103 . A G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;DP=37;Dels=0.00;FS=10.037;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.410;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:322,0,301 chrVIII 206460 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=61;Dels=0.00;FS=11.246;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:664,0,458 chrVIII 207052 . T A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=58;Dels=0.00;FS=1.013;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:374,0,390 chrVIII 207624 . C T 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DP=119;Dels=0.00;FS=4.551;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:119:99:1053,0,1077 chrVIII 207734 . C T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=48;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:398,0,426 chrVIII 208076 . G T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=49;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:401,0,454 chrVIII 208805 . T G 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:112,0,254 chrVIII 208949 . T A 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;DP=36;Dels=0.00;FS=7.420;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:296,0,255 chrVIII 209037 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=41;Dels=0.00;FS=7.988;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.787;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:459,0,361 chrVIII 209243 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=60;Dels=0.00;FS=5.415;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:495,0,595 chrVIII 209247 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.296;DP=65;Dels=0.00;FS=3.549;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.117;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:65:99:538,0,589 chrVIII 209977 . T C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.205;DP=122;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,48:122:99:819,0,1491 chrVIII 210710 . A T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=30;Dels=0.00;FS=2.319;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=7.00;ReadPosRankSum=-2.266;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:240,0,292 chrVIII 211251 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.542;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.853;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.220;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:575,0,730 chrVIII 211333 . C T 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.331;DP=80;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.959;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:870,0,682 chrVIII 211462 . T C 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=85;Dels=0.00;FS=8.852;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=21.78;ReadPosRankSum=2.392;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:1884,201,0 chrVIII 211534 . T A 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=16.04;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1637,186,0 chrVIII 211543 . T C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=94;Dels=0.00;FS=4.066;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.122;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.523;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:674,0,846 chrVIII 211655 . T G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=99;Dels=0.00;FS=2.655;HaplotypeScore=7.6972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:99:99:761,0,933 chrVIII 211693 . G A 2144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=18.64;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:115:99:2177,237,0 chrVIII 211701 . G A 2091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=19.36;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2124,225,0 chrVIII 211825 . G A 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=19.66;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1311,147,0 chrVIII 212243 . C G 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=22.96;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:630,69,0 chrVIII 212441 . C T 191.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=265;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.05;MQ0=229;MQRankSum=-2.093;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.055;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,40:265:99:221,0,245 chrVIII 212509 . G A 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DP=246;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.67;MQ0=223;MQRankSum=-0.787;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.031;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,72:246:99:255,0,165 chrVIII 212536 . C T 244 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=289;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=5.54;MQ0=279;QD=0.84;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:172,117:289:30:277,30,0 chrVIII 212556 . C T 191.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=288;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=5.55;MQ0=278;QD=0.66;SB=-2.367e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:170,118:288:24:224,24,0 chrVIII 214313 . C T 139.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.78;MQ0=64;MQRankSum=-0.693;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.328;SB=-1.420e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,114:126:18:172,18,0 chrVIII 215912 . T C 210.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.19;MQ0=52;MQRankSum=0.614;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,21:82:99:240,0,392 chrVIII 215947 . C T 358.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.29;MQ0=52;MQRankSum=1.459;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,29:94:99:388,0,471 chrVIII 216123 . C T 437.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.47;MQ0=38;MQRankSum=1.947;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.394;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:85:99:467,0,535 chrVIII 216235 . C T 526.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;DP=89;Dels=0.00;FS=9.365;HaplotypeScore=1.9454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.85;MQ0=5;MQRankSum=-0.788;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.678;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,33:89:99:556,0,997 chrVIII 216338 . C G 1209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=126;Dels=0.00;FS=3.277;HaplotypeScore=7.6843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.112;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,68:126:99:1239,0,1069 chrVIII 217047 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=81;Dels=0.00;FS=8.857;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:675,0,549 chrVIII 217505 . A G 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:757,0,509 chrVIII 217526 . C A 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.822;DP=80;Dels=0.00;FS=4.362;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.916;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:749,0,534 chrVIII 217536 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=81;Dels=0.00;FS=3.094;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:81:99:671,0,583 chrVIII 217540 . C T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.745;DP=81;Dels=0.00;FS=3.068;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.129;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.947;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:698,0,550 chrVIII 217604 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DP=56;Dels=0.00;FS=1.196;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:375,0,668 chrVIII 218189 . T C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.412;DP=141;Dels=0.00;FS=2.409;HaplotypeScore=57.9335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.295;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.773;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,57:141:99:716,0,1565 chrVIII 218532 . A T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=64;Dels=0.00;FS=12.935;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:532,0,435 chrVIII 218539 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;DP=63;Dels=0.00;FS=8.818;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=3.513;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.230;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:445,0,546 chrVIII 219235 . T C 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:268,0,291 chrVIII 219407 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;DP=50;Dels=0.00;FS=4.291;HaplotypeScore=11.2812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=6.32;ReadPosRankSum=2.262;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:346,0,340 chrVIII 219461 . C A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.265;DP=40;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:276,0,446 chrVIII 219861 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:283,0,580 chrVIII 219876 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.903;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:45:99:312,0,415 chrVIII 219879 . G A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.695;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:316,0,484 chrVIII 219926 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=63;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:288,0,651 chrVIII 219934 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;DP=71;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:71:99:289,0,754 chrVIII 219973 . A T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=84;Dels=0.00;FS=3.081;HaplotypeScore=8.9893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,29:84:99:318,0,958 chrVIII 220140 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=65;Dels=0.00;FS=2.466;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.178;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:503,0,584 chrVIII 220151 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;DP=62;Dels=0.02;FS=1.157;HaplotypeScore=4.2512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.358;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.190;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:455,0,511 chrVIII 220155 . T C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=61;Dels=0.00;FS=1.255;HaplotypeScore=5.0399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.710;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:513,0,524 chrVIII 221114 . C T 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.872;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:78:99:1012,0,516 chrVIII 221591 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.149;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=7.02;ReadPosRankSum=2.200;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:458,0,689 chrVIII 221844 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.731;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:605,0,821 chrVIII 221939 . G A 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=41;Dels=0.00;FS=1.279;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.119;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:245,0,258 chrVIII 222117 . G C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.872;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:365,0,457 chrVIII 222260 . T C 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=90;Dels=0.00;FS=2.503;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:913,0,854 chrVIII 222295 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.745;DP=70;Dels=0.00;FS=15.894;HaplotypeScore=5.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.879;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:615,0,702 chrVIII 222523 . A G 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.068;DP=151;Dels=0.01;FS=2.195;HaplotypeScore=15.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,78:149:99:1123,0,1399 chrVIII 222996 . T C 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=34;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.054;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:278,0,233 chrVIII 223354 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;DP=39;Dels=0.00;FS=10.388;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.949;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:447,0,214 chrVIII 223429 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=38;Dels=0.00;FS=2.796;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.401;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:328,0,290 chrVIII 223791 . T C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=17.30;ReadPosRankSum=1.619;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1088,117,0 chrVIII 223914 . G A 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=106;Dels=0.00;FS=1.714;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.790;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,46:106:99:751,0,1204 chrVIII 224264 . G T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=56;Dels=0.00;FS=3.978;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.236;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:56:99:357,0,439 chrVIII 224422 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.946;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:50:99:509,0,359 chrVIII 224489 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=66;Dels=0.00;FS=25.885;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.483;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:573,0,591 chrVIII 224759 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DP=71;Dels=0.00;FS=12.078;HaplotypeScore=5.1313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:697,0,599 chrVIII 225175 . A G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=99;Dels=0.00;FS=0.779;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.278;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:699,0,1013 chrVIII 225467 . G C 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=101;Dels=0.00;FS=3.746;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.202;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:101:99:848,0,976 chrVIII 225748 . A G 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=18.67;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1396,150,0 chrVIII 225911 . G C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=52;Dels=0.00;FS=10.286;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:52:99:288,0,475 chrVIII 226158 . C T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:212,0,455 chrVIII 226212 . G C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.287;DP=42;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.667;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:430,0,384 chrVIII 226266 . A G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=40;Dels=0.00;FS=6.818;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.717;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:339,0,352 chrVIII 226482 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=40;Dels=0.00;FS=6.483;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=2.492;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.246;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:313,0,307 chrVIII 226644 . C T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=35;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:35:99:267,0,272 chrVIII 226659 . G A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=33;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.077;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:222,0,349 chrVIII 226755 . G A 568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=16.71;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:601,63,0 chrVIII 226824 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=50;Dels=0.00;FS=1.286;HaplotypeScore=7.3512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.265;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:50:99:399,0,326 chrVIII 227158 . A T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=98;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:654,0,941 chrVIII 227192 . T G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=93;Dels=0.00;FS=2.913;HaplotypeScore=12.1403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=2.918;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.344;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:93:99:756,0,541 chrVIII 227216 . T C 569.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.914;QD=7.11;ReadPosRankSum=2.731;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:599,0,610 chrVIII 227218 . G A 591.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;DP=76;Dels=0.00;FS=2.052;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.205;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:621,0,550 chrVIII 227221 . G A 605.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.688;DP=71;Dels=0.00;FS=2.100;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.088;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.077;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:635,0,465 chrVIII 227226 . G C 571.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=71;Dels=0.00;FS=2.149;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.899;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,44:71:99:601,0,487 chrVIII 227323 . T G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.807;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:60:99:361,0,745 chrVIII 227343 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;DP=67;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.780;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.847;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:373,0,847 chrVIII 227344 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.230;DP=67;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.021;QD=4.79;ReadPosRankSum=-2.139;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:351,0,869 chrVIII 227411 . G A 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.460;DP=131;Dels=0.00;FS=0.648;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.913;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:131:99:977,0,1147 chrVIII 227429 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.182;DP=133;Dels=0.00;FS=2.227;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.144;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:133:99:790,0,1359 chrVIII 227444 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;DP=133;Dels=0.00;FS=5.231;HaplotypeScore=3.5374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,62:133:99:766,0,1350 chrVIII 227519 . A G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.077;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.255;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:739,0,827 chrVIII 227951 . A C 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=14.91;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:75:689,75,0 chrVIII 227964 . G A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:221,0,278 chrVIII 228006 . G C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;DP=83;Dels=0.00;FS=2.123;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:578,0,534 chrVIII 228015 . A G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=91;Dels=0.00;FS=6.299;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.174;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:580,0,616 chrVIII 228114 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=77;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.126;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:77:99:457,0,955 chrVIII 228402 . G A 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=76;Dels=0.00;FS=3.264;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:76:99:798,0,494 chrVIII 228507 . G A 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.620;DP=102;Dels=0.00;FS=6.447;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.370;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,60:102:99:1077,0,582 chrVIII 228696 . G C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=63;Dels=0.00;FS=4.975;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.889;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:452,0,627 chrVIII 228831 . G C 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.467;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.059;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:85:99:870,0,539 chrVIII 228850 . C T 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=88;Dels=0.00;FS=3.197;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.265;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:88:99:861,0,489 chrVIII 228881 . C T 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=67;Dels=0.00;FS=3.433;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.616;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:792,0,356 chrVIII 228903 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.523;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:554,0,196 chrVIII 229184 . T A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=47;Dels=0.00;FS=2.968;HaplotypeScore=2.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.693;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:396,0,403 chrVIII 229265 . G C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.075;DP=54;Dels=0.00;FS=12.954;HaplotypeScore=4.6449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.364;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:344,0,677 chrVIII 229427 . T C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=53;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,34:53:99:600,0,306 chrVIII 229448 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=52;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.665;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:480,0,249 chrVIII 229583 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;DP=75;Dels=0.00;FS=7.832;HaplotypeScore=7.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.219;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.155;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:601,0,661 chrVIII 229613 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;DP=91;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=6.7530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.349;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:694,0,864 chrVIII 229640 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.860;DP=80;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.948;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:668,0,599 chrVIII 229700 . A T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=86;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:584,0,867 chrVIII 229721 . G T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.752;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:686,0,826 chrVIII 229784 . A G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DP=49;Dels=0.00;FS=1.255;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.992;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:49:99:609,0,226 chrVIII 229853 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DP=53;Dels=0.00;FS=1.045;HaplotypeScore=6.3663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:532,0,422 chrVIII 230165 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DP=55;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=5.8770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:445,0,463 chrVIII 230196 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=58;Dels=0.00;FS=2.274;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.225;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:538,0,572 chrVIII 230282 . C T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.455;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:609,0,491 chrVIII 230333 . A G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=81;Dels=0.00;FS=8.101;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.363;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:81:99:582,0,760 chrVIII 230390 . A G 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;DP=103;Dels=0.00;FS=2.616;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.074;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:103:99:927,0,848 chrVIII 230432 . T C 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=118;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=17.6659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.461;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:118:99:1080,0,1094 chrVIII 230592 . A C 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.680;DP=57;Dels=0.00;FS=2.315;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:740,0,453 chrVIII 230614 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=44;Dels=0.00;FS=1.462;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.186;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:509,0,210 chrVIII 230731 . C T 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=111;Dels=0.00;FS=8.893;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.295;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:966,0,976 chrVIII 230850 . G A 1221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;DP=128;Dels=0.00;FS=5.511;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.466;QD=9.54;ReadPosRankSum=-2.181;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,76:128:99:1251,0,833 chrVIII 230863 . C T 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.658;DP=116;Dels=0.00;FS=1.498;HaplotypeScore=9.2423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.505;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.580;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:116:99:1075,0,784 chrVIII 230894 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=67;Dels=0.00;FS=3.403;HaplotypeScore=7.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.517;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:271,0,631 chrVIII 231163 . C G 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=69;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=7.2268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.943;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:818,0,484 chrVIII 231221 . G A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;DP=68;Dels=0.00;FS=8.910;HaplotypeScore=9.9878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,44:68:99:849,0,285 chrVIII 231290 . A G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;DP=71;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.529;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:609,0,638 chrVIII 231411 . T G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:428,0,430 chrVIII 231446 . A C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;DP=57;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=1.8100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:451,0,413 chrVIII 231674 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;DP=85;Dels=0.00;FS=10.894;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:816,0,578 chrVIII 231830 . T C 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.531;DP=70;Dels=0.00;FS=6.626;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.383;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:764,0,586 chrVIII 232014 . A T 1230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=132;Dels=0.00;FS=4.211;HaplotypeScore=15.7969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,74:132:99:1260,0,935 chrVIII 232078 . C A 1519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DP=145;Dels=0.00;FS=0.616;HaplotypeScore=8.7363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=2.559;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,76:145:99:1549,0,1293 chrVIII 232174 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.091;DP=62;Dels=0.00;FS=7.155;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:615,0,514 chrVIII 232243 . G T 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=43;Dels=0.00;FS=4.741;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.315;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:224,0,585 chrVIII 232258 . T C 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;DP=58;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.635;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:58:99:690,0,255 chrVIII 232321 . T C 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=86;Dels=0.00;FS=0.929;HaplotypeScore=5.5146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:848,0,577 chrVIII 232525 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=53;Dels=0.00;FS=2.482;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.113;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,35:53:99:542,0,291 chrVIII 232747 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=39;Dels=0.00;FS=7.027;HaplotypeScore=5.4884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:39:99:361,0,366 chrVIII 233140 . T C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;DP=73;Dels=0.00;FS=3.582;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:787,0,613 chrVIII 233357 . A C 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.381;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,69:139:99:1089,0,1102 chrVIII 233361 . G A 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.310;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.230;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,69:139:99:1054,0,1010 chrVIII 233495 . C A 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.737;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.751;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:101:99:972,0,1001 chrVIII 233523 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;DP=52;Dels=0.00;FS=1.462;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:563,0,436 chrVIII 233526 . T C 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.945;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:494,0,511 chrVIII 233556 . A C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.814;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:335,0,434 chrVIII 233563 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.466;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.288;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:256,0,455 chrVIII 233575 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.031;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:268,0,427 chrVIII 233665 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=55;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:416,0,470 chrVIII 233885 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;DP=53;Dels=0.00;FS=6.181;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:489,0,540 chrVIII 234257 . T A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:311,0,574 chrVIII 234310 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:449,0,554 chrVIII 234687 . A T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;DP=93;Dels=0.00;FS=3.335;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:521,0,702 chrVIII 234904 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=65;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.626;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:586,0,619 chrVIII 234919 . A T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=53;Dels=0.00;FS=2.522;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=6.66;ReadPosRankSum=2.126;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:383,0,312 chrVIII 234994 . T C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:45:99:314,0,373 chrVIII 235033 . C A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=52;Dels=0.00;FS=3.862;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.183;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:321,0,495 chrVIII 235081 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;DP=40;Dels=0.00;FS=2.921;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:327,0,370 chrVIII 235096 . G A 212.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=38;Dels=0.00;FS=7.360;HaplotypeScore=3.2340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:242,0,361 chrVIII 235097 . G A 207.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=38;Dels=0.00;FS=5.041;HaplotypeScore=3.2340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.805;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:237,0,346 chrVIII 235099 . G T 204.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DP=37;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.914;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.155;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:234,0,326 chrVIII 235192 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=46;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:310,0,358 chrVIII 235729 . T C 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:55:165,0,55 chrVIII 237318 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DP=56;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.066;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:560,0,618 chrVIII 237328 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=63;Dels=0.00;FS=1.286;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.461;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:584,0,620 chrVIII 237556 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=4.80;ReadPosRankSum=2.115;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:246,0,338 chrVIII 237578 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;DP=44;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=4.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:324,0,331 chrVIII 237787 . C G 425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=10.90;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:51:458,51,0 chrVIII 237887 . T A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DP=65;Dels=0.00;FS=6.430;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=1;MQRankSum=-0.061;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.836;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:686,0,607 chrVIII 238746 . C G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:64:99:484,0,398 chrVIII 239033 . G T 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=15.30;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:951,102,0 chrVIII 240144 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DP=48;Dels=0.00;FS=14.248;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:352,0,515 chrVIII 241413 . C T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:600,0,521 chrVIII 241546 . T C 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=70;Dels=0.00;FS=5.029;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.911;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:690,0,545 chrVIII 242062 . C T 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=20.89;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1495,156,0 chrVIII 242088 . G T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;DP=65;Dels=0.00;FS=5.060;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:381,0,519 chrVIII 242214 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.112;DP=62;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:511,0,529 chrVIII 242215 . T C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=61;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:450,0,514 chrVIII 242300 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.737;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:440,0,336 chrVIII 244248 . A C 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=22.82;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1767,195,0 chrVIII 245718 . A T 1460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=133;Dels=0.00;FS=2.237;HaplotypeScore=9.6855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.781;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,72:133:99:1490,0,974 chrVIII 246363 . T C 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;DP=108;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:108:99:822,0,880 chrVIII 246934 . A G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.286;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:281,0,462 chrVIII 246987 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.954;DP=37;Dels=0.00;FS=1.257;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=9.51;ReadPosRankSum=-2.614;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:382,0,224 chrVIII 247398 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.595;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.897;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:284,0,101 chrVIII 247503 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=40;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=13.28;ReadPosRankSum=3.303;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:561,0,173 chrVIII 248178 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:377,0,479 chrVIII 248390 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=70;Dels=0.00;FS=2.632;HaplotypeScore=10.4235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.150;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:577,0,625 chrVIII 249231 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=79;Dels=0.00;FS=6.185;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:589,0,660 chrVIII 249234 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=79;Dels=0.00;FS=4.517;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:566,0,648 chrVIII 249457 . G A 1261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=138;Dels=0.00;FS=0.649;HaplotypeScore=10.5015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=2.049;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.594;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,75:138:99:1291,0,1081 chrVIII 249622 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.517;DP=58;Dels=0.00;FS=7.175;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:444,0,550 chrVIII 249790 . T G 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=112;Dels=0.00;FS=12.683;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.688;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.913;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:112:99:749,0,1161 chrVIII 249836 . A G 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DP=101;Dels=0.00;FS=7.922;HaplotypeScore=9.7141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=9.06;ReadPosRankSum=2.279;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:945,0,698 chrVIII 249854 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=92;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=10.0056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.563;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:92:99:605,0,1081 chrVIII 250162 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;DP=83;Dels=0.00;FS=9.697;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:614,0,648 chrVIII 250289 . T C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DP=88;Dels=0.00;FS=3.180;HaplotypeScore=2.7633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:709,0,757 chrVIII 250465 . G C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;DP=42;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:42:99:346,0,385 chrVIII 250612 . A C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=61;Dels=0.00;FS=8.966;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=10.59;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:676,0,517 chrVIII 250683 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DP=39;Dels=0.00;FS=4.617;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:305,0,381 chrVIII 250856 . G A 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.988;DP=78;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=9.74;ReadPosRankSum=-2.029;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:790,0,609 chrVIII 250913 . A T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;DP=67;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:588,0,481 chrVIII 250941 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;DP=55;Dels=0.00;FS=1.277;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.280;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:452,0,376 chrVIII 251007 . A G 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=29;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.369;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:29:99:208,0,268 chrVIII 251694 . A G 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=35;Dels=0.00;FS=5.780;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.785;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:99:172,0,504 chrVIII 252321 . C T 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DP=117;Dels=0.00;FS=7.874;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.494;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:941,0,1009 chrVIII 252363 . G A 1548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.279;DP=132;Dels=0.00;FS=9.722;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=11.73;ReadPosRankSum=-2.885;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,75:132:99:1578,0,912 chrVIII 252467 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=55;Dels=0.00;FS=1.061;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.144;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:452,0,568 chrVIII 252956 . C G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.153;DP=105;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.836;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:497,0,735 chrVIII 252968 . C G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;DP=103;Dels=0.00;FS=0.785;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.379;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:495,0,683 chrVIII 253019 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;DP=57;Dels=0.00;FS=2.352;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:371,0,379 chrVIII 253492 . A C 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.42;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1737,198,0 chrVIII 253745 . T A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.016;DP=96;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:795,0,738 chrVIII 253858 . T C 1489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.307;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.789;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,76:127:99:1519,0,907 chrVIII 253898 . T C 1419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=135;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.546;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,82:135:99:1449,0,668 chrVIII 253999 . T C 2011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.52;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2044,222,0 chrVIII 254158 . A T 2390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=110;Dels=0.00;FS=2.845;HaplotypeScore=8.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=21.73;ReadPosRankSum=2.405;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:110:99:2423,261,0 chrVIII 254195 . C T 1250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.271;DP=119;Dels=0.00;FS=3.429;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.499;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,72:119:99:1280,0,783 chrVIII 254246 . A C 2532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=116;Dels=0.00;FS=2.888;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.919;QD=21.83;ReadPosRankSum=2.365;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:2565,285,0 chrVIII 254330 . T C 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.75;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1361,150,0 chrVIII 254553 . T A 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.428;DP=105;Dels=0.00;FS=0.745;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.259;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,58:105:99:1022,0,905 chrVIII 254816 . A G 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.211;DP=100;Dels=0.00;FS=1.716;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,59:100:99:1164,0,559 chrVIII 254859 . C T 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.731;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.658;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:721,0,430 chrVIII 255011 . A G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.656;DP=56;Dels=0.00;FS=9.359;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.853;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:393,0,496 chrVIII 255648 . A G 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.55;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1369,150,0 chrVIII 256019 . A G 1124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:134:99:1154,0,1353 chrVIII 256079 . C T 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,73:153:99:1204,0,1604 chrVIII 256905 . G A 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.503;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:872,0,668 chrVIII 256969 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;DP=37;Dels=0.00;FS=1.257;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.824;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:375,0,297 chrVIII 257163 . A T 1243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=141;Dels=0.00;FS=12.072;HaplotypeScore=10.5998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,75:141:99:1273,0,1158 chrVIII 257199 . C T 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.856;DP=103;Dels=0.00;FS=1.658;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.138;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:103:99:909,0,898 chrVIII 257670 . G A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;DP=71;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=8.2904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.120;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:71:99:687,0,460 chrVIII 257823 . G A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DP=75;Dels=0.00;FS=3.694;HaplotypeScore=8.9471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.574;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:75:99:516,0,774 chrVIII 258019 . C T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DP=94;Dels=0.00;FS=2.741;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.669;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:972,0,770 chrVIII 258203 . T G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=2.201;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:592,0,681 chrVIII 258412 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;DP=102;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=5.09;ReadPosRankSum=2.710;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:549,0,967 chrVIII 258421 . A G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;DP=115;Dels=0.00;FS=4.571;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.391;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.211;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:115:99:692,0,1070 chrVIII 258469 . T C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=95;Dels=0.00;FS=13.370;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:95:99:507,0,1107 chrVIII 258472 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=96;Dels=0.00;FS=13.370;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.138;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:96:99:494,0,1070 chrVIII 258556 . A G 2258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2291,258,0 chrVIII 258587 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DP=98;Dels=0.00;FS=11.677;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:98:99:740,0,827 chrVIII 258754 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=106;Dels=0.00;FS=1.644;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,42:106:99:593,0,939 chrVIII 259012 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=64;Dels=0.00;FS=23.703;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:64:99:454,0,607 chrVIII 259045 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=75;Dels=0.00;FS=14.396;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:529,0,646 chrVIII 259570 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=36;Dels=0.00;FS=1.325;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:322,0,320 chrVIII 259588 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=39;Dels=0.00;FS=4.846;HaplotypeScore=5.8797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.018;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:39:99:299,0,401 chrVIII 259896 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=5.63;ReadPosRankSum=-2.608;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:91:99:542,0,859 chrVIII 259960 . A G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=85;Dels=0.00;FS=17.727;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.682;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:878,0,783 chrVIII 260343 . T C 1267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=19.20;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1300,144,0 chrVIII 261043 . G A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.224;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:335,0,126 chrVIII 261443 . A T 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;DP=89;Dels=0.00;FS=10.953;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:89:99:1007,0,624 chrVIII 261465 . C A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=82;Dels=0.00;FS=5.133;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:522,0,858 chrVIII 261627 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=78;Dels=0.00;FS=0.839;HaplotypeScore=7.0799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:539,0,799 chrVIII 261631 . T G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=74;Dels=0.00;FS=1.883;HaplotypeScore=5.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.202;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:468,0,794 chrVIII 261638 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.447;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.627;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:72:99:503,0,666 chrVIII 261724 . A T 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.807;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,49:121:99:900,0,1282 chrVIII 262063 . A G 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=120;Dels=0.00;FS=8.530;HaplotypeScore=9.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.344;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.100;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:120:99:986,0,920 chrVIII 262073 . A G 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=114;Dels=0.01;FS=10.796;HaplotypeScore=13.5428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.752;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.969;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:113:99:852,0,798 chrVIII 262417 . C T 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.763;DP=86;Dels=0.00;FS=3.016;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.338;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,57:86:99:1204,0,461 chrVIII 262470 . C T 1743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.419;DP=138;Dels=0.00;FS=9.046;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.507;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,87:138:99:1773,0,682 chrVIII 262610 . A G 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DP=118;Dels=0.00;FS=0.711;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:118:99:962,0,924 chrVIII 262624 . C G 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.246;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:817,0,891 chrVIII 262647 . A G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:91:99:699,0,785 chrVIII 262734 . C T 1659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;DP=151;Dels=0.00;FS=4.203;HaplotypeScore=10.4753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.612;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,94:151:99:1689,0,980 chrVIII 262967 . C T 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;DP=109;Dels=0.00;FS=7.855;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.877;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:109:99:753,0,951 chrVIII 263049 . T C 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;DP=147;Dels=0.00;FS=0.632;HaplotypeScore=9.0207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.920;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,75:147:99:1067,0,1119 chrVIII 263170 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=74;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:568,0,780 chrVIII 263207 . G A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DP=72;Dels=0.00;FS=3.374;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.451;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:629,0,631 chrVIII 263248 . T G 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=105;Dels=0.00;FS=4.985;HaplotypeScore=10.7332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.632;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:105:99:997,0,892 chrVIII 263279 . T C 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=107;Dels=0.00;FS=10.887;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:983,0,1020 chrVIII 263344 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=81;Dels=0.00;FS=11.429;HaplotypeScore=5.1450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.598;QD=9.38;ReadPosRankSum=2.868;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:790,0,571 chrVIII 263382 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;DP=73;Dels=0.00;FS=21.370;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=5.00;ReadPosRankSum=2.509;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:73:99:395,0,755 chrVIII 263629 . G A 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=82;Dels=0.00;FS=4.253;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.066;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:954,0,564 chrVIII 264180 . G C 2201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.01;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2234,240,0 chrVIII 264351 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:576,0,401 chrVIII 265775 . G A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=33;Dels=0.00;FS=8.291;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.455;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:198,0,406 chrVIII 266203 . T C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.052;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:188,0,208 chrVIII 266326 . C G 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=24;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.279;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:24:99:200,0,154 chrVIII 266439 . A G 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=21;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.888;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:124,0,207 chrVIII 266713 . T G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;DP=21;Dels=0.00;FS=1.719;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.471;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:79:186,0,79 chrVIII 266720 . A G 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=21;Dels=0.00;FS=4.018;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.320;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:82:156,0,82 chrVIII 266732 . G A 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:155,0,156 chrVIII 266757 . C T 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=32;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.830;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:32:99:224,0,214 chrVIII 267168 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;DP=64;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.930;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:64:99:603,0,443 chrVIII 267185 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=77;Dels=0.00;FS=4.536;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.740;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:614,0,762 chrVIII 267532 . T C 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.561;DP=107;Dels=0.00;FS=9.316;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:1071,0,870 chrVIII 268627 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:292,0,636 chrVIII 268759 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.099;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:400,0,750 chrVIII 269348 . T A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=95;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:811,0,804 chrVIII 269395 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.380;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:603,0,418 chrVIII 270109 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=60;Dels=0.00;FS=7.277;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.811;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:607,0,510 chrVIII 270259 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.930;DP=62;Dels=0.00;FS=0.994;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=5.08;ReadPosRankSum=-2.005;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:62:99:345,0,644 chrVIII 270272 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=61;Dels=0.00;FS=3.585;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:290,0,658 chrVIII 271018 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=95;Dels=0.00;FS=3.882;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:95:99:601,0,828 chrVIII 271937 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.622;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:326,0,220 chrVIII 271941 . T A 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=3.038;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.493;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:286,0,280 chrVIII 272115 . A T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;DP=62;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.563;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:491,0,705 chrVIII 272308 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=44;Dels=0.00;FS=19.350;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.699;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:44:99:431,0,337 chrVIII 272489 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=59;Dels=0.00;FS=2.657;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:471,0,602 chrVIII 272512 . C G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DP=63;Dels=0.00;FS=3.805;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.626;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:430,0,692 chrVIII 272617 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;DP=43;Dels=0.00;FS=9.040;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.061;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:380,0,355 chrVIII 272785 . G C 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;DP=44;Dels=0.00;FS=7.182;HaplotypeScore=6.6793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.442;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:301,0,303 chrVIII 273067 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.187;DP=45;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.731;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:323,0,435 chrVIII 273116 . T C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=48;Dels=0.00;FS=6.565;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:315,0,440 chrVIII 273164 . A C 605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=18.33;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:638,69,0 chrVIII 273178 . A T 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=20.55;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:855,90,0 chrVIII 273214 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=35;Dels=0.00;FS=1.480;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.281;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:321,0,207 chrVIII 273222 . G A 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=17.24;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:619,66,0 chrVIII 273274 . C T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.697;DP=30;Dels=0.00;FS=3.453;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.262;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:212,0,326 chrVIII 273346 . T C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=44;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:326,0,441 chrVIII 273972 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=72;Dels=0.00;FS=7.803;HaplotypeScore=12.2488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.244;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:625,0,548 chrVIII 274227 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=9.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:401,0,668 chrVIII 274295 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=72;Dels=0.00;FS=3.269;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:72:99:670,0,648 chrVIII 275355 . C G 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.075;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:479,0,534 chrVIII 275572 . A T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=41;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.291;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:394,0,354 chrVIII 276173 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=11.51;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:548,0,311 chrVIII 276177 . A T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=46;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:544,0,352 chrVIII 276665 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:265,0,265 chrVIII 276701 . T A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;DP=34;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:246,0,423 chrVIII 276706 . A T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.923;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:248,0,382 chrVIII 276817 . G T 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DP=94;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.176;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:94:99:708,0,1140 chrVIII 276928 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;DP=92;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=7.5850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:92:99:546,0,1044 chrVIII 276944 . C A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=86;Dels=0.00;FS=0.862;HaplotypeScore=5.9297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.719;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:509,0,971 chrVIII 277837 . G A 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.964;DP=109;Dels=0.00;FS=6.100;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.198;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,57:109:99:954,0,958 chrVIII 278206 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.309;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:642,0,879 chrVIII 278298 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;DP=63;Dels=0.00;FS=4.410;HaplotypeScore=4.9675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:522,0,750 chrVIII 278404 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=61;Dels=0.00;FS=5.246;HaplotypeScore=9.0073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:423,0,680 chrVIII 278605 . C T 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;DP=136;Dels=0.00;FS=10.799;HaplotypeScore=10.4376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,69:136:99:1122,0,1241 chrVIII 278773 . C T 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;DP=71;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:763,0,588 chrVIII 278821 . A C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.152;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.177;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:674,0,246 chrVIII 278857 . A T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DP=47;Dels=0.00;FS=1.482;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.065;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:477,0,268 chrVIII 279197 . T G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=35;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:363,0,200 chrVIII 279622 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=71;Dels=0.00;FS=2.527;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.713;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:519,0,719 chrVIII 279897 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.290;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:727,0,813 chrVIII 280101 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:503,0,327 chrVIII 280455 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DP=57;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:439,0,580 chrVIII 280472 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;DP=70;Dels=0.00;FS=1.111;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.063;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:605,0,758 chrVIII 280642 . C G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;DP=50;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=6.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:50:99:284,0,370 chrVIII 280747 . C T 1183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.682;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:120:99:1213,0,1072 chrVIII 280864 . T C 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=109;Dels=0.00;FS=6.146;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.566;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:109:99:907,0,1005 chrVIII 280897 . A T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=75;Dels=0.00;FS=9.697;HaplotypeScore=4.7122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.048;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:750,0,712 chrVIII 280990 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=101;Dels=0.00;FS=3.750;HaplotypeScore=8.7811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:101:99:600,0,1085 chrVIII 281002 . C T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;DP=99;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=6.5552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.656;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:666,0,952 chrVIII 281374 . A G 1598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=10.24;ReadPosRankSum=2.436;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,81:156:99:1628,0,1255 chrVIII 282587 . G A 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:54:99:528,0,293 chrVIII 282930 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=65;Dels=0.00;FS=5.611;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:309,0,661 chrVIII 283226 . T C 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:749,84,0 chrVIII 283245 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=36;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:380,0,146 chrVIII 283616 . T C 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=22.06;ReadPosRankSum=2.917;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:84:99:1886,210,0 chrVIII 284047 . C G 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=17.84;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:1567,171,0 chrVIII 284155 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;DP=47;Dels=0.00;FS=9.475;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=13.09;ReadPosRankSum=-2.243;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:645,0,325 chrVIII 285065 . T A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=72;Dels=0.00;FS=6.816;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.445;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:448,0,921 chrVIII 285125 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=57;Dels=0.00;FS=1.045;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:569,0,424 chrVIII 285862 . A C 1934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.02;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1967,216,0 chrVIII 286572 . T A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;DP=49;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.784;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:214,0,473 chrVIII 286796 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.137;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:294,0,219 chrVIII 286927 . A T 393.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=71;Dels=0.00;FS=8.270;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:423,0,795 chrVIII 287084 . C A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=60;Dels=0.00;FS=3.118;HaplotypeScore=6.4332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.647;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:533,0,635 chrVIII 287468 . A G 514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=21.42;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:60:547,60,0 chrVIII 287687 . G A 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=22.77;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1217,132,0 chrVIII 287708 . A G 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=24.98;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1457,156,0 chrVIII 287946 . C T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=38;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.044;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:175,0,242 chrVIII 287993 . A T 165.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=43;Dels=0.00;FS=4.837;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-5.440;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:195,0,500 chrVIII 287996 . G C 145.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=43;Dels=0.00;FS=4.837;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-5.440;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.239;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:175,0,465 chrVIII 288002 . A T 163.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DP=47;Dels=0.00;FS=6.781;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.210;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:193,0,557 chrVIII 288005 . T C 204.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=46;Dels=0.00;FS=6.781;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.760;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:234,0,477 chrVIII 288007 . A G 196.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=47;Dels=0.00;FS=6.781;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.895;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:226,0,549 chrVIII 288031 . A G 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;DP=48;Dels=0.00;FS=13.391;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.318;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.408;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:286,0,449 chrVIII 288095 . G A 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1109,117,0 chrVIII 288305 . T C 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=23.60;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1166,129,0 chrVIII 288386 . T C 65.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=37;Dels=0.00;FS=5.297;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.072;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.535;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:95:95,0,432 chrVIII 288390 . T C 421.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;DP=40;Dels=0.00;FS=5.133;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=3.596;QD=10.53;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:40:97:451,0,97 chrVIII 288392 . T G 57.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DP=39;Dels=0.00;FS=5.133;HaplotypeScore=4.5622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.659;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.989;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:39:87:87,0,496 chrVIII 288394 . C A 27.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=40;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=4.5622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.446;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.431;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:40:57:57,0,481 chrVIII 288395 . T A 29.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=43;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=5.2273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.994;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:59:59,0,473 chrVIII 288397 . A G 20.05 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DP=44;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=6.0160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.486;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.454;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:44:50:50,0,495 chrVIII 288430 . A T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;DP=77;Dels=0.00;FS=7.612;HaplotypeScore=5.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.941;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:394,0,653 chrVIII 288629 . T A 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.842;DP=60;Dels=0.00;FS=0.986;HaplotypeScore=5.7702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:372,0,623 chrVIII 288884 . T G 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=22.47;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1808,195,0 chrVIII 289028 . A T 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DP=14;Dels=0.00;FS=5.219;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=7.00;ReadPosRankSum=2.177;SB=-7.795e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:128,0,106 chrVIII 289502 . G A 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.181;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:105,0,267 chrVIII 289546 . G C 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=10;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:62:62,0,86 chrVIII 289695 . T C 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=56;Dels=0.00;FS=11.083;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=20.68;ReadPosRankSum=2.362;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1191,132,0 chrVIII 289718 . A T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=61;Dels=0.00;FS=4.086;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.320;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:284,0,809 chrVIII 289811 . A T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=53;Dels=0.00;FS=1.111;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.421;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:472,0,468 chrVIII 289865 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=39;Dels=0.00;FS=6.832;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.350;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:392,0,340 chrVIII 289928 . G T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;DP=38;Dels=0.00;FS=6.832;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:471,0,292 chrVIII 290277 . G T 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.881;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,51:79:99:898,0,439 chrVIII 290541 . C A 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.753;DP=80;Dels=0.00;FS=19.213;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.515;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.743;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:880,0,576 chrVIII 290774 . C T 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=104;Dels=0.00;FS=8.767;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:888,0,1074 chrVIII 291312 . G A 1142 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=19.03;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1175,126,0 chrVIII 291315 . A G 988 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.73;MQ0=0;QD=17.33;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1021,114,0 chrVIII 291318 . G A 773 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.26;MQ0=0;QD=13.33;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:87:806,87,0 chrVIII 291327 . T G 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.00;MQ0=0;QD=13.78;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:72:667,72,0 chrVIII 291360 . T G 325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=9.85;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:39:358,39,0 chrVIII 291363 . A T 309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=9.36;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:39:342,39,0 chrVIII 291381 . G A 251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;QD=8.10;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:30:284,30,0 chrVIII 291396 . G A 164.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.17;MQ0=0;QD=5.13;SB=-2.881e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:21:197,21,0 chrVIII 291399 . A G 144.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=36;Dels=0.00;FS=8.403;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.49;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=4.00;ReadPosRankSum=2.314;SB=-2.621e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:21:177,21,0 chrVIII 291402 . A T 163.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.02;MQ0=0;QD=5.26;SB=-2.841e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:21:196,21,0 chrVIII 291411 . G A 200.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.97;MQ0=0;QD=6.90;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:24:233,24,0 chrVIII 291731 . T C 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=15.84;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:81:730,81,0 chrVIII 291996 . G A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=50;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:274,0,297 chrVIII 291998 . C G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=45;Dels=0.00;FS=4.454;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.091;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:45:99:374,0,293 chrVIII 292266 . A G 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=65;Dels=0.00;FS=23.235;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:694,0,294 chrVIII 292444 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.718;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:603,0,221 chrVIII 292494 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;DP=44;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=6.25;ReadPosRankSum=-2.275;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:305,0,350 chrVIII 293037 . G C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;DP=56;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=6.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=2.181;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.518;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:431,0,511 chrVIII 293111 . C A 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.200;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:149,0,172 chrVIII 293373 . A C 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.419;DP=20;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:85:85,0,248 chrVIII 293377 . A C 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=20;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:89:89,0,165 chrVIII 293487 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.447;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.969;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.012;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:469,0,329 chrVIII 293785 . G C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=49;Dels=0.00;FS=3.207;HaplotypeScore=15.2468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:261,0,506 chrVIII 293825 . T C 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=23.00;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1183,129,0 chrVIII 294166 . G C 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=101;Dels=0.00;FS=0.752;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:101:99:1118,0,738 chrVIII 294201 . G A 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.613;DP=99;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:99:99:874,0,838 chrVIII 294202 . G A 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=100;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:100:99:865,0,885 chrVIII 294432 . A G 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=96;Dels=0.00;FS=2.733;HaplotypeScore=12.8243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.360;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:96:99:1099,0,592 chrVIII 294569 . C G 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;DP=114;Dels=0.00;FS=8.171;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,67:114:99:1169,0,804 chrVIII 295005 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DP=56;Dels=0.00;FS=2.250;HaplotypeScore=7.2542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.520;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:550,0,424 chrVIII 295787 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.350;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:218,0,376 chrVIII 296229 . T G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.738;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:271,0,256 chrVIII 296330 . A T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:44:44,0,70 chrVIII 296649 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=40;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.604;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:340,0,462 chrVIII 296843 . T C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=70;Dels=0.00;FS=6.522;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=9.77;ReadPosRankSum=-3.247;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:714,0,607 chrVIII 296845 . A G 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=71;Dels=0.00;FS=6.632;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=8.34;ReadPosRankSum=3.225;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:622,0,704 chrVIII 296890 . G A 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.59;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1401,147,0 chrVIII 297072 . A T 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.43;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1361,141,0 chrVIII 297766 . A G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;DP=56;Dels=0.00;FS=3.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.531;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:231,0,477 chrVIII 298950 . T A 1965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.85;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1998,210,0 chrVIII 298979 . A G 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.876;DP=121;Dels=0.00;FS=2.519;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.447;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:121:99:1006,0,1040 chrVIII 299760 . A G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.934;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:710,0,875 chrVIII 299939 . C G 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=107;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=8.8735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.679;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:107:99:989,0,801 chrVIII 300410 . A C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;DP=77;Dels=0.00;FS=3.262;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:77:99:688,0,626 chrVIII 301054 . A G 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.672;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1244,135,0 chrVIII 301325 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=39;Dels=0.00;FS=7.125;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=6.51;ReadPosRankSum=-2.832;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:284,0,383 chrVIII 301413 . G A 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DP=35;Dels=0.00;FS=8.261;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:138,0,240 chrVIII 301676 . T A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=47;Dels=0.00;FS=6.445;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=3.066;QD=4.09;ReadPosRankSum=2.092;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:222,0,390 chrVIII 302087 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DP=38;Dels=0.00;FS=1.724;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:361,0,456 chrVIII 303260 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:578,0,672 chrVIII 304267 . C G 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=113;Dels=0.00;FS=2.573;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.674;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.077;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:113:99:983,0,1109 chrVIII 304629 . T C 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=104;Dels=0.00;FS=1.673;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=6.68;ReadPosRankSum=1.371;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:725,0,1005 chrVIII 304632 . A G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;DP=101;Dels=0.00;FS=1.723;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.555;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:689,0,984 chrVIII 304696 . A C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.926;DP=99;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=5.1419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:99:99:667,0,1061 chrVIII 305002 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:543,0,717 chrVIII 305927 . G A 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.784;DP=76;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=9.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.106;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:76:99:766,0,449 chrVIII 306260 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=48;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:447,0,374 chrVIII 306523 . G C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.798;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:85:99:596,0,636 chrVIII 309150 . T C 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=110;Dels=0.00;FS=6.957;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:1028,0,881 chrVIII 309963 . A G 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.32;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1432,159,0 chrVIII 310071 . A T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;DP=94;Dels=0.00;FS=3.896;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.964;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:816,0,967 chrVIII 311170 . G T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.237;DP=60;Dels=0.00;FS=0.989;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:628,0,531 chrVIII 311326 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=46;Dels=0.00;FS=4.546;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:285,0,541 chrVIII 311445 . C G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:570,0,482 chrVIII 311928 . A G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.826;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:64:99:626,0,456 chrVIII 312174 . T G 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.89;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1072,117,0 chrVIII 313101 . A G 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=117;Dels=0.00;FS=3.745;HaplotypeScore=4.8970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.707;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:117:99:969,0,988 chrVIII 313105 . A G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=107;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=5.6857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:107:99:897,0,1016 chrVIII 313409 . C T 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=103;Dels=0.00;FS=15.895;HaplotypeScore=5.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.311;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:997,0,800 chrVIII 313821 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:287,0,503 chrVIII 314156 . G T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;DP=46;Dels=0.00;FS=4.824;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:460,0,429 chrVIII 314614 . C T 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:195,0,366 chrVIII 314622 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=37;Dels=0.00;FS=2.013;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:241,0,401 chrVIII 315347 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;DP=84;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.160;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:698,0,670 chrVIII 315358 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=82;Dels=0.00;FS=3.936;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.425;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:82:99:584,0,655 chrVIII 315367 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=81;Dels=0.00;FS=9.696;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.733;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:563,0,731 chrVIII 315450 . A G 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=21.22;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2091,228,0 chrVIII 315782 . G A 1483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.796;DP=162;Dels=0.00;FS=0.590;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.481;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,87:162:99:1513,0,1216 chrVIII 315789 . T C 3642.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.224;DP=185;Dels=0.00;FS=5.232;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=19.69;ReadPosRankSum=3.413;SB=-1.854e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,181:185:99:3642,399,0 chrVIII 315879 . T C 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.99;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:104:99:2320,261,0 chrVIII 316017 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.172;DP=68;Dels=0.00;FS=4.289;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.767;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:472,0,722 chrVIII 316075 . A T 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=129;Dels=0.00;FS=11.944;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.908;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:129:99:1035,0,1047 chrVIII 316541 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=66;Dels=0.00;FS=7.863;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:661,0,533 chrVIII 317021 . T A 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.003;DP=72;Dels=0.00;FS=4.885;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.925;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.074;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:666,0,517 chrVIII 317030 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DP=65;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:693,0,434 chrVIII 317153 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DP=48;Dels=0.00;FS=1.225;HaplotypeScore=2.3249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:48:99:474,0,217 chrVIII 317247 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=10.73;ReadPosRankSum=1.313;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:663,0,446 chrVIII 317296 . A G 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=18.52;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:996,105,0 chrVIII 317384 . A G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=74;Dels=0.00;FS=3.269;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.806;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:670,0,416 chrVIII 317401 . G A 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:911,0,545 chrVIII 317423 . G A 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.394;DP=92;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.618;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:738,0,626 chrVIII 317435 . A G 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.764;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:107:99:745,0,717 chrVIII 317992 . G A 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=19.77;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1140,120,0 chrVIII 318122 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=74;Dels=0.00;FS=3.678;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:671,0,577 chrVIII 318497 . G A 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=51;Dels=0.00;FS=4.437;HaplotypeScore=2.5671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=23.08;ReadPosRankSum=1.109;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1210,129,0 chrVIII 318514 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=51;Dels=0.00;FS=1.144;HaplotypeScore=4.3365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:510,0,352 chrVIII 319010 . A T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.759;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:637,0,459 chrVIII 319046 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=56;Dels=0.00;FS=2.337;HaplotypeScore=5.8327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.254;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:573,0,314 chrVIII 319202 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:56:99:409,0,568 chrVIII 319400 . C A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=62;Dels=0.00;FS=5.270;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.561;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:62:99:467,0,335 chrVIII 319436 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=41;Dels=0.00;FS=9.729;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:181,0,430 chrVIII 319491 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=58;Dels=0.00;FS=7.709;HaplotypeScore=3.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.529;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:300,0,617 chrVIII 319904 . G T 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=126;Dels=0.00;FS=1.642;HaplotypeScore=6.8498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.776;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,55:126:99:997,0,1424 chrVIII 320440 . A C 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.866;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.379;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:77:99:721,0,683 chrVIII 320473 . G A 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;DP=84;Dels=0.00;FS=0.906;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:786,0,708 chrVIII 320515 . T C 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:659,0,674 chrVIII 320578 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.273;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:312,0,688 chrVIII 320927 . G A 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=21.91;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1063,120,0 chrVIII 320985 . G C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.801;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:376,0,276 chrVIII 321073 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:650,0,857 chrVIII 321242 . T C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=45;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.851;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:406,0,393 chrVIII 321670 . A T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:746,0,793 chrVIII 322064 . G A 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:94:99:968,0,833 chrVIII 322084 . C G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;DP=88;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.110;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:794,0,860 chrVIII 322875 . T A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.507;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:674,0,564 chrVIII 324517 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;DP=74;Dels=0.00;FS=3.507;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.346;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.607;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:74:99:561,0,782 chrVIII 324641 . G A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:371,0,355 chrVIII 325071 . A G 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:151,0,212 chrVIII 325302 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=40;Dels=0.00;FS=7.273;HaplotypeScore=5.9563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.055;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:417,0,226 chrVIII 325404 . T G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=23;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:209,0,192 chrVIII 325975 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.357;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:95:99:807,0,1015 chrVIII 326153 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=44;Dels=0.00;FS=4.615;HaplotypeScore=1.8519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.844;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:404,0,209 chrVIII 326461 . G C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=56;Dels=0.00;FS=3.794;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:56:99:555,0,373 chrVIII 326679 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=108;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=15.0903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:108:99:691,0,1036 chrVIII 326825 . G T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;DP=65;Dels=0.00;FS=12.135;HaplotypeScore=4.1521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.399;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:523,0,784 chrVIII 327083 . G A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=58;Dels=0.00;FS=1.208;HaplotypeScore=4.2274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:544,0,286 chrVIII 327200 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;DP=58;Dels=0.00;FS=2.250;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:444,0,638 chrVIII 327257 . T C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=32;Dels=0.00;FS=1.340;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.642;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:269,0,312 chrVIII 327854 . C T 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=20.95;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1227,129,0 chrVIII 328055 . A G 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;DP=53;Dels=0.00;FS=3.822;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.634;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:366,0,563 chrVIII 328271 . C A 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.50;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1452,159,0 chrVIII 328366 . T A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DP=58;Dels=0.00;FS=11.916;HaplotypeScore=8.4836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:658,0,514 chrVIII 329277 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DP=52;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:589,0,439 chrVIII 329295 . T C 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=23.11;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1281,135,0 chrVIII 329544 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=36;Dels=0.00;FS=1.496;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.578;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:291,0,321 chrVIII 329634 . T C 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=15.18;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:701,78,0 chrVIII 330227 . G T 1423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.134;DP=133;Dels=0.00;FS=3.216;HaplotypeScore=10.4741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.407;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,76:133:99:1453,0,1074 chrVIII 330444 . T C 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.392;DP=123;Dels=0.00;FS=8.370;HaplotypeScore=15.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.888;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:123:99:980,0,1087 chrVIII 330629 . T C 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.29;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1736,195,0 chrVIII 330721 . T C 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=121;Dels=0.00;FS=7.241;HaplotypeScore=16.8840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.195;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:121:99:1009,0,950 chrVIII 330832 . C T 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;DP=77;Dels=0.00;FS=1.924;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:815,0,638 chrVIII 331641 . A G 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DP=39;Dels=0.00;FS=9.636;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.671;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:39:99:139,0,431 chrVIII 332120 . T G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=50;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=5.9815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.392;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:339,0,451 chrVIII 332305 . A C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:418,0,496 chrVIII 332738 . T A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=69;Dels=0.00;FS=2.211;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.006;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:755,0,526 chrVIII 333277 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=50;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:409,0,434 chrVIII 333590 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;DP=38;Dels=0.00;FS=5.041;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:261,0,412 chrVIII 333780 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DP=44;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:586,0,167 chrVIII 333944 . G A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.380;DP=67;Dels=0.00;FS=7.107;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:569,0,527 chrVIII 334370 . T C 1213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.142;DP=189;Dels=0.01;FS=1.833;HaplotypeScore=14.3701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,81:188:99:1243,0,1994 chrVIII 334394 . G A 1583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DP=203;Dels=0.00;FS=1.724;HaplotypeScore=21.0932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,97:203:99:1613,0,1870 chrVIII 334619 . T A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=100;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.594;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:625,0,779 chrVIII 334794 . G A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.584;DP=87;Dels=0.00;FS=0.991;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.005;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:87:99:575,0,849 chrVIII 334853 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.706;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:494,0,666 chrVIII 334860 . A T 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=16.63;ReadPosRankSum=1.633;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1214,129,0 chrVIII 334983 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DP=51;Dels=0.00;FS=2.369;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:419,0,335 chrVIII 335688 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=80;Dels=0.00;FS=11.372;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:576,0,720 chrVIII 335817 . G T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.672;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.507;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:430,0,422 chrVIII 335859 . C T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:56:99:536,0,421 chrVIII 335899 . C T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;DP=74;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=4.2968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.674;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,48:74:99:838,0,406 chrVIII 336067 . C T 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.23;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1368,147,0 chrVIII 336408 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:335,0,476 chrVIII 337147 . C A 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.19;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:84:755,84,0 chrVIII 337281 . C T 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.55;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:975,102,0 chrVIII 337323 . G A 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=24.02;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1042,111,0 chrVIII 337365 . T A 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=21.09;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:940,99,0 chrVIII 337372 . C T 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=48;Dels=0.00;FS=8.783;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:236,0,549 chrVIII 337794 . T A 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=18.96;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1474,150,0 chrVIII 337824 . A G 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=18.66;ReadPosRankSum=1.685;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1414,156,0 chrVIII 337892 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=39;Dels=0.00;FS=8.149;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.563;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:413,0,249 chrVIII 338392 . G A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=111;Dels=0.00;FS=0.705;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:111:99:943,0,1036 chrVIII 339158 . C T 1655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DP=135;Dels=0.00;FS=0.676;HaplotypeScore=15.1795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.829;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.036;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,81:135:99:1685,0,937 chrVIII 339361 . C T 1942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.58;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1975,207,0 chrVIII 339601 . A C 2191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.56;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:93:99:2224,243,0 chrVIII 339762 . A C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;DP=65;Dels=0.00;FS=27.948;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=3.244;QD=0.57;ReadPosRankSum=-1.502;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,10:65:67:67,0,1233 chrVIII 340031 . T A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=66;Dels=0.00;FS=39.561;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.815;QD=10.70;ReadPosRankSum=-2.302;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,49:66:86:736,0,86 chrVIII 340175 . C T 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.04;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1506,162,0 chrVIII 340247 . C T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=43;Dels=0.00;FS=21.736;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.702;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,34:43:99:620,0,146 chrVIII 340253 . G A 53.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=37;Dels=0.00;FS=16.577;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.927;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:37:83:83,0,560 chrVIII 340348 . G T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;DP=38;Dels=0.00;FS=37.781;HaplotypeScore=14.3800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=0.37;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-6.498e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:38:44:44,0,436 chrVIII 340712 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;DP=42;Dels=0.00;FS=1.287;HaplotypeScore=7.4752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.014;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:42:99:352,0,242 chrVIII 341299 . T C 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.341;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:184,0,206 chrVIII 341383 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.251;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:350,0,222 chrVIII 341482 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.369;DP=39;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:283,0,346 chrVIII 341488 . G A 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=17.78;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:673,72,0 chrVIII 341532 . T A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:280,0,370 chrVIII 341556 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;DP=50;Dels=0.00;FS=2.482;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.264;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:344,0,383 chrVIII 341676 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=41;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=5.1056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:41:99:336,0,309 chrVIII 342138 . G A 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.811;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:30:99:186,0,162 chrVIII 342157 . G C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=34;Dels=0.00;FS=5.871;HaplotypeScore=3.4034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.171;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:208,0,216 chrVIII 342323 . G A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=112;Dels=0.00;FS=1.521;HaplotypeScore=8.0575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.003;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.027;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:854,0,1063 chrVIII 342575 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=54;Dels=0.00;FS=22.109;HaplotypeScore=5.3285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.612;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:597,0,303 chrVIII 342829 . C G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;DP=39;Dels=0.00;FS=1.524;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.145;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:99:568,0,126 chrVIII 342881 . A T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=32;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=11.44;ReadPosRankSum=-2.413;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:396,0,231 chrVIII 343035 . A C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:509,0,528 chrVIII 343227 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.716;DP=42;Dels=0.00;FS=2.945;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.896;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:353,0,297 chrVIII 343303 . C G 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.081;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:464,0,214 chrVIII 343333 . T G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.173;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:420,0,279 chrVIII 343392 . G C 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=17.06;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:96:886,96,0 chrVIII 343561 . G A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=46;Dels=0.00;FS=6.133;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.287;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:315,0,467 chrVIII 343605 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DP=50;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:411,0,523 chrVIII 344585 . A G 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=75;Dels=0.00;FS=12.805;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:405,0,891 chrVIII 344636 . T G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=81;Dels=0.00;FS=3.194;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.217;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,28:81:99:457,0,939 chrVIII 344831 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.023;QD=5.36;ReadPosRankSum=-2.381;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:72:99:416,0,729 chrVIII 344834 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;DP=68;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.057;QD=5.46;ReadPosRankSum=-2.279;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:401,0,697 chrVIII 344900 . C A 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=53;Dels=0.00;FS=4.357;HaplotypeScore=7.4858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:99:116,0,513 chrVIII 344942 . C T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=48;Dels=0.00;FS=12.068;HaplotypeScore=4.7919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:356,0,373 chrVIII 345071 . C A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:551,0,361 chrVIII 345359 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=64;Dels=0.00;FS=6.611;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.451;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:407,0,668 chrVIII 345371 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=73;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.565;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:478,0,698 chrVIII 345425 . T C 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:84:99:675,0,653 chrVIII 345440 . G A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=70;Dels=0.00;FS=3.280;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.996;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:632,0,481 chrVIII 345473 . A G 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.817;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:159,0,719 chrVIII 345623 . G A 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=41;Dels=0.00;FS=2.820;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:251,0,348 chrVIII 345875 . G A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:25:99:170,0,263 chrVIII 346315 . G T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=35;Dels=0.00;FS=8.193;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.087;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:95:370,0,95 chrVIII 346538 . C A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=104;Dels=0.00;FS=3.664;HaplotypeScore=11.9862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:854,0,887 chrVIII 347320 . A T 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DP=82;Dels=0.00;FS=4.261;HaplotypeScore=5.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.855;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:765,0,689 chrVIII 347353 . C T 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=81;Dels=0.00;FS=0.851;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:815,0,661 chrVIII 347674 . A G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=89;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:89:99:750,0,932 chrVIII 348037 . G C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=99;Dels=0.00;FS=3.953;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.787;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:99:99:499,0,956 chrVIII 348041 . A C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=99;Dels=0.00;FS=3.819;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.397;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:589,0,993 chrVIII 348142 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=57;Dels=0.00;FS=3.720;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:491,0,394 chrVIII 348154 . C A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.417;DP=54;Dels=0.00;FS=7.565;HaplotypeScore=2.6855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.214;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:451,0,316 chrVIII 348178 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:374,0,391 chrVIII 348194 . G T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:376,0,297 chrVIII 348326 . A C 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=8.05;ReadPosRankSum=2.272;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:103:99:859,0,978 chrVIII 348442 . T A 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;DP=51;Dels=0.00;FS=3.978;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:354,0,437 chrVIII 348455 . C A 292.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.014;DP=39;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:322,0,319 chrVIII 348461 . G A 263.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=40;Dels=0.00;FS=4.575;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.271;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:293,0,290 chrVIII 348462 . T C 274.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DP=40;Dels=0.00;FS=4.773;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.122;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:304,0,309 chrVIII 348478 . G T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=41;Dels=0.00;FS=6.684;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:352,0,329 chrVIII 348572 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;DP=44;Dels=0.00;FS=6.562;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:44:99:476,0,305 chrVIII 348634 . G T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;DP=56;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.390;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:56:99:619,0,355 chrVIII 348790 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=46;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.176;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:418,0,434 chrVIII 348802 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;DP=44;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.480;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:402,0,413 chrVIII 348868 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.322;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:495,0,707 chrVIII 348883 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=66;Dels=0.00;FS=1.074;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.353;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:471,0,687 chrVIII 348973 . A C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.540;DP=53;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:501,0,421 chrVIII 348982 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=68;Dels=0.00;FS=3.389;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.887;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:560,0,540 chrVIII 349120 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.235;DP=65;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:65:99:508,0,683 chrVIII 349353 . G A 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=107;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=18.3404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:107:99:880,0,722 chrVIII 349489 . G A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=64;Dels=0.00;FS=2.136;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.954;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:453,0,477 chrVIII 349648 . T G 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=92;Dels=0.00;FS=6.888;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.901;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:805,0,616 chrVIII 349745 . C G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=91;Dels=0.00;FS=1.961;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.502;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:91:99:472,0,1047 chrVIII 349748 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=94;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=8.9805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.929;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.413;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:462,0,1087 chrVIII 349882 . G A 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=87;Dels=0.00;FS=18.550;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.279;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.844;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,54:87:99:1051,0,599 chrVIII 349912 . A C 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=94;Dels=0.00;FS=7.361;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,56:94:99:997,0,601 chrVIII 350240 . C A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=60;Dels=0.00;FS=11.075;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.649;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.606;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:586,0,320 chrVIII 350566 . T C 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;DP=55;Dels=0.00;FS=3.920;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=7.40;ReadPosRankSum=-2.653;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:437,0,702 chrVIII 350971 . T C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;DP=76;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=7.4890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.509;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:76:99:626,0,741 chrVIII 351025 . T A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.860;DP=62;Dels=0.00;FS=5.655;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.234;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:315,0,578 chrVIII 351026 . A T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;DP=62;Dels=0.00;FS=3.939;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.518;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:277,0,645 chrVIII 351568 . C T 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.925;DP=80;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:769,0,511 chrVIII 351601 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.444;DP=92;Dels=0.00;FS=10.321;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.005;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:707,0,943 chrVIII 351610 . T C 2356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.296;DP=109;Dels=0.00;FS=2.090;HaplotypeScore=13.5782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=21.61;ReadPosRankSum=2.571;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:2389,264,0 chrVIII 351675 . C T 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;DP=96;Dels=0.00;FS=10.563;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:1072,0,759 chrVIII 351767 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=39;Dels=0.00;FS=10.312;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.093;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.111;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:413,0,261 chrVIII 351784 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;DP=39;Dels=0.00;FS=5.015;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.490;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:39:99:347,0,304 chrVIII 351889 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=45;Dels=0.00;FS=10.187;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:355,0,395 chrVIII 352207 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=74;Dels=0.00;FS=8.998;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:774,0,720 chrVIII 352685 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DP=61;Dels=0.00;FS=5.403;HaplotypeScore=9.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.873;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:573,0,461 chrVIII 353024 . A C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.415;DP=92;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=7.15;ReadPosRankSum=2.156;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:92:99:688,0,1058 chrVIII 353232 . A G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.112;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:373,0,713 chrVIII 353281 . G C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.199;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:77:99:553,0,836 chrVIII 353586 . G T 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.490;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=2.775;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.935;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:98:99:990,0,917 chrVIII 353681 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.913;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.559;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:79:99:498,0,689 chrVIII 354035 . T G 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;DP=62;Dels=0.00;FS=7.424;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:613,0,445 chrVIII 354125 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.758;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.676;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:68:99:546,0,644 chrVIII 354218 . C G 1257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=109;Dels=0.00;FS=3.738;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.059;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,62:109:99:1287,0,878 chrVIII 354347 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=69;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:620,0,497 chrVIII 354672 . T G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.480;DP=83;Dels=0.00;FS=1.908;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=5.96;ReadPosRankSum=-2.876;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:525,0,868 chrVIII 355198 . G A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=75;Dels=0.00;FS=4.468;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:453,0,634 chrVIII 355733 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;DP=75;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.376;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:650,0,616 chrVIII 356286 . C T 2954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=26.61;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2987,309,0 chrVIII 356544 . T C 1271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=155;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=19.0284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.397;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,71:155:99:1301,0,1385 chrVIII 357046 . C T 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=71;Dels=0.00;FS=8.740;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=11.18;ReadPosRankSum=1.133;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:824,0,472 chrVIII 357235 . C A 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:106:99:940,0,1159 chrVIII 358013 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:660,0,959 chrVIII 358019 . A G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.773;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=6.75;ReadPosRankSum=2.642;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:96:99:678,0,1125 chrVIII 358619 . A G 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=96;Dels=0.00;FS=4.075;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=9.59;ReadPosRankSum=2.402;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:951,0,637 chrVIII 359203 . C T 1719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.446;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,95:192:99:1749,0,1800 chrVIII 359228 . T A 1511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.256;DP=188;Dels=0.00;FS=5.631;HaplotypeScore=13.0872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.777;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,96:188:99:1541,0,1535 chrVIII 359671 . A T 1372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;DP=143;Dels=0.00;FS=4.298;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.372;QD=9.59;ReadPosRankSum=3.194;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,69:143:99:1402,0,1477 chrVIII 360080 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.853;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.272;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:582,0,719 chrVIII 360105 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=65;Dels=0.00;FS=2.113;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:416,0,667 chrVIII 360543 . G A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=75;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=11.8182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.228;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:75:99:569,0,898 chrVIII 360689 . A G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=40;Dels=0.00;FS=1.249;HaplotypeScore=6.5575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:292,0,366 chrVIII 361205 . A G 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=22.78;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1081,117,0 chrVIII 361212 . C T 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=15.35;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:43:81:693,81,0 chrVIII 361272 . G T 365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=15.21;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:398,45,0 chrVIII 361910 . A T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=37;Dels=0.03;FS=1.399;HaplotypeScore=11.0505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:75:75,0,157 chrVIII 362270 . C T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=46;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=5.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=8.41;ReadPosRankSum=2.474;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:417,0,363 chrVIII 362833 . C T 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.56;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1409,147,0 chrVIII 362889 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=120;Dels=0.00;FS=2.849;HaplotypeScore=7.2591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,48:120:99:665,0,1354 chrVIII 363516 . C T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=60;Dels=0.00;FS=7.237;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.399;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:699,0,385 chrVIII 364094 . A G 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=63;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=5.1269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.427;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:622,0,442 chrVIII 364268 . C T 1296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=149;Dels=0.00;FS=3.885;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.154;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,79:149:99:1326,0,1034 chrVIII 365208 . G A 2445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.213;DP=213;Dels=0.00;FS=4.211;HaplotypeScore=21.2831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.245;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,116:213:99:2475,0,1626 chrVIII 365358 . A G 2308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=109;Dels=0.00;FS=4.354;HaplotypeScore=3.4448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.573;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:2341,264,0 chrVIII 365403 . G A 126.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=61;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=9.8946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.014;QD=2.07;ReadPosRankSum=-3.995;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,19:61:99:156,0,506 chrVIII 365406 . G A 48.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.083;DP=54;Dels=0.00;FS=1.208;HaplotypeScore=10.0637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.240;QD=0.89;ReadPosRankSum=-4.471;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,14:54:78:78,0,537 chrVIII 365407 . T C 51.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DP=54;Dels=0.00;FS=1.208;HaplotypeScore=9.0771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.378;QD=0.94;ReadPosRankSum=-4.668;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,14:54:81:81,0,569 chrVIII 365448 . G A 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.995;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.882;QD=1.58;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,27:88:99:169,0,516 chrVIII 365460 . C A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.744;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.897;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:105:99:267,0,466 chrVIII 365464 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=118;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=6.0388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.186;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:118:99:367,0,557 chrVIII 366002 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.756;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:405,0,323 chrVIII 366115 . G A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=57;Dels=0.00;FS=1.155;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:585,0,335 chrVIII 366145 . T G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DP=58;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.968;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:550,0,326 chrVIII 366283 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=62;Dels=0.00;FS=5.399;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:448,0,726 chrVIII 366421 . C T 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:27:99:162,0,279 chrVIII 366775 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=24;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.295;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.525;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:24:84:335,0,84 chrVIII 367199 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DP=33;Dels=0.00;FS=1.545;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:265,0,474 chrVIII 368328 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;DP=55;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.298;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:264,0,492 chrVIII 368350 . C T 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;DP=74;Dels=0.00;FS=10.008;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:74:99:431,0,680 chrVIII 368503 . T C 1145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;DP=132;Dels=0.00;FS=4.653;HaplotypeScore=7.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.642;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,67:132:99:1175,0,1220 chrVIII 369175 . T G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.078;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:403,0,359 chrVIII 369483 . T A 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.695;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.700;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:745,0,862 chrVIII 369871 . C T 1165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=109;Dels=0.00;FS=3.732;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,64:109:99:1195,0,855 chrVIII 369898 . G A 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=94;Dels=0.00;FS=2.784;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=11.63;ReadPosRankSum=1.699;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,56:94:99:1123,0,647 chrVIII 370284 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.834;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:363,0,532 chrVIII 370997 . C A 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=24.77;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2386,249,0 chrVIII 371149 . G C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.756;DP=70;Dels=0.00;FS=3.415;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.370;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:566,0,624 chrVIII 372172 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=63;Dels=0.00;FS=8.762;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:491,0,630 chrVIII 372393 . A T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=67;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=4.3509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.719;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:600,0,677 chrVIII 372705 . C A 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=105;Dels=0.00;FS=3.971;HaplotypeScore=11.3776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,58:105:99:1127,0,783 chrVIII 372964 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=82;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:82:99:471,0,746 chrVIII 373060 . T C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=48;Dels=0.00;FS=11.780;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.711;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:358,0,388 chrVIII 373115 . A T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.805;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:262,0,274 chrVIII 373116 . T G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.148;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.109;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:251,0,278 chrVIII 373133 . T C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;DP=39;Dels=0.00;FS=3.215;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.361;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:331,0,187 chrVIII 373555 . C T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:248,0,464 chrVIII 373666 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=30;Dels=0.00;FS=1.477;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:347,0,198 chrVIII 373927 . C A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.841;DP=47;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=5.8017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=7.21;ReadPosRankSum=2.245;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:369,0,319 chrVIII 373987 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;DP=34;Dels=0.00;FS=5.731;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=10.35;ReadPosRankSum=2.082;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:382,0,228 chrVIII 374065 . C T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=27;Dels=0.00;FS=1.721;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:27:99:175,0,190 chrVIII 374812 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=32;Dels=0.00;FS=5.632;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:99:391,0,205 chrVIII 374928 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=50;Dels=0.00;FS=4.291;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.748;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:481,0,512 chrVIII 375550 . C T 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:119,0,374 chrVIII 376014 . T C 271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.55;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:33:304,33,0 chrVIII 376320 . G C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=34;Dels=0.00;FS=8.008;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:34:99:202,0,379 chrVIII 376332 . T C 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;DP=32;Dels=0.00;FS=8.335;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.487;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:170,0,387 chrVIII 376425 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=29;Dels=0.00;FS=3.315;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.633;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:239,0,315 chrVIII 377022 . A G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.292;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:634,0,433 chrVIII 377086 . G C 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=22.81;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1447,156,0 chrVIII 377259 . G A 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.119;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:138:99:933,0,1432 chrVIII 377268 . T C 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=161;Dels=0.00;FS=1.305;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.809;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.415;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,71:161:99:936,0,1488 chrVIII 377320 . G A 1230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=160;Dels=0.00;FS=7.210;HaplotypeScore=4.3501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.054;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.501;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,88:160:99:1260,0,1472 chrVIII 377322 . A G 1189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.690;DP=161;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=5.1823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.791;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,87:161:99:1219,0,1545 chrVIII 377373 . A G 1273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;DP=134;Dels=0.00;FS=4.885;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.089;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,71:134:99:1303,0,1267 chrVIII 377406 . C T 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=91;Dels=0.00;FS=0.860;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:923,0,845 chrVIII 377460 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=72;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.999;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:515,0,877 chrVIII 377956 . T C 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.620;DP=103;Dels=0.00;FS=8.325;HaplotypeScore=10.0336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.138;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:103:99:968,0,774 chrVIII 378025 . A G 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=115;Dels=0.00;FS=4.941;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:115:99:892,0,910 chrVIII 378065 . A G 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.434;DP=127;Dels=0.00;FS=13.615;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.200;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:127:99:1172,0,1069 chrVIII 378101 . C T 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DP=133;Dels=0.00;FS=6.575;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.067;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.157;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,76:133:99:1140,0,1075 chrVIII 378194 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.949;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.148;QD=3.20;ReadPosRankSum=2.929;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,62:112:99:388,0,1239 chrVIII 378228 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=67;Dels=0.00;FS=4.395;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.297;QD=6.12;ReadPosRankSum=-2.588;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:440,0,620 chrVIII 378234 . A G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.786;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:289,0,626 chrVIII 378273 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=48;Dels=0.00;FS=14.801;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.889;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:377,0,485 chrVIII 378566 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.778;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.523;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:625,0,635 chrVIII 378579 . G A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.969;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:578,0,573 chrVIII 378618 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;DP=32;Dels=0.00;FS=1.470;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.331;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:190,0,396 chrVIII 378642 . A C 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=24;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.234;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:86:86,0,259 chrVIII 379379 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;DP=52;Dels=0.00;FS=3.925;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.476;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:453,0,416 chrVIII 379889 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=64;Dels=0.00;FS=3.548;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:305,0,522 chrVIII 379913 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=82;Dels=0.01;FS=1.877;HaplotypeScore=11.3942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:359,0,616 chrVIII 379965 . C T 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.173;DP=108;Dels=0.00;FS=1.661;HaplotypeScore=9.6855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.250;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,63:108:99:708,0,575 chrVIII 380069 . G A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.575;DP=48;Dels=0.00;FS=5.864;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:282,0,580 chrVIII 380124 . A C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;DP=55;Dels=0.00;FS=4.076;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:299,0,589 chrVIII 380309 . T C 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=107;Dels=0.00;FS=1.627;HaplotypeScore=12.9847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.279;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,60:107:99:1070,0,680 chrVIII 380378 . A T 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;DP=89;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=5.3487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:783,0,757 chrVIII 380481 . T G 1169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.539;DP=145;Dels=0.00;FS=4.549;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.732;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,67:145:99:1199,0,1565 chrVIII 380512 . T C 4226.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=24.43;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,171:173:99:4226,459,0 chrVIII 380673 . A G 2279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=20.35;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:112:99:2312,255,0 chrVIII 380685 . A G 2867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:2900,321,0 chrVIII 380750 . C T 1793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.682;DP=212;Dels=0.00;FS=0.534;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.055;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,99:212:99:1823,0,2053 chrVIII 381183 . G T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=67;Dels=0.00;FS=2.101;HaplotypeScore=5.9244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:322,0,249 chrVIII 381482 . C T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=53;Dels=0.00;FS=1.255;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:278,0,456 chrVIII 381497 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=56;Dels=0.00;FS=8.606;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:440,0,455 chrVIII 381507 . C T 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;QD=18.62;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1150,126,0 chrVIII 381514 . C G 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.97;MQ0=0;QD=16.98;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:984,108,0 chrVIII 381521 . T A 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.88;MQ0=0;QD=19.06;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:929,99,0 chrVIII 381527 . T A 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.59;MQ0=0;QD=16.90;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:93:878,93,0 chrVIII 381677 . G A 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.57;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:992,108,0 chrVIII 381704 . T A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:273,0,470 chrVIII 381772 . A T 724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=21.29;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:757,81,0 chrVIII 381790 . T C 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=22.69;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:75:691,75,0 chrVIII 382367 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=120;Dels=0.00;FS=1.713;HaplotypeScore=71.7865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=5.88;ReadPosRankSum=-2.034;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:120:99:735,0,913 chrVIII 382417 . G A 1213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;DP=170;Dels=0.00;FS=2.853;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.356;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,83:170:99:1243,0,1412 chrVIII 382421 . T C 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.494;DP=168;Dels=0.00;FS=1.277;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.295;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,82:168:99:1304,0,1358 chrVIII 382504 . A T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=103;Dels=0.00;FS=1.661;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.044;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,40:103:99:527,0,1386 chrVIII 382524 . A C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=95;Dels=0.00;FS=5.392;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.823;QD=4.60;ReadPosRankSum=-2.582;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:95:99:467,0,1188 chrVIII 382544 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=70;Dels=0.00;FS=8.875;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.190;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:304,0,840 chrVIII 382545 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=69;Dels=0.00;FS=8.816;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.359;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.301;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:287,0,927 chrVIII 382565 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=58;Dels=0.00;FS=3.754;HaplotypeScore=4.2726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.727;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.796;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:58:99:228,0,605 chrVIII 382601 . G A 307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.76;MQ0=0;QD=9.90;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:36:340,36,0 chrVIII 382602 . T A 266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.52;MQ0=0;QD=8.87;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:33:299,33,0 chrVIII 382626 . C T 416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.29;MQ0=0;QD=10.95;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:48:449,48,0 chrVIII 382650 . G T 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.75;MQ0=0;QD=0.47;SB=-4.958e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:6:56,6,0 chrVIII 382788 . T C 4218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=23.56;SB=-1.590e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:179:99:4218,456,0 chrVIII 382813 . C T 3453.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=19.29;SB=-1.794e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:179:99:3453,375,0 chrVIII 382878 . T C 3426.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.367;QD=22.54;ReadPosRankSum=1.709;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:152:99:3426,375,0 chrVIII 382904 . C G 1456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,75:136:99:1486,0,922 chrVIII 382967 . G A 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.90;MQ0=0;QD=20.09;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1419,150,0 chrVIII 383024 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=92;Dels=0.00;FS=5.768;HaplotypeScore=6.5993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.124;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:404,0,888 chrVIII 383029 . A G 1542 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.38;MQ0=0;QD=16.40;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1575,168,0 chrVIII 383035 . G A 1466 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.46;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.585;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1499,156,0 chrVIII 383037 . C T 1503 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.88;MQ0=0;QD=15.99;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1536,159,0 chrVIII 383055 . C A 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=0;QD=14.37;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:1685,180,0 chrVIII 383077 . T A 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=123;Dels=0.00;FS=3.545;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.570;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:123:99:1775,192,0 chrVIII 383114 . A C 1879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=14.45;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:1912,210,0 chrVIII 383160 . G A 2403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.94;MQ0=0;QD=17.93;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2436,261,0 chrVIII 383194 . G A 2505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.74;MQ0=0;QD=17.77;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:2538,267,0 chrVIII 383199 . C T 2357 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.42;MQ0=0;QD=16.72;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:2390,258,0 chrVIII 383205 . G A 2142 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.85;MQ0=0;QD=16.23;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2175,237,0 chrVIII 383206 . C T 2203 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.85;MQ0=0;QD=16.69;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2236,237,0 chrVIII 383265 . A G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=81;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.36;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.472;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1061,120,0 chrVIII 383266 . G T 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=13.01;ReadPosRankSum=2.173;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:81:99:1087,120,0 chrVIII 383636 . A T 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=21.40;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1638,177,0 chrVIII 383825 . T C 2381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2414,276,0 chrVIII 383847 . C T 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=18.92;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2001,216,0 chrVIII 383960 . T C 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=17.98;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1148,126,0 chrVIII 384317 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DP=48;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.748;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:367,0,512 chrVIII 384609 . G T 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DP=35;Dels=0.00;FS=37.815;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=2.29;ReadPosRankSum=-3.674;SB=-6.433e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:35:99:110,0,390 chrVIII 384736 . T C 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DP=133;Dels=0.00;FS=4.268;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.148;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,52:133:99:937,0,1628 chrVIII 384779 . A G 1185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.629;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.258;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,69:129:99:1215,0,1077 chrVIII 384823 . C T 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.066;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.564;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,72:132:99:1308,0,1076 chrVIII 384865 . C T 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=111;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=8.2926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:111:99:999,0,964 chrVIII 385054 . C T 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;DP=112;Dels=0.00;FS=0.712;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:112:99:999,0,1024 chrVIII 385228 . T A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=60;Dels=0.00;FS=2.327;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:754,0,467 chrVIII 385313 . C A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=86;Dels=0.00;FS=7.245;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:628,0,1002 chrVIII 385620 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.124;DP=81;Dels=0.00;FS=5.696;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:741,0,754 chrVIII 385715 . T A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DP=87;Dels=0.00;FS=10.777;HaplotypeScore=10.5355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=1.973;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.360;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:675,0,819 chrVIII 385966 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.725;DP=63;Dels=0.00;FS=5.369;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:492,0,427 chrVIII 386000 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;DP=62;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=6.6024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.014;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:516,0,334 chrVIII 386052 . C T 147.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=1.55;ReadPosRankSum=-2.098;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,19:95:99:177,0,337 chrVIII 386060 . T C 29.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;DP=87;Dels=0.00;FS=10.519;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=0.33;ReadPosRankSum=-1.721;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,9:87:59:59,0,285 chrVIII 386061 . T C 267.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=85;Dels=0.00;FS=8.206;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.760;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,76:85:58:297,0,58 chrVIII 386073 . A C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;DP=89;Dels=0.00;FS=24.337;HaplotypeScore=8.7302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=2.24;ReadPosRankSum=-6.144;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,31:89:63:229,0,63 chrVIII 386466 . T A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=74;Dels=0.00;FS=12.050;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.863;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.481;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:481,0,584 chrVIII 386829 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DP=34;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=3.4808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:330,0,392 chrVIII 386919 . A C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DP=23;Dels=0.00;FS=1.760;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.339;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:182,0,248 chrVIII 387076 . T G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=66;Dels=0.00;FS=2.443;HaplotypeScore=15.8033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-4.431;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.474;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:66:99:249,0,332 chrVIII 387077 . T A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;DP=62;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=12.6486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.546;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:259,0,320 chrVIII 387439 . T C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=36;Dels=0.00;FS=2.083;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.050;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:243,0,370 chrVIII 387620 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=64;Dels=0.00;FS=1.294;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.034;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:696,0,565 chrVIII 387685 . G A 357.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.031;DP=42;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.747;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:42:99:387,0,449 chrVIII 387749 . A G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.631;QD=8.42;ReadPosRankSum=2.202;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:628,0,427 chrVIII 387771 . G A 283.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.500;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:313,0,653 chrVIII 387777 . G A 270.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=63;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.397;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:300,0,688 chrVIII 387780 . C T 1142 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=17.84;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1175,126,0 chrVIII 387797 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=61;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=-5.581;QD=2.48;ReadPosRankSum=-2.772;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:181,0,650 chrVIII 387812 . T C 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.725;DP=57;Dels=0.00;FS=10.513;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.286;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:204,0,752 chrVIII 387848 . A G 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=39;Dels=0.00;FS=1.582;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.470;QD=3.10;ReadPosRankSum=2.093;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:151,0,395 chrVIII 388052 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;DP=58;Dels=0.00;FS=14.944;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=2.855;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:596,0,412 chrVIII 388103 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;DP=59;Dels=0.00;FS=5.204;HaplotypeScore=5.9244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:377,0,607 chrVIII 388130 . G A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.638;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:304,0,532 chrVIII 388214 . G C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:62:99:339,0,641 chrVIII 388271 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.506;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:572,0,909 chrVIII 388478 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;DP=58;Dels=0.00;FS=1.062;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:609,0,445 chrVIII 388520 . A G 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=78;Dels=0.00;FS=5.923;HaplotypeScore=6.5420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:535,0,961 chrVIII 388553 . T C 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.810;DP=86;Dels=0.00;FS=4.351;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.785;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:505,0,1136 chrVIII 388619 . C A 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.322;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:788,0,859 chrVIII 388664 . A G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;DP=115;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.256;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,51:115:99:797,0,1145 chrVIII 388791 . C A 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=20.10;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1480,165,0 chrVIII 388948 . G T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=44;Dels=0.00;FS=9.409;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.358;QD=0.41;ReadPosRankSum=1.080;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,8:44:48:48,0,687 chrVIII 388949 . G T 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DP=44;Dels=0.00;FS=9.615;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.970;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.785;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,8:44:53:53,0,701 chrVIII 389023 . A G 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=18.46;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:513,57,0 chrVIII 389035 . T A 445.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=29;Dels=0.00;FS=14.836;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.967;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:9:478,9,0 chrVIII 389050 . A G 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=18.66;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:81:742,81,0 chrVIII 389052 . G A 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=19.29;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:843,90,0 chrVIII 389336 . A G 455.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.326;DP=62;Dels=0.00;FS=7.687;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.45;MQ0=7;MQRankSum=0.468;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:485,0,479 chrVIII 389626 . T C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;DP=67;Dels=0.00;FS=12.879;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.186;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:626,0,530 chrVIII 389677 . T A 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=114;Dels=0.00;FS=10.692;HaplotypeScore=5.1380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.36;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:114:99:931,0,1030 chrVIII 389730 . C T 1432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.345;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,79:153:99:1462,0,1244 chrVIII 389801 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.239;DP=94;Dels=0.00;FS=0.784;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.355;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:627,0,1156 chrVIII 389898 . T A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=80;Dels=0.00;FS=1.842;HaplotypeScore=9.6544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.391;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:442,0,864 chrVIII 389909 . A G 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:427,0,834 chrVIII 389922 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:363,0,1014 chrVIII 389953 . C T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=88;Dels=0.00;FS=0.841;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:392,0,1070 chrVIII 390025 . C G 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=131;Dels=0.00;FS=0.662;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.160;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,64:131:99:984,0,1038 chrVIII 390041 . A T 2393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=17.73;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2426,267,0 chrVIII 390063 . A G 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=122;Dels=0.00;FS=0.681;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.786;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:122:99:976,0,874 chrVIII 390123 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=75;Dels=0.00;FS=4.965;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:75:99:541,0,804 chrVIII 390446 . G A 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=103;Dels=0.00;FS=9.649;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.049;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:857,0,904 chrVIII 390561 . T C 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=19.86;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1006,108,0 chrVIII 390597 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:373,0,423 chrVIII 390630 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.614;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:436,0,429 chrVIII 390647 . G A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=58;Dels=0.00;FS=6.839;HaplotypeScore=3.3673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:394,0,543 chrVIII 390715 . G A 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;DP=137;Dels=0.00;FS=2.207;HaplotypeScore=23.6604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.816;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:137:99:1204,0,1145 chrVIII 390769 . T C 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.745;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:899,0,930 chrVIII 390792 . G A 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=72;Dels=0.00;FS=3.291;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:785,0,545 chrVIII 390900 . C T 342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.37;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:375,39,0 chrVIII 391049 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.701;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.916;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:549,0,506 chrVIII 391158 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:30:99:382,0,142 chrVIII 391205 . T A 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;DP=20;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:176,0,129 chrVIII 391222 . C T 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DP=18;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:18:99:127,0,181 chrVIII 391307 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;DP=42;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=2.123;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:363,0,381 chrVIII 391334 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:267,0,424 chrVIII 391559 . G A 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45:419,45,0 chrVIII 391599 . C T 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:71:71,0,74 chrVIII 391739 . A G 91.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.445;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:23:84:121,0,84 chrVIII 392043 . T C 792.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.415;QD=9.90;ReadPosRankSum=1.521;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:822,0,789 chrVIII 392078 . G C 600.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.381;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:630,0,224 chrVIII 392172 . C T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.111;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:420,0,316 chrVIII 392401 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=54;Dels=0.00;FS=1.065;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.760;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:594,0,469 chrVIII 392524 . C T 1625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.67;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1658,180,0 chrVIII 392676 . T C 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=85;Dels=0.00;FS=1.873;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.763;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:780,0,951 chrVIII 393017 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;DP=65;Dels=0.00;FS=6.721;HaplotypeScore=4.9447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.978;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:577,0,551 chrVIII 393074 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.758;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:384,0,431 chrVIII 393364 . T C 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=86;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=9.6333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.611;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:774,0,693 chrVIII 393466 . A T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:690,0,827 chrVIII 393530 . A G 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;DP=109;Dels=0.00;FS=0.726;HaplotypeScore=7.2196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:109:99:1132,0,997 chrVIII 393725 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=106;Dels=0.00;FS=2.558;HaplotypeScore=8.8202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:106:99:697,0,794 chrVIII 393734 . T C 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=19.96;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2009,219,0 chrVIII 394103 . G A 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.015;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,63:111:99:1079,0,775 chrVIII 394179 . A G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=44;Dels=0.00;FS=5.595;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.269;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.389;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:288,0,579 chrVIII 394302 . C T 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=74;Dels=0.00;FS=4.576;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.876;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:801,0,522 chrVIII 394453 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DP=98;Dels=0.00;FS=0.866;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.293;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:98:99:1001,0,918 chrVIII 394728 . A G 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=21.44;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1362,147,0 chrVIII 394731 . G A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=60;Dels=0.00;FS=1.224;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=10.82;ReadPosRankSum=2.908;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,41:60:99:679,0,300 chrVIII 394959 . G A 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=17.93;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1055,111,0 chrVIII 395132 . G A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:48:99:240,0,515 chrVIII 395164 . T C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;DP=68;Dels=0.00;FS=2.283;HaplotypeScore=59.2122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.228;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:316,0,768 chrVIII 395246 . G C 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;DP=84;Dels=0.00;FS=2.059;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.376;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:781,0,859 chrVIII 395277 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=78;Dels=0.00;FS=3.181;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.342;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:658,0,679 chrVIII 395310 . C A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DP=85;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.146;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:720,0,949 chrVIII 395453 . T C 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=112;Dels=0.00;FS=7.551;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:112:99:871,0,860 chrVIII 395596 . A C 3088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=129;Dels=0.00;FS=9.893;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=23.94;ReadPosRankSum=2.353;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,125:129:99:3121,345,0 chrVIII 395607 . G A 2945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=23.56;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2978,321,0 chrVIII 395667 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=70;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.374;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:532,0,521 chrVIII 395713 . C T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;DP=76;Dels=0.00;FS=3.081;HaplotypeScore=13.2380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.260;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:525,0,538 chrVIII 396288 . A T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.116;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:471,0,420 chrVIII 396423 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.398;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.374;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.906;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:645,0,307 chrVIII 396474 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=34;Dels=0.00;FS=7.969;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:365,0,273 chrVIII 396631 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.220;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.089;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:499,0,423 chrVIII 396784 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=60;Dels=0.00;FS=6.066;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:60:99:601,0,496 chrVIII 396997 . A G 236.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;DP=46;Dels=0.00;FS=2.444;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.828;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:266,0,396 chrVIII 397001 . A G 229.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.558;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.786;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:259,0,385 chrVIII 397005 . G T 237.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=48;Dels=0.00;FS=2.527;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=4.94;ReadPosRankSum=2.959;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:267,0,417 chrVIII 397281 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=45;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=2.4148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.379;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:531,0,371 chrVIII 397561 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;DP=58;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=7.6293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.726;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:448,0,343 chrVIII 397682 . C G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=63;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=6.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.942;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:63:99:491,0,502 chrVIII 397787 . A G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=2.584;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:104:99:781,0,1244 chrVIII 397848 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=56;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:500,0,618 chrVIII 398012 . T C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=106;Dels=0.00;FS=0.740;HaplotypeScore=4.2335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.695;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,46:106:99:770,0,998 chrVIII 398045 . C T 3120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=23.46;SB=-1.753e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3153,333,0 chrVIII 398099 . G A 1295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;DP=122;Dels=0.00;FS=0.773;HaplotypeScore=9.6622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.307;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,76:122:99:1325,0,736 chrVIII 398112 . C T 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.335;DP=105;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,64:105:99:990,0,585 chrVIII 398139 . T C 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=92;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.124;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,55:92:99:696,0,631 chrVIII 398207 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=76;Dels=0.00;FS=3.002;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.754;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:607,0,625 chrVIII 398225 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.078;DP=76;Dels=0.00;FS=14.702;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:621,0,750 chrVIII 398255 . A T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DP=70;Dels=0.00;FS=6.766;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.738;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:667,0,514 chrVIII 398366 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=77;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:77:99:577,0,840 chrVIII 398452 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:64:99:451,0,731 chrVIII 398618 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.489;DP=68;Dels=0.00;FS=8.431;HaplotypeScore=6.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.433;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:68:99:678,0,634 chrVIII 398985 . G A 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DP=44;Dels=0.00;FS=1.311;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.540;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,12:44:99:107,0,596 chrVIII 399012 . C T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.605;DP=58;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.807;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.025;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:99:199,0,767 chrVIII 399021 . C A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=67;Dels=0.00;FS=6.690;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.222;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.655;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:253,0,700 chrVIII 399043 . A G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=71;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=22.5779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.58;MQ0=0;MQRankSum=-6.030;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:282,0,785 chrVIII 399258 . A G 2563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.376;QD=23.95;ReadPosRankSum=1.603;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:2596,279,0 chrVIII 399316 . T C 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=23.53;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1445,156,0 chrVIII 399367 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=59;Dels=0.00;FS=7.373;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:626,0,544 chrVIII 399409 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.635;DP=62;Dels=0.00;FS=3.539;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.658;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:410,0,793 chrVIII 399427 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;DP=76;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=6.6981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:498,0,709 chrVIII 399484 . T G 1938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.84;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1971,222,0 chrVIII 399595 . A T 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.212;DP=106;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=2.276;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.352;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:106:99:1063,0,795 chrVIII 399628 . A C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=75;Dels=0.00;FS=7.728;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.834;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:635,0,580 chrVIII 399631 . T A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;DP=76;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.326;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:647,0,645 chrVIII 399862 . A G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:56:99:425,0,491 chrVIII 399901 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.088;DP=66;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.545;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:541,0,443 chrVIII 400015 . A G 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=62;Dels=0.00;FS=3.875;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,43:62:99:749,0,279 chrVIII 400069 . A G 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=20.04;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1135,126,0 chrVIII 400443 . G C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=56;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=5.8637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.756;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:56:99:515,0,492 chrVIII 400451 . G A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=58;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.524;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.451;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:622,0,380 chrVIII 400618 . C T 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=21.97;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1439,159,0 chrVIII 400642 . A T 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=22.08;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1424,156,0 chrVIII 401130 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;DP=72;Dels=0.00;FS=13.606;HaplotypeScore=8.6712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.902;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:555,0,625 chrVIII 401172 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;DP=71;Dels=0.00;FS=15.296;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=7.27;ReadPosRankSum=-2.991;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:546,0,522 chrVIII 401325 . A G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DP=91;Dels=0.00;FS=4.110;HaplotypeScore=12.2812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:91:99:616,0,1013 chrVIII 401408 . C T 2724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2757,297,0 chrVIII 401484 . G A 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=82;Dels=0.00;FS=9.296;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.131;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:911,0,598 chrVIII 401862 . G A 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.770;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.382;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:212,0,481 chrVIII 401915 . A C 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.035;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:183,0,256 chrVIII 402413 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.331;DP=57;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=5.63;ReadPosRankSum=4.347;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:57:99:351,0,725 chrVIII 402478 . T C 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.677;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1387,153,0 chrVIII 402653 . T A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=65;Dels=0.00;FS=11.078;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.033;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:443,0,695 chrVIII 402730 . G C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:52:99:455,0,506 chrVIII 402916 . G A 1167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=139;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,72:139:99:1197,0,1244 chrVIII 402933 . C T 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,66:118:99:1211,0,943 chrVIII 402947 . A C 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=111;Dels=0.00;FS=0.762;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=2.239;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:111:99:818,0,930 chrVIII 402964 . C T 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.010;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,51:82:99:876,0,564 chrVIII 402986 . T C 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=17.88;ReadPosRankSum=1.572;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:67:99:1231,138,0 chrVIII 402990 . C A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;DP=60;Dels=0.00;FS=3.607;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.322;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.471;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:60:99:427,0,466 chrVIII 403022 . G T 915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=17.94;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:948,102,0 chrVIII 403089 . A G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.197;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:796,0,527 chrVIII 403115 . G C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.231;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:93:99:783,0,974 chrVIII 403151 . C A 1294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.800;DP=128;Dels=0.00;FS=11.145;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:1324,0,1129 chrVIII 403215 . A G 2201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.01;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2234,237,0 chrVIII 403244 . G C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DP=69;Dels=0.00;FS=0.935;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:610,0,483 chrVIII 403478 . C T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=51;Dels=0.00;FS=16.132;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:524,0,367 chrVIII 403641 . T C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;DP=72;Dels=0.00;FS=8.462;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.141;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.991;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:559,0,669 chrVIII 403847 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=53;Dels=0.00;FS=4.435;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:318,0,667 chrVIII 404288 . T C 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=2.49;ReadPosRankSum=-2.156;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:41:99:132,0,450 chrVIII 404452 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=85;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=17.0532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.874;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:85:99:789,0,603 chrVIII 404640 . C A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.384;DP=65;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=6.7221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.330;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:624,0,532 chrVIII 404646 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;DP=64;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=5.9334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:583,0,574 chrVIII 404657 . A T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=75;Dels=0.00;FS=1.900;HaplotypeScore=6.5776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.344;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:675,0,722 chrVIII 405006 . G A 1233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=109;Dels=0.00;FS=2.696;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,63:109:99:1263,0,838 chrVIII 405293 . G T 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=2.080;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.544;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:109:99:814,0,891 chrVIII 405569 . T A 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=33;Dels=0.00;FS=14.446;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:113,0,333 chrVIII 405579 . G A 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:191,0,347 chrVIII 406060 . G A 597.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=71;Dels=0.00;FS=16.702;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:627,0,543 chrVIII 406077 . A G 674.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=79;Dels=0.00;FS=18.908;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.496;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:704,0,569 chrVIII 406328 . A C 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.465;DP=110;Dels=0.00;FS=5.814;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.888;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,56:110:99:1150,0,1106 chrVIII 406414 . A G 498.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=104;Dels=0.00;FS=7.636;HaplotypeScore=13.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.536;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,31:104:99:528,0,1418 chrVIII 406429 . A G 401.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.671;DP=103;Dels=0.00;FS=4.932;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.030;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,31:103:99:431,0,1548 chrVIII 406474 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,36:103:99:492,0,1480 chrVIII 406498 . T C 2178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=24.75;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2211,237,0 chrVIII 406524 . C A 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.202;DP=95;Dels=0.00;FS=2.896;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.102;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:95:99:851,0,1016 chrVIII 406593 . T C 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;DP=127;Dels=0.00;FS=3.380;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,68:127:99:1030,0,1041 chrVIII 406597 . T C 2607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=20.53;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2640,285,0 chrVIII 406625 . G T 2502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=20.51;SB=-1.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2535,270,0 chrVIII 406670 . C T 1261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.789;DP=122;Dels=0.00;FS=6.015;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,73:122:99:1291,0,748 chrVIII 406734 . C T 2971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.51;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:3004,318,0 chrVIII 407003 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=66;Dels=0.00;FS=5.782;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.174;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:511,0,743 chrVIII 407076 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=53;Dels=0.00;FS=2.294;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.557;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:535,0,347 chrVIII 407300 . A G 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=19.10;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:73:99:1427,156,0 chrVIII 407302 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=74;Dels=0.00;FS=4.864;HaplotypeScore=8.2342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:466,0,573 chrVIII 407637 . G T 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=24.42;SB=-1.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:3257,345,0 chrVIII 407850 . C A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;DP=69;Dels=0.00;FS=12.075;HaplotypeScore=11.1860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:69:99:594,0,460 chrVIII 408482 . A G 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=111;Dels=0.00;FS=2.529;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,61:111:99:1068,0,879 chrVIII 409115 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=54;Dels=0.00;FS=5.651;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.575;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:376,0,624 chrVIII 409404 . C G 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.96;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1043,114,0 chrVIII 409526 . T C 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;DP=60;Dels=0.00;FS=3.711;HaplotypeScore=10.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.404;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:494,0,548 chrVIII 409664 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=95;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=12.1364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=7.08;ReadPosRankSum=2.058;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:703,0,701 chrVIII 410129 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.788;DP=57;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:521,0,523 chrVIII 410162 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.099;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:67:99:586,0,786 chrVIII 410489 . T C 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.37;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1716,192,0 chrVIII 410842 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=73;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.237;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:625,0,554 chrVIII 410979 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.722;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:404,0,734 chrVIII 411599 . T A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.450;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:836,0,604 chrVIII 411647 . C T 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.339;DP=123;Dels=0.00;FS=2.401;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,66:123:99:938,0,974 chrVIII 411976 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DP=98;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.677;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:566,0,664 chrVIII 412143 . C A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;DP=84;Dels=0.00;FS=1.902;HaplotypeScore=11.1687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.977;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:84:99:697,0,352 chrVIII 412170 . G A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.128;DP=74;Dels=0.00;FS=3.376;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,49:74:99:795,0,353 chrVIII 412427 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=88;Dels=0.00;FS=2.927;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.982;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,55:88:99:932,0,478 chrVIII 412903 . C T 1691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.941;DP=154;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.300;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,84:153:99:1721,0,1301 chrVIII 413175 . G A 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=127;Dels=0.00;FS=3.382;HaplotypeScore=2.7165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.051;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:948,0,1264 chrVIII 413239 . T C 1317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.175;DP=166;Dels=0.00;FS=2.911;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.858;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,79:166:99:1347,0,1319 chrVIII 413311 . C T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;DP=97;Dels=0.00;FS=5.304;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.894;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:97:99:800,0,799 chrVIII 413370 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:257,0,427 chrVIII 413704 . G T 832.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.883;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:862,0,838 chrVIII 414234 . C T 1200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=126;Dels=0.00;FS=27.689;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,69:126:99:1230,0,1018 chrVIII 414275 . C T 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;DP=109;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.357;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.564;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:109:99:878,0,997 chrVIII 414289 . C T 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.564;DP=105;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.346;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,43:105:99:767,0,1176 chrVIII 415310 . T C 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=23.00;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1114,120,0 chrVIII 415356 . T C 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;DP=43;Dels=0.00;FS=15.685;HaplotypeScore=8.1655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.373;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:43:99:153,0,496 chrVIII 415374 . A G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=28;Dels=0.00;FS=9.412;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:182,0,304 chrVIII 415439 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=42;Dels=0.00;FS=1.230;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.331;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:42:99:257,0,404 chrVIII 415445 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;DP=43;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:415,0,270 chrVIII 416196 . G A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=83;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.584;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:980,0,623 chrVIII 416592 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=71;Dels=0.00;FS=8.030;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:607,0,664 chrVIII 416601 . G C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=70;Dels=0.00;FS=8.290;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:516,0,741 chrVIII 416694 . A C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DP=54;Dels=0.00;FS=1.125;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.416;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:371,0,327 chrVIII 416745 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=48;Dels=0.00;FS=2.763;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:355,0,343 chrVIII 416784 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.011;DP=55;Dels=0.00;FS=3.809;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.832;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:302,0,521 chrVIII 417002 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=71;Dels=0.00;FS=22.962;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:638,0,652 chrVIII 417042 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=61;Dels=0.00;FS=7.832;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.163;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:474,0,577 chrVIII 417054 . G A 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=19.89;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1107,126,0 chrVIII 417114 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=43;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.181;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:363,0,468 chrVIII 417310 . G A 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DP=120;Dels=0.00;FS=0.690;HaplotypeScore=9.0818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.136;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,67:120:99:1114,0,946 chrVIII 417602 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;DP=86;Dels=0.00;FS=1.923;HaplotypeScore=4.9155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,54:86:99:802,0,533 chrVIII 417907 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DP=46;Dels=0.00;FS=5.629;HaplotypeScore=22.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=5.120;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:399,0,278 chrVIII 418084 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.388;DP=30;Dels=0.00;FS=1.367;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.600;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:269,0,249 chrVIII 418376 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.523;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:302,0,426 chrVIII 418718 . A G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:319,0,529 chrVIII 418913 . C T 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.855;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,39:58:99:638,0,303 chrVIII 419125 . G A 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.483;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:122:99:1141,0,962 chrVIII 419187 . T G 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DP=70;Dels=0.00;FS=8.568;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:791,0,515 chrVIII 419449 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=62;Dels=0.00;FS=2.216;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.617;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:706,0,419 chrVIII 419566 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.354;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:267,0,431 chrVIII 419617 . G A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.719;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:381,0,268 chrVIII 419744 . T G 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;DP=70;Dels=0.00;FS=6.845;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.715;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:70:99:713,0,685 chrVIII 419882 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=2.257;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:636,0,533 chrVIII 419975 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;DP=81;Dels=0.00;FS=3.759;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:566,0,975 chrVIII 420065 . C G 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DP=121;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.020;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,67:121:99:1198,0,807 chrVIII 420220 . A C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=71;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:489,0,599 chrVIII 420248 . A T 2705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=22.73;SB=-1.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2738,291,0 chrVIII 420265 . C T 1321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.123;DP=144;Dels=0.00;FS=0.611;HaplotypeScore=8.9861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.014;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,74:144:99:1351,0,1254 chrVIII 420455 . T G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.133;DP=71;Dels=0.00;FS=3.263;HaplotypeScore=6.5840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:522,0,808 chrVIII 420484 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=54;Dels=0.00;FS=4.324;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.722;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:440,0,437 chrVIII 420823 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;DP=57;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.971;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:602,0,330 chrVIII 420865 . G T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:531,0,243 chrVIII 420997 . C T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:75:75,0,289 chrVIII 421159 . T C 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DP=27;Dels=0.00;FS=16.660;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.357;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:77:77,0,306 chrVIII 421312 . A G 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=30;Dels=0.00;FS=5.787;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.258;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:168,0,320 chrVIII 421321 . C T 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;DP=31;Dels=0.00;FS=5.930;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.020;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:161,0,339 chrVIII 421330 . T C 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=30;Dels=0.00;FS=1.609;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:99,0,442 chrVIII 421474 . C T 318.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=41;Dels=0.00;FS=19.220;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:348,0,298 chrVIII 421507 . T C 277.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=31;Dels=0.00;FS=28.843;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=8.94;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:307,0,235 chrVIII 421975 . T C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.548;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:394,0,272 chrVIII 422041 . G C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.552;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:452,0,644 chrVIII 422328 . G A 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:46:99:199,0,436 chrVIII 422434 . A G 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=40;Dels=0.00;FS=5.407;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.265;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:99:144,0,463 chrVIII 422538 . G A 395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=17.95;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:428,51,0 chrVIII 422801 . A G 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=30;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=5.8966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:30:88:88,0,291 chrVIII 422957 . A G 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=32;Dels=0.00;FS=5.576;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:237,0,270 chrVIII 422992 . A G 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=19.58;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1247,138,0 chrVIII 423045 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:466,0,608 chrVIII 423389 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.436;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:288,0,360 chrVIII 423420 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:346,0,238 chrVIII 423426 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:224,0,372 chrVIII 423677 . T A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=9.61;ReadPosRankSum=-2.160;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:395,0,288 chrVIII 423870 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.160;DP=54;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=5.39;ReadPosRankSum=2.610;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:321,0,389 chrVIII 424109 . G A 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:244,0,288 chrVIII 424149 . T C 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DP=32;Dels=0.00;FS=1.533;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:117,0,483 chrVIII 424239 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;DP=63;Dels=0.00;FS=6.395;HaplotypeScore=4.9447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:671,0,541 chrVIII 424278 . T C 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.953;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.410;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:738,0,605 chrVIII 424326 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DP=55;Dels=0.00;FS=3.961;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.585;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:55:99:560,0,333 chrVIII 424817 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:663,0,546 chrVIII 425219 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;DP=53;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.746;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:53:99:502,0,195 chrVIII 425300 . G T 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=15.33;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1505,159,0 chrVIII 425301 . C T 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=15.72;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:1542,165,0 chrVIII 425312 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DP=93;Dels=0.00;FS=1.689;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:589,0,548 chrVIII 425823 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.810;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:538,0,440 chrVIII 426069 . T A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.436;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:580,0,430 chrVIII 426298 . C T 1095.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.611;DP=93;Dels=0.00;FS=1.968;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.797;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:93:99:1125,0,677 chrVIII 426306 . C T 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=97;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,59:97:99:1046,0,657 chrVIII 426350 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=85;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=11.4475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:85:99:646,0,528 chrVIII 426591 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=59;Dels=0.00;FS=3.796;HaplotypeScore=10.3651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.664;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:59:99:370,0,438 chrVIII 426665 . A G 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;DP=135;Dels=0.00;FS=10.573;HaplotypeScore=19.0728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,62:135:99:676,0,869 chrVIII 426716 . A G 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;DP=123;Dels=0.00;FS=8.640;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:123:99:827,0,1134 chrVIII 426873 . T G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;DP=66;Dels=0.00;FS=6.641;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.033;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:475,0,722 chrVIII 427277 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=65;Dels=0.00;FS=2.113;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:637,0,582 chrVIII 427565 . A C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.283;DP=59;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.129;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:536,0,508 chrVIII 427619 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.864;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:85:99:635,0,719 chrVIII 427646 . T G 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:446,0,645 chrVIII 427782 . A G 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=87;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:801,0,796 chrVIII 427901 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;DP=48;Dels=0.00;FS=1.146;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:417,0,328 chrVIII 428027 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.872;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:391,0,461 chrVIII 428194 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=83;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:632,0,1037 chrVIII 428387 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.260;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:72:99:398,0,534 chrVIII 428411 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.811;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:372,0,690 chrVIII 428428 . T C 113.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=71;Dels=0.00;FS=2.103;HaplotypeScore=4.3192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.236;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,24:71:99:143,0,805 chrVIII 428429 . C T 108.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=69;Dels=0.00;FS=3.470;HaplotypeScore=3.5305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.456;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,23:69:99:138,0,732 chrVIII 428431 . C T 96.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=70;Dels=0.00;FS=2.103;HaplotypeScore=3.5305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.988;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,24:70:99:126,0,815 chrVIII 428623 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;DP=62;Dels=0.00;FS=5.360;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:641,0,343 chrVIII 428738 . G A 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=112;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.590;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:112:99:981,0,1102 chrVIII 429302 . C T 1327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;DP=161;Dels=0.00;FS=0.601;HaplotypeScore=5.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,85:161:99:1357,0,1321 chrVIII 429323 . C T 1542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.600;DP=183;Dels=0.00;FS=0.573;HaplotypeScore=7.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.233;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,97:183:99:1572,0,1418 chrVIII 429343 . T C 1282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=185;Dels=0.00;FS=3.462;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.960;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,90:185:99:1312,0,1365 chrVIII 429526 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=62;Dels=0.00;FS=1.002;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:573,0,456 chrVIII 429532 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=58;Dels=0.00;FS=1.021;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:429,0,514 chrVIII 429990 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DP=54;Dels=0.00;FS=2.367;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:345,0,526 chrVIII 430130 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=47;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:332,0,448 chrVIII 430583 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=32;Dels=0.00;FS=1.736;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:308,0,285 chrVIII 430901 . C T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=66;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.112;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:527,0,435 chrVIII 431051 . T A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=85;Dels=0.00;FS=2.914;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.082;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:1000,0,628 chrVIII 431870 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.279;DP=96;Dels=0.00;FS=7.822;HaplotypeScore=8.1774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.441;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:96:99:519,0,901 chrVIII 431945 . A G 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:131:99:970,0,940 chrVIII 433037 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=46;Dels=0.00;FS=2.693;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.067;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:409,0,351 chrVIII 433202 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.404;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.240;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:378,0,473 chrVIII 433302 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=36;Dels=0.00;FS=10.824;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:410,0,118 chrVIII 433331 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=46;Dels=0.00;FS=10.984;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.134;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:476,0,206 chrVIII 433370 . T G 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DP=75;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=4.2243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:648,0,653 chrVIII 433529 . A T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=68;Dels=0.00;FS=2.041;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.358;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:519,0,619 chrVIII 433703 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=99;Dels=0.00;FS=1.655;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.451;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.738;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:99:99:652,0,961 chrVIII 433706 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=101;Dels=0.00;FS=0.749;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.142;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:101:99:664,0,993 chrVIII 434154 . G C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DP=66;Dels=0.00;FS=7.139;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:475,0,558 chrVIII 434588 . A G 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;DP=53;Dels=0.00;FS=2.307;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:446,0,426 chrVIII 434957 . G A 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;DP=98;Dels=0.00;FS=1.760;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.782;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1111,0,873 chrVIII 435305 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=89;Dels=0.00;FS=2.880;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:89:99:535,0,807 chrVIII 435329 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.668;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:639,0,784 chrVIII 435539 . C A 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.663;DP=125;Dels=0.00;FS=8.427;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.459;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:125:99:1065,0,1166 chrVIII 435764 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=60;Dels=0.00;FS=2.261;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.439;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.345;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:627,0,447 chrVIII 435830 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;DP=105;Dels=0.00;FS=2.670;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:105:99:707,0,914 chrVIII 436433 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DP=60;Dels=0.00;FS=7.247;HaplotypeScore=5.8109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.206;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:578,0,432 chrVIII 436457 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DP=52;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:561,0,343 chrVIII 436613 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;DP=58;Dels=0.00;FS=9.956;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:364,0,517 chrVIII 436638 . T G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=67;Dels=0.00;FS=7.242;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:457,0,543 chrVIII 436654 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.502;DP=72;Dels=0.00;FS=3.200;HaplotypeScore=8.1700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:440,0,650 chrVIII 436695 . G T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.878;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:547,0,567 chrVIII 436805 . G A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:27:63:316,0,63 chrVIII 436859 . T C 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DP=21;Dels=0.00;FS=7.521;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.784;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:185,0,105 chrVIII 436939 . G T 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;DP=24;Dels=0.00;FS=5.226;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.101;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:78:132,0,78 chrVIII 436978 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=42;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:197,0,180 chrVIII 437014 . G T 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=18.11;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1138,123,0 chrVIII 437680 . G A 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.33;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1105,117,0 chrVIII 437704 . G A 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=23.64;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1286,135,0 chrVIII 437974 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DP=56;Dels=0.02;FS=3.841;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:369,0,582 chrVIII 438040 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=76;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=10.4220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:76:99:449,0,799 chrVIII 438265 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;DP=58;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.093;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:359,0,565 chrVIII 438307 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;DP=71;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:527,0,856 chrVIII 438697 . G A 1669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.218;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=10.50;ReadPosRankSum=-1.925;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,84:159:99:1699,0,1277 chrVIII 439062 . C T 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=18.23;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:1838,195,0 chrVIII 439232 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.815;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:250,0,293 chrVIII 439617 . G T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=55;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:621,0,449 chrVIII 439647 . G A 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:599,0,344 chrVIII 439710 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:677,0,423 chrVIII 439716 . T G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:57:99:584,0,396 chrVIII 439725 . A G 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=55;Dels=0.00;FS=5.273;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:535,0,349 chrVIII 439766 . A T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:55:99:307,0,432 chrVIII 440234 . A G 1051.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DP=104;Dels=0.00;FS=2.716;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.368;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.628;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,62:104:99:1081,0,587 chrVIII 440297 . C T 2805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=24.61;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2838,300,0 chrVIII 440625 . G A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.397;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:72:99:702,0,387 chrVIII 440806 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=31;Dels=0.00;FS=5.401;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:362,0,251 chrVIII 441044 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=37;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.533;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:276,0,379 chrVIII 441167 . A G 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=34;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.224;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:341,0,231 chrVIII 441789 . A T 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.876;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:1073,0,1051 chrVIII 441833 . A G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;DP=71;Dels=0.00;FS=2.022;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:572,0,927 chrVIII 442149 . T C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DP=66;Dels=0.00;FS=6.817;HaplotypeScore=71.9546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:515,0,670 chrVIII 442495 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;DP=46;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.907;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:46:99:317,0,410 chrVIII 442498 . T C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=44;Dels=0.00;FS=4.375;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.718;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:331,0,368 chrVIII 444367 . A G 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.29;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1259,138,0 chrVIII 444619 . T C 1841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=87;Dels=0.00;FS=13.726;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=21.16;ReadPosRankSum=2.919;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:1874,204,0 chrVIII 445169 . T C 2379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=25.04;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2412,264,0 chrVIII 445735 . G A 2846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.92;SB=-1.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2879,303,0 chrVIII 445905 . A C 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=85;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=9.1845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.526;QD=22.72;ReadPosRankSum=1.608;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:1964,213,0 chrVIII 447419 . T C 2635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=24.63;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2668,285,0 chrVIII 447550 . G A 2671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=24.96;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2704,279,0 chrVIII 447631 . C T 2899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=19.72;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:147:99:2932,339,0 chrVIII 447755 . A G 2477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=118;Dels=0.00;FS=3.476;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=20.99;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2510,276,0 chrVIII 447756 . G T 2413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=20.45;SB=-1.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2446,261,0 chrVIII 447769 . T C 2152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2185,246,0 chrVIII 447838 . G A 2612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2645,279,0 chrVIII 447930 . C T 2684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2717,300,0 chrVIII 448880 . A G 2688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2721,303,0 chrVIII 448924 . T G 2794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.09;SB=-1.487e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2827,309,0 chrVIII 448997 . G A 1993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=20.98;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:95:99:2026,213,0 chrVIII 449277 . A G 2454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.260e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2487,276,0 chrVIII 449402 . T G 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=18.55;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1424,156,0 chrVIII 450131 . G A 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.67;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1707,195,0 chrVIII 450218 . A C 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=18.76;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1046,114,0 chrVIII 450239 . G A 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=18.19;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1088,117,0 chrVIII 450254 . T C 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=69;Dels=0.00;FS=10.353;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=17.67;ReadPosRankSum=2.377;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:69:99:1252,138,0 chrVIII 450359 . G A 3036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:134:99:3069,327,0 chrVIII 450572 . T C 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=22.83;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:832,90,0 chrVIII 450770 . A G 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=22.15;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1229,138,0 chrVIII 451172 . G A 2245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=17.82;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:126:99:2278,246,0 chrVIII 451932 . C T 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=18.69;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:818,87,0 chrVIII 452163 . A G 518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=1;QD=16.71;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:551,60,0 chrVIII 452436 . T C 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=22.06;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1776,201,0 chrVIII 452903 . C T 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=23.66;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1831,195,0 chrVIII 452923 . C A 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=24.29;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1976,207,0 chrVIII 452955 . A G 2206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.74;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:97:99:2239,243,0 chrVIII 453196 . A G 1823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.95;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:1856,198,0 chrVIII 453472 . A G 1984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DP=119;Dels=0.00;FS=5.892;HaplotypeScore=5.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=16.67;ReadPosRankSum=2.941;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:119:99:2017,219,0 chrVIII 453526 . A C 2832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.680;SB=-1.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:135:99:2865,312,0 chrVIII 453557 . A G 2874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=148;Dels=0.01;FS=7.678;HaplotypeScore=9.4813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=19.42;ReadPosRankSum=3.484;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,140:147:99:2907,298,0 chrVIII 453608 . A T 2951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=21.54;SB=-1.559e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2984,315,0 chrVIII 453686 . T C 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=19.67;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1115,120,0 chrVIII 453712 . T C 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.86;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1369,150,0 chrVIII 453738 . A G 1078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=21.56;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1111,117,0 chrVIII 453771 . A G 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.91;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1260,138,0 chrVIII 453813 . G A 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=20.22;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1590,171,0 chrVIII 453862 . T C 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=18.54;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:1794,198,0 chrVIII 453897 . C T 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=18.40;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1671,183,0 chrVIII 453908 . C T 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=20.31;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1983,207,0 chrVIII 454213 . C T 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=17.80;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1528,168,0 chrVIII 454227 . G A 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=18.28;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1459,153,0 chrVIII 454283 . T C 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=16.54;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1042,114,0 chrVIII 454385 . A G 1203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=22.28;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1236,135,0 chrVIII 454605 . C T 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=23.32;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1689,180,0 chrVIII 455518 . A G 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=19.67;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1567,171,0 chrVIII 455744 . C T 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.85;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:847,90,0 chrVIII 455862 . A G 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=15.85;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:1618,177,0 chrVIII 456019 . G C 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.56;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1003,105,0 chrVIII 456475 . C T 2955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=25.70;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2988,315,0 chrVIII 458341 . C G 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.88;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1406,156,0 chrVIII 462825 . T G 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=65;Dels=0.00;FS=5.274;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=18.89;ReadPosRankSum=1.678;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1261,135,0 chrVIII 463432 . A G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=24;Dels=0.00;FS=2.246;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:183,0,127 chrVIII 463786 . G A 529.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=70;Dels=0.00;FS=3.411;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:559,0,798 chrVIII 464525 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.769;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:431,0,653 chrVIII 464596 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;DP=53;Dels=0.00;FS=11.739;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:53:99:233,0,547 chrVIII 464600 . T G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=53;Dels=0.00;FS=9.294;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:53:99:258,0,545 chrVIII 464637 . C A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=58;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.033;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.213;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:58:99:368,0,472 chrVIII 464754 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DP=38;Dels=0.00;FS=8.510;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.222;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:392,0,269 chrVIII 464855 . G A 928 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.58;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:961,99,0 chrVIII 465075 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;DP=49;Dels=0.00;FS=6.356;HaplotypeScore=6.0742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.033;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:49:99:358,0,660 chrVIII 465339 . T C 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:914,0,575 chrVIII 465674 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=38;Dels=0.00;FS=30.483;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,30:38:46:533,0,46 chrVIII 465684 . G A 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.00;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:698,75,0 chrVIII 465708 . T A 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=19.79;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:805,84,0 chrVIII 465742 . C T 244.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;DP=47;Dels=0.00;FS=24.091;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.074;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:274,0,424 chrVIII 465769 . C T 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=17.89;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:659,78,0 chrVIII 465784 . G A 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DP=31;Dels=0.00;FS=21.676;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.324;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:269,0,256 chrVIII 465841 . T C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.664;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1088,120,0 chrVIII 465846 . A T 541.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=60;Dels=0.00;FS=12.638;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.950;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:571,0,447 chrVIII 465996 . C T 2764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=21.76;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2797,300,0 chrVIII 466004 . C A 2798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.88;MQ0=0;QD=22.93;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2831,303,0 chrVIII 466032 . T C 531.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.418;DP=103;Dels=0.00;FS=36.750;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.062;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:103:99:561,0,1208 chrVIII 466045 . C T 235.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=68;Dels=0.00;FS=14.002;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.314;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:68:99:265,0,810 chrVIII 466048 . C T 230.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.554;DP=64;Dels=0.00;FS=17.344;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.358;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:260,0,698 chrVIII 466143 . A C 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=22.82;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1539,165,0 chrVIII 466181 . C T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=90;Dels=0.00;FS=2.952;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.906;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:717,0,776 chrVIII 466187 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.792;DP=94;Dels=0.00;FS=5.757;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:615,0,812 chrVIII 466240 . T G 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.785;DP=195;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.944;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,92:194:99:1500,0,1523 chrVIII 466269 . T A 1670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;DP=223;Dels=0.00;FS=7.733;HaplotypeScore=7.4260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=7.49;ReadPosRankSum=2.500;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,102:223:99:1700,0,1841 chrVIII 466305 . A T 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;DP=203;Dels=0.00;FS=4.849;HaplotypeScore=16.6403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.640;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,100:203:99:1228,0,1905 chrVIII 466324 . A G 2953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.065;DP=163;Dels=0.00;FS=12.982;HaplotypeScore=11.3322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.496;QD=18.12;ReadPosRankSum=2.033;SB=-1.705e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,159:163:99:2986,336,0 chrVIII 466334 . A G 2293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=133;Dels=0.00;FS=9.638;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.947;SB=-1.360e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:133:99:2326,258,0 chrVIII 466339 . C T 2016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=119;Dels=0.00;FS=3.432;HaplotypeScore=4.7066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=16.94;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:2049,228,0 chrVIII 466361 . A G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.451;DP=108;Dels=0.00;FS=16.324;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=15.29;ReadPosRankSum=2.851;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:108:99:1684,195,0 chrVIII 466372 . T A 343.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=79;Dels=0.00;FS=12.123;HaplotypeScore=2.6992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.05;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.975;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:79:99:373,0,489 chrVIII 466379 . G C 990 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.80;MQ0=0;QD=14.14;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1023,117,0 chrVIII 466381 . A C 986 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=70;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=1.9106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.80;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1019,117,0 chrVIII 466403 . T C 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.309;DP=70;Dels=0.00;FS=3.016;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=16.66;ReadPosRankSum=2.380;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1199,132,0 chrVIII 466454 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.886;DP=66;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.98;MQ0=0;MQRankSum=2.355;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.253;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:682,0,354 chrVIII 466472 . T G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.255;DP=71;Dels=0.00;FS=2.116;HaplotypeScore=54.7169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.148;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:71:99:276,0,766 chrVIII 466475 . A G 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=4.068;HaplotypeScore=58.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.639;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1295,144,0 chrVIII 466485 . A C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=14.07;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1088,123,0 chrVIII 466489 . G C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:265,0,716 chrVIII 466598 . G C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:89:99:670,0,787 chrVIII 466650 . C A 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.50;MQ0=0;QD=18.57;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1723,192,0 chrVIII 466657 . G A 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.40;MQ0=0;QD=16.73;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1505,168,0 chrVIII 466663 . G C 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.69;MQ0=0;QD=16.02;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1475,171,0 chrVIII 466691 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;DP=111;Dels=0.00;FS=11.191;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:111:99:457,0,846 chrVIII 466717 . C G 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.62;MQ0=2;QD=14.15;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:128:99:1844,213,0 chrVIII 466727 . C T 2103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.77;MQ0=2;QD=15.35;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:137:99:2136,231,0 chrVIII 466785 . C T 3108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=2;QD=20.18;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:154:99:3141,339,0 chrVIII 466818 . G A 3036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.708;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,141:144:99:3069,336,0 chrVIII 466826 . G A 1200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=147;Dels=0.00;FS=2.243;HaplotypeScore=10.5023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.925;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,68:147:99:1230,0,1587 chrVIII 466868 . C T 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=123;Dels=0.00;FS=4.921;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.297;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:123:99:1120,0,965 chrVIII 466878 . C T 1169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=135;Dels=0.00;FS=6.004;HaplotypeScore=8.8268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=1.527;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.212;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,82:135:99:1199,0,916 chrVIII 466929 . G A 2343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=18.30;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2376,261,0 chrVIII 466953 . G A 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.908;DP=124;Dels=0.00;FS=1.658;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.801;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,50:124:99:841,0,1089 chrVIII 466959 . T C 2464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=55.8821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=18.53;ReadPosRankSum=1.602;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:2497,276,0 chrVIII 466968 . A G 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=131;Dels=0.00;FS=0.679;HaplotypeScore=120.3769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.517;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,66:131:99:1032,0,996 chrVIII 468037 . T C 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=130;Dels=0.00;FS=0.705;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.634;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:130:99:1128,0,1247 chrVIII 468050 . A G 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.818;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.944;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:126:99:1187,0,1167 chrVIII 468164 . G A 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=52;Dels=0.00;FS=5.881;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=2.187;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:342,0,562 chrVIII 468183 . C A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=60;Dels=0.00;FS=2.300;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.096;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:534,0,587 chrVIII 468239 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DP=72;Dels=0.00;FS=10.524;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:710,0,450 chrVIII 468386 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=82;Dels=0.00;FS=0.835;HaplotypeScore=13.4510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:649,0,763 chrVIII 468422 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.600;DP=67;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=6.0253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.166;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:569,0,710 chrVIII 468473 . G A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=62;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=6.82;ReadPosRankSum=-2.012;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:453,0,646 chrVIII 468677 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.305;DP=91;Dels=0.00;FS=7.342;HaplotypeScore=4.9447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.931;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:767,0,596 chrVIII 468680 . A T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=88;Dels=0.00;FS=9.423;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:88:99:789,0,553 chrVIII 468734 . T G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=71;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.950;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:531,0,586 chrVIII 468936 . T C 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=22.60;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1208,129,0 chrVIII 468962 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=60;Dels=0.00;FS=3.878;HaplotypeScore=2.3404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:536,0,508 chrVIII 469046 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.602;DP=70;Dels=0.00;FS=13.197;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:499,0,823 chrVIII 469211 . C T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=39;Dels=0.00;FS=9.750;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.515;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:214,0,320 chrVIII 469214 . C T 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=35;Dels=0.00;FS=10.976;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:165,0,347 chrVIII 469259 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;DP=44;Dels=0.00;FS=6.624;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.277;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:227,0,440 chrVIII 469286 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=50;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:99:255,0,543 chrVIII 469438 . C G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=60;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.023;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:548,0,457 chrVIII 469510 . T A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=63;Dels=0.00;FS=7.712;HaplotypeScore=11.2107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.543;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,43:63:99:803,0,323 chrVIII 469573 . A C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:608,0,256 chrVIII 469598 . G A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=38;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.086;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:312,0,347 chrVIII 469661 . A G 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.79;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1074,114,0 chrVIII 469751 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=62;Dels=0.00;FS=7.099;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=8.44;ReadPosRankSum=-2.482;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:553,0,536 chrVIII 469787 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=51;Dels=0.00;FS=13.544;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.081;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:541,0,416 chrVIII 469805 . A G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;DP=44;Dels=0.00;FS=14.701;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.040;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,30:44:99:443,0,243 chrVIII 469813 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=50;Dels=0.00;FS=33.746;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.789;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:528,0,317 chrVIII 469995 . T C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;DP=28;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:293,0,246 chrVIII 470052 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=32;Dels=0.00;FS=5.757;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.614;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:377,0,135 chrVIII 471244 . T C 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=79;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=8.7210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:686,0,456 chrVIII 471466 . C T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.373;DP=26;Dels=0.00;FS=3.707;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.713;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:172,0,230 chrVIII 472560 . T A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.145;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:550,0,918 chrVIII 472675 . A C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DP=45;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=14.9508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.765;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:317,0,458 chrVIII 472879 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;DP=63;Dels=0.00;FS=4.319;HaplotypeScore=4.4450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:414,0,650 chrVIII 473100 . T C 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=81;Dels=0.00;FS=5.852;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:81:99:655,0,779 chrVIII 473884 . A G 2855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2888,315,0 chrVIII 474166 . C T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:731,0,579 chrVIII 474210 . T C 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.54;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1153,123,0 chrVIII 474258 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=56;Dels=0.00;FS=9.600;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.803;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:56:99:398,0,513 chrVIII 474449 . C G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=50;Dels=0.00;FS=6.510;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.236;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:559,0,327 chrVIII 474485 . C G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:454,0,449 chrVIII 474521 . T A 204.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=51;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=4.00;ReadPosRankSum=-2.038;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:234,0,539 chrVIII 474537 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=37;Dels=0.00;FS=2.759;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,29:37:90:527,0,90 chrVIII 474566 . C T 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=36;Dels=0.00;FS=8.254;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:180,0,460 chrVIII 475005 . T C 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;DP=102;Dels=0.00;FS=1.620;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.554;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:102:99:951,0,1043 chrVIII 475158 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;DP=65;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=2.788;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:598,0,507 chrVIII 475895 . G A 375.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:405,0,299 chrVIII 476842 . G A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.015;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:271,0,411 chrVIII 476872 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:373,0,394 chrVIII 476968 . A C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=67;Dels=0.00;FS=10.886;HaplotypeScore=14.6652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:431,0,606 chrVIII 477096 . A G 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=72;Dels=0.00;FS=8.181;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.907;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:795,0,461 chrVIII 477127 . A T 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.380;DP=81;Dels=0.00;FS=7.909;HaplotypeScore=11.4009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:898,0,488 chrVIII 477340 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=66;Dels=0.00;FS=6.755;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.365;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:542,0,460 chrVIII 477370 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=68;Dels=0.00;FS=8.469;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:602,0,575 chrVIII 477509 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;DP=57;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:495,0,370 chrVIII 477510 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=57;Dels=0.00;FS=3.608;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:525,0,388 chrVIII 477792 . C T 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=81;Dels=0.00;FS=18.953;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.610;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:81:99:641,0,738 chrVIII 477793 . C A 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=79;Dels=0.00;FS=19.256;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.821;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:666,0,727 chrVIII 477824 . C T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DP=103;Dels=0.00;FS=24.828;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:887,0,904 chrVIII 477970 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DP=72;Dels=0.00;FS=13.536;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.856;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:72:99:697,0,636 chrVIII 478429 . A T 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=81;Dels=0.00;FS=12.882;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.856;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:893,0,711 chrVIII 478458 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=56;Dels=0.00;FS=6.111;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:582,0,492 chrVIII 478552 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DP=55;Dels=0.00;FS=1.361;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:278,0,547 chrVIII 478714 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=83;Dels=0.00;FS=1.039;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.715;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:628,0,569 chrVIII 478873 . C T 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=25;Dels=0.00;FS=4.008;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.247;QD=2.96;ReadPosRankSum=-2.080;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:104,0,324 chrVIII 478875 . G A 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DP=27;Dels=0.00;FS=6.739;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.206;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:27:99:114,0,334 chrVIII 478978 . C T 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:27:99:129,0,269 chrVIII 479113 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:607,0,322 chrVIII 479158 . T G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=53;Dels=0.00;FS=3.850;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:339,0,378 chrVIII 479173 . A G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=43;Dels=0.00;FS=4.454;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=5.79;ReadPosRankSum=-2.301;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:279,0,315 chrVIII 479278 . G A 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;DP=24;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:24:93:93,0,203 chrVIII 479389 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;DP=41;Dels=0.00;FS=2.693;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:326,0,300 chrVIII 480127 . A G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;DP=38;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:303,0,391 chrVIII 480214 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.898;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:241,0,598 chrVIII 480301 . T G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.863;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:55:99:461,0,459 chrVIII 480415 . G A 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DP=89;Dels=0.00;FS=2.840;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.850;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:981,0,725 chrVIII 480491 . C T 1291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.397;DP=132;Dels=0.00;FS=5.141;HaplotypeScore=17.1096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=2.042;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.710;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,66:132:99:1321,0,1067 chrVIII 480863 . A G 1292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.706;DP=166;Dels=0.00;FS=0.573;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=7.78;ReadPosRankSum=-2.011;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,76:166:99:1322,0,1754 chrVIII 481169 . C T 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.457;DP=122;Dels=0.00;FS=0.674;HaplotypeScore=5.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.262;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:99:1101,0,1147 chrVIII 481190 . G T 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DP=125;Dels=0.00;FS=4.329;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.089;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:125:99:1079,0,1106 chrVIII 481335 . T C 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.748;DP=90;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=11.51;ReadPosRankSum=-2.323;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,56:90:99:1066,0,488 chrVIII 481403 . C T 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;DP=86;Dels=0.00;FS=3.039;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,55:86:99:947,0,546 chrVIII 481437 . T C 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.306;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.202;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:83:99:870,0,564 chrVIII 481494 . G C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;DP=59;Dels=0.00;FS=6.584;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:538,0,415 chrVIII 481553 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;DP=64;Dels=0.00;FS=4.456;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.379;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:424,0,472 chrVIII 481687 . C T 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=133;Dels=0.00;FS=1.655;HaplotypeScore=11.4324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.285;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,72:133:99:853,0,1184 chrVIII 481690 . C A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.490;DP=128;Dels=0.00;FS=1.666;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.583;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.088;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,69:128:99:815,0,1214 chrVIII 481787 . G A 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=61;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:649,0,507 chrVIII 481932 . G A 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DP=107;Dels=0.00;FS=2.589;HaplotypeScore=9.6333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.257;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:107:99:758,0,1262 chrVIII 481975 . A G 1290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.457;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,71:148:99:1320,0,1276 chrVIII 482275 . T G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=70;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=5.1092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:519,0,637 chrVIII 482326 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;DP=69;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.716;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:521,0,605 chrVIII 482614 . A G 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.913;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:35:99:138,0,479 chrVIII 482671 . G A 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DP=40;Dels=0.00;FS=1.430;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.390;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:99:174,0,590 chrVIII 482776 . A G 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.22;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:84:776,84,0 chrVIII 482818 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:351,0,304 chrVIII 482896 . C G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=36;Dels=0.00;FS=8.509;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.834;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:332,0,268 chrVIII 483007 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=32;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.453;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:190,0,276 chrVIII 483130 . A G 710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:81:743,81,0 chrVIII 483190 . C T 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.593;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:113,0,309 chrVIII 483220 . C T 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:125,0,152 chrVIII 483295 . A G 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.91;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:57:537,57,0 chrVIII 483396 . A C 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.14;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:773,84,0 chrVIII 483435 . T C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=10.58;ReadPosRankSum=2.862;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:358,0,251 chrVIII 483472 . A G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:18:72:209,0,72 chrVIII 483796 . T C 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=48;Dels=0.00;FS=2.980;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.832;QD=20.54;ReadPosRankSum=2.244;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1019,111,0 chrVIII 483978 . A G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:310,0,375 chrVIII 484007 . G A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DP=36;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.289;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:307,0,311 chrVIII 484023 . G C 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;DP=38;Dels=0.00;FS=8.324;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=5.50;ReadPosRankSum=2.315;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:239,0,387 chrVIII 484057 . C T 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DP=37;Dels=0.00;FS=7.216;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.305;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:286,0,352 chrVIII 484090 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=29;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:175,0,319 chrVIII 484091 . A T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=29;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:346,0,181 chrVIII 484159 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=54;Dels=0.00;FS=3.798;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:419,0,542 chrVIII 484312 . A T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=45;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=8.2275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.307;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:350,0,398 chrVIII 484477 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=29;Dels=0.00;FS=13.648;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.059;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.066;SB=-1.888e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:353,0,110 chrVIII 485324 . A G 302.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.697;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:332,0,341 chrVIII 485331 . A G 201.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.435;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:42:99:231,0,376 chrVIII 485332 . A T 203.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=4.95;ReadPosRankSum=1.598;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:233,0,356 chrVIII 485522 . T C 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=57;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:668,0,396 chrVIII 485700 . G A 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.41;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1391,144,0 chrVIII 485969 . G A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;DP=85;Dels=0.00;FS=2.909;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.335;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:570,0,1007 chrVIII 485972 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=88;Dels=0.00;FS=5.465;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=2.055;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.694;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:581,0,903 chrVIII 486077 . T C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.391;DP=94;Dels=0.00;FS=3.989;HaplotypeScore=7.3542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.807;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:797,0,1083 chrVIII 486368 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=119;Dels=0.00;FS=0.696;HaplotypeScore=11.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:119:99:703,0,1235 chrVIII 486776 . A T 2359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=262;Dels=0.00;FS=0.454;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.782;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,125:262:99:2389,0,2563 chrVIII 487008 . A T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=109;Dels=0.00;FS=2.564;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.438;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:109:99:746,0,1157 chrVIII 487308 . A G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;DP=88;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.463;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:708,0,801 chrVIII 487338 . A G 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=79;Dels=0.00;FS=3.006;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.974;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:698,0,679 chrVIII 488047 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.531;DP=71;Dels=0.00;FS=20.602;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:559,0,637 chrVIII 488330 . T C 179.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=44;Dels=0.00;FS=28.672;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:209,0,491 chrVIII 488425 . C A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.092;DP=113;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=7.1923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:113:99:822,0,1304 chrVIII 488458 . A C 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.701;DP=161;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=10.6214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.222;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.712;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,72:161:99:926,0,1884 chrVIII 488465 . A C 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DP=165;Dels=0.00;FS=1.254;HaplotypeScore=8.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.892;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,75:165:99:966,0,1863 chrVIII 488588 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=40;Dels=0.00;FS=4.789;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.291;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:330,0,412 chrVIII 488773 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;DP=74;Dels=0.00;FS=13.641;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.515;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:577,0,661 chrVIII 489580 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DP=29;Dels=0.00;FS=3.453;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:241,0,225 chrVIII 489755 . C T 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=39;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:190,0,436 chrVIII 490123 . T C 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.084;DP=92;Dels=0.00;FS=20.864;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=8.60;ReadPosRankSum=-2.870;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:92:99:821,0,999 chrVIII 490956 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:378,0,321 chrVIII 491018 . A G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=19;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.883;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:19:99:183,0,156 chrVIII 491126 . G T 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:576,0,371 chrVIII 492468 . T C 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=104;Dels=0.00;FS=0.723;HaplotypeScore=4.4281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.425;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.562;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:884,0,975 chrVIII 492752 . A G 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=100;Dels=0.00;FS=6.283;HaplotypeScore=11.1630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.628;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,56:100:99:994,0,608 chrVIII 493139 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=90;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.856;QD=7.68;ReadPosRankSum=-2.077;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:721,0,754 chrVIII 495688 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;DP=95;Dels=0.00;FS=5.652;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:95:99:697,0,762 chrVIII 495830 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DP=73;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=11.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.586;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:579,0,516 chrVIII 496664 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:628,0,588 chrVIII 496972 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:679,0,640 chrVIII 497237 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:322,0,413 chrVIII 497476 . T C 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=44;Dels=0.00;FS=2.978;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:465,0,492 chrVIII 497907 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;DP=32;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:32:99:199,0,388 chrVIII 498021 . T C 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:26:99:115,0,240 chrVIII 498433 . A G 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;DP=18;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:18:99:109,0,108 chrVIII 498753 . G A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.896;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:268,0,219 chrVIII 498861 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=40;Dels=0.00;FS=6.785;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.262;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:323,0,288 chrVIII 498868 . A T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DP=39;Dels=0.00;FS=2.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.956;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.414;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:275,0,298 chrVIII 499040 . A G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.631;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:559,0,684 chrVIII 499459 . A G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=63;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:491,0,594 chrVIII 499676 . G T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=30;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:271,0,237 chrVIII 500211 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;DP=80;Dels=0.00;FS=5.024;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:80:99:581,0,337 chrVIII 500294 . G A 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.631;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.819;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.495;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,76:144:99:1104,0,1045 chrVIII 500928 . G A 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.721;DP=108;Dels=0.00;FS=1.588;HaplotypeScore=9.1575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:108:99:1012,0,907 chrVIII 501881 . A C 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;DP=103;Dels=0.00;FS=9.467;HaplotypeScore=7.3698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=3.121;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.461;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:1117,0,890 chrVIII 501912 . A G 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=21.70;ReadPosRankSum=1.679;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:67:99:1487,159,0 chrVIII 502369 . G A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=56;Dels=0.00;FS=6.405;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.913;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:535,0,329 chrVIII 502447 . G A 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=21.09;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1678,174,0 chrVIII 502641 . G A 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=19.50;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:852,90,0 chrVIII 502645 . G T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;DP=47;Dels=0.00;FS=2.577;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:325,0,269 chrVIII 503516 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=44;Dels=0.00;FS=5.887;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.919;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:339,0,273 chrVIII 503518 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=44;Dels=0.00;FS=5.893;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.920;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:334,0,316 chrVIII 504196 . G A 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.754;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:432,0,474 chrVIII 504875 . G A 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DP=78;Dels=0.00;FS=1.927;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.93;MQ0=1;MQRankSum=-7.495;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:109,0,572 chrVIII 504926 . G A 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=62;Dels=0.00;FS=2.892;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQ0=0;MQRankSum=6.217;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.354;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:642,0,149 chrVIII 504953 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;DP=64;Dels=0.00;FS=4.567;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.730;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.062;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:64:99:301,0,558 chrVIII 505427 . T G 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=19.43;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1121,123,0 chrVIII 505687 . G A 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;DP=90;Dels=0.00;FS=4.321;HaplotypeScore=9.6587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:90:99:897,0,676 chrVIII 505776 . G T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:506,0,752 chrVIII 505979 . C T 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=110;Dels=0.00;FS=4.913;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.266;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:110:99:1129,0,852 chrVIII 506142 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;DP=58;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:256,0,460 chrVIII 506159 . T C 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=54;Dels=0.00;FS=5.727;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.528;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:185,0,556 chrVIII 506267 . T C 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=132;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:132:99:1163,0,1103 chrVIII 506331 . T C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.665;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:714,0,635 chrVIII 506423 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=55;Dels=0.00;FS=7.686;HaplotypeScore=4.3856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:55:99:447,0,405 chrVIII 506680 . G C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DP=68;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.987;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:68:99:588,0,491 chrVIII 506773 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=53;Dels=0.00;FS=5.909;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.387;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:612,0,363 chrVIII 506933 . A T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;DP=60;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:557,0,438 chrVIII 507096 . T G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=44;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.567;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:209,0,584 chrVIII 507449 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;DP=30;Dels=0.00;FS=10.240;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:30:99:190,0,227 chrVIII 507860 . T C 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=25;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:117,0,281 chrVIII 507863 . A G 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:162,0,229 chrVIII 508115 . T A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:570,0,416 chrVIII 508373 . G A 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;DP=84;Dels=0.00;FS=3.127;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=2.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.525;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:882,0,793 chrVIII 508535 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=64;Dels=0.00;FS=11.118;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:555,0,616 chrVIII 508646 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;DP=62;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:62:99:644,0,470 chrVIII 508754 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=63;Dels=0.00;FS=13.568;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.062;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:462,0,707 chrVIII 509257 . T C 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=139;Dels=0.00;FS=3.143;HaplotypeScore=13.9804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,64:139:99:1121,0,1362 chrVIII 509478 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=46;Dels=0.00;FS=7.376;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.188;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:414,0,281 chrVIII 509492 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=48;Dels=0.00;FS=4.891;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:349,0,368 chrVIII 509537 . G A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.174;DP=100;Dels=0.00;FS=4.634;HaplotypeScore=6.6519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=5.76;ReadPosRankSum=-2.347;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:100:99:606,0,864 chrVIII 509653 . G A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.915;DP=212;Dels=0.00;FS=19.547;HaplotypeScore=14.4750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.231;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.942;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,74:212:99:295,0,2318 chrVIII 510285 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=49;Dels=0.00;FS=13.226;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=10.71;ReadPosRankSum=-2.333;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:555,0,248 chrVIII 510388 . A G 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=23.47;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1277,141,0 chrVIII 510826 . G A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=43;Dels=0.00;FS=1.249;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:304,0,243 chrVIII 510985 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.460;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:277,0,271 chrVIII 512241 . T C 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.648;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:45:99:187,0,391 chrVIII 512283 . A T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.360;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:530,0,432 chrVIII 512489 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;DP=41;Dels=0.00;FS=4.527;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:261,0,311 chrVIII 512521 . C G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DP=50;Dels=0.00;FS=10.640;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.244;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:404,0,383 chrVIII 512746 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.022;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:725,0,540 chrVIII 513025 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;DP=56;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.356;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:385,0,647 chrVIII 513034 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=51;Dels=0.00;FS=4.610;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.502;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:319,0,595 chrVIII 513526 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.609;DP=74;Dels=0.00;FS=8.624;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:621,0,827 chrVIII 513634 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=54;Dels=0.00;FS=10.506;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.258;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:493,0,450 chrVIII 514601 . A T 381.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.849;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:411,0,324 chrVIII 514870 . A G 191.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:221,0,247 chrVIII 515104 . C T 270.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:52:99:300,0,652 chrVIII 516015 . T G 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=50;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=7.3378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=18.72;ReadPosRankSum=1.662;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:99:969,105,0 chrVIII 516108 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;DP=85;Dels=0.00;FS=11.839;HaplotypeScore=6.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:734,0,713 chrVIII 516468 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;DP=79;Dels=0.00;FS=3.133;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:367,0,773 chrVIII 516618 . A G 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=81;Dels=0.00;FS=5.923;HaplotypeScore=18.5020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.657;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:81:99:661,0,683 chrVIII 516779 . G A 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=19.81;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1301,138,0 chrVIII 516811 . G A 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=16.70;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1185,129,0 chrVIII 516852 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.850;DP=70;Dels=0.00;FS=6.498;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:637,0,520 chrVIII 517336 . C T 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=20.97;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:683,72,0 chrVIII 517375 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;DP=54;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=4.8625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:54:99:410,0,424 chrVIII 518179 . C T 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=18.61;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:647,69,0 chrVIII 518458 . G A 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.17;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1082,117,0 chrVIII 518542 . C G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=61;Dels=0.00;FS=7.896;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.606;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:492,0,672 chrVIII 518911 . T C 679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=19.97;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:712,78,0 chrVIII 518945 . A G 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=20.26;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:72:661,72,0 chrVIII 519006 . G A 548 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=16.61;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:581,63,0 chrVIII 519007 . T A 167.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=33;Dels=0.00;FS=3.180;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.301;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:197,0,276 chrVIII 519013 . G A 528 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=15.09;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:561,60,0 chrVIII 519077 . T A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=44;Dels=0.00;FS=1.490;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.896;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:325,0,344 chrVIII 519115 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=56;Dels=0.00;FS=3.008;HaplotypeScore=11.2873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=6.09;ReadPosRankSum=2.965;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:371,0,356 chrVIII 519116 . G A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=55;Dels=0.00;FS=1.409;HaplotypeScore=11.2873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.654;QD=6.62;ReadPosRankSum=2.826;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:394,0,311 chrVIII 519144 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.735;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:421,0,341 chrVIII 519146 . G A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.525;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:59:99:396,0,422 chrVIII 519219 . A C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=45;Dels=0.00;FS=3.219;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.724;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.893;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:370,0,357 chrVIII 519230 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.643;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:364,0,375 chrVIII 519269 . T C 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=23.03;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1392,150,0 chrVIII 519381 . C G 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=22.49;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1900,213,0 chrVIII 519408 . C A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=86;Dels=0.00;FS=9.063;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.324;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:619,0,811 chrVIII 519425 . G C 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.251;DP=87;Dels=0.00;FS=4.257;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.394;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:87:99:677,0,650 chrVIII 519587 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.904;DP=45;Dels=0.00;FS=4.307;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:383,0,315 chrVIII 519988 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=52;Dels=0.00;FS=4.672;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=10.65;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:584,0,442 chrVIII 520065 . A G 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;DP=68;Dels=0.00;FS=4.906;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.251;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:766,0,559 chrVIII 520123 . C G 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.33;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:46:99:968,105,0 chrVIII 520239 . A T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=44;Dels=0.00;FS=5.963;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:330,0,287 chrVIII 520242 . G T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=49;Dels=0.00;FS=1.472;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:310,0,378 chrVIII 520634 . G A 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.587;DP=87;Dels=0.00;FS=1.390;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.388;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:1097,0,748 chrVIII 521047 . G A 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=18.90;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:978,102,0 chrVIII 521515 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:519,0,580 chrVIII 522136 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=82;Dels=0.00;FS=4.295;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.378;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:82:99:600,0,540 chrVIII 522772 . A C 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.506;DP=89;Dels=0.00;FS=1.806;HaplotypeScore=11.2879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.476;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:882,0,637 chrVIII 522950 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.275;DP=87;Dels=0.00;FS=4.627;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.532;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:478,0,518 chrVIII 523665 . T C 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=109;Dels=0.00;FS=0.754;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.145;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,40:109:99:680,0,1207 chrVIII 523907 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DP=58;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.018;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:486,0,586 chrVIII 524455 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=79;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=6.04;ReadPosRankSum=-2.331;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:507,0,926 chrVIII 524850 . C G 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=60;Dels=0.00;FS=2.150;HaplotypeScore=6.5319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.661;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:442,0,414 chrVIII 524864 . A T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;DP=62;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.917;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:437,0,488 chrVIII 525056 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.278;QD=3.69;ReadPosRankSum=-2.821;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:211,0,325 chrVIII 525065 . C G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.524;QD=3.55;ReadPosRankSum=-3.357;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:53:99:218,0,297 chrVIII 525074 . C A 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=52;Dels=0.00;FS=15.929;HaplotypeScore=18.1540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.51;MQ0=0;MQRankSum=-4.558;QD=1.21;ReadPosRankSum=-4.972;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,15:52:93:93,0,497 chrVIII 525242 . T C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=52;Dels=0.00;FS=11.183;HaplotypeScore=7.5588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.662;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:479,0,405 chrVIII 525297 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=62;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:62:99:455,0,482 chrVIII 525401 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.78;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:194,0,256 chrVIII 525441 . C A 265 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1.739e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:14:33:298,33,0 chrVIII 525442 . A G 233.19 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.488;SB=-1.481e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:8:265,8,0 chrVIII 525446 . A C 146.98 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.099;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:3:176,0,3 chrVIII 525451 . T C 70.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=12;Dels=0.00;FS=13.424;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.925;SB=1.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:54:100,0,54 chrVIII 525454 . G A 90.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=12;Dels=0.00;FS=13.424;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.555;SB=1.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:63:120,0,63 chrVIII 525457 . C A 64.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;DP=13;Dels=0.00;FS=13.424;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.08;MQ0=1;MQRankSum=-2.219;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.109;SB=1.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:61:94,0,61 chrVIII 525464 . G A 10.42 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=13;Dels=0.00;FS=13.222;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.90;MQ0=4;MQRankSum=-1.307;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.729;SB=0.163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:40:40,0,71 chrVIII 525574 . T G 27.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=66;Dels=0.00;FS=69.442;HaplotypeScore=22.4228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.53;MQ0=7;MQRankSum=1.859;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,11:66:57:57,0,420 chrVIII 525578 . G C 69.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=61;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=43.2591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.11;MQ0=7;MQRankSum=1.926;QD=1.13;ReadPosRankSum=-3.383;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:99,0,349 chrVIII 525579 . G A 85.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DP=62;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=51.9795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.99;MQ0=7;MQRankSum=1.995;QD=1.37;ReadPosRankSum=-3.331;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:115,0,347 chrVIII 525593 . A G 58.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DP=50;Dels=0.00;FS=18.381;HaplotypeScore=32.2627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.30;MQ0=6;MQRankSum=3.278;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:50:88:88,0,303 chrVIII 525595 . C T 86.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=49;Dels=0.00;FS=15.185;HaplotypeScore=38.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.97;MQ0=6;MQRankSum=1.267;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.925;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:49:99:116,0,273 chrVIII 525598 . A G 23.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DP=51;Dels=0.00;FS=53.820;HaplotypeScore=44.9396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.71;MQ0=6;MQRankSum=3.795;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,11:51:53:53,0,347 chrVIII 525599 . C T 87.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.149;DP=51;Dels=0.00;FS=18.971;HaplotypeScore=38.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.71;MQ0=6;MQRankSum=3.687;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:99:117,0,266 chrVIII 525601 . A G 85.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=59;Dels=0.00;FS=6.181;HaplotypeScore=55.0559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.66;MQ0=6;MQRankSum=2.849;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.077;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:59:99:115,0,245 chrVIII 525607 . T C 30.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=54;Dels=0.00;FS=79.359;HaplotypeScore=60.1027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.92;MQ0=3;MQRankSum=4.640;QD=0.56;ReadPosRankSum=-3.830;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:60:60,0,269 chrVIII 525610 . C T 95.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=54;Dels=0.00;FS=31.537;HaplotypeScore=60.1430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.92;MQ0=3;MQRankSum=4.871;QD=1.76;ReadPosRankSum=-2.365;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:54:99:125,0,187 chrVIII 525613 . A T 99.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=55;Dels=0.00;FS=20.972;HaplotypeScore=56.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.87;MQ0=2;MQRankSum=4.182;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:55:99:129,0,207 chrVIII 525619 . A G 40.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;DP=56;Dels=0.00;FS=87.549;HaplotypeScore=59.2227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.82;MQ0=1;MQRankSum=5.450;QD=0.71;ReadPosRankSum=-2.843;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:56:70:70,0,265 chrVIII 525622 . T C 16.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;DP=43;Dels=0.00;FS=33.860;HaplotypeScore=33.6113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.86;MQ0=1;MQRankSum=3.837;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.919;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:43:46:46,0,189 chrVIII 525631 . G A 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.563;DP=51;Dels=0.00;FS=64.960;HaplotypeScore=25.8494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.45;MQ0=2;MQRankSum=5.560;QD=0.51;ReadPosRankSum=-2.189;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:51:56:56,0,157 chrVIII 525634 . T C 56.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=49;Dels=0.00;FS=40.541;HaplotypeScore=19.3858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.43;MQ0=2;MQRankSum=5.627;QD=1.14;ReadPosRankSum=-1.883;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:86:86,0,110 chrVIII 525635 . G A 59.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=50;Dels=0.00;FS=40.541;HaplotypeScore=19.3649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.20;MQ0=3;MQRankSum=5.627;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:89:89,0,105 chrVIII 525641 . A G 35.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=52;Dels=0.00;FS=86.469;HaplotypeScore=23.8269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.76;MQ0=3;MQRankSum=5.140;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.857;SB=0.037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:65:65,0,88 chrVIII 525646 . T A 61.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;DP=50;Dels=0.00;FS=94.310;HaplotypeScore=15.6880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.38;MQ0=4;MQRankSum=5.131;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:32:91,0,32 chrVIII 525649 . C A 71.18 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;DP=50;Dels=0.00;FS=95.161;HaplotypeScore=18.8980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.14;MQ0=5;MQRankSum=5.268;QD=1.42;ReadPosRankSum=-2.599;SB=-3.186e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:50:11:101,0,11 chrVIII 525838 . G A 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=29;Dels=0.00;FS=6.054;HaplotypeScore=10.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.34;MQ0=1;MQRankSum=-1.552;QD=3.66;ReadPosRankSum=-3.951;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:136,0,325 chrVIII 525868 . A G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.15;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:288,0,376 chrVIII 525946 . G A 109.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.92;MQ0=4;MQRankSum=-3.095;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.592;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:139,0,211 chrVIII 525958 . A C 98.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=48;Dels=0.00;FS=4.684;HaplotypeScore=22.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.98;MQ0=4;MQRankSum=-1.403;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.134;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:48:99:128,0,145 chrVIII 525980 . G C 215.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=40;Dels=0.00;FS=1.481;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.83;MQ0=1;MQRankSum=4.126;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.785;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,17:40:27:248,27,0 chrVIII 525997 . C T 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=23;Dels=0.00;FS=2.682;HaplotypeScore=5.5286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.27;MQ0=0;MQRankSum=2.231;QD=0.45;ReadPosRankSum=-3.123;SB=-2.501e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:23:40:40,0,63 chrVIII 526004 . A G 75.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.128;QD=3.28;ReadPosRankSum=2.237;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:12:108,12,0 chrVIII 526188 . C A 83.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.063;DP=22;Dels=0.00;FS=18.560;HaplotypeScore=3.7700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.35;MQ0=0;MQRankSum=2.686;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.362;SB=-2.651e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:22:12:116,12,0 chrVIII 526276 . C T 123.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.85;MQ0=0;QD=7.70;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:18:156,18,0 chrVIII 526301 . T C 60.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=0;QD=6.72;SB=-4.945e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:93,12,0 chrVIII 526302 . T C 36.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.58;MQ0=0;QD=4.62;SB=-2.291e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:69,9,0 chrVIII 526309 . T C 66.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=0;QD=7.39;SB=-2.249e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:99,12,0 chrVIII 526315 . T C 11.34 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.47;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-6.541e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:41:41,0,50 chrVIII 526316 . G A 11.34 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.47;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:41:41,0,71 chrVIII 526348 . C T 36.08 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.26;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-4.111e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:15:66,0,15 chrVIII 526366 . C T 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;DP=18;Dels=0.00;FS=20.434;HaplotypeScore=4.8757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.18;MQ0=1;MQRankSum=-0.433;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.395;SB=-4.350e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:37:81,0,37 chrVIII 526369 . G A 77.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=19;Dels=0.00;FS=2.162;HaplotypeScore=8.8162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.34;MQ0=1;MQRankSum=-1.022;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.466;SB=-6.418e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:11:107,0,11 chrVIII 526396 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=48;Dels=0.00;FS=7.634;HaplotypeScore=26.0043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.56;MQ0=1;MQRankSum=4.205;QD=0.65;ReadPosRankSum=3.233;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,11:48:61:61,0,106 chrVIII 526399 . C T 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=48;Dels=0.00;FS=1.395;HaplotypeScore=22.0683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.22;MQ0=1;MQRankSum=4.279;QD=0.52;ReadPosRankSum=2.841;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:55:55,0,97 chrVIII 526415 . G A 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;DP=56;Dels=0.00;FS=9.945;HaplotypeScore=32.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.81;MQ0=1;MQRankSum=4.665;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.147;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,11:56:56:56,0,173 chrVIII 526420 . C T 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;DP=55;Dels=0.00;FS=5.841;HaplotypeScore=29.1279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.60;MQ0=1;MQRankSum=2.694;QD=0.24;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,12:55:43:43,0,218 chrVIII 526433 . C G 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=56;Dels=0.00;FS=7.353;HaplotypeScore=14.4762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.08;MQ0=2;MQRankSum=4.062;QD=0.24;ReadPosRankSum=-4.115;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,8:56:43:43,0,214 chrVIII 526450 . T C 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=56;Dels=0.00;FS=3.539;HaplotypeScore=29.4156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.31;MQ0=2;MQRankSum=2.270;QD=0.25;ReadPosRankSum=-1.991;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,8:56:44:44,0,196 chrVIII 526453 . T G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DP=55;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=37.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.30;MQ0=2;MQRankSum=-1.147;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,40:55:44:196,0,44 chrVIII 526513 . C T 110.64 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;DP=27;Dels=0.00;FS=3.197;HaplotypeScore=1.9243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.30;MQ0=7;MQRankSum=-0.945;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.197;SB=-9.863e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,25:27:5:140,0,5 chrVIII 526525 . C T 145.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.93;MQ0=6;QD=5.80;SB=-9.904e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:21:178,21,0 chrVIII 526648 . C T 18.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=15;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.44;MQ0=9;MQRankSum=-0.736;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.508e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:15:18:48,0,18 chrVIII 526660 . C T 22.12 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=16;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.03;MQ0=8;MQRankSum=0.572;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.559e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:16:14:52,0,14 chrVIII 526680 . C T 45.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.60;MQ0=7;MQRankSum=1.106;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.382;SB=-5.047e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:18:9:78,9,0 chrVIII 526720 . C T 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;DP=32;Dels=0.00;FS=14.423;HaplotypeScore=3.4930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.12;MQ0=13;MQRankSum=-0.056;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.950;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:32:9:80,9,0 chrVIII 526783 . C T 239 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.87;MQ0=9;MQRankSum=-0.630;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-4.568e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:31:30:272,30,0 chrVIII 526795 . C T 266 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.295;DP=32;Dels=0.00;FS=14.241;HaplotypeScore=8.6345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.69;MQ0=7;MQRankSum=1.257;QD=8.31;ReadPosRankSum=2.004;SB=-1.892e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:32:33:299,33,0 chrVIII 526804 . T C 155.12 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.115;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.10;MQ0=6;MQRankSum=1.445;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.445;SB=-2.412e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,21:27:5:186,5,0 chrVIII 526855 . T C 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=16;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=5.7453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.37;MQ0=2;MQRankSum=-1.356;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.872;SB=-3.042e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:34:62,0,34 chrVIII 526930 . C T 120.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=36;Dels=0.00;FS=6.744;HaplotypeScore=46.9222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.57;MQ0=4;MQRankSum=0.253;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.966;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:30:150,0,30 chrVIII 526950 . C T 335.64 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DP=34;Dels=0.00;FS=5.822;HaplotypeScore=6.5425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.91;MQ0=3;MQRankSum=-0.275;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.120;SB=-1.686e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:34:5:365,0,5 chrVIII 526990 . C T 451 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.11;MQ0=8;MQRankSum=0.859;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.458;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:51:484,51,0 chrVIII 527053 . C T 265.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.82;MQ0=1;MQRankSum=0.301;QD=6.31;ReadPosRankSum=2.393;SB=-1.414e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,30:42:12:295,0,12 chrVIII 527056 . A T 261.09 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=44;Dels=0.00;FS=7.636;HaplotypeScore=20.8624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.39;MQ0=0;MQRankSum=1.944;QD=5.93;ReadPosRankSum=3.195;SB=-2.462e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,32:44:14:291,0,14 chrVIII 527065 . C T 397 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.19;MQ0=1;QD=7.78;SB=-6.794e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:51:45:430,45,0 chrVIII 527092 . G C 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.52;MQ0=3;QD=10.17;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:63:572,63,0 chrVIII 527128 . T G 761 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=84;Dels=0.00;FS=1.615;HaplotypeScore=25.6249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=8;MQRankSum=-0.753;QD=9.06;ReadPosRankSum=2.260;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:84:68:794,68,0 chrVIII 527169 . G C 1405 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.37;MQ0=4;QD=14.48;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:97:99:1438,159,0 chrVIII 527209 . T C 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DP=99;Dels=0.00;FS=21.646;HaplotypeScore=21.1902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.73;MQ0=3;MQRankSum=-2.916;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,19:99:74:74,0,1193 chrVIII 527216 . G A 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=83;Dels=0.00;FS=11.473;HaplotypeScore=54.0176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.14;MQ0=2;MQRankSum=-3.046;QD=0.22;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,16:83:48:48,0,1119 chrVIII 527220 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=78;Dels=0.00;FS=4.643;HaplotypeScore=31.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.64;MQ0=1;MQRankSum=-1.089;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:497,0,616 chrVIII 527230 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=64;Dels=0.00;FS=0.985;HaplotypeScore=21.3109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.34;MQ0=1;MQRankSum=-2.746;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:428,0,481 chrVIII 527492 . A G 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;DP=67;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.48;MQ0=4;MQRankSum=-2.281;QD=0.31;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,17:67:51:51,0,566 chrVIII 527578 . G A 1137 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=5;QD=17.77;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1170,123,0 chrVIII 527636 . A T 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=3;QD=18.84;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1107,120,0 chrVIII 527678 . G A 50.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;DP=77;Dels=0.00;FS=8.621;HaplotypeScore=26.7343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.88;MQ0=4;MQRankSum=-6.568;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.915;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:77:80:80,0,711 chrVIII 527776 . T C 237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.96;MQ0=2;QD=9.48;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:30:270,30,0 chrVIII 527797 . T G 156.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.97;MQ0=1;QD=6.24;SB=-2.607e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:21:189,21,0 chrVIII 527820 . C T 137.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.78;MQ0=1;MQRankSum=3.133;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-5.514e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:23:18:170,18,0 chrVIII 527830 . C T 109.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.76;MQ0=0;MQRankSum=2.849;QD=5.20;ReadPosRankSum=-2.436;SB=-5.827e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:21:15:142,15,0 chrVIII 527851 . G A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.90;MQ0=0;QD=1.98;SB=-3.064e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:6:57,6,0 chrVIII 527903 . G A 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.44;MQ0=11;QD=0.91;SB=-2.676e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:6:55,6,0 chrVIII 527987 . A G 152.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.313;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.66;MQ0=6;MQRankSum=-0.903;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,20:122:99:182,0,1381 chrVIII 528033 . C T 68.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=112;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.33;MQ0=5;MQRankSum=1.744;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.004;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,17:112:98:98,0,1434 chrVIII 528045 . G A 91.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=96;Dels=0.00;FS=2.031;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.11;MQ0=5;MQRankSum=0.527;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,25:96:99:121,0,1214 chrVIII 528155 . A G 85.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.47;MQ0=9;MQRankSum=-0.529;QD=3.27;ReadPosRankSum=-2.261;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:26:99:115,0,130 chrVIII 528226 . A G 472 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.55;MQ0=22;QD=10.73;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:54:505,54,0 chrVIII 528367 . A G 1837 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=114;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=7.5970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.36;MQ0=4;MQRankSum=-1.512;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:1870,210,0 chrVIII 528406 . T A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.886;DP=120;Dels=0.00;FS=14.512;HaplotypeScore=15.2509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.56;MQ0=3;MQRankSum=-1.071;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,30:120:99:204,0,1251 chrVIII 528435 . T A 1491 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.40;MQ0=4;QD=13.19;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1524,168,0 chrVIII 528438 . G A 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=121;Dels=0.00;FS=10.986;HaplotypeScore=58.8108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.90;MQ0=4;MQRankSum=-0.388;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,31:121:99:114,0,1076 chrVIII 528677 . A G 847.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.312;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.27;MQ0=2;MQRankSum=0.425;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.244;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,55:85:99:877,0,204 chrVIII 528782 . C T 311.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.74;MQ0=1;MQRankSum=-0.420;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.274;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,27:99:99:341,0,1207 chrVIII 529231 . C T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;DP=106;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,37:106:99:574,0,1330 chrVIII 530012 . A G 1361 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=79;Dels=0.00;FS=3.062;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.90;MQ0=4;MQRankSum=-1.365;QD=17.23;ReadPosRankSum=2.384;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1394,156,0 chrVIII 530206 . C T 1299.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DP=332;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=6;MQRankSum=-5.045;QD=3.91;ReadPosRankSum=2.228;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,107:332:99:1329,0,4777 chrVIII 530218 . T G 7169.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=315;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.03;MQ0=8;MQRankSum=-0.661;QD=22.76;ReadPosRankSum=2.889;SB=-1.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,304:315:99:7169,789,0 chrVIII 530335 . C A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=127;Dels=0.00;FS=5.004;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQ0=2;MQRankSum=-5.099;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,42:127:99:460,0,1744 chrVIII 530342 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=126;Dels=0.00;FS=7.896;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQ0=2;MQRankSum=-4.851;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.104;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,42:126:99:564,0,1702 chrVIII 531068 . G A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=133;Dels=0.00;FS=1.654;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,43:133:99:647,0,1947 chrVIII 531121 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=120;Dels=0.00;FS=2.977;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.226;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,37:120:99:536,0,1436 chrVIII 531278 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.547;DP=97;Dels=0.00;FS=4.340;HaplotypeScore=11.4865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.261;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,28:97:99:404,0,1162 chrVIII 531721 . C T 251.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=77;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.47;MQ0=4;MQRankSum=-1.990;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.558;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:77:99:281,0,862 chrVIII 532035 . G A 79.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.87;MQ0=17;MQRankSum=1.027;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.306;SB=-6.530e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:52:53:109,0,53 chrVIII 532755 . G C 149.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=29;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.75;MQ0=12;MQRankSum=1.025;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:179,0,110 chrVIII 540930 . C G 345.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;DP=38;Dels=0.00;FS=3.419;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.25;MQ0=5;MQRankSum=-1.195;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:38:99:375,0,168 chrVIII 543609 . G T 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=7;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.26;MQ0=1;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.000;SB=0.405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:33:73,0,33 chrVIII 543936 . C T 17.13 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.67;MQ0=40;MQRankSum=-0.731;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.731;SB=0.094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,8:45:18:47,0,18 chrVIII 550281 . A G 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=121;Dels=0.00;FS=7.203;HaplotypeScore=13.0838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.50;MQ0=82;MQRankSum=0.839;QD=0.28;ReadPosRankSum=0.759;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,20:121:64:64,0,461 chrVIII 550372 . G A 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.597;DP=449;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=5.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.25;MQ0=82;MQRankSum=-1.225;QD=0.05;ReadPosRankSum=-1.796;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:386,62:449:51:51,0,6339 chrVIII 550651 . T A 1710.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=421;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.14;MQ0=302;MQRankSum=-0.512;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,344:421:99:1740,0,115 chrVIII 551354 . A T 190.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.634;DP=181;Dels=0.00;FS=0.941;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.26;MQ0=96;MQRankSum=-0.516;QD=1.05;ReadPosRankSum=-2.262;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,46:181:99:220,0,1205 chrVIII 552734 . C T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.79;MQ0=49;MQRankSum=0.290;QD=0.61;ReadPosRankSum=-2.421;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:74:74,0,153 chrVIII 553158 . C A 257.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.379;DP=287;Dels=0.00;FS=63.448;HaplotypeScore=20.8546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.187;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.841;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,37:287:99:287,0,4901 chrVIII 553253 . G A 1516.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=269;Dels=0.00;FS=10.599;HaplotypeScore=11.5468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.15;MQ0=50;MQRankSum=-2.130;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.546;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,100:269:99:1546,0,2900 chrVIII 553346 . T C 1808.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=258;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=48.8025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.98;MQ0=8;MQRankSum=-0.637;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,107:258:99:1838,0,2221 chrVIII 553366 . G A 2313.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;DP=294;Dels=0.00;FS=36.062;HaplotypeScore=21.4635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.18;MQ0=8;MQRankSum=-11.634;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,166:294:99:2343,0,2413 chrVIII 553540 . A C 220.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.455;DP=754;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=90.9711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=5.313;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:655,97:754:99:250,0,12991 chrVIII 553563 . A T 5482.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.057;DP=650;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=79.7011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=3.405;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.847;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:321,328:650:99:5482,0,5610 chrVIII 553644 . A G 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.549;DP=416;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=17.6811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=-8.085;QD=0.12;ReadPosRankSum=1.063;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:326,85:416:81:81,0,6866 chrVIII 553648 . A G 54.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;DP=424;Dels=0.00;FS=2.256;HaplotypeScore=29.2247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=-9.310;QD=0.13;ReadPosRankSum=1.243;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:330,90:424:84:84,0,6555 chrVIII 554135 . G A 446 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.67;MQ0=0;QD=11.44;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:51:479,51,0 chrVIII 554142 . G A 464 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.42;MQ0=0;QD=12.54;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:51:497,51,0 chrVIII 554143 . T A 453 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.42;MQ0=0;QD=12.24;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:51:486,51,0 chrVIII 554151 . T G 469 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=9.744;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.76;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.341;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:54:502,54,0 chrVIII 554157 . T C 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.70;MQ0=0;QD=10.88;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:66:599,66,0 chrVIII 554162 . C T 555 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.72;MQ0=0;QD=10.88;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:63:588,63,0 chrVIII 554170 . T C 420 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=54;Dels=0.00;FS=5.816;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.115;QD=7.78;ReadPosRankSum=2.870;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:51:453,51,0 chrVIII 554171 . C T 417 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=55;Dels=0.00;FS=5.740;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=7.58;ReadPosRankSum=2.761;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:51:450,51,0 chrVIII 554202 . A G 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=11.35;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:87:816,87,0 chrVIII 554280 . C T 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.17;MQ0=1;QD=0.26;SB=-2.468e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:6:57,6,0 chrVIII 554298 . T A 2235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.252;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.36;MQ0=1;MQRankSum=-1.925;QD=15.74;ReadPosRankSum=3.721;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,137:142:99:2268,240,0 chrVIII 554362 . A T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=3;MQRankSum=-1.983;QD=2.45;ReadPosRankSum=2.201;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,40:190:99:496,0,3388 chrVIII 554389 . A G 3931.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=2;QD=25.04;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:157:99:3931,450,0 chrVIII 554454 . C A 1625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.112;DP=120;Dels=0.00;FS=5.330;HaplotypeScore=10.1396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,90:120:99:1655,0,433 chrVIII 554668 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;DP=225;Dels=0.00;FS=1.280;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,57:225:99:663,0,3390 chrVIII 554852 . A G 1637.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.74;MQ0=4;MQRankSum=-4.151;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,91:104:52:1667,0,52 chrVIII 554888 . A G 1451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;DP=108;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=5.9323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.82;MQ0=1;MQRankSum=-0.189;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.991;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,86:108:99:1481,0,183 chrVIII 554922 . A G 1693.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;DP=159;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=13.5376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.71;MQ0=4;MQRankSum=0.304;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,119:159:99:1723,0,528 chrVIII 554951 . A G 757.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.439;DP=172;Dels=0.00;FS=11.635;HaplotypeScore=10.6482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.28;MQ0=5;MQRankSum=0.502;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,64:172:99:787,0,1892 chrVIII 555032 . T C 1755.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=153;Dels=0.00;FS=6.897;HaplotypeScore=11.3716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.79;MQ0=13;MQRankSum=-6.638;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,123:153:99:1785,0,385 chrVIII 555254 . G C 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.23;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=5.86;ReadPosRankSum=1.827;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,60:152:99:921,0,1482 chrVIII 555293 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=2.293;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.328;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,16:108:99:210,0,1186 chrVIII 555454 . T C 1463 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=95;Dels=0.00;FS=8.674;HaplotypeScore=6.2999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.42;MQ0=9;MQRankSum=-0.874;QD=15.40;ReadPosRankSum=2.393;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:95:99:1496,165,0 chrVIII 555636 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=195;Dels=0.01;FS=3.599;HaplotypeScore=42.2413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.60;MQ0=1;MQRankSum=-1.424;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.455;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,70:194:99:250,0,948 chrVIII 555637 . G A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.06;MQ0=1;MQRankSum=-4.296;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.442;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,164:192:99:803,0,295 chrVIII 555652 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=185;Dels=0.01;FS=4.803;HaplotypeScore=10.7826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.67;MQ0=1;MQRankSum=-6.252;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.248;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,161:184:99:587,0,353 chrVIII 555679 . T A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.633;DP=224;Dels=0.00;FS=3.163;HaplotypeScore=9.6437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.80;MQ0=1;MQRankSum=-5.540;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.432;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,196:223:99:334,0,273 chrVIII 555682 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=228;Dels=0.00;FS=2.108;HaplotypeScore=10.5596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.62;MQ0=1;MQRankSum=-5.009;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,205:228:99:346,0,320 chrVIII 555736 . C T 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=250;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.718;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,249:250:99:1541,168,0 chrVIII 555742 . A G 1489 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=257;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.61;MQ0=0;QD=5.79;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,257:257:99:1522,168,0 chrVIII 555748 . C T 1381 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=268;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.41;MQ0=0;QD=5.15;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,268:268:99:1414,159,0 chrVIII 555751 . C T 1438 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=263;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.56;MQ0=0;QD=5.47;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,263:263:99:1471,159,0 chrVIII 555754 . T A 1407 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=260;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.308;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.222;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,258:260:99:1440,156,0 chrVIII 555840 . G A 4267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=255;Dels=0.00;FS=2.014;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.715;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,222:255:99:4267,0,122 chrVIII 555849 . C G 4469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;DP=269;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.026;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,236:269:99:4469,0,179 chrVIII 555860 . A G 3954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=296;Dels=0.00;FS=1.753;HaplotypeScore=8.8337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=1;MQRankSum=0.337;QD=13.36;ReadPosRankSum=2.068;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,250:296:99:3954,0,372 chrVIII 555862 . T G 3864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;DP=287;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=11.3270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=1;MQRankSum=-0.102;QD=13.46;ReadPosRankSum=2.591;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,246:287:99:3864,0,265 chrVIII 555971 . T A 3671.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.58;MQ0=0;QD=16.39;SB=-1.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,224:224:99:3671,399,0 chrVIII 555993 . G A 2603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.82;MQ0=0;QD=11.37;SB=-1.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,229:229:99:2636,300,0 chrVIII 556005 . T A 2947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.19;MQ0=0;QD=11.84;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,249:249:99:2980,344,0 chrVIII 556024 . C A 3788.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=300;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=12.63;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,293:300:99:3788,446,0 chrVIII 556069 . G A 2641.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.398;DP=406;Dels=0.00;FS=124.517;HaplotypeScore=26.8954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.08;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,195:406:99:2671,0,2549 chrVIII 556128 . T A 2846.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;DP=513;Dels=0.00;FS=47.698;HaplotypeScore=30.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.972;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:314,199:513:99:2876,0,5328 chrVIII 556225 . A T 116.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;DP=310;Dels=0.00;FS=5.808;HaplotypeScore=72.7715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.98;MQ0=4;MQRankSum=-0.961;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:261,49:310:99:146,0,4925 chrVIII 556248 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=251;Dels=0.00;FS=6.405;HaplotypeScore=47.8731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.86;MQ0=1;MQRankSum=-4.428;QD=2.07;ReadPosRankSum=2.124;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,57:251:99:549,0,3139 chrVIII 556252 . A G 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.269;DP=249;Dels=0.00;FS=19.258;HaplotypeScore=43.2737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.19;MQ0=1;MQRankSum=-4.900;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.773;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,73:249:99:822,0,3227 chrVIII 556263 . G A 542.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.199;DP=230;Dels=0.00;FS=31.776;HaplotypeScore=25.2415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.26;MQ0=1;MQRankSum=-4.899;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.879;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,63:230:99:572,0,2851 chrVIII 556264 . G A 534.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;DP=228;Dels=0.00;FS=30.041;HaplotypeScore=25.2415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.29;MQ0=1;MQRankSum=-4.640;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.329;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,63:228:99:564,0,2876 chrVIII 556273 . C A 226.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=212;Dels=0.00;FS=18.364;HaplotypeScore=29.2179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.65;MQ0=1;MQRankSum=-2.318;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.775;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,41:212:99:256,0,2907 chrVIII 556283 . G A 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;DP=234;Dels=0.00;FS=4.174;HaplotypeScore=22.7832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.93;MQ0=3;MQRankSum=-1.885;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,42:234:99:129,0,3282 chrVIII 556318 . T G 3804.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DP=211;Dels=0.00;FS=49.617;HaplotypeScore=43.8381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=4;MQRankSum=2.008;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.832;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,189:211:99:3804,189,0 chrVIII 556341 . A T 3997.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;DP=232;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=10.7037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.22;MQ0=4;MQRankSum=7.893;QD=17.23;ReadPosRankSum=6.005;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,173:232:99:3997,313,0 chrVIII 556344 . G A 4010.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.005;DP=243;Dels=0.00;FS=5.405;HaplotypeScore=9.9151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.21;MQ0=4;MQRankSum=7.005;QD=16.50;ReadPosRankSum=3.709;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,191:243:99:4010,319,0 chrVIII 556369 . G A 3939.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=233;Dels=0.00;FS=24.298;HaplotypeScore=17.0027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.83;MQ0=2;MQRankSum=1.740;QD=16.91;ReadPosRankSum=3.317;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,229:233:99:3939,432,0 chrVIII 556384 . C T 2758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.07;MQ0=1;QD=13.07;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,210:210:99:2791,306,0 chrVIII 556420 . T G 395.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=176;Dels=0.00;FS=1.784;HaplotypeScore=62.0569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.89;MQ0=1;MQRankSum=-2.537;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.722;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,61:176:99:425,0,889 chrVIII 556469 . C G 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.049;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.27;MQ0=2;MQRankSum=4.184;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.760;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,17:114:99:125,0,679 chrVIII 556476 . G A 329.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=107;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=86.2241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.13;MQ0=2;MQRankSum=3.467;QD=3.07;ReadPosRankSum=4.439;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,45:107:99:359,0,447 chrVIII 556486 . G A 118.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.78;MQ0=1;MQRankSum=0.050;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-1.197e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:26:148,0,26 chrVIII 556487 . G T 148.02 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;DP=52;Dels=0.00;FS=12.304;HaplotypeScore=34.7091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.78;MQ0=1;MQRankSum=1.181;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.460;SB=-3.025e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,48:52:24:178,0,24 chrVIII 556492 . T G 186.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;DP=52;Dels=0.00;FS=12.389;HaplotypeScore=17.8913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.07;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=3.58;ReadPosRankSum=2.198;SB=-3.024e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,49:52:25:216,0,25 chrVIII 556494 . A G 192.02 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;DP=53;Dels=0.00;FS=23.611;HaplotypeScore=37.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=3.62;ReadPosRankSum=2.946;SB=-3.025e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,49:53:24:222,0,24 chrVIII 556496 . A C 148.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.998;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.09;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=2.79;ReadPosRankSum=2.123;SB=-6.526e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,15:53:55:178,0,55 chrVIII 556504 . A G 171.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=63;Dels=0.00;FS=2.695;HaplotypeScore=41.1421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.425;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:63:99:201,0,295 chrVIII 556511 . G T 210.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=59;Dels=0.00;FS=8.301;HaplotypeScore=46.9319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:240,0,203 chrVIII 556555 . G A 908 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=86;Dels=0.00;FS=14.523;HaplotypeScore=3.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.93;MQ0=0;MQRankSum=1.798;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.536;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:941,102,0 chrVIII 556562 . C T 510 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.706;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:66:543,66,0 chrVIII 556575 . T C 443.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;DP=76;Dels=0.00;FS=23.614;HaplotypeScore=9.6253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.79;MQ0=0;MQRankSum=2.388;QD=5.83;ReadPosRankSum=3.903;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,51:76:99:473,0,137 chrVIII 556593 . T C 68.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.24;MQ0=1;MQRankSum=0.741;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,13:89:98:98,0,706 chrVIII 556598 . A T 735.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;DP=88;Dels=0.00;FS=32.554;HaplotypeScore=21.0650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.39;MQ0=1;MQRankSum=2.181;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,65:88:99:765,0,132 chrVIII 556648 . A G 754.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=75;Dels=0.00;FS=50.208;HaplotypeScore=38.4013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.87;MQ0=3;MQRankSum=3.165;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.223;SB=-6.805e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:75:23:787,23,0 chrVIII 556661 . T A 256.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;DP=77;Dels=0.01;FS=53.118;HaplotypeScore=73.8507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.53;MQ0=3;MQRankSum=-0.393;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:76:99:286,0,248 chrVIII 556662 . A G 251.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=75;Dels=0.00;FS=53.729;HaplotypeScore=37.3100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.88;MQ0=5;MQRankSum=-1.400;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:281,0,250 chrVIII 556665 . G A 88.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.136;DP=77;Dels=0.00;FS=1.421;HaplotypeScore=49.7589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.93;MQ0=5;MQRankSum=2.540;QD=1.14;ReadPosRankSum=2.485;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,16:77:99:118,0,441 chrVIII 556675 . A T 127.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.69;MQ0=6;MQRankSum=2.770;QD=1.69;ReadPosRankSum=3.060;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,10:75:99:157,0,331 chrVIII 556707 . C T 76.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=59;Dels=0.00;FS=32.839;HaplotypeScore=5.1301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.83;MQ0=4;MQRankSum=-2.544;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.986;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:106,0,355 chrVIII 556718 . A G 139.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;DP=59;Dels=0.00;FS=31.468;HaplotypeScore=5.9898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.93;MQ0=5;MQRankSum=-1.913;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.254;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:169,0,157 chrVIII 556750 . A T 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=33;Dels=0.00;FS=5.738;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.90;MQ0=7;MQRankSum=0.556;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-5.974e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,4:33:40:40,0,193 chrVIII 556764 . G A 65.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=27;Dels=0.00;FS=34.611;HaplotypeScore=9.2489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.69;MQ0=5;MQRankSum=1.051;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-1.395e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:94:95,0,94 chrVIII 556767 . G A 42.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=25;Dels=0.00;FS=27.201;HaplotypeScore=5.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.07;MQ0=4;MQRankSum=0.533;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.249;SB=-1.368e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:72:72,0,121 chrVIII 556769 . G A 68.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;DP=24;Dels=0.00;FS=27.201;HaplotypeScore=4.3863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.44;MQ0=3;MQRankSum=0.528;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.035;SB=-1.695e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:94:98,0,94 chrVIII 556785 . G A 43.19 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=15;Dels=0.00;FS=26.646;HaplotypeScore=5.9241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.32;MQ0=3;MQRankSum=1.031;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.143;SB=3.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:15:11:73,0,11 chrVIII 556812 . A T 22.24 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.09;MQ0=1;MQRankSum=0.736;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.736;SB=18.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:5:6:53,6,0 chrVIII 556813 . A G 22.35 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.11;MQ0=1;QD=5.59;SB=19.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:4:6:53,6,0 chrVIII 557288 . C T 38.08 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.08;MQ0=31;MQRankSum=-1.495;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-7.438e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:38:15:68,0,15 chrVIII 560292 . T A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.18;MQ0=16;QD=1.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:18:6:52,6,0 chrVIII 560604 . T G 177.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;DP=140;Dels=0.00;FS=6.467;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.85;MQ0=92;MQRankSum=3.169;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,50:140:79:207,0,79 chrVIII 561096 . A G 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.66;MQ0=49;MQRankSum=0.742;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.742;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,33:56:6:52,6,0 chrVIII 562424 . A T 130.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=57;Dels=0.00;FS=14.880;HaplotypeScore=2.7623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.06;MQ0=37;MQRankSum=2.357;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.658;SB=-8.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:52:160,0,52 chrVIII 562425 . G A 133.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=56;Dels=0.00;FS=19.651;HaplotypeScore=2.7623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.22;MQ0=36;MQRankSum=2.598;QD=2.38;ReadPosRankSum=2.516;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:48:163,0,48 chrX 15631 . T C 63.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.83;MQ0=34;MQRankSum=0.163;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.922;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:50:12:93,0,12 chrX 15965 . T C 310.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=64;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=10.3936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.76;MQ0=34;MQRankSum=-0.337;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.011;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,45:64:99:340,0,117 chrX 15974 . T C 123.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.64;MQ0=31;MQRankSum=-0.034;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:67:99:153,0,526 chrX 16013 . G A 1092.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.82;MQ0=10;MQRankSum=2.359;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,72:99:99:1122,0,336 chrX 16311 . G A 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.17;MQ0=12;MQRankSum=0.592;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,18:25:9:80,9,0 chrX 16325 . G A 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.90;MQ0=11;QD=1.30;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:9:80,9,0 chrX 16333 . C T 200.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.31;MQ0=13;QD=4.17;SB=-2.272e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:27:233,27,0 chrX 16424 . G T 359 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.51;MQ0=27;QD=5.44;SB=-7.059e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:42:392,42,0 chrX 16426 . C T 280 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.63;MQ0=26;QD=4.75;SB=-8.632e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:36:313,36,0 chrX 18553 . A T 316 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.85;MQ0=38;QD=5.54;SB=-7.607e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:36:349,36,0 chrX 18557 . C T 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.47;MQ0=43;MQRankSum=-2.604;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:81:81,0,194 chrX 18618 . G C 96.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=10.13;MQ0=92;MQRankSum=-1.676;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:126,0,101 chrX 18821 . A C 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=57;Dels=0.00;FS=45.446;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.18;MQ0=8;MQRankSum=-1.068;QD=0.37;ReadPosRankSum=-3.260;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,9:57:51:51,0,872 chrX 18842 . T C 109.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DP=70;Dels=0.00;FS=53.920;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.45;MQ0=3;MQRankSum=-3.224;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,23:70:99:139,0,976 chrX 19294 . A G 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.06;MQ0=32;QD=0.67;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,2:34:6:54,6,0 chrX 19318 . G A 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.16;MQ0=53;MQRankSum=1.380;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,6:60:40:69,0,40 chrX 19362 . G A 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.43;MQ0=90;MQRankSum=2.267;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.067;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,19:104:77:164,0,77 chrX 19397 . T A 218.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.81;MQ0=109;QD=1.79;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:27:251,27,0 chrX 19607 . C T 135.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.77;MQ0=4;QD=10.39;SB=-7.359e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:18:168,18,0 chrX 19613 . C T 163.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.23;MQ0=4;QD=10.87;SB=-2.367e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:24:196,24,0 chrX 19627 . C A 230.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.02;MQ0=5;QD=13.53;SB=-2.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:263,27,0 chrX 19664 . T C 61.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DP=26;Dels=0.00;FS=2.813;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.54;MQ0=7;MQRankSum=-1.056;QD=2.35;ReadPosRankSum=-3.254;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:91:91,0,209 chrX 19688 . G A 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=32;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.35;MQ0=13;MQRankSum=1.362;QD=4.09;ReadPosRankSum=-3.592;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:161,0,100 chrX 19970 . T C 753 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.19;MQ0=6;QD=20.35;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:786,84,0 chrX 20021 . A C 306.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DP=38;Dels=0.00;FS=3.119;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.78;MQ0=9;MQRankSum=0.680;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:336,0,251 chrX 20033 . C A 233.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DP=34;Dels=0.00;FS=3.080;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.87;MQ0=6;MQRankSum=-1.555;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:34:99:263,0,341 chrX 20045 . T C 348.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;DP=35;Dels=0.00;FS=5.711;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.90;MQ0=6;MQRankSum=1.551;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.921;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:378,0,226 chrX 20048 . C T 334.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DP=30;Dels=0.00;FS=2.793;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.44;MQ0=6;MQRankSum=0.092;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.643;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:364,0,167 chrX 20081 . A T 77.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.10;MQ0=6;QD=6.46;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:12:110,12,0 chrX 20118 . T G 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.51;MQ0=2;QD=5.70;SB=-2.576e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:54,6,0 chrX 20312 . T A,C 264.18 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=39;Dels=0.00;FS=2.682;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.10;MQ0=11;MQRankSum=0.492;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-1.312e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,6,29:39:44:324,240,274,44,0,55 chrX 20378 . G A 220.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=45;Dels=0.00;FS=7.636;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.94;MQ0=12;MQRankSum=-0.091;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.091;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:250,0,276 chrX 20420 . T C 125.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;DP=35;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.23;MQ0=11;MQRankSum=-1.116;QD=3.57;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:35:99:155,0,225 chrX 20582 . C T 76.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.85;MQ0=18;QD=3.06;SB=-5.175e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:12:109,12,0 chrX 20933 . C T 137.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.93;MQ0=31;QD=3.71;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,7:37:18:170,18,0 chrX 21165 . G A 78.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.60;MQ0=0;QD=7.14;SB=-5.226e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:12:111,12,0 chrX 21176 . C T 101.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.86;MQ0=0;QD=7.23;SB=-7.620e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:15:134,15,0 chrX 21199 . A G 99.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.37;MQ0=0;QD=6.62;SB=-7.220e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:15:132,15,0 chrX 21206 . C T 128.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.82;MQ0=0;QD=8.54;SB=-5.812e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:18:161,18,0 chrX 21207 . G A 135.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.82;MQ0=0;QD=9.01;SB=-5.112e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:18:168,18,0 chrX 21360 . A G 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=18.46;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1067,120,0 chrX 21430 . G A 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=24.52;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:597,63,0 chrX 21499 . C T 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=22.96;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:66:630,66,0 chrX 21598 . G A 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.98;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1252,135,0 chrX 21662 . T C 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=21.10;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1257,141,0 chrX 22089 . C T 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.75;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:52:99:1216,129,0 chrX 22254 . G A 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=23.88;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1872,198,0 chrX 22350 . A G 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=18.63;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:2008,198,0 chrX 22600 . G A 2009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=20.09;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2042,219,0 chrX 22621 . C T 2596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=22.00;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2629,279,0 chrX 22651 . C T 3048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=135;Dels=0.00;FS=3.497;HaplotypeScore=7.1694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=22.58;ReadPosRankSum=0.026;SB=-1.447e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:135:99:3081,318,0 chrX 22679 . C T 3125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:3158,351,0 chrX 22702 . A G 2659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=128;Dels=0.00;FS=3.364;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=20.77;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2692,303,0 chrX 22709 . C T 2660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.474e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2693,285,0 chrX 22772 . C G 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=18.44;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:63:99:1195,135,0 chrX 22895 . T G 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.97;MQ0=0;QD=22.52;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1452,162,0 chrX 22911 . A G 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=21.03;ReadPosRankSum=1.627;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:1442,146,0 chrX 22914 . T C 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=20.51;ReadPosRankSum=1.681;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1428,143,0 chrX 22975 . G A 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=19.70;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1668,177,0 chrX 22999 . C T 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=16.79;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1494,162,0 chrX 23066 . C T 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.90;MQ0=0;QD=9.25;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:66:625,66,0 chrX 23074 . A T 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.56;MQ0=0;QD=9.09;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:69:651,69,0 chrX 23082 . A T 538 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=3.658;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.679;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:66:571,66,0 chrX 23085 . A G 488 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.62;MQ0=0;QD=8.27;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:60:521,60,0 chrX 23086 . G A 493 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.62;MQ0=0;QD=8.36;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:60:526,60,0 chrX 23131 . C T 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.00;MQ0=0;QD=15.09;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1074,117,0 chrX 23258 . A C 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.32;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:72:656,72,0 chrX 23308 . G A 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=21.73;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1076,111,0 chrX 23342 . A G 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=21.33;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1185,129,0 chrX 23465 . A C 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=20.45;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1342,147,0 chrX 23550 . A C 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DP=49;Dels=0.00;FS=6.156;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=20.65;ReadPosRankSum=2.857;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1045,114,0 chrX 23561 . C T 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;QD=20.56;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:732,81,0 chrX 23563 . C T 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.96;MQ0=0;QD=20.06;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:755,81,0 chrX 23690 . C T 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=18.63;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1095,123,0 chrX 23723 . G A 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=20.13;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1382,150,0 chrX 23889 . A G 1684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=18.92;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1717,189,0 chrX 23906 . G C 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=18.57;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1407,153,0 chrX 23915 . C T 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.68;MQ0=0;QD=17.47;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1151,120,0 chrX 23939 . A G 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.25;MQ0=0;QD=14.21;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:84:772,84,0 chrX 23956 . T C 408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=10.20;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:48:441,48,0 chrX 23965 . A T 267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.634;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:33:300,33,0 chrX 23985 . A C 229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.15;MQ0=0;QD=8.81;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:30:262,30,0 chrX 24002 . A G 332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.32;MQ0=0;QD=12.30;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:42:365,42,0 chrX 24026 . G A 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=15.10;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84:788,84,0 chrX 24042 . A G 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=17.57;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1210,132,0 chrX 24129 . T G 2319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=20.71;SB=-1.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2352,261,0 chrX 24246 . G A 3727.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=25.18;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3727,399,0 chrX 24299 . A T 2910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=26.70;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2943,309,0 chrX 24374 . C T 1799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.21;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1832,192,0 chrX 24436 . C T 2285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=21.16;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2318,243,0 chrX 24461 . C T 2833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2866,303,0 chrX 24488 . A T 2859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DP=126;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=22.69;ReadPosRankSum=2.313;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:126:99:2892,309,0 chrX 24569 . T C 2774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=138;Dels=0.00;FS=8.747;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=1.998;QD=20.10;ReadPosRankSum=2.395;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:138:99:2807,306,0 chrX 24638 . G A 1933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=21.24;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1966,210,0 chrX 24785 . C T 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=20.72;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1442,159,0 chrX 24894 . T C 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=0;QD=19.41;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1256,141,0 chrX 24913 . G A 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.35;MQ0=0;QD=22.36;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1084,120,0 chrX 24947 . A T 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;QD=22.62;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:915,102,0 chrX 24968 . G A 582 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.97;MQ0=0;QD=15.73;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66:615,66,0 chrX 24971 . A G 479 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.367;QD=16.52;ReadPosRankSum=2.281;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:54:512,54,0 chrX 24974 . A G 487 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=17.39;ReadPosRankSum=2.275;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:54:520,54,0 chrX 24983 . C T 405.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=14.47;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-5.805e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:23:438,23,0 chrX 24986 . G C 423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.59;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:51:456,51,0 chrX 24996 . T G 402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.97;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:48:435,48,0 chrX 25025 . A T 346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.93;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:39:379,39,0 chrX 25027 . G T 346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.93;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:39:379,39,0 chrX 25055 . C T 140.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.09;SB=-2.311e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:18:173,18,0 chrX 25070 . C A 145.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.26;SB=-2.021e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18:178,18,0 chrX 25079 . A G 154.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.11;SB=-1.921e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:21:187,21,0 chrX 25082 . T G 158.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.30;SB=-1.631e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:21:191,21,0 chrX 25091 . G A 218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.47;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:27:251,27,0 chrX 25099 . G A 265 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.62;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:298,33,0 chrX 25103 . G A 268 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.76;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:301,33,0 chrX 25106 . T C 241 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.95;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:30:274,30,0 chrX 25127 . G A 299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.97;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:36:332,36,0 chrX 25133 . T C 324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.26;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:39:357,39,0 chrX 25145 . A G 321 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.44;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:39:354,39,0 chrX 25151 . T C 342 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.24;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:42:375,42,0 chrX 25154 . G A 364 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.33;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:42:397,42,0 chrX 25160 . G A 341 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.32;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:42:374,42,0 chrX 25165 . T C 317 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.13;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:39:350,39,0 chrX 25166 . T A 360 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.23;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:42:393,42,0 chrX 25169 . G A 361 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.26;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:42:394,42,0 chrX 25170 . T C 349 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.95;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:42:382,42,0 chrX 25175 . A G 346 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.52;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:42:379,42,0 chrX 25190 . C T 224.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;QD=5.09;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:27:257,27,0 chrX 25208 . A G 207.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:27:240,27,0 chrX 25211 . T A 240 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.76;MQ0=0;QD=6.00;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:30:273,30,0 chrX 25214 . T C 206.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.53;MQ0=0;QD=5.02;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:27:239,27,0 chrX 25223 . T C 132.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=3.67;SB=-4.511e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:18:165,18,0 chrX 25232 . G A 239 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.30;MQ0=0;QD=5.83;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:30:272,30,0 chrX 25238 . A G 183.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.30;MQ0=0;QD=4.46;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:24:216,24,0 chrX 25239 . A T 192.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.30;MQ0=0;QD=4.68;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:24:225,24,0 chrX 25243 . T G 179.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.10;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.652;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:24:212,24,0 chrX 25250 . G C 172.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.75;MQ0=0;QD=4.41;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:24:205,24,0 chrX 25259 . C T 217.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=5.71;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:27:250,27,0 chrX 25262 . G A 213.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=5.61;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:27:246,27,0 chrX 25264 . T C 200.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.72;MQ0=0;QD=5.26;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:27:233,27,0 chrX 25298 . C T 216.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;QD=6.17;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:27:249,27,0 chrX 25304 . A G 208.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=6.50;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:27:241,27,0 chrX 25306 . C T 216.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=6.75;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:27:249,27,0 chrX 25310 . C A 215.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.82;MQ0=0;QD=6.52;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:27:248,27,0 chrX 25313 . G A 217.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.86;MQ0=0;QD=6.38;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:27:250,27,0 chrX 25319 . G A 91.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=0;QD=2.47;SB=-1.173e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:15:124,15,0 chrX 25322 . G T 108.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.22;MQ0=0;QD=2.93;SB=-9.427e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:15:141,15,0 chrX 25326 . T C 157.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=0;QD=5.07;SB=-6.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:21:190,21,0 chrX 25340 . A G 186.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=12.672;HaplotypeScore=1.8490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.639;SB=-2.704e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:24:219,24,0 chrX 25346 . A G 144.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=4.50;SB=-2.707e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:21:177,21,0 chrX 25349 . G A 166.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.19;SB=-2.307e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:21:199,21,0 chrX 25352 . A T 167.06 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.22;SB=-7.497e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:21:200,21,0 chrX 25358 . C T 165.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.32;SB=-2.707e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:21:198,21,0 chrX 25563 . A G 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.94;MQ0=0;QD=19.03;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:718,78,0 chrX 25720 . C T 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=22.25;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1791,192,0 chrX 26108 . C T 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=15.58;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:1638,186,0 chrX 26191 . G A 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=19.34;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1909,201,0 chrX 26202 . T C 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=17.13;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1506,171,0 chrX 26272 . T C 1456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.22;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1489,159,0 chrX 26368 . G A 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=21.20;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1072,111,0 chrX 26481 . A G 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=23.30;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1105,117,0 chrX 26493 . A G 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=20.93;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:975,108,0 chrX 26556 . G A 271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;QD=14.26;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:33:304,33,0 chrX 26567 . G T 272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=16.00;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:33:305,33,0 chrX 26631 . C T 461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=18.44;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:54:494,54,0 chrX 26666 . G T 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=14.55;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:54:484,54,0 chrX 26695 . A G 562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=18.13;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:595,66,0 chrX 26910 . G A 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1355,159,0 chrX 26946 . T C 441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=0;QD=16.96;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:474,54,0 chrX 26958 . G A 394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=14.59;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:45:427,45,0 chrX 26988 . T C 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.84;MQ0=0;QD=18.81;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:616,66,0 chrX 27163 . C T 2265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=18.72;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2298,246,0 chrX 27203 . C T 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=18.11;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1663,174,0 chrX 27210 . C T 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=16.30;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1712,189,0 chrX 27301 . G A 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=55;Dels=0.00;FS=4.181;HaplotypeScore=4.3625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.606;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1077,114,0 chrX 27330 . G A 1175 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=17.80;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1208,129,0 chrX 27332 . T C 1139 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=17.26;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1172,126,0 chrX 27339 . T C 1229 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=16.17;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1262,141,0 chrX 27494 . G A 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=18.44;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1508,159,0 chrX 27510 . T C 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=16.72;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1304,141,0 chrX 27780 . T C 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=19.84;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1561,171,0 chrX 27942 . C T 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=21.59;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1134,120,0 chrX 28011 . T C 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;QD=19.61;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:837,90,0 chrX 28144 . A G 784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=14.25;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:90:817,90,0 chrX 28147 . G C 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=12.36;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:81:725,81,0 chrX 28178 . C T 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=14.75;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:90:874,90,0 chrX 28314 . G A 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.33;MQ0=0;QD=16.73;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:903,99,0 chrX 28380 . C T 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.94;MQ0=0;QD=15.25;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1238,135,0 chrX 28401 . G A 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=15.88;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1383,147,0 chrX 28422 . T C 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=17.63;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1461,159,0 chrX 28769 . G T 2297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=21.27;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2330,255,0 chrX 28795 . G A 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=20.75;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:2108,225,0 chrX 28824 . A G 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=85;Dels=0.00;FS=4.109;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1685,186,0 chrX 28919 . T A 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=17.93;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1360,153,0 chrX 28984 . C T 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=15.05;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:96:906,96,0 chrX 29052 . A G 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=22.30;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1572,174,0 chrX 29088 . A T 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=19.81;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1558,162,0 chrX 29145 . C A 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=18.40;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1836,201,0 chrX 29241 . G A 3430.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=22.87;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:3430,369,0 chrX 29255 . A T 3350.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3350,360,0 chrX 29300 . C T 2208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=18.10;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2241,243,0 chrX 29329 . G A 2006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=18.24;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2039,222,0 chrX 29376 . T C 2752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=22.37;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2785,300,0 chrX 29423 . T C 2755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=21.19;ReadPosRankSum=1.679;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:2788,306,0 chrX 29443 . C T 2364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=84.0766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=20.03;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:118:99:2397,267,0 chrX 29515 . G A 2373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=19.94;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2406,246,0 chrX 29538 . C G 2360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=19.50;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:121:99:2393,261,0 chrX 29540 . G T 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=20.08;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2402,270,0 chrX 29610 . C G 3273.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:161:99:3273,360,0 chrX 29671 . G T 3278.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=23.25;SB=-1.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:141:99:3278,351,0 chrX 29791 . A T 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=20.01;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1534,159,0 chrX 29806 . A T 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.15;MQ0=0;QD=14.94;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1198,132,0 chrX 29815 . G T 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=18.97;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1228,132,0 chrX 29943 . T C 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.813;DP=71;Dels=0.00;FS=16.145;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=17.66;ReadPosRankSum=2.900;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:71:99:1287,138,0 chrX 29944 . T C 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=17.77;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1295,141,0 chrX 29957 . G A 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=20.62;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1538,162,0 chrX 30010 . T C 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=19.93;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1727,189,0 chrX 30160 . G T 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DP=57;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=2.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=18.60;ReadPosRankSum=2.190;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1093,120,0 chrX 30164 . T G 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=57;Dels=0.00;FS=3.084;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=1.832;QD=18.28;ReadPosRankSum=2.185;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:57:99:1075,120,0 chrX 30226 . G A 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=19.14;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:990,108,0 chrX 30273 . T C 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=20.84;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:929,108,0 chrX 30288 . G T 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=15.47;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:915,99,0 chrX 30291 . C T 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.05;MQ0=0;QD=16.34;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96:899,96,0 chrX 30332 . A G 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=18.68;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1266,138,0 chrX 30542 . C T 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=21.90;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1106,117,0 chrX 30579 . T G 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=18.33;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:803,90,0 chrX 30629 . T C 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=11.90;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:57:521,57,0 chrX 30656 . C T 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=13.20;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:72:680,72,0 chrX 30667 . A G 636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=12.47;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:75:669,75,0 chrX 30689 . G A 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=0;QD=12.11;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:84:772,84,0 chrX 30701 . C A 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.88;MQ0=0;QD=11.47;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:75:710,75,0 chrX 30890 . A T 544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=19.43;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:577,63,0 chrX 31017 . T C 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=22.44;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1043,114,0 chrX 31175 . T A 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.15;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1960,210,0 chrX 31505 . T C 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.78;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1263,135,0 chrX 31610 . T C 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=13.52;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:69:628,69,0 chrX 31720 . G A 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.36;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1884,198,0 chrX 31798 . C G 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.11;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1384,153,0 chrX 31964 . T C 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.00;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:36:322,36,0 chrX 32004 . G A 425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=13.71;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:51:458,51,0 chrX 32051 . T C 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.39;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:884,99,0 chrX 32287 . G A 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.26;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:777,81,0 chrX 32714 . G A 385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=16.04;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:24:45:418,45,0 chrX 32961 . A T 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.23;MQ0=0;QD=20.47;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1732,183,0 chrX 32964 . A G 1634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.41;MQ0=0;QD=20.42;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1667,177,0 chrX 33178 . A G 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.666;QD=14.11;ReadPosRankSum=1.666;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:53:87:781,87,0 chrX 33235 . A G 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=10.58;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:922,102,0 chrX 33256 . G A 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=13.59;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1161,123,0 chrX 33289 . G A 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=20.23;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1348,141,0 chrX 33473 . T C 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.39;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1472,168,0 chrX 33525 . C G 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=23.49;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1372,153,0 chrX 33728 . A G 2059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=23.13;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2092,228,0 chrX 33822 . C T 3534.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=26.18;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3534,378,0 chrX 33926 . C T 1575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=20.45;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1608,168,0 chrX 34147 . A G 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=80;Dels=0.00;FS=2.846;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=21.92;ReadPosRankSum=0.971;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1787,176,0 chrX 34341 . T C 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=24.61;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1116,123,0 chrX 34438 . G A 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=19.32;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:690,78,0 chrX 34465 . A G 604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=19.48;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:637,69,0 chrX 34681 . G A 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=19.22;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1455,162,0 chrX 34692 . G A 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=18.60;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1577,162,0 chrX 34837 . T C 1007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.89;ReadPosRankSum=1.654;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1040,111,0 chrX 34918 . G A 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=21.34;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1164,123,0 chrX 35035 . A T 2333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=22.22;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2366,255,0 chrX 35563 . T C 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=20.56;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:732,78,0 chrX 35623 . A C 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.928;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:81:747,81,0 chrX 35632 . G A 524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;QD=12.78;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:63:557,63,0 chrX 35651 . G A 571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=16.31;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:604,63,0 chrX 35680 . A G 359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=5.051;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.516;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:42:392,42,0 chrX 35704 . T C 382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=12.73;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:45:415,45,0 chrX 35752 . G A 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=13.46;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:410,45,0 chrX 35812 . G A 525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=16.41;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:558,57,0 chrX 35830 . A G 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=16.93;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:541,60,0 chrX 35895 . C T 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=18.95;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:734,81,0 chrX 35923 . C G 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=18.87;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1033,111,0 chrX 36034 . A G 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=17.94;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:607,66,0 chrX 36050 . G A 512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;QD=18.29;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:545,57,0 chrX 36139 . A C 186.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=10.94;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:24:219,24,0 chrX 36168 . T C 236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=18.15;SB=-1.359e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:30:269,30,0 chrX 36217 . C T 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=19.14;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:454,51,0 chrX 36357 . A G 210.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;QD=8.08;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:27:243,27,0 chrX 36362 . A C 168.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.48;MQ0=0;QD=6.72;SB=-1.561e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:21:201,21,0 chrX 36391 . G A 16.85 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.63;MQ0=0;QD=0.40;SB=-3.718e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:6:48,6,0 chrX 36583 . A G 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=16.74;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:602,66,0 chrX 36599 . T G 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=17.63;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:69:650,69,0 chrX 36747 . G A 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.76;MQ0=0;QD=21.89;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:843,93,0 chrX 36769 . C G 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.94;MQ0=0;QD=19.87;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:828,93,0 chrX 36808 . G C 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=13.68;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:75:676,75,0 chrX 36818 . C G 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=14.63;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:72:662,72,0 chrX 37127 . T C 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=40;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=17.87;ReadPosRankSum=1.644;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:84:748,84,0 chrX 37922 . G A 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=22.90;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1384,150,0 chrX 37925 . G C 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=21.56;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1305,144,0 chrX 37938 . T G 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=20.41;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1237,132,0 chrX 38691 . A G 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=22.04;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1642,186,0 chrX 39008 . A G 2043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.45;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2076,231,0 chrX 39598 . A G 2145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=106;Dels=0.00;FS=3.136;HaplotypeScore=9.9651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=20.24;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:106:99:2178,237,0 chrX 39814 . C T 2918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=24.94;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2951,309,0 chrX 40239 . T C 1978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=21.98;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2011,219,0 chrX 41076 . A T 2495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=25.99;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2528,273,0 chrX 41107 . T C 2013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.68;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2046,231,0 chrX 41200 . G T 2633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.10;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2666,288,0 chrX 41577 . T C 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DP=86;Dels=0.00;FS=4.574;HaplotypeScore=5.7711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.450;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1904,210,0 chrX 41794 . G A 1791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=19.68;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1824,198,0 chrX 41803 . A G 2180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=19.82;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2213,243,0 chrX 42451 . G A 2118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.298e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2151,231,0 chrX 42655 . A G 1813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.86;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1846,207,0 chrX 42718 . G A 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=18.56;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1592,168,0 chrX 42736 . T C 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=89;Dels=0.00;FS=4.723;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=16.28;ReadPosRankSum=1.693;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1482,165,0 chrX 42958 . A G 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=19.16;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1451,162,0 chrX 43189 . T C 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=18.54;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1312,144,0 chrX 43261 . G C 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=15.46;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1115,129,0 chrX 43500 . T G 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.48;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1536,162,0 chrX 43594 . A C 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.58;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1206,132,0 chrX 43681 . G A 3546.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.809e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:154:99:3546,387,0 chrX 43722 . A G 2987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.90;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:3020,330,0 chrX 43846 . C T 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.10;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1116,120,0 chrX 44566 . C T 2192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.28;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2225,246,0 chrX 44863 . G A 2918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.029;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=24.32;ReadPosRankSum=1.630;SB=-1.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:120:99:2951,312,0 chrX 44980 . T C 2597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2630,288,0 chrX 45138 . A G 1988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=18.75;ReadPosRankSum=1.666;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:106:99:2021,222,0 chrX 45217 . C T 2251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=19.08;SB=-1.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2284,255,0 chrX 45262 . A G 2492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2525,276,0 chrX 47473 . T C 1847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.38;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1880,204,0 chrX 48186 . G A 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=19.14;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1430,162,0 chrX 48515 . G C 2087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=21.08;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2120,234,0 chrX 48799 . G A 2527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=20.71;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2560,276,0 chrX 49768 . T C 3700.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=24.03;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:154:99:3700,411,0 chrX 50362 . A C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.499;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.703;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:1723,195,0 chrX 50773 . A T 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.29;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1311,144,0 chrX 52454 . T C 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.97;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1572,168,0 chrX 52757 . C T 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=21.29;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1566,168,0 chrX 52825 . C T 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.10;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:99:1003,108,0 chrX 52870 . T A 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.78;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:968,108,0 chrX 52932 . T C 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1157,129,0 chrX 53177 . G A 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=20.62;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1641,180,0 chrX 53312 . A G 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=24.28;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:79:99:1951,216,0 chrX 53513 . A T 1484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=22.15;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1517,162,0 chrX 53550 . G A 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=18.26;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1293,138,0 chrX 53568 . G A 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=19.45;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1239,135,0 chrX 53592 . T C 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=5.378;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.632;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1170,132,0 chrX 53842 . A G 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=22.97;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1595,177,0 chrX 53872 . G A 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=22.13;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1737,186,0 chrX 54177 . A G 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.84;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2131,234,0 chrX 54232 . C G 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.12;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1575,177,0 chrX 54420 . T C 2090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.00;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2123,237,0 chrX 54825 . G A 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=21.60;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1394,150,0 chrX 56320 . G A 232.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.05;SB=-5.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:27:265,27,0 chrX 57489 . T A 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.02;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1126,123,0 chrX 58028 . G A 527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=17.57;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:560,60,0 chrX 58040 . A G 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.292;DP=31;Dels=0.00;FS=8.479;HaplotypeScore=3.0960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=16.39;ReadPosRankSum=2.292;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:60:541,60,0 chrX 58202 . C A 580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.48;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:613,66,0 chrX 58679 . A C 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=49;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=4.9318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=21.53;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:49:99:1088,120,0 chrX 58706 . T C 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=22.27;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:924,105,0 chrX 58998 . T C 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=68;Dels=0.00;FS=2.631;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=21.91;ReadPosRankSum=2.897;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1523,168,0 chrX 59187 . T C 1514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=20.74;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1547,171,0 chrX 59202 . A G 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=22.05;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1488,165,0 chrX 59251 . T C 2336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=22.25;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2369,261,0 chrX 59301 . T C 2682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.53;MQ0=0;QD=23.95;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2715,297,0 chrX 59376 . C T 2532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.58;MQ0=0;QD=24.82;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2565,270,0 chrX 59485 . G T 2381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=20.35;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2414,258,0 chrX 59496 . G A 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=21.89;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2288,243,0 chrX 59610 . G A 2275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.80;MQ0=0;QD=17.91;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2308,246,0 chrX 59645 . G T 910 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.58;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:943,108,0 chrX 59646 . T C 929 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=88;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;MQRankSum=2.394;QD=10.56;ReadPosRankSum=2.394;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:962,111,0 chrX 59648 . T A 1019 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=11.58;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1052,111,0 chrX 59676 . A G 400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=126.9676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.08;MQ0=0;QD=2.92;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:51:433,51,0 chrX 59681 . T C 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=0;QD=3.34;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:54:467,54,0 chrX 59703 . T C 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:93:814,93,0 chrX 59946 . G A 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.36;MQ0=0;QD=18.58;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1612,168,0 chrX 59967 . G A 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;QD=20.27;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1472,156,0 chrX 59991 . C T 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.10;MQ0=0;QD=18.61;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1336,144,0 chrX 60178 . T A 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=19.31;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1462,153,0 chrX 60211 . T C 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=19.80;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1439,156,0 chrX 60299 . C T 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=25.08;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1237,132,0 chrX 60425 . T C 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=19.31;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:593,66,0 chrX 60645 . A T 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=16.04;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:87:803,87,0 chrX 60675 . T A 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=15.03;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:619,66,0 chrX 60697 . G T 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=57;Dels=0.00;FS=15.181;HaplotypeScore=33.9646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.059;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.986;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:57:59:149,0,59 chrX 60842 . T A 915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=21.28;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:948,102,0 chrX 60959 . T C 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=25.04;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1235,135,0 chrX 60979 . T A 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=24.76;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1246,135,0 chrX 61050 . A G 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=21.28;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1182,132,0 chrX 61323 . G A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.95;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1605,168,0 chrX 61449 . A G 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=17.19;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1185,129,0 chrX 61584 . A G 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.28;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1033,114,0 chrX 61680 . C T 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=21.77;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1579,168,0 chrX 61713 . G A 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=20.84;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1346,144,0 chrX 61814 . G A 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=19.48;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:481,51,0 chrX 61827 . C T 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:528,57,0 chrX 61893 . T C 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=22.15;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:919,99,0 chrX 61926 . T A 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=23.86;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1035,111,0 chrX 61974 . A T 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=22.90;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:926,99,0 chrX 61995 . C T 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=16.97;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:644,69,0 chrX 62016 . A G 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=17.08;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:96:904,96,0 chrX 62065 . T C 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=17.60;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1476,165,0 chrX 62287 . G A 513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=16.03;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:57:546,57,0 chrX 62571 . A G 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.31;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:99:872,99,0 chrX 62857 . A G 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=50;Dels=0.00;FS=5.528;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=23.72;ReadPosRankSum=1.663;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1219,135,0 chrX 63405 . T C 2658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.72;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2691,285,0 chrX 63597 . C T 3649.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=24.82;SB=-1.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:147:99:3649,376,0 chrX 63649 . T A 3787.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=25.42;SB=-2.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3787,402,0 chrX 63874 . G A 2236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.33;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2269,243,0 chrX 64093 . A C 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.674;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:97:1098,97,0 chrX 64119 . G A 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=18.63;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1039,111,0 chrX 64629 . A G 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.91;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:77:99:1566,171,0 chrX 65076 . G A 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=17.99;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1238,135,0 chrX 65819 . T A 1682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.27;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1715,183,0 chrX 66411 . A G 2583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.86;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2616,288,0 chrX 67074 . T A 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.93;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1042,111,0 chrX 67305 . T A 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=19.91;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1626,177,0 chrX 67409 . C T 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=19.75;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1139,123,0 chrX 67499 . A G 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=25.42;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2219,234,0 chrX 67631 . C A 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;QD=15.95;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1022,111,0 chrX 67654 . C T 865 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=13.52;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:93:898,93,0 chrX 67660 . T C 793 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=12.59;ReadPosRankSum=1.622;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:90:826,90,0 chrX 67662 . A G 764 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;QD=12.32;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:90:797,90,0 chrX 67686 . G A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;QD=12.26;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:96:891,96,0 chrX 67836 . A T 3026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.60;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:3059,321,0 chrX 68514 . T C 2146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=23.84;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2179,234,0 chrX 68840 . A T 2363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=22.94;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2396,252,0 chrX 68863 . A G 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=110;Dels=0.00;FS=10.841;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=18.22;ReadPosRankSum=2.936;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:110:99:2037,231,0 chrX 68878 . T C 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=18.44;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1803,195,0 chrX 68963 . A G 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.51;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:90:833,90,0 chrX 69154 . C T 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=19.46;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1434,162,0 chrX 69580 . A G 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.37;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:868,93,0 chrX 69643 . T G 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=20.08;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:816,90,0 chrX 69760 . G A 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=21.17;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1007,117,0 chrX 69814 . T C 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.639;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:84:762,84,0 chrX 70069 . A G 649 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=15.45;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:682,75,0 chrX 70072 . A G 646 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.654;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:75:679,75,0 chrX 70075 . C T 667 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=14.50;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:72:700,72,0 chrX 70147 . G A 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=17.00;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:951,102,0 chrX 70181 . T C 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.50;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:879,96,0 chrX 70321 . G A 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=39;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=19.67;ReadPosRankSum=0.666;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:63:800,63,0 chrX 71179 . G A 1938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1971,213,0 chrX 71182 . G A 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=19.77;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1753,198,0 chrX 71194 . T A 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.334;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.692;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1860,195,0 chrX 71273 . G A 410.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.182;DP=51;Dels=0.00;FS=2.508;HaplotypeScore=29.9976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.261;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:27:443,27,0 chrX 71275 . T C 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.819;DP=58;Dels=0.00;FS=2.640;HaplotypeScore=31.5203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=6.78;ReadPosRankSum=2.860;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:58:48:426,48,0 chrX 71395 . G A 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=20.89;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1809,192,0 chrX 71410 . A C 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=92;Dels=0.00;FS=5.862;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.649;QD=19.16;ReadPosRankSum=2.924;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:92:99:1796,201,0 chrX 71449 . G A 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=17.40;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1251,138,0 chrX 71533 . G A 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=17.74;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1683,189,0 chrX 71578 . C T 2207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2240,234,0 chrX 71752 . G A 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=19.78;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1220,129,0 chrX 71980 . C A 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=18.81;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1820,192,0 chrX 72245 . T C 3072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.63;SB=-1.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:3105,342,0 chrX 72544 . G C 2530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=19.92;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2563,279,0 chrX 72550 . A G 2483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=130;Dels=0.00;FS=2.589;HaplotypeScore=2.7720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=19.10;ReadPosRankSum=2.930;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:130:99:2516,270,0 chrX 72556 . G A 2581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=19.85;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:2614,273,0 chrX 73193 . T C 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=23.25;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1056,117,0 chrX 73368 . G A 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=19.61;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1229,129,0 chrX 73391 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=3.347;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=16.37;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1146,126,0 chrX 73608 . T C 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.860;DP=79;Dels=0.00;FS=6.016;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=20.34;ReadPosRankSum=2.911;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:1640,180,0 chrX 73745 . G A 2169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=21.91;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:99:99:2202,231,0 chrX 73879 . A G 2404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.04;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2437,261,0 chrX 74077 . T C 2510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=129;Dels=0.00;FS=3.996;HaplotypeScore=5.8318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=19.46;ReadPosRankSum=1.651;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:129:99:2543,285,0 chrX 74341 . C T 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=19.26;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2402,264,0 chrX 74530 . G A 1854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.31;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1887,195,0 chrX 74857 . T G 2682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=24.61;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2715,300,0 chrX 74905 . G A 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=24.27;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1635,171,0 chrX 74906 . T A 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=1.787;QD=23.18;ReadPosRankSum=2.376;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1609,168,0 chrX 75337 . A T 2028 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=21.35;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2061,219,0 chrX 75340 . C T 2040 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=21.03;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2073,219,0 chrX 75343 . G C 2021 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2054,231,0 chrX 75366 . C G 2507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=20.89;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2540,285,0 chrX 75467 . A G 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=19.17;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1068,120,0 chrX 75666 . C T 841 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=11.07;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:96:874,96,0 chrX 75669 . C T 744 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.53;MQ0=0;QD=9.92;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:84:777,84,0 chrX 75672 . G A 675 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.42;MQ0=0;QD=10.38;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:78:708,78,0 chrX 75674 . C T 619 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.81;MQ0=0;QD=9.38;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:72:652,72,0 chrX 75699 . G A 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=10.24;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:90:811,90,0 chrX 75975 . C T 3884.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=24.43;SB=-1.667e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:159:99:3884,417,0 chrX 76069 . A G 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=19.10;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1408,153,0 chrX 76073 . A G 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=16.73;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1254,135,0 chrX 76157 . G C 2392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=24.41;SB=-1.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2425,261,0 chrX 76206 . G A 2734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.03;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2767,303,0 chrX 76676 . T C 659 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=17.34;ReadPosRankSum=2.321;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:81:692,81,0 chrX 76677 . T C 717 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=18.87;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:750,81,0 chrX 76747 . A G 722 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=23.29;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:87:755,87,0 chrX 76787 . T C 795 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;QD=14.20;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:93:828,93,0 chrX 76793 . G A 713 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.18;MQ0=0;QD=12.51;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:90:746,90,0 chrX 76842 . C T 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=17.12;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1197,126,0 chrX 77140 . T G 2991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=20.07;SB=-1.864e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3024,330,0 chrX 77203 . A G 2177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=19.61;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2210,246,0 chrX 77355 . A G 2229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=15.92;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:2262,249,0 chrX 77525 . A G 2684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.75;SB=-1.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2717,294,0 chrX 77730 . G A 3920.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=21.66;SB=-2.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:181:99:3920,420,0 chrX 78222 . A G 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1095,120,0 chrX 78273 . A G 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.128;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=15.66;ReadPosRankSum=2.343;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:87:769,87,0 chrX 78486 . G C 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=18.13;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:84:740,84,0 chrX 78942 . A G 915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=17.26;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:948,105,0 chrX 78981 . C T 335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;DP=41;Dels=0.00;FS=9.776;HaplotypeScore=31.1248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=3.450;QD=8.17;ReadPosRankSum=-3.643;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,27:41:39:368,39,0 chrX 79092 . G A 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=15.76;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:884,99,0 chrX 79609 . C A 672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=22.40;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:705,75,0 chrX 79642 . A G 511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=18.25;ReadPosRankSum=1.609;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:60:544,60,0 chrX 79647 . T C 507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=19.50;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:540,60,0 chrX 79806 . C T 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=20.54;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1142,123,0 chrX 79812 . G A 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=20.12;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1059,114,0 chrX 79831 . T C 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=15.38;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:90:802,90,0 chrX 79835 . A C 724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=4.114;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.40;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=14.78;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:84:757,84,0 chrX 80055 . T A 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=20.59;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1227,135,0 chrX 80077 . T G 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=19.78;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1398,156,0 chrX 80094 . A T 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;DP=70;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=19.93;ReadPosRankSum=1.584;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1428,156,0 chrX 80102 . T G 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;QD=19.74;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1375,156,0 chrX 80159 . T C 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;QD=18.51;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:829,93,0 chrX 80208 . A G 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=16.12;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:726,81,0 chrX 80223 . T C 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=15.33;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:87:769,87,0 chrX 80358 . G A 637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=21.23;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:670,72,0 chrX 80359 . G A 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=20.97;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:662,72,0 chrX 80433 . C T 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.07;MQ0=0;QD=16.81;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:991,108,0 chrX 80439 . T C 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.92;MQ0=0;QD=15.93;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:957,108,0 chrX 80595 . A G 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=18.31;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:75:692,75,0 chrX 80604 . G A 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=17.63;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:650,69,0 chrX 80742 . G A 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=20.18;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:699,72,0 chrX 80826 . G A 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=22.15;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1052,114,0 chrX 81028 . A G 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=18.70;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:725,81,0 chrX 81387 . C A 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=19.48;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1260,135,0 chrX 81758 . G A 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=21.07;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:918,99,0 chrX 81810 . C T 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=23.66;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1216,132,0 chrX 82254 . C A 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.71;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1531,159,0 chrX 82573 . C T 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.56;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:800,87,0 chrX 82787 . A G 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=23.80;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1009,111,0 chrX 82809 . T C 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1053,117,0 chrX 82983 . G A 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.98;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1568,168,0 chrX 83081 . A G 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=21.04;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1590,174,0 chrX 83220 . T C 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=19.40;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1488,165,0 chrX 83271 . G C 1560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.53;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:76:99:1593,171,0 chrX 83298 . G A 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=21.36;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1678,177,0 chrX 83441 . T C 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DP=87;Dels=0.00;FS=2.454;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.780;QD=22.26;ReadPosRankSum=2.919;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:1970,222,0 chrX 83621 . G A 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=24.46;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1941,204,0 chrX 83777 . C T 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=21.01;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1714,180,0 chrX 83798 . C T 1930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=20.98;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1963,207,0 chrX 83941 . A G 2805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=130.5079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=19.21;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.695e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,144:146:99:2838,315,0 chrX 84349 . A G 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=18.66;ReadPosRankSum=2.352;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:966,105,0 chrX 84655 . T C 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=22.55;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1589,174,0 chrX 84895 . A G 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.691;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1533,168,0 chrX 84907 . A G 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=16.22;ReadPosRankSum=1.691;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:86:99:1428,159,0 chrX 85167 . A C 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=17.76;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:939,102,0 chrX 85185 . A G 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=16.18;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1036,114,0 chrX 85264 . C T 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=14.95;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:72:661,72,0 chrX 85405 . T A 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=37;Dels=0.00;FS=2.409;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.114;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:63:582,63,0 chrX 85483 . G T 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=25.97;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1617,168,0 chrX 85607 . G C 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=17.92;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:947,108,0 chrX 85615 . T C 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=21.11;ReadPosRankSum=1.604;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1173,126,0 chrX 85656 . T A 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=16.65;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:799,87,0 chrX 85785 . T C 2501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=103;Dels=0.00;FS=2.983;HaplotypeScore=4.8794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.828;QD=24.28;ReadPosRankSum=1.494;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:103:99:2534,276,0 chrX 85818 . T C 2912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.259;DP=129;Dels=0.00;FS=2.580;HaplotypeScore=4.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=22.57;ReadPosRankSum=2.412;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,127:129:99:2945,327,0 chrX 85862 . C T 3452.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=24.14;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3452,360,0 chrX 85894 . C T 2471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=23.53;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2504,267,0 chrX 86001 . T G 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=20.38;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1256,138,0 chrX 86057 . A T 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=18.20;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1325,141,0 chrX 86090 . T C 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=20.50;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1345,147,0 chrX 86158 . T C 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=17.49;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1625,183,0 chrX 86328 . A T 2364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=90;Dels=0.00;FS=6.706;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=26.27;ReadPosRankSum=1.615;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2397,246,0 chrX 86351 . G A 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=24.07;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1405,150,0 chrX 86444 . T C 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.96;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:592,66,0 chrX 86567 . G A 2118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=23.02;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2151,228,0 chrX 86690 . C T 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.15;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1468,156,0 chrX 86754 . T C 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=57;Dels=0.00;FS=9.509;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=17.18;ReadPosRankSum=2.805;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1012,111,0 chrX 86930 . A G 1078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=17.67;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1111,126,0 chrX 87159 . C A 2472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.27;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:111:99:2505,264,0 chrX 87529 . C T 4775.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.41;SB=-2.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,221:223:99:4775,508,0 chrX 88456 . C G 1855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=19.53;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1888,207,0 chrX 88473 . G A 1538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=21.07;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1571,168,0 chrX 88506 . G A 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=17.27;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1173,126,0 chrX 88580 . G A 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=18.44;SB=-1.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:124:99:2320,246,0 chrX 88585 . C T 2416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:2449,261,0 chrX 88714 . T C 3168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3201,363,0 chrX 88837 . A G 3378.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=25.98;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:3378,372,0 chrX 89050 . G A 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=21.28;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2331,243,0 chrX 89071 . T C 1967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=98;Dels=0.00;FS=7.035;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=20.07;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:98:99:2000,225,0 chrX 89089 . C T 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=19.58;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2108,240,0 chrX 89149 . C T 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=23.06;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1647,174,0 chrX 89204 . G A 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=19.96;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:951,102,0 chrX 89224 . T C 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=21.08;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1045,117,0 chrX 89270 . C G 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=21.72;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1184,132,0 chrX 89288 . G A 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=23.33;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1013,108,0 chrX 89312 . G A 883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=21.54;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:916,96,0 chrX 89346 . T C 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=19.67;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:977,105,0 chrX 89438 . G A 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=21.67;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:965,102,0 chrX 89456 . G A 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=18.75;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:933,99,0 chrX 89544 . C T 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=18.39;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:934,99,0 chrX 89618 . C T 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=20.05;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:875,96,0 chrX 89645 . A G 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=3.716;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=21.40;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:889,99,0 chrX 89840 . G A 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=22.24;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1412,150,0 chrX 89888 . T A 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=24.76;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1271,135,0 chrX 89907 . T G 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=22.15;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:99:897,99,0 chrX 90035 . G C 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.03;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:832,93,0 chrX 90165 . C T 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=19.26;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:938,99,0 chrX 90197 . G C 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=20.74;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:90:821,90,0 chrX 90241 . C A 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=15.00;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:84:753,84,0 chrX 90254 . G A 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=15.10;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:84:803,84,0 chrX 90357 . G C 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=25.17;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1367,153,0 chrX 90410 . G C 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=24.21;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1316,144,0 chrX 90432 . T A 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=21.22;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:87:818,87,0 chrX 90680 . T G 2224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.236;DP=115;Dels=0.00;FS=3.040;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=19.34;ReadPosRankSum=2.386;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:2257,249,0 chrX 90685 . A G 2290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=19.08;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2323,264,0 chrX 91169 . T A 2532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.42;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2565,282,0 chrX 91221 . C T 2163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=22.53;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2196,234,0 chrX 91264 . A G 3399.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3399,372,0 chrX 91365 . A C 2901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=24.38;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2934,321,0 chrX 91730 . G A 679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=20.58;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:712,75,0 chrX 91817 . A T 222.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=12.33;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:27:255,27,0 chrX 92206 . C T 2079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.60;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2112,222,0 chrX 92239 . C T 2065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.86;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2098,222,0 chrX 92479 . G A 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=23.79;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2079,222,0 chrX 92512 . G A 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.64;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1776,198,0 chrX 92630 . G A 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=18.54;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1238,138,0 chrX 92932 . T C 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=23.08;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1556,171,0 chrX 92996 . C T 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.18;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1219,129,0 chrX 93007 . G A 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=19.80;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1023,111,0 chrX 93121 . G T 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.26;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1925,207,0 chrX 93538 . G A 2247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.70;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2280,246,0 chrX 93585 . G A 2693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.26;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2726,285,0 chrX 93751 . C T 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=17.14;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:513,54,0 chrX 93782 . A G 625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=17.36;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:72:658,72,0 chrX 93919 . G T 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=16.73;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1288,138,0 chrX 94118 . T C 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=23.33;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:593,66,0 chrX 94327 . A G 746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=17.76;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:779,87,0 chrX 94353 . C T 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=15.89;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:732,78,0 chrX 94501 . C T 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=25.41;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1532,162,0 chrX 94749 . A T 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=20.40;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1685,180,0 chrX 94776 . G A 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=19.59;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1502,165,0 chrX 94846 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=88;Dels=0.00;FS=2.632;HaplotypeScore=7.4066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=15.15;ReadPosRankSum=2.394;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:1366,153,0 chrX 94944 . G A 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=20.35;SB=-1.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1742,183,0 chrX 95089 . A G 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=16.91;ReadPosRankSum=2.260;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:1166,129,0 chrX 95205 . T C 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=20.61;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1290,144,0 chrX 95565 . T C 525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.614;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:30:60:558,60,0 chrX 95814 . A G 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=19.93;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:591,63,0 chrX 95996 . C T 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=17.76;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:88:99:1596,177,0 chrX 96194 . C T 1560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=26.44;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1593,168,0 chrX 96249 . A G 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=21.88;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:974,105,0 chrX 96324 . A G 2388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=17.18;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2421,267,0 chrX 96365 . C A 2393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=17.09;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:2426,255,0 chrX 96379 . C T 2286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;QD=16.69;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:2319,246,0 chrX 96425 . C T 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=17.94;SB=-1.319e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1970,207,0 chrX 96464 . C T 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=19.33;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1386,147,0 chrX 96721 . C T 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=8.43;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:42:387,42,0 chrX 96724 . C T 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=10.80;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:54:476,54,0 chrX 96768 . T C 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=13.49;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:964,105,0 chrX 96890 . G T 3694.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=24.46;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:3694,396,0 chrX 96902 . A G 3589.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:155:99:3589,411,0 chrX 96909 . C T 3811.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=24.75;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:154:99:3811,408,0 chrX 96997 . G A 1216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.97;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1249,138,0 chrX 97036 . G A 2511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=25.62;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2544,267,0 chrX 97063 . C T 3447.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=24.98;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3447,363,0 chrX 97118 . G A 3520.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.866e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3520,399,0 chrX 97211 . C T 2464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=22.20;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2497,270,0 chrX 97232 . C T 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=23.12;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1813,195,0 chrX 97325 . C T 2463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=19.39;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2496,261,0 chrX 97369 . A G 2372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.971;DP=132;Dels=0.00;FS=2.236;HaplotypeScore=17.6823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=17.97;ReadPosRankSum=4.124;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,126:132:99:2405,261,0 chrX 97454 . T C 1587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=21.45;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1620,177,0 chrX 97478 . G A 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=17.88;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1070,117,0 chrX 97556 . C T 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=19.52;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:970,102,0 chrX 98063 . C T 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=17.97;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1273,150,0 chrX 98106 . C T 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=19.98;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1731,183,0 chrX 98630 . T C 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=3.499;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=19.45;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:947,105,0 chrX 98678 . A G 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=18.73;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:96:857,96,0 chrX 98930 . C T 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=19.48;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1572,171,0 chrX 99116 . G C 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=22.94;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1134,123,0 chrX 99725 . A G 1538 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1571,177,0 chrX 99851 . G T 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.427;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1270,135,0 chrX 99905 . A T 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=16.26;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1106,117,0 chrX 99929 . A G 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=17.52;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1557,165,0 chrX 99941 . A G 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=15.22;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1464,165,0 chrX 99962 . G A 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=15.71;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1431,153,0 chrX 100283 . C T 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=19.18;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:72:685,72,0 chrX 101180 . A G 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=22.59;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1343,147,0 chrX 101201 . G A 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.96;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1158,120,0 chrX 101236 . C T 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=22.97;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:791,84,0 chrX 101464 . T G 1267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.80;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1300,141,0 chrX 101513 . G A 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.59;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1072,114,0 chrX 101792 . C A 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.99;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1968,216,0 chrX 102209 . A C 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=21.28;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1948,213,0 chrX 102363 . C T 2120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=17.10;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2153,225,0 chrX 102407 . A G 2644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=18.75;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,138:141:99:2677,294,0 chrX 102489 . T G 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.215;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.259;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1384,131,0 chrX 102662 . A G 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=16.13;ReadPosRankSum=2.357;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:888,99,0 chrX 103352 . A G 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.71;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1401,153,0 chrX 103478 . T C 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=93;Dels=0.00;FS=4.003;HaplotypeScore=6.7771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=19.87;ReadPosRankSum=1.620;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1881,204,0 chrX 103601 . A G 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.22;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1167,129,0 chrX 104552 . C T 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=18.23;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:110:99:2038,216,0 chrX 104563 . C T 2136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=17.23;SB=-1.319e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2169,228,0 chrX 105022 . A G 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=4.8998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=22.54;ReadPosRankSum=1.643;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:1814,201,0 chrX 105170 . C T 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.02;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1314,138,0 chrX 105490 . G A 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.48;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:81:775,81,0 chrX 105643 . C T 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=18.06;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:954,105,0 chrX 105664 . G A 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=17.76;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:992,105,0 chrX 105718 . C T 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=19.38;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1409,150,0 chrX 105829 . G A 2510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=21.27;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2543,285,0 chrX 106108 . C T 4419.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,194:196:99:4419,471,0 chrX 106172 . G A 2829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=20.35;SB=-1.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:139:99:2862,306,0 chrX 106326 . G A 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.07;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1666,180,0 chrX 106893 . T C 2261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=22.84;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2294,249,0 chrX 106919 . T G 1855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:80:99:1888,204,0 chrX 107092 . A G 2902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=130;Dels=0.00;FS=2.659;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=22.32;ReadPosRankSum=2.354;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,127:130:99:2935,330,0 chrX 107239 . C T 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1171,123,0 chrX 107257 . T C 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=20.83;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:991,111,0 chrX 107323 . A G 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.20;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1170,126,0 chrX 107397 . A G 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=20.97;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1333,144,0 chrX 107470 . T C 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=14.64;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:999,111,0 chrX 107485 . C T 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=17.03;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1021,111,0 chrX 107518 . C T 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=17.15;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1062,120,0 chrX 107557 . A G 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=18.37;ReadPosRankSum=1.662;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:933,105,0 chrX 107689 . G T 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=22.11;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:851,93,0 chrX 107980 . A G 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:984,105,0 chrX 108091 . A G 521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.509;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:60:554,60,0 chrX 108143 . A G 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=18.55;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:849,93,0 chrX 108247 . C T 2036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=20.57;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2069,216,0 chrX 108259 . C T 1900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=20.21;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1933,207,0 chrX 108384 . A G 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=19.77;ReadPosRankSum=1.417;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:903,99,0 chrX 108466 . A G 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.51;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:956,105,0 chrX 108616 . C T 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=23.03;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1806,192,0 chrX 108712 . A G 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=22.26;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1391,156,0 chrX 108722 . C T 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=21.56;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1456,153,0 chrX 108784 . G A 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=18.48;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1345,147,0 chrX 108877 . T C 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=19.97;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:60:99:1231,135,0 chrX 108904 . A G 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.47;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:954,105,0 chrX 108954 . G T 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=16.33;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:735,78,0 chrX 109213 . T C 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.12;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1235,135,0 chrX 109412 . G A 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=18.72;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:763,81,0 chrX 109567 . A G 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=21.32;ReadPosRankSum=0.403;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1611,180,0 chrX 109687 . T A 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:69:647,69,0 chrX 110560 . G A 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.14;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1217,129,0 chrX 110608 . G A 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=22.77;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1103,117,0 chrX 110637 . A G 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.14;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:963,102,0 chrX 110860 . C T 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=22.03;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:31:75:716,75,0 chrX 110925 . T C 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=22.95;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:974,105,0 chrX 111001 . T C 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=17.24;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:69:619,69,0 chrX 111089 . T G 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=13.26;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:66:590,66,0 chrX 111644 . T A 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.637;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1527,162,0 chrX 111661 . T C 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=18.51;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1421,159,0 chrX 111903 . C T 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=20.90;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1308,141,0 chrX 112233 . C A 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=15.79;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:917,99,0 chrX 112239 . A G 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=16.15;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:921,102,0 chrX 112473 . T C 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=43;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.650;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:87:800,87,0 chrX 112575 . A G 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=21.64;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1115,120,0 chrX 112731 . G A 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=17.09;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:768,81,0 chrX 112791 . T C 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=18.45;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:771,87,0 chrX 112938 . T A 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=20.70;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1213,129,0 chrX 112965 . T C 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=19.35;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1310,144,0 chrX 112991 . T C 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=18.04;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1404,153,0 chrX 113461 . T C 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=12.22;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:84:754,84,0 chrX 113505 . G A 429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=13.00;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:51:462,51,0 chrX 113667 . T C 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=17.48;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:767,84,0 chrX 113753 . A G 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=59;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.673;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:59:99:1329,147,0 chrX 113977 . T C 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.249;DP=58;Dels=0.00;FS=4.860;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=21.02;ReadPosRankSum=4.249;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:58:99:1252,135,0 chrX 114133 . A G 2676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=115;Dels=0.00;FS=5.254;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=23.27;ReadPosRankSum=1.702;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:115:99:2709,306,0 chrX 114174 . C G 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.32;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1992,222,0 chrX 114214 . T C 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=21.71;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1509,165,0 chrX 114298 . A G 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=15.64;ReadPosRankSum=2.384;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:77:99:1237,135,0 chrX 114582 . C T 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=72;Dels=0.00;FS=3.741;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=20.03;ReadPosRankSum=1.244;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1475,162,0 chrX 114588 . T C 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.376;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.897;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:68:99:1422,156,0 chrX 114623 . T C 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=17.58;ReadPosRankSum=-1.572;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:1211,132,0 chrX 114631 . C T 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=16.32;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1061,114,0 chrX 114825 . T C 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DP=53;Dels=0.00;FS=3.768;HaplotypeScore=10.4389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.901;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:53:63:739,63,0 chrX 114831 . T G 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.22;MQ0=0;QD=16.82;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:874,99,0 chrX 115219 . G A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=18.36;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1043,111,0 chrX 115225 . G A 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;QD=17.46;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1028,105,0 chrX 115633 . A G 2146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=22.59;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2179,234,0 chrX 115680 . G C 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=21.10;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1552,174,0 chrX 115900 . T C 2802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=23.16;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2835,315,0 chrX 116017 . A G 1217 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=19.32;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1250,138,0 chrX 116020 . G A 1319 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=20.94;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1352,144,0 chrX 116021 . T C 1247 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=5.757;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=1.678;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1280,141,0 chrX 116066 . G A 2363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=20.91;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2396,252,0 chrX 116153 . T G 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=21.37;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1785,195,0 chrX 116273 . A C 1628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1661,186,0 chrX 116295 . C A 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=19.63;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1780,186,0 chrX 116413 . G A 967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=14.01;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1000,114,0 chrX 116526 . A G 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=13.86;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:989,108,0 chrX 116540 . C G 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;QD=12.28;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:954,105,0 chrX 116568 . T C 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=12.81;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:1429,159,0 chrX 116829 . C T 2165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=21.44;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2198,231,0 chrX 116870 . C T 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=19.53;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1713,183,0 chrX 116906 . T G 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=19.49;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1826,201,0 chrX 116986 . C T 2256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=22.79;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2289,243,0 chrX 117039 . C A 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.72;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:919,99,0 chrX 117075 . G A 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=18.75;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1064,117,0 chrX 117184 . G C 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.16;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1385,153,0 chrX 117559 . C T 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=19.70;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1471,156,0 chrX 117715 . C T 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=17.04;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:425,45,0 chrX 117792 . G A 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=24.58;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:795,84,0 chrX 117878 . G A 2265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=22.65;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2298,243,0 chrX 118010 . G A 336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.00;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:369,39,0 chrX 118040 . G A 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.12;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:63:612,63,0 chrX 118136 . C T 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=17.42;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:730,78,0 chrX 118200 . C T 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=17.65;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:93:880,93,0 chrX 118265 . C T 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=14.72;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:887,102,0 chrX 118277 . T A 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=14.16;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:939,102,0 chrX 118419 . A G 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=18.94;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:677,75,0 chrX 118625 . T C 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=21.10;ReadPosRankSum=1.673;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1257,135,0 chrX 118772 . A G 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=23.27;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1150,126,0 chrX 118830 . G A 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=25.71;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1627,168,0 chrX 118904 . G T 3203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.414e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3236,354,0 chrX 118934 . C G 2586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=21.20;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:99:2619,291,0 chrX 119064 . G T 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=13.22;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:96:892,96,0 chrX 119092 . A C 787 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=12.90;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:90:820,90,0 chrX 119095 . A C 797 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=13.07;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:90:830,90,0 chrX 119099 . A G 801 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.50;MQ0=0;QD=12.92;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:93:834,93,0 chrX 119105 . A G 774 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.60;MQ0=0;QD=13.34;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:90:807,90,0 chrX 119112 . C T 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.86;MQ0=0;QD=14.56;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:936,105,0 chrX 119135 . A G 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=19.75;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1356,153,0 chrX 119163 . G T 1995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=22.42;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2028,216,0 chrX 119236 . T A 2865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=120;Dels=0.00;FS=3.549;HaplotypeScore=3.5509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=23.87;ReadPosRankSum=1.674;SB=-1.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:2898,318,0 chrX 119645 . G A 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.21;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1588,168,0 chrX 119720 . A C 1263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=21.41;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1296,144,0 chrX 119845 . G A 2107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2140,237,0 chrX 119906 . G A 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.03;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1852,195,0 chrX 120106 . A T 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.243;QD=18.78;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:1817,201,0 chrX 120196 . G T 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=20.38;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1541,159,0 chrX 120217 . C T 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=18.36;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1318,144,0 chrX 120291 . T A 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=22.77;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1331,147,0 chrX 120394 . T C 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=100;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.853;QD=20.35;ReadPosRankSum=2.400;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:100:99:2068,228,0 chrX 120416 . C T 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1735,183,0 chrX 120628 . A T 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=13.83;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:63:600,63,0 chrX 120634 . A C 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=13.25;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:69:616,69,0 chrX 120734 . A T 338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=13.00;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:39:371,39,0 chrX 120736 . C T 279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=10.73;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:33:312,33,0 chrX 120754 . G A 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.54;MQ0=0;QD=11.33;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:39:373,39,0 chrX 120829 . T C 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=47;Dels=0.00;FS=5.582;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=14.94;ReadPosRankSum=1.290;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:81:735,81,0 chrX 120874 . C T 234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.25;MQ0=0;QD=8.36;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:30:267,30,0 chrX 120877 . T C 155.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.71;MQ0=0;QD=6.46;SB=-1.291e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:21:188,21,0 chrX 120886 . C T 58.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=20;Dels=0.00;FS=8.038;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.203;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.899;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:36:88,0,36 chrX 120887 . A G 125.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.13;MQ0=0;QD=5.96;SB=-1.501e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:18:158,18,0 chrX 120895 . T C 34.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DP=17;Dels=0.00;FS=9.901;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=2.00;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:64:64,0,67 chrX 120925 . C T 26.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;QD=2.43;SB=-8.564e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:6:58,6,0 chrX 120943 . T C 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;QD=3.26;SB=-2.764e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:54,6,0 chrX 120997 . C T 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=4.56;SB=-2.726e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:54,6,0 chrX 121015 . T C 80.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.751;SB=-5.139e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:12:113,12,0 chrX 121043 . G A 136.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=11.34;SB=-1.051e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:18:169,18,0 chrX 121045 . T C 153.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.79;MQ0=0;QD=10.93;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:21:186,21,0 chrX 121075 . T C 347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=16.52;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:42:380,42,0 chrX 121168 . T C 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=0;MQRankSum=1.408;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.143;SB=-5.197e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:12:9:79,9,0 chrX 121186 . T C 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.11;SB=-8.280e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:53,6,0 chrX 121189 . T C 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=2.48;SB=-8.351e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:51,6,0 chrX 121192 . C T 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.88;MQ0=0;QD=3.09;SB=-8.451e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:59,6,0 chrX 121279 . C T 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=17.84;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:479,51,0 chrX 121348 . C T 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:878,93,0 chrX 121384 . T C 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=17.87;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:605,66,0 chrX 121598 . T C 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=17.53;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:664,72,0 chrX 121600 . G A 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=16.89;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:641,72,0 chrX 121624 . C T 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=17.11;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:820,87,0 chrX 121836 . C T 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=22.09;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1071,111,0 chrX 122039 . C T 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=19.94;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1329,141,0 chrX 122051 . A G 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=19.78;ReadPosRankSum=0.910;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1200,132,0 chrX 122072 . G A 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=18.57;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1166,129,0 chrX 122668 . G C 320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.05;MQ0=0;QD=5.33;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:39:353,39,0 chrX 122671 . G C 234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.46;MQ0=0;QD=4.03;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:30:267,30,0 chrX 122680 . G A 185.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.31;MQ0=0;QD=3.78;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:24:218,24,0 chrX 123314 . C G 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=20.70;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1068,123,0 chrX 123370 . C G 1052 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=19.48;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1085,117,0 chrX 123378 . A G 935 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=4.284;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=15.85;ReadPosRankSum=1.674;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:968,105,0 chrX 123380 . C T 800 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=14.29;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:96:833,96,0 chrX 123421 . A G 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=13.12;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1004,111,0 chrX 123440 . G T 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=0;QD=11.30;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:78:756,78,0 chrX 123508 . C T 237 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=8.17;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:30:270,30,0 chrX 123510 . G A 223.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.06;MQ0=0;QD=8.26;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:27:256,27,0 chrX 123517 . G C 129.17 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.24;MQ0=0;QD=4.31;SB=-2.912e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:18:162,18,0 chrX 123546 . C T 137.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-3.351e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:18:170,18,0 chrX 123564 . A C 330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;QD=8.68;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:39:363,39,0 chrX 123590 . G A 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=16.24;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1056,114,0 chrX 123636 . G A 2267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=21.19;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2300,255,0 chrX 123832 . A G 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=19.32;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1057,117,0 chrX 123919 . G T 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=20.15;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:1665,177,0 chrX 124064 . G A 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=17.85;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:997,111,0 chrX 124136 . C T 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=13.90;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:66:617,66,0 chrX 124142 . T C 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=5.497;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.47;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:66:597,66,0 chrX 124157 . C T 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=18.59;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:758,81,0 chrX 124187 . G A 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=17.54;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:875,93,0 chrX 124553 . T C 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=21.39;ReadPosRankSum=1.664;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1124,126,0 chrX 124555 . G A 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=22.53;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1137,120,0 chrX 124612 . A C 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=18.16;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:959,105,0 chrX 124652 . C T 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=21.87;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1520,168,0 chrX 124691 . T C 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=22.36;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1330,144,0 chrX 124862 . A T 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=22.83;ReadPosRankSum=1.640;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1745,189,0 chrX 124877 . G A 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=0;QD=23.62;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:76:99:1828,192,0 chrX 124924 . A G 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=16.12;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1290,150,0 chrX 124929 . A G 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=73;Dels=0.00;FS=9.596;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=16.71;ReadPosRankSum=2.903;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:73:99:1253,138,0 chrX 125021 . A G 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=4.127;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=23.07;ReadPosRankSum=1.686;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1763,198,0 chrX 125051 . T C 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=17.58;ReadPosRankSum=1.689;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1457,159,0 chrX 125052 . T C 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=17.59;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1440,156,0 chrX 125166 . T C 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=16.13;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:775,87,0 chrX 125244 . T C 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=12.72;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:78:707,78,0 chrX 125246 . A G 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=13.45;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:90:786,90,0 chrX 125297 . T C 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=18.29;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1094,120,0 chrX 125340 . C T 1450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=20.14;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1483,162,0 chrX 125428 . C T 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=15.69;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1006,114,0 chrX 126843 . A G 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=19.02;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:96:851,96,0 chrX 126877 . G A 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=21.39;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1295,144,0 chrX 126900 . C A 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=21.46;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1771,186,0 chrX 127054 . T C 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.602;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1042,114,0 chrX 127081 . C T 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=19.96;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1031,111,0 chrX 127326 . A G 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=17.53;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:822,93,0 chrX 127567 . A C 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.34;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1270,141,0 chrX 127608 . T C 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=21.64;ReadPosRankSum=2.333;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:942,105,0 chrX 127680 . A G 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=20.62;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:93:837,93,0 chrX 127734 . A G 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.71;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:703,75,0 chrX 127843 . G A 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=18.92;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1698,186,0 chrX 128403 . A G 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=18.88;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1015,111,0 chrX 128489 . T C 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=21.04;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1464,159,0 chrX 128527 . G A 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=19.26;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1304,138,0 chrX 128560 . C T 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=17.99;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1472,153,0 chrX 128573 . C T 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=18.80;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1443,150,0 chrX 128613 . T C 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=19.27;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1536,171,0 chrX 128646 . C T 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.41;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1543,165,0 chrX 128810 . T C 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.37;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1973,219,0 chrX 129357 . T C 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1776,195,0 chrX 129912 . G A 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=61;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=4.0419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.173;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1221,110,0 chrX 130079 . T C 3049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.64;SB=-1.590e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:3082,336,0 chrX 130174 . G A 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=19.96;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:951,102,0 chrX 130238 . C T 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.66;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1419,153,0 chrX 130425 . A C 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=78;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=7.0799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=22.41;ReadPosRankSum=1.643;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1781,195,0 chrX 130493 . T C 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=19.93;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:870,96,0 chrX 130653 . C A 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2150,237,0 chrX 130774 . T A 2279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=22.13;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2312,246,0 chrX 131168 . C T 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=24.68;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2402,252,0 chrX 131236 . T C 2548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=20.06;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2581,273,0 chrX 131240 . C T 2535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=19.96;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2568,276,0 chrX 131746 . T C 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.40;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1574,174,0 chrX 132405 . C T 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=20.04;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:975,108,0 chrX 132673 . G A 2522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=26.55;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2555,264,0 chrX 133192 . G A 2165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.28;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2198,234,0 chrX 133342 . T C 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=21.63;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1309,144,0 chrX 133354 . T C 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=21.81;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1385,153,0 chrX 133964 . C T 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=1;QD=19.12;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1333,144,0 chrX 134085 . C T 417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=16.68;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:450,51,0 chrX 134512 . G A 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=21.82;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1451,153,0 chrX 134950 . C T 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=23.26;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:661,72,0 chrX 135096 . T C 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=18.84;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:881,96,0 chrX 136195 . G A 893 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=20.77;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:926,99,0 chrX 136202 . C T 806 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=19.19;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:839,90,0 chrX 136204 . T C 688 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:60:721,60,0 chrX 136506 . C T 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=20.32;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:927,99,0 chrX 136543 . C T 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=17.32;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:691,75,0 chrX 136605 . A G 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=41;Dels=0.00;FS=3.118;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=19.76;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:93:843,93,0 chrX 136623 . A C 690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=18.16;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:723,81,0 chrX 136648 . C T 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.83;MQ0=0;QD=15.64;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:690,78,0 chrX 136872 . T C 590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=18.44;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:623,66,0 chrX 137767 . G A 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=16.20;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1248,138,0 chrX 137840 . C T 2577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=21.84;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:118:99:2610,279,0 chrX 138281 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.22;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1366,153,0 chrX 138413 . C T 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=24.38;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:2276,240,0 chrX 138806 . A C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=110;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,40:110:99:672,0,1489 chrX 139013 . T C 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=19.68;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:1981,213,0 chrX 139034 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.989;DP=88;Dels=0.00;FS=4.074;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.007;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:617,0,883 chrX 139088 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=78;Dels=0.00;FS=7.928;HaplotypeScore=8.2928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.476;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:78:99:355,0,662 chrX 139142 . T C 359.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.817;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:389,0,323 chrX 139143 . A G 380.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.921;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:70:99:410,0,370 chrX 139214 . G A 487.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.726;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.119;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:517,0,573 chrX 139431 . C G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.434;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:522,0,315 chrX 139438 . C T 332.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:362,0,578 chrX 139468 . A T 387.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:417,0,649 chrX 139505 . A G 305 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.46;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:338,39,0 chrX 139506 . A G 77.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.134;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:13:99:107,0,163 chrX 139563 . C T 333 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.81;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:366,39,0 chrX 139713 . T C 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=23.42;ReadPosRankSum=1.599;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1251,138,0 chrX 139819 . A G 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=80;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=21.77;ReadPosRankSum=1.597;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:80:99:1775,201,0 chrX 139888 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.094;DP=55;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:455,0,626 chrX 140078 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:361,0,617 chrX 140117 . A G 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.54;MQ0=0;QD=17.43;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1218,138,0 chrX 140129 . C T 979 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.78;MQ0=0;QD=16.32;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1012,114,0 chrX 140130 . G A 1022 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.78;MQ0=0;QD=17.03;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1055,111,0 chrX 140133 . T G 1099 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.22;MQ0=0;QD=17.73;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1132,123,0 chrX 140135 . T C 1162 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.50;MQ0=0;QD=18.16;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1195,129,0 chrX 140161 . G C 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.34;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1205,129,0 chrX 140231 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.771;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:49:99:351,0,312 chrX 140417 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;DP=50;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:99:207,0,674 chrX 140649 . T A 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.20;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1063,114,0 chrX 140782 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.577;DP=73;Dels=0.00;FS=11.404;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:73:99:573,0,727 chrX 140874 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=67;Dels=0.00;FS=17.359;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,22:67:99:370,0,915 chrX 140952 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=11.04;ReadPosRankSum=-2.100;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:615,0,423 chrX 140994 . T G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.304;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:394,0,461 chrX 141042 . A G 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DP=107;Dels=0.00;FS=9.364;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=2.365;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:107:99:1170,0,778 chrX 141078 . G A 1287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.379;DP=161;Dels=0.00;FS=3.772;HaplotypeScore=33.0294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=3.283;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.973;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,88:161:99:1317,0,652 chrX 141083 . G A 1158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.877;DP=161;Dels=0.01;FS=2.843;HaplotypeScore=36.3743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=3.069;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.726;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,90:160:99:1188,0,689 chrX 141376 . T C 2324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=17.34;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:134:99:2357,252,0 chrX 141409 . G A 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=143;Dels=0.00;FS=9.358;HaplotypeScore=22.7789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,85:143:99:1105,0,1017 chrX 141451 . A G 1355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DP=149;Dels=0.00;FS=0.613;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.048;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,81:149:99:1385,0,1178 chrX 141656 . G T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DP=97;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=5.24;ReadPosRankSum=-2.426;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:97:99:538,0,944 chrX 141721 . A G 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;DP=115;Dels=0.00;FS=1.476;HaplotypeScore=9.2774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:884,0,1121 chrX 141743 . A G 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;DP=112;Dels=0.00;FS=2.494;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.047;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1161,0,937 chrX 141900 . C T 3465.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=22.21;SB=-1.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3465,369,0 chrX 141908 . A C 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=146;Dels=0.00;FS=3.107;HaplotypeScore=8.6168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.045;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,74:146:99:1200,0,1138 chrX 141924 . G A 2714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=23.60;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2747,291,0 chrX 141977 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=80;Dels=0.00;FS=15.619;HaplotypeScore=4.9163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.357;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:629,0,776 chrX 142022 . G A 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.17;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1727,186,0 chrX 142054 . C T 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.205;DP=89;Dels=0.01;FS=6.187;HaplotypeScore=19.3963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.451;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:88:99:704,0,577 chrX 142055 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.293;DP=87;Dels=0.01;FS=6.187;HaplotypeScore=18.8757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:665,0,525 chrX 142115 . C A 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=99;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:729,0,857 chrX 142168 . C T 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=17.64;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1303,147,0 chrX 142223 . T C 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.90;MQ0=0;QD=18.66;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1414,156,0 chrX 142249 . C T 406.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:83:99:436,0,693 chrX 142256 . C T 1366 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.18;MQ0=0;QD=17.07;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1399,147,0 chrX 142259 . G C 1256 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=16.10;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1289,147,0 chrX 142307 . T C 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=15.27;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1316,150,0 chrX 142474 . C T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:588,0,451 chrX 142535 . T C 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=19.10;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:31:66:625,66,0 chrX 142640 . C T 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=22.96;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1640,171,0 chrX 142749 . T A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=48;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:363,0,562 chrX 142859 . T G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;DP=70;Dels=0.00;FS=3.497;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.227;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:677,0,546 chrX 143026 . T A 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=21.16;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1070,114,0 chrX 143033 . G C 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=20.88;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1056,117,0 chrX 143163 . G A 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1673,177,0 chrX 143166 . G A 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1656,171,0 chrX 143208 . C A 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=80;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:727,0,598 chrX 143387 . A T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.095;DP=32;Dels=0.00;FS=1.960;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:505,0,164 chrX 143426 . T C 79.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=23;Dels=0.00;FS=2.793;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.570;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:109,0,345 chrX 143719 . C T 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=17.63;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:844,90,0 chrX 144131 . T C 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.684;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1104,120,0 chrX 144137 . G A 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=16.15;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1131,123,0 chrX 144344 . T C 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.95;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1438,156,0 chrX 144368 . G A 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.18;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1126,120,0 chrX 144558 . A G 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.13;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1583,171,0 chrX 144696 . A G 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=51;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:446,0,301 chrX 144723 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=58;Dels=0.02;FS=4.175;HaplotypeScore=6.9660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.282;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:57:99:631,0,214 chrX 144890 . C T 2286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2319,243,0 chrX 144958 . G T 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=22.54;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1904,207,0 chrX 145104 . T G 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DP=86;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.833;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:693,0,653 chrX 145139 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.696;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.475;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:108:99:710,0,902 chrX 145142 . T C 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=104;Dels=0.00;FS=1.620;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.732;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:104:99:662,0,1000 chrX 145171 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=98;Dels=0.00;FS=0.763;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:572,0,1096 chrX 145291 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DP=56;Dels=0.00;FS=5.994;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.850;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:518,0,507 chrX 145341 . C T 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=18.06;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:882,93,0 chrX 145376 . A G 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=59;Dels=0.00;FS=1.032;HaplotypeScore=6.8498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:341,0,587 chrX 145573 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DP=45;Dels=0.00;FS=8.562;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:377,0,418 chrX 145633 . A G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:185,0,425 chrX 145645 . C A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;DP=50;Dels=0.00;FS=2.701;HaplotypeScore=5.4234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.701;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:289,0,612 chrX 145699 . G T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=60;Dels=0.00;FS=1.032;HaplotypeScore=4.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:370,0,691 chrX 145720 . T C 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:690,0,598 chrX 145879 . A G 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.70;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:901,102,0 chrX 146059 . C G 3020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=21.27;SB=-1.726e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:142:99:3053,339,0 chrX 146117 . G A 1483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.067;DP=140;Dels=0.00;FS=4.730;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=4.419;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,76:140:99:1513,0,1203 chrX 146196 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=49;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.816;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:477,0,405 chrX 146367 . G A 1440.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.417;DP=151;Dels=0.00;FS=10.219;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.851;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.535;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,89:151:99:1470,0,1070 chrX 146369 . G A 3108 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.68;MQ0=0;QD=21.00;SB=-1.872e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3141,330,0 chrX 146376 . T C 1253.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.583;DP=160;Dels=0.00;FS=9.621;HaplotypeScore=4.2553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-5.784;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.491;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,89:160:99:1283,0,1139 chrX 146388 . C T 1952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.81;MQ0=0;QD=13.84;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:1985,219,0 chrX 146394 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.327;DP=114;Dels=0.00;FS=4.621;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.692;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.121;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:114:99:548,0,954 chrX 146412 . T C 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.636;DP=112;Dels=0.00;FS=2.495;HaplotypeScore=5.8687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.785;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:112:99:815,0,373 chrX 146419 . C G 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.159;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,64:108:99:808,0,363 chrX 146535 . G A 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:727,0,507 chrX 146580 . C T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.288;DP=78;Dels=0.00;FS=0.892;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:684,0,581 chrX 146598 . T A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;DP=76;Dels=0.00;FS=3.292;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:558,0,696 chrX 146615 . G A 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;DP=80;Dels=0.00;FS=4.319;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=2.378;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.123;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:718,0,506 chrX 146640 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=79;Dels=0.00;FS=6.020;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=3.854;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.913;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:554,0,597 chrX 146738 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;DP=49;Dels=0.00;FS=3.207;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.176;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:334,0,251 chrX 146896 . G A 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.837;DP=100;Dels=0.00;FS=4.061;HaplotypeScore=5.6712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=2.390;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:100:99:1082,0,764 chrX 146952 . G A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=54;Dels=0.00;FS=2.393;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.527;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:394,0,493 chrX 147014 . G T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=38;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=8.5073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.985;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.730;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:366,0,268 chrX 147143 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DP=72;Dels=0.00;FS=6.300;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:615,0,640 chrX 147612 . T C 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=91;Dels=0.00;FS=2.213;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:729,0,880 chrX 147613 . T C 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;DP=92;Dels=0.00;FS=2.220;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.050;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:738,0,874 chrX 147766 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.970;DP=129;Dels=0.00;FS=1.492;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=2.200;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,55:129:99:847,0,1038 chrX 147768 . C T 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.112;DP=132;Dels=0.00;FS=1.468;HaplotypeScore=8.6574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.361;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.600;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,74:132:99:1076,0,899 chrX 147787 . A G 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=131;Dels=0.00;FS=6.833;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.252;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,71:131:99:949,0,938 chrX 147794 . C T 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.379;DP=131;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.030;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,72:131:99:926,0,965 chrX 147864 . A T 1351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DP=128;Dels=0.00;FS=1.563;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=2.139;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,72:128:99:1381,0,985 chrX 147905 . T G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=145;Dels=0.00;FS=3.311;HaplotypeScore=9.3387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.708;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,60:145:99:793,0,1580 chrX 147963 . C T 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;DP=95;Dels=0.00;FS=11.973;HaplotypeScore=17.3154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:839,0,542 chrX 148061 . G A 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=17.46;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:1988,213,0 chrX 148152 . C T 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=104;Dels=0.00;FS=2.519;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:104:99:805,0,844 chrX 148168 . G C 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.621;DP=87;Dels=0.00;FS=0.806;HaplotypeScore=7.2514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:844,0,745 chrX 148285 . G C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=65;Dels=0.00;FS=8.567;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=2.033;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:509,0,501 chrX 148288 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=62;Dels=0.00;FS=7.122;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.522;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:509,0,527 chrX 148303 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DP=53;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.236;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:451,0,400 chrX 148525 . T G 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.757;DP=93;Dels=0.00;FS=1.699;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:872,0,663 chrX 148549 . A G 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=17.96;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1488,165,0 chrX 148561 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:84:99:490,0,629 chrX 148569 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=75;Dels=0.00;FS=3.084;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:498,0,544 chrX 148594 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=62;Dels=0.00;FS=2.146;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.482;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.431;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:415,0,406 chrX 149426 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.633;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:552,0,287 chrX 149680 . C T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.360;DP=43;Dels=0.00;FS=1.543;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:247,0,294 chrX 149821 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=42;Dels=0.00;FS=4.603;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.309;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:258,0,497 chrX 149864 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;DP=36;Dels=0.00;FS=5.584;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:36:99:344,0,231 chrX 149902 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.141;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:29:99:242,0,260 chrX 150061 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=40;Dels=0.00;FS=3.028;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:40:99:517,0,126 chrX 150181 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DP=46;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.681;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:291,0,412 chrX 150210 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.601;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:34:93:234,0,93 chrX 150264 . G A 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:81:115,0,81 chrX 150265 . G A 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:22:81:112,0,81 chrX 150482 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=70;Dels=0.00;FS=1.979;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.506;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:499,0,597 chrX 150563 . A G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DP=32;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.159;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:238,0,371 chrX 150584 . A G 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.844;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:190,0,160 chrX 150688 . C A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:239,0,267 chrX 150695 . T C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=32;Dels=0.00;FS=4.170;HaplotypeScore=3.5089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:169,0,186 chrX 150706 . G A 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=29;Dels=0.00;FS=4.467;HaplotypeScore=6.2334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:29:99:114,0,224 chrX 150764 . A C 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:148,0,379 chrX 150818 . A G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=39;Dels=0.00;FS=5.931;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:349,0,431 chrX 150829 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=40;Dels=0.00;FS=11.349;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:447,0,356 chrX 150921 . T C 568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.85;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:66:601,66,0 chrX 151221 . C T 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.92;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1683,180,0 chrX 151394 . T C 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.602;DP=120;Dels=0.00;FS=1.570;HaplotypeScore=12.5370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=8.56;ReadPosRankSum=2.659;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:120:99:1057,0,1208 chrX 151494 . G A 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.72;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:982,105,0 chrX 151609 . C T 3042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.95;SB=-1.596e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:3075,324,0 chrX 151845 . C T 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.23;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2054,219,0 chrX 152136 . C T 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.04;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1211,132,0 chrX 152244 . T C 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1266,138,0 chrX 152412 . C G 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=16.98;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1459,162,0 chrX 152475 . A G 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=22.46;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1628,177,0 chrX 152592 . T C 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=22.32;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1796,192,0 chrX 153003 . A T 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=17.62;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1443,156,0 chrX 154059 . A G 120.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.37;MQ0=27;QD=3.34;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,21:36:18:153,18,0 chrX 154071 . G A 162.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.71;MQ0=27;QD=4.26;SB=-5.294e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,24:38:21:195,21,0 chrX 154708 . A G 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.885;DP=61;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=18.33;ReadPosRankSum=2.885;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:1151,126,0 chrX 154716 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=19.90;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1207,126,0 chrX 154727 . C T 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;QD=16.25;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1398,159,0 chrX 155119 . A C 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=20.19;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1204,132,0 chrX 155353 . G A 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.62;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1119,120,0 chrX 156988 . T C 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=3.267;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.653;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1864,210,0 chrX 157129 . A T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.031;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.415;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:636,0,615 chrX 157130 . A G 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=3.889;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=22.34;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1619,177,0 chrX 157487 . A G 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=23.22;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1728,186,0 chrX 157619 . A T 2642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=21.14;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2675,297,0 chrX 158685 . A G 1033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=19.87;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1066,114,0 chrX 159788 . A T 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=23.61;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1544,168,0 chrX 159830 . G A 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=17.51;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1329,144,0 chrX 159859 . A G 1863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.694;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:91:99:1896,207,0 chrX 159893 . T C 3332.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.59;MQ0=0;QD=24.14;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3332,366,0 chrX 159934 . T C 3272.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.91;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3272,360,0 chrX 159938 . C T 2844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.14;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2877,303,0 chrX 160149 . G A 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.29;MQ0=0;QD=12.92;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:78:718,78,0 chrX 160169 . G A 608 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.15;MQ0=0;QD=9.81;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:69:641,69,0 chrX 160171 . G A 534 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.15;MQ0=0;QD=8.61;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:63:567,63,0 chrX 160173 . C A 535 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.87;MQ0=0;QD=8.92;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:63:568,63,0 chrX 160189 . A G 278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=4.663;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.88;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:36:311,36,0 chrX 160190 . A T 298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.88;MQ0=0;QD=3.82;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:36:331,36,0 chrX 160206 . G C 259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.40;MQ0=0;QD=2.76;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:33:292,33,0 chrX 160222 . T C 374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=99;Dels=0.00;FS=5.855;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.888;QD=3.78;ReadPosRankSum=2.929;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:45:407,45,0 chrX 160223 . C A 406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=0;QD=4.10;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:48:439,48,0 chrX 160269 . T C 675 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.61;MQ0=0;QD=7.85;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:78:708,78,0 chrX 160273 . G A 731 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.00;MQ0=0;QD=9.25;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:81:764,81,0 chrX 160275 . C T 734 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.00;MQ0=0;QD=9.29;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:81:767,81,0 chrX 160500 . C T 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=19.62;SB=-1.435e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2407,264,0 chrX 160654 . G A 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=26.77;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2148,222,0 chrX 160930 . G A 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=18.98;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1134,123,0 chrX 161023 . C T 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=19.63;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1093,120,0 chrX 161596 . A G 2928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.22;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2961,336,0 chrX 162192 . A G 1893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=19.93;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1926,216,0 chrX 162208 . G T 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=16.80;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1663,192,0 chrX 162223 . A T 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=16.97;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1628,174,0 chrX 162228 . C G 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=17.10;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1640,177,0 chrX 162327 . A G 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.17;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1208,129,0 chrX 162424 . G A 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=18.90;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1677,183,0 chrX 162437 . G A 1708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=20.09;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1741,180,0 chrX 162522 . C A 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=25.33;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1502,156,0 chrX 162643 . A G 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=18.08;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:937,102,0 chrX 162765 . C A 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=19.14;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:856,90,0 chrX 162768 . G A 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=16.24;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:81:780,81,0 chrX 162822 . A G 663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=17.00;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:696,78,0 chrX 162832 . A C 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=18.42;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:770,84,0 chrX 162922 . G A 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=12.53;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:38:54:509,54,0 chrX 162937 . C T 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=13.97;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:60:564,60,0 chrX 163218 . C T 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=22.14;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1561,171,0 chrX 163370 . C T 2120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2153,228,0 chrX 163417 . G A 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=22.34;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2111,225,0 chrX 163422 . T C 2065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2098,228,0 chrX 163446 . A T 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=15.59;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1592,174,0 chrX 163467 . G C 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=16.43;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1528,171,0 chrX 163507 . T C 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=14.86;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:1831,204,0 chrX 163656 . C G 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1150,129,0 chrX 163830 . A C 2967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=130;Dels=0.00;FS=4.569;HaplotypeScore=6.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=22.82;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:130:99:3000,330,0 chrX 163958 . C T 2979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=24.62;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:3012,330,0 chrX 163993 . A G 3038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DP=130;Dels=0.00;FS=21.612;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=23.37;ReadPosRankSum=2.945;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:130:99:3071,339,0 chrX 164155 . C T 2496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.33;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2529,273,0 chrX 164308 . C T 4620.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=23.33;SB=-1.758e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:198:99:4620,481,0 chrX 164955 . C G 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.23;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1550,168,0 chrX 165402 . G A 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=19.76;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:942,102,0 chrX 165714 . T C 1224 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.115;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=23.09;ReadPosRankSum=3.283;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1257,135,0 chrX 167289 . C T 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.20;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1254,132,0 chrX 167370 . G A 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.41;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1450,159,0 chrX 169122 . A G 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=23.42;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:970,111,0 chrX 169440 . G A 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.00;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1272,132,0 chrX 170079 . A G 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=20.85;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1180,132,0 chrX 170274 . A G 2995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=132;Dels=0.00;FS=4.674;HaplotypeScore=6.6306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=22.69;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:132:99:3028,330,0 chrX 170556 . T A 2433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2466,270,0 chrX 170649 . C A 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=9.33;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:75:686,75,0 chrX 171301 . G A 1721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=24.24;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1754,186,0 chrX 171357 . A G 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.35;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1015,111,0 chrX 171411 . T C 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.31;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:535,60,0 chrX 171615 . C T 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=21.57;SB=-1.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2276,246,0 chrX 171627 . C T 2040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=20.82;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2073,219,0 chrX 171764 . T C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.92;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:93:849,93,0 chrX 172157 . C T 2777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=25.02;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2810,294,0 chrX 172240 . A G 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=24.72;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2381,255,0 chrX 172536 . A G 2751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=17.09;SB=-1.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:161:99:2784,303,0 chrX 172657 . A T 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=19.61;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1190,123,0 chrX 172660 . A G 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=18.12;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1229,138,0 chrX 173226 . G A 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=16.47;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1729,198,0 chrX 173342 . G A 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.21;MQ0=0;QD=13.22;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1038,108,0 chrX 173354 . A G 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.99;MQ0=0;QD=13.30;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1124,123,0 chrX 173397 . G A 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=11.22;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1009,108,0 chrX 173399 . C T 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;QD=13.41;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1240,132,0 chrX 173420 . T C 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;QD=14.82;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1559,168,0 chrX 173479 . T A 3566.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=22.01;ReadPosRankSum=2.372;SB=-1.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,160:162:99:3566,373,0 chrX 173581 . A T 3889.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=181;Dels=0.00;FS=3.769;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.902e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,180:181:99:3889,414,0 chrX 173707 . C T 2289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;QD=17.47;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:2322,255,0 chrX 173746 . T C 2572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=16.59;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:2605,288,0 chrX 173883 . A G 2342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=22.09;SB=-1.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2375,258,0 chrX 174136 . C T 2935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=19.18;SB=-2.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:151:99:2968,312,0 chrX 174178 . C T 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.68;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:84:99:1770,183,0 chrX 174303 . A G 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=18.57;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2131,237,0 chrX 174334 . A C 2595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=20.93;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2628,288,0 chrX 174512 . C T 2010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.37;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2043,219,0 chrX 175309 . C T 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=18.34;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1720,186,0 chrX 175555 . T A 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=20.45;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:933,99,0 chrX 175870 . C T 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=22.24;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:767,81,0 chrX 175883 . A T 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=16.64;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:582,63,0 chrX 176179 . A G 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=13.63;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:69:619,69,0 chrX 176228 . T C 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=14.12;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:54:485,54,0 chrX 176664 . T C 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=15.45;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:81:713,81,0 chrX 176866 . A G 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=19.91;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:889,99,0 chrX 177415 . T C 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=58;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=24.22;ReadPosRankSum=1.673;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1438,153,0 chrX 177553 . T C 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.77;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1731,192,0 chrX 177604 . A G 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=16.72;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:819,90,0 chrX 177700 . A C 425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=18.48;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:458,48,0 chrX 178010 . G T 2060 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=28.61;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2093,210,0 chrX 178077 . C G 300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.43;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:36:333,36,0 chrX 178106 . A G 304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.71;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39:337,39,0 chrX 179489 . C T 450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.75;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:483,51,0 chrX 179659 . C T 622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=15.95;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72:655,72,0 chrX 180162 . G A 2573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=25.99;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2606,279,0 chrX 180185 . T A 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=21.05;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2075,234,0 chrX 180249 . C T 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.40;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1139,120,0 chrX 181205 . G A 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=19.04;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2203,231,0 chrX 181523 . G C 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=18.43;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:936,105,0 chrX 181680 . T C 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=17.73;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1097,126,0 chrX 181883 . A G 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=16.64;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:682,75,0 chrX 181907 . T G 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=18.97;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:773,81,0 chrX 181967 . T C 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.641;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:78:697,78,0 chrX 182227 . G C 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=18.78;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1573,174,0 chrX 182825 . G A 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=21.69;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1291,138,0 chrX 183608 . T C 1887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=20.74;ReadPosRankSum=1.580;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1920,213,0 chrX 183648 . G C 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1787,198,0 chrX 183666 . G A 1847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=19.86;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1880,207,0 chrX 183738 . C T 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=17.93;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1539,171,0 chrX 183827 . T C 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.62;MQ0=0;QD=13.75;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:927,102,0 chrX 183834 . C T 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=15.05;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:93:891,93,0 chrX 184128 . C A 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=24.02;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1090,117,0 chrX 184421 . G T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=19.91;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1307,138,0 chrX 184438 . A G 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=17.43;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1079,117,0 chrX 184439 . A G 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=17.52;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1084,117,0 chrX 184592 . C T 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:629,66,0 chrX 184778 . A G 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=19.28;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1074,120,0 chrX 184824 . C T 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=17.89;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1053,114,0 chrX 184846 . G A 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=17.54;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1033,111,0 chrX 184848 . T C 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=15.97;ReadPosRankSum=2.367;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:975,108,0 chrX 184948 . G A 599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=20.66;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:632,69,0 chrX 185090 . T C 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.81;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1105,123,0 chrX 185641 . T C 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.90;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:81:726,81,0 chrX 188416 . C T 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.80;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1780,189,0 chrX 189289 . G A 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=25.84;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:87:834,87,0 chrX 189631 . G T 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=14.51;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:78:744,78,0 chrX 189655 . A T 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=39;Dels=0.00;FS=4.890;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.639;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:78:726,78,0 chrX 191229 . A G 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=22.87;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1245,135,0 chrX 191341 . T C 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=16.72;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:568,63,0 chrX 191353 . T C 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=17.48;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:505,54,0 chrX 191458 . A T 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=16.62;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:781,84,0 chrX 191467 . T G 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=15.04;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:93:845,93,0 chrX 191621 . A T 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.46;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:90:831,90,0 chrX 192229 . C A 554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=17.87;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:587,66,0 chrX 194790 . G A 2277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.75;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2310,243,0 chrX 194922 . A T 3084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=134;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=23.01;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.524e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:134:99:3117,327,0 chrX 195076 . C T 3419.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.58;SB=-1.639e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:145:99:3419,363,0 chrX 195349 . T C 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=18.04;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1512,168,0 chrX 195664 . G C 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=19.22;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:37:81:744,81,0 chrX 195964 . G A 728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=16.93;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:87:761,87,0 chrX 196038 . A G 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=14.95;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:900,99,0 chrX 196043 . G A 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.50;MQ0=0;QD=15.36;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:970,105,0 chrX 196206 . C G 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=20.21;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:983,108,0 chrX 196451 . G A 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=21.98;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:956,99,0 chrX 196502 . T C 609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=14.50;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:72:642,72,0 chrX 196517 . C T 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=12.89;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:57:523,57,0 chrX 197018 . G C 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=23.34;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1410,156,0 chrX 197412 . A T 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=18.76;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1046,117,0 chrX 198141 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DP=178;Dels=0.00;FS=9.358;HaplotypeScore=6.2065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.44;MQ0=3;MQRankSum=-1.005;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,48:178:99:453,0,2256 chrX 198342 . C T 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;DP=96;Dels=0.00;FS=3.530;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.71;MQ0=23;MQRankSum=-1.254;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:96:99:103,0,292 chrX 199170 . A C 1878 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.39;MQ0=5;QD=22.09;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1911,210,0 chrX 199735 . A C 1101.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.334;DP=134;Dels=0.00;FS=2.863;HaplotypeScore=10.5891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.74;MQ0=30;MQRankSum=0.268;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.069;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,84:134:99:1131,0,483 chrX 200219 . A G 1302 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.48;MQ0=19;QD=17.13;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1335,144,0 chrX 200530 . G C 2670 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=8;QD=17.45;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:153:99:2703,303,0 chrX 200931 . C A 963.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.125;DP=124;Dels=0.00;FS=3.706;HaplotypeScore=8.8624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.18;MQ0=18;MQRankSum=-0.585;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.570;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,93:124:99:993,0,251 chrX 202608 . G A 82.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=78;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.29;MQ0=51;MQRankSum=-1.130;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.230;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:78:99:112,0,249 chrX 204132 . T A 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.35;MQ0=5;MQRankSum=2.757;QD=0.71;ReadPosRankSum=2.757;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,3:34:54:54,0,114 chrX 204133 . A G 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.99;MQ0=6;MQRankSum=2.757;QD=0.71;ReadPosRankSum=2.757;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,3:35:55:55,0,111 chrX 204149 . T G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.12;MQ0=6;MQRankSum=2.799;QD=0.76;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,3:41:61:61,0,116 chrX 204169 . A T 97.18 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=63;Dels=0.00;FS=129.138;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.93;MQ0=12;MQRankSum=5.161;QD=1.54;ReadPosRankSum=5.614;SB=-3.186e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:11:127,0,11 chrX 204186 . G A 102.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=80;Dels=0.00;FS=75.862;HaplotypeScore=22.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.43;MQ0=16;MQRankSum=4.128;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.018;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,39:80:15:135,15,0 chrX 204187 . T C 104.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DP=80;Dels=0.00;FS=173.881;HaplotypeScore=22.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.43;MQ0=16;MQRankSum=6.132;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.386;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,26:80:15:137,15,0 chrX 204926 . T G 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=22.12;ReadPosRankSum=1.647;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1825,198,0 chrX 205246 . A G 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=21.73;ReadPosRankSum=1.686;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1663,180,0 chrX 206537 . T C 638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=17.72;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:75:671,75,0 chrX 207517 . G T 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=20.62;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1930,204,0 chrX 207641 . A G 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=4.667;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:913,99,0 chrX 207695 . T A 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=22.11;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1890,201,0 chrX 208377 . G A 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=20.54;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1019,108,0 chrX 208398 . T C 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=18.96;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1095,120,0 chrX 208641 . C T 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=21.71;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1314,144,0 chrX 209220 . T C 1859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.24;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1892,210,0 chrX 209321 . T A 2947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=25.63;ReadPosRankSum=1.702;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:2980,315,0 chrX 209759 . G A 2885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.690e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:148:99:2918,312,0 chrX 209763 . T C 2852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=18.40;SB=-1.868e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:2885,327,0 chrX 209814 . C T 3328.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:3328,354,0 chrX 209866 . A G 3632.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=182;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=19.96;ReadPosRankSum=2.906;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,179:182:99:3632,399,0 chrX 209880 . A T 3534.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.335;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=20.91;ReadPosRankSum=3.408;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,165:169:99:3534,369,0 chrX 209951 . C T 3352.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3352,351,0 chrX 210345 . C A 1384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.97;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1417,150,0 chrX 210526 . C A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.61;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1043,111,0 chrX 210759 . G C 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=20.35;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:847,93,0 chrX 210824 . T A 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=18.07;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1063,114,0 chrX 211009 . A C 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.22;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1408,153,0 chrX 211301 . G A 3348.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.25;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:144:99:3348,351,0 chrX 211343 . T C 2733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.416e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:124:99:2766,303,0 chrX 211638 . A T 2525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=18.17;ReadPosRankSum=2.377;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:139:99:2558,273,0 chrX 211845 . C A 2636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.92;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:126:99:2669,297,0 chrX 212117 . G A 2804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.47;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:2837,300,0 chrX 212471 . C T 2569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.07;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:128:99:2602,285,0 chrX 213175 . T C 1596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=87;Dels=0.00;FS=8.240;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=18.34;ReadPosRankSum=2.393;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:1629,180,0 chrX 213431 . G A 2288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.79;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:2321,249,0 chrX 213641 . C T 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=20.94;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1813,189,0 chrX 213827 . C T 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=19.03;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:111:99:2145,225,0 chrX 213944 . C T 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=23.40;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1554,168,0 chrX 214033 . C T 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.82;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1448,156,0 chrX 214163 . A G 1538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=23.30;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1571,174,0 chrX 214698 . A G 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.52;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1453,159,0 chrX 214797 . T C 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=19.32;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1289,138,0 chrX 214997 . G A 2148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2181,228,0 chrX 215069 . C T 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=22.50;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1383,144,0 chrX 215224 . A G 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1951,213,0 chrX 215249 . T C 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=89;Dels=0.00;FS=9.304;HaplotypeScore=3.3412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=20.60;ReadPosRankSum=3.357;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:1866,207,0 chrX 215426 . A G 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=21.35;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1677,189,0 chrX 215480 . G A 1497 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.38;MQ0=0;QD=16.10;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1530,168,0 chrX 215481 . G A 1548 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=17.01;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1581,165,0 chrX 215482 . T C 1485 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=16.32;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1518,165,0 chrX 215637 . A G 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=20.53;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2148,237,0 chrX 215948 . G A 2486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=21.25;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2519,267,0 chrX 215951 . G A 2508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=21.44;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2541,264,0 chrX 215960 . C T 2452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=19.62;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2485,261,0 chrX 216038 . C T 2148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=16.27;SB=-1.442e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2181,234,0 chrX 216132 . A C 4175.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.32;SB=-2.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:179:99:4175,465,0 chrX 216313 . G A 2349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=21.35;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2382,255,0 chrX 216509 . A G 2475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=19.80;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2508,276,0 chrX 217028 . C T 2181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=17.17;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2214,237,0 chrX 217367 . T C 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.32;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1293,141,0 chrX 218068 . A G 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=22.50;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:933,102,0 chrX 218107 . G A 525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;QD=15.00;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:558,60,0 chrX 218143 . A G 689 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=17.67;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:722,78,0 chrX 218146 . T C 678 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.955;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:78:711,78,0 chrX 218152 . C T 686 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.05;MQ0=0;QD=18.54;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:719,78,0 chrX 218206 . T C 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=14.62;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:39:66:603,66,0 chrX 218293 . C T 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=17.67;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:96:846,96,0 chrX 218308 . G T 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=16.29;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:45:84:766,84,0 chrX 218340 . G A 590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=16.39;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66:623,66,0 chrX 218503 . G A 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=21.18;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:986,105,0 chrX 218719 . G A 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=14.53;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:527,57,0 chrX 218728 . G A 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=15.29;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:60:568,60,0 chrX 218964 . A G 718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=41;Dels=0.00;FS=3.096;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.391;QD=17.51;ReadPosRankSum=2.330;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:84:751,84,0 chrX 219051 . T C 518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=23;Dels=0.00;FS=5.166;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=22.52;ReadPosRankSum=1.583;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:60:551,60,0 chrX 219066 . T C 458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=19.91;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:491,54,0 chrX 219267 . G A 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1045,111,0 chrX 219324 . T C 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=35;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:60:541,60,0 chrX 219354 . A C 600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:633,69,0 chrX 219419 . C T 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.74;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:593,63,0 chrX 219452 . C T 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.54;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:822,87,0 chrX 219542 . T C 1575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=19.94;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1608,174,0 chrX 219727 . T C 695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.028;QD=16.95;ReadPosRankSum=2.149;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:81:728,81,0 chrX 219735 . A G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=13.82;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:72:641,72,0 chrX 219914 . G A 3022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.90;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3055,360,0 chrX 219997 . T C 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=13.62;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:932,105,0 chrX 220326 . C A 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=21.25;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1159,123,0 chrX 220333 . G C 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=20.60;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1125,126,0 chrX 220447 . A G 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;QD=19.06;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:967,102,0 chrX 220448 . A G 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.398;QD=18.12;ReadPosRankSum=2.732;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:921,102,0 chrX 220459 . C A 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.25;MQ0=0;QD=19.10;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:835,90,0 chrX 220469 . A T 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=18.95;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:84:772,84,0 chrX 220502 . T C 400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=16.00;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:433,48,0 chrX 220527 . T A 412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=18.73;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:445,45,0 chrX 220622 . G C 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.34;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:69:620,69,0 chrX 220711 . A G 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=13.81;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:60:530,60,0 chrX 220733 . G T 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=14.02;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:63:594,63,0 chrX 220756 . T A 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=14.07;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:90:793,90,0 chrX 220988 . T A 1682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=23.69;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1715,180,0 chrX 221757 . C T 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.50;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1409,153,0 chrX 222067 . T G 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.75;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:52:99:1060,114,0 chrX 222216 . T C 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=22.52;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1294,141,0 chrX 222376 . T C 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=61;Dels=0.00;FS=9.110;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=18.77;ReadPosRankSum=2.325;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:61:99:1178,129,0 chrX 222564 . C T 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=23.62;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1781,186,0 chrX 223145 . A G 2376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.48;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2409,264,0 chrX 223295 . T C 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=16.71;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1336,144,0 chrX 223465 . C T 4688.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=24.80;SB=-1.677e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:189:99:4688,493,0 chrX 223746 . C T 2594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=21.62;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2627,276,0 chrX 225118 . G A 1378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=18.62;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1411,150,0 chrX 225521 . A G 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.68;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:840,93,0 chrX 225601 . A G 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.03;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1443,159,0 chrX 225658 . T C 2489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=21.09;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:118:99:2522,279,0 chrX 225914 . T C 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=17.87;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:96:891,96,0 chrX 226023 . G A 3867.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.75;SB=-2.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:170:99:3867,411,0 chrX 226353 . T C 2549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=111;Dels=0.00;FS=4.543;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=22.96;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2582,285,0 chrX 226665 . C T 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=20.64;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1478,165,0 chrX 226843 . T C 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.22;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1366,150,0 chrX 226899 . A G 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=19.28;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:39:87:785,87,0 chrX 227070 . A G 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=17.16;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1080,117,0 chrX 227303 . A T 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.74;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1079,114,0 chrX 227829 . T C 1615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=19.94;ReadPosRankSum=1.689;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1648,180,0 chrX 227961 . C T 2615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=23.35;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2648,282,0 chrX 228001 . G C 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=22.85;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1838,207,0 chrX 228198 . T C 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.81;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1630,177,0 chrX 228529 . T G 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=22.09;ReadPosRankSum=1.491;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:983,105,0 chrX 228720 . T C 423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.51;MQ0=0;QD=15.11;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:51:456,51,0 chrX 228732 . A G 380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.10;MQ0=0;QD=14.62;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:413,45,0 chrX 228740 . T C 352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=14.08;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:42:385,42,0 chrX 228756 . A G 334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=13.36;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:39:367,39,0 chrX 228773 . C T 410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.72;MQ0=0;QD=15.19;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:48:443,48,0 chrX 228793 . A T 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=14.75;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:505,57,0 chrX 228945 . A G 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.95;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1525,171,0 chrX 228996 . T A 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=23.27;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:894,90,0 chrX 229006 . T A 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:878,93,0 chrX 229200 . A G 2291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=23.86;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2324,258,0 chrX 229400 . A G 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=19.27;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2037,222,0 chrX 229414 . T C 2292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=19.59;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2325,255,0 chrX 229445 . T C 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2115,231,0 chrX 229688 . T C 2484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=112;Dels=0.00;FS=5.721;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=22.18;ReadPosRankSum=1.701;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2517,273,0 chrX 229742 . T G 2074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=102;Dels=0.00;FS=6.531;HaplotypeScore=4.8172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=20.33;ReadPosRankSum=2.871;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:102:99:2107,228,0 chrX 229979 . A T 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.97;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1567,168,0 chrX 230024 . G A 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=23.08;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1464,159,0 chrX 230069 . T C 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=19.14;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:96:875,96,0 chrX 230084 . G A 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=17.69;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1077,117,0 chrX 230256 . T G 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=16.77;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:84:754,84,0 chrX 230257 . C T 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=17.26;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:758,81,0 chrX 230372 . C T 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.66;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1190,126,0 chrX 230438 . A G 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=22.59;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1976,213,0 chrX 230464 . G C 2200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2233,240,0 chrX 230470 . T C 2209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=22.31;ReadPosRankSum=1.662;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2242,240,0 chrX 230666 . C T 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=21.42;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1297,135,0 chrX 230768 . G A 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.97;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1373,144,0 chrX 230867 . T C 2267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=119;Dels=0.00;FS=5.768;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.703;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:119:99:2300,255,0 chrX 231314 . A G 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.68;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1779,195,0 chrX 231417 . T G 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=18.58;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:962,105,0 chrX 231423 . T A 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=16.69;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:901,99,0 chrX 231610 . C A 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.04;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:84:800,84,0 chrX 231816 . G A 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=24.31;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1443,153,0 chrX 232272 . T C 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=16.59;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:66:597,66,0 chrX 232348 . T C 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.64;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1230,138,0 chrX 232467 . C T 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.14;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1676,180,0 chrX 232656 . A G 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=19.47;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1240,138,0 chrX 232663 . G A 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=15.15;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1154,129,0 chrX 233083 . C T 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=21.02;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1736,180,0 chrX 233256 . C T 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=22.08;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1137,120,0 chrX 233261 . C T 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.20;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1199,126,0 chrX 233289 . A G 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.679;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:67:99:1310,144,0 chrX 233469 . C T 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=20.20;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1811,198,0 chrX 233472 . G A 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=18.40;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1579,177,0 chrX 233503 . C T 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=18.47;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1640,171,0 chrX 233575 . A T 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=18.74;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1495,168,0 chrX 233724 . C G 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1266,144,0 chrX 233808 . T C 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=19.96;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2288,258,0 chrX 233923 . G A 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.42;MQ0=0;QD=20.94;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1059,111,0 chrX 233924 . A C 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=19.47;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1026,111,0 chrX 233961 . G T 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=17.27;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:793,84,0 chrX 234213 . A G 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=17.87;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1623,180,0 chrX 234309 . G A 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=23.48;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1747,186,0 chrX 234413 . T C 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=23.22;ReadPosRankSum=1.674;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1403,153,0 chrX 234635 . C A 2355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.86;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2388,255,0 chrX 234824 . G A 2429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=22.92;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2462,273,0 chrX 235091 . G A 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.58;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1597,168,0 chrX 235232 . G A 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=16.92;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1843,198,0 chrX 235235 . A G 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=16.67;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:1817,201,0 chrX 235355 . T C 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=20.73;ReadPosRankSum=1.654;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:945,102,0 chrX 235362 . G T 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=23.02;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:977,105,0 chrX 235475 . T C 481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=5.315;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.325;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:57:514,57,0 chrX 235604 . A C 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=18.90;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1016,108,0 chrX 235976 . G C 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.82;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1274,141,0 chrX 236075 . G A 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=16.94;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:643,69,0 chrX 236081 . A G 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=15.41;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:603,69,0 chrX 236172 . T A 511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.22;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:60:544,60,0 chrX 236421 . T C 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=19.35;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1097,123,0 chrX 236523 . G A 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=20.03;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:674,72,0 chrX 236615 . C A 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=26.22;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1344,141,0 chrX 236829 . G A 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=21.12;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:899,96,0 chrX 236856 . C T 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=16.49;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:643,72,0 chrX 236901 . T A 272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=29;Dels=0.00;FS=3.485;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.614;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:33:305,33,0 chrX 236905 . A G 231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:30:264,30,0 chrX 236912 . A G 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=12.60;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:45:411,45,0 chrX 236974 . T C 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=17.96;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:931,105,0 chrX 237017 . A C 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.30;MQ0=0;QD=16.36;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1080,120,0 chrX 237020 . G A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=16.55;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1125,120,0 chrX 237032 . G C 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;QD=16.54;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:959,105,0 chrX 237035 . T G 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=16.54;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:976,108,0 chrX 237784 . G A 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.24;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:707,75,0 chrX 239145 . C T 2008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=18.59;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:108:99:2041,225,0 chrX 239198 . A G 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=3.906;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=20.32;ReadPosRankSum=1.674;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1232,135,0 chrX 239199 . A C 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=21.05;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1254,135,0 chrX 239361 . C T 2723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=24.75;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2756,300,0 chrX 240082 . C A 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=21.95;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1306,141,0 chrX 240556 . C T 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=18.88;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1468,159,0 chrX 240623 . G A 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=19.88;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:1981,216,0 chrX 240983 . T A 2285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.16;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2318,246,0 chrX 241554 . A G 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.01;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1530,171,0 chrX 241715 . G A 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=20.67;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1521,162,0 chrX 242162 . T C 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1114,123,0 chrX 242169 . G A 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=20.46;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1240,132,0 chrX 242557 . A C 2071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=22.76;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2104,237,0 chrX 242684 . G A 2253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.331e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2286,243,0 chrX 242776 . G A 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=19.52;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:970,102,0 chrX 242936 . A G 2640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=23.16;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:2673,291,0 chrX 243812 . C A 2985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.14;SB=-1.574e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:129:99:3018,318,0 chrX 243941 . A G 2378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2411,273,0 chrX 244181 . C T 3128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3161,342,0 chrX 244406 . C T 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=22.67;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1756,192,0 chrX 244474 . G A 1880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.93;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1913,207,0 chrX 244531 . G A 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1543,165,0 chrX 244609 . G A 1378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=19.14;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1411,150,0 chrX 244637 . T C 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=18.99;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1514,168,0 chrX 244650 . A G 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=18.39;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1412,156,0 chrX 244689 . G A 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=19.24;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1630,171,0 chrX 244726 . A G 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=22.74;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1238,135,0 chrX 245030 . A G 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=18.08;ReadPosRankSum=2.321;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:78:720,78,0 chrX 245037 . G A 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;QD=18.15;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:69:650,69,0 chrX 245229 . A C 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=17.52;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1172,129,0 chrX 245341 . G A 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;QD=14.17;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:78:713,78,0 chrX 245368 . C A 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=18.65;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:947,99,0 chrX 245399 . T A 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=18.19;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:979,102,0 chrX 245416 . T G 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=14.21;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:72:644,72,0 chrX 245436 . T C 231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=11.55;SB=-2.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:30:264,30,0 chrX 245568 . C T 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.87;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1131,120,0 chrX 245734 . T C 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=19.89;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1127,126,0 chrX 245918 . C T 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=17.81;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1369,144,0 chrX 246253 . G A 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=21.17;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:795,84,0 chrX 246266 . G A 483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=11.23;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:57:516,57,0 chrX 246303 . G T 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=20.58;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1412,147,0 chrX 246321 . C T 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=18.41;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1635,174,0 chrX 246407 . G A 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=21.28;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1161,132,0 chrX 246420 . C T 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=21.03;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:811,84,0 chrX 246451 . C G 442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=17.00;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:475,51,0 chrX 246591 . C T 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1951,213,0 chrX 246614 . C G 2442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.526e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2475,276,0 chrX 246652 . C T 2798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=19.16;SB=-1.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:2831,300,0 chrX 247029 . A G 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.997;DP=95;Dels=0.00;FS=28.726;HaplotypeScore=10.1758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=2.474;QD=19.96;ReadPosRankSum=5.463;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:95:99:1929,216,0 chrX 247088 . C T 1861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=22.70;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1894,198,0 chrX 247175 . A T 262.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=132;Dels=0.00;FS=24.602;HaplotypeScore=41.4214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=1.99;ReadPosRankSum=3.880;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,111:132:22:295,22,0 chrX 247233 . A G 1985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=19.46;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:2018,225,0 chrX 247320 . T A 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.47;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:773,81,0 chrX 247356 . A G 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=21.42;ReadPosRankSum=1.674;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1297,141,0 chrX 247484 . T C 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=20.98;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1313,144,0 chrX 247487 . T C 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=21.87;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1345,144,0 chrX 247585 . G A 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=16.36;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1080,120,0 chrX 247668 . G A 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=22.04;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1069,114,0 chrX 247938 . T G 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=21.98;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1044,117,0 chrX 248169 . A G 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=23.16;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1816,198,0 chrX 248312 . G A 554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=13.51;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:63:587,63,0 chrX 248378 . G C 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.66;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1358,150,0 chrX 248957 . G A 2308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2341,249,0 chrX 249076 . G A 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.66;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:58:99:1347,144,0 chrX 249343 . G A 997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.955;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1030,114,0 chrX 249801 . G A 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=19.15;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:952,102,0 chrX 249923 . T C 691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.72;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:724,78,0 chrX 249990 . A G 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=16.50;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:792,87,0 chrX 250151 . T C 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=18.72;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:501,57,0 chrX 250158 . C T 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=19.03;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:585,66,0 chrX 250174 . G A 589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=20.31;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:63:622,63,0 chrX 250241 . A G 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.94;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1101,123,0 chrX 251191 . C G 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:87:802,87,0 chrX 252111 . C T 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=19.04;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2203,246,0 chrX 252564 . T C 2429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.54;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2462,279,0 chrX 252640 . G C 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=23.20;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:2167,237,0 chrX 254075 . A G 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=21.58;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1932,210,0 chrX 254247 . T C 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=3.126;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.687;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1687,186,0 chrX 254540 . G A 2607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=23.49;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2640,288,0 chrX 254626 . G C 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=15.77;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1074,120,0 chrX 254631 . A G 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=13.07;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1013,111,0 chrX 255496 . C A 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=18.26;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:672,72,0 chrX 255752 . C T 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.04;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1376,147,0 chrX 256372 . T C 3478.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=22.44;SB=-1.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3478,387,0 chrX 256404 . C T 2839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=20.42;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:139:99:2872,318,0 chrX 256883 . C A 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=19.65;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1723,195,0 chrX 256957 . A G 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=17.27;SB=-1.518e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2175,237,0 chrX 256964 . A T 2315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=17.81;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.533e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:130:99:2348,258,0 chrX 256990 . G A 3024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=16.17;SB=-1.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:187:99:3057,336,0 chrX 257035 . G A 3280.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.872e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:3280,354,0 chrX 257102 . G A 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=22.91;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1293,138,0 chrX 257134 . T G 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.69;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1096,117,0 chrX 257445 . G T 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=21.19;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1495,159,0 chrX 257783 . A C 2152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=23.39;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:2185,240,0 chrX 258022 . T A 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=18.99;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1780,204,0 chrX 258025 . T C 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=21.30;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1993,219,0 chrX 258142 . G A 1505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=17.30;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1538,162,0 chrX 258292 . G T 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.65;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1392,147,0 chrX 258301 . T C 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=21.99;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1550,165,0 chrX 258370 . A G 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=18.60;ReadPosRankSum=1.695;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1763,198,0 chrX 259162 . A C 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=17.21;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1031,114,0 chrX 259182 . C T 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.94;MQ0=0;QD=13.75;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:93:858,93,0 chrX 259194 . C A 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=14.07;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:87:849,87,0 chrX 259357 . G A 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=21.07;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1508,162,0 chrX 259504 . G A 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=23.61;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:2134,225,0 chrX 259898 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=97;Dels=0.00;FS=4.294;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:707,0,941 chrX 260037 . C A 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=22.40;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:929,99,0 chrX 260294 . T C 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=19.27;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1016,111,0 chrX 260320 . T C 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=16.10;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:75:693,75,0 chrX 260357 . G C 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=21.21;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:754,81,0 chrX 260440 . G A 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=18.46;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:956,102,0 chrX 260627 . A T 1855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=22.35;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1888,201,0 chrX 260920 . C T 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.03;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1475,165,0 chrX 261296 . C A 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.07;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1044,111,0 chrX 261413 . A G 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.00;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1206,132,0 chrX 261474 . C G 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.50;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1113,123,0 chrX 261812 . A G 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=17.29;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1001,114,0 chrX 261829 . G A 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=18.62;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1243,132,0 chrX 261902 . C T 2104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=22.38;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2137,234,0 chrX 262115 . A G 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=20.37;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1316,144,0 chrX 262236 . G A 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.29;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2001,231,0 chrX 262403 . A T 2874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=24.15;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2907,312,0 chrX 262565 . T C 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.45;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1771,195,0 chrX 262898 . A G 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=20.14;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1423,153,0 chrX 263201 . A G 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=23.18;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1563,168,0 chrX 263508 . C T 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=21.26;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2010,219,0 chrX 263528 . G A 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=17.47;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:1763,192,0 chrX 263540 . C A 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=16.70;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1536,171,0 chrX 263687 . G A 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=24.12;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1890,204,0 chrX 263723 . G T 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.304;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:1961,213,0 chrX 263732 . A G 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=16.91;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:1825,204,0 chrX 263741 . A G 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=97;Dels=0.00;FS=3.635;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.375;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:1765,195,0 chrX 263882 . A C 1979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.598;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:2012,219,0 chrX 264087 . T C 2375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=115;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=20.65;ReadPosRankSum=1.642;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:2408,267,0 chrX 264194 . T C 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=18.24;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1018,114,0 chrX 264272 . C T 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=22.36;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2068,222,0 chrX 264413 . T C 1655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=79;Dels=0.00;FS=3.178;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=20.95;ReadPosRankSum=1.688;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1688,189,0 chrX 264671 . G A 2513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.30;SB=-1.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2546,273,0 chrX 264773 . C A 2497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.408e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2530,267,0 chrX 264790 . A G 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=18.96;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2175,243,0 chrX 265229 . A G 3487.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=25.83;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3487,381,0 chrX 265353 . A G 3789.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=23.25;ReadPosRankSum=1.711;SB=-1.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,162:163:99:3789,423,0 chrX 265456 . A T 3792.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=20.50;ReadPosRankSum=1.713;SB=-2.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,183:185:99:3792,405,0 chrX 265464 . G A 3477.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1.991e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:174:99:3477,387,0 chrX 265530 . A G 3037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=20.80;SB=-1.694e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3070,330,0 chrX 265828 . C T 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=17.47;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1186,126,0 chrX 266123 . T C 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=24.28;ReadPosRankSum=1.663;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1247,135,0 chrX 266229 . A T 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=21.08;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1403,147,0 chrX 266273 . C T 1190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=19.51;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1223,132,0 chrX 266570 . T C 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.98;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1182,132,0 chrX 266638 . C A 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=24.95;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1405,150,0 chrX 266741 . T A 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.63;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:682,75,0 chrX 266987 . T A 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.145;DP=58;Dels=0.00;FS=9.475;HaplotypeScore=4.6547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=16.34;ReadPosRankSum=2.010;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:981,114,0 chrX 267355 . A C 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:49:99:1056,117,0 chrX 267697 . G C 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=22.00;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1463,162,0 chrX 267848 . A C 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.373;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:85:99:1877,201,0 chrX 267890 . G A 1799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=20.68;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1832,204,0 chrX 267900 . A T 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=21.34;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1932,210,0 chrX 267977 . A G 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1878,207,0 chrX 268004 . C T 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.78;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1950,201,0 chrX 268091 . A G 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=18.43;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1397,153,0 chrX 268286 . G A 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=21.69;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1356,144,0 chrX 269086 . T C 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=21.93;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1546,174,0 chrX 269458 . G T 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=19.68;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1627,177,0 chrX 269482 . G A 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.26;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:1766,189,0 chrX 269821 . C T 2525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:138:99:2558,270,0 chrX 269832 . T C 2675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=18.58;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:144:99:2708,297,0 chrX 269967 . C T 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=20.97;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1501,162,0 chrX 269989 . G A 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=22.35;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1240,132,0 chrX 270011 . T C 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=19.21;ReadPosRankSum=2.165;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1032,114,0 chrX 270695 . C G 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=20.24;ReadPosRankSum=1.462;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:78:99:1612,177,0 chrX 270705 . A G 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=18.84;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1427,159,0 chrX 270752 . A G 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=20.74;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1775,195,0 chrX 271346 . G A 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=17.96;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1254,135,0 chrX 271477 . T C 1926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.40;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1959,219,0 chrX 272069 . T C 594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=18.56;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:32:69:627,69,0 chrX 272123 . A G 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=23.32;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:919,102,0 chrX 272177 . C T 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=22.69;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1349,141,0 chrX 272191 . T C 1259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:61:99:1292,141,0 chrX 272315 . A G 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=19.33;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1753,195,0 chrX 272381 . A G 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=18.34;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:86:950,86,0 chrX 272439 . T C 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=18.74;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:745,81,0 chrX 272756 . A G 1478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=22.39;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1511,165,0 chrX 272958 . T C 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=90;Dels=0.00;FS=3.366;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=21.42;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:90:99:1961,213,0 chrX 273302 . T C 2222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=23.89;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2255,249,0 chrX 275124 . A G 1854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=20.15;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:1887,213,0 chrX 275495 . C T 3179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=134;Dels=0.00;FS=3.385;HaplotypeScore=9.1259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.367;QD=23.72;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-1.592e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:134:99:3212,339,0 chrX 275537 . T C 2449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=22.89;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2482,270,0 chrX 275542 . C T 2412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=23.65;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2445,258,0 chrX 275588 . C T 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=19.61;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1602,171,0 chrX 275597 . T C 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=67;Dels=0.00;FS=6.301;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=17.82;ReadPosRankSum=1.678;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:67:99:1227,138,0 chrX 276355 . T C 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=21.48;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1107,126,0 chrX 276470 . C T 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=20.31;SB=-1.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2145,225,0 chrX 276481 . C T 2125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=19.32;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:110:99:2158,228,0 chrX 276572 . G A 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=19.08;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1426,159,0 chrX 276704 . T C 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=20.06;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1116,123,0 chrX 277220 . G T 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=16.84;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:976,105,0 chrX 277465 . C T 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=18.51;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:903,102,0 chrX 277623 . T C 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.182;DP=46;Dels=0.00;FS=2.973;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=17.17;ReadPosRankSum=2.128;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:90:823,90,0 chrX 277760 . C T 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=22.42;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:997,105,0 chrX 278411 . T C 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.23;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1334,141,0 chrX 278676 . G A 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=22.88;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1337,141,0 chrX 279101 . A G 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=23.41;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:93:829,93,0 chrX 279200 . T C 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.38;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:682,75,0 chrX 279207 . A G 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:718,78,0 chrX 279703 . G A 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:75:697,75,0 chrX 280016 . C A 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=20.30;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:987,114,0 chrX 281003 . T C 2493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=17.56;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:2526,276,0 chrX 281006 . C A 2701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=17.89;SB=-1.324e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2734,291,0 chrX 281056 . T C 3663.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.290;DP=185;Dels=0.00;FS=13.268;HaplotypeScore=7.9145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=19.80;ReadPosRankSum=3.394;SB=-2.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,181:185:99:3663,402,0 chrX 281289 . G A 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.73;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1488,159,0 chrX 281583 . T C 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=20.96;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1207,135,0 chrX 281676 . T C 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.42;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:641,72,0 chrX 282456 . C T 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=23.25;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1056,114,0 chrX 282525 . T C 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=55;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=19.78;ReadPosRankSum=2.868;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:55:99:1121,123,0 chrX 282699 . G A 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=18.29;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1094,114,0 chrX 282729 . T C 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=19.64;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:956,105,0 chrX 283218 . G A 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=22.06;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1136,117,0 chrX 283478 . T G 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=13.02;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:84:762,84,0 chrX 283526 . C T 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=16.85;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1229,129,0 chrX 283542 . T C 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=16.60;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1195,132,0 chrX 283605 . C G 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=22.20;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2053,234,0 chrX 284198 . A G 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.61;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:811,90,0 chrX 284309 . C T 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.94;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:715,75,0 chrX 284561 . C T 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=18.81;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:96:917,96,0 chrX 284933 . G A 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=21.93;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:976,105,0 chrX 285038 . A G 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.695;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1948,210,0 chrX 285059 . C A 1936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.17;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:1969,213,0 chrX 285086 . A G 1880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=18.99;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:99:99:1913,213,0 chrX 285278 . G A 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=16.96;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1169,141,0 chrX 285553 . C T 2131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=21.53;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2164,234,0 chrX 285555 . T C 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=20.11;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:1964,222,0 chrX 285967 . G T 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=17.06;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:90:852,90,0 chrX 286028 . A G 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=19.07;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:63:567,63,0 chrX 286349 . T C 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.55;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:711,78,0 chrX 286446 . C T 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=22.53;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1092,114,0 chrX 286569 . T A 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.679;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1378,156,0 chrX 286743 . C T 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=18.05;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:701,75,0 chrX 287040 . A G 623 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=16.39;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:656,72,0 chrX 287043 . A G 570 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=14.62;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:66:603,66,0 chrX 287049 . A G 552 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=15.77;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:585,63,0 chrX 287517 . A G 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.69;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1551,171,0 chrX 287718 . G A 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=20.89;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1224,141,0 chrX 287921 . A G 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=15.65;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1379,153,0 chrX 288142 . T C 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.299;DP=49;Dels=0.00;FS=7.068;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=19.94;ReadPosRankSum=2.350;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:1010,111,0 chrX 288305 . T G 1326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=22.47;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1359,150,0 chrX 288319 . A G 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.45;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1363,150,0 chrX 288454 . T C 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=21.02;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1231,132,0 chrX 288609 . G A 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=19.79;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1438,153,0 chrX 289825 . A T 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=25.22;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1496,159,0 chrX 289892 . C G 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=21.13;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1005,117,0 chrX 290358 . A G 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=17.23;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:567,63,0 chrX 290364 . G T 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=14.03;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:51:454,51,0 chrX 290444 . A G 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.25;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:968,105,0 chrX 290515 . A G 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=18.13;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:849,96,0 chrX 290520 . G A 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=18.85;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:938,99,0 chrX 290542 . G A 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=15.45;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:72:682,72,0 chrX 290883 . G A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=22.22;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1433,153,0 chrX 290969 . A G 2163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=108;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=20.03;ReadPosRankSum=2.290;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,106:108:99:2196,243,0 chrX 290972 . A G 2265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=20.78;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2298,249,0 chrX 291073 . A G 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=65;Dels=0.02;FS=4.260;HaplotypeScore=6.6104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=21.54;ReadPosRankSum=1.570;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1433,159,0 chrX 291165 . T C 450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=14.06;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:54:483,54,0 chrX 291229 . G C 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1113,120,0 chrX 291251 . T A 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=17.28;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1225,109,0 chrX 291405 . G A 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=19.67;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:938,99,0 chrX 291438 . A G 576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=16.94;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:609,66,0 chrX 291807 . A G 547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.26;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:580,66,0 chrX 291846 . T C 396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=15.23;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:48:429,48,0 chrX 291863 . T A 299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=18.69;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:332,36,0 chrX 291915 . G T 178.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=11.13;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:24:211,24,0 chrX 291927 . G A 206.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=10.30;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:27:239,27,0 chrX 291961 . G A 79.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;QD=4.18;SB=-1.365e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:12:112,12,0 chrX 291966 . G T 98.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;QD=5.17;SB=-1.553e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:15:131,15,0 chrX 292518 . A C 317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=11.74;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:350,39,0 chrX 292545 . A G 333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.131;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:39:366,39,0 chrX 292616 . T C 150.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=13.64;SB=-7.794e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21:183,21,0 chrX 292672 . A G 290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=19.33;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:323,36,0 chrX 292752 . A T 387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=20.37;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:420,45,0 chrX 292848 . T A 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=22.48;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:685,72,0 chrX 292851 . T C 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=19.28;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:592,66,0 chrX 292930 . T C 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=24.37;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:69:618,69,0 chrX 292958 . T C 503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.95;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60:536,60,0 chrX 293118 . A T 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=32;Dels=0.00;FS=5.994;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=0.33;ReadPosRankSum=-1.972;SB=-1.389e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:40:40,0,120 chrX 293121 . G A 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=34;Dels=0.00;FS=6.349;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.778;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:34:47:47,0,159 chrX 293133 . G A 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=35;Dels=0.00;FS=6.447;HaplotypeScore=3.1744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.063;QD=2.09;ReadPosRankSum=3.487;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,25:35:99:103,0,150 chrX 293142 . C A 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=35;Dels=0.00;FS=6.568;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=2.83;ReadPosRankSum=-4.020;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:96:129,0,96 chrX 293571 . G A 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=18.42;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:862,96,0 chrX 294296 . G A 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=22.04;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:628,66,0 chrX 294333 . T C 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.88;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:524,57,0 chrX 294549 . T G 460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;QD=12.11;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:57:493,57,0 chrX 294578 . A T 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=17.70;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:688,75,0 chrX 294711 . C A 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=18.41;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1248,144,0 chrX 294820 . G A 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=15.94;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:527,57,0 chrX 294826 . G A 384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=31;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=12.39;ReadPosRankSum=2.281;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:48:417,48,0 chrX 294947 . G T 2495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2528,270,0 chrX 294973 . G A 2180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=20.37;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2213,243,0 chrX 294982 . G C 2289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2322,258,0 chrX 295055 . T C 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=20.40;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1522,171,0 chrX 295121 . T G 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=20.09;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1198,132,0 chrX 295148 . C T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=21.02;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:52:99:1126,117,0 chrX 295184 . C T 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=20.22;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:963,102,0 chrX 296106 . A T 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=19.37;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:498,54,0 chrX 296447 . A C 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=19.73;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:52:96:1059,96,0 chrX 296619 . C T 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=21.91;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:57:537,57,0 chrX 296872 . T A 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.34;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1737,183,0 chrX 297043 . T C 553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.408;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:63:586,63,0 chrX 297050 . T G 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=16.97;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:593,66,0 chrX 297083 . C T 724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=17.66;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:757,81,0 chrX 297116 . G T 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=14.33;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:75:678,75,0 chrX 297296 . T A 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=22.72;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:760,81,0 chrX 297650 . T C 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.12;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:899,102,0 chrX 297688 . C T 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=23.33;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1153,120,0 chrX 297732 . T G 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=24.15;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1337,144,0 chrX 297800 . G A 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.38;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1833,195,0 chrX 297848 . A C 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.49;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1748,195,0 chrX 297976 . C T 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=19.31;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1230,132,0 chrX 297985 . A T 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=18.35;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1244,138,0 chrX 298390 . C A 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=20.12;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1079,114,0 chrX 298531 . A G 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.68;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1167,123,0 chrX 298682 . T G 349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=17.45;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:42:382,42,0 chrX 298833 . G T 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=13.85;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:96:850,96,0 chrX 298915 . C T 301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.15;SB=-7.699e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:334,36,0 chrX 299141 . T C 1635 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=26.37;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1668,186,0 chrX 299757 . A G 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.05;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:995,108,0 chrX 299820 . T C 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=21.80;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1254,114,0 chrX 299874 . C T 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=20.68;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1398,144,0 chrX 299961 . A G 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=22.90;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1384,156,0 chrX 300158 . T G 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=19.61;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1484,165,0 chrX 300626 . C T 3029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=23.12;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3062,321,0 chrX 300732 . A T 2552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.934;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=23.85;ReadPosRankSum=0.926;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:2585,257,0 chrX 300813 . C T 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=19.32;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1540,165,0 chrX 300846 . T C 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1914,210,0 chrX 301020 . T C 2565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.942;DP=120;Dels=0.00;FS=10.057;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=21.37;ReadPosRankSum=2.908;SB=-1.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:120:99:2598,288,0 chrX 301035 . G T 2519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=21.72;SB=-1.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2552,270,0 chrX 301062 . T C 2689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.391;DP=131;Dels=0.00;FS=8.462;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=20.53;ReadPosRankSum=3.391;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:131:99:2722,300,0 chrX 301233 . T C 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=18.84;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1672,186,0 chrX 301479 . T C 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=19.72;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1512,171,0 chrX 301512 . A G 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=74;Dels=0.00;FS=2.756;HaplotypeScore=2.4612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.050;QD=17.22;ReadPosRankSum=2.383;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1307,144,0 chrX 301515 . T C 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=17.80;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1350,147,0 chrX 301759 . T C 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=20.99;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1628,174,0 chrX 301847 . T C 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=60;Dels=0.00;FS=3.065;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=20.77;ReadPosRankSum=2.368;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1279,141,0 chrX 301867 . T C 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=19.14;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1124,123,0 chrX 302097 . A G 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=96;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=19.60;ReadPosRankSum=1.696;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1915,216,0 chrX 302882 . G A 1890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=21.24;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1923,201,0 chrX 302885 . C T 1757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=19.31;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1790,189,0 chrX 302979 . T C 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=22.82;ReadPosRankSum=1.663;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1174,126,0 chrX 303071 . A G 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=23.41;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1063,117,0 chrX 303269 . A G 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=21.20;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1072,117,0 chrX 303316 . C A 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=20.27;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1026,108,0 chrX 303495 . T C 1923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=24.34;ReadPosRankSum=1.687;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:79:99:1956,213,0 chrX 303556 . G A 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.79;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1478,174,0 chrX 303606 . G A 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.17;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1516,162,0 chrX 304829 . G C 2578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2611,288,0 chrX 305004 . A G 1058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.24;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1091,120,0 chrX 305977 . G T 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=24.35;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:2054,219,0 chrX 308216 . T G 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1281,144,0 chrX 308673 . T C 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.96;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1109,123,0 chrX 309327 . C T 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=19.67;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1567,174,0 chrX 309343 . A G 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=20.24;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1389,153,0 chrX 309348 . T G 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=20.07;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1378,150,0 chrX 309768 . C T 2119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2152,231,0 chrX 310155 . T C 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.91;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1455,165,0 chrX 310656 . T C 1514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.60;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1547,171,0 chrX 310843 . C T 3542.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=25.48;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:139:99:3542,372,0 chrX 310994 . C T 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=20.79;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1509,162,0 chrX 311045 . G A 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=19.41;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1275,135,0 chrX 311117 . C T 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.85;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1826,204,0 chrX 311627 . A C 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=23.41;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1508,162,0 chrX 311658 . G A 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=17.33;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1038,111,0 chrX 311660 . C T 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=17.34;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1039,111,0 chrX 311840 . G A 3639.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=27.36;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3639,384,0 chrX 311915 . T C 2252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2285,252,0 chrX 312119 . G A 3156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=19.97;SB=-1.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:158:99:3189,345,0 chrX 312305 . T A 1716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=20.19;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1749,186,0 chrX 312403 . T C 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.866;DP=73;Dels=0.00;FS=15.676;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=19.71;ReadPosRankSum=4.027;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,67:73:99:1472,162,0 chrX 312482 . T G 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.54;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1864,204,0 chrX 312940 . T G 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.93;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2143,240,0 chrX 313030 . A G 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=25.67;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1214,132,0 chrX 313349 . G A 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:865,93,0 chrX 313385 . T C 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=19.09;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:701,75,0 chrX 313409 . A G 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:90:796,90,0 chrX 313669 . C T 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=16.64;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1015,111,0 chrX 313670 . T C 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=16.10;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:983,111,0 chrX 313709 . A T 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=15.12;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84:789,84,0 chrX 313739 . C T 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=13.11;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:54:505,54,0 chrX 313782 . C T 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=18.78;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:634,66,0 chrX 313793 . T C 541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.06;MQ0=0;QD=16.91;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:574,63,0 chrX 313822 . T C 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=4.649;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=13.43;ReadPosRankSum=1.634;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:57:503,57,0 chrX 313829 . G A 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=15.67;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:72:691,72,0 chrX 313850 . G T 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=16.46;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:922,99,0 chrX 314406 . C G 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.60;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1353,147,0 chrX 314438 . A G 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=18.10;ReadPosRankSum=1.684;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1336,147,0 chrX 314471 . G A 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=17.54;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1331,144,0 chrX 314515 . T C 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=18.69;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:51:99:986,111,0 chrX 314996 . T A 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.12;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1811,201,0 chrX 315022 . G A 2226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.68;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2259,237,0 chrX 315237 . T C 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=21.06;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1339,147,0 chrX 315357 . C T 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=20.42;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1993,216,0 chrX 315571 . T C 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=8.846;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.582;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:90:836,90,0 chrX 315714 . T C 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=19.31;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1674,186,0 chrX 316206 . C T 458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.96;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:491,54,0 chrX 316285 . A G 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=21.61;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:746,81,0 chrX 316535 . C T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=27;Dels=0.00;FS=1.462;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=9.15;ReadPosRankSum=-2.751;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:277,0,212 chrX 316571 . G T 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.910;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=1.717;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.524;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:235,0,326 chrX 316590 . T C 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=34;Dels=0.00;FS=7.652;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:311,0,312 chrX 317004 . G A 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=104;Dels=0.00;FS=5.181;HaplotypeScore=2.6812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.083;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,62:104:99:981,0,594 chrX 317225 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;DP=111;Dels=0.00;FS=4.948;HaplotypeScore=13.6768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,39:111:99:534,0,1353 chrX 317287 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;DP=88;Dels=0.00;FS=4.413;HaplotypeScore=10.4017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.892;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,53:88:99:867,0,611 chrX 317989 . C T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;DP=49;Dels=0.00;FS=1.163;HaplotypeScore=2.5939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:49:99:571,0,323 chrX 318429 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=83;Dels=0.00;FS=3.081;HaplotypeScore=10.4650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:83:99:603,0,581 chrX 318543 . C T 1219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.948;DP=107;Dels=0.00;FS=0.746;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.003;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,64:107:99:1249,0,725 chrX 318573 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;DP=62;Dels=0.00;FS=9.093;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:465,0,468 chrX 318721 . T A 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=27;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.157;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:107,0,304 chrX 318723 . C T 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DP=28;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.695;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:116,0,272 chrX 318780 . A C 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DP=72;Dels=0.00;FS=13.360;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=2.055;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:611,0,449 chrX 318863 . C A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;DP=125;Dels=0.00;FS=14.983;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,62:125:99:796,0,1162 chrX 318879 . A G 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=120;Dels=0.00;FS=10.006;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.194;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:120:99:813,0,995 chrX 318887 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.791;DP=104;Dels=0.00;FS=14.769;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:651,0,935 chrX 318923 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.186;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:356,0,683 chrX 319272 . C T 3015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=23.37;SB=-1.504e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:3048,330,0 chrX 319451 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DP=56;Dels=0.00;FS=8.585;HaplotypeScore=5.8669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.516;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:450,0,535 chrX 319805 . G T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.656;DP=107;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=6.3460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:107:99:671,0,766 chrX 320259 . C T 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=20.00;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1653,174,0 chrX 321770 . T C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.547;DP=64;Dels=0.00;FS=5.291;HaplotypeScore=5.9897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:600,0,661 chrX 322175 . T A 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=123;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.386;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:123:99:969,0,1415 chrX 323030 . G A 3478.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=25.57;SB=-1.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:3478,364,0 chrX 323069 . A G 2463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=22.39;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2496,273,0 chrX 323146 . T C 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=21.66;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1766,192,0 chrX 323294 . G A 2669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=20.69;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2702,288,0 chrX 323313 . G A 2592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=20.25;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2625,273,0 chrX 323314 . G A 2504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.79;MQ0=0;QD=19.56;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2537,270,0 chrX 323333 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=158;Dels=0.00;FS=0.598;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.514;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.292;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,69:158:99:725,0,1149 chrX 323341 . C T 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.08;MQ0=0;QD=14.17;SB=-1.778e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:2102,228,0 chrX 323357 . C T 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.54;MQ0=0;QD=14.13;SB=-1.561e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:1884,201,0 chrX 323361 . T C 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.412;DP=132;Dels=0.00;FS=2.876;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=13.24;ReadPosRankSum=2.412;SB=-1.436e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,130:132:99:1781,198,0 chrX 323385 . A G 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=123;Dels=0.00;FS=7.289;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=14.21;ReadPosRankSum=2.409;SB=-1.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:123:99:1781,198,0 chrX 323463 . C T 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.80;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:825,90,0 chrX 323601 . C G 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=20.69;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1378,153,0 chrX 323637 . G A 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=19.43;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1762,189,0 chrX 323703 . T C 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1884,204,0 chrX 323802 . C T 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=19.91;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:909,99,0 chrX 323895 . T C 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.81;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:818,87,0 chrX 324264 . T C 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=18.25;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:617,69,0 chrX 324432 . A C 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=22.94;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1226,132,0 chrX 324627 . T C 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=22.37;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:995,108,0 chrX 324792 . G A 2488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.25;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2521,270,0 chrX 324830 . T A 3910.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=25.06;ReadPosRankSum=2.402;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,154:156:99:3910,423,0 chrX 325332 . G A 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.17;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1981,216,0 chrX 325369 . A C 2122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=20.60;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2155,234,0 chrX 325435 . G A 4157.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.22;SB=-2.264e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:179:99:4157,441,0 chrX 325505 . A T 3276.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=26.00;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3276,345,0 chrX 325620 . G A 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DP=72;Dels=0.00;FS=6.535;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.757;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:833,0,415 chrX 325758 . A G 2932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=20.22;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:2965,327,0 chrX 325803 . C T 3856.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=24.41;SB=-2.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:158:99:3856,405,0 chrX 325860 . G A 2941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.71;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:142:99:2974,327,0 chrX 325946 . A G 2893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2926,324,0 chrX 326091 . C G 3481.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.75;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:153:99:3481,387,0 chrX 326293 . T C 4416.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=211;Dels=0.00;FS=8.053;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.144;QD=20.93;ReadPosRankSum=2.379;SB=-2.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,207:211:99:4416,480,0 chrX 326422 . G A 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.00;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2035,216,0 chrX 326497 . A G 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=24.72;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1516,165,0 chrX 326617 . C T 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=16.10;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1466,153,0 chrX 326683 . A G 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=21.02;ReadPosRankSum=1.677;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1357,147,0 chrX 326715 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:563,0,499 chrX 326989 . G A 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.38;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1389,147,0 chrX 327501 . C T 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.85;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1381,147,0 chrX 327718 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DP=43;Dels=0.00;FS=4.603;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:289,0,463 chrX 327809 . C G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;DP=48;Dels=0.00;FS=4.446;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:444,0,373 chrX 327851 . A G 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=18.71;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:800,87,0 chrX 327946 . C G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=53;Dels=0.00;FS=5.830;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=6.62;ReadPosRankSum=-2.158;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:53:99:381,0,563 chrX 327986 . G C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.324;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:52:99:416,0,520 chrX 328162 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.321;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.708;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:459,0,344 chrX 328274 . G T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;DP=84;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.394;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:84:99:543,0,877 chrX 328451 . A G 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=18.81;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1011,114,0 chrX 328485 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.156;DP=35;Dels=0.00;FS=10.241;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.414;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:322,0,248 chrX 328739 . G A 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=18.13;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:976,102,0 chrX 328877 . G T 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=23.78;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1008,108,0 chrX 329090 . A G 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.94;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1158,129,0 chrX 329192 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=54;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:418,0,423 chrX 329730 . G A 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=18.17;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1341,147,0 chrX 329858 . T C 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=86;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=5.2115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.607;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:86:99:1812,201,0 chrX 329903 . C T 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=20.09;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1319,147,0 chrX 329995 . A G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.579;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:739,0,636 chrX 330001 . T C 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=17.49;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1572,171,0 chrX 330050 . A G 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=18.62;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1597,177,0 chrX 330144 . C T 2190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.47;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2223,231,0 chrX 330191 . A G 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=19.24;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1457,165,0 chrX 330372 . T A 1949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.690;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1982,210,0 chrX 330470 . C G 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.62;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1105,120,0 chrX 330557 . C T 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.06;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1377,150,0 chrX 330767 . C T 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2035,213,0 chrX 331030 . C G 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.47;MQ0=0;QD=12.06;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:75:684,75,0 chrX 331031 . T A 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.47;MQ0=0;QD=12.83;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:75:726,75,0 chrX 331044 . T G 663 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=10.87;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:75:696,75,0 chrX 331047 . T C 273.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DP=61;Dels=0.00;FS=7.354;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:303,0,229 chrX 331050 . G A 603 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.53;MQ0=0;QD=9.89;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:72:636,72,0 chrX 331064 . G A 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.14;MQ0=0;QD=11.35;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:90:839,90,0 chrX 331109 . A C 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;QD=16.40;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1493,165,0 chrX 331412 . G A 2118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=20.17;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2151,243,0 chrX 331639 . C T 3486.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.674e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:165:99:3486,375,0 chrX 331811 . A G 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=20.98;ReadPosRankSum=0.831;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2131,215,0 chrX 331934 . C T 4808.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.92;SB=-2.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,201:201:99:4808,519,0 chrX 332146 . G T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:76:99:348,0,793 chrX 332162 . G A 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=17.38;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1180,129,0 chrX 332541 . G A 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.82;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:644,69,0 chrX 332595 . A C,T 386.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.27;MQ0=0;QD=13.79;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,15,13:28:99:446,201,171,245,0,221 chrX 332597 . G A 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=17.74;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:512,54,0 chrX 332621 . A G 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=16.76;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:720,78,0 chrX 332665 . A T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.090;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,62:111:99:789,0,855 chrX 333075 . A G 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=16.26;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1870,204,0 chrX 333110 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.155;DP=92;Dels=0.00;FS=1.855;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=6.82;ReadPosRankSum=2.064;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:92:99:657,0,666 chrX 333136 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=76;Dels=0.00;FS=8.085;HaplotypeScore=14.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.265;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:76:99:616,0,563 chrX 333407 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.653;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:35:99:276,0,328 chrX 333412 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:263,0,320 chrX 333469 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.955;DP=46;Dels=0.00;FS=4.309;HaplotypeScore=2.3346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:360,0,364 chrX 334125 . C T 2240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=21.75;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2273,243,0 chrX 334204 . A G 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.49;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1180,132,0 chrX 334264 . C T 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=24.13;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1167,126,0 chrX 334291 . T C 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=21.59;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:93:832,93,0 chrX 334645 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:397,0,213 chrX 334681 . A G 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=17.65;ReadPosRankSum=1.545;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:75:686,75,0 chrX 334858 . C T 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=18.72;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:707,75,0 chrX 334934 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=34;Dels=0.00;FS=3.120;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.165;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:34:99:189,0,341 chrX 335148 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.175;DP=37;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=2.3696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:313,0,336 chrX 335432 . C T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=68;Dels=0.00;FS=2.556;HaplotypeScore=9.1217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:571,0,524 chrX 335542 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.678;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:450,0,549 chrX 335788 . C A 1994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=19.17;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2027,219,0 chrX 336167 . T G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.647;DP=60;Dels=0.00;FS=5.801;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:480,0,514 chrX 336284 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.502;DP=79;Dels=0.00;FS=4.411;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.020;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:597,0,715 chrX 336383 . G A 1218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=120;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=6.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.779;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:120:99:1248,0,977 chrX 336512 . C T 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=56;Dels=0.00;FS=8.127;HaplotypeScore=8.2853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.592;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:56:99:726,0,299 chrX 336551 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.113;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:270,0,275 chrX 336583 . C G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=2.180;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:377,0,339 chrX 336677 . G A 1502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.255;DP=127;Dels=0.00;FS=7.141;HaplotypeScore=13.9549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.290;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,75:127:99:1532,0,629 chrX 336725 . G A 1773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.935;DP=138;Dels=0.00;FS=9.994;HaplotypeScore=7.3462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.737;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,87:138:99:1803,0,716 chrX 336755 . G A 1526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,79:149:99:1556,0,1174 chrX 336944 . T C 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;DP=84;Dels=0.00;FS=9.113;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:778,0,704 chrX 337050 . T A 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=113;Dels=0.00;FS=12.746;HaplotypeScore=5.0668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.026;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,66:113:99:1264,0,673 chrX 337087 . C T 1308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.043;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,74:117:99:1338,0,445 chrX 337131 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;DP=118;Dels=0.00;FS=2.805;HaplotypeScore=11.6907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:118:99:685,0,994 chrX 337133 . A G 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=116;Dels=0.00;FS=1.701;HaplotypeScore=12.4793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.300;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,61:116:99:1079,0,703 chrX 337222 . A C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.752;DP=75;Dels=0.00;FS=4.582;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.000;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:75:99:532,0,860 chrX 337263 . A C 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.800;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:721,0,507 chrX 337305 . T C 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=82;Dels=0.00;FS=3.673;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.024;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:835,0,579 chrX 337345 . A C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.189;DP=93;Dels=0.00;FS=4.350;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:770,0,801 chrX 337436 . A T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=46;Dels=0.00;FS=2.675;HaplotypeScore=6.0628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.988;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:360,0,239 chrX 337468 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=43;Dels=0.00;FS=13.377;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.348;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:344,0,293 chrX 337551 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=47;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=2.059;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.362;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:307,0,504 chrX 337579 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=44;Dels=0.00;FS=6.473;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:408,0,453 chrX 337727 . A T 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=18.51;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:829,87,0 chrX 337825 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.099;DP=45;Dels=0.00;FS=3.303;HaplotypeScore=6.3482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=10.93;ReadPosRankSum=2.464;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:522,0,291 chrX 337959 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=93;Dels=0.00;FS=8.205;HaplotypeScore=7.9730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.996;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:93:99:644,0,1100 chrX 338049 . G A 166.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;DP=34;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=19.9534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-6.006e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,11:34:21:199,21,0 chrX 338075 . G C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DP=45;Dels=0.00;FS=17.660;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:292,0,390 chrX 338376 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=52;Dels=0.00;FS=2.506;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.890;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:502,0,415 chrX 338810 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.506;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:288,0,307 chrX 338993 . T C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;DP=52;Dels=0.00;FS=6.574;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.688;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:326,0,585 chrX 339013 . A C 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=20.20;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:49:99:1023,111,0 chrX 339050 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=69;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.605;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:69:99:382,0,862 chrX 339346 . G A 3912.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=21.03;SB=-1.675e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:186:99:3912,432,0 chrX 339426 . C T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=110;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.189;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:782,0,1170 chrX 339429 . T C 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.003;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:739,0,1063 chrX 339446 . T A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.190;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.778;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:480,0,946 chrX 339451 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;DP=92;Dels=0.00;FS=0.785;HaplotypeScore=8.7439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.107;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.622;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:701,0,839 chrX 339493 . C T 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=21.06;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1170,126,0 chrX 339512 . A T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;DP=59;Dels=0.00;FS=2.184;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:529,0,523 chrX 339657 . C T 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.155;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:108:99:709,0,1030 chrX 339669 . C G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.498;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:717,0,1113 chrX 339791 . G A 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DP=88;Dels=0.00;FS=3.455;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:88:99:978,0,534 chrX 339996 . T G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;DP=58;Dels=0.00;FS=7.584;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=5.19;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:58:99:331,0,545 chrX 340014 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=69;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.003;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:435,0,578 chrX 340032 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:610,0,467 chrX 340095 . C T 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=20.77;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:1632,171,0 chrX 340159 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.956;DP=92;Dels=0.00;FS=11.620;HaplotypeScore=19.0655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.407;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:92:99:640,0,879 chrX 340218 . C A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DP=67;Dels=0.00;FS=6.813;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.447;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:655,0,479 chrX 340465 . T G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=51;Dels=0.00;FS=2.450;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:51:99:291,0,566 chrX 340641 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=53;Dels=0.00;FS=2.653;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=10.32;ReadPosRankSum=2.088;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:53:99:577,0,175 chrX 340737 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=51;Dels=0.00;FS=1.058;HaplotypeScore=2.7648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.219;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:583,0,340 chrX 340754 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.969;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.985;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:507,0,315 chrX 340947 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=40;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.119;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:431,0,258 chrX 341289 . A T 183.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=31;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.826;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:213,0,218 chrX 341290 . C T 502 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=16.19;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:535,57,0 chrX 341296 . G A 470 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.59;MQ0=0;QD=15.16;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:503,57,0 chrX 341422 . C G 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.90;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1515,165,0 chrX 341566 . A G 527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=17.00;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:63:560,63,0 chrX 341586 . T C 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=18.46;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:60:550,60,0 chrX 341797 . G A 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=20.85;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1138,120,0 chrX 341843 . A G 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=20.55;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:814,90,0 chrX 341852 . A G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=37;Dels=0.00;FS=9.838;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:212,0,341 chrX 342013 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:344,0,319 chrX 342290 . T C 542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.07;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:575,63,0 chrX 342457 . C G 599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=24.96;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:69:632,69,0 chrX 342479 . T C 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=24.10;ReadPosRankSum=1.569;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:57:539,57,0 chrX 342505 . T C 373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=17.76;ReadPosRankSum=2.216;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:21:45:406,45,0 chrX 342558 . A G 562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.07;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:595,66,0 chrX 342851 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.797;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:528,0,367 chrX 342956 . A T 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=21.08;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:834,90,0 chrX 343412 . A G 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=23.08;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1672,186,0 chrX 343445 . A G 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.38;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:92:99:1816,201,0 chrX 343823 . T C 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=21.28;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1863,210,0 chrX 343856 . C T 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DP=75;Dels=0.00;FS=3.252;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.170;QD=19.23;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1475,138,0 chrX 343871 . A G 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=67;Dels=0.00;FS=3.068;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=21.15;ReadPosRankSum=2.376;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1450,162,0 chrX 344460 . C T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:665,0,514 chrX 344732 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.401;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=5.81;ReadPosRankSum=-2.148;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:466,0,847 chrX 344747 . A C 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=20.11;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1541,168,0 chrX 345062 . A T 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=134;Dels=0.00;FS=3.096;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.563;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,62:134:99:973,0,1313 chrX 346441 . G T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;DP=84;Dels=0.00;FS=4.560;HaplotypeScore=13.5327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:837,0,659 chrX 346488 . T C 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.607;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1783,201,0 chrX 346495 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=79;Dels=0.00;FS=4.348;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:605,0,741 chrX 346858 . T C 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;DP=83;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.379;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:803,0,689 chrX 346882 . G A 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;DP=80;Dels=0.00;FS=4.303;HaplotypeScore=4.2332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:714,0,709 chrX 347471 . G A 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.787;DP=95;Dels=0.00;FS=4.876;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:1149,0,872 chrX 347503 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=58;Dels=0.00;FS=2.315;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.425;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:58:99:634,0,566 chrX 347852 . G A 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.77;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1516,171,0 chrX 347951 . T A 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.96;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1351,141,0 chrX 348200 . G A 2278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=20.52;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2311,246,0 chrX 348254 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DP=98;Dels=0.00;FS=6.693;HaplotypeScore=12.9151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:733,0,930 chrX 348292 . A G 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.311;DP=71;Dels=0.00;FS=9.182;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=20.99;ReadPosRankSum=2.242;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1523,168,0 chrX 348305 . G A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=73;Dels=0.00;FS=3.377;HaplotypeScore=6.3300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.026;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,24:73:99:177,0,923 chrX 348324 . T G 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;DP=67;Dels=0.00;FS=2.362;HaplotypeScore=1.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.010;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,19:67:99:125,0,996 chrX 348584 . A G 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=21.85;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1082,120,0 chrX 348652 . A G 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.782;DP=88;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=3.6415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=16.84;ReadPosRankSum=2.874;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:1515,165,0 chrX 348689 . C T 2079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=19.07;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2112,225,0 chrX 348750 . C T 1431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.318;DP=162;Dels=0.00;FS=2.895;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.454;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,84:162:99:1461,0,1313 chrX 348753 . C A 3495.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=21.71;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:161:99:3495,369,0 chrX 348770 . T C 3198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=20.77;ReadPosRankSum=1.939;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,152:154:99:3231,357,0 chrX 348976 . A G 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=20.10;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1199,132,0 chrX 348978 . C T 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=19.72;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1177,123,0 chrX 349384 . C T 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=35;Dels=0.00;FS=1.630;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.703;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:186,0,415 chrX 349396 . T A 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:186,0,474 chrX 349640 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.220;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:390,0,578 chrX 349801 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DP=37;Dels=0.00;FS=1.364;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.080;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:413,0,215 chrX 349864 . G A 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;DP=59;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.440;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:320,0,339 chrX 349943 . A G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=2.416;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.247;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:390,0,446 chrX 350351 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=83;Dels=0.00;FS=4.600;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=7.53;ReadPosRankSum=-2.081;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:83:99:655,0,889 chrX 350420 . C G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:84:99:485,0,853 chrX 350468 . G T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;DP=77;Dels=0.00;FS=10.041;HaplotypeScore=3.4855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.759;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:77:99:360,0,860 chrX 350651 . G A 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.637;DP=107;Dels=0.00;FS=3.557;HaplotypeScore=6.7420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.221;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:970,0,970 chrX 350741 . T G 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DP=112;Dels=0.00;FS=10.804;HaplotypeScore=14.9241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.636;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:112:99:808,0,1013 chrX 350771 . G A 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=102;Dels=0.00;FS=6.730;HaplotypeScore=8.2882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:749,0,995 chrX 350948 . A G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.804;DP=80;Dels=0.00;FS=4.588;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.355;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:619,0,708 chrX 351163 . G A 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.657;DP=111;Dels=0.00;FS=9.006;HaplotypeScore=10.4220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,62:111:99:1143,0,795 chrX 352854 . A G 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=82;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.204;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:679,0,910 chrX 353165 . C T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.24;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1126,123,0 chrX 353330 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;DP=103;Dels=0.00;FS=14.750;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.078;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:103:99:752,0,1043 chrX 353336 . G A 2200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=21.78;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2233,246,0 chrX 353471 . C T 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=23.80;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2484,261,0 chrX 353747 . T C 2000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=18.87;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2033,225,0 chrX 353754 . G A 2022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=17.28;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2055,216,0 chrX 353805 . C T 2751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;QD=19.65;SB=-1.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:2784,303,0 chrX 353826 . T C 2613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.954;DP=152;Dels=0.00;FS=5.962;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=17.19;ReadPosRankSum=2.954;SB=-1.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,149:152:99:2646,300,0 chrX 353839 . A G 2468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.394;DP=137;Dels=0.00;FS=12.897;HaplotypeScore=1.9581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=18.01;ReadPosRankSum=3.394;SB=-1.648e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,133:137:99:2501,282,0 chrX 353850 . C T 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.018;DP=127;Dels=0.00;FS=4.301;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.576;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,75:127:99:977,0,834 chrX 353862 . C T 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.48;MQ0=0;QD=15.67;SB=-1.485e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:1945,207,0 chrX 353900 . G A,C 1015.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=79;Dels=0.00;FS=8.846;HaplotypeScore=5.5405;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.57;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=12.85;ReadPosRankSum=1.601;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,56,22:79:99:1075,368,281,707,0,662 chrX 354033 . A C 283.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=63;Dels=0.00;FS=17.518;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.007;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:313,0,701 chrX 354067 . C T 1083.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=87;Dels=0.00;FS=29.557;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.469;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,57:87:99:1113,0,420 chrX 354367 . A G 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=19.05;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:81:738,81,0 chrX 354442 . A G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=17.13;ReadPosRankSum=2.286;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1061,114,0 chrX 354679 . C A 82.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.95;MQ0=0;QD=13.71;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:115,15,0 chrX 354706 . T C 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.12;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=1.98;ReadPosRankSum=2.003;SB=-2.780e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:6:53,6,0 chrX 354740 . A T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=36;Dels=0.00;FS=22.816;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.37;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:304,0,209 chrX 354785 . C G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;DP=52;Dels=0.00;FS=45.535;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.58;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.009;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:408,0,400 chrX 355202 . C T 168.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=81;Dels=0.00;FS=20.607;HaplotypeScore=6.5049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:198,0,427 chrX 355334 . G A 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.004;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.84;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:612,0,410 chrX 356479 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:402,0,422 chrX 356965 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=36;Dels=0.00;FS=1.324;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:320,0,171 chrX 357175 . A C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;DP=28;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.965;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:28:99:259,0,246 chrX 357265 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=38;Dels=0.00;FS=3.077;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:269,0,491 chrX 357352 . A G 310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.24;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:39:343,39,0 chrX 357534 . G C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;DP=46;Dels=0.00;FS=6.249;HaplotypeScore=4.0046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:46:99:191,0,560 chrX 357553 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=44;Dels=0.00;FS=8.959;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:481,0,228 chrX 357835 . A G 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.85;MQ0=0;QD=16.04;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:93:835,93,0 chrX 357838 . A G 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=15.76;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:93:837,93,0 chrX 358040 . G C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.66;MQ0=0;MQRankSum=-7.887;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,38:107:99:300,0,1429 chrX 358125 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=53;Dels=0.00;FS=4.401;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:585,0,389 chrX 358190 . T C 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:133,0,281 chrX 358315 . C T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=63;Dels=0.03;FS=2.296;HaplotypeScore=9.2333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.006;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.813;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:61:99:339,0,572 chrX 358354 . C T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:399,0,830 chrX 358391 . G C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=72;Dels=0.00;FS=2.056;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:428,0,723 chrX 358486 . A G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=67;Dels=0.00;FS=6.901;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=2.339;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.320;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:630,0,655 chrX 358552 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=58;Dels=0.00;FS=15.371;HaplotypeScore=5.7711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.233;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:549,0,306 chrX 358691 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DP=62;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=3.8572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.207;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:390,0,730 chrX 358755 . C T 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.21;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1681,180,0 chrX 358777 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:599,0,561 chrX 358813 . G A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=69;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=2.6287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.930;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:628,0,514 chrX 358909 . T C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.088;DP=40;Dels=0.00;FS=9.643;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:300,0,410 chrX 358915 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=45;Dels=0.00;FS=8.887;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.668;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:45:99:414,0,327 chrX 358957 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=65;Dels=0.00;FS=4.972;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.196;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:65:99:447,0,650 chrX 359074 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:250,0,567 chrX 359251 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.587;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:61:99:366,0,630 chrX 359301 . T G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:310,0,406 chrX 359404 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:308,0,427 chrX 359445 . C T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=55;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.421;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:414,0,456 chrX 359747 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.495;DP=67;Dels=0.00;FS=3.389;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.349;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:603,0,482 chrX 359822 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=58;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=33.1249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:58:99:383,0,389 chrX 359859 . G T 248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=8.55;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:33:281,33,0 chrX 359945 . G A 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;DP=17;Dels=0.00;FS=1.957;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=4.94;ReadPosRankSum=2.165;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:114,0,134 chrX 360186 . T C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=35;Dels=0.00;FS=7.847;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.327;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.149;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:326,0,297 chrX 361145 . T A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=31;Dels=0.00;FS=1.468;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.674;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:218,0,324 chrX 361340 . G C 236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.15;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:30:269,30,0 chrX 361485 . T C 521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=14.47;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:60:554,60,0 chrX 361557 . C T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=28;Dels=0.00;FS=1.638;HaplotypeScore=3.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=2.115;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.443;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:68:68,0,249 chrX 361646 . G A 209.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=7.46;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:27:242,27,0 chrX 362443 . A C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;DP=32;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=4.9772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:258,0,166 chrX 362496 . C T 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=19.47;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:773,81,0 chrX 362584 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=28;Dels=0.00;FS=1.536;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:227,0,145 chrX 363202 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=6.10;ReadPosRankSum=-2.669;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:30:99:213,0,133 chrX 363909 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:249,0,510 chrX 364028 . T C 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=21.73;ReadPosRankSum=1.652;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:44:99:989,108,0 chrX 364146 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=59;Dels=0.00;FS=3.996;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=7.85;ReadPosRankSum=-2.054;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:493,0,482 chrX 364186 . A G 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.84;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1335,147,0 chrX 364397 . G A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.192;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:805,0,681 chrX 364407 . A G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DP=85;Dels=0.00;FS=1.780;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:793,0,695 chrX 364569 . T C 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.029;DP=95;Dels=0.00;FS=3.851;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.380;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:95:99:802,0,990 chrX 364721 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;DP=48;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.520;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:536,0,370 chrX 364761 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=52;Dels=0.00;FS=8.362;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:523,0,366 chrX 364938 . T C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=70;Dels=0.00;FS=9.060;HaplotypeScore=2.3346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.955;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:475,0,753 chrX 365022 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:461,0,682 chrX 365255 . C T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=86;Dels=0.00;FS=3.694;HaplotypeScore=3.5126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.831;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.941;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:806,0,861 chrX 365260 . C T 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DP=85;Dels=0.00;FS=3.694;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:848,0,785 chrX 365554 . A C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.048;DP=81;Dels=0.00;FS=4.598;HaplotypeScore=17.0774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.691;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:649,0,541 chrX 365807 . G C 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.36;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:738,81,0 chrX 366375 . C T 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:182,0,309 chrX 366400 . T C 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DP=32;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.741;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:135,0,314 chrX 366482 . A C 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=19;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:183,0,159 chrX 366492 . T C 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:156,0,111 chrX 366494 . T G 71.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.197;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:101,0,167 chrX 366635 . G A 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=23;Dels=0.00;FS=3.976;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.939;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:187,0,202 chrX 366669 . T C 226.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:256,0,115 chrX 366671 . C A 94.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.830;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:124,0,233 chrX 366673 . A G 81.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.520;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:111,0,262 chrX 366855 . A G 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=30;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.86;MQ0=3;MQRankSum=1.752;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:178,0,328 chrX 366915 . G A 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=34;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.78;MQ0=3;MQRankSum=-4.052;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.455;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:66:66,0,261 chrX 366927 . C T 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=32;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.97;MQ0=1;MQRankSum=-3.933;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.850;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:65:65,0,285 chrX 366948 . G A 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=31;Dels=0.00;FS=3.333;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.178;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:64:64,0,259 chrX 366966 . C T 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=36;Dels=0.00;FS=5.490;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.183;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:99,0,366 chrX 367017 . T C 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:72:673,72,0 chrX 367200 . G A 331.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.784;DP=47;Dels=0.00;FS=9.155;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.71;MQ0=5;MQRankSum=3.438;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:47:99:361,0,339 chrX 367212 . C T 284.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.789;DP=44;Dels=0.00;FS=4.643;HaplotypeScore=3.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.52;MQ0=4;MQRankSum=3.676;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:44:99:314,0,275 chrX 367233 . A G 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DP=36;Dels=0.00;FS=11.024;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.38;MQ0=2;MQRankSum=-3.434;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.347;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:171,0,371 chrX 367284 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=34;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=13.44;ReadPosRankSum=1.928;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:487,0,157 chrX 367390 . A G 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=19.29;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:496,54,0 chrX 367399 . A G 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=16.79;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:503,54,0 chrX 367417 . G A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=34;Dels=0.00;FS=1.444;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.976;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:34:99:349,0,164 chrX 367418 . G A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=34;Dels=0.00;FS=3.128;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:168,0,367 chrX 367443 . C T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.904;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:272,0,255 chrX 367478 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=46;Dels=0.00;FS=1.156;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.750;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:383,0,420 chrX 367566 . G T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.208;DP=58;Dels=0.00;FS=4.535;HaplotypeScore=3.3337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:58:99:647,0,424 chrX 367594 . G A 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=25.00;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1583,165,0 chrX 367643 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=54;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=3.283;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:375,0,393 chrX 367856 . C T 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.48;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1157,123,0 chrX 369198 . T C 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=19.99;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1612,171,0 chrX 369202 . C T 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=19.51;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1594,171,0 chrX 369900 . T C 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.627;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:1290,141,0 chrX 370962 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.262;DP=72;Dels=0.00;FS=2.497;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=10.07;ReadPosRankSum=-2.156;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:755,0,635 chrX 371571 . T A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DP=73;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=5.8303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.209;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:652,0,560 chrX 372444 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.038;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:63:99:542,0,524 chrX 372476 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.794;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:671,0,590 chrX 372585 . T C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=38;Dels=0.00;FS=1.495;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.323;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:315,0,440 chrX 372699 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=60;Dels=0.00;FS=3.929;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.454;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:373,0,551 chrX 373143 . A G 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=39;Dels=0.00;FS=1.964;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:286,0,509 chrX 373251 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=63;Dels=0.00;FS=4.969;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:732,0,498 chrX 373527 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.140;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:92:99:704,0,815 chrX 373755 . A G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;DP=68;Dels=0.00;FS=2.031;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.031;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:592,0,452 chrX 373775 . G C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=87;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=7.1411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.755;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:87:99:511,0,977 chrX 373972 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;DP=63;Dels=0.00;FS=6.963;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:489,0,554 chrX 373982 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=58;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:336,0,505 chrX 374196 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,33:91:99:586,0,859 chrX 374244 . C T 2224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=20.79;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2257,237,0 chrX 374287 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DP=63;Dels=0.00;FS=7.071;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.269;QD=4.62;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:321,0,660 chrX 374306 . A G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=57;Dels=0.00;FS=4.046;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.916;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:202,0,681 chrX 374317 . C A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.339;DP=61;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.135;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:234,0,722 chrX 374343 . G A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DP=52;Dels=0.00;FS=5.855;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.045;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:275,0,409 chrX 374407 . G A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.288;DP=55;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=7.6654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:181,0,552 chrX 374408 . G C 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=55;Dels=0.00;FS=3.534;HaplotypeScore=7.6654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:165,0,570 chrX 374493 . G C 246.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=45;Dels=0.00;FS=47.544;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.04;MQ0=19;MQRankSum=1.194;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.038;SB=0.782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:276,0,158 chrX 374698 . C T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=55;Dels=0.00;FS=17.827;HaplotypeScore=4.1099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=12.93;ReadPosRankSum=-1.695;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,38:55:99:741,0,215 chrX 374836 . A G 1266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=101;Dels=0.00;FS=56.018;HaplotypeScore=9.4499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=2.231;QD=12.53;ReadPosRankSum=2.254;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,67:101:99:1296,0,102 chrX 375038 . T G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DP=90;Dels=0.00;FS=5.438;HaplotypeScore=4.7726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:878,0,870 chrX 375100 . G A 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.805;DP=108;Dels=0.00;FS=2.645;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=3.588;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.661;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:963,0,753 chrX 375115 . T C 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.534;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=2.840;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.459;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:96:99:806,0,641 chrX 375163 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=93;Dels=0.00;FS=1.699;HaplotypeScore=9.3869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:93:99:618,0,668 chrX 375282 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;DP=67;Dels=0.00;FS=1.293;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:455,0,574 chrX 375392 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=65;Dels=0.00;FS=8.988;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.205;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:516,0,620 chrX 375853 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=95;Dels=0.00;FS=1.249;HaplotypeScore=5.7214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.678;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:681,0,747 chrX 375981 . T C 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=24.97;ReadPosRankSum=1.679;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1656,180,0 chrX 376071 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DP=47;Dels=0.00;FS=1.404;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.607;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:486,0,479 chrX 376281 . A T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.616;DP=54;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:411,0,526 chrX 376370 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:477,0,464 chrX 376792 . T G 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.348;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,61:138:99:1111,0,1436 chrX 377456 . A C 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;DP=133;Dels=0.00;FS=1.491;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.025;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.880;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:133:99:1140,0,1133 chrX 377543 . C T 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=114;Dels=0.00;FS=2.765;HaplotypeScore=7.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.495;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:114:99:1221,0,1066 chrX 377632 . T A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-5.343;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:313,0,874 chrX 377783 . G T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=136;Dels=0.00;FS=2.186;HaplotypeScore=6.4485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.723;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,58:136:99:962,0,1259 chrX 377828 . G C 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=137;Dels=0.00;FS=2.188;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.99;MQ0=0;MQRankSum=-6.793;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,76:137:99:762,0,1069 chrX 377853 . A C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.973;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.529;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,88:166:99:733,0,1210 chrX 377861 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.524;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.960;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,96:173:99:740,0,1443 chrX 377874 . G T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.160;DP=173;Dels=0.00;FS=2.673;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.62;MQ0=0;MQRankSum=-5.642;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,92:173:99:710,0,1559 chrX 377883 . C A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.681;DP=186;Dels=0.00;FS=11.108;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.18;MQ0=0;MQRankSum=-7.240;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,100:186:99:650,0,1740 chrX 377896 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.585;DP=193;Dels=0.00;FS=14.351;HaplotypeScore=6.9573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.67;MQ0=0;MQRankSum=-6.734;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.610;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,105:193:99:626,0,1772 chrX 378006 . C T 390.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.644;DP=93;Dels=0.00;FS=8.408;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.036;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:420,0,998 chrX 378009 . A G 365.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=97;Dels=0.00;FS=6.614;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.700;QD=3.76;ReadPosRankSum=-2.081;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:97:99:395,0,1049 chrX 378013 . T C 378.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;DP=97;Dels=0.00;FS=6.502;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.920;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.916;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:408,0,1037 chrX 378111 . G A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DP=105;Dels=0.00;FS=3.545;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=2.266;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.253;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:105:99:783,0,819 chrX 378131 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=104;Dels=0.00;FS=1.782;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.51;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=3.28;ReadPosRankSum=-4.301;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:371,0,860 chrX 378149 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=99;Dels=0.00;FS=4.424;HaplotypeScore=6.9231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.620;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.203;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,34:99:99:418,0,1040 chrX 378171 . A G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;DP=120;Dels=0.00;FS=2.736;HaplotypeScore=11.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.700;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,46:120:99:511,0,1231 chrX 378185 . T G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=132;Dels=0.00;FS=4.624;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.633;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,55:132:99:574,0,1341 chrX 378189 . G C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.629;DP=135;Dels=0.00;FS=2.428;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.356;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,56:135:99:578,0,1399 chrX 378204 . T G 672.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.870;DP=156;Dels=0.00;FS=3.097;HaplotypeScore=8.2643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.027;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.434;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,63:156:99:702,0,1644 chrX 378208 . A G 732.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;DP=157;Dels=0.00;FS=4.000;HaplotypeScore=6.0584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.64;MQ0=0;MQRankSum=-5.098;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,67:157:99:762,0,1717 chrX 378211 . A T 707.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.146;DP=158;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=10.7357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.887;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,67:158:99:737,0,1719 chrX 378217 . T A 3117 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=169;Dels=0.00;FS=4.826;HaplotypeScore=17.7401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.23;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.711;SB=-1.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,168:169:99:3150,330,0 chrX 378252 . T A 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;DP=166;Dels=0.02;FS=3.768;HaplotypeScore=14.0262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.099;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.244;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,63:162:99:777,0,1739 chrX 378266 . T A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.328;DP=167;Dels=0.00;FS=1.212;HaplotypeScore=12.4597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.313;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.957;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,74:167:99:876,0,1890 chrX 378320 . A T 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=109;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.763;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,60:109:99:998,0,926 chrX 378337 . G A 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;DP=88;Dels=0.00;FS=1.912;HaplotypeScore=46.6637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:88:99:890,0,633 chrX 378557 . T C 2318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=18.69;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:124:99:2351,258,0 chrX 378567 . T A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.111;DP=114;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.807;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.485;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:114:99:624,0,1029 chrX 378608 . G A 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=20.17;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1949,207,0 chrX 378748 . T C 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=61;Dels=0.00;FS=7.125;HaplotypeScore=7.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.803;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:468,0,556 chrX 378869 . C T 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=19.63;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1466,165,0 chrX 378873 . G A 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=20.10;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1500,162,0 chrX 379020 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=57;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:440,0,618 chrX 379173 . C G 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.646;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:39:99:366,0,265 chrX 379260 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;DP=57;Dels=0.00;FS=7.728;HaplotypeScore=5.0263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.782;QD=5.97;ReadPosRankSum=-2.261;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:370,0,630 chrX 379268 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=59;Dels=0.00;FS=2.346;HaplotypeScore=3.5584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.790;QD=5.97;ReadPosRankSum=-2.120;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:382,0,620 chrX 379298 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.407;DP=56;Dels=0.00;FS=2.528;HaplotypeScore=5.4983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=3.959;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.770;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:602,0,292 chrX 379394 . A G 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.789;DP=96;Dels=0.00;FS=3.852;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.759;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:949,0,774 chrX 379553 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.665;DP=51;Dels=0.00;FS=6.035;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:453,0,504 chrX 379586 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;DP=59;Dels=0.00;FS=2.236;HaplotypeScore=4.2903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:420,0,664 chrX 380097 . T C 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=51;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.032;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:51:99:237,0,460 chrX 380148 . A G 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.495;DP=66;Dels=0.00;FS=11.944;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:438,0,699 chrX 380280 . T C 1742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=156;Dels=0.00;FS=4.714;HaplotypeScore=10.2386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.672;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,83:156:99:1772,0,1526 chrX 380353 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;DP=52;Dels=0.00;FS=1.610;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:587,0,444 chrX 380369 . G A 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1080,111,0 chrX 380394 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=37;Dels=0.00;FS=4.585;HaplotypeScore=2.5577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.356;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:284,0,281 chrX 380408 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;DP=37;Dels=0.00;FS=6.855;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.230;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:290,0,288 chrX 380423 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:211,0,269 chrX 380474 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=80;Dels=0.00;FS=7.875;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.054;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:477,0,987 chrX 380706 . T C 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=17.45;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1377,150,0 chrX 380729 . A G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.792;DP=67;Dels=0.00;FS=5.489;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.135;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:539,0,529 chrX 380852 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;DP=54;Dels=0.00;FS=8.647;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=2.900;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.937;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:304,0,576 chrX 380992 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=43;Dels=0.00;FS=6.684;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.033;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:43:99:356,0,283 chrX 381023 . A G 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.54;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:834,93,0 chrX 381644 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;DP=63;Dels=0.00;FS=7.862;HaplotypeScore=5.8586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.199;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:464,0,407 chrX 381650 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=66;Dels=0.00;FS=3.778;HaplotypeScore=8.1700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.363;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:461,0,388 chrX 381672 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.497;DP=54;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.798;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:426,0,272 chrX 382499 . C T 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.48;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:978,105,0 chrX 382565 . T C 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.00;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1188,129,0 chrX 382880 . A G 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.73;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1194,129,0 chrX 383067 . T G 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=23.75;ReadPosRankSum=1.670;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1363,150,0 chrX 383282 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=58;Dels=0.00;FS=5.914;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:574,0,542 chrX 383417 . T C 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=6.419;HaplotypeScore=2.3838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=17.37;ReadPosRankSum=1.672;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1023,117,0 chrX 384052 . T C 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;DP=74;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.919;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:74:99:744,0,430 chrX 384184 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=56;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.533;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:464,0,445 chrX 385546 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:792,0,432 chrX 385767 . A C 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;DP=112;Dels=0.00;FS=5.772;HaplotypeScore=15.1088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.614;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:112:99:1038,0,917 chrX 385991 . C T 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=25.06;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:3265,348,0 chrX 386286 . A C 1667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=18.94;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1700,186,0 chrX 386296 . A T 685.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=85;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=2.4626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.712;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:715,0,583 chrX 386494 . G T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=37;Dels=0.00;FS=12.324;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.593;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:253,0,489 chrX 386882 . C T 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.565;DP=102;Dels=0.00;FS=6.962;HaplotypeScore=8.1392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=2.322;QD=9.90;ReadPosRankSum=-3.188;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:102:99:1040,0,790 chrX 387413 . A G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=2.866;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.808;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:586,0,867 chrX 387798 . C G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;DP=60;Dels=0.00;FS=1.108;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=8.27;ReadPosRankSum=-2.926;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:526,0,525 chrX 387842 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=72;Dels=0.00;FS=6.516;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:730,0,480 chrX 388154 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.948;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:332,0,510 chrX 388187 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=44;Dels=0.00;FS=4.635;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:363,0,320 chrX 388199 . C T 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=19.10;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:87:835,87,0 chrX 388253 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.647;DP=59;Dels=0.00;FS=21.376;HaplotypeScore=97.5469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.582;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:485,0,292 chrX 388388 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:457,0,907 chrX 388472 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=40;Dels=0.00;FS=12.980;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:177,0,438 chrX 388638 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=37;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:298,0,387 chrX 388639 . G A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:268,0,383 chrX 388820 . A C 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=16.66;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:616,69,0 chrX 388825 . T C 590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=16.86;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:623,69,0 chrX 388844 . C T 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=15.03;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:619,66,0 chrX 389003 . A C 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.444;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:81:738,81,0 chrX 389114 . A G 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=4.021;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=21.62;ReadPosRankSum=1.602;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1179,129,0 chrX 389243 . G A 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=24.27;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1198,126,0 chrX 389413 . C T 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.57;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1185,126,0 chrX 389732 . T C 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=49;Dels=0.00;FS=4.025;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:49:99:1079,120,0 chrX 389780 . C T 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=17.39;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:746,78,0 chrX 390043 . A G 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=15.46;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:775,93,0 chrX 390044 . G A 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=15.16;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:93:776,93,0 chrX 390175 . T G 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=40;Dels=0.00;FS=1.370;HaplotypeScore=2.6694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:301,0,483 chrX 390902 . G C 1740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=21.48;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1773,195,0 chrX 391247 . A G 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=21.67;ReadPosRankSum=1.249;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1897,207,0 chrX 391307 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.352;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:447,0,320 chrX 391355 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:325,0,244 chrX 391491 . C G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.963;DP=36;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.309;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:36:99:284,0,270 chrX 391511 . T A 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.764;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:128,0,283 chrX 391657 . T C 498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=18.44;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:27:57:531,57,0 chrX 391671 . G A 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;DP=21;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.523;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:94:94,0,244 chrX 391693 . T C 348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=15.82;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:381,42,0 chrX 391774 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;DP=63;Dels=0.00;FS=5.263;HaplotypeScore=13.0217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:63:99:453,0,641 chrX 391817 . A G 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DP=80;Dels=0.00;FS=16.664;HaplotypeScore=6.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=22.74;ReadPosRankSum=2.912;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:1852,207,0 chrX 392321 . C T 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2407,255,0 chrX 392346 . G A 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=22.99;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1826,195,0 chrX 392787 . A G 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=19.10;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:969,108,0 chrX 392970 . T C 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=37;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=3.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.898;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:170,0,396 chrX 393288 . T C 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.03;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:922,102,0 chrX 393423 . T C 183.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=9.15;SB=-2.704e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:24:216,24,0 chrX 393501 . C T 211.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.41;SB=-3.102e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:244,27,0 chrX 393564 . G C 555 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=18.50;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:588,63,0 chrX 393918 . T C 886.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.125;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:916,0,919 chrX 393993 . C T 162.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.371;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:192,0,290 chrX 394236 . A G 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;DP=82;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.189;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:745,0,547 chrX 394260 . T A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;DP=72;Dels=0.00;FS=3.784;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:534,0,532 chrX 394324 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:380,0,521 chrX 394341 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.256;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:464,0,292 chrX 394692 . C T 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=16.28;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:53:668,53,0 chrX 394713 . T C 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=18.97;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:735,78,0 chrX 395004 . A T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=24;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:174,0,224 chrX 395135 . C T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=10.48;ReadPosRankSum=2.161;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:533,0,309 chrX 395232 . G A 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.480;DP=91;Dels=0.00;FS=3.263;HaplotypeScore=11.3932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.439;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:91:99:875,0,574 chrX 395512 . C T 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.862;DP=87;Dels=0.00;FS=3.825;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,54:87:99:1059,0,444 chrX 395741 . G T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=64;Dels=0.02;FS=2.226;HaplotypeScore=14.4722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:500,0,586 chrX 395772 . A T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=47;Dels=0.00;FS=17.139;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:379,0,427 chrX 395805 . G A 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=18.89;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:713,75,0 chrX 395845 . G T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=42;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=5.69;ReadPosRankSum=-2.199;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:269,0,393 chrX 395898 . C A 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=18.98;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1248,132,0 chrX 396269 . G A 2590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.402e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2623,279,0 chrX 396515 . A C 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=23.32;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2458,267,0 chrX 396551 . C T 2972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=23.04;SB=-1.650e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:3005,318,0 chrX 396613 . C T 1659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.218;DP=170;Dels=0.00;FS=4.675;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=3.674;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,79:170:99:1689,0,1672 chrX 396638 . A G 1355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;DP=169;Dels=0.00;FS=3.556;HaplotypeScore=5.0683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.594;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,87:169:99:1385,0,1423 chrX 396640 . A G 3741.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=168;Dels=0.00;FS=6.933;HaplotypeScore=5.8570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=22.27;ReadPosRankSum=2.390;SB=-2.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,164:168:99:3741,408,0 chrX 396723 . A G 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=109;Dels=0.00;FS=10.174;HaplotypeScore=55.3727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=2.877;QD=11.01;ReadPosRankSum=2.810;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:109:99:1233,135,0 chrX 396848 . T G 2769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.63;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2802,303,0 chrX 397072 . G A 2051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.05;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2084,240,0 chrX 397262 . C T 3055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:3088,336,0 chrX 397295 . T C 3581.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.931e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:159:99:3581,393,0 chrX 397474 . T C 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=21.12;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1617,177,0 chrX 397497 . C T 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1951,204,0 chrX 398093 . C T 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.20;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1831,195,0 chrX 398145 . A T 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=14.69;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1061,117,0 chrX 398191 . T C 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=16.93;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1015,111,0 chrX 398357 . G T 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=20.16;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1747,183,0 chrX 398445 . G A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=88;Dels=0.00;FS=6.214;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.913;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:88:99:847,0,712 chrX 398512 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;DP=85;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=4.8589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=7.12;ReadPosRankSum=2.176;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:635,0,918 chrX 398569 . T A 2640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.310;DP=133;Dels=0.00;FS=5.280;HaplotypeScore=7.9607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.530;QD=19.85;ReadPosRankSum=3.364;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,129:133:99:2673,300,0 chrX 398858 . C T 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.941;DP=124;Dels=0.00;FS=0.666;HaplotypeScore=12.6076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,64:124:99:1122,0,1012 chrX 398997 . A G 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.41;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1081,117,0 chrX 399038 . G T 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.27;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1266,135,0 chrX 400288 . G A 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.866;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:40:79:79,0,297 chrX 400307 . G A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;DP=38;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=21.3796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=4.95;ReadPosRankSum=1.233;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:218,0,218 chrX 400323 . A T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=28;Dels=0.00;FS=8.670;HaplotypeScore=8.8514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.623;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:222,0,170 chrX 400808 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=36;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=4.2517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:242,0,309 chrX 401572 . T G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.237;DP=49;Dels=0.00;FS=6.324;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.508;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:225,0,525 chrX 402164 . A G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.585;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:241,0,252 chrX 402165 . A G 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.964;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.215;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:222,0,244 chrX 402396 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.752;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:580,0,744 chrX 402471 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;DP=54;Dels=0.00;FS=6.554;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:593,0,492 chrX 402683 . T G 3971.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=25.62;SB=-1.490e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3971,441,0 chrX 402698 . T C 1368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=146;Dels=0.00;FS=2.156;HaplotypeScore=7.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,70:146:99:1398,0,1424 chrX 402779 . T A 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:572,0,658 chrX 402808 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=59;Dels=0.00;FS=2.234;HaplotypeScore=5.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:450,0,602 chrX 402917 . T C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=66;Dels=0.00;FS=6.926;HaplotypeScore=6.2233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=9.55;ReadPosRankSum=2.144;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:660,0,371 chrX 402983 . T C 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=19.35;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1542,177,0 chrX 403003 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.059;DP=95;Dels=0.00;FS=5.592;HaplotypeScore=14.1143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:95:99:532,0,917 chrX 403066 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;DP=78;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=5.8669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=5.36;ReadPosRankSum=-2.635;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:448,0,655 chrX 403832 . T A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=57;Dels=0.00;FS=3.720;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.072;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:353,0,568 chrX 403967 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=83;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=6.4956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.945;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.070;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:605,0,699 chrX 404050 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=61;Dels=0.00;FS=4.045;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=6.67;ReadPosRankSum=-2.252;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:61:99:437,0,482 chrX 404273 . G A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.699;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:264,0,270 chrX 404312 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=49;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.392;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:49:99:256,0,463 chrX 404318 . A T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=44;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:201,0,471 chrX 404560 . A T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.139;DP=55;Dels=0.00;FS=7.502;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:652,0,368 chrX 404579 . T A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;DP=43;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:322,0,485 chrX 404625 . C G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=33;Dels=0.00;FS=3.696;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.422;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:33:99:373,0,179 chrX 404642 . G A 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;DP=34;Dels=0.00;FS=6.026;HaplotypeScore=3.3282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:243,0,280 chrX 404816 . T C 638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=19.33;ReadPosRankSum=1.523;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:72:671,72,0 chrX 404951 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=52;Dels=0.00;FS=4.176;HaplotypeScore=9.0995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.668;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:457,0,409 chrX 404952 . A T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=52;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:408,0,536 chrX 405244 . A G 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=16.25;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:618,69,0 chrX 405306 . G A 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=18.17;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1305,135,0 chrX 405389 . T C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=76;Dels=0.00;FS=11.815;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.419;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:648,0,698 chrX 405572 . G C 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.89;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:821,90,0 chrX 405884 . C T 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.24;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1701,183,0 chrX 405935 . C T 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=81;Dels=0.00;FS=6.773;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:769,0,761 chrX 405995 . A G 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.27;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1503,165,0 chrX 406118 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DP=84;Dels=0.00;FS=4.723;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.487;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:634,0,944 chrX 406673 . A G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:434,0,519 chrX 406848 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=68;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=12.5819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=2.466;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:486,0,574 chrX 407030 . C T 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=102;Dels=0.00;FS=3.088;HaplotypeScore=11.4472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.958;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:1071,0,878 chrX 407337 . T G 1508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.143;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.699;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,89:186:99:1538,0,1751 chrX 407617 . C T 2629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.66;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2662,276,0 chrX 408145 . T C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;DP=68;Dels=0.00;FS=4.906;HaplotypeScore=8.1601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=2.132;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.411;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:68:99:497,0,752 chrX 408211 . C T 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.395;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:638,0,335 chrX 408928 . A G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=66;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.115;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:634,0,613 chrX 408967 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.122;DP=47;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=2.168;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:47:99:456,0,402 chrX 409479 . G A 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=20.62;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1167,123,0 chrX 409825 . T C 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=15.36;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1108,123,0 chrX 409993 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;DP=69;Dels=0.00;FS=2.031;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=1.574;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:578,0,540 chrX 410060 . A G 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.066;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:879,0,499 chrX 410082 . A G 1847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=21.73;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1880,210,0 chrX 410110 . A G 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=23.02;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1552,168,0 chrX 410131 . A C 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=54;Dels=0.00;FS=9.795;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.19;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=17.67;ReadPosRankSum=2.832;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:63:987,63,0 chrX 410140 . G T 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=16.85;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:943,105,0 chrX 410143 . G C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.214;DP=55;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.031;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:547,0,275 chrX 410189 . G A 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.62;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1196,129,0 chrX 410312 . C T 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=77;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=7.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=2.652;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.169;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:793,0,474 chrX 410365 . A G 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;DP=79;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:441,0,781 chrX 410366 . T C 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=81;Dels=0.00;FS=4.314;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=18.41;ReadPosRankSum=1.689;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1524,171,0 chrX 410379 . A G 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.692;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1449,159,0 chrX 410405 . C T 1179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=16.61;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1212,129,0 chrX 410528 . T C 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.120;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:113:99:980,0,873 chrX 410563 . C T 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DP=119;Dels=0.00;FS=0.698;HaplotypeScore=7.5309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,67:119:99:1250,0,981 chrX 410824 . C A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.388;DP=74;Dels=0.00;FS=2.126;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:412,0,720 chrX 410930 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=6.08;ReadPosRankSum=-2.299;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:419,0,451 chrX 410951 . T C 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=16.52;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1041,114,0 chrX 410980 . T C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=62;Dels=0.00;FS=3.264;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.651;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:62:99:240,0,592 chrX 411303 . G A 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=26.15;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1471,156,0 chrX 411342 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:473,0,465 chrX 411444 . A C 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:29:95:95,0,321 chrX 411771 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=40;Dels=0.00;FS=6.647;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:321,0,287 chrX 411973 . A T 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;DP=53;Dels=0.00;FS=4.013;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:656,0,246 chrX 412056 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=31;Dels=0.00;FS=15.346;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.568;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:301,0,324 chrX 412212 . C T 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=30;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.369;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:246,0,286 chrX 412419 . C T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.294;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:595,0,362 chrX 412734 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=115;Dels=0.00;FS=2.399;HaplotypeScore=9.6453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.199;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:115:99:847,0,1264 chrX 412914 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.994;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:407,0,646 chrX 413049 . T G 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;DP=103;Dels=0.00;FS=13.071;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.692;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.362;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:962,0,1009 chrX 413202 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=65;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=7.0773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.739;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:612,0,502 chrX 413347 . T A 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.984;DP=111;Dels=0.00;FS=4.660;HaplotypeScore=9.6935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:1093,0,973 chrX 414093 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.136;DP=77;Dels=0.00;FS=0.878;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:504,0,806 chrX 414104 . C T 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=20.15;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1625,171,0 chrX 414125 . G A 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.733;DP=93;Dels=0.00;FS=2.761;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.861;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:93:99:810,0,583 chrX 414179 . G A 1363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.250;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=2.974;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,71:132:99:1393,0,983 chrX 414197 . A C 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.470;DP=134;Dels=0.00;FS=1.957;HaplotypeScore=11.1236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.104;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,57:134:99:1008,0,1366 chrX 414544 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.680;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,38:100:99:620,0,958 chrX 414830 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=82;Dels=0.00;FS=6.175;HaplotypeScore=9.6931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.410;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:82:99:680,0,546 chrX 415367 . C T 1297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DP=150;Dels=0.01;FS=1.677;HaplotypeScore=15.5106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,74:149:99:1327,0,1434 chrX 415838 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DP=93;Dels=0.00;FS=1.774;HaplotypeScore=10.9918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.192;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:93:99:682,0,912 chrX 415963 . C T 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=82;Dels=0.00;FS=32.699;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=0.16;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,14:82:43:43,0,1498 chrX 416049 . A T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=65;Dels=0.00;FS=57.179;HaplotypeScore=4.6000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,44:65:99:818,0,267 chrX 416446 . A G 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;DP=136;Dels=0.00;FS=0.658;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.346;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,66:136:99:1265,0,1310 chrX 416528 . C T 1366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.677;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,83:137:99:1396,0,761 chrX 417327 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DP=112;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=16.7692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.198;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:112:99:617,0,970 chrX 417877 . T C 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=79;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=7.1721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=21.54;ReadPosRankSum=2.387;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:79:99:1735,192,0 chrX 418423 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.306;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:58:99:370,0,484 chrX 419079 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:503,0,886 chrX 419227 . T A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:574,0,508 chrX 419279 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.497;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:537,0,686 chrX 419397 . G A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:720,0,695 chrX 419759 . C T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.994;DP=89;Dels=0.00;FS=2.851;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.041;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.903;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:640,0,636 chrX 419761 . G C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=88;Dels=0.00;FS=4.074;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.596;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:610,0,652 chrX 419940 . A T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.497;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:717,0,514 chrX 421930 . G A 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.626;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:103:99:946,0,993 chrX 423483 . A G 3429.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=20.91;ReadPosRankSum=2.405;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,162:164:99:3429,384,0 chrX 423584 . C T 2629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=23.27;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2662,285,0 chrX 423783 . T C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=21.12;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1723,192,0 chrX 423805 . G T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.959;DP=86;Dels=0.03;FS=0.867;HaplotypeScore=8.5869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=4.72;ReadPosRankSum=-2.190;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:436,0,913 chrX 423966 . G A 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.146;DP=65;Dels=0.00;FS=12.109;HaplotypeScore=5.4613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=18.69;ReadPosRankSum=1.199;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1248,129,0 chrX 424406 . A T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:492,0,413 chrX 424420 . G T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=45;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=22.6285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.125;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:346,0,457 chrX 424535 . G A 1326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.300;DP=104;Dels=0.00;FS=3.905;HaplotypeScore=11.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,63:104:99:1356,0,482 chrX 424695 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=70;Dels=0.00;FS=10.877;HaplotypeScore=4.4027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:471,0,653 chrX 424721 . G T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.455;DP=73;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:73:99:433,0,732 chrX 424805 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=77;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:77:99:727,0,494 chrX 424833 . A G 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=17.98;ReadPosRankSum=1.700;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:109:99:1993,213,0 chrX 424930 . A T 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=63;Dels=0.03;FS=69.691;HaplotypeScore=20.4227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.49;MQ0=1;MQRankSum=0.392;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-1.250e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:83:97,0,83 chrX 425083 . A T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=48;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=4.6979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.548;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:361,0,558 chrX 425108 . C G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;DP=53;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=5.30;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:53:99:311,0,625 chrX 425240 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=44;Dels=0.00;FS=2.836;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.440;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:44:99:396,0,241 chrX 425928 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:210,0,500 chrX 426067 . G A 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=19.29;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:766,81,0 chrX 426069 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=38;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.088;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:241,0,350 chrX 427737 . A G 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.256;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:103:99:909,0,1024 chrX 428088 . G A 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=22.91;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:107:99:2484,261,0 chrX 428242 . T C 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;DP=71;Dels=0.00;FS=3.464;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:675,0,672 chrX 429437 . A C 974.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.692;DP=113;Dels=0.00;FS=2.409;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.319;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:113:99:1004,0,1093 chrX 430092 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.437;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:649,0,699 chrX 430183 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=45;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=8.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:452,0,345 chrX 431022 . A G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;DP=98;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=8.6055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:699,0,855 chrX 431354 . T C 1367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;DP=133;Dels=0.00;FS=3.338;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.800;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,77:133:99:1397,0,843 chrX 431392 . T C 1719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;DP=147;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=6.6402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.109;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,93:147:99:1749,0,888 chrX 431409 . A G 1848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;DP=160;Dels=0.00;FS=2.078;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.080;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,98:160:99:1878,0,1018 chrX 431531 . T C 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=122;Dels=0.00;FS=14.675;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:122:99:1005,0,1051 chrX 431547 . A G 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=131;Dels=0.00;FS=22.905;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,71:131:99:1078,0,888 chrX 431554 . C G 1079.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=132;Dels=0.00;FS=34.007;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.101;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,75:132:99:1109,0,1048 chrX 431673 . C A 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=101;Dels=0.00;FS=2.779;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.367;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:1202,0,722 chrX 431895 . T A 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=100;Dels=0.00;FS=1.642;HaplotypeScore=5.6785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.321;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:100:99:878,0,1039 chrX 432578 . A T 1263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.240;DP=131;Dels=0.00;FS=0.679;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.843;QD=9.64;ReadPosRankSum=-2.176;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:131:99:1293,0,1164 chrX 433110 . G T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;DP=65;Dels=0.00;FS=1.382;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:65:99:774,0,477 chrX 433178 . T A 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.513;DP=34;Dels=0.00;FS=3.180;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:203,0,405 chrX 433328 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=30;Dels=0.00;FS=4.467;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.334;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:405,0,255 chrX 433686 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=48;Dels=0.00;FS=6.245;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.702;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:414,0,265 chrX 434034 . C T 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=30;Dels=0.00;FS=5.905;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.476;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:167,0,276 chrX 434060 . C T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=35;Dels=0.00;FS=3.111;HaplotypeScore=3.8572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.483;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:317,0,284 chrX 434435 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;DP=55;Dels=0.00;FS=1.059;HaplotypeScore=7.2314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:390,0,470 chrX 434839 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;DP=54;Dels=0.00;FS=1.147;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.266;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.908;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:332,0,652 chrX 434858 . A G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.460;DP=57;Dels=0.00;FS=2.604;HaplotypeScore=5.5344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.313;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:57:99:303,0,686 chrX 434887 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.294;DP=64;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=4.6733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:197,0,709 chrX 434906 . T C 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.886;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:267,0,681 chrX 435102 . T A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:636,0,656 chrX 435254 . A T 1590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;DP=211;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=7.54;ReadPosRankSum=-3.061;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,97:211:99:1620,0,2340 chrX 435638 . T A 2086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=95;Dels=0.00;FS=4.546;HaplotypeScore=6.5376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.658;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2119,225,0 chrX 435812 . A T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.863;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=7.35;ReadPosRankSum=-2.302;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:603,0,795 chrX 436041 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DP=64;Dels=0.00;FS=2.823;HaplotypeScore=4.5177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.942;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:346,0,687 chrX 436111 . G A 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=20.02;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1054,111,0 chrX 436217 . G A 242.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.537;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:69:272,0,69 chrX 436312 . A G 109.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:139,0,288 chrX 436332 . T A 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:71:71,0,265 chrX 436479 . G A 59.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=7.50;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:92,9,0 chrX 436602 . T C 349 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.349;SB=-6.930e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:42:382,42,0 chrX 437314 . G T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.079;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:34:99:372,0,174 chrX 437758 . C G 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=18.64;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1114,126,0 chrX 438505 . G A 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.15;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:933,102,0 chrX 438727 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;DP=95;Dels=0.00;FS=2.761;HaplotypeScore=10.2894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:598,0,1047 chrX 438761 . C T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DP=61;Dels=0.00;FS=3.713;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:61:99:580,0,352 chrX 438766 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;DP=64;Dels=0.00;FS=11.079;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.241;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.454;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:334,0,632 chrX 438853 . G T 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.50;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1058,117,0 chrX 439624 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:387,0,478 chrX 439651 . G A 1168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=19.80;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1201,129,0 chrX 440511 . A G 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.049;DP=116;Dels=0.00;FS=3.491;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.601;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:116:99:934,0,1160 chrX 440601 . G T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=105;Dels=0.00;FS=3.067;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.569;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:105:99:972,0,884 chrX 440709 . C T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.722;DP=97;Dels=0.00;FS=8.357;HaplotypeScore=5.8433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:833,0,1048 chrX 440847 . T C 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.358;DP=107;Dels=0.00;FS=7.014;HaplotypeScore=3.9377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=19.79;ReadPosRankSum=2.358;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:2150,234,0 chrX 440867 . A C 2193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=18.74;SB=-1.417e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2226,246,0 chrX 441260 . T C 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=106;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.769;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:965,0,983 chrX 441305 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DP=105;Dels=0.00;FS=0.750;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.446;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:482,0,962 chrX 441314 . T G 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;DP=100;Dels=0.00;FS=1.664;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.431;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:562,0,949 chrX 441384 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.795;DP=69;Dels=0.00;FS=10.789;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:391,0,863 chrX 441507 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=69;Dels=0.00;FS=1.978;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:567,0,746 chrX 441617 . C T 1484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=21.20;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1517,162,0 chrX 441699 . A T 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=68;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=22.22;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1544,162,0 chrX 441727 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;DP=64;Dels=0.00;FS=2.251;HaplotypeScore=11.6346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=8.58;ReadPosRankSum=-2.575;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:579,0,430 chrX 442545 . G A 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=22.60;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1660,177,0 chrX 443121 . C G 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=18.84;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1352,153,0 chrX 443196 . T C 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=20.20;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1548,168,0 chrX 443517 . A G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.59;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1242,132,0 chrX 443643 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DP=57;Dels=0.00;FS=2.209;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.074;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:404,0,534 chrX 443723 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DP=36;Dels=0.00;FS=2.995;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:208,0,425 chrX 443746 . G A 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=19.06;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:75:700,75,0 chrX 444108 . C A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DP=57;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:441,0,516 chrX 444601 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:705,0,416 chrX 444972 . C T 2837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.679e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2870,303,0 chrX 445175 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.035;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:371,0,599 chrX 445286 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=88;Dels=0.00;FS=4.841;HaplotypeScore=8.1248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.294;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:523,0,820 chrX 445339 . A C 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=16.49;ReadPosRankSum=1.667;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:907,99,0 chrX 446085 . G C 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.29;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1710,186,0 chrX 446453 . A G 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.852;DP=60;Dels=0.00;FS=2.252;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.015;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:508,0,613 chrX 446576 . G A 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.18;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1871,198,0 chrX 447086 . G C 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;DP=90;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:90:99:895,0,692 chrX 447433 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;DP=82;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=5.8833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:731,0,647 chrX 447484 . T C 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=21.86;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1585,151,0 chrX 447638 . G A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.884;DP=78;Dels=0.00;FS=10.537;HaplotypeScore=8.1276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.425;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:847,0,657 chrX 447807 . T A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;DP=68;Dels=0.00;FS=1.014;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:769,0,473 chrX 447881 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=64;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:503,0,544 chrX 448029 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DP=85;Dels=0.00;FS=2.590;HaplotypeScore=4.0320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:85:99:501,0,981 chrX 448328 . C T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=69;Dels=0.00;FS=5.374;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.178;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,22:69:99:417,0,898 chrX 448448 . T C 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.20;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1305,141,0 chrX 448489 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=56;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:333,0,518 chrX 448936 . T C 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.04;MQ0=0;QD=24.60;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84:771,84,0 chrX 449033 . G A 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=18.60;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:926,99,0 chrX 449051 . C T 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=15.22;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:93:855,93,0 chrX 449164 . T C 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.568;DP=59;Dels=0.00;FS=10.367;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.677;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:505,0,622 chrX 449239 . G A 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=17.68;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:811,90,0 chrX 449256 . T C 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.24;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:899,99,0 chrX 449350 . G A 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=81;Dels=0.00;FS=2.970;HaplotypeScore=6.5518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.109;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:818,0,639 chrX 449403 . G A 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=18.67;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1657,177,0 chrX 449520 . T A 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=18.81;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1651,180,0 chrX 449718 . G C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:337,0,410 chrX 449874 . A T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.546;DP=77;Dels=0.00;FS=6.233;HaplotypeScore=5.6093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:588,0,658 chrX 450069 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.168;DP=74;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:629,0,681 chrX 450124 . A T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;DP=68;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=10.3100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=2.314;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:470,0,675 chrX 450154 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;DP=79;Dels=0.00;FS=2.052;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.498;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:650,0,753 chrX 450273 . A G 1126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;DP=113;Dels=0.00;FS=1.521;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.669;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:1156,0,930 chrX 450339 . G A 1349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.861;DP=154;Dels=0.00;FS=3.007;HaplotypeScore=12.5529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.849;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,79:154:99:1379,0,1397 chrX 450348 . G A 1313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=154;Dels=0.00;FS=2.213;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,80:154:99:1343,0,1434 chrX 450386 . C A 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=124;Dels=0.00;FS=7.737;HaplotypeScore=4.9706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.455;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:124:99:1075,0,1347 chrX 450764 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.882;DP=65;Dels=0.00;FS=27.366;HaplotypeScore=3.2506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.835;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:65:99:537,0,679 chrX 450783 . G T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=59;Dels=0.00;FS=21.779;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:401,0,448 chrX 450888 . A G 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=116;Dels=0.00;FS=0.722;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.349;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:116:99:896,0,1333 chrX 451295 . T C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.584;DP=99;Dels=0.00;FS=8.043;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.483;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:99:99:787,0,960 chrX 451382 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.104;DP=63;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=6.6652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:612,0,528 chrX 451436 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=43;Dels=0.00;FS=10.362;HaplotypeScore=2.6003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.897;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:43:99:381,0,299 chrX 451760 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;DP=67;Dels=0.00;FS=7.718;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:730,0,409 chrX 452144 . G A 1622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.17;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1655,174,0 chrX 452205 . T C 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.767;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:699,0,615 chrX 452372 . A G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;DP=96;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=5.5595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:747,0,1036 chrX 452414 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;DP=94;Dels=0.00;FS=4.157;HaplotypeScore=12.7379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.164;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:788,0,694 chrX 452579 . C T 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=19.46;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1337,144,0 chrX 452919 . T A 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=19.57;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1070,117,0 chrX 453005 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DP=59;Dels=0.00;FS=3.614;HaplotypeScore=7.8281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:435,0,462 chrX 453314 . T C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=105;Dels=0.00;FS=1.676;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:812,0,1032 chrX 453323 . A G 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=21.49;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2203,243,0 chrX 453420 . G A 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=17.22;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:96:877,96,0 chrX 453464 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.251;DP=50;Dels=0.00;FS=6.474;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:399,0,382 chrX 453621 . G A 1504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;DP=168;Dels=0.00;FS=9.653;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,91:168:99:1534,0,1619 chrX 455051 . C A 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.234;DP=77;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.221;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:843,0,593 chrX 455168 . T C 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DP=114;Dels=0.00;FS=4.676;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.583;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:1048,0,924 chrX 455246 . A C 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;DP=78;Dels=0.00;FS=3.047;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.890;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:78:99:800,0,428 chrX 455247 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.694;DP=82;Dels=0.00;FS=4.371;HaplotypeScore=8.8215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:451,0,877 chrX 455260 . C T 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=19.96;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1470,153,0 chrX 455330 . T A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;DP=100;Dels=0.00;FS=9.505;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:876,0,923 chrX 455334 . C G 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;DP=95;Dels=0.00;FS=9.943;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.361;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:831,0,872 chrX 455390 . A T 2203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=22.48;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2236,237,0 chrX 455495 . T G 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;DP=80;Dels=0.00;FS=1.837;HaplotypeScore=7.1174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.783;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:826,0,533 chrX 455563 . T A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DP=91;Dels=0.00;FS=5.527;HaplotypeScore=8.5459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.242;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:626,0,900 chrX 455657 . C T 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.003;DP=135;Dels=0.00;FS=2.401;HaplotypeScore=18.7461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,69:135:99:1126,0,1242 chrX 455806 . A G 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;DP=94;Dels=0.00;FS=2.724;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.399;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:945,0,771 chrX 455829 . C G 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;DP=88;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:88:99:820,0,652 chrX 455859 . G A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=66;Dels=0.00;FS=1.593;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.912;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:444,0,494 chrX 456040 . G A 918.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.511;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:112:99:948,0,780 chrX 456071 . A T 1108 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DP=62;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=17.87;ReadPosRankSum=3.307;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1141,123,0 chrX 456073 . A G 325.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;DP=58;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=5.60;ReadPosRankSum=2.115;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:355,0,375 chrX 456110 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.022;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.116;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:730,0,287 chrX 456250 . T C 579.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:609,0,754 chrX 456279 . C T 587.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.329;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:617,0,322 chrX 456781 . T C 606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=16.38;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:72:639,72,0 chrX 456916 . A G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=38;Dels=0.00;FS=14.540;HaplotypeScore=3.5806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=4.37;ReadPosRankSum=-2.248;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:196,0,367 chrX 456997 . T A 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DP=53;Dels=0.00;FS=2.359;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.618;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:288,0,544 chrX 457678 . A G 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=23;Dels=0.00;FS=4.075;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.220;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:179,0,197 chrX 457744 . C T 512 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=15.52;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:33:57:545,57,0 chrX 458269 . C G 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=82;Dels=0.00;FS=9.250;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.633;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:82:99:808,0,642 chrX 458564 . T C 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=102;Dels=0.00;FS=14.432;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.440;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:793,0,975 chrX 458980 . T C 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.174;DP=146;Dels=0.00;FS=4.378;HaplotypeScore=14.2056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,73:146:99:1292,0,1425 chrX 459216 . G C 2657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.68;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:135:99:2690,303,0 chrX 459229 . G A 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;DP=129;Dels=0.00;FS=0.708;HaplotypeScore=9.0274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.199;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.445;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,67:129:99:982,0,944 chrX 459261 . C T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=120;Dels=0.00;FS=6.342;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:120:99:699,0,865 chrX 459384 . A G 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.477;DP=109;Dels=0.00;FS=1.641;HaplotypeScore=7.5234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.408;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:109:99:860,0,934 chrX 459433 . T G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:72:99:489,0,563 chrX 459535 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=57;Dels=0.00;FS=1.240;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:57:99:594,0,346 chrX 459776 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.452;DP=68;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.846;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:466,0,809 chrX 459804 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=70;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:512,0,807 chrX 460047 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=72;Dels=0.00;FS=4.942;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.255;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.898;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:536,0,781 chrX 462490 . G A 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=19.59;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:895,96,0 chrX 462542 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=67;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.748;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:564,0,281 chrX 462583 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=66;Dels=0.00;FS=8.590;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.738;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:369,0,471 chrX 462586 . G C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DP=69;Dels=0.00;FS=10.294;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.758;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.043;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:378,0,465 chrX 462605 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.337;DP=65;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=3.5333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.853;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.128;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:275,0,542 chrX 462634 . A G 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.214;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.181;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:167,0,585 chrX 462687 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=78;Dels=0.00;FS=12.125;HaplotypeScore=4.3896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.300;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:78:99:469,0,562 chrX 462689 . A G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.376;DP=77;Dels=0.00;FS=10.318;HaplotypeScore=5.3365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:433,0,613 chrX 462713 . G A 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.941;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.597;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.350;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,63:107:99:798,0,367 chrX 462930 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.155;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:391,0,212 chrX 463005 . C T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.559;QD=8.05;ReadPosRankSum=-3.128;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:384,0,342 chrX 463032 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=6.69;ReadPosRankSum=-2.641;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:291,0,377 chrX 463068 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:38:99:181,0,406 chrX 463086 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=2.413;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.535;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:43:99:277,0,279 chrX 463170 . T C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=42;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.029;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:459,0,229 chrX 463222 . C T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=23.26;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1126,120,0 chrX 463257 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=45;Dels=0.00;FS=1.490;HaplotypeScore=5.5947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.143;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:482,0,335 chrX 463350 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=41;Dels=0.00;FS=1.471;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.248;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:309,0,453 chrX 463413 . T G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.838;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:360,0,253 chrX 463516 . C G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=36;Dels=0.00;FS=2.769;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:324,0,230 chrX 463561 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.247;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:304,0,507 chrX 463573 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=65;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=11.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:65:99:346,0,614 chrX 463641 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=72;Dels=0.00;FS=3.314;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.915;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:561,0,589 chrX 463771 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=47;Dels=0.00;FS=10.022;HaplotypeScore=5.6193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,31:47:99:512,0,145 chrX 464009 . C A 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.122;DP=116;Dels=0.00;FS=6.083;HaplotypeScore=9.8151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.503;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:116:99:1198,0,938 chrX 464252 . A G 1253 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=18.16;ReadPosRankSum=1.579;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1286,144,0 chrX 464394 . G A 416 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=15.41;SB=-6.657e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:48:449,48,0 chrX 464565 . C A 173.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=17.31;SB=-2.804e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:21:206,21,0 chrX 465021 . G A 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=19.81;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:746,81,0 chrX 465282 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=28;Dels=0.00;FS=8.916;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:207,0,289 chrX 465531 . A G 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.617;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1060,117,0 chrX 465795 . G A 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.07;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:539,57,0 chrX 465816 . T G 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=30;Dels=0.00;FS=4.357;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.502;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.617;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:66:608,66,0 chrX 466110 . A T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;DP=23;Dels=0.00;FS=6.397;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.093;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:250,0,136 chrX 466167 . A G 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=10;Dels=0.00;FS=14.771;HaplotypeScore=2.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-8.042e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:84:84,0,92 chrX 466454 . C T 492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.39;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:57:525,57,0 chrX 466683 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;DP=50;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:428,0,202 chrX 466776 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=68;Dels=0.00;FS=3.460;HaplotypeScore=5.4957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:478,0,501 chrX 467010 . C G 50.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=3.92;SB=-2.698e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:9:83,9,0 chrX 467107 . C T 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1397,144,0 chrX 467162 . A G 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=17.15;ReadPosRankSum=2.892;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:1165,126,0 chrX 467199 . A G 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.14;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:625,69,0 chrX 467589 . C T 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.85;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:640,69,0 chrX 467622 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=32;Dels=0.00;FS=1.406;HaplotypeScore=4.4841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:273,0,153 chrX 468221 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.999;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:89:300,0,89 chrX 469146 . C A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=39;Dels=0.00;FS=10.671;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:218,0,167 chrX 469194 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=62;Dels=0.00;FS=11.275;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:659,0,348 chrX 469453 . C T 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.81;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:710,75,0 chrX 469520 . T C 830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.24;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:863,96,0 chrX 469702 . A G 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;DP=70;Dels=0.00;FS=6.172;HaplotypeScore=15.5581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=17.11;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-7.639e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:70:99:1231,125,0 chrX 470533 . G A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=56;Dels=0.00;FS=4.566;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.892;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:293,0,592 chrX 470610 . G C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.202;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:551,0,433 chrX 470653 . A C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=50;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:324,0,330 chrX 470664 . T C 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=42;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.343;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:248,0,318 chrX 470777 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=48;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:340,0,392 chrX 471195 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.641;DP=65;Dels=0.00;FS=7.949;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=8.31;ReadPosRankSum=2.994;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:65:99:570,0,589 chrX 471278 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=30;Dels=0.00;FS=7.076;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:312,0,276 chrX 471366 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DP=68;Dels=0.00;FS=6.713;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:68:99:507,0,682 chrX 471486 . T A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;DP=82;Dels=0.00;FS=1.816;HaplotypeScore=11.0781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.235;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:622,0,677 chrX 471532 . C T 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:953,99,0 chrX 471770 . T C 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:38:99:109,0,289 chrX 471814 . A G 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:90:102,0,90 chrX 471869 . C T 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=18;Dels=0.00;FS=1.952;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:134,0,131 chrX 472011 . A G 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.78;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1449,159,0 chrX 472086 . T C 132.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=12;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-5.513e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:12:18:165,18,0 chrX 472163 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.39;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:799,0,860 chrX 472246 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.12;MQ0=0;MQRankSum=1.507;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:413,0,303 chrX 472296 . C T 320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.32;MQ0=0;QD=21.33;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:39:353,39,0 chrX 477659 . G A 866 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;DP=77;Dels=0.00;FS=10.601;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.48;MQ0=24;MQRankSum=1.984;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.377;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,54:77:99:899,105,0 chrX 477674 . G C 1064 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=65;Dels=0.00;FS=6.853;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.26;MQ0=11;MQRankSum=1.095;QD=16.37;ReadPosRankSum=2.870;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,54:65:99:1097,101,0 chrX 477677 . A C 1040 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=64;Dels=0.00;FS=6.853;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.54;MQ0=9;MQRankSum=0.566;QD=16.25;ReadPosRankSum=2.870;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:64:95:1073,95,0 chrX 484211 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=32;Dels=0.00;FS=7.829;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.893;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:250,0,291 chrX 484352 . C T 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=92;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=6.7600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.53;MQ0=0;MQRankSum=1.340;QD=16.49;ReadPosRankSum=1.448;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:1550,174,0 chrX 484353 . T C 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=17.26;ReadPosRankSum=1.654;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:90:99:1586,183,0 chrX 484372 . C T 1921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=18.83;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1954,219,0 chrX 484451 . G T 2438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2471,255,0 chrX 484530 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=8.37;ReadPosRankSum=2.231;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:43:99:390,0,259 chrX 484644 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.553;DP=85;Dels=0.00;FS=12.814;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:790,0,629 chrX 484754 . T A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.844;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:101:99:616,0,1039 chrX 484997 . A G 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.460;DP=107;Dels=0.00;FS=6.593;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1066,0,1030 chrX 485168 . G T 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.506;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:97:99:896,0,679 chrX 485193 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.367;DP=92;Dels=0.00;FS=1.754;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:534,0,898 chrX 485198 . G T 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=19.34;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1851,195,0 chrX 485426 . T C 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=23.36;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1598,171,0 chrX 485447 . G A 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=21.41;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1532,159,0 chrX 486009 . T C 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;DP=119;Dels=0.00;FS=0.757;HaplotypeScore=9.6141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.321;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.162;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:119:99:1029,0,1184 chrX 486166 . A G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=63;Dels=0.00;FS=9.404;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:545,0,539 chrX 486193 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=58;Dels=0.00;FS=5.856;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:357,0,551 chrX 486292 . G A 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.187;DP=124;Dels=0.02;FS=0.793;HaplotypeScore=16.4760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.717;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:122:99:966,0,1033 chrX 486407 . A C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;DP=77;Dels=0.03;FS=12.913;HaplotypeScore=22.6321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:707,0,448 chrX 486432 . T G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=66;Dels=0.00;FS=11.413;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.103;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.026;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:554,0,444 chrX 486501 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;DP=83;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.697;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.936;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:579,0,921 chrX 486724 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.819;DP=56;Dels=0.00;FS=10.619;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:56:99:447,0,440 chrX 486875 . G A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=94;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:94:99:776,0,688 chrX 487204 . T C 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=90;Dels=0.00;FS=10.589;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:873,0,630 chrX 487278 . T C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;DP=85;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=11.8480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:763,0,626 chrX 487434 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DP=84;Dels=0.00;FS=9.657;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:740,0,778 chrX 487716 . T G 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.144;DP=103;Dels=0.00;FS=1.618;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.861;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:103:99:814,0,1055 chrX 487737 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.802;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:100:99:676,0,987 chrX 487807 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;DP=81;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.708;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:656,0,517 chrX 487992 . A G 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=149;Dels=0.00;FS=3.040;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=21.64;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.751e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:149:99:3257,363,0 chrX 488113 . A C 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;DP=126;Dels=0.00;FS=7.156;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,49:126:99:841,0,1683 chrX 488152 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DP=94;Dels=0.00;FS=4.139;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.387;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:715,0,1215 chrX 488230 . T C 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=92;Dels=0.00;FS=9.934;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.789;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:971,0,635 chrX 488777 . T C 767.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=118;Dels=0.00;FS=4.470;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:118:99:797,0,978 chrX 488779 . A G 890.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DP=116;Dels=0.00;FS=3.324;HaplotypeScore=4.7625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.583;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:116:99:920,0,774 chrX 488781 . C T 880.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=118;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=3.9738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:118:99:910,0,767 chrX 488782 . T C 2137 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=18.75;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2170,246,0 chrX 488944 . C T 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.692;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:92:99:726,0,754 chrX 489013 . C T 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=20.17;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1687,177,0 chrX 489085 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=76;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=8.9199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.886;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:588,0,767 chrX 489283 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:620,0,534 chrX 489341 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.363;DP=69;Dels=0.00;FS=0.917;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.763;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.355;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:611,0,567 chrX 489978 . C G 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.534;DP=78;Dels=0.00;FS=0.913;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.887;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:78:99:752,0,559 chrX 489987 . T A 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.948;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.656;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:790,0,640 chrX 490198 . A G 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=61;Dels=0.00;FS=1.306;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.922;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:252,0,690 chrX 490357 . A T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.620;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:528,0,538 chrX 491785 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;DP=69;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.130;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:696,0,431 chrX 493019 . G T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:247,0,335 chrX 493614 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:480,0,622 chrX 494056 . G A 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.686;DP=147;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=18.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,65:147:99:1055,0,1291 chrX 494400 . T A 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.308;DP=104;Dels=0.00;FS=2.574;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:883,0,1042 chrX 495112 . T A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:581,0,726 chrX 495954 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.035;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:543,0,586 chrX 496520 . A C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=54;Dels=0.00;FS=7.529;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.637;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:54:99:330,0,408 chrX 498452 . G T 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=25.42;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1558,165,0 chrX 498578 . T G 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=21.20;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:902,99,0 chrX 498791 . G A 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.42;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2047,216,0 chrX 499118 . G A 2120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.32;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:2153,228,0 chrX 499382 . G A 2286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.09;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2319,246,0 chrX 499546 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.827;DP=78;Dels=0.00;FS=1.912;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:706,0,706 chrX 500057 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.608;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:541,0,611 chrX 500147 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DP=48;Dels=0.00;FS=2.536;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:267,0,503 chrX 500159 . G A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=52;Dels=0.00;FS=6.298;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.178;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:52:99:222,0,580 chrX 500174 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=59;Dels=0.00;FS=9.956;HaplotypeScore=3.2948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:59:99:312,0,693 chrX 500192 . A G 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=20.04;ReadPosRankSum=1.370;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1376,150,0 chrX 500362 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.402;DP=56;Dels=0.00;FS=5.497;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.224;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:680,0,315 chrX 500407 . C T 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.005;DP=70;Dels=0.00;FS=2.075;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:830,0,462 chrX 500495 . T A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.567;DP=98;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.084;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:705,0,1144 chrX 500602 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.315;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:649,0,472 chrX 501283 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;DP=73;Dels=0.00;FS=4.627;HaplotypeScore=9.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:755,0,436 chrX 501659 . T A 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=71;Dels=0.00;FS=3.248;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.005;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:608,0,687 chrX 501861 . G A 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.740;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=12.85;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:891,0,270 chrX 502139 . G A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=106;Dels=0.00;FS=2.578;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:106:99:669,0,1119 chrX 502163 . G A 2248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=21.83;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2281,243,0 chrX 502687 . C T 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.955;DP=124;Dels=0.00;FS=13.147;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.717;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,56:124:99:927,0,1225 chrX 502861 . G A 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=97;Dels=0.00;FS=2.670;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,54:97:99:1046,0,825 chrX 502945 . C T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=96;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:96:99:456,0,1150 chrX 503263 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=58;Dels=0.00;FS=1.027;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:58:99:329,0,564 chrX 503332 . C G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DP=59;Dels=0.00;FS=4.450;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=6.90;ReadPosRankSum=2.146;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:437,0,480 chrX 503779 . A G 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=46;Dels=0.00;FS=2.635;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.808;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:325,0,376 chrX 503880 . G C 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=33;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.284;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.211;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:267,0,175 chrX 503940 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DP=45;Dels=0.00;FS=1.137;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.857;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:348,0,439 chrX 504158 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=41;Dels=0.00;FS=2.906;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.553;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.894;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:41:99:500,0,136 chrX 504222 . C T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=32;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:289,0,157 chrX 504709 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DP=63;Dels=0.00;FS=14.826;HaplotypeScore=11.0569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:420,0,562 chrX 504862 . A C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;DP=112;Dels=0.00;FS=3.803;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,44:112:99:597,0,1217 chrX 505150 . G A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.018;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:115:99:782,0,1123 chrX 505156 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.061;DP=107;Dels=0.00;FS=1.706;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.549;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:107:99:731,0,1032 chrX 505163 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.561;DP=94;Dels=0.00;FS=5.858;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=6.39;ReadPosRankSum=2.117;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:631,0,881 chrX 505193 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.740;DP=78;Dels=0.00;FS=9.341;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:522,0,717 chrX 505297 . A T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=87;Dels=0.00;FS=4.709;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:686,0,908 chrX 505396 . C T 1112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,70:115:99:1142,0,618 chrX 505450 . C A 1011.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=94;Dels=0.00;FS=5.615;HaplotypeScore=2.4468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.019;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:1041,0,655 chrX 505554 . T G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=84;Dels=0.00;FS=4.434;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.142;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:561,0,909 chrX 505607 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;DP=69;Dels=0.00;FS=0.921;HaplotypeScore=12.5964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:69:99:569,0,696 chrX 506036 . C A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=52;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:491,0,369 chrX 506055 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:413,0,429 chrX 506424 . G A 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.000;DP=124;Dels=0.00;FS=5.514;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=9.47;ReadPosRankSum=-2.042;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,68:124:99:1204,0,1159 chrX 506521 . A G 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:103:99:961,0,896 chrX 506574 . T C 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.798;DP=105;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:105:99:852,0,742 chrX 506881 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DP=102;Dels=0.00;FS=2.689;HaplotypeScore=10.1829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:102:99:680,0,625 chrX 506903 . T C 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.638;DP=96;Dels=0.00;FS=3.951;HaplotypeScore=10.7538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.200;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:794,0,533 chrX 507511 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=97;Dels=0.00;FS=3.867;HaplotypeScore=5.8569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.463;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:97:99:640,0,908 chrX 508212 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=49;Dels=0.00;FS=14.239;HaplotypeScore=7.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:437,0,310 chrX 508514 . T A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:74:99:815,0,468 chrX 508529 . A C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;DP=72;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:807,0,367 chrX 508682 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.020;DP=100;Dels=0.00;FS=1.629;HaplotypeScore=5.0810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.745;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:799,0,937 chrX 508754 . G A 1394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.109;DP=153;Dels=0.00;FS=3.056;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.720;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,87:153:99:1424,0,1188 chrX 509332 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DP=56;Dels=0.00;FS=3.812;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.344;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:575,0,437 chrX 509431 . C T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=56;Dels=0.00;FS=4.319;HaplotypeScore=9.9860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:527,0,567 chrX 509825 . T A 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.694;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:738,0,827 chrX 509883 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=84;Dels=0.00;FS=5.625;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.794;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:573,0,746 chrX 510183 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:789,0,814 chrX 510268 . T G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.128;DP=67;Dels=0.00;FS=9.417;HaplotypeScore=7.2876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.473;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:67:99:513,0,632 chrX 510548 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;DP=59;Dels=0.00;FS=7.156;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.879;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:591,0,440 chrX 510695 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;DP=83;Dels=0.00;FS=4.278;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:681,0,588 chrX 510914 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.353;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:640,0,710 chrX 510934 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:502,0,857 chrX 510956 . G A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DP=75;Dels=0.00;FS=9.959;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:99:444,0,918 chrX 511279 . T C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=85;Dels=0.00;FS=9.325;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.405;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.214;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:497,0,647 chrX 511281 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;DP=86;Dels=0.00;FS=9.388;HaplotypeScore=6.4495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.409;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.141;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:86:99:539,0,754 chrX 511607 . A G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=69;Dels=0.00;FS=3.375;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.544;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:618,0,579 chrX 511879 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.005;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.856;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:506,0,380 chrX 511949 . C T 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.800;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=7.51;ReadPosRankSum=-2.472;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:721,0,892 chrX 512002 . G T 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DP=93;Dels=0.00;FS=1.711;HaplotypeScore=6.2233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,55:93:99:878,0,591 chrX 512096 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DP=82;Dels=0.00;FS=4.232;HaplotypeScore=13.4402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.330;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:807,0,581 chrX 512140 . T C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;DP=79;Dels=0.00;FS=1.866;HaplotypeScore=6.0528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.320;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:711,0,621 chrX 512272 . C T 1401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.148;DP=115;Dels=0.00;FS=4.801;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,65:115:99:1431,0,836 chrX 512347 . C T 1321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=100;Dels=0.00;FS=6.762;HaplotypeScore=5.0598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,61:100:99:1351,0,579 chrX 512491 . C T 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;DP=105;Dels=0.00;FS=9.672;HaplotypeScore=8.1404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.074;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,59:105:99:1143,0,778 chrX 512710 . T C 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.919;DP=95;Dels=0.00;FS=6.889;HaplotypeScore=6.5363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:95:99:887,0,859 chrX 513191 . G A 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=110;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=9.5080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:110:99:1002,0,897 chrX 513265 . A G 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.752;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:834,0,819 chrX 513398 . C T 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;DP=115;Dels=0.00;FS=4.612;HaplotypeScore=7.2166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:1055,0,998 chrX 514163 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:680,0,464 chrX 514177 . C T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DP=51;Dels=0.00;FS=8.661;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:404,0,427 chrX 514245 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DP=79;Dels=0.00;FS=5.932;HaplotypeScore=4.7918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.917;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:482,0,648 chrX 514246 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=81;Dels=0.00;FS=4.489;HaplotypeScore=4.7918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.024;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:506,0,596 chrX 514264 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.484;DP=80;Dels=0.00;FS=3.267;HaplotypeScore=5.8148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:473,0,706 chrX 514273 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DP=78;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=5.6619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.601;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:412,0,680 chrX 514366 . T C 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.255;DP=128;Dels=0.00;FS=6.823;HaplotypeScore=12.4780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.700;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,54:128:99:853,0,1442 chrX 514465 . G A 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:64:99:599,0,550 chrX 514490 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:617,0,430 chrX 514559 . G A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:621,0,372 chrX 514663 . G A 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.154;DP=107;Dels=0.00;FS=9.331;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.758;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,58:107:99:1072,0,840 chrX 514702 . C T 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DP=99;Dels=0.00;FS=13.703;HaplotypeScore=3.5584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:967,0,720 chrX 514731 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.156;DP=83;Dels=0.00;FS=1.835;HaplotypeScore=4.8882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:524,0,824 chrX 514825 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:500,0,444 chrX 514851 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.866;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.885;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:680,0,505 chrX 515263 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=74;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=8.6011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:500,0,729 chrX 515338 . T C 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.043;DP=116;Dels=0.00;FS=4.637;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:116:99:870,0,959 chrX 515351 . A G 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DP=126;Dels=0.00;FS=4.281;HaplotypeScore=13.2822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.161;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:126:99:918,0,1040 chrX 515450 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=90;Dels=0.00;FS=6.159;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:90:99:884,0,797 chrX 516019 . C T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.721;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:684,0,613 chrX 516099 . T C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:423,0,334 chrX 516190 . C T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=50;Dels=0.00;FS=3.339;HaplotypeScore=6.1686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:50:99:593,0,232 chrX 516246 . T C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=72;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=6.7787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:72:99:812,0,403 chrX 516436 . G A 1776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DP=173;Dels=0.00;FS=3.965;HaplotypeScore=6.3838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.997;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,86:173:99:1806,0,1781 chrX 516801 . G A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=69;Dels=0.00;FS=3.288;HaplotypeScore=7.6425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=8.48;ReadPosRankSum=2.899;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:615,0,494 chrX 516802 . T G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;DP=69;Dels=0.00;FS=4.812;HaplotypeScore=7.6425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=8.51;ReadPosRankSum=2.652;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:69:99:617,0,546 chrX 516831 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=83;Dels=0.00;FS=1.891;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.757;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.686;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:83:99:670,0,617 chrX 516847 . T C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.379;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.077;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:589,0,765 chrX 517244 . G C 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=126;Dels=0.00;FS=5.670;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.113;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,50:126:99:833,0,1436 chrX 517494 . T G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=110;Dels=0.00;FS=5.134;HaplotypeScore=10.3255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.818;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:110:99:668,0,964 chrX 517501 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.381;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:679,0,1030 chrX 517657 . T C 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=105;Dels=0.00;FS=11.531;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.688;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,41:105:99:773,0,1042 chrX 517906 . A G 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.321;DP=114;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.904;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.571;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:114:99:963,0,1001 chrX 518093 . T C 364.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=92;Dels=0.00;FS=40.550;HaplotypeScore=24.0681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=2.130;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.638;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,24:92:99:394,0,1006 chrX 518690 . C T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=94;Dels=0.00;FS=1.707;HaplotypeScore=11.2367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:627,0,777 chrX 520853 . C T 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=37;Dels=0.00;FS=5.297;HaplotypeScore=3.9448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.016;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:141,0,465 chrX 520988 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=27;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.295;QD=9.93;ReadPosRankSum=2.048;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:298,0,133 chrX 521093 . G A 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=24;Dels=0.00;FS=7.650;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.322;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:127,0,209 chrX 521432 . G A 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=1.19;ReadPosRankSum=-2.143;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:49:49,0,197 chrX 521645 . T G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.558;DP=88;Dels=0.00;FS=3.596;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:88:99:650,0,1006 chrX 522284 . T C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;DP=27;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.286;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:247,0,148 chrX 522481 . C G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:342,0,198 chrX 522484 . C T 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;DP=39;Dels=0.00;FS=1.469;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:281,0,188 chrX 522503 . G A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=42;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=5.0622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.915;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.122;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:42:99:217,0,225 chrX 522608 . T C 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.104;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:167,0,171 chrX 522848 . T C 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:221,0,137 chrX 523142 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=10.29;ReadPosRankSum=-2.250;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:349,0,200 chrX 523349 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=52;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.692;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:52:99:668,0,206 chrX 523373 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DP=55;Dels=0.00;FS=8.581;HaplotypeScore=4.8697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.228;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,38:55:99:802,0,136 chrX 523867 . T G 1259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=133;Dels=0.00;FS=6.991;HaplotypeScore=14.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.825;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.952;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,69:133:99:1289,0,999 chrX 524098 . A T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=85;Dels=0.00;FS=1.104;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:685,0,598 chrX 524113 . T G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.338;DP=93;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=5.1635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.987;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:93:99:634,0,760 chrX 524213 . T C 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DP=86;Dels=0.00;FS=3.201;HaplotypeScore=4.8298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=10.71;ReadPosRankSum=2.558;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:86:99:951,0,529 chrX 524254 . A C 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.937;DP=95;Dels=0.00;FS=1.719;HaplotypeScore=9.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=8.66;ReadPosRankSum=-3.147;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:95:99:853,0,810 chrX 524341 . C T 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.115;DP=91;Dels=0.00;FS=4.127;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.366;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:91:99:742,0,702 chrX 524370 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.814;DP=77;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.007;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:77:99:549,0,553 chrX 524384 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;DP=53;Dels=0.00;FS=4.102;HaplotypeScore=6.5174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.606;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:53:99:283,0,379 chrX 524404 . G A 70.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.998;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.930;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:100,0,333 chrX 524408 . C T 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.380;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:66:66,0,309 chrX 524412 . C T 44.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;DP=43;Dels=0.00;FS=1.186;HaplotypeScore=1.9243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.882;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:74:74,0,281 chrX 524435 . C T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.690;DP=49;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.550;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.510;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:175,0,360 chrX 524483 . G T 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=71;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:735,0,438 chrX 524618 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.278;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:462,0,372 chrX 524703 . C A 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:26:163,0,26 chrX 524968 . G T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:467,0,211 chrX 525584 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;DP=49;Dels=0.00;FS=21.297;HaplotypeScore=2.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.363;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:525,0,313 chrX 525745 . C A 81.27 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=15;Dels=0.00;FS=11.139;HaplotypeScore=8.2042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-9.077e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:9:111,0,9 chrX 525795 . A T 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=56;Dels=0.00;FS=5.288;HaplotypeScore=28.0929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.875;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,4:56:57:57,0,142 chrX 525864 . A C 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=89;Dels=0.00;FS=15.511;HaplotypeScore=21.5247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.97;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:1085,0,462 chrX 525918 . G A 974.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=93;Dels=0.00;FS=1.548;HaplotypeScore=14.8441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,57:93:99:1004,0,559 chrX 526036 . T C 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=65;Dels=0.00;FS=1.410;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:742,0,555 chrX 526305 . A G 1469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.809;DP=175;Dels=0.00;FS=4.426;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.421;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.378;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,79:175:99:1499,0,1979 chrX 527538 . A G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=30;Dels=0.00;FS=5.710;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:213,0,230 chrX 528102 . C T 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=81;Dels=0.00;FS=6.417;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.282;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:817,0,591 chrX 528491 . C T 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.177;DP=135;Dels=0.00;FS=5.367;HaplotypeScore=17.3167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.002;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,75:135:99:1286,0,841 chrX 528574 . T C 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.927;DP=83;Dels=0.00;FS=5.933;HaplotypeScore=10.3367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.105;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:83:99:678,0,586 chrX 528639 . A T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=59;Dels=0.00;FS=3.615;HaplotypeScore=4.8508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.372;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:416,0,572 chrX 528849 . G A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.399;DP=81;Dels=0.00;FS=4.210;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:791,0,664 chrX 528913 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=70;Dels=0.00;FS=4.707;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.682;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:596,0,550 chrX 529045 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.942;DP=61;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=4.7863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:541,0,730 chrX 529184 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=60;Dels=0.00;FS=5.616;HaplotypeScore=12.2359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.748;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:60:99:427,0,541 chrX 529296 . A T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=71;Dels=0.00;FS=15.092;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.420;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:501,0,715 chrX 529307 . G A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=71;Dels=0.00;FS=12.843;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.162;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:359,0,819 chrX 529308 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;DP=71;Dels=0.00;FS=10.437;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.112;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:369,0,831 chrX 529362 . G A 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;DP=95;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.957;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,37:95:99:208,0,1264 chrX 529374 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;DP=99;Dels=0.00;FS=2.812;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.192;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,36:99:99:226,0,1428 chrX 529383 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;DP=99;Dels=0.00;FS=7.088;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.347;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,34:99:99:250,0,1313 chrX 529442 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;DP=75;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,25:75:99:282,0,1018 chrX 529470 . T C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.762;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:64:99:224,0,724 chrX 529486 . A G 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=63;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=3.2158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.735;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.202;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:255,0,734 chrX 529549 . T C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.817;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.648;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:78:99:186,0,833 chrX 529553 . C T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-4.753;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:201,0,842 chrX 529640 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:703,0,664 chrX 529795 . G A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;DP=97;Dels=0.00;FS=6.692;HaplotypeScore=8.0765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:97:99:708,0,1043 chrX 529812 . A C 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=114;Dels=0.00;FS=2.435;HaplotypeScore=8.1584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.597;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.459;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:114:99:894,0,1101 chrX 530079 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:605,0,398 chrX 530523 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=46;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:452,0,278 chrX 530814 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=52;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=8.06;ReadPosRankSum=-2.591;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:449,0,412 chrX 531033 . A G 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DP=104;Dels=0.00;FS=4.837;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:870,0,883 chrX 531048 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;DP=107;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.857;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.013;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:107:99:842,0,927 chrX 531409 . C A 1851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.685;DP=182;Dels=0.00;FS=10.307;HaplotypeScore=14.7642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.181;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.131;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,94:182:99:1881,0,1599 chrX 531521 . G A 1499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.293;DP=145;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=4.3958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.434;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,77:145:99:1529,0,1232 chrX 531568 . C T 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.285;DP=109;Dels=0.00;FS=2.598;HaplotypeScore=9.0679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=10.42;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:109:99:1166,0,922 chrX 531599 . T G 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=106;Dels=0.00;FS=3.748;HaplotypeScore=16.3612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=7.97;ReadPosRankSum=2.354;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:106:99:875,0,920 chrX 531713 . T C 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,52:132:99:918,0,1354 chrX 531747 . T G 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.901;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,57:147:99:856,0,1556 chrX 531751 . T C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.130;DP=135;Dels=0.00;FS=3.304;HaplotypeScore=6.0089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.951;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,56:135:99:709,0,1482 chrX 531789 . G T 299.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.648;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-7.510;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.264;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:93:99:329,0,959 chrX 531790 . T C 276.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=90;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=9.6714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-7.879;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.945;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:90:99:306,0,922 chrX 531791 . A G 272.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;DP=90;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=8.8827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-7.830;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.912;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:90:99:302,0,924 chrX 531794 . T C 290.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.117;DP=91;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-7.430;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.995;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:91:99:320,0,966 chrX 531807 . G A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-6.211;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:253,0,816 chrX 531814 . T A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.412;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:280,0,762 chrX 532027 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DP=79;Dels=0.00;FS=6.339;HaplotypeScore=6.6010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.239;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:645,0,795 chrX 532743 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=62;Dels=0.00;FS=3.600;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:62:99:610,0,415 chrX 532916 . T A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.134;DP=71;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=4.0376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:429,0,821 chrX 532931 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DP=79;Dels=0.00;FS=1.867;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:509,0,846 chrX 533833 . T C 1219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;DP=135;Dels=0.00;FS=1.411;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:135:99:1249,0,1385 chrX 534002 . G T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.754;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:632,0,835 chrX 534212 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=60;Dels=0.00;FS=2.212;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=10.15;ReadPosRankSum=-2.294;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:639,0,483 chrX 534224 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=64;Dels=0.00;FS=2.100;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:467,0,598 chrX 534296 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.883;DP=93;Dels=0.00;FS=1.890;HaplotypeScore=9.0517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:599,0,952 chrX 534345 . G T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.971;DP=81;Dels=0.00;FS=4.241;HaplotypeScore=8.9374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:611,0,811 chrX 534756 . A G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=7.03;ReadPosRankSum=2.258;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:543,0,633 chrX 534967 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.527;DP=67;Dels=0.00;FS=6.541;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:545,0,483 chrX 535430 . T C 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.734;DP=101;Dels=0.00;FS=3.768;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.554;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:892,0,799 chrX 535531 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.126;DP=77;Dels=0.00;FS=1.907;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:77:99:725,0,711 chrX 535866 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DP=65;Dels=0.00;FS=18.679;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.545;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:350,0,673 chrX 535873 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=72;Dels=0.00;FS=3.532;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:401,0,648 chrX 536352 . A G 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.953;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:743,0,616 chrX 536354 . C T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.263;DP=88;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=5.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.580;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,50:88:99:717,0,641 chrX 537207 . A G 1299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.137;DP=154;Dels=0.00;FS=5.976;HaplotypeScore=11.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.085;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,76:154:99:1329,0,1442 chrX 538006 . G A 299.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DP=69;Dels=0.00;FS=33.377;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.738;QD=4.33;ReadPosRankSum=-4.796;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:329,0,728 chrX 538523 . T C 94.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=47;Dels=0.00;FS=32.818;HaplotypeScore=15.5770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.661;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:47:99:124,0,526 chrX 538944 . T C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.355;DP=85;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.763;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:747,0,831 chrX 539780 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=28;Dels=0.00;FS=3.382;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.555;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:299,0,180 chrX 539960 . C T 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.270;DP=69;Dels=0.00;FS=6.594;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.722;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:709,0,556 chrX 540054 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=12.06;ReadPosRankSum=2.374;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:597,0,322 chrX 540420 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=55;Dels=0.00;FS=18.203;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.608;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.480;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:486,0,458 chrX 540433 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=55;Dels=0.00;FS=7.527;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.121;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:444,0,515 chrX 540929 . A G 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;DP=84;Dels=0.00;FS=68.373;HaplotypeScore=7.3974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=2;MQRankSum=-3.803;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,15:84:90:90,0,1372 chrX 540972 . A T 319.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=82;Dels=0.00;FS=83.582;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=1;MQRankSum=-3.744;QD=3.89;ReadPosRankSum=2.247;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,24:82:99:349,0,1116 chrX 541000 . C T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DP=85;Dels=0.00;FS=91.008;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.003;QD=8.25;ReadPosRankSum=-3.805;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:731,0,842 chrX 541067 . C A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=55;Dels=0.00;FS=36.760;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.404;QD=6.20;ReadPosRankSum=-2.140;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:371,0,526 chrX 541461 . G T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.365;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:73:68:68,0,996 chrX 541613 . A T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=129;Dels=0.00;FS=28.260;HaplotypeScore=16.5180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.32;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.061;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,49:129:99:740,0,1219 chrX 541712 . A T 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.701;DP=112;Dels=0.00;FS=6.087;HaplotypeScore=14.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:747,0,1223 chrX 542113 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DP=74;Dels=0.00;FS=1.976;HaplotypeScore=5.0305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.296;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:627,0,522 chrX 542131 . C T 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.752;DP=81;Dels=0.00;FS=7.397;HaplotypeScore=9.7829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:693,0,512 chrX 542293 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;DP=38;Dels=0.00;FS=1.303;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:261,0,433 chrX 542308 . A G 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=32;Dels=0.00;FS=3.477;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:171,0,352 chrX 542323 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=35;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.983;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:197,0,359 chrX 542620 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=53;Dels=0.00;FS=16.902;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=10.42;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:582,0,444 chrX 542637 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=44;Dels=0.00;FS=14.322;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:369,0,415 chrX 542771 . G A 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.542;DP=77;Dels=0.00;FS=1.900;HaplotypeScore=10.8363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.972;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:77:99:732,0,711 chrX 543104 . T C 1558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.462;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,78:162:99:1588,0,1506 chrX 543140 . G A 1871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.771;DP=180;Dels=0.00;FS=1.188;HaplotypeScore=10.8461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,99:180:99:1901,0,1541 chrX 543250 . T G 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.450;DP=132;Dels=0.00;FS=1.458;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.474;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.382;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,58:132:99:1099,0,1581 chrX 543266 . C T 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DP=127;Dels=0.00;FS=2.454;HaplotypeScore=8.0027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.518;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.488;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,56:127:99:1022,0,1357 chrX 543776 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.564;DP=119;Dels=0.00;FS=15.623;HaplotypeScore=5.4452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.513;QD=3.18;ReadPosRankSum=-2.458;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:119:99:408,0,1374 chrX 543844 . G C 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;DP=105;Dels=0.00;FS=6.361;HaplotypeScore=7.1947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.311;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,42:105:99:789,0,1156 chrX 543878 . T G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.301;DP=97;Dels=0.00;FS=10.582;HaplotypeScore=5.8775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.180;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,34:97:99:559,0,1124 chrX 543880 . G T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;DP=102;Dels=0.00;FS=5.063;HaplotypeScore=4.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,41:102:99:525,0,1097 chrX 544304 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;DP=87;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.937;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.921;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:86:99:580,0,851 chrX 544322 . C G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.518;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:83:99:485,0,895 chrX 544484 . C T 1183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;DP=100;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:1213,0,814 chrX 544523 . T C 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;DP=117;Dels=0.00;FS=3.744;HaplotypeScore=10.4024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.532;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:117:99:1282,0,946 chrX 545038 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=97;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=11.1605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.180;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:768,0,721 chrX 545053 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.995;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:538,0,685 chrX 545209 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;DP=68;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=5.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:414,0,648 chrX 545233 . C T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.497;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:341,0,647 chrX 545239 . C A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=69;Dels=0.00;FS=0.927;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.071;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:256,0,644 chrX 545249 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=76;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.657;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:387,0,597 chrX 545817 . G C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=26;Dels=0.00;FS=4.446;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:26:99:188,0,157 chrX 546078 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DP=51;Dels=0.00;FS=4.249;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.359;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:534,0,275 chrX 546103 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=50;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=2.6688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:50:99:593,0,350 chrX 546305 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=52;Dels=0.00;FS=2.946;HaplotypeScore=9.4780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.702;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:52:99:355,0,606 chrX 546368 . T A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=41;Dels=0.00;FS=10.670;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:213,0,561 chrX 546527 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;DP=53;Dels=0.00;FS=6.075;HaplotypeScore=4.8287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.312;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.752;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:215,0,619 chrX 546530 . A G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=53;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.765;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:221,0,527 chrX 546704 . C T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DP=78;Dels=0.00;FS=7.824;HaplotypeScore=11.0541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.331;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:78:99:438,0,690 chrX 546734 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=68;Dels=0.00;FS=2.331;HaplotypeScore=5.0783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=4.07;ReadPosRankSum=-2.175;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:307,0,822 chrX 546746 . T A 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.757;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.117;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,17:66:99:166,0,746 chrX 546803 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.745;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:363,0,701 chrX 546863 . C T 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;DP=46;Dels=0.00;FS=6.515;HaplotypeScore=11.9801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:236,0,451 chrX 546884 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=43;Dels=0.00;FS=4.375;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:261,0,398 chrX 547067 . C T 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=63;Dels=0.00;FS=3.429;HaplotypeScore=4.1674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:693,0,524 chrX 547082 . C G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=57;Dels=0.00;FS=12.214;HaplotypeScore=8.0307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:57:99:338,0,528 chrX 547200 . C T 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.486;DP=74;Dels=0.00;FS=6.072;HaplotypeScore=10.3514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.206;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:74:99:852,0,375 chrX 547229 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;DP=64;Dels=0.00;FS=5.166;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:724,0,430 chrX 547598 . C A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DP=61;Dels=0.00;FS=2.200;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:625,0,407 chrX 547730 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DP=49;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.837;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:517,0,289 chrX 547820 . C A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:409,0,392 chrX 548012 . G A 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.143;DP=73;Dels=0.00;FS=5.420;HaplotypeScore=5.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.411;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.193;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:667,0,556 chrX 548174 . T C 2390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=106;Dels=0.00;FS=7.576;HaplotypeScore=8.1861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=22.55;ReadPosRankSum=0.387;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:106:99:2423,261,0 chrX 548247 . T C 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1803,192,0 chrX 548463 . G A 4670.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=25.66;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:182:99:4670,504,0 chrX 548488 . T A 3837.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.98;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:3837,441,0 chrX 548667 . A T 4566.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=219;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.684;SB=-2.762e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,218:219:99:4566,481,0 chrX 548670 . A G 4403.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=215;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=20.48;ReadPosRankSum=1.668;SB=-2.707e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,214:215:99:4403,489,0 chrX 549010 . T G 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=18.22;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1254,135,0 chrX 549292 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DP=36;Dels=0.00;FS=2.987;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:285,0,301 chrX 549542 . T C 430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.50;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:51:463,51,0 chrX 550837 . T C 1392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=22.10;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1425,156,0 chrX 551230 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=69;Dels=0.00;FS=6.339;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:689,0,502 chrX 551398 . C T 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=99;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=8.5620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.013;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,58:99:99:771,0,605 chrX 551409 . C A 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.261;DP=102;Dels=0.00;FS=0.784;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.856;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:102:99:861,0,625 chrX 551422 . C T 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=103;Dels=0.00;FS=2.616;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.446;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,61:103:99:936,0,735 chrX 551577 . C G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.035;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:686,0,392 chrX 551614 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.107;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:55:99:450,0,485 chrX 551969 . C T 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=81;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=11.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:701,0,580 chrX 552004 . C T 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=99;Dels=0.00;FS=8.083;HaplotypeScore=5.8286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.639;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:99:99:912,0,718 chrX 552130 . G T 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.944;DP=81;Dels=0.00;FS=4.709;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=8.81;ReadPosRankSum=2.454;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:81:99:744,0,666 chrX 552134 . G A 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=22.47;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1808,195,0 chrX 552241 . A G 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=21.23;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1328,144,0 chrX 552441 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=69;Dels=0.00;FS=3.373;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.030;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:458,0,659 chrX 552448 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=73;Dels=0.00;FS=2.087;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:73:99:518,0,651 chrX 552529 . T C 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=21.18;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1643,186,0 chrX 552584 . A T 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=22.54;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1611,168,0 chrX 552593 . T C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=62;Dels=0.00;FS=11.742;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=9.10;ReadPosRankSum=2.012;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:594,0,576 chrX 552605 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=61;Dels=0.00;FS=5.344;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:504,0,591 chrX 552643 . C A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=51;Dels=0.00;FS=5.785;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:505,0,470 chrX 552697 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DP=57;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:422,0,630 chrX 552709 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=60;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=3.4609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.350;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:60:99:435,0,669 chrX 552808 . T C 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=44;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.549;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.403;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:254,0,532 chrX 552851 . A G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:53:99:569,0,274 chrX 552913 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.219;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:458,0,624 chrX 552966 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.280;DP=80;Dels=0.00;FS=0.857;HaplotypeScore=4.2645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.758;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:380,0,871 chrX 552967 . G A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=80;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:460,0,825 chrX 553154 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:417,0,524 chrX 553193 . G C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:342,0,491 chrX 553313 . T C 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.408;DP=138;Dels=0.00;FS=2.151;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.571;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,65:138:99:1058,0,1327 chrX 553314 . A G 1215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;DP=137;Dels=0.00;FS=2.170;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=3.721;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,70:137:99:1245,0,1173 chrX 553370 . T C 1197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.500;DP=157;Dels=0.00;FS=6.242;HaplotypeScore=19.6450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.544;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.190;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,72:157:99:1227,0,1614 chrX 553465 . A G 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.248;DP=76;Dels=0.00;FS=15.495;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=12.16;ReadPosRankSum=4.080;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:76:99:954,0,145 chrX 553578 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=81;Dels=0.00;FS=2.036;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.78;MQ0=0;MQRankSum=2.238;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.411;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:704,0,653 chrX 553579 . C G 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;DP=81;Dels=0.00;FS=2.036;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.78;MQ0=0;MQRankSum=2.733;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.421;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:693,0,591 chrX 553597 . G A 688.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=98;Dels=0.00;FS=3.782;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.330;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.112;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:98:99:718,0,764 chrX 553604 . T C 622.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.43;MQ0=0;MQRankSum=-6.388;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.918;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:652,0,635 chrX 553606 . G A 600.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.68;MQ0=0;MQRankSum=-6.695;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.969;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:630,0,635 chrX 553611 . T C 497.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.975;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.81;MQ0=0;MQRankSum=-6.847;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.481;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,50:87:99:527,0,602 chrX 553617 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=85;Dels=0.00;FS=1.798;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.72;MQ0=0;MQRankSum=-6.562;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.597;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:85:99:549,0,547 chrX 553641 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;DP=78;Dels=0.00;FS=4.398;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.600;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.146;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:535,0,524 chrX 553743 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=76;Dels=0.00;FS=7.693;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.536;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:720,0,584 chrX 553749 . T A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;DP=90;Dels=0.00;FS=14.952;HaplotypeScore=13.3963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.493;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.222;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:840,0,580 chrX 553782 . C T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.127;DP=100;Dels=0.00;FS=10.532;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,60:100:99:1029,0,824 chrX 553828 . T C 1125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.840;DP=125;Dels=0.00;FS=0.712;HaplotypeScore=10.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,71:125:99:1155,0,1008 chrX 553911 . G T 3848.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=24.67;SB=-1.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:156:99:3848,403,0 chrX 554102 . C A 1175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.702;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=11.08;ReadPosRankSum=-2.090;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:1205,0,624 chrX 554369 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;DP=76;Dels=0.00;FS=4.584;HaplotypeScore=8.5289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=4.61;ReadPosRankSum=-2.432;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:76:99:380,0,900 chrX 554464 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.528;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:50:99:283,0,510 chrX 554517 . A T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.813;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:705,0,513 chrX 554633 . C T 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=121;Dels=0.00;FS=5.071;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,60:121:99:1057,0,1242 chrX 554884 . C G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DP=61;Dels=0.00;FS=4.068;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.137;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:425,0,595 chrX 554895 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=75;Dels=0.00;FS=5.644;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.747;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:523,0,740 chrX 554957 . C T 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.804;DP=113;Dels=0.00;FS=4.519;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:655,0,1207 chrX 554975 . T A 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=126;Dels=0.00;FS=4.830;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:126:99:848,0,1389 chrX 554999 . C T 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;DP=130;Dels=0.00;FS=1.594;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:130:99:966,0,1223 chrX 555038 . G A 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.264;DP=127;Dels=0.00;FS=1.471;HaplotypeScore=6.4481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.439;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.337;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,63:127:99:920,0,995 chrX 555162 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.617;DP=72;Dels=0.00;FS=2.233;HaplotypeScore=18.2609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.276;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:561,0,808 chrX 555398 . A G 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.954;DP=125;Dels=0.00;FS=1.476;HaplotypeScore=13.4915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:125:99:989,0,1309 chrX 555458 . G A 1135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.010;DP=147;Dels=0.00;FS=5.355;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.082;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,63:147:99:1165,0,1500 chrX 555489 . T C 1180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.078;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.461;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,65:139:99:1210,0,1397 chrX 555554 . G A 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.646;DP=98;Dels=0.00;FS=9.839;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:773,0,998 chrX 555716 . C T 1388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.387;DP=199;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,95:199:99:1418,0,1956 chrX 555723 . T C 1355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.123;DP=189;Dels=0.00;FS=0.553;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.032;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,85:189:99:1385,0,1952 chrX 555743 . G A 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.578;QD=6.21;ReadPosRankSum=2.027;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,85:183:99:1166,0,1749 chrX 555949 . G C 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=111;Dels=0.00;FS=3.732;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:111:99:841,0,1027 chrX 556394 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=45;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:393,0,399 chrX 556720 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=78;Dels=0.00;FS=3.729;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.992;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:585,0,866 chrX 557590 . A G 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;DP=69;Dels=0.00;FS=6.592;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:787,0,382 chrX 557648 . C G 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.668;DP=72;Dels=0.00;FS=14.794;HaplotypeScore=6.2913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:757,0,652 chrX 558226 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DP=51;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.732;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:397,0,530 chrX 558253 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.408;DP=60;Dels=0.00;FS=3.586;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:491,0,537 chrX 558314 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:72:99:530,0,403 chrX 558558 . A G 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DP=44;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:176,0,481 chrX 558652 . A G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.438;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:248,0,222 chrX 558676 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DP=45;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:401,0,280 chrX 558889 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.114;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:441,0,361 chrX 559033 . T C 89.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=13;Dels=0.00;FS=5.756;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.312;SB=-6.514e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:119,0,123 chrX 559264 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.518;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:358,0,327 chrX 559588 . A G 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.46;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:50:99:1106,120,0 chrX 559813 . G A 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DP=53;Dels=0.00;FS=4.184;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:53:99:306,0,665 chrX 559883 . T C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.520;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:405,0,447 chrX 559922 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:51:99:398,0,466 chrX 559982 . C T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.046;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:333,0,319 chrX 560037 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.705;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:399,0,385 chrX 560078 . G A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=8.83;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:754,0,654 chrX 560244 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.017;DP=71;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=9.6509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.188;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:493,0,889 chrX 560285 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=55;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=6.4138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:363,0,568 chrX 560603 . T G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;DP=62;Dels=0.00;FS=10.020;HaplotypeScore=7.1734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:307,0,578 chrX 561055 . A G 1188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.780;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,70:139:99:1218,0,1264 chrX 561590 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=60;Dels=0.00;FS=11.903;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.431;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:60:99:449,0,577 chrX 563290 . G A 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.369;DP=115;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,51:115:99:906,0,1068 chrX 564269 . G A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DP=64;Dels=0.00;FS=5.423;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:585,0,481 chrX 564290 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;DP=84;Dels=0.00;FS=3.324;HaplotypeScore=8.7761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.694;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:595,0,681 chrX 564333 . T G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=81;Dels=0.00;FS=5.341;HaplotypeScore=6.5374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:81:99:571,0,801 chrX 564368 . A C 358.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.961;DP=68;Dels=0.00;FS=12.141;HaplotypeScore=8.6932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:388,0,767 chrX 564566 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DP=44;Dels=0.00;FS=2.493;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:334,0,393 chrX 564626 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=52;Dels=0.00;FS=1.069;HaplotypeScore=4.9689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:402,0,495 chrX 566519 . T C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.171;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:71:99:448,0,862 chrX 566594 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:403,0,295 chrX 566600 . G C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:390,0,323 chrX 566656 . A G 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;DP=46;Dels=0.00;FS=11.478;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.120;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:442,0,315 chrX 567062 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DP=62;Dels=0.00;FS=19.947;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:62:99:557,0,459 chrX 568363 . G A 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.390;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:801,0,652 chrX 568532 . C G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.500;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:691,0,632 chrX 568539 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;DP=67;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:589,0,498 chrX 568805 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=75;Dels=0.00;FS=7.644;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:461,0,636 chrX 568992 . A T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.901;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:559,0,667 chrX 569307 . G A 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=97;Dels=0.00;FS=7.454;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:838,0,977 chrX 570648 . C G 1002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=19.27;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1035,114,0 chrX 570721 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=35;Dels=0.00;FS=3.323;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.709;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:381,0,239 chrX 570822 . A G 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=4.424;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=1.636;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:66:573,66,0 chrX 571066 . A G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=31;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.179;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:225,0,195 chrX 571096 . T C 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.192;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=2.40;ReadPosRankSum=-2.467;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:114,0,289 chrX 571276 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;DP=70;Dels=0.00;FS=6.975;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.842;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:70:99:635,0,403 chrX 571582 . A G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=40;Dels=0.00;FS=1.208;HaplotypeScore=4.0256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.531;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:419,0,234 chrX 571651 . G A 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=21.60;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1048,111,0 chrX 571765 . A T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=40;Dels=0.00;FS=1.370;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.345;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:328,0,344 chrX 571854 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=51;Dels=0.00;FS=2.610;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.021;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:530,0,144 chrX 571909 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.654;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:573,0,369 chrX 572041 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=39;Dels=0.00;FS=9.548;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:348,0,335 chrX 572117 . A G 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=37;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=6.9028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:224,0,203 chrX 572278 . G C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DP=99;Dels=0.00;FS=0.847;HaplotypeScore=5.5258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.661;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:554,0,950 chrX 572441 . T C 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=21;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:21:99:123,0,266 chrX 572450 . G C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DP=28;Dels=0.00;FS=3.799;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.223;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.599;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:263,0,163 chrX 572675 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:189,0,453 chrX 572786 . G T 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=35;Dels=0.00;FS=1.524;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:153,0,325 chrX 572936 . C T 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=18.45;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:605,63,0 chrX 572976 . T A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:213,0,194 chrX 573037 . C A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.060;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:180,0,327 chrX 573325 . C T 233.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=7.77;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:27:266,27,0 chrX 573331 . T C 205.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:27:238,27,0 chrX 573386 . A G 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=16.37;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:90:835,90,0 chrX 573441 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=56;Dels=0.00;FS=9.622;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:56:99:539,0,448 chrX 573581 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;DP=58;Dels=0.00;FS=4.335;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.264;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:486,0,445 chrX 573598 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=57;Dels=0.00;FS=6.277;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.503;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:449,0,386 chrX 574034 . C G 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.85;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:947,102,0 chrX 574073 . C T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=59;Dels=0.00;FS=4.039;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.059;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.017;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,41:59:99:809,0,220 chrX 574091 . T C 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.787;DP=63;Dels=0.00;FS=4.018;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:63:99:196,0,866 chrX 574115 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;DP=62;Dels=0.00;FS=3.791;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.248;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:62:99:298,0,738 chrX 574232 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:377,0,767 chrX 574262 . A G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:180,0,498 chrX 574310 . G A 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=28;Dels=0.00;FS=1.882;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.896;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:252,0,272 chrX 574412 . C T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.354;DP=39;Dels=0.00;FS=3.187;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:39:99:215,0,533 chrX 574541 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;DP=51;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:384,0,484 chrX 574799 . T C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.136;DP=53;Dels=0.00;FS=4.462;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.135;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:456,0,613 chrX 575007 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;DP=67;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.125;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:528,0,627 chrX 575093 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=48;Dels=0.00;FS=4.368;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.164;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:332,0,507 chrX 575349 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=102;Dels=0.00;FS=3.515;HaplotypeScore=7.9396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=7.44;ReadPosRankSum=-2.418;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:102:99:789,0,1028 chrX 575549 . G A 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=17.50;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1188,132,0 chrX 575801 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;DP=81;Dels=0.00;FS=8.814;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.403;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:81:99:528,0,950 chrX 575876 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=30;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.938;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:284,0,180 chrX 576155 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=65;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=10.3716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:65:99:236,0,761 chrX 576182 . G A 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=19.20;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1108,117,0 chrX 576221 . G A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=2.192;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:495,0,289 chrX 576323 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DP=73;Dels=0.00;FS=4.718;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.933;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:508,0,792 chrX 576464 . T C 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.487;DP=50;Dels=0.00;FS=4.029;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:494,0,448 chrX 576551 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:60:99:517,0,434 chrX 576835 . C A 218.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=44;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=35.4166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:248,0,249 chrX 576879 . A C 101.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.556;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:131,0,157 chrX 576915 . T C 132.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.462;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:162,0,215 chrX 576959 . A G 591.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:621,0,629 chrX 576987 . T G 474.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:504,0,541 chrX 577019 . A C 389.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.835;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:419,0,470 chrX 577387 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;DP=66;Dels=0.00;FS=6.043;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.334;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:566,0,572 chrX 577591 . C T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=36;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.489;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:212,0,358 chrX 577732 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=30;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.740;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.847;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:30:99:261,0,197 chrX 578056 . G A 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=14;Dels=0.00;FS=5.434;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.312;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:14:83:83,0,116 chrX 578278 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DP=49;Dels=0.00;FS=8.423;HaplotypeScore=6.3945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.479;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:467,0,437 chrX 578407 . G C 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=29;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.202;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:221,0,111 chrX 578433 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=32;Dels=0.00;FS=3.542;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.627;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:282,0,195 chrX 578455 . T C 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=16.14;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:630,69,0 chrX 578457 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.240;DP=37;Dels=0.00;FS=3.570;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,27:37:99:328,0,196 chrX 578611 . G T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.495;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:506,0,267 chrX 578805 . T A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=43;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:314,0,378 chrX 578943 . C T 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:37:99:286,0,322 chrX 579112 . A G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:289,0,268 chrX 579417 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=29;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=3.6098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.882;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:253,0,354 chrX 579663 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=31;Dels=0.00;FS=8.258;HaplotypeScore=3.3832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:291,0,228 chrX 579671 . G A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;DP=29;Dels=0.00;FS=12.809;HaplotypeScore=2.2931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:234,0,213 chrX 579750 . C T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;DP=31;Dels=0.00;FS=1.503;HaplotypeScore=3.6237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:341,0,104 chrX 579944 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=74;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.237;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:505,0,773 chrX 580057 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:78:99:454,0,850 chrX 580104 . T C 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=23.83;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1010,111,0 chrX 580110 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.829;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.301;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:255,0,545 chrX 580119 . T C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=2.394;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.543;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:438,0,362 chrX 580312 . T C 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.492;DP=126;Dels=0.00;FS=3.488;HaplotypeScore=9.9369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.287;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,67:126:99:1017,0,779 chrX 580519 . A G 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;DP=31;Dels=0.00;FS=3.787;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.910;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:31:99:220,0,180 chrX 580576 . A G 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=16.73;ReadPosRankSum=1.681;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1154,129,0 chrX 580583 . T G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:501,0,448 chrX 580666 . T A 2048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=22.02;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2081,219,0 chrX 580696 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.630;DP=75;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=5.2393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.129;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:658,0,598 chrX 580738 . A G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=80;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=3.9209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.368;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:669,0,672 chrX 580861 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=34;Dels=0.00;FS=5.368;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.259;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:328,0,235 chrX 580888 . T A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=31;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.059;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:277,0,341 chrX 581086 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.833;DP=59;Dels=0.00;FS=7.092;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.250;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:551,0,563 chrX 581101 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=48;Dels=0.00;FS=8.408;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.683;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:495,0,387 chrX 581428 . A C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;DP=42;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:328,0,454 chrX 581494 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=30;Dels=0.00;FS=1.708;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=6.57;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:30:91:227,0,91 chrX 581638 . G C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.672;DP=40;Dels=0.00;FS=8.287;HaplotypeScore=9.1856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.497;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:40:91:376,0,91 chrX 581739 . A G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=51;Dels=0.00;FS=1.731;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.463;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:90:283,0,90 chrX 581835 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.005;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.004;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:524,0,1117 chrX 581859 . C T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.886;DP=59;Dels=0.00;FS=4.883;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.260;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.470;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:169,0,668 chrX 581933 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=28;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:288,0,280 chrX 582214 . T C 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=64;Dels=0.00;FS=9.111;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.944;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:669,0,394 chrX 582415 . G A 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=45.0155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=19.73;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1138,120,0 chrX 582462 . A T 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=92;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=77.1428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.694;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1038,117,0 chrX 582558 . G A 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=23.06;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2016,210,0 chrX 582834 . G C 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=109;Dels=0.00;FS=6.589;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:109:99:781,0,1265 chrX 582845 . G T 2358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.67;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2391,255,0 chrX 583236 . C T 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=93;Dels=0.00;FS=9.305;HaplotypeScore=11.5961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.058;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,56:93:99:1025,0,597 chrX 583447 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.645;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:554,0,777 chrX 583652 . A G 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.974;DP=114;Dels=0.00;FS=2.438;HaplotypeScore=20.1533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.463;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.107;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:114:99:870,0,1041 chrX 583714 . A G 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.550;DP=82;Dels=0.00;FS=7.182;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.283;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:688,0,865 chrX 583848 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.057;DP=75;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:760,0,604 chrX 584125 . G A 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=20.70;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1461,156,0 chrX 584131 . T C 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=73;Dels=0.00;FS=3.448;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=18.79;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1405,159,0 chrX 584209 . G A 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;DP=102;Dels=0.00;FS=2.678;HaplotypeScore=11.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,61:102:99:997,0,633 chrX 584485 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.632;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:625,0,408 chrX 584584 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=49;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.928;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:422,0,451 chrX 584590 . C G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;DP=48;Dels=0.00;FS=4.265;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:48:99:385,0,457 chrX 584641 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=66;Dels=0.00;FS=3.527;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:66:99:264,0,613 chrX 584668 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.336;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:477,0,720 chrX 584707 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.073;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:95:99:329,0,880 chrX 584710 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.485;DP=97;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=6.8582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:97:99:361,0,775 chrX 584812 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DP=44;Dels=0.00;FS=13.487;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:44:95:596,0,95 chrX 584830 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=29;Dels=0.00;FS=13.366;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.253;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:91:230,0,91 chrX 584922 . G A 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=21;Dels=0.00;FS=8.280;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:127,0,159 chrX 584992 . C T 893.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.522;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.702;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,52:117:99:923,0,1088 chrX 585265 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=43;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=10.2332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=3.626;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.995;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:43:99:360,0,302 chrX 585612 . A G 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DP=132;Dels=0.00;FS=8.511;HaplotypeScore=9.0002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.857;QD=5.86;ReadPosRankSum=1.172;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,63:132:99:804,0,1080 chrX 585618 . G A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.683;DP=135;Dels=0.00;FS=6.839;HaplotypeScore=6.5795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=-6.176;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.977;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:135:99:759,0,976 chrX 585641 . A G 757.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.139;DP=145;Dels=0.00;FS=12.810;HaplotypeScore=7.0784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-6.609;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.733;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,67:145:99:787,0,1173 chrX 585642 . A G 722.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=145;Dels=0.00;FS=9.583;HaplotypeScore=7.8123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-5.277;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.032;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,66:145:99:752,0,1138 chrX 585643 . A G 732.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DP=143;Dels=0.00;FS=12.680;HaplotypeScore=10.0922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-6.701;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.479;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,67:143:99:762,0,1103 chrX 585779 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DP=96;Dels=0.00;FS=1.976;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.313;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,35:96:99:295,0,1188 chrX 585794 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=88;Dels=0.00;FS=2.900;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:88:99:364,0,1102 chrX 585858 . A G 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=91;Dels=0.00;FS=2.754;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:889,0,623 chrX 585867 . T G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.605;DP=88;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.344;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:88:99:620,0,975 chrX 585883 . C T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.563;DP=94;Dels=0.00;FS=1.706;HaplotypeScore=7.1565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:94:99:887,0,683 chrX 585923 . C T 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=97;Dels=0.00;FS=1.654;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.709;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:871,0,834 chrX 585937 . T G 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.189;DP=99;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.820;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.488;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:960,0,791 chrX 586163 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=92;Dels=0.00;FS=1.746;HaplotypeScore=7.1400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,33:92:99:540,0,1070 chrX 586561 . C A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=66;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=2.584;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.473;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:697,0,604 chrX 586627 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;DP=72;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=10.3382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:592,0,525 chrX 586715 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.020;DP=76;Dels=0.00;FS=5.260;HaplotypeScore=13.4915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.239;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:646,0,538 chrX 586826 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.273;DP=83;Dels=0.00;FS=7.598;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=1.967;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.148;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:83:99:539,0,695 chrX 586827 . A G 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=82;Dels=0.00;FS=2.970;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=19.05;ReadPosRankSum=2.390;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1595,174,0 chrX 586915 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=53;Dels=0.00;FS=3.775;HaplotypeScore=5.1730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:412,0,395 chrX 586932 . C T 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DP=59;Dels=0.00;FS=2.225;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.775;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:345,0,450 chrX 586948 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.189;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:302,0,391 chrX 586966 . G A 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DP=66;Dels=0.00;FS=4.975;HaplotypeScore=9.9299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:66:99:464,0,423 chrX 587243 . G C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=72;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=4.0834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:72:99:658,0,569 chrX 587254 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.986;DP=75;Dels=0.00;FS=1.900;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=1.857;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.644;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:716,0,569 chrX 587344 . A G 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DP=96;Dels=0.00;FS=16.773;HaplotypeScore=6.9662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:96:99:907,0,645 chrX 587392 . C G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.375;DP=112;Dels=0.00;FS=3.426;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:768,0,1105 chrX 587401 . T C 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=117;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:117:99:926,0,1141 chrX 587423 . T C 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.500;DP=107;Dels=0.00;FS=2.538;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:873,0,869 chrX 587511 . G T 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=94;Dels=0.00;FS=1.716;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.431;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:94:99:1044,0,688 chrX 587592 . A G 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=87;Dels=0.00;FS=2.828;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=19.89;ReadPosRankSum=2.393;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:87:99:1763,192,0 chrX 587671 . G T 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2122,225,0 chrX 587808 . G C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=68;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:67:99:555,0,522 chrX 587843 . T C 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=15.78;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:68:99:1106,120,0 chrX 588360 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.454;DP=91;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=10.7683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.498;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:91:99:685,0,802 chrX 588782 . T C 2389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.97;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2422,270,0 chrX 588829 . T C 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;DP=102;Dels=0.00;FS=2.668;HaplotypeScore=11.5730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.648;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:907,0,918 chrX 588893 . G A 2467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2500,261,0 chrX 589176 . G A 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=106;Dels=0.00;FS=2.526;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.308;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,58:106:99:760,0,792 chrX 589204 . G A 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.467;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=9.67;ReadPosRankSum=1.431;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:891,0,656 chrX 589267 . T G 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DP=113;Dels=0.00;FS=0.698;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=2.589;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:1069,0,1063 chrX 589418 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.652;DP=71;Dels=0.00;FS=4.086;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:525,0,730 chrX 589497 . A G 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=96;Dels=0.00;FS=4.056;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.677;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:96:99:849,0,785 chrX 589577 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=82;Dels=0.00;FS=6.072;HaplotypeScore=11.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:82:99:548,0,906 chrX 589790 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DP=40;Dels=0.00;FS=2.938;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:40:99:436,0,249 chrX 589825 . T A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=50;Dels=0.00;FS=5.032;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:477,0,500 chrX 589855 . G A 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.80;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1385,144,0 chrX 589903 . T C 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1729,192,0 chrX 589961 . G A 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;DP=102;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.415;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:875,0,878 chrX 589982 . G A 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.992;DP=108;Dels=0.00;FS=2.703;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.165;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:1060,0,895 chrX 590030 . A G 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=73;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=22.34;ReadPosRankSum=2.382;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1664,183,0 chrX 590069 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=47;Dels=0.00;FS=7.110;HaplotypeScore=7.2514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:47:99:396,0,240 chrX 590085 . C G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=33;Dels=0.00;FS=5.366;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.264;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:99:269,0,303 chrX 590113 . T G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.308;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:265,0,238 chrX 590193 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=53;Dels=0.00;FS=13.368;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.028;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:384,0,504 chrX 590592 . T A 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=112;Dels=0.00;FS=1.749;HaplotypeScore=7.1187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.914;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:112:99:1022,0,1137 chrX 590713 . G A 2373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.97;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2406,249,0 chrX 590923 . A G 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=112;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,61:112:99:1129,0,802 chrX 590949 . C T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:847,0,794 chrX 591544 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=108;Dels=0.00;FS=5.059;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:108:99:645,0,1182 chrX 591553 . A G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=113;Dels=0.00;FS=9.278;HaplotypeScore=5.5546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.719;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.630;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:113:99:628,0,1095 chrX 591944 . A G 2392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=23.45;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2425,264,0 chrX 591972 . A G 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;DP=101;Dels=0.00;FS=3.843;HaplotypeScore=6.9795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:101:99:1023,0,695 chrX 592363 . A G 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.235;DP=98;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=9.0815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.156;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:1039,0,894 chrX 592549 . A T 3134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=149;Dels=0.00;FS=2.679;HaplotypeScore=14.6566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=21.03;ReadPosRankSum=2.366;SB=-1.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:149:99:3167,336,0 chrX 592687 . C T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DP=89;Dels=0.00;FS=8.817;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.870;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:820,0,823 chrX 592732 . A G 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.691;DP=105;Dels=0.00;FS=3.817;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:105:99:828,0,875 chrX 592918 . G C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.539;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:114:99:787,0,1177 chrX 593029 . C T 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.819;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:795,0,883 chrX 593074 . T C 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.65;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1852,204,0 chrX 593414 . C G 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.688;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:114:99:991,0,1065 chrX 593505 . A G 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DP=86;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:86:99:843,0,636 chrX 593730 . G C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.908;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=8.27;ReadPosRankSum=2.149;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:667,0,630 chrX 593947 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DP=71;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=6.35;ReadPosRankSum=2.548;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:481,0,632 chrX 593953 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=69;Dels=0.00;FS=5.069;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.718;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:522,0,468 chrX 594033 . G T 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=48;Dels=0.00;FS=11.708;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:281,0,483 chrX 594047 . G T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;DP=48;Dels=0.00;FS=17.842;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.205;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:267,0,445 chrX 594216 . T C 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=46;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=5.3276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.277;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:49:49,0,172 chrX 594711 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;DP=81;Dels=0.00;FS=18.994;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.661;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,27:81:99:420,0,974 chrX 594733 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.307;DP=106;Dels=0.00;FS=6.631;HaplotypeScore=6.8414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.814;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,42:106:99:574,0,1218 chrX 595037 . G A 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=22.13;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1427,147,0 chrX 595041 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.740;DP=67;Dels=0.00;FS=12.787;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.232;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:623,0,562 chrX 595640 . G C 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=17.63;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:650,72,0 chrX 595662 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=49;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=5.3560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:311,0,340 chrX 595868 . C T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=40;Dels=0.00;FS=6.909;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:296,0,399 chrX 595969 . C A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.304;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:381,0,332 chrX 595994 . T C 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.667;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:966,105,0 chrX 596003 . A C 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=17.66;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1075,114,0 chrX 596318 . C T 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=17.66;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:71:99:1287,135,0 chrX 596360 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.729;DP=85;Dels=0.00;FS=9.218;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.004;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:579,0,776 chrX 596371 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.633;DP=93;Dels=0.00;FS=6.809;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:521,0,871 chrX 596468 . G C 2310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=25.38;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2343,255,0 chrX 596603 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=48;Dels=0.00;FS=4.651;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:48:99:411,0,150 chrX 596612 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DP=52;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:488,0,190 chrX 596669 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.014;DP=51;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=6.2405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.048;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:443,0,285 chrX 596775 . T G 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.286;DP=96;Dels=0.00;FS=7.015;HaplotypeScore=10.8051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.331;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:998,0,762 chrX 597293 . A G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;DP=40;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=3.4666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:40:99:283,0,421 chrX 597461 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=39;Dels=0.00;FS=1.235;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:385,0,282 chrX 597633 . G C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=60;Dels=0.00;FS=3.576;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:532,0,521 chrX 597659 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=51;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=2.4344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.524;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:414,0,442 chrX 597944 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.728;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:395,0,464 chrX 598115 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=26;Dels=0.00;FS=10.458;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=12.54;ReadPosRankSum=-2.209;SB=-1.795e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:26:51:356,0,51 chrX 598202 . T C 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.97;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:968,108,0 chrX 598360 . T A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=63;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=4.9809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.736;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.875;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:561,0,369 chrX 598412 . T G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;DP=65;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:598,0,498 chrX 598472 . A C 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.20;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:881,93,0 chrX 598570 . T A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=59;Dels=0.00;FS=2.222;HaplotypeScore=8.6845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:494,0,426 chrX 598624 . A G 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=108;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=10.5852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.315;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:798,0,1084 chrX 598877 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;DP=70;Dels=0.00;FS=2.162;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.024;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:503,0,594 chrX 599070 . G A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=52;Dels=0.00;FS=8.228;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:525,0,356 chrX 599340 . C T 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.920;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.279;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,55:86:99:988,0,510 chrX 599394 . T C 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.201;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:573,0,551 chrX 599546 . G A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=50;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=9.9150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:297,0,335 chrX 599900 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.380;DP=33;Dels=0.00;FS=8.080;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=7.27;ReadPosRankSum=-2.077;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:99:270,0,272 chrX 599916 . A C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;DP=42;Dels=0.00;FS=6.803;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:331,0,333 chrX 600173 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DP=71;Dels=0.00;FS=4.985;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.784;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:71:99:501,0,824 chrX 600241 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=55;Dels=0.00;FS=11.307;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.563;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:521,0,404 chrX 600288 . A T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.355;DP=73;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=8.1778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:73:99:639,0,747 chrX 600396 . A C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;DP=60;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.614;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:540,0,515 chrX 600487 . C T 2057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.696;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:99:99:2090,210,0 chrX 600589 . T C 2151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=21.30;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2184,240,0 chrX 600714 . T G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;DP=62;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.377;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:673,0,455 chrX 600970 . A G 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=23.22;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1751,195,0 chrX 601098 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.920;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:326,0,462 chrX 601100 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.498;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:317,0,468 chrX 601587 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=52;Dels=0.00;FS=5.958;HaplotypeScore=3.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.783;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:541,0,418 chrX 602432 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.503;DP=49;Dels=0.00;FS=8.135;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.492;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:336,0,478 chrX 602469 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=52;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.122;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:466,0,457 chrX 602644 . T C 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=100;Dels=0.00;FS=1.649;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.929;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:945,0,737 chrX 602831 . G A 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.123;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:81:99:874,0,731 chrX 602940 . T C 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DP=89;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=10.4846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.950;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:803,0,887 chrX 603039 . T C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;DP=82;Dels=0.00;FS=1.814;HaplotypeScore=11.0207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.364;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:82:99:765,0,767 chrX 603092 . G A 1512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=184;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=16.0267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.659;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,94:184:99:1542,0,1700 chrX 603257 . T C 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;DP=71;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.234;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:801,0,515 chrX 603329 . C T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.380;DP=94;Dels=0.00;FS=3.648;HaplotypeScore=5.0265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.513;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:781,0,665 chrX 603633 . T G 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=21.48;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:978,108,0 chrX 603696 . C T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DP=40;Dels=0.00;FS=7.067;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=1.725;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.146;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:277,0,453 chrX 604040 . G A 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=22.73;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1124,120,0 chrX 604069 . C T 660 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=18.86;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:78:693,78,0 chrX 604070 . C T 193.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=1.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.018;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:223,0,244 chrX 604072 . T C 562 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=17.03;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:595,69,0 chrX 604111 . T G 529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=22.04;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:562,66,0 chrX 604156 . G A 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1045,111,0 chrX 604368 . C T 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=58;Dels=0.00;FS=33.299;HaplotypeScore=5.4734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=13.03;ReadPosRankSum=2.605;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:786,0,225 chrX 604715 . T C 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=22.65;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1981,219,0 chrX 604788 . G T 2141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=21.63;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2174,228,0 chrX 604929 . G A 2503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.50;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:2536,276,0 chrX 605076 . G A 2447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=19.27;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2480,276,0 chrX 605082 . A G 2643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=21.14;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:125:99:2676,297,0 chrX 605173 . C T 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2163,228,0 chrX 605419 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.324;DP=90;Dels=0.00;FS=2.818;HaplotypeScore=11.0719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.808;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:799,0,829 chrX 605547 . G A 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.48;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1142,132,0 chrX 605963 . A T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=89;Dels=0.00;FS=7.720;HaplotypeScore=15.7942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=10.02;ReadPosRankSum=-1.790;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:922,0,629 chrX 606285 . C A 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=18.60;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1651,180,0 chrX 606300 . T A 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;QD=19.79;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1577,165,0 chrX 606367 . T C 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.69;MQ0=0;QD=16.76;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:737,81,0 chrX 606382 . C A 523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=0;QD=16.87;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:556,60,0 chrX 606409 . C G 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=14.13;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:584,66,0 chrX 606410 . G A 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.666;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:69:619,69,0 chrX 606423 . T C 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.73;MQ0=0;QD=13.97;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:60:564,60,0 chrX 606479 . A G 565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;QD=14.12;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:66:598,66,0 chrX 606498 . A C 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=15.67;ReadPosRankSum=1.636;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:66:597,66,0 chrX 606575 . A G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.220;DP=49;Dels=0.00;FS=2.554;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.819;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:182,0,567 chrX 606584 . G A 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=17.35;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:883,96,0 chrX 606602 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=48;Dels=0.00;FS=2.480;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:385,0,261 chrX 606614 . T G 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=16.39;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:787,90,0 chrX 606726 . T C 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=14.90;ReadPosRankSum=1.666;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:90:808,90,0 chrX 606755 . C T 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=46;Dels=0.00;FS=1.887;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.426;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:180,0,349 chrX 606777 . C G 342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=40.2264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=9.50;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:42:375,42,0 chrX 606787 . T A 112.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=5.61;SB=-7.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18:145,18,0 chrX 606788 . C A 113.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=5.66;SB=-7.614e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18:146,18,0 chrX 606789 . C A 110.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=5.51;SB=-7.714e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18:143,18,0 chrX 606791 . C T 103.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=5.16;SB=-7.914e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18:136,18,0 chrX 606792 . T C 103.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=5.16;SB=-7.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18:136,18,0 chrX 606841 . T C 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=11.85;ReadPosRankSum=1.657;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:63:578,63,0 chrX 606964 . A T 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.88;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.666;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1092,117,0 chrX 606979 . G A 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.58;MQ0=0;QD=16.92;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:96:862,96,0 chrX 607047 . T C 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.51;MQ0=0;QD=17.18;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:703,81,0 chrX 607188 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=64;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.78;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:550,0,576 chrX 607230 . C T 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=15.37;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:69:648,69,0 chrX 607232 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.677;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:257,0,230 chrX 607262 . T C 294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=15.47;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:36:327,36,0 chrX 607298 . G A 310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=15.50;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:36:343,36,0 chrX 607312 . T A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:192,0,152 chrX 607361 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=40;Dels=0.00;FS=1.406;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:342,0,361 chrX 607387 . C T 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=19.31;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:93:902,93,0 chrX 607391 . G A 805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.32;MQ0=0;QD=18.72;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:838,90,0 chrX 607434 . A T 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.714;DP=39;Dels=0.00;FS=5.666;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.20;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=14.79;ReadPosRankSum=2.029;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:66:610,66,0 chrX 607442 . T C 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=14.97;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66:572,66,0 chrX 607458 . G T 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.76;MQ0=0;QD=19.49;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:754,84,0 chrX 607508 . G A 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.21;MQ0=0;QD=19.68;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1135,126,0 chrX 607523 . G T 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.30;MQ0=0;QD=20.19;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1184,129,0 chrX 607528 . C A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.358;DP=60;Dels=0.00;FS=3.728;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.356;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:471,0,435 chrX 607590 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=40;Dels=0.00;FS=5.659;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.03;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:263,0,184 chrX 607636 . G A 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=20.26;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:722,78,0 chrX 607672 . T C 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=22.55;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:75:687,75,0 chrX 607746 . A G 516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;QD=16.12;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:549,63,0 chrX 607750 . C T 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=14.95;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:631,72,0 chrX 607764 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.423;DP=46;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.784;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.097;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:292,0,378 chrX 607806 . C T 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.44;MQ0=0;QD=15.60;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:969,108,0 chrX 607808 . T C 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=14.80;ReadPosRankSum=1.617;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:936,108,0 chrX 607843 . A G 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=53.5424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.680;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:96:857,96,0 chrX 607948 . T C 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=36;Dels=0.00;FS=15.385;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:158,0,412 chrX 607975 . T C 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=19.25;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1034,111,0 chrX 608011 . T A 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=17.42;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1496,168,0 chrX 608091 . C T 2703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=20.2240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=22.71;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:118:99:2736,285,0 chrX 608120 . A G 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=24.19;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1992,222,0 chrX 608157 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=46;Dels=0.00;FS=5.138;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:310,0,521 chrX 608181 . A C 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.16;MQ0=0;QD=17.54;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:840,96,0 chrX 608184 . A T 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=16.88;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93:860,93,0 chrX 608299 . A G 5955.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=24.21;SB=-2.938e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,246:246:99:5955,657,0 chrX 608323 . G A 4743.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=24.20;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:196:99:4743,502,0 chrX 608495 . C T 2951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=20.21;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:2984,327,0 chrX 608521 . G A 3120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=18.46;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:3153,330,0 chrX 608870 . T A 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.468;DP=155;Dels=0.00;FS=12.253;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.005;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,83:155:99:1164,0,1302 chrX 608960 . A G 1290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.124;DP=158;Dels=0.00;FS=3.721;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.329;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.033;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,74:158:99:1320,0,1674 chrX 609410 . C G 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.24;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1146,126,0 chrX 609498 . G T 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=21.62;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1568,162,0 chrX 609835 . T A 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:110:99:787,0,814 chrX 610270 . C T 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.00;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1595,174,0 chrX 610450 . T G 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.680;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1462,165,0 chrX 610784 . G A 2813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=19.01;SB=-1.802e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:148:99:2846,300,0 chrX 610792 . C A 2857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=18.67;SB=-1.765e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:2890,303,0 chrX 610951 . T C 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.54;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:1713,186,0 chrX 610977 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;DP=64;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:512,0,609 chrX 611160 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=86;Dels=0.00;FS=4.526;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.558;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:86:99:597,0,894 chrX 611484 . G A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.060;DP=60;Dels=0.00;FS=1.020;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:648,0,431 chrX 611514 . A G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;DP=51;Dels=0.00;FS=2.416;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:349,0,463 chrX 611869 . G A 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=76;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=7.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:793,0,570 chrX 612134 . G A 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.910;DP=116;Dels=0.00;FS=4.626;HaplotypeScore=10.0775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.082;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:116:99:1012,0,1147 chrX 612176 . A G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;DP=80;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.847;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:702,0,641 chrX 612199 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.909;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.505;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:74:99:538,0,573 chrX 612210 . A C 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=4.2283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=18.26;ReadPosRankSum=1.676;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1165,126,0 chrX 612277 . C G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:215,0,527 chrX 612352 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=61;Dels=0.00;FS=3.735;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=2.032;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.189;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:61:99:697,0,380 chrX 612442 . C T 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=76;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=9.9067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:673,0,592 chrX 612976 . T C 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=95;Dels=0.00;FS=2.821;HaplotypeScore=42.9732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.298;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:95:99:810,0,565 chrX 613133 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.642;DP=38;Dels=0.00;FS=9.536;HaplotypeScore=3.5109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:354,0,317 chrX 613234 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.547;DP=48;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.072;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:498,0,439 chrX 613441 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=34;Dels=0.00;FS=3.124;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.640;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:388,0,202 chrX 613470 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.834;DP=48;Dels=0.00;FS=8.425;HaplotypeScore=1.9827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.721;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:452,0,360 chrX 613673 . G C 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DP=83;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=12.22;ReadPosRankSum=2.270;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:83:99:1044,0,575 chrX 613939 . C T 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=113;Dels=0.00;FS=4.640;HaplotypeScore=12.2359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,61:113:99:1061,0,906 chrX 613959 . T C 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DP=98;Dels=0.00;FS=5.065;HaplotypeScore=9.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.807;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:98:99:910,0,722 chrX 614002 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=79;Dels=0.00;FS=1.832;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:589,0,537 chrX 614058 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DP=70;Dels=0.00;FS=2.153;HaplotypeScore=6.7172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.091;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,44:70:99:649,0,424 chrX 614199 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.267;DP=116;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=12.4613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:116:99:921,0,1224 chrX 614575 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DP=78;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:78:99:614,0,668 chrX 614663 . T C 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.997;DP=115;Dels=0.00;FS=0.699;HaplotypeScore=7.2053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.262;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,65:115:99:1211,0,901 chrX 614716 . A T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.563;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:714,0,735 chrX 614818 . G C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=47;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:345,0,454 chrX 614889 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=60;Dels=0.00;FS=3.667;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:397,0,587 chrX 615089 . T A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=71;Dels=0.00;FS=5.106;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=8.27;ReadPosRankSum=2.185;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:617,0,461 chrX 615106 . G A 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=68;Dels=0.00;FS=9.147;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:68:99:602,0,379 chrX 615149 . G C 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;DP=62;Dels=0.00;FS=2.244;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:531,0,423 chrX 615169 . C G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=68;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=5.6577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.367;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:68:99:619,0,550 chrX 615233 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;DP=64;Dels=0.00;FS=9.111;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.740;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:620,0,537 chrX 615340 . A C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DP=45;Dels=0.00;FS=11.272;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.646;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:433,0,306 chrX 615401 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=51;Dels=0.00;FS=2.534;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:616,0,219 chrX 615716 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.148;DP=55;Dels=0.00;FS=5.494;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.993;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:500,0,582 chrX 615743 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=58;Dels=0.00;FS=7.844;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.603;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:541,0,642 chrX 615792 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.415;DP=80;Dels=0.00;FS=6.565;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:596,0,744 chrX 616115 . G A 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=39;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=8.26;ReadPosRankSum=-2.099;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:352,0,454 chrX 616200 . G C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.669;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:504,0,538 chrX 616489 . C T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;DP=81;Dels=0.00;FS=1.834;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=9.83;ReadPosRankSum=2.254;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:826,0,562 chrX 616729 . C T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=84;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:845,0,672 chrX 616756 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;DP=90;Dels=0.00;FS=0.800;HaplotypeScore=7.9826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:560,0,882 chrX 617338 . G T 1466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=135;Dels=0.00;FS=6.925;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.894;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,89:135:99:1496,0,625 chrX 617649 . T C 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=121;Dels=0.00;FS=8.630;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.572;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,67:121:99:1029,0,738 chrX 617775 . T A 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=100;Dels=0.00;FS=0.774;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:959,0,839 chrX 617869 . T G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DP=49;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:299,0,371 chrX 617879 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=53;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.027;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:451,0,319 chrX 617897 . T A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.450;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:260,0,344 chrX 617903 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=48;Dels=0.00;FS=2.379;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.053;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:311,0,352 chrX 618088 . T A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;DP=90;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=4.1896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=2.687;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.121;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:566,0,831 chrX 618157 . A G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.441;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:68:99:432,0,684 chrX 618202 . T A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=60;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=7.1187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:497,0,582 chrX 618545 . C T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=64;Dels=0.00;FS=6.872;HaplotypeScore=1.8110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=9.05;ReadPosRankSum=-2.678;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:609,0,392 chrX 618797 . G A 1300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;DP=129;Dels=0.00;FS=1.595;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.042;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:129:99:1330,0,1123 chrX 619473 . G C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=87;Dels=0.00;FS=9.188;HaplotypeScore=5.4921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:521,0,759 chrX 619871 . C T 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=79;Dels=0.00;FS=1.836;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=2.215;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.948;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:843,0,675 chrX 619975 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DP=59;Dels=0.00;FS=2.490;HaplotypeScore=2.7485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:642,0,459 chrX 620010 . C G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=43;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=5.0134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=7.77;ReadPosRankSum=2.413;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:43:99:364,0,416 chrX 620054 . T C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=42;Dels=0.00;FS=2.888;HaplotypeScore=5.5961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.463;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:331,0,414 chrX 620064 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.237;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:317,0,469 chrX 620255 . T A 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.52;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1156,123,0 chrX 620362 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;DP=84;Dels=0.00;FS=4.482;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.753;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:295,0,669 chrX 620371 . T C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=90;Dels=0.00;FS=6.172;HaplotypeScore=5.0773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.038;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:313,0,737 chrX 620583 . T C 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.197;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=0.16;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,6:78:42:42,0,328 chrX 621779 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=33;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=3.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.416;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:368,0,249 chrX 621875 . T G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.832;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:192,0,522 chrX 622079 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:646,0,314 chrX 622163 . A G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;DP=66;Dels=0.00;FS=2.134;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:586,0,620 chrX 622386 . C T 695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=23.97;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78:728,78,0 chrX 622424 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;DP=39;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.916;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:412,0,319 chrX 622445 . A T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=50;Dels=0.00;FS=4.700;HaplotypeScore=1.9699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.884;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:426,0,467 chrX 622463 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=83;Dels=0.00;FS=15.256;HaplotypeScore=9.8999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.200;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:83:99:572,0,798 chrX 622592 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.428;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.270;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:543,0,611 chrX 622799 . A G 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=31;Dels=0.00;FS=5.658;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=6.68;ReadPosRankSum=-2.372;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:237,0,248 chrX 622874 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DP=50;Dels=0.00;FS=4.929;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:50:99:462,0,288 chrX 622910 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.467;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:313,0,248 chrX 623040 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.398;DP=57;Dels=0.00;FS=3.930;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:619,0,486 chrX 623184 . C G 411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=19.57;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:444,51,0 chrX 623186 . C T 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.67;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:509,54,0 chrX 623311 . C T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.439;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:215,0,100 chrX 623447 . G T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=39;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:277,0,362 chrX 623546 . A T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=44;Dels=0.00;FS=6.765;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.527;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.151;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:371,0,380 chrX 623827 . G A 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.471;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:132,0,244 chrX 623961 . C T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=23;Dels=0.00;FS=10.942;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:23:99:146,0,229 chrX 624069 . T C 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DP=29;Dels=0.00;FS=8.427;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.811;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:257,0,216 chrX 624389 . A G 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.716;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=4.82;ReadPosRankSum=-2.112;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:165,0,203 chrX 624405 . T C 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=12.21;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:42:387,42,0 chrX 624474 . C T 180.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=9.48;SB=-7.604e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:24:213,24,0 chrX 624658 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.472;DP=70;Dels=0.00;FS=3.253;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:550,0,662 chrX 624670 . A G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=65;Dels=0.00;FS=2.164;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.005;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:584,0,620 chrX 624789 . T G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:261,0,239 chrX 624801 . A G 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=21.74;ReadPosRankSum=1.605;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:69:620,69,0 chrX 624837 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.060;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:336,0,173 chrX 625035 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.673;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:364,0,360 chrX 625116 . A G 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;DP=37;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:175,0,290 chrX 625188 . T C 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=3.641;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=15.65;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:69:612,69,0 chrX 625191 . G A 636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=16.74;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:669,72,0 chrX 625578 . T A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DP=47;Dels=0.00;FS=6.823;HaplotypeScore=3.3558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:317,0,192 chrX 625737 . C G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DP=45;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.149;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:284,0,525 chrX 625757 . A G 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.425;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:245,0,444 chrX 625794 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.013;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.787;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.270;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:301,0,437 chrX 626304 . T C 1086 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DP=66;Dels=0.00;FS=2.976;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=16.45;ReadPosRankSum=2.375;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1119,123,0 chrX 626305 . A G 383.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=66;Dels=0.00;FS=8.765;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=5.80;ReadPosRankSum=1.228;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:413,0,483 chrX 626313 . G A 433.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;DP=68;Dels=0.00;FS=10.539;HaplotypeScore=8.0948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.955;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:463,0,526 chrX 626625 . C T 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=83;Dels=0.00;FS=1.946;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:839,0,620 chrX 626664 . G A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=89;Dels=0.00;FS=3.350;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.949;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:730,0,820 chrX 626736 . A C 2084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.23;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2117,234,0 chrX 626887 . T C 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=74;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=9.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:689,0,556 chrX 626925 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:31:99:330,0,104 chrX 626941 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;DP=25;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:182,0,246 chrX 626946 . C T 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=25;Dels=0.00;FS=3.741;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.348;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:25:99:244,0,149 chrX 626974 . C T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;DP=23;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.200;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:148,0,199 chrX 627062 . C G 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.921;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:298,0,518 chrX 627134 . T C 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=17.86;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:69:99:1265,138,0 chrX 627282 . G A 690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=20.91;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:723,75,0 chrX 627341 . T C 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=24.26;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1416,159,0 chrX 627352 . C T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=65;Dels=0.00;FS=9.211;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.891;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:613,0,645 chrX 627547 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=55;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=4.2412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:496,0,470 chrX 627628 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DP=76;Dels=0.00;FS=14.171;HaplotypeScore=3.8705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=7.70;ReadPosRankSum=-2.678;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:615,0,794 chrX 627942 . G A 374.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.584;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:404,0,569 chrX 627948 . G A 412.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=61;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.051;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:442,0,619 chrX 627950 . T G 565.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;DP=61;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=2.135;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.543;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:595,0,478 chrX 628038 . A G 580.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.928;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:111:99:610,0,1085 chrX 628044 . T C 552.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.692;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:109:99:582,0,1081 chrX 628048 . G A 2235 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=19.10;SB=-1.435e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2268,234,0 chrX 628435 . A T 1651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.048;DP=218;Dels=0.00;FS=8.789;HaplotypeScore=10.8830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,99:218:99:1681,0,2133 chrX 628508 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;DP=109;Dels=0.00;FS=3.696;HaplotypeScore=17.7197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=2.167;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.133;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:109:99:748,0,767 chrX 628564 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=52;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=2.030;QD=6.85;ReadPosRankSum=-2.310;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:386,0,393 chrX 628724 . T C 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=105;Dels=0.00;FS=8.787;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:105:99:755,0,716 chrX 628739 . G T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.580;DP=98;Dels=0.00;FS=7.272;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:98:99:667,0,784 chrX 628770 . G A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=78;Dels=0.00;FS=22.326;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=4.685;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.097;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:456,0,642 chrX 628891 . C T 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=18.37;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1264,135,0 chrX 628897 . A T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=60;Dels=0.00;FS=5.299;HaplotypeScore=3.3170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.806;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.943;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:360,0,667 chrX 629035 . G A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DP=43;Dels=0.00;FS=9.282;HaplotypeScore=6.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.299;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:43:99:315,0,358 chrX 629082 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=44;Dels=0.00;FS=7.212;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.322;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:312,0,338 chrX 629091 . T C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;DP=42;Dels=0.00;FS=5.020;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.818;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:305,0,361 chrX 629098 . G C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;DP=42;Dels=0.00;FS=5.146;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:338,0,347 chrX 629134 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=61;Dels=0.00;FS=2.502;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:361,0,554 chrX 629161 . A T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.942;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:462,0,532 chrX 629183 . C T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.446;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.076;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.792;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:759,0,904 chrX 629308 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=55;Dels=0.00;FS=2.572;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.425;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:492,0,337 chrX 629316 . T G 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=18.67;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:985,108,0 chrX 629422 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.639;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:610,0,542 chrX 629482 . G A 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=21.69;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2094,222,0 chrX 629495 . G A 2120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=23.56;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2153,222,0 chrX 629557 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.866;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:557,0,508 chrX 629566 . A G 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=69;Dels=0.00;FS=4.708;HaplotypeScore=35.6000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=18.75;ReadPosRankSum=1.681;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1327,150,0 chrX 629879 . A G 1854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=22.34;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1887,201,0 chrX 630149 . A T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.190;DP=46;Dels=0.00;FS=3.208;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:384,0,374 chrX 630373 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DP=79;Dels=0.00;FS=9.778;HaplotypeScore=9.6391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=2.309;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.976;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:585,0,731 chrX 630419 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=55;Dels=0.00;FS=6.455;HaplotypeScore=6.7945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:321,0,510 chrX 630494 . C T 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=21.29;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:906,99,0 chrX 630716 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=82;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:542,0,762 chrX 630728 . A C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.817;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.527;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.070;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:96:99:507,0,870 chrX 631268 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.877;DP=72;Dels=0.00;FS=6.199;HaplotypeScore=4.9907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.023;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:457,0,706 chrX 631286 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=74;Dels=0.00;FS=1.873;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.762;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:586,0,636 chrX 631679 . T G 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:512,0,748 chrX 631978 . A G 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DP=38;Dels=0.00;FS=7.182;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=5.84;ReadPosRankSum=2.118;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:252,0,353 chrX 631982 . T C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=37;Dels=0.00;FS=4.748;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.616;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:262,0,369 chrX 633146 . A G 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=101;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.551;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:101:99:907,0,888 chrX 633240 . A C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DP=69;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=7.28;ReadPosRankSum=-2.340;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:532,0,633 chrX 633350 . T C 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=78;Dels=0.00;FS=7.987;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.980;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:78:99:831,0,613 chrX 633390 . C T 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;DP=91;Dels=0.00;FS=12.772;HaplotypeScore=10.2262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:91:99:1026,0,687 chrX 633425 . A G 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=105;Dels=0.00;FS=11.032;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.922;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:851,0,846 chrX 633463 . C T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.844;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:113:99:845,0,1146 chrX 633487 . T C 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.540;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,67:113:99:1269,0,512 chrX 633743 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.309;DP=79;Dels=0.00;FS=3.131;HaplotypeScore=7.8140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:79:99:535,0,852 chrX 633800 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=61;Dels=0.00;FS=14.130;HaplotypeScore=6.5827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:511,0,419 chrX 634268 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.111;DP=60;Dels=0.00;FS=7.056;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.510;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:476,0,526 chrX 634421 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DP=94;Dels=0.00;FS=6.838;HaplotypeScore=6.2246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.757;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:94:99:538,0,883 chrX 634423 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=89;Dels=0.00;FS=3.986;HaplotypeScore=3.1793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.525;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:591,0,875 chrX 634484 . G C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;DP=83;Dels=0.00;FS=5.612;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.952;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:513,0,776 chrX 634657 . G C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=52;Dels=0.00;FS=19.326;HaplotypeScore=8.3230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.541;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:345,0,610 chrX 634727 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=70;Dels=0.00;FS=26.222;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.061;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:70:99:491,0,471 chrX 634739 . T A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.884;DP=64;Dels=0.00;FS=17.866;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.443;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:499,0,474 chrX 635210 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:541,0,390 chrX 635213 . T A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.722;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:525,0,383 chrX 635444 . C T 1295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=104;Dels=0.00;FS=6.350;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,62:104:99:1325,0,742 chrX 635710 . G A 1182.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=138;Dels=0.00;FS=50.456;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.863;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,72:138:99:1212,0,1076 chrX 635927 . T A 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=37;Dels=0.00;FS=10.780;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=6.97;ReadPosRankSum=-2.114;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:288,0,391 chrX 636335 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;DP=55;Dels=0.00;FS=3.944;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:378,0,396 chrX 636347 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=60;Dels=0.00;FS=3.712;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:375,0,498 chrX 636485 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=74;Dels=0.00;FS=12.122;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:553,0,756 chrX 636506 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=60;Dels=0.00;FS=27.476;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:494,0,545 chrX 636838 . T A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=2.600;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:337,0,789 chrX 636960 . T C 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=52;Dels=0.00;FS=2.602;HaplotypeScore=16.0636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.993;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:52:99:194,0,541 chrX 637056 . T C 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=5.86;ReadPosRankSum=1.507;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:235,0,201 chrX 637392 . C T 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=2.86;ReadPosRankSum=2.009;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:133,0,324 chrX 637464 . C T 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:72:129,0,72 chrX 637574 . C T 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:281,0,255 chrX 637742 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.583;DP=69;Dels=0.00;FS=2.525;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:513,0,665 chrX 638577 . A T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.971;DP=88;Dels=0.00;FS=4.703;HaplotypeScore=14.7114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:556,0,769 chrX 638730 . T C 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=25;Dels=0.00;FS=7.952;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=9.08;ReadPosRankSum=2.584;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:257,0,209 chrX 639041 . T C 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=22.76;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1171,129,0 chrX 639220 . G T 117.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=41;Dels=0.02;FS=102.473;HaplotypeScore=6.2176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=2.85;ReadPosRankSum=-1.985;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:55:147,0,55 chrX 639221 . C T 94.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=40;Dels=0.00;FS=70.598;HaplotypeScore=7.7403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:57:124,0,57 chrX 639226 . C T 55.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=29;Dels=0.00;FS=69.262;HaplotypeScore=6.5959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-2.948e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:76:85,0,76 chrX 639227 . A T 22.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;DP=30;Dels=0.00;FS=39.942;HaplotypeScore=7.3299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.857;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.501e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:30:52:52,0,94 chrX 639270 . T C 153.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=11.77;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:21:186,21,0 chrX 639288 . C T 195.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;QD=12.19;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:24:228,24,0 chrX 639321 . A G 272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.33;MQ0=0;QD=11.83;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:33:305,33,0 chrX 639332 . A G 263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=12.52;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:33:296,33,0 chrX 639333 . T G 260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=12.38;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:293,33,0 chrX 639365 . A C 367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=11.84;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:45:400,45,0 chrX 639519 . G C 331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=15.76;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:39:364,39,0 chrX 639618 . A G 373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.99;MQ0=0;QD=12.86;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:45:406,45,0 chrX 639706 . T G 76.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.76;MQ0=0;QD=12.75;SB=-7.355e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:109,12,0 chrX 639731 . T C 109.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.08;MQ0=0;QD=13.66;SB=-2.044e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:142,15,0 chrX 639986 . G C 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.22;MQ0=0;QD=12.14;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:373,42,0 chrX 640468 . C T 2366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=23.20;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2399,252,0 chrX 640502 . G C 2048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=26.26;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2081,222,0 chrX 640718 . A G 3566.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.61;SB=-1.824e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:165:99:3566,390,0 chrX 641019 . G A 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=18.35;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1189,126,0 chrX 641050 . A G 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.636;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:1312,147,0 chrX 641346 . T C 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=19.61;ReadPosRankSum=1.674;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1190,129,0 chrX 641571 . T C 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=3.869;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=19.90;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:90:809,90,0 chrX 641631 . T C 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=23.72;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:87:792,87,0 chrX 641753 . G A 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=17.09;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1349,147,0 chrX 641813 . T G 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=64;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.335;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:64:99:1337,147,0 chrX 641902 . G A 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=40;Dels=0.00;FS=1.670;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=2.349;QD=1.08;ReadPosRankSum=-3.844;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,7:40:73:73,0,265 chrX 641931 . T C 282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=6.41;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:36:315,36,0 chrX 642317 . T C 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=21.38;ReadPosRankSum=1.646;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:42:99:931,105,0 chrX 642324 . A G 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=40;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=21.67;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:900,99,0 chrX 642375 . C T 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:72:678,72,0 chrX 642510 . T C 481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=19.24;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:57:514,57,0 chrX 642651 . C T 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.96;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1144,120,0 chrX 643441 . G C 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=20.52;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2085,234,0 chrX 643548 . C T 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.19;SB=-1.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2237,240,0 chrX 643787 . A G 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.60;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1878,207,0 chrX 644548 . T G 3883.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=188;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=12.7048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=20.65;ReadPosRankSum=1.677;SB=-1.913e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,187:188:99:3883,426,0 chrX 644706 . A T 2672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=19.50;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:137:99:2705,294,0 chrX 644952 . A C 2372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.944;DP=126;Dels=0.00;FS=5.457;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=18.83;ReadPosRankSum=2.896;SB=-1.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:126:99:2405,270,0 chrX 644958 . C T 2505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=19.88;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2538,273,0 chrX 645000 . A G 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=17.88;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:1857,201,0 chrX 645026 . G A 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=19.62;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1995,210,0 chrX 645113 . C T 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=19.88;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1822,189,0 chrX 645177 . A G 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=18.62;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1504,165,0 chrX 645288 . C T 2940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=24.50;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2973,315,0 chrX 645361 . A T 2369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.299;DP=98;Dels=0.00;FS=7.849;HaplotypeScore=7.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=24.17;ReadPosRankSum=2.374;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:2402,252,0 chrX 645471 . T C 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.64;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:884,99,0 chrX 645559 . T C 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=20.37;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1622,177,0 chrX 645565 . C T 1634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=20.17;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1667,177,0 chrX 645828 . C T 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=22.20;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1498,162,0 chrX 645972 . G A 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=22.32;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1551,168,0 chrX 646018 . A C 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=21.52;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1152,126,0 chrX 646155 . C T 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=19.05;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2147,228,0 chrX 646268 . G A 2550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=25.25;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2583,273,0 chrX 646356 . G A 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.85;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1774,189,0 chrX 646475 . C T 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=19.35;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1523,171,0 chrX 646496 . T C 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.344;DP=94;Dels=0.00;FS=8.078;HaplotypeScore=7.3376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=19.81;ReadPosRankSum=2.370;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:94:99:1895,210,0 chrX 646873 . G A 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=20.37;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1479,159,0 chrX 646943 . C T 2029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.92;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2062,219,0 chrX 647196 . C T 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=17.98;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:950,105,0 chrX 647651 . T C 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=23.19;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1494,168,0 chrX 648002 . C T 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=18.03;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:75:700,75,0 chrX 648026 . T A 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.57;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:620,66,0 chrX 648251 . C A 582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=23.28;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:615,66,0 chrX 648431 . T C 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=17.34;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:796,87,0 chrX 648461 . G A 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=16.03;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1139,126,0 chrX 648638 . T C 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.14;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:758,84,0 chrX 648662 . T C 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=16.03;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:578,63,0 chrX 648980 . T C 2556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=26.35;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2589,279,0 chrX 649204 . A T 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=15.65;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1723,183,0 chrX 649217 . A G 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.285;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=109.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.748;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,126:132:99:1840,210,0 chrX 649422 . T G 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=22.29;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1905,204,0 chrX 649429 . T G 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=21.94;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1722,186,0 chrX 649486 . T C 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=19.64;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1290,141,0 chrX 649585 . G A 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=22.38;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1622,171,0 chrX 649616 . C T 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=20.03;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1615,174,0 chrX 649659 . T C 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=19.35;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1484,162,0 chrX 649660 . T C 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=77;Dels=0.00;FS=8.888;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=19.38;ReadPosRankSum=2.386;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1525,162,0 chrX 649976 . A G 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=21.41;ReadPosRankSum=1.673;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1275,138,0 chrX 650055 . A G 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=3.441;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=23.13;ReadPosRankSum=1.667;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1259,138,0 chrX 650204 . G A 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.23;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1689,180,0 chrX 650265 . T C 1189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=19.82;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1222,135,0 chrX 650270 . T C 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=19.97;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1251,138,0 chrX 650299 . G A 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=19.27;ReadPosRankSum=1.679;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1324,138,0 chrX 650350 . A G 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=18.58;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1092,120,0 chrX 650585 . A G 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=20.49;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1467,162,0 chrX 650625 . G A 676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=15.36;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:75:709,75,0 chrX 650654 . C G 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=12.44;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:36:54:481,54,0 chrX 650707 . A G 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=20.03;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1255,138,0 chrX 650894 . A G 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=61;Dels=0.00;FS=3.025;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=20.74;ReadPosRankSum=2.369;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1298,144,0 chrX 650906 . G A 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=17.53;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:997,111,0 chrX 651009 . A C 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=23.47;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1770,198,0 chrX 651084 . T C 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.245;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1594,177,0 chrX 651089 . T C 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=16.44;ReadPosRankSum=1.691;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1447,162,0 chrX 651146 . C T 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=13.52;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1115,117,0 chrX 651274 . C T 3042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:3075,333,0 chrX 651313 . A G 3386.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.919e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:152:99:3386,375,0 chrX 651316 . G T 3381.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.913e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:152:99:3381,363,0 chrX 651412 . T C 3078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=23.50;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:131:99:3111,345,0 chrX 652730 . A G 3196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=21.74;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:147:99:3229,360,0 chrX 653755 . T C 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=19.14;ReadPosRankSum=1.611;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1124,129,0 chrX 654059 . T G 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=19.75;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1159,129,0 chrX 654612 . A T 2497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.34;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2530,276,0 chrX 655280 . A C 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=23.06;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:79:99:1855,201,0 chrX 655475 . C T 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:422,45,0 chrX 655865 . C T 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=20.79;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2008,210,0 chrX 656567 . C T 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=17.99;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1724,183,0 chrX 657475 . T G 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=18.04;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:989,108,0 chrX 657710 . C T 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=22.20;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1143,120,0 chrX 657832 . T A 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=23.54;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1704,183,0 chrX 657858 . A G 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=20.14;ReadPosRankSum=1.595;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1564,177,0 chrX 657928 . A G 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=19.14;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1239,138,0 chrX 658094 . G A 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.30;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1652,171,0 chrX 658561 . G A 2638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.74;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2671,288,0 chrX 658912 . C T 3732.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=18.85;SB=-2.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:198:99:3732,396,0 chrX 659243 . T C 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=17.14;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1113,123,0 chrX 660402 . A G 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=19.58;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1482,168,0 chrX 660487 . A G 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=17.32;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:795,87,0 chrX 660518 . C T 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=17.52;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:804,87,0 chrX 660546 . C T 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.41;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1232,132,0 chrX 660753 . C T 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1103,120,0 chrX 660770 . C G 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=18.02;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:898,99,0 chrX 660786 . G A 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=16.70;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:75:701,75,0 chrX 661047 . C T 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.390;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1291,135,0 chrX 661050 . T C 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.913;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=15.02;ReadPosRankSum=2.188;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:85:99:1310,144,0 chrX 661144 . G A 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=24.07;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1670,174,0 chrX 661171 . T C 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=23.65;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1570,174,0 chrX 661230 . A G 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=3.711;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=22.68;ReadPosRankSum=1.659;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1099,120,0 chrX 661266 . G A 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.81;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1333,141,0 chrX 661370 . C T 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=22.05;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1400,144,0 chrX 661398 . A G 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=18.41;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1211,135,0 chrX 661506 . C T 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=21.89;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1390,147,0 chrX 661788 . C T 50.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.26;MQ0=0;QD=2.12;SB=-7.998e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:9:83,9,0 chrX 661920 . A G 550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=17.19;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:583,66,0 chrX 661926 . G A 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=17.55;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:66:612,66,0 chrX 662140 . C T 580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=23.20;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:613,63,0 chrX 662146 . C T 500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=20.00;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:533,57,0 chrX 662191 . T C 368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=16.00;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:401,45,0 chrX 662193 . C A 347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=12.85;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:27:42:380,42,0 chrX 662204 . C A 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;QD=17.81;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:63:585,63,0 chrX 662418 . C G 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.34;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:867,99,0 chrX 662769 . G A 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=19.61;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:90:837,90,0 chrX 662968 . C T 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.44;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:594,66,0 chrX 663013 . A C 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=21.04;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:559,63,0 chrX 663082 . A G 368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=13.63;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:45:401,45,0 chrX 663083 . A G 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=0;QD=13.08;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:373,42,0 chrX 663098 . A G 409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=14.10;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:48:442,48,0 chrX 663161 . T C 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=18.12;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:776,84,0 chrX 663511 . T C 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=16.78;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:872,99,0 chrX 663534 . A T 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=17.23;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:843,90,0 chrX 663590 . A C 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=19.82;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:707,78,0 chrX 663682 . G A 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.61;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:896,93,0 chrX 663968 . T A 481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=7.89;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:60:514,60,0 chrX 664155 . G T 401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=18.23;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:434,48,0 chrX 664236 . C T 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=22.65;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1120,117,0 chrX 664288 . T C 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=64;Dels=0.00;FS=4.702;HaplotypeScore=4.7096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=18.83;ReadPosRankSum=1.676;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:64:99:1238,135,0 chrX 664330 . T C 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=79;Dels=0.00;FS=9.719;HaplotypeScore=10.4138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=17.34;ReadPosRankSum=2.860;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:1403,156,0 chrX 664690 . C T 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=19.07;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1559,162,0 chrX 664824 . A G 2050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.50;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2083,234,0 chrX 665027 . T C 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=17.80;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1172,126,0 chrX 665035 . G A 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=17.84;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1264,132,0 chrX 665051 . T C 1384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=17.74;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1417,156,0 chrX 665076 . C T 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=18.34;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1665,174,0 chrX 665172 . T C 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.759;QD=20.49;ReadPosRankSum=2.351;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1570,174,0 chrX 665597 . C T 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=21.16;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1239,132,0 chrX 666046 . T C 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=32;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.408;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.625;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:72:667,72,0 chrX 666087 . G A 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.50;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:93:879,93,0 chrX 666164 . C T 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.38;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1202,129,0 chrX 666321 . A C 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=24.51;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1185,129,0 chrX 666422 . C T 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.05;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:959,102,0 chrX 666622 . A G 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=20.73;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2085,231,0 chrX 666742 . T G 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=19.73;ReadPosRankSum=1.615;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1197,132,0 chrX 667126 . T C 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=17.08;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:648,72,0 chrX 667152 . C G 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=18.63;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1039,114,0 chrX 667389 . A T 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.69;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:932,102,0 chrX 667452 . C T 1399 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=24.98;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1432,153,0 chrX 667942 . T G 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=18.25;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:763,84,0 chrX 667943 . A G 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.76;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:821,90,0 chrX 668091 . G C 2473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=20.27;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2506,270,0 chrX 668102 . A G 2428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=20.07;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2461,273,0 chrX 668331 . C T 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=11.09;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:45:410,45,0 chrX 668528 . T C 2053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=3.415;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=22.81;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2086,228,0 chrX 668723 . A T 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=19.70;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:939,105,0 chrX 668873 . G A 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=15.62;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:96:908,96,0 chrX 669077 . G A 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=22.11;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1426,153,0 chrX 669427 . G A 3462.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.914e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:158:99:3462,378,0 chrX 669743 . A C 3210.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=23.44;SB=-1.697e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:137:99:3244,354,0 chrX 669761 . A G 3503.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=155;Dels=0.00;FS=6.163;HaplotypeScore=7.0853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=22.60;ReadPosRankSum=0.295;SB=-1.953e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,152:155:99:3503,367,0 chrX 670831 . G A 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=18.87;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1071,114,0 chrX 670892 . G A 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=19.62;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1465,162,0 chrX 670934 . T C 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.47;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1751,195,0 chrX 671070 . G A 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1245,132,0 chrX 671129 . T A 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=60;Dels=0.00;FS=5.740;HaplotypeScore=5.4750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=21.27;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1309,144,0 chrX 671183 . C G 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=22.25;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1457,162,0 chrX 671525 . A G 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.15;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2001,219,0 chrX 671636 . A G 2073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=90;Dels=0.00;FS=5.692;HaplotypeScore=6.0866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=23.03;ReadPosRankSum=1.654;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:90:99:2106,234,0 chrX 671669 . G A 2503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=23.18;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2536,282,0 chrX 672143 . C T 3497.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:172:99:3497,378,0 chrX 672252 . A G 1170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.27;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1203,138,0 chrX 672311 . C T 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.62;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1957,219,0 chrX 672845 . A C 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=18.46;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1362,153,0 chrX 673602 . G A 3696.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=25.32;SB=-1.915e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3696,387,0 chrX 673954 . A G 3614.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=23.78;SB=-1.628e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:152:99:3614,396,0 chrX 674143 . G C 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=17.65;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1957,216,0 chrX 674350 . T C 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.63;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1270,138,0 chrX 674570 . G A 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.06;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1402,156,0 chrX 674656 . T A 1760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.73;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1793,189,0 chrX 675076 . T C 3130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=144;Dels=0.00;FS=3.027;HaplotypeScore=7.1912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=21.74;ReadPosRankSum=2.415;SB=-1.750e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:144:99:3163,345,0 chrX 675286 . T A 2001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.62;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2034,222,0 chrX 676487 . C T 2717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.09;SB=-1.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:123:99:2750,291,0 chrX 676590 . G A 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=17.86;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:76:99:1390,147,0 chrX 676954 . T A 3451.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=21.98;SB=-1.922e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:3451,366,0 chrX 677000 . C T 2814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=23.65;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2847,300,0 chrX 677009 . T C 2613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2646,291,0 chrX 677087 . A G 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=21.42;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1211,132,0 chrX 677297 . C T 2938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:143:99:2971,324,0 chrX 677369 . T C 2422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:112:99:2455,276,0 chrX 677385 . T C 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=22.31;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1617,174,0 chrX 677705 . T C 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=15.08;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:938,102,0 chrX 677706 . T C 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=15.48;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:931,102,0 chrX 677717 . T C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=14.32;ReadPosRankSum=2.364;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:96:849,96,0 chrX 677952 . T C 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=97;Dels=0.00;FS=4.592;HaplotypeScore=4.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=20.34;ReadPosRankSum=0.091;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:97:99:2006,225,0 chrX 678445 . C T 2577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=19.38;SB=-1.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2610,276,0 chrX 678464 . T C 2731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=18.97;SB=-1.657e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:144:99:2764,306,0 chrX 678652 . T C 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=13.86;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:906,99,0 chrX 679143 . G A 2386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=22.51;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2419,270,0 chrX 680328 . G A 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.24;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1168,135,0 chrX 680733 . C T 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.02;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1156,123,0 chrX 680856 . C A 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=22.19;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:987,105,0 chrX 680931 . A G 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=21.71;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1618,180,0 chrX 681144 . C G 913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.02;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:946,102,0 chrX 681414 . T C 1726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.13;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1759,198,0 chrX 681476 . C T 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.53;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1421,156,0 chrX 681606 . T C 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.97;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1270,138,0 chrX 681843 . G A 2162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=25.44;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2195,234,0 chrX 681964 . G A 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.59;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1976,216,0 chrX 682344 . T A 2111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=105;Dels=0.00;FS=4.108;HaplotypeScore=8.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=20.10;ReadPosRankSum=1.698;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2144,231,0 chrX 682690 . T C 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=84;Dels=0.00;FS=9.355;HaplotypeScore=7.7734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=20.63;ReadPosRankSum=2.867;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:84:99:1766,189,0 chrX 682740 . T C 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.71;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1752,195,0 chrX 682784 . A C 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=19.55;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1558,177,0 chrX 683353 . G A 4743.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.814e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:200:99:4743,507,0 chrX 683621 . C T 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=20.80;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2134,234,0 chrX 683647 . T A 2759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=20.74;SB=-1.760e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2792,297,0 chrX 683820 . A G 1812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1845,201,0 chrX 683975 . T C 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=18.57;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1853,207,0 chrX 684046 . T A 1945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=112;Dels=0.01;FS=3.047;HaplotypeScore=8.2892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=17.37;ReadPosRankSum=2.383;SB=-1.467e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:1978,210,0 chrX 684047 . G A 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=17.03;ReadPosRankSum=1.510;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:116:99:2008,213,0 chrX 684348 . A G 2487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=20.72;SB=-1.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2520,285,0 chrX 684510 . G A 2396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.98;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2429,267,0 chrX 684758 . G C 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=18.17;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1450,159,0 chrX 684785 . T C 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DP=91;Dels=0.00;FS=9.325;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=16.43;ReadPosRankSum=3.359;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:91:99:1528,168,0 chrX 685154 . A G 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=21.88;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1477,159,0 chrX 685208 . C T 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=19.38;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1409,150,0 chrX 685862 . T C 2157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=19.97;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2190,243,0 chrX 685982 . T C 1900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=19.59;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:97:99:1933,213,0 chrX 686736 . A G 2756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=137;Dels=0.00;FS=3.777;HaplotypeScore=4.3878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=20.12;ReadPosRankSum=1.477;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:137:99:2789,303,0 chrX 686758 . G T 2671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=18.42;SB=-1.602e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:2704,300,0 chrX 687329 . A G 2012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:96:99:2045,225,0 chrX 687612 . G A 1850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.12;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1883,198,0 chrX 687719 . T C 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=18.79;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1480,162,0 chrX 688286 . A G 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:70:99:1493,165,0 chrX 688529 . T C 363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=23;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.569;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:23:42:396,42,0 chrX 688898 . C T 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=25.63;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1366,147,0 chrX 689090 . C T 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.82;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:986,105,0 chrX 689592 . G A 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.89;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1015,108,0 chrX 690126 . A G 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.232;DP=34;Dels=0.00;FS=6.698;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.086;QD=14.85;ReadPosRankSum=2.306;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:60:538,60,0 chrX 690711 . C T 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=17.26;ReadPosRankSum=-1.657;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:90:827,90,0 chrX 690731 . A T 337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=10.21;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:39:370,39,0 chrX 690963 . G T 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.02;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1254,132,0 chrX 691035 . T A 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.20;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1680,180,0 chrX 691098 . G A 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=24.03;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:898,96,0 chrX 691149 . T C 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=21.24;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:904,99,0 chrX 691434 . A G 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=47;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=8.9323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.655;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:47:99:995,111,0 chrX 691648 . G A 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=22.90;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1636,171,0 chrX 691681 . T C 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=22.52;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1542,168,0 chrX 691772 . C T 2097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=24.10;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2130,225,0 chrX 692064 . G A 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=16.68;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1568,174,0 chrX 692082 . A G 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=17.97;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1668,183,0 chrX 692163 . A T 3323.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=18.16;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,182:183:99:3323,360,0 chrX 692358 . G A 2654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.40;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2687,297,0 chrX 692544 . T G 3207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=20.69;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3240,357,0 chrX 692661 . G A 2827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=136;Dels=0.00;FS=3.530;HaplotypeScore=7.9719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:136:99:2860,300,0 chrX 692804 . C T 2413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=23.89;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2446,261,0 chrX 692865 . C T 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.99;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1748,183,0 chrX 693120 . C T 3139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=24.33;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:3172,336,0 chrX 693176 . T C 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.702;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2448,267,0 chrX 693187 . T C 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=18.09;ReadPosRankSum=2.365;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:117:99:2150,240,0 chrX 693257 . G A 2329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=23.53;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2362,249,0 chrX 694022 . T C 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=20.90;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1872,204,0 chrX 694041 . T C 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=21.83;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1605,177,0 chrX 694162 . T G 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=92;Dels=0.00;FS=6.364;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=19.57;ReadPosRankSum=2.287;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:92:99:1833,204,0 chrX 694296 . A G 2388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.884;DP=114;Dels=0.00;FS=9.749;HaplotypeScore=13.4829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=20.95;ReadPosRankSum=2.884;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:114:99:2421,264,0 chrX 694443 . G A 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=23.51;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1726,183,0 chrX 694458 . A G 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.626;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1388,153,0 chrX 694479 . A G 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=20.32;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1110,120,0 chrX 694743 . A C 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1843,198,0 chrX 695217 . C T 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.55;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1369,144,0 chrX 695712 . G C 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=15.44;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1345,150,0 chrX 695721 . T C 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=17.18;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1493,165,0 chrX 696001 . C G 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=19.66;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1075,120,0 chrX 696080 . G A 2643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2676,288,0 chrX 696477 . A G 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.32;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1291,138,0 chrX 696739 . C G 2264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.87;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:99:99:2297,252,0 chrX 696964 . C A 3819.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=21.22;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:180:99:3819,414,0 chrX 697206 . G A 2254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.54;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2287,240,0 chrX 697486 . T C 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=19.27;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:95:99:1864,207,0 chrX 697654 . G A 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=19.24;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1803,192,0 chrX 697881 . C T 2420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.83;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2453,261,0 chrX 697923 . A G 1919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.31;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1952,213,0 chrX 698028 . A T 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.73;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1552,168,0 chrX 698322 . A T 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=19.21;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1512,168,0 chrX 698725 . C T 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=24.95;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1405,147,0 chrX 698785 . A G 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.379;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1053,117,0 chrX 698908 . A G 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=21.77;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1448,156,0 chrX 699021 . T C 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=21.86;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1694,189,0 chrX 699058 . A T 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.31;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1269,135,0 chrX 699108 . T C 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=18.77;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1272,144,0 chrX 699217 . A G 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=63;Dels=0.00;FS=3.080;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=19.79;ReadPosRankSum=1.677;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1280,141,0 chrX 699340 . G A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.20;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1284,135,0 chrX 699851 . G A 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.06;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1107,117,0 chrX 699928 . A G 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=22.58;ReadPosRankSum=1.676;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1433,156,0 chrX 701241 . T A 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=61;Dels=0.00;FS=3.729;HaplotypeScore=13.7894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.615;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:84:778,84,0 chrX 701827 . C T 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=17.41;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1774,189,0 chrX 701892 . A G 2703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.645;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,158:159:99:2736,306,0 chrX 701912 . G A 3486.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=176.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=17.52;SB=-2.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:199:99:3486,375,0 chrX 701944 . C G 4519.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=18.37;SB=-2.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,243:246:99:4519,495,0 chrX 702141 . A G 1478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=108;Dels=0.00;FS=8.512;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=2.573;QD=13.69;ReadPosRankSum=2.383;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:108:99:1511,118,0 chrX 702597 . C A 1301 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.55;MQ0=5;QD=19.71;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1334,144,0 chrX 702870 . C T 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=14.82;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1382,153,0 chrX 702874 . G A 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.07;MQ0=0;QD=17.66;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1322,141,0 chrX 702912 . C T 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.06;MQ0=0;QD=14.37;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1082,120,0 chrX 702917 . C T 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=59.1105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.19;MQ0=0;QD=14.78;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1112,117,0 chrX 702981 . G A 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.95;MQ0=0;QD=11.86;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:93:887,93,0 chrX 702986 . C T 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.56;MQ0=0;QD=10.40;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:90:782,90,0 chrX 703226 . G A 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=25.64;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1033,108,0 chrX 703327 . G A 227.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=15.13;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:27:260,27,0 chrX 703332 . T C 210.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.519;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:27:243,27,0 chrX 703339 . A G 242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=16.13;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:30:275,30,0 chrX 703431 . C A 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.30;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1164,123,0 chrX 703467 . C A 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=25.96;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1279,135,0 chrX 703504 . G A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=17.14;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1284,144,0 chrX 703619 . G A 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=16.56;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:69:629,69,0 chrX 703814 . C T 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.92;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1330,141,0 chrX 703858 . G A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.53;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1691,180,0 chrX 703893 . C T 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.81;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:67:99:1628,174,0 chrX 704310 . C T 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=19.13;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:69:626,69,0 chrX 704419 . A G 798 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=20.46;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:831,87,0 chrX 704425 . G A 747 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=19.15;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:780,84,0 chrX 704426 . C A 747 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=19.66;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:780,84,0 chrX 704499 . G A 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=14.45;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54:481,54,0 chrX 704513 . C T 478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=17.07;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:511,54,0 chrX 704535 . G A 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=15.77;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:506,54,0 chrX 704627 . G A 478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=19.92;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:54:511,54,0 chrX 704699 . G A 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=17.41;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:57:503,57,0 chrX 704705 . T C 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=21.07;ReadPosRankSum=1.605;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:66:602,66,0 chrX 704768 . C G 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.05;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:414,45,0 chrX 704861 . C T 269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=13.45;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:33:302,33,0 chrX 704987 . G A 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=19.89;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:411,45,0 chrX 704992 . T C 318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=17.67;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39:351,39,0 chrX 704998 . C T 324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=15.43;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:39:357,39,0 chrX 705014 . T C 353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=14.71;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:42:386,42,0 chrX 705055 . T C 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=19.21;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:686,75,0 chrX 705450 . C T 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=14.97;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:60:572,60,0 chrX 705542 . A G 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=21.52;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1152,126,0 chrX 705639 . C T 3509.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=25.99;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:3509,367,0 chrX 705848 . G C 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=20.82;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1053,117,0 chrX 705865 . C T 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.68;MQ0=0;QD=21.56;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1348,138,0 chrX 705917 . A G 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=20.97;ReadPosRankSum=1.683;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1543,171,0 chrX 705920 . T C 1538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=21.97;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1571,168,0 chrX 706135 . G A 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.12;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1410,162,0 chrX 706547 . A G 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.36;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1844,204,0 chrX 706608 . A T 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.45;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1557,168,0 chrX 707018 . G A 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=19.40;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:1992,194,0 chrX 707089 . G A 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.26;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:87:812,87,0 chrX 707260 . G A 2459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=22.98;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:107:99:2492,261,0 chrX 707333 . C T 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=15.18;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:56:99:883,99,0 chrX 707549 . G A 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=16.52;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:2379,261,0 chrX 707550 . C A 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=17.38;SB=-1.532e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:141:99:2484,264,0 chrX 707903 . A T 2601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=20.64;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2634,279,0 chrX 708177 . G A 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=20.15;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1262,132,0 chrX 708302 . T C 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=5.721;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=21.50;ReadPosRankSum=1.670;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1237,135,0 chrX 708320 . A C 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=20.09;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1158,129,0 chrX 708329 . G A 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=20.75;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1257,132,0 chrX 708347 . C G 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=19.55;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1167,126,0 chrX 708349 . C G 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=19.41;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1159,123,0 chrX 708426 . A T 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=25.68;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:87:829,87,0 chrX 708500 . C A 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=18.41;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:530,57,0 chrX 708504 . G T 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;QD=18.07;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:521,54,0 chrX 708569 . A G 314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=14.95;ReadPosRankSum=1.569;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:39:347,39,0 chrX 708614 . G A 383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=22.53;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45:416,45,0 chrX 708644 . G A 440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:473,51,0 chrX 708696 . A G 417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;MQ0=0;QD=19.86;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:450,51,0 chrX 708844 . A G 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.82;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:60:513,60,0 chrX 708931 . A G 269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=17.93;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:302,33,0 chrX 708946 . T C 348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=18.32;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:42:381,42,0 chrX 709147 . A G 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=19.78;ReadPosRankSum=1.662;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1002,111,0 chrX 709369 . C T 1965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=19.26;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1998,213,0 chrX 709489 . A G 2557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.46;MQ0=0;QD=15.13;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:2590,288,0 chrX 709498 . C G 2388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.22;MQ0=0;QD=13.57;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:176:99:2421,270,0 chrX 709621 . A G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=67;Dels=0.00;FS=10.885;HaplotypeScore=5.5964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=4.034;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.482;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:705,0,241 chrX 709747 . A C 7223.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=312;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.565;QD=23.15;ReadPosRankSum=1.688;SB=-2.936e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,310:312:99:7223,795,0 chrX 709864 . C T 3062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.76;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.677e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:142:99:3095,324,0 chrX 709925 . C A 2087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=22.44;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2120,237,0 chrX 709978 . A C 3281.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.11;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3281,354,0 chrX 710013 . A G 3546.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=176;Dels=0.00;FS=3.242;HaplotypeScore=17.2193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=20.15;ReadPosRankSum=1.552;SB=-2.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,172:176:99:3546,396,0 chrX 710763 . G A 2500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=24.75;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2533,261,0 chrX 711083 . A T 3366.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,147:148:99:3366,363,0 chrX 711149 . T A 2942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.579e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2975,312,0 chrX 711174 . G T 2300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2333,246,0 chrX 711200 . T C 2278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=20.90;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:109:99:2311,258,0 chrX 711237 . G T 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=21.52;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2099,234,0 chrX 711284 . G A 2616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:2649,276,0 chrX 711398 . G A 2125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=20.24;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2158,231,0 chrX 711399 . C T 2104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=21.04;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:2137,228,0 chrX 711556 . C T 1131 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;QD=20.56;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1164,126,0 chrX 711557 . G A 1007 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1040,114,0 chrX 711558 . G A 1273 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;QD=23.15;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1306,138,0 chrX 711565 . C T 908 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.68;MQ0=0;QD=16.81;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:941,102,0 chrX 711577 . A G 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.74;MQ0=0;QD=13.63;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:72:619,72,0 chrX 711580 . C A 359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.50;MQ0=0;QD=10.26;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:42:392,42,0 chrX 714056 . A G 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.80;MQ0=0;QD=24.90;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84:780,84,0 chrX 714093 . A C 191.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=21.23;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-5.091e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24:224,24,0 chrX 714208 . A G 111.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=6.54;ReadPosRankSum=3.367;SB=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:17:15:144,15,0 chrX 714240 . A T 46.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.42;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.742;SB=0.224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18:76,0,18 chrX 714259 . T C 33.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.742;SB=0.178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:19:63,0,19 chrX 714315 . C T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=2;QD=3.96;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:55,6,0 chrX 714600 . C A 218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.82;SB=-7.999e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27:251,27,0 chrX 714603 . C T 176.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.00;SB=-8.497e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24:209,24,0 chrX 714619 . C T 221.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.09;SB=-8.499e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27:254,27,0 chrX 715456 . A G 330.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=17;Dels=0.00;FS=7.533;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=19.42;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-2.222e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:16:363,16,0 chrX 715468 . A G 189.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=12;Dels=0.00;FS=10.792;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=15.75;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-3.018e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:3:219,3,0 chrX 715471 . T C 160.46 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=9.542;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=17.83;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-4.435e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:1:189,0,1 chrX 715483 . C T 84.34 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-3.082e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:8:114,0,8 chrX 729042 . C T 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.18;MQ0=8;MQRankSum=0.736;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-2.276e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:11:6:50,6,0 chrX 729658 . G A 62.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=5.92;MQ0=79;QD=0.67;SB=-3.871e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,55:94:12:95,12,0 chrX 742936 . A G 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:51,6,0 chrX 742947 . T C 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;QD=4.30;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:57,6,0 chrX 742955 . G T 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.736;SB=1.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:58,6,0 chrX 742956 . A G 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.736;SB=1.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:56,6,0 chrX 742959 . G A 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.736;SB=1.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:57,6,0 chrX 743001 . C G 101.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.51;MQ0=0;QD=11.25;SB=-2.044e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:134,15,0 chrX 743029 . G A 61.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.51;MQ0=3;MQRankSum=-0.054;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:91:91,0,224 chrX 743062 . C T 175.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.35;MQ0=6;MQRankSum=0.367;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:205,0,174 chrX 743088 . A G 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.11;MQ0=10;MQRankSum=-0.405;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.215;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:151,0,170 chrX 743116 . A G 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.54;MQ0=6;QD=2.86;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:6:57,6,0 chrX 743331 . C T 189.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.32;MQ0=3;QD=13.50;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:24:222,24,0 chrX 743332 . C T 201.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=14;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=7.6627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.32;MQ0=3;MQRankSum=0.791;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:24:234,24,0 chrX 743425 . C G 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=54;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.56;MQ0=23;MQRankSum=0.293;QD=0.46;ReadPosRankSum=-3.318;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:55:55,0,342 chrX 744072 . A G 410.52 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.23;MQ0=6;MQRankSum=-0.130;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-1.352e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:6:440,0,6 chrX 744108 . G A 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=27;Dels=0.00;FS=5.756;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.80;MQ0=14;MQRankSum=-0.212;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.533;SB=-2.759e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:57:100,0,57 chrX 744291 . T C 124.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=85;Dels=0.00;FS=30.287;HaplotypeScore=3.6635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.39;MQ0=17;MQRankSum=2.002;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,19:85:99:154,0,689 chrX 744886 . A G 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.832;DP=226;Dels=0.00;FS=16.197;HaplotypeScore=126.9573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.38;MQ0=72;MQRankSum=-3.681;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.252;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,117:226:99:125,0,600 chrX 744891 . T C 96.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=225;Dels=0.00;FS=60.892;HaplotypeScore=99.2941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.42;MQ0=72;MQRankSum=-4.089;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.229;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,104:225:99:126,0,619 chrX 744922 . G T 100.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=256;Dels=0.00;FS=194.301;HaplotypeScore=78.0230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.82;MQ0=103;MQRankSum=1.303;QD=0.39;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,74:256:99:130,0,770 chrX 744931 . A G 122.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=254;Dels=0.00;FS=44.038;HaplotypeScore=109.1845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.80;MQ0=107;MQRankSum=2.709;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,37:254:99:152,0,694 chrX 744966 . G A 263.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;DP=289;Dels=0.00;FS=43.168;HaplotypeScore=107.3912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.40;MQ0=136;MQRankSum=-3.631;QD=0.91;ReadPosRankSum=3.697;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,108:288:99:293,0,1060 chrX 744973 . T C 58.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;DP=305;Dels=0.00;FS=15.068;HaplotypeScore=124.8655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.30;MQ0=145;MQRankSum=-2.177;QD=0.19;ReadPosRankSum=-1.707;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:231,73:305:88:88,0,1541 chrX 744974 . T G 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.623;DP=306;Dels=0.00;FS=9.260;HaplotypeScore=146.4685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.28;MQ0=144;MQRankSum=-2.520;QD=0.12;ReadPosRankSum=3.006;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,53:306:66:66,0,1569 chrX 744977 . A T 32.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=325;Dels=0.00;FS=9.203;HaplotypeScore=123.9297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.05;MQ0=144;MQRankSum=-1.355;QD=0.10;ReadPosRankSum=2.115;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:263,57:325:62:62,0,1493 chrX 744983 . G T 206.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.710;DP=353;Dels=0.00;FS=2.142;HaplotypeScore=155.9316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.38;MQ0=149;MQRankSum=3.168;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.843;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:323,29:353:99:236,0,1524 chrX 745000 . A T 668.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=476;Dels=0.00;FS=47.603;HaplotypeScore=45.2184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.64;MQ0=162;MQRankSum=-0.267;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.706;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:376,99:475:99:698,0,2235 chrX 745017 . C T 342.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.688;DP=468;Dels=0.00;FS=117.319;HaplotypeScore=55.2098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.58;MQ0=164;MQRankSum=-2.581;QD=0.73;ReadPosRankSum=2.694;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:293,175:468:99:372,0,2640 chrX 745045 . T C 51.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=396;Dels=0.00;FS=62.744;HaplotypeScore=91.8909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.99;MQ0=143;MQRankSum=2.386;QD=0.13;ReadPosRankSum=-1.855;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:323,73:396:81:81,0,2325 chrX 745049 . A G 168.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.727;DP=389;Dels=0.00;FS=98.573;HaplotypeScore=72.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.88;MQ0=140;MQRankSum=0.486;QD=0.43;ReadPosRankSum=-3.373;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:277,112:389:99:198,0,2100 chrX 745052 . A T 277.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.101;DP=392;Dels=0.00;FS=16.456;HaplotypeScore=52.4410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.81;MQ0=142;MQRankSum=0.796;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:344,48:392:99:307,0,2005 chrX 745053 . G T 69.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;DP=392;Dels=0.00;FS=69.278;HaplotypeScore=51.4832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.80;MQ0=142;MQRankSum=2.507;QD=0.18;ReadPosRankSum=-2.427;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:317,74:392:99:99,0,2146 chrX 745070 . G A 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;DP=322;Dels=0.00;FS=61.272;HaplotypeScore=73.0584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.64;MQ0=123;MQRankSum=4.477;QD=0.12;ReadPosRankSum=-2.678;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:266,56:322:69:69,0,1815 chrX 745080 . G A 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.147;DP=294;Dels=0.00;FS=54.219;HaplotypeScore=56.7308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.62;MQ0=134;MQRankSum=3.973;QD=0.06;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:260,32:294:47:47,0,1317 chrX 745114 . A C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DP=223;Dels=0.00;FS=19.774;HaplotypeScore=75.0799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.05;MQ0=104;MQRankSum=-0.882;QD=0.11;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,31:223:55:55,0,1177 chrX 745176 . G A 192.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;DP=155;Dels=0.00;FS=7.013;HaplotypeScore=30.0143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.83;MQ0=46;MQRankSum=5.453;QD=1.24;ReadPosRankSum=-4.255;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,20:155:99:222,0,560 chrX 745206 . T C 15.14 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;DP=104;Dels=0.00;FS=2.256;HaplotypeScore=10.1615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.18;MQ0=50;MQRankSum=1.873;QD=0.15;ReadPosRankSum=-2.488;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,21:104:45:45,0,134 chrX 745207 . G C 22.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;DP=103;Dels=0.00;FS=2.256;HaplotypeScore=9.3729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.09;MQ0=50;MQRankSum=1.845;QD=0.21;ReadPosRankSum=-2.349;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,24:103:52:52,0,128 chrX 745213 . G T 67.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=105;Dels=0.00;FS=4.891;HaplotypeScore=18.8094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.38;MQ0=51;MQRankSum=3.186;QD=0.64;ReadPosRankSum=-2.905;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,13:105:97:97,0,191 chrX 745218 . A G 155.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=121;Dels=0.00;FS=3.614;HaplotypeScore=26.2682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.14;MQ0=52;MQRankSum=3.949;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,15:121:99:185,0,388 chrX 745220 . G A 23.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DP=123;Dels=0.00;FS=9.663;HaplotypeScore=29.3682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.46;MQ0=52;MQRankSum=2.117;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,10:123:53:53,0,583 chrX 745330 . G A 382.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.736;DP=313;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=50.7577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.96;MQ0=39;MQRankSum=-0.227;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.871;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:240,73:313:99:412,0,2817 chrX 745379 . T C 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=143;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=21.5438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.59;MQ0=46;MQRankSum=0.041;QD=0.13;ReadPosRankSum=0.950;SB=-6.502e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,12:143:49:49,0,360 chrX 745495 . G A 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=50;Dels=0.00;FS=13.942;HaplotypeScore=23.5557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.12;MQ0=11;MQRankSum=1.014;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.203;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:50:86:86,0,309 chrX 745504 . A G 318.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.76;MQ0=9;MQRankSum=1.702;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.484;SB=-8.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:44:348,0,44 chrX 745529 . G A 106.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=45;Dels=0.00;FS=14.606;HaplotypeScore=14.1645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.30;MQ0=2;MQRankSum=1.219;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.113;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:136,0,310 chrX 745537 . G A 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=46;Dels=0.00;FS=4.883;HaplotypeScore=29.9733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.29;MQ0=2;MQRankSum=-1.222;QD=0.35;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,10:46:46:46,0,388 chrX 745571 . G A 109.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=24;Dels=0.00;FS=19.472;HaplotypeScore=5.6737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-6.433e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,17:24:81:139,0,81 chrX 745593 . C G 105.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DP=26;Dels=0.00;FS=9.556;HaplotypeScore=5.6398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.479;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:98:135,0,98 chrX 745597 . A T 116.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=27;Dels=0.00;FS=8.049;HaplotypeScore=7.6198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.653;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.419;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:98:146,0,98 chrX 745598 . A G 111.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=25;Dels=0.00;FS=9.208;HaplotypeScore=9.8191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.463;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:141,0,106 chrXI 139 . T C 18.10 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.06;MQ0=2;MQRankSum=0.406;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.406;SB=0.020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:19:48,0,19 chrXI 155 . C T 14.19 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.29;MQ0=2;MQRankSum=0.727;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.202e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:22:44,0,22 chrXI 162 . C T 18.12 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=5;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.50;MQ0=2;MQRankSum=-0.736;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.292e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:17:48,0,17 chrXI 218 . A G 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=5.95;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:49,6,0 chrXI 288 . C T 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;DP=22;Dels=0.00;FS=5.611;HaplotypeScore=4.3295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.26;MQ0=7;MQRankSum=0.849;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.065;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:22:55:55,0,156 chrXI 324 . T A 68.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.97;MQ0=9;MQRankSum=0.106;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:98:98,0,133 chrXI 347 . A G 69.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DP=24;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.61;MQ0=7;MQRankSum=0.244;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:99,0,128 chrXI 428 . A T 47.07 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;DP=18;Dels=0.00;FS=6.662;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-2.581e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:18:15:77,0,15 chrXI 436 . G T 44.03 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=21;Dels=0.00;FS=10.569;HaplotypeScore=3.6807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.181;SB=-1.977e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,16:21:19:74,0,19 chrXI 498 . T A 59.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.19;MQ0=4;MQRankSum=-0.775;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.817;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:81:89,0,81 chrXI 509 . G T 94.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.18;MQ0=4;QD=2.30;SB=-2.727e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:41:15:127,15,0 chrXI 534 . T C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.32;MQ0=9;MQRankSum=1.065;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.191;SB=-6.525e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,23:80:56:67,0,56 chrXI 546 . T G 115.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.488;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.04;MQ0=10;MQRankSum=-0.549;QD=1.06;ReadPosRankSum=2.118;SB=-1.338e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,90:109:25:145,0,25 chrXI 581 . A C 168.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.15;MQ0=8;QD=1.77;SB=-4.096e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:24:201,24,0 chrXI 595 . A G 77.22 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.85;MQ0=8;MQRankSum=-0.655;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.562;SB=-3.229e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,81:84:10:107,0,10 chrXI 633 . C T 43.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.496;DP=64;Dels=0.00;FS=2.634;HaplotypeScore=26.2975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.07;MQ0=1;MQRankSum=-0.583;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.509;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,20:64:73:73,0,129 chrXI 634 . A G 119.46 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-4.469e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,51:52:1:148,0,1 chrXI 640 . T C 99.79 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.035;SB=-3.805e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,48:53:4:129,0,4 chrXI 660 . T C 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.12;MQ0=1;MQRankSum=0.084;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.453;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:47:85,0,47 chrXI 667 . G A 98.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.13;MQ0=1;QD=1.64;SB=-2.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:18:131,18,0 chrXI 673 . A G 120.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.64;MQ0=1;MQRankSum=0.335;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-2.607e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:21:153,21,0 chrXI 689 . T G 78.40 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.81;MQ0=1;QD=1.15;SB=20.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:68:15:110,15,0 chrXI 704 . T C 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=77;Dels=0.00;FS=105.935;HaplotypeScore=3.4836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.27;MQ0=2;MQRankSum=-0.407;QD=1.09;ReadPosRankSum=2.063;SB=-2.102e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,61:77:99:114,0,147 chrXI 749 . T C 200.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;DP=63;Dels=0.00;FS=99.876;HaplotypeScore=7.1147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.48;MQ0=6;MQRankSum=-1.590;QD=3.18;ReadPosRankSum=4.419;SB=-7.124e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:12:230,0,12 chrXI 755 . T C 277 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.14;MQ0=7;MQRankSum=0.239;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.673;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:36:310,36,0 chrXI 818 . T A 100.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=309;Dels=0.00;FS=1.382;HaplotypeScore=9.5532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.44;MQ0=33;MQRankSum=-5.225;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:257,52:309:99:130,0,3883 chrXI 831 . C G 783.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.844;DP=354;Dels=0.00;FS=64.220;HaplotypeScore=91.2250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.61;MQ0=30;MQRankSum=8.029;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.464;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:252,66:354:99:813,0,3579 chrXI 882 . T C 642.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.805;DP=290;Dels=0.00;FS=38.917;HaplotypeScore=16.1561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.00;MQ0=12;MQRankSum=-2.561;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.647;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,67:290:99:672,0,3881 chrXI 903 . C T 594.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.890;DP=198;Dels=0.00;FS=34.946;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.49;MQ0=10;MQRankSum=-1.517;QD=3.00;ReadPosRankSum=5.190;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,49:198:99:624,0,2565 chrXI 911 . A T 642.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.624;DP=179;Dels=0.00;FS=49.657;HaplotypeScore=11.2262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.32;MQ0=10;MQRankSum=-0.556;QD=3.59;ReadPosRankSum=3.613;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,47:179:99:672,0,2214 chrXI 949 . C G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=119;Dels=0.00;FS=4.738;HaplotypeScore=20.5505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.55;MQ0=3;MQRankSum=-1.497;QD=3.87;ReadPosRankSum=4.421;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,31:119:99:490,0,1479 chrXI 959 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=128;Dels=0.00;FS=5.637;HaplotypeScore=10.8945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.301;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.643;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,34:128:99:417,0,1877 chrXI 986 . C T 2445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.401;DP=168;Dels=0.00;FS=37.121;HaplotypeScore=9.3592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.96;MQ0=2;MQRankSum=3.887;QD=14.55;ReadPosRankSum=4.846;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,122:168:99:2475,0,317 chrXI 1021 . T A 620.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.371;DP=139;Dels=0.00;FS=25.447;HaplotypeScore=31.0401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.54;MQ0=6;MQRankSum=4.851;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,43:139:99:650,0,1418 chrXI 1056 . G C 295.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=85;Dels=0.00;FS=2.476;HaplotypeScore=22.4864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.39;MQ0=15;MQRankSum=0.688;QD=3.47;ReadPosRankSum=2.139;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:85:99:325,0,400 chrXI 1067 . T C 365 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.543;DP=63;Dels=0.00;FS=18.149;HaplotypeScore=11.3340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.19;MQ0=14;MQRankSum=1.841;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.415;SB=-5.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,43:63:45:398,45,0 chrXI 1115 . G A 1205 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.461;DP=126;Dels=0.00;FS=19.824;HaplotypeScore=72.9109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.36;MQ0=31;MQRankSum=3.321;QD=9.56;ReadPosRankSum=2.088;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,106:126:76:1238,76,0 chrXI 1118 . C G 1005.45 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.932;DP=131;Dels=0.00;FS=10.945;HaplotypeScore=62.9627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.58;MQ0=31;MQRankSum=-0.435;QD=7.68;ReadPosRankSum=2.904;SB=-3.145e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,92:131:7:1037,7,0 chrXI 1129 . T A 1393 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;DP=145;Dels=0.00;FS=54.523;HaplotypeScore=69.5802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.26;MQ0=37;MQRankSum=2.646;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.336;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,116:145:99:1426,120,0 chrXI 1136 . G T 306.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.649;DP=148;Dels=0.00;FS=10.868;HaplotypeScore=55.9157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.55;MQ0=36;MQRankSum=-0.165;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.700;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,42:148:99:336,0,940 chrXI 1153 . G A 317.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.825;DP=171;Dels=0.00;FS=13.741;HaplotypeScore=199.4006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.22;MQ0=45;MQRankSum=-0.606;QD=1.85;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,49:171:99:347,0,716 chrXI 1162 . C T 232.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.550;DP=187;Dels=0.00;FS=2.344;HaplotypeScore=141.1128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.25;MQ0=47;MQRankSum=0.003;QD=1.24;ReadPosRankSum=2.372;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,27:187:99:262,0,823 chrXI 1167 . T C 585.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.339;DP=192;Dels=0.00;FS=33.571;HaplotypeScore=126.9921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.29;MQ0=48;MQRankSum=-0.450;QD=3.05;ReadPosRankSum=-3.583;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,102:191:99:615,0,556 chrXI 1169 . T C 202.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.021;DP=195;Dels=0.00;FS=4.700;HaplotypeScore=203.9125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.21;MQ0=49;MQRankSum=0.470;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.147;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,32:195:99:232,0,1052 chrXI 1179 . T C 413.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.081;DP=203;Dels=0.00;FS=30.606;HaplotypeScore=354.6842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.50;MQ0=48;MQRankSum=-1.704;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.673;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,86:203:99:443,0,626 chrXI 1187 . A T 112.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=223;Dels=0.00;FS=13.729;HaplotypeScore=311.3781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.67;MQ0=45;MQRankSum=-1.051;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.375;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,74:223:99:142,0,1309 chrXI 1200 . G T 74.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;DP=216;Dels=0.00;FS=9.662;HaplotypeScore=42.4534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.53;MQ0=44;MQRankSum=0.881;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.358;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,52:216:99:104,0,1197 chrXI 1203 . G C 640.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=218;Dels=0.00;FS=21.009;HaplotypeScore=65.2962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.49;MQ0=44;MQRankSum=0.134;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.621;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,80:218:99:670,0,652 chrXI 1212 . G A 1222.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.041;DP=233;Dels=0.00;FS=45.606;HaplotypeScore=109.1583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.56;MQ0=47;MQRankSum=-1.345;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.642;SB=4.350e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,171:233:99:1252,0,214 chrXI 1220 . C T 124.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.371;DP=228;Dels=0.00;FS=7.337;HaplotypeScore=71.3342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.95;MQ0=40;MQRankSum=2.318;QD=0.54;ReadPosRankSum=-5.867;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,54:228:99:154,0,1176 chrXI 1221 . G A 112.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=228;Dels=0.00;FS=2.278;HaplotypeScore=71.3342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=40;MQRankSum=1.792;QD=0.49;ReadPosRankSum=3.037;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,33:228:99:142,0,1160 chrXI 1233 . T A 99.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DP=212;Dels=0.00;FS=7.408;HaplotypeScore=27.1075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.56;MQ0=37;MQRankSum=1.039;QD=0.47;ReadPosRankSum=-9.383;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,49:212:99:129,0,1166 chrXI 1272 . G A 601.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.213;DP=124;Dels=0.00;FS=66.384;HaplotypeScore=20.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.78;MQ0=26;MQRankSum=0.456;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.367;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:124:99:631,0,425 chrXI 1284 . T C 492.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;DP=99;Dels=0.00;FS=142.394;HaplotypeScore=13.9988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.08;MQ0=24;MQRankSum=1.638;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:99:99:522,0,252 chrXI 1299 . G A 532.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=86;Dels=0.00;FS=154.007;HaplotypeScore=10.9176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.74;MQ0=20;MQRankSum=1.745;QD=6.19;ReadPosRankSum=-3.314;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:562,0,284 chrXI 1303 . A G 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.283;DP=88;Dels=0.00;FS=7.424;HaplotypeScore=26.7641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.11;MQ0=19;MQRankSum=1.282;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,7:88:66:66,0,753 chrXI 1305 . G A 531.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.487;DP=84;Dels=0.00;FS=151.397;HaplotypeScore=26.5581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.71;MQ0=19;MQRankSum=1.581;QD=6.32;ReadPosRankSum=-4.271;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:84:99:561,0,259 chrXI 1347 . C A 436.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DP=72;Dels=0.00;FS=135.730;HaplotypeScore=11.9287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.10;MQ0=16;MQRankSum=3.689;QD=6.06;ReadPosRankSum=4.062;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:466,0,367 chrXI 1348 . A C 400.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.943;DP=72;Dels=0.00;FS=135.730;HaplotypeScore=11.9287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.10;MQ0=16;MQRankSum=3.571;QD=5.56;ReadPosRankSum=4.130;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:430,0,376 chrXI 1354 . A G 270.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=70;Dels=0.00;FS=55.207;HaplotypeScore=25.7172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.13;MQ0=16;MQRankSum=1.297;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.210;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,24:70:99:300,0,470 chrXI 1360 . T C 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.844;DP=72;Dels=0.00;FS=10.812;HaplotypeScore=26.6519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.04;MQ0=17;MQRankSum=1.963;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.991;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,13:72:55:55,0,642 chrXI 1366 . T C 409.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.662;DP=69;Dels=0.00;FS=82.622;HaplotypeScore=13.7893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=17;MQRankSum=3.187;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.010;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:439,0,204 chrXI 1379 . G A 237.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=52;Dels=0.00;FS=27.517;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.65;MQ0=16;MQRankSum=2.953;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-8.002e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:267,0,176 chrXI 1381 . T C 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=53;Dels=0.00;FS=30.836;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.79;MQ0=16;MQRankSum=3.358;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.671;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:255,0,180 chrXI 1411 . C T 197.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=53;Dels=0.00;FS=7.806;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.63;MQ0=21;MQRankSum=2.686;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.115;SB=-1.832e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:227,0,167 chrXI 1417 . C A 118.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=54;Dels=0.00;FS=5.632;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.06;MQ0=23;MQRankSum=1.719;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.285;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,18:54:99:148,0,164 chrXI 1447 . T C 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.83;MQ0=26;MQRankSum=1.484;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,12:48:54:54,0,160 chrXI 1454 . C T 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.276;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.65;MQ0=27;MQRankSum=0.193;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,10:47:52:52,0,194 chrXI 1492 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DP=40;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.83;MQ0=30;MQRankSum=0.546;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.296;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,5:40:62:62,0,66 chrXI 1512 . G A 46.05 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.20;MQ0=25;MQRankSum=-0.572;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.572;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:17:76,0,17 chrXI 1607 . A G 273 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.45;MQ0=18;MQRankSum=1.691;QD=6.50;ReadPosRankSum=2.128;SB=-1.084e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:42:33:306,33,0 chrXI 1679 . T C 643 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=3;QD=14.61;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:75:676,75,0 chrXI 1709 . A G 155.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.83;MQ0=2;MQRankSum=-1.096;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.658;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:76:185,0,76 chrXI 1760 . G T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.54;MQ0=0;QD=7.93;SB=-2.576e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:55,6,0 chrXI 2035 . A G 73.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.06;MQ0=0;QD=5.25;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:12:106,12,0 chrXI 2041 . T C 69.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.23;MQ0=0;QD=6.32;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:12:102,12,0 chrXI 2050 . G A 77.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=7.75;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:12:110,12,0 chrXI 2059 . A G 66.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.51;MQ0=0;QD=6.05;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:12:99,12,0 chrXI 2071 . G A 79.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.06;MQ0=0;QD=11.36;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:112,12,0 chrXI 2080 . A G 43.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.79;MQ0=0;QD=8.79;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:76,9,0 chrXI 2183 . A G 207.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.09;MQ0=0;QD=11.50;SB=-2.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:18:27:240,27,0 chrXI 2599 . C T 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=47;Dels=0.00;FS=19.878;HaplotypeScore=13.7351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.16;MQ0=21;MQRankSum=1.401;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.934;SB=-7.065e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:36:69,0,36 chrXI 2602 . A T 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=47;Dels=0.00;FS=59.484;HaplotypeScore=13.7329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.62;MQ0=20;MQRankSum=2.296;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.692;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:41:72,0,41 chrXI 2820 . A T 126.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.592;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:156,0,126 chrXI 2840 . A G 136.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.878;QD=4.25;ReadPosRankSum=3.338;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:166,0,224 chrXI 2849 . C A 144.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.663;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.022;QD=4.65;ReadPosRankSum=2.022;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:174,0,181 chrXI 2865 . A T 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.738;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.267;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:110,0,194 chrXI 2928 . A G 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;QD=14.87;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:509,57,0 chrXI 2946 . T C 489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.46;MQ0=0;QD=15.77;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:57:522,57,0 chrXI 2960 . C T 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.18;MQ0=0;QD=16.57;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:497,54,0 chrXI 3028 . G A 61.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=8.79;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:94,12,0 chrXI 3030 . C A 60.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=8.64;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:93,12,0 chrXI 3042 . T G 60.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.751;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:12:93,12,0 chrXI 3047 . C T 82.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.03;MQ0=0;QD=8.23;SB=-2.556e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:115,15,0 chrXI 3107 . T G 522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=21.75;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:63:555,63,0 chrXI 3136 . T C 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=23.40;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:69:618,69,0 chrXI 3207 . C T 850 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=19.77;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:883,93,0 chrXI 3224 . A C 1047 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=19.39;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1080,123,0 chrXI 3263 . A G 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:86:982,86,0 chrXI 3277 . T C 239.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=2.779;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.808;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:269,0,476 chrXI 3299 . T C 672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:59:705,59,0 chrXI 3391 . C T 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=16.81;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:756,81,0 chrXI 3393 . G A 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;QD=16.51;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81:776,81,0 chrXI 3599 . C T 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=20.75;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1174,107,0 chrXI 3638 . A G 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.047;DP=65;Dels=0.00;FS=10.775;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.860;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1213,112,0 chrXI 3640 . T A 1267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DP=64;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=19.80;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1300,118,0 chrXI 3696 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.998;DP=62;Dels=0.00;FS=11.356;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:484,0,436 chrXI 3898 . A G 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=76;Dels=0.00;FS=11.326;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=21.86;ReadPosRankSum=2.320;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1694,189,0 chrXI 3926 . A G 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=20.03;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:72:99:1475,162,0 chrXI 3968 . A T 1920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=21.57;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1953,216,0 chrXI 4004 . C T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;DP=104;Dels=0.00;FS=10.556;HaplotypeScore=5.8381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=2.683;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.307;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:104:99:826,0,1072 chrXI 4436 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.871;DP=71;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.224;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:361,0,726 chrXI 4534 . G A 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=20.96;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1647,177,0 chrXI 5114 . C T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.496;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:394,0,170 chrXI 5676 . G C 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.411;DP=129;Dels=0.00;FS=8.074;HaplotypeScore=13.5635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:129:99:1150,0,1051 chrXI 5780 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=74;Dels=0.00;FS=7.856;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.072;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:507,0,693 chrXI 6504 . C A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=66;Dels=0.00;FS=3.570;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:630,0,554 chrXI 6589 . A G 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=19.41;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:926,105,0 chrXI 6715 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:352,0,442 chrXI 7040 . T C 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=20.42;ReadPosRankSum=1.641;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:90:809,90,0 chrXI 7228 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=55;Dels=0.00;FS=8.192;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=2.046;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.783;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:528,0,442 chrXI 7552 . A T 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=21.37;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1465,156,0 chrXI 7571 . T G 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=20.67;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1211,135,0 chrXI 7595 . C T 1305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=18.12;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1338,150,0 chrXI 7651 . A C 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=70;Dels=0.00;FS=2.653;HaplotypeScore=64.7560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=14.74;ReadPosRankSum=2.380;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1065,123,0 chrXI 7691 . C T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.488;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:221,0,654 chrXI 7704 . A G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=4.429;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:953,108,0 chrXI 7717 . G A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=64;Dels=0.00;FS=8.345;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.029;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.193;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:64:99:121,0,653 chrXI 7726 . C T 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;DP=62;Dels=0.00;FS=4.195;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.797;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.227;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:198,0,643 chrXI 7765 . A T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;DP=60;Dels=0.00;FS=4.225;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=3.104;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:536,0,381 chrXI 7823 . G A 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.326;DP=90;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:90:99:945,0,880 chrXI 7940 . A G 2108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=24.23;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2141,246,0 chrXI 8044 . G A 1135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.257;DP=116;Dels=0.00;FS=0.707;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:116:99:1165,0,985 chrXI 8174 . G C 2081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=20.40;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2114,234,0 chrXI 8196 . C A 771.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DP=100;Dels=0.00;FS=9.431;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.663;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:100:99:801,0,681 chrXI 8197 . T C 601.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.200;DP=98;Dels=0.00;FS=7.694;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:631,0,870 chrXI 8204 . C G 1696 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=19.27;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1729,195,0 chrXI 8306 . A G 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=112;Dels=0.00;FS=3.509;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.323;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:112:99:942,0,812 chrXI 8317 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DP=108;Dels=0.00;FS=4.754;HaplotypeScore=12.2293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.060;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:108:99:677,0,784 chrXI 8368 . C T 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=15.72;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1401,153,0 chrXI 8390 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;DP=101;Dels=0.00;FS=1.735;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.575;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:101:99:617,0,673 chrXI 8566 . A T 2328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=22.17;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2361,252,0 chrXI 8603 . A C 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=123;Dels=0.00;FS=0.705;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,50:123:99:786,0,1189 chrXI 8651 . G A 2145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2178,246,0 chrXI 8716 . T G 1657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=19.49;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1690,192,0 chrXI 8720 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.709;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:537,0,822 chrXI 8772 . A G 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DP=94;Dels=0.00;FS=2.756;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:910,0,598 chrXI 8789 . C T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;DP=102;Dels=0.00;FS=3.757;HaplotypeScore=5.8993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:588,0,1014 chrXI 8828 . A G 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.687;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1435,162,0 chrXI 8855 . T C 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=16.56;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1341,147,0 chrXI 8856 . T C 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.48;MQ0=0;QD=16.84;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1363,150,0 chrXI 8867 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=91;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.91;MQ0=0;MQRankSum=-5.217;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:399,0,754 chrXI 8876 . G A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.617;DP=95;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.50;MQ0=0;MQRankSum=3.396;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:95:99:822,0,382 chrXI 8878 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;DP=98;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.526;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.138;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:435,0,726 chrXI 8889 . A G 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DP=97;Dels=0.00;FS=1.865;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.139;QD=3.46;ReadPosRankSum=2.145;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:97:99:366,0,810 chrXI 8893 . A C 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=15.46;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1486,168,0 chrXI 8909 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.016;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:97:99:388,0,883 chrXI 8944 . T A 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;DP=116;Dels=0.00;FS=1.546;HaplotypeScore=25.0627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=2.586;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.307;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,66:116:99:1111,0,663 chrXI 8980 . C T 3356.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=23.31;SB=-1.600e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3356,363,0 chrXI 9055 . T C 2688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.678;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:128:99:2721,306,0 chrXI 9097 . G A 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.873;DP=102;Dels=0.00;FS=10.049;HaplotypeScore=10.7216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.795;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:102:99:1045,0,765 chrXI 9262 . T C 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DP=80;Dels=0.00;FS=9.999;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.208;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:684,0,634 chrXI 9305 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;DP=89;Dels=0.00;FS=11.997;HaplotypeScore=5.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.555;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:706,0,639 chrXI 9486 . C T 238.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=40;Dels=0.00;FS=11.003;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.793;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:268,0,374 chrXI 9487 . G A 222.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=40;Dels=0.00;FS=11.003;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.903;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:252,0,410 chrXI 9490 . T C 244.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.432;DP=40;Dels=0.00;FS=11.003;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.122;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:274,0,440 chrXI 9690 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.783;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:577,0,254 chrXI 9915 . G A 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=21.30;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:736,78,0 chrXI 10393 . G A 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=18.62;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1206,135,0 chrXI 10540 . T C 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.202;DP=98;Dels=0.00;FS=6.818;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=8.08;ReadPosRankSum=2.085;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:98:99:822,0,859 chrXI 10550 . C T 1914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=20.80;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:1947,207,0 chrXI 10565 . T A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;DP=92;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:624,0,921 chrXI 10641 . G A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.633;DP=95;Dels=0.00;FS=23.596;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.899;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:95:99:748,0,682 chrXI 10762 . A G 2324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.47;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2357,258,0 chrXI 10897 . A G 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=103;Dels=0.00;FS=11.388;HaplotypeScore=10.4655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:103:99:803,0,876 chrXI 10927 . T G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.418;DP=121;Dels=0.00;FS=8.654;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.045;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:121:99:946,0,1113 chrXI 10969 . T C 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.703;DP=136;Dels=0.00;FS=6.403;HaplotypeScore=12.2165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.015;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,70:136:99:1045,0,1135 chrXI 11105 . C T 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=86;Dels=0.00;FS=5.824;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.454;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:836,0,715 chrXI 11267 . T G 1381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.389;DP=146;Dels=0.00;FS=9.094;HaplotypeScore=21.4158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.981;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,70:146:99:1411,0,1113 chrXI 11470 . T A 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=111;Dels=0.00;FS=0.716;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.906;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:111:99:962,0,1048 chrXI 11657 . A C 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=112;Dels=0.00;FS=2.455;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:112:99:984,0,976 chrXI 11751 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.679;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:837,0,701 chrXI 11792 . A G 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=20.52;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1572,177,0 chrXI 11839 . G T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=99;Dels=0.00;FS=2.068;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=2.505;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:872,0,752 chrXI 11861 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.545;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.133;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:607,0,783 chrXI 12051 . C G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.970;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.556;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:83:99:578,0,833 chrXI 12060 . C T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.816;DP=75;Dels=0.00;FS=1.950;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.337;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:75:99:561,0,679 chrXI 12080 . A G 351.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;DP=58;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=5.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.040;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.565;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:58:99:381,0,517 chrXI 12084 . C T 361.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.791;DP=57;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=7.0067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.902;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:391,0,439 chrXI 12089 . A G 351.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;DP=58;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=6.4564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=3.540;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:381,0,418 chrXI 12136 . T A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.526;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.164;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:439,0,611 chrXI 12201 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.099;DP=86;Dels=0.00;FS=1.783;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.869;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:553,0,1058 chrXI 12224 . T C 472.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,38:100:99:502,0,968 chrXI 12231 . G T 864.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;DP=87;Dels=0.00;FS=2.904;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.896;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:87:99:894,0,598 chrXI 12232 . G A 881.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=89;Dels=0.00;FS=4.080;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.460;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:89:99:911,0,580 chrXI 12236 . A G 876.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.784;DP=92;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.453;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:906,0,740 chrXI 12256 . G A 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.377;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.121;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:825,0,658 chrXI 12271 . G T 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=108;Dels=0.00;FS=1.592;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.459;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:108:99:757,0,709 chrXI 12322 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=104;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:104:99:746,0,628 chrXI 12346 . G A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=101.3426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=6.24;ReadPosRankSum=-2.035;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:99:99:648,0,699 chrXI 12369 . T C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DP=74;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.384;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:603,0,558 chrXI 12437 . C T 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=17.03;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1600,174,0 chrXI 12444 . G T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.202;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.646;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:543,0,554 chrXI 12451 . A C 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;QD=15.53;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1384,156,0 chrXI 12460 . G A 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.92;MQ0=0;QD=15.05;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1448,162,0 chrXI 12525 . T C 1933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=20.56;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:94:99:1966,222,0 chrXI 12560 . G A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=21.02;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1925,207,0 chrXI 12572 . T G 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=18.51;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1477,165,0 chrXI 12606 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=76;Dels=0.00;FS=6.160;HaplotypeScore=8.9538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.087;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:598,0,408 chrXI 12620 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=81;Dels=0.02;FS=1.880;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.950;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:603,0,456 chrXI 12646 . T C 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;DP=66;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=4.9546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:590,0,366 chrXI 12657 . A C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.001;DP=61;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=2.6159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.145;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:365,0,683 chrXI 12688 . G T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.266;DP=103;Dels=0.00;FS=5.192;HaplotypeScore=98.0540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.572;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:288,0,794 chrXI 12708 . G A 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.69;MQ0=0;QD=12.96;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1368,150,0 chrXI 12724 . A G 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=12.11;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:1438,159,0 chrXI 12741 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DP=125;Dels=0.00;FS=7.050;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.01;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:125:99:663,0,560 chrXI 12770 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=114;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=4.4998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.311;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:114:99:609,0,747 chrXI 12817 . T A 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:120:99:1057,0,1305 chrXI 12868 . T C 2561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=22.08;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2594,288,0 chrXI 13003 . G C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=84;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:84:99:657,0,860 chrXI 13004 . A T 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.094;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:831,0,769 chrXI 13039 . C G 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=122;Dels=0.00;FS=0.668;HaplotypeScore=8.5706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.270;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,60:122:99:929,0,956 chrXI 13108 . T C 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=171;Dels=0.00;FS=9.027;HaplotypeScore=19.7170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=3.938;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.477;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,77:171:99:1225,0,1335 chrXI 13115 . T G 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.922;DP=170;Dels=0.00;FS=5.488;HaplotypeScore=16.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.596;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,85:170:99:1500,0,1547 chrXI 13223 . C T 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DP=121;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,64:121:99:1141,0,947 chrXI 13282 . T C 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;DP=95;Dels=0.00;FS=6.801;HaplotypeScore=8.0450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=2.118;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:590,0,985 chrXI 13310 . G A,C 1287.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=48.33;MQ0=0;QD=17.88;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,34,38:72:99:1347,753,680,595,0,501 chrXI 13321 . C A 554.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.409;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:584,0,500 chrXI 13322 . C A 574.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DP=75;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.907;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:75:99:604,0,506 chrXI 13330 . A G 405.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=78;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.218;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:435,0,584 chrXI 13357 . G A 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.184;DP=90;Dels=0.00;FS=10.292;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=3.296;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:810,0,525 chrXI 13362 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DP=103;Dels=0.00;FS=12.218;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.099;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:663,0,841 chrXI 13378 . A G 2325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:2358,261,0 chrXI 13443 . T C 1385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.199;DP=178;Dels=0.00;FS=16.793;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.006;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,89:178:99:1415,0,1569 chrXI 13542 . A C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DP=67;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.724;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:585,0,609 chrXI 13635 . A T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=72;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:415,0,833 chrXI 13712 . C T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;DP=100;Dels=0.00;FS=13.615;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:737,0,843 chrXI 13729 . T G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=111;Dels=0.00;FS=9.396;HaplotypeScore=12.1554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.786;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.111;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,42:111:99:523,0,1231 chrXI 13787 . A G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.670;DP=126;Dels=0.00;FS=5.725;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.323;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.250;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:126:99:628,0,1500 chrXI 13813 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.775;DP=109;Dels=0.00;FS=3.665;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:109:99:737,0,1085 chrXI 13945 . C A 2200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2233,234,0 chrXI 13973 . A G 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=116;Dels=0.00;FS=8.703;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.523;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,54:116:99:898,0,1160 chrXI 14122 . C T 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;DP=125;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,70:125:99:1042,0,984 chrXI 14229 . A G 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;DP=115;Dels=0.00;FS=0.710;HaplotypeScore=13.8035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,50:115:99:856,0,1142 chrXI 14280 . G C 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=100;Dels=0.00;FS=5.433;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,60:100:99:1019,0,571 chrXI 14288 . A G 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.733;DP=86;Dels=0.00;FS=12.050;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:505,0,914 chrXI 14300 . A G 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=82;Dels=0.00;FS=18.965;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:479,0,713 chrXI 14320 . G A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DP=81;Dels=0.00;FS=13.328;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:720,0,410 chrXI 14349 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DP=92;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=8.4097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:92:99:511,0,555 chrXI 14350 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=92;Dels=0.00;FS=0.801;HaplotypeScore=7.6210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.933;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:504,0,606 chrXI 14360 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.634;DP=89;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=6.7384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.782;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:541,0,715 chrXI 14361 . A T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=88;Dels=0.00;FS=0.852;HaplotypeScore=5.9497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.648;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:588,0,701 chrXI 14438 . A G 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.140;DP=89;Dels=0.00;FS=6.289;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.553;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:89:99:744,0,768 chrXI 14456 . T C 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.440;DP=83;Dels=0.00;FS=8.633;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:820,0,629 chrXI 14510 . C T 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.065;DP=80;Dels=0.00;FS=3.167;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.329;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:766,0,628 chrXI 14550 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=92;Dels=0.00;FS=2.871;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:92:99:587,0,890 chrXI 14569 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.122;DP=87;Dels=0.00;FS=5.455;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:645,0,768 chrXI 14705 . G A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.541;DP=59;Dels=0.00;FS=5.223;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.430;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:617,0,295 chrXI 14729 . T C 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=18.66;ReadPosRankSum=1.673;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1115,126,0 chrXI 15132 . A G 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.86;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:995,111,0 chrXI 15236 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DP=43;Dels=0.00;FS=1.186;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=8.98;ReadPosRankSum=-1.254;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:416,0,338 chrXI 15300 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.725;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:538,0,286 chrXI 15315 . C A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=59;Dels=0.00;FS=5.486;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:494,0,339 chrXI 15430 . A G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.012;DP=47;Dels=0.00;FS=4.125;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.500;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:332,0,392 chrXI 15715 . G A 503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=14.79;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:536,57,0 chrXI 15842 . A G 901 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=20.02;ReadPosRankSum=1.655;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:934,105,0 chrXI 15843 . A G 907 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=20.61;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:940,105,0 chrXI 15848 . A G 920 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=20.91;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:953,105,0 chrXI 15909 . T C 14.26 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:6:14:44,0,14 chrXI 15916 . T A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.89;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:57,6,0 chrXI 16259 . T G 284.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.201;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.766;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:314,0,569 chrXI 16263 . T A 259.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.770;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:289,0,593 chrXI 16303 . T C 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.516;DP=125;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=12.0717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=1.615;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,59:125:99:886,0,1459 chrXI 16344 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.661;DP=113;Dels=0.00;FS=3.903;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.382;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,46:113:99:726,0,1399 chrXI 16345 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.395;DP=112;Dels=0.00;FS=3.960;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.525;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,45:112:99:707,0,1487 chrXI 16395 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.061;DP=69;Dels=0.00;FS=2.398;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.490;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:353,0,805 chrXI 16419 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.761;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:899,0,496 chrXI 16425 . G A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DP=86;Dels=0.00;FS=1.278;HaplotypeScore=13.0713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.849;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:86:99:594,0,829 chrXI 16458 . T C 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.681;DP=101;Dels=0.00;FS=1.208;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.095;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:101:99:678,0,1206 chrXI 16472 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.391;DP=95;Dels=0.00;FS=2.703;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:95:99:597,0,1062 chrXI 16535 . G C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=98;Dels=0.00;FS=4.264;HaplotypeScore=3.5984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.503;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:552,0,1107 chrXI 16537 . T A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.498;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.563;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:555,0,1023 chrXI 16603 . G T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=118;Dels=0.00;FS=3.838;HaplotypeScore=5.1106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=6.49;ReadPosRankSum=-2.474;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,64:118:99:796,0,879 chrXI 16671 . T C 2719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.788;DP=146;Dels=0.00;FS=22.977;HaplotypeScore=12.6969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=18.62;ReadPosRankSum=3.648;SB=-1.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,141:146:99:2752,303,0 chrXI 16677 . T C 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=149;Dels=0.00;FS=5.142;HaplotypeScore=13.4856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.497;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,75:149:99:1063,0,922 chrXI 16703 . A G 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.230;DP=124;Dels=0.00;FS=0.682;HaplotypeScore=5.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.010;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,68:124:99:1084,0,957 chrXI 16738 . T C 1116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DP=133;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=11.7471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.672;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:133:99:1146,0,991 chrXI 16782 . A G 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;DP=135;Dels=0.00;FS=9.936;HaplotypeScore=10.3743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.432;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,57:135:99:994,0,1382 chrXI 16794 . T A 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.068;DP=128;Dels=0.00;FS=8.526;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.160;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.601;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,56:128:99:1009,0,1259 chrXI 16846 . T C 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;DP=98;Dels=0.00;FS=1.711;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.981;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.586;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:824,0,926 chrXI 16866 . A G 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.622;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:780,0,727 chrXI 16973 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.344;DP=101;Dels=0.00;FS=3.771;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,42:101:99:550,0,1260 chrXI 17061 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=76;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:705,0,595 chrXI 17134 . A C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=68;Dels=0.00;FS=5.053;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:479,0,538 chrXI 17206 . T A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.824;DP=82;Dels=0.00;FS=0.860;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.903;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:82:99:583,0,840 chrXI 17217 . G A 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.665;DP=86;Dels=0.00;FS=1.845;HaplotypeScore=11.5077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,54:86:99:978,0,520 chrXI 17482 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;DP=60;Dels=0.00;FS=6.916;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:590,0,443 chrXI 17520 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=66;Dels=0.00;FS=5.499;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.282;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:483,0,503 chrXI 17570 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.040;DP=54;Dels=0.00;FS=4.157;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.519;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:512,0,369 chrXI 17681 . A G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;DP=46;Dels=0.00;FS=7.262;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:330,0,351 chrXI 17863 . C A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;DP=44;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.819;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:440,0,363 chrXI 17883 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=45;Dels=0.00;FS=14.620;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:282,0,458 chrXI 18001 . G T 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=43;Dels=0.00;FS=7.470;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:260,0,363 chrXI 18055 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.048;DP=38;Dels=0.00;FS=7.545;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.957;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:205,0,377 chrXI 18152 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;DP=46;Dels=0.00;FS=1.488;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=6.50;ReadPosRankSum=-2.426;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:329,0,405 chrXI 18574 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.257;DP=75;Dels=0.00;FS=8.304;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=2.057;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:552,0,914 chrXI 18639 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.691;DP=68;Dels=0.00;FS=1.235;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.877;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:461,0,847 chrXI 18739 . G A 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.528;DP=124;Dels=0.00;FS=6.951;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:124:99:1073,0,1039 chrXI 18848 . A G 2759 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;QD=18.64;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:2792,312,0 chrXI 18850 . G C 2718 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;QD=18.36;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:148:99:2751,315,0 chrXI 18852 . A T 3067 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=150;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:150:99:3100,324,0 chrXI 18863 . T A 2778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=18.64;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.697e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:149:99:2811,303,0 chrXI 18921 . G A 2436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=20.30;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2469,264,0 chrXI 19032 . C T 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=21.22;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1900,207,0 chrXI 19074 . C T 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.198;DP=129;Dels=0.00;FS=13.064;HaplotypeScore=7.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=7.41;ReadPosRankSum=-2.148;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,57:129:99:986,0,1296 chrXI 19206 . T C 3560.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=160;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.02;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=22.25;ReadPosRankSum=1.710;SB=-1.885e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,157:160:99:3560,393,0 chrXI 19335 . C T 2126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=20.64;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2159,240,0 chrXI 19367 . G A 2754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=23.95;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2787,297,0 chrXI 19443 . C T 2097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;QD=19.60;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2130,228,0 chrXI 19447 . T G 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.12;MQ0=0;QD=18.93;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1983,219,0 chrXI 19491 . C T 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.17;MQ0=0;QD=16.83;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1497,159,0 chrXI 19503 . A G 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.687;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1384,153,0 chrXI 19521 . C T 1168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.67;MQ0=0;QD=17.70;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1201,126,0 chrXI 19529 . C T 770 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.62;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:90:803,90,0 chrXI 19537 . C G 780 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.60;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:813,90,0 chrXI 19538 . G A 809 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=17.21;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:842,90,0 chrXI 19543 . T G 227.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DP=52;Dels=0.00;FS=4.332;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.78;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:257,0,396 chrXI 19563 . C T 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;QD=15.69;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:78:739,78,0 chrXI 19629 . C T 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.54;MQ0=0;QD=11.62;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:90:858,90,0 chrXI 19632 . T C 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.93;MQ0=0;QD=11.86;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:887,99,0 chrXI 19657 . T C 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=14.60;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1216,132,0 chrXI 20014 . T C 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=23.11;ReadPosRankSum=1.550;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1789,201,0 chrXI 20104 . C T 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=22.52;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2172,234,0 chrXI 20142 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.160;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.75;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:74:99:467,0,509 chrXI 20275 . C T 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.46;MQ0=0;QD=16.24;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:991,114,0 chrXI 20281 . G T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.20;MQ0=0;MQRankSum=-5.850;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:375,0,589 chrXI 20291 . G C 332.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQ0=0;MQRankSum=-6.422;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:362,0,587 chrXI 20294 . A G 345.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.106;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.491;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:375,0,595 chrXI 20296 . C T 311.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-6.236;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.662;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:341,0,620 chrXI 20395 . C G 2373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=24.21;SB=-1.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2406,267,0 chrXI 20424 . A G 2107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2140,240,0 chrXI 20445 . T C 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.692;QD=19.09;ReadPosRankSum=1.611;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:89:99:1732,198,0 chrXI 20496 . C T 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.73;MQ0=0;QD=16.77;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1274,138,0 chrXI 20522 . T C 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.77;MQ0=0;QD=14.35;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:966,108,0 chrXI 20543 . C G 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.27;MQ0=0;QD=16.22;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1136,126,0 chrXI 20567 . A T 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=3.724;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=17.65;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1198,129,0 chrXI 20616 . G A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=18.70;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1043,117,0 chrXI 20761 . T C 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=3.198;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=16.49;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1220,138,0 chrXI 20802 . A T 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=18.08;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1642,183,0 chrXI 20805 . A G 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.58;MQ0=0;QD=17.18;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1562,180,0 chrXI 20824 . A T 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=15.46;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1486,168,0 chrXI 20841 . C T 1587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=17.44;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1620,177,0 chrXI 21006 . C G 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=18.68;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1509,168,0 chrXI 21157 . G A 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.941;DP=90;Dels=0.00;FS=3.797;HaplotypeScore=4.9447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.625;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:90:99:727,0,715 chrXI 21193 . C T 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=15.86;SB=-1.589e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:1936,207,0 chrXI 21194 . A G 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=15.44;SB=-1.561e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:123:99:1932,213,0 chrXI 21250 . A T 938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=7.75;SB=-1.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:971,105,0 chrXI 21328 . C T 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=20.65;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:859,93,0 chrXI 21329 . T A 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=38;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.424;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:286,0,381 chrXI 21391 . T C 462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=17.77;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:495,54,0 chrXI 21448 . A G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;DP=50;Dels=0.00;FS=3.808;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=6.68;ReadPosRankSum=1.990;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:364,0,359 chrXI 21546 . A G 939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=19.56;ReadPosRankSum=2.348;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:972,111,0 chrXI 21568 . T C 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=20.53;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:813,90,0 chrXI 21855 . C T 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=21.08;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1319,141,0 chrXI 21870 . T C 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=19.33;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1367,153,0 chrXI 22075 . G T 280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.12;MQ0=0;QD=2.30;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:33:313,33,0 chrXI 22082 . G A 410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.92;MQ0=0;QD=3.15;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:48:443,48,0 chrXI 22088 . C T 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.160;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:123:60:548,60,0 chrXI 22120 . T G 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.84;MQ0=0;QD=11.54;SB=-1.532e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:125:99:1476,168,0 chrXI 22343 . G A 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=23.53;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1092,114,0 chrXI 22917 . C T 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.59;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:983,108,0 chrXI 23064 . C T 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=16.18;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:90:826,90,0 chrXI 23463 . T C 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=17.30;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1002,114,0 chrXI 23570 . C T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.375;DP=71;Dels=0.00;FS=8.305;HaplotypeScore=6.7004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:547,0,652 chrXI 23805 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.679;DP=57;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:516,0,591 chrXI 24058 . T C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DP=68;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.590;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:706,0,462 chrXI 24181 . A G 3720.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=164;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=9.4820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=22.68;ReadPosRankSum=2.420;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,162:164:99:3720,429,0 chrXI 24282 . A G 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=103;Dels=0.00;FS=3.019;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.255;QD=16.00;ReadPosRankSum=2.402;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:103:99:1681,186,0 chrXI 24291 . C T 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;QD=12.70;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1366,150,0 chrXI 24307 . G A 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.60;MQ0=0;QD=13.15;SB=-1.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:1506,159,0 chrXI 24311 . A T 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.14;MQ0=0;QD=12.51;SB=-1.453e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:1472,156,0 chrXI 24330 . A C 925 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=9.07;ReadPosRankSum=4.090;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:102:99:958,117,0 chrXI 24332 . T G 696 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=2.171;QD=6.82;ReadPosRankSum=4.394;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:102:98:729,98,0 chrXI 24333 . G T 695 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.706;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=6.81;ReadPosRankSum=4.394;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:102:98:728,98,0 chrXI 24349 . C T 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.48;MQ0=0;QD=10.24;SB=-1.305e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:996,105,0 chrXI 24357 . A G 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=3.208;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:886,99,0 chrXI 24373 . A G 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DP=86;Dels=0.00;FS=7.954;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=7.12;ReadPosRankSum=3.728;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:86:72:645,72,0 chrXI 24425 . T C 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=57.6348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.57;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.681;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:936,105,0 chrXI 24438 . T C 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=79;Dels=0.00;FS=3.060;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=0.24;ReadPosRankSum=2.294;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:6:50,6,0 chrXI 24444 . G A 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=0;QD=15.99;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1424,153,0 chrXI 24785 . C T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=46;Dels=0.00;FS=2.594;HaplotypeScore=4.5311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.42;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.854;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:491,0,222 chrXI 24924 . T C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.242;DP=120;Dels=0.00;FS=11.885;HaplotypeScore=6.5854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.195;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:120:99:763,0,1254 chrXI 25154 . C T 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=12.30;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1165,126,0 chrXI 25337 . C T 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=22.90;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1132,123,0 chrXI 25349 . A G 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.778;DP=50;Dels=0.00;FS=10.440;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=20.46;ReadPosRankSum=2.860;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1056,123,0 chrXI 25386 . G A 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=19.64;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1113,123,0 chrXI 25508 . T C 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=16.49;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1105,123,0 chrXI 25610 . T G 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=21.82;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:33:87:753,87,0 chrXI 25667 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:361,0,342 chrXI 26043 . T C 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=21.92;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1962,219,0 chrXI 26078 . C T 2278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.48;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2311,249,0 chrXI 26422 . A G 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=18.95;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1890,213,0 chrXI 26450 . T G 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=21.16;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2001,225,0 chrXI 26672 . T C 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=22.60;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1570,174,0 chrXI 26673 . G T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.051;DP=68;Dels=0.00;FS=2.980;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:698,0,523 chrXI 26709 . C A 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=21.70;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1031,111,0 chrXI 26730 . T C 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=18.78;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:878,99,0 chrXI 26749 . A G 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=18.45;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:845,99,0 chrXI 26810 . A T 474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=29;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=16.34;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:57:507,57,0 chrXI 27322 . T G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=55;Dels=0.00;FS=3.874;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:55:99:549,0,438 chrXI 27328 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.093;DP=54;Dels=0.00;FS=2.342;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.070;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:409,0,556 chrXI 27340 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:603,0,387 chrXI 27368 . G A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:567,0,306 chrXI 27541 . C T 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.496;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.375;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:81:99:1078,0,522 chrXI 27643 . T C 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=22.06;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1577,177,0 chrXI 28033 . T C 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=23.46;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1112,126,0 chrXI 28267 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;DP=61;Dels=0.00;FS=8.983;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:395,0,656 chrXI 28300 . G C 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.21;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1286,144,0 chrXI 28372 . A T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.580;DP=88;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.896;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:610,0,837 chrXI 28396 . C T 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=19.71;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1945,207,0 chrXI 28399 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.997;DP=96;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.224;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:96:99:655,0,825 chrXI 28487 . G A 3555.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.54;SB=-1.988e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:3555,378,0 chrXI 28551 . A G 1809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1842,210,0 chrXI 29323 . C T 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=125;Dels=0.00;FS=3.359;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.923;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,62:125:99:985,0,935 chrXI 29380 . C G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DP=94;Dels=0.00;FS=1.742;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:94:99:853,0,703 chrXI 29485 . G A 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=33;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:153,0,290 chrXI 29650 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=50;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.935;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:452,0,297 chrXI 29680 . G A 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=19.77;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1476,162,0 chrXI 29722 . G A 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.967;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:96:99:713,0,738 chrXI 29801 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:644,0,510 chrXI 29889 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DP=31;Dels=0.00;FS=5.525;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.486;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:31:99:360,0,167 chrXI 29976 . T A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.247;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:51:99:380,0,281 chrXI 29986 . A G 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=14.76;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84:771,84,0 chrXI 30016 . A G 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.33;MQ0=0;QD=11.73;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:72:643,72,0 chrXI 30025 . C T 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.05;MQ0=0;QD=10.89;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:69:654,69,0 chrXI 30028 . C T 605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;QD=11.42;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:66:638,66,0 chrXI 30052 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=64;Dels=0.00;FS=11.198;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.959;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:306,0,320 chrXI 30716 . T G 2848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=138;Dels=0.00;FS=8.199;HaplotypeScore=7.4282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=20.64;ReadPosRankSum=2.414;SB=-1.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:138:99:2881,318,0 chrXI 30923 . A C 2227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=22.27;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2260,249,0 chrXI 31042 . G A 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.186;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,64:149:99:1054,0,1717 chrXI 31094 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;DP=104;Dels=0.00;FS=7.793;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:641,0,1040 chrXI 31185 . T C 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.283;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:792,0,665 chrXI 31220 . G T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.436;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.673;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:95:99:635,0,517 chrXI 31297 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.069;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:501,0,479 chrXI 31754 . T C 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.116;DP=119;Dels=0.00;FS=2.390;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,64:119:99:1061,0,921 chrXI 32054 . C T 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.699;DP=110;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.514;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:110:99:920,0,864 chrXI 32212 . G A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.711;DP=91;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=2.341;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:845,0,604 chrXI 32581 . T C 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;DP=80;Dels=0.00;FS=10.037;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:742,0,502 chrXI 32644 . T C 1053.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=119;Dels=0.00;FS=5.643;HaplotypeScore=9.6587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:119:99:1083,0,1073 chrXI 32862 . T C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.043;DP=74;Dels=0.00;FS=10.274;HaplotypeScore=4.3288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:604,0,587 chrXI 32956 . C T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.047;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:697,0,580 chrXI 33219 . C G 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;DP=90;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:90:99:884,0,473 chrXI 33673 . G A 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=19.66;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1232,135,0 chrXI 33790 . G A 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=22.35;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1173,123,0 chrXI 33976 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.478;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.133;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:99:281,0,113 chrXI 33994 . C T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:91:197,0,91 chrXI 34378 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=11.90;ReadPosRankSum=-1.694;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:387,0,167 chrXI 34404 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DP=62;Dels=0.00;FS=12.187;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.620;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:62:99:590,0,394 chrXI 34444 . C G 1517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=149;Dels=0.00;FS=14.920;HaplotypeScore=10.5958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,83:149:99:1547,0,1247 chrXI 34555 . A C 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.947;DP=118;Dels=0.00;FS=8.775;HaplotypeScore=8.4792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.722;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,61:118:99:1038,0,1050 chrXI 34971 . T G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.169;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:65:99:480,0,843 chrXI 35136 . T C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.133;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:304,0,209 chrXI 35244 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;DP=55;Dels=0.00;FS=1.176;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=1.863;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:459,0,477 chrXI 35283 . A G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=69;Dels=0.00;FS=5.540;HaplotypeScore=9.5856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.628;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:556,0,616 chrXI 35427 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=33;Dels=0.00;FS=1.560;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:273,0,264 chrXI 35593 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DP=47;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:357,0,368 chrXI 35608 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.013;DP=42;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:42:99:315,0,357 chrXI 35853 . C T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DP=35;Dels=0.00;FS=5.610;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.892;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.315;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:376,0,167 chrXI 36243 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.973;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:49:99:580,0,245 chrXI 36249 . C G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.951;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:46:99:557,0,242 chrXI 36369 . A G 137.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.427;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:167,0,473 chrXI 36393 . G A 643.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.447;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.040;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:673,0,301 chrXI 36454 . C T 551.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:581,0,394 chrXI 36537 . C T 259.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.272;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,16:22:80:289,0,80 chrXI 36695 . T C 638.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.076;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.664;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:668,0,573 chrXI 36777 . A T 182.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:212,0,265 chrXI 36900 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.102;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:311,0,127 chrXI 37146 . C T 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=57;Dels=0.00;FS=4.665;HaplotypeScore=5.8429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=2.193;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:622,0,466 chrXI 37242 . T G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.603;DP=43;Dels=0.00;FS=4.566;HaplotypeScore=3.7765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:213,0,366 chrXI 37338 . A G 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.231;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:207,0,250 chrXI 37524 . T C 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.77;MQ0=0;QD=16.69;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1018,117,0 chrXI 37530 . G A 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;QD=15.96;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:911,102,0 chrXI 37551 . A G 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;QD=16.22;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:860,96,0 chrXI 37566 . G A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=49;Dels=0.00;FS=6.343;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:221,0,295 chrXI 37578 . C T 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=46;Dels=0.00;FS=4.288;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.511;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:226,0,276 chrXI 37590 . C T 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=13.08;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:57:530,57,0 chrXI 37740 . T G 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=23.82;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:1081,120,0 chrXI 37956 . G A 383.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=35;Dels=0.00;FS=7.794;HaplotypeScore=3.0224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=1.904;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:413,0,215 chrXI 37962 . T C 140.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;DP=34;Dels=0.00;FS=7.652;HaplotypeScore=2.2337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.052;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:170,0,428 chrXI 37965 . A G 128.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;DP=34;Dels=0.00;FS=11.021;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=3.76;ReadPosRankSum=2.047;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:158,0,449 chrXI 37995 . G A 475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=13.19;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:54:508,54,0 chrXI 37998 . G A 469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.10;MQ0=0;QD=12.68;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:54:502,54,0 chrXI 38007 . T C 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=38;Dels=0.00;FS=1.303;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.299;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:174,0,272 chrXI 38034 . G A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.470;DP=39;Dels=0.00;FS=9.774;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.897;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:234,0,211 chrXI 38261 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=44;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.641;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:358,0,322 chrXI 38472 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DP=67;Dels=0.00;FS=5.550;HaplotypeScore=5.0421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:67:99:644,0,489 chrXI 38739 . G A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.000;DP=70;Dels=0.00;FS=3.264;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:669,0,504 chrXI 38767 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.632;DP=63;Dels=0.00;FS=2.139;HaplotypeScore=3.6741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.042;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:636,0,476 chrXI 38813 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;DP=69;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.501;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:636,0,531 chrXI 39073 . C T 461.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.800;DP=65;Dels=0.00;FS=2.124;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.282;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:65:99:491,0,608 chrXI 39078 . A G 442.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DP=62;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=7.13;ReadPosRankSum=2.275;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:472,0,627 chrXI 39081 . A G 444.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=61;Dels=0.00;FS=3.579;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=7.28;ReadPosRankSum=2.482;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:474,0,571 chrXI 39127 . G C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.982;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:90:99:728,0,791 chrXI 39160 . G T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:81:99:607,0,749 chrXI 39184 . C G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:536,0,635 chrXI 39899 . A T 492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.528;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:28:36:525,36,0 chrXI 40023 . C T 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:223,0,307 chrXI 40080 . T C 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=18;Dels=0.00;FS=1.952;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:144,0,195 chrXI 40092 . G T 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:106,0,175 chrXI 40103 . T C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:192,0,164 chrXI 40164 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=29;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:338,0,157 chrXI 40206 . C G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=34;Dels=0.00;FS=1.500;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:318,0,294 chrXI 40246 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:256,0,253 chrXI 40356 . A T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=63;Dels=0.00;FS=5.894;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:610,0,656 chrXI 40479 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:335,0,303 chrXI 40617 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=45;Dels=0.00;FS=6.514;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.648;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:45:99:392,0,274 chrXI 40776 . T C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=40;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:40:99:233,0,413 chrXI 40860 . T A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=36;Dels=0.00;FS=1.341;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:282,0,289 chrXI 40941 . A G 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.507;DP=40;Dels=0.00;FS=2.812;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:351,0,349 chrXI 40977 . C T 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DP=37;Dels=0.00;FS=5.231;HaplotypeScore=8.4726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:37:99:223,0,210 chrXI 40989 . T C 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=12.65;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:48:425,48,0 chrXI 40998 . C G 313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=10.43;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:39:346,39,0 chrXI 41115 . C A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=47;Dels=0.00;FS=8.614;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:47:99:429,0,392 chrXI 41268 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=36;Dels=0.00;FS=2.798;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.127;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:343,0,308 chrXI 41369 . G A 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=22.33;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:636,69,0 chrXI 41373 . A G 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;DP=28;Dels=0.00;FS=3.382;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:155,0,337 chrXI 41391 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.013;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:288,0,319 chrXI 41430 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.083;DP=62;Dels=0.00;FS=8.966;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.802;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:489,0,484 chrXI 41442 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.246;DP=63;Dels=0.00;FS=8.767;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.741;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:528,0,482 chrXI 41490 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.283;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.990;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:502,0,582 chrXI 41527 . G T 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.742;DP=56;Dels=0.00;FS=8.697;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:56:99:395,0,423 chrXI 41535 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=58;Dels=0.00;FS=7.786;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.224;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:397,0,498 chrXI 41601 . C T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.959;DP=63;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:393,0,583 chrXI 41703 . C T 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.888;DP=99;Dels=0.00;FS=10.379;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:1016,0,919 chrXI 42021 . A G 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1276,141,0 chrXI 42093 . A G 166.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;DP=25;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.136;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:196,0,197 chrXI 42126 . A G 240.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:270,0,147 chrXI 42141 . T C 258.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.488;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.399;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:288,0,157 chrXI 42198 . A T 1579 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=19.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1612,168,0 chrXI 42210 . A G 461.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.391;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.048;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:491,0,629 chrXI 42356 . A T 117.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=21;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:53:147,0,53 chrXI 42424 . T C 573.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:603,0,577 chrXI 42450 . G A 1091 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=23.21;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:99:1124,117,0 chrXI 42555 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.131;DP=57;Dels=0.00;FS=11.946;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.965;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:57:99:413,0,705 chrXI 42588 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=49;Dels=0.00;FS=12.657;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:292,0,658 chrXI 42738 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=73;Dels=0.00;FS=6.512;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:73:99:323,0,672 chrXI 42757 . C G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=70;Dels=0.00;FS=4.964;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.452;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:70:99:271,0,776 chrXI 42807 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.524;DP=95;Dels=0.00;FS=0.813;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.530;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:95:99:430,0,1109 chrXI 42834 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.149;DP=114;Dels=0.00;FS=0.735;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.188;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.435;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,40:114:99:426,0,1481 chrXI 42835 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.260;DP=114;Dels=0.00;FS=0.726;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.417;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.430;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,40:114:99:451,0,1467 chrXI 43005 . C T 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=86;Dels=0.00;FS=4.317;HaplotypeScore=8.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.036;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:86:99:892,0,640 chrXI 43185 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.126;DP=99;Dels=0.00;FS=1.703;HaplotypeScore=9.8391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.783;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:624,0,923 chrXI 43195 . C T 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.542;DP=99;Dels=0.00;FS=5.254;HaplotypeScore=8.2617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.066;QD=8.80;ReadPosRankSum=2.045;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:901,0,641 chrXI 43241 . G T 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DP=110;Dels=0.00;FS=0.732;HaplotypeScore=11.3534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=9.20;ReadPosRankSum=-2.731;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,66:110:99:1042,0,612 chrXI 43368 . G A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.896;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:759,0,527 chrXI 43451 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.678;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:508,0,281 chrXI 43498 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=62;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.273;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:682,0,328 chrXI 43629 . G A 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DP=95;Dels=0.00;FS=11.429;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.341;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,59:95:99:1105,0,546 chrXI 43668 . A T 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;DP=102;Dels=0.00;FS=12.104;HaplotypeScore=19.7170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.144;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,59:102:99:882,0,554 chrXI 43744 . G A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=70;Dels=0.00;FS=4.709;HaplotypeScore=8.4884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:671,0,423 chrXI 43800 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DP=65;Dels=0.00;FS=14.019;HaplotypeScore=8.8801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.485;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:65:99:483,0,437 chrXI 43830 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;DP=63;Dels=0.00;FS=5.005;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:497,0,498 chrXI 43946 . A G 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;DP=98;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.856;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:773,0,911 chrXI 44246 . T C 2372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;QD=18.53;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2405,270,0 chrXI 44293 . C T 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=13.57;ReadPosRankSum=1.485;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:114:99:1580,168,0 chrXI 44298 . G A 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:1514,165,0 chrXI 44328 . A T 311.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.584;DP=86;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.248;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:341,0,686 chrXI 44334 . C T 1212 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=15.74;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1245,135,0 chrXI 44336 . A G 1233 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.49;MQ0=0;QD=15.41;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1266,138,0 chrXI 44440 . G A 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=19.48;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1163,126,0 chrXI 44500 . C T 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.365;DP=88;Dels=0.00;FS=8.870;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.921;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:840,0,534 chrXI 44573 . A G 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=16.17;ReadPosRankSum=2.398;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:98:99:1618,180,0 chrXI 45069 . G A 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.624;DP=75;Dels=0.00;FS=6.279;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:732,0,562 chrXI 45141 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;DP=51;Dels=0.00;FS=19.327;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.322;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:370,0,602 chrXI 45213 . A G 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=18.31;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:930,105,0 chrXI 45217 . G T 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=17.54;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1033,111,0 chrXI 45238 . G A 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.942;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,47:67:99:789,0,264 chrXI 45362 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DP=111;Dels=0.00;FS=3.578;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:111:99:589,0,1067 chrXI 45375 . T C 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.292;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:118:99:713,0,1236 chrXI 45525 . A G 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=21.17;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1494,171,0 chrXI 45578 . T G 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.750;DP=108;Dels=0.00;FS=2.496;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.388;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.009;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:965,0,1173 chrXI 45588 . C A 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;DP=109;Dels=0.00;FS=1.559;HaplotypeScore=3.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,60:109:99:1090,0,950 chrXI 45765 . A G 1885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=21.42;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1918,213,0 chrXI 46074 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;DP=54;Dels=0.00;FS=3.841;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.128;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:54:99:424,0,395 chrXI 46101 . T C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DP=59;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:410,0,388 chrXI 46134 . T G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=52;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.290;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:52:99:381,0,313 chrXI 46275 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.767;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.899;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.087;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:680,0,1133 chrXI 46282 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=104;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.185;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:104:99:597,0,1143 chrXI 46381 . A T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;DP=55;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:267,0,551 chrXI 46444 . C T 118.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DP=35;Dels=0.00;FS=5.997;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.682;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:148,0,362 chrXI 46587 . A C 472.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.411;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.719;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:502,0,800 chrXI 46608 . C T 407.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:90:99:437,0,918 chrXI 46631 . T G 389.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.406;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:419,0,832 chrXI 46912 . G A 62.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.328;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:92:92,0,272 chrXI 46995 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.666;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=8.66;ReadPosRankSum=-2.491;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:411,0,408 chrXI 47023 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.218;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:733,0,750 chrXI 47201 . T C 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=44;Dels=0.00;FS=7.036;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.025;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:217,0,586 chrXI 47225 . G A 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;DP=44;Dels=0.00;FS=2.493;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.756;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.365;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:214,0,480 chrXI 47231 . A C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;DP=46;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.373;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.284;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:272,0,493 chrXI 47241 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=51;Dels=0.00;FS=5.765;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:353,0,504 chrXI 47357 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.383;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:678,0,750 chrXI 47435 . A T 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;DP=69;Dels=0.00;FS=6.116;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.902;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:664,0,309 chrXI 47481 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;DP=35;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:290,0,282 chrXI 47531 . G A 71.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DP=30;Dels=0.00;FS=1.462;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:30:99:101,0,332 chrXI 47705 . T C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=72;Dels=0.00;FS=3.494;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:765,0,516 chrXI 47837 . G A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;DP=41;Dels=0.00;FS=7.883;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.681;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:340,0,368 chrXI 48319 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.205;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.123;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:278,0,408 chrXI 48391 . G T 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;DP=39;Dels=0.00;FS=5.846;HaplotypeScore=4.9802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:254,0,399 chrXI 48477 . A G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=51;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.670;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:522,0,362 chrXI 48522 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DP=71;Dels=0.00;FS=2.050;HaplotypeScore=10.4362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=7.85;ReadPosRankSum=-2.154;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:587,0,323 chrXI 48601 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DP=67;Dels=0.00;FS=12.071;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:607,0,468 chrXI 48790 . G A 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=27;Dels=0.00;FS=4.467;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:27:80:80,0,395 chrXI 48808 . C T 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=23.64;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:955,102,0 chrXI 49741 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=36;Dels=0.00;FS=17.231;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:354,0,258 chrXI 49804 . G A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=75;Dels=0.00;FS=3.346;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.402;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:75:99:782,0,372 chrXI 49819 . C T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.764;DP=81;Dels=0.00;FS=4.343;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.611;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:613,0,644 chrXI 50038 . G A 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=26.92;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1406,150,0 chrXI 50257 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.298;DP=61;Dels=0.00;FS=3.582;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.298;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:626,0,341 chrXI 50395 . T G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.754;DP=72;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.671;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:585,0,735 chrXI 50810 . C T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;DP=46;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.648;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:46:99:296,0,420 chrXI 51472 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.580;DP=70;Dels=0.00;FS=6.518;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:685,0,664 chrXI 51512 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;DP=59;Dels=0.00;FS=3.586;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=9.47;ReadPosRankSum=2.153;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:589,0,559 chrXI 51558 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=60;Dels=0.00;FS=2.203;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:720,0,390 chrXI 52588 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;DP=54;Dels=0.00;FS=3.715;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.290;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:553,0,465 chrXI 52628 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.374;DP=64;Dels=0.00;FS=4.994;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:537,0,561 chrXI 53112 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;DP=72;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.808;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:492,0,660 chrXI 53379 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:414,0,291 chrXI 53539 . C T 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=101;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.725;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:1087,0,756 chrXI 53656 . T C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.627;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:378,0,420 chrXI 53931 . A G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.163;DP=66;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=11.5245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:559,0,403 chrXI 54204 . T C 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;DP=25;Dels=0.00;FS=7.520;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.606;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:252,0,181 chrXI 54206 . G A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;DP=26;Dels=0.00;FS=4.559;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.520;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:192,0,259 chrXI 54420 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.068;DP=72;Dels=0.00;FS=4.767;HaplotypeScore=9.8748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=4.61;ReadPosRankSum=-2.332;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:72:99:362,0,637 chrXI 55068 . A T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=45;Dels=0.00;FS=4.894;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=2.076;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,31:45:99:444,0,202 chrXI 55092 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;DP=43;Dels=0.00;FS=2.987;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.208;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.198;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,13:43:99:236,0,475 chrXI 55108 . G A 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:114,0,521 chrXI 55185 . T A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.485;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:416,0,405 chrXI 55837 . A T 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=118;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=5.8894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:118:99:831,0,1259 chrXI 56302 . C T 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.447;DP=106;Dels=0.00;FS=2.565;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,60:106:99:1084,0,738 chrXI 56757 . A T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=74;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:574,0,472 chrXI 57781 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.260;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:744,0,569 chrXI 57957 . G C 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DP=97;Dels=0.00;FS=2.699;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:97:99:984,0,666 chrXI 58110 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.868;DP=56;Dels=0.00;FS=5.917;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:406,0,568 chrXI 58239 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DP=76;Dels=0.00;FS=4.655;HaplotypeScore=7.1995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:587,0,513 chrXI 58428 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=52;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:440,0,316 chrXI 58464 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DP=50;Dels=0.00;FS=4.181;HaplotypeScore=10.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:436,0,408 chrXI 58986 . C A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=44;Dels=0.00;FS=1.337;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:418,0,300 chrXI 59004 . T A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.135;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:347,0,365 chrXI 59136 . A C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;DP=80;Dels=0.00;FS=7.582;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=2.214;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.597;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:553,0,607 chrXI 59178 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;DP=78;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=9.0569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.243;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:78:99:418,0,630 chrXI 59215 . G C 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:91:99:778,0,650 chrXI 59361 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=48;Dels=0.00;FS=6.502;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:530,0,307 chrXI 59582 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.322;DP=71;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=5.08;ReadPosRankSum=-2.176;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:391,0,605 chrXI 59637 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.625;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:549,0,540 chrXI 59730 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;DP=95;Dels=0.00;FS=3.950;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.723;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:615,0,875 chrXI 59823 . A G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.886;DP=82;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.879;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:544,0,989 chrXI 59874 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=65;Dels=0.00;FS=4.605;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.679;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:404,0,833 chrXI 60173 . G A 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=113;Dels=0.00;FS=0.722;HaplotypeScore=10.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:777,0,1121 chrXI 60228 . A G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=3.052;QD=6.47;ReadPosRankSum=2.239;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,40:101:99:683,0,932 chrXI 60438 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.747;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:520,0,596 chrXI 61076 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.497;DP=65;Dels=0.00;FS=5.262;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.515;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:65:99:579,0,498 chrXI 61338 . G C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=67;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:661,0,545 chrXI 61541 . A G 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.747;DP=82;Dels=0.00;FS=4.241;HaplotypeScore=9.5677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.468;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:82:99:641,0,770 chrXI 62225 . C A 1581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.283;DP=188;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=9.0380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,96:188:99:1611,0,1797 chrXI 62229 . T C 1426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.816;DP=199;Dels=0.00;FS=3.480;HaplotypeScore=22.0938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.690;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,97:199:99:1456,0,1941 chrXI 62759 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;DP=63;Dels=0.00;FS=2.104;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:485,0,591 chrXI 63630 . A C 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.621;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.137;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.172;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,59:134:99:1161,0,1475 chrXI 63649 . T C 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.648;DP=147;Dels=0.00;FS=2.237;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.202;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.498;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,64:147:99:1179,0,1741 chrXI 63943 . C G 1403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.162;DP=186;Dels=0.00;FS=5.238;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.758;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,96:186:99:1433,0,1546 chrXI 63975 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.523;DP=161;Dels=0.00;FS=0.698;HaplotypeScore=25.8446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-6.306;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.971;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,61:161:99:588,0,1330 chrXI 63984 . C T 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.648;DP=147;Dels=0.00;FS=2.673;HaplotypeScore=17.7105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-6.816;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.444;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,49:147:99:327,0,1390 chrXI 63999 . C G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=131;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=11.2109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-8.009;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,33:131:61:61,0,1533 chrXI 64001 . G T 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.200;DP=131;Dels=0.00;FS=0.933;HaplotypeScore=12.7883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-7.933;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,33:131:85:85,0,1501 chrXI 64092 . A C 121.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=105;Dels=0.00;FS=13.660;HaplotypeScore=21.4636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.332;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.120;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,35:105:99:151,0,1061 chrXI 64094 . T G 119.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.046;DP=106;Dels=0.00;FS=15.838;HaplotypeScore=19.5306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.393;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.611;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,36:106:99:149,0,1115 chrXI 64101 . A C 148.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=110;Dels=0.00;FS=8.489;HaplotypeScore=13.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.323;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.961;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,45:110:99:178,0,1036 chrXI 64203 . T C 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.026;DP=138;Dels=0.00;FS=6.349;HaplotypeScore=12.4044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.535;QD=0.40;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,24:138:85:85,0,1755 chrXI 64224 . C T 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.889;DP=125;Dels=0.00;FS=3.874;HaplotypeScore=17.7492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.562;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.291;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,72:125:99:1030,0,613 chrXI 64248 . C T 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DP=128;Dels=0.01;FS=1.941;HaplotypeScore=18.7204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.976;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.757;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,26:127:99:108,0,1364 chrXI 64254 . C T 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.078;DP=127;Dels=0.00;FS=1.933;HaplotypeScore=67.0838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.914;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.576;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,24:127:99:100,0,1423 chrXI 64260 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.984;DP=125;Dels=0.00;FS=0.708;HaplotypeScore=37.6441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.830;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:125:99:828,0,795 chrXI 64560 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;DP=65;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:462,0,681 chrXI 64563 . A T 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=64;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:382,0,629 chrXI 64590 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=64;Dels=0.00;FS=6.768;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.616;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:499,0,658 chrXI 64785 . T C 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.627;DP=75;Dels=0.00;FS=3.423;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:680,0,602 chrXI 64947 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:680,0,523 chrXI 65661 . A G 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.371;DP=82;Dels=0.00;FS=4.159;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.721;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:813,0,685 chrXI 65922 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DP=45;Dels=0.00;FS=2.716;HaplotypeScore=5.1375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:353,0,420 chrXI 66027 . G A 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=80;Dels=0.00;FS=7.800;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:528,0,709 chrXI 66073 . A T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;DP=85;Dels=0.00;FS=1.807;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.661;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:787,0,699 chrXI 66130 . C T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=62;Dels=0.00;FS=2.289;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.898;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:600,0,519 chrXI 66233 . A T 135.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=44;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=3.07;ReadPosRankSum=-2.386;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:165,0,476 chrXI 66234 . G A 113.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=44;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=2.57;ReadPosRankSum=-2.386;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:143,0,536 chrXI 66236 . G A 133.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=44;Dels=0.00;FS=4.425;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=3.02;ReadPosRankSum=-1.922;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:163,0,530 chrXI 66285 . G A 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.972;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,42:67:99:727,0,413 chrXI 66342 . T C 1109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.592;DP=104;Dels=0.00;FS=5.264;HaplotypeScore=8.9754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,63:104:99:1139,0,724 chrXI 66426 . C T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.102;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:785,0,697 chrXI 66546 . A G 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=22.12;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1095,123,0 chrXI 66663 . A G 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.30;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1311,147,0 chrXI 66678 . T C 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.14;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1386,153,0 chrXI 66804 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=42;Dels=0.00;FS=6.816;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=5.81;ReadPosRankSum=-2.465;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:274,0,386 chrXI 66860 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DP=33;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:33:99:205,0,298 chrXI 66882 . C T 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=31;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:203,0,349 chrXI 66927 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:37:99:176,0,404 chrXI 67187 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.560;DP=65;Dels=0.00;FS=5.291;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.726;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:358,0,636 chrXI 67386 . G C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=41;Dels=0.00;FS=6.236;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.734;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:398,0,348 chrXI 67440 . A C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.940;DP=31;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:340,0,189 chrXI 67488 . G A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=37;Dels=0.00;FS=9.446;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.614;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:37:99:248,0,161 chrXI 67619 . A G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.329;DP=68;Dels=0.00;FS=7.410;HaplotypeScore=6.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.242;QD=7.54;ReadPosRankSum=2.180;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:543,0,674 chrXI 67635 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.583;DP=48;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.013;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.945;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:48:99:497,0,330 chrXI 67641 . T C 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=19.57;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:40:96:816,96,0 chrXI 67672 . G A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=26;Dels=0.00;FS=10.922;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-1.404e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:240,0,207 chrXI 67691 . A C 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=19.05;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:452,51,0 chrXI 67740 . C G 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=5.52;ReadPosRankSum=2.580;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:29:99:190,0,145 chrXI 67755 . G T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.584;QD=6.77;ReadPosRankSum=2.584;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:30:99:233,0,111 chrXI 67783 . T C 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.44;MQ0=2;MQRankSum=1.159;QD=1.55;ReadPosRankSum=-1.564;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:29:40:75,0,40 chrXI 67844 . G A 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=17;Dels=0.00;FS=18.325;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.001;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.981;SB=-6.518e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:17:64:64,0,260 chrXI 67862 . C G 454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=22.70;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:487,54,0 chrXI 67872 . C G 450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=22.50;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:51:483,51,0 chrXI 67884 . A G 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=19;Dels=0.00;FS=14.880;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.287;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.805;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:51:51,0,300 chrXI 67934 . T C 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.007;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:88:132,0,88 chrXI 67954 . C T 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=14;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.533;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:81:81,0,104 chrXI 67955 . G A 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=13;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:83:110,0,83 chrXI 67997 . T A 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=18;Dels=0.00;FS=9.294;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:129,0,125 chrXI 67998 . C T 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=18;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:18:97:132,0,97 chrXI 68014 . C T 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=11;Dels=0.00;FS=10.561;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=1.398;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.022e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:59:113,0,59 chrXI 68129 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.217;DP=49;Dels=0.00;FS=19.166;HaplotypeScore=7.4015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.48;MQ0=0;MQRankSum=4.337;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.172;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:506,0,120 chrXI 68137 . T A 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DP=49;Dels=0.00;FS=26.656;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.880;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.362;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:100,0,581 chrXI 68162 . A G 123.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.155;DP=51;Dels=0.00;FS=31.500;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.068;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.651;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:153,0,551 chrXI 68168 . A T 113.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;DP=51;Dels=0.00;FS=30.303;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.874;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.856;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:51:99:143,0,551 chrXI 68184 . C T 139.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=52;Dels=0.00;FS=27.377;HaplotypeScore=3.5340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.103;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:169,0,497 chrXI 68250 . T C 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=22.89;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:75:674,75,0 chrXI 68298 . C T 521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=23.68;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:57:554,57,0 chrXI 68337 . G A 223.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.67;MQ0=0;QD=13.94;SB=-8.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:27:256,27,0 chrXI 68360 . G T 15.16 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=16;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=78.2872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-2.373e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,2:16:21:45,0,21 chrXI 68368 . G A 14.19 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=16;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=60.8900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=0.89;ReadPosRankSum=-2.302;SB=-2.373e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,2:16:21:44,0,21 chrXI 68369 . G T 52.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.31;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:9:85,9,0 chrXI 68377 . G A 51.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.46;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:9:84,9,0 chrXI 68447 . A G 223.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=11.15;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:27:256,27,0 chrXI 68563 . T C 371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=10.91;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:45:404,45,0 chrXI 68580 . T C 422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=14.07;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:455,54,0 chrXI 68691 . A C 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=17.41;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:29:60:538,60,0 chrXI 68802 . G A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=2.58;SB=-5.451e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:10:6:57,6,0 chrXI 68824 . T C 100.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=9.11;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:15:133,15,0 chrXI 68859 . G A 299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:332,36,0 chrXI 68934 . G A 302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=16.78;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:36:335,36,0 chrXI 68969 . T C 356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=14.83;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:24:45:389,45,0 chrXI 68994 . C G 430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=18.70;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:463,54,0 chrXI 69070 . A T 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:730,81,0 chrXI 69153 . C T 471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=19.62;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:504,54,0 chrXI 69417 . C T 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.68;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:634,75,0 chrXI 69662 . T C 273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=17.06;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:306,36,0 chrXI 69696 . G A 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:636,69,0 chrXI 69921 . G A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=0;QD=15.51;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:762,90,0 chrXI 69940 . A G 497 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:60:530,60,0 chrXI 69941 . G T 463 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.89;MQ0=0;QD=12.51;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:57:496,57,0 chrXI 69942 . G A 492 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=12.95;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:60:525,60,0 chrXI 69964 . A G 498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;QD=11.07;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:60:531,60,0 chrXI 70043 . T C 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.91;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:60:537,60,0 chrXI 70228 . T C 691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=19.74;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:724,81,0 chrXI 70422 . A G 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=20.28;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1939,219,0 chrXI 70425 . A G 1952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=20.12;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:1985,222,0 chrXI 70540 . A T 396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;QD=26.40;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:429,45,0 chrXI 70579 . A C 184.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=16.73;SB=-5.597e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24:217,24,0 chrXI 70690 . T C 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=18.82;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1087,126,0 chrXI 70692 . C T 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=20.47;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1159,120,0 chrXI 70711 . C T 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=18.96;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1038,111,0 chrXI 70780 . T C 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=50;Dels=0.00;FS=7.270;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=15.32;ReadPosRankSum=1.516;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:90:799,90,0 chrXI 71068 . T C 622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=23.04;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:655,72,0 chrXI 71070 . T C 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=21.96;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:626,72,0 chrXI 71145 . A G 357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=15.52;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:390,42,0 chrXI 71177 . C T 399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.65;MQ0=0;QD=14.25;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:432,45,0 chrXI 71199 . T C 322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.22;MQ0=0;QD=10.73;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:39:355,39,0 chrXI 71203 . T C 291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.18;MQ0=0;QD=10.03;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:36:324,36,0 chrXI 71211 . C T 296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=10.57;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:36:329,36,0 chrXI 71233 . A G 351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:42:384,42,0 chrXI 71333 . A G 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.49;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:955,105,0 chrXI 71541 . G A 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=21.29;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:927,102,0 chrXI 71901 . G A 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=22.80;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1150,123,0 chrXI 71930 . C T 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.80;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1437,150,0 chrXI 72294 . C T 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=19.37;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1273,141,0 chrXI 72330 . A G 2225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.94;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2258,252,0 chrXI 72384 . C T 2884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.83;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2917,321,0 chrXI 72431 . C T 2469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=23.51;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:2502,267,0 chrXI 72501 . T C 2401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.09;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2434,273,0 chrXI 72528 . A G 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.83;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2347,261,0 chrXI 72594 . C T 2290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2323,246,0 chrXI 72614 . T C 2067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=20.67;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2100,240,0 chrXI 73164 . A G 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=19.24;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1072,120,0 chrXI 73235 . A G 2437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2470,273,0 chrXI 73263 . T C 1996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:93:99:2029,237,0 chrXI 73279 . C T 1790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=21.31;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1823,198,0 chrXI 73320 . T C 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.49;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1043,117,0 chrXI 73424 . A G 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.95;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:867,96,0 chrXI 73701 . A G 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=19.49;ReadPosRankSum=1.571;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:96:871,96,0 chrXI 74103 . C A 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=22.38;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1756,186,0 chrXI 75721 . G A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:190,0,215 chrXI 75746 . A G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.921;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:152,0,202 chrXI 75787 . A G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:184,0,192 chrXI 75807 . A G 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:206,0,226 chrXI 76124 . A G 553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=17.28;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:586,69,0 chrXI 76522 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.692;DP=48;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=5.8632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.862;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:424,0,458 chrXI 76804 . C T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;DP=101;Dels=0.00;FS=5.268;HaplotypeScore=17.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:101:99:804,0,849 chrXI 76914 . T C 3220.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=24.77;ReadPosRankSum=1.705;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:130:99:3253,360,0 chrXI 77001 . A G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.643;DP=83;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.768;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:781,0,630 chrXI 77002 . A G 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;DP=83;Dels=0.00;FS=1.853;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.980;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.323;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:83:99:812,0,586 chrXI 77172 . C T 3780.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=25.03;SB=-1.617e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:151:99:3780,411,0 chrXI 77212 . A T 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.033;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=6.67;ReadPosRankSum=-2.349;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,72:155:99:1064,0,1667 chrXI 77517 . A C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:84:99:694,0,585 chrXI 77759 . C T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;DP=37;Dels=0.00;FS=7.195;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:291,0,426 chrXI 77777 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=33;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:273,0,297 chrXI 77827 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.213;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:409,0,201 chrXI 77878 . C A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=32;Dels=0.00;FS=1.814;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.113;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:283,0,183 chrXI 77891 . G A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DP=33;Dels=0.00;FS=3.436;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:225,0,241 chrXI 78125 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;DP=37;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:255,0,476 chrXI 78341 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=64;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=3.4264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:305,0,638 chrXI 78422 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;DP=86;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.506;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:86:99:704,0,801 chrXI 78566 . A T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=18;Dels=0.00;FS=3.039;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.725;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:74:194,0,74 chrXI 78581 . A G 346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=20.35;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:42:379,42,0 chrXI 78615 . G C 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=28;Dels=0.00;FS=5.885;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:286,0,176 chrXI 78639 . A G 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=19.67;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:682,75,0 chrXI 78708 . A T 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=51;Dels=0.00;FS=14.065;HaplotypeScore=4.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.393;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:88:1036,88,0 chrXI 78779 . A T 287.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.976;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=5.42;ReadPosRankSum=2.171;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:317,0,359 chrXI 78797 . C T 205.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=43;Dels=0.00;FS=3.716;HaplotypeScore=11.6956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=4.77;ReadPosRankSum=-2.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:235,0,228 chrXI 78869 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=2.133;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:705,0,669 chrXI 79002 . G C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.359;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:99:371,0,296 chrXI 79142 . T G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=75;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:624,0,685 chrXI 79181 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.847;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:93:99:541,0,939 chrXI 79503 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.644;DP=68;Dels=0.00;FS=4.805;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.270;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:581,0,681 chrXI 79514 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=76;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.786;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:664,0,648 chrXI 79688 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=101;Dels=0.00;FS=2.773;HaplotypeScore=8.1629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.866;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:101:99:644,0,915 chrXI 79729 . G A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.279;DP=114;Dels=0.00;FS=7.609;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.751;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,51:114:99:1000,0,1181 chrXI 79772 . T C 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=108;Dels=0.00;FS=4.208;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:1038,0,1089 chrXI 79805 . A G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;DP=73;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=7.6601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.215;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:586,0,637 chrXI 79814 . G A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:547,0,448 chrXI 80472 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=89;Dels=0.00;FS=5.592;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=2.397;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.022;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:89:99:581,0,1083 chrXI 80594 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=75;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=8.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.909;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:627,0,665 chrXI 80688 . A C 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;DP=76;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=15.1683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:629,0,489 chrXI 80724 . C T 1168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=20.14;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1201,132,0 chrXI 80731 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=65;Dels=0.00;FS=19.521;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=2.420;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.897;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:517,0,395 chrXI 80750 . T G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=74;Dels=0.00;FS=34.349;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:437,0,615 chrXI 80751 . C A 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=18.33;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1316,144,0 chrXI 80792 . A G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;DP=127;Dels=0.02;FS=10.178;HaplotypeScore=14.7249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.440;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,47:125:99:669,0,1425 chrXI 80805 . G A 1658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=140;Dels=0.00;FS=15.137;HaplotypeScore=8.9236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,89:140:99:1688,0,652 chrXI 80807 . T A 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.805;DP=144;Dels=0.00;FS=11.087;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.500;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,50:144:99:692,0,1595 chrXI 80854 . A G 1602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;DP=146;Dels=0.00;FS=2.169;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.087;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,90:146:99:1632,0,811 chrXI 80882 . A G 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=110;Dels=0.00;FS=7.457;HaplotypeScore=6.8150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.143;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:110:99:729,0,873 chrXI 81143 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.959;DP=72;Dels=0.00;FS=6.894;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:452,0,456 chrXI 81244 . T C 530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=13.59;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:63:563,63,0 chrXI 81361 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=30;Dels=0.00;FS=6.082;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:273,0,150 chrXI 81367 . C T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.622;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:243,0,146 chrXI 81384 . A G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=25;Dels=0.00;FS=7.196;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.775;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:93:204,0,93 chrXI 81388 . A C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=23;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.742;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:192,0,122 chrXI 81512 . C A 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:124,0,173 chrXI 81518 . T C 390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=15.00;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:48:423,48,0 chrXI 81532 . T C 458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=14.77;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54:491,54,0 chrXI 81670 . T C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=41;Dels=0.00;FS=5.082;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.115;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,33:41:84:653,0,84 chrXI 81758 . A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DP=18;Dels=0.00;FS=1.958;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:130,0,171 chrXI 81838 . T C 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:91:91,0,238 chrXI 81840 . A C 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.555;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:70:222,0,70 chrXI 81865 . T C 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.498;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:166,0,196 chrXI 81883 . G T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:234,0,165 chrXI 81976 . A G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=37;Dels=0.00;FS=1.710;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=4.19;ReadPosRankSum=-2.008;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:185,0,384 chrXI 82357 . A T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DP=56;Dels=0.00;FS=4.497;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=2.635;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:558,0,494 chrXI 82441 . C T 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=17.39;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:520,57,0 chrXI 82621 . G A 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.429;DP=81;Dels=0.00;FS=7.570;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.433;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1478,136,0 chrXI 82791 . G C 1767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=24.89;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:71:99:1800,198,0 chrXI 83076 . T C 2682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DP=122;Dels=0.00;FS=9.140;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=21.98;ReadPosRankSum=2.893;SB=-1.459e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:122:99:2715,315,0 chrXI 83549 . A G 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=20.87;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1995,225,0 chrXI 83733 . A G 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=6.706;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.538;QD=16.90;ReadPosRankSum=1.693;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1537,186,0 chrXI 83745 . T G 1132 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.94;MQ0=0;QD=13.98;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1165,141,0 chrXI 83746 . G A 1193 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.54;MQ0=0;QD=15.10;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1226,147,0 chrXI 83753 . A G 1096 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.69;MQ0=0;QD=13.70;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1129,135,0 chrXI 83760 . A G 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.28;MQ0=0;QD=13.77;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1135,138,0 chrXI 83792 . C G 271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.63;MQ0=0;QD=7.97;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:33:304,33,0 chrXI 83795 . C T 274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.41;MQ0=0;QD=8.30;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:33:307,33,0 chrXI 83830 . T C 604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.20;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=15.89;ReadPosRankSum=1.641;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:69:637,69,0 chrXI 83853 . C T 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.25;MQ0=0;QD=19.25;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1053,120,0 chrXI 83889 . C T 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=20.51;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1161,129,0 chrXI 83901 . G A 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;QD=21.34;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1335,144,0 chrXI 84009 . C T 2431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.38;MQ0=0;QD=21.14;SB=-1.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2464,285,0 chrXI 84020 . T C 2104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.11;MQ0=0;QD=18.62;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:113:99:2137,255,0 chrXI 84029 . C A 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.74;MQ0=0;QD=16.17;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:1698,209,0 chrXI 84057 . G A 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.81;MQ0=0;QD=13.23;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1528,186,0 chrXI 84078 . T C 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.09;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.691;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1354,159,0 chrXI 84086 . G T 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;QD=15.23;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1267,144,0 chrXI 84139 . A G 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=4.843;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:87:776,87,0 chrXI 84151 . C T 336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.08;MQ0=0;QD=7.64;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:42:369,42,0 chrXI 84163 . C T 413 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=9.83;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:48:446,48,0 chrXI 84166 . G T 386 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=9.19;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:45:419,45,0 chrXI 84171 . C G 382 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.22;MQ0=0;QD=9.10;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:48:415,48,0 chrXI 84177 . T C 83.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.594;DP=44;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=2.5787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.204;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.143;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:113,0,236 chrXI 84180 . G C 383 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.09;MQ0=0;QD=8.91;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:48:416,48,0 chrXI 84187 . T C 482 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.92;MQ0=0;QD=11.21;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:57:515,57,0 chrXI 84259 . T C 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=1;QD=15.09;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1089,126,0 chrXI 84308 . A T 471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=7.60;ReadPosRankSum=2.092;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:57:504,57,0 chrXI 84319 . T C 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.43;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.314;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:84:738,84,0 chrXI 84335 . C T 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;QD=12.80;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:929,99,0 chrXI 84350 . G A 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=13.24;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1013,111,0 chrXI 84421 . C T 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.77;MQ0=0;QD=19.90;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:61:99:1247,132,0 chrXI 84589 . C T 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=23.62;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1474,156,0 chrXI 84611 . A G 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=21.98;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1264,141,0 chrXI 84689 . G A 2175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=25.29;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2208,237,0 chrXI 85003 . T C 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=18.54;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1646,183,0 chrXI 85027 . A G 1933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=18.41;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1966,225,0 chrXI 85423 . T A 2599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.421e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2632,285,0 chrXI 85435 . C T 2469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=22.86;SB=-1.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2502,270,0 chrXI 85468 . C G 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=19.93;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1986,225,0 chrXI 85522 . C T 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=22.37;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1711,180,0 chrXI 85567 . T C 2324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=24.21;SB=-1.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2357,264,0 chrXI 85801 . T C 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=16.00;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:881,99,0 chrXI 85821 . T C 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=14.47;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:84:771,84,0 chrXI 85837 . T G 717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=13.79;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:84:750,84,0 chrXI 86012 . A T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.407;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:324,0,658 chrXI 86206 . C T 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=25.68;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1882,198,0 chrXI 86234 . C T 2367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=25.73;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2400,255,0 chrXI 86327 . T C 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1188,132,0 chrXI 86346 . G A 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=19.34;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1174,126,0 chrXI 86672 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.566;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.175;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:678,0,626 chrXI 87002 . A G 2661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=19.57;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:2694,300,0 chrXI 87119 . C T 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.73;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1829,198,0 chrXI 87176 . T A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=44;Dels=0.00;FS=4.442;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.207;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:403,0,198 chrXI 87410 . T A 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.898;DP=116;Dels=0.00;FS=14.024;HaplotypeScore=9.5228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.669;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,61:116:99:1034,0,937 chrXI 87422 . T G 2266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=20.41;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2299,255,0 chrXI 87653 . G A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=66;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.711;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:778,0,480 chrXI 87764 . A G 2254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=20.68;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2287,258,0 chrXI 87983 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:384,0,540 chrXI 88322 . T C 1995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=96;Dels=0.00;FS=6.831;HaplotypeScore=4.3261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=20.78;ReadPosRankSum=2.322;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:96:99:2028,225,0 chrXI 88331 . C A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:849,0,853 chrXI 88435 . G A 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=109;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.215;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:1096,0,970 chrXI 88476 . C A 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:99:99:2150,246,0 chrXI 89063 . A T 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=17.72;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1167,132,0 chrXI 89097 . T G 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=80;Dels=0.00;FS=20.489;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.963;QD=18.80;ReadPosRankSum=3.654;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:80:99:1537,171,0 chrXI 89124 . A G 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=18.95;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:115:99:2212,258,0 chrXI 89225 . T A 3785.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=23.96;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:158:99:3785,408,0 chrXI 89262 . G A 1893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.23;MQ0=0;QD=15.91;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:1926,204,0 chrXI 89273 . A G 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=96.6326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.35;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.074;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:1427,162,0 chrXI 89285 . T C 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.94;MQ0=0;QD=12.03;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:1080,120,0 chrXI 89332 . T C 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=18.27;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1568,174,0 chrXI 89367 . T C 2437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=21.19;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2470,285,0 chrXI 89374 . A G 2767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=22.14;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2800,309,0 chrXI 89534 . A T 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;QD=18.76;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1871,198,0 chrXI 89545 . C T 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.33;MQ0=0;QD=16.30;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:1533,162,0 chrXI 89554 . C T 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=16.10;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1321,150,0 chrXI 90100 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;DP=58;Dels=0.00;FS=6.040;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,40:58:99:701,0,223 chrXI 90118 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;DP=55;Dels=0.00;FS=8.302;HaplotypeScore=2.3204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.666;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,38:55:99:590,0,283 chrXI 90349 . A G 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=18.23;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:744,84,0 chrXI 90363 . A G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;DP=37;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.655;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:214,0,368 chrXI 90412 . A G 695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=16.55;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:728,81,0 chrXI 90418 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.164;DP=42;Dels=0.00;FS=2.681;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.644;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:424,0,144 chrXI 90586 . T A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.379;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:30:99:216,0,265 chrXI 90595 . A G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=29;Dels=0.00;FS=3.471;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.601;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:212,0,286 chrXI 90600 . G C 489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=18.11;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:60:522,60,0 chrXI 90610 . C T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.163;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.231;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:172,0,284 chrXI 90634 . T C 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.906;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:146,0,301 chrXI 90637 . C T 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;DP=27;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.903;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.415;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:142,0,306 chrXI 90681 . C T 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=18.72;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:501,60,0 chrXI 90751 . G A 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.093;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:24:99:158,0,203 chrXI 90778 . T C 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.191;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:185,0,321 chrXI 90859 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=29;Dels=0.00;FS=3.917;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:194,0,286 chrXI 90965 . T G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;DP=30;Dels=0.00;FS=7.045;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.011;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:328,0,158 chrXI 91036 . A G 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.472;DP=24;Dels=0.00;FS=5.780;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.402;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:268,0,132 chrXI 91045 . C T 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.747;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:145,0,311 chrXI 91057 . A G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.787;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:24:99:281,0,153 chrXI 91192 . G A 724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=15.08;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:757,87,0 chrXI 91201 . A C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DP=48;Dels=0.00;FS=6.662;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:387,0,316 chrXI 91339 . G A 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=21.75;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1229,129,0 chrXI 91402 . T C 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.17;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:831,93,0 chrXI 91504 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=35;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.809;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:250,0,296 chrXI 91565 . C T 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=20.96;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1144,123,0 chrXI 91606 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=83;Dels=0.00;FS=12.609;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:589,0,805 chrXI 91779 . T C 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.061;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:186,0,204 chrXI 91796 . C T 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=18.79;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:484,54,0 chrXI 91825 . G C 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=20.08;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:25:60:535,60,0 chrXI 91882 . C T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.994;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:197,0,345 chrXI 91883 . G A 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=2.291;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.034;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:195,0,346 chrXI 92069 . G A 222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=15.86;SB=-1.329e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:30:255,30,0 chrXI 92145 . T C 368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=17.52;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:45:401,45,0 chrXI 92158 . C T 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=15.75;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:411,45,0 chrXI 92174 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.728;DP=30;Dels=0.00;FS=3.696;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQ0=0;MQRankSum=1.942;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.244;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:30:99:299,0,151 chrXI 92193 . C T 435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.102;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:51:468,51,0 chrXI 92202 . A G 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=47;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.105;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:159,0,232 chrXI 92251 . G T 576 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.33;MQ0=0;QD=9.76;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:66:609,66,0 chrXI 92252 . T A 565 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.33;MQ0=0;QD=9.58;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:66:598,66,0 chrXI 92259 . T A 178.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.406;DP=64;Dels=0.00;FS=6.640;HaplotypeScore=58.7792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.412;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:208,0,227 chrXI 92262 . C G 204.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=63;Dels=0.00;FS=13.369;HaplotypeScore=59.9536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.04;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:234,0,186 chrXI 92272 . C A 353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.39;MQ0=0;QD=5.88;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:45:386,45,0 chrXI 92279 . A T 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=55;Dels=0.00;FS=1.274;HaplotypeScore=26.5711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.961;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:154,0,135 chrXI 92313 . T C 268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.14;MQ0=0;QD=8.93;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:33:301,33,0 chrXI 92330 . G T 254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.86;MQ0=0;QD=9.41;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:30:287,30,0 chrXI 92358 . A G 169.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.70;MQ0=0;QD=11.27;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:24:202,24,0 chrXI 92380 . T C 172.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DP=24;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.83;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.775;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:22:202,0,22 chrXI 92395 . T C 261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=10.88;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:33:294,33,0 chrXI 92422 . C T 329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.49;MQ0=0;QD=12.19;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:362,39,0 chrXI 92424 . C T 350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.49;MQ0=0;QD=12.96;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:42:383,42,0 chrXI 92441 . G T 329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;QD=11.75;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:39:362,39,0 chrXI 92500 . T G 263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.26;MQ0=0;QD=12.52;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:296,33,0 chrXI 92507 . G T 335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=11.96;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:39:368,39,0 chrXI 92653 . G A 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.95;MQ0=0;QD=10.70;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:51:461,51,0 chrXI 92679 . T G 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=48;Dels=0.00;FS=2.626;HaplotypeScore=2.7051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.424;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.055;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:140,0,340 chrXI 92728 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.664;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.296;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:682,0,422 chrXI 92948 . A T 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=20.93;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1205,129,0 chrXI 93041 . G A 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=19.93;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1169,126,0 chrXI 93302 . T G 2000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=22.99;ReadPosRankSum=1.692;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:2033,222,0 chrXI 93349 . G T 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=20.09;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1580,168,0 chrXI 93352 . G A 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=19.51;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1438,165,0 chrXI 93391 . C T 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=15.77;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:979,105,0 chrXI 93445 . C T 1085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=15.28;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1118,126,0 chrXI 93507 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=66;Dels=0.00;FS=2.450;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.805;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:666,0,508 chrXI 93529 . C G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=72;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:615,0,628 chrXI 93562 . C T 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.55;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1326,147,0 chrXI 93694 . G T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=65;Dels=0.00;FS=3.644;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:368,0,460 chrXI 93696 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.005;DP=65;Dels=0.00;FS=3.644;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:449,0,431 chrXI 93806 . C G 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=24.36;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1811,201,0 chrXI 93852 . A G 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.25;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1568,180,0 chrXI 93931 . T C 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=94;Dels=0.00;FS=7.035;HaplotypeScore=4.3443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.391;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:878,0,786 chrXI 93937 . C T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.677;DP=94;Dels=0.00;FS=9.102;HaplotypeScore=5.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.213;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:935,0,795 chrXI 94000 . A C 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=4.837;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=20.27;ReadPosRankSum=1.681;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1391,156,0 chrXI 94137 . C G 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;DP=103;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=8.8911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:775,0,1064 chrXI 94364 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=70;Dels=0.00;FS=6.956;HaplotypeScore=6.6374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:70:99:412,0,769 chrXI 94374 . C G 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=22.33;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1574,174,0 chrXI 94473 . T C 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.710;QD=21.20;ReadPosRankSum=2.265;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1729,195,0 chrXI 94725 . T C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.272;DP=88;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.811;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:652,0,664 chrXI 94945 . C A 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=21.46;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1578,171,0 chrXI 94985 . C T 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=17.04;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1004,108,0 chrXI 95374 . G A 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=24.30;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1710,180,0 chrXI 95430 . C T 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=15.21;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1432,153,0 chrXI 95833 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=67;Dels=0.00;FS=3.363;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.141;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:364,0,760 chrXI 96552 . C T 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=19.56;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:107:99:2145,237,0 chrXI 96642 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.529;DP=104;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.615;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:104:99:796,0,940 chrXI 96863 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.187;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:481,0,859 chrXI 97113 . T C 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=20.51;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:997,114,0 chrXI 97143 . G A 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:902,96,0 chrXI 97362 . C T 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=18.51;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1051,114,0 chrXI 97380 . C T 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=20.31;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:947,102,0 chrXI 97410 . C T 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=17.85;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:747,81,0 chrXI 97680 . T C 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=20.56;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:835,93,0 chrXI 97716 . C T 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=15.21;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:626,69,0 chrXI 97758 . G A 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=14.02;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:69:636,69,0 chrXI 97897 . G A 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=19.14;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:90:837,90,0 chrXI 97953 . G A 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=20.76;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:822,87,0 chrXI 98046 . T C 258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=13.58;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:33:291,33,0 chrXI 98085 . A G 206.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=13.73;SB=-8.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:27:239,27,0 chrXI 98124 . G A 226.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=15.07;SB=-2.354e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:27:259,27,0 chrXI 98175 . G C 277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=16.29;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:36:310,36,0 chrXI 98322 . C T 214.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:244,0,254 chrXI 98324 . A G 575 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=20.54;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:608,69,0 chrXI 98325 . C T 601 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=21.46;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:634,69,0 chrXI 98422 . A G 344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=19.11;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:42:377,42,0 chrXI 98440 . T A 190.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.858;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:220,0,99 chrXI 98452 . C T 449 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=17.27;SB=-6.588e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51:482,51,0 chrXI 98462 . T C 177.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.041;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:207,0,217 chrXI 98597 . T A 378.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=51;Dels=0.00;FS=3.458;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:408,0,517 chrXI 98608 . C T 252.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.981;DP=50;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=3.3873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:282,0,487 chrXI 98619 . G T 135.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=41;Dels=0.00;FS=6.351;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.647;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:165,0,465 chrXI 98634 . T A 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.824;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:178,0,438 chrXI 98658 . T C 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.388;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.593;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:118,0,391 chrXI 98707 . A C 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=22.05;ReadPosRankSum=1.650;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:981,111,0 chrXI 98834 . T G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.296;DP=56;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:433,0,475 chrXI 99008 . T C 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.932;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=2.445;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.458;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:237,0,508 chrXI 99224 . T C 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=48;Dels=0.00;FS=9.731;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=11.98;ReadPosRankSum=2.348;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:69:608,69,0 chrXI 99633 . A G 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.619;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1067,123,0 chrXI 99646 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.995;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:366,0,615 chrXI 99673 . C T 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:673,0,569 chrXI 99929 . T C 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.543;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:22:99:161,0,219 chrXI 100167 . G A 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=45;Dels=0.00;FS=1.211;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:243,0,531 chrXI 100445 . A G 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.72;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:919,102,0 chrXI 100619 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:411,0,341 chrXI 100670 . T C 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.582;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:883,99,0 chrXI 101564 . A G 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=14.49;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:90:801,90,0 chrXI 101840 . C T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DP=32;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.196;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:400,0,186 chrXI 101857 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;DP=34;Dels=0.00;FS=1.394;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.028;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:370,0,196 chrXI 102908 . C T 784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=23.06;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:817,87,0 chrXI 103037 . C T 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.56;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1205,129,0 chrXI 103490 . T C 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=19.90;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1068,120,0 chrXI 103493 . C T 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=19.87;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1086,120,0 chrXI 103508 . T C 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=18.61;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1131,129,0 chrXI 103649 . G A 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.73;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:883,93,0 chrXI 103811 . C T 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=17.47;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1064,117,0 chrXI 103928 . A G 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=21.33;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1313,144,0 chrXI 104315 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.500;DP=70;Dels=0.00;FS=18.740;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:498,0,776 chrXI 104318 . G T 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=20.54;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1553,174,0 chrXI 104492 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;DP=54;Dels=0.00;FS=3.860;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:498,0,400 chrXI 104549 . C T 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.004;DP=63;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:728,0,436 chrXI 105107 . C A 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=19.31;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:902,102,0 chrXI 105188 . C T 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=22.67;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:849,93,0 chrXI 105260 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.024;DP=43;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=4.3220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:43:99:347,0,199 chrXI 105263 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=43;Dels=0.02;FS=2.837;HaplotypeScore=12.9873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:42:99:309,0,169 chrXI 105814 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;DP=50;Dels=0.00;FS=1.059;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:318,0,585 chrXI 105974 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.90;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1366,153,0 chrXI 106209 . T C 1600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.05;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1633,180,0 chrXI 106536 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;DP=59;Dels=0.00;FS=3.582;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=10.46;ReadPosRankSum=2.376;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:647,0,415 chrXI 106700 . C T 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.25;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1228,135,0 chrXI 106896 . A G 1591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=141;Dels=0.00;FS=6.294;HaplotypeScore=4.3259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:141:99:1621,0,959 chrXI 106897 . G C 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DP=140;Dels=0.00;FS=3.076;HaplotypeScore=7.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.482;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,60:140:99:988,0,1667 chrXI 107231 . C A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=57;Dels=0.00;FS=10.364;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.774;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:483,0,351 chrXI 107294 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.175;DP=53;Dels=0.00;FS=15.016;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.498;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:410,0,277 chrXI 107762 . T A 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=23.22;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:892,96,0 chrXI 108780 . T G 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=19.52;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1809,210,0 chrXI 108782 . T C 1797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=20.66;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1830,213,0 chrXI 108816 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.869;DP=69;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:493,0,556 chrXI 108841 . T G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;DP=51;Dels=0.00;FS=8.132;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.973;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:364,0,263 chrXI 109080 . G C 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=17.71;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:777,84,0 chrXI 109425 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DP=51;Dels=0.00;FS=11.806;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.324;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:51:99:636,0,391 chrXI 109538 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.972;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=3.947;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.205;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:624,0,747 chrXI 109640 . G A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.357;DP=88;Dels=0.00;FS=2.501;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,53:88:99:859,0,502 chrXI 109648 . A T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.907;DP=88;Dels=0.00;FS=7.161;HaplotypeScore=13.3963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:491,0,871 chrXI 109778 . G A 2675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.448e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2708,285,0 chrXI 109806 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.026;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.806;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.107;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:111:99:619,0,1136 chrXI 109823 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.833;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.325;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:509,0,1140 chrXI 109825 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.781;DP=103;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQ0=0;MQRankSum=-7.015;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.375;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:509,0,1155 chrXI 109838 . C G 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.45;MQ0=0;QD=17.93;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:1736,198,0 chrXI 109873 . T A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.406;DP=78;Dels=0.00;FS=5.237;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.428;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:242,0,912 chrXI 110327 . C T 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.043;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:1187,0,1123 chrXI 110429 . A G 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DP=91;Dels=0.00;FS=1.857;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.042;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.954;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:1026,0,833 chrXI 110470 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.275;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:570,0,632 chrXI 110492 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.676;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:560,0,323 chrXI 110746 . G A 1326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=124;Dels=0.00;FS=0.673;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.998;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,72:124:99:1356,0,772 chrXI 110832 . G C 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=16.31;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:61:99:1028,114,0 chrXI 110834 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:330,0,495 chrXI 110926 . C T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.176;DP=61;Dels=0.00;FS=5.680;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.252;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:545,0,517 chrXI 111034 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;DP=74;Dels=0.00;FS=10.193;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.275;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:74:99:625,0,626 chrXI 111039 . T G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DP=76;Dels=0.00;FS=11.972;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:640,0,619 chrXI 111187 . C T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.595;DP=67;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:467,0,794 chrXI 111232 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=58;Dels=0.00;FS=4.606;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:339,0,620 chrXI 111236 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;DP=62;Dels=0.00;FS=6.447;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:370,0,598 chrXI 111256 . T C 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;DP=46;Dels=0.00;FS=17.120;HaplotypeScore=4.4049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.448;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:146,0,479 chrXI 111265 . A G 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.882;DP=46;Dels=0.00;FS=12.375;HaplotypeScore=3.5101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.302;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.647;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:73:73,0,505 chrXI 111552 . C T 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=21.83;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2347,255,0 chrXI 111555 . T C 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=112;Dels=0.00;FS=2.646;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.808;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,64:112:99:1001,0,844 chrXI 111679 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=69;Dels=0.00;FS=0.935;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:541,0,649 chrXI 111701 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=2.324;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.806;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:72:99:452,0,709 chrXI 111787 . T G 2376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=20.14;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2409,267,0 chrXI 112039 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.575;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:576,0,743 chrXI 112062 . G A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.962;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:594,0,736 chrXI 112116 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.273;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.208;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:78:99:590,0,762 chrXI 112117 . G A 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=22.49;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1787,192,0 chrXI 112716 . A T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:602,0,448 chrXI 112984 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=54;Dels=0.00;FS=2.424;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.092;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:54:99:387,0,324 chrXI 113078 . C A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DP=66;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:529,0,709 chrXI 113110 . C A 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.58;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1478,171,0 chrXI 113142 . A T 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1081,117,0 chrXI 113494 . T A 1275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.879;DP=142;Dels=0.00;FS=4.126;HaplotypeScore=13.7032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.618;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,77:142:99:1305,0,1231 chrXI 113698 . A T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=50;Dels=0.00;FS=3.997;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.377;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:291,0,489 chrXI 113788 . G C 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,64:112:99:1118,0,703 chrXI 113794 . G A 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.043;DP=119;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,66:119:99:1163,0,740 chrXI 113884 . G A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=99;Dels=0.00;FS=5.289;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:1033,0,800 chrXI 113998 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:387,0,550 chrXI 114199 . A G 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.250;DP=98;Dels=0.00;FS=6.549;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.986;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:855,0,788 chrXI 114400 . C T 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.609;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:852,0,1047 chrXI 114571 . A C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DP=45;Dels=0.00;FS=6.320;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.443;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:283,0,229 chrXI 114933 . A G 210.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.912;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:240,0,336 chrXI 114988 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;DP=31;Dels=0.00;FS=2.927;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.399;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:372,0,228 chrXI 115293 . T C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=48;Dels=0.00;FS=4.443;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:304,0,389 chrXI 115499 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.193;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,40:105:99:726,0,1362 chrXI 115557 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.426;DP=64;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:473,0,665 chrXI 115612 . C G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.618;DP=70;Dels=0.00;FS=1.742;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.063;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:391,0,851 chrXI 115636 . T C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.010;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:432,0,887 chrXI 115680 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DP=46;Dels=0.00;FS=4.236;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:266,0,587 chrXI 115797 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:640,0,1024 chrXI 115863 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.655;DP=87;Dels=0.00;FS=7.998;HaplotypeScore=11.4944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.717;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:87:99:395,0,855 chrXI 115888 . C G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=90;Dels=0.00;FS=16.201;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.984;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:90:99:449,0,871 chrXI 115962 . T C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.015;DP=97;Dels=0.00;FS=4.214;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.549;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:97:99:657,0,848 chrXI 115995 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.447;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:604,0,749 chrXI 116686 . T C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.029;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:492,0,452 chrXI 116745 . G T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.595;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:562,0,404 chrXI 116904 . C T 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.28;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1392,153,0 chrXI 117198 . A G 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;DP=82;Dels=0.00;FS=1.813;HaplotypeScore=10.1755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:652,0,632 chrXI 117209 . A G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:544,0,569 chrXI 117695 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:380,0,482 chrXI 117908 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.897;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:349,0,346 chrXI 118015 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:560,0,489 chrXI 118109 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.081;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.647;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.838;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:541,0,382 chrXI 118487 . C A 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.26;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:884,93,0 chrXI 118549 . C A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.733;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:254,0,503 chrXI 118559 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:380,0,613 chrXI 118668 . A G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.411;DP=97;Dels=0.00;FS=2.188;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:710,0,936 chrXI 118745 . G A 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.694;DP=78;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.844;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:672,0,705 chrXI 118759 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DP=65;Dels=0.00;FS=3.556;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:65:99:387,0,692 chrXI 119116 . C T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:194,0,354 chrXI 119177 . G A 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DP=33;Dels=0.00;FS=7.791;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:206,0,316 chrXI 119221 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.854;DP=40;Dels=0.00;FS=8.842;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:251,0,350 chrXI 119238 . G A 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=38;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:231,0,330 chrXI 119302 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:250,0,215 chrXI 119339 . T C 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=20.36;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:929,105,0 chrXI 119350 . G T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;DP=48;Dels=0.00;FS=8.785;HaplotypeScore=3.5587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.867;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:387,0,425 chrXI 119431 . C T 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=39;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:237,0,414 chrXI 120088 . A G 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;DP=115;Dels=0.00;FS=1.099;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.040;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:1131,0,1112 chrXI 120268 . C T 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=20.40;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1502,162,0 chrXI 120476 . C T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.186;DP=62;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=6.3032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.180;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:499,0,422 chrXI 120563 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DP=41;Dels=0.00;FS=6.989;HaplotypeScore=4.3288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:342,0,357 chrXI 120573 . A C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.726;DP=41;Dels=0.00;FS=7.425;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:344,0,325 chrXI 120740 . A G 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:707,0,776 chrXI 120797 . A G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=60;Dels=0.00;FS=5.776;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.788;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:329,0,418 chrXI 120989 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DP=43;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=2.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:387,0,184 chrXI 120995 . A T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DP=43;Dels=0.00;FS=9.995;HaplotypeScore=4.3584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.891;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.143;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:43:99:342,0,285 chrXI 121247 . T C 2270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DP=105;Dels=0.00;FS=4.768;HaplotypeScore=8.9656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=21.62;ReadPosRankSum=3.677;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:105:99:2303,255,0 chrXI 121522 . A G 1207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.496;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.649;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,73:130:99:1237,0,1054 chrXI 121745 . A T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=59;Dels=0.00;FS=2.322;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.797;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:353,0,658 chrXI 121760 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.449;DP=55;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:596,0,352 chrXI 122192 . G A 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.021;DP=88;Dels=0.00;FS=3.016;HaplotypeScore=15.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.740;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:88:99:794,0,516 chrXI 122779 . C T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=44;Dels=0.00;FS=6.624;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.760;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:456,0,275 chrXI 122841 . T G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.717;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:593,0,903 chrXI 122945 . C T 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.11;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1951,213,0 chrXI 123123 . T C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.467;DP=72;Dels=0.00;FS=4.236;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:433,0,896 chrXI 123227 . C T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.481;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.935;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:103:99:806,0,812 chrXI 123302 . A C 1107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.609;DP=134;Dels=0.00;FS=0.656;HaplotypeScore=15.1064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.099;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,64:134:99:1137,0,1179 chrXI 123413 . G C 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.856;DP=117;Dels=0.00;FS=3.574;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.764;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:117:99:853,0,1031 chrXI 123578 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,32:85:99:454,0,1057 chrXI 123611 . A G 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;DP=106;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.272;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:106:99:767,0,1020 chrXI 123617 . A G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=109;Dels=0.00;FS=0.742;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:871,0,952 chrXI 123848 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DP=70;Dels=0.00;FS=22.174;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.814;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.577;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:361,0,724 chrXI 123855 . G A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=73;Dels=0.00;FS=15.275;HaplotypeScore=9.8141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.183;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:73:99:304,0,752 chrXI 123867 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;DP=72;Dels=0.00;FS=14.287;HaplotypeScore=5.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.909;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:72:99:259,0,918 chrXI 123889 . T G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=76;Dels=0.00;FS=8.276;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:76:99:292,0,941 chrXI 123941 . T C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.188;DP=84;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=7.95;ReadPosRankSum=3.177;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:698,0,803 chrXI 123999 . A G 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.448;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=2.641;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.647;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:438,0,604 chrXI 124007 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DP=68;Dels=0.00;FS=1.201;HaplotypeScore=6.7989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.672;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.554;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:526,0,431 chrXI 124022 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;DP=80;Dels=0.00;FS=2.144;HaplotypeScore=9.0969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.001;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.111;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:80:99:447,0,604 chrXI 124031 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DP=76;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.865;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.293;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:503,0,566 chrXI 124073 . A G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.542;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.213;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:82:99:491,0,652 chrXI 124109 . T C 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.173;DP=80;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=9.5511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.060;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:577,0,685 chrXI 124424 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.632;DP=62;Dels=0.00;FS=18.485;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.860;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:320,0,667 chrXI 124463 . G A 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=95;Dels=0.00;FS=6.766;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=9.86;ReadPosRankSum=2.004;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:95:99:967,0,628 chrXI 124690 . G A 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;DP=31;Dels=0.00;FS=15.375;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:174,0,164 chrXI 124741 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.615;DP=40;Dels=0.00;FS=15.054;HaplotypeScore=5.2293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:353,0,287 chrXI 124920 . G A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DP=80;Dels=0.00;FS=9.040;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:771,0,762 chrXI 125057 . C T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:289,0,221 chrXI 125147 . G A 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=27;Dels=0.00;FS=9.181;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:155,0,317 chrXI 125207 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=66;Dels=0.00;FS=6.598;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:477,0,546 chrXI 125303 . G A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=67;Dels=0.00;FS=3.466;HaplotypeScore=6.7121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:67:99:669,0,490 chrXI 125453 . T A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.686;DP=41;Dels=0.00;FS=2.895;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.724;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.441;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:331,0,392 chrXI 125483 . T A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.159;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:234,0,420 chrXI 125562 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.756;DP=68;Dels=0.00;FS=2.165;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.650;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:501,0,703 chrXI 125651 . T A 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.32;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1696,186,0 chrXI 125782 . G A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.561;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:359,0,405 chrXI 125800 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;DP=39;Dels=0.00;FS=2.895;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=3.611;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:39:99:314,0,385 chrXI 125830 . A G 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.702;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.938;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:46:99:207,0,449 chrXI 126208 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.069;DP=71;Dels=0.00;FS=13.488;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.774;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:71:99:382,0,803 chrXI 126748 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.649;DP=67;Dels=0.00;FS=2.115;HaplotypeScore=6.6128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.033;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:67:99:530,0,742 chrXI 126997 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.223;DP=41;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:383,0,357 chrXI 127000 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.431;DP=44;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:405,0,344 chrXI 127159 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:75:99:559,0,641 chrXI 127196 . G A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;DP=50;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=6.2321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.910;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:294,0,495 chrXI 127208 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DP=46;Dels=0.00;FS=6.234;HaplotypeScore=5.7042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:46:99:239,0,360 chrXI 127867 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.230;DP=55;Dels=0.00;FS=4.157;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:55:99:623,0,376 chrXI 128164 . T C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;DP=54;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=3.3251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=1.716;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.037;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:438,0,312 chrXI 128185 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;DP=56;Dels=0.00;FS=2.651;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.609;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.294;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:523,0,308 chrXI 128195 . A C 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=16.10;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:967,108,0 chrXI 128199 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,39:59:99:481,0,277 chrXI 128252 . T C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DP=71;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.434;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:513,0,557 chrXI 128646 . C T 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.30;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1226,132,0 chrXI 129198 . C G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:750,0,446 chrXI 129511 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.739;DP=61;Dels=0.00;FS=3.792;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.050;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:61:99:532,0,436 chrXI 129623 . C A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=47;Dels=0.00;FS=1.156;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.986;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:228,0,432 chrXI 129844 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=71;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.664;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:573,0,368 chrXI 129862 . G A 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=20.50;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1468,159,0 chrXI 130113 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DP=74;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=8.8735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:74:99:765,0,650 chrXI 130226 . C T 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=23.19;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2143,225,0 chrXI 130584 . G T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.261;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.136;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:105:99:916,0,582 chrXI 130801 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.811;DP=64;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:494,0,688 chrXI 131399 . T C 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=20.30;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1515,174,0 chrXI 131539 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.035;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:92:99:499,0,794 chrXI 131862 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DP=34;Dels=0.00;FS=12.439;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.126;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:269,0,242 chrXI 132044 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;DP=51;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.139;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:51:99:319,0,555 chrXI 132074 . A G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;DP=43;Dels=0.00;FS=5.089;HaplotypeScore=3.6244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:216,0,475 chrXI 132152 . G A 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.857;DP=59;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=4.2484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.384;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.047;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:367,0,555 chrXI 132155 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=61;Dels=0.00;FS=1.086;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.318;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:410,0,503 chrXI 132170 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=2.914;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:640,0,369 chrXI 132251 . T A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;DP=35;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:316,0,241 chrXI 132257 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;DP=36;Dels=0.00;FS=2.880;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:344,0,193 chrXI 132287 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DP=58;Dels=0.00;FS=2.238;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=4.64;ReadPosRankSum=2.415;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:299,0,434 chrXI 132298 . A G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.702;DP=59;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.008;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:310,0,490 chrXI 132383 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=44;Dels=0.00;FS=1.330;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:44:99:328,0,489 chrXI 132408 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.040;DP=34;Dels=0.00;FS=5.793;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.608;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:34:99:181,0,347 chrXI 132419 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.764;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:253,0,206 chrXI 132423 . C T 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;DP=31;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.260;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:179,0,315 chrXI 132442 . G A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=38;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:311,0,249 chrXI 132504 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=2.542;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,23:70:99:269,0,603 chrXI 132521 . G A 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DP=84;Dels=0.00;FS=3.055;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.817;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,55:84:99:927,0,294 chrXI 132729 . A G 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:235,0,318 chrXI 132731 . T C 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=15.95;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:703,78,0 chrXI 133227 . T C 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=19;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=6.16;ReadPosRankSum=-2.327;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:147,0,121 chrXI 133251 . T C 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;DP=21;Dels=0.00;FS=7.025;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:115,0,205 chrXI 133272 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:292,0,195 chrXI 133472 . C A 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=18.20;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1944,225,0 chrXI 133596 . C G 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=16.45;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:905,102,0 chrXI 133597 . A T 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=15.35;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:877,99,0 chrXI 133744 . C T 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:888,0,1055 chrXI 133991 . G A 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:761,0,601 chrXI 134317 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.876;DP=80;Dels=0.00;FS=1.964;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.602;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:374,0,865 chrXI 134323 . C T 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=15.23;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1343,156,0 chrXI 134344 . C T 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.916;DP=98;Dels=0.00;FS=5.100;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,56:98:99:985,0,608 chrXI 135083 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=77;Dels=0.00;FS=12.244;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.866;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:77:99:528,0,604 chrXI 135661 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:46:99:156,0,385 chrXI 135691 . C G 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=18.90;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1337,144,0 chrXI 135796 . C T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.326;DP=66;Dels=0.00;FS=6.528;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:66:99:524,0,576 chrXI 136086 . C G 488.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=69;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=15.3748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.744;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:518,0,435 chrXI 136140 . T A 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=21.56;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1154,126,0 chrXI 136268 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=46;Dels=0.00;FS=1.947;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=5.35;ReadPosRankSum=1.587;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:276,0,559 chrXI 136273 . T A 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1073,114,0 chrXI 136395 . C G 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=28;Dels=0.00;FS=1.739;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.771;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:165,0,367 chrXI 136401 . C T 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.529;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=2.30;ReadPosRankSum=-3.010;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:27:92:92,0,330 chrXI 136421 . A C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=39;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:39:99:263,0,444 chrXI 136588 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.687;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:525,0,607 chrXI 136692 . G A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DP=69;Dels=0.00;FS=0.986;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.632;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:69:99:598,0,573 chrXI 136700 . A C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=70;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=5.9015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.968;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:471,0,607 chrXI 136761 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=2.134;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.444;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:494,0,456 chrXI 136782 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.220;DP=57;Dels=0.00;FS=2.219;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.102;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:542,0,385 chrXI 136836 . G T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.809;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:77:99:587,0,819 chrXI 136860 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.355;DP=81;Dels=0.00;FS=4.517;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:81:99:444,0,969 chrXI 136898 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DP=85;Dels=0.00;FS=1.812;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.664;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:85:99:601,0,626 chrXI 136931 . A C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;DP=86;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.516;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:646,0,812 chrXI 137272 . G A 1685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.77;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1718,186,0 chrXI 137449 . G A 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.08;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1380,147,0 chrXI 137613 . T G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.259;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:626,0,377 chrXI 137708 . A G 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=58;Dels=0.00;FS=5.374;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:512,0,559 chrXI 137740 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DP=78;Dels=0.00;FS=3.172;HaplotypeScore=11.6254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.993;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.737;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:78:99:595,0,789 chrXI 137768 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.480;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.022;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:90:99:671,0,909 chrXI 138163 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=111;Dels=0.00;FS=4.948;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.852;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:111:99:664,0,1160 chrXI 138169 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.025;DP=111;Dels=0.00;FS=4.948;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:111:99:614,0,1270 chrXI 138829 . A G 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.180;DP=153;Dels=0.00;FS=10.326;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.023;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,73:153:99:1304,0,1239 chrXI 138955 . C T 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.344;DP=93;Dels=0.00;FS=4.552;HaplotypeScore=6.8242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.024;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:866,0,739 chrXI 139006 . T A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.722;DP=78;Dels=0.00;FS=7.914;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.374;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.373;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:544,0,641 chrXI 139012 . A G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;DP=76;Dels=0.00;FS=6.478;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.866;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.542;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:531,0,658 chrXI 139532 . A G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DP=65;Dels=0.00;FS=5.373;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.218;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:633,0,434 chrXI 139804 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=68;Dels=0.00;FS=2.196;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.835;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:581,0,537 chrXI 140593 . G A 1846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1879,201,0 chrXI 140833 . T G 2911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.695;DP=142;Dels=0.00;FS=2.507;HaplotypeScore=21.3610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=20.50;ReadPosRankSum=2.951;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,139:142:99:2944,333,0 chrXI 141102 . G T 4280.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=214;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.486;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,213:214:99:4280,468,0 chrXI 141104 . A G 4114.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=205;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=20.07;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,204:205:99:4114,453,0 chrXI 141113 . C T 3965.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=19.73;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,201:201:99:3965,432,0 chrXI 141122 . A G 3641.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.91;MQ0=0;QD=17.94;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,201:203:99:3641,411,0 chrXI 141163 . G A 4540.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=19.65;SB=-2.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,231:231:99:4540,486,0 chrXI 141217 . A C 5070.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=225;Dels=0.00;FS=2.576;HaplotypeScore=14.1312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=22.53;ReadPosRankSum=2.968;SB=-1.855e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,219:225:99:5070,567,0 chrXI 141227 . G A 4418.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=22.09;SB=-1.574e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:200:99:4418,492,0 chrXI 141291 . T C 2635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=20.43;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2668,315,0 chrXI 141507 . A T 1372 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=14.14;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1405,171,0 chrXI 141805 . G C 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=25;Dels=0.00;FS=1.927;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:125,0,341 chrXI 141809 . A G 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:99:119,0,372 chrXI 141842 . A G 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.776;DP=29;Dels=0.00;FS=3.645;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:162,0,421 chrXI 141989 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.099;DP=55;Dels=0.00;FS=7.040;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.158;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:500,0,286 chrXI 142268 . A T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=22;Dels=0.00;FS=4.887;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.193;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:255,0,100 chrXI 142310 . A G 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;DP=19;Dels=0.00;FS=7.474;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.939;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:112,0,221 chrXI 142523 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=34;Dels=0.00;FS=3.217;HaplotypeScore=7.4233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.156;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:182,0,274 chrXI 142535 . T C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=32;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=5.28;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:199,0,309 chrXI 142780 . C T 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=100;Dels=0.00;FS=5.715;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=9.24;ReadPosRankSum=2.438;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:100:99:954,0,904 chrXI 142956 . A G 1972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.812;DP=200;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=19.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.698;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,108:200:99:2002,0,1687 chrXI 142986 . A G 1244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.651;DP=156;Dels=0.00;FS=2.040;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.654;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,70:156:99:1274,0,1669 chrXI 143068 . C G 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=56;Dels=0.00;FS=6.545;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.992;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,15:56:99:188,0,743 chrXI 143177 . G A 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.976;DP=123;Dels=0.00;FS=7.015;HaplotypeScore=11.2857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,58:123:99:904,0,1038 chrXI 143270 . G A 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=117;Dels=0.00;FS=5.657;HaplotypeScore=2.5787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:117:99:925,0,782 chrXI 143384 . A T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:26:543,0,26 chrXI 143585 . C T 943.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.719;DP=118;Dels=0.00;FS=20.565;HaplotypeScore=9.8322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.751;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.553;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:118:99:973,0,976 chrXI 143586 . A T 967.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.434;DP=116;Dels=0.00;FS=25.125;HaplotypeScore=9.8322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=8.34;ReadPosRankSum=2.715;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,61:116:99:997,0,1005 chrXI 143588 . T A 916.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DP=111;Dels=0.00;FS=16.788;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=8.25;ReadPosRankSum=2.548;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:946,0,1005 chrXI 143668 . C T 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=23.10;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1581,168,0 chrXI 143713 . C T 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.04;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1716,183,0 chrXI 143731 . A T 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=20.49;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1529,165,0 chrXI 143785 . A T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DP=83;Dels=0.00;FS=8.354;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:353,0,810 chrXI 143865 . T C 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=18.30;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1497,165,0 chrXI 144069 . A G 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=20.24;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1409,156,0 chrXI 144520 . A T 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=90;Dels=0.00;FS=6.800;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:904,0,707 chrXI 144571 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=92;Dels=0.00;FS=1.147;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.424;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:503,0,703 chrXI 144577 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.460;QD=5.20;ReadPosRankSum=-2.049;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:488,0,574 chrXI 144611 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DP=86;Dels=0.00;FS=11.277;HaplotypeScore=6.7103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.057;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.214;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:86:99:492,0,150 chrXI 144619 . T A 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=76;Dels=0.00;FS=9.186;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:174,0,463 chrXI 144646 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=66;Dels=0.00;FS=5.294;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.633;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:244,0,287 chrXI 144700 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=34;Dels=0.00;FS=12.775;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.110;SB=-7.595e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,27:34:98:297,0,98 chrXI 144718 . T C 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=20;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=9.8172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.213;QD=5.60;ReadPosRankSum=-2.003;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:142,0,170 chrXI 144760 . A G 196.03 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQ0=0;MQRankSum=2.257;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.620;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:19:226,0,19 chrXI 144772 . T C 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.663;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:45:45,0,184 chrXI 144799 . A G 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;DP=24;Dels=0.00;FS=4.416;HaplotypeScore=3.7700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=1.08;ReadPosRankSum=2.051;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:56:56,0,67 chrXI 144802 . A T 34.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=25;Dels=0.00;FS=6.884;HaplotypeScore=4.5587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=1.36;ReadPosRankSum=2.123;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:37:64,0,37 chrXI 144803 . A T 39.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=23;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=4.5587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=1.70;ReadPosRankSum=2.286;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:36:69,0,36 chrXI 144814 . A G 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=22;Dels=0.00;FS=1.707;HaplotypeScore=2.7767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.692;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:35:90,0,35 chrXI 144862 . T C 68.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=1.94;ReadPosRankSum=2.360;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:98:98,0,105 chrXI 144889 . T C 283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.78;MQ0=0;QD=6.90;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:36:316,36,0 chrXI 144916 . C T 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.524;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.28;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=2.53;ReadPosRankSum=2.210;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:90:126,0,90 chrXI 144919 . C T 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;DP=36;Dels=0.00;FS=11.212;HaplotypeScore=14.8099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.541;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:36:53:53,0,173 chrXI 144928 . G A 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=30;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=7.9178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=1.63;ReadPosRankSum=-4.132;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:79:79,0,128 chrXI 145047 . T C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.902;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:228,0,299 chrXI 145495 . T C 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=44;Dels=0.00;FS=4.995;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:44:99:125,0,508 chrXI 145622 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.392;DP=91;Dels=0.00;FS=16.890;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,34:91:99:497,0,888 chrXI 145626 . T C 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.000;DP=93;Dels=0.00;FS=16.890;HaplotypeScore=81.9987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.890;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,57:93:99:877,0,520 chrXI 145687 . A T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,30:88:99:436,0,1003 chrXI 145747 . C T 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;DP=54;Dels=0.00;FS=4.709;HaplotypeScore=12.1568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,13:54:93:93,0,645 chrXI 145779 . T C 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.281;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:107,0,501 chrXI 145797 . G A 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=40;Dels=0.00;FS=2.968;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.786;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:94:94,0,612 chrXI 145814 . T C 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=45;Dels=0.00;FS=2.950;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.801;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.592;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:45:93:93,0,616 chrXI 145832 . A G 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=42;Dels=0.00;FS=13.975;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:42:96:96,0,640 chrXI 145859 . G A 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=46;Dels=0.00;FS=23.843;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.018;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:195,0,594 chrXI 145993 . G C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;DP=42;Dels=0.00;FS=5.073;HaplotypeScore=5.9062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.379;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:42:99:389,0,408 chrXI 146213 . A G 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.87;MQ0=0;QD=18.65;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:69:611,69,0 chrXI 146436 . T C 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=67;Dels=0.00;FS=3.507;HaplotypeScore=8.9973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=20.36;ReadPosRankSum=2.303;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1397,143,0 chrXI 146477 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.357;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:66:99:511,0,649 chrXI 146489 . G A 1360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=21.94;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1393,147,0 chrXI 146583 . A G 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.33;MQ0=0;QD=19.84;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:787,84,0 chrXI 146593 . A G 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=17.91;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:606,69,0 chrXI 146595 . T C 501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.36;MQ0=0;QD=16.16;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:534,60,0 chrXI 146606 . T C 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=15.30;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:75:645,75,0 chrXI 146631 . A C 672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=0;QD=14.30;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:78:705,78,0 chrXI 146650 . A T 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=14.67;ReadPosRankSum=2.368;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:913,99,0 chrXI 146689 . A T 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=97;Dels=0.00;FS=3.018;HaplotypeScore=10.4604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=18.91;ReadPosRankSum=2.399;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:1867,201,0 chrXI 146743 . A T 2133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=93;Dels=0.00;FS=6.163;HaplotypeScore=3.3884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=22.94;ReadPosRankSum=2.859;SB=-1.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:2166,231,0 chrXI 146875 . T C 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.692;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:1240,138,0 chrXI 146915 . A G 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=57.3769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.22;MQ0=0;QD=11.90;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1009,114,0 chrXI 146918 . C T 40.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.13;MQ0=0;MQRankSum=3.080;QD=0.66;ReadPosRankSum=-3.224;SB=-3.097e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,4:62:9:73,9,0 chrXI 147072 . T C 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=20.80;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2009,222,0 chrXI 147232 . T C 2211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=104;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.699;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2244,249,0 chrXI 147261 . C T 2131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.93;MQ0=0;QD=21.53;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2164,228,0 chrXI 147343 . G A 2111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=20.10;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2144,234,0 chrXI 147354 . G T 1974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=19.35;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2007,219,0 chrXI 147360 . C T 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=18.82;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1934,210,0 chrXI 147421 . G C 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=16.74;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1004,111,0 chrXI 147443 . A T 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=17.28;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1156,129,0 chrXI 147476 . G C 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=19.67;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:70:99:1410,159,0 chrXI 147617 . G A 3790.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=24.45;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3790,402,0 chrXI 147885 . T C 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=16.61;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1760,198,0 chrXI 147892 . T A 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=16.17;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1650,177,0 chrXI 147911 . G T 1797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=16.64;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1830,195,0 chrXI 147977 . T C 2067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=102;Dels=0.00;FS=5.172;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=20.26;ReadPosRankSum=1.698;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:2100,240,0 chrXI 148038 . G A 2468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=18.42;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2501,276,0 chrXI 148063 . C T 2679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=20.45;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2712,297,0 chrXI 148157 . T C 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=18.99;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1343,153,0 chrXI 148221 . G T 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=20.88;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1432,156,0 chrXI 148270 . T C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.779;DP=67;Dels=0.00;FS=2.084;HaplotypeScore=4.9957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=7.67;ReadPosRankSum=2.226;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:544,0,678 chrXI 148284 . T C 1486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=23.59;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1519,168,0 chrXI 148560 . G T 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=22.39;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1712,183,0 chrXI 148617 . T A 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=18.75;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1214,129,0 chrXI 148629 . G T 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=20.41;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1135,120,0 chrXI 148756 . G A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=84;Dels=0.00;FS=1.861;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.076;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:728,0,701 chrXI 148757 . A T 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=22.08;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1866,201,0 chrXI 148801 . T C 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=19.96;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1829,213,0 chrXI 148894 . T C 1791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=88;Dels=0.00;FS=5.880;HaplotypeScore=9.6420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=20.35;ReadPosRankSum=2.919;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:88:99:1824,201,0 chrXI 148938 . A G 1868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=23.35;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1901,207,0 chrXI 148955 . T A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.923;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.706;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:676,0,635 chrXI 148984 . G T 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=24.85;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:99:1052,114,0 chrXI 149114 . T G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=106;Dels=0.00;FS=1.567;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.933;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.547;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:686,0,823 chrXI 149118 . C T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=108;Dels=0.00;FS=7.511;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.340;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:108:99:648,0,821 chrXI 149131 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=117;Dels=0.00;FS=3.377;HaplotypeScore=6.0089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.662;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.835;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:117:99:587,0,946 chrXI 149142 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;DP=111;Dels=0.00;FS=8.871;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.803;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:535,0,940 chrXI 149176 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.398;DP=107;Dels=0.00;FS=14.685;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.046;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.962;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:532,0,1105 chrXI 149301 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;DP=73;Dels=0.01;FS=1.002;HaplotypeScore=6.6318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.512;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:529,0,823 chrXI 149328 . G A 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DP=69;Dels=0.00;FS=6.658;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=8.29;ReadPosRankSum=-2.551;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:602,0,685 chrXI 149332 . G T 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;DP=76;Dels=0.00;FS=4.621;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.543;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:773,0,600 chrXI 149344 . A G 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.734;DP=88;Dels=0.00;FS=12.821;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:88:99:707,0,867 chrXI 149388 . A C 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=22.14;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:85:99:1915,216,0 chrXI 149548 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.023;DP=90;Dels=0.00;FS=0.821;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:644,0,996 chrXI 149575 . G T 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=91;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=4.3762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:91:99:954,0,671 chrXI 149765 . G A 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.095;DP=113;Dels=0.00;FS=0.706;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.003;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:1030,0,903 chrXI 149835 . G T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;DP=80;Dels=0.00;FS=0.852;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.057;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1001,0,578 chrXI 150247 . A T 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=106;Dels=0.00;FS=3.758;HaplotypeScore=10.4111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.427;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,59:106:99:1064,0,647 chrXI 150307 . G A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.970;DP=85;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.041;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:719,0,659 chrXI 150554 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.774;DP=78;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=2.064;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:636,0,613 chrXI 150646 . G A 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=70;Dels=0.00;FS=3.224;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:745,0,417 chrXI 150786 . C T 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=62;Dels=0.00;FS=9.434;HaplotypeScore=3.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:623,0,329 chrXI 150866 . C T 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.22;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1728,183,0 chrXI 150910 . G A 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=22.45;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1290,135,0 chrXI 151057 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DP=49;Dels=0.00;FS=6.539;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.818;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:458,0,266 chrXI 151229 . G T 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.45;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1488,159,0 chrXI 151420 . A T 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=25.83;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1376,147,0 chrXI 151866 . G T 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=21.16;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1260,135,0 chrXI 152116 . T A 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=54;Dels=0.00;FS=5.975;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=22.00;ReadPosRankSum=2.870;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1221,129,0 chrXI 152140 . G A 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=19.95;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1330,147,0 chrXI 152223 . A T 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DP=100;Dels=0.00;FS=1.689;HaplotypeScore=7.6875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=8.88;ReadPosRankSum=-2.852;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:918,0,932 chrXI 152290 . G A 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=21.39;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2279,237,0 chrXI 152294 . A G 1967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=103;Dels=0.00;FS=3.184;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:103:99:2000,222,0 chrXI 152351 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.676;DP=82;Dels=0.00;FS=1.830;HaplotypeScore=7.5730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=2.131;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:82:99:573,0,693 chrXI 152392 . C T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.777;DP=79;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.963;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.056;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:79:99:473,0,669 chrXI 152402 . G A 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:620,0,411 chrXI 152419 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=70;Dels=0.00;FS=3.208;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:462,0,586 chrXI 152485 . A C 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;DP=84;Dels=0.00;FS=2.915;HaplotypeScore=7.5865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.391;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:840,0,537 chrXI 152571 . T G 3348.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=141;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=23.74;ReadPosRankSum=2.397;SB=-1.692e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,139:141:99:3348,372,0 chrXI 152614 . A G 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.038;DP=110;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=5.0371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.021;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:110:99:1149,0,870 chrXI 152632 . C T 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.868;DP=107;Dels=0.00;FS=0.754;HaplotypeScore=11.2462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.108;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:1048,0,833 chrXI 152688 . A G 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.193;DP=107;Dels=0.00;FS=6.152;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.423;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:107:99:901,0,903 chrXI 152690 . G A 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.562;DP=106;Dels=0.00;FS=6.313;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,62:106:99:950,0,818 chrXI 152908 . A C 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;DP=102;Dels=0.00;FS=4.285;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.012;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:724,0,1016 chrXI 153052 . C T 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=24.06;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1260,135,0 chrXI 153132 . A G 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.498;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:41:99:247,0,487 chrXI 153463 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=47;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.927;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:392,0,405 chrXI 153643 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.248;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:408,0,556 chrXI 153726 . C A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.248;DP=88;Dels=0.00;FS=2.102;HaplotypeScore=17.3510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:88:99:688,0,653 chrXI 154410 . A G 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=125;Dels=0.00;FS=8.347;HaplotypeScore=5.9295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.606;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:125:99:1067,0,1047 chrXI 154564 . T G 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.984;DP=105;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.633;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:842,0,1055 chrXI 154732 . C T 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=19.09;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1713,198,0 chrXI 154811 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.657;DP=85;Dels=0.00;FS=10.124;HaplotypeScore=5.7911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.121;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:524,0,599 chrXI 155453 . C T 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=21.85;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:111:99:2458,267,0 chrXI 155667 . T A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=85;Dels=0.00;FS=2.881;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:805,0,770 chrXI 155787 . A T 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.009;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:391,0,579 chrXI 155819 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.246;DP=54;Dels=0.00;FS=6.025;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:416,0,492 chrXI 157764 . T C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=86;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=11.4402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.824;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:638,0,858 chrXI 159179 . G A 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.415;DP=83;Dels=0.00;FS=12.161;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.999;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:824,0,649 chrXI 159676 . A T 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=39;Dels=0.00;FS=21.447;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.670;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:191,0,489 chrXI 161493 . G C 1459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;DP=147;Dels=0.00;FS=1.340;HaplotypeScore=10.6770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.331;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,75:147:99:1489,0,1418 chrXI 161769 . C T 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=119;Dels=0.00;FS=2.436;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.321;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:119:99:927,0,1227 chrXI 162073 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.571;DP=70;Dels=0.00;FS=7.862;HaplotypeScore=8.8735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.653;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:70:99:565,0,489 chrXI 162420 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;DP=51;Dels=0.00;FS=4.168;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.354;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:550,0,412 chrXI 162554 . C T 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=36;Dels=0.00;FS=3.178;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:198,0,384 chrXI 162583 . G A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=48;Dels=0.00;FS=1.248;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.809;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.328;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:181,0,445 chrXI 162589 . T G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.452;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:152,0,514 chrXI 162595 . A G 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=53;Dels=0.00;FS=2.470;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.742;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:224,0,494 chrXI 162828 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.410;DP=53;Dels=0.00;FS=5.912;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:502,0,524 chrXI 162874 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=64;Dels=0.00;FS=7.249;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:672,0,495 chrXI 163447 . A G 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=129;Dels=0.00;FS=1.421;HaplotypeScore=16.9945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.132;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:129:99:806,0,1093 chrXI 163461 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.379;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,61:133:99:792,0,1225 chrXI 163473 . G A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.653;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,66:145:99:893,0,1425 chrXI 164020 . G T 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.44;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1316,147,0 chrXI 164455 . A G 1862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.402;DP=213;Dels=0.00;FS=17.271;HaplotypeScore=11.2914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.925;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,105:213:99:1892,0,1920 chrXI 164565 . G A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=34;Dels=0.00;FS=5.016;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:180,0,232 chrXI 164683 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=62;Dels=0.00;FS=2.967;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:522,0,391 chrXI 165247 . A G 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;DP=46;Dels=0.00;FS=10.698;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:237,0,356 chrXI 165249 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.912;DP=47;Dels=0.00;FS=10.976;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.075;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:250,0,381 chrXI 166502 . G A 2738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=18.25;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:150:99:2771,303,0 chrXI 166543 . C T 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;DP=122;Dels=0.00;FS=1.460;HaplotypeScore=18.5705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,56:122:99:889,0,1119 chrXI 166672 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.069;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:220,0,190 chrXI 166681 . G A 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.223;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.753;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:135,0,240 chrXI 166687 . A G 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.318;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:178,0,302 chrXI 166774 . C T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=42;Dels=0.00;FS=7.362;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=11.93;ReadPosRankSum=2.495;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:42:99:531,0,215 chrXI 167175 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:344,0,365 chrXI 167254 . T C 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DP=14;Dels=0.00;FS=2.158;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:90:90,0,131 chrXI 167261 . A G 68.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=11;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.466;SB=-3.786e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:96:98,0,96 chrXI 168406 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=4.99;ReadPosRankSum=-2.146;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:111:99:584,0,1130 chrXI 168464 . A C 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.677;DP=93;Dels=0.00;FS=10.428;HaplotypeScore=5.9195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.264;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:817,0,656 chrXI 168746 . C T 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.894;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:29:77:77,0,145 chrXI 169077 . T C 622.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.254;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:652,0,787 chrXI 169345 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.372;DP=55;Dels=0.00;FS=4.970;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.499;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:548,0,311 chrXI 170773 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;DP=57;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=8.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.146;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:417,0,532 chrXI 170827 . A G 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.170;DP=94;Dels=0.00;FS=0.955;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:861,0,978 chrXI 171082 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=33;Dels=0.00;FS=1.419;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.703;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:297,0,242 chrXI 171212 . G A 1328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=180;Dels=0.00;FS=1.864;HaplotypeScore=6.8482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=7.38;ReadPosRankSum=-2.203;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,87:180:99:1358,0,1263 chrXI 171261 . G A 2887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.38;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:2920,312,0 chrXI 171276 . T C 1146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.298;DP=129;Dels=0.00;FS=4.432;HaplotypeScore=8.6838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.290;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.841;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:129:99:1176,0,1009 chrXI 171454 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=54;Dels=0.00;FS=11.077;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.984;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:350,0,498 chrXI 171646 . T A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=76;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=9.5833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:496,0,696 chrXI 171647 . G A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=74;Dels=0.00;FS=4.657;HaplotypeScore=10.3173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:458,0,704 chrXI 171662 . C G 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;DP=70;Dels=0.00;FS=4.878;HaplotypeScore=5.6885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=1.749;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:688,0,359 chrXI 171772 . G A 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:205,0,331 chrXI 172064 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:227,0,162 chrXI 172092 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=33;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.271;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:268,0,234 chrXI 172151 . A G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=30;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:299,0,239 chrXI 172448 . T C 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=29;Dels=0.00;FS=1.562;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.462;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:29:99:124,0,296 chrXI 172715 . T A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=57;Dels=0.00;FS=5.645;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.766;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:453,0,599 chrXI 172796 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:555,0,390 chrXI 173024 . C T 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DP=41;Dels=0.00;FS=4.769;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:224,0,518 chrXI 173133 . C T 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.421;DP=88;Dels=0.00;FS=15.033;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.527;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:88:99:822,0,567 chrXI 173315 . G C 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=16.31;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57:506,57,0 chrXI 173411 . G T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=45;Dels=0.00;FS=11.845;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:357,0,263 chrXI 173558 . T C 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.020;DP=43;Dels=0.00;FS=7.446;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:142,0,504 chrXI 173801 . A G 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=31;Dels=0.00;FS=11.748;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:194,0,279 chrXI 173878 . G A 247.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=34;Dels=0.00;FS=9.887;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.315;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:277,0,177 chrXI 173984 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=79;Dels=0.00;FS=3.953;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:680,0,754 chrXI 174085 . G A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;DP=42;Dels=0.00;FS=7.310;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=2.131;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:42:99:275,0,465 chrXI 174125 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.981;DP=65;Dels=0.00;FS=18.575;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=8.08;ReadPosRankSum=-2.026;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:65:99:555,0,703 chrXI 174419 . G C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:59:99:397,0,603 chrXI 174509 . C T 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.46;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1240,135,0 chrXI 174833 . T A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=39;Dels=0.00;FS=6.791;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:459,0,260 chrXI 175391 . T G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;DP=72;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.323;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:384,0,743 chrXI 175397 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.771;DP=75;Dels=0.00;FS=2.811;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:75:99:327,0,936 chrXI 175954 . A G 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.490;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:96:99:635,0,858 chrXI 175999 . T C 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=105;Dels=0.00;FS=3.778;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,43:105:99:696,0,1056 chrXI 176128 . C T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=107;Dels=0.00;FS=0.718;HaplotypeScore=7.3433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.010;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:872,0,885 chrXI 176335 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.420;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=2.003;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.853;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:835,0,671 chrXI 176487 . C T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.763;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:128:99:1029,0,942 chrXI 176572 . G A 2417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=23.24;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2450,264,0 chrXI 176582 . G A 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.271;DP=102;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=8.82;ReadPosRankSum=-2.488;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:102:99:930,0,805 chrXI 176780 . G T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;DP=63;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.392;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:518,0,613 chrXI 177108 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=57;Dels=0.00;FS=2.316;HaplotypeScore=10.9843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.170;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:465,0,391 chrXI 177209 . A T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;DP=65;Dels=0.00;FS=6.422;HaplotypeScore=9.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:698,0,373 chrXI 177254 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=62;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.997;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.546;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:530,0,555 chrXI 177426 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.569;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:277,0,636 chrXI 177482 . G A 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=22.11;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1271,138,0 chrXI 177512 . A G 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.621;DP=85;Dels=0.00;FS=4.249;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.742;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:873,0,633 chrXI 177551 . C T 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=18.97;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1949,222,0 chrXI 177557 . A G 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=96;Dels=0.00;FS=1.659;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:905,0,694 chrXI 177965 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.290;DP=51;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.830;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:377,0,546 chrXI 178177 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=86;Dels=0.00;FS=12.932;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:696,0,842 chrXI 178198 . C T 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;DP=99;Dels=0.00;FS=18.423;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.829;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:993,0,683 chrXI 178223 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=94;Dels=0.00;FS=26.171;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.611;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:581,0,1025 chrXI 178243 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=90;Dels=0.00;FS=15.786;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=4.84;ReadPosRankSum=-2.163;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:466,0,984 chrXI 178268 . C A 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=21.18;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1600,177,0 chrXI 178305 . T A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.876;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.972;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:221,0,733 chrXI 178399 . A G 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=22.60;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1276,141,0 chrXI 178410 . A G 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=2.520;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.305;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:733,0,455 chrXI 178417 . T A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.938;DP=89;Dels=0.00;FS=2.771;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.021;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:506,0,771 chrXI 178422 . G A 1914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=20.15;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1947,207,0 chrXI 178492 . C A 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.169;DP=118;Dels=0.00;FS=16.402;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=2.581;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:118:99:940,0,899 chrXI 178495 . A C 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;DP=118;Dels=0.00;FS=13.964;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.586;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,54:118:99:936,0,872 chrXI 178613 . G A 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=19.61;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1092,123,0 chrXI 178752 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=80;Dels=0.00;FS=4.554;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=1.684;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.173;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:581,0,796 chrXI 178928 . C T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:392,0,227 chrXI 179179 . A G 852 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=19.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:885,99,0 chrXI 179200 . T A 859 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=19.09;ReadPosRankSum=1.193;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:77:892,77,0 chrXI 179223 . T C 122.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:152,0,305 chrXI 179232 . T C 220.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.536;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:250,0,137 chrXI 179275 . T G 646.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=2.657;QD=11.54;ReadPosRankSum=1.979;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:676,0,387 chrXI 179281 . T C 412.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.141;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=6.87;ReadPosRankSum=-2.036;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:442,0,714 chrXI 179289 . T C 598.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=9.20;ReadPosRankSum=2.539;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:628,0,508 chrXI 179329 . C T 635.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.308;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.744;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.204;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:665,0,781 chrXI 179341 . G A 634.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.918;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:664,0,859 chrXI 179358 . T C 336.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:366,0,569 chrXI 179372 . A G 222.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:42:99:252,0,396 chrXI 179413 . C T 292.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.600;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.477;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.908;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:322,0,521 chrXI 179422 . T C 1080 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=22.04;ReadPosRankSum=1.662;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1113,123,0 chrXI 179509 . G A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;DP=38;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=2.9138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.145;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:335,0,465 chrXI 179553 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=33;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:312,0,301 chrXI 179688 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;DP=65;Dels=0.00;FS=4.378;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.234;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:65:99:538,0,604 chrXI 179703 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=60;Dels=0.00;FS=9.183;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.802;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:413,0,651 chrXI 179723 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=62;Dels=0.00;FS=6.226;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.194;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.530;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:269,0,589 chrXI 179783 . T C 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=49;Dels=0.00;FS=2.760;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:155,0,458 chrXI 179887 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;DP=71;Dels=0.00;FS=4.872;HaplotypeScore=10.4194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.694;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:620,0,443 chrXI 179928 . T C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.150;DP=67;Dels=0.00;FS=3.383;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:475,0,445 chrXI 179949 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.001;DP=56;Dels=0.00;FS=1.027;HaplotypeScore=3.4808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:409,0,344 chrXI 180074 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=41;Dels=0.00;FS=6.684;HaplotypeScore=6.4540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:384,0,287 chrXI 180084 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;DP=43;Dels=0.00;FS=11.439;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:344,0,325 chrXI 180104 . G A 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.128;DP=46;Dels=0.00;FS=11.776;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.058;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:358,0,307 chrXI 180128 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=44;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:369,0,397 chrXI 180215 . T C 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.36;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1006,111,0 chrXI 180524 . A C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.192;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:317,0,507 chrXI 180554 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.554;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.149;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:300,0,429 chrXI 180583 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=29;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.066;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:230,0,374 chrXI 180730 . C A 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.566;DP=108;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.794;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.174;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:108:99:951,0,923 chrXI 181074 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.008;DP=85;Dels=0.00;FS=6.182;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.014;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:85:99:724,0,657 chrXI 181420 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=56;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.784;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:56:99:422,0,436 chrXI 181834 . T C 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=114;Dels=0.00;FS=3.470;HaplotypeScore=6.8207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.163;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:936,0,949 chrXI 181933 . C T 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.263;DP=84;Dels=0.00;FS=5.603;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:817,0,572 chrXI 182195 . G A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=117;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=1.817;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,67:117:99:888,0,669 chrXI 182309 . C G 1212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DP=126;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=11.3371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.590;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,60:126:99:1242,0,1112 chrXI 182357 . T G 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=109;Dels=0.00;FS=2.999;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.476;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:1102,0,1033 chrXI 182516 . T G 1143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=198;Dels=0.00;FS=12.368;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.086;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,80:198:99:1173,0,1977 chrXI 182533 . C T 3668.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=18.71;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-1.337e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,193:196:99:3668,404,0 chrXI 182544 . G T 1491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=184;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=2.7669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,98:184:99:1521,0,1445 chrXI 182573 . T C 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.219;DP=146;Dels=0.00;FS=2.316;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.538;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:146:99:1228,0,1206 chrXI 182853 . C T 1554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.008;DP=165;Dels=0.00;FS=6.198;HaplotypeScore=6.0456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.429;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,80:165:99:1584,0,1600 chrXI 182950 . T G 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.664;DP=129;Dels=0.00;FS=3.641;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.765;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,56:129:99:910,0,1476 chrXI 183657 . C T 1510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DP=140;Dels=0.00;FS=1.712;HaplotypeScore=8.9754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.762;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,80:140:99:1540,0,1051 chrXI 183958 . G C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=77;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.282;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.042;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:77:99:641,0,656 chrXI 184014 . T C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.800;DP=92;Dels=0.00;FS=2.103;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:745,0,766 chrXI 184088 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;DP=88;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.327;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:88:99:631,0,712 chrXI 184295 . G A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.024;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.982;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:374,0,222 chrXI 184445 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:485,0,242 chrXI 184691 . T G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=32;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.460;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:196,0,400 chrXI 184745 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=51;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=6.6195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:361,0,437 chrXI 184772 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.094;DP=67;Dels=0.00;FS=3.804;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:453,0,656 chrXI 184809 . C T 2286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=23.09;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2319,249,0 chrXI 184965 . A C 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=2.224;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:937,0,671 chrXI 185287 . C T 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,58:94:99:1157,0,507 chrXI 185652 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.042;DP=78;Dels=0.00;FS=1.834;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.937;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:653,0,789 chrXI 185846 . C T 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.855;DP=75;Dels=0.00;FS=6.043;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.349;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:688,0,784 chrXI 185997 . G A 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.325;DP=84;Dels=0.00;FS=4.959;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:924,0,649 chrXI 186196 . A T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=74;Dels=0.00;FS=3.835;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=10.77;ReadPosRankSum=2.307;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:827,0,340 chrXI 186423 . G A 1440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.265;DP=147;Dels=0.00;FS=11.211;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,74:147:99:1470,0,1376 chrXI 186438 . T C 1249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.925;DP=143;Dels=0.00;FS=4.695;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.530;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,76:143:99:1279,0,1388 chrXI 186658 . T C 2601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DP=117;Dels=0.01;FS=9.320;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=22.23;ReadPosRankSum=2.365;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:2634,288,0 chrXI 186668 . A G 2498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:120:99:2531,282,0 chrXI 187243 . C T 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.00;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:2448,264,0 chrXI 187978 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.120;DP=81;Dels=0.00;FS=4.600;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.128;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:538,0,734 chrXI 188443 . G A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.138;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:350,0,380 chrXI 188524 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=56;Dels=0.00;FS=3.920;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.593;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:56:99:299,0,627 chrXI 188539 . T A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=60;Dels=0.00;FS=5.366;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:387,0,655 chrXI 188557 . T C 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1158,129,0 chrXI 188706 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=38;Dels=0.00;FS=2.961;HaplotypeScore=3.0588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.224;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:276,0,172 chrXI 188875 . T A 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=92;Dels=0.00;FS=6.676;HaplotypeScore=10.6383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=20.40;ReadPosRankSum=2.395;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:1910,201,0 chrXI 189011 . G A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=69;Dels=0.00;FS=3.306;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:606,0,526 chrXI 189718 . G A 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.32;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:883,99,0 chrXI 190152 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.410;DP=88;Dels=0.00;FS=1.797;HaplotypeScore=11.1469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.095;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:396,0,1048 chrXI 190360 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;DP=113;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:113:99:704,0,925 chrXI 190778 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.757;DP=101;Dels=0.00;FS=3.930;HaplotypeScore=9.2175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:101:99:473,0,1075 chrXI 191257 . A C 1128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DP=114;Dels=0.00;FS=7.594;HaplotypeScore=8.8244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.556;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:114:99:1158,0,939 chrXI 191390 . G A 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.14;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1273,138,0 chrXI 191520 . T C 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=82;Dels=0.00;FS=4.881;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.689;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:82:99:1302,147,0 chrXI 192162 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:41:99:260,0,366 chrXI 193196 . A G 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.68;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1572,174,0 chrXI 193449 . T A 1153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.930;DP=111;Dels=0.00;FS=7.757;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.410;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:111:99:1183,0,954 chrXI 193550 . A T 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=23.09;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2203,237,0 chrXI 193814 . A G 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=18.46;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:76:99:1436,162,0 chrXI 194063 . G A 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=23.16;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1770,186,0 chrXI 194176 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.840;DP=75;Dels=0.00;FS=0.982;HaplotypeScore=24.3720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=12.03;ReadPosRankSum=3.920;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:932,0,455 chrXI 194206 . G A 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=17.51;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1136,132,0 chrXI 194220 . C T 1486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=73;Dels=0.00;FS=10.560;HaplotypeScore=5.0618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=20.36;ReadPosRankSum=2.281;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1519,165,0 chrXI 194270 . T C 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=20.04;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1676,186,0 chrXI 194297 . G A 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=21.26;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2010,216,0 chrXI 194421 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;DP=47;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.841;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:475,0,257 chrXI 194470 . T C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;DP=40;Dels=0.00;FS=2.999;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:337,0,131 chrXI 194564 . A C 2218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=19.46;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2251,249,0 chrXI 194575 . C T 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.753;DP=124;Dels=0.00;FS=3.728;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,67:124:99:941,0,850 chrXI 194609 . C T 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=141;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=14.6052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.119;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,75:141:99:1078,0,965 chrXI 194709 . C T 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=16.02;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:90:834,90,0 chrXI 194971 . A T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=116;Dels=0.02;FS=1.495;HaplotypeScore=11.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.391;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:114:99:667,0,1013 chrXI 194972 . T A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.649;DP=116;Dels=0.00;FS=1.486;HaplotypeScore=11.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.555;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:116:99:723,0,936 chrXI 194991 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.153;DP=103;Dels=0.00;FS=1.684;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:103:99:543,0,1156 chrXI 195038 . G T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=64;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=2.297;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:661,0,227 chrXI 195050 . T C 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.0519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=16.67;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:933,102,0 chrXI 195199 . T C 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=4.449;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=20.33;ReadPosRankSum=1.643;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1619,183,0 chrXI 195226 . A C 2304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.277;DP=114;Dels=0.00;FS=3.027;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=20.21;ReadPosRankSum=2.407;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:2337,258,0 chrXI 195269 . G A 2711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.59;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2744,300,0 chrXI 195729 . A G 1850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.02;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1883,207,0 chrXI 195766 . T C 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DP=86;Dels=0.00;FS=2.866;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.374;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:86:99:631,0,847 chrXI 195771 . G A 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2030,216,0 chrXI 195819 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=88;Dels=0.00;FS=1.973;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.830;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.674;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:88:99:634,0,654 chrXI 196002 . G A 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=64;Dels=0.00;FS=10.767;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:64:99:689,0,458 chrXI 196035 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=72;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.318;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:517,0,861 chrXI 196108 . G A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=73;Dels=0.00;FS=3.423;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.205;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:516,0,825 chrXI 196171 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=61;Dels=0.00;FS=7.080;HaplotypeScore=13.6272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:451,0,427 chrXI 196202 . A C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.822;DP=67;Dels=0.00;FS=2.186;HaplotypeScore=57.4074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.16;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.238;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:199,0,558 chrXI 196264 . T C 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DP=103;Dels=0.00;FS=3.199;HaplotypeScore=8.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.084;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:103:99:947,0,661 chrXI 196346 . T A 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.22;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2099,237,0 chrXI 196560 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.504;DP=74;Dels=0.00;FS=2.922;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:491,0,572 chrXI 196565 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=71;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:466,0,570 chrXI 196712 . T C 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.20;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1492,165,0 chrXI 196806 . T C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DP=49;Dels=0.00;FS=25.075;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.535;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:591,0,313 chrXI 196937 . G A 385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=14.26;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:48:418,48,0 chrXI 196966 . C T 271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=10.42;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:26:33:304,33,0 chrXI 197099 . G T 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=21.12;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1110,117,0 chrXI 197297 . A G 1129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=21.30;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1162,135,0 chrXI 197329 . T C 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=21.80;ReadPosRankSum=1.664;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1145,126,0 chrXI 197364 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;DP=65;Dels=0.00;FS=6.975;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:531,0,541 chrXI 197402 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:64:99:548,0,532 chrXI 197500 . A G 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.33;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1639,177,0 chrXI 197642 . A G 1353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.160;DP=132;Dels=0.00;FS=0.696;HaplotypeScore=23.4036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.886;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,83:132:99:1383,0,784 chrXI 197764 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=63;Dels=0.00;FS=6.764;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:535,0,544 chrXI 198479 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=51;Dels=0.00;FS=5.785;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.443;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:426,0,385 chrXI 198833 . C T 2019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.43;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2052,216,0 chrXI 199269 . A T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.574;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.384;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:482,0,485 chrXI 199373 . A G 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=36;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:88:88,0,453 chrXI 199382 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DP=42;Dels=0.00;FS=1.272;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.755;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:42:99:199,0,439 chrXI 199437 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.107;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:435,0,459 chrXI 199443 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.359;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:430,0,457 chrXI 199454 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.930;DP=65;Dels=0.00;FS=3.385;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.203;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:474,0,500 chrXI 199502 . C T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.879;DP=87;Dels=0.00;FS=2.924;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:713,0,660 chrXI 199676 . A G 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=51;Dels=0.00;FS=4.287;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=3.14;ReadPosRankSum=-2.464;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:190,0,631 chrXI 199802 . A G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=80;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=8.1655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.809;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:689,0,689 chrXI 199892 . T G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=74;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=4.7919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.237;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:484,0,668 chrXI 199979 . T C 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.718;DP=114;Dels=0.00;FS=0.698;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.663;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:114:99:879,0,999 chrXI 199994 . T C 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.252;DP=123;Dels=0.00;FS=0.674;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:123:99:1046,0,1035 chrXI 200056 . T C 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=103;Dels=0.00;FS=2.650;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.518;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:103:99:895,0,642 chrXI 200183 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;DP=57;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=7.3595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.010;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:493,0,483 chrXI 200248 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;DP=83;Dels=0.00;FS=4.367;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.027;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.771;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:83:99:837,0,607 chrXI 200367 . A C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=85;Dels=0.00;FS=5.674;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.217;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.094;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:85:99:439,0,677 chrXI 200384 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=81;Dels=0.00;FS=9.979;HaplotypeScore=62.3954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.742;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:412,0,860 chrXI 200402 . G A 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.355;DP=55;Dels=0.00;FS=10.530;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.319;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:55:99:178,0,520 chrXI 200464 . T A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:420,0,298 chrXI 200490 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=45;Dels=0.00;FS=4.376;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.281;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.693;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:305,0,315 chrXI 200506 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=36;Dels=0.00;FS=8.558;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.313;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.317;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:307,0,164 chrXI 200539 . A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=19;Dels=0.00;FS=7.858;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.601;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:84:130,0,84 chrXI 200552 . C T 112.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.318;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:17:75:142,0,75 chrXI 200580 . G A 179.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.432;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.226;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:99:209,0,273 chrXI 200581 . A G 164.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.055;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.977;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:194,0,269 chrXI 200609 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=49;Dels=0.00;FS=1.966;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.343;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.478;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:242,0,468 chrXI 200616 . G C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.306;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:298,0,543 chrXI 200642 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.786;DP=68;Dels=0.00;FS=6.628;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-4.391;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:417,0,671 chrXI 200667 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;DP=77;Dels=0.00;FS=13.760;HaplotypeScore=6.7883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.263;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.457;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:436,0,685 chrXI 200678 . A C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;DP=78;Dels=0.00;FS=12.397;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.166;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.826;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:506,0,685 chrXI 200708 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=72;Dels=0.00;FS=12.387;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:537,0,685 chrXI 200767 . T A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.002;DP=46;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:448,0,390 chrXI 200776 . C A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:42:99:299,0,362 chrXI 200798 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.858;DP=36;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:227,0,318 chrXI 200908 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DP=45;Dels=0.00;FS=6.735;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.597;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:313,0,484 chrXI 201103 . C A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:461,0,368 chrXI 201376 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DP=56;Dels=0.00;FS=7.508;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.780;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.071;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:403,0,531 chrXI 201685 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=55;Dels=0.00;FS=3.869;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.224;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:55:99:369,0,504 chrXI 201727 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.547;DP=49;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.885;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.586;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:316,0,547 chrXI 201803 . A G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=55;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=6.5264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.952;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:349,0,463 chrXI 201819 . A T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=56;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=11.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:304,0,442 chrXI 201927 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;DP=32;Dels=0.00;FS=3.702;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-3.077e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,25:32:99:498,0,104 chrXI 201996 . G A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DP=42;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:468,0,332 chrXI 202018 . A C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DP=53;Dels=0.00;FS=2.747;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:53:99:525,0,393 chrXI 202039 . A G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:52:99:419,0,588 chrXI 202082 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=11.59;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:621,0,313 chrXI 202087 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.179;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:325,0,593 chrXI 202106 . A G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=65;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.655;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:470,0,450 chrXI 202165 . T C 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;DP=95;Dels=0.00;FS=4.284;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=2.150;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.382;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:95:99:909,0,718 chrXI 202339 . A G 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;QD=20.52;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1100,123,0 chrXI 202432 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=111;Dels=0.00;FS=0.717;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.499;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:710,0,1031 chrXI 202483 . C T 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.528;DP=108;Dels=0.00;FS=6.201;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=2.501;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.494;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:108:99:1111,0,802 chrXI 202506 . G A 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.055;DP=128;Dels=0.00;FS=8.515;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,55:128:99:949,0,1168 chrXI 202524 . T C 1360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.007;DP=143;Dels=0.00;FS=13.881;HaplotypeScore=17.5517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=3.539;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,80:143:99:1390,0,1192 chrXI 202593 . A G 1932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=90;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=21.47;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1965,216,0 chrXI 202594 . T A 1999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=0;QD=22.46;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2032,213,0 chrXI 202624 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=47;Dels=0.00;FS=13.905;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:230,0,266 chrXI 202631 . G C 417 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.62;MQ0=0;QD=10.42;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:51:450,51,0 chrXI 202635 . G T 89.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=38;Dels=0.00;FS=2.657;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.416;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:38:99:119,0,202 chrXI 202640 . A G 37.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=1.00;ReadPosRankSum=3.038;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:37:67:67,0,198 chrXI 203086 . G C 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=14.08;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:66:568,66,0 chrXI 203268 . A C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;DP=71;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=6.3637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.849;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:650,0,537 chrXI 203301 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=80;Dels=0.00;FS=5.803;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:590,0,699 chrXI 203317 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=75;Dels=0.00;FS=4.501;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:447,0,724 chrXI 203486 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=82;Dels=0.00;FS=4.346;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=2.095;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.252;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:563,0,766 chrXI 203570 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=58;Dels=0.00;FS=3.510;HaplotypeScore=2.7012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.156;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:481,0,544 chrXI 203582 . G T 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=19.67;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1272,138,0 chrXI 204122 . C T 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=20.41;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1421,156,0 chrXI 204194 . A T 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1520,165,0 chrXI 204464 . G A 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=17.95;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1110,120,0 chrXI 204491 . C T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.703;DP=56;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.386;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:388,0,350 chrXI 204566 . A T 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.37;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:641,69,0 chrXI 204941 . C T 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=22.67;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:985,105,0 chrXI 204945 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=40;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.694;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:40:99:251,0,464 chrXI 205160 . T C 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=22.89;ReadPosRankSum=1.634;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:93:834,93,0 chrXI 205207 . G A 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.47;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:96:913,96,0 chrXI 205356 . C G 3130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=25.24;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:3163,348,0 chrXI 205481 . G T 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=18.58;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:962,102,0 chrXI 205525 . C T 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=19.91;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1765,201,0 chrXI 205656 . G A 1249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=138;Dels=0.00;FS=25.109;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.786;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,79:138:99:1279,0,1102 chrXI 205761 . G A 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.797;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:699,0,882 chrXI 205807 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=43;Dels=0.00;FS=1.186;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:406,0,494 chrXI 206087 . T C 2047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=107;Dels=0.00;FS=2.596;HaplotypeScore=9.6702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=19.13;ReadPosRankSum=2.496;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:107:99:2080,214,0 chrXI 206168 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.852;DP=67;Dels=0.00;FS=6.862;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:599,0,569 chrXI 206606 . C T 3815.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=22.98;SB=-2.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:3815,417,0 chrXI 206732 . G A 3131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=19.57;SB=-1.842e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3164,354,0 chrXI 207041 . A T 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=87;Dels=0.00;FS=9.204;HaplotypeScore=9.0513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:768,0,798 chrXI 207105 . G A 1532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=20.43;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1565,174,0 chrXI 207131 . T C 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=21.60;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1696,189,0 chrXI 207179 . A G 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=20.67;ReadPosRankSum=1.672;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1211,135,0 chrXI 207353 . T C 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.41;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1303,150,0 chrXI 207429 . C T 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=21.02;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2009,213,0 chrXI 207853 . C T 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.840;DP=76;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.901;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:766,0,540 chrXI 208114 . T C 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=20.31;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1475,165,0 chrXI 208115 . A T 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=20.71;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1524,165,0 chrXI 208258 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.685;DP=56;Dels=0.00;FS=7.576;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.644;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:56:99:421,0,652 chrXI 208639 . C A 2054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.40;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2087,222,0 chrXI 208745 . A G 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=19.48;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1767,204,0 chrXI 208798 . C G 1123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;DP=101;Dels=0.00;FS=2.892;HaplotypeScore=6.6524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.588;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,60:101:99:1153,0,595 chrXI 209087 . G A 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DP=107;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:107:99:939,0,754 chrXI 209185 . T A 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=5.725;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=20.72;ReadPosRankSum=1.683;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1504,159,0 chrXI 209311 . T C 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=18.69;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1379,159,0 chrXI 209449 . G A 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=17.95;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1882,210,0 chrXI 209467 . G A 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=17.28;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1623,177,0 chrXI 209485 . A C 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=5.699;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.643;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1161,129,0 chrXI 209488 . A G 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.69;MQ0=0;QD=14.14;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1051,114,0 chrXI 209515 . T C 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=14.41;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1013,111,0 chrXI 209743 . G A 2839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2872,315,0 chrXI 209983 . A G 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=21.34;ReadPosRankSum=1.626;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1420,156,0 chrXI 210106 . T C 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.92;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1408,162,0 chrXI 210124 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=55;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.414;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.987;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:457,0,403 chrXI 210267 . G A 4277.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=23.24;SB=-1.361e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:184:99:4277,456,0 chrXI 210381 . A G 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:1738,192,0 chrXI 210395 . G T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.150;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:70:99:454,0,713 chrXI 210799 . C T 2594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.17;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2627,288,0 chrXI 211081 . C T 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=15.59;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1062,123,0 chrXI 211438 . C T 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=22.26;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1235,135,0 chrXI 211471 . G A 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=17.10;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1811,195,0 chrXI 211477 . A C 1771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=16.40;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:1804,204,0 chrXI 211951 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=20.24;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1146,132,0 chrXI 211999 . G A 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.18;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1540,162,0 chrXI 212173 . A G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DP=42;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.264;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:463,0,294 chrXI 212189 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=25;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.027;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:276,0,158 chrXI 212630 . G A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DP=30;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.376;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.614;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:221,0,382 chrXI 212874 . G A 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.533;DP=96;Dels=0.00;FS=9.199;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.837;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:1172,0,741 chrXI 212912 . C T 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=23.57;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1471,159,0 chrXI 213000 . T G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;DP=64;Dels=0.00;FS=3.486;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.814;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:388,0,525 chrXI 213004 . C G,T 953.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.77;MQ0=0;QD=15.37;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,33,29:62:99:1013,454,385,559,0,502 chrXI 213044 . C T 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=77;Dels=0.00;FS=1.996;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=2.066;QD=9.92;ReadPosRankSum=-1.895;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,50:77:99:794,0,209 chrXI 213267 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=66;Dels=0.00;FS=3.850;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.204;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.679;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:66:99:466,0,602 chrXI 213281 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;DP=60;Dels=0.00;FS=9.608;HaplotypeScore=53.4882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.334;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.538;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:374,0,492 chrXI 213298 . A T 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;QD=15.04;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:93:875,93,0 chrXI 213304 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DP=55;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=5.4716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.036;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:292,0,392 chrXI 213351 . T G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=2.366;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:68:99:418,0,608 chrXI 213389 . T G 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=79;Dels=0.00;FS=5.933;HaplotypeScore=9.8518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=19.51;ReadPosRankSum=2.834;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:1574,177,0 chrXI 213451 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.152;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:510,0,829 chrXI 213480 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=52;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:501,0,420 chrXI 213501 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;DP=38;Dels=0.00;FS=4.779;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.123;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:464,0,180 chrXI 213543 . A G 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.029;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:255,0,274 chrXI 213552 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;DP=41;Dels=0.00;FS=1.529;HaplotypeScore=2.4471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:223,0,366 chrXI 213580 . C G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.537;DP=71;Dels=0.00;FS=5.149;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.802;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.930;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:559,0,376 chrXI 213597 . T G 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;QD=17.38;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1389,156,0 chrXI 213630 . C T 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=19.20;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1876,195,0 chrXI 213680 . G A 2116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=24.32;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2149,231,0 chrXI 213714 . A G 2024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.26;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2057,228,0 chrXI 213763 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.154;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:477,0,316 chrXI 213977 . T A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=51;Dels=0.00;FS=5.986;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=2.114;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.813;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:410,0,515 chrXI 213978 . C A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DP=50;Dels=0.00;FS=5.957;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=8.72;ReadPosRankSum=-2.375;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:466,0,390 chrXI 214124 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.842;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:277,0,443 chrXI 214537 . A G 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.08;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1972,219,0 chrXI 214600 . C T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=53;Dels=0.00;FS=7.900;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:518,0,610 chrXI 215041 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=48;Dels=0.00;FS=5.648;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=2.057;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.353;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:558,0,315 chrXI 215095 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;DP=61;Dels=0.00;FS=32.849;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.235;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.845;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:470,0,688 chrXI 215474 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.169;DP=101;Dels=0.00;FS=7.147;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.760;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:101:99:685,0,774 chrXI 215493 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=99;Dels=0.00;FS=1.699;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.349;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:553,0,831 chrXI 215522 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.392;DP=121;Dels=0.00;FS=4.591;HaplotypeScore=9.8434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.487;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:121:99:466,0,1216 chrXI 215535 . A G 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=16.80;SB=-1.260e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:1898,219,0 chrXI 215546 . C G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=102;Dels=0.00;FS=3.762;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.163;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.634;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,40:102:99:329,0,1173 chrXI 215560 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.394;DP=98;Dels=0.00;FS=3.905;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.281;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,38:98:99:309,0,1156 chrXI 215651 . A G 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.677;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1195,132,0 chrXI 215830 . C T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=98;Dels=0.00;FS=4.926;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.922;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:778,0,840 chrXI 215942 . G T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.559;DP=68;Dels=0.00;FS=3.658;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:654,0,611 chrXI 215962 . A G 1433 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=22.75;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1466,162,0 chrXI 215965 . T C 562.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;DP=66;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:592,0,541 chrXI 215971 . C T 483.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:513,0,546 chrXI 216046 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=61;Dels=0.00;FS=8.983;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.341;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:419,0,568 chrXI 216310 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=54;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.549;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:363,0,484 chrXI 216378 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=72;Dels=0.00;FS=8.161;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:700,0,517 chrXI 216382 . C T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=75;Dels=0.00;FS=4.619;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.012;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:524,0,742 chrXI 216646 . T C 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=18.62;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:480,54,0 chrXI 216707 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:354,0,671 chrXI 216709 . A C 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=17.89;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1321,147,0 chrXI 216788 . A T 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.851;DP=112;Dels=0.00;FS=3.627;HaplotypeScore=12.2157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:112:99:911,0,877 chrXI 216915 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;DP=53;Dels=0.00;FS=1.147;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.995;QD=8.30;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:470,0,322 chrXI 216924 . A G 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.263;DP=52;Dels=0.00;FS=1.132;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.129;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:351,0,383 chrXI 216939 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.782;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.290;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.850;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:313,0,365 chrXI 216953 . T A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.251;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.380;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.935;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:239,0,463 chrXI 216973 . A G 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;QD=12.63;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:78:690,78,0 chrXI 216985 . G A 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.709;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.072;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:96:96,0,372 chrXI 217203 . A G 1509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=146;Dels=0.00;FS=7.338;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.650;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,77:146:99:1539,0,1131 chrXI 217225 . G T 1011.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=118;Dels=0.00;FS=8.803;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.860;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:118:99:1041,0,1016 chrXI 217298 . C A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.378;DP=54;Dels=0.00;FS=5.747;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:607,0,288 chrXI 217430 . T G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.978;DP=48;Dels=0.00;FS=71.235;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=0.67;ReadPosRankSum=-2.941;SB=-1.068e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:62:62,0,424 chrXI 217457 . A T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.604;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:659,0,267 chrXI 217514 . A T 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=83;Dels=0.00;FS=4.595;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:790,0,709 chrXI 217553 . T C 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.858;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:628,0,621 chrXI 217814 . A G 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DP=51;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:974,108,0 chrXI 217895 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=61;Dels=0.00;FS=3.646;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=2.234;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:61:99:565,0,361 chrXI 218177 . C T 1269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.003;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=8.57;ReadPosRankSum=2.057;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,61:148:99:1299,0,1431 chrXI 218544 . G A 1492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.669;DP=169;Dels=0.00;FS=0.569;HaplotypeScore=15.1428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,81:169:99:1522,0,1562 chrXI 218728 . C T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;DP=55;Dels=0.00;FS=10.067;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:611,0,485 chrXI 218804 . A G 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DP=89;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=6.6001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.722;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:89:99:943,0,640 chrXI 218861 . G C 1266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.542;DP=133;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.160;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,69:133:99:1296,0,991 chrXI 218948 . T A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;DP=103;Dels=0.00;FS=2.728;HaplotypeScore=16.1891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.339;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:704,0,1062 chrXI 218976 . A G 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=84;Dels=0.00;FS=5.263;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=21.07;ReadPosRankSum=1.691;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1803,204,0 chrXI 219042 . T G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.197;DP=58;Dels=0.00;FS=9.230;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:556,0,529 chrXI 219155 . C T 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.504;DP=126;Dels=0.00;FS=2.327;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.736;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.571;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,64:126:99:1124,0,1057 chrXI 219196 . C G 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DP=124;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.677;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:124:99:926,0,946 chrXI 219398 . G C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;DP=79;Dels=0.00;FS=34.667;HaplotypeScore=5.8425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:670,0,550 chrXI 219404 . C T 511.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=82;Dels=0.00;FS=36.735;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.990;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:541,0,759 chrXI 219413 . T C 547.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DP=91;Dels=0.00;FS=53.509;HaplotypeScore=8.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.747;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:91:99:577,0,788 chrXI 219454 . G C 2271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.18;MQ0=0;QD=22.05;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:103:99:2304,255,0 chrXI 219481 . C T 450.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.831;DP=94;Dels=0.00;FS=50.121;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.869;QD=4.79;ReadPosRankSum=-4.527;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,29:94:99:480,0,1188 chrXI 219665 . A T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=60;Dels=0.00;FS=18.706;HaplotypeScore=4.9338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=8.15;ReadPosRankSum=2.142;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:519,0,595 chrXI 219692 . C T 388.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DP=55;Dels=0.00;FS=30.649;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:418,0,588 chrXI 219742 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;DP=60;Dels=0.00;FS=17.427;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=4.13;ReadPosRankSum=2.798;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:60:99:278,0,691 chrXI 219747 . C T 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.767;DP=66;Dels=0.00;FS=26.562;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=3.80;ReadPosRankSum=3.014;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:281,0,665 chrXI 219762 . A T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=76;Dels=0.00;FS=30.350;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=2.79;ReadPosRankSum=1.663;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:242,0,772 chrXI 219829 . G C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=95;Dels=0.00;FS=27.914;HaplotypeScore=2.7570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.130;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,35:95:99:420,0,1159 chrXI 219842 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=97;Dels=0.00;FS=12.960;HaplotypeScore=5.1230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.704;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.551;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,38:97:99:522,0,1023 chrXI 219865 . A C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=88;Dels=0.00;FS=11.159;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:500,0,1005 chrXI 219881 . A G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=74;Dels=0.00;FS=6.458;HaplotypeScore=23.8894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:74:99:244,0,913 chrXI 219924 . C T 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.995;DP=79;Dels=0.00;FS=12.868;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=11.75;ReadPosRankSum=2.248;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:958,0,332 chrXI 219986 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;DP=125;Dels=0.00;FS=0.682;HaplotypeScore=26.5501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.348;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:583,0,632 chrXI 220092 . T C 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.094;DP=110;Dels=0.00;FS=6.216;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.702;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:110:99:845,0,1280 chrXI 220132 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=75;Dels=0.00;FS=6.633;HaplotypeScore=8.1902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.913;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:75:99:489,0,829 chrXI 220166 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:463,0,393 chrXI 220273 . A G 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.634;DP=114;Dels=0.00;FS=0.718;HaplotypeScore=3.9311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.390;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.211;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:114:99:986,0,1300 chrXI 220310 . G C 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=113;Dels=0.00;FS=10.799;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.176;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.961;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:113:99:801,0,1024 chrXI 220315 . A G 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.971;DP=111;Dels=0.00;FS=10.883;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.757;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:111:99:766,0,1054 chrXI 220323 . C A 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=18.86;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2089,234,0 chrXI 220573 . G A 1351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.934;DP=134;Dels=0.00;FS=0.647;HaplotypeScore=16.0481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,76:134:99:1381,0,1009 chrXI 220608 . T C 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=122;Dels=0.00;FS=0.681;HaplotypeScore=9.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,53:122:99:951,0,1091 chrXI 220647 . A G 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.485;DP=95;Dels=0.00;FS=12.057;HaplotypeScore=8.1222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:95:99:755,0,868 chrXI 220701 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=70;Dels=0.00;FS=4.721;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.525;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:643,0,530 chrXI 220819 . C A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=46;Dels=0.00;FS=4.199;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:437,0,328 chrXI 220881 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=68;Dels=0.00;FS=4.901;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.341;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:678,0,390 chrXI 221014 . C T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=82;Dels=0.00;FS=5.654;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:825,0,626 chrXI 221236 . G T 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;DP=79;Dels=0.00;FS=3.583;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:946,0,545 chrXI 221351 . A T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;DP=48;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.217;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:420,0,446 chrXI 221417 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.727;DP=97;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=2.551;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.985;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:697,0,759 chrXI 221455 . T C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.277;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:653,0,921 chrXI 221472 . A C 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.374;DP=106;Dels=0.00;FS=8.394;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=17.48;ReadPosRankSum=3.374;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:106:99:1886,210,0 chrXI 221497 . A G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;DP=88;Dels=0.00;FS=4.078;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.457;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:619,0,736 chrXI 221683 . T C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:259,0,415 chrXI 221752 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=59;Dels=0.00;FS=3.683;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:455,0,456 chrXI 221820 . G A 2135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=19.95;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2168,234,0 chrXI 221896 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=61;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:61:99:354,0,626 chrXI 222020 . A T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.970;DP=61;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.495;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:541,0,502 chrXI 222033 . A G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=71;Dels=0.00;FS=2.081;HaplotypeScore=8.6299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.662;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:547,0,593 chrXI 222568 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;DP=64;Dels=0.00;FS=2.278;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.491;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:428,0,484 chrXI 223086 . G A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=78;Dels=0.00;FS=11.509;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:797,0,554 chrXI 223233 . T C 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=17.20;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1065,117,0 chrXI 223237 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=64;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=9.1483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.841;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:64:99:586,0,315 chrXI 223281 . A C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.017;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.140;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:752,0,767 chrXI 223330 . T C 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=18.76;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:1909,210,0 chrXI 223560 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=45;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.240;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:402,0,384 chrXI 224066 . T A 1611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.69;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1644,180,0 chrXI 224457 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=62;Dels=0.00;FS=6.683;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.860;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:608,0,366 chrXI 224474 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;DP=54;Dels=0.00;FS=2.390;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:314,0,551 chrXI 224551 . G A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=76;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.938;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:648,0,719 chrXI 224634 . G A 1320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.494;DP=150;Dels=0.00;FS=2.131;HaplotypeScore=33.9913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=2.392;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,75:150:99:1350,0,1165 chrXI 224757 . A G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DP=80;Dels=0.00;FS=1.950;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:80:99:739,0,710 chrXI 224943 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.560;DP=130;Dels=0.00;FS=4.240;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:130:99:720,0,1169 chrXI 224949 . A T 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=131;Dels=0.00;FS=2.253;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.051;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,63:131:99:623,0,1188 chrXI 225480 . T G 915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=18.67;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:49:99:948,105,0 chrXI 225552 . T A 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=19.59;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:758,81,0 chrXI 225609 . T C 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=19.47;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:812,90,0 chrXI 225819 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.710;DP=77;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=4.3328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.234;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.509;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:670,0,660 chrXI 225834 . A T 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=20.15;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1645,186,0 chrXI 225909 . T A 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=70;Dels=0.00;FS=3.337;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=20.50;ReadPosRankSum=1.682;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1468,165,0 chrXI 226045 . T A 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=138;Dels=0.00;FS=10.675;HaplotypeScore=7.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.408;QD=5.91;ReadPosRankSum=2.008;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,68:138:99:846,0,1574 chrXI 226161 . G T 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.345;DP=123;Dels=0.00;FS=2.575;HaplotypeScore=12.6624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.091;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,65:123:99:1232,0,915 chrXI 226213 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;DP=61;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=5.0932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:409,0,672 chrXI 226260 . T C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=53;Dels=0.00;FS=2.852;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:497,0,323 chrXI 226659 . T C 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.95;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:977,108,0 chrXI 226952 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.599;DP=71;Dels=0.00;FS=3.335;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.276;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:402,0,716 chrXI 227012 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DP=62;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=2.825;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:377,0,680 chrXI 227319 . C T 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=14.12;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1304,141,0 chrXI 227322 . C T 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=14.53;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1312,141,0 chrXI 227355 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.399;DP=107;Dels=0.00;FS=15.324;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=6.77;ReadPosRankSum=-2.620;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:754,0,654 chrXI 227382 . C T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=111;Dels=0.00;FS=6.304;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.688;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:111:99:632,0,644 chrXI 227405 . A C 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.516;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,127:129:99:1595,177,0 chrXI 227408 . C A 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.492;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=12.95;ReadPosRankSum=2.243;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:131:99:1730,186,0 chrXI 227436 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.473;DP=130;Dels=0.00;FS=2.148;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.780;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,52:130:99:532,0,887 chrXI 227625 . C T 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=21.40;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:1831,195,0 chrXI 227751 . T C 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.887;DP=129;Dels=0.00;FS=0.685;HaplotypeScore=6.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.353;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,52:129:99:810,0,1522 chrXI 227793 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:490,0,609 chrXI 227937 . T C 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;DP=78;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.408;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:761,0,760 chrXI 227955 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=80;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=4.3063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.162;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:629,0,810 chrXI 228015 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.137;DP=72;Dels=0.00;FS=2.665;HaplotypeScore=4.3470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:494,0,608 chrXI 228147 . C A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=54;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:54:99:580,0,391 chrXI 228339 . G A 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=18.91;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1281,138,0 chrXI 228408 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.660;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:541,0,731 chrXI 228440 . C T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.647;DP=88;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:717,0,829 chrXI 228480 . A G 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.750;DP=98;Dels=0.00;FS=2.767;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:906,0,896 chrXI 228507 . A T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;DP=92;Dels=0.00;FS=6.933;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.986;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:816,0,945 chrXI 228638 . C A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DP=42;Dels=0.00;FS=3.431;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.013;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:378,0,194 chrXI 228782 . A T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=117;Dels=0.00;FS=10.443;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.756;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.234;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:117:99:538,0,1166 chrXI 228835 . T C 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.138;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.814;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:103:99:917,0,577 chrXI 229196 . T C 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.771;DP=105;Dels=0.00;FS=6.467;HaplotypeScore=17.7409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:105:99:254,0,493 chrXI 229239 . A G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.987;DP=83;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.454;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.654;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:556,0,674 chrXI 229432 . C T 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.39;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1577,168,0 chrXI 229443 . C T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;DP=64;Dels=0.00;FS=6.905;HaplotypeScore=6.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:632,0,532 chrXI 229671 . G A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.124;DP=92;Dels=0.00;FS=4.084;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.672;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:885,0,811 chrXI 229929 . C T 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1909,204,0 chrXI 230068 . A G 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.973;DP=150;Dels=0.00;FS=13.941;HaplotypeScore=6.2638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.172;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,71:150:99:977,0,1470 chrXI 230092 . C A 1126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=151;Dels=0.00;FS=10.541;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,76:151:99:1156,0,1522 chrXI 230141 . A G 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.767;DP=113;Dels=0.00;FS=10.513;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:993,0,997 chrXI 230159 . T C 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.142;DP=110;Dels=0.00;FS=7.445;HaplotypeScore=12.6969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:110:99:892,0,1053 chrXI 230169 . A G 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=107;Dels=0.00;FS=13.172;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.099;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,60:107:99:1013,0,739 chrXI 230208 . G A 1222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.214;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,71:116:99:1252,0,771 chrXI 230442 . G T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:94:99:654,0,926 chrXI 231216 . T C 477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=17.67;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:27:57:510,57,0 chrXI 231248 . C T 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=19.13;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:607,69,0 chrXI 231393 . G A 546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=15.60;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:66:579,66,0 chrXI 231462 . C T 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.31;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:715,75,0 chrXI 231527 . G A 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=19;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:97:97,0,210 chrXI 231764 . C T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=40;Dels=0.00;FS=2.246;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=2.573;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:379,0,216 chrXI 231791 . A T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=40;Dels=0.00;FS=2.246;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:355,0,255 chrXI 231860 . A G 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DP=29;Dels=0.00;FS=1.904;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:50:50,0,355 chrXI 231899 . G A 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=33;Dels=0.00;FS=4.212;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.805;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:136,0,339 chrXI 231902 . C A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=32;Dels=0.00;FS=4.314;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.564;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:133,0,330 chrXI 231916 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.460;DP=35;Dels=0.00;FS=11.477;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.348;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:362,0,151 chrXI 231929 . T A 104.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;DP=32;Dels=0.00;FS=9.138;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.264;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:134,0,324 chrXI 232086 . G C 565.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=49;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.115;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:49:99:595,0,332 chrXI 232523 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.760;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.390;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:483,0,523 chrXI 232567 . T C 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=69;Dels=0.00;FS=4.409;HaplotypeScore=7.7596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=21.06;ReadPosRankSum=1.632;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1486,168,0 chrXI 232667 . A T 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:391,0,563 chrXI 232739 . T C 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=55;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.369;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:327,0,619 chrXI 232793 . C T 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=23.77;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1673,180,0 chrXI 232838 . T C 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.76;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1556,174,0 chrXI 232839 . C T 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.83;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1631,177,0 chrXI 232919 . T C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DP=57;Dels=0.00;FS=10.284;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.971;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:57:99:394,0,491 chrXI 233252 . T G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.761;DP=52;Dels=0.00;FS=5.785;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:384,0,390 chrXI 233436 . T C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;DP=89;Dels=0.00;FS=4.383;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.505;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:89:99:710,0,696 chrXI 233962 . A G 1041 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1074,123,0 chrXI 234187 . T C 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=17.63;ReadPosRankSum=2.176;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:57:509,57,0 chrXI 234252 . G A 1510 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=23.59;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1543,171,0 chrXI 234299 . G A 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=18.44;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:752,87,0 chrXI 234321 . G C 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.119;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:35:99:143,0,331 chrXI 234378 . C T 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=23.88;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1418,156,0 chrXI 234462 . C T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=53;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:609,0,401 chrXI 234648 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=43;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=2.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.612;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:306,0,376 chrXI 234818 . A G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.416;DP=97;Dels=0.00;FS=2.854;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:691,0,1144 chrXI 234821 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.426;DP=92;Dels=0.00;FS=4.277;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:92:99:480,0,1078 chrXI 234921 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=48;Dels=0.00;FS=10.863;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.543;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:395,0,423 chrXI 234932 . G A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=45;Dels=0.00;FS=14.420;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.328;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:423,0,403 chrXI 234968 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=45;Dels=0.00;FS=11.459;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.057;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:299,0,460 chrXI 234980 . G C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=42;Dels=0.00;FS=4.360;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:199,0,439 chrXI 235023 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=59;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.895;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:336,0,520 chrXI 235079 . C A 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.425;DP=75;Dels=0.00;FS=2.152;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.965;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,48:75:99:813,0,320 chrXI 235232 . A G 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;DP=38;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=2.617;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.257;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:168,0,364 chrXI 235310 . A G 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;DP=31;Dels=0.00;FS=5.525;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.909;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:99:133,0,236 chrXI 235318 . G A 357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;QD=12.75;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:390,42,0 chrXI 235346 . C T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=35;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=0.91;ReadPosRankSum=-2.371;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,7:35:62:62,0,333 chrXI 235387 . A C 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:125,0,332 chrXI 235400 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:334,0,167 chrXI 235406 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.203;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:351,0,255 chrXI 235424 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=58;Dels=0.00;FS=11.915;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=1.439;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.101;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:418,0,388 chrXI 235427 . T G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DP=57;Dels=0.00;FS=14.553;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.344;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:305,0,488 chrXI 235446 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.419;DP=57;Dels=0.00;FS=10.366;HaplotypeScore=5.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:592,0,237 chrXI 235565 . C T 2158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.80;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2191,234,0 chrXI 235797 . C A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.119;DP=81;Dels=0.00;FS=10.355;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=2.321;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:1020,0,515 chrXI 235819 . A G 1474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;DP=122;Dels=0.00;FS=0.751;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=3.406;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.385;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,74:122:99:1504,0,657 chrXI 235951 . A G 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=20.77;ReadPosRankSum=1.697;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2068,234,0 chrXI 236044 . T A 3073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=19.83;ReadPosRankSum=2.929;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,152:155:99:3106,363,0 chrXI 236048 . A C 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.506;DP=152;Dels=0.00;FS=3.451;HaplotypeScore=11.0668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,73:152:99:1130,0,1693 chrXI 236124 . T C 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.325;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:862,0,576 chrXI 236129 . G A 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=19.38;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1816,195,0 chrXI 236140 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.160;DP=78;Dels=0.00;FS=6.010;HaplotypeScore=5.0657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:558,0,626 chrXI 236208 . G A 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=19.97;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1451,156,0 chrXI 236227 . T C 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=20.30;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1271,144,0 chrXI 236254 . A G 1660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=19.30;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1693,189,0 chrXI 236335 . A C 2223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.551;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=18.84;ReadPosRankSum=1.702;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:118:99:2256,252,0 chrXI 236491 . A G 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=16.66;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:90:816,90,0 chrXI 236539 . G A 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=20.39;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:706,78,0 chrXI 236740 . T G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=45;Dels=0.00;FS=6.267;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.421;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:456,0,271 chrXI 236875 . G T 541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.03;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:30:63:574,63,0 chrXI 236884 . A T 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=20.11;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:596,63,0 chrXI 237017 . C T 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.12;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1351,141,0 chrXI 237250 . A T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:317,0,215 chrXI 237287 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;DP=54;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:401,0,389 chrXI 237351 . C G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DP=78;Dels=0.03;FS=4.663;HaplotypeScore=9.5082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.414;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:76:99:607,0,482 chrXI 237391 . G A 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=99;Dels=0.00;FS=0.764;HaplotypeScore=7.4199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:850,0,637 chrXI 237525 . C T 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=20.82;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1303,138,0 chrXI 237528 . A G 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=18.96;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1114,126,0 chrXI 237610 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=37;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.258;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:316,0,357 chrXI 237666 . T G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:412,0,664 chrXI 237829 . C T 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.041;DP=87;Dels=0.00;FS=7.000;HaplotypeScore=9.6420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:871,0,644 chrXI 237891 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=41;Dels=0.00;FS=6.618;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.195;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:369,0,366 chrXI 238513 . C G 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=21.69;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:1074,120,0 chrXI 238663 . G A 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.07;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:981,105,0 chrXI 239004 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:213,0,270 chrXI 239120 . T C 377.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.213;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:407,0,263 chrXI 239145 . T C 411.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.259;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:441,0,446 chrXI 239182 . A G 252.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:38:99:282,0,398 chrXI 239209 . C T 278.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.008;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.931;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:308,0,380 chrXI 239221 . G A 237.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.969;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.637;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:34:99:267,0,395 chrXI 239573 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:182,0,346 chrXI 239599 . T A 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.503;DP=37;Dels=0.00;FS=7.162;HaplotypeScore=1.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:165,0,380 chrXI 239865 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.971;DP=47;Dels=0.00;FS=8.553;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.669;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:99:421,0,348 chrXI 239982 . G A 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=26;Dels=0.00;FS=6.421;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:94:94,0,230 chrXI 240139 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=42;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.013;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:412,0,252 chrXI 240270 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DP=67;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.680;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:546,0,645 chrXI 240429 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.828;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.853;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.988;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:276,0,414 chrXI 240637 . G A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.490;DP=79;Dels=0.00;FS=7.678;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.074;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:847,0,407 chrXI 240685 . A G 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.847;DP=84;Dels=0.00;FS=12.838;HaplotypeScore=124.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=2.414;QD=0.27;ReadPosRankSum=-4.001;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,8:84:53:53,0,971 chrXI 241054 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=62;Dels=0.00;FS=13.983;HaplotypeScore=3.5242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.275;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.500;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:427,0,553 chrXI 241060 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.535;DP=64;Dels=0.00;FS=23.322;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.530;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:371,0,586 chrXI 241285 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=72;Dels=0.00;FS=1.185;HaplotypeScore=6.7121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:72:99:631,0,619 chrXI 241344 . C A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.273;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:524,0,535 chrXI 241359 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=7.39;ReadPosRankSum=2.087;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:466,0,485 chrXI 241367 . A G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:322,0,402 chrXI 241374 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.984;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:47:99:473,0,246 chrXI 241418 . C T 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=19.28;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:920,99,0 chrXI 241444 . G C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=43;Dels=0.00;FS=5.136;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.031;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:411,0,308 chrXI 241660 . A G 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.927;DP=71;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.170;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.858;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:71:99:514,0,622 chrXI 241692 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DP=58;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.746;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:58:99:584,0,367 chrXI 241707 . T G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=51;Dels=0.00;FS=4.612;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:51:99:327,0,539 chrXI 241961 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.323;DP=70;Dels=0.00;FS=3.285;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.433;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:506,0,600 chrXI 241962 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.365;DP=70;Dels=0.00;FS=3.285;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.469;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:521,0,582 chrXI 242032 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.420;DP=40;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:429,0,294 chrXI 242387 . A G 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=21.93;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1502,168,0 chrXI 242407 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;DP=68;Dels=0.00;FS=5.667;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:68:99:594,0,523 chrXI 242473 . C T 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.027;DP=87;Dels=0.00;FS=1.197;HaplotypeScore=10.8785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.573;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:858,0,752 chrXI 242634 . G C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=94;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.605;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.717;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:94:99:483,0,756 chrXI 242651 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.177;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.460;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:102:99:539,0,693 chrXI 242669 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.201;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:645,0,844 chrXI 242695 . G A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=121;Dels=0.00;FS=0.682;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.092;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:121:99:625,0,1151 chrXI 242705 . C A 2494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=19.95;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2527,267,0 chrXI 242919 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;DP=48;Dels=0.00;FS=3.388;HaplotypeScore=2.6934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.755;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:409,0,436 chrXI 243178 . G A 136.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=2.363;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.683;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:166,0,163 chrXI 243211 . A G 259.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.314;DP=32;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:289,0,258 chrXI 243364 . G A 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=25.79;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1116,120,0 chrXI 243550 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.924;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:306,0,563 chrXI 243628 . A G 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.258;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=6.50;ReadPosRankSum=-2.172;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:459,0,652 chrXI 243712 . C A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;DP=44;Dels=0.00;FS=2.692;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.993;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.501;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:44:99:394,0,267 chrXI 243724 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=38;Dels=0.00;FS=2.742;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.499;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:361,0,253 chrXI 243754 . G A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:304,0,275 chrXI 243823 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.679;QD=4.36;ReadPosRankSum=-2.206;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:270,0,526 chrXI 243838 . C T 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=18.70;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1155,126,0 chrXI 244000 . C G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.804;DP=54;Dels=0.00;FS=2.969;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:401,0,589 chrXI 244570 . C T 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=23.23;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1566,168,0 chrXI 244906 . T C 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;DP=129;Dels=0.00;FS=11.151;HaplotypeScore=9.3688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,57:129:99:932,0,1452 chrXI 245452 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=82;Dels=0.00;FS=12.996;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:677,0,709 chrXI 245571 . A G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.459;DP=70;Dels=0.00;FS=3.317;HaplotypeScore=10.0863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.188;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:470,0,647 chrXI 245580 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.370;DP=71;Dels=0.00;FS=4.709;HaplotypeScore=7.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=5.01;ReadPosRankSum=1.361;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:71:99:386,0,741 chrXI 245582 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.669;DP=71;Dels=0.00;FS=8.318;HaplotypeScore=7.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.290;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.122;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:409,0,741 chrXI 245804 . A T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.954;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:516,0,335 chrXI 245907 . T C 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=21.41;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1553,177,0 chrXI 246068 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.339;DP=83;Dels=0.00;FS=2.523;HaplotypeScore=12.5911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.968;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:701,0,763 chrXI 246131 . G A 403.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:433,0,590 chrXI 246336 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.698;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:536,0,532 chrXI 246578 . G C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=31;Dels=0.00;FS=8.272;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:224,0,260 chrXI 246698 . A G 223.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=49;Dels=0.00;FS=4.043;HaplotypeScore=4.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.172;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:253,0,487 chrXI 246699 . A C 228.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=47;Dels=0.00;FS=6.106;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:258,0,440 chrXI 246708 . C T 241.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.884;DP=42;Dels=0.00;FS=8.832;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:271,0,423 chrXI 246716 . T C 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=49;Dels=0.00;FS=8.439;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.693;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:276,0,478 chrXI 246807 . A G 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=25;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.061;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:222,0,172 chrXI 246986 . T A 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=14;Dels=0.00;FS=2.522;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.660;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:14:41:42,0,41 chrXI 247739 . T A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=54;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=5.0170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.030;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:204,0,534 chrXI 247741 . A G 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=54;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=5.0170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.030;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:197,0,528 chrXI 247756 . G A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.209;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.379;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:250,0,527 chrXI 247771 . T G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.444;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.585;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:499,0,425 chrXI 247793 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.006;DP=80;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=5.7650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.456;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:472,0,685 chrXI 247813 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.190;DP=89;Dels=0.00;FS=1.716;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.343;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.587;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:652,0,786 chrXI 247876 . G T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.574;DP=74;Dels=0.00;FS=3.128;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.200;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.079;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:74:99:400,0,696 chrXI 247882 . C T 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=17.91;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1215,129,0 chrXI 247896 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.806;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:189,0,370 chrXI 247900 . A T 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=43;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=14.6603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQ0=0;MQRankSum=-5.017;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:104,0,390 chrXI 247927 . G T 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;DP=37;Dels=0.00;FS=4.887;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.482;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.352;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:129,0,306 chrXI 247951 . G T 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=38;Dels=0.00;FS=2.742;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.697;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.264;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:82:82,0,207 chrXI 247983 . A T 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DP=55;Dels=0.00;FS=2.572;HaplotypeScore=4.7052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.29;MQ0=0;MQRankSum=-5.841;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.070;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:179,0,508 chrXI 247987 . G A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.549;DP=53;Dels=0.00;FS=1.225;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.895;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:180,0,466 chrXI 248004 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DP=58;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.538;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.063;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:311,0,506 chrXI 248028 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.276;DP=61;Dels=0.00;FS=1.185;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.753;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:295,0,659 chrXI 248307 . G C 265.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=47;Dels=0.00;FS=6.062;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.437;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:295,0,240 chrXI 248310 . C A 718 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=15.61;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:81:751,81,0 chrXI 248315 . A G 276.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.267;DP=52;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.791;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.429;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:306,0,360 chrXI 248487 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=60;Dels=0.00;FS=5.686;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.355;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:582,0,352 chrXI 248489 . G A 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=61;Dels=0.00;FS=3.866;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:367,0,659 chrXI 248663 . G A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=40;Dels=0.00;FS=2.785;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.031;QD=7.03;ReadPosRankSum=2.275;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:311,0,316 chrXI 248727 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.547;DP=57;Dels=0.00;FS=7.450;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:411,0,413 chrXI 248925 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.399;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:500,0,475 chrXI 249033 . G A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=76;Dels=0.00;FS=14.968;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:730,0,588 chrXI 249055 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=77;Dels=0.00;FS=22.621;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=7.84;ReadPosRankSum=-2.041;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:634,0,740 chrXI 249447 . T A 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=21.00;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1461,165,0 chrXI 249660 . A G 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.69;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2238,249,0 chrXI 249723 . T C 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=73;Dels=0.00;FS=3.448;HaplotypeScore=4.9338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=21.73;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1619,180,0 chrXI 249846 . C T 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=16.72;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:451,51,0 chrXI 249855 . T C 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=17.15;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:479,54,0 chrXI 249882 . A G 529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=16.03;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:63:562,63,0 chrXI 249915 . T C 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.669;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1078,120,0 chrXI 249960 . A G 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=21.03;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1526,174,0 chrXI 250071 . G T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=64;Dels=0.00;FS=2.114;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.163;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:424,0,610 chrXI 250081 . A G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DP=59;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=4.9244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.907;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.461;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:299,0,565 chrXI 250094 . G A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=59;Dels=0.00;FS=3.769;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.546;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:59:99:250,0,613 chrXI 250113 . G A 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=16.34;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:899,102,0 chrXI 250134 . G A 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=17.09;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:785,87,0 chrXI 250275 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.653;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.029;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:390,0,644 chrXI 250309 . T G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.853;DP=73;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:638,0,724 chrXI 250387 . G A 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DP=68;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,45:68:99:839,0,364 chrXI 250668 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=82;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=8.1918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.322;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:687,0,565 chrXI 250875 . G A 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.141;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:857,0,424 chrXI 250932 . A G 1326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=19.79;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1359,153,0 chrXI 250944 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=67;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:368,0,560 chrXI 250992 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=57;Dels=0.00;FS=5.374;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.545;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:262,0,578 chrXI 251021 . A G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=54;Dels=0.00;FS=5.667;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.885;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:551,0,339 chrXI 251058 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=49;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=10.12;ReadPosRankSum=-2.100;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:526,0,369 chrXI 251136 . C T 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=24.38;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:984,105,0 chrXI 251520 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=44;Dels=0.00;FS=3.646;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:44:99:435,0,275 chrXI 251664 . C A 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;DP=36;Dels=0.00;FS=1.421;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:110,0,294 chrXI 251703 . T C 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=18.92;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:84:771,84,0 chrXI 251749 . G A 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.27;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:857,90,0 chrXI 251928 . C T 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=24.61;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1780,192,0 chrXI 252123 . A T 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=17.74;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1133,123,0 chrXI 252204 . C T 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=17.50;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:113:99:2010,222,0 chrXI 252294 . C T 5167.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=23.17;SB=-2.617e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,218:223:99:5167,564,0 chrXI 252326 . C G 1891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.336;DP=208;Dels=0.00;FS=3.191;HaplotypeScore=9.6489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,106:208:99:1921,0,1772 chrXI 252869 . A G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DP=70;Dels=0.00;FS=1.983;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.919;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.212;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:393,0,774 chrXI 252870 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;DP=70;Dels=0.00;FS=3.297;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.068;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:372,0,721 chrXI 252887 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.804;DP=81;Dels=0.00;FS=9.671;HaplotypeScore=7.9324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:430,0,807 chrXI 252966 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;DP=65;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=12.2211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:477,0,494 chrXI 253117 . G A 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;DP=78;Dels=0.00;FS=4.475;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.390;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:739,0,663 chrXI 253234 . A G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.363;DP=44;Dels=0.00;FS=11.914;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.624;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:44:99:461,0,285 chrXI 253350 . A G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DP=39;Dels=0.00;FS=5.701;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.899;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:39:99:319,0,297 chrXI 253749 . C A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=57;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:415,0,568 chrXI 253838 . A G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.651;DP=90;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:628,0,667 chrXI 253845 . T A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=108;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=8.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.884;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:108:99:759,0,668 chrXI 254023 . A G 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=90;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=14.5077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:874,0,720 chrXI 254141 . G A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;DP=91;Dels=0.00;FS=3.277;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:780,0,942 chrXI 254328 . G A 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=93;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:784,0,830 chrXI 254342 . G A 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;DP=97;Dels=0.00;FS=1.684;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:757,0,801 chrXI 254358 . C T 1808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=17.38;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:1841,207,0 chrXI 254437 . A G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.875;DP=109;Dels=0.00;FS=4.691;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:109:99:792,0,1045 chrXI 254579 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DP=91;Dels=0.00;FS=5.323;HaplotypeScore=11.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:708,0,694 chrXI 254951 . G C 2322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2355,261,0 chrXI 254966 . A G 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:102:99:2111,234,0 chrXI 255050 . G A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.114;DP=79;Dels=0.00;FS=4.693;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:893,0,474 chrXI 255077 . G A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=75;Dels=0.00;FS=5.959;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.825;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:815,0,535 chrXI 255125 . C G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.587;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:360,0,393 chrXI 255600 . C T 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=19.93;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1727,192,0 chrXI 256335 . G C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;DP=56;Dels=0.00;FS=9.871;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:503,0,308 chrXI 256639 . A G 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.074;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.927;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:47:99:136,0,514 chrXI 256761 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.376;DP=38;Dels=0.00;FS=2.742;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.587;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:360,0,258 chrXI 257249 . C A 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:152,0,210 chrXI 257258 . C T 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.643;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.527;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:91:91,0,222 chrXI 257878 . T A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.385;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.731;QD=10.33;ReadPosRankSum=2.377;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:722,0,394 chrXI 257882 . T A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=70;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.635;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:697,0,464 chrXI 257966 . T C 268.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DP=85;Dels=0.00;FS=5.725;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.654;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:85:99:298,0,824 chrXI 257969 . T C 269.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DP=80;Dels=0.00;FS=10.321;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-4.149;QD=3.36;ReadPosRankSum=2.074;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,29:80:99:299,0,884 chrXI 257970 . C A 283.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.385;DP=78;Dels=0.00;FS=9.975;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.192;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.652;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:78:99:313,0,788 chrXI 257993 . G T 303.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=82;Dels=0.00;FS=10.914;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.320;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:333,0,744 chrXI 258001 . T A 401.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.486;DP=89;Dels=0.00;FS=3.993;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.319;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.944;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:431,0,794 chrXI 258002 . C A 394.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.877;DP=89;Dels=0.00;FS=5.284;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.283;QD=4.43;ReadPosRankSum=-2.175;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:424,0,754 chrXI 258466 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=68;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=6.88;ReadPosRankSum=-2.521;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:498,0,668 chrXI 258604 . A T 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=22.92;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1546,165,0 chrXI 258850 . C T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.800;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:648,0,580 chrXI 258873 . A G 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=18.58;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1631,180,0 chrXI 259117 . T A 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;DP=141;Dels=0.00;FS=4.102;HaplotypeScore=14.4426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.402;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,64:141:99:1143,0,1247 chrXI 259285 . C A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;DP=87;Dels=0.00;FS=5.045;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:686,0,716 chrXI 259405 . T C 268.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=57;Dels=0.00;FS=5.183;HaplotypeScore=4.3186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.476;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.054;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:298,0,343 chrXI 259406 . T A 280.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=57;Dels=0.00;FS=5.268;HaplotypeScore=4.3186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.865;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.423;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:310,0,342 chrXI 259407 . C G 262.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=55;Dels=0.00;FS=5.183;HaplotypeScore=4.3186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.144;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.801;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:292,0,306 chrXI 259465 . T C 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=17.63;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1267,144,0 chrXI 259717 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.992;DP=55;Dels=0.00;FS=4.365;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=2.236;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:385,0,746 chrXI 259753 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.580;DP=50;Dels=0.00;FS=1.530;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:421,0,513 chrXI 259774 . T A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.350;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:324,0,622 chrXI 259792 . G A 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=21.43;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1169,123,0 chrXI 259997 . G A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;DP=77;Dels=0.01;FS=22.190;HaplotypeScore=8.5326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:754,0,593 chrXI 260006 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=85;Dels=0.00;FS=28.345;HaplotypeScore=14.6573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:609,0,640 chrXI 260037 . G A 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=17.31;SB=-1.167e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1677,192,0 chrXI 260038 . C T 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.129;DP=97;Dels=0.00;FS=18.686;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.88;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:97:99:701,0,777 chrXI 260152 . C T 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=22.31;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1461,156,0 chrXI 260236 . G A 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=17.20;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:738,78,0 chrXI 260245 . A C 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=16.60;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:730,84,0 chrXI 260276 . C A 324.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.200;DP=65;Dels=0.00;FS=6.979;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:354,0,590 chrXI 260278 . T C 541.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;DP=65;Dels=0.00;FS=11.596;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=2.210;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:571,0,345 chrXI 260286 . A G 1178 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=17.07;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1211,132,0 chrXI 260387 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.041;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:561,0,266 chrXI 260406 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.635;DP=55;Dels=0.00;FS=1.409;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.255;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:55:99:290,0,662 chrXI 260554 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.941;DP=61;Dels=0.02;FS=3.511;HaplotypeScore=4.2427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=2.171;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.059;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:538,0,576 chrXI 260780 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.720;DP=65;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=35.8382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=7.94;ReadPosRankSum=2.087;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:65:99:546,0,511 chrXI 260911 . A G 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;DP=65;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-4.682;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:65:99:127,0,653 chrXI 260914 . A G 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.445;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:81:81,0,671 chrXI 260953 . T C 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;DP=88;Dels=0.01;FS=0.844;HaplotypeScore=53.8782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.872;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.185;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:245,0,828 chrXI 260961 . T C 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.195;DP=91;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=10.0456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.837;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.238;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:219,0,988 chrXI 261014 . T C 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.380;DP=137;Dels=0.00;FS=4.244;HaplotypeScore=9.7123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=2.947;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.671;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,69:137:99:1264,0,969 chrXI 261069 . C T 3515.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1.791e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:153:99:3515,369,0 chrXI 261093 . A T 2662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.566e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2695,294,0 chrXI 261136 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.104;DP=75;Dels=0.00;FS=7.599;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.109;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:574,0,675 chrXI 261359 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.722;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:72:99:470,0,645 chrXI 261608 . T C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.861;DP=59;Dels=0.00;FS=7.734;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.300;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:647,0,529 chrXI 261680 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.629;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:339,0,359 chrXI 261697 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.512;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:270,0,278 chrXI 262118 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=86;Dels=0.00;FS=16.874;HaplotypeScore=14.5375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.817;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:86:99:613,0,782 chrXI 262136 . C A 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.163;DP=93;Dels=0.00;FS=8.651;HaplotypeScore=4.7598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.882;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:93:99:872,0,789 chrXI 262447 . T C 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=20.12;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1663,186,0 chrXI 262474 . T C 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=83;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=4.0244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.037;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:836,0,436 chrXI 262597 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=45;Dels=0.00;FS=8.562;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.307;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:399,0,360 chrXI 262636 . A G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=32;Dels=0.00;FS=5.812;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.926;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:195,0,326 chrXI 262771 . G A 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=46;Dels=0.00;FS=4.599;HaplotypeScore=3.6238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.794;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:46:99:186,0,561 chrXI 263025 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=31;Dels=0.00;FS=3.180;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.90;ReadPosRankSum=2.302;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:306,0,202 chrXI 263047 . G A 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:157,0,335 chrXI 263187 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=48;Dels=0.00;FS=6.761;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:470,0,271 chrXI 263206 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.352;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:416,0,542 chrXI 263450 . T A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:210,0,242 chrXI 263834 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.353;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:325,0,271 chrXI 263873 . A G 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=18.60;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:814,90,0 chrXI 263904 . C T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=49;Dels=0.00;FS=6.477;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:49:99:278,0,372 chrXI 263921 . T A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DP=47;Dels=0.00;FS=4.269;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.183;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:448,0,317 chrXI 263970 . C T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=68;Dels=0.00;FS=1.016;HaplotypeScore=9.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:662,0,541 chrXI 264078 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DP=75;Dels=0.00;FS=9.003;HaplotypeScore=7.4473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.393;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:576,0,762 chrXI 264216 . A G 423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:51:456,51,0 chrXI 264387 . G A 1664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.017;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,82:141:99:1694,0,895 chrXI 264567 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;DP=43;Dels=0.00;FS=5.084;HaplotypeScore=2.8516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:337,0,439 chrXI 264611 . T G 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=6.3804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.594;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1487,168,0 chrXI 264824 . T C 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=18.97;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:678,75,0 chrXI 264974 . C T 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=23.23;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:93:846,93,0 chrXI 265051 . C G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=28;Dels=0.00;FS=5.590;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:262,0,126 chrXI 265175 . T C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:304,0,207 chrXI 265253 . A G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.224;DP=51;Dels=0.00;FS=6.171;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:299,0,444 chrXI 265290 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=42;Dels=0.00;FS=4.531;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:303,0,394 chrXI 265405 . G C 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=28;Dels=0.00;FS=6.094;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.461;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:209,0,219 chrXI 265522 . G A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=31;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:304,0,271 chrXI 265685 . T C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.738;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:269,0,422 chrXI 265911 . C T 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.81;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:523,60,0 chrXI 265955 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;DP=46;Dels=0.00;FS=4.239;HaplotypeScore=8.1402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.206;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:346,0,346 chrXI 266085 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.500;DP=63;Dels=0.02;FS=3.789;HaplotypeScore=34.9490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.190;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:527,0,580 chrXI 266175 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.689;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:414,0,590 chrXI 266211 . A G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.589;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:241,0,293 chrXI 266290 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;DP=70;Dels=0.00;FS=2.169;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:672,0,701 chrXI 266376 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=55;Dels=0.00;FS=1.329;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.618;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:55:99:510,0,269 chrXI 266462 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.638;DP=73;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:474,0,884 chrXI 266523 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.997;DP=68;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:396,0,626 chrXI 266528 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.647;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:431,0,639 chrXI 266610 . G A 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:699,0,595 chrXI 266664 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.192;DP=68;Dels=0.00;FS=7.170;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.523;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:68:99:703,0,477 chrXI 266730 . A T 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.603;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:761,0,539 chrXI 266841 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DP=83;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:682,0,744 chrXI 267171 . C T 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.212;DP=131;Dels=0.00;FS=2.404;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.271;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:131:99:901,0,1048 chrXI 267180 . A G 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.979;DP=117;Dels=0.00;FS=1.594;HaplotypeScore=6.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.911;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.414;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,51:117:99:819,0,1133 chrXI 267501 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.505;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.969;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.964;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:99:99:641,0,954 chrXI 267504 . T C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=92;Dels=0.00;FS=0.784;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.179;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:647,0,881 chrXI 267528 . C T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=85;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=4.9802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:651,0,619 chrXI 267597 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:605,0,533 chrXI 267639 . T A 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=87;Dels=0.00;FS=4.141;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:489,0,801 chrXI 267702 . A T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.359;DP=90;Dels=0.00;FS=2.787;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:90:99:282,0,986 chrXI 267712 . C T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=94;Dels=0.00;FS=3.934;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.758;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:94:99:333,0,1021 chrXI 267738 . A G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.814;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:94:99:470,0,954 chrXI 267822 . G A 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.639;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:842,0,638 chrXI 268601 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DP=44;Dels=0.00;FS=8.982;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.166;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:504,0,341 chrXI 268802 . G A 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=96;Dels=0.00;FS=14.023;HaplotypeScore=8.8784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.026;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:96:99:938,0,640 chrXI 269100 . T C 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.953;DP=100;Dels=0.00;FS=1.668;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:1052,0,824 chrXI 269184 . A T 1500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=154;Dels=0.00;FS=6.467;HaplotypeScore=15.1878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.013;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,82:154:99:1530,0,1293 chrXI 269383 . T C 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.466;DP=84;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:590,0,598 chrXI 269500 . G A 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.945;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.989;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:116:99:1031,0,876 chrXI 269524 . G A 2300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2333,252,0 chrXI 269563 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.736;DP=124;Dels=0.00;FS=6.970;HaplotypeScore=5.7534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=5.66;ReadPosRankSum=1.334;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:124:99:732,0,1240 chrXI 269779 . C G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=68;Dels=0.00;FS=17.766;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:612,0,575 chrXI 269826 . A G 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=101;Dels=0.00;FS=4.005;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.044;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:679,0,887 chrXI 270096 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.473;DP=72;Dels=0.00;FS=6.477;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:572,0,728 chrXI 270178 . G C 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=20.35;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1356,147,0 chrXI 270231 . A G 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.11;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1280,144,0 chrXI 270342 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.446;DP=90;Dels=0.00;FS=5.138;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:90:99:668,0,541 chrXI 270852 . A G 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.296;DP=99;Dels=0.00;FS=5.326;HaplotypeScore=12.2683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=19.14;ReadPosRankSum=3.368;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:99:99:1928,213,0 chrXI 270883 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.288;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:737,0,595 chrXI 270966 . C A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=71;Dels=0.00;FS=8.176;HaplotypeScore=6.8658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.012;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:656,0,592 chrXI 270990 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.195;DP=68;Dels=0.00;FS=2.072;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.013;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:567,0,651 chrXI 271016 . G A 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=22.25;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1346,144,0 chrXI 271028 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=55;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.719;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:224,0,717 chrXI 271045 . T G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=56;Dels=0.00;FS=2.289;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=2.865;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.383;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:609,0,215 chrXI 271048 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=56;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.361;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:256,0,571 chrXI 271129 . C T 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=18.02;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1619,180,0 chrXI 271156 . T G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.629;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,42:101:99:522,0,1022 chrXI 271321 . C T 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=16.83;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1548,171,0 chrXI 271323 . T A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=89;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:519,0,761 chrXI 271532 . C T 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=125;Dels=0.00;FS=4.831;HaplotypeScore=18.1256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.952;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:125:99:931,0,996 chrXI 271548 . A C 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.286;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:103:99:1861,210,0 chrXI 271602 . T G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;DP=129;Dels=0.01;FS=8.204;HaplotypeScore=18.0922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.061;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,57:128:99:741,0,998 chrXI 271621 . A T 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.739;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.417;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,62:137:99:910,0,1160 chrXI 271663 . G A 2392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=15.24;SB=-1.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:2425,261,0 chrXI 271696 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.476;DP=152;Dels=0.00;FS=7.160;HaplotypeScore=10.4111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.796;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,75:152:99:697,0,1203 chrXI 271718 . A G 2515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=142;Dels=0.00;FS=9.904;HaplotypeScore=9.8931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=17.71;ReadPosRankSum=2.878;SB=-1.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,137:142:99:2548,282,0 chrXI 271850 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.192;DP=115;Dels=0.00;FS=1.514;HaplotypeScore=8.4404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.874;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,48:115:99:728,0,1384 chrXI 272205 . C T 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=82;Dels=0.00;FS=1.810;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.005;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:861,0,605 chrXI 272320 . C T 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=81;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=7.3033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=8.42;ReadPosRankSum=-2.631;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:712,0,834 chrXI 272389 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.488;DP=74;Dels=0.00;FS=4.785;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.942;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:74:99:526,0,921 chrXI 272494 . G A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=53;Dels=0.00;FS=18.579;HaplotypeScore=8.6358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:482,0,330 chrXI 272511 . G T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.849;DP=46;Dels=0.00;FS=6.311;HaplotypeScore=3.4308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:389,0,334 chrXI 272811 . T C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.565;DP=46;Dels=0.00;FS=2.593;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=6.17;ReadPosRankSum=-3.043;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:314,0,568 chrXI 272960 . G C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=80;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.113;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:80:99:614,0,832 chrXI 273017 . C T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.281;DP=87;Dels=0.00;FS=7.129;HaplotypeScore=9.0034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.593;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:785,0,870 chrXI 273068 . C T 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.837;DP=85;Dels=0.00;FS=11.566;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:85:99:910,0,697 chrXI 273074 . A T 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DP=80;Dels=0.00;FS=9.338;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:772,0,760 chrXI 273176 . C T 2140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.84;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2173,231,0 chrXI 273206 . A G 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.56;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2448,276,0 chrXI 273558 . T A 2769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=22.51;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2802,315,0 chrXI 273580 . G A 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=117;Dels=0.00;FS=8.758;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:117:99:1128,0,1031 chrXI 273860 . A G 1762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=20.25;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1795,198,0 chrXI 273882 . A G 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=19.23;ReadPosRankSum=1.696;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:1860,207,0 chrXI 273936 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.574;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.576;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:474,0,944 chrXI 274112 . C T 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=17.59;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1018,111,0 chrXI 274155 . G A 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=22.24;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1123,120,0 chrXI 274224 . A G 997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=19.94;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1030,117,0 chrXI 274263 . C A 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=17.09;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:819,90,0 chrXI 274276 . T C 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=16.61;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:880,99,0 chrXI 274314 . G A 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=19.17;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1413,153,0 chrXI 274403 . G A 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=16.13;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72:662,72,0 chrXI 274476 . G A 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.67;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1095,117,0 chrXI 274746 . T C 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=21.64;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1981,225,0 chrXI 274968 . T C 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.45;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1706,195,0 chrXI 275016 . A G 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=17.71;ReadPosRankSum=1.618;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1645,183,0 chrXI 275058 . T C 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.969;DP=120;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=11.1748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.036;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:120:99:925,0,834 chrXI 275068 . G A 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.039;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:124:99:1006,0,945 chrXI 275220 . G A 1282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.500;DP=142;Dels=0.00;FS=17.977;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=2.198;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.111;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,68:142:99:1312,0,1275 chrXI 275312 . G A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.475;DP=63;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=9.9865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:671,0,482 chrXI 275360 . A C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.920;DP=58;Dels=0.00;FS=1.299;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.958;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.178;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:335,0,727 chrXI 275426 . T C 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.435;DP=100;Dels=0.00;FS=8.309;HaplotypeScore=5.0355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=2.163;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:100:99:1117,0,659 chrXI 275624 . G T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=64;Dels=0.00;FS=5.730;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:351,0,646 chrXI 277506 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.350;DP=54;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=8.0450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.849;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:403,0,346 chrXI 277684 . G A 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.356;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:26:99:203,0,215 chrXI 278102 . A G 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=15;Dels=0.00;FS=4.832;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:99,0,134 chrXI 278119 . C A 264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=13.89;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:33:297,33,0 chrXI 278143 . T G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:228,0,213 chrXI 278179 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;DP=59;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:585,0,398 chrXI 278223 . T A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.432;DP=134;Dels=0.00;FS=3.150;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.089;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.866;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,66:134:99:1069,0,847 chrXI 278388 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=64;Dels=0.00;FS=10.348;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.495;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:324,0,837 chrXI 278756 . A C 1047.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.521;DP=167;Dels=0.00;FS=17.505;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.410;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.295;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,87:167:99:1077,0,1479 chrXI 278761 . C A 1009.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.660;DP=152;Dels=0.00;FS=17.063;HaplotypeScore=10.5010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.792;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.985;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,78:152:99:1039,0,1400 chrXI 278762 . T C 985.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.818;DP=154;Dels=0.00;FS=16.761;HaplotypeScore=12.0783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.066;QD=6.40;ReadPosRankSum=2.195;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,78:154:99:1015,0,1431 chrXI 278767 . T C 924.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.882;DP=148;Dels=0.00;FS=14.202;HaplotypeScore=9.6688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.812;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.814;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,78:148:99:954,0,1355 chrXI 278776 . G C 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.703;DP=135;Dels=0.00;FS=7.317;HaplotypeScore=5.9199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.297;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,75:135:99:858,0,1160 chrXI 278847 . C T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;DP=33;Dels=0.00;FS=8.742;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.645;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:231,0,349 chrXI 278902 . T A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;DP=50;Dels=0.00;FS=7.764;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:465,0,260 chrXI 279017 . T A 1604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;DP=151;Dels=0.00;FS=0.670;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=10.62;ReadPosRankSum=2.470;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,88:151:99:1634,0,1235 chrXI 279067 . G T 1491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,77:124:99:1521,0,697 chrXI 279099 . G A 1428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.214;DP=128;Dels=0.00;FS=4.319;HaplotypeScore=8.6493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.955;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,74:128:99:1458,0,856 chrXI 279188 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;DP=24;Dels=0.00;FS=3.851;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.656;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:230,0,118 chrXI 280396 . A G 153.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;DP=96;Dels=0.04;FS=7.543;HaplotypeScore=52.7192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=1;MQRankSum=-1.256;QD=1.59;ReadPosRankSum=-3.193;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,22:92:99:183,0,1070 chrXI 280402 . G A 86.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=90;Dels=0.00;FS=5.451;HaplotypeScore=17.1489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=1;MQRankSum=-2.069;QD=0.96;ReadPosRankSum=-5.470;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,20:90:99:116,0,1034 chrXI 280607 . T C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=26;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.115;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:172,0,230 chrXI 282240 . A G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.374;DP=46;Dels=0.00;FS=6.947;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:244,0,386 chrXI 282383 . G T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.628;DP=32;Dels=0.00;FS=19.453;HaplotypeScore=3.1583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.095;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:261,0,267 chrXI 282489 . A T 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.003;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.224;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:1000,0,883 chrXI 282515 . C A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.008;DP=93;Dels=0.00;FS=5.016;HaplotypeScore=3.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=9.13;ReadPosRankSum=2.442;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:93:99:879,0,733 chrXI 282982 . T C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DP=104;Dels=0.01;FS=0.969;HaplotypeScore=15.1122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,41:103:99:706,0,1217 chrXI 283059 . T C 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;DP=91;Dels=0.00;FS=1.844;HaplotypeScore=4.9792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.885;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:880,0,863 chrXI 283085 . C T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.721;DP=73;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=5.9213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:686,0,647 chrXI 283164 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=87;Dels=0.00;FS=3.104;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.316;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:87:99:705,0,571 chrXI 283762 . T C 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=44;Dels=0.00;FS=8.288;HaplotypeScore=10.5000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.284;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:268,0,315 chrXI 283885 . A G 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DP=22;Dels=0.00;FS=6.897;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:79:79,0,317 chrXI 283904 . T C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:67:67,0,265 chrXI 284122 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.997;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:278,0,348 chrXI 284248 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.155;DP=66;Dels=0.00;FS=2.698;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.167;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:585,0,557 chrXI 284656 . A C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:369,0,623 chrXI 284714 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.714;DP=80;Dels=0.00;FS=1.496;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.232;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:682,0,870 chrXI 284721 . A C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.352;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.715;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.013;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:578,0,595 chrXI 284914 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DP=42;Dels=0.00;FS=18.040;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.365;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:405,0,408 chrXI 285242 . A G 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=19.82;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:786,90,0 chrXI 286581 . G A 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:90:861,90,0 chrXI 287276 . C G 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.85;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1680,189,0 chrXI 289859 . G C 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=18.95;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:90:810,90,0 chrXI 291117 . T C 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=155;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=9.6649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,72:155:99:1170,0,1314 chrXI 292055 . G A 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.03;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1495,156,0 chrXI 292739 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DP=95;Dels=0.00;FS=4.006;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.877;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:701,0,837 chrXI 293821 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.720;DP=76;Dels=0.00;FS=3.389;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.323;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:644,0,711 chrXI 293858 . A C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=74;Dels=0.00;FS=4.026;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:74:99:672,0,586 chrXI 294093 . T C 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=109;Dels=0.00;FS=2.616;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,65:109:99:1046,0,759 chrXI 294337 . T C 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.708;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,69:119:99:1032,0,829 chrXI 294411 . G A 1298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.482;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,69:123:99:1328,0,882 chrXI 294837 . C T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.680;DP=75;Dels=0.00;FS=11.514;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.361;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:578,0,532 chrXI 294979 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;DP=64;Dels=0.00;FS=17.023;HaplotypeScore=10.4474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:64:99:575,0,444 chrXI 295501 . T C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DP=32;Dels=0.00;FS=5.930;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.588;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:99:347,0,198 chrXI 295536 . G T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=23;Dels=0.00;FS=3.963;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.279;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:169,0,220 chrXI 295546 . T A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=23;Dels=0.00;FS=10.443;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.155;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:145,0,228 chrXI 295672 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DP=47;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.011;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:439,0,335 chrXI 295702 . G A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.382;DP=45;Dels=0.00;FS=2.851;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:441,0,306 chrXI 295849 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.368;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:60:99:629,0,386 chrXI 296196 . C T 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.408;DP=72;Dels=0.00;FS=3.302;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.876;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.887;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:643,0,504 chrXI 297280 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=7.62;ReadPosRankSum=2.257;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:411,0,391 chrXI 297401 . C T 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.464;DP=78;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:734,0,689 chrXI 297476 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.612;DP=63;Dels=0.00;FS=2.295;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:493,0,612 chrXI 297512 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:419,0,586 chrXI 297561 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=68;Dels=0.00;FS=2.110;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:590,0,570 chrXI 297833 . C G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=72;Dels=0.00;FS=8.169;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.376;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:715,0,451 chrXI 297875 . G A 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.870;DP=99;Dels=0.00;FS=2.719;HaplotypeScore=13.5654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.197;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:1086,0,593 chrXI 297992 . G C 1051.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.117;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,61:103:99:1081,0,654 chrXI 298392 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.465;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.531;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:734,0,754 chrXI 299678 . A C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=33;Dels=0.00;FS=5.846;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:33:99:243,0,250 chrXI 300170 . C G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DP=69;Dels=0.00;FS=8.731;HaplotypeScore=6.5992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=3.201;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.662;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:376,0,724 chrXI 300201 . G A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.337;DP=89;Dels=0.01;FS=4.105;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.849;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:88:99:724,0,693 chrXI 300203 . A T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;DP=87;Dels=0.00;FS=2.848;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.901;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:679,0,741 chrXI 301521 . A G 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=17.87;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1606,180,0 chrXI 302002 . A C 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.356;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:749,0,565 chrXI 302097 . T C 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=22.10;ReadPosRankSum=1.597;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1735,195,0 chrXI 302221 . G T 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DP=68;Dels=0.00;FS=10.997;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.098;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:70:70,0,628 chrXI 302470 . G T 2341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=22.51;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2374,261,0 chrXI 302490 . T A 2633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DP=120;Dels=0.00;FS=2.443;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=21.94;ReadPosRankSum=2.941;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:120:99:2666,291,0 chrXI 302581 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.661;DP=77;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.181;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:397,0,816 chrXI 302585 . G A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=73;Dels=0.00;FS=3.237;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.692;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:362,0,730 chrXI 302846 . C T 1377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.944;DP=138;Dels=0.00;FS=2.300;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.094;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:138:99:1407,0,976 chrXI 302883 . A G 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=119;Dels=0.00;FS=0.689;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:119:99:934,0,1176 chrXI 302903 . T A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=113;Dels=0.00;FS=3.490;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.999;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,44:113:99:741,0,1409 chrXI 302911 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.203;DP=106;Dels=0.00;FS=2.656;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:106:99:596,0,1287 chrXI 303165 . C T 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.948;DP=116;Dels=0.00;FS=2.483;HaplotypeScore=19.2029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=2.076;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:116:99:810,0,896 chrXI 303330 . T A 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:925,0,1071 chrXI 303363 . C T 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;DP=97;Dels=0.00;FS=7.446;HaplotypeScore=8.2042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,54:97:99:955,0,806 chrXI 303510 . C T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=111;Dels=0.00;FS=21.047;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:972,0,852 chrXI 303647 . G A 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.246;DP=111;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=9.8775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:1011,0,792 chrXI 303742 . T C 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DP=88;Dels=0.00;FS=20.032;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.284;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:88:99:793,0,771 chrXI 304104 . C A 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=97;Dels=0.00;FS=13.109;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:97:99:1063,0,564 chrXI 304169 . T A 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=80;Dels=0.00;FS=4.316;HaplotypeScore=8.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:775,0,517 chrXI 304331 . T C 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.229;DP=104;Dels=0.00;FS=3.562;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:1034,0,763 chrXI 304416 . C G 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;DP=68;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=8.2723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.801;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:68:99:827,0,361 chrXI 304756 . A T 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.690;DP=98;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:995,0,654 chrXI 304785 . T A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:571,0,832 chrXI 304902 . G A 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.300;DP=146;Dels=0.00;FS=0.717;HaplotypeScore=32.5744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.117;QD=5.38;ReadPosRankSum=3.210;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,48:146:99:816,0,1375 chrXI 304908 . C T 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.002;DP=159;Dels=0.00;FS=3.102;HaplotypeScore=68.1248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-7.116;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.191;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,84:159:99:1058,0,1307 chrXI 304913 . A T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.887;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.725;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,38:163:99:152,0,2468 chrXI 304925 . A T 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.744;DP=166;Dels=0.00;FS=4.014;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.321;QD=6.37;ReadPosRankSum=2.381;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,84:166:99:1088,0,1419 chrXI 304937 . A T 1353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;DP=180;Dels=0.00;FS=6.863;HaplotypeScore=7.4300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-4.659;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,98:180:99:1383,0,1369 chrXI 305086 . A T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=91;Dels=0.00;FS=7.101;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.349;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:807,0,910 chrXI 305305 . A G 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;DP=72;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=5.9283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:822,0,471 chrXI 305339 . A G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;DP=73;Dels=0.00;FS=5.246;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.640;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:670,0,516 chrXI 305729 . C A 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.67;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1351,147,0 chrXI 306260 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DP=79;Dels=0.00;FS=12.142;HaplotypeScore=6.4594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.476;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:79:99:422,0,822 chrXI 306262 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=76;Dels=0.00;FS=12.142;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:434,0,892 chrXI 306296 . C T 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.837;DP=65;Dels=0.00;FS=16.983;HaplotypeScore=5.1041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:65:99:287,0,717 chrXI 306415 . C T 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=79;Dels=0.00;FS=9.896;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=2.758;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:79:99:500,0,935 chrXI 306444 . G A 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.106;DP=66;Dels=0.00;FS=6.522;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.329;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.837;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:798,0,524 chrXI 306453 . T G 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=21.61;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1416,156,0 chrXI 306530 . T A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.828;DP=51;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.958;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.049;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:390,0,324 chrXI 306545 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DP=56;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.945;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:489,0,443 chrXI 306618 . C A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.239;DP=56;Dels=0.00;FS=16.948;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:395,0,447 chrXI 306678 . A G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DP=59;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.995;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:335,0,623 chrXI 306702 . T A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.348;DP=67;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.177;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.111;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:312,0,726 chrXI 306732 . A C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=72;Dels=0.00;FS=15.023;HaplotypeScore=9.0580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.377;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.068;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:290,0,621 chrXI 306764 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.262;DP=84;Dels=0.00;FS=30.597;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.072;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:561,0,726 chrXI 306770 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=83;Dels=0.00;FS=27.772;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:83:99:561,0,722 chrXI 306775 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DP=90;Dels=0.00;FS=25.488;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:569,0,761 chrXI 306863 . T G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DP=89;Dels=0.00;FS=2.014;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.204;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:358,0,927 chrXI 306879 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=87;Dels=0.00;FS=1.915;HaplotypeScore=8.3277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.172;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.030;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:436,0,807 chrXI 307030 . C T 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=120;Dels=0.00;FS=18.870;HaplotypeScore=7.6020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:120:99:1308,0,1105 chrXI 307102 . A C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.474;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,43:108:99:809,0,1186 chrXI 307139 . A T 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=125;Dels=0.00;FS=5.478;HaplotypeScore=12.9680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:1028,0,1391 chrXI 307166 . T G 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=132;Dels=0.00;FS=23.454;HaplotypeScore=10.1727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.505;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:132:99:957,0,1234 chrXI 307341 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;DP=91;Dels=0.00;FS=6.786;HaplotypeScore=7.4662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.419;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:651,0,769 chrXI 307466 . C G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;DP=109;Dels=0.00;FS=0.751;HaplotypeScore=16.8241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.621;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,42:109:99:667,0,1049 chrXI 307722 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=76;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.180;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:76:99:481,0,704 chrXI 307916 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DP=42;Dels=0.02;FS=1.310;HaplotypeScore=14.2186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.675;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:41:99:369,0,239 chrXI 307998 . C A 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=94;Dels=0.00;FS=7.146;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:789,0,781 chrXI 308031 . T A 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=110;Dels=0.00;FS=8.899;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.523;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:110:99:1051,0,1010 chrXI 308142 . A T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=68;Dels=0.00;FS=6.493;HaplotypeScore=8.8815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.357;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:505,0,571 chrXI 308234 . A G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DP=61;Dels=0.00;FS=14.460;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.949;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.525;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:61:99:322,0,729 chrXI 308236 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=58;Dels=0.00;FS=7.204;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:339,0,671 chrXI 308425 . T C 1992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.42;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2025,225,0 chrXI 308513 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:268,0,380 chrXI 308560 . A C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;DP=54;Dels=0.00;FS=3.937;HaplotypeScore=7.4668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.799;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:54:99:293,0,661 chrXI 308593 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.572;DP=64;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:416,0,700 chrXI 308610 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.392;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.399;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:368,0,607 chrXI 308754 . T G 1841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.276;DP=85;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=6.7843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=21.66;ReadPosRankSum=2.363;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:1874,207,0 chrXI 309009 . C T 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=22.03;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1421,150,0 chrXI 309090 . T A 2070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=24.64;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2103,225,0 chrXI 309188 . T C 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.870;DP=66;Dels=0.00;FS=14.618;HaplotypeScore=10.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.729;QD=18.48;ReadPosRankSum=4.004;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,60:66:99:1253,141,0 chrXI 309294 . G A 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=23.53;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1186,126,0 chrXI 309634 . A C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=76;Dels=0.00;FS=1.839;HaplotypeScore=7.1689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.906;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.088;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:539,0,675 chrXI 309751 . T G 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=19.73;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1414,159,0 chrXI 309823 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.257;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:39:99:439,0,309 chrXI 309985 . C T 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=66;Dels=0.00;FS=13.377;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:792,0,486 chrXI 310373 . G A 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=19.83;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:846,93,0 chrXI 310423 . T A 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.844;DP=40;Dels=0.00;FS=2.826;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.307;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:278,0,371 chrXI 310507 . C T 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=11.07;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:75:631,75,0 chrXI 310580 . A G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.852;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.907;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:212,0,331 chrXI 310692 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.026;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:267,0,204 chrXI 310702 . C A 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=22.24;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:589,63,0 chrXI 310798 . C A 523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.79;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:60:556,60,0 chrXI 310861 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=27;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:181,0,282 chrXI 311030 . T C 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=21.18;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:69:626,69,0 chrXI 311077 . G A 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=20.40;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:645,69,0 chrXI 311174 . T G 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;DP=42;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.39;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=1.24;ReadPosRankSum=-5.243;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:42:35:82,0,35 chrXI 311221 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=31;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=32.9863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=4.06;ReadPosRankSum=2.656;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:156,0,106 chrXI 311233 . G C 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.90;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.305;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:122,0,105 chrXI 311278 . T C 376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.75;MQ0=0;QD=14.46;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:48:409,48,0 chrXI 311288 . A G 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DP=23;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.173;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.787;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:97:97,0,154 chrXI 311294 . A C 288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.50;MQ0=0;QD=13.71;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:36:321,36,0 chrXI 311302 . C G 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=23;Dels=0.00;FS=3.821;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.137;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.134;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:23:69:69,0,205 chrXI 311306 . A G 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=24;Dels=0.00;FS=3.976;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.866;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.661;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:47:47,0,186 chrXI 311331 . T C 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.292;DP=31;Dels=0.00;FS=3.153;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.65;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=18.00;ReadPosRankSum=2.292;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:66:591,66,0 chrXI 311338 . C T 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=35;Dels=0.00;FS=7.473;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.226;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:90:90,0,432 chrXI 311410 . A T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:152,0,399 chrXI 311431 . A T 408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.05;MQ0=0;QD=14.57;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:48:441,48,0 chrXI 311462 . A G 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=31;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.50;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:156,0,215 chrXI 311476 . C G 444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.59;MQ0=0;QD=15.86;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:477,57,0 chrXI 311501 . A G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=27;Dels=0.00;FS=3.771;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.596;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.868;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:216,0,151 chrXI 311502 . A G 444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.95;MQ0=0;QD=15.86;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:477,57,0 chrXI 311526 . T C 456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.59;MQ0=0;QD=14.25;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:57:489,57,0 chrXI 311569 . A G 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;DP=38;Dels=0.00;FS=8.360;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:99,0,439 chrXI 311590 . C T 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=21.48;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:699,75,0 chrXI 311668 . A G 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=23.85;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1154,129,0 chrXI 311735 . G A 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=18.11;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:830,93,0 chrXI 311744 . T G 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=18.50;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:773,87,0 chrXI 311803 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:176,0,158 chrXI 311806 . C T 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.775;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:170,0,175 chrXI 311820 . T C 423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;QD=21.15;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:51:456,51,0 chrXI 311850 . T A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=1.879;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.029;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:229,0,225 chrXI 311851 . C T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:233,0,236 chrXI 311897 . A G 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=0;QD=13.50;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:69:600,69,0 chrXI 311898 . A G 591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=0;QD=14.07;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:72:624,72,0 chrXI 311925 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.431;DP=44;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:334,0,308 chrXI 311975 . G A 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=20.43;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1320,147,0 chrXI 312014 . G C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;DP=75;Dels=0.00;FS=7.958;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:75:99:541,0,461 chrXI 312016 . C T 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=17.03;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1344,141,0 chrXI 312042 . C T 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.087;DP=99;Dels=0.00;FS=2.723;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=6.17;ReadPosRankSum=-2.224;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:99:99:641,0,712 chrXI 312103 . C T 1238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.647;DP=105;Dels=0.00;FS=3.379;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.047;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,66:105:99:1268,0,616 chrXI 312273 . G A 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=18.01;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1420,153,0 chrXI 312289 . C T 2432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=19.93;SB=-1.507e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2465,267,0 chrXI 312353 . T C 1179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.563;DP=177;Dels=0.00;FS=7.587;HaplotypeScore=15.4532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.309;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,76:177:99:1209,0,1839 chrXI 312361 . C T 1769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.836;DP=167;Dels=0.00;FS=6.679;HaplotypeScore=10.7212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=2.771;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,95:167:99:1799,0,1240 chrXI 312511 . T C 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=22.75;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:943,105,0 chrXI 312545 . T G 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=18.11;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1228,135,0 chrXI 312553 . T C 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=3.599;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=16.28;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1189,135,0 chrXI 312734 . A C 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.46;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:76:99:1588,177,0 chrXI 313024 . T C 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.42;MQ0=0;QD=22.59;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1343,153,0 chrXI 313063 . C T 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=20.39;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1705,183,0 chrXI 313073 . A C 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;QD=20.68;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1853,204,0 chrXI 313195 . G A 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.09;MQ0=0;QD=16.87;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1450,165,0 chrXI 313226 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.924;DP=71;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.397;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:527,0,746 chrXI 313299 . T C 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.06;MQ0=0;QD=19.09;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:930,108,0 chrXI 313318 . G A 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.79;MQ0=0;QD=18.13;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:867,96,0 chrXI 313345 . G T 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.04;MQ0=0;QD=16.06;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:852,96,0 chrXI 313349 . T C 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.364;DP=47;Dels=0.00;FS=5.260;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.585;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:78:698,78,0 chrXI 313365 . C T 453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.80;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=15.62;ReadPosRankSum=1.135;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:54:486,54,0 chrXI 313367 . G A 462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.80;MQ0=0;QD=15.93;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:495,54,0 chrXI 313392 . A G 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.246;DP=51;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=23.3469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.17;MQ0=1;MQRankSum=-1.437;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.794;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:51:99:227,0,387 chrXI 313486 . G A 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.67;MQ0=0;QD=22.98;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1297,138,0 chrXI 313488 . T A,G 1012.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.28;MQ0=0;QD=18.40;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,30,25:55:99:1072,476,401,596,0,536 chrXI 313507 . T C 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DP=41;Dels=0.00;FS=10.682;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.315;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:260,0,537 chrXI 313513 . T G 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=5.682;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=22.24;ReadPosRankSum=1.639;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:96:856,96,0 chrXI 313523 . T A 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;QD=21.97;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:868,93,0 chrXI 313544 . A C 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.473;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.589;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:99:125,0,352 chrXI 313602 . G A 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=14.03;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:60:538,60,0 chrXI 313695 . G C 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.61;MQ0=1;QD=7.26;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:53,6,0 chrXI 313738 . A G 266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.26;MQ0=1;QD=20.46;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33:299,33,0 chrXI 313757 . C T 375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.44;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:45:408,45,0 chrXI 313761 . C T 408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.60;MQ0=0;QD=22.67;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:48:441,48,0 chrXI 313827 . C T 150.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.74;MQ0=1;QD=16.67;SB=-1.046e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21:183,21,0 chrXI 313924 . G A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.58;MQ0=0;QD=4.16;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:52,6,0 chrXI 313970 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.695;DP=36;Dels=0.00;FS=5.085;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.925;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.193;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:250,0,425 chrXI 313985 . G A 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;DP=54;Dels=0.00;FS=23.578;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;MQRankSum=3.563;QD=19.98;ReadPosRankSum=2.980;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:54:99:1112,117,0 chrXI 313997 . T C 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.36;MQ0=0;QD=23.16;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1330,147,0 chrXI 314119 . G C 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.434;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:68:99:817,0,350 chrXI 314126 . G A 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.77;MQ0=0;QD=21.28;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1246,144,0 chrXI 314131 . T C 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.988;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,34:53:99:691,0,269 chrXI 314163 . A G 486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:57:519,57,0 chrXI 314572 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=64;Dels=0.00;FS=6.746;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:64:99:419,0,416 chrXI 314623 . T C 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;DP=92;Dels=0.00;FS=7.244;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.589;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:740,0,864 chrXI 314694 . A G 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=18.18;ReadPosRankSum=1.685;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1378,153,0 chrXI 314713 . C T 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;QD=15.35;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1184,129,0 chrXI 314752 . T C 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.18;MQ0=0;QD=16.20;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:908,105,0 chrXI 314787 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.53;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.692;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,34:48:67:585,0,67 chrXI 314820 . T C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.38;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.009;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:56:99:654,0,296 chrXI 314862 . C T 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.198;DP=74;Dels=0.00;FS=3.148;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=3.020;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:763,0,489 chrXI 314906 . A G 2076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=21.85;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2109,240,0 chrXI 315068 . G A 1556 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;QD=20.75;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1589,174,0 chrXI 315069 . A G 1506 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;QD=19.56;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1539,174,0 chrXI 315072 . A G 599.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.100;DP=85;Dels=0.00;FS=11.570;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:85:99:629,0,635 chrXI 315107 . G C 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=21.00;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1671,186,0 chrXI 315295 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;DP=55;Dels=0.00;FS=2.448;HaplotypeScore=7.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:55:99:294,0,409 chrXI 315335 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;DP=81;Dels=0.00;FS=9.622;HaplotypeScore=11.3845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.139;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:430,0,579 chrXI 315617 . A G 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=23.32;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1642,180,0 chrXI 315654 . G C 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=23.46;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1886,210,0 chrXI 315726 . A G 1926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.66;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1959,213,0 chrXI 315735 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=77;Dels=0.00;FS=11.811;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.691;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:480,0,828 chrXI 315777 . A G 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.730;DP=71;Dels=0.00;FS=5.320;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=18.06;ReadPosRankSum=2.901;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:1315,144,0 chrXI 315805 . G A 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=20.02;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1214,129,0 chrXI 315840 . G A 624 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=13.28;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:72:657,72,0 chrXI 315844 . T C 537 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.281;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:66:570,66,0 chrXI 315847 . A G 43.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DP=46;Dels=0.00;FS=11.235;HaplotypeScore=1.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.516;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.229;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:73:73,0,337 chrXI 315867 . A G 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.80;MQ0=0;QD=14.95;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:72:676,72,0 chrXI 315893 . G T 477 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=0;QD=10.15;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:60:510,60,0 chrXI 315895 . C T 603 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=0;QD=12.83;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:69:636,69,0 chrXI 315903 . C T 611 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.98;MQ0=0;QD=12.47;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:75:644,75,0 chrXI 315904 . T A 690 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.98;MQ0=0;QD=14.08;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:78:723,78,0 chrXI 315915 . A G 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=6.451;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.15;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=16.87;ReadPosRankSum=1.667;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:927,99,0 chrXI 315953 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=68;Dels=0.00;FS=14.573;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:68:99:477,0,543 chrXI 316100 . A T 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.093;DP=59;Dels=0.00;FS=7.736;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.424;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:59:99:721,0,347 chrXI 316142 . T C 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=21.10;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1109,123,0 chrXI 316198 . C T 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=17.13;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:60:564,60,0 chrXI 316238 . A T 605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=63.6117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=14.76;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:66:638,66,0 chrXI 316252 . T C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.851;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:225,0,224 chrXI 316255 . C T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.01;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.088;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:241,0,215 chrXI 316332 . A G 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;QD=16.34;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1193,132,0 chrXI 316346 . A G 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=16.82;ReadPosRankSum=1.687;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1328,144,0 chrXI 316362 . C A 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=17.19;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1202,129,0 chrXI 316511 . G A 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=17.95;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:733,78,0 chrXI 316643 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.673;DP=46;Dels=0.00;FS=1.232;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=6.37;ReadPosRankSum=-2.061;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:46:99:323,0,441 chrXI 316707 . A G 1514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=21.03;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1547,171,0 chrXI 316845 . A G 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.03;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:75:682,75,0 chrXI 317019 . A G 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=21.30;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1332,153,0 chrXI 317059 . G A 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;DP=86;Dels=0.00;FS=2.937;HaplotypeScore=88.0987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.179;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,52:86:99:897,0,553 chrXI 317128 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;DP=63;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:338,0,453 chrXI 317215 . T A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.020;DP=55;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:651,0,391 chrXI 317287 . C A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.185;DP=53;Dels=0.00;FS=5.839;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=4.11;ReadPosRankSum=2.484;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:53:99:248,0,667 chrXI 317370 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=86;Dels=0.00;FS=0.829;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.289;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:86:99:626,0,890 chrXI 317375 . A G 1919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:1952,216,0 chrXI 317506 . A T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=6.14;ReadPosRankSum=2.325;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:343,0,455 chrXI 317534 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.189;DP=64;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.242;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:366,0,532 chrXI 317549 . C T 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=16.13;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1130,120,0 chrXI 317644 . G A 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=116;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:116:99:969,0,965 chrXI 317671 . G A 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.863;DP=131;Dels=0.00;FS=0.651;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.923;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:1011,0,1225 chrXI 317712 . C G 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=19.46;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1882,210,0 chrXI 317755 . A G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;DP=80;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=12.6969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.276;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:80:99:710,0,703 chrXI 318485 . A T 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;DP=41;Dels=0.00;FS=7.357;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.587;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:99:151,0,576 chrXI 318519 . A G 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DP=40;Dels=0.00;FS=7.521;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.549;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:176,0,542 chrXI 318978 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.081;DP=84;Dels=0.00;FS=12.432;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:774,0,788 chrXI 319011 . G A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;DP=73;Dels=0.00;FS=5.080;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.006;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:534,0,730 chrXI 319054 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.085;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:519,0,578 chrXI 319143 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=60;Dels=0.00;FS=10.490;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.385;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:435,0,570 chrXI 320400 . A G 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.467;DP=95;Dels=0.00;FS=5.395;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.234;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:95:99:701,0,862 chrXI 320676 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=55;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:55:99:350,0,542 chrXI 320943 . G A 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;DP=53;Dels=0.00;FS=5.064;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:178,0,633 chrXI 321333 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.008;DP=75;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.318;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:507,0,804 chrXI 321619 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=58;Dels=0.00;FS=5.763;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=9.10;ReadPosRankSum=-2.167;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:558,0,393 chrXI 321711 . C T 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=21.47;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1729,189,0 chrXI 322024 . C A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:535,0,561 chrXI 322331 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:318,0,253 chrXI 322379 . G A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:314,0,474 chrXI 322391 . C A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=53;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=8.0560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:319,0,485 chrXI 322437 . C G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=70;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.141;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:70:99:413,0,481 chrXI 322497 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.813;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:498,0,296 chrXI 323019 . A T 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=18.44;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:789,87,0 chrXI 323380 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;DP=78;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:548,0,534 chrXI 323565 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=80;Dels=0.00;FS=7.594;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.564;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:694,0,762 chrXI 323761 . G A 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.840;DP=92;Dels=0.00;FS=14.421;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.453;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:1086,0,585 chrXI 323867 . A T 1227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=107;Dels=0.00;FS=7.832;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.374;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:107:99:1257,0,729 chrXI 323933 . C T 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=114;Dels=0.00;FS=3.483;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=9.39;ReadPosRankSum=-2.307;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,62:114:99:1101,0,961 chrXI 324286 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;DP=72;Dels=0.00;FS=2.184;HaplotypeScore=8.1585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.535;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:464,0,545 chrXI 324419 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.357;DP=46;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=4.3426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:416,0,332 chrXI 324505 . T G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=41;Dels=0.00;FS=3.603;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.026;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.216;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:349,0,488 chrXI 324673 . A G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.056;DP=37;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.933;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:214,0,319 chrXI 324885 . C T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DP=94;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.330;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:826,0,979 chrXI 325126 . A T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DP=62;Dels=0.00;FS=24.243;HaplotypeScore=5.7855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.602;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:397,0,718 chrXI 325158 . C G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=75;Dels=0.00;FS=5.107;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:75:99:515,0,795 chrXI 325505 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.175;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,15:20:39:274,0,39 chrXI 326734 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DP=56;Dels=0.00;FS=12.653;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.833;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:386,0,566 chrXI 326759 . T G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.845;DP=39;Dels=0.00;FS=4.908;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.845;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:263,0,369 chrXI 327569 . A G 1535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.238;DP=186;Dels=0.00;FS=7.896;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.658;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,91:186:99:1565,0,1818 chrXI 327764 . A T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=67;Dels=0.00;FS=4.873;HaplotypeScore=7.7053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.086;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:67:99:489,0,525 chrXI 328028 . C G 3293.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.97;SB=-1.900e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:157:99:3293,369,0 chrXI 328619 . A T 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=15.81;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:539,60,0 chrXI 328709 . G C 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=25;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.779;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:25:99:189,0,117 chrXI 329085 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.796;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:360,0,187 chrXI 329572 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=95;Dels=0.00;FS=3.852;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.907;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:867,0,603 chrXI 329675 . A G 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DP=135;Dels=0.00;FS=16.727;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.115;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:135:99:1039,0,1208 chrXI 329802 . G A 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.32;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1592,177,0 chrXI 329813 . T C 1116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.794;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.775;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,66:102:99:1146,0,488 chrXI 329866 . T C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.342;DP=108;Dels=0.00;FS=1.641;HaplotypeScore=4.8065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.078;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,44:108:99:767,0,1036 chrXI 329895 . A T 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.807;DP=103;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=11.9356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.404;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.003;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:103:99:888,0,928 chrXI 330549 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=86;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:86:99:644,0,753 chrXI 330610 . C A 1156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.127;DP=145;Dels=0.00;FS=8.729;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,72:145:99:1186,0,1301 chrXI 330692 . G A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=120;Dels=0.00;FS=3.125;HaplotypeScore=15.2410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.254;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,64:120:99:916,0,852 chrXI 330865 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.580;DP=66;Dels=0.00;FS=5.232;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=5.80;ReadPosRankSum=1.400;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,23:66:99:413,0,886 chrXI 331388 . A G 2975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=135;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=22.04;ReadPosRankSum=1.680;SB=-1.474e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:135:99:3008,351,0 chrXI 331868 . T G 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=99;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,58:99:99:1079,0,551 chrXI 332101 . A G 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.116;DP=95;Dels=0.00;FS=8.118;HaplotypeScore=6.3565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:816,0,861 chrXI 332454 . A G 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=100;Dels=0.00;FS=5.157;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.893;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:912,0,946 chrXI 332476 . G A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=88;Dels=0.00;FS=4.113;HaplotypeScore=6.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:763,0,851 chrXI 332840 . T C 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.067;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:738,0,712 chrXI 332863 . A C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.668;DP=78;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:600,0,744 chrXI 332964 . G A 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.878;DP=85;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:766,0,650 chrXI 332967 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.762;DP=89;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:774,0,659 chrXI 333057 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.432;DP=52;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:550,0,427 chrXI 333073 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.786;DP=43;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.327;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:352,0,417 chrXI 333079 . A G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.416;DP=45;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.285;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:345,0,469 chrXI 333397 . G A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=85;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=8.9661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.331;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:888,0,667 chrXI 333556 . T C 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.015;DP=99;Dels=0.00;FS=5.156;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.287;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:792,0,767 chrXI 333577 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=92;Dels=0.00;FS=10.601;HaplotypeScore=5.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.767;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:645,0,717 chrXI 333609 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;DP=113;Dels=0.00;FS=9.084;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:113:99:604,0,933 chrXI 333714 . C T 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=127;Dels=0.00;FS=5.455;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.264;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,63:127:99:1124,0,1033 chrXI 334135 . C A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=125;Dels=0.00;FS=2.529;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,70:125:99:1107,0,818 chrXI 334241 . G A 1258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=151;Dels=0.00;FS=2.146;HaplotypeScore=11.3978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,75:151:99:1288,0,1435 chrXI 334735 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:615,0,710 chrXI 334980 . T C 275.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:305,0,637 chrXI 334995 . G A 441.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.394;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:68:99:471,0,745 chrXI 335281 . A G 315.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.318;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:345,0,491 chrXI 335312 . G A 586.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.086;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:616,0,564 chrXI 335383 . C T 345.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=27;Dels=0.00;FS=8.921;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.377;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:375,0,171 chrXI 335408 . T G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=21;Dels=0.00;FS=2.141;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:189,0,174 chrXI 335429 . C T 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=16.19;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:39:373,39,0 chrXI 335465 . G C 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.873;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:40:40,0,228 chrXI 335606 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DP=52;Dels=0.00;FS=1.172;HaplotypeScore=3.5333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:52:99:557,0,359 chrXI 335869 . T G 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:23:99:116,0,229 chrXI 336012 . C T 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.820;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:768,0,989 chrXI 336028 . T C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;DP=92;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:683,0,996 chrXI 336058 . G A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.010;DP=101;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.834;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:101:99:679,0,934 chrXI 336059 . T C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.977;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:103:99:652,0,945 chrXI 336133 . C T 1115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.714;DP=106;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:1145,0,832 chrXI 336232 . G A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DP=54;Dels=0.00;FS=10.237;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:553,0,537 chrXI 336457 . G A 2061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;DP=244;Dels=0.00;FS=11.520;HaplotypeScore=19.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.032;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,126:244:99:2091,0,2177 chrXI 336540 . G A 1828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.302;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,86:138:99:1858,0,918 chrXI 336698 . G A 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.589;DP=123;Dels=0.00;FS=2.199;HaplotypeScore=15.9235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.053;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:896,0,839 chrXI 337206 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.817;DP=40;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.650;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:291,0,451 chrXI 337365 . T G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.611;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:289,0,275 chrXI 337387 . T A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.703;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.874;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.387;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:338,0,195 chrXI 337512 . T C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.132;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.487;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:60:60,0,273 chrXI 337513 . G T 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.992;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.417;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:35:85:85,0,261 chrXI 337527 . T C 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.346;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:88:88,0,182 chrXI 337531 . T G 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;DP=28;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=17.8047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.823;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:48:48,0,164 chrXI 337554 . C T 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.742;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:22:58:58,0,179 chrXI 337581 . C T 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=31;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=2.9008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:122,0,213 chrXI 337585 . G T 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:127,0,192 chrXI 337602 . T C 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=1.715;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.413;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:115,0,200 chrXI 337772 . T C 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=18.68;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:668,75,0 chrXI 337857 . T C 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=39;Dels=0.00;FS=10.025;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:249,0,309 chrXI 338019 . A T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=10.68;ReadPosRankSum=2.289;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:393,0,249 chrXI 338045 . A G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DP=50;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:329,0,494 chrXI 338056 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.332;DP=64;Dels=0.00;FS=3.420;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:410,0,510 chrXI 338169 . C T 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.609;DP=96;Dels=0.00;FS=13.052;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:929,0,946 chrXI 338231 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.879;DP=68;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:68:99:595,0,636 chrXI 338730 . A T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=88;Dels=0.00;FS=4.234;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.588;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:787,0,654 chrXI 338893 . G A 2890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=16.51;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:175:99:2923,315,0 chrXI 339113 . T C 2772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.501;DP=282;Dels=0.00;FS=1.438;HaplotypeScore=14.4466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.340;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,150:282:99:2802,0,2035 chrXI 339180 . C T 2057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.181;DP=220;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=39.2368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.665;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,126:220:99:2087,0,1439 chrXI 339266 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DP=71;Dels=0.00;FS=8.039;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:592,0,501 chrXI 339482 . C T 1146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;DP=121;Dels=0.00;FS=2.647;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.110;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,73:121:99:1176,0,761 chrXI 339536 . A G 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.153;DP=83;Dels=0.00;FS=3.063;HaplotypeScore=8.2353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=19.65;ReadPosRankSum=1.440;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:99:1664,186,0 chrXI 339765 . C G 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=51;Dels=0.00;FS=2.825;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:51:99:239,0,423 chrXI 340007 . T C 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=36;Dels=0.00;FS=1.332;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:209,0,270 chrXI 340064 . A G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,19:61:99:215,0,591 chrXI 340155 . T G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=49;Dels=0.00;FS=4.712;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.349;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:360,0,543 chrXI 340197 . T G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=47;Dels=0.00;FS=6.888;HaplotypeScore=7.4141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.126;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:47:99:394,0,351 chrXI 340231 . G C 528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=16.50;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:561,63,0 chrXI 340235 . A G 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=30;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.589;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:208,0,222 chrXI 340285 . G C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=25;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.356;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:255,0,113 chrXI 340583 . T C 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;DP=43;Dels=0.00;FS=6.783;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.194;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:257,0,333 chrXI 340770 . T A 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.085;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.642;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:125,0,465 chrXI 340783 . C T 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.809;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:205,0,345 chrXI 340811 . T C 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DP=51;Dels=0.00;FS=4.035;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=4.86;ReadPosRankSum=-2.197;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:278,0,506 chrXI 341413 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=60;Dels=0.00;FS=8.643;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:366,0,665 chrXI 341641 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.239;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.353;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:644,0,463 chrXI 341753 . A T 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=40;Dels=0.00;FS=4.449;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=20.40;ReadPosRankSum=1.644;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:90:849,90,0 chrXI 342298 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=63;Dels=0.00;FS=3.433;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.384;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:281,0,556 chrXI 342308 . G C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DP=55;Dels=0.00;FS=8.198;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.157;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:283,0,437 chrXI 342445 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;DP=48;Dels=0.00;FS=7.021;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:490,0,367 chrXI 342529 . C T 511.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.877;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.419;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:541,0,459 chrXI 342813 . A G 410.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:440,0,539 chrXI 342972 . A G 107.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=14;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:137,0,122 chrXI 343095 . A C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;DP=51;Dels=0.00;FS=2.359;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.580;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:389,0,514 chrXI 343212 . G A 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.889;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:814,0,391 chrXI 343231 . C G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;DP=49;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=3.5394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:494,0,423 chrXI 343371 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=71;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.852;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:71:99:536,0,269 chrXI 343477 . C T 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.821;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.893;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.591;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:810,0,549 chrXI 343519 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.616;DP=78;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=6.1666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.849;QD=7.88;ReadPosRankSum=-2.022;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:78:99:645,0,767 chrXI 343528 . C A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=79;Dels=0.00;FS=5.941;HaplotypeScore=3.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=7.94;ReadPosRankSum=-3.112;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:657,0,682 chrXI 343642 . C T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=96;Dels=0.00;FS=8.289;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.410;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:606,0,610 chrXI 343772 . C T 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;DP=57;Dels=0.00;FS=5.826;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:623,0,243 chrXI 343793 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=55;Dels=0.00;FS=2.507;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.770;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:55:99:488,0,265 chrXI 343926 . T C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.868;DP=54;Dels=0.00;FS=8.366;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:263,0,413 chrXI 343932 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.967;DP=56;Dels=0.00;FS=6.154;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.115;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:224,0,390 chrXI 343968 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DP=68;Dels=0.00;FS=5.032;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:279,0,540 chrXI 344089 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.257;DP=57;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:57:99:288,0,569 chrXI 344106 . T C 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=45;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:204,0,441 chrXI 344217 . G A 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=33;Dels=0.00;FS=3.304;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.305;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:178,0,327 chrXI 344242 . G A 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:148,0,217 chrXI 344249 . C A 478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=14.48;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:33:54:511,54,0 chrXI 344412 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.226;DP=82;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=14.9524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.730;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:82:99:398,0,659 chrXI 344465 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DP=66;Dels=0.00;FS=2.138;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:463,0,702 chrXI 344684 . C T 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=46;Dels=0.00;FS=1.319;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:431,0,280 chrXI 344692 . C T 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=46;Dels=0.00;FS=4.829;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:223,0,322 chrXI 345494 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;DP=68;Dels=0.00;FS=7.018;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=6.68;ReadPosRankSum=-2.209;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:484,0,691 chrXI 345510 . T C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=69;Dels=0.00;FS=12.623;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.087;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:733,0,676 chrXI 345623 . T C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;DP=66;Dels=0.00;FS=2.185;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.740;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:600,0,452 chrXI 346185 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=58;Dels=0.00;FS=1.039;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:323,0,570 chrXI 347287 . T G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DP=59;Dels=0.00;FS=7.450;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.371;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:537,0,586 chrXI 347700 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=74;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=17.4389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.309;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:522,0,707 chrXI 347878 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.653;DP=48;Dels=0.00;FS=6.445;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.810;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:498,0,368 chrXI 348083 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=57;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:510,0,467 chrXI 348351 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.664;DP=77;Dels=0.00;FS=6.063;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:77:99:552,0,572 chrXI 348711 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.220;DP=54;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=2.6500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:481,0,439 chrXI 348805 . C T 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=73;Dels=0.00;FS=3.168;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.668;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:792,0,631 chrXI 348900 . G A 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.384;DP=122;Dels=0.00;FS=7.321;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,55:122:99:1006,0,1291 chrXI 349155 . T C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.450;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:636,0,695 chrXI 349504 . A G 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=109;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,57:109:99:1031,0,810 chrXI 349875 . C T 1676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.846;DP=135;Dels=0.00;FS=1.387;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,82:135:99:1706,0,829 chrXI 349920 . C T 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.380;DP=98;Dels=0.00;FS=5.020;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:811,0,730 chrXI 349935 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.334;DP=90;Dels=0.00;FS=8.971;HaplotypeScore=4.2908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:767,0,529 chrXI 349947 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.337;DP=97;Dels=0.00;FS=14.581;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.356;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,54:97:99:646,0,724 chrXI 349964 . G A 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.914;DP=89;Dels=0.00;FS=5.974;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.412;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:620,0,669 chrXI 350022 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;DP=59;Dels=0.00;FS=1.173;HaplotypeScore=5.0371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.821;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:59:99:474,0,285 chrXI 350200 . A C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.546;DP=92;Dels=0.00;FS=6.610;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.047;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:734,0,789 chrXI 350428 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:368,0,236 chrXI 350464 . A T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=49;Dels=0.00;FS=3.538;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.467;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:296,0,518 chrXI 350473 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;DP=47;Dels=0.00;FS=3.615;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.100;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:267,0,540 chrXI 350485 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.337;DP=53;Dels=0.00;FS=3.718;HaplotypeScore=2.7714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:53:99:289,0,624 chrXI 350584 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DP=52;Dels=0.00;FS=2.514;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:622,0,281 chrXI 350701 . T G 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=23.22;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1194,135,0 chrXI 350761 . C A 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=43;Dels=0.00;FS=21.989;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.670;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:157,0,448 chrXI 351078 . T A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.173;DP=61;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.127;QD=1.49;ReadPosRankSum=-2.743;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:121,0,736 chrXI 351443 . C A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=67;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.877;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:448,0,534 chrXI 351518 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.502;DP=62;Dels=0.00;FS=2.262;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:296,0,551 chrXI 351593 . C A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;DP=68;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:313,0,678 chrXI 351752 . A G 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=3.606;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.644;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:81:698,81,0 chrXI 351755 . A G 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:247,0,316 chrXI 351788 . A G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.324;DP=40;Dels=0.00;FS=1.243;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=5.20;ReadPosRankSum=2.690;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:238,0,323 chrXI 351869 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DP=47;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=8.1585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.178;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:250,0,423 chrXI 351887 . T C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.941;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=2.486;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.355;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:499,0,205 chrXI 351893 . C A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:220,0,458 chrXI 351911 . A G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.954;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.286;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:54:99:121,0,664 chrXI 352136 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.586;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:201,0,308 chrXI 352346 . T A 2220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.65;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2253,246,0 chrXI 352550 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.255;DP=85;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:597,0,1070 chrXI 352887 . C T 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;DP=124;Dels=0.00;FS=7.283;HaplotypeScore=9.3406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.524;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:1308,0,1058 chrXI 353056 . T C 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;DP=101;Dels=0.00;FS=2.594;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.264;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:101:99:769,0,1032 chrXI 353091 . C T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.401;DP=97;Dels=0.00;FS=2.744;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:781,0,1090 chrXI 353277 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.940;DP=60;Dels=0.00;FS=7.277;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:549,0,471 chrXI 353409 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.162;DP=75;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.615;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:75:99:544,0,646 chrXI 353417 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.711;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:439,0,666 chrXI 353525 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.100;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:44:99:226,0,509 chrXI 353672 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DP=59;Dels=0.00;FS=3.515;HaplotypeScore=7.4451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.735;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:468,0,473 chrXI 353705 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=55;Dels=0.00;FS=2.310;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:446,0,507 chrXI 353786 . G C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=49;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.148;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:409,0,359 chrXI 354073 . A G 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.527;DP=60;Dels=0.00;FS=7.854;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:594,0,492 chrXI 354092 . T C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.793;DP=65;Dels=0.00;FS=2.208;HaplotypeScore=5.1262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.923;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:459,0,784 chrXI 354272 . T C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DP=58;Dels=0.00;FS=9.450;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=9.72;ReadPosRankSum=3.137;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:594,0,359 chrXI 354293 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=55;Dels=0.00;FS=7.438;HaplotypeScore=3.5136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.994;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:498,0,441 chrXI 354596 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=36;Dels=0.00;FS=1.311;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.304;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:283,0,357 chrXI 354752 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.612;DP=68;Dels=0.00;FS=2.510;HaplotypeScore=9.2548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.773;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:425,0,800 chrXI 354797 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;DP=59;Dels=0.00;FS=6.178;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.393;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:413,0,625 chrXI 354822 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.779;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.974;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:358,0,576 chrXI 355074 . C A 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=133;Dels=0.00;FS=4.115;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.519;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.565;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,66:133:99:757,0,1283 chrXI 355082 . C A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.977;DP=132;Dels=0.00;FS=9.339;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQ0=0;MQRankSum=-7.412;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.050;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:132:99:676,0,1386 chrXI 355096 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.069;DP=141;Dels=0.00;FS=13.761;HaplotypeScore=5.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQ0=0;MQRankSum=-7.735;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.011;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,64:141:99:459,0,1514 chrXI 355103 . G C 409.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=142;Dels=0.00;FS=11.992;HaplotypeScore=4.7589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.70;MQ0=0;MQRankSum=-8.296;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,64:142:99:439,0,1565 chrXI 355110 . G A 490.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.575;DP=152;Dels=0.00;FS=8.441;HaplotypeScore=6.3910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.39;MQ0=0;MQRankSum=-8.979;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,67:152:99:520,0,1661 chrXI 355113 . A C 438.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;DP=156;Dels=0.00;FS=8.320;HaplotypeScore=6.3910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.01;MQ0=0;MQRankSum=-8.703;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,70:156:99:468,0,1596 chrXI 355168 . A T 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DP=80;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=4.3259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.949;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:232,0,778 chrXI 355173 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.092;DP=77;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=33.4979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.588;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.169;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:262,0,720 chrXI 355187 . A G 65.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.871;DP=64;Dels=0.00;FS=9.278;HaplotypeScore=56.6758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.48;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-3.855;SB=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,13:64:12:98,12,0 chrXI 355203 . A C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.31;MQ0=0;MQRankSum=2.363;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:246,0,343 chrXI 355225 . A G 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;DP=34;Dels=0.00;FS=3.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.000;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:247,0,173 chrXI 355235 . C T 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.416;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:220,0,206 chrXI 355400 . T G 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.485;DP=84;Dels=0.00;FS=3.599;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.54;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:801,0,448 chrXI 355411 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.230;DP=71;Dels=0.00;FS=5.149;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.80;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.757;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:608,0,443 chrXI 355412 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.545;DP=71;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.80;MQ0=0;MQRankSum=2.417;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:607,0,458 chrXI 355474 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DP=34;Dels=0.00;FS=5.440;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:215,0,221 chrXI 355535 . C G 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=31;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.458;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:31:99:240,0,230 chrXI 355543 . A G 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=30;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.286;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:223,0,281 chrXI 355752 . C G 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;DP=74;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=4.2194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.199;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:861,0,503 chrXI 355989 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:193,0,266 chrXI 356064 . G C 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=20.18;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:941,105,0 chrXI 356086 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;DP=66;Dels=0.00;FS=7.042;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-5.319;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.463;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:377,0,680 chrXI 356125 . T G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DP=77;Dels=0.00;FS=13.743;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.704;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:370,0,653 chrXI 356171 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DP=58;Dels=0.00;FS=2.408;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.806;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.024;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:488,0,281 chrXI 356199 . A G 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=19.07;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:93:834,93,0 chrXI 356200 . C A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:493,0,179 chrXI 356276 . C T 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:207,0,271 chrXI 356343 . T C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=40;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.346;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.264;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:390,0,311 chrXI 356360 . G C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=44;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:520,0,259 chrXI 356876 . A G 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=34;Dels=0.00;FS=1.393;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:172,0,268 chrXI 357158 . C T 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=57;Dels=0.00;FS=7.294;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:246,0,435 chrXI 357243 . C T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=35;Dels=0.00;FS=6.582;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.314;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:229,0,470 chrXI 357380 . T C 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.337;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:72:647,72,0 chrXI 357532 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.006;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=8.30;ReadPosRankSum=2.190;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:70:99:611,0,654 chrXI 357560 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.568;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:703,0,618 chrXI 357712 . C T 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.834;DP=94;Dels=0.00;FS=6.813;HaplotypeScore=11.9994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:693,0,1002 chrXI 357746 . G A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.740;DP=95;Dels=0.00;FS=1.160;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.185;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:702,0,1102 chrXI 357892 . C T 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DP=93;Dels=0.00;FS=8.675;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:902,0,651 chrXI 357937 . G C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;DP=104;Dels=0.00;FS=7.644;HaplotypeScore=7.3230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.740;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:104:99:571,0,1059 chrXI 357992 . A G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.688;DP=95;Dels=0.00;FS=2.048;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=3.183;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.447;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,60:95:99:1242,114,0 chrXI 358014 . T A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.068;DP=96;Dels=0.00;FS=2.076;HaplotypeScore=4.3509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.417;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,33:96:99:426,0,1110 chrXI 358024 . A C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=97;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.667;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,31:97:99:326,0,1044 chrXI 358489 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DP=35;Dels=0.00;FS=5.888;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.964;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.964;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:501,0,146 chrXI 358579 . T A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=42;Dels=0.00;FS=7.200;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.051;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:282,0,331 chrXI 358683 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.334;DP=47;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.560;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:218,0,604 chrXI 358714 . G A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.989;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:534,0,170 chrXI 358834 . C T 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.030;DP=69;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:788,0,467 chrXI 359142 . T C 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=16.43;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1150,132,0 chrXI 359162 . A C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;DP=75;Dels=0.00;FS=6.427;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:75:99:542,0,553 chrXI 359764 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.049;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:663,0,944 chrXI 359850 . T C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=57;Dels=0.00;FS=7.489;HaplotypeScore=1.9788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.474;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:314,0,507 chrXI 359854 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DP=57;Dels=0.00;FS=7.465;HaplotypeScore=2.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:283,0,488 chrXI 359874 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DP=68;Dels=0.00;FS=6.781;HaplotypeScore=6.5307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:362,0,640 chrXI 360238 . G C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=70;Dels=0.00;FS=3.371;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.418;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:70:99:441,0,816 chrXI 360304 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.183;DP=88;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:88:99:644,0,844 chrXI 361431 . C T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.124;DP=95;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.719;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:93:99:820,0,833 chrXI 361878 . A C 3121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.633e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3154,348,0 chrXI 362074 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;DP=82;Dels=0.00;FS=7.693;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:526,0,832 chrXI 362114 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.068;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.175;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:104:99:578,0,1111 chrXI 362171 . A G 3135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:3168,345,0 chrXI 362225 . T G 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.774;DP=102;Dels=0.00;FS=1.629;HaplotypeScore=12.7461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.676;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:102:99:884,0,927 chrXI 362247 . C T 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=18.79;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:1950,222,0 chrXI 362400 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:79:99:384,0,729 chrXI 362443 . G A 1194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.655;DP=104;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=9.7703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,65:104:99:1224,0,570 chrXI 362641 . G T 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.438;DP=101;Dels=0.00;FS=5.292;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.344;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:101:99:1131,0,827 chrXI 364596 . T A 285.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.542;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:315,0,374 chrXI 365020 . C G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=49;Dels=0.00;FS=7.364;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.573;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:391,0,550 chrXI 365364 . A C,T 1669.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.33;MQ0=0;QD=17.21;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,42,55:97:99:1729,1018,928,711,0,585 chrXI 365381 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;DP=79;Dels=0.00;FS=8.011;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.853;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.324;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:79:99:515,0,782 chrXI 365453 . C G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=36;Dels=0.00;FS=10.146;HaplotypeScore=1.8628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.158;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:279,0,326 chrXI 365859 . G A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=31;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:314,0,286 chrXI 365937 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.513;DP=80;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.025;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:722,0,577 chrXI 365994 . C A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.949;DP=56;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:439,0,626 chrXI 366024 . A C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;DP=45;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.687;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:247,0,573 chrXI 366045 . T C 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.179;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.702;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:125,0,315 chrXI 366064 . C T 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:118,0,240 chrXI 366156 . A G 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:210,0,346 chrXI 366174 . G C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=43;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=3.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:269,0,274 chrXI 366213 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=55;Dels=0.00;FS=5.949;HaplotypeScore=8.3602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.028;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,35:55:99:572,0,136 chrXI 366486 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=48;Dels=0.00;FS=1.248;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:452,0,313 chrXI 366579 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.488;DP=39;Dels=0.00;FS=3.173;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:335,0,145 chrXI 366581 . T C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=41;Dels=0.00;FS=5.141;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.454;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:41:99:306,0,144 chrXI 366681 . A C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.459;DP=40;Dels=0.00;FS=2.673;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.373;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:312,0,222 chrXI 366732 . A C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=7.34;ReadPosRankSum=-2.057;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:309,0,310 chrXI 366804 . T C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;DP=45;Dels=0.00;FS=8.659;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:172,0,523 chrXI 366808 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;DP=47;Dels=0.00;FS=8.333;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.947;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:175,0,501 chrXI 366840 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.663;DP=63;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.284;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:459,0,491 chrXI 366957 . C T 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;DP=74;Dels=0.00;FS=7.657;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:843,0,679 chrXI 366981 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.415;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=8.87;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:429,0,453 chrXI 367128 . A T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=59;Dels=0.00;FS=2.315;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:493,0,563 chrXI 367140 . G C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=56;Dels=0.00;FS=2.346;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:383,0,534 chrXI 367251 . A G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;DP=105;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:105:99:690,0,949 chrXI 367407 . T C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.358;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:60:99:536,0,390 chrXI 367533 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DP=58;Dels=0.00;FS=3.658;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.797;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:563,0,349 chrXI 367554 . C T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;DP=73;Dels=0.00;FS=6.499;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:796,0,472 chrXI 367626 . T C 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;DP=106;Dels=0.00;FS=4.804;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.587;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:1044,0,830 chrXI 367701 . A G 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.703;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.278;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:98:99:784,0,1049 chrXI 367753 . A G 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;DP=44;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.195;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:222,0,418 chrXI 367768 . C G 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DP=43;Dels=0.00;FS=11.035;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.548;QD=3.65;ReadPosRankSum=-3.023;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:43:99:187,0,341 chrXI 367787 . T C 35.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=29;Dels=0.00;FS=4.494;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.855;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.766;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:65:65,0,255 chrXI 367788 . C T 23.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=30;Dels=0.00;FS=4.645;HaplotypeScore=2.4116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.223;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.118;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:30:53:53,0,267 chrXI 367790 . G A 29.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=29;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=1.6229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.775;QD=1.00;ReadPosRankSum=2.291;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:59:59,0,274 chrXI 367833 . A T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.394;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:336,0,471 chrXI 367950 . T C 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;DP=87;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:948,0,632 chrXI 368071 . C T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:777,0,701 chrXI 368145 . C T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.857;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:41:99:570,0,182 chrXI 368193 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=52;Dels=0.00;FS=1.104;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.590;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:401,0,357 chrXI 368418 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.151;DP=74;Dels=0.00;FS=1.925;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:652,0,667 chrXI 368483 . G A 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=27;Dels=0.00;FS=3.492;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=4.37;ReadPosRankSum=2.196;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:148,0,281 chrXI 368486 . C G 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=30;Dels=0.00;FS=1.441;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.106;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:30:99:126,0,248 chrXI 369878 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DP=59;Dels=0.00;FS=3.576;HaplotypeScore=2.5584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:441,0,510 chrXI 371003 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;DP=51;Dels=0.00;FS=3.842;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=2.223;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.058;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:461,0,483 chrXI 371456 . A T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=77;Dels=0.00;FS=2.158;HaplotypeScore=41.0060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.417;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.120;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:428,0,422 chrXI 371503 . A G 1469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;DP=148;Dels=0.00;FS=13.172;HaplotypeScore=12.3804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.266;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,77:148:99:1499,0,1029 chrXI 371603 . C T 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DP=76;Dels=0.00;FS=2.116;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.047;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:954,0,581 chrXI 371802 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.758;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:692,0,800 chrXI 371814 . A C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.449;DP=81;Dels=0.00;FS=1.009;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.874;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:81:99:524,0,916 chrXI 372401 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.582;DP=54;Dels=0.00;FS=3.966;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:387,0,485 chrXI 372443 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=74;Dels=0.00;FS=3.320;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.849;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:602,0,576 chrXI 372458 . A G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=77;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=8.30;ReadPosRankSum=2.660;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:669,0,552 chrXI 372830 . G A 1926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=23.20;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1959,210,0 chrXI 372852 . T G 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DP=92;Dels=0.00;FS=6.610;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:833,0,844 chrXI 372878 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=64;Dels=0.00;FS=8.640;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.081;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:634,0,510 chrXI 372925 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DP=81;Dels=0.00;FS=0.982;HaplotypeScore=12.2184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.354;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:605,0,683 chrXI 373181 . C T 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.06;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1533,165,0 chrXI 373211 . A G 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.06;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1533,168,0 chrXI 373328 . C T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DP=58;Dels=0.00;FS=14.012;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:58:99:659,0,400 chrXI 373404 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=74;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:440,0,663 chrXI 373448 . G A 2215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=18.31;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2248,246,0 chrXI 373454 . A G 2041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=16.73;SB=-1.379e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:122:99:2074,234,0 chrXI 373556 . C T 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.705;DP=106;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=7.0642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.753;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,58:106:99:1025,0,727 chrXI 373559 . C T 2327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2360,255,0 chrXI 373638 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;DP=72;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.199;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:488,0,809 chrXI 374006 . A C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=72;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.132;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:693,0,620 chrXI 374056 . A G 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=19.44;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1744,195,0 chrXI 374090 . A G 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.834;DP=105;Dels=0.00;FS=4.007;HaplotypeScore=7.2716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.981;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:105:99:929,0,758 chrXI 374207 . C A 1573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.245;DP=209;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=20.0149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.646;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,95:209:99:1603,0,1964 chrXI 374254 . A T 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=123;Dels=0.00;FS=8.311;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,65:123:99:1117,0,1047 chrXI 374257 . T C 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=123;Dels=0.00;FS=8.309;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.259;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,57:123:99:1033,0,1024 chrXI 374280 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=100;Dels=0.00;FS=11.521;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.987;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.396;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:100:99:777,0,906 chrXI 374295 . G C 1716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=20.93;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:82:99:1749,195,0 chrXI 374363 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.575;DP=68;Dels=0.00;FS=5.024;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.324;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.748;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:436,0,636 chrXI 374399 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.083;DP=77;Dels=0.00;FS=18.879;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:664,0,625 chrXI 374480 . G T 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.817;DP=111;Dels=0.00;FS=3.940;HaplotypeScore=96.5913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.380;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.591;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:111:99:873,0,636 chrXI 374745 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;DP=59;Dels=0.00;FS=5.279;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:457,0,593 chrXI 374941 . C G 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=78;Dels=0.00;FS=8.114;HaplotypeScore=6.7901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.959;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:78:99:782,0,576 chrXI 375750 . A G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;DP=70;Dels=0.00;FS=4.886;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:756,0,458 chrXI 375794 . A G 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DP=75;Dels=0.00;FS=11.670;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=20.27;ReadPosRankSum=2.790;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:75:99:1553,174,0 chrXI 376286 . A C 2889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=22.75;SB=-1.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:127:99:2922,324,0 chrXI 376508 . T C 2825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2858,321,0 chrXI 376721 . A G 3469.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.374;DP=168;Dels=0.00;FS=9.167;HaplotypeScore=14.5574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=20.65;ReadPosRankSum=3.300;SB=-1.963e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,161:168:99:3469,399,0 chrXI 376732 . A T 1387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;DP=171;Dels=0.00;FS=6.604;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.907;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,87:171:99:1417,0,1714 chrXI 377373 . A G 3353.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=25.60;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3353,369,0 chrXI 377618 . T C 4009.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=179;Dels=0.00;FS=9.398;HaplotypeScore=10.2942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=22.40;ReadPosRankSum=2.422;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,177:179:99:4009,447,0 chrXI 377781 . C A 1923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=92;Dels=0.00;FS=3.882;HaplotypeScore=7.8983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=20.90;ReadPosRankSum=1.457;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1956,213,0 chrXI 377929 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.198;DP=82;Dels=0.00;FS=13.840;HaplotypeScore=10.4993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:82:99:537,0,703 chrXI 377954 . A C 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=18.54;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1776,207,0 chrXI 377975 . C G 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1819,207,0 chrXI 378422 . A G 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=22.99;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1849,204,0 chrXI 378458 . A G 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=22.96;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1893,210,0 chrXI 378519 . T G 2306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=114;Dels=0.00;FS=13.422;HaplotypeScore=6.6999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=1.266;QD=20.23;ReadPosRankSum=3.380;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:114:99:2339,255,0 chrXI 378531 . A G 2318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DP=117;Dels=0.00;FS=3.048;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=19.81;ReadPosRankSum=2.324;SB=-1.473e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:2351,264,0 chrXI 378602 . T G 2749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;QD=20.67;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2782,309,0 chrXI 378653 . T C 2257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=22.13;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:102:99:2290,255,0 chrXI 378664 . A T 1999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=18.86;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2032,222,0 chrXI 378856 . T C 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=20.77;ReadPosRankSum=1.596;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:103:99:2172,243,0 chrXI 378899 . C T 2444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=20.89;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2477,270,0 chrXI 378901 . T G 2405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.755;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2438,276,0 chrXI 378934 . A G 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=16.46;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:134:99:2238,255,0 chrXI 378957 . T C 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=13.01;ReadPosRankSum=2.377;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:136:99:1803,207,0 chrXI 378962 . T C 1883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=14.83;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:1916,219,0 chrXI 378999 . T C 2105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.92;MQ0=0;QD=13.49;SB=-1.603e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:156:99:2138,240,0 chrXI 379000 . T C 2080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.710;SB=-1.554e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,154:155:99:2113,237,0 chrXI 379146 . T G 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.70;MQ0=0;QD=11.75;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:1643,183,0 chrXI 379149 . G A 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=11.21;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:1513,162,0 chrXI 379173 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.783;DP=109;Dels=0.00;FS=2.687;HaplotypeScore=6.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.209;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:109:99:581,0,595 chrXI 379215 . T C 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1632,183,0 chrXI 379283 . G A 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.32;MQ0=0;QD=16.99;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1392,153,0 chrXI 379287 . C G 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.83;MQ0=0;QD=15.71;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:1557,177,0 chrXI 379301 . A G 2241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.78;MQ0=0;QD=17.93;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:2274,249,0 chrXI 379423 . A G 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=0;QD=20.77;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1196,135,0 chrXI 379434 . G A 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.49;MQ0=0;QD=22.45;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1133,120,0 chrXI 379453 . T G 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.49;MQ0=0;QD=21.06;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1107,123,0 chrXI 379628 . T A 555 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.31;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:588,66,0 chrXI 379650 . C T 507 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.18;MQ0=0;QD=18.78;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:540,60,0 chrXI 379891 . A T 896 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.92;MQ0=0;QD=19.91;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:929,99,0 chrXI 379892 . C T 141.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DP=47;Dels=0.00;FS=4.269;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.407;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.974;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:171,0,508 chrXI 379901 . T C 1099 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.61;MQ0=0;QD=18.95;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1132,129,0 chrXI 380146 . T C 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=18.83;ReadPosRankSum=1.659;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:83:918,83,0 chrXI 380172 . A T 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=14.11;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:75:654,75,0 chrXI 380511 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=31;Dels=0.00;FS=3.568;HaplotypeScore=2.6124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.727;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:319,0,252 chrXI 380602 . C T 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=23.16;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:612,63,0 chrXI 380707 . A C 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.641;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:81:725,81,0 chrXI 381058 . G A 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=17.53;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:594,66,0 chrXI 381581 . T A 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=45;Dels=0.00;FS=4.873;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.766;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:63:596,63,0 chrXI 381726 . T C 288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.08;MQ0=0;QD=19.20;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:321,36,0 chrXI 381937 . T C 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.946;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:157,0,424 chrXI 382255 . A T 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=19;Dels=0.00;FS=1.829;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:51:173,0,51 chrXI 382263 . G A 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:72:144,0,72 chrXI 382520 . G A 361.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.030;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.850;QD=7.37;ReadPosRankSum=-2.870;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:391,0,297 chrXI 382523 . G A 282.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.62;MQ0=0;MQRankSum=-5.054;QD=5.88;ReadPosRankSum=-3.160;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:312,0,327 chrXI 382913 . T C 142.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:172,0,128 chrXI 383052 . G A 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.49;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:910,99,0 chrXI 383133 . A G 404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=18.36;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:437,51,0 chrXI 383136 . A G 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=18.38;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:48:419,48,0 chrXI 383250 . C T 562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=16.06;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:66:595,66,0 chrXI 383295 . G A 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=16.57;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:48:414,48,0 chrXI 383334 . T G 417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:51:450,51,0 chrXI 383487 . G A 546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=23.74;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:579,63,0 chrXI 383538 . A G 399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=15.35;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:48:432,48,0 chrXI 383652 . G A 523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.68;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:60:556,60,0 chrXI 383706 . T C 403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=27;Dels=0.00;FS=6.576;HaplotypeScore=5.1162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=14.93;ReadPosRankSum=2.254;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:27:48:436,48,0 chrXI 384068 . A G 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.52;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:81:715,81,0 chrXI 384120 . G A 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=20.51;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:96:874,96,0 chrXI 384196 . C T 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=17.77;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1810,198,0 chrXI 384219 . G C 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=16.58;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:91:99:1542,174,0 chrXI 384228 . C T 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=19.45;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1414,150,0 chrXI 384386 . C A 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,36:57:99:692,0,258 chrXI 384453 . T C 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.26;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1634,180,0 chrXI 384492 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:740,0,432 chrXI 384558 . G A 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=21.42;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:697,72,0 chrXI 384573 . T C 513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=18.32;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:63:546,63,0 chrXI 384893 . C T 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=24.76;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:96:875,96,0 chrXI 385019 . A G 119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.406;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:15:99:149,0,144 chrXI 385037 . C T 303 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=20.20;SB=-8.153e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:336,36,0 chrXI 385315 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.859;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:425,0,330 chrXI 385341 . C T 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;QD=13.96;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:87:829,87,0 chrXI 385346 . C T 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.40;MQ0=0;QD=12.48;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:75:682,75,0 chrXI 385392 . A T 691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=58;Dels=0.00;FS=8.961;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.896;QD=11.91;ReadPosRankSum=2.365;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:81:724,81,0 chrXI 385419 . C T 676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.37;MQ0=0;QD=14.08;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:78:709,78,0 chrXI 385432 . T C 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=3.547;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=15.37;ReadPosRankSum=1.652;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:81:694,81,0 chrXI 385436 . T C 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=16.22;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:87:763,87,0 chrXI 385473 . G A 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.28;MQ0=0;QD=21.05;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:875,93,0 chrXI 385548 . A G 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;QD=17.50;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:87:768,87,0 chrXI 385580 . A C 10.45 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=47;Dels=0.02;FS=2.499;HaplotypeScore=133.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.49;MQ0=0;MQRankSum=2.169;QD=0.22;ReadPosRankSum=-2.837;SB=-4.080e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,3:46:18:40,0,18 chrXI 385609 . T G 395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=9.19;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:48:428,48,0 chrXI 385688 . G A 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=22.18;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1275,135,0 chrXI 385748 . T G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DP=56;Dels=0.00;FS=19.460;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=2.096;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:360,0,565 chrXI 385892 . A G 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.56;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1409,156,0 chrXI 385928 . A C 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=23.44;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1697,189,0 chrXI 386039 . T A 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=23.33;ReadPosRankSum=1.522;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1573,171,0 chrXI 386072 . C G 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.60;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1063,120,0 chrXI 386153 . A C 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=20.06;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:976,108,0 chrXI 386207 . C T 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1941,204,0 chrXI 386520 . A C 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=59;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.939;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:291,0,359 chrXI 386669 . T C 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=17.51;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1136,132,0 chrXI 387042 . A G 207.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.131;DP=55;Dels=0.00;FS=4.402;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.619;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:237,0,558 chrXI 387050 . C T 229.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=55;Dels=0.00;FS=2.591;HaplotypeScore=2.8725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.423;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:259,0,535 chrXI 387052 . A G 201.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.414;DP=55;Dels=0.00;FS=2.572;HaplotypeScore=2.8725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.582;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:231,0,555 chrXI 387069 . A G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.281;DP=60;Dels=0.00;FS=3.770;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.183;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:174,0,598 chrXI 387089 . C A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.854;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.978;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.587;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:213,0,659 chrXI 387148 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=66;Dels=0.00;FS=3.671;HaplotypeScore=21.1715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:66:99:292,0,712 chrXI 387173 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.225;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:58:99:303,0,231 chrXI 387224 . A T 321.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.884;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:351,0,706 chrXI 387426 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=39;Dels=0.00;FS=12.329;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=2.172;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:218,0,403 chrXI 388001 . G A 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:262,0,312 chrXI 388314 . A C 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=19.44;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:39:87:791,87,0 chrXI 388522 . C T 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.814;DP=114;Dels=0.00;FS=4.595;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:985,0,1027 chrXI 388737 . A G 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=23.43;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1650,180,0 chrXI 388947 . G T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=90;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=5.7153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:630,0,684 chrXI 389051 . A T 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=20.36;ReadPosRankSum=1.817;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1540,165,0 chrXI 389074 . A G 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1182,135,0 chrXI 389081 . G A 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.50;MQ0=0;QD=16.57;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1110,123,0 chrXI 389086 . T A 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.09;MQ0=0;QD=13.89;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:908,99,0 chrXI 389093 . T A 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=64;Dels=0.00;FS=3.075;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.34;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=12.98;ReadPosRankSum=2.334;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:93:864,93,0 chrXI 389135 . G A 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=7.95;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:61:54:518,54,0 chrXI 389148 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.267;DP=104;Dels=0.00;FS=1.682;HaplotypeScore=4.3259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.81;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=2.32;ReadPosRankSum=4.335;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,62:104:99:271,0,227 chrXI 389150 . A T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;DP=106;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=1.88;ReadPosRankSum=-5.556;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,40:106:99:229,0,316 chrXI 389222 . A G 1805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=81;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=3.5441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=22.28;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:1838,204,0 chrXI 389298 . G A 2305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=22.60;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2338,246,0 chrXI 389361 . C T 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=22.60;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1999,216,0 chrXI 389434 . C G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=66;Dels=0.00;FS=5.369;HaplotypeScore=9.0830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:536,0,471 chrXI 389544 . C T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;DP=77;Dels=0.00;FS=4.371;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.792;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:590,0,701 chrXI 389599 . C T 2187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.44;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:2220,237,0 chrXI 389917 . A G 1992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2025,219,0 chrXI 389926 . A G 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=88;Dels=0.00;FS=6.173;HaplotypeScore=1.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=22.42;ReadPosRankSum=2.828;SB=-1.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:2006,216,0 chrXI 389996 . C T 3042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=20.69;SB=-1.681e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:147:99:3075,330,0 chrXI 390146 . A G 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=22.88;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1726,198,0 chrXI 390188 . T G 1708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=77;Dels=0.00;FS=11.875;HaplotypeScore=6.5137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=22.18;ReadPosRankSum=2.386;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1741,195,0 chrXI 390536 . C T 1464 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=19.26;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1497,165,0 chrXI 390539 . G A 1457 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=19.17;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1490,162,0 chrXI 390540 . C T 1474 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=19.65;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1507,162,0 chrXI 390664 . C T 2990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=21.99;SB=-1.755e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:3023,324,0 chrXI 390693 . C G 2743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.73;SB=-1.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:139:99:2776,312,0 chrXI 390798 . A G 2777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=135;Dels=0.00;FS=6.072;HaplotypeScore=10.0059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=20.57;ReadPosRankSum=2.948;SB=-1.581e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,131:135:99:2810,312,0 chrXI 391146 . G A 2536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.417e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2569,273,0 chrXI 391161 . C T 2102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=20.41;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2135,231,0 chrXI 391712 . C T 1736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=18.08;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:96:99:1769,172,0 chrXI 391758 . T A 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1573,146,0 chrXI 391848 . C T 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.55;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2145,225,0 chrXI 391885 . T C 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=120;Dels=0.00;FS=8.388;HaplotypeScore=9.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;MQRankSum=1.794;QD=17.13;ReadPosRankSum=2.409;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:2089,234,0 chrXI 391941 . A G 1400 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=90;Dels=0.00;FS=9.941;HaplotypeScore=6.0542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=15.56;ReadPosRankSum=2.395;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1433,159,0 chrXI 391949 . A C 843 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.036;DP=77;Dels=0.01;FS=36.052;HaplotypeScore=2.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.708;QD=10.95;ReadPosRankSum=3.920;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:76:99:876,102,0 chrXI 391951 . G T 793 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.188;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.683;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:826,99,0 chrXI 391952 . C T 816 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=11.66;ReadPosRankSum=1.683;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:849,99,0 chrXI 391953 . A T 823 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=11.76;ReadPosRankSum=1.683;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:856,99,0 chrXI 391971 . C T 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.05;MQ0=0;QD=12.86;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:72:676,72,0 chrXI 392106 . C T 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.07;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1291,138,0 chrXI 392226 . A G 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=18.59;ReadPosRankSum=1.663;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:51:99:981,108,0 chrXI 392410 . A T 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=19.91;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1745,189,0 chrXI 392521 . T C 2106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=23.14;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2139,237,0 chrXI 392532 . G T 2087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2120,231,0 chrXI 392631 . G A 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.55;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:571,66,0 chrXI 392660 . T A 394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:48:427,48,0 chrXI 392685 . G A 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;DP=25;Dels=0.00;FS=4.559;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.082;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:252,0,209 chrXI 392864 . C T 1767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.95;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1800,192,0 chrXI 393129 . G A 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=19.24;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:976,108,0 chrXI 393144 . T C 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=57;Dels=0.00;FS=3.409;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.672;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1071,117,0 chrXI 393210 . G A 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=73;Dels=0.00;FS=5.106;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=1.781;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.617;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:572,0,514 chrXI 393245 . G A 1538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=19.22;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1571,180,0 chrXI 393433 . G A 1600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.33;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:75:99:1633,171,0 chrXI 393585 . C T 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.96;MQ0=0;QD=13.06;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:1561,171,0 chrXI 393593 . A G 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=13.47;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:1501,168,0 chrXI 393616 . T C 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;QD=16.26;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1366,156,0 chrXI 393642 . A G 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=16.28;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1238,141,0 chrXI 393718 . A G 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.63;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1829,201,0 chrXI 393822 . T C 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=16.85;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1516,177,0 chrXI 393899 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.979;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:390,0,520 chrXI 393915 . A G 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;DP=65;Dels=0.00;FS=4.548;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.119;QD=6.72;ReadPosRankSum=2.052;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:467,0,560 chrXI 394047 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.935;DP=57;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=12.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.951;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:448,0,368 chrXI 394136 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.889;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=7.84;ReadPosRankSum=-2.615;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:383,0,382 chrXI 394572 . A T 2674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=122;Dels=0.00;FS=4.357;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=21.92;ReadPosRankSum=1.646;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:122:99:2707,300,0 chrXI 394878 . T C 2277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=116;Dels=0.00;FS=3.050;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.408;QD=19.63;ReadPosRankSum=2.405;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:116:99:2310,258,0 chrXI 395017 . T C 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1107,129,0 chrXI 395025 . A C 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=15.63;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1143,126,0 chrXI 395041 . G A 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=15.46;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1038,108,0 chrXI 395065 . A G 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.323;DP=79;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=14.61;ReadPosRankSum=2.387;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:79:99:1187,138,0 chrXI 395161 . A G 2381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.70;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2414,267,0 chrXI 395566 . A G 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=21.98;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1813,201,0 chrXI 395650 . T C 2218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2251,255,0 chrXI 395770 . G A 2893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.71;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2926,318,0 chrXI 395794 . C T 2446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.44;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2479,273,0 chrXI 396036 . A G 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=20.75;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1465,159,0 chrXI 396283 . G A 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=12.73;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:81:733,81,0 chrXI 396469 . G T 2237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.72;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2270,243,0 chrXI 396726 . C G 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1267,141,0 chrXI 396781 . G A 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.69;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1585,177,0 chrXI 396861 . T C 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.783;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.182;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:742,0,1009 chrXI 397159 . G A 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=16.31;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:914,99,0 chrXI 397458 . C T 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=24.81;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1770,186,0 chrXI 397509 . G A 2043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=20.64;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2076,237,0 chrXI 397560 . G A 2085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=25.74;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2118,228,0 chrXI 397710 . A G 1657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;QD=18.83;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1690,189,0 chrXI 397717 . C T 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.20;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1703,186,0 chrXI 397723 . T C 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=17.14;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1541,168,0 chrXI 397781 . C T 2007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=17.61;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2040,213,0 chrXI 397815 . G A 3290.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:151:99:3290,360,0 chrXI 397890 . A G 2570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=21.42;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:120:99:2603,288,0 chrXI 397895 . C T 2305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=19.70;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2338,255,0 chrXI 397941 . C T 1436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.89;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1469,156,0 chrXI 397947 . C T 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=17.12;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1266,135,0 chrXI 397992 . A G 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.529;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:53:93:826,93,0 chrXI 398874 . C G 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.60;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1434,159,0 chrXI 398989 . T C 2045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=23.24;ReadPosRankSum=1.693;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:2078,234,0 chrXI 399060 . G A 2558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.47;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2591,270,0 chrXI 399815 . A G 2821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=22.39;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2854,315,0 chrXI 399858 . T C 2552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=115;Dels=0.00;FS=2.904;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=22.19;ReadPosRankSum=2.407;SB=-1.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:2585,288,0 chrXI 399903 . G A 2229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2262,240,0 chrXI 399930 . T C 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=18.47;SB=-1.310e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2379,270,0 chrXI 399948 . T C 2552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=18.76;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2585,288,0 chrXI 399987 . G A 2621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=18.08;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:145:99:2654,285,0 chrXI 400068 . C T 3643.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=22.35;SB=-2.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:163:99:3643,399,0 chrXI 400152 . A G 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DP=66;Dels=0.00;FS=6.027;HaplotypeScore=10.0198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=16.73;ReadPosRankSum=2.894;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1137,126,0 chrXI 400341 . C T 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=16.39;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1328,144,0 chrXI 400358 . C T 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=17.05;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1397,150,0 chrXI 400402 . T A 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=21.86;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1738,183,0 chrXI 400521 . G A 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.10;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1408,156,0 chrXI 400569 . T G 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=18.47;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1215,135,0 chrXI 400712 . C T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=31;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.371;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:99:229,0,285 chrXI 401736 . C T 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.29;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1088,123,0 chrXI 401769 . C G 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.40;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1167,129,0 chrXI 401890 . C G 519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=14.03;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60:552,60,0 chrXI 401921 . T A 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=14.09;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:54:498,54,0 chrXI 402086 . G A 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=19.78;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1398,153,0 chrXI 402355 . C T 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=19.03;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:81:756,81,0 chrXI 402427 . C T 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=19.52;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:931,99,0 chrXI 402484 . T C 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=18.53;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1701,189,0 chrXI 402723 . A G 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:597,66,0 chrXI 403091 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DP=54;Dels=0.00;FS=6.205;HaplotypeScore=8.9564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.402;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:480,0,371 chrXI 403407 . G T 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=16.87;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:573,63,0 chrXI 403482 . A G 2332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.82;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2365,264,0 chrXI 403713 . T C 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1060,117,0 chrXI 404302 . T C 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=82;Dels=0.00;FS=5.661;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=19.61;ReadPosRankSum=1.476;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1641,183,0 chrXI 404344 . A G 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.700;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:110:99:1949,222,0 chrXI 404440 . C T 3386.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=25.08;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:135:99:3386,366,0 chrXI 404696 . G A 4225.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.924e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:197:99:4225,462,0 chrXI 404773 . G A 3191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3224,342,0 chrXI 404905 . C G 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=21.95;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1745,195,0 chrXI 405007 . C T 2100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.21;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2133,225,0 chrXI 405331 . C A 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=19.12;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1276,141,0 chrXI 405337 . G A 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=18.41;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1303,138,0 chrXI 405361 . A C 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.54;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1518,168,0 chrXI 405409 . G A 2360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=18.02;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2393,258,0 chrXI 405592 . G A 2269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2302,258,0 chrXI 405871 . C G 2123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.44;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:99:99:2156,237,0 chrXI 405960 . A G 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.75;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1421,159,0 chrXI 406060 . G A 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=25.24;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1522,162,0 chrXI 406069 . G A 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=23.36;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1318,144,0 chrXI 406357 . T C 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=22.36;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1218,135,0 chrXI 406489 . A G 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.71;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1532,174,0 chrXI 406558 . A G 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.06;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1507,171,0 chrXI 406897 . G A 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.24;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1234,132,0 chrXI 407067 . A G 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2180,243,0 chrXI 407104 . T G 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=92;Dels=0.00;FS=6.868;HaplotypeScore=9.3406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=20.78;ReadPosRankSum=2.396;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:1945,219,0 chrXI 407274 . A G 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=106;Dels=0.00;FS=3.625;HaplotypeScore=5.7259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=19.71;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:2122,237,0 chrXI 407314 . T C 2698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2731,303,0 chrXI 407572 . T C 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=98;Dels=0.00;FS=6.443;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.625;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:98:99:2085,228,0 chrXI 408493 . T C 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.794;DP=72;Dels=0.00;FS=2.116;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=9.24;ReadPosRankSum=-2.695;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:695,0,545 chrXI 408636 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.379;DP=48;Dels=0.00;FS=4.494;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:397,0,357 chrXI 408938 . C T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=46;Dels=0.00;FS=6.254;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:385,0,453 chrXI 408960 . C G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DP=55;Dels=0.00;FS=6.274;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.480;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:418,0,483 chrXI 409333 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:60:99:389,0,621 chrXI 409377 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=75;Dels=0.00;FS=4.729;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:75:99:654,0,612 chrXI 409808 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=46;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=5.76;ReadPosRankSum=-2.377;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:295,0,336 chrXI 409950 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.595;DP=49;Dels=0.00;FS=21.115;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:423,0,433 chrXI 410208 . C T 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.450;DP=72;Dels=0.00;FS=5.050;HaplotypeScore=9.2080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:72:99:752,0,575 chrXI 410250 . G A 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;DP=104;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.189;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:104:99:1097,0,830 chrXI 410346 . A G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.767;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:735,0,865 chrXI 410388 . C T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.721;DP=84;Dels=0.00;FS=16.987;HaplotypeScore=4.3470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.587;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:833,0,836 chrXI 410472 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.399;DP=67;Dels=0.00;FS=16.096;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:619,0,551 chrXI 410677 . A G 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;DP=144;Dels=0.00;FS=0.617;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.091;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.360;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,69:144:99:1179,0,1051 chrXI 410730 . C T 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=113;Dels=0.00;FS=10.727;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,56:113:99:1084,0,929 chrXI 410781 . T G 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.535;DP=114;Dels=0.00;FS=12.455;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.772;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:114:99:834,0,1220 chrXI 410796 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.660;DP=107;Dels=0.00;FS=2.712;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:107:99:741,0,1123 chrXI 410848 . T C 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.122;DP=148;Dels=0.00;FS=0.609;HaplotypeScore=8.9169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,74:148:99:1180,0,1423 chrXI 410991 . A G 805.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.467;DP=107;Dels=0.00;FS=0.735;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:835,0,1143 chrXI 410995 . T C 671.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.287;DP=109;Dels=0.00;FS=4.894;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.549;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:109:99:701,0,1111 chrXI 411001 . C A 652.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;DP=106;Dels=0.00;FS=3.881;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.093;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,46:106:99:682,0,1187 chrXI 411118 . G A 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.826;DP=127;Dels=0.00;FS=3.195;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.567;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:127:99:1207,0,1088 chrXI 411183 . T C 1344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.202;DP=155;Dels=0.00;FS=10.450;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.066;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,75:155:99:1374,0,1417 chrXI 411351 . A G 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=92;Dels=0.00;FS=7.345;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:955,0,729 chrXI 411456 . T G 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.811;DP=150;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=13.7669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,76:150:99:1070,0,1105 chrXI 411637 . G A 1275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=127;Dels=0.00;FS=3.534;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,72:127:99:1305,0,965 chrXI 411643 . A G 1287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.255;DP=128;Dels=0.00;FS=3.507;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.455;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,71:128:99:1317,0,971 chrXI 411756 . T C 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=134;Dels=0.00;FS=2.187;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:134:99:1011,0,1294 chrXI 411997 . T C 1473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=177;Dels=0.00;FS=7.761;HaplotypeScore=9.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.829;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,90:177:99:1503,0,1538 chrXI 412238 . G A 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.735;DP=127;Dels=0.00;FS=1.495;HaplotypeScore=6.0091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,59:127:99:1062,0,1221 chrXI 412494 . C A 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.225;DP=110;Dels=0.00;FS=6.363;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.389;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:110:99:1068,0,821 chrXI 412504 . A G 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.726;DP=105;Dels=0.00;FS=9.775;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.897;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:105:99:957,0,793 chrXI 412587 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.150;DP=84;Dels=0.00;FS=3.042;HaplotypeScore=4.9647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:707,0,852 chrXI 412602 . C T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;DP=82;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=4.9155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:590,0,859 chrXI 412789 . T C 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.244;DP=129;Dels=0.00;FS=16.829;HaplotypeScore=16.8137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,56:129:99:839,0,1244 chrXI 413180 . T C 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.920;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:112:99:795,0,1156 chrXI 413234 . A T 1981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=21.07;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2014,216,0 chrXI 413439 . G T 2751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:2784,294,0 chrXI 413669 . G A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.155;DP=85;Dels=0.00;FS=1.787;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:85:99:854,0,794 chrXI 414169 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.768;DP=84;Dels=0.00;FS=9.524;HaplotypeScore=11.2914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,31:84:99:311,0,1055 chrXI 414179 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.113;DP=83;Dels=0.00;FS=7.938;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.123;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:83:99:282,0,1074 chrXI 414232 . G C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.293;DP=105;Dels=0.00;FS=6.058;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:105:99:605,0,875 chrXI 414336 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.840;DP=99;Dels=0.00;FS=6.616;HaplotypeScore=16.0373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=4.76;ReadPosRankSum=-2.132;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:99:99:501,0,782 chrXI 414688 . T C 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.838;DP=117;Dels=0.00;FS=0.700;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.109;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:117:99:1059,0,994 chrXI 415240 . G A 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=91;Dels=0.00;FS=7.273;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:735,0,745 chrXI 415294 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;DP=100;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=11.6347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:100:99:755,0,795 chrXI 415378 . A C 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.709;DP=99;Dels=0.00;FS=0.760;HaplotypeScore=6.1022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.829;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:836,0,936 chrXI 415407 . C T 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.061;DP=99;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.160;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:99:99:959,0,810 chrXI 415441 . T C 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:87:99:656,0,691 chrXI 415456 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DP=87;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.346;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:573,0,806 chrXI 415517 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DP=71;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:571,0,616 chrXI 415531 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=64;Dels=0.00;FS=8.669;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.632;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:64:99:575,0,500 chrXI 415542 . A G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.677;DP=57;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.978;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:544,0,463 chrXI 415738 . C T 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;DP=94;Dels=0.00;FS=6.932;HaplotypeScore=9.6420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:745,0,852 chrXI 415800 . T C 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=7.96;ReadPosRankSum=2.525;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:802,0,846 chrXI 415864 . C G 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;DP=85;Dels=0.00;FS=8.927;HaplotypeScore=8.2928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=9.41;ReadPosRankSum=2.052;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:830,0,644 chrXI 415894 . A G 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;DP=82;Dels=0.00;FS=4.411;HaplotypeScore=9.0717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:783,0,679 chrXI 416349 . A T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.017;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:692,0,570 chrXI 416398 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.000;DP=88;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.343;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:88:99:788,0,734 chrXI 416471 . T A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:535,0,879 chrXI 416779 . G T 1217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.634;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=10.58;ReadPosRankSum=-2.649;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,66:115:99:1247,0,925 chrXI 417049 . G A 1189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:122:99:1219,0,895 chrXI 417173 . C T 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DP=99;Dels=0.00;FS=5.203;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:99:99:1003,0,748 chrXI 417283 . T C 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.056;DP=107;Dels=0.00;FS=1.579;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.243;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.016;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:107:99:1140,0,860 chrXI 417398 . T C 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.889;DP=94;Dels=0.00;FS=5.595;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.304;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:94:99:961,0,772 chrXI 417408 . G A 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.690;DP=90;Dels=0.00;FS=7.470;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:1005,0,640 chrXI 417416 . G A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=87;Dels=0.00;FS=11.686;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:87:99:830,0,626 chrXI 417757 . G A 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=19.87;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1424,156,0 chrXI 418958 . C G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=64;Dels=0.00;FS=3.662;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:64:99:430,0,437 chrXI 419090 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.113;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:422,0,472 chrXI 419192 . A G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.375;DP=71;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.166;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:433,0,861 chrXI 419400 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=70;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.624;QD=5.31;ReadPosRankSum=-2.612;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:70:99:402,0,793 chrXI 419413 . A G 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.265;DP=66;Dels=0.00;FS=3.437;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:341,0,875 chrXI 420060 . G A 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=89;Dels=0.00;FS=9.920;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.688;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:89:99:751,0,571 chrXI 420104 . T C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;DP=115;Dels=0.00;FS=4.682;HaplotypeScore=12.7771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=6.03;ReadPosRankSum=2.490;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:115:99:723,0,784 chrXI 420245 . C A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;DP=53;Dels=0.00;FS=4.940;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=11.59;ReadPosRankSum=-1.392;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,37:53:99:644,0,229 chrXI 420643 . T G 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.994;DP=82;Dels=0.00;FS=2.280;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.087;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:505,0,739 chrXI 421142 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:598,0,667 chrXI 421231 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=70;Dels=0.00;FS=6.986;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=4.66;ReadPosRankSum=-2.106;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:70:99:356,0,589 chrXI 421239 . G T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=70;Dels=0.00;FS=8.508;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.022;QD=4.47;ReadPosRankSum=-2.157;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:343,0,574 chrXI 421433 . T C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=95;Dels=0.00;FS=0.851;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.915;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:711,0,1037 chrXI 421550 . T C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.606;DP=80;Dels=0.00;FS=4.316;HaplotypeScore=9.6997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:80:99:617,0,764 chrXI 421696 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=67;Dels=0.00;FS=10.801;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.006;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:391,0,663 chrXI 421905 . T A 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.791;DP=105;Dels=0.00;FS=3.877;HaplotypeScore=4.2159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:799,0,1141 chrXI 422051 . G T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=58;Dels=0.00;FS=1.042;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:670,0,314 chrXI 422154 . A C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=70;Dels=0.00;FS=1.107;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.599;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:314,0,530 chrXI 422960 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.497;DP=71;Dels=0.00;FS=2.197;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:428,0,686 chrXI 423496 . A T 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1924,213,0 chrXI 423977 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DP=95;Dels=0.00;FS=1.726;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:95:99:439,0,740 chrXI 424151 . G A 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=80;Dels=0.00;FS=8.042;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=3.107;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.487;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:862,0,492 chrXI 424217 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.645;DP=71;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=8.9961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.931;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:71:99:606,0,454 chrXI 424283 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=76;Dels=0.00;FS=7.743;HaplotypeScore=7.6206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:76:99:639,0,610 chrXI 424564 . C T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.944;DP=58;Dels=0.00;FS=9.451;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.260;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:571,0,276 chrXI 424739 . G T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.859;DP=60;Dels=0.00;FS=4.183;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=9.22;ReadPosRankSum=1.569;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:583,0,570 chrXI 424829 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;DP=55;Dels=0.00;FS=7.421;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:428,0,441 chrXI 424954 . C T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.523;DP=69;Dels=0.00;FS=17.950;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.018;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:438,0,570 chrXI 424958 . G A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.806;DP=66;Dels=0.00;FS=15.197;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.470;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:518,0,503 chrXI 425450 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=81;Dels=0.00;FS=3.763;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:479,0,763 chrXI 425593 . T C 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.084;DP=105;Dels=0.00;FS=6.478;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:105:99:822,0,827 chrXI 425985 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=48;Dels=0.00;FS=6.129;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.478;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:379,0,424 chrXI 426033 . A C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:312,0,350 chrXI 426199 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;DP=75;Dels=0.00;FS=4.544;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:596,0,773 chrXI 427151 . A G 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DP=96;Dels=0.00;FS=5.302;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.057;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:713,0,793 chrXI 427165 . G A 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.703;DP=93;Dels=0.01;FS=10.412;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:774,0,805 chrXI 427291 . T C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.640;DP=67;Dels=0.00;FS=10.160;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=3.075;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.314;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:707,0,492 chrXI 427367 . A G 1685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=18.93;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1718,195,0 chrXI 427568 . G T 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.523;DP=105;Dels=0.00;FS=1.654;HaplotypeScore=9.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.760;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:105:99:855,0,866 chrXI 427643 . A T 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=21.33;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2038,208,0 chrXI 428291 . G C 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=21.96;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1702,189,0 chrXI 428826 . A G 298.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.708;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:328,0,176 chrXI 429738 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.590;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.006;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:91:99:565,0,729 chrXI 429856 . C T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DP=66;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.680;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:609,0,372 chrXI 429886 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.089;DP=75;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.707;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:480,0,723 chrXI 429958 . C T 2259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.82;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2292,243,0 chrXI 430549 . C G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.790;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:73:99:404,0,777 chrXI 430572 . T G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;DP=71;Dels=0.00;FS=6.694;HaplotypeScore=7.9479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:393,0,676 chrXI 430641 . T C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;DP=142;Dels=0.00;FS=5.401;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.989;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,63:142:99:955,0,1142 chrXI 430806 . A T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=71;Dels=0.00;FS=6.341;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:528,0,549 chrXI 430831 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DP=90;Dels=0.00;FS=10.763;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.812;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:90:99:575,0,799 chrXI 430859 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.427;DP=89;Dels=0.00;FS=13.181;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:514,0,1036 chrXI 430903 . G T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DP=81;Dels=0.00;FS=1.956;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.708;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:81:99:496,0,832 chrXI 430973 . A G 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.505;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.222;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:107:99:860,0,900 chrXI 431172 . G T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:92:99:625,0,709 chrXI 431261 . C A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=49;Dels=0.00;FS=4.354;HaplotypeScore=23.7473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.972;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:397,0,426 chrXI 431262 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=49;Dels=0.00;FS=2.654;HaplotypeScore=24.5360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.435;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.165;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:366,0,465 chrXI 431353 . T A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.246;DP=69;Dels=0.00;FS=3.415;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.879;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:240,0,815 chrXI 431381 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=84;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.445;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:84:99:424,0,940 chrXI 431473 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;DP=112;Dels=0.00;FS=4.213;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,45:112:99:777,0,1266 chrXI 431506 . T A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=127;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=9.7474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.888;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.064;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:830,0,1417 chrXI 431518 . T A 1183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;DP=124;Dels=0.01;FS=3.843;HaplotypeScore=9.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.279;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,61:123:99:1213,0,890 chrXI 431520 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=125;Dels=0.02;FS=2.652;HaplotypeScore=15.1085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:123:99:792,0,1145 chrXI 431543 . G A 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=130;Dels=0.01;FS=3.026;HaplotypeScore=8.2086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.454;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,71:129:99:891,0,1168 chrXI 431610 . A G 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.260;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:808,0,1100 chrXI 431617 . G C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;DP=91;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.187;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:667,0,917 chrXI 431700 . C T 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;DP=48;Dels=0.00;FS=1.639;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:235,0,398 chrXI 431980 . G T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;DP=44;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.411;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:379,0,382 chrXI 432094 . A T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DP=50;Dels=0.00;FS=5.868;HaplotypeScore=2.5769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.030;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:374,0,528 chrXI 432256 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.993;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:332,0,308 chrXI 432282 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:303,0,312 chrXI 432569 . C G 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.42;MQ0=0;QD=21.87;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:886,99,0 chrXI 432748 . A G 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=87;Dels=0.00;FS=5.651;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.535;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:87:99:845,0,517 chrXI 432897 . T G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DP=46;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,32:46:99:691,0,173 chrXI 433337 . T A 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;DP=107;Dels=0.00;FS=3.031;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:777,0,856 chrXI 433630 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DP=42;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:380,0,344 chrXI 433721 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.093;DP=59;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:59:99:263,0,540 chrXI 433722 . T A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;DP=61;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:298,0,485 chrXI 433806 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:76:99:430,0,511 chrXI 434001 . C T 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=19.34;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:942,102,0 chrXI 434444 . G T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.353;DP=74;Dels=0.00;FS=1.228;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:686,0,700 chrXI 434756 . A G 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.722;DP=93;Dels=0.00;FS=12.107;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=21.16;ReadPosRankSum=3.654;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:2001,222,0 chrXI 434977 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DP=52;Dels=0.02;FS=2.388;HaplotypeScore=9.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:343,0,456 chrXI 434978 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;DP=53;Dels=0.02;FS=2.388;HaplotypeScore=9.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=5.30;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:311,0,429 chrXI 435084 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.728;DP=114;Dels=0.00;FS=11.665;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=6.15;ReadPosRankSum=-2.061;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:114:99:731,0,1031 chrXI 435648 . A G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=40;Dels=0.00;FS=2.895;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:364,0,279 chrXI 436906 . T C 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.377;DP=134;Dels=0.00;FS=0.692;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,57:134:99:933,0,1581 chrXI 437524 . T G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.229;DP=66;Dels=0.00;FS=5.309;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:66:99:390,0,801 chrXI 438455 . C G 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.93;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1042,117,0 chrXI 439973 . G A 61.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=37;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.757;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:91:91,0,419 chrXI 440977 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=55;Dels=0.00;FS=3.890;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.978;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:421,0,557 chrXI 442264 . G A 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=71;Dels=0.00;FS=3.439;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:690,0,407 chrXI 442302 . T G 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=17.94;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1414,156,0 chrXI 442724 . A T 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;DP=104;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.642;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:877,0,870 chrXI 442829 . C T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.600;DP=93;Dels=0.00;FS=1.700;HaplotypeScore=6.7366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:93:99:821,0,805 chrXI 443215 . C G 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.63;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1569,177,0 chrXI 443498 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=40;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=9.18;ReadPosRankSum=-2.216;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:397,0,278 chrXI 443630 . T C 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=20.47;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:913,105,0 chrXI 443807 . A G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;DP=48;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.579;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:294,0,560 chrXI 444125 . T C 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=20.71;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1048,117,0 chrXI 444152 . T C 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=18.39;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:934,105,0 chrXI 444997 . T C 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.306;DP=136;Dels=0.00;FS=11.317;HaplotypeScore=12.0080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.002;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.790;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,68:136:99:1144,0,1185 chrXI 445026 . T C 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.113;DP=116;Dels=0.00;FS=10.469;HaplotypeScore=8.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:116:99:1098,0,975 chrXI 445342 . T C 1203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=4.357;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=20.05;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1236,141,0 chrXI 445373 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=31;Dels=0.00;FS=1.367;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:31:99:251,0,245 chrXI 445854 . T C 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.848;DP=87;Dels=0.00;FS=3.602;HaplotypeScore=11.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:773,0,749 chrXI 446381 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;DP=72;Dels=0.00;FS=7.838;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=4.42;ReadPosRankSum=-2.104;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:72:99:348,0,779 chrXI 446493 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=9.90;ReadPosRankSum=-2.115;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:753,0,429 chrXI 446566 . G A 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=15.30;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:90:798,90,0 chrXI 446828 . T C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.018;DP=81;Dels=0.00;FS=2.297;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:499,0,1042 chrXI 446892 . A G 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=86;Dels=0.00;FS=8.912;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=21.76;ReadPosRankSum=2.388;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:86:99:1904,210,0 chrXI 447048 . A G 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.46;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2309,258,0 chrXI 447357 . C T 3565.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=26.02;SB=-1.783e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:3565,384,0 chrXI 447546 . T C 2227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.96;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2260,246,0 chrXI 447605 . T C 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=101;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=9.7474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=19.84;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2037,225,0 chrXI 447666 . T C 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.108;DP=134;Dels=0.00;FS=3.135;HaplotypeScore=11.2524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.989;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:134:99:916,0,1438 chrXI 448103 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;DP=70;Dels=0.00;FS=11.395;HaplotypeScore=11.5918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:583,0,506 chrXI 448144 . G A 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=73;Dels=0.00;FS=6.474;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:689,0,530 chrXI 448608 . G C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=54;Dels=0.00;FS=4.291;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.403;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.752;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:506,0,322 chrXI 449092 . G A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;DP=51;Dels=0.00;FS=2.465;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=1;MQRankSum=-1.020;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:575,0,343 chrXI 449495 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.593;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:502,0,430 chrXI 449753 . C T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.509;DP=47;Dels=0.00;FS=4.293;HaplotypeScore=8.8461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:393,0,314 chrXI 450210 . C A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=79;Dels=0.00;FS=1.888;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.824;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:519,0,843 chrXI 450227 . C T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.264;DP=77;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.916;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:467,0,881 chrXI 450579 . G A 1135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DP=99;Dels=0.00;FS=9.859;HaplotypeScore=3.5086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:1165,0,786 chrXI 450846 . C A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.163;DP=70;Dels=0.00;FS=2.267;HaplotypeScore=9.6348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,44:70:99:743,0,278 chrXI 450921 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=39;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.274;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:386,0,144 chrXI 450942 . A T 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;DP=44;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.835;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:301,0,211 chrXI 450979 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DP=39;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:246,0,369 chrXI 450984 . G C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=39;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=4.2918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=2.055;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.818;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:39:99:342,0,196 chrXI 451012 . G T 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.54;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:957,105,0 chrXI 451041 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.568;DP=38;Dels=0.00;FS=1.227;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:261,0,385 chrXI 451283 . G A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=35;Dels=0.00;FS=7.555;HaplotypeScore=5.7522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:133,0,334 chrXI 451308 . C G 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;DP=29;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:29:99:111,0,227 chrXI 451419 . A G 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.595;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:45:419,45,0 chrXI 451772 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.577;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:373,0,361 chrXI 451819 . C A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DP=43;Dels=0.00;FS=1.351;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:43:99:470,0,286 chrXI 452302 . G C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;DP=68;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.809;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:710,0,520 chrXI 452388 . G A 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.056;DP=112;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:112:99:850,0,869 chrXI 452719 . C G 2029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.06;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:2062,237,0 chrXI 453079 . C T 2316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.45;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2349,246,0 chrXI 453381 . T C 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=19.68;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1371,159,0 chrXI 453487 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;DP=85;Dels=0.00;FS=7.175;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.878;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:607,0,857 chrXI 453612 . T C 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=21.59;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1566,174,0 chrXI 454007 . A G 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1792,201,0 chrXI 454373 . C T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=50;Dels=0.02;FS=1.275;HaplotypeScore=13.5951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=5.74;ReadPosRankSum=-2.928;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:317,0,483 chrXI 454594 . T C 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.97;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:851,93,0 chrXI 454947 . C G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=49;Dels=0.00;FS=1.100;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.831;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:406,0,381 chrXI 455417 . G A 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=19.49;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1514,159,0 chrXI 455430 . C T 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=20.10;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1500,159,0 chrXI 455811 . T A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.082;DP=92;Dels=0.00;FS=13.036;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.992;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:504,0,748 chrXI 455903 . A C 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=19.46;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1142,129,0 chrXI 455980 . A T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.834;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:471,0,294 chrXI 456143 . T A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=43;Dels=0.00;FS=1.523;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:366,0,222 chrXI 456602 . A G 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=23;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.484;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:235,0,117 chrXI 456734 . A G 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=17.02;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1105,123,0 chrXI 456743 . T C 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=73;Dels=0.00;FS=2.254;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.112;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:73:99:209,0,827 chrXI 456775 . C T 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.011;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.999;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:891,0,402 chrXI 456860 . G C 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=57;Dels=0.00;FS=2.508;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:57:99:666,0,270 chrXI 456866 . T C 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=20.91;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1183,132,0 chrXI 457115 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;DP=104;Dels=0.00;FS=4.965;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:104:99:624,0,1164 chrXI 457136 . C T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.502;DP=101;Dels=0.00;FS=0.757;HaplotypeScore=10.6802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.814;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:101:99:659,0,846 chrXI 457349 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.196;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:615,0,654 chrXI 457446 . C T 2488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=22.41;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2521,279,0 chrXI 457465 . G C 2290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=22.90;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2323,261,0 chrXI 457475 . G A 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.800;DP=122;Dels=0.00;FS=3.337;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=2.145;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.775;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:122:99:946,0,1039 chrXI 457579 . C A 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=108;Dels=0.00;FS=6.687;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.469;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:108:99:929,0,1143 chrXI 457680 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.742;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:584,0,861 chrXI 457702 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.954;DP=90;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=6.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:632,0,1010 chrXI 457721 . T C 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=90;Dels=0.00;FS=5.388;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:700,0,923 chrXI 457806 . G T 881.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.309;DP=136;Dels=0.00;FS=10.908;HaplotypeScore=8.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.837;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:136:99:911,0,1408 chrXI 457807 . G C 800.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;DP=134;Dels=0.00;FS=10.908;HaplotypeScore=8.0928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.670;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:134:99:830,0,1432 chrXI 457808 . A C 817.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.485;DP=137;Dels=0.00;FS=10.908;HaplotypeScore=10.4589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.670;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:137:99:847,0,1505 chrXI 458008 . A G 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.308;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:104:99:864,0,973 chrXI 458141 . G T 34.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=2;QD=2.19;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:16:9:67,9,0 chrXI 458522 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.955;DP=120;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.12;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,45:120:99:522,0,906 chrXI 458612 . T C 1035.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=139;Dels=0.00;FS=5.170;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.56;MQ0=5;MQRankSum=-0.835;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,64:139:99:1065,0,1200 chrXI 458675 . T A 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.471;DP=110;Dels=0.00;FS=4.117;HaplotypeScore=59.3280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.47;MQ0=0;MQRankSum=3.267;QD=9.79;ReadPosRankSum=-2.750;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,67:110:84:1110,84,0 chrXI 458734 . A G 1436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=144;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=26.2239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.916;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,76:144:99:1466,0,767 chrXI 458781 . C T 2851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2884,318,0 chrXI 459074 . G C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=77;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=5.9156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.362;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:575,0,604 chrXI 459142 . T C 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1674,192,0 chrXI 459200 . C T 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=22.79;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1742,189,0 chrXI 459217 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DP=62;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.056;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:552,0,590 chrXI 459289 . G T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DP=50;Dels=0.00;FS=16.668;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:357,0,500 chrXI 459306 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=50;Dels=0.00;FS=16.807;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.850;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:326,0,465 chrXI 459353 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DP=65;Dels=0.00;FS=6.611;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:402,0,593 chrXI 459567 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=77;Dels=0.00;FS=1.939;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.649;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:77:99:521,0,875 chrXI 459630 . C T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.218;DP=75;Dels=0.00;FS=0.953;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:561,0,859 chrXI 459646 . A C,G 1560.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.26;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,32,49:81:99:1620,895,805,725,0,614 chrXI 460085 . A T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.948;DP=112;Dels=0.00;FS=0.728;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:785,0,971 chrXI 460133 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;DP=101;Dels=0.00;FS=12.201;HaplotypeScore=13.8559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.340;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:101:99:746,0,751 chrXI 460324 . C T 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.650;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:107:99:889,0,764 chrXI 460350 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.574;DP=96;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:737,0,937 chrXI 460484 . G C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;DP=60;Dels=0.00;FS=5.329;HaplotypeScore=7.0525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:474,0,504 chrXI 460601 . G A 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:132:99:856,0,1175 chrXI 460642 . A G 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.550;DP=158;Dels=0.00;FS=3.739;HaplotypeScore=5.2390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,74:158:99:1097,0,1628 chrXI 460664 . A G 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DP=153;Dels=0.00;FS=0.632;HaplotypeScore=7.4009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.769;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,67:153:99:1099,0,1469 chrXI 460882 . C T 1495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.585;DP=175;Dels=0.00;FS=8.966;HaplotypeScore=10.4741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.326;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,91:175:99:1525,0,1391 chrXI 461146 . A G 1219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.943;DP=144;Dels=0.00;FS=6.177;HaplotypeScore=12.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,75:144:99:1249,0,1227 chrXI 461157 . T G 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DP=139;Dels=0.00;FS=3.024;HaplotypeScore=5.1308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.559;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,72:139:99:1126,0,1262 chrXI 461216 . C T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.519;DP=99;Dels=0.00;FS=2.729;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:99:99:570,0,793 chrXI 461628 . G A 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.122;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:104:99:933,0,1086 chrXI 461890 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.776;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:640,0,983 chrXI 462364 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.355;DP=66;Dels=0.00;FS=4.912;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.712;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:607,0,546 chrXI 462769 . A T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.219;DP=81;Dels=0.00;FS=13.497;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:473,0,865 chrXI 462779 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.257;DP=86;Dels=0.00;FS=12.319;HaplotypeScore=6.6852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:668,0,705 chrXI 462789 . A G 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;DP=86;Dels=0.00;FS=6.442;HaplotypeScore=4.9589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:86:99:641,0,703 chrXI 462819 . G A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DP=89;Dels=0.00;FS=6.073;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.442;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:89:99:686,0,674 chrXI 462985 . T A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=7.88;ReadPosRankSum=-2.216;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:440,0,326 chrXI 463364 . C T 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=46;Dels=0.00;FS=3.067;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:303,0,507 chrXI 463472 . T A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=29;Dels=0.00;FS=2.176;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.767;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:275,0,240 chrXI 463485 . A G 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=31;Dels=0.00;FS=16.246;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:252,0,262 chrXI 463621 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=33;Dels=0.00;FS=1.340;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:33:99:157,0,281 chrXI 463630 . T C 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=39;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=3.36;ReadPosRankSum=2.234;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:161,0,354 chrXI 463660 . C T 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=45;Dels=0.00;FS=16.304;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.606;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.657;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:246,0,321 chrXI 463722 . G T 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=48;Dels=0.00;FS=8.122;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:303,0,402 chrXI 463936 . T C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.456;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.317;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:432,0,568 chrXI 464063 . A C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;DP=26;Dels=0.00;FS=1.596;HaplotypeScore=3.4581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=5.35;ReadPosRankSum=1.344;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:169,0,115 chrXI 464192 . A G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.084;DP=37;Dels=0.00;FS=7.684;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:321,0,296 chrXI 464375 . A G 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.981;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:119,0,148 chrXI 464470 . G A 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=29;Dels=0.00;FS=1.638;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.873;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:29:84:84,0,109 chrXI 464717 . G A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.562;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:48:99:294,0,398 chrXI 464840 . C T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=32;Dels=0.00;FS=5.523;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.417;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.496;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:222,0,193 chrXI 464863 . A C 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.469;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.460;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:179,0,105 chrXI 465951 . A G 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=30;Dels=0.00;FS=15.964;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.33;ReadPosRankSum=2.009;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:280,0,157 chrXI 466582 . C A 1650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.695;DP=175;Dels=0.00;FS=0.566;HaplotypeScore=20.5057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,93:175:99:1680,0,1152 chrXI 466836 . T C 1493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.048;DP=175;Dels=0.00;FS=3.482;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.024;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,85:175:99:1523,0,1777 chrXI 467127 . T C 1961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=17.83;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:1994,222,0 chrXI 467162 . A G 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=19.31;ReadPosRankSum=1.629;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1983,222,0 chrXI 467237 . G A 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=19.92;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1706,189,0 chrXI 467243 . T C 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1653,183,0 chrXI 467309 . A G 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=5.883;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=22.98;ReadPosRankSum=1.676;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1458,162,0 chrXI 467328 . T C 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.67;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1416,156,0 chrXI 467504 . G A,C 1872.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.68;MQ0=0;QD=18.53;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,55,46:101:99:1932,916,784,1016,0,896 chrXI 467546 . A G 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=21.56;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1866,216,0 chrXI 467564 . T G 1739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=22.01;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1772,201,0 chrXI 467627 . C T 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=64;Dels=0.00;FS=4.014;HaplotypeScore=3.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:1191,109,0 chrXI 467651 . T C 1267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=70;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.611;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:70:99:1300,125,0 chrXI 467666 . A G 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=20.06;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1317,150,0 chrXI 467744 . A G 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=21.27;ReadPosRankSum=1.682;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:70:99:1522,168,0 chrXI 467777 . T C 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=3.661;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.644;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1589,180,0 chrXI 467786 . T A 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=19.36;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1582,171,0 chrXI 467982 . T G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;DP=81;Dels=0.00;FS=4.824;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.527;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:703,0,814 chrXI 468208 . T C 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DP=95;Dels=0.00;FS=5.362;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:865,0,673 chrXI 468315 . A T 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=20.18;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1789,201,0 chrXI 468581 . T C 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.45;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1214,132,0 chrXI 468702 . C T 768.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.735;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:798,0,558 chrXI 468708 . G A 1682 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=20.51;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1715,186,0 chrXI 468710 . G T 1532 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=19.39;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1565,174,0 chrXI 468793 . C T 932.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.081;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.353;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:88:99:962,0,840 chrXI 468988 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.909;DP=95;Dels=0.00;FS=19.932;HaplotypeScore=8.1332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=1.603;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.234;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:750,0,611 chrXI 469016 . A G 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.312;DP=110;Dels=0.00;FS=8.042;HaplotypeScore=13.0115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.042;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:110:99:873,0,723 chrXI 469130 . C T 4465.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.372e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:196:99:4465,480,0 chrXI 469133 . G A 1836.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.422;DP=190;Dels=0.00;FS=2.877;HaplotypeScore=8.2914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.626;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,106:190:99:1866,0,1520 chrXI 469134 . C T 1789.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DP=194;Dels=0.00;FS=2.828;HaplotypeScore=8.2914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.044;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,111:194:99:1819,0,1515 chrXI 469182 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.957;DP=116;Dels=0.00;FS=8.464;HaplotypeScore=8.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.726;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:116:99:485,0,1332 chrXI 469423 . C T 1902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.967;DP=189;Dels=0.01;FS=7.419;HaplotypeScore=34.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=2.331;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,100:187:99:1932,0,1497 chrXI 469480 . A G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=94;Dels=0.00;FS=1.710;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.523;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.588;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:94:99:630,0,1049 chrXI 469538 . T C 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=75;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:666,0,704 chrXI 469561 . G A 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.319;DP=103;Dels=0.00;FS=1.773;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.934;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:866,0,884 chrXI 469692 . A G 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.610;DP=139;Dels=0.00;FS=0.643;HaplotypeScore=3.3634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.328;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.033;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,57:139:99:964,0,1601 chrXI 469713 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.727;DP=118;Dels=0.00;FS=4.859;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.666;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.888;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:118:99:614,0,1304 chrXI 469719 . G C 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=18.20;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:105:99:1944,219,0 chrXI 469831 . C T 2121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.33;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2154,231,0 chrXI 470292 . G A 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=21.90;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1522,168,0 chrXI 470607 . C T 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.00;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2108,228,0 chrXI 470988 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.818;DP=50;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=4.68;ReadPosRankSum=2.119;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:264,0,438 chrXI 471365 . T G 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=17.63;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1073,120,0 chrXI 471378 . A C 925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.79;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:958,108,0 chrXI 471379 . C A,G 806.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.95;MQ0=0;QD=15.50;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,27,25:52:99:866,411,354,455,0,404 chrXI 471488 . T G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=96;Dels=0.00;FS=4.490;HaplotypeScore=6.7411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.004;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:96:99:797,0,667 chrXI 471654 . A T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DP=73;Dels=0.00;FS=9.105;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.555;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:493,0,629 chrXI 471663 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.151;DP=71;Dels=0.00;FS=11.280;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=7.14;ReadPosRankSum=3.067;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:537,0,676 chrXI 471993 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.546;DP=58;Dels=0.00;FS=14.758;HaplotypeScore=4.5305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=1.895;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.529;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:485,0,507 chrXI 472114 . A G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=94;Dels=0.00;FS=4.345;HaplotypeScore=12.8641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.598;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:94:99:750,0,736 chrXI 472219 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.173;DP=63;Dels=0.00;FS=5.313;HaplotypeScore=4.5438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.738;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:668,0,470 chrXI 472225 . C G 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=59;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=1.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:505,0,493 chrXI 472885 . T C 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.563;DP=128;Dels=0.00;FS=3.640;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.334;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:1134,0,1144 chrXI 472945 . C T 2155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=20.14;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2188,237,0 chrXI 473123 . T C 1148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=128;Dels=0.00;FS=14.958;HaplotypeScore=9.6702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=3.002;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.297;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,70:128:99:1178,0,757 chrXI 473247 . G A 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=116;Dels=0.00;FS=11.386;HaplotypeScore=11.2486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,69:116:99:983,0,620 chrXI 473351 . G A 1421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=169;Dels=0.00;FS=3.569;HaplotypeScore=12.0849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.553;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,89:169:99:1451,0,1280 chrXI 473414 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.673;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:119:99:549,0,1157 chrXI 473416 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.428;DP=119;Dels=0.00;FS=1.508;HaplotypeScore=9.6087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.863;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:119:99:598,0,1086 chrXI 473427 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;DP=109;Dels=0.00;FS=11.276;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.519;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:109:99:445,0,1183 chrXI 473465 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;DP=93;Dels=0.00;FS=35.767;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.119;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:93:99:278,0,904 chrXI 473531 . G T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;DP=83;Dels=0.00;FS=3.250;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:677,0,783 chrXI 473650 . G A 2825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=20.04;SB=-1.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2858,306,0 chrXI 473667 . C A 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;DP=129;Dels=0.00;FS=1.386;HaplotypeScore=16.0911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:129:99:922,0,1130 chrXI 473718 . C T 1006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.482;DP=103;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:1036,0,749 chrXI 473756 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=85;Dels=0.00;FS=1.764;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=3.109;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.075;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:691,0,663 chrXI 473777 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.269;DP=67;Dels=0.00;FS=8.385;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.742;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:458,0,463 chrXI 473796 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;DP=54;Dels=0.00;FS=5.587;HaplotypeScore=4.8092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=2.111;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.052;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:373,0,327 chrXI 473897 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.516;DP=63;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:498,0,387 chrXI 473954 . G A 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=120;Dels=0.00;FS=1.538;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.257;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:120:99:905,0,821 chrXI 474169 . C A 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.117;DP=70;Dels=0.00;FS=12.362;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.180;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:713,0,626 chrXI 474803 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.445;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:453,0,320 chrXI 474932 . A G 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=18.76;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:896,96,0 chrXI 474938 . G A 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=46;Dels=0.00;FS=8.763;HaplotypeScore=2.6141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:46:99:117,0,540 chrXI 475195 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:488,0,290 chrXI 475331 . C T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:247,0,241 chrXI 475354 . T G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.247;DP=42;Dels=0.00;FS=1.472;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:213,0,287 chrXI 475412 . A G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=51;Dels=0.00;FS=2.653;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:294,0,474 chrXI 475562 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=40;Dels=0.00;FS=12.712;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=6.20;ReadPosRankSum=2.346;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:278,0,407 chrXI 475709 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.872;DP=37;Dels=0.00;FS=1.614;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.036;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:526,0,236 chrXI 475733 . C T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.830;DP=44;Dels=0.00;FS=8.339;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.402;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:518,0,289 chrXI 476134 . A T 1421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DP=136;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=4.9948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,74:136:99:1451,0,1247 chrXI 476391 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=92;Dels=0.00;FS=3.489;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.438;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:542,0,529 chrXI 476611 . T A 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1325,141,0 chrXI 476798 . A G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.207;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:433,0,582 chrXI 476936 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.615;DP=51;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.017;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:363,0,326 chrXI 477203 . T C 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=17.16;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:69:582,69,0 chrXI 477574 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=35;Dels=0.00;FS=3.225;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:351,0,263 chrXI 477617 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:273,0,272 chrXI 477692 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=37;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:315,0,239 chrXI 478037 . A G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=43;Dels=0.00;FS=4.336;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:248,0,414 chrXI 478176 . G T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.548;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:474,0,224 chrXI 478313 . A G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;DP=36;Dels=0.00;FS=4.938;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:374,0,180 chrXI 478334 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=43;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.741;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.623;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:348,0,318 chrXI 478550 . A G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:272,0,201 chrXI 478643 . G A 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:81:99:672,0,720 chrXI 478682 . C T 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.082;DP=89;Dels=0.00;FS=2.890;HaplotypeScore=8.1310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:89:99:914,0,838 chrXI 478766 . A T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.291;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:724,0,792 chrXI 478806 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.866;DP=70;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=8.73;ReadPosRankSum=-2.067;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:641,0,564 chrXI 478973 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.043;DP=64;Dels=0.00;FS=5.514;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:497,0,578 chrXI 479040 . C T 1985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.85;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2018,219,0 chrXI 479187 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.747;DP=56;Dels=0.00;FS=3.969;HaplotypeScore=4.9245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:355,0,424 chrXI 479195 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.534;DP=55;Dels=0.00;FS=4.073;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.767;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:320,0,388 chrXI 479245 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:368,0,197 chrXI 479281 . C A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.919;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:230,0,255 chrXI 479380 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.069;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.550;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:274,0,481 chrXI 479482 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:403,0,294 chrXI 479521 . A G 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=21.62;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:768,87,0 chrXI 479989 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=39;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.775;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:39:99:350,0,326 chrXI 480055 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.243;DP=58;Dels=0.00;FS=7.461;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.429;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:644,0,268 chrXI 480386 . A G 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=79;Dels=0.00;FS=11.877;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:722,0,605 chrXI 480438 . A C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DP=63;Dels=0.00;FS=7.148;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:477,0,668 chrXI 480455 . A C 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=19.68;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1214,141,0 chrXI 481136 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=52;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:621,0,263 chrXI 481321 . A T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DP=47;Dels=0.00;FS=7.100;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.344;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:580,0,197 chrXI 481879 . A G 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:118:99:1005,0,989 chrXI 482009 . T C 1428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.782;DP=198;Dels=0.00;FS=3.692;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=7.21;ReadPosRankSum=-2.063;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,94:198:99:1458,0,1584 chrXI 482057 . T C 2301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.065;DP=258;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.173;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,138:258:99:2331,0,1693 chrXI 482087 . C A 2345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.798;DP=268;Dels=0.00;FS=1.496;HaplotypeScore=21.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,139:268:99:2375,0,2200 chrXI 482154 . A G 5167.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=227;Dels=0.00;FS=3.109;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=22.76;ReadPosRankSum=1.717;SB=-2.659e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,222:227:99:5167,573,0 chrXI 482182 . T C 3281.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=22.47;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.618e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,145:146:99:3281,372,0 chrXI 482277 . C G 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=17.33;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:1714,192,0 chrXI 482428 . T C 3148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.86;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:144:99:3181,354,0 chrXI 482531 . G A 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.346;DP=134;Dels=0.00;FS=0.676;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,67:134:99:1057,0,1216 chrXI 482546 . G A 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.904;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:123:99:917,0,1048 chrXI 482863 . G C 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=15.84;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:1775,198,0 chrXI 482864 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.117;DP=110;Dels=0.00;FS=4.868;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=5.82;ReadPosRankSum=-2.308;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:110:99:670,0,729 chrXI 482900 . A G 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=16.69;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:117:99:1986,222,0 chrXI 482943 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.012;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:502,0,593 chrXI 483131 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=60;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=2.769;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.312;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:60:99:607,0,345 chrXI 483169 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;DP=61;Dels=0.00;FS=8.900;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=6.34;ReadPosRankSum=2.055;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:417,0,614 chrXI 483198 . A T 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=72;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=3.182;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.740;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:623,0,483 chrXI 483350 . A G 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=22.85;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1861,207,0 chrXI 483400 . G A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.109;DP=81;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=7.5568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:553,0,695 chrXI 483401 . G A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.476;DP=82;Dels=0.00;FS=4.452;HaplotypeScore=9.9664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.741;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:82:99:594,0,672 chrXI 483577 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.038;DP=85;Dels=0.00;FS=5.510;HaplotypeScore=6.8429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=7.24;ReadPosRankSum=2.681;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:645,0,651 chrXI 483589 . G T 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;DP=101;Dels=0.00;FS=2.619;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.140;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:904,0,803 chrXI 483682 . C T 1362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.160;DP=135;Dels=0.00;FS=4.084;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.625;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,74:135:99:1392,0,1080 chrXI 483717 . C T 1287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DP=135;Dels=0.00;FS=10.896;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.830;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,75:135:99:1317,0,1125 chrXI 483740 . G A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.280;DP=111;Dels=0.00;FS=18.936;HaplotypeScore=8.0920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.817;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:796,0,1120 chrXI 483783 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.568;DP=73;Dels=0.00;FS=11.688;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.752;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:73:99:313,0,854 chrXI 483809 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;DP=60;Dels=0.00;FS=9.358;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.437;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:363,0,692 chrXI 483815 . C G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=63;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.555;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:63:99:348,0,590 chrXI 483858 . G A 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=21.52;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1819,192,0 chrXI 484090 . C T 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.878;DP=100;Dels=0.00;FS=8.189;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:100:99:938,0,754 chrXI 484132 . C T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DP=79;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=11.3042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:79:99:644,0,571 chrXI 484168 . A T 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=21.32;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1568,174,0 chrXI 484393 . G A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=76;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.271;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:650,0,645 chrXI 484474 . C T 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.90;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1559,168,0 chrXI 484615 . T C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.034;DP=83;Dels=0.00;FS=4.241;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:672,0,656 chrXI 484732 . T C 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=100;Dels=0.00;FS=0.804;HaplotypeScore=9.7105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.237;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:100:99:794,0,933 chrXI 484786 . A G 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DP=101;Dels=0.00;FS=1.692;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.979;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,40:101:99:728,0,1183 chrXI 484810 . G A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=96;Dels=0.00;FS=4.005;HaplotypeScore=7.7499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=7.83;ReadPosRankSum=-2.180;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:96:99:782,0,1095 chrXI 484887 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.866;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:646,0,618 chrXI 484948 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.820;DP=76;Dels=0.00;FS=4.595;HaplotypeScore=4.2781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:590,0,696 chrXI 485122 . A G 1397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.405;DP=132;Dels=0.00;FS=0.681;HaplotypeScore=9.8797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.928;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,75:132:99:1427,0,922 chrXI 485195 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.802;DP=75;Dels=0.00;FS=6.244;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.199;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:524,0,497 chrXI 485255 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:533,0,510 chrXI 485584 . G A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;DP=77;Dels=0.00;FS=17.183;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.585;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:77:99:669,0,348 chrXI 485630 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;DP=62;Dels=0.00;FS=7.236;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=5.66;ReadPosRankSum=1.428;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:381,0,680 chrXI 485635 . G C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=57;Dels=0.00;FS=5.483;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:583,0,419 chrXI 486335 . C T 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=21.86;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1869,204,0 chrXI 486368 . G A 1791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=22.67;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1824,195,0 chrXI 486393 . A G 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.22;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1900,213,0 chrXI 486704 . A G 2480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=20.84;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2513,285,0 chrXI 487013 . A T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=61;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.839;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.454;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:467,0,533 chrXI 487028 . G A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=75;Dels=0.00;FS=3.081;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.090;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:444,0,643 chrXI 487077 . C T 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.254;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=2.297;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:111:99:840,0,976 chrXI 487095 . G C 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=115;Dels=0.00;FS=0.715;HaplotypeScore=13.5686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.893;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:115:99:1042,0,787 chrXI 487238 . G T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.113;DP=90;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:849,0,754 chrXI 487297 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.313;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:573,0,1007 chrXI 487361 . T A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=96;Dels=0.00;FS=8.303;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:822,0,900 chrXI 487439 . A G 1237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;DP=156;Dels=0.00;FS=8.997;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.326;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,77:156:99:1267,0,1201 chrXI 487580 . T C 1756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.982;DP=152;Dels=0.00;FS=5.121;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.701;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,86:152:99:1786,0,1149 chrXI 487615 . C T 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.055;DP=145;Dels=0.00;FS=2.400;HaplotypeScore=10.6299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,62:145:99:814,0,1632 chrXI 487626 . C T 2897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=22.63;ReadPosRankSum=0.559;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2930,315,0 chrXI 487631 . G A 1459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.167;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=2.758;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,73:127:99:1489,0,701 chrXI 487649 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.771;DP=105;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.420;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:105:99:567,0,1173 chrXI 487726 . G A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.395;DP=97;Dels=0.00;FS=0.807;HaplotypeScore=1.6567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.865;QD=6.05;ReadPosRankSum=-2.542;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,39:97:99:617,0,1180 chrXI 487734 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.657;DP=100;Dels=0.00;FS=1.754;HaplotypeScore=2.4453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.922;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,39:100:99:598,0,1302 chrXI 487769 . G A 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.917;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.787;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:106:99:760,0,927 chrXI 488000 . G T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.727;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:397,0,415 chrXI 488186 . A G 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.89;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1259,144,0 chrXI 488282 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:90:99:607,0,852 chrXI 488294 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.002;DP=96;Dels=0.00;FS=4.423;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.977;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:96:99:634,0,1087 chrXI 488339 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.546;DP=82;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.438;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:537,0,686 chrXI 488573 . A G 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.447;DP=120;Dels=0.00;FS=1.472;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.076;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:120:99:961,0,1277 chrXI 488588 . A G 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.061;DP=120;Dels=0.00;FS=0.671;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.976;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:120:99:1058,0,1219 chrXI 488645 . A G 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DP=139;Dels=0.00;FS=8.932;HaplotypeScore=10.2214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.314;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,67:139:99:1088,0,1468 chrXI 488846 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:397,0,517 chrXI 488882 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=71;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.464;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:623,0,603 chrXI 489665 . C T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.062;DP=110;Dels=0.00;FS=0.719;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:872,0,987 chrXI 489732 . A T 3545.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.21;MQ0=0;QD=21.23;SB=-1.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:3545,387,0 chrXI 489820 . C T 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=14.58;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1272,132,0 chrXI 489879 . A T 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=17.39;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1685,195,0 chrXI 489903 . T C 2443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.361e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:117:99:2476,282,0 chrXI 489913 . T A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.963;DP=131;Dels=0.00;FS=0.646;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.824;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,66:131:99:943,0,1295 chrXI 489952 . G A 2955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.61;MQ0=0;QD=19.06;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:2988,330,0 chrXI 489958 . A G 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=153;Dels=0.00;FS=2.248;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.226;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.736;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,74:153:99:1020,0,1124 chrXI 490016 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DP=103;Dels=0.00;FS=27.780;HaplotypeScore=279.0737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.71;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.177;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:483,0,669 chrXI 490017 . A G 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.71;MQ0=0;QD=13.78;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1452,165,0 chrXI 490084 . G A 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1731,183,0 chrXI 490208 . T C 2541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DP=117;Dels=0.00;FS=7.793;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=21.72;ReadPosRankSum=2.408;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:117:99:2574,291,0 chrXI 490246 . C T 2563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=107.6446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=20.34;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2596,282,0 chrXI 490284 . G T 1596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.57;MQ0=0;QD=16.80;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:94:99:1629,174,0 chrXI 490311 . G A 92.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=77;Dels=0.00;FS=11.482;HaplotypeScore=7.2528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.121;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:122,0,914 chrXI 490312 . G A 103.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=77;Dels=0.00;FS=8.855;HaplotypeScore=7.2528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.641;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.969;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:133,0,877 chrXI 490320 . T C 853.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=78;Dels=0.00;FS=7.623;HaplotypeScore=6.7857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.92;MQ0=0;MQRankSum=2.727;QD=10.94;ReadPosRankSum=3.528;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:64:883,0,64 chrXI 490325 . C T 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=73;Dels=0.00;FS=7.516;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.829;QD=1.03;ReadPosRankSum=-3.055;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:105,0,857 chrXI 490335 . G A 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;QD=16.96;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1356,150,0 chrXI 490356 . T A 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;DP=81;Dels=0.00;FS=2.031;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.889;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.111;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,25:81:99:180,0,1028 chrXI 490374 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.062;DP=82;Dels=0.00;FS=3.182;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:440,0,879 chrXI 490500 . C T 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=98;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=6.2321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:896,0,597 chrXI 490506 . A T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.999;DP=101;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=8.5207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.979;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:478,0,981 chrXI 490531 . G T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.566;DP=98;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.647;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:689,0,723 chrXI 490578 . A G 1979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.867;DP=99;Dels=0.00;FS=2.607;HaplotypeScore=4.0045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=19.99;ReadPosRankSum=2.867;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:99:99:2012,225,0 chrXI 490666 . G C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=70;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=3.242;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:70:99:608,0,396 chrXI 490755 . C A 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.748;DP=117;Dels=0.00;FS=1.478;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.428;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:117:99:965,0,935 chrXI 490776 . A C 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.118;DP=111;Dels=0.00;FS=4.640;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.091;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:891,0,1011 chrXI 490822 . T A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;DP=87;Dels=0.00;FS=7.261;HaplotypeScore=6.5165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.735;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:780,0,575 chrXI 490933 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=60;Dels=0.00;FS=4.342;HaplotypeScore=9.0384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.973;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:328,0,618 chrXI 490945 . T A 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=6.097;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.672;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1138,123,0 chrXI 490946 . T C 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=18.81;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1105,123,0 chrXI 491161 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=35;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.622;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:178,0,444 chrXI 491191 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;DP=35;Dels=0.00;FS=8.346;HaplotypeScore=4.3770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:313,0,296 chrXI 491405 . G A 422.05 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;DP=45;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=80.7478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=2.968;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.057;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:45:17:452,0,17 chrXI 491647 . T A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.486;DP=77;Dels=0.00;FS=7.905;HaplotypeScore=14.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:564,0,656 chrXI 491873 . T C 2012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=91;Dels=0.00;FS=3.054;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=22.11;ReadPosRankSum=2.396;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:2045,234,0 chrXI 492251 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DP=70;Dels=0.00;FS=1.983;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.967;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.054;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:578,0,488 chrXI 492262 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.101;DP=66;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.154;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:550,0,476 chrXI 492542 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;DP=108;Dels=0.00;FS=1.532;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.786;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,46:108:99:653,0,1035 chrXI 493137 . G A 1197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.376;DP=105;Dels=0.00;FS=1.586;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.919;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:105:99:1227,0,764 chrXI 493230 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;DP=58;Dels=0.00;FS=2.297;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.037;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:368,0,592 chrXI 493329 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.016;DP=101;Dels=0.00;FS=3.684;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=7.04;ReadPosRankSum=-2.551;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:741,0,803 chrXI 493349 . T C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.351;DP=121;Dels=0.00;FS=2.293;HaplotypeScore=11.5612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.446;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,60:121:99:819,0,1031 chrXI 493355 . T C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.792;DP=121;Dels=0.00;FS=5.661;HaplotypeScore=9.7893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:121:99:842,0,916 chrXI 493865 . T C 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.180;DP=102;Dels=0.00;FS=6.181;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:844,0,928 chrXI 494125 . C A 1082.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;DP=121;Dels=0.00;FS=1.516;HaplotypeScore=8.4246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.496;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,60:121:99:1112,0,1010 chrXI 494133 . G A 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;DP=129;Dels=0.00;FS=2.335;HaplotypeScore=10.1727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,64:129:99:1150,0,1092 chrXI 494237 . T C 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.148;DP=105;Dels=0.00;FS=2.775;HaplotypeScore=8.9472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.402;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:105:99:1039,0,768 chrXI 494436 . T C 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.243;DP=119;Dels=0.00;FS=7.761;HaplotypeScore=6.8582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.900;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.129;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:119:99:830,0,964 chrXI 494571 . G A 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DP=126;Dels=0.00;FS=2.331;HaplotypeScore=12.0149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.848;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,65:126:99:1131,0,1049 chrXI 494622 . T A 2813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2846,303,0 chrXI 495036 . C T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.951;DP=100;Dels=0.00;FS=8.163;HaplotypeScore=7.2915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:100:99:922,0,748 chrXI 495081 . G A 1366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.465;DP=110;Dels=0.00;FS=2.578;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=2.639;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.370;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,71:110:99:1396,0,566 chrXI 495360 . G C 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=83;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.493;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:868,0,584 chrXI 495546 . C T 1138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.914;DP=124;Dels=0.00;FS=6.697;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:1168,0,1121 chrXI 495774 . G A 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;DP=109;Dels=0.00;FS=3.731;HaplotypeScore=8.6791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,63:109:99:1060,0,784 chrXI 495813 . A G 1776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;DP=176;Dels=0.01;FS=0.569;HaplotypeScore=27.4948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.249;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,97:174:99:1806,0,1150 chrXI 495820 . T A 1218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.677;DP=174;Dels=0.01;FS=1.212;HaplotypeScore=31.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.761;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,71:173:99:1248,0,1950 chrXI 495938 . G A 1223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.547;DP=154;Dels=0.03;FS=11.710;HaplotypeScore=54.4907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,79:150:99:1253,0,1231 chrXI 495985 . C T 1186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.023;DP=109;Dels=0.00;FS=4.305;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:109:99:1216,0,791 chrXI 495987 . A G 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=113;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.162;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:113:99:784,0,1190 chrXI 496185 . C T 1595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.290;DP=150;Dels=0.00;FS=6.665;HaplotypeScore=12.3905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.434;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,91:150:99:1625,0,864 chrXI 496275 . C T 1264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.828;DP=118;Dels=0.00;FS=4.639;HaplotypeScore=11.3610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,72:118:99:1294,0,682 chrXI 496317 . A T 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=128;Dels=0.00;FS=4.277;HaplotypeScore=11.2542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:128:99:815,0,1130 chrXI 496326 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.402;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.622;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:122:99:670,0,1116 chrXI 496395 . A G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.371;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.709;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,61:125:99:796,0,927 chrXI 496396 . G A 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.982;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.600;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.284;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,62:125:99:848,0,1061 chrXI 496416 . G A 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.381;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.172;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,62:119:99:902,0,1064 chrXI 496826 . G A 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.966;DP=123;Dels=0.00;FS=13.734;HaplotypeScore=12.0331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:123:99:789,0,1266 chrXI 497038 . T G 1128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DP=137;Dels=0.00;FS=2.237;HaplotypeScore=13.6289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=8.23;ReadPosRankSum=2.134;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,71:137:99:1158,0,1057 chrXI 497109 . A G 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;DP=133;Dels=0.00;FS=1.380;HaplotypeScore=12.6146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.140;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:133:99:1045,0,1271 chrXI 497181 . C T 1452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.256;DP=131;Dels=0.00;FS=6.160;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,75:131:99:1482,0,980 chrXI 497389 . C T 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=135;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=6.8347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,75:135:99:1207,0,929 chrXI 497500 . T C 1674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=169;Dels=0.00;FS=5.610;HaplotypeScore=13.4856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.168;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.383;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,88:169:99:1704,0,1237 chrXI 497576 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:83:99:623,0,900 chrXI 497626 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:433,0,654 chrXI 497655 . A C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DP=62;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.451;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:540,0,593 chrXI 497998 . T A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=74;Dels=0.00;FS=4.569;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:616,0,716 chrXI 498028 . T A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;DP=72;Dels=0.00;FS=6.248;HaplotypeScore=4.1937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:772,0,526 chrXI 498076 . A G 504.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.447;DP=65;Dels=0.00;FS=6.617;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:534,0,613 chrXI 498083 . G A 466.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.968;DP=65;Dels=0.00;FS=4.986;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.881;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:496,0,665 chrXI 498084 . G A 489.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.013;DP=65;Dels=0.00;FS=4.930;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=7.52;ReadPosRankSum=2.943;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:519,0,567 chrXI 498151 . A T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;DP=61;Dels=0.00;FS=5.145;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:586,0,331 chrXI 498163 . C T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=54;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:525,0,270 chrXI 498193 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.325;DP=48;Dels=0.00;FS=1.163;HaplotypeScore=6.2671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.686;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:439,0,250 chrXI 498304 . C T 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=17.50;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1048,117,0 chrXI 498394 . C T 1190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=15.66;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1223,129,0 chrXI 498571 . G C 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.986;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:93:99:771,0,843 chrXI 498712 . A T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.175;DP=61;Dels=0.00;FS=7.038;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=10.10;ReadPosRankSum=2.266;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:646,0,290 chrXI 498730 . G A 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;DP=74;Dels=0.00;FS=14.848;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.380;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:733,0,490 chrXI 498942 . C T 2707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:122:99:2740,291,0 chrXI 499111 . G C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DP=71;Dels=0.00;FS=21.756;HaplotypeScore=6.8565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:496,0,630 chrXI 499266 . A T 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:1836,201,0 chrXI 499300 . C T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=19.83;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1758,189,0 chrXI 499635 . T A 1379 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=14.52;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1412,150,0 chrXI 499641 . C T 1399 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=14.73;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1432,156,0 chrXI 499645 . A G 1301 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=13.69;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1334,150,0 chrXI 499816 . G A 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.08;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1677,183,0 chrXI 499999 . A G 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=20.78;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1467,162,0 chrXI 500101 . A G 3182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:138:99:3215,357,0 chrXI 500262 . C A 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=24.15;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1989,213,0 chrXI 500383 . T C 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=21.68;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2071,228,0 chrXI 500428 . A G 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.274;DP=114;Dels=0.00;FS=1.553;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:114:99:974,0,1013 chrXI 500443 . C T 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.785;DP=97;Dels=0.00;FS=5.322;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:856,0,794 chrXI 500485 . A T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;DP=98;Dels=0.00;FS=4.272;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=2.583;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.748;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,36:98:99:580,0,1285 chrXI 501178 . T C 378.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.503;DP=46;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=8.23;ReadPosRankSum=4.604;SB=-6.656e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,21:46:6:410,6,0 chrXI 501241 . A G 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.439;DP=78;Dels=0.00;FS=11.896;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.688;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:863,0,683 chrXI 501250 . T A 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=24.86;ReadPosRankSum=1.688;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1997,216,0 chrXI 501319 . T C 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.93;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1062,117,0 chrXI 501392 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.506;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:468,0,393 chrXI 501710 . A G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=103;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.003;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:797,0,920 chrXI 501881 . A G 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=105;Dels=0.00;FS=11.325;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.119;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:105:99:1011,0,802 chrXI 501970 . A G 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=18.54;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1294,144,0 chrXI 502007 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=67;Dels=0.00;FS=2.084;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.406;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:416,0,473 chrXI 502040 . T C 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=73;Dels=0.00;FS=3.193;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=17.53;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1313,147,0 chrXI 502121 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;DP=120;Dels=0.00;FS=0.697;HaplotypeScore=7.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.726;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,45:120:99:539,0,1316 chrXI 502496 . T C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.277;DP=78;Dels=0.00;FS=4.615;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:78:99:716,0,438 chrXI 502603 . A G 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.98;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1172,132,0 chrXI 502693 . C T 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.36;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:87:788,87,0 chrXI 502712 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=42;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:355,0,292 chrXI 502906 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.624;DP=79;Dels=0.00;FS=4.128;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.847;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:541,0,791 chrXI 503144 . A T 2168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.82;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2201,234,0 chrXI 503165 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.121;DP=77;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=5.75;ReadPosRankSum=-2.275;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:77:99:473,0,813 chrXI 503229 . G A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=18.73;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1925,213,0 chrXI 503618 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.822;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.198;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:65:99:677,0,468 chrXI 503668 . A G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=61;Dels=0.00;FS=5.835;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.105;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:667,0,477 chrXI 503732 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.278;DP=72;Dels=0.00;FS=2.298;HaplotypeScore=8.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.771;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:792,0,571 chrXI 504179 . A G 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.90;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1960,213,0 chrXI 504362 . T C 2057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.620;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:95:99:2090,234,0 chrXI 504450 . G A 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.457;DP=104;Dels=0.00;FS=3.718;HaplotypeScore=12.4355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.177;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:104:99:915,0,581 chrXI 504574 . T C 2560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=124;Dels=0.00;FS=5.682;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=20.65;ReadPosRankSum=2.943;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:124:99:2593,294,0 chrXI 504612 . T C 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.391;DP=129;Dels=0.00;FS=0.661;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.770;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,65:129:99:1019,0,1210 chrXI 504632 . G T 2877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.80;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2910,312,0 chrXI 504700 . T G 2288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=110;Dels=0.00;FS=2.691;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=20.80;ReadPosRankSum=2.405;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:110:99:2321,270,0 chrXI 504944 . G A 2602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.02;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2635,279,0 chrXI 505055 . A G 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;DP=114;Dels=0.00;FS=3.519;HaplotypeScore=6.7103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:114:99:1052,0,949 chrXI 505177 . T C 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;QD=17.64;SB=-1.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:1938,222,0 chrXI 505462 . A G 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=17.73;SB=-1.260e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2001,225,0 chrXI 505493 . C T 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.96;MQ0=0;QD=15.75;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1356,147,0 chrXI 505505 . A G 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.94;MQ0=0;QD=14.01;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1140,126,0 chrXI 505511 . G A 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.94;MQ0=0;QD=12.28;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1003,111,0 chrXI 505526 . G T 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.02;MQ0=0;QD=15.00;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1263,135,0 chrXI 505559 . C T 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;QD=16.68;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1134,120,0 chrXI 505564 . C T 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.19;MQ0=0;QD=15.32;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1136,126,0 chrXI 505640 . G A 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=18.43;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1102,117,0 chrXI 505715 . C T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=17.35;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1126,120,0 chrXI 505817 . C T 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=41;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.296;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:41:99:122,0,429 chrXI 506135 . C T 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.43;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:78:736,78,0 chrXI 506484 . A G 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=65;Dels=0.00;FS=3.748;HaplotypeScore=5.5952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=18.74;ReadPosRankSum=1.678;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1251,141,0 chrXI 506614 . A G 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=16.57;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:497,57,0 chrXI 506874 . T A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;DP=46;Dels=0.00;FS=11.509;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=4.76;ReadPosRankSum=-2.009;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:249,0,399 chrXI 506914 . C T 138.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:168,0,235 chrXI 507254 . G A 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.510;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:135,0,255 chrXI 507344 . A G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.419;DP=31;Dels=0.00;FS=3.634;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=8.19;ReadPosRankSum=-2.352;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:284,0,314 chrXI 507512 . C T 438.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=39;Dels=0.00;FS=5.127;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.369;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.954;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:468,0,206 chrXI 507516 . G A 437.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;DP=37;Dels=0.00;FS=3.169;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:467,0,185 chrXI 507521 . A G 437.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.650;DP=37;Dels=0.00;FS=5.356;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:467,0,197 chrXI 507608 . C T 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;DP=30;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:223,0,302 chrXI 507745 . G A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=53;Dels=0.00;FS=14.231;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:53:99:312,0,560 chrXI 507899 . C G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DP=52;Dels=0.00;FS=1.656;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.520;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:52:99:387,0,493 chrXI 507925 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=52;Dels=0.00;FS=1.753;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:422,0,510 chrXI 507968 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;DP=61;Dels=0.00;FS=11.439;HaplotypeScore=12.1504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.541;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:61:99:355,0,534 chrXI 508472 . G A 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=19.66;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1783,189,0 chrXI 508533 . C T 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=18.89;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1412,150,0 chrXI 508894 . T C 1440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.82;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1473,162,0 chrXI 508942 . C T 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=20.15;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1403,156,0 chrXI 509426 . C T 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=95;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.019;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:770,0,619 chrXI 509442 . T G 2102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=19.28;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2135,240,0 chrXI 510755 . A T 1591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=20.14;ReadPosRankSum=1.688;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1624,174,0 chrXI 510872 . G T 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DP=119;Dels=0.00;FS=0.711;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.013;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:1106,0,992 chrXI 510905 . C T 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=112;Dels=0.00;FS=3.992;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,64:112:99:1121,0,913 chrXI 511075 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.781;DP=66;Dels=0.00;FS=2.113;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:598,0,477 chrXI 511087 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.152;DP=65;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.020;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:590,0,488 chrXI 511186 . A G 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=19.45;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1647,186,0 chrXI 511303 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.605;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:490,0,399 chrXI 511327 . A G 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=20.26;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:965,108,0 chrXI 511345 . A C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.763;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.386;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:228,0,533 chrXI 511387 . G A 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.86;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1514,168,0 chrXI 511693 . T C 571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=21.96;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:66:604,66,0 chrXI 511838 . A T 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.8241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.632;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:75:654,75,0 chrXI 511926 . T A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=20.51;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1284,135,0 chrXI 512200 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.751;DP=40;Dels=0.00;FS=4.773;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:285,0,370 chrXI 512425 . G C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.385;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:393,0,405 chrXI 512449 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=49;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=7.55;ReadPosRankSum=2.330;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:400,0,368 chrXI 512653 . T C 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=37;Dels=0.00;FS=1.476;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:174,0,380 chrXI 512867 . C T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=41;Dels=0.00;FS=2.807;HaplotypeScore=4.0227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.484;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:259,0,325 chrXI 513097 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.704;DP=51;Dels=0.00;FS=2.697;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=2.414;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.244;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:523,0,461 chrXI 513184 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.785;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:204,0,375 chrXI 513418 . A T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DP=69;Dels=0.00;FS=11.360;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.602;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:575,0,386 chrXI 513425 . C G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DP=59;Dels=0.00;FS=10.477;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.87;MQ0=0;MQRankSum=2.416;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:339,0,478 chrXI 513430 . A C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.224;DP=58;Dels=0.00;FS=10.601;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.445;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:429,0,370 chrXI 513438 . A T 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.82;MQ0=0;QD=15.98;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:944,99,0 chrXI 513454 . G A,C 594.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.76;MQ0=0;QD=14.49;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,26,15:41:99:654,245,194,409,0,379 chrXI 513462 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=43;Dels=0.00;FS=15.228;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.664;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:43:99:352,0,212 chrXI 513482 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.401;DP=51;Dels=0.00;FS=19.085;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.193;QD=7.24;ReadPosRankSum=2.338;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:399,0,328 chrXI 513512 . A C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;DP=88;Dels=0.00;FS=35.447;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.754;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:623,0,896 chrXI 513535 . C G 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=93;Dels=0.00;FS=38.577;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=2.937;QD=6.83;ReadPosRankSum=-2.898;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:665,0,930 chrXI 513674 . C T 243.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=137;Dels=0.00;FS=37.870;HaplotypeScore=65.1660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.192;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,59:137:99:273,0,1562 chrXI 513762 . C T 721.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.482;DP=110;Dels=0.00;FS=4.217;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=3.981;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:110:99:751,0,790 chrXI 513808 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;DP=97;Dels=0.00;FS=9.308;HaplotypeScore=6.7474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.11;MQ0=0;MQRankSum=-5.280;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.495;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,57:97:99:384,0,697 chrXI 513809 . A C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=99;Dels=0.00;FS=4.569;HaplotypeScore=7.5361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.904;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.792;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:99:99:390,0,621 chrXI 514126 . T G 3218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.89;SB=-1.669e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:147:99:3251,360,0 chrXI 514212 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.641;DP=99;Dels=0.00;FS=8.010;HaplotypeScore=5.0544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=1.740;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.840;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:99:99:752,0,940 chrXI 514265 . T A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:522,0,397 chrXI 514518 . T C 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;MQ0=0;QD=15.07;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1043,117,0 chrXI 514669 . A G 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;DP=70;Dels=0.00;FS=3.143;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.135;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:441,0,509 chrXI 514792 . C T 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=90;Dels=0.00;FS=8.063;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:820,0,987 chrXI 515018 . C T 3354.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=24.30;SB=-1.415e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3354,357,0 chrXI 515098 . A G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.726;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=6.45;ReadPosRankSum=2.025;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:643,0,1101 chrXI 515387 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.341;DP=52;Dels=0.00;FS=1.086;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.335;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:52:99:429,0,187 chrXI 515435 . C A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:190,0,219 chrXI 515606 . G A 233.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=56;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.830;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:263,0,505 chrXI 515607 . T C 200.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.428;DP=56;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.780;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:230,0,551 chrXI 515611 . A G 220.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DP=56;Dels=0.00;FS=2.305;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.961;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:250,0,516 chrXI 515627 . T G 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=3.906;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.615;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1022,114,0 chrXI 515952 . C A 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:43:43,0,257 chrXI 516074 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.149;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.090;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:295,0,415 chrXI 516142 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DP=42;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=9.00;ReadPosRankSum=-2.233;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:408,0,191 chrXI 516429 . C G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;DP=35;Dels=0.00;FS=1.630;HaplotypeScore=3.9413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.279;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:35:99:323,0,189 chrXI 516535 . G A 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=18.47;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:735,78,0 chrXI 516541 . T C 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=15.97;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:72:640,72,0 chrXI 516614 . G C 264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=15.53;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:33:297,33,0 chrXI 517129 . T A 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;QD=25.43;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:81:745,81,0 chrXI 517143 . T C 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.20;MQ0=0;QD=25.00;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:81:758,81,0 chrXI 517179 . T C 401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:48:434,48,0 chrXI 517238 . C T 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.73;MQ0=0;QD=25.33;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:717,75,0 chrXI 517282 . T C 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=19.83;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:509,57,0 chrXI 517581 . T A 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.56;MQ0=13;QD=3.00;SB=-2.621e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,3:16:9:80,9,0 chrXI 517860 . T G 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.46;MQ0=0;QD=21.72;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:663,75,0 chrXI 517936 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.177;DP=42;Dels=0.00;FS=35.973;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.260;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.687;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,31:42:99:572,0,206 chrXI 518139 . T C 122.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.890;DP=36;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=6.5788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=3.39;ReadPosRankSum=2.115;SB=-2.153e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,28:36:21:155,21,0 chrXI 518221 . C T 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=20.13;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:657,72,0 chrXI 518262 . C T 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=25;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:184,0,263 chrXI 518390 . A G 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:207,0,265 chrXI 518577 . G A 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=21.83;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:666,72,0 chrXI 518583 . G A 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.007;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:139,0,371 chrXI 518593 . G A 503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=15.24;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:60:536,60,0 chrXI 518633 . T A 324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=25;Dels=0.00;FS=3.074;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=12.96;ReadPosRankSum=2.246;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:39:357,39,0 chrXI 519310 . A G 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.411;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:90:90,0,396 chrXI 519321 . A C 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.600;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:136,0,414 chrXI 519384 . G C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=96;Dels=0.00;FS=0.774;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.212;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:96:99:683,0,534 chrXI 519488 . A G 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.059;DP=111;Dels=0.00;FS=5.130;HaplotypeScore=3.8436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.280;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.150;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:936,0,1167 chrXI 519490 . A G 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.639;DP=113;Dels=0.00;FS=5.095;HaplotypeScore=6.2096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.181;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.180;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:113:99:947,0,1161 chrXI 519553 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=32;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.229;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:32:99:203,0,250 chrXI 519687 . C A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=53;Dels=0.00;FS=13.668;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:256,0,300 chrXI 519796 . T C 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;DP=68;Dels=0.00;FS=1.328;HaplotypeScore=26.7274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.782;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.667;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:68:99:120,0,205 chrXI 519799 . C T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=3.469;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.013;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:67:99:212,0,118 chrXI 519910 . G A 533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=15.23;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:566,63,0 chrXI 520210 . T C 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.523;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:69:607,69,0 chrXI 520276 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=40;Dels=0.00;FS=1.222;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:339,0,214 chrXI 520399 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=46;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:424,0,390 chrXI 520433 . A G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=48;Dels=0.00;FS=2.508;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:433,0,236 chrXI 520634 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DP=38;Dels=0.00;FS=1.670;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.418;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:314,0,194 chrXI 520834 . G A 1161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.266;DP=117;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.318;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,61:115:99:1191,0,1036 chrXI 521017 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,40:61:99:521,0,291 chrXI 521062 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:502,0,707 chrXI 521137 . C T 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.25;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1669,183,0 chrXI 521811 . A C 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DP=92;Dels=0.00;FS=4.052;HaplotypeScore=43.7685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.311;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:92:99:678,0,868 chrXI 521822 . A G 1141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.731;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.064;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:116:95:1171,0,95 chrXI 522077 . A G 1861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.91;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1894,210,0 chrXI 522139 . G A 1682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=21.56;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1715,186,0 chrXI 522153 . G A 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=18.51;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1199,129,0 chrXI 522169 . C A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.871;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.434;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:268,0,601 chrXI 522200 . T C 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=68;Dels=0.00;FS=8.327;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=17.76;ReadPosRankSum=2.376;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1241,138,0 chrXI 522560 . C G 622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=19.44;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:72:655,72,0 chrXI 522994 . C A 796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=23.41;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:829,87,0 chrXI 523140 . T C 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=15.13;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:90:835,90,0 chrXI 523149 . C T 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=11.88;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:81:710,81,0 chrXI 523152 . A C 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.509;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:93:834,93,0 chrXI 523410 . T A 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.85;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:963,102,0 chrXI 523718 . G A 256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=9.48;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:30:289,30,0 chrXI 524066 . A T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;DP=82;Dels=0.02;FS=45.091;HaplotypeScore=51.8496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=0.17;ReadPosRankSum=-1.877;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,23:80:44:44,0,368 chrXI 524076 . C T 170.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.839;DP=77;Dels=0.00;FS=59.650;HaplotypeScore=24.1315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=2.21;ReadPosRankSum=-5.615;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:200,0,637 chrXI 524191 . A G 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=21.75;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:990,117,0 chrXI 524202 . G A 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=21.28;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1097,120,0 chrXI 524346 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=2.199;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.733;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:439,0,191 chrXI 524403 . C T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=39;Dels=0.00;FS=3.581;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.983;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:39:99:388,0,239 chrXI 524433 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=32;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:213,0,278 chrXI 524487 . G A 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.073;DP=45;Dels=0.00;FS=3.307;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.122;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:80:80,0,531 chrXI 524771 . A G 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.754;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:243,0,174 chrXI 525489 . T A 361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=9.26;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:42:394,42,0 chrXI 525645 . T C 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;DP=35;Dels=0.00;FS=5.447;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:253,0,293 chrXI 526035 . C G 422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=19.18;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:455,51,0 chrXI 526065 . T C 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=16;Dels=0.00;FS=5.021;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.329;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-5.259e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:150,0,103 chrXI 526637 . A T 327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.17;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39:360,39,0 chrXI 526678 . A G 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=6.53;ReadPosRankSum=3.002;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:19:96:154,0,96 chrXI 527047 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=36;Dels=0.00;FS=1.767;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:265,0,294 chrXI 527357 . C T 528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=18.21;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:561,60,0 chrXI 527413 . T C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=22.47;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:752,84,0 chrXI 527464 . C A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=24.88;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:854,90,0 chrXI 527466 . T C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.923;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:262,0,294 chrXI 527498 . G C 201.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=15.46;SB=-1.349e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:27:234,27,0 chrXI 527511 . A G 275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.33;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:308,33,0 chrXI 527595 . A G 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=13.41;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:48:422,48,0 chrXI 527629 . T C 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=12.65;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:48:425,48,0 chrXI 527630 . C A 411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=13.26;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:48:444,48,0 chrXI 527758 . G T 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.47;MQ0=0;QD=10.39;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:93:833,93,0 chrXI 527886 . G A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=21;Dels=0.00;FS=4.359;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.036;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:216,0,114 chrXI 528174 . G A 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=12.11;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:47:66:602,66,0 chrXI 528401 . C G 322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.00;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:39:355,39,0 chrXI 528645 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DP=34;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:351,0,217 chrXI 528889 . G C 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=16.28;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:87:782,87,0 chrXI 528896 . C A 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=19.15;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:933,99,0 chrXI 529274 . C T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:253,0,325 chrXI 529834 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=45;Dels=0.00;FS=12.202;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.356;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:213,0,536 chrXI 529974 . C T 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;DP=36;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:164,0,393 chrXI 530052 . T A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;DP=65;Dels=0.00;FS=2.255;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:579,0,479 chrXI 530782 . G C 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.94;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:790,87,0 chrXI 531302 . A T 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.288;DP=132;Dels=0.00;FS=4.107;HaplotypeScore=9.8748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.720;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,66:132:99:1022,0,1091 chrXI 531450 . A G 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;DP=129;Dels=0.00;FS=1.404;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:129:99:990,0,1042 chrXI 531524 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.228;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.944;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:98:99:714,0,835 chrXI 531608 . C T 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.31;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1567,174,0 chrXI 532628 . C T 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=20.68;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1936,207,0 chrXI 532679 . G A 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=73;Dels=0.00;FS=6.405;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.550;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:523,0,577 chrXI 534003 . T C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.819;DP=98;Dels=0.00;FS=5.719;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.953;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:98:99:711,0,839 chrXI 534398 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.411;DP=58;Dels=0.00;FS=3.662;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.033;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:58:99:479,0,270 chrXI 535201 . T C 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.23;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1033,114,0 chrXI 535267 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=61;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:492,0,427 chrXI 535579 . G T 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=20.83;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1012,114,0 chrXI 535712 . T C 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=15.89;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:891,99,0 chrXI 535949 . C G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=36;Dels=0.00;FS=2.880;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.003;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:304,0,170 chrXI 535976 . G C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:229,0,369 chrXI 536766 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.982;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:89:99:730,0,687 chrXI 536945 . A G 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.39;SB=-9.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1802,201,0 chrXI 537672 . G A 2949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:2982,321,0 chrXI 537837 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=90;Dels=0.00;FS=8.528;HaplotypeScore=11.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=4.69;ReadPosRankSum=2.171;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:452,0,893 chrXI 538650 . C A 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=133;Dels=0.00;FS=8.306;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.760;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,79:133:99:1060,0,695 chrXI 538933 . G A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=91;Dels=0.00;FS=1.844;HaplotypeScore=5.7421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:91:99:783,0,814 chrXI 539120 . T C 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=21.49;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1559,174,0 chrXI 539491 . C T 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.484;DP=109;Dels=0.00;FS=2.642;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,68:109:99:1140,0,670 chrXI 539613 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.601;DP=68;Dels=0.00;FS=4.913;HaplotypeScore=6.2838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:515,0,522 chrXI 539661 . G A 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=18.77;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1234,135,0 chrXI 539877 . A G 1988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=19.68;ReadPosRankSum=1.698;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2021,225,0 chrXI 539882 . G A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.982;DP=105;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:105:99:741,0,908 chrXI 540072 . T C 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=19.08;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:739,84,0 chrXI 540723 . C T 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=25.74;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1526,159,0 chrXI 540875 . G C 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=17.00;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1461,165,0 chrXI 540879 . G A 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=15.20;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1340,150,0 chrXI 540987 . C A 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:896,99,0 chrXI 541354 . C T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.76;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1126,120,0 chrXI 541571 . G C 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.36;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1341,150,0 chrXI 541792 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=58;Dels=0.00;FS=3.764;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.414;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:425,0,558 chrXI 541941 . G C 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.46;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1192,132,0 chrXI 541976 . T C 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=19.90;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:869,96,0 chrXI 542352 . C T 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.37;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:807,90,0 chrXI 542597 . T C 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=18.82;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:993,111,0 chrXI 542924 . G C 1634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.42;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1667,189,0 chrXI 542955 . C T 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.23;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1611,174,0 chrXI 543193 . A G 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=16.08;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96:869,96,0 chrXI 543203 . G A 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=18.51;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:940,99,0 chrXI 543396 . C T 2062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.94;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2095,225,0 chrXI 543609 . A T 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.97;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1747,183,0 chrXI 543728 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:56:99:419,0,418 chrXI 543766 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=60;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.260;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:453,0,388 chrXI 543841 . T C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.217;DP=75;Dels=0.00;FS=4.563;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.535;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:75:99:536,0,746 chrXI 543951 . T C 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.46;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1253,138,0 chrXI 544019 . C T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=62;Dels=0.00;FS=7.035;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.191;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:396,0,629 chrXI 544124 . A T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DP=71;Dels=0.00;FS=6.440;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:545,0,590 chrXI 544374 . A T 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;DP=117;Dels=0.00;FS=4.673;HaplotypeScore=8.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:117:99:957,0,1179 chrXI 544557 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=47;Dels=0.00;FS=2.654;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:257,0,434 chrXI 544580 . C T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=49;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:392,0,418 chrXI 544682 . C A 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.761;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.398;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:104:99:910,0,772 chrXI 544698 . G T 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=111;Dels=0.00;FS=0.726;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.591;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.587;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:873,0,787 chrXI 544856 . G T 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.934;DP=76;Dels=0.00;FS=11.809;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:696,0,676 chrXI 545136 . C G 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=23.68;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1833,204,0 chrXI 545315 . A C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.290;DP=88;Dels=0.00;FS=7.546;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:88:99:702,0,752 chrXI 545405 . T C 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=23.93;ReadPosRankSum=1.692;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2091,231,0 chrXI 545416 . G A 1967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=23.14;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2000,213,0 chrXI 545874 . C T 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=25.12;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1490,159,0 chrXI 545963 . T C 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=22.70;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1713,189,0 chrXI 546387 . C A 1939 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=19.20;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1972,213,0 chrXI 546391 . A T 769.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.961;DP=103;Dels=0.00;FS=6.692;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.785;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,63:103:99:799,0,633 chrXI 546394 . C A 806.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.469;DP=96;Dels=0.00;FS=8.914;HaplotypeScore=7.1429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,59:96:99:836,0,543 chrXI 546403 . G A 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DP=99;Dels=0.00;FS=3.847;HaplotypeScore=7.3055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=16.94;ReadPosRankSum=0.911;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:1710,186,0 chrXI 546444 . G A 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.82;MQ0=0;QD=15.51;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1289,141,0 chrXI 546456 . G A 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.326;DP=77;Dels=0.00;FS=6.027;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.660;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:358,0,628 chrXI 546501 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.266;DP=86;Dels=0.00;FS=2.987;HaplotypeScore=11.4044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:86:99:554,0,845 chrXI 546559 . C T 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.776;DP=110;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=15.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.602;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:855,0,860 chrXI 546589 . C A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=112;Dels=0.00;FS=5.032;HaplotypeScore=8.0357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:112:99:706,0,948 chrXI 546936 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=67;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=3.4630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=1.751;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:618,0,534 chrXI 547076 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.969;DP=73;Dels=0.00;FS=10.714;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.973;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:453,0,889 chrXI 547133 . A G 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=22.27;ReadPosRankSum=1.594;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1703,186,0 chrXI 547574 . T A 2007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=18.41;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2040,216,0 chrXI 547855 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.488;DP=72;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=7.8891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:606,0,571 chrXI 547921 . C A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=56;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.107;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:614,0,417 chrXI 548047 . A T 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.098;DP=139;Dels=0.00;FS=3.255;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,57:139:99:863,0,1481 chrXI 548064 . C T 2717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=20.58;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2750,309,0 chrXI 548122 . G A 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.251;DP=87;Dels=0.00;FS=4.365;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:87:99:367,0,1015 chrXI 548175 . A G 1930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.98;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1963,219,0 chrXI 548301 . A C 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1810,201,0 chrXI 548668 . C T 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=22.25;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1279,138,0 chrXI 548697 . A G 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=21.88;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1499,165,0 chrXI 549094 . A T 1957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1990,210,0 chrXI 549098 . T A 1971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=99;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.80;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=19.91;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2004,207,0 chrXI 549235 . T G 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=22.63;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1889,216,0 chrXI 549266 . G A 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=22.94;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1983,216,0 chrXI 549422 . G A 2216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.90;MQ0=0;QD=20.15;SB=-1.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2249,240,0 chrXI 549435 . G T 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=16.93;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1861,207,0 chrXI 549438 . C T 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.71;MQ0=0;QD=16.36;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1653,183,0 chrXI 549464 . A C 1382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=94;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=75.3302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=14.70;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:94:99:1415,159,0 chrXI 549543 . G A 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=20.98;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1732,183,0 chrXI 549575 . C T 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.69;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1881,198,0 chrXI 549752 . G A 1179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=21.44;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1212,132,0 chrXI 550068 . T C 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=19.38;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:905,102,0 chrXI 550089 . C T 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.50;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1263,135,0 chrXI 550227 . T C 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.59;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1614,186,0 chrXI 550278 . C T 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=21.39;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:96:910,96,0 chrXI 550329 . A G 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=22.07;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:673,75,0 chrXI 550359 . C T 493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=19.72;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:526,60,0 chrXI 550408 . T A 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.55;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1228,132,0 chrXI 551004 . C T 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=22.32;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1551,165,0 chrXI 551284 . C T 2792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=25.38;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2825,303,0 chrXI 551392 . T C 2519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=136;Dels=0.00;FS=13.652;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=18.52;ReadPosRankSum=2.903;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,132:136:99:2552,285,0 chrXI 551512 . G T 2883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=22.70;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2916,312,0 chrXI 551750 . T C 2264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=22.42;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2297,255,0 chrXI 551797 . A T 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=19.91;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1646,180,0 chrXI 551886 . G T 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=20.73;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1878,198,0 chrXI 551893 . C T 1649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=18.95;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:1682,177,0 chrXI 551986 . G T 2834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.15;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2867,315,0 chrXI 552248 . A G 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=17.34;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1264,141,0 chrXI 552591 . C A 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=24.64;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1610,171,0 chrXI 552756 . C G 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=20.97;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1585,180,0 chrXI 552927 . G A 1873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=21.78;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1906,204,0 chrXI 552941 . C T 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=19.67;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1744,186,0 chrXI 552953 . A C 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.891;DP=101;Dels=0.00;FS=2.291;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.770;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:1890,210,0 chrXI 552998 . A G 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=19.37;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1834,204,0 chrXI 553084 . A G 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=102;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=6.0411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=1.563;QD=20.12;ReadPosRankSum=2.351;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:102:99:2085,237,0 chrXI 553094 . G A 2195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=20.71;SB=-1.434e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2228,231,0 chrXI 553207 . T C 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.21;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1333,150,0 chrXI 553304 . T A 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=19.74;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1573,177,0 chrXI 553630 . C T 2768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=23.66;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2801,300,0 chrXI 553687 . A T 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=18.89;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1053,120,0 chrXI 553738 . C T 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=17.89;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:87:820,87,0 chrXI 553992 . T C 2636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.851;DP=116;Dels=0.00;FS=2.596;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.027;QD=22.72;ReadPosRankSum=2.939;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,112:116:99:2669,291,0 chrXI 554054 . G A 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.71;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1214,129,0 chrXI 554162 . G A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=13.32;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1125,120,0 chrXI 554163 . G A 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;QD=13.36;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1115,117,0 chrXI 554185 . A G 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:1474,162,0 chrXI 554227 . A G 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.27;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1878,207,0 chrXI 554305 . C G 2658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.34;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:119:99:2691,306,0 chrXI 554493 . C T 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=18.98;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1115,126,0 chrXI 554746 . A G 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=21.10;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1995,222,0 chrXI 554905 . G A 2519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.23;MQ0=0;QD=24.46;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2552,267,0 chrXI 554945 . A G 2629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.361;DP=111;Dels=0.00;FS=3.007;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.674;QD=23.68;ReadPosRankSum=2.405;SB=-1.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:2662,297,0 chrXI 555214 . T C 549 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.54;MQ0=5;QD=10.98;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:50:66:582,66,0 chrXI 556475 . A T 799 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=21.59;ReadPosRankSum=1.264;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:93:832,93,0 chrXI 556484 . A G 790 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.57;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:93:823,93,0 chrXI 556642 . C T 1389 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.71;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1422,153,0 chrXI 556720 . G A 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=22.70;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:873,93,0 chrXI 556988 . G A 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.42;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1334,141,0 chrXI 557093 . T C 1700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.687;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1733,195,0 chrXI 557299 . G A 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=23.51;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1561,168,0 chrXI 557824 . C G 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=22.87;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1405,153,0 chrXI 557935 . A G 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=20.39;ReadPosRankSum=0.958;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1766,198,0 chrXI 558102 . C G 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=20.15;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1101,129,0 chrXI 558133 . G A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:610,0,221 chrXI 558145 . G A 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=46;Dels=0.00;FS=6.548;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.229;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:46:99:172,0,532 chrXI 558166 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.724;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:53:99:385,0,492 chrXI 558486 . G A 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=20.96;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1228,132,0 chrXI 558496 . A G 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.37;MQ0=0;QD=19.30;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1056,117,0 chrXI 558522 . G A 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=17.12;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1009,111,0 chrXI 558543 . C T 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=13.90;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:881,99,0 chrXI 558670 . T C 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=20.00;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1073,120,0 chrXI 558690 . T C 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=17.96;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:877,99,0 chrXI 558747 . G A 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=16.79;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:906,99,0 chrXI 558798 . T G 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=20.80;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1510,177,0 chrXI 558964 . C T 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=19.79;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:80:99:1616,180,0 chrXI 558976 . T C 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=76;Dels=0.00;FS=2.825;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=19.24;ReadPosRankSum=2.385;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1495,168,0 chrXI 559063 . G A 2641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=24.92;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2674,279,0 chrXI 559170 . C T 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=18.46;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:1639,171,0 chrXI 559178 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=79;Dels=0.00;FS=7.206;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.105;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:419,0,638 chrXI 559231 . G A 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.096;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=7.96;ReadPosRankSum=-2.369;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:90:99:746,0,815 chrXI 559244 . A C 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=22.09;ReadPosRankSum=1.485;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:1911,213,0 chrXI 559313 . C T 2319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=22.74;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2352,252,0 chrXI 559408 . C T 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=22.10;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1315,147,0 chrXI 559595 . G A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=21.61;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:90:854,90,0 chrXI 559636 . T A 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=17.18;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:806,90,0 chrXI 559644 . G A 746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=17.35;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:81:779,81,0 chrXI 559707 . T C 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=17.44;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:748,84,0 chrXI 559809 . G A 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1045,111,0 chrXI 560783 . A G 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.63;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1262,141,0 chrXI 561047 . T C 1384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=17.09;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:1417,156,0 chrXI 561071 . C T 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=18.98;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1134,120,0 chrXI 561866 . A G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;DP=39;Dels=0.00;FS=5.301;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.700;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:231,0,496 chrXI 561959 . G A 1168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=18.25;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1201,135,0 chrXI 562081 . C T 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=20.80;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1676,180,0 chrXI 562229 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.734;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:487,0,324 chrXI 562426 . T C 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.958;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:114:99:832,0,1124 chrXI 562470 . G T 2642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=21.83;ReadPosRankSum=0.616;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:99:2675,285,0 chrXI 562768 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=19.53;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1146,126,0 chrXI 562866 . A G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DP=85;Dels=0.00;FS=9.014;HaplotypeScore=7.9820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.110;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:678,0,629 chrXI 562948 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.847;DP=85;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:663,0,869 chrXI 563008 . C T 1735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=24.10;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1768,189,0 chrXI 563181 . G A 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.89;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1684,180,0 chrXI 563339 . G A 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DP=103;Dels=0.00;FS=2.901;HaplotypeScore=5.7844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.901;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:965,0,897 chrXI 563365 . T C 2574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=115;Dels=0.00;FS=5.044;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=22.38;ReadPosRankSum=1.702;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:2607,285,0 chrXI 563390 . G A 2292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.83;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2325,249,0 chrXI 563539 . T A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=47;Dels=0.00;FS=7.183;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:465,0,370 chrXI 563641 . A T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.393;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=6.62;ReadPosRankSum=2.005;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:341,0,483 chrXI 563743 . A C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:80:99:583,0,832 chrXI 563812 . T C 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=94;Dels=0.00;FS=8.281;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=19.74;ReadPosRankSum=2.368;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:94:99:1889,213,0 chrXI 564538 . T C 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.48;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1753,201,0 chrXI 564676 . C T 2053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=22.56;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2086,228,0 chrXI 564715 . T G 2504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2537,282,0 chrXI 565014 . T C 2600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.85;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2633,297,0 chrXI 565671 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:490,0,757 chrXI 565796 . G A 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=30;Dels=0.00;FS=1.468;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:245,0,223 chrXI 565988 . T A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.502;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:622,0,308 chrXI 566044 . A G 253.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;DP=51;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=4.1760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.532;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:51:99:283,0,500 chrXI 566062 . T G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=31;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.727;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:264,0,159 chrXI 566085 . C T 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DP=47;Dels=0.00;FS=1.506;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.197;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:188,0,478 chrXI 566095 . A C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=63;Dels=0.00;FS=3.718;HaplotypeScore=11.4270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.210;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.238;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:223,0,630 chrXI 566185 . C T 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=22.16;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:742,78,0 chrXI 566379 . G A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;DP=21;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:213,0,165 chrXI 566530 . T C 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;DP=42;Dels=0.00;FS=2.853;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:106,0,484 chrXI 566543 . T C 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;DP=37;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:37:99:235,0,272 chrXI 566551 . T C 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=18.47;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:698,75,0 chrXI 566653 . G A 417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=17.37;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:450,48,0 chrXI 566731 . G A 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:19:99:124,0,124 chrXI 567055 . G A 403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=18.32;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:436,45,0 chrXI 567076 . T G 301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=15.05;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:36:334,36,0 chrXI 567180 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=26;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:26:99:197,0,210 chrXI 567277 . T C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.880;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:496,0,459 chrXI 567526 . C T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=32;Dels=0.00;FS=5.599;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.020;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:32:99:333,0,266 chrXI 567588 . T A 458.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.025;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.520;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:488,0,356 chrXI 567597 . G C 409.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=1.878;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.551;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:439,0,462 chrXI 567598 . T G 1121 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=19.33;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1154,126,0 chrXI 567633 . C T 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=17.52;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1102,120,0 chrXI 568028 . A G 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=49;Dels=0.00;FS=2.553;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=17.10;ReadPosRankSum=2.857;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:871,99,0 chrXI 568037 . T C 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=17.06;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:852,99,0 chrXI 568100 . T C 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.04;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1175,132,0 chrXI 568283 . T C 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=43;Dels=0.00;FS=7.291;HaplotypeScore=8.6917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=16.91;ReadPosRankSum=2.330;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:43:87:760,87,0 chrXI 568316 . T C 565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=21.73;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:66:598,66,0 chrXI 568472 . C T 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=18.40;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:87:806,87,0 chrXI 568502 . T C 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=16.37;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:606,69,0 chrXI 568578 . G C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=35;Dels=0.00;FS=10.665;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.931;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:271,0,345 chrXI 568908 . G A 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=22.27;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1681,180,0 chrXI 568925 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=65;Dels=0.00;FS=5.157;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:658,0,454 chrXI 569085 . T C 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=20.17;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1122,126,0 chrXI 569468 . G A 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.14;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1362,144,0 chrXI 569606 . C T 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=20.01;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1654,180,0 chrXI 570049 . G A 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=18.65;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:947,99,0 chrXI 570352 . G A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.912;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:796,0,501 chrXI 570688 . T C 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=18.00;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1275,141,0 chrXI 570835 . A G 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=19.30;ReadPosRankSum=1.633;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1403,159,0 chrXI 570916 . C T 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.48;MQ0=0;QD=13.77;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1011,111,0 chrXI 570918 . C T 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.87;MQ0=0;QD=12.84;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:919,99,0 chrXI 570938 . C T 1016 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.55;MQ0=0;QD=11.16;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1049,120,0 chrXI 570942 . T C 1027 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;QD=11.16;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1060,120,0 chrXI 570944 . A G 1010 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=10.86;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:1043,117,0 chrXI 571008 . T C 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=17.82;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1405,156,0 chrXI 571051 . G A 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=20.48;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1364,153,0 chrXI 571146 . T A 938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=15.90;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:971,111,0 chrXI 571190 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=40;Dels=0.00;FS=2.921;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.829;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:336,0,316 chrXI 571193 . C G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=40;Dels=0.00;FS=2.921;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:308,0,341 chrXI 571204 . G C 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=20.79;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:844,93,0 chrXI 571236 . A G 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=19.75;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1297,150,0 chrXI 571243 . T A 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.43;MQ0=0;QD=20.07;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1197,135,0 chrXI 571283 . A T 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=18.18;ReadPosRankSum=1.670;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1051,117,0 chrXI 571323 . C T 901 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=16.69;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:934,102,0 chrXI 571329 . A G 771 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.566;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=18.80;ReadPosRankSum=3.566;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:90:804,90,0 chrXI 571418 . T C 577.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.612;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:607,0,403 chrXI 571557 . C T 1885 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=24.80;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1918,204,0 chrXI 571596 . A G 896 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=19.91;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:929,105,0 chrXI 571752 . G A 671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=20.33;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:33:78:704,78,0 chrXI 571872 . T C 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=76;Dels=0.00;FS=4.068;HaplotypeScore=5.0371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.592;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:76:99:1398,162,0 chrXI 572316 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.082;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:46:99:485,0,203 chrXI 572346 . C T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:440,0,303 chrXI 572448 . T A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DP=32;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:280,0,312 chrXI 572498 . T C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.234;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:225,0,272 chrXI 572586 . A G 373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=14.35;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:45:406,45,0 chrXI 572589 . G A 388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=27;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=14.37;ReadPosRankSum=1.467;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:45:421,45,0 chrXI 572739 . C T 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=18.26;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:672,75,0 chrXI 573116 . G A 1721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.26;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1754,183,0 chrXI 573180 . T A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=44;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:335,0,384 chrXI 573386 . T A 3907.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.767;DP=194;Dels=0.00;FS=16.113;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=20.14;ReadPosRankSum=3.546;SB=-2.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,188:194:99:3907,429,0 chrXI 573406 . G A 1124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.091;DP=158;Dels=0.00;FS=4.793;HaplotypeScore=8.5630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.215;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.804;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,73:158:99:1154,0,1590 chrXI 573492 . G T 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=69;Dels=0.00;FS=4.046;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.772;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:753,0,550 chrXI 573540 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=52;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=11.75;ReadPosRankSum=1.124;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:641,0,381 chrXI 574134 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=64;Dels=0.00;FS=2.074;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.715;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:493,0,512 chrXI 574379 . A T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.003;DP=99;Dels=0.00;FS=3.338;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.577;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:536,0,1253 chrXI 574380 . A T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DP=100;Dels=0.00;FS=4.737;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.876;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:100:99:530,0,1259 chrXI 574626 . C T 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.712;DP=81;Dels=0.00;FS=4.665;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,57:81:99:889,0,255 chrXI 574660 . C T 1551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.304;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.017;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,91:131:99:1581,0,576 chrXI 574667 . G A 1542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.623;DP=134;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.415;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,91:134:99:1572,0,600 chrXI 574704 . G A 1566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.292;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,93:157:99:1596,0,926 chrXI 574788 . T C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=110;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=11.1860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.708;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:110:99:814,0,1180 chrXI 574841 . C T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.929;DP=86;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:651,0,914 chrXI 574921 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=52;Dels=0.00;FS=11.199;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.361;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:402,0,552 chrXI 574927 . G A 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=22.00;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1045,120,0 chrXI 574979 . C T 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.566;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.707;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:280,0,581 chrXI 575132 . A G 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;DP=86;Dels=0.00;FS=6.123;HaplotypeScore=3.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=21.79;ReadPosRankSum=1.611;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1907,213,0 chrXI 575153 . A T 2022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=20.42;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2055,219,0 chrXI 575157 . T C 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.855;DP=98;Dels=0.00;FS=8.203;HaplotypeScore=3.6158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:699,0,879 chrXI 575225 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.707;DP=97;Dels=0.00;FS=3.886;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.143;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:97:99:609,0,758 chrXI 575327 . G A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.778;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:78:99:840,0,583 chrXI 575413 . T C 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=24.50;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1552,168,0 chrXI 575590 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.432;DP=97;Dels=0.00;FS=2.701;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=7.93;ReadPosRankSum=2.868;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:799,0,584 chrXI 575606 . T G 2535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=119;Dels=0.00;FS=4.321;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=21.30;ReadPosRankSum=1.674;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:2568,288,0 chrXI 575717 . G A 3463.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=24.22;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3463,372,0 chrXI 575780 . G A 1082.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.046;DP=110;Dels=0.00;FS=2.085;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.650;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:110:99:1112,0,1069 chrXI 575843 . A G 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=21.32;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1568,174,0 chrXI 575852 . A G 1558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=21.94;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1591,174,0 chrXI 576007 . C T 1144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.439;DP=167;Dels=0.00;FS=2.833;HaplotypeScore=9.6688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.507;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.569;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,88:167:99:1174,0,1082 chrXI 576483 . C G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.376;DP=65;Dels=0.00;FS=4.622;HaplotypeScore=3.7401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=3.86;ReadPosRankSum=2.029;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:281,0,761 chrXI 576525 . G A 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DP=60;Dels=0.00;FS=12.775;HaplotypeScore=21.5282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=1;MQRankSum=-2.519;QD=0.37;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,9:60:52:52,0,149 chrXI 576555 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;DP=81;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.682;QD=2.79;ReadPosRankSum=1.917;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:256,0,100 chrXI 576797 . G A 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=95;Dels=0.00;FS=3.852;HaplotypeScore=12.8062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:725,0,712 chrXI 576947 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.131;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.227;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:548,0,661 chrXI 577185 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=133;Dels=0.00;FS=3.172;HaplotypeScore=13.5130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=2.428;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,61:133:99:921,0,954 chrXI 577326 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=53;Dels=0.00;FS=2.446;HaplotypeScore=6.5431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=2.856;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:495,0,407 chrXI 577353 . T C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=36;Dels=0.00;FS=13.720;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:169,0,428 chrXI 577440 . A G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.638;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:284,0,385 chrXI 577769 . T C 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=18.26;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:818,90,0 chrXI 577779 . G T 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.52;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:804,87,0 chrXI 578482 . A G 1286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.719;DP=134;Dels=0.00;FS=11.473;HaplotypeScore=10.4589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.888;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,69:134:99:1316,0,1060 chrXI 578669 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DP=64;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=2.159;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:64:99:543,0,274 chrXI 578716 . C T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=54;Dels=0.00;FS=1.040;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.402;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:531,0,246 chrXI 578824 . T C 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=94;Dels=0.00;FS=2.975;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,54:94:99:980,0,492 chrXI 578904 . G C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=70;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:644,0,370 chrXI 578942 . G A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,32:45:99:362,0,162 chrXI 578945 . T A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;DP=37;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.476;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,26:37:99:434,0,124 chrXI 579009 . T C 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.147;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.519;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.174;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:205,0,428 chrXI 579126 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=66;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=7.1851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.253;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:685,0,603 chrXI 579180 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.714;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:768,0,680 chrXI 579541 . T C 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;DP=28;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.024;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:109,0,232 chrXI 579622 . T G 120.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:150,0,101 chrXI 579634 . G T 240.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.048;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:270,0,195 chrXI 579792 . T C 2355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=25.05;ReadPosRankSum=1.695;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2388,267,0 chrXI 580030 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DP=23;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:255,0,120 chrXI 580181 . C T 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.522;DP=88;Dels=0.00;FS=3.219;HaplotypeScore=7.2196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.588;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:88:99:779,0,538 chrXI 580214 . G A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=5.76;ReadPosRankSum=-2.023;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:468,0,453 chrXI 580227 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.709;DP=57;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:414,0,458 chrXI 580415 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=63;Dels=0.00;FS=4.966;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=2.594;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.394;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:559,0,647 chrXI 580464 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.847;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:561,0,615 chrXI 580481 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DP=63;Dels=0.00;FS=2.424;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:427,0,571 chrXI 580625 . T C 590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=16.86;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:623,69,0 chrXI 580782 . G T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.672;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:355,0,379 chrXI 580815 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:611,0,426 chrXI 580862 . C A 410.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.201;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.438;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:440,0,253 chrXI 581030 . A T 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.125e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:57:82,0,57 chrXI 581051 . C T 55.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=6.11;ReadPosRankSum=2.219;SB=-6.515e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:85:85,0,103 chrXI 581056 . T C 61.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=7.63;ReadPosRankSum=2.017;SB=-5.833e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:80:91,0,80 chrXI 581058 . A G 29.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.754;SB=-1.425e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:59:59,0,94 chrXI 581163 . T C 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.759;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:18:65:65,0,235 chrXI 581198 . A C 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:59:59,0,82 chrXI 581200 . G A 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.937;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:57:57,0,77 chrXI 581619 . C T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=56;Dels=0.00;FS=1.217;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.623;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:399,0,625 chrXI 581789 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.747;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:442,0,630 chrXI 581803 . T G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.572;DP=72;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:500,0,730 chrXI 581827 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;DP=95;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.784;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:95:99:402,0,874 chrXI 581871 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.444;DP=104;Dels=0.00;FS=17.540;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-6.908;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.333;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:430,0,943 chrXI 581872 . T A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.683;DP=105;Dels=0.00;FS=19.379;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.989;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.425;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:105:99:462,0,898 chrXI 581882 . T C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;DP=108;Dels=0.00;FS=21.886;HaplotypeScore=50.6367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQ0=0;MQRankSum=-7.181;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.951;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:108:99:462,0,736 chrXI 581924 . C A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.928;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.452;QD=3.71;ReadPosRankSum=2.101;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:94:99:379,0,765 chrXI 581940 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=93;Dels=0.00;FS=0.774;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.404;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:495,0,801 chrXI 581974 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DP=76;Dels=0.00;FS=14.204;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:558,0,785 chrXI 582207 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;DP=65;Dels=0.00;FS=2.216;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.671;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:495,0,684 chrXI 582468 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=50;Dels=0.00;FS=1.178;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.330;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:451,0,328 chrXI 582756 . C T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;DP=39;Dels=0.00;FS=16.958;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:194,0,438 chrXI 582939 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;DP=27;Dels=0.00;FS=8.401;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,20:27:94:374,0,94 chrXI 583068 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=58;Dels=0.00;FS=7.786;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:480,0,518 chrXI 583188 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.830;DP=95;Dels=0.00;FS=4.001;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.465;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.169;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:616,0,851 chrXI 583405 . A T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;DP=78;Dels=0.00;FS=1.963;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:674,0,526 chrXI 583793 . G T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DP=75;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=6.4654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.228;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:75:99:421,0,700 chrXI 583821 . C A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.891;DP=73;Dels=0.00;FS=0.963;HaplotypeScore=3.5455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,25:73:99:391,0,741 chrXI 583865 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.176;DP=59;Dels=0.00;FS=2.790;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.024;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:345,0,549 chrXI 584294 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;DP=77;Dels=0.00;FS=1.889;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:577,0,405 chrXI 584345 . T C 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=82;Dels=0.00;FS=3.071;HaplotypeScore=11.3776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.415;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:82:99:854,0,494 chrXI 584381 . G A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.867;DP=75;Dels=0.00;FS=3.302;HaplotypeScore=9.2139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.930;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:783,0,415 chrXI 584438 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;DP=65;Dels=0.00;FS=2.118;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:65:99:449,0,464 chrXI 584514 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;DP=73;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:575,0,757 chrXI 584625 . C A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.260;DP=61;Dels=0.00;FS=3.728;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:458,0,464 chrXI 584769 . A T 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DP=115;Dels=0.00;FS=1.647;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.040;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,66:115:99:1250,0,983 chrXI 584944 . G A 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.009;DP=57;Dels=0.00;FS=6.045;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,18:57:99:358,0,611 chrXI 585032 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=76;Dels=0.00;FS=1.870;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:650,0,613 chrXI 585038 . C A 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=22.21;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1699,183,0 chrXI 585048 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:552,0,644 chrXI 585055 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.667;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:563,0,597 chrXI 585134 . G T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=72;Dels=0.00;FS=6.349;HaplotypeScore=10.4881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:648,0,464 chrXI 585254 . T C 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=91;Dels=0.00;FS=6.908;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.727;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:91:99:921,0,719 chrXI 585298 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.790;DP=117;Dels=0.00;FS=9.100;HaplotypeScore=8.9480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:117:99:726,0,1348 chrXI 585338 . T C 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.402;DP=120;Dels=0.00;FS=1.474;HaplotypeScore=9.5511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.930;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,63:120:99:1204,0,971 chrXI 585479 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.972;DP=98;Dels=0.00;FS=40.081;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:98:99:726,0,927 chrXI 585500 . G A 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.969;DP=110;Dels=0.00;FS=30.239;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.117;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.935;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,57:110:99:1049,0,874 chrXI 585764 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=2.395;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.031;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:84:99:650,0,801 chrXI 585824 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.657;DP=118;Dels=0.00;FS=0.741;HaplotypeScore=10.5761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,42:118:99:585,0,1508 chrXI 585831 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=106;Dels=0.00;FS=2.682;HaplotypeScore=3.1925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.994;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,37:106:99:506,0,1498 chrXI 585840 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=102;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.708;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,37:102:99:452,0,1360 chrXI 585929 . C A 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.551;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.399;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:106:99:928,0,994 chrXI 586172 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.417;DP=58;Dels=0.00;FS=8.983;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:508,0,503 chrXI 586229 . G A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.186;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.526;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,46:73:99:704,0,480 chrXI 586256 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.190;DP=88;Dels=0.00;FS=5.589;HaplotypeScore=5.0284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.453;QD=6.99;ReadPosRankSum=2.469;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:88:99:645,0,732 chrXI 586259 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=88;Dels=0.00;FS=5.602;HaplotypeScore=4.2398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.074;QD=7.05;ReadPosRankSum=2.503;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:650,0,724 chrXI 586293 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.841;DP=111;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=6.6657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.083;QD=5.17;ReadPosRankSum=-2.940;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:111:99:604,0,883 chrXI 586298 . G A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.236;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.850;QD=4.33;ReadPosRankSum=-2.856;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:113:99:519,0,945 chrXI 586366 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.351;DP=83;Dels=0.00;FS=1.919;HaplotypeScore=11.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:83:99:661,0,674 chrXI 586587 . A G 1913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=21.99;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:1946,216,0 chrXI 587074 . G A 3515.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=157;Dels=0.00;FS=15.892;HaplotypeScore=19.4986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=22.39;ReadPosRankSum=2.567;SB=-1.517e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,151:157:99:3515,353,0 chrXI 587134 . T C 2985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.79;SB=-1.669e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3018,330,0 chrXI 587530 . T C 2734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.925;DP=121;Dels=0.00;FS=5.265;HaplotypeScore=11.2470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=22.60;ReadPosRankSum=2.942;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:121:99:2767,306,0 chrXI 587857 . G A 3123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=23.84;SB=-1.337e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3156,342,0 chrXI 588209 . G T 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=18.19;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1161,126,0 chrXI 588300 . T C 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.369;DP=100;Dels=0.00;FS=8.104;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.750;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:100:99:780,0,1034 chrXI 588593 . A G 2702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2735,309,0 chrXI 588609 . T C 2782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=133;Dels=0.00;FS=3.249;HaplotypeScore=5.4008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=20.92;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:133:99:2815,312,0 chrXI 588805 . G A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=18.49;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1605,186,0 chrXI 588890 . C T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.917;DP=76;Dels=0.00;FS=3.549;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.609;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:467,0,554 chrXI 588930 . T C 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=107;Dels=0.00;FS=4.273;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.700;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:1595,177,0 chrXI 588939 . T C 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=117;Dels=0.00;FS=4.172;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=14.85;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:117:99:1770,198,0 chrXI 589078 . A G 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=21.88;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1652,192,0 chrXI 589279 . A G 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.664;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:96:855,96,0 chrXI 589327 . C T 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=19.87;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:987,105,0 chrXI 589369 . A G 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=20.23;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1267,141,0 chrXI 589384 . T C 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=18.97;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1209,141,0 chrXI 589512 . C A 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1291,147,0 chrXI 589534 . G C 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=18.93;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1093,123,0 chrXI 589580 . G T 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=20.54;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1245,135,0 chrXI 589694 . T C 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DP=32;Dels=0.00;FS=5.968;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=20.94;ReadPosRankSum=2.780;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:32:75:703,75,0 chrXI 589750 . T A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=19.80;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1043,111,0 chrXI 589759 . G C 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=19.06;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:51:99:1005,111,0 chrXI 589814 . C T 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=16.57;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1259,132,0 chrXI 589828 . T C 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=3.324;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=17.30;ReadPosRankSum=1.692;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1521,171,0 chrXI 589888 . G A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=4.78;ReadPosRankSum=-2.185;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:398,0,729 chrXI 589892 . C G 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=18.67;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1545,171,0 chrXI 589939 . T C 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DP=70;Dels=0.00;FS=5.389;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=19.56;ReadPosRankSum=3.277;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:70:99:1402,156,0 chrXI 589997 . T G 1170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=22.08;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1203,132,0 chrXI 590023 . C T 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=22.24;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:945,102,0 chrXI 590065 . C T 406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=11.28;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:45:439,45,0 chrXI 590067 . T G 371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=11.24;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:45:404,45,0 chrXI 590322 . A G 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=17.74;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:867,96,0 chrXI 590748 . A G 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=14.86;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:999,111,0 chrXI 590994 . C T 1007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.75;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1040,111,0 chrXI 591644 . T C 2305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=15.26;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:151:99:2338,258,0 chrXI 591688 . G A 3122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=16.97;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:184:99:3155,342,0 chrXI 591782 . T C 2677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.44;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:131:99:2710,300,0 chrXI 591912 . T C 1625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=91;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.601;QD=17.86;ReadPosRankSum=2.395;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:91:99:1658,183,0 chrXI 591920 . T C 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=17.77;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:1863,210,0 chrXI 592340 . A G 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=17.85;ReadPosRankSum=1.567;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:106:99:1925,216,0 chrXI 592349 . A G 2053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=18.50;SB=-1.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2086,240,0 chrXI 592478 . A G 2441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.412;DP=130;Dels=0.00;FS=2.785;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=18.78;ReadPosRankSum=2.412;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:130:99:2474,273,0 chrXI 592577 . A G 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=19.57;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1657,186,0 chrXI 592615 . T C 2018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=16.41;SB=-1.298e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2051,234,0 chrXI 592616 . C G 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=16.04;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:125:99:2038,231,0 chrXI 592727 . C A 1931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.683;DP=191;Dels=0.00;FS=1.158;HaplotypeScore=9.7473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=2.784;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.420;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,102:191:99:1961,0,1567 chrXI 594186 . T G 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=67;Dels=0.00;FS=4.643;HaplotypeScore=6.3117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=21.15;ReadPosRankSum=1.629;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1450,162,0 chrXI 594718 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;DP=76;Dels=0.00;FS=4.793;HaplotypeScore=5.9015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=7.05;ReadPosRankSum=2.523;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:566,0,759 chrXI 594744 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=72;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.517;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:541,0,593 chrXI 594835 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.475;DP=63;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:490,0,601 chrXI 594943 . C T 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;DP=58;Dels=0.00;FS=5.791;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.074;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:688,0,376 chrXI 594957 . C T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.824;DP=55;Dels=0.00;FS=5.435;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.486;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:590,0,398 chrXI 594987 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.362;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:537,0,529 chrXI 595260 . T G 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DP=71;Dels=0.00;FS=5.277;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.757;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:731,0,534 chrXI 595509 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:678,0,809 chrXI 595517 . A G 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=6.82;ReadPosRankSum=2.837;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:562,0,790 chrXI 595879 . C T 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=99;Dels=0.00;FS=5.551;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.931;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:904,0,993 chrXI 595973 . C A 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.055;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.451;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:84:99:725,0,831 chrXI 596000 . A G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.669;DP=81;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.512;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:625,0,681 chrXI 596201 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.382;DP=57;Dels=0.00;FS=1.368;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:472,0,572 chrXI 596520 . C G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=54;Dels=0.00;FS=1.524;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:478,0,553 chrXI 596556 . C G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.190;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:655,0,655 chrXI 596725 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.142;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:109:99:680,0,929 chrXI 596823 . A G 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;DP=85;Dels=0.00;FS=2.937;HaplotypeScore=9.2539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:594,0,747 chrXI 596996 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.648;DP=91;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=45.4219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:726,0,884 chrXI 597058 . C T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.598;DP=74;Dels=0.01;FS=1.088;HaplotypeScore=12.6437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.072;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:540,0,683 chrXI 597106 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.800;DP=72;Dels=0.00;FS=8.086;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:309,0,783 chrXI 597150 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;DP=77;Dels=0.00;FS=4.369;HaplotypeScore=8.9564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.852;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.752;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:377,0,620 chrXI 597240 . C G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=86;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.811;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:86:99:567,0,768 chrXI 597399 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.311;DP=56;Dels=0.00;FS=2.294;HaplotypeScore=5.6767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.122;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:56:99:312,0,544 chrXI 597700 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=69;Dels=0.00;FS=4.964;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:489,0,684 chrXI 597862 . C T 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.035;DP=83;Dels=0.00;FS=7.178;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:744,0,638 chrXI 597866 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DP=88;Dels=0.00;FS=4.077;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:758,0,646 chrXI 597928 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.112;DP=81;Dels=0.00;FS=6.099;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=6.16;ReadPosRankSum=2.175;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:529,0,766 chrXI 598136 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.080;DP=60;Dels=0.00;FS=3.782;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:532,0,488 chrXI 598496 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.192;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:220,0,246 chrXI 598498 . C T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.630;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:252,0,211 chrXI 598795 . A T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=75;Dels=0.00;FS=0.991;HaplotypeScore=10.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:554,0,780 chrXI 598922 . C G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=35;Dels=0.00;FS=3.390;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:122,0,304 chrXI 599122 . C T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.658;DP=82;Dels=0.00;FS=2.016;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:660,0,829 chrXI 599337 . T C 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:71:99:751,0,484 chrXI 599535 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DP=68;Dels=0.00;FS=22.462;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.073;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:573,0,562 chrXI 599658 . G A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=55;Dels=0.00;FS=6.042;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:567,0,405 chrXI 599778 . G A 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.632;DP=84;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=9.2935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:779,0,684 chrXI 599836 . G T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=44;Dels=0.00;FS=2.772;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.012;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:333,0,428 chrXI 599871 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=33;Dels=0.00;FS=5.902;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:391,0,267 chrXI 599953 . C G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=41;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:305,0,362 chrXI 600024 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=5.24;ReadPosRankSum=-2.246;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:42:99:250,0,298 chrXI 600099 . G A 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DP=37;Dels=0.00;FS=8.193;HaplotypeScore=7.8067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.712;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:37:99:182,0,363 chrXI 600159 . T C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;DP=59;Dels=0.00;FS=1.158;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.565;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:99:273,0,802 chrXI 600363 . G A 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:191,0,231 chrXI 600406 . T G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.097;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:35:99:214,0,424 chrXI 600423 . G A 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=33;Dels=0.00;FS=1.431;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=4.21;ReadPosRankSum=-2.568;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:169,0,380 chrXI 600450 . A G 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=43;Dels=0.00;FS=4.546;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.080;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:240,0,456 chrXI 601065 . A G 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=69;Dels=0.00;FS=2.468;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:791,0,432 chrXI 601089 . A G 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.10;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1514,168,0 chrXI 601260 . G C 1314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.710;DP=145;Dels=0.00;FS=0.631;HaplotypeScore=8.8589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,88:145:99:1344,0,956 chrXI 601632 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=74;Dels=0.00;FS=6.352;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.827;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.366;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:74:99:599,0,679 chrXI 602166 . T G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.221;DP=58;Dels=0.00;FS=8.211;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.243;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.683;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:639,0,420 chrXI 603232 . C G 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=82;Dels=0.00;FS=4.265;HaplotypeScore=6.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:730,0,667 chrXI 603765 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.155;DP=80;Dels=0.00;FS=11.372;HaplotypeScore=5.7153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.770;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:80:99:685,0,823 chrXI 604356 . A G 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.814;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,58:133:99:983,0,1418 chrXI 604816 . C T 2810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.43;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2843,303,0 chrXI 605062 . A G 2654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.221e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2687,300,0 chrXI 605107 . C T 1182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=122;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=9.6348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.222;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,69:122:99:1212,0,890 chrXI 605202 . T C 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.029;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.422;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,72:144:99:1211,0,1347 chrXI 605622 . C T 2485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=24.13;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2518,270,0 chrXI 606047 . C T 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=16.57;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:84:762,84,0 chrXI 606185 . A G 591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=21.89;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:624,69,0 chrXI 606902 . T C 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=16.61;ReadPosRankSum=0.693;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:51:83:880,83,0 chrXI 606908 . A G 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=1.659;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.438;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:77:830,77,0 chrXI 607403 . T G 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.24;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1093,120,0 chrXI 607664 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=70;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:496,0,655 chrXI 607676 . T C 1326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=21.39;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1359,150,0 chrXI 608132 . T C 1708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=23.40;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1741,192,0 chrXI 608300 . T G 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;DP=79;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.714;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.223;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:789,0,647 chrXI 608429 . T C 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=19.05;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1576,174,0 chrXI 608448 . C T 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=19.84;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1640,174,0 chrXI 608493 . C T 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.55;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:952,102,0 chrXI 608546 . G A 939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:972,102,0 chrXI 608639 . A G 562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=16.06;ReadPosRankSum=1.634;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:66:595,66,0 chrXI 608641 . G A 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=17.00;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:645,69,0 chrXI 608711 . A T 208.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=24;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.786;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:89:238,0,89 chrXI 608840 . G A 2398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=25.24;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2431,258,0 chrXI 609095 . C T 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.22;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1282,138,0 chrXI 609137 . C T 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=16.44;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1200,129,0 chrXI 609362 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=49;Dels=0.00;FS=11.630;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.586;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:449,0,461 chrXI 609405 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=48;Dels=0.00;FS=7.938;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:276,0,427 chrXI 609438 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=58;Dels=0.00;FS=1.168;HaplotypeScore=6.6775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.271;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:58:99:331,0,573 chrXI 609484 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.638;DP=73;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=2.612;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.071;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,44:73:99:777,0,347 chrXI 609526 . C G 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=71;Dels=0.00;FS=3.434;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:71:99:438,0,788 chrXI 609667 . A G 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=21.82;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1495,168,0 chrXI 609738 . A G 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=79;Dels=0.00;FS=9.719;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=21.18;ReadPosRankSum=2.732;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:1706,192,0 chrXI 610106 . T C 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.60;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1125,129,0 chrXI 610214 . C T 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=16.88;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:96:894,96,0 chrXI 610232 . A T 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=16.62;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:964,108,0 chrXI 610295 . C T 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.81;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1057,114,0 chrXI 610394 . G A 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=15.78;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:75:680,75,0 chrXI 610451 . G A 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=19.73;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1059,114,0 chrXI 610473 . C T 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=20.47;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1220,129,0 chrXI 610521 . C T 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=21.41;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1981,216,0 chrXI 610569 . A G 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.888;DP=72;Dels=0.00;FS=2.566;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.627;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:825,0,630 chrXI 610734 . C A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.165;DP=108;Dels=0.00;FS=5.846;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:108:99:990,0,995 chrXI 610937 . G T 2584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.47;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2617,285,0 chrXI 611187 . C G 2666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=21.33;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2699,297,0 chrXI 611206 . T C 2508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:2541,282,0 chrXI 611219 . T C 2407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.49;SB=-1.435e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2440,264,0 chrXI 611427 . G A 2959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.67;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2992,315,0 chrXI 611581 . C A 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1981,222,0 chrXI 611629 . C G 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=19.33;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1077,123,0 chrXI 611662 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=83;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.045;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:83:99:720,0,539 chrXI 611929 . G A 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=18.96;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1493,159,0 chrXI 612012 . T C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.768;DP=82;Dels=0.00;FS=3.725;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:82:99:767,0,881 chrXI 612127 . C T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=22.75;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1307,141,0 chrXI 612138 . G A 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=20.37;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1133,120,0 chrXI 612307 . C T 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=20.74;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1817,195,0 chrXI 612420 . T C 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=13.62;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:891,99,0 chrXI 612496 . T C 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=1.780;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.677;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:99:885,99,0 chrXI 612505 . G A 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=16.85;ReadPosRankSum=1.650;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:47:87:825,87,0 chrXI 612508 . A G 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.115;DP=46;Dels=0.00;FS=1.867;HaplotypeScore=5.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=16.35;ReadPosRankSum=3.506;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:87:785,87,0 chrXI 612546 . T C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=82;Dels=0.00;FS=3.133;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=9.18;ReadPosRankSum=2.091;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:783,0,474 chrXI 612572 . T C 1490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.307;DP=135;Dels=0.00;FS=4.335;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.745;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,84:135:99:1520,0,995 chrXI 612630 . C T 3713.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=25.97;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3713,399,0 chrXI 612875 . T C 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=17.80;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1813,201,0 chrXI 612914 . G A 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=19.09;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1331,141,0 chrXI 612940 . T C 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=15.66;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1051,123,0 chrXI 613110 . C T 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=20;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:158,0,100 chrXI 613340 . A G 449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.92;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=20.41;ReadPosRankSum=1.576;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:54:482,54,0 chrXI 613391 . T C 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=22.50;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:888,99,0 chrXI 613535 . A G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;QD=20.27;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:641,72,0 chrXI 613583 . G A 456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:489,54,0 chrXI 613616 . A G 171.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.815e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:4:202,4,0 chrXI 613619 . G A 226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.76;MQ0=0;QD=11.89;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:30:259,30,0 chrXI 613649 . T A 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.614;SB=-2.938e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:6:56,6,0 chrXI 613652 . T A 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=0.85;SB=-2.888e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:6:56,6,0 chrXI 613655 . T A 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.63;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:43:44,0,43 chrXI 613790 . G A 58.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=32;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=1.83;ReadPosRankSum=3.142;SB=-1.545e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:31:12:91,12,0 chrXI 614125 . C A 2242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=21.77;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2275,252,0 chrXI 614193 . C T 2933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2966,321,0 chrXI 614248 . G A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;QD=0.30;SB=-8.698e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:6:52,6,0 chrXI 614403 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.142;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.451;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:92:99:663,0,1111 chrXI 614464 . A C 2623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=20.49;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2656,297,0 chrXI 614538 . T A 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=1;QD=12.85;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:75:650,75,0 chrXI 614613 . C A 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.855;QD=5.03;ReadPosRankSum=2.204;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:176,0,219 chrXI 614618 . T C 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DP=31;Dels=0.00;FS=1.398;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=7.42;ReadPosRankSum=-2.044;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:260,0,165 chrXI 614836 . A G 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.663;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:72:646,72,0 chrXI 614931 . C T 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.93;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:652,72,0 chrXI 615148 . C T 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.93;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:996,108,0 chrXI 615175 . A G 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=19.57;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:65:99:1305,144,0 chrXI 615234 . A G 2831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.79;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2864,324,0 chrXI 615345 . G C 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.59;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2038,222,0 chrXI 615414 . G T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=40;Dels=0.00;FS=11.882;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:215,0,330 chrXI 615433 . T C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DP=37;Dels=0.00;FS=3.804;HaplotypeScore=2.4432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:238,0,164 chrXI 615578 . T C 2682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.46;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:125:99:2715,300,0 chrXI 615858 . C T 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=19.48;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:520,57,0 chrXI 615914 . G C 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:630,69,0 chrXI 616020 . C T 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=22.14;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1649,177,0 chrXI 616059 . A G 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=88;Dels=0.00;FS=7.159;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=22.03;ReadPosRankSum=2.393;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:88:99:1972,216,0 chrXI 616170 . T C 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=12.12;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:63:530,63,0 chrXI 616176 . C T 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=11.72;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:60:537,60,0 chrXI 616203 . T C 342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.49;MQ0=0;QD=9.24;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:42:375,42,0 chrXI 616209 . C T 185.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;QD=5.97;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:24:218,24,0 chrXI 616260 . T C 68.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=30;Dels=0.00;FS=12.454;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:98:98,0,178 chrXI 616404 . T C 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=16.88;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1164,132,0 chrXI 616713 . T C 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.73;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:717,81,0 chrXI 616902 . A G 893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=15.40;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:926,105,0 chrXI 616917 . G A 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=16.00;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1057,114,0 chrXI 617158 . T G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.781;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.00;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.037;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:267,0,559 chrXI 617196 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.395;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:481,0,304 chrXI 617259 . T A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=57;Dels=0.00;FS=5.451;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=2.814;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:298,0,413 chrXI 617508 . A C 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=15.91;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:66:590,66,0 chrXI 617524 . A G 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=16.85;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:606,69,0 chrXI 617543 . A T 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;QD=14.45;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:51:481,51,0 chrXI 617546 . T C 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DP=31;Dels=0.00;FS=1.631;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.263;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.098;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:31:99:113,0,233 chrXI 617624 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:36:99:371,0,198 chrXI 617954 . A G 1745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=25.29;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1778,195,0 chrXI 618029 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.868;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:353,0,373 chrXI 618498 . T C 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.97;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1878,207,0 chrXI 618779 . C A 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.39;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1705,183,0 chrXI 619007 . A G 2258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=20.72;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:2291,255,0 chrXI 619045 . G A 2539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.98;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2572,291,0 chrXI 619260 . A T 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=20.39;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1664,177,0 chrXI 619286 . C T 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=20.57;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1699,180,0 chrXI 619400 . G A 2045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.608;DP=184;Dels=0.00;FS=8.686;HaplotypeScore=6.7354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,104:184:99:2075,0,1369 chrXI 619469 . A C 3888.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=21.48;SB=-2.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:181:99:3888,432,0 chrXI 619475 . G A 3796.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=179;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=21.21;ReadPosRankSum=1.165;SB=-2.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,177:178:99:3796,414,0 chrXI 619794 . G A 2608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2641,288,0 chrXI 619811 . G A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.806;DP=123;Dels=0.00;FS=3.446;HaplotypeScore=11.1897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.959;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:123:99:741,0,1255 chrXI 620047 . G A 2571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.97;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2604,282,0 chrXI 620113 . T C 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=93;Dels=0.00;FS=14.660;HaplotypeScore=8.2883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=18.94;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:93:99:1794,187,0 chrXI 620156 . A T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;DP=89;Dels=0.02;FS=4.125;HaplotypeScore=10.4855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.822;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:684,0,716 chrXI 620157 . G C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=88;Dels=0.02;FS=2.877;HaplotypeScore=10.4855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.770;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:658,0,671 chrXI 620182 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.971;DP=83;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=10.0724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.312;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:83:99:711,0,625 chrXI 620930 . G A 1751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=18.63;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1784,195,0 chrXI 620968 . C A 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=19.64;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1702,189,0 chrXI 621046 . G A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=88;Dels=0.00;FS=11.461;HaplotypeScore=5.0818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:859,0,838 chrXI 621343 . G A 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.68;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1646,180,0 chrXI 621359 . A T 1676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=22.35;ReadPosRankSum=1.686;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1709,183,0 chrXI 621586 . G A 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=19.26;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1843,210,0 chrXI 621589 . T A 1628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=18.29;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1661,180,0 chrXI 621619 . A G 1628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=96;Dels=0.00;FS=5.843;HaplotypeScore=9.9904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.624;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1661,183,0 chrXI 621820 . G A 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.677;DP=83;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:799,0,795 chrXI 621963 . C G 1165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=124;Dels=0.00;FS=2.291;HaplotypeScore=10.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.257;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,69:124:99:1195,0,826 chrXI 622127 . C T 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.134;DP=119;Dels=0.00;FS=1.556;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.362;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:119:99:1027,0,1303 chrXI 622408 . C G 2067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.76;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:2100,234,0 chrXI 622853 . G A 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.635;DP=112;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=6.7103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1179,0,986 chrXI 623020 . G A 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.64;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1872,204,0 chrXI 623443 . A G 1967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=19.28;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2000,222,0 chrXI 623581 . A T 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=21.63;ReadPosRankSum=1.677;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1396,150,0 chrXI 623815 . A G 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.24;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1860,207,0 chrXI 624088 . G A 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.02;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1635,177,0 chrXI 624190 . G A 3407.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.83;SB=-1.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3407,363,0 chrXI 624268 . C T 2473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=23.55;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2506,267,0 chrXI 624424 . T C 2257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=104;Dels=0.00;FS=5.657;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=21.70;ReadPosRankSum=1.698;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:2290,255,0 chrXI 624645 . A G 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=16.80;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1041,117,0 chrXI 624652 . A G 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=16.09;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:918,102,0 chrXI 624661 . A G 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=15.12;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:84:759,84,0 chrXI 624667 . A G 625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.45;MQ0=0;QD=13.89;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:72:658,72,0 chrXI 624837 . G C 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.08;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1645,186,0 chrXI 624919 . C T 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.13;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1582,174,0 chrXI 625172 . A G 2029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=20.92;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:97:99:2062,240,0 chrXI 625415 . G A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.975;DP=98;Dels=0.00;FS=10.075;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.817;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:98:99:893,0,735 chrXI 625615 . A C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=124;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=27.3923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.596;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,50:122:99:888,0,1187 chrXI 625684 . C T 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=21.10;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1573,165,0 chrXI 627014 . C T 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=22.06;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:1886,207,0 chrXI 627386 . C A 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.21;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1730,186,0 chrXI 627443 . T C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;DP=112;Dels=0.02;FS=0.712;HaplotypeScore=11.3198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.161;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:825,0,973 chrXI 627504 . A G 1305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.828;QD=12.08;ReadPosRankSum=3.611;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:108:99:1338,156,0 chrXI 627507 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.386;DP=108;Dels=0.00;FS=6.660;HaplotypeScore=55.2079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:108:99:382,0,582 chrXI 627536 . C T 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;QD=12.03;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:1477,165,0 chrXI 627602 . A G 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=83;Dels=0.00;FS=4.183;HaplotypeScore=9.6087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=10.06;ReadPosRankSum=2.267;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:865,0,490 chrXI 627879 . A T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=6.7818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:733,0,406 chrXI 627907 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.156;DP=86;Dels=0.00;FS=7.333;HaplotypeScore=10.0678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=3.424;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:589,0,794 chrXI 627998 . C T 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.146;DP=98;Dels=0.00;FS=9.516;HaplotypeScore=8.1528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.934;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:995,0,678 chrXI 628031 . A G 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.319;DP=99;Dels=0.00;FS=11.566;HaplotypeScore=8.8700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:99:99:850,0,969 chrXI 628100 . T C 2343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.53;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2376,264,0 chrXI 628202 . G A 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1852,192,0 chrXI 628241 . G A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DP=79;Dels=0.00;FS=10.511;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:593,0,835 chrXI 628294 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.926;DP=108;Dels=0.00;FS=10.807;HaplotypeScore=14.8471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,40:108:99:561,0,1110 chrXI 628397 . C G 1502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.58;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1535,171,0 chrXI 628658 . C T 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.27;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1993,213,0 chrXI 628847 . T C 1574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.59;MQ0=0;QD=16.92;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1607,180,0 chrXI 628859 . C T 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=0;QD=15.44;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:105:99:1654,174,0 chrXI 628874 . T C 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DP=101;Dels=0.00;FS=2.957;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=11.82;ReadPosRankSum=2.401;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:101:99:1227,135,0 chrXI 628888 . G A 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.69;MQ0=0;QD=12.49;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1344,144,0 chrXI 628896 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.862;DP=106;Dels=0.00;FS=2.524;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.073;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:106:99:501,0,541 chrXI 628913 . T A 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=12.82;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1392,147,0 chrXI 629063 . T C 2159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DP=112;Dels=0.00;FS=16.446;HaplotypeScore=9.7931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=19.28;ReadPosRankSum=2.713;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:112:99:2192,230,0 chrXI 629129 . C A 2499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2532,276,0 chrXI 629639 . C T 1058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=18.24;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1091,120,0 chrXI 629663 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DP=56;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.612;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:513,0,235 chrXI 629750 . G A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.896;DP=85;Dels=0.00;FS=6.220;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:916,0,592 chrXI 629864 . T C 2099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=20.99;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:100:99:2132,240,0 chrXI 629976 . C T 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.97;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:641,69,0 chrXI 630120 . T C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;DP=91;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.620;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:91:99:589,0,947 chrXI 630340 . G A 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=16;Dels=0.00;FS=9.276;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:78:160,0,78 chrXI 630667 . G C 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=23.02;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1898,213,0 chrXI 631029 . C G 3066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=19.28;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:159:99:3099,345,0 chrXI 631397 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.749;DP=91;Dels=0.00;FS=7.177;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:91:99:992,0,582 chrXI 631523 . T C 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=16.84;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:774,87,0 chrXI 631526 . A T 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=18.81;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:823,87,0 chrXI 631559 . C T 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=19.98;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:912,99,0 chrXI 632009 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DP=56;Dels=0.00;FS=7.549;HaplotypeScore=3.1451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:539,0,450 chrXI 632031 . T C 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=19.31;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1153,129,0 chrXI 632039 . C T 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.71;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:945,102,0 chrXI 632117 . T C 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.22;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1055,120,0 chrXI 632408 . G A 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=19.47;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:812,90,0 chrXI 632513 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=43;Dels=0.00;FS=4.575;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.452;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:386,0,342 chrXI 632654 . T C 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=19.94;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:970,108,0 chrXI 632847 . G A 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.140;DP=97;Dels=0.01;FS=10.124;HaplotypeScore=21.9674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=0.25;ReadPosRankSum=-4.453;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,23:96:54:54,0,322 chrXI 632869 . A G 1263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=15.59;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1296,153,0 chrXI 632920 . C T 3094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3127,333,0 chrXI 632929 . A G 2735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=132;Dels=0.00;FS=4.064;HaplotypeScore=10.1446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.306;QD=20.72;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:132:99:2768,309,0 chrXI 633272 . A G 2497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.674;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:2530,288,0 chrXI 633329 . G A 3310.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.371e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:158:99:3310,357,0 chrXI 633545 . G A 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.19;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1319,141,0 chrXI 633641 . T A 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=20.23;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1348,144,0 chrXI 633767 . G C 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=83;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:83:99:755,0,758 chrXI 633794 . A G 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.68;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1746,195,0 chrXI 633878 . T C 2257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=24.01;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2290,255,0 chrXI 634397 . C T 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.41;MQ0=0;QD=17.29;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93:880,93,0 chrXI 634414 . A G 780 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=15.92;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:90:813,90,0 chrXI 634418 . G A 735 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=14.13;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:81:768,81,0 chrXI 634424 . A G 779 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=14.70;ReadPosRankSum=1.667;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:90:812,90,0 chrXI 634474 . C T 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=21.18;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1685,180,0 chrXI 635532 . A G 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.113;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:61:109,0,61 chrXI 635886 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:40:99:335,0,351 chrXI 636649 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=59;Dels=0.00;FS=11.599;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:510,0,326 chrXI 636832 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.557;DP=62;Dels=0.00;FS=2.590;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:428,0,640 chrXI 636838 . A C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;DP=66;Dels=0.00;FS=2.572;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:66:99:406,0,733 chrXI 636843 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=67;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=7.4077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.737;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.574;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:623,0,415 chrXI 636963 . T C 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.477;DP=95;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:769,0,847 chrXI 637026 . T C 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.97;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1251,141,0 chrXI 637305 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.701;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.677;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:70:99:462,0,699 chrXI 637350 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.750;DP=63;Dels=0.00;FS=3.648;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:63:99:400,0,629 chrXI 637392 . G C 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=2.456;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:37:91:91,0,501 chrXI 637897 . T A 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.218;DP=133;Dels=0.00;FS=10.816;HaplotypeScore=13.1058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,62:133:99:991,0,1336 chrXI 638131 . C T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.945;DP=107;Dels=0.00;FS=4.333;HaplotypeScore=6.6534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:869,0,1142 chrXI 638618 . T G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DP=23;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:121,0,186 chrXI 638688 . C G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.728;DP=50;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:384,0,469 chrXI 638710 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.994;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:512,0,563 chrXI 638753 . T A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=55;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.338;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:485,0,468 chrXI 638779 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;DP=60;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:593,0,522 chrXI 638898 . G A 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:839,0,667 chrXI 639032 . A T 1941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=20.43;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1974,219,0 chrXI 639090 . C T 2267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=22.01;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2300,249,0 chrXI 639099 . G A 2211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=22.33;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2244,243,0 chrXI 639300 . A C 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.829;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.183;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:917,0,735 chrXI 639414 . G C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=71;Dels=0.00;FS=9.114;HaplotypeScore=7.4653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.006;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:524,0,536 chrXI 639908 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=54;Dels=0.00;FS=2.641;HaplotypeScore=7.4683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.813;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:480,0,467 chrXI 639994 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.447;DP=64;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=26.0928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.376;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:460,0,228 chrXI 640812 . T C 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=19.12;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:73:99:1429,162,0 chrXI 641098 . A G 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.66;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1354,144,0 chrXI 641599 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.018;DP=71;Dels=0.00;FS=4.712;HaplotypeScore=5.1116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.167;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:765,0,610 chrXI 641793 . C A 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=21.66;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2047,219,0 chrXI 642191 . C G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=69;Dels=0.00;FS=5.254;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:69:99:678,0,493 chrXI 642681 . T C 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=146;Dels=0.00;FS=7.755;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=4.88;ReadPosRankSum=2.597;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:146:99:743,0,902 chrXI 643799 . G T 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.892;DP=119;Dels=0.00;FS=2.212;HaplotypeScore=11.4390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,48:119:99:917,0,1442 chrXI 643961 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=76;Dels=0.00;FS=6.063;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.004;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:488,0,696 chrXI 644027 . G A 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.536;DP=132;Dels=0.00;FS=0.651;HaplotypeScore=15.2175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:132:99:1116,0,1016 chrXI 644029 . C T 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.835;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:134:99:1037,0,1084 chrXI 644302 . T C 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DP=125;Dels=0.00;FS=6.392;HaplotypeScore=4.4107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.310;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,68:125:99:1193,0,1058 chrXI 644346 . T C 1166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.031;DP=135;Dels=0.00;FS=6.526;HaplotypeScore=8.8700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,74:135:99:1196,0,957 chrXI 644474 . T C 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.766;DP=126;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:126:99:993,0,1241 chrXI 645006 . A T 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=21.08;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1424,159,0 chrXI 645157 . T A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQ0=0;MQRankSum=2.606;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:426,0,472 chrXI 660826 . C A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.74;MQ0=4;QD=4.30;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:6:57,6,0 chrXI 660936 . T G 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=16.32;SB=-2.721e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:81,9,0 chrXI 661088 . G A 266 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.76;MQ0=2;QD=17.73;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:299,33,0 chrXI 661093 . G C 259 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.76;MQ0=2;QD=17.27;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:292,33,0 chrXI 661167 . C T 136.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.21;MQ0=4;QD=11.34;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:18:169,18,0 chrXI 661199 . A G 125.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.21;MQ0=4;QD=10.43;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:18:158,18,0 chrXI 661514 . C T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.00;MQ0=0;QD=11.89;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:55,6,0 chrXI 661702 . A G 185.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=2;QD=14.23;SB=-3.661e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:218,24,0 chrXI 661810 . A G 19.81 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.49;MQ0=2;QD=3.96;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:51,6,0 chrXI 663432 . T C 94.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.51;MQ0=2;QD=13.47;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:127,15,0 chrXI 663490 . A G 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.34;MQ0=3;QD=4.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:52,6,0 chrXI 663950 . G A 78.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.70;MQ0=2;QD=7.85;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:12:111,12,0 chrXI 665600 . A G 830 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.49;MQ0=6;QD=18.44;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:863,105,0 chrXI 665602 . G A 789 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.07;MQ0=6;QD=19.24;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:822,93,0 chrXI 665610 . A G 759 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.06;MQ0=6;QD=19.97;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:792,90,0 chrXI 665629 . A T 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=23.62;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:60:718,60,0 chrXI 665777 . G T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DP=31;Dels=0.00;FS=50.798;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.29;MQ0=6;MQRankSum=-1.311;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.893;SB=0.528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:31:75:75,0,186 chrXI 665791 . T C 190.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.150;DP=40;Dels=0.00;FS=2.817;HaplotypeScore=17.1260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.72;MQ0=7;MQRankSum=-1.471;QD=4.75;ReadPosRankSum=2.301;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:27:223,27,0 chrXI 665793 . G T 62.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.960;DP=41;Dels=0.00;FS=72.076;HaplotypeScore=17.1260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.46;MQ0=8;MQRankSum=-2.845;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.814;SB=-8.884e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:41:81:92,0,81 chrXI 665798 . G C 55.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=45;Dels=0.00;FS=84.033;HaplotypeScore=22.1709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.55;MQ0=9;MQRankSum=-3.521;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.568;SB=-8.884e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:85:85,0,125 chrXI 665811 . T G 42.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;DP=43;Dels=0.00;FS=48.613;HaplotypeScore=1.9203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.71;MQ0=7;MQRankSum=3.305;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.385;SB=-6.515e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:72:72,0,139 chrXI 665812 . G A 42.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=42;Dels=0.00;FS=48.613;HaplotypeScore=1.9203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.96;MQ0=6;MQRankSum=3.883;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.385;SB=-6.508e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:72:72,0,137 chrXI 665814 . G A 46.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=42;Dels=0.00;FS=48.613;HaplotypeScore=1.9203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.96;MQ0=6;MQRankSum=3.594;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.706;SB=-6.476e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:76:76,0,134 chrXI 665816 . T A 51.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=43;Dels=0.00;FS=62.300;HaplotypeScore=3.8406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.87;MQ0=6;MQRankSum=2.910;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.046;SB=-5.655e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:81:81,0,139 chrXI 665831 . A G 202.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=48;Dels=0.00;FS=4.873;HaplotypeScore=5.6349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.42;MQ0=5;MQRankSum=0.201;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.652;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:27:235,27,0 chrXI 665833 . A T 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DP=47;Dels=0.00;FS=104.069;HaplotypeScore=8.7221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.46;MQ0=5;MQRankSum=-3.374;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.306;SB=-2.982e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:47:46:46,0,141 chrXI 665842 . G A 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=43;Dels=0.00;FS=76.332;HaplotypeScore=5.8454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.54;MQ0=4;MQRankSum=4.201;QD=1.33;ReadPosRankSum=-2.123;SB=-3.015e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:52:87,0,52 chrXI 665844 . C A 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.030;DP=43;Dels=0.00;FS=76.332;HaplotypeScore=3.9348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.54;MQ0=4;MQRankSum=3.996;QD=1.40;ReadPosRankSum=-2.064;SB=-3.018e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:31:90,0,31 chrXI 665858 . A C 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=37;Dels=0.00;FS=30.329;HaplotypeScore=5.5750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.29;MQ0=4;MQRankSum=2.323;QD=0.33;ReadPosRankSum=-2.251;SB=-6.656e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:42:42,0,42 chrXI 665861 . T C 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.82;MQ0=4;QD=1.67;SB=-6.598e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:9:82,9,0 chrXI 665907 . G A 123.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DP=20;Dels=0.00;FS=41.460;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.10;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=6.16;ReadPosRankSum=-3.742;SB=-4.103e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,8:20:1:152,1,0 chrXI 665925 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.266;DP=45;Dels=0.00;FS=40.990;HaplotypeScore=31.6264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.27;MQ0=0;MQRankSum=3.538;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.808;SB=-1.047e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:397,0,140 chrXI 665974 . T G 195.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.975;DP=130;Dels=0.00;FS=4.596;HaplotypeScore=53.1255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.41;MQ0=9;MQRankSum=0.514;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.103;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,31:130:99:225,0,1027 chrXI 665985 . A G 479.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.334;DP=140;Dels=0.00;FS=17.421;HaplotypeScore=50.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.78;MQ0=10;MQRankSum=0.311;QD=3.42;ReadPosRankSum=-5.282;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,62:140:99:509,0,846 chrXI 665996 . A G 333.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DP=164;Dels=0.00;FS=2.958;HaplotypeScore=11.2353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.14;MQ0=12;MQRankSum=0.407;QD=2.03;ReadPosRankSum=-2.260;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,39:164:99:363,0,811 chrXI 666012 . T A 349.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;DP=152;Dels=0.01;FS=3.058;HaplotypeScore=50.7014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.68;MQ0=15;MQRankSum=-4.205;QD=2.30;ReadPosRankSum=2.048;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,61:151:99:379,0,720 chrXI 666019 . T C 584.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=143;Dels=0.00;FS=8.859;HaplotypeScore=48.1819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.52;MQ0=15;MQRankSum=-3.964;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,81:143:99:614,0,482 chrXI 666024 . T A 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=135;Dels=0.00;FS=11.485;HaplotypeScore=68.2984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.94;MQ0=13;MQRankSum=4.549;QD=0.16;ReadPosRankSum=1.906;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,19:135:52:52,0,987 chrXI 666030 . T C 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DP=110;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=46.3475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.71;MQ0=9;MQRankSum=-7.223;QD=0.44;ReadPosRankSum=-7.251;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,39:110:78:78,0,666 chrXI 666047 . T C 69.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DP=88;Dels=0.00;FS=17.957;HaplotypeScore=34.7915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.76;MQ0=6;MQRankSum=3.590;QD=0.78;ReadPosRankSum=3.723;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,21:88:99:99,0,595 chrXI 666051 . A G 105.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;DP=86;Dels=0.00;FS=10.223;HaplotypeScore=30.9398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.25;MQ0=6;MQRankSum=4.877;QD=1.22;ReadPosRankSum=3.779;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,25:86:99:135,0,516 chrXI 666055 . T G 245.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=82;Dels=0.00;FS=9.610;HaplotypeScore=40.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.03;MQ0=6;MQRankSum=-2.678;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.504;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:275,0,310 chrXI 666062 . G A 484.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;DP=78;Dels=0.00;FS=24.496;HaplotypeScore=28.5967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.63;MQ0=6;MQRankSum=-1.012;QD=6.21;ReadPosRankSum=3.163;SB=-2.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,65:78:60:514,0,60 chrXI 666072 . C G 298.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.47;MQ0=4;MQRankSum=-0.993;QD=4.45;ReadPosRankSum=3.239;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,33:67:73:328,0,73 chrXI 666082 . G A 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.856;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.83;MQ0=6;MQRankSum=1.633;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.619;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:71:48:48,0,351 chrXI 666110 . C G 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.71;MQ0=2;MQRankSum=-3.063;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.099;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:58:44:44,0,371 chrXI 666111 . G A 17.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.71;MQ0=2;MQRankSum=-1.708;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,13:58:47:47,0,331 chrXI 666116 . A C 11.34 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.199;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.71;MQ0=2;MQRankSum=-1.595;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.208;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,14:58:41:41,0,368 chrXI 666117 . A G 485 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.71;MQ0=2;QD=8.36;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:60:518,60,0 chrXI 666177 . G A 219.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.011;DP=71;Dels=0.00;FS=117.817;HaplotypeScore=28.8241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.30;MQ0=5;MQRankSum=-2.659;QD=3.08;ReadPosRankSum=3.329;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:249,0,464 chrXI 666180 . G A 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.553;DP=63;Dels=0.00;FS=42.546;HaplotypeScore=30.7786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.95;MQ0=5;MQRankSum=-1.025;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.076;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,17:63:53:53,0,545 chrXI 666198 . A G 850 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.11;MQ0=5;QD=11.97;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:883,102,0 chrXI 666203 . A G 58.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;DP=71;Dels=0.00;FS=1.687;HaplotypeScore=12.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.11;MQ0=5;MQRankSum=0.568;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.860;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,15:71:88:88,0,621 chrXI 666216 . T G 176.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=73;Dels=0.00;FS=45.699;HaplotypeScore=13.4963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.65;MQ0=6;MQRankSum=-4.056;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:206,0,457 chrXI 666272 . C G 18.07 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=54;Dels=0.00;FS=6.209;HaplotypeScore=25.5277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.95;MQ0=6;MQRankSum=-2.783;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.652;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:48:48,0,302 chrXI 666278 . A C 135.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=45;Dels=0.00;FS=16.185;HaplotypeScore=34.9516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.46;MQ0=6;MQRankSum=-2.115;QD=3.00;ReadPosRankSum=4.640;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:165,0,149 chrXI 666280 . C A 127.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;DP=43;Dels=0.00;FS=19.661;HaplotypeScore=33.3743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.17;MQ0=6;MQRankSum=-2.071;QD=2.95;ReadPosRankSum=3.770;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:43:99:157,0,163 chrXI 666281 . G T 121.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=43;Dels=0.00;FS=19.294;HaplotypeScore=33.3743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.17;MQ0=6;MQRankSum=-2.886;QD=2.81;ReadPosRankSum=3.836;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:43:99:151,0,137 chrXI 666287 . A T 133.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;DP=43;Dels=0.00;FS=13.763;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.82;MQ0=6;MQRankSum=-2.859;QD=3.09;ReadPosRankSum=2.933;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:43:80:163,0,80 chrXI 666300 . A G 118.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;DP=45;Dels=0.00;FS=9.548;HaplotypeScore=15.7013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.66;MQ0=4;MQRankSum=-2.213;QD=2.62;ReadPosRankSum=2.158;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:148,0,257 chrXI 666304 . C G 115.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=42;Dels=0.00;FS=10.503;HaplotypeScore=15.7013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.32;MQ0=3;MQRankSum=-2.480;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:42:99:145,0,233 chrXII 107 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=41;Dels=0.00;FS=9.746;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.76;MQ0=1;MQRankSum=-0.632;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:346,0,371 chrXII 176 . G A 338.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.62;MQ0=55;MQRankSum=-0.743;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.887;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,27:146:99:368,0,1190 chrXII 182 . C T 410.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.797;DP=138;Dels=0.00;FS=2.381;HaplotypeScore=4.9495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.85;MQ0=57;MQRankSum=-1.950;QD=2.97;ReadPosRankSum=-2.415;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,28:138:99:440,0,972 chrXII 206 . A G 150.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.40;MQ0=64;MQRankSum=2.744;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,12:124:99:180,0,959 chrXII 217 . G T 335.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.604;DP=113;Dels=0.00;FS=7.551;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.48;MQ0=66;MQRankSum=1.130;QD=2.96;ReadPosRankSum=-2.012;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,25:113:99:365,0,444 chrXII 399 . G A 192.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.90;MQ0=104;MQRankSum=0.610;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.022;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,18:140:99:222,0,272 chrXII 420 . A T 90.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=194;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.06;MQ0=135;MQRankSum=-0.080;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,25:194:99:120,0,443 chrXII 458 . C G 88.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=295;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.09;MQ0=226;MQRankSum=0.678;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,24:295:99:118,0,588 chrXII 482 . T A 159.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=266;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.29;MQ0=200;MQRankSum=0.912;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.130;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,39:266:99:189,0,443 chrXII 510 . T C 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.76;MQ0=146;MQRankSum=-0.119;QD=0.06;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,14:189:42:42,0,244 chrXII 5735 . C T 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;DP=43;Dels=0.02;FS=1.363;HaplotypeScore=27.7295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=2.77;ReadPosRankSum=-3.520;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:149,0,398 chrXII 5741 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DP=70;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=35.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.27;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=4.47;ReadPosRankSum=4.008;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:343,0,507 chrXII 5756 . C T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;DP=93;Dels=0.00;FS=37.388;HaplotypeScore=12.2076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.40;MQ0=1;MQRankSum=-0.839;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,19:93:54:54,0,1283 chrXII 5803 . C T 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=114;Dels=0.00;FS=36.299;HaplotypeScore=38.8403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.54;MQ0=1;MQRankSum=-2.099;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,64:114:99:797,0,760 chrXII 5807 . C G 593.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=110;Dels=0.00;FS=41.511;HaplotypeScore=37.4621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.44;MQ0=1;MQRankSum=2.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,41:110:99:623,0,919 chrXII 5843 . G A 654.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DP=60;Dels=0.00;FS=28.221;HaplotypeScore=8.2675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.29;MQ0=1;MQRankSum=3.607;QD=10.91;ReadPosRankSum=4.745;SB=-2.583e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,42:60:7:686,7,0 chrXII 5904 . G C 125.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;DP=47;Dels=0.00;FS=4.521;HaplotypeScore=7.4694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.35;MQ0=19;MQRankSum=1.364;QD=2.66;ReadPosRankSum=-2.775;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,12:47:51:155,0,51 chrXII 6013 . G A 151.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=51;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.78;MQ0=21;MQRankSum=-0.539;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:181,0,179 chrXII 6036 . G A 72.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.25;MQ0=33;MQRankSum=2.228;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.164;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,10:76:99:102,0,383 chrXII 6095 . C G 89.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.00;MQ0=46;MQRankSum=2.129;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.251;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,26:113:99:119,0,371 chrXII 6119 . T A 136.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.92;MQ0=38;MQRankSum=1.908;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.802;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:87:99:166,0,140 chrXII 6234 . C T 80.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.45;MQ0=32;MQRankSum=-0.742;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.742;SB=3.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,6:39:15:113,15,0 chrXII 6241 . C T 80.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.34;MQ0=33;MQRankSum=-0.742;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.742;SB=3.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,6:40:15:113,15,0 chrXII 6284 . C G 35.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.65;MQ0=10;QD=2.77;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,3:13:9:68,9,0 chrXII 11250 . A C 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.64;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-1.976e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,3:10:6:54,6,0 chrXII 11399 . C T 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.17;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:42:73,0,42 chrXII 11430 . T C 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=13;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=5.9536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.22;MQ0=0;MQRankSum=2.113;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:71:71,0,89 chrXII 11448 . T C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=9;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=3.7401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.25;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:58:58,0,72 chrXII 11458 . G A 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.52;MQ0=0;QD=7.60;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:54,6,0 chrXII 11652 . T C 101.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=17;Dels=0.00;FS=9.276;HaplotypeScore=9.9073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.81;MQ0=1;MQRankSum=-1.030;QD=5.96;ReadPosRankSum=3.200;SB=-1.524e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,11:17:15:134,15,0 chrXII 11672 . T C 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DP=21;Dels=0.00;FS=7.968;HaplotypeScore=8.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.06;MQ0=1;MQRankSum=-0.684;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.456;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:129,0,104 chrXII 11712 . G C 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=22;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.07;MQ0=2;MQRankSum=0.056;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.950;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,3:22:51:51,0,182 chrXII 11717 . T C 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.07;MQ0=2;MQRankSum=-1.323;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:126,0,132 chrXII 11742 . C T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;DP=28;Dels=0.00;FS=14.472;HaplotypeScore=3.3781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.78;MQ0=11;MQRankSum=1.076;QD=0.86;ReadPosRankSum=-2.287;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:28:54:54,0,157 chrXII 11874 . T C 50.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=22;Dels=0.00;FS=25.185;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.64;MQ0=10;MQRankSum=0.597;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.663;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:22:9:83,9,0 chrXII 11916 . A G 41.22 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DP=39;Dels=0.00;FS=2.881;HaplotypeScore=6.8487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.16;MQ0=27;MQRankSum=1.134;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.468;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:10:71,0,10 chrXII 11938 . C T 79.35 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.40;MQ0=26;MQRankSum=1.202;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.626;SB=-7.118e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:42:8:109,0,8 chrXII 11965 . G A 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=46;Dels=0.00;FS=7.911;HaplotypeScore=6.9009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.67;MQ0=29;MQRankSum=-0.553;QD=0.31;ReadPosRankSum=2.462;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,10:46:44:44,0,160 chrXII 11987 . T A 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.85;MQ0=24;MQRankSum=2.017;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.421;SB=-7.826e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,4:32:30:67,0,30 chrXII 11993 . C T 65.55 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.16;MQ0=15;QD=2.85;SB=6.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,8:23:12:98,12,0 chrXII 12002 . T G 75.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.80;MQ0=8;MQRankSum=0.742;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.742;SB=-3.871e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:15:12:108,12,0 chrXII 12003 . T C 77.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.24;MQ0=9;MQRankSum=0.742;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.742;SB=-3.871e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:16:12:110,12,0 chrXII 12021 . C T 41.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.09;MQ0=9;QD=3.23;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,6:13:9:74,9,0 chrXII 12027 . C T 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.50;MQ0=10;QD=1.56;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,8:14:6:53,6,0 chrXII 12182 . T A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.84;MQ0=22;QD=0.77;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,19:27:6:52,6,0 chrXII 12244 . A C 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.29;MQ0=6;MQRankSum=0.731;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:11:6:50,6,0 chrXII 12247 . C T 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.29;MQ0=6;MQRankSum=0.731;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,5:11:6:49,6,0 chrXII 13550 . G A 382 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.58;MQ0=24;QD=7.96;SB=-6.930e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,25:48:42:415,42,0 chrXII 13552 . T G 349 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.58;MQ0=24;QD=7.27;SB=-6.930e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,25:48:42:382,42,0 chrXII 13556 . C T 335 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.30;MQ0=24;QD=7.13;SB=-7.338e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,24:47:39:368,39,0 chrXII 13561 . T A 325 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.30;MQ0=23;QD=6.77;SB=-8.153e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,25:48:36:358,36,0 chrXII 13610 . A G 199.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=48;Dels=0.00;FS=11.761;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.44;MQ0=32;MQRankSum=1.504;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,22:48:27:232,27,0 chrXII 13683 . G A 358 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.31;MQ0=9;QD=10.85;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:42:391,42,0 chrXII 13875 . A T 307.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=43;Dels=0.00;FS=15.045;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.02;MQ0=4;MQRankSum=1.871;QD=7.14;ReadPosRankSum=-2.714;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,38:43:29:337,0,29 chrXII 13876 . G T 344.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=43;Dels=0.00;FS=15.045;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.02;MQ0=4;MQRankSum=1.871;QD=8.00;ReadPosRankSum=-2.714;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,38:43:29:374,0,29 chrXII 13888 . A T 529.34 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=51;Dels=0.00;FS=17.536;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.58;MQ0=4;MQRankSum=1.545;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.806;SB=-2.483e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,46:51:8:559,0,8 chrXII 13986 . G A 722 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.44;MQ0=0;QD=17.61;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:755,78,0 chrXII 13990 . T C 664 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.648;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:75:697,75,0 chrXII 13992 . G T 686 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.31;MQ0=0;QD=16.33;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:719,75,0 chrXII 14020 . T C 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=16.17;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:75:680,75,0 chrXII 14041 . A T 373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.93;MQ0=0;QD=10.36;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:45:406,45,0 chrXII 14063 . T G 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.99;MQ0=0;QD=15.83;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:492,54,0 chrXII 14087 . T G 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=18.90;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:411,45,0 chrXII 14265 . G T 521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=17.97;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:554,60,0 chrXII 14312 . T G 639 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.59;MQ0=0;QD=19.36;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:672,72,0 chrXII 14317 . G A 627 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;QD=17.91;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:660,72,0 chrXII 14318 . C T 685 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;QD=19.57;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:718,75,0 chrXII 14785 . A G 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=18.10;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:594,66,0 chrXII 14801 . T A 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=6.140;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.639;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:72:679,72,0 chrXII 15102 . T G 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:934,102,0 chrXII 15147 . T G 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=24.42;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1010,108,0 chrXII 15269 . C T 339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.60;SB=-1.639e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:39:372,39,0 chrXII 15466 . G A 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=20.15;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1403,147,0 chrXII 15467 . C T 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=19.18;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1337,144,0 chrXII 15806 . G A 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=21.17;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:901,99,0 chrXII 15923 . A C 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=24.69;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1144,126,0 chrXII 15995 . C T 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=24.88;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:93:854,93,0 chrXII 16099 . A T 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=20.35;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:786,84,0 chrXII 16137 . T C 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=19.64;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:897,99,0 chrXII 16146 . A G 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=21.25;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:883,96,0 chrXII 16175 . A C 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=45;Dels=0.00;FS=2.996;HaplotypeScore=2.7648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=1.759;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.874;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:45:99:933,102,0 chrXII 16311 . G A 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=24.79;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1446,150,0 chrXII 16338 . A C 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=21.06;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1023,111,0 chrXII 16487 . G A 580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.87;MQ0=0;QD=14.87;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:66:613,66,0 chrXII 16523 . C G 518.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=108;Dels=0.00;FS=44.106;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.503;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.383;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:108:99:548,0,316 chrXII 16528 . G A 565.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DP=115;Dels=0.00;FS=49.950;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.125;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.915;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,61:115:99:595,0,513 chrXII 16531 . T C 602.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.413;DP=115;Dels=0.00;FS=45.436;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.864;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.939;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:115:99:632,0,652 chrXII 16532 . T C 527.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.807;DP=116;Dels=0.00;FS=48.116;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.34;MQ0=0;MQRankSum=-4.453;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.894;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:116:99:557,0,662 chrXII 16562 . T A 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=135;Dels=0.00;FS=40.051;HaplotypeScore=6.1340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.573;QD=9.01;ReadPosRankSum=-2.912;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,88:135:99:1246,0,944 chrXII 16672 . G A 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.574;DP=81;Dels=0.00;FS=13.651;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=2.770;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.345;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:958,0,647 chrXII 16745 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.700;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:533,0,266 chrXII 17262 . C T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:289,0,532 chrXII 17299 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=64;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:481,0,589 chrXII 18460 . C T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;DP=50;Dels=0.00;FS=13.771;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:473,0,359 chrXII 18491 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=47;Dels=0.00;FS=14.356;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:382,0,388 chrXII 18699 . T C 671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.634;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:78:704,78,0 chrXII 19080 . C T 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.60;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1228,129,0 chrXII 19164 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:41:99:415,0,286 chrXII 19191 . T A 622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.45;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:655,69,0 chrXII 19236 . A G 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=22.27;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:78:701,78,0 chrXII 19419 . A G 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=20.83;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1637,180,0 chrXII 19593 . C T 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;QD=22.63;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1074,111,0 chrXII 19608 . G C 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=20.98;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:96:935,96,0 chrXII 19788 . A G 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=21.72;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1271,138,0 chrXII 19819 . T G 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.50;MQ0=0;QD=21.04;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1464,162,0 chrXII 19832 . C T 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.24;MQ0=0;QD=22.80;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1652,177,0 chrXII 19877 . C T 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.75;MQ0=0;QD=19.64;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1074,117,0 chrXII 19889 . G A 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.46;MQ0=0;QD=18.91;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:922,99,0 chrXII 19910 . A T 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.668;DP=61;Dels=0.00;FS=27.089;HaplotypeScore=10.1176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.616;QD=10.80;ReadPosRankSum=3.668;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:78:692,78,0 chrXII 19941 . A C 328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.32;MQ0=0;QD=9.37;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:42:361,42,0 chrXII 20003 . G A 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=21.24;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:62:99:1350,141,0 chrXII 20019 . C T 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=20.18;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1466,156,0 chrXII 20041 . A C 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.622;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1033,114,0 chrXII 20097 . C T 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;QD=11.65;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:942,99,0 chrXII 20103 . G C 788 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;QD=11.10;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:90:821,90,0 chrXII 20108 . G C 824 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.29;MQ0=0;QD=12.12;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:93:857,93,0 chrXII 20109 . C T 755 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.29;MQ0=0;QD=11.10;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:90:788,90,0 chrXII 20114 . C T 854 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=67.6556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.87;MQ0=0;QD=11.70;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:887,99,0 chrXII 20157 . G A 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.73;MQ0=0;QD=13.81;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1041,114,0 chrXII 20163 . A G 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=72;Dels=0.00;FS=7.121;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=12.28;ReadPosRankSum=2.381;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:917,105,0 chrXII 20194 . A T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=70;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.852;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:454,0,346 chrXII 20200 . A G 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=3.490;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=16.82;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1160,141,0 chrXII 20228 . G T 1190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.67;MQ0=0;QD=17.25;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1223,141,0 chrXII 20235 . G A 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.45;MQ0=0;QD=18.07;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1352,153,0 chrXII 20241 . C T 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.53;MQ0=0;QD=17.99;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1346,150,0 chrXII 20301 . G A 2468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=20.74;SB=-1.534e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2501,264,0 chrXII 20344 . T A 2789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=23.05;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:99:2822,294,0 chrXII 20366 . T C 2500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.643;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2533,273,0 chrXII 20402 . A G 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.697;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1791,201,0 chrXII 20423 . C G 1700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.13;MQ0=0;QD=17.35;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1733,195,0 chrXII 20452 . G A 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.43;MQ0=0;QD=17.06;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1108,120,0 chrXII 20602 . T C 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.231;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:91:99:1458,165,0 chrXII 20619 . A G 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=17.86;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1426,153,0 chrXII 20630 . C A 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=16.91;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1386,147,0 chrXII 20686 . C T 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=17.23;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:83:99:1463,165,0 chrXII 20945 . A C 1797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=98;Dels=0.00;FS=10.295;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=18.34;ReadPosRankSum=2.374;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:98:99:1830,201,0 chrXII 20990 . C A 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=22.95;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1915,207,0 chrXII 21053 . T A 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=20.81;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:678,72,0 chrXII 21252 . T C 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=19.59;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1130,129,0 chrXII 21384 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;DP=49;Dels=0.00;FS=2.434;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=7.47;ReadPosRankSum=2.070;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:396,0,374 chrXII 21405 . A G 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=19.18;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:896,102,0 chrXII 21407 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DP=45;Dels=0.00;FS=8.614;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.633;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:480,0,186 chrXII 21440 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:43:99:334,0,206 chrXII 21474 . C T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=53;Dels=0.00;FS=2.432;HaplotypeScore=7.2027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:418,0,464 chrXII 21693 . C G 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=19.11;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:759,84,0 chrXII 21830 . T C 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=62;Dels=0.00;FS=3.082;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=17.15;ReadPosRankSum=2.371;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1096,117,0 chrXII 21837 . C A,G 899.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.53;MQ0=0;QD=13.42;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,34,32:67:99:959,480,420,478,0,418 chrXII 21869 . A G 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=18.32;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1224,135,0 chrXII 21957 . C T 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=21.68;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1464,162,0 chrXII 21959 . C T 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=21.46;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1428,156,0 chrXII 22019 . T C 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.053;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.41;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=12.97;ReadPosRankSum=1.418;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:51:461,51,0 chrXII 22028 . A G 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:57:518,57,0 chrXII 22049 . T C 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.64;MQ0=0;QD=13.26;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:54:484,54,0 chrXII 22074 . T C 403 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.27;MQ0=0;QD=10.89;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:51:436,51,0 chrXII 22078 . A G 374 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.03;MQ0=0;QD=9.84;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:38:48:407,48,0 chrXII 22083 . T C 419 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;QD=10.47;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:54:452,54,0 chrXII 22201 . A G 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=73;Dels=0.00;FS=3.388;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=21.60;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:1610,174,0 chrXII 22367 . T G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=59;Dels=0.00;FS=11.599;HaplotypeScore=5.8269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:401,0,584 chrXII 22395 . C T 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=21.06;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1107,117,0 chrXII 22420 . C A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=47;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=2.3503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:309,0,369 chrXII 22436 . G A 798 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.93;MQ0=0;QD=15.35;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:93:831,93,0 chrXII 22437 . G A 833 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.43;MQ0=0;QD=16.33;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:93:866,93,0 chrXII 22443 . A G 820 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.49;MQ0=0;QD=14.64;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:853,99,0 chrXII 22491 . G A 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=15.79;SB=-1.391e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:113:99:1817,198,0 chrXII 22509 . G A 1863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=17.09;SB=-1.359e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1896,210,0 chrXII 22572 . G A 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=21.18;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1939,207,0 chrXII 22603 . T C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=24.14;ReadPosRankSum=1.886;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1723,186,0 chrXII 22642 . G T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=61;Dels=0.00;FS=3.082;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.619;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1207,113,0 chrXII 22753 . T C 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;QD=21.13;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1977,216,0 chrXII 22902 . T A 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=96;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=18.25;ReadPosRankSum=1.550;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:1785,198,0 chrXII 23030 . A G 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.267;DP=82;Dels=0.00;FS=5.336;HaplotypeScore=11.1373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=20.95;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1751,189,0 chrXII 23062 . T A 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;DP=89;Dels=0.00;FS=3.145;HaplotypeScore=10.4444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.805;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:843,0,811 chrXII 23159 . G A 2152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=18.24;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2185,240,0 chrXII 23228 . A G 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=22.33;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2288,249,0 chrXII 23505 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=92;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=88.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=5.80;ReadPosRankSum=1.308;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,35:92:99:564,0,1162 chrXII 23568 . T C 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=18.87;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1618,177,0 chrXII 23820 . G C 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=17.19;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:927,99,0 chrXII 23826 . C G 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.47;MQ0=0;QD=16.31;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:93:865,93,0 chrXII 23845 . T A 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.06;MQ0=0;QD=16.21;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:665,69,0 chrXII 23846 . C A 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.06;MQ0=0;QD=16.10;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:661,69,0 chrXII 23860 . A G 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=14.10;ReadPosRankSum=2.274;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:69:625,69,0 chrXII 23981 . C T 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=17.49;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1065,114,0 chrXII 24051 . T C 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=20.53;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:75:690,75,0 chrXII 24053 . T A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.967;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:345,0,237 chrXII 24179 . G A 588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:621,66,0 chrXII 24246 . T G 474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=18.96;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:507,57,0 chrXII 24279 . T C 606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=20.90;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:639,69,0 chrXII 24315 . G A 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=19.90;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:869,93,0 chrXII 24323 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=40;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:351,0,355 chrXII 24384 . T C 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=22.33;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:993,108,0 chrXII 24591 . T A 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.96;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:976,99,0 chrXII 24681 . C T 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=19.41;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1081,123,0 chrXII 24687 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=54;Dels=0.00;FS=5.379;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.948;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:466,0,501 chrXII 24890 . G A 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=17.67;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1005,102,0 chrXII 24893 . T A 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:964,102,0 chrXII 24926 . G A 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=17.21;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:90:859,90,0 chrXII 24948 . T C 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=16.15;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96:873,96,0 chrXII 25143 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;DP=31;Dels=0.00;FS=1.398;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:241,0,285 chrXII 25333 . C T 665 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=18.47;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:75:698,75,0 chrXII 25369 . T G 240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;QD=9.23;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:30:273,30,0 chrXII 25411 . C T 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.15;MQ0=0;QD=13.12;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:60:571,60,0 chrXII 25449 . C T 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=19.09;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:873,93,0 chrXII 25493 . C T 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=22.61;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1073,114,0 chrXII 25499 . A G 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=21.50;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:979,108,0 chrXII 25545 . C T 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=21.57;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:982,105,0 chrXII 25640 . G A 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=25.24;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1623,183,0 chrXII 25817 . T G 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;DP=87;Dels=0.00;FS=18.309;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:773,0,776 chrXII 25933 . A G 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.35;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1071,111,0 chrXII 26176 . G A 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=19.76;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1120,120,0 chrXII 26194 . C G 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=17.58;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:84:789,84,0 chrXII 26362 . C G 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.46;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:974,105,0 chrXII 27093 . T C 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=20.24;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2219,240,0 chrXII 27108 . C A 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=100;Dels=0.00;FS=1.684;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.442;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:100:99:947,0,616 chrXII 27180 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;DP=46;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=4.1726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=2.694;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.077;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:277,0,298 chrXII 27238 . C T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DP=42;Dels=0.00;FS=10.196;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.735;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,29:42:81:520,0,81 chrXII 27526 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.730;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:270,0,288 chrXII 27921 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:342,0,269 chrXII 28252 . A G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DP=50;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=5.3665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:279,0,386 chrXII 28285 . A T 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=18.70;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1174,120,0 chrXII 28293 . T C 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.974;DP=75;Dels=0.00;FS=23.468;HaplotypeScore=7.6322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=14.88;ReadPosRankSum=4.033;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:1149,126,0 chrXII 28349 . C T 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=17.75;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1666,186,0 chrXII 28431 . T C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=53;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:53:99:243,0,299 chrXII 28676 . G C 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=20.89;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1537,171,0 chrXII 28713 . C G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.495;DP=51;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.104;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:463,0,497 chrXII 28784 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DP=41;Dels=0.00;FS=9.043;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.384;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:413,0,317 chrXII 28824 . G C 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.10;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1419,153,0 chrXII 28868 . G A 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=20.66;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1748,195,0 chrXII 29013 . C T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=4.5489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:340,0,309 chrXII 29085 . G C 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=17.91;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:87:803,87,0 chrXII 29137 . G A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DP=35;Dels=0.00;FS=1.421;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:376,0,296 chrXII 29160 . C T 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=22.79;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:990,102,0 chrXII 29379 . T C 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=25;Dels=0.00;FS=6.239;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.465;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:123,0,165 chrXII 29414 . A C 326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.255;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.614;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:39:359,39,0 chrXII 29437 . T C 317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=3.774;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:39:350,39,0 chrXII 29440 . C T 251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=8.37;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:33:284,33,0 chrXII 29612 . A G 736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=21.03;ReadPosRankSum=1.529;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:84:769,84,0 chrXII 29663 . G T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=34;Dels=0.00;FS=3.127;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.297;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:381,0,229 chrXII 29773 . C A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=22.19;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:854,90,0 chrXII 29781 . T G 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=17.59;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:69:596,69,0 chrXII 29948 . T A 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=52;Dels=0.00;FS=5.591;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=18.29;ReadPosRankSum=2.865;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:99:984,105,0 chrXII 30012 . A G 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=23.65;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1452,159,0 chrXII 30087 . A G 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=86;Dels=0.00;FS=4.381;HaplotypeScore=8.9631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.754;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1826,198,0 chrXII 30327 . C T 2681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1.499e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2714,294,0 chrXII 30768 . C T 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1600,177,0 chrXII 30930 . C T 2084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.71;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2117,228,0 chrXII 30995 . T C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.881;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.434;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:779,0,948 chrXII 31128 . C T 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.07;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:75:716,75,0 chrXII 31221 . T C 2096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2129,231,0 chrXII 31341 . C T 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;DP=99;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=4.7598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:1045,0,800 chrXII 31551 . C A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.056;DP=63;Dels=0.00;FS=3.286;HaplotypeScore=4.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:347,0,670 chrXII 31630 . G A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=69;Dels=0.00;FS=1.493;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.661;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,45:69:99:687,0,343 chrXII 31899 . T A 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=22.29;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1259,138,0 chrXII 32169 . C G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.665;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:601,0,752 chrXII 32552 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;DP=51;Dels=0.00;FS=3.925;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:434,0,473 chrXII 32690 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=2.070;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.847;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:285,0,527 chrXII 33112 . A G 2485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.80;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2518,267,0 chrXII 33349 . A C 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.932;DP=101;Dels=0.00;FS=1.733;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.161;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:821,0,952 chrXII 33353 . G A 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.408;DP=107;Dels=0.00;FS=1.605;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.311;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:107:99:913,0,880 chrXII 34210 . A G 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=110;Dels=0.00;FS=3.557;HaplotypeScore=7.3991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:110:99:1103,0,1132 chrXII 34564 . T C 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;DP=150;Dels=0.00;FS=10.651;HaplotypeScore=12.1497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.108;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,69:150:99:1098,0,1564 chrXII 34786 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.404;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,46:111:99:646,0,1224 chrXII 35020 . T A 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DP=73;Dels=0.00;FS=3.346;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:73:99:432,0,804 chrXII 35196 . A G 530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=18.93;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:563,63,0 chrXII 35207 . C T 690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=23.79;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:723,75,0 chrXII 35238 . T G 461 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.04;SB=-6.552e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:494,54,0 chrXII 35267 . T C 141.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:171,0,234 chrXII 35302 . T C 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:103,0,128 chrXII 35464 . C G 295.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;DP=26;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:325,0,154 chrXII 35481 . T C 277.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;DP=31;Dels=0.00;FS=3.774;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.541;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:307,0,250 chrXII 35482 . A G 273.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;DP=31;Dels=0.00;FS=3.774;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.621;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:303,0,238 chrXII 35569 . T C 181.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=14;Dels=0.00;FS=9.590;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.067;SB=-6.502e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:94:211,0,94 chrXII 35587 . C T 165.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=12;Dels=0.00;FS=10.414;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-2.189e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:77:195,0,77 chrXII 35616 . T C 157.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DP=12;Dels=0.00;FS=10.414;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=13.08;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-5.149e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:82:187,0,82 chrXII 35779 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=23;Dels=0.00;FS=1.760;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:365,0,101 chrXII 35854 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DP=37;Dels=0.00;FS=1.541;HaplotypeScore=2.6500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,29:37:99:518,0,106 chrXII 36311 . C T 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=22.26;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:790,84,0 chrXII 36662 . G A 467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=9.73;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:51:500,51,0 chrXII 36804 . T A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=32;Dels=0.00;FS=1.523;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:32:99:256,0,302 chrXII 37034 . C T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=31;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:379,0,200 chrXII 37184 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.147;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:508,0,713 chrXII 37196 . C T 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:653,0,822 chrXII 37425 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.742;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:532,0,202 chrXII 37611 . T C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:95:99:885,0,741 chrXII 37705 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=76;Dels=0.00;FS=4.782;HaplotypeScore=10.7079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.867;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:76:99:847,0,563 chrXII 37762 . A T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DP=67;Dels=0.00;FS=2.108;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:512,0,538 chrXII 37937 . C T 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=91;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=10.4508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:91:99:865,0,657 chrXII 37966 . C T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.926;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.289;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:95:99:935,0,703 chrXII 38224 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DP=48;Dels=0.00;FS=2.779;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.904;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:48:99:386,0,476 chrXII 38338 . G T 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DP=60;Dels=0.00;FS=1.108;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:813,0,373 chrXII 38737 . T G 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=73;Dels=0.00;FS=4.879;HaplotypeScore=10.4151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.668;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:73:99:438,0,742 chrXII 39312 . C G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=55;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.059;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:517,0,347 chrXII 39313 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=57;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.136;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:579,0,359 chrXII 39652 . A G 227.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:257,0,457 chrXII 40119 . G A 2490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2523,261,0 chrXII 41556 . G A 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1020,108,0 chrXII 41600 . T C 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.51;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:821,87,0 chrXII 41628 . C T 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=19.87;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1265,141,0 chrXII 45070 . A G 1979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=23.28;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2012,216,0 chrXII 45294 . T C 3469.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=25.89;SB=-1.829e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:134:99:3469,372,0 chrXII 45778 . T C 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=21.02;ReadPosRankSum=1.304;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:1757,195,0 chrXII 46257 . G C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=63;Dels=0.00;FS=4.017;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.330;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:63:99:360,0,603 chrXII 46479 . T A 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=23.63;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1711,177,0 chrXII 46528 . A T 417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=16.68;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:450,48,0 chrXII 46645 . A G 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=16.47;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:692,78,0 chrXII 46783 . C T 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=23.00;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:69:654,69,0 chrXII 47058 . G A 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=21.21;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:754,78,0 chrXII 47080 . C T 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.58;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:891,93,0 chrXII 47928 . G A 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.30;MQ0=1;QD=19.36;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1059,114,0 chrXII 48757 . G A 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=16.63;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:798,87,0 chrXII 48820 . T A 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=14.87;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:51:479,51,0 chrXII 48832 . T G 270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;QD=10.38;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:33:303,33,0 chrXII 48833 . T A 294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=11.76;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:33:327,33,0 chrXII 48847 . T C 116.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.81;SB=-8.114e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18:149,18,0 chrXII 48923 . G C 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=25.10;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1539,165,0 chrXII 49638 . T C 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=58;Dels=0.00;FS=5.593;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=24.16;ReadPosRankSum=1.673;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1434,135,0 chrXII 49822 . G T 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=17.66;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1075,120,0 chrXII 49831 . T A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=17.80;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1101,117,0 chrXII 49993 . C G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;DP=44;Dels=0.00;FS=6.236;HaplotypeScore=5.5413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.629;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:44:99:336,0,292 chrXII 50192 . A G 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=62;Dels=0.00;FS=18.295;HaplotypeScore=4.1486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=23.82;ReadPosRankSum=2.371;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1510,165,0 chrXII 50531 . C T 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=15.19;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:64:99:1005,114,0 chrXII 54190 . G A 2199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2232,234,0 chrXII 55033 . C T 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.55;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1187,126,0 chrXII 56365 . T C 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=90;Dels=0.00;FS=3.159;HaplotypeScore=7.9721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:90:99:1872,184,0 chrXII 56781 . G T 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1760,189,0 chrXII 57868 . C T 2832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=20.67;SB=-1.536e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:137:99:2865,303,0 chrXII 58510 . C T 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.51;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1366,147,0 chrXII 59265 . C T 2460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.77;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2493,270,0 chrXII 59339 . C T 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=48;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=17.04;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:87:851,87,0 chrXII 59908 . C T 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=24.16;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2111,219,0 chrXII 60105 . T C 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DP=80;Dels=0.00;FS=12.619;HaplotypeScore=10.5804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=19.66;ReadPosRankSum=2.912;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:1606,180,0 chrXII 61318 . A G 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=23.90;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1993,197,0 chrXII 62349 . T A 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=18.82;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1294,132,0 chrXII 62362 . A G 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=18.08;ReadPosRankSum=1.684;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:1353,144,0 chrXII 63559 . G A 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=18.51;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1051,117,0 chrXII 63798 . G T 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=17.24;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1102,117,0 chrXII 63859 . C G 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=20.13;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1825,198,0 chrXII 64307 . G A 1278 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=4;QD=17.75;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1311,141,0 chrXII 64437 . T C 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DP=93;Dels=0.00;FS=3.826;HaplotypeScore=11.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=3.020;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.680;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,73:93:99:1101,0,158 chrXII 64533 . C T 17.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=44;Dels=0.00;FS=12.670;HaplotypeScore=6.5042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.956;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.721;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,8:44:47:47,0,614 chrXII 64535 . A G 43.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=43;Dels=0.00;FS=9.615;HaplotypeScore=7.3476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.80;MQ0=0;MQRankSum=-4.148;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.689;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,8:43:73:73,0,595 chrXII 64536 . T C 39.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=44;Dels=0.00;FS=12.979;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.948;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.827;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,8:44:69:69,0,607 chrXII 64539 . C T 15.14 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=42;Dels=0.00;FS=13.361;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.108;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.321;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:42:45:45,0,585 chrXII 64541 . A G 20.05 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=39;Dels=0.00;FS=20.164;HaplotypeScore=5.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.678;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.933;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,7:39:50:50,0,592 chrXII 64545 . C A 24.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;DP=39;Dels=0.00;FS=23.318;HaplotypeScore=6.1177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.455;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,8:39:54:54,0,598 chrXII 64547 . A G 20.05 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;DP=38;Dels=0.00;FS=20.623;HaplotypeScore=6.1177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.766;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.678;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:38:50:50,0,641 chrXII 64554 . C G 18.07 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.259;DP=41;Dels=0.00;FS=20.623;HaplotypeScore=9.1099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.879;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:41:48:48,0,579 chrXII 64557 . A G 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;DP=41;Dels=0.00;FS=26.842;HaplotypeScore=7.5325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.824;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,7:41:49:49,0,570 chrXII 64614 . A G 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=19.87;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:649,72,0 chrXII 64683 . G A 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=4.76;SB=-5.980e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:55,6,0 chrXII 64692 . A G 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.26;MQ0=1;QD=3.80;SB=-6.180e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:54,6,0 chrXII 64872 . G A 26.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.82;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:58,6,0 chrXII 64887 . C T 30.77 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.85;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:62,6,0 chrXII 64890 . G A 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.47;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:59,6,0 chrXII 65100 . G A 88.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.062;DP=54;Dels=0.00;FS=89.440;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.667;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.468;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:54:99:118,0,387 chrXII 65485 . C T 255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=19.62;SB=-7.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:30:288,30,0 chrXII 65517 . T C 179.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.519;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:24:212,24,0 chrXII 65523 . A T 185.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=11.56;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:24:218,24,0 chrXII 65695 . C A 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.58;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1491,156,0 chrXII 65728 . G A 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:768,84,0 chrXII 65835 . C T 519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=17.90;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:552,60,0 chrXII 65841 . G A 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;QD=16.62;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:54:515,54,0 chrXII 65892 . A G 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.94;MQ0=0;QD=12.25;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:48:425,48,0 chrXII 65992 . C T 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.17;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1102,114,0 chrXII 66330 . C A 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=18.68;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1191,123,0 chrXII 66338 . G A 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=17.64;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1250,132,0 chrXII 66595 . A G 1634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=15.27;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1667,180,0 chrXII 66714 . T C 2808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2841,318,0 chrXII 66926 . G A 2136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=21.36;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2169,225,0 chrXII 67247 . A G 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=20.49;ReadPosRankSum=1.585;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:996,108,0 chrXII 68071 . T C 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.555;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:93:845,93,0 chrXII 68253 . G A 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.65;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1211,129,0 chrXII 68368 . T A 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=19.95;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:851,87,0 chrXII 68373 . A T 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=14.14;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:81:740,81,0 chrXII 68671 . A G 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=51;Dels=0.00;FS=3.854;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=18.29;ReadPosRankSum=1.664;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:966,105,0 chrXII 69006 . T A 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=16.03;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1027,117,0 chrXII 69233 . G A 1692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.42;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1725,195,0 chrXII 70044 . G A 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.48;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:66:99:1451,150,0 chrXII 70244 . C T 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.76;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1968,207,0 chrXII 70508 . A G 2927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.018;QD=22.34;ReadPosRankSum=2.393;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:131:99:2960,321,0 chrXII 70541 . A T 2898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=20.85;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2931,321,0 chrXII 71063 . C G 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=18.51;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1643,180,0 chrXII 71524 . A G 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=25.03;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:859,96,0 chrXII 71641 . C G 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=19.44;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1102,120,0 chrXII 71722 . A G 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=23.53;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1233,132,0 chrXII 72502 . T C 1179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=21.83;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1212,132,0 chrXII 72811 . A C 1450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.97;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1483,159,0 chrXII 72877 . A G 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.27;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1675,192,0 chrXII 72975 . T C 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.189;DP=85;Dels=0.00;FS=7.057;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=19.58;ReadPosRankSum=2.392;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:1697,186,0 chrXII 72987 . C T 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=19.32;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1405,147,0 chrXII 73178 . C T 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.99;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1976,207,0 chrXII 73290 . C A 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=24.03;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1907,198,0 chrXII 73717 . T G 2248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=23.66;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2281,249,0 chrXII 73852 . G A 2583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.70;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2616,270,0 chrXII 74238 . A G 2371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=22.80;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2404,264,0 chrXII 74258 . C T 2292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.62;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2325,246,0 chrXII 74519 . T C 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=14.56;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:94:99:1402,156,0 chrXII 74641 . T C 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=23.44;ReadPosRankSum=1.672;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1369,153,0 chrXII 74846 . A G 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=24.52;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1357,150,0 chrXII 74872 . C T 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=22.02;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1090,117,0 chrXII 75086 . A C 2749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=22.17;ReadPosRankSum=1.676;SB=-1.421e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:124:99:2782,300,0 chrXII 75488 . T C 2477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=120;Dels=0.00;FS=3.027;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=20.64;ReadPosRankSum=2.368;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:2510,270,0 chrXII 75506 . T C 2339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.236;DP=129;Dels=0.00;FS=22.933;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=18.13;ReadPosRankSum=5.130;SB=-1.424e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:129:99:2372,267,0 chrXII 75545 . C G 2097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=18.39;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:114:99:2130,237,0 chrXII 75713 . C T 2313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.42;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2346,255,0 chrXII 75903 . C T 3040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=24.72;SB=-1.628e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:3073,318,0 chrXII 76057 . G A 2582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.16;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:99:2615,276,0 chrXII 76465 . G A 1890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=19.69;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1923,201,0 chrXII 76544 . A T 2269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=117;Dels=0.00;FS=4.963;HaplotypeScore=5.7469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=19.39;ReadPosRankSum=0.597;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2302,220,0 chrXII 76603 . G T 1873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=21.28;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1906,198,0 chrXII 76840 . T C 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=20.88;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1098,120,0 chrXII 76842 . G A 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=21.78;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1144,120,0 chrXII 77051 . A G 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.51;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:874,96,0 chrXII 77139 . G A 1488 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=26.11;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1521,156,0 chrXII 77473 . C T 1456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=24.68;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1489,153,0 chrXII 77520 . C T 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.64;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1461,150,0 chrXII 77743 . A C 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=3.602;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.669;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1171,129,0 chrXII 78276 . G A 2559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.48;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2592,270,0 chrXII 79336 . G A 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.17;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1122,117,0 chrXII 79798 . G C 1596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.95;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1629,183,0 chrXII 79977 . G A 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.53;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:912,96,0 chrXII 79987 . C T 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=21.27;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:820,84,0 chrXII 80023 . T C 984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=20.50;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1017,108,0 chrXII 80089 . C T 529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=14.69;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:60:562,60,0 chrXII 80666 . C T 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=17.49;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:77:99:1380,147,0 chrXII 80880 . T G 453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.59;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:486,54,0 chrXII 81026 . C T 397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=19.85;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:430,45,0 chrXII 81096 . G A 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=25.20;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1041,111,0 chrXII 81713 . G A 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=20.86;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:909,102,0 chrXII 82033 . A G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=48;Dels=0.00;FS=4.586;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=21.48;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:48:99:1064,117,0 chrXII 82171 . A G 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=23.03;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1691,180,0 chrXII 82288 . T C 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=23.59;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:953,102,0 chrXII 82321 . C T 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=19.44;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:733,78,0 chrXII 82618 . A G 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.35;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1543,165,0 chrXII 82757 . A G 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=13.96;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:45:410,45,0 chrXII 82762 . T C 343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=11.83;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:29:42:376,42,0 chrXII 82792 . A G 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=12.57;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:45:410,45,0 chrXII 83008 . C G 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=21.15;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:879,99,0 chrXII 83875 . C T 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=18.29;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:783,81,0 chrXII 84031 . C T 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=19.52;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1770,201,0 chrXII 84147 . G A 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=19.56;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1148,126,0 chrXII 84296 . A G 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=93;Dels=0.00;FS=8.889;HaplotypeScore=24.9371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;MQRankSum=1.798;QD=10.78;ReadPosRankSum=3.502;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:93:94:1036,94,0 chrXII 84320 . T C 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=79;Dels=0.00;FS=15.619;HaplotypeScore=84.3695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.631;QD=0.23;ReadPosRankSum=4.538;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,25:79:48:48,0,154 chrXII 84451 . A G 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=19.09;ReadPosRankSum=1.325;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1331,144,0 chrXII 84504 . G A 2122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=17.54;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2155,234,0 chrXII 84883 . T C 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.46;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1342,147,0 chrXII 84935 . C T 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=18.27;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:837,84,0 chrXII 85153 . C T 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=18.35;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:93:877,93,0 chrXII 85270 . C G 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=17.06;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:903,102,0 chrXII 85385 . G A 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.25;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:834,90,0 chrXII 85694 . A G 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.42;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:90:804,90,0 chrXII 86369 . A T 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=21.09;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:708,75,0 chrXII 86595 . T C 214.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.62;MQ0=0;QD=8.23;SB=-3.202e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:26:27:247,27,0 chrXII 86628 . T C 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=3.09;SB=-1.757e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6:59,6,0 chrXII 86679 . C T 79.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=8.83;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:12:112,12,0 chrXII 86817 . A T 1583 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=17.853;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=25.95;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1616,171,0 chrXII 86881 . T C 806 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=19.66;ReadPosRankSum=2.088;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:93:839,93,0 chrXII 86978 . T A 3612.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=27.16;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3612,378,0 chrXII 87286 . C T 3308.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.808e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3308,357,0 chrXII 87340 . A G 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.21;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1333,144,0 chrXII 87687 . T C 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=19.70;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:939,99,0 chrXII 87781 . T C 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=25.77;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1141,126,0 chrXII 88053 . A T 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=20.78;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1176,126,0 chrXII 88069 . A G 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=21.78;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1144,120,0 chrXII 88167 . A G 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=20.20;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1689,180,0 chrXII 88298 . G A 2688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2721,285,0 chrXII 88420 . G C 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=19.29;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:496,54,0 chrXII 88422 . A T 503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=20.96;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:536,57,0 chrXII 88452 . G A 460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=18.40;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:493,51,0 chrXII 88703 . T C 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:738,81,0 chrXII 88892 . T C 2077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.41;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2110,234,0 chrXII 89132 . C T 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=24.04;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1379,144,0 chrXII 89180 . C A 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.33;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1398,156,0 chrXII 89279 . C T 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=25.35;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2010,207,0 chrXII 89774 . A T 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.95;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1332,141,0 chrXII 89864 . G A 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=17.50;ReadPosRankSum=0.866;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1153,126,0 chrXII 90629 . C G 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.48;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:851,96,0 chrXII 91617 . T G 938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.64;MQ0=0;QD=27.59;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:971,102,0 chrXII 91832 . C G 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=21.88;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:86:99:1915,216,0 chrXII 91951 . T C 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.63;MQ0=0;QD=19.37;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1273,141,0 chrXII 91967 . G A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.84;MQ0=0;QD=17.12;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1043,111,0 chrXII 92007 . T C 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=4.449;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=13.26;ReadPosRankSum=1.644;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:60:550,60,0 chrXII 92018 . C A 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=14.14;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:57:542,57,0 chrXII 92092 . G T 1234 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.031;DP=65;Dels=0.00;FS=16.130;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.22;MQ0=0;MQRankSum=1.957;QD=18.98;ReadPosRankSum=2.646;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:1267,144,0 chrXII 92095 . A G 1152 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.11;MQ0=0;QD=17.72;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1185,138,0 chrXII 92100 . G A 1186 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.88;MQ0=0;QD=16.94;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1219,138,0 chrXII 92134 . T A 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.96;MQ0=3;QD=17.30;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:950,108,0 chrXII 92153 . C G 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.34;MQ0=3;QD=17.54;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1015,111,0 chrXII 92163 . T A 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.76;MQ0=3;QD=17.47;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1116,123,0 chrXII 92233 . T C 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.36;MQ0=0;QD=18.82;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:786,84,0 chrXII 92258 . A T 555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.51;MQ0=1;MQRankSum=-1.427;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.529;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:60:588,60,0 chrXII 92266 . C T 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.22;MQ0=1;QD=17.34;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:640,69,0 chrXII 92295 . C T 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.89;MQ0=1;QD=17.72;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:742,78,0 chrXII 92366 . G T 2780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.94;MQ0=1;QD=23.76;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2813,306,0 chrXII 92405 . A G 2861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.90;MQ0=1;QD=21.67;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2894,312,0 chrXII 92408 . G A 2602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.74;MQ0=0;QD=18.86;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2635,297,0 chrXII 92471 . T C 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.06;MQ0=0;QD=12.33;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1143,129,0 chrXII 92472 . T C 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.06;MQ0=0;QD=12.53;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1161,129,0 chrXII 92482 . G A 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.30;MQ0=0;QD=11.75;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1032,114,0 chrXII 92496 . C A 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.20;MQ0=0;QD=14.75;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1139,126,0 chrXII 92501 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.79;MQ0=0;QD=16.31;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1207,129,0 chrXII 92528 . T C 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.96;MQ0=0;QD=16.50;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:924,102,0 chrXII 92535 . C T 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=66;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.24;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=14.30;ReadPosRankSum=2.263;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:68:977,68,0 chrXII 92595 . C A 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=101;Dels=0.00;FS=5.409;HaplotypeScore=6.4937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;MQRankSum=4.151;QD=16.73;ReadPosRankSum=-3.301;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,89:101:99:1723,114,0 chrXII 92596 . T C 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=102;Dels=0.00;FS=1.380;HaplotypeScore=6.4937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;MQRankSum=4.144;QD=15.76;ReadPosRankSum=-2.579;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,89:102:99:1641,114,0 chrXII 92677 . C A 1311 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.71;MQ0=0;QD=14.73;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1344,141,0 chrXII 92680 . T C 1248 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.881;DP=93;Dels=0.00;FS=11.870;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.381;QD=13.42;ReadPosRankSum=2.925;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:1281,138,0 chrXII 92685 . T A 1244 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=95;Dels=0.00;FS=7.800;HaplotypeScore=5.5214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.113;QD=13.09;ReadPosRankSum=2.372;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:95:99:1277,138,0 chrXII 92744 . T G 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.08;MQ0=0;QD=16.83;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1716,189,0 chrXII 92789 . G T 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.62;MQ0=0;QD=12.04;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:94:99:1189,135,0 chrXII 92878 . T C 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=72;Dels=0.00;FS=2.801;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=22.28;ReadPosRankSum=2.347;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1637,180,0 chrXII 93019 . G A 2153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=22.20;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2186,237,0 chrXII 93073 . G A 2184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=24.54;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2217,237,0 chrXII 93102 . T C 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=23.35;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1924,210,0 chrXII 93142 . A G 1655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=20.95;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1688,189,0 chrXII 93161 . G A 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=21.57;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1651,174,0 chrXII 93274 . C A 2401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=104.7381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=18.33;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:131:99:2434,267,0 chrXII 93314 . A T 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;QD=18.49;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1827,186,0 chrXII 93341 . C A 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=18.46;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1676,174,0 chrXII 93360 . T C 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=20.18;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1708,189,0 chrXII 93488 . G A 2109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.92;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:2142,222,0 chrXII 93654 . G A 2116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=23.78;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2149,222,0 chrXII 93662 . A G 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=88;Dels=0.00;FS=3.904;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=19.08;ReadPosRankSum=1.692;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:88:99:1712,186,0 chrXII 93671 . A T 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1545,162,0 chrXII 93814 . G C 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=18.12;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1428,159,0 chrXII 93954 . G A 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=20.47;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1732,189,0 chrXII 94031 . A G 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;QD=20.14;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1161,126,0 chrXII 94032 . A T 1172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=20.93;ReadPosRankSum=1.670;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1205,126,0 chrXII 94044 . C T 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=21.06;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1128,117,0 chrXII 94172 . A G 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=19.04;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1651,183,0 chrXII 94500 . G A 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=19.69;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1904,195,0 chrXII 94522 . G A 1998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=18.50;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2031,213,0 chrXII 94566 . C G 4212.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=23.80;SB=-1.985e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:177:99:4212,459,0 chrXII 94617 . T C 4925.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=25.39;SB=-2.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,193:194:99:4925,532,0 chrXII 94650 . G A 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.73;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3261,336,0 chrXII 94681 . C T 3007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.269e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:124:99:3040,312,0 chrXII 95188 . C T 1638 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.14;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1671,174,0 chrXII 95356 . A G 41.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:74,9,0 chrXII 95641 . T A 133.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=16.64;SB=-5.463e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:18:166,18,0 chrXII 95821 . G T 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=22.87;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1314,138,0 chrXII 95935 . A G 327 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.11;MQ0=17;QD=9.34;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,20:35:39:360,39,0 chrXII 95937 . C A 323 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.53;MQ0=19;QD=8.73;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,20:37:39:356,39,0 chrXII 95938 . A G 307 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.26;MQ0=20;QD=8.08;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,20:38:39:340,39,0 chrXII 95944 . C T 181.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.23;MQ0=18;MQRankSum=-1.667;QD=5.32;ReadPosRankSum=2.143;SB=-2.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,15:34:27:214,27,0 chrXII 95945 . T C 174.01 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.23;MQ0=18;MQRankSum=1.667;QD=5.12;ReadPosRankSum=2.143;SB=-2.402e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,15:34:27:207,27,0 chrXII 95992 . G A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.96;MQ0=10;QD=1.09;SB=-2.871e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:19:6:52,6,0 chrXII 96151 . G A 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.79;MQ0=2;QD=17.38;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:51:485,51,0 chrXII 96166 . A G 483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=20.12;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:516,57,0 chrXII 96169 . G A 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.30;MQ0=0;QD=19.58;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:503,54,0 chrXII 96340 . A G 159.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;DP=75;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.88;MQ0=22;MQRankSum=1.029;QD=2.12;ReadPosRankSum=2.452;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,25:75:99:189,0,323 chrXII 96400 . T A 64.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;DP=45;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.59;MQ0=23;MQRankSum=0.307;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.375;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:94:94,0,174 chrXII 96514 . A G 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=1;QD=5.20;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:52,6,0 chrXII 96580 . C T 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.30;MQ0=10;QD=3.12;SB=-8.463e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:16:9:82,9,0 chrXII 97108 . C T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;DP=49;Dels=0.00;FS=51.889;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.06;MQ0=1;MQRankSum=1.121;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.574;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:417,0,99 chrXII 97129 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=57;Dels=0.00;FS=57.789;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.20;MQ0=1;MQRankSum=2.734;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-9.702e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,42:57:79:344,0,79 chrXII 97147 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;DP=64;Dels=0.00;FS=90.870;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.51;MQ0=1;MQRankSum=1.401;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.722;SB=-4.702e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,50:64:99:265,0,120 chrXII 97153 . G T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DP=66;Dels=0.00;FS=93.450;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.56;MQ0=1;MQRankSum=1.868;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.634;SB=-4.902e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,53:66:99:218,0,119 chrXII 97159 . G A 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=72;Dels=0.00;FS=80.930;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.56;MQ0=1;MQRankSum=2.498;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.683;SB=-7.602e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,59:72:99:159,0,104 chrXII 97171 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=79;Dels=0.00;FS=82.552;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.17;MQ0=1;MQRankSum=2.170;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.550;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,65:79:56:354,0,56 chrXII 97246 . T C 2032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=1;MQRankSum=1.610;QD=23.63;ReadPosRankSum=1.447;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:86:99:2065,219,0 chrXII 97429 . G A 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=23.00;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:815,84,0 chrXII 97559 . T C 3189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:3222,354,0 chrXII 97599 . C T 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=18.80;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1612,171,0 chrXII 97654 . A C 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.10;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1038,117,0 chrXII 97828 . C T 1982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=22.27;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2015,228,0 chrXII 98056 . T C 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.73;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1243,135,0 chrXII 98309 . G A 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=17.92;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1520,159,0 chrXII 98471 . A G 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=51;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=23.78;ReadPosRankSum=1.664;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1246,129,0 chrXII 98655 . G A 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=24.11;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:1094,114,0 chrXII 98889 . T G 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.98;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2407,261,0 chrXII 99539 . T A 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.51;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:821,84,0 chrXII 99667 . G A 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=17.58;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:789,87,0 chrXII 100126 . C T 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.22;MQ0=0;QD=17.13;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:821,87,0 chrXII 100131 . C T 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=16.44;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:707,75,0 chrXII 100150 . C G 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=17.17;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:720,78,0 chrXII 100410 . C T 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=19.89;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1525,159,0 chrXII 100604 . T A 3169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=24.38;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:3202,333,0 chrXII 100682 . A G 2163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.60;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2196,240,0 chrXII 100961 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.557;DP=70;Dels=0.00;FS=5.007;HaplotypeScore=7.0252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=2.461;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:575,0,627 chrXII 101099 . A G 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=18.04;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:881,96,0 chrXII 101108 . G C 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=16.24;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:84:780,84,0 chrXII 101237 . A G 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=20.91;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1016,108,0 chrXII 101321 . T C 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=21.34;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1164,126,0 chrXII 101330 . T C 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=20.48;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1221,129,0 chrXII 101382 . G A 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.487;DP=44;Dels=0.00;FS=1.312;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:44:99:161,0,357 chrXII 101399 . A G 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:75:660,75,0 chrXII 101560 . T C 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=15.29;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:675,75,0 chrXII 101577 . G A 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=13.76;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:78:735,78,0 chrXII 101592 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=2.806;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:265,0,339 chrXII 101723 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;DP=68;Dels=0.00;FS=4.906;HaplotypeScore=4.9824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.848;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.723;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:480,0,496 chrXII 101729 . A T 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=19.49;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1495,156,0 chrXII 101803 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.961;DP=64;Dels=0.00;FS=2.424;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=1.752;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:660,0,588 chrXII 101916 . G A 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.552;DP=98;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:98:99:894,0,955 chrXII 101965 . T G 3094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=24.36;SB=-1.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:3127,342,0 chrXII 102125 . C A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.104;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=9.03;ReadPosRankSum=2.454;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:734,0,621 chrXII 102371 . G A 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=17.60;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1265,135,0 chrXII 102471 . T G 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=19.07;ReadPosRankSum=1.670;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:1120,123,0 chrXII 103054 . A G 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=88;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=4.9792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:88:99:923,0,692 chrXII 103115 . T C 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.946;DP=103;Dels=0.00;FS=8.103;HaplotypeScore=11.5425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.229;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:103:99:986,0,908 chrXII 103352 . C T 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=19.57;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1716,189,0 chrXII 103524 . C T 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=22.60;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1163,120,0 chrXII 103584 . A G 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=18.61;ReadPosRankSum=2.314;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:78:703,78,0 chrXII 103613 . G A 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=37;Dels=0.03;FS=18.043;HaplotypeScore=15.5846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=13.11;ReadPosRankSum=2.873;SB=-1.669e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,28:36:54:518,54,0 chrXII 103614 . G A 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.89;MQ0=0;QD=12.97;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:54:513,54,0 chrXII 103655 . A G 342.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=74;Dels=0.00;FS=14.908;HaplotypeScore=12.1436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.519;QD=4.62;ReadPosRankSum=2.368;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:372,0,462 chrXII 103660 . A C 371.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DP=80;Dels=0.00;FS=16.772;HaplotypeScore=15.3971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.50;MQ0=0;MQRankSum=-5.310;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.868;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:401,0,545 chrXII 103664 . T C 324.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=85;Dels=0.00;FS=18.039;HaplotypeScore=31.6912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.507;QD=3.81;ReadPosRankSum=2.364;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:354,0,633 chrXII 103670 . C T 434.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.049;DP=86;Dels=0.01;FS=18.646;HaplotypeScore=26.3062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.513;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.521;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:464,0,561 chrXII 103674 . T C 39.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;DP=86;Dels=0.00;FS=12.775;HaplotypeScore=25.5829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.774;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.637;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,17:86:69:69,0,1045 chrXII 103682 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;DP=87;Dels=0.00;FS=15.563;HaplotypeScore=35.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.888;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.421;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:316,0,767 chrXII 103697 . T C 381.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=95;Dels=0.00;FS=12.675;HaplotypeScore=28.4365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.77;MQ0=0;MQRankSum=-7.068;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.778;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:411,0,772 chrXII 103700 . A G 1420 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=0;QD=15.60;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1453,159,0 chrXII 103706 . G A 240.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.961;DP=81;Dels=0.00;FS=11.579;HaplotypeScore=13.2952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.71;MQ0=0;MQRankSum=-5.618;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.232;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:270,0,864 chrXII 103707 . A G 310.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.811;DP=83;Dels=0.00;FS=16.008;HaplotypeScore=15.6612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.788;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.996;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:83:99:340,0,794 chrXII 103713 . G A 268.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.903;DP=77;Dels=0.00;FS=19.311;HaplotypeScore=16.5776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.924;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.780;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:298,0,770 chrXII 103723 . T C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=65;Dels=0.00;FS=3.576;HaplotypeScore=10.8596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.63;MQ0=0;MQRankSum=-5.231;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:206,0,485 chrXII 103729 . G A 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.206;DP=60;Dels=0.00;FS=2.331;HaplotypeScore=10.1945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.206;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.274;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:94:94,0,633 chrXII 103737 . G T 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.893;DP=62;Dels=0.00;FS=2.275;HaplotypeScore=8.8563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.052;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.975;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:159,0,592 chrXII 103751 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.921;DP=47;Dels=0.00;FS=1.514;HaplotypeScore=4.4596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.099;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,39:47:67:542,0,67 chrXII 103806 . A G 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=23.62;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:600,66,0 chrXII 103918 . C T 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=19.77;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:646,72,0 chrXII 104406 . T G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=43;Dels=0.00;FS=8.772;HaplotypeScore=4.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.975;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:257,0,335 chrXII 104468 . A T 2053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=25.66;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2086,222,0 chrXII 104565 . G A 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.478;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:718,0,1037 chrXII 104679 . C G 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=15.90;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:844,96,0 chrXII 104699 . T A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DP=65;Dels=0.00;FS=3.501;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.436;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:375,0,641 chrXII 105266 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.814;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:396,0,395 chrXII 105775 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DP=34;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.347;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:383,0,279 chrXII 106026 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;DP=47;Dels=0.00;FS=1.315;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:277,0,448 chrXII 106136 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DP=56;Dels=0.00;FS=2.401;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.787;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.159;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:353,0,560 chrXII 106190 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.258;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:362,0,487 chrXII 106406 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.191;DP=44;Dels=0.00;FS=6.514;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=8.57;ReadPosRankSum=2.029;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:407,0,396 chrXII 107020 . C G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.414;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:221,0,339 chrXII 107406 . G A 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=21.68;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:922,96,0 chrXII 108039 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;DP=76;Dels=0.00;FS=4.622;HaplotypeScore=48.5590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.141;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:76:99:445,0,397 chrXII 108407 . T C 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=26;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.411;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:176,0,182 chrXII 108688 . G A 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.97;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:992,102,0 chrXII 108813 . G A 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:584,63,0 chrXII 109033 . T C 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=19.49;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:910,99,0 chrXII 109073 . T A 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=19.70;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:821,87,0 chrXII 109155 . A G 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.31;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1141,123,0 chrXII 109244 . A G 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.83;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1225,132,0 chrXII 109357 . C T 542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;QD=14.65;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60:575,60,0 chrXII 109365 . T C 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.78;MQ0=0;QD=13.77;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:63:584,63,0 chrXII 109400 . A G 599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=12.22;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:69:632,69,0 chrXII 109403 . A C 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=12.38;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:69:652,69,0 chrXII 109427 . A T 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=12.20;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:93:875,93,0 chrXII 109508 . G A 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.02;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1529,162,0 chrXII 109577 . C T 2172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.39;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2205,231,0 chrXII 109673 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.091;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:410,0,442 chrXII 109707 . T A 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=23.46;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:995,105,0 chrXII 109729 . A C 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.33;MQ0=0;QD=18.05;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1152,126,0 chrXII 109736 . G A 1033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.51;MQ0=0;QD=17.81;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1066,114,0 chrXII 109765 . T C 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=19.54;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1577,171,0 chrXII 109886 . G A 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.37;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1657,174,0 chrXII 110064 . C T 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:793,84,0 chrXII 110463 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;DP=44;Dels=0.00;FS=11.612;HaplotypeScore=9.2295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=9.89;ReadPosRankSum=2.131;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:465,0,296 chrXII 110745 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=46;Dels=0.00;FS=6.604;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.720;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:521,0,271 chrXII 110807 . A G 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=22.41;ReadPosRankSum=1.575;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1019,111,0 chrXII 110958 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=41;Dels=0.00;FS=4.364;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:346,0,331 chrXII 110988 . G C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;DP=40;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.074;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:40:99:241,0,331 chrXII 111024 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=39;Dels=0.00;FS=4.913;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:39:99:262,0,457 chrXII 111246 . G A 718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=19.41;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:81:751,81,0 chrXII 111423 . A G 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=16.11;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:69:645,69,0 chrXII 111438 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=37;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:218,0,314 chrXII 111576 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=50;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.514;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:274,0,398 chrXII 111826 . T C 2554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=25.29;ReadPosRankSum=1.698;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2587,276,0 chrXII 111932 . T C 1485.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=134;Dels=0.00;FS=3.549;HaplotypeScore=8.8581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=2.917;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,73:134:99:1515,0,1003 chrXII 111940 . G A 1184.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.623;DP=130;Dels=0.00;FS=1.563;HaplotypeScore=5.7808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=3.637;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.220;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:130:99:1214,0,1111 chrXII 111941 . A C 1176.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.694;DP=127;Dels=0.00;FS=1.574;HaplotypeScore=3.5242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=3.376;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.059;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:127:99:1206,0,1169 chrXII 111976 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=84;Dels=0.00;FS=15.648;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQ0=0;MQRankSum=-4.103;QD=6.70;ReadPosRankSum=3.707;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:593,0,810 chrXII 111977 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.444;DP=84;Dels=0.00;FS=15.664;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.238;QD=7.32;ReadPosRankSum=3.238;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:645,0,780 chrXII 111993 . C A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DP=99;Dels=0.00;FS=16.592;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=4.995;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:697,0,595 chrXII 112012 . T A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=87;Dels=0.00;FS=13.595;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.09;MQ0=0;MQRankSum=-4.745;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:343,0,940 chrXII 112031 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DP=95;Dels=0.00;FS=1.822;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-5.297;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:95:99:292,0,1080 chrXII 112061 . T C 174.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=92;Dels=0.00;FS=2.849;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.356;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.366;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,35:92:99:204,0,1095 chrXII 112063 . G A 190.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.028;DP=93;Dels=0.00;FS=2.871;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.380;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.156;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:93:99:220,0,1069 chrXII 112068 . A G 270.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=94;Dels=0.00;FS=3.976;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-4.419;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.921;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:300,0,1031 chrXII 112113 . G A 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=3.382;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,65:106:99:1182,0,513 chrXII 112137 . C A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.722;DP=140;Dels=0.00;FS=10.411;HaplotypeScore=7.1376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.439;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.291;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,51:140:99:589,0,1440 chrXII 112192 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=126;Dels=0.00;FS=21.092;HaplotypeScore=12.1622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-7.972;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.260;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,42:126:99:418,0,1242 chrXII 112202 . T A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=111;Dels=0.00;FS=21.087;HaplotypeScore=4.6148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.836;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.362;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,39:111:99:394,0,1127 chrXII 112204 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.469;DP=112;Dels=0.00;FS=22.795;HaplotypeScore=4.4061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.028;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,40:112:99:371,0,1238 chrXII 112259 . G C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=64;Dels=0.00;FS=2.171;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.478;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:529,0,562 chrXII 112278 . G A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=2.980;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:560,0,459 chrXII 112335 . C A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.562;QD=6.89;ReadPosRankSum=2.242;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:402,0,345 chrXII 112339 . C G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.575;QD=5.84;ReadPosRankSum=2.138;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:56:99:357,0,266 chrXII 112353 . A G 329.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.481;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.403;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.506;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:359,0,353 chrXII 112356 . A G 271.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.930;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.53;MQ0=0;MQRankSum=3.321;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:301,0,413 chrXII 112358 . G A 293.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.240;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.87;MQ0=0;MQRankSum=3.964;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:323,0,397 chrXII 112401 . C T 78.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=60;Dels=0.00;FS=4.312;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.380;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.186;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:60:99:108,0,721 chrXII 112403 . C A 90.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=63;Dels=0.00;FS=4.262;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.893;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.535;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,18:63:99:120,0,779 chrXII 112405 . A G 78.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=63;Dels=0.00;FS=2.645;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.450;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.089;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,17:63:99:108,0,783 chrXII 112468 . T C 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.943;DP=52;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.598;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,14:52:99:113,0,654 chrXII 112519 . T C 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;DP=50;Dels=0.00;FS=10.062;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.057;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,14:50:99:141,0,577 chrXII 112546 . C A 495.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DP=50;Dels=0.00;FS=8.815;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=4.253;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.801;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:50:99:525,0,220 chrXII 112549 . C T 160.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;DP=47;Dels=0.00;FS=12.128;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.740;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:47:99:190,0,464 chrXII 112555 . T C 124.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;DP=44;Dels=0.00;FS=12.958;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.370;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:154,0,461 chrXII 112580 . C A 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=38;Dels=0.00;FS=4.901;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.331;QD=3.39;ReadPosRankSum=2.410;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:159,0,327 chrXII 112592 . C T 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=46;Dels=0.00;FS=2.593;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.42;MQ0=0;MQRankSum=-5.271;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.463;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:223,0,289 chrXII 112609 . C T 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=49;Dels=0.00;FS=1.146;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.302;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:198,0,343 chrXII 112615 . G C 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.798;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:164,0,352 chrXII 112652 . G A 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.833;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.208;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:47:86:86,0,426 chrXII 112657 . T C 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.873;DP=54;Dels=0.00;FS=2.794;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.90;MQ0=0;MQRankSum=-4.564;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.863;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:54:99:109,0,483 chrXII 112663 . C T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=55;Dels=0.00;FS=4.602;HaplotypeScore=2.7487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.274;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:55:74:74,0,487 chrXII 112689 . C T 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.47;MQ0=0;QD=11.89;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:63:592,63,0 chrXII 112695 . T C 69.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=42;Dels=0.00;FS=2.885;HaplotypeScore=2.4993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.827;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.531;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:99,0,335 chrXII 112702 . A G 261.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DP=44;Dels=0.00;FS=4.575;HaplotypeScore=3.2880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.16;MQ0=0;MQRankSum=4.194;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:291,0,105 chrXII 112704 . G A 74.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DP=40;Dels=0.00;FS=7.194;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.015;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.784;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:104,0,283 chrXII 112705 . G T 66.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;DP=40;Dels=0.00;FS=9.223;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.720;QD=1.65;ReadPosRankSum=2.205;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:96:96,0,300 chrXII 112710 . G A 46.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=45;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.488;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.450;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:76:76,0,325 chrXII 112724 . C T 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.664;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.948;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:128,0,277 chrXII 112732 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=47;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.61;MQ0=0;MQRankSum=2.557;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:242,0,154 chrXII 112795 . C A 109.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.587;DP=68;Dels=0.00;FS=14.941;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.205;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:139,0,838 chrXII 112796 . G A 104.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.294;DP=68;Dels=0.00;FS=14.941;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.447;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:134,0,827 chrXII 112804 . C T 119.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=68;Dels=0.00;FS=14.211;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.452;QD=1.75;ReadPosRankSum=-2.025;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:149,0,755 chrXII 112814 . T C 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=70;Dels=0.00;FS=14.213;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.821;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.844;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:105,0,876 chrXII 112823 . A T 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;DP=69;Dels=0.00;FS=11.944;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.701;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:69:93:93,0,848 chrXII 112864 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;DP=40;Dels=0.00;FS=12.078;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=5.78;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:261,0,359 chrXII 113003 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=65;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=5.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.634;QD=7.88;ReadPosRankSum=2.023;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:542,0,411 chrXII 113022 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DP=69;Dels=0.00;FS=9.191;HaplotypeScore=9.8832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.15;MQ0=0;MQRankSum=3.931;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.285;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:469,0,508 chrXII 113056 . T C 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.782;DP=92;Dels=0.00;FS=12.912;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.854;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:92:99:577,0,801 chrXII 113064 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.847;DP=90;Dels=0.00;FS=10.782;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=-5.250;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.497;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:549,0,829 chrXII 113068 . C T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=89;Dels=0.00;FS=7.100;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=5.275;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:833,0,523 chrXII 113142 . C T 420.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.264;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:450,0,378 chrXII 113144 . T C 360.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;DP=59;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=4.5414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=2.801;QD=6.10;ReadPosRankSum=-2.195;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:390,0,458 chrXII 113145 . T C 1021 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.76;MQ0=0;QD=17.31;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1054,117,0 chrXII 113146 . G A 445.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DP=57;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=3.0188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.466;QD=7.81;ReadPosRankSum=2.466;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:475,0,370 chrXII 113175 . A G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=49;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.232;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:443,0,173 chrXII 113209 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.069;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:210,0,249 chrXII 113215 . C T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=40;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.788;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:199,0,252 chrXII 113252 . T C 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=17.47;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:854,93,0 chrXII 113263 . C T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=42;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.999;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:68:68,0,506 chrXII 113367 . G A,C 1308.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.20;MQ0=0;QD=20.12;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,37,28:65:99:1368,589,499,779,0,707 chrXII 113404 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=62;Dels=0.00;FS=7.122;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.919;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:480,0,579 chrXII 113425 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:279,0,542 chrXII 113451 . T A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:487,0,370 chrXII 113494 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;DP=65;Dels=0.00;FS=5.499;HaplotypeScore=8.9250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=3.132;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:602,0,583 chrXII 113564 . T C 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.591;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=2.036;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.171;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:1018,0,785 chrXII 113599 . C T 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;DP=93;Dels=0.00;FS=3.493;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:967,0,832 chrXII 113660 . A G 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.159;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.033;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:82:99:798,0,812 chrXII 113673 . G C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.339;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:697,0,750 chrXII 113758 . T C 2312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=21.61;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:2345,258,0 chrXII 113832 . T A 1733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.670;DP=166;Dels=0.00;FS=0.601;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=10.44;ReadPosRankSum=-2.067;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,99:166:99:1763,0,1453 chrXII 113903 . G A 3799.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.83;SB=-2.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:174:99:3799,420,0 chrXII 113989 . A G 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=101;Dels=0.00;FS=5.334;HaplotypeScore=5.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:1018,0,832 chrXII 114079 . T C 1444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.675;DP=139;Dels=0.00;FS=8.026;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=10.39;ReadPosRankSum=2.470;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,82:139:99:1474,0,880 chrXII 114107 . T C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.053;DP=129;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=13.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.898;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,47:129:99:715,0,1583 chrXII 114144 . A G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.824;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=2.558;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,40:102:99:669,0,1223 chrXII 114214 . C T 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:123:99:925,0,998 chrXII 114242 . T C 2432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=20.61;SB=-1.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:118:99:2465,270,0 chrXII 114311 . G T 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.364;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:963,0,1115 chrXII 114330 . A G 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.385;DP=112;Dels=0.00;FS=1.548;HaplotypeScore=12.4435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:112:99:995,0,919 chrXII 114529 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=66;Dels=0.00;FS=2.243;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.217;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:510,0,621 chrXII 114559 . C T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;DP=88;Dels=0.00;FS=3.525;HaplotypeScore=5.5328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:385,0,894 chrXII 114649 . T C 774.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=5.49;ReadPosRankSum=2.001;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,61:141:99:804,0,1477 chrXII 114650 . C T 800.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.794;DP=141;Dels=0.00;FS=0.659;HaplotypeScore=11.7961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.908;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,61:141:99:830,0,1400 chrXII 114659 . G A 2959 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:135:99:2992,312,0 chrXII 114724 . T C 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.28;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:1898,204,0 chrXII 114772 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=71;Dels=0.00;FS=6.580;HaplotypeScore=6.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:631,0,573 chrXII 114858 . T C 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=38;Dels=0.00;FS=1.363;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.691;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:287,0,433 chrXII 114988 . A G 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=92;Dels=0.00;FS=12.237;HaplotypeScore=6.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.174;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.648;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:92:99:872,0,654 chrXII 115039 . C G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DP=59;Dels=0.00;FS=21.769;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.653;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:526,0,565 chrXII 115047 . C G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=57;Dels=0.00;FS=9.998;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:463,0,537 chrXII 115108 . T C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.265;DP=63;Dels=0.00;FS=5.266;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.189;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:507,0,474 chrXII 115234 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=36;Dels=0.00;FS=1.456;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.368;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:36:99:418,0,232 chrXII 115287 . A C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DP=48;Dels=0.00;FS=2.508;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.140;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:377,0,479 chrXII 115378 . C T 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.576;DP=96;Dels=0.00;FS=12.119;HaplotypeScore=16.6415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.647;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:96:99:706,0,808 chrXII 115422 . C G 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=96;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.245;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:982,0,986 chrXII 115466 . C T 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=100;Dels=0.00;FS=2.287;HaplotypeScore=5.1541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:1170,0,929 chrXII 115522 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;DP=78;Dels=0.00;FS=5.207;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:549,0,892 chrXII 115940 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.137;DP=59;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:455,0,538 chrXII 115948 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.595;DP=68;Dels=0.00;FS=1.995;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.927;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:447,0,711 chrXII 116128 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.535;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:741,0,994 chrXII 116164 . A C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;DP=63;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.145;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:513,0,656 chrXII 116205 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=52;Dels=0.00;FS=6.208;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=2.070;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:653,0,395 chrXII 116251 . G C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=13.06;ReadPosRankSum=-1.671;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,35:49:99:670,0,238 chrXII 116274 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=56;Dels=0.00;FS=10.594;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=10.30;ReadPosRankSum=1.142;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:607,0,314 chrXII 116312 . C T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=65;Dels=0.00;FS=13.738;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:611,0,316 chrXII 116314 . A G 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.678;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1197,126,0 chrXII 116328 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DP=71;Dels=0.00;FS=10.975;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.238;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.916;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:535,0,337 chrXII 116337 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=88;Dels=0.00;FS=1.849;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=2.464;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:577,0,740 chrXII 116396 . A G 914.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=116;Dels=0.00;FS=2.385;HaplotypeScore=9.3408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:116:99:944,0,1041 chrXII 116401 . A T 742.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;DP=114;Dels=0.00;FS=4.551;HaplotypeScore=10.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.323;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:114:99:772,0,1029 chrXII 116402 . T A 1001.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;DP=115;Dels=0.00;FS=4.580;HaplotypeScore=9.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=2.488;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.153;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:115:99:1031,0,806 chrXII 116404 . T C 759.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=112;Dels=0.00;FS=1.497;HaplotypeScore=7.7236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.752;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:112:99:789,0,1032 chrXII 116497 . A T 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=95;Dels=0.00;FS=19.441;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:794,0,1040 chrXII 116524 . A C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=84;Dels=0.00;FS=27.026;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.205;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:605,0,859 chrXII 116599 . T A 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.294;DP=90;Dels=0.00;FS=8.534;HaplotypeScore=6.9658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:938,0,781 chrXII 116613 . G T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=95;Dels=0.00;FS=3.805;HaplotypeScore=5.0736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:700,0,811 chrXII 116647 . C T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;DP=99;Dels=0.01;FS=7.926;HaplotypeScore=6.5598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:751,0,857 chrXII 116680 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=91;Dels=0.00;FS=4.079;HaplotypeScore=8.9748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:91:99:634,0,771 chrXII 116686 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DP=86;Dels=0.00;FS=1.796;HaplotypeScore=4.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:86:99:537,0,775 chrXII 116734 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DP=78;Dels=0.00;FS=1.966;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.423;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:579,0,458 chrXII 116742 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DP=70;Dels=0.00;FS=8.929;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:70:99:455,0,485 chrXII 116824 . T G 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.03;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2016,228,0 chrXII 116935 . A T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.567;DP=91;Dels=0.00;FS=1.748;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.856;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.210;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:722,0,739 chrXII 116960 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=83;Dels=0.00;FS=1.780;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:612,0,811 chrXII 116980 . G A 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=17.55;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:88:99:1577,177,0 chrXII 117020 . C T 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.326;DP=100;Dels=0.00;FS=6.702;HaplotypeScore=13.6365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.169;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:100:99:780,0,777 chrXII 117391 . G C 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=19.68;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:1942,216,0 chrXII 117460 . C T 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DP=108;Dels=0.00;FS=4.806;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:108:99:924,0,834 chrXII 117481 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=94;Dels=0.00;FS=12.024;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:678,0,904 chrXII 117484 . C A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.814;DP=98;Dels=0.00;FS=13.911;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:98:99:752,0,978 chrXII 117532 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=73;Dels=0.00;FS=17.451;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.532;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:509,0,588 chrXII 117547 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DP=71;Dels=0.00;FS=14.769;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:538,0,652 chrXII 117788 . T C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;DP=97;Dels=0.00;FS=8.060;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.598;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:765,0,830 chrXII 117856 . T C 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;DP=125;Dels=0.00;FS=3.251;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,58:125:99:1122,0,1246 chrXII 117952 . G A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=79;Dels=0.00;FS=3.082;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.476;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:710,0,653 chrXII 118096 . A T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=89;Dels=0.00;FS=0.871;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:527,0,506 chrXII 118243 . T A 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.090;DP=117;Dels=0.00;FS=2.510;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,44:117:99:673,0,1589 chrXII 118322 . A G 3716.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=162;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=5.9248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=22.94;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:162:99:3716,399,0 chrXII 118337 . G A 1231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=158;Dels=0.00;FS=2.134;HaplotypeScore=6.6634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,79:158:99:1261,0,1541 chrXII 118486 . T C 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.749;DP=88;Dels=0.00;FS=9.046;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=10.78;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,55:88:99:979,0,602 chrXII 118518 . G A 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DP=92;Dels=0.00;FS=7.260;HaplotypeScore=7.6706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:92:99:515,0,1054 chrXII 118640 . G A 3496.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=23.46;SB=-1.659e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3496,367,0 chrXII 118658 . A G 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=130;Dels=0.00;FS=2.270;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.599;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,57:130:99:910,0,1205 chrXII 119110 . C T 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.961;DP=94;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=6.5572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:94:99:953,0,951 chrXII 119140 . T G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;DP=103;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:823,0,1027 chrXII 119171 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=86;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=9.7556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:656,0,847 chrXII 119291 . A G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=22.62;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1684,183,0 chrXII 119330 . A G 2116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=20.15;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2149,234,0 chrXII 120187 . A C 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;DP=123;Dels=0.00;FS=3.591;HaplotypeScore=12.8269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.347;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,56:123:99:1017,0,1143 chrXII 120216 . C T 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DP=94;Dels=0.00;FS=3.058;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:712,0,959 chrXII 120550 . C T 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=21.03;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1274,135,0 chrXII 120592 . A G 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.41;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1027,111,0 chrXII 121206 . T G 2490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=24.41;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2523,273,0 chrXII 121492 . C T 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=18.47;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1326,147,0 chrXII 121537 . A G 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=21.11;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1532,165,0 chrXII 121567 . T A 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=18.96;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1360,144,0 chrXII 121682 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=81;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:468,0,699 chrXII 121811 . T G 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=18.39;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:695,75,0 chrXII 121819 . T C 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=16.30;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:75:685,75,0 chrXII 122034 . A C 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=2;MQRankSum=1.624;QD=3.76;ReadPosRankSum=3.499;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:68:99:286,0,227 chrXII 122098 . A G 2230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=25.06;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2263,243,0 chrXII 122138 . T C 1835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.334;DP=88;Dels=0.01;FS=5.053;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=20.85;ReadPosRankSum=3.314;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:87:99:1868,198,0 chrXII 122140 . G A 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.11;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1870,198,0 chrXII 122340 . A G 2231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=21.66;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2264,252,0 chrXII 122353 . T C 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=20.59;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2030,228,0 chrXII 122930 . A G 2534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.62;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2567,273,0 chrXII 123503 . T C 14.91 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.462;DP=50;Dels=0.00;FS=11.569;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.420;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.480;SB=-7.576e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,16:50:6:46,6,0 chrXII 123527 . A G 230.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.50;MQ0=0;QD=11.50;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:27:263,27,0 chrXII 123533 . G T 242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=11.52;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:275,33,0 chrXII 123551 . A G 315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=13.12;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:39:348,39,0 chrXII 124013 . A G 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=15.89;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:66:589,66,0 chrXII 124218 . G C 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=19.24;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:591,66,0 chrXII 124421 . T C 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=17.17;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1149,129,0 chrXII 124642 . G T 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=18.94;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1018,105,0 chrXII 124755 . G A 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=102;Dels=0.00;FS=2.590;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=8.76;ReadPosRankSum=-2.425;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:924,0,896 chrXII 125128 . C T 805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.64;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:838,87,0 chrXII 125834 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.537;DP=53;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:346,0,493 chrXII 125849 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.059;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:429,0,387 chrXII 126014 . A G 1360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.71;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1393,153,0 chrXII 126203 . A G 830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=23.71;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:96:863,96,0 chrXII 126664 . A C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.759;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:47:99:293,0,566 chrXII 126688 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.078;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:347,0,478 chrXII 126691 . C T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.942;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:347,0,512 chrXII 126722 . T C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=47;Dels=0.00;FS=4.452;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.372;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:272,0,428 chrXII 126934 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=62;Dels=0.00;FS=3.895;HaplotypeScore=8.6530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.697;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:489,0,532 chrXII 127006 . G A 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=100;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:1003,0,932 chrXII 127219 . G A 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=23.00;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1344,147,0 chrXII 127234 . A G 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=22.44;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1357,150,0 chrXII 127478 . C T 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;QD=14.96;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1170,126,0 chrXII 127487 . T C 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=15.47;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1085,117,0 chrXII 127531 . T C 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=48;Dels=0.00;FS=2.973;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=20.06;ReadPosRankSum=2.289;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:48:99:996,111,0 chrXII 129090 . C T 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.66;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1687,177,0 chrXII 129226 . G A 52.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.31;MQ0=0;QD=1.20;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:9:85,9,0 chrXII 129764 . A G 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=21.16;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1070,114,0 chrXII 130006 . C T 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=31;Dels=0.00;FS=3.407;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.814;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:104,0,244 chrXII 130181 . C T 326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=11.24;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:39:359,39,0 chrXII 130209 . A G 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=11.55;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:45:414,45,0 chrXII 130212 . G A 336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;QD=9.88;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:42:369,42,0 chrXII 130405 . C G 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;DP=25;Dels=0.00;FS=3.544;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:193,0,135 chrXII 130729 . C T 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=18.91;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1319,141,0 chrXII 130739 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DP=66;Dels=0.00;FS=3.437;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.508;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:530,0,493 chrXII 130771 . G T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;DP=58;Dels=0.00;FS=2.432;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.094;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:332,0,593 chrXII 131340 . A G 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;DP=92;Dels=0.00;FS=5.924;HaplotypeScore=6.6430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=9.17;ReadPosRankSum=2.497;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:874,0,770 chrXII 131682 . T C 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=84;Dels=0.00;FS=15.532;HaplotypeScore=8.0450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.018;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:800,0,804 chrXII 131847 . C T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=80;Dels=0.00;FS=7.698;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.096;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:684,0,842 chrXII 132130 . C A 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=20.21;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1589,165,0 chrXII 132144 . T A 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=76;Dels=0.00;FS=2.825;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.898;QD=17.37;ReadPosRankSum=2.385;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1353,138,0 chrXII 132151 . A G 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.90;MQ0=0;QD=14.02;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1155,126,0 chrXII 132253 . G A 131.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;DP=39;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=3.36;ReadPosRankSum=-2.777;SB=-1.041e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,15:38:18:164,18,0 chrXII 132256 . G A 67.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=40;Dels=0.03;FS=3.954;HaplotypeScore=42.7948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.69;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,8:39:97:97,0,193 chrXII 132260 . A G 349 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;QD=7.93;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:45:382,45,0 chrXII 132688 . C T 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=45;Dels=0.00;FS=2.550;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:431,0,311 chrXII 133678 . G A 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=23.59;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2085,216,0 chrXII 134294 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:506,0,430 chrXII 134767 . A G 2127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=23.63;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:2160,234,0 chrXII 135031 . G A 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.630;DP=92;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=4.0803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:1713,165,0 chrXII 136208 . G A 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.336;DP=90;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.258;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:887,0,736 chrXII 136289 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.788;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:540,0,589 chrXII 136315 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.252;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:60:99:553,0,404 chrXII 136527 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;DP=91;Dels=0.00;FS=9.037;HaplotypeScore=10.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:735,0,843 chrXII 137928 . T G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;DP=75;Dels=0.00;FS=1.016;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:670,0,807 chrXII 138124 . G C 1625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=19.82;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:82:99:1658,183,0 chrXII 138153 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.268;DP=78;Dels=0.01;FS=9.497;HaplotypeScore=5.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.298;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:364,0,795 chrXII 138154 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.015;DP=78;Dels=0.00;FS=9.653;HaplotypeScore=5.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.708;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:342,0,899 chrXII 139283 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.358;DP=83;Dels=0.00;FS=13.729;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.526;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:799,0,765 chrXII 139380 . T C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=74;Dels=0.00;FS=9.103;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.751;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:74:99:555,0,588 chrXII 139650 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.871;DP=37;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.287;QD=13.84;ReadPosRankSum=3.293;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:542,0,138 chrXII 139668 . A G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.864;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:41:99:526,0,202 chrXII 140067 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;DP=74;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.823;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:550,0,689 chrXII 140235 . A G 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;DP=90;Dels=0.00;FS=0.847;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:870,0,671 chrXII 140375 . A T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.018;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:261,0,304 chrXII 141135 . C T 2083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=23.67;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2116,222,0 chrXII 141390 . C T 3081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=134;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=22.99;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:134:99:3114,321,0 chrXII 141687 . T C 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;DP=121;Dels=0.00;FS=0.739;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,52:121:99:786,0,1315 chrXII 141900 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=53;Dels=0.00;FS=15.947;HaplotypeScore=4.9277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=6.49;ReadPosRankSum=-2.464;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:374,0,568 chrXII 142524 . G A 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=24.80;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1670,174,0 chrXII 143539 . C G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=73;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.458;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:582,0,516 chrXII 144379 . A G 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.29;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1204,129,0 chrXII 144481 . A G 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=21.72;ReadPosRankSum=1.653;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1944,213,0 chrXII 144822 . G A 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=24.59;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2172,228,0 chrXII 145067 . G A 2327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=21.15;SB=-1.241e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2360,249,0 chrXII 145744 . G A 3062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=26.17;SB=-1.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:3095,318,0 chrXII 145780 . C T 2762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=24.02;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2795,294,0 chrXII 147929 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DP=59;Dels=0.00;FS=2.263;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.126;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:59:99:421,0,570 chrXII 148549 . T C 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;DP=42;Dels=0.00;FS=4.716;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.027;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:195,0,575 chrXII 148645 . G T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=55;Dels=0.00;FS=5.494;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:410,0,536 chrXII 149857 . A G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;DP=68;Dels=0.00;FS=2.000;HaplotypeScore=3.4184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.502;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:604,0,726 chrXII 150158 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DP=62;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=11.9421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.183;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:62:99:380,0,605 chrXII 150352 . G A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=116;Dels=0.00;FS=8.256;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-4.219;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.424;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,47:116:99:955,0,1325 chrXII 150435 . T A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DP=61;Dels=0.00;FS=5.360;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.084;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.670;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:509,0,720 chrXII 150494 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DP=72;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.121;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.306;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:500,0,823 chrXII 150780 . T C 104.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.256;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:38:99:134,0,365 chrXII 150877 . T G 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.084;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.949;SB=-6.584e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:28:44:45,0,44 chrXII 150993 . T C 312.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=2.324;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:342,0,440 chrXII 151049 . A G 322.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:352,0,210 chrXII 151308 . C T 4797.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=25.65;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:187:99:4797,513,0 chrXII 151453 . G C 1832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=19.28;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1865,198,0 chrXII 152081 . A C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.713;DP=78;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=4.9048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.851;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:428,0,799 chrXII 152313 . A G 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.97;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1637,177,0 chrXII 153164 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.099;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:79:99:703,0,508 chrXII 154934 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;DP=88;Dels=0.00;FS=0.796;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=2.863;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:746,0,913 chrXII 155280 . A G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.489;DP=105;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.342;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:105:99:763,0,1025 chrXII 155521 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.100;DP=59;Dels=0.00;FS=11.211;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:59:99:620,0,325 chrXII 156055 . T C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:638,0,676 chrXII 156655 . T C 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=99;Dels=0.00;FS=0.762;HaplotypeScore=9.6307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:99:99:846,0,659 chrXII 157261 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=45;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:408,0,390 chrXII 158492 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.881;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:595,0,339 chrXII 158615 . C T 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=91;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=9.5808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:91:99:981,0,462 chrXII 159300 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:57:99:486,0,564 chrXII 159671 . C G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;DP=48;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:421,0,462 chrXII 160059 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DP=55;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=3.6154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:440,0,449 chrXII 160477 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.656;DP=58;Dels=0.00;FS=4.279;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.523;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:435,0,718 chrXII 160951 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:53:99:283,0,594 chrXII 161206 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:67:99:466,0,619 chrXII 161416 . C T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=58;Dels=0.00;FS=3.678;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.280;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:398,0,562 chrXII 163451 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=72;Dels=0.00;FS=1.463;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.739;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:527,0,495 chrXII 165173 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=72;Dels=0.00;FS=4.763;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.141;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:481,0,680 chrXII 166036 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.708;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:619,0,475 chrXII 168352 . G A 4476.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.59;SB=-2.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:182:99:4476,463,0 chrXII 168969 . G A 1568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.747;DP=134;Dels=0.00;FS=3.237;HaplotypeScore=17.4194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.100;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,79:134:99:1598,0,934 chrXII 169423 . T C 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.792;DP=122;Dels=0.00;FS=2.657;HaplotypeScore=21.3671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,55:122:99:912,0,1235 chrXII 169954 . A G 1267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.002;DP=132;Dels=0.00;FS=4.559;HaplotypeScore=14.0687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.467;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,63:132:99:1297,0,1483 chrXII 169985 . G A 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=99;Dels=0.00;FS=8.884;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.937;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.450;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,39:99:99:757,0,1373 chrXII 170342 . C T 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.302;DP=132;Dels=0.00;FS=4.189;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=6.61;ReadPosRankSum=2.428;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,55:132:99:902,0,1416 chrXII 170350 . T C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DP=134;Dels=0.00;FS=1.403;HaplotypeScore=5.8327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=6.06;ReadPosRankSum=2.366;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,54:134:99:842,0,1338 chrXII 170369 . C T 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.067;DP=124;Dels=0.00;FS=3.284;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=1.716;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,54:124:99:858,0,1071 chrXII 170451 . T G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DP=37;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:343,0,258 chrXII 170730 . T C 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=43;Dels=0.00;FS=4.873;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-4.523;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:129,0,646 chrXII 170741 . A G 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DP=45;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.189;QD=2.11;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:125,0,734 chrXII 170816 . A G 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.989;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.653;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:30:99:114,0,397 chrXII 170821 . A G 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.130;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.887;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:142,0,312 chrXII 170859 . G A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.254;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:324,0,380 chrXII 170932 . T A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.911;DP=41;Dels=0.00;FS=1.594;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.125;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:156,0,592 chrXII 170937 . C A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.696;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:145,0,492 chrXII 170963 . A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.843;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:130,0,547 chrXII 171013 . G A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DP=66;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.694;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:66:99:238,0,711 chrXII 171038 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=65;Dels=0.00;FS=2.568;HaplotypeScore=7.3481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=5.38;ReadPosRankSum=-2.537;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:380,0,679 chrXII 171076 . T G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=4.31;ReadPosRankSum=2.097;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:310,0,518 chrXII 171205 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=72;Dels=0.00;FS=4.622;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.551;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.389;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:357,0,728 chrXII 171251 . C G 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;DP=115;Dels=0.00;FS=8.012;HaplotypeScore=9.4272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:115:99:858,0,886 chrXII 171320 . C T 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.922;DP=121;Dels=0.00;FS=1.492;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.902;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,56:121:99:968,0,1226 chrXII 171335 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.754;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.978;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:612,0,1168 chrXII 171872 . A G 130.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.096;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:160,0,178 chrXII 171891 . G A 146.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.254;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.381;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:176,0,144 chrXII 171935 . A T 153.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:183,0,443 chrXII 172080 . G A 476.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.706;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:506,0,634 chrXII 172105 . G A 742.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.058;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:772,0,620 chrXII 172223 . G A 581.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.042;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:611,0,500 chrXII 172258 . C T 370.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=39;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.718;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:400,0,432 chrXII 172316 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=34;Dels=0.00;FS=8.562;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.526;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:275,0,417 chrXII 173861 . T A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:516,0,501 chrXII 173892 . A T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:174,0,268 chrXII 174195 . T A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.432;DP=54;Dels=0.00;FS=5.706;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.960;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:418,0,568 chrXII 175068 . T A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;DP=112;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=5.7334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.682;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:112:99:763,0,1416 chrXII 175217 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=75;Dels=0.00;FS=2.060;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.819;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:581,0,874 chrXII 177188 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=99;Dels=0.00;FS=1.739;HaplotypeScore=14.2397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:558,0,868 chrXII 177491 . T C 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=68;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.264;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:689,0,538 chrXII 177586 . T A 2352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=260;Dels=0.00;FS=6.760;HaplotypeScore=28.1577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.161;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,134:260:99:2382,0,2228 chrXII 177754 . G A 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=78;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=3.4648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=2.890;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:642,0,681 chrXII 177778 . C T 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1786,195,0 chrXII 178195 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;DP=54;Dels=0.00;FS=10.852;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.805;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:491,0,527 chrXII 178246 . G C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=56;Dels=0.00;FS=2.754;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:56:99:478,0,526 chrXII 178408 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;DP=84;Dels=0.00;FS=4.777;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:568,0,638 chrXII 178474 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.533;DP=67;Dels=0.00;FS=17.598;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:67:99:512,0,621 chrXII 178531 . T A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=59;Dels=0.00;FS=5.536;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.185;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:59:99:623,0,395 chrXII 178818 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:473,0,507 chrXII 178944 . C T 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.939;DP=144;Dels=0.00;FS=5.022;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=5.80;ReadPosRankSum=1.027;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,66:144:99:865,0,1273 chrXII 178986 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.502;DP=111;Dels=0.00;FS=15.239;HaplotypeScore=13.3734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.301;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:675,0,835 chrXII 179029 . A G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.019;DP=73;Dels=0.00;FS=4.972;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:634,0,658 chrXII 179034 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=77;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=4.1173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.248;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.087;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:649,0,652 chrXII 179121 . G T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=40;Dels=0.00;FS=3.928;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.080;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:40:99:284,0,338 chrXII 179135 . A G 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=37;Dels=0.00;FS=8.931;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.426;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:197,0,296 chrXII 179159 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:31:99:170,0,299 chrXII 179195 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.504;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:47:99:452,0,415 chrXII 179265 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=54;Dels=0.00;FS=4.531;HaplotypeScore=6.0936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:54:99:260,0,642 chrXII 179276 . A C 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DP=50;Dels=0.00;FS=6.984;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:50:99:205,0,695 chrXII 179526 . T A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DP=43;Dels=0.00;FS=4.575;HaplotypeScore=4.7096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:363,0,410 chrXII 179579 . G A 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=48;Dels=0.00;FS=3.075;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.480;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:184,0,408 chrXII 179683 . T C 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=114;Dels=0.00;FS=9.371;HaplotypeScore=16.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,68:114:99:1029,0,600 chrXII 179752 . A T 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;DP=72;Dels=0.03;FS=3.248;HaplotypeScore=41.8066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=0.17;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:42:42,0,463 chrXII 179807 . T A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.096;DP=55;Dels=0.00;FS=7.116;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=6.35;ReadPosRankSum=2.045;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:379,0,365 chrXII 179815 . T A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=58;Dels=0.00;FS=7.146;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.633;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:387,0,451 chrXII 179828 . G T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=57;Dels=0.00;FS=3.525;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:269,0,581 chrXII 179876 . A T 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.551;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:623,0,696 chrXII 179902 . T C 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.783;DP=61;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=16.7192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=10.61;ReadPosRankSum=3.423;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:677,0,509 chrXII 180474 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=43;Dels=0.00;FS=6.618;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:223,0,498 chrXII 180683 . T C 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;DP=65;Dels=0.00;FS=5.722;HaplotypeScore=5.8888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.540;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:65:99:795,0,431 chrXII 180796 . G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:373,0,403 chrXII 180860 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=54;Dels=0.00;FS=8.419;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.909;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:564,0,364 chrXII 180920 . C T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=54;Dels=0.00;FS=1.099;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:662,0,332 chrXII 180960 . C A 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;DP=81;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.621;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:80:99:806,0,391 chrXII 181052 . C T 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.480;DP=70;Dels=0.00;FS=13.790;HaplotypeScore=3.1233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:791,0,562 chrXII 181828 . C T 458.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:488,0,585 chrXII 181944 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:262,0,609 chrXII 182114 . A G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;DP=49;Dels=0.00;FS=6.559;HaplotypeScore=1.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.919;QD=7.00;ReadPosRankSum=-2.229;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:373,0,494 chrXII 182119 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=47;Dels=0.00;FS=6.381;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.546;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:322,0,474 chrXII 182125 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=50;Dels=0.00;FS=6.190;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:343,0,508 chrXII 182230 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.113;DP=81;Dels=0.00;FS=2.950;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.727;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:614,0,899 chrXII 182314 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=96;Dels=0.00;FS=3.804;HaplotypeScore=13.8912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.148;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:644,0,1037 chrXII 182398 . C T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=62;Dels=0.00;FS=2.275;HaplotypeScore=5.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:657,0,402 chrXII 182437 . T G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.343;DP=38;Dels=0.00;FS=5.540;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:379,0,340 chrXII 182506 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;DP=36;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.743;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:357,0,206 chrXII 182773 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DP=51;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.210;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:51:99:429,0,469 chrXII 183090 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=67;Dels=0.00;FS=5.132;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:363,0,684 chrXII 183145 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.095;DP=70;Dels=0.00;FS=5.275;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:70:99:562,0,663 chrXII 183318 . G A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=110;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=10.3463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:110:99:943,0,912 chrXII 183669 . G A 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=121;Dels=0.00;FS=0.683;HaplotypeScore=15.7076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:121:99:1148,0,859 chrXII 183745 . A G 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DP=80;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.154;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:930,0,572 chrXII 184588 . T G 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.197;DP=137;Dels=0.00;FS=1.416;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.732;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,66:137:99:1119,0,1369 chrXII 184645 . T C 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;DP=98;Dels=0.00;FS=8.330;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:686,0,1047 chrXII 185161 . T C 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=24;Dels=0.00;FS=7.908;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=6.08;ReadPosRankSum=-2.407;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:24:99:176,0,150 chrXII 185932 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DP=64;Dels=0.00;FS=3.454;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.746;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:486,0,529 chrXII 185982 . C T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=63;Dels=0.00;FS=2.353;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.837;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:570,0,663 chrXII 186034 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:429,0,452 chrXII 186045 . T C 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=16.19;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1150,126,0 chrXII 186050 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.380;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:479,0,424 chrXII 186083 . C A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;DP=71;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.497;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:71:99:505,0,478 chrXII 186386 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.026;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.367;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:60:99:415,0,381 chrXII 186394 . A G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:423,0,475 chrXII 186461 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.562;DP=76;Dels=0.00;FS=6.161;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.349;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:579,0,690 chrXII 186764 . G A 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=44;Dels=0.00;FS=2.614;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=3.57;ReadPosRankSum=-2.290;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:187,0,481 chrXII 186882 . A C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DP=58;Dels=0.00;FS=3.623;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.078;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:539,0,577 chrXII 186926 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=71;Dels=0.00;FS=3.214;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=2.271;QD=7.41;ReadPosRankSum=2.007;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:556,0,612 chrXII 187575 . C T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.656;DP=42;Dels=0.00;FS=6.783;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:305,0,311 chrXII 187694 . C T 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.97;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:656,69,0 chrXII 188360 . C T 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=108;Dels=0.00;FS=9.819;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,63:108:99:1032,0,655 chrXII 188839 . A T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=108;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=4.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:713,0,1177 chrXII 188842 . A C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.855;DP=109;Dels=0.00;FS=1.565;HaplotypeScore=4.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.489;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:109:99:683,0,1335 chrXII 188851 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=107;Dels=0.00;FS=1.589;HaplotypeScore=2.6040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:740,0,1142 chrXII 189387 . G T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=100;Dels=0.00;FS=1.631;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:804,0,1001 chrXII 189603 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:609,0,891 chrXII 189724 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.304;DP=113;Dels=0.02;FS=5.966;HaplotypeScore=8.8771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:111:99:714,0,1145 chrXII 189814 . A G 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=95;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.883;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:662,0,893 chrXII 190161 . G A 1236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=133;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.778;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,62:133:99:1266,0,1339 chrXII 190180 . C T 1189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=133;Dels=0.00;FS=0.708;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:133:99:1219,0,1332 chrXII 190285 . C T 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.291;DP=100;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=12.0765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.688;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:1053,0,864 chrXII 190353 . T C 2780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2813,309,0 chrXII 190522 . G A 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.914;DP=114;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=7.2100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.472;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:114:99:977,0,1090 chrXII 190693 . C T 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=124;Dels=0.00;FS=2.291;HaplotypeScore=15.4072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:1108,0,1135 chrXII 190951 . A C 1201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.130;DP=134;Dels=0.00;FS=0.675;HaplotypeScore=11.0676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:134:99:1231,0,1284 chrXII 191192 . T C 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.424;DP=72;Dels=0.00;FS=6.278;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.052;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:630,0,681 chrXII 191629 . G A 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=97;Dels=0.00;FS=3.780;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=2.341;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.559;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:874,0,980 chrXII 191727 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=83;Dels=0.00;FS=2.980;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:83:99:816,0,635 chrXII 191976 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;DP=109;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=9.5309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.403;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:109:99:708,0,972 chrXII 192373 . C T 1123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.622;DP=114;Dels=0.00;FS=3.482;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,63:114:99:1153,0,845 chrXII 192850 . G C 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;DP=102;Dels=0.00;FS=8.768;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.114;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:102:99:843,0,894 chrXII 193384 . T A 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=51;Dels=0.00;FS=2.697;HaplotypeScore=7.7242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.053;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:187,0,544 chrXII 193468 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.739;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:223,0,275 chrXII 193629 . A C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;DP=45;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:591,0,229 chrXII 193664 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=55;Dels=0.00;FS=3.983;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=2.151;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:691,0,336 chrXII 193884 . A T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=84;Dels=0.00;FS=17.176;HaplotypeScore=13.8132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:850,0,503 chrXII 194005 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:816,0,478 chrXII 194145 . C G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.150;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:377,0,290 chrXII 194178 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.407;DP=71;Dels=0.00;FS=3.447;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=9.25;ReadPosRankSum=-2.115;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:687,0,529 chrXII 194179 . A G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DP=75;Dels=0.00;FS=6.787;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=8.28;ReadPosRankSum=-2.479;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:651,0,593 chrXII 194235 . A G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;DP=122;Dels=0.00;FS=4.610;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.532;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:122:99:853,0,1052 chrXII 194272 . C T 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=143;Dels=0.00;FS=1.373;HaplotypeScore=8.2409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=6.76;ReadPosRankSum=-2.155;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,67:143:99:997,0,1449 chrXII 194277 . T C 2970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=23.20;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3003,333,0 chrXII 194287 . T C 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.325;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.584;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,55:125:99:874,0,1433 chrXII 194407 . T C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.89;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:994,108,0 chrXII 194691 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=66;Dels=0.00;FS=4.782;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.349;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:482,0,570 chrXII 194811 . C T 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;DP=57;Dels=0.00;FS=1.032;HaplotypeScore=4.2752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.408;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:649,0,487 chrXII 195525 . C T 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=21.83;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:819,87,0 chrXII 195537 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.368;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.666;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:319,0,333 chrXII 195892 . T C 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=30;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=3.3564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.240;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:144,0,285 chrXII 195920 . C T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:75:75,0,256 chrXII 196093 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;DP=36;Dels=0.00;FS=10.146;HaplotypeScore=4.3261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.568;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:244,0,378 chrXII 196515 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:26:99:214,0,179 chrXII 196718 . G C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=61;Dels=0.00;FS=6.913;HaplotypeScore=8.5953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.498;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:387,0,567 chrXII 196845 . A G 2055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=25.69;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2088,225,0 chrXII 196849 . T C 2006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=25.39;ReadPosRankSum=1.688;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2039,216,0 chrXII 196991 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=34;Dels=0.00;FS=1.532;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:380,0,324 chrXII 197186 . G C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.336;DP=61;Dels=0.00;FS=2.502;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:457,0,368 chrXII 197394 . G C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:37:99:365,0,255 chrXII 197459 . C T 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=29;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.510;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:29:99:105,0,312 chrXII 197759 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:257,0,369 chrXII 197801 . A C 412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=27;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.595;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:27:48:445,48,0 chrXII 197855 . T G 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DP=25;Dels=0.00;FS=9.381;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:118,0,234 chrXII 198205 . A G 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=22.47;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1696,195,0 chrXII 198410 . A T 2490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=20.41;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2523,276,0 chrXII 198500 . G A 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.956;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:93:99:862,0,657 chrXII 198564 . A G 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.31;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1851,201,0 chrXII 198641 . C A 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=23.47;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1746,186,0 chrXII 198744 . C T 2270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=22.70;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2303,237,0 chrXII 198763 . C T 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=22.30;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1951,201,0 chrXII 198992 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.222;DP=61;Dels=0.00;FS=2.300;HaplotypeScore=7.7824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.342;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:424,0,529 chrXII 199022 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;DP=53;Dels=0.00;FS=5.881;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:366,0,512 chrXII 199043 . A G 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=16.70;ReadPosRankSum=2.331;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:64:99:1102,120,0 chrXII 199079 . T G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;DP=67;Dels=0.00;FS=5.315;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:67:99:437,0,504 chrXII 199528 . A G 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;DP=97;Dels=0.00;FS=0.769;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:891,0,708 chrXII 199529 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=93;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.235;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:93:99:644,0,893 chrXII 199567 . C T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;DP=48;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:48:99:376,0,398 chrXII 199705 . G A 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=72;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=5.2450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:790,0,462 chrXII 200076 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=56;Dels=0.00;FS=3.608;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.131;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:602,0,536 chrXII 200137 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.189;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:43:99:257,0,307 chrXII 200184 . G T 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.374;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:527,0,434 chrXII 200350 . A G 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=20.61;ReadPosRankSum=1.628;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:78:713,78,0 chrXII 200465 . C T 965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.53;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:998,105,0 chrXII 200917 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;DP=38;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:38:99:316,0,332 chrXII 201288 . A G 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=19.48;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1221,129,0 chrXII 201354 . T G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.719;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:554,0,490 chrXII 201654 . A G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=50;Dels=0.00;FS=4.055;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.616;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:345,0,611 chrXII 201658 . T G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=54;Dels=0.00;FS=7.583;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.601;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:358,0,635 chrXII 201693 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DP=57;Dels=0.00;FS=5.535;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:387,0,683 chrXII 201727 . T C 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DP=84;Dels=0.00;FS=4.281;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:666,0,891 chrXII 201879 . G T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DP=83;Dels=0.00;FS=6.934;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:83:99:480,0,768 chrXII 202093 . G A 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.311;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:81:81,0,335 chrXII 202134 . C T 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=37;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=2.5220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.904;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:145,0,455 chrXII 202261 . G A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=74;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:569,0,657 chrXII 202651 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=74;Dels=0.00;FS=4.676;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.227;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.678;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:600,0,828 chrXII 202754 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=67;Dels=0.00;FS=5.084;HaplotypeScore=6.3853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:67:99:532,0,574 chrXII 202775 . A G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=74;Dels=0.00;FS=6.144;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:618,0,756 chrXII 202861 . G A 1139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=158;Dels=0.00;FS=3.178;HaplotypeScore=6.4989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.712;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,75:158:99:1169,0,1514 chrXII 202872 . A G 1137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=165;Dels=0.00;FS=1.825;HaplotypeScore=6.0993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.843;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,77:165:99:1167,0,1585 chrXII 202888 . C T 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.328;DP=171;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=7.0336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=6.07;ReadPosRankSum=-2.151;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,77:171:99:1068,0,1748 chrXII 202895 . A G 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=168;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=12.5426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.928;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,70:168:99:839,0,2020 chrXII 202961 . G A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.149;DP=104;Dels=0.00;FS=5.257;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-6.009;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,37:104:99:280,0,1417 chrXII 202970 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DP=94;Dels=0.00;FS=5.706;HaplotypeScore=30.3943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.914;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,33:94:99:230,0,1225 chrXII 202991 . T C 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DP=80;Dels=0.00;FS=6.054;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-6.117;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:114,0,1069 chrXII 202999 . C T 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=72;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.513;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:99,0,817 chrXII 203034 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;DP=65;Dels=0.00;FS=2.303;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.603;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.000;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:250,0,631 chrXII 203202 . T C 1544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=213;Dels=0.00;FS=4.855;HaplotypeScore=19.7919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.242;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,86:213:99:1574,0,2208 chrXII 203251 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.253;DP=116;Dels=0.00;FS=4.751;HaplotypeScore=6.6338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,48:116:99:675,0,1412 chrXII 203254 . T C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;DP=111;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=9.7885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.916;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,43:111:99:638,0,1288 chrXII 203732 . T A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=58;Dels=0.00;FS=2.733;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:532,0,342 chrXII 203753 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.702;DP=65;Dels=0.00;FS=3.526;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:550,0,350 chrXII 203834 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=80;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=13.2667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.397;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:624,0,682 chrXII 203986 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.357;DP=51;Dels=0.00;FS=2.487;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.721;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:576,0,386 chrXII 204055 . A T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;DP=58;Dels=0.00;FS=2.224;HaplotypeScore=28.4799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:334,0,288 chrXII 204725 . T C 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=132;Dels=0.00;FS=1.452;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.238;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:132:99:1225,0,1192 chrXII 204743 . A G 1267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DP=143;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,72:143:99:1297,0,1300 chrXII 204809 . T A 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.182;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.955;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,68:138:99:1022,0,1495 chrXII 204907 . T C 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=96;Dels=0.00;FS=0.804;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.081;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:678,0,882 chrXII 204960 . A G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.114;DP=112;Dels=0.00;FS=2.583;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:112:99:760,0,1235 chrXII 204962 . A G 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;DP=108;Dels=0.00;FS=4.973;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.778;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:787,0,1149 chrXII 204986 . A G 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.983;DP=117;Dels=0.00;FS=13.098;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.038;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.705;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:117:99:783,0,1425 chrXII 205059 . G A 1752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.212;DP=176;Dels=0.00;FS=6.866;HaplotypeScore=14.4160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.140;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.314;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,93:176:99:1782,0,1305 chrXII 205127 . A T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=95;Dels=0.00;FS=3.934;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:692,0,1043 chrXII 205180 . G T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=59;Dels=0.00;FS=9.153;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.949;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:404,0,481 chrXII 205188 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=55;Dels=0.00;FS=9.749;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=5.80;ReadPosRankSum=1.254;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:349,0,509 chrXII 205227 . T C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=54;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:54:99:269,0,513 chrXII 205266 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DP=58;Dels=0.00;FS=1.056;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:275,0,577 chrXII 205269 . T A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.731;DP=59;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:281,0,626 chrXII 205361 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=73;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.844;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:392,0,751 chrXII 205368 . A G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.456;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:79:99:394,0,782 chrXII 205389 . A G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;DP=81;Dels=0.00;FS=1.864;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.216;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:417,0,857 chrXII 205444 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=110;Dels=0.00;FS=2.478;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,45:110:99:557,0,1153 chrXII 205460 . T A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=121;Dels=0.00;FS=2.449;HaplotypeScore=8.4859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.506;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,44:121:99:465,0,1238 chrXII 205477 . C G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.864;DP=120;Dels=0.00;FS=4.713;HaplotypeScore=11.9421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.493;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,45:120:99:443,0,1432 chrXII 205758 . A G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=105;Dels=0.00;FS=5.336;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.375;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:105:99:878,0,1226 chrXII 205872 . A G 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DP=101;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:101:99:803,0,1059 chrXII 205885 . G C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.141;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:87:99:603,0,837 chrXII 205974 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;DP=63;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.063;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:621,0,624 chrXII 206056 . C G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;DP=79;Dels=0.00;FS=3.363;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:79:99:649,0,648 chrXII 206144 . T C 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.370;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:89:99:830,0,702 chrXII 206153 . T C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;DP=85;Dels=0.00;FS=1.820;HaplotypeScore=7.3495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:85:99:674,0,575 chrXII 206391 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.751;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:552,0,361 chrXII 206648 . G A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DP=97;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=11.7881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.277;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:684,0,834 chrXII 206894 . C A 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DP=84;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:864,0,466 chrXII 206952 . T C 1200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,65:109:99:1230,0,484 chrXII 207288 . G A 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DP=96;Dels=0.00;FS=2.710;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=1.607;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:789,0,842 chrXII 207366 . A G 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.412;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:93:99:722,0,927 chrXII 207426 . A G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=60;Dels=0.00;FS=14.460;HaplotypeScore=5.1357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.784;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:266,0,772 chrXII 207537 . G A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DP=59;Dels=0.00;FS=9.088;HaplotypeScore=2.8155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.802;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:482,0,434 chrXII 207684 . A C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.146;DP=95;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.595;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:95:99:591,0,1213 chrXII 207814 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;DP=61;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.956;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:500,0,644 chrXII 207885 . C T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.718;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:214,0,585 chrXII 207908 . T C 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=33;Dels=0.00;FS=1.422;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:33:99:152,0,317 chrXII 207990 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=60;Dels=0.00;FS=2.420;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:60:99:438,0,425 chrXII 208056 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:461,0,426 chrXII 208218 . G T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.867;DP=49;Dels=0.00;FS=2.668;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.328;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:317,0,591 chrXII 208290 . G A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=33;Dels=0.00;FS=1.508;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:229,0,345 chrXII 208353 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:50:99:403,0,454 chrXII 208651 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=63;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=27.3725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.096;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:391,0,738 chrXII 208751 . A G 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=44;Dels=0.00;FS=9.040;HaplotypeScore=4.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:198,0,483 chrXII 208796 . T C 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.688;DP=67;Dels=0.00;FS=29.819;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.057;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:151,0,910 chrXII 208797 . T C 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=68;Dels=0.00;FS=30.314;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.132;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:201,0,875 chrXII 209075 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.151;DP=61;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:480,0,498 chrXII 209091 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=52;Dels=0.00;FS=4.096;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:610,0,270 chrXII 209252 . C T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DP=107;Dels=0.00;FS=6.714;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.171;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:722,0,842 chrXII 209501 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=58;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.715;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:579,0,463 chrXII 209540 . A G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;DP=67;Dels=0.00;FS=2.080;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:655,0,470 chrXII 209708 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=107;Dels=0.00;FS=1.660;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.502;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,39:107:99:587,0,1125 chrXII 209847 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=78;Dels=0.00;FS=11.503;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.703;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:78:99:670,0,592 chrXII 210023 . C G 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DP=111;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.835;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:925,0,1088 chrXII 210043 . G A 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.680;DP=136;Dels=0.00;FS=1.355;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.188;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,64:136:99:999,0,1284 chrXII 210102 . T C 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.258;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,65:164:99:1072,0,1971 chrXII 210162 . G T 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=106;Dels=0.00;FS=3.623;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=2.339;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.973;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:106:99:986,0,1084 chrXII 210476 . A G 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.992;DP=107;Dels=0.00;FS=0.727;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:107:99:916,0,1065 chrXII 210527 . G A 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.723;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.986;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.249;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:819,0,763 chrXII 210539 . A G 1728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1761,189,0 chrXII 210560 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.557;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.425;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:602,0,497 chrXII 210572 . G A 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=73;Dels=0.00;FS=2.445;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.501;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.140;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:801,0,390 chrXII 210638 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DP=77;Dels=0.00;FS=0.929;HaplotypeScore=6.9571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:501,0,672 chrXII 210644 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:538,0,703 chrXII 210791 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DP=102;Dels=0.00;FS=5.258;HaplotypeScore=6.3560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:608,0,1018 chrXII 211019 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;DP=46;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.418;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:415,0,328 chrXII 211028 . T A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DP=42;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:253,0,362 chrXII 211045 . A G 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.841;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.319;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:140,0,566 chrXII 211130 . A C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.228;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:398,0,538 chrXII 211178 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.496;DP=54;Dels=0.00;FS=2.386;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:365,0,529 chrXII 211190 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=54;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.286;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:381,0,526 chrXII 211217 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=37;Dels=0.00;FS=4.883;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.168;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:283,0,414 chrXII 211226 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=37;Dels=0.00;FS=10.037;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:344,0,318 chrXII 211485 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=2.514;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:495,0,413 chrXII 211592 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=59;Dels=0.00;FS=9.158;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=5.46;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:352,0,520 chrXII 211658 . A C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=56;Dels=0.00;FS=13.786;HaplotypeScore=8.8622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:467,0,496 chrXII 212026 . G A 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;DP=142;Dels=0.00;FS=10.301;HaplotypeScore=13.7577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=8.73;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,76:142:99:1269,0,1220 chrXII 212081 . G A 2395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.779;DP=185;Dels=0.00;FS=5.375;HaplotypeScore=6.9289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.615;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.761;SB=-1.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,115:185:99:2425,0,1114 chrXII 212126 . T A 1990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DP=164;Dels=0.00;FS=0.590;HaplotypeScore=9.7608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=12.13;ReadPosRankSum=2.068;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,95:164:99:2020,0,1156 chrXII 212683 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=68;Dels=0.00;FS=10.541;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.269;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:535,0,659 chrXII 212873 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.473;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:302,0,603 chrXII 213037 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=47;Dels=0.00;FS=2.736;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:299,0,496 chrXII 213069 . C G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.461;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:284,0,487 chrXII 213226 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=77;Dels=0.00;FS=1.002;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:486,0,876 chrXII 213278 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.612;DP=87;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.951;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.058;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:87:99:486,0,863 chrXII 213307 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=65;Dels=0.00;FS=2.074;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:402,0,607 chrXII 213308 . G T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DP=65;Dels=0.00;FS=2.074;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:398,0,615 chrXII 213334 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.076;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:378,0,485 chrXII 213413 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:66:99:515,0,589 chrXII 213421 . A G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;DP=74;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=7.7805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.790;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:531,0,670 chrXII 213585 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.953;DP=81;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=7.2138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.395;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:576,0,967 chrXII 213659 . T C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=53;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:449,0,463 chrXII 213996 . A G 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.08;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1093,120,0 chrXII 214112 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DP=62;Dels=0.00;FS=3.624;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=6.97;ReadPosRankSum=2.334;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:462,0,688 chrXII 214228 . A G 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=93;Dels=0.00;FS=1.718;HaplotypeScore=8.1495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:93:99:785,0,660 chrXII 214283 . G A 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,58:95:99:809,0,572 chrXII 214310 . A G 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.572;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:720,0,501 chrXII 214399 . T G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=63;Dels=0.00;FS=3.895;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.500;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.472;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:577,0,428 chrXII 214592 . C T 2307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2340,252,0 chrXII 214673 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DP=77;Dels=0.00;FS=10.012;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.636;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:654,0,712 chrXII 214693 . G A 312.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.413;DP=81;Dels=0.02;FS=20.771;HaplotypeScore=7.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.970;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.068;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:79:99:342,0,917 chrXII 214696 . A G 300.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=87;Dels=0.00;FS=24.536;HaplotypeScore=6.6104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.95;MQ0=0;MQRankSum=-6.994;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:87:99:330,0,1003 chrXII 214703 . T C 283.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=90;Dels=0.00;FS=27.828;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=-6.770;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:90:99:313,0,1154 chrXII 214706 . T A 384.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=94;Dels=0.00;FS=23.863;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.671;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:94:99:414,0,1172 chrXII 214730 . G A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=106;Dels=0.00;FS=32.429;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.127;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,42:106:99:460,0,1204 chrXII 214737 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DP=111;Dels=0.00;FS=38.385;HaplotypeScore=10.2102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.293;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.381;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:111:99:340,0,1298 chrXII 214742 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DP=108;Dels=0.00;FS=38.927;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.419;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.939;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,41:108:99:398,0,1466 chrXII 214840 . T C 1255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.120;DP=134;Dels=0.00;FS=32.803;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.18;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.055;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,66:134:99:1285,0,1357 chrXII 214850 . T C 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.524;DP=120;Dels=0.00;FS=21.051;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.18;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=9.17;ReadPosRankSum=2.224;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,62:120:99:1130,0,1133 chrXII 215008 . T C 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=120;Dels=0.00;FS=10.571;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.454;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.476;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,44:120:99:805,0,1385 chrXII 215016 . C G 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.682;DP=120;Dels=0.00;FS=12.498;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.295;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.536;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,43:120:99:806,0,1414 chrXII 221188 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;DP=124;Dels=0.00;FS=5.579;HaplotypeScore=10.4973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.034;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.973;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,56:124:99:657,0,1130 chrXII 221190 . C T 2202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.94;MQ0=0;QD=17.90;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:123:99:2235,243,0 chrXII 221313 . A G 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=124;Dels=0.00;FS=0.683;HaplotypeScore=10.5289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=1.800;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.745;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:124:99:975,0,1167 chrXII 221368 . A G 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DP=115;Dels=0.00;FS=4.572;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.230;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.003;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:115:99:833,0,1042 chrXII 221376 . A G 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.872;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.770;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,58:122:99:800,0,974 chrXII 221392 . T A 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=120;Dels=0.00;FS=4.435;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.138;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.646;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:120:99:875,0,1107 chrXII 221668 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DP=97;Dels=0.00;FS=1.882;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:654,0,814 chrXII 222046 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=53;Dels=0.00;FS=5.733;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:377,0,486 chrXII 222157 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;DP=58;Dels=0.00;FS=4.977;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:509,0,657 chrXII 222397 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=63;Dels=0.00;FS=2.316;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.239;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:63:99:381,0,784 chrXII 222430 . T C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;DP=75;Dels=0.00;FS=6.405;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:672,0,810 chrXII 222754 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=64;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=1;MQRankSum=-1.313;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:539,0,540 chrXII 222793 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=61;Dels=0.00;FS=2.358;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.828;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:568,0,489 chrXII 222884 . G C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:608,0,924 chrXII 223067 . G T 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=46;Dels=0.00;FS=2.851;HaplotypeScore=28.2988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.009;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.389;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:46:99:141,0,262 chrXII 223085 . C T 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;DP=39;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.390;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:135,0,207 chrXII 223100 . G A 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=37;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.805;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:116,0,244 chrXII 223162 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;DP=51;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.653;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:647,0,283 chrXII 223258 . T C 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=24.05;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:995,108,0 chrXII 223315 . T C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;DP=63;Dels=0.00;FS=3.610;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.315;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:63:99:477,0,462 chrXII 223337 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=59;Dels=0.00;FS=2.236;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.603;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:509,0,427 chrXII 223509 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.879;DP=43;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.746;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:530,0,321 chrXII 223519 . A G 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DP=48;Dels=0.00;FS=4.040;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.946;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:512,0,373 chrXII 223685 . G T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.602;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:398,0,299 chrXII 223716 . A C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DP=59;Dels=0.00;FS=5.430;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.334;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:503,0,390 chrXII 223719 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=59;Dels=0.00;FS=3.683;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=7.29;ReadPosRankSum=2.244;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:460,0,309 chrXII 223732 . T A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;DP=60;Dels=0.00;FS=11.721;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.244;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:495,0,438 chrXII 223779 . G A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=66;Dels=0.00;FS=15.857;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.165;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:630,0,459 chrXII 223833 . G A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.418;DP=68;Dels=0.00;FS=4.994;HaplotypeScore=14.2976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.558;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:68:99:715,0,446 chrXII 223875 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=63;Dels=0.00;FS=7.227;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:530,0,619 chrXII 223880 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=67;Dels=0.00;FS=2.223;HaplotypeScore=6.6821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.067;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.297;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:67:99:537,0,552 chrXII 223946 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.355;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.014;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:622,0,664 chrXII 224012 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.372;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:476,0,445 chrXII 224139 . C T 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=82;Dels=0.00;FS=2.996;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.083;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:739,0,706 chrXII 224592 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.318;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:281,0,462 chrXII 224760 . C T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;DP=58;Dels=0.00;FS=3.935;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:697,0,430 chrXII 225174 . T C 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=126;Dels=0.00;FS=0.689;HaplotypeScore=10.9007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:126:99:1078,0,894 chrXII 225226 . T C 1595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.635;DP=204;Dels=0.00;FS=5.164;HaplotypeScore=24.6968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,95:204:99:1625,0,1821 chrXII 225405 . A T 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.770;DP=100;Dels=0.00;FS=1.612;HaplotypeScore=7.9262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=6.11;ReadPosRankSum=2.063;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:100:99:641,0,1002 chrXII 225447 . T C 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=133;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=8.9075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.002;QD=5.62;ReadPosRankSum=-2.108;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,51:133:99:778,0,1564 chrXII 225676 . G C 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.560;DP=106;Dels=0.00;FS=2.711;HaplotypeScore=4.6549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:106:99:883,0,923 chrXII 225795 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=107;Dels=0.00;FS=3.954;HaplotypeScore=11.1301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.793;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,38:107:99:621,0,1291 chrXII 225831 . T G 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=107;Dels=0.00;FS=18.144;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.739;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,39:107:99:687,0,1172 chrXII 225921 . C T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=62;Dels=0.00;FS=0.986;HaplotypeScore=8.8587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.118;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:536,0,581 chrXII 225953 . A G 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=77;Dels=0.00;FS=7.872;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:903,0,512 chrXII 225993 . A T 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.250;DP=75;Dels=0.00;FS=6.189;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.033;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:832,0,536 chrXII 226047 . G A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=61;Dels=0.00;FS=2.188;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:350,0,598 chrXII 226119 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=66;Dels=0.00;FS=4.782;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=2.713;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:542,0,701 chrXII 226142 . G T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.537;DP=74;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=5.7979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:524,0,802 chrXII 226242 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.973;DP=78;Dels=0.00;FS=31.369;HaplotypeScore=8.0816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:534,0,767 chrXII 226438 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=6.14;ReadPosRankSum=2.698;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:380,0,606 chrXII 226485 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.766;DP=79;Dels=0.00;FS=3.172;HaplotypeScore=11.1469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.667;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:79:99:533,0,776 chrXII 226560 . T C 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=19.72;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1433,162,0 chrXII 226605 . T C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.863;DP=81;Dels=0.00;FS=4.441;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.203;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:797,0,574 chrXII 226659 . C T 1366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.864;DP=122;Dels=0.00;FS=4.394;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.230;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,67:122:99:1396,0,936 chrXII 226728 . C A 1650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.332;DP=155;Dels=0.00;FS=3.477;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.470;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,83:155:99:1680,0,1201 chrXII 226803 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=98;Dels=0.00;FS=5.265;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.239;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:792,0,1005 chrXII 226806 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.656;DP=99;Dels=0.00;FS=2.707;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.877;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:99:99:715,0,1007 chrXII 227041 . A G 1211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.164;DP=140;Dels=0.00;FS=3.531;HaplotypeScore=8.2148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.407;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,68:140:99:1241,0,1385 chrXII 227193 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DP=67;Dels=0.00;FS=1.136;HaplotypeScore=6.6028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:434,0,727 chrXII 227328 . C T 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.117;DP=101;Dels=0.00;FS=2.582;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:955,0,887 chrXII 227856 . T C 618.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=85;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=4.0967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.233;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:648,0,775 chrXII 227858 . G A 628.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=86;Dels=0.00;FS=1.835;HaplotypeScore=5.0701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.487;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:86:99:658,0,756 chrXII 227865 . C T 581.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=85;Dels=0.00;FS=4.298;HaplotypeScore=4.9145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:85:99:611,0,732 chrXII 228126 . G A 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.458;DP=76;Dels=0.00;FS=3.436;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:760,0,765 chrXII 228303 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=5.9760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.278;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:451,0,751 chrXII 228348 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:556,0,807 chrXII 228420 . C T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;DP=73;Dels=0.00;FS=4.618;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.515;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:561,0,665 chrXII 228510 . A G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.419;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:56:99:279,0,450 chrXII 228527 . A G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.739;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:328,0,316 chrXII 228807 . C T 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=20.49;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1037,108,0 chrXII 228889 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=41;Dels=0.00;FS=1.435;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:435,0,436 chrXII 228957 . C G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=39;Dels=0.00;FS=9.774;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.969;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:347,0,339 chrXII 229120 . T G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=24;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:231,0,253 chrXII 229136 . T G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DP=31;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:199,0,134 chrXII 229166 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;DP=51;Dels=0.00;FS=8.462;HaplotypeScore=4.8987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.937;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:419,0,354 chrXII 229196 . G C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=60;Dels=0.00;FS=5.154;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.511;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:486,0,495 chrXII 229358 . G T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=53;Dels=0.00;FS=6.108;HaplotypeScore=5.4983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.203;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:545,0,485 chrXII 229498 . A T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:437,0,384 chrXII 229618 . T C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DP=46;Dels=0.00;FS=4.606;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.034;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:492,0,335 chrXII 229736 . C T 157.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=18;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.555;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:187,0,103 chrXII 230005 . G A 472.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.512;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:502,0,370 chrXII 230210 . G A 420.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.017;DP=52;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.894;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:450,0,313 chrXII 230212 . A G 399.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=56;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.776;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:429,0,416 chrXII 230218 . G A 350.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.782;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:380,0,437 chrXII 230960 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=38;Dels=0.00;FS=3.077;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:396,0,192 chrXII 231281 . A T 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=70;Dels=0.00;FS=7.928;HaplotypeScore=10.0660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=15.90;ReadPosRankSum=2.379;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1146,120,0 chrXII 231283 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=69;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.743;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:342,0,561 chrXII 231304 . T A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:330,0,577 chrXII 231307 . C A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=73;Dels=0.01;FS=0.891;HaplotypeScore=10.3591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.005;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:315,0,576 chrXII 231400 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;DP=47;Dels=0.00;FS=1.159;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:381,0,558 chrXII 231434 . T G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=68;Dels=0.00;FS=2.037;HaplotypeScore=7.0900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:502,0,770 chrXII 231692 . T C 1423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.500;DP=133;Dels=0.00;FS=2.646;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,66:133:99:1453,0,1449 chrXII 232046 . A G 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DP=100;Dels=0.00;FS=1.624;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.501;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:816,0,965 chrXII 232063 . G T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.002;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:804,0,912 chrXII 232208 . C T 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DP=41;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=8.5207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.603;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:78:78,0,421 chrXII 232217 . T G 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=39;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.151;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:51:51,0,361 chrXII 232561 . A G 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DP=45;Dels=0.00;FS=8.659;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.885;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:442,0,312 chrXII 232935 . C T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,24:32:73:435,0,73 chrXII 233937 . C T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;DP=73;Dels=0.00;FS=0.987;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:635,0,657 chrXII 234144 . G A 1350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DP=150;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=13.2869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.082;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,72:150:99:1380,0,1435 chrXII 234177 . C G 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=118;Dels=0.00;FS=6.127;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.460;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:118:99:989,0,1054 chrXII 234378 . G C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.343;DP=76;Dels=0.00;FS=9.765;HaplotypeScore=7.6943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.645;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:581,0,847 chrXII 234472 . G A 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DP=172;Dels=0.00;FS=3.720;HaplotypeScore=15.1086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,80:172:99:1282,0,1894 chrXII 234505 . A G 1495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=165;Dels=0.00;FS=4.233;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.058;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,76:165:99:1525,0,1771 chrXII 234548 . C T 1267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=144;Dels=0.00;FS=3.145;HaplotypeScore=5.0525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,66:144:99:1297,0,1444 chrXII 234672 . C G 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=100;Dels=0.00;FS=0.989;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:100:99:1014,0,726 chrXII 234694 . T C 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=124;Dels=0.00;FS=2.261;HaplotypeScore=4.9110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.466;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,47:124:99:764,0,1376 chrXII 234767 . G A 3497.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.45;SB=-1.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:3497,372,0 chrXII 234824 . C T 2644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=26.44;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:2677,276,0 chrXII 235026 . G A 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.041;DP=76;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:865,0,655 chrXII 235332 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=85;Dels=0.00;FS=1.764;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:698,0,723 chrXII 235352 . C T 2022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=22.72;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2055,210,0 chrXII 235798 . C T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;DP=95;Dels=0.00;FS=4.170;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.145;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:837,0,736 chrXII 235891 . G A 1726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=19.84;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1759,183,0 chrXII 235940 . G C 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=19.68;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:79:99:1588,171,0 chrXII 236123 . G A 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;DP=82;Dels=0.00;FS=6.114;HaplotypeScore=6.4381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,50:82:99:930,0,544 chrXII 236237 . T C 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=20.62;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:837,90,0 chrXII 236268 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.255;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:414,0,301 chrXII 236470 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=73;Dels=0.00;FS=1.980;HaplotypeScore=15.6529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:418,0,650 chrXII 236611 . T A 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.23;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1241,129,0 chrXII 236638 . G A 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=18.63;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1151,120,0 chrXII 236662 . G A 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=18.73;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1007,105,0 chrXII 237080 . G A 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=24.45;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1549,159,0 chrXII 237225 . G A 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=23.82;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:986,102,0 chrXII 237608 . C T 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.59;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:877,90,0 chrXII 237728 . A G 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.685;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1303,144,0 chrXII 237808 . G A 392.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=64;Dels=0.00;FS=17.023;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=1.579;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:64:99:422,0,580 chrXII 237814 . C T 1182 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=18.18;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1215,135,0 chrXII 237816 . T G 591.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=65;Dels=0.00;FS=11.612;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.728;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:621,0,405 chrXII 237951 . T A 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=24.72;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2134,225,0 chrXII 237982 . T C 2203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=22.71;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2236,246,0 chrXII 238074 . A G 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=22.07;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1512,168,0 chrXII 238148 . A G 1382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=23.42;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1415,156,0 chrXII 238192 . G A 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=23.36;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1762,189,0 chrXII 238301 . C T 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=20.44;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1668,177,0 chrXII 238303 . T C 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=20.59;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1660,177,0 chrXII 238370 . G A 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=23.24;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1799,195,0 chrXII 238466 . A G 766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=16.30;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:87:799,87,0 chrXII 238507 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=57;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.063;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:297,0,359 chrXII 238508 . T A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.476;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.063;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:316,0,346 chrXII 238667 . C T 2530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.87;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2563,276,0 chrXII 238758 . G A 2304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.04;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2337,264,0 chrXII 238919 . G C 2619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=21.64;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:121:99:2652,291,0 chrXII 238951 . A G 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.801;DP=155;Dels=0.00;FS=0.622;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,55:155:99:830,0,2129 chrXII 238970 . C T 4052.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.10;SB=-2.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,192:192:99:4052,438,0 chrXII 239098 . C G 2441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:113:99:2474,276,0 chrXII 239186 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=21.16;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1366,144,0 chrXII 239575 . G C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=22.05;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:849,93,0 chrXII 239804 . C T 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.92;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1392,150,0 chrXII 239896 . T A 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.54;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:873,90,0 chrXII 240031 . G A 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=17.76;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1702,192,0 chrXII 240098 . T C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DP=60;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=6.6942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.298;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:60:99:545,0,414 chrXII 240158 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=64;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.410;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.618;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:424,0,632 chrXII 240159 . G A 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.14;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1428,150,0 chrXII 240627 . G A 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=19.68;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1647,177,0 chrXII 240793 . G A 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=24.37;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1934,204,0 chrXII 241160 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;DP=83;Dels=0.00;FS=7.508;HaplotypeScore=9.7010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:83:99:440,0,721 chrXII 241422 . T C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=75;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=5.7469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.569;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:687,0,546 chrXII 241658 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.571;DP=67;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:571,0,659 chrXII 241720 . T C 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=95;Dels=0.00;FS=6.742;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.985;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:789,0,818 chrXII 241757 . A G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;DP=104;Dels=0.00;FS=4.991;HaplotypeScore=12.1273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:793,0,1014 chrXII 241859 . T C 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.069;DP=125;Dels=0.00;FS=0.767;HaplotypeScore=8.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=8.38;ReadPosRankSum=-2.360;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:125:99:1077,0,1184 chrXII 241905 . A G 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.043;DP=104;Dels=0.00;FS=3.572;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:1013,0,1131 chrXII 242004 . G T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:435,0,396 chrXII 242101 . C G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DP=113;Dels=0.00;FS=3.708;HaplotypeScore=14.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:113:99:786,0,920 chrXII 242626 . T C 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=118;Dels=0.00;FS=2.399;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.250;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:118:99:927,0,926 chrXII 242737 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.458;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.375;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:318,0,718 chrXII 242983 . G A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=65;Dels=0.00;FS=3.408;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:456,0,363 chrXII 243426 . C T 998.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=127;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=12.3635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:127:99:1028,0,767 chrXII 243437 . C G 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;DP=128;Dels=0.00;FS=3.335;HaplotypeScore=9.2290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.235;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,58:128:99:886,0,933 chrXII 243795 . T C 160.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:193,21,0 chrXII 243850 . C T 315.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=6.43;ReadPosRankSum=-3.396;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:345,0,640 chrXII 243937 . A G 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:34:99:224,0,500 chrXII 244131 . A G 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=93;Dels=0.00;FS=17.569;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.190;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:93:99:791,0,1149 chrXII 244156 . T C 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=89;Dels=0.00;FS=10.929;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.628;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:834,0,900 chrXII 244378 . C T 1199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.308;DP=140;Dels=0.00;FS=19.713;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.782;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.116;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,66:140:99:1229,0,1384 chrXII 244405 . C A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;DP=123;Dels=0.00;FS=40.719;HaplotypeScore=6.6145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,50:123:99:770,0,1231 chrXII 244615 . G A 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=110;Dels=0.00;FS=6.625;HaplotypeScore=18.0190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.950;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,48:110:99:695,0,1036 chrXII 244672 . G A 1122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.484;DP=154;Dels=0.00;FS=3.796;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.526;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,68:154:99:1152,0,1608 chrXII 244708 . T C 1328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=170;Dels=0.00;FS=3.574;HaplotypeScore=14.1648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.055;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,81:170:99:1358,0,1545 chrXII 244859 . G T 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DP=84;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=3.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:84:99:877,0,777 chrXII 244993 . G A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=89;Dels=0.00;FS=8.659;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:456,0,1011 chrXII 245465 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.498;DP=75;Dels=0.00;FS=2.004;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:727,0,729 chrXII 245489 . A G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.370;DP=112;Dels=0.00;FS=5.793;HaplotypeScore=12.5529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:112:99:897,0,1023 chrXII 245604 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;DP=63;Dels=0.00;FS=7.334;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.740;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:701,0,504 chrXII 245635 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;DP=51;Dels=0.00;FS=5.870;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:419,0,604 chrXII 245789 . G T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=93;Dels=0.00;FS=2.732;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:93:99:565,0,709 chrXII 245823 . T C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DP=97;Dels=0.00;FS=5.128;HaplotypeScore=11.0368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:97:99:715,0,849 chrXII 246098 . G C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;DP=54;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.833;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:475,0,417 chrXII 246274 . C T 3049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=20.06;SB=-1.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:152:99:3082,339,0 chrXII 246315 . T A 2649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=128;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=11.1658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=20.70;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2682,309,0 chrXII 246480 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.287;DP=88;Dels=0.00;FS=0.805;HaplotypeScore=5.8222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.924;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:754,0,857 chrXII 246534 . A G 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=96;Dels=0.00;FS=2.608;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=20.50;ReadPosRankSum=2.927;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:96:99:2001,213,0 chrXII 246582 . T A 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;DP=77;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:463,0,860 chrXII 246698 . T A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=77;Dels=0.00;FS=5.896;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.585;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:472,0,678 chrXII 246798 . C T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=70;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:442,0,546 chrXII 246804 . A G 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=19.49;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1339,144,0 chrXII 246852 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.809;DP=65;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.457;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:355,0,534 chrXII 246916 . A G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=43;Dels=0.00;FS=1.269;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.800;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:292,0,401 chrXII 246984 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=5.46;ReadPosRankSum=-2.145;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:336,0,453 chrXII 247009 . A C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.323;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:447,0,535 chrXII 247140 . T C 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=20.49;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1324,144,0 chrXII 247320 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=42;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.366;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:331,0,328 chrXII 247374 . T C 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=17.20;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:876,96,0 chrXII 247377 . C T 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=50;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:302,0,412 chrXII 247393 . T C 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=12.07;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:72:697,72,0 chrXII 247449 . G A 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=17.42;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:956,99,0 chrXII 247740 . A G 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.273;DP=92;Dels=0.00;FS=14.333;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:92:99:885,0,855 chrXII 247896 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;DP=94;Dels=0.00;FS=6.951;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:94:99:454,0,839 chrXII 247920 . T C 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;DP=119;Dels=0.00;FS=5.852;HaplotypeScore=9.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.150;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,48:119:99:425,0,1307 chrXII 247930 . G C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.086;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.329;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,51:121:99:551,0,1407 chrXII 247958 . A T 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=166;Dels=0.00;FS=3.866;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.123;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,71:166:99:908,0,2067 chrXII 248056 . A C 1901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.239;DP=224;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,110:224:99:1931,0,2105 chrXII 248269 . C T 3663.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=21.55;SB=-2.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:170:99:3663,382,0 chrXII 248314 . C G 3630.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=23.88;SB=-2.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:152:99:3630,387,0 chrXII 248515 . C T 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=116;Dels=0.00;FS=0.727;HaplotypeScore=183.0307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:116:99:771,0,867 chrXII 248559 . G T 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=19.69;SB=-1.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2061,216,0 chrXII 248615 . A G 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.25;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1657,174,0 chrXII 248656 . G T 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=17.76;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1294,135,0 chrXII 248752 . A G 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=70;Dels=0.00;FS=7.444;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=18.81;ReadPosRankSum=2.380;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1350,150,0 chrXII 249052 . A C 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.48;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1386,150,0 chrXII 249224 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=70;Dels=0.00;FS=3.434;HaplotypeScore=5.6787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.537;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:507,0,744 chrXII 249539 . G A 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=16.69;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1001,111,0 chrXII 249558 . A G 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.666;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:96:858,96,0 chrXII 249616 . T G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=14.48;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:72:641,72,0 chrXII 249635 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=38;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.739;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:250,0,306 chrXII 249640 . C T 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=17.14;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:667,69,0 chrXII 249743 . T C 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.68;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:911,99,0 chrXII 249826 . C T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:88:99:574,0,883 chrXII 249899 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=58;Dels=0.00;FS=2.475;HaplotypeScore=6.5934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:645,0,424 chrXII 250030 . C T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.696;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.451;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:657,0,312 chrXII 250337 . C G 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1039,111,0 chrXII 250359 . C T 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=19.22;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1282,135,0 chrXII 250412 . A G 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=21.09;ReadPosRankSum=1.685;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1594,174,0 chrXII 250583 . T A 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=18.96;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1019,105,0 chrXII 250588 . A G 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=15.51;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:87:824,87,0 chrXII 250697 . A G 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=51;Dels=0.00;FS=5.850;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=19.37;ReadPosRankSum=1.663;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1021,111,0 chrXII 250711 . G A 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=18.96;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:924,96,0 chrXII 250891 . T A 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=113;Dels=0.02;FS=3.565;HaplotypeScore=26.6757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.697;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:1825,201,0 chrXII 250979 . A T 2215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=98;Dels=0.00;FS=9.454;HaplotypeScore=4.7932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=22.60;ReadPosRankSum=2.297;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:2248,246,0 chrXII 251842 . C T 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=43;Dels=0.00;FS=2.911;HaplotypeScore=11.1204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:43:99:382,0,183 chrXII 251868 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.456;DP=48;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:329,0,489 chrXII 252448 . T C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DP=24;Dels=0.00;FS=1.706;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.596;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:169,0,221 chrXII 252507 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=27;Dels=0.00;FS=4.262;HaplotypeScore=1.8583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=2.139;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,20:27:99:378,0,101 chrXII 252562 . G T 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DP=23;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:66:66,0,310 chrXII 252615 . T G 314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=24;Dels=0.00;FS=6.214;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=13.08;ReadPosRankSum=2.037;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:39:347,39,0 chrXII 252766 . T A 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=15.83;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:63:603,63,0 chrXII 252808 . C T 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.311;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:38:52:52,0,440 chrXII 252815 . T C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=38;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.979;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:58:58,0,514 chrXII 252833 . G A 297.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=28;Dels=0.00;FS=3.637;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=4.291;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-1.632e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:11:327,0,11 chrXII 253274 . A G 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=20.86;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1097,120,0 chrXII 253806 . T C 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=24.38;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1618,174,0 chrXII 254321 . T C 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.49;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:93:871,93,0 chrXII 254691 . A G 2093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.51;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2126,240,0 chrXII 254994 . C T 2300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.54;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2333,243,0 chrXII 255134 . T C 1198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=19.02;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1231,135,0 chrXII 255238 . C A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=7.08;ReadPosRankSum=2.240;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:313,0,403 chrXII 255736 . T C 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.625;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.696;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2075,228,0 chrXII 256166 . T C 2273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2306,255,0 chrXII 256202 . T C 2024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=20.44;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2057,225,0 chrXII 256217 . T G 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=17.61;ReadPosRankSum=1.897;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:99:99:1776,189,0 chrXII 256226 . T C 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=17.67;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1747,189,0 chrXII 256392 . C G 1942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.23;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:96:99:1975,216,0 chrXII 256508 . A G 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DP=67;Dels=0.00;FS=2.477;HaplotypeScore=7.3085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.379;QD=17.13;ReadPosRankSum=2.774;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:1181,129,0 chrXII 256525 . A G 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;QD=18.78;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1291,144,0 chrXII 256528 . A G 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=18.37;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1282,144,0 chrXII 256592 . C T 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=21.36;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1870,204,0 chrXII 256620 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=68;Dels=0.00;FS=2.089;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:489,0,794 chrXII 256650 . G A 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=21.84;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1256,138,0 chrXII 256727 . T C 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=14.58;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:68:762,68,0 chrXII 256737 . A G 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4467;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=15.20;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:78:717,78,0 chrXII 256826 . T C 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=23.84;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1225,135,0 chrXII 257091 . G C 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=20.06;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:1016,114,0 chrXII 257316 . G T 1910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=22.47;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1943,204,0 chrXII 257334 . A G 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=20.88;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1474,162,0 chrXII 257366 . T A 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=20.07;ReadPosRankSum=1.547;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1177,123,0 chrXII 257504 . A G 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.678;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1367,150,0 chrXII 257654 . A G 2231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=106;Dels=0.00;FS=8.534;HaplotypeScore=7.3750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=21.05;ReadPosRankSum=2.310;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2264,252,0 chrXII 257917 . T C 4694.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=24.71;SB=-2.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:190:99:4694,522,0 chrXII 257971 . A T 1356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;DP=136;Dels=0.00;FS=11.283;HaplotypeScore=8.3957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,70:136:99:1386,0,1185 chrXII 258268 . G A 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=19.43;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1976,210,0 chrXII 258928 . G A 671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.37;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:704,72,0 chrXII 259051 . C T 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.92;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:881,93,0 chrXII 259210 . G A 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.97;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1505,159,0 chrXII 259471 . G T 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=20.77;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1217,135,0 chrXII 259756 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=53;Dels=0.00;FS=1.089;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:369,0,319 chrXII 259762 . C G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.767;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:361,0,308 chrXII 260002 . G C 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=19.47;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:773,87,0 chrXII 260116 . G T 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.58;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:877,93,0 chrXII 260197 . A G 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=18.81;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:99:917,102,0 chrXII 260496 . G A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=48;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=9.77;ReadPosRankSum=-2.614;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:499,0,330 chrXII 260669 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;DP=48;Dels=0.00;FS=8.705;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=2.878;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:312,0,551 chrXII 261030 . A G 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DP=48;Dels=0.00;FS=1.159;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:48:99:207,0,536 chrXII 261053 . T C 71.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=1.92;ReadPosRankSum=2.743;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:37:99:101,0,516 chrXII 261101 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=54;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.597;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:481,0,455 chrXII 262055 . C T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:356,0,171 chrXII 262367 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DP=58;Dels=0.00;FS=2.599;HaplotypeScore=9.5071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.678;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:548,0,600 chrXII 262532 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=6.58;ReadPosRankSum=-2.087;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:346,0,475 chrXII 262607 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=29;Dels=0.00;FS=1.992;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.688;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:239,0,281 chrXII 262933 . T C 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=18.04;ReadPosRankSum=1.402;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1476,142,0 chrXII 262942 . T A 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=20.69;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1357,141,0 chrXII 262996 . C T 560.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;DP=76;Dels=0.00;FS=3.050;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.717;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:590,0,812 chrXII 263039 . G T 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=75;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=1.9164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:728,0,805 chrXII 263065 . A G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;DP=55;Dels=0.00;FS=7.252;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.416;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:491,0,472 chrXII 263076 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DP=51;Dels=0.00;FS=6.221;HaplotypeScore=3.8847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:362,0,458 chrXII 263103 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=55;Dels=0.00;FS=12.214;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.070;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:334,0,430 chrXII 263142 . G C 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=21.78;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1449,159,0 chrXII 263151 . C T 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=22.19;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1564,162,0 chrXII 263219 . A C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;DP=72;Dels=0.00;FS=13.966;HaplotypeScore=6.3489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.439;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:72:99:734,0,606 chrXII 263230 . C T 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=23.72;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1788,186,0 chrXII 263279 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=2.472;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.643;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:398,0,448 chrXII 263416 . C G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;DP=78;Dels=0.00;FS=0.857;HaplotypeScore=8.9675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.196;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:595,0,734 chrXII 263502 . G A 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.740;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:673,0,573 chrXII 263669 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DP=73;Dels=0.00;FS=8.145;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:661,0,690 chrXII 264597 . C A 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=20.45;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1771,192,0 chrXII 264903 . C T 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;DP=82;Dels=0.00;FS=10.005;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,51:82:99:1037,0,419 chrXII 264939 . A G 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;DP=87;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.831;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:87:99:977,0,615 chrXII 265134 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=54;Dels=0.00;FS=1.136;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:384,0,579 chrXII 265165 . A G 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DP=49;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:277,0,623 chrXII 265286 . C G 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=102;Dels=0.00;FS=4.344;HaplotypeScore=15.3129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:102:99:773,0,855 chrXII 265971 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DP=84;Dels=0.00;FS=1.875;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.730;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:752,0,767 chrXII 266061 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=72;Dels=0.00;FS=8.066;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:417,0,760 chrXII 266094 . A G 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.52;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1925,207,0 chrXII 266148 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DP=66;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:514,0,598 chrXII 266271 . T A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;DP=69;Dels=0.00;FS=8.444;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.841;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:803,0,334 chrXII 266577 . T C 1604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;DP=146;Dels=0.00;FS=0.671;HaplotypeScore=10.1667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.288;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,83:146:99:1634,0,1182 chrXII 266628 . T G 1523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=173;Dels=0.00;FS=1.888;HaplotypeScore=19.4951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.629;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,87:173:99:1553,0,1417 chrXII 266739 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=47;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:312,0,373 chrXII 266889 . A G 333.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.054;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:363,0,535 chrXII 266895 . T C 300.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=71;Dels=0.00;FS=2.023;HaplotypeScore=3.8978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:330,0,615 chrXII 266899 . C T 1231 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=16.64;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1264,135,0 chrXII 266958 . C G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;DP=115;Dels=0.00;FS=1.726;HaplotypeScore=10.0682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=2.807;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.528;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:115:99:620,0,868 chrXII 266966 . C T 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DP=112;Dels=0.00;FS=0.789;HaplotypeScore=5.0601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.830;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,62:112:99:853,0,635 chrXII 266973 . G A 1913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=16.35;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:1946,210,0 chrXII 267357 . A G 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.674;DP=129;Dels=0.00;FS=4.241;HaplotypeScore=4.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.113;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,62:129:99:1132,0,1280 chrXII 267477 . T C 1346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=147;Dels=0.00;FS=2.147;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,76:147:99:1376,0,1384 chrXII 268559 . T C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;DP=41;Dels=0.00;FS=11.309;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.239;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:232,0,335 chrXII 268599 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=33;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.351;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:266,0,228 chrXII 268605 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DP=35;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.328;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.225;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:35:99:307,0,267 chrXII 268836 . C T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.021;DP=55;Dels=0.00;FS=3.915;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:662,0,514 chrXII 269037 . T A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DP=63;Dels=0.00;FS=7.092;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:485,0,537 chrXII 269053 . G T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=53;Dels=0.00;FS=7.625;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.240;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:385,0,527 chrXII 269058 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;DP=53;Dels=0.00;FS=5.738;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.302;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:355,0,487 chrXII 269215 . A C 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;DP=99;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:673,0,934 chrXII 269349 . G A 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=100;Dels=0.00;FS=11.806;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.029;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:914,0,843 chrXII 269358 . C T 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.329;DP=88;Dels=0.00;FS=8.454;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.449;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:767,0,794 chrXII 269565 . A G 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=17.97;ReadPosRankSum=1.646;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1471,165,0 chrXII 270012 . A T 1207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.197;DP=117;Dels=0.00;FS=4.763;HaplotypeScore=6.0574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.917;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,71:117:99:1237,0,866 chrXII 270839 . A G 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;DP=48;Dels=0.00;FS=9.863;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.737;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:99:162,0,382 chrXII 270995 . G A 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=81;Dels=0.00;FS=6.017;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,51:81:99:901,0,489 chrXII 271300 . A G 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;DP=72;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.402;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:743,0,571 chrXII 271394 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=79;Dels=0.00;FS=0.948;HaplotypeScore=5.7357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:658,0,711 chrXII 271759 . G A 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;DP=63;Dels=0.00;FS=4.159;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.465;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:432,0,706 chrXII 271885 . G A 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.127;DP=90;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:907,0,648 chrXII 271960 . G T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=58;Dels=0.00;FS=10.866;HaplotypeScore=6.7360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:425,0,477 chrXII 272030 . A T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.753;DP=48;Dels=0.00;FS=4.125;HaplotypeScore=5.8290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.062;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:369,0,393 chrXII 272263 . G T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=58;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.312;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:436,0,530 chrXII 272455 . C T 435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=20.71;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:468,51,0 chrXII 272497 . C G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.718;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:22:99:238,0,141 chrXII 272572 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.275;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:403,0,313 chrXII 272710 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=63;Dels=0.00;FS=7.190;HaplotypeScore=9.0260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.890;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.212;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:639,0,482 chrXII 272974 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=47;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:496,0,328 chrXII 273019 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=54;Dels=0.00;FS=3.901;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:399,0,401 chrXII 273288 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=57;Dels=0.00;FS=2.380;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:57:99:610,0,462 chrXII 273481 . G A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=66;Dels=0.00;FS=4.877;HaplotypeScore=8.7106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:458,0,639 chrXII 273722 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.298;DP=75;Dels=0.00;FS=0.948;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.678;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:702,0,399 chrXII 273894 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=35;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:344,0,266 chrXII 274027 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;DP=51;Dels=0.00;FS=5.870;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.148;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.789;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:297,0,246 chrXII 274041 . A G 543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=12.07;ReadPosRankSum=1.655;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:63:576,63,0 chrXII 274160 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=48;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.920;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:396,0,590 chrXII 274162 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=41;Dels=0.00;FS=3.575;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=3.323;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.828;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:361,0,469 chrXII 274243 . G C 416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=19.81;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:449,51,0 chrXII 274474 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=60;Dels=0.00;FS=2.725;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:446,0,241 chrXII 274580 . G C 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=16.64;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72:682,72,0 chrXII 274665 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=34;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:285,0,354 chrXII 275113 . T C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=25;Dels=0.00;FS=6.455;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:169,0,246 chrXII 275215 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=126;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=10.5929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.479;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:126:99:850,0,1031 chrXII 275241 . G T 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.972;DP=134;Dels=0.00;FS=0.691;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=2.863;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.550;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,76:134:99:1163,0,896 chrXII 275287 . C T 2070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=20.29;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:102:99:2103,228,0 chrXII 275969 . C T 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.269;DP=105;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=9.5739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.934;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:105:99:859,0,884 chrXII 276049 . A G 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=98;Dels=0.00;FS=6.482;HaplotypeScore=5.8792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.438;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:814,0,908 chrXII 276224 . A G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.795;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:113:99:792,0,1267 chrXII 276235 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=111;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.758;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,47:111:99:755,0,1174 chrXII 276391 . T C 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=111;Dels=0.00;FS=12.315;HaplotypeScore=11.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.257;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:1202,0,818 chrXII 276631 . T G 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.230;DP=110;Dels=0.00;FS=3.562;HaplotypeScore=10.7652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.517;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:110:99:827,0,911 chrXII 276713 . C T 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=106;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=9.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,60:106:99:1092,0,745 chrXII 276795 . C T 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=133;Dels=0.00;FS=13.358;HaplotypeScore=4.0376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:133:99:1089,0,1250 chrXII 276838 . C T 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DP=108;Dels=0.00;FS=10.887;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:108:99:926,0,832 chrXII 276974 . T C 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.838;DP=110;Dels=0.00;FS=1.548;HaplotypeScore=9.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.998;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:110:99:1095,0,974 chrXII 277307 . T C 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.064;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:964,0,1099 chrXII 277541 . T C 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.693;DP=134;Dels=0.00;FS=22.889;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,70:134:99:1123,0,1236 chrXII 277574 . C T 2878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=21.80;SB=-1.517e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:132:99:2911,318,0 chrXII 277604 . A T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.474;DP=119;Dels=0.00;FS=7.373;HaplotypeScore=13.0523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,45:119:99:584,0,1571 chrXII 277652 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=87;Dels=0.00;FS=7.159;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:589,0,816 chrXII 278461 . C T 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=36;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.926;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:209,0,317 chrXII 278475 . T A 600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=18.18;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:633,66,0 chrXII 278491 . C T 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=16.00;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:69:641,69,0 chrXII 278546 . C G 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=29;Dels=0.00;FS=6.615;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:54:54,0,354 chrXII 278861 . A G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DP=43;Dels=0.00;FS=11.692;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.058;QD=9.07;ReadPosRankSum=-2.277;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:420,0,330 chrXII 278916 . G T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=33;Dels=0.00;FS=5.576;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.045;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:221,0,272 chrXII 279188 . G C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;DP=32;Dels=0.00;FS=5.632;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.277;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.460;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:420,0,132 chrXII 279218 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=40;Dels=0.00;FS=7.302;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:98:442,0,98 chrXII 279224 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;DP=44;Dels=0.00;FS=5.084;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.700;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,32:44:99:516,0,114 chrXII 279239 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;DP=45;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.088;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:379,0,127 chrXII 279272 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:217,0,126 chrXII 279352 . A T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:385,0,328 chrXII 279488 . C T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:490,0,450 chrXII 279746 . C T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=66;Dels=0.00;FS=2.134;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.463;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:759,0,375 chrXII 279831 . A T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=69;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:689,0,708 chrXII 280016 . G A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=36;Dels=0.00;FS=2.951;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:181,0,435 chrXII 280198 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;DP=44;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:267,0,405 chrXII 280319 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:307,0,168 chrXII 280340 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=38;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:193,0,264 chrXII 280412 . G A 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=23.09;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1280,132,0 chrXII 280582 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=1.837;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.980;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:80:99:534,0,887 chrXII 280635 . G A 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=111;Dels=0.00;FS=4.286;HaplotypeScore=11.0854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.811;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:1013,0,874 chrXII 280717 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=58;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=5.2999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:58:99:353,0,383 chrXII 281166 . A G 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=23;Dels=0.00;FS=9.901;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.661;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:143,0,197 chrXII 281178 . A C 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=18.62;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:54:480,54,0 chrXII 281289 . A G 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.80;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1014,111,0 chrXII 281532 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.287;DP=92;Dels=0.00;FS=12.249;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.05;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:92:99:755,0,1030 chrXII 281816 . C T 312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;QD=2.42;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:36:345,36,0 chrXII 281896 . A C 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=17.03;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:629,72,0 chrXII 282094 . G A 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=16.96;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:96:881,96,0 chrXII 282215 . C T 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=19.64;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1133,120,0 chrXII 282385 . A G 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:839,96,0 chrXII 282399 . G T 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=24.24;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:833,87,0 chrXII 282495 . A T 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.639;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:72:675,72,0 chrXII 282505 . C T 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=17.54;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:647,69,0 chrXII 282557 . A T 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=19.36;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1388,144,0 chrXII 282741 . G A 582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=14.20;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:69:615,69,0 chrXII 283602 . A C 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=23.14;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1560,171,0 chrXII 283638 . A T 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.98;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1208,126,0 chrXII 283645 . T A 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=22.57;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1071,114,0 chrXII 283710 . T C 1015 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=18.45;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1048,114,0 chrXII 283719 . G A 1051 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=19.11;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1084,114,0 chrXII 283731 . G A 1024 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=17.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1057,117,0 chrXII 283746 . G T 1135 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=18.61;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1168,123,0 chrXII 283794 . C T 276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.03;MQ0=0;QD=12.55;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:33:309,33,0 chrXII 284108 . G A 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=22.15;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1384,144,0 chrXII 284270 . A G 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.29;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1374,150,0 chrXII 284305 . G A 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=17.91;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1179,126,0 chrXII 284378 . T G 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=20.53;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1244,135,0 chrXII 284459 . C T 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=18.70;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1080,114,0 chrXII 284594 . G A 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=22.19;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1542,168,0 chrXII 284627 . A T 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=77;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=20.91;ReadPosRankSum=1.642;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1643,183,0 chrXII 284741 . T C 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=23.09;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1349,144,0 chrXII 284763 . G A 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=18.90;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:997,105,0 chrXII 284777 . T C 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;QD=19.06;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:929,102,0 chrXII 284813 . T C 867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=48;Dels=0.00;FS=6.887;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=18.06;ReadPosRankSum=2.348;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:900,99,0 chrXII 284930 . C T 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.85;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1822,183,0 chrXII 284978 . C T 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=26.09;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1781,186,0 chrXII 285138 . C T 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.69;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1204,132,0 chrXII 286333 . T C 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=17.00;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1274,141,0 chrXII 286348 . C T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=18.22;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1126,120,0 chrXII 286350 . G A 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=19.09;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1140,120,0 chrXII 286729 . C T 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=92;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=10.4061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=18.96;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:1777,198,0 chrXII 286816 . G T 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.58;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1433,156,0 chrXII 286864 . T A 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=21.95;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:845,90,0 chrXII 287005 . T C 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=20.70;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:592,66,0 chrXII 287010 . A G 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=19.89;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:590,63,0 chrXII 287397 . A G 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=20.81;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1365,147,0 chrXII 287409 . G A 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=18.09;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1082,114,0 chrXII 287935 . C G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.36;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1061,114,0 chrXII 288047 . A G 1657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=69;Dels=0.00;FS=2.679;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=2.057;QD=24.01;ReadPosRankSum=2.379;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1690,186,0 chrXII 288282 . A G 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=23.17;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1284,138,0 chrXII 288347 . A G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=20.98;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1061,114,0 chrXII 288473 . T C 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.670;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1028,111,0 chrXII 288491 . C T 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=16.05;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:932,99,0 chrXII 288572 . C T 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.11;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1099,120,0 chrXII 288614 . A G 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.31;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1184,132,0 chrXII 289373 . G A 1934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.64;MQ0=0;QD=13.25;SB=-1.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:1967,213,0 chrXII 289382 . C T 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;QD=14.58;SB=-1.298e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:1753,189,0 chrXII 289396 . A G 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=12.00;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1137,129,0 chrXII 289433 . G T 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=15.87;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1176,132,0 chrXII 289538 . G A 2034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=20.55;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2067,216,0 chrXII 289582 . T C 2501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=20.67;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2534,279,0 chrXII 289627 . C T 2370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=19.27;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2403,264,0 chrXII 289660 . C G 1771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=17.71;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:100:99:1804,195,0 chrXII 289669 . C T 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=17.77;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1561,165,0 chrXII 289704 . G A 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1829,186,0 chrXII 289996 . C T 2140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2173,228,0 chrXII 289997 . A G 2077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=97;Dels=0.00;FS=6.043;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=21.41;ReadPosRankSum=2.428;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,94:97:99:2110,228,0 chrXII 290016 . C T 2590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=20.89;SB=-1.606e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2623,297,0 chrXII 290058 . A T 3501.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=21.61;ReadPosRankSum=1.689;SB=-2.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:162:99:3501,378,0 chrXII 290159 . T C 3030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=130;Dels=0.00;FS=3.148;HaplotypeScore=10.4041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.550e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:130:99:3063,333,0 chrXII 290328 . T C 1933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=18.95;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:1966,216,0 chrXII 290359 . T C 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.36;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1977,210,0 chrXII 291216 . G A 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=19.40;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:848,96,0 chrXII 291384 . A G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=38;Dels=0.00;FS=2.869;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=19.71;ReadPosRankSum=2.317;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:81:782,81,0 chrXII 291386 . A G 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=19.58;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:738,81,0 chrXII 291459 . T C 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=20.62;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1126,123,0 chrXII 291599 . C G 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.09;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1138,126,0 chrXII 291969 . T C 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=17.36;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72:710,72,0 chrXII 291984 . T C 437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=10.40;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:51:470,51,0 chrXII 292698 . T C 2461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=23.22;ReadPosRankSum=2.379;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:106:99:2494,273,0 chrXII 292883 . T C 2208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=19.89;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2241,240,0 chrXII 293839 . C T 2109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.92;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2142,222,0 chrXII 293882 . A G 2564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.541;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.996;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:127:99:2597,285,0 chrXII 294067 . A G 1859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.37;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:1892,210,0 chrXII 294289 . G A 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=22.60;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1502,162,0 chrXII 294637 . G A 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=22.26;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1480,150,0 chrXII 294655 . T G 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=4.821;HaplotypeScore=10.9549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=21.38;ReadPosRankSum=1.653;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:89:99:1936,210,0 chrXII 295045 . C T 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=58;Dels=0.00;FS=3.485;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=21.50;ReadPosRankSum=1.613;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1280,115,0 chrXII 295063 . A G 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=3.345;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.540;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1097,123,0 chrXII 295222 . C T 2376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=23.76;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2409,249,0 chrXII 295250 . T C 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1808,195,0 chrXII 295292 . C T 2040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.67;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:2073,216,0 chrXII 295360 . C T 2030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=23.33;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2063,216,0 chrXII 295402 . A G 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=19.74;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1020,114,0 chrXII 295520 . G A 2060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=19.81;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2093,240,0 chrXII 295930 . T C 1904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1937,201,0 chrXII 296083 . T A 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=20.13;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1825,198,0 chrXII 296228 . A G 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.680;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1087,123,0 chrXII 296236 . C A 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=19.62;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1171,120,0 chrXII 296418 . G A 438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.05;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:51:471,51,0 chrXII 296473 . C T 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=19.50;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:774,84,0 chrXII 296854 . T A 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=24.47;ReadPosRankSum=1.626;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1697,180,0 chrXII 297011 . A T 2844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.511e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2877,315,0 chrXII 297081 . A G 2469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.939;DP=115;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=10.5601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=21.47;ReadPosRankSum=2.939;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:115:99:2502,279,0 chrXII 297157 . G T 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.39;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1720,180,0 chrXII 297293 . T C 2505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2538,276,0 chrXII 297445 . G C 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.05;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1753,189,0 chrXII 297726 . T G 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.16;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1909,213,0 chrXII 297969 . G C 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.72;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1753,198,0 chrXII 298290 . A G 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:85:99:1647,183,0 chrXII 298405 . C T 2815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=24.69;SB=-1.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2848,300,0 chrXII 298644 . A G 1985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=22.30;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2018,222,0 chrXII 298872 . A G 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=19.22;ReadPosRankSum=0.838;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1532,143,0 chrXII 298893 . C T 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=83;Dels=0.00;FS=3.823;HaplotypeScore=6.1555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=19.35;ReadPosRankSum=0.084;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:83:99:1639,153,0 chrXII 299037 . A G 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=12.52;ReadPosRankSum=2.333;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:63:559,63,0 chrXII 299174 . A G 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=19.19;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:858,93,0 chrXII 299209 . C T 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=21.00;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:894,93,0 chrXII 299315 . G T 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.38;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:931,99,0 chrXII 299526 . A C 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=17.96;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:518,57,0 chrXII 299532 . A G 433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=15.46;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:51:466,51,0 chrXII 300539 . T C 2244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2277,249,0 chrXII 300621 . G A 2364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=23.18;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2397,264,0 chrXII 300802 . C T 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.98;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1424,147,0 chrXII 301075 . T C 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=19.65;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:760,84,0 chrXII 301177 . T C 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=22.61;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1299,141,0 chrXII 301291 . G A 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.37;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1331,147,0 chrXII 301957 . G A 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=16.74;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:78:753,78,0 chrXII 301966 . A G 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=16.38;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:90:803,90,0 chrXII 302144 . T C 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.33;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:81:99:1680,186,0 chrXII 302196 . C G 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.43;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1586,177,0 chrXII 302282 . T G 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=18.10;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:84:775,84,0 chrXII 302332 . T A 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=19.59;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:895,96,0 chrXII 302440 . A G 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=3.002;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=19.22;ReadPosRankSum=2.341;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:898,99,0 chrXII 302671 . G C 648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.60;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:72:681,72,0 chrXII 302764 . A T 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=5.863;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=23.93;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1325,138,0 chrXII 303079 . C T 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;DP=92;Dels=0.00;FS=1.708;HaplotypeScore=4.6272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:930,0,812 chrXII 303516 . A G 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=20.30;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1657,180,0 chrXII 303601 . C T 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=22.15;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1096,114,0 chrXII 303604 . G A 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=21.77;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:991,102,0 chrXII 303878 . A G 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1843,201,0 chrXII 304243 . G A 1894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.82;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1927,201,0 chrXII 304352 . G A 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.51;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1316,135,0 chrXII 304381 . A G 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=17.62;ReadPosRankSum=1.663;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:914,99,0 chrXII 305253 . A G 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=24.69;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1144,123,0 chrXII 305313 . A G 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=21.58;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1177,126,0 chrXII 305324 . G A 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=20.64;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1189,126,0 chrXII 305397 . A C 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=21.76;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1099,120,0 chrXII 305614 . C T 2163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=21.85;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2196,240,0 chrXII 305731 . A G 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=21.39;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2172,234,0 chrXII 305736 . C A 2228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2261,231,0 chrXII 305771 . A G 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=18.42;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1783,201,0 chrXII 305899 . C T 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2180,225,0 chrXII 305934 . G A 2510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=25.10;SB=-1.264e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2543,264,0 chrXII 306415 . A G 2280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2313,252,0 chrXII 306665 . C T 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=12.88;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:909,102,0 chrXII 307503 . G T 2458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=24.34;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2491,261,0 chrXII 307601 . A G 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.93;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1812,198,0 chrXII 308630 . G A 1502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=69;Dels=0.00;FS=3.917;HaplotypeScore=8.0301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=21.77;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1535,143,0 chrXII 308703 . T C 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=22.15;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1074,117,0 chrXII 308802 . C T 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.12;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1562,165,0 chrXII 310006 . G T 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1984,207,0 chrXII 310404 . A G 880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=18.33;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:913,102,0 chrXII 310613 . C T 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=17.43;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:521,54,0 chrXII 310770 . C T 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.66;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:56:99:1078,114,0 chrXII 310983 . T C 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=21.35;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1015,117,0 chrXII 310986 . T C 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=22.24;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1034,108,0 chrXII 311540 . C G 2272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.64;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:105:99:2305,246,0 chrXII 311784 . T C 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=17.76;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1383,147,0 chrXII 311889 . G A 3773.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=20.96;SB=-1.860e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:180:99:3773,397,0 chrXII 311937 . G A 3392.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.697e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:161:99:3392,378,0 chrXII 312135 . G A 2182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=24.52;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2215,231,0 chrXII 312163 . T C 2100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=20.79;SB=-1.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2133,234,0 chrXII 312168 . G C 2100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2133,225,0 chrXII 312399 . G A 1721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.95;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1754,183,0 chrXII 312573 . T C 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=20.81;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1136,126,0 chrXII 312732 . G A 2588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2621,270,0 chrXII 312984 . T A 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.04;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1135,120,0 chrXII 313107 . T G 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=19.55;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:101:99:2008,225,0 chrXII 313320 . T C 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=26.04;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81:736,81,0 chrXII 313374 . T C 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=41;Dels=0.00;FS=4.367;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=19.20;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:90:820,90,0 chrXII 313809 . A G 2891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=21.41;SB=-1.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:2924,321,0 chrXII 313812 . G A 2704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2737,303,0 chrXII 313848 . G A 2481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=22.15;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2514,258,0 chrXII 313878 . A G 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=3.416;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1950,213,0 chrXII 313965 . G A 2877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.12;SB=-1.444e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:2910,318,0 chrXII 314151 . T C 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=20.22;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1651,186,0 chrXII 315348 . G C 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.63;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1331,147,0 chrXII 315383 . T C 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.344;DP=70;Dels=0.00;FS=6.603;HaplotypeScore=8.0223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=19.44;ReadPosRankSum=2.344;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1394,156,0 chrXII 315459 . T C 2181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=103;Dels=0.00;FS=6.238;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=1.895;QD=21.17;ReadPosRankSum=2.377;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:103:99:2214,249,0 chrXII 315521 . C T 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=19.66;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1527,168,0 chrXII 315543 . C T 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=18.30;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:77:99:1442,150,0 chrXII 315642 . T C 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.15;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:980,108,0 chrXII 316223 . A C 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DP=71;Dels=0.00;FS=15.866;HaplotypeScore=5.8207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=18.63;ReadPosRankSum=3.327;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:71:99:1356,150,0 chrXII 316490 . G A 1421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.68;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1454,150,0 chrXII 316628 . T C 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=16.60;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:65:99:1112,126,0 chrXII 316631 . T C 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=19.76;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1199,135,0 chrXII 316725 . G A 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=16.88;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1181,129,0 chrXII 316731 . T C 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=3.658;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1165,126,0 chrXII 317117 . C T 2019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2052,210,0 chrXII 317384 . G T 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=18.18;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1615,168,0 chrXII 317534 . C T 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=23.10;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2089,222,0 chrXII 317539 . T G 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=22.26;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1970,210,0 chrXII 317605 . A G 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=16.36;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:96:851,96,0 chrXII 317614 . A T 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=19.48;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:890,93,0 chrXII 317989 . G A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=23.07;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1925,198,0 chrXII 318033 . G A 3007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.521;QD=22.78;ReadPosRankSum=-1.706;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:132:99:3040,321,0 chrXII 318348 . A G 1615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=23.75;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1648,174,0 chrXII 318458 . A C 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=19.62;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1897,207,0 chrXII 318570 . T C 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=16.67;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:96:883,96,0 chrXII 318879 . G A 599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.97;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:632,72,0 chrXII 318969 . C T 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=16.31;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:63:620,63,0 chrXII 319560 . G A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=18.69;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:762,84,0 chrXII 319635 . A G 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=21.27;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:990,111,0 chrXII 319896 . A G 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=19.20;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:801,87,0 chrXII 320409 . A G 3281.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=155;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.709;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:154:99:3281,354,0 chrXII 320465 . C T 3592.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.73;SB=-1.890e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:158:99:3592,384,0 chrXII 320775 . T C 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=15.76;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:68:99:1105,123,0 chrXII 320814 . G A 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=19.45;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1531,159,0 chrXII 320904 . G A 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=19.39;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1216,126,0 chrXII 321077 . C T 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=22.22;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1877,195,0 chrXII 321084 . C T 1846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=21.98;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1879,198,0 chrXII 321294 . C T 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=21.73;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:685,72,0 chrXII 321345 . G A 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=20.37;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:40:87:848,87,0 chrXII 321460 . A G 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.598;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=15.09;ReadPosRankSum=2.752;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:54:75:848,75,0 chrXII 321603 . G A 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.66;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:758,78,0 chrXII 321772 . T C 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=21.29;ReadPosRankSum=2.341;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:991,108,0 chrXII 321825 . A G 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.33;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1142,123,0 chrXII 322042 . C T 435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.15;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:51:468,51,0 chrXII 322071 . T C 547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=4.949;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.525;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:63:580,63,0 chrXII 322162 . A G 1591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=20.66;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1624,189,0 chrXII 322311 . T G 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.52;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:548,63,0 chrXII 322903 . G A 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=19.45;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:461,51,0 chrXII 323271 . C T 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=23.27;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:964,102,0 chrXII 323467 . G A 2178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2211,228,0 chrXII 323570 . T A 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.27;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1592,174,0 chrXII 323599 . A G 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=20.76;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1569,171,0 chrXII 323636 . A G 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=17.21;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1341,147,0 chrXII 323645 . T C 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.687;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1368,156,0 chrXII 323709 . G A 2159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=21.59;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2192,240,0 chrXII 324014 . A G 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=15.31;ReadPosRankSum=2.365;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:921,102,0 chrXII 324173 . A C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=20.89;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:994,108,0 chrXII 324449 . C T 483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.12;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:516,57,0 chrXII 324470 . G A 501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=18.56;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:57:534,57,0 chrXII 324662 . A G 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=25.02;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1134,120,0 chrXII 325271 . G T 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=22.63;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:644,69,0 chrXII 325334 . C A 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=19.65;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:426,45,0 chrXII 325403 . C A 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.29;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:520,54,0 chrXII 326213 . A G 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.52;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1518,165,0 chrXII 326408 . T C 2073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2106,231,0 chrXII 326975 . C T 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=18.18;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1251,138,0 chrXII 326981 . T C 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=20.46;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1445,156,0 chrXII 327112 . A G 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.05;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1957,213,0 chrXII 327373 . T C 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.08;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1277,141,0 chrXII 327506 . C A 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=18.53;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:737,81,0 chrXII 327514 . A T 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.17;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:759,78,0 chrXII 328168 . G A 2043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.96;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2076,219,0 chrXII 328302 . C T 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=21.73;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:87:837,87,0 chrXII 328528 . A G 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=15.27;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1056,117,0 chrXII 328635 . C T 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=21.52;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1152,123,0 chrXII 328989 . T C 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;QD=16.90;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:78:692,78,0 chrXII 328990 . A G 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=17.58;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:701,78,0 chrXII 329761 . C T 174.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DP=39;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.98;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=4.46;ReadPosRankSum=-4.032;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:63:204,0,63 chrXII 329764 . T C 39.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.262;QD=1.18;ReadPosRankSum=-3.214;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:33:69:69,0,86 chrXII 329765 . G T 30.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.303;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.979;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:60:60,0,84 chrXII 330526 . A G 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=45;Dels=0.00;FS=3.112;HaplotypeScore=8.0575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.652;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:45:81:711,81,0 chrXII 330832 . C T 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=21.44;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1748,189,0 chrXII 331041 . T G 599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=19.97;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:632,69,0 chrXII 331044 . C T 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=20.13;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:657,69,0 chrXII 331075 . G C 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.55;MQ0=0;QD=17.29;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:742,81,0 chrXII 331078 . A G 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.55;MQ0=0;QD=15.90;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:685,78,0 chrXII 331090 . T C 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.654;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:78:690,78,0 chrXII 331273 . T C 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=19.74;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1099,120,0 chrXII 331395 . C A 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1262,129,0 chrXII 331937 . T G 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.86;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1410,150,0 chrXII 331984 . C T 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=23.47;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:784,84,0 chrXII 332094 . C T 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=16.81;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1176,120,0 chrXII 332157 . A T 2670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=23.63;SB=-1.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2703,285,0 chrXII 332457 . T C 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=15.24;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:673,75,0 chrXII 332566 . G A 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=20.27;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1878,198,0 chrXII 334170 . A G 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.58;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1546,165,0 chrXII 335529 . G T 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.48;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:775,81,0 chrXII 335835 . A G 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.666;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:992,111,0 chrXII 336921 . A T 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.587;DP=89;Dels=0.00;FS=12.344;HaplotypeScore=13.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=18.06;ReadPosRankSum=3.731;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:1640,186,0 chrXII 336975 . G A 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2003,210,0 chrXII 337003 . A G 1575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.87;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1608,174,0 chrXII 337500 . A G 2092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=21.57;ReadPosRankSum=1.624;SB=-1.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:97:99:2125,237,0 chrXII 338262 . G A 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=21.22;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1179,123,0 chrXII 338295 . C T 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=20.77;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1321,144,0 chrXII 338892 . A G 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.09;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1193,129,0 chrXII 339111 . G A 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=15.98;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:944,105,0 chrXII 339377 . T C 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.81;MQ0=0;QD=20.21;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1407,156,0 chrXII 339393 . T C 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=22.60;ReadPosRankSum=1.669;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1276,138,0 chrXII 339496 . G A 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=16.46;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:48:461,48,0 chrXII 339567 . G A 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=16.07;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:93:917,93,0 chrXII 339777 . A G 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.78;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1559,180,0 chrXII 340931 . T C 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=24.58;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1139,123,0 chrXII 341005 . A G 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=22.17;ReadPosRankSum=1.621;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1430,153,0 chrXII 341688 . T A 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=16.87;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:708,81,0 chrXII 342052 . T C 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1023,114,0 chrXII 342533 . G A 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=23.39;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1904,198,0 chrXII 342889 . G C 5007.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=24.31;SB=-2.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,206:206:99:5007,546,0 chrXII 343120 . G A 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=21.18;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2490,258,0 chrXII 348674 . G C 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=21.13;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1132,123,0 chrXII 350783 . T G 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.31;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:985,108,0 chrXII 351631 . A G 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:1639,180,0 chrXII 351769 . A G 3153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=19.23;SB=-2.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:164:99:3186,351,0 chrXII 352013 . C T 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=18.11;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1409,153,0 chrXII 355289 . C A 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1844,198,0 chrXII 356631 . A C 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=18.34;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:1390,153,0 chrXII 357438 . G T 4397.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=26.02;SB=-1.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:4397,463,0 chrXII 357723 . C T 3517.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:3517,384,0 chrXII 358336 . C T 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.38;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1740,183,0 chrXII 361284 . T C 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=21.23;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:776,81,0 chrXII 361865 . A G 2659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=21.44;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:124:99:2692,300,0 chrXII 361870 . G A 2553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2586,291,0 chrXII 364406 . T C 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=67;Dels=0.00;FS=3.216;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=19.99;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:67:99:1372,150,0 chrXII 365170 . G A 2405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.05;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2438,255,0 chrXII 366845 . C T 1875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.16;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:1908,195,0 chrXII 367056 . C T 2105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.13;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2138,228,0 chrXII 367138 . G A 2232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=25.08;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2265,231,0 chrXII 367241 . T G 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.657;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:47:99:999,108,0 chrXII 367293 . C T 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=20.67;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:777,84,0 chrXII 367326 . T C 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=21.00;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:726,81,0 chrXII 367348 . G A 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=20.11;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:78:737,78,0 chrXII 367397 . C T 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.67;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1550,162,0 chrXII 367483 . G C 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1757,195,0 chrXII 367545 . T C 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=22.85;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1244,141,0 chrXII 367624 . A G 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=19.23;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:783,81,0 chrXII 367625 . A G 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=19.95;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:771,81,0 chrXII 367673 . A G 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:75:674,75,0 chrXII 367824 . C T 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.36;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1710,180,0 chrXII 367857 . T C 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=91;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=19.26;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1786,195,0 chrXII 367953 . T C 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=21.13;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1026,111,0 chrXII 367964 . T C 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=20.40;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:910,102,0 chrXII 371097 . T C 2594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=24.94;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2627,279,0 chrXII 371376 . A T 196.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=95;Dels=0.00;FS=2.773;HaplotypeScore=78.7156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=2.07;ReadPosRankSum=2.641;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:9:229,9,0 chrXII 373279 . T C 1870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=22.80;ReadPosRankSum=1.605;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1903,210,0 chrXII 375947 . T C 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=21.47;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1407,159,0 chrXII 379144 . A G 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=22.44;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1626,177,0 chrXII 379889 . A G 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=22.45;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1178,126,0 chrXII 381081 . C T 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.80;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1492,153,0 chrXII 381157 . G C 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.15;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1052,117,0 chrXII 381256 . T C 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=62;Dels=0.00;FS=9.402;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=19.21;ReadPosRankSum=2.369;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:62:99:1224,135,0 chrXII 381370 . G C 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=20.59;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:93:877,93,0 chrXII 381823 . A G 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=22.18;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1386,147,0 chrXII 381898 . C T 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=13.90;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:90:867,90,0 chrXII 381902 . A G 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=14.74;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:96:888,96,0 chrXII 381911 . C T 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.22;MQ0=0;QD=16.11;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1064,111,0 chrXII 382340 . G A 3773.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=23.01;SB=-2.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:164:99:3773,394,0 chrXII 382560 . T C 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=19.93;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1528,168,0 chrXII 382590 . T C 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=6.320;HaplotypeScore=2.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=18.30;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1680,183,0 chrXII 382692 . A T 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=19.28;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1922,210,0 chrXII 382777 . C T 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=19.68;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1962,204,0 chrXII 382783 . G A 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=19.91;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:1944,201,0 chrXII 383137 . A G 2030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2063,222,0 chrXII 383230 . A G 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=24.77;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1866,201,0 chrXII 383295 . G A 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=20.28;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2020,213,0 chrXII 383350 . G T 1751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.62;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1784,195,0 chrXII 383428 . T C 1392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=19.61;ReadPosRankSum=1.683;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1425,156,0 chrXII 383587 . G A 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=21.63;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1720,180,0 chrXII 383611 . C G 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=19.99;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1792,195,0 chrXII 383695 . G A 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.30;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1396,153,0 chrXII 383785 . A G 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=21.36;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:66:99:1443,162,0 chrXII 383848 . T C 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=71;Dels=0.00;FS=3.537;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=17.30;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1261,135,0 chrXII 383932 . T C 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=20.87;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1598,177,0 chrXII 385590 . C G 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.70;MQ0=0;QD=11.79;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:894,99,0 chrXII 385605 . A G 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.338;DP=90;Dels=0.00;FS=9.277;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;MQRankSum=1.850;QD=14.29;ReadPosRankSum=3.358;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:90:99:1319,141,0 chrXII 385802 . G A 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.91;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1676,171,0 chrXII 386239 . A G 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.298;QD=19.54;ReadPosRankSum=2.292;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:2163,240,0 chrXII 386427 . C A 375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.86;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:408,45,0 chrXII 386504 . A C 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.00;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:978,105,0 chrXII 386651 . A G 442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.09;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:475,51,0 chrXII 386841 . G A 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.65;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1188,123,0 chrXII 387039 . T A 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=21.96;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1131,102,0 chrXII 387140 . A G 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.54;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:873,93,0 chrXII 387257 . A G 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=21.94;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:801,84,0 chrXII 387416 . G A 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.40;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1196,132,0 chrXII 387806 . C T 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.07;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1276,135,0 chrXII 387915 . T C 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.879;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=23.97;ReadPosRankSum=2.879;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1423,150,0 chrXII 388107 . G A 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1270,129,0 chrXII 388456 . C T 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=19.92;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1268,132,0 chrXII 388705 . A G 2653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.48;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2686,297,0 chrXII 388785 . G A 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=21.65;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1722,180,0 chrXII 388801 . A G 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=20.00;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1313,150,0 chrXII 388930 . G A 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.62;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:81:725,81,0 chrXII 389128 . G A 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.36;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1678,174,0 chrXII 389347 . C T 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.19;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:711,75,0 chrXII 389584 . G A 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=18.80;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:63:597,63,0 chrXII 389800 . G A 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.34;MQ0=0;QD=15.45;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54:512,54,0 chrXII 389815 . A G 452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=0;QD=15.07;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:485,54,0 chrXII 389841 . A G 450 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.34;MQ0=0;QD=14.06;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:54:483,54,0 chrXII 389845 . A G 403 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=31;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=13.00;ReadPosRankSum=2.292;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:48:436,48,0 chrXII 389851 . A G 420 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.59;MQ0=0;QD=15.56;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:48:453,48,0 chrXII 389937 . T C 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=22.84;ReadPosRankSum=1.650;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:99:1015,108,0 chrXII 390280 . C T 907 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=21.09;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:940,93,0 chrXII 390311 . A T 762 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=17.72;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:795,87,0 chrXII 390651 . A G 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=23.19;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60:520,60,0 chrXII 390724 . C T 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=20.05;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:875,90,0 chrXII 390784 . T C 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=15.64;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:87:815,87,0 chrXII 390856 . T C 547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=20.26;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:63:580,63,0 chrXII 390963 . G A 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=14.04;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:72:679,72,0 chrXII 391126 . G C 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.86;MQ0=0;QD=25.14;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1441,156,0 chrXII 391140 . C T 1252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.82;MQ0=0;QD=24.55;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1285,135,0 chrXII 391201 . C T 275 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=8.59;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:33:308,33,0 chrXII 391204 . G A 218.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.62;MQ0=0;QD=8.72;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:27:251,27,0 chrXII 391206 . G C 228 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.62;MQ0=0;QD=9.12;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:30:261,30,0 chrXII 391207 . C T 228 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.62;MQ0=0;QD=9.12;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:30:261,30,0 chrXII 391214 . C T 246 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.10;MQ0=0;QD=7.94;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:33:279,33,0 chrXII 391224 . G A 274 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.31;MQ0=0;QD=9.45;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:33:307,33,0 chrXII 391229 . C A 270 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=8.18;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:33:303,33,0 chrXII 391232 . A T 272 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=0;QD=9.38;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:33:305,33,0 chrXII 391233 . C G 263 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=0;QD=9.07;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:33:296,33,0 chrXII 391272 . T A 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=15.45;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:66:620,66,0 chrXII 391328 . T C 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.62;MQ0=0;QD=18.19;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:979,108,0 chrXII 391361 . T C 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.06;MQ0=0;QD=16.07;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:740,84,0 chrXII 391369 . T C 636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.52;MQ0=0;QD=15.14;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:669,75,0 chrXII 391460 . T G 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=8.653;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.575;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:78:702,78,0 chrXII 391472 . A C 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.21;MQ0=0;QD=16.04;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81:755,81,0 chrXII 391500 . C G 629 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=0;QD=14.63;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:75:662,75,0 chrXII 391501 . C T 652 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=0;QD=15.16;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:75:685,75,0 chrXII 391503 . C T 656 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=0;QD=15.26;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:75:689,75,0 chrXII 391518 . C T 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=14.02;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:63:594,63,0 chrXII 391536 . C T 227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=9.08;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:30:260,30,0 chrXII 391573 . A G 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=29;Dels=0.00;FS=6.495;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.40;MQ0=0;MQRankSum=2.041;QD=12.21;ReadPosRankSum=2.757;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:45:387,45,0 chrXII 391592 . G A 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.25;MQ0=0;QD=16.09;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:387,45,0 chrXII 391611 . G A 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.88;MQ0=0;QD=15.68;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:425,51,0 chrXII 391639 . T G 342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.52;MQ0=0;QD=11.79;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:45:375,45,0 chrXII 391658 . G T 302 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.98;MQ0=0;QD=10.79;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:335,42,0 chrXII 391659 . G A 294 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.98;MQ0=0;QD=10.50;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:327,42,0 chrXII 391660 . A G 290 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.98;MQ0=0;QD=10.36;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:323,42,0 chrXII 391666 . G A 372 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=11.62;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:48:405,48,0 chrXII 391669 . G C 384 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=12.00;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:48:417,48,0 chrXII 391670 . C T 388 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=12.12;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:48:421,48,0 chrXII 391690 . C T 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.55;MQ0=0;QD=13.71;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:96:842,96,0 chrXII 391738 . G A 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.88;MQ0=0;QD=15.37;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1278,147,0 chrXII 391818 . A G 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.32;MQ0=0;QD=23.73;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1765,195,0 chrXII 391823 . G T 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.05;MQ0=0;QD=22.89;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1521,168,0 chrXII 391861 . C G 420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.83;MQ0=0;QD=19.09;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:453,54,0 chrXII 391873 . C T 106.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=13.27;SB=-7.888e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:18:139,18,0 chrXII 391886 . T C 87.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=9;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:15:120,15,0 chrXII 391903 . C T 177.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.28;MQ0=0;QD=16.09;SB=-1.099e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24:210,24,0 chrXII 391911 . T C 218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=16;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=13.63;ReadPosRankSum=1.519;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:30:251,30,0 chrXII 391951 . T A 298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.82;MQ0=0;QD=12.96;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:39:331,39,0 chrXII 391960 . G A 303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.43;MQ0=0;QD=11.65;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:336,42,0 chrXII 391981 . G A 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.49;MQ0=0;QD=16.53;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:628,78,0 chrXII 392010 . C T 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.87;MQ0=0;QD=17.68;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:917,111,0 chrXII 392012 . T C 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=53;Dels=0.00;FS=8.605;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=15.51;ReadPosRankSum=2.357;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:855,105,0 chrXII 392046 . C T 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.65;MQ0=0;QD=20.86;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1702,186,0 chrXII 392081 . A T 2087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.14;MQ0=0;QD=21.74;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2120,234,0 chrXII 392130 . T A 1508 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=20.94;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1541,171,0 chrXII 392135 . G A 1494 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.20;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=21.04;ReadPosRankSum=1.195;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1527,168,0 chrXII 392139 . G A 1336 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.32;MQ0=0;QD=19.09;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1369,150,0 chrXII 392150 . G A 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.55;MQ0=0;QD=18.44;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1029,117,0 chrXII 392158 . C T 841 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.64;MQ0=0;QD=19.56;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:874,96,0 chrXII 392165 . T C 638 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.57;MQ0=0;QD=15.56;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:671,75,0 chrXII 392197 . G A 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.08;MQ0=0;QD=14.17;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:42:373,42,0 chrXII 392235 . G T 112.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.32;MQ0=0;QD=11.21;SB=-4.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:18:145,18,0 chrXII 392241 . C T 108.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.75;MQ0=0;QD=12.01;SB=-4.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18:141,18,0 chrXII 392257 . G T 61.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.52;MQ0=0;QD=10.25;SB=-2.226e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:94,12,0 chrXII 392269 . A G 61.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.18;MQ0=0;QD=8.79;SB=-2.239e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:94,12,0 chrXII 392285 . C T 94.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=9.43;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:127,15,0 chrXII 392292 . C T 99.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=9.93;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:132,15,0 chrXII 392293 . A G 92.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.21;MQ0=0;QD=7.10;SB=-2.707e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:15:125,15,0 chrXII 392309 . A G 208.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.81;MQ0=0;QD=9.04;SB=-2.602e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:27:241,27,0 chrXII 392329 . A G 294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.70;MQ0=0;QD=11.76;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:36:327,36,0 chrXII 392356 . T C 484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=39;Dels=0.00;FS=18.698;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.006;QD=12.41;ReadPosRankSum=2.324;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:60:517,60,0 chrXII 392407 . C A 441 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=13.78;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:54:474,54,0 chrXII 392410 . G A 457 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=14.28;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:54:490,54,0 chrXII 392412 . T A 423 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.43;MQ0=0;QD=13.65;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:51:456,51,0 chrXII 392417 . G A 381 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.34;MQ0=0;QD=12.70;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:414,48,0 chrXII 392418 . T C 369 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.34;MQ0=0;QD=12.30;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:402,48,0 chrXII 392441 . A G 173.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=21;Dels=0.00;FS=7.202;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.239;SB=-8.704e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:24:206,24,0 chrXII 392444 . T A 175.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=8.33;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:24:208,24,0 chrXII 392469 . A T 73.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;QD=7.35;SB=-8.445e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:12:106,12,0 chrXII 392471 . G C 68.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;QD=6.85;SB=-7.745e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:12:101,12,0 chrXII 392474 . C T 76.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.99;MQ0=0;QD=7.65;SB=-8.245e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:12:109,12,0 chrXII 392735 . T C 391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.16;MQ0=0;QD=8.32;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:48:424,48,0 chrXII 392790 . C T 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.88;MQ0=0;QD=9.93;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:54:490,54,0 chrXII 392810 . G T 158.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.31;MQ0=0;QD=5.45;SB=-3.007e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:21:191,21,0 chrXII 392821 . C T 93.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=11.66;SB=-3.020e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:126,15,0 chrXII 392824 . T C 90.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=11.28;SB=-2.914e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:123,15,0 chrXII 392857 . G A 246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=20.50;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:30:279,30,0 chrXII 392858 . G A 246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=20.50;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:30:279,30,0 chrXII 392897 . G T 280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.67;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:313,33,0 chrXII 392908 . A G 292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.25;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:33:325,33,0 chrXII 392930 . A G 50.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.92;SB=-5.496e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:9:83,9,0 chrXII 392940 . T A 109.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.20;SB=-2.927e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:15:142,15,0 chrXII 392995 . G A 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.10;MQ0=0;QD=15.48;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:776,87,0 chrXII 393011 . G A 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=16.72;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:93:869,93,0 chrXII 393031 . A C 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=0;QD=19.47;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1143,126,0 chrXII 393076 . T C 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;QD=20.37;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1357,150,0 chrXII 393128 . G A 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.99;MQ0=0;QD=16.05;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:739,78,0 chrXII 393145 . T C 261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=31;Dels=0.00;FS=2.716;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.64;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=8.42;ReadPosRankSum=2.773;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:33:294,33,0 chrXII 393156 . T A 322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.16;MQ0=0;QD=9.47;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:39:355,39,0 chrXII 393158 . T C 353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.16;MQ0=0;QD=10.38;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:42:386,42,0 chrXII 393183 . A G 294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=6.864;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.631;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:36:327,36,0 chrXII 393184 . G C 302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=9.15;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:36:335,36,0 chrXII 393220 . A T 218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=7.27;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:27:251,27,0 chrXII 393235 . G A 294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=8.91;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:33:327,33,0 chrXII 393242 . A G 273 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=9.10;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:33:306,33,0 chrXII 393247 . T C 272 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.71;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:33:305,33,0 chrXII 393250 . G C 166.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.55;SB=-1.431e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:21:199,21,0 chrXII 393251 . T C 190.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.26;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:24:223,24,0 chrXII 393267 . A C 303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;QD=10.82;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:36:336,36,0 chrXII 393278 . A G 274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.79;MQ0=0;QD=8.30;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:33:307,33,0 chrXII 393287 . T C 420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.90;MQ0=0;QD=13.12;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:48:453,48,0 chrXII 393394 . G A 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;QD=16.63;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:78:748,78,0 chrXII 393433 . C T 718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;QD=16.70;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:751,81,0 chrXII 393700 . A G 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.24;MQ0=0;QD=20.39;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:808,87,0 chrXII 393749 . C A 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=35;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.510;QD=0.30;ReadPosRankSum=-2.967;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:35:40:40,0,469 chrXII 393759 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=34;Dels=0.00;FS=1.459;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.78;MQ0=0;MQRankSum=1.758;QD=13.50;ReadPosRankSum=4.517;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:34:30:489,0,30 chrXII 393777 . A C 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.86;MQ0=0;QD=21.97;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:87:780,87,0 chrXII 393905 . A G 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.35;MQ0=0;QD=21.71;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1097,120,0 chrXII 393936 . T C 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=19.09;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:930,99,0 chrXII 394020 . G A 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.31;MQ0=0;QD=15.47;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:497,54,0 chrXII 394070 . T C 300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.70;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:333,36,0 chrXII 394085 . G A 140.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=14.01;SB=-2.212e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:18:173,18,0 chrXII 394098 . A T 156.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.21;MQ0=0;QD=8.67;SB=-2.207e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:21:189,21,0 chrXII 394150 . C A 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.50;MQ0=0;QD=17.37;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:884,99,0 chrXII 394174 . A G 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.28;MQ0=0;QD=16.55;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1109,123,0 chrXII 394198 . C G 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.61;MQ0=0;QD=12.08;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:891,102,0 chrXII 394201 . G A 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.56;MQ0=0;QD=13.08;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:975,105,0 chrXII 394224 . T C 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DP=73;Dels=0.00;FS=9.152;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.15;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=9.07;ReadPosRankSum=3.333;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:78:695,78,0 chrXII 394244 . A C 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.57;MQ0=0;QD=11.26;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:66:87:776,87,0 chrXII 394281 . A G 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=15.24;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:84:780,84,0 chrXII 394298 . G T 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.56;MQ0=0;QD=19.21;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:936,99,0 chrXII 394373 . T C 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.38;MQ0=0;QD=12.95;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:57:512,57,0 chrXII 394387 . C G 322 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.31;MQ0=0;QD=9.20;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:39:355,39,0 chrXII 394391 . A G 273 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DP=33;Dels=0.00;FS=7.014;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=8.27;ReadPosRankSum=2.301;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:36:306,36,0 chrXII 394392 . G A 301 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.87;MQ0=0;QD=9.71;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:36:334,36,0 chrXII 394403 . C T 264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.07;MQ0=0;QD=7.54;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:33:297,33,0 chrXII 394411 . T G 154.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.614;SB=-1.411e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:21:187,21,0 chrXII 394426 . C T 183.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.31;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:24:216,24,0 chrXII 394430 . T A 164.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.628;SB=-1.081e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:21:197,21,0 chrXII 394433 . C T 168.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.85;MQ0=0;QD=5.09;SB=-1.101e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:21:201,21,0 chrXII 394445 . A G 338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.60;MQ0=0;QD=8.89;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:42:371,42,0 chrXII 394482 . T G 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=3.082;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.619;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:956,108,0 chrXII 394493 . T C 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=71;Dels=0.00;FS=8.500;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.103;QD=16.34;ReadPosRankSum=2.276;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1193,129,0 chrXII 394534 . G A 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.10;MQ0=0;QD=18.79;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1386,150,0 chrXII 394605 . A G 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.89;MQ0=0;QD=17.15;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:616,69,0 chrXII 394627 . T G 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.33;MQ0=0;QD=14.55;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54:484,54,0 chrXII 394740 . C T 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.11;MQ0=0;QD=18.99;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1381,144,0 chrXII 394760 . C T 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=22.99;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1665,174,0 chrXII 394924 . A G 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=6.097;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.672;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1245,138,0 chrXII 394949 . C T 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.57;MQ0=0;QD=17.19;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96:927,96,0 chrXII 394951 . G A 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;QD=13.77;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:90:763,90,0 chrXII 395049 . A G 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=47;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=16.15;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:47:84:792,84,0 chrXII 395053 . A G 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;QD=16.37;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84:786,84,0 chrXII 395140 . T G 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=22.54;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1543,168,0 chrXII 395194 . A C 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=19.91;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1546,168,0 chrXII 395203 . C T 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.68;MQ0=0;QD=17.77;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1419,159,0 chrXII 395250 . A G 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=16.49;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1649,180,0 chrXII 395256 . T C 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.913;DP=104;Dels=0.00;FS=9.949;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=15.51;ReadPosRankSum=2.933;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:104:99:1646,183,0 chrXII 395272 . A G 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=17.13;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:1849,210,0 chrXII 395347 . A C 2253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=104;Dels=0.00;FS=7.341;HaplotypeScore=2.6961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=21.66;ReadPosRankSum=1.698;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:104:99:2286,246,0 chrXII 395350 . G A 2291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=21.41;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:2324,240,0 chrXII 395386 . G A 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=19.67;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1351,141,0 chrXII 395410 . T C 477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.81;MQ0=0;QD=10.60;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:57:510,57,0 chrXII 395431 . C T 939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=17.39;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:972,102,0 chrXII 395528 . T G 3055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=146;Dels=0.00;FS=6.933;HaplotypeScore=16.8011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=20.92;ReadPosRankSum=1.540;SB=-1.699e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,144:146:99:3088,314,0 chrXII 395587 . G A 4393.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=231;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.923;SB=-2.624e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,226:231:99:4393,450,0 chrXII 395597 . G T 4412.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=234;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=18.85;ReadPosRankSum=1.318;SB=-2.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,233:234:99:4412,437,0 chrXII 395835 . G A 2572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=20.74;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2605,273,0 chrXII 395850 . C T 2829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=20.96;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2862,294,0 chrXII 395986 . A C 2211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=22.56;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:2244,240,0 chrXII 396020 . T C 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.86;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1701,189,0 chrXII 396106 . A G 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=53;Dels=0.00;FS=7.589;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=20.09;ReadPosRankSum=2.308;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:53:99:1098,120,0 chrXII 396184 . A T 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=21.90;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1325,147,0 chrXII 396641 . A G 2775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=125;Dels=0.00;FS=3.011;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.249;QD=22.20;ReadPosRankSum=2.410;SB=-1.557e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:125:99:2808,303,0 chrXII 397180 . A G 3413.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=23.87;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:143:99:3413,387,0 chrXII 397246 . C T 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.73;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1816,189,0 chrXII 397579 . A G 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=107;Dels=0.00;FS=2.941;HaplotypeScore=9.6155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=18.05;ReadPosRankSum=2.404;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:1964,219,0 chrXII 397756 . A G 2149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=19.36;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2182,240,0 chrXII 397759 . A G 2194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=19.42;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2227,249,0 chrXII 398325 . A G 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=20.50;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1632,180,0 chrXII 398573 . A G 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=24.29;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1369,150,0 chrXII 398871 . T G 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.81;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1049,114,0 chrXII 399251 . G A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=25.12;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1691,174,0 chrXII 399304 . C T 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=25.23;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1345,141,0 chrXII 399414 . G A 2231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=18.59;ReadPosRankSum=1.527;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:120:99:2264,246,0 chrXII 399563 . G C 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=20.69;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1895,210,0 chrXII 399634 . G A 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=21.40;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1574,168,0 chrXII 400418 . A G 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=19.91;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1188,129,0 chrXII 400563 . C T 3713.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=25.97;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:3713,396,0 chrXII 400601 . A G 3748.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=25.15;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3748,408,0 chrXII 400625 . C A 3178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=24.26;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3211,333,0 chrXII 400709 . T A 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.40;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1196,135,0 chrXII 400731 . A G 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.65;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:983,105,0 chrXII 401097 . C T 2073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=24.39;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2106,222,0 chrXII 401489 . A G 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=19.97;ReadPosRankSum=1.628;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:78:692,78,0 chrXII 401532 . C G 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=19.32;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:690,75,0 chrXII 401664 . G A 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=22.39;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1130,117,0 chrXII 401837 . G C 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.75;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1307,141,0 chrXII 402030 . G T 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=25.05;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1611,165,0 chrXII 402189 . T C 2044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2077,228,0 chrXII 402385 . A G 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1941,216,0 chrXII 402496 . A G 2543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=21.55;ReadPosRankSum=1.673;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:118:99:2576,285,0 chrXII 402932 . T C 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=87;Dels=0.00;FS=3.217;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=20.87;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:1849,198,0 chrXII 402998 . A G 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=71;Dels=0.00;FS=2.925;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=23.42;ReadPosRankSum=2.311;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1696,180,0 chrXII 403049 . G A 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=19.14;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1449,156,0 chrXII 403061 . A C 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=17.65;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1304,147,0 chrXII 403089 . A G 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=18.60;ReadPosRankSum=1.588;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1372,156,0 chrXII 403244 . G A 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.19;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1707,186,0 chrXII 403319 . G A 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.60;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:974,108,0 chrXII 403445 . C T 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=19.77;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1081,111,0 chrXII 403476 . C T 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=22.29;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1103,114,0 chrXII 403641 . C T 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=21.77;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1056,111,0 chrXII 403898 . C T 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=23.14;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1051,108,0 chrXII 404007 . C T 997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.74;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1030,108,0 chrXII 404719 . G A 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=19.23;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:706,75,0 chrXII 405362 . T C 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.33;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:61:99:1334,144,0 chrXII 406726 . G C 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=17.97;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:74:99:1363,150,0 chrXII 406881 . G T 1883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.92;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1916,198,0 chrXII 407157 . C T 1575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.00;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1608,165,0 chrXII 408647 . G A 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=21.94;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1569,165,0 chrXII 411601 . T C 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=20.23;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:640,72,0 chrXII 411982 . C T 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:702,75,0 chrXII 412228 . T C 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=24.49;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1723,189,0 chrXII 412547 . A T 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.33;MQ0=0;QD=15.76;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1073,114,0 chrXII 412562 . A G 95.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.042;DP=47;Dels=0.00;FS=1.454;HaplotypeScore=35.7130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.20;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=2.03;ReadPosRankSum=-4.150;SB=-1.263e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,9:47:15:128,15,0 chrXII 412590 . T G 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;QD=14.81;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:84:803,84,0 chrXII 412603 . A T 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=12.37;ReadPosRankSum=2.359;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:78:701,78,0 chrXII 412612 . C G 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.31;MQ0=0;QD=12.57;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:84:762,84,0 chrXII 412641 . A G 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=17.22;ReadPosRankSum=2.374;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1152,126,0 chrXII 412745 . T G 1257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=17.96;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1290,141,0 chrXII 412752 . C A 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=20.20;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1366,150,0 chrXII 412803 . C T 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.08;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=18.59;ReadPosRankSum=1.683;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1353,150,0 chrXII 412826 . T A 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=20.83;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1470,159,0 chrXII 412827 . C T 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=21.55;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1520,162,0 chrXII 412896 . T C 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.74;MQ0=0;QD=17.46;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:871,93,0 chrXII 412966 . C T 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.00;MQ0=0;QD=1.06;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:9:81,9,0 chrXII 413032 . A G 1971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=21.42;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:2004,216,0 chrXII 413139 . C G 2238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2271,249,0 chrXII 413140 . T C 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2237,243,0 chrXII 415537 . A G 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=18.84;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1182,126,0 chrXII 416876 . C G 581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.60;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:614,69,0 chrXII 417289 . G A 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=22.77;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:921,96,0 chrXII 417409 . T C 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=18.63;ReadPosRankSum=1.564;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:90:797,90,0 chrXII 418844 . G A 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.70;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:33:69:617,69,0 chrXII 418928 . C T 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=18.70;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:893,90,0 chrXII 419081 . T C 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=71;Dels=0.00;FS=2.723;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=20.48;ReadPosRankSum=2.380;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:71:99:1487,165,0 chrXII 419261 . T C 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=11.64;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:51:452,51,0 chrXII 419264 . G A 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=12.31;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:51:476,51,0 chrXII 420553 . G C 5348.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.88;SB=-2.658e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,220:224:99:5348,568,0 chrXII 420600 . G A 4399.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.71;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:178:99:4399,474,0 chrXII 420662 . T C 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.71;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:965,105,0 chrXII 420674 . T C 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=19.06;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1024,114,0 chrXII 420866 . C T 4841.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=20.17;SB=-2.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,240:240:99:4841,534,0 chrXII 422371 . G A 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.57;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1117,117,0 chrXII 422512 . A G 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.664;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1108,117,0 chrXII 423150 . C G 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=16.73;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:45:90:786,90,0 chrXII 423180 . C T 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=18.89;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:902,96,0 chrXII 423854 . G C 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=23.30;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1291,138,0 chrXII 425359 . T C 304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=33;Dels=0.00;FS=4.151;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.189;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:36:337,36,0 chrXII 425404 . A G 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DP=40;Dels=0.00;FS=10.831;HaplotypeScore=5.9192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=18.25;ReadPosRankSum=2.208;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:40:84:763,84,0 chrXII 426702 . T C 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=133;Dels=0.00;FS=5.765;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.680;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:133:99:1529,168,0 chrXII 429387 . C T 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=21.61;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1740,183,0 chrXII 430049 . G A 2221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2254,249,0 chrXII 430703 . C A 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.49;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1855,201,0 chrXII 430878 . T C 3115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=23.25;SB=-1.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:3148,342,0 chrXII 431426 . A T 2270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=19.74;ReadPosRankSum=3.380;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:115:99:2303,243,0 chrXII 431555 . C A 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=23.70;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1787,183,0 chrXII 431739 . T C 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=22.80;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1515,168,0 chrXII 431853 . G A 2227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=20.06;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:111:99:2260,255,0 chrXII 431957 . G A 1913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.49;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1946,219,0 chrXII 433420 . G C 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=17.81;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1458,168,0 chrXII 433567 . T C 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=15.51;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:607,69,0 chrXII 433606 . G C 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.30;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:703,75,0 chrXII 433672 . A G 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=17.93;ReadPosRankSum=1.670;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:1055,117,0 chrXII 433914 . T C 237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=13.17;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:270,30,0 chrXII 434144 . C G 915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=20.33;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:948,105,0 chrXII 434151 . C T 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=21.28;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1033,108,0 chrXII 434305 . C T 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=24.87;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1600,165,0 chrXII 434356 . G A 2359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=27.11;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:2392,249,0 chrXII 434605 . G A 3585.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.98;SB=-1.769e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3585,376,0 chrXII 435003 . G A 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.38;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1779,192,0 chrXII 435124 . A G 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=19.43;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:82:99:1626,174,0 chrXII 435366 . G A 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=24.64;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1807,189,0 chrXII 435396 . C T 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=24.23;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1753,177,0 chrXII 435552 . T C 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=65;Dels=0.02;FS=8.274;HaplotypeScore=22.3071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=20.49;ReadPosRankSum=2.257;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1365,150,0 chrXII 435615 . C T 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=21.23;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1689,177,0 chrXII 435711 . G A 1206 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.89;MQ0=0;QD=19.14;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1239,129,0 chrXII 435717 . A G 936 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=16.71;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:969,102,0 chrXII 435721 . T C 929 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;QD=17.20;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:962,102,0 chrXII 435723 . G A 787 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;QD=14.85;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:93:820,93,0 chrXII 435756 . A G 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;QD=12.39;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:46:66:603,66,0 chrXII 435774 . C T 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=14.44;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:78:755,78,0 chrXII 435822 . G A 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=16.90;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1013,111,0 chrXII 435837 . C T 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=18.55;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1109,117,0 chrXII 435951 . G A 1676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=21.77;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1709,177,0 chrXII 435960 . T A 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=78;Dels=0.00;FS=3.813;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.597;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1514,165,0 chrXII 436043 . T C 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=20.44;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1321,147,0 chrXII 436062 . T G 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=22.16;ReadPosRankSum=1.677;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1429,150,0 chrXII 436084 . C T 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;QD=21.66;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1354,144,0 chrXII 436179 . T C 1676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=22.96;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1709,189,0 chrXII 436323 . A G 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=21.90;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1807,201,0 chrXII 436389 . A G 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=79;Dels=0.00;FS=3.757;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=20.63;ReadPosRankSum=1.687;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:78:99:1663,189,0 chrXII 436416 . A G 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=22.17;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1474,156,0 chrXII 436435 . A C 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=21.54;ReadPosRankSum=1.679;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1433,159,0 chrXII 436622 . A T 2344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=93;Dels=0.00;FS=7.983;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=25.20;ReadPosRankSum=2.343;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:93:99:2377,246,0 chrXII 436650 . T C 2263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=25.72;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2296,243,0 chrXII 436725 . G A 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.36;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1699,183,0 chrXII 436791 . T C 1587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=21.16;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1620,177,0 chrXII 437175 . C T 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=23.56;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1494,159,0 chrXII 437267 . G A 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=20.97;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1857,195,0 chrXII 437355 . A G 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.640;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:78:99:1367,156,0 chrXII 437563 . A G 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.22;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1455,159,0 chrXII 437919 . T C 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=19.33;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1193,101,0 chrXII 437939 . A G 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.004;DP=67;Dels=0.00;FS=2.425;HaplotypeScore=5.3897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=17.94;ReadPosRankSum=3.136;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:99:1235,111,0 chrXII 440041 . C T 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1595,168,0 chrXII 443985 . A T 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=21.08;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:792,87,0 chrXII 444126 . A T 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.69;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:850,90,0 chrXII 444168 . T C 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.425;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:86:970,86,0 chrXII 444569 . C T 2516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=22.67;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2549,267,0 chrXII 444593 . G A 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.98;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2047,216,0 chrXII 444668 . G A 1979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=24.74;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2012,210,0 chrXII 444770 . C T 2794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=23.28;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2827,294,0 chrXII 444806 . T C 2965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=24.11;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2998,321,0 chrXII 444929 . T C 2500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.005e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2533,273,0 chrXII 445043 . G A 2750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:2783,294,0 chrXII 445082 . A C 2307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=18.31;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2340,249,0 chrXII 445085 . C T 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=18.19;SB=-1.498e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2288,237,0 chrXII 445132 . G A 2490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=18.58;SB=-1.798e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2523,264,0 chrXII 445179 . C T 2360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=21.26;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2393,264,0 chrXII 445227 . T C 2333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.02;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2366,264,0 chrXII 445298 . G T 2951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=19.94;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:2984,324,0 chrXII 445516 . C T 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=24.50;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1895,198,0 chrXII 445923 . A G 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:57:524,57,0 chrXII 447548 . A G 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=16.93;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:727,81,0 chrXII 450044 . C T 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=22.23;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:86:99:1945,204,0 chrXII 450246 . C G 2074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2107,222,0 chrXII 459549 . G C 12293.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=1000;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.86;MQ0=399;MQRankSum=1.317;QD=12.29;ReadPosRankSum=-2.080;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,927:1000:99:12293,825,0 chrXII 459829 . T C 544.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-12.466;DP=1000;DS;Dels=0.00;FS=14.028;HaplotypeScore=99.3946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.28;MQ0=35;MQRankSum=0.421;QD=0.54;ReadPosRankSum=-2.037;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:647,351:1000:99:574,0,6160 chrXII 459831 . T C 2089.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-12.445;DP=1000;DS;Dels=0.00;FS=47.474;HaplotypeScore=104.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.91;MQ0=32;MQRankSum=-1.559;QD=2.09;ReadPosRankSum=-3.473;SB=-1.494e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:605,394:1000:99:2119,0,5543 chrXII 460070 . A C 11759.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.844;DP=1000;DS;Dels=0.00;FS=1.495;HaplotypeScore=146.2033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.344;QD=11.76;ReadPosRankSum=3.740;SB=-6.869e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,897:1000:99:11759,451,0 chrXII 460094 . A G 7008.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.951;DP=1000;DS;Dels=0.00;FS=23.715;HaplotypeScore=63.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.216;SB=-1.346e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:495,468:1000:99:7008,0,7896 chrXII 460115 . A T 18295.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=10.149;DP=967;DS;Dels=0.00;FS=16.516;HaplotypeScore=37.4839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=18.92;ReadPosRankSum=0.900;SB=-3.269e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:102,865:967:99:18295,473,0 chrXII 460152 . T G 13854.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DP=1000;DS;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=15.0826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.23;MQ0=0;MQRankSum=-7.499;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.894;SB=-6.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,891:1000:99:13854,0,208 chrXII 460162 . T C 10881.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.915;DP=957;DS;Dels=0.00;FS=8.233;HaplotypeScore=19.9741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.05;MQ0=0;MQRankSum=-8.742;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.298;SB=-8.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,863:957:99:10881,0,300 chrXII 460329 . T C 7827.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.836;DP=987;DS;Dels=0.00;FS=113.143;HaplotypeScore=35.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.858;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.752;SB=-4.796e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:458,523:987:99:7827,0,4632 chrXII 460549 . C A 21019.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.206;DP=990;DS;Dels=0.00;FS=73.430;HaplotypeScore=101.2184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.020;QD=21.23;ReadPosRankSum=1.290;SB=-1.025e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,935:990:99:21019,1548,0 chrXII 460640 . T C 7229.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.733;DP=741;DS;Dels=0.00;FS=6.196;HaplotypeScore=66.1564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.12;MQ0=71;MQRankSum=-2.177;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,671:741:99:7229,382,0 chrXII 460659 . C T 5790.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=732;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.17;MQ0=42;QD=7.91;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,717:732:99:5790,677,0 chrXII 460686 . A T 306.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-13.632;DP=1000;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=665.8553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.80;MQ0=8;MQRankSum=-6.540;QD=0.31;ReadPosRankSum=-3.247;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:891,109:1000:99:336,0,3490 chrXII 460688 . A G 2348.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-14.299;DP=1000;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=640.6005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.73;MQ0=8;MQRankSum=-2.424;QD=2.35;ReadPosRankSum=-2.465;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:475,525:1000:99:2378,0,1178 chrXII 460824 . A G 3785.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=974;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.54;MQ0=784;MQRankSum=-2.431;QD=3.89;ReadPosRankSum=2.761;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:96,876:974:99:3785,402,0 chrXII 490443 . A G 426 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.726;DP=63;Dels=0.00;FS=175.436;HaplotypeScore=1.8154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.78;MQ0=1;MQRankSum=5.934;QD=6.76;ReadPosRankSum=6.528;SB=-6.657e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,35:63:48:459,48,0 chrXII 490487 . T C 382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=1;QD=10.91;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:42:415,42,0 chrXII 490584 . A G 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.621;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,58:127:99:1076,0,1292 chrXII 490641 . A G 1400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.527;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,77:166:99:1430,0,1510 chrXII 490736 . T G 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.28;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=21.30;ReadPosRankSum=2.301;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1439,159,0 chrXII 490778 . A G 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;QD=18.23;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1054,114,0 chrXII 490779 . A G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;QD=18.36;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1061,114,0 chrXII 490822 . G C 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=18.59;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1929,213,0 chrXII 490994 . G A 1440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=16.55;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1473,159,0 chrXII 491056 . C T 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=15.23;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:104:99:1617,168,0 chrXII 491075 . A G 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.08;MQ0=0;QD=14.09;SB=-1.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1625,174,0 chrXII 491084 . T C 1682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.26;MQ0=0;QD=14.13;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:1715,192,0 chrXII 491106 . G A 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.22;MQ0=0;QD=12.15;SB=-1.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:133:99:1649,171,0 chrXII 491119 . C G 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.86;MQ0=0;QD=13.46;SB=-1.673e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:1796,198,0 chrXII 491187 . C T 1299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=139;Dels=0.00;FS=5.134;HaplotypeScore=9.6112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=2.939;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.434;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,77:139:99:1329,0,888 chrXII 491269 . A G 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=85;Dels=0.00;FS=3.040;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=19.75;ReadPosRankSum=2.333;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:85:99:1712,180,0 chrXII 491270 . A G 1657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=19.73;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1690,183,0 chrXII 491307 . C T 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=0;QD=18.46;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1510,162,0 chrXII 491511 . C T 3125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=131.6970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=19.05;SB=-1.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:164:99:3158,345,0 chrXII 491674 . T C 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.75;MQ0=0;QD=14.14;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:938,108,0 chrXII 491685 . T G 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=12.78;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:96:864,96,0 chrXII 491704 . T C 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.78;MQ0=0;QD=9.56;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:75:683,75,0 chrXII 491710 . G T 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.406;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:78:697,78,0 chrXII 491810 . A G 3096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=20.92;SB=-1.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3129,339,0 chrXII 491842 . G A 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=17.91;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1949,219,0 chrXII 491851 . A T 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=16.04;ReadPosRankSum=1.620;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:95:99:1557,174,0 chrXII 491881 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=16.13;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1146,126,0 chrXII 491884 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:403,0,493 chrXII 491896 . T A 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.99;MQ0=0;QD=14.69;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:988,108,0 chrXII 492575 . T C 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.30;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1439,162,0 chrXII 493558 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.409;DP=56;Dels=0.00;FS=7.278;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:450,0,505 chrXII 493579 . A G 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.742;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:56:99:1103,123,0 chrXII 493681 . G A 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=17.50;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1083,114,0 chrXII 493693 . A G 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.664;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:90:802,90,0 chrXII 493774 . T C 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=51;Dels=0.00;FS=12.617;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=16.88;ReadPosRankSum=2.862;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:894,99,0 chrXII 493842 . C A 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=20.31;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1394,150,0 chrXII 493918 . A G 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.626;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:67:99:1294,141,0 chrXII 494317 . T C 1936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DP=92;Dels=0.00;FS=9.299;HaplotypeScore=8.9538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=2.120;QD=21.04;ReadPosRankSum=3.359;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:92:99:1969,213,0 chrXII 494491 . A G 2091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=8.553;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=24.31;ReadPosRankSum=1.692;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2124,231,0 chrXII 494709 . G A 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=15.98;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1503,165,0 chrXII 494711 . C T 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=16.53;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1636,174,0 chrXII 494834 . T G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.321;DP=107;Dels=0.00;FS=3.741;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.991;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,42:107:99:634,0,1242 chrXII 494889 . A G 1190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.056;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,65:117:99:1220,0,833 chrXII 495002 . C G 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=23.01;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1805,198,0 chrXII 495344 . A C 2450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=117;Dels=0.01;FS=3.207;HaplotypeScore=13.5070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.436e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:116:99:2483,276,0 chrXII 495807 . A G 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.36;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1806,198,0 chrXII 495892 . T A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:473,0,535 chrXII 496218 . T C 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=22.03;ReadPosRankSum=1.680;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:67:99:1509,168,0 chrXII 496434 . C T 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=24.94;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1779,183,0 chrXII 496701 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=96;Dels=0.00;FS=12.146;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=7.00;ReadPosRankSum=-2.028;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:702,0,971 chrXII 496835 . A G 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=24.00;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1929,207,0 chrXII 496986 . T C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=91;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=6.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:91:99:787,0,737 chrXII 497319 . T A 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=80;Dels=0.00;FS=7.522;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.695;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:812,0,698 chrXII 497405 . T C 1356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=122;Dels=0.00;FS=4.449;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,71:122:99:1386,0,871 chrXII 497835 . T C 2323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.00;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2356,267,0 chrXII 497943 . G A 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DP=104;Dels=0.00;FS=6.333;HaplotypeScore=9.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.934;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,57:104:99:1016,0,626 chrXII 497970 . T C 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.19;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1683,186,0 chrXII 498271 . T C 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.448;DP=102;Dels=0.00;FS=25.958;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.757;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:964,0,936 chrXII 498294 . T A 1840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.65;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1873,195,0 chrXII 498323 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=70;Dels=0.00;FS=6.410;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.892;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:598,0,550 chrXII 498457 . T C 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=21.62;ReadPosRankSum=1.635;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1590,174,0 chrXII 498728 . A G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=50;Dels=0.00;FS=2.425;HaplotypeScore=41.6117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:299,0,494 chrXII 498746 . C T 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=18.43;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:936,96,0 chrXII 498921 . A G 2029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=22.05;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2062,228,0 chrXII 499674 . A G 1392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.42;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1425,153,0 chrXII 500139 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=70;Dels=0.00;FS=3.831;HaplotypeScore=7.8709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.690;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:454,0,668 chrXII 500275 . G T 3011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=19.43;SB=-1.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3044,321,0 chrXII 500303 . C T 1841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.685;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,104:184:99:1871,0,1235 chrXII 500366 . C T 4018.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=23.09;SB=-2.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:174:99:4018,421,0 chrXII 500416 . C G 2493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=20.27;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:123:99:2526,279,0 chrXII 500417 . C G 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=123;Dels=0.00;FS=1.665;HaplotypeScore=12.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.422;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:123:99:807,0,1242 chrXII 500491 . C G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.401;DP=103;Dels=0.00;FS=4.092;HaplotypeScore=1.8893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:103:99:554,0,1192 chrXII 500522 . C T 1145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.012;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.036;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:115:99:1175,0,856 chrXII 500577 . T C 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=95;Dels=0.01;FS=6.459;HaplotypeScore=5.9400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=19.23;ReadPosRankSum=2.396;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:94:99:1860,198,0 chrXII 500587 . A G 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=19.53;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1849,201,0 chrXII 500740 . G A 2050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=21.58;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2083,219,0 chrXII 500806 . G A 2270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=21.83;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2303,243,0 chrXII 500833 . T C 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=20.74;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1796,192,0 chrXII 500887 . T C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=57;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.075;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:316,0,645 chrXII 501100 . C T 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.21;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1327,138,0 chrXII 501434 . T G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;DP=31;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=6.4506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:99:202,0,232 chrXII 501512 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.988;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:242,0,316 chrXII 501527 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=43;Dels=0.00;FS=1.222;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.012;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:256,0,346 chrXII 501622 . G A 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.136;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:89:99:521,0,804 chrXII 501644 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.455;DP=90;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.022;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,30:90:99:315,0,1032 chrXII 501701 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.268;DP=79;Dels=0.00;FS=5.156;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:519,0,916 chrXII 501734 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=73;Dels=0.01;FS=3.171;HaplotypeScore=8.8952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=9.10;ReadPosRankSum=2.101;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:694,0,621 chrXII 502072 . G A 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=20.69;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1771,186,0 chrXII 502281 . G A 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.20;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1387,144,0 chrXII 502331 . G A 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=19.33;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1193,132,0 chrXII 502353 . A G 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=21.24;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1074,117,0 chrXII 502411 . A G 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=20.81;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:699,75,0 chrXII 502531 . C T 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.42;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2068,213,0 chrXII 502604 . G A 2421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=20.52;SB=-1.257e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2454,270,0 chrXII 502625 . G A 2084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=24.52;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2117,216,0 chrXII 502894 . A T 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.04;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1877,195,0 chrXII 502957 . C T 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1502,165,0 chrXII 503086 . A G 2329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=22.18;ReadPosRankSum=1.699;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2362,261,0 chrXII 503164 . C T 1294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=129;Dels=0.00;FS=3.763;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.430;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:129:99:1324,0,1334 chrXII 503193 . A G 2835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=115;Dels=0.00;FS=6.590;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=24.65;ReadPosRankSum=1.702;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:115:99:2868,303,0 chrXII 503204 . G A 2562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=23.29;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2595,267,0 chrXII 503241 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:740,0,499 chrXII 503277 . G C 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.022;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:90:99:684,0,901 chrXII 503302 . G A 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=21.61;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1675,186,0 chrXII 503313 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=70;Dels=0.00;FS=3.324;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.222;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:419,0,813 chrXII 503456 . A G 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=86;Dels=0.00;FS=7.582;HaplotypeScore=3.2540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:828,0,544 chrXII 503512 . G C 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=16.79;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1376,156,0 chrXII 503635 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.460;DP=72;Dels=0.00;FS=2.090;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:419,0,830 chrXII 503710 . A G 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=43;Dels=0.00;FS=6.769;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=20.91;ReadPosRankSum=2.336;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:99:932,105,0 chrXII 503785 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=36;Dels=0.00;FS=6.557;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.993;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:36:99:177,0,409 chrXII 503839 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=9.85;ReadPosRankSum=-2.677;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:355,0,273 chrXII 503902 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.709;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:176,0,386 chrXII 504004 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;DP=42;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:215,0,432 chrXII 504088 . C G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=54;Dels=0.00;FS=8.038;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:54:99:386,0,561 chrXII 504211 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:370,0,404 chrXII 504219 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.379;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:261,0,303 chrXII 504236 . T C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:232,0,297 chrXII 504352 . T A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=31;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:387,0,184 chrXII 504507 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DP=52;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.097;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:52:99:449,0,558 chrXII 504528 . G A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;DP=52;Dels=0.00;FS=3.953;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.923;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.275;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:535,0,449 chrXII 504583 . A T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=69;Dels=0.01;FS=11.512;HaplotypeScore=6.5557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:541,0,718 chrXII 504665 . A G 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=22.81;ReadPosRankSum=1.588;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1128,126,0 chrXII 504701 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.479;DP=34;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:307,0,336 chrXII 505064 . C T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=39;Dels=0.00;FS=6.869;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.254;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:279,0,349 chrXII 505089 . C T 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DP=38;Dels=0.00;FS=2.862;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.503;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:38:99:287,0,313 chrXII 505154 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.791;DP=42;Dels=0.00;FS=2.759;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.538;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.521;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:317,0,354 chrXII 505346 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.291;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:74:99:556,0,786 chrXII 505593 . G A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=70;Dels=0.00;FS=5.374;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.045;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,47:70:99:834,0,322 chrXII 505673 . C T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=55;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=6.7405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=2.469;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:547,0,473 chrXII 505760 . C T 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.68;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1191,132,0 chrXII 505886 . A G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=72;Dels=0.00;FS=25.723;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=2.528;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.382;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:72:99:796,0,485 chrXII 505926 . C T 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=20.93;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1791,186,0 chrXII 505937 . T A 1835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=21.59;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1868,198,0 chrXII 506247 . T C 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=5.202;HaplotypeScore=5.6032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=22.42;ReadPosRankSum=1.602;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1221,129,0 chrXII 506310 . T A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;DP=46;Dels=0.00;FS=6.328;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:500,0,296 chrXII 506556 . C T 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=24.76;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1395,144,0 chrXII 506655 . G A 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=39;Dels=0.00;FS=4.887;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:203,0,337 chrXII 507075 . C T 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=21.93;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:954,99,0 chrXII 507081 . C T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=42;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:201,0,389 chrXII 507213 . G A 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=23.31;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2108,222,0 chrXII 507450 . G C 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DP=59;Dels=0.00;FS=4.875;HaplotypeScore=6.5450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=0.41;ReadPosRankSum=-3.338;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,11:59:54:54,0,805 chrXII 507468 . A C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DP=47;Dels=0.00;FS=2.627;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.635;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:467,0,198 chrXII 507483 . A G 211.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.063;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,16:53:99:241,0,602 chrXII 507486 . A C 548.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=2.321;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.326;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:52:99:578,0,255 chrXII 507492 . G A 185.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=53;Dels=0.00;FS=1.243;HaplotypeScore=1.9312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.893;QD=3.49;ReadPosRankSum=-3.702;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,15:53:99:215,0,590 chrXII 507812 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.817;DP=76;Dels=0.00;FS=4.189;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.992;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:726,0,905 chrXII 507917 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=63;Dels=0.00;FS=6.182;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.133;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:401,0,755 chrXII 507953 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.400;DP=74;Dels=0.00;FS=3.435;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.051;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,23:74:99:324,0,1052 chrXII 508024 . A G 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=63;Dels=0.00;FS=6.066;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.316;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.863;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,15:63:99:134,0,1024 chrXII 508028 . C T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=61;Dels=0.00;FS=11.015;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.829;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,15:61:99:146,0,990 chrXII 508091 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;DP=53;Dels=0.00;FS=17.276;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.996;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:414,0,532 chrXII 508104 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=54;Dels=0.00;FS=16.524;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.245;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:447,0,442 chrXII 508154 . G A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=65;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:447,0,624 chrXII 508184 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.160;DP=72;Dels=0.00;FS=5.924;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:72:99:310,0,751 chrXII 508274 . C T 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;DP=57;Dels=0.00;FS=4.750;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,12:57:99:113,0,917 chrXII 508294 . G A 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=23.11;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1096,117,0 chrXII 508385 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=60;Dels=0.00;FS=7.795;HaplotypeScore=7.9106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:389,0,725 chrXII 508472 . T A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=74;Dels=0.00;FS=3.995;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:541,0,1037 chrXII 508529 . T A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=72;Dels=0.00;FS=19.925;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:519,0,908 chrXII 508611 . A G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=73;Dels=0.00;FS=14.109;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=9.29;ReadPosRankSum=-2.231;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:708,0,777 chrXII 508649 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.869;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.591;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:633,0,539 chrXII 508718 . G T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.003;DP=77;Dels=0.00;FS=13.985;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:609,0,634 chrXII 508853 . C T 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=2.367;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:788,0,869 chrXII 508892 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DP=60;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=6.9520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=2.003;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.841;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:387,0,440 chrXII 508920 . G T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=57;Dels=0.00;FS=1.187;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.598;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:57:99:493,0,306 chrXII 508979 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.102;DP=52;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.472;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:461,0,445 chrXII 509114 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=78;Dels=0.00;FS=3.128;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.142;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:530,0,797 chrXII 509279 . G A 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.866;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1381,127,0 chrXII 509324 . T C 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=20.23;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:923,96,0 chrXII 509342 . G A 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=20.73;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:800,81,0 chrXII 509438 . A C 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=18.17;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:887,99,0 chrXII 509592 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:54:99:495,0,395 chrXII 509612 . C A 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=18.40;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:93:861,93,0 chrXII 509642 . G A 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=16.88;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93:860,93,0 chrXII 509653 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:44:99:323,0,275 chrXII 509796 . G C 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.24;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:755,87,0 chrXII 510308 . T A 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=21;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:21:99:146,0,212 chrXII 510379 . T C 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=21.93;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:625,69,0 chrXII 510469 . T C 193.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=9.65;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:24:226,24,0 chrXII 510486 . T A 187.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=9.84;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:24:220,24,0 chrXII 510507 . C T 164.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=10.94;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:21:197,21,0 chrXII 510559 . C T 475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=16.96;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:508,54,0 chrXII 510901 . C T 313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.99;MQ0=0;QD=13.61;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:36:346,36,0 chrXII 511071 . A C 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.58;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:774,87,0 chrXII 511090 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.524;DP=34;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:289,0,353 chrXII 511197 . C T 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=17.59;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:596,69,0 chrXII 511233 . T A 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DP=18;Dels=0.00;FS=1.957;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:134,0,103 chrXII 511340 . G A 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=29;Dels=0.00;FS=8.572;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:342,0,133 chrXII 511423 . C G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.675;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:347,0,323 chrXII 511441 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.477;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:50:99:397,0,234 chrXII 511512 . A T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DP=50;Dels=0.00;FS=13.990;HaplotypeScore=45.8822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.119;QD=4.68;ReadPosRankSum=2.161;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:264,0,337 chrXII 511683 . A G 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=17;Dels=0.00;FS=2.197;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.317;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:145,0,184 chrXII 511697 . C G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.107;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:161,0,191 chrXII 511773 . C T 219.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=18.25;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:27:252,27,0 chrXII 511884 . C T 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.46;MQ0=0;QD=18.26;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:87:818,87,0 chrXII 512637 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.937;DP=41;Dels=0.00;FS=6.747;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:257,0,505 chrXII 512877 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=44;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:323,0,462 chrXII 513001 . A T 287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=19.13;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:33:320,33,0 chrXII 513012 . C T 285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=17.81;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:33:318,33,0 chrXII 513092 . T A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.454;DP=36;Dels=0.00;FS=3.080;HaplotypeScore=2.7332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:400,0,272 chrXII 513649 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:264,0,349 chrXII 513651 . T C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.307;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:247,0,359 chrXII 513765 . G C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=36;Dels=0.00;FS=7.666;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:266,0,388 chrXII 513887 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=39;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.977;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:288,0,522 chrXII 514236 . T C 273.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.585;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:303,0,201 chrXII 514237 . A C 284.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.649;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:314,0,175 chrXII 514238 . A T 277.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.744;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:307,0,232 chrXII 514581 . G C 330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=13.75;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:24:42:363,42,0 chrXII 514739 . T A 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=35;Dels=0.03;FS=9.028;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:262,0,352 chrXII 514740 . C G 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=36;Dels=0.00;FS=5.780;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:36:99:254,0,311 chrXII 514832 . G A 407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=16.96;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:24:48:440,48,0 chrXII 514912 . G T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:681,0,566 chrXII 514922 . G A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.994;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:83:99:820,0,621 chrXII 514979 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.289;DP=41;Dels=0.00;FS=1.865;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.233;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.798;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:226,0,243 chrXII 514988 . C T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;DP=41;Dels=0.00;FS=1.906;HaplotypeScore=4.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=2.103;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:214,0,314 chrXII 515236 . C G 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=108;Dels=0.00;FS=7.652;HaplotypeScore=16.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:108:99:767,0,906 chrXII 515239 . G T 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DP=108;Dels=0.00;FS=9.205;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.234;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:1035,0,820 chrXII 515450 . G A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:240,0,481 chrXII 515516 . T A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;DP=53;Dels=0.00;FS=7.979;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=6.25;ReadPosRankSum=-2.127;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:361,0,504 chrXII 515570 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=46;Dels=0.00;FS=6.506;HaplotypeScore=4.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.103;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:283,0,414 chrXII 516197 . G A 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.56;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1329,141,0 chrXII 516236 . G T 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.64;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1578,165,0 chrXII 516896 . C T 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.549;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.352;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:114:99:969,0,833 chrXII 517094 . G A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.129;DP=88;Dels=0.00;FS=7.501;HaplotypeScore=7.1394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=2.176;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.437;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:88:99:621,0,821 chrXII 517114 . A G 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=22.88;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1909,207,0 chrXII 517338 . A G 2693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=124;Dels=0.00;FS=3.300;HaplotypeScore=8.7117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=21.72;ReadPosRankSum=1.425;SB=-1.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:124:99:2726,294,0 chrXII 517579 . G A 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.534;DP=105;Dels=0.00;FS=2.515;HaplotypeScore=9.5130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.601;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:848,0,1039 chrXII 517614 . C T 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.258;DP=94;Dels=0.00;FS=6.699;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:695,0,900 chrXII 517747 . T C 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.533;DP=133;Dels=0.00;FS=0.671;HaplotypeScore=9.8287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,57:133:99:834,0,1544 chrXII 517820 . A G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;DP=122;Dels=0.00;FS=5.754;HaplotypeScore=6.1199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,48:122:99:624,0,1341 chrXII 518095 . C A 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DP=70;Dels=0.00;FS=6.897;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:620,0,566 chrXII 518201 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;DP=71;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=9.6074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.259;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:526,0,766 chrXII 518231 . G C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=57;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:57:99:541,0,369 chrXII 518290 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=57;Dels=0.00;FS=7.219;HaplotypeScore=6.6676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.949;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:57:99:586,0,361 chrXII 518452 . A G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=66;Dels=0.00;FS=1.011;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:475,0,709 chrXII 518559 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.799;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:334,0,284 chrXII 518617 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=58;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=2.7355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:567,0,498 chrXII 519157 . A T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.207;QD=9.66;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:948,0,936 chrXII 519163 . G T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=93;Dels=0.00;FS=1.677;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.092;QD=9.14;ReadPosRankSum=-2.208;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:880,0,741 chrXII 519256 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.346;DP=72;Dels=0.00;FS=7.890;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=8.47;ReadPosRankSum=-2.185;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:640,0,644 chrXII 519349 . C A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=77;Dels=0.00;FS=9.479;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.959;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.167;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:772,0,653 chrXII 519431 . A G 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=83;Dels=0.00;FS=19.741;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.441;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:83:99:591,0,651 chrXII 519439 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=78;Dels=0.00;FS=29.670;HaplotypeScore=2.2337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:519,0,828 chrXII 519646 . A C 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=109;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.308;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:109:99:974,0,1141 chrXII 519666 . A G 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=100;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=4.7667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.692;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:759,0,1199 chrXII 519688 . G A 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=114;Dels=0.00;FS=2.475;HaplotypeScore=8.8925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.114;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:114:99:823,0,1179 chrXII 520061 . C A 2344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=23.68;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2377,252,0 chrXII 520774 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.913;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:53:99:383,0,432 chrXII 520933 . T C 1875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=19.74;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1908,213,0 chrXII 521146 . A T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=78;Dels=0.00;FS=12.100;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:778,0,622 chrXII 521277 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.956;DP=76;Dels=0.00;FS=1.934;HaplotypeScore=10.2706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.092;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:76:99:546,0,644 chrXII 521380 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;DP=97;Dels=0.00;FS=8.226;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.147;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:490,0,862 chrXII 521643 . T C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=85;Dels=0.00;FS=4.198;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.691;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:709,0,689 chrXII 521905 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=62;Dels=0.00;FS=15.284;HaplotypeScore=7.3426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.773;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.210;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:62:99:436,0,621 chrXII 522608 . A G 3941.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=23.32;SB=-1.924e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:3941,432,0 chrXII 522914 . G C 2149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:98:99:2182,237,0 chrXII 522946 . A G 2802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.60;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:2835,312,0 chrXII 523174 . C T 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.42;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1816,195,0 chrXII 523357 . G A 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;DP=121;Dels=0.00;FS=0.705;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.475;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,63:121:99:1182,0,1058 chrXII 524814 . G A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=41;Dels=0.00;FS=1.230;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.120;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:520,0,216 chrXII 524918 . A G 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.04;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:628,66,0 chrXII 525196 . C T 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.31;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1443,150,0 chrXII 525385 . T G 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=21.48;ReadPosRankSum=1.392;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1343,144,0 chrXII 525417 . C A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DP=111;Dels=0.00;FS=5.849;HaplotypeScore=12.6873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.778;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:111:99:980,0,834 chrXII 525539 . G A 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=22.36;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1531,156,0 chrXII 525791 . G A 2890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=23.88;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2923,300,0 chrXII 525800 . T C 2524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2557,279,0 chrXII 526051 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=69;Dels=0.00;FS=4.853;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:575,0,630 chrXII 526192 . A G 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=78;Dels=0.00;FS=0.857;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.047;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:721,0,779 chrXII 526230 . A T 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=20.80;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1385,144,0 chrXII 526265 . G A 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.76;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:966,99,0 chrXII 526330 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.711;DP=40;Dels=0.00;FS=5.012;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:375,0,362 chrXII 526397 . C T 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=22.01;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1618,168,0 chrXII 526414 . C T 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=22.03;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1641,168,0 chrXII 526550 . T A 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.64;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1333,141,0 chrXII 526626 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.642;DP=53;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.930;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:395,0,508 chrXII 526685 . C G 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.70;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:93:861,93,0 chrXII 526779 . T C 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=19.25;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:957,108,0 chrXII 526817 . C T 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=17.67;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:93:881,93,0 chrXII 526820 . C T 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=16.81;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:90:840,90,0 chrXII 526847 . T A 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=21.06;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1044,108,0 chrXII 526922 . G A 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.65;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1499,168,0 chrXII 527012 . A G 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=69;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=21.43;ReadPosRankSum=1.579;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1512,165,0 chrXII 527035 . C T 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=64;Dels=0.02;FS=7.266;HaplotypeScore=6.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:591,0,625 chrXII 527111 . T C 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=22.55;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:40:99:935,99,0 chrXII 527419 . T G 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=82;Dels=0.00;FS=5.888;HaplotypeScore=11.4669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:782,0,742 chrXII 527582 . G C 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=19.93;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1189,132,0 chrXII 527715 . T C 2219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.97;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2252,252,0 chrXII 527873 . G A 2461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2494,258,0 chrXII 528191 . T A 2248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.83;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2281,237,0 chrXII 528743 . T C 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=18.14;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:795,90,0 chrXII 528749 . T A 710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=16.90;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:743,81,0 chrXII 529055 . G A 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=20.15;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:980,102,0 chrXII 529568 . T C 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=18.62;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:480,51,0 chrXII 529574 . G A 369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=15.37;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:402,45,0 chrXII 529586 . A G 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=15.44;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:45:419,45,0 chrXII 529715 . C T 461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=21.95;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:494,54,0 chrXII 530015 . G A 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=24.94;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:806,84,0 chrXII 530261 . C T 2308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=24.29;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2341,243,0 chrXII 530350 . T G 2023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=23.52;ReadPosRankSum=1.652;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2056,222,0 chrXII 530377 . G A 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=24.40;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2009,207,0 chrXII 530558 . T C 2537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2570,273,0 chrXII 530692 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=43;Dels=0.00;FS=4.268;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:43:99:334,0,418 chrXII 530780 . T A 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=26.21;ReadPosRankSum=1.672;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1527,156,0 chrXII 531361 . A G 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=17.41;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1060,120,0 chrXII 531751 . T C 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=18.14;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1103,123,0 chrXII 531796 . T A 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=19.09;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1312,138,0 chrXII 531820 . T C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;DP=69;Dels=0.00;FS=10.807;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:272,0,766 chrXII 531847 . T C 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=19.55;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1128,123,0 chrXII 532084 . C T 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=22.77;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1331,144,0 chrXII 532146 . T G 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=18.06;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:882,99,0 chrXII 532381 . A G 1910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=24.18;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1943,210,0 chrXII 532540 . A G 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=20.49;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1365,147,0 chrXII 532555 . C G 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=18.95;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1265,138,0 chrXII 532723 . G A 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=18.93;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1339,141,0 chrXII 532747 . A G 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=54;Dels=0.00;FS=2.876;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=18.87;ReadPosRankSum=2.359;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1052,117,0 chrXII 532789 . G A 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=20.60;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:960,99,0 chrXII 532861 . A G 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=15.84;ReadPosRankSum=1.672;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:936,105,0 chrXII 532984 . A G 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1110,123,0 chrXII 533081 . A G 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.55;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:814,87,0 chrXII 533678 . A G 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.137;DP=114;Dels=0.00;FS=14.286;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:114:99:817,0,1447 chrXII 533801 . T C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:600,0,865 chrXII 534544 . G A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;DP=75;Dels=0.00;FS=8.349;HaplotypeScore=11.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:629,0,375 chrXII 534602 . A G 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=64;Dels=0.00;FS=14.448;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:748,0,350 chrXII 534690 . A G 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.037;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:54:99:512,0,487 chrXII 534832 . G A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=74;Dels=0.00;FS=4.880;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:74:99:736,0,382 chrXII 535013 . C T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:400,0,431 chrXII 535065 . A T 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=78;Dels=0.00;FS=3.194;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:748,0,694 chrXII 535113 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.176;DP=72;Dels=0.00;FS=1.971;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.048;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:703,0,523 chrXII 535290 . G A 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;DP=39;Dels=0.00;FS=4.720;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:389,0,383 chrXII 535340 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:234,0,274 chrXII 535533 . G A 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DP=61;Dels=0.00;FS=3.517;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=6.59;ReadPosRankSum=2.020;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:432,0,595 chrXII 535537 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;DP=67;Dels=0.00;FS=0.943;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.758;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:443,0,635 chrXII 535603 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.152;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.321;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:624,0,495 chrXII 535696 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=39;Dels=0.00;FS=9.104;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:517,0,189 chrXII 535711 . C A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=40;Dels=0.00;FS=7.072;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.817;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:40:99:404,0,252 chrXII 535744 . G A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:316,0,178 chrXII 535963 . G A 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.053;DP=84;Dels=0.00;FS=7.543;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.485;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,53:84:99:1052,0,440 chrXII 536245 . T A 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DP=100;Dels=0.00;FS=8.277;HaplotypeScore=7.5973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.985;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,62:100:99:1140,0,694 chrXII 536332 . C T 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=80;Dels=0.00;FS=4.418;HaplotypeScore=8.9797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=6.73;ReadPosRankSum=-2.101;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:568,0,665 chrXII 536548 . T C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.642;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:70:99:638,0,560 chrXII 536776 . C T 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.735;DP=98;Dels=0.00;FS=3.608;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:98:99:1006,0,974 chrXII 536833 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.541;DP=64;Dels=0.00;FS=2.157;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.747;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:453,0,680 chrXII 536867 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DP=50;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=4.2606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:50:99:432,0,301 chrXII 536876 . T A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DP=51;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=27.5788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:481,0,339 chrXII 536931 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:413,0,249 chrXII 537250 . C T 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.417;DP=98;Dels=0.00;FS=2.378;HaplotypeScore=5.7469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.714;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:98:99:832,0,1101 chrXII 537901 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:73:99:469,0,895 chrXII 538387 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=79;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.054;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:753,0,701 chrXII 538762 . G A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.630;DP=88;Dels=0.00;FS=4.636;HaplotypeScore=7.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:805,0,780 chrXII 539905 . G A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:403,0,395 chrXII 539923 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:330,0,460 chrXII 539979 . G A 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=35;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=8.7946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:35:99:147,0,192 chrXII 540557 . T C 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=84;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.89;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.327;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:922,0,572 chrXII 540690 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.621;DP=101;Dels=0.00;FS=12.399;HaplotypeScore=17.3842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=2.411;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.942;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:867,0,1212 chrXII 540824 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:440,0,552 chrXII 540965 . C T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.061;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:657,0,653 chrXII 541001 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=75;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=8.8215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.598;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:75:99:332,0,553 chrXII 541018 . G C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:412,0,562 chrXII 541115 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=66;Dels=0.00;FS=2.335;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.775;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:66:99:529,0,454 chrXII 541213 . C A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DP=59;Dels=0.00;FS=9.881;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.726;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:450,0,434 chrXII 541773 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DP=46;Dels=0.00;FS=6.369;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.586;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:459,0,329 chrXII 543095 . G T 120.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=42;Dels=0.00;FS=38.232;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-6.515e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:42:99:150,0,330 chrXII 543240 . T C 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=76;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=4.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=20.46;ReadPosRankSum=1.640;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1588,168,0 chrXII 543480 . G A 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=22.37;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1375,144,0 chrXII 543736 . C T 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=29;Dels=0.00;FS=2.062;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:203,0,150 chrXII 543940 . A C 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.378;DP=84;Dels=0.00;FS=1.476;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.073;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:84:99:679,0,834 chrXII 544246 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=86;Dels=0.00;FS=4.488;HaplotypeScore=4.6663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.455;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.446;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:668,0,774 chrXII 544316 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:77:99:466,0,819 chrXII 544840 . C A 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.304;DP=68;Dels=0.00;FS=14.786;HaplotypeScore=4.5123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.315;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:816,0,538 chrXII 545104 . G A 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.637;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:90:99:858,0,663 chrXII 545130 . G A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=107;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=6.3002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.989;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:107:99:811,0,881 chrXII 545221 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=68;Dels=0.00;FS=3.350;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:493,0,577 chrXII 545338 . T A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=56;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=4.8333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:369,0,618 chrXII 545567 . A C 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=23.59;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1708,186,0 chrXII 545673 . G A 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=21.91;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1501,162,0 chrXII 545998 . C A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=42;Dels=0.02;FS=9.593;HaplotypeScore=4.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:404,0,316 chrXII 546249 . A C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=2.579;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:649,0,757 chrXII 546382 . A G 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.996;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:810,0,693 chrXII 547572 . A G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.706;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:642,0,562 chrXII 547847 . C T 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.924;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,36:53:99:851,0,307 chrXII 548297 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=87;Dels=0.00;FS=1.781;HaplotypeScore=8.8980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:87:99:702,0,817 chrXII 548327 . A G 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=70;Dels=0.00;FS=4.586;HaplotypeScore=7.0922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.682;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:70:99:1515,165,0 chrXII 548452 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=8.83;ReadPosRankSum=2.757;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:639,0,539 chrXII 548551 . G A 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=20.95;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1332,138,0 chrXII 548709 . C T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=92;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=5.6093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:92:99:787,0,704 chrXII 548742 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;DP=75;Dels=0.00;FS=1.910;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:664,0,708 chrXII 549135 . T A 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=92;Dels=0.00;FS=4.494;HaplotypeScore=11.1439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=2.667;QD=10.42;ReadPosRankSum=1.045;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:989,0,822 chrXII 549170 . C T 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;DP=97;Dels=0.00;FS=3.092;HaplotypeScore=10.8923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.809;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:940,0,814 chrXII 549297 . A G 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.384;DP=103;Dels=0.00;FS=3.973;HaplotypeScore=6.3783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.913;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.738;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:103:99:1148,0,928 chrXII 549369 . G C 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=79;Dels=0.00;FS=4.551;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.439;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:852,0,531 chrXII 549562 . A G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=102;Dels=0.00;FS=9.521;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.531;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:543,0,919 chrXII 549570 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;DP=100;Dels=0.00;FS=5.003;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.475;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:550,0,958 chrXII 549589 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DP=91;Dels=0.00;FS=2.839;HaplotypeScore=8.4570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:576,0,751 chrXII 549694 . A G 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;DP=67;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=6.8637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.043;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.993;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:67:99:665,0,540 chrXII 549760 . G A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=56;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.332;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.250;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:566,0,442 chrXII 549838 . C T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;DP=74;Dels=0.00;FS=3.226;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=2.717;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.025;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:574,0,562 chrXII 550279 . A C 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=70;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.765;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:761,0,528 chrXII 550373 . A C 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.787;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:197,0,290 chrXII 550665 . T C 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.601;DP=70;Dels=0.00;FS=13.645;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.405;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:460,0,798 chrXII 550771 . C T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DP=82;Dels=0.00;FS=1.912;HaplotypeScore=5.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.339;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:669,0,774 chrXII 550837 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.879;DP=70;Dels=0.00;FS=7.488;HaplotypeScore=6.3355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.245;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:655,0,453 chrXII 550965 . G C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=48;Dels=0.00;FS=1.469;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:243,0,465 chrXII 551033 . G A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;DP=56;Dels=0.00;FS=3.848;HaplotypeScore=5.8447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:400,0,406 chrXII 551145 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.711;DP=38;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:452,0,225 chrXII 551454 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DP=34;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.362;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:242,0,324 chrXII 551535 . C T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=11.25;ReadPosRankSum=2.349;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:581,0,295 chrXII 551847 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=29;Dels=0.00;FS=1.462;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:157,0,259 chrXII 552056 . A G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.400;DP=44;Dels=0.00;FS=9.724;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.680;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:44:99:322,0,257 chrXII 552323 . T G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;DP=40;Dels=0.00;FS=3.650;HaplotypeScore=4.0285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:273,0,493 chrXII 552618 . A G 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=104;Dels=0.00;FS=11.457;HaplotypeScore=6.5379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.081;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.630;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:104:99:889,0,876 chrXII 552649 . C G 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DP=123;Dels=0.00;FS=8.675;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:123:99:1126,0,873 chrXII 552708 . C T 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;DP=160;Dels=0.03;FS=7.655;HaplotypeScore=28.0531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.032;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,66:156:99:910,0,1320 chrXII 552832 . C T 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=20.11;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1159,123,0 chrXII 552874 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;DP=68;Dels=0.00;FS=3.730;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.821;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:509,0,718 chrXII 553063 . A G 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=19.69;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1195,126,0 chrXII 553070 . T A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=60;Dels=0.00;FS=1.279;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.740;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:481,0,489 chrXII 553129 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.238;DP=34;Dels=0.00;FS=1.304;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:303,0,215 chrXII 553147 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:218,0,225 chrXII 553294 . C A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=49;Dels=0.00;FS=1.094;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:381,0,424 chrXII 553360 . C G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DP=43;Dels=0.00;FS=5.519;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.653;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:429,0,411 chrXII 553658 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;DP=50;Dels=0.00;FS=28.006;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=1;MQRankSum=0.030;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.551;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:348,0,460 chrXII 553705 . G A 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=74;Dels=0.00;FS=13.205;HaplotypeScore=36.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=1;MQRankSum=2.275;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.216;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,60:74:59:59,0,81 chrXII 553707 . A G 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DP=75;Dels=0.00;FS=8.030;HaplotypeScore=34.6880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=1;MQRankSum=-2.980;QD=0.28;ReadPosRankSum=-2.058;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,11:75:51:51,0,81 chrXII 553728 . G A 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=69;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.196;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:185,0,832 chrXII 553789 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=53;Dels=0.00;FS=17.318;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.578;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.138;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:246,0,561 chrXII 553790 . C A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.459;DP=50;Dels=0.00;FS=8.888;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.985;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:297,0,571 chrXII 553802 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DP=35;Dels=0.00;FS=11.168;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:431,0,184 chrXII 553806 . A G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;DP=30;Dels=0.00;FS=6.043;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.757;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:122,0,427 chrXII 554204 . C T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.397;DP=64;Dels=0.00;FS=2.233;HaplotypeScore=3.0744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:729,0,372 chrXII 554261 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=44;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.155;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:427,0,256 chrXII 554262 . G T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DP=44;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:274,0,439 chrXII 554450 . A G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.663;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:74:99:605,0,410 chrXII 554490 . C T 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=89;Dels=0.00;FS=2.849;HaplotypeScore=8.9542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:770,0,703 chrXII 554679 . A G 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=34;Dels=0.00;FS=3.157;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.827;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:157,0,279 chrXII 554694 . C G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=16.00;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:69:641,69,0 chrXII 554931 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DP=51;Dels=0.00;FS=3.023;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.573;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:485,0,439 chrXII 554937 . A G 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=20.59;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1145,126,0 chrXII 554971 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.660;DP=43;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=4.14;ReadPosRankSum=-2.175;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:208,0,409 chrXII 555034 . A G 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.718;DP=24;Dels=0.00;FS=4.117;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:163,0,215 chrXII 555043 . G T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.923;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.339;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:24:99:175,0,163 chrXII 555075 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.835;DP=24;Dels=0.00;FS=6.204;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.556;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:267,0,150 chrXII 555432 . T G 506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=20.24;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:539,60,0 chrXII 555688 . G C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DP=35;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.362;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:35:99:333,0,327 chrXII 555957 . G A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DP=27;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:305,0,212 chrXII 555993 . A G 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=20.63;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:920,102,0 chrXII 556056 . C T 2303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=26.17;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2336,246,0 chrXII 556347 . G A 295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=9.83;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:36:328,36,0 chrXII 556583 . C T 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=19;Dels=0.00;FS=2.813;HaplotypeScore=6.7656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.634;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:116,0,239 chrXII 556610 . T C 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.296;SB=-6.655e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:42:103,0,42 chrXII 556879 . G A 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=21.82;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1255,132,0 chrXII 556997 . G C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=42;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.641;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:472,0,353 chrXII 557014 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DP=43;Dels=0.00;FS=2.853;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:43:99:551,0,332 chrXII 557249 . C T 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=32;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.879;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:134,0,272 chrXII 557324 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=52;Dels=0.00;FS=1.068;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:52:99:493,0,419 chrXII 557420 . A G 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=62;Dels=0.00;FS=3.300;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.676;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1277,141,0 chrXII 557450 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;DP=48;Dels=0.00;FS=6.062;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.224;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:321,0,422 chrXII 557852 . G A 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=18.12;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1120,117,0 chrXII 557861 . C G 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=17.57;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1052,114,0 chrXII 557933 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DP=28;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:284,0,185 chrXII 557979 . C T 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=22.18;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:876,90,0 chrXII 558134 . C T 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.150;DP=102;Dels=0.00;FS=0.780;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,58:102:99:1048,0,580 chrXII 558150 . T G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=83;Dels=0.00;FS=4.232;HaplotypeScore=13.2429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.594;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:607,0,810 chrXII 558231 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;DP=51;Dels=0.00;FS=4.016;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.258;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:370,0,550 chrXII 558341 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=40;Dels=0.00;FS=1.243;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:40:99:350,0,222 chrXII 558665 . C T 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=18.27;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:855,90,0 chrXII 558890 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=32;Dels=0.00;FS=1.340;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:317,0,230 chrXII 558945 . C T 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.73;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:684,72,0 chrXII 559156 . G C 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=56;Dels=0.00;FS=5.085;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:405,0,678 chrXII 559511 . C T 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;DP=94;Dels=0.00;FS=25.004;HaplotypeScore=6.9241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:856,0,652 chrXII 559667 . A G 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=45;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:163,0,562 chrXII 559835 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.098;DP=40;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:353,0,315 chrXII 559898 . G A 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=16.68;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1267,138,0 chrXII 560519 . G A 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=20.89;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:785,81,0 chrXII 560760 . C T 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1039,0,700 chrXII 561120 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.301;DP=67;Dels=0.00;FS=2.557;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:600,0,480 chrXII 561666 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:486,0,347 chrXII 561785 . T G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DP=50;Dels=0.00;FS=15.482;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:357,0,444 chrXII 561975 . T A 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=101;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:1019,0,1034 chrXII 562046 . T C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=48;Dels=0.00;FS=12.280;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.704;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:406,0,497 chrXII 562070 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;DP=55;Dels=0.00;FS=7.956;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:396,0,658 chrXII 562071 . C G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DP=55;Dels=0.00;FS=7.956;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:396,0,647 chrXII 562305 . C G 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=19.71;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:106:99:2122,231,0 chrXII 563186 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.144;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:69:99:362,0,757 chrXII 563207 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.573;DP=62;Dels=0.00;FS=2.084;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.847;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:234,0,689 chrXII 563208 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.602;DP=62;Dels=0.00;FS=2.084;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:234,0,706 chrXII 563516 . T C 178.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DP=55;Dels=0.00;FS=5.975;HaplotypeScore=3.4507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:208,0,214 chrXII 563582 . C A 338.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;DP=44;Dels=0.00;FS=3.212;HaplotypeScore=3.4431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.433;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:368,0,406 chrXII 563770 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;DP=55;Dels=0.00;FS=2.089;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.379;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:55:99:328,0,625 chrXII 564068 . T C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=82;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=1.647;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:594,0,942 chrXII 564107 . A T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=72;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:72:99:464,0,968 chrXII 564356 . C T 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DP=66;Dels=0.00;FS=2.061;HaplotypeScore=4.3352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:653,0,522 chrXII 565153 . A G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;DP=73;Dels=0.00;FS=6.134;HaplotypeScore=7.9719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.503;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:655,0,744 chrXII 565274 . G T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=52;Dels=0.00;FS=6.338;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.232;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:52:99:312,0,591 chrXII 565346 . A G 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.041;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.113;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:535,0,585 chrXII 565625 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:291,0,429 chrXII 566015 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.354;DP=58;Dels=0.00;FS=1.149;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.055;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:416,0,633 chrXII 566168 . C T 1116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=106;Dels=0.00;FS=5.856;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,64:106:99:1146,0,841 chrXII 566301 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.579;DP=102;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.285;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:102:99:612,0,1143 chrXII 566468 . G T 2262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.529;DP=195;Dels=0.00;FS=4.137;HaplotypeScore=11.9237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.939;SB=-1.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,112:195:99:2292,0,1574 chrXII 566515 . G A 1563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;DP=166;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=5.9182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,87:166:99:1593,0,1550 chrXII 566615 . T C 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;DP=76;Dels=0.00;FS=1.912;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.023;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:793,0,724 chrXII 566944 . G T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=35;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.069;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:316,0,309 chrXII 567011 . T C 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:155,0,283 chrXII 567232 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=27;Dels=0.00;FS=3.717;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.079;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:88:273,0,88 chrXII 567293 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=35;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=5.8171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.532;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:35:99:299,0,230 chrXII 567305 . A C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=27;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.147;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:191,0,224 chrXII 567321 . G A 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=30;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:222,0,185 chrXII 567366 . G A 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;DP=24;Dels=0.00;FS=3.755;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=1.71;ReadPosRankSum=2.606;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:71:71,0,236 chrXII 567428 . G C 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=33;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=3.4938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.927;QD=2.82;ReadPosRankSum=-1.852;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:123,0,363 chrXII 567485 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.284;DP=35;Dels=0.00;FS=9.611;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.495;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:310,0,253 chrXII 567725 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.729;DP=62;Dels=0.00;FS=2.564;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.609;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.252;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:573,0,537 chrXII 567740 . G A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.887;DP=48;Dels=0.00;FS=1.268;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.959;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:441,0,402 chrXII 567878 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:260,0,347 chrXII 567889 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:264,0,329 chrXII 567957 . C T 2378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.500e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:2411,252,0 chrXII 567995 . G A 1255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.166;DP=136;Dels=0.00;FS=3.130;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.827;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,77:136:99:1285,0,842 chrXII 568092 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=53;Dels=0.00;FS=3.998;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.073;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:295,0,665 chrXII 568114 . A T 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=18.66;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1134,126,0 chrXII 568338 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:398,0,333 chrXII 568427 . G T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=77;Dels=0.00;FS=11.852;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=1.331;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:751,0,553 chrXII 568449 . A T 1628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=83;Dels=0.00;FS=3.716;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=19.61;ReadPosRankSum=1.689;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1661,180,0 chrXII 568546 . G A 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=19.71;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1176,126,0 chrXII 568917 . T C 2009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:91:99:2042,228,0 chrXII 569539 . C T 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=20.07;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1639,177,0 chrXII 569580 . G A 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.489;DP=140;Dels=0.00;FS=2.489;HaplotypeScore=18.0970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.767;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:140:99:1084,0,1197 chrXII 570032 . G A 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;DP=96;Dels=0.00;FS=1.788;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.704;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:699,0,692 chrXII 570154 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.712;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:62:99:528,0,556 chrXII 570426 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.840;DP=81;Dels=0.00;FS=13.770;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.241;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:434,0,951 chrXII 570428 . A C 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=20.61;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1744,189,0 chrXII 570676 . T C 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=94;Dels=0.00;FS=4.416;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=20.74;ReadPosRankSum=1.695;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1983,210,0 chrXII 570786 . T C 2638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=23.55;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2671,291,0 chrXII 570914 . G A 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=20.06;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:996,105,0 chrXII 571066 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.618;DP=94;Dels=0.00;FS=6.932;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.615;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,35:94:99:610,0,1017 chrXII 571412 . C T 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=20.47;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1732,183,0 chrXII 571562 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;DP=65;Dels=0.00;FS=3.804;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.362;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:689,0,495 chrXII 571751 . T C 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=85;Dels=0.00;FS=11.787;HaplotypeScore=4.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=19.94;ReadPosRankSum=1.394;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:85:99:1728,192,0 chrXII 571755 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.040;DP=85;Dels=0.00;FS=3.417;HaplotypeScore=6.7379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.973;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:521,0,930 chrXII 571809 . G T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=3.103;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.298;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:733,0,574 chrXII 571826 . A G 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.876;DP=73;Dels=0.00;FS=14.320;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=18.75;ReadPosRankSum=2.876;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:1402,156,0 chrXII 572011 . G A 2686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=23.16;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2719,288,0 chrXII 572164 . T C 2895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.175;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=21.29;ReadPosRankSum=3.296;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:136:99:2928,324,0 chrXII 572186 . A G 2097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=24.10;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2130,237,0 chrXII 572294 . G A 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=18.13;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1610,177,0 chrXII 572946 . T C 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=28;Dels=0.00;FS=9.047;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.839;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:165,0,316 chrXII 574459 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DP=78;Dels=0.00;FS=10.182;HaplotypeScore=8.3145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.944;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:508,0,571 chrXII 574666 . A G 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.156;DP=93;Dels=0.00;FS=2.929;HaplotypeScore=10.1470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:93:99:840,0,812 chrXII 574950 . T C 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=93;Dels=0.00;FS=0.805;HaplotypeScore=1.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=3.051;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:696,0,995 chrXII 574980 . C G 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.336;DP=121;Dels=0.00;FS=0.689;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=2.817;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.011;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,63:121:99:1126,0,1023 chrXII 575257 . C A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.657;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:507,0,192 chrXII 575473 . T G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=2.163;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.386;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:525,0,206 chrXII 575686 . C T 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;DP=25;Dels=0.00;FS=1.799;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.122;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:211,0,150 chrXII 575719 . C A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=38;Dels=0.00;FS=5.127;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.219;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:216,0,235 chrXII 576016 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.420;DP=26;Dels=0.00;FS=8.302;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:207,0,209 chrXII 576037 . G A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DP=34;Dels=0.00;FS=1.524;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:247,0,289 chrXII 577917 . C A 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;DP=65;Dels=0.00;FS=7.785;HaplotypeScore=5.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.047;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:341,0,594 chrXII 579749 . T G 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.879;DP=132;Dels=0.00;FS=1.422;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,68:132:99:1202,0,1031 chrXII 579759 . A G 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=127;Dels=0.00;FS=2.234;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:127:99:1134,0,1016 chrXII 579898 . G A 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.700;DP=107;Dels=0.00;FS=5.177;HaplotypeScore=11.8121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,64:107:99:982,0,621 chrXII 580383 . A G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=78;Dels=0.00;FS=25.905;HaplotypeScore=3.7432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:471,0,690 chrXII 581412 . T G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=54;Dels=0.00;FS=5.379;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:363,0,480 chrXII 581415 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.082;DP=55;Dels=0.00;FS=9.886;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.400;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:370,0,449 chrXII 581964 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.623;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:506,0,541 chrXII 583427 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DP=51;Dels=0.00;FS=2.483;HaplotypeScore=2.7649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.939;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:608,0,265 chrXII 585567 . C G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=76;Dels=0.00;FS=2.698;HaplotypeScore=7.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.285;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:76:99:507,0,569 chrXII 585608 . T G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=89;Dels=0.00;FS=2.296;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.540;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:632,0,760 chrXII 585771 . C T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.339;DP=60;Dels=0.00;FS=1.058;HaplotypeScore=8.0848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:60:99:567,0,494 chrXII 585942 . A T 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DP=48;Dels=0.04;FS=2.731;HaplotypeScore=27.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:145,0,137 chrXII 586124 . G A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=50;Dels=0.00;FS=2.684;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:518,0,229 chrXII 586163 . T C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.378;DP=83;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.705;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:83:99:683,0,586 chrXII 586255 . T C 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=19.65;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:996,108,0 chrXII 586284 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.909;DP=62;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=8.4419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:344,0,490 chrXII 586855 . C T 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=101;Dels=0.00;FS=0.758;HaplotypeScore=11.3570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:1179,0,772 chrXII 586892 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.860;DP=64;Dels=0.00;FS=10.329;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:643,0,570 chrXII 586907 . T C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=60;Dels=0.00;FS=7.997;HaplotypeScore=8.6892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:509,0,541 chrXII 587018 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=6.14;ReadPosRankSum=-2.676;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:294,0,308 chrXII 587176 . G A 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.712;DP=93;Dels=0.00;FS=5.665;HaplotypeScore=10.1075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.773;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:93:99:901,0,587 chrXII 587297 . G A 1189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=116;Dels=0.00;FS=1.698;HaplotypeScore=10.9264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.733;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:116:99:1219,0,992 chrXII 587519 . T C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.190;DP=74;Dels=0.00;FS=6.248;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:448,0,729 chrXII 587824 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.183;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:550,0,603 chrXII 587884 . C T 2860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.44;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2893,300,0 chrXII 587977 . G T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;DP=92;Dels=0.00;FS=6.122;HaplotypeScore=3.3499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:92:99:699,0,526 chrXII 588163 . C T 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=73;Dels=0.00;FS=3.530;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.968;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:73:99:659,0,535 chrXII 588394 . T C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.355;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:545,0,469 chrXII 588421 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:607,0,520 chrXII 589024 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DP=79;Dels=0.00;FS=7.300;HaplotypeScore=7.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.280;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:481,0,639 chrXII 589093 . C A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.872;DP=62;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=28.0183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:524,0,527 chrXII 589169 . C A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DP=117;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.374;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.042;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,61:117:99:885,0,871 chrXII 589177 . C A 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.488;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.920;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:110:99:1011,0,1024 chrXII 589319 . T G 1179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=110;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=10.72;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:110:99:1209,0,1063 chrXII 589339 . T C 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=99;Dels=0.00;FS=5.711;HaplotypeScore=8.0401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.484;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:917,0,876 chrXII 589399 . G A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;DP=99;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=2.399;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:632,0,1159 chrXII 589413 . G A 1395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.912;DP=111;Dels=0.00;FS=2.490;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.039;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,63:111:99:1425,0,781 chrXII 589563 . A G 1323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.229;DP=136;Dels=0.01;FS=6.845;HaplotypeScore=9.9184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.661;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,70:135:99:1353,0,1020 chrXII 589773 . G T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;DP=39;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.319;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:39:99:392,0,368 chrXII 589830 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=71;Dels=0.00;FS=13.292;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:627,0,654 chrXII 590013 . A G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=47;Dels=0.00;FS=6.328;HaplotypeScore=9.0791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:47:99:282,0,439 chrXII 590017 . T C 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=45;Dels=0.00;FS=6.546;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.205;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:45:99:205,0,486 chrXII 590125 . T A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=67;Dels=0.00;FS=2.074;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:488,0,818 chrXII 590868 . T G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;DP=80;Dels=0.00;FS=3.217;HaplotypeScore=4.2608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:615,0,590 chrXII 591042 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.180;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.537;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:66:99:725,0,449 chrXII 591222 . T A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.826;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.104;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:585,0,499 chrXII 591465 . A T 1252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.96;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1285,135,0 chrXII 591552 . G A 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=36;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:173,0,278 chrXII 591568 . G T 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=18.08;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:75:720,75,0 chrXII 591955 . G T 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=21.46;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1106,117,0 chrXII 591978 . C A 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=19.37;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1021,114,0 chrXII 592223 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.299;DP=68;Dels=0.00;FS=2.071;HaplotypeScore=3.4491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:592,0,621 chrXII 592353 . G A 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=18.48;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1031,111,0 chrXII 592578 . C T 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=1;QD=22.49;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1810,189,0 chrXII 592754 . T G 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=85;Dels=0.00;FS=30.199;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.803;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,54:85:99:1006,0,325 chrXII 598890 . A T 106.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.76;MQ0=10;QD=6.64;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:16:15:139,15,0 chrXII 598968 . T C 69.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.24;MQ0=1;QD=3.86;SB=-5.183e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:18:12:102,12,0 chrXII 598986 . T C 39.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.41;MQ0=1;MQRankSum=-1.488;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.744;SB=-9.134e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:9:72,9,0 chrXII 598987 . A T 46.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.41;MQ0=1;QD=3.13;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:9:79,9,0 chrXII 598992 . G A 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.46;MQ0=1;QD=2.48;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:6:56,6,0 chrXII 598993 . T C 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.80;MQ0=1;MQRankSum=-0.696;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.393;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:6:53,6,0 chrXII 599008 . A T 108.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.65;MQ0=1;QD=9.84;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:15:141,15,0 chrXII 599017 . C T 113.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.30;SB=-2.685e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:146,15,0 chrXII 599020 . C A 111.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.11;SB=-2.685e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:144,15,0 chrXII 599046 . C A 221.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.52;SB=-2.381e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:27:254,27,0 chrXII 599056 . T A 193.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=22;Dels=0.00;FS=13.424;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.550e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:4:224,4,0 chrXII 599059 . C T 223.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.41;MQ0=0;QD=10.14;SB=-2.381e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:27:256,27,0 chrXII 599102 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.655;DP=69;Dels=0.00;FS=6.505;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.20;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.891;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:419,0,380 chrXII 599143 . A G 2341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=22.95;ReadPosRankSum=-1.392;SB=-1.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:2374,238,0 chrXII 599195 . T C 2363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2396,264,0 chrXII 599206 . A C 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=20.89;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2122,231,0 chrXII 599406 . G A 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=117;Dels=0.00;FS=5.856;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,69:117:99:1163,0,808 chrXII 599482 . G T 2803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.495e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2836,297,0 chrXII 599602 . G A 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.678;DP=120;Dels=0.00;FS=0.681;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.136;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,57:120:99:1026,0,1117 chrXII 599667 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DP=95;Dels=0.00;FS=3.919;HaplotypeScore=8.4185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.411;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:706,0,793 chrXII 599986 . C T 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=21.36;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1977,204,0 chrXII 600107 . C T 1215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=126;Dels=0.00;FS=1.436;HaplotypeScore=13.2609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.092;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,71:126:99:1245,0,867 chrXII 600505 . T C 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=8.75;ReadPosRankSum=-2.223;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,63:120:99:1080,0,1069 chrXII 600509 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.900;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.727;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:992,0,961 chrXII 601489 . A G 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=20.41;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:584,63,0 chrXII 602218 . T C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=30;Dels=0.00;FS=3.696;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.284;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:238,0,250 chrXII 602357 . A T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=38;Dels=0.00;FS=1.480;HaplotypeScore=3.9178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:258,0,332 chrXII 603073 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=111;Dels=0.00;FS=3.633;HaplotypeScore=5.7968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.798;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,40:111:99:575,0,1349 chrXII 603319 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.427;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,35:48:69:611,0,69 chrXII 603584 . T A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=33;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=6.5511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.171;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:260,0,297 chrXII 603959 . A C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=67;Dels=0.00;FS=5.270;HaplotypeScore=3.5864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:641,0,773 chrXII 604223 . C T 1884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=171;Dels=0.00;FS=8.095;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,99:171:99:1914,0,1441 chrXII 604895 . A C 3474.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.56;SB=-1.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:154:99:3474,375,0 chrXII 605256 . G A 2711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=22.59;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2744,288,0 chrXII 605478 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.062;DP=110;Dels=0.00;FS=1.673;HaplotypeScore=13.5108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,46:110:99:680,0,1047 chrXII 605537 . C A 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=92;Dels=0.00;FS=7.581;HaplotypeScore=14.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=2.018;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:92:99:746,0,632 chrXII 605679 . T A 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;DP=109;Dels=0.00;FS=10.428;HaplotypeScore=107.7223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.840;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:109:99:857,0,1076 chrXII 605792 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.020;DP=71;Dels=0.00;FS=0.892;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.632;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:497,0,865 chrXII 605998 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.256;DP=90;Dels=0.00;FS=6.375;HaplotypeScore=11.1687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.234;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:90:99:353,0,1032 chrXII 607075 . C A 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=114;Dels=0.00;FS=1.591;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.368;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.213;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,67:114:99:899,0,826 chrXII 607090 . T C 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.088;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.080;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,74:134:99:1040,0,1000 chrXII 607128 . G A 1554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;DP=209;Dels=0.00;FS=8.262;HaplotypeScore=111.3374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.649;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,121:209:99:1584,0,1441 chrXII 607134 . T C 1432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;DP=214;Dels=0.00;FS=1.783;HaplotypeScore=114.2427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=3;MQRankSum=-4.592;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.424;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,119:213:99:1462,0,1739 chrXII 607171 . G A 1522.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.218;DP=208;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=5;MQRankSum=-0.836;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,116:208:99:1552,0,1583 chrXII 607200 . G A 1189.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=5;MQRankSum=-0.168;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,92:169:99:1219,0,1353 chrXII 607250 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.649;DP=72;Dels=0.00;FS=2.409;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.398;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:72:99:620,0,733 chrXII 607344 . C T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=70;Dels=0.00;FS=7.019;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.998;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,45:70:99:715,0,456 chrXII 607420 . T C 1159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.035;DP=126;Dels=0.00;FS=1.425;HaplotypeScore=15.9646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=6.479;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,67:126:99:1189,0,983 chrXII 607531 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.977;DP=70;Dels=0.00;FS=1.984;HaplotypeScore=9.7424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.078;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:584,0,676 chrXII 607614 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.692;DP=47;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.266;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:369,0,395 chrXII 607637 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:292,0,351 chrXII 607680 . A G 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.667;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:988,111,0 chrXII 607707 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=53;Dels=0.00;FS=6.744;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=4.59;ReadPosRankSum=2.511;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:273,0,571 chrXII 607722 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=70;Dels=0.00;FS=15.853;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.726;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.922;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:380,0,653 chrXII 607737 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;DP=77;Dels=0.00;FS=5.802;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.609;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:77:99:342,0,730 chrXII 607779 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=77;Dels=0.00;FS=3.500;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.347;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.456;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,29:77:99:320,0,771 chrXII 607790 . T C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.157;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.755;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.055;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:80:99:347,0,677 chrXII 607791 . T C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.458;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.637;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.002;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:77:99:359,0,716 chrXII 607814 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.138;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.595;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:496,0,454 chrXII 607922 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.506;DP=64;Dels=0.02;FS=14.652;HaplotypeScore=5.7673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.214;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:425,0,758 chrXII 607923 . T C 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=4.445;HaplotypeScore=5.7673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.624;QD=22.97;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1503,165,0 chrXII 607998 . T G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.842;DP=65;Dels=0.00;FS=5.485;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.276;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:402,0,678 chrXII 608022 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DP=66;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.016;QD=6.95;ReadPosRankSum=-2.384;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:489,0,589 chrXII 608102 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=61;Dels=0.00;FS=4.433;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:582,0,574 chrXII 608136 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.258;DP=68;Dels=0.00;FS=4.886;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:607,0,514 chrXII 608154 . C T 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=17.34;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1195,126,0 chrXII 608155 . C T 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;QD=16.94;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1185,126,0 chrXII 608472 . C T 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=20.45;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1403,150,0 chrXII 608666 . C T 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.22;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1084,120,0 chrXII 608673 . C T 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=16.22;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1006,111,0 chrXII 608685 . T C 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.24;MQ0=0;QD=17.15;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1045,111,0 chrXII 608709 . A G 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=14.17;ReadPosRankSum=1.667;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:84:784,84,0 chrXII 608724 . C T 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.34;MQ0=0;QD=9.31;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:63:573,63,0 chrXII 608748 . G A 576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.32;MQ0=0;QD=11.08;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:63:609,63,0 chrXII 608774 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;DP=49;Dels=0.00;FS=2.480;HaplotypeScore=6.5050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.018;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:452,0,340 chrXII 608886 . G T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.020;DP=50;Dels=0.00;FS=4.289;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:459,0,396 chrXII 609039 . T C 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=20.21;ReadPosRankSum=1.685;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:1549,171,0 chrXII 609087 . G A 2399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=23.75;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2432,252,0 chrXII 609126 . C T 2590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=22.72;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2623,270,0 chrXII 609213 . A G 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=76;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=4.6318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=23.39;ReadPosRankSum=1.595;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1811,201,0 chrXII 609308 . G A 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=19.00;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1401,147,0 chrXII 609380 . G A 2088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2121,222,0 chrXII 609488 . A T 1788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=21.80;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1821,195,0 chrXII 609555 . A G 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=19.61;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1190,129,0 chrXII 609572 . A G 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=17.38;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:989,105,0 chrXII 609589 . G T 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=16.11;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:93:903,93,0 chrXII 609688 . C T 1574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=23.49;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1607,171,0 chrXII 609791 . G A 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=15.65;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:87:784,87,0 chrXII 611033 . C T 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=26;Dels=0.00;FS=6.329;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:200,0,153 chrXII 611179 . T C 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.12;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:608,69,0 chrXII 611769 . C T 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=21.49;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:957,99,0 chrXII 611779 . A G 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=50;Dels=0.00;FS=6.214;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.657;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:50:99:931,108,0 chrXII 611812 . T A 943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.14;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:976,102,0 chrXII 611853 . C G 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.88;MQ0=0;QD=16.38;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:983,108,0 chrXII 611973 . G A 1832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=24.11;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1865,198,0 chrXII 611994 . A G 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=20.04;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1616,177,0 chrXII 612183 . A G 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;QD=15.41;SB=-1.342e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:1898,204,0 chrXII 612202 . A G 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.34;MQ0=0;QD=14.20;SB=-1.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:1836,207,0 chrXII 612214 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.739;DP=120;Dels=0.00;FS=5.799;HaplotypeScore=7.4283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.077;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:120:99:381,0,823 chrXII 612238 . C T 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=14.17;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1365,153,0 chrXII 612358 . T C 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=57;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=19.33;ReadPosRankSum=1.669;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:57:99:1135,126,0 chrXII 612479 . C T 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=22.26;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1502,159,0 chrXII 612516 . T C 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=21.64;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1526,165,0 chrXII 612541 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=54;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.009;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:443,0,601 chrXII 612562 . T G 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=21.00;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1167,126,0 chrXII 612708 . T C 548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=32;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.509;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:66:581,66,0 chrXII 612784 . G T 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:665,69,0 chrXII 613011 . C T 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=18.60;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:591,63,0 chrXII 613200 . T A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:291,0,161 chrXII 613292 . A T 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.70;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:781,81,0 chrXII 613464 . T C 406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=20.30;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:51:439,51,0 chrXII 613479 . G A 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.436;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:30:99:137,0,302 chrXII 613482 . T C 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.550;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:133,0,334 chrXII 613527 . C T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=1.937;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:229,0,320 chrXII 613783 . A G 11.34 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=19;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.957;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:19:41:41,0,251 chrXII 613786 . A T 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DP=20;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:20:49:49,0,249 chrXII 613788 . T A 18.07 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=20;Dels=0.00;FS=10.620;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:20:48:48,0,250 chrXII 613809 . C T 42.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=25;Dels=0.00;FS=20.607;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:25:72:72,0,305 chrXII 613815 . C T 24.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;DP=26;Dels=0.00;FS=19.194;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.260;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:26:54:54,0,337 chrXII 613818 . C T 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;DP=28;Dels=0.00;FS=13.900;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.080;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,5:28:42:42,0,364 chrXII 613827 . G C 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;DP=32;Dels=0.00;FS=21.364;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:32:78:78,0,289 chrXII 613836 . C T 54.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DP=38;Dels=0.00;FS=4.957;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.56;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=1.42;ReadPosRankSum=-2.060;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:84:84,0,325 chrXII 613839 . C T 55.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;DP=39;Dels=0.00;FS=5.131;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=1.41;ReadPosRankSum=-2.215;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:85:85,0,348 chrXII 613846 . G A 320.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=39;Dels=0.00;FS=7.134;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.713;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:81:350,0,81 chrXII 613848 . C G,T 405.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=31.50;MQ0=0;QD=10.38;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,25,14:39:83:465,125,83,340,0,325 chrXII 613851 . T C 470 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.56;MQ0=0;QD=12.37;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:54:503,54,0 chrXII 613857 . A G 457 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.56;MQ0=0;QD=12.03;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:54:490,54,0 chrXII 613864 . C A 354 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.77;MQ0=0;QD=10.41;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:42:387,42,0 chrXII 613866 . C T 361 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.19;MQ0=0;QD=10.31;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:42:394,42,0 chrXII 613867 . C T 363 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.19;MQ0=0;QD=10.37;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:42:396,42,0 chrXII 613890 . C T 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.11;MQ0=2;QD=12.59;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:57:524,57,0 chrXII 614178 . G C 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;QD=22.36;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:771,84,0 chrXII 614304 . A G 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=17.80;ReadPosRankSum=2.203;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:63:567,63,0 chrXII 614403 . T C 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=24.98;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1082,117,0 chrXII 614438 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.723;DP=60;Dels=0.00;FS=1.738;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:60:99:492,0,661 chrXII 614604 . A G 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.67;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:917,102,0 chrXII 614907 . A C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.244;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:85:99:709,0,863 chrXII 616056 . C T 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.08;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1487,156,0 chrXII 616096 . A G 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.435;DP=90;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:641,0,845 chrXII 616224 . T C 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=168;Dels=0.00;FS=1.805;HaplotypeScore=7.4534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.673;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,87:168:99:1193,0,1164 chrXII 616595 . C T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=85;Dels=0.00;FS=5.494;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:676,0,813 chrXII 616887 . G A 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.04;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1190,132,0 chrXII 617208 . G T 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=24.35;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1616,171,0 chrXII 617372 . A T 1790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=19.67;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1823,189,0 chrXII 617373 . T C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=97;Dels=0.00;FS=5.394;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.827;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:683,0,701 chrXII 617568 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=62;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:604,0,621 chrXII 617706 . A G 1797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.04;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1830,201,0 chrXII 617865 . G A 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=19.92;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1786,192,0 chrXII 618108 . G A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.57;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1284,132,0 chrXII 618254 . A G 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.290;DP=103;Dels=0.00;FS=13.879;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.536;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.044;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:945,0,1105 chrXII 618279 . T C 2510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.524;QD=25.10;ReadPosRankSum=1.663;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2543,276,0 chrXII 619023 . T C 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.93;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:541,60,0 chrXII 619341 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.965;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.782;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:345,0,658 chrXII 619476 . T C 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.23;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1589,177,0 chrXII 619650 . A G 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.65;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1747,186,0 chrXII 619731 . T C 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=19.76;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1416,153,0 chrXII 619752 . G A 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1657,174,0 chrXII 619971 . T G 2504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=23.85;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2537,288,0 chrXII 620411 . G A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.593;DP=77;Dels=0.00;FS=3.046;HaplotypeScore=7.0414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.168;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:720,0,696 chrXII 620541 . T C 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.270;DP=90;Dels=0.00;FS=4.103;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.748;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:942,0,670 chrXII 620586 . T A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=61;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:700,0,492 chrXII 621039 . A C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=35;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.083;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:338,0,327 chrXII 621336 . G A 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=23.82;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:938,96,0 chrXII 621513 . T A 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=25.47;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1765,180,0 chrXII 621546 . C T 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.67;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1144,120,0 chrXII 621672 . G T 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.98;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:788,81,0 chrXII 621897 . G A 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.62;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:836,90,0 chrXII 622068 . T C 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.28;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1534,171,0 chrXII 622344 . C T 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.02;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1310,138,0 chrXII 622969 . A G 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=80;Dels=0.00;FS=3.021;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=23.90;ReadPosRankSum=2.357;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1945,213,0 chrXII 622999 . A G 1771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=23.00;ReadPosRankSum=1.687;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1804,201,0 chrXII 623016 . C T 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.163;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.789;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:664,0,747 chrXII 623059 . A G 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=65;Dels=0.00;FS=7.064;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=18.68;ReadPosRankSum=2.365;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:65:99:1247,138,0 chrXII 623494 . G A 2678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.69;SB=-1.510e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2711,285,0 chrXII 623830 . C G 2580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=21.86;SB=-1.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2613,285,0 chrXII 624328 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DP=70;Dels=0.00;FS=3.583;HaplotypeScore=5.4492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:617,0,525 chrXII 624955 . T C 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=20.44;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1014,114,0 chrXII 625037 . T C 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;QD=18.73;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1513,171,0 chrXII 625055 . A G 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.703;DP=81;Dels=0.00;FS=21.201;HaplotypeScore=43.2369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=13.07;ReadPosRankSum=4.041;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:81:99:1092,120,0 chrXII 626422 . T A 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=38;Dels=0.00;FS=5.682;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.545;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:57:527,57,0 chrXII 627007 . T C 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.659;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.659;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:91:1072,91,0 chrXII 627201 . G C 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=19.74;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1079,117,0 chrXII 627274 . T A 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=19.87;ReadPosRankSum=1.528;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1464,150,0 chrXII 627361 . C T 1058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=1.361;QD=18.56;ReadPosRankSum=1.670;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1091,114,0 chrXII 627370 . G A 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=16.48;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:956,108,0 chrXII 627543 . T C 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=21.25;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:92:99:1988,216,0 chrXII 628215 . G T 3023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3056,327,0 chrXII 628274 . G C 4095.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=24.52;SB=-2.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:4095,421,0 chrXII 628278 . T G 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=167;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=5.8648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.932;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.871;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,75:167:99:1201,0,1754 chrXII 628350 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.889;DP=88;Dels=0.00;FS=1.776;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.240;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.681;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:361,0,780 chrXII 628361 . A T 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.90;MQ0=0;QD=16.75;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1172,123,0 chrXII 628365 . C A 1060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.56;MQ0=0;QD=16.83;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1093,114,0 chrXII 628424 . A G 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=16.67;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:983,105,0 chrXII 628661 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.045;DP=58;Dels=0.00;FS=4.969;HaplotypeScore=5.3887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.033;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:560,0,561 chrXII 629441 . C T 1484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=74;Dels=0.00;FS=4.041;HaplotypeScore=5.7334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=20.05;ReadPosRankSum=0.659;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:74:99:1517,162,0 chrXII 629690 . T C 2390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=19.75;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:2423,264,0 chrXII 629746 . C T 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;DP=72;Dels=0.00;FS=2.174;HaplotypeScore=4.2818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,50:72:99:961,0,201 chrXII 629914 . A G 1735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.96;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1768,195,0 chrXII 629974 . A G 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=20.63;ReadPosRankSum=1.611;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1209,132,0 chrXII 630048 . G A 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.56;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1390,147,0 chrXII 630314 . A G 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.12;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1143,123,0 chrXII 630550 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DP=64;Dels=0.00;FS=5.123;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.174;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:294,0,643 chrXII 630568 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.302;DP=79;Dels=0.00;FS=14.266;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.322;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:328,0,841 chrXII 630870 . C T 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.57;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1144,120,0 chrXII 630917 . T C 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=21.22;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:988,105,0 chrXII 630958 . A G 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=19.71;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:861,96,0 chrXII 631164 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;DP=64;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.237;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:703,0,521 chrXII 631177 . G A 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=22.72;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1510,159,0 chrXII 631526 . T G 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;DP=131;Dels=0.00;FS=5.597;HaplotypeScore=10.4041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=6.83;ReadPosRankSum=3.001;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,57:131:99:925,0,1417 chrXII 631540 . T C 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=136;Dels=0.00;FS=3.198;HaplotypeScore=8.2594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.261;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,58:136:99:931,0,1573 chrXII 632011 . T A 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.742;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.568;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:848,0,693 chrXII 632067 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;DP=105;Dels=0.00;FS=0.738;HaplotypeScore=4.9154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:105:99:641,0,763 chrXII 632078 . G C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=116;Dels=0.00;FS=0.708;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:116:99:556,0,935 chrXII 632381 . A C 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=19.34;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1812,195,0 chrXII 632607 . T C 1290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=101;Dels=0.00;FS=27.472;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.556;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:1320,0,703 chrXII 632671 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=68;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:465,0,675 chrXII 632722 . C T 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:100:99:923,0,808 chrXII 632837 . T A 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.062;DP=112;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:904,0,1112 chrXII 632910 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;DP=71;Dels=0.00;FS=6.601;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.012;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:523,0,687 chrXII 632986 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;DP=57;Dels=0.00;FS=2.439;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:418,0,605 chrXII 633127 . A G 2000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=96;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=20.83;ReadPosRankSum=2.398;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:96:99:2033,219,0 chrXII 633130 . G A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=98;Dels=0.00;FS=1.637;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.594;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:975,0,567 chrXII 633149 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.088;DP=93;Dels=0.00;FS=1.681;HaplotypeScore=5.9286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:802,0,533 chrXII 633163 . G A 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=17.47;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:1640,168,0 chrXII 633199 . G A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DP=59;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.101;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:396,0,416 chrXII 633302 . T C 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;DP=33;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.603;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:195,0,458 chrXII 633316 . G A 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=20.75;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:697,72,0 chrXII 633347 . G T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.785;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:340,0,433 chrXII 633355 . T C 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:912,99,0 chrXII 633455 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=66;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.032;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:503,0,446 chrXII 633477 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DP=76;Dels=0.00;FS=1.941;HaplotypeScore=5.5272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.502;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.233;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:575,0,547 chrXII 633486 . G A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=80;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=9.2170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=1.822;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.958;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:297,0,610 chrXII 633590 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=64;Dels=0.00;FS=1.156;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:636,0,649 chrXII 633782 . C T 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.72;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1409,144,0 chrXII 633951 . G A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=84;Dels=0.00;FS=7.883;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:570,0,856 chrXII 634219 . C T 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=21.76;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1687,177,0 chrXII 634488 . G A 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DP=79;Dels=0.00;FS=3.006;HaplotypeScore=8.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.260;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:693,0,652 chrXII 634506 . A C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=72;Dels=0.00;FS=8.181;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:528,0,795 chrXII 634590 . A C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=53;Dels=0.00;FS=2.432;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:319,0,663 chrXII 634860 . C T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.132;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:778,0,873 chrXII 635025 . A G 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=18.01;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1402,153,0 chrXII 635115 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.726;DP=83;Dels=0.00;FS=6.306;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.598;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:440,0,866 chrXII 635187 . T C 1611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=21.20;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1644,180,0 chrXII 635220 . G A 1558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=22.91;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1591,165,0 chrXII 635382 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=42;Dels=0.00;FS=6.803;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.906;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:351,0,325 chrXII 635391 . T C 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=19.72;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:881,93,0 chrXII 635617 . G T 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.44;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:877,90,0 chrXII 635886 . A G 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=24.27;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1950,207,0 chrXII 636132 . A G 1570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.485;DP=175;Dels=0.00;FS=8.267;HaplotypeScore=6.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.925;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,89:175:99:1600,0,1246 chrXII 636165 . T A 1787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.240;DP=180;Dels=0.00;FS=6.390;HaplotypeScore=14.2313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.313;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,91:180:99:1817,0,1424 chrXII 636269 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DP=67;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:721,0,598 chrXII 636684 . A T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:480,0,847 chrXII 636690 . T A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=78;Dels=0.00;FS=1.382;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.615;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:480,0,890 chrXII 636754 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DP=53;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.995;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:53:99:599,0,410 chrXII 637193 . C A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.270;DP=50;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:470,0,394 chrXII 637236 . A T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.542;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.494;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:497,0,365 chrXII 637467 . T C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=44;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.530;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:316,0,411 chrXII 637862 . C A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;DP=37;Dels=0.00;FS=3.014;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.829;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:235,0,393 chrXII 638039 . C T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.060;DP=45;Dels=0.00;FS=2.626;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:388,0,307 chrXII 638087 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:49:99:409,0,391 chrXII 638411 . G A 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.29;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:843,93,0 chrXII 638912 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;DP=42;Dels=0.00;FS=9.218;HaplotypeScore=6.5738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:42:99:334,0,301 chrXII 639116 . C T 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.012;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:286,0,408 chrXII 639930 . C T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=72;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:72:99:796,0,350 chrXII 640238 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:64:99:426,0,673 chrXII 640445 . G A 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;DP=101;Dels=0.00;FS=6.434;HaplotypeScore=7.2559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.141;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.296;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:827,0,1147 chrXII 640787 . G A 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.604;DP=92;Dels=0.00;FS=3.984;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.748;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,56:92:99:1079,0,578 chrXII 641145 . A G 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.470;DP=144;Dels=0.00;FS=10.018;HaplotypeScore=5.0198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,69:144:99:1367,0,1569 chrXII 641406 . A G 6730.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=289;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=23.29;SB=-3.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,288:289:99:6730,732,0 chrXII 641415 . C T 6576.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=291;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=22.60;SB=-3.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,289:291:99:6576,700,0 chrXII 641462 . G A 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;DP=160;Dels=0.00;FS=10.959;HaplotypeScore=17.0943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=6.34;ReadPosRankSum=-3.170;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,78:160:99:1045,0,1488 chrXII 641481 . A C 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DP=138;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=6.04;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:138:99:864,0,1114 chrXII 641496 . G A 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;DP=125;Dels=0.00;FS=0.674;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:125:99:1009,0,937 chrXII 641499 . G A 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:128:99:1201,0,921 chrXII 641592 . A G 1250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.710;DP=153;Dels=0.00;FS=3.065;HaplotypeScore=9.6420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,74:153:99:1280,0,1458 chrXII 641607 . T C 1311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=169;Dels=0.00;FS=8.933;HaplotypeScore=6.5402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.978;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,79:169:99:1341,0,1730 chrXII 641676 . C T 1463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=170;Dels=0.00;FS=2.979;HaplotypeScore=9.7401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.393;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,91:170:99:1493,0,1358 chrXII 641691 . C T 1576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.217;DP=156;Dels=0.00;FS=3.046;HaplotypeScore=12.9400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.641;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.617;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,86:156:99:1606,0,1016 chrXII 641709 . C T 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DP=125;Dels=0.00;FS=3.252;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.002;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:125:99:873,0,944 chrXII 642018 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=89;Dels=0.00;FS=3.991;HaplotypeScore=8.1230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.737;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:714,0,830 chrXII 642132 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=2.353;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.197;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:437,0,414 chrXII 642188 . T A 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.43;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:933,99,0 chrXII 642387 . T C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=51;Dels=0.00;FS=10.705;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.499;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:373,0,435 chrXII 642476 . A G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:491,0,598 chrXII 642557 . C T 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=71;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.415;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:734,0,463 chrXII 642815 . A G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=19.09;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1064,117,0 chrXII 642855 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=66;Dels=0.00;FS=3.942;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:541,0,554 chrXII 643565 . C T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=46;Dels=0.00;FS=1.159;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.895;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:333,0,460 chrXII 643838 . G A 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.721;DP=60;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:372,0,695 chrXII 643914 . A G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.351;DP=43;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:195,0,482 chrXII 644045 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=61;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:450,0,696 chrXII 644075 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=42;Dels=0.00;FS=4.918;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:440,0,306 chrXII 644081 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=44;Dels=0.00;FS=4.684;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:455,0,304 chrXII 644135 . C T 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=40;Dels=0.00;FS=6.983;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.166;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:153,0,272 chrXII 644551 . A G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=70;Dels=0.00;FS=15.548;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.107;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:70:99:692,0,569 chrXII 644656 . T G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;DP=42;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.593;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:213,0,360 chrXII 644667 . G A 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=44;Dels=0.00;FS=3.042;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:233,0,381 chrXII 644812 . C T 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.344;DP=142;Dels=0.00;FS=0.623;HaplotypeScore=9.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,70:142:99:1256,0,1134 chrXII 645198 . T C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;DP=134;Dels=0.00;FS=1.395;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.118;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.153;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:134:99:714,0,1199 chrXII 645338 . G A 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=20.79;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1530,168,0 chrXII 645452 . A G 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=21.03;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1253,132,0 chrXII 645574 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;DP=56;Dels=0.00;FS=1.251;HaplotypeScore=3.8776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:360,0,409 chrXII 645674 . C A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.546;DP=52;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.440;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:429,0,438 chrXII 645848 . T A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.836;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:378,0,440 chrXII 646238 . G C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DP=36;Dels=0.00;FS=1.500;HaplotypeScore=9.1061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.387;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:36:99:220,0,164 chrXII 646404 . C A 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=48;Dels=0.00;FS=21.088;HaplotypeScore=7.2879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=2.330;QD=0.38;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:48:48:48,0,215 chrXII 646485 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DP=36;Dels=0.00;FS=6.113;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:332,0,321 chrXII 646513 . C T 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=25;Dels=0.00;FS=7.437;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.615;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:177,0,326 chrXII 646705 . A G 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=21.38;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:824,90,0 chrXII 646822 . G A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.458;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:535,0,236 chrXII 646831 . C T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:238,0,505 chrXII 646848 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.035;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:433,0,232 chrXII 646878 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=34;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.249;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:242,0,211 chrXII 646906 . A T 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;DP=22;Dels=0.00;FS=4.200;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:112,0,221 chrXII 647017 . C T 423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=14.59;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:48:456,48,0 chrXII 647095 . A G 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.35;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:69:640,69,0 chrXII 647371 . T C 191.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=11.24;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:24:224,24,0 chrXII 647512 . A G 518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=14.80;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:35:63:551,63,0 chrXII 647752 . T C 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=22.14;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:498,51,0 chrXII 647778 . G A 249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=15.56;SB=-1.949e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:30:282,30,0 chrXII 647788 . T C 286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=15.89;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:36:319,36,0 chrXII 647854 . C T 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=16.70;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:818,90,0 chrXII 647936 . G A 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.788;DP=75;Dels=0.00;FS=10.012;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.235;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:608,0,700 chrXII 647953 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.618;DP=69;Dels=0.00;FS=16.728;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:600,0,482 chrXII 648148 . A G 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=26;Dels=0.00;FS=1.974;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.312;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:299,0,235 chrXII 648309 . G A 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=91;Dels=0.00;FS=7.670;HaplotypeScore=8.8650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,56:91:99:951,0,603 chrXII 648649 . C T 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.06;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2054,219,0 chrXII 648877 . T C 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=22.99;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2148,231,0 chrXII 648953 . T C 4212.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.14;SB=-2.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:182:99:4212,462,0 chrXII 649036 . G A 2184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=18.67;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2217,246,0 chrXII 649258 . C T 3416.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.89;SB=-1.785e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:3416,357,0 chrXII 649385 . C G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.688;DP=107;Dels=0.00;FS=3.666;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:107:99:680,0,1119 chrXII 649837 . A G 2099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=22.33;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2132,231,0 chrXII 649865 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:653,0,748 chrXII 649883 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.616;DP=72;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:445,0,654 chrXII 650212 . T C 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=86;Dels=0.00;FS=3.112;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1808,204,0 chrXII 650260 . C T 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DP=63;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.405;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,41:63:99:855,0,423 chrXII 650327 . A T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.903;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:435,0,420 chrXII 650613 . C G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=46;Dels=0.00;FS=1.829;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.735;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,33:46:99:584,0,118 chrXII 650644 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=49;Dels=0.00;FS=1.830;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,35:49:99:521,0,201 chrXII 650753 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=26;Dels=0.00;FS=8.909;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:87:296,0,87 chrXII 650767 . C T 432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=19.64;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:465,48,0 chrXII 656583 . C T 54.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=5.72;MQ0=74;QD=0.71;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,3:77:9:87,9,0 chrXII 656743 . A T 76.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=5.08;ReadPosRankSum=-2.415;SB=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:15:109,15,0 chrXII 656843 . T G 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DP=76;Dels=0.00;FS=16.875;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQ0=0;MQRankSum=-6.014;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.874;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:76:99:767,0,554 chrXII 656891 . G A 2039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=27.55;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2072,216,0 chrXII 656912 . G A 813.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=65;Dels=0.00;FS=19.664;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=5.719;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.187;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,43:65:99:843,0,390 chrXII 656932 . C T 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;DP=43;Dels=0.00;FS=8.851;HaplotypeScore=5.7968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.830;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:302,0,538 chrXII 657022 . T C 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=20.58;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:815,90,0 chrXII 657027 . T C 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.33;MQ0=0;QD=20.82;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:824,93,0 chrXII 657041 . G A 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;QD=20.84;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:929,99,0 chrXII 657049 . G A 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.47;MQ0=0;QD=19.02;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:984,105,0 chrXII 657181 . A C 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=18.61;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1354,150,0 chrXII 657234 . T G 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.694;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:1272,141,0 chrXII 657303 . A G 2118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=145;Dels=0.00;FS=14.624;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,144:145:99:2151,240,0 chrXII 657321 . G A 2483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;QD=15.42;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:161:99:2516,255,0 chrXII 657332 . G C 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.67;MQ0=0;QD=13.90;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:1979,216,0 chrXII 657492 . C G 3056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.14;MQ0=0;QD=23.69;SB=-1.567e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:129:99:3089,342,0 chrXII 657536 . G T 4560.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;QD=22.14;SB=-2.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,206:206:99:4560,495,0 chrXII 657602 . G A 4139.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.20;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,191:191:99:4139,444,0 chrXII 657609 . A G 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=174;Dels=0.00;FS=1.410;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.964;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.302;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,67:174:99:890,0,1565 chrXII 657631 . C T 3289.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=22.53;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3289,342,0 chrXII 657792 . C G 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.74;MQ0=0;QD=15.93;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:86:99:1403,165,0 chrXII 657805 . T C 1302 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.82;MQ0=0;QD=15.88;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1335,150,0 chrXII 657808 . C T 1106 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DP=73;Dels=0.00;FS=5.209;HaplotypeScore=2.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1139,101,0 chrXII 657809 . C T 1052 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=73;Dels=0.00;FS=5.209;HaplotypeScore=2.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=14.41;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:94:1085,94,0 chrXII 657814 . C T 1025 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.64;MQ0=0;QD=14.04;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1058,111,0 chrXII 657820 . G A 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.61;MQ0=0;QD=13.58;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1079,114,0 chrXII 657825 . T C 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.43;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1027,114,0 chrXII 657860 . G A 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.64;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1336,138,0 chrXII 657866 . A G 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=12.49;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1170,129,0 chrXII 657899 . A G 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:1286,138,0 chrXII 657914 . T C 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.12;MQ0=0;QD=12.24;SB=-1.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:1392,150,0 chrXII 657918 . A T 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=94.3178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.62;MQ0=0;QD=10.94;SB=-1.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1214,138,0 chrXII 658054 . A T 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=20.51;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1592,165,0 chrXII 658456 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.955;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:63:99:589,0,406 chrXII 658599 . G T 2382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=23.13;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2415,258,0 chrXII 659071 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.270;DP=90;Dels=0.00;FS=1.123;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:592,0,623 chrXII 659350 . C T 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.50;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:78:689,78,0 chrXII 659428 . A G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=26;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.327;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.082;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:26:99:213,0,229 chrXII 659470 . A T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;DP=36;Dels=0.00;FS=5.490;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:263,0,348 chrXII 659916 . T C 2423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=23.75;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2456,270,0 chrXII 659919 . G A 2482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=24.33;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2515,264,0 chrXII 660046 . T C 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.62;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1071,114,0 chrXII 660194 . A G 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;DP=106;Dels=0.00;FS=3.618;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=3.145;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.196;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:106:99:907,0,1057 chrXII 660296 . C T 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=75;Dels=0.00;FS=3.299;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=2.538;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:764,0,557 chrXII 660357 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=39;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.902;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:412,0,262 chrXII 660371 . C T 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;DP=44;Dels=0.00;FS=5.029;HaplotypeScore=12.0952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:44:60:538,60,0 chrXII 660472 . G A 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.49;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:914,93,0 chrXII 660622 . A T 2817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.943;DP=125;Dels=0.00;FS=14.531;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=22.54;ReadPosRankSum=2.943;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,122:125:99:2850,306,0 chrXII 660916 . A G 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=22.23;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1500,162,0 chrXII 661444 . G A 303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=15.15;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:36:336,36,0 chrXII 661750 . C T 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=26.83;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1267,129,0 chrXII 661864 . T C 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.30;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:925,102,0 chrXII 661927 . A G 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.29;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1068,114,0 chrXII 662311 . T C 512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=13.84;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:60:545,60,0 chrXII 662318 . G T 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=15.03;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60:589,60,0 chrXII 662353 . G A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=16.42;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:90:854,90,0 chrXII 662494 . C G 2064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=25.17;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2097,228,0 chrXII 662515 . G A 1816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=23.58;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1849,198,0 chrXII 662627 . T C 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=24.94;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:99:906,99,0 chrXII 662710 . C T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=56;Dels=0.00;FS=6.154;HaplotypeScore=5.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.527;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:379,0,591 chrXII 662864 . A T 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.174;DP=116;Dels=0.00;FS=8.723;HaplotypeScore=10.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.853;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,65:116:99:1074,0,932 chrXII 662978 . G A 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=24.30;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1321,141,0 chrXII 663017 . T C 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=59;Dels=0.00;FS=4.210;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=19.12;ReadPosRankSum=1.613;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:59:99:1161,123,0 chrXII 663332 . G A 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=23.84;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1964,210,0 chrXII 663368 . A G 2454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=22.31;ReadPosRankSum=2.315;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:110:99:2487,264,0 chrXII 663890 . T C 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=5.2928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=16.83;ReadPosRankSum=1.073;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:81:740,81,0 chrXII 664139 . C T 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=16.85;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:589,66,0 chrXII 664157 . A G 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=16.57;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:57:530,57,0 chrXII 664238 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:255,0,214 chrXII 664658 . G A 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=19.08;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:739,78,0 chrXII 665236 . T G 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=21.87;ReadPosRankSum=1.611;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1914,207,0 chrXII 665343 . G T 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=16.23;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:942,105,0 chrXII 665345 . T C 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=16.67;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:950,108,0 chrXII 665366 . T C 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=62;Dels=0.00;FS=12.225;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:62:99:531,0,345 chrXII 665413 . A G 1655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=19.24;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1688,186,0 chrXII 665680 . A T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=2.739;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:845,0,770 chrXII 665751 . C G 2496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=271;Dels=0.00;FS=4.049;HaplotypeScore=4.8480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=1.969;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,128:271:99:2526,0,2756 chrXII 665873 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;DP=57;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=8.9197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:351,0,604 chrXII 665977 . A G 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=92;Dels=0.00;FS=3.202;HaplotypeScore=2.2657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.916;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:724,0,824 chrXII 666395 . T C 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=21.72;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1032,114,0 chrXII 666935 . A G 1883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.69;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1916,213,0 chrXII 667459 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.938;DP=113;Dels=0.00;FS=3.903;HaplotypeScore=8.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.819;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,43:113:99:697,0,1129 chrXII 667554 . G A 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:126:99:1104,0,1123 chrXII 667631 . T A 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.60;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1886,192,0 chrXII 667773 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DP=98;Dels=0.00;FS=7.164;HaplotypeScore=13.3416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.133;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:98:99:687,0,1001 chrXII 667877 . T C 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=79;Dels=0.00;FS=4.449;HaplotypeScore=3.4347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=22.86;ReadPosRankSum=0.666;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:1839,195,0 chrXII 668131 . T C 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DP=94;Dels=0.00;FS=4.316;HaplotypeScore=16.5583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.624;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:957,0,612 chrXII 668207 . G C 2177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=24.46;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:2210,240,0 chrXII 668241 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.991;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.678;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.258;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:568,0,925 chrXII 668244 . C T 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.59;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1968,204,0 chrXII 668550 . G A 3554.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=149;Dels=0.00;FS=3.544;HaplotypeScore=7.9156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=23.85;ReadPosRankSum=0.153;SB=-1.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:149:99:3554,378,0 chrXII 668899 . C T 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=149;Dels=0.00;FS=3.211;HaplotypeScore=19.5934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.845;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,74:149:99:1130,0,1122 chrXII 669013 . T C 2162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=106;Dels=0.00;FS=3.263;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=20.40;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:2195,240,0 chrXII 669043 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=92;Dels=0.00;FS=6.610;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.828;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:702,0,902 chrXII 669053 . G A 2083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2116,225,0 chrXII 669236 . C A 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=17.11;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1556,174,0 chrXII 669290 . T A 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=18.44;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1895,210,0 chrXII 669293 . G C 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.98;MQ0=0;QD=20.23;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2036,222,0 chrXII 669897 . C A 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=21.00;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1524,162,0 chrXII 669920 . G T 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=20.95;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1332,141,0 chrXII 669990 . T A 1667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.05;MQ0=0;QD=17.19;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1700,180,0 chrXII 669994 . G A 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=16.97;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:1730,183,0 chrXII 670009 . T A 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=12.83;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1380,159,0 chrXII 670061 . C G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=84;Dels=0.00;FS=15.442;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:433,0,543 chrXII 670291 . T A 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1871,207,0 chrXII 670299 . T G 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.79;MQ0=0;QD=20.76;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1964,210,0 chrXII 670368 . G A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.240;DP=77;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:665,0,571 chrXII 670460 . C G 1456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1489,162,0 chrXII 670631 . G T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;DP=65;Dels=0.00;FS=2.214;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:590,0,409 chrXII 670634 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:584,0,503 chrXII 670864 . A G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:407,0,815 chrXII 670933 . G A 1018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=23.14;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1051,111,0 chrXII 670999 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=1.899;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:274,0,262 chrXII 671032 . T C 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=2.427;QD=5.26;ReadPosRankSum=2.270;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:39:99:235,0,437 chrXII 671112 . A G 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=50;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=6.7569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:50:99:514,0,387 chrXII 671167 . A G 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=24.83;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1597,171,0 chrXII 671255 . C T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=40;Dels=0.00;FS=7.883;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.869;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:241,0,384 chrXII 671257 . T C 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=19.26;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:784,87,0 chrXII 671310 . A G 731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=15.89;ReadPosRankSum=1.506;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:81:764,81,0 chrXII 671323 . G C 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=15.52;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:90:778,90,0 chrXII 671359 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.004;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.159;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:415,0,385 chrXII 671397 . A T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.074;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:544,0,415 chrXII 671463 . T C 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=18.57;ReadPosRankSum=1.605;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1556,171,0 chrXII 671465 . G A 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=18.63;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1579,165,0 chrXII 671555 . C T 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=17.82;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:1672,174,0 chrXII 671563 . T C 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=17.82;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1726,189,0 chrXII 671612 . A C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:609,0,572 chrXII 671669 . G A 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=20.47;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1200,132,0 chrXII 671703 . A G 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.003;DP=81;Dels=0.00;FS=3.060;HaplotypeScore=11.3204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.087;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:81:99:719,0,594 chrXII 671821 . T C 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=5.563;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=22.87;ReadPosRankSum=1.588;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1680,186,0 chrXII 671956 . A C 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=18.44;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1416,162,0 chrXII 672242 . G A 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=22.71;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:828,87,0 chrXII 672265 . A G 671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=18.14;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:704,78,0 chrXII 672293 . A G 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=13.82;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:63:572,63,0 chrXII 672317 . T C 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=14.45;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:84:770,84,0 chrXII 672355 . G C 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=18.18;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1124,126,0 chrXII 672394 . C T 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.07;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1398,147,0 chrXII 672505 . G C 1592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=21.81;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1625,180,0 chrXII 672556 . T G 2006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.925;DP=97;Dels=0.00;FS=2.601;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=20.68;ReadPosRankSum=2.904;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:97:99:2039,222,0 chrXII 672637 . T C 2327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=25.02;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2360,261,0 chrXII 672683 . T G 1817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=24.89;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1850,204,0 chrXII 672778 . C A 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=19.78;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1714,186,0 chrXII 672956 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.868;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:403,0,512 chrXII 673080 . T C 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;QD=22.04;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1245,135,0 chrXII 673090 . T C 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.674;DP=61;Dels=0.00;FS=9.492;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=20.18;ReadPosRankSum=2.881;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:61:99:1264,138,0 chrXII 673111 . A G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;DP=80;Dels=0.00;FS=20.171;HaplotypeScore=11.1603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.476;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:708,0,695 chrXII 673274 . T C 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:1113,123,0 chrXII 673337 . G A 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.023;DP=58;Dels=0.00;FS=2.478;HaplotypeScore=29.3397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=0.39;ReadPosRankSum=1.672;SB=-2.928e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:6:54,6,0 chrXII 673346 . A G 289.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.856;DP=54;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.80;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:319,0,286 chrXII 673354 . C G 846 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=13.87;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:96:879,96,0 chrXII 673355 . T A 305.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.529;DP=62;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.261;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.697;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:335,0,371 chrXII 673369 . G A 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=86.6714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.81;MQ0=0;QD=12.89;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1064,111,0 chrXII 673405 . T C 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DP=122;Dels=0.00;FS=2.691;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:122:99:726,0,805 chrXII 673436 . T C 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=17.61;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:1988,216,0 chrXII 673500 . G T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=64;Dels=0.00;FS=6.757;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:581,0,611 chrXII 673533 . A G 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=66;Dels=0.00;FS=3.216;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.626;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1253,135,0 chrXII 673539 . G A 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=17.28;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1087,117,0 chrXII 673886 . G A 2150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=19.91;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2183,240,0 chrXII 673905 . G A 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.452;DP=113;Dels=0.00;FS=1.653;HaplotypeScore=8.8194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.612;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,60:113:99:915,0,914 chrXII 674025 . G A 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.612;DP=129;Dels=0.00;FS=5.909;HaplotypeScore=7.7509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.606;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,56:129:99:1122,0,1403 chrXII 674079 . A C 2297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=55.5442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=19.30;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2330,249,0 chrXII 674116 . T C 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=125;Dels=0.01;FS=1.449;HaplotypeScore=19.0774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.855;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,55:124:99:531,0,1083 chrXII 674152 . A G 2499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=17.60;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.730e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:142:99:2532,282,0 chrXII 674158 . C T 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=143;Dels=0.00;FS=3.017;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=2.516;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.586;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,82:143:99:1256,0,691 chrXII 674199 . A G 2539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=19.38;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:131:99:2572,282,0 chrXII 674615 . G A 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1458,153,0 chrXII 674624 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=68;Dels=0.00;FS=3.368;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.579;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:558,0,407 chrXII 674647 . G A 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=17.26;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:68:99:1207,129,0 chrXII 674711 . T C 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=18.83;ReadPosRankSum=1.312;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1276,122,0 chrXII 674763 . T A 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=16.81;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1075,120,0 chrXII 674781 . T C 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=63;Dels=0.00;FS=2.452;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=17.60;ReadPosRankSum=3.307;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:63:99:1142,126,0 chrXII 674877 . A G 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=22.91;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:835,90,0 chrXII 674975 . C G 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=23.02;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:54:99:1276,141,0 chrXII 675001 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.374;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.235;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:639,0,852 chrXII 675042 . G A 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=18.91;ReadPosRankSum=1.179;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:98:99:1886,207,0 chrXII 675229 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=78;Dels=0.00;FS=6.919;HaplotypeScore=14.8673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.109;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:78:99:571,0,661 chrXII 675312 . C T 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;DP=98;Dels=0.00;FS=11.738;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:98:99:866,0,760 chrXII 675358 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.394;DP=107;Dels=0.00;FS=17.399;HaplotypeScore=4.2139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:741,0,1051 chrXII 675394 . T A 2339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-1.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:118:99:2372,249,0 chrXII 675407 . C T 2016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=18.00;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2049,222,0 chrXII 675607 . T C 1285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=136;Dels=0.00;FS=0.692;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.488;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,84:136:99:1315,0,758 chrXII 675608 . C A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,54:142:99:847,0,1271 chrXII 675924 . T C 2225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=19.87;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2258,252,0 chrXII 675925 . A G 2206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=19.35;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2239,252,0 chrXII 675961 . C G 3424.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.38;SB=-1.925e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:168:99:3424,372,0 chrXII 676076 . G C 3664.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.7923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.970e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:174:99:3664,399,0 chrXII 676609 . G A 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2347,249,0 chrXII 676612 . C G 2244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=19.18;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:117:99:2277,255,0 chrXII 676835 . T C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,43:62:99:710,0,284 chrXII 676885 . G A 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=24.97;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1681,174,0 chrXII 676925 . G C 1945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1978,210,0 chrXII 676937 . T C 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=83;Dels=0.00;FS=7.420;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:705,0,789 chrXII 677005 . A G 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=22.29;ReadPosRankSum=1.677;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1437,159,0 chrXII 677132 . C T 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.49;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1466,153,0 chrXII 677164 . A G 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DP=63;Dels=0.00;FS=10.361;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=19.73;ReadPosRankSum=2.663;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1276,141,0 chrXII 677241 . G A 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.484;DP=99;Dels=0.00;FS=16.271;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.699;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:99:99:1022,0,774 chrXII 677323 . A G 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=22.13;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1029,111,0 chrXII 677357 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.083;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:266,0,517 chrXII 677608 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;DP=58;Dels=0.00;FS=2.238;HaplotypeScore=12.6511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=6.19;ReadPosRankSum=-2.102;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:389,0,412 chrXII 677675 . G A 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=20.98;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1229,132,0 chrXII 677699 . T G 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1080,120,0 chrXII 677766 . C T 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:632,0,701 chrXII 677814 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=73;Dels=0.00;FS=6.636;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.893;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:561,0,734 chrXII 677829 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;DP=68;Dels=0.00;FS=4.901;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:675,0,523 chrXII 677900 . T C 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=24.59;ReadPosRankSum=1.609;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1410,150,0 chrXII 677991 . G A 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=15.82;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:571,63,0 chrXII 678096 . T C 2294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=104;Dels=0.00;FS=4.288;HaplotypeScore=3.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=22.06;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:104:99:2327,255,0 chrXII 678194 . C T 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.86;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1432,150,0 chrXII 678427 . G T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=47;Dels=0.00;FS=6.328;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:318,0,510 chrXII 678531 . C T 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=21.54;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1347,141,0 chrXII 678619 . C T 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=21.29;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1055,111,0 chrXII 678645 . T C 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.26;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1245,132,0 chrXII 678751 . T C 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=21.35;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1250,135,0 chrXII 678793 . C G 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=20.81;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1344,147,0 chrXII 678817 . T A 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=17.71;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1149,129,0 chrXII 679157 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;DP=103;Dels=0.00;FS=2.613;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.685;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:103:99:728,0,1095 chrXII 679180 . G A 2534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=23.68;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2567,273,0 chrXII 679296 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;DP=81;Dels=0.00;FS=0.890;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=2.129;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:606,0,1012 chrXII 679403 . T C 1570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.81;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1603,174,0 chrXII 679496 . A G 1596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=19.95;ReadPosRankSum=1.689;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1629,186,0 chrXII 679600 . C T 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=18.94;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1719,189,0 chrXII 679807 . G A 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=21.52;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1410,150,0 chrXII 680005 . A C 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=22.32;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1484,162,0 chrXII 680159 . C T 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=24.26;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1683,177,0 chrXII 680346 . T C 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=17.87;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1177,129,0 chrXII 680364 . C T 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=17.55;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1191,123,0 chrXII 680887 . G A 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.547;DP=113;Dels=0.00;FS=2.464;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:828,0,1004 chrXII 680926 . G A 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=19.31;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2331,246,0 chrXII 680974 . A G 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1699,186,0 chrXII 681097 . T C 3068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.56;SB=-1.785e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:3101,339,0 chrXII 681563 . A G 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=17.98;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1022,111,0 chrXII 681614 . G A 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=20.34;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1355,144,0 chrXII 681851 . A G 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.60;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1578,174,0 chrXII 682248 . A C 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=20.70;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:111:99:2331,258,0 chrXII 682445 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=62;Dels=0.00;FS=3.741;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.654;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:62:99:344,0,737 chrXII 682830 . G A 2065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.69;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2098,216,0 chrXII 682839 . C A 2146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2179,225,0 chrXII 682874 . T C 2154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.13;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2187,240,0 chrXII 683405 . T C 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=17.43;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1218,135,0 chrXII 683462 . G A 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=20.45;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1219,129,0 chrXII 683588 . T G 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.675;DP=53;Dels=0.00;FS=4.230;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.081;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:442,0,480 chrXII 683664 . C A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=59;Dels=0.00;FS=5.657;HaplotypeScore=5.1814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:59:99:583,0,441 chrXII 683688 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;DP=60;Dels=0.00;FS=3.169;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:504,0,651 chrXII 683787 . T G 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;DP=44;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.592;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:44:99:190,0,739 chrXII 683798 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=25.52;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1207,129,0 chrXII 683834 . G A 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=57;Dels=0.00;FS=9.565;HaplotypeScore=2.5677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,41:57:99:887,0,188 chrXII 683858 . T C 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=78;Dels=0.00;FS=2.664;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=21.76;ReadPosRankSum=2.387;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1730,198,0 chrXII 684068 . T G 1974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.69;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2007,219,0 chrXII 684167 . T C 2758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=26.02;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2791,294,0 chrXII 684641 . T C 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=101;Dels=0.00;FS=3.872;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=17.61;ReadPosRankSum=1.628;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:1812,198,0 chrXII 684650 . T A 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=19.27;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2037,210,0 chrXII 684653 . T C 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=109;Dels=0.00;FS=7.360;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=17.50;ReadPosRankSum=2.359;SB=-1.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:1941,213,0 chrXII 684785 . G A 2911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=23.67;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2944,306,0 chrXII 685228 . A T 2648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=21.70;SB=-1.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2681,288,0 chrXII 685721 . A T 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=82;Dels=0.05;FS=4.007;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.555;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1472,156,0 chrXII 685853 . T C 2466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.82;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2499,270,0 chrXII 686000 . C T 2532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=21.83;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2565,270,0 chrXII 686213 . G A 2456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=24.32;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2489,258,0 chrXII 686636 . C T 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=22.73;SB=-1.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3261,345,0 chrXII 686785 . G A 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=21.38;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1551,162,0 chrXII 686789 . G A 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=18.57;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1407,150,0 chrXII 687405 . T C 954 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=15.39;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:987,105,0 chrXII 687646 . G A 1632 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.56;MQ0=0;QD=25.11;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1665,186,0 chrXII 687662 . T C 1753 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.44;MQ0=0;QD=26.56;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1786,192,0 chrXII 687735 . T A 110.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.747;SB=-1.373e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:15:143,15,0 chrXII 687769 . G T 285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.73;MQ0=0;QD=25.91;SB=-3.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:318,33,0 chrXII 687807 . A T 281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.40;MQ0=0;QD=23.42;SB=-8.599e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:33:314,33,0 chrXII 687816 . G A 327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.73;MQ0=0;QD=25.15;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:360,36,0 chrXII 687973 . A C 152.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.84;MQ0=0;QD=6.61;SB=-5.507e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:21:185,21,0 chrXII 688077 . G A 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.08;MQ0=0;QD=21.40;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:675,75,0 chrXII 688146 . T C 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=22.52;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:776,87,0 chrXII 688227 . C A 460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.26;MQ0=0;QD=14.84;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54:493,54,0 chrXII 688237 . T G 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=0;QD=13.61;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:48:414,48,0 chrXII 688246 . C A 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.04;MQ0=0;QD=14.47;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:467,54,0 chrXII 688263 . T A 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.088;DP=49;Dels=0.00;FS=2.466;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=9.65;ReadPosRankSum=2.968;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:60:506,60,0 chrXII 688265 . G A 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=8.73;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:54:461,54,0 chrXII 688326 . T C 1745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=19.83;ReadPosRankSum=1.693;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1778,195,0 chrXII 688347 . C T 2157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=21.36;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2190,234,0 chrXII 688417 . C T 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=20.72;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1587,168,0 chrXII 688424 . C G 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=20.39;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1746,195,0 chrXII 688445 . C G 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=19.10;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1408,153,0 chrXII 688464 . G A 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=20.44;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1627,171,0 chrXII 688522 . C T 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=20.72;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1939,210,0 chrXII 688604 . T C 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=18.91;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:1829,204,0 chrXII 688606 . T A 1998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=21.48;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2031,213,0 chrXII 688733 . T C 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=17.48;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1012,111,0 chrXII 688772 . T C 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=17.47;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1081,120,0 chrXII 688789 . C T 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=17.23;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1015,108,0 chrXII 688902 . G A 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=22.05;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1268,115,0 chrXII 688961 . C T 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=23.59;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1708,186,0 chrXII 689147 . G A 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=26.32;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:63:612,63,0 chrXII 689216 . G T 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=24.12;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:660,69,0 chrXII 689323 . A G 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=24.30;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:689,75,0 chrXII 689355 . T G 462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=18.48;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:54:495,54,0 chrXII 689357 . C T 483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=18.58;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:516,54,0 chrXII 689502 . G C 317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=11.74;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:350,39,0 chrXII 689510 . G A 277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=11.54;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:33:310,33,0 chrXII 689527 . A G 405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=16.87;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:438,48,0 chrXII 689587 . T C 581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.35;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69:614,69,0 chrXII 689626 . T C 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=22.48;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:685,75,0 chrXII 689719 . G A 939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=22.36;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:972,102,0 chrXII 689793 . A G 387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=17.59;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:420,45,0 chrXII 689916 . C T 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=19.69;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:860,93,0 chrXII 689955 . C T 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=22.61;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1299,135,0 chrXII 690015 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:67:99:573,0,517 chrXII 690162 . T C 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=56;Dels=0.00;FS=3.067;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.170;QD=23.07;ReadPosRankSum=2.362;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1325,144,0 chrXII 690274 . G A 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=18.55;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1981,207,0 chrXII 690280 . A G 1869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=19.88;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1902,213,0 chrXII 690475 . C T 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=19.42;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2111,225,0 chrXII 690479 . C T 2087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=20.07;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2120,222,0 chrXII 690497 . T C 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.564;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:1928,216,0 chrXII 690766 . C T 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=20.12;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:1864,204,0 chrXII 691332 . A T 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.62;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1707,183,0 chrXII 691605 . A G 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.13;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1829,201,0 chrXII 691647 . T C 1919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:1952,216,0 chrXII 691716 . C T 2127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=24.45;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:2160,222,0 chrXII 691842 . A G 1813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=22.38;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1846,201,0 chrXII 691866 . A G 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=20.03;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:88:99:1796,201,0 chrXII 692043 . A C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.251;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=4.92;ReadPosRankSum=-2.134;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,27:79:99:419,0,1057 chrXII 692160 . C T 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=18.70;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1398,153,0 chrXII 692181 . T C 1421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=19.47;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1454,156,0 chrXII 692874 . T C 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DP=86;Dels=0.00;FS=2.635;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=23.06;ReadPosRankSum=2.392;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:86:99:2016,219,0 chrXII 693267 . C T 4128.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=23.19;SB=-2.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:178:99:4128,438,0 chrXII 693525 . T C 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=147;Dels=0.00;FS=3.187;HaplotypeScore=8.6168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.214;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,66:147:99:1130,0,1335 chrXII 693579 . A G 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.76;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1886,204,0 chrXII 693615 . C T 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.37;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1500,162,0 chrXII 693687 . C T 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=20.74;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1132,114,0 chrXII 693756 . G A 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=15.42;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:93:881,93,0 chrXII 693786 . T C 688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=14.33;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:78:721,78,0 chrXII 693904 . A G 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=20.44;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1096,114,0 chrXII 694170 . G A 2126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=25.01;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2159,231,0 chrXII 694211 . C T 1378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=24.18;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1411,147,0 chrXII 694318 . C T 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2122,219,0 chrXII 694377 . C T 2129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=17.74;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2162,243,0 chrXII 694826 . A T 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=16.08;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:644,75,0 chrXII 694841 . T C 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=19.19;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:87:839,87,0 chrXII 694915 . T C 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=20.81;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1136,123,0 chrXII 694939 . A G 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=19.64;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1349,150,0 chrXII 694951 . A G 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=20.44;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1484,140,0 chrXII 694982 . C T 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.23;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1450,153,0 chrXII 696350 . A G 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=23.95;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1877,201,0 chrXII 696384 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;DP=83;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.554;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:550,0,852 chrXII 696795 . A G 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=20.80;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2134,234,0 chrXII 696819 . C T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.124;DP=91;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:91:99:775,0,611 chrXII 696862 . G A 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=16.48;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1104,114,0 chrXII 696967 . T C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.801;DP=81;Dels=0.00;FS=4.415;HaplotypeScore=30.0053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:81:99:702,0,161 chrXII 696990 . T C 1981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.284;DP=92;Dels=0.00;FS=5.038;HaplotypeScore=4.7776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=21.53;ReadPosRankSum=2.269;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:92:99:2014,213,0 chrXII 697072 . G T 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;DP=87;Dels=0.00;FS=7.375;HaplotypeScore=5.0248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:768,0,769 chrXII 697198 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;DP=83;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:658,0,903 chrXII 697261 . A G 2963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=142;Dels=0.00;FS=12.010;HaplotypeScore=10.2666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=20.87;ReadPosRankSum=1.606;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,132:142:99:2996,342,0 chrXII 697759 . C T 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.06;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1698,180,0 chrXII 698350 . A G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DP=60;Dels=0.00;FS=20.152;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:434,0,581 chrXII 698944 . G A 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=18.01;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1528,162,0 chrXII 699067 . C T 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=19.22;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1340,150,0 chrXII 699181 . T C 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=25.00;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1683,180,0 chrXII 699477 . T C 1166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DP=131;Dels=0.00;FS=1.380;HaplotypeScore=5.9595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,64:131:99:1196,0,1060 chrXII 699478 . T C 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.422;DP=133;Dels=0.00;FS=2.207;HaplotypeScore=8.3690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.715;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,67:133:99:943,0,1221 chrXII 699566 . A G 2551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=117;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=21.80;ReadPosRankSum=2.407;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:117:99:2584,282,0 chrXII 699870 . T C 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=22.71;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2009,219,0 chrXII 699895 . C T 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=21.36;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1827,192,0 chrXII 700111 . G A 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=22.76;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1558,162,0 chrXII 700524 . C A 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.06;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1136,117,0 chrXII 700890 . T A 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.55;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1163,120,0 chrXII 701265 . A G 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=45;Dels=0.00;FS=13.522;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.578;QD=24.42;ReadPosRankSum=1.578;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1132,123,0 chrXII 701540 . C T 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=25.40;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:57:541,57,0 chrXII 701665 . A G 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=19.43;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1160,126,0 chrXII 701793 . A T 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=16.41;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:81:755,81,0 chrXII 702075 . C T 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=15.57;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:578,63,0 chrXII 702204 . T C 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.54;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1024,108,0 chrXII 702318 . T C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=60;Dels=0.00;FS=5.887;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:687,0,372 chrXII 702363 . G A 1427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=19.82;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1460,165,0 chrXII 702384 . T C 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=20.29;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1352,144,0 chrXII 702585 . C G 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=23.09;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1811,198,0 chrXII 702788 . G A 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=22.21;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2276,246,0 chrXII 702936 . A G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.874;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:73:99:678,0,350 chrXII 702990 . T C 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=92;Dels=0.00;FS=10.000;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=18.70;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:1753,198,0 chrXII 703102 . C T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;DP=101;Dels=0.00;FS=8.758;HaplotypeScore=9.3780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:101:99:916,0,738 chrXII 703356 . C A 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=19.24;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:745,78,0 chrXII 703572 . G A 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=17.62;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1002,108,0 chrXII 703611 . A G 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=50;Dels=0.00;FS=9.824;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:50:99:211,0,460 chrXII 703659 . G A 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=18.78;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1141,123,0 chrXII 703815 . C T 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=21.07;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:644,69,0 chrXII 703971 . T C 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=24.62;ReadPosRankSum=1.635;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1806,189,0 chrXII 704021 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=67;Dels=0.00;FS=12.956;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.875;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:586,0,587 chrXII 704386 . C G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:88:99:482,0,542 chrXII 704793 . A G 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.170;DP=53;Dels=0.00;FS=8.170;HaplotypeScore=7.9662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=20.92;ReadPosRankSum=1.797;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1142,126,0 chrXII 704829 . G A 1558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=24.34;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1591,165,0 chrXII 704992 . T G 273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=13.65;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:33:306,33,0 chrXII 705020 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=26;Dels=0.00;FS=3.769;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.133;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:175,0,170 chrXII 705029 . C T 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:749,81,0 chrXII 705093 . C T 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=19.18;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1452,142,0 chrXII 705096 . A T 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=22.46;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1785,186,0 chrXII 705118 . T C 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=19.59;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1816,198,0 chrXII 705128 . A G 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=16.60;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1477,165,0 chrXII 705191 . G A 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=96;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=5.3249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=20.54;ReadPosRankSum=1.696;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2005,219,0 chrXII 705209 . G A 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=18.77;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1553,174,0 chrXII 705221 . C T 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=20.47;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1548,162,0 chrXII 705602 . C T 1393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;DP=125;Dels=0.00;FS=3.370;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,75:125:99:1423,0,920 chrXII 705704 . A G 2107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=90;Dels=0.00;FS=5.759;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.866;QD=23.41;ReadPosRankSum=2.922;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:2140,231,0 chrXII 705749 . G A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=124;Dels=0.00;FS=0.691;HaplotypeScore=18.0302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,49:124:99:836,0,1322 chrXII 706112 . T C 1354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.652;DP=164;Dels=0.00;FS=0.699;HaplotypeScore=12.0724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=2.687;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.769;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,84:164:99:1384,0,1224 chrXII 706365 . G A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.777;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:362,0,145 chrXII 706444 . A G 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=21.41;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1232,138,0 chrXII 706747 . G A 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=17.14;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1010,105,0 chrXII 706756 . T C 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.97;MQ0=0;QD=13.63;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:93:837,93,0 chrXII 706780 . A G 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.43;MQ0=0;QD=10.21;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:63:605,63,0 chrXII 706789 . A G 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;QD=9.93;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:66:599,66,0 chrXII 706807 . G A 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=11.93;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:75:737,75,0 chrXII 706906 . T C 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.673;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1295,141,0 chrXII 706966 . C T 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=18.53;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1886,207,0 chrXII 706978 . A G 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1809,198,0 chrXII 707020 . T C 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=16.71;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1119,123,0 chrXII 707098 . T C 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=54;Dels=0.00;FS=6.829;HaplotypeScore=5.2190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=1.536;QD=15.69;ReadPosRankSum=1.602;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:93:880,93,0 chrXII 707238 . C T 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=21.55;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1240,129,0 chrXII 707302 . C T 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=18.59;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1520,165,0 chrXII 707305 . T C 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=20.07;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1558,165,0 chrXII 707318 . A G 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=16.63;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1280,141,0 chrXII 707644 . A G 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=76;Dels=0.00;FS=10.024;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=21.61;ReadPosRankSum=2.384;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:1675,183,0 chrXII 707757 . A G 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=113;Dels=0.00;FS=6.787;HaplotypeScore=11.0535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=16.84;ReadPosRankSum=2.319;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:113:99:1936,234,0 chrXII 707758 . T A 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=16.84;SB=-1.379e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:1936,234,0 chrXII 707772 . G C 2305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=19.21;SB=-1.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2338,255,0 chrXII 707950 . G A 2628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.27;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2661,279,0 chrXII 708185 . G A 1971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=18.42;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2004,216,0 chrXII 708261 . T C 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=21.08;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1972,213,0 chrXII 708383 . A T 2578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=114;Dels=0.00;FS=3.502;HaplotypeScore=7.7945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=22.61;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:114:99:2611,282,0 chrXII 708425 . C T 2441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=23.70;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2474,261,0 chrXII 708567 . C T 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.79;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1689,183,0 chrXII 708595 . G A 1814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=21.09;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1847,195,0 chrXII 708796 . C T 1555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=0;QD=20.19;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1588,168,0 chrXII 708814 . A T 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.01;MQ0=0;QD=21.90;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1522,159,0 chrXII 708837 . T G 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=19.43;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1199,132,0 chrXII 708840 . G A 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=18.00;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1167,120,0 chrXII 708955 . C T 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.05;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:959,102,0 chrXII 709059 . A G 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=16.28;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:505,54,0 chrXII 709063 . A T 484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;QD=15.61;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54:517,54,0 chrXII 709102 . T A 311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.42;MQ0=0;QD=14.81;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:36:344,36,0 chrXII 709175 . G C 347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:42:380,42,0 chrXII 709384 . A G 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.40;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1086,123,0 chrXII 709537 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.369;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:283,0,207 chrXII 709879 . G A 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;QD=21.88;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:755,87,0 chrXII 709888 . T C 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=18.67;ReadPosRankSum=1.559;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:84:780,84,0 chrXII 710056 . T C 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=20.28;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1757,198,0 chrXII 710068 . C A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=21.75;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:87:99:1925,201,0 chrXII 710090 . A G 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=21.05;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1696,180,0 chrXII 710116 . A G 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.633;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1433,156,0 chrXII 710157 . A G 1338 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.498;DP=74;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=18.08;ReadPosRankSum=1.685;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1371,150,0 chrXII 710161 . A G 1279 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;QD=17.76;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1312,144,0 chrXII 710167 . G A 1254 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.78;MQ0=0;QD=17.91;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1287,135,0 chrXII 710215 . G A 2231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=21.45;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2264,249,0 chrXII 710283 . T G 3384.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=25.25;SB=-1.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:3384,366,0 chrXII 710358 . T G 1850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=22.29;ReadPosRankSum=1.690;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1883,207,0 chrXII 710493 . A T 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=22.03;ReadPosRankSum=1.694;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2016,207,0 chrXII 710635 . C T 2735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=24.20;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2768,291,0 chrXII 710704 . G A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=21.82;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1691,171,0 chrXII 710709 . G A 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=18.39;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1449,150,0 chrXII 710871 . G A 2242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=23.60;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2275,234,0 chrXII 710894 . C G 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=19.74;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:82:99:1652,180,0 chrXII 711045 . T G 1840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=16.73;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:110:99:1873,201,0 chrXII 711058 . T C 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.93;MQ0=0;QD=15.82;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1662,183,0 chrXII 711067 . C T 1655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.74;MQ0=0;QD=16.72;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1688,177,0 chrXII 711312 . C T 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=22.56;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1612,168,0 chrXII 711337 . A G 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:72:99:1401,162,0 chrXII 711354 . G T 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=16.92;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1471,162,0 chrXII 711432 . C T 1587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=20.88;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1620,168,0 chrXII 711837 . T G 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=25.06;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1637,177,0 chrXII 712040 . C T 2614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.93;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2647,288,0 chrXII 712134 . T C 2390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=23.20;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2423,264,0 chrXII 712302 . C T 1768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=20.56;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1801,201,0 chrXII 712581 . C T 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=17.72;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:990,99,0 chrXII 712942 . T C 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=17.35;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:571,66,0 chrXII 712958 . C T 524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.28;MQ0=0;QD=15.41;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:557,57,0 chrXII 712973 . T C 326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=10.19;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:39:359,39,0 chrXII 712990 . A C 77.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.69;SB=-2.652e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:12:110,12,0 chrXII 713059 . C T 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=10.81;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:87:844,87,0 chrXII 713068 . T A 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=9.80;ReadPosRankSum=2.060;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:93:876,93,0 chrXII 713180 . G T 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=20.39;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1440,153,0 chrXII 713420 . C G 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DP=109;Dels=0.00;FS=5.965;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:109:99:809,0,1033 chrXII 713479 . T C 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=21.15;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1577,168,0 chrXII 713507 . A G 977 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=64;Dels=0.00;FS=4.082;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1010,111,0 chrXII 713513 . G A 869 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.77;MQ0=0;QD=14.98;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:902,102,0 chrXII 713516 . T C 834 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=14.89;ReadPosRankSum=1.669;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:96:867,96,0 chrXII 713543 . A C 541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.79;MQ0=0;QD=13.20;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:63:574,63,0 chrXII 713644 . A G 1190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=19.51;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1223,132,0 chrXII 713693 . G C 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=19.51;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1555,174,0 chrXII 713843 . T C 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=19.88;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1405,153,0 chrXII 713994 . A C 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.769;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:116,0,452 chrXII 714002 . G A 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=16.61;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:631,69,0 chrXII 714020 . G A 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=17.21;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:945,99,0 chrXII 714062 . A G 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.626;QD=19.83;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1322,144,0 chrXII 714134 . A G 1085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=63;Dels=0.00;FS=15.420;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=17.22;ReadPosRankSum=2.856;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1118,123,0 chrXII 714158 . A G 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.361;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=17.04;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:987,111,0 chrXII 714185 . G A 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=15.64;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:93:862,93,0 chrXII 714200 . C T 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=15.42;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96:850,96,0 chrXII 714302 . G A 2570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=18.49;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:139:99:2603,294,0 chrXII 714320 . G T 2143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=20.22;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2176,228,0 chrXII 714407 . A G 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=22.41;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:79:99:1803,195,0 chrXII 714439 . G A 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=23.48;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2099,222,0 chrXII 714546 . G A 2181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=17.73;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2214,234,0 chrXII 714587 . C T 4042.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.97;SB=-2.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:184:99:4042,423,0 chrXII 714641 . G A 3489.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=20.65;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:3489,387,0 chrXII 714932 . C T 1420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DP=141;Dels=0.00;FS=0.681;HaplotypeScore=14.5047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=10.07;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,76:141:99:1450,0,1026 chrXII 714966 . G C 3276.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.14;SB=-1.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:148:99:3276,354,0 chrXII 715068 . G A 2252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1.361e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2285,234,0 chrXII 715073 . C A 1920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=16.84;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:1953,213,0 chrXII 715129 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;DP=92;Dels=0.00;FS=1.718;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=7.12;ReadPosRankSum=2.097;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:92:99:685,0,360 chrXII 715235 . C T 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.93;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1432,150,0 chrXII 715595 . A G 2297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=3.316;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=22.30;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2330,255,0 chrXII 715622 . A C 2649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.115;DP=123;Dels=0.00;FS=22.674;HaplotypeScore=9.4820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=21.54;ReadPosRankSum=4.068;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:123:99:2682,297,0 chrXII 715772 . G T 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.16;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1492,156,0 chrXII 715867 . C T 1804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=21.48;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1837,195,0 chrXII 715886 . G A 1919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=21.81;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1952,207,0 chrXII 715955 . C T 1921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=24.63;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1954,207,0 chrXII 715982 . G A 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=22.31;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1751,186,0 chrXII 716177 . C T 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.78;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1155,120,0 chrXII 716369 . G A 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=19.55;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1206,126,0 chrXII 716399 . C T 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=21.65;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1375,144,0 chrXII 716594 . T C 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=79;Dels=0.00;FS=2.816;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=21.68;ReadPosRankSum=2.325;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1746,195,0 chrXII 716777 . G A 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=15.80;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:76:99:1234,138,0 chrXII 716852 . A C 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=59;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=20.98;ReadPosRankSum=2.365;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:59:99:1271,144,0 chrXII 717136 . G A 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=25.70;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1472,153,0 chrXII 717181 . T C 1797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=25.67;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1830,195,0 chrXII 717475 . G A 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.09;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1488,153,0 chrXII 717529 . C T 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.94;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2006,210,0 chrXII 717712 . A G 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=24.33;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1931,213,0 chrXII 717897 . G T 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=23.87;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1704,174,0 chrXII 717949 . G C 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:73:99:1420,150,0 chrXII 717952 . T C 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=21.35;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1442,147,0 chrXII 718104 . G A 352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;QD=12.57;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:42:385,42,0 chrXII 718154 . A G 535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=11.15;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:63:568,63,0 chrXII 718211 . G A 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=19.89;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:570,60,0 chrXII 718266 . A G 332 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=17.47;SB=-7.595e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:39:365,39,0 chrXII 718278 . T A 552 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=14.53;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:66:585,66,0 chrXII 718479 . T C 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=20.60;ReadPosRankSum=2.333;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:898,99,0 chrXII 718515 . A G 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=18.26;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:891,99,0 chrXII 718521 . T C 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=18.76;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:952,105,0 chrXII 718593 . G A 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.68;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1572,162,0 chrXII 718821 . T C 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=24.67;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1291,141,0 chrXII 718878 . G A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.682;DP=82;Dels=0.00;FS=2.970;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.232;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:863,0,656 chrXII 718896 . G A 1914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=22.00;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1947,213,0 chrXII 718962 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.311;DP=89;Dels=0.00;FS=6.905;HaplotypeScore=9.6074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.145;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:721,0,819 chrXII 719036 . T C 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.54;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1318,141,0 chrXII 719106 . G A 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=23.56;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1046,111,0 chrXII 719400 . G A 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.20;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1164,129,0 chrXII 719436 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;DP=63;Dels=0.00;FS=2.118;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.420;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:556,0,678 chrXII 719509 . T C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:449,0,479 chrXII 719618 . A G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=85;Dels=0.00;FS=0.839;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.330;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:85:99:544,0,531 chrXII 719858 . T G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=53;Dels=0.00;FS=5.731;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.218;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:53:99:448,0,329 chrXII 719882 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.060;DP=49;Dels=0.00;FS=4.029;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:466,0,302 chrXII 719910 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=55;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.314;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:529,0,302 chrXII 720191 . A G 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=99;Dels=0.00;FS=9.072;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.822;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:99:99:978,0,700 chrXII 720526 . T A 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.088;DP=174;Dels=0.00;FS=2.489;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.041;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,89:174:99:1308,0,1055 chrXII 720539 . G A 1272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.692;DP=163;Dels=0.00;FS=0.676;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=7.80;ReadPosRankSum=2.239;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,81:163:99:1302,0,1220 chrXII 721200 . T C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=40;Dels=0.00;FS=1.266;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.711;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:450,0,265 chrXII 721257 . G A 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.71;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:987,99,0 chrXII 721436 . A C 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;DP=81;Dels=0.00;FS=5.945;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:81:99:874,0,544 chrXII 721538 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;DP=89;Dels=0.00;FS=2.927;HaplotypeScore=11.9994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.795;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:89:99:796,0,905 chrXII 721788 . C T 3053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.61;SB=-1.590e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3086,327,0 chrXII 721983 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;DP=54;Dels=0.00;FS=1.058;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.802;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:406,0,445 chrXII 721984 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.379;DP=51;Dels=0.00;FS=3.896;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.808;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:415,0,386 chrXII 722023 . A G 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=17.37;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1075,117,0 chrXII 722079 . A T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;DP=93;Dels=0.00;FS=4.726;HaplotypeScore=12.7333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.408;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:93:99:620,0,662 chrXII 722344 . C G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;DP=46;Dels=0.00;FS=12.202;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:46:99:290,0,527 chrXII 722380 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=43;Dels=0.00;FS=5.045;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:43:99:227,0,484 chrXII 722447 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;DP=42;Dels=0.00;FS=1.270;HaplotypeScore=1.8907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.324;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:212,0,484 chrXII 722471 . T A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:345,0,390 chrXII 722507 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:227,0,273 chrXII 722593 . T C 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DP=62;Dels=0.00;FS=3.410;HaplotypeScore=6.0117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.719;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:531,0,608 chrXII 722617 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:437,0,636 chrXII 722657 . G T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=57;Dels=0.00;FS=2.223;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=2.245;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.414;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:384,0,451 chrXII 722745 . C G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=47;Dels=0.00;FS=15.425;HaplotypeScore=4.9890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:47:99:303,0,490 chrXII 722850 . G A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.943;DP=74;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.247;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:282,0,629 chrXII 723004 . T C 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;DP=26;Dels=0.00;FS=4.483;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.882;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:159,0,137 chrXII 723252 . G A 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=43;Dels=0.00;FS=2.161;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:88:88,0,341 chrXII 723283 . G C 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;DP=41;Dels=0.00;FS=4.197;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.385;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:41:68:68,0,363 chrXII 723290 . A G 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.087;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:108,0,369 chrXII 723319 . T G 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.414;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:131,0,347 chrXII 723329 . A G 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;DP=34;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-4.405;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.243;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:70:70,0,372 chrXII 723330 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=35;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.417;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.650;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:62:62,0,463 chrXII 723342 . C T 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=42;Dels=0.00;FS=3.354;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.638;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.589;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:88:88,0,483 chrXII 723355 . T C 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;DP=43;Dels=0.00;FS=1.602;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.508;QD=0.33;ReadPosRankSum=2.372;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:44:44,0,622 chrXII 723463 . T C 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.62;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:796,90,0 chrXII 723739 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:74:99:651,0,683 chrXII 723998 . C A 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.06;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1509,168,0 chrXII 724131 . A G 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.947;DP=70;Dels=0.00;FS=7.124;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:693,0,745 chrXII 724534 . A G 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=16.83;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1430,159,0 chrXII 724833 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DP=61;Dels=0.00;FS=3.660;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.339;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:624,0,432 chrXII 724901 . C T 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=23.49;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1654,174,0 chrXII 725191 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=68;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.263;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.668;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:595,0,473 chrXII 725284 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.158;DP=80;Dels=0.00;FS=19.352;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.961;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:80:99:392,0,958 chrXII 725476 . A G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.441;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:91:99:634,0,648 chrXII 725538 . C T 1999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=19.79;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2032,213,0 chrXII 725542 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;DP=100;Dels=0.00;FS=1.834;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,36:100:99:450,0,1161 chrXII 725578 . T C 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=17.73;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1948,210,0 chrXII 725584 . G C 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DP=121;Dels=0.00;FS=1.446;HaplotypeScore=4.9606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,67:121:99:872,0,910 chrXII 725693 . A T 2747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=112;Dels=0.00;FS=4.543;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=24.53;ReadPosRankSum=1.701;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2780,291,0 chrXII 725936 . G A 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=22.26;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1836,192,0 chrXII 726025 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.104;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:663,0,288 chrXII 726161 . C G 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=20.27;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:945,102,0 chrXII 726449 . G A 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.27;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1057,114,0 chrXII 726556 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;DP=25;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.027;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:208,0,228 chrXII 726580 . A G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=35;Dels=0.00;FS=8.039;HaplotypeScore=6.4282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:214,0,324 chrXII 726801 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.575;DP=29;Dels=0.00;FS=6.329;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.489;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:29:99:285,0,198 chrXII 726848 . A G 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.67;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:878,99,0 chrXII 727094 . G A 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=21.68;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:72:640,72,0 chrXII 727106 . T C 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=22.74;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:647,72,0 chrXII 727328 . A G 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=19.83;ReadPosRankSum=1.617;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:69:628,69,0 chrXII 727454 . C T 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=20.29;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:662,69,0 chrXII 727539 . T C 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.24;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:668,72,0 chrXII 727688 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DP=46;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.160;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:352,0,557 chrXII 727901 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;DP=57;Dels=0.00;FS=1.106;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.296;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:57:99:298,0,720 chrXII 727931 . G A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=46;Dels=0.00;FS=4.599;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:168,0,467 chrXII 728027 . A G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=66;Dels=0.00;FS=8.548;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.064;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:417,0,665 chrXII 728082 . G A 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=21.34;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1932,204,0 chrXII 728574 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=56;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:672,0,380 chrXII 728635 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=40;Dels=0.00;FS=3.287;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.468;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:446,0,204 chrXII 728727 . C A,G 2093.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.54;MQ0=0;QD=19.56;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,58,48:107:99:2153,978,842,1175,0,1061 chrXII 728790 . A G 1297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.034;DP=153;Dels=0.00;FS=1.269;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=8.48;ReadPosRankSum=2.293;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,77:153:99:1327,0,1538 chrXII 728808 . C T 1346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.227;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=8.91;ReadPosRankSum=-3.230;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,84:151:99:1376,0,1234 chrXII 729007 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:503,0,633 chrXII 729050 . T C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.870;DP=72;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=11.8986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:72:99:674,0,301 chrXII 729104 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:483,0,740 chrXII 729242 . T C 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=18.52;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1218,132,0 chrXII 729312 . G A 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.151;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:654,0,385 chrXII 729344 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:314,0,203 chrXII 729446 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:408,0,449 chrXII 729605 . G T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.967;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:464,0,465 chrXII 729938 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=46;Dels=0.00;FS=1.156;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:437,0,308 chrXII 729962 . T C 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1003,111,0 chrXII 730362 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;DP=72;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:377,0,680 chrXII 730685 . C T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.011;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:383,0,334 chrXII 730719 . C A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=52;Dels=0.00;FS=2.815;HaplotypeScore=4.9132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=2.402;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.273;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:428,0,427 chrXII 730778 . G A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.828;DP=94;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=5.8062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:94:99:990,0,806 chrXII 731012 . C T 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.44;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1377,147,0 chrXII 731151 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=66;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:507,0,553 chrXII 731172 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.317;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:596,0,436 chrXII 731416 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=68;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=5.7650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=5.72;ReadPosRankSum=-2.381;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:419,0,727 chrXII 731454 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=51;Dels=0.00;FS=7.859;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:503,0,409 chrXII 731466 . A C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=46;Dels=0.00;FS=4.376;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:331,0,476 chrXII 731569 . A C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:583,0,699 chrXII 731664 . T C 466.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.828;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.101;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:496,0,267 chrXII 731668 . T A 617 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=19.28;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:650,78,0 chrXII 731669 . G A 613 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.50;MQ0=0;QD=19.77;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:646,78,0 chrXII 731671 . A T 606 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=0;QD=19.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:78:639,78,0 chrXII 731721 . A T 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=13;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=1.9880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.96;MQ0=2;MQRankSum=2.003;QD=1.16;ReadPosRankSum=2.003;SB=0.021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:41:45,0,41 chrXII 731993 . T C 14.20 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.73;MQ0=4;MQRankSum=0.550;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.550;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:20:44,0,20 chrXII 732073 . T C 1124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.184;DP=154;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=9.3253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,72:154:99:1154,0,1487 chrXII 732212 . G T 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.158;DP=99;Dels=0.00;FS=1.636;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:99:99:894,0,793 chrXII 732213 . A C 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.640;DP=100;Dels=0.00;FS=0.735;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.797;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:100:99:829,0,907 chrXII 732344 . A T 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=98;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.263;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:899,0,622 chrXII 732435 . G A 3303.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=24.11;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:3303,343,0 chrXII 732451 . C T 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.147;DP=118;Dels=0.01;FS=3.382;HaplotypeScore=7.0414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.467;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:117:99:823,0,1276 chrXII 733015 . T C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:559,0,287 chrXII 733803 . T C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DP=62;Dels=0.00;FS=6.892;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.991;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:513,0,568 chrXII 733837 . G A 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=22.16;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1518,159,0 chrXII 733882 . C T 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.489;DP=137;Dels=0.00;FS=2.424;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.751;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,58:137:99:1117,0,1338 chrXII 734033 . A G 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;DP=105;Dels=0.00;FS=12.016;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:104:99:943,0,975 chrXII 734064 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=90;Dels=0.00;FS=23.527;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.397;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:646,0,882 chrXII 734068 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.395;DP=90;Dels=0.00;FS=26.258;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.169;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:645,0,906 chrXII 734157 . A T 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=19.45;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1278,141,0 chrXII 734238 . G A 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DP=122;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=7.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.271;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,67:122:99:1127,0,1021 chrXII 734286 . T A 1286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=136;Dels=0.01;FS=1.502;HaplotypeScore=14.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.353;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.077;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,86:135:99:1316,0,887 chrXII 734442 . A G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=60;Dels=0.00;FS=18.697;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.639;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,41:60:99:667,0,283 chrXII 734446 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.926;DP=53;Dels=0.00;FS=8.177;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.960;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:53:99:650,0,274 chrXII 734456 . C T 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DP=59;Dels=0.00;FS=15.278;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=4.664;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.333;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:99:302,0,570 chrXII 734599 . T C 1068.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=131;Dels=0.00;FS=25.971;HaplotypeScore=2.8809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.35;MQ0=0;MQRankSum=-7.909;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,78:131:99:1098,0,913 chrXII 734602 . C T 1052.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.525;DP=127;Dels=0.00;FS=27.450;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-8.112;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,76:127:99:1082,0,825 chrXII 734608 . C A 812.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=113;Dels=0.00;FS=34.238;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.63;MQ0=0;MQRankSum=-7.367;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,68:113:99:842,0,717 chrXII 734612 . T G 753.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DP=107;Dels=0.00;FS=27.813;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.96;MQ0=0;MQRankSum=-7.663;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.360;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,63:107:99:783,0,684 chrXII 734628 . T C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;DP=82;Dels=0.00;FS=71.789;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.64;MQ0=0;MQRankSum=-6.075;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.451;SB=-1.168e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,51:82:99:719,0,485 chrXII 734633 . G C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DP=83;Dels=0.00;FS=76.430;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.79;MQ0=0;MQRankSum=-7.188;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.094;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,56:83:99:814,0,355 chrXII 734648 . C A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.958;DP=83;Dels=0.00;FS=71.346;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.04;MQ0=0;MQRankSum=-6.935;QD=8.52;ReadPosRankSum=2.512;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,53:83:99:737,0,491 chrXII 734649 . A T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.821;DP=83;Dels=0.00;FS=71.346;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.04;MQ0=0;MQRankSum=-6.847;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.551;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:83:99:648,0,535 chrXII 734662 . T C 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=89;Dels=0.00;FS=45.092;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.34;MQ0=0;MQRankSum=-6.500;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.116;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,60:89:99:803,0,504 chrXII 734674 . G A 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=94;Dels=0.00;FS=32.623;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.82;MQ0=0;MQRankSum=-6.704;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,65:94:99:882,0,511 chrXII 734706 . C T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=89;Dels=0.00;FS=9.040;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.22;MQ0=0;MQRankSum=-7.101;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.158;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,57:89:99:588,0,637 chrXII 734728 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;DP=78;Dels=0.00;FS=7.801;HaplotypeScore=5.9062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.93;MQ0=0;MQRankSum=-7.209;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.205;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:362,0,611 chrXII 734732 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=74;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=3.7382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.32;MQ0=0;MQRankSum=-6.492;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.407;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:74:99:356,0,567 chrXII 734740 . A G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.624;DP=71;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=5.3155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.80;MQ0=0;MQRankSum=-6.700;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.001;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:329,0,620 chrXII 734763 . C G 130.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=64;Dels=0.00;FS=9.032;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.30;MQ0=0;MQRankSum=-6.557;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:64:99:160,0,669 chrXII 734768 . A C 165.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=67;Dels=0.00;FS=10.821;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQ0=0;MQRankSum=-6.605;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:195,0,689 chrXII 734773 . G A 170.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=65;Dels=0.00;FS=13.298;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.547;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:200,0,749 chrXII 734774 . T A 174.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=65;Dels=0.00;FS=13.298;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.324;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:204,0,761 chrXII 734786 . A T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=65;Dels=0.00;FS=15.964;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-4.402;QD=5.35;ReadPosRankSum=-2.841;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:378,0,769 chrXII 735147 . C T 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.237;DP=98;Dels=0.00;FS=9.806;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.483;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:987,0,958 chrXII 735461 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=80;Dels=0.00;FS=10.037;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:874,0,716 chrXII 735680 . G A 1130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=119;Dels=0.00;FS=1.477;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=9.50;ReadPosRankSum=2.151;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,68:119:99:1160,0,830 chrXII 735713 . A G 1296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=136;Dels=0.00;FS=2.322;HaplotypeScore=7.8918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.093;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,73:136:99:1326,0,991 chrXII 735833 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.262;DP=35;Dels=0.00;FS=8.809;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:372,0,299 chrXII 736001 . A G 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;DP=82;Dels=0.00;FS=3.258;HaplotypeScore=9.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.898;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:807,0,432 chrXII 736058 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;DP=71;Dels=0.00;FS=11.015;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:663,0,538 chrXII 736088 . A G 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.822;DP=93;Dels=0.00;FS=7.233;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.148;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:892,0,942 chrXII 736154 . G A 2115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.03;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2148,228,0 chrXII 736352 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.292;DP=58;Dels=0.00;FS=7.215;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.216;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:392,0,625 chrXII 736586 . G A 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=15.85;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:984,102,0 chrXII 736739 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.438;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:424,0,464 chrXII 736757 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.298;DP=57;Dels=0.00;FS=1.104;HaplotypeScore=1.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:480,0,461 chrXII 737369 . G T 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=103;Dels=0.00;FS=2.791;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=9.73;ReadPosRankSum=-2.293;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,65:103:99:1032,0,751 chrXII 737570 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=91;Dels=0.00;FS=2.817;HaplotypeScore=11.7642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=7.43;ReadPosRankSum=-2.318;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:706,0,757 chrXII 737618 . A G 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.141;DP=137;Dels=0.00;FS=4.222;HaplotypeScore=4.1628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,63:137:99:1118,0,1616 chrXII 737716 . C T 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.981;DP=99;Dels=0.00;FS=2.072;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.730;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:99:99:911,0,1003 chrXII 737776 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:604,0,897 chrXII 737804 . T A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DP=61;Dels=0.00;FS=2.212;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.023;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:455,0,623 chrXII 738097 . G C 1398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.785;DP=111;Dels=0.00;FS=0.784;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,70:111:99:1428,0,664 chrXII 738125 . T C 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=89;Dels=0.00;FS=2.612;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=20.04;ReadPosRankSum=2.284;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:1817,198,0 chrXII 738353 . A G 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=94;Dels=0.00;FS=5.460;HaplotypeScore=7.3821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.360;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.361;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,58:94:99:1082,0,577 chrXII 738992 . C T 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.595;DP=90;Dels=0.01;FS=0.845;HaplotypeScore=17.6073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:89:99:673,0,707 chrXII 739051 . T C 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;DP=108;Dels=0.00;FS=6.155;HaplotypeScore=7.6765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.888;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:108:99:1092,0,967 chrXII 739067 . A G 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.643;DP=121;Dels=0.00;FS=5.643;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.676;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:121:99:1058,0,937 chrXII 739184 . C T 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.787;DP=99;Dels=0.00;FS=2.986;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.302;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:99:99:900,0,883 chrXII 739411 . A G 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;DP=104;Dels=0.00;FS=3.705;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:762,0,937 chrXII 739624 . T C 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.27;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:731,75,0 chrXII 739958 . G A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=60;Dels=0.00;FS=2.195;HaplotypeScore=13.1123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:518,0,589 chrXII 740405 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.292;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:96:99:697,0,799 chrXII 740813 . A G 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.418;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:98:99:984,0,873 chrXII 740841 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=82;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=11.1563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:486,0,655 chrXII 741116 . C T 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.649;DP=88;Dels=0.00;FS=15.204;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.547;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:88:99:938,0,523 chrXII 741197 . T C 2095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=22.77;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2128,240,0 chrXII 741422 . G A 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,37:53:99:691,0,216 chrXII 741599 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;DP=67;Dels=0.00;FS=2.094;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:670,0,424 chrXII 741983 . G A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=81;Dels=0.00;FS=7.341;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.638;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:778,0,593 chrXII 742073 . T G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;DP=65;Dels=0.00;FS=3.648;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.286;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:416,0,828 chrXII 742075 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DP=65;Dels=0.00;FS=3.648;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.935;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:407,0,819 chrXII 742088 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;DP=70;Dels=0.00;FS=9.470;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:380,0,860 chrXII 742174 . C T 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=25.23;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1925,201,0 chrXII 742352 . G A 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;DP=88;Dels=0.00;FS=18.987;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.917;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,57:88:99:1187,0,444 chrXII 742631 . C G 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.168;DP=79;Dels=0.00;FS=9.479;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:79:99:682,0,681 chrXII 742787 . T C 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.808;DP=91;Dels=0.00;FS=9.140;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.921;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.473;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:91:99:922,0,932 chrXII 742979 . A G 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=105;Dels=0.00;FS=6.087;HaplotypeScore=7.6256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.849;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:105:99:1046,0,802 chrXII 743013 . T A 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.774;DP=107;Dels=0.00;FS=3.550;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:855,0,961 chrXII 743135 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.563;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:72:99:500,0,605 chrXII 743183 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.034;DP=80;Dels=0.00;FS=3.034;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:563,0,773 chrXII 743189 . C T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=78;Dels=0.00;FS=4.470;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.040;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:472,0,735 chrXII 743204 . A G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;DP=72;Dels=0.00;FS=6.449;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.149;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:374,0,817 chrXII 743763 . C T 2793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=21.99;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2826,303,0 chrXII 743917 . A T 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=102;Dels=0.00;FS=14.191;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.737;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.629;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:864,0,911 chrXII 744124 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:98:99:614,0,1022 chrXII 744207 . G A 1285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.901;DP=131;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.413;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,71:131:99:1315,0,1125 chrXII 744290 . G T 1650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.896;DP=165;Dels=0.00;FS=4.708;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.287;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,89:165:99:1680,0,1527 chrXII 744299 . C T 1633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.445;DP=169;Dels=0.00;FS=4.149;HaplotypeScore=5.3384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.270;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,91:169:99:1663,0,1596 chrXII 744416 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.526;DP=100;Dels=0.00;FS=7.795;HaplotypeScore=6.4594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.984;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:100:99:528,0,1192 chrXII 744446 . T C 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=120;Dels=0.00;FS=10.095;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:120:99:782,0,1009 chrXII 744566 . A T 1107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.523;DP=131;Dels=0.00;FS=13.128;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,60:131:99:1137,0,1140 chrXII 744842 . T C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;DP=69;Dels=0.00;FS=2.109;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:69:99:597,0,532 chrXII 744885 . T A 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=18.33;ReadPosRankSum=1.604;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1041,117,0 chrXII 744923 . C A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=45;Dels=0.00;FS=9.165;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.051;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.269;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:302,0,639 chrXII 745074 . T G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=60;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.748;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:60:99:717,0,472 chrXII 745460 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DP=63;Dels=0.00;FS=19.997;HaplotypeScore=9.3913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.618;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:63:99:517,0,517 chrXII 745464 . G A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=64;Dels=0.00;FS=12.229;HaplotypeScore=10.9687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:64:99:544,0,467 chrXII 745552 . G A 2031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.209;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.232;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,99:192:99:2061,0,1776 chrXII 745609 . C G 1167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.914;DP=169;Dels=0.01;FS=0.579;HaplotypeScore=6.2055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.164;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,75:168:99:1197,0,1744 chrXII 745660 . C G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=104;Dels=0.00;FS=9.643;HaplotypeScore=4.7371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.868;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.416;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:546,0,1055 chrXII 745671 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=89;Dels=0.00;FS=10.844;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.626;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:476,0,842 chrXII 745706 . C T 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1550,159,0 chrXII 746036 . G A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.203;DP=109;Dels=0.00;FS=5.088;HaplotypeScore=13.4989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:109:99:815,0,727 chrXII 746201 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=64;Dels=0.00;FS=5.266;HaplotypeScore=11.3169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.340;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:550,0,593 chrXII 746714 . G T 1489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=144;Dels=0.00;FS=3.213;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.107;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,74:144:99:1519,0,1351 chrXII 747358 . C T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;DP=99;Dels=0.00;FS=6.573;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.022;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.634;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:849,0,783 chrXII 747374 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;DP=106;Dels=0.00;FS=13.736;HaplotypeScore=7.0922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:106:99:809,0,1080 chrXII 747505 . T C 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=117;Dels=0.00;FS=9.407;HaplotypeScore=58.4979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.255;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:117:99:840,0,1098 chrXII 747529 . G T 2705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.0415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=20.19;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2738,291,0 chrXII 747808 . G A 477.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=92;Dels=0.00;FS=11.976;HaplotypeScore=5.1145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.468;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:507,0,1013 chrXII 747813 . A G 418.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.288;DP=94;Dels=0.01;FS=14.330;HaplotypeScore=42.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-4.352;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.098;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:448,0,1017 chrXII 747817 . T C 440.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.417;DP=102;Dels=0.00;FS=11.632;HaplotypeScore=48.7743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.529;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:102:99:470,0,1185 chrXII 747877 . C T 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.730e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:3263,360,0 chrXII 747900 . A C 1173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.402;DP=150;Dels=0.00;FS=2.141;HaplotypeScore=8.8201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=7.82;ReadPosRankSum=2.064;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,68:150:99:1203,0,1560 chrXII 747929 . A G 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.881;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:118:99:1035,0,1179 chrXII 747949 . C T 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=103;Dels=0.00;FS=12.110;HaplotypeScore=10.3927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:987,0,789 chrXII 748140 . T C 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.615;DP=88;Dels=0.00;FS=4.980;HaplotypeScore=7.7103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=2.091;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:941,0,744 chrXII 748236 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.820;DP=53;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:466,0,551 chrXII 748260 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;DP=42;Dels=0.00;FS=1.163;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.377;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:433,0,302 chrXII 748299 . C T 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=21.22;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1009,105,0 chrXII 748361 . A G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=54;Dels=0.00;FS=9.697;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,39:54:99:643,0,290 chrXII 748362 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;DP=53;Dels=0.00;FS=7.401;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.826;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:214,0,729 chrXII 748416 . A T 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=83;Dels=0.00;FS=4.667;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=22.10;ReadPosRankSum=1.690;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1867,201,0 chrXII 748497 . T A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=73;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.636;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:677,0,609 chrXII 748572 . A G 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=58;Dels=0.00;FS=7.336;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:662,0,388 chrXII 748731 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;DP=61;Dels=0.00;FS=2.404;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:61:99:309,0,815 chrXII 748735 . A T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.531;DP=61;Dels=0.00;FS=4.048;HaplotypeScore=1.7860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,19:61:99:239,0,868 chrXII 749136 . A G 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:351,0,575 chrXII 749273 . T C 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;DP=60;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.198;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:611,0,358 chrXII 749302 . C A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=76;Dels=0.00;FS=4.584;HaplotypeScore=8.0381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.889;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:726,0,553 chrXII 749415 . T C 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.835;DP=106;Dels=0.00;FS=10.713;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.615;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:106:99:810,0,1235 chrXII 749442 . C T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;DP=86;Dels=0.00;FS=3.173;HaplotypeScore=4.3387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:827,0,812 chrXII 749546 . T G 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=19.31;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1713,201,0 chrXII 749673 . G C 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;DP=139;Dels=0.00;FS=2.183;HaplotypeScore=8.7606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.634;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,70:139:99:1134,0,1162 chrXII 749793 . A G 1812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=19.91;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1845,204,0 chrXII 749830 . T G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.182;DP=85;Dels=0.00;FS=2.004;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.690;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:604,0,689 chrXII 749934 . A G 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=120;Dels=0.00;FS=2.475;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.069;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,51:120:99:858,0,1157 chrXII 750324 . G A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=100;Dels=0.00;FS=2.580;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:736,0,916 chrXII 750337 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DP=92;Dels=0.00;FS=2.745;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=6.62;ReadPosRankSum=-2.639;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:639,0,787 chrXII 750485 . G A 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.715;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,53:118:99:1099,0,1004 chrXII 750621 . C T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=96;Dels=0.00;FS=0.760;HaplotypeScore=10.2939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.452;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:756,0,807 chrXII 750669 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=70;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.453;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:569,0,552 chrXII 750835 . G C 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;DP=129;Dels=0.00;FS=11.094;HaplotypeScore=11.9237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.053;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,65:129:99:997,0,890 chrXII 750942 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=93;Dels=0.00;FS=2.978;HaplotypeScore=7.9234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:93:99:557,0,832 chrXII 750944 . C T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.388;DP=88;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:562,0,854 chrXII 750988 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.903;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:506,0,729 chrXII 751123 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.846;QD=5.05;ReadPosRankSum=2.422;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:83:99:449,0,561 chrXII 751142 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:485,0,528 chrXII 751398 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.663;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:349,0,299 chrXII 751824 . C T 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=26;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.162;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:159,0,207 chrXII 751827 . A G 126.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.394;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:156,0,209 chrXII 751890 . G A 243.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.223;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:273,0,259 chrXII 752103 . C A 597.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:627,0,968 chrXII 752118 . G A 621.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.446;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.312;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:651,0,1129 chrXII 752258 . C T 515.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:545,0,604 chrXII 752259 . C T 527.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:557,0,627 chrXII 752593 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=54;Dels=0.00;FS=2.432;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.642;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:312,0,516 chrXII 753079 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;DP=45;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:603,0,246 chrXII 753525 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.225;DP=65;Dels=0.00;FS=2.135;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.114;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:399,0,836 chrXII 753571 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=51;Dels=0.00;FS=2.766;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:512,0,459 chrXII 753654 . C T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=37;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.410;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:234,0,388 chrXII 754314 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;DP=58;Dels=0.00;FS=5.372;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:337,0,644 chrXII 754317 . T A 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DP=56;Dels=0.00;FS=7.794;HaplotypeScore=2.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.071;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:341,0,553 chrXII 754377 . G A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=70;Dels=0.00;FS=6.498;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:540,0,606 chrXII 754389 . G A 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.657;DP=77;Dels=0.00;FS=6.260;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.917;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:77:99:559,0,624 chrXII 754651 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.233;DP=65;Dels=0.00;FS=20.852;HaplotypeScore=7.9192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:410,0,658 chrXII 754945 . T C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:636,0,789 chrXII 754978 . A G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=70;Dels=0.00;FS=2.423;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:70:99:668,0,671 chrXII 755191 . A G 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:723,0,548 chrXII 755553 . C T 2617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.23;SB=-1.445e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2650,270,0 chrXII 755890 . C T 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.310;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:116:99:957,0,1154 chrXII 755941 . A G 1841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=87;Dels=0.00;FS=6.177;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=21.16;ReadPosRankSum=2.392;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:87:99:1874,207,0 chrXII 755968 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.907;DP=67;Dels=0.00;FS=13.217;HaplotypeScore=9.2249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:67:99:597,0,613 chrXII 756137 . C T 2482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=18.12;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:2515,264,0 chrXII 756158 . T C 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.566;DP=139;Dels=0.00;FS=0.654;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,62:139:99:849,0,1314 chrXII 756805 . T A 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:735,0,897 chrXII 757020 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=75;Dels=0.00;FS=2.114;HaplotypeScore=8.8153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.080;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:645,0,570 chrXII 757068 . T C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.852;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:709,0,982 chrXII 757090 . A G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:87:99:610,0,835 chrXII 757131 . A G 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.642;DP=102;Dels=0.00;FS=5.266;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.864;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:813,0,1146 chrXII 757367 . A G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.521;DP=102;Dels=0.00;FS=18.983;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.454;QD=6.00;ReadPosRankSum=2.056;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:642,0,850 chrXII 757576 . C A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DP=75;Dels=0.00;FS=1.940;HaplotypeScore=63.1317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.315;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:640,0,577 chrXII 757763 . C T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;DP=78;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:613,0,762 chrXII 757817 . C G 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.864;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:73:99:520,0,681 chrXII 757905 . T A 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=80;Dels=0.00;FS=9.953;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.691;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:714,0,561 chrXII 758082 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=55;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=3.5441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:326,0,431 chrXII 758099 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;DP=45;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.313;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:230,0,467 chrXII 758118 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;DP=29;Dels=0.00;FS=5.636;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.292;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:307,0,112 chrXII 758246 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.677;DP=80;Dels=0.00;FS=7.630;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=6.48;ReadPosRankSum=2.132;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:80:99:548,0,878 chrXII 758414 . A C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.380;DP=58;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:412,0,600 chrXII 758417 . T C 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=58;Dels=0.00;FS=3.922;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.258;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:427,0,563 chrXII 758451 . A C 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=17.91;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:982,111,0 chrXII 758455 . T A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.027;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:226,0,618 chrXII 758492 . C G 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=44;Dels=0.00;FS=1.306;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:268,0,456 chrXII 758524 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=61;Dels=0.00;FS=7.008;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:480,0,543 chrXII 758595 . G A 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=102;Dels=0.00;FS=1.599;HaplotypeScore=5.7601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=2.254;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.207;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:102:99:992,0,790 chrXII 758744 . T C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.997;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:199,0,225 chrXII 758853 . C T 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=15.56;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:87:811,87,0 chrXII 758959 . A G 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;DP=97;Dels=0.00;FS=5.305;HaplotypeScore=14.8280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.844;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.497;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:875,0,727 chrXII 758967 . C T 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.115;DP=89;Dels=0.00;FS=7.117;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:815,0,771 chrXII 759015 . A G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;DP=77;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=11.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.408;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:690,0,577 chrXII 759162 . A G 200.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=14.29;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:27:233,27,0 chrXII 759216 . G A 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.440;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:143,0,147 chrXII 759268 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=68;Dels=0.00;FS=3.269;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.429;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:472,0,477 chrXII 759318 . T G 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;DP=89;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:837,0,800 chrXII 759438 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.671;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:205,0,450 chrXII 759450 . G T 127.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=42;Dels=0.00;FS=2.913;HaplotypeScore=4.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.256;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:157,0,453 chrXII 759452 . A G 722 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=17.61;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:755,84,0 chrXII 759458 . A C 148.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=39;Dels=0.00;FS=4.973;HaplotypeScore=5.0490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.823;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:178,0,425 chrXII 759480 . A T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.454;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:420,0,178 chrXII 759605 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.745;DP=47;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.184;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:408,0,489 chrXII 759815 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:415,0,311 chrXII 759842 . T C 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=16.51;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:644,72,0 chrXII 759860 . T C 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.82;MQ0=0;QD=15.67;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:503,54,0 chrXII 759872 . G A 249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.66;MQ0=0;QD=12.45;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:30:282,30,0 chrXII 759887 . G A 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=32;Dels=0.00;FS=8.042;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.102;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.220;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:75:75,0,235 chrXII 759985 . A G 1858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=85;Dels=0.00;FS=5.521;HaplotypeScore=7.3307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=21.86;ReadPosRankSum=1.690;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:85:99:1891,204,0 chrXII 760025 . T C 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=73;Dels=0.00;FS=8.871;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.588;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:813,0,535 chrXII 760163 . C G 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=20.29;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1311,150,0 chrXII 760390 . G A 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DP=85;Dels=0.00;FS=3.183;HaplotypeScore=6.8362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.391;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:85:99:880,0,731 chrXII 760396 . G A 1815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;QD=21.61;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1848,204,0 chrXII 760502 . C A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=54;Dels=0.00;FS=10.783;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:54:99:468,0,439 chrXII 760603 . C T 226.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DP=34;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.656;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:256,0,290 chrXII 760610 . A G 196.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;DP=34;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.399;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.526;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:226,0,241 chrXII 760613 . A G 193.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=35;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.043;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:223,0,282 chrXII 760615 . T A 205.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=37;Dels=0.00;FS=5.297;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.115;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:235,0,303 chrXII 760639 . T C 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=38;Dels=0.00;FS=8.042;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.703;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.418;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:153,0,383 chrXII 760652 . C A 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.099;DP=43;Dels=0.00;FS=4.631;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.336;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:183,0,424 chrXII 760719 . A T 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=20.11;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1139,123,0 chrXII 760907 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.890;DP=51;Dels=0.00;FS=2.665;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:538,0,501 chrXII 761014 . T A 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.094;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.257;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:141,0,302 chrXII 761019 . C T 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=35;Dels=0.00;FS=1.311;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:170,0,244 chrXII 761052 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:41:99:268,0,266 chrXII 761145 . C T 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=16.85;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:90:842,90,0 chrXII 761193 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;DP=60;Dels=0.00;FS=12.051;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.63;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.325;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:491,0,260 chrXII 761210 . G A 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=0;QD=18.07;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1298,135,0 chrXII 761214 . C T 1256 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=17.21;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1289,135,0 chrXII 761221 . T C 430.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.082;DP=70;Dels=0.00;FS=6.751;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:460,0,457 chrXII 761223 . T C 440.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=71;Dels=0.00;FS=6.449;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.660;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.130;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:470,0,437 chrXII 761264 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=79;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.197;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:638,0,350 chrXII 761322 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.987;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.705;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:506,0,444 chrXII 761335 . T C 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:977,111,0 chrXII 761396 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=54;Dels=0.00;FS=2.453;HaplotypeScore=11.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.401;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:54:99:476,0,270 chrXII 761426 . A T 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;DP=55;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.266;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:718,0,285 chrXII 761502 . C G 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=19.48;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1085,120,0 chrXII 761602 . C T 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.844;DP=114;Dels=0.00;FS=1.506;HaplotypeScore=4.2913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=8.75;ReadPosRankSum=-2.205;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,51:114:99:1027,0,1221 chrXII 761706 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=74;Dels=0.00;FS=7.202;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:623,0,801 chrXII 761922 . T A 1253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DP=146;Dels=0.00;FS=1.291;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:146:99:1283,0,1395 chrXII 762046 . C T 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.062;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:969,0,805 chrXII 762049 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.076;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.793;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.799;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:835,0,864 chrXII 762111 . A G 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.376;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.260;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:109:99:1150,0,1041 chrXII 762129 . C T 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.361;DP=107;Dels=0.00;FS=1.707;HaplotypeScore=8.5924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:107:99:819,0,1099 chrXII 762180 . A G 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.640;DP=104;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=2.631;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.185;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:824,0,954 chrXII 762220 . T G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.094;DP=78;Dels=0.00;FS=1.198;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=5.29;ReadPosRankSum=-2.013;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:443,0,667 chrXII 762443 . C A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DP=48;Dels=0.00;FS=2.496;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:337,0,500 chrXII 762492 . A G 341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=18.94;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:42:374,42,0 chrXII 762817 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=56;Dels=0.00;FS=1.624;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:664,0,472 chrXII 762938 . T C 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=88;Dels=0.00;FS=5.520;HaplotypeScore=15.3608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=21.73;ReadPosRankSum=2.437;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:88:99:1945,213,0 chrXII 763151 . A G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=21.44;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1684,183,0 chrXII 763199 . C T 2295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2328,249,0 chrXII 763214 . G A 2424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=22.44;SB=-1.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2457,258,0 chrXII 763325 . A G 2310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.19;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2343,258,0 chrXII 763412 . T C 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.73;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1988,213,0 chrXII 763502 . T C 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1218,135,0 chrXII 763666 . C A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.394;DP=92;Dels=0.00;FS=1.919;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:92:99:531,0,661 chrXII 763742 . C T 2713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=22.99;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2746,294,0 chrXII 764095 . C G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DP=70;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.006;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:598,0,391 chrXII 764193 . A C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;DP=64;Dels=0.00;FS=9.725;HaplotypeScore=11.1083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:506,0,362 chrXII 764240 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=44;Dels=0.00;FS=7.459;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.971;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:44:99:437,0,355 chrXII 764314 . C T 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=29;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:184,0,242 chrXII 764339 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=37;Dels=0.00;FS=4.748;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.875;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:260,0,243 chrXII 764389 . G T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=35;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:218,0,381 chrXII 764398 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.137;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:263,0,527 chrXII 764448 . G A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.846;QD=11.12;ReadPosRankSum=2.741;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:686,0,379 chrXII 764454 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=4.82;ReadPosRankSum=-2.308;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:305,0,755 chrXII 764481 . T C 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=22.26;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1569,180,0 chrXII 764614 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;DP=83;Dels=0.00;FS=11.771;HaplotypeScore=8.0802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.043;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:538,0,764 chrXII 764623 . T C 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=20.77;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1653,177,0 chrXII 764640 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.732;DP=81;Dels=0.00;FS=6.972;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:81:99:649,0,579 chrXII 764781 . A C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.163;DP=78;Dels=0.01;FS=3.367;HaplotypeScore=8.7672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.753;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.765;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:77:99:398,0,791 chrXII 764796 . T A 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=19.31;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1674,180,0 chrXII 765047 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DP=26;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:170,0,202 chrXII 765566 . A G 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=15.97;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:66:592,66,0 chrXII 765605 . G A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;DP=49;Dels=0.00;FS=3.004;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:49:99:235,0,312 chrXII 765881 . A C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;DP=83;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:582,0,719 chrXII 765920 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.716;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:94:99:499,0,718 chrXII 765921 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.451;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.426;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:457,0,804 chrXII 765944 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.574;DP=100;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=5.7739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.023;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:100:99:649,0,875 chrXII 765971 . A G 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.860;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.696;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:98:99:723,0,943 chrXII 765989 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.101;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:664,0,831 chrXII 766006 . C T 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=76;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.786;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:791,0,604 chrXII 766039 . C T 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=94;Dels=0.00;FS=6.768;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:905,0,755 chrXII 766116 . A T 1409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.887;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=82.6113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.127;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,87:142:99:1439,0,839 chrXII 766135 . T C 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.171;DP=132;Dels=0.00;FS=2.634;HaplotypeScore=8.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,59:132:99:874,0,1092 chrXII 766225 . T G 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=19.74;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:88:99:1770,192,0 chrXII 766489 . G A 356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=11.12;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:42:389,42,0 chrXII 766775 . C T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DP=64;Dels=0.00;FS=11.503;HaplotypeScore=10.6513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=1.625;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.183;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:639,0,505 chrXII 767196 . G A 1485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=144;Dels=0.00;FS=4.006;HaplotypeScore=10.3253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,76:144:99:1515,0,1214 chrXII 767252 . T G 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=112;Dels=0.00;FS=2.496;HaplotypeScore=11.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:112:99:1093,0,815 chrXII 767369 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:539,0,831 chrXII 768100 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=65;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=8.9684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.142;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:701,0,398 chrXII 768577 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.898;DP=79;Dels=0.00;FS=16.719;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.383;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:578,0,874 chrXII 768623 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;DP=69;Dels=0.00;FS=10.398;HaplotypeScore=6.5165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.499;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:549,0,801 chrXII 768800 . T C 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.644;DP=104;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:881,0,1095 chrXII 768836 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;DP=83;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.881;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:529,0,1030 chrXII 769193 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DP=41;Dels=0.00;FS=5.098;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=10.05;ReadPosRankSum=2.792;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:442,0,308 chrXII 769226 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;DP=58;Dels=0.00;FS=17.637;HaplotypeScore=9.2935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.680;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:570,0,459 chrXII 769312 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=53;Dels=0.00;FS=3.442;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=2.004;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.668;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:481,0,565 chrXII 769888 . A G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=76;Dels=0.00;FS=5.137;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.361;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,48:76:99:878,0,464 chrXII 770182 . T C 3909.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=24.43;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:160:99:3909,441,0 chrXII 770243 . G A 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=97;Dels=0.00;FS=1.716;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=8.36;ReadPosRankSum=-2.406;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:841,0,1063 chrXII 770323 . C T 1792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=196;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=13.5575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.150;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,109:196:99:1822,0,1466 chrXII 770364 . G A 2657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.751;DP=252;Dels=0.00;FS=0.466;HaplotypeScore=23.7872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.060;SB=-1.561e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,140:252:99:2687,0,1777 chrXII 770488 . T G 1228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.042;DP=113;Dels=0.00;FS=0.728;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.993;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:1258,0,996 chrXII 770630 . G A 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.839;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,62:103:99:1150,0,619 chrXII 770842 . A T 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=16.71;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1019,111,0 chrXII 770846 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=59;Dels=0.00;FS=1.016;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.813;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:242,0,568 chrXII 770890 . T A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=53;Dels=0.00;FS=3.984;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=5.57;ReadPosRankSum=-2.191;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:325,0,240 chrXII 771112 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=39;Dels=0.00;FS=1.378;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:39:99:323,0,247 chrXII 771115 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=38;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:276,0,275 chrXII 771397 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=63;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=2.8923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.026;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:412,0,765 chrXII 771559 . G T 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=63;Dels=0.00;FS=9.346;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.941;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:63:99:673,0,555 chrXII 771799 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.994;DP=55;Dels=0.02;FS=2.348;HaplotypeScore=12.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.153;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:426,0,277 chrXII 772424 . T G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=58;Dels=0.00;FS=9.657;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.618;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:316,0,662 chrXII 773016 . G T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.068;DP=43;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.807;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:494,0,249 chrXII 773142 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:675,0,859 chrXII 773493 . A C 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=108;Dels=0.00;FS=4.985;HaplotypeScore=11.1715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:108:99:931,0,950 chrXII 773796 . A G 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.684;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.939;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:123:99:847,0,1356 chrXII 774054 . T G 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.678;DP=114;Dels=0.00;FS=8.717;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=2.523;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.996;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:114:99:1051,0,1004 chrXII 774096 . G C 3337.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.99;SB=-1.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:159:99:3337,369,0 chrXII 774720 . G A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.876;DP=60;Dels=0.00;FS=5.346;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.084;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:385,0,731 chrXII 774798 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:558,0,537 chrXII 774849 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DP=58;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=7.8713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.867;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:360,0,632 chrXII 775104 . T C 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=24.00;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2001,222,0 chrXII 775524 . C T 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;DP=72;Dels=0.00;FS=2.410;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.277;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:72:99:882,0,470 chrXII 775537 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=62;Dels=0.00;FS=6.165;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.478;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:720,0,428 chrXII 776349 . A G 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DP=116;Dels=0.00;FS=0.779;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.151;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.167;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,61:116:99:1061,0,945 chrXII 776367 . A G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.884;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.261;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:868,0,825 chrXII 776377 . A T 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=90;Dels=0.00;FS=1.858;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.145;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:830,0,671 chrXII 776391 . C T 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=87;Dels=0.00;FS=6.133;HaplotypeScore=3.5767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.018;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:810,0,608 chrXII 776421 . T G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=55;Dels=0.00;FS=8.366;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.368;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.884;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:410,0,453 chrXII 776424 . T A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DP=52;Dels=0.00;FS=8.669;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.936;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:411,0,353 chrXII 776449 . A T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.281;DP=55;Dels=0.00;FS=5.786;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.078;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:360,0,396 chrXII 776887 . G A 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;DP=107;Dels=0.00;FS=5.308;HaplotypeScore=14.1648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:899,0,778 chrXII 776923 . A G 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.616;DP=101;Dels=0.00;FS=6.427;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.878;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:101:99:918,0,824 chrXII 777115 . T C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:359,0,302 chrXII 777169 . C G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=53;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:422,0,502 chrXII 777487 . G A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=48;Dels=0.00;FS=2.527;HaplotypeScore=5.9288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.371;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:366,0,354 chrXII 777784 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=59;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:493,0,666 chrXII 777814 . A G 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=23.06;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1140,126,0 chrXII 777868 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;DP=85;Dels=0.00;FS=7.409;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.871;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:636,0,657 chrXII 777907 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=110;Dels=0.00;FS=2.501;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.100;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:110:99:725,0,693 chrXII 778114 . T G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=66;Dels=0.00;FS=13.203;HaplotypeScore=5.8291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.937;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:590,0,566 chrXII 778146 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=45;Dels=0.00;FS=4.165;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=7.69;ReadPosRankSum=-2.195;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:376,0,373 chrXII 778218 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=79;Dels=0.00;FS=6.041;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:566,0,779 chrXII 778284 . A G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.250;DP=55;Dels=0.00;FS=4.418;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:55:99:429,0,386 chrXII 778362 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=65;Dels=0.00;FS=2.158;HaplotypeScore=7.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:402,0,640 chrXII 778497 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.313;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:344,0,227 chrXII 778775 . T G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,26:37:99:403,0,211 chrXII 778938 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.015;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.538;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:431,0,182 chrXII 779222 . G A 534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=20.54;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:567,60,0 chrXII 779367 . G A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=41;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:289,0,436 chrXII 779373 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:266,0,496 chrXII 779607 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=9.19;ReadPosRankSum=2.118;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:361,0,184 chrXII 780019 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:360,0,485 chrXII 780099 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.321;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:587,0,329 chrXII 780114 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DP=45;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=2.792;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:335,0,446 chrXII 780201 . C T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;DP=26;Dels=0.00;FS=14.348;HaplotypeScore=5.8469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.079;SB=-1.608e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:88:308,0,88 chrXII 780306 . A G 221.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DP=43;Dels=0.00;FS=23.794;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:251,0,402 chrXII 780315 . C G 261.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=44;Dels=0.00;FS=23.553;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.329;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:291,0,406 chrXII 780447 . T A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=64;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=12.1029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.623;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:694,0,453 chrXII 780550 . A G 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=50;Dels=0.00;FS=7.447;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=22.02;ReadPosRankSum=1.663;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1134,120,0 chrXII 780589 . G C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DP=47;Dels=0.00;FS=3.575;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=6.55;ReadPosRankSum=2.470;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:338,0,515 chrXII 780660 . T A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.523;DP=88;Dels=0.00;FS=4.889;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:643,0,983 chrXII 780728 . C G 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=113;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:113:99:1061,0,1189 chrXII 780841 . A G 1982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.623;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2015,219,0 chrXII 781630 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.446;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.126;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:319,0,329 chrXII 781631 . C G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.386;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.242;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:48:99:290,0,374 chrXII 781671 . T A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;DP=62;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.663;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:241,0,655 chrXII 781674 . C T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=64;Dels=0.00;FS=0.987;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.076;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:247,0,640 chrXII 781778 . A C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;DP=66;Dels=0.00;FS=2.240;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.980;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:601,0,561 chrXII 781999 . A G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.086;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.155;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:242,0,420 chrXII 782080 . G T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DP=78;Dels=0.00;FS=3.439;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=2.504;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.307;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:553,0,832 chrXII 782137 . A G 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.077;DP=91;Dels=0.00;FS=12.726;HaplotypeScore=6.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:91:99:917,0,678 chrXII 782204 . G A 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=115;Dels=0.00;FS=1.473;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:115:99:927,0,1140 chrXII 782809 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.405;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,36:108:99:541,0,1472 chrXII 782815 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;DP=92;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,25:92:99:391,0,1251 chrXII 782839 . A G 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;DP=64;Dels=0.00;FS=11.938;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,14:64:99:126,0,970 chrXII 782878 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=78;Dels=0.00;FS=10.254;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:78:99:358,0,864 chrXII 782905 . G T 1612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=19.90;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1645,171,0 chrXII 782933 . A C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.922;DP=105;Dels=0.00;FS=6.215;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:811,0,882 chrXII 782987 . G A 1472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.717;DP=223;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=24.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,108:223:99:1502,0,2052 chrXII 783530 . T C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=101;Dels=0.00;FS=6.589;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.676;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:101:99:719,0,988 chrXII 783557 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=81;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=6.1597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:538,0,728 chrXII 783739 . A G 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:178,0,241 chrXII 783750 . C T 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=38;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:38:99:144,0,223 chrXII 783852 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.665;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:76:99:317,0,334 chrXII 784087 . T G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.408;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:209,0,222 chrXII 784121 . C T 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.826;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:145,0,176 chrXII 784144 . T C 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;DP=29;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.763;QD=5.66;ReadPosRankSum=-2.305;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:29:99:194,0,241 chrXII 784149 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=36;Dels=0.00;FS=4.061;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.92;MQ0=0;MQRankSum=4.255;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.676;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:262,0,215 chrXII 784173 . C A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=45;Dels=0.00;FS=7.179;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQ0=0;MQRankSum=-5.334;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.862;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:156,0,431 chrXII 784196 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DP=54;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-5.104;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:54:99:201,0,425 chrXII 784218 . C A,T 796.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.43;MQ0=0;QD=12.84;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,33,29:62:99:856,491,449,365,0,308 chrXII 784219 . G A 256.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.407;DP=61;Dels=0.00;FS=2.564;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.619;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:286,0,426 chrXII 784223 . C A 248.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.426;DP=61;Dels=0.00;FS=2.564;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.927;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.248;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:278,0,461 chrXII 784242 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=63;Dels=0.00;FS=1.169;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.576;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.618;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:333,0,559 chrXII 784276 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DP=64;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=7.2083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=6.66;ReadPosRankSum=2.285;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:456,0,544 chrXII 784462 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.638;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:37:99:391,0,175 chrXII 784477 . T A 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:90:870,90,0 chrXII 784725 . G T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.039;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:88:99:610,0,801 chrXII 784791 . A T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;DP=103;Dels=0.00;FS=17.973;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=8.15;ReadPosRankSum=2.005;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:869,0,1006 chrXII 784820 . C G 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;DP=96;Dels=0.00;FS=2.831;HaplotypeScore=9.0815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.975;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:96:99:722,0,935 chrXII 784849 . G A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=68;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=30.5994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.914;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:547,0,636 chrXII 784881 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DP=48;Dels=0.00;FS=4.397;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:372,0,389 chrXII 785038 . G A 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.821;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.460;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:76:99:874,0,410 chrXII 785067 . T A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:921,0,595 chrXII 785227 . C T 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=19.07;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:910,96,0 chrXII 785340 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.299;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:367,0,434 chrXII 785350 . C T 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DP=46;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:287,0,481 chrXII 785869 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=84;Dels=0.00;FS=5.226;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:629,0,580 chrXII 786201 . G T 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=21.37;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1294,138,0 chrXII 786233 . T C 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=83;Dels=0.00;FS=2.082;HaplotypeScore=8.5869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.968;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,55:83:99:1103,0,164 chrXII 786288 . C T 2407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=17.44;SB=-1.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2440,261,0 chrXII 786333 . T C 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=130;Dels=0.00;FS=7.474;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.581;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,59:130:99:1097,0,1315 chrXII 786375 . C T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=108;Dels=0.00;FS=6.453;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.801;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:108:99:606,0,1228 chrXII 786420 . C T 222.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=56;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.198;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.591;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:252,0,579 chrXII 786421 . A G 212.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.394;DP=56;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.165;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.804;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:242,0,586 chrXII 786429 . A C 245.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;DP=57;Dels=0.00;FS=2.269;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.733;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.828;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:275,0,561 chrXII 786436 . A G 290.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=59;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.27;MQ0=0;MQRankSum=-5.468;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:320,0,461 chrXII 786439 . C T 264.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=59;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.978;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.575;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:294,0,482 chrXII 786447 . A G 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=15.12;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:90:804,90,0 chrXII 786552 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=71;Dels=0.00;FS=6.471;HaplotypeScore=8.4156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:554,0,711 chrXII 786562 . T C 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=20.73;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1422,156,0 chrXII 786826 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=38;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:266,0,373 chrXII 786991 . A G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.365;DP=90;Dels=0.00;FS=5.614;HaplotypeScore=9.8441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:90:99:511,0,961 chrXII 787039 . G C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.733;DP=114;Dels=0.00;FS=8.894;HaplotypeScore=7.8458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.484;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,51:114:99:763,0,1147 chrXII 787060 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;DP=105;Dels=0.00;FS=13.242;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=6.51;ReadPosRankSum=2.375;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:714,0,1033 chrXII 787306 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=85;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=10.1067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:85:99:326,0,653 chrXII 787307 . T A 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=84;Dels=0.00;FS=4.570;HaplotypeScore=10.1067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:84:99:336,0,670 chrXII 787382 . T C 1210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=136;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,65:136:99:1240,0,1267 chrXII 787510 . A C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=66;Dels=0.00;FS=5.383;HaplotypeScore=9.2079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:671,0,569 chrXII 787756 . T C 2099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=101;Dels=0.00;FS=3.054;HaplotypeScore=6.6036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=20.78;ReadPosRankSum=2.276;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:101:99:2132,231,0 chrXII 788199 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.556;DP=49;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.793;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:486,0,430 chrXII 788350 . T C 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.574;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:167,0,397 chrXII 788475 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:318,0,498 chrXII 788536 . A G 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;DP=33;Dels=0.00;FS=1.434;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:125,0,329 chrXII 788548 . G A 514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=16.06;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:547,57,0 chrXII 788601 . C A 342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.74;MQ0=0;QD=12.21;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:39:375,39,0 chrXII 788615 . A G 336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DP=36;Dels=0.00;FS=2.915;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=9.33;ReadPosRankSum=2.314;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:39:369,39,0 chrXII 788626 . A G 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.95;MQ0=0;QD=11.55;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:45:414,45,0 chrXII 788638 . A G 361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=3.912;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=11.28;ReadPosRankSum=1.625;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:42:394,42,0 chrXII 788663 . A G 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;QD=11.21;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:45:414,45,0 chrXII 788682 . T C 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=37;Dels=0.00;FS=2.999;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:89:89,0,279 chrXII 788815 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.622;DP=36;Dels=0.00;FS=35.373;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.055;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-7.082e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:489,0,156 chrXII 788874 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.112;DP=37;Dels=0.00;FS=10.037;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:324,0,287 chrXII 788973 . C T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=29;Dels=0.00;FS=5.969;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=1.929;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.082;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:178,0,340 chrXII 788987 . G A 649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=23.18;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:72:682,72,0 chrXII 789047 . A G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.265;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:394,0,316 chrXII 789096 . C T 375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;QD=19.74;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:42:408,42,0 chrXII 789104 . T G 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;DP=19;Dels=0.00;FS=2.077;HaplotypeScore=3.5797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.355;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:19:99:99,0,194 chrXII 789140 . A G 106.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;QD=11.81;SB=-2.614e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:15:139,15,0 chrXII 789236 . G A 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.195;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:30:116,0,30 chrXII 789259 . A G 352 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.541;DP=38;Dels=0.00;FS=6.229;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:39:385,39,0 chrXII 789264 . T C 325 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=39;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=18.5003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.817;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:39:358,39,0 chrXII 789266 . G A 357 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=40;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=21.4816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.873;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:40:39:390,39,0 chrXII 789268 . G A 379 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=42;Dels=0.00;FS=10.084;HaplotypeScore=22.4683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.232;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:42:42:412,42,0 chrXII 789269 . G A 394 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=43;Dels=0.00;FS=9.709;HaplotypeScore=23.2569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.777;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:43:45:427,45,0 chrXII 789272 . G T 166.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=48;Dels=0.00;FS=6.548;HaplotypeScore=23.2639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.587;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:48:99:196,0,154 chrXII 789356 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=82;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.917;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:383,0,965 chrXII 789358 . C A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;DP=82;Dels=0.00;FS=2.337;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.597;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:382,0,975 chrXII 789373 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=86;Dels=0.00;FS=1.061;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-4.321;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:387,0,1046 chrXII 789615 . C G 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=20.86;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1243,138,0 chrXII 789623 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.444;DP=55;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.320;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:297,0,719 chrXII 790272 . T A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=57;Dels=0.00;FS=2.633;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:541,0,546 chrXII 790301 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.824;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.599;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:504,0,587 chrXII 790397 . G T 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.541;DP=81;Dels=0.00;FS=5.839;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.785;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:81:99:747,0,656 chrXII 790484 . A G 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=112;Dels=0.00;FS=6.146;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:112:99:986,0,1148 chrXII 790500 . G A 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,64:114:99:1085,0,995 chrXII 790622 . A G 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.745;DP=122;Dels=0.00;FS=2.332;HaplotypeScore=9.5422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.618;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,56:122:99:939,0,1254 chrXII 790674 . G T 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=117;Dels=0.00;FS=8.682;HaplotypeScore=21.4426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:117:99:1064,0,827 chrXII 790718 . T C 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DP=87;Dels=0.00;FS=9.094;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.591;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:995,0,584 chrXII 790747 . C T 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.31;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2099,219,0 chrXII 790841 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=5.19;ReadPosRankSum=-1.607;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:518,0,835 chrXII 790871 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=77;Dels=0.00;FS=5.112;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.271;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:338,0,732 chrXII 790990 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=76;Dels=0.00;FS=5.487;HaplotypeScore=5.8833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.351;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:415,0,419 chrXII 791005 . C A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;DP=68;Dels=0.00;FS=2.321;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:332,0,376 chrXII 791024 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.073;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:64:99:310,0,451 chrXII 791117 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:425,0,404 chrXII 791350 . C T 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=18.06;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1243,129,0 chrXII 791363 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=58;Dels=0.00;FS=3.951;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.608;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:355,0,516 chrXII 791497 . G T 2328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=24.77;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2361,246,0 chrXII 791568 . G A 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=117;Dels=0.00;FS=2.025;HaplotypeScore=7.2364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:1105,0,1077 chrXII 792123 . A T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=84;Dels=0.00;FS=7.865;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=2.874;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:671,0,730 chrXII 792137 . G A 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.839;DP=84;Dels=0.00;FS=4.533;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.358;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:745,0,631 chrXII 792203 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=71;Dels=0.00;FS=4.556;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:687,0,480 chrXII 792265 . G A 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DP=63;Dels=0.00;FS=4.975;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.882;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.103;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:766,0,510 chrXII 792277 . C G 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;DP=60;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.872;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.827;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:661,0,377 chrXII 792417 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=45;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:292,0,501 chrXII 792538 . C G 237.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=72;Dels=0.00;FS=43.531;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.408;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.227;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,19:72:99:267,0,1151 chrXII 792556 . C T 226.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;DP=61;Dels=0.00;FS=47.550;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-5.364;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.153;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:61:99:256,0,874 chrXII 792571 . T C 184.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DP=67;Dels=0.00;FS=48.820;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.589;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,21:67:99:214,0,867 chrXII 792585 . A G 137.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=62;Dels=0.00;FS=58.455;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.67;MQ0=0;MQRankSum=-5.718;QD=2.21;ReadPosRankSum=-2.944;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,18:62:99:167,0,837 chrXII 792691 . C G 76.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=67;Dels=0.00;FS=28.482;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.871;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.925;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,20:67:99:106,0,1017 chrXII 792702 . C T 108.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=63;Dels=0.00;FS=22.675;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.186;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.170;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:63:99:138,0,816 chrXII 792737 . A T 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;DP=60;Dels=0.00;FS=37.508;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.745;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.127;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,19:60:99:127,0,802 chrXII 792821 . A G 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;DP=84;Dels=0.00;FS=63.197;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.945;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.033;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:84:54:54,0,1245 chrXII 792826 . C T 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=88;Dels=0.00;FS=40.532;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.623;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.077;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,29:88:99:144,0,1223 chrXII 792875 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=94;Dels=0.00;FS=1.821;HaplotypeScore=4.3376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-5.977;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.780;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:650,0,813 chrXII 792896 . T C 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-6.508;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.336;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:108:99:830,0,736 chrXII 792972 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=79;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.704;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.546;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:601,0,541 chrXII 793009 . G A 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.080;DP=60;Dels=0.02;FS=2.353;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.720;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.964;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:662,0,292 chrXII 793142 . G A 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.098;DP=111;Dels=0.01;FS=6.263;HaplotypeScore=9.1744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.973;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.584;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:110:99:1192,0,989 chrXII 793335 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=68;Dels=0.00;FS=1.015;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.742;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:735,0,496 chrXII 793351 . A T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=85;Dels=0.00;FS=2.026;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=4.091;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.063;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:629,0,675 chrXII 793353 . C T 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.277;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:88:99:846,0,636 chrXII 793421 . C T 1507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.924;DP=122;Dels=0.00;FS=11.922;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.208;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,71:122:99:1537,0,807 chrXII 793518 . A T 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=113;Dels=0.00;FS=46.967;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.004;QD=8.12;ReadPosRankSum=2.047;SB=-6.666e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,73:113:99:947,0,614 chrXII 793519 . T C 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=111;Dels=0.00;FS=43.868;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.367;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.823;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,69:111:99:890,0,659 chrXII 793539 . C T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=82;Dels=0.00;FS=53.102;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.778;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,56:82:99:787,0,440 chrXII 793555 . C T 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.00;MQ0=0;QD=18.69;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1491,156,0 chrXII 793558 . A G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DP=75;Dels=0.00;FS=46.644;HaplotypeScore=5.0382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.160;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:75:99:559,0,503 chrXII 793631 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=48;Dels=0.00;FS=16.218;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=3.162;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.105;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:331,0,434 chrXII 793651 . A G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=41;Dels=0.00;FS=14.077;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.215;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:461,0,303 chrXII 793681 . G A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;DP=58;Dels=0.00;FS=7.621;HaplotypeScore=2.7666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.605;QD=9.71;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,43:58:99:593,0,250 chrXII 793689 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=63;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=2.8100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.140;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,48:63:99:535,0,223 chrXII 793695 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.860;DP=67;Dels=0.00;FS=4.909;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.713;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.022;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,51:67:99:629,0,273 chrXII 793723 . G A 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;DP=89;Dels=0.00;FS=12.295;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=10.09;ReadPosRankSum=2.363;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,67:89:99:928,0,323 chrXII 793732 . G C 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;DP=98;Dels=0.00;FS=17.408;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.85;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=9.93;ReadPosRankSum=2.748;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,72:98:99:1003,0,353 chrXII 793757 . G A 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.866;DP=130;Dels=0.00;FS=9.734;HaplotypeScore=13.2569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.30;MQ0=0;MQRankSum=3.657;QD=8.22;ReadPosRankSum=8.434;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,77:130:99:1099,0,401 chrXII 793796 . G T 1507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.356;DP=118;Dels=0.00;FS=86.098;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=2.645;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.400;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,82:118:99:1537,0,367 chrXII 793903 . G T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.354;DP=42;Dels=0.00;FS=29.511;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:488,0,309 chrXII 793991 . T G 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;DP=40;Dels=0.00;FS=3.048;HaplotypeScore=3.4511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.860;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:153,0,449 chrXII 793992 . T A 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;DP=40;Dels=0.00;FS=3.009;HaplotypeScore=3.4511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=2.73;ReadPosRankSum=2.360;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:139,0,461 chrXII 794003 . T G 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.08;MQ0=0;QD=14.95;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:676,81,0 chrXII 794074 . A G 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.159;DP=102;Dels=0.00;FS=3.138;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=1.409;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.326;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:102:99:852,0,912 chrXII 794238 . T A 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.309;DP=71;Dels=0.00;FS=3.070;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=20.54;ReadPosRankSum=2.344;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1491,162,0 chrXII 794427 . T A 2094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=23.01;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2127,225,0 chrXII 794440 . G A 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=21.53;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1712,183,0 chrXII 794468 . A G 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=65;Dels=0.00;FS=10.775;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=18.46;ReadPosRankSum=2.830;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1233,135,0 chrXII 794631 . C A 2832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=20.23;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:2865,312,0 chrXII 794638 . T C 2748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=19.77;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:139:99:2781,303,0 chrXII 795312 . G A 1920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.00;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1953,201,0 chrXII 795999 . A G 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=23.47;ReadPosRankSum=1.687;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1840,201,0 chrXII 796025 . A T 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=22.02;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2037,213,0 chrXII 796042 . C T 1814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=21.34;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1847,195,0 chrXII 796074 . G A 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=19.30;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:1712,183,0 chrXII 796093 . G A 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=20.60;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1702,177,0 chrXII 796132 . T A 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.14;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1365,144,0 chrXII 796413 . T A 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=17.04;ReadPosRankSum=1.694;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1584,171,0 chrXII 796574 . T C 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=87;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=8.6810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.577;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1735,183,0 chrXII 796621 . A T 2344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2377,249,0 chrXII 796703 . C T 2106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=22.65;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:2139,225,0 chrXII 796778 . G C 2079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=18.73;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2112,228,0 chrXII 796782 . C T 1988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=17.75;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2021,225,0 chrXII 796946 . T C 3386.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=24.54;SB=-1.402e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3386,369,0 chrXII 797346 . G C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;DP=56;Dels=0.00;FS=14.291;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.787;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:616,0,512 chrXII 797513 . T C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:203,0,261 chrXII 797627 . C T 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.535;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:950,102,0 chrXII 797757 . G A 438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=11.23;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:51:471,51,0 chrXII 797849 . T C 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=2.617;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.617;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:196,0,319 chrXII 797871 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=38;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.424;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:239,0,318 chrXII 797945 . G A 351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=16.71;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:42:384,42,0 chrXII 797990 . C T 486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=16.20;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:519,54,0 chrXII 797996 . C T 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=16.07;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:515,54,0 chrXII 798014 . A G 432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=14.40;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:51:465,51,0 chrXII 798050 . C T 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=17.70;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:741,78,0 chrXII 798072 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DP=41;Dels=0.00;FS=10.843;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.716;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:41:99:323,0,390 chrXII 798121 . C T 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=22.07;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1048,111,0 chrXII 798281 . C T 546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=20.22;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:579,60,0 chrXII 798476 . C A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:331,0,369 chrXII 798538 . G A 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=31;Dels=0.00;FS=11.480;HaplotypeScore=10.6483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.172;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:272,0,247 chrXII 798683 . A C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=28;Dels=0.00;FS=1.518;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.461;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:281,0,221 chrXII 798842 . A G 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=31;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=7.97;ReadPosRankSum=-2.203;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:277,0,286 chrXII 799085 . T C 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;DP=29;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:29:99:226,0,199 chrXII 799107 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=35;Dels=0.00;FS=2.917;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.286;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:242,0,256 chrXII 799110 . A G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=35;Dels=0.00;FS=2.917;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:204,0,225 chrXII 799247 . A G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=66;Dels=0.00;FS=5.590;HaplotypeScore=9.8784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:569,0,452 chrXII 799490 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.085;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:623,0,670 chrXII 799628 . A T 1517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=162;Dels=0.00;FS=0.627;HaplotypeScore=10.2006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,85:162:99:1547,0,1350 chrXII 799693 . A C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.549;DP=102;Dels=0.00;FS=1.663;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,57:102:99:955,0,900 chrXII 799947 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.557;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.039;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:511,0,908 chrXII 800195 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.000;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:664,0,682 chrXII 800240 . T C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.623;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:636,0,729 chrXII 800495 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;DP=67;Dels=0.00;FS=13.245;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.454;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:523,0,618 chrXII 800672 . T G 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.35;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2147,237,0 chrXII 800888 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.233;DP=71;Dels=0.00;FS=5.065;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.986;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:592,0,818 chrXII 800955 . A T 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.982;DP=104;Dels=0.00;FS=1.573;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:1012,0,953 chrXII 801245 . A G 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.921;DP=111;Dels=0.00;FS=2.534;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.945;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,43:111:99:748,0,1286 chrXII 801257 . A G 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=131;Dels=0.00;FS=2.296;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.252;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,53:131:99:916,0,1327 chrXII 801849 . G A 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=69;Dels=0.00;FS=2.296;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.154;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:775,0,390 chrXII 801972 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.605;DP=64;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.500;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:356,0,775 chrXII 802066 . A T 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=25;Dels=0.00;FS=6.908;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.142;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:132,0,161 chrXII 802287 . C T 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=18.31;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:692,72,0 chrXII 802510 . T A 221.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.474;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.046;SB=-6.953e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:37:251,0,37 chrXII 802668 . T C 285.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.652;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:315,0,355 chrXII 802767 . A G 83.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:113,0,237 chrXII 803013 . C T 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=30;Dels=0.00;FS=7.277;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:30:99:139,0,287 chrXII 803022 . T C 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DP=34;Dels=0.00;FS=3.743;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:34:99:99,0,368 chrXII 803070 . T C 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;DP=32;Dels=0.00;FS=5.747;HaplotypeScore=6.3198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:32:99:152,0,325 chrXII 803175 . C T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=32;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:291,0,266 chrXII 803215 . A G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:214,0,252 chrXII 803430 . G C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=24;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:154,0,255 chrXII 803492 . G A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:349,0,275 chrXII 803546 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;DP=38;Dels=0.00;FS=3.259;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:212,0,370 chrXII 803736 . C A 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.881;DP=34;Dels=0.00;FS=1.532;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.951;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.673;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:100,0,399 chrXII 803737 . T C 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;DP=33;Dels=0.00;FS=1.500;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.944;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.450;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:100,0,397 chrXII 803754 . T C 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=34;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.266;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:89:89,0,268 chrXII 803833 . A G 101.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=5.33;SB=-1.053e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:15:134,15,0 chrXII 803865 . G A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=29;Dels=0.00;FS=3.696;HaplotypeScore=5.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:170,0,151 chrXII 804054 . C G 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=3.11;ReadPosRankSum=-2.645;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:117,0,219 chrXII 804204 . A G 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=27;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:188,0,235 chrXII 804368 . T A 212.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=43;Dels=0.00;FS=11.760;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.842;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:242,0,608 chrXII 804374 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=44;Dels=0.00;FS=10.781;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:257,0,560 chrXII 804612 . G C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:294,0,144 chrXII 804683 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=38;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=5.5272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=7.55;ReadPosRankSum=-2.266;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:317,0,303 chrXII 804894 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.755;DP=37;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.180;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:292,0,360 chrXII 804978 . T C 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=31;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.294;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:31:99:120,0,227 chrXII 805190 . A G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DP=99;Dels=0.00;FS=0.754;HaplotypeScore=11.9237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.210;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:99:99:756,0,826 chrXII 805437 . T G 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;DP=55;Dels=0.00;FS=2.730;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.097;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:685,0,333 chrXII 805452 . T A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=59;Dels=0.00;FS=2.230;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.176;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:683,0,502 chrXII 805554 . G A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DP=105;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=5.8008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.106;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:105:99:921,0,902 chrXII 805710 . G A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:822,0,580 chrXII 805896 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.179;DP=87;Dels=0.00;FS=1.743;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.744;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:738,0,985 chrXII 805970 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.035;DP=67;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:67:99:560,0,606 chrXII 806179 . A G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=58;Dels=0.00;FS=1.490;HaplotypeScore=11.1367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:209,0,665 chrXII 806918 . T A 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;DP=79;Dels=0.00;FS=3.732;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=-6.018;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:79:99:149,0,1325 chrXII 806928 . G C 103.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.207;DP=76;Dels=0.00;FS=7.710;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-6.298;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,23:76:99:133,0,1123 chrXII 806941 . A G 76.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=73;Dels=0.00;FS=5.213;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-6.834;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,23:73:99:106,0,1055 chrXII 806943 . C A 98.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=72;Dels=0.00;FS=5.245;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-6.812;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:128,0,1189 chrXII 806954 . C T 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-6.425;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:66:67:67,0,1030 chrXII 806956 . C T 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.699;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.357;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:63:80:80,0,967 chrXII 806965 . T C 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.034;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.558;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:57:47:47,0,931 chrXII 806983 . C T 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=32;Dels=0.00;FS=5.337;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.761;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.850;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:66:66,0,485 chrXII 807004 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=22;Dels=0.00;FS=5.617;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.256;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:61:61,0,321 chrXII 807037 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=37;Dels=0.00;FS=4.095;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:201,0,485 chrXII 807074 . A G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.291;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:288,0,443 chrXII 807120 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=53;Dels=0.00;FS=3.980;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.330;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:297,0,572 chrXII 807138 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.696;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.474;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:308,0,769 chrXII 807151 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=72;Dels=0.00;FS=3.346;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.652;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:408,0,830 chrXII 807178 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=84;Dels=0.00;FS=5.718;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.453;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:368,0,1047 chrXII 807183 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;DP=84;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-5.255;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:290,0,1036 chrXII 807250 . A C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;DP=73;Dels=0.00;FS=4.562;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.876;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:491,0,763 chrXII 807281 . G C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;DP=68;Dels=0.00;FS=7.184;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.930;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:396,0,628 chrXII 807302 . A C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DP=57;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=3.264;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.461;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:519,0,224 chrXII 807311 . C A 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=57;Dels=0.00;FS=6.210;HaplotypeScore=4.7037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.532;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:57:99:154,0,491 chrXII 807361 . T C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;DP=109;Dels=0.00;FS=14.289;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.313;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:109:99:305,0,1153 chrXII 807455 . A T 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.371;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.224;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.609;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,54:132:99:1028,0,1335 chrXII 807496 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;DP=99;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.080;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.690;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:823,0,827 chrXII 807547 . G A 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=101;Dels=0.00;FS=3.857;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.845;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.860;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1001,0,994 chrXII 807561 . C T 1123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.540;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.853;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:109:99:1153,0,865 chrXII 807603 . G A 1529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=159;Dels=0.00;FS=9.305;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.494;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,87:159:99:1559,0,1284 chrXII 807708 . T C 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=117;Dels=0.00;FS=8.730;HaplotypeScore=9.6903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.710;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:117:99:881,0,1005 chrXII 807737 . C G 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=87;Dels=0.00;FS=2.820;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:810,0,876 chrXII 807751 . T C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:81:99:672,0,847 chrXII 807795 . C A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.588;DP=77;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.327;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:506,0,766 chrXII 807813 . A T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;DP=69;Dels=0.00;FS=3.361;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:418,0,754 chrXII 807829 . A G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.816;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:531,0,717 chrXII 807870 . T A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=82;Dels=0.00;FS=9.389;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:524,0,947 chrXII 808046 . T C 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=90;Dels=0.00;FS=0.813;HaplotypeScore=7.1625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.612;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:90:99:1025,0,563 chrXII 808083 . T A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:618,0,613 chrXII 808098 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.919;DP=55;Dels=0.00;FS=7.933;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:55:99:465,0,439 chrXII 808189 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=64;Dels=0.00;FS=6.730;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:534,0,729 chrXII 808209 . C T 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=22.25;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1301,135,0 chrXII 808279 . T A 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=42;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=21.12;ReadPosRankSum=1.568;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:96:920,96,0 chrXII 808434 . C T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=125;Dels=0.00;FS=3.294;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,58:125:99:800,0,1180 chrXII 808452 . G A 2617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=21.99;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2650,279,0 chrXII 808468 . A G 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.999;DP=106;Dels=0.00;FS=3.839;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.521;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:722,0,1087 chrXII 808492 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=107;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=11.1904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=3.778;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:107:99:932,0,654 chrXII 808557 . A G 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=23.65;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1121,126,0 chrXII 808607 . G T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DP=60;Dels=0.00;FS=5.228;HaplotypeScore=6.5575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.265;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:341,0,647 chrXII 808623 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.697;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.334;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:437,0,674 chrXII 808679 . A G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=84;Dels=0.00;FS=3.911;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.553;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:526,0,825 chrXII 808708 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;DP=76;Dels=0.00;FS=10.137;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.164;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:627,0,582 chrXII 808734 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;DP=76;Dels=0.00;FS=2.157;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.907;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.584;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:546,0,708 chrXII 808740 . C G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DP=75;Dels=0.00;FS=2.124;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=3.315;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:666,0,523 chrXII 808841 . G A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=89;Dels=0.00;FS=3.003;HaplotypeScore=7.3263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:89:99:723,0,589 chrXII 808892 . C T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=68;Dels=0.00;FS=9.253;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.664;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:849,0,455 chrXII 808950 . G C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=56;Dels=0.00;FS=12.236;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.776;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:523,0,461 chrXII 808993 . T A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;DP=42;Dels=0.00;FS=4.638;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=1.819;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:289,0,345 chrXII 809005 . A T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;DP=35;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=2.129;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:278,0,298 chrXII 809043 . A T 425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=17.00;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:458,51,0 chrXII 809044 . A T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.978;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.028;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:193,0,209 chrXII 809080 . A G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;DP=31;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=4.84;ReadPosRankSum=2.391;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:180,0,309 chrXII 809082 . G A 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=4.8987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=3.72;ReadPosRankSum=2.379;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:138,0,258 chrXII 809130 . G A 370.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=53;Dels=0.00;FS=2.144;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:400,0,389 chrXII 809132 . T C 323.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=52;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.117;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:353,0,313 chrXII 809137 . C G 343.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.746;DP=51;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:373,0,356 chrXII 809227 . G C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=63;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=2.6448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:63:99:333,0,572 chrXII 809231 . C T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DP=62;Dels=0.00;FS=9.117;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,42:62:99:583,0,350 chrXII 809333 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=46;Dels=0.00;FS=6.329;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.627;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:322,0,411 chrXII 809343 . T C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DP=36;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.347;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:36:99:284,0,325 chrXII 809434 . T C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=24;Dels=0.00;FS=2.007;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.695;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:192,0,241 chrXII 809476 . C T 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=17;Dels=0.00;FS=2.187;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.177;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:17:99:168,0,102 chrXII 809477 . A G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=15;Dels=0.00;FS=2.187;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.827;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.295;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:161,0,106 chrXII 809769 . G A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;DP=55;Dels=0.00;FS=1.393;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=12.18;ReadPosRankSum=2.517;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:700,0,417 chrXII 809989 . G A 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=23.10;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1234,126,0 chrXII 810047 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=52;Dels=0.00;FS=1.070;HaplotypeScore=2.5310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.502;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:388,0,497 chrXII 810052 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;DP=54;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=4.0536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.877;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:406,0,451 chrXII 810176 . A G 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=66;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=2.472;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:685,0,317 chrXII 810266 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;DP=69;Dels=0.00;FS=3.464;HaplotypeScore=8.2756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=1.974;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.654;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:575,0,484 chrXII 810311 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=63;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=10.0198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.732;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:345,0,510 chrXII 810333 . G C 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=18.53;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1089,114,0 chrXII 810422 . T C 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=34;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=2.185;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:216,0,235 chrXII 810423 . T C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=34;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.179;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:247,0,222 chrXII 810443 . C T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=33;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.003;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.018;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:331,0,162 chrXII 810674 . T C 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.493;DP=56;Dels=0.00;FS=6.722;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.816;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:56:99:167,0,761 chrXII 810702 . A G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=65;Dels=0.00;FS=12.572;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:419,0,803 chrXII 810737 . A C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;DP=69;Dels=0.00;FS=10.599;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.583;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:69:99:552,0,852 chrXII 810794 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.654;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:573,0,664 chrXII 810821 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DP=63;Dels=0.00;FS=8.306;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:402,0,657 chrXII 810830 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DP=61;Dels=0.00;FS=10.268;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.098;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:503,0,509 chrXII 810884 . G A 491.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;DP=72;Dels=0.00;FS=15.556;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.188;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:521,0,485 chrXII 810890 . C T 489.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=72;Dels=0.00;FS=8.169;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.18;MQ0=0;MQRankSum=-6.436;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.006;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:519,0,580 chrXII 810891 . C T 489.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;DP=74;Dels=0.00;FS=7.965;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.69;MQ0=0;MQRankSum=-6.764;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.903;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:519,0,573 chrXII 810905 . T C 404.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=75;Dels=0.00;FS=4.579;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.51;MQ0=0;MQRankSum=-5.758;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.241;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:434,0,514 chrXII 810911 . C T 489.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.298;DP=83;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.23;MQ0=0;MQRankSum=-6.662;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:519,0,540 chrXII 810914 . C A 469.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DP=86;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=-6.438;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:499,0,612 chrXII 810923 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.721;DP=84;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQ0=0;MQRankSum=-5.118;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.577;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:410,0,656 chrXII 811064 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=74;Dels=0.00;FS=17.119;HaplotypeScore=8.7946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,23:74:99:324,0,786 chrXII 811065 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=68;Dels=0.01;FS=14.429;HaplotypeScore=8.7946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.486;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.878;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,44:67:99:696,0,346 chrXII 811113 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=76;Dels=0.00;FS=1.872;HaplotypeScore=9.6855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.238;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:531,0,795 chrXII 811301 . C T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=23.96;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1758,183,0 chrXII 811334 . A G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=75;Dels=0.00;FS=4.468;HaplotypeScore=5.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.082;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.281;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:625,0,681 chrXII 811385 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;DP=84;Dels=0.00;FS=7.337;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.734;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:84:99:578,0,838 chrXII 811433 . T C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;DP=79;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.505;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:657,0,694 chrXII 811471 . A G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;DP=65;Dels=0.00;FS=2.150;HaplotypeScore=3.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:448,0,564 chrXII 811472 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=65;Dels=0.00;FS=2.150;HaplotypeScore=4.3512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:465,0,538 chrXII 811502 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=57;Dels=0.00;FS=5.901;HaplotypeScore=5.1092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.467;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:266,0,509 chrXII 811640 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=63;Dels=0.00;FS=11.290;HaplotypeScore=7.2815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-4.368;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.882;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:212,0,620 chrXII 811649 . T C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DP=60;Dels=0.00;FS=0.994;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.062;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.612;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:337,0,524 chrXII 811661 . T C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=66;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.907;QD=4.80;ReadPosRankSum=-2.316;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:347,0,569 chrXII 811670 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-4.422;QD=5.01;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:386,0,661 chrXII 811673 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;DP=67;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.132;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:282,0,644 chrXII 811757 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=69;Dels=0.00;FS=8.408;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:487,0,627 chrXII 811798 . T G 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:78:99:842,0,745 chrXII 811802 . A T 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.217;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:770,0,874 chrXII 811886 . T C 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.289;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:720,0,525 chrXII 811914 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.602;DP=78;Dels=0.00;FS=6.617;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:605,0,794 chrXII 812219 . A G 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.895;DP=108;Dels=0.00;FS=19.631;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.718;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:108:99:1076,0,1055 chrXII 812855 . C T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=51;Dels=0.00;FS=8.414;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:640,0,282 chrXII 812990 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DP=80;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.605;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:80:99:622,0,769 chrXII 813197 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=40;Dels=0.00;FS=1.378;HaplotypeScore=5.0817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.958;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,28:40:99:479,0,129 chrXII 813236 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=2.117;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,44:58:99:789,0,118 chrXII 813350 . A T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;DP=80;Dels=0.00;FS=1.907;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.497;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:530,0,897 chrXII 813365 . G A 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=78;Dels=0.00;FS=7.793;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:78:99:884,0,538 chrXII 813653 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DP=78;Dels=0.00;FS=3.116;HaplotypeScore=2.4612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.031;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:629,0,559 chrXII 813776 . T A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:387,0,621 chrXII 813812 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=52;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.592;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:464,0,531 chrXII 814017 . G T 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=20.01;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1494,156,0 chrXII 814256 . T C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.382;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.833;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:341,0,619 chrXII 814337 . A G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;DP=48;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.000;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:425,0,352 chrXII 814364 . A T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=60;Dels=0.00;FS=11.671;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.267;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:502,0,244 chrXII 814367 . G A 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=59;Dels=0.00;FS=7.277;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.486;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:523,0,249 chrXII 814586 . G A 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=64;Dels=0.00;FS=2.671;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:788,0,528 chrXII 814658 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DP=36;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.613;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:328,0,310 chrXII 814963 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;DP=49;Dels=0.00;FS=11.375;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:371,0,361 chrXII 815093 . T C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:99:228,0,298 chrXII 815108 . C T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=6.00;ReadPosRankSum=-2.450;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:222,0,320 chrXII 815117 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.410;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:217,0,323 chrXII 815222 . T A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=38;Dels=0.00;FS=2.937;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.088;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:289,0,344 chrXII 815324 . C T 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;DP=89;Dels=0.00;FS=2.271;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:693,0,1099 chrXII 815357 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.457;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:583,0,726 chrXII 815365 . C G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.215;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:525,0,712 chrXII 815475 . A G 220.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.579;DP=47;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.091;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:250,0,488 chrXII 815477 . A T 226.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=46;Dels=0.00;FS=4.775;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.468;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:256,0,473 chrXII 815480 . C A 164.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DP=45;Dels=0.00;FS=4.850;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.146;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:194,0,476 chrXII 815496 . G A 141.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;DP=43;Dels=0.00;FS=6.860;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.192;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:171,0,476 chrXII 815497 . A C 139.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.168;DP=41;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.559;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:169,0,452 chrXII 815498 . T A 150.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=41;Dels=0.00;FS=7.185;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.428;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:180,0,441 chrXII 815526 . A G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=40;Dels=0.00;FS=2.784;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.796;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.808;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:225,0,345 chrXII 815554 . C T 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=45;Dels=0.00;FS=4.376;HaplotypeScore=3.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.537;QD=5.71;ReadPosRankSum=2.398;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:287,0,481 chrXII 815561 . G T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.435;DP=45;Dels=0.00;FS=6.369;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=3.688;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.390;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:479,0,272 chrXII 815763 . C T 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=18.37;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1062,111,0 chrXII 815769 . T G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.821;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.673;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:389,0,410 chrXII 815784 . T G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=18.04;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1061,117,0 chrXII 815890 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=38;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.184;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:193,0,446 chrXII 815897 . C T 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=31;Dels=0.00;FS=1.400;HaplotypeScore=2.7802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.894;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:163,0,310 chrXII 815901 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=2.7802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.449;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:175,0,332 chrXII 815940 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.436;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.983;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.284;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:176,0,275 chrXII 815987 . G A 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=40;Dels=0.00;FS=2.990;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:176,0,426 chrXII 815995 . C G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=38;Dels=0.00;FS=3.218;HaplotypeScore=3.8111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:38:99:170,0,421 chrXII 816028 . A G 104.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;DP=40;Dels=0.00;FS=19.355;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.050;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:99:134,0,446 chrXII 816049 . G A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.523;DP=38;Dels=0.00;FS=7.806;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.832;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:38:99:150,0,421 chrXII 816058 . C T 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=38;Dels=0.00;FS=16.948;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.497;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:158,0,415 chrXII 816068 . A G 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=17.57;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:69:648,69,0 chrXII 816162 . T C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.516;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:513,0,390 chrXII 816236 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=56;Dels=0.00;FS=2.543;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:475,0,581 chrXII 816279 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DP=51;Dels=0.00;FS=1.255;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.429;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:478,0,451 chrXII 816285 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=51;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=1.7172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.899;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:474,0,412 chrXII 816323 . C G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=42;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=8.1783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.390;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:304,0,304 chrXII 816399 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:546,0,584 chrXII 816420 . A C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.780;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:470,0,507 chrXII 816603 . G A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=77;Dels=0.00;FS=6.319;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:728,0,647 chrXII 816648 . T C 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.649;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:70:99:664,0,671 chrXII 816720 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.370;DP=83;Dels=0.00;FS=1.785;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:601,0,728 chrXII 816749 . C T 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DP=88;Dels=0.00;FS=1.739;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:814,0,803 chrXII 816918 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;DP=54;Dels=0.00;FS=3.878;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.009;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:361,0,469 chrXII 816966 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=62;Dels=0.00;FS=6.778;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:519,0,475 chrXII 816978 . T A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.276;DP=70;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:600,0,496 chrXII 817044 . A G 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DP=111;Dels=0.00;FS=3.527;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:111:99:1099,0,796 chrXII 817116 . A G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.827;DP=88;Dels=0.00;FS=0.813;HaplotypeScore=6.4071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:88:99:747,0,702 chrXII 817183 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;DP=59;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.193;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:540,0,461 chrXII 817186 . G A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=59;Dels=0.00;FS=2.327;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.998;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.208;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:518,0,445 chrXII 817279 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;DP=53;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=5.0065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:455,0,425 chrXII 817345 . T A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=2.093;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:525,0,580 chrXII 817376 . T A 1684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.87;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1717,177,0 chrXII 817463 . G A 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=19.82;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1242,138,0 chrXII 817525 . G C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;DP=85;Dels=0.00;FS=7.417;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.526;QD=9.28;ReadPosRankSum=-2.129;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:85:99:819,0,621 chrXII 817587 . C T 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.036;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:841,0,629 chrXII 817684 . G C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=55;Dels=0.00;FS=2.276;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.943;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.145;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:438,0,579 chrXII 817710 . A C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;DP=68;Dels=0.00;FS=2.215;HaplotypeScore=5.0765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:474,0,754 chrXII 817737 . G A 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=89;Dels=0.00;FS=4.419;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=2.913;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:89:99:842,0,505 chrXII 817755 . T A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;DP=104;Dels=0.00;FS=4.954;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:641,0,1161 chrXII 817814 . A T 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=160;Dels=0.00;FS=7.477;HaplotypeScore=16.7571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.524;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.222;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,72:160:99:978,0,1755 chrXII 817850 . C G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=141;Dels=0.00;FS=7.834;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-8.120;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,54:141:99:390,0,1733 chrXII 817851 . G A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.767;DP=141;Dels=0.00;FS=7.834;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-7.356;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,54:141:99:453,0,1809 chrXII 817863 . G T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.954;DP=131;Dels=0.00;FS=21.067;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-9.723;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.798;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,54:131:99:335,0,1717 chrXII 817870 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;DP=125;Dels=0.00;FS=19.102;HaplotypeScore=4.3133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-9.455;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,51:125:99:273,0,1529 chrXII 817876 . G A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=120;Dels=0.00;FS=20.135;HaplotypeScore=5.8906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-8.718;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,48:120:99:229,0,1522 chrXII 817907 . T C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DP=87;Dels=0.00;FS=13.965;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=-7.500;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.782;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,32:87:99:192,0,1220 chrXII 817938 . C T 362.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;DP=92;Dels=0.00;FS=5.545;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.88;MQ0=0;MQRankSum=-8.116;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:392,0,1012 chrXII 817946 . G A 230.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;DP=82;Dels=0.00;FS=3.313;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-7.006;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.934;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,28:82:99:260,0,1128 chrXII 817947 . C T 286.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.858;DP=82;Dels=0.00;FS=3.313;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-7.143;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.022;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,28:82:99:316,0,1071 chrXII 817948 . A C 251.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=82;Dels=0.00;FS=3.313;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-7.378;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.924;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,28:82:99:281,0,1113 chrXII 817973 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.334;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-8.175;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:380,0,1046 chrXII 817998 . C A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.787;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-7.793;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.830;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:94:99:380,0,1051 chrXII 818004 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;DP=99;Dels=0.00;FS=1.668;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-8.153;QD=2.84;ReadPosRankSum=1.450;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,39:99:99:311,0,1222 chrXII 818015 . C A 1294.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DP=102;Dels=0.00;FS=2.733;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.76;MQ0=0;MQRankSum=7.961;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,66:102:99:1324,0,149 chrXII 818018 . T C 107.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.056;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-7.479;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.327;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,34:96:99:137,0,1317 chrXII 818019 . G A 115.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.180;DP=96;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-6.792;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,36:96:99:145,0,1305 chrXII 818041 . C T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=110;Dels=0.00;FS=3.839;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.678;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,35:110:99:241,0,1505 chrXII 818046 . C A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;DP=112;Dels=0.00;FS=3.748;HaplotypeScore=6.4989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.593;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,37:112:99:317,0,1496 chrXII 818092 . A G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;DP=134;Dels=0.00;FS=2.642;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=3.34;ReadPosRankSum=2.029;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,42:134:99:478,0,1632 chrXII 818185 . A G 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.759;DP=111;Dels=0.00;FS=10.066;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQ0=0;MQRankSum=-7.499;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.521;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,34:111:99:164,0,1458 chrXII 818285 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.533;DP=81;Dels=0.00;FS=21.891;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQ0=0;MQRankSum=-6.723;QD=5.84;ReadPosRankSum=3.619;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:503,0,848 chrXII 818317 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=73;Dels=0.00;FS=4.719;HaplotypeScore=3.3225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQ0=0;MQRankSum=6.570;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:630,0,526 chrXII 818366 . C T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=71;Dels=0.00;FS=14.308;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.588;QD=0.20;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,14:71:44:44,0,1050 chrXII 818454 . A G 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1439,156,0 chrXII 818574 . A G 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DP=79;Dels=0.00;FS=34.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=4.766;QD=16.03;ReadPosRankSum=2.326;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:79:99:1299,100,0 chrXII 818697 . A C 322.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=64;Dels=0.00;FS=33.213;HaplotypeScore=7.1665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.331;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.024;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:64:99:352,0,836 chrXII 818717 . A C 301.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;DP=73;Dels=0.00;FS=34.673;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.749;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.860;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,20:73:99:331,0,1061 chrXII 818735 . C A 197.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=79;Dels=0.00;FS=20.825;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-5.128;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.118;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,23:79:99:227,0,1069 chrXII 818790 . A G 1382.79 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.570;DP=88;Dels=0.00;FS=56.079;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=5.152;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.761;SB=-7.128e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,69:88:4:1412,0,4 chrXII 818837 . C T 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=74;Dels=0.00;FS=24.132;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-6.331;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,21:74:81:81,0,937 chrXII 818996 . C T 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.131;DP=124;Dels=0.01;FS=0.679;HaplotypeScore=8.9402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-5.318;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.273;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:123:99:793,0,1298 chrXII 818997 . C A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-5.164;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,56:124:99:723,0,1301 chrXII 819017 . T A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=142;Dels=0.00;FS=0.649;HaplotypeScore=13.4876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-8.518;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.758;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,55:142:99:532,0,1542 chrXII 819018 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;DP=142;Dels=0.00;FS=0.653;HaplotypeScore=13.5311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-8.190;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.505;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,55:142:99:537,0,1466 chrXII 819032 . T G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.230;DP=166;Dels=0.00;FS=0.619;HaplotypeScore=5.8403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-8.886;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.100;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,61:166:99:519,0,2136 chrXII 819035 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=175;Dels=0.00;FS=0.590;HaplotypeScore=5.1136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-7.871;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,70:175:99:462,0,2040 chrXII 819079 . T C 760.46 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.773;DP=151;Dels=0.00;FS=0.688;HaplotypeScore=169.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.587;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.714;SB=-2.935e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,55:151:1:789,0,1 chrXII 819099 . G A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.798;DP=132;Dels=0.00;FS=0.722;HaplotypeScore=8.8634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.929;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.420;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,49:132:99:764,0,1425 chrXII 819282 . T A 3039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=148;Dels=0.00;FS=7.051;HaplotypeScore=7.2401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.536;QD=20.53;ReadPosRankSum=2.350;SB=-1.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:148:99:3072,330,0 chrXII 819432 . A G 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DP=97;Dels=0.00;FS=1.679;HaplotypeScore=10.5451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,58:97:99:909,0,767 chrXII 819555 . C T 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DP=119;Dels=0.00;FS=0.687;HaplotypeScore=61.2683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.374;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:119:99:999,0,1068 chrXII 819579 . T C 1199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DP=138;Dels=0.01;FS=2.151;HaplotypeScore=27.7586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.360;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.528;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,72:137:99:1229,0,1038 chrXII 819611 . T G 1128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=2.337;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.002;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,72:133:99:1158,0,974 chrXII 819643 . C T 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.488;DP=106;Dels=0.00;FS=7.642;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:106:99:905,0,816 chrXII 819670 . A C 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=105;Dels=0.00;FS=3.677;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.421;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:105:99:768,0,696 chrXII 819681 . A G 2047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=18.78;ReadPosRankSum=1.637;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:2080,225,0 chrXII 819713 . C T 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=110;Dels=0.00;FS=3.653;HaplotypeScore=6.3460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=19.40;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2167,206,0 chrXII 819720 . A G 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;DP=103;Dels=0.00;FS=15.835;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:103:99:709,0,810 chrXII 819742 . A G 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=102;Dels=0.00;FS=11.416;HaplotypeScore=6.6283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:829,0,868 chrXII 819771 . A T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;DP=96;Dels=0.00;FS=2.713;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:782,0,665 chrXII 819834 . C G 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=18.99;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1799,201,0 chrXII 819836 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=96;Dels=0.00;FS=2.673;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.055;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:658,0,901 chrXII 819851 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;DP=96;Dels=0.00;FS=3.812;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=5.19;ReadPosRankSum=2.876;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:528,0,758 chrXII 819854 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.475;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.997;QD=4.64;ReadPosRankSum=3.419;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:457,0,871 chrXII 820286 . C T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:796,0,918 chrXII 820297 . G A 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=17.35;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1386,156,0 chrXII 820477 . G A 1283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.918;DP=155;Dels=0.00;FS=0.606;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,80:155:99:1313,0,1291 chrXII 820505 . G T 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=124;Dels=0.00;FS=4.244;HaplotypeScore=8.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.206;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,62:124:99:1082,0,1216 chrXII 820606 . C G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:39:99:383,0,245 chrXII 820615 . G A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.203;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:316,0,469 chrXII 820636 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:296,0,239 chrXII 820804 . A G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.244;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:667,0,681 chrXII 820873 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;DP=77;Dels=0.00;FS=6.119;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.762;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,29:77:99:421,0,899 chrXII 820890 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=72;Dels=0.00;FS=4.786;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:72:99:510,0,817 chrXII 821080 . T C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.751;DP=61;Dels=0.00;FS=3.558;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.596;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:589,0,536 chrXII 821128 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;DP=64;Dels=0.00;FS=11.139;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:599,0,463 chrXII 821269 . A G 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.970;DP=142;Dels=0.00;FS=14.040;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,68:142:99:839,0,1467 chrXII 821272 . A G 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=145;Dels=0.00;FS=13.889;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,70:145:99:956,0,1376 chrXII 821362 . A G 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=112;Dels=0.00;FS=3.704;HaplotypeScore=10.9687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:112:99:1039,0,781 chrXII 821461 . A G 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DP=36;Dels=0.00;FS=5.874;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.263;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:169,0,443 chrXII 821518 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;DP=71;Dels=0.00;FS=5.870;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.367;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:71:99:389,0,785 chrXII 821542 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=74;Dels=0.00;FS=4.971;HaplotypeScore=4.0832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:74:99:464,0,698 chrXII 821845 . A G 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.753;DP=85;Dels=0.00;FS=13.065;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=10.81;ReadPosRankSum=1.374;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:949,0,600 chrXII 821896 . A C 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;DP=62;Dels=0.00;FS=6.933;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:557,0,522 chrXII 822304 . T A 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=85;Dels=0.00;FS=7.036;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=10.12;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:890,0,814 chrXII 822379 . C T 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.735;DP=154;Dels=0.00;FS=7.449;HaplotypeScore=17.8661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.429;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,73:154:99:1367,0,1312 chrXII 822430 . A G 3419.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.95;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3419,372,0 chrXII 822513 . A G 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.750;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:1123,0,715 chrXII 822539 . A G 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;DP=118;Dels=0.00;FS=3.526;HaplotypeScore=9.9365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.588;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:999,0,996 chrXII 822564 . C T 1371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.799;DP=124;Dels=0.00;FS=5.625;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=11.06;ReadPosRankSum=-3.655;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,68:124:99:1401,0,900 chrXII 822585 . G T 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;DP=137;Dels=0.00;FS=1.593;HaplotypeScore=11.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=4.071;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,67:137:99:765,0,1242 chrXII 822608 . A T 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DP=162;Dels=0.00;FS=1.307;HaplotypeScore=14.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.811;QD=7.18;ReadPosRankSum=2.693;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,80:162:99:1193,0,1284 chrXII 822619 . T C 1454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;DP=177;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.988;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,95:177:99:1484,0,1375 chrXII 822648 . C T 1760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.630;DP=222;Dels=0.01;FS=0.493;HaplotypeScore=19.9592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,117:220:99:1790,0,1757 chrXII 822750 . C T 1320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.379;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.664;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,65:131:99:1350,0,1111 chrXII 822768 . A C 2972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:128:99:3005,324,0 chrXII 822798 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=112;Dels=0.00;FS=1.592;HaplotypeScore=15.8404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:112:99:932,0,976 chrXII 822847 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DP=100;Dels=0.00;FS=0.756;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:100:99:613,0,1068 chrXII 822853 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;DP=116;Dels=0.00;FS=2.429;HaplotypeScore=12.6511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.735;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.392;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:116:99:921,0,908 chrXII 822903 . T A 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.139;DP=135;Dels=0.00;FS=6.721;HaplotypeScore=8.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.943;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,64:135:99:1066,0,1175 chrXII 823022 . G A 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=96;Dels=0.00;FS=1.899;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.791;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:96:99:802,0,1014 chrXII 823029 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=100;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:100:99:718,0,1155 chrXII 823121 . C G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DP=83;Dels=0.00;FS=17.462;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:83:99:454,0,727 chrXII 823217 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.651;DP=68;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:636,0,400 chrXII 823244 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=53;Dels=0.00;FS=3.017;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.224;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:566,0,395 chrXII 823320 . T C 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:53:53,0,164 chrXII 823325 . T C 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.546;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:51:51,0,178 chrXII 823338 . G A 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.700;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.849;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:53:53,0,194 chrXII 823375 . T G 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=18;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.048;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:18:99:104,0,143 chrXII 823394 . C T 139.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.612;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:169,0,100 chrXII 823767 . A G 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;DP=48;Dels=0.00;FS=3.104;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:508,0,505 chrXII 823910 . C T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=72;Dels=0.00;FS=8.044;HaplotypeScore=12.0542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:580,0,426 chrXII 824008 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;DP=69;Dels=0.00;FS=3.361;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.800;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:552,0,647 chrXII 824191 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;DP=50;Dels=0.00;FS=1.228;HaplotypeScore=5.3159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:50:99:688,0,203 chrXII 824212 . C T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DP=51;Dels=0.00;FS=2.568;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=12.35;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:51:99:660,0,185 chrXII 824233 . C T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;DP=44;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.298;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.164;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,30:44:99:388,0,175 chrXII 824361 . A G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=30;Dels=0.00;FS=5.853;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.376;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:184,0,308 chrXII 824406 . A G 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DP=32;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:118,0,504 chrXII 824599 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=37;Dels=0.00;FS=9.728;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:330,0,278 chrXII 824977 . G A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=34;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.495;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:340,0,237 chrXII 825429 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;DP=37;Dels=0.00;FS=1.364;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:386,0,258 chrXII 825457 . G A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=54;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=9.00;ReadPosRankSum=2.578;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:516,0,432 chrXII 825694 . A G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;DP=49;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=7.63;ReadPosRankSum=2.354;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:404,0,460 chrXII 826153 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.736;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.744;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:403,0,272 chrXII 826195 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.748;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:407,0,497 chrXII 826454 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:625,0,291 chrXII 826674 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.585;DP=61;Dels=0.00;FS=5.481;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=2.676;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:555,0,464 chrXII 827510 . C A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.438;DP=45;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.907;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:425,0,345 chrXII 827781 . T C 298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=14.19;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:36:331,36,0 chrXII 827901 . G A 260.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.738;DP=67;Dels=0.00;FS=5.398;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=3.88;ReadPosRankSum=2.340;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:290,0,528 chrXII 828201 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=32;Dels=0.00;FS=2.000;HaplotypeScore=4.4240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=12.00;ReadPosRankSum=1.342;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:414,0,205 chrXII 828218 . G A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=4.18;ReadPosRankSum=-2.160;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:33:99:168,0,350 chrXII 828244 . T C 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=14.15;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:63:599,63,0 chrXII 828257 . G C 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=38;Dels=0.00;FS=12.746;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:38:99:152,0,295 chrXII 828578 . G T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DP=54;Dels=0.00;FS=6.181;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:406,0,388 chrXII 828622 . T G 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2016,228,0 chrXII 828754 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.223;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:473,0,357 chrXII 828903 . C T 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=23.62;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:789,81,0 chrXII 829035 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;DP=73;Dels=0.00;FS=4.967;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.695;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:471,0,520 chrXII 829269 . C T 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.62;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:666,69,0 chrXII 829427 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=82;Dels=0.00;FS=13.589;HaplotypeScore=23.1688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.808;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:82:99:241,0,757 chrXII 829435 . G A 2135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=19.41;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2168,237,0 chrXII 829486 . T C 3704.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=24.37;ReadPosRankSum=1.686;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,150:152:99:3704,402,0 chrXII 829513 . C T 2919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=25.61;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2952,315,0 chrXII 829620 . C T 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;DP=30;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.200;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:30:99:295,0,264 chrXII 829636 . A G 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.37;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:674,75,0 chrXII 829693 . G T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=39;Dels=0.00;FS=4.657;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:386,0,423 chrXII 829708 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=51;Dels=0.00;FS=5.738;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:441,0,495 chrXII 829807 . C A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.782;DP=90;Dels=0.00;FS=7.877;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:762,0,793 chrXII 829810 . A C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=92;Dels=0.00;FS=6.065;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:732,0,777 chrXII 829917 . G C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=36;Dels=0.00;FS=5.780;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.149;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:202,0,313 chrXII 830371 . G A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.729;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:444,0,416 chrXII 830392 . C T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=2.274;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:660,0,664 chrXII 830462 . T C 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;DP=109;Dels=0.00;FS=3.569;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=2.589;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:109:99:898,0,905 chrXII 830507 . C A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;DP=62;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:495,0,565 chrXII 830508 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DP=59;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:483,0,588 chrXII 830520 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.345;DP=56;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=4.6447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.558;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.000;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:362,0,573 chrXII 830532 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=51;Dels=0.00;FS=4.641;HaplotypeScore=6.6723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.551;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:380,0,359 chrXII 830534 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.262;DP=52;Dels=0.00;FS=4.655;HaplotypeScore=6.6723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=3.414;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.371;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:52:99:369,0,391 chrXII 830644 . T A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.09;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:381,0,417 chrXII 830647 . G T 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.33;MQ0=0;QD=19.65;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1055,114,0 chrXII 830675 . G A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=38;Dels=0.00;FS=1.290;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.415;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:217,0,234 chrXII 830678 . G T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=39;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.956;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:268,0,232 chrXII 830689 . T A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.194;DP=40;Dels=0.00;FS=1.222;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.167;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:246,0,216 chrXII 830721 . G A 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=17.22;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:825,87,0 chrXII 830731 . A G 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=15.77;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:93:869,93,0 chrXII 830741 . T A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.796;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:302,0,351 chrXII 830791 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=50;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.792;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:538,0,264 chrXII 830821 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=50;Dels=0.00;FS=17.296;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=12.66;ReadPosRankSum=-2.028;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:50:99:663,0,180 chrXII 830945 . C T 1568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=20.10;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1601,168,0 chrXII 830954 . A C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.773;DP=73;Dels=0.00;FS=3.177;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.179;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:73:99:471,0,764 chrXII 830981 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DP=88;Dels=0.00;FS=4.651;HaplotypeScore=8.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.467;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.717;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:312,0,980 chrXII 830983 . A T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.684;DP=92;Dels=0.02;FS=3.172;HaplotypeScore=8.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.383;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.401;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:90:99:316,0,957 chrXII 831007 . T C 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;DP=95;Dels=0.00;FS=5.890;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=2.169;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.143;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:1058,0,469 chrXII 831032 . T G 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.044;DP=100;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.355;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:807,0,855 chrXII 831036 . A T 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.699;DP=101;Dels=0.00;FS=2.386;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.757;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:101:99:793,0,916 chrXII 831046 . G A 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.831;DP=103;Dels=0.00;FS=1.106;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=1.215;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:103:99:839,0,927 chrXII 831096 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=88;Dels=0.00;FS=5.025;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,31:88:99:440,0,1240 chrXII 831136 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=67;Dels=0.00;FS=7.324;HaplotypeScore=4.6998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.336;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:533,0,733 chrXII 831164 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=48;Dels=0.00;FS=3.214;HaplotypeScore=5.6790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.035;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:48:99:411,0,495 chrXII 831241 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.430;DP=90;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:792,0,841 chrXII 831427 . C A 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.994;DP=87;Dels=0.00;FS=0.806;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.057;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:862,0,806 chrXII 831658 . C T 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;DP=74;Dels=0.00;FS=17.150;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.341;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:696,0,583 chrXII 831670 . A T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;DP=81;Dels=0.00;FS=9.175;HaplotypeScore=5.9147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:669,0,820 chrXII 831733 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=58;Dels=0.00;FS=7.327;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.727;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:380,0,609 chrXII 831793 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DP=92;Dels=0.00;FS=1.755;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=1.816;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.088;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,34:92:99:468,0,975 chrXII 831805 . C T 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1803,189,0 chrXII 832054 . A C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=76;Dels=0.00;FS=3.136;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:509,0,752 chrXII 832172 . G A 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:877,0,525 chrXII 832198 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.461;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:562,0,728 chrXII 832234 . A T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=78;Dels=0.00;FS=3.071;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.876;QD=4.00;ReadPosRankSum=-3.643;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:342,0,739 chrXII 832249 . G T 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;DP=75;Dels=0.00;FS=4.660;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.846;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:182,0,715 chrXII 832255 . A G 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=73;Dels=0.00;FS=3.207;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQ0=0;MQRankSum=-6.251;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.447;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:175,0,702 chrXII 832264 . G A 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=77;Dels=0.00;FS=1.925;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.746;QD=1.32;ReadPosRankSum=2.887;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:77:99:132,0,812 chrXII 832281 . G A 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=94;Dels=0.00;FS=2.800;HaplotypeScore=10.2187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=6.793;QD=9.30;ReadPosRankSum=-2.580;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:904,0,323 chrXII 832282 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DP=91;Dels=0.00;FS=1.785;HaplotypeScore=10.2187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.165;QD=3.51;ReadPosRankSum=2.918;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:91:99:349,0,863 chrXII 832312 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:548,0,614 chrXII 832387 . G T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DP=76;Dels=0.00;FS=1.912;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=10.16;ReadPosRankSum=-1.572;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:802,0,517 chrXII 832594 . T G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.096;DP=95;Dels=0.00;FS=2.756;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.112;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:95:99:664,0,982 chrXII 832633 . C T 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.246;DP=85;Dels=0.00;FS=1.764;HaplotypeScore=6.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.142;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:704,0,909 chrXII 832834 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DP=56;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:466,0,512 chrXII 832932 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.714;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.242;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:399,0,368 chrXII 833260 . T C 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.54;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1101,123,0 chrXII 833326 . C T 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=18.59;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:981,102,0 chrXII 833446 . A G 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=20.99;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1502,168,0 chrXII 833500 . T C 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=21.73;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2010,228,0 chrXII 833647 . A G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=20.84;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1242,132,0 chrXII 833686 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=47;Dels=0.00;FS=2.693;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:333,0,422 chrXII 833760 . T G 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=72;Dels=0.00;FS=10.864;HaplotypeScore=3.1507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.192;QD=10.74;ReadPosRankSum=2.889;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:90:806,90,0 chrXII 833774 . C T 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.40;MQ0=0;QD=13.63;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1110,117,0 chrXII 833779 . C T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.006;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:72:99:208,0,643 chrXII 833859 . A G 2092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=19.74;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2125,231,0 chrXII 833865 . G A 2159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=20.37;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2192,228,0 chrXII 833890 . C A 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=19.31;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2061,210,0 chrXII 833930 . T C 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=17.48;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1099,123,0 chrXII 833983 . A T 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1792,189,0 chrXII 834031 . G A 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=21.72;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1792,183,0 chrXII 834053 . A G 1700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;QD=22.37;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1733,192,0 chrXII 834075 . G A 1740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=21.75;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1773,186,0 chrXII 834108 . A G 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=19.40;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1546,171,0 chrXII 834111 . A G 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=19.55;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1636,177,0 chrXII 834217 . A C 2361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.344;DP=116;Dels=0.00;FS=7.537;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=20.35;ReadPosRankSum=2.407;SB=-1.269e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:2394,261,0 chrXII 834281 . G A 1176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=119;Dels=0.00;FS=15.938;HaplotypeScore=3.2489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:119:99:1206,0,921 chrXII 834286 . G A 1240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.218;DP=115;Dels=0.00;FS=13.610;HaplotypeScore=3.9828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.434;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:115:99:1270,0,881 chrXII 834387 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.027;DP=72;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=7.40;ReadPosRankSum=2.370;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:563,0,726 chrXII 834416 . G T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;DP=60;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=2.278;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:509,0,540 chrXII 834552 . A G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;DP=79;Dels=0.00;FS=11.018;HaplotypeScore=14.1984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=8.30;ReadPosRankSum=2.003;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:686,0,384 chrXII 834726 . C G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=50;Dels=0.00;FS=7.790;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:365,0,524 chrXII 834769 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=40;Dels=0.00;FS=5.288;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.251;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:378,0,188 chrXII 834784 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.166;DP=41;Dels=0.00;FS=8.470;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.460;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:410,0,163 chrXII 835013 . A G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=66;Dels=0.02;FS=8.003;HaplotypeScore=13.4424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.391;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:65:99:292,0,611 chrXII 835059 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=63;Dels=0.00;FS=15.474;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,41:63:99:634,0,314 chrXII 835110 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=53;Dels=0.00;FS=5.897;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:416,0,581 chrXII 835169 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.878;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:36:99:351,0,141 chrXII 835197 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=26;Dels=0.00;FS=1.598;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.920;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:220,0,143 chrXII 835257 . G A 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.628;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:95:95,0,253 chrXII 835269 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.100;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.619;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:83:326,0,83 chrXII 835277 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:199,0,405 chrXII 835393 . A C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;DP=69;Dels=0.00;FS=12.623;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.602;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:462,0,646 chrXII 835400 . G A 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=20.34;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1396,147,0 chrXII 835412 . C T 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=17.71;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1078,114,0 chrXII 835461 . A G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=58;Dels=0.00;FS=5.504;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:248,0,565 chrXII 835495 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=52;Dels=0.00;FS=4.037;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.573;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:446,0,453 chrXII 835497 . A T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;DP=52;Dels=0.00;FS=5.759;HaplotypeScore=5.8632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:437,0,482 chrXII 835509 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=44;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=3.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=7.50;ReadPosRankSum=-3.595;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:360,0,408 chrXII 835689 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=51;Dels=0.00;FS=8.815;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:51:99:416,0,354 chrXII 835692 . G A 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=21.04;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1085,111,0 chrXII 835791 . T C 1267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=19.20;ReadPosRankSum=1.680;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1300,144,0 chrXII 835800 . G T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=71;Dels=0.00;FS=4.766;HaplotypeScore=5.0222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:385,0,730 chrXII 836779 . A C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=27;Dels=0.00;FS=8.916;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:203,0,203 chrXII 837118 . T C 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=25.08;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1563,165,0 chrXII 837401 . C T 430.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.323;DP=44;Dels=0.00;FS=3.212;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.540;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:460,0,309 chrXII 837460 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.835;DP=69;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=1.868;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.739;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:498,0,676 chrXII 837471 . C T 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=20.70;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1461,153,0 chrXII 837482 . G A 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=21.19;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1453,153,0 chrXII 837518 . T C 251.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;DP=38;Dels=0.00;FS=3.122;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.394;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:281,0,226 chrXII 837529 . A G 142.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DP=25;Dels=0.00;FS=49.123;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=5.68;ReadPosRankSum=3.433;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,9:25:21:175,21,0 chrXII 837543 . G A 807 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=15.52;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:93:840,93,0 chrXII 837595 . C T 1888 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.84;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1921,213,0 chrXII 837744 . T C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.322;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:67:67,0,114 chrXII 837839 . T A 489.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;DP=68;Dels=0.00;FS=6.349;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:519,0,587 chrXII 837919 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:323,0,603 chrXII 838705 . A C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.018;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:409,0,148 chrXII 839246 . C T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;DP=85;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=8.5406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:85:99:677,0,541 chrXII 839360 . A G 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;DP=110;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=5.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.852;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:957,0,1065 chrXII 839487 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=59;Dels=0.00;FS=4.314;HaplotypeScore=8.3002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:429,0,473 chrXII 839573 . C G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=60;Dels=0.00;FS=1.005;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.192;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:549,0,469 chrXII 839654 . A G 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=20.21;ReadPosRankSum=1.619;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1286,138,0 chrXII 839722 . A G 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=20.52;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1059,114,0 chrXII 839783 . C G 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.26;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1046,108,0 chrXII 839881 . G A 79.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=0.90;SB=-2.755e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:88:12:112,12,0 chrXII 840068 . A G 498 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;QD=17.17;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:531,60,0 chrXII 840073 . T C 551 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.28;MQ0=0;QD=16.21;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:60:584,60,0 chrXII 840076 . A T 527 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.72;MQ0=0;QD=15.97;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:560,57,0 chrXII 840079 . C T 510 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.72;MQ0=0;QD=15.45;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:543,57,0 chrXII 840217 . T C 1745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=23.58;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:1778,192,0 chrXII 840287 . T C 2196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=21.96;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:2229,240,0 chrXII 840577 . T C 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=19.82;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1024,111,0 chrXII 840605 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;DP=44;Dels=0.00;FS=10.118;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:256,0,359 chrXII 840682 . T C 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=25.05;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1611,177,0 chrXII 840750 . C T 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.839;DP=57;Dels=0.00;FS=3.360;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:794,0,342 chrXII 841073 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.042;DP=116;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,41:116:99:627,0,1613 chrXII 841117 . A T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=80;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:789,0,718 chrXII 841238 . A C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.389;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:56:99:399,0,687 chrXII 841354 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DP=66;Dels=0.00;FS=7.048;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.138;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:535,0,501 chrXII 841667 . T A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;DP=104;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:104:99:829,0,911 chrXII 841783 . A G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;DP=47;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:47:99:454,0,398 chrXII 842116 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.501;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:631,0,434 chrXII 842401 . G A 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.326;DP=77;Dels=0.00;FS=9.822;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.202;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:961,0,607 chrXII 842441 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;DP=56;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=2.334;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.806;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:424,0,587 chrXII 842770 . G A 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=19.98;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1132,126,0 chrXII 842917 . G A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=63;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.645;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:598,0,548 chrXII 842955 . C G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.686;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:402,0,590 chrXII 843392 . C G 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=20.97;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:809,90,0 chrXII 843400 . T C 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=22.59;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:756,81,0 chrXII 843685 . A G 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.672;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:59:99:1383,153,0 chrXII 844038 . T C 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=18.69;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1042,111,0 chrXII 844191 . C A 4174.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=24.13;SB=-1.890e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:173:99:4174,442,0 chrXII 844293 . T C 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.32;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1439,159,0 chrXII 844387 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.337;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:375,0,212 chrXII 844419 . A G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.124;DP=69;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:429,0,840 chrXII 844425 . C T 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=23.22;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1589,165,0 chrXII 844641 . T C 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=63;Dels=0.00;FS=7.314;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=16.29;ReadPosRankSum=2.291;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:63:99:1059,117,0 chrXII 845226 . C T 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=26;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:202,0,258 chrXII 845436 . T C 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;QD=23.86;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1703,183,0 chrXII 846071 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=0;QD=21.54;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1476,159,0 chrXII 846079 . G A 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=22.03;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1487,153,0 chrXII 846084 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:480,0,715 chrXII 846312 . T C 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=23.10;ReadPosRankSum=1.637;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1719,189,0 chrXII 846354 . C A 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.44;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1877,207,0 chrXII 846636 . A G 2481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=110;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=22.55;ReadPosRankSum=1.638;SB=-1.332e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2514,266,0 chrXII 846812 . T C 2644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.94;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2677,285,0 chrXII 847107 . C G 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DP=121;Dels=0.00;FS=5.734;HaplotypeScore=8.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,55:121:99:1087,0,1104 chrXII 847703 . A G 2371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.80;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2404,261,0 chrXII 847837 . C T 1540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=154;Dels=0.00;FS=1.396;HaplotypeScore=9.0695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.534;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,95:154:99:1570,0,857 chrXII 847957 . C G 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.91;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1654,183,0 chrXII 847972 . T C 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.20;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1365,150,0 chrXII 848074 . C G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:407,0,212 chrXII 848108 . G A 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=17.59;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1194,129,0 chrXII 848195 . A T 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.594;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1369,153,0 chrXII 848443 . C T 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.66;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:898,93,0 chrXII 848719 . C T 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.86;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:993,102,0 chrXII 848842 . A G 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=20.57;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1514,168,0 chrXII 848908 . C G 2409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=19.59;SB=-1.441e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:123:99:2442,270,0 chrXII 849017 . A G 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.75;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2099,234,0 chrXII 849160 . C A 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=17.77;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1330,138,0 chrXII 849445 . T G 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=24.28;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1587,168,0 chrXII 849491 . T C 2108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.87;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2141,225,0 chrXII 849515 . T C 1907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=20.51;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1940,207,0 chrXII 849605 . C T 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.003;DP=98;Dels=0.00;FS=9.143;HaplotypeScore=5.6010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:98:99:767,0,779 chrXII 849610 . C G 1893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.12;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:99:99:1926,207,0 chrXII 849651 . T C 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=85;Dels=0.00;FS=9.449;HaplotypeScore=54.4582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=7.31;ReadPosRankSum=-5.528;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,32:85:69:654,69,0 chrXII 849654 . T C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;DP=92;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=59.1356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=0.33;ReadPosRankSum=4.989;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,59:92:60:60,0,545 chrXII 849719 . T G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;DP=75;Dels=0.00;FS=5.083;HaplotypeScore=4.9980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.479;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:760,0,704 chrXII 850042 . C T 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=21.70;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2008,210,0 chrXII 850147 . A G 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:1703,189,0 chrXII 850372 . C T 2006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=24.17;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2039,216,0 chrXII 850558 . G A 2050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=25.00;SB=-9.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2083,216,0 chrXII 850723 . C T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.975;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:491,0,447 chrXII 850897 . A G 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=24.26;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1246,138,0 chrXII 850957 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:510,0,626 chrXII 851089 . A G 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.55;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1540,168,0 chrXII 851170 . T C 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=18.31;ReadPosRankSum=1.485;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:87:802,87,0 chrXII 851171 . C A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;DP=41;Dels=0.00;FS=4.590;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.614;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:335,0,295 chrXII 851231 . C T 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=21.16;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1472,159,0 chrXII 851512 . T A 884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=20.56;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:917,96,0 chrXII 851587 . C A 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2094,222,0 chrXII 851617 . T C 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=118;Dels=0.00;FS=7.098;HaplotypeScore=10.3563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.391;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:901,0,1097 chrXII 851760 . C G 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.87;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1561,168,0 chrXII 851969 . A G 1890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.62;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1923,204,0 chrXII 852007 . A G 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.95;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2030,219,0 chrXII 852037 . A T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DP=95;Dels=0.00;FS=4.236;HaplotypeScore=13.4281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.370;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:869,0,729 chrXII 852274 . C T 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=23.73;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1552,162,0 chrXII 852843 . A C 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DP=145;Dels=0.00;FS=4.013;HaplotypeScore=20.6883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.226;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,63:145:99:1131,0,1254 chrXII 853103 . G A 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.169;DP=118;Dels=0.00;FS=4.515;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:1031,0,1055 chrXII 853448 . C G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;DP=69;Dels=0.00;FS=8.948;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.229;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:400,0,926 chrXII 853556 . A G 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=68;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.178;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:635,0,600 chrXII 854278 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=49;Dels=0.00;FS=10.878;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.110;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:485,0,486 chrXII 854473 . C T 1251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=137;Dels=0.00;FS=4.408;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.830;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,64:137:99:1281,0,1551 chrXII 854687 . C G 1603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DP=175;Dels=0.00;FS=0.559;HaplotypeScore=9.0302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.196;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,95:175:99:1633,0,1366 chrXII 854761 . C T 4339.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.37;SB=-1.496e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,191:194:99:4339,471,0 chrXII 854846 . T A 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.904;DP=103;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:913,0,847 chrXII 855018 . A G 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.812;DP=103;Dels=0.00;FS=4.587;HaplotypeScore=9.6011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:103:99:700,0,998 chrXII 855075 . C T 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.710;DP=121;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=11.2395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:121:99:1107,0,995 chrXII 855144 . T C,G 1509.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6318;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.80;MQ0=0;QD=16.77;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,41,49:90:99:1569,820,727,748,0,646 chrXII 855154 . T C 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=91;Dels=0.00;FS=3.141;HaplotypeScore=6.7983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.173;QD=17.36;ReadPosRankSum=2.284;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:91:99:1613,177,0 chrXII 855358 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=52;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.898;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:292,0,573 chrXII 855391 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:529,0,499 chrXII 855421 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=62;Dels=0.00;FS=5.091;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.157;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.180;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:620,0,517 chrXII 855464 . T C 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=110;Dels=0.00;FS=5.047;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.562;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,47:110:99:828,0,977 chrXII 855542 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.994;DP=89;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=13.3879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:708,0,849 chrXII 855577 . G A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DP=80;Dels=0.00;FS=1.839;HaplotypeScore=4.6706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.556;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:876,0,674 chrXII 855695 . C A 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.656;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:66:99:633,0,432 chrXII 855718 . G C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=74;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=8.5434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=2.101;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.681;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:74:99:715,0,462 chrXII 855772 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.573;DP=59;Dels=0.00;FS=5.163;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:559,0,405 chrXII 855913 . G A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=69;Dels=0.00;FS=7.133;HaplotypeScore=8.8254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:615,0,629 chrXII 855990 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DP=53;Dels=0.00;FS=3.844;HaplotypeScore=10.3422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.149;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:477,0,370 chrXII 856042 . T A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=83;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.129;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:703,0,673 chrXII 856379 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.723;DP=90;Dels=0.00;FS=6.812;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:436,0,672 chrXII 856399 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=92;Dels=0.00;FS=2.767;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:246,0,726 chrXII 856685 . A T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.847;DP=85;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:85:99:829,0,611 chrXII 857000 . T A 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=21.99;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1660,174,0 chrXII 857019 . C T 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=17.97;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1596,171,0 chrXII 857137 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=77;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:477,0,812 chrXII 857477 . T C 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=23.80;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1675,183,0 chrXII 857516 . A T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.777;DP=66;Dels=0.00;FS=2.248;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:578,0,587 chrXII 857614 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:645,0,751 chrXII 857630 . G C 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=23.57;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1659,177,0 chrXII 857656 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DP=75;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:573,0,664 chrXII 857685 . C T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=86;Dels=0.00;FS=8.803;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.709;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:713,0,800 chrXII 857745 . G A 2309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:108:99:2342,249,0 chrXII 857770 . T C 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=111;Dels=0.00;FS=7.619;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:111:99:788,0,1039 chrXII 857849 . T C 2344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=96;Dels=0.00;FS=3.695;HaplotypeScore=6.5424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=24.42;ReadPosRankSum=1.047;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2377,258,0 chrXII 857872 . A G 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.626;DP=93;Dels=0.00;FS=0.795;HaplotypeScore=12.5847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.727;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:93:99:824,0,897 chrXII 858373 . G A 1123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=134;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=8.38;ReadPosRankSum=-2.971;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,66:133:99:1153,0,1119 chrXII 858605 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.575;DP=69;Dels=0.00;FS=2.098;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:363,0,790 chrXII 858635 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=5.28;ReadPosRankSum=2.334;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:426,0,785 chrXII 858802 . G A 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.018;DP=96;Dels=0.00;FS=1.683;HaplotypeScore=12.0526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.521;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:898,0,595 chrXII 858994 . C T 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.633;DP=96;Dels=0.00;FS=1.649;HaplotypeScore=8.7160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.477;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:997,0,761 chrXII 859243 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=72;Dels=0.00;FS=1.969;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.029;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:650,0,596 chrXII 859351 . G T 2215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=21.72;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2248,237,0 chrXII 859355 . C T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.588;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.360;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:97:99:778,0,993 chrXII 859630 . A G 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:446,0,437 chrXII 860031 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.887;DP=76;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:437,0,591 chrXII 860038 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;DP=77;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=4.1569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:429,0,646 chrXII 860133 . A G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.055;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.144;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:86:99:653,0,878 chrXII 860211 . A G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DP=53;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=6.5609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.255;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:53:99:332,0,482 chrXII 860877 . A G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=67;Dels=0.00;FS=6.477;HaplotypeScore=5.7067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:543,0,684 chrXII 860959 . G A 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=24.34;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1834,192,0 chrXII 861145 . C A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=78;Dels=0.00;FS=1.863;HaplotypeScore=8.9112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:679,0,730 chrXII 861302 . A G 2875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=136;Dels=0.00;FS=3.342;HaplotypeScore=5.6184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.299;SB=-1.581e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:136:99:2908,295,0 chrXII 861675 . C T 2935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2968,309,0 chrXII 861841 . T C 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.89;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1478,162,0 chrXII 862015 . G A 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.34;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1664,171,0 chrXII 862237 . C G 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=21.62;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1957,216,0 chrXII 862412 . T C 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=20.27;ReadPosRankSum=1.575;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:945,105,0 chrXII 862519 . G C 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.99;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:67:99:1640,183,0 chrXII 863688 . C T 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=24.26;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:688,72,0 chrXII 864159 . C T 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.12;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:981,102,0 chrXII 864291 . A G 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=17.57;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:929,105,0 chrXII 864558 . A G 2504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=23.85;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2537,279,0 chrXII 864606 . G A 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.55;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1929,216,0 chrXII 864723 . G A 4139.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=24.06;SB=-1.893e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:172:99:4139,430,0 chrXII 864768 . C T 4341.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=21.71;SB=-2.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,199:200:99:4341,474,0 chrXII 864999 . G T 2786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.23;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2819,303,0 chrXII 865086 . T C 2656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.32;SB=-1.399e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2689,288,0 chrXII 865455 . T C 2332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=23.56;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2365,258,0 chrXII 865557 . G A 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.51;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1582,165,0 chrXII 865736 . A G 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=96;Dels=0.00;FS=9.451;HaplotypeScore=4.9730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=2.864;QD=22.00;ReadPosRankSum=2.569;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:96:99:2145,171,0 chrXII 865827 . C T 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=16.47;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1367,147,0 chrXII 865848 . G C 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=16.92;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1082,120,0 chrXII 866082 . T C 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.77;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1364,150,0 chrXII 866118 . G A 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=20.83;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1345,147,0 chrXII 866256 . C T 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=21.34;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1335,138,0 chrXII 866286 . C A 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=21.98;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1484,162,0 chrXII 866559 . T C 1978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=23.00;ReadPosRankSum=2.335;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:86:99:2011,225,0 chrXII 866961 . G A 107.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=17.88;SB=-2.876e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:140,15,0 chrXII 867118 . A T 549 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.87;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:582,66,0 chrXII 868297 . T C 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.73;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1551,165,0 chrXII 868519 . T A 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.14;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1217,129,0 chrXII 868618 . G A 323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.00;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39:356,39,0 chrXII 868667 . G A 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.00;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:677,69,0 chrXII 868737 . G A 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=18.84;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:69:617,69,0 chrXII 869190 . A G 3517.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=24.77;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3517,381,0 chrXII 869308 . T A 1514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DP=85;Dels=0.00;FS=6.606;HaplotypeScore=9.8069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=17.81;ReadPosRankSum=2.392;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:1547,165,0 chrXII 869349 . G A 1676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.38;MQ0=0;QD=14.83;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1709,189,0 chrXII 869357 . T C 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=14.27;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:1774,192,0 chrXII 869370 . G A 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=13.97;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:1654,180,0 chrXII 870167 . G C 2265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=21.78;SB=-1.287e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2298,255,0 chrXII 870213 . G A 1885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.92;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1918,213,0 chrXII 870633 . A G 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=19.87;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1662,180,0 chrXII 870645 . T A 1692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=20.63;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1725,189,0 chrXII 870894 . C G 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.04;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1157,129,0 chrXII 870927 . G T 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.64;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:942,96,0 chrXII 870993 . G A 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=17.07;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:801,84,0 chrXII 871063 . C T 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=19.87;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:84:808,84,0 chrXII 871085 . T C 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=17.32;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:795,84,0 chrXII 871152 . C T 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.24;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:840,87,0 chrXII 871484 . C T 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=21.50;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1108,117,0 chrXII 871504 . A G 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=3.104;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=20.49;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:996,108,0 chrXII 871646 . G T 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=22.74;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1238,126,0 chrXII 871825 . A C 450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=16.07;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:51:483,51,0 chrXII 872065 . C T 718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.16;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:81:751,81,0 chrXII 872180 . T C 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.18;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:937,99,0 chrXII 872401 . A G 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=24.18;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1387,153,0 chrXII 872452 . C T 1684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=24.41;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1717,180,0 chrXII 872707 . A G 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=19.83;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1342,144,0 chrXII 873155 . C A 3699.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.7095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.580e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:3699,393,0 chrXII 873300 . T C 3016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=24.93;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:3049,321,0 chrXII 873601 . T A 2908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.902;DP=154;Dels=0.00;FS=17.160;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=2.445;QD=18.88;ReadPosRankSum=2.811;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,151:154:99:2941,312,0 chrXII 873624 . G C 2377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=18.15;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2410,255,0 chrXII 873725 . G C 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=21.03;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2010,225,0 chrXII 873872 . C G 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=19.11;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1103,120,0 chrXII 874247 . A G 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=14.00;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:57:523,57,0 chrXII 874259 . T A 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=14.29;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:51:476,51,0 chrXII 874343 . T C 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=20.75;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:697,75,0 chrXII 874373 . G A 543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.79;MQ0=0;QD=13.92;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:63:576,63,0 chrXII 874379 . G A 498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.89;MQ0=0;QD=12.77;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:57:531,57,0 chrXII 874397 . G A 456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.65;MQ0=0;QD=10.86;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:54:489,54,0 chrXII 874427 . T C 274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.20;MQ0=0;QD=6.52;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:36:307,36,0 chrXII 874433 . C T 395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=8.59;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:45:428,45,0 chrXII 874454 . C T 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=10.32;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:60:518,60,0 chrXII 874715 . G A 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.77;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:646,69,0 chrXII 874812 . A G 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=17.76;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1081,117,0 chrXII 874900 . T G 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=65;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=17.45;ReadPosRankSum=1.572;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1167,132,0 chrXII 875066 . G C 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=19.58;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:503,54,0 chrXII 875363 . T C 604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=19.48;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:637,69,0 chrXII 875555 . A G 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=5.404;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=22.98;ReadPosRankSum=1.615;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1389,156,0 chrXII 875602 . T C 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.591;DP=79;Dels=0.00;FS=12.539;HaplotypeScore=9.3406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=2.322;QD=20.00;ReadPosRankSum=4.853;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:79:99:1613,177,0 chrXII 876120 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=51;Dels=0.00;FS=1.111;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=9.47;ReadPosRankSum=2.074;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:513,0,253 chrXII 876714 . A G 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=16.71;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:735,81,0 chrXII 876756 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.306;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:291,0,461 chrXII 876759 . A G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:279,0,476 chrXII 876842 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=48;Dels=0.00;FS=6.054;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:383,0,370 chrXII 877274 . T A 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=2.438;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:654,0,771 chrXII 877286 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.175;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.265;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:71:99:737,0,597 chrXII 877560 . T G 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=5.905;HaplotypeScore=61.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=19.14;ReadPosRankSum=1.685;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1449,159,0 chrXII 877593 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.519;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:104:99:429,0,596 chrXII 877606 . C A 1571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.85;MQ0=0;QD=14.41;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1604,171,0 chrXII 877607 . T A 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.85;MQ0=0;QD=14.50;SB=-1.400e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1614,171,0 chrXII 877625 . C T 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;QD=13.19;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1326,144,0 chrXII 877647 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DP=90;Dels=0.00;FS=0.821;HaplotypeScore=3.5209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.051;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.049;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:532,0,478 chrXII 877736 . C T 235.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=2.389;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.965;SB=-5.198e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:18:27:268,27,0 chrXII 877739 . T A 236.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=13.12;ReadPosRankSum=2.661;SB=-4.612e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:18:5:267,5,0 chrXII 877782 . C T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=25;Dels=0.00;FS=3.909;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.177;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:148,0,179 chrXII 877787 . G A 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=26;Dels=0.00;FS=1.820;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.505;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:157,0,167 chrXII 877838 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=30;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:194,0,215 chrXII 877944 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DP=53;Dels=0.00;FS=14.220;HaplotypeScore=0.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.592;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.354;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:445,0,412 chrXII 877967 . A T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=57;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.516;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:510,0,314 chrXII 877989 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=62;Dels=0.00;FS=1.620;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.97;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:315,0,467 chrXII 878009 . T C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.107;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.861;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:492,0,296 chrXII 878188 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=44;Dels=0.00;FS=4.661;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=4.20;ReadPosRankSum=2.028;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:215,0,637 chrXII 878238 . T C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=25.22;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1168,129,0 chrXII 878274 . A G 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=53;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=2.647;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.027;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:662,0,413 chrXII 878842 . A G 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=22.34;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:748,84,0 chrXII 878875 . G A 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=17.55;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57:542,57,0 chrXII 879385 . A G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.248;DP=86;Dels=0.00;FS=2.429;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:946,0,747 chrXII 879756 . C T 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.63;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1805,186,0 chrXII 880035 . G A 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.602;DP=85;Dels=0.00;FS=8.993;HaplotypeScore=4.2766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.489;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:996,0,575 chrXII 880251 . C A 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=16.32;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:51:490,51,0 chrXII 880276 . G C 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=17.13;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:72:684,72,0 chrXII 880319 . C T 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=14.09;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:87:808,87,0 chrXII 880932 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;DP=71;Dels=0.00;FS=6.493;HaplotypeScore=5.5258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.705;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:577,0,569 chrXII 880937 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:565,0,603 chrXII 881541 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;DP=59;Dels=0.00;FS=10.639;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:382,0,643 chrXII 881580 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.508;DP=56;Dels=0.00;FS=12.319;HaplotypeScore=6.6446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.317;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:317,0,600 chrXII 881641 . C T 251.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.835;DP=25;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.529;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.408;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:281,0,229 chrXII 881642 . C T 254.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.058;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:284,0,197 chrXII 881645 . C T 224.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.000;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:254,0,164 chrXII 881789 . C A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;DP=26;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:168,0,247 chrXII 881897 . C T 226.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.670;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:256,0,410 chrXII 881962 . A G 152.12 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=16;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.479;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:5:183,5,0 chrXII 882085 . A G 618.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:73:99:648,0,704 chrXII 882430 . T C 1290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=175;Dels=0.00;FS=11.541;HaplotypeScore=11.9528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,85:175:99:1320,0,1820 chrXII 882523 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.800;DP=78;Dels=0.00;FS=1.953;HaplotypeScore=8.7184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.476;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:78:99:640,0,704 chrXII 882626 . C A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=34;Dels=0.00;FS=5.757;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:271,0,186 chrXII 882901 . G A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=40;Dels=0.00;FS=4.821;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.538;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:441,0,246 chrXII 882976 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;DP=28;Dels=0.00;FS=8.202;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:282,0,248 chrXII 883237 . T C 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;DP=40;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.173;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:311,0,365 chrXII 883249 . G A 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=18.95;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:810,84,0 chrXII 883273 . G T 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=28;Dels=0.00;FS=8.916;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:28:99:203,0,148 chrXII 883429 . T C 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=20.49;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1447,156,0 chrXII 883499 . A G 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=20.13;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1402,150,0 chrXII 883503 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=68;Dels=0.00;FS=6.339;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:546,0,573 chrXII 884518 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.602;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:309,0,107 chrXII 884621 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;DP=47;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.985;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.353;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:274,0,499 chrXII 884656 . C T 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=42;Dels=0.00;FS=1.226;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=3.00;ReadPosRankSum=-2.430;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:156,0,381 chrXII 884813 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:503,0,447 chrXII 884838 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=46;Dels=0.00;FS=2.893;HaplotypeScore=3.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.010;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:399,0,461 chrXII 884976 . T C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.683;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.550;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:483,0,1062 chrXII 885031 . T G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=44;Dels=0.00;FS=1.240;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=2.299;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:597,0,222 chrXII 885037 . G C 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;DP=42;Dels=0.00;FS=2.745;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.153;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:213,0,536 chrXII 885068 . C T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;DP=64;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=27.0351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:64:99:308,0,634 chrXII 885146 . G T 2352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=22.62;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2385,255,0 chrXII 885190 . A T 3042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=24.34;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:3075,330,0 chrXII 885216 . T C 2881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=22.69;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:127:99:2914,318,0 chrXII 885268 . T C 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.031;DP=94;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=4.3654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=20.50;ReadPosRankSum=2.397;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:1960,191,0 chrXII 885303 . A G 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=22.16;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1673,180,0 chrXII 885401 . A G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DP=76;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:76:99:794,0,484 chrXII 885458 . C T 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.22;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1853,195,0 chrXII 885490 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DP=83;Dels=0.00;FS=5.077;HaplotypeScore=3.1233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.184;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:470,0,958 chrXII 885524 . A C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=86;Dels=0.00;FS=1.958;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.400;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:501,0,939 chrXII 885536 . G A 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.563;DP=90;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=8.20;ReadPosRankSum=-2.149;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:90:99:768,0,785 chrXII 885677 . T G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=58;Dels=0.00;FS=2.492;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:522,0,402 chrXII 885724 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.348;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:505,0,416 chrXII 885745 . T C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=18.92;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1168,129,0 chrXII 885989 . T C 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=55;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:274,0,433 chrXII 886004 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DP=67;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=11.9254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.044;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:343,0,591 chrXII 886357 . A G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;DP=92;Dels=0.00;FS=0.781;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.371;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:776,0,948 chrXII 886566 . G A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=71;Dels=0.00;FS=1.976;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.460;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:763,0,556 chrXII 886589 . T A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.867;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.401;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:630,0,842 chrXII 886649 . A G 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;DP=75;Dels=0.00;FS=9.697;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.122;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:711,0,631 chrXII 886772 . A G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.452;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:691,0,835 chrXII 886838 . C T 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=23.86;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1870,195,0 chrXII 886844 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.154;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:571,0,808 chrXII 886881 . G C 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.99;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1502,159,0 chrXII 886902 . C T 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.638;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:280,0,692 chrXII 887067 . T C 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.62;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1827,204,0 chrXII 887300 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=5.65;ReadPosRankSum=-3.871;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:448,0,748 chrXII 887306 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=69;Dels=0.00;FS=2.477;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:348,0,691 chrXII 887654 . A G 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=92;Dels=0.00;FS=5.683;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.266;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:663,0,956 chrXII 887672 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.016;DP=89;Dels=0.00;FS=7.114;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:837,0,741 chrXII 888137 . G A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;DP=100;Dels=0.00;FS=2.648;HaplotypeScore=6.5221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:100:99:834,0,911 chrXII 888182 . A G 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.157;DP=96;Dels=0.00;FS=5.122;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:775,0,985 chrXII 888260 . C T 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.523;DP=133;Dels=0.00;FS=5.238;HaplotypeScore=17.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,58:133:99:955,0,1298 chrXII 888362 . G C 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.493;DP=86;Dels=0.00;FS=4.262;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:773,0,844 chrXII 888653 . C T 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=18.39;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1486,168,0 chrXII 888676 . T A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DP=72;Dels=0.00;FS=2.343;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.375;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:560,0,527 chrXII 888713 . A G 420.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=70;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=14.5885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.534;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.343;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:450,0,431 chrXII 888715 . T A 384.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:414,0,470 chrXII 888722 . T A 278.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.357;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:308,0,551 chrXII 888875 . A G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DP=82;Dels=0.00;FS=3.860;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=5.87;ReadPosRankSum=-2.455;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:82:99:511,0,985 chrXII 889106 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=87;Dels=0.00;FS=9.818;HaplotypeScore=7.0695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:478,0,910 chrXII 889289 . C A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.415;DP=61;Dels=0.00;FS=2.479;HaplotypeScore=4.8584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:684,0,287 chrXII 889361 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=56;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=10.4061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=8.36;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:498,0,348 chrXII 889388 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:364,0,359 chrXII 889415 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:303,0,239 chrXII 889427 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.097;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:30:99:260,0,111 chrXII 889750 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=31;Dels=0.00;FS=5.401;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.750;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:363,0,169 chrXII 889967 . T G 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.401;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.778;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:103:99:839,0,882 chrXII 890158 . A G 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;DP=82;Dels=0.00;FS=2.001;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:872,0,631 chrXII 890224 . A G 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;DP=95;Dels=0.00;FS=3.046;HaplotypeScore=8.8602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:882,0,684 chrXII 890351 . G C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;DP=59;Dels=0.00;FS=3.698;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.366;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:482,0,442 chrXII 890536 . C A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=78;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:613,0,797 chrXII 890548 . C T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=77;Dels=0.00;FS=4.923;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.495;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:620,0,858 chrXII 890591 . A G 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;DP=71;Dels=0.00;FS=0.927;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.071;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:535,0,626 chrXII 891003 . T C 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=21.48;ReadPosRankSum=1.588;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1064,114,0 chrXII 891197 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=46;Dels=0.00;FS=1.228;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.304;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.179;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:484,0,254 chrXII 891299 . T G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DP=52;Dels=0.00;FS=9.895;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.367;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:546,0,393 chrXII 891320 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.082;DP=49;Dels=0.00;FS=16.807;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.065;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.112;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:476,0,300 chrXII 891323 . C T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=49;Dels=0.00;FS=13.759;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:496,0,302 chrXII 891452 . C T 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=23.03;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:35:87:839,87,0 chrXII 891584 . G A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;DP=41;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.438;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:282,0,378 chrXII 891875 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:334,0,350 chrXII 891881 . G A 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=52;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:320,0,349 chrXII 892172 . T A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:58:99:247,0,894 chrXII 892383 . A T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:514,0,451 chrXII 892436 . C T 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=22.71;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1373,147,0 chrXII 892496 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=2.88;ReadPosRankSum=2.278;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:69:99:229,0,806 chrXII 892508 . A G 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;DP=57;Dels=0.00;FS=5.827;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:133,0,726 chrXII 893097 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.544;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:311,0,222 chrXII 893119 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:345,0,244 chrXII 893140 . T C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.097;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:271,0,345 chrXII 893229 . C T 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=44;Dels=0.00;FS=2.978;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.715;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:281,0,412 chrXII 893232 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=45;Dels=0.00;FS=2.978;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:262,0,406 chrXII 893352 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=49;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=2.352;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:377,0,353 chrXII 893372 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.056;DP=44;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.398;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:257,0,384 chrXII 893382 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;DP=45;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.264;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:285,0,421 chrXII 893396 . G A 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=45;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=6.4060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.991;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.874;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:45:99:252,0,436 chrXII 893440 . T A 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.235;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.527;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:173,0,497 chrXII 893453 . A T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=43;Dels=0.00;FS=4.877;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.425;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:169,0,492 chrXII 893464 . T A 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;DP=45;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=9.3913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.048;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.239;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:162,0,512 chrXII 893548 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=42;Dels=0.00;FS=4.995;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.000;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:326,0,461 chrXII 893651 . T C 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=24.96;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1206,129,0 chrXII 893693 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=60;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.126;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:363,0,710 chrXII 893780 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=51;Dels=0.00;FS=1.088;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.168;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:528,0,410 chrXII 893936 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DP=60;Dels=0.00;FS=9.678;HaplotypeScore=5.6873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.148;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:606,0,445 chrXII 893948 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=65;Dels=0.00;FS=7.377;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.067;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:414,0,707 chrXII 894104 . T A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=61;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:740,0,329 chrXII 894179 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.968;DP=76;Dels=0.00;FS=9.691;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=5.01;ReadPosRankSum=-2.126;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:411,0,774 chrXII 894185 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=76;Dels=0.00;FS=7.774;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.722;QD=5.18;ReadPosRankSum=-2.263;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:76:99:424,0,704 chrXII 894212 . G A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=85;Dels=0.00;FS=0.818;HaplotypeScore=9.5008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=8.36;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:741,0,632 chrXII 894230 . G T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.014;DP=85;Dels=0.00;FS=7.274;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.353;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,50:85:99:887,0,593 chrXII 894452 . T C 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.20;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1012,108,0 chrXII 894522 . C T 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=104;Dels=0.00;FS=9.400;HaplotypeScore=4.2656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:977,0,839 chrXII 894680 . A G 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=39;Dels=0.00;FS=10.503;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.942;QD=19.97;ReadPosRankSum=2.324;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:90:812,90,0 chrXII 894758 . C A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DP=24;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.323;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:24:99:217,0,161 chrXII 894791 . C G 695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.42;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:81:728,81,0 chrXII 894953 . G A 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.48;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1451,159,0 chrXII 895061 . C T 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.06;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1934,204,0 chrXII 895352 . G A 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.915;DP=112;Dels=0.00;FS=4.650;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,61:112:99:1120,0,957 chrXII 895451 . C T 2431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.10;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2464,264,0 chrXII 896189 . C T 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.126;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:524,0,530 chrXII 896197 . A G 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=17.15;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1439,156,0 chrXII 897118 . G A 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=96;Dels=0.00;FS=2.740;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=8.45;ReadPosRankSum=2.127;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:96:99:841,0,801 chrXII 897689 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.630;DP=111;Dels=0.00;FS=4.859;HaplotypeScore=17.4085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,44:111:99:615,0,1233 chrXII 897975 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;DP=35;Dels=0.00;FS=3.111;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:354,0,301 chrXII 898044 . G A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=69;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:365,0,715 chrXII 898095 . C T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:719,0,623 chrXII 898119 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.200;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:835,0,663 chrXII 898209 . G A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.241;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:688,0,457 chrXII 898212 . A G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.708;DP=72;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=5.9310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.669;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:72:99:668,0,477 chrXII 898411 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.293;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:513,0,595 chrXII 898520 . C T 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.959;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,57:86:99:1076,0,439 chrXII 898537 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=81;Dels=0.00;FS=0.935;HaplotypeScore=3.5556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:81:99:477,0,1102 chrXII 898915 . A G 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.841;DP=90;Dels=0.00;FS=15.356;HaplotypeScore=5.6494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.158;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:90:99:967,0,602 chrXII 899094 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=51;Dels=0.00;FS=6.194;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.142;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:466,0,440 chrXII 899117 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.819;DP=69;Dels=0.00;FS=3.865;HaplotypeScore=2.6940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:705,0,511 chrXII 899119 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=69;Dels=0.00;FS=3.865;HaplotypeScore=2.6940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=2.443;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.490;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:542,0,682 chrXII 899154 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.370;DP=89;Dels=0.00;FS=4.071;HaplotypeScore=43.4585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:633,0,903 chrXII 899303 . T C 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=84;Dels=0.00;FS=3.135;HaplotypeScore=9.8693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,28:84:99:437,0,1069 chrXII 899447 . C G 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=98;Dels=0.00;FS=1.933;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.506;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:905,0,839 chrXII 899462 . A C 2054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.57;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2087,237,0 chrXII 899557 . C A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=39;Dels=0.00;FS=24.388;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.868;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:298,0,368 chrXII 899580 . C G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=33;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.500;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:212,0,265 chrXII 899679 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DP=50;Dels=0.00;FS=12.735;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:449,0,334 chrXII 899732 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=83;Dels=0.00;FS=7.869;HaplotypeScore=12.0132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.238;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:83:99:735,0,352 chrXII 899947 . T C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DP=38;Dels=0.00;FS=5.198;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:38:99:300,0,315 chrXII 899955 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=36;Dels=0.00;FS=2.880;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.226;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:312,0,307 chrXII 899979 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=2.271;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:426,0,228 chrXII 900108 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:352,0,271 chrXII 900280 . T C 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=54;Dels=0.00;FS=2.642;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=22.31;ReadPosRankSum=2.870;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1238,135,0 chrXII 900312 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=63;Dels=0.00;FS=6.926;HaplotypeScore=7.2336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:568,0,461 chrXII 900696 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;DP=76;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.329;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:513,0,767 chrXII 900698 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=76;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.580;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:578,0,731 chrXII 900710 . G A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DP=70;Dels=0.00;FS=0.926;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.682;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:540,0,516 chrXII 900812 . C G 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.61;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1406,153,0 chrXII 900885 . A G 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.69;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1150,129,0 chrXII 901022 . C G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=76;Dels=0.00;FS=0.892;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.585;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:76:99:454,0,694 chrXII 901023 . A G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:706,0,473 chrXII 901179 . C T 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.92;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1179,120,0 chrXII 901310 . A T 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=48;Dels=0.00;FS=4.307;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.871;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:568,0,279 chrXII 901473 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=52;Dels=0.00;FS=2.307;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.486;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:551,0,366 chrXII 901592 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:438,0,220 chrXII 901809 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;DP=76;Dels=0.00;FS=0.913;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:76:99:670,0,604 chrXII 901826 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:601,0,594 chrXII 902330 . T C 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=19.23;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:610,66,0 chrXII 902591 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DP=33;Dels=0.00;FS=5.222;HaplotypeScore=5.3486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:325,0,229 chrXII 902616 . T C 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=31;Dels=0.00;FS=6.576;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.957;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:252,0,295 chrXII 902761 . G A 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=22.98;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1297,132,0 chrXII 902850 . T C 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;DP=45;Dels=0.00;FS=14.620;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.627;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:427,0,363 chrXII 902948 . C A 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=20.25;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:63:600,63,0 chrXII 902964 . C A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;DP=28;Dels=0.00;FS=9.412;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.935;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:229,0,251 chrXII 903374 . A T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=63;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=6.1021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.179;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:467,0,575 chrXII 903464 . A G 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=125;Dels=0.00;FS=0.692;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.535;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,45:125:99:724,0,1438 chrXII 903720 . T A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=63;Dels=0.00;FS=10.929;HaplotypeScore=8.7721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.325;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:390,0,506 chrXII 903957 . T C 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=14.69;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:78:738,78,0 chrXII 904002 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=37;Dels=0.00;FS=1.498;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.560;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:415,0,198 chrXII 904239 . T C 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DP=92;Dels=0.00;FS=6.908;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=9.95;ReadPosRankSum=3.624;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:945,0,794 chrXII 904437 . C T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DP=104;Dels=0.00;FS=6.329;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:104:99:666,0,824 chrXII 904451 . C T 717.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=100;Dels=0.00;FS=3.053;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:747,0,812 chrXII 904580 . C T 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;DP=90;Dels=0.00;FS=8.627;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.183;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:749,0,892 chrXII 904696 . A G 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=25.55;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1694,186,0 chrXII 904915 . G A 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=18.93;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1585,174,0 chrXII 905508 . C T 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.116;DP=82;Dels=0.00;FS=6.177;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:709,0,549 chrXII 905606 . T A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DP=83;Dels=0.00;FS=0.817;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.548;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:736,0,538 chrXII 905672 . T C 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=89;Dels=0.00;FS=0.807;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.276;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:89:99:813,0,679 chrXII 905691 . A G 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.103;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.337;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:84:99:635,0,824 chrXII 905771 . A T 2751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2784,294,0 chrXII 905887 . C T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.077;DP=74;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=5.4906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=9.26;ReadPosRankSum=2.039;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:715,0,642 chrXII 906336 . C T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.067;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:490,0,557 chrXII 906431 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=77;Dels=0.00;FS=1.907;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.518;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:77:99:737,0,427 chrXII 906536 . C G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=36;Dels=0.00;FS=2.951;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=4.78;ReadPosRankSum=2.030;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:202,0,434 chrXII 907052 . G C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;DP=86;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.119;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:86:99:783,0,909 chrXII 907076 . A G 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=24.37;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1983,213,0 chrXII 907837 . G A 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;DP=33;Dels=0.00;FS=1.453;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:232,0,370 chrXII 907910 . C T 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:110,0,108 chrXII 908027 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.801;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:64:99:646,0,355 chrXII 908778 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DP=74;Dels=0.00;FS=1.937;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.464;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:361,0,717 chrXII 908930 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.546;DP=67;Dels=0.00;FS=4.187;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:422,0,532 chrXII 909231 . T G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.433;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:626,0,593 chrXII 909328 . T A 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.45;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1492,153,0 chrXII 909559 . C T 1319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=119;Dels=0.00;FS=3.814;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.643;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:1349,0,1108 chrXII 909639 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.265;DP=86;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=2.6386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.619;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,32:86:99:657,0,953 chrXII 909986 . C A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DP=87;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=6.5146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.519;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:87:99:567,0,802 chrXII 910020 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;DP=78;Dels=0.00;FS=2.262;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=6.65;ReadPosRankSum=-2.494;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:549,0,679 chrXII 910090 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=48;Dels=0.00;FS=6.171;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=9.67;ReadPosRankSum=-2.039;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:494,0,396 chrXII 910292 . A G 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=20.79;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1738,192,0 chrXII 910376 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=51;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=4.0244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:542,0,558 chrXII 910431 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.827;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:370,0,200 chrXII 910497 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:181,0,438 chrXII 910517 . T A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=34;Dels=0.00;FS=5.584;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:34:99:503,0,172 chrXII 910650 . A G 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.218;DP=118;Dels=0.00;FS=14.568;HaplotypeScore=10.4781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,57:118:99:844,0,1287 chrXII 910661 . C T 2409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=20.95;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2442,273,0 chrXII 910890 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=71;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.196;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.537;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:697,0,616 chrXII 911258 . T C 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=89;Dels=0.00;FS=1.949;HaplotypeScore=8.3685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.375;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:827,0,637 chrXII 911387 . G T 4885.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=24.30;SB=-2.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:201:99:4885,508,0 chrXII 911501 . A G 1298 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=18.03;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1331,150,0 chrXII 911507 . G A 358.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;DP=73;Dels=0.00;FS=1.999;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:388,0,580 chrXII 911510 . T C 1204 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=16.96;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1237,138,0 chrXII 911657 . G A 1085.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.842;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,60:119:99:1115,0,1098 chrXII 911921 . C T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.979;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,47:109:99:829,0,1215 chrXII 912351 . C T 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.044;DP=112;Dels=0.00;FS=0.864;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:112:99:1014,0,838 chrXII 912364 . T C 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.991;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:118:99:961,0,928 chrXII 912538 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=87;Dels=0.00;FS=8.831;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:87:99:685,0,762 chrXII 912718 . C G 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=48;Dels=0.00;FS=1.567;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.466;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:279,0,433 chrXII 912982 . G T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.111;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:210,0,289 chrXII 913000 . A G 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;DP=29;Dels=0.00;FS=1.483;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.504;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:156,0,207 chrXII 913066 . A G 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=22;Dels=0.00;FS=1.808;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:42:42,0,46 chrXII 913219 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DP=24;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:357,0,172 chrXII 913342 . G A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=30;Dels=0.00;FS=8.557;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=4.67;ReadPosRankSum=-2.117;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:170,0,266 chrXII 913431 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=38;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.393;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:537,0,161 chrXII 913684 . G A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:121,0,300 chrXII 913801 . G A 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=15.51;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96:855,96,0 chrXII 913906 . A G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=42;Dels=0.00;FS=6.729;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.486;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:248,0,448 chrXII 913948 . G A 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.596;DP=45;Dels=0.00;FS=11.478;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:215,0,456 chrXII 914001 . C T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;DP=42;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=9.6064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.862;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:442,0,227 chrXII 914086 . C T 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:32:99:155,0,297 chrXII 914428 . A G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.716;DP=55;Dels=0.00;FS=2.507;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.633;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,18:55:99:242,0,740 chrXII 914852 . G A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=61;Dels=0.00;FS=9.253;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:61:99:396,0,546 chrXII 914928 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=61;Dels=0.00;FS=23.580;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.193;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:575,0,442 chrXII 914959 . C G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=86;Dels=0.00;FS=10.617;HaplotypeScore=11.3743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:86:99:712,0,530 chrXII 914980 . G A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.949;DP=91;Dels=0.00;FS=4.147;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.111;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:91:99:847,0,608 chrXII 915065 . A G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.440;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=1;MQRankSum=-1.199;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:103:99:626,0,1122 chrXII 915110 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=119;Dels=0.00;FS=1.467;HaplotypeScore=13.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:119:99:685,0,1179 chrXII 915461 . A T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.161;DP=98;Dels=0.00;FS=0.761;HaplotypeScore=12.9629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:618,0,1067 chrXII 915712 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:266,0,346 chrXII 916326 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=63;Dels=0.00;FS=14.581;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:511,0,667 chrXII 916338 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.934;DP=58;Dels=0.00;FS=7.858;HaplotypeScore=7.3542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.166;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:58:99:375,0,657 chrXII 917166 . G C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:487,0,462 chrXII 917305 . T C 524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=16.37;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:557,60,0 chrXII 917406 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:408,0,336 chrXII 917418 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DP=53;Dels=0.00;FS=4.333;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:53:99:603,0,278 chrXII 917691 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.998;DP=50;Dels=0.00;FS=4.843;HaplotypeScore=7.4808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:50:99:527,0,389 chrXII 917724 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.111;DP=55;Dels=0.00;FS=4.157;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:641,0,388 chrXII 918048 . T C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=76;Dels=0.00;FS=1.892;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.832;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.928;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:716,0,607 chrXII 918216 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DP=62;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=4.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:62:99:348,0,538 chrXII 918511 . T C 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=22.56;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1003,108,0 chrXII 918570 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DP=44;Dels=0.00;FS=6.374;HaplotypeScore=5.5006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.575;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:300,0,456 chrXII 918735 . C T 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DP=83;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.969;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:889,0,641 chrXII 918803 . C T 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=81;Dels=0.00;FS=9.807;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.857;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:819,0,745 chrXII 918824 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.296;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:509,0,708 chrXII 919081 . G A 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=77;Dels=0.00;FS=2.577;HaplotypeScore=11.9784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:733,0,517 chrXII 919181 . T C 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.414;DP=49;Dels=0.00;FS=1.954;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.943;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:135,0,442 chrXII 919261 . T G 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=17.43;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:521,57,0 chrXII 919424 . T C 1465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.185;DP=145;Dels=0.00;FS=1.249;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,77:145:99:1495,0,1498 chrXII 919503 . C G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DP=71;Dels=0.00;FS=1.715;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.615;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:765,0,641 chrXII 919648 . C T 1214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.524;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,76:151:99:1244,0,1199 chrXII 920189 . G T 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=46;Dels=0.00;FS=13.965;HaplotypeScore=4.3407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=3.59;ReadPosRankSum=-2.193;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:46:99:195,0,399 chrXII 920406 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=53;Dels=0.00;FS=4.010;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:415,0,404 chrXII 920445 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DP=45;Dels=0.00;FS=8.562;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.034;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:289,0,448 chrXII 920484 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:175,0,333 chrXII 920502 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:34:99:201,0,282 chrXII 920529 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DP=43;Dels=0.00;FS=1.322;HaplotypeScore=4.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.428;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:323,0,388 chrXII 920774 . C T 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DP=32;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=4.7316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.604;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:254,0,233 chrXII 920946 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=38;Dels=0.00;FS=5.617;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:255,0,312 chrXII 921053 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=48;Dels=0.00;FS=6.243;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.572;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:356,0,479 chrXII 921081 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:325,0,559 chrXII 921316 . G A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=7.92;ReadPosRankSum=2.973;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:220,0,166 chrXII 921404 . A C 323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=12.42;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:39:356,39,0 chrXII 921420 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.882;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:190,0,105 chrXII 921443 . G C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:182,0,263 chrXII 921874 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:194,0,157 chrXII 922026 . C A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:361,0,581 chrXII 922092 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=48;Dels=0.00;FS=12.036;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.418;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:334,0,499 chrXII 922242 . C G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;DP=31;Dels=0.00;FS=1.523;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.878;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:304,0,199 chrXII 922348 . C G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;DP=52;Dels=0.00;FS=5.830;HaplotypeScore=3.4684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.398;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:281,0,608 chrXII 922517 . A G 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=19.67;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:977,108,0 chrXII 922595 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.012;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:256,0,142 chrXII 922882 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.275;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:495,0,427 chrXII 923234 . T G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.360;DP=44;Dels=0.00;FS=2.498;HaplotypeScore=4.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.104;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:445,0,445 chrXII 923248 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.818;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:438,0,378 chrXII 923570 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.281;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:44:99:446,0,253 chrXII 923628 . A G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.715;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.146;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:42:99:329,0,369 chrXII 923659 . C G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:34:99:270,0,375 chrXII 923885 . C T 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=78;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=4.7932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.275;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:704,0,770 chrXII 924128 . A G 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=4.162;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=21.63;ReadPosRankSum=1.685;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1612,177,0 chrXII 924133 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:467,0,699 chrXII 924245 . A C 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=19.60;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1052,117,0 chrXII 924335 . T A 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=18.11;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1065,111,0 chrXII 924398 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.607;DP=48;Dels=0.00;FS=1.160;HaplotypeScore=3.4448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:500,0,402 chrXII 924464 . G A 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=18.36;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1208,126,0 chrXII 924492 . T C 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=85;Dels=0.00;FS=4.381;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.691;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1392,153,0 chrXII 924502 . A T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=86;Dels=0.00;FS=20.689;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.539;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:697,0,440 chrXII 924534 . C G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=91;Dels=0.00;FS=8.412;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.360;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.384;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:643,0,782 chrXII 924556 . T C 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=18.69;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1379,150,0 chrXII 924692 . G A 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.918;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:129,0,349 chrXII 924698 . T C 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=3.00;ReadPosRankSum=-2.019;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:114,0,294 chrXII 924908 . A T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=98;Dels=0.00;FS=2.831;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.257;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:916,0,1027 chrXII 925036 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;DP=62;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:564,0,492 chrXII 925356 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=74;Dels=0.00;FS=3.170;HaplotypeScore=6.6285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.765;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:626,0,651 chrXII 925463 . C T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=67;Dels=0.00;FS=4.895;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:67:99:490,0,642 chrXII 925665 . T C 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=19.09;ReadPosRankSum=1.693;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:89:99:1732,189,0 chrXII 925788 . T C 3370.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.07;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:3370,372,0 chrXII 925840 . G A 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.873;DP=90;Dels=0.00;FS=14.952;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=2.034;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:967,0,767 chrXII 925971 . A G 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=17.05;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1499,165,0 chrXII 925977 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;DP=90;Dels=0.00;FS=0.905;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.169;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:586,0,711 chrXII 926440 . C T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=80;Dels=0.00;FS=4.846;HaplotypeScore=7.3324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.554;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:845,0,557 chrXII 926441 . T G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.204;DP=80;Dels=0.00;FS=3.383;HaplotypeScore=7.3324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.395;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:80:99:589,0,840 chrXII 926623 . C T 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.55;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1702,183,0 chrXII 926814 . A G 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.933;DP=149;Dels=0.00;FS=0.645;HaplotypeScore=11.0922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.508;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,63:149:99:864,0,1500 chrXII 926836 . T C 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=184;Dels=0.00;FS=20.372;HaplotypeScore=11.7637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.294;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,74:184:99:948,0,1671 chrXII 927328 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=103;Dels=0.00;FS=1.778;HaplotypeScore=11.2283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:103:99:881,0,729 chrXII 927424 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:576,0,777 chrXII 927454 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.618;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.586;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:395,0,668 chrXII 927499 . A C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.737;DP=57;Dels=0.00;FS=3.983;HaplotypeScore=8.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:340,0,648 chrXII 927638 . C T 1197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=119;Dels=0.00;FS=3.470;HaplotypeScore=10.2839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:119:99:1227,0,1071 chrXII 927914 . G A 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=109;Dels=0.00;FS=0.986;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:837,0,1101 chrXII 928158 . G T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.33;ReadPosRankSum=-2.450;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:239,0,328 chrXII 928259 . A C 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=21.24;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1116,120,0 chrXII 928263 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DP=53;Dels=0.00;FS=4.971;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.048;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.152;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:376,0,606 chrXII 928273 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.089;DP=55;Dels=0.00;FS=3.290;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.722;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:389,0,548 chrXII 928276 . A T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=55;Dels=0.00;FS=1.519;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.520;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.530;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:377,0,566 chrXII 928304 . T C 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=41;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=4.0721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.882;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.639;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:311,0,345 chrXII 928330 . C G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.820;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:231,0,209 chrXII 928539 . C G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:54:99:416,0,687 chrXII 928569 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:503,0,402 chrXII 928584 . T A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.752;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:407,0,353 chrXII 928626 . C G 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:702,75,0 chrXII 929360 . G A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=85;Dels=0.00;FS=6.058;HaplotypeScore=8.8254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.828;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,53:85:99:885,0,547 chrXII 929744 . T G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.510;DP=76;Dels=0.00;FS=4.425;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.809;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:76:99:577,0,887 chrXII 929781 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=90;Dels=0.00;FS=14.063;HaplotypeScore=6.3231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:90:99:586,0,1158 chrXII 929849 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:465,0,383 chrXII 929932 . G A 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.771;DP=73;Dels=0.00;FS=3.247;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:713,0,572 chrXII 929950 . C T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.038;DP=77;Dels=0.00;FS=3.183;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:698,0,611 chrXII 929953 . T C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;DP=73;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.786;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:660,0,594 chrXII 929995 . C A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.475;DP=64;Dels=0.00;FS=2.238;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:522,0,507 chrXII 930163 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:320,0,561 chrXII 930472 . A C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=37;Dels=0.00;FS=4.748;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:37:99:269,0,274 chrXII 930490 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=41;Dels=0.00;FS=4.717;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.027;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:41:99:355,0,393 chrXII 930532 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=46;Dels=0.00;FS=6.548;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=2.263;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:452,0,474 chrXII 930589 . A G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;DP=37;Dels=0.00;FS=1.282;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.364;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:349,0,381 chrXII 930668 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=73;Dels=0.00;FS=3.345;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:696,0,586 chrXII 930728 . A G 2669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=126;Dels=0.00;FS=3.118;HaplotypeScore=12.7848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:126:99:2702,297,0 chrXII 930773 . A G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;DP=93;Dels=0.00;FS=3.383;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.388;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:93:99:796,0,895 chrXII 931449 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=72;Dels=0.00;FS=1.945;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:566,0,631 chrXII 931517 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;DP=44;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.418;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:472,0,294 chrXII 931804 . C T 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=63;Dels=0.00;FS=2.252;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:515,0,581 chrXII 931834 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=67;Dels=0.00;FS=4.987;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:67:99:419,0,666 chrXII 931835 . A G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.685;DP=63;Dels=0.00;FS=11.318;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:393,0,731 chrXII 932053 . A G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=34;Dels=0.00;FS=1.741;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:261,0,350 chrXII 932266 . G A 564.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=47;Dels=0.00;FS=25.251;HaplotypeScore=59.4617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;MQRankSum=4.215;QD=12.00;ReadPosRankSum=-2.089;SB=-6.503e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:47:24:597,24,0 chrXII 932372 . G A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.274;DP=41;Dels=0.00;FS=1.620;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:275,0,534 chrXII 932439 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.706;DP=67;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.896;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:631,0,482 chrXII 932624 . C G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.192;DP=32;Dels=0.00;FS=3.526;HaplotypeScore=11.6399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.850;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:289,0,147 chrXII 932662 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.192;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:402,0,485 chrXII 932770 . G C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=66;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:455,0,594 chrXII 933014 . C A 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:851,0,775 chrXII 933245 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.085;DP=61;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:464,0,554 chrXII 933272 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.361;DP=58;Dels=0.00;FS=1.161;HaplotypeScore=4.0174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.984;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:58:99:484,0,426 chrXII 933342 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=64;Dels=0.00;FS=5.038;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:668,0,499 chrXII 933572 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.392;DP=70;Dels=0.00;FS=2.078;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:766,0,714 chrXII 933617 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.058;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.438;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:346,0,384 chrXII 933702 . C T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.093;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.327;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:640,0,427 chrXII 933722 . A C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;DP=90;Dels=0.00;FS=2.194;HaplotypeScore=8.1902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:90:99:704,0,705 chrXII 933908 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.242;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:645,0,519 chrXII 933932 . G T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:612,0,564 chrXII 933975 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DP=52;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.213;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:528,0,489 chrXII 934140 . T C 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=63;Dels=0.00;FS=8.942;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:744,0,517 chrXII 934221 . C T 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=68;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:769,0,542 chrXII 934420 . G A 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.447;DP=92;Dels=0.00;FS=5.311;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:816,0,971 chrXII 934434 . C T 2434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.09;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2467,258,0 chrXII 934492 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;DP=87;Dels=0.00;FS=7.706;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.753;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:612,0,843 chrXII 934515 . A T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=73;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:645,0,646 chrXII 934633 . C A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.401;DP=98;Dels=0.00;FS=5.548;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.707;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:778,0,709 chrXII 934636 . G A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.063;DP=97;Dels=0.00;FS=7.435;HaplotypeScore=7.4956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.702;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:97:99:888,0,640 chrXII 934750 . C T 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=104;Dels=0.00;FS=3.619;HaplotypeScore=12.1924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:1006,0,689 chrXII 934867 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=56;Dels=0.00;FS=12.675;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.143;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:422,0,564 chrXII 935020 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.623;DP=79;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=7.1947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:570,0,706 chrXII 935095 . C T 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,56:109:99:926,0,918 chrXII 935293 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DP=44;Dels=0.00;FS=23.291;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.795;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:418,0,282 chrXII 935338 . T A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;DP=46;Dels=0.00;FS=8.629;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:314,0,330 chrXII 935365 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DP=52;Dels=0.00;FS=8.237;HaplotypeScore=6.5174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:52:99:377,0,309 chrXII 935485 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;DP=55;Dels=0.00;FS=1.084;HaplotypeScore=3.8847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.884;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:316,0,516 chrXII 935517 . C G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DP=55;Dels=0.00;FS=3.794;HaplotypeScore=2.7359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:502,0,318 chrXII 935620 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;DP=59;Dels=0.00;FS=4.017;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.381;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:59:99:383,0,637 chrXII 935629 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=61;Dels=0.00;FS=2.386;HaplotypeScore=7.2688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=5.33;ReadPosRankSum=2.618;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:99:355,0,696 chrXII 935644 . G A 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.841;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:284,0,674 chrXII 935713 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=63;Dels=0.00;FS=3.425;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:437,0,582 chrXII 935740 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=65;Dels=0.00;FS=2.137;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:368,0,587 chrXII 935743 . T C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:378,0,568 chrXII 935848 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.124;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:257,0,391 chrXII 935887 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;DP=49;Dels=0.00;FS=4.125;HaplotypeScore=4.8351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:388,0,439 chrXII 935974 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;DP=61;Dels=0.00;FS=11.718;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.321;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:461,0,633 chrXII 936082 . T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=63;Dels=0.00;FS=2.173;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:385,0,616 chrXII 936111 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=67;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.565;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:536,0,588 chrXII 936217 . C T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:35:99:338,0,217 chrXII 936336 . G T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=65;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.988;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:435,0,634 chrXII 936367 . G A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=68;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:615,0,630 chrXII 936517 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=56;Dels=0.00;FS=7.892;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.362;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:506,0,479 chrXII 936531 . T A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.897;DP=60;Dels=0.00;FS=2.208;HaplotypeScore=2.7038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.793;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:575,0,431 chrXII 936598 . A G 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;DP=47;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.521;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:512,0,322 chrXII 936688 . G C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.741;DP=60;Dels=0.00;FS=7.540;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:491,0,563 chrXII 936724 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=79;Dels=0.00;FS=4.458;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:619,0,716 chrXII 937242 . A T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=62;Dels=0.00;FS=2.919;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.049;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:437,0,492 chrXII 937678 . T C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=48;Dels=0.00;FS=14.570;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:358,0,487 chrXII 937738 . A G 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DP=54;Dels=0.00;FS=12.548;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:459,0,619 chrXII 937750 . C A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=51;Dels=0.00;FS=12.969;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.425;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:426,0,600 chrXII 937765 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.192;DP=59;Dels=0.00;FS=14.869;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.311;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:491,0,688 chrXII 937821 . C A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.536;DP=59;Dels=0.00;FS=9.226;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.639;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:630,0,474 chrXII 937855 . A G 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.148;DP=64;Dels=0.00;FS=19.388;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=19.95;ReadPosRankSum=3.231;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:1310,150,0 chrXII 937897 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=58;Dels=0.00;FS=5.279;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:426,0,611 chrXII 937900 . T A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=59;Dels=0.00;FS=5.406;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.482;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:430,0,641 chrXII 937975 . G A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.129;DP=92;Dels=0.00;FS=1.002;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.694;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:92:99:955,0,641 chrXII 938122 . A G 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.865;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.129;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:105,0,435 chrXII 938134 . A G 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=16.02;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:75:706,75,0 chrXII 938137 . C T 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;DP=42;Dels=0.00;FS=2.745;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.707;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:121,0,436 chrXII 938518 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=68;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:581,0,681 chrXII 938653 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=53;Dels=0.00;FS=2.446;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.361;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:387,0,495 chrXII 938663 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=52;Dels=0.00;FS=6.106;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.854;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:372,0,476 chrXII 938731 . G T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;DP=47;Dels=0.00;FS=8.333;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.522;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:350,0,338 chrXII 938758 . T C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=50;Dels=0.00;FS=10.841;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.981;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:406,0,351 chrXII 938791 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;DP=49;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:281,0,386 chrXII 938809 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:332,0,527 chrXII 939682 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;DP=79;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.093;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.971;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:79:99:528,0,732 chrXII 939810 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:34:99:307,0,279 chrXII 939994 . C T 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=83;Dels=0.00;FS=1.907;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:83:99:846,0,490 chrXII 940048 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=50;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:535,0,438 chrXII 940066 . G A 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=46;Dels=0.00;FS=11.478;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.772;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:46:99:521,0,330 chrXII 940102 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=44;Dels=0.00;FS=4.607;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.045;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:369,0,368 chrXII 940138 . A T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;DP=66;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:534,0,770 chrXII 940624 . T G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;DP=47;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.161;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:550,0,392 chrXII 940635 . C T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.951;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:413,0,352 chrXII 940672 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=44;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=3.2707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.692;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:377,0,379 chrXII 940786 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.171;DP=61;Dels=0.00;FS=3.594;HaplotypeScore=6.6316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:595,0,452 chrXII 940924 . A G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=40;Dels=0.00;FS=4.122;HaplotypeScore=5.7995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.128;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:180,0,348 chrXII 940926 . G T 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=15.20;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:69:641,69,0 chrXII 941007 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;DP=80;Dels=0.00;FS=3.131;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.137;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.644;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:80:99:595,0,564 chrXII 941140 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=39;Dels=0.00;FS=12.474;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:302,0,290 chrXII 946282 . A C 312 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.52;MQ0=50;MQRankSum=-0.489;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.644;SB=-7.475e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,40:89:39:345,39,0 chrXII 947333 . T C 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=40;Dels=0.00;FS=4.727;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:164,0,454 chrXII 947402 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=44;Dels=0.00;FS=2.614;HaplotypeScore=3.8111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.53;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.457;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:304,0,441 chrXII 947519 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=81;Dels=0.00;FS=13.823;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=1.810;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:601,0,734 chrXII 947537 . A T 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=23.69;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1928,201,0 chrXII 947909 . T C 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:761,0,760 chrXII 947954 . T C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.293;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:54:99:482,0,358 chrXII 948186 . C T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;DP=92;Dels=0.00;FS=3.940;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.051;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:666,0,740 chrXII 948224 . A G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.915;DP=66;Dels=0.00;FS=4.934;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:683,0,615 chrXII 948299 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=55;Dels=0.00;FS=1.088;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=10.16;ReadPosRankSum=-1.714;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:589,0,374 chrXII 948319 . G T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;DP=54;Dels=0.00;FS=1.040;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.714;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:486,0,381 chrXII 948418 . A T 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=85;Dels=0.00;FS=5.697;HaplotypeScore=12.8269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=10.67;ReadPosRankSum=-2.612;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:937,0,532 chrXII 948612 . C T 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.32;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1557,159,0 chrXII 948676 . T C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=85;Dels=0.00;FS=2.940;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.508;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:658,0,946 chrXII 948713 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.429;DP=91;Dels=0.00;FS=0.784;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:703,0,963 chrXII 948733 . A G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=86;Dels=0.00;FS=0.797;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.160;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:619,0,853 chrXII 948914 . A G 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;DP=90;Dels=0.00;FS=2.771;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:799,0,951 chrXII 949225 . A G 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.749;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:86:99:830,0,631 chrXII 949238 . C T 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:743,0,684 chrXII 949249 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=85;Dels=0.00;FS=1.758;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.489;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:660,0,667 chrXII 949331 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DP=67;Dels=0.00;FS=26.548;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.144;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:608,0,575 chrXII 949357 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.450;DP=61;Dels=0.00;FS=9.733;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.281;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:533,0,591 chrXII 949369 . G A 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=75;Dels=0.00;FS=6.977;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:732,0,590 chrXII 949429 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DP=93;Dels=0.00;FS=2.683;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.566;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:724,0,629 chrXII 949489 . C T 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.04;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1347,141,0 chrXII 949843 . G A 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=11.26;ReadPosRankSum=-2.270;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:638,0,374 chrXII 950047 . C T 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=96;Dels=0.00;FS=4.024;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=4.065;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:96:99:1057,0,662 chrXII 950212 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DP=53;Dels=0.00;FS=2.500;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=8.00;ReadPosRankSum=-2.308;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:454,0,432 chrXII 950322 . A G 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.735;DP=78;Dels=0.00;FS=7.989;HaplotypeScore=7.5943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.834;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.882;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:78:99:175,0,789 chrXII 950350 . T A 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=73;Dels=0.00;FS=1.138;HaplotypeScore=32.8565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.754;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:142,0,627 chrXII 950616 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DP=82;Dels=0.00;FS=10.742;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:82:99:747,0,797 chrXII 950788 . T C 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=18.83;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:918,99,0 chrXII 950793 . G A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:229,0,509 chrXII 950806 . C T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.774;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:583,0,313 chrXII 950855 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=80;Dels=0.00;FS=4.467;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:483,0,533 chrXII 950859 . C T 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=14.02;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1225,138,0 chrXII 951032 . C T 1907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.26;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1940,207,0 chrXII 951088 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.599;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,34:96:99:563,0,1235 chrXII 951212 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;DP=75;Dels=0.00;FS=3.105;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:538,0,704 chrXII 951341 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.502;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.111;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.570;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:735,0,649 chrXII 951524 . T C 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=16.95;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:745,84,0 chrXII 951540 . A G 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=17.53;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:857,90,0 chrXII 951629 . A T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=41;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:253,0,441 chrXII 951765 . T A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.817;DP=40;Dels=0.00;FS=7.302;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:370,0,444 chrXII 951923 . T A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=31;Dels=0.00;FS=9.093;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.795;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:246,0,245 chrXII 952187 . C T 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=17.62;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:720,75,0 chrXII 952262 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;DP=43;Dels=0.00;FS=9.350;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:338,0,367 chrXII 952346 . G A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=37;Dels=0.00;FS=4.883;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:309,0,270 chrXII 952469 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.383;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:54:99:411,0,425 chrXII 952975 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;DP=48;Dels=0.00;FS=9.468;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:659,0,234 chrXII 952994 . C T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;DP=47;Dels=0.00;FS=7.049;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.178;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:47:99:536,0,256 chrXII 953016 . T C 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;DP=36;Dels=0.00;FS=8.049;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.246;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:36:99:145,0,357 chrXII 953059 . G T 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=19.68;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:643,66,0 chrXII 953266 . C T 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.172;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,40:56:99:853,0,298 chrXII 953282 . C A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=3.08;ReadPosRankSum=-2.234;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:52:99:190,0,665 chrXII 953330 . T C 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.905;DP=88;Dels=0.01;FS=20.633;HaplotypeScore=13.7520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.981;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:87:99:997,0,736 chrXII 953605 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.689;DP=53;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:53:99:468,0,548 chrXII 953884 . G T 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=22.22;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1522,165,0 chrXII 954049 . G A 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.18;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:625,66,0 chrXII 954254 . T G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;DP=51;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.222;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:412,0,470 chrXII 954366 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=34;Dels=0.00;FS=9.298;HaplotypeScore=3.1151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.162;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:34:99:342,0,338 chrXII 954532 . G C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=31;Dels=0.00;FS=1.566;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:324,0,125 chrXII 954560 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DP=36;Dels=0.00;FS=5.496;HaplotypeScore=4.3396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=10.94;ReadPosRankSum=2.984;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:424,0,170 chrXII 954584 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.084;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:39:99:427,0,148 chrXII 954609 . G C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=48;Dels=0.00;FS=8.221;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:261,0,459 chrXII 954827 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=28;Dels=0.00;FS=1.518;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.276;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:266,0,269 chrXII 954897 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=20;Dels=0.00;FS=5.379;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.960;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:20:61:61,0,356 chrXII 955096 . C G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=35;Dels=0.00;FS=5.138;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:357,0,198 chrXII 955168 . A G 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.285;DP=33;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=7.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:134,0,300 chrXII 955306 . T C 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=21;Dels=0.00;FS=10.942;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.951;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:174,0,204 chrXII 955729 . C T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=27;Dels=0.00;FS=6.276;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.708;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:214,0,245 chrXII 955765 . G C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=42;Dels=0.00;FS=3.432;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=2.742;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.428;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:312,0,420 chrXII 955822 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.806;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:439,0,651 chrXII 956127 . C A 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.472;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.164;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:779,0,1079 chrXII 956153 . T G 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;DP=132;Dels=0.00;FS=3.115;HaplotypeScore=7.8067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.258;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:132:99:1108,0,1206 chrXII 956170 . G A 1164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.462;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.043;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:128:99:1194,0,1080 chrXII 956371 . G C 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=105;Dels=0.00;FS=0.746;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:105:99:784,0,1049 chrXII 956536 . T C 658.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DP=83;Dels=0.00;FS=5.787;HaplotypeScore=2.7720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:688,0,701 chrXII 956543 . C T 619.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=87;Dels=0.00;FS=10.747;HaplotypeScore=5.0761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:649,0,651 chrXII 956545 . A G 608.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.711;DP=86;Dels=0.00;FS=11.097;HaplotypeScore=5.8648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:86:99:638,0,624 chrXII 956593 . G A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=75;Dels=0.00;FS=7.934;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:562,0,558 chrXII 956833 . A G 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=75;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=10.4423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.123;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:740,0,538 chrXII 957061 . A G 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.054;DP=42;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.318;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:325,0,448 chrXII 957064 . G A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=44;Dels=0.00;FS=1.275;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:345,0,404 chrXII 957115 . C T 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=20.59;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1186,129,0 chrXII 957510 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=65;Dels=0.00;FS=9.231;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.456;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:65:99:637,0,389 chrXII 958009 . A G 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=61;Dels=0.00;FS=9.402;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=19.95;ReadPosRankSum=2.369;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1250,141,0 chrXII 958253 . G A 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=22.74;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1670,174,0 chrXII 958262 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.665;DP=82;Dels=0.00;FS=4.383;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:82:99:595,0,787 chrXII 958334 . A G 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;DP=143;Dels=0.00;FS=9.067;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.446;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,60:143:99:1074,0,1634 chrXII 958370 . A G 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=143;Dels=0.00;FS=8.034;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.853;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,50:143:99:819,0,1752 chrXII 958385 . C A 3798.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=24.35;SB=-1.264e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3798,405,0 chrXII 958478 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;DP=50;Dels=0.00;FS=4.189;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:364,0,480 chrXII 958590 . A G 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:107:99:801,0,1262 chrXII 958623 . A G 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.913;DP=111;Dels=0.00;FS=3.306;HaplotypeScore=12.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:815,0,1014 chrXII 959018 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;DP=59;Dels=0.00;FS=14.754;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:477,0,640 chrXII 959065 . A T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=60;Dels=0.00;FS=11.990;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:522,0,695 chrXII 959099 . C T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=56;Dels=0.00;FS=9.762;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:491,0,445 chrXII 959121 . A T 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=0.52;ReadPosRankSum=-3.328;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,5:44:53:53,0,419 chrXII 959190 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=57;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:561,0,636 chrXII 959546 . G A,C 2064.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.12;MQ0=0;QD=20.64;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,55,45:100:99:2124,959,823,1165,0,1048 chrXII 959627 . C T 1287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=106;Dels=0.00;FS=4.054;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.029;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,62:106:99:1317,0,847 chrXII 959679 . C A 2033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=18.82;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2066,213,0 chrXII 959687 . A G 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=107;Dels=0.00;FS=5.822;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=16.62;ReadPosRankSum=1.635;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:1811,198,0 chrXII 959702 . A C 1902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=115;Dels=0.00;FS=5.518;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=16.54;ReadPosRankSum=1.702;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:115:99:1935,219,0 chrXII 959834 . C T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DP=118;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.008;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:118:99:962,0,1109 chrXII 960045 . C T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.430;DP=74;Dels=0.00;FS=20.524;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:74:99:834,0,527 chrXII 960118 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;DP=58;Dels=0.00;FS=1.137;HaplotypeScore=4.3220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=1.939;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.694;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:509,0,549 chrXII 960131 . C T 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=21.94;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1218,132,0 chrXII 960141 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=53;Dels=0.00;FS=1.163;HaplotypeScore=5.2088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.056;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:382,0,626 chrXII 960158 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:360,0,710 chrXII 960228 . A C 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;DP=86;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.330;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:826,0,637 chrXII 960476 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=64;Dels=0.00;FS=5.062;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.736;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:706,0,499 chrXII 960996 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=63;Dels=0.00;FS=5.270;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:608,0,382 chrXII 960999 . A C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=56;Dels=0.00;FS=3.775;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:528,0,400 chrXII 961196 . A T 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=18.58;ReadPosRankSum=1.617;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1148,126,0 chrXII 961235 . T A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;DP=61;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.686;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:504,0,498 chrXII 961427 . A G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.755;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:330,0,708 chrXII 961565 . A T 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=23.67;ReadPosRankSum=1.606;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1335,138,0 chrXII 961655 . G A 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=19.37;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1079,114,0 chrXII 961667 . A G 885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:918,102,0 chrXII 961676 . C T 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.31;MQ0=0;QD=13.83;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:84:780,84,0 chrXII 961688 . T C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.82;MQ0=0;QD=14.10;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:84:752,84,0 chrXII 961731 . A G 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=16.12;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96:871,96,0 chrXII 961961 . A G 1745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=21.54;ReadPosRankSum=1.005;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1778,192,0 chrXII 961974 . C T 1259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.15;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1292,138,0 chrXII 962096 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.012;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:563,0,754 chrXII 962189 . G A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=22.26;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1925,201,0 chrXII 962331 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.841;DP=56;Dels=0.00;FS=9.665;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:384,0,570 chrXII 962683 . G A 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=23.86;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1679,174,0 chrXII 962717 . T C 2931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=131;Dels=0.00;FS=11.745;HaplotypeScore=10.3966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=22.37;ReadPosRankSum=2.279;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:131:99:2964,330,0 chrXII 963090 . G A 2810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.95;SB=-1.545e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:2843,297,0 chrXII 963160 . T C 2540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=21.71;SB=-1.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2573,285,0 chrXII 963327 . A G 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;DP=127;Dels=0.00;FS=5.563;HaplotypeScore=7.0150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.834;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,70:127:99:1180,0,727 chrXII 963345 . G A 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.534;DP=129;Dels=0.00;FS=0.671;HaplotypeScore=11.6086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=9.60;ReadPosRankSum=2.221;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,72:129:99:1269,0,855 chrXII 963364 . C G 2352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2385,258,0 chrXII 963392 . A G 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.226;DP=93;Dels=0.00;FS=9.273;HaplotypeScore=11.6103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=19.11;ReadPosRankSum=3.188;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:93:99:1810,195,0 chrXII 963469 . A G 2528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=19.91;SB=-1.502e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2561,276,0 chrXII 963501 . C A 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=14.62;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1539,159,0 chrXII 963619 . T C 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=19.22;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1609,177,0 chrXII 963807 . G A 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1979,204,0 chrXII 963928 . T C 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=18.89;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1261,141,0 chrXII 964054 . A G 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=22.45;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1515,165,0 chrXII 964078 . G A 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=20.97;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1333,144,0 chrXII 964132 . C T 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.571;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:87:805,87,0 chrXII 964450 . C T 426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=14.20;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:459,48,0 chrXII 964503 . A G 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=14.82;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:66:611,66,0 chrXII 964507 . T C 605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=15.12;ReadPosRankSum=1.646;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:66:638,66,0 chrXII 964591 . T G 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.42;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1490,159,0 chrXII 964951 . C T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;DP=103;Dels=0.00;FS=4.799;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:103:99:935,0,902 chrXII 964996 . G A 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=93;Dels=0.00;FS=2.785;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,55:93:99:1035,0,681 chrXII 965047 . T A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.543;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:704,0,417 chrXII 965215 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;DP=80;Dels=0.00;FS=8.084;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.303;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:80:99:450,0,875 chrXII 965233 . G A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=82;Dels=0.00;FS=5.919;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=6.27;ReadPosRankSum=-2.598;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:544,0,892 chrXII 965294 . T C 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DP=78;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.813;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:78:99:664,0,609 chrXII 965342 . G A 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=17.11;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1333,147,0 chrXII 965348 . T C 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=70;Dels=0.00;FS=4.736;HaplotypeScore=5.4291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:590,0,572 chrXII 965441 . C T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:750,0,564 chrXII 965495 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.423;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:368,0,528 chrXII 965613 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;DP=53;Dels=0.00;FS=2.500;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:99:189,0,720 chrXII 965658 . G A 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=20.69;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1295,135,0 chrXII 965836 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=68;Dels=0.00;FS=2.086;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.712;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:563,0,624 chrXII 965865 . G C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:322,0,571 chrXII 966011 . A G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.839;DP=60;Dels=0.00;FS=12.096;HaplotypeScore=6.5827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:60:99:242,0,730 chrXII 966217 . C T 2748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=26.94;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2781,291,0 chrXII 966807 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DP=89;Dels=0.00;FS=1.765;HaplotypeScore=10.6383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:672,0,860 chrXII 966833 . G C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;DP=81;Dels=0.00;FS=11.560;HaplotypeScore=6.3303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:787,0,565 chrXII 966841 . A G 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=85;Dels=0.00;FS=3.384;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=19.52;ReadPosRankSum=1.651;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1692,189,0 chrXII 966848 . G A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.067;DP=87;Dels=0.00;FS=12.636;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:830,0,672 chrXII 966975 . T A 1179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;DP=99;Dels=0.00;FS=6.518;HaplotypeScore=9.5337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.372;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:99:99:1209,0,665 chrXII 967075 . C G 2655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=22.50;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:118:99:2688,291,0 chrXII 967268 . A G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=16.37;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1064,120,0 chrXII 967302 . T C 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=16.98;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1120,120,0 chrXII 967311 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.530;DP=69;Dels=0.00;FS=4.540;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.249;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:679,0,326 chrXII 967333 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.436;DP=68;Dels=0.00;FS=11.311;HaplotypeScore=8.7367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:573,0,397 chrXII 967387 . G A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.061;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.522;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:648,0,538 chrXII 967624 . G A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;DP=91;Dels=0.00;FS=2.628;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.068;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:783,0,695 chrXII 967945 . C G 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.297;DP=127;Dels=0.00;FS=3.281;HaplotypeScore=14.4682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.443;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,61:127:99:1088,0,1129 chrXII 968009 . A C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=80;Dels=0.00;FS=4.421;HaplotypeScore=8.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.154;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:627,0,776 chrXII 968208 . C T 1291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,64:128:99:1321,0,1085 chrXII 968395 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.908;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:565,0,784 chrXII 968426 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.724;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:704,0,1044 chrXII 968480 . G A 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=102;Dels=0.00;FS=4.254;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:690,0,979 chrXII 968497 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.417;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:690,0,809 chrXII 968703 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=66;Dels=0.00;FS=2.018;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.982;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:624,0,372 chrXII 968789 . T C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;DP=82;Dels=0.00;FS=0.878;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.362;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:82:99:550,0,941 chrXII 969370 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=118;Dels=0.00;FS=14.827;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,44:118:99:689,0,1499 chrXII 969880 . A G 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=19.77;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:982,105,0 chrXII 969967 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:75:99:556,0,595 chrXII 970288 . G T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.685;DP=52;Dels=0.00;FS=3.963;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=2.008;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.511;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:595,0,355 chrXII 971617 . G A 1467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.577;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,66:102:99:1497,0,611 chrXII 971812 . G A 2246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.369;DP=219;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.132;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,122:219:99:2276,0,1507 chrXII 971844 . T A 1424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=178;Dels=0.00;FS=2.037;HaplotypeScore=11.1646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.439;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.049;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,95:178:99:1454,0,1409 chrXII 972375 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DP=51;Dels=0.00;FS=7.401;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:532,0,400 chrXII 972787 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=76;Dels=0.00;FS=1.911;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:663,0,559 chrXII 973497 . A G 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.270;DP=121;Dels=0.00;FS=2.432;HaplotypeScore=8.9419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.317;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.154;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,52:121:99:931,0,1428 chrXII 973637 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.752;DP=51;Dels=0.00;FS=2.682;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.974;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:343,0,506 chrXII 973972 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;DP=81;Dels=0.00;FS=1.976;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.954;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:81:99:553,0,1035 chrXII 974297 . A G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.962;DP=106;Dels=0.00;FS=0.750;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,40:106:99:690,0,1162 chrXII 974426 . C T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=67;Dels=0.00;FS=2.090;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:467,0,679 chrXII 974444 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DP=62;Dels=0.00;FS=3.561;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:387,0,627 chrXII 974513 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:45:99:363,0,358 chrXII 974557 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.179;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:57:99:428,0,570 chrXII 974574 . A G 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=20.69;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1378,150,0 chrXII 974631 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=71;Dels=0.00;FS=2.219;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=5.51;ReadPosRankSum=-3.109;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:421,0,901 chrXII 974694 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.715;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:601,0,661 chrXII 974783 . C T 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;DP=47;Dels=0.00;FS=6.570;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.213;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:254,0,609 chrXII 974822 . C T 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=54;Dels=0.00;FS=7.858;HaplotypeScore=5.0664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:728,0,285 chrXII 974945 . G A 1941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=23.96;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1974,219,0 chrXII 974973 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=79;Dels=0.00;FS=12.357;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:666,0,787 chrXII 974978 . C T 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DP=82;Dels=0.00;FS=10.120;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.266;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:897,0,688 chrXII 975098 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DP=68;Dels=0.00;FS=3.497;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=4.19;ReadPosRankSum=-2.107;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:315,0,728 chrXII 975467 . G C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.204;DP=62;Dels=0.00;FS=5.564;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=2.285;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:512,0,649 chrXII 975553 . G T 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DP=124;Dels=0.00;FS=10.769;HaplotypeScore=6.4493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.610;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,69:124:99:1040,0,923 chrXII 975595 . T C 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=104;Dels=0.00;FS=2.625;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=11.91;ReadPosRankSum=3.678;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,64:104:99:1269,0,538 chrXII 975612 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DP=111;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,33:111:99:493,0,1416 chrXII 975664 . C T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.467;DP=101;Dels=0.00;FS=19.271;HaplotypeScore=2.9779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.607;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:101:99:821,0,837 chrXII 975673 . T C 735.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=97;Dels=0.00;FS=22.906;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.068;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,54:97:99:765,0,808 chrXII 975675 . G A 2064 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=21.06;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2097,228,0 chrXII 975681 . G A 645.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=96;Dels=0.00;FS=20.203;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQ0=0;MQRankSum=-4.155;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:675,0,785 chrXII 975753 . G A 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=41;Dels=0.00;FS=6.658;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.111;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.667;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:147,0,408 chrXII 975763 . A G 94.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=40;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=-4.907;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.177;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:124,0,447 chrXII 975766 . T C 79.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.877;DP=39;Dels=0.00;FS=4.847;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-5.108;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:109,0,457 chrXII 975773 . G A 71.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DP=36;Dels=0.00;FS=9.728;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.855;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:101,0,439 chrXII 975786 . T A 82.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;DP=31;Dels=0.00;FS=16.966;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.792;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:112,0,367 chrXII 975800 . A C 124.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=30;Dels=0.00;FS=15.885;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:30:99:154,0,333 chrXII 975802 . G T 140.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DP=28;Dels=0.00;FS=10.089;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.894;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:170,0,288 chrXII 975964 . T G 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=19.07;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:90:815,90,0 chrXII 975966 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.4949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.933;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:451,0,206 chrXII 976122 . T C 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:617,66,0 chrXII 976148 . A G 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;DP=46;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=5.7761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=2.26;ReadPosRankSum=-2.689;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,10:46:99:134,0,732 chrXII 976210 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=42;Dels=0.00;FS=1.372;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.94;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:256,0,632 chrXII 976224 . A T 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=34;Dels=0.00;FS=1.492;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.54;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:209,0,454 chrXII 978665 . G T 240.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=226;Dels=0.00;FS=23.648;HaplotypeScore=12.0341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.92;MQ0=88;MQRankSum=1.510;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.812;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,53:226:99:270,0,1518 chrXII 981537 . T G 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.20;MQ0=64;QD=0.25;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,30:94:6:55,6,0 chrXII 981540 . A G 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.20;MQ0=64;QD=0.28;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,30:94:6:58,6,0 chrXII 981547 . T G 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.33;MQ0=54;MQRankSum=-1.621;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.621;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,30:85:6:57,6,0 chrXII 981550 . A T 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.33;MQ0=54;QD=0.53;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,31:85:9:77,9,0 chrXII 981552 . C A 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.23;MQ0=55;QD=0.28;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,31:86:6:55,6,0 chrXII 981556 . T G 77.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=87;Dels=0.00;FS=15.051;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.15;MQ0=55;MQRankSum=1.625;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.625;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,31:87:12:110,12,0 chrXII 981559 . C T 76.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DP=84;Dels=0.00;FS=27.226;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.49;MQ0=51;MQRankSum=2.301;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.868;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,31:84:12:109,12,0 chrXII 981795 . A T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.397;DP=79;Dels=0.00;FS=8.436;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.878;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,26:79:99:284,0,885 chrXII 981833 . C A 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DP=84;Dels=0.00;FS=3.166;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.285;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:84:99:208,0,1247 chrXII 981883 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;DP=98;Dels=0.00;FS=1.963;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.626;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.986;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,35:98:99:405,0,1375 chrXII 981884 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=100;Dels=0.00;FS=1.959;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.623;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.679;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,36:100:99:410,0,1384 chrXII 981894 . C T 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.08;MQ0=0;MQRankSum=3.437;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.320;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:99:99:1093,0,462 chrXII 981911 . A G 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.289;DP=90;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=3.249;QD=9.67;ReadPosRankSum=2.171;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:900,0,547 chrXII 982208 . G T 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=117;Dels=0.00;FS=6.426;HaplotypeScore=9.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.141;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:117:99:717,0,948 chrXII 982219 . T A 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.180;DP=111;Dels=0.00;FS=4.985;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.875;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.080;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:753,0,848 chrXII 982222 . A G 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;DP=112;Dels=0.00;FS=8.182;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.422;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.854;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:112:99:709,0,853 chrXII 982306 . G A 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.864;DP=119;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.818;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,64:119:99:1127,0,965 chrXII 982307 . A G 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=119;Dels=0.00;FS=0.709;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.095;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:119:99:1110,0,1057 chrXII 982371 . T A 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.960;DP=108;Dels=0.00;FS=9.544;HaplotypeScore=13.4876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.351;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:784,0,1048 chrXII 982479 . A C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;DP=80;Dels=0.00;FS=11.331;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:80:99:568,0,984 chrXII 982537 . A C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=84;Dels=0.00;FS=3.039;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:564,0,945 chrXII 982562 . G A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:578,0,815 chrXII 982870 . A T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=89;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=10.1525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:514,0,933 chrXII 982889 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.018;DP=90;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:90:99:500,0,983 chrXII 982920 . T C 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=76;Dels=0.00;FS=7.306;HaplotypeScore=5.9550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.909;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:286,0,1006 chrXII 982928 . G T 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=79;Dels=0.00;FS=3.276;HaplotypeScore=9.1273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:79:99:280,0,863 chrXII 982986 . C A 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.28;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1960,204,0 chrXII 983190 . C T 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=16.94;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96:914,96,0 chrXII 983709 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=66;Dels=0.00;FS=2.270;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:660,0,511 chrXII 984046 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:390,0,623 chrXII 984150 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=85;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:498,0,619 chrXII 984579 . T C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.467;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:90:99:589,0,1058 chrXII 984639 . G A 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.954;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:940,0,785 chrXII 984873 . A G 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DP=101;Dels=0.00;FS=2.601;HaplotypeScore=4.0738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=6.64;ReadPosRankSum=-2.367;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,42:101:99:701,0,1218 chrXII 985022 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=57;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.247;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:503,0,389 chrXII 985307 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.793;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:414,0,473 chrXII 986013 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:784,0,769 chrXII 986067 . G A 1279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.210;DP=127;Dels=0.00;FS=5.690;HaplotypeScore=15.5000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.106;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,66:127:99:1309,0,1079 chrXII 986998 . A G 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=22.42;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1647,177,0 chrXII 986999 . T C 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=21.84;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1627,177,0 chrXII 987115 . A G 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.695;QD=17.79;ReadPosRankSum=2.932;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,129:132:99:2381,255,0 chrXII 987151 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.672;DP=106;Dels=0.00;FS=5.676;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.081;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:106:99:680,0,763 chrXII 987293 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.145;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:671,0,422 chrXII 987375 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=43;Dels=0.00;FS=2.659;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.623;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:361,0,322 chrXII 987608 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DP=64;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:524,0,541 chrXII 987807 . T C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.282;DP=52;Dels=0.00;FS=2.514;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.705;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:378,0,650 chrXII 987906 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.384;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,28:40:99:516,0,169 chrXII 987942 . C T 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=53;Dels=0.00;FS=1.043;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:484,0,392 chrXII 987981 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=56;Dels=0.00;FS=2.327;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:522,0,393 chrXII 987999 . G A 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=19.02;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1041,111,0 chrXII 988110 . G A 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.488;DP=48;Dels=0.00;FS=1.746;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:232,0,302 chrXII 988464 . G A 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=54;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=3.2513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.978;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:372,0,578 chrXII 988495 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;DP=46;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=4.9042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:312,0,529 chrXII 988847 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=55;Dels=0.00;FS=8.866;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.336;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:563,0,406 chrXII 989024 . G C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=63;Dels=0.00;FS=5.583;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.105;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:714,0,383 chrXII 989078 . A G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=65;Dels=0.00;FS=2.255;HaplotypeScore=8.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.042;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:475,0,653 chrXII 989108 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DP=52;Dels=0.00;FS=8.511;HaplotypeScore=6.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:52:99:421,0,450 chrXII 989367 . G A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:289,0,410 chrXII 989534 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.095;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:579,0,365 chrXII 989610 . G A 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.53;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1045,108,0 chrXII 989666 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:428,0,312 chrXII 989828 . A G 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1308,147,0 chrXII 989831 . C T 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=19.57;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:67:99:1344,138,0 chrXII 989852 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;DP=59;Dels=0.00;FS=5.386;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.114;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:365,0,613 chrXII 989981 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.090;DP=64;Dels=0.00;FS=7.043;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:521,0,523 chrXII 990434 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.746;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:424,0,917 chrXII 990468 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=79;Dels=0.00;FS=9.869;HaplotypeScore=11.0719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=4.33;ReadPosRankSum=-2.036;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:372,0,731 chrXII 990531 . T C 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=139;Dels=0.00;FS=8.029;HaplotypeScore=10.0960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.010;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:139:99:1011,0,1185 chrXII 990547 . A G 3381.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.602e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:150:99:3381,363,0 chrXII 990580 . G A 1752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DP=202;Dels=0.00;FS=9.049;HaplotypeScore=10.3441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,101:202:99:1782,0,1885 chrXII 990617 . C T 2016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.006;DP=219;Dels=0.00;FS=6.617;HaplotypeScore=19.6961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.232;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,110:219:99:2046,0,1448 chrXII 990741 . G A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=84;Dels=0.00;FS=4.314;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.201;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:629,0,1048 chrXII 990749 . G A 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DP=84;Dels=0.00;FS=3.009;HaplotypeScore=7.1400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.145;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:971,0,610 chrXII 990848 . A G 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=18.63;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2175,237,0 chrXII 990875 . C T 2422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=21.82;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2455,261,0 chrXII 990920 . G T 1890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=21.72;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1923,198,0 chrXII 990941 . A G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=63;Dels=0.00;FS=8.783;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.191;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:63:99:742,0,514 chrXII 991059 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;DP=56;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.155;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:56:99:572,0,250 chrXII 991073 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DP=58;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=4.78;ReadPosRankSum=-2.815;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:307,0,577 chrXII 991373 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.315;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:293,0,344 chrXII 991895 . T C 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.411;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:126,0,279 chrXII 991967 . C T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DP=26;Dels=0.00;FS=1.462;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:194,0,211 chrXII 992332 . T C 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.115;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:103,0,154 chrXII 992335 . C G 72.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.661;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:102,0,153 chrXII 992572 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.471;DP=44;Dels=0.00;FS=9.048;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.530;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:377,0,272 chrXII 992595 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=48;Dels=0.00;FS=4.168;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=6.65;ReadPosRankSum=2.494;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:349,0,379 chrXII 992601 . A C 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DP=51;Dels=0.00;FS=3.195;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=16.51;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:51:76:875,76,0 chrXII 992662 . C T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=45;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.851;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:438,0,450 chrXII 992940 . G T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.422;DP=62;Dels=0.00;FS=1.009;HaplotypeScore=4.8770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.188;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:62:99:415,0,762 chrXII 992990 . A G 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=80;Dels=0.00;FS=3.536;HaplotypeScore=5.7581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=22.96;ReadPosRankSum=1.688;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:1870,207,0 chrXII 993002 . T A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=75;Dels=0.00;FS=4.547;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.457;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:492,0,906 chrXII 993389 . G T 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=23.42;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1532,159,0 chrXII 993707 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.774;DP=65;Dels=0.00;FS=13.713;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.007;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:566,0,674 chrXII 993808 . G A 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.344;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:99:208,0,651 chrXII 994078 . C T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=50;Dels=0.00;FS=2.461;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.331;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:540,0,364 chrXII 994177 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DP=59;Dels=0.00;FS=2.286;HaplotypeScore=5.0355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.383;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:402,0,551 chrXII 994215 . G A 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=86;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=5.8391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.770;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:666,0,951 chrXII 994411 . A G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=41;Dels=0.00;FS=2.700;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:419,0,255 chrXII 994453 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.343;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:408,0,614 chrXII 994520 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:78:99:310,0,1127 chrXII 994820 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=75;Dels=0.00;FS=12.585;HaplotypeScore=8.0218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=2.289;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:592,0,666 chrXII 994873 . G A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DP=97;Dels=0.00;FS=22.755;HaplotypeScore=8.3684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:845,0,895 chrXII 994876 . T A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=98;Dels=0.00;FS=20.122;HaplotypeScore=7.5797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.342;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:859,0,903 chrXII 994933 . A G 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.624;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,50:118:99:891,0,1292 chrXII 994942 . G A 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=123;Dels=0.00;FS=2.399;HaplotypeScore=7.1469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:856,0,1221 chrXII 995272 . T C 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=102;Dels=0.00;FS=3.679;HaplotypeScore=16.4947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:887,0,915 chrXII 995326 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DP=65;Dels=0.00;FS=2.061;HaplotypeScore=8.3360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:612,0,588 chrXII 995599 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.127;DP=72;Dels=0.00;FS=4.872;HaplotypeScore=10.1612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.157;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:72:99:484,0,805 chrXII 995728 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.201;DP=51;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:516,0,456 chrXII 995857 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;DP=78;Dels=0.00;FS=7.802;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:741,0,775 chrXII 996068 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=49;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:540,0,445 chrXII 996244 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.898;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:435,0,278 chrXII 996328 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;DP=43;Dels=0.00;FS=3.408;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.853;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:43:99:470,0,158 chrXII 996556 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.647;DP=67;Dels=0.00;FS=2.320;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.011;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:67:99:621,0,681 chrXII 996739 . A G 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=107;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=6.9830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.889;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:1228,0,713 chrXII 997285 . G A 1292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=118;Dels=0.00;FS=7.154;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.000;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,70:118:99:1322,0,845 chrXII 997385 . C T 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.269;DP=51;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=11.00;ReadPosRankSum=2.055;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:591,0,306 chrXII 997480 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;DP=92;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.413;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:92:99:627,0,944 chrXII 997556 . T C 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.739;DP=102;Dels=0.00;FS=2.703;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.045;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:1015,0,817 chrXII 998338 . T C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.478;DP=58;Dels=0.00;FS=7.278;HaplotypeScore=8.6961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:325,0,536 chrXII 998345 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=57;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:57:99:273,0,481 chrXII 998377 . A G 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.191;DP=45;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=11.1567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.037;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:144,0,361 chrXII 998854 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;DP=48;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.692;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:522,0,324 chrXII 999125 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=49;Dels=0.00;FS=4.116;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:528,0,400 chrXII 999676 . T G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.547;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:300,0,243 chrXII 999870 . T A 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=63;Dels=0.00;FS=4.473;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.289;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:637,0,639 chrXII 999991 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;DP=68;Dels=0.00;FS=7.801;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:388,0,708 chrXII 1000014 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=85;Dels=0.00;FS=14.533;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:537,0,812 chrXII 1000542 . C G 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;DP=98;Dels=0.00;FS=5.316;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.338;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.136;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:98:99:827,0,844 chrXII 1000826 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.329;DP=82;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:82:99:593,0,760 chrXII 1001139 . A G 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DP=131;Dels=0.00;FS=4.362;HaplotypeScore=8.1621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,59:131:99:972,0,1402 chrXII 1001278 . G T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DP=91;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:572,0,812 chrXII 1001409 . T C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DP=96;Dels=0.00;FS=4.067;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.135;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,38:96:99:449,0,799 chrXII 1001464 . T A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.213;DP=113;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=7.37;ReadPosRankSum=-2.097;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:113:99:863,0,867 chrXII 1001527 . T C 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.748;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,70:144:99:1269,0,1052 chrXII 1001659 . T C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DP=77;Dels=0.00;FS=11.836;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:819,0,542 chrXII 1001707 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=92;Dels=0.00;FS=14.300;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=6.70;ReadPosRankSum=-2.086;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:646,0,923 chrXII 1001833 . C T 1443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.440;DP=165;Dels=0.00;FS=4.067;HaplotypeScore=5.1318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.911;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,85:165:99:1473,0,1318 chrXII 1001891 . A G 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.740;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,57:123:99:745,0,1091 chrXII 1002243 . G C 571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DP=67;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=15.1095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.347;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:67:69:604,69,0 chrXII 1002762 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=51;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:483,0,424 chrXII 1003797 . C T 596.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=122;Dels=0.00;FS=37.650;HaplotypeScore=13.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.468;QD=4.89;ReadPosRankSum=2.317;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,39:122:99:626,0,1606 chrXII 1003840 . T A 2038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.561;DP=124;Dels=0.00;FS=68.315;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.37;MQ0=0;MQRankSum=-7.689;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.147;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,84:124:99:2068,0,561 chrXII 1004086 . T C 630.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;DP=88;Dels=0.00;FS=32.297;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-8.023;QD=7.16;ReadPosRankSum=-4.358;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:88:99:660,0,845 chrXII 1004095 . C T 750.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=111;Dels=0.00;FS=42.812;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.67;MQ0=0;MQRankSum=-9.068;QD=6.76;ReadPosRankSum=-2.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:780,0,877 chrXII 1004127 . A G 1166.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.312;DP=132;Dels=0.00;FS=38.386;HaplotypeScore=5.7203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.40;MQ0=0;MQRankSum=-9.591;QD=8.83;ReadPosRankSum=-7.826;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,80:132:99:1196,0,723 chrXII 1004129 . T A 1196.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=133;Dels=0.00;FS=38.905;HaplotypeScore=4.8262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.55;MQ0=0;MQRankSum=-9.377;QD=8.99;ReadPosRankSum=-8.877;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,80:133:99:1226,0,746 chrXII 1004132 . G A 1221.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.515;DP=130;Dels=0.00;FS=34.808;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.12;MQ0=0;MQRankSum=-9.564;QD=9.39;ReadPosRankSum=-9.573;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,80:130:99:1251,0,676 chrXII 1004315 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:509,0,799 chrXII 1005004 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.814;DP=83;Dels=0.00;FS=5.746;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.863;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:722,0,658 chrXII 1005023 . T C 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=80;Dels=0.00;FS=9.379;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.001;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:675,0,638 chrXII 1005520 . G A 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=73;Dels=0.00;FS=1.994;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:793,0,412 chrXII 1005910 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=70;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=4.1028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.531;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:436,0,561 chrXII 1006086 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;DP=78;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=6.0173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:639,0,392 chrXII 1006150 . C T 1745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.06;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:1778,192,0 chrXII 1006283 . A T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=74;Dels=0.00;FS=2.169;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.175;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:582,0,590 chrXII 1006293 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.077;DP=76;Dels=0.00;FS=4.027;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.360;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:516,0,574 chrXII 1006308 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=70;Dels=0.00;FS=12.765;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.354;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:383,0,615 chrXII 1006345 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DP=70;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.355;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:340,0,712 chrXII 1006428 . T C 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.297;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:86:99:968,0,678 chrXII 1006629 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;DP=61;Dels=0.00;FS=3.613;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.083;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:608,0,469 chrXII 1006710 . G A 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=17.16;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1354,153,0 chrXII 1006859 . T A 2548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=24.74;ReadPosRankSum=2.893;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:103:99:2581,261,0 chrXII 1006977 . A G 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.23;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1189,126,0 chrXII 1007069 . A G 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=21.33;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2230,243,0 chrXII 1007084 . G A 2327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=21.75;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2360,249,0 chrXII 1007202 . T G 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=18.30;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:1424,159,0 chrXII 1007289 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:411,0,313 chrXII 1007613 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DP=73;Dels=0.00;FS=1.086;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.034;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:582,0,529 chrXII 1007690 . T G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;DP=103;Dels=0.00;FS=44.029;HaplotypeScore=3.6203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.140;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,40:103:99:574,0,1525 chrXII 1007694 . T C 1365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.292;DP=103;Dels=0.00;FS=39.314;HaplotypeScore=5.0130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.735;QD=13.25;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,63:103:99:1395,0,584 chrXII 1007730 . G C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.078;DP=91;Dels=0.00;FS=7.100;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.459;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:91:99:436,0,1136 chrXII 1007751 . G A 1902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=17.61;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1935,222,0 chrXII 1007943 . T G 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=103;Dels=0.00;FS=1.635;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.868;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:965,0,763 chrXII 1008182 . G A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.153;DP=77;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:628,0,545 chrXII 1008291 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.251;DP=51;Dels=0.00;FS=4.127;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.740;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:410,0,501 chrXII 1008642 . G A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:644,0,446 chrXII 1008693 . A G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:345,0,467 chrXII 1008704 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:334,0,454 chrXII 1008786 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=64;Dels=0.00;FS=4.972;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.958;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.538;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:537,0,680 chrXII 1008837 . A G 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=17.65;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1198,132,0 chrXII 1008873 . A T 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.88;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1468,153,0 chrXII 1008909 . G A 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.169;DP=85;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.229;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.146;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:890,0,612 chrXII 1009047 . T G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;DP=80;Dels=0.00;FS=1.960;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.999;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.378;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:80:99:423,0,843 chrXII 1009056 . C T 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=21.91;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1720,183,0 chrXII 1009176 . C T 2835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=25.31;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2868,309,0 chrXII 1009478 . C T 4542.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=24.82;SB=-2.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:183:99:4542,469,0 chrXII 1009506 . T A 1693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.077;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,102:175:99:1723,0,1052 chrXII 1009536 . G A 1246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.073;DP=128;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=9.1101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:128:99:1276,0,1076 chrXII 1009581 . T G 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.767;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:799,0,1254 chrXII 1009608 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.777;DP=94;Dels=0.00;FS=4.458;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:94:99:585,0,1200 chrXII 1009623 . G C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DP=89;Dels=0.00;FS=13.948;HaplotypeScore=8.0200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.256;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:89:99:497,0,1227 chrXII 1009697 . T C 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.256;DP=87;Dels=0.00;FS=4.218;HaplotypeScore=3.3634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.361;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:791,0,800 chrXII 1009719 . G A 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=96;Dels=0.00;FS=8.998;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:1060,0,678 chrXII 1009770 . C A 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.828;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=5.98;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,51:115:99:718,0,952 chrXII 1010019 . C T 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;DP=39;Dels=0.00;FS=1.978;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.380;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:89:89,0,426 chrXII 1010707 . A G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;DP=50;Dels=0.00;FS=3.002;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:443,0,407 chrXII 1010715 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=57;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.277;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:464,0,397 chrXII 1010871 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DP=67;Dels=0.00;FS=0.941;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.809;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:675,0,441 chrXII 1010934 . G C 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=92;Dels=0.00;FS=19.786;HaplotypeScore=13.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.043;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:92:99:943,0,770 chrXII 1011169 . T G 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=15.56;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:422,48,0 chrXII 1011170 . C A 402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=16.08;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:45:435,45,0 chrXII 1011391 . C G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;DP=52;Dels=0.00;FS=2.387;HaplotypeScore=11.6066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.821;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:161,0,308 chrXII 1011440 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.632;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:42:99:353,0,250 chrXII 1011520 . T G 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;DP=79;Dels=0.00;FS=21.852;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.933;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.512;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:976,0,657 chrXII 1011621 . G A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=97;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:748,0,1092 chrXII 1011654 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=59;Dels=0.00;FS=3.747;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:570,0,566 chrXII 1011823 . C A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=35;Dels=0.00;FS=1.817;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.644;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:331,0,295 chrXII 1011846 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:342,0,242 chrXII 1012271 . A G 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:68:88,0,68 chrXII 1012275 . A T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:64:68,0,64 chrXII 1012407 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DP=19;Dels=0.00;FS=7.521;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.658;SB=-1.329e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:177,0,108 chrXII 1012572 . C T 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:200,0,326 chrXII 1012956 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=32;Dels=0.00;FS=8.139;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.145;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:368,0,148 chrXII 1013133 . G A 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:196,0,251 chrXII 1013421 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:472,0,544 chrXII 1013592 . A C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=47;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=6.3583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.057;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:349,0,320 chrXII 1014017 . C T 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=20.15;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:839,90,0 chrXII 1014181 . T C 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.844;DP=34;Dels=0.00;FS=13.299;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=2.671;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.179;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:197,0,311 chrXII 1014332 . C T 339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=15.41;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:39:372,39,0 chrXII 1014444 . A G 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.220;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:132,0,238 chrXII 1014538 . A G 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.563;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:131,0,404 chrXII 1014541 . A G 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:99:124,0,403 chrXII 1014919 . C T 450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=18.00;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:483,51,0 chrXII 1014976 . C T 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=19.14;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:454,48,0 chrXII 1014992 . G A 402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=20.10;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:435,45,0 chrXII 1015108 . G A 329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=16.45;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:39:362,39,0 chrXII 1015543 . T A 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.22;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:862,96,0 chrXII 1015747 . G A 357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-5.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:390,42,0 chrXII 1016033 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:386,0,535 chrXII 1016099 . T C 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.65;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1159,126,0 chrXII 1016185 . G A 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.73;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1277,141,0 chrXII 1016924 . A G 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=20.24;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1207,132,0 chrXII 1016933 . G A 1033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=18.78;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1066,111,0 chrXII 1016971 . G A 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=15.65;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:93:878,93,0 chrXII 1016982 . T C 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=15.61;ReadPosRankSum=1.670;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:96:907,96,0 chrXII 1017002 . A G 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.20;MQ0=0;QD=12.90;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:68:99:910,102,0 chrXII 1017008 . C T 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=15.07;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1058,114,0 chrXII 1017052 . C A 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=17.77;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1188,129,0 chrXII 1017081 . C T 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=19.92;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1487,156,0 chrXII 1017336 . T A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;DP=67;Dels=0.00;FS=5.094;HaplotypeScore=8.5249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:704,0,584 chrXII 1017379 . A G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=77;Dels=0.00;FS=1.853;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=2.529;QD=7.73;ReadPosRankSum=-2.088;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:625,0,887 chrXII 1017453 . C T 1954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=22.99;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1987,210,0 chrXII 1017596 . C A 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.59;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1944,210,0 chrXII 1017718 . C T 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.10;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1922,216,0 chrXII 1017741 . T A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=2.525;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:854,0,886 chrXII 1018968 . G T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:28:99:306,0,129 chrXII 1019050 . A G 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DP=26;Dels=0.00;FS=8.268;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.139;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:85:85,0,353 chrXII 1019199 . A G 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=21.96;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:63:582,63,0 chrXII 1019284 . C T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=52;Dels=0.00;FS=3.191;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:581,0,456 chrXII 1019336 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;DP=49;Dels=0.00;FS=3.794;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:414,0,506 chrXII 1019357 . G T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=53;Dels=0.00;FS=1.689;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:496,0,463 chrXII 1019502 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DP=65;Dels=0.00;FS=8.243;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=10.48;ReadPosRankSum=2.832;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:65:99:711,0,497 chrXII 1019765 . T C 2716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=23.41;ReadPosRankSum=1.613;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2749,291,0 chrXII 1019825 . G A 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=19.38;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1293,132,0 chrXII 1019989 . T G 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.059;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,65:129:99:1045,0,1002 chrXII 1020038 . G A 2744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:136:99:2777,297,0 chrXII 1020076 . C T 2555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=22.03;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2588,267,0 chrXII 1020118 . A T 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=20.85;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1555,168,0 chrXII 1020119 . G T 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1532,165,0 chrXII 1020142 . T C 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=21.16;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1197,129,0 chrXII 1020176 . A G 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=65;Dels=0.00;FS=3.027;HaplotypeScore=8.1426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.273;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1076,117,0 chrXII 1020245 . T G 2473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=22.08;SB=-1.436e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:112:99:2506,273,0 chrXII 1020317 . G C 1846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=19.85;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1879,207,0 chrXII 1020320 . C T 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=21.17;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1981,207,0 chrXII 1020437 . T C 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=22.63;ReadPosRankSum=1.550;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1753,192,0 chrXII 1020605 . T C 2481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.764;DP=115;Dels=0.00;FS=17.519;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=21.57;ReadPosRankSum=3.764;SB=-1.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:115:99:2514,276,0 chrXII 1020991 . T G 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=55;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=21.55;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1218,132,0 chrXII 1021226 . A C 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.59;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1186,126,0 chrXII 1021339 . T C 2222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=23.15;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:2255,246,0 chrXII 1021405 . G A 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=21.18;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1537,159,0 chrXII 1021444 . T A 448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.59;MQ0=0;QD=10.93;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:51:481,51,0 chrXII 1021463 . A G 233 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.19;MQ0=0;QD=5.83;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:30:266,30,0 chrXII 1021464 . G A 263 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.19;MQ0=0;QD=6.58;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:33:296,33,0 chrXII 1021471 . T C 318 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=53;Dels=0.00;FS=3.080;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=6.00;ReadPosRankSum=2.310;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:39:351,39,0 chrXII 1021493 . A G 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=9.79;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:60:542,60,0 chrXII 1021577 . C T 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=20.16;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1646,180,0 chrXII 1021580 . C T 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=18.85;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1635,180,0 chrXII 1021739 . A G 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=21.52;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1776,192,0 chrXII 1021755 . A G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=92;Dels=0.00;FS=7.062;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.965;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:796,0,669 chrXII 1021808 . T G 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1722,189,0 chrXII 1022290 . A G 1815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=92;Dels=0.00;FS=2.589;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=19.73;ReadPosRankSum=2.856;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:92:99:1848,207,0 chrXII 1022329 . G A 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=17.07;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2047,228,0 chrXII 1022511 . C T 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.78;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1405,144,0 chrXII 1022570 . T G 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=19.17;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1298,141,0 chrXII 1022895 . T C 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1227,132,0 chrXII 1022933 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=24.05;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1476,156,0 chrXII 1023101 . T C 1538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=23.30;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1571,174,0 chrXII 1023320 . G A 1958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=101;Dels=0.00;FS=3.768;HaplotypeScore=11.1301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.39;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1991,189,0 chrXII 1023413 . C T 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=23.60;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1638,168,0 chrXII 1023823 . C A 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=22.84;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1472,153,0 chrXII 1024016 . T C 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=19.83;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1302,144,0 chrXII 1024017 . C T 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.31;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1333,144,0 chrXII 1024168 . G C 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.22;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:90:818,90,0 chrXII 1024253 . G A 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=20.07;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:836,87,0 chrXII 1024265 . T C 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=18.59;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:795,90,0 chrXII 1024303 . T G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.109;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.336;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:355,0,306 chrXII 1024509 . C A 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.578;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.999;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:105:99:844,0,1142 chrXII 1024747 . A G 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=1.328;QD=22.85;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1404,147,0 chrXII 1024893 . T C 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=15.44;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1423,159,0 chrXII 1025145 . A G 194.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=49;Dels=0.00;FS=3.055;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:224,0,323 chrXII 1025149 . G T 702 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=14.33;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:78:735,78,0 chrXII 1025152 . C T 694 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.81;MQ0=0;QD=13.88;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:78:727,78,0 chrXII 1025223 . G A 363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;QD=10.37;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:45:396,45,0 chrXII 1025420 . G A 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=20.24;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1126,117,0 chrXII 1025584 . A G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;DP=57;Dels=0.00;FS=2.576;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:57:99:390,0,611 chrXII 1025702 . C T 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=21.05;ReadPosRankSum=0.945;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:959,102,0 chrXII 1025733 . C G 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=17.11;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:90:803,90,0 chrXII 1025753 . T C 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=49;Dels=0.00;FS=5.639;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=1.731;QD=17.22;ReadPosRankSum=2.690;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:96:877,96,0 chrXII 1025801 . T C 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=20.00;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1333,150,0 chrXII 1026008 . C A 1985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.45;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2018,207,0 chrXII 1026103 . G T 2096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=23.82;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2129,225,0 chrXII 1026205 . A G 2464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=107;Dels=0.00;FS=2.995;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=23.03;ReadPosRankSum=2.357;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:107:99:2497,267,0 chrXII 1026208 . G C 2238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=21.52;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2271,258,0 chrXII 1026243 . C T 1588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=21.17;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1621,171,0 chrXII 1026338 . C T 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=17.23;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1463,153,0 chrXII 1026523 . C T 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.88;MQ0=0;QD=13.91;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:75:687,75,0 chrXII 1026527 . A T 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=17.18;ReadPosRankSum=1.529;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:66:617,66,0 chrXII 1026581 . T C 133.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=9.51;SB=-2.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:14:18:166,18,0 chrXII 1026781 . G C 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=24.17;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1459,159,0 chrXII 1026865 . G A 1893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=23.37;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1926,198,0 chrXII 1026880 . G A 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=16.03;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:1428,165,0 chrXII 1026889 . T C 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=17.85;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1479,159,0 chrXII 1027067 . C T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=63;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:600,0,483 chrXII 1027477 . C T 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=16.82;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1059,114,0 chrXII 1027483 . A G 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=16.95;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:982,108,0 chrXII 1027555 . A G 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=14.70;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1224,132,0 chrXII 1027573 . T C 1757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=19.52;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1790,195,0 chrXII 1027615 . C T 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DP=117;Dels=0.00;FS=4.858;HaplotypeScore=10.9441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:117:99:961,0,784 chrXII 1027717 . G A 2254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=23.00;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2287,240,0 chrXII 1028133 . G A 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=19.59;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1561,162,0 chrXII 1028139 . G A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=82;Dels=0.00;FS=7.985;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.472;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:730,0,575 chrXII 1028155 . G T 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=18.61;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1652,171,0 chrXII 1028305 . T C 3200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=22.70;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3233,351,0 chrXII 1028480 . C T 1745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=22.37;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1778,201,0 chrXII 1028573 . C G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.196;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:53:99:321,0,287 chrXII 1028684 . T C 1922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=4.002;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:1955,216,0 chrXII 1028958 . C T 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=21.42;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1575,177,0 chrXII 1028974 . C G 90.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=74.9285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=1.09;SB=-2.476e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:83:15:123,15,0 chrXII 1029028 . A T 2834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=152;Dels=0.00;FS=3.314;HaplotypeScore=6.5277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=18.64;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.714e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:152:99:2867,312,0 chrXII 1029053 . C T 3785.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=23.51;ReadPosRankSum=1.711;SB=-1.694e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,160:161:99:3785,402,0 chrXII 1030002 . A T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=92;Dels=0.00;FS=6.868;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:826,0,920 chrXII 1030090 . C T 2273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=25.83;SB=-1.125e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2306,237,0 chrXII 1030200 . T G 2264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=124;Dels=0.00;FS=9.259;HaplotypeScore=10.3998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=18.26;ReadPosRankSum=2.389;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,119:124:99:2297,249,0 chrXII 1030239 . G A 3343.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.810e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:147:99:3343,357,0 chrXII 1030355 . A T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=76;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=3.3890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:475,0,1078 chrXII 1030577 . T C 2810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.63;MQ0=0;QD=18.99;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:2843,300,0 chrXII 1030580 . G A 2746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.68;MQ0=0;QD=18.94;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:2779,294,0 chrXII 1030604 . T G 1733 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.673;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.673;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:1766,175,0 chrXII 1030608 . C T 1596 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.58;MQ0=0;QD=14.38;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:1629,171,0 chrXII 1030614 . A G 1517 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.70;MQ0=0;QD=13.92;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1550,165,0 chrXII 1030635 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.749;DP=92;Dels=0.00;FS=3.951;HaplotypeScore=7.1594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.297;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:514,0,467 chrXII 1030832 . C A 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.250;DP=101;Dels=0.00;FS=0.807;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:101:99:889,0,1008 chrXII 1031026 . G C 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=64;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.228;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:531,0,606 chrXII 1031337 . C T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.343;DP=31;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=3.4680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:271,0,255 chrXII 1031430 . G A 68.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;DP=51;Dels=0.00;FS=6.570;HaplotypeScore=33.4577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.340;QD=1.33;ReadPosRankSum=-4.316;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:51:98:98,0,490 chrXII 1031518 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;DP=35;Dels=0.00;FS=13.882;HaplotypeScore=3.2158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.413;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:270,0,317 chrXII 1031571 . G A 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.83;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1037,111,0 chrXII 1031689 . C T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:787,0,480 chrXII 1032016 . C T 1215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.062;DP=126;Dels=0.00;FS=2.250;HaplotypeScore=7.2716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,79:126:99:1245,0,576 chrXII 1032050 . A C 1482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;DP=145;Dels=0.00;FS=0.699;HaplotypeScore=7.5035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=10.22;ReadPosRankSum=3.154;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,89:145:99:1512,0,762 chrXII 1032238 . G A 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=98;Dels=0.00;FS=2.202;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.522;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:928,0,922 chrXII 1032495 . G A 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;DP=113;Dels=0.00;FS=5.063;HaplotypeScore=6.5876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.055;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:890,0,1024 chrXII 1032695 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.723;DP=39;Dels=0.00;FS=16.048;HaplotypeScore=1.9650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.941;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:330,0,311 chrXII 1032697 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;DP=39;Dels=0.00;FS=12.329;HaplotypeScore=2.6989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.585;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:39:99:263,0,328 chrXII 1032807 . A G 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=14.91;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1047,114,0 chrXII 1032821 . A C 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=16.33;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1209,135,0 chrXII 1032857 . C T 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=15.87;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1430,153,0 chrXII 1032869 . T C 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=16.26;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1334,147,0 chrXII 1033361 . G C 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=76;Dels=0.00;FS=3.117;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.052;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:821,0,585 chrXII 1033418 . T C 1410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=19.86;ReadPosRankSum=1.537;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1443,165,0 chrXII 1033464 . A C 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;DP=91;Dels=0.00;FS=1.718;HaplotypeScore=6.7782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:686,0,866 chrXII 1033763 . C T 1910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.47;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1943,201,0 chrXII 1033895 . C T 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.72;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1670,180,0 chrXII 1033917 . A G 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=23.82;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1796,195,0 chrXII 1034027 . G A 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.97;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1944,204,0 chrXII 1034073 . G A 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.14;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1826,201,0 chrXII 1034264 . G A 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=25.18;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1720,177,0 chrXII 1034877 . A G 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.96;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1018,111,0 chrXII 1036112 . T C 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.08;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:1972,213,0 chrXII 1036568 . G A 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=22.93;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1615,168,0 chrXII 1037268 . A T 2899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=24.16;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2932,315,0 chrXII 1037313 . A G 2308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.55;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2341,255,0 chrXII 1037554 . A G 2642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.59;SB=-1.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2675,285,0 chrXII 1037985 . T C 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.77;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2484,276,0 chrXII 1038326 . C T 2013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.37;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2046,213,0 chrXII 1038369 . G A 2053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=22.56;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2086,219,0 chrXII 1038631 . A G 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=23.74;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1932,213,0 chrXII 1038798 . A T 2901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=21.49;SB=-1.702e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2934,309,0 chrXII 1038948 . A G 2864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.292;DP=126;Dels=0.00;FS=11.667;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=22.73;ReadPosRankSum=2.351;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:126:99:2897,321,0 chrXII 1039009 . C G 3209.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=24.14;SB=-1.763e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3243,354,0 chrXII 1039064 . C T 2724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.64;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:132:99:2757,300,0 chrXII 1039156 . A G 2370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=17.82;SB=-1.475e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2403,264,0 chrXII 1039160 . T C 2426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=136;Dels=0.00;FS=10.394;HaplotypeScore=5.9189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=17.84;ReadPosRankSum=2.916;SB=-1.552e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,129:136:99:2459,264,0 chrXII 1039238 . G A 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=13.15;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:1414,156,0 chrXII 1039435 . T A 1992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.64;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2025,216,0 chrXII 1039504 . T C 2104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=21.25;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2137,231,0 chrXII 1040029 . A G 1575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=21.87;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1608,177,0 chrXII 1040062 . C T 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=22.63;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1255,129,0 chrXII 1040071 . A G 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=21.17;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1282,141,0 chrXII 1040171 . T C 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.79;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1515,162,0 chrXII 1040317 . C T 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=20.15;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1746,180,0 chrXII 1040343 . C T 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=20.11;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1340,144,0 chrXII 1040530 . C T 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=20.60;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1413,153,0 chrXII 1040616 . C T 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=23.13;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1444,153,0 chrXII 1040785 . G A 2013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.87;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:2046,213,0 chrXII 1040981 . A G 3431.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=145;Dels=0.00;FS=7.812;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=23.66;ReadPosRankSum=1.684;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,144:145:99:3431,366,0 chrXII 1041619 . A T 1957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=19.00;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1990,210,0 chrXII 1041713 . A G 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DP=85;Dels=0.00;FS=12.522;HaplotypeScore=10.9643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=22.72;ReadPosRankSum=3.539;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:1964,210,0 chrXII 1041774 . A G 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.57;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1737,192,0 chrXII 1041901 . G A 1705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.54;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1738,192,0 chrXII 1042079 . C T 2008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.35;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2041,213,0 chrXII 1042132 . A G 2359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2392,255,0 chrXII 1042339 . A C 3049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.75;SB=-1.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:134:99:3082,339,0 chrXII 1042381 . T C 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=20.02;SB=-1.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1995,216,0 chrXII 1042494 . A G 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.701;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:1899,201,0 chrXII 1042759 . T C 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=21.02;ReadPosRankSum=1.690;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1757,198,0 chrXII 1043086 . T A 2414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=3.226;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=23.44;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2447,261,0 chrXII 1043638 . T C 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=23.72;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1788,198,0 chrXII 1043699 . G A 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=18.96;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1095,129,0 chrXII 1043701 . C T 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=20.44;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1137,120,0 chrXII 1043965 . C T 2078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=22.34;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2111,216,0 chrXII 1044126 . A T 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=24.72;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2085,216,0 chrXII 1044567 . A C 2127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=20.85;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:102:99:2160,240,0 chrXII 1044768 . G A 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.24;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1551,162,0 chrXII 1045358 . G A 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.68;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1785,186,0 chrXII 1046184 . G A 1628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.30;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1661,171,0 chrXII 1046304 . C T 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=20.41;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1482,159,0 chrXII 1046803 . G A 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.10;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1792,189,0 chrXII 1046930 . A C 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=19.56;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1441,165,0 chrXII 1047100 . G A 1955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=21.72;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1988,210,0 chrXII 1047210 . A T 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1160,120,0 chrXII 1047367 . C T 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.76;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2237,237,0 chrXII 1047470 . A G 2102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.60;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2135,228,0 chrXII 1047516 . C T 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.58;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1457,147,0 chrXII 1047572 . A G 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.37;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1398,150,0 chrXII 1048002 . C T 2001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=22.48;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2034,213,0 chrXII 1048338 . T C 2352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=24.00;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2385,267,0 chrXII 1048356 . C G 2371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=23.02;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2404,267,0 chrXII 1048617 . T C 2679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=23.50;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:114:99:2712,294,0 chrXII 1048761 . C A 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.58;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1618,171,0 chrXII 1048831 . G A 1974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=21.00;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2007,222,0 chrXII 1049830 . G A 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.86;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1679,177,0 chrXII 1050157 . A G 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=19.75;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1396,153,0 chrXII 1051260 . G T 2808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.83;SB=-1.379e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2841,303,0 chrXII 1051424 . A T 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=98;Dels=0.00;FS=3.048;HaplotypeScore=6.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=22.43;ReadPosRankSum=2.400;SB=-1.337e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:2231,231,0 chrXII 1052153 . G C 2981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=23.85;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:3014,330,0 chrXII 1052276 . T A 4552.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=185;Dels=0.00;FS=4.476;HaplotypeScore=7.0725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=24.61;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-1.795e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,184:185:99:4552,462,0 chrXII 1052454 . T A 3358.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=22.69;SB=-1.337e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3358,357,0 chrXII 1052563 . T C 2320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2353,264,0 chrXII 1052610 . G C 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.26;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1970,219,0 chrXII 1052950 . C T 1799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=20.92;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:86:99:1832,186,0 chrXII 1053107 . G C 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.545;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:40:75:668,75,0 chrXII 1053367 . A G 663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=19.50;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:696,75,0 chrXII 1053429 . A G 1141 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=25.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1174,123,0 chrXII 1053517 . T A 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=16.69;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:634,72,0 chrXII 1054279 . C T 2412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=25.94;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2445,252,0 chrXII 1054922 . T C 2685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.093;QD=26.07;ReadPosRankSum=1.665;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2718,297,0 chrXII 1055114 . T A 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=18.36;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:93:859,93,0 chrXII 1055129 . T C 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=18.81;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:842,96,0 chrXII 1055250 . G A 1757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=18.11;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:97:99:1790,198,0 chrXII 1055417 . T C 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=22.30;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1237,135,0 chrXII 1055554 . T C 965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=16.93;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:998,108,0 chrXII 1055655 . A T 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.869;DP=123;Dels=0.00;FS=9.163;HaplotypeScore=6.6633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:123:99:1107,0,1134 chrXII 1055717 . T C 2225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=24.45;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2258,246,0 chrXII 1055730 . C T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=96;Dels=0.00;FS=18.371;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=8.29;ReadPosRankSum=-2.555;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:826,0,776 chrXII 1055785 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:85:99:718,0,811 chrXII 1055950 . T G 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.780;DP=103;Dels=0.00;FS=8.222;HaplotypeScore=4.8563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.767;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:706,0,1314 chrXII 1056105 . G C 2433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:118:99:2466,273,0 chrXII 1056262 . T C 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=96;Dels=0.00;FS=5.220;HaplotypeScore=13.7226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:96:99:862,0,804 chrXII 1056565 . G A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=93;Dels=0.00;FS=1.739;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:93:99:836,0,626 chrXII 1056569 . G C 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=20.86;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1931,210,0 chrXII 1056661 . C T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.308;DP=73;Dels=0.00;FS=4.811;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=8.34;ReadPosRankSum=2.352;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:639,0,476 chrXII 1056760 . G C 1553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=142;Dels=0.00;FS=4.146;HaplotypeScore=11.0219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,88:142:99:1583,0,767 chrXII 1056900 . G A 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=108;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=3.0716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.264;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:1077,0,1080 chrXII 1057013 . C T 3353.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=20.32;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:3353,378,0 chrXII 1057047 . G T 1974.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=192;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=2.178;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.924;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,99:191:99:2004,0,1662 chrXII 1057084 . T G 1389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;DP=168;Dels=0.00;FS=0.624;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,81:168:99:1419,0,1371 chrXII 1057194 . A T 1722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;DP=171;Dels=0.00;FS=1.285;HaplotypeScore=14.9927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.854;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,86:171:99:1752,0,1596 chrXII 1057223 . C T 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.942;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,66:143:99:971,0,1467 chrXII 1057696 . C T 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.484;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:841,0,642 chrXII 1057759 . T C 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.47;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1671,180,0 chrXII 1057870 . G A 3600.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.78;SB=-2.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:158:99:3600,381,0 chrXII 1057933 . T C 1299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=169;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=14.3367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,74:169:99:1329,0,1541 chrXII 1058607 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:678,0,616 chrXII 1058829 . G T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=79;Dels=0.00;FS=4.512;HaplotypeScore=6.5028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:599,0,666 chrXII 1058899 . A G 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=20.50;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1386,150,0 chrXII 1059052 . T C 928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=57;Dels=0.00;FS=6.767;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=16.28;ReadPosRankSum=1.672;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:961,105,0 chrXII 1059054 . G A 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=17.31;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1054,111,0 chrXII 1059176 . C A 336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.58;MQ0=0;QD=4.15;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:39:369,39,0 chrXII 1059203 . G T 364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.97;MQ0=0;QD=3.50;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:104:42:397,42,0 chrXII 1059236 . T C 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DP=77;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.196;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:139,0,236 chrXII 1059360 . A G 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=37;Dels=0.00;FS=1.926;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.44;MQ0=2;MQRankSum=-0.248;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.738;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:104,0,115 chrXII 1059412 . C T 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.71;MQ0=0;QD=0.62;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:6:54,6,0 chrXII 1061159 . A G 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.27;MQ0=0;QD=4.76;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:55,6,0 chrXII 1061174 . T G 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.86;MQ0=0;QD=6.44;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:57,6,0 chrXII 1061193 . A C 26.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.01;MQ0=2;QD=5.35;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,3:5:6:58,6,0 chrXII 1061521 . A T 14.23 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.80;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.096e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:16:44,0,16 chrXII 1061526 . A G 16.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.80;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.069e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:19:46,0,19 chrXII 1062552 . C A 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=3.01;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:43,6,0 chrXII 1062573 . T C 14.91 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.41;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.736;SB=-2.926e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:46,6,0 chrXII 1062574 . T A 14.91 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.41;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.736;SB=-3.226e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:46,6,0 chrXII 1062575 . C T 14.91 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.41;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-2.626e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:6:46,6,0 chrXII 1062655 . C T 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=16;Dels=0.00;FS=2.447;HaplotypeScore=5.5395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.58;MQ0=1;MQRankSum=1.893;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.196;SB=-1.898e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:59:67,0,59 chrXII 1062658 . C A 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DP=16;Dels=0.00;FS=2.447;HaplotypeScore=2.7657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.58;MQ0=1;MQRankSum=2.154;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.898e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:61:67,0,61 chrXII 1062802 . A G 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.00;MQ0=2;MQRankSum=0.888;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.283;SB=0.769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:6:52,6,0 chrXII 1062804 . T A 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.00;MQ0=2;QD=1.65;SB=-1.766e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:6:56,6,0 chrXII 1062809 . A G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.81;MQ0=2;QD=1.28;SB=-1.772e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:6:53,6,0 chrXII 1062815 . T C 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.50;MQ0=2;MQRankSum=1.085;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.519;SB=-1.773e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:6:56,6,0 chrXII 1062832 . G A 66.02 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=37;Dels=0.00;FS=26.840;HaplotypeScore=5.5805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.58;MQ0=2;MQRankSum=1.680;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.094;SB=-8.263e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,26:37:22:96,0,22 chrXII 1062835 . T C 44.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;DP=37;Dels=0.00;FS=39.008;HaplotypeScore=5.4533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.58;MQ0=2;MQRankSum=1.468;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.002e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,28:37:44:74,0,44 chrXII 1062841 . G A 64.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;DP=48;Dels=0.00;FS=62.438;HaplotypeScore=5.4533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.96;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-7.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,42:48:41:94,0,41 chrXII 1062869 . C T 64.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DP=107;Dels=0.00;FS=6.405;HaplotypeScore=72.9033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.89;MQ0=1;MQRankSum=4.347;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.249;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,12:107:94:94,0,186 chrXII 1062872 . T C 123.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.544;DP=109;Dels=0.00;FS=56.466;HaplotypeScore=81.7823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.12;MQ0=1;MQRankSum=-3.589;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,83:109:99:153,0,198 chrXII 1062874 . T C 121.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DP=109;Dels=0.03;FS=63.451;HaplotypeScore=89.8291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.12;MQ0=1;MQRankSum=-3.652;QD=1.11;ReadPosRankSum=-2.501;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,85:106:99:151,0,199 chrXII 1062942 . C T 1032 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;DP=136;Dels=0.00;FS=13.425;HaplotypeScore=8.8443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.26;MQ0=5;MQRankSum=1.316;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,131:136:85:1065,85,0 chrXII 1062988 . A C 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.48;MQ0=2;QD=10.71;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:1083,120,0 chrXII 1063423 . A G 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DP=39;Dels=0.00;FS=10.655;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.84;MQ0=1;MQRankSum=-2.214;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.173;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:41:41,0,433 chrXII 1063449 . C T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.630;DP=35;Dels=0.00;FS=18.800;HaplotypeScore=5.5345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.29;MQ0=1;MQRankSum=-1.522;QD=1.29;ReadPosRankSum=2.147;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:75:75,0,361 chrXII 1063479 . T C 41.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=40;Dels=0.00;FS=59.837;HaplotypeScore=8.5304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.783;SB=-6.485e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,9:40:71:71,0,547 chrXII 1063482 . T C 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=41;Dels=0.00;FS=62.021;HaplotypeScore=7.7417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.559;SB=-6.508e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:41:42:42,0,636 chrXII 1063488 . A G 17.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DP=41;Dels=0.00;FS=54.719;HaplotypeScore=8.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.698;SB=-6.515e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:41:47:47,0,619 chrXII 1063491 . G A 19.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=40;Dels=0.00;FS=56.685;HaplotypeScore=39.3171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.152;SB=-6.514e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:40:49:49,0,638 chrXII 1063572 . T C 1138 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=69;Dels=0.00;FS=10.047;HaplotypeScore=4.4377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.40;MQ0=6;MQRankSum=3.089;QD=16.49;ReadPosRankSum=2.835;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1171,132,0 chrXII 1063576 . C A 885.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.458;DP=72;Dels=0.00;FS=49.786;HaplotypeScore=12.0535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.89;MQ0=8;MQRankSum=2.282;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.665;SB=-8.803e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,52:72:21:915,0,21 chrXII 1063659 . A T 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=52;Dels=0.00;FS=21.065;HaplotypeScore=20.8598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.72;MQ0=27;MQRankSum=0.454;QD=0.98;ReadPosRankSum=2.149;SB=-6.518e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,7:52:81:81,0,143 chrXII 1063660 . G A 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;DP=52;Dels=0.00;FS=6.383;HaplotypeScore=14.4259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.21;MQ0=27;MQRankSum=1.213;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.460;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,3:52:57:57,0,166 chrXII 1063684 . T C 62.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=48;Dels=0.00;FS=42.839;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.29;MQ0=24;MQRankSum=0.445;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-2.751e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,7:48:39:92,0,39 chrXII 1063703 . A G 50.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.55;MQ0=29;MQRankSum=3.567;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-2.798e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,18:53:9:83,9,0 chrXII 1063705 . C T 70.07 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=53;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=4.9929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.55;MQ0=29;MQRankSum=1.968;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.835;SB=0.563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,15:53:15:100,0,15 chrXII 1063718 . A G 113.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=64;Dels=0.00;FS=11.461;HaplotypeScore=12.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.14;MQ0=28;MQRankSum=2.984;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.113;SB=-2.998e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:29:143,0,29 chrXII 1063730 . T C 90.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;DP=64;Dels=0.00;FS=13.293;HaplotypeScore=12.8627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.08;MQ0=27;MQRankSum=1.300;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.579;SB=-7.607e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:33:120,0,33 chrXII 1063736 . T G 121.13 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.91;MQ0=27;MQRankSum=2.805;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.916;SB=-7.714e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,33:63:18:154,18,0 chrXII 1063737 . G T 136.13 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.07;MQ0=26;MQRankSum=2.805;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.087;SB=-8.014e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,33:62:18:169,18,0 chrXII 1063779 . C T 170.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=60;Dels=0.00;FS=6.892;HaplotypeScore=7.4081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.43;MQ0=15;MQRankSum=1.024;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.496;SB=-2.201e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,43:60:21:203,21,0 chrXII 1063785 . C T 188.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.82;MQ0=13;QD=3.24;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,45:58:24:221,24,0 chrXII 1063800 . A G 162.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.65;MQ0=10;QD=3.00;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,44:54:24:195,24,0 chrXII 1063802 . G A 120.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=54;Dels=0.00;FS=106.603;HaplotypeScore=4.9326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.65;MQ0=10;MQRankSum=0.352;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-4.137e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,21:54:1:149,1,0 chrXII 1063843 . G A 648 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=78;Dels=0.00;FS=34.641;HaplotypeScore=2.5929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.14;MQ0=18;MQRankSum=0.642;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.257;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,58:78:75:681,75,0 chrXII 1063872 . C T 588 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.26;MQ0=24;MQRankSum=1.412;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.898;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,57:78:72:621,72,0 chrXII 1063884 . C A 584 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DP=74;Dels=0.00;FS=12.218;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.67;MQ0=24;MQRankSum=1.471;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,50:74:69:617,69,0 chrXII 1063888 . T A 627 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=76;Dels=0.00;FS=12.218;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.41;MQ0=26;MQRankSum=1.634;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,50:76:72:660,72,0 chrXII 1063902 . G A 449 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.144;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.51;MQ0=31;MQRankSum=2.190;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,43:69:54:482,54,0 chrXII 1063969 . C T 80.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=53;Dels=0.00;FS=6.421;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.38;MQ0=39;MQRankSum=1.620;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-2.855e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,35:53:12:113,12,0 chrXII 1064046 . A T 1045.02 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=104;Dels=0.00;FS=15.385;HaplotypeScore=24.2776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.66;MQ0=26;MQRankSum=-0.647;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,83:104:26:1078,26,0 chrXII 1064056 . G A 88.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=119;Dels=0.00;FS=5.778;HaplotypeScore=10.2121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.20;MQ0=23;MQRankSum=0.300;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.578;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,30:119:99:118,0,1174 chrXII 1064078 . T G 1734 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.51;MQ0=12;QD=16.51;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1767,198,0 chrXII 1064102 . C G 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=90;Dels=0.00;FS=3.059;HaplotypeScore=3.7714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.34;MQ0=3;MQRankSum=0.358;QD=19.14;ReadPosRankSum=-1.705;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:90:99:1756,156,0 chrXII 1064153 . G T 117.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=23;Dels=0.00;FS=26.107;HaplotypeScore=15.2381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.03;MQ0=4;MQRankSum=-0.986;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-6.881e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:80:147,0,80 chrXII 1064182 . C T 39.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.42;MQ0=5;QD=3.07;SB=-4.347e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:9:72,9,0 chrXII 1064183 . A G 36.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.42;MQ0=5;QD=2.84;SB=-4.347e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:9:69,9,0 chrXII 1064255 . C T 28.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.62;MQ0=0;QD=1.92;SB=-1.770e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:6:60,6,0 chrXII 1064257 . T C 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.06;MQ0=0;MQRankSum=1.659;QD=1.43;ReadPosRankSum=2.606;SB=-1.770e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:6:57,6,0 chrXII 1064262 . G A 71.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.16;MQ0=0;QD=3.76;SB=-5.221e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:12:104,12,0 chrXII 1064276 . C T 460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.48;MQ0=0;QD=9.02;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:54:493,54,0 chrXII 1064292 . T A,G 368.20 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.680;DP=67;Dels=0.00;FS=12.308;HaplotypeScore=6.0585;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=23.15;MQ0=2;MQRankSum=1.096;QD=5.50;ReadPosRankSum=3.680;SB=-1.442e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:5,37,25:67:32:427,350,341,77,0,32 chrXII 1064309 . A G 239.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.656;DP=146;Dels=0.00;FS=20.379;HaplotypeScore=68.5646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.34;MQ0=6;MQRankSum=-2.078;QD=1.64;ReadPosRankSum=6.812;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,25:146:99:269,0,648 chrXII 1064310 . A G 63.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DP=148;Dels=0.00;FS=64.591;HaplotypeScore=69.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.75;MQ0=6;MQRankSum=-3.804;QD=0.43;ReadPosRankSum=-4.618;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,37:148:93:93,0,821 chrXII 1064339 . A G 818.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=210;Dels=0.00;FS=24.021;HaplotypeScore=46.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.34;MQ0=13;MQRankSum=5.238;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.015;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,81:210:99:848,0,1075 chrXII 1064345 . G A 633.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DP=214;Dels=0.00;FS=45.591;HaplotypeScore=77.6715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.43;MQ0=13;MQRankSum=-2.523;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,74:214:99:663,0,1182 chrXII 1064354 . G A 547.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DP=222;Dels=0.00;FS=127.216;HaplotypeScore=133.2798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.37;MQ0=13;MQRankSum=3.202;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.756;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,78:222:99:577,0,1396 chrXII 1064363 . G A 474.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.145;DP=210;Dels=0.00;FS=17.597;HaplotypeScore=93.6836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.76;MQ0=13;MQRankSum=-2.121;QD=2.26;ReadPosRankSum=3.422;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,77:210:99:504,0,1395 chrXII 1064373 . A G 290.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=192;Dels=0.00;FS=7.048;HaplotypeScore=40.6734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.99;MQ0=11;MQRankSum=-1.541;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.829;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,43:192:99:320,0,1401 chrXII 1064375 . T A 2229 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.02;MQ0=10;QD=11.79;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,189:189:99:2262,275,0 chrXII 1064401 . C T 624.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=108;Dels=0.00;FS=7.691;HaplotypeScore=45.2817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.94;MQ0=6;MQRankSum=-0.908;QD=5.78;ReadPosRankSum=5.183;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,76:108:99:654,0,321 chrXII 1064408 . A C,G 621.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=70;Dels=0.00;FS=12.085;HaplotypeScore=11.9763;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=20.13;MQ0=3;MQRankSum=-2.198;QD=8.87;ReadPosRankSum=2.804;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,18,48:70:99:681,485,455,196,0,130 chrXII 1064409 . A G 698 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.1287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.72;MQ0=2;QD=10.74;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:90:731,90,0 chrXII 1064427 . G A 105.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=33;Dels=0.00;FS=30.329;HaplotypeScore=5.5017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.648;QD=3.18;ReadPosRankSum=3.944;SB=-6.515e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:89:135,0,89 chrXII 1064432 . T G 197 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.01;MQ0=0;QD=9.38;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30:230,30,0 chrXII 1064435 . T A 69.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.47;MQ0=0;QD=2.57;SB=-5.826e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:12:102,12,0 chrXII 1064481 . G T 305.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=32;Dels=0.00;FS=19.521;HaplotypeScore=4.4519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.03;MQ0=7;MQRankSum=2.359;QD=9.53;ReadPosRankSum=3.932;SB=-8.286e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:21:335,0,21 chrXII 1064493 . A C 487.02 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.96;MQ0=7;MQRankSum=1.761;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.546;SB=-3.009e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,37:41:26:520,26,0 chrXII 1064514 . A G 771 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.03;MQ0=7;QD=12.64;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:84:804,84,0 chrXII 1064554 . A G 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=105;Dels=0.00;FS=5.345;HaplotypeScore=24.0678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.57;MQ0=6;MQRankSum=-1.564;QD=0.70;ReadPosRankSum=-2.202;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,21:105:99:103,0,1160 chrXII 1064563 . G A 86.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=103;Dels=0.05;FS=24.256;HaplotypeScore=80.9946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.74;MQ0=6;MQRankSum=-1.842;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.167;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,22:98:99:116,0,1160 chrXII 1064565 . C T 85.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.026;DP=103;Dels=0.05;FS=22.399;HaplotypeScore=86.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.90;MQ0=5;MQRankSum=-2.053;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,22:98:99:115,0,1144 chrXII 1064621 . G C 759.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DP=105;Dels=0.00;FS=3.731;HaplotypeScore=48.8406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.90;MQ0=7;MQRankSum=2.003;QD=7.23;ReadPosRankSum=3.210;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,61:105:99:789,0,239 chrXII 1064629 . G A 540.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.53;MQ0=7;MQRankSum=4.134;QD=4.78;ReadPosRankSum=2.419;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,47:113:99:570,0,512 chrXII 1064643 . T C 1354 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=107;Dels=0.00;FS=13.483;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.07;MQ0=5;MQRankSum=-0.905;QD=12.65;ReadPosRankSum=2.305;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:1387,165,0 chrXII 1064687 . G A 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=99;Dels=0.00;FS=5.731;HaplotypeScore=24.2337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.20;MQ0=2;MQRankSum=-0.918;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:149,0,675 chrXII 1064693 . A T 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=95;Dels=0.00;FS=6.063;HaplotypeScore=77.6010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.34;MQ0=2;MQRankSum=-0.716;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.796;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,36:95:99:141,0,697 chrXII 1064738 . G A 421 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.11;MQ0=6;QD=7.39;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:54:454,54,0 chrXII 1064749 . T C 115.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DP=41;Dels=0.00;FS=1.640;HaplotypeScore=8.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.34;MQ0=6;MQRankSum=2.683;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.155;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:99:145,0,100 chrXII 1064788 . G A 12.30 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=16;Dels=0.00;FS=16.154;HaplotypeScore=5.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.90;MQ0=5;MQRankSum=0.978;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.976e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:19:42,0,19 chrXII 1064832 . G A 68.06 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=12;Dels=0.00;FS=8.195;HaplotypeScore=2.8702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.529;SB=-6.071e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:16:98,0,16 chrXII 1064835 . G A 115.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=10.48;SB=-5.020e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:15:148,15,0 chrXII 1064837 . C T 108.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.12;MQ0=0;QD=9.84;SB=-2.726e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:141,15,0 chrXII 1064841 . G A 92.11 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=12;Dels=0.00;FS=10.414;HaplotypeScore=1.9628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.097e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:13:122,0,13 chrXII 1064853 . T C 109.22 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=16;Dels=0.00;FS=16.580;HaplotypeScore=4.9386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.46;MQ0=1;MQRankSum=-0.551;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.286;SB=-2.075e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:10:139,0,10 chrXII 1064874 . G C 114.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=15;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.67;MQ0=1;MQRankSum=-0.071;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.354;SB=-4.058e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:7:144,0,7 chrXII 1064889 . G A 153.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.50;MQ0=1;MQRankSum=-1.283;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.604e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:14:21:186,21,0 chrXII 1064897 . G T 173.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.448;SB=-2.603e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:24:206,24,0 chrXII 1064899 . A C 106.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=12;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=8.8037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.600;SB=-1.186e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:26:136,0,26 chrXII 1064900 . G A 111.02 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=12;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=6.8174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.37;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.536;SB=-1.507e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:24:141,0,24 chrXII 1064901 . T C 105.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=13;Dels=0.00;FS=8.921;HaplotypeScore=6.8174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.35;MQ0=0;MQRankSum=1.855;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.256;SB=0.014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:25:135,0,25 chrXII 1064904 . A G 110.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=13;Dels=0.00;FS=8.921;HaplotypeScore=4.8844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.35;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.188e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:26:140,0,26 chrXII 1064908 . G A 178.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.35;MQ0=0;QD=13.69;SB=-2.804e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:211,24,0 chrXII 1064917 . A G 122.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.24;MQ0=0;QD=10.18;SB=-2.607e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:18:155,18,0 chrXII 1064932 . A G 73.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.22;MQ0=1;MQRankSum=-0.295;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.120;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:67:103,0,67 chrXII 1064936 . G A 15.14 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=21;Dels=0.00;FS=4.337;HaplotypeScore=8.4126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.30;MQ0=1;MQRankSum=-0.992;QD=0.72;ReadPosRankSum=2.504;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:21:45:45,0,165 chrXII 1064938 . A G 10.42 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;DP=21;Dels=0.00;FS=4.337;HaplotypeScore=17.0014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.30;MQ0=1;MQRankSum=-0.614;QD=0.50;ReadPosRankSum=2.315;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:21:40:40,0,174 chrXII 1064941 . A G 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=21;Dels=0.00;FS=4.337;HaplotypeScore=16.0683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.30;MQ0=1;MQRankSum=-0.425;QD=0.58;ReadPosRankSum=2.032;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:21:42:42,0,179 chrXII 1064959 . G A 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.44;MQ0=1;MQRankSum=-0.190;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.843;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:128,0,170 chrXII 1064966 . G C 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;DP=26;Dels=0.00;FS=2.782;HaplotypeScore=6.4202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.44;MQ0=1;MQRankSum=0.903;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:62:62,0,196 chrXII 1064984 . G A 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=32;Dels=0.00;FS=3.681;HaplotypeScore=10.4359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.15;MQ0=1;MQRankSum=0.317;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:76:76,0,300 chrXII 1065009 . G A 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=35;Dels=0.00;FS=1.661;HaplotypeScore=16.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.44;MQ0=1;MQRankSum=-0.305;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:35:52:52,0,279 chrXII 1065127 . G T 112.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=24;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=29.2063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.93;MQ0=2;MQRankSum=-0.249;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:57:142,0,57 chrXII 1065450 . C T 93.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.70;MQ0=15;MQRankSum=3.170;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.831;SB=-6.350e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:59:123,0,59 chrXII 1065492 . A T 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.06;MQ0=9;MQRankSum=1.036;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.635;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,7:32:50:50,0,172 chrXII 1065504 . T C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.81;MQ0=4;MQRankSum=-2.583;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.076;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:58:58,0,125 chrXII 1065525 . G T 50.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.25;MQ0=0;QD=10.19;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9:83,9,0 chrXII 1071612 . T A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=31;Dels=0.00;FS=10.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.99;MQ0=26;MQRankSum=1.231;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.231;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,3:31:6:57,6,0 chrXII 1071613 . A G 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=31;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.99;MQ0=26;MQRankSum=0.731;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.731;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,5:31:6:53,6,0 chrXII 1071639 . G A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.39;MQ0=4;QD=3.22;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:57,6,0 chrXIII 83 . C T 163.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.50;MQ0=20;QD=6.04;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:27:21:196,21,0 chrXIII 84 . T A 115.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.20;MQ0=21;QD=4.11;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,17:28:18:148,18,0 chrXIII 8362 . C T 124.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.18;MQ0=10;MQRankSum=-0.532;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.684;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:154,0,242 chrXIII 8415 . T G 67.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.978;DP=63;Dels=0.00;FS=45.395;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.99;MQ0=2;MQRankSum=-5.409;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:63:97:97,0,896 chrXIII 8429 . C G 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.988;DP=62;Dels=0.00;FS=45.507;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.45;MQ0=1;MQRankSum=-5.262;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,20:62:46:46,0,882 chrXIII 8431 . G T 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=63;Dels=0.00;FS=49.256;HaplotypeScore=17.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.419;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:63:45:45,0,896 chrXIII 8537 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.825;DP=50;Dels=0.00;FS=4.847;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-4.026;QD=0.62;ReadPosRankSum=-2.491;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:50:61:61,0,768 chrXIII 8596 . A C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=49;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.004;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:343,0,528 chrXIII 8714 . C G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DP=84;Dels=0.00;FS=1.741;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.982;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:689,0,802 chrXIII 8815 . T C 1148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DP=107;Dels=0.00;FS=3.885;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=3.716;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.381;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:107:99:1178,0,901 chrXIII 8846 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DP=83;Dels=0.00;FS=15.038;HaplotypeScore=5.9663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.579;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.820;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:582,0,1017 chrXIII 8859 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DP=90;Dels=0.00;FS=17.474;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.419;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.111;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:90:99:395,0,1188 chrXIII 8872 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=84;Dels=0.00;FS=6.944;HaplotypeScore=34.2256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-5.205;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.240;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:84:99:422,0,1124 chrXIII 8939 . A G 597.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=124;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-7.760;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.583;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,50:124:99:627,0,1428 chrXIII 8946 . G A 535.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DP=122;Dels=0.00;FS=10.340;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-7.067;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.894;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,48:122:99:565,0,1349 chrXIII 8949 . A G 484.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DP=117;Dels=0.00;FS=6.127;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-6.862;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.017;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,45:117:99:514,0,1098 chrXIII 8968 . A T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;DP=117;Dels=0.00;FS=12.796;HaplotypeScore=5.5328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.389;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,49:117:99:640,0,1265 chrXIII 8973 . G T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.024;DP=107;Dels=0.00;FS=11.883;HaplotypeScore=3.8978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-5.127;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,45:107:99:634,0,1061 chrXIII 9141 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=94;Dels=0.00;FS=7.400;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.992;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:671,0,643 chrXIII 9191 . G A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.720;DP=101;Dels=0.00;FS=11.895;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.179;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.158;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:724,0,949 chrXIII 9200 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;DP=101;Dels=0.00;FS=18.891;HaplotypeScore=4.1814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.192;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.866;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:101:99:650,0,947 chrXIII 9360 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.270;DP=50;Dels=0.00;FS=20.053;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.187;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:488,0,443 chrXIII 9517 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;DP=57;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=8.8123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.260;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.538;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:251,0,381 chrXIII 9525 . A C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;DP=58;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=27.5134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.164;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.262;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:298,0,340 chrXIII 9601 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.746;DP=63;Dels=0.00;FS=3.439;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:617,0,593 chrXIII 9730 . T C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.280;DP=63;Dels=0.00;FS=1.257;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:727,0,493 chrXIII 9746 . C T 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=22.36;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1576,162,0 chrXIII 9755 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=66;Dels=0.00;FS=1.208;HaplotypeScore=2.5787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:610,0,576 chrXIII 9790 . T A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=68;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=5.5546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.589;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:383,0,702 chrXIII 9828 . T G 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;DP=58;Dels=0.00;FS=11.945;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.560;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:341,0,603 chrXIII 9829 . T C 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=19.66;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1173,126,0 chrXIII 9896 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.504;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:336,0,519 chrXIII 10239 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DP=56;Dels=0.00;FS=1.118;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.115;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:563,0,549 chrXIII 10479 . T C 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;DP=31;Dels=0.00;FS=3.325;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.628;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:143,0,260 chrXIII 10737 . C T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;DP=80;Dels=0.00;FS=3.438;HaplotypeScore=9.4355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:750,0,831 chrXIII 10868 . G A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=51;Dels=0.00;FS=1.460;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:447,0,553 chrXIII 10941 . T C 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=83;Dels=0.00;FS=5.800;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.128;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.472;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:856,0,599 chrXIII 11305 . A G 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=1.636;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1407,147,0 chrXIII 11318 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.306;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:367,0,602 chrXIII 11319 . T A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=63;Dels=0.00;FS=1.396;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.567;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:370,0,613 chrXIII 11831 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;DP=85;Dels=0.00;FS=11.055;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:766,0,814 chrXIII 11972 . C T 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.591;DP=96;Dels=0.00;FS=3.827;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=8.78;ReadPosRankSum=2.163;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:873,0,873 chrXIII 12086 . A T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=72;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:536,0,599 chrXIII 12311 . A G 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.800;DP=104;Dels=0.00;FS=13.142;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.495;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:1124,0,893 chrXIII 12329 . G A 1285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.130;DP=103;Dels=0.00;FS=16.134;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.344;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,60:103:99:1315,0,826 chrXIII 12440 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=61;Dels=0.00;FS=3.639;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.409;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:61:99:445,0,597 chrXIII 12524 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.519;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.289;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:488,0,826 chrXIII 12620 . C T 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=90;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.113;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,54:90:99:1060,0,612 chrXIII 12983 . T C 1587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.057;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=9.74;ReadPosRankSum=-2.043;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,83:163:99:1617,0,1693 chrXIII 13240 . G A 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.895;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.294;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,57:133:99:1131,0,1419 chrXIII 13242 . T G 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.376;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,58:134:99:1080,0,1490 chrXIII 13364 . C T 2534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=23.46;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2567,264,0 chrXIII 13439 . A T 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.678;DP=130;Dels=0.00;FS=11.576;HaplotypeScore=16.4187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.729;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.974;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,52:130:99:903,0,1527 chrXIII 13572 . T C 1053.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.248;DP=102;Dels=0.00;FS=11.334;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.755;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:1083,0,1004 chrXIII 13601 . C T 1106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;DP=146;Dels=0.00;FS=13.471;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,74:146:99:1136,0,1357 chrXIII 13605 . A C 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.924;DP=147;Dels=0.00;FS=15.189;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,73:147:99:1077,0,1401 chrXIII 13809 . C G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=103;Dels=0.00;FS=7.794;HaplotypeScore=7.9121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.924;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:103:99:610,0,1031 chrXIII 13831 . A G 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.846;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:117:99:806,0,1194 chrXIII 13852 . T A 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DP=133;Dels=0.00;FS=5.995;HaplotypeScore=6.9089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.513;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.705;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,59:133:99:852,0,1355 chrXIII 13907 . C T 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.807;DP=143;Dels=0.00;FS=13.377;HaplotypeScore=13.4974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.803;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,72:143:99:1157,0,1114 chrXIII 13915 . G A 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.605;DP=136;Dels=0.00;FS=6.897;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.288;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,69:136:99:1207,0,1119 chrXIII 13986 . C T 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.653;DP=135;Dels=0.00;FS=4.248;HaplotypeScore=19.9097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,62:135:99:873,0,1156 chrXIII 14228 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.565;DP=57;Dels=0.00;FS=10.503;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.226;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:601,0,473 chrXIII 14260 . G C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=60;Dels=0.00;FS=2.382;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:60:99:480,0,554 chrXIII 14341 . G C 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DP=102;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=6.1034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,41:102:99:800,0,1007 chrXIII 14478 . G C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.692;DP=75;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=8.0367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,47:75:99:734,0,446 chrXIII 14562 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.176;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:552,0,402 chrXIII 14580 . A G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=54;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.082;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.384;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:352,0,476 chrXIII 14592 . A T 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=48;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:251,0,467 chrXIII 14705 . G A 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.636;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:942,0,873 chrXIII 14781 . C A 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=2.123;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.300;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:827,0,944 chrXIII 14857 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=63;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=9.24;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:612,0,503 chrXIII 14933 . C A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=97;Dels=0.00;FS=0.757;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.046;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:615,0,980 chrXIII 14934 . G T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.724;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:554,0,946 chrXIII 15055 . A T 1436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DP=150;Dels=0.00;FS=4.947;HaplotypeScore=9.6414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.378;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,74:150:99:1466,0,1378 chrXIII 15102 . G A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:811,0,927 chrXIII 15357 . A G 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=98;Dels=0.00;FS=7.927;HaplotypeScore=8.5893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.820;QD=8.21;ReadPosRankSum=2.325;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:835,0,720 chrXIII 15446 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.129;DP=44;Dels=0.00;FS=19.870;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=9.95;ReadPosRankSum=-2.593;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:468,0,303 chrXIII 15470 . C T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=47;Dels=0.00;FS=16.769;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.243;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:491,0,350 chrXIII 15621 . T C 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=40;Dels=0.00;FS=1.278;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.731;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:276,0,424 chrXIII 15903 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=40;Dels=0.00;FS=7.305;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:344,0,377 chrXIII 16145 . T C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DP=33;Dels=0.00;FS=3.166;HaplotypeScore=4.0242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.320;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:224,0,289 chrXIII 16406 . G A 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=24;Dels=0.00;FS=7.401;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.564;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:170,0,264 chrXIII 16426 . C T 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=26;Dels=0.00;FS=11.364;HaplotypeScore=3.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-9.875e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:144,0,276 chrXIII 16498 . G T 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=17.58;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:578,60,0 chrXIII 16521 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.549;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:212,0,288 chrXIII 16593 . G A 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.459;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:196,0,526 chrXIII 16764 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=50;Dels=0.00;FS=4.936;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.310;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:424,0,540 chrXIII 17364 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.255;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:67:99:362,0,550 chrXIII 17462 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=58;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.518;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:607,0,476 chrXIII 17526 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.962;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:628,0,413 chrXIII 17648 . T C 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DP=47;Dels=0.00;FS=13.263;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:531,0,386 chrXIII 17690 . A G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=49;Dels=0.00;FS=6.645;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.330;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:511,0,399 chrXIII 17699 . A C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=50;Dels=0.00;FS=6.171;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.087;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:449,0,465 chrXIII 17708 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=45;Dels=0.00;FS=2.716;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.162;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:45:99:361,0,464 chrXIII 17810 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.628;DP=48;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:488,0,317 chrXIII 17913 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.666;DP=54;Dels=0.00;FS=15.195;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.514;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:622,0,389 chrXIII 17933 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DP=49;Dels=0.00;FS=9.730;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.300;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.103;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:607,0,194 chrXIII 17955 . T G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;DP=38;Dels=0.00;FS=13.030;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=9.34;ReadPosRankSum=2.676;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:385,0,305 chrXIII 18546 . C T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=30;Dels=0.00;FS=3.645;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.832;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:30:99:243,0,266 chrXIII 18729 . C T 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=19;Dels=0.00;FS=4.337;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=2.071;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.211;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:84:84,0,140 chrXIII 19234 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=68;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:68:99:568,0,487 chrXIII 19498 . A G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.621;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=4.04;ReadPosRankSum=-2.168;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:212,0,492 chrXIII 20284 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DP=38;Dels=0.00;FS=7.256;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:531,0,250 chrXIII 20313 . A G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=45;Dels=0.00;FS=2.700;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=14.18;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:668,0,321 chrXIII 20392 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.419;DP=32;Dels=0.00;FS=8.272;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:304,0,225 chrXIII 20497 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=28;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.121;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:28:99:275,0,275 chrXIII 21082 . C T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=73;Dels=0.00;FS=7.247;HaplotypeScore=8.2925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.121;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:210,0,829 chrXIII 21100 . G T 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=59;Dels=0.00;FS=9.627;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.816;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.329;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,16:59:99:123,0,741 chrXIII 21105 . T C 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=54;Dels=0.00;FS=16.527;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-5.497;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.757;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,14:54:87:87,0,762 chrXIII 21121 . T C 112.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=50;Dels=0.00;FS=17.064;HaplotypeScore=5.5129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=-5.039;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.940;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:142,0,646 chrXIII 21124 . G A 125.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=51;Dels=0.00;FS=15.510;HaplotypeScore=4.7242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.626;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:99:155,0,656 chrXIII 21130 . C T 161.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=43;Dels=0.00;FS=14.832;HaplotypeScore=4.5020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.274;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:191,0,548 chrXIII 21139 . A G 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DP=40;Dels=0.00;FS=12.120;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.846;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:99:161,0,511 chrXIII 21154 . G A 114.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;DP=40;Dels=0.00;FS=15.200;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-5.082;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:144,0,503 chrXIII 21157 . A G 110.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=40;Dels=0.00;FS=10.474;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-5.082;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:140,0,387 chrXIII 21163 . A G 111.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=35;Dels=0.00;FS=5.867;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.813;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:141,0,389 chrXIII 21175 . A G 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=36;Dels=0.00;FS=5.485;HaplotypeScore=4.7527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.899;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:83:83,0,301 chrXIII 21211 . G A 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=32;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.605;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:32:84:84,0,343 chrXIII 21269 . A G 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=42;Dels=0.00;FS=2.659;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.503;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:69:69,0,497 chrXIII 21274 . T A 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;DP=41;Dels=0.00;FS=2.699;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.396;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:84:84,0,437 chrXIII 21280 . C T 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=39;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.339;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.817;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:80:80,0,417 chrXIII 21286 . C T 20.05 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=39;Dels=0.00;FS=2.875;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.057;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.789;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:50:50,0,421 chrXIII 21292 . C T 55.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DP=42;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.559;QD=1.31;ReadPosRankSum=-2.138;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:85:85,0,363 chrXIII 21295 . G A 23.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=41;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.490;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:53:53,0,386 chrXIII 21298 . T C 70.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.273;DP=41;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQ0=0;MQRankSum=-5.490;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:100,0,408 chrXIII 21301 . A G 58.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.352;DP=42;Dels=0.00;FS=4.452;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.559;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:88:88,0,421 chrXIII 21307 . T C 71.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.424;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:101,0,379 chrXIII 21309 . G A 73.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.424;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.257;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:103,0,360 chrXIII 21310 . T C 68.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.594;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.353;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:98:98,0,391 chrXIII 21316 . A G 76.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=39;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.353;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.840;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:106,0,345 chrXIII 21319 . G A 70.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=38;Dels=0.00;FS=2.796;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.97;MQ0=0;MQRankSum=-5.284;QD=1.84;ReadPosRankSum=2.540;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:100,0,333 chrXIII 21328 . A G 105.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.417;QD=2.63;ReadPosRankSum=2.898;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:135,0,284 chrXIII 21331 . G A 73.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;DP=41;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=8.8979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQ0=0;MQRankSum=-5.490;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.865;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:103,0,353 chrXIII 21334 . T C 93.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=36;Dels=0.00;FS=1.480;HaplotypeScore=7.3205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.066;QD=2.58;ReadPosRankSum=2.162;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:123,0,334 chrXIII 21337 . G C 96.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;DP=34;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.805;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.690;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:34:99:126,0,304 chrXIII 21345 . G C 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.308;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.675;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:88:88,0,236 chrXIII 21370 . A G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=36;Dels=0.00;FS=3.217;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.986;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.984;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:161,0,319 chrXIII 21375 . C T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;DP=40;Dels=0.00;FS=4.756;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.396;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:152,0,395 chrXIII 21391 . A G 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DP=31;Dels=0.00;FS=15.100;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-4.562;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.177;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:90:90,0,300 chrXIII 21408 . G A 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;DP=35;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.775;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.423;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:35:97:97,0,431 chrXIII 21409 . T C 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=36;Dels=0.00;FS=5.253;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.849;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.594;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:86:86,0,458 chrXIII 21424 . A G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;DP=36;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-5.014;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:121,0,406 chrXIII 21430 . A G 93.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;DP=32;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.19;MQ0=0;MQRankSum=-4.758;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:123,0,396 chrXIII 21436 . G A 71.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DP=34;Dels=0.00;FS=5.016;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.916;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:101,0,428 chrXIII 21439 . G A 90.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;DP=34;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.863;QD=2.65;ReadPosRankSum=-2.058;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:34:99:120,0,380 chrXIII 21480 . A C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;DP=38;Dels=0.00;FS=33.157;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.558;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.315;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:38:58:58,0,600 chrXIII 21547 . C T 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=53;Dels=0.00;FS=6.420;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-5.897;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:53:85:85,0,679 chrXIII 21556 . A G 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=54;Dels=0.00;FS=2.630;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=-5.496;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:54:99:111,0,622 chrXIII 21607 . T C 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DP=76;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.355;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.229;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:666,0,692 chrXIII 21881 . C G 1382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DP=114;Dels=0.00;FS=57.302;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.538;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,69:114:99:1412,0,663 chrXIII 22318 . A G 748.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DP=76;Dels=0.00;FS=39.982;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.990;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.419;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:778,0,477 chrXIII 22495 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DP=39;Dels=0.00;FS=6.978;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:407,0,274 chrXIII 22567 . G A 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=27;Dels=0.00;FS=3.969;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:117,0,271 chrXIII 22768 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;DP=24;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.388;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:300,0,135 chrXIII 22888 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=41;Dels=0.00;FS=2.817;HaplotypeScore=8.7740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:41:99:404,0,337 chrXIII 22939 . A G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;DP=43;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.794;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:407,0,362 chrXIII 22987 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=49;Dels=0.00;FS=4.361;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.580;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:582,0,271 chrXIII 23203 . T C 112.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=38;Dels=0.00;FS=15.639;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:142,0,439 chrXIII 23248 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=35;Dels=0.00;FS=3.127;HaplotypeScore=2.6460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.984;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:35:99:285,0,249 chrXIII 23483 . T A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=43;Dels=0.00;FS=15.118;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:408,0,261 chrXIII 23620 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=63;Dels=0.00;FS=4.261;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:682,0,587 chrXIII 23630 . A C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=70;Dels=0.00;FS=8.140;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:603,0,620 chrXIII 23828 . A G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=94;Dels=0.01;FS=3.064;HaplotypeScore=12.3233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.145;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.241;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:93:99:742,0,764 chrXIII 23863 . A G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DP=106;Dels=0.00;FS=6.177;HaplotypeScore=3.9555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.933;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,62:106:99:708,0,856 chrXIII 23864 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DP=106;Dels=0.00;FS=7.766;HaplotypeScore=46.6164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.360;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,61:106:99:747,0,789 chrXIII 24034 . C T 1268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.059;DP=134;Dels=0.00;FS=3.181;HaplotypeScore=13.3411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.205;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,68:134:99:1298,0,1199 chrXIII 24106 . C G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=68;Dels=0.00;FS=1.168;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:68:99:668,0,634 chrXIII 24134 . A T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=72;Dels=0.00;FS=15.409;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.928;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.958;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:504,0,828 chrXIII 24474 . G T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;DP=44;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:451,0,379 chrXIII 24544 . T C 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.743;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:274,0,413 chrXIII 24556 . T G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.036;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.948;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:263,0,400 chrXIII 24565 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=4.507;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.851;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:416,0,257 chrXIII 24568 . G A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=48;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.969;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.309;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:253,0,429 chrXIII 24592 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=42;Dels=0.00;FS=4.442;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.681;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:42:99:281,0,337 chrXIII 24595 . T C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=40;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.077;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:264,0,359 chrXIII 24618 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=43;Dels=0.00;FS=12.377;HaplotypeScore=5.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.306;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:43:99:207,0,491 chrXIII 24637 . A G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DP=41;Dels=0.00;FS=4.756;HaplotypeScore=5.1783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.152;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:238,0,510 chrXIII 24712 . C A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.283;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:204,0,277 chrXIII 24775 . C T 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=34;Dels=0.00;FS=1.532;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.673;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:279,0,300 chrXIII 24787 . A G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.863;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:30:99:195,0,239 chrXIII 24997 . T C 352.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=57;Dels=0.00;FS=18.439;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.584;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:382,0,585 chrXIII 25021 . C A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.402;DP=53;Dels=0.00;FS=8.470;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.684;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:53:99:254,0,701 chrXIII 25025 . A G 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=22.06;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1202,126,0 chrXIII 25036 . C T 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.271;DP=56;Dels=0.00;FS=8.440;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.263;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:196,0,775 chrXIII 25114 . T A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=35;Dels=0.00;FS=1.480;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:282,0,309 chrXIII 25168 . G A 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DP=32;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:32:99:152,0,281 chrXIII 25294 . A G 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=22.10;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1138,123,0 chrXIII 25303 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=7.70;ReadPosRankSum=2.450;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:469,0,540 chrXIII 25638 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.909;DP=88;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.465;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:784,0,929 chrXIII 26333 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=2.448;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:378,0,328 chrXIII 26434 . G A 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=19.47;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1552,159,0 chrXIII 26468 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=7.06;ReadPosRankSum=2.362;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:96:99:708,0,470 chrXIII 26706 . T C 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=2.05;ReadPosRankSum=1.535;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:69:69,0,280 chrXIII 26922 . A C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DP=56;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:479,0,704 chrXIII 26928 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;DP=55;Dels=0.00;FS=3.430;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:413,0,678 chrXIII 27274 . C T 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=86;Dels=0.00;FS=4.209;HaplotypeScore=12.2764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.263;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:913,0,780 chrXIII 27643 . A G 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=131;Dels=0.00;FS=0.712;HaplotypeScore=6.2977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,59:131:99:1124,0,1466 chrXIII 27865 . G T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=71;Dels=0.00;FS=3.876;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.348;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:71:99:580,0,523 chrXIII 28338 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;DP=81;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.391;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:572,0,1083 chrXIII 28519 . A C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;DP=92;Dels=0.00;FS=7.850;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.583;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,27:92:99:461,0,1244 chrXIII 28623 . T C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.460;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:548,0,845 chrXIII 28695 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:218,0,492 chrXIII 28764 . A T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.227;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:421,0,522 chrXIII 29145 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:331,0,271 chrXIII 29616 . T A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DP=38;Dels=0.00;FS=1.652;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:226,0,422 chrXIII 29721 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:419,0,290 chrXIII 29779 . T C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;DP=46;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=7.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:459,0,380 chrXIII 29826 . C T 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=24.53;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1480,150,0 chrXIII 29994 . T G 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.89;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1086,120,0 chrXIII 30303 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.245;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:472,0,472 chrXIII 30379 . T A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DP=54;Dels=0.00;FS=7.791;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:416,0,635 chrXIII 30523 . C T 1955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=187;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=11.7258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.548;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,100:187:99:1985,0,1800 chrXIII 30585 . G C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=56;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=13.1438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:56:99:280,0,633 chrXIII 30827 . A G 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=21.01;ReadPosRankSum=2.388;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1714,186,0 chrXIII 30836 . G A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=73;Dels=0.00;FS=1.073;HaplotypeScore=2.6414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.352;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:791,0,578 chrXIII 31110 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=54;Dels=0.00;FS=4.459;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:457,0,594 chrXIII 31154 . A G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=46;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=10.2386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.339;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:332,0,569 chrXIII 31404 . A G 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=77;Dels=0.00;FS=6.380;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.169;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:840,0,496 chrXIII 31828 . G A 1628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.517;DP=222;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,92:220:99:1658,0,2710 chrXIII 32108 . T C 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.772;DP=113;Dels=0.00;FS=12.319;HaplotypeScore=11.6548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:113:99:762,0,1213 chrXIII 32119 . T C 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;DP=100;Dels=0.00;FS=11.821;HaplotypeScore=7.0484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:100:99:613,0,993 chrXIII 32457 . G T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.209;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:74:99:491,0,713 chrXIII 32504 . G A 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DP=93;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=8.0237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.035;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:768,0,902 chrXIII 32621 . G A 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.071;DP=103;Dels=0.00;FS=0.738;HaplotypeScore=2.8734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:1042,0,893 chrXIII 32868 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=59;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.417;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:511,0,532 chrXIII 33005 . A G 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DP=116;Dels=0.00;FS=11.094;HaplotypeScore=10.7606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:861,0,1205 chrXIII 33236 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.875;DP=65;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=2.099;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:493,0,630 chrXIII 33242 . G T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DP=63;Dels=0.00;FS=2.195;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:439,0,675 chrXIII 33341 . A T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=68;Dels=0.00;FS=6.883;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:68:99:510,0,720 chrXIII 33368 . G A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DP=70;Dels=0.00;FS=1.999;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=2.222;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.136;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:709,0,614 chrXIII 33464 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=62;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.828;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:399,0,580 chrXIII 33506 . C A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=66;Dels=0.00;FS=9.198;HaplotypeScore=8.7381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=2.342;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.174;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:546,0,665 chrXIII 33680 . T C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=52;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.790;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:423,0,561 chrXIII 33731 . C T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:341,0,417 chrXIII 33836 . G A 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.688;DP=74;Dels=0.01;FS=2.054;HaplotypeScore=40.9608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.722;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:333,0,717 chrXIII 34473 . T G 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.27;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1258,135,0 chrXIII 34648 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=72;Dels=0.00;FS=1.971;HaplotypeScore=3.1490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=6.90;ReadPosRankSum=-2.272;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:527,0,817 chrXIII 34672 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.389;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,23:71:99:181,0,950 chrXIII 34690 . T C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.184;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:68:99:238,0,898 chrXIII 34777 . G A 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=8.26;ReadPosRankSum=-3.092;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:85:99:732,0,771 chrXIII 34804 . C A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;DP=80;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.694;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:80:99:418,0,871 chrXIII 34805 . T A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;DP=79;Dels=0.00;FS=3.035;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.618;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:412,0,898 chrXIII 35547 . C T 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=90;Dels=0.00;FS=1.760;HaplotypeScore=8.3472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=9.31;ReadPosRankSum=2.229;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:868,0,827 chrXIII 35559 . C G 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.129;DP=78;Dels=0.00;FS=0.917;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.615;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:78:99:782,0,666 chrXIII 35592 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DP=61;Dels=0.00;FS=14.776;HaplotypeScore=4.2849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.190;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:511,0,477 chrXIII 35651 . C T 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.459;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=8.21;ReadPosRankSum=-2.043;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,58:132:99:1114,0,1307 chrXIII 35658 . C A 1185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.544;DP=137;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=8.65;ReadPosRankSum=-2.392;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,60:137:99:1215,0,1332 chrXIII 35720 . T A 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=124;Dels=0.00;FS=2.421;HaplotypeScore=3.9096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.130;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,61:124:99:1211,0,1212 chrXIII 35874 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;DP=64;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=7.8750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=10.16;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:680,0,621 chrXIII 36081 . A G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=2.329;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.455;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:634,0,401 chrXIII 36176 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=83;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:83:99:572,0,790 chrXIII 36261 . G A 1114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:98:99:1144,0,785 chrXIII 36440 . T C 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=17.54;ReadPosRankSum=2.369;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:96:1103,96,0 chrXIII 36544 . T C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.161;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:478,0,648 chrXIII 36940 . G A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DP=71;Dels=0.00;FS=1.993;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.788;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:776,0,530 chrXIII 37053 . T C 430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.63;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:51:463,51,0 chrXIII 37465 . T C 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DP=58;Dels=0.00;FS=1.437;HaplotypeScore=8.5294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.973;QD=12.31;ReadPosRankSum=1.274;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:744,0,386 chrXIII 37516 . G C 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;DP=74;Dels=0.00;FS=9.316;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.512;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:74:99:1007,0,536 chrXIII 37611 . C T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;DP=41;Dels=0.00;FS=4.558;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.013;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:278,0,411 chrXIII 37647 . G A 69.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=41;Dels=0.00;FS=30.377;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:99,0,507 chrXIII 37836 . A G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.051;DP=111;Dels=0.00;FS=4.678;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:111:99:868,0,1241 chrXIII 37845 . A T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.037;DP=107;Dels=0.00;FS=6.391;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:837,0,1153 chrXIII 37888 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=75;Dels=0.00;FS=6.521;HaplotypeScore=6.5621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.056;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.724;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:75:99:390,0,684 chrXIII 37897 . A T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.894;DP=77;Dels=0.00;FS=16.305;HaplotypeScore=6.4092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:320,0,817 chrXIII 37925 . T A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DP=89;Dels=0.00;FS=10.009;HaplotypeScore=9.3684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.889;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:601,0,895 chrXIII 37977 . T G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=7.82;ReadPosRankSum=-2.271;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:710,0,765 chrXIII 38045 . G T 1601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.987;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,80:155:99:1631,0,1368 chrXIII 38072 . C T 1725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.226;DP=171;Dels=0.00;FS=2.694;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.252;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,88:171:99:1755,0,1480 chrXIII 38121 . A C 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.389;DP=138;Dels=0.00;FS=7.691;HaplotypeScore=12.2635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,71:138:99:1304,0,1228 chrXIII 38744 . G T 1370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.343;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.522;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,73:134:99:1400,0,971 chrXIII 39077 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=66;Dels=0.00;FS=10.735;HaplotypeScore=7.5624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.757;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:711,0,506 chrXIII 39248 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=83;Dels=0.00;FS=1.881;HaplotypeScore=11.0339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.844;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.285;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,30:83:99:407,0,931 chrXIII 39443 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DP=55;Dels=0.00;FS=3.809;HaplotypeScore=7.6634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:55:99:466,0,371 chrXIII 39858 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=63;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.414;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:63:99:621,0,422 chrXIII 39888 . G A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=61;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.365;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:566,0,456 chrXIII 39977 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=40;Dels=0.00;FS=2.372;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:419,0,294 chrXIII 40087 . T G 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=60;Dels=0.00;FS=4.216;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:60:99:665,0,336 chrXIII 40376 . C A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=20;Dels=0.00;FS=2.831;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:229,0,151 chrXIII 40406 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.550;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:19:67:317,0,67 chrXIII 40487 . T C 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=24;Dels=0.00;FS=10.209;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.259;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:150,0,303 chrXIII 40511 . G A 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=42;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:205,0,447 chrXIII 41051 . G T 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.60;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1390,141,0 chrXIII 41731 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:716,0,712 chrXIII 42127 . A G 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=17.90;ReadPosRankSum=1.673;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:59:99:1089,117,0 chrXIII 42136 . A G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DP=51;Dels=0.00;FS=3.719;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.330;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:433,0,281 chrXIII 42196 . C G 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;DP=61;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.119;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:464,0,503 chrXIII 42593 . G T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.570;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:529,0,630 chrXIII 43096 . C T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:32:99:259,0,225 chrXIII 43166 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;DP=37;Dels=0.00;FS=1.469;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,26:37:99:516,0,122 chrXIII 44287 . T C 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=32;Dels=0.00;FS=1.710;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.894;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:115,0,285 chrXIII 45254 . A G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.765;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:797,0,770 chrXIII 45369 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;DP=74;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=3.0169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.580;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:632,0,655 chrXIII 45656 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.336;DP=78;Dels=0.00;FS=27.269;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.969;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.530;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:78:99:392,0,989 chrXIII 45743 . G A 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;DP=59;Dels=0.00;FS=38.538;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,12:59:76:76,0,1067 chrXIII 46009 . C T 761.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.470;DP=131;Dels=0.01;FS=78.661;HaplotypeScore=4.3715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.474;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,44:130:99:791,0,1842 chrXIII 46074 . G A 544.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=65;Dels=0.00;FS=63.009;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.697;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.671;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:574,0,862 chrXIII 46256 . C G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=66;Dels=0.00;FS=12.974;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,20:66:99:357,0,698 chrXIII 46362 . G C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=71;Dels=0.00;FS=1.002;HaplotypeScore=8.7640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.474;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:71:99:532,0,400 chrXIII 46508 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=51;Dels=0.00;FS=4.620;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:529,0,456 chrXIII 46758 . C T 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.752;DP=91;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.412;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:91:99:812,0,717 chrXIII 47331 . C T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=82;Dels=0.00;FS=1.896;HaplotypeScore=10.2665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:778,0,581 chrXIII 47403 . A T 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=91;Dels=0.00;FS=10.306;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:879,0,818 chrXIII 47781 . A C 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;DP=96;Dels=0.00;FS=8.174;HaplotypeScore=4.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:727,0,1165 chrXIII 47811 . A G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=84;Dels=0.00;FS=9.018;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.506;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:669,0,865 chrXIII 48342 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=90;Dels=0.00;FS=29.114;HaplotypeScore=12.5880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:700,0,864 chrXIII 48378 . G A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DP=88;Dels=0.00;FS=29.284;HaplotypeScore=4.7625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=8.98;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:820,0,728 chrXIII 48393 . G C 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DP=91;Dels=0.00;FS=17.425;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.064;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:91:99:768,0,775 chrXIII 48814 . A G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;DP=85;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=13.0793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:85:99:584,0,817 chrXIII 48882 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=95;Dels=0.00;FS=6.838;HaplotypeScore=18.2608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.973;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:95:99:786,0,880 chrXIII 49588 . C T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.879;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=7.70;ReadPosRankSum=2.181;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:669,0,823 chrXIII 49937 . T G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.327;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:389,0,401 chrXIII 50514 . T A 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=25;Dels=0.00;FS=7.952;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:244,0,271 chrXIII 50831 . C T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.809;DP=34;Dels=0.00;FS=7.834;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.624;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:317,0,234 chrXIII 50890 . C A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=35;Dels=0.00;FS=7.420;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.743;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:325,0,252 chrXIII 50955 . T G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;DP=47;Dels=0.00;FS=4.165;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.678;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.725;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:47:99:412,0,262 chrXIII 51084 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.328;DP=62;Dels=0.00;FS=11.679;HaplotypeScore=7.6835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:379,0,775 chrXIII 51141 . A T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DP=72;Dels=0.00;FS=3.215;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.980;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.055;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:561,0,679 chrXIII 51256 . C T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DP=70;Dels=0.00;FS=12.898;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.118;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:523,0,697 chrXIII 51317 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=73;Dels=0.00;FS=6.831;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.424;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:670,0,889 chrXIII 51358 . G T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;DP=83;Dels=0.00;FS=3.082;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:740,0,943 chrXIII 51433 . G A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=66;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=6.2753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:66:99:219,0,843 chrXIII 51596 . A G 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;DP=123;Dels=0.00;FS=15.345;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.322;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:123:99:1085,0,1244 chrXIII 51658 . A G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.711;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,42:103:99:794,0,1129 chrXIII 51750 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=50;Dels=0.00;FS=8.200;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.236;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:409,0,553 chrXIII 51822 . A T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;DP=46;Dels=0.00;FS=9.953;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.034;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:528,0,385 chrXIII 51951 . T A 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DP=75;Dels=0.00;FS=3.154;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:858,0,579 chrXIII 52335 . G A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;DP=63;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:687,0,448 chrXIII 52482 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=44;Dels=0.00;FS=1.286;HaplotypeScore=3.5137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:405,0,459 chrXIII 52494 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=55;Dels=0.00;FS=2.346;HaplotypeScore=7.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:416,0,531 chrXIII 52925 . C T 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=66;Dels=0.00;FS=8.660;HaplotypeScore=1.9454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:382,0,614 chrXIII 52926 . C A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.866;DP=67;Dels=0.00;FS=10.626;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:412,0,564 chrXIII 53052 . T C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.449;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.963;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:477,0,549 chrXIII 53073 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;DP=60;Dels=0.00;FS=1.915;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:430,0,594 chrXIII 53235 . T C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;DP=35;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.606;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:272,0,376 chrXIII 53276 . C G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=37;Dels=0.00;FS=1.405;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:290,0,269 chrXIII 53532 . G A 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=29;Dels=0.00;FS=3.630;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:233,0,210 chrXIII 53537 . T C 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=28;Dels=0.00;FS=8.641;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:145,0,262 chrXIII 53642 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.572;DP=62;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.177;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:449,0,572 chrXIII 53825 . C A 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=47;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.104;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:111,0,408 chrXIII 53841 . A G 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;DP=41;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=2.4673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.758;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:88:88,0,380 chrXIII 53934 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;DP=44;Dels=0.00;FS=8.974;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.645;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:336,0,269 chrXIII 53982 . C G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;DP=54;Dels=0.00;FS=7.811;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:566,0,390 chrXIII 53991 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;DP=54;Dels=0.00;FS=7.662;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.437;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:54:99:543,0,399 chrXIII 54136 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=81;Dels=0.00;FS=11.262;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:728,0,841 chrXIII 54192 . A C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=84;Dels=0.00;FS=12.273;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:653,0,881 chrXIII 54576 . G C 824.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.960;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:854,0,798 chrXIII 54586 . G A 797.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.834;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:827,0,763 chrXIII 54663 . C T 176.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:206,0,375 chrXIII 54916 . A G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.371;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:610,0,1027 chrXIII 55092 . T C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.193;DP=78;Dels=0.00;FS=3.036;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:78:99:687,0,855 chrXIII 55098 . A C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.541;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.224;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:635,0,808 chrXIII 55152 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;DP=72;Dels=0.00;FS=2.279;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:72:99:576,0,713 chrXIII 55558 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=83;Dels=0.00;FS=5.176;HaplotypeScore=6.6598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:640,0,765 chrXIII 55582 . A G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.779;DP=108;Dels=0.00;FS=1.747;HaplotypeScore=10.5896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:108:99:897,0,951 chrXIII 55751 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.650;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:83:99:817,0,781 chrXIII 55773 . G C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=64;Dels=0.00;FS=3.541;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:64:99:612,0,540 chrXIII 55803 . G T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.309;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:365,0,449 chrXIII 56422 . G C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=79;Dels=0.00;FS=7.111;HaplotypeScore=13.5010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.979;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:565,0,703 chrXIII 58688 . T G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DP=90;Dels=0.00;FS=5.165;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:607,0,766 chrXIII 58718 . T A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.294;DP=99;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.992;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:688,0,800 chrXIII 58847 . T G 1217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;DP=159;Dels=0.00;FS=5.064;HaplotypeScore=10.8553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.002;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,68:159:99:1247,0,1714 chrXIII 59135 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=94;Dels=0.00;FS=4.927;HaplotypeScore=11.7837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=2.031;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.440;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,32:94:99:461,0,697 chrXIII 59485 . A G 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;DP=62;Dels=0.00;FS=22.892;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:688,0,597 chrXIII 59627 . G A 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:115:99:1058,0,1107 chrXIII 59776 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:816,0,615 chrXIII 60420 . G C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=78;Dels=0.00;FS=6.125;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:78:99:770,0,636 chrXIII 60431 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=79;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:654,0,792 chrXIII 60610 . C T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.166;DP=78;Dels=0.00;FS=4.440;HaplotypeScore=6.4060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.046;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:562,0,630 chrXIII 60742 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=86;Dels=0.00;FS=9.194;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:755,0,872 chrXIII 60754 . T G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;DP=84;Dels=0.00;FS=9.492;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:670,0,904 chrXIII 60925 . G A 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=94;Dels=0.00;FS=6.493;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:572,0,1128 chrXIII 60944 . G A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.672;DP=85;Dels=0.00;FS=5.716;HaplotypeScore=8.0110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:85:99:700,0,870 chrXIII 61147 . A G 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.103;DP=116;Dels=0.00;FS=15.947;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.563;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:116:99:1121,0,1001 chrXIII 61164 . A C 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=123;Dels=0.00;FS=8.339;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:123:99:1148,0,1069 chrXIII 61366 . A G 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.177;DP=93;Dels=0.00;FS=5.196;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:819,0,779 chrXIII 61391 . G A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.747;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:782,0,756 chrXIII 61433 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.897;DP=99;Dels=0.00;FS=5.627;HaplotypeScore=8.2361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.966;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:99:99:884,0,706 chrXIII 61486 . C T 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.082;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.807;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:90:99:688,0,877 chrXIII 61663 . T C 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.104;DP=113;Dels=0.00;FS=14.105;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.640;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:113:99:906,0,1200 chrXIII 61741 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=95;Dels=0.00;FS=3.876;HaplotypeScore=9.0116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.558;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:95:99:732,0,978 chrXIII 61840 . A T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:351,0,467 chrXIII 62010 . G C 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=83;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:630,0,924 chrXIII 62344 . C A 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.154;DP=85;Dels=0.00;FS=7.313;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:85:99:789,0,819 chrXIII 62513 . A C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.979;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:536,0,582 chrXIII 62570 . C T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DP=101;Dels=0.00;FS=0.738;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:737,0,997 chrXIII 62572 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.896;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:706,0,980 chrXIII 62594 . A G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;DP=105;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.638;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:105:99:781,0,1014 chrXIII 62630 . G T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.609;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:111:99:818,0,977 chrXIII 62996 . C T 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.334;DP=101;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=10.2916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:1053,0,938 chrXIII 63305 . T A 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.241;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.604;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,58:113:99:1198,0,772 chrXIII 63358 . C A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.357;DP=100;Dels=0.00;FS=22.531;HaplotypeScore=8.6820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.516;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:1033,0,763 chrXIII 63473 . G A 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=104;Dels=0.00;FS=6.339;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=3.070;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.093;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:104:99:837,0,1084 chrXIII 63566 . A G 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;DP=81;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:845,0,528 chrXIII 63905 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=129;Dels=0.00;FS=0.662;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=3.097;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,60:129:99:1001,0,1232 chrXIII 63947 . T A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=100;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.941;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:621,0,910 chrXIII 64467 . G T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.745;DP=69;Dels=0.00;FS=5.139;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,22:69:99:366,0,971 chrXIII 64972 . C A 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=89;Dels=0.00;FS=8.879;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:739,0,839 chrXIII 65232 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=64;Dels=0.00;FS=7.066;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.088;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:550,0,696 chrXIII 65350 . T C 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.845;DP=100;Dels=0.00;FS=2.618;HaplotypeScore=8.8511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:100:99:1011,0,874 chrXIII 65629 . T C 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DP=110;Dels=0.00;FS=4.796;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,47:110:99:782,0,1354 chrXIII 67415 . T C 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.253;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:986,0,1079 chrXIII 67645 . G C 1185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DP=180;Dels=0.00;FS=11.348;HaplotypeScore=6.5680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.627;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,81:180:99:1215,0,2038 chrXIII 67707 . A G 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=69;Dels=0.00;FS=2.559;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.650;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,17:69:99:112,0,1110 chrXIII 67979 . G T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DP=74;Dels=0.00;FS=4.706;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.789;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:363,0,822 chrXIII 67986 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=67;Dels=0.00;FS=3.577;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:361,0,719 chrXIII 68126 . A T 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=80;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=2.5657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:765,0,852 chrXIII 68826 . T C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:198,0,198 chrXIII 69109 . C G 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=22;Dels=0.00;FS=1.740;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:22:99:159,0,117 chrXIII 69113 . A G 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=22;Dels=0.00;FS=1.713;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:160,0,135 chrXIII 70163 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:265,0,404 chrXIII 70356 . C T 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:85:85,0,139 chrXIII 71137 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:181,0,157 chrXIII 71382 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.525;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:321,0,277 chrXIII 71390 . A C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:277,0,328 chrXIII 71397 . T C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=42;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.613;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:378,0,311 chrXIII 71867 . A T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:174,0,283 chrXIII 72027 . C T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=44;Dels=0.00;FS=4.300;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:394,0,370 chrXIII 72351 . C A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;DP=35;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:299,0,349 chrXIII 73368 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;DP=66;Dels=0.00;FS=2.337;HaplotypeScore=5.5417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:580,0,662 chrXIII 73993 . C T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=92;Dels=0.00;FS=4.014;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,33:92:99:407,0,1123 chrXIII 74014 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.004;DP=84;Dels=0.00;FS=10.949;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:634,0,1184 chrXIII 74282 . C T 1147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.584;DP=121;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.013;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:121:99:1177,0,1134 chrXIII 74346 . C T 1348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.632;DP=147;Dels=0.00;FS=4.053;HaplotypeScore=8.7142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.213;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,71:147:99:1378,0,1296 chrXIII 74436 . C T 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DP=107;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.125;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:107:99:904,0,1074 chrXIII 74599 . C T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=85;Dels=0.00;FS=3.581;HaplotypeScore=4.8886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.169;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:609,0,582 chrXIII 74632 . C T 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=103;Dels=0.00;FS=8.481;HaplotypeScore=13.0878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:695,0,859 chrXIII 74704 . A G 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.685;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,53:124:99:911,0,1458 chrXIII 75046 . C A 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.232;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.470;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,63:143:99:1367,0,1459 chrXIII 75133 . G A 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.969;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.771;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:93:99:790,0,1186 chrXIII 75251 . G C 1272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=136;Dels=0.00;FS=8.066;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.806;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,72:136:99:1302,0,995 chrXIII 75304 . T C 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=112;Dels=0.00;FS=6.285;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.389;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:820,0,1050 chrXIII 75396 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.694;DP=90;Dels=0.00;FS=14.709;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.731;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:639,0,961 chrXIII 75576 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.940;DP=78;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=9.4964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:437,0,898 chrXIII 75773 . A T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.779;DP=65;Dels=0.00;FS=7.799;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.173;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:481,0,452 chrXIII 75781 . T A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=71;Dels=0.00;FS=2.054;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:558,0,575 chrXIII 76188 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.672;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.828;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.521;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:66:99:537,0,419 chrXIII 76194 . A C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;DP=67;Dels=0.00;FS=3.299;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.716;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:524,0,429 chrXIII 76222 . A T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=71;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.213;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.144;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:475,0,513 chrXIII 76243 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;DP=78;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.696;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:408,0,648 chrXIII 76517 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:90:99:553,0,985 chrXIII 76522 . A G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.542;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:91:99:522,0,1177 chrXIII 76593 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=47;Dels=0.00;FS=6.243;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.875;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:469,0,318 chrXIII 76723 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=61;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=2.4258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:61:99:387,0,694 chrXIII 76932 . G C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=36;Dels=0.00;FS=4.499;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.271;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:233,0,148 chrXIII 77019 . C G 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=36;Dels=0.00;FS=5.201;HaplotypeScore=4.9934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=4.03;ReadPosRankSum=-2.186;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:175,0,204 chrXIII 77482 . C T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.635;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:570,0,393 chrXIII 77501 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DP=59;Dels=0.00;FS=5.448;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:554,0,490 chrXIII 77737 . G A 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=34;Dels=0.00;FS=3.675;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.259;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:244,0,146 chrXIII 77739 . G C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;DP=33;Dels=0.00;FS=3.846;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.655;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:33:99:224,0,150 chrXIII 77879 . T G 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=24.64;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1930,195,0 chrXIII 77934 . C T 2607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=19.90;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2640,282,0 chrXIII 77979 . T G 2692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:117:99:2725,291,0 chrXIII 77997 . C T 2663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=23.36;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:114:99:2696,276,0 chrXIII 78097 . A G 597 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=21.32;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:630,69,0 chrXIII 78101 . T C 630 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=23.33;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:663,69,0 chrXIII 78103 . A G 613 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=21.89;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:69:646,69,0 chrXIII 78125 . C T 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=22.40;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:60:593,60,0 chrXIII 78446 . T A 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=23.05;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:955,99,0 chrXIII 78658 . T C 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.62;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1703,180,0 chrXIII 78710 . A C 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.43;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1218,129,0 chrXIII 78777 . T C 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=20.79;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1197,126,0 chrXIII 78806 . A G 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=21.84;ReadPosRankSum=1.672;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1278,135,0 chrXIII 78836 . A G 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=18.62;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1318,138,0 chrXIII 78839 . G A 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=16.66;ReadPosRankSum=1.547;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1299,141,0 chrXIII 78923 . C T 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.686;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1689,177,0 chrXIII 78960 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;DP=78;Dels=0.00;FS=1.926;HaplotypeScore=4.9456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.403;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:701,0,819 chrXIII 79575 . C A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.988;DP=75;Dels=0.00;FS=4.718;HaplotypeScore=7.9256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.487;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:527,0,590 chrXIII 79680 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=43;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.024;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:453,0,249 chrXIII 79713 . T C 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=18.56;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:90:831,90,0 chrXIII 79739 . C T 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=18.17;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:905,93,0 chrXIII 79761 . T G 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=18.00;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:879,93,0 chrXIII 79783 . T C 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=15.02;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:81:739,81,0 chrXIII 79850 . A G 3101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=125;Dels=0.00;FS=6.055;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.483;QD=24.81;ReadPosRankSum=1.704;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:125:99:3134,336,0 chrXIII 79968 . C T 2251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2284,231,0 chrXIII 80160 . C T 3794.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=24.48;SB=-1.766e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3794,394,0 chrXIII 80220 . G A 3614.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=24.75;SB=-1.882e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3614,370,0 chrXIII 80292 . T C 3032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.576e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:125:99:3065,324,0 chrXIII 80403 . T C 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.57;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:75:729,75,0 chrXIII 80527 . C T 2630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.8446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=18.14;SB=-1.600e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:2663,288,0 chrXIII 80728 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=58;Dels=0.00;FS=7.327;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.687;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:601,0,481 chrXIII 80821 . A C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.977;DP=87;Dels=0.00;FS=7.528;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=5.98;ReadPosRankSum=-2.116;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:87:99:550,0,1105 chrXIII 80887 . G A 1638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.218;DP=180;Dels=0.00;FS=1.161;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.226;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,95:180:99:1668,0,1555 chrXIII 81047 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;DP=62;Dels=0.00;FS=2.248;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:471,0,603 chrXIII 81063 . G A 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.133;DP=59;Dels=0.00;FS=5.228;HaplotypeScore=3.2666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:372,0,499 chrXIII 81072 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.805;DP=58;Dels=0.00;FS=7.657;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:58:99:450,0,441 chrXIII 81111 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=59;Dels=0.00;FS=12.105;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.853;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:482,0,485 chrXIII 81228 . G A 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;DP=143;Dels=0.00;FS=3.474;HaplotypeScore=8.1600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,63:143:99:1014,0,1463 chrXIII 81243 . C T 1187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.156;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=8.54;ReadPosRankSum=-2.174;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,66:139:99:1217,0,1350 chrXIII 81343 . G A 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.723;DP=107;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=11.1816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.005;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:967,0,1035 chrXIII 81589 . T A 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=134;Dels=0.00;FS=1.388;HaplotypeScore=8.2783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,71:134:99:1304,0,1298 chrXIII 81909 . A G 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.038;DP=102;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=8.0939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:102:99:991,0,672 chrXIII 81991 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=70;Dels=0.00;FS=1.088;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.335;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:382,0,565 chrXIII 82027 . A G 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=18.78;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1254,135,0 chrXIII 82308 . T A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.715;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.903;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:517,0,350 chrXIII 82357 . A G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.347;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:407,0,509 chrXIII 82552 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=86;Dels=0.00;FS=17.947;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:835,0,799 chrXIII 83128 . T C 2017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=25.21;ReadPosRankSum=2.327;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:2050,216,0 chrXIII 83176 . T C 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=24.13;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1505,162,0 chrXIII 83404 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.791;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:670,0,646 chrXIII 83417 . C A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.859;DP=69;Dels=0.00;FS=2.088;HaplotypeScore=2.5200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.762;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:625,0,570 chrXIII 83501 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.651;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:337,0,484 chrXIII 83860 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.556;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:442,0,283 chrXIII 83905 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=45;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:434,0,408 chrXIII 83964 . G A 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=18.71;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1081,111,0 chrXIII 84058 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=54;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:461,0,512 chrXIII 84059 . G T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.042;DP=54;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:494,0,501 chrXIII 84176 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=63;Dels=0.00;FS=8.675;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.007;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:484,0,605 chrXIII 84178 . G A 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=19.52;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1302,144,0 chrXIII 84233 . T C 1933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=21.01;ReadPosRankSum=1.694;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1966,213,0 chrXIII 84550 . T C 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.181;DP=100;Dels=0.00;FS=5.230;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.341;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:860,0,1091 chrXIII 84551 . T C 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.096;DP=102;Dels=0.00;FS=3.603;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=3.515;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:1071,0,939 chrXIII 84712 . C T 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=21.15;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1704,183,0 chrXIII 84896 . A C 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.445;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=21.88;ReadPosRankSum=1.568;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:952,102,0 chrXIII 85213 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.629;DP=94;Dels=0.00;FS=1.774;HaplotypeScore=16.8404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:94:99:611,0,1086 chrXIII 85247 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DP=75;Dels=0.00;FS=2.337;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.971;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,23:75:99:398,0,1145 chrXIII 85307 . G A 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.21;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1609,174,0 chrXIII 85402 . A T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.348;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:597,0,727 chrXIII 85411 . T A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=68;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=7.4896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:679,0,666 chrXIII 85546 . C T 1279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,77:175:99:1309,0,1822 chrXIII 86212 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=49;Dels=0.00;FS=4.496;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.314;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:377,0,299 chrXIII 86512 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.614;DP=49;Dels=0.00;FS=1.368;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:563,0,445 chrXIII 86646 . C T 63.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:93:93,0,206 chrXIII 86779 . A G 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=28;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.695;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:106,0,346 chrXIII 86842 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.760;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:73:276,0,73 chrXIII 86893 . G A 344.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.421;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:374,0,320 chrXIII 86901 . A G 340.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.081;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:370,0,323 chrXIII 86906 . C T 263.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.143;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:293,0,317 chrXIII 87110 . C T 1941 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=26.59;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1974,204,0 chrXIII 87219 . T A 319.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.831;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:349,0,331 chrXIII 87318 . T C 1089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=25.93;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1122,120,0 chrXIII 87357 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DP=59;Dels=0.00;FS=10.117;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:378,0,748 chrXIII 87360 . T C 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=23.25;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1358,147,0 chrXIII 87448 . T C 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.669;DP=101;Dels=0.00;FS=15.718;HaplotypeScore=8.7194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.591;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:101:99:929,0,993 chrXIII 87584 . C T 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.19;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1298,135,0 chrXIII 87621 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=56;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=2.597;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:425,0,509 chrXIII 87715 . T C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=67;Dels=0.00;FS=5.067;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.826;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:67:99:544,0,560 chrXIII 87741 . G C 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.27;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1735,186,0 chrXIII 87907 . C T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.279;DP=69;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:777,0,542 chrXIII 87915 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.232;DP=75;Dels=0.00;FS=1.940;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.731;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:625,0,763 chrXIII 88035 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.618;DP=61;Dels=0.00;FS=1.046;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:615,0,665 chrXIII 88106 . T C 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=22.78;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:876,93,0 chrXIII 88125 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=54;Dels=0.00;FS=2.390;HaplotypeScore=7.0853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:395,0,487 chrXIII 88188 . G A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=69;Dels=0.00;FS=0.985;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=11.09;ReadPosRankSum=2.896;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:795,0,598 chrXIII 88266 . T C 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.997;DP=101;Dels=0.00;FS=16.038;HaplotypeScore=8.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:946,0,899 chrXIII 88377 . T C 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:98:99:774,0,972 chrXIII 88443 . T C 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.630;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:981,0,657 chrXIII 88542 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:615,0,726 chrXIII 88808 . A T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;DP=60;Dels=0.00;FS=3.809;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:557,0,510 chrXIII 89001 . C T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:265,0,418 chrXIII 89059 . T G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=39;Dels=0.00;FS=2.909;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.126;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:39:99:406,0,314 chrXIII 89321 . T C 2245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=98;Dels=0.00;FS=6.902;HaplotypeScore=4.4653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=22.91;ReadPosRankSum=1.555;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2278,243,0 chrXIII 89325 . A C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DP=94;Dels=0.00;FS=3.630;HaplotypeScore=4.7918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:94:99:814,0,983 chrXIII 89355 . T A 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.226;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:898,0,828 chrXIII 89556 . T C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.732;DP=85;Dels=0.00;FS=4.310;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:647,0,907 chrXIII 89571 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=91;Dels=0.00;FS=6.863;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.166;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:651,0,888 chrXIII 89649 . T A 1207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=132;Dels=0.00;FS=9.469;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.334;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:132:99:1237,0,1364 chrXIII 89691 . A G 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=104;Dels=0.00;FS=3.683;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:104:99:910,0,805 chrXIII 89806 . T C 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.291;DP=69;Dels=0.00;FS=4.691;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.331;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:700,0,614 chrXIII 89860 . C T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;DP=70;Dels=0.00;FS=2.001;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=7.29;ReadPosRankSum=2.190;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:540,0,746 chrXIII 89876 . C T 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=19.99;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1792,183,0 chrXIII 90205 . T A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;DP=77;Dels=0.00;FS=1.908;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.811;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:728,0,741 chrXIII 90285 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.364;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.784;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:610,0,603 chrXIII 90409 . G A 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,76:146:99:986,0,1254 chrXIII 90424 . T C 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.599;DP=135;Dels=0.00;FS=6.419;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:135:99:1034,0,1326 chrXIII 90476 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=103;Dels=0.00;FS=9.803;HaplotypeScore=8.8497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.662;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:103:99:835,0,715 chrXIII 90773 . A G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:774,0,861 chrXIII 90833 . G C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:52:99:414,0,232 chrXIII 91086 . A G 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=22.35;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1262,141,0 chrXIII 91149 . G A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=9.91;ReadPosRankSum=-2.526;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:43:99:456,0,302 chrXIII 91346 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=54;Dels=0.00;FS=9.734;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=11.39;ReadPosRankSum=2.168;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:645,0,440 chrXIII 91376 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=47;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.624;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:270,0,584 chrXIII 91439 . G A 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;DP=34;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=1.8455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:189,0,376 chrXIII 91448 . A G 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=35;Dels=0.00;FS=3.625;HaplotypeScore=5.9222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=1.223;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:99:153,0,385 chrXIII 91485 . G A 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=16.61;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:51:498,51,0 chrXIII 91492 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=30;Dels=0.00;FS=6.237;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.855;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:259,0,127 chrXIII 91527 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.727;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:234,0,239 chrXIII 91532 . T C 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=38;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=2.440;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:38:99:222,0,215 chrXIII 91587 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.119;DP=59;Dels=0.00;FS=7.455;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.493;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:427,0,294 chrXIII 91667 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DP=86;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=11.6620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.098;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:86:99:386,0,929 chrXIII 91733 . G C 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;DP=29;Dels=0.00;FS=6.945;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:207,0,354 chrXIII 91890 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=41;Dels=0.00;FS=6.816;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:363,0,320 chrXIII 91978 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.187;DP=54;Dels=0.00;FS=5.324;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:383,0,550 chrXIII 92028 . C T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.357;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,30:45:99:398,0,211 chrXIII 92156 . A G 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:112,0,244 chrXIII 92165 . T A 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.355;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:272,0,119 chrXIII 92384 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.785;DP=25;Dels=0.00;FS=2.609;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:99:373,0,102 chrXIII 92531 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.656;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.919;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:501,0,354 chrXIII 93208 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.424;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:481,0,374 chrXIII 93860 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=68;Dels=0.00;FS=3.295;HaplotypeScore=3.4838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:498,0,509 chrXIII 93961 . A G 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=20.64;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1829,198,0 chrXIII 93980 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.998;DP=69;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=5.5011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.939;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:520,0,708 chrXIII 94055 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=47;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.187;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:436,0,308 chrXIII 94190 . T C 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:100,0,326 chrXIII 94301 . A G 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.064;DP=41;Dels=0.00;FS=7.074;HaplotypeScore=28.8368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.439;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:99,0,386 chrXIII 94338 . T A 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=33;Dels=0.00;FS=2.165;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.887;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.898;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:66:66,0,326 chrXIII 94394 . T A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;DP=73;Dels=0.00;FS=6.330;HaplotypeScore=10.3898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:767,0,804 chrXIII 94572 . T C 883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=24.53;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:916,96,0 chrXIII 94695 . C T 1327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=19.51;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1360,138,0 chrXIII 94812 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=42;Dels=0.00;FS=1.351;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:334,0,289 chrXIII 94898 . G C 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.27;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:90:855,90,0 chrXIII 95017 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:363,0,529 chrXIII 95277 . A C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=56;Dels=0.00;FS=5.854;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.145;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:56:99:305,0,764 chrXIII 95343 . A C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.531;DP=79;Dels=0.00;FS=7.960;HaplotypeScore=9.1132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.344;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:362,0,1080 chrXIII 95482 . A C 586.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DP=95;Dels=0.00;FS=28.868;HaplotypeScore=17.5378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.705;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:616,0,917 chrXIII 95529 . C T 201.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.762;DP=30;Dels=0.00;FS=10.474;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.975;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.935;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:231,0,261 chrXIII 95736 . T A 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.151;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:57:81,0,57 chrXIII 95780 . A G 535.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;DP=42;Dels=0.00;FS=3.928;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=12.74;ReadPosRankSum=1.256;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:565,0,385 chrXIII 95911 . G A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.546;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.834;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:27:99:198,0,284 chrXIII 96019 . C T 420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=15.00;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:453,45,0 chrXIII 96022 . G A 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=13.55;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:45:426,45,0 chrXIII 96273 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:357,0,270 chrXIII 96832 . A G 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=21.46;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:870,93,0 chrXIII 96883 . A G 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=21.69;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:87:814,87,0 chrXIII 97548 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;DP=69;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:421,0,712 chrXIII 97573 . C T 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=53;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=20.5817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.101;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.259;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:200,0,504 chrXIII 97577 . A C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DP=47;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=18.0658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-5.097;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:220,0,482 chrXIII 97600 . G A 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.844;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:134,0,341 chrXIII 97636 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.022;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,31:48:99:376,0,314 chrXIII 97775 . G A 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.395;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.322;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:104:99:996,0,555 chrXIII 97791 . T C 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.057;DP=104;Dels=0.00;FS=2.553;HaplotypeScore=9.4465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.615;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:104:99:1011,0,647 chrXIII 97825 . A T 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=125;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=19.2478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,70:125:99:1089,0,966 chrXIII 98070 . G A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=88;Dels=0.00;FS=1.986;HaplotypeScore=8.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.834;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:743,0,647 chrXIII 98310 . T C 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.55;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:854,93,0 chrXIII 98853 . A G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=43;Dels=0.00;FS=4.854;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.790;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:261,0,484 chrXIII 98939 . A G 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.53;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1182,123,0 chrXIII 99579 . G A 1812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=23.84;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1845,192,0 chrXIII 99586 . T C 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=24.18;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1605,168,0 chrXIII 99676 . G A 3313.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=27.61;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:3313,334,0 chrXIII 99717 . G A 4480.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=27.15;SB=-1.903e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:165:99:4480,454,0 chrXIII 99870 . C A 1166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.086;DP=110;Dels=0.00;FS=24.779;HaplotypeScore=4.2001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.548;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:110:99:1196,0,1103 chrXIII 99880 . C T 2100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2133,231,0 chrXIII 99908 . G C 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.875;DP=109;Dels=0.00;FS=6.411;HaplotypeScore=6.9230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:109:99:862,0,939 chrXIII 99929 . T C 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.537;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:122:99:962,0,1089 chrXIII 100054 . A G 2109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=23.43;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2142,231,0 chrXIII 100097 . A G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;DP=76;Dels=0.00;FS=0.913;HaplotypeScore=8.3472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.229;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:478,0,647 chrXIII 100124 . G A 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=86;Dels=0.00;FS=3.298;HaplotypeScore=5.5820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.246;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:633,0,613 chrXIII 100208 . T G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=72;Dels=0.00;FS=19.738;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:72:99:586,0,588 chrXIII 100340 . T G 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:479,0,638 chrXIII 100374 . G A 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.067;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:756,0,691 chrXIII 100457 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DP=55;Dels=0.00;FS=12.122;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.593;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:509,0,425 chrXIII 100551 . C T 965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=19.69;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:998,102,0 chrXIII 100562 . T A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=49;Dels=0.00;FS=14.420;HaplotypeScore=5.8131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:250,0,500 chrXIII 100625 . G A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.777;DP=65;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.224;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:65:99:562,0,492 chrXIII 100694 . T C 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=17.63;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:950,102,0 chrXIII 100803 . G C 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.27;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1243,129,0 chrXIII 100969 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:369,0,452 chrXIII 101006 . G A 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=19.08;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:987,102,0 chrXIII 101193 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;DP=51;Dels=0.00;FS=4.890;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:358,0,561 chrXIII 101308 . C T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=29;Dels=0.00;FS=1.762;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:247,0,294 chrXIII 101469 . A T 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=17.97;ReadPosRankSum=1.337;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:75:698,75,0 chrXIII 101681 . T C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:410,0,351 chrXIII 101716 . T C 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=21.24;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:819,90,0 chrXIII 101856 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;DP=47;Dels=0.00;FS=8.187;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:435,0,381 chrXIII 102104 . C G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=49;Dels=0.00;FS=18.054;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.570;QD=10.63;ReadPosRankSum=2.950;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:551,0,338 chrXIII 102269 . A G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=46;Dels=0.00;FS=4.579;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:545,0,398 chrXIII 102554 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=39;Dels=0.00;FS=3.268;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:39:99:427,0,243 chrXIII 102605 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DP=33;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:323,0,265 chrXIII 102686 . G A 116.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=47;Dels=0.00;FS=5.497;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.934;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.751;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:47:99:146,0,507 chrXIII 103133 . T C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DP=49;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=23.16;ReadPosRankSum=2.348;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:99:1168,123,0 chrXIII 103222 . G A 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=21;Dels=0.00;FS=6.923;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.267;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:104,0,218 chrXIII 103247 . T C 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=28;Dels=0.00;FS=12.657;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.025;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.464;SB=-9.699e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:28:99:183,0,159 chrXIII 103250 . A T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=28;Dels=0.00;FS=15.281;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.553;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:194,0,187 chrXIII 103280 . C T 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=34;Dels=0.00;FS=11.504;HaplotypeScore=4.8179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.584;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:123,0,203 chrXIII 103361 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:257,0,606 chrXIII 104435 . T C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=93;Dels=0.00;FS=0.825;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.173;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.291;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:93:99:804,0,920 chrXIII 104510 . T G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=65;Dels=0.00;FS=2.052;HaplotypeScore=6.2351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.822;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:503,0,465 chrXIII 104516 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.447;DP=58;Dels=0.00;FS=3.614;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:499,0,380 chrXIII 104675 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DP=55;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.290;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:445,0,521 chrXIII 104896 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.136;DP=59;Dels=0.00;FS=1.042;HaplotypeScore=3.5063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:540,0,637 chrXIII 105255 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.82;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1146,123,0 chrXIII 105326 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.586;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:330,0,231 chrXIII 105355 . A G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;DP=29;Dels=0.00;FS=3.471;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:306,0,272 chrXIII 105406 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=50;Dels=0.00;FS=10.671;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.062;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:323,0,469 chrXIII 105409 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=57;Dels=0.00;FS=16.176;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.369;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:258,0,598 chrXIII 105707 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;DP=44;Dels=0.00;FS=4.430;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=5.95;ReadPosRankSum=2.085;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:292,0,367 chrXIII 106249 . A G 2011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=24.23;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2044,219,0 chrXIII 106723 . G A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=93;Dels=0.00;FS=4.313;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.149;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:736,0,716 chrXIII 107083 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=91;Dels=0.00;FS=2.802;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.323;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:625,0,888 chrXIII 107242 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=90;Dels=0.00;FS=1.741;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:582,0,1020 chrXIII 107248 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=92;Dels=0.00;FS=0.795;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:92:99:654,0,1040 chrXIII 107332 . T C 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;DP=95;Dels=0.01;FS=10.374;HaplotypeScore=1.9623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.651;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.050;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:849,0,920 chrXIII 107365 . T C 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.48;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1687,180,0 chrXIII 107666 . T G 2357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=24.30;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:2390,261,0 chrXIII 107914 . C T 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.438;DP=93;Dels=0.00;FS=2.956;HaplotypeScore=12.4827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:93:99:1138,0,732 chrXIII 107957 . C T 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.57;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1851,192,0 chrXIII 108139 . A T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DP=84;Dels=0.00;FS=4.416;HaplotypeScore=11.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=9.57;ReadPosRankSum=-2.427;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:834,0,717 chrXIII 108668 . T C 2854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=22.12;SB=-1.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:2887,309,0 chrXIII 108702 . T A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=82;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=9.4602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:782,0,709 chrXIII 108789 . A G 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=19.87;ReadPosRankSum=1.697;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:2020,213,0 chrXIII 108901 . C T 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.14;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2047,210,0 chrXIII 109270 . T C 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.65;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:899,96,0 chrXIII 109435 . A G 1845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.50;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:82:99:1878,201,0 chrXIII 109543 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DP=63;Dels=0.00;FS=7.059;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:63:99:539,0,625 chrXIII 109858 . C T 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=118;Dels=0.00;FS=2.397;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,52:118:99:683,0,1143 chrXIII 109860 . C A 2363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=19.37;SB=-1.467e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2396,246,0 chrXIII 110039 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=86;Dels=0.00;FS=2.943;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.947;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:694,0,854 chrXIII 110068 . G A 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DP=129;Dels=0.00;FS=0.661;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.029;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:129:99:984,0,1329 chrXIII 110077 . A G 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;DP=142;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=5.4866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.709;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,68:142:99:1009,0,1552 chrXIII 110109 . C T 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.568;DP=164;Dels=0.00;FS=2.703;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,79:164:99:1250,0,1797 chrXIII 110245 . G A 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=91;Dels=0.00;FS=9.909;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:91:99:812,0,783 chrXIII 110807 . T C 2009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.71;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2042,210,0 chrXIII 111909 . T C 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.833;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.780;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,48:114:99:956,0,1323 chrXIII 112648 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=67;Dels=0.00;FS=4.958;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.486;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.084;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:455,0,799 chrXIII 112670 . T C 2318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=101;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=22.95;ReadPosRankSum=1.330;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:2351,243,0 chrXIII 112781 . G A 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=106;Dels=0.00;FS=10.974;HaplotypeScore=8.0058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.319;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:106:99:1150,0,779 chrXIII 113072 . G A 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.253;DP=123;Dels=0.00;FS=0.674;HaplotypeScore=14.6673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:123:99:1192,0,1043 chrXIII 113091 . G A 1192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DP=122;Dels=0.00;FS=1.419;HaplotypeScore=9.0002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:122:99:1222,0,1082 chrXIII 113406 . C T 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=92;Dels=0.00;FS=1.733;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:735,0,819 chrXIII 113467 . G A 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=102;Dels=0.00;FS=2.713;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,67:102:99:1265,0,592 chrXIII 113483 . G A 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;DP=103;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.948;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,64:103:99:1198,0,665 chrXIII 113575 . T C 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=89;Dels=0.00;FS=16.286;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.803;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:754,0,980 chrXIII 113641 . C T 1990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.61;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2023,216,0 chrXIII 113691 . G T 1282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.040;DP=107;Dels=0.00;FS=3.829;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,60:107:99:1312,0,914 chrXIII 113797 . G T 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.402;DP=113;Dels=0.00;FS=5.089;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.564;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.720;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,63:113:99:1110,0,1001 chrXIII 113812 . T C 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.875;DP=114;Dels=0.00;FS=10.903;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.952;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.540;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,65:114:99:1086,0,995 chrXIII 113839 . A G 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.710;DP=127;Dels=0.00;FS=1.640;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.641;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:127:99:1123,0,1219 chrXIII 114280 . C T 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.332;DP=101;Dels=0.00;FS=9.927;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=2.302;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.858;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:101:99:952,0,845 chrXIII 114304 . T C 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=21.30;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2163,231,0 chrXIII 114310 . T C 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DP=106;Dels=0.00;FS=13.240;HaplotypeScore=6.1667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.409;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:794,0,1027 chrXIII 114535 . C T 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=20.74;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1402,141,0 chrXIII 114553 . C T 1283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=19.15;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1316,138,0 chrXIII 114963 . G A 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.43;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:783,78,0 chrXIII 115183 . A G 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.80;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:628,66,0 chrXIII 115316 . G A 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.042;DP=83;Dels=0.00;FS=12.118;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.875;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:83:99:1131,0,578 chrXIII 115471 . G A 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.56;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1470,153,0 chrXIII 115670 . T C 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.342;DP=114;Dels=0.00;FS=10.622;HaplotypeScore=8.1500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:114:99:1064,0,1188 chrXIII 115816 . G A 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:631,0,693 chrXIII 115959 . C T 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=18.81;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:1312,135,0 chrXIII 116112 . A G 1305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.05;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1338,147,0 chrXIII 116448 . T C 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=12.98;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:75:708,75,0 chrXIII 117294 . T C 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.53;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1431,153,0 chrXIII 117342 . C T 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=22.02;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1949,207,0 chrXIII 117377 . A G 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=95;Dels=0.00;FS=0.852;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.153;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1020,0,898 chrXIII 117651 . A G 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=23.02;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:1898,207,0 chrXIII 117732 . T C 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.594;DP=116;Dels=0.00;FS=2.378;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:1005,0,1145 chrXIII 118473 . A G 2657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.91;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2690,291,0 chrXIII 118517 . A G 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.495;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:118:99:1121,0,1031 chrXIII 118891 . G A 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.63;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1869,189,0 chrXIII 119016 . A G 1412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=137;Dels=0.00;FS=7.122;HaplotypeScore=5.6398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.738;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,70:137:99:1442,0,1115 chrXIII 119087 . A C 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.41;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2003,219,0 chrXIII 119306 . A G 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.673;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1219,135,0 chrXIII 119408 . T G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=42;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.660;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:42:99:358,0,365 chrXIII 119467 . A G 872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=19.38;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:905,96,0 chrXIII 119476 . G A 967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=20.15;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1000,102,0 chrXIII 119520 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=57;Dels=0.00;FS=3.833;HaplotypeScore=6.9115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:428,0,560 chrXIII 119630 . C T 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=21.51;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1775,180,0 chrXIII 120287 . G A 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.053;DP=105;Dels=0.00;FS=6.648;HaplotypeScore=9.5555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.435;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:105:99:1086,0,771 chrXIII 120376 . C T 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=21.25;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1117,117,0 chrXIII 120619 . C G 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;DP=125;Dels=0.00;FS=1.853;HaplotypeScore=257.9010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQ0=0;MQRankSum=2.814;QD=2.14;ReadPosRankSum=-6.670;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,29:125:99:298,0,629 chrXIII 120947 . A G 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=20.53;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:957,99,0 chrXIII 120995 . G A 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=16.63;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:981,102,0 chrXIII 121136 . A T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=52;Dels=0.00;FS=1.186;HaplotypeScore=13.1775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:288,0,530 chrXIII 121512 . G A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=65;Dels=0.00;FS=8.567;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.336;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:771,0,472 chrXIII 121603 . A G 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=26.11;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1652,174,0 chrXIII 121834 . G T 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=99;Dels=0.00;FS=16.697;HaplotypeScore=8.5964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.933;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:99:99:913,0,807 chrXIII 121847 . G A 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=19.33;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1811,207,0 chrXIII 121935 . C T 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.58;MQ0=0;QD=21.46;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1771,180,0 chrXIII 121948 . G C 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=20.16;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1424,150,0 chrXIII 121951 . T C 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.59;MQ0=0;QD=19.58;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1325,144,0 chrXIII 121965 . T C 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=17.41;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1130,123,0 chrXIII 122028 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;DP=72;Dels=0.00;FS=0.941;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:542,0,593 chrXIII 122094 . G T 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.83;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1512,153,0 chrXIII 122176 . A G 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.683;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1160,123,0 chrXIII 122193 . A G 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=16.49;ReadPosRankSum=1.681;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1138,120,0 chrXIII 122298 . G T 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=18.97;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1133,120,0 chrXIII 122317 . C T 1392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=20.17;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1425,147,0 chrXIII 122362 . G A 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=19.91;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1626,168,0 chrXIII 122795 . G A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.725;DP=71;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=3.4799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.757;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:177,0,258 chrXIII 122837 . G A 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;QD=16.95;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1152,123,0 chrXIII 122938 . T C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=33;Dels=0.00;FS=1.406;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:247,0,262 chrXIII 123828 . G A 2724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=19.60;SB=-1.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2757,300,0 chrXIII 123833 . G A 2942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.16;MQ0=0;QD=20.29;SB=-1.441e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:2975,298,0 chrXIII 123850 . C T 2395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=17.61;SB=-1.660e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2428,249,0 chrXIII 123855 . G A 2329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=17.51;SB=-1.687e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:133:99:2362,240,0 chrXIII 124000 . T A 2175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=124;Dels=0.00;FS=9.471;HaplotypeScore=7.4207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=17.54;ReadPosRankSum=2.307;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:124:99:2208,231,0 chrXIII 124027 . C T 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=18.79;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1574,162,0 chrXIII 124036 . G A 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.14;MQ0=0;QD=15.35;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1353,144,0 chrXIII 124113 . T C 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1708,183,0 chrXIII 124135 . G A 2455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=23.16;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2488,252,0 chrXIII 124216 . C A 4522.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=21.95;SB=-2.733e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,206:206:99:4522,463,0 chrXIII 124283 . C G 2891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=21.90;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:132:99:2924,321,0 chrXIII 124309 . A G 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2037,219,0 chrXIII 124356 . C T 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.192;DP=43;Dels=0.00;FS=13.637;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=18.44;ReadPosRankSum=3.192;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:84:826,84,0 chrXIII 124357 . A G 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=43;Dels=0.00;FS=3.606;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:43:87:816,87,0 chrXIII 124406 . C G 349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;QD=11.63;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:42:382,42,0 chrXIII 124408 . C G 324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;QD=11.17;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:39:357,39,0 chrXIII 124455 . T C 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.59;MQ0=0;QD=15.92;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1434,153,0 chrXIII 124497 . A G 2044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=19.28;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2077,222,0 chrXIII 124499 . C T 2220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=19.82;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2253,228,0 chrXIII 124576 . G A 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.848;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,59:115:99:986,0,868 chrXIII 124675 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=24.73;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1146,123,0 chrXIII 124697 . T C 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=25.33;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1097,114,0 chrXIII 124711 . G T 165.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=42;Dels=0.00;FS=5.548;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:195,0,543 chrXIII 124777 . C T 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=22.09;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:762,78,0 chrXIII 124793 . G A 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:138,0,480 chrXIII 124802 . C T 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:762,78,0 chrXIII 124844 . G A 525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.57;MQ0=0;QD=20.19;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:558,60,0 chrXIII 124877 . G T 546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=20.22;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:579,60,0 chrXIII 125006 . G A 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=20.21;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1286,135,0 chrXIII 125173 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:285,0,306 chrXIII 125244 . A G 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=39;Dels=0.00;FS=6.623;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=17.77;ReadPosRankSum=2.321;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:39:78:726,78,0 chrXIII 125640 . T C 589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DP=32;Dels=0.00;FS=7.364;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=18.41;ReadPosRankSum=2.297;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:66:622,66,0 chrXIII 125779 . G A 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;DP=106;Dels=0.00;FS=13.278;HaplotypeScore=15.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:106:99:856,0,1069 chrXIII 125874 . T C 2280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=104;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=21.92;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2313,246,0 chrXIII 125883 . A T 2324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2357,243,0 chrXIII 125888 . G A 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DP=95;Dels=0.00;FS=7.085;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.214;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:801,0,768 chrXIII 125916 . C T 1424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=18.99;ReadPosRankSum=0.208;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1457,147,0 chrXIII 125926 . A G 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=59;Dels=0.00;FS=4.199;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:230,0,543 chrXIII 125951 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=45;Dels=0.00;FS=3.006;HaplotypeScore=10.5459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.953;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:45:99:181,0,425 chrXIII 126014 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.965;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:257,0,465 chrXIII 126211 . T C 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;DP=95;Dels=0.00;FS=8.351;HaplotypeScore=6.3020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=9.88;ReadPosRankSum=2.105;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:969,0,864 chrXIII 126625 . C T 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=20.34;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1803,183,0 chrXIII 126663 . C T 1764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=20.28;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1797,180,0 chrXIII 127093 . T C 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=22.94;ReadPosRankSum=1.677;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1478,159,0 chrXIII 127250 . A G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;DP=57;Dels=0.00;FS=21.678;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.738;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:626,0,363 chrXIII 127320 . C G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=10.62;ReadPosRankSum=-2.062;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:699,0,573 chrXIII 127329 . G C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.706;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.699;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:636,0,595 chrXIII 127429 . T C 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=22.06;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1930,204,0 chrXIII 127550 . T C 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=3.322;HaplotypeScore=11.8193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1945,180,0 chrXIII 127589 . A T 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=86;Dels=0.00;FS=3.663;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=23.93;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2091,210,0 chrXIII 128281 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=75;Dels=0.00;FS=3.139;HaplotypeScore=3.4948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.505;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:464,0,862 chrXIII 128432 . A G 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=18.83;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1238,135,0 chrXIII 128498 . G A 1128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=17.90;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1161,123,0 chrXIII 128877 . A G 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.91;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1110,120,0 chrXIII 129009 . C T 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=21.55;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1046,108,0 chrXIII 129083 . G A 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.86;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1145,120,0 chrXIII 129400 . T G 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.74;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1881,201,0 chrXIII 129456 . T C 2297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2330,249,0 chrXIII 129926 . C T 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.44;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1505,156,0 chrXIII 129978 . C G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;DP=90;Dels=0.00;FS=0.806;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.764;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.915;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:90:99:735,0,626 chrXIII 130073 . T C 2080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2113,222,0 chrXIII 130218 . T C 2127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=96;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=9.2369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=22.16;ReadPosRankSum=0.995;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:96:99:2160,225,0 chrXIII 130360 . C A 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.631;DP=123;Dels=0.00;FS=5.687;HaplotypeScore=10.1322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.011;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:123:99:1039,0,745 chrXIII 130721 . A G 4689.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=184;Dels=0.00;FS=5.197;HaplotypeScore=9.1997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=25.48;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.553e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,181:184:99:4689,507,0 chrXIII 131106 . T C 2091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=21.34;SB=-1.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2124,225,0 chrXIII 131349 . G T 2395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=21.77;SB=-1.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2428,246,0 chrXIII 131365 . T A 2368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2401,246,0 chrXIII 131423 . A G 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=19.99;ReadPosRankSum=1.687;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:77:99:1572,168,0 chrXIII 131647 . G C 4134.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:182:99:4134,433,0 chrXIII 131930 . A T 3425.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=24.64;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3425,340,0 chrXIII 132028 . A T 2337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.661;DP=111;Dels=0.00;FS=5.445;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=21.05;ReadPosRankSum=2.900;SB=-1.255e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:111:99:2370,240,0 chrXIII 132039 . G A 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=20.65;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1871,192,0 chrXIII 132061 . A G 2421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=19.37;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2454,261,0 chrXIII 132065 . G T 2440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=19.52;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2473,246,0 chrXIII 132088 . T C 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=18.04;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2288,243,0 chrXIII 132246 . G A 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.341;DP=117;Dels=0.00;FS=0.805;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.941;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:117:99:1271,0,1149 chrXIII 132350 . G A 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=24.45;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1867,189,0 chrXIII 132409 . A G 2712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=24.21;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2745,303,0 chrXIII 132552 . C T 2742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.59;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:127:99:2775,282,0 chrXIII 132728 . C T 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.50;MQ0=0;QD=12.31;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:72:710,72,0 chrXIII 132741 . T C 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.02;MQ0=0;QD=12.00;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:96:885,96,0 chrXIII 132751 . C A 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;QD=12.90;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:93:910,93,0 chrXIII 132818 . C T 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=16.61;SB=-1.236e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:1827,195,0 chrXIII 132842 . C G 2166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2199,234,0 chrXIII 132856 . C T 2251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.93;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2284,228,0 chrXIII 132865 . T A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=100;Dels=0.00;FS=9.653;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:579,0,953 chrXIII 132910 . C T 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=17.04;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1192,126,0 chrXIII 133001 . A T 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=21.47;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1708,183,0 chrXIII 133023 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=77;Dels=0.00;FS=27.074;HaplotypeScore=10.0025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.920;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.719;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:576,0,742 chrXIII 133099 . T C 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=24.00;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1737,183,0 chrXIII 133117 . C T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.573;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.148;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:741,0,557 chrXIII 133212 . T C 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=20.69;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:840,90,0 chrXIII 133405 . T C 2412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2445,255,0 chrXIII 133436 . A G 2340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=106;Dels=0.00;FS=3.938;HaplotypeScore=9.4295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:106:99:2373,249,0 chrXIII 133555 . G T 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.88;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63:628,63,0 chrXIII 133610 . T C 367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=19.32;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:42:400,42,0 chrXIII 133649 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=39;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.410;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:360,0,334 chrXIII 133858 . T C 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.82;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:925,102,0 chrXIII 134288 . C A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=70;Dels=0.00;FS=0.936;HaplotypeScore=6.1650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=11.57;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,44:70:99:840,0,495 chrXIII 134620 . C T 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.74;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1070,111,0 chrXIII 135169 . A G 307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.62;SB=-1.799e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:340,36,0 chrXIII 135233 . C A 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1001,102,0 chrXIII 135252 . T C 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=20.40;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:951,99,0 chrXIII 135343 . T C 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=26.24;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1791,183,0 chrXIII 135387 . G A 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.65;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1019,105,0 chrXIII 135431 . G A 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DP=76;Dels=0.00;FS=4.287;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:993,0,589 chrXIII 135470 . G A 2262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=25.70;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2295,234,0 chrXIII 136477 . A G 3608.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=22.41;ReadPosRankSum=1.083;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,159:161:99:3608,381,0 chrXIII 136675 . A G 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=21.46;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1814,189,0 chrXIII 136702 . T G 2030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=21.60;ReadPosRankSum=0.958;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2063,222,0 chrXIII 136948 . A G 3404.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=141;Dels=0.00;FS=16.980;HaplotypeScore=7.5038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.807;QD=24.14;ReadPosRankSum=3.322;SB=-1.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:141:99:3404,369,0 chrXIII 137116 . T C 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=23.70;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2237,243,0 chrXIII 137286 . C T 4625.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.552e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,194:195:99:4625,466,0 chrXIII 137347 . T C 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;DP=100;Dels=0.00;FS=0.757;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.927;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:100:99:960,0,745 chrXIII 137451 . G A 2802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:2835,288,0 chrXIII 137475 . C T 2907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=22.02;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2940,300,0 chrXIII 137716 . G A 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=18.24;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1656,168,0 chrXIII 137717 . C T 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=17.91;SB=-1.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1627,168,0 chrXIII 137768 . C A 2488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=18.03;SB=-1.601e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:138:99:2521,258,0 chrXIII 137804 . T C 2644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=125;Dels=0.00;FS=10.658;HaplotypeScore=6.4634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=21.15;ReadPosRankSum=2.391;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:125:99:2677,288,0 chrXIII 137879 . C T 2630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2663,270,0 chrXIII 138042 . A G 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=22.32;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1930,204,0 chrXIII 138066 . G A 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.369;DP=75;Dels=0.00;FS=2.063;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.398;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:756,0,538 chrXIII 138244 . G A 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DP=108;Dels=0.00;FS=4.822;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.848;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.735;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:108:99:1211,0,779 chrXIII 138467 . A G 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=24.33;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1371,144,0 chrXIII 138572 . A G 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:78:99:824,0,595 chrXIII 138823 . C T 1622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.63;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1655,174,0 chrXIII 138914 . G A 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=19.78;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1398,150,0 chrXIII 139013 . A G 3883.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=22.32;SB=-2.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,173:174:99:3883,409,0 chrXIII 139131 . T C 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.087;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:800,0,882 chrXIII 139239 . C T 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DP=76;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=2.042;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.457;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:836,0,564 chrXIII 139575 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=79;Dels=0.00;FS=9.798;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.356;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:79:99:644,0,898 chrXIII 139632 . C T 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=18.27;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:983,108,0 chrXIII 139664 . T C 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1382,147,0 chrXIII 140328 . G A 2996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=24.16;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-1.698e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:124:99:3029,304,0 chrXIII 140395 . G A 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=134;Dels=0.00;FS=1.448;HaplotypeScore=13.0221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,67:134:99:1250,0,1198 chrXIII 140757 . C T 2578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=23.87;ReadPosRankSum=0.784;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:108:99:2611,259,0 chrXIII 140935 . A G 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=19.00;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:717,78,0 chrXIII 140970 . A G 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=19.77;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:804,84,0 chrXIII 140984 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=39;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.760;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:367,0,200 chrXIII 141068 . A T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:426,0,533 chrXIII 141321 . C T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=51;Dels=0.00;FS=10.670;HaplotypeScore=4.0205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:51:99:331,0,442 chrXIII 141366 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.180;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:334,0,660 chrXIII 141627 . C T 2251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.411e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2284,231,0 chrXIII 141877 . T C 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=26.35;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1614,168,0 chrXIII 141979 . C T 2410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=22.52;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2443,255,0 chrXIII 141982 . C T 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.899;DP=107;Dels=0.00;FS=2.514;HaplotypeScore=2.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.286;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:1006,0,910 chrXIII 142186 . A G 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=20.55;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1595,174,0 chrXIII 142190 . A G 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.643;QD=19.32;ReadPosRankSum=1.688;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:80:99:1579,168,0 chrXIII 142206 . T G 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1799,192,0 chrXIII 142395 . C T 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=24.58;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1508,153,0 chrXIII 142543 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.568;DP=86;Dels=0.00;FS=11.409;HaplotypeScore=9.5427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=7.83;ReadPosRankSum=2.176;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:86:99:703,0,923 chrXIII 142575 . G A 2351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=24.24;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2384,255,0 chrXIII 142704 . C T 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=23.07;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1371,138,0 chrXIII 142824 . G A 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.64;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:99:942,99,0 chrXIII 142984 . G A 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=21.82;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1364,150,0 chrXIII 143064 . A C 669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.27;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:702,78,0 chrXIII 143445 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=63;Dels=0.00;FS=17.098;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.906;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.064;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:410,0,807 chrXIII 143613 . G A 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=24.81;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1720,180,0 chrXIII 143946 . G C 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DP=90;Dels=0.00;FS=5.116;HaplotypeScore=13.1980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.605;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:90:99:944,0,600 chrXIII 144507 . C T 2682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2715,285,0 chrXIII 144771 . T C 2701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=112;Dels=0.00;FS=8.221;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=24.12;ReadPosRankSum=2.360;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:112:99:2734,294,0 chrXIII 145063 . T C 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.032;DP=124;Dels=0.00;FS=2.349;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,52:124:99:1040,0,1497 chrXIII 145373 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DP=90;Dels=0.00;FS=9.502;HaplotypeScore=5.3677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=2.310;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:90:99:746,0,927 chrXIII 146132 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.562;DP=69;Dels=0.00;FS=8.134;HaplotypeScore=8.0548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:69:99:440,0,809 chrXIII 146198 . T C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;DP=49;Dels=0.00;FS=4.116;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.909;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.909;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:591,0,430 chrXIII 146992 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;DP=39;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.769;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:444,0,413 chrXIII 147350 . T C 485.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.107;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:515,0,545 chrXIII 148537 . A C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;DP=93;Dels=0.00;FS=1.729;HaplotypeScore=11.1266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:563,0,924 chrXIII 148702 . G C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DP=73;Dels=0.00;FS=6.563;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:73:99:544,0,536 chrXIII 148721 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=74;Dels=0.00;FS=3.236;HaplotypeScore=5.1014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.281;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:553,0,593 chrXIII 149109 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.478;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:563,0,954 chrXIII 149583 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.063;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:309,0,237 chrXIII 150236 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:263,0,310 chrXIII 150480 . A T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;DP=39;Dels=0.00;FS=5.077;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:322,0,253 chrXIII 153930 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=72;Dels=0.00;FS=7.442;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:741,0,684 chrXIII 153969 . C A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.474;DP=79;Dels=0.00;FS=1.382;HaplotypeScore=8.7672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.745;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:755,0,862 chrXIII 154077 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:522,0,602 chrXIII 154359 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;DP=79;Dels=0.00;FS=13.879;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:638,0,729 chrXIII 154578 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.909;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:593,0,868 chrXIII 154896 . G C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:55:99:358,0,618 chrXIII 155151 . C T 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.372;DP=89;Dels=0.00;FS=4.874;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:915,0,802 chrXIII 155379 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=74;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:728,0,635 chrXIII 155649 . G A 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.82;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:93:906,93,0 chrXIII 155650 . G C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;DP=42;Dels=0.00;FS=4.442;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.704;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:42:99:315,0,394 chrXIII 155697 . C A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.646;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:536,0,499 chrXIII 155934 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=36;Dels=0.00;FS=3.092;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:36:99:349,0,265 chrXIII 156156 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DP=65;Dels=0.00;FS=5.262;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.413;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:687,0,444 chrXIII 156612 . C T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.858;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:94:414,0,94 chrXIII 156687 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DP=24;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:91:294,0,91 chrXIII 156727 . C T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:241,0,266 chrXIII 156786 . C T 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.821;DP=93;Dels=0.00;FS=6.784;HaplotypeScore=8.3086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=9.62;ReadPosRankSum=-2.428;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:925,0,719 chrXIII 156894 . A T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.323;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:645,0,697 chrXIII 157143 . C T 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DP=62;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.169;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:62:99:748,0,428 chrXIII 157287 . A C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DP=35;Dels=0.00;FS=1.565;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.526;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:282,0,283 chrXIII 157392 . T A 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=38;Dels=0.00;FS=1.293;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.813;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:358,0,260 chrXIII 158144 . A G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=49;Dels=0.00;FS=2.568;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:423,0,335 chrXIII 158208 . G T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.944;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.517;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:343,0,129 chrXIII 158463 . A C 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=26;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:205,0,130 chrXIII 158483 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=22;Dels=0.00;FS=4.545;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:283,0,144 chrXIII 158538 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=25;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:275,0,215 chrXIII 158654 . G A 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.241;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.054;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.385;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:40:99:463,0,241 chrXIII 158834 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.288;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.266;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:489,0,505 chrXIII 158927 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.071;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:239,0,432 chrXIII 158936 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;DP=49;Dels=0.00;FS=1.326;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:190,0,558 chrXIII 158957 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=58;Dels=0.00;FS=6.050;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.022;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:381,0,564 chrXIII 158997 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.771;DP=106;Dels=0.00;FS=3.976;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.493;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.841;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:636,0,1224 chrXIII 159018 . T A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=121;Dels=0.00;FS=4.615;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-4.959;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,53:121:99:647,0,1391 chrXIII 159039 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.931;DP=142;Dels=0.00;FS=2.266;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-6.718;QD=4.25;ReadPosRankSum=-3.262;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:142:99:634,0,1356 chrXIII 159043 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=143;Dels=0.00;FS=0.659;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.422;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,68:143:99:568,0,1432 chrXIII 159055 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.061;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.904;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:131:99:424,0,1248 chrXIII 159532 . C T 240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=13.33;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:273,30,0 chrXIII 159727 . T C 171.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=10.69;SB=-3.107e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:21:204,21,0 chrXIII 159728 . T C 169.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=11.27;SB=-2.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:21:202,21,0 chrXIII 159757 . T G 162.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=10.13;SB=-2.907e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:21:195,21,0 chrXIII 159950 . A T 1105 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=26.95;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1138,123,0 chrXIII 160000 . C T 436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=27.25;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:469,48,0 chrXIII 160037 . C A 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=18.87;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:23:51:467,51,0 chrXIII 160146 . C T 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=24.72;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:69:651,69,0 chrXIII 160611 . T C 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.62;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:725,78,0 chrXIII 160665 . G A 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=15.64;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:87:862,87,0 chrXIII 160704 . C T 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=15.08;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1028,111,0 chrXIII 160785 . G A 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.87;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1061,108,0 chrXIII 160953 . C G 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=21.72;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:902,96,0 chrXIII 161085 . T C 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=21.51;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1001,108,0 chrXIII 161289 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.983;DP=34;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.139;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:285,0,316 chrXIII 161370 . T A 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=17.89;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1786,183,0 chrXIII 161385 . C T 1813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.97;MQ0=0;QD=16.19;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:1846,189,0 chrXIII 161406 . C T 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=12.69;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:97:99:1264,135,0 chrXIII 161572 . T C 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.91;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:789,84,0 chrXIII 161797 . T C 1635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.365;DP=141;Dels=0.00;FS=2.487;HaplotypeScore=10.9715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.145;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,77:141:99:1665,0,1234 chrXIII 161922 . C A 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.93;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1129,117,0 chrXIII 162035 . G C 2972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.16;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:3005,321,0 chrXIII 162123 . T C 3412.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.03;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:142:99:3412,360,0 chrXIII 162309 . G A 1736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.67;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1769,183,0 chrXIII 162461 . A G 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=22.86;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1496,156,0 chrXIII 162681 . C T 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;DP=41;Dels=0.00;FS=7.090;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.146;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:171,0,467 chrXIII 162797 . A G 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=1;QD=21.03;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:706,78,0 chrXIII 163055 . C T 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=21.33;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1185,123,0 chrXIII 163283 . T C 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=3.382;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1103,117,0 chrXIII 163286 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.040;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:411,0,481 chrXIII 163496 . A G 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=64;Dels=0.00;FS=4.983;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=24.11;ReadPosRankSum=1.622;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:1576,168,0 chrXIII 163519 . G C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DP=66;Dels=0.00;FS=2.093;HaplotypeScore=8.1600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=10.77;ReadPosRankSum=1.642;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:741,0,554 chrXIII 164021 . G A 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=22.12;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1139,114,0 chrXIII 164102 . A G 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=19.22;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:821,87,0 chrXIII 164304 . G A 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=22.77;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1217,129,0 chrXIII 164532 . G A 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.15;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1306,147,0 chrXIII 164666 . C A 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:389,0,466 chrXIII 165032 . G T 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=23.54;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1657,168,0 chrXIII 165218 . A G 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=18.97;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:602,66,0 chrXIII 165482 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=55;Dels=0.00;FS=3.458;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.600;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:437,0,576 chrXIII 166349 . T C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.487;DP=74;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=2.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:674,0,741 chrXIII 166364 . A G 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=69;Dels=0.00;FS=7.029;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=21.16;ReadPosRankSum=2.379;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1493,159,0 chrXIII 166589 . A C 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1221,135,0 chrXIII 166619 . G A 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=20.56;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1390,144,0 chrXIII 166876 . G A 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;DP=31;Dels=0.00;FS=5.822;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:128,0,445 chrXIII 167027 . A T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;DP=50;Dels=0.00;FS=4.043;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.519;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:99:290,0,454 chrXIII 167444 . A G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=44;Dels=0.00;FS=7.186;HaplotypeScore=5.0270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:292,0,539 chrXIII 167521 . G A 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=20;Dels=0.00;FS=4.320;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:196,0,155 chrXIII 167925 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=55;Dels=0.00;FS=1.352;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:530,0,423 chrXIII 167929 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.125;DP=57;Dels=0.00;FS=1.340;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:575,0,526 chrXIII 167959 . T C 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.665;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.424;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:51:51,0,669 chrXIII 167962 . C T 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.516;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:90:90,0,600 chrXIII 168000 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.877;DP=64;Dels=0.00;FS=2.115;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.527;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.629;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:390,0,698 chrXIII 168084 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.394;DP=93;Dels=0.00;FS=8.477;HaplotypeScore=4.8306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.291;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.118;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:93:99:746,0,770 chrXIII 168134 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=80;Dels=0.00;FS=16.951;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.997;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:552,0,649 chrXIII 168139 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=80;Dels=0.00;FS=11.954;HaplotypeScore=2.4595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.084;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:566,0,619 chrXIII 168229 . T C 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=75;Dels=0.00;FS=11.066;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.655;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:75:99:861,0,469 chrXIII 168709 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.404;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-6.407;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.539;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,43:128:99:181,0,2010 chrXIII 168722 . C A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DP=113;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-5.759;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,46:113:99:318,0,1535 chrXIII 168744 . T C 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310;DP=98;Dels=0.00;FS=9.212;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-5.761;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.784;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:468,0,1137 chrXIII 168773 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.865;DP=75;Dels=0.00;FS=4.982;HaplotypeScore=3.0675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.192;QD=6.83;ReadPosRankSum=3.552;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:542,0,765 chrXIII 168774 . T G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.173;DP=74;Dels=0.00;FS=5.246;HaplotypeScore=2.2788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.921;QD=6.96;ReadPosRankSum=3.397;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:545,0,758 chrXIII 168838 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=60;Dels=0.00;FS=17.389;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.03;MQ0=2;MQRankSum=0.334;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:372,0,602 chrXIII 169412 . T G 3892.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.775;DP=192;Dels=0.00;FS=23.182;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=2.029;QD=20.27;ReadPosRankSum=3.808;SB=-1.691e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,186:192:99:3892,411,0 chrXIII 169495 . T C 477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;DP=152;Dels=0.00;FS=3.185;HaplotypeScore=29.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.185;SB=-1.913e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:152:63:510,63,0 chrXIII 169524 . A G 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=2.15;ReadPosRankSum=2.278;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:187,0,474 chrXIII 169765 . A G 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=14.72;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:87:828,87,0 chrXIII 169803 . C A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DP=68;Dels=0.00;FS=1.516;HaplotypeScore=32.6287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.086;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:551,0,488 chrXIII 169959 . G T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;DP=65;Dels=0.00;FS=7.127;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:419,0,747 chrXIII 169977 . T C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;DP=67;Dels=0.00;FS=11.271;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.698;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:513,0,722 chrXIII 170091 . A T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=29;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:379,0,186 chrXIII 170099 . T A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=30;Dels=0.00;FS=7.416;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.518;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:409,0,171 chrXIII 170679 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.592;DP=64;Dels=0.00;FS=2.988;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:64:99:258,0,637 chrXIII 170785 . T A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:335,0,461 chrXIII 170890 . C T 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.514;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:188,0,144 chrXIII 171523 . A G 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=24.15;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1289,141,0 chrXIII 171591 . G A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=22;Dels=0.00;FS=2.730;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.604;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:311,0,128 chrXIII 171869 . A G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=64;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:543,0,523 chrXIII 172154 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=46;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=6.8485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:377,0,286 chrXIII 172439 . C T 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=43;Dels=0.00;FS=1.254;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:506,0,390 chrXIII 172920 . T C 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DP=61;Dels=0.00;FS=2.290;HaplotypeScore=3.7838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.412;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:527,0,441 chrXIII 172925 . C T 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=18.66;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1246,126,0 chrXIII 172934 . A T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.408;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.223;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:593,0,669 chrXIII 173282 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.496;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:90:99:663,0,908 chrXIII 173510 . A G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.360;DP=61;Dels=0.00;FS=3.796;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:61:99:404,0,684 chrXIII 173677 . G A 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.503;DP=54;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:572,0,471 chrXIII 173792 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=76;Dels=0.00;FS=9.697;HaplotypeScore=8.6983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:585,0,678 chrXIII 173850 . C A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DP=71;Dels=0.00;FS=2.012;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:589,0,449 chrXIII 173861 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;DP=66;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:66:99:491,0,498 chrXIII 173873 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;DP=73;Dels=0.00;FS=1.936;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=6.73;ReadPosRankSum=2.433;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:521,0,679 chrXIII 173987 . C T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=43;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:467,0,153 chrXIII 174577 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.966;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.409;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.943;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,67:125:99:1029,0,912 chrXIII 174805 . T C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;DP=62;Dels=0.00;FS=7.179;HaplotypeScore=4.2512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.412;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:433,0,676 chrXIII 174980 . T A 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=22.62;ReadPosRankSum=1.653;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:2001,198,0 chrXIII 174991 . T C 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=19.10;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1637,177,0 chrXIII 175074 . G C 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.49;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1180,126,0 chrXIII 175507 . G A 1866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=210;Dels=0.00;FS=6.709;HaplotypeScore=10.1941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.949;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.578;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,105:210:99:1896,0,1992 chrXIII 175545 . T C 4656.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=22.38;SB=-2.595e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:208:99:4656,496,0 chrXIII 175576 . A T 1462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=181;Dels=0.00;FS=10.111;HaplotypeScore=19.5075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.843;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.116;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,85:181:99:1492,0,1672 chrXIII 175615 . C T 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DP=120;Dels=0.00;FS=0.694;HaplotypeScore=10.4480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:120:99:769,0,1219 chrXIII 175656 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=81;Dels=0.00;FS=5.707;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.940;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:539,0,878 chrXIII 175682 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.773;DP=81;Dels=0.00;FS=7.942;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.579;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:81:99:634,0,697 chrXIII 175759 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.151;DP=67;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.782;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:738,0,500 chrXIII 175777 . A G 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=20.10;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1581,168,0 chrXIII 175789 . C T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=75;Dels=0.00;FS=1.870;HaplotypeScore=6.2347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:75:99:588,0,685 chrXIII 175883 . A T 3425.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=18.61;ReadPosRankSum=1.694;SB=-2.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,182:184:99:3425,349,0 chrXIII 175912 . G A 1723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.903;DP=154;Dels=0.00;FS=0.621;HaplotypeScore=378.3881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=9.195;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.064;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,100:154:99:1753,0,243 chrXIII 176046 . G T 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=84;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:84:99:739,0,589 chrXIII 176077 . T A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=94;Dels=0.00;FS=4.046;HaplotypeScore=4.8480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:723,0,1025 chrXIII 176141 . C T 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.665;DP=139;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=11.3793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,67:139:99:1180,0,1372 chrXIII 176260 . C T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:713,0,662 chrXIII 176569 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=74;Dels=0.00;FS=3.169;HaplotypeScore=3.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:74:99:750,0,684 chrXIII 176730 . T C 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;DP=112;Dels=0.00;FS=0.751;HaplotypeScore=9.0765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.314;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:112:99:856,0,991 chrXIII 176890 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.162;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:589,0,645 chrXIII 176942 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;DP=65;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=5.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.426;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:65:99:357,0,535 chrXIII 177237 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;DP=81;Dels=0.00;FS=0.905;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.232;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:645,0,898 chrXIII 177370 . G T 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.663;DP=100;Dels=0.00;FS=2.655;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.953;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:100:99:1120,0,792 chrXIII 177484 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.619;DP=75;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.906;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:621,0,638 chrXIII 177581 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;DP=51;Dels=0.00;FS=4.176;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.612;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:453,0,471 chrXIII 177778 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;DP=63;Dels=0.00;FS=6.893;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:505,0,521 chrXIII 177801 . G A 341.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=54;Dels=0.00;FS=5.747;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:371,0,407 chrXIII 177805 . A T 331.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=49;Dels=0.00;FS=6.194;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:361,0,422 chrXIII 177810 . C T 363.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=50;Dels=0.00;FS=5.885;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=3.316;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.972;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:393,0,339 chrXIII 178128 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=49;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:435,0,416 chrXIII 178207 . G T 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.87;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1274,132,0 chrXIII 178920 . A G 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:999,108,0 chrXIII 179112 . T A 592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=22.77;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63:625,63,0 chrXIII 179439 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=62;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=2.820;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:62:99:724,0,486 chrXIII 179588 . A G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:543,0,804 chrXIII 179677 . T A 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=22.02;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1090,111,0 chrXIII 179725 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DP=48;Dels=0.00;FS=5.493;HaplotypeScore=11.8701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:202,0,307 chrXIII 179731 . T C 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;DP=49;Dels=0.00;FS=14.172;HaplotypeScore=19.7860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.642;QD=1.41;ReadPosRankSum=-2.865;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:49:99:99,0,433 chrXIII 179737 . T C 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;DP=55;Dels=0.00;FS=7.861;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.173;QD=1.05;ReadPosRankSum=-2.309;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,9:55:88:88,0,529 chrXIII 179752 . G A 520 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=11.82;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:57:553,57,0 chrXIII 179965 . A G 690.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.681;DP=71;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.244;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:71:99:720,0,722 chrXIII 180101 . G A 1967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=26.95;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2000,207,0 chrXIII 180122 . G A 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=22.00;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:56:99:1265,138,0 chrXIII 180374 . T C 1953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.079;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,99:190:99:1983,0,1718 chrXIII 180733 . T G 2417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.48;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2450,258,0 chrXIII 181019 . A G 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:869,93,0 chrXIII 181112 . A G 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=20.76;ReadPosRankSum=2.341;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:967,102,0 chrXIII 181117 . A G 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.85;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1130,117,0 chrXIII 181539 . G A 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=24.66;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2203,231,0 chrXIII 181557 . A C 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.161;DP=96;Dels=0.00;FS=0.804;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.138;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:952,0,965 chrXIII 181905 . G A 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=19.43;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1024,105,0 chrXIII 182131 . G A 1991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=24.28;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2024,210,0 chrXIII 182493 . T C 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=100;Dels=0.00;FS=1.695;HaplotypeScore=16.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.116;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:813,0,908 chrXIII 182695 . A T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=91;Dels=0.00;FS=8.771;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:829,0,1032 chrXIII 182793 . T A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;DP=73;Dels=0.00;FS=2.122;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.084;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:762,0,503 chrXIII 183093 . C T 2159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.10;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2192,225,0 chrXIII 183207 . A G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.757;DP=60;Dels=0.02;FS=2.120;HaplotypeScore=2.7446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.753;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:683,0,394 chrXIII 183416 . C T 18.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-2.360e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:21:48,0,21 chrXIII 183748 . G A 52.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.076;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:82:82,0,254 chrXIII 183763 . A C 208.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.01;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:238,0,151 chrXIII 183764 . G A 123.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=5.35;ReadPosRankSum=2.016;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:153,0,242 chrXIII 183799 . T C 220.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.16;MQ0=0;QD=9.57;SB=-2.381e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:27:253,27,0 chrXIII 183800 . A T 248 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.16;MQ0=0;QD=10.78;SB=-1.520e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:30:281,30,0 chrXIII 183815 . T C 223.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.68;MQ0=0;QD=10.14;SB=-2.902e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:27:256,27,0 chrXIII 183816 . A C 223.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.68;MQ0=0;QD=10.14;SB=-2.502e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:27:256,27,0 chrXIII 183824 . G T 258 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.68;MQ0=0;QD=11.73;SB=-2.502e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:30:291,30,0 chrXIII 183832 . G A 238.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=23;Dels=0.00;FS=13.617;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.377;SB=-1.202e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:8:270,8,0 chrXIII 183879 . G A 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=38;Dels=0.00;FS=71.011;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.954;QD=16.29;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-3.017e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,31:38:45:649,0,45 chrXIII 183901 . G A 133.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;DP=56;Dels=0.00;FS=110.774;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.12;MQ0=0;MQRankSum=3.478;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.907;SB=0.205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,15:56:99:163,0,964 chrXIII 183980 . G A 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=57;Dels=0.00;FS=52.673;HaplotypeScore=13.1755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=0.51;ReadPosRankSum=-4.147;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,9:57:59:59,0,1040 chrXIII 184115 . G T 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.72;MQ0=0;QD=23.95;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:991,99,0 chrXIII 190080 . C G 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.33;MQ0=3;MQRankSum=1.920;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.920;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:11:6:55,6,0 chrXIII 190082 . C T 99.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.034;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.16;MQ0=2;MQRankSum=2.404;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-2.384e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:14:15:132,15,0 chrXIII 190128 . G C 2749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.81;MQ0=0;QD=16.36;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:168:99:2782,288,0 chrXIII 190298 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=80;Dels=0.00;FS=1.947;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.403;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:589,0,783 chrXIII 190315 . G A 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=104;Dels=0.00;FS=5.914;HaplotypeScore=3.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:104:99:911,0,948 chrXIII 190436 . G C 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.416;DP=111;Dels=0.00;FS=0.734;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.473;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,67:111:99:1087,0,631 chrXIII 190481 . C T 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DP=122;Dels=0.00;FS=4.697;HaplotypeScore=13.4494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.972;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:122:99:1037,0,869 chrXIII 190595 . G A 1144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.743;DP=120;Dels=0.00;FS=0.688;HaplotypeScore=16.0341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.286;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,62:120:99:1174,0,948 chrXIII 190760 . A G 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=103;Dels=0.00;FS=6.312;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:958,0,974 chrXIII 190786 . A G 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DP=107;Dels=0.00;FS=14.708;HaplotypeScore=8.7644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.788;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:107:99:1023,0,941 chrXIII 191033 . A C 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.385;DP=115;Dels=0.00;FS=2.390;HaplotypeScore=4.2860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:115:99:913,0,1258 chrXIII 191291 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;DP=113;Dels=0.00;FS=3.575;HaplotypeScore=11.2299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.269;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,43:113:99:546,0,1354 chrXIII 191314 . T G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DP=80;Dels=0.00;FS=10.071;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.663;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:80:99:372,0,1052 chrXIII 191318 . C T 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DP=75;Dels=0.00;FS=10.406;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.734;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:418,0,967 chrXIII 191452 . T C 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.967;DP=107;Dels=0.00;FS=16.875;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.527;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:981,0,1214 chrXIII 191569 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.256;DP=102;Dels=0.00;FS=1.727;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.440;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:807,0,1142 chrXIII 191792 . A T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.584;DP=85;Dels=0.00;FS=4.437;HaplotypeScore=6.9847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.251;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:715,0,804 chrXIII 191812 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.934;DP=81;Dels=0.00;FS=4.446;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.064;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.420;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:688,0,732 chrXIII 191837 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=66;Dels=0.00;FS=1.808;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.385;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:575,0,642 chrXIII 191863 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=39;Dels=0.00;FS=3.899;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:293,0,320 chrXIII 191932 . A T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;DP=39;Dels=0.00;FS=10.434;HaplotypeScore=22.5116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:402,0,318 chrXIII 192004 . T C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:89:94,0,89 chrXIII 192005 . T A 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.782;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:49:87,0,49 chrXIII 192060 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=48;Dels=0.00;FS=11.141;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.390;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:377,0,588 chrXIII 192110 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;DP=58;Dels=0.00;FS=5.002;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.136;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.118;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:539,0,785 chrXIII 192147 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=58;Dels=0.00;FS=5.811;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.888;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.851;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:429,0,612 chrXIII 192233 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;DP=45;Dels=0.00;FS=9.192;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:283,0,474 chrXIII 192287 . G A 81.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DP=42;Dels=0.00;FS=4.741;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.262;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:111,0,524 chrXIII 192288 . T A 97.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=41;Dels=0.00;FS=7.053;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.536;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:127,0,585 chrXIII 192294 . G A 53.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;DP=43;Dels=0.00;FS=12.804;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.749;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.350;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:83:83,0,635 chrXIII 192321 . T C 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DP=60;Dels=0.00;FS=4.027;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:60:57:57,0,743 chrXIII 192331 . G A 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;DP=62;Dels=0.00;FS=5.996;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:62:94:94,0,756 chrXIII 192396 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;DP=88;Dels=0.00;FS=1.742;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:602,0,864 chrXIII 192412 . T G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:592,0,770 chrXIII 192432 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=67;Dels=0.01;FS=0.961;HaplotypeScore=10.9892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.895;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:424,0,584 chrXIII 192436 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DP=68;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=12.5119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.715;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:68:99:317,0,567 chrXIII 192743 . G A 146.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;DP=30;Dels=0.00;FS=6.495;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:176,0,174 chrXIII 193006 . C A 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=58;Dels=0.00;FS=5.155;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.738;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:798,0,453 chrXIII 193083 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;DP=62;Dels=0.00;FS=1.556;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:573,0,766 chrXIII 193159 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=10.67;ReadPosRankSum=2.366;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:574,0,363 chrXIII 193255 . C A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=75;Dels=0.00;FS=2.036;HaplotypeScore=8.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.390;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:627,0,388 chrXIII 193330 . T C 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;DP=95;Dels=0.00;FS=8.774;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=2.262;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:970,0,806 chrXIII 193433 . T C 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.908;DP=113;Dels=0.00;FS=8.909;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.003;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.333;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:113:99:956,0,1266 chrXIII 193656 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;DP=76;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:487,0,595 chrXIII 193675 . C G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=78;Dels=0.00;FS=4.595;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.670;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:491,0,586 chrXIII 193709 . C A 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=16.45;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1563,162,0 chrXIII 193723 . G A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;DP=90;Dels=0.00;FS=4.704;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.505;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:90:99:677,0,635 chrXIII 193859 . T C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;DP=53;Dels=0.00;FS=2.682;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:53:99:225,0,402 chrXIII 193971 . A G 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.15;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:839,90,0 chrXIII 194335 . C T 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=20.09;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:736,75,0 chrXIII 194436 . A G 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=18.41;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:96:880,96,0 chrXIII 194614 . T C 2908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=25.96;ReadPosRankSum=2.406;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,110:112:99:2941,303,0 chrXIII 194626 . C A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.030;DP=101;Dels=0.00;FS=1.691;HaplotypeScore=8.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:101:99:941,0,1028 chrXIII 195045 . C A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.295;DP=88;Dels=0.00;FS=7.258;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:88:99:664,0,870 chrXIII 195227 . A G 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=87;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=14.0527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.278;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:588,0,854 chrXIII 195282 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=86;Dels=0.00;FS=7.358;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.162;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:516,0,881 chrXIII 195330 . C A 1756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=21.68;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1789,183,0 chrXIII 195360 . T C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;DP=69;Dels=0.00;FS=6.886;HaplotypeScore=7.0800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.147;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:477,0,658 chrXIII 195417 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=73;Dels=0.00;FS=2.079;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.699;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.628;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:370,0,815 chrXIII 195423 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:83:99:343,0,974 chrXIII 195744 . T C 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=16.61;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:930,99,0 chrXIII 195778 . C A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=51;Dels=0.00;FS=3.407;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=2.807;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.611;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:407,0,193 chrXIII 195813 . G A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;DP=94;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=6.1532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=4.028;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:736,0,625 chrXIII 195860 . A T 2148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=16.78;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2181,234,0 chrXIII 195862 . G T 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=137;Dels=0.00;FS=11.771;HaplotypeScore=24.4953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.603;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.781;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:137:99:1059,0,870 chrXIII 195938 . A G 3135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=19.00;SB=-1.467e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:165:99:3168,330,0 chrXIII 195968 . G A 2852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=21.44;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2885,294,0 chrXIII 195989 . G A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=128;Dels=0.00;FS=0.769;HaplotypeScore=15.8749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=3.329;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.063;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,62:128:99:1107,0,982 chrXIII 196000 . A C 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.549;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,54:114:99:845,0,1074 chrXIII 196031 . T A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.087;DP=85;Dels=0.00;FS=2.140;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.232;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:615,0,1049 chrXIII 196033 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.407;DP=84;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.352;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:579,0,999 chrXIII 196059 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=80;Dels=0.00;FS=2.664;HaplotypeScore=11.1099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:578,0,1009 chrXIII 196113 . T C 601.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=94;Dels=0.00;FS=5.557;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.63;MQ0=4;MQRankSum=-1.919;QD=6.39;ReadPosRankSum=2.649;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:631,0,914 chrXIII 196123 . A G 2226 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.10;MQ0=4;QD=21.82;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2259,237,0 chrXIII 196201 . A G 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DP=137;Dels=0.00;FS=9.861;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.310;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,66:137:99:1221,0,1338 chrXIII 196246 . C T 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,67:136:99:1264,0,1210 chrXIII 201924 . G A 26.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.79;MQ0=24;MQRankSum=1.552;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,18:43:6:58,6,0 chrXIII 201928 . A G 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.79;MQ0=24;MQRankSum=1.552;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,18:43:6:53,6,0 chrXIII 201932 . A C 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.37;MQ0=26;MQRankSum=1.552;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,18:45:6:56,6,0 chrXIII 201937 . C A 21.79 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.71;MQ0=25;MQRankSum=1.631;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.774e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,33:59:6:53,6,0 chrXIII 201944 . C T 108.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.01;MQ0=25;MQRankSum=1.655;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.655;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:70:15:141,15,0 chrXIII 201946 . A G 108.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.01;MQ0=25;MQRankSum=1.655;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.655;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,44:70:15:141,15,0 chrXIII 201947 . C T 111.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.01;MQ0=25;MQRankSum=1.655;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.655;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:70:15:144,15,0 chrXIII 201949 . A T 116.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.33;MQ0=24;QD=1.71;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,44:68:15:149,15,0 chrXIII 201951 . C G 104.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.33;MQ0=24;QD=1.53;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,44:68:15:137,15,0 chrXIII 201959 . T C 86.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.51;MQ0=20;QD=1.23;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:70:15:119,15,0 chrXIII 201960 . A G 86.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.51;MQ0=20;QD=1.23;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:70:15:119,15,0 chrXIII 201961 . C T 86.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.69;MQ0=19;QD=1.25;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:69:15:119,15,0 chrXIII 201962 . A G 96.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.69;MQ0=19;QD=1.40;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,50:69:15:129,15,0 chrXIII 201974 . T G 102.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=25;QD=1.36;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,50:75:15:135,15,0 chrXIII 202190 . C G 103.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.59;MQ0=13;MQRankSum=-0.282;QD=1.32;ReadPosRankSum=3.313;SB=-8.326e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,33:78:15:136,15,0 chrXIII 202193 . A G 151.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.446;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.68;MQ0=13;MQRankSum=1.887;QD=1.89;ReadPosRankSum=3.693;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:27:181,0,27 chrXIII 202206 . T C 450 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.735;DP=89;Dels=0.00;FS=11.481;HaplotypeScore=34.4309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.17;MQ0=5;MQRankSum=-0.928;QD=5.06;ReadPosRankSum=4.514;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,71:89:51:483,51,0 chrXIII 202207 . T A 458 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=92;Dels=0.00;FS=14.298;HaplotypeScore=40.7254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.38;MQ0=5;MQRankSum=0.065;QD=4.98;ReadPosRankSum=3.611;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,77:92:51:491,51,0 chrXIII 202222 . A C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=102;Dels=0.00;FS=17.678;HaplotypeScore=12.7907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.983;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:224,0,686 chrXIII 202482 . A G 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DP=121;Dels=0.00;FS=3.102;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.557;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:121:99:998,0,1245 chrXIII 202531 . T C 1494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;DP=160;Dels=0.00;FS=4.405;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,85:160:99:1524,0,1482 chrXIII 203104 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;DP=85;Dels=0.00;FS=11.437;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:85:99:816,0,840 chrXIII 203209 . C A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.399;DP=103;Dels=0.00;FS=2.044;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.493;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:941,0,1087 chrXIII 203231 . C T 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.135;DP=108;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=2.6825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=7.62;ReadPosRankSum=2.111;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:853,0,1054 chrXIII 203447 . A G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=8.82;ReadPosRankSum=2.139;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:559,0,351 chrXIII 203515 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=56;Dels=0.00;FS=2.681;HaplotypeScore=7.6567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.834;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:56:99:419,0,589 chrXIII 203615 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=33;Dels=0.00;FS=3.073;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:478,0,219 chrXIII 203921 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:58:99:680,0,426 chrXIII 204477 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.584;DP=63;Dels=0.00;FS=9.684;HaplotypeScore=7.1400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:451,0,716 chrXIII 204520 . G A 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=54;Dels=0.00;FS=10.067;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:278,0,635 chrXIII 204735 . C G 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=94;Dels=0.00;FS=3.058;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.041;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:94:99:810,0,902 chrXIII 205668 . T C 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.876;DP=94;Dels=0.00;FS=3.902;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:630,0,1029 chrXIII 205674 . T C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:710,0,883 chrXIII 205993 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:557,0,726 chrXIII 206111 . A G 357.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=58;Dels=0.00;FS=19.245;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.070;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:387,0,453 chrXIII 206133 . A G 486.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.334;DP=74;Dels=0.00;FS=20.935;HaplotypeScore=3.8776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.29;MQ0=0;MQRankSum=-7.337;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.742;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:516,0,637 chrXIII 206144 . C A 356.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DP=78;Dels=0.01;FS=21.899;HaplotypeScore=20.0020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-7.233;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:386,0,643 chrXIII 206146 . G A 353.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.414;DP=78;Dels=0.01;FS=22.100;HaplotypeScore=19.9978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.904;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.048;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:77:99:383,0,582 chrXIII 206147 . A C 352.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=79;Dels=0.00;FS=18.601;HaplotypeScore=10.2339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQ0=0;MQRankSum=-6.922;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.790;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:382,0,616 chrXIII 206151 . A G 388.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.812;DP=79;Dels=0.00;FS=18.390;HaplotypeScore=10.2339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQ0=0;MQRankSum=-7.145;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:418,0,625 chrXIII 206335 . G A 144.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;DP=51;Dels=0.00;FS=2.635;HaplotypeScore=11.7514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=2.82;ReadPosRankSum=-2.886;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:51:99:174,0,623 chrXIII 206743 . T A 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=135;Dels=0.00;FS=1.360;HaplotypeScore=12.0803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.711;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,69:135:99:1058,0,1220 chrXIII 206746 . G A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;DP=127;Dels=0.00;FS=4.280;HaplotypeScore=8.8042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.576;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:127:99:829,0,1077 chrXIII 206980 . C T 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=94;Dels=0.00;FS=2.850;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:879,0,694 chrXIII 207130 . A C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.783;DP=81;Dels=0.00;FS=3.226;HaplotypeScore=5.0628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.116;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:81:99:498,0,960 chrXIII 207364 . A G 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=67;Dels=0.00;FS=2.052;HaplotypeScore=9.4753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.980;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:565,0,568 chrXIII 207616 . G A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=94;Dels=0.00;FS=2.726;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:778,0,918 chrXIII 207757 . A G 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.860;DP=50;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=22.54;ReadPosRankSum=2.737;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:99:1160,123,0 chrXIII 207880 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=53;Dels=0.00;FS=3.526;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.885;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:566,0,349 chrXIII 208048 . G A 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=30;Dels=0.00;FS=1.419;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:176,0,262 chrXIII 208201 . A G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DP=23;Dels=0.00;FS=4.075;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.231;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:23:99:152,0,156 chrXIII 208426 . C T 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=31;Dels=0.00;FS=3.315;HaplotypeScore=3.8385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:31:99:245,0,217 chrXIII 208469 . C G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=32;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.869;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:320,0,247 chrXIII 208674 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.088;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=11.43;ReadPosRankSum=2.234;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:28:99:350,0,157 chrXIII 208693 . T C 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=29;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=3.59;ReadPosRankSum=-2.856;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:134,0,346 chrXIII 208989 . T A 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DP=33;Dels=0.00;FS=15.556;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.159;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:148,0,492 chrXIII 209014 . G A 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=25.89;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:991,99,0 chrXIII 209233 . C T 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=22.88;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1154,117,0 chrXIII 209344 . C T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=39;Dels=0.00;FS=12.506;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:383,0,371 chrXIII 209422 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=69;Dels=0.00;FS=17.604;HaplotypeScore=10.9709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.031;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:543,0,590 chrXIII 209449 . C G 2119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=22.78;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2152,231,0 chrXIII 209575 . G A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=92;Dels=0.00;FS=7.224;HaplotypeScore=7.5038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,34:92:99:456,0,1072 chrXIII 209940 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=59;Dels=0.00;FS=5.554;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:556,0,356 chrXIII 209977 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=40;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:345,0,410 chrXIII 209980 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=38;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=2.4706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:336,0,356 chrXIII 210384 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.939;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:37:99:213,0,171 chrXIII 210513 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=48;Dels=0.00;FS=4.179;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:390,0,450 chrXIII 210609 . G C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;DP=54;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=8.3845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:259,0,549 chrXIII 210620 . A C 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:59:99:201,0,527 chrXIII 210688 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:416,0,547 chrXIII 210889 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:73:99:320,0,642 chrXIII 210922 . T A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;DP=72;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=12.2539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.145;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:455,0,624 chrXIII 211049 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DP=58;Dels=0.00;FS=12.429;HaplotypeScore=3.1178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=9.24;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:58:99:566,0,476 chrXIII 212592 . C G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=43;Dels=0.00;FS=4.770;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.572;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:43:99:451,0,236 chrXIII 212732 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.560;DP=86;Dels=0.00;FS=1.106;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=4.85;ReadPosRankSum=-2.136;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:447,0,774 chrXIII 212859 . T C 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.672;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1238,132,0 chrXIII 213004 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DP=32;Dels=0.00;FS=1.340;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.020;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:296,0,258 chrXIII 213301 . G A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=6.08;ReadPosRankSum=2.513;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:76:188,0,76 chrXIII 213451 . C G 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.708;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:29:99:194,0,169 chrXIII 213499 . T C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=30;Dels=0.00;FS=1.468;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.811;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:316,0,269 chrXIII 213896 . G C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;DP=55;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=4.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.709;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:554,0,488 chrXIII 213947 . C T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DP=55;Dels=0.00;FS=7.843;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.810;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:330,0,556 chrXIII 213972 . G A 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=22.16;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:986,99,0 chrXIII 214086 . C T 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=11.81;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:1379,141,0 chrXIII 214378 . A G 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.682;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1444,159,0 chrXIII 214467 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;DP=87;Dels=0.00;FS=11.019;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.421;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:641,0,858 chrXIII 214608 . C T 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=3.63;ReadPosRankSum=-2.094;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:128,0,239 chrXIII 215334 . T C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=18.44;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:81:752,81,0 chrXIII 215391 . A G 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.736;DP=22;Dels=0.00;FS=1.885;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=3.50;ReadPosRankSum=-2.890;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:107,0,304 chrXIII 215544 . C T 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.10;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1362,138,0 chrXIII 215595 . T C 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=21.07;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1550,165,0 chrXIII 215755 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;DP=44;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.644;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:44:99:437,0,430 chrXIII 215788 . C A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=50;Dels=0.00;FS=13.969;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:50:99:411,0,407 chrXIII 215820 . C A 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=56;Dels=0.00;FS=4.531;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.630;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:56:99:354,0,491 chrXIII 215844 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=57;Dels=0.00;FS=7.679;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.143;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:57:99:383,0,724 chrXIII 215897 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=6.28;ReadPosRankSum=2.350;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:369,0,619 chrXIII 215994 . T C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.085;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:722,0,572 chrXIII 216027 . C T 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=23.03;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1530,159,0 chrXIII 216105 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=56;Dels=0.00;FS=5.557;HaplotypeScore=6.2561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.066;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:425,0,682 chrXIII 216321 . A C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=68;Dels=0.00;FS=4.996;HaplotypeScore=4.5037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.693;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.858;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:392,0,649 chrXIII 216327 . C A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=67;Dels=0.01;FS=9.190;HaplotypeScore=9.9643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.854;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.938;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:380,0,702 chrXIII 216354 . A G 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;DP=75;Dels=0.00;FS=10.187;HaplotypeScore=25.3184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:99:193,0,839 chrXIII 217030 . T G 4052.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=24.71;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:164:99:4052,430,0 chrXIII 217356 . C G 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=101;Dels=0.00;FS=9.488;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.364;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:1055,0,719 chrXIII 218127 . A G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;DP=49;Dels=0.00;FS=6.539;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.253;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:432,0,490 chrXIII 218770 . C T 1179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.840;DP=90;Dels=0.00;FS=4.799;HaplotypeScore=11.2108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,55:90:99:1209,0,601 chrXIII 218882 . T C 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=19.51;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:75:716,75,0 chrXIII 218942 . G A 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;DP=82;Dels=0.00;FS=7.345;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:785,0,755 chrXIII 219060 . T C 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.771;DP=126;Dels=0.00;FS=2.322;HaplotypeScore=5.6795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:126:99:958,0,1255 chrXIII 219146 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;DP=66;Dels=0.00;FS=13.946;HaplotypeScore=4.6733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.473;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:581,0,619 chrXIII 219326 . G A 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=5.119;HaplotypeScore=7.8382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=19.65;ReadPosRankSum=1.466;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1310,138,0 chrXIII 220290 . A G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;DP=35;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:35:99:335,0,198 chrXIII 220725 . A G 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=20.67;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1335,141,0 chrXIII 220830 . C T 4387.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.85;SB=-1.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,191:192:99:4387,454,0 chrXIII 220900 . G A 1427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=20.10;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1460,165,0 chrXIII 221368 . C T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DP=51;Dels=0.00;FS=13.393;HaplotypeScore=6.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:504,0,421 chrXIII 222708 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.234;DP=101;Dels=0.00;FS=15.274;HaplotypeScore=11.1275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=3.37;ReadPosRankSum=-3.126;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:101:99:370,0,1018 chrXIII 223185 . G A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.422;DP=91;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=6.9285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.179;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:709,0,856 chrXIII 223396 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.568;DP=76;Dels=0.00;FS=18.391;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:591,0,951 chrXIII 223427 . A T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;DP=80;Dels=0.00;FS=16.100;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=6.85;ReadPosRankSum=-2.374;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:578,0,892 chrXIII 223500 . C T 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=79;Dels=0.00;FS=2.007;HaplotypeScore=9.2763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.508;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:779,0,669 chrXIII 223693 . C A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.957;DP=80;Dels=0.00;FS=39.648;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.044;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:639,0,658 chrXIII 223977 . G A 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.135;DP=112;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.283;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:112:99:1123,0,1148 chrXIII 224221 . C T 1447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.188;DP=146;Dels=0.00;FS=0.619;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.127;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,81:146:99:1477,0,1333 chrXIII 224225 . T A 3669.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=24.96;SB=-1.939e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:147:99:3669,381,0 chrXIII 224339 . A G 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.50;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1698,186,0 chrXIII 224490 . G C 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.66;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1614,180,0 chrXIII 225178 . T C 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.80;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1173,126,0 chrXIII 225252 . A G 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=19.43;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:752,81,0 chrXIII 225259 . T C 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=18.95;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:78:734,78,0 chrXIII 225309 . A T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=2.498;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.066;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:466,0,273 chrXIII 225416 . T C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.501;DP=77;Dels=0.00;FS=5.917;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.942;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:733,0,610 chrXIII 225438 . T C 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DP=86;Dels=0.00;FS=8.562;HaplotypeScore=2.7130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.335;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:691,0,675 chrXIII 225447 . C T 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.521;DP=87;Dels=0.00;FS=5.517;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:87:99:766,0,672 chrXIII 225572 . C T 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.693;DP=79;Dels=0.00;FS=20.074;HaplotypeScore=14.6871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-6.794;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:112,0,923 chrXIII 225586 . G A 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.197;DP=90;Dels=0.00;FS=22.318;HaplotypeScore=8.8921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQ0=0;MQRankSum=-7.029;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.268;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:90:99:108,0,903 chrXIII 225614 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.478;DP=103;Dels=0.00;FS=13.851;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=-6.116;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:351,0,1089 chrXIII 225656 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.970;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:440,0,1213 chrXIII 225802 . C T 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.639;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:104:99:951,0,818 chrXIII 225831 . A G 1402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,76:156:99:1432,0,1633 chrXIII 226024 . C T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=80;Dels=0.00;FS=1.923;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.934;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:80:99:534,0,952 chrXIII 226028 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;DP=78;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.786;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:540,0,989 chrXIII 226071 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=50;Dels=0.00;FS=4.166;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:409,0,500 chrXIII 226093 . G A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=51;Dels=0.00;FS=2.913;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.651;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.009;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:356,0,583 chrXIII 226121 . C A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:423,0,805 chrXIII 226133 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=83;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:369,0,975 chrXIII 226142 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.961;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:343,0,1042 chrXIII 226181 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.982;DP=126;Dels=0.00;FS=1.672;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.669;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,54:126:99:705,0,1474 chrXIII 226649 . T C 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=27;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.129;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:27:99:142,0,210 chrXIII 226661 . T C 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:235,0,256 chrXIII 226664 . C T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:269,0,245 chrXIII 226822 . A T 670 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=27.92;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:703,72,0 chrXIII 226951 . T C 507.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.602;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:537,0,817 chrXIII 227065 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.056;DP=46;Dels=0.00;FS=5.680;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.625;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:358,0,535 chrXIII 227084 . C T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.631;DP=36;Dels=0.00;FS=3.154;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=7.25;ReadPosRankSum=-2.599;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:291,0,460 chrXIII 227257 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.887;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:439,0,392 chrXIII 227342 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=78;Dels=0.00;FS=3.113;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:552,0,845 chrXIII 227660 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;DP=75;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=6.9573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.860;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:595,0,768 chrXIII 227876 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;DP=55;Dels=0.00;FS=2.440;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.400;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:605,0,425 chrXIII 227957 . G A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=20.43;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:891,90,0 chrXIII 227971 . G A 352.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=46;Dels=0.00;FS=4.612;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:382,0,343 chrXIII 227975 . T G 790 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=16.81;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:87:823,87,0 chrXIII 227978 . G A 683 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=15.52;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:75:716,75,0 chrXIII 228065 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=53;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=4.9026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.624;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:549,0,282 chrXIII 228183 . C T 390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DP=33;Dels=0.00;FS=6.435;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=11.82;ReadPosRankSum=2.301;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:48:423,48,0 chrXIII 228217 . C T 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=12.56;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:57:548,57,0 chrXIII 228514 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.249;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:348,0,295 chrXIII 228739 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;DP=46;Dels=0.00;FS=2.689;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=10.59;ReadPosRankSum=-1.610;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:517,0,427 chrXIII 228927 . C A 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=52;Dels=0.00;FS=6.035;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:52:99:272,0,657 chrXIII 229206 . G A 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.32;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1004,105,0 chrXIII 229364 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=62;Dels=0.00;FS=10.508;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.675;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:621,0,530 chrXIII 229548 . C A 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;DP=81;Dels=0.00;FS=6.411;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.925;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:81:99:784,0,498 chrXIII 229786 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;DP=50;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.170;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:50:99:542,0,396 chrXIII 230652 . G A 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,64:97:99:1246,0,515 chrXIII 230823 . C T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=88;Dels=0.00;FS=7.549;HaplotypeScore=7.2569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:88:99:837,0,335 chrXIII 230928 . A G 1355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.628;DP=140;Dels=0.00;FS=17.633;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.964;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.331;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:140:99:1385,0,1282 chrXIII 230942 . C T 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=129;Dels=0.00;FS=13.309;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.000;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,75:129:99:1269,0,857 chrXIII 230978 . G A 1364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=130;Dels=0.00;FS=13.499;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.906;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,76:130:99:1394,0,908 chrXIII 230996 . C T 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.399;DP=100;Dels=0.00;FS=6.506;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.795;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:100:99:891,0,767 chrXIII 231239 . A C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=76;Dels=0.00;FS=2.405;HaplotypeScore=5.5805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:555,0,416 chrXIII 231292 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=58;Dels=0.00;FS=5.772;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.476;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:372,0,527 chrXIII 231382 . A G 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=66;Dels=0.00;FS=5.643;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.680;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1418,150,0 chrXIII 231391 . A C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.043;DP=67;Dels=0.00;FS=7.608;HaplotypeScore=2.4612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.689;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:535,0,619 chrXIII 231450 . A G 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=45;Dels=0.00;FS=4.286;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.331;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:441,0,185 chrXIII 231506 . C T 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=19.36;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1001,105,0 chrXIII 231678 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;DP=79;Dels=0.00;FS=1.884;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.486;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:644,0,770 chrXIII 231733 . T G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DP=86;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:712,0,804 chrXIII 232016 . A C 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;DP=66;Dels=0.00;FS=15.673;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.075;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:777,0,488 chrXIII 232186 . C T 3723.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=25.50;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:146:99:3723,379,0 chrXIII 232393 . T C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=46;Dels=0.00;FS=4.443;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:324,0,577 chrXIII 232414 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.130;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:503,0,368 chrXIII 232427 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=57;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:620,0,455 chrXIII 232662 . C T 2306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2339,249,0 chrXIII 232771 . A G 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=22.49;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:955,102,0 chrXIII 232832 . C T 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=23.94;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:823,84,0 chrXIII 233147 . A G 427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.79;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:460,48,0 chrXIII 233445 . T A 153.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.939;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:183,0,208 chrXIII 233569 . A G 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=24.75;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1023,108,0 chrXIII 233610 . C T 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=22.50;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:798,81,0 chrXIII 233612 . G A 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=19.97;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:732,81,0 chrXIII 233723 . C A 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.15;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1229,126,0 chrXIII 233936 . G A 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.48;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1539,159,0 chrXIII 233973 . A G 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=74;Dels=0.00;FS=17.956;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=2.119;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:74:99:443,0,812 chrXIII 234074 . A T 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=136;Dels=0.00;FS=0.644;HaplotypeScore=9.4300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,63:136:99:1052,0,1293 chrXIII 234329 . C T 1887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=21.94;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1920,195,0 chrXIII 234471 . T C 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=19.47;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1610,174,0 chrXIII 234542 . T A 1053 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=16.45;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1086,111,0 chrXIII 234544 . T A 1085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=16.69;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1118,114,0 chrXIII 234644 . A G 499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.096;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=17.82;ReadPosRankSum=2.275;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:57:532,57,0 chrXIII 235023 . A G 576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=23.04;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:609,63,0 chrXIII 235149 . T C 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=23.33;ReadPosRankSum=1.666;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1246,135,0 chrXIII 235288 . T C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DP=23;Dels=0.00;FS=3.976;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.323;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:149,0,285 chrXIII 235377 . T C 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=41;Dels=0.00;FS=2.846;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:203,0,455 chrXIII 235419 . C T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.642;DP=36;Dels=0.00;FS=1.235;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:248,0,327 chrXIII 235455 . G A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:253,0,285 chrXIII 235548 . T A 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.669;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:358,0,350 chrXIII 235740 . A G 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.49;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1817,192,0 chrXIII 235759 . G A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=8.74;ReadPosRankSum=-2.117;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:694,0,652 chrXIII 235798 . G A 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=25.78;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2147,216,0 chrXIII 236124 . G C 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=101;Dels=0.00;FS=2.564;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:101:99:979,0,827 chrXIII 236156 . A G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.242;DP=71;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.102;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:797,0,737 chrXIII 236173 . T A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:625,0,712 chrXIII 236312 . T C 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=111;Dels=0.00;FS=0.705;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.759;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,62:111:99:1020,0,1008 chrXIII 236318 . A C 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;DP=119;Dels=0.00;FS=1.474;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:119:99:988,0,993 chrXIII 236327 . A G 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=117;Dels=0.00;FS=0.694;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=3.333;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.841;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,48:117:99:994,0,779 chrXIII 236370 . C T 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=15.77;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:1752,180,0 chrXIII 236387 . T A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DP=96;Dels=0.00;FS=2.723;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-5.746;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:96:99:458,0,687 chrXIII 236390 . C A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;DP=101;Dels=0.00;FS=3.777;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQ0=0;MQRankSum=-6.171;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:527,0,771 chrXIII 236398 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;DP=102;Dels=0.00;FS=7.871;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-5.821;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:463,0,844 chrXIII 236403 . T A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=103;Dels=0.00;FS=1.601;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.071;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.740;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:533,0,850 chrXIII 236833 . C T 1764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=22.33;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1797,186,0 chrXIII 237033 . C T 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.217;DP=102;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.373;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:960,0,1215 chrXIII 237159 . T C 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=22.51;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1226,132,0 chrXIII 237284 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:516,0,582 chrXIII 237477 . T C 847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=19.25;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:880,96,0 chrXIII 237965 . A G 481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=24.05;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:514,54,0 chrXIII 238236 . T C 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=17;Dels=0.00;FS=3.854;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.830;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:47:47,0,198 chrXIII 238290 . T C 327 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.34;MQ0=0;QD=10.55;SB=-7.613e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:39:360,39,0 chrXIII 238291 . G A 81.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.598;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.432;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.060;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:111,0,191 chrXIII 238380 . A G 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=21.48;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1193,132,0 chrXIII 238422 . G A 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=0;QD=22.72;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1578,162,0 chrXIII 238506 . A G 325.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=34;Dels=0.00;FS=2.285;HaplotypeScore=4.3853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:355,0,355 chrXIII 238751 . A G 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=12.42;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:54:505,54,0 chrXIII 239384 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=83;Dels=0.00;FS=33.132;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.216;QD=6.96;ReadPosRankSum=2.090;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,62:83:99:608,0,298 chrXIII 239557 . C T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=46;Dels=0.00;FS=42.749;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:339,0,466 chrXIII 239731 . A G 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;DP=98;Dels=0.00;FS=4.451;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:818,0,772 chrXIII 239758 . C T 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.862;DP=102;Dels=0.00;FS=2.702;HaplotypeScore=9.4997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:102:99:956,0,668 chrXIII 239887 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.122;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:281,0,343 chrXIII 240460 . C T 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.09;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1121,117,0 chrXIII 240594 . T C 3297.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=26.80;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:123:99:3297,348,0 chrXIII 241006 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DP=62;Dels=0.00;FS=14.641;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.408;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.845;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:575,0,371 chrXIII 241279 . A T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=49;Dels=0.00;FS=8.122;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.186;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:470,0,454 chrXIII 241545 . G C 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.87;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:659,72,0 chrXIII 241597 . C T 971 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.42;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1004,102,0 chrXIII 241669 . C T 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=26.07;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1597,162,0 chrXIII 241788 . C T 507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=25.35;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:540,54,0 chrXIII 241937 . A T 613.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.808;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=13.62;ReadPosRankSum=1.012;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:643,0,288 chrXIII 242258 . T A 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.75;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1029,105,0 chrXIII 242415 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.105;DP=86;Dels=0.01;FS=1.803;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.074;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:85:99:789,0,681 chrXIII 242460 . C T 1611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=19.41;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1644,177,0 chrXIII 242493 . G A 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=20.41;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1543,162,0 chrXIII 242850 . T G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.508;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:651,0,587 chrXIII 242853 . G A 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=21.80;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1559,162,0 chrXIII 242871 . A C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:449,0,558 chrXIII 242910 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=53;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.081;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:363,0,506 chrXIII 243473 . A G 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=17.81;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:977,102,0 chrXIII 243623 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DP=38;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.044;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:411,0,313 chrXIII 243777 . G T 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.884;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:135,0,427 chrXIII 243978 . G A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DP=48;Dels=0.00;FS=6.531;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:48:99:250,0,641 chrXIII 244001 . G C 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=19.92;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:989,108,0 chrXIII 244141 . A G 1172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DP=108;Dels=0.00;FS=13.674;HaplotypeScore=10.4230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:108:99:1202,0,856 chrXIII 244246 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DP=48;Dels=0.00;FS=6.936;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:453,0,545 chrXIII 244359 . C T 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=17.57;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:75:736,75,0 chrXIII 244448 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.091;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:49:99:445,0,317 chrXIII 244497 . C T 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.007;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,60:99:99:988,0,435 chrXIII 244520 . G A 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=119;Dels=0.00;FS=0.773;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=8.05;ReadPosRankSum=2.146;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,70:119:99:988,0,744 chrXIII 244883 . C T 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=21.44;ReadPosRankSum=1.561;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1770,180,0 chrXIII 244904 . T A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;DP=92;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=7.8124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.537;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:829,0,747 chrXIII 245006 . C A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;DP=31;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:261,0,258 chrXIII 245090 . G A 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=20;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=2.127;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.747;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:68:68,0,190 chrXIII 245123 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=31;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:99:249,0,223 chrXIII 245129 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.109;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:268,0,242 chrXIII 245142 . C T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.549;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:221,0,294 chrXIII 245312 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=40;Dels=0.00;FS=1.293;HaplotypeScore=4.7659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:40:99:485,0,308 chrXIII 245459 . G A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=31;Dels=0.00;FS=11.357;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:220,0,325 chrXIII 245572 . C T 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DP=50;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=2.950;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.690;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:484,0,439 chrXIII 245622 . G A 307.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;DP=53;Dels=0.00;FS=2.470;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:337,0,487 chrXIII 245624 . C T 950 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=19.00;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:983,102,0 chrXIII 245628 . A G 872 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=17.44;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:905,99,0 chrXIII 245654 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.136;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:292,0,201 chrXIII 245675 . T G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DP=42;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:182,0,230 chrXIII 245915 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=71;Dels=0.00;FS=10.661;HaplotypeScore=10.5889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.593;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:400,0,827 chrXIII 246258 . C T 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.72;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1260,132,0 chrXIII 246803 . T C 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DP=110;Dels=0.00;FS=3.584;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.498;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:860,0,1105 chrXIII 246910 . A T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:740,0,892 chrXIII 247126 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.357;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:752,0,875 chrXIII 247466 . G C 326.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=44;Dels=0.00;FS=6.335;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=1;MQRankSum=2.175;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:356,0,381 chrXIII 247590 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=42;Dels=0.00;FS=9.441;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.643;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:412,0,431 chrXIII 247727 . A T 402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=17.48;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:435,45,0 chrXIII 247728 . T G 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=16.57;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:45:414,45,0 chrXIII 247856 . T A 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=27.15;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:929,96,0 chrXIII 247929 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:364,0,220 chrXIII 247975 . A G 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=19.70;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:683,72,0 chrXIII 248110 . A T 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=15.22;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60:596,60,0 chrXIII 248123 . A C 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;QD=13.82;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:54:503,54,0 chrXIII 248171 . C T 648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=14.73;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:72:681,72,0 chrXIII 248618 . G C 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=19.69;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1372,147,0 chrXIII 248627 . G A 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=19.17;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1394,141,0 chrXIII 248629 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;DP=72;Dels=0.00;FS=5.212;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.386;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:72:99:602,0,482 chrXIII 248645 . A G 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=19.85;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1720,186,0 chrXIII 248834 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.347;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.707;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:54:99:539,0,532 chrXIII 249138 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=62;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.699;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:694,0,350 chrXIII 249155 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=53;Dels=0.00;FS=1.141;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:583,0,300 chrXIII 249389 . G T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.929;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.828;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:616,0,454 chrXIII 249476 . T C 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=20.96;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1228,132,0 chrXIII 249495 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DP=48;Dels=0.00;FS=6.316;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:207,0,609 chrXIII 249527 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DP=49;Dels=0.00;FS=6.261;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.480;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:49:99:289,0,595 chrXIII 250529 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.778;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:355,0,272 chrXIII 250990 . T C 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=139;Dels=0.00;FS=5.080;HaplotypeScore=21.2802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,70:139:99:1055,0,1167 chrXIII 251233 . T G 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DP=118;Dels=0.01;FS=4.550;HaplotypeScore=5.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:117:99:815,0,1386 chrXIII 251246 . G A 1204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=2.493;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,67:113:99:1234,0,751 chrXIII 251274 . A C 2915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=21.92;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:2948,306,0 chrXIII 251543 . A C 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;DP=99;Dels=0.00;FS=0.751;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.933;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:669,0,1057 chrXIII 251607 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;DP=66;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.500;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:289,0,826 chrXIII 251609 . A G 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=19.48;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1319,144,0 chrXIII 251727 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DP=59;Dels=0.00;FS=2.281;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.463;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:548,0,543 chrXIII 251736 . T G 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.59;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1544,168,0 chrXIII 251941 . G A 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=20.49;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:832,87,0 chrXIII 252178 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=57;Dels=0.00;FS=3.724;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.358;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:500,0,396 chrXIII 252422 . T C 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=41;Dels=0.00;FS=2.846;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=2.81;ReadPosRankSum=2.018;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:145,0,480 chrXIII 252727 . A T 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.783;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:246,0,338 chrXIII 252757 . T C 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:158,0,290 chrXIII 252877 . G A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=42;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:42:99:295,0,423 chrXIII 253031 . T A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.171;DP=52;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:436,0,664 chrXIII 253274 . G A 2000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=25.00;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2033,213,0 chrXIII 253290 . G C 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=23.00;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1781,186,0 chrXIII 253309 . T C 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=20.56;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1657,177,0 chrXIII 253431 . G A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=59;Dels=0.00;FS=1.005;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.554;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:569,0,469 chrXIII 253470 . G A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=48;Dels=0.00;FS=1.146;HaplotypeScore=7.7734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.765;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:569,0,321 chrXIII 253503 . G T 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.460;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:248,0,388 chrXIII 253603 . C A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;DP=39;Dels=0.00;FS=1.461;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.104;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:428,0,198 chrXIII 253616 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=44;Dels=0.00;FS=3.212;HaplotypeScore=4.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.196;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:44:99:202,0,331 chrXIII 253877 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;DP=35;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:313,0,208 chrXIII 253962 . G A 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=39;Dels=0.00;FS=7.545;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:389,0,452 chrXIII 254018 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:290,0,386 chrXIII 254048 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=43;Dels=0.00;FS=2.696;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.662;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:347,0,440 chrXIII 254293 . A T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=72;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=5.5512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:610,0,837 chrXIII 254427 . A G,T 1343.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.70;MQ0=0;QD=19.75;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,36,32:68:99:1403,635,542,768,0,690 chrXIII 254807 . A G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.342;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:289,0,303 chrXIII 254816 . G T 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=17.88;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:78:766,78,0 chrXIII 254936 . T G 1176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=121;Dels=0.00;FS=5.728;HaplotypeScore=12.7308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.194;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:121:99:1206,0,927 chrXIII 255332 . C T 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.096;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.203;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:954,0,661 chrXIII 255485 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.087;DP=67;Dels=0.00;FS=7.100;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.213;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:67:99:551,0,793 chrXIII 255554 . A G 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=77;Dels=0.00;FS=6.188;HaplotypeScore=3.3682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.298;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:99:405,0,953 chrXIII 255569 . A G,T 1446.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3441;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.46;MQ0=0;QD=17.01;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,33,52:85:99:1506,886,811,620,0,515 chrXIII 255602 . T C 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.032;DP=95;Dels=0.00;FS=5.269;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:875,0,969 chrXIII 255722 . A G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;DP=71;Dels=0.00;FS=6.219;HaplotypeScore=4.3543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.170;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:624,0,703 chrXIII 256068 . C T 354.19 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;QD=13.62;SB=20.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:26:42:386,42,0 chrXIII 256193 . T C 430.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.708;DP=40;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:460,0,434 chrXIII 256812 . G A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.420;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:916,0,785 chrXIII 256814 . A G 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=92;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.377;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:880,0,744 chrXIII 257082 . A C 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=19.80;ReadPosRankSum=1.659;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:49:99:1003,105,0 chrXIII 257100 . T C 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=21.10;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1130,123,0 chrXIII 257710 . G A 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DP=69;Dels=0.00;FS=13.332;HaplotypeScore=8.8246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.579;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.935;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:523,0,534 chrXIII 257756 . G A 1802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=22.52;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1835,186,0 chrXIII 257811 . G A 1846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.98;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1879,204,0 chrXIII 258020 . C G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=51;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.870;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:461,0,438 chrXIII 258455 . T C 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=106;Dels=0.00;FS=19.199;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:106:99:1055,0,978 chrXIII 258655 . A G 1259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.521;DP=133;Dels=0.00;FS=1.411;HaplotypeScore=12.1114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=2.275;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.272;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,68:133:99:1289,0,1161 chrXIII 259015 . A C 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,71:126:99:1339,0,956 chrXIII 259069 . A G 1107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.429;DP=130;Dels=0.00;FS=3.150;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.550;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,61:130:99:1137,0,1400 chrXIII 259244 . T C 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;DP=103;Dels=0.00;FS=1.566;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=1.748;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:103:99:873,0,778 chrXIII 259259 . T G 587.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.240;DP=94;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.593;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:617,0,954 chrXIII 259263 . T A 755.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=90;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=2.384;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.179;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:785,0,713 chrXIII 259265 . C T 660.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.031;DP=89;Dels=0.00;FS=1.777;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.253;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:690,0,787 chrXIII 259267 . G A 561.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.013;DP=90;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:591,0,809 chrXIII 259663 . T C 2907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=22.89;SB=-1.606e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:127:99:2940,312,0 chrXIII 260040 . G A 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.700;DP=99;Dels=0.00;FS=1.659;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.083;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:897,0,969 chrXIII 260334 . T C 2506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=106;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=4.1100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=23.64;ReadPosRankSum=2.357;SB=-1.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2539,270,0 chrXIII 260437 . G A 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=20.69;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1088,120,0 chrXIII 260462 . A G 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.40;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1274,138,0 chrXIII 260541 . A G 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DP=131;Dels=0.00;FS=8.192;HaplotypeScore=15.9234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.153;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,62:131:99:1092,0,1254 chrXIII 260580 . T C 3041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.36;SB=-1.389e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:3074,333,0 chrXIII 260820 . G A 2001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=18.53;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2034,207,0 chrXIII 261191 . A G 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.96;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1018,108,0 chrXIII 261255 . A G 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=18.14;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:922,99,0 chrXIII 261722 . G A 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=19.21;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1531,162,0 chrXIII 261864 . A G 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=21.65;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:834,90,0 chrXIII 262071 . G T 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.91;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:45:93:929,93,0 chrXIII 262219 . C T 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=20.83;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:762,78,0 chrXIII 262578 . G A 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=18.71;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:819,84,0 chrXIII 262580 . T C 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=19.37;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:827,87,0 chrXIII 262749 . T C 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=24.78;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1049,111,0 chrXIII 262788 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=41;Dels=0.00;FS=6.747;HaplotypeScore=2.6175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:371,0,355 chrXIII 262820 . G C 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=22.87;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1291,141,0 chrXIII 262904 . G A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=65;Dels=0.00;FS=2.197;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.549;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:277,0,751 chrXIII 262915 . T A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=77;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.799;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:265,0,1066 chrXIII 262958 . G A 1861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.42;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1894,201,0 chrXIII 263216 . A G 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.485;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:956,102,0 chrXIII 263244 . C T 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=17.11;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1641,168,0 chrXIII 263467 . T C 2250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=26.16;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2283,240,0 chrXIII 264178 . C T 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DP=94;Dels=0.00;FS=6.292;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:94:99:793,0,755 chrXIII 264400 . A G 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=69;Dels=0.01;FS=3.789;HaplotypeScore=6.7317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=22.49;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1585,168,0 chrXIII 264463 . T C 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.07;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1333,141,0 chrXIII 264816 . A G 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=23.41;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1578,165,0 chrXIII 264995 . A C 2470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2503,267,0 chrXIII 265251 . T C 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.573;DP=121;Dels=0.00;FS=4.434;HaplotypeScore=11.9978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.483;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:121:99:949,0,1375 chrXIII 265689 . T C 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DP=110;Dels=0.00;FS=8.616;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=20.50;ReadPosRankSum=2.358;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:110:99:2288,240,0 chrXIII 266166 . G A 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.82;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1367,141,0 chrXIII 266327 . C A 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=26.72;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1877,189,0 chrXIII 266878 . T A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=30;Dels=0.00;FS=2.980;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.699;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:414,0,238 chrXIII 266926 . G C 292.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.645;DP=37;Dels=0.00;FS=8.502;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.801;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:37:99:322,0,458 chrXIII 267659 . C T 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=22.50;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1158,123,0 chrXIII 267866 . A G 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;DP=31;Dels=0.03;FS=2.980;HaplotypeScore=3.2298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.291;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:280,0,149 chrXIII 267867 . A T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=29;Dels=0.00;FS=3.080;HaplotypeScore=3.2298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=2.019;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.787;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:29:99:291,0,148 chrXIII 267926 . T A 86.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=7.86;SB=-3.151e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:12:119,12,0 chrXIII 267945 . T C 164.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=11.72;SB=-5.707e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:21:197,21,0 chrXIII 268003 . A G 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.68;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:488,51,0 chrXIII 268043 . C T 354 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.82;SB=-7.338e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39:387,39,0 chrXIII 268317 . T C 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=26.13;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:425,45,0 chrXIII 268353 . G A 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=25.12;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:66:636,66,0 chrXIII 268453 . A G 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;QD=21.74;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:707,75,0 chrXIII 268510 . A G 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=25.48;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1409,150,0 chrXIII 268600 . C G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DP=38;Dels=0.00;FS=3.003;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.953;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:454,0,298 chrXIII 268621 . T A 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=21.68;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:857,90,0 chrXIII 268655 . G A 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=18.38;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:81:805,81,0 chrXIII 268659 . A G 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=43;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=8.3651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:43:99:255,0,466 chrXIII 268760 . A C 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=24.07;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1381,147,0 chrXIII 269778 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:485,0,240 chrXIII 270183 . T G 1206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DP=157;Dels=0.00;FS=4.863;HaplotypeScore=18.3487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,72:157:99:1236,0,1585 chrXIII 270321 . A G 1275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.196;DP=147;Dels=0.00;FS=3.030;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.059;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,70:147:99:1305,0,1501 chrXIII 270930 . T C 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.216;DP=106;Dels=0.00;FS=0.745;HaplotypeScore=10.8164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.002;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:106:99:914,0,865 chrXIII 271064 . T C 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;DP=99;Dels=0.00;FS=1.635;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:892,0,914 chrXIII 271498 . G A 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;DP=86;Dels=0.00;FS=4.275;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=10.43;ReadPosRankSum=-2.223;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:927,0,653 chrXIII 271672 . A C 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.01;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1596,165,0 chrXIII 271938 . A G 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=19.90;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1068,114,0 chrXIII 272495 . G A 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=17.66;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1499,162,0 chrXIII 272503 . C G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=82;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=10.2488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:364,0,885 chrXIII 272693 . T C 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.257;DP=103;Dels=0.00;FS=12.292;HaplotypeScore=12.2100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:103:99:854,0,1107 chrXIII 272743 . G A 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DP=116;Dels=0.00;FS=2.393;HaplotypeScore=53.3770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.772;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,62:116:99:1049,0,998 chrXIII 272746 . T C 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;DP=129;Dels=0.00;FS=11.020;HaplotypeScore=75.2449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=7.68;ReadPosRankSum=2.378;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:129:99:1021,0,1251 chrXIII 272852 . T C 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.625;DP=128;Dels=0.00;FS=8.489;HaplotypeScore=15.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,61:128:99:1159,0,1350 chrXIII 272987 . G T 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.451;DP=71;Dels=0.00;FS=3.920;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=13.34;ReadPosRankSum=-1.714;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:977,0,486 chrXIII 273113 . A C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.907;DP=73;Dels=0.00;FS=2.470;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.510;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:432,0,930 chrXIII 273116 . A C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.444;DP=70;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.954;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:436,0,929 chrXIII 273179 . A G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=56;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:390,0,642 chrXIII 273245 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.402;DP=68;Dels=0.00;FS=4.923;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.178;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:68:99:538,0,595 chrXIII 273267 . C T 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.03;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1295,138,0 chrXIII 273333 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=61;Dels=0.00;FS=1.070;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:485,0,778 chrXIII 273468 . C G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;DP=80;Dels=0.00;FS=9.999;HaplotypeScore=3.4825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:80:99:581,0,835 chrXIII 273484 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.812;DP=103;Dels=0.00;FS=1.740;HaplotypeScore=11.0273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.191;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:103:99:708,0,1168 chrXIII 273995 . C T 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=139;Dels=0.00;FS=17.018;HaplotypeScore=63.8033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.874;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.665;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,78:139:99:1170,0,1040 chrXIII 274088 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DP=57;Dels=0.04;FS=10.369;HaplotypeScore=27.2143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:497,0,311 chrXIII 274105 . G A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=55;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.716;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:311,0,429 chrXIII 274143 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=60;Dels=0.00;FS=3.777;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.171;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:271,0,630 chrXIII 274730 . A G 1103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.662;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:118:99:1133,0,1120 chrXIII 274880 . T C 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=99;Dels=0.00;FS=12.161;HaplotypeScore=6.4816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:931,0,1069 chrXIII 274946 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DP=70;Dels=0.00;FS=3.370;HaplotypeScore=11.5985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.585;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:70:99:566,0,629 chrXIII 275441 . A G 1387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.194;DP=146;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.894;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:146:99:1417,0,1552 chrXIII 275717 . T A 1575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.497;DP=175;Dels=0.00;FS=13.200;HaplotypeScore=12.5482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,84:175:99:1605,0,1632 chrXIII 275773 . T C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=89;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.947;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.244;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:574,0,1012 chrXIII 275774 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;DP=87;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.064;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.712;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:87:99:543,0,1024 chrXIII 275790 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DP=71;Dels=0.00;FS=2.088;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.927;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.122;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:384,0,777 chrXIII 275822 . C T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=45;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.692;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:192,0,527 chrXIII 275831 . A G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.756;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:50:99:121,0,484 chrXIII 275836 . G A 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQ0=0;MQRankSum=-6.364;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:110,0,514 chrXIII 275891 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.236;DP=90;Dels=0.00;FS=10.038;HaplotypeScore=6.5174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.759;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:90:99:459,0,922 chrXIII 275910 . C G 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=112;Dels=0.00;FS=6.424;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.749;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:112:99:740,0,1024 chrXIII 275928 . T C 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=107;Dels=0.00;FS=6.089;HaplotypeScore=7.0175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:886,0,930 chrXIII 276220 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DP=65;Dels=0.00;FS=3.812;HaplotypeScore=7.7000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.067;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:312,0,589 chrXIII 276222 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=68;Dels=0.01;FS=5.472;HaplotypeScore=8.4340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.182;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.308;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:371,0,604 chrXIII 276641 . C T 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=19.13;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:894,93,0 chrXIII 276727 . G A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=32;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.334;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:32:99:292,0,161 chrXIII 276740 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=29;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:29:99:278,0,217 chrXIII 276755 . C A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:313,0,242 chrXIII 276983 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.779;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=5.69;ReadPosRankSum=2.182;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:55:99:343,0,728 chrXIII 277019 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.819;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:388,0,472 chrXIII 277070 . T C 785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=24.53;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:87:818,87,0 chrXIII 277164 . A G 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=23.11;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1882,198,0 chrXIII 277293 . T G 3538.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=23.59;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,147:150:99:3538,381,0 chrXIII 277367 . C T 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.47;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1708,174,0 chrXIII 277529 . G A 1338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.226;DP=159;Dels=0.00;FS=0.625;HaplotypeScore=18.1192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,74:159:99:1368,0,1531 chrXIII 277557 . G A 1410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.900;DP=136;Dels=0.00;FS=6.625;HaplotypeScore=10.4311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=2.117;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:136:99:1440,0,1112 chrXIII 277591 . A G 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=23.94;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:1996,213,0 chrXIII 277897 . T A 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.11;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1004,102,0 chrXIII 277968 . G A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=50;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:345,0,497 chrXIII 278212 . T C 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.85;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1726,183,0 chrXIII 278550 . C G 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=19.73;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1355,141,0 chrXIII 278658 . A C 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=25.06;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1286,138,0 chrXIII 278809 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=32;Dels=0.00;FS=1.428;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:258,0,363 chrXIII 279103 . A G 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.14;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:919,99,0 chrXIII 279355 . A G 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.873;DP=39;Dels=0.00;FS=3.180;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:39:99:120,0,636 chrXIII 279388 . T C 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=21.20;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1305,141,0 chrXIII 279520 . A G 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.497;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.471;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:997,0,1189 chrXIII 279616 . C T 2083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=25.72;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2116,225,0 chrXIII 279667 . G A 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=20.61;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1146,129,0 chrXIII 279785 . T A 2707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=19.62;SB=-1.624e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2740,285,0 chrXIII 280077 . A C 2513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.706;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:132:99:2546,264,0 chrXIII 280278 . C T 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=92;Dels=0.00;FS=7.908;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=8.17;ReadPosRankSum=-2.111;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:92:99:782,0,1043 chrXIII 280284 . C T 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;DP=91;Dels=0.00;FS=7.638;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=10.64;ReadPosRankSum=2.085;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:998,0,841 chrXIII 280719 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=115;Dels=0.00;FS=1.508;HaplotypeScore=207.9450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.714;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.956;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:115:99:645,0,1231 chrXIII 281241 . A G 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=21.70;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1574,165,0 chrXIII 281820 . T C 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=4.649;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=21.29;ReadPosRankSum=1.634;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:81:778,81,0 chrXIII 281871 . A C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=42;Dels=0.00;FS=11.541;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:295,0,354 chrXIII 282022 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=40;Dels=0.00;FS=1.266;HaplotypeScore=3.1346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:473,0,308 chrXIII 282084 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=31;Dels=0.00;FS=2.222;HaplotypeScore=3.4597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.494;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:328,0,292 chrXIII 282333 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;DP=57;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=3.6237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:427,0,553 chrXIII 282462 . G A 2361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=23.85;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2394,246,0 chrXIII 282702 . G A 1334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.971;DP=136;Dels=0.00;FS=0.658;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.560;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,70:136:99:1364,0,1248 chrXIII 283093 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=73;Dels=0.00;FS=3.582;HaplotypeScore=1.7319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:624,0,717 chrXIII 283144 . A G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=72;Dels=0.00;FS=1.069;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.111;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:625,0,579 chrXIII 283178 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=56;Dels=0.00;FS=6.823;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.316;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:584,0,363 chrXIII 283212 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;DP=51;Dels=0.00;FS=6.338;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.887;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.983;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:510,0,371 chrXIII 283234 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DP=44;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:363,0,254 chrXIII 283368 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DP=51;Dels=0.00;FS=8.724;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.149;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:51:99:229,0,700 chrXIII 284260 . A G 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=22.16;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1806,192,0 chrXIII 284383 . C T 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=17.20;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1770,183,0 chrXIII 284422 . T C 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.60;MQ0=0;QD=13.76;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1230,129,0 chrXIII 284434 . G A 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.15;MQ0=0;QD=13.38;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1170,120,0 chrXIII 284443 . T C 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=3.434;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.652;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1012,108,0 chrXIII 284449 . T C 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.23;MQ0=0;QD=11.36;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:942,99,0 chrXIII 284491 . C T 968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=14.89;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1001,102,0 chrXIII 284509 . G T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.963;DP=65;Dels=0.00;FS=3.882;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.208;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:520,0,449 chrXIII 284935 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DP=49;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:363,0,501 chrXIII 285831 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=43;Dels=0.00;FS=3.112;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.668;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:392,0,396 chrXIII 285841 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.425;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.776;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:430,0,546 chrXIII 286781 . G A 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.708;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.521;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,64:136:99:1023,0,1362 chrXIII 286816 . A G 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DP=114;Dels=0.00;FS=4.664;HaplotypeScore=5.9650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:114:99:920,0,1209 chrXIII 286912 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=46;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.061;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,32:46:99:636,0,202 chrXIII 287411 . G A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;DP=29;Dels=0.00;FS=2.570;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.483;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:240,0,251 chrXIII 287490 . A G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:244,0,390 chrXIII 287666 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;DP=31;Dels=0.00;FS=9.093;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.042;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:307,0,267 chrXIII 287879 . A C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.054;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:255,0,294 chrXIII 287910 . C T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;DP=44;Dels=0.00;FS=4.631;HaplotypeScore=27.8098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.919;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.776;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:44:99:347,0,268 chrXIII 287924 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;DP=51;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:294,0,283 chrXIII 288024 . T C 1360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.340;DP=180;Dels=0.00;FS=6.528;HaplotypeScore=9.7608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.248;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,76:180:99:1390,0,2152 chrXIII 288031 . T C 1331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.336;DP=181;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=11.0581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.287;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,78:181:99:1361,0,2216 chrXIII 288100 . C T 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=69;Dels=0.00;FS=4.576;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:896,0,461 chrXIII 288415 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.081;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.133;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:634,0,522 chrXIII 288433 . T A 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=18.85;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1183,123,0 chrXIII 288558 . A G 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=20.51;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:833,90,0 chrXIII 288901 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.096;DP=43;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.819;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:353,0,447 chrXIII 290342 . T G 566.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.119;DP=117;Dels=0.00;FS=52.523;HaplotypeScore=9.5506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.292;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.421;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:117:99:596,0,1121 chrXIII 290445 . A G 550.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DP=111;Dels=0.00;FS=53.182;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.992;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,37:111:99:580,0,1501 chrXIII 290717 . G A 1440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=164;Dels=0.00;FS=5.619;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,85:164:99:1470,0,1531 chrXIII 290765 . G A 2037 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=20.79;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2070,207,0 chrXIII 290769 . T C 1843 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=20.25;ReadPosRankSum=1.656;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1876,198,0 chrXIII 290773 . T C 509.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=88;Dels=0.00;FS=0.805;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:539,0,935 chrXIII 290779 . A G 1829 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.77;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1862,201,0 chrXIII 290867 . G T 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=19.88;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1802,183,0 chrXIII 290874 . T C 1596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=15.50;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1629,180,0 chrXIII 291003 . A G 1571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.77;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1604,171,0 chrXIII 291392 . A G 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.95;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1328,141,0 chrXIII 291580 . G A 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.35;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1374,141,0 chrXIII 291877 . T C 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=3.140;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=22.68;ReadPosRankSum=1.681;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1575,171,0 chrXIII 291936 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=62;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:361,0,685 chrXIII 291990 . T C 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.60;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1434,153,0 chrXIII 292060 . C T 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1764,177,0 chrXIII 292403 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;DP=63;Dels=0.00;FS=8.969;HaplotypeScore=5.5151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=1.665;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.635;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:486,0,661 chrXIII 292678 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.985;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:517,0,500 chrXIII 292852 . A T 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=24.19;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1436,150,0 chrXIII 292953 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=46;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=3.8978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:46:99:514,0,309 chrXIII 293346 . A G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.18;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1242,132,0 chrXIII 293539 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.325;DP=69;Dels=0.00;FS=0.943;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.078;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:607,0,619 chrXIII 293618 . A G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;DP=79;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:774,0,850 chrXIII 293931 . G A 3154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=23.89;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:3187,327,0 chrXIII 294133 . A G 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.13;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1005,108,0 chrXIII 294166 . T C 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.09;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1540,168,0 chrXIII 294548 . T C 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=79;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:721,0,549 chrXIII 295343 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=68;Dels=0.00;FS=1.956;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.242;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.571;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:579,0,733 chrXIII 295428 . C T 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=115;Dels=0.00;FS=8.787;HaplotypeScore=12.3593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:115:99:886,0,1039 chrXIII 295785 . G A 1125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=118;Dels=0.00;FS=5.895;HaplotypeScore=4.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=2.196;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.264;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:118:99:1155,0,969 chrXIII 295950 . G A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;DP=97;Dels=0.00;FS=1.773;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.793;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:876,0,1060 chrXIII 296288 . A C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.768;DP=83;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=6.9573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.205;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:730,0,853 chrXIII 296751 . C A 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.387;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.167;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:88:99:937,0,687 chrXIII 296780 . G A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:1020,0,609 chrXIII 296799 . A C 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=105;Dels=0.00;FS=1.625;HaplotypeScore=8.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.423;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:105:99:659,0,1179 chrXIII 296838 . T C 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;DP=129;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.671;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,58:129:99:921,0,1371 chrXIII 296848 . C G 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DP=124;Dels=0.00;FS=5.006;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.588;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:124:99:885,0,1465 chrXIII 297132 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DP=106;Dels=0.01;FS=3.469;HaplotypeScore=13.0802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:626,0,1017 chrXIII 297405 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.846;DP=42;Dels=0.00;FS=2.853;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:515,0,303 chrXIII 297599 . A G 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.028;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:772,0,1077 chrXIII 297626 . A G 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.988;DP=110;Dels=0.00;FS=0.747;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.258;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:110:99:1087,0,1188 chrXIII 298043 . A G 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=83;Dels=0.00;FS=9.040;HaplotypeScore=8.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:648,0,783 chrXIII 298131 . T A 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.667;DP=82;Dels=0.00;FS=6.176;HaplotypeScore=5.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=22.95;ReadPosRankSum=2.914;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,79:82:99:1915,192,0 chrXIII 298188 . C T 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=96;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=9.70;ReadPosRankSum=-2.056;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:96:99:961,0,967 chrXIII 298344 . C T 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.133;DP=78;Dels=0.00;FS=4.407;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:853,0,631 chrXIII 298460 . G C 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=101;Dels=0.00;FS=1.923;HaplotypeScore=9.4779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:101:99:982,0,488 chrXIII 298699 . T G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.455;DP=64;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:64:99:426,0,633 chrXIII 298712 . A G 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=66;Dels=0.00;FS=5.531;HaplotypeScore=5.2128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:66:99:773,0,321 chrXIII 298799 . A G 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.118;DP=94;Dels=0.00;FS=6.590;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:1013,0,812 chrXIII 298845 . T C 2929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=132;Dels=0.00;FS=3.001;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=22.19;ReadPosRankSum=2.375;SB=-1.610e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:132:99:2962,318,0 chrXIII 299137 . A G 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.651;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:101:99:953,0,712 chrXIII 299524 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=58;Dels=0.00;FS=5.746;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:561,0,457 chrXIII 299785 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=54;Dels=0.00;FS=2.675;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:537,0,401 chrXIII 300056 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=52;Dels=0.00;FS=14.512;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.792;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:664,0,431 chrXIII 300558 . G A 1362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.027;DP=112;Dels=0.00;FS=8.405;HaplotypeScore=4.9957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,60:112:99:1392,0,1040 chrXIII 301985 . G A 1186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;DP=99;Dels=0.00;FS=1.720;HaplotypeScore=11.0375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,61:99:99:1216,0,584 chrXIII 302126 . A G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DP=87;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=6.8680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:877,0,598 chrXIII 302808 . A T 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.240;DP=102;Dels=0.00;FS=6.323;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.256;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:102:99:937,0,696 chrXIII 302864 . C T 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=95;Dels=0.00;FS=7.026;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.392;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:853,0,682 chrXIII 302962 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=31;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.894;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:31:99:345,0,212 chrXIII 303266 . A G 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.93;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1340,144,0 chrXIII 303343 . C T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DP=37;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=3.1977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.380;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:37:99:371,0,205 chrXIII 303419 . T A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=42;Dels=0.00;FS=3.030;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:385,0,114 chrXIII 303491 . T C 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.064;DP=82;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=4.56;ReadPosRankSum=-2.156;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:82:99:404,0,764 chrXIII 303638 . A T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=63;Dels=0.00;FS=17.201;HaplotypeScore=5.6093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:352,0,794 chrXIII 303643 . T A 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.842;DP=63;Dels=0.00;FS=14.382;HaplotypeScore=4.0320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:794,0,339 chrXIII 303930 . C G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=102;Dels=0.00;FS=16.144;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=2.836;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.165;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,38:102:99:670,0,1106 chrXIII 304046 . T G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:440,0,712 chrXIII 304117 . G A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.535;DP=49;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:49:99:379,0,595 chrXIII 304118 . G A 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DP=49;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.910;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.249;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:354,0,600 chrXIII 304595 . T C 1078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=24.50;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1111,117,0 chrXIII 304685 . T A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DP=44;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.097;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,31:44:99:603,0,134 chrXIII 304742 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;DP=46;Dels=0.00;FS=2.843;HaplotypeScore=4.9864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.035;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:616,0,216 chrXIII 305303 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=45;Dels=0.00;FS=7.469;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=5.22;ReadPosRankSum=2.204;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:45:99:265,0,366 chrXIII 305614 . G T 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=14.62;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1320,147,0 chrXIII 305615 . T A 1259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DP=91;Dels=0.01;FS=18.292;HaplotypeScore=6.0352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=13.84;ReadPosRankSum=2.758;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:90:99:1292,144,0 chrXIII 305799 . C T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;DP=55;Dels=0.00;FS=12.387;HaplotypeScore=3.5296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:531,0,560 chrXIII 305906 . G A 1883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=23.54;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1916,198,0 chrXIII 306044 . G A 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=17.97;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1722,183,0 chrXIII 306722 . C G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=29;Dels=0.00;FS=8.557;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.157;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:305,0,234 chrXIII 306769 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=36;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:176,0,428 chrXIII 306802 . G A 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:358,0,211 chrXIII 306904 . G A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=35;Dels=0.00;FS=1.663;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.851;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:35:99:458,0,132 chrXIII 307008 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;DP=52;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=3.4749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:493,0,455 chrXIII 307037 . A T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.792;DP=53;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=7.1665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.391;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:436,0,487 chrXIII 307069 . T G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.617;DP=51;Dels=0.00;FS=8.139;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=2.772;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:51:99:355,0,570 chrXIII 307143 . G C 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.021;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:31:99:260,0,381 chrXIII 307219 . G A 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=20.06;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:34:72:715,72,0 chrXIII 307416 . T C 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=18.87;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1467,153,0 chrXIII 307426 . A G 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=18.23;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:81:99:1510,159,0 chrXIII 307541 . A G 913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=25.36;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:946,102,0 chrXIII 307593 . C T 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=21.67;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1138,120,0 chrXIII 307654 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;DP=46;Dels=0.00;FS=9.192;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:491,0,448 chrXIII 307796 . G A 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.11;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1152,120,0 chrXIII 308296 . T A 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.05;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1324,135,0 chrXIII 308551 . C T 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.21;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:882,93,0 chrXIII 309279 . C G 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=20.86;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1514,162,0 chrXIII 309285 . C T 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=20.81;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1698,171,0 chrXIII 309296 . T C 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=20.99;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1712,174,0 chrXIII 309305 . T A 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=18.50;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1735,180,0 chrXIII 309469 . T A 1852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;QD=16.25;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:1885,192,0 chrXIII 309473 . G A 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=17.59;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1898,195,0 chrXIII 309524 . C A 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=10.20;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:51:492,51,0 chrXIII 309891 . C T 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=21.82;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:81:775,81,0 chrXIII 309981 . G A 525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:558,57,0 chrXIII 310028 . T A 237.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=13.94;SB=-5.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:27:270,27,0 chrXIII 310152 . T A 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=83;Dels=0.04;FS=1.727;HaplotypeScore=39.1546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=13.83;ReadPosRankSum=1.050;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:80:81:1181,81,0 chrXIII 312253 . T G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=58;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=6.7086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:58:99:328,0,667 chrXIII 313064 . C T 3755.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.76;SB=-2.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:3755,382,0 chrXIII 313379 . C T 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=19.18;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1606,174,0 chrXIII 314078 . A G 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=25.25;ReadPosRankSum=1.675;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1548,168,0 chrXIII 315093 . G A 2228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=25.03;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2261,237,0 chrXIII 315372 . T A 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=22.80;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1378,141,0 chrXIII 315598 . A G 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.885;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=18.41;ReadPosRankSum=2.885;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:1156,123,0 chrXIII 315961 . C T 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=23.12;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1027,105,0 chrXIII 316074 . A G 2188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.78;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2221,243,0 chrXIII 316408 . T G 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=20.07;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1137,120,0 chrXIII 316605 . A G 1436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DP=70;Dels=0.00;FS=4.834;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=20.51;ReadPosRankSum=1.683;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1469,150,0 chrXIII 316612 . G A 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=19.82;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1381,141,0 chrXIII 317105 . A T 2242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=22.20;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2275,237,0 chrXIII 317162 . A G 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=74;Dels=0.00;FS=9.196;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=21.81;ReadPosRankSum=2.383;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1647,171,0 chrXIII 317397 . A G 2484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.454;QD=21.98;ReadPosRankSum=1.639;SB=-1.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:113:99:2517,270,0 chrXIII 318108 . A C 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=5.295;HaplotypeScore=3.5478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=24.25;ReadPosRankSum=1.654;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1100,117,0 chrXIII 318119 . C G 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=22.93;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1019,111,0 chrXIII 318647 . C T 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=24.83;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:93:927,93,0 chrXIII 318850 . G T 1337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=17.83;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1370,138,0 chrXIII 319018 . G A 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=23.23;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1961,216,0 chrXIII 319040 . T C 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=22.43;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1805,192,0 chrXIII 319247 . T C 3426.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=151;Dels=0.00;FS=5.040;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=22.69;ReadPosRankSum=1.686;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,149:151:99:3426,363,0 chrXIII 319443 . T C 2540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DP=106;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=23.96;ReadPosRankSum=2.403;SB=-1.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2573,267,0 chrXIII 319703 . A G 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=22.77;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1877,198,0 chrXIII 319767 . T C 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=95;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=9.4084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:95:99:868,0,781 chrXIII 319884 . A G 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=90;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=4.8306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=22.73;ReadPosRankSum=1.655;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2079,216,0 chrXIII 319962 . A G 2051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=101;Dels=0.00;FS=7.274;HaplotypeScore=7.8742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=20.31;ReadPosRankSum=2.377;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:101:99:2084,225,0 chrXIII 319980 . A T 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=18.89;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1922,195,0 chrXIII 319989 . C T 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=18.47;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1677,177,0 chrXIII 320166 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=58;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.110;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:499,0,535 chrXIII 320186 . C T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DP=66;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:567,0,471 chrXIII 320282 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=88;Dels=0.00;FS=0.817;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.380;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:88:99:671,0,741 chrXIII 320868 . A C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.460;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:519,0,552 chrXIII 320923 . T A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;DP=62;Dels=0.00;FS=9.733;HaplotypeScore=3.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=5.50;ReadPosRankSum=-2.112;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:371,0,559 chrXIII 320924 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=65;Dels=0.00;FS=6.916;HaplotypeScore=2.5671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=4.66;ReadPosRankSum=-2.126;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:333,0,609 chrXIII 321660 . G A 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.27;MQ0=0;QD=15.67;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:973,99,0 chrXIII 322257 . C A 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=21.68;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1507,156,0 chrXIII 322876 . T G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=84;Dels=0.00;FS=8.169;HaplotypeScore=14.1370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:84:99:610,0,817 chrXIII 323439 . T C 2392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=102;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=23.45;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:2425,261,0 chrXIII 323942 . A G 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=19.29;ReadPosRankSum=2.325;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1557,165,0 chrXIII 325675 . A G 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.595;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:26:45:422,45,0 chrXIII 325728 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.231;DP=61;Dels=0.00;FS=3.371;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:400,0,523 chrXIII 325729 . T G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;DP=61;Dels=0.00;FS=3.426;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.437;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:61:99:501,0,407 chrXIII 325905 . T A 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.80;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:968,99,0 chrXIII 325924 . T C 68.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=2.62;ReadPosRankSum=2.417;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:98:98,0,416 chrXIII 326203 . G C 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=66;Dels=0.00;FS=0.985;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.979;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:66:99:691,0,365 chrXIII 326343 . A G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DP=60;Dels=0.00;FS=7.789;HaplotypeScore=2.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.731;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:618,0,550 chrXIII 326419 . T C 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DP=86;Dels=0.00;FS=4.262;HaplotypeScore=9.4091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=9.65;ReadPosRankSum=2.163;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:86:99:860,0,705 chrXIII 326503 . A T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;DP=25;Dels=0.00;FS=1.851;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=9.60;ReadPosRankSum=2.020;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:270,0,203 chrXIII 327622 . A C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.126;DP=76;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.036;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:747,0,732 chrXIII 327911 . A G 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=90;Dels=0.00;FS=2.805;HaplotypeScore=4.3470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.516;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:901,0,811 chrXIII 327938 . A G 1989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2022,219,0 chrXIII 328866 . T C 2087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=92;Dels=0.00;FS=2.610;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=22.68;ReadPosRankSum=2.396;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:92:99:2120,228,0 chrXIII 329362 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=80;Dels=0.00;FS=4.391;HaplotypeScore=7.1594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.407;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:769,0,684 chrXIII 329402 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.953;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.616;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:65:99:632,0,570 chrXIII 329673 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=68;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=9.4300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.282;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:571,0,543 chrXIII 330811 . G T 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=77;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:576,0,820 chrXIII 330956 . C G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=86;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.495;QD=5.51;ReadPosRankSum=-2.364;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:504,0,818 chrXIII 330962 . T C 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=3.931;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=16.84;ReadPosRankSum=1.693;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1532,168,0 chrXIII 331508 . G A 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.61;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1774,186,0 chrXIII 331689 . G A 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=17.48;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:1921,207,0 chrXIII 332483 . G C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.963;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:543,0,178 chrXIII 332507 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.434;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.267;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:36:99:560,0,161 chrXIII 332732 . T C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=36;Dels=0.00;FS=1.662;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.922;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:432,0,197 chrXIII 332749 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.034;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:99:367,0,221 chrXIII 332932 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=58;Dels=0.00;FS=5.446;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:58:99:694,0,366 chrXIII 333053 . T G 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.60;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1344,144,0 chrXIII 333449 . G A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.36;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1101,117,0 chrXIII 333646 . C T 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=23.41;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1508,153,0 chrXIII 333939 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:52:99:387,0,533 chrXIII 334830 . T G 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1289,138,0 chrXIII 335225 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:269,0,300 chrXIII 335290 . G C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.67;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:849,90,0 chrXIII 335383 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.821;DP=58;Dels=0.00;FS=3.642;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:491,0,574 chrXIII 335404 . T A 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=21.49;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1301,138,0 chrXIII 335870 . T A 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.57;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1335,144,0 chrXIII 336366 . A G 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=20.47;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:954,99,0 chrXIII 336381 . A G 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=18.30;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:87:820,87,0 chrXIII 336793 . C T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=56;Dels=0.00;FS=5.949;HaplotypeScore=4.2763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:490,0,526 chrXIII 336802 . C A 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=22.21;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1277,129,0 chrXIII 336845 . C T 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=21.76;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1752,183,0 chrXIII 336996 . C T 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.584;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,60:120:99:1063,0,1259 chrXIII 337100 . T C 1146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.107;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:101:99:1176,0,992 chrXIII 337377 . G A 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.68;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1854,186,0 chrXIII 337557 . G A 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:757,0,1045 chrXIII 337875 . T C 2026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.629;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2059,222,0 chrXIII 338041 . G C 2549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.553e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:118:99:2582,276,0 chrXIII 338329 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;DP=97;Dels=0.00;FS=6.964;HaplotypeScore=5.6732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.660;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:676,0,856 chrXIII 338647 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.503;DP=59;Dels=0.00;FS=2.376;HaplotypeScore=5.0355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=2.746;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.266;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:555,0,529 chrXIII 339902 . T C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.241;DP=76;Dels=0.00;FS=6.319;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:687,0,856 chrXIII 341020 . G A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:258,0,248 chrXIII 341910 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DP=88;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=5.0309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:88:99:603,0,863 chrXIII 342874 . A T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.315;DP=92;Dels=0.00;FS=5.521;HaplotypeScore=5.6873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:669,0,945 chrXIII 343341 . C A 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=81;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.224;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:842,0,608 chrXIII 343507 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.960;DP=94;Dels=0.00;FS=1.695;HaplotypeScore=9.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.075;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:94:99:660,0,1020 chrXIII 343536 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.629;DP=87;Dels=0.00;FS=2.832;HaplotypeScore=4.8632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.242;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:664,0,837 chrXIII 344475 . G A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.434;DP=38;Dels=0.00;FS=5.155;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:38:99:562,0,234 chrXIII 344869 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.931;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.667;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:363,0,342 chrXIII 346141 . T C 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=147;Dels=0.00;FS=3.067;HaplotypeScore=14.3034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,66:147:99:1228,0,1275 chrXIII 346162 . C T 1123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.132;DP=150;Dels=0.00;FS=1.286;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,68:150:99:1153,0,1439 chrXIII 347164 . A G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;DP=87;Dels=0.00;FS=1.395;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:87:99:683,0,1286 chrXIII 347381 . A G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:272,0,563 chrXIII 347780 . T C 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:32:99:166,0,278 chrXIII 348249 . G A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.948;DP=57;Dels=0.00;FS=3.940;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.841;QD=11.30;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:674,0,381 chrXIII 348585 . C T 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.355;SB=0.099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:31:68,0,31 chrXIII 348896 . G A 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:97:97,0,381 chrXIII 349004 . A G 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=32;Dels=0.00;FS=16.114;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=12.72;ReadPosRankSum=1.034;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:437,0,128 chrXIII 349537 . T C 1209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=112;Dels=0.00;FS=7.456;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.635;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1239,0,745 chrXIII 349796 . G A 4253.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:187:99:4253,465,0 chrXIII 349810 . A G 1395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.240;DP=186;Dels=0.00;FS=6.593;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.523;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,89:186:99:1425,0,2027 chrXIII 349853 . T C 1395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DP=173;Dels=0.00;FS=12.056;HaplotypeScore=10.9918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,90:173:99:1425,0,1550 chrXIII 349925 . A T 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;DP=101;Dels=0.00;FS=1.661;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.868;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:1250,0,847 chrXIII 349988 . A C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.869;DP=89;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=11.0854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.046;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:674,0,1007 chrXIII 350056 . A G 2099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=16.79;ReadPosRankSum=1.704;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:125:99:2132,222,0 chrXIII 350057 . A G 2168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=16.94;ReadPosRankSum=1.678;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2201,231,0 chrXIII 350144 . T C 2473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=22.69;SB=-1.451e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2506,273,0 chrXIII 350236 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;DP=83;Dels=0.00;FS=9.100;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=2.456;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:542,0,728 chrXIII 350240 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=81;Dels=0.00;FS=9.571;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.135;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:667,0,522 chrXIII 350249 . C T 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=16.56;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1275,141,0 chrXIII 350297 . G A 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=14.12;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1007,105,0 chrXIII 350311 . T A 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=71;Dels=0.00;FS=3.177;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.346;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.242;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:327,0,577 chrXIII 350323 . G A 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=13.74;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:93:885,93,0 chrXIII 350334 . T G 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DP=64;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.348;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:216,0,524 chrXIII 350595 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DP=57;Dels=0.00;FS=7.875;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:701,0,538 chrXIII 350608 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=62;Dels=0.00;FS=17.205;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:563,0,709 chrXIII 350752 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=54;Dels=0.00;FS=10.113;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:531,0,512 chrXIII 350820 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DP=48;Dels=0.00;FS=1.663;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:404,0,417 chrXIII 351244 . G C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:56:99:346,0,628 chrXIII 351470 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=52;Dels=0.00;FS=5.732;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.656;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:487,0,361 chrXIII 351904 . G A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=44;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:421,0,416 chrXIII 352231 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=57;Dels=0.00;FS=7.460;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:667,0,381 chrXIII 352262 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;DP=51;Dels=0.00;FS=5.116;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:488,0,378 chrXIII 352500 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=33;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=2.6670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:326,0,272 chrXIII 352504 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=35;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=2.6670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:374,0,302 chrXIII 352513 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.983;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:399,0,280 chrXIII 352695 . G C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=29;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:29:99:206,0,152 chrXIII 352713 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.963;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:261,0,184 chrXIII 352830 . T C 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=26;Dels=0.00;FS=6.862;HaplotypeScore=4.1788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.000;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:26:99:141,0,220 chrXIII 353716 . T A 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=16.21;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:503,54,0 chrXIII 354389 . T C 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=20.71;ReadPosRankSum=1.444;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1027,111,0 chrXIII 354953 . T C 482 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=12.68;SB=-6.554e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:54:515,54,0 chrXIII 355100 . C T 1591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=27.91;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1624,165,0 chrXIII 356199 . C T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=69;Dels=0.00;FS=0.933;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:599,0,597 chrXIII 356409 . G C 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=23.40;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1390,147,0 chrXIII 357016 . G T 148.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=5;QD=5.29;SB=-7.497e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,23:28:21:181,21,0 chrXIII 357021 . G T 177.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.97;MQ0=5;QD=5.90;SB=-7.497e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:30:21:210,21,0 chrXIII 357053 . A T 77.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.89;MQ0=13;MQRankSum=-0.052;QD=2.09;ReadPosRankSum=2.246;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,22:37:12:110,12,0 chrXIII 358049 . T A 72.27 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.16;MQ0=61;MQRankSum=3.059;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,23:77:9:102,0,9 chrXIII 358381 . C T 173.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.29;MQ0=50;QD=2.88;SB=-8.277e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:24:206,24,0 chrXIII 358442 . G A 99.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.40;MQ0=58;QD=1.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,7:64:15:132,15,0 chrXIII 361270 . T C 50.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.153;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.556;QD=3.19;ReadPosRankSum=2.556;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:9:83,9,0 chrXIII 361725 . A G 353 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.64;MQ0=3;QD=16.05;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:386,42,0 chrXIII 362183 . C T 133.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.99;MQ0=19;QD=3.60;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:18:166,18,0 chrXIII 362381 . C T 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.38;MQ0=24;MQRankSum=-0.828;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:51:51,0,139 chrXIII 362870 . G A 189.02 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=45;Dels=0.00;FS=44.479;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.47;MQ0=13;MQRankSum=2.256;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-2.050e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:24:219,0,24 chrXIII 362871 . A G 190.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=44;Dels=0.00;FS=44.479;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.72;MQ0=12;MQRankSum=2.134;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-1.253e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:27:220,0,27 chrXIII 362875 . T C 188.02 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DP=39;Dels=0.00;FS=52.438;HaplotypeScore=6.5357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.69;MQ0=8;MQRankSum=2.514;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-2.236e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:39:23:218,0,23 chrXIII 362876 . A G 180.02 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=38;Dels=0.00;FS=30.355;HaplotypeScore=4.6910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.00;MQ0=7;MQRankSum=1.738;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-2.050e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:24:210,0,24 chrXIII 362880 . C A 196.02 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DP=47;Dels=0.00;FS=27.345;HaplotypeScore=3.9023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.12;MQ0=5;MQRankSum=0.917;QD=4.17;ReadPosRankSum=-2.929;SB=-3.027e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,36:47:23:226,0,23 chrXIII 362883 . T C 269 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=49;Dels=0.00;FS=39.971;HaplotypeScore=3.9023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.57;MQ0=4;MQRankSum=2.971;QD=5.49;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:33:302,33,0 chrXIII 362889 . G A 192.02 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=49;Dels=0.00;FS=28.559;HaplotypeScore=4.5653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.57;MQ0=4;MQRankSum=1.052;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-3.025e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,39:49:24:222,0,24 chrXIII 362890 . A G 181.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;DP=49;Dels=0.00;FS=28.559;HaplotypeScore=4.5653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.57;MQ0=4;MQRankSum=1.219;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-3.019e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,39:49:30:211,0,30 chrXIII 362895 . C T 193.02 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;DP=49;Dels=0.00;FS=28.946;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.89;MQ0=3;MQRankSum=1.125;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-3.028e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,40:49:23:223,0,23 chrXIII 362902 . G T 197.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DP=46;Dels=0.00;FS=21.838;HaplotypeScore=1.9157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.66;MQ0=1;MQRankSum=0.704;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-3.028e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,40:46:23:227,0,23 chrXIII 362992 . G A 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=21.10;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1362,141,0 chrXIII 363595 . T C 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.86;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1410,150,0 chrXIII 363801 . T C 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.49;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1537,162,0 chrXIII 363840 . C T 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=25.10;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1740,183,0 chrXIII 363895 . A G 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=5.039;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=21.85;ReadPosRankSum=1.681;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1497,162,0 chrXIII 364102 . G A 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.85;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2458,249,0 chrXIII 364252 . G T 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=23.03;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1553,159,0 chrXIII 364264 . C A 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.592;DP=63;Dels=0.00;FS=6.757;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:515,0,634 chrXIII 364294 . C G 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=22.46;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1291,138,0 chrXIII 364324 . T C 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=51;Dels=0.00;FS=10.704;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=22.04;ReadPosRankSum=2.862;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1157,123,0 chrXIII 364384 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=53;Dels=0.00;FS=4.237;HaplotypeScore=4.5704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.722;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:305,0,602 chrXIII 364548 . A G 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.628;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:75:726,75,0 chrXIII 364627 . A G 688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=14.96;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:78:721,78,0 chrXIII 364636 . G T 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.14;MQ0=0;QD=14.53;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:75:716,75,0 chrXIII 364639 . G A 622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=12.20;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:72:655,72,0 chrXIII 365054 . C T 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=37;Dels=0.00;FS=3.529;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:139,0,384 chrXIII 365286 . T G 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;DP=19;Dels=0.00;FS=2.813;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:103,0,166 chrXIII 365359 . C T 522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=19.33;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:555,60,0 chrXIII 365365 . T A 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=25;Dels=0.00;FS=4.437;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=1.595;QD=19.40;ReadPosRankSum=0.763;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:54:518,54,0 chrXIII 365455 . G A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=28;Dels=0.00;FS=5.943;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:247,0,264 chrXIII 365505 . G C 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.54;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:787,84,0 chrXIII 365551 . C T 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=24.37;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:813,81,0 chrXIII 365580 . G A 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=18.88;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:524,54,0 chrXIII 365788 . T A 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=22.27;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:66:612,66,0 chrXIII 366043 . T C 591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=19.70;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:624,66,0 chrXIII 366121 . A G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=35;Dels=0.00;FS=3.127;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:253,0,275 chrXIII 366559 . T C 1575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=22.83;ReadPosRankSum=2.379;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:1608,171,0 chrXIII 366629 . C G 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.68;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:90:881,90,0 chrXIII 366707 . A G 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=17.02;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:84:782,84,0 chrXIII 366795 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DP=73;Dels=0.00;FS=3.234;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.161;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:554,0,709 chrXIII 366806 . T C 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=20.18;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1587,165,0 chrXIII 366938 . T C 2550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=24.29;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2583,279,0 chrXIII 367008 . C T 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=70;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=4.2116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:778,0,541 chrXIII 367501 . A G 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;DP=125;Dels=0.00;FS=5.075;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.022;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:125:99:1038,0,1190 chrXIII 367522 . G T 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;DP=146;Dels=0.00;FS=0.654;HaplotypeScore=17.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,72:146:99:1182,0,1172 chrXIII 367636 . T C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;DP=96;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=5.6953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.558;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:96:99:710,0,1000 chrXIII 367845 . C A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.130;DP=51;Dels=0.00;FS=2.434;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:583,0,435 chrXIII 367942 . A T 1810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=17.57;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1843,189,0 chrXIII 368619 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=72;Dels=0.00;FS=4.656;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.331;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:571,0,739 chrXIII 369062 . A C 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.41;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:2003,219,0 chrXIII 369419 . T C 2293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.48;SB=-1.153e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2326,252,0 chrXIII 369465 . C T 2045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.78;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2078,210,0 chrXIII 369610 . A G 2036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.615;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2069,222,0 chrXIII 370022 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.504;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:389,0,298 chrXIII 371117 . A G 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=23.18;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1354,147,0 chrXIII 371207 . G A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;DP=65;Dels=0.00;FS=2.400;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:65:99:495,0,713 chrXIII 371525 . G A 2268 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.18;MQ0=0;QD=23.14;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2301,255,0 chrXIII 371527 . A G 2346 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=100;Dels=0.00;FS=15.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=23.46;ReadPosRankSum=2.807;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:100:99:2379,258,0 chrXIII 371533 . G A 2239 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.15;MQ0=0;QD=23.32;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2272,249,0 chrXIII 371651 . A G 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.57;MQ0=0;QD=21.88;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1893,201,0 chrXIII 371667 . C A 2197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.51;MQ0=0;QD=21.12;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2230,228,0 chrXIII 371689 . C T 1855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=17.02;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1888,204,0 chrXIII 371755 . A G 2227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.90;MQ0=0;QD=20.62;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2260,237,0 chrXIII 371760 . A T 2332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;QD=22.00;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2365,237,0 chrXIII 371821 . A G 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.38;MQ0=0;QD=15.67;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1083,117,0 chrXIII 371851 . A T 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.86;MQ0=0;QD=14.73;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:78:755,78,0 chrXIII 371856 . A C 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.663;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:78:697,78,0 chrXIII 371874 . A T 546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=13.00;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:60:579,60,0 chrXIII 371909 . C G 275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=11.00;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:33:308,33,0 chrXIII 371910 . T C 277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=11.08;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:33:310,33,0 chrXIII 371920 . A G 363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=11.34;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:42:396,42,0 chrXIII 371940 . C T 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;QD=15.37;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:571,63,0 chrXIII 371941 . T A 529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;QD=15.11;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:562,60,0 chrXIII 371956 . G A 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=15.02;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:69:664,69,0 chrXIII 371963 . G T 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=0;QD=15.07;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:72:711,72,0 chrXIII 371979 . T C 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.38;MQ0=0;QD=16.09;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84:773,84,0 chrXIII 371989 . C G 855 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.23;MQ0=0;QD=16.76;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:96:888,96,0 chrXIII 371993 . C T 835 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.23;MQ0=0;QD=15.18;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:868,99,0 chrXIII 371997 . A G 923 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.91;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=17.09;ReadPosRankSum=1.668;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:956,102,0 chrXIII 372077 . T C 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=0;QD=21.14;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1069,114,0 chrXIII 372089 . C T 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.68;MQ0=0;QD=22.23;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:811,84,0 chrXIII 372090 . T G 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.77;MQ0=0;QD=20.82;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:741,78,0 chrXIII 372103 . G A 718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=17.51;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:751,81,0 chrXIII 372225 . T G 2137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=24.85;ReadPosRankSum=1.692;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2170,231,0 chrXIII 372297 . A G 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;QD=23.87;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1274,135,0 chrXIII 372301 . C T 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=23.61;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1237,129,0 chrXIII 372322 . C T 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.99;MQ0=0;QD=18.96;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1019,102,0 chrXIII 372329 . T C 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=51;Dels=0.00;FS=3.779;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:285,0,515 chrXIII 372428 . C A 3320.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.11;MQ0=0;QD=25.94;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3320,334,0 chrXIII 372531 . A G 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=22.79;ReadPosRankSum=1.687;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1788,189,0 chrXIII 378680 . T A 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.656;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1501,153,0 chrXIII 378772 . C G 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=25.62;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1468,156,0 chrXIII 378811 . A G 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=22.77;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1650,177,0 chrXIII 378833 . C G 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=21.82;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1822,198,0 chrXIII 378917 . A G 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=20.11;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:85:99:1742,189,0 chrXIII 378957 . C G 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=20.36;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:1886,201,0 chrXIII 379425 . A C 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DP=85;Dels=0.00;FS=13.519;HaplotypeScore=3.5179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=18.79;ReadPosRankSum=4.244;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:85:99:1630,174,0 chrXIII 379439 . A G 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=18.04;ReadPosRankSum=1.695;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:1747,186,0 chrXIII 379450 . C G 1977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=20.38;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2010,216,0 chrXIII 379507 . T A 2450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.12;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2483,264,0 chrXIII 379602 . G C 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=23.56;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2036,219,0 chrXIII 379777 . A G 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=19.47;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:987,105,0 chrXIII 379795 . C T 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=51;Dels=0.00;FS=4.065;HaplotypeScore=1.7333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.917;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:987,99,0 chrXIII 379813 . G A 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=18.69;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1117,114,0 chrXIII 379976 . T A 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=21.00;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1734,192,0 chrXIII 379984 . G A 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1786,183,0 chrXIII 380063 . T A 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=59;Dels=0.02;FS=1.014;HaplotypeScore=9.4231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.978;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:244,0,572 chrXIII 380241 . A C 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1355,150,0 chrXIII 380333 . G A 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=18.75;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:1889,210,0 chrXIII 380859 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.796;DP=89;Dels=0.00;FS=18.667;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:89:99:585,0,1035 chrXIII 381204 . T C 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.578;QD=21.10;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1932,204,0 chrXIII 381248 . T C 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=76;Dels=0.00;FS=3.057;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=21.01;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:1630,174,0 chrXIII 381609 . A G 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1351,141,0 chrXIII 381711 . A G 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.96;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1605,171,0 chrXIII 382194 . C T 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.00;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1252,129,0 chrXIII 382384 . A T 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.516;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1386,144,0 chrXIII 382792 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DP=76;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:486,0,846 chrXIII 383188 . G C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=62;Dels=0.00;FS=6.798;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.486;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:510,0,587 chrXIII 383224 . G A 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.70;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1399,141,0 chrXIII 383408 . A G 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.58;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1636,171,0 chrXIII 384682 . C G 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.40;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1265,138,0 chrXIII 385680 . A T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.745;DP=87;Dels=0.00;FS=4.430;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=2.178;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.273;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:881,0,727 chrXIII 385805 . T A 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.118;DP=99;Dels=0.00;FS=3.745;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.219;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:950,0,915 chrXIII 386425 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.889;DP=56;Dels=0.00;FS=6.124;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:336,0,565 chrXIII 387028 . G A 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1368,144,0 chrXIII 387084 . C G 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.64;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:55:99:1003,108,0 chrXIII 387174 . A G 128.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:161,18,0 chrXIII 387573 . T C 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=17.63;ReadPosRankSum=1.668;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:985,108,0 chrXIII 387621 . C T 849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=15.44;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:96:882,96,0 chrXIII 387876 . G A 581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=15.70;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63:614,63,0 chrXIII 387879 . A C 522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=13.38;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:60:555,60,0 chrXIII 388149 . A C 330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=17.37;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:39:363,39,0 chrXIII 388450 . A G 307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=19.19;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:340,36,0 chrXIII 388831 . G A 996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.16;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1029,105,0 chrXIII 389020 . A G 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=0;QD=17.93;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:535,57,0 chrXIII 389031 . C T 478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=15.93;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:511,54,0 chrXIII 389395 . A G 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=20;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:163,0,168 chrXIII 389517 . C T 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.89;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:651,66,0 chrXIII 389643 . G A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DP=42;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:400,0,394 chrXIII 389982 . T C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=40;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:462,0,256 chrXIII 390009 . G A 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=18.10;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:81:793,81,0 chrXIII 390237 . T C 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=22.79;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1127,120,0 chrXIII 390310 . G A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=49;Dels=0.00;FS=10.571;HaplotypeScore=4.9747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:385,0,460 chrXIII 390351 . T C 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=19.78;ReadPosRankSum=1.582;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:96:943,96,0 chrXIII 390358 . C A 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.18;MQ0=0;QD=17.96;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1003,105,0 chrXIII 390486 . T G 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.38;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1541,162,0 chrXIII 390645 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=62;Dels=0.00;FS=5.090;HaplotypeScore=5.6456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:398,0,645 chrXIII 390664 . C G 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=21.11;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1553,171,0 chrXIII 391021 . A T 2853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=22.12;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:129:99:2886,312,0 chrXIII 391103 . C A 1519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.707;DP=148;Dels=0.00;FS=1.288;HaplotypeScore=6.5264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,76:148:99:1549,0,1390 chrXIII 391230 . G C 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=23.09;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1996,204,0 chrXIII 391266 . T A 2583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.70;SB=-1.389e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2616,267,0 chrXIII 391443 . T C 2911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.29;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2944,315,0 chrXIII 391504 . C T 1428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.164;DP=160;Dels=0.00;FS=0.676;HaplotypeScore=29.7216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,84:160:99:1458,0,1365 chrXIII 391574 . G A 1223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.422;DP=119;Dels=0.00;FS=0.753;HaplotypeScore=12.2793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:119:99:1253,0,1095 chrXIII 391711 . T A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=71;Dels=0.00;FS=1.979;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:622,0,563 chrXIII 391763 . G A 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=22.27;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1748,180,0 chrXIII 391847 . A G 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.596;DP=110;Dels=0.00;FS=0.719;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:1042,0,938 chrXIII 392147 . G A 2445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2478,258,0 chrXIII 392206 . T C 3933.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=157;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=25.05;ReadPosRankSum=2.418;SB=-1.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,155:157:99:3933,412,0 chrXIII 392476 . T C 2637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.10;SB=-1.536e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:2670,285,0 chrXIII 393150 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=40;Dels=0.00;FS=9.360;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.724;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:495,0,262 chrXIII 393315 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=94;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.559;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:823,0,797 chrXIII 393573 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=64;Dels=0.00;FS=12.911;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.387;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:544,0,495 chrXIII 393579 . G C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=65;Dels=0.00;FS=10.929;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.788;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:538,0,523 chrXIII 393588 . G A 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=72;Dels=0.00;FS=7.093;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.337;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:713,0,593 chrXIII 394197 . C T 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.017;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:822,0,543 chrXIII 394309 . C T 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=25.62;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1263,129,0 chrXIII 394707 . T C 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;DP=66;Dels=0.00;FS=4.622;HaplotypeScore=6.4567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.582;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:462,0,922 chrXIII 394731 . G C 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=3.133;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=22.26;ReadPosRankSum=0.433;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1636,177,0 chrXIII 394755 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DP=82;Dels=0.00;FS=11.444;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.356;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:440,0,980 chrXIII 394852 . C T 3140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=24.92;SB=-1.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3173,325,0 chrXIII 394901 . G C 2805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:137:99:2838,291,0 chrXIII 394921 . A T 1304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.860;DP=143;Dels=0.00;FS=3.255;HaplotypeScore=13.7520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,79:143:99:1334,0,1206 chrXIII 395396 . T C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=69;Dels=0.00;FS=5.315;HaplotypeScore=10.5896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.088;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:69:99:596,0,531 chrXIII 395714 . T C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;DP=35;Dels=0.00;FS=7.791;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.482;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:238,0,294 chrXIII 395990 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=33;Dels=0.00;FS=7.877;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.012;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:401,0,109 chrXIII 396068 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DP=37;Dels=0.00;FS=5.019;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.970;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:445,0,173 chrXIII 396104 . G A 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:27:99:154,0,194 chrXIII 396107 . G A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:133,0,183 chrXIII 396173 . G A 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.159;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:166,0,179 chrXIII 396176 . C T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.085;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:233,0,168 chrXIII 396424 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DP=89;Dels=0.00;FS=3.884;HaplotypeScore=12.8818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=2.491;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:677,0,774 chrXIII 396464 . G A 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;DP=76;Dels=0.00;FS=1.316;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:818,0,685 chrXIII 396483 . T C 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=21.27;ReadPosRankSum=3.242;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,71:75:99:1628,177,0 chrXIII 396594 . C A 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.22;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1220,123,0 chrXIII 396680 . C G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DP=57;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=7.84;ReadPosRankSum=-2.270;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:477,0,401 chrXIII 396704 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=81;Dels=0.00;FS=3.348;HaplotypeScore=5.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:81:99:509,0,826 chrXIII 396726 . C A 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=95;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.404;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:95:99:777,0,680 chrXIII 396782 . T C 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.668;DP=117;Dels=0.00;FS=5.862;HaplotypeScore=13.1227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:117:99:831,0,1024 chrXIII 396793 . A G 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DP=113;Dels=0.00;FS=18.337;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.273;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:113:99:808,0,952 chrXIII 396798 . T C 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;DP=108;Dels=0.00;FS=10.732;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:108:99:831,0,794 chrXIII 396921 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=61;Dels=0.00;FS=2.170;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:61:99:718,0,438 chrXIII 396950 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=59;Dels=0.00;FS=2.354;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.130;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:426,0,514 chrXIII 397127 . G C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=77;Dels=0.00;FS=6.027;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.839;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:714,0,703 chrXIII 397176 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.721;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:467,0,595 chrXIII 397824 . A G 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=71;Dels=0.00;FS=2.050;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.273;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:351,0,605 chrXIII 397989 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.882;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:304,0,392 chrXIII 398025 . T C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.743;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:264,0,260 chrXIII 398046 . T C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=36;Dels=0.00;FS=3.410;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.544;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:212,0,412 chrXIII 398054 . A G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=37;Dels=0.00;FS=5.620;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.412;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:221,0,402 chrXIII 398086 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=34;Dels=0.00;FS=5.664;HaplotypeScore=2.6979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:455,0,152 chrXIII 398240 . A G 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.349;DP=111;Dels=0.00;FS=7.770;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:111:99:1046,0,1067 chrXIII 398256 . C T 1107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.682;DP=100;Dels=0.00;FS=5.753;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.425;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:100:99:1137,0,847 chrXIII 398295 . A G 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;DP=87;Dels=0.00;FS=7.220;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.668;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1008,0,644 chrXIII 398377 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DP=67;Dels=0.00;FS=2.021;HaplotypeScore=9.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.628;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.773;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:567,0,470 chrXIII 398430 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DP=57;Dels=0.00;FS=3.742;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.492;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:387,0,525 chrXIII 398491 . A G 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=79;Dels=0.00;FS=9.826;HaplotypeScore=7.6912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.590;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:678,0,701 chrXIII 398538 . A C 1240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=119;Dels=0.00;FS=3.879;HaplotypeScore=6.5827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=10.42;ReadPosRankSum=-2.158;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,65:119:99:1270,0,940 chrXIII 398576 . A T 1519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.774;DP=121;Dels=0.00;FS=4.733;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.097;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,73:121:99:1549,0,688 chrXIII 398620 . A C 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DP=110;Dels=0.00;FS=6.331;HaplotypeScore=17.8548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=9.23;ReadPosRankSum=2.866;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:110:99:1045,0,612 chrXIII 398658 . G A 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.917;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,50:82:99:940,0,626 chrXIII 398818 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.435;DP=70;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=3.9292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:605,0,760 chrXIII 398916 . T C 1313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.407;DP=130;Dels=0.00;FS=8.101;HaplotypeScore=11.3588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.979;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,76:130:99:1343,0,1065 chrXIII 398994 . C T 2189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=25.45;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2222,237,0 chrXIII 399400 . A G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=62;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.958;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:62:99:432,0,411 chrXIII 399408 . C T 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=15.58;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1155,123,0 chrXIII 399446 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;DP=75;Dels=0.00;FS=0.914;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.930;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:75:99:526,0,653 chrXIII 399709 . A C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.646;DP=87;Dels=0.00;FS=4.286;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:585,0,1136 chrXIII 400769 . G A 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DP=105;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:105:99:1201,0,727 chrXIII 400907 . A G 2869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=128;Dels=0.00;FS=4.351;HaplotypeScore=10.7035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=22.41;ReadPosRankSum=1.651;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2902,306,0 chrXIII 401011 . C G 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;DP=95;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=8.0696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.199;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:995,0,817 chrXIII 401218 . A G 1516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.429;DP=179;Dels=0.00;FS=3.477;HaplotypeScore=9.2163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=1.507;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.347;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,80:179:99:1546,0,1901 chrXIII 401274 . G A 1297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.938;DP=127;Dels=0.00;FS=1.437;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.687;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,63:127:99:1327,0,1238 chrXIII 401296 . A G 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.110;DP=113;Dels=0.00;FS=1.542;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.287;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:1077,0,1183 chrXIII 401333 . G C 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:675,0,576 chrXIII 401410 . C T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=66;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=7.4077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.390;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:588,0,574 chrXIII 401494 . T G 1254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=133;Dels=0.00;FS=1.434;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.987;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.689;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,66:133:99:1284,0,1273 chrXIII 401933 . C G 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=24.23;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1487,156,0 chrXIII 401986 . T A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=62;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.697;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:597,0,554 chrXIII 402251 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.361;DP=82;Dels=0.00;FS=8.917;HaplotypeScore=5.0125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.936;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:624,0,756 chrXIII 402254 . G A 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=21.37;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1828,186,0 chrXIII 402422 . T C 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.10;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1580,171,0 chrXIII 402534 . G A 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=21.63;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1785,183,0 chrXIII 402537 . A G 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=20.43;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1708,183,0 chrXIII 402902 . G C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=82;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=7.2336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.553;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:770,0,709 chrXIII 403003 . C A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=78;Dels=0.00;FS=0.900;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:741,0,656 chrXIII 403091 . C T 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.14;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1472,156,0 chrXIII 403250 . A G 1247 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=18.34;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1280,135,0 chrXIII 403256 . A G 1163 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1196,126,0 chrXIII 403258 . A G 1168 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=16.93;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1201,126,0 chrXIII 403377 . A G 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=75;Dels=0.00;FS=2.065;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.633;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:918,0,480 chrXIII 403773 . G A 2618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=26.44;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2651,267,0 chrXIII 404476 . C T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,50:86:99:711,0,678 chrXIII 404577 . C T 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.808;DP=88;Dels=0.00;FS=14.653;HaplotypeScore=10.1078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.315;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:88:99:794,0,678 chrXIII 405158 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=54;Dels=0.00;FS=5.608;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:490,0,408 chrXIII 405245 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=59;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=4.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.237;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:484,0,484 chrXIII 405299 . G A 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=45;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=4.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=6.80;ReadPosRankSum=-2.228;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:336,0,384 chrXIII 406155 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=51;Dels=0.00;FS=5.959;HaplotypeScore=4.7918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:448,0,449 chrXIII 406240 . C T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=68;Dels=0.00;FS=3.710;HaplotypeScore=5.6594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.323;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:68:99:595,0,728 chrXIII 406355 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.153;DP=59;Dels=0.00;FS=9.450;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:59:99:560,0,465 chrXIII 406917 . G C 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=25.47;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1816,195,0 chrXIII 407191 . T C 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.158;DP=44;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:260,0,487 chrXIII 407557 . T C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.028;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:26:67:67,0,255 chrXIII 407898 . T C 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:189,0,136 chrXIII 407981 . G A 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.823;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.140;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:105,0,210 chrXIII 408326 . A G 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=30;Dels=0.00;FS=14.786;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=2.837;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:30:99:127,0,154 chrXIII 408412 . G A 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:78:152,0,78 chrXIII 408413 . G A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:86:150,0,86 chrXIII 408564 . T C 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DP=30;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.415;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:240,0,278 chrXIII 409222 . A G 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;DP=66;Dels=0.02;FS=3.612;HaplotypeScore=12.0664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.02;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=0.92;ReadPosRankSum=-3.689;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,10:65:91:91,0,260 chrXIII 409225 . A T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=64;Dels=0.00;FS=9.210;HaplotypeScore=13.9055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=0.50;ReadPosRankSum=-4.373;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,10:64:62:62,0,288 chrXIII 409384 . A G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.522;DP=97;Dels=0.00;FS=2.082;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:774,0,832 chrXIII 409456 . C A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.823;DP=60;Dels=0.00;FS=15.083;HaplotypeScore=9.2686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.885;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:470,0,723 chrXIII 409643 . A G 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=27;Dels=0.00;FS=12.486;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=22.63;ReadPosRankSum=2.585;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:69:644,69,0 chrXIII 410118 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=40;Dels=0.00;FS=8.764;HaplotypeScore=1.9512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:99:157,0,600 chrXIII 410451 . A G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.141;DP=263;Dels=0.00;FS=24.651;HaplotypeScore=12.7688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=-8.528;QD=1.95;ReadPosRankSum=-5.698;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,103:263:99:544,0,3057 chrXIII 410660 . C T 9189.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=417;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=22.04;SB=-2.553e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,417:417:99:9189,1020,0 chrXIII 410904 . A G 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.835;DP=139;Dels=0.00;FS=1.491;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.118;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,57:139:99:861,0,1529 chrXIII 411113 . C T 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;DP=112;Dels=0.00;FS=9.054;HaplotypeScore=8.4013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,60:112:99:1232,0,841 chrXIII 411278 . G C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=85;Dels=0.00;FS=7.796;HaplotypeScore=7.6353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:502,0,803 chrXIII 411358 . C T 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.246;DP=121;Dels=0.00;FS=2.613;HaplotypeScore=4.0477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,65:121:99:1009,0,674 chrXIII 411397 . G C 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=63;Dels=0.00;FS=3.995;HaplotypeScore=11.2156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.218;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:63:99:179,0,208 chrXIII 411619 . C T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;DP=71;Dels=0.01;FS=1.124;HaplotypeScore=12.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.411;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:627,0,673 chrXIII 411632 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:538,0,663 chrXIII 412177 . C T 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=124;Dels=0.00;FS=5.686;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.274;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:124:99:1118,0,882 chrXIII 412378 . T A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=66;Dels=0.00;FS=0.943;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=2.223;QD=9.70;ReadPosRankSum=2.274;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:670,0,565 chrXIII 412695 . C A 1496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=159;Dels=0.00;FS=5.760;HaplotypeScore=12.5032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.074;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,77:159:99:1526,0,1700 chrXIII 412745 . C T 1511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.393;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,76:149:99:1541,0,1490 chrXIII 412783 . C T 1560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DP=147;Dels=0.00;FS=6.566;HaplotypeScore=8.8470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=10.61;ReadPosRankSum=3.429;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,81:147:99:1590,0,1365 chrXIII 412878 . C G 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:94:99:1960,210,0 chrXIII 412883 . A G 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;DP=92;Dels=0.00;FS=1.706;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:92:99:890,0,685 chrXIII 413338 . T C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=67;Dels=0.00;FS=4.873;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.960;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:67:99:574,0,701 chrXIII 413447 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=74;Dels=0.00;FS=12.400;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:702,0,653 chrXIII 414299 . G A 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=19.49;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1514,153,0 chrXIII 414344 . G A 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DP=54;Dels=0.00;FS=4.347;HaplotypeScore=5.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.815;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,15:54:99:243,0,564 chrXIII 414447 . C T 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=24.93;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1155,120,0 chrXIII 414548 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.522;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:362,0,437 chrXIII 414710 . T C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.689;DP=63;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:636,0,561 chrXIII 414927 . A G 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.035;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:863,0,1086 chrXIII 415068 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=54;Dels=0.00;FS=1.059;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:551,0,491 chrXIII 415404 . T A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;DP=83;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=10.08;ReadPosRankSum=-2.130;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:867,0,817 chrXIII 415505 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:526,0,730 chrXIII 415535 . G A 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.25;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2094,213,0 chrXIII 415566 . A G 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.852;DP=109;Dels=0.00;FS=5.350;HaplotypeScore=7.1665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:109:99:787,0,952 chrXIII 415772 . T G 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=23.59;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1779,189,0 chrXIII 415927 . G A 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.673;DP=82;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:970,0,722 chrXIII 415973 . C T 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=94;Dels=0.00;FS=6.412;HaplotypeScore=7.0375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:94:99:952,0,880 chrXIII 416053 . T G 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=138;Dels=0.00;FS=3.619;HaplotypeScore=14.9174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.417;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,50:138:99:865,0,1643 chrXIII 416114 . T C 2502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=22.14;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2535,270,0 chrXIII 416124 . C T 2455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=21.35;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2488,252,0 chrXIII 416274 . A G 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=94;Dels=0.00;FS=5.475;HaplotypeScore=2.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=15.16;ReadPosRankSum=2.861;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:1458,156,0 chrXIII 416283 . C T 1502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=17.26;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1535,156,0 chrXIII 416348 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.140;DP=93;Dels=0.00;FS=8.811;HaplotypeScore=7.6636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.841;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.727;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:93:99:842,0,477 chrXIII 416746 . G A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=92;Dels=0.00;FS=4.089;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.464;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:92:99:617,0,818 chrXIII 416781 . C T 2184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.60;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2217,231,0 chrXIII 416929 . C T 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=21.37;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1529,153,0 chrXIII 416957 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;DP=70;Dels=0.00;FS=9.125;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:469,0,660 chrXIII 416970 . A C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=67;Dels=0.00;FS=15.897;HaplotypeScore=7.4644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.733;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:67:99:610,0,421 chrXIII 417054 . C A 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=20.03;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1455,150,0 chrXIII 417062 . C T 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=17.92;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1341,144,0 chrXIII 417126 . A C 2185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=19.86;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:110:99:2218,237,0 chrXIII 417249 . C T 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.601;DP=65;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=11.83;ReadPosRankSum=2.922;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:799,0,473 chrXIII 417498 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=81;Dels=0.00;FS=11.465;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.572;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:81:99:457,0,813 chrXIII 417504 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.635;DP=82;Dels=0.00;FS=11.429;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=4.28;ReadPosRankSum=-2.519;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:82:99:381,0,888 chrXIII 417524 . C T 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=19.80;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1973,198,0 chrXIII 418089 . T C 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.46;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1650,177,0 chrXIII 418191 . A G 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.617;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:88:99:826,0,720 chrXIII 418206 . T C 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=103;Dels=0.00;FS=8.393;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,60:103:99:1039,0,868 chrXIII 418871 . C T 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.503;DP=97;Dels=0.00;FS=1.678;HaplotypeScore=5.5585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,40:97:99:808,0,1132 chrXIII 418962 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;DP=91;Dels=0.00;FS=10.683;HaplotypeScore=6.1340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:91:99:701,0,786 chrXIII 418982 . C T 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=93;Dels=0.00;FS=8.352;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.158;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:767,0,809 chrXIII 419234 . C T 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=104;Dels=0.00;FS=1.599;HaplotypeScore=10.8459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:824,0,925 chrXIII 419424 . C T 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.60;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1434,147,0 chrXIII 419667 . G A 1369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.864;DP=144;Dels=0.00;FS=1.384;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,70:144:99:1399,0,1575 chrXIII 419718 . C A 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.46;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1403,144,0 chrXIII 419976 . G A 3338.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=22.86;SB=-1.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3338,340,0 chrXIII 420051 . G C 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=11.00;ReadPosRankSum=2.608;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:1020,0,580 chrXIII 420098 . A T 1893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=23.37;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1926,198,0 chrXIII 420264 . C T 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;DP=80;Dels=0.00;FS=3.398;HaplotypeScore=9.2631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.357;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:753,0,747 chrXIII 420310 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.076;DP=83;Dels=0.00;FS=4.419;HaplotypeScore=7.3757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=2.266;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.316;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:83:99:765,0,861 chrXIII 420348 . A T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;DP=87;Dels=0.00;FS=4.116;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.715;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.134;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:703,0,773 chrXIII 420356 . G A 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.565;DP=91;Dels=0.00;FS=1.708;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.333;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:757,0,802 chrXIII 420380 . G A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.391;DP=96;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:822,0,741 chrXIII 420528 . C T 1991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=23.70;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2024,207,0 chrXIII 420568 . C T 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=22.84;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1860,192,0 chrXIII 420683 . C A,T 2095.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.04;MQ0=0;QD=20.34;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,47,56:103:99:2155,1233,1122,922,0,781 chrXIII 420689 . C T 1999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;MQ0=0;QD=19.41;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2032,213,0 chrXIII 420702 . G C 1875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;QD=19.74;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1908,213,0 chrXIII 420736 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.982;DP=109;Dels=0.00;FS=3.464;HaplotypeScore=14.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.564;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.952;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:109:99:617,0,1207 chrXIII 420786 . G A 2479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DP=112;Dels=0.00;FS=7.666;HaplotypeScore=97.1695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.140;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:112:99:2512,255,0 chrXIII 420832 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;DP=85;Dels=0.00;FS=10.245;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:85:99:584,0,877 chrXIII 420885 . G A 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.478;DP=88;Dels=0.00;FS=2.851;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.40;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.271;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:88:99:690,0,1008 chrXIII 420892 . C T 2018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.04;MQ0=0;QD=23.20;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2051,210,0 chrXIII 420966 . T G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DP=35;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=11.3656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:35:99:321,0,234 chrXIII 420994 . G A 77.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:107,0,116 chrXIII 421039 . G A 251.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.867;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:281,0,402 chrXIII 421045 . G A 377.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.850;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:407,0,262 chrXIII 421102 . A T 298 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=15.68;ReadPosRankSum=2.192;SB=-9.777e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:33:331,33,0 chrXIII 421240 . T C 270.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,20:27:84:300,0,84 chrXIII 421266 . T G 258.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=8.90;ReadPosRankSum=2.302;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:288,0,294 chrXIII 421275 . A G 264.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=28;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=9.43;ReadPosRankSum=2.626;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:294,0,232 chrXIII 421309 . A T 235.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;DP=51;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.746;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.274;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:265,0,607 chrXIII 421314 . A G 219.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.162;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:57:99:249,0,565 chrXIII 421535 . G T 2604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=23.67;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2637,279,0 chrXIII 421708 . A C 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=20.82;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2490,270,0 chrXIII 421766 . G A 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=97;Dels=0.00;FS=1.789;HaplotypeScore=9.5527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.953;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,56:97:99:900,0,632 chrXIII 421865 . G A 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=99;Dels=0.00;FS=1.676;HaplotypeScore=10.1667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:1021,0,704 chrXIII 421886 . A G 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=88;Dels=0.00;FS=15.370;HaplotypeScore=6.9170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.200;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:880,0,502 chrXIII 421952 . T C 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.70;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1552,165,0 chrXIII 422090 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DP=72;Dels=0.00;FS=8.368;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.245;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:72:99:632,0,526 chrXIII 422449 . G A 2362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2395,249,0 chrXIII 422548 . A G 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.35;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1195,129,0 chrXIII 422592 . T C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.708;DP=42;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=3.2707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.471;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:42:99:536,0,220 chrXIII 422714 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.218;DP=71;Dels=0.00;FS=8.233;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:529,0,619 chrXIII 422731 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=70;Dels=0.00;FS=4.772;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:522,0,680 chrXIII 423169 . A G 2668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=22.42;SB=-1.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2701,291,0 chrXIII 423463 . C T 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=117;Dels=0.00;FS=3.397;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=6.85;ReadPosRankSum=-3.308;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:117:99:832,0,1285 chrXIII 423520 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;DP=110;Dels=0.00;FS=13.573;HaplotypeScore=11.5079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,41:110:99:616,0,1441 chrXIII 423541 . G A 2534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=23.46;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2567,276,0 chrXIII 423603 . A T 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.33;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1730,180,0 chrXIII 423688 . G A 1362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.916;DP=144;Dels=0.00;FS=19.202;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,76:144:99:1392,0,1116 chrXIII 423691 . A G 1267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.848;DP=141;Dels=0.00;FS=21.528;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.530;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,72:141:99:1297,0,1166 chrXIII 423901 . T C 2454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:106:99:2487,261,0 chrXIII 424537 . A G 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=43;Dels=0.00;FS=5.336;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=20.63;ReadPosRankSum=1.564;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:43:96:920,96,0 chrXIII 424591 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=40;Dels=0.00;FS=25.109;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=11.08;ReadPosRankSum=-2.881;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:473,0,318 chrXIII 424785 . A C 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.480;DP=128;Dels=0.00;FS=2.445;HaplotypeScore=30.3240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,62:128:99:1108,0,1081 chrXIII 424856 . A T 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=71.6133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=8.90;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:1217,129,0 chrXIII 424897 . T G 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=15.37;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:940,105,0 chrXIII 425018 . A G 1602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=184;Dels=0.00;FS=5.537;HaplotypeScore=25.6163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.824;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,105:184:99:1632,0,874 chrXIII 425034 . A T 3424.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=17.47;SB=-2.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,191:191:99:3424,349,0 chrXIII 425035 . C T 3350.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=23.2629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=17.01;SB=-2.349e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:195:99:3350,346,0 chrXIII 425123 . A T 4399.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-2.331e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:183:99:4399,457,0 chrXIII 425138 . A G 1128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.011;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.413;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,61:152:99:1158,0,1869 chrXIII 425602 . C T 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.316;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:189,0,402 chrXIII 425898 . T C 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=23.49;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2053,222,0 chrXIII 426159 . A C 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=19.52;ReadPosRankSum=2.937;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:2219,237,0 chrXIII 426219 . T A 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.227;DP=73;Dels=0.00;FS=3.443;HaplotypeScore=47.3847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=12.90;ReadPosRankSum=3.301;SB=-5.477e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:89:975,89,0 chrXIII 426590 . T C 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.03;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:853,90,0 chrXIII 426685 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DP=81;Dels=0.00;FS=15.578;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:558,0,701 chrXIII 426698 . C A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.736;DP=76;Dels=0.00;FS=8.768;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.942;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:76:99:722,0,590 chrXIII 426934 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=52;Dels=0.00;FS=3.991;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.144;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:52:99:350,0,707 chrXIII 426949 . C A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:393,0,730 chrXIII 427087 . A G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=42;Dels=0.00;FS=9.923;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:284,0,466 chrXIII 427114 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.194;DP=51;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.903;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:585,0,291 chrXIII 428833 . A T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.371;DP=84;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=13.9829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.014;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:845,0,521 chrXIII 429465 . G C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=53;Dels=0.00;FS=2.803;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=2.874;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:53:99:604,0,420 chrXIII 429559 . G A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.598;DP=58;Dels=0.00;FS=5.791;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.352;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:58:99:650,0,429 chrXIII 429583 . A G 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=98;Dels=0.00;FS=2.738;HaplotypeScore=9.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:98:99:974,0,808 chrXIII 429941 . A T 5594.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.22;SB=-2.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,231:231:99:5594,583,0 chrXIII 430167 . C A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DP=82;Dels=0.00;FS=2.315;HaplotypeScore=5.7365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.526;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:762,0,641 chrXIII 430438 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=47;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=3.9772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.521;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:403,0,431 chrXIII 430487 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.560;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:319,0,375 chrXIII 430624 . A C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=60;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=6.4815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.130;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:440,0,580 chrXIII 430680 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.859;DP=69;Dels=0.00;FS=1.986;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.182;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:502,0,614 chrXIII 430685 . G A 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=19.03;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1346,141,0 chrXIII 430694 . A G 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;QD=18.03;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1385,150,0 chrXIII 430776 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;DP=60;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.553;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:583,0,513 chrXIII 430800 . T C 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=20.89;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1391,150,0 chrXIII 430847 . T C 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=17.49;ReadPosRankSum=1.682;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1240,132,0 chrXIII 430856 . G A 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=18.49;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1272,129,0 chrXIII 430895 . A T 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=20.67;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1211,120,0 chrXIII 430948 . G C 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=20.27;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1026,111,0 chrXIII 431202 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DP=49;Dels=0.00;FS=3.965;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.919;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:503,0,451 chrXIII 431484 . C G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:44:99:448,0,269 chrXIII 431689 . C T 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=20.13;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:979,105,0 chrXIII 431692 . A C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DP=48;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=8.65;ReadPosRankSum=2.923;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:48:99:445,0,345 chrXIII 431763 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:74:470,0,74 chrXIII 432008 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;DP=30;Dels=0.00;FS=5.747;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:186,0,370 chrXIII 432019 . T A 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=39;Dels=0.00;FS=4.901;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.254;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:199,0,427 chrXIII 432613 . G A 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=19.71;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1196,123,0 chrXIII 432625 . C T 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=20.43;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1422,144,0 chrXIII 432667 . C T 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=17.45;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1638,171,0 chrXIII 432740 . T G 919.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=2.441;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.345;SB=-3.883e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,45:91:15:952,15,0 chrXIII 433010 . T A 1224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.296;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:1254,0,1069 chrXIII 433052 . T A 1313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DP=150;Dels=0.00;FS=4.930;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.146;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,76:150:99:1343,0,1376 chrXIII 433082 . G A 3308.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=21.76;SB=-1.870e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:152:99:3308,334,0 chrXIII 433201 . C T 3197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1.731e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:3230,325,0 chrXIII 433223 . A G 3348.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=22.78;ReadPosRankSum=2.399;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,143:147:99:3348,357,0 chrXIII 433274 . T C 3804.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=164;Dels=0.00;FS=12.434;HaplotypeScore=8.5149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.870;QD=23.20;ReadPosRankSum=2.957;SB=-1.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,159:164:99:3804,405,0 chrXIII 433376 . G A 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=0;QD=10.60;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1008,102,0 chrXIII 433409 . A C 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.44;MQ0=0;QD=9.61;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:72:667,72,0 chrXIII 433422 . A G 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=8.38;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:60:578,60,0 chrXIII 433461 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=71;Dels=0.00;FS=6.725;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:401,0,434 chrXIII 433474 . G A 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=19.06;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1272,129,0 chrXIII 433519 . A G 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=98;Dels=0.00;FS=7.125;HaplotypeScore=3.7397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=17.47;ReadPosRankSum=-1.167;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:1745,183,0 chrXIII 433544 . G T 3158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=21.34;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3191,325,0 chrXIII 433574 . C T 1705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DP=186;Dels=0.00;FS=3.472;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.123;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,101:186:99:1735,0,1336 chrXIII 433720 . A G 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.54;MQ0=0;QD=20.74;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1132,123,0 chrXIII 433952 . A G 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=68;Dels=0.00;FS=4.297;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.652;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1197,106,0 chrXIII 434151 . G A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.46;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:854,87,0 chrXIII 434234 . G A 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.87;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1028,105,0 chrXIII 434450 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:455,0,550 chrXIII 434510 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DP=41;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:41:99:344,0,301 chrXIII 434538 . G A 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=18.61;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:610,63,0 chrXIII 434776 . G A 2787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=24.03;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2820,288,0 chrXIII 434958 . G A 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.14;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1217,123,0 chrXIII 435924 . T C 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.274;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:769,0,947 chrXIII 436033 . C T 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;DP=81;Dels=0.00;FS=10.544;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.913;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.298;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:836,0,833 chrXIII 436081 . A G 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=22.47;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:797,81,0 chrXIII 436089 . A C 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=18.89;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:694,75,0 chrXIII 436140 . C T 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=17.18;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:57:99:1012,102,0 chrXIII 436183 . G A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;DP=53;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.483;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:53:99:566,0,330 chrXIII 436442 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DP=40;Dels=0.00;FS=6.983;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:310,0,425 chrXIII 436475 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=35;Dels=0.00;FS=1.608;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.611;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:329,0,366 chrXIII 436590 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=94;Dels=0.00;FS=4.656;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.219;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:94:99:816,0,1141 chrXIII 436595 . A C 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.961;DP=94;Dels=0.00;FS=6.175;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:94:99:1143,0,793 chrXIII 436769 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=36;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.964;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.906;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:36:99:326,0,353 chrXIII 436907 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;DP=58;Dels=0.00;FS=5.393;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=2.861;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:542,0,515 chrXIII 437012 . A G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DP=60;Dels=0.00;FS=1.173;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.524;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.021;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:584,0,467 chrXIII 437041 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;DP=51;Dels=0.00;FS=7.185;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:508,0,333 chrXIII 437167 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=65;Dels=0.00;FS=11.038;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.041;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:627,0,556 chrXIII 437427 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DP=42;Dels=0.00;FS=1.141;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.075;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:323,0,264 chrXIII 437529 . G A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DP=48;Dels=0.00;FS=8.483;HaplotypeScore=4.3275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.140;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:305,0,271 chrXIII 437950 . A C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.817;DP=74;Dels=0.00;FS=3.128;HaplotypeScore=9.9731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.879;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:572,0,661 chrXIII 438469 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=8.14;ReadPosRankSum=-2.130;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:56:99:486,0,628 chrXIII 438807 . C T 3387.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.04;SB=-1.784e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:147:99:3387,340,0 chrXIII 439294 . A T 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.657;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:920,99,0 chrXIII 439396 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=41;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:296,0,428 chrXIII 439704 . C T 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:99:254,0,114 chrXIII 439726 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:236,0,161 chrXIII 439839 . T C 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=21.38;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1273,135,0 chrXIII 439990 . A G 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=22.53;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1362,147,0 chrXIII 440065 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DP=39;Dels=0.00;FS=1.294;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=2.099;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:421,0,420 chrXIII 440197 . A G 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;DP=126;Dels=0.00;FS=10.014;HaplotypeScore=9.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:126:99:1130,0,1317 chrXIII 440349 . A G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=9.26;ReadPosRankSum=2.112;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:669,0,646 chrXIII 440381 . A G 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=86;Dels=0.00;FS=3.636;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:722,0,804 chrXIII 440388 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=86;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.233;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:86:99:696,0,821 chrXIII 440514 . C A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=41;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:324,0,288 chrXIII 440533 . T C 247.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=40;Dels=0.00;FS=2.183;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.121;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.126;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:277,0,343 chrXIII 440535 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=41;Dels=0.00;FS=4.560;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.614;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:234,0,331 chrXIII 440546 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;DP=40;Dels=0.00;FS=1.795;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.868;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.267;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:233,0,346 chrXIII 440602 . G C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=33;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=2.260;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:212,0,274 chrXIII 440792 . T C 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=19.85;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:688,72,0 chrXIII 441110 . T G 530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=18.28;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:563,63,0 chrXIII 441184 . C T 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.376;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:17:99:165,0,134 chrXIII 441308 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DP=29;Dels=0.00;FS=3.890;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:344,0,182 chrXIII 441885 . A G 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DP=62;Dels=0.00;FS=4.138;HaplotypeScore=5.6008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=2.610;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.535;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:613,0,505 chrXIII 441996 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;DP=28;Dels=0.00;FS=3.927;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:28:99:313,0,207 chrXIII 442225 . C G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;DP=86;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:86:99:488,0,604 chrXIII 442237 . T A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=86;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=66.8592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.302;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:491,0,616 chrXIII 442300 . A C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.678;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:99:289,0,455 chrXIII 442338 . C T 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.47;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1052,111,0 chrXIII 442419 . A T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.550;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=2.356;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:536,0,365 chrXIII 442504 . G A 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=23.94;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1685,171,0 chrXIII 442835 . A G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;DP=73;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=7.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:73:99:545,0,873 chrXIII 442877 . C T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.206;DP=100;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=4.1650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:657,0,1034 chrXIII 442886 . T A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=101;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=5.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:101:99:658,0,1119 chrXIII 442916 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=91;Dels=0.00;FS=2.892;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:581,0,731 chrXIII 442976 . A C 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=83;Dels=0.00;FS=3.075;HaplotypeScore=7.7795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.461;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:902,0,572 chrXIII 443054 . T C 398.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.277;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.104;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:428,0,762 chrXIII 443057 . C T 415.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.624;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:445,0,772 chrXIII 443063 . G A 370.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DP=84;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:400,0,784 chrXIII 443272 . T C 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;DP=80;Dels=0.00;FS=7.363;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.341;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:690,0,783 chrXIII 443318 . T C 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DP=119;Dels=0.00;FS=7.505;HaplotypeScore=5.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.191;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,56:119:99:1031,0,1190 chrXIII 443373 . G A 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.258;DP=124;Dels=0.00;FS=2.336;HaplotypeScore=8.1263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,59:124:99:1030,0,1345 chrXIII 443864 . T A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=83;Dels=0.00;FS=4.527;HaplotypeScore=10.8734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.317;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:414,0,707 chrXIII 443942 . G A 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=77;Dels=0.00;FS=3.227;HaplotypeScore=4.9155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.824;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:808,0,647 chrXIII 443954 . G C 1749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=22.71;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1782,192,0 chrXIII 443966 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.066;DP=74;Dels=0.00;FS=6.138;HaplotypeScore=3.5325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:635,0,761 chrXIII 444110 . G A 1992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.75;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2025,207,0 chrXIII 444158 . T C 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.08;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1464,156,0 chrXIII 444227 . G A 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=20.46;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1179,123,0 chrXIII 444299 . G A 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.79;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1558,162,0 chrXIII 444383 . G A 2024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=22.74;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:89:99:2057,210,0 chrXIII 444584 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.475;DP=40;Dels=0.00;FS=13.338;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.313;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:279,0,466 chrXIII 444629 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;DP=51;Dels=0.00;FS=4.035;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:558,0,374 chrXIII 444677 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;DP=65;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.686;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:498,0,697 chrXIII 445007 . G A 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=21.93;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:932,96,0 chrXIII 445016 . A G 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=19.16;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:876,96,0 chrXIII 445052 . A T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.938;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:433,0,242 chrXIII 445293 . C T 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=22.18;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1475,156,0 chrXIII 445377 . G A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.266;DP=76;Dels=0.00;FS=0.991;HaplotypeScore=4.7278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=2.786;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.275;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:76:99:520,0,911 chrXIII 445575 . T C 1418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DP=129;Dels=0.00;FS=9.635;HaplotypeScore=11.9414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,76:129:99:1448,0,921 chrXIII 446935 . C T 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=24.35;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1007,102,0 chrXIII 447488 . A G 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=24.00;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1281,138,0 chrXIII 447510 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=57;Dels=0.00;FS=3.910;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:57:99:440,0,554 chrXIII 447610 . T A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=57;Dels=0.00;FS=5.727;HaplotypeScore=7.1464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:57:99:527,0,394 chrXIII 447895 . A G 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DP=93;Dels=0.00;FS=5.445;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:93:99:772,0,942 chrXIII 448028 . A C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.230;DP=66;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=1.7860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.475;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:251,0,539 chrXIII 448333 . G A 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=15.87;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:93:858,93,0 chrXIII 448334 . A G 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=17.14;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:907,99,0 chrXIII 448374 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;DP=60;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:466,0,509 chrXIII 448457 . A C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;DP=57;Dels=0.00;FS=2.475;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.011;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:490,0,453 chrXIII 448504 . A G 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;DP=73;Dels=0.00;FS=10.276;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.800;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:720,0,588 chrXIII 448558 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.269;DP=63;Dels=0.00;FS=8.306;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:599,0,678 chrXIII 448761 . A C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;DP=79;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=2.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.299;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:534,0,687 chrXIII 449090 . C T 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=28;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:115,0,261 chrXIII 449092 . G A 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=30;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:124,0,259 chrXIII 449173 . G A 1159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=135;Dels=0.00;FS=0.640;HaplotypeScore=7.8161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.608;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,66:135:99:1189,0,1316 chrXIII 449175 . T C 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:135:99:1045,0,1088 chrXIII 449205 . G C 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.255;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.020;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,61:135:99:1007,0,1413 chrXIII 449237 . T A 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=94;Dels=0.00;FS=9.560;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.999;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:559,0,1095 chrXIII 450562 . G A 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=22.89;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:857,90,0 chrXIII 450640 . A G 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=20.00;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:793,87,0 chrXIII 450962 . G A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.990;DP=60;Dels=0.00;FS=13.232;HaplotypeScore=5.6569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.251;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:719,0,436 chrXIII 451024 . G A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:830,0,489 chrXIII 451375 . A C 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=15.42;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1405,150,0 chrXIII 451494 . T C 1589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.64;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1622,177,0 chrXIII 451502 . T C 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=4.482;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=21.66;ReadPosRankSum=1.653;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1917,210,0 chrXIII 451599 . A C 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.933;DP=140;Dels=0.00;FS=3.079;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.010;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,55:140:99:895,0,1709 chrXIII 452052 . A T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=68;Dels=0.00;FS=2.056;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:621,0,646 chrXIII 452064 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.814;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:657,0,595 chrXIII 452181 . C T 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1041,108,0 chrXIII 452871 . G A 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;DP=48;Dels=0.00;FS=1.328;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:489,0,307 chrXIII 453823 . G A 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.716;DP=86;Dels=0.00;FS=1.831;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:869,0,711 chrXIII 454515 . T C 533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=13.67;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:60:566,60,0 chrXIII 454527 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=43;Dels=0.00;FS=1.477;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:386,0,151 chrXIII 454584 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.523;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.483;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:446,0,479 chrXIII 454966 . T C 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.133;DP=24;Dels=0.00;FS=6.779;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.259;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:231,0,133 chrXIII 455073 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.863;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:358,0,620 chrXIII 455166 . T C 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DP=84;Dels=0.00;FS=3.470;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:775,0,918 chrXIII 455319 . T C 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=83;Dels=0.00;FS=14.452;HaplotypeScore=10.3628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.468;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:764,0,766 chrXIII 455541 . A G 1547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.197;DP=155;Dels=0.00;FS=20.935;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.964;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,82:155:99:1577,0,1402 chrXIII 455584 . T A 1325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,80:146:99:1355,0,1300 chrXIII 455980 . T C 3479.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.83;SB=-1.763e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:146:99:3479,369,0 chrXIII 456268 . G A 2757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2790,285,0 chrXIII 456316 . T C 3786.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=168;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=22.54;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,167:168:99:3786,411,0 chrXIII 456415 . G A 2748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=24.11;SB=-1.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2781,282,0 chrXIII 456517 . A G 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=19.64;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1133,120,0 chrXIII 456535 . A T 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=21.88;ReadPosRankSum=1.686;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1674,171,0 chrXIII 456718 . T G 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2115,219,0 chrXIII 457082 . C G 1998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.26;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:94:99:2031,216,0 chrXIII 457249 . T A 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.39;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1274,141,0 chrXIII 457371 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.498;DP=62;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.816;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:546,0,433 chrXIII 457507 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=51;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:472,0,445 chrXIII 457522 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DP=52;Dels=0.00;FS=4.344;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:364,0,483 chrXIII 457570 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.001;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.026;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:539,0,359 chrXIII 457614 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.928;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:507,0,347 chrXIII 457932 . C T 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=18.47;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:975,99,0 chrXIII 458051 . A G 2678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=24.13;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2711,288,0 chrXIII 458231 . A T 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;DP=38;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.286;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:291,0,381 chrXIII 458330 . A G 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.37;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1907,204,0 chrXIII 458366 . C A 2127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=18.82;SB=-1.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2160,219,0 chrXIII 458370 . C T 2004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=17.58;SB=-1.401e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:114:99:2037,216,0 chrXIII 458464 . C T 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=71;Dels=0.00;FS=3.266;HaplotypeScore=10.6709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=21.04;ReadPosRankSum=0.841;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1527,162,0 chrXIII 458513 . T G 878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.95;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:911,99,0 chrXIII 459200 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;DP=53;Dels=0.00;FS=1.275;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.900;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:397,0,668 chrXIII 459369 . A G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.343;DP=88;Dels=0.00;FS=5.676;HaplotypeScore=2.0641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:691,0,952 chrXIII 459508 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=73;Dels=0.00;FS=3.269;HaplotypeScore=8.9286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=6.52;ReadPosRankSum=2.181;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:506,0,633 chrXIII 459670 . A G 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DP=82;Dels=0.00;FS=5.697;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=7.63;ReadPosRankSum=2.313;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:656,0,756 chrXIII 459697 . G A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.703;DP=89;Dels=0.00;FS=5.385;HaplotypeScore=10.2939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=2.427;QD=8.25;ReadPosRankSum=-2.302;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:764,0,910 chrXIII 459842 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DP=74;Dels=0.00;FS=4.616;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:74:99:565,0,553 chrXIII 459995 . A C 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=19.18;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1414,150,0 chrXIII 460021 . G A 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;DP=80;Dels=0.00;FS=4.415;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.333;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:80:99:757,0,455 chrXIII 460192 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=63;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=5.9995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.832;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:546,0,617 chrXIII 460285 . A G 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;DP=86;Dels=0.00;FS=1.875;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:549,0,896 chrXIII 461207 . A T 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.34;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1274,129,0 chrXIII 461378 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DP=68;Dels=0.00;FS=2.063;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:728,0,606 chrXIII 461480 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.012;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.803;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:388,0,436 chrXIII 461530 . G A 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=20.48;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1303,135,0 chrXIII 461653 . A G 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=20.51;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1428,150,0 chrXIII 461659 . C T 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=20.59;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1577,159,0 chrXIII 462232 . C T 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.21;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1157,114,0 chrXIII 462409 . A G 1813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=24.17;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1846,195,0 chrXIII 462535 . G C 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.32;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1551,165,0 chrXIII 462716 . G A 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=8.65;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:72:708,72,0 chrXIII 462753 . A G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DP=86;Dels=0.00;FS=6.209;HaplotypeScore=6.4313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.489;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.545;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:624,0,557 chrXIII 462773 . A T 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;QD=22.41;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1803,186,0 chrXIII 462976 . A G 2370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=100;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=23.70;ReadPosRankSum=2.401;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:2403,258,0 chrXIII 463091 . C T 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=19.20;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:993,102,0 chrXIII 463158 . G A 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.645;DP=57;Dels=0.00;FS=1.045;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.281;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:649,0,428 chrXIII 463170 . A C 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=19.20;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1281,138,0 chrXIII 463171 . C G 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=19.16;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1259,138,0 chrXIII 463232 . C T 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.67;MQ0=0;QD=13.54;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:87:859,87,0 chrXIII 463247 . C T 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=11.11;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:78:711,78,0 chrXIII 463261 . A C 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.52;MQ0=0;QD=14.23;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:84:787,84,0 chrXIII 463264 . G A 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.52;MQ0=0;QD=13.34;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:75:740,75,0 chrXIII 463330 . T C 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.47;MQ0=0;QD=16.16;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:631,69,0 chrXIII 463337 . A T 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.75;MQ0=0;QD=16.59;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:564,60,0 chrXIII 463367 . C A 185.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.87;MQ0=0;QD=10.28;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:24:218,24,0 chrXIII 463374 . C T 77.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.39;MQ0=0;QD=4.08;SB=-1.154e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:12:110,12,0 chrXIII 463395 . C G 130.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=0;QD=5.66;SB=-7.714e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:18:163,18,0 chrXIII 463407 . G A 267 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=0;QD=8.90;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:30:300,30,0 chrXIII 463410 . G A 270 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=0;QD=9.00;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:30:303,30,0 chrXIII 463412 . G A 265 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=0;QD=8.83;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:30:298,30,0 chrXIII 463414 . G A 294 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.42;MQ0=0;QD=8.65;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:33:327,33,0 chrXIII 463419 . C T 401 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.85;MQ0=0;QD=5.57;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:45:434,45,0 chrXIII 463709 . A T 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=24.30;ReadPosRankSum=2.369;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1515,150,0 chrXIII 463745 . C T 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=22.02;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1178,120,0 chrXIII 464030 . A T 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=25.57;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1286,129,0 chrXIII 465031 . G A 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=24.57;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1630,165,0 chrXIII 465036 . C A 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=22.28;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1459,153,0 chrXIII 465055 . T G 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=21.57;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1392,147,0 chrXIII 465545 . G A 2152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=19.56;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2185,225,0 chrXIII 465549 . T C 2200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=19.64;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2233,237,0 chrXIII 465707 . C T 1474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=158;Dels=0.00;FS=2.117;HaplotypeScore=11.9254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,78:158:99:1504,0,1461 chrXIII 465802 . A T 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=92;Dels=0.00;FS=22.776;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:857,0,811 chrXIII 465869 . C T 1869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=23.36;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1902,195,0 chrXIII 465899 . A T 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=22.17;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1807,180,0 chrXIII 465931 . C T 2262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=21.75;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2295,228,0 chrXIII 466377 . G A 1999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=18.01;SB=-1.441e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:111:99:2032,207,0 chrXIII 466416 . C A 2837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.64;SB=-1.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2870,297,0 chrXIII 466653 . A T 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;DP=90;Dels=0.00;FS=9.040;HaplotypeScore=6.6636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=7.64;ReadPosRankSum=2.248;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:718,0,832 chrXIII 467454 . A G 1745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.553;DP=168;Dels=0.00;FS=1.259;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,89:168:99:1775,0,1609 chrXIII 467493 . A G 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=116;Dels=0.00;FS=3.343;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.097;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:116:99:1159,0,1060 chrXIII 467760 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.102;DP=132;Dels=0.00;FS=1.508;HaplotypeScore=9.6011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,54:132:99:748,0,1605 chrXIII 467764 . G A 2780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=21.89;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2813,303,0 chrXIII 467817 . C T 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=19.01;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:73:99:1421,144,0 chrXIII 467994 . C T 1904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=22.94;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1937,204,0 chrXIII 468051 . C T 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=18.13;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1121,114,0 chrXIII 468156 . T C 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=15.89;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66:605,66,0 chrXIII 468328 . G A 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.91;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:69:657,69,0 chrXIII 468499 . A T 346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.35;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39:379,39,0 chrXIII 468500 . G A 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=17.00;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39:322,39,0 chrXIII 468624 . G A 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=25.87;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1689,171,0 chrXIII 468937 . T C 1879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=20.42;SB=-1.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1912,201,0 chrXIII 469088 . T A 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=21.21;SB=-8.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1921,207,0 chrXIII 469276 . A G 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1505,156,0 chrXIII 469282 . T A 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=18.74;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1476,150,0 chrXIII 469297 . T C 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=17.62;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1707,186,0 chrXIII 469459 . A G 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQ0=0;QD=18.79;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:1893,204,0 chrXIII 469468 . C T 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=18.66;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1806,198,0 chrXIII 469503 . T G 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=17.70;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1396,147,0 chrXIII 469513 . C T 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;QD=17.54;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1419,144,0 chrXIII 469820 . T C 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=22.70;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1917,204,0 chrXIII 469835 . T A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.050;DP=71;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.845;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:390,0,655 chrXIII 469837 . C A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:292,0,681 chrXIII 470397 . G A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;DP=31;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.951;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:99:238,0,213 chrXIII 470613 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DP=48;Dels=0.00;FS=6.316;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.351;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:571,0,364 chrXIII 470646 . A G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.021;DP=60;Dels=0.00;FS=1.158;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.535;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:60:99:253,0,767 chrXIII 470697 . A G 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.53;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1398,153,0 chrXIII 470811 . G A 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=19.26;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:861,90,0 chrXIII 470916 . T C 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.16;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1008,108,0 chrXIII 471485 . T C 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=82;Dels=0.00;FS=1.934;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.683;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:82:99:778,0,662 chrXIII 471865 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=44;Dels=0.00;FS=9.171;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.974;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:392,0,404 chrXIII 472484 . A G 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1026,111,0 chrXIII 472763 . C T 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.85;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1427,156,0 chrXIII 473006 . A G 241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.54;SB=-1.699e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:30:274,30,0 chrXIII 473172 . T C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=17.54;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:752,81,0 chrXIII 473211 . C T 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=19.26;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1150,123,0 chrXIII 473256 . G A 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=22.42;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1154,126,0 chrXIII 473298 . C A 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=17.47;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:66:662,66,0 chrXIII 473320 . A G 344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=16.38;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:42:377,42,0 chrXIII 473407 . C G 185.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.82;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24:218,24,0 chrXIII 473450 . A G 192.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=12.80;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:24:225,24,0 chrXIII 473564 . A G 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.550;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:75:711,75,0 chrXIII 473594 . T A 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=16.17;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:680,72,0 chrXIII 473599 . T G 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=16.40;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:689,72,0 chrXIII 473747 . T A 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.31;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:72:665,72,0 chrXIII 474227 . G A 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.07;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1048,108,0 chrXIII 474275 . C T 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=19.16;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1010,102,0 chrXIII 474399 . T C 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.76;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1435,150,0 chrXIII 474624 . T C 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.07;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:956,99,0 chrXIII 474682 . G A 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=21.84;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1387,144,0 chrXIII 474721 . G T 2474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.51;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2507,255,0 chrXIII 474893 . G A 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.34;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1900,210,0 chrXIII 474938 . C T 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=22.37;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1353,144,0 chrXIII 475652 . C T 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=25.82;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1195,123,0 chrXIII 475855 . G A 1771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.71;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:1804,192,0 chrXIII 476482 . A G 493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=17.00;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:57:526,57,0 chrXIII 476641 . G A 1360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=60;Dels=0.00;FS=5.254;HaplotypeScore=8.5310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.307;QD=22.67;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:60:99:1393,123,0 chrXIII 476859 . A G 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DP=28;Dels=0.00;FS=1.507;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.756;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:240,0,280 chrXIII 476872 . C T 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=32;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:301,0,292 chrXIII 476980 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=81;Dels=0.00;FS=4.291;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:506,0,676 chrXIII 476994 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;DP=85;Dels=0.00;FS=4.209;HaplotypeScore=2.6938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.091;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:457,0,838 chrXIII 477051 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;DP=87;Dels=0.00;FS=7.269;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.303;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:563,0,614 chrXIII 477340 . G A 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=86;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.250;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:86:99:1028,0,518 chrXIII 477493 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.217;DP=39;Dels=0.00;FS=1.243;HaplotypeScore=4.7715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:364,0,304 chrXIII 478087 . C T 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=30;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=3.63;ReadPosRankSum=-2.613;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:139,0,249 chrXIII 478099 . A C 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=27;Dels=0.00;FS=6.276;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:96:96,0,327 chrXIII 478297 . T C 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.900;DP=65;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=34.2280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=10.78;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,36:65:53:734,53,0 chrXIII 478638 . T G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DP=37;Dels=0.00;FS=7.563;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.925;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:342,0,238 chrXIII 478649 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=37;Dels=0.00;FS=2.917;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.633;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:307,0,222 chrXIII 478673 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=30;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:259,0,182 chrXIII 479146 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;DP=42;Dels=0.00;FS=1.226;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:467,0,392 chrXIII 479249 . C T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=47;Dels=0.00;FS=4.278;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:99:549,0,320 chrXIII 479511 . G A 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=89;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:965,0,529 chrXIII 479689 . G T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DP=84;Dels=0.00;FS=5.218;HaplotypeScore=4.6183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:916,0,485 chrXIII 479744 . C T 1153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=142;Dels=0.00;FS=3.333;HaplotypeScore=2.8619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,87:142:99:1183,0,921 chrXIII 479746 . G C 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DP=149;Dels=0.00;FS=4.185;HaplotypeScore=5.9619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,85:149:99:1163,0,993 chrXIII 479885 . G A 1635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.430;DP=154;Dels=0.00;FS=12.836;HaplotypeScore=15.2928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.780;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,87:154:99:1665,0,1150 chrXIII 480327 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=54;Dels=0.00;FS=5.727;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:640,0,285 chrXIII 480404 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=63;Dels=0.00;FS=16.345;HaplotypeScore=1.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=9.56;ReadPosRankSum=2.530;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:632,0,587 chrXIII 480430 . G A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DP=82;Dels=0.00;FS=30.376;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.981;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:684,0,733 chrXIII 480440 . A C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=98;Dels=0.00;FS=19.776;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.451;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:708,0,1005 chrXIII 480495 . C G 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.139;DP=130;Dels=0.00;FS=11.345;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.082;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,70:130:99:888,0,1103 chrXIII 480496 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.273;DP=132;Dels=0.00;FS=9.695;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.609;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.522;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,69:132:99:932,0,1169 chrXIII 480545 . G A 1530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.302;DP=137;Dels=0.00;FS=3.428;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,89:137:99:1560,0,850 chrXIII 480549 . G A 1503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.756;DP=138;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=8.1290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.330;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,88:138:99:1533,0,856 chrXIII 480601 . C T 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.721;DP=93;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=14.8258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=1.557;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,60:93:99:905,0,585 chrXIII 480711 . C A 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.983;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=2.52;ReadPosRankSum=-2.445;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:99:176,0,785 chrXIII 480735 . G T 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;DP=60;Dels=0.00;FS=8.142;HaplotypeScore=13.2815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,15:60:55:55,0,880 chrXIII 480795 . C A 339.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;DP=68;Dels=0.00;FS=22.802;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.135;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:369,0,949 chrXIII 480858 . G A 143.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=59;Dels=0.00;FS=44.599;HaplotypeScore=7.1789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.037;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.675;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,18:59:99:173,0,905 chrXIII 480880 . C G 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;DP=52;Dels=0.00;FS=45.176;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-4.213;QD=0.75;ReadPosRankSum=-3.867;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,9:52:69:69,0,974 chrXIII 480944 . C G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=44;Dels=0.00;FS=2.681;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=4.186;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.013;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:44:99:655,0,119 chrXIII 481095 . G A 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=40;Dels=0.00;FS=2.911;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.967;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:96:96,0,471 chrXIII 481103 . G A 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.083;DP=35;Dels=0.00;FS=5.506;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.683;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:78:78,0,411 chrXIII 481193 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.95;MQ0=0;MQRankSum=-5.888;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:422,0,636 chrXIII 481198 . T A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=73;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=2.7659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.997;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:444,0,694 chrXIII 481254 . T A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=78;Dels=0.00;FS=16.714;HaplotypeScore=5.6942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.528;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:532,0,730 chrXIII 481282 . A T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.562;DP=76;Dels=0.00;FS=10.990;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.245;QD=7.82;ReadPosRankSum=2.198;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:624,0,793 chrXIII 481286 . T A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.540;DP=74;Dels=0.00;FS=8.840;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.474;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.921;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:594,0,762 chrXIII 481297 . A G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=70;Dels=0.00;FS=13.566;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.210;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.220;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:539,0,731 chrXIII 481413 . A T 1161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.525;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:129:99:1191,0,1273 chrXIII 481481 . G T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.720;DP=75;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.825;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:640,0,805 chrXIII 481531 . G T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.476;DP=72;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.403;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:564,0,726 chrXIII 481534 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.908;DP=73;Dels=0.00;FS=1.020;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.175;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:552,0,765 chrXIII 481553 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=75;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=4.0967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.636;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.005;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:532,0,643 chrXIII 481556 . G C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;DP=75;Dels=0.00;FS=2.104;HaplotypeScore=6.4080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.287;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.337;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:75:99:507,0,701 chrXIII 481610 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DP=80;Dels=0.00;FS=2.114;HaplotypeScore=2.3479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.956;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:702,0,635 chrXIII 481632 . T A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=89;Dels=0.00;FS=7.958;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.944;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:653,0,807 chrXIII 481645 . A T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DP=83;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.373;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:624,0,841 chrXIII 481647 . G T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=84;Dels=0.00;FS=4.394;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.270;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:597,0,767 chrXIII 481735 . C T 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.025;DP=116;Dels=0.00;FS=2.801;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=2.014;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.169;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:116:99:907,0,930 chrXIII 481834 . G A 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.835;DP=101;Dels=0.00;FS=9.648;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.866;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1003,0,989 chrXIII 481860 . G C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;DP=90;Dels=0.00;FS=4.030;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.753;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:90:99:648,0,1029 chrXIII 482017 . A T 1190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;DP=115;Dels=0.00;FS=1.570;HaplotypeScore=13.1661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.561;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:115:99:1220,0,853 chrXIII 482208 . A G 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=87;Dels=0.00;FS=0.817;HaplotypeScore=5.2906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:886,0,713 chrXIII 482260 . G C 1358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.171;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,71:130:99:1388,0,950 chrXIII 482324 . A T 1362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=154;Dels=0.00;FS=9.926;HaplotypeScore=26.7183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,82:154:99:1392,0,1214 chrXIII 482549 . C T 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=105;Dels=0.00;FS=6.803;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:105:99:941,0,871 chrXIII 482555 . T C 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.295;DP=104;Dels=0.00;FS=2.912;HaplotypeScore=5.3446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.244;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:104:99:818,0,1008 chrXIII 482798 . T A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.354;DP=63;Dels=0.00;FS=5.570;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:423,0,494 chrXIII 483031 . C A 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.550;DP=84;Dels=0.00;FS=1.128;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:977,0,790 chrXIII 483985 . C T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=49;Dels=0.00;FS=10.754;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=12.67;ReadPosRankSum=1.628;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:651,0,288 chrXIII 484290 . C G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=3.025;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:618,0,319 chrXIII 484410 . T G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=63;Dels=0.00;FS=14.749;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.563;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:319,0,709 chrXIII 484842 . T C 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DP=23;Dels=0.00;FS=14.832;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.226;SB=-5.896e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:95:95,0,173 chrXIII 485130 . G A 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=27;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,20:27:99:327,0,107 chrXIII 485430 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=6.28;ReadPosRankSum=-2.241;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:275,0,463 chrXIII 485544 . A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=26;Dels=0.00;FS=4.224;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.248;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:26:99:130,0,354 chrXIII 485598 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=21;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:99:297,0,151 chrXIII 485622 . A T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DP=23;Dels=0.00;FS=7.726;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.367;SB=-1.177e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:313,0,109 chrXIII 485712 . G A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:264,0,174 chrXIII 485820 . G A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=44;Dels=0.00;FS=15.166;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:219,0,492 chrXIII 485832 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;DP=48;Dels=0.00;FS=8.728;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.148;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:208,0,615 chrXIII 486339 . A G 305.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;DP=40;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:40:99:335,0,557 chrXIII 486389 . T C 255.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.902;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:285,0,336 chrXIII 486464 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.769;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.676;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:277,0,454 chrXIII 486465 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.565;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.991;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:283,0,419 chrXIII 487573 . C T 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=95;Dels=0.00;FS=2.692;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:863,0,813 chrXIII 487606 . A G 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.818;DP=92;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=10.0775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.582;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:895,0,634 chrXIII 487633 . C T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;DP=75;Dels=0.00;FS=5.994;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.664;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:720,0,580 chrXIII 487795 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;DP=81;Dels=0.00;FS=1.892;HaplotypeScore=10.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.616;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:726,0,610 chrXIII 487831 . T C 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;DP=113;Dels=0.00;FS=3.598;HaplotypeScore=8.7562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.200;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:113:99:988,0,1066 chrXIII 490598 . A G 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;DP=108;Dels=0.00;FS=4.832;HaplotypeScore=4.7527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.502;QD=9.05;ReadPosRankSum=2.585;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:1007,0,1181 chrXIII 490751 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.045;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:446,0,774 chrXIII 490970 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=62;Dels=0.00;FS=12.059;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:62:99:446,0,592 chrXIII 490980 . T G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.014;DP=57;Dels=0.00;FS=2.316;HaplotypeScore=7.5128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:57:99:403,0,584 chrXIII 491096 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.891;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.154;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,37:98:99:447,0,1102 chrXIII 491108 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.285;DP=90;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.048;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,30:90:99:350,0,1245 chrXIII 491129 . T C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=102;Dels=0.00;FS=0.763;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=5.14;ReadPosRankSum=-2.010;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,40:102:99:554,0,1237 chrXIII 491183 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=71;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.168;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:538,0,780 chrXIII 491201 . A T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=69;Dels=0.00;FS=4.853;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:620,0,654 chrXIII 491291 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=54;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:241,0,576 chrXIII 491444 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=54;Dels=0.00;FS=2.367;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:435,0,462 chrXIII 491864 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=48;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=7.3161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:403,0,480 chrXIII 491919 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.024;DP=70;Dels=0.00;FS=8.176;HaplotypeScore=5.7650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:563,0,658 chrXIII 491997 . G T 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.487;DP=105;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,55:105:99:978,0,731 chrXIII 492111 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=48;Dels=0.00;FS=2.508;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.844;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:346,0,480 chrXIII 492116 . T A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DP=50;Dels=0.00;FS=5.764;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=5.64;ReadPosRankSum=2.126;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:312,0,463 chrXIII 492711 . C T 1271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.440;DP=125;Dels=0.01;FS=11.406;HaplotypeScore=9.3137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.089;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,69:124:99:1301,0,845 chrXIII 492749 . G T 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DP=99;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.306;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:99:99:893,0,974 chrXIII 492833 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:409,0,458 chrXIII 493007 . G A 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;DP=103;Dels=0.00;FS=1.579;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:864,0,1060 chrXIII 493830 . A G 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DP=70;Dels=0.00;FS=2.498;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=12.89;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:932,0,573 chrXIII 494582 . C T 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:188,0,315 chrXIII 494673 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.791;DP=53;Dels=0.00;FS=6.317;HaplotypeScore=3.3108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:479,0,287 chrXIII 494734 . A G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=53;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.928;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.690;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:332,0,405 chrXIII 494735 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.962;DP=53;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.767;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:329,0,385 chrXIII 494827 . T A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:611,0,713 chrXIII 494850 . A C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=69;Dels=0.00;FS=2.291;HaplotypeScore=4.4585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.981;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:69:99:491,0,782 chrXIII 494957 . T C 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.041;DP=99;Dels=0.00;FS=9.273;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:1072,0,1063 chrXIII 495304 . G A 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.374;DP=83;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:83:99:1009,0,566 chrXIII 495637 . A C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.937;DP=61;Dels=0.00;FS=2.184;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.560;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:506,0,509 chrXIII 496111 . T C 1671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=186;Dels=0.00;FS=4.705;HaplotypeScore=17.0603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,90:186:99:1701,0,1851 chrXIII 496310 . T G 1724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=176;Dels=0.00;FS=1.280;HaplotypeScore=10.8451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,83:176:99:1754,0,1393 chrXIII 496520 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;DP=82;Dels=0.00;FS=6.143;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.275;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:82:99:807,0,509 chrXIII 496537 . A T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.989;DP=86;Dels=0.00;FS=4.195;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.917;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.271;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:825,0,653 chrXIII 496565 . A G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;DP=79;Dels=0.00;FS=5.799;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:765,0,550 chrXIII 496609 . G C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=78;Dels=0.00;FS=9.535;HaplotypeScore=4.0756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.270;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:645,0,521 chrXIII 496640 . T G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=68;Dels=0.00;FS=8.548;HaplotypeScore=1.9790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.827;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:500,0,442 chrXIII 496642 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.168;DP=65;Dels=0.00;FS=6.910;HaplotypeScore=2.7130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.379;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:496,0,414 chrXIII 496721 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.986;DP=45;Dels=0.00;FS=14.548;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.308;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:368,0,431 chrXIII 496739 . C T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=37;Dels=0.00;FS=1.313;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:234,0,289 chrXIII 496955 . A T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;DP=45;Dels=0.00;FS=1.591;HaplotypeScore=8.5374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:476,0,154 chrXIII 497249 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;DP=38;Dels=0.00;FS=1.303;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.105;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:440,0,228 chrXIII 497270 . A G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:390,0,212 chrXIII 497366 . G C 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;DP=22;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:22:99:141,0,207 chrXIII 497568 . G T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;DP=42;Dels=0.00;FS=6.803;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.379;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:414,0,316 chrXIII 497778 . G C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:41:99:515,0,296 chrXIII 498101 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:57:99:618,0,313 chrXIII 498543 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=70;Dels=0.00;FS=2.044;HaplotypeScore=10.3111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:817,0,543 chrXIII 498573 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=49;Dels=0.00;FS=5.139;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.811;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:514,0,507 chrXIII 498745 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=64;Dels=0.00;FS=3.663;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.904;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:64:99:569,0,649 chrXIII 499134 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;DP=54;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=4.9268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:400,0,702 chrXIII 499738 . A G 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;DP=103;Dels=0.00;FS=2.772;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.363;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:103:99:1086,0,1066 chrXIII 499915 . A T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=102;Dels=0.00;FS=2.578;HaplotypeScore=10.2488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:750,0,881 chrXIII 499930 . A T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.951;DP=122;Dels=0.00;FS=3.288;HaplotypeScore=9.5618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.379;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:122:99:825,0,1047 chrXIII 500738 . A G 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.943;DP=103;Dels=0.00;FS=9.356;HaplotypeScore=10.0393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.963;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:103:99:842,0,1016 chrXIII 500788 . G A 2439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.39;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2472,249,0 chrXIII 500943 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.919;DP=66;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.167;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:504,0,716 chrXIII 501060 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.394;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:786,0,942 chrXIII 501084 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.208;DP=76;Dels=0.00;FS=4.539;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.338;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:606,0,872 chrXIII 501090 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=82;Dels=0.00;FS=5.563;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:710,0,772 chrXIII 501121 . C T 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=92;Dels=0.00;FS=5.482;HaplotypeScore=5.4725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.292;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:92:99:736,0,845 chrXIII 501143 . T G 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;DP=95;Dels=0.00;FS=6.747;HaplotypeScore=4.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.262;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:95:99:821,0,839 chrXIII 501911 . T G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;DP=64;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=4.8172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.886;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.481;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:64:99:373,0,642 chrXIII 502051 . C T 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.803;DP=81;Dels=0.00;FS=3.647;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.591;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:757,0,479 chrXIII 502860 . C T 1277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=142;Dels=0.00;FS=5.230;HaplotypeScore=12.2768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,72:142:99:1307,0,1348 chrXIII 502941 . A G 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.679;DP=112;Dels=0.00;FS=2.627;HaplotypeScore=6.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:112:99:1008,0,1291 chrXIII 503610 . C T 1511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;DP=131;Dels=0.00;FS=0.724;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:131:99:1541,0,1224 chrXIII 503702 . C A 1301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.464;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=11.12;ReadPosRankSum=1.324;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,61:117:99:1331,0,1064 chrXIII 504503 . A T 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,61:108:99:1148,0,920 chrXIII 505006 . C G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=71;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=1;MQRankSum=1.530;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.146;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:572,0,585 chrXIII 505362 . G C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DP=69;Dels=0.00;FS=6.324;HaplotypeScore=9.7681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:545,0,780 chrXIII 505551 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;DP=49;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:521,0,476 chrXIII 505690 . G A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DP=75;Dels=0.00;FS=7.888;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:615,0,576 chrXIII 505942 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.584;DP=78;Dels=0.00;FS=7.930;HaplotypeScore=2.4258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.451;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:671,0,570 chrXIII 505945 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DP=79;Dels=0.00;FS=9.797;HaplotypeScore=2.6583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:692,0,587 chrXIII 506166 . G C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=79;Dels=0.00;FS=3.025;HaplotypeScore=4.7239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:524,0,836 chrXIII 506241 . T C 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:956,0,741 chrXIII 506403 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=87;Dels=0.00;FS=10.757;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:87:99:650,0,1061 chrXIII 506838 . T C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;DP=57;Dels=0.00;FS=1.024;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.223;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.718;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:428,0,574 chrXIII 506978 . C T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=96;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:96:99:821,0,821 chrXIII 507002 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=96;Dels=0.00;FS=1.649;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:874,0,912 chrXIII 507039 . G C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=104;Dels=0.00;FS=4.900;HaplotypeScore=1.8136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.010;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:819,0,1026 chrXIII 507637 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.189;DP=104;Dels=0.00;FS=13.190;HaplotypeScore=10.1773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,39:104:99:488,0,1272 chrXIII 507712 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;DP=98;Dels=0.00;FS=5.255;HaplotypeScore=15.8678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:98:99:538,0,981 chrXIII 507892 . A G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.087;DP=55;Dels=0.00;FS=4.052;HaplotypeScore=5.4549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:199,0,649 chrXIII 508047 . G T 348.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.462;DP=85;Dels=0.00;FS=168.775;HaplotypeScore=16.6704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=4.09;ReadPosRankSum=-5.303;SB=0.965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:378,0,883 chrXIII 508090 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=63;Dels=0.00;FS=1.155;HaplotypeScore=5.5328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:374,0,765 chrXIII 508389 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:66:99:652,0,410 chrXIII 508493 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DP=44;Dels=0.00;FS=4.420;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.350;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.739;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:331,0,416 chrXIII 508552 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.636;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:324,0,251 chrXIII 508768 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=54;Dels=0.00;FS=8.180;HaplotypeScore=9.5608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.782;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:726,0,349 chrXIII 508918 . T G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=53;Dels=0.00;FS=1.073;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.586;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:53:99:470,0,453 chrXIII 510091 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=49;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQ0=1;MQRankSum=1.870;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:416,0,404 chrXIII 510373 . A T 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.67;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1138,117,0 chrXIII 510966 . G A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=27;Dels=0.00;FS=6.501;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:177,0,190 chrXIII 510989 . G A 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=22;Dels=0.00;FS=7.025;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.460;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:173,0,190 chrXIII 511205 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=90;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=17.0565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:90:99:627,0,937 chrXIII 511256 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.596;DP=65;Dels=0.00;FS=4.949;HaplotypeScore=3.3655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:537,0,767 chrXIII 511679 . A T 239.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:97:269,0,97 chrXIII 511826 . G A 276.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.568;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:306,0,276 chrXIII 511892 . T A 287.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.450;SB=-6.516e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:19:66:317,0,66 chrXIII 511911 . C T 122.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.573;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:54:152,0,54 chrXIII 511953 . G A 227.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:26:99:257,0,267 chrXIII 512104 . C T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;DP=52;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.457;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:233,0,389 chrXIII 512124 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=54;Dels=0.00;FS=2.346;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.741;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.093;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:277,0,518 chrXIII 512151 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DP=50;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=5.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.606;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.273;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:50:99:352,0,361 chrXIII 512161 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;DP=50;Dels=0.00;FS=4.273;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.374;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:50:99:411,0,272 chrXIII 512189 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DP=56;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.414;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:663,0,454 chrXIII 512254 . C A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=59;Dels=0.00;FS=2.265;HaplotypeScore=7.7114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.151;QD=7.81;ReadPosRankSum=2.259;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:491,0,484 chrXIII 512267 . T C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=58;Dels=0.00;FS=1.062;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=-4.020;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:361,0,693 chrXIII 512272 . G A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=55;Dels=0.00;FS=2.299;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.689;QD=5.82;ReadPosRankSum=-2.638;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:350,0,582 chrXIII 512330 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.518;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:469,0,576 chrXIII 512343 . G T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.069;QD=6.31;ReadPosRankSum=2.028;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:434,0,596 chrXIII 512366 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=77;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.098;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.026;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:590,0,768 chrXIII 512368 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.772;DP=80;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:80:99:566,0,774 chrXIII 512447 . A T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=65;Dels=0.00;FS=5.300;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.020;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.264;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:255,0,754 chrXIII 512449 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;DP=64;Dels=0.00;FS=3.726;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:210,0,829 chrXIII 512520 . A G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;DP=47;Dels=0.00;FS=4.736;HaplotypeScore=3.3495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.904;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.488;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:47:99:204,0,727 chrXIII 512540 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DP=53;Dels=0.00;FS=8.729;HaplotypeScore=16.6577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQ0=0;MQRankSum=-5.682;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:53:99:273,0,665 chrXIII 512558 . A G 117.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;DP=57;Dels=0.00;FS=38.098;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-6.120;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:57:99:147,0,805 chrXIII 512693 . G C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=48;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:442,0,330 chrXIII 512725 . T C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=46;Dels=0.00;FS=8.583;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.628;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:305,0,375 chrXIII 512809 . G A 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=44;Dels=0.00;FS=3.780;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.669;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:44:99:182,0,433 chrXIII 512964 . A G 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=88;Dels=0.00;FS=20.255;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.953;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:728,0,778 chrXIII 513020 . A G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;DP=69;Dels=0.00;FS=9.182;HaplotypeScore=3.3599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=8.32;ReadPosRankSum=-2.062;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:69:99:604,0,676 chrXIII 513049 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=51;Dels=0.00;FS=5.427;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.490;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.588;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:370,0,616 chrXIII 513072 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=48;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.466;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.686;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:423,0,430 chrXIII 513096 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.739;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.990;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:177,0,412 chrXIII 513097 . T C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.644;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.014;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:154,0,474 chrXIII 513130 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=45;Dels=0.00;FS=1.413;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.030;QD=4.91;ReadPosRankSum=-2.418;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:251,0,437 chrXIII 513160 . C T 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.520;DP=39;Dels=0.00;FS=1.541;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.581;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.417;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:99:190,0,485 chrXIII 513161 . A G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;DP=38;Dels=0.00;FS=3.227;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.936;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.703;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:164,0,458 chrXIII 513259 . C A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.567;DP=88;Dels=0.00;FS=2.569;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,54:88:99:762,0,557 chrXIII 513285 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=82;Dels=0.00;FS=2.899;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.962;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:655,0,573 chrXIII 513345 . T C 331.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DP=71;Dels=0.00;FS=2.072;HaplotypeScore=6.0263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.569;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.843;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:71:99:361,0,833 chrXIII 513350 . G A 365.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.380;DP=69;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.417;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.115;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:69:99:395,0,754 chrXIII 513352 . G T 332.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;DP=69;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.322;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.580;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:362,0,846 chrXIII 513381 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.069;DP=76;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.627;QD=3.86;ReadPosRankSum=-2.151;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:323,0,837 chrXIII 513415 . G A 335.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=80;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.559;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.093;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:80:99:365,0,816 chrXIII 513420 . A T 325.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=83;Dels=0.00;FS=5.612;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.725;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.462;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:355,0,816 chrXIII 513425 . A T 369.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=85;Dels=0.00;FS=4.180;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.746;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.545;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:399,0,846 chrXIII 513448 . G T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.458;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.810;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.524;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:444,0,702 chrXIII 513778 . C G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DP=75;Dels=0.00;FS=3.266;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.670;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:75:99:557,0,665 chrXIII 514118 . G A 106.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.419;DP=44;Dels=0.00;FS=6.935;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.760;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.765;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:136,0,404 chrXIII 514124 . T A 134.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;DP=50;Dels=0.00;FS=4.529;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.233;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.854;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:164,0,401 chrXIII 514127 . T C 111.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=53;Dels=0.00;FS=2.893;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.08;MQ0=0;MQRankSum=-5.045;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.823;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:141,0,431 chrXIII 514146 . C T 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;DP=49;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.217;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:144,0,425 chrXIII 514194 . A G 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=38;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.874;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.424;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:145,0,482 chrXIII 514210 . G C 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=34;Dels=0.00;FS=1.500;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:34:99:195,0,367 chrXIII 514327 . T C 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=38;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=2.3460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.092;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:103,0,365 chrXIII 514342 . C T 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:137,0,426 chrXIII 515220 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DP=36;Dels=0.00;FS=11.247;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.016;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:279,0,316 chrXIII 515325 . T C 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=18;Dels=0.00;FS=4.359;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=2.50;ReadPosRankSum=-2.266;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:75:75,0,185 chrXIII 515375 . G A 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=20;Dels=0.00;FS=4.320;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.852;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.113;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:104,0,183 chrXIII 516109 . G A 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.729;DP=63;Dels=0.00;FS=3.506;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:718,0,481 chrXIII 516134 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=57;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=4.0285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:57:99:387,0,559 chrXIII 516303 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.066;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:476,0,513 chrXIII 516485 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.097;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:50:99:490,0,384 chrXIII 516489 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=52;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:52:99:486,0,369 chrXIII 517211 . G A 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;DP=103;Dels=0.00;FS=16.661;HaplotypeScore=6.9847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.457;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:103:99:799,0,1026 chrXIII 517277 . G A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=100;Dels=0.00;FS=4.060;HaplotypeScore=7.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.772;QD=7.32;ReadPosRankSum=-2.020;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:762,0,913 chrXIII 517284 . G A 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DP=101;Dels=0.00;FS=2.766;HaplotypeScore=5.0919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.352;QD=7.47;ReadPosRankSum=-2.170;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:784,0,961 chrXIII 517375 . T A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DP=86;Dels=0.00;FS=2.899;HaplotypeScore=9.6074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:829,0,874 chrXIII 517791 . G A 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.360;DP=127;Dels=0.00;FS=2.240;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.259;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:959,0,1374 chrXIII 517795 . A G 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=127;Dels=0.00;FS=2.266;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:127:99:964,0,1229 chrXIII 518064 . T C 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.768;DP=112;Dels=0.00;FS=7.415;HaplotypeScore=10.5560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.248;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:1085,0,990 chrXIII 518109 . C T 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.771;DP=127;Dels=0.00;FS=13.297;HaplotypeScore=14.4950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.241;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,55:127:99:1246,0,1253 chrXIII 518430 . T A 1509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=143;Dels=0.00;FS=6.260;HaplotypeScore=13.4849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.717;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.145;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,78:143:99:1539,0,1078 chrXIII 518787 . C T 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DP=92;Dels=0.00;FS=2.800;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.450;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:92:99:977,0,750 chrXIII 518835 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.824;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:746,0,627 chrXIII 519240 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=55;Dels=0.00;FS=14.534;HaplotypeScore=4.9743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:537,0,441 chrXIII 519372 . G T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=53;Dels=0.00;FS=3.824;HaplotypeScore=8.5999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:574,0,394 chrXIII 519444 . A G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=46;Dels=0.00;FS=6.149;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.791;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:544,0,451 chrXIII 519538 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=48;Dels=0.00;FS=4.180;HaplotypeScore=3.2524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.675;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:657,0,267 chrXIII 519591 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;DP=47;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:542,0,355 chrXIII 519681 . T C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=63;Dels=0.00;FS=2.139;HaplotypeScore=9.0308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.151;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:609,0,594 chrXIII 519722 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.974;DP=54;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:473,0,569 chrXIII 519899 . A G 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.738;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.415;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:111:99:1088,0,1148 chrXIII 519991 . C A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:510,0,788 chrXIII 520465 . C T 338.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.659;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:54:99:368,0,666 chrXIII 520497 . T C 282.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:312,0,553 chrXIII 520680 . A G 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=99;Dels=0.00;FS=2.504;HaplotypeScore=11.2134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,57:99:99:1207,0,671 chrXIII 521041 . C T 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.638;DP=135;Dels=0.00;FS=3.205;HaplotypeScore=21.0602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,61:135:99:1127,0,1192 chrXIII 521861 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=87;Dels=0.00;FS=2.135;HaplotypeScore=4.7739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:661,0,733 chrXIII 522060 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=74;Dels=0.00;FS=6.250;HaplotypeScore=8.9717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:74:99:618,0,577 chrXIII 522191 . C T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.225;DP=53;Dels=0.00;FS=2.417;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:562,0,477 chrXIII 522201 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:348,0,628 chrXIII 522204 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.340;DP=59;Dels=0.00;FS=3.880;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.936;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:329,0,712 chrXIII 522307 . A G 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DP=89;Dels=0.00;FS=1.767;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.359;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:89:99:771,0,648 chrXIII 522381 . G C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=88;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=3.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:88:99:644,0,1023 chrXIII 522692 . A G 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.586;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:782,0,727 chrXIII 523330 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.404;DP=64;Dels=0.00;FS=2.255;HaplotypeScore=6.2507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:582,0,641 chrXIII 523390 . T A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=49;Dels=0.00;FS=1.167;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=2.134;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.352;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:560,0,443 chrXIII 523523 . C T 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=52;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.449;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:52:99:280,0,710 chrXIII 523621 . A G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=95;Dels=0.00;FS=1.664;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.738;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:776,0,1054 chrXIII 524154 . A G 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:941,0,838 chrXIII 524178 . T G 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=94;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.751;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:845,0,819 chrXIII 524205 . A C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=91;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.569;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:770,0,1016 chrXIII 524221 . T G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=96;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=1.7860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.581;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.206;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:510,0,1108 chrXIII 524234 . G A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=106;Dels=0.00;FS=5.114;HaplotypeScore=5.4964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.696;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:106:99:535,0,1490 chrXIII 524320 . T A 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=94;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.308;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:830,0,684 chrXIII 524617 . A C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DP=47;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.181;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:47:99:530,0,281 chrXIII 525537 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=50;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.767;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:448,0,459 chrXIII 526242 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=44;Dels=0.00;FS=11.896;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.967;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:439,0,323 chrXIII 526365 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:75:99:566,0,766 chrXIII 526419 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DP=62;Dels=0.00;FS=2.465;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:367,0,842 chrXIII 526584 . T A 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:819,0,604 chrXIII 526677 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;DP=87;Dels=0.00;FS=0.804;HaplotypeScore=6.3460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:730,0,837 chrXIII 526917 . C T 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=93;Dels=0.00;FS=1.818;HaplotypeScore=2.6639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,64:93:99:1134,0,520 chrXIII 526932 . T A 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;DP=76;Dels=0.00;FS=6.411;HaplotypeScore=5.9400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.988;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,49:76:99:864,0,529 chrXIII 526971 . T C 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.672;DP=77;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:846,0,444 chrXIII 527101 . C T 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DP=109;Dels=0.00;FS=4.945;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:109:99:1092,0,910 chrXIII 527163 . C T 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.125;DP=106;Dels=0.00;FS=9.348;HaplotypeScore=7.9016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:907,0,864 chrXIII 527250 . A T 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DP=119;Dels=0.00;FS=7.719;HaplotypeScore=28.3725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.236;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,70:119:99:1286,0,845 chrXIII 527389 . A T 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DP=112;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=8.7608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,62:112:99:1091,0,1025 chrXIII 527489 . A G 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,55:124:99:880,0,1542 chrXIII 527588 . A G 1405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.399;DP=178;Dels=0.00;FS=0.571;HaplotypeScore=9.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.415;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,88:178:99:1435,0,1776 chrXIII 527602 . A C 1666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.706;DP=197;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,104:197:99:1696,0,1717 chrXIII 527976 . C T 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.385;DP=125;Dels=0.00;FS=0.725;HaplotypeScore=14.8755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,68:125:99:1134,0,1042 chrXIII 528307 . C T 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DP=76;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.496;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:848,0,628 chrXIII 528368 . T C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.349;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:340,0,532 chrXIII 528469 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DP=74;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.266;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:644,0,653 chrXIII 528484 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.645;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:582,0,732 chrXIII 528502 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.933;DP=87;Dels=0.00;FS=4.313;HaplotypeScore=4.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:679,0,796 chrXIII 529347 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=58;Dels=0.00;FS=5.679;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:498,0,585 chrXIII 529973 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=46;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=3.4046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.615;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:464,0,365 chrXIII 530330 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.050;DP=49;Dels=0.00;FS=2.434;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.870;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:392,0,509 chrXIII 530518 . T A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=56;Dels=0.00;FS=15.193;HaplotypeScore=5.8381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.848;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.516;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:603,0,351 chrXIII 530525 . T G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=54;Dels=0.00;FS=15.499;HaplotypeScore=3.4721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:579,0,388 chrXIII 530620 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=65;Dels=0.00;FS=3.459;HaplotypeScore=8.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.680;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:702,0,380 chrXIII 530897 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=80;Dels=0.00;FS=0.852;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:521,0,808 chrXIII 530917 . C A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=82;Dels=0.00;FS=2.970;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.365;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:577,0,774 chrXIII 531100 . C T 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:941,0,855 chrXIII 531873 . G T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.448;DP=135;Dels=0.00;FS=0.695;HaplotypeScore=11.1622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.064;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,55:135:99:935,0,1456 chrXIII 532289 . G A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.361;DP=86;Dels=0.00;FS=18.503;HaplotypeScore=12.4982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.144;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:86:99:621,0,1008 chrXIII 532595 . C T 1306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.833;DP=135;Dels=0.00;FS=12.757;HaplotypeScore=17.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:135:99:1336,0,1100 chrXIII 532667 . A C 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.565;DP=99;Dels=0.00;FS=9.996;HaplotypeScore=6.3433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.554;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:99:99:738,0,898 chrXIII 532677 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=96;Dels=0.00;FS=2.727;HaplotypeScore=12.5980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:96:99:703,0,785 chrXIII 532703 . A G 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.633;DP=95;Dels=0.03;FS=0.834;HaplotypeScore=9.2943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.435;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:716,0,927 chrXIII 532942 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.777;DP=68;Dels=0.00;FS=3.476;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.107;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:741,0,489 chrXIII 533018 . C G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DP=91;Dels=0.00;FS=1.781;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.375;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:91:99:796,0,822 chrXIII 533917 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=44;Dels=0.00;FS=9.024;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:419,0,484 chrXIII 533975 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=82;Dels=0.00;FS=7.701;HaplotypeScore=13.4669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.968;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:82:99:639,0,734 chrXIII 534586 . T A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=91;Dels=0.00;FS=31.851;HaplotypeScore=6.7694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:770,0,903 chrXIII 534609 . G T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.014;DP=70;Dels=0.00;FS=18.790;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.357;QD=9.73;ReadPosRankSum=3.331;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:711,0,634 chrXIII 534912 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.169;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:87:99:424,0,918 chrXIII 535031 . C T 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=110;Dels=0.00;FS=7.521;HaplotypeScore=11.6853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.812;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:110:99:878,0,995 chrXIII 535268 . G A 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.872;DP=103;Dels=0.00;FS=1.607;HaplotypeScore=8.5436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:103:99:785,0,1039 chrXIII 535373 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=94;Dels=0.00;FS=5.669;HaplotypeScore=6.2808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:711,0,765 chrXIII 535619 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=67;Dels=0.00;FS=1.616;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.671;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:429,0,606 chrXIII 535737 . A C 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.513;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:57:57,0,317 chrXIII 535756 . A C 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:40:40,0,310 chrXIII 536035 . T C 374.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.908;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:404,0,354 chrXIII 536231 . A G 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:869,0,569 chrXIII 536393 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.111;DP=71;Dels=0.00;FS=2.161;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:370,0,647 chrXIII 536440 . G A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=85;Dels=0.00;FS=1.908;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.385;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:420,0,572 chrXIII 536512 . C T 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.020;DP=74;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=5.9124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:743,0,559 chrXIII 536833 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;DP=66;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.862;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:555,0,530 chrXIII 536835 . G A 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.159;DP=65;Dels=0.00;FS=2.094;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.725;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.335;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:575,0,518 chrXIII 536848 . T A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.243;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.312;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:560,0,458 chrXIII 536887 . A C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;DP=52;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,34:52:99:486,0,359 chrXIII 536982 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;DP=56;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.405;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:494,0,428 chrXIII 540944 . G T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;DP=74;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=4.8908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:74:99:479,0,801 chrXIII 554664 . A G 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=5.202;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=23.08;ReadPosRankSum=1.667;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1256,138,0 chrXIII 554724 . T G 2505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=25.56;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2538,279,0 chrXIII 554817 . G A 2302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=27.73;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:2335,234,0 chrXIII 554844 . G A 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.57;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1455,147,0 chrXIII 555036 . G C 2090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.35;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:108:99:2123,228,0 chrXIII 555078 . A G 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=18.36;ReadPosRankSum=2.391;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1575,168,0 chrXIII 555522 . C T 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=23.67;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1264,129,0 chrXIII 555756 . G A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.60;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1284,129,0 chrXIII 555852 . G A 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=19.86;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:867,90,0 chrXIII 556209 . T C 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.89;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1729,186,0 chrXIII 556437 . G A 2412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2445,252,0 chrXIII 556842 . G A 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.52;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1857,189,0 chrXIII 557358 . G A 4738.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=23.46;SB=-2.198e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,202:202:99:4738,496,0 chrXIII 557425 . G A 5765.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.53;SB=-3.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,245:245:99:5765,616,0 chrXIII 558486 . T C 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=16.27;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:635,69,0 chrXIII 558853 . A G 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=23.35;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1107,120,0 chrXIII 558877 . G A 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=36.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=22.14;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:963,96,0 chrXIII 558987 . A G 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=19.16;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1010,108,0 chrXIII 559132 . G T 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=20.13;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1422,147,0 chrXIII 559312 . A C 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=22.64;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1595,174,0 chrXIII 559878 . G A 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.44;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:841,84,0 chrXIII 560210 . A C 1194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=4.938;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.667;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1227,126,0 chrXIII 560261 . G C 617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=18.70;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:69:650,69,0 chrXIII 560317 . C T 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=18.28;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:618,63,0 chrXIII 560337 . T C 511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=15.03;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:544,57,0 chrXIII 560911 . G A 3187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=23.96;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3220,333,0 chrXIII 560915 . A G 2740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=120;Dels=0.00;FS=5.192;HaplotypeScore=2.6670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=22.83;ReadPosRankSum=1.703;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:120:99:2773,297,0 chrXIII 561020 . G A 636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=26.50;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:69:669,69,0 chrXIII 561390 . C T 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.27;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:735,78,0 chrXIII 561510 . A G 1033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.46;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1066,114,0 chrXIII 561662 . A G 78.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=6.54;SB=-3.252e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:12:111,12,0 chrXIII 561922 . A T 1821 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=28.90;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1854,189,0 chrXIII 562601 . C T 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=17.20;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1168,126,0 chrXIII 562620 . T C 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=18.16;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1086,117,0 chrXIII 562752 . A G 2936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=25.98;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:113:99:2969,318,0 chrXIII 562796 . T C 3394.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=148;Dels=0.01;FS=6.992;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=22.93;ReadPosRankSum=2.383;SB=-1.761e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,145:147:99:3394,366,0 chrXIII 562848 . T C 3691.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=189;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=170.5771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=19.53;ReadPosRankSum=2.756;SB=-1.929e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,182:189:99:3691,393,0 chrXIII 562900 . G T 2149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.88;MQ0=0;QD=18.21;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:118:99:2182,222,0 chrXIII 562933 . T C 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=16.92;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:1590,165,0 chrXIII 562955 . T C 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=84;Dels=0.00;FS=3.170;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=18.20;ReadPosRankSum=1.607;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:1562,168,0 chrXIII 563052 . C G 3169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=23.83;SB=-1.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:133:99:3202,336,0 chrXIII 563079 . G A 3755.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=23.92;SB=-1.898e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:157:99:3755,382,0 chrXIII 563456 . G A 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=19.72;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1729,189,0 chrXIII 563599 . G A 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=22.77;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1536,156,0 chrXIII 563796 . G T 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=20.28;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1493,153,0 chrXIII 563800 . G T 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=20.09;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1399,141,0 chrXIII 563933 . G A 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=24.42;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2231,225,0 chrXIII 564175 . G A 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1757,180,0 chrXIII 564541 . T A 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=23.78;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1103,114,0 chrXIII 565076 . C T 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=25.04;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1911,195,0 chrXIII 565181 . T C 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=6.232;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.622;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1246,138,0 chrXIII 565236 . C T 1795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.72;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1828,189,0 chrXIII 565315 . T A 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=23.95;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1518,156,0 chrXIII 566017 . A G 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=54;Dels=0.00;FS=11.966;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=23.83;ReadPosRankSum=2.359;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1320,141,0 chrXIII 566147 . G A 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=19.63;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1466,150,0 chrXIII 566257 . C T 1793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.41;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1826,192,0 chrXIII 566485 . T C 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.692;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:1694,183,0 chrXIII 566498 . G A 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=20.52;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1839,195,0 chrXIII 566527 . T A 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=19.68;ReadPosRankSum=1.624;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:1962,198,0 chrXIII 566650 . G A 2895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.472e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:120:99:2928,297,0 chrXIII 566965 . A G 2477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=112;Dels=0.00;FS=3.129;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=22.12;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:112:99:2510,261,0 chrXIII 566975 . T C 2455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.81;SB=-1.574e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2488,267,0 chrXIII 567013 . A T 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.062;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1720,161,0 chrXIII 567075 . C T 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.30;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1664,171,0 chrXIII 567163 . A G 2070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=100;Dels=0.00;FS=5.478;HaplotypeScore=7.6023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=20.70;ReadPosRankSum=2.929;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:100:99:2103,225,0 chrXIII 567577 . C T 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=23.30;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:73:99:1734,180,0 chrXIII 567592 . T A 1716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=24.87;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1749,180,0 chrXIII 567978 . T C 2830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2863,300,0 chrXIII 568056 . C G 3302.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=21.03;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:157:99:3302,354,0 chrXIII 568072 . T A 3209.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.58;SB=-1.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3243,333,0 chrXIII 568174 . A C 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=22.41;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1871,192,0 chrXIII 568210 . G C 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=21.48;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1343,144,0 chrXIII 568220 . G A 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=22.82;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1448,147,0 chrXIII 568443 . G A 3401.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.62;SB=-2.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:144:99:3401,343,0 chrXIII 568527 . G A 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=27.38;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1922,195,0 chrXIII 568577 . A G 2174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=24.43;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2207,237,0 chrXIII 568585 . A G 2194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=24.11;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2227,234,0 chrXIII 569109 . T A 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=20.17;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1707,183,0 chrXIII 569699 . G A 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=19.86;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1145,117,0 chrXIII 569786 . G A 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.84;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1147,117,0 chrXIII 569867 . C T 1886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=25.15;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1919,195,0 chrXIII 570462 . A G 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=24.15;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1361,147,0 chrXIII 571024 . C T 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=23.18;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1192,120,0 chrXIII 571039 . T C 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=2.746;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=19.69;ReadPosRankSum=2.231;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:919,99,0 chrXIII 571067 . A G 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=4.228;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.655;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:986,102,0 chrXIII 571144 . A G 1948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.389;QD=19.29;ReadPosRankSum=1.698;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1981,216,0 chrXIII 571170 . G T 2102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=18.77;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2135,216,0 chrXIII 571183 . T A 2049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=120;Dels=0.00;FS=8.052;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=17.07;ReadPosRankSum=2.304;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:2082,210,0 chrXIII 571441 . T C 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=21.65;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1635,168,0 chrXIII 571835 . G A 2219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2252,228,0 chrXIII 572003 . T C 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=20.02;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1174,120,0 chrXIII 572164 . A T 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=21.72;ReadPosRankSum=2.334;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1423,156,0 chrXIII 572364 . T G 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=25.23;ReadPosRankSum=1.680;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1698,183,0 chrXIII 572476 . T C 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=24.69;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1613,174,0 chrXIII 572646 . C T 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=21.43;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2047,213,0 chrXIII 572799 . A G 3322.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:137:99:3322,345,0 chrXIII 572826 . T C 2662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=21.82;ReadPosRankSum=2.943;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:122:99:2695,288,0 chrXIII 572957 . G A 2746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=20.49;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2779,291,0 chrXIII 572966 . G T 2876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.93;MQ0=0;QD=21.30;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2909,300,0 chrXIII 572969 . G A 2808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=20.96;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:134:99:2841,291,0 chrXIII 572995 . C T 3132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=21.16;SB=-1.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:3165,327,0 chrXIII 573126 . G T 4485.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=24.11;SB=-2.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:186:99:4485,469,0 chrXIII 573151 . C T 4097.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=24.24;SB=-1.619e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:4097,429,0 chrXIII 573263 . A G 2167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=21.46;SB=-9.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2200,243,0 chrXIII 573404 . C T 3207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=22.27;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3240,331,0 chrXIII 573842 . C T 1938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=21.30;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1971,198,0 chrXIII 574079 . G A 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=20.82;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1282,135,0 chrXIII 574080 . C G 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=20.05;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1256,135,0 chrXIII 574719 . A T 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DP=82;Dels=0.00;FS=2.981;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=20.46;ReadPosRankSum=2.388;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1711,177,0 chrXIII 574866 . T C 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=20.39;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1399,150,0 chrXIII 575028 . T C 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=84;Dels=0.00;FS=8.197;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=20.21;ReadPosRankSum=2.391;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1731,186,0 chrXIII 575060 . A G 1625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=19.58;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1658,180,0 chrXIII 575086 . A G 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=17.47;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1291,138,0 chrXIII 575098 . G A 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=17.53;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1313,135,0 chrXIII 575128 . G T 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=16.49;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1352,144,0 chrXIII 575668 . T C 2294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=104;Dels=0.00;FS=2.994;HaplotypeScore=6.4047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=22.06;ReadPosRankSum=2.402;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:104:99:2327,249,0 chrXIII 576343 . C T 2201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=102;Dels=0.00;FS=4.065;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=21.58;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:2234,246,0 chrXIII 577405 . C T 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=19.75;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1198,120,0 chrXIII 577667 . G C 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.42;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:69:657,69,0 chrXIII 577768 . A G 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=22.28;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:746,78,0 chrXIII 578132 . T C 1668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.54;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1701,183,0 chrXIII 578498 . T C 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.84;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1152,123,0 chrXIII 578615 . T G 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=22.56;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1364,144,0 chrXIII 579159 . T C 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.00;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1881,198,0 chrXIII 579347 . T C 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.63;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1191,123,0 chrXIII 579452 . T C 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=89;Dels=0.00;FS=2.723;HaplotypeScore=7.4259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=24.07;ReadPosRankSum=2.394;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:2175,231,0 chrXIII 579563 . C T 2399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=22.85;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2432,252,0 chrXIII 579707 . A G 2135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=96;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=22.24;ReadPosRankSum=2.296;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,94:96:99:2168,228,0 chrXIII 579968 . T C 1765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.01;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1798,192,0 chrXIII 580121 . A G 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=74;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.639;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1676,177,0 chrXIII 581966 . C T 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=23.38;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1833,195,0 chrXIII 582482 . T C 2614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.15;SB=-1.619e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2647,276,0 chrXIII 582716 . T C 2733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.69;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:126:99:2766,291,0 chrXIII 582869 . A G 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=20.30;ReadPosRankSum=1.632;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1434,150,0 chrXIII 583556 . A G 1975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=18.99;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2008,216,0 chrXIII 583831 . T C 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=16.33;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1372,150,0 chrXIII 584026 . T C 3706.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=25.56;SB=-1.306e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:3706,396,0 chrXIII 584211 . A C 3143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.770;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=21.83;ReadPosRankSum=2.951;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:144:99:3176,339,0 chrXIII 584279 . C G 3580.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=24.03;SB=-1.697e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:149:99:3580,378,0 chrXIII 584328 . C T 2423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.99;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2456,252,0 chrXIII 584569 . C T 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=21.43;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1726,177,0 chrXIII 584623 . T C 1775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=20.64;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1808,195,0 chrXIII 584832 . A G 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=23.87;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:940,99,0 chrXIII 584970 . G A 2483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2516,261,0 chrXIII 585021 . T G 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=19.57;SB=-1.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:2381,255,0 chrXIII 585141 . A G 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=4.150;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=22.74;ReadPosRankSum=1.643;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1807,195,0 chrXIII 585165 . T C 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=21.21;ReadPosRankSum=1.633;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1539,168,0 chrXIII 585609 . A G 2654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=25.04;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2687,291,0 chrXIII 585807 . A T 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=19.58;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:875,90,0 chrXIII 585859 . G A 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.25;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1219,132,0 chrXIII 585987 . A G 2566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=110;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=23.33;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2599,276,0 chrXIII 586147 . C G 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=17.60;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:60:99:1089,120,0 chrXIII 586726 . T A 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=21.37;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1401,144,0 chrXIII 586744 . C T 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=18.19;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1197,123,0 chrXIII 586759 . T C 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=17.54;ReadPosRankSum=2.359;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:81:980,81,0 chrXIII 586795 . T G 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=18.00;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:645,69,0 chrXIII 587257 . T G 1721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=24.24;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1754,189,0 chrXIII 587493 . T G 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=18.98;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1286,135,0 chrXIII 587559 . T G 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.545;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:1239,113,0 chrXIII 587600 . A G 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=18.93;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1055,114,0 chrXIII 587659 . T C 15.15 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-1.739e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:23:45,0,23 chrXIII 587677 . C T 73.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.280;SB=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,8:19:12:106,12,0 chrXIII 587679 . A G 102.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.866;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.866;SB=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,10:21:15:135,15,0 chrXIII 587695 . T C 401 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.169;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=8.02;ReadPosRankSum=-3.055;SB=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,38:50:48:434,48,0 chrXIII 587939 . A G 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.60;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1163,120,0 chrXIII 587969 . T C 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=18.25;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:84:763,84,0 chrXIII 588112 . C T 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=17.46;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1552,159,0 chrXIII 588348 . G A 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.98;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1132,123,0 chrXIII 588573 . C T 405 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.210;DP=45;Dels=0.00;FS=18.067;HaplotypeScore=14.4976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=9.00;ReadPosRankSum=2.678;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:45:45:438,45,0 chrXIII 588576 . T C 348 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;DP=43;Dels=0.00;FS=15.086;HaplotypeScore=19.4664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;MQRankSum=2.286;QD=8.09;ReadPosRankSum=2.977;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:43:42:381,42,0 chrXIII 588579 . A T 359 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.51;MQ0=0;QD=7.98;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:43:42:392,42,0 chrXIII 588585 . T C 393 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=46;Dels=0.00;FS=6.307;HaplotypeScore=20.5201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.61;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=8.54;ReadPosRankSum=3.333;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:46:45:426,45,0 chrXIII 588597 . T C 461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=49;Dels=0.00;FS=4.017;HaplotypeScore=9.6150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.58;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=9.41;ReadPosRankSum=2.871;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:54:494,54,0 chrXIII 588600 . C T 510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=51;Dels=0.00;FS=6.325;HaplotypeScore=7.6820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=10.00;ReadPosRankSum=2.577;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:51:57:543,57,0 chrXIII 588621 . C T 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.50;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:88:88,0,381 chrXIII 588627 . C T 67.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=56;Dels=0.00;FS=5.369;HaplotypeScore=46.3875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,10:56:97:97,0,331 chrXIII 588645 . T C 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.973;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.487;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:135,0,323 chrXIII 588661 . T G 498.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=11.07;ReadPosRankSum=3.401;SB=-3.282e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:45:17:531,17,0 chrXIII 588807 . G A 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=20.47;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1159,123,0 chrXIII 588927 . T A 577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=18.61;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:610,66,0 chrXIII 589273 . C T 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.36;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1219,123,0 chrXIII 589360 . A C 1667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.48;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1700,180,0 chrXIII 589414 . A G 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=24.15;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1361,147,0 chrXIII 589588 . T C 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=21.96;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1263,135,0 chrXIII 589854 . A G 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.58;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1220,129,0 chrXIII 590222 . T C 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=15.64;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:909,99,0 chrXIII 590322 . T C 916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=55;Dels=0.00;FS=4.851;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=16.65;ReadPosRankSum=1.543;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:949,105,0 chrXIII 590486 . T C 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=24.53;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:867,90,0 chrXIII 590607 . C T 551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=16.70;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:584,57,0 chrXIII 590621 . T C 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=16.90;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:692,75,0 chrXIII 590779 . G A 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=16.37;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:688,72,0 chrXIII 590865 . A G 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=16.62;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:781,84,0 chrXIII 591086 . C T 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=23.19;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1494,162,0 chrXIII 591144 . A G 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.19;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:58:99:1320,141,0 chrXIII 591198 . A G 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=19.81;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1182,129,0 chrXIII 591204 . T C 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.609;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1042,111,0 chrXIII 591330 . G A 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=20.30;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1312,138,0 chrXIII 591533 . C T 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.268e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2379,246,0 chrXIII 591723 . A G 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.60;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:897,96,0 chrXIII 591795 . A G 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=19.35;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1291,132,0 chrXIII 591930 . G A 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=20.60;ReadPosRankSum=0.682;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1413,153,0 chrXIII 592037 . G A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=18.22;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:762,78,0 chrXIII 592096 . G A 499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=20.79;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:532,57,0 chrXIII 592200 . C T 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.60;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1394,141,0 chrXIII 592335 . T C 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=16.89;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:675,72,0 chrXIII 592371 . G A 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=16.31;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:90:865,90,0 chrXIII 592658 . T G 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=20.07;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1117,120,0 chrXIII 592706 . T C 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=17.95;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1092,117,0 chrXIII 592735 . T C 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=20.32;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1516,159,0 chrXIII 594280 . T A 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=17.77;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1117,120,0 chrXIII 595437 . C T 1611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.39;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1644,174,0 chrXIII 595697 . T C 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=25.49;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1384,144,0 chrXIII 596239 . A G 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:957,99,0 chrXIII 596706 . A C 2083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.099;DP=93;Dels=0.00;FS=3.664;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=22.40;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2116,208,0 chrXIII 597167 . A G 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=20.24;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1632,171,0 chrXIII 597292 . T C 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.62;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1590,165,0 chrXIII 597636 . A C 2568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=24.46;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2601,273,0 chrXIII 597709 . G C 2201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=23.92;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2234,237,0 chrXIII 597926 . G T 3997.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=23.79;SB=-2.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:168:99:3997,412,0 chrXIII 598154 . G A 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=89;Dels=0.00;FS=4.482;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2030,190,0 chrXIII 598391 . G A 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.46;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1256,129,0 chrXIII 599192 . T C 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=18.93;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1377,147,0 chrXIII 599730 . A G 826 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=48;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.130;QD=17.21;ReadPosRankSum=2.854;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:93:859,93,0 chrXIII 599732 . C T 873 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=19.40;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:906,93,0 chrXIII 599735 . T C 848 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=18.04;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:881,93,0 chrXIII 599973 . C T 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=19.35;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:865,90,0 chrXIII 600354 . A G 605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=2;QD=14.76;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:69:638,69,0 chrXIII 600543 . A T 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=57;Dels=0.00;FS=5.362;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=22.04;ReadPosRankSum=1.669;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1289,129,0 chrXIII 600558 . C T 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=19.91;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1168,120,0 chrXIII 600564 . T A 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=19.44;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1180,120,0 chrXIII 600729 . C T 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.63;MQ0=2;QD=21.69;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:48:99:1074,111,0 chrXIII 600819 . C T 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.69;MQ0=0;QD=20.44;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1627,171,0 chrXIII 601971 . T C 718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.44;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:751,78,0 chrXIII 602082 . C T 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.48;MQ0=0;QD=20.00;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:893,90,0 chrXIII 602255 . G A 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=23.87;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:940,96,0 chrXIII 602462 . T C 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=19.39;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1022,111,0 chrXIII 603083 . T C 1660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=20.00;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1693,177,0 chrXIII 603086 . T C 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=20.55;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1739,183,0 chrXIII 603801 . T C 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=23.51;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1467,162,0 chrXIII 605048 . C T 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=19.71;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1058,108,0 chrXIII 605479 . C T 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=16.57;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:42:414,42,0 chrXIII 605879 . G T 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.14;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:773,84,0 chrXIII 609090 . T C 157.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;DP=108;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=12.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQ0=4;MQRankSum=-2.799;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.766;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,27:108:99:187,0,1105 chrXIII 609099 . G A 196.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=103;Dels=0.00;FS=0.835;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQ0=4;MQRankSum=-1.549;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.455;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,30:103:99:226,0,1042 chrXIII 609370 . A G 317.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=167;Dels=0.00;FS=1.504;HaplotypeScore=38.1472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=4;MQRankSum=2.906;QD=1.90;ReadPosRankSum=-2.549;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,37:167:99:347,0,2101 chrXIII 609384 . C T 79.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=132;Dels=0.00;FS=24.688;HaplotypeScore=30.3051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.35;MQ0=5;MQRankSum=2.452;QD=0.60;ReadPosRankSum=-3.981;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,20:132:99:109,0,1654 chrXIII 609420 . G A 871.11 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=86;Dels=0.00;FS=9.784;HaplotypeScore=15.5567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.20;MQ0=9;MQRankSum=-0.008;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.296;SB=-4.911e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,75:86:13:901,0,13 chrXIII 609447 . T C 188.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;DP=43;Dels=0.00;FS=5.370;HaplotypeScore=16.1058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.37;MQ0=7;MQRankSum=-0.996;QD=4.37;ReadPosRankSum=-3.228;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:43:99:218,0,135 chrXIII 609456 . G A 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.59;MQ0=7;MQRankSum=-2.217;QD=0.86;ReadPosRankSum=-2.819;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:36:61:61,0,143 chrXIII 609489 . T C 169.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;DP=52;Dels=0.00;FS=16.391;HaplotypeScore=9.9347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.77;MQ0=2;MQRankSum=3.896;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-4.991e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:52:21:202,21,0 chrXIII 609501 . C T 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=51;Dels=0.00;FS=19.609;HaplotypeScore=6.2964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=0.69;ReadPosRankSum=-4.386;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,9:51:65:65,0,69 chrXIII 609533 . G A 436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DP=58;Dels=0.00;FS=11.045;HaplotypeScore=4.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;MQRankSum=2.877;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.661;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:58:48:469,48,0 chrXIII 609570 . A T 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=17.39;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:746,75,0 chrXIII 609618 . T C 304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=32;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=7.9383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.16;MQ0=2;MQRankSum=1.898;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.468;SB=-2.534e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:32:36:337,36,0 chrXIII 609630 . C T 170.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.833;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.82;MQ0=3;MQRankSum=2.008;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-1.491e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,15:23:21:203,21,0 chrXIII 609651 . C T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=35;Dels=0.00;FS=4.775;HaplotypeScore=10.8414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.40;MQ0=13;MQRankSum=0.401;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.669;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:62:62,0,114 chrXIII 609660 . T C 110.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=44;Dels=0.00;FS=4.629;HaplotypeScore=11.9148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.64;MQ0=13;MQRankSum=1.846;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:140,0,106 chrXIII 609699 . T A 104.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=59;Dels=0.00;FS=3.346;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.73;MQ0=13;MQRankSum=1.257;QD=1.76;ReadPosRankSum=-2.156;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:134,0,167 chrXIII 609708 . C T 119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=61;Dels=0.00;FS=5.666;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.98;MQ0=11;MQRankSum=1.140;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.157;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:149,0,226 chrXIII 609710 . G A 128.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.156;DP=62;Dels=0.00;FS=5.712;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.05;MQ0=11;MQRankSum=2.615;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.276;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:158,0,229 chrXIII 609723 . G C 120.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;DP=71;Dels=0.00;FS=23.494;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.04;MQ0=9;MQRankSum=1.163;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.340;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:150,0,241 chrXIII 609726 . T C 144.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.906;DP=71;Dels=0.00;FS=23.494;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.04;MQ0=9;MQRankSum=1.900;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.267;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:174,0,252 chrXIII 609729 . T C 175.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;DP=72;Dels=0.00;FS=16.320;HaplotypeScore=2.7767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.15;MQ0=8;MQRankSum=1.321;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.385;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:205,0,177 chrXIII 609747 . C A 97.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=62;Dels=0.00;FS=50.720;HaplotypeScore=7.7318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.93;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=1.56;ReadPosRankSum=2.515;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,15:62:99:127,0,235 chrXIII 609750 . C T 91.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.003;DP=58;Dels=0.00;FS=48.647;HaplotypeScore=7.7318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.39;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=1.57;ReadPosRankSum=4.120;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,12:58:99:121,0,263 chrXIII 609759 . T C 283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=55;Dels=0.00;FS=45.142;HaplotypeScore=3.7697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.66;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.872;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:55:33:316,33,0 chrXIII 609770 . A T 87.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=60;Dels=0.00;FS=59.180;HaplotypeScore=7.6925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,12:60:99:117,0,298 chrXIII 609777 . T A 94.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=59;Dels=0.00;FS=70.446;HaplotypeScore=8.5681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.41;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.867;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,12:59:99:124,0,302 chrXIII 609786 . C T 37.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=47;Dels=0.00;FS=49.852;HaplotypeScore=12.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=0.79;ReadPosRankSum=-2.105;SB=-3.008e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:47:67:67,0,307 chrXIII 609793 . G A 46.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;DP=45;Dels=0.00;FS=66.051;HaplotypeScore=15.5214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.55;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=1.02;ReadPosRankSum=-3.816;SB=0.015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,9:45:76:76,0,266 chrXIII 609795 . T C 33.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=46;Dels=0.00;FS=59.589;HaplotypeScore=16.5161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.49;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=0.72;ReadPosRankSum=-2.671;SB=-3.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:46:63:63,0,268 chrXIII 609801 . A G,T 313.11 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9302;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.78;MQ0=0;QD=6.96;SB=-1.626e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,11,25:45:43:373,297,288,76,0,43 chrXIII 609834 . T C 368.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=34;Dels=0.00;FS=53.773;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.89;MQ0=0;MQRankSum=2.811;QD=10.83;ReadPosRankSum=4.372;SB=-2.914e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,25:34:1:397,1,0 chrXIII 609846 . C T 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.95;MQ0=0;QD=17.33;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:605,63,0 chrXIII 614505 . C T 2752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=26.21;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2785,288,0 chrXIII 615554 . T G 1421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=3.537;HaplotypeScore=5.1898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=20.30;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1454,159,0 chrXIII 615978 . C T 3867.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=23.87;ReadPosRankSum=1.187;SB=-1.783e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:162:99:3867,400,0 chrXIII 616433 . C G 1682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.36;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1715,183,0 chrXIII 618249 . T G 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=20.57;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1720,183,0 chrXIII 621167 . C A 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.21;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1921,195,0 chrXIII 621209 . G C 2174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=23.38;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2207,231,0 chrXIII 624655 . G T 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=19.94;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:99:970,102,0 chrXIII 626430 . A G 522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.73;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:60:555,60,0 chrXIII 628415 . G A 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=25.77;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:832,84,0 chrXIII 628699 . A G 421 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=19.14;SB=-6.648e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:454,48,0 chrXIII 628821 . C T 481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=26.72;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:514,54,0 chrXIII 628982 . T A 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=19.24;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:899,102,0 chrXIII 629724 . C T 1870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.53;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1903,195,0 chrXIII 629793 . C T 2436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=25.11;SB=-1.331e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:2469,249,0 chrXIII 630246 . T A 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.701;DP=91;Dels=0.00;FS=11.584;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=18.75;ReadPosRankSum=2.923;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:91:99:1739,177,0 chrXIII 630249 . G A 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=16.66;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1532,168,0 chrXIII 634661 . G T 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:667,69,0 chrXIII 634784 . C T 865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.18;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:898,90,0 chrXIII 635063 . T C 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=25.86;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1869,195,0 chrXIII 635124 . A G 3013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.32;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:3046,324,0 chrXIII 635402 . A G 2053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=21.39;ReadPosRankSum=1.516;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2086,225,0 chrXIII 635511 . A G 2573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=114;Dels=0.00;FS=2.584;HaplotypeScore=5.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=22.57;ReadPosRankSum=2.320;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:114:99:2606,273,0 chrXIII 636208 . C T 3000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=25.00;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:3033,312,0 chrXIII 636639 . T C 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=15.94;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1324,147,0 chrXIII 637100 . C T 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=20.18;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:38:81:800,81,0 chrXIII 637150 . A G 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=20.75;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1195,126,0 chrXIII 637295 . C T 1049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=20.98;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1082,111,0 chrXIII 637712 . T C 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=22.21;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1521,162,0 chrXIII 637889 . T C 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1810,198,0 chrXIII 638009 . G A 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.96;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:54:518,54,0 chrXIII 639027 . G A 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.53;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1186,120,0 chrXIII 639437 . A G 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=4.649;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=21.20;ReadPosRankSum=1.535;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:81:775,81,0 chrXIII 639623 . T G 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=18.31;ReadPosRankSum=1.609;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:58:99:1095,123,0 chrXIII 640720 . G C 3388.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=23.53;SB=-1.686e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:3388,360,0 chrXIII 641090 . A G 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:69:646,69,0 chrXIII 641091 . A G 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=14.71;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:81:754,81,0 chrXIII 641548 . A G 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.13;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:38:90:836,90,0 chrXIII 641634 . C A 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=23.89;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1132,114,0 chrXIII 642868 . G A 1938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.84;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1971,201,0 chrXIII 643985 . C T 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=24.50;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1748,180,0 chrXIII 644973 . T G 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=67;Dels=0.00;FS=5.956;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=18.16;ReadPosRankSum=1.681;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1250,129,0 chrXIII 645420 . A T 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=17.78;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:673,69,0 chrXIII 645478 . T G 388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=20.42;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:421,45,0 chrXIII 645592 . T C 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=22.76;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1057,111,0 chrXIII 645786 . G A 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.00;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:663,69,0 chrXIII 645817 . A G 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=25.03;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:81:759,81,0 chrXIII 645859 . G T 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=25.50;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1104,111,0 chrXIII 645900 . A G 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=24.37;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:99:959,102,0 chrXIII 645914 . C G 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=22.78;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:49:99:1149,123,0 chrXIII 646241 . A G 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.12;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1736,189,0 chrXIII 646699 . G T 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=19.06;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1405,144,0 chrXIII 646831 . G A 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:952,99,0 chrXIII 647474 . A G 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=69;Dels=0.00;FS=3.571;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=17.70;ReadPosRankSum=1.680;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:69:99:1254,135,0 chrXIII 648168 . T A 2540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=25.92;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2573,261,0 chrXIII 649250 . C T 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=23.49;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1560,159,0 chrXIII 649473 . G A 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=24.61;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1928,207,0 chrXIII 649487 . G A 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=26.00;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1957,198,0 chrXIII 649552 . A G 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=22.82;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1516,165,0 chrXIII 649796 . G A 1907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=20.07;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1940,198,0 chrXIII 649905 . T C 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=20.58;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:64:99:1350,141,0 chrXIII 650336 . G C 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=21.71;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:793,84,0 chrXIII 650714 . T C 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.16;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1434,153,0 chrXIII 650971 . A C 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=19.02;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1764,192,0 chrXIII 650986 . C T 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=20.12;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1763,183,0 chrXIII 651148 . A G 1880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=21.86;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1913,201,0 chrXIII 651277 . A G 2550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=23.18;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2583,273,0 chrXIII 651340 . C T 2913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=23.12;SB=-1.587e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2946,315,0 chrXIII 651388 . C A 2620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2653,270,0 chrXIII 651497 . C T 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=72.2103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=21.12;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1807,198,0 chrXIII 651548 . C G 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=21.16;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:106:99:2276,243,0 chrXIII 651603 . A T 1827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1860,204,0 chrXIII 652003 . A G 2571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=24.49;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2604,288,0 chrXIII 652277 . T C 1676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DP=77;Dels=0.00;FS=11.441;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=21.77;ReadPosRankSum=2.386;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1709,183,0 chrXIII 652386 . C T 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.26;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1606,165,0 chrXIII 652690 . A C 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.00;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1133,120,0 chrXIII 652983 . C T 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.69;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:691,69,0 chrXIII 654902 . T C 693 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:726,78,0 chrXIII 655922 . A G 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=20.00;ReadPosRankSum=1.654;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1813,195,0 chrXIII 655948 . G A 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:1951,210,0 chrXIII 656131 . A G 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=19.71;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:644,66,0 chrXIII 656137 . T C 568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.29;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:66:601,66,0 chrXIII 657020 . T C 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=22.36;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1822,189,0 chrXIII 657064 . G A 2510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=24.13;SB=-1.311e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2543,258,0 chrXIII 657211 . T C 681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=21.28;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:714,75,0 chrXIII 657240 . G C 510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=15.94;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:543,57,0 chrXIII 657241 . C A 516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=16.12;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:549,57,0 chrXIII 657406 . G A 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.30;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1616,168,0 chrXIII 658481 . C T 2986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=24.68;SB=-1.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:3019,309,0 chrXIII 659356 . T C 4359.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.31;SB=-2.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:187:99:4359,457,0 chrXIII 659437 . C T 3938.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=25.24;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:3938,403,0 chrXIII 659982 . A G 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=20.95;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2379,258,0 chrXIII 661308 . G A 2408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=26.76;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2441,246,0 chrXIII 661676 . T C 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.19;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1527,168,0 chrXIII 661764 . G A 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.659;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1123,114,0 chrXIII 661867 . C G 620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=20.67;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:69:653,69,0 chrXIII 663000 . C T 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.39;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:992,111,0 chrXIII 664080 . T C 3094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=140;Dels=0.00;FS=7.486;HaplotypeScore=7.5004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=22.10;ReadPosRankSum=2.397;SB=-1.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:140:99:3127,333,0 chrXIII 664122 . A C 2505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=119;Dels=0.00;FS=3.655;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:119:99:2538,276,0 chrXIII 664518 . T C 2074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=22.06;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2107,225,0 chrXIII 664741 . A G 2400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2433,264,0 chrXIII 664811 . A G 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=21.89;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1456,159,0 chrXIII 664814 . G A 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=21.06;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1402,150,0 chrXIII 665727 . C A 1991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.58;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2024,204,0 chrXIII 665980 . T C 2462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2495,258,0 chrXIII 666112 . T C 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1317,138,0 chrXIII 667766 . G A 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=18.87;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:788,81,0 chrXIII 668324 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.214;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:430,0,394 chrXIII 668408 . A G 196.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=18;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.311;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:226,0,157 chrXIII 669196 . T C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=21.15;ReadPosRankSum=1.631;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:78:752,78,0 chrXIII 671518 . T G 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=20.54;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1553,165,0 chrXIII 672129 . T C 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=17.83;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1424,153,0 chrXIII 673803 . A G 580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.31;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:66:613,66,0 chrXIII 673846 . A G 743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=23.22;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:776,84,0 chrXIII 673975 . G A 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=18.30;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:710,78,0 chrXIII 674192 . A G 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DP=49;Dels=0.00;FS=7.301;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=21.00;ReadPosRankSum=2.244;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:99:1062,117,0 chrXIII 674833 . G A 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=18.64;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1021,105,0 chrXIII 675245 . G C 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.91;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1110,117,0 chrXIII 678117 . T C 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.62;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1450,153,0 chrXIII 678210 . C T 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=23.66;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1003,105,0 chrXIII 678565 . G A 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=19.17;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:915,99,0 chrXIII 680018 . A G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=18.32;ReadPosRankSum=1.626;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1242,126,0 chrXIII 680380 . T C 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=5.149;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.684;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1703,177,0 chrXIII 680399 . A G 2081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=21.91;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2114,222,0 chrXIII 680762 . C A 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=19.19;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:1453,147,0 chrXIII 680769 . T C 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=18.96;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1550,159,0 chrXIII 680903 . C T 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=20.99;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1964,201,0 chrXIII 680936 . T C 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=15.93;ReadPosRankSum=2.338;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:1467,138,0 chrXIII 680940 . C T 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=17.15;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1491,159,0 chrXIII 681615 . T C 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.28;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1884,198,0 chrXIII 681836 . A G 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.69;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1585,171,0 chrXIII 682932 . C T 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.47;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:78:99:1708,177,0 chrXIII 682985 . C G 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.75;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:89:99:1791,192,0 chrXIII 683288 . G C 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=21.71;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1401,147,0 chrXIII 683334 . G A 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=21.05;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1233,129,0 chrXIII 683373 . T C 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=19.08;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1178,126,0 chrXIII 683802 . A G 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.68;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:963,105,0 chrXIII 683958 . G A 2373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=22.18;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2406,246,0 chrXIII 684197 . T A 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.02;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1069,108,0 chrXIII 684262 . C T 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.00;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:69:662,69,0 chrXIII 684406 . A T 1189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=3.917;HaplotypeScore=2.8293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=17.23;ReadPosRankSum=1.481;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1222,135,0 chrXIII 684407 . G A 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=17.86;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1265,135,0 chrXIII 685138 . C T 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=19.83;SB=-1.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2075,222,0 chrXIII 685330 . T A 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=22.17;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1053,108,0 chrXIII 685585 . C T 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.85;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1235,129,0 chrXIII 685689 . T C 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.86;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1369,147,0 chrXIII 686772 . C T 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=23.96;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1950,198,0 chrXIII 687028 . G T 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=26.00;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2347,237,0 chrXIII 687199 . C T 2127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=25.94;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2160,219,0 chrXIII 687551 . T C 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:99:1157,123,0 chrXIII 688814 . A G 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.10;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1514,162,0 chrXIII 689883 . A G 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=62;Dels=0.00;FS=4.051;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=23.18;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1470,153,0 chrXIII 690710 . A T 1829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=20.55;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1862,198,0 chrXIII 691064 . A T 2402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=101;Dels=0.00;FS=17.065;HaplotypeScore=10.2706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=23.78;ReadPosRankSum=2.931;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:2435,252,0 chrXIII 693754 . C T 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=24.73;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1418,147,0 chrXIII 694031 . A C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.738;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:275,0,113 chrXIII 694676 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=33;Dels=0.00;FS=3.120;HaplotypeScore=1.7866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.645;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:263,0,254 chrXIII 695733 . C A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DP=44;Dels=0.00;FS=1.379;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:469,0,318 chrXIII 696337 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.882;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:418,0,493 chrXIII 696515 . T C 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=36;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=6.31;ReadPosRankSum=2.150;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:257,0,264 chrXIII 696957 . T C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;DP=82;Dels=0.00;FS=1.857;HaplotypeScore=7.7204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.787;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:767,0,629 chrXIII 697086 . C T 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=71;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=8.1522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.866;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:695,0,625 chrXIII 697107 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.554;DP=64;Dels=0.00;FS=2.271;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=7.80;ReadPosRankSum=-2.132;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:529,0,538 chrXIII 697246 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;DP=46;Dels=0.00;FS=4.309;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.201;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:489,0,277 chrXIII 697269 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=47;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:335,0,550 chrXIII 697520 . A G 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.97;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:86:99:1922,204,0 chrXIII 697902 . C T 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=21.95;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1745,180,0 chrXIII 697993 . G A 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.23;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1692,180,0 chrXIII 698195 . G A 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=17.87;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:47:90:873,90,0 chrXIII 698336 . C T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;DP=47;Dels=0.00;FS=9.436;HaplotypeScore=3.3036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.097;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:215,0,431 chrXIII 698372 . C A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=68;Dels=0.00;FS=9.011;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.772;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:574,0,451 chrXIII 698457 . T G 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DP=90;Dels=0.00;FS=6.336;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.183;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:784,0,727 chrXIII 698549 . G T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=23;Dels=0.00;FS=22.718;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:23:99:259,0,128 chrXIII 698569 . A G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;DP=28;Dels=0.00;FS=24.910;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.935;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-6.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:241,0,284 chrXIII 698595 . G A 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=27;Dels=0.00;FS=9.204;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.492;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:62:62,0,358 chrXIII 698611 . A G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DP=36;Dels=0.00;FS=18.019;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.317;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:164,0,480 chrXIII 698642 . T A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;DP=47;Dels=0.00;FS=13.106;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:356,0,550 chrXIII 698828 . C T 1474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DP=122;Dels=0.00;FS=8.719;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,69:122:99:1504,0,1057 chrXIII 698850 . G C 1394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;DP=114;Dels=0.00;FS=9.354;HaplotypeScore=6.2836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.162;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,66:114:99:1424,0,906 chrXIII 698988 . C T 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=22.56;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1635,165,0 chrXIII 699056 . C T 2444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=21.44;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:2477,252,0 chrXIII 699315 . C A 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.153;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:88:99:1150,0,709 chrXIII 699415 . T C 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.247;DP=101;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.685;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:960,0,1003 chrXIII 699619 . T G 1188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.307;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:1218,0,838 chrXIII 699822 . G A 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.479;DP=88;Dels=0.00;FS=2.819;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.870;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:968,0,734 chrXIII 699964 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.052;DP=81;Dels=0.00;FS=10.461;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.116;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:758,0,634 chrXIII 699987 . T C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;DP=82;Dels=0.00;FS=7.226;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.513;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:597,0,673 chrXIII 700035 . A G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;DP=73;Dels=0.00;FS=7.515;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:73:99:289,0,640 chrXIII 700050 . G A 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;DP=75;Dels=0.00;FS=10.287;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.948;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:327,0,637 chrXIII 700356 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;DP=36;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=9.75;ReadPosRankSum=-2.065;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:381,0,216 chrXIII 700452 . T A 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.639;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:69:693,69,0 chrXIII 700469 . C T 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=20.19;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:760,78,0 chrXIII 700497 . G A 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DP=31;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:242,0,207 chrXIII 700735 . T C 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.365;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:166,0,494 chrXIII 700956 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.691;DP=44;Dels=0.00;FS=3.873;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.761;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.170;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:406,0,438 chrXIII 701095 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=49;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:343,0,488 chrXIII 701127 . C G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=44;Dels=0.00;FS=4.300;HaplotypeScore=4.2826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:466,0,434 chrXIII 701167 . A C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=52;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:455,0,568 chrXIII 701244 . T C 2210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.696;QD=22.78;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2243,237,0 chrXIII 701442 . C T 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=23.00;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1643,174,0 chrXIII 701468 . A T 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.361;QD=18.29;ReadPosRankSum=1.691;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1569,156,0 chrXIII 701606 . T A 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.159;DP=91;Dels=0.00;FS=18.899;HaplotypeScore=15.2369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=18.18;ReadPosRankSum=3.357;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:91:99:1687,171,0 chrXIII 702308 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;DP=32;Dels=0.00;FS=1.404;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=10.91;ReadPosRankSum=2.044;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:379,0,171 chrXIII 702551 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;DP=45;Dels=0.00;FS=2.772;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.968;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:495,0,221 chrXIII 702572 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DP=50;Dels=0.00;FS=1.291;HaplotypeScore=4.7051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,36:50:99:501,0,160 chrXIII 702605 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;DP=47;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.183;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:412,0,208 chrXIII 702665 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DP=43;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.620;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:375,0,355 chrXIII 702763 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.819;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:490,0,720 chrXIII 703483 . A G 394.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;DP=45;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.191;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:424,0,508 chrXIII 703487 . T C 384.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;DP=44;Dels=0.00;FS=3.212;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.185;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:414,0,497 chrXIII 703489 . A G 344.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;DP=42;Dels=0.00;FS=3.118;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:374,0,486 chrXIII 703588 . C T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.234;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:44:44,0,499 chrXIII 703828 . A G 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;DP=98;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:1110,0,895 chrXIII 703858 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=91;Dels=0.00;FS=5.747;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.942;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:565,0,1003 chrXIII 703860 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.265;DP=90;Dels=0.00;FS=4.402;HaplotypeScore=4.1716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:554,0,1075 chrXIII 703891 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DP=79;Dels=0.00;FS=6.347;HaplotypeScore=6.8271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.614;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:375,0,783 chrXIII 703913 . T G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.473;DP=74;Dels=0.00;FS=4.708;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.774;QD=5.46;ReadPosRankSum=-3.628;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:434,0,718 chrXIII 703969 . C T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;DP=74;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:571,0,744 chrXIII 703990 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;DP=72;Dels=0.00;FS=6.228;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:535,0,801 chrXIII 704074 . C T 1187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.020;DP=114;Dels=0.00;FS=8.868;HaplotypeScore=9.4779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,64:114:99:1217,0,824 chrXIII 704204 . A G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;DP=110;Dels=0.00;FS=2.510;HaplotypeScore=10.2320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.165;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:110:99:760,0,1115 chrXIII 704425 . A T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.878;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:615,0,619 chrXIII 704704 . T C 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=19.46;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1045,114,0 chrXIII 704707 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=56;Dels=0.00;FS=22.107;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:309,0,591 chrXIII 704739 . T G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DP=71;Dels=0.00;FS=16.371;HaplotypeScore=5.0632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.917;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:439,0,900 chrXIII 704858 . T G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;DP=68;Dels=0.00;FS=0.928;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.025;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:597,0,638 chrXIII 704983 . T C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=89;Dels=0.00;FS=9.507;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=2.021;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.858;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:89:99:650,0,977 chrXIII 704994 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;DP=89;Dels=0.00;FS=11.544;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=1.978;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:621,0,1018 chrXIII 705049 . T C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DP=67;Dels=0.00;FS=5.132;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:315,0,784 chrXIII 705104 . C T 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=20.58;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1453,147,0 chrXIII 705307 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.930;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:921,0,1077 chrXIII 705664 . A G 1388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.762;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=2.733;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.209;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,69:134:99:1418,0,1122 chrXIII 705665 . G A 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.364;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,65:134:99:1030,0,1396 chrXIII 705679 . T C 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;DP=121;Dels=0.00;FS=2.358;HaplotypeScore=5.0806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.088;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,61:121:99:1010,0,1176 chrXIII 705697 . G A 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.728;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.772;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.001;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,58:112:99:807,0,1047 chrXIII 705701 . A C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.821;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.981;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.068;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:106:99:709,0,980 chrXIII 705866 . T C 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.155;DP=101;Dels=0.00;FS=5.457;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:101:99:954,0,806 chrXIII 705940 . C T 1165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.689;DP=127;Dels=0.00;FS=0.680;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.127;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.170;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:127:99:1195,0,1172 chrXIII 706063 . A G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=67;Dels=0.00;FS=2.211;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.097;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:67:99:739,0,495 chrXIII 706072 . G A 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.543;DP=66;Dels=0.00;FS=2.167;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.848;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:739,0,429 chrXIII 706102 . T A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DP=74;Dels=0.00;FS=4.919;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.665;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:885,0,501 chrXIII 706316 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:401,0,407 chrXIII 706357 . A G 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=34;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:173,0,212 chrXIII 706360 . C T 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=34;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.908;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:186,0,185 chrXIII 706368 . T G 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;DP=31;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.986;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:31:99:147,0,200 chrXIII 706399 . T G 425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=14.17;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:458,48,0 chrXIII 706672 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=58;Dels=0.00;FS=6.079;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:411,0,571 chrXIII 706735 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.133;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:537,0,462 chrXIII 706915 . T C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=83;Dels=0.00;FS=0.891;HaplotypeScore=12.7707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:83:99:704,0,742 chrXIII 707087 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;DP=83;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=4.4096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.130;QD=3.83;ReadPosRankSum=-2.039;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:348,0,1069 chrXIII 707101 . T C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=84;Dels=0.00;FS=4.153;HaplotypeScore=2.6112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-6.092;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:84:99:359,0,931 chrXIII 707120 . A G 193.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=81;Dels=0.00;FS=7.575;HaplotypeScore=8.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQ0=0;MQRankSum=-6.888;QD=2.38;ReadPosRankSum=2.612;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:223,0,742 chrXIII 707123 . C T 221.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.146;DP=79;Dels=0.00;FS=14.766;HaplotypeScore=7.1386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-6.522;QD=2.80;ReadPosRankSum=2.808;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:79:99:251,0,810 chrXIII 707124 . T C 220.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.466;DP=78;Dels=0.00;FS=17.509;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-6.631;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.629;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:250,0,874 chrXIII 707161 . C A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.378;DP=65;Dels=0.00;FS=5.315;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.929;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.706;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:65:99:421,0,633 chrXIII 707180 . A T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.288;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:369,0,794 chrXIII 707281 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DP=63;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:497,0,727 chrXIII 707422 . A G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;DP=105;Dels=0.00;FS=1.601;HaplotypeScore=10.5602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,43:105:99:742,0,1259 chrXIII 707624 . T C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=61;Dels=0.00;FS=1.025;HaplotypeScore=8.0675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.630;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:61:99:459,0,647 chrXIII 707825 . A G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.837;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:97:99:670,0,1285 chrXIII 707917 . G A 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=64;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:729,0,453 chrXIII 708061 . G A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;DP=56;Dels=0.00;FS=6.154;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.192;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.676;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:385,0,546 chrXIII 708064 . C A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.902;DP=61;Dels=0.00;FS=5.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.268;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:407,0,521 chrXIII 708117 . G A 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.189;DP=68;Dels=0.00;FS=9.519;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.727;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.184;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:68:99:211,0,589 chrXIII 708126 . A G 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;DP=65;Dels=0.00;FS=8.943;HaplotypeScore=5.5845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.185;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.113;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:149,0,643 chrXIII 708130 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=68;Dels=0.00;FS=7.160;HaplotypeScore=6.4279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-5.689;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:68:99:190,0,709 chrXIII 708165 . A C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.097;DP=70;Dels=0.00;FS=6.551;HaplotypeScore=5.8767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.517;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:70:99:238,0,712 chrXIII 708169 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=71;Dels=0.00;FS=1.983;HaplotypeScore=6.6678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.288;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:71:99:328,0,634 chrXIII 708177 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;DP=69;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=7.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-5.787;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.821;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:226,0,631 chrXIII 708242 . G A 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=18.97;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1190,123,0 chrXIII 708248 . A T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=61;Dels=0.00;FS=8.938;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.064;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:339,0,738 chrXIII 708259 . C A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=61;Dels=0.00;FS=5.267;HaplotypeScore=3.4318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:277,0,735 chrXIII 708336 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DP=66;Dels=0.00;FS=3.469;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.359;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:66:99:587,0,478 chrXIII 708449 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=39;Dels=0.00;FS=7.282;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:448,0,354 chrXIII 708515 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;DP=54;Dels=0.00;FS=3.944;HaplotypeScore=2.3204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.224;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:649,0,417 chrXIII 708535 . C T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=68;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.031;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:741,0,636 chrXIII 708648 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DP=60;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.798;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:426,0,714 chrXIII 708659 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;DP=68;Dels=0.00;FS=1.999;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:470,0,754 chrXIII 708678 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.601;DP=76;Dels=0.00;FS=1.873;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.314;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:76:99:501,0,738 chrXIII 708752 . C T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=45;Dels=0.00;FS=9.025;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.806;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:536,0,315 chrXIII 708816 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.811;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:636,0,301 chrXIII 708850 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:545,0,591 chrXIII 708880 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DP=56;Dels=0.00;FS=7.437;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:380,0,596 chrXIII 709047 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.801;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:617,0,573 chrXIII 709130 . C G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DP=61;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.902;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:525,0,582 chrXIII 709221 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=73;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:570,0,813 chrXIII 709256 . A C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:451,0,848 chrXIII 709259 . A C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;DP=64;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.910;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:315,0,738 chrXIII 709343 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=49;Dels=0.00;FS=8.002;HaplotypeScore=4.2672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.975;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:446,0,438 chrXIII 709368 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.209;DP=42;Dels=0.00;FS=9.458;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.996;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:391,0,367 chrXIII 709549 . G C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=70;Dels=0.00;FS=3.291;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=9.17;ReadPosRankSum=2.317;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:672,0,735 chrXIII 710293 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=67;Dels=0.00;FS=11.395;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:740,0,583 chrXIII 710381 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.799;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:308,0,314 chrXIII 710402 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:291,0,370 chrXIII 710597 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.484;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:415,0,459 chrXIII 710752 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=66;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=6.2507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,23:66:99:367,0,817 chrXIII 710845 . G A 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DP=34;Dels=0.00;FS=3.326;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.628;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:399,0,181 chrXIII 710880 . T A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=24;Dels=0.00;FS=4.060;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.572;SB=-1.549e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:24:60:282,0,60 chrXIII 710897 . A C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=29;Dels=0.00;FS=4.091;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-2.336e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,22:29:99:380,0,100 chrXIII 710961 . G T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=53;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:455,0,479 chrXIII 711019 . T G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=74;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=2.480;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.428;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:74:99:403,0,898 chrXIII 711139 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=46;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.593;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:420,0,413 chrXIII 711470 . A T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=56;Dels=0.00;FS=18.070;HaplotypeScore=5.9897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.729;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:551,0,392 chrXIII 711514 . A G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.179;DP=65;Dels=0.00;FS=5.207;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:511,0,699 chrXIII 711575 . G A 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=25.70;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1575,162,0 chrXIII 711844 . C T 1026.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.551;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:1056,0,865 chrXIII 711900 . A G 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.517;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:825,0,1161 chrXIII 712021 . G A 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=35;Dels=0.00;FS=3.463;HaplotypeScore=7.4229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:261,0,416 chrXIII 712271 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.920;DP=90;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=17.4867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.121;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:90:99:617,0,1158 chrXIII 712385 . A C 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=46;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=5.22;ReadPosRankSum=-1.627;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:270,0,402 chrXIII 712387 . A G 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:235,0,470 chrXIII 712461 . G A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=63;Dels=0.00;FS=10.329;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:519,0,451 chrXIII 712539 . G C 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.87;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1871,198,0 chrXIII 712621 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.926;DP=80;Dels=0.00;FS=3.659;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.045;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:581,0,726 chrXIII 712702 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=48;Dels=0.00;FS=4.269;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.588;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:392,0,439 chrXIII 712889 . G T 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=24.68;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1909,198,0 chrXIII 713044 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.974;DP=73;Dels=0.00;FS=3.202;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:744,0,617 chrXIII 713054 . G A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=69;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:570,0,589 chrXIII 713074 . T A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:492,0,555 chrXIII 713194 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;DP=68;Dels=0.00;FS=2.191;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.045;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:324,0,808 chrXIII 713537 . A G 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;DP=72;Dels=0.00;FS=1.910;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.198;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:729,0,528 chrXIII 713573 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;DP=57;Dels=0.00;FS=3.812;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:57:99:455,0,442 chrXIII 713731 . A C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.407;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:442,0,546 chrXIII 713803 . T G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DP=55;Dels=0.00;FS=1.176;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:502,0,525 chrXIII 713912 . T G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;DP=70;Dels=0.00;FS=6.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:564,0,851 chrXIII 713980 . G T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;DP=58;Dels=0.00;FS=7.241;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.729;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:475,0,648 chrXIII 714399 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DP=73;Dels=0.00;FS=5.737;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.639;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.839;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:643,0,580 chrXIII 714656 . G A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=27;Dels=0.00;FS=3.558;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.756;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:216,0,201 chrXIII 714847 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DP=65;Dels=0.00;FS=6.553;HaplotypeScore=7.3243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:552,0,559 chrXIII 714945 . C T 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=77;Dels=0.00;FS=2.186;HaplotypeScore=9.2356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=13.00;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:1031,0,477 chrXIII 715098 . A G 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=22.91;ReadPosRankSum=1.602;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1247,132,0 chrXIII 715145 . A G 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.91;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:997,105,0 chrXIII 715457 . C T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=54;Dels=0.00;FS=4.018;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:620,0,328 chrXIII 715590 . A T 1447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=189;Dels=0.00;FS=2.841;HaplotypeScore=29.8769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,93:189:99:1477,0,1692 chrXIII 715643 . T C 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=18.78;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1310,138,0 chrXIII 715773 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.262;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:468,0,684 chrXIII 715919 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;DP=45;Dels=0.00;FS=1.322;HaplotypeScore=7.3709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.700;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:45:99:234,0,409 chrXIII 715953 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.493;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.863;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:308,0,688 chrXIII 715971 . G A 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=66;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:342,0,747 chrXIII 715989 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:416,0,816 chrXIII 716317 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DP=95;Dels=0.00;FS=2.070;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,35:95:99:577,0,986 chrXIII 716342 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=96;Dels=0.00;FS=18.381;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:96:99:676,0,879 chrXIII 716386 . T C 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;DP=122;Dels=0.00;FS=18.149;HaplotypeScore=11.6711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=7.64;ReadPosRankSum=2.328;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:122:99:962,0,926 chrXIII 716494 . C T 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.415;DP=109;Dels=0.00;FS=5.497;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,59:109:99:1132,0,989 chrXIII 716541 . G T 1587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=20.09;ReadPosRankSum=0.222;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1620,154,0 chrXIII 716978 . C T 2240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.54;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2273,234,0 chrXIII 717074 . C T 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.63;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1396,147,0 chrXIII 717136 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.532;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.956;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:504,0,368 chrXIII 717356 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DP=65;Dels=0.00;FS=1.025;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.521;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:608,0,484 chrXIII 717629 . T C 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=20.42;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1687,180,0 chrXIII 718072 . A C 1736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=21.43;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1769,189,0 chrXIII 718189 . A C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=61;Dels=0.00;FS=3.494;HaplotypeScore=4.1094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.035;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:512,0,477 chrXIII 718198 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;DP=56;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.631;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:477,0,529 chrXIII 718210 . T C 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=21.11;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1194,129,0 chrXIII 718241 . C T 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=20.70;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1420,144,0 chrXIII 718396 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.339;DP=58;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=5.7288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=8.03;ReadPosRankSum=-2.230;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:496,0,583 chrXIII 718423 . G A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:365,0,576 chrXIII 718456 . A C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=64;Dels=0.00;FS=7.950;HaplotypeScore=7.8124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.593;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:533,0,654 chrXIII 718505 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;DP=78;Dels=0.00;FS=7.360;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.699;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.120;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:644,0,792 chrXIII 718511 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.065;DP=79;Dels=0.00;FS=9.335;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.358;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:671,0,867 chrXIII 718535 . T A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:675,0,522 chrXIII 718679 . G A 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:869,87,0 chrXIII 718763 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;DP=56;Dels=0.00;FS=12.578;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:537,0,459 chrXIII 718938 . T A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=78;Dels=0.00;FS=7.536;HaplotypeScore=4.9571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.717;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:568,0,778 chrXIII 718973 . G A 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.842;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=10.84;ReadPosRankSum=-2.035;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:832,0,618 chrXIII 719499 . A T 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;DP=59;Dels=0.00;FS=2.413;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:371,0,496 chrXIII 719516 . G A 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=21.47;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1214,123,0 chrXIII 719517 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=54;Dels=0.00;FS=6.042;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.632;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:462,0,456 chrXIII 719811 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:435,0,750 chrXIII 719868 . T A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.056;DP=43;Dels=0.00;FS=6.914;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:316,0,444 chrXIII 720189 . A T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;DP=53;Dels=0.00;FS=15.407;HaplotypeScore=5.4711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:463,0,407 chrXIII 720435 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=57;Dels=0.00;FS=8.426;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.610;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:488,0,643 chrXIII 720657 . C G 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.712;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:656,0,565 chrXIII 720681 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=72;Dels=0.00;FS=1.955;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.040;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:622,0,540 chrXIII 721068 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.101;DP=95;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=13.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.966;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:95:99:576,0,913 chrXIII 721309 . A T 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.822;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:767,0,796 chrXIII 721409 . A C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.794;DP=100;Dels=0.00;FS=1.747;HaplotypeScore=7.9621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:100:99:597,0,1094 chrXIII 721557 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=114;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=7.3970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.278;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.228;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,52:114:99:786,0,1049 chrXIII 721563 . A G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;DP=112;Dels=0.00;FS=0.710;HaplotypeScore=5.6664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:112:99:794,0,1258 chrXIII 721591 . G T 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.923;DP=108;Dels=0.00;FS=6.082;HaplotypeScore=3.1515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.382;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:769,0,1058 chrXIII 721605 . G A 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.519;DP=105;Dels=0.00;FS=4.884;HaplotypeScore=6.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.384;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:105:99:809,0,1052 chrXIII 721694 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.432;DP=57;Dels=0.00;FS=1.136;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.163;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:387,0,622 chrXIII 721872 . C G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:60:99:473,0,477 chrXIII 722213 . G C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=66;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=10.8661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.079;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:66:99:473,0,571 chrXIII 722436 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=48;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=6.69;ReadPosRankSum=-2.155;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:351,0,419 chrXIII 722723 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.118;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:363,0,214 chrXIII 723405 . T C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DP=82;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.270;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:674,0,910 chrXIII 723430 . C T 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:704,0,670 chrXIII 723720 . G A 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=17.85;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1854,204,0 chrXIII 723721 . C T 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=18.90;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1942,201,0 chrXIII 723828 . A G 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;DP=89;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=11.0074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=10.17;ReadPosRankSum=2.213;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:89:99:935,0,590 chrXIII 723996 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.000;DP=114;Dels=0.00;FS=1.503;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:114:99:847,0,1211 chrXIII 724200 . C T 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.306;DP=135;Dels=0.00;FS=9.783;HaplotypeScore=16.0151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,77:135:99:1367,0,885 chrXIII 724434 . T C 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=19.27;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1632,174,0 chrXIII 724457 . C T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.330;DP=90;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=6.3445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.868;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:90:99:606,0,923 chrXIII 724793 . T C 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DP=63;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=3.3658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:602,0,494 chrXIII 724837 . G A 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=46;Dels=0.00;FS=4.732;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.363;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:46:99:243,0,574 chrXIII 724851 . T A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=55;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:386,0,606 chrXIII 725658 . T G 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=82;Dels=0.00;FS=3.659;HaplotypeScore=8.1037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=9.74;ReadPosRankSum=2.576;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:829,0,798 chrXIII 726012 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.695;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:55:99:660,0,286 chrXIII 726417 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=73;Dels=0.00;FS=0.953;HaplotypeScore=7.9987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:612,0,505 chrXIII 726654 . C T 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DP=24;Dels=0.00;FS=10.371;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:167,0,197 chrXIII 726963 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DP=42;Dels=0.00;FS=12.195;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:496,0,361 chrXIII 727001 . C T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DP=40;Dels=0.00;FS=3.650;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:275,0,445 chrXIII 727049 . G C 294.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;DP=41;Dels=0.00;FS=5.045;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:324,0,363 chrXIII 727057 . A G 829 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=17.64;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:862,93,0 chrXIII 727058 . C T 281.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.562;DP=50;Dels=0.00;FS=11.183;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:311,0,407 chrXIII 727107 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=70;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=4.5770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.006;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:455,0,500 chrXIII 727156 . T C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.238;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.050;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:80:99:597,0,742 chrXIII 727303 . C T 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=23.36;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1925,195,0 chrXIII 727306 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=80;Dels=0.00;FS=9.335;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:80:99:750,0,720 chrXIII 727646 . G A 1901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=23.18;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1934,192,0 chrXIII 727763 . A G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.864;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.250;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:420,0,688 chrXIII 727873 . G A 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=67;Dels=0.00;FS=5.394;HaplotypeScore=7.4416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.621;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,43:67:99:812,0,423 chrXIII 728589 . G T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;DP=61;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.282;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:491,0,642 chrXIII 728848 . G A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=42;Dels=0.00;FS=5.020;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:282,0,393 chrXIII 729020 . G C 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=64;Dels=0.00;FS=3.763;HaplotypeScore=6.2935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:64:99:725,0,417 chrXIII 729284 . T C 1710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.78;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1743,183,0 chrXIII 729384 . T C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.351;DP=92;Dels=0.00;FS=12.307;HaplotypeScore=8.7899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:92:99:568,0,1129 chrXIII 729654 . C T 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=91;Dels=0.00;FS=3.017;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:91:99:816,0,944 chrXIII 729711 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;DP=77;Dels=0.00;FS=7.655;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.535;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:694,0,795 chrXIII 729828 . G A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=73;Dels=0.00;FS=6.266;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:544,0,716 chrXIII 729862 . C T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.935;DP=66;Dels=0.00;FS=3.501;HaplotypeScore=6.5528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:66:99:543,0,645 chrXIII 729976 . A G 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.47;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1751,186,0 chrXIII 730069 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;DP=76;Dels=0.00;FS=3.198;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.260;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:884,0,467 chrXIII 730384 . A G 1360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.584;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=19.43;ReadPosRankSum=1.633;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1393,150,0 chrXIII 730419 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=70;Dels=0.00;FS=25.128;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=4.63;ReadPosRankSum=2.588;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:70:99:354,0,680 chrXIII 730533 . T C 2376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=22.21;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:107:99:2409,261,0 chrXIII 730560 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DP=81;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.628;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:476,0,905 chrXIII 730653 . C T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DP=89;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=7.4024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:644,0,699 chrXIII 730842 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=91;Dels=0.00;FS=3.040;HaplotypeScore=5.5326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:714,0,823 chrXIII 730913 . C T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,29:77:99:473,0,820 chrXIII 731249 . T G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DP=101;Dels=0.00;FS=3.015;HaplotypeScore=7.4314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.280;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,39:101:99:646,0,1319 chrXIII 731422 . A G 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1254,135,0 chrXIII 731433 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=58;Dels=0.00;FS=2.225;HaplotypeScore=4.2159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:577,0,513 chrXIII 731576 . A G 3627.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=157;Dels=0.00;FS=6.049;HaplotypeScore=7.9488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.583;QD=23.10;ReadPosRankSum=2.292;SB=-2.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,155:157:99:3627,387,0 chrXIII 731578 . A G 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DP=147;Dels=0.00;FS=15.097;HaplotypeScore=5.4346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:147:99:1225,0,1576 chrXIII 731616 . C A 1597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.414;DP=152;Dels=0.00;FS=9.968;HaplotypeScore=18.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.179;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,78:152:99:1627,0,1046 chrXIII 732373 . A G 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=89;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.833;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:802,0,972 chrXIII 732395 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.227;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:708,0,922 chrXIII 732583 . C A 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=108;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=11.8668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.518;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:108:99:843,0,1321 chrXIII 732688 . A G 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=18.87;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2071,225,0 chrXIII 733539 . C A 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.553;DP=90;Dels=0.00;FS=8.712;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:90:99:964,0,686 chrXIII 733556 . C T 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=80;Dels=0.00;FS=4.372;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:843,0,687 chrXIII 733977 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;DP=73;Dels=0.00;FS=4.720;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:551,0,805 chrXIII 734142 . C T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;DP=106;Dels=0.00;FS=6.195;HaplotypeScore=18.3536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.687;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.743;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,60:106:99:737,0,602 chrXIII 734324 . A C 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=9.93;ReadPosRankSum=2.129;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:108:99:1102,0,834 chrXIII 734392 . T C 2700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2733,297,0 chrXIII 734558 . A G 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=143;Dels=0.00;FS=2.119;HaplotypeScore=5.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,72:143:99:1282,0,1232 chrXIII 734679 . C T 1696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=149;Dels=0.00;FS=4.969;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.870;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,80:149:99:1726,0,1178 chrXIII 734756 . C T 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DP=136;Dels=0.00;FS=18.713;HaplotypeScore=9.3840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,63:136:99:1193,0,1404 chrXIII 734873 . G A 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.604;DP=138;Dels=0.00;FS=15.471;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,66:138:99:1073,0,1178 chrXIII 734884 . C A 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=137;Dels=0.00;FS=11.498;HaplotypeScore=10.3212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,69:137:99:1019,0,1127 chrXIII 735107 . T C 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;DP=99;Dels=0.00;FS=1.671;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:976,0,931 chrXIII 735170 . G A 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=101;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=6.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.919;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:101:99:1027,0,755 chrXIII 735372 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;DP=50;Dels=0.00;FS=4.700;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.651;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:506,0,440 chrXIII 735659 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=73;Dels=0.00;FS=3.762;HaplotypeScore=10.1238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:73:99:457,0,830 chrXIII 736201 . C T 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.99;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2212,237,0 chrXIII 736822 . C T 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;DP=128;Dels=0.00;FS=6.404;HaplotypeScore=4.3432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,70:128:99:1339,0,889 chrXIII 737273 . C T 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.76;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1558,159,0 chrXIII 738224 . C A 2432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=22.73;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2465,261,0 chrXIII 739012 . T C 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=25.81;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2020,216,0 chrXIII 740218 . G T 2568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=26.47;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2601,264,0 chrXIII 740416 . G C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=52;Dels=0.00;FS=7.963;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.379;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:52:99:350,0,511 chrXIII 740466 . G A 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.25;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1435,147,0 chrXIII 740942 . C G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;DP=68;Dels=0.00;FS=5.176;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.645;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:68:99:626,0,696 chrXIII 740988 . A T 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=92;Dels=0.00;FS=12.213;HaplotypeScore=10.1120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.975;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.664;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:790,0,989 chrXIII 741694 . C T 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=132;Dels=0.00;FS=6.623;HaplotypeScore=12.4388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,66:132:99:1054,0,1038 chrXIII 741811 . C A 1273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.584;DP=119;Dels=0.00;FS=12.308;HaplotypeScore=20.3387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.051;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,70:119:99:1303,0,755 chrXIII 741880 . C T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=84;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.166;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:639,0,741 chrXIII 742393 . G A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DP=57;Dels=0.00;FS=2.548;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:708,0,518 chrXIII 743500 . C A 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=19.45;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:1881,198,0 chrXIII 743871 . C A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:325,0,268 chrXIII 744346 . G A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;DP=55;Dels=0.00;FS=3.908;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.152;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:570,0,293 chrXIII 744435 . T A 1574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.27;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1607,174,0 chrXIII 745965 . T C 3444.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.661e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3444,369,0 chrXIII 747051 . T C 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=18.47;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1049,114,0 chrXIII 752227 . T G 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=17.81;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:781,84,0 chrXIII 754594 . T C 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.14;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1884,201,0 chrXIII 754796 . A T 1883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=25.79;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1916,195,0 chrXIII 755756 . G A 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=22.08;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:90:872,90,0 chrXIII 755780 . T C 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.50;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1194,129,0 chrXIII 755942 . T C 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=24.22;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1486,156,0 chrXIII 757200 . T C 2336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=24.59;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2369,246,0 chrXIII 757281 . T C 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=22.51;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1676,180,0 chrXIII 757815 . G C 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=17.33;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:51:501,51,0 chrXIII 758570 . G C 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.09;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1204,129,0 chrXIII 759082 . A G 408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=13.60;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:441,48,0 chrXIII 760497 . G A 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=17.84;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:693,72,0 chrXIII 761318 . T A 550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=18.97;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:583,63,0 chrXIII 761608 . A G 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.03;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:90:848,90,0 chrXIII 761870 . A G 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.88;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1455,153,0 chrXIII 763154 . C T 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.24;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1288,132,0 chrXIII 763289 . A G 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=17.7288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.89;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1750,186,0 chrXIII 763537 . T C 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.22;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1171,126,0 chrXIII 763651 . A G 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=40;Dels=0.00;FS=2.889;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=21.10;ReadPosRankSum=2.324;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:93:877,93,0 chrXIII 763672 . A C 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=21.34;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:844,93,0 chrXIII 763864 . G C 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.36;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1575,165,0 chrXIII 763944 . G A 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=20.89;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:994,102,0 chrXIII 764392 . C T 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=22.19;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1631,165,0 chrXIII 764401 . A G 1450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=21.64;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1483,159,0 chrXIII 764512 . C T 2460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=24.36;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2493,252,0 chrXIII 764629 . G A 2106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=22.17;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:2139,225,0 chrXIII 764669 . C T 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=22.11;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2089,213,0 chrXIII 764686 . C T 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=23.39;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2091,213,0 chrXIII 764881 . T C 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.75;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1921,204,0 chrXIII 765034 . A G 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=74;Dels=0.00;FS=3.252;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=20.09;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1520,159,0 chrXIII 765055 . T G 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=16.35;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1112,120,0 chrXIII 765059 . T G 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.28;MQ0=0;QD=16.09;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1079,117,0 chrXIII 765109 . C T 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=15.77;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1452,147,0 chrXIII 765121 . T C 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=16.92;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1488,159,0 chrXIII 765291 . G A 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:1909,195,0 chrXIII 765334 . A G 2458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.279e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2491,270,0 chrXIII 765393 . C T 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.47;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2005,207,0 chrXIII 765542 . T C 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=21.11;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1764,189,0 chrXIII 765648 . G T 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.49;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1666,174,0 chrXIII 765682 . T C 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=5.0806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=20.56;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1493,156,0 chrXIII 765773 . C T 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=21.40;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1274,129,0 chrXIII 765790 . G A 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=21.58;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1155,117,0 chrXIII 765853 . C T 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=20.69;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1295,138,0 chrXIII 765865 . C T 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=22.17;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1341,138,0 chrXIII 765900 . G T 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=24.02;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1378,141,0 chrXIII 766029 . A G 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=21.03;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1337,141,0 chrXIII 766042 . G A 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=22.00;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1221,123,0 chrXIII 766186 . T A 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=20.98;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1753,180,0 chrXIII 766215 . T C 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.43;MQ0=0;QD=14.80;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:1128,123,0 chrXIII 766216 . G A 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.71;MQ0=0;QD=15.86;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1159,123,0 chrXIII 766244 . A T 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.18;MQ0=0;QD=12.78;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:72:685,72,0 chrXIII 766245 . T C 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.18;MQ0=0;QD=12.14;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:69:652,69,0 chrXIII 766258 . G A 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=0;QD=13.38;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:69:662,69,0 chrXIII 766305 . C T 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=20.70;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1068,111,0 chrXIII 766444 . T G 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=25.06;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1587,171,0 chrXIII 766566 . T C 2165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.925;DP=95;Dels=0.00;FS=9.612;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=22.79;ReadPosRankSum=2.794;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:95:99:2198,234,0 chrXIII 766609 . C T 1869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=21.48;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1902,204,0 chrXIII 766746 . A T 1900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=85;Dels=0.00;FS=4.087;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=22.35;ReadPosRankSum=1.648;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:1933,201,0 chrXIII 766771 . T C 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=21.41;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1767,189,0 chrXIII 766803 . C T 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=21.43;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2005,204,0 chrXIII 766878 . G A 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=20.29;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2143,222,0 chrXIII 766972 . A T 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=21.73;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1706,174,0 chrXIII 767001 . G A 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=21.57;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1737,177,0 chrXIII 767075 . T C 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:98:99:1900,201,0 chrXIII 767080 . C T 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=17.77;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1899,198,0 chrXIII 767325 . C T 2181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=23.97;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2214,228,0 chrXIII 767539 . G A 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1680,171,0 chrXIII 767542 . A G 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=18.77;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1647,174,0 chrXIII 767901 . G A 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=23.94;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2068,213,0 chrXIII 768019 . A G 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=21.25;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1563,168,0 chrXIII 768108 . T C 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=76;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=9.9722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=2.250;QD=19.66;ReadPosRankSum=1.750;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:76:99:1527,136,0 chrXIII 768215 . G A 103.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;DP=95;Dels=0.00;FS=6.046;HaplotypeScore=86.6181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=1.09;ReadPosRankSum=-4.274;SB=0.868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,7:95:18:136,18,0 chrXIII 768268 . A T 2438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1.386e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2471,261,0 chrXIII 768296 . T A 2260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.169;DP=98;Dels=0.00;FS=4.351;HaplotypeScore=9.8728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.217;QD=23.06;ReadPosRankSum=3.367;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:98:99:2293,231,0 chrXIII 768312 . T A 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=79;Dels=0.00;FS=5.834;HaplotypeScore=64.7789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=25.10;ReadPosRankSum=2.860;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:79:99:2016,207,0 chrXIII 768344 . A G 1861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=78;Dels=0.00;FS=6.824;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=23.86;ReadPosRankSum=1.642;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:78:99:1894,207,0 chrXIII 768463 . C T 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.48;MQ0=0;QD=23.01;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1989,201,0 chrXIII 768494 . G A 1865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;QD=23.91;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1898,189,0 chrXIII 768514 . C T 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.70;MQ0=0;QD=19.65;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1762,177,0 chrXIII 768904 . C T 100.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.77;MQ0=0;QD=1.22;SB=-1.193e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:15:133,15,0 chrXIII 768939 . C T 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.99;MQ0=0;QD=9.22;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:78:752,78,0 chrXIII 768951 . G A 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.34;MQ0=0;QD=11.15;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:93:903,93,0 chrXIII 768968 . T G 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;QD=11.93;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:928,99,0 chrXIII 768969 . A G 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=75;Dels=0.00;FS=5.133;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.023;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:96:909,96,0 chrXIII 769329 . C T 2866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=23.69;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:121:99:2899,297,0 chrXIII 769563 . T C 1600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DP=78;Dels=0.00;FS=8.690;HaplotypeScore=5.3859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=20.51;ReadPosRankSum=2.387;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1633,174,0 chrXIII 770320 . T C 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=25.13;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1013,105,0 chrXIII 770362 . A C 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=22.08;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1137,120,0 chrXIII 771046 . T C 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=18.40;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:93:861,93,0 chrXIII 771058 . G A 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=20.53;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:957,99,0 chrXIII 771109 . G A 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=18.82;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:96:955,96,0 chrXIII 771220 . T C 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=24.15;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:685,72,0 chrXIII 771259 . T C 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.32;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:630,66,0 chrXIII 771391 . G A 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=19.78;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:745,75,0 chrXIII 771409 . A G 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=19.37;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:711,75,0 chrXIII 771556 . A G 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=23.41;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:993,108,0 chrXIII 771631 . T C 710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.90;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:81:743,81,0 chrXIII 771742 . T C 333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=14.48;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:39:366,39,0 chrXIII 771775 . T C 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=17.42;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:451,48,0 chrXIII 771796 . A G 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=17.52;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:506,54,0 chrXIII 771982 . G A 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.33;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1131,120,0 chrXIII 772120 . A G 274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=21.08;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33:307,33,0 chrXIII 772138 . C T 277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=15.39;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:33:310,33,0 chrXIII 772204 . A G 264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=12.00;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:33:297,33,0 chrXIII 772205 . C T 275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=12.50;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:33:308,33,0 chrXIII 772216 . G A 338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.20;MQ0=0;QD=13.52;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:39:371,39,0 chrXIII 772219 . T C 322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.20;MQ0=0;QD=12.88;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:39:355,39,0 chrXIII 772241 . C T 311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.12;MQ0=0;QD=11.96;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:36:344,36,0 chrXIII 772252 . A G 353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.40;MQ0=0;QD=12.17;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:42:386,42,0 chrXIII 772261 . A G 333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.77;MQ0=0;QD=12.33;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:366,39,0 chrXIII 772282 . A G 454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.71;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.605;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:51:487,51,0 chrXIII 772333 . C T 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=19.54;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:756,78,0 chrXIII 772453 . G A 323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=14.04;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:39:356,39,0 chrXIII 772454 . C T 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=16.43;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:411,42,0 chrXIII 772562 . G A 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.29;MQ0=0;QD=18.62;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:629,75,0 chrXIII 772565 . A G 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.29;MQ0=0;QD=20.16;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:678,78,0 chrXIII 772578 . A G 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.20;MQ0=0;QD=20.66;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:756,87,0 chrXIII 772583 . G A 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.60;MQ0=0;QD=20.12;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:717,81,0 chrXIII 772660 . T G 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;DP=18;Dels=0.00;FS=14.622;HaplotypeScore=4.4806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=2.61;ReadPosRankSum=2.879;SB=-4.772e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:18:9:79,9,0 chrXIII 772662 . G C 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=20;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=4.4806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.000;SB=-7.772e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:20:9:80,9,0 chrXIII 772718 . A G 340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.89;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39:373,39,0 chrXIII 772763 . T C 515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=23.41;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:60:548,60,0 chrXIII 772812 . T A 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.38;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=16.46;ReadPosRankSum=1.679;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1103,120,0 chrXIII 772822 . G A 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=16.51;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1139,120,0 chrXIII 772883 . C T 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=18.69;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1173,120,0 chrXIII 773055 . A G 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.00;MQ0=0;QD=22.32;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:591,66,0 chrXIII 773109 . C T 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=20.93;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:93:912,93,0 chrXIII 773247 . T C 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=21.95;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:933,99,0 chrXIII 773268 . C T 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=21.88;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:930,96,0 chrXIII 773286 . C T 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=19.32;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:690,72,0 chrXIII 773388 . G C 916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.19;MQ0=0;QD=17.62;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:949,102,0 chrXIII 773400 . A G 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.76;MQ0=0;QD=15.86;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:90:826,90,0 chrXIII 773415 . C T 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.93;MQ0=0;QD=15.17;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:90:852,90,0 chrXIII 773433 . C T 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.64;MQ0=0;QD=11.10;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:72:699,72,0 chrXIII 773437 . G A 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.12;MQ0=0;QD=11.40;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:72:694,72,0 chrXIII 773634 . A G 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=21.89;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1018,108,0 chrXIII 773689 . G A 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=21.14;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:794,78,0 chrXIII 774011 . C T 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=12.97;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:45:422,45,0 chrXIII 774106 . G A 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=19.18;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:93:877,93,0 chrXIII 774191 . G A 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.23;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:93:881,93,0 chrXIII 774331 . T C 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=23.34;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:780,84,0 chrXIII 774688 . T A 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;QD=20.44;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1750,189,0 chrXIII 774716 . G A 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=21.17;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1917,195,0 chrXIII 774827 . T A 2105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=28.07;ReadPosRankSum=1.640;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2138,216,0 chrXIII 774886 . C T 916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=24.76;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:949,99,0 chrXIII 775426 . G A 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.84;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:90:860,90,0 chrXIII 775628 . A T 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=21.29;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:927,96,0 chrXIII 775702 . G A 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=20.48;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:975,99,0 chrXIII 775955 . A G 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.26;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1615,174,0 chrXIII 776036 . A G 691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=19.19;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:78:724,78,0 chrXIII 776237 . A G 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=19.84;ReadPosRankSum=1.652;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:96:886,96,0 chrXIII 776609 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=20.61;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1146,120,0 chrXIII 776772 . G A 3345.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3345,343,0 chrXIII 777456 . A G 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.25;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1714,180,0 chrXIII 778647 . A G 1486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=17.90;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1519,165,0 chrXIII 779263 . T A 2883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=22.18;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2916,336,0 chrXIII 779666 . A C 1784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=22.58;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1817,189,0 chrXIII 779842 . T C 1809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.10;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:1842,198,0 chrXIII 780034 . T A 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=18.33;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1206,126,0 chrXIII 780100 . G A 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.90;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:99:99:2102,210,0 chrXIII 780241 . C T 2145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.83;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:2178,225,0 chrXIII 780339 . T A 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=19.58;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1071,117,0 chrXIII 780712 . A G 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=21.99;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1924,210,0 chrXIII 780735 . T A 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=23.61;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1851,189,0 chrXIII 780946 . G T 2989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.82;SB=-1.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:131:99:3022,310,0 chrXIII 781016 . C G 2977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=23.26;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:3010,318,0 chrXIII 781048 . A G 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=20.34;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2006,219,0 chrXIII 781051 . C T 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=20.80;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2071,216,0 chrXIII 781183 . T C 2497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2530,276,0 chrXIII 781351 . C G 2594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2627,276,0 chrXIII 781447 . A G 2811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=131;Dels=0.00;FS=4.671;HaplotypeScore=8.6385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.678;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:131:99:2844,300,0 chrXIII 782097 . T A 3026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=23.64;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3059,324,0 chrXIII 782228 . G A 2746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=25.91;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2779,280,0 chrXIII 782267 . A G 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=20.93;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2231,237,0 chrXIII 782394 . G A 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2163,228,0 chrXIII 782556 . G A 3304.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.809e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:3304,348,0 chrXIII 783184 . C T 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=20.51;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1120,111,0 chrXIII 783214 . T C 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.79;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1166,123,0 chrXIII 783789 . A T 1856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=23.49;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1889,195,0 chrXIII 784138 . G A 2801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.34;SB=-1.416e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2834,300,0 chrXIII 784210 . T C 3348.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=24.09;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.825e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,138:139:99:3348,360,0 chrXIII 784313 . G A 1798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=23.97;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1831,186,0 chrXIII 784323 . C G 1588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=21.75;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1621,174,0 chrXIII 784371 . A C 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=20.47;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1261,129,0 chrXIII 784561 . C T 3932.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.86;SB=-2.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:172:99:3932,417,0 chrXIII 784723 . C T 2242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=25.19;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2275,231,0 chrXIII 784796 . G C 2446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.65;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2479,261,0 chrXIII 785216 . G A 2296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=24.96;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2329,234,0 chrXIII 785416 . G A 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.77;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1445,147,0 chrXIII 785575 . T C 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=21.71;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1748,189,0 chrXIII 785591 . G A 1945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=21.85;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1978,207,0 chrXIII 785941 . G A 2268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2301,231,0 chrXIII 785980 . G A 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.07;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1931,195,0 chrXIII 786415 . T A 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.79;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1592,162,0 chrXIII 786860 . A T 3100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.838e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:3133,316,0 chrXIII 787075 . A G 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=78;Dels=0.00;FS=12.557;HaplotypeScore=9.2394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=21.63;ReadPosRankSum=2.909;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:78:99:1720,186,0 chrXIII 787310 . G A 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.49;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1405,147,0 chrXIII 787531 . C T 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.03;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1691,171,0 chrXIII 787642 . C G 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=23.79;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1389,150,0 chrXIII 787876 . C G 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.62;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1002,108,0 chrXIII 787897 . T C 1486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=25.19;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1519,165,0 chrXIII 788573 . G T 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.26;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1057,108,0 chrXIII 788656 . T C 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=16.17;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:93:874,93,0 chrXIII 788743 . A G 2079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=23.62;SB=-1.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2112,225,0 chrXIII 788848 . G A 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.43;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1228,126,0 chrXIII 788915 . A G 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=18.33;ReadPosRankSum=1.650;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:87:803,87,0 chrXIII 788979 . T A 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=19.29;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:573,57,0 chrXIII 789063 . C T 949 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=24.97;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:982,105,0 chrXIII 789071 . G T 966 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=25.42;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:999,105,0 chrXIII 789101 . G A 506 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.10;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:539,54,0 chrXIII 789247 . T A 208.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.073;DP=13;Dels=0.00;FS=11.139;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=16.00;ReadPosRankSum=2.073;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:24:241,24,0 chrXIII 789267 . G T 203.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.62;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:236,24,0 chrXIII 789347 . G A 1192 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=22.07;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:54:99:1225,123,0 chrXIII 789371 . G A 1394 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=22.85;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1427,144,0 chrXIII 789929 . T A 2781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DP=118;Dels=0.00;FS=11.884;HaplotypeScore=16.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=23.57;ReadPosRankSum=2.924;SB=-1.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,115:118:99:2814,300,0 chrXIII 790001 . G A 3388.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.554;DP=182;Dels=0.00;FS=3.085;HaplotypeScore=9.3818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=18.62;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.875e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,181:182:99:3388,366,0 chrXIII 790067 . G A 4599.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.99;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:184:99:4599,495,0 chrXIII 790319 . A G 3339.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=20.24;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:3339,357,0 chrXIII 790520 . A G 1667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=20.08;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1700,186,0 chrXIII 790550 . T C 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=18.55;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1461,162,0 chrXIII 790559 . G A 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=15.90;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1337,138,0 chrXIII 790664 . A T 1858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1891,195,0 chrXIII 790712 . G A 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=17.69;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1077,108,0 chrXIII 790727 . C T 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=15.82;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:87:824,87,0 chrXIII 790832 . C T 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1710,171,0 chrXIII 790870 . T C 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=20.35;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1905,201,0 chrXIII 791636 . T C 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.96;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1197,129,0 chrXIII 791894 . A G 1252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.76;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1285,135,0 chrXIII 791978 . C T 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.44;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:61:99:1341,138,0 chrXIII 792077 . C T 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.57;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1047,105,0 chrXIII 792254 . A G 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.657;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:962,102,0 chrXIII 792308 . G T 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.04;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1069,108,0 chrXIII 793043 . G A 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=15.93;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:686,75,0 chrXIII 793076 . T G 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.77;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:969,105,0 chrXIII 793132 . C T 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.57;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1349,141,0 chrXIII 793668 . G A 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.74;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:859,93,0 chrXIII 793734 . A G 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=17.27;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84:810,84,0 chrXIII 793752 . T C 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=19.67;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:859,90,0 chrXIII 794088 . T C 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=49;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.193;QD=22.20;ReadPosRankSum=2.348;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:49:99:1121,120,0 chrXIII 794191 . C A 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=24.07;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:78:755,78,0 chrXIII 794202 . A G 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=20.33;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:643,69,0 chrXIII 794696 . G C 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=18.67;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:537,57,0 chrXIII 794751 . T A 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=17.86;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:694,72,0 chrXIII 794755 . G T 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=19.89;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:75:749,75,0 chrXIII 794820 . T A 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.50;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1833,186,0 chrXIII 794978 . T C 487 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=21.17;SB=-6.553e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:520,54,0 chrXIII 795009 . T A 381 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.05;SB=-7.050e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:42:414,42,0 chrXIII 795047 . C T 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=3.50;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:14:9:81,9,0 chrXIII 795131 . A G 1114 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=24.22;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1147,123,0 chrXIII 795946 . T C 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.23;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1698,177,0 chrXIII 796038 . T C 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.654;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1006,105,0 chrXIII 796069 . T C 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.168;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:35:492,35,0 chrXIII 796089 . C G 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=16.54;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:54:496,54,0 chrXIII 796280 . T C 2034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=101;Dels=0.00;FS=10.698;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=20.14;ReadPosRankSum=2.691;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:2067,213,0 chrXIII 796431 . G A 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=21.94;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1064,114,0 chrXIII 796432 . T C 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=23.34;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1060,111,0 chrXIII 796446 . G A 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.58;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1207,123,0 chrXIII 796580 . C T 2094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=26.51;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2127,216,0 chrXIII 796648 . T C 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DP=72;Dels=0.00;FS=11.228;HaplotypeScore=4.9504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=21.43;ReadPosRankSum=2.818;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:72:99:1576,168,0 chrXIII 796811 . G T 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=19.29;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1036,108,0 chrXIII 796868 . A T 638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=14.18;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:69:671,69,0 chrXIII 796877 . A T 487 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=44;Dels=0.00;FS=6.435;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.654;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:60:520,60,0 chrXIII 796879 . T C 527 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.578;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:66:560,66,0 chrXIII 796885 . A G 594 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.33;MQ0=0;QD=11.00;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:66:627,66,0 chrXIII 796957 . T C 1047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=18.37;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1080,114,0 chrXIII 796998 . A G 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=16.23;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1023,108,0 chrXIII 797041 . A T 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=20.65;ReadPosRankSum=1.629;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1437,144,0 chrXIII 797048 . T C 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=19.63;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1368,141,0 chrXIII 797146 . T C 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=21.79;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1079,114,0 chrXIII 797223 . A C 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=22.82;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:57:535,57,0 chrXIII 797362 . T C 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=20.65;ReadPosRankSum=1.565;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1313,138,0 chrXIII 797379 . A G 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=18.60;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1186,129,0 chrXIII 797401 . G A 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=15.91;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:93:892,93,0 chrXIII 797456 . T G 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=18.06;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1008,108,0 chrXIII 797563 . A G 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.56;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:835,90,0 chrXIII 797587 . A G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=21.90;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:953,105,0 chrXIII 797644 . A G 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=21.48;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:57:527,57,0 chrXIII 797666 . T C 436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=16.15;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:51:469,51,0 chrXIII 798060 . G C 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=18.90;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:789,84,0 chrXIII 798063 . T C 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:771,81,0 chrXIII 798090 . T C 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=16.00;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:529,57,0 chrXIII 798298 . A G 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=24.95;ReadPosRankSum=1.688;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1979,204,0 chrXIII 798332 . C G 2303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=23.26;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2336,255,0 chrXIII 798333 . T C 2383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=24.07;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2416,258,0 chrXIII 798447 . T A 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=19.33;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1734,189,0 chrXIII 798450 . C G 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=20.13;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1825,192,0 chrXIII 798485 . T G 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=20.05;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1597,168,0 chrXIII 798592 . T G 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=20.38;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:950,99,0 chrXIII 798593 . T G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=20.44;ReadPosRankSum=1.655;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:953,99,0 chrXIII 798732 . A G 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=18.98;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:868,93,0 chrXIII 798739 . C A 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=16.50;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:693,78,0 chrXIII 798826 . C T 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=15.49;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1117,117,0 chrXIII 798889 . C G 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.74;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1070,117,0 chrXIII 799519 . C T 1456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=26.00;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1489,150,0 chrXIII 799604 . G A 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=19.76;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:843,90,0 chrXIII 799605 . T C 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.650;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:90:831,90,0 chrXIII 799711 . A G 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=17.16;ReadPosRankSum=0.559;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1114,117,0 chrXIII 799763 . A C 2799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=23.32;SB=-1.420e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2832,300,0 chrXIII 800212 . T C 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=19.37;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:90:827,90,0 chrXIII 800233 . T C 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=23.70;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:910,96,0 chrXIII 800264 . G A 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=21.82;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:862,90,0 chrXIII 800350 . G A 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=23.14;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1167,120,0 chrXIII 800368 . T C 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=19.82;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1143,123,0 chrXIII 800425 . T C 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=19.07;ReadPosRankSum=1.681;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1330,147,0 chrXIII 800554 . C T 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=19.37;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1079,111,0 chrXIII 800561 . A G 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=50;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=18.22;ReadPosRankSum=1.663;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:944,102,0 chrXIII 800671 . T C 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DP=97;Dels=0.00;FS=2.977;HaplotypeScore=5.6987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=24.47;ReadPosRankSum=2.348;SB=-1.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:2407,258,0 chrXIII 800705 . A G 2309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=22.86;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2342,255,0 chrXIII 800812 . T C 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=79;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:1679,180,0 chrXIII 800816 . A C 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=20.70;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1730,186,0 chrXIII 800866 . C A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=18.70;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1043,108,0 chrXIII 800900 . T G 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=20.62;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1126,123,0 chrXIII 800977 . A G 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=22.04;ReadPosRankSum=1.669;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:99:1267,135,0 chrXIII 801034 . T C 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=19.63;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1623,177,0 chrXIII 801050 . G A 1757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=19.74;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1790,189,0 chrXIII 801144 . T A 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=17.13;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1575,177,0 chrXIII 801181 . C G 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.07;MQ0=0;QD=13.46;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:84:800,84,0 chrXIII 801182 . G A 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;QD=13.55;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:84:792,84,0 chrXIII 801226 . G A 332 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=71;Dels=0.00;FS=6.471;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.537;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:42:365,42,0 chrXIII 801227 . A G 334 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=7.186;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.681;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:42:367,42,0 chrXIII 801232 . T C 385 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=5.75;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:45:418,45,0 chrXIII 801254 . C T 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.18;MQ0=0;QD=7.56;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:48:479,48,0 chrXIII 801280 . A G 588 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.37;MQ0=0;QD=9.33;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:66:621,66,0 chrXIII 801282 . A C 602 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=9.41;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:69:635,69,0 chrXIII 801283 . T A 622 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.679;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:69:655,69,0 chrXIII 801732 . G A 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=21.83;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1408,147,0 chrXIII 801754 . G A 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=19.30;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1326,138,0 chrXIII 801760 . T C 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.46;MQ0=0;QD=19.49;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1339,141,0 chrXIII 801808 . G A 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=16.25;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:992,102,0 chrXIII 801823 . C A 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=17.23;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1153,117,0 chrXIII 801852 . C T 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=18.52;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1774,192,0 chrXIII 801876 . C T 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=20.77;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2068,222,0 chrXIII 801921 . C T 3188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=22.94;SB=-1.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3221,330,0 chrXIII 801957 . C T 2588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2621,267,0 chrXIII 802071 . G A 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=23.36;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1762,183,0 chrXIII 802119 . C T 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=19.84;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1124,117,0 chrXIII 802161 . C T 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=22.63;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1549,156,0 chrXIII 802176 . T C 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=20.04;ReadPosRankSum=2.192;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1376,119,0 chrXIII 802188 . A G 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=20.13;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1422,153,0 chrXIII 802329 . A C 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=90;Dels=0.00;FS=2.761;HaplotypeScore=7.8078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=17.98;ReadPosRankSum=2.393;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:90:99:1651,180,0 chrXIII 802356 . C T 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1907,195,0 chrXIII 802421 . G T 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=21.65;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1895,195,0 chrXIII 802432 . A G 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=21.72;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1792,192,0 chrXIII 802461 . A G 1476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=19.95;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1509,159,0 chrXIII 802543 . A G 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=77;Dels=0.00;FS=5.855;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.507;QD=21.13;ReadPosRankSum=1.687;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1660,177,0 chrXIII 802566 . C A 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.28;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.466;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1204,110,0 chrXIII 802576 . G A 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.60;MQ0=0;QD=18.20;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:943,99,0 chrXIII 802605 . G T 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.76;MQ0=0;QD=15.32;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:81:753,81,0 chrXIII 802644 . A G 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=20.85;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1513,159,0 chrXIII 802701 . T A 2860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=21.34;SB=-1.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2893,309,0 chrXIII 802825 . G A 2442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=0;QD=21.42;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2475,252,0 chrXIII 802829 . T C 2011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.377;DP=110;Dels=0.00;FS=8.121;HaplotypeScore=1.9399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=18.28;ReadPosRankSum=3.202;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:110:99:2044,225,0 chrXIII 802854 . T C 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DP=91;Dels=0.00;FS=5.314;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.236;QD=15.29;ReadPosRankSum=3.359;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:91:99:1424,153,0 chrXIII 802876 . G T 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.00;MQ0=0;QD=14.57;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1286,135,0 chrXIII 802880 . C T 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.31;MQ0=0;QD=13.90;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1270,132,0 chrXIII 802912 . A G 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.31;MQ0=0;QD=14.18;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1281,138,0 chrXIII 802921 . G A 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=15.10;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1377,147,0 chrXIII 802960 . T C 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=19.86;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1542,168,0 chrXIII 802989 . T C 2244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=109;Dels=0.00;FS=6.994;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=20.59;ReadPosRankSum=2.359;SB=-1.298e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:2277,246,0 chrXIII 803013 . G A 2580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=18.04;SB=-1.621e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:2613,279,0 chrXIII 803021 . C T 2926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=18.76;SB=-1.991e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:2959,301,0 chrXIII 803149 . T C 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=99;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.592;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2147,231,0 chrXIII 803154 . T C 1873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=96;Dels=0.00;FS=9.179;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.821;QD=19.51;ReadPosRankSum=2.397;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:96:99:1906,204,0 chrXIII 803211 . T C 2099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=23.85;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2132,231,0 chrXIII 803536 . T G 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.99;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1704,183,0 chrXIII 803680 . G A 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1972,207,0 chrXIII 803905 . C T 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.39;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1881,186,0 chrXIII 804103 . T C 2518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=22.48;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.364e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:112:99:2551,273,0 chrXIII 804379 . C G 1672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=20.64;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1705,186,0 chrXIII 804397 . C A 1745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.95;MQ0=0;QD=18.37;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1778,189,0 chrXIII 804400 . G A 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=18.71;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1792,189,0 chrXIII 804413 . A C 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=16.48;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:1697,183,0 chrXIII 804770 . C T 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;QD=16.57;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:1806,192,0 chrXIII 804774 . A T 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=108;Dels=0.00;FS=4.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.668;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:1899,195,0 chrXIII 804798 . G A 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.17;MQ0=0;QD=15.36;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:1723,174,0 chrXIII 804802 . G A 1646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=115;Dels=0.00;FS=4.298;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.077;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:115:99:1679,174,0 chrXIII 804869 . C T 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=15.25;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1268,138,0 chrXIII 804888 . T A 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.26;MQ0=0;QD=17.86;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1355,141,0 chrXIII 804916 . A G 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.686;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1273,135,0 chrXIII 804970 . G A 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.07;MQ0=0;QD=16.51;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1403,141,0 chrXIII 804991 . G A 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=19.36;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1156,120,0 chrXIII 805135 . C T 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.3354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2331,243,0 chrXIII 805204 . T C 2438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.668;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:111:99:2471,264,0 chrXIII 805213 . G A 2356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=81.8478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.92;MQ0=0;QD=22.65;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2389,246,0 chrXIII 805270 . C A 3491.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.013;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=21.55;ReadPosRankSum=1.383;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:162:99:3491,369,0 chrXIII 805321 . C T 3518.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=22.70;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3518,355,0 chrXIII 805324 . A G 3213.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=20.74;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3247,348,0 chrXIII 805419 . A G 2756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.21;MQ0=0;QD=20.72;SB=-1.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2789,297,0 chrXIII 805430 . T C 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.638;SB=-1.264e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:112:99:1950,210,0 chrXIII 805436 . G A 1960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.53;MQ0=0;QD=17.50;SB=-1.517e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:1993,204,0 chrXIII 805455 . A G 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.532e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:115:99:1983,216,0 chrXIII 805482 . G A 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=14.78;SB=-1.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:1836,198,0 chrXIII 805521 . C T 2943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.576e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:2976,315,0 chrXIII 805587 . C T 3403.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=24.13;SB=-1.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3403,349,0 chrXIII 805689 . C A 2559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=22.45;SB=-1.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2592,267,0 chrXIII 805724 . C T 2573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=20.58;SB=-1.625e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2606,267,0 chrXIII 805954 . A G 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=20.88;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1265,132,0 chrXIII 806068 . G T 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.68;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1253,126,0 chrXIII 806118 . A G 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=70;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=10.9281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=17.26;ReadPosRankSum=2.898;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:70:99:1241,132,0 chrXIII 806431 . C T 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.16;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1724,174,0 chrXIII 806518 . A C 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=69;Dels=0.00;FS=3.074;HaplotypeScore=1.9889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=19.07;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1349,150,0 chrXIII 806522 . G A 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=20.06;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1397,150,0 chrXIII 806533 . A T 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=17.57;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1263,138,0 chrXIII 807432 . T C 510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=18.89;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:543,57,0 chrXIII 807457 . T C 532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=5.185;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.523;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:60:565,60,0 chrXIII 807522 . C T 2497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=22.70;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2530,261,0 chrXIII 807595 . T C 2077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=23.60;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2110,228,0 chrXIII 807655 . C T 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;QD=24.79;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1719,171,0 chrXIII 807742 . A G 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.82;MQ0=0;QD=13.59;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1052,111,0 chrXIII 807743 . T G 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.82;MQ0=0;QD=13.75;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1064,111,0 chrXIII 807915 . C G 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=20.58;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1597,171,0 chrXIII 807924 . C G 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=19.53;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1732,183,0 chrXIII 807956 . G A 2125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=21.25;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2158,237,0 chrXIII 808003 . T C 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=23.30;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1897,201,0 chrXIII 808040 . A G 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=20.46;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:1649,177,0 chrXIII 808144 . T C 2229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=23.46;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2262,237,0 chrXIII 808186 . C A 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=17.27;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:931,99,0 chrXIII 808382 . G C 2665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=22.58;SB=-1.592e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:118:99:2698,282,0 chrXIII 808544 . A G 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.23;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:8:42:42,0,44 chrXIII 808554 . A T 170.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.99;MQ0=0;QD=18.90;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21:203,21,0 chrXIII 808603 . A G 224.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.50;MQ0=7;QD=14.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:27:257,27,0 chrXIII 808933 . G A 375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.57;MQ0=0;QD=7.08;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:42:408,42,0 chrXIII 808942 . G A 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;QD=8.20;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:48:476,48,0 chrXIII 808957 . T C 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.93;MQ0=0;QD=10.89;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:75:697,75,0 chrXIII 809106 . G A 3535.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=22.23;SB=-2.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:159:99:3535,378,0 chrXIII 809198 . A G 1847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=81;Dels=0.00;FS=3.287;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=22.80;ReadPosRankSum=1.647;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1880,198,0 chrXIII 809204 . C T 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1907,195,0 chrXIII 809473 . C T 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=19.13;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:102:99:1984,201,0 chrXIII 810028 . G A 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=23.81;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:890,90,0 chrXIII 810085 . G A 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.50;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:973,102,0 chrXIII 810229 . G A 605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=24.20;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:638,66,0 chrXIII 810415 . A T 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=23.05;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1024,108,0 chrXIII 810963 . C A 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=19.44;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:908,93,0 chrXIII 811161 . A G 1640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=23.77;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1673,174,0 chrXIII 811614 . T C 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=25.93;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:81:759,81,0 chrXIII 811654 . T G 462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.38;MQ0=0;QD=21.00;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:495,54,0 chrXIII 811666 . G A 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=21;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.310;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:80:80,0,216 chrXIII 811677 . A G 284 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.89;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:33:317,33,0 chrXIII 811681 . G T 80.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;DP=21;Dels=0.00;FS=4.612;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.716;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:110,0,135 chrXIII 811683 . G T 85.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;DP=21;Dels=0.00;FS=4.612;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.036;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:115,0,139 chrXIII 811684 . A T 88.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DP=21;Dels=0.00;FS=4.612;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.253;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:118,0,145 chrXIII 811687 . G T 74.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.136;DP=21;Dels=0.00;FS=4.612;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.050;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:104,0,114 chrXIII 811688 . A G 67.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=21;Dels=0.00;FS=4.612;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.150;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.629;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:97:97,0,147 chrXIII 811691 . T C 268 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.71;MQ0=0;QD=9.57;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:33:301,33,0 chrXIII 811756 . A G 279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=9.30;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:33:312,33,0 chrXIII 811875 . G A 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.06;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:675,72,0 chrXIII 811936 . G C 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.39;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:81:770,81,0 chrXIII 812113 . C G 221.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=17.00;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:27:254,27,0 chrXIII 812562 . G A 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:774,81,0 chrXIII 812580 . A G 536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=13.40;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:63:569,63,0 chrXIII 812787 . T A 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=22.64;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1618,165,0 chrXIII 813019 . G A 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=24.03;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1811,189,0 chrXIII 813178 . A G 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=79;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=11.0273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=19.23;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:79:99:1552,165,0 chrXIII 813408 . A G 2328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DP=107;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=21.76;ReadPosRankSum=2.358;SB=-1.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:2361,258,0 chrXIII 813465 . A G 1923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.36;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1956,213,0 chrXIII 813547 . A G 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.68;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1854,195,0 chrXIII 813594 . A G 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=82;Dels=0.00;FS=3.456;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=22.71;ReadPosRankSum=1.690;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1895,204,0 chrXIII 813634 . A G 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.45;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1234,132,0 chrXIII 814155 . C T 1645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.55;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1678,171,0 chrXIII 814204 . A G 491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=27;Dels=0.00;FS=7.258;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=18.19;ReadPosRankSum=2.268;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:57:524,57,0 chrXIII 814438 . C T 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.97;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1373,141,0 chrXIII 814511 . T C 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=4.455;HaplotypeScore=3.9065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=22.02;ReadPosRankSum=1.667;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1200,129,0 chrXIII 814574 . G A 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=24.95;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1455,147,0 chrXIII 814898 . A G 3287.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.71;SB=-1.544e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:133:99:3287,357,0 chrXIII 815081 . T G 1891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=23.64;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1924,210,0 chrXIII 815338 . A G 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=20.23;ReadPosRankSum=1.572;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1348,141,0 chrXIII 815589 . A C 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.83;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1037,114,0 chrXIII 815640 . C T 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=25.49;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1537,156,0 chrXIII 816478 . T C 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.48;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1262,132,0 chrXIII 817301 . C A 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.55;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1544,162,0 chrXIII 818683 . T C 410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=32;Dels=0.00;FS=4.500;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=12.81;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:48:443,48,0 chrXIII 819018 . C T 411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:444,45,0 chrXIII 819141 . A C 217.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=11.42;SB=-5.702e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:27:250,27,0 chrXIII 819226 . T G 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:729,75,0 chrXIII 819633 . C T 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.79;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1218,126,0 chrXIII 819699 . T C 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=26.34;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1508,159,0 chrXIII 819809 . C T 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.08;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:936,96,0 chrXIII 819989 . C T 2733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.59;SB=-1.531e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2766,285,0 chrXIII 820597 . G A 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.54;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:873,93,0 chrXIII 821457 . G A 1712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.11;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1745,183,0 chrXIII 821820 . A G 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.628;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:66:630,66,0 chrXIII 822331 . A G 3221.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=25.36;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:127:99:3254,357,0 chrXIII 822465 . G T 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=25.62;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2108,210,0 chrXIII 822473 . T C 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=20.70;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1751,186,0 chrXIII 822479 . C T 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=17.18;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1493,162,0 chrXIII 822625 . A G 564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DP=155;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=2;MQRankSum=0.351;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.707;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,139:151:63:597,63,0 chrXIII 822844 . A G 2008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=24.49;ReadPosRankSum=1.689;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:2041,219,0 chrXIII 823029 . A G 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=21.96;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1043,111,0 chrXIII 824795 . C A 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.49;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1105,123,0 chrXIII 824813 . A G 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.21;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:72:652,72,0 chrXIII 825329 . C T 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.29;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1094,111,0 chrXIII 825605 . T C 637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.97;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:72:670,72,0 chrXIII 825931 . C G 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=21.63;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1028,108,0 chrXIII 826031 . A G 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=22.04;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1113,114,0 chrXIII 826214 . G A 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=22.22;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1255,135,0 chrXIII 826533 . A G 2823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=118;Dels=0.00;FS=4.091;HaplotypeScore=7.1205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=23.92;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2856,312,0 chrXIII 826594 . A G 2662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=22.56;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2695,288,0 chrXIII 826705 . C T 2646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.69;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2679,270,0 chrXIII 826818 . T G 1958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.28;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1991,213,0 chrXIII 827669 . G A 1728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=24.34;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1761,180,0 chrXIII 828055 . T C 1504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.87;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1537,165,0 chrXIII 828178 . G T 2409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=22.73;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-1.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:106:99:2442,226,0 chrXIII 828762 . C T 3081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.82;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3114,324,0 chrXIII 828957 . A G 1509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=20.67;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1542,168,0 chrXIII 830235 . T C 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=20.12;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1200,129,0 chrXIII 830265 . G A 928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=21.58;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:961,102,0 chrXIII 830275 . C A 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=22.86;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:993,105,0 chrXIII 830543 . T C 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=21.84;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1431,150,0 chrXIII 830562 . C T 1094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=19.54;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1127,117,0 chrXIII 830589 . G A 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.35;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1058,111,0 chrXIII 830715 . C T 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=17.74;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1381,150,0 chrXIII 831576 . T C 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=16.91;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1115,114,0 chrXIII 832164 . A T 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=18.62;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1597,165,0 chrXIII 832182 . G T 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.18;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:1989,201,0 chrXIII 832917 . T A 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.79;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1674,171,0 chrXIII 833149 . A G 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=84;Dels=0.00;FS=2.714;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=20.07;ReadPosRankSum=2.391;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1719,183,0 chrXIII 833279 . A T 2348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=19.09;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2381,255,0 chrXIII 833534 . C T 2875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=25.90;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2908,300,0 chrXIII 833648 . G A 2516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.297e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2549,264,0 chrXIII 834292 . T C 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=21.54;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1153,123,0 chrXIII 834662 . C T 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=23.00;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1160,117,0 chrXIII 834670 . A G 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=22.34;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1083,114,0 chrXIII 834775 . C G 1952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.93;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:89:99:1985,210,0 chrXIII 835125 . T G 2732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.03;SB=-1.614e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2765,291,0 chrXIII 835670 . T A 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.65;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1783,180,0 chrXIII 836162 . C A 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=24.26;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1610,165,0 chrXIII 836259 . T A 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.81;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1385,141,0 chrXIII 836682 . A T 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=22.07;ReadPosRankSum=2.388;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1799,183,0 chrXIII 837971 . C T 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=20.61;SB=-1.345e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2053,207,0 chrXIII 838133 . G A 3142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=24.36;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:3175,324,0 chrXIII 838192 . C G 3296.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.97;SB=-1.569e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:3296,348,0 chrXIII 838248 . C A 2868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.51;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2901,297,0 chrXIII 838336 . G C 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=23.60;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1756,189,0 chrXIII 838725 . C G 2383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.27;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2416,252,0 chrXIII 838789 . G A 2436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.75;SB=-1.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2469,270,0 chrXIII 838867 . T C 1855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=24.41;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1888,201,0 chrXIII 839086 . A G 2027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.72;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2060,219,0 chrXIII 839230 . A G 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.97;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1781,186,0 chrXIII 839353 . A C 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.06;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1781,189,0 chrXIII 839871 . T C 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=23.67;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1311,138,0 chrXIII 840002 . T A 2092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=24.05;ReadPosRankSum=1.653;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:2125,222,0 chrXIII 840033 . C A 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=78.6199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=21.77;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1905,195,0 chrXIII 840499 . T C 1154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=21.77;ReadPosRankSum=1.602;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1187,135,0 chrXIII 840667 . C T 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.62;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1119,114,0 chrXIII 841022 . T C 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=5.850;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.594;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:96:888,96,0 chrXIII 841302 . G A 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.67;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1735,171,0 chrXIII 841486 . A G 2066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.87;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2099,222,0 chrXIII 841599 . A G 1252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=17.15;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1285,135,0 chrXIII 841704 . C T 2531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.01;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2564,264,0 chrXIII 841893 . A G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.93;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1684,177,0 chrXIII 842091 . A G 2018 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.311;DP=89;Dels=0.00;FS=10.154;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=22.67;ReadPosRankSum=2.367;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:2051,225,0 chrXIII 842364 . G A 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=12.61;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1092,117,0 chrXIII 843360 . G A 1667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1700,189,0 chrXIII 844197 . A G 2776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.616;DP=119;Dels=0.00;FS=3.432;HaplotypeScore=15.3997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=23.33;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:2809,300,0 chrXIII 844681 . T C 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=23.28;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1756,189,0 chrXIII 845163 . G A 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=24.66;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2006,201,0 chrXIII 845599 . C T 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.16;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1724,177,0 chrXIII 846009 . G A 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=19.87;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1623,165,0 chrXIII 846119 . T C 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.52;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1491,156,0 chrXIII 846242 . C T 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=17.35;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:987,105,0 chrXIII 846261 . C A 1038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=18.21;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1071,108,0 chrXIII 846356 . C T 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=18.75;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1177,120,0 chrXIII 846359 . G A 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.15;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1165,120,0 chrXIII 846548 . T C 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=21.16;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:816,87,0 chrXIII 846600 . T C 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=20.05;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:835,90,0 chrXIII 846746 . T C 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.679;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1365,147,0 chrXIII 847205 . A G 2216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=24.62;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2249,246,0 chrXIII 848515 . A C 4238.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=24.22;SB=-2.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:175:99:4238,451,0 chrXIII 849970 . G C 2198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.787;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:2231,240,0 chrXIII 850030 . G T 2646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=24.50;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2679,273,0 chrXIII 850884 . C T 2040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.40;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2073,210,0 chrXIII 851620 . T A 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=76;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=6.4047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=23.46;ReadPosRankSum=1.594;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1816,189,0 chrXIII 851822 . T C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.295;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:378,0,380 chrXIII 851845 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:227,0,294 chrXIII 851869 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.662;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:373,0,204 chrXIII 851894 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.969;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:377,0,312 chrXIII 851914 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.507;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:510,0,356 chrXIII 852052 . T C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DP=32;Dels=0.00;FS=9.138;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:263,0,238 chrXIII 852118 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=53;Dels=0.00;FS=3.953;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:337,0,401 chrXIII 852360 . T A 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:99,0,241 chrXIII 853001 . G A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=57;Dels=0.00;FS=7.728;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=11.25;ReadPosRankSum=-2.134;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:671,0,554 chrXIII 853271 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.505;DP=66;Dels=0.00;FS=4.932;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=6.67;ReadPosRankSum=-2.660;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:470,0,529 chrXIII 853278 . G A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;DP=64;Dels=0.00;FS=3.442;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=5.41;ReadPosRankSum=-2.074;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:376,0,581 chrXIII 853352 . C T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=59;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:59:99:341,0,586 chrXIII 853565 . C T 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=10.14;ReadPosRankSum=-2.484;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:395,0,337 chrXIII 853595 . A G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=2.579;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:282,0,562 chrXIII 853802 . C T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=45;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:387,0,375 chrXIII 854292 . T A 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:111,0,281 chrXIII 854373 . G T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DP=58;Dels=0.00;FS=2.136;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.870;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:385,0,329 chrXIII 854452 . A G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.025;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.782;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:117:99:695,0,550 chrXIII 854643 . A G 404.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=32;Dels=0.00;FS=17.015;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.691;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:434,0,231 chrXIII 855008 . A G 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.24;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1541,159,0 chrXIII 855302 . T A 2418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.78;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2451,255,0 chrXIII 855635 . G T 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=19.85;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1343,144,0 chrXIII 855825 . A G 2917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=113;Dels=0.00;FS=4.096;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=25.81;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2950,312,0 chrXIII 855975 . T C 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=21.44;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1341,144,0 chrXIII 856026 . A G 2053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=20.74;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2086,222,0 chrXIII 856038 . G A 1980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=21.29;SB=-1.268e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2013,204,0 chrXIII 856042 . C T 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=20.42;SB=-1.297e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1932,198,0 chrXIII 856275 . C T 1352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.18;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1385,147,0 chrXIII 856401 . C T 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=22.03;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1663,171,0 chrXIII 856957 . T C 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.62;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1568,168,0 chrXIII 857240 . A G 2017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=24.01;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2050,219,0 chrXIII 857306 . A G 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=84;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=24.48;ReadPosRankSum=1.689;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:84:99:2089,222,0 chrXIII 857448 . C G 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.2434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.18;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1579,171,0 chrXIII 857472 . T C 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=21.03;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1610,174,0 chrXIII 857520 . A G 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.607;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1930,207,0 chrXIII 857568 . T A 1840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=79;Dels=0.00;FS=4.827;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=23.29;ReadPosRankSum=1.644;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1873,189,0 chrXIII 857676 . A G 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.88;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1476,159,0 chrXIII 857787 . G A 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=20.71;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1897,195,0 chrXIII 857842 . T C 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=26.57;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1999,213,0 chrXIII 858111 . A C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=90;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.683;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:750,0,871 chrXIII 859063 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DP=30;Dels=0.00;FS=5.245;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.021;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:249,0,338 chrXIII 859098 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;DP=29;Dels=0.00;FS=8.869;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.241;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:317,0,198 chrXIII 859155 . T G 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:90:90,0,91 chrXIII 859362 . G A 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=19;Dels=0.00;FS=1.829;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.409;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:83:83,0,231 chrXIII 859920 . G A 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=22.35;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1128,123,0 chrXIII 860181 . C T 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.77;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:626,63,0 chrXIII 861184 . G T 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=19.57;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1364,141,0 chrXIII 861422 . T C 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=18.37;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:878,96,0 chrXIII 861520 . T C 1450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.14;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1483,156,0 chrXIII 862065 . T C 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=21.77;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63:599,63,0 chrXIII 862092 . T C 454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=20.64;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51:487,51,0 chrXIII 862695 . C T 369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.77;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:402,42,0 chrXIII 862977 . T C 395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=14.11;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:428,45,0 chrXIII 863208 . C T 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=24.25;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1367,138,0 chrXIII 863229 . T C 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=23.65;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1452,150,0 chrXIII 863507 . G A 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=18.65;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1264,129,0 chrXIII 863526 . G A 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=15.57;ReadPosRankSum=1.089;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:98:1123,98,0 chrXIII 863539 . T C 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=71;Dels=0.00;FS=5.290;HaplotypeScore=4.1796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.635;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1136,123,0 chrXIII 864179 . G C 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.80;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1196,132,0 chrXIII 864272 . A G 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.68;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1594,168,0 chrXIII 864888 . G T 2970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.20;SB=-1.708e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3003,312,0 chrXIII 865402 . A G 1040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=15.29;ReadPosRankSum=1.680;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1073,117,0 chrXIII 866108 . T C 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.22;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:862,90,0 chrXIII 866141 . T C 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=19.36;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:943,99,0 chrXIII 866213 . A G 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.714;DP=55;Dels=0.00;FS=6.155;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=2.329;QD=18.58;ReadPosRankSum=2.868;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:55:99:1055,111,0 chrXIII 866396 . C T 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=24.98;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1257,129,0 chrXIII 866753 . T C 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=22.33;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1596,174,0 chrXIII 867104 . G A 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=18.29;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1569,168,0 chrXIII 867176 . C T 2389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=22.75;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2422,252,0 chrXIII 868099 . T C 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=19.64;ReadPosRankSum=1.650;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:66:858,66,0 chrXIII 868383 . A G 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=19.40;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1139,123,0 chrXIII 868389 . T C 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=18.83;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1144,120,0 chrXIII 868542 . G A 552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=19.03;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:585,63,0 chrXIII 868833 . T C 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=40;Dels=0.00;FS=3.103;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=17.90;ReadPosRankSum=2.317;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:40:78:749,78,0 chrXIII 869058 . C T 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=17.94;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:930,99,0 chrXIII 869130 . G A 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.29;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:69:685,69,0 chrXIII 869428 . A G 486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=16.20;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:519,54,0 chrXIII 869439 . G A 378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=16.43;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:411,42,0 chrXIII 869963 . G T 2753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.85;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2786,282,0 chrXIII 870074 . C T 2998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.21;SB=-1.234e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:135:99:3031,318,0 chrXIII 870328 . C T 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.37;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1979,204,0 chrXIII 872837 . T C 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=76;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=22.01;ReadPosRankSum=2.385;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1706,183,0 chrXIII 873817 . G A 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=23.46;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:60:596,60,0 chrXIII 873896 . C G 137.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=26;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.600;SB=-1.241e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:18:170,18,0 chrXIII 873897 . A G 125.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=26;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.600;SB=-1.231e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:18:158,18,0 chrXIII 873906 . A G 77.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=5.863;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.835;SB=-1.475e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:12:110,12,0 chrXIII 873909 . A C 40.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=28;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=3.9491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.619;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:9:73,9,0 chrXIII 873914 . G C 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=27;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-1.278e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:6:56,6,0 chrXIII 873915 . A G 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=27;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.338e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:6:59,6,0 chrXIII 873921 . G A 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.293;DP=28;Dels=0.00;FS=12.553;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.96;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.528e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:6:52,6,0 chrXIII 873922 . T C 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=29;Dels=0.00;FS=8.664;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.48;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.396;SB=-1.228e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:6:57,6,0 chrXIII 874128 . G A 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=20.30;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1677,155,0 chrXIII 874140 . A C 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;QD=17.70;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1467,153,0 chrXIII 874296 . T C 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;QD=23.59;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1590,171,0 chrXIII 874747 . T A 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=25.27;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1322,135,0 chrXIII 874942 . T A 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=21.80;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1755,180,0 chrXIII 875130 . C T 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=21.85;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:907,93,0 chrXIII 876506 . A G 2364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=21.30;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2397,252,0 chrXIII 876530 . G A 2414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=20.12;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2447,252,0 chrXIII 876657 . A G 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=23.12;ReadPosRankSum=1.647;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:1929,204,0 chrXIII 876747 . C T 2097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:93:99:2130,219,0 chrXIII 877657 . G A 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.47;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1864,198,0 chrXIII 877786 . A T 1999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.694;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2032,204,0 chrXIII 878152 . C A 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.45;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1449,147,0 chrXIII 878825 . A T 217.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.467;DP=25;Dels=0.00;FS=65.144;HaplotypeScore=4.3501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=8.68;ReadPosRankSum=3.633;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,10:25:27:250,27,0 chrXIII 878991 . T C 1775 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1808,195,0 chrXIII 879141 . A G 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=24.06;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:899,99,0 chrXIII 879225 . G A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.14;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1605,165,0 chrXIII 879402 . C T 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=14.39;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:81:767,81,0 chrXIII 879414 . A G 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=49;Dels=0.00;FS=2.952;HaplotypeScore=3.5623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=15.67;ReadPosRankSum=2.350;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:87:801,87,0 chrXIII 879738 . A G 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.84;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:878,93,0 chrXIII 880104 . G A 2254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=25.33;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2287,231,0 chrXIII 880179 . T A 1870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=25.27;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1903,195,0 chrXIII 880236 . G T 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=20.54;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1491,150,0 chrXIII 880244 . G A 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=19.38;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1525,159,0 chrXIII 880373 . C T 3760.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=25.07;SB=-1.762e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:150:99:3760,382,0 chrXIII 880430 . C T 2464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=23.69;SB=-1.337e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2497,252,0 chrXIII 880820 . C T 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=24.97;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2006,207,0 chrXIII 880903 . C T 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.55;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1055,108,0 chrXIII 881617 . T C 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=26.24;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1476,153,0 chrXIII 881716 . G A 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.74;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1291,138,0 chrXIII 882115 . G A 2463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.68;SB=-1.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2496,252,0 chrXIII 882391 . G A 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=19.07;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1349,135,0 chrXIII 882406 . C T 1252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=18.69;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1285,135,0 chrXIII 882454 . G C 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=18.36;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1116,120,0 chrXIII 882632 . G A 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=52;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=7.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=18.79;ReadPosRankSum=1.666;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1010,105,0 chrXIII 884262 . G A 2001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=21.99;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2034,213,0 chrXIII 885079 . T C 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=17.76;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:66:619,66,0 chrXIII 887633 . A G 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.04;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1179,123,0 chrXIII 887821 . T C 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:55:99:1198,129,0 chrXIII 889693 . C T 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.304;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2279,210,0 chrXIII 890059 . T A 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.601;QD=23.27;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:80:99:1895,195,0 chrXIII 890385 . G A 2469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=24.21;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:2502,255,0 chrXIII 892535 . T C 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;QD=16.94;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1202,129,0 chrXIII 892536 . G A 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.60;MQ0=0;QD=16.94;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:68:99:1185,123,0 chrXIII 892587 . G A 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=11.67;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:81:745,81,0 chrXIII 893651 . A G 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=20.73;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2147,228,0 chrXIII 893659 . G T 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=17.16;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:1989,213,0 chrXIII 893774 . A G 1988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.769;DP=83;Dels=0.00;FS=5.948;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=23.95;ReadPosRankSum=2.867;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2021,210,0 chrXIII 894039 . A T 1990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2023,213,0 chrXIII 894275 . C T 2150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=21.29;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2183,231,0 chrXIII 895914 . G A 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.09;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1326,135,0 chrXIII 896227 . A G 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=21.47;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1085,117,0 chrXIII 896572 . C T 2267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.64;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2300,234,0 chrXIII 897605 . A G 1365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.68;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1398,153,0 chrXIII 897937 . T C 2052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2085,222,0 chrXIII 898146 . C T 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=26.50;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1676,168,0 chrXIII 898282 . C T 1868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=24.26;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1901,201,0 chrXIII 898408 . G A 1938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=25.84;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1971,198,0 chrXIII 898425 . A G 1436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=22.79;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1469,153,0 chrXIII 898462 . G T 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=21.68;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1312,132,0 chrXIII 898537 . A C 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.674;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1224,129,0 chrXIII 898606 . A G 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.35;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1194,126,0 chrXIII 898692 . A G 2269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=20.82;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2302,243,0 chrXIII 898776 . A G 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=20.77;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1674,180,0 chrXIII 899002 . C A 3801.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.32;SB=-1.641e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:163:99:3801,399,0 chrXIII 899239 . T C 6429.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=276;Dels=0.00;FS=4.166;HaplotypeScore=24.4400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=23.29;ReadPosRankSum=1.694;SB=-2.639e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,273:276:99:6429,679,0 chrXIII 899812 . A G 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.67;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1264,135,0 chrXIII 899829 . C T 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.66;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1419,150,0 chrXIII 899938 . T C 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.27;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2238,237,0 chrXIII 900330 . T C 2263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=23.82;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2296,240,0 chrXIII 900561 . C T 1984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=22.80;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2017,216,0 chrXIII 901535 . A T 2942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=22.46;SB=-1.637e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2975,304,0 chrXIII 901538 . T C 2728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=133;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=4.9600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=20.51;ReadPosRankSum=2.412;SB=-1.457e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:133:99:2761,288,0 chrXIII 901855 . G A 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=22.98;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1366,144,0 chrXIII 901903 . A G 1142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=53;Dels=0.00;FS=7.243;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=21.55;ReadPosRankSum=0.948;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1175,123,0 chrXIII 902329 . T G 314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.44;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39:347,39,0 chrXIII 902549 . A G 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.07;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1116,120,0 chrXIII 902587 . C A 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.16;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1052,111,0 chrXIII 902696 . T C 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=21.76;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96:925,96,0 chrXIII 902762 . T G 530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.38;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:563,60,0 chrXIII 903126 . A G 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.09;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:32:78:740,78,0 chrXIII 903204 . T C 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:87:810,87,0 chrXIII 903270 . T C 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;QD=21.73;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:685,72,0 chrXIII 903498 . T C 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=22.20;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:943,102,0 chrXIII 903771 . T C 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=25.49;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1078,114,0 chrXIII 903804 . A G 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=21.68;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:835,90,0 chrXIII 903826 . T C 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=20.50;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:812,87,0 chrXIII 903875 . T G 1250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=18.12;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1283,138,0 chrXIII 903884 . A G 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.684;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:74:99:1421,150,0 chrXIII 904006 . C T 1814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=25.91;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1847,186,0 chrXIII 904052 . G A 377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=22.18;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:42:410,42,0 chrXIII 904069 . A C 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=18.57;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63:590,63,0 chrXIII 904139 . T C 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=21.07;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1487,159,0 chrXIII 904153 . T C 1667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=82;Dels=0.00;FS=5.283;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=20.33;ReadPosRankSum=1.689;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1700,177,0 chrXIII 904347 . C T 717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=21.73;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:750,78,0 chrXIII 904920 . C T 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.17;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:734,75,0 chrXIII 905085 . C T 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=24.25;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1585,159,0 chrXIII 905328 . T G 524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.95;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60:557,60,0 chrXIII 905375 . A G 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=17.43;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:521,54,0 chrXIII 905463 . G T 1421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=20.90;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:68:99:1454,147,0 chrXIII 905531 . T C 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=24.94;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1305,138,0 chrXIII 905771 . A G 810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.13;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:87:843,87,0 chrXIII 905852 . A G 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=22.89;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1475,156,0 chrXIII 905893 . A T 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=25.77;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1502,153,0 chrXIII 905943 . A G 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=22.43;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1020,111,0 chrXIII 906187 . G A 1973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=22.94;SB=-9.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2006,207,0 chrXIII 906242 . G C 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.45;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1839,198,0 chrXIII 906340 . G A 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.21;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1210,126,0 chrXIII 906416 . A G 1700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=20.99;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:1733,189,0 chrXIII 906456 . C T 2184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=26.96;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2217,222,0 chrXIII 906551 . G A 2302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.57;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:102:99:2335,243,0 chrXIII 906678 . C T 3087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.29;SB=-1.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:145:99:3120,321,0 chrXIII 906771 . A G 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=23.09;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2180,228,0 chrXIII 906784 . T C 2151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=3.711;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2184,234,0 chrXIII 906817 . G A 1792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.08;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1825,192,0 chrXIII 907438 . A G 245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.42;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:30:278,30,0 chrXIII 907465 . T C 164.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=9.11;SB=-2.271e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:21:197,21,0 chrXIII 907467 . G C 182.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=10.11;SB=-2.311e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:21:215,21,0 chrXIII 907585 . T C 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=15.67;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:72:691,72,0 chrXIII 907669 . T C 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=18.05;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:84:791,84,0 chrXIII 907700 . T C 519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=14.83;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:57:552,57,0 chrXIII 907728 . T C 372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=29;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.614;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:42:405,42,0 chrXIII 907830 . G A 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.18;MQ0=0;QD=25.31;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:93:919,93,0 chrXIII 907951 . T A 548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.27;MQ0=0;QD=21.08;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:581,60,0 chrXIII 907958 . A G 529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.51;MQ0=0;QD=19.59;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60:562,60,0 chrXIII 907995 . C G 364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.11;MQ0=0;QD=14.00;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:397,45,0 chrXIII 908020 . T C 296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.55;MQ0=0;QD=12.33;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:36:329,36,0 chrXIII 908047 . T C 276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=12.55;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:33:309,33,0 chrXIII 908064 . C T 148.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.23;MQ0=0;QD=10.58;SB=-5.814e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:18:181,18,0 chrXIII 908105 . T C 193.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=16.09;SB=-8.402e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:226,24,0 chrXIII 908130 . C T 138.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=19.73;SB=-8.217e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:171,18,0 chrXIII 908138 . C T 147.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=21.02;SB=-8.863e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:180,18,0 chrXIII 908270 . T G 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.97;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:6:59,6,0 chrXIII 908282 . G T 30.77 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.747;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:6:62,6,0 chrXIII 908283 . T C 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.10;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:56,6,0 chrXIII 908293 . A G 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.22;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:57,6,0 chrXIII 908306 . T G 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.10;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:56,6,0 chrXIII 908310 . C T 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.47;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:59,6,0 chrXIII 908311 . A T 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.47;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:59,6,0 chrXIII 908314 . T C 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.22;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:57,6,0 chrXIII 908322 . T C 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.22;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:57,6,0 chrXIII 908323 . G A 29.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=3.72;SB=-1.740e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6:61,6,0 chrXIII 908678 . C T 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.81;MQ0=0;QD=1.74;SB=-2.347e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:6:59,6,0 chrXIII 908679 . T C 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.81;MQ0=0;QD=1.49;SB=-2.237e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:6:55,6,0 chrXIII 908715 . T C 157.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.61;MQ0=0;QD=5.24;SB=-3.911e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:21:190,21,0 chrXIII 908835 . C T 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=16.70;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:51:484,51,0 chrXIII 908906 . A T 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.12;MQ0=0;QD=15.39;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:39:387,39,0 chrXIII 908913 . G A 320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.86;MQ0=0;QD=13.91;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:36:353,36,0 chrXIII 908985 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=24;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.830;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:170,0,149 chrXIII 909175 . G A 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=21;Dels=0.00;FS=1.719;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:68:68,0,241 chrXIII 909413 . G A 524 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=18.71;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:60:557,60,0 chrXIII 909416 . T C 73.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=28;Dels=0.00;FS=6.262;HaplotypeScore=1.8268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.935;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:103,0,398 chrXIII 909421 . C A 58.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;DP=27;Dels=0.00;FS=3.722;HaplotypeScore=2.5608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.678;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:88:88,0,335 chrXIII 909483 . G C 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.19;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:84:780,84,0 chrXIII 909664 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=37;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.775;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:323,0,269 chrXIII 909772 . A C 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=19.50;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:657,69,0 chrXIII 909781 . G C 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;DP=29;Dels=0.00;FS=3.227;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.889;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:29:99:253,0,203 chrXIII 909786 . G C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=27;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.965;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:169,0,237 chrXIII 909807 . G C 507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=16.35;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:540,60,0 chrXIII 909850 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.614;DP=46;Dels=0.00;FS=2.505;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.937;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:575,0,262 chrXIII 909879 . A G 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.67;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1160,123,0 chrXIII 909920 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=47;Dels=0.00;FS=1.146;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:419,0,440 chrXIII 909953 . C G 742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=21.20;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:775,84,0 chrXIII 909982 . A G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=38;Dels=0.00;FS=2.895;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:282,0,400 chrXIII 910076 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:300,0,288 chrXIII 910262 . G A 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DP=51;Dels=0.00;FS=4.059;HaplotypeScore=5.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:615,0,332 chrXIII 910346 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:290,0,480 chrXIII 910352 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.840;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:267,0,565 chrXIII 910375 . G A 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;DP=55;Dels=0.00;FS=11.952;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.851;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.367;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:182,0,657 chrXIII 910380 . C T 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DP=60;Dels=0.00;FS=19.347;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.449;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.185;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:126,0,767 chrXIII 910543 . T C 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=23.82;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1200,129,0 chrXIII 910574 . A G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.658;DP=53;Dels=0.00;FS=5.244;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:53:99:695,0,429 chrXIII 910606 . T C 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;DP=84;Dels=0.00;FS=6.751;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.415;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:951,0,627 chrXIII 910629 . G A 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DP=107;Dels=0.00;FS=1.834;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,45:107:99:760,0,1182 chrXIII 910733 . C T 1563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=20.04;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1596,162,0 chrXIII 910814 . G A 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.66;SB=-1.019e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1727,186,0 chrXIII 910852 . T C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.921;DP=125;Dels=0.00;FS=3.387;HaplotypeScore=13.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.191;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,46:125:99:657,0,1661 chrXIII 910869 . T C 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;DP=129;Dels=0.00;FS=11.651;HaplotypeScore=8.9787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,46:129:99:803,0,1709 chrXIII 910955 . A T 4822.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=25.79;SB=-2.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:187:99:4822,499,0 chrXIII 911382 . A T 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1106,120,0 chrXIII 911502 . T C 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.26;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:78:742,78,0 chrXIII 911896 . C T 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.097;DP=52;Dels=0.00;FS=1.266;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=12.04;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:656,0,365 chrXIII 912021 . T C 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.44;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:687,72,0 chrXIII 912048 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.511;QD=7.58;ReadPosRankSum=-2.044;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:318,0,301 chrXIII 912213 . C G 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=17.39;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1146,123,0 chrXIII 912216 . T G 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=16.88;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1164,123,0 chrXIII 912263 . T C 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=15.46;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1131,120,0 chrXIII 912411 . A G 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.95;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1387,147,0 chrXIII 912463 . C G 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=22.71;ReadPosRankSum=0.231;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:62:99:1441,153,0 chrXIII 912504 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.796;DP=53;Dels=0.00;FS=1.175;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.399;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:53:99:397,0,702 chrXIII 912626 . C T 1914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=20.58;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1947,198,0 chrXIII 912804 . A G 2333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=101;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=23.10;ReadPosRankSum=1.697;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:2366,237,0 chrXIII 912820 . T C 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:949,0,870 chrXIII 912879 . G A 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=23.26;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2150,219,0 chrXIII 913190 . G A 2935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=21.42;SB=-1.803e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:2968,303,0 chrXIII 913206 . C T 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;DP=137;Dels=0.01;FS=12.338;HaplotypeScore=4.2082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,71:136:99:1124,0,1149 chrXIII 913429 . G A 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=18.18;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:960,99,0 chrXIII 913447 . A G 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=16.89;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:996,105,0 chrXIII 913525 . T C 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=20.38;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1582,171,0 chrXIII 913531 . A G 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=20.41;ReadPosRankSum=1.685;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1543,162,0 chrXIII 913648 . A G 1823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=74;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=4.5912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=2.217;QD=24.64;ReadPosRankSum=2.350;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1856,195,0 chrXIII 913692 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.492;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:566,0,472 chrXIII 913888 . G A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;DP=32;Dels=0.00;FS=3.445;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.723;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:356,0,200 chrXIII 914143 . A G 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.928;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=19.50;ReadPosRankSum=1.568;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:90:852,90,0 chrXIII 914575 . T C 2513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.24;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2546,270,0 chrXIII 914895 . A T 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=17.18;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:892,99,0 chrXIII 914897 . T C 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=18.06;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:96:936,96,0 chrXIII 915182 . A G 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=25.59;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1543,159,0 chrXIII 915242 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=53;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=2.446;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.005;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:519,0,482 chrXIII 915275 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;DP=47;Dels=0.00;FS=6.337;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=2.937;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:344,0,442 chrXIII 915378 . G A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=25;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=3.3634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:264,0,174 chrXIII 915419 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.030;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:42:99:412,0,367 chrXIII 915420 . A C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:367,0,397 chrXIII 915435 . A T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=46;Dels=0.00;FS=2.594;HaplotypeScore=5.2218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:424,0,388 chrXIII 915455 . T G 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=56;Dels=0.00;FS=9.652;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:465,0,596 chrXIII 915486 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;DP=57;Dels=0.00;FS=5.645;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:57:99:354,0,642 chrXIII 915672 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.953;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:449,0,486 chrXIII 915718 . A G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.303;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:225,0,375 chrXIII 915971 . A G 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=22.65;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1890,207,0 chrXIII 916854 . C T 3039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=22.85;SB=-1.524e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3072,318,0 chrXIII 916879 . A G 3038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=22.84;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,131:133:99:3071,321,0 chrXIII 916916 . C T 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2320,237,0 chrXIII 917195 . G C 3102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=22.98;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:135:99:3135,333,0 chrXIII 917437 . C T 4194.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.08;MQ0=0;QD=22.67;SB=-2.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,185:185:99:4194,465,0 chrXIII 917493 . C T 4156.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=2;QD=23.61;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:174:99:4156,424,0 chrXIII 917556 . T A 326.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=69;Dels=0.00;FS=44.128;HaplotypeScore=13.6772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.38;MQ0=4;MQRankSum=-0.604;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.776;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,58:69:53:356,0,53 chrXIII 917558 . C T 243.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;DP=64;Dels=0.00;FS=37.630;HaplotypeScore=13.6772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.85;MQ0=4;MQRankSum=0.112;QD=3.80;ReadPosRankSum=-2.075;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,51:64:65:273,0,65 chrXIII 917559 . C T 252.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=58;Dels=0.00;FS=43.405;HaplotypeScore=10.6867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.36;MQ0=4;MQRankSum=-0.847;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.814;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,47:58:59:282,0,59 chrXIII 917561 . G A 363.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;DP=53;Dels=0.00;FS=51.661;HaplotypeScore=7.7235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.57;MQ0=4;MQRankSum=-0.264;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,43:53:42:393,0,42 chrXIII 917562 . T C 332.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=51;Dels=0.00;FS=54.350;HaplotypeScore=3.7773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.42;MQ0=4;MQRankSum=-0.581;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,42:51:52:362,0,52 chrXIII 917574 . G C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=44;Dels=0.00;FS=68.041;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.68;MQ0=3;MQRankSum=-1.559;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-3.898e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,35:44:73:232,0,73 chrXIII 917789 . C T 991 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.10;MQ0=3;QD=15.73;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1024,111,0 chrXIII 917863 . G A 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.35;MQ0=4;QD=1.21;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:6:59,6,0 chrXIII 918260 . T C 117.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.77;MQ0=0;QD=11.73;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:150,15,0 chrXIII 918537 . G A 108.79 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.49;MQ0=28;MQRankSum=0.747;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-6.429e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:36:4:138,0,4 chrXIII 919410 . C T 449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;QD=19.52;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:482,48,0 chrXIII 919632 . A G 1243 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=75;Dels=0.00;FS=7.560;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.58;MQ0=15;MQRankSum=3.523;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:75:99:1276,113,0 chrXIII 919784 . G C 231.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=30;Dels=0.00;FS=16.623;HaplotypeScore=2.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.30;MQ0=4;MQRankSum=2.633;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.764;SB=-9.698e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:30:34:261,0,34 chrXIII 920111 . T C 86.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;DP=101;Dels=0.00;FS=11.857;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.24;MQ0=12;MQRankSum=-1.936;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,20:101:99:116,0,1372 chrXIII 922219 . A T 80.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.27;MQ0=1;QD=4.03;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:12:113,12,0 chrXIII 922226 . A G 54.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.27;MQ0=1;QD=2.75;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:9:87,9,0 chrXIII 922245 . A G 96.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=3.01;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:15:129,15,0 chrXIII 922248 . C T 100.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=3.13;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:15:133,15,0 chrXIII 922254 . G T 112.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=3.51;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:15:145,15,0 chrXIII 922255 . C T 99.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=3.10;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:15:132,15,0 chrXIII 922257 . A T 109.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=3.41;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:15:142,15,0 chrXIII 922258 . C G 96.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=3.01;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:15:129,15,0 chrXIII 922262 . A G 101.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;QD=2.35;SB=-2.729e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:15:134,15,0 chrXIII 922267 . T C 77.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;QD=1.80;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:12:110,12,0 chrXIII 922272 . G A 61.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=1.50;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:12:94,12,0 chrXIII 922273 . T C 57.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=1.40;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:12:90,12,0 chrXIII 922274 . A T 57.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=1.40;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:12:90,12,0 chrXIII 922276 . C A 65.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=1.60;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:12:98,12,0 chrXIII 922282 . A C 76.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;QD=1.74;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:12:109,12,0 chrXIII 922290 . A C 71.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.42;MQ0=1;QD=1.70;SB=-5.226e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:12:104,12,0 chrXIII 922297 . T C 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=1;QD=1.20;SB=-9.818e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:9:79,9,0 chrXIII 922552 . A C 412 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.28;MQ0=0;QD=19.62;SB=-6.653e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:48:445,48,0 chrXIII 922557 . T C 450 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.37;MQ0=0;QD=18.75;SB=-6.656e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:483,48,0 chrXIII 922599 . C A 462.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.019;DP=51;Dels=0.00;FS=8.268;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:492,0,299 chrXIII 923051 . A T 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.10;MQ0=1;MQRankSum=-0.967;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.182;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:6:50,6,0 chrXIII 923132 . G T 784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.88;MQ0=0;QD=20.10;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:817,90,0 chrXIII 923174 . T C 97.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.49;MQ0=0;QD=9.71;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:18:130,18,0 chrXIII 923175 . C A 121.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.49;MQ0=0;QD=12.11;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:18:154,18,0 chrXIII 923361 . C G 71.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.17;MQ0=0;QD=8.94;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:12:104,12,0 chrXIII 923390 . T C 88.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.16;MQ0=0;QD=7.36;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:15:121,15,0 chrXIII 923394 . A G 95.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.16;MQ0=0;QD=7.94;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:15:128,15,0 chrXIII 923397 . T C 96.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.16;MQ0=0;QD=8.02;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:15:129,15,0 chrXIII 923407 . G T 91.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.16;MQ0=0;QD=7.61;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:15:124,15,0 chrXIII 923413 . G A 97.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.78;MQ0=0;QD=8.84;SB=-2.556e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:130,15,0 chrXIII 923678 . G A 96.79 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=7;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.21;MQ0=1;MQRankSum=0.736;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.736;SB=-3.539e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:4:126,0,4 chrXIII 923708 . C G,T 92.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.78;MQ0=3;MQRankSum=0.742;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.742;SB=-2.192e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,3,4:10:64:152,73,64,79,0,70 chrXIII 923710 . G A 99.79 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=11;Dels=0.00;FS=5.441;HaplotypeScore=2.9064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.58;MQ0=4;MQRankSum=1.495;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.495;SB=-3.539e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:11:4:129,0,4 chrXIII 923712 . T C 131.13 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.58;MQ0=4;QD=11.92;SB=-2.188e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:18:164,18,0 chrXIII 923738 . G A 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.21;MQ0=5;MQRankSum=2.933;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:90:90,0,116 chrXIII 923739 . G T 64.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.21;MQ0=5;MQRankSum=-1.226;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:94:94,0,132 chrXIII 923752 . T G 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.24;MQ0=4;MQRankSum=2.404;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:56:56,0,122 chrXIII 923767 . A C 97.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=11;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.56;MQ0=4;MQRankSum=-0.742;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.742;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:18:130,18,0 chrXIII 923782 . A G 97.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.72;MQ0=2;QD=12.14;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:18:130,18,0 chrXIII 923809 . A G 54.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.17;MQ0=0;QD=7.79;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12:87,12,0 chrXIII 923948 . A T 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.25;MQ0=0;QD=6.93;SB=-2.076e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:52,6,0 chrXIV 6548 . T C 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=47;Dels=0.00;FS=8.653;HaplotypeScore=3.9064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.01;MQ0=25;MQRankSum=1.626;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-1.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,4:47:47:47,0,216 chrXIV 6602 . C A 90.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=36;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=3.8619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.73;MQ0=10;MQRankSum=0.026;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:120,0,225 chrXIV 6603 . A G 75.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=36;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=3.8619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.73;MQ0=10;MQRankSum=-0.764;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:105,0,251 chrXIV 6875 . A T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.38;MQ0=7;MQRankSum=-0.962;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.814;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:61:62,0,61 chrXIV 6906 . G C 397.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=68;Dels=0.00;FS=11.563;HaplotypeScore=42.1546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.15;MQ0=6;MQRankSum=0.208;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,55:68:63:427,0,63 chrXIV 7057 . T C 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.92;MQ0=4;MQRankSum=0.736;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:11:6:52,6,0 chrXIV 7079 . C T 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=18;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=12.8538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.06;MQ0=2;MQRankSum=-0.910;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.395;SB=-1.997e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,4:18:9:77,9,0 chrXIV 7189 . C T 81.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.168;DP=200;Dels=0.00;FS=64.386;HaplotypeScore=1.9157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.10;MQ0=48;MQRankSum=0.421;QD=0.41;ReadPosRankSum=-4.663;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,60:200:99:111,0,1047 chrXIV 7216 . T G 126.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=179;Dels=0.00;FS=25.830;HaplotypeScore=20.4370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.34;MQ0=54;MQRankSum=-0.130;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,44:179:99:156,0,1234 chrXIV 7221 . C T 146.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.545;DP=169;Dels=0.00;FS=21.784;HaplotypeScore=22.6320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.46;MQ0=53;MQRankSum=0.055;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.446;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,37:169:99:176,0,1183 chrXIV 7229 . C T 85.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DP=148;Dels=0.00;FS=48.836;HaplotypeScore=12.8958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.76;MQ0=55;MQRankSum=0.734;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.936;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,27:148:99:115,0,845 chrXIV 7298 . C T 67.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=52;Dels=0.00;FS=3.646;HaplotypeScore=11.3597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.32;MQ0=8;MQRankSum=-0.868;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.724;SB=0.021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:97:97,0,113 chrXIV 7308 . A T 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.661;DP=54;Dels=0.00;FS=2.638;HaplotypeScore=23.3937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.20;MQ0=9;MQRankSum=1.409;QD=0.23;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,3:54:42:42,0,191 chrXIV 7346 . C T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=69;Dels=0.00;FS=20.213;HaplotypeScore=10.7958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.84;MQ0=29;MQRankSum=-2.895;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.862;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,22:69:75:75,0,273 chrXIV 7353 . T C 110.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.146;DP=97;Dels=0.00;FS=11.139;HaplotypeScore=15.4619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.42;MQ0=32;MQRankSum=-3.674;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,30:97:99:140,0,430 chrXIV 7357 . A G 146.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.555;DP=107;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=19.1927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.10;MQ0=32;MQRankSum=-4.449;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:107:99:176,0,576 chrXIV 7368 . A T 116.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=132;Dels=0.00;FS=1.762;HaplotypeScore=14.1240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.64;MQ0=35;MQRankSum=-2.978;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,44:132:99:146,0,711 chrXIV 7370 . T C 125.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.322;DP=150;Dels=0.00;FS=9.439;HaplotypeScore=14.1240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.32;MQ0=38;MQRankSum=-3.977;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,56:150:99:155,0,706 chrXIV 7547 . T C 181.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;DP=80;Dels=0.00;FS=2.985;HaplotypeScore=6.8353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.71;MQ0=35;MQRankSum=0.785;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,24:80:99:211,0,302 chrXIV 7553 . A G 183.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;DP=79;Dels=0.00;FS=1.379;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.80;MQ0=35;MQRankSum=0.247;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:79:99:213,0,303 chrXIV 7557 . C T 173.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;DP=80;Dels=0.00;FS=1.385;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.86;MQ0=39;MQRankSum=-1.059;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,24:80:99:203,0,275 chrXIV 7564 . T C 149.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;DP=84;Dels=0.00;FS=5.999;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.85;MQ0=45;MQRankSum=-0.467;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.439;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,31:84:99:179,0,269 chrXIV 7567 . T C 120.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;DP=80;Dels=0.00;FS=1.608;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.10;MQ0=45;MQRankSum=-0.017;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.809;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,20:80:99:150,0,247 chrXIV 7722 . A G 736.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=158;Dels=0.00;FS=67.214;HaplotypeScore=31.2910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.32;MQ0=1;MQRankSum=7.442;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.452;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,52:158:99:766,0,413 chrXIV 7727 . G T 63.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.047;DP=154;Dels=0.00;FS=16.293;HaplotypeScore=34.7619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.01;MQ0=1;MQRankSum=4.391;QD=0.41;ReadPosRankSum=-2.209;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,16:154:93:93,0,1147 chrXIV 7730 . T C 75.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;DP=154;Dels=0.00;FS=18.861;HaplotypeScore=34.8166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.90;MQ0=1;MQRankSum=4.761;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,16:154:99:105,0,1088 chrXIV 7746 . G A 177.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DP=158;Dels=0.00;FS=21.022;HaplotypeScore=19.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.88;MQ0=7;MQRankSum=4.606;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.213;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,21:158:99:207,0,1110 chrXIV 7763 . T C 285.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.058;DP=143;Dels=0.00;FS=26.920;HaplotypeScore=18.2169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.32;MQ0=10;MQRankSum=5.912;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,27:143:99:315,0,864 chrXIV 7773 . A G 312.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=137;Dels=0.00;FS=21.798;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.06;MQ0=12;MQRankSum=6.144;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.856;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,28:137:99:342,0,726 chrXIV 7778 . G A 333.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=134;Dels=0.00;FS=19.472;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.18;MQ0=12;MQRankSum=5.407;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.865;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,30:134:99:363,0,660 chrXIV 7780 . A G 319.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;DP=132;Dels=0.00;FS=16.623;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.20;MQ0=12;MQRankSum=5.575;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.815;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,28:132:99:349,0,616 chrXIV 7788 . G A 338.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=128;Dels=0.00;FS=17.457;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.21;MQ0=18;MQRankSum=5.479;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.716;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,30:128:99:368,0,483 chrXIV 7793 . C G 216.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;DP=117;Dels=0.00;FS=11.900;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.03;MQ0=18;MQRankSum=4.480;QD=1.85;ReadPosRankSum=3.236;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,21:117:99:246,0,540 chrXIV 7795 . A T 217.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.616;DP=116;Dels=0.00;FS=12.010;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.88;MQ0=19;MQRankSum=4.290;QD=1.87;ReadPosRankSum=3.332;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,21:116:99:247,0,518 chrXIV 7800 . C A 184.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.612;DP=109;Dels=0.00;FS=14.533;HaplotypeScore=20.4053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.67;MQ0=19;MQRankSum=4.074;QD=1.69;ReadPosRankSum=3.121;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,20:109:99:214,0,560 chrXIV 7809 . G A 111.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DP=86;Dels=0.00;FS=18.624;HaplotypeScore=21.9150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.42;MQ0=18;MQRankSum=-2.142;QD=1.29;ReadPosRankSum=-3.188;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,24:86:99:141,0,609 chrXIV 7813 . G C 89.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;DP=83;Dels=0.00;FS=12.606;HaplotypeScore=20.4411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.08;MQ0=18;MQRankSum=2.039;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.442;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,16:83:99:119,0,566 chrXIV 7817 . G A 47.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DP=73;Dels=0.00;FS=10.081;HaplotypeScore=19.6291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.12;MQ0=18;MQRankSum=1.478;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,14:73:77:77,0,582 chrXIV 7820 . C A 39.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.841;DP=72;Dels=0.00;FS=4.863;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.37;MQ0=18;MQRankSum=-0.078;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.501;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,10:72:69:69,0,673 chrXIV 8181 . T G 72.34 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=45;Dels=0.00;FS=16.406;HaplotypeScore=8.3886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.71;MQ0=25;MQRankSum=2.443;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.466;SB=-3.205e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:45:8:102,0,8 chrXIV 8754 . A G 401 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;DP=52;Dels=0.00;FS=5.345;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.28;MQ0=4;MQRankSum=-0.170;QD=7.71;ReadPosRankSum=2.143;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,38:52:51:434,51,0 chrXIV 8815 . A C 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.78;MQ0=7;QD=1.68;SB=-9.817e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:9:79,9,0 chrXIV 8818 . T C 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.12;MQ0=7;QD=1.61;SB=-9.815e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:9:77,9,0 chrXIV 8867 . G A 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=35;Dels=0.00;FS=47.345;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.56;MQ0=14;MQRankSum=2.997;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-9.731e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,25:35:9:77,9,0 chrXIV 8986 . A G 129.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.08;MQ0=21;MQRankSum=0.361;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.938;SB=-8.208e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,32:36:18:159,0,18 chrXIV 9529 . A T 397 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.75;MQ0=60;QD=3.75;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:106:51:430,51,0 chrXIV 9651 . C T 1306 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.19;MQ0=6;QD=21.41;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1339,141,0 chrXIV 9739 . A G 159.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=53;Dels=0.00;FS=15.563;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.68;MQ0=44;MQRankSum=1.666;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,9:53:21:192,21,0 chrXIV 9744 . A G 156.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=69;Dels=0.00;FS=16.532;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.54;MQ0=59;MQRankSum=1.733;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,14:69:21:189,21,0 chrXIV 9930 . A G 339 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.15;MQ0=12;QD=8.27;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:39:372,39,0 chrXIV 10172 . G A 250 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.67;MQ0=10;QD=11.90;SB=-1.129e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30:283,30,0 chrXIV 10272 . G A 274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.89;MQ0=0;QD=21.08;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33:307,33,0 chrXIV 10402 . T C 79.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.75;MQ0=4;MQRankSum=0.751;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.355e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:12:112,12,0 chrXIV 10441 . A G 311 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.72;MQ0=5;QD=11.52;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:39:344,39,0 chrXIV 10478 . A C 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.62;MQ0=2;QD=12.31;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:52:75:673,75,0 chrXIV 10567 . A G 1503 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=9;QD=21.78;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1536,162,0 chrXIV 10574 . A C 1235 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.27;MQ0=9;QD=20.58;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1268,135,0 chrXIV 10660 . T C 337 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.23;MQ0=7;QD=10.87;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:42:370,42,0 chrXIV 10683 . T C 556 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.41;MQ0=6;MQRankSum=-1.646;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.559;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:66:589,66,0 chrXIV 10694 . T C 682 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.39;MQ0=5;QD=13.64;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:78:715,78,0 chrXIV 10708 . A G 970 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=4;QD=17.32;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1003,108,0 chrXIV 10817 . C A 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.92;MQ0=3;QD=18.87;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1241,129,0 chrXIV 10855 . T G 471 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.12;MQ0=9;QD=12.73;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:37:54:504,54,0 chrXIV 10888 . A G 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.15;MQ0=9;MQRankSum=0.731;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.731;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:6:49,6,0 chrXIV 10968 . G A 117.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=16.73;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:150,18,0 chrXIV 10975 . G T 149.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.18;MQ0=0;QD=18.63;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:182,21,0 chrXIV 10984 . C G 120.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.15;MQ0=0;QD=12.01;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:18:153,18,0 chrXIV 10986 . G T 121.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.15;MQ0=0;QD=12.11;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:18:154,18,0 chrXIV 11007 . C G 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.12;MQ0=0;QD=13.43;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:35:57:503,57,0 chrXIV 11046 . G A 581 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.17;MQ0=5;QD=13.51;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:66:614,66,0 chrXIV 11193 . G A 217.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.80;MQ0=5;QD=9.86;SB=-1.629e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:27:250,27,0 chrXIV 11336 . T C 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.84;MQ0=12;QD=2.33;SB=-8.463e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:9:81,9,0 chrXIV 11354 . T C 175.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.25;MQ0=7;QD=7.00;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:24:208,24,0 chrXIV 11758 . T C 319 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.91;MQ0=21;QD=6.13;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:39:352,39,0 chrXIV 12174 . T C 154.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.14;MQ0=32;QD=2.75;SB=-7.062e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:21:187,21,0 chrXIV 12185 . C T 175.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.29;MQ0=25;QD=3.37;SB=-2.704e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:24:208,24,0 chrXIV 12343 . A T 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.22;MQ0=23;QD=0.87;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:6:53,6,0 chrXIV 12373 . C T 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=6.10;MQ0=24;QD=0.84;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:6:53,6,0 chrXIV 12487 . A G 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.05;MQ0=31;QD=0.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:6:53,6,0 chrXIV 12563 . T G 345 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.47;MQ0=12;QD=11.90;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:42:378,42,0 chrXIV 12847 . T C 136.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.19;MQ0=13;QD=5.92;SB=-5.607e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:18:169,18,0 chrXIV 12862 . G A 225.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.29;MQ0=10;QD=10.23;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:27:258,27,0 chrXIV 12900 . G A 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.88;MQ0=2;QD=19.59;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:797,87,0 chrXIV 12930 . G A 620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.16;MQ0=0;QD=16.76;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:653,72,0 chrXIV 12941 . A G 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.79;MQ0=0;QD=17.00;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:679,72,0 chrXIV 12971 . A G 321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.28;MQ0=2;QD=10.35;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:39:354,39,0 chrXIV 13181 . T C 79.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.94;MQ0=6;QD=5.68;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:12:112,12,0 chrXIV 13209 . G T 87.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.59;MQ0=5;QD=5.82;SB=-2.556e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:15:120,15,0 chrXIV 13218 . A G 82.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.59;MQ0=5;MQRankSum=1.044;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.393;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:15:12:115,12,0 chrXIV 13308 . A G 82.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.82;MQ0=18;QD=3.75;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:12:115,12,0 chrXIV 13845 . C G 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.21;MQ0=19;QD=1.04;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:6:53,6,0 chrXIV 13968 . T C 103.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.28;MQ0=6;QD=9.39;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:136,15,0 chrXIV 14062 . A G 853 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.51;MQ0=36;QD=10.94;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:96:886,96,0 chrXIV 15135 . G C 193.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.99;MQ0=11;QD=3.57;SB=-2.381e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:27:226,27,0 chrXIV 15281 . C T 173.12 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=27;Dels=0.00;FS=6.286;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.35;MQ0=12;MQRankSum=0.196;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-3.610e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,15:27:5:204,5,0 chrXIV 15350 . T C 69.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.29;MQ0=9;MQRankSum=-0.731;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12:102,12,0 chrXIV 15432 . G A 165.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.67;MQ0=7;QD=10.32;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,12:16:21:198,21,0 chrXIV 15574 . G A 105.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.68;MQ0=3;QD=4.78;SB=-4.314e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:18:138,18,0 chrXIV 15593 . T C 329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.18;MQ0=0;QD=9.97;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:42:362,42,0 chrXIV 16877 . A G 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=1;MQRankSum=-4.104;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,8:39:43:43,0,685 chrXIV 17835 . A G 2621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.45;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2654,279,0 chrXIV 18306 . C T 2946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.02;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2979,315,0 chrXIV 18562 . A G 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=16.22;ReadPosRankSum=2.325;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:80:99:1331,144,0 chrXIV 18577 . A G 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:1147,123,0 chrXIV 18787 . C T 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.69;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:631,66,0 chrXIV 18838 . C T 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.96;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:607,63,0 chrXIV 19306 . C A 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=20.08;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1358,138,0 chrXIV 19308 . C G 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=19.42;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1315,138,0 chrXIV 19524 . C T 2777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=24.79;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2810,294,0 chrXIV 19595 . C T 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=24.67;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1464,150,0 chrXIV 19855 . G A 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=19.27;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1266,135,0 chrXIV 19943 . T C 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=18.85;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1164,126,0 chrXIV 20018 . A G 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.94;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:735,78,0 chrXIV 20525 . C T 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.91;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:690,72,0 chrXIV 20559 . C T 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.62;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:837,90,0 chrXIV 21301 . A G 3460.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=142;Dels=0.00;FS=4.137;HaplotypeScore=7.8281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=24.37;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:142:99:3460,372,0 chrXIV 21401 . G A 2057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.37;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2090,228,0 chrXIV 21451 . C A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.11;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1691,174,0 chrXIV 21854 . C T 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=22.50;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1023,108,0 chrXIV 21949 . T C 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=20.41;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1278,135,0 chrXIV 22021 . T C 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.74;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2075,222,0 chrXIV 22090 . C T 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=20.01;ReadPosRankSum=1.121;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2094,225,0 chrXIV 22397 . C T 2049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=23.28;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2082,216,0 chrXIV 22855 . A G 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=60;Dels=0.00;FS=4.486;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=20.67;ReadPosRankSum=1.674;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1273,138,0 chrXIV 23219 . T C 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.17;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1324,138,0 chrXIV 23270 . A G 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.62;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1413,150,0 chrXIV 23459 . G A 1085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=24.11;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1118,117,0 chrXIV 23540 . A G 1179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=17.86;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:66:99:1212,129,0 chrXIV 23851 . G A 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.243;DP=89;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=7.2788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=2.069;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.612;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:89:99:883,0,530 chrXIV 23867 . G T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;DP=105;Dels=0.00;FS=5.262;HaplotypeScore=8.0132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.887;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.250;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:105:99:535,0,981 chrXIV 23884 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=112;Dels=0.00;FS=2.476;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:685,0,1035 chrXIV 23905 . T A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.915;DP=128;Dels=0.00;FS=4.395;HaplotypeScore=73.9294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,61:128:56:955,0,56 chrXIV 24043 . C T 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.181;DP=128;Dels=0.00;FS=0.659;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-5.009;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.932;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:964,0,1209 chrXIV 24081 . A T 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DP=109;Dels=0.00;FS=3.962;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=10.64;ReadPosRankSum=1.574;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,60:109:99:1190,0,864 chrXIV 24177 . A G 1419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,76:133:99:1449,0,1192 chrXIV 24221 . T C 3472.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=24.11;ReadPosRankSum=0.798;SB=-1.380e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:144:99:3472,366,0 chrXIV 24263 . T A 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=96;Dels=0.00;FS=8.226;HaplotypeScore=12.2359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.529;QD=8.02;ReadPosRankSum=2.137;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:800,0,856 chrXIV 24285 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;DP=85;Dels=0.00;FS=2.933;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.954;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.926;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:85:99:613,0,759 chrXIV 24290 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=83;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.841;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.207;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:517,0,787 chrXIV 24336 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=88;Dels=0.00;FS=4.201;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.389;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:512,0,1019 chrXIV 24346 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=99;Dels=0.00;FS=1.625;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:690,0,962 chrXIV 24392 . T C 1124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=2.290;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,60:147:99:1154,0,1236 chrXIV 24416 . T C 1417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.265;DP=162;Dels=0.00;FS=3.704;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.873;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,81:162:99:1447,0,1579 chrXIV 24467 . C T 4594.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.97;SB=-2.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:200:99:4594,472,0 chrXIV 24509 . T A 1144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=164;Dels=0.00;FS=1.984;HaplotypeScore=14.9125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=6.98;ReadPosRankSum=2.086;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,69:164:99:1174,0,1821 chrXIV 24575 . T C 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.084;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:104:99:914,0,968 chrXIV 24616 . G T 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=21.58;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1716,180,0 chrXIV 24641 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=78;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=4.5450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:664,0,582 chrXIV 24680 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.114;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:718,0,606 chrXIV 24702 . G A 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=118;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=2.001;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,64:118:99:872,0,821 chrXIV 24781 . G A 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;DP=129;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=17.1321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=7.94;ReadPosRankSum=-2.323;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:129:99:1054,0,951 chrXIV 24809 . T C 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=7.28;ReadPosRankSum=-2.284;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:109:99:823,0,966 chrXIV 24857 . G T 1978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=19.02;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2011,210,0 chrXIV 24910 . G A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.258;DP=83;Dels=0.00;FS=1.859;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:771,0,608 chrXIV 25123 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;DP=52;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.104;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.161;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:319,0,453 chrXIV 25137 . G A 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=18.30;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1058,114,0 chrXIV 25142 . T C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=56;Dels=0.00;FS=1.214;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.389;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.621;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:331,0,508 chrXIV 25157 . G A 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.482;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.859;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:53:99:306,0,428 chrXIV 25167 . A T 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=51;Dels=0.00;FS=1.649;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.965;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:170,0,464 chrXIV 25197 . A G 128.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;DP=50;Dels=0.00;FS=17.038;HaplotypeScore=2.5830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.013;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.363;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:50:99:158,0,520 chrXIV 25340 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DP=74;Dels=0.00;FS=5.215;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.522;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:584,0,699 chrXIV 25369 . T C 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=22.42;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1513,162,0 chrXIV 25389 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=62;Dels=0.00;FS=11.081;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.191;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:581,0,451 chrXIV 25410 . A C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;DP=54;Dels=0.00;FS=2.476;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.769;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.989;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:379,0,493 chrXIV 25427 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.148;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.796;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:249,0,442 chrXIV 25436 . C T 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=43;Dels=0.00;FS=1.161;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:188,0,528 chrXIV 25455 . G C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=50;Dels=0.00;FS=4.003;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=2.296;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.632;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:453,0,259 chrXIV 25528 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=42;Dels=0.00;FS=1.250;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:381,0,433 chrXIV 25559 . G T 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DP=29;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:185,0,315 chrXIV 25631 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=51;Dels=0.00;FS=4.958;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.441;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:365,0,190 chrXIV 25651 . T C 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.465;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:62:99:195,0,363 chrXIV 25739 . G T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.815;DP=68;Dels=0.00;FS=4.818;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.620;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:478,0,699 chrXIV 25764 . G T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.966;DP=63;Dels=0.00;FS=6.775;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:477,0,581 chrXIV 25800 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=45;Dels=0.00;FS=6.235;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:419,0,447 chrXIV 25936 . C T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=39;Dels=0.00;FS=4.677;HaplotypeScore=6.3145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.742;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:267,0,457 chrXIV 26041 . A T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=47;Dels=0.00;FS=6.243;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:356,0,316 chrXIV 26085 . T C 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.904;DP=56;Dels=0.00;FS=2.329;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:155,0,609 chrXIV 26102 . C T 79.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:54:99:109,0,540 chrXIV 26378 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:241,0,378 chrXIV 26408 . G A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=26;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:217,0,266 chrXIV 26480 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=47;Dels=0.00;FS=6.062;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.756;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:409,0,447 chrXIV 26624 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=44;Dels=0.00;FS=2.670;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.785;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:304,0,508 chrXIV 26669 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DP=35;Dels=0.00;FS=5.305;HaplotypeScore=3.4907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=1;MQRankSum=-0.822;QD=5.60;ReadPosRankSum=-2.782;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:226,0,356 chrXIV 26675 . T C 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=1;MQRankSum=-3.011;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.587;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:80:80,0,337 chrXIV 26681 . C T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=28;Dels=0.00;FS=5.891;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQ0=1;MQRankSum=-1.342;QD=0.86;ReadPosRankSum=-2.757;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:54:54,0,323 chrXIV 26744 . G T 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.820;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.658;SB=-1.719e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,20:24:61:339,0,61 chrXIV 26783 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DP=35;Dels=0.00;FS=5.902;HaplotypeScore=8.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-2.659e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,26:35:99:388,0,126 chrXIV 26789 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=11.73;ReadPosRankSum=3.088;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,25:33:68:417,0,68 chrXIV 26795 . T C 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=41;Dels=0.00;FS=3.257;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,10:41:95:95,0,425 chrXIV 26953 . T C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;DP=37;Dels=0.00;FS=14.845;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.489;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:37:99:290,0,333 chrXIV 27007 . C T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=41;Dels=0.00;FS=12.708;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.274;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:272,0,416 chrXIV 27080 . G A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=27;Dels=0.00;FS=4.398;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.723;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:250,0,147 chrXIV 27233 . C T 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;DP=51;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:99:187,0,676 chrXIV 27266 . G T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.648;DP=45;Dels=0.00;FS=6.300;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.770;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:255,0,676 chrXIV 27283 . T C 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=23.76;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1007,108,0 chrXIV 27309 . G T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=44;Dels=0.00;FS=2.120;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.803;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:233,0,562 chrXIV 27347 . T C 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=20.59;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:589,63,0 chrXIV 27364 . C A 165.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;DP=29;Dels=0.00;FS=12.308;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.572;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:195,0,350 chrXIV 27513 . A G 269.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;DP=49;Dels=0.00;FS=14.514;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.129;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:299,0,597 chrXIV 27622 . T C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.477;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:348,0,687 chrXIV 27635 . T A 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.894;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.925;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:333,0,708 chrXIV 27814 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=58;Dels=0.00;FS=9.696;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.821;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:276,0,545 chrXIV 27844 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=80;Dels=0.00;FS=4.409;HaplotypeScore=10.9140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:80:99:436,0,603 chrXIV 27917 . C T 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=87;Dels=0.00;FS=11.224;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,50:87:99:976,0,632 chrXIV 28026 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=53;Dels=0.00;FS=12.969;HaplotypeScore=4.9216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:462,0,413 chrXIV 28085 . T G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.067;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:41:99:371,0,300 chrXIV 28335 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=54;Dels=0.00;FS=2.681;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.807;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,38:54:99:752,0,270 chrXIV 28353 . A G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;DP=48;Dels=0.00;FS=6.706;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,34:48:99:630,0,299 chrXIV 28602 . T A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DP=66;Dels=0.00;FS=2.080;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:626,0,373 chrXIV 28617 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=68;Dels=0.00;FS=6.493;HaplotypeScore=8.7065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=7.00;ReadPosRankSum=2.153;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:506,0,434 chrXIV 28660 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DP=90;Dels=0.00;FS=10.553;HaplotypeScore=5.5595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.195;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:90:99:327,0,781 chrXIV 28675 . T A 103.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.577;DP=92;Dels=0.00;FS=4.993;HaplotypeScore=5.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQ0=0;MQRankSum=-7.319;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:133,0,1143 chrXIV 28680 . A G 89.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=90;Dels=0.00;FS=5.265;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQ0=0;MQRankSum=-7.922;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.448;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:119,0,1122 chrXIV 28682 . C A 90.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.072;DP=90;Dels=0.00;FS=5.265;HaplotypeScore=1.8268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQ0=0;MQRankSum=-7.971;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.391;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:120,0,1099 chrXIV 28686 . T C 85.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DP=92;Dels=0.00;FS=3.592;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-8.110;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:115,0,1087 chrXIV 28703 . C A 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DP=92;Dels=0.00;FS=3.860;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=-6.873;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:92:99:160,0,996 chrXIV 28799 . G A 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DP=135;Dels=0.00;FS=4.369;HaplotypeScore=7.8083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,69:135:99:1304,0,1393 chrXIV 28847 . A G 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.408;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:1042,0,1089 chrXIV 29291 . C A 1367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=140;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.192;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,73:140:99:1397,0,1319 chrXIV 29320 . A C 1346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.168;DP=141;Dels=0.00;FS=4.530;HaplotypeScore=5.1020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.930;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.663;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,71:141:99:1376,0,1370 chrXIV 29515 . C T 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=145;Dels=0.00;FS=0.631;HaplotypeScore=4.9255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,78:145:99:1131,0,1011 chrXIV 29547 . A G 2707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=19.47;SB=-1.607e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2740,300,0 chrXIV 29555 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.413;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.628;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,57:130:99:874,0,1116 chrXIV 29633 . T C 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=103;Dels=0.00;FS=0.746;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.348;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:103:99:966,0,884 chrXIV 29975 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=79;Dels=0.00;FS=1.911;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=5.35;ReadPosRankSum=-2.214;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:79:99:453,0,725 chrXIV 29984 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.698;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:70:99:440,0,519 chrXIV 30413 . C T 1006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.750;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:1036,0,1090 chrXIV 30527 . A T 1409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=144;Dels=0.00;FS=3.957;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,77:144:99:1439,0,1249 chrXIV 30578 . G A 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;DP=110;Dels=0.00;FS=2.505;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.253;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:110:99:901,0,1009 chrXIV 30802 . G T 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.163;DP=139;Dels=0.00;FS=0.695;HaplotypeScore=9.4692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,68:139:99:1106,0,1312 chrXIV 31190 . T C 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.739;DP=129;Dels=0.00;FS=3.280;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.422;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.649;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,68:129:99:1232,0,1101 chrXIV 31429 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=75;Dels=0.00;FS=10.538;HaplotypeScore=11.1261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.949;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:533,0,388 chrXIV 31443 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=75;Dels=0.00;FS=10.148;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.741;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.925;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:618,0,320 chrXIV 31516 . G T 661.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.803;DP=108;Dels=0.00;FS=7.166;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.80;MQ0=0;MQRankSum=-7.964;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:108:99:691,0,904 chrXIV 31519 . C T 753.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=101;Dels=0.00;FS=10.900;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.67;MQ0=0;MQRankSum=-7.903;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:101:99:783,0,844 chrXIV 31526 . A G 582.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;DP=94;Dels=0.00;FS=11.324;HaplotypeScore=4.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.66;MQ0=0;MQRankSum=-8.167;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.506;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:612,0,823 chrXIV 31527 . C A 612.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DP=92;Dels=0.00;FS=11.062;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQ0=0;MQRankSum=-7.880;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.064;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:642,0,818 chrXIV 31542 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=75;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=18.6101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.92;MQ0=0;MQRankSum=-6.427;QD=6.99;ReadPosRankSum=2.697;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:554,0,504 chrXIV 31657 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DP=66;Dels=0.00;FS=7.801;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:442,0,636 chrXIV 31666 . T C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=48;Dels=0.00;FS=1.476;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.097;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:432,0,453 chrXIV 31693 . T C 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.945;DP=32;Dels=0.00;FS=5.366;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.776;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.284;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:161,0,323 chrXIV 31702 . A G 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=28;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.179;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.013;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:118,0,265 chrXIV 31722 . A T 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=25;Dels=0.00;FS=1.893;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.276;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.745;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:162,0,112 chrXIV 31748 . T C 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=27;Dels=0.00;FS=7.051;HaplotypeScore=4.7200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.583;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:42:270,0,42 chrXIV 31770 . C T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=33;Dels=0.00;FS=3.981;HaplotypeScore=3.9824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=9.39;ReadPosRankSum=2.324;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,24:33:30:340,0,30 chrXIV 31774 . C T 407.46 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=34;Dels=0.00;FS=1.879;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.725;SB=-1.565e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,26:34:1:436,0,1 chrXIV 31994 . C T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.446;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.147;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:300,0,545 chrXIV 32015 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.925;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:50:99:611,0,312 chrXIV 32285 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.290;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.761;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:567,0,543 chrXIV 32330 . A C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DP=69;Dels=0.00;FS=4.923;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.724;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:440,0,501 chrXIV 33086 . A G 389.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:419,0,306 chrXIV 33272 . G A 870 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=23.51;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:903,96,0 chrXIV 33359 . G A 523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.79;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:556,57,0 chrXIV 33540 . A G 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=19.96;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:512,54,0 chrXIV 33602 . T C 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=18.43;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:715,78,0 chrXIV 33651 . T C 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=19.39;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:673,72,0 chrXIV 33735 . G C 321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=13.37;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:39:354,39,0 chrXIV 33946 . G C 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.81;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1722,180,0 chrXIV 34054 . G A 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.21;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:542,54,0 chrXIV 34134 . C T 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=16.76;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:452,48,0 chrXIV 34185 . C T 78.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.491;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:57:108,0,57 chrXIV 34193 . G A 259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=13.63;SB=-2.402e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:30:292,30,0 chrXIV 34497 . G A 1295 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=23.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1328,141,0 chrXIV 34590 . G A 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.12;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:42:426,42,0 chrXIV 34650 . T A 537 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;QD=14.51;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60:570,60,0 chrXIV 34651 . A G 490 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;QD=13.24;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:57:523,57,0 chrXIV 34842 . C G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=50;Dels=0.00;FS=1.587;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.293;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:399,0,510 chrXIV 35550 . A G 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:716,78,0 chrXIV 35712 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.924;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:417,0,401 chrXIV 36225 . T C 2241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2274,243,0 chrXIV 36273 . A G 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.47;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1200,126,0 chrXIV 36441 . G A 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.45;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:811,87,0 chrXIV 36607 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=39;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:334,0,251 chrXIV 36738 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=39;Dels=0.00;FS=8.149;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.959;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:181,0,369 chrXIV 36744 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;DP=44;Dels=0.00;FS=11.692;HaplotypeScore=5.3859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:227,0,370 chrXIV 36849 . T A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:543,0,521 chrXIV 36933 . T C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DP=61;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=10.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:357,0,613 chrXIV 37063 . A G 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=24.33;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1420,150,0 chrXIV 37242 . A G 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;DP=83;Dels=0.00;FS=7.282;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:838,0,726 chrXIV 37484 . G C 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.214;DP=106;Dels=0.00;FS=23.414;HaplotypeScore=5.5413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.314;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:106:99:774,0,936 chrXIV 37492 . T A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=104;Dels=0.00;FS=20.423;HaplotypeScore=8.1356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:711,0,884 chrXIV 37528 . A G 1064.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=110;Dels=0.00;FS=5.007;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=9.67;ReadPosRankSum=2.022;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,62:110:99:1094,0,858 chrXIV 37676 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=9.70;ReadPosRankSum=3.529;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:60:99:612,0,489 chrXIV 37855 . C T 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.493;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,56:75:99:987,0,241 chrXIV 37986 . T C 1961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=20.01;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:1994,210,0 chrXIV 38125 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=51;Dels=0.00;FS=1.107;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.165;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:486,0,375 chrXIV 38446 . G C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:399,0,385 chrXIV 38764 . A T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DP=74;Dels=0.00;FS=3.719;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:511,0,971 chrXIV 38784 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.014;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:418,0,744 chrXIV 38851 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=76;Dels=0.00;FS=8.640;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:635,0,843 chrXIV 38880 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DP=79;Dels=0.00;FS=6.101;HaplotypeScore=6.8734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.005;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:654,0,892 chrXIV 39122 . T C 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2030,216,0 chrXIV 39235 . C A 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.784;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:107:99:806,0,1199 chrXIV 39282 . C T 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;DP=136;Dels=0.00;FS=0.708;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.267;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,67:136:99:1271,0,1466 chrXIV 39457 . A T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.471;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:598,0,532 chrXIV 39538 . A G 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=94;Dels=0.00;FS=2.112;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:852,0,1003 chrXIV 39652 . A G 1374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;DP=139;Dels=0.00;FS=5.173;HaplotypeScore=17.7971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,71:139:99:1404,0,1007 chrXIV 39847 . G T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DP=61;Dels=0.00;FS=6.566;HaplotypeScore=7.3312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:650,0,453 chrXIV 40035 . T G 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DP=140;Dels=0.00;FS=14.585;HaplotypeScore=21.4265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.871;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,59:140:99:1053,0,1238 chrXIV 40397 . A G 3308.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:3308,357,0 chrXIV 40439 . G A 2967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=21.19;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:3000,327,0 chrXIV 40607 . C A 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=23.25;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:99:963,99,0 chrXIV 40627 . G A 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=22.36;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1084,108,0 chrXIV 40663 . T C 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=4.281;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=19.52;ReadPosRankSum=1.629;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1341,138,0 chrXIV 40774 . C T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.292;DP=70;Dels=0.00;FS=3.335;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.809;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:578,0,749 chrXIV 40852 . A C 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=20.79;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1322,141,0 chrXIV 40912 . C T 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=19.08;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:739,81,0 chrXIV 40918 . A G 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=19.78;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:745,81,0 chrXIV 40990 . G A 94.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=29;Dels=0.00;FS=11.977;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.162;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:29:99:124,0,222 chrXIV 41218 . C T 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.11;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:65:99:1340,138,0 chrXIV 41680 . C T 2081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.77;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2114,222,0 chrXIV 41951 . C T 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=51;Dels=0.00;FS=12.824;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.699;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:340,0,610 chrXIV 42001 . A G 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=117;Dels=0.00;FS=15.357;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:1190,0,859 chrXIV 42031 . G A 2676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.91;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2709,279,0 chrXIV 42185 . G A 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.23;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:1986,207,0 chrXIV 42331 . G C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=61;Dels=0.00;FS=11.491;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:445,0,656 chrXIV 42341 . G A 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=21.99;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1660,168,0 chrXIV 42360 . A G 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=18.38;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1522,162,0 chrXIV 42589 . A C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;DP=41;Dels=0.00;FS=7.608;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.813;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:358,0,222 chrXIV 42594 . A T 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=17.58;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:701,72,0 chrXIV 42629 . C G 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;DP=44;Dels=0.00;FS=4.825;HaplotypeScore=5.8738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:197,0,486 chrXIV 42682 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=48;Dels=0.00;FS=8.405;HaplotypeScore=5.7889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.780;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:321,0,506 chrXIV 42770 . T C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=63;Dels=0.00;FS=8.737;HaplotypeScore=6.3560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.515;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:432,0,586 chrXIV 42819 . A G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;DP=55;Dels=0.00;FS=3.801;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:55:99:531,0,300 chrXIV 43038 . G C 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=2.223;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:57:57,0,145 chrXIV 43099 . A T 416.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.218;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.118;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:446,0,243 chrXIV 43100 . T C 417.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.192;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.013;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:447,0,193 chrXIV 43141 . G A 402.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:53:99:432,0,369 chrXIV 43155 . T C 361.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.770;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.750;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:391,0,371 chrXIV 43156 . C G 366.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.110;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:396,0,345 chrXIV 43311 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;DP=32;Dels=0.00;FS=3.153;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.336;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:305,0,377 chrXIV 43402 . C T 145.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:175,0,199 chrXIV 43500 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:411,0,265 chrXIV 43576 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DP=36;Dels=0.00;FS=12.844;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:310,0,401 chrXIV 43810 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DP=53;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:534,0,461 chrXIV 43912 . C T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=74;Dels=0.00;FS=1.924;HaplotypeScore=15.7149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:518,0,686 chrXIV 44002 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:410,0,526 chrXIV 44216 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.102;DP=65;Dels=0.00;FS=6.686;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=7.94;ReadPosRankSum=2.652;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:65:99:546,0,651 chrXIV 44256 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DP=78;Dels=0.00;FS=9.682;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=8.68;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:707,0,638 chrXIV 44266 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=77;Dels=0.00;FS=4.545;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.631;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:542,0,654 chrXIV 44605 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;DP=58;Dels=0.00;FS=7.363;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.294;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:406,0,490 chrXIV 44705 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.288;DP=68;Dels=0.00;FS=2.311;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=2.327;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:604,0,515 chrXIV 44718 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DP=72;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.938;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:505,0,545 chrXIV 44734 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=77;Dels=0.00;FS=4.850;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.928;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:77:99:514,0,628 chrXIV 44757 . T C 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=77;Dels=0.00;FS=3.493;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.687;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:77:99:1501,159,0 chrXIV 44920 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.250;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:68:99:581,0,558 chrXIV 45047 . T G 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=58;Dels=0.00;FS=3.751;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.033;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:446,0,710 chrXIV 45224 . T C 1488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;DP=174;Dels=0.00;FS=1.898;HaplotypeScore=11.9265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.778;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,84:174:99:1518,0,1504 chrXIV 45374 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.104;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:363,0,370 chrXIV 45407 . T C 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=17.73;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1079,114,0 chrXIV 45479 . G T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.553;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:74:99:415,0,615 chrXIV 45497 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=78;Dels=0.00;FS=3.022;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:493,0,629 chrXIV 45566 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=78;Dels=0.00;FS=2.246;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:519,0,634 chrXIV 45634 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=71;Dels=0.00;FS=5.709;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:486,0,394 chrXIV 46130 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=40;Dels=0.00;FS=1.360;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:270,0,330 chrXIV 46179 . G A 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=39;Dels=0.00;FS=4.978;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.188;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:247,0,444 chrXIV 46184 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=42;Dels=0.00;FS=4.852;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.324;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:273,0,470 chrXIV 46217 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.287;DP=47;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:359,0,484 chrXIV 46343 . A T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.965;DP=70;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:420,0,718 chrXIV 46489 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.234;DP=44;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.442;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:541,0,349 chrXIV 46554 . C T 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=20.28;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1108,114,0 chrXIV 46706 . G C 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=24.23;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1899,201,0 chrXIV 46739 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:574,0,553 chrXIV 46813 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=37;Dels=0.00;FS=21.504;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:246,0,472 chrXIV 46838 . G A 269.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=41;Dels=0.00;FS=26.999;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.928;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:299,0,450 chrXIV 46870 . A G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;DP=68;Dels=0.00;FS=7.537;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:607,0,465 chrXIV 46872 . A G 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;DP=68;Dels=0.00;FS=9.383;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.222;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:427,0,655 chrXIV 46932 . T G 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.372;DP=96;Dels=0.00;FS=2.705;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.794;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:96:99:748,0,1073 chrXIV 47132 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=49;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:311,0,556 chrXIV 47216 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.548;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:459,0,271 chrXIV 47277 . C T 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=72;Dels=0.00;FS=12.166;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,46:72:99:743,0,335 chrXIV 47307 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;DP=65;Dels=0.00;FS=9.190;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=10.18;ReadPosRankSum=2.164;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:692,0,289 chrXIV 47497 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;DP=57;Dels=0.00;FS=3.783;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.015;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:464,0,523 chrXIV 47572 . A T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.352;DP=67;Dels=0.00;FS=2.103;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.084;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:727,0,455 chrXIV 47627 . G A 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;DP=59;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,43:59:99:934,0,250 chrXIV 47695 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;DP=46;Dels=0.00;FS=2.797;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,32:46:99:502,0,250 chrXIV 47714 . G T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.394;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:429,0,250 chrXIV 47746 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DP=54;Dels=0.00;FS=2.511;HaplotypeScore=4.4237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.888;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:614,0,354 chrXIV 48004 . C T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.611;DP=88;Dels=0.00;FS=18.328;HaplotypeScore=8.7566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.548;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:88:99:729,0,867 chrXIV 48057 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;DP=88;Dels=0.00;FS=12.722;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:850,0,810 chrXIV 48279 . T A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.089;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,54:121:99:888,0,1189 chrXIV 48310 . G T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.237;DP=90;Dels=0.00;FS=1.753;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.608;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:90:99:660,0,766 chrXIV 48338 . T C 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;DP=86;Dels=0.00;FS=3.017;HaplotypeScore=113.5314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.383;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:762,0,559 chrXIV 48383 . G C 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;DP=74;Dels=0.00;FS=10.882;HaplotypeScore=11.8367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.206;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:74:99:706,0,363 chrXIV 48399 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=60;Dels=0.00;FS=12.382;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:557,0,422 chrXIV 48463 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=40;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=4.5036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:372,0,388 chrXIV 48880 . A G 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=19.11;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:931,99,0 chrXIV 48883 . G A 671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=14.28;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:81:704,81,0 chrXIV 48964 . C T 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=21.47;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1171,126,0 chrXIV 49325 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=62;Dels=0.00;FS=2.617;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:581,0,596 chrXIV 49610 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=79;Dels=0.00;FS=9.997;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.781;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:769,0,839 chrXIV 49709 . C T 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;DP=71;Dels=0.00;FS=5.048;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.385;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.692;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:71:99:790,0,600 chrXIV 50086 . G T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=78;Dels=0.00;FS=1.925;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.822;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.158;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:78:99:481,0,825 chrXIV 50094 . T G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;DP=67;Dels=0.00;FS=2.096;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:732,0,459 chrXIV 50288 . G A 1949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.42;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1982,204,0 chrXIV 50444 . A G 2168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=21.25;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:102:99:2201,234,0 chrXIV 50452 . G A 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.563;DP=100;Dels=0.00;FS=14.729;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.726;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:935,0,918 chrXIV 50576 . A G 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=119;Dels=0.00;FS=1.494;HaplotypeScore=12.1812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=8.33;ReadPosRankSum=2.627;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:119:99:1021,0,880 chrXIV 50593 . G A 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.786;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.823;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:927,0,767 chrXIV 50641 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.044;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:641,0,904 chrXIV 50736 . A G 2739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2772,291,0 chrXIV 50744 . T C 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;DP=122;Dels=0.00;FS=12.844;HaplotypeScore=11.3170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.692;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.261;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,56:122:99:1006,0,1198 chrXIV 50927 . G A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=56;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=5.8635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.146;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:56:99:511,0,361 chrXIV 51041 . G A 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=21.72;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2379,246,0 chrXIV 51050 . C A 2347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=20.59;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2380,246,0 chrXIV 51132 . T C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.988;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:814,0,754 chrXIV 51266 . C T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.455;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:648,0,128 chrXIV 51572 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.830;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,31:48:99:546,0,187 chrXIV 51825 . A G 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DP=72;Dels=0.00;FS=4.603;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:588,0,541 chrXIV 51838 . C T 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DP=72;Dels=0.00;FS=6.434;HaplotypeScore=5.4952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.314;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:72:99:693,0,511 chrXIV 52243 . C T 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=19.53;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1400,147,0 chrXIV 52659 . G T 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.28;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1033,111,0 chrXIV 52850 . C G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=46;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:352,0,332 chrXIV 52925 . A T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=28;Dels=0.00;FS=3.556;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.329;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:178,0,237 chrXIV 52985 . C T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DP=30;Dels=0.00;FS=1.477;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=8.23;ReadPosRankSum=-2.011;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:277,0,188 chrXIV 53150 . T G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DP=51;Dels=0.00;FS=16.040;HaplotypeScore=3.9853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.254;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:310,0,450 chrXIV 53465 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:266,0,273 chrXIV 53556 . A G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=54;Dels=0.00;FS=5.528;HaplotypeScore=5.4073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.750;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:202,0,521 chrXIV 53675 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=72;Dels=0.00;FS=16.447;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.332;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:495,0,695 chrXIV 53756 . G A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=99;Dels=0.00;FS=11.832;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.251;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:783,0,1036 chrXIV 54190 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=66;Dels=0.00;FS=4.891;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=6.23;ReadPosRankSum=2.083;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:441,0,646 chrXIV 54428 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.698;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:59:99:465,0,480 chrXIV 54509 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;DP=81;Dels=0.00;FS=7.435;HaplotypeScore=7.1420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.923;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:429,0,686 chrXIV 54560 . A G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.858;DP=114;Dels=0.00;FS=0.697;HaplotypeScore=12.1664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=2.321;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:114:99:877,0,1016 chrXIV 54694 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=54;Dels=0.00;FS=16.689;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=5.72;ReadPosRankSum=-2.204;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:339,0,625 chrXIV 54722 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;DP=48;Dels=0.00;FS=17.532;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.864;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:205,0,602 chrXIV 54935 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DP=130;Dels=0.00;FS=1.416;HaplotypeScore=11.3393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.140;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,57:130:99:992,0,1191 chrXIV 54995 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;DP=85;Dels=0.00;FS=4.237;HaplotypeScore=5.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:85:99:445,0,957 chrXIV 55037 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=35;Dels=0.00;FS=3.111;HaplotypeScore=2.4595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.650;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:307,0,366 chrXIV 55235 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.641;DP=61;Dels=0.00;FS=3.735;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:61:99:596,0,352 chrXIV 55368 . C T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=39;Dels=0.00;FS=1.239;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:265,0,392 chrXIV 55664 . G A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;DP=38;Dels=0.00;FS=1.410;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.582;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,27:38:99:483,0,108 chrXIV 56359 . T A 54.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:84:84,0,150 chrXIV 57343 . C T 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.735;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:227,0,317 chrXIV 57346 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.207;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:207,0,261 chrXIV 57408 . G C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=25;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:25:99:175,0,254 chrXIV 57579 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=64;Dels=0.00;FS=3.504;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.915;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:542,0,598 chrXIV 57838 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=38;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.593;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:38:99:458,0,254 chrXIV 57896 . C T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=2.034;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:698,0,424 chrXIV 57930 . G A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=2.188;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:103:99:975,0,711 chrXIV 58009 . G T 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;DP=91;Dels=0.00;FS=7.141;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:683,0,704 chrXIV 58013 . G A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=93;Dels=0.00;FS=10.899;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:593,0,657 chrXIV 58049 . C T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DP=79;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=11.5035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=1.761;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:676,0,576 chrXIV 58106 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=53;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.978;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.956;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:576,0,374 chrXIV 58117 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;DP=52;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.539;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:523,0,404 chrXIV 58193 . G A 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=51;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:515,0,304 chrXIV 58317 . T C 2324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=24.99;SB=-8.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2357,243,0 chrXIV 58424 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.223;DP=79;Dels=0.00;FS=4.603;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=2.955;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.734;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:598,0,956 chrXIV 58553 . T C 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DP=91;Dels=0.00;FS=7.049;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:833,0,859 chrXIV 58685 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DP=60;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.864;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:455,0,651 chrXIV 58697 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.927;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:361,0,625 chrXIV 59823 . G A 1516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=157;Dels=0.00;FS=9.715;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.668;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,86:157:99:1546,0,1396 chrXIV 59998 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=34;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:300,0,344 chrXIV 60029 . T C 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=23.62;ReadPosRankSum=1.625;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:84:789,84,0 chrXIV 60034 . A T 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.012;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:180,0,504 chrXIV 60096 . A G 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.943;DP=38;Dels=0.00;FS=8.302;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:38:99:313,0,279 chrXIV 60098 . G C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=39;Dels=0.00;FS=7.282;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:39:99:303,0,277 chrXIV 60233 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=78;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=11.2108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.867;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:78:99:575,0,752 chrXIV 60302 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.491;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:415,0,583 chrXIV 60401 . T C 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;DP=39;Dels=0.00;FS=1.243;HaplotypeScore=7.5786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.464;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:309,0,226 chrXIV 60639 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=51;Dels=0.00;FS=2.386;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:391,0,444 chrXIV 60667 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=47;Dels=0.00;FS=6.819;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.617;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:47:99:270,0,445 chrXIV 61469 . C T 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=19.66;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1802,189,0 chrXIV 61487 . C T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=91;Dels=0.00;FS=2.805;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.138;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.314;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:606,0,836 chrXIV 61689 . A G 579.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=67;Dels=0.00;FS=3.347;HaplotypeScore=4.8131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.082;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:609,0,453 chrXIV 61703 . T C 368.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.449;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:398,0,515 chrXIV 61731 . T C 292.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.638;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:322,0,507 chrXIV 62457 . G A 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=138;Dels=0.00;FS=2.306;HaplotypeScore=24.5265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.045;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,72:138:99:1013,0,1216 chrXIV 62535 . T A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.877;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.746;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:492,0,743 chrXIV 62564 . G A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=56;Dels=0.00;FS=10.988;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.800;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:56:99:219,0,585 chrXIV 62649 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:89:99:424,0,967 chrXIV 62825 . A T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=100;Dels=0.00;FS=0.778;HaplotypeScore=12.2639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.107;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:774,0,931 chrXIV 62842 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;DP=90;Dels=0.00;FS=5.322;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:559,0,752 chrXIV 63030 . A G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=110;Dels=0.00;FS=9.358;HaplotypeScore=6.3637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.197;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:110:99:946,0,1065 chrXIV 63085 . T A 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=83;Dels=0.00;FS=2.982;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.783;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.826;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:83:99:814,0,814 chrXIV 63141 . A T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.957;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:600,0,648 chrXIV 63142 . A T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:543,0,650 chrXIV 63207 . T G 1788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=88;Dels=0.00;FS=2.791;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=20.32;ReadPosRankSum=2.338;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:1821,198,0 chrXIV 63313 . G T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.904;DP=85;Dels=0.00;FS=1.908;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:85:99:756,0,781 chrXIV 63361 . G T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.152;DP=101;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=126.1179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.796;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,24:101:99:277,0,400 chrXIV 63403 . C T 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=12.92;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:1726,180,0 chrXIV 63750 . T C 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=109;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.824;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.621;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:109:99:976,0,946 chrXIV 63980 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=65;Dels=0.00;FS=2.118;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:514,0,483 chrXIV 64081 . G A 2710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=21.17;SB=-1.632e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2743,294,0 chrXIV 64096 . A G 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;DP=129;Dels=0.00;FS=5.387;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.090;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,57:129:99:914,0,1252 chrXIV 64329 . G A 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DP=77;Dels=0.00;FS=3.105;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:77:99:808,0,557 chrXIV 64357 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.948;DP=88;Dels=0.00;FS=0.797;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.560;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:796,0,808 chrXIV 64617 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=81;Dels=0.00;FS=1.799;HaplotypeScore=4.1112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:546,0,826 chrXIV 64664 . A G 1790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=23.87;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1823,195,0 chrXIV 64820 . C A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;DP=57;Dels=0.00;FS=7.219;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:589,0,576 chrXIV 64834 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=65;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.699;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:689,0,676 chrXIV 64897 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=76;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:434,0,824 chrXIV 64927 . G A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.778;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:628,0,357 chrXIV 64948 . A T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=57;Dels=0.00;FS=3.804;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.740;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:596,0,362 chrXIV 65061 . T C 489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=25.74;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:54:522,54,0 chrXIV 65101 . C G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=38;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.036;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:38:99:271,0,236 chrXIV 65107 . C T 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=41;Dels=0.00;FS=5.158;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:41:99:249,0,276 chrXIV 65224 . G C 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=75;Dels=0.00;FS=6.020;HaplotypeScore=13.5714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.140;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:75:99:674,0,634 chrXIV 65258 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.121;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:548,0,734 chrXIV 65294 . A G 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=92;Dels=0.00;FS=1.992;HaplotypeScore=8.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=2.003;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:843,0,826 chrXIV 65331 . C T 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=22.31;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1929,213,0 chrXIV 65473 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=50;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:298,0,457 chrXIV 65493 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=59;Dels=0.00;FS=2.376;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:552,0,443 chrXIV 65527 . A T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=69;Dels=0.01;FS=1.004;HaplotypeScore=5.6212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=1.760;QD=8.75;ReadPosRankSum=2.736;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:634,0,530 chrXIV 65647 . A T 3159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=24.30;ReadPosRankSum=1.625;SB=-1.766e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:3192,330,0 chrXIV 65700 . T C 1325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=129;Dels=0.00;FS=6.763;HaplotypeScore=10.1709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.558;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,73:129:99:1355,0,912 chrXIV 65938 . T C 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=19.74;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1237,132,0 chrXIV 66215 . C T 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.34;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1686,168,0 chrXIV 66654 . T C 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=19.90;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1366,147,0 chrXIV 66768 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DP=73;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=8.0575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.240;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:557,0,710 chrXIV 66837 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=72;Dels=0.00;FS=3.228;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.512;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:610,0,816 chrXIV 66973 . G A 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=2.096;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:63:99:745,0,289 chrXIV 67042 . C A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.383;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.933;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.871;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:535,0,463 chrXIV 67140 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=2.402;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.565;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:332,0,475 chrXIV 67383 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DP=49;Dels=0.00;FS=2.670;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:49:99:294,0,534 chrXIV 68040 . G C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DP=41;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=4.7687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.214;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:41:99:515,0,255 chrXIV 68188 . C G 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DP=67;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=7.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:67:99:459,0,889 chrXIV 68221 . T A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;DP=49;Dels=0.00;FS=4.609;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:621,0,307 chrXIV 68234 . T A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.459;DP=41;Dels=0.00;FS=10.099;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:565,0,247 chrXIV 68498 . G A 1327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=121;Dels=0.00;FS=3.377;HaplotypeScore=6.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,67:121:99:1357,0,960 chrXIV 69145 . A C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:269,0,226 chrXIV 69651 . C T 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;DP=28;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.659;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:28:99:245,0,298 chrXIV 69768 . A T 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=73;Dels=0.00;FS=2.036;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:695,0,763 chrXIV 69824 . C T 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=47;Dels=0.00;FS=5.138;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:488,0,478 chrXIV 69925 . T C 83.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;DP=21;Dels=0.00;FS=17.311;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.440;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:113,0,294 chrXIV 70291 . G A 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.526;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:231,0,396 chrXIV 70533 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=45;Dels=0.00;FS=2.650;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:406,0,300 chrXIV 70597 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DP=64;Dels=0.00;FS=5.067;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:64:99:730,0,426 chrXIV 71495 . T C 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.359;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,62:123:99:1075,0,801 chrXIV 71660 . C A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;DP=86;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:796,0,736 chrXIV 71751 . G C 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=52;Dels=0.00;FS=5.909;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:483,0,563 chrXIV 71784 . G A 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=25.27;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1423,147,0 chrXIV 71817 . C G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=62;Dels=0.00;FS=5.091;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=8.87;ReadPosRankSum=2.168;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:580,0,586 chrXIV 72005 . T A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DP=97;Dels=0.00;FS=6.503;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.624;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:1069,0,860 chrXIV 72126 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DP=64;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=3.8572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.826;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:581,0,674 chrXIV 72483 . G A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=94;Dels=0.00;FS=5.274;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:826,0,994 chrXIV 72729 . A T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;DP=99;Dels=0.00;FS=1.747;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.313;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:781,0,1038 chrXIV 72937 . G A 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.729;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:935,0,660 chrXIV 72978 . G T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=96;Dels=0.00;FS=0.801;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:96:99:607,0,966 chrXIV 73200 . A C 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.545;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.277;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,54:125:99:1022,0,1464 chrXIV 73388 . G A 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=93;Dels=0.00;FS=1.726;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:93:99:1008,0,777 chrXIV 74437 . T G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=74;Dels=0.00;FS=1.994;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:74:99:727,0,572 chrXIV 74470 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=2.793;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.226;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:705,0,358 chrXIV 74523 . A C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;DP=53;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.062;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:473,0,556 chrXIV 74571 . A T 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.639;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.162;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:543,0,583 chrXIV 74607 . T A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=64;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.584;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:660,0,440 chrXIV 74669 . T A 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.243;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:903,0,667 chrXIV 74814 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.896;DP=49;Dels=0.00;FS=13.409;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.753;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:548,0,287 chrXIV 75290 . A G 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.749;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=9.57;ReadPosRankSum=2.174;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:100:99:987,0,870 chrXIV 75636 . C T 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=100;Dels=0.00;FS=1.715;HaplotypeScore=8.0778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.459;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:100:99:822,0,1024 chrXIV 75675 . G A 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,63:121:99:1104,0,1109 chrXIV 76793 . G A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=44;Dels=0.00;FS=4.635;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:274,0,485 chrXIV 76810 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=41;Dels=0.00;FS=16.009;HaplotypeScore=1.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:270,0,463 chrXIV 76856 . A T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;DP=42;Dels=0.00;FS=15.322;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.761;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:347,0,385 chrXIV 77006 . G A 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=38;Dels=0.00;FS=3.279;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.792;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:183,0,445 chrXIV 77017 . A T 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=17.74;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:867,96,0 chrXIV 77028 . G T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=46;Dels=0.00;FS=1.152;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:239,0,508 chrXIV 77029 . A G 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.081;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:247,0,486 chrXIV 77065 . G A 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:430,0,473 chrXIV 77179 . T C 323.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=54;Dels=0.00;FS=19.915;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.437;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:353,0,510 chrXIV 77182 . G A 315.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.096;DP=51;Dels=0.00;FS=24.813;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.411;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:345,0,558 chrXIV 77185 . T C 277.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=50;Dels=0.00;FS=24.194;HaplotypeScore=3.1091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.743;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:307,0,545 chrXIV 77273 . T C 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;DP=30;Dels=0.00;FS=5.710;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.465;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:245,0,258 chrXIV 77306 . T C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DP=33;Dels=0.00;FS=3.270;HaplotypeScore=6.1983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.437;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:33:99:269,0,277 chrXIV 77473 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.946;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.778;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:51:99:700,0,254 chrXIV 77525 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DP=56;Dels=0.00;FS=18.312;HaplotypeScore=8.8215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.082;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:481,0,561 chrXIV 77543 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DP=57;Dels=0.00;FS=12.585;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.028;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:451,0,640 chrXIV 77910 . A T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DP=95;Dels=0.00;FS=10.427;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:95:99:658,0,1059 chrXIV 77941 . C T 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=84;Dels=0.00;FS=14.356;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.013;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:84:99:396,0,938 chrXIV 77956 . A G 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;DP=77;Dels=0.00;FS=15.462;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.887;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.480;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:166,0,1004 chrXIV 77972 . C T 64.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=68;Dels=0.00;FS=11.531;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQ0=0;MQRankSum=-7.036;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.282;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:94:94,0,742 chrXIV 77977 . T C 59.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DP=71;Dels=0.00;FS=19.104;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-7.141;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.474;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:89:89,0,745 chrXIV 77980 . G A 108.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DP=68;Dels=0.00;FS=15.785;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-6.418;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.221;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:138,0,701 chrXIV 78004 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=64;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.958;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.224;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:64:99:273,0,663 chrXIV 78023 . C T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=59;Dels=0.00;FS=7.155;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:360,0,643 chrXIV 78037 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DP=63;Dels=0.00;FS=11.316;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=4.65;ReadPosRankSum=2.243;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:323,0,681 chrXIV 78115 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.292;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:657,0,709 chrXIV 78245 . T C 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=103;Dels=0.00;FS=0.747;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:1131,0,911 chrXIV 78386 . C A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.300;DP=63;Dels=0.00;FS=3.629;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.989;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:629,0,567 chrXIV 78583 . T C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=116;Dels=0.00;FS=3.555;HaplotypeScore=11.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.875;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:116:99:797,0,1121 chrXIV 78684 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DP=67;Dels=0.00;FS=3.451;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:558,0,553 chrXIV 78788 . G A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.402;DP=70;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:820,0,458 chrXIV 79032 . A T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=62;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=3.5271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:400,0,534 chrXIV 79165 . A G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=53;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.817;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:435,0,287 chrXIV 79183 . G T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.740;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:331,0,298 chrXIV 79205 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;DP=49;Dels=0.00;FS=7.144;HaplotypeScore=4.3460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:273,0,302 chrXIV 79238 . C T 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=48;Dels=0.00;FS=4.417;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.100;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:48:99:147,0,558 chrXIV 79250 . C T 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=45;Dels=0.00;FS=10.221;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.051;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.089;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:120,0,629 chrXIV 79325 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=35;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.050;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:315,0,447 chrXIV 79592 . A G 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=39;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:91:91,0,516 chrXIV 80375 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=49;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.043;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.021;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:470,0,524 chrXIV 80433 . C G 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=20.72;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:93:862,93,0 chrXIV 80633 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:318,0,353 chrXIV 81141 . T G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.137;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:475,0,789 chrXIV 81155 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=1.046;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:65:99:705,0,496 chrXIV 81581 . T A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DP=37;Dels=0.00;FS=7.610;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:404,0,373 chrXIV 81624 . C G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=35;Dels=0.00;FS=1.330;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.315;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:282,0,361 chrXIV 81740 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:409,0,472 chrXIV 81857 . A C 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.668;DP=103;Dels=0.00;FS=11.388;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.812;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:103:99:890,0,928 chrXIV 82142 . C T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;DP=60;Dels=0.00;FS=14.072;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.357;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:644,0,501 chrXIV 82505 . G T 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=73;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.409;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:73:99:763,0,594 chrXIV 82802 . G A 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.32;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:1689,174,0 chrXIV 83130 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=55;Dels=0.00;FS=7.450;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:489,0,593 chrXIV 83393 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=31;Dels=0.00;FS=1.449;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.642;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:31:99:321,0,151 chrXIV 83714 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:591,0,236 chrXIV 84166 . C T 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.263;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:89:99:866,0,785 chrXIV 84464 . G C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.438;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:548,0,835 chrXIV 84727 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=81;Dels=0.00;FS=3.081;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.650;QD=6.49;ReadPosRankSum=1.639;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:556,0,746 chrXIV 84728 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;DP=82;Dels=0.00;FS=3.081;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.970;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.478;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:82:99:537,0,755 chrXIV 84859 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=40;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:384,0,197 chrXIV 84877 . G A 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=40;Dels=0.00;FS=2.928;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:179,0,473 chrXIV 85056 . A G 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=89;Dels=0.00;FS=10.397;HaplotypeScore=5.8258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:723,0,913 chrXIV 85225 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;DP=39;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.239;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:428,0,381 chrXIV 85237 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=36;Dels=0.00;FS=7.180;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:318,0,234 chrXIV 85261 . G A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=25;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:177,0,250 chrXIV 85300 . C T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;DP=45;Dels=0.00;FS=1.293;HaplotypeScore=2.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.998;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:564,0,261 chrXIV 85381 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DP=73;Dels=0.00;FS=12.273;HaplotypeScore=4.9519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.242;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:496,0,659 chrXIV 85405 . A G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=74;Dels=0.00;FS=18.593;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:619,0,608 chrXIV 85474 . T A 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:897,0,728 chrXIV 85621 . G C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=4.24;ReadPosRankSum=-2.395;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:42:99:208,0,514 chrXIV 85777 . T C 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DP=77;Dels=0.00;FS=0.913;HaplotypeScore=8.7606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:803,0,607 chrXIV 85954 . T C 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:197,0,245 chrXIV 86042 . G T 1825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.51;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1858,192,0 chrXIV 86180 . T C 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.025;DP=89;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.352;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:778,0,858 chrXIV 86216 . G A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=63;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=6.7991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:674,0,431 chrXIV 86730 . A G 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.944;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:55:55,0,205 chrXIV 86790 . T G 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.098;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:187,0,234 chrXIV 86934 . C T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.809;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:674,0,591 chrXIV 87195 . C T 182.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=40;Dels=0.00;FS=1.986;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.341;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:212,0,378 chrXIV 87229 . G T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=52;Dels=0.00;FS=3.750;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=9.77;ReadPosRankSum=-2.070;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:538,0,370 chrXIV 87310 . A G 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=100;Dels=0.00;FS=7.984;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:785,0,1159 chrXIV 87319 . A G 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.579;DP=103;Dels=0.00;FS=13.104;HaplotypeScore=44.7830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.874;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:103:99:731,0,1135 chrXIV 87321 . G A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=106;Dels=0.00;FS=9.467;HaplotypeScore=48.0608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.544;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:106:99:781,0,1112 chrXIV 87439 . G C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;DP=49;Dels=0.00;FS=6.592;HaplotypeScore=4.2271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.693;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:370,0,614 chrXIV 87852 . G A 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DP=130;Dels=0.00;FS=0.663;HaplotypeScore=18.7050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.112;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,62:130:99:1129,0,1146 chrXIV 88100 . C A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=62;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:249,0,481 chrXIV 88106 . A T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DP=61;Dels=0.00;FS=2.564;HaplotypeScore=6.1686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:238,0,497 chrXIV 88388 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;DP=50;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.446;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:345,0,497 chrXIV 88496 . C G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=1.716;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.084;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:31:99:399,0,176 chrXIV 88950 . C T 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=25.40;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1811,186,0 chrXIV 88974 . T C 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=21.92;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1611,174,0 chrXIV 89040 . G A 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;DP=87;Dels=0.00;FS=7.556;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=11.31;ReadPosRankSum=1.733;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1014,0,761 chrXIV 89169 . A G 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.43;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1491,162,0 chrXIV 89448 . G A 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DP=126;Dels=0.00;FS=5.760;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:126:99:1011,0,1381 chrXIV 89451 . T C 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=130;Dels=0.00;FS=11.853;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,52:130:99:966,0,1428 chrXIV 89494 . A G 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=18.34;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1592,171,0 chrXIV 89495 . T G 1624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=19.11;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1657,174,0 chrXIV 89543 . T G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;DP=88;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.477;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:395,0,620 chrXIV 89675 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DP=107;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=14.8755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,37:107:99:521,0,1389 chrXIV 89762 . A G 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DP=143;Dels=0.00;FS=5.040;HaplotypeScore=17.1756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.954;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,65:143:99:1207,0,1517 chrXIV 89776 . C T 1342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.439;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,68:129:99:1372,0,1281 chrXIV 89837 . C T 1095.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=102;Dels=0.00;FS=5.066;HaplotypeScore=12.5272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:1125,0,827 chrXIV 90029 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.469;DP=78;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=4.2712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.688;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:706,0,600 chrXIV 90031 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.161;DP=78;Dels=0.01;FS=3.114;HaplotypeScore=18.6936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.352;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:77:99:721,0,567 chrXIV 90251 . T G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;DP=84;Dels=0.00;FS=7.380;HaplotypeScore=6.6809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:573,0,735 chrXIV 90358 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=55;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:568,0,493 chrXIV 90414 . T C 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=21.58;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1069,111,0 chrXIV 90478 . C T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=60;Dels=0.00;FS=5.057;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.267;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:581,0,321 chrXIV 90752 . G A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=55;Dels=0.00;FS=5.668;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.735;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.330;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:468,0,385 chrXIV 90876 . C A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.566;DP=75;Dels=0.00;FS=0.906;HaplotypeScore=13.3649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.424;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.834;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:75:99:660,0,555 chrXIV 90956 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=49;Dels=0.00;FS=14.066;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.224;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:354,0,450 chrXIV 91169 . G A 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.207;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:79:99:760,0,650 chrXIV 91671 . C A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=51;Dels=0.00;FS=4.267;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.987;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:318,0,350 chrXIV 91897 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.230;DP=54;Dels=0.00;FS=1.542;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.248;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:54:99:637,0,291 chrXIV 92329 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.500;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:572,0,548 chrXIV 92407 . A G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=52;Dels=0.00;FS=7.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:292,0,626 chrXIV 92476 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DP=47;Dels=0.00;FS=2.970;HaplotypeScore=7.6106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:391,0,401 chrXIV 92908 . A T 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=98;Dels=0.00;FS=8.003;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:978,0,789 chrXIV 93043 . A G 1323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=147;Dels=0.00;FS=1.347;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.320;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.184;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,72:147:99:1353,0,1194 chrXIV 93082 . C T 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DP=141;Dels=0.00;FS=7.638;HaplotypeScore=8.7623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.495;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,64:141:99:1042,0,1293 chrXIV 93149 . A G 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=110;Dels=0.00;FS=1.535;HaplotypeScore=11.2330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.448;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:1001,0,844 chrXIV 93328 . A G 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.633;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:798,0,1200 chrXIV 93517 . T C 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=98;Dels=0.00;FS=2.758;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=2.536;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.439;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:1007,0,987 chrXIV 93790 . T C 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;DP=120;Dels=0.00;FS=8.570;HaplotypeScore=8.0172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,60:120:99:1130,0,1168 chrXIV 94390 . G A 1123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=90;Dels=0.00;FS=14.394;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.501;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,59:90:99:1153,0,501 chrXIV 94480 . T A 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=80;Dels=0.00;FS=3.077;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.472;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.324;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:894,0,662 chrXIV 94896 . A C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:53:99:394,0,488 chrXIV 95089 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=98;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=7.9689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:837,0,1204 chrXIV 95393 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;DP=91;Dels=0.00;FS=1.921;HaplotypeScore=9.5989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.018;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,32:91:99:550,0,1221 chrXIV 95510 . C T 1768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.26;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1801,186,0 chrXIV 95692 . G A 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.80;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1559,162,0 chrXIV 96083 . C T 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;DP=116;Dels=0.00;FS=10.294;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:116:99:998,0,1089 chrXIV 96132 . T C 2196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;DP=210;Dels=0.00;FS=6.774;HaplotypeScore=17.8103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=3.700;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.062;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,113:210:99:2226,0,1564 chrXIV 96181 . C A 4244.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=26.53;SB=-2.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:4244,442,0 chrXIV 96218 . G A 1199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;DP=98;Dels=0.02;FS=2.856;HaplotypeScore=18.2352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.19;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,64:96:99:1229,0,590 chrXIV 96228 . C T 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=74;Dels=0.00;FS=16.103;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,48:74:99:1000,0,401 chrXIV 96324 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=27;Dels=0.00;FS=4.039;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:99:326,0,109 chrXIV 96482 . T C 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DP=55;Dels=0.00;FS=40.134;HaplotypeScore=5.5613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.33;MQ0=2;MQRankSum=3.632;QD=18.02;ReadPosRankSum=2.235;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:55:99:1024,111,0 chrXIV 96490 . T A 1043 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=57;Dels=0.00;FS=33.177;HaplotypeScore=1.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.23;MQ0=4;MQRankSum=3.270;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,47:57:89:1076,89,0 chrXIV 97900 . C G 82.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.82;MQ0=96;MQRankSum=1.532;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.143;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:98,9:107:12:115,12,0 chrXIV 98026 . T C 1130 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.45;MQ0=13;QD=15.07;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:75:99:1163,135,0 chrXIV 98031 . G T 893 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.68;MQ0=11;QD=14.40;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:62:99:926,105,0 chrXIV 98047 . G A 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.95;MQ0=6;MQRankSum=0.903;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:151,0,109 chrXIV 99241 . G A 75.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.23;MQ0=11;QD=3.14;SB=-2.384e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:15:108,15,0 chrXIV 101241 . T C 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.48;MQ0=3;QD=6.42;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:9:77,9,0 chrXIV 101370 . G T 46.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.99;MQ0=3;QD=3.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:9:79,9,0 chrXIV 101688 . A G 127.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.29;MQ0=2;QD=8.48;SB=-5.307e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:18:160,18,0 chrXIV 102524 . G A 14.91 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.24;MQ0=1;MQRankSum=-2.086;QD=0.43;ReadPosRankSum=2.306;SB=-1.753e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,3:35:6:46,6,0 chrXIV 102628 . C A 248.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=72;Dels=0.00;FS=13.860;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.642;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:278,0,877 chrXIV 102646 . G A 584.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=72;Dels=0.00;FS=28.209;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=2.538;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:72:99:614,0,663 chrXIV 102681 . C T 455.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=70;Dels=0.00;FS=33.477;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.991;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:485,0,774 chrXIV 102817 . T A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=77;Dels=0.00;FS=45.093;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=1.329;QD=5.95;ReadPosRankSum=-4.436;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:77:99:488,0,857 chrXIV 102825 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;DP=87;Dels=0.00;FS=28.113;HaplotypeScore=8.0102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=5.33;ReadPosRankSum=-3.623;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,28:87:99:494,0,1019 chrXIV 102872 . T C 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=138;Dels=0.00;FS=0.677;HaplotypeScore=10.2214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.128;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,59:138:99:1120,0,1350 chrXIV 102906 . A G 1643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;DP=151;Dels=0.00;FS=2.106;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,82:151:99:1673,0,1272 chrXIV 103108 . T C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=53;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=11.75;ReadPosRankSum=1.628;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:653,0,374 chrXIV 103589 . A G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DP=67;Dels=0.00;FS=3.706;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:67:99:712,0,423 chrXIV 103662 . A T 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.482;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:743,0,575 chrXIV 103902 . T G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=55;Dels=0.00;FS=12.128;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=7.27;ReadPosRankSum=2.003;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:430,0,515 chrXIV 104034 . G A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:504,0,419 chrXIV 104153 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:558,0,592 chrXIV 104189 . A G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=50;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.377;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:393,0,487 chrXIV 104256 . G A 1270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=95;Dels=0.00;FS=12.702;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=1.802;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.582;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,62:95:99:1300,0,616 chrXIV 104278 . C T 2533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=23.67;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2566,267,0 chrXIV 104301 . C T 2335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2368,249,0 chrXIV 104374 . G A 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.44;MQ0=0;QD=22.22;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1922,198,0 chrXIV 104378 . A G 1696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=18.24;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:93:99:1729,183,0 chrXIV 104450 . C T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=96;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=12.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:660,0,973 chrXIV 104504 . G A 2429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.78;MQ0=0;QD=20.41;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2462,276,0 chrXIV 104516 . C A 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;QD=20.52;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2167,249,0 chrXIV 104554 . G A 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=19.39;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1681,186,0 chrXIV 104577 . G A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=90;Dels=0.00;FS=12.432;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=2.228;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.160;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:90:99:780,0,568 chrXIV 104770 . G A 3105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;QD=16.69;SB=-1.569e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:186:99:3138,333,0 chrXIV 104779 . G A 2158 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;QD=13.75;SB=-1.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:2191,243,0 chrXIV 104781 . A T 2246 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=158;Dels=0.00;FS=15.441;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=14.22;ReadPosRankSum=2.956;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,155:158:99:2279,246,0 chrXIV 104785 . C T 2079 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=13.33;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:2112,228,0 chrXIV 104803 . G C 1737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.74;MQ0=0;QD=12.50;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:139:99:1770,195,0 chrXIV 104929 . C T 1666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.109;DP=187;Dels=0.00;FS=1.908;HaplotypeScore=7.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,92:187:99:1696,0,1719 chrXIV 104993 . C T 3428.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=20.16;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:163:99:3428,360,0 chrXIV 105051 . A T 4979.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.422;DP=228;Dels=0.00;FS=14.489;HaplotypeScore=208.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=21.84;ReadPosRankSum=3.422;SB=-2.533e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,224:228:99:4979,531,0 chrXIV 105255 . C T 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.09;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1172,132,0 chrXIV 105379 . T C 2661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=20.47;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2694,297,0 chrXIV 105689 . G C 798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=17.73;ReadPosRankSum=1.330;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:45:90:831,90,0 chrXIV 105839 . G A 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=18.79;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:87:822,87,0 chrXIV 105923 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.483;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:271,0,185 chrXIV 106004 . T G 228.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=14.25;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:27:261,27,0 chrXIV 106690 . G C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=61;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=4.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.192;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:433,0,544 chrXIV 106801 . G A 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.488;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:98:99:1150,0,799 chrXIV 106872 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;DP=60;Dels=0.00;FS=11.913;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.306;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:697,0,556 chrXIV 106895 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=45;Dels=0.00;FS=6.529;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.816;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:451,0,383 chrXIV 107060 . C T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=56;Dels=0.00;FS=1.138;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.294;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:265,0,645 chrXIV 107116 . C A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=68;Dels=0.00;FS=4.853;HaplotypeScore=11.3183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.997;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.252;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:592,0,706 chrXIV 107345 . T C 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=19;Dels=0.00;FS=1.957;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.000;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:19:99:123,0,139 chrXIV 107372 . G T 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=17;Dels=0.00;FS=4.752;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-5.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:111,0,159 chrXIV 107409 . T C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.741;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:149,0,199 chrXIV 107444 . C T 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.78;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:730,75,0 chrXIV 107861 . C G 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=38;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=3.3254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.294;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:237,0,369 chrXIV 108312 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.553;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:485,0,524 chrXIV 108405 . A T 1361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;DP=150;Dels=0.00;FS=11.700;HaplotypeScore=10.6117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.438;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,70:150:99:1391,0,1596 chrXIV 108436 . T A 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.361;DP=114;Dels=0.00;FS=17.108;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.327;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:114:99:900,0,1383 chrXIV 108442 . A G 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=94;Dels=0.00;FS=17.738;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:743,0,1085 chrXIV 108588 . A G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:196,0,448 chrXIV 108679 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=96;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:581,0,684 chrXIV 109033 . C T 1592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=135;Dels=0.00;FS=5.366;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,81:135:99:1622,0,881 chrXIV 109533 . G A 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=19.52;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:677,75,0 chrXIV 109881 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.684;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:386,0,666 chrXIV 110451 . C T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=79;Dels=0.00;FS=9.495;HaplotypeScore=7.6469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:776,0,798 chrXIV 110765 . G A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.755;DP=82;Dels=0.00;FS=1.989;HaplotypeScore=4.4118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.035;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:82:99:975,0,598 chrXIV 110786 . T C 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=104;Dels=0.00;FS=1.646;HaplotypeScore=9.4242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.559;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:104:99:1045,0,809 chrXIV 111039 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=53;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.434;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:412,0,535 chrXIV 111323 . T C 538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=19.93;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:571,63,0 chrXIV 112698 . C T 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;DP=41;Dels=0.00;FS=6.684;HaplotypeScore=9.3526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.484;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:164,0,272 chrXIV 113969 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.691;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:71:99:592,0,684 chrXIV 114342 . A C 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.726;DP=84;Dels=0.00;FS=0.831;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.362;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:705,0,790 chrXIV 115349 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;DP=37;Dels=0.00;FS=14.469;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:337,0,253 chrXIV 115483 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:437,0,496 chrXIV 115637 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:39:99:357,0,211 chrXIV 115655 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.889;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:260,0,249 chrXIV 115691 . A G 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=16;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:84:84,0,149 chrXIV 115809 . A G 226.05 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.599;SB=-1.118e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:31:17:256,0,17 chrXIV 115811 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=35;Dels=0.00;FS=3.536;HaplotypeScore=3.6957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.832;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.964;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:71:255,0,71 chrXIV 115859 . C T 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=41;Dels=0.00;FS=1.684;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.118;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:96:206,0,96 chrXIV 115921 . G C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;DP=33;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:177,0,330 chrXIV 115945 . G A 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:186,0,248 chrXIV 116051 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=27;Dels=0.00;FS=1.775;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.290;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:337,0,189 chrXIV 116117 . G A 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:146,0,195 chrXIV 116131 . T C 391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=15.04;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:424,45,0 chrXIV 116228 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=48;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=6.2889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.722;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:375,0,466 chrXIV 116234 . C G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=52;Dels=0.00;FS=1.530;HaplotypeScore=7.9529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:385,0,448 chrXIV 116360 . A G 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DP=49;Dels=0.00;FS=1.180;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.010;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:433,0,353 chrXIV 116630 . T A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;DP=105;Dels=0.00;FS=3.631;HaplotypeScore=13.8567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.211;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:795,0,971 chrXIV 116676 . C T 360.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;DP=46;Dels=0.00;FS=4.453;HaplotypeScore=2.7199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.290;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:46:99:390,0,328 chrXIV 116678 . C T 361.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=46;Dels=0.00;FS=2.678;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:391,0,300 chrXIV 116685 . C T 259.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=47;Dels=0.00;FS=8.187;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:289,0,395 chrXIV 116758 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;DP=48;Dels=0.00;FS=2.838;HaplotypeScore=5.4984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:236,0,462 chrXIV 116796 . A C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=44;Dels=0.00;FS=9.445;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.012;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:44:99:177,0,336 chrXIV 116881 . T C 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=23.48;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1583,171,0 chrXIV 116975 . C T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;DP=42;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.419;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:394,0,259 chrXIV 116976 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.146;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:362,0,335 chrXIV 117009 . T G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:291,0,250 chrXIV 117271 . T C 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.661;DP=87;Dels=0.00;FS=3.008;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:886,0,956 chrXIV 117337 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=47;Dels=0.00;FS=10.635;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:396,0,394 chrXIV 117840 . G A 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:206,0,155 chrXIV 117954 . T C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-1.137e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:54:199,0,54 chrXIV 118227 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=34;Dels=0.00;FS=6.026;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.777;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:262,0,361 chrXIV 118233 . C T 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=34;Dels=0.00;FS=6.026;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=5.74;ReadPosRankSum=2.018;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:225,0,362 chrXIV 118249 . G C 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=22.82;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:786,84,0 chrXIV 118743 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.848;DP=62;Dels=0.00;FS=4.620;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.309;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.446;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:62:99:748,0,458 chrXIV 118969 . A G 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=141;Dels=0.00;FS=9.000;HaplotypeScore=7.7997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.842;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.114;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,78:141:99:1095,0,882 chrXIV 119025 . C T 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=50;Dels=0.00;FS=1.200;HaplotypeScore=22.3917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.47;MQ0=0;MQRankSum=-5.523;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:116,0,349 chrXIV 119044 . T C 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.444;DP=41;Dels=0.00;FS=5.859;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.170;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.902;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:53:53,0,385 chrXIV 119074 . G A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.312;DP=49;Dels=0.00;FS=4.294;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.536;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:293,0,359 chrXIV 119098 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;DP=50;Dels=0.00;FS=4.235;HaplotypeScore=3.2398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.596;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:521,0,364 chrXIV 119335 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=48;Dels=0.00;FS=6.211;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.728;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.107;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:181,0,374 chrXIV 119392 . G A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=53;Dels=0.00;FS=9.875;HaplotypeScore=6.4080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.261;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:335,0,411 chrXIV 119540 . C A 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DP=91;Dels=0.00;FS=0.806;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:91:99:719,0,853 chrXIV 119604 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=89;Dels=0.00;FS=5.532;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:89:99:623,0,947 chrXIV 119985 . G A 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.897;DP=99;Dels=0.00;FS=16.243;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:99:99:727,0,1022 chrXIV 121619 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;DP=40;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.190;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:348,0,357 chrXIV 121736 . G C 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=44;Dels=0.00;FS=6.759;HaplotypeScore=3.4648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:153,0,570 chrXIV 122217 . G A 1487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.462;DP=162;Dels=0.00;FS=1.233;HaplotypeScore=6.1111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.333;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,80:162:99:1517,0,1571 chrXIV 122735 . T G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DP=54;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=2.6003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:54:99:599,0,259 chrXIV 122891 . T G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;DP=66;Dels=0.00;FS=7.441;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:760,0,526 chrXIV 123158 . G C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.862;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:90:99:766,0,722 chrXIV 123423 . A C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.382;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:63:99:384,0,601 chrXIV 123426 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.136;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:364,0,660 chrXIV 123530 . A G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=74;Dels=0.00;FS=4.504;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.245;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:580,0,744 chrXIV 123533 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.273;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:603,0,812 chrXIV 123569 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=95;Dels=0.00;FS=1.711;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.576;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,37:95:99:612,0,1071 chrXIV 123848 . C A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=70;Dels=0.00;FS=3.317;HaplotypeScore=10.3481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.741;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:517,0,712 chrXIV 123896 . A G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=91;Dels=0.00;FS=0.784;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:747,0,954 chrXIV 123919 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.272;DP=89;Dels=0.00;FS=3.991;HaplotypeScore=4.2277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:698,0,871 chrXIV 123935 . G A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=77;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.598;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:797,0,608 chrXIV 124046 . G T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;DP=63;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.138;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.378;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:528,0,554 chrXIV 124139 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=45;Dels=0.00;FS=11.845;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.100;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:450,0,281 chrXIV 124154 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;DP=49;Dels=0.00;FS=6.243;HaplotypeScore=5.8105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:49:99:521,0,299 chrXIV 124235 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=70;Dels=0.00;FS=0.931;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:70:99:459,0,705 chrXIV 124244 . T A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:447,0,796 chrXIV 124279 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DP=70;Dels=0.00;FS=3.362;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:450,0,577 chrXIV 124329 . G A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=77;Dels=0.00;FS=4.634;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.148;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:854,0,611 chrXIV 124634 . C G 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.616;DP=96;Dels=0.00;FS=2.689;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.111;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:806,0,963 chrXIV 124765 . G A 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=123;Dels=0.00;FS=1.627;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=6.71;ReadPosRankSum=-2.424;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:123:99:855,0,1231 chrXIV 125337 . G A 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=87;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=10.9643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=8.54;ReadPosRankSum=-2.705;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:773,0,736 chrXIV 125823 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.831;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=2.095;QD=8.01;ReadPosRankSum=-2.079;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:735,0,702 chrXIV 125895 . T C 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:602,0,712 chrXIV 125915 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;DP=67;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=3.4488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.026;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:453,0,784 chrXIV 125981 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=54;Dels=0.00;FS=4.135;HaplotypeScore=3.2513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.027;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:54:99:401,0,644 chrXIV 126031 . T A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.019;DP=85;Dels=0.00;FS=2.927;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:743,0,678 chrXIV 126226 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:493,0,394 chrXIV 126732 . T G 1654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.463;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.541;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.381;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,93:178:99:1684,0,1628 chrXIV 126744 . G A 3674.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=22.96;SB=-1.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3674,390,0 chrXIV 127254 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;DP=43;Dels=0.00;FS=1.163;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:43:99:377,0,342 chrXIV 128199 . C A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DP=46;Dels=0.00;FS=9.597;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:315,0,521 chrXIV 128407 . A G 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DP=101;Dels=0.00;FS=0.795;HaplotypeScore=9.3898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.882;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.162;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:101:99:1016,0,784 chrXIV 128581 . T C 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.831;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:945,0,830 chrXIV 128629 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=71;Dels=0.00;FS=5.106;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:760,0,642 chrXIV 128650 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.006;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:671,0,625 chrXIV 128749 . A T 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.071;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.793;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:734,0,639 chrXIV 128889 . A G 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.288;DP=110;Dels=0.00;FS=4.941;HaplotypeScore=13.0133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:110:99:800,0,769 chrXIV 128908 . G A 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=17.85;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1907,204,0 chrXIV 129103 . C T 1412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.842;DP=132;Dels=0.00;FS=2.411;HaplotypeScore=10.5755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,72:132:99:1442,0,1106 chrXIV 129119 . A T 1279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.478;DP=142;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=11.8337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,78:142:99:1309,0,1367 chrXIV 129300 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=82;Dels=0.00;FS=10.311;HaplotypeScore=4.2311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:82:99:425,0,998 chrXIV 129427 . T C 77.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DP=118;Dels=0.00;FS=36.410;HaplotypeScore=48.9163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-6.103;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.804;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,31:118:99:107,0,707 chrXIV 129447 . C T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.436;DP=110;Dels=0.00;FS=23.743;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQ0=0;MQRankSum=-6.843;QD=1.31;ReadPosRankSum=3.245;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,41:110:99:174,0,1435 chrXIV 129503 . A G 340.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=89;Dels=0.00;FS=20.108;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.914;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,24:89:99:370,0,1138 chrXIV 129702 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=55;Dels=0.00;FS=9.901;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.332;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:510,0,533 chrXIV 129768 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DP=70;Dels=0.00;FS=3.347;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.835;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:532,0,736 chrXIV 129800 . T C 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;DP=74;Dels=0.00;FS=2.216;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.313;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.185;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:74:99:437,0,628 chrXIV 130095 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=66;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=8.5245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.947;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.970;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:99:508,0,563 chrXIV 130662 . T A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DP=35;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=2.168;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:235,0,465 chrXIV 130860 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;DP=28;Dels=0.00;FS=1.691;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.049;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:368,0,158 chrXIV 130887 . G A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.333;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:99:349,0,142 chrXIV 130901 . C T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.168;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,23:32:99:414,0,157 chrXIV 130982 . A G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=30;Dels=0.00;FS=5.781;HaplotypeScore=4.9633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.592;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:30:99:242,0,256 chrXIV 131438 . T C 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;DP=23;Dels=0.00;FS=2.048;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=6.00;ReadPosRankSum=2.736;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:23:99:168,0,180 chrXIV 131472 . T C 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=24;Dels=0.00;FS=1.680;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.796;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:194,0,142 chrXIV 131511 . G A 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DP=24;Dels=0.00;FS=1.851;HaplotypeScore=6.3985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=2.254;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:105,0,131 chrXIV 131762 . C T 102.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;DP=26;Dels=0.00;FS=12.740;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.237;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:132,0,358 chrXIV 131888 . G A 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=32;Dels=0.00;FS=4.041;HaplotypeScore=2.5655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:342,0,272 chrXIV 132051 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=36;Dels=0.00;FS=15.842;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.467;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:214,0,352 chrXIV 132054 . A G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;DP=41;Dels=0.00;FS=10.475;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:212,0,373 chrXIV 132063 . C T 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;DP=44;Dels=0.00;FS=7.104;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.130;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:227,0,408 chrXIV 132066 . T C 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DP=44;Dels=0.00;FS=7.104;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.827;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.271;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:222,0,433 chrXIV 132228 . A T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.660;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:514,0,320 chrXIV 132251 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.854;DP=63;Dels=0.00;FS=3.448;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:671,0,477 chrXIV 132374 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=63;Dels=0.00;FS=1.106;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:63:99:746,0,430 chrXIV 132585 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;DP=76;Dels=0.00;FS=6.304;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.122;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:558,0,725 chrXIV 132587 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=75;Dels=0.00;FS=6.304;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.058;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:596,0,677 chrXIV 132646 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;DP=73;Dels=0.00;FS=4.524;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=6.70;ReadPosRankSum=2.007;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:519,0,574 chrXIV 132840 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=73;Dels=0.00;FS=6.036;HaplotypeScore=16.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.370;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:468,0,513 chrXIV 132925 . G C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=60;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=4.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.309;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.129;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:369,0,498 chrXIV 132929 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.031;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:368,0,549 chrXIV 133032 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=79;Dels=0.00;FS=3.170;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:79:99:479,0,876 chrXIV 133191 . C T 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=119;Dels=0.00;FS=8.306;HaplotypeScore=10.9631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.515;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,64:119:99:1034,0,1098 chrXIV 133521 . C T 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=127;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=19.0243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.882;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,59:127:99:1006,0,1197 chrXIV 133785 . C T 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:673,0,519 chrXIV 134391 . T A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DP=56;Dels=0.00;FS=8.374;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:394,0,488 chrXIV 134481 . T C 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=64;Dels=0.00;FS=6.611;HaplotypeScore=5.7780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.169;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:460,0,549 chrXIV 134870 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;DP=47;Dels=0.00;FS=16.144;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:422,0,426 chrXIV 135264 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;DP=42;Dels=0.00;FS=3.002;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.296;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:42:99:421,0,302 chrXIV 135401 . C T 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=21.72;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1032,108,0 chrXIV 135436 . G A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=55;Dels=0.00;FS=10.113;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=10.33;ReadPosRankSum=2.174;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:55:99:598,0,317 chrXIV 135598 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DP=64;Dels=0.00;FS=2.202;HaplotypeScore=6.1220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:64:99:415,0,772 chrXIV 135753 . A G 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=52;Dels=0.00;FS=18.531;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=0.81;ReadPosRankSum=-2.313;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,12:52:72:72,0,949 chrXIV 135908 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.286;QD=1.30;ReadPosRankSum=-4.770;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,46:125:99:193,0,1667 chrXIV 136021 . G A 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=40;Dels=0.00;FS=17.281;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.893;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:288,0,535 chrXIV 136113 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=87;Dels=0.00;FS=19.533;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:595,0,869 chrXIV 136306 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.150;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:274,0,587 chrXIV 136573 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;DP=54;Dels=0.00;FS=3.961;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:489,0,488 chrXIV 136884 . C T 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=9.77;ReadPosRankSum=2.007;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:22:99:245,0,170 chrXIV 136999 . G A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:181,0,256 chrXIV 137272 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.124;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.765;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:335,0,430 chrXIV 137285 . A G 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=20.67;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:922,99,0 chrXIV 137407 . C G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DP=41;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.744;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:303,0,457 chrXIV 137715 . G A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DP=90;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=4.0640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:840,0,923 chrXIV 137806 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=42;Dels=0.00;FS=3.354;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.716;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:348,0,495 chrXIV 137823 . G A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=35;Dels=0.00;FS=3.536;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:349,0,335 chrXIV 137920 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=40;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:290,0,249 chrXIV 138022 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=65;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:364,0,339 chrXIV 138025 . T C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:66:99:348,0,376 chrXIV 138079 . A C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:406,0,472 chrXIV 138082 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;DP=67;Dels=0.00;FS=0.935;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.379;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:404,0,511 chrXIV 138171 . G A 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=46;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=5.6367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.138;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:179,0,508 chrXIV 138172 . G T 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.529;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:166,0,495 chrXIV 138467 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=59;Dels=0.00;FS=9.223;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:59:99:408,0,539 chrXIV 138759 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=20;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:281,0,141 chrXIV 138817 . A C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;DP=45;Dels=0.00;FS=5.220;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:319,0,476 chrXIV 138826 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=46;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=6.04;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:308,0,525 chrXIV 139125 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=28;Dels=0.00;FS=1.562;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.323;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:257,0,189 chrXIV 139530 . C A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.484;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:42:99:328,0,411 chrXIV 139649 . A T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.452;DP=72;Dels=0.00;FS=1.167;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:618,0,810 chrXIV 140230 . G A 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=8.61;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:564,0,452 chrXIV 140238 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=2.115;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:58:99:506,0,472 chrXIV 140328 . T C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.547;DP=46;Dels=0.00;FS=1.152;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=6.41;ReadPosRankSum=-2.119;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:325,0,562 chrXIV 140385 . G A 136.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=42;Dels=0.00;FS=3.141;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.763;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:166,0,589 chrXIV 140391 . G A 160.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DP=41;Dels=0.00;FS=1.452;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.183;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:190,0,507 chrXIV 140393 . A G 153.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=41;Dels=0.00;FS=1.452;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.804;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:183,0,539 chrXIV 140409 . C T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=41;Dels=0.00;FS=1.376;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.584;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:41:99:214,0,498 chrXIV 140444 . T C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;DP=67;Dels=0.00;FS=2.157;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.474;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:67:99:559,0,439 chrXIV 140585 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DP=60;Dels=0.00;FS=7.160;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:447,0,599 chrXIV 140791 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=9.43;ReadPosRankSum=2.856;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:492,0,470 chrXIV 140943 . A G 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DP=66;Dels=0.00;FS=9.678;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=22.91;ReadPosRankSum=2.301;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:1545,165,0 chrXIV 141004 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=47;Dels=0.00;FS=4.376;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=2.068;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.023;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:47:99:525,0,377 chrXIV 141465 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=50;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.847;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:466,0,589 chrXIV 141630 . C A 2140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.26;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2173,225,0 chrXIV 141929 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DP=71;Dels=0.00;FS=6.583;HaplotypeScore=3.8844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:667,0,661 chrXIV 142377 . C T 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;DP=84;Dels=0.00;FS=3.267;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:915,0,721 chrXIV 142815 . T G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;DP=67;Dels=0.00;FS=9.538;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:580,0,552 chrXIV 144020 . G A 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=84;Dels=0.00;FS=1.212;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.130;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:707,0,655 chrXIV 144250 . G A 1130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.455;DP=101;Dels=0.00;FS=11.513;HaplotypeScore=9.5029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.914;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:1160,0,803 chrXIV 144988 . G T 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DP=122;Dels=0.00;FS=2.668;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.427;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,67:122:99:1118,0,891 chrXIV 144997 . T C 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;DP=126;Dels=0.00;FS=3.778;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.266;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,66:126:99:1070,0,1085 chrXIV 145227 . T C 1277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=138;Dels=0.00;FS=2.009;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.221;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,73:138:99:1307,0,1054 chrXIV 145293 . G T 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.347;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=9.41;ReadPosRankSum=-2.199;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:98:99:952,0,901 chrXIV 145312 . C G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:75:99:524,0,863 chrXIV 145314 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.411;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.993;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:530,0,821 chrXIV 146019 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:653,0,651 chrXIV 146052 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=57;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.181;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:475,0,539 chrXIV 146055 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;DP=58;Dels=0.00;FS=3.667;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:481,0,585 chrXIV 146243 . G T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.276;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:476,0,319 chrXIV 146337 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DP=63;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:575,0,419 chrXIV 146766 . G A 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.901;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:1106,0,1124 chrXIV 146788 . G C 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;DP=128;Dels=0.00;FS=6.792;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.776;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.256;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,71:128:99:996,0,1015 chrXIV 146794 . T G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.458;DP=122;Dels=0.00;FS=8.344;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,70:122:99:868,0,1066 chrXIV 146890 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:382,0,545 chrXIV 146914 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;DP=49;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:297,0,401 chrXIV 146959 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:556,0,514 chrXIV 147716 . C G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=28;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:28:99:233,0,171 chrXIV 147866 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.254;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:241,0,755 chrXIV 147958 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.994;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:325,0,536 chrXIV 147994 . C A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=50;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.216;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:446,0,454 chrXIV 148082 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:407,0,455 chrXIV 148092 . C T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:400,0,453 chrXIV 148166 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.969;DP=72;Dels=0.00;FS=3.317;HaplotypeScore=5.8714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.641;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:72:99:451,0,889 chrXIV 148331 . T C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;DP=62;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.714;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:698,0,502 chrXIV 148608 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=63;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.063;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:522,0,528 chrXIV 148823 . A G 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=22.05;ReadPosRankSum=0.635;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1356,144,0 chrXIV 149024 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.935;DP=57;Dels=0.00;FS=9.338;HaplotypeScore=7.2961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:353,0,604 chrXIV 149054 . T C 66.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=38;Dels=0.00;FS=11.419;HaplotypeScore=6.3902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.302;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:38:96:96,0,399 chrXIV 149196 . T C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;DP=59;Dels=0.00;FS=5.332;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:443,0,563 chrXIV 149537 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DP=40;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.872;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:364,0,251 chrXIV 149571 . C T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=44;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.819;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:393,0,339 chrXIV 149943 . C T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DP=86;Dels=0.00;FS=4.151;HaplotypeScore=11.7095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.418;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:86:99:825,0,774 chrXIV 150192 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;DP=51;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:549,0,508 chrXIV 150443 . G A 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,59:97:99:1150,0,692 chrXIV 150594 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=69;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.657;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:707,0,693 chrXIV 150779 . G A 1450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.59;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:1483,156,0 chrXIV 151081 . G C 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;DP=89;Dels=0.00;FS=2.821;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.038;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.161;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:892,0,878 chrXIV 151127 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;DP=74;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:579,0,676 chrXIV 151991 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=56;Dels=0.00;FS=15.366;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:437,0,521 chrXIV 152011 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=45;Dels=0.00;FS=11.478;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.010;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:359,0,399 chrXIV 152734 . C A 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=98;Dels=0.00;FS=1.944;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.949;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:612,0,874 chrXIV 153222 . A G 2974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:142:99:3007,327,0 chrXIV 153485 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;DP=94;Dels=0.00;FS=4.049;HaplotypeScore=5.4883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,35:94:99:581,0,1025 chrXIV 153871 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.326;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,49:115:99:899,0,1215 chrXIV 154141 . G A 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DP=94;Dels=0.00;FS=5.490;HaplotypeScore=2.4573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.951;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.890;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:1028,0,855 chrXIV 154799 . A G 492.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.617;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:522,0,508 chrXIV 154805 . A G 442.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.350;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:472,0,426 chrXIV 154807 . A C 412.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:442,0,463 chrXIV 154877 . A T 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;DP=30;Dels=0.00;FS=7.987;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.335;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:145,0,242 chrXIV 155028 . T G 1731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=138;Dels=0.00;FS=9.757;HaplotypeScore=14.5472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=12.54;ReadPosRankSum=2.218;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,84:138:99:1761,0,846 chrXIV 155098 . A C 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=80;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.096;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:80:99:968,0,490 chrXIV 155171 . T A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=53;Dels=0.00;FS=4.210;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:448,0,452 chrXIV 155180 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;DP=52;Dels=0.00;FS=4.344;HaplotypeScore=5.2110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=6.58;ReadPosRankSum=-2.681;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:372,0,402 chrXIV 155190 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.650;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.726;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:418,0,544 chrXIV 155327 . G A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=98;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.896;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.039;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:98:99:1033,0,630 chrXIV 155361 . C A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;DP=80;Dels=0.00;FS=1.923;HaplotypeScore=10.5851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:547,0,651 chrXIV 155840 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;DP=81;Dels=0.00;FS=13.376;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:615,0,678 chrXIV 155940 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=76;Dels=0.00;FS=7.803;HaplotypeScore=11.8613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.794;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:733,0,668 chrXIV 156055 . G A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DP=67;Dels=0.00;FS=2.075;HaplotypeScore=7.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:677,0,510 chrXIV 156212 . T C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=69;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:604,0,711 chrXIV 156407 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:692,0,700 chrXIV 156524 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;DP=82;Dels=0.00;FS=11.279;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.150;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:874,0,594 chrXIV 156564 . G A 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.701;DP=80;Dels=0.00;FS=5.869;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.723;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.874;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:80:99:913,0,607 chrXIV 156565 . G A 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=79;Dels=0.00;FS=6.064;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.694;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:905,0,593 chrXIV 156755 . C T 2526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=23.83;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2559,267,0 chrXIV 156760 . T C 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DP=105;Dels=0.00;FS=0.835;HaplotypeScore=52.1914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,62:105:99:933,0,925 chrXIV 157216 . T C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=71;Dels=0.00;FS=9.652;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:814,0,592 chrXIV 157516 . A G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DP=77;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.836;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:77:99:774,0,799 chrXIV 157526 . C G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;DP=87;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.259;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:87:99:650,0,815 chrXIV 157553 . T C 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=95;Dels=0.00;FS=2.988;HaplotypeScore=8.1653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:95:99:720,0,1091 chrXIV 157659 . A G 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.138;DP=99;Dels=0.00;FS=6.826;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=8.58;ReadPosRankSum=-2.786;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:879,0,966 chrXIV 157663 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;DP=98;Dels=0.00;FS=4.847;HaplotypeScore=5.5055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.986;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:842,0,936 chrXIV 157910 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.244;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:115:99:874,0,1035 chrXIV 157917 . T G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.273;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.050;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:113:99:823,0,995 chrXIV 158003 . C T 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=81;Dels=0.00;FS=5.891;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=8.67;ReadPosRankSum=-3.046;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:732,0,721 chrXIV 158052 . T C 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.480;DP=102;Dels=0.00;FS=0.774;HaplotypeScore=8.9914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=9.41;ReadPosRankSum=2.177;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:990,0,670 chrXIV 158538 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=49;Dels=0.00;FS=11.042;HaplotypeScore=5.0397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.575;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:416,0,371 chrXIV 158812 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:579,0,656 chrXIV 159120 . C G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DP=83;Dels=0.00;FS=1.787;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.680;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:584,0,585 chrXIV 159157 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:675,0,444 chrXIV 159166 . A T 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=19.11;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1447,153,0 chrXIV 159540 . G A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.310;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:53:99:647,0,392 chrXIV 159674 . C T 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=145;Dels=0.00;FS=4.229;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.953;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,60:145:99:867,0,1642 chrXIV 159685 . T G 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.904;DP=156;Dels=0.00;FS=4.938;HaplotypeScore=13.2169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,67:156:99:1035,0,1799 chrXIV 159750 . C G 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;DP=151;Dels=0.00;FS=3.977;HaplotypeScore=15.7087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.164;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,66:151:99:1080,0,1594 chrXIV 160012 . C G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.872;DP=81;Dels=0.00;FS=2.199;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:81:99:739,0,714 chrXIV 160238 . C T 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=102;Dels=0.00;FS=0.765;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:102:99:1045,0,996 chrXIV 160663 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=74;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.027;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:650,0,755 chrXIV 160786 . G T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.958;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.568;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:98:99:785,0,911 chrXIV 161070 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.999;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.861;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:429,0,972 chrXIV 161277 . A G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.608;DP=112;Dels=0.00;FS=6.156;HaplotypeScore=13.1227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.443;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,48:112:99:871,0,1238 chrXIV 161874 . C T 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=86;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=9.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.611;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:779,0,684 chrXIV 162100 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.577;DP=71;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.716;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.087;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:482,0,658 chrXIV 162171 . G A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DP=94;Dels=0.00;FS=5.232;HaplotypeScore=11.5799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.502;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:94:99:769,0,829 chrXIV 162224 . G A 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=107;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:950,0,1131 chrXIV 162248 . C A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.594;DP=98;Dels=0.00;FS=1.712;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.947;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:98:99:879,0,896 chrXIV 162275 . C T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=108;Dels=0.00;FS=4.898;HaplotypeScore=9.5576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.763;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:108:99:948,0,914 chrXIV 162419 . A G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.989;DP=58;Dels=0.00;FS=5.486;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.409;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:324,0,767 chrXIV 162485 . A G 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.067;QD=6.34;ReadPosRankSum=2.193;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:366,0,507 chrXIV 162494 . C A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:438,0,433 chrXIV 162565 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=67;Dels=0.00;FS=1.316;HaplotypeScore=9.0461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=8.85;ReadPosRankSum=2.133;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:623,0,551 chrXIV 162614 . A C 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=83;Dels=0.00;FS=2.004;HaplotypeScore=5.1357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.315;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:707,0,771 chrXIV 162722 . C A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DP=47;Dels=0.00;FS=15.867;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.501;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:276,0,571 chrXIV 162845 . C G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;DP=46;Dels=0.00;FS=4.278;HaplotypeScore=10.3426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:460,0,154 chrXIV 162932 . T A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=56;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:357,0,684 chrXIV 163592 . T C 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.782;DP=129;Dels=0.00;FS=1.430;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=7.37;ReadPosRankSum=2.607;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,54:129:99:981,0,1151 chrXIV 163817 . G A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=72;Dels=0.00;FS=4.651;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:697,0,721 chrXIV 163952 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DP=90;Dels=0.00;FS=4.963;HaplotypeScore=6.5637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.784;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:90:99:752,0,734 chrXIV 164315 . G A 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=81;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.854;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:949,0,536 chrXIV 165144 . T G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.50;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1366,147,0 chrXIV 165259 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DP=52;Dels=0.00;FS=4.492;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.608;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:427,0,398 chrXIV 165261 . T A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;DP=51;Dels=0.00;FS=6.598;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.704;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:370,0,388 chrXIV 165316 . G T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=55;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:441,0,360 chrXIV 165505 . A G 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.341;DP=122;Dels=0.00;FS=3.019;HaplotypeScore=11.0713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,48:122:99:795,0,1600 chrXIV 165732 . T C 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=112;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.293;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:112:99:755,0,1220 chrXIV 165771 . T A 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=126;Dels=0.00;FS=7.384;HaplotypeScore=10.8030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,53:126:99:920,0,1292 chrXIV 165976 . A G 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DP=53;Dels=0.00;FS=9.063;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.798;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.414;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:53:99:217,0,592 chrXIV 165982 . T A 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=56;Dels=0.00;FS=10.434;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.114;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:269,0,610 chrXIV 166576 . A G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=36;Dels=0.00;FS=1.654;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.990;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:221,0,223 chrXIV 167458 . G A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.315;DP=103;Dels=0.00;FS=6.483;HaplotypeScore=14.8627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.098;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:676,0,956 chrXIV 167521 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:660,0,650 chrXIV 167536 . C T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;DP=75;Dels=0.00;FS=2.091;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.415;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:674,0,490 chrXIV 167797 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=63;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=5.5573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.653;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:582,0,556 chrXIV 167850 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=64;Dels=0.00;FS=3.822;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=7.48;ReadPosRankSum=-2.445;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:509,0,671 chrXIV 167984 . T G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DP=49;Dels=0.00;FS=16.438;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=7.53;ReadPosRankSum=-2.030;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:399,0,541 chrXIV 168133 . T C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;DP=38;Dels=0.00;FS=9.536;HaplotypeScore=4.9288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=7.21;ReadPosRankSum=2.437;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:304,0,342 chrXIV 168178 . T C 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.06;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1107,120,0 chrXIV 168578 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=97;Dels=0.00;FS=2.787;HaplotypeScore=6.9086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=6.03;ReadPosRankSum=2.169;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,35:97:99:615,0,1013 chrXIV 168712 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DP=59;Dels=0.00;FS=2.372;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.492;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:59:99:558,0,411 chrXIV 168853 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=101;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=13.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.062;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:101:99:596,0,1080 chrXIV 169024 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=37;Dels=0.00;FS=10.811;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.141;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:257,0,310 chrXIV 169220 . C T 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=89;Dels=0.00;FS=1.873;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:89:99:726,0,894 chrXIV 169290 . A G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=74;Dels=0.00;FS=1.973;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.215;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:653,0,751 chrXIV 169469 . G T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;DP=77;Dels=0.00;FS=6.053;HaplotypeScore=8.8884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.381;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:597,0,741 chrXIV 169528 . T G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DP=107;Dels=0.00;FS=3.691;HaplotypeScore=3.7538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.620;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:107:99:774,0,1181 chrXIV 171097 . C T 2954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.72;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2987,321,0 chrXIV 171677 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.201;DP=68;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=7.79;ReadPosRankSum=2.326;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:68:99:560,0,590 chrXIV 171927 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=40;Dels=0.00;FS=4.831;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:203,0,479 chrXIV 172071 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=56;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:561,0,405 chrXIV 172738 . C T 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.383;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.018;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:108:99:886,0,877 chrXIV 173599 . T C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DP=38;Dels=0.00;FS=4.847;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.061;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.921;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:300,0,427 chrXIV 174250 . A T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=89;Dels=0.00;FS=2.787;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=2.034;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.382;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:589,0,820 chrXIV 174762 . G C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=84;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=3.2524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:84:99:436,0,580 chrXIV 174930 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=11.89;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:767,0,396 chrXIV 175296 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=52;Dels=0.00;FS=2.665;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:326,0,411 chrXIV 176637 . G A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=84;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=13.3159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:84:99:783,0,546 chrXIV 177803 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:387,0,618 chrXIV 177874 . T G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;DP=66;Dels=0.00;FS=6.813;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:544,0,773 chrXIV 178487 . G A 2182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=24.24;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2215,228,0 chrXIV 178711 . C T 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=96;Dels=0.00;FS=1.662;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.114;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:882,0,888 chrXIV 181132 . T A 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.102;DP=95;Dels=0.00;FS=4.485;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.063;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:926,0,855 chrXIV 181289 . G A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=59;Dels=0.00;FS=2.607;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:337,0,734 chrXIV 181382 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=45;Dels=0.00;FS=21.379;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:342,0,504 chrXIV 181532 . T C 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;DP=66;Dels=0.00;FS=9.740;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.109;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:287,0,754 chrXIV 181565 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;DP=72;Dels=0.00;FS=3.762;HaplotypeScore=8.9515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:343,0,666 chrXIV 181925 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.199;DP=79;Dels=0.00;FS=9.388;HaplotypeScore=8.0890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:807,0,646 chrXIV 182084 . C A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DP=48;Dels=0.00;FS=10.262;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.017;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:461,0,398 chrXIV 182297 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=60;Dels=0.00;FS=8.427;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:502,0,583 chrXIV 182327 . G C 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DP=68;Dels=0.00;FS=4.023;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.149;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:68:99:631,0,480 chrXIV 182372 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=46;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.375;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:331,0,413 chrXIV 182462 . G A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=32;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=4.4585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.142;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:305,0,178 chrXIV 182621 . T G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.670;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:493,0,372 chrXIV 183043 . G C 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DP=94;Dels=0.00;FS=0.780;HaplotypeScore=8.7508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:928,0,757 chrXIV 183060 . T C 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DP=98;Dels=0.00;FS=3.742;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.870;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:740,0,991 chrXIV 183272 . C G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=6.42;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:531,0,899 chrXIV 183866 . C T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DP=60;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=5.0544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:551,0,538 chrXIV 184035 . C T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=48;Dels=0.00;FS=9.199;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=1.672;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:285,0,433 chrXIV 184065 . C T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=46;Dels=0.00;FS=8.705;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:319,0,434 chrXIV 184146 . G A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=56;Dels=0.00;FS=2.429;HaplotypeScore=5.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.066;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:622,0,272 chrXIV 184212 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;DP=51;Dels=0.00;FS=1.088;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:480,0,347 chrXIV 184449 . G A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=40;Dels=0.00;FS=6.928;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.190;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:350,0,405 chrXIV 184629 . G A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=57;Dels=0.00;FS=7.398;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:362,0,613 chrXIV 184882 . T C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=49;Dels=0.00;FS=3.191;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.649;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:316,0,567 chrXIV 184944 . A G 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.003;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,42:103:99:733,0,1147 chrXIV 184992 . G A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=109;Dels=0.00;FS=1.920;HaplotypeScore=9.5608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:109:99:893,0,1101 chrXIV 185085 . T C 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=71;Dels=0.00;FS=24.423;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=11.97;ReadPosRankSum=1.881;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:880,0,451 chrXIV 185179 . A G 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=74;Dels=0.00;FS=30.812;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.129;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:795,0,594 chrXIV 185292 . A C 2047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.736;DP=183;Dels=0.00;FS=98.434;HaplotypeScore=21.3718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=11.19;ReadPosRankSum=5.268;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,106:183:99:2077,0,504 chrXIV 185309 . A G 1653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.758;DP=135;Dels=0.00;FS=25.353;HaplotypeScore=12.7374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=12.24;ReadPosRankSum=5.135;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,89:135:99:1683,0,266 chrXIV 185417 . C T 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=25.07;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1412,147,0 chrXIV 185512 . C T 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=21.47;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1128,123,0 chrXIV 185626 . A G 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=23.85;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1273,132,0 chrXIV 185701 . G A 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=20.31;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1150,120,0 chrXIV 185846 . T C 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=20.45;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:933,99,0 chrXIV 185896 . A G 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=22.80;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:603,63,0 chrXIV 186361 . C T 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=28;Dels=0.00;FS=1.744;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.432;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:99:159,0,374 chrXIV 186892 . G T 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=27;Dels=0.00;FS=18.944;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.451;QD=1.44;ReadPosRankSum=-2.111;SB=-9.459e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:69:69,0,288 chrXIV 186897 . C T 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;DP=26;Dels=0.00;FS=19.521;HaplotypeScore=1.8561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.615;QD=0.77;ReadPosRankSum=-3.179;SB=-9.855e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:50:50,0,295 chrXIV 186921 . A G 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=20;Dels=0.00;FS=5.379;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:45:45,0,222 chrXIV 187030 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;DP=60;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=8.4526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.892;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:60:99:415,0,496 chrXIV 187081 . A T 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DP=91;Dels=0.00;FS=0.980;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:1163,0,715 chrXIV 187260 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=61;Dels=0.00;FS=7.160;HaplotypeScore=6.6575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.087;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:617,0,410 chrXIV 187320 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:480,0,588 chrXIV 187353 . T C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=59;Dels=0.00;FS=1.021;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.590;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:648,0,412 chrXIV 187591 . G C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=69;Dels=0.00;FS=3.335;HaplotypeScore=5.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.849;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:687,0,506 chrXIV 187730 . T A 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:67:67,0,70 chrXIV 187782 . A G 109.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.204;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:80:139,0,80 chrXIV 187825 . A G 155.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:18:73:185,0,73 chrXIV 187884 . A C 668 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=13.63;ReadPosRankSum=1.662;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:78:701,78,0 chrXIV 187910 . A G 209.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.247;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:239,0,300 chrXIV 188341 . T G 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=40;Dels=0.00;FS=3.350;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.263;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:268,0,277 chrXIV 188387 . C T 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=48;Dels=0.00;FS=5.845;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:327,0,310 chrXIV 188854 . C A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.561;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:282,0,181 chrXIV 188893 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=34;Dels=0.00;FS=1.831;HaplotypeScore=7.1118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.914;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:439,0,172 chrXIV 188962 . G A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=24;Dels=0.00;FS=2.007;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:229,0,194 chrXIV 189004 . G A 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DP=21;Dels=0.00;FS=1.899;HaplotypeScore=4.2180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.340;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:75:202,0,75 chrXIV 189221 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;DP=36;Dels=0.00;FS=5.085;HaplotypeScore=6.3445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.548;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:304,0,190 chrXIV 189381 . G A 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=22.76;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:693,72,0 chrXIV 189445 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:190,0,264 chrXIV 189531 . A G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=26;Dels=0.00;FS=1.799;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.077;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:242,0,248 chrXIV 189694 . T C 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=17.61;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:36:72:667,72,0 chrXIV 189748 . T C 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.630;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:260,0,323 chrXIV 189790 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:217,0,286 chrXIV 189892 . T C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.096;DP=35;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.545;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:223,0,213 chrXIV 189922 . C G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=35;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:35:99:164,0,253 chrXIV 189937 . G A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DP=37;Dels=0.00;FS=3.004;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.831;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:37:99:181,0,300 chrXIV 189981 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=5.66;ReadPosRankSum=1.595;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:35:99:228,0,353 chrXIV 190153 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:156,0,376 chrXIV 190426 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.220;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.366;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:301,0,238 chrXIV 190429 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.317;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:304,0,231 chrXIV 190588 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.811;DP=62;Dels=0.00;FS=16.096;HaplotypeScore=6.4829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,20:62:99:336,0,954 chrXIV 190651 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=75;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.387;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:552,0,746 chrXIV 190801 . G A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.942;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:407,0,222 chrXIV 190837 . G A 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.753;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:208,0,99 chrXIV 190899 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=47;Dels=0.00;FS=1.688;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.102;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:397,0,485 chrXIV 190964 . A T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=75;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:360,0,903 chrXIV 191137 . A G 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=24.03;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:96:874,96,0 chrXIV 191180 . T G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.069;DP=66;Dels=0.00;FS=1.390;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.281;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:607,0,603 chrXIV 191184 . C A 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=25.12;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1641,171,0 chrXIV 191241 . A G 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.19;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1320,144,0 chrXIV 191365 . T G 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=50;Dels=0.00;FS=3.892;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=18.72;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:969,105,0 chrXIV 191560 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=67;Dels=0.00;FS=1.027;HaplotypeScore=4.2824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:67:99:332,0,604 chrXIV 191884 . C A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=96;Dels=0.00;FS=2.930;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.077;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:722,0,975 chrXIV 191890 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=101;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.006;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:101:99:552,0,971 chrXIV 191917 . T C 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=18.76;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:1834,198,0 chrXIV 192021 . T C 1486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=166;Dels=0.00;FS=0.649;HaplotypeScore=15.9997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=8.95;ReadPosRankSum=2.058;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,80:166:99:1516,0,1482 chrXIV 192177 . A C 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;DP=136;Dels=0.00;FS=0.651;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.416;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,61:136:99:1011,0,1535 chrXIV 192416 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DP=83;Dels=0.00;FS=5.944;HaplotypeScore=10.7218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:83:99:687,0,780 chrXIV 192445 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;DP=91;Dels=0.00;FS=4.046;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:587,0,957 chrXIV 192641 . G T 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=90;Dels=0.00;FS=4.222;HaplotypeScore=9.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.167;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:928,0,766 chrXIV 193004 . G A 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=82;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=6.9366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.320;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:699,0,611 chrXIV 193276 . G A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:305,0,488 chrXIV 193628 . T G 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;DP=65;Dels=0.00;FS=5.358;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.468;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:719,0,592 chrXIV 194047 . A G 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=44;Dels=0.00;FS=4.669;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.920;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:313,0,491 chrXIV 194260 . A G 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DP=57;Dels=0.00;FS=9.568;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.941;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:681,0,492 chrXIV 194299 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.278;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:260,0,626 chrXIV 194351 . G A 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.964;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:47:99:173,0,675 chrXIV 194419 . T C 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;DP=77;Dels=0.00;FS=1.940;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.518;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:613,0,857 chrXIV 194533 . C T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=73;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.546;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:561,0,745 chrXIV 194614 . A C 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DP=73;Dels=0.00;FS=4.627;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.698;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:713,0,728 chrXIV 194656 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.744;DP=67;Dels=0.00;FS=2.068;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:557,0,788 chrXIV 194864 . A G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:78:99:742,0,845 chrXIV 194954 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;DP=68;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:500,0,776 chrXIV 195206 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:511,0,793 chrXIV 195358 . A C 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:713,0,671 chrXIV 195373 . A C 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=74;Dels=0.00;FS=8.209;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:74:99:743,0,586 chrXIV 195436 . G A 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;DP=64;Dels=0.00;FS=4.054;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:610,0,437 chrXIV 195766 . A G 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=27.06;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1413,147,0 chrXIV 195994 . G A 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=16;Dels=0.00;FS=2.331;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:82:82,0,162 chrXIV 196105 . A T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=68;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.805;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:548,0,623 chrXIV 196115 . A G 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=19.03;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1365,144,0 chrXIV 196160 . T C 58.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=36.7524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.077;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:40:88,0,40 chrXIV 196164 . T C 65.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.936;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.383;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:62:95,0,62 chrXIV 196170 . A C 97.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.957;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.569;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:127,0,209 chrXIV 196173 . C T 102.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DP=29;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=3.1765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.409;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.612;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:132,0,206 chrXIV 196197 . T C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DP=35;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.550;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.217;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:224,0,215 chrXIV 196288 . G C 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DP=40;Dels=0.00;FS=1.962;HaplotypeScore=4.9501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=10.95;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:40:99:468,0,258 chrXIV 196326 . T G 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=33;Dels=0.00;FS=1.945;HaplotypeScore=0.9967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.307;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:346,0,343 chrXIV 196345 . G A 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;DP=26;Dels=0.00;FS=4.813;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.917;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:26:99:342,0,154 chrXIV 196819 . T C 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=30;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.841;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:270,0,328 chrXIV 197191 . T C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:264,0,349 chrXIV 197620 . G C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:36:99:294,0,217 chrXIV 197710 . G A 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=17.72;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:476,51,0 chrXIV 197788 . C A 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=17.21;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:54:515,54,0 chrXIV 198384 . T G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=27;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.976;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:180,0,213 chrXIV 198392 . C T 512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.29;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:57:545,57,0 chrXIV 198443 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.850;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:300,0,267 chrXIV 198574 . C T 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=18.61;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:703,75,0 chrXIV 198795 . T C 50.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=5.10;SB=-5.495e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:9:83,9,0 chrXIV 198796 . G C 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=4.50;SB=-5.495e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:9:77,9,0 chrXIV 198797 . G A 53.97 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=5.40;SB=-4.995e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:9:86,9,0 chrXIV 198801 . C T 21.06 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.62;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.135;SB=-2.203e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:20:51,0,20 chrXIV 198937 . G A 302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=15.89;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:36:335,36,0 chrXIV 199012 . T C 365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=18.25;ReadPosRankSum=1.561;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:42:398,42,0 chrXIV 199244 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.355;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:277,0,179 chrXIV 199403 . A G 415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=18.04;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:448,48,0 chrXIV 199432 . T A 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;DP=23;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:103,0,171 chrXIV 199570 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DP=25;Dels=0.00;FS=14.814;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.217;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.177;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:218,0,215 chrXIV 199813 . G C 660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:693,75,0 chrXIV 199873 . G A 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:200,0,488 chrXIV 200003 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=37;Dels=0.00;FS=2.870;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.112;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:337,0,310 chrXIV 200101 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=51;Dels=0.00;FS=9.336;HaplotypeScore=1.7306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.265;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:494,0,573 chrXIV 200111 . A T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.274;DP=53;Dels=0.00;FS=5.714;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:536,0,507 chrXIV 200248 . A C 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=90;Dels=0.00;FS=1.703;HaplotypeScore=3.2735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:743,0,853 chrXIV 200328 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;DP=44;Dels=0.00;FS=4.534;HaplotypeScore=2.7374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:478,0,416 chrXIV 200628 . C G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=64;Dels=0.00;FS=2.287;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:534,0,456 chrXIV 201078 . T G 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=22.98;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:1136,123,0 chrXIV 201183 . T C 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=25.43;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1406,147,0 chrXIV 201465 . C T 1588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.60;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1621,165,0 chrXIV 201944 . C A 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=17.95;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1038,105,0 chrXIV 201965 . T C 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=13.711;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.585;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:81:754,81,0 chrXIV 201973 . C T 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=15.97;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:672,72,0 chrXIV 201993 . C T 418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=11.94;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:51:451,51,0 chrXIV 202388 . G A 2575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=21.11;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2608,294,0 chrXIV 202394 . G A 2633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2666,273,0 chrXIV 202414 . T A 2337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=20.68;SB=-1.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2370,243,0 chrXIV 202510 . T C 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=21.84;ReadPosRankSum=1.688;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:81:99:1802,198,0 chrXIV 202679 . A T 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=20.18;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1890,198,0 chrXIV 202690 . G A 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=20.71;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1752,180,0 chrXIV 203039 . T A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=21.54;ReadPosRankSum=1.677;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1433,147,0 chrXIV 203351 . C T 868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=19.29;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:901,93,0 chrXIV 203363 . T C 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=20.44;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:912,96,0 chrXIV 203441 . T C 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.619;QD=22.41;ReadPosRankSum=1.675;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1400,150,0 chrXIV 203744 . T G 591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.89;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:624,66,0 chrXIV 204260 . G A 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;QD=18.03;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:700,72,0 chrXIV 204270 . G A 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=17.66;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:651,69,0 chrXIV 204288 . G A 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=15.89;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:75:732,75,0 chrXIV 204319 . T C 407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=11.63;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:48:440,48,0 chrXIV 204325 . T C 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.641;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:45:422,45,0 chrXIV 204368 . G A 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.13;MQ0=0;QD=13.49;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:57:559,57,0 chrXIV 204375 . A G 388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.72;MQ0=0;QD=11.41;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:45:421,45,0 chrXIV 204395 . G A 473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.69;MQ0=0;QD=15.26;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:51:506,51,0 chrXIV 204437 . T A 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=16.31;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:718,78,0 chrXIV 204438 . T A 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=17.43;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:765,81,0 chrXIV 204611 . G A 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;DP=117;Dels=0.00;FS=2.136;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.677;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.761;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,43:117:99:735,0,1560 chrXIV 204719 . T C 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=23.24;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1962,213,0 chrXIV 204752 . C T 1608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=25.12;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1641,171,0 chrXIV 204788 . C T 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=23.69;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1099,111,0 chrXIV 204840 . C G 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=21.55;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1520,156,0 chrXIV 205874 . C T 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.34;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1083,111,0 chrXIV 206485 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=54;Dels=0.00;FS=1.043;HaplotypeScore=5.5468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.278;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:596,0,336 chrXIV 206552 . T A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.186;DP=66;Dels=0.00;FS=5.583;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=2.377;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.137;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:512,0,729 chrXIV 206555 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.867;DP=69;Dels=0.00;FS=3.891;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:707,0,569 chrXIV 206575 . G A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DP=77;Dels=0.00;FS=2.557;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.976;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:684,0,726 chrXIV 206605 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=67;Dels=0.00;FS=6.414;HaplotypeScore=5.3887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:582,0,611 chrXIV 206709 . T C 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=22.50;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1383,147,0 chrXIV 206756 . G C 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=22.64;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:984,102,0 chrXIV 206786 . G A 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=39;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:390,0,313 chrXIV 206848 . A G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;DP=56;Dels=0.00;FS=9.734;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.151;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:56:99:335,0,497 chrXIV 206892 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DP=54;Dels=0.00;FS=16.300;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.424;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:343,0,691 chrXIV 206906 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=51;Dels=0.00;FS=12.940;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.897;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:283,0,575 chrXIV 206920 . A G 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;DP=44;Dels=0.00;FS=9.032;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.406;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:219,0,487 chrXIV 206936 . C A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=38;Dels=0.00;FS=13.394;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.967;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.147;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:168,0,454 chrXIV 206968 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=37;Dels=0.00;FS=1.311;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=5.70;ReadPosRankSum=2.420;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:241,0,247 chrXIV 206986 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:302,0,180 chrXIV 207040 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=58;Dels=0.00;FS=5.763;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:328,0,769 chrXIV 207094 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=74;Dels=0.00;FS=17.132;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=2.306;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.178;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:74:99:623,0,828 chrXIV 207129 . T C 1259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=22.89;ReadPosRankSum=1.669;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1292,138,0 chrXIV 207220 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;DP=49;Dels=0.00;FS=4.593;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.780;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:346,0,499 chrXIV 207283 . T G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=36;Dels=0.00;FS=17.294;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:263,0,320 chrXIV 207292 . G A 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;DP=36;Dels=0.00;FS=10.480;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:253,0,235 chrXIV 207346 . T C 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DP=38;Dels=0.00;FS=1.310;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.084;QD=4.58;ReadPosRankSum=2.290;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:204,0,359 chrXIV 207358 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.302;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:258,0,351 chrXIV 207451 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=94;Dels=0.00;FS=6.862;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.326;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:760,0,883 chrXIV 207991 . G A 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=24.96;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1930,201,0 chrXIV 208195 . G A 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=16.58;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1061,114,0 chrXIV 208275 . C G 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=15.30;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:60:99:951,99,0 chrXIV 208609 . A G 102.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=26;Dels=0.00;FS=14.418;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.024;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:132,0,356 chrXIV 208820 . C T 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.13;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:760,78,0 chrXIV 209482 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=78;Dels=0.00;FS=6.950;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.876;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:78:99:457,0,819 chrXIV 209761 . A T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;DP=39;Dels=0.00;FS=7.125;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.029;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:377,0,328 chrXIV 210155 . T C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=17.47;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:994,108,0 chrXIV 210240 . G A 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=17.84;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1139,117,0 chrXIV 210415 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:348,0,422 chrXIV 210438 . A T 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=23.02;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:977,102,0 chrXIV 210474 . G A 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=22.54;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1115,117,0 chrXIV 210617 . A G 2331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=25.34;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2364,252,0 chrXIV 210688 . G A 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:78:99:758,0,616 chrXIV 210763 . C T 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=15.99;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1232,135,0 chrXIV 210775 . G A 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=18.76;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1384,144,0 chrXIV 211162 . T C 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.77;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1339,144,0 chrXIV 211577 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DP=77;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,47:77:99:992,0,536 chrXIV 211598 . G A 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DP=69;Dels=0.00;FS=7.175;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,45:69:99:865,0,418 chrXIV 211824 . C T 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=20.50;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:66:99:1386,153,0 chrXIV 211886 . A G 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.687;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1587,174,0 chrXIV 211934 . A G 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=18.77;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1253,138,0 chrXIV 212104 . T A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=49;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.935;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:578,0,283 chrXIV 212140 . A C 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=19.97;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:692,75,0 chrXIV 212538 . G A 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=26.15;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1942,198,0 chrXIV 213556 . T A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;DP=55;Dels=0.00;FS=2.346;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.642;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:543,0,439 chrXIV 213670 . G A 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.248;DP=57;Dels=0.00;FS=2.219;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.471;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:559,0,445 chrXIV 213708 . C G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=54;Dels=0.00;FS=3.904;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:54:99:393,0,501 chrXIV 213764 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=55;Dels=0.00;FS=1.099;HaplotypeScore=7.4289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:429,0,572 chrXIV 213823 . A G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=53;Dels=0.00;FS=3.824;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.699;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:424,0,525 chrXIV 213829 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;DP=53;Dels=0.00;FS=5.940;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.143;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.238;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:431,0,517 chrXIV 213856 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=69;Dels=0.00;FS=4.738;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.530;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.054;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:352,0,754 chrXIV 213861 . T A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.574;DP=67;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.835;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:268,0,779 chrXIV 213991 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=45;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:397,0,464 chrXIV 214019 . C A 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=18.33;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1041,114,0 chrXIV 214071 . G A 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=22.67;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1416,147,0 chrXIV 214676 . T A 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.513;DP=96;Dels=0.00;FS=2.729;HaplotypeScore=11.7258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.365;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,57:96:99:949,0,802 chrXIV 214732 . C T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;DP=61;Dels=0.00;FS=7.424;HaplotypeScore=5.1145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:549,0,690 chrXIV 214918 . T C 1707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=21.88;SB=-1.015e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1740,186,0 chrXIV 215120 . T C 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.66;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1116,120,0 chrXIV 215201 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=66;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:725,0,386 chrXIV 215285 . C T 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=60;Dels=0.00;FS=3.812;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,39:60:99:676,0,334 chrXIV 215309 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.740;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:53:99:441,0,545 chrXIV 215804 . T C 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=34;Dels=0.00;FS=7.533;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:37:559,37,0 chrXIV 215887 . T A 1427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.78;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1460,153,0 chrXIV 216026 . T A 2396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=28.19;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2429,243,0 chrXIV 216068 . A G 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=33;Dels=0.00;FS=6.154;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=22.39;ReadPosRankSum=1.523;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:84:772,84,0 chrXIV 217002 . T C 194.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:224,0,293 chrXIV 217112 . G A 280.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:310,0,360 chrXIV 217557 . G A 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;DP=42;Dels=0.00;FS=3.513;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.466;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:315,0,285 chrXIV 217736 . G A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;DP=43;Dels=0.00;FS=15.287;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.302;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:340,0,380 chrXIV 217872 . A G 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=13.84;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:51:476,51,0 chrXIV 218071 . A G 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=25.06;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1311,138,0 chrXIV 218774 . T G 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.88;SB=-1.158e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2309,252,0 chrXIV 218831 . G T 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.42;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1930,198,0 chrXIV 218903 . A G 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=20.46;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:79:99:1649,174,0 chrXIV 219061 . T C 1437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.223;DP=161;Dels=0.00;FS=2.781;HaplotypeScore=13.2492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=8.93;ReadPosRankSum=2.232;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,74:161:99:1467,0,1671 chrXIV 220228 . A T 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=18.45;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:605,66,0 chrXIV 220272 . G A 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=5.488;HaplotypeScore=5.5989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=23.80;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1128,117,0 chrXIV 220548 . T G 400 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=12.90;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:31:45:433,45,0 chrXIV 220550 . T G 359 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=12.82;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:42:392,42,0 chrXIV 220551 . T A 402 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;QD=14.36;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:435,45,0 chrXIV 220629 . T A 1610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=87;Dels=0.00;FS=5.593;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=18.51;ReadPosRankSum=1.692;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1643,177,0 chrXIV 220632 . G A 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;QD=19.31;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1636,177,0 chrXIV 220663 . A T 1749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=18.22;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1782,183,0 chrXIV 220693 . A G 1323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=16.54;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1356,147,0 chrXIV 220950 . C T 1256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=20.59;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1289,141,0 chrXIV 221010 . C T 2224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2257,237,0 chrXIV 221481 . T C 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=22.31;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1639,180,0 chrXIV 221673 . T A 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=20.34;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1233,132,0 chrXIV 221709 . T C 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=18.15;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:995,105,0 chrXIV 221924 . T A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;DP=63;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:643,0,509 chrXIV 222506 . A G 1253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.88;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1286,138,0 chrXIV 222725 . T C 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=23.33;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1666,180,0 chrXIV 222730 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DP=74;Dels=0.00;FS=4.731;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.673;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:74:99:475,0,886 chrXIV 222772 . C T 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=25.33;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1857,192,0 chrXIV 223074 . A T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.595;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=8.36;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:657,0,746 chrXIV 223337 . T A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:510,0,872 chrXIV 223350 . A C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.568;DP=95;Dels=0.00;FS=2.727;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.023;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:95:99:535,0,1021 chrXIV 223812 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;DP=62;Dels=0.00;FS=7.436;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:491,0,578 chrXIV 223813 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=62;Dels=0.00;FS=9.344;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:563,0,524 chrXIV 224148 . C T 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=92;Dels=0.00;FS=1.746;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:92:99:878,0,684 chrXIV 224570 . A G 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=20.97;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1354,144,0 chrXIV 224573 . G A 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=21.68;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1312,135,0 chrXIV 224596 . C G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=43;Dels=0.00;FS=6.807;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.981;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:269,0,351 chrXIV 224628 . A G 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=15.80;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:87:839,87,0 chrXIV 224654 . G A 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=14.13;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:980,105,0 chrXIV 224659 . G T 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=15.76;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1294,132,0 chrXIV 224708 . A G 2301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=116;Dels=0.00;FS=2.892;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=19.84;ReadPosRankSum=2.386;SB=-1.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:2334,252,0 chrXIV 224721 . G T 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=20.60;SB=-1.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2484,258,0 chrXIV 224875 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;DP=55;Dels=0.00;FS=10.148;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.406;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:587,0,554 chrXIV 225318 . T A 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=24.73;ReadPosRankSum=2.695;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:96:99:2407,249,0 chrXIV 225567 . G A 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=17.54;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1699,183,0 chrXIV 225611 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.672;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:842,0,764 chrXIV 225622 . G C 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=91;Dels=0.00;FS=5.480;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.220;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.154;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:91:99:889,0,710 chrXIV 225699 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;DP=81;Dels=0.00;FS=2.083;HaplotypeScore=7.8554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:635,0,378 chrXIV 226012 . A G 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DP=72;Dels=0.00;FS=3.578;HaplotypeScore=7.3946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.774;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:505,0,867 chrXIV 226114 . C T 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=21.00;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1482,153,0 chrXIV 226164 . T C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=5.96;ReadPosRankSum=2.418;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:495,0,531 chrXIV 226403 . T C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=2.556;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:273,0,433 chrXIV 226437 . G C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=61;Dels=0.00;FS=20.490;HaplotypeScore=7.8096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.603;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:61:99:556,0,387 chrXIV 226574 . C T 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DP=87;Dels=0.00;FS=3.663;HaplotypeScore=5.2313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=14.91;ReadPosRankSum=1.652;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:87:99:1330,141,0 chrXIV 226580 . T C 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=82;Dels=0.00;FS=3.697;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.225;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1320,119,0 chrXIV 226724 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.515;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:65:99:389,0,654 chrXIV 226950 . A T 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=21.70;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1465,150,0 chrXIV 227030 . C T 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=52;Dels=0.00;FS=2.332;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.909;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:281,0,536 chrXIV 227151 . T C 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;DP=77;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=6.1517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.302;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:782,0,457 chrXIV 227377 . G A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.688;DP=69;Dels=0.00;FS=3.668;HaplotypeScore=6.6156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.799;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:829,0,513 chrXIV 227425 . G C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DP=55;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=2.7792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.519;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:548,0,457 chrXIV 227444 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DP=50;Dels=0.00;FS=6.474;HaplotypeScore=1.9920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.557;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:493,0,359 chrXIV 227455 . C T 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1056,108,0 chrXIV 227510 . C A 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.015;DP=59;Dels=0.00;FS=2.209;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=9.19;ReadPosRankSum=-2.300;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:572,0,538 chrXIV 227572 . A G 1170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=18.87;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1203,126,0 chrXIV 227933 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;DP=40;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.338;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:399,0,370 chrXIV 229790 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DP=79;Dels=0.00;FS=3.676;HaplotypeScore=4.7385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:79:99:468,0,731 chrXIV 229818 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.512;DP=67;Dels=0.00;FS=2.525;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:463,0,531 chrXIV 229890 . C T 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=19.21;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1301,144,0 chrXIV 230182 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.282;DP=60;Dels=0.00;FS=3.687;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.204;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:60:99:564,0,557 chrXIV 230577 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.939;DP=78;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=7.1118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.831;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.903;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:566,0,708 chrXIV 230599 . G A 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.05;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=21.31;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1866,198,0 chrXIV 230725 . T C 2833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=14.4012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=20.53;SB=-1.541e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:137:99:2866,303,0 chrXIV 230830 . A T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:711,0,560 chrXIV 230962 . G T 2808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.665e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2841,294,0 chrXIV 231034 . G A 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=22.03;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1928,201,0 chrXIV 231302 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=67;Dels=0.00;FS=3.465;HaplotypeScore=10.5649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=2.793;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.600;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:560,0,493 chrXIV 231326 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;DP=68;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.771;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:432,0,483 chrXIV 231331 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=3.681;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.981;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:481,0,423 chrXIV 231344 . A T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;DP=73;Dels=0.00;FS=2.050;HaplotypeScore=5.8253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.267;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:349,0,601 chrXIV 231346 . C A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.846;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:351,0,619 chrXIV 231426 . A G 1680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=20.49;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1713,177,0 chrXIV 231454 . C A 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=19.47;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1396,147,0 chrXIV 231474 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.335;DP=75;Dels=0.00;FS=4.804;HaplotypeScore=8.1831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:628,0,636 chrXIV 231746 . G A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.673;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.824;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:78:99:955,0,418 chrXIV 232094 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=11.60;ReadPosRankSum=2.027;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:552,0,254 chrXIV 232190 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DP=65;Dels=0.00;FS=2.150;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:579,0,542 chrXIV 232241 . G A 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=21.26;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1436,150,0 chrXIV 232256 . T G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;DP=59;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.063;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:59:99:401,0,548 chrXIV 232298 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;DP=54;Dels=0.00;FS=3.844;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.933;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:343,0,447 chrXIV 232325 . A C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;DP=50;Dels=0.00;FS=6.207;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.544;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.845;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:215,0,499 chrXIV 232330 . G A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.165;DP=48;Dels=0.00;FS=5.964;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.557;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.608;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:238,0,446 chrXIV 232337 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=51;Dels=0.00;FS=5.881;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.931;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.198;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:276,0,490 chrXIV 232438 . C T 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.84;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1426,147,0 chrXIV 232508 . A G 1179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.83;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1212,129,0 chrXIV 232598 . T C 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=23.66;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1003,108,0 chrXIV 232661 . G A 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=52;Dels=0.00;FS=3.925;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=8.83;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:489,0,466 chrXIV 232778 . C G 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.820;DP=86;Dels=0.00;FS=2.916;HaplotypeScore=7.5948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.436;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:86:99:622,0,997 chrXIV 232914 . A G 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:912,99,0 chrXIV 233024 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;DP=53;Dels=0.00;FS=4.861;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:419,0,484 chrXIV 233132 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=84;Dels=0.00;FS=4.235;HaplotypeScore=8.2792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.479;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:517,0,836 chrXIV 233237 . G C 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.12;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:970,105,0 chrXIV 233293 . A T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DP=39;Dels=0.00;FS=9.525;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=7.33;ReadPosRankSum=2.591;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:316,0,361 chrXIV 233507 . A G 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.728;DP=41;Dels=0.00;FS=2.684;HaplotypeScore=10.3771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=18.32;ReadPosRankSum=2.829;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:84:784,84,0 chrXIV 233585 . C T 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.08;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:758,84,0 chrXIV 233758 . A G 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.75;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:96:888,96,0 chrXIV 233897 . A G 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=23.16;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1052,111,0 chrXIV 233903 . C T 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=16.44;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:921,99,0 chrXIV 234264 . G A 1634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.096;DP=174;Dels=0.00;FS=4.122;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.275;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,86:174:99:1664,0,1654 chrXIV 234325 . G A 3442.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.48;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:3442,355,0 chrXIV 234587 . G A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;DP=64;Dels=0.00;FS=3.060;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.780;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:603,0,427 chrXIV 234916 . T C 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.68;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:963,105,0 chrXIV 235333 . T A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=40;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:321,0,371 chrXIV 235716 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=41;Dels=0.00;FS=14.171;HaplotypeScore=1.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:417,0,356 chrXIV 235807 . T C 705.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.470;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=9.66;ReadPosRankSum=2.587;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:735,0,411 chrXIV 235925 . G A 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.773;DP=69;Dels=0.01;FS=3.072;HaplotypeScore=6.3027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=9.94;ReadPosRankSum=-2.491;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:716,0,709 chrXIV 235956 . C T 412.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;DP=76;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:442,0,864 chrXIV 236209 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=65;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=5.5186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:418,0,504 chrXIV 236383 . A G 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.890;DP=104;Dels=0.00;FS=9.083;HaplotypeScore=7.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=9.57;ReadPosRankSum=-2.542;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:1025,0,1030 chrXIV 236605 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.252;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:94:99:640,0,933 chrXIV 236685 . A G 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.962;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,57:109:99:1068,0,1098 chrXIV 236740 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=51;Dels=0.00;FS=1.070;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:608,0,444 chrXIV 236810 . A G 654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.24;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:687,75,0 chrXIV 236884 . G C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=41;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:450,0,426 chrXIV 236926 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=57;Dels=0.00;FS=3.678;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.654;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:545,0,498 chrXIV 237099 . T C 1625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=72;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=22.57;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1658,180,0 chrXIV 237780 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=69;Dels=0.00;FS=6.721;HaplotypeScore=6.6689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.112;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:69:99:473,0,666 chrXIV 237838 . T G 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=22.01;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1684,177,0 chrXIV 238041 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=86;Dels=0.00;FS=1.761;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.420;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:675,0,783 chrXIV 238429 . A G 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=17.33;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1021,111,0 chrXIV 238443 . A C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=50;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:444,0,340 chrXIV 238666 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.444;DP=85;Dels=0.00;FS=5.824;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.022;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:746,0,982 chrXIV 239611 . G C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=36;Dels=0.00;FS=6.944;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.824;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:258,0,378 chrXIV 239987 . T G 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=37;Dels=0.00;FS=2.864;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.565;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:313,0,392 chrXIV 240005 . A C 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.86;MQ0=0;QD=21.66;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:661,72,0 chrXIV 240009 . T C 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=28;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:208,0,282 chrXIV 241282 . T A 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=115;Dels=0.01;FS=4.801;HaplotypeScore=9.8628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.133;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:114:99:1090,0,1100 chrXIV 242064 . C T 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=20.09;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1680,171,0 chrXIV 242111 . C T 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.02;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1194,123,0 chrXIV 243194 . G T 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=23.06;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:81:794,81,0 chrXIV 243245 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.768;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:415,0,335 chrXIV 243291 . G A 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=20.36;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1275,132,0 chrXIV 243530 . A T 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93:893,93,0 chrXIV 244308 . C A 3439.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=26.05;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:132:99:3439,355,0 chrXIV 244768 . G C 1199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=19.03;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1232,129,0 chrXIV 244832 . G C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=52;Dels=0.00;FS=4.016;HaplotypeScore=5.0138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.770;QD=7.04;ReadPosRankSum=-2.632;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:396,0,579 chrXIV 244915 . T G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.280;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:182,0,473 chrXIV 244996 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.901;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:353,0,355 chrXIV 245307 . G A 1084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=22.58;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1117,123,0 chrXIV 245680 . A G 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.22;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1570,171,0 chrXIV 245895 . G C 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=21.09;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:982,105,0 chrXIV 246138 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.772;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:760,0,706 chrXIV 246603 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=92;Dels=0.00;FS=1.915;HaplotypeScore=11.0854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.148;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:530,0,880 chrXIV 246634 . T A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.508;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:632,0,721 chrXIV 246999 . T A 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DP=80;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:638,0,597 chrXIV 247120 . A G 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DP=59;Dels=0.00;FS=2.768;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.366;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:59:99:709,0,471 chrXIV 247217 . T A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=58;Dels=0.00;FS=3.940;HaplotypeScore=5.0678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:661,0,434 chrXIV 247246 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.963;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.126;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:533,0,311 chrXIV 247374 . C T 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;DP=89;Dels=0.00;FS=5.345;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.883;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:808,0,716 chrXIV 247381 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=96;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.445;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.088;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:730,0,811 chrXIV 247390 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DP=92;Dels=0.00;FS=1.718;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.794;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.918;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:665,0,804 chrXIV 247425 . C A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;DP=70;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.108;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:70:99:452,0,489 chrXIV 247432 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.935;DP=73;Dels=0.00;FS=3.224;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.097;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.151;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:73:99:421,0,593 chrXIV 247567 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=75;Dels=0.00;FS=3.439;HaplotypeScore=12.0546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.980;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:99:350,0,736 chrXIV 247704 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.009;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:574,0,448 chrXIV 247937 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=57;Dels=0.00;FS=1.069;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.247;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:57:99:589,0,313 chrXIV 249443 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=82;Dels=0.00;FS=13.600;HaplotypeScore=14.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.419;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:82:99:608,0,723 chrXIV 249542 . A G 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=84;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=9.31;ReadPosRankSum=2.833;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:812,0,791 chrXIV 249569 . T A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:771,0,651 chrXIV 249918 . G A 3103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=25.86;SB=-1.618e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:3136,322,0 chrXIV 250008 . G A 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=84;Dels=0.00;FS=4.225;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.919;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.013;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:898,0,737 chrXIV 250019 . C T 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DP=82;Dels=0.00;FS=7.448;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:955,0,696 chrXIV 250357 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=78;Dels=0.00;FS=3.074;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.547;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:573,0,754 chrXIV 250456 . C G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=59;Dels=0.00;FS=17.601;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:640,0,495 chrXIV 250494 . T C 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=68;Dels=0.00;FS=3.316;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.676;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:418,0,768 chrXIV 250504 . G T 1790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=22.95;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1823,189,0 chrXIV 250567 . G A 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=115;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.284;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:115:99:1037,0,990 chrXIV 250619 . G A 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.522;DP=78;Dels=0.00;FS=8.449;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:900,0,626 chrXIV 250834 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=82;Dels=0.00;FS=4.549;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.690;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:473,0,771 chrXIV 250840 . T C 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=80;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=9.3178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1480,159,0 chrXIV 250896 . C T 1374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=19.91;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1407,144,0 chrXIV 251384 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;DP=47;Dels=0.00;FS=6.381;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.267;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:421,0,565 chrXIV 251975 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;DP=57;Dels=0.00;FS=3.633;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:345,0,665 chrXIV 252203 . C G 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1209,129,0 chrXIV 252919 . T G 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.35;MQ0=3;QD=19.45;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:20:45:422,45,0 chrXIV 253777 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=37;Dels=0.00;FS=7.720;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:370,0,354 chrXIV 254148 . G A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=32;Dels=0.00;FS=1.393;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.548;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:207,0,266 chrXIV 254264 . G C 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=106;Dels=0.00;FS=10.622;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.554;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:869,0,941 chrXIV 254474 . C T 511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=17.03;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:544,60,0 chrXIV 254495 . T C 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:518,54,0 chrXIV 254579 . C T 511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=25.55;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:57:544,57,0 chrXIV 254632 . T C 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=20.02;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1094,117,0 chrXIV 254882 . T G 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:85:85,0,325 chrXIV 254961 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=44;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=5.5573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.993;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.115;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:325,0,339 chrXIV 254966 . G A 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=19.35;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:923,96,0 chrXIV 255028 . A G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,37:96:99:584,0,986 chrXIV 255086 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=108;Dels=0.00;FS=5.034;HaplotypeScore=54.3703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.464;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:108:99:689,0,870 chrXIV 255178 . G A 1544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;MQ0=0;QD=20.86;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1577,180,0 chrXIV 255189 . A T 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=19.04;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1423,156,0 chrXIV 255192 . C T 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=21.53;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1626,168,0 chrXIV 255215 . G A 1813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=20.84;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1846,189,0 chrXIV 255330 . C A 3883.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=26.60;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:146:99:3883,406,0 chrXIV 255352 . A G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.965;DP=129;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=5.8255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.227;QD=5.94;ReadPosRankSum=-2.022;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,53:129:99:796,0,1746 chrXIV 255358 . A G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.282;DP=118;Dels=0.00;FS=0.933;HaplotypeScore=6.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.093;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,43:118:99:618,0,1735 chrXIV 255754 . C A 3472.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=26.71;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:3472,366,0 chrXIV 256474 . G A 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=97;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.176;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:1102,0,868 chrXIV 256479 . A G 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;DP=98;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=5.0768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.940;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.193;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:1080,0,726 chrXIV 256643 . G A 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.875;DP=84;Dels=0.00;FS=9.344;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:957,0,685 chrXIV 256717 . G A 1343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=129;Dels=0.01;FS=3.346;HaplotypeScore=5.9995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.378;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:128:99:1373,0,950 chrXIV 256739 . G A 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=140;Dels=0.00;FS=7.807;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.032;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,76:140:99:1228,0,1012 chrXIV 256840 . T C 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=107;Dels=0.00;FS=6.417;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=2.252;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.564;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:107:99:1047,0,875 chrXIV 256857 . A G 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=95;Dels=0.00;FS=3.882;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.724;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.613;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:874,0,696 chrXIV 257114 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=88;Dels=0.00;FS=9.031;HaplotypeScore=12.4261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=5.22;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:489,0,618 chrXIV 257173 . T C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;DP=81;Dels=0.00;FS=1.908;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:574,0,521 chrXIV 257643 . A C 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.913;DP=68;Dels=0.00;FS=12.919;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.731;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:589,0,589 chrXIV 258010 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:582,0,456 chrXIV 258063 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.352;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:46:99:497,0,201 chrXIV 258320 . A T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=58;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.918;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:306,0,429 chrXIV 258590 . G C 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=24.47;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:963,99,0 chrXIV 258883 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=6.1799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.720;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:634,0,355 chrXIV 258894 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:355,0,497 chrXIV 259198 . T A 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=78;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=11.1733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.182;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,50:78:99:926,0,420 chrXIV 259283 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.703;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:444,0,452 chrXIV 259404 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.261;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:296,0,389 chrXIV 259415 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=51;Dels=0.00;FS=1.429;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:444,0,291 chrXIV 259454 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;DP=85;Dels=0.00;FS=2.419;HaplotypeScore=4.9744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.358;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:85:99:416,0,796 chrXIV 259493 . A T 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=17.91;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1931,207,0 chrXIV 259503 . T G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.621;DP=106;Dels=0.00;FS=1.601;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:106:99:572,0,1218 chrXIV 259519 . A G 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=105;Dels=0.00;FS=2.593;HaplotypeScore=7.7637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.106;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:105:99:587,0,1011 chrXIV 260357 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.859;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:692,0,709 chrXIV 260464 . A G 1415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;DP=142;Dels=0.00;FS=10.409;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.673;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,76:142:99:1445,0,992 chrXIV 260586 . G A 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=100;Dels=0.00;FS=11.555;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.871;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:790,0,762 chrXIV 260605 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.939;DP=85;Dels=0.00;FS=5.494;HaplotypeScore=2.7181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:619,0,674 chrXIV 260618 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=5.24;ReadPosRankSum=2.589;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:418,0,726 chrXIV 261045 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DP=70;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:530,0,484 chrXIV 261149 . C T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DP=64;Dels=0.00;FS=8.503;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:611,0,474 chrXIV 261362 . C T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:56:99:240,0,551 chrXIV 261635 . G T 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.642;DP=107;Dels=0.00;FS=6.288;HaplotypeScore=5.8542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=8.07;ReadPosRankSum=-2.991;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:893,0,794 chrXIV 261659 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;DP=92;Dels=0.00;FS=1.899;HaplotypeScore=8.1658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.068;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:92:99:588,0,928 chrXIV 261740 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:837,0,729 chrXIV 261861 . G C 1053.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;DP=90;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.276;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,57:90:99:1083,0,479 chrXIV 262265 . G A 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=115;Dels=0.00;FS=0.751;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.003;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,67:115:99:1084,0,888 chrXIV 262301 . G A 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.014;DP=111;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=8.9086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.149;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,64:111:99:1085,0,792 chrXIV 262310 . G A 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=106;Dels=0.00;FS=5.396;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.160;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.639;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:973,0,835 chrXIV 262400 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.896;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:593,0,575 chrXIV 262466 . T G 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=84;Dels=0.00;FS=7.200;HaplotypeScore=7.0612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:806,0,730 chrXIV 262513 . T G 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=91;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.957;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:91:99:813,0,800 chrXIV 262734 . G A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DP=55;Dels=0.00;FS=1.062;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:55:99:548,0,441 chrXIV 263036 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.701;DP=73;Dels=0.00;FS=2.317;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.432;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:73:99:631,0,650 chrXIV 263487 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=47;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:411,0,354 chrXIV 263592 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=84;Dels=0.00;FS=1.823;HaplotypeScore=7.5331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.058;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.651;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:84:99:642,0,679 chrXIV 263625 . T A 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DP=104;Dels=0.00;FS=1.608;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:856,0,983 chrXIV 263896 . A C 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;DP=53;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=6.3692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:239,0,480 chrXIV 263968 . T C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:83:99:734,0,590 chrXIV 264064 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=55;Dels=0.00;FS=7.696;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.367;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:432,0,547 chrXIV 264232 . A G 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=18.11;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:75:703,75,0 chrXIV 264468 . G T 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:115:99:799,0,1114 chrXIV 264537 . A G 1249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DP=149;Dels=0.00;FS=2.220;HaplotypeScore=13.2667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.001;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,72:149:99:1279,0,1450 chrXIV 265092 . C T 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.315;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:109:99:943,0,866 chrXIV 265258 . G C 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=19.13;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1372,144,0 chrXIV 265328 . C T 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=14.78;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1260,132,0 chrXIV 265514 . C T 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=19.19;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1069,111,0 chrXIV 265583 . A G 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=20.32;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1110,120,0 chrXIV 265604 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;DP=62;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.368;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.799;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:62:99:335,0,728 chrXIV 265613 . A C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;DP=69;Dels=0.00;FS=7.049;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.483;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:69:99:409,0,595 chrXIV 265690 . G A 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.05;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1737,180,0 chrXIV 266015 . C A 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.82;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1255,132,0 chrXIV 266760 . C T 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=17.87;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1302,141,0 chrXIV 266800 . A G 2158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=19.98;ReadPosRankSum=1.668;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:2191,234,0 chrXIV 266808 . G A 2320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=20.00;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2353,243,0 chrXIV 266839 . C T 2235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=19.10;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2268,243,0 chrXIV 266907 . T C 1581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=21.36;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1614,174,0 chrXIV 266924 . G A 1995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=23.75;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2028,210,0 chrXIV 267161 . G A 2254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=24.50;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2287,234,0 chrXIV 267241 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DP=44;Dels=0.00;FS=4.255;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.489;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:519,0,358 chrXIV 267262 . T G 219.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;DP=48;Dels=0.00;FS=5.820;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.726;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:249,0,524 chrXIV 267267 . C T 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=17.47;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:93:819,93,0 chrXIV 268096 . T A 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.67;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1665,171,0 chrXIV 268265 . A G 2285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.77;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2318,249,0 chrXIV 268398 . T G 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=22.58;ReadPosRankSum=1.602;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1230,132,0 chrXIV 268643 . G A 2431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=22.93;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2464,249,0 chrXIV 268898 . C T 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.52;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1023,105,0 chrXIV 269266 . C G 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.26;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1436,150,0 chrXIV 269607 . G C 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=19.94;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1050,114,0 chrXIV 271098 . T G 2919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.93;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:99:2952,324,0 chrXIV 272095 . T C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.437;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:499,0,537 chrXIV 272165 . C T 1263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1296,138,0 chrXIV 275211 . A C 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DP=111;Dels=0.00;FS=7.427;HaplotypeScore=13.5766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:111:99:962,0,799 chrXIV 275434 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=40;Dels=0.00;FS=4.442;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.056;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:342,0,439 chrXIV 276981 . C A 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=69;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.642;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:518,0,495 chrXIV 277334 . A T 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=67;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=22.93;ReadPosRankSum=1.677;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:67:99:1569,168,0 chrXIV 277361 . G A 1324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=22.44;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1357,141,0 chrXIV 277454 . C T 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.53;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2061,219,0 chrXIV 279171 . C A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=68;Dels=0.00;FS=3.536;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:383,0,844 chrXIV 279996 . G A 361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:42:394,42,0 chrXIV 280112 . C T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DP=31;Dels=0.00;FS=6.043;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.529;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:326,0,220 chrXIV 280946 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:403,0,487 chrXIV 281196 . G A 2023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.75;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2056,213,0 chrXIV 281634 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=104;Dels=0.00;FS=1.865;HaplotypeScore=4.8690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.420;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:992,0,971 chrXIV 281654 . A T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=85;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.214;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:702,0,794 chrXIV 282032 . C T 1954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.79;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1987,204,0 chrXIV 283562 . A G 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DP=22;Dels=0.00;FS=1.590;HaplotypeScore=7.2100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:207,0,131 chrXIV 285282 . T C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=47;Dels=0.00;FS=4.675;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=10.28;ReadPosRankSum=2.516;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:513,0,341 chrXIV 286221 . T A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.940;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:546,0,628 chrXIV 287504 . C T 3051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=18.95;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3084,339,0 chrXIV 291136 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=30;Dels=0.00;FS=1.515;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:275,0,146 chrXIV 292216 . T C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=40;Dels=0.00;FS=2.694;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.657;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:389,0,282 chrXIV 293080 . G A 1486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.810;DP=174;Dels=0.00;FS=18.350;HaplotypeScore=10.7590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.061;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,76:174:99:1516,0,1978 chrXIV 294388 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=65;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:584,0,445 chrXIV 294681 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:42:99:482,0,230 chrXIV 294859 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=45;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:512,0,421 chrXIV 295050 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=37;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=8.97;ReadPosRankSum=2.392;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:362,0,297 chrXIV 295289 . A G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=50;Dels=0.00;FS=4.076;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.649;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:616,0,288 chrXIV 295690 . C A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:415,0,447 chrXIV 295870 . T C 1067.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.144;DP=127;Dels=0.00;FS=4.359;HaplotypeScore=13.7585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.060;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,60:127:99:1097,0,1002 chrXIV 296367 . G C 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=99;Dels=0.00;FS=2.725;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=7.76;ReadPosRankSum=2.275;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:99:99:798,0,1012 chrXIV 296394 . A G 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;DP=83;Dels=0.00;FS=2.051;HaplotypeScore=7.7114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.502;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:733,0,814 chrXIV 297016 . A G 1826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=23.11;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1859,204,0 chrXIV 297160 . A G 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;DP=122;Dels=0.00;FS=13.517;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:99:1118,0,1215 chrXIV 297187 . G A 2042 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=18.91;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2075,225,0 chrXIV 297189 . A G 859.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DP=108;Dels=0.00;FS=9.282;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:889,0,800 chrXIV 297196 . C T 2153 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=20.50;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2186,222,0 chrXIV 297253 . T C 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=20.91;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1999,216,0 chrXIV 297334 . G A 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.75;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2331,252,0 chrXIV 297366 . C T 2199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=21.99;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2232,237,0 chrXIV 297636 . C T 1988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=20.08;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2021,207,0 chrXIV 297638 . C T 1984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=19.26;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2017,207,0 chrXIV 297762 . G A 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=19.55;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1108,120,0 chrXIV 297810 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;DP=62;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.225;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:577,0,308 chrXIV 298016 . T C 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=19.83;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1064,114,0 chrXIV 298031 . C A 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1133,117,0 chrXIV 298096 . A G 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=45;Dels=0.00;FS=4.741;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:346,0,392 chrXIV 298110 . C A 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=19.79;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:963,102,0 chrXIV 298243 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.177;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:488,0,494 chrXIV 298397 . A C 1109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.60;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1142,123,0 chrXIV 298460 . G A 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.03;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:634,66,0 chrXIV 299003 . C T 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=19.83;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:945,102,0 chrXIV 299018 . C T 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=21.40;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:889,93,0 chrXIV 299037 . A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=36;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=6.5431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.990;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:130,0,436 chrXIV 299515 . A G 2776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.39;SB=-1.183e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2809,303,0 chrXIV 300017 . T C 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=19.17;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1049,111,0 chrXIV 300146 . T C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=32;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.717;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:238,0,328 chrXIV 300265 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=68;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:577,0,587 chrXIV 300765 . T A 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:162,0,134 chrXIV 300854 . G A 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.231;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:178,0,218 chrXIV 301059 . A T 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:145,0,230 chrXIV 301067 . T A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.340;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:91:266,0,91 chrXIV 301114 . T C 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=14;Dels=0.00;FS=7.549;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-4.989e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:60:60,0,171 chrXIV 301290 . T C 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.41;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:692,75,0 chrXIV 301334 . A C 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=21;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:86:86,0,314 chrXIV 301506 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.655;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.951;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:80:233,0,80 chrXIV 301548 . T A 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:152,0,217 chrXIV 301618 . A T 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=50;Dels=0.00;FS=6.147;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.943;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:413,0,490 chrXIV 301781 . C G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=57;Dels=0.00;FS=2.819;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:627,0,582 chrXIV 301794 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;DP=58;Dels=0.00;FS=1.241;HaplotypeScore=11.4762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:569,0,632 chrXIV 301887 . C G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.270;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:336,0,239 chrXIV 301976 . A G 640.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;DP=77;Dels=0.00;FS=11.831;HaplotypeScore=10.5281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=2.518;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.159;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:670,0,276 chrXIV 301978 . A T 185.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=77;Dels=0.00;FS=11.959;HaplotypeScore=13.0844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:215,0,776 chrXIV 301979 . T C 186.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=76;Dels=0.00;FS=12.497;HaplotypeScore=12.2957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:216,0,667 chrXIV 302118 . A T 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.417;DP=117;Dels=0.00;FS=2.464;HaplotypeScore=9.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.497;QD=7.39;ReadPosRankSum=-2.612;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:895,0,1037 chrXIV 302222 . C T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.052;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.751;QD=5.56;ReadPosRankSum=-2.070;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,35:96:99:564,0,1262 chrXIV 302243 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=75;Dels=0.00;FS=5.435;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:409,0,919 chrXIV 302316 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=64;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.678;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.557;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:406,0,481 chrXIV 302384 . T C 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.239;DP=135;Dels=0.00;FS=5.978;HaplotypeScore=4.9116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.662;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,50:135:99:599,0,1342 chrXIV 302577 . T A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=92;Dels=0.00;FS=7.114;HaplotypeScore=9.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:678,0,1097 chrXIV 302688 . T C 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=61;Dels=0.00;FS=9.078;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.080;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:590,0,560 chrXIV 304122 . G A 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DP=91;Dels=0.00;FS=2.800;HaplotypeScore=6.3847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.426;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:91:99:1001,0,797 chrXIV 304693 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=55;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:652,0,430 chrXIV 306024 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.532;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:369,0,313 chrXIV 306250 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.239;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:436,0,709 chrXIV 306307 . C G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;DP=60;Dels=0.00;FS=9.366;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:526,0,584 chrXIV 306393 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;DP=74;Dels=0.00;FS=5.021;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:516,0,931 chrXIV 306473 . A G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=47;Dels=0.00;FS=1.290;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:326,0,523 chrXIV 307339 . G A 2101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=185;Dels=0.00;FS=0.632;HaplotypeScore=5.5613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.307;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,106:185:99:2131,0,1444 chrXIV 307707 . A G 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=20.56;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2089,222,0 chrXIV 308245 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;DP=84;Dels=0.00;FS=1.812;HaplotypeScore=13.8567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.388;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:614,0,917 chrXIV 309212 . T C 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.15;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1006,108,0 chrXIV 309245 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=59;Dels=0.00;FS=1.186;HaplotypeScore=3.9828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.144;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:466,0,487 chrXIV 309362 . T C 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.078;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:99:141,0,272 chrXIV 309497 . A G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.951;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:212,0,175 chrXIV 310181 . A G 2363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.72;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2396,258,0 chrXIV 310729 . A G 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;DP=87;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=12.4435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.427;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:87:99:766,0,609 chrXIV 311357 . T G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=54;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:54:99:480,0,389 chrXIV 311487 . T C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=46;Dels=0.00;FS=2.640;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:371,0,428 chrXIV 311614 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:425,0,543 chrXIV 311651 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.622;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.941;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:542,0,456 chrXIV 312312 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=84;Dels=0.00;FS=0.852;HaplotypeScore=9.7473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:579,0,747 chrXIV 312376 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;DP=60;Dels=0.00;FS=1.020;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=1.934;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:450,0,459 chrXIV 312912 . G A 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:67:99:642,0,446 chrXIV 313160 . G A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.884;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:671,0,759 chrXIV 313182 . C T 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:633,0,692 chrXIV 313482 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:56:99:485,0,461 chrXIV 313792 . C T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=63;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.821;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:662,0,462 chrXIV 313908 . A G 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=94;Dels=0.00;FS=11.439;HaplotypeScore=9.6808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:94:99:906,0,996 chrXIV 313965 . T C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;DP=61;Dels=0.00;FS=3.667;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:61:99:331,0,817 chrXIV 314117 . T C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;DP=72;Dels=0.00;FS=3.743;HaplotypeScore=8.0954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:359,0,1080 chrXIV 315314 . C T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=50;Dels=0.00;FS=5.874;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:50:99:438,0,473 chrXIV 316551 . C T 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:287,0,332 chrXIV 316782 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DP=55;Dels=0.00;FS=10.208;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:746,0,278 chrXIV 316913 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:229,0,630 chrXIV 316949 . G A 137.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=43;Dels=0.00;FS=5.181;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=3.19;ReadPosRankSum=-2.007;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:167,0,535 chrXIV 316955 . G A 204.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=45;Dels=0.00;FS=14.530;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:234,0,498 chrXIV 317015 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=49;Dels=0.00;FS=7.065;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.897;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.349;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:49:99:338,0,460 chrXIV 317754 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=56;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.671;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:482,0,410 chrXIV 317912 . A G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:338,0,224 chrXIV 318127 . C T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:272,0,308 chrXIV 318136 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=32;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=2.5450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.298;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:256,0,303 chrXIV 318162 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=37;Dels=0.00;FS=5.041;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:318,0,283 chrXIV 318393 . A T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=50;Dels=0.00;FS=1.119;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.268;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:469,0,445 chrXIV 318423 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=45;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.252;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:334,0,457 chrXIV 318591 . G T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;DP=44;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.369;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:44:99:530,0,221 chrXIV 318678 . A G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:161,0,308 chrXIV 318794 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;DP=75;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=6.2966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.211;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:75:99:521,0,835 chrXIV 318821 . A G 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.449;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.784;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:89:99:733,0,956 chrXIV 318876 . G A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=70;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.458;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.430;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:570,0,666 chrXIV 318886 . T G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=70;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.165;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:617,0,677 chrXIV 318903 . G C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=57;Dels=0.00;FS=3.764;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:396,0,504 chrXIV 318914 . C T 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DP=62;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=2.337;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.099;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:568,0,399 chrXIV 318991 . A T 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=53;Dels=0.00;FS=9.721;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.668;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:523,0,530 chrXIV 319024 . A T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;DP=53;Dels=0.00;FS=1.181;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.604;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:389,0,591 chrXIV 319149 . A G 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;DP=107;Dels=0.00;FS=13.248;HaplotypeScore=8.9218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.580;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:107:99:1092,0,960 chrXIV 319623 . T C 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=88;Dels=0.00;FS=4.078;HaplotypeScore=5.7377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:677,0,871 chrXIV 319699 . C T 1026.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=116;Dels=0.00;FS=2.417;HaplotypeScore=4.2919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.983;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:116:99:1056,0,1021 chrXIV 319911 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=106;Dels=0.03;FS=15.674;HaplotypeScore=59.7907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.932;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:591,0,882 chrXIV 319920 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=94;Dels=0.01;FS=7.343;HaplotypeScore=15.6058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.129;QD=6.12;ReadPosRankSum=2.254;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:605,0,799 chrXIV 320279 . G T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=65;Dels=0.00;FS=8.988;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.301;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:804,0,467 chrXIV 320393 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DP=42;Dels=0.00;FS=11.873;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:42:99:436,0,257 chrXIV 320526 . A G 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.904;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:277,0,296 chrXIV 320967 . A G 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.913;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:354,0,377 chrXIV 321012 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;DP=38;Dels=0.00;FS=5.356;HaplotypeScore=2.6953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:315,0,316 chrXIV 321120 . G T 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.191;DP=73;Dels=0.00;FS=5.481;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:73:99:723,0,584 chrXIV 321214 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=59;Dels=0.00;FS=9.401;HaplotypeScore=11.3747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=6.46;ReadPosRankSum=3.040;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:411,0,518 chrXIV 321215 . G A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.232;DP=58;Dels=0.00;FS=9.885;HaplotypeScore=11.3747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=7.05;ReadPosRankSum=2.769;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:439,0,509 chrXIV 321987 . T G 555.22 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.715;DP=71;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=10.7312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.878;QD=7.82;ReadPosRankSum=3.114;SB=-9.622e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:10:585,0,10 chrXIV 322061 . A C 514.79 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=35;Dels=0.00;FS=4.020;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.334;SB=-1.437e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,27:35:4:544,0,4 chrXIV 322462 . A G 1826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=8.692;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.685;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.685;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1859,204,0 chrXIV 322827 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DP=46;Dels=0.00;FS=4.291;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=2.181;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.171;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:445,0,350 chrXIV 323069 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.382;DP=74;Dels=0.00;FS=3.196;HaplotypeScore=7.8672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:370,0,595 chrXIV 323131 . A T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=66;Dels=0.00;FS=7.038;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:679,0,557 chrXIV 323136 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.250;DP=69;Dels=0.00;FS=5.057;HaplotypeScore=8.8877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.743;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:483,0,699 chrXIV 323239 . A T 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=62;Dels=0.00;FS=2.604;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=4.13;ReadPosRankSum=-2.432;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:286,0,661 chrXIV 323246 . G C 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=60;Dels=0.00;FS=2.778;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.819;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:327,0,643 chrXIV 323265 . G C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.329;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.357;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:296,0,682 chrXIV 323367 . C G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:52:99:633,0,414 chrXIV 323530 . A G 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.961;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:282,0,353 chrXIV 323774 . G T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=37;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.251;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:257,0,376 chrXIV 323874 . C G 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=18.26;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:654,69,0 chrXIV 324018 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.936;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:574,0,541 chrXIV 324113 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:411,0,381 chrXIV 324247 . G C 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.40;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:964,105,0 chrXIV 324447 . C T 2529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=23.64;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2562,264,0 chrXIV 325041 . T C 1365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=152;Dels=0.00;FS=4.488;HaplotypeScore=13.2180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.747;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,83:152:99:1395,0,1118 chrXIV 325741 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DP=37;Dels=0.00;FS=11.389;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:405,0,356 chrXIV 328226 . T C 1208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:1238,0,935 chrXIV 328472 . T C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=64;Dels=0.00;FS=8.667;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.013;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:516,0,666 chrXIV 328483 . G A 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=23.15;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1468,156,0 chrXIV 328646 . T C 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=94;Dels=0.00;FS=14.540;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:94:99:678,0,1035 chrXIV 328670 . T C 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;DP=88;Dels=0.00;FS=1.747;HaplotypeScore=8.6385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.973;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:797,0,755 chrXIV 328673 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=83;Dels=0.00;FS=4.263;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=7.59;ReadPosRankSum=2.376;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:83:99:660,0,827 chrXIV 328880 . C T 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DP=70;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=6.4746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.402;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:712,0,633 chrXIV 329177 . G A 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.947;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.207;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:896,0,624 chrXIV 329212 . T G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;DP=71;Dels=0.00;FS=2.149;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:471,0,848 chrXIV 329339 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=38;Dels=0.00;FS=7.476;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:458,0,256 chrXIV 329474 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=45;Dels=0.00;FS=2.594;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.377;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:328,0,469 chrXIV 330243 . G A 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=69;Dels=0.00;FS=9.213;HaplotypeScore=9.9478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.820;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:662,0,682 chrXIV 330284 . A T 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=4.895;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=21.31;ReadPosRankSum=1.635;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1546,159,0 chrXIV 330285 . T G 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=21.20;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1496,159,0 chrXIV 330365 . A G 2100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=84;Dels=0.00;FS=4.567;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=25.00;ReadPosRankSum=1.690;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:2133,225,0 chrXIV 330395 . G A 2237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=24.86;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2270,234,0 chrXIV 330417 . T C 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=80;Dels=0.00;FS=4.386;HaplotypeScore=7.9885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=9.30;ReadPosRankSum=2.164;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:80:99:774,0,635 chrXIV 330503 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;DP=83;Dels=0.00;FS=4.153;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:615,0,949 chrXIV 330713 . G T 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=103;Dels=0.00;FS=3.634;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.268;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:1123,0,942 chrXIV 330944 . G T 1532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.292;DP=168;Dels=0.00;FS=1.950;HaplotypeScore=11.6001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,95:168:99:1562,0,1186 chrXIV 331023 . T C 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=103;Dels=0.00;FS=4.379;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:918,0,966 chrXIV 331067 . G A 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=111;Dels=0.00;FS=2.248;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=6.71;ReadPosRankSum=-2.062;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:111:99:775,0,1259 chrXIV 331401 . C T 4203.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.2005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.769e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:183:99:4203,442,0 chrXIV 331411 . T C 1156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;DP=151;Dels=0.00;FS=3.075;HaplotypeScore=11.9583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.596;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:151:99:1186,0,1670 chrXIV 331514 . G A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=111;Dels=0.00;FS=3.464;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.678;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:111:99:1020,0,1069 chrXIV 331522 . C T 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=109;Dels=0.00;FS=0.715;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:109:99:803,0,1067 chrXIV 331587 . T A 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.789;DP=113;Dels=0.00;FS=3.912;HaplotypeScore=10.7265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.290;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,58:113:99:1121,0,891 chrXIV 331718 . T G 1372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=153;Dels=0.00;FS=12.158;HaplotypeScore=15.6073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,75:153:99:1402,0,1389 chrXIV 331752 . T A 1627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=155;Dels=0.00;FS=22.322;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=3.979;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.011;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,77:155:99:1657,0,1222 chrXIV 331884 . T C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=80;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=3.8871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=2.262;QD=7.01;ReadPosRankSum=-2.012;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:591,0,646 chrXIV 332278 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;DP=63;Dels=0.00;FS=5.909;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:652,0,671 chrXIV 332293 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;DP=52;Dels=0.00;FS=4.015;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:382,0,642 chrXIV 332417 . T G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.062;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=7.14;ReadPosRankSum=2.015;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:644,0,1008 chrXIV 332613 . C G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;DP=53;Dels=0.00;FS=9.880;HaplotypeScore=4.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:560,0,429 chrXIV 332884 . A G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=69;Dels=0.00;FS=9.574;HaplotypeScore=5.5649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:164,0,337 chrXIV 332987 . G A 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DP=48;Dels=0.00;FS=7.224;HaplotypeScore=3.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.891;QD=1.90;ReadPosRankSum=-2.057;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:48:99:121,0,704 chrXIV 333373 . T C 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;DP=48;Dels=0.00;FS=6.523;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:88:88,0,652 chrXIV 333469 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=62;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=10.3899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.546;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:62:99:588,0,557 chrXIV 333748 . A G 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:824,0,665 chrXIV 333895 . C T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=55;Dels=0.00;FS=4.044;HaplotypeScore=3.3495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=11.71;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,36:55:99:674,0,323 chrXIV 333907 . G A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=56;Dels=0.00;FS=1.112;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,38:56:99:607,0,337 chrXIV 334339 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;DP=63;Dels=0.00;FS=5.544;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:505,0,443 chrXIV 334534 . C A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.422;DP=98;Dels=0.00;FS=1.650;HaplotypeScore=4.6910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:943,0,804 chrXIV 334675 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=95;Dels=0.00;FS=8.791;HaplotypeScore=4.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,35:95:99:654,0,1387 chrXIV 334886 . C A 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DP=151;Dels=0.00;FS=0.606;HaplotypeScore=16.6723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.002;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,70:151:99:1256,0,1417 chrXIV 334965 . T C 1385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=168;Dels=0.00;FS=12.201;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.114;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,79:168:99:1415,0,1681 chrXIV 334987 . A C 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=149;Dels=0.00;FS=15.151;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.079;QD=6.87;ReadPosRankSum=2.465;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,65:149:99:1053,0,1343 chrXIV 335000 . T A 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=132;Dels=0.00;FS=5.447;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.112;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.102;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:132:99:1087,0,1373 chrXIV 335033 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DP=96;Dels=0.00;FS=0.774;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:462,0,1076 chrXIV 335071 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=2.316;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:584,0,394 chrXIV 335091 . A G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DP=49;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=4.7530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.082;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:202,0,494 chrXIV 335092 . T A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=49;Dels=0.00;FS=1.190;HaplotypeScore=4.7530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.970;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:210,0,519 chrXIV 335197 . G A 1486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.431;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.573;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,92:176:99:1516,0,1505 chrXIV 335243 . C A 1629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.282;DP=163;Dels=0.00;FS=0.575;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,89:163:99:1659,0,1420 chrXIV 335276 . A G 1427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;DP=139;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.697;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,72:139:99:1457,0,1231 chrXIV 335341 . A T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.706;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.906;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:81:99:513,0,733 chrXIV 335376 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DP=58;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=4.97;ReadPosRankSum=2.025;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:318,0,642 chrXIV 335395 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.097;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:388,0,527 chrXIV 335707 . T G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=35;Dels=0.00;FS=7.100;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.876;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:233,0,261 chrXIV 335910 . T C 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=25;Dels=0.00;FS=3.544;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.139;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:145,0,235 chrXIV 336158 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DP=63;Dels=0.00;FS=11.827;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.915;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:614,0,668 chrXIV 336315 . C G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;DP=65;Dels=0.00;FS=5.377;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.768;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:65:99:633,0,563 chrXIV 336465 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;DP=92;Dels=0.00;FS=2.780;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:867,0,818 chrXIV 336508 . A T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=79;Dels=0.00;FS=12.597;HaplotypeScore=10.2411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.096;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:674,0,970 chrXIV 336617 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=66;Dels=0.00;FS=3.905;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:510,0,584 chrXIV 336941 . G A 795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=17.28;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:828,90,0 chrXIV 336952 . A G 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=17.55;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:858,93,0 chrXIV 336970 . A C 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=44;Dels=0.00;FS=13.597;HaplotypeScore=7.2004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.112;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.505;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:112,0,527 chrXIV 337016 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DP=34;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.104;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:316,0,180 chrXIV 337051 . C T 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.86;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:768,84,0 chrXIV 337166 . A G 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=43;Dels=0.00;FS=8.391;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:131,0,346 chrXIV 337563 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=79;Dels=0.00;FS=0.893;HaplotypeScore=4.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:79:99:471,0,905 chrXIV 337676 . T C 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;DP=89;Dels=0.00;FS=12.500;HaplotypeScore=6.3732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.251;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,57:89:99:1111,0,371 chrXIV 337877 . G A 1200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.406;DP=116;Dels=0.00;FS=8.938;HaplotypeScore=8.2562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.655;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:116:99:1230,0,1130 chrXIV 337882 . A C 1158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;DP=116;Dels=0.00;FS=8.938;HaplotypeScore=5.1015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:116:99:1188,0,1226 chrXIV 337949 . T C 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DP=82;Dels=0.00;FS=37.970;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.563;SB=-5.145e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,53:82:99:1060,0,530 chrXIV 338161 . T C 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,60:111:99:1099,0,971 chrXIV 338243 . T C 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=2.426;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.907;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:897,0,862 chrXIV 338337 . G A 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=111;Dels=0.00;FS=0.716;HaplotypeScore=8.2146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.480;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:111:99:934,0,1138 chrXIV 338359 . C T 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,63:114:99:1103,0,899 chrXIV 338424 . G A 2452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.50;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:2485,255,0 chrXIV 338522 . G T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DP=93;Dels=0.00;FS=1.812;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:880,0,719 chrXIV 338586 . G A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=70;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=5.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:700,0,659 chrXIV 338610 . T C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:653,0,804 chrXIV 339555 . C T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=70;Dels=0.00;FS=8.928;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.037;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:613,0,694 chrXIV 340079 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=8.20;ReadPosRankSum=2.186;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:473,0,401 chrXIV 340266 . A T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=44;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:44:99:146,0,590 chrXIV 340286 . A T 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.778;DP=57;Dels=0.00;FS=2.439;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.996;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.925;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,17:57:99:141,0,802 chrXIV 340288 . A C 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=58;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.305;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:58:99:135,0,833 chrXIV 340447 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:419,0,229 chrXIV 340618 . A G 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=97;Dels=0.00;FS=4.541;HaplotypeScore=9.2308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.488;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:97:99:836,0,949 chrXIV 340804 . G T 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.471;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=12.45;ReadPosRankSum=2.267;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:889,0,505 chrXIV 340840 . T C 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DP=76;Dels=0.00;FS=4.861;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:894,0,397 chrXIV 340898 . A G 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=85;Dels=0.00;FS=7.347;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.622;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:635,0,745 chrXIV 340939 . G A 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.239;DP=137;Dels=0.00;FS=7.924;HaplotypeScore=6.6046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,65:137:99:1079,0,1284 chrXIV 340966 . C T 1261.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.479;DP=159;Dels=0.00;FS=12.721;HaplotypeScore=5.8396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.350;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,74:159:99:1291,0,1410 chrXIV 340970 . C T 1235.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.752;DP=159;Dels=0.00;FS=12.733;HaplotypeScore=6.0403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.307;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.016;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,75:159:99:1265,0,1374 chrXIV 340976 . T C 1220.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.119;DP=164;Dels=0.00;FS=13.966;HaplotypeScore=5.7827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.120;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,78:164:99:1250,0,1464 chrXIV 341067 . C A 1463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;DP=140;Dels=0.00;FS=1.405;HaplotypeScore=15.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=2.200;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.765;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,81:140:99:1493,0,1035 chrXIV 341155 . C T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=61;Dels=0.00;FS=13.685;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:61:99:872,0,359 chrXIV 341465 . G A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=70;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:759,0,540 chrXIV 341528 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=61;Dels=0.00;FS=9.858;HaplotypeScore=10.0573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,39:61:99:582,0,382 chrXIV 341642 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=49;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.859;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.075;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:527,0,326 chrXIV 341705 . A T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=38;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:377,0,300 chrXIV 341764 . G C 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=19.35;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1097,117,0 chrXIV 342049 . C T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=65;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.414;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:545,0,613 chrXIV 342273 . C G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=53;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=4.5567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:53:99:361,0,552 chrXIV 342370 . A G 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:366,0,555 chrXIV 342707 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;DP=59;Dels=0.00;FS=12.854;HaplotypeScore=4.9664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:575,0,617 chrXIV 342793 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.616;DP=52;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=5.7652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.661;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:349,0,599 chrXIV 342811 . C A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;DP=56;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:335,0,592 chrXIV 342839 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=85;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.628;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:553,0,770 chrXIV 342841 . C T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.019;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:567,0,790 chrXIV 342917 . G T 1550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=159;Dels=0.00;FS=0.599;HaplotypeScore=15.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,88:159:99:1580,0,1378 chrXIV 343739 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;DP=61;Dels=0.00;FS=3.517;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.498;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:475,0,559 chrXIV 343922 . G T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.326;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:231,0,372 chrXIV 344176 . A T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;DP=33;Dels=0.00;FS=18.263;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.452;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:274,0,305 chrXIV 344260 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;DP=46;Dels=0.00;FS=6.369;HaplotypeScore=4.6733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:326,0,283 chrXIV 344329 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DP=59;Dels=0.00;FS=7.405;HaplotypeScore=6.4185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:605,0,474 chrXIV 344398 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=53;Dels=0.00;FS=1.314;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:477,0,431 chrXIV 344873 . T G 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.254;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:76:99:607,0,667 chrXIV 345058 . C T 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=73;Dels=0.00;FS=2.023;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:825,0,621 chrXIV 345099 . A G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.497;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:710,0,478 chrXIV 345121 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:614,0,622 chrXIV 345349 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=50;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:493,0,445 chrXIV 345668 . T C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=77;Dels=0.00;FS=3.200;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.723;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:77:99:702,0,770 chrXIV 345712 . A G 2449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=22.06;ReadPosRankSum=1.701;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2482,267,0 chrXIV 345744 . G A 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=119;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=16.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=2.196;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:119:99:898,0,1004 chrXIV 345915 . G A 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.360;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=11.04;ReadPosRankSum=2.193;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:825,0,454 chrXIV 346068 . C T 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:40:99:235,0,339 chrXIV 346103 . T G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DP=46;Dels=0.00;FS=1.186;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.462;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:295,0,380 chrXIV 346115 . A T 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=13.98;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:75:676,75,0 chrXIV 346414 . A C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=45;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=5.8792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:486,0,307 chrXIV 346690 . T A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=69;Dels=0.00;FS=7.353;HaplotypeScore=12.6008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.726;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:376,0,630 chrXIV 347194 . T C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DP=77;Dels=0.00;FS=0.965;HaplotypeScore=14.3521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:660,0,630 chrXIV 347234 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DP=51;Dels=0.00;FS=2.556;HaplotypeScore=4.8708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.441;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:442,0,392 chrXIV 347308 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DP=72;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:533,0,760 chrXIV 347475 . C G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=54;Dels=0.00;FS=1.156;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:337,0,426 chrXIV 347517 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=69;Dels=0.00;FS=3.065;HaplotypeScore=4.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:496,0,499 chrXIV 347576 . A C 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=16.35;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1325,141,0 chrXIV 347728 . A G 1456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.06;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:66:99:1489,159,0 chrXIV 348697 . G C 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.77;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:830,87,0 chrXIV 350074 . C T 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;DP=20;Dels=0.00;FS=2.199;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:144,0,250 chrXIV 350165 . C T 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=23;Dels=0.00;FS=6.701;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.523;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:159,0,207 chrXIV 350676 . T C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;DP=86;Dels=0.00;FS=0.827;HaplotypeScore=8.8990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=2.881;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.618;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:708,0,762 chrXIV 350969 . T C 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DP=126;Dels=0.00;FS=2.397;HaplotypeScore=7.8574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=2.280;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.448;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:126:99:907,0,1283 chrXIV 351780 . T C 1170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;DP=139;Dels=0.00;FS=0.637;HaplotypeScore=6.9686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.584;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,73:139:99:1200,0,1207 chrXIV 352228 . C G 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=90;Dels=0.00;FS=5.588;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:614,0,1057 chrXIV 353442 . G A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.890;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:671,0,742 chrXIV 353490 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=64;Dels=0.00;FS=1.016;HaplotypeScore=11.4651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=7.97;ReadPosRankSum=2.469;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:540,0,328 chrXIV 353690 . C A 1769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=170;Dels=0.00;FS=7.859;HaplotypeScore=10.9078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,97:170:99:1799,0,972 chrXIV 353732 . C T 1536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.815;DP=143;Dels=0.02;FS=21.779;HaplotypeScore=14.8281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.158;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,73:140:99:1566,0,934 chrXIV 353786 . A T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.663;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:680,0,465 chrXIV 353834 . C T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=32;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.269;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:265,0,352 chrXIV 353924 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DP=68;Dels=0.00;FS=4.894;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.192;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:580,0,340 chrXIV 354061 . C T 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=51;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=6.2488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:391,0,402 chrXIV 354131 . G C 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=19.07;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:90:834,90,0 chrXIV 354254 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;DP=54;Dels=0.00;FS=2.811;HaplotypeScore=8.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.114;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:398,0,530 chrXIV 354330 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;DP=39;Dels=0.00;FS=1.296;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.251;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:39:99:410,0,351 chrXIV 354632 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=62;Dels=0.00;FS=3.698;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:387,0,567 chrXIV 354740 . A G 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=35;Dels=0.00;FS=3.012;HaplotypeScore=5.6987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.182;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:228,0,281 chrXIV 354924 . G T 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;DP=55;Dels=0.00;FS=1.043;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=6.49;ReadPosRankSum=1.911;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:387,0,528 chrXIV 354992 . A G 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=49;Dels=0.00;FS=3.744;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,13:49:99:131,0,483 chrXIV 355079 . C T 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.530;DP=32;Dels=0.00;FS=1.428;HaplotypeScore=2.3838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:219,0,314 chrXIV 355231 . T C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=46;Dels=0.00;FS=2.945;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:46:99:206,0,426 chrXIV 355319 . C T 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=18;Dels=0.00;FS=2.003;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.733;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:187,0,130 chrXIV 355347 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.578;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:156,0,175 chrXIV 355362 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.794;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:156,0,179 chrXIV 355610 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;DP=28;Dels=0.00;FS=12.411;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.903;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:28:99:297,0,167 chrXIV 355791 . A C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.694;DP=50;Dels=0.00;FS=2.260;HaplotypeScore=3.5015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.092;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:50:99:517,0,422 chrXIV 355807 . A G 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=44;Dels=0.00;FS=3.569;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.304;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:427,0,399 chrXIV 355985 . C T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=67;Dels=0.00;FS=6.003;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.798;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.773;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:595,0,574 chrXIV 356010 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.891;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.323;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:452,0,576 chrXIV 356029 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.360;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:331,0,443 chrXIV 356084 . A C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;DP=64;Dels=0.00;FS=9.109;HaplotypeScore=3.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=5.17;ReadPosRankSum=2.194;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:361,0,781 chrXIV 356174 . T A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DP=99;Dels=0.00;FS=14.840;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.252;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.397;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:99:99:867,0,880 chrXIV 356287 . G A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=62;Dels=0.00;FS=9.224;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.746;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:566,0,334 chrXIV 356361 . G A 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=0;QD=13.36;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1062,111,0 chrXIV 356370 . C T 1176 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.39;MQ0=0;QD=13.84;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1209,126,0 chrXIV 356376 . T C 121.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;DP=92;Dels=0.00;FS=4.073;HaplotypeScore=3.1684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQ0=0;MQRankSum=-5.580;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:92:99:151,0,931 chrXIV 356379 . A C 95.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.411;DP=90;Dels=0.00;FS=5.562;HaplotypeScore=1.9598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.743;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:90:99:125,0,957 chrXIV 356394 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.191;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,44:109:99:265,0,1041 chrXIV 356409 . T C 1115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=123;Dels=0.00;FS=4.526;HaplotypeScore=11.9237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=3.552;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,77:123:99:1145,0,479 chrXIV 356454 . T C 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DP=136;Dels=0.00;FS=1.363;HaplotypeScore=10.2214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.082;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,58:136:99:926,0,1456 chrXIV 356489 . T C 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;DP=123;Dels=0.00;FS=2.349;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.163;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:123:99:941,0,1273 chrXIV 356515 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=99;Dels=0.00;FS=3.904;HaplotypeScore=6.7561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.028;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:99:99:738,0,960 chrXIV 356519 . G A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=93;Dels=0.00;FS=5.368;HaplotypeScore=5.8894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:708,0,951 chrXIV 356568 . T G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=50;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.223;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:447,0,531 chrXIV 356615 . A C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.780;DP=92;Dels=0.00;FS=2.848;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.861;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.079;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:92:99:455,0,994 chrXIV 356620 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=96;Dels=0.00;FS=2.699;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.224;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.680;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:411,0,1096 chrXIV 356637 . G T 2129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=20.47;SB=-1.108e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2162,234,0 chrXIV 356684 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=121;Dels=0.00;FS=2.385;HaplotypeScore=9.7346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.119;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:121:99:537,0,1381 chrXIV 356876 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DP=46;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.920;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:271,0,342 chrXIV 356935 . T A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.999;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:578,0,1061 chrXIV 357333 . C G 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=2.614;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,59:139:99:913,0,1359 chrXIV 357346 . C T 1476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.240;DP=168;Dels=0.00;FS=2.232;HaplotypeScore=9.0999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.875;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,91:168:99:1506,0,1125 chrXIV 357348 . T C 2954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=16.88;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,171:175:99:2987,333,0 chrXIV 357413 . T C 1826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DP=208;Dels=0.00;FS=7.981;HaplotypeScore=12.9557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.961;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.431;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,106:208:99:1856,0,1725 chrXIV 357899 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.754;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:265,0,314 chrXIV 358300 . G C 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=27;Dels=0.00;FS=2.072;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.217;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:27:99:187,0,326 chrXIV 358346 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=27;Dels=0.00;FS=3.771;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=2.208;QD=6.67;ReadPosRankSum=-2.159;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:210,0,282 chrXIV 358507 . G C 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=18.00;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:663,72,0 chrXIV 358519 . C G 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=18.30;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:710,78,0 chrXIV 358643 . A G 1839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=80;Dels=0.00;FS=10.588;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=22.99;ReadPosRankSum=2.388;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1872,201,0 chrXIV 358757 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.475;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:621,0,378 chrXIV 358910 . T C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.357;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.780;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:562,0,467 chrXIV 358991 . T A 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.193;DP=112;Dels=0.00;FS=17.130;HaplotypeScore=17.4798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.695;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,63:112:99:936,0,672 chrXIV 359017 . T A 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=67;Dels=0.00;FS=14.264;HaplotypeScore=10.4225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.245;QD=9.96;ReadPosRankSum=2.258;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:697,0,351 chrXIV 359040 . T C 266.11 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DP=23;Dels=0.00;FS=5.902;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.981e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,19:23:13:296,0,13 chrXIV 359088 . C G 208.07 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=20;Dels=0.05;FS=6.419;HaplotypeScore=20.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:19:15:238,0,15 chrXIV 359147 . G A 288.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=18;Dels=0.00;FS=16.107;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.659;QD=16.04;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-6.980e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:10:321,10,0 chrXIV 359204 . T C 217.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.240;SB=-5.145e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:11:250,11,0 chrXIV 359475 . T G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;DP=33;Dels=0.00;FS=3.552;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.425;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,23:33:91:530,0,91 chrXIV 359506 . T G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=39;Dels=0.00;FS=11.309;HaplotypeScore=5.6685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:91:574,0,91 chrXIV 360024 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=67;Dels=0.00;FS=4.150;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.106;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:543,0,562 chrXIV 360333 . G C 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:427,0,566 chrXIV 360426 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.489;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:71:99:521,0,747 chrXIV 360781 . G A 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:107:99:1117,0,889 chrXIV 360852 . T C 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DP=45;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.772;QD=8.36;ReadPosRankSum=-3.439;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:406,0,366 chrXIV 361119 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=80;Dels=0.00;FS=4.248;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.535;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:647,0,630 chrXIV 361125 . T C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=79;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:660,0,607 chrXIV 361314 . G T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:468,0,413 chrXIV 361325 . C G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=9.66;ReadPosRankSum=-1.630;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:56:99:571,0,419 chrXIV 361529 . C A 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=21.55;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1132,117,0 chrXIV 361551 . C T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=60;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.238;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:476,0,481 chrXIV 361584 . A G 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;DP=59;Dels=0.00;FS=5.667;HaplotypeScore=5.3454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:210,0,448 chrXIV 361589 . A G 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.038;DP=60;Dels=0.00;FS=8.459;HaplotypeScore=6.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.408;QD=12.60;ReadPosRankSum=3.304;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:60:84:789,84,0 chrXIV 361599 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=5.80;ReadPosRankSum=1.051;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:60:99:378,0,358 chrXIV 361812 . G C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.355;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:220,0,399 chrXIV 361814 . C A 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=18.12;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:794,81,0 chrXIV 362483 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=74;Dels=0.00;FS=12.290;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.606;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:639,0,648 chrXIV 362538 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;DP=75;Dels=0.00;FS=1.954;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:580,0,797 chrXIV 362544 . C A 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=22.22;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1811,195,0 chrXIV 362793 . C T 922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.95;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:955,99,0 chrXIV 362945 . C T 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;DP=106;Dels=0.00;FS=2.747;HaplotypeScore=8.2182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=8.90;ReadPosRankSum=-2.194;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:106:99:973,0,1063 chrXIV 363496 . T C 2435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=23.87;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.321e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:2468,247,0 chrXIV 363861 . C T 1814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.34;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1847,189,0 chrXIV 363993 . G T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.194;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.103;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:869,0,615 chrXIV 364019 . G A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=78;Dels=0.00;FS=3.686;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:78:99:743,0,726 chrXIV 364156 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=70;Dels=0.00;FS=5.416;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.793;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:658,0,710 chrXIV 364966 . G A 2752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=24.79;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2785,285,0 chrXIV 365714 . C T 2291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=24.90;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2324,237,0 chrXIV 366158 . G T 1517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=22.98;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1550,162,0 chrXIV 366426 . C A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.318;DP=76;Dels=0.00;FS=3.281;HaplotypeScore=9.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.965;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:76:99:708,0,381 chrXIV 366458 . C A 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=91;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=7.8104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=21.53;ReadPosRankSum=0.807;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:1992,187,0 chrXIV 366581 . G T 3541.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=22.41;SB=-2.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:158:99:3541,370,0 chrXIV 366593 . A C 3133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=151;Dels=0.00;FS=3.039;HaplotypeScore=8.2799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=20.75;ReadPosRankSum=0.975;SB=-1.993e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,150:151:99:3166,342,0 chrXIV 366764 . G T 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DP=75;Dels=0.00;FS=5.269;HaplotypeScore=8.0835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=11.11;ReadPosRankSum=2.001;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:75:99:863,0,394 chrXIV 366896 . C A 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;DP=77;Dels=0.00;FS=2.088;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.447;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,49:77:99:896,0,379 chrXIV 367094 . G A 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=20.31;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:886,99,0 chrXIV 367502 . A G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.994;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:49:99:559,0,368 chrXIV 367520 . A G 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;DP=57;Dels=0.00;FS=2.583;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.434;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:472,0,506 chrXIV 367644 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=51;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=6.8680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.030;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.330;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:462,0,435 chrXIV 367843 . G A 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=18.47;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1363,141,0 chrXIV 367965 . G A 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;DP=134;Dels=0.00;FS=2.357;HaplotypeScore=12.9136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.663;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,58:134:99:1098,0,1421 chrXIV 368183 . C T 3365.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=25.30;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:133:99:3365,351,0 chrXIV 368391 . G A 1646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.919;DP=186;Dels=0.00;FS=5.063;HaplotypeScore=23.7450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,96:186:99:1676,0,1640 chrXIV 369029 . T A 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=17.91;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:857,90,0 chrXIV 370084 . T C 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.38;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1374,147,0 chrXIV 370673 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.278;DP=53;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=5.6747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.867;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.348;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:469,0,317 chrXIV 370870 . C T 2208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=24.81;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2241,237,0 chrXIV 371082 . G A 1441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=120;Dels=0.00;FS=4.778;HaplotypeScore=10.3921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.502;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,69:120:99:1471,0,948 chrXIV 371209 . A G 1774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=79;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.250;QD=22.46;ReadPosRankSum=1.644;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1807,195,0 chrXIV 371336 . C G 2216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.35;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2249,240,0 chrXIV 371554 . C T 1268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=160;Dels=0.00;FS=5.998;HaplotypeScore=22.3229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.901;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,73:160:99:1298,0,1704 chrXIV 371753 . A T 6894.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=289;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=23.85;ReadPosRankSum=1.720;SB=-2.727e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,288:289:99:6894,715,0 chrXIV 372259 . C T 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=16.06;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1318,138,0 chrXIV 372376 . G A 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.98;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:96:935,96,0 chrXIV 372643 . C A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=4.45;ReadPosRankSum=-2.340;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:177,0,368 chrXIV 372690 . G T 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.860;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:117,0,258 chrXIV 372693 . G C 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:140,0,247 chrXIV 372758 . G T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.853;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:234,0,353 chrXIV 372919 . T A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DP=31;Dels=0.00;FS=1.594;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:279,0,250 chrXIV 373080 . T C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=27;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.683;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:223,0,267 chrXIV 373134 . A G 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=18.97;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:716,78,0 chrXIV 373375 . G A 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=61;Dels=0.00;FS=2.892;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:713,0,576 chrXIV 373632 . T A 38.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=112;Dels=0.00;FS=2.585;HaplotypeScore=6.8529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=2.325;QD=0.35;ReadPosRankSum=-2.901;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:109,3:112:9:71,9,0 chrXIV 373766 . C A 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=21.62;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1979,204,0 chrXIV 373799 . A G 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=9.331;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=24.28;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1490,162,0 chrXIV 374054 . G A 2591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=17.75;SB=-1.439e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:146:99:2624,273,0 chrXIV 374078 . G C 2761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=20.01;SB=-1.821e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2794,297,0 chrXIV 374659 . C T 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=16.68;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:767,87,0 chrXIV 376313 . C T 1840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.17;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1873,192,0 chrXIV 376490 . A G 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=25.72;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1576,171,0 chrXIV 376841 . T C 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=103;Dels=0.00;FS=1.616;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.044;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:103:99:945,0,847 chrXIV 376853 . C T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=116;Dels=0.00;FS=3.482;HaplotypeScore=5.7106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,64:116:99:989,0,865 chrXIV 376874 . C T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=110;Dels=0.00;FS=14.820;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.703;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,63:110:99:1029,0,816 chrXIV 377057 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=2.469;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:40:99:352,0,268 chrXIV 377102 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.793;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.547;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:58:99:448,0,458 chrXIV 377169 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;DP=49;Dels=0.00;FS=1.100;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:485,0,413 chrXIV 377578 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:483,0,443 chrXIV 377864 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.796;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:587,0,526 chrXIV 377887 . G T 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=20.58;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1165,120,0 chrXIV 377900 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=52;Dels=0.00;FS=3.989;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.347;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:52:99:292,0,519 chrXIV 377969 . T C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=37;Dels=0.00;FS=1.463;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.015;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:290,0,260 chrXIV 378062 . G T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DP=56;Dels=0.00;FS=12.387;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.227;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:541,0,226 chrXIV 379436 . A T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;DP=80;Dels=0.01;FS=2.948;HaplotypeScore=12.8649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:79:99:552,0,735 chrXIV 379557 . G C 1188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;DP=134;Dels=0.00;FS=3.362;HaplotypeScore=13.4829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=8.87;ReadPosRankSum=-2.262;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:134:99:1218,0,1341 chrXIV 379700 . C T 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.681;DP=82;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:82:99:835,0,727 chrXIV 380032 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.008;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:532,0,468 chrXIV 380425 . A G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.062;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:692,0,578 chrXIV 380619 . T A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=60;Dels=0.00;FS=2.467;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.802;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:494,0,654 chrXIV 380871 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=75;Dels=0.00;FS=10.223;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:410,0,849 chrXIV 380926 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;DP=60;Dels=0.00;FS=1.070;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.483;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:350,0,624 chrXIV 381080 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;DP=78;Dels=0.00;FS=0.870;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.995;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:628,0,670 chrXIV 381267 . C A 1365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.818;DP=119;Dels=0.00;FS=7.180;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:119:99:1395,0,1087 chrXIV 383709 . A T 2293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.11;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2326,258,0 chrXIV 383952 . T C 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DP=81;Dels=0.00;FS=2.538;HaplotypeScore=13.2238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.686;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:686,0,833 chrXIV 385521 . T A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.322;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:665,0,571 chrXIV 385702 . A T 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.20;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2053,222,0 chrXIV 386488 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=34;Dels=0.00;FS=1.373;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:297,0,359 chrXIV 386641 . G A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=34;Dels=0.00;FS=5.979;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:34:99:249,0,248 chrXIV 386898 . A C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=74;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.898;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,27:74:99:548,0,989 chrXIV 387050 . C A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;DP=57;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:57:99:304,0,585 chrXIV 387195 . C A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.347;DP=109;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:109:99:669,0,1329 chrXIV 387197 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.133;DP=112;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.145;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,45:112:99:661,0,1340 chrXIV 387361 . A G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=59;Dels=0.00;FS=7.655;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.107;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:551,0,343 chrXIV 387524 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=66;Dels=0.00;FS=16.144;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:99:532,0,661 chrXIV 387540 . T C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=73;Dels=0.00;FS=17.136;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:597,0,755 chrXIV 387730 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;DP=69;Dels=0.00;FS=1.975;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.068;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:579,0,747 chrXIV 388136 . C T 2075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=25.00;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2108,219,0 chrXIV 388600 . T C 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.655;DP=94;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=6.3811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:94:99:937,0,931 chrXIV 388819 . T C 1165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=109;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=13.5281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=10.69;ReadPosRankSum=2.469;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:109:99:1195,0,821 chrXIV 388895 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=98;Dels=0.00;FS=3.904;HaplotypeScore=13.7814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.133;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:98:99:722,0,718 chrXIV 388979 . C A 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;DP=102;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=8.8724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.264;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:779,0,973 chrXIV 389017 . T C 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.421;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.549;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:1025,0,733 chrXIV 389266 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=45;Dels=0.00;FS=2.736;HaplotypeScore=3.4557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.329;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:367,0,329 chrXIV 389281 . T G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;DP=50;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.233;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:410,0,414 chrXIV 389323 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.768;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:563,0,685 chrXIV 389356 . C T 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;DP=75;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.188;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:648,0,890 chrXIV 389396 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DP=64;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=5.2694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:540,0,688 chrXIV 389635 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;DP=65;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=2.178;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:631,0,409 chrXIV 389671 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=68;Dels=0.00;FS=4.857;HaplotypeScore=4.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:600,0,554 chrXIV 389873 . A T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=71;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:607,0,671 chrXIV 389979 . G T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=97;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=11.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.132;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:97:99:869,0,742 chrXIV 390263 . G A 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;DP=108;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:886,0,878 chrXIV 390357 . A T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=84;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=4.8825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:751,0,762 chrXIV 390377 . G A 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=77;Dels=0.00;FS=4.342;HaplotypeScore=3.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:777,0,697 chrXIV 390590 . G A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=59;Dels=0.00;FS=3.958;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=9.08;ReadPosRankSum=-2.106;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:566,0,402 chrXIV 390614 . G C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.599;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:448,0,592 chrXIV 390788 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:304,0,256 chrXIV 390845 . G A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;DP=103;Dels=0.00;FS=13.163;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.848;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:867,0,1006 chrXIV 390893 . C T 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=93;Dels=0.00;FS=1.711;HaplotypeScore=9.4499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:93:99:744,0,936 chrXIV 390954 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DP=52;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.197;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:601,0,310 chrXIV 391118 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=43;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:360,0,276 chrXIV 391299 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=58;Dels=0.00;FS=12.147;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.062;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:590,0,573 chrXIV 391358 . G C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.534;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:488,0,421 chrXIV 391364 . T C 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:470,0,311 chrXIV 391568 . G A 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.749;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:129,0,197 chrXIV 391590 . T C 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.731;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.620;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:161,0,267 chrXIV 391634 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=42;Dels=0.00;FS=1.492;HaplotypeScore=4.4337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.177;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:287,0,371 chrXIV 391752 . A G 512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=18.29;ReadPosRankSum=1.609;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:57:545,57,0 chrXIV 391796 . G A 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.220;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.903;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:156,0,172 chrXIV 391817 . T C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.459;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:169,0,184 chrXIV 391829 . G A 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.576;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.234;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:164,0,199 chrXIV 391871 . A G 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=42;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=8.7106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.317;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:42:99:146,0,236 chrXIV 391904 . G A 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:306,0,373 chrXIV 391916 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=43;Dels=0.00;FS=3.253;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:358,0,351 chrXIV 391961 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=41;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.771;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:354,0,369 chrXIV 391970 . T C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:324,0,282 chrXIV 392063 . A G 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;DP=42;Dels=0.00;FS=1.554;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:42:99:149,0,589 chrXIV 392076 . G C 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=35;Dels=0.00;FS=1.795;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.128;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:99:127,0,565 chrXIV 392155 . A T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:146,0,236 chrXIV 392559 . A G 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;DP=45;Dels=0.00;FS=11.776;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.216;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:508,0,323 chrXIV 392589 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=50;Dels=0.00;FS=8.093;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:50:99:480,0,315 chrXIV 392734 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=39;Dels=0.00;FS=4.773;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:290,0,420 chrXIV 393022 . T C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.822;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:293,0,204 chrXIV 393050 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=33;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.970;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.103;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:260,0,247 chrXIV 393053 . A C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.222;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.007;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:242,0,251 chrXIV 393101 . T G 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:106,0,363 chrXIV 393110 . C T 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.401;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:87:87,0,337 chrXIV 393350 . T C 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=25;Dels=0.00;FS=3.831;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.582;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:121,0,257 chrXIV 393398 . T C 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;DP=21;Dels=0.00;FS=1.808;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:118,0,192 chrXIV 393425 . C T 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.584;DP=30;Dels=0.00;FS=1.735;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.596;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:30:99:116,0,328 chrXIV 393703 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=19;Dels=0.00;FS=7.425;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:236,0,145 chrXIV 393812 . G A 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.053;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:105,0,177 chrXIV 393863 . C T 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:134,0,183 chrXIV 393905 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=35;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.871;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:35:99:178,0,225 chrXIV 394023 . C G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=51;Dels=0.00;FS=3.901;HaplotypeScore=5.2084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:51:99:387,0,453 chrXIV 394076 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DP=51;Dels=0.00;FS=3.119;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.613;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:573,0,381 chrXIV 394139 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.216;DP=69;Dels=0.00;FS=2.577;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:501,0,661 chrXIV 394161 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;DP=81;Dels=0.00;FS=12.706;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.843;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.785;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:363,0,822 chrXIV 394167 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=82;Dels=0.00;FS=5.760;HaplotypeScore=7.8918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.422;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:82:99:356,0,853 chrXIV 394187 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DP=81;Dels=0.00;FS=12.447;HaplotypeScore=8.2287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.740;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.667;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:413,0,777 chrXIV 394241 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=71;Dels=0.00;FS=10.258;HaplotypeScore=8.7310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.500;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:576,0,607 chrXIV 394392 . T C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DP=80;Dels=0.00;FS=13.173;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.446;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:709,0,594 chrXIV 394440 . T C 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.911;DP=92;Dels=0.00;FS=3.616;HaplotypeScore=10.2602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.157;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:92:99:834,0,728 chrXIV 394558 . A T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.449;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.319;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:569,0,273 chrXIV 395169 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DP=61;Dels=0.00;FS=7.354;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:386,0,513 chrXIV 396344 . G A 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=23.73;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1433,150,0 chrXIV 398252 . C A 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.28;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1501,159,0 chrXIV 398437 . G A 455 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=18.96;SB=-6.587e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:51:488,51,0 chrXIV 398753 . C T 456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=24.00;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:51:489,51,0 chrXIV 398822 . A G 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.43;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:480,51,0 chrXIV 398966 . A G 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=21.90;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1106,117,0 chrXIV 399354 . T A 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.45;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1178,120,0 chrXIV 400613 . T C 1809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=23.80;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1842,195,0 chrXIV 400694 . C G 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=16.93;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:981,102,0 chrXIV 400788 . G T 3413.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=22.91;SB=-1.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:3413,354,0 chrXIV 400821 . C A 3780.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.92;SB=-1.875e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:158:99:3780,394,0 chrXIV 400901 . G A 3483.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=21.91;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:159:99:3483,372,0 chrXIV 400998 . T C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=3.441;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=21.42;ReadPosRankSum=1.602;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1168,123,0 chrXIV 401015 . T A 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=20.94;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1436,153,0 chrXIV 401165 . G A 4271.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=23.60;SB=-2.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:181:99:4271,445,0 chrXIV 401240 . C T 3993.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=23.22;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:172:99:3993,415,0 chrXIV 401251 . A T 4141.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=23.80;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:174:99:4141,433,0 chrXIV 401352 . C G 2315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.89;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2348,249,0 chrXIV 401498 . G A 3795.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=23.00;SB=-1.583e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:3795,399,0 chrXIV 401507 . G A 4114.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=22.12;SB=-1.618e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:186:99:4114,438,0 chrXIV 403146 . T C 2851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:2884,289,0 chrXIV 403153 . T C 2789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=20.51;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2822,297,0 chrXIV 403294 . T C 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=4.239;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=21.16;ReadPosRankSum=1.682;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1493,159,0 chrXIV 403835 . C T 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=22.42;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:840,87,0 chrXIV 403871 . C T 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=18.53;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:84:830,84,0 chrXIV 404051 . A G 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=19.64;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:858,96,0 chrXIV 404818 . G A 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=21.36;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1827,186,0 chrXIV 404832 . C G 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=18.73;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1681,180,0 chrXIV 404995 . A G 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=22.76;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1968,210,0 chrXIV 405028 . T A 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.335;DP=75;Dels=0.01;FS=9.218;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=19.39;ReadPosRankSum=3.120;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:1487,153,0 chrXIV 405043 . A C 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1472,156,0 chrXIV 405097 . G A 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1881,195,0 chrXIV 405175 . T A 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=24.56;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1556,159,0 chrXIV 405841 . T C 1826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.54;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1859,198,0 chrXIV 406133 . A G 2263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2296,246,0 chrXIV 407285 . A G 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=17.57;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:93:859,93,0 chrXIV 407287 . T C 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=17.76;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:850,90,0 chrXIV 408124 . T C 2096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:2129,222,0 chrXIV 408508 . G A 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=16.27;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:814,87,0 chrXIV 408922 . C G 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=22.74;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1079,117,0 chrXIV 409114 . G A 2050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.241e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:97:99:2083,216,0 chrXIV 409622 . A G 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=3.345;HaplotypeScore=4.0242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=22.06;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1224,135,0 chrXIV 410599 . A G 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=20.02;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1134,123,0 chrXIV 410941 . A G 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=3.741;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=21.69;ReadPosRankSum=1.635;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1573,165,0 chrXIV 411667 . T A 2428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.69;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2461,255,0 chrXIV 411803 . A G 4887.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=207;Dels=0.00;FS=4.108;HaplotypeScore=9.5029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.463;QD=23.61;ReadPosRankSum=1.715;SB=-2.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,205:207:99:4887,517,0 chrXIV 411899 . C T 1861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=23.26;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1894,198,0 chrXIV 411928 . G A 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.23;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1774,183,0 chrXIV 411943 . G C 1897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=18.78;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:1930,210,0 chrXIV 412116 . T C 2523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=19.87;SB=-1.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2556,273,0 chrXIV 412258 . G A 2419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;QD=23.95;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2452,261,0 chrXIV 412260 . A G 2366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.82;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2399,261,0 chrXIV 412273 . G A 2712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=0;QD=24.21;SB=-1.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2745,291,0 chrXIV 412313 . C T 2370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.61;MQ0=0;QD=19.43;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2403,267,0 chrXIV 412369 . A T 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.996;QD=15.79;ReadPosRankSum=2.378;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:106:99:1707,186,0 chrXIV 412378 . T A 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.38;MQ0=0;QD=17.33;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1714,180,0 chrXIV 412400 . C T 1235 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=83;Dels=0.00;FS=13.105;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.647;QD=14.88;ReadPosRankSum=2.062;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:1268,129,0 chrXIV 412403 . T C 1008 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=85;Dels=0.00;FS=13.861;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.703;QD=11.86;ReadPosRankSum=2.346;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:1041,111,0 chrXIV 412406 . C T 994 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.78;MQ0=0;QD=12.42;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1027,105,0 chrXIV 412417 . G A 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.03;MQ0=0;QD=17.17;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1544,162,0 chrXIV 412520 . C G 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.44;MQ0=0;QD=16.27;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1774,189,0 chrXIV 412526 . A G 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=101;Dels=0.00;FS=5.864;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=15.18;ReadPosRankSum=2.871;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:101:99:1566,168,0 chrXIV 412555 . T A 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.658;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:1192,129,0 chrXIV 412559 . T C 1151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.15;MQ0=0;QD=12.93;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1184,132,0 chrXIV 412581 . G A 990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.82;MQ0=0;QD=13.38;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1023,114,0 chrXIV 412587 . T A 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.50;MQ0=0;QD=16.58;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:978,111,0 chrXIV 412609 . G T 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.26;MQ0=0;QD=16.78;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1006,108,0 chrXIV 413673 . A G 591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=21.89;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:624,66,0 chrXIV 413686 . G T 486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=18.69;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54:519,54,0 chrXIV 414010 . T C 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.20;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1305,147,0 chrXIV 414025 . G A 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=20.31;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1028,108,0 chrXIV 415087 . T C 74.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQ0=2;MQRankSum=2.148;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:77:104,0,77 chrXIV 415096 . C T 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=1.10;ReadPosRankSum=-2.381;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:53:53,0,203 chrXIV 415551 . A G 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=19.77;ReadPosRankSum=1.669;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:99:1140,123,0 chrXIV 415606 . T G 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=21.82;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1582,168,0 chrXIV 415654 . A T 1961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=92;Dels=0.00;FS=2.598;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=21.32;ReadPosRankSum=2.920;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,89:92:99:1994,201,0 chrXIV 415788 . A G 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;QD=18.63;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84:797,84,0 chrXIV 415793 . A T 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;QD=17.77;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:726,78,0 chrXIV 415844 . A G 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.594;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:90:824,90,0 chrXIV 415849 . G A 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;QD=17.08;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:51:93:904,93,0 chrXIV 415877 . G A 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=18.54;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1275,141,0 chrXIV 416164 . T C 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=23.98;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1520,162,0 chrXIV 416179 . T C 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=21.56;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1068,117,0 chrXIV 416204 . G A 759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.42;MQ0=0;QD=18.97;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:792,81,0 chrXIV 416832 . G T 2619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=26.72;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2652,273,0 chrXIV 416991 . G A 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=25.21;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1470,159,0 chrXIV 417156 . T A 1902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=21.61;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1935,198,0 chrXIV 417400 . T A 2026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=22.26;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2059,216,0 chrXIV 417421 . C T 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=21.67;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1983,204,0 chrXIV 417439 . G A 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=19.82;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1321,138,0 chrXIV 417659 . G A 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=16.86;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:84:741,84,0 chrXIV 417758 . C T 2417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.66;SB=-1.101e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2450,252,0 chrXIV 418066 . A G 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=82;Dels=0.00;FS=6.515;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=2.270;QD=17.95;ReadPosRankSum=2.390;SB=-9.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1505,162,0 chrXIV 418123 . T C 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=97;Dels=0.00;FS=3.740;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=18.12;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:1791,189,0 chrXIV 418195 . C T 2015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.56;SB=-1.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2048,219,0 chrXIV 418291 . A G 1451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=20.44;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1484,162,0 chrXIV 418300 . T C 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=20.59;ReadPosRankSum=1.681;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1433,150,0 chrXIV 418324 . A G 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=3.345;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.476;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:90:864,90,0 chrXIV 418437 . G A 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.63;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1152,120,0 chrXIV 418511 . T C 2516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.30;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2549,267,0 chrXIV 418723 . T A 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=21.10;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1468,165,0 chrXIV 418738 . G A 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=19.20;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1281,144,0 chrXIV 418767 . G A 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=14.44;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1044,111,0 chrXIV 418776 . G A 1328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=16.40;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1361,141,0 chrXIV 419029 . T C 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=19.92;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1507,162,0 chrXIV 419038 . C T 1360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.20;MQ0=0;QD=19.43;SB=-9.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1393,144,0 chrXIV 419074 . A G 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.62;MQ0=0;QD=14.58;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:87:806,87,0 chrXIV 419161 . C T 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=19.37;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1544,165,0 chrXIV 419170 . T C 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=18.26;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1439,153,0 chrXIV 419205 . G A 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=20.28;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1493,159,0 chrXIV 419287 . C T 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=22.14;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1428,153,0 chrXIV 419323 . G A 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=19.77;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:982,105,0 chrXIV 419479 . G A 1368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.05;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1401,153,0 chrXIV 419934 . G A 1378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=19.14;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1411,147,0 chrXIV 420029 . C T 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=18.74;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:87:839,87,0 chrXIV 420063 . T C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=22.70;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1168,126,0 chrXIV 420080 . C T 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=18.99;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1343,150,0 chrXIV 420094 . C T 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=21.40;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1638,171,0 chrXIV 420283 . C G 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.63;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:936,105,0 chrXIV 420526 . A C 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=21.94;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1854,195,0 chrXIV 420782 . C T 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=17.15;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:78:736,78,0 chrXIV 420944 . T C 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=20.24;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:1531,162,0 chrXIV 420961 . G A 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=20.24;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1126,117,0 chrXIV 421259 . C T 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.38;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:713,72,0 chrXIV 421631 . C T 1031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=22.41;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1064,114,0 chrXIV 421697 . T C 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=23.27;ReadPosRankSum=1.669;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1313,138,0 chrXIV 421838 . T C 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.38;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1376,150,0 chrXIV 421898 . G A 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=22.29;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1482,159,0 chrXIV 422081 . A T 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=22.75;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1694,180,0 chrXIV 422140 . C T 2530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=25.05;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2563,264,0 chrXIV 422171 . C T 2625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=24.08;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2658,276,0 chrXIV 422213 . T A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=21.50;SB=-1.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1925,201,0 chrXIV 422216 . A T 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=3.059;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=20.30;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-1.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1840,204,0 chrXIV 422360 . T G 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=18.00;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1041,111,0 chrXIV 422369 . G A 1075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=16.04;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1108,123,0 chrXIV 422402 . G A 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=14.23;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:944,99,0 chrXIV 422411 . A G 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=14.94;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1079,114,0 chrXIV 422528 . A T 2238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.33;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2271,240,0 chrXIV 422665 . T C 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=19.56;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:36:78:737,78,0 chrXIV 423011 . G A 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=21.62;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:725,75,0 chrXIV 423266 . C T 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.77;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1012,102,0 chrXIV 423311 . A G 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.12;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:785,84,0 chrXIV 423655 . C T 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=24.75;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1518,156,0 chrXIV 423792 . C T 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.45;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1989,207,0 chrXIV 423965 . A G 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.55;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1520,165,0 chrXIV 424418 . T C 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1893,201,0 chrXIV 424906 . C T 2151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=23.90;SB=-9.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2184,243,0 chrXIV 425075 . C T 1510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=18.87;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1543,159,0 chrXIV 425369 . A G 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=18.77;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1028,111,0 chrXIV 425456 . A G 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=24.10;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:515,54,0 chrXIV 425507 . C T 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=20.03;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:734,78,0 chrXIV 425774 . A G 928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=21.09;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:961,102,0 chrXIV 425816 . G A 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=23.65;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1381,144,0 chrXIV 425890 . A G 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.66;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1145,120,0 chrXIV 426089 . G A 493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=21.43;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:526,54,0 chrXIV 426155 . A G 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=19.07;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:853,90,0 chrXIV 426161 . G A 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=18.62;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:93:871,93,0 chrXIV 426226 . A T 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=14.27;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:989,108,0 chrXIV 426290 . A G 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.47;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:892,96,0 chrXIV 426428 . T A 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.62;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:983,102,0 chrXIV 426629 . A G 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=21.13;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:857,93,0 chrXIV 426647 . G A 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=17.60;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:649,69,0 chrXIV 426745 . C G 1759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.77;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1792,192,0 chrXIV 426977 . C A 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=22.07;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:982,111,0 chrXIV 427089 . A T 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=15.76;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1341,144,0 chrXIV 427117 . T C 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=13.96;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:968,102,0 chrXIV 427278 . A G 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.657;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:87:822,87,0 chrXIV 427279 . A G 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=17.54;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:840,90,0 chrXIV 427333 . A G 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=18.57;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1240,138,0 chrXIV 427388 . C T 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=22.00;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1287,129,0 chrXIV 427451 . A G 805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=19.17;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:838,90,0 chrXIV 427601 . T G 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.54;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:822,87,0 chrXIV 427654 . C T 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=19.39;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:983,102,0 chrXIV 427917 . C T 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.62;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:738,84,0 chrXIV 427926 . T C 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=15.11;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78:698,78,0 chrXIV 427944 . T C 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=16.74;ReadPosRankSum=1.650;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:78:736,78,0 chrXIV 428064 . T C 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=19.06;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:967,105,0 chrXIV 428218 . G C 470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=15.16;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54:503,54,0 chrXIV 428364 . C T 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=23.47;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1371,144,0 chrXIV 428450 . T G 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=17.91;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90:839,90,0 chrXIV 428493 . T C 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=17.45;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:801,84,0 chrXIV 428693 . C T 797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=14.49;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:87:830,87,0 chrXIV 428861 . T C 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.53;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:626,66,0 chrXIV 428883 . T C 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.39;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1402,147,0 chrXIV 428948 . G A 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=21.19;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2279,234,0 chrXIV 428970 . C T 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=14.56;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1329,144,0 chrXIV 428978 . A G 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=5.063;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.687;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1354,141,0 chrXIV 429024 . T C 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.03;MQ0=0;QD=10.80;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:66:616,66,0 chrXIV 429042 . T C 403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;QD=10.61;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:45:436,45,0 chrXIV 429156 . T C 544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.43;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:577,63,0 chrXIV 429229 . G A 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=22.67;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1325,138,0 chrXIV 429408 . C T 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;QD=20.92;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1100,117,0 chrXIV 429589 . C T 412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=12.48;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:48:445,48,0 chrXIV 429773 . T G 411 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.12;SB=-6.793e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:45:444,45,0 chrXIV 429959 . T A 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=53;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=24.87;ReadPosRankSum=1.666;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1351,138,0 chrXIV 430147 . A G 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=19.28;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1402,153,0 chrXIV 430152 . C T 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=19.53;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1439,153,0 chrXIV 430328 . A G 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.688;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1650,177,0 chrXIV 430407 . C T 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=22.19;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1453,156,0 chrXIV 430756 . C T 1402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=25.04;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1435,150,0 chrXIV 430815 . A G 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.30;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1048,114,0 chrXIV 430923 . T A 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=23.55;ReadPosRankSum=1.559;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1446,156,0 chrXIV 431004 . G A 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=22.35;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1553,162,0 chrXIV 431058 . A G 757 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;QD=14.84;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:84:790,84,0 chrXIV 431063 . T C 648 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=14.09;ReadPosRankSum=1.582;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:75:681,75,0 chrXIV 431064 . G A 637 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.40;MQ0=0;QD=14.16;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:72:670,72,0 chrXIV 431072 . A G 738 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;QD=14.47;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:81:771,81,0 chrXIV 431301 . T C 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=98;Dels=0.00;FS=3.336;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=20.46;ReadPosRankSum=1.661;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2038,219,0 chrXIV 432345 . G A 4345.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=24.01;SB=-2.442e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:181:99:4345,445,0 chrXIV 432400 . A T 3049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=22.09;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3082,327,0 chrXIV 432537 . C A 3593.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=25.30;SB=-1.889e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3593,370,0 chrXIV 432822 . T C 2381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.55;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2414,255,0 chrXIV 433148 . G A 2894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2927,306,0 chrXIV 433271 . G A 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=23.82;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1724,177,0 chrXIV 433338 . C T 1809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=21.54;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1842,195,0 chrXIV 433431 . A T 3644.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=21.44;ReadPosRankSum=1.712;SB=-2.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:170:99:3644,381,0 chrXIV 433446 . T C 3308.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:3308,354,0 chrXIV 433506 . C T 2569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=23.14;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2602,273,0 chrXIV 433629 . A G 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=18.15;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1376,144,0 chrXIV 433631 . C G 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=19.18;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1433,147,0 chrXIV 433680 . G A 1782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=18.76;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:95:99:1815,189,0 chrXIV 433706 . T A 2321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=20.91;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2354,252,0 chrXIV 434058 . T C 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=24.00;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1281,135,0 chrXIV 434340 . C T 1802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=24.03;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1835,189,0 chrXIV 434346 . A G 1663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=23.42;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1696,186,0 chrXIV 434511 . G A 4178.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.938e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:189:99:4178,459,0 chrXIV 434619 . T C 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=93;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:93:99:1984,216,0 chrXIV 434823 . C T 3374.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=23.59;SB=-1.306e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:143:99:3374,349,0 chrXIV 435046 . C T 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.61;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:960,99,0 chrXIV 435082 . T C 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.28;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1250,132,0 chrXIV 435457 . A G 675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.77;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:708,75,0 chrXIV 435509 . C T 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:915,93,0 chrXIV 435604 . A G 724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=18.10;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:81:757,81,0 chrXIV 435739 . A G 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=25.58;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1312,141,0 chrXIV 437153 . G A 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.788;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:810,0,750 chrXIV 437345 . T C 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.236;DP=118;Dels=0.00;FS=11.426;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.650;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.291;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,70:118:99:1170,0,817 chrXIV 437349 . C T 1269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.830;DP=118;Dels=0.00;FS=15.485;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,71:118:99:1299,0,812 chrXIV 437580 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DP=60;Dels=0.02;FS=17.060;HaplotypeScore=17.0972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.601;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:357,0,666 chrXIV 437581 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DP=60;Dels=0.02;FS=17.164;HaplotypeScore=16.1039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.129;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:406,0,584 chrXIV 437599 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DP=55;Dels=0.00;FS=29.477;HaplotypeScore=3.0633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:414,0,537 chrXIV 437642 . G A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=46;Dels=0.00;FS=8.761;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.343;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:314,0,360 chrXIV 437768 . G C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;DP=56;Dels=0.00;FS=7.465;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.319;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:595,0,465 chrXIV 437783 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=59;Dels=0.00;FS=14.315;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.584;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:585,0,562 chrXIV 437882 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;DP=108;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=15.7813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.326;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.432;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,39:108:99:487,0,1206 chrXIV 437885 . T C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=108;Dels=0.00;FS=2.578;HaplotypeScore=12.0568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.171;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,45:108:99:478,0,1350 chrXIV 437942 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.850;DP=94;Dels=0.00;FS=1.876;HaplotypeScore=6.3445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=5.68;ReadPosRankSum=2.206;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,40:94:99:564,0,1007 chrXIV 438050 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DP=60;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.131;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:537,0,600 chrXIV 438139 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.860;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:495,0,456 chrXIV 438374 . T C 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=94;Dels=0.00;FS=6.045;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.743;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:752,0,751 chrXIV 438523 . C T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=54;Dels=0.00;FS=2.457;HaplotypeScore=3.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.412;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.260;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:308,0,368 chrXIV 438531 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.309;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.206;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:344,0,343 chrXIV 438535 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=61;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=7.8662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.789;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.193;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:61:99:370,0,324 chrXIV 438565 . C T 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;DP=65;Dels=0.02;FS=3.661;HaplotypeScore=12.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.127;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.037;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:400,0,242 chrXIV 438570 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=60;Dels=0.00;FS=5.691;HaplotypeScore=5.3891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.616;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.136;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:60:99:424,0,264 chrXIV 438717 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=8.95;ReadPosRankSum=2.130;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:549,0,365 chrXIV 439292 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DP=47;Dels=0.00;FS=1.159;HaplotypeScore=3.1542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=9.26;ReadPosRankSum=2.515;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:465,0,253 chrXIV 439449 . A T 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DP=124;Dels=0.02;FS=0.741;HaplotypeScore=30.6186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:122:99:764,0,1317 chrXIV 439570 . G C 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.289;DP=111;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=5.5272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.265;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:111:99:1190,0,1025 chrXIV 439710 . G A 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;DP=51;Dels=0.00;FS=6.686;HaplotypeScore=4.2752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.131;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:523,0,214 chrXIV 439921 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;DP=65;Dels=0.00;FS=2.214;HaplotypeScore=4.6519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:721,0,427 chrXIV 440295 . C T 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=76;Dels=0.00;FS=11.724;HaplotypeScore=5.0044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.975;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:76:99:919,0,649 chrXIV 440660 . T C 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.125;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.166;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:771,0,867 chrXIV 441013 . A T 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:205,0,229 chrXIV 441069 . T G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DP=28;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:291,0,182 chrXIV 441185 . T G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=33;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.855;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.018;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:195,0,280 chrXIV 441200 . A T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=60;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:388,0,497 chrXIV 441223 . C T 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;DP=74;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.745;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.976;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:349,0,840 chrXIV 441233 . T G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:391,0,805 chrXIV 441408 . A G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=29;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:276,0,251 chrXIV 441435 . C T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=18;Dels=0.00;FS=2.162;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:148,0,159 chrXIV 441615 . C T 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DP=54;Dels=0.00;FS=6.908;HaplotypeScore=5.4656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.791;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:199,0,277 chrXIV 441969 . T A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;DP=29;Dels=0.00;FS=9.640;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:285,0,257 chrXIV 441999 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DP=36;Dels=0.00;FS=8.237;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.963;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.622;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:265,0,439 chrXIV 442265 . G A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;DP=64;Dels=0.00;FS=5.212;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.654;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:557,0,508 chrXIV 442390 . C A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;DP=43;Dels=0.00;FS=6.873;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:442,0,270 chrXIV 442392 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=47;Dels=0.00;FS=6.651;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:422,0,293 chrXIV 442518 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=81;Dels=0.00;FS=21.852;HaplotypeScore=4.6979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:455,0,579 chrXIV 442648 . T A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=64;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=4.3842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:520,0,620 chrXIV 442653 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.935;DP=63;Dels=0.00;FS=3.663;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.702;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:468,0,644 chrXIV 442660 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;DP=67;Dels=0.00;FS=3.403;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.006;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:471,0,604 chrXIV 442665 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.275;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.758;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:415,0,598 chrXIV 442716 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=52;Dels=0.00;FS=2.483;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.125;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:52:99:368,0,355 chrXIV 442736 . C A 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;DP=55;Dels=0.00;FS=2.769;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:548,0,373 chrXIV 442805 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DP=69;Dels=0.00;FS=0.927;HaplotypeScore=4.8787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.565;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:441,0,820 chrXIV 442838 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=78;Dels=0.00;FS=0.847;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:334,0,751 chrXIV 442846 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:374,0,817 chrXIV 442868 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.046;DP=92;Dels=0.00;FS=4.019;HaplotypeScore=5.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:576,0,818 chrXIV 442912 . A G 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=96;Dels=0.00;FS=3.934;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.875;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:96:99:838,0,734 chrXIV 442949 . G T 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;DP=89;Dels=0.00;FS=2.866;HaplotypeScore=7.0612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:89:99:944,0,687 chrXIV 442970 . T C 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=83;Dels=0.00;FS=0.847;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.232;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:795,0,690 chrXIV 442993 . T C 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;DP=103;Dels=0.00;FS=8.423;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.445;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:103:99:805,0,903 chrXIV 443003 . A T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=106;Dels=0.00;FS=8.221;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.439;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:785,0,1064 chrXIV 443067 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=76;Dels=0.00;FS=10.008;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.81;MQ0=3;MQRankSum=-0.668;QD=5.78;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:469,0,648 chrXIV 443160 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.226;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:653,0,787 chrXIV 443191 . C T 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:853,0,818 chrXIV 443303 . G A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=56;Dels=0.00;FS=5.582;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=3.91;ReadPosRankSum=-3.379;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:249,0,523 chrXIV 443566 . A G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=24;Dels=0.00;FS=7.799;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:271,0,240 chrXIV 443779 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=54;Dels=0.00;FS=10.441;HaplotypeScore=2.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:552,0,483 chrXIV 443837 . A G 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;DP=81;Dels=0.00;FS=4.533;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.044;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:81:99:820,0,629 chrXIV 443873 . A T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=78;Dels=0.00;FS=2.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:687,0,705 chrXIV 443882 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.349;DP=77;Dels=0.00;FS=2.123;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.018;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:643,0,676 chrXIV 443895 . A C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.102;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:596,0,588 chrXIV 444421 . C T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DP=75;Dels=0.00;FS=0.982;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.168;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.122;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,49:75:99:646,0,392 chrXIV 444424 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.952;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.569;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,46:72:99:566,0,455 chrXIV 444446 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=72;Dels=0.00;FS=3.653;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.140;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:632,0,345 chrXIV 444614 . A C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:533,0,359 chrXIV 444709 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=48;Dels=0.00;FS=1.504;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.044;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:282,0,242 chrXIV 444853 . T C 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.315;DP=102;Dels=0.00;FS=10.402;HaplotypeScore=5.0963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:102:99:1008,0,930 chrXIV 445056 . G A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=61;Dels=0.00;FS=2.285;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.210;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:585,0,437 chrXIV 445139 . C A 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=73;Dels=0.00;FS=1.933;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.867;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:607,0,736 chrXIV 445748 . T C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.356;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.505;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:48:99:228,0,578 chrXIV 445766 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DP=47;Dels=0.00;FS=4.622;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.299;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:401,0,287 chrXIV 445983 . T C 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=62;Dels=0.00;FS=5.403;HaplotypeScore=7.3166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:62:99:602,0,353 chrXIV 446017 . G A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,13:56:99:190,0,786 chrXIV 446044 . A G 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,11:49:99:114,0,756 chrXIV 446331 . G A 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=36;Dels=0.00;FS=8.043;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.930;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.889;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:124,0,425 chrXIV 446337 . G A 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=36;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.721;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:99,0,438 chrXIV 446584 . G C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;DP=37;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.239;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:37:99:441,0,321 chrXIV 446677 . G C 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=24.12;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1456,156,0 chrXIV 446682 . T C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;DP=64;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=6.2869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.765;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:555,0,597 chrXIV 446766 . T A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;DP=66;Dels=0.00;FS=0.927;HaplotypeScore=3.1233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.447;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:403,0,789 chrXIV 446857 . G A 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=73;Dels=0.00;FS=3.243;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.184;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:843,0,462 chrXIV 447382 . G T 1626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.12;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1659,171,0 chrXIV 447433 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;DP=54;Dels=0.00;FS=2.476;HaplotypeScore=3.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.208;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:530,0,375 chrXIV 447754 . G T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.605;DP=55;Dels=0.00;FS=1.201;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.961;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:609,0,534 chrXIV 448099 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.816;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:555,0,494 chrXIV 448393 . C A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:549,0,453 chrXIV 448975 . C G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=58;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=2.629;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:476,0,669 chrXIV 449114 . G A 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;DP=85;Dels=0.00;FS=3.573;HaplotypeScore=9.0580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=2.707;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:85:99:755,0,760 chrXIV 449362 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=100;Dels=0.00;FS=2.817;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.543;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:652,0,937 chrXIV 449371 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.884;DP=99;Dels=0.00;FS=3.965;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:671,0,921 chrXIV 449443 . T C 963.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.144;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:127:99:993,0,1155 chrXIV 449451 . T A 1000.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;DP=129;Dels=0.00;FS=1.407;HaplotypeScore=6.7629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.887;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.126;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,60:129:99:1030,0,1288 chrXIV 449452 . T A 998.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=128;Dels=0.00;FS=0.663;HaplotypeScore=6.7629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.552;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.732;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,61:128:99:1028,0,1323 chrXIV 449469 . G A 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DP=124;Dels=0.00;FS=2.375;HaplotypeScore=5.4177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.879;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,61:124:99:848,0,1104 chrXIV 449521 . G A 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.020;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:107:99:957,0,895 chrXIV 449542 . T A 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.421;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:1138,0,1113 chrXIV 449640 . A G 2603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=24.79;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2636,282,0 chrXIV 449850 . G A 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.911;DP=124;Dels=0.00;FS=0.670;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:124:99:1030,0,1354 chrXIV 449853 . T C 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=7.69;ReadPosRankSum=-2.036;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:124:99:983,0,1324 chrXIV 450291 . A G 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;DP=47;Dels=0.00;FS=14.743;HaplotypeScore=4.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:622,0,311 chrXIV 450320 . A C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;DP=38;Dels=0.00;FS=7.749;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.017;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:38:99:339,0,291 chrXIV 450515 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.856;QD=6.36;ReadPosRankSum=-2.001;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:310,0,608 chrXIV 450550 . C G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=49;Dels=0.00;FS=8.336;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.596;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:49:99:328,0,584 chrXIV 450577 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=56;Dels=0.00;FS=5.717;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:56:99:529,0,357 chrXIV 450844 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=64;Dels=0.00;FS=17.249;HaplotypeScore=5.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:513,0,630 chrXIV 450995 . C A 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.105;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.816;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:1025,0,727 chrXIV 451131 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=62;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:591,0,451 chrXIV 451256 . T G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;DP=43;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=4.9285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=7.86;ReadPosRankSum=2.804;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:43:99:368,0,361 chrXIV 451380 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:70:99:372,0,694 chrXIV 452058 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=47;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,32:47:99:433,0,210 chrXIV 452274 . G A 1014.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DP=103;Dels=0.00;FS=3.678;HaplotypeScore=10.2594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:1044,0,985 chrXIV 452401 . G A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DP=60;Dels=0.00;FS=3.956;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:669,0,479 chrXIV 452650 . C T 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=93;Dels=0.00;FS=5.460;HaplotypeScore=5.5131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:788,0,825 chrXIV 452788 . G A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=62;Dels=0.00;FS=2.163;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:743,0,442 chrXIV 453168 . C G 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.043;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:724,0,447 chrXIV 453313 . T C 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=98;Dels=0.00;FS=5.128;HaplotypeScore=8.5620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.319;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:98:99:911,0,815 chrXIV 453766 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;DP=87;Dels=0.00;FS=3.101;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.405;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:87:99:334,0,857 chrXIV 453910 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.925;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:473,0,568 chrXIV 453937 . C T 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=22.49;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1450,150,0 chrXIV 454378 . G A 1410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.658;DP=143;Dels=0.00;FS=0.622;HaplotypeScore=14.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.917;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,77:143:99:1440,0,1228 chrXIV 454645 . A G 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;DP=100;Dels=0.00;FS=3.729;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.564;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:100:99:1045,0,892 chrXIV 454932 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DP=61;Dels=0.00;FS=2.139;HaplotypeScore=4.9053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:372,0,595 chrXIV 454959 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;DP=55;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.331;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:312,0,531 chrXIV 454997 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.110;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:465,0,451 chrXIV 455264 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DP=43;Dels=0.00;FS=2.735;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:313,0,416 chrXIV 455417 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;DP=56;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.213;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:392,0,407 chrXIV 456086 . A C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;DP=49;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.232;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:381,0,581 chrXIV 456223 . A C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=48;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.826;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:422,0,426 chrXIV 456295 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=63;Dels=0.00;FS=3.778;HaplotypeScore=7.5443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:471,0,483 chrXIV 456437 . A G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=78;Dels=0.00;FS=1.002;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.938;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:78:99:624,0,972 chrXIV 456876 . G A 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=110;Dels=0.00;FS=4.502;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.548;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:1055,0,1214 chrXIV 456993 . A G 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.806;DP=104;Dels=0.00;FS=2.410;HaplotypeScore=7.0640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:104:99:943,0,1098 chrXIV 457009 . G A 1189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.903;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.080;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:124:99:1219,0,1168 chrXIV 457107 . G A 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.387;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.687;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:89:99:963,0,678 chrXIV 457485 . G A 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=109;Dels=0.00;FS=11.042;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.082;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:109:99:810,0,790 chrXIV 457545 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=81;Dels=0.00;FS=5.603;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.143;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:410,0,533 chrXIV 458177 . A G 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=86;Dels=0.00;FS=2.797;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.454;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:681,0,707 chrXIV 458186 . A T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:722,0,701 chrXIV 458449 . A G 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=101;Dels=0.00;FS=4.921;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=2.381;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:876,0,948 chrXIV 458514 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DP=68;Dels=0.00;FS=3.459;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:502,0,622 chrXIV 458669 . C T 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.109;DP=87;Dels=0.00;FS=7.834;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:865,0,840 chrXIV 459152 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;DP=54;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.497;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:343,0,489 chrXIV 459665 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;DP=91;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=6.87;ReadPosRankSum=-2.337;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:655,0,991 chrXIV 459959 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;DP=39;Dels=0.00;FS=6.618;HaplotypeScore=6.5165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.278;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:481,0,167 chrXIV 460625 . T C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.395;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:779,0,897 chrXIV 460850 . C T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;DP=89;Dels=0.00;FS=2.820;HaplotypeScore=7.3918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:89:99:962,0,859 chrXIV 461091 . C G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;DP=81;Dels=0.01;FS=3.089;HaplotypeScore=16.2967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:80:99:786,0,760 chrXIV 461267 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.878;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:491,0,442 chrXIV 461618 . T A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=58;Dels=0.00;FS=1.066;HaplotypeScore=5.4797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:604,0,539 chrXIV 461705 . A G 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=87;Dels=0.00;FS=6.078;HaplotypeScore=9.0550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:1008,0,540 chrXIV 461994 . A T 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=106;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=10.6585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:106:99:939,0,782 chrXIV 462234 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=77;Dels=0.00;FS=9.691;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:618,0,698 chrXIV 462339 . G A 1389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=132;Dels=0.00;FS=5.641;HaplotypeScore=12.2616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=10.52;ReadPosRankSum=2.152;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:132:99:1419,0,1226 chrXIV 462377 . G A 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=94;Dels=0.00;FS=3.988;HaplotypeScore=44.3839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:94:99:886,0,704 chrXIV 462443 . C G 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=61;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:622,0,503 chrXIV 462447 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;DP=57;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:541,0,552 chrXIV 462572 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;DP=81;Dels=0.00;FS=12.217;HaplotypeScore=9.8901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:565,0,755 chrXIV 462575 . A C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=80;Dels=0.00;FS=14.688;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:616,0,798 chrXIV 463310 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=62;Dels=0.00;FS=2.147;HaplotypeScore=7.0989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=7.34;ReadPosRankSum=-2.137;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:62:99:485,0,423 chrXIV 463484 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;DP=52;Dels=0.00;FS=10.159;HaplotypeScore=5.6242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:308,0,508 chrXIV 463554 . A T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=56;Dels=0.00;FS=13.110;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:609,0,288 chrXIV 463775 . C T 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=20.03;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:62:99:1275,135,0 chrXIV 463940 . T A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;DP=62;Dels=0.00;FS=0.990;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.554;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:486,0,596 chrXIV 463992 . C G 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=23.02;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1506,162,0 chrXIV 464483 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=127;Dels=0.01;FS=9.857;HaplotypeScore=11.7543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.453;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:126:99:778,0,1149 chrXIV 464484 . G A 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=126;Dels=0.00;FS=9.702;HaplotypeScore=10.2316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.673;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:126:99:717,0,1118 chrXIV 464849 . C T 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DP=93;Dels=0.00;FS=3.878;HaplotypeScore=8.5726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:857,0,918 chrXIV 465005 . C T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=61;Dels=0.00;FS=5.310;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:611,0,491 chrXIV 465029 . A T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;DP=69;Dels=0.00;FS=2.067;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=8.07;ReadPosRankSum=2.340;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:587,0,735 chrXIV 465764 . C A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=40;Dels=0.00;FS=2.999;HaplotypeScore=1.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.368;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.326;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:524,0,234 chrXIV 465982 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=43;Dels=0.00;FS=6.514;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:386,0,348 chrXIV 466168 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=63;Dels=0.00;FS=7.179;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.884;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:63:99:570,0,559 chrXIV 466221 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=61;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=7.9719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:652,0,437 chrXIV 466265 . A T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=74;Dels=0.00;FS=4.777;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:536,0,693 chrXIV 466279 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.007;DP=79;Dels=0.00;FS=3.389;HaplotypeScore=3.9839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:538,0,759 chrXIV 466363 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;DP=73;Dels=0.00;FS=10.296;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.595;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:668,0,599 chrXIV 466547 . A G 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=90;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=7.2554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.303;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:740,0,911 chrXIV 466584 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=90;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:90:99:668,0,1031 chrXIV 466588 . T G 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;DP=96;Dels=0.00;FS=3.827;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.873;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:1067,0,665 chrXIV 466623 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DP=88;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:625,0,882 chrXIV 466760 . G A 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=78;Dels=0.00;FS=1.891;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.757;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:838,0,665 chrXIV 466878 . A G 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=112;Dels=0.00;FS=6.195;HaplotypeScore=5.6858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.842;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:112:99:930,0,1083 chrXIV 467028 . A G 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;DP=140;Dels=0.00;FS=6.920;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,60:140:99:1225,0,1754 chrXIV 467219 . A G 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=22.43;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1962,207,0 chrXIV 467514 . G A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:271,0,246 chrXIV 467605 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=65;Dels=0.00;FS=8.590;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=5.58;ReadPosRankSum=2.290;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:393,0,549 chrXIV 467673 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.526;DP=79;Dels=0.00;FS=4.290;HaplotypeScore=7.1734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.899;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:586,0,841 chrXIV 467765 . C T 1149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.501;DP=108;Dels=0.00;FS=3.623;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.121;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,62:108:99:1179,0,892 chrXIV 468108 . A G 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=124;Dels=0.00;FS=2.379;HaplotypeScore=11.9043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.609;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,50:124:99:908,0,1605 chrXIV 468438 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=90;Dels=0.00;FS=12.240;HaplotypeScore=8.6805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.251;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:777,0,996 chrXIV 468488 . A G 1764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=21.78;ReadPosRankSum=1.604;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1797,189,0 chrXIV 468702 . A G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DP=90;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=11.3246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:735,0,750 chrXIV 468720 . C T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=92;Dels=0.00;FS=5.668;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:838,0,782 chrXIV 468840 . C T 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DP=95;Dels=0.00;FS=10.635;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.303;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:898,0,934 chrXIV 468861 . A G 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;DP=98;Dels=0.00;FS=14.519;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.083;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:98:99:1031,0,790 chrXIV 468912 . G A 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=105;Dels=0.00;FS=4.980;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:105:99:1046,0,1052 chrXIV 468930 . C A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=97;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=2.8670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:730,0,1016 chrXIV 468958 . A C 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.334;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.143;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:97:99:531,0,1258 chrXIV 469102 . C T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.872;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:435,0,426 chrXIV 469108 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=73;Dels=0.00;FS=0.905;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:426,0,570 chrXIV 469131 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=86;Dels=0.00;FS=9.584;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:86:99:632,0,732 chrXIV 469170 . T C 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.843;DP=99;Dels=0.00;FS=7.221;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.027;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:99:99:840,0,759 chrXIV 469453 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;DP=72;Dels=0.00;FS=2.086;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:72:99:482,0,862 chrXIV 469677 . A T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.684;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.295;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:394,0,557 chrXIV 469909 . A G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.791;DP=42;Dels=0.00;FS=4.257;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:338,0,568 chrXIV 470015 . A C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;DP=60;Dels=0.00;FS=1.738;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.327;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:60:99:553,0,628 chrXIV 470301 . C T 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=22.75;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2331,240,0 chrXIV 470330 . C T 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=100;Dels=0.00;FS=9.697;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.305;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:882,0,897 chrXIV 470440 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DP=36;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.634;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:255,0,353 chrXIV 470587 . C T 2238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.59;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2271,234,0 chrXIV 470756 . G T 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.983;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.183;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:36:99:190,0,398 chrXIV 470765 . T A 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=32;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.070;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:169,0,388 chrXIV 471125 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.309;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:43:99:501,0,352 chrXIV 471383 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;DP=58;Dels=0.00;FS=1.108;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.345;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:412,0,716 chrXIV 472042 . C T 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;DP=35;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.777;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:196,0,346 chrXIV 472054 . C T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.745;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:201,0,448 chrXIV 472094 . A G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=46;Dels=0.00;FS=1.272;HaplotypeScore=5.5460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:248,0,378 chrXIV 472403 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;DP=35;Dels=0.00;FS=10.970;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.289;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:35:99:359,0,226 chrXIV 472546 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.012;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:299,0,524 chrXIV 473146 . G C 1188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.218;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,74:157:99:1218,0,1532 chrXIV 473303 . T C 2337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.623;SB=-1.202e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2370,249,0 chrXIV 473321 . A G 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=93;Dels=0.00;FS=11.966;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.601;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:766,0,1001 chrXIV 473357 . A G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;DP=87;Dels=0.00;FS=13.073;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:776,0,901 chrXIV 473375 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=80;Dels=0.00;FS=6.013;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=1.889;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.113;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:80:99:462,0,802 chrXIV 473389 . G C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.169;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:565,0,833 chrXIV 473512 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DP=62;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:548,0,582 chrXIV 473603 . C T 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=84;Dels=0.00;FS=9.175;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.483;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:840,0,651 chrXIV 473648 . T C 2099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=22.33;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.020e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2132,234,0 chrXIV 473723 . G C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=71;Dels=0.00;FS=3.177;HaplotypeScore=3.4600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.861;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:646,0,592 chrXIV 473725 . T C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.582;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:603,0,601 chrXIV 473855 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=79;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=3.5598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=6.33;ReadPosRankSum=2.619;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:530,0,833 chrXIV 473942 . T A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;DP=99;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:700,0,1071 chrXIV 473948 . T C 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.408;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,54:118:99:729,0,1174 chrXIV 474098 . A G 146.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=60;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.194;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:60:99:176,0,655 chrXIV 474101 . T C 107.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DP=59;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.642;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:59:99:137,0,667 chrXIV 474104 . C T 97.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=59;Dels=0.00;FS=1.027;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.716;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:127,0,746 chrXIV 474124 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=61;Dels=0.00;FS=9.379;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=4.89;ReadPosRankSum=-2.402;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:328,0,618 chrXIV 474200 . G C 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.861;DP=101;Dels=0.00;FS=2.622;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:1001,0,890 chrXIV 474245 . G A 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=102;Dels=0.00;FS=11.687;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:102:99:851,0,959 chrXIV 474329 . T A 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=84;Dels=0.00;FS=0.827;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.107;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.568;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:881,0,605 chrXIV 474540 . T G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;DP=71;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:691,0,676 chrXIV 474581 . C T 514.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=76;Dels=0.00;FS=9.798;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.638;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:544,0,587 chrXIV 474589 . C G 424.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=75;Dels=0.00;FS=17.451;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.306;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:75:99:454,0,574 chrXIV 474591 . G T 439.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=72;Dels=0.00;FS=17.265;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.277;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:469,0,563 chrXIV 474719 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.772;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:631,0,353 chrXIV 475172 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.369;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.061;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:549,0,608 chrXIV 475211 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=68;Dels=0.00;FS=1.031;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:501,0,623 chrXIV 475334 . T C 1167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=110;Dels=0.00;FS=0.715;HaplotypeScore=5.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,64:110:99:1197,0,770 chrXIV 475693 . A G 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=100;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.762;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:1050,0,817 chrXIV 475712 . T G 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;DP=101;Dels=0.00;FS=3.841;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:1100,0,835 chrXIV 475754 . G A 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=135;Dels=0.00;FS=3.488;HaplotypeScore=24.2121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,69:135:99:1078,0,1083 chrXIV 475863 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:714,0,492 chrXIV 476095 . G C 1655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=187;Dels=0.00;FS=1.817;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.964;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,95:187:99:1685,0,1636 chrXIV 476575 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;DP=83;Dels=0.00;FS=4.453;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.386;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:792,0,679 chrXIV 476599 . A C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.557;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.542;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:586,0,478 chrXIV 476731 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=57;Dels=0.00;FS=12.854;HaplotypeScore=5.0003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:381,0,427 chrXIV 476810 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;DP=81;Dels=0.00;FS=30.917;HaplotypeScore=2.5239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.815;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:81:99:551,0,876 chrXIV 476908 . T C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.882;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:50:99:496,0,142 chrXIV 477349 . C T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=46;Dels=0.00;FS=6.651;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:561,0,252 chrXIV 477388 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=35;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:323,0,320 chrXIV 477496 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=10.97;ReadPosRankSum=-2.114;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:62:99:710,0,381 chrXIV 477610 . A G 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:23:99:133,0,273 chrXIV 477622 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=40;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=9.4692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:40:99:285,0,348 chrXIV 477705 . C T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.256;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:574,0,373 chrXIV 477742 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=48;Dels=0.00;FS=4.195;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:409,0,391 chrXIV 477931 . C A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DP=38;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.314;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:38:99:403,0,164 chrXIV 478041 . T C 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:54:99:631,0,292 chrXIV 478186 . A T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=51;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.285;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,37:51:99:838,0,179 chrXIV 478376 . C T 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;DP=87;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=1.9092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.439;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,54:87:99:723,0,552 chrXIV 478524 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=62;Dels=0.00;FS=5.757;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.985;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,40:62:99:740,0,349 chrXIV 478547 . A T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.831;DP=54;Dels=0.00;FS=8.470;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:538,0,374 chrXIV 478669 . T A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=47;Dels=0.00;FS=6.311;HaplotypeScore=3.1507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:225,0,248 chrXIV 478701 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=61;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.561;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:383,0,310 chrXIV 478887 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=7.19;ReadPosRankSum=-2.089;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:447,0,359 chrXIV 479345 . T C 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.147;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:114,0,277 chrXIV 479609 . T C 215.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.357;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:245,0,255 chrXIV 479674 . G A 317.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.035;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:347,0,197 chrXIV 479875 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=37;Dels=0.00;FS=3.014;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.812;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:37:99:328,0,219 chrXIV 479932 . G A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:416,0,408 chrXIV 480038 . T A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.936;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:480,0,576 chrXIV 480082 . A T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.431;DP=44;Dels=0.00;FS=2.724;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:306,0,519 chrXIV 480118 . G T 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=18.90;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:600,66,0 chrXIV 480343 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;DP=40;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=2.542;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:416,0,249 chrXIV 480401 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=35;Dels=0.00;FS=3.084;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=7.89;ReadPosRankSum=2.417;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:306,0,415 chrXIV 480439 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.920;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:437,0,229 chrXIV 480487 . A C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=32;Dels=0.00;FS=7.806;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.844;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:273,0,270 chrXIV 480527 . A C 445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=19.35;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:478,51,0 chrXIV 480573 . T C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=25;Dels=0.00;FS=6.455;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.840;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:206,0,128 chrXIV 480622 . C A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=43;Dels=0.00;FS=4.268;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:43:99:383,0,364 chrXIV 480652 . G A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.978;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:684,0,314 chrXIV 480718 . G C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.988;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:451,0,279 chrXIV 480883 . T C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:456,0,571 chrXIV 480975 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=63;Dels=0.00;FS=3.778;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.574;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:582,0,600 chrXIV 481070 . T A 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=83;Dels=0.00;FS=1.835;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.032;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.953;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:717,0,787 chrXIV 481081 . C T 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=21.82;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:82:99:1822,186,0 chrXIV 481317 . A G 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=48;Dels=0.00;FS=4.529;HaplotypeScore=4.7372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.138;SB=-1.975e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:48:99:198,0,451 chrXIV 481350 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DP=60;Dels=0.00;FS=1.043;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.803;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:487,0,219 chrXIV 481402 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:552,0,511 chrXIV 481534 . T C 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.606;DP=75;Dels=0.00;FS=2.197;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:805,0,586 chrXIV 481576 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=54;Dels=0.00;FS=5.681;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.426;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:491,0,448 chrXIV 481825 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.062;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:306,0,162 chrXIV 482161 . A T 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.595;DP=27;Dels=0.00;FS=25.420;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=6.11;ReadPosRankSum=-2.123;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:195,0,136 chrXIV 482539 . T C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:313,0,404 chrXIV 482960 . G A 1971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DP=219;Dels=0.00;FS=13.295;HaplotypeScore=15.1819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.480;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,103:219:99:2001,0,1993 chrXIV 483093 . C T 830.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.592;DP=98;Dels=0.00;FS=28.584;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.843;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:98:99:860,0,852 chrXIV 483098 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DP=87;Dels=0.00;FS=32.043;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.827;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:580,0,688 chrXIV 483163 . C G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.509;DP=94;Dels=0.00;FS=29.267;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.188;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:94:99:509,0,894 chrXIV 483243 . A G 1193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.012;DP=122;Dels=0.00;FS=2.565;HaplotypeScore=22.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.401;QD=9.78;ReadPosRankSum=2.467;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:122:99:1223,0,664 chrXIV 483386 . G T 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.695;DP=80;Dels=0.00;FS=3.449;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.073;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:80:99:905,0,507 chrXIV 483741 . G A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=101;Dels=0.00;FS=2.656;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.639;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:101:99:955,0,974 chrXIV 483894 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;DP=67;Dels=0.00;FS=2.072;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.470;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:601,0,513 chrXIV 483951 . C T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DP=72;Dels=0.00;FS=2.140;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.101;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:609,0,498 chrXIV 483985 . C G 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=70;Dels=0.00;FS=2.053;HaplotypeScore=9.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.059;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:729,0,387 chrXIV 484017 . C A 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.300;DP=78;Dels=0.00;FS=19.379;HaplotypeScore=6.3513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.771;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:986,0,502 chrXIV 484452 . C T 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=75;Dels=0.00;FS=10.176;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.736;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.002;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,47:75:99:868,0,468 chrXIV 484786 . C A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=55;Dels=0.00;FS=27.044;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:520,0,367 chrXIV 484851 . A G 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;DP=38;Dels=0.00;FS=7.182;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.910;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:427,0,338 chrXIV 484869 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;DP=43;Dels=0.00;FS=4.388;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:426,0,376 chrXIV 484904 . A G 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.86;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1319,138,0 chrXIV 485281 . C T 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=92;Dels=0.00;FS=4.960;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.163;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:805,0,845 chrXIV 485289 . G A 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.321;DP=117;Dels=0.00;FS=4.733;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.479;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:117:99:1067,0,1097 chrXIV 485525 . A G 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;DP=83;Dels=0.00;FS=7.279;HaplotypeScore=5.0779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:837,0,915 chrXIV 485549 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;DP=81;Dels=0.00;FS=3.011;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:81:99:796,0,638 chrXIV 485799 . A G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=75;Dels=0.00;FS=1.898;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.923;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:667,0,754 chrXIV 485870 . C T 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=66;Dels=0.00;FS=5.139;HaplotypeScore=7.9059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:355,0,664 chrXIV 485972 . T C 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=48;Dels=0.00;FS=12.051;HaplotypeScore=6.5609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.624;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:48:99:176,0,539 chrXIV 486092 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.018;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:578,0,676 chrXIV 486859 . T A 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=25.09;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1463,150,0 chrXIV 487177 . T G 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DP=70;Dels=0.00;FS=3.841;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=12.07;ReadPosRankSum=1.402;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:875,0,460 chrXIV 487214 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.868;DP=53;Dels=0.00;FS=6.193;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:53:99:436,0,442 chrXIV 487250 . G C 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=21.21;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:754,78,0 chrXIV 487393 . C G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=30;Dels=0.00;FS=3.853;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.382;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:30:99:318,0,112 chrXIV 487663 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=46;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.012;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:408,0,405 chrXIV 487818 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.964;DP=52;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.101;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:458,0,476 chrXIV 487830 . G A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=50;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.651;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:447,0,478 chrXIV 487880 . T C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;DP=50;Dels=0.00;FS=2.397;HaplotypeScore=3.5909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:316,0,467 chrXIV 487935 . C T 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.27;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1336,138,0 chrXIV 488208 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.739;DP=68;Dels=0.00;FS=3.437;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:68:99:440,0,726 chrXIV 488281 . C A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DP=76;Dels=0.00;FS=4.848;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.050;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:76:99:467,0,965 chrXIV 488426 . C G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=45;Dels=0.00;FS=15.464;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.899;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:524,0,418 chrXIV 488587 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.962;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:381,0,470 chrXIV 488594 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.743;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.047;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:397,0,437 chrXIV 488598 . G C 984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=18.22;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1017,111,0 chrXIV 488965 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.247;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:621,0,728 chrXIV 489321 . G C 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;DP=68;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=11.24;ReadPosRankSum=-2.205;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:794,0,534 chrXIV 489385 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=50;Dels=0.00;FS=2.504;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:99:357,0,484 chrXIV 489468 . G C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=38;Dels=0.00;FS=5.201;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:38:99:233,0,369 chrXIV 489631 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=49;Dels=0.00;FS=2.627;HaplotypeScore=6.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:49:99:482,0,340 chrXIV 489759 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=56;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=3.4838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:343,0,542 chrXIV 489765 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=61;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=8.7174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.879;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:61:99:358,0,564 chrXIV 489876 . C T 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=81;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=5.8635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.740;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.142;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:912,0,747 chrXIV 490190 . T A 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.580;DP=200;Dels=0.00;FS=6.035;HaplotypeScore=19.0318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,114:200:99:1500,0,1047 chrXIV 490203 . C A 1358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DP=186;Dels=0.00;FS=10.162;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,110:186:99:1388,0,897 chrXIV 490267 . T C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=92;Dels=0.00;FS=22.076;HaplotypeScore=12.5054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.669;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.310;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:92:99:479,0,679 chrXIV 490287 . A T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=65;Dels=0.00;FS=2.237;HaplotypeScore=3.1233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:330,0,671 chrXIV 490355 . T A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;DP=33;Dels=0.00;FS=5.281;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:330,0,293 chrXIV 490406 . T G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=43;Dels=0.00;FS=3.253;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.718;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:329,0,241 chrXIV 490494 . A G 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DP=88;Dels=0.00;FS=2.365;HaplotypeScore=5.7113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,54:88:99:888,0,540 chrXIV 491097 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=34;Dels=0.00;FS=5.305;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.215;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:402,0,211 chrXIV 491107 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=40;Dels=0.00;FS=5.664;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.520;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:99:350,0,230 chrXIV 491114 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;DP=39;Dels=0.00;FS=3.503;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:39:99:415,0,211 chrXIV 491255 . C T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:674,0,594 chrXIV 491381 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.704;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:220,0,251 chrXIV 491385 . A C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=28;Dels=0.00;FS=3.382;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.787;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:223,0,206 chrXIV 491888 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;DP=41;Dels=0.00;FS=3.059;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:367,0,257 chrXIV 491900 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=40;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=3.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.122;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:343,0,213 chrXIV 491913 . T G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.623;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.941;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:331,0,347 chrXIV 492185 . A G 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=20;Dels=0.00;FS=1.740;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.380;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:105,0,226 chrXIV 492190 . G C 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=21;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=3.6237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:105,0,208 chrXIV 492374 . C A 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=32;Dels=0.00;FS=8.139;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=6.72;ReadPosRankSum=2.163;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:245,0,242 chrXIV 492375 . A G 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=32;Dels=0.00;FS=4.500;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=17.03;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:63:578,63,0 chrXIV 492521 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:550,0,525 chrXIV 492836 . G A 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.289;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:64:64,0,381 chrXIV 492875 . G A 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=37;Dels=0.00;FS=3.378;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:137,0,352 chrXIV 493333 . T G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.519;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:340,0,744 chrXIV 494028 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:370,0,415 chrXIV 494033 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:368,0,360 chrXIV 494105 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=52;Dels=0.00;FS=12.952;HaplotypeScore=11.1099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=6.73;ReadPosRankSum=2.230;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:52:99:380,0,396 chrXIV 494368 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:49:99:517,0,406 chrXIV 494731 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;DP=58;Dels=0.00;FS=2.232;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:370,0,598 chrXIV 494733 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=62;Dels=0.00;FS=5.056;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:386,0,586 chrXIV 494948 . G A 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=104;Dels=0.00;FS=0.738;HaplotypeScore=11.7642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:104:99:1043,0,850 chrXIV 495101 . A T 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;DP=100;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:100:99:1091,0,809 chrXIV 495191 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:594,0,649 chrXIV 495222 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=72;Dels=0.00;FS=4.667;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.080;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:725,0,454 chrXIV 495265 . T C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DP=70;Dels=0.00;FS=4.853;HaplotypeScore=7.9256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.736;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:548,0,615 chrXIV 495301 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;DP=69;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=9.0056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=3.94;ReadPosRankSum=-2.180;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:302,0,711 chrXIV 495319 . C A 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;DP=64;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:191,0,736 chrXIV 495393 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;DP=69;Dels=0.00;FS=2.117;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:389,0,500 chrXIV 495396 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=67;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.879;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:470,0,509 chrXIV 495918 . C T 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=20.03;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1295,135,0 chrXIV 496357 . T C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=43;Dels=0.00;FS=1.574;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:242,0,551 chrXIV 496505 . G C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:667,0,510 chrXIV 496676 . G C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=40;Dels=0.00;FS=2.987;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=11.18;ReadPosRankSum=1.284;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:477,0,269 chrXIV 496792 . T G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=36;Dels=0.00;FS=4.925;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.639;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:352,0,270 chrXIV 497090 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.858;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.979;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:465,0,458 chrXIV 497099 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=54;Dels=0.00;FS=4.045;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:497,0,469 chrXIV 497300 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=36;Dels=0.00;FS=14.508;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.617;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:317,0,358 chrXIV 497303 . C G 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=19.26;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:81:765,81,0 chrXIV 497324 . A G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=37;Dels=0.00;FS=10.481;HaplotypeScore=3.1233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:364,0,241 chrXIV 497369 . G A 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=16.76;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:603,63,0 chrXIV 497430 . G A 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;DP=37;Dels=0.00;FS=11.030;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.167;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:288,0,181 chrXIV 497484 . T C 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.027;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:286,0,118 chrXIV 497545 . C T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:549,0,462 chrXIV 497603 . G A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;DP=74;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=7.7979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:805,0,476 chrXIV 497780 . G A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:268,0,363 chrXIV 498005 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.477;DP=84;Dels=0.00;FS=7.513;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:84:99:572,0,965 chrXIV 498032 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;DP=74;Dels=0.00;FS=3.271;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.720;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.208;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:567,0,766 chrXIV 498110 . C A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=54;Dels=0.00;FS=10.319;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.927;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:598,0,294 chrXIV 498469 . G C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=59;Dels=0.00;FS=13.859;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:459,0,473 chrXIV 498514 . T C 1899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1932,204,0 chrXIV 498539 . T C 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;DP=100;Dels=0.00;FS=8.287;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.348;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:912,0,868 chrXIV 498573 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;DP=85;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:679,0,774 chrXIV 499006 . T A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:650,0,436 chrXIV 499075 . A C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;DP=76;Dels=0.00;FS=14.617;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.112;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:627,0,851 chrXIV 499150 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=61;Dels=0.00;FS=20.797;HaplotypeScore=8.7873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.089;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:323,0,707 chrXIV 499164 . C T 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=56;Dels=0.00;FS=18.705;HaplotypeScore=3.1233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.543;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.649;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:344,0,676 chrXIV 499188 . A G 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=4.082;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.678;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1446,156,0 chrXIV 499291 . C T 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DP=85;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:909,0,621 chrXIV 499366 . G A 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.958;DP=92;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.565;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:92:99:1048,0,648 chrXIV 499402 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:585,0,385 chrXIV 499614 . G A 3150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:137:99:3183,345,0 chrXIV 500157 . T A 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DP=52;Dels=0.00;FS=2.536;HaplotypeScore=6.4047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:398,0,548 chrXIV 500387 . A G 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=24.58;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1827,192,0 chrXIV 500621 . T G 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=88;Dels=0.00;FS=4.275;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.022;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:88:99:467,0,1117 chrXIV 500627 . T G 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.648;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1853,201,0 chrXIV 500652 . T A 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=1.570;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.191;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1317,135,0 chrXIV 500701 . T C 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=84;Dels=0.00;FS=2.931;HaplotypeScore=6.8058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=17.02;ReadPosRankSum=2.391;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1463,156,0 chrXIV 500711 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:90:99:575,0,689 chrXIV 500721 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.599;DP=91;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=5.0849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.318;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:667,0,669 chrXIV 500742 . T C 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.723;DP=124;Dels=0.00;FS=5.398;HaplotypeScore=11.7613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.658;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:124:99:932,0,857 chrXIV 500767 . A G 2311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=133;Dels=0.00;FS=5.328;HaplotypeScore=108.8598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=17.38;ReadPosRankSum=1.654;SB=-1.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:2344,255,0 chrXIV 501040 . G A 1375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.867;DP=160;Dels=0.00;FS=3.869;HaplotypeScore=34.7531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.766;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,87:160:99:1405,0,1255 chrXIV 501155 . T C 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.687;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:628,0,842 chrXIV 501214 . A G 2037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=3.603;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=21.67;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2070,219,0 chrXIV 501247 . C T 1950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1983,201,0 chrXIV 501338 . C G 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=79;Dels=0.00;FS=3.397;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=4.369;QD=10.35;ReadPosRankSum=-1.705;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:848,0,397 chrXIV 501361 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=101;Dels=0.00;FS=4.804;HaplotypeScore=13.4335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.154;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.324;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:101:99:402,0,877 chrXIV 501363 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=101;Dels=0.00;FS=9.837;HaplotypeScore=15.7448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.707;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.759;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:101:99:412,0,889 chrXIV 501440 . A T 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.209;DP=157;Dels=0.00;FS=0.606;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.284;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,74:157:99:1127,0,1843 chrXIV 501452 . T C 3303.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=21.73;ReadPosRankSum=1.617;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,150:152:99:3303,357,0 chrXIV 501463 . C A 3370.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=22.93;SB=-1.620e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:147:99:3370,343,0 chrXIV 501546 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,30:40:99:522,0,118 chrXIV 501563 . A G 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DP=35;Dels=0.00;FS=1.480;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=1.717;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.434;SB=-2.932e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,26:35:27:366,0,27 chrXIV 501631 . T C 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:112,0,320 chrXIV 501765 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.136;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.550;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:498,0,454 chrXIV 501824 . C A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=43;Dels=0.00;FS=5.376;HaplotypeScore=5.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:43:99:289,0,282 chrXIV 501828 . T C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=43;Dels=0.00;FS=2.874;HaplotypeScore=7.0695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.910;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:306,0,254 chrXIV 501883 . T C 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=39;Dels=0.00;FS=3.091;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=1.829;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:39:99:349,0,111 chrXIV 501910 . A T 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=31;Dels=0.00;FS=1.594;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:31:92:92,0,318 chrXIV 502079 . G A 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=20.67;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:715,81,0 chrXIV 502322 . A G 268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.561;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:33:301,33,0 chrXIV 502486 . C T 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=17.06;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:66:630,66,0 chrXIV 502498 . C T 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;QD=18.79;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:672,69,0 chrXIV 502729 . T C 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=23.31;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1245,135,0 chrXIV 502885 . A G 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=17.00;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:62:99:1087,117,0 chrXIV 502975 . C T 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=15.70;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:1493,168,0 chrXIV 503187 . G A 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=24.78;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1247,129,0 chrXIV 503261 . A G 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.00;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1505,159,0 chrXIV 503386 . G T 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=71;Dels=0.00;FS=1.062;HaplotypeScore=4.8608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:732,0,614 chrXIV 503520 . T C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=96;Dels=0.00;FS=5.146;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.510;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:715,0,924 chrXIV 503572 . C G 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=124;Dels=0.00;FS=3.301;HaplotypeScore=7.2223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:124:99:976,0,1327 chrXIV 503593 . A G 1147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;DP=150;Dels=0.00;FS=0.610;HaplotypeScore=5.5839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.344;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,68:150:99:1177,0,1559 chrXIV 503642 . C T 1120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=132;Dels=0.00;FS=1.401;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,66:132:99:1150,0,1320 chrXIV 503659 . C T 1279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=124;Dels=0.00;FS=13.455;HaplotypeScore=11.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.780;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:124:99:1309,0,1027 chrXIV 504182 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;DP=41;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:314,0,389 chrXIV 504423 . G A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;DP=33;Dels=0.00;FS=3.073;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:229,0,314 chrXIV 504614 . A G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.509;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:417,0,400 chrXIV 504677 . G A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:246,0,418 chrXIV 504830 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;DP=36;Dels=0.00;FS=6.067;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:517,0,131 chrXIV 505410 . C T 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=18.21;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1763,198,0 chrXIV 505418 . G T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DP=87;Dels=0.00;FS=5.802;HaplotypeScore=2.5677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.022;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:837,0,578 chrXIV 505441 . C A 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DP=97;Dels=0.00;FS=15.260;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:779,0,838 chrXIV 506144 . A G 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;DP=68;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=3.8855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.194;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:68:99:696,0,636 chrXIV 506324 . G A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=44;Dels=0.00;FS=4.420;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:289,0,448 chrXIV 506438 . G A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DP=53;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:453,0,299 chrXIV 506906 . A C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=84;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.852;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:338,0,774 chrXIV 506920 . G A 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=21.23;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1710,174,0 chrXIV 507053 . T G 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=56;Dels=0.00;FS=3.502;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=19.52;ReadPosRankSum=1.547;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1126,123,0 chrXIV 507058 . G A 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=21.40;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1317,132,0 chrXIV 507351 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.680;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.623;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.313;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:522,0,726 chrXIV 507355 . T A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.075;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.313;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:499,0,769 chrXIV 507430 . G T 1503 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=17.28;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1536,156,0 chrXIV 507431 . A T 1510 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=86;Dels=0.00;FS=6.708;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=17.56;ReadPosRankSum=2.393;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:86:99:1543,156,0 chrXIV 507432 . A T 1511 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.31;MQ0=0;QD=17.78;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1544,156,0 chrXIV 507433 . A C 1419 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=16.31;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:1452,156,0 chrXIV 507505 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=68;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=6.1402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.096;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:551,0,560 chrXIV 507570 . G T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.438;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:79:99:504,0,738 chrXIV 507599 . A T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;DP=81;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:81:99:479,0,901 chrXIV 507677 . T A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.421;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:536,0,655 chrXIV 507679 . C A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.089;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.162;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:516,0,574 chrXIV 507735 . A T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.745;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.077;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.784;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:519,0,688 chrXIV 507755 . C G 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=73;Dels=0.00;FS=3.800;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:424,0,701 chrXIV 508321 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.599;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:634,0,557 chrXIV 508617 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=31;Dels=0.00;FS=14.289;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.048;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:260,0,219 chrXIV 508645 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=72;Dels=0.00;FS=18.988;HaplotypeScore=5.8753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.132;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:72:99:627,0,524 chrXIV 508667 . A G 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DP=67;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:608,0,543 chrXIV 508743 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;DP=66;Dels=0.00;FS=6.130;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.006;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:634,0,640 chrXIV 508757 . C T 1587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=24.05;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1620,171,0 chrXIV 509173 . C A 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.25;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1346,138,0 chrXIV 509283 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=40;Dels=0.00;FS=9.020;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:374,0,326 chrXIV 509369 . G A 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;DP=84;Dels=0.00;FS=1.861;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.017;QD=8.06;ReadPosRankSum=-2.254;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:707,0,865 chrXIV 509478 . C A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;DP=72;Dels=0.00;FS=5.455;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.375;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.213;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:594,0,804 chrXIV 509580 . G T 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.57;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1839,198,0 chrXIV 510203 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;DP=42;Dels=0.00;FS=2.659;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:260,0,366 chrXIV 510274 . C A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;DP=61;Dels=0.00;FS=1.299;HaplotypeScore=1.7333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.494;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.100;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,41:61:99:541,0,236 chrXIV 510300 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;DP=62;Dels=0.00;FS=2.634;HaplotypeScore=12.6631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.095;QD=6.47;ReadPosRankSum=2.206;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,43:62:74:431,0,74 chrXIV 510362 . T A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DP=54;Dels=0.00;FS=2.320;HaplotypeScore=12.3650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:225,0,498 chrXIV 510401 . A T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;DP=49;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=5.1508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:410,0,470 chrXIV 510459 . C T 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=58;Dels=0.00;FS=9.626;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:435,0,553 chrXIV 510479 . A G 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=64;Dels=0.00;FS=13.353;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:432,0,663 chrXIV 510728 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=52;Dels=0.00;FS=6.313;HaplotypeScore=7.2368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:440,0,583 chrXIV 510803 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=79;Dels=0.00;FS=14.487;HaplotypeScore=9.4417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=2.018;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.337;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:596,0,841 chrXIV 510823 . A G 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;DP=94;Dels=0.00;FS=14.278;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:1080,0,723 chrXIV 510838 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=85;Dels=0.00;FS=15.193;HaplotypeScore=7.6329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:565,0,1036 chrXIV 511004 . A G 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:49:49,0,454 chrXIV 511580 . G A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=10.12;ReadPosRankSum=-2.053;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:688,0,423 chrXIV 511616 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=58;Dels=0.00;FS=5.959;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:378,0,509 chrXIV 511673 . C A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=46;Dels=0.00;FS=2.581;HaplotypeScore=4.0411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.517;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:407,0,413 chrXIV 511838 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=27;Dels=0.00;FS=8.975;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.464;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:256,0,147 chrXIV 511916 . C T 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=15.63;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:96:877,96,0 chrXIV 512318 . C T 198.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.894;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:98:228,0,98 chrXIV 512351 . A G 170.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:200,0,137 chrXIV 512400 . C T 449.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:479,0,610 chrXIV 512426 . G A 395.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:425,0,508 chrXIV 512455 . G A 324.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.470;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:354,0,367 chrXIV 512722 . A G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.296;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:463,0,358 chrXIV 513243 . T C 2271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=98;Dels=0.00;FS=2.659;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.193;QD=23.17;ReadPosRankSum=2.400;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:2304,240,0 chrXIV 513387 . G A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=66;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:516,0,555 chrXIV 513525 . A G 1866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.637;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:1899,207,0 chrXIV 513589 . C T 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=108;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=10.2676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:108:99:794,0,949 chrXIV 513630 . C T 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=18.76;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1721,174,0 chrXIV 513783 . G A 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.20;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1623,171,0 chrXIV 513927 . A G 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=19.90;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1764,189,0 chrXIV 514107 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=58;Dels=0.00;FS=5.746;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:535,0,305 chrXIV 514134 . C T 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=22.12;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1714,171,0 chrXIV 515028 . C T 4119.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=22.39;SB=-2.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:184:99:4119,450,0 chrXIV 515081 . G A 4270.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=23.21;SB=-2.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:184:99:4270,442,0 chrXIV 515089 . C T 4032.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=23.04;SB=-2.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:175:99:4032,421,0 chrXIV 515393 . C T 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=17.21;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1857,198,0 chrXIV 515478 . C A 1649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.61;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1682,174,0 chrXIV 515537 . C T 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=18.36;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:1869,204,0 chrXIV 515602 . C T 2506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=23.42;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:107:99:2539,264,0 chrXIV 516034 . A G 2135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.063e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2168,231,0 chrXIV 516139 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;DP=53;Dels=0.00;FS=6.208;HaplotypeScore=4.2794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:363,0,704 chrXIV 516459 . A T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;DP=82;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:738,0,825 chrXIV 516909 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=1.819;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:607,0,774 chrXIV 516960 . C T 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=54;Dels=0.00;FS=4.515;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.688;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:54:99:749,0,383 chrXIV 517069 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.096;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,20:72:99:317,0,1145 chrXIV 517269 . A G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=43;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=9.5503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.227;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:385,0,358 chrXIV 517494 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.697;DP=68;Dels=0.00;FS=8.488;HaplotypeScore=7.5585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.848;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:502,0,641 chrXIV 517634 . G A 1991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.12;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:2024,222,0 chrXIV 517907 . C T 1785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=203;Dels=0.00;FS=13.139;HaplotypeScore=6.3678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,107:203:99:1815,0,1788 chrXIV 517911 . T C 1791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.680;DP=200;Dels=0.00;FS=11.903;HaplotypeScore=6.4225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.354;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,104:200:99:1821,0,1826 chrXIV 517970 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=137;Dels=0.00;FS=6.504;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=4.314;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.707;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,56:137:99:802,0,1316 chrXIV 518147 . A G 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=90;Dels=0.00;FS=7.238;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.771;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:1037,0,535 chrXIV 518162 . A G 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DP=86;Dels=0.00;FS=12.896;HaplotypeScore=3.3676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.346;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,55:86:99:979,0,445 chrXIV 518600 . T C 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.537;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:21:92:92,0,194 chrXIV 518602 . G T 403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=21.21;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:45:436,45,0 chrXIV 518686 . G A 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=14.75;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:42:387,42,0 chrXIV 518907 . C T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.249;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:259,0,548 chrXIV 519058 . T C 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=30;Dels=0.00;FS=6.800;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.06;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.049;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:30:70:70,0,402 chrXIV 519077 . G A 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:157,0,352 chrXIV 522210 . A T 105.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.81;MQ0=6;QD=7.52;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:14:15:138,15,0 chrXIV 522984 . A G 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=89;Dels=0.00;FS=53.085;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.42;MQ0=68;MQRankSum=-0.036;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.471;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,8:89:6:57,6,0 chrXIV 523434 . G A 247 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.55;MQ0=25;QD=2.66;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,71:93:30:280,30,0 chrXIV 523441 . G T 258 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.84;MQ0=30;QD=2.72;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,69:95:30:291,30,0 chrXIV 523848 . A C 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=84;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.94;MQ0=75;MQRankSum=0.573;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.573;SB=0.037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,3:84:45:45,0,45 chrXIV 523854 . G A 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DP=77;Dels=0.00;FS=13.222;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.71;MQ0=68;MQRankSum=1.203;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.248;SB=0.162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,3:77:39:45,0,39 chrXIV 523878 . C T 162.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.56;MQ0=26;QD=4.38;SB=-2.894e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,12:37:21:195,21,0 chrXIV 523953 . A G 417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.89;MQ0=2;QD=21.95;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:48:450,48,0 chrXIV 525141 . A G 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=70;Dels=0.00;FS=12.825;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.579;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:227,0,752 chrXIV 525148 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DP=75;Dels=0.00;FS=4.468;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.927;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:400,0,808 chrXIV 525219 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.575;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:439,0,557 chrXIV 525249 . C A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=56;Dels=0.00;FS=25.619;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.403;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:388,0,480 chrXIV 525271 . G A 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.113;DP=40;Dels=0.00;FS=25.527;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.270;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:164,0,378 chrXIV 525274 . A G 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=39;Dels=0.00;FS=31.675;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.855;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:151,0,425 chrXIV 525422 . G A 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:134,0,414 chrXIV 525453 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DP=54;Dels=0.00;FS=21.805;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.836;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:370,0,299 chrXIV 525472 . G A 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=71.4168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.95;MQ0=0;QD=17.23;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1480,150,0 chrXIV 525484 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=89;Dels=0.00;FS=48.338;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.80;MQ0=0;MQRankSum=-4.646;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.547;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:346,0,794 chrXIV 525504 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DP=96;Dels=0.00;FS=42.302;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.47;MQ0=0;MQRankSum=-4.929;QD=3.86;ReadPosRankSum=-3.920;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:401,0,774 chrXIV 525522 . T C 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.23;MQ0=0;QD=16.11;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1628,174,0 chrXIV 525553 . C T 1006.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=116;Dels=0.03;FS=1.866;HaplotypeScore=211.5327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQ0=0;MQRankSum=5.097;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:112:99:1036,0,533 chrXIV 525575 . T C 2065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.85;MQ0=0;QD=19.67;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2098,222,0 chrXIV 525857 . T C 996.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=144;Dels=0.00;FS=5.080;HaplotypeScore=12.1497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=3.601;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,63:144:99:1026,0,1455 chrXIV 525960 . T C 2430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.923;DP=117;Dels=0.00;FS=14.204;HaplotypeScore=9.1359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=20.77;ReadPosRankSum=2.888;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:117:99:2463,261,0 chrXIV 526229 . A G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=83;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:610,0,636 chrXIV 526397 . G A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;DP=87;Dels=0.00;FS=1.814;HaplotypeScore=7.9256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:87:99:763,0,642 chrXIV 526433 . C T 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.315;DP=96;Dels=0.00;FS=2.754;HaplotypeScore=11.6797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.230;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,55:96:99:1096,0,644 chrXIV 526658 . G A 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:87:99:937,0,823 chrXIV 526700 . T C 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=91;Dels=0.00;FS=3.604;HaplotypeScore=4.8900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:893,0,1008 chrXIV 526742 . A T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=61;Dels=0.00;FS=0.989;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.328;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:498,0,633 chrXIV 526799 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=59;Dels=0.00;FS=2.856;HaplotypeScore=4.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.343;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:300,0,319 chrXIV 526838 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DP=59;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=6.6034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:59:99:536,0,371 chrXIV 526877 . T G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.398;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.713;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:55:99:543,0,408 chrXIV 527003 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.417;DP=112;Dels=0.00;FS=7.451;HaplotypeScore=9.4119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.343;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.233;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:112:99:694,0,1017 chrXIV 527012 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=127;Dels=0.00;FS=3.524;HaplotypeScore=11.8874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,62:127:99:602,0,1299 chrXIV 527014 . A T 1320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=128;Dels=0.00;FS=4.592;HaplotypeScore=12.7428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.883;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.227;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:128:99:1350,0,783 chrXIV 527048 . G T 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=126;Dels=0.00;FS=1.421;HaplotypeScore=6.3578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.473;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,59:126:99:1002,0,1340 chrXIV 527087 . T C 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=94;Dels=0.00;FS=3.465;HaplotypeScore=9.0329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.432;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:94:99:816,0,950 chrXIV 527207 . C A 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;DP=30;Dels=0.00;FS=8.565;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.461;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:211,0,379 chrXIV 527225 . C T 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;DP=42;Dels=0.00;FS=12.159;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.101;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:260,0,397 chrXIV 527275 . C T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DP=58;Dels=0.00;FS=3.683;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:586,0,417 chrXIV 527330 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=58;Dels=0.00;FS=2.272;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:362,0,614 chrXIV 527794 . C T 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=20.14;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1020,108,0 chrXIV 528047 . T C 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=119;Dels=0.00;FS=2.377;HaplotypeScore=9.8395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.978;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,50:119:99:984,0,1335 chrXIV 528074 . C T 1213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DP=112;Dels=0.00;FS=4.844;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.610;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,67:112:99:1243,0,751 chrXIV 528161 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.701;DP=91;Dels=0.00;FS=30.961;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:614,0,1181 chrXIV 528195 . C T 2404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.12;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2437,258,0 chrXIV 528343 . G A 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.290;DP=122;Dels=0.00;FS=2.359;HaplotypeScore=5.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:122:99:1292,0,1028 chrXIV 528514 . C T 1722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;DP=150;Dels=0.00;FS=10.316;HaplotypeScore=9.4692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,90:150:99:1752,0,1077 chrXIV 528641 . C T 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;DP=124;Dels=0.00;FS=2.496;HaplotypeScore=13.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=2.301;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,65:124:99:1066,0,1051 chrXIV 528971 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:475,0,338 chrXIV 529082 . C T 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=21.12;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1786,189,0 chrXIV 529097 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=89;Dels=0.00;FS=4.080;HaplotypeScore=5.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.481;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.402;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:89:99:682,0,711 chrXIV 529112 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DP=84;Dels=0.00;FS=9.647;HaplotypeScore=3.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.257;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:583,0,614 chrXIV 529133 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=78;Dels=0.00;FS=3.377;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-4.008;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:356,0,686 chrXIV 529136 . A G 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=15.67;ReadPosRankSum=2.390;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1318,141,0 chrXIV 529183 . G A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=63;Dels=0.00;FS=9.308;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.573;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:312,0,612 chrXIV 529589 . A G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=63;Dels=0.00;FS=11.742;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=10.16;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:670,0,493 chrXIV 529877 . A G 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;DP=95;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=5.9062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:95:99:820,0,860 chrXIV 529971 . G A 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=87;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.277;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:901,0,694 chrXIV 530298 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.089;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:632,0,418 chrXIV 530418 . G A 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=80;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=4.8074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.940;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:80:99:852,0,578 chrXIV 530856 . A G 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:223,0,430 chrXIV 530890 . G A 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=33;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=5.5663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:262,0,318 chrXIV 531287 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;DP=33;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.495;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:311,0,210 chrXIV 531399 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;DP=42;Dels=0.00;FS=4.531;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.121;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:361,0,270 chrXIV 531505 . G T 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=33;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:33:99:127,0,288 chrXIV 531520 . A G 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=40;Dels=0.00;FS=6.647;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.943;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:75:75,0,414 chrXIV 531611 . G A 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=41;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.379;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:389,0,310 chrXIV 531656 . G A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:683,0,486 chrXIV 532165 . T C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:269,0,219 chrXIV 532531 . C T 756.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:786,0,1041 chrXIV 532649 . A C 2525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:2558,276,0 chrXIV 532778 . C T 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;DP=100;Dels=0.00;FS=2.758;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.456;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:100:99:636,0,1060 chrXIV 532790 . T A 2209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=20.64;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2242,237,0 chrXIV 532945 . G A 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;DP=121;Dels=0.00;FS=2.440;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.072;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:121:99:1027,0,1069 chrXIV 533282 . A G 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DP=97;Dels=0.00;FS=7.009;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=9.18;ReadPosRankSum=2.191;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:97:99:920,0,678 chrXIV 533533 . A G 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=90;Dels=0.00;FS=1.859;HaplotypeScore=7.4872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.807;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:90:99:1123,0,655 chrXIV 533785 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.886;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:414,0,627 chrXIV 533926 . T C 947.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;DP=92;Dels=0.00;FS=4.200;HaplotypeScore=11.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=10.29;ReadPosRankSum=2.725;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:92:99:977,0,654 chrXIV 533937 . G A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.262;DP=79;Dels=0.00;FS=4.176;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.079;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:845,0,426 chrXIV 534210 . T C 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=24.23;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1172,126,0 chrXIV 534658 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=80;Dels=0.00;FS=6.232;HaplotypeScore=6.9573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.376;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:774,0,647 chrXIV 534750 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=67;Dels=0.00;FS=2.058;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:468,0,682 chrXIV 534849 . C T 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=109;Dels=0.00;FS=10.172;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:109:99:864,0,984 chrXIV 534949 . C T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.909;DP=101;Dels=0.00;FS=1.664;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:101:99:834,0,790 chrXIV 535368 . T G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.123;DP=70;Dels=0.00;FS=10.345;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.378;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:534,0,506 chrXIV 535369 . A G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.497;DP=69;Dels=0.00;FS=15.118;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.221;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:531,0,499 chrXIV 535422 . G A 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;DP=73;Dels=0.00;FS=4.618;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:505,0,622 chrXIV 535580 . C T 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=98;Dels=0.00;FS=1.685;HaplotypeScore=6.7979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.342;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.674;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:783,0,659 chrXIV 535584 . A G 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:851,0,670 chrXIV 535793 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;DP=49;Dels=0.00;FS=1.178;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:370,0,325 chrXIV 535827 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;DP=47;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.160;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:346,0,475 chrXIV 535908 . T C 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=87;Dels=0.00;FS=14.164;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:659,0,900 chrXIV 536139 . C T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=26;Dels=0.00;FS=6.825;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:258,0,168 chrXIV 536201 . T C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;DP=55;Dels=0.00;FS=7.756;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:448,0,652 chrXIV 536292 . A C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;DP=74;Dels=0.00;FS=8.171;HaplotypeScore=3.5423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.873;QD=7.93;ReadPosRankSum=2.046;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:617,0,758 chrXIV 536514 . G T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=36;Dels=0.00;FS=5.077;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:375,0,313 chrXIV 536751 . C G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DP=43;Dels=0.00;FS=18.571;HaplotypeScore=2.4653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.012;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:358,0,431 chrXIV 536830 . G T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.270;DP=46;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.730;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.711;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:377,0,297 chrXIV 536942 . T C 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.844;DP=85;Dels=0.00;FS=2.601;HaplotypeScore=7.3391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=19.51;ReadPosRankSum=2.844;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,81:85:99:1691,180,0 chrXIV 537042 . A G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=71;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:545,0,685 chrXIV 537303 . T C 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=51;Dels=0.00;FS=3.140;HaplotypeScore=4.3509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.840;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:427,0,394 chrXIV 537423 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=52;Dels=0.00;FS=4.310;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.855;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:331,0,702 chrXIV 537504 . A G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.171;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:184,0,511 chrXIV 537549 . C T 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=32;Dels=0.00;FS=14.955;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:182,0,357 chrXIV 537552 . T G 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=20.26;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:661,69,0 chrXIV 537564 . T C 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;DP=31;Dels=0.00;FS=15.964;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.613;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.373;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:154,0,373 chrXIV 537637 . A G 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.24;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:800,90,0 chrXIV 537756 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=54;Dels=0.00;FS=4.103;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:285,0,565 chrXIV 537771 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.458;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:236,0,599 chrXIV 537783 . T G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.848;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:48:99:195,0,587 chrXIV 537806 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:210,0,592 chrXIV 538122 . A G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DP=83;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=7.5585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.394;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:83:99:655,0,828 chrXIV 538142 . G A 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;DP=68;Dels=0.00;FS=4.071;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.521;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:591,0,711 chrXIV 538315 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=64;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=9.27;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:64:99:623,0,497 chrXIV 538397 . T G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=59;Dels=0.00;FS=3.606;HaplotypeScore=7.7369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.237;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:534,0,454 chrXIV 538530 . G A 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=98;Dels=0.00;FS=6.317;HaplotypeScore=12.3888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:850,0,938 chrXIV 538564 . C T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:90:99:962,0,758 chrXIV 538640 . A G 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.316;DP=101;Dels=0.00;FS=4.060;HaplotypeScore=5.4983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:101:99:911,0,843 chrXIV 539561 . T C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.314;DP=95;Dels=0.00;FS=2.725;HaplotypeScore=8.2970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.530;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:698,0,794 chrXIV 539576 . A T 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,55:96:99:862,0,787 chrXIV 539639 . T C 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=77;Dels=0.00;FS=2.118;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:815,0,612 chrXIV 539903 . C T 3561.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=21.71;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3561,372,0 chrXIV 539916 . G A 1232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.778;DP=148;Dels=0.00;FS=8.552;HaplotypeScore=10.2160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,80:148:99:1262,0,1447 chrXIV 539950 . A T 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=128;Dels=0.00;FS=1.916;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.462;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:955,0,1364 chrXIV 540184 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DP=96;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=5.8289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:661,0,785 chrXIV 540188 . T A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.507;DP=100;Dels=0.00;FS=4.571;HaplotypeScore=10.0138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:731,0,756 chrXIV 540589 . A G 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;DP=87;Dels=0.00;FS=1.761;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.180;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:87:99:676,0,896 chrXIV 540811 . C T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=36;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.812;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:243,0,320 chrXIV 540838 . A G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=49;Dels=0.00;FS=4.628;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:261,0,404 chrXIV 540985 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=110;Dels=0.00;FS=6.520;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,61:110:99:772,0,990 chrXIV 541036 . G A 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;DP=68;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=10.1026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.575;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:784,0,513 chrXIV 541056 . A G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=60;Dels=0.00;FS=5.303;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:60:99:420,0,649 chrXIV 541069 . G C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=59;Dels=0.00;FS=5.555;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.088;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:59:99:515,0,498 chrXIV 541168 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=51;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:403,0,658 chrXIV 541405 . C G 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=20.36;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:827,90,0 chrXIV 541561 . T A 1898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=25.65;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1931,201,0 chrXIV 541624 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.749;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:625,0,671 chrXIV 541746 . G A 589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=17.32;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:622,66,0 chrXIV 541750 . T C 594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=15.23;ReadPosRankSum=1.644;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:66:627,66,0 chrXIV 541799 . T C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;DP=52;Dels=0.00;FS=5.477;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:326,0,505 chrXIV 541912 . A G 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.238;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:676,0,820 chrXIV 541942 . A G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.390;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:651,0,576 chrXIV 542034 . A G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.413;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:34:99:283,0,321 chrXIV 542052 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=35;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=2.5193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.917;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:215,0,337 chrXIV 542117 . C T 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;DP=40;Dels=0.00;FS=15.739;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.997;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:189,0,449 chrXIV 542157 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DP=54;Dels=0.00;FS=3.998;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:457,0,442 chrXIV 542443 . C T 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=19.39;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:925,102,0 chrXIV 542515 . C T 358.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=2.224;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:388,0,373 chrXIV 542524 . A G 355.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.991;DP=41;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.908;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.122;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:385,0,293 chrXIV 542525 . C T 375.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=41;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.149;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:405,0,270 chrXIV 542570 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DP=78;Dels=0.00;FS=3.651;HaplotypeScore=3.9697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.108;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:532,0,613 chrXIV 542576 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;DP=82;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=2.4471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.092;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:512,0,704 chrXIV 542690 . G C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=52;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.272;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:528,0,413 chrXIV 542849 . C A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=44;Dels=0.00;FS=6.930;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.328;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:439,0,246 chrXIV 543016 . G A 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=18.88;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:996,105,0 chrXIV 543145 . A G 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=30;Dels=0.00;FS=3.333;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:254,0,290 chrXIV 543719 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.436;DP=56;Dels=0.00;FS=5.527;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.157;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:334,0,588 chrXIV 543829 . A T 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=20.76;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1154,120,0 chrXIV 543875 . G A 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=21.36;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:930,96,0 chrXIV 544060 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=52;Dels=0.00;FS=18.174;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:478,0,398 chrXIV 545273 . T C 1698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=20.96;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1731,183,0 chrXIV 545672 . G A 1366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.131;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=2.979;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:119:99:1396,0,1099 chrXIV 546569 . G A 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.409;DP=80;Dels=0.00;FS=3.007;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=11.01;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:911,0,689 chrXIV 547464 . T C 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:137,0,297 chrXIV 547691 . C T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:197,0,240 chrXIV 547766 . A T 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=19.85;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:807,84,0 chrXIV 547915 . C T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=80;Dels=0.00;FS=6.440;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:80:99:829,0,612 chrXIV 548080 . T G 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=35;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.561;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:35:99:332,0,290 chrXIV 548091 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;DP=36;Dels=0.00;FS=4.977;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.672;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:278,0,349 chrXIV 548516 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.872;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:74:99:458,0,498 chrXIV 548587 . C T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=87;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=9.3886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.964;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:87:99:442,0,733 chrXIV 549448 . A C 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=80;Dels=0.00;FS=7.373;HaplotypeScore=3.0544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.961;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:669,0,670 chrXIV 549663 . A T 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.530;DP=98;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=7.3571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.178;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:861,0,850 chrXIV 550177 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;DP=87;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.633;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:741,0,698 chrXIV 551646 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DP=50;Dels=0.00;FS=8.545;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.425;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:50:99:579,0,334 chrXIV 552035 . C G 2722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=24.75;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2755,297,0 chrXIV 552403 . G A 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=147;Dels=0.00;FS=0.611;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,68:147:99:1032,0,1551 chrXIV 552429 . G A 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DP=134;Dels=0.00;FS=0.640;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.452;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:134:99:987,0,1501 chrXIV 552569 . A T 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:843,0,613 chrXIV 552682 . G A 1026.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=106;Dels=0.00;FS=7.445;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.035;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:1056,0,1015 chrXIV 552709 . G A 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;DP=117;Dels=0.00;FS=3.521;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.192;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.359;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:117:99:1119,0,1112 chrXIV 552787 . C G 1125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=119;Dels=0.00;FS=4.490;HaplotypeScore=12.5706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.665;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:119:99:1155,0,1013 chrXIV 552957 . A G 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:945,0,870 chrXIV 553147 . G C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=111;Dels=0.00;FS=18.606;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.80;MQ0=0;MQRankSum=-7.343;QD=3.26;ReadPosRankSum=-3.549;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:392,0,986 chrXIV 553207 . T A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DP=134;Dels=0.00;FS=16.647;HaplotypeScore=13.5441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:134:99:916,0,1187 chrXIV 553270 . T C 1266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.940;DP=132;Dels=0.00;FS=1.404;HaplotypeScore=16.9680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:132:99:1296,0,1122 chrXIV 553315 . T C 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=96;Dels=0.00;FS=0.781;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.690;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:96:99:884,0,914 chrXIV 553648 . G T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.564;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:657,0,601 chrXIV 553805 . C A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.505;DP=56;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.154;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:446,0,648 chrXIV 554217 . T C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=57;Dels=0.00;FS=5.491;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:57:99:403,0,666 chrXIV 554262 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=6.01;ReadPosRankSum=2.152;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:517,0,1016 chrXIV 554351 . G A 1217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.535;DP=115;Dels=0.00;FS=4.760;HaplotypeScore=9.9205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:115:99:1247,0,899 chrXIV 554828 . A G 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.480;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:80:99:540,0,900 chrXIV 555137 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;DP=48;Dels=0.00;FS=4.497;HaplotypeScore=2.6739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:331,0,350 chrXIV 555245 . T C 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.64;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1404,147,0 chrXIV 555459 . G C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=22;Dels=0.00;FS=1.792;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:192,0,114 chrXIV 555551 . T C 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=17.70;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:989,108,0 chrXIV 555641 . T C 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=20.07;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:90:856,90,0 chrXIV 555698 . T C 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.97;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:745,78,0 chrXIV 555760 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:461,0,351 chrXIV 556301 . C T 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=25.71;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1730,183,0 chrXIV 556380 . T C 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=22.70;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1758,189,0 chrXIV 556914 . A T 2870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=25.18;SB=-1.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2903,303,0 chrXIV 556974 . T C 2511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2544,270,0 chrXIV 557165 . A G 1188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=127;Dels=0.00;FS=5.674;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.114;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.513;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:127:99:1218,0,1201 chrXIV 557382 . G T 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=86;Dels=0.00;FS=10.834;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.261;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:911,0,615 chrXIV 557562 . T C 1791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.84;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1824,189,0 chrXIV 557625 . G A 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.25;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1414,144,0 chrXIV 557698 . G A 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.58;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1208,126,0 chrXIV 557760 . C A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DP=69;Dels=0.00;FS=5.297;HaplotypeScore=7.1933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:496,0,819 chrXIV 557959 . G A 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=26.11;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1861,195,0 chrXIV 558019 . T C 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.79;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1166,129,0 chrXIV 558085 . G A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;DP=59;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:381,0,643 chrXIV 558310 . G T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;DP=82;Dels=0.00;FS=14.147;HaplotypeScore=4.5912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:754,0,612 chrXIV 558811 . G A 1710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=19.00;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1743,189,0 chrXIV 558836 . A G 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;DP=68;Dels=0.00;FS=8.523;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.352;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:537,0,614 chrXIV 559022 . A G 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.62;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1757,186,0 chrXIV 559202 . C T 3475.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1.815e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:141:99:3475,363,0 chrXIV 559362 . G A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;DP=75;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=3.5374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:535,0,794 chrXIV 559455 . A G 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=18.90;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:997,108,0 chrXIV 559694 . G T 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.90;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2102,219,0 chrXIV 559885 . C T 746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=23.31;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:779,84,0 chrXIV 559919 . C G 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;DP=32;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.422;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:204,0,297 chrXIV 559921 . G A 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=20.29;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:662,69,0 chrXIV 560119 . A G 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.597;QD=23.74;ReadPosRankSum=1.664;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:53:99:1291,138,0 chrXIV 560302 . A G 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=21.84;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:62:99:1387,147,0 chrXIV 560308 . T A 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.839;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=20.52;ReadPosRankSum=2.869;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1449,150,0 chrXIV 560362 . C T 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=21.02;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1252,132,0 chrXIV 560542 . A G 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.868;DP=166;Dels=0.00;FS=1.251;HaplotypeScore=5.7775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,64:166:99:1172,0,2280 chrXIV 560592 . A G 3327.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;DP=176;Dels=0.00;FS=3.580;HaplotypeScore=135.3697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.347;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,174:176:99:3327,378,0 chrXIV 560611 . T C 1259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;DP=160;Dels=0.00;FS=4.129;HaplotypeScore=11.9537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=2.390;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.260;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,78:160:99:1289,0,1408 chrXIV 560883 . T C 2831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=130;Dels=0.00;FS=4.226;HaplotypeScore=9.7788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=21.78;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:130:99:2864,306,0 chrXIV 561056 . G A 178.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.651;DP=64;Dels=0.00;FS=55.626;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,18:64:99:208,0,895 chrXIV 561110 . G A 368.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DP=68;Dels=0.00;FS=56.777;HaplotypeScore=4.3220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.636;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:68:99:398,0,931 chrXIV 561323 . G A 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=20.85;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2347,264,0 chrXIV 561446 . C T 1556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.703;DP=84;Dels=0.00;FS=79.358;HaplotypeScore=13.7548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.347;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,69:84:81:1586,0,81 chrXIV 561632 . A G 3056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=22.47;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.409e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:136:99:3089,333,0 chrXIV 561771 . T C 1215.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;DP=85;Dels=0.00;FS=25.575;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.39;MQ0=3;MQRankSum=6.020;QD=14.29;ReadPosRankSum=-2.143;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,62:85:99:1245,0,124 chrXIV 561783 . A T 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.834;DP=84;Dels=0.00;FS=19.769;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.08;MQ0=1;MQRankSum=-5.902;QD=1.43;ReadPosRankSum=2.520;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,19:84:99:150,0,1252 chrXIV 561869 . G A 1345 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=2;QD=22.05;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1378,138,0 chrXIV 562037 . A G 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.182;DP=14;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.61;MQ0=2;MQRankSum=-2.256;QD=1.00;ReadPosRankSum=2.041;SB=1.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,4:14:6:45,6,0 chrXIV 567994 . A G 20.08 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.91;MQ0=3;MQRankSum=2.200;QD=0.24;ReadPosRankSum=2.388;SB=-3.027e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,4:83:19:50,0,19 chrXIV 568048 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=106;Dels=0.00;FS=7.625;HaplotypeScore=5.0075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.326;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.581;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:106:99:356,0,762 chrXIV 568051 . A G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=101;Dels=0.00;FS=4.894;HaplotypeScore=3.4301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.679;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.097;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:347,0,878 chrXIV 568113 . T G 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=103;Dels=0.00;FS=9.733;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=1;MQRankSum=0.752;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.141;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:969,0,814 chrXIV 568114 . C T 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;DP=105;Dels=0.00;FS=12.276;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=1;MQRankSum=1.635;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:105:99:1020,0,777 chrXIV 568157 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;DP=106;Dels=0.00;FS=3.658;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.72;MQ0=3;MQRankSum=0.103;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:700,0,1143 chrXIV 568249 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=96;Dels=0.00;FS=3.162;HaplotypeScore=14.3582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.86;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:96:99:573,0,657 chrXIV 568547 . A G 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=20.23;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60:559,60,0 chrXIV 568887 . A G 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.04;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1211,132,0 chrXIV 568967 . A G 331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.69;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:364,39,0 chrXIV 568987 . G T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;DP=24;Dels=0.00;FS=30.207;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.506;SB=-6.888e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:157,0,209 chrXIV 569371 . G A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.643;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:483,0,380 chrXIV 569449 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=53;Dels=0.00;FS=5.874;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:696,0,321 chrXIV 569942 . C T 520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.174;DP=35;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.38;MQ0=2;MQRankSum=1.174;QD=14.86;ReadPosRankSum=1.286;SB=-3.209e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:41:553,41,0 chrXIV 569961 . G C 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=1;QD=18.22;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66:616,66,0 chrXIV 569965 . C A 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.40;MQ0=1;QD=18.36;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:694,72,0 chrXIV 570002 . G A 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.79;MQ0=0;QD=17.26;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:75:706,75,0 chrXIV 570020 . C T 436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.75;MQ0=0;QD=11.47;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:48:469,48,0 chrXIV 570034 . C A 409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.46;MQ0=0;QD=12.03;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:48:442,48,0 chrXIV 570518 . G T 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.81;MQ0=2;QD=3.97;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:47,6,0 chrXIV 570574 . G A 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.81;MQ0=2;QD=4.71;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:50,6,0 chrXIV 571535 . C G 65.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.09;MQ0=15;QD=3.45;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:12:98,12,0 chrXIV 571751 . G A 469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.27;MQ0=3;QD=19.54;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:502,54,0 chrXIV 571766 . C T 529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.90;MQ0=2;QD=18.24;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:562,63,0 chrXIV 571793 . A G 595 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=6;QD=17.50;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:628,69,0 chrXIV 571841 . C T 137.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.59;MQ0=13;QD=5.71;SB=-1.106e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:18:170,18,0 chrXIV 571889 . T C 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.36;MQ0=12;QD=1.49;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:6:55,6,0 chrXIV 571979 . C T 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.83;MQ0=0;QD=11.39;SB=-2.576e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:54,6,0 chrXIV 572015 . C T 59.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.38;MQ0=1;QD=14.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9:92,9,0 chrXIV 572063 . T C 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DP=15;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.82;MQ0=5;MQRankSum=1.271;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.898;SB=-6.605e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:43:43,0,44 chrXIV 572070 . C T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=16;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.40;MQ0=7;MQRankSum=0.762;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.179;SB=-6.562e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:47:48,0,47 chrXIV 572150 . A G 54.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.96;MQ0=9;MQRankSum=-0.702;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:27:84:84,0,106 chrXIV 572261 . G A 169.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=16;Dels=0.00;FS=9.792;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.76;MQ0=3;MQRankSum=2.700;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-1.208e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,9:16:21:202,21,0 chrXIV 572277 . C T 53.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.41;MQ0=3;QD=6.00;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:86,9,0 chrXIV 572597 . T C 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;DP=36;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.05;MQ0=2;MQRankSum=-0.880;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-1.959e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:297,0,240 chrXIV 572600 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.24;MQ0=2;MQRankSum=0.190;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-1.829e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:37:99:285,0,245 chrXIV 572643 . A G 187.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=25;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.44;MQ0=6;MQRankSum=2.261;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.299;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:25:80:217,0,80 chrXIV 572789 . G A 635 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.74;MQ0=4;MQRankSum=1.595;QD=21.90;ReadPosRankSum=1.040;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:69:668,69,0 chrXIV 572878 . G A 195.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DP=49;Dels=0.00;FS=46.240;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.56;MQ0=1;MQRankSum=1.118;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.799;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:225,0,473 chrXIV 572998 . C T 231 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=16.50;SB=-1.410e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:30:264,30,0 chrXIV 573307 . T C 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.62;MQ0=24;QD=0.84;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,16:27:6:54,6,0 chrXIV 573535 . G A 76.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.95;MQ0=1;MQRankSum=-0.259;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.779;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:106,0,139 chrXIV 573537 . T C 295 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=1;QD=19.67;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:36:328,36,0 chrXIV 573581 . C G 366.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.40;MQ0=10;MQRankSum=-0.323;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.108;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:36:99:396,0,179 chrXIV 573662 . C T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.00;MQ0=27;MQRankSum=1.110;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.457;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:43:41:41,0,266 chrXIV 573783 . C T 101.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.23;MQ0=14;MQRankSum=-0.715;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.365;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:131,0,132 chrXIV 573796 . A G 106.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.53;MQ0=13;MQRankSum=-0.340;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.150;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:136,0,136 chrXIV 573877 . C T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=44;Dels=0.00;FS=47.485;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.52;MQ0=9;MQRankSum=-3.856;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.340;SB=-6.518e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,8:44:41:41,0,488 chrXIV 573939 . A C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;DP=57;Dels=0.00;FS=34.042;HaplotypeScore=9.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.33;MQ0=1;MQRankSum=-0.813;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,38:57:99:289,0,305 chrXIV 573972 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DP=47;Dels=0.00;FS=27.855;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.96;MQ0=1;MQRankSum=-2.907;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,41:47:59:350,0,59 chrXIV 574001 . A C 172.20 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;DP=34;Dels=0.00;FS=22.455;HaplotypeScore=2.4485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.26;MQ0=1;MQRankSum=-2.377;QD=5.06;ReadPosRankSum=2.075;SB=-2.521e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,31:34:2:201,0,2 chrXIV 574012 . C T 257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.99;MQ0=1;QD=6.76;SB=-5.702e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:30:290,30,0 chrXIV 574027 . G A 119.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.09;MQ0=1;QD=6.63;SB=-1.813e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:15:152,15,0 chrXIV 574033 . G A 199.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=1;QD=9.48;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:24:232,24,0 chrXIV 574042 . G A 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.50;MQ0=1;QD=9.70;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:46:51:479,51,0 chrXIV 574103 . T A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DP=78;Dels=0.00;FS=4.107;HaplotypeScore=32.8519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.014;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:303,0,925 chrXIV 574150 . T C 1932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.421;QD=21.71;ReadPosRankSum=1.693;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1965,207,0 chrXIV 574190 . T C 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.699;DP=83;Dels=0.00;FS=2.189;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:83:99:738,0,800 chrXIV 574466 . C T 2838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=24.89;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2871,294,0 chrXIV 574682 . C T 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.41;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2131,219,0 chrXIV 574776 . G A 2165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=20.82;SB=-1.174e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2198,231,0 chrXIV 574949 . G A 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.64;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1844,189,0 chrXIV 575525 . C T 3141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.01;SB=-1.573e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:157:99:3174,342,0 chrXIV 576310 . C T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=51;Dels=0.00;FS=7.004;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=2.063;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:476,0,457 chrXIV 576383 . A G 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=23.86;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1059,114,0 chrXIV 576450 . C T 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.34;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1351,138,0 chrXIV 577754 . C T 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.10;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1239,126,0 chrXIV 577988 . G A 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.89;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:973,102,0 chrXIV 577997 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=48;Dels=0.00;FS=2.546;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:426,0,449 chrXIV 578264 . T C 1062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=24.14;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:1095,114,0 chrXIV 578366 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DP=48;Dels=0.00;FS=4.156;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:395,0,439 chrXIV 578399 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:322,0,483 chrXIV 579044 . T A 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=50;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=20.56;ReadPosRankSum=1.025;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1061,108,0 chrXIV 579121 . A G 554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=29;Dels=0.00;FS=4.624;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.494;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:63:587,63,0 chrXIV 579689 . A C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;DP=68;Dels=0.00;FS=3.715;HaplotypeScore=3.2398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:572,0,650 chrXIV 581872 . C T 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=25.50;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:78:747,78,0 chrXIV 582602 . C A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.449;DP=105;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=4.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:783,0,957 chrXIV 582726 . A G 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:879,0,634 chrXIV 582846 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.479;DP=83;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.923;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:675,0,634 chrXIV 583035 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=51;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:426,0,528 chrXIV 583063 . G T 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=61;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:586,0,448 chrXIV 583601 . A G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.860;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.376;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:699,0,626 chrXIV 583894 . G A 992.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DP=85;Dels=0.00;FS=4.428;HaplotypeScore=3.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1022,0,768 chrXIV 583965 . A C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;DP=62;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.137;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:623,0,542 chrXIV 584081 . A C 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.615;DP=83;Dels=0.00;FS=6.002;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.191;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:954,0,626 chrXIV 584126 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DP=82;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=8.1472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:82:99:828,0,782 chrXIV 584770 . G A 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.631;DP=85;Dels=0.00;FS=2.916;HaplotypeScore=8.3472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:933,0,717 chrXIV 585226 . A G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=95;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.274;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:710,0,882 chrXIV 585253 . A C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=92;Dels=0.00;FS=2.800;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:92:99:649,0,847 chrXIV 585962 . C T 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.30;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1594,165,0 chrXIV 586230 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=48;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=3.1456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:481,0,341 chrXIV 586248 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.688;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:503,0,450 chrXIV 586472 . C T 1145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DP=91;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=4.9610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=12.58;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:1175,0,693 chrXIV 586543 . G A 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;DP=47;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:336,0,397 chrXIV 586546 . C G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DP=48;Dels=0.00;FS=2.508;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:345,0,417 chrXIV 586773 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=123;Dels=0.00;FS=0.680;HaplotypeScore=7.9853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.080;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:123:99:809,0,918 chrXIV 586790 . G A 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.334;DP=135;Dels=0.00;FS=1.380;HaplotypeScore=8.9801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,70:135:99:1057,0,978 chrXIV 586841 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.390;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.214;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,57:130:99:526,0,1407 chrXIV 586843 . C G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=124;Dels=0.00;FS=1.663;HaplotypeScore=7.7663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.882;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,53:124:99:574,0,1406 chrXIV 586872 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DP=101;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=4.8298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,41:101:99:514,0,1259 chrXIV 587284 . G T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=44;Dels=0.00;FS=4.452;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:441,0,365 chrXIV 587593 . T C 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.731;DP=46;Dels=0.00;FS=6.715;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:218,0,668 chrXIV 588114 . G A 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=20.42;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1503,153,0 chrXIV 588130 . A C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.604;DP=84;Dels=0.00;FS=15.192;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.577;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:553,0,873 chrXIV 589664 . A T 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=20.12;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:717,75,0 chrXIV 589760 . T C 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DP=44;Dels=0.00;FS=1.277;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.666;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:44:99:253,0,555 chrXIV 589772 . G A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:345,0,472 chrXIV 589843 . A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=45;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.766;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:386,0,369 chrXIV 590444 . A C 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;DP=40;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=8.7345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=11.73;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:499,0,229 chrXIV 591916 . C T 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;DP=27;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=1.7206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:200,0,273 chrXIV 592909 . T C 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.52;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1182,123,0 chrXIV 593322 . C T 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DP=76;Dels=0.00;FS=5.681;HaplotypeScore=6.7109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:76:99:864,0,588 chrXIV 595514 . A G 1976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;DP=181;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=6.3370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.941;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,93:181:99:2006,0,1832 chrXIV 595549 . A T 3135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=128;Dels=0.00;FS=5.136;HaplotypeScore=10.3267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=24.49;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:3168,333,0 chrXIV 595632 . C A 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.475;DP=125;Dels=0.00;FS=2.447;HaplotypeScore=3.5601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.944;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:125:99:1035,0,1287 chrXIV 597474 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:447,0,681 chrXIV 597669 . G A 1464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=141;Dels=0.00;FS=0.656;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,73:141:99:1494,0,1226 chrXIV 597799 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.683;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:450,0,513 chrXIV 598176 . C T 308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=2;QD=14.67;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:36:341,36,0 chrXIV 598258 . G A 166.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DP=53;Dels=0.00;FS=20.936;HaplotypeScore=9.4215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.66;MQ0=2;MQRankSum=2.022;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,34:53:21:199,21,0 chrXIV 598352 . G A 235.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=55;Dels=0.00;FS=27.981;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.48;MQ0=11;MQRankSum=1.500;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:265,0,383 chrXIV 598417 . T C 108.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=24;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.64;MQ0=10;MQRankSum=0.323;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-2.426e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,6:24:15:141,15,0 chrXIV 598648 . G C 235.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=54;Dels=0.00;FS=4.921;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.97;MQ0=11;MQRankSum=-2.051;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.357;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:54:99:265,0,369 chrXIV 598694 . C T 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;DP=59;Dels=0.00;FS=10.981;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.01;MQ0=2;MQRankSum=-1.753;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.639;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,12:59:73:73,0,738 chrXIV 598922 . A G 161.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.569;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.63;MQ0=24;MQRankSum=-1.046;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,43:63:99:191,0,140 chrXIV 598955 . A G 145.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;DP=66;Dels=0.00;FS=7.503;HaplotypeScore=4.6824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.72;MQ0=24;MQRankSum=-0.750;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.191;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:175,0,207 chrXIV 599314 . G A 1233.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=102;Dels=0.00;FS=25.510;HaplotypeScore=10.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.85;MQ0=14;MQRankSum=1.972;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.390;SB=-6.106e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,73:102:99:1263,0,231 chrXIV 599550 . T C 229.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.51;MQ0=7;MQRankSum=-2.603;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:31:96:259,0,96 chrXIV 599612 . T G 471 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=7;QD=14.72;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:54:504,54,0 chrXIV 599629 . C T 348.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;DP=38;Dels=0.00;FS=2.382;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=6;MQRankSum=0.934;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,31:38:56:378,0,56 chrXIV 599632 . G A 366.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=39;Dels=0.00;FS=2.440;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.27;MQ0=5;MQRankSum=1.167;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,33:39:58:396,0,58 chrXIV 599654 . A G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=1;MQRankSum=-1.564;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.648;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:50:641,50,0 chrXIV 599916 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=42;Dels=0.00;FS=1.394;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.88;MQ0=1;MQRankSum=0.536;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.797;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:361,0,483 chrXIV 599940 . T C 308.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.09;MQ0=4;MQRankSum=-0.539;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.319;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:338,0,491 chrXIV 599975 . G T 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DP=46;Dels=0.00;FS=10.847;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.93;MQ0=6;MQRankSum=-1.078;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:46:63:63,0,467 chrXIV 600064 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=61;Dels=0.00;FS=13.834;HaplotypeScore=2.7220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.38;MQ0=3;MQRankSum=2.071;QD=18.25;ReadPosRankSum=2.900;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:83:1146,83,0 chrXIV 600154 . T G 115.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=81;Dels=0.00;FS=4.903;HaplotypeScore=7.5991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.12;MQ0=12;MQRankSum=-0.275;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.092;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,26:81:99:145,0,678 chrXIV 600155 . A G 112.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;DP=80;Dels=0.00;FS=4.870;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQ0=12;MQRankSum=-1.538;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.547;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,26:80:99:142,0,699 chrXIV 600165 . C G 140.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=73;Dels=0.00;FS=4.929;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQ0=13;MQRankSum=-0.649;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.605;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:73:99:170,0,627 chrXIV 600236 . G A 1098 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.85;MQ0=4;QD=20.33;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1131,117,0 chrXIV 600259 . A G 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;QD=22.78;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1172,123,0 chrXIV 600272 . G A 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=48;Dels=0.00;FS=3.195;HaplotypeScore=1.9683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:79:914,79,0 chrXIV 600283 . A G 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=1;QD=15.70;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:96:881,96,0 chrXIV 600311 . A G 505.09 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=51;Dels=0.00;FS=4.324;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.86;MQ0=3;MQRankSum=1.548;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.467;SB=-2.239e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,44:51:14:535,0,14 chrXIV 600362 . A G 556 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.13;MQ0=14;QD=11.35;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:63:589,63,0 chrXIV 600410 . G A 525 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.84;MQ0=18;QD=11.17;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:57:558,57,0 chrXIV 600458 . T C 627 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.57;MQ0=5;QD=14.25;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:69:660,69,0 chrXIV 600480 . G A 546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.21;MQ0=2;QD=14.76;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60:579,60,0 chrXIV 600485 . G A 460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.67;MQ0=2;QD=10.45;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:54:493,54,0 chrXIV 600500 . C T 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=2;QD=14.95;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:66:646,66,0 chrXIV 600716 . G C 717 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.09;MQ0=16;QD=10.86;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:84:750,84,0 chrXIV 601265 . A G 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=53;Dels=0.00;FS=13.159;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.910;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.349;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:232,0,302 chrXIV 601295 . C T 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQ0=0;MQRankSum=-5.827;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.254;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:64:99:182,0,596 chrXIV 601305 . G C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-5.685;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:251,0,536 chrXIV 601315 . C G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=52;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.296;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:221,0,511 chrXIV 601316 . G A 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=53;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.731;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:231,0,517 chrXIV 601488 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DP=62;Dels=0.00;FS=7.277;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:62:99:319,0,405 chrXIV 601519 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=64;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=8.3472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.085;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:64:99:480,0,384 chrXIV 601733 . C A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=58;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQ0=1;MQRankSum=-5.701;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.708;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:382,0,664 chrXIV 601742 . G A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DP=56;Dels=0.00;FS=4.092;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.47;MQ0=1;MQRankSum=-5.381;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.583;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:56:99:345,0,533 chrXIV 601909 . T G 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;DP=42;Dels=0.00;FS=5.740;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.85;MQ0=5;MQRankSum=0.292;QD=0.90;ReadPosRankSum=2.046;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:42:68:68,0,446 chrXIV 602249 . T G 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.759;DP=61;Dels=0.00;FS=15.575;HaplotypeScore=4.6565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.394;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.787;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:81:81,0,683 chrXIV 602250 . C T 53.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DP=62;Dels=0.00;FS=12.718;HaplotypeScore=5.4452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.680;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:62:83:83,0,690 chrXIV 602521 . C G 2371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=20.80;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:2404,261,0 chrXIV 602658 . T C 1655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=16.39;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1688,177,0 chrXIV 602860 . A T 2861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=24.25;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2894,306,0 chrXIV 603545 . A G 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=43;Dels=0.00;FS=1.329;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:436,0,380 chrXIV 603709 . G A 2487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=19.13;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:2520,258,0 chrXIV 603842 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=30;Dels=0.00;FS=6.037;HaplotypeScore=3.5176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.346;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:264,0,246 chrXIV 603874 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:251,0,170 chrXIV 604247 . G A 231.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=43;Dels=0.00;FS=1.765;HaplotypeScore=21.8300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;MQRankSum=1.955;QD=5.37;ReadPosRankSum=-2.284;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:43:27:264,27,0 chrXIV 604753 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=50;Dels=0.00;FS=9.546;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:50:99:307,0,799 chrXIV 604916 . G C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=62;Dels=0.00;FS=2.267;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.946;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:571,0,588 chrXIV 605032 . C G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DP=61;Dels=0.00;FS=1.049;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=10.05;ReadPosRankSum=-2.275;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:643,0,401 chrXIV 605458 . T C 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;DP=33;Dels=0.00;FS=13.945;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=20.42;ReadPosRankSum=-1.973;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:31:707,31,0 chrXIV 605486 . G A 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.92;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.361;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:16:25:227,0,25 chrXIV 606035 . C T 493.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.651;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,36:51:99:523,0,169 chrXIV 606387 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=19;Dels=0.00;FS=5.798;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.898;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.694;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:62:62,0,350 chrXIV 606438 . C T 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=16;Dels=0.00;FS=7.570;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.847;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:149,0,195 chrXIV 606872 . G A 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=21.35;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1015,102,0 chrXIV 607236 . G A 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=50;Dels=0.00;FS=5.948;HaplotypeScore=1.9559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:434,0,567 chrXIV 607874 . C T 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.378;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.437;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:97:99:919,0,747 chrXIV 607917 . C T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;DP=77;Dels=0.00;FS=9.794;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:781,0,604 chrXIV 608001 . C T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;DP=64;Dels=0.00;FS=2.153;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:613,0,582 chrXIV 609573 . A G 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.809;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:441,0,457 chrXIV 609582 . A G 471.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;DP=52;Dels=0.00;FS=3.096;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.405;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:501,0,470 chrXIV 609744 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=36;Dels=0.00;FS=3.080;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:427,0,358 chrXIV 610138 . C T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:76:99:731,0,716 chrXIV 610323 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:659,0,596 chrXIV 610397 . C A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=76;Dels=0.00;FS=1.925;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.213;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:743,0,625 chrXIV 610512 . A C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.539;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.702;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:530,0,691 chrXIV 611511 . C T 2267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.23;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2300,234,0 chrXIV 611581 . C T 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;DP=76;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:844,0,698 chrXIV 612523 . T G 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=20.59;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2030,216,0 chrXIV 612847 . A T 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=126;Dels=0.00;FS=3.027;HaplotypeScore=10.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=18.62;ReadPosRankSum=2.331;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:126:99:2379,255,0 chrXIV 613030 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DP=50;Dels=0.00;FS=1.544;HaplotypeScore=5.5273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.160;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.798;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:490,0,465 chrXIV 613141 . A G 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=113;Dels=0.00;FS=0.734;HaplotypeScore=5.5358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:113:99:938,0,1238 chrXIV 613268 . G A 1994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=22.66;SB=-8.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:2027,210,0 chrXIV 613373 . C T 2797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.50;SB=-1.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:119:99:2830,291,0 chrXIV 613459 . A G 2188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=19.19;SB=-1.335e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2221,240,0 chrXIV 613773 . T A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:512,0,810 chrXIV 614336 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:777,0,1115 chrXIV 614395 . C T 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.634;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,67:136:99:1187,0,1159 chrXIV 614500 . G A 1531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.002;DP=144;Dels=0.00;FS=1.338;HaplotypeScore=18.7387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-7.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,76:144:99:1561,0,1012 chrXIV 614515 . T C 1011.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;DP=133;Dels=0.00;FS=3.149;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=3.459;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.355;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,58:133:99:1041,0,1341 chrXIV 614559 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;DP=123;Dels=0.00;FS=0.668;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=5.71;ReadPosRankSum=2.284;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,61:123:99:732,0,1323 chrXIV 614560 . C T 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=127;Dels=0.00;FS=0.662;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.732;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.932;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,64:127:99:737,0,1275 chrXIV 614583 . T C 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=137;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.042;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,62:137:99:824,0,1575 chrXIV 614760 . T A 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.159;DP=102;Dels=0.00;FS=0.764;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.297;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.474;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:1035,0,927 chrXIV 614792 . A G 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DP=98;Dels=0.00;FS=1.753;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.970;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.811;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:959,0,885 chrXIV 614815 . G T 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=92;Dels=0.00;FS=8.935;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.849;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:875,0,807 chrXIV 614817 . T C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=93;Dels=0.00;FS=12.701;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.133;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:819,0,792 chrXIV 614988 . A T 1956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=21.49;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1989,213,0 chrXIV 615001 . T G 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=20.40;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:81:99:1685,180,0 chrXIV 615141 . A T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=72;Dels=0.00;FS=10.265;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:572,0,732 chrXIV 615274 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=98;Dels=0.00;FS=8.357;HaplotypeScore=13.3933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.776;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:98:99:850,0,669 chrXIV 615305 . A C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;DP=86;Dels=0.00;FS=4.638;HaplotypeScore=9.4779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.597;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:86:99:598,0,873 chrXIV 615324 . G A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=82;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.279;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:822,0,730 chrXIV 615337 . C T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.471;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:68:99:662,0,684 chrXIV 615417 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=72;Dels=0.00;FS=27.784;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:462,0,824 chrXIV 615447 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=96;Dels=0.00;FS=21.729;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.929;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:569,0,1109 chrXIV 615459 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=106;Dels=0.00;FS=22.849;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,47:106:99:460,0,1154 chrXIV 615483 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;DP=107;Dels=0.00;FS=4.818;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.196;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.043;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:107:99:633,0,1207 chrXIV 615522 . A G 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.217;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1072,0,667 chrXIV 615555 . G A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;DP=92;Dels=0.00;FS=2.803;HaplotypeScore=10.0517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:888,0,658 chrXIV 615762 . A G 1703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=22.12;ReadPosRankSum=1.687;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1736,183,0 chrXIV 616014 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.364;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:344,0,466 chrXIV 616020 . C T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.081;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:322,0,489 chrXIV 616069 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=36;Dels=0.00;FS=3.014;HaplotypeScore=5.1500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:293,0,236 chrXIV 616166 . A G 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DP=141;Dels=0.00;FS=2.199;HaplotypeScore=10.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=7.13;ReadPosRankSum=2.274;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,72:141:99:1035,0,952 chrXIV 616170 . T A 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=143;Dels=0.00;FS=3.065;HaplotypeScore=10.5455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.267;QD=6.80;ReadPosRankSum=2.185;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,74:143:99:1003,0,995 chrXIV 616492 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;DP=80;Dels=0.00;FS=12.523;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.597;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:722,0,737 chrXIV 616622 . G A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.922;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:439,0,692 chrXIV 617398 . T C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=65;Dels=0.00;FS=4.987;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:624,0,588 chrXIV 617480 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=69;Dels=0.00;FS=4.838;HaplotypeScore=2.7865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.659;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.833;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:472,0,832 chrXIV 617566 . A G 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.36;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1397,147,0 chrXIV 617896 . G A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=71;Dels=0.00;FS=18.301;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:665,0,540 chrXIV 618448 . A G 2421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:115:99:2454,267,0 chrXIV 618475 . G A 2743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.67;SB=-1.473e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:2776,294,0 chrXIV 618548 . G A 2838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=25.12;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2871,297,0 chrXIV 619101 . T A 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;DP=41;Dels=0.00;FS=3.405;HaplotypeScore=21.4196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.839;QD=3.83;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,30:41:99:187,0,156 chrXIV 619110 . T A 162.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.007;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.659;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:99:192,0,150 chrXIV 619113 . T A 205.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.750;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.528;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:99:235,0,159 chrXIV 619117 . G T 182.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.911;QD=4.67;ReadPosRankSum=2.171;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:99:212,0,150 chrXIV 619281 . G C 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=25.74;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1397,144,0 chrXIV 619320 . A G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=59;Dels=0.00;FS=5.919;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=5.83;ReadPosRankSum=-2.573;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:374,0,682 chrXIV 619350 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:649,0,197 chrXIV 620369 . T G 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.72;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:815,87,0 chrXIV 621027 . C A 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.316;DP=124;Dels=0.00;FS=1.688;HaplotypeScore=11.6579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.723;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,61:124:99:1170,0,929 chrXIV 621627 . G T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DP=83;Dels=0.00;FS=2.976;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.712;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:83:99:584,0,835 chrXIV 621693 . T C 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;DP=75;Dels=0.00;FS=0.890;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:75:99:647,0,636 chrXIV 622639 . A G 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;DP=83;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.198;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:825,0,700 chrXIV 622973 . A G 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=109;Dels=0.00;FS=0.717;HaplotypeScore=11.4783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.868;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:109:99:767,0,1258 chrXIV 623097 . G T 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;DP=101;Dels=0.00;FS=9.491;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.629;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:899,0,830 chrXIV 623253 . T G 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;DP=148;Dels=0.00;FS=2.050;HaplotypeScore=16.3193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:148:99:1207,0,1217 chrXIV 623559 . T A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:728,0,878 chrXIV 624096 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=70;Dels=0.00;FS=3.262;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:560,0,612 chrXIV 624270 . C T 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=78;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=7.6425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:78:99:710,0,723 chrXIV 624279 . C T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.478;DP=70;Dels=0.00;FS=5.275;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.642;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:715,0,662 chrXIV 624879 . A T 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:890,0,775 chrXIV 624946 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;DP=64;Dels=0.00;FS=5.151;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:702,0,569 chrXIV 625428 . T C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=41;Dels=0.00;FS=8.169;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.781;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:341,0,453 chrXIV 625641 . T G 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:68:99:764,0,539 chrXIV 625861 . C T 2582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=24.83;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2615,270,0 chrXIV 625869 . C T 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=107;Dels=0.00;FS=3.572;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.082;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:1143,0,963 chrXIV 626600 . T C 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:109:99:957,0,1069 chrXIV 627634 . C T 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=91;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.162;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:1010,0,666 chrXIV 627846 . A G 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.947;DP=83;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:770,0,866 chrXIV 627878 . C T 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.414;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,63:107:99:1148,0,683 chrXIV 627905 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,36:94:99:601,0,1152 chrXIV 628112 . C T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.136;DP=98;Dels=0.00;FS=2.699;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.858;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:98:99:750,0,1160 chrXIV 628503 . T C 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.488;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:217,0,278 chrXIV 628716 . G A 1006 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=17.96;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1039,105,0 chrXIV 628742 . G A 303.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:333,0,230 chrXIV 628757 . A G 172.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.923;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.017;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:202,0,231 chrXIV 628840 . A T 169.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=7.04;ReadPosRankSum=-3.187;SB=2.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,13:24:21:202,21,0 chrXIV 628889 . T C 1318 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=23.96;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1351,141,0 chrXIV 629098 . A G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=68;Dels=0.00;FS=2.569;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=1.756;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:68:99:454,0,807 chrXIV 629307 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;DP=56;Dels=0.00;FS=1.441;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=6.05;ReadPosRankSum=2.657;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:369,0,327 chrXIV 629398 . A G 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.885;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.714;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:734,0,702 chrXIV 629464 . C T 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.669;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,56:130:99:792,0,1339 chrXIV 629592 . G A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.075;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:47:99:404,0,534 chrXIV 629760 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=25;Dels=0.00;FS=5.409;HaplotypeScore=4.0967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:315,0,231 chrXIV 630534 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=52;Dels=0.00;FS=6.607;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.229;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:366,0,514 chrXIV 630600 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;DP=50;Dels=0.00;FS=2.482;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.792;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:415,0,561 chrXIV 630991 . A G 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.68;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1193,129,0 chrXIV 631199 . G T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=88;Dels=0.00;FS=17.991;HaplotypeScore=8.7790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.241;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:756,0,658 chrXIV 631453 . G A 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=59;Dels=0.00;FS=5.856;HaplotypeScore=5.7940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=3.141;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:262,0,464 chrXIV 631510 . T G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=48;Dels=0.00;FS=2.671;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.346;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:48:99:302,0,543 chrXIV 631514 . T A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=48;Dels=0.00;FS=2.865;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.487;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:236,0,570 chrXIV 631556 . T A 160.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;DP=47;Dels=0.00;FS=8.334;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:47:99:190,0,601 chrXIV 631593 . A G 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.522;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:65:65,0,447 chrXIV 631782 . G A 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.93;MQ0=0;QD=23.35;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:897,93,0 chrXIV 631792 . T C 363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.105;DP=36;Dels=0.00;FS=2.995;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.901;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,17:36:42:396,42,0 chrXIV 631799 . C A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DP=35;Dels=0.00;FS=3.225;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.37;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.546;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:344,0,280 chrXIV 631841 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=47;Dels=0.00;FS=8.293;HaplotypeScore=12.9698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=6.72;ReadPosRankSum=-2.733;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,33:47:99:346,0,289 chrXIV 632045 . A C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;DP=54;Dels=0.00;FS=57.884;HaplotypeScore=15.4046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.75;MQ0=2;MQRankSum=2.804;QD=11.63;ReadPosRankSum=3.053;SB=-7.002e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:54:99:658,0,102 chrXIV 632163 . G T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;DP=71;Dels=0.00;FS=141.641;HaplotypeScore=8.2408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQ0=0;MQRankSum=-5.056;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-2.702e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:427,0,854 chrXIV 632192 . T G 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=21.56;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:960,102,0 chrXIV 632231 . A G 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DP=38;Dels=0.00;FS=61.980;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-2.948e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:38:66:66,0,728 chrXIV 632235 . A C 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=37;Dels=0.00;FS=74.809;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-2.982e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,8:37:88:88,0,719 chrXIV 632251 . G A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;DP=34;Dels=0.00;FS=70.315;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.97;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.642;SB=-3.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:34:99:193,0,459 chrXIV 632295 . T A 417.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;DP=47;Dels=0.00;FS=63.273;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.30;MQ0=5;MQRankSum=-0.785;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-3.003e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:447,0,205 chrXIV 633286 . G A 1445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.94;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1478,153,0 chrXIV 633299 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:566,0,470 chrXIV 633940 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:575,0,719 chrXIV 634032 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;DP=33;Dels=0.00;FS=3.419;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.237;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:316,0,400 chrXIV 634104 . G A 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;DP=34;Dels=0.00;FS=1.441;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.035;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:306,0,367 chrXIV 634189 . C T 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:45:45,0,249 chrXIV 634319 . T G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;DP=73;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=7.6009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.687;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:575,0,505 chrXIV 634336 . C T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:731,0,605 chrXIV 635049 . T C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DP=58;Dels=0.00;FS=2.225;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:512,0,435 chrXIV 635324 . T C 1904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=22.40;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1937,204,0 chrXIV 635465 . T G 2994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-1.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:129:99:3027,306,0 chrXIV 635640 . C T 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=17.34;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1507,156,0 chrXIV 635677 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.079;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.260;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:355,0,617 chrXIV 635687 . A C 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=15.13;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1304,144,0 chrXIV 635788 . C G 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=17.57;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1491,156,0 chrXIV 635793 . T A 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=17.36;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1474,153,0 chrXIV 635840 . G C 562.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=77;Dels=0.00;FS=9.605;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.291;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:592,0,603 chrXIV 635844 . T C 1479 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=82;Dels=0.00;FS=3.118;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=18.04;ReadPosRankSum=1.690;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1512,162,0 chrXIV 635849 . A G 587.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=83;Dels=0.00;FS=13.130;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.506;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:617,0,610 chrXIV 635925 . A C 1525 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=25.00;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1558,165,0 chrXIV 635993 . A T 1351 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=22.90;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1384,147,0 chrXIV 636275 . T C 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.597;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:1082,0,919 chrXIV 636356 . C T 1199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=95;Dels=0.00;FS=12.547;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.493;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,61:95:99:1229,0,443 chrXIV 636749 . T C 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.83;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1332,141,0 chrXIV 636914 . T C 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=89;Dels=0.00;FS=1.750;HaplotypeScore=11.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.734;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:907,0,632 chrXIV 637234 . T A 1767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.81;SB=-8.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1800,189,0 chrXIV 637852 . A G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;DP=72;Dels=0.00;FS=2.147;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.751;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:72:99:610,0,540 chrXIV 637855 . G A 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;DP=75;Dels=0.00;FS=2.190;HaplotypeScore=8.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:75:99:627,0,479 chrXIV 638761 . G A 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=46;Dels=0.00;FS=4.929;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.798;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:638,0,300 chrXIV 639025 . A G 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=107;Dels=0.00;FS=6.271;HaplotypeScore=10.0491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.194;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.556;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,60:107:99:886,0,761 chrXIV 639031 . A G 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;DP=113;Dels=0.00;FS=8.143;HaplotypeScore=16.9051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.116;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,66:113:99:902,0,747 chrXIV 639120 . T C 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;DP=102;Dels=0.00;FS=1.778;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.781;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:999,0,943 chrXIV 639165 . T G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=7.51;ReadPosRankSum=2.613;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:75:99:593,0,787 chrXIV 639551 . C A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;DP=93;Dels=0.00;FS=5.266;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:593,0,1124 chrXIV 639848 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;DP=100;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=5.3454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.211;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:100:99:601,0,1333 chrXIV 639929 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=83;Dels=0.00;FS=5.961;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:258,0,980 chrXIV 639941 . G A 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;DP=82;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:244,0,905 chrXIV 640024 . C T 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;DP=77;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:743,0,595 chrXIV 640379 . C T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DP=99;Dels=0.00;FS=6.296;HaplotypeScore=4.7026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.867;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:99:99:916,0,921 chrXIV 640431 . A G 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=87;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.710;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.544;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:87:99:832,0,830 chrXIV 640932 . T C 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=21.65;ReadPosRankSum=2.253;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:1137,120,0 chrXIV 641101 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DP=47;Dels=0.00;FS=14.493;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.892;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:242,0,491 chrXIV 641143 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=45;Dels=0.00;FS=4.420;HaplotypeScore=4.7671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.663;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:480,0,238 chrXIV 641452 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.079;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:33:62:62,0,429 chrXIV 641784 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;DP=51;Dels=0.00;FS=4.348;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.434;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.052;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:501,0,385 chrXIV 641794 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;DP=47;Dels=0.00;FS=6.354;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:331,0,517 chrXIV 641859 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.800;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.378;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:322,0,247 chrXIV 641892 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=54;Dels=0.00;FS=15.752;HaplotypeScore=3.2707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=2.289;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.454;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:370,0,482 chrXIV 642126 . G T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.027;DP=29;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.184;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:29:99:269,0,162 chrXIV 642670 . T G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=38;Dels=0.00;FS=3.497;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:413,0,327 chrXIV 642774 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=51;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=8.47;ReadPosRankSum=-2.727;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:462,0,456 chrXIV 642812 . G C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:492,0,418 chrXIV 643151 . A G 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=75;Dels=0.00;FS=6.388;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=24.40;ReadPosRankSum=1.639;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:1863,201,0 chrXIV 643202 . T G 2186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.29;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2219,240,0 chrXIV 643259 . C G 2448 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=25.50;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2481,270,0 chrXIV 643956 . T C 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=42;Dels=0.00;FS=11.038;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.934;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:356,0,227 chrXIV 644197 . C A 480.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=49;Dels=0.00;FS=7.482;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:510,0,214 chrXIV 644271 . G A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DP=42;Dels=0.00;FS=10.736;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:378,0,479 chrXIV 646547 . A C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.212;DP=92;Dels=0.00;FS=10.745;HaplotypeScore=7.9786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:92:99:661,0,562 chrXIV 646799 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:487,0,454 chrXIV 646869 . T G 2073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=89;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=6.5146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=23.29;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2106,228,0 chrXIV 647092 . A C 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=111;Dels=0.00;FS=1.867;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:111:99:1164,0,1155 chrXIV 647174 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;DP=81;Dels=0.00;FS=9.163;HaplotypeScore=6.2952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.124;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:711,0,595 chrXIV 647188 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=83;Dels=0.00;FS=7.342;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.781;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:83:99:703,0,601 chrXIV 647475 . T C 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=85;Dels=0.00;FS=3.170;HaplotypeScore=12.8637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.262;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:85:99:828,0,745 chrXIV 647584 . A G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=55;Dels=0.00;FS=5.911;HaplotypeScore=5.5530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.297;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:475,0,639 chrXIV 647815 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;DP=79;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=8.1765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.470;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:79:99:634,0,621 chrXIV 647821 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=78;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=8.6098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.276;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:78:99:611,0,568 chrXIV 647950 . C T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DP=47;Dels=0.00;FS=10.772;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:350,0,501 chrXIV 648040 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=38;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.722;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:293,0,434 chrXIV 648085 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DP=44;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:422,0,462 chrXIV 648166 . T A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.094;DP=54;Dels=0.00;FS=1.061;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:457,0,428 chrXIV 648289 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.455;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:50:99:482,0,311 chrXIV 648473 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=57;Dels=0.00;FS=11.963;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:419,0,574 chrXIV 648482 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=65;Dels=0.00;FS=8.863;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=6.02;ReadPosRankSum=2.172;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:421,0,601 chrXIV 648754 . G A 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;DP=81;Dels=0.00;FS=6.155;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:912,0,575 chrXIV 648908 . T C 3359.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=23.82;SB=-1.644e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3359,357,0 chrXIV 648982 . G A 1907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.039;DP=200;Dels=0.00;FS=1.785;HaplotypeScore=14.1648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.131;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,101:200:99:1937,0,1785 chrXIV 649267 . G A 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=96;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.142;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:1046,0,753 chrXIV 649979 . G A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.907;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:344,0,471 chrXIV 651691 . G C 76.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:106,0,305 chrXIV 651849 . C T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.71;MQ0=1;QD=14.77;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1126,126,0 chrXIV 651963 . G A 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.015;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.806;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.182;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:55:55,0,218 chrXIV 651964 . G A 338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.13;MQ0=0;QD=5.93;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:39:371,39,0 chrXIV 651982 . C T 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.592;QD=0.21;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:43:43,0,267 chrXIV 651983 . A T 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.334;QD=0.16;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:40:40,0,274 chrXIV 652036 . C T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.191;DP=75;Dels=0.00;FS=1.710;HaplotypeScore=3.4291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.778;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.779;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:54:54,0,414 chrXIV 652147 . A G 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=19;Dels=0.00;FS=4.867;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.127;SB=-4.792e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:121,0,242 chrXIV 652238 . G A 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DP=20;Dels=0.00;FS=7.060;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:132,0,158 chrXIV 652261 . C T 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:226,0,141 chrXIV 652265 . T G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.243;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:276,0,282 chrXIV 652305 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.478;DP=82;Dels=0.00;FS=1.388;HaplotypeScore=2.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.055;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.483;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:642,0,651 chrXIV 652947 . C T 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DP=23;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:23:99:181,0,106 chrXIV 652973 . A T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DP=20;Dels=0.00;FS=2.017;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:31:192,0,31 chrXIV 653015 . C T 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=24;Dels=0.00;FS=3.851;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=1.929;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:82:82,0,141 chrXIV 653147 . C A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.638;DP=43;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=3.9342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:43:99:235,0,231 chrXIV 653385 . T C 294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=18.37;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:36:327,36,0 chrXIV 653525 . G A 443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=17.72;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:476,51,0 chrXIV 653542 . T A 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=19.43;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:616,66,0 chrXIV 653635 . T C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DP=31;Dels=0.00;FS=1.446;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:243,0,169 chrXIV 654060 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;DP=43;Dels=0.00;FS=2.751;HaplotypeScore=3.9731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.652;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:489,0,204 chrXIV 654088 . A G 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=47;Dels=0.00;FS=4.332;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.103;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:47:99:158,0,509 chrXIV 654166 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=40;Dels=0.00;FS=3.166;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.069;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:256,0,408 chrXIV 654296 . A G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=35;Dels=0.00;FS=7.279;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:122,0,470 chrXIV 654392 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;DP=38;Dels=0.00;FS=4.536;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:364,0,343 chrXIV 654448 . C T 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;DP=44;Dels=0.00;FS=7.182;HaplotypeScore=9.0271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:136,0,653 chrXIV 654646 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.099;DP=115;Dels=0.00;FS=12.866;HaplotypeScore=20.4697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.452;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:115:99:740,0,1129 chrXIV 654835 . T C 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=50;Dels=0.00;FS=1.147;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.321;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:50:99:221,0,666 chrXIV 654949 . C T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=70;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:547,0,584 chrXIV 655138 . C T 1007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=19.00;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1040,105,0 chrXIV 655174 . T C 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.11;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:797,84,0 chrXIV 655315 . A G 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=19.36;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:846,90,0 chrXIV 655324 . G A 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=19.14;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:856,90,0 chrXIV 655447 . G A 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=18.12;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:96:903,96,0 chrXIV 655856 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=55;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:319,0,413 chrXIV 655865 . T G 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=14.34;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:78:707,78,0 chrXIV 655873 . A T 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=14.23;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:69:645,69,0 chrXIV 655918 . A T 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DP=32;Dels=0.00;FS=7.364;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=14.75;ReadPosRankSum=2.297;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:54:505,54,0 chrXIV 656020 . G A 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=20.36;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1438,159,0 chrXIV 656089 . G A 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=20.74;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:925,102,0 chrXIV 656104 . A T 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=34;Dels=0.00;FS=1.384;HaplotypeScore=3.5246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=4.15;ReadPosRankSum=-2.162;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:171,0,445 chrXIV 656134 . A G 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=22.27;ReadPosRankSum=1.419;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:54:523,54,0 chrXIV 656346 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;DP=84;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.352;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:585,0,933 chrXIV 656419 . G A 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=21.94;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1437,150,0 chrXIV 656425 . G C 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=20.04;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:54:99:1115,120,0 chrXIV 656674 . A G 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1287,135,0 chrXIV 656734 . G A 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=14.73;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:90:858,90,0 chrXIV 656773 . A G 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=18.55;ReadPosRankSum=1.679;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1239,135,0 chrXIV 656799 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.436;DP=54;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.571;QD=6.20;ReadPosRankSum=-2.363;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:365,0,559 chrXIV 656962 . A T 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=24.69;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1218,126,0 chrXIV 657202 . C A 1749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=24.63;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1782,186,0 chrXIV 657547 . A G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:82:99:580,0,614 chrXIV 657606 . A C 1679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=22.69;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:1712,183,0 chrXIV 657610 . A G 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;DP=71;Dels=0.00;FS=9.288;HaplotypeScore=4.7037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:504,0,849 chrXIV 657739 . A T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=40;Dels=0.00;FS=3.186;HaplotypeScore=4.2339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.011;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:229,0,472 chrXIV 657871 . C T 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DP=54;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.688;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.169;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:446,0,485 chrXIV 657913 . C T 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=52;Dels=0.00;FS=2.407;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.168;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:591,0,381 chrXIV 657946 . A G 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=9.18;ReadPosRankSum=3.076;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:434,0,286 chrXIV 658012 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=35;Dels=0.00;FS=3.086;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:450,0,191 chrXIV 658252 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;DP=72;Dels=0.00;FS=6.728;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=6.35;ReadPosRankSum=2.343;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:487,0,842 chrXIV 658306 . T A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.079;DP=70;Dels=0.00;FS=4.969;HaplotypeScore=6.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:590,0,657 chrXIV 658380 . C T 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=67;Dels=0.00;FS=8.812;HaplotypeScore=4.8298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:761,0,502 chrXIV 658444 . C A 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=24.17;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1870,201,0 chrXIV 658513 . C T 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.78;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1812,192,0 chrXIV 658624 . C T 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.12;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1183,126,0 chrXIV 658675 . C T 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=16.87;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:809,87,0 chrXIV 658677 . G A 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=17.65;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:845,87,0 chrXIV 658809 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=62;Dels=0.00;FS=8.766;HaplotypeScore=4.2312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.909;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:487,0,466 chrXIV 658861 . C T 1396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=19.94;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1429,159,0 chrXIV 658915 . A G 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.279;DP=72;Dels=0.00;FS=2.906;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=19.12;ReadPosRankSum=2.381;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1410,153,0 chrXIV 659022 . G A 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=21.84;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:75:732,75,0 chrXIV 659128 . C T 1168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.90;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1201,126,0 chrXIV 659350 . A G 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=23.54;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:857,90,0 chrXIV 659362 . C T 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=19.88;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:90:868,90,0 chrXIV 659467 . T C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=49;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.830;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:442,0,477 chrXIV 659794 . C T 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=20.91;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1204,129,0 chrXIV 659821 . A G 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=21.46;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1106,117,0 chrXIV 659869 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=41;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.155;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:321,0,346 chrXIV 659878 . G A 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.24;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:883,93,0 chrXIV 660235 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=7.58;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:462,0,424 chrXIV 660538 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=47;Dels=0.00;FS=4.763;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.699;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:299,0,566 chrXIV 660562 . G A 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=54;Dels=0.00;FS=3.964;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:54:99:426,0,500 chrXIV 660670 . A G 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;DP=40;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:382,0,374 chrXIV 661385 . T C 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=22.67;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1325,141,0 chrXIV 661497 . T G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;DP=58;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:567,0,527 chrXIV 661923 . G A 1157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=18.66;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1190,132,0 chrXIV 661928 . G C 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=19.44;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1258,132,0 chrXIV 662398 . C A 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=19.54;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:932,96,0 chrXIV 662512 . C A 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=26.21;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1632,165,0 chrXIV 662537 . G A 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=20.39;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1277,141,0 chrXIV 662542 . C T 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=22.37;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1420,147,0 chrXIV 662586 . A G 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=14.61;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:75:676,75,0 chrXIV 662701 . A T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.145;DP=96;Dels=0.00;FS=6.732;HaplotypeScore=7.4292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:837,0,922 chrXIV 662883 . G A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=85;Dels=0.00;FS=3.172;HaplotypeScore=10.1869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.718;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,53:85:99:754,0,530 chrXIV 662978 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;DP=69;Dels=0.00;FS=8.136;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.227;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:489,0,379 chrXIV 662982 . A G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=66;Dels=0.00;FS=4.350;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.069;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:461,0,420 chrXIV 663434 . C T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.795;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.021;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:473,0,400 chrXIV 663642 . C T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=28;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.461;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:210,0,158 chrXIV 663717 . T G 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.434;DP=63;Dels=0.00;FS=3.425;HaplotypeScore=6.7263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:435,0,493 chrXIV 663910 . T C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=71;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:779,0,719 chrXIV 663986 . T A 697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=22.48;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:730,75,0 chrXIV 664058 . A C 1270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=15.30;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1303,138,0 chrXIV 664095 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DP=136;Dels=0.01;FS=10.582;HaplotypeScore=23.5998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.136;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:134:99:899,0,1026 chrXIV 664122 . C G 1649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;DP=200;Dels=0.00;FS=16.247;HaplotypeScore=24.1096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,98:200:99:1679,0,1779 chrXIV 664392 . G A 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.21;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1050,108,0 chrXIV 664499 . A G 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.439;QD=13.46;ReadPosRankSum=1.674;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:90:827,90,0 chrXIV 664572 . T C 1129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=17.64;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:64:99:1162,126,0 chrXIV 664887 . A G 589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=18.41;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:66:622,66,0 chrXIV 664923 . C T 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=24.24;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1148,120,0 chrXIV 664998 . A C 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=115;Dels=0.00;FS=6.457;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.160;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:1403,153,0 chrXIV 665001 . C T 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.66;MQ0=0;QD=11.78;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:1494,150,0 chrXIV 665017 . C G 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.03;MQ0=0;QD=10.17;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:1386,150,0 chrXIV 665036 . G T 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=11.32;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:1391,156,0 chrXIV 665056 . T C 1762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.88;MQ0=0;QD=15.32;SB=-1.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:1795,198,0 chrXIV 665064 . T A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.398;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.044;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:686,0,829 chrXIV 665097 . T A 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.56;MQ0=0;QD=18.37;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1576,162,0 chrXIV 665108 . T C 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.83;MQ0=0;QD=20.30;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1373,147,0 chrXIV 665283 . G A 1183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=20.75;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1216,129,0 chrXIV 665506 . A G 210.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=11.05;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:27:243,27,0 chrXIV 665577 . G A 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=17.35;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:75:727,75,0 chrXIV 665889 . G A 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=21.00;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:87:852,87,0 chrXIV 665953 . C G 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=18.80;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:954,102,0 chrXIV 665969 . A C 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=66;Dels=0.00;FS=5.408;HaplotypeScore=7.2673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.680;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1268,135,0 chrXIV 666127 . C T 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.13;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1512,159,0 chrXIV 666469 . T C 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=41;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:378,0,425 chrXIV 667018 . C T 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=16.96;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:96:864,96,0 chrXIV 667173 . T C 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=13.83;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:41:63:600,63,0 chrXIV 667174 . C T 526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=14.22;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:60:559,60,0 chrXIV 667216 . C T 412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.40;MQ0=0;QD=17.17;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:51:445,51,0 chrXIV 667292 . G A 368 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=16.73;SB=-7.063e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:401,42,0 chrXIV 667515 . C A 431 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=20.52;SB=-6.653e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:48:464,48,0 chrXIV 667530 . T A 479 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.740;SB=-6.191e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:57:512,57,0 chrXIV 667575 . T C 374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=14.96;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:45:407,45,0 chrXIV 667576 . C T 203.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=25;Dels=0.00;FS=8.239;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:98:233,0,98 chrXIV 667587 . C A 305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=14.52;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:36:338,36,0 chrXIV 667685 . T C 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=21.46;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1235,135,0 chrXIV 667710 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.520;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:555,0,695 chrXIV 667737 . C T 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=18.96;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1436,153,0 chrXIV 667749 . C T 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.15;MQ0=0;QD=18.64;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1431,150,0 chrXIV 667971 . T A 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=22.84;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1449,150,0 chrXIV 668110 . A T 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=0.47;ReadPosRankSum=1.181;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:9:65,9,0 chrXIV 668126 . T C 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;QD=13.02;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:90:866,90,0 chrXIV 668179 . T C 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=76;Dels=0.00;FS=3.623;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.687;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:995,105,0 chrXIV 668185 . T C 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.97;MQ0=0;QD=11.86;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:96:899,96,0 chrXIV 668293 . T A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=121;Dels=0.02;FS=3.702;HaplotypeScore=30.9177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,43:119:99:562,0,1274 chrXIV 668321 . G A 2520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=22.50;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2553,264,0 chrXIV 668326 . T A 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.306;DP=109;Dels=0.00;FS=4.700;HaplotypeScore=7.9187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=2.445;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.944;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:109:99:1034,0,718 chrXIV 668876 . G A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;DP=38;Dels=0.00;FS=7.833;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:282,0,469 chrXIV 669030 . T C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=74;Dels=0.00;FS=6.125;HaplotypeScore=3.0818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.492;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:812,0,521 chrXIV 669417 . C T 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.162;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,47:77:99:909,0,439 chrXIV 669563 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.542;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:644,0,1079 chrXIV 669872 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.519;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:58:99:503,0,540 chrXIV 669924 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.896;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.730;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:477,0,642 chrXIV 669930 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.721;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.956;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:523,0,651 chrXIV 669943 . T C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.519;DP=86;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=5.1228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.066;QD=6.02;ReadPosRankSum=2.724;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:548,0,716 chrXIV 669967 . A C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.015;DP=98;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:604,0,682 chrXIV 670131 . A C 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;DP=74;Dels=0.00;FS=1.021;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,26:74:99:437,0,1046 chrXIV 670369 . A G 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.634;DP=149;Dels=0.00;FS=7.320;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.427;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,65:149:99:1039,0,1886 chrXIV 670370 . A G 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.585;DP=152;Dels=0.00;FS=7.320;HaplotypeScore=5.6015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.450;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,65:152:99:1055,0,1896 chrXIV 670615 . C A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=78;Dels=0.00;FS=2.530;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:539,0,815 chrXIV 671139 . A T 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=61;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.714;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:611,0,517 chrXIV 671188 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=45;Dels=0.00;FS=6.360;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=2.605;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:419,0,344 chrXIV 671317 . A G 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=63;Dels=0.00;FS=10.562;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:614,0,497 chrXIV 671419 . A C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DP=111;Dels=0.00;FS=18.805;HaplotypeScore=11.8690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:111:99:685,0,1117 chrXIV 671629 . G A 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.022;DP=106;Dels=0.00;FS=2.524;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:106:99:939,0,999 chrXIV 671647 . T C 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DP=111;Dels=0.00;FS=7.466;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.481;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:111:99:984,0,949 chrXIV 671826 . C T 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=102;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=10.3431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.404;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:102:99:841,0,1003 chrXIV 671854 . G A 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DP=118;Dels=0.00;FS=0.724;HaplotypeScore=12.6448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.265;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:118:99:998,0,1125 chrXIV 671989 . T C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:704,0,488 chrXIV 672220 . T C 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=103;Dels=0.00;FS=0.789;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.024;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:788,0,936 chrXIV 672239 . C T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=82;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=10.2594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.266;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:82:99:551,0,761 chrXIV 672281 . T C 967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.98;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1000,108,0 chrXIV 672334 . G T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DP=37;Dels=0.00;FS=3.360;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.506;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:390,0,246 chrXIV 672756 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:239,0,911 chrXIV 672773 . G T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.080;DP=61;Dels=0.00;FS=4.381;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:61:99:214,0,829 chrXIV 673073 . A G 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=144;Dels=0.00;FS=0.690;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.579;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,55:144:99:1059,0,1817 chrXIV 673093 . G A 1083.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.613;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,58:137:99:1113,0,1481 chrXIV 673124 . A C 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.382;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:118:99:824,0,1087 chrXIV 673223 . A C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DP=96;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=9.6265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:96:99:837,0,757 chrXIV 673242 . C T 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=87;Dels=0.00;FS=8.744;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:754,0,548 chrXIV 673326 . C T 944.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;DP=128;Dels=0.00;FS=1.558;HaplotypeScore=8.6961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.890;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,58:128:99:974,0,967 chrXIV 673434 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=98;Dels=0.00;FS=1.821;HaplotypeScore=11.8899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.254;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:98:99:538,0,732 chrXIV 673486 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:433,0,1010 chrXIV 673496 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DP=81;Dels=0.00;FS=1.911;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:81:99:462,0,876 chrXIV 673518 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.343;DP=89;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:89:99:478,0,890 chrXIV 673739 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DP=58;Dels=0.00;FS=3.935;HaplotypeScore=5.6108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:438,0,405 chrXIV 673832 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=53;Dels=0.00;FS=2.486;HaplotypeScore=5.8381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.413;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:360,0,526 chrXIV 674210 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=42;Dels=0.00;FS=2.749;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:42:99:493,0,250 chrXIV 674338 . G C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.131;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:96:99:495,0,844 chrXIV 674407 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DP=101;Dels=0.00;FS=7.940;HaplotypeScore=11.3986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.919;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:101:99:855,0,982 chrXIV 674483 . G A 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=79;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=8.1774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.798;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:602,0,726 chrXIV 674746 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;DP=103;Dels=0.00;FS=3.720;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=2.936;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.179;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:571,0,931 chrXIV 674892 . T C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=50;Dels=0.00;FS=8.536;HaplotypeScore=4.0386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.131;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:50:99:547,0,353 chrXIV 674958 . C T 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=31;Dels=0.00;FS=1.544;HaplotypeScore=5.8622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.444;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:63:63,0,344 chrXIV 675219 . A C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=37;Dels=0.00;FS=3.231;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:374,0,309 chrXIV 675270 . A T 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=39;Dels=0.00;FS=1.386;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:289,0,388 chrXIV 675306 . C T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=32;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:231,0,332 chrXIV 675462 . G A 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.952;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:255,0,209 chrXIV 675522 . C T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DP=35;Dels=0.00;FS=5.447;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.050;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:437,0,326 chrXIV 675555 . G T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=32;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=2.7551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:321,0,302 chrXIV 675567 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=43;Dels=0.00;FS=2.574;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.101;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:43:99:364,0,369 chrXIV 675859 . A G 64.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.716;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:94:94,0,259 chrXIV 675908 . G T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=21;Dels=0.00;FS=2.969;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=10.10;ReadPosRankSum=-2.064;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:97:242,0,97 chrXIV 676029 . T G 83.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:23:99:113,0,143 chrXIV 676176 . A G 394.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.125;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:45:99:424,0,537 chrXIV 676297 . G A 59.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=3.47;ReadPosRankSum=-1.357;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:89:89,0,251 chrXIV 676368 . A G 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.16;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1451,153,0 chrXIV 676470 . C T 863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=18.36;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:93:896,93,0 chrXIV 676652 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.642;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.690;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:258,0,684 chrXIV 676731 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;DP=65;Dels=0.00;FS=7.113;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.989;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:639,0,589 chrXIV 676834 . A G 2500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=26.60;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2533,264,0 chrXIV 676905 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;DP=57;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=5.6606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.344;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:596,0,462 chrXIV 676917 . A C 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.56;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1274,135,0 chrXIV 677203 . T C 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;DP=110;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=5.8699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.906;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,56:110:99:1023,0,965 chrXIV 677207 . G A 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DP=109;Dels=0.00;FS=1.664;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.258;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,58:109:99:1093,0,932 chrXIV 677352 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=97;Dels=0.00;FS=4.746;HaplotypeScore=15.9260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.334;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:752,0,647 chrXIV 677422 . C T 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.450;DP=121;Dels=0.00;FS=13.595;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=7.92;ReadPosRankSum=2.237;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,60:121:99:988,0,735 chrXIV 677438 . T A 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;DP=135;Dels=0.00;FS=7.130;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=7.62;ReadPosRankSum=2.608;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,64:135:99:1059,0,743 chrXIV 677530 . G T 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DP=78;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:830,0,624 chrXIV 677609 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=48;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=6.2339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=8.71;ReadPosRankSum=-2.078;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:448,0,283 chrXIV 677649 . C G 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=23.51;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1279,135,0 chrXIV 677799 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=56;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:554,0,386 chrXIV 677807 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=53;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.634;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:508,0,353 chrXIV 677841 . A G 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.98;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1088,117,0 chrXIV 677931 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=45;Dels=0.00;FS=8.862;HaplotypeScore=6.0359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=3.031;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:337,0,394 chrXIV 677958 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=46;Dels=0.00;FS=9.794;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:421,0,298 chrXIV 677964 . G A 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=48;Dels=0.00;FS=11.820;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.527;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:337,0,337 chrXIV 677985 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;DP=48;Dels=0.00;FS=6.523;HaplotypeScore=4.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:383,0,322 chrXIV 678027 . C T 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DP=59;Dels=0.00;FS=3.694;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:649,0,346 chrXIV 678108 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;DP=57;Dels=0.00;FS=4.161;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:277,0,482 chrXIV 678144 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=64;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=9.6307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:475,0,411 chrXIV 678582 . T C 430.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=8.60;ReadPosRankSum=3.055;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:460,0,235 chrXIV 678738 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.345;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:309,0,239 chrXIV 678759 . A G 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1036,111,0 chrXIV 678891 . T C 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=9.54;ReadPosRankSum=3.204;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:879,0,785 chrXIV 679026 . T C 926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=17.81;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:959,102,0 chrXIV 679068 . A G 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.442;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:514,0,259 chrXIV 679089 . G A 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1020,108,0 chrXIV 679168 . G A 1634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=187;Dels=0.00;FS=4.359;HaplotypeScore=15.2895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.166;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,95:187:99:1664,0,1632 chrXIV 679220 . C T 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DP=129;Dels=0.00;FS=11.303;HaplotypeScore=5.7225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:129:99:1127,0,1148 chrXIV 679227 . A G 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.324;DP=113;Dels=0.00;FS=8.885;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:113:99:861,0,1015 chrXIV 679407 . G A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;DP=63;Dels=0.00;FS=14.414;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=5.78;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:394,0,615 chrXIV 679440 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=80;Dels=0.00;FS=6.230;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=8.68;ReadPosRankSum=-2.023;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:724,0,462 chrXIV 679554 . T C 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=95;Dels=0.00;FS=1.681;HaplotypeScore=6.6195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.257;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:95:99:795,0,859 chrXIV 679605 . C G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.621;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:516,0,941 chrXIV 680022 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.614;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:255,0,544 chrXIV 680044 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;DP=59;Dels=0.00;FS=1.066;HaplotypeScore=4.7726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.903;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:229,0,689 chrXIV 680049 . C T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.382;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.913;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:221,0,736 chrXIV 680095 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=50;Dels=0.00;FS=2.544;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.414;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:215,0,620 chrXIV 680099 . G A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=48;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.612;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.866;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:190,0,611 chrXIV 680172 . C T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=66;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:456,0,628 chrXIV 680383 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.250;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:364,0,499 chrXIV 680403 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;DP=70;Dels=0.00;FS=2.068;HaplotypeScore=4.5053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.861;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.548;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:325,0,750 chrXIV 680406 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=65;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=4.5053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.207;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:65:99:317,0,706 chrXIV 680467 . T C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;DP=55;Dels=0.00;FS=4.998;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:315,0,619 chrXIV 680684 . C T 1358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.233;DP=127;Dels=0.00;FS=5.656;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.258;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,64:127:99:1388,0,1248 chrXIV 680930 . T C 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:677,0,566 chrXIV 681117 . G A 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.623;DP=111;Dels=0.00;FS=4.718;HaplotypeScore=14.2469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:111:99:869,0,1200 chrXIV 681312 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=68;Dels=0.00;FS=3.562;HaplotypeScore=5.7124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:68:99:284,0,847 chrXIV 681639 . T C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;DP=55;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:273,0,671 chrXIV 682206 . G C 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=142;Dels=0.00;FS=0.661;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,63:142:99:961,0,1267 chrXIV 682434 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=104;Dels=0.00;FS=6.286;HaplotypeScore=10.3883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.242;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:104:99:790,0,893 chrXIV 682580 . A T 2550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.83;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2583,273,0 chrXIV 682623 . A G 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=98;Dels=0.00;FS=5.113;HaplotypeScore=4.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:1059,0,932 chrXIV 682649 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;DP=69;Dels=0.00;FS=3.288;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.758;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:627,0,659 chrXIV 682657 . G C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;DP=66;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:560,0,649 chrXIV 682893 . C T 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=107;Dels=0.00;FS=0.734;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.771;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:107:99:1086,0,882 chrXIV 682898 . G A 1135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.034;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,63:109:99:1165,0,845 chrXIV 683057 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.823;DP=66;Dels=0.00;FS=5.284;HaplotypeScore=5.9911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:786,0,452 chrXIV 683189 . G A 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=70;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:728,0,496 chrXIV 683193 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=74;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.612;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:74:99:680,0,512 chrXIV 683256 . A C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:651,0,643 chrXIV 683297 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.754;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:718,0,852 chrXIV 683478 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=72;Dels=0.00;FS=3.464;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.454;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:375,0,844 chrXIV 683709 . C T 1366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=123;Dels=0.00;FS=7.837;HaplotypeScore=7.9256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=11.11;ReadPosRankSum=2.296;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,64:123:99:1396,0,1023 chrXIV 684087 . A G 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DP=64;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=9.3644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.618;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:467,0,613 chrXIV 684402 . T C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=96;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=7.2521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:654,0,915 chrXIV 684669 . A G 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;DP=112;Dels=0.00;FS=8.891;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.999;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:980,0,1021 chrXIV 684891 . C T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=75;Dels=0.00;FS=9.056;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:496,0,532 chrXIV 684966 . A G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=77;Dels=0.00;FS=2.048;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:631,0,634 chrXIV 684971 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=70;Dels=0.00;FS=3.630;HaplotypeScore=4.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.037;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:587,0,569 chrXIV 685065 . A T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.693;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:411,0,395 chrXIV 685071 . A C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:402,0,432 chrXIV 685080 . C G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=46;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:336,0,443 chrXIV 685687 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=45;Dels=0.00;FS=6.267;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:339,0,420 chrXIV 685734 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=46;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.441;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:380,0,375 chrXIV 685773 . C T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:54:99:472,0,457 chrXIV 686126 . T C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.791;DP=59;Dels=0.00;FS=14.285;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:450,0,647 chrXIV 686348 . A C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DP=45;Dels=0.00;FS=4.344;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:45:99:306,0,545 chrXIV 686681 . T C 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.15;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87:786,87,0 chrXIV 686786 . T C 2127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=98;Dels=0.00;FS=2.554;HaplotypeScore=1.9912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=21.70;ReadPosRankSum=2.908;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:2160,234,0 chrXIV 686798 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DP=105;Dels=0.00;FS=5.222;HaplotypeScore=4.2478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.026;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:643,0,1096 chrXIV 686858 . G A 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=93;Dels=0.00;FS=4.090;HaplotypeScore=9.1684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=3.709;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:93:99:1047,0,454 chrXIV 687406 . G C 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;DP=71;Dels=0.00;FS=2.085;HaplotypeScore=4.2925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:624,0,534 chrXIV 687513 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.942;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.784;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,56:84:99:651,0,527 chrXIV 687661 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DP=48;Dels=0.00;FS=4.156;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:431,0,341 chrXIV 687788 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=41;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=4.0174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.781;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.204;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:486,0,332 chrXIV 687853 . C T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:33:99:222,0,251 chrXIV 688148 . G T 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=34;Dels=0.00;FS=6.332;HaplotypeScore=3.8923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.156;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:66:66,0,313 chrXIV 688149 . A T 34.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DP=34;Dels=0.00;FS=3.848;HaplotypeScore=3.8923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.792;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:64:64,0,328 chrXIV 688150 . A C 30.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;DP=33;Dels=0.00;FS=6.951;HaplotypeScore=4.8588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.592;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.387;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:60:60,0,319 chrXIV 688300 . C T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.646;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:296,0,499 chrXIV 688306 . C T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=3.83;ReadPosRankSum=-2.236;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:48:99:214,0,518 chrXIV 688466 . G C 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.581;DP=82;Dels=0.00;FS=5.748;HaplotypeScore=3.4402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:1002,0,648 chrXIV 688572 . C G 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=24.33;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1566,168,0 chrXIV 688671 . G A 1487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=12.39;ReadPosRankSum=1.169;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,75:120:99:1517,0,792 chrXIV 688807 . C T 1251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;DP=133;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=8.6468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,71:133:99:1281,0,999 chrXIV 688900 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.201;DP=78;Dels=0.00;FS=3.027;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.862;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.518;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:431,0,735 chrXIV 689029 . A G 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.166;DP=111;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.737;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:111:99:780,0,1325 chrXIV 689057 . A G 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DP=95;Dels=0.00;FS=0.851;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:95:99:707,0,1039 chrXIV 689310 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=42;Dels=0.00;FS=1.361;HaplotypeScore=5.0279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.384;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:515,0,247 chrXIV 689558 . C A 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;QD=18.50;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:773,87,0 chrXIV 689569 . G A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=42;Dels=0.00;FS=2.926;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.88;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.204;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:408,0,219 chrXIV 689582 . C G 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=16.25;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:81:748,81,0 chrXIV 689944 . C G 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=20.08;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1258,132,0 chrXIV 689964 . A C 1596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=19.95;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1629,174,0 chrXIV 689969 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.301;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.210;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:474,0,783 chrXIV 689983 . A G 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.007;DP=92;Dels=0.00;FS=3.314;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:821,0,689 chrXIV 690162 . T G 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.24;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1477,159,0 chrXIV 690208 . T A 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DP=61;Dels=0.00;FS=23.718;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:511,0,603 chrXIV 690239 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;DP=55;Dels=0.00;FS=14.684;HaplotypeScore=5.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.609;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:447,0,584 chrXIV 690300 . A C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;DP=58;Dels=0.00;FS=19.563;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:534,0,650 chrXIV 690310 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;DP=65;Dels=0.00;FS=16.460;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.440;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:525,0,701 chrXIV 690428 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;DP=52;Dels=0.00;FS=7.933;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:352,0,468 chrXIV 690677 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DP=51;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=8.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.548;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:51:99:399,0,346 chrXIV 690993 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=65;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=2.909;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:603,0,654 chrXIV 691115 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.004;DP=77;Dels=0.00;FS=6.239;HaplotypeScore=10.8505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.624;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:77:99:624,0,734 chrXIV 691295 . T G 26.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=0.28;ReadPosRankSum=2.550;SB=-1.958e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:94:6:58,6,0 chrXIV 691593 . G A 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=72;Dels=0.00;FS=12.665;HaplotypeScore=7.4282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:72:99:742,0,699 chrXIV 691738 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;DP=57;Dels=0.00;FS=1.127;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.658;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:57:99:364,0,821 chrXIV 691842 . G A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.947;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.803;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:63:99:681,0,542 chrXIV 691878 . T C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:475,0,832 chrXIV 691892 . C G 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DP=81;Dels=0.00;FS=1.897;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:81:99:1017,0,526 chrXIV 692612 . C T 2719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=26.66;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2752,285,0 chrXIV 692704 . A G 1280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;DP=142;Dels=0.00;FS=7.502;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.654;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,68:142:99:1310,0,1357 chrXIV 692743 . A G 1112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;DP=135;Dels=0.00;FS=3.084;HaplotypeScore=14.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,66:135:99:1142,0,1347 chrXIV 692864 . A G 1777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;DP=167;Dels=0.00;FS=3.071;HaplotypeScore=8.7899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,93:167:99:1807,0,1138 chrXIV 693343 . C T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=50;Dels=0.00;FS=8.485;HaplotypeScore=7.1579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=1.913;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.505;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:338,0,449 chrXIV 693508 . G A 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=53;Dels=0.00;FS=4.070;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:53:99:527,0,365 chrXIV 693964 . C T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DP=28;Dels=0.00;FS=1.520;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.998;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:240,0,135 chrXIV 694158 . T A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=33;Dels=0.00;FS=4.046;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.092;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:274,0,304 chrXIV 694183 . G C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.753;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.726;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:517,0,452 chrXIV 694273 . T C 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=27.60;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1220,129,0 chrXIV 694332 . G C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;DP=50;Dels=0.00;FS=7.068;HaplotypeScore=6.8147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.276;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:50:99:472,0,639 chrXIV 694337 . A G 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=51;Dels=0.00;FS=3.372;HaplotypeScore=7.9117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.895;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:418,0,637 chrXIV 694347 . G C 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.624;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:442,0,484 chrXIV 694868 . C T 287.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.323;DP=35;Dels=0.00;FS=6.435;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:317,0,278 chrXIV 695331 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=39;Dels=0.00;FS=3.482;HaplotypeScore=3.4373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.831;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.409;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:39:99:400,0,165 chrXIV 695397 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:60:99:410,0,223 chrXIV 695563 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DP=38;Dels=0.00;FS=3.568;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:210,0,475 chrXIV 695572 . A G 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=39;Dels=0.00;FS=3.568;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:39:99:191,0,419 chrXIV 695585 . G A 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.056;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.851;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.129;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:119,0,405 chrXIV 695662 . T C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=30;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.590;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.716;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:233,0,358 chrXIV 695678 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:35:99:370,0,295 chrXIV 695861 . T C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.911;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.652;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:438,0,578 chrXIV 695864 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.417;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.680;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:447,0,596 chrXIV 695952 . G A 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.013;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=22.42;ReadPosRankSum=1.340;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1221,126,0 chrXIV 696037 . C G 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:87:99:752,0,616 chrXIV 696194 . C T 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=86;Dels=0.00;FS=9.648;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:86:99:1035,0,720 chrXIV 696302 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=73;Dels=0.00;FS=9.918;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.745;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:667,0,691 chrXIV 696443 . T A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;DP=55;Dels=0.00;FS=1.274;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:530,0,477 chrXIV 696647 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.223;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.972;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:57:99:603,0,513 chrXIV 696743 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.276;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:37:99:418,0,226 chrXIV 696989 . C T 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=58;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.748;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:484,0,373 chrXIV 697058 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DP=49;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:457,0,385 chrXIV 697132 . A C 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DP=58;Dels=0.00;FS=5.821;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=8.26;ReadPosRankSum=-2.485;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:509,0,611 chrXIV 697289 . T C 1146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=134;Dels=0.00;FS=5.746;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,60:134:99:1176,0,1622 chrXIV 697383 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;DP=77;Dels=0.00;FS=4.875;HaplotypeScore=3.6415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:671,0,603 chrXIV 697404 . C T 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=83;Dels=0.00;FS=6.274;HaplotypeScore=4.1845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:665,0,817 chrXIV 697427 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DP=99;Dels=0.00;FS=3.035;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.486;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:99:99:637,0,968 chrXIV 697554 . A T 1420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=245;Dels=0.00;FS=10.222;HaplotypeScore=22.9007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,125:244:99:1450,0,1409 chrXIV 697678 . A G 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=7.10;ReadPosRankSum=2.325;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:655,0,806 chrXIV 697709 . C T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.213;DP=104;Dels=0.00;FS=6.502;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=6.06;ReadPosRankSum=2.411;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:104:99:660,0,851 chrXIV 698006 . C T 1326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=135;Dels=0.00;FS=4.248;HaplotypeScore=7.7442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,74:135:99:1356,0,1138 chrXIV 698189 . G A 1405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=150;Dels=0.00;FS=1.291;HaplotypeScore=13.2322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,78:150:99:1435,0,1149 chrXIV 698421 . C T 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.401;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:885,0,765 chrXIV 698491 . C G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=94;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:758,0,1132 chrXIV 698660 . G A 1994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.44;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2027,213,0 chrXIV 698696 . C T 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.766;DP=83;Dels=0.00;FS=2.936;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.507;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:771,0,844 chrXIV 698753 . A G 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.322;DP=75;Dels=0.00;FS=13.648;HaplotypeScore=11.1715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=18.77;ReadPosRankSum=4.322;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:1441,156,0 chrXIV 698781 . C T 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=52;Dels=0.00;FS=6.147;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.710;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.216;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:52:99:338,0,500 chrXIV 699116 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=63;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=9.1906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.955;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:582,0,498 chrXIV 699152 . C T 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=21.94;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1722,183,0 chrXIV 699228 . G A 1087.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=101;Dels=0.00;FS=4.140;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:1117,0,843 chrXIV 699273 . C T 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DP=78;Dels=0.00;FS=5.470;HaplotypeScore=11.9351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.266;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:716,0,721 chrXIV 699488 . C T 1434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.948;DP=166;Dels=0.00;FS=6.770;HaplotypeScore=4.2713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,85:166:99:1464,0,1268 chrXIV 699663 . A T 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=93;Dels=0.00;FS=7.210;HaplotypeScore=10.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.546;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:918,0,774 chrXIV 700061 . G A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=51;Dels=0.00;FS=2.465;HaplotypeScore=7.1159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.287;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:546,0,217 chrXIV 700166 . C T 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=21.12;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1490,159,0 chrXIV 700228 . C T 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.729;DP=67;Dels=0.00;FS=13.118;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.234;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,45:67:99:1047,0,349 chrXIV 700262 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=51;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.510;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:51:99:758,0,242 chrXIV 700319 . C G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=29;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:349,0,147 chrXIV 700405 . T A 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=19.77;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:982,102,0 chrXIV 700427 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=60;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:507,0,439 chrXIV 700775 . C T 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DP=34;Dels=0.00;FS=1.431;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.220;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:119,0,328 chrXIV 701168 . A G 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=21;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.634;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:135,0,199 chrXIV 701450 . T C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DP=32;Dels=0.00;FS=1.412;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:172,0,209 chrXIV 701567 . T A 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=18.10;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:594,66,0 chrXIV 701618 . G T 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=19.60;ReadPosRankSum=1.155;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:90:856,90,0 chrXIV 701620 . A G 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DP=45;Dels=0.02;FS=1.407;HaplotypeScore=4.6344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:208,0,454 chrXIV 701689 . T C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.665;DP=87;Dels=0.00;FS=20.955;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.997;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:87:99:478,0,1004 chrXIV 701961 . A C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:342,0,345 chrXIV 702035 . G A 237.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;DP=34;Dels=0.00;FS=13.299;HaplotypeScore=3.2499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.173;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:267,0,319 chrXIV 702206 . C T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DP=39;Dels=0.00;FS=4.763;HaplotypeScore=3.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:372,0,359 chrXIV 702404 . A C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DP=30;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.172;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:214,0,313 chrXIV 702719 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:538,0,465 chrXIV 702849 . C A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=71;Dels=0.00;FS=10.900;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.769;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:512,0,676 chrXIV 702909 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=59;Dels=0.00;FS=1.086;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=8.36;ReadPosRankSum=-1.236;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:523,0,567 chrXIV 702947 . A T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.310;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:455,0,503 chrXIV 702991 . A G 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=21.92;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:888,93,0 chrXIV 703043 . C T 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DP=89;Dels=0.00;FS=13.927;HaplotypeScore=11.5566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:702,0,926 chrXIV 703080 . G A 1040.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.797;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.371;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:118:99:1070,0,1105 chrXIV 703233 . A C 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.285;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=9.36;ReadPosRankSum=3.315;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:938,0,818 chrXIV 703250 . C T 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;DP=88;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=8.9460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.404;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:833,0,614 chrXIV 703315 . A G 252.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=48;Dels=0.00;FS=14.066;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.382;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.619;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:282,0,441 chrXIV 703322 . C T 300.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=51;Dels=0.00;FS=7.843;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-4.784;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.368;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:330,0,466 chrXIV 703323 . C A 286.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;DP=52;Dels=0.00;FS=7.905;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.963;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.538;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:316,0,481 chrXIV 703330 . C T 969 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=18.63;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1002,111,0 chrXIV 703355 . C G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=67;Dels=0.00;FS=21.388;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.439;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.943;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:319,0,609 chrXIV 703361 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.637;DP=70;Dels=0.00;FS=9.041;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-4.836;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.192;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:70:99:339,0,634 chrXIV 703407 . C A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=101;Dels=0.00;FS=4.023;HaplotypeScore=9.8698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=3.159;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.874;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:101:99:859,0,564 chrXIV 703454 . T C 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.360;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:834,0,484 chrXIV 703469 . G A 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;DP=72;Dels=0.00;FS=5.169;HaplotypeScore=3.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.379;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:707,0,436 chrXIV 703536 . G A 2303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2336,243,0 chrXIV 703603 . C T 3211.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=22.78;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:141:99:3245,339,0 chrXIV 703674 . A G 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.986;DP=109;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.135;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.464;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:109:99:1078,0,1091 chrXIV 703883 . G A 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=16.49;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1105,117,0 chrXIV 703887 . T C 277.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;DP=69;Dels=0.00;FS=25.373;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=4.01;ReadPosRankSum=2.130;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:307,0,475 chrXIV 703938 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.036;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:619,0,387 chrXIV 703949 . G C 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=14.36;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1340,147,0 chrXIV 704094 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.577;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:58:99:317,0,387 chrXIV 704114 . C G 1028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=20.56;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1061,111,0 chrXIV 704155 . G A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=41;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.934;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:275,0,366 chrXIV 704248 . A G 221.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.42;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:27:254,27,0 chrXIV 704280 . C T 104.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;QD=11.58;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:15:137,15,0 chrXIV 704283 . T G 10.47 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HaplotypeScore=2.3249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.310e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:16:40,0,16 chrXIV 704295 . T C 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=12;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=12.5053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.461;SB=-7.963e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:42:42,0,65 chrXIV 704297 . C T 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HaplotypeScore=12.6097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.991;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:42:43,0,42 chrXIV 704322 . T C 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=22;Dels=0.00;FS=1.603;HaplotypeScore=3.9799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.65;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.615;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:66:66,0,69 chrXIV 704325 . G A,T 93.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=23;Dels=0.00;FS=6.410;HaplotypeScore=2.9827;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,8,12:23:66:153,75,66,78,0,69 chrXIV 704346 . G T 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=36;Dels=0.00;FS=7.420;HaplotypeScore=26.7429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.73;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:81:111,0,81 chrXIV 704401 . T G 71.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;DP=77;Dels=0.00;FS=8.059;HaplotypeScore=49.2558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.784;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,11:77:99:101,0,436 chrXIV 704408 . T C 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;DP=78;Dels=0.00;FS=2.120;HaplotypeScore=82.4342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.098;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.241;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:189,0,560 chrXIV 704439 . A C 65.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=85;Dels=0.00;FS=2.305;HaplotypeScore=65.2567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.599;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.960;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,25:85:95:95,0,626 chrXIV 704441 . C T 246.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DP=84;Dels=0.00;FS=13.849;HaplotypeScore=75.1741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.63;MQ0=0;MQRankSum=5.067;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,20:84:99:276,0,443 chrXIV 704444 . A C,T 742.22 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0722;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.89;MQ0=0;QD=8.53;SB=-4.752e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,16,70:87:40:802,677,662,124,0,40 chrXIV 704459 . C T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=81;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=31.3033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.483;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.734;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:175,0,504 chrXIV 704472 . G A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;DP=71;Dels=0.00;FS=14.779;HaplotypeScore=43.0296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.324;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,39:71:99:225,0,238 chrXIV 704484 . T A 53.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=61;Dels=0.00;FS=27.191;HaplotypeScore=66.2020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.176;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.334;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,15:61:83:83,0,344 chrXIV 704485 . C T 43.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;DP=59;Dels=0.00;FS=25.339;HaplotypeScore=70.0839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.419;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,15:59:73:73,0,391 chrXIV 704490 . C T 273.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=63;Dels=0.00;FS=18.641;HaplotypeScore=83.8436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.529;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,46:63:99:303,0,207 chrXIV 704495 . C A 49.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;DP=67;Dels=0.00;FS=11.638;HaplotypeScore=91.4387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.829;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.612;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,18:67:79:79,0,403 chrXIV 704501 . C T 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=65;Dels=0.00;FS=2.565;HaplotypeScore=60.6715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.11;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:222,0,279 chrXIV 704559 . T A 11.34 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=55;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=7.8627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.109;QD=0.21;ReadPosRankSum=0.765;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,15:55:41:41,0,631 chrXIV 704562 . C T 15.14 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=57;Dels=0.00;FS=1.132;HaplotypeScore=7.8627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.951;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.253;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,17:57:45:45,0,632 chrXIV 704565 . T A 16.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.420;QD=0.28;ReadPosRankSum=0.083;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,16:57:46:46,0,624 chrXIV 704569 . T C 21.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=56;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=12.5297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.782;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.807;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:56:51:51,0,644 chrXIV 704573 . A T 16.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.991;QD=0.28;ReadPosRankSum=0.728;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:58:46:46,0,532 chrXIV 704577 . A G 16.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.479;DP=60;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=12.5933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.996;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:60:46:46,0,608 chrXIV 704583 . T C 46.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.648;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:76:76,0,501 chrXIV 704694 . A G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.090;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:417,0,427 chrXIV 704766 . A C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;DP=52;Dels=0.00;FS=6.035;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.79;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.653;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:232,0,461 chrXIV 704786 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=60;Dels=0.00;FS=3.570;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:375,0,421 chrXIV 704844 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=69;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=4.1171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.601;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.176;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:671,0,488 chrXIV 705005 . C A 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.551;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:45:71:912,71,0 chrXIV 705045 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;DP=49;Dels=0.00;FS=1.248;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.351;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:49:99:308,0,560 chrXIV 705111 . G A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.280;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:543,0,415 chrXIV 705188 . G A 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.19;MQ0=0;QD=19.92;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:790,84,0 chrXIV 705191 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=39;Dels=0.00;FS=17.281;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.791;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:320,0,357 chrXIV 705204 . G A 310.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=41;Dels=0.00;FS=33.013;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.369;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.039;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:340,0,374 chrXIV 705208 . A T 335.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=40;Dels=0.00;FS=23.567;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.368;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.663;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:365,0,353 chrXIV 705221 . G A 262.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=31;Dels=0.00;FS=21.676;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.103;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.692;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:292,0,263 chrXIV 705227 . T A 304.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.298;DP=32;Dels=0.00;FS=21.676;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.469;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.320;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:334,0,257 chrXIV 705287 . T C 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;DP=29;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.376;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:167,0,240 chrXIV 705401 . T C 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=22.48;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1022,108,0 chrXIV 705451 . C T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=50;Dels=0.00;FS=4.589;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:397,0,482 chrXIV 705452 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=51;Dels=0.00;FS=4.641;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:51:99:407,0,477 chrXIV 705531 . A G 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=19.49;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1144,123,0 chrXIV 705551 . C T 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DP=63;Dels=0.00;FS=12.955;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.699;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:236,0,606 chrXIV 705555 . T G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=65;Dels=0.00;FS=8.839;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=3.205;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.162;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:65:99:524,0,218 chrXIV 705568 . G A 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DP=60;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.815;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.126;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:82:82,0,590 chrXIV 705570 . C A 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.92;MQ0=0;QD=15.09;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:93:908,93,0 chrXIV 705599 . T C 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=86;Dels=0.00;FS=12.550;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.671;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:196,0,775 chrXIV 705627 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.782;DP=97;Dels=0.00;FS=3.893;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.987;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.630;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:97:99:386,0,848 chrXIV 705631 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.682;DP=105;Dels=0.00;FS=2.376;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.208;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.086;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:377,0,807 chrXIV 705671 . T C 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=19.25;ReadPosRankSum=2.353;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:1996,210,0 chrXIV 705870 . C T 2355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;QD=19.46;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2388,252,0 chrXIV 705933 . C A 2272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.064;DP=219;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.3322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.282;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,111:219:99:2302,0,1951 chrXIV 706347 . C T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=87;Dels=0.00;FS=7.245;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.121;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:775,0,805 chrXIV 706528 . T G 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:73:235,0,73 chrXIV 706575 . A T 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=21.10;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1067,111,0 chrXIV 706720 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;DP=69;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=13.5178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.035;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:639,0,441 chrXIV 706775 . A G 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=59;Dels=0.00;FS=5.722;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:441,0,665 chrXIV 707000 . G A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=55;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:345,0,608 chrXIV 707011 . G C 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=57;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.024;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:327,0,549 chrXIV 707029 . T C 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=51;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=5.04;ReadPosRankSum=2.120;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:287,0,463 chrXIV 707137 . C T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;DP=80;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:80:99:887,0,458 chrXIV 707187 . G A 2898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=24.56;SB=-1.438e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:2931,303,0 chrXIV 707332 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;DP=63;Dels=0.00;FS=5.583;HaplotypeScore=6.6659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.336;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:63:99:320,0,619 chrXIV 707352 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=63;Dels=0.00;FS=3.634;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:388,0,587 chrXIV 707593 . G A 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1228,129,0 chrXIV 707734 . G A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=49;Dels=0.00;FS=8.671;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:275,0,433 chrXIV 707760 . T C 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;DP=41;Dels=0.00;FS=4.696;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.527;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:146,0,295 chrXIV 707765 . A G 582 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=13.86;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:69:615,69,0 chrXIV 707772 . T A 90.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=3.2355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.355;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:120,0,357 chrXIV 707773 . A C 94.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=43;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=3.2355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.042;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.550;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:124,0,344 chrXIV 708105 . C G 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;DP=38;Dels=0.00;FS=1.289;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:276,0,360 chrXIV 708352 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.911;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:582,0,348 chrXIV 708561 . C G 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DP=60;Dels=0.00;FS=14.215;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:420,0,526 chrXIV 708645 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=51;Dels=0.00;FS=2.416;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:405,0,449 chrXIV 708870 . C T 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=21.34;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:844,87,0 chrXIV 709011 . A G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=57;Dels=0.00;FS=14.821;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.333;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:586,0,314 chrXIV 709059 . T C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;DP=67;Dels=0.00;FS=4.301;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:799,0,495 chrXIV 709119 . G T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:566,0,585 chrXIV 709208 . C A 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=43;Dels=0.00;FS=13.442;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:215,0,470 chrXIV 709245 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=37;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=8.35;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:339,0,357 chrXIV 709248 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;DP=37;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=7.54;ReadPosRankSum=-2.210;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:309,0,349 chrXIV 709317 . C T 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=19.49;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:715,75,0 chrXIV 709540 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;DP=23;Dels=0.00;FS=1.713;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:217,0,144 chrXIV 709675 . G A 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=22.81;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1493,156,0 chrXIV 709827 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=56;Dels=0.00;FS=12.387;HaplotypeScore=8.3628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:457,0,477 chrXIV 709905 . C G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.181;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.501;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:318,0,249 chrXIV 709906 . T C 686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=22.13;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:719,75,0 chrXIV 709959 . T C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=39;Dels=0.00;FS=6.884;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:233,0,352 chrXIV 710081 . G A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=85;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=7.1974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:854,0,768 chrXIV 710340 . A G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=56;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:619,0,454 chrXIV 710457 . G A 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.03;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1399,144,0 chrXIV 711975 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;DP=90;Dels=0.00;FS=3.780;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.850;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:624,0,868 chrXIV 711992 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=83;Dels=0.00;FS=9.994;HaplotypeScore=4.0031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.196;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:570,0,740 chrXIV 712487 . G C 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=85;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,53:85:99:976,0,482 chrXIV 712646 . T C 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;DP=152;Dels=0.00;FS=1.761;HaplotypeScore=16.5711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,63:152:99:1207,0,1844 chrXIV 712839 . G A 1330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=146;Dels=0.00;FS=8.764;HaplotypeScore=10.9659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,78:146:99:1360,0,1391 chrXIV 712899 . G T 2636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=266;Dels=0.00;FS=7.519;HaplotypeScore=14.5376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-1.346e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,146:266:99:2666,0,2324 chrXIV 713149 . G A 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;DP=108;Dels=0.00;FS=5.882;HaplotypeScore=8.9122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.458;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:818,0,717 chrXIV 713217 . C T 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.642;DP=143;Dels=0.00;FS=2.939;HaplotypeScore=7.4541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.737;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,78:143:99:1250,0,897 chrXIV 713326 . A C 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=123;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=11.8185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.273;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:868,0,1028 chrXIV 713348 . A T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.898;DP=115;Dels=0.00;FS=3.027;HaplotypeScore=14.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.295;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:115:99:733,0,979 chrXIV 713366 . C T 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.878;DP=108;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=16.3231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:108:99:931,0,732 chrXIV 713401 . A G 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;DP=94;Dels=0.00;FS=3.889;HaplotypeScore=7.2940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=6.99;ReadPosRankSum=2.482;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:687,0,859 chrXIV 713407 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=92;Dels=0.00;FS=12.717;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.915;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:633,0,777 chrXIV 713677 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DP=77;Dels=0.00;FS=4.440;HaplotypeScore=5.3611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:529,0,580 chrXIV 713685 . T G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DP=74;Dels=0.00;FS=4.563;HaplotypeScore=5.1207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=7.47;ReadPosRankSum=-2.577;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:74:99:583,0,672 chrXIV 713775 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=100;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=6.2725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:784,0,988 chrXIV 713826 . T C 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.501;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:563,0,822 chrXIV 713844 . A C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.270;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:463,0,543 chrXIV 713866 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.465;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:438,0,443 chrXIV 713918 . C T 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=79;Dels=0.00;FS=1.943;HaplotypeScore=6.3160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.153;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:693,0,395 chrXIV 714025 . C A 1488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.565;DP=174;Dels=0.00;FS=5.459;HaplotypeScore=10.4919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,76:174:99:1518,0,2040 chrXIV 714672 . C G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=60;Dels=0.00;FS=5.267;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:513,0,478 chrXIV 715189 . T C 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DP=47;Dels=0.00;FS=6.465;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:432,0,439 chrXIV 715213 . C T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=49;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:414,0,538 chrXIV 715430 . T C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.409;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:825,0,826 chrXIV 715661 . G T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:399,0,440 chrXIV 715791 . C T 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=102;Dels=0.00;FS=1.626;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:102:99:1025,0,764 chrXIV 716055 . G A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=5.7123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:694,0,540 chrXIV 716316 . C T 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=23.61;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:81:765,81,0 chrXIV 716325 . G A 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=24.48;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:841,90,0 chrXIV 716564 . G A 221.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.79;SB=-2.327e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:254,27,0 chrXIV 716990 . C T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;DP=23;Dels=0.00;FS=2.291;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:210,0,180 chrXIV 717120 . T G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;DP=40;Dels=0.00;FS=1.635;HaplotypeScore=4.3563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.575;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:447,0,280 chrXIV 717134 . A G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DP=38;Dels=0.00;FS=4.302;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=6.03;ReadPosRankSum=2.419;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:259,0,480 chrXIV 717209 . G A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=29;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:29:99:188,0,149 chrXIV 717218 . C T 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=27;Dels=0.00;FS=3.867;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:244,0,168 chrXIV 717266 . T C 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:165,0,603 chrXIV 717379 . T C 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:107,0,510 chrXIV 717380 . T C 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=40;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.653;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:40:99:110,0,558 chrXIV 717421 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;DP=51;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=7.3481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.483;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:430,0,219 chrXIV 717440 . G A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=57;Dels=0.00;FS=3.707;HaplotypeScore=2.6742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.542;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:312,0,582 chrXIV 717465 . G C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=67;Dels=0.00;FS=6.617;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:530,0,571 chrXIV 717528 . T A 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.63;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1504,153,0 chrXIV 717551 . A G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=51;Dels=0.00;FS=4.191;HaplotypeScore=4.3393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=7.14;ReadPosRankSum=2.944;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:394,0,532 chrXIV 717731 . C A 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=19.00;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:87:850,87,0 chrXIV 717904 . A G 1629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=20.36;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1662,174,0 chrXIV 717992 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=54;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=4.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:471,0,604 chrXIV 718442 . C T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.615;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.740;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:845,0,937 chrXIV 718496 . A G 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.43;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1833,195,0 chrXIV 718667 . C T 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.49;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1992,210,0 chrXIV 718741 . G A 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=23.85;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1726,189,0 chrXIV 719201 . A C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=67;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:593,0,526 chrXIV 719586 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=66;Dels=0.00;FS=2.319;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:583,0,378 chrXIV 719595 . G A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;DP=73;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=6.9331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.667;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:73:99:704,0,395 chrXIV 719718 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=62;Dels=0.00;FS=1.066;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.335;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:333,0,572 chrXIV 719787 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=63;Dels=0.00;FS=3.837;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.396;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.257;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,42:63:99:509,0,262 chrXIV 719790 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;DP=61;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.819;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.514;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,43:61:99:510,0,242 chrXIV 719811 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=64;Dels=0.00;FS=4.011;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.81;MQ0=0;MQRankSum=-5.047;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,47:64:99:409,0,293 chrXIV 719815 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=63;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.092;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,46:63:99:383,0,272 chrXIV 719835 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=54;Dels=0.00;FS=2.665;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.809;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,39:54:99:267,0,264 chrXIV 719841 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=53;Dels=0.00;FS=2.681;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.28;MQ0=0;MQRankSum=-5.045;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,38:53:99:267,0,227 chrXIV 719874 . G A 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;DP=33;Dels=0.00;FS=5.979;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.476;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.671;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:33:99:203,0,144 chrXIV 719946 . G A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;DP=40;Dels=0.00;FS=3.009;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.566;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:400,0,225 chrXIV 719952 . G A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=40;Dels=0.00;FS=3.009;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:400,0,242 chrXIV 719985 . G A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:248,0,188 chrXIV 720135 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=55;Dels=0.00;FS=2.475;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.239;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:571,0,366 chrXIV 720381 . T C 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DP=51;Dels=0.00;FS=10.817;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.390;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:127,0,389 chrXIV 720520 . T G 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;DP=97;Dels=0.00;FS=3.577;HaplotypeScore=9.3770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.303;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:928,0,892 chrXIV 720527 . T G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.060;DP=96;Dels=0.00;FS=8.028;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=2.512;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:96:99:877,0,1076 chrXIV 720706 . A C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;DP=44;Dels=0.00;FS=18.799;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.91;MQ0=0;MQRankSum=4.300;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.786;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:417,0,266 chrXIV 720829 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=65;Dels=0.00;FS=1.444;HaplotypeScore=12.5692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=7.97;ReadPosRankSum=2.550;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:548,0,516 chrXIV 720905 . C T 495.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.992;DP=55;Dels=0.00;FS=6.598;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.172;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:525,0,418 chrXIV 721117 . C T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=38;Dels=0.00;FS=5.767;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=2.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:210,0,563 chrXIV 721219 . C T 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;DP=23;Dels=0.00;FS=4.586;HaplotypeScore=5.7230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.290;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:91:91,0,335 chrXIV 721369 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=36;Dels=0.00;FS=8.261;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:250,0,400 chrXIV 721603 . A G 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=73;Dels=0.00;FS=5.705;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.771;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:713,0,637 chrXIV 721786 . G A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.228;DP=105;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=46.7411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.772;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.973;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:105:99:622,0,832 chrXIV 721832 . T C 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.913;DP=115;Dels=0.00;FS=1.750;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.128;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.650;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,46:115:99:515,0,1353 chrXIV 721842 . T G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.833;DP=113;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.859;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.719;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:113:99:636,0,1129 chrXIV 721994 . A G 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=22.62;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1526,168,0 chrXIV 722023 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=60;Dels=0.00;FS=1.014;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.475;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:533,0,514 chrXIV 722025 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.231;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:490,0,504 chrXIV 722083 . G T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=57;Dels=0.00;FS=7.247;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.958;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.622;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:407,0,553 chrXIV 722228 . A G 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DP=63;Dels=0.00;FS=11.674;HaplotypeScore=38.1706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.228;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:63:99:351,0,722 chrXIV 722345 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;DP=72;Dels=0.00;FS=6.219;HaplotypeScore=10.5799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.340;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:72:99:381,0,692 chrXIV 722690 . A G 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=48;Dels=0.00;FS=1.424;HaplotypeScore=1.7866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:161,0,731 chrXIV 722746 . C T 999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=18.50;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1032,108,0 chrXIV 723138 . G A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=64;Dels=0.00;FS=3.454;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:494,0,506 chrXIV 723495 . C T 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=77;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=14.8328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:752,0,344 chrXIV 723580 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=54;Dels=0.00;FS=8.261;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:487,0,305 chrXIV 723584 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=48;Dels=0.00;FS=8.526;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:360,0,303 chrXIV 723593 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;DP=48;Dels=0.00;FS=6.248;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.180;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.291;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:365,0,331 chrXIV 723614 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.343;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:452,0,309 chrXIV 723962 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=61;Dels=0.00;FS=9.188;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:509,0,522 chrXIV 724160 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=62;Dels=0.00;FS=3.585;HaplotypeScore=5.7469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.035;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:410,0,514 chrXIV 724182 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.441;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.415;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:462,0,516 chrXIV 724277 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;DP=67;Dels=0.00;FS=10.844;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.044;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:424,0,797 chrXIV 724322 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DP=59;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:455,0,735 chrXIV 724364 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.480;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:468,0,405 chrXIV 724425 . A G 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=43;Dels=0.00;FS=1.167;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:484,0,300 chrXIV 724486 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;DP=74;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=5.7460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:74:99:750,0,666 chrXIV 724531 . T G 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;DP=79;Dels=0.00;FS=3.148;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.326;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:825,0,647 chrXIV 724600 . T C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=67;Dels=0.00;FS=17.573;HaplotypeScore=5.3454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.013;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:579,0,575 chrXIV 724671 . T C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;DP=91;Dels=0.00;FS=1.746;HaplotypeScore=6.1129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.765;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.067;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,36:91:99:479,0,971 chrXIV 724673 . A T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.463;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:496,0,976 chrXIV 724686 . G T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=85;Dels=0.00;FS=4.205;HaplotypeScore=4.1788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.637;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:480,0,1096 chrXIV 724724 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;DP=89;Dels=0.00;FS=3.692;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.059;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:566,0,1130 chrXIV 725092 . G C 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DP=74;Dels=0.00;FS=5.908;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.974;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:505,0,604 chrXIV 725093 . C G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=77;Dels=0.00;FS=7.607;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.913;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:497,0,728 chrXIV 725113 . T A 2074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=20.33;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2107,222,0 chrXIV 725142 . T C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.006;DP=103;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:103:99:583,0,1270 chrXIV 725367 . A G 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.450;DP=84;Dels=0.00;FS=21.406;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.035;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:723,0,767 chrXIV 725420 . T A 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.827;DP=81;Dels=0.00;FS=0.835;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.250;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:599,0,869 chrXIV 725463 . T C 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=96;Dels=0.00;FS=1.649;HaplotypeScore=11.9423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.379;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:786,0,1043 chrXIV 725512 . T C 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DP=109;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=7.7270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.167;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:109:99:679,0,1403 chrXIV 725820 . T C 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=64;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=8.6483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.563;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.725;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:468,0,532 chrXIV 725867 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;DP=80;Dels=0.00;FS=3.071;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:80:99:550,0,804 chrXIV 725883 . A C 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.996;DP=90;Dels=0.00;FS=7.048;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:659,0,907 chrXIV 725988 . C T 1374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;DP=136;Dels=0.00;FS=0.636;HaplotypeScore=17.2999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.232;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:136:99:1404,0,1121 chrXIV 726053 . C T 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;DP=101;Dels=0.00;FS=1.741;HaplotypeScore=8.8562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.958;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:101:99:1193,0,749 chrXIV 726058 . A C 1082.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.573;DP=91;Dels=0.00;FS=5.427;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=11.89;ReadPosRankSum=1.047;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:91:99:1112,0,760 chrXIV 726235 . G A 373.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=59;Dels=0.00;FS=12.157;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.382;QD=6.32;ReadPosRankSum=-3.981;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:403,0,346 chrXIV 726237 . T C 354.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=58;Dels=0.00;FS=9.115;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.930;QD=6.10;ReadPosRankSum=-3.524;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:58:99:384,0,364 chrXIV 726242 . C T 312.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=48;Dels=0.00;FS=15.660;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.163;QD=6.50;ReadPosRankSum=-5.239;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:342,0,316 chrXIV 726269 . T A 192.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.42;MQ0=0;QD=14.77;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:225,24,0 chrXIV 726271 . T A 195.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.42;MQ0=0;QD=15.00;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:228,24,0 chrXIV 726272 . T C 188.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.67;MQ0=0;QD=17.09;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24:221,24,0 chrXIV 726274 . A T 203.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.03;MQ0=0;QD=20.30;SB=-8.797e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:24:236,24,0 chrXIV 726275 . G C 199.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.03;MQ0=0;QD=19.90;SB=-8.897e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:24:232,24,0 chrXIV 726336 . C T 153.54 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.16;MQ0=6;MQRankSum=0.668;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.470;SB=-3.336e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,12:19:2:183,2,0 chrXIV 726345 . T G 226.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.49;MQ0=6;QD=9.42;SB=-5.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,19:24:27:259,27,0 chrXIV 726350 . C T 238.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.53;MQ0=6;MQRankSum=1.404;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.404;SB=-5.702e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:27:27:271,27,0 chrXIV 727111 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;DP=130;Dels=0.00;FS=19.666;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,50:130:99:508,0,1697 chrXIV 727112 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=130;Dels=0.00;FS=17.536;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,49:130:99:592,0,1756 chrXIV 727189 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.634;DP=79;Dels=0.00;FS=47.453;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.802;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.260;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,21:79:99:201,0,904 chrXIV 727231 . A C 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=56;Dels=0.00;FS=14.546;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:56:99:254,0,661 chrXIV 727273 . G A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.221;DP=67;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.904;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.133;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:456,0,638 chrXIV 727465 . C G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=63;Dels=0.00;FS=4.244;HaplotypeScore=7.3801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=4.218;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:617,0,529 chrXIV 727466 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=64;Dels=0.00;FS=4.244;HaplotypeScore=8.1141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.883;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.378;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:551,0,628 chrXIV 727505 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.161;DP=77;Dels=0.00;FS=1.308;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:508,0,814 chrXIV 727584 . C T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;DP=71;Dels=0.00;FS=6.887;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:741,0,692 chrXIV 727650 . A T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;DP=41;Dels=0.00;FS=10.995;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:314,0,358 chrXIV 727684 . T C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=46;Dels=0.00;FS=5.029;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.625;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.714;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:228,0,386 chrXIV 727708 . G A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.773;DP=62;Dels=0.00;FS=2.564;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQ0=0;MQRankSum=-5.477;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:198,0,551 chrXIV 727716 . G A 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DP=65;Dels=0.00;FS=5.850;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.964;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:167,0,565 chrXIV 727725 . T C 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=67;Dels=0.00;FS=2.455;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQ0=0;MQRankSum=-5.554;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:184,0,574 chrXIV 727758 . G A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DP=70;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.664;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.511;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:219,0,593 chrXIV 727765 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=84;Dels=0.00;FS=7.380;HaplotypeScore=9.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.898;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.498;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:84:99:178,0,766 chrXIV 727778 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;DP=102;Dels=0.00;FS=1.797;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.999;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.964;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:428,0,1009 chrXIV 727814 . G A 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DP=138;Dels=0.00;FS=7.995;HaplotypeScore=14.9902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=6.93;ReadPosRankSum=-2.131;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,72:138:99:987,0,1217 chrXIV 727817 . T G 1153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=138;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=15.9144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=3.790;QD=8.36;ReadPosRankSum=2.370;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,62:138:99:1183,0,1069 chrXIV 727862 . C T 1326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;DP=152;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=13.8132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.848;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,80:152:99:1356,0,1162 chrXIV 728049 . C A 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;DP=117;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.831;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,61:117:99:1141,0,1051 chrXIV 728246 . G A 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=120;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=7.1884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,61:120:99:1066,0,966 chrXIV 728276 . T A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.856;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.220;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:686,0,955 chrXIV 728933 . G C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DP=39;Dels=0.00;FS=2.693;HaplotypeScore=2.7286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.184;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:99:317,0,349 chrXIV 729083 . T G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=52;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.468;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:375,0,536 chrXIV 729511 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:514,0,324 chrXIV 730240 . T C 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.083;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=3.296;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:107:99:876,0,1095 chrXIV 730427 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=56;Dels=0.00;FS=3.784;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.565;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:467,0,606 chrXIV 730475 . G A 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=69;Dels=0.00;FS=9.258;HaplotypeScore=6.9297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.908;QD=11.51;ReadPosRankSum=1.514;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:824,0,303 chrXIV 730569 . A G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.519;DP=96;Dels=0.00;FS=5.105;HaplotypeScore=46.8172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.803;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.855;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:683,0,1114 chrXIV 730604 . C A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=69;Dels=0.00;FS=8.390;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.990;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.210;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:293,0,864 chrXIV 730652 . G T 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=20.19;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1083,111,0 chrXIV 730789 . A G 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=22.22;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1433,153,0 chrXIV 730853 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=69;Dels=0.00;FS=9.791;HaplotypeScore=8.7439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.757;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.152;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:735,0,486 chrXIV 730973 . A G 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=26.04;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1439,156,0 chrXIV 731054 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=72;Dels=0.00;FS=1.119;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.152;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:650,0,788 chrXIV 731081 . C T 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:76:99:772,0,727 chrXIV 731177 . A T 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.133;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:736,0,926 chrXIV 731231 . A G 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=22.26;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1680,183,0 chrXIV 731281 . C T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=71;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=3.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:428,0,639 chrXIV 731346 . C T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.323;DP=79;Dels=0.00;FS=8.278;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.851;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:79:99:699,0,677 chrXIV 731372 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=80;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.169;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:786,0,727 chrXIV 731634 . A C 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=41;Dels=0.00;FS=2.700;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.294;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:357,0,465 chrXIV 731735 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;DP=70;Dels=0.00;FS=2.119;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.300;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:487,0,614 chrXIV 731809 . T C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=78;Dels=0.00;FS=0.893;HaplotypeScore=5.6787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.414;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:78:99:811,0,493 chrXIV 731856 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=81;Dels=0.00;FS=1.890;HaplotypeScore=6.4599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=7.12;ReadPosRankSum=2.619;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:81:99:607,0,758 chrXIV 732035 . C A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:501,0,468 chrXIV 732176 . A G 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;DP=53;Dels=0.00;FS=1.156;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:394,0,294 chrXIV 732476 . T C 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:38:99:205,0,414 chrXIV 732854 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=50;Dels=0.00;FS=8.902;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.980;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:368,0,390 chrXIV 732856 . A C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=53;Dels=0.00;FS=8.661;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.803;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.246;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:53:99:372,0,383 chrXIV 733142 . C T 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=23;Dels=0.00;FS=14.428;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.585;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:164,0,210 chrXIV 733231 . G A 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.438;DP=81;Dels=0.00;FS=14.254;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.623;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:695,0,580 chrXIV 733303 . T A 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.278;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:89:99:920,0,570 chrXIV 733411 . T G 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=44;Dels=0.00;FS=11.196;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.047;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:386,0,306 chrXIV 733695 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.487;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:315,0,199 chrXIV 734073 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=32;Dels=0.00;FS=3.583;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:321,0,209 chrXIV 734279 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;DP=58;Dels=0.00;FS=20.444;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.797;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:410,0,609 chrXIV 734296 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DP=52;Dels=0.00;FS=15.943;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.147;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:390,0,550 chrXIV 734519 . C T 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=43;Dels=0.00;FS=4.425;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:327,0,356 chrXIV 734746 . G A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DP=58;Dels=0.00;FS=5.673;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.719;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:503,0,518 chrXIV 734887 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:538,0,286 chrXIV 734913 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.377;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:355,0,400 chrXIV 734975 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;DP=41;Dels=0.00;FS=16.734;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.150;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:264,0,473 chrXIV 735047 . T C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=55;Dels=0.00;FS=12.183;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.244;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:500,0,456 chrXIV 735112 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:331,0,401 chrXIV 735174 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=40;Dels=0.00;FS=4.575;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.813;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:275,0,382 chrXIV 735241 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=52;Dels=0.00;FS=4.031;HaplotypeScore=5.6326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.762;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:422,0,399 chrXIV 735440 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.852;DP=72;Dels=0.00;FS=3.228;HaplotypeScore=8.9311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:590,0,666 chrXIV 735817 . A G 1680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=159;Dels=0.00;FS=2.801;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.653;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,85:159:99:1710,0,1085 chrXIV 735834 . A T 1442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;DP=148;Dels=0.00;FS=19.526;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.002;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,78:148:99:1472,0,1388 chrXIV 735856 . G A 1221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.117;DP=129;Dels=0.00;FS=16.579;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.303;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,71:129:99:1251,0,1164 chrXIV 735889 . C T 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DP=110;Dels=0.00;FS=18.138;HaplotypeScore=5.5595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.798;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,60:110:99:933,0,1007 chrXIV 735893 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DP=100;Dels=0.00;FS=22.561;HaplotypeScore=3.9822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.211;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.704;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:696,0,1034 chrXIV 736014 . C T 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:101:99:933,0,559 chrXIV 736035 . C A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;DP=89;Dels=0.00;FS=8.824;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:670,0,467 chrXIV 736065 . A G 554.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=81;Dels=0.00;FS=6.189;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.506;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:81:99:584,0,434 chrXIV 736111 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DP=69;Dels=0.00;FS=2.029;HaplotypeScore=10.2102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.069;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:626,0,578 chrXIV 736153 . A C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=73;Dels=0.00;FS=12.525;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:574,0,798 chrXIV 736251 . T C 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;DP=99;Dels=0.00;FS=1.611;HaplotypeScore=11.7079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.939;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.014;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:491,0,1094 chrXIV 736287 . T C 343.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.706;DP=105;Dels=0.00;FS=1.711;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-6.753;QD=3.27;ReadPosRankSum=-2.370;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:105:99:373,0,1309 chrXIV 736290 . G C 312.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=103;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-6.571;QD=3.03;ReadPosRankSum=-2.334;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:342,0,1264 chrXIV 736291 . C G 299.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=104;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.803;QD=2.88;ReadPosRankSum=-2.301;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:104:99:329,0,1263 chrXIV 736308 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;DP=110;Dels=0.00;FS=4.390;HaplotypeScore=5.8041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-6.739;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,44:110:99:234,0,1400 chrXIV 736327 . T A 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=94;Dels=0.00;FS=6.515;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.402;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.790;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,33:94:99:143,0,1367 chrXIV 736429 . C T 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.753;DP=63;Dels=0.00;FS=4.474;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=14.65;ReadPosRankSum=-1.691;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:953,0,439 chrXIV 736458 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=65;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.789;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:65:99:656,0,484 chrXIV 736460 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=71;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.106;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.778;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:685,0,489 chrXIV 736686 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DP=85;Dels=0.00;FS=7.938;HaplotypeScore=4.8256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:85:99:681,0,847 chrXIV 736739 . A G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=92;Dels=0.00;FS=5.773;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.348;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:712,0,956 chrXIV 736767 . T A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;DP=69;Dels=0.00;FS=8.842;HaplotypeScore=4.7281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:720,0,586 chrXIV 736790 . T C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=65;Dels=0.00;FS=3.745;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.530;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:709,0,419 chrXIV 736802 . A T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.351;DP=63;Dels=0.00;FS=3.774;HaplotypeScore=4.7759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.538;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:697,0,433 chrXIV 736859 . G A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;DP=68;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:555,0,491 chrXIV 736950 . G C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=6.98;ReadPosRankSum=-2.257;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:379,0,509 chrXIV 737054 . G T 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=48;Dels=0.00;FS=8.331;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.918;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:298,0,641 chrXIV 737061 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;DP=55;Dels=0.00;FS=5.658;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:367,0,763 chrXIV 737126 . A C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DP=49;Dels=0.00;FS=4.354;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=2.353;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.206;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:473,0,492 chrXIV 737156 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;DP=51;Dels=0.00;FS=3.917;HaplotypeScore=7.6321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.557;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:411,0,526 chrXIV 737202 . A G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.630;DP=61;Dels=0.00;FS=2.220;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.653;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:390,0,820 chrXIV 737420 . A T 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=22.54;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1295,135,0 chrXIV 737565 . A G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;DP=65;Dels=0.00;FS=6.909;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.133;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:541,0,775 chrXIV 737636 . C T 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DP=64;Dels=0.00;FS=17.077;HaplotypeScore=5.4656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=11.58;ReadPosRankSum=1.777;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:64:99:771,0,287 chrXIV 737846 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.049;QD=5.39;ReadPosRankSum=-2.134;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:434,0,593 chrXIV 737861 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.599;DP=66;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.058;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:384,0,699 chrXIV 737900 . A G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=80;Dels=0.00;FS=4.319;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:510,0,816 chrXIV 737930 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;DP=85;Dels=0.00;FS=12.876;HaplotypeScore=5.7405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.795;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:667,0,901 chrXIV 738000 . C A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:445,0,251 chrXIV 738020 . A G 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;DP=43;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.367;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.122;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:43:99:298,0,176 chrXIV 738023 . A C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DP=44;Dels=0.00;FS=2.837;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.131;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:44:99:305,0,223 chrXIV 738132 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=49;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:469,0,449 chrXIV 738251 . A T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=65;Dels=0.00;FS=13.335;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.501;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:465,0,761 chrXIV 738340 . G A 1076.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;DP=83;Dels=0.00;FS=3.546;HaplotypeScore=5.6047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.978;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.124;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,52:83:99:1106,0,592 chrXIV 738443 . C T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=54;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.047;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:54:99:472,0,459 chrXIV 738533 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DP=86;Dels=0.00;FS=9.568;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.229;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:784,0,847 chrXIV 738536 . G A 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=88;Dels=0.00;FS=11.629;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-4.269;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:850,0,908 chrXIV 738545 . G A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=87;Dels=0.00;FS=7.736;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.09;MQ0=0;MQRankSum=-4.998;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.340;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:87:99:715,0,843 chrXIV 738554 . T G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.224;DP=84;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.857;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.749;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:627,0,861 chrXIV 738591 . A G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=99;Dels=0.00;FS=19.181;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=-7.350;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.540;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:99:99:511,0,1083 chrXIV 738603 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=115;Dels=0.00;FS=10.581;HaplotypeScore=5.6594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQ0=0;MQRankSum=-8.504;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:115:99:618,0,1051 chrXIV 738607 . A C 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=115;Dels=0.00;FS=8.731;HaplotypeScore=5.7141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQ0=0;MQRankSum=-8.575;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:115:99:655,0,929 chrXIV 738645 . C G 557.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.009;DP=112;Dels=0.00;FS=10.278;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.33;MQ0=0;MQRankSum=-9.114;QD=4.97;ReadPosRankSum=2.191;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:587,0,949 chrXIV 738646 . G C 568.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=112;Dels=0.00;FS=10.278;HaplotypeScore=2.6287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.33;MQ0=0;MQRankSum=-9.114;QD=5.07;ReadPosRankSum=2.267;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:598,0,998 chrXIV 738651 . C A 645.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=120;Dels=0.00;FS=5.661;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.14;MQ0=0;MQRankSum=-9.154;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.580;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,65:120:99:675,0,1055 chrXIV 738674 . T A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.080;DP=102;Dels=0.00;FS=0.745;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQ0=0;MQRankSum=-7.915;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,59:102:99:588,0,817 chrXIV 738697 . C A 300.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.544;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.260;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:330,0,783 chrXIV 738706 . A G 277.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=67;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.986;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.796;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:307,0,826 chrXIV 738707 . C A 292.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.453;DP=65;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.425;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.446;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:322,0,722 chrXIV 738758 . T A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;DP=53;Dels=0.00;FS=4.145;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:300,0,585 chrXIV 738768 . C A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=61;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:371,0,661 chrXIV 738775 . C T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=61;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.315;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:407,0,529 chrXIV 738859 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;DP=61;Dels=0.00;FS=5.480;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.573;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:318,0,698 chrXIV 738881 . A T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.785;DP=64;Dels=0.00;FS=2.146;HaplotypeScore=8.0688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:401,0,633 chrXIV 738952 . A G 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.320;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.233;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:77:99:562,0,783 chrXIV 738960 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=83;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.892;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.322;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:83:99:595,0,752 chrXIV 739015 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=94;Dels=0.00;FS=6.915;HaplotypeScore=5.3657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.824;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:502,0,1290 chrXIV 739084 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.834;DP=48;Dels=0.00;FS=4.201;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.746;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.182;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:320,0,584 chrXIV 739126 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;DP=43;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.616;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:322,0,357 chrXIV 739253 . A G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;DP=41;Dels=0.00;FS=54.070;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.866;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.389;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:326,0,294 chrXIV 739568 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;DP=42;Dels=0.00;FS=3.675;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.432;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:400,0,324 chrXIV 739611 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;DP=49;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=4.7933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:476,0,457 chrXIV 739896 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=72;Dels=0.00;FS=6.729;HaplotypeScore=6.4472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.882;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.845;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:72:99:802,0,368 chrXIV 740080 . C A 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=78;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:905,0,680 chrXIV 740385 . A T 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;DP=104;Dels=0.00;FS=3.704;HaplotypeScore=11.6838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:819,0,1024 chrXIV 740460 . C T 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;DP=100;Dels=0.00;FS=3.820;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.495;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:696,0,781 chrXIV 740592 . C T 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DP=104;Dels=0.00;FS=6.339;HaplotypeScore=17.2070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.814;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.210;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:765,0,920 chrXIV 740598 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.897;DP=93;Dels=0.00;FS=2.753;HaplotypeScore=12.0689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=6.76;ReadPosRankSum=2.277;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:93:99:659,0,897 chrXIV 740614 . A T 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=97;Dels=0.00;FS=5.194;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.518;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:97:99:734,0,846 chrXIV 740796 . A G 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=54;Dels=0.00;FS=6.495;HaplotypeScore=7.7384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:398,0,194 chrXIV 741004 . A G 1236 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=54;Dels=0.00;FS=6.438;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=22.89;ReadPosRankSum=2.359;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1269,135,0 chrXIV 741108 . T G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DP=27;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=4.2063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=8.63;ReadPosRankSum=2.171;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:263,0,278 chrXIV 741378 . G C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=6.6605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.054;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:34:99:243,0,287 chrXIV 741432 . A G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=27;Dels=0.00;FS=9.181;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.635;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:221,0,228 chrXIV 741479 . A G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DP=31;Dels=0.00;FS=1.385;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:174,0,358 chrXIV 741663 . A G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;DP=37;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:375,0,316 chrXIV 742180 . G A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.333;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,60:113:99:1069,0,798 chrXIV 742206 . T C 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DP=114;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=6.5749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:114:99:981,0,1005 chrXIV 742217 . G C 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.682;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:110:99:926,0,964 chrXIV 742235 . T A 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=106;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.818;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:946,0,904 chrXIV 742451 . A G 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.289;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:775,0,621 chrXIV 742485 . T C 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DP=81;Dels=0.00;FS=9.335;HaplotypeScore=8.2742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:81:99:689,0,749 chrXIV 742517 . C G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=120;Dels=0.00;FS=7.016;HaplotypeScore=7.8617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.196;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:120:99:633,0,1310 chrXIV 742540 . G A 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.723;DP=159;Dels=0.00;FS=2.078;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.432;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,76:159:99:1119,0,1630 chrXIV 742676 . T G 1127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=115;Dels=0.00;FS=4.874;HaplotypeScore=10.5201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.139;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,64:115:99:1157,0,910 chrXIV 742703 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DP=78;Dels=0.00;FS=9.815;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:78:99:649,0,802 chrXIV 742733 . C A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DP=62;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.154;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:514,0,650 chrXIV 742739 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.645;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.705;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:485,0,635 chrXIV 742767 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.914;DP=68;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.149;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:427,0,789 chrXIV 742847 . C T 1211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;DP=138;Dels=0.00;FS=5.998;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,66:138:99:1241,0,1345 chrXIV 743034 . G A 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=49;Dels=0.00;FS=8.093;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:306,0,489 chrXIV 743053 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=43;Dels=0.00;FS=5.100;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.194;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:226,0,469 chrXIV 743089 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.067;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:61:99:537,0,487 chrXIV 743137 . T C 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=99;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.672;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:776,0,929 chrXIV 743177 . C T 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.252;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.395;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,50:130:99:889,0,1397 chrXIV 743235 . T C 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.319;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,51:128:99:911,0,1623 chrXIV 743262 . C A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.615;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.052;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:811,0,1263 chrXIV 743408 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DP=82;Dels=0.00;FS=6.356;HaplotypeScore=4.8287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.712;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:578,0,920 chrXIV 743430 . A G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=89;Dels=0.00;FS=7.687;HaplotypeScore=3.6557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.269;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:556,0,911 chrXIV 743434 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=87;Dels=0.00;FS=4.300;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.256;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:581,0,970 chrXIV 743441 . T G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;DP=82;Dels=0.00;FS=5.985;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:458,0,993 chrXIV 743548 . T A 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=163;Dels=0.00;FS=16.585;HaplotypeScore=15.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,66:163:99:1018,0,1823 chrXIV 743624 . G A 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;DP=123;Dels=0.00;FS=11.564;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=3.959;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:123:99:1282,0,1082 chrXIV 743679 . G C 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=76;Dels=0.00;FS=3.396;HaplotypeScore=8.7160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.669;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:76:99:829,0,490 chrXIV 743709 . C T 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DP=93;Dels=0.00;FS=5.459;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.376;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,55:93:99:885,0,639 chrXIV 743736 . C A 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=84;Dels=0.00;FS=4.213;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.734;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.418;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:802,0,757 chrXIV 743766 . A C 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DP=86;Dels=0.00;FS=1.820;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.059;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:86:99:476,0,962 chrXIV 743791 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DP=59;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.390;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:59:99:290,0,846 chrXIV 743793 . G A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;DP=58;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.606;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:58:99:280,0,837 chrXIV 743834 . T C 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.834;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.115;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,16:60:99:128,0,844 chrXIV 743855 . C T 242.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-7.280;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.761;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,26:84:99:272,0,1038 chrXIV 743856 . A G 238.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-7.300;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.001;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,26:84:99:268,0,1084 chrXIV 743863 . A G 235.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-7.214;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,31:94:99:265,0,1146 chrXIV 743877 . A G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-6.394;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,39:110:99:461,0,1298 chrXIV 743903 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=114;Dels=0.01;FS=1.814;HaplotypeScore=5.9544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.941;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,46:113:99:506,0,1247 chrXIV 743905 . C A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.517;DP=110;Dels=0.01;FS=0.843;HaplotypeScore=5.9544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.471;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:109:99:522,0,1251 chrXIV 743970 . C A 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=69;Dels=0.00;FS=3.224;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:761,0,594 chrXIV 744001 . A C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.159;DP=54;Dels=0.00;FS=3.878;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:556,0,564 chrXIV 744011 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;DP=50;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:376,0,562 chrXIV 744028 . G C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=36;Dels=0.00;FS=4.077;HaplotypeScore=3.4060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.359;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:238,0,336 chrXIV 744031 . T G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=35;Dels=0.00;FS=1.884;HaplotypeScore=3.4060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.054;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:35:99:229,0,368 chrXIV 744101 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DP=44;Dels=0.00;FS=24.153;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.360;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:263,0,514 chrXIV 744105 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=52;Dels=0.00;FS=16.519;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.910;QD=4.02;ReadPosRankSum=-2.630;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:52:99:239,0,578 chrXIV 744115 . G A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=46;Dels=0.00;FS=36.931;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.768;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:391,0,483 chrXIV 744147 . A G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=66;Dels=0.00;FS=29.819;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.862;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.415;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:598,0,535 chrXIV 744183 . G A 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.660;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.169;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:91:99:1018,0,752 chrXIV 744202 . T A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=92;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.981;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:769,0,999 chrXIV 744204 . G C 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=93;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.512;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:93:99:760,0,1031 chrXIV 744238 . A G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=79;Dels=0.00;FS=16.772;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:670,0,810 chrXIV 744305 . C T 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:303,0,209 chrXIV 744345 . T C 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=30;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.077;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.109;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:216,0,245 chrXIV 744347 . T C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.284;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:215,0,245 chrXIV 744471 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=39;Dels=0.00;FS=3.119;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:261,0,235 chrXIV 744823 . C T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=39;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:193,0,473 chrXIV 744856 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;DP=30;Dels=0.00;FS=5.636;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:30:99:322,0,182 chrXIV 744887 . T C 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;DP=25;Dels=0.00;FS=9.558;HaplotypeScore=1.4450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:254,0,194 chrXIV 744963 . T C 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=33;Dels=0.00;FS=3.387;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.669;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:269,0,233 chrXIV 745002 . C T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=8.44;ReadPosRankSum=-3.304;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:376,0,365 chrXIV 745289 . C T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=47;Dels=0.00;FS=8.409;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:393,0,492 chrXIV 745341 . C T 293.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DP=43;Dels=0.00;FS=1.161;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:323,0,308 chrXIV 745342 . A G 744 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=17.71;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:777,84,0 chrXIV 745347 . G A 174.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:204,0,318 chrXIV 745390 . A T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:367,0,433 chrXIV 745494 . A G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=42;Dels=0.00;FS=9.322;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.717;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:283,0,530 chrXIV 745524 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=50;Dels=0.00;FS=2.578;HaplotypeScore=8.7795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:50:99:457,0,483 chrXIV 745595 . T C 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=3.837;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=22.01;ReadPosRankSum=1.686;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1684,186,0 chrXIV 745867 . A G 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DP=85;Dels=0.00;FS=5.763;HaplotypeScore=9.5618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.749;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:85:99:805,0,695 chrXIV 745944 . A C 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=90;Dels=0.00;FS=7.654;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.150;QD=9.47;ReadPosRankSum=2.504;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:882,0,885 chrXIV 746105 . C G 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.424;DP=70;Dels=0.00;FS=2.012;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.133;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:799,0,559 chrXIV 746230 . T C 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=92;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=7.2267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.90;MQ0=0;MQRankSum=-4.808;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.181;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:92:99:870,0,651 chrXIV 746238 . A G 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=88;Dels=0.00;FS=1.886;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.917;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.702;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:88:99:809,0,625 chrXIV 746245 . T G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=84;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=6.5011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.514;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.201;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:761,0,467 chrXIV 746254 . T G 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.65;MQ0=0;QD=17.24;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1257,138,0 chrXIV 746277 . G A 373.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=60;Dels=0.02;FS=4.006;HaplotypeScore=40.1059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.979;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,39:59:99:403,0,255 chrXIV 746278 . T G 225.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DP=61;Dels=0.02;FS=1.771;HaplotypeScore=40.8398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.68;MQ0=0;MQRankSum=2.546;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.731;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,18:60:99:255,0,361 chrXIV 746282 . T A 239 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;DP=49;Dels=0.00;FS=7.214;HaplotypeScore=15.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.07;MQ0=0;MQRankSum=3.211;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,19:49:30:272,30,0 chrXIV 746283 . T G 264 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.07;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=5.39;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:49:33:297,33,0 chrXIV 746338 . G T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DP=82;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.572;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:547,0,486 chrXIV 746361 . C T 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DP=93;Dels=0.00;FS=1.732;HaplotypeScore=1.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.548;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.857;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:93:99:626,0,539 chrXIV 746386 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;DP=84;Dels=0.00;FS=2.915;HaplotypeScore=3.3558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.260;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:640,0,475 chrXIV 746416 . G C 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DP=75;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=55.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.686;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:87:798,87,0 chrXIV 746422 . A G 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.77;MQ0=0;QD=8.99;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:87:770,87,0 chrXIV 746431 . A G 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=80;Dels=0.00;FS=3.021;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=9.85;ReadPosRankSum=2.388;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:90:821,90,0 chrXIV 746539 . G A 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.562;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:294,0,631 chrXIV 746543 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=3.019;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.560;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:611,0,333 chrXIV 746557 . A C 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.021;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:245,0,490 chrXIV 746569 . C G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.327;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.806;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:38:99:213,0,370 chrXIV 746594 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=43;Dels=0.00;FS=2.648;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQ0=0;MQRankSum=-4.639;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:239,0,416 chrXIV 746613 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=46;Dels=0.00;FS=7.252;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.365;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.394;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:386,0,306 chrXIV 746653 . G A 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=73;Dels=0.00;FS=4.756;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.655;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.002;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,47:73:99:749,0,534 chrXIV 746722 . A G 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.671;QD=3.56;ReadPosRankSum=-2.713;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:343,0,903 chrXIV 746741 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.688;DP=78;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.546;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,26:78:99:210,0,898 chrXIV 746746 . C T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.746;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.124;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,28:81:99:194,0,919 chrXIV 746866 . T C 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;DP=118;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=10.5325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.458;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:118:99:1003,0,1441 chrXIV 746926 . C T 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=143;Dels=0.00;FS=3.138;HaplotypeScore=11.6893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,55:143:99:930,0,1827 chrXIV 746927 . G T 1775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.251;DP=143;Dels=0.00;FS=3.145;HaplotypeScore=8.5346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=2.538;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.678;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,87:143:99:1805,0,873 chrXIV 746951 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=127;Dels=0.00;FS=3.707;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.868;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,53:127:99:714,0,1681 chrXIV 746952 . T C 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=129;Dels=0.00;FS=2.165;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.843;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,54:129:99:721,0,1643 chrXIV 747081 . A G 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;DP=107;Dels=0.00;FS=1.650;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.536;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,41:107:99:757,0,1177 chrXIV 747212 . T C 1336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.833;DP=167;Dels=0.00;FS=1.371;HaplotypeScore=13.7585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,72:167:99:1366,0,1838 chrXIV 747242 . C T 1215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.155;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=9.35;ReadPosRankSum=2.243;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,59:130:99:1245,0,1215 chrXIV 747434 . A C 379.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.701;DP=67;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.854;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.439;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:409,0,723 chrXIV 747437 . T A 347.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=67;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.991;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:377,0,620 chrXIV 747443 . T C 368.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;DP=68;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.331;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:398,0,617 chrXIV 747445 . C T 312.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;DP=69;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:342,0,664 chrXIV 747531 . A G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=62;Dels=0.00;FS=9.206;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.082;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:672,0,358 chrXIV 747684 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;DP=80;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=5.6767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:784,0,629 chrXIV 747711 . C A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=62;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=4.9783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.892;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.094;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:348,0,678 chrXIV 747725 . G A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.571;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:332,0,629 chrXIV 747750 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=53;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:367,0,517 chrXIV 747936 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=59;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:493,0,573 chrXIV 748118 . T C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DP=77;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=10.4194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.412;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:77:99:804,0,451 chrXIV 748253 . G A 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=2.109;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.270;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1025,0,638 chrXIV 748614 . T A 1819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;DP=179;Dels=0.00;FS=3.488;HaplotypeScore=14.5608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=2.316;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.056;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,100:179:99:1849,0,1396 chrXIV 748720 . T G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.426;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:747,0,1083 chrXIV 748773 . T C 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;DP=105;Dels=0.00;FS=0.789;HaplotypeScore=8.4454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:105:99:631,0,1050 chrXIV 748858 . T C 1302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.861;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,66:137:99:1332,0,1195 chrXIV 748885 . T G 1194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.230;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,59:127:99:1224,0,1308 chrXIV 748937 . A G 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;DP=120;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=21.6399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.477;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:120:99:923,0,884 chrXIV 749032 . G A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;DP=94;Dels=0.00;FS=3.944;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.663;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:698,0,919 chrXIV 749042 . A G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.005;DP=92;Dels=0.00;FS=5.380;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.132;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.425;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:633,0,991 chrXIV 749048 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=98;Dels=0.00;FS=1.668;HaplotypeScore=11.1897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.711;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.746;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:579,0,955 chrXIV 749073 . T C 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.314;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.728;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.368;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:758,0,1054 chrXIV 749270 . C T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:374,0,410 chrXIV 749402 . T C 2213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=24.05;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2246,237,0 chrXIV 749410 . G A 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=80;Dels=0.00;FS=4.798;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.954;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.221;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:666,0,910 chrXIV 749415 . C T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=78;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.019;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:595,0,854 chrXIV 749467 . G T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DP=52;Dels=0.00;FS=25.563;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.538;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.010;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:208,0,425 chrXIV 749472 . T C 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=13.44;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:75:678,75,0 chrXIV 749513 . C G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=40;Dels=0.00;FS=20.668;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:40:99:309,0,192 chrXIV 749541 . T C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=31;Dels=0.00;FS=6.107;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=9.16;ReadPosRankSum=2.428;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:314,0,182 chrXIV 749652 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.598;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:346,0,587 chrXIV 749661 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.062;DP=78;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.001;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.080;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:556,0,770 chrXIV 749724 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.012;DP=120;Dels=0.00;FS=8.589;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.834;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.428;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,59:120:99:738,0,1274 chrXIV 749727 . A C 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=121;Dels=0.00;FS=7.033;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.745;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.205;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:121:99:756,0,1183 chrXIV 749981 . T C 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.023;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:108:99:962,0,1099 chrXIV 750028 . C T 1540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DP=155;Dels=0.00;FS=5.878;HaplotypeScore=11.5019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,85:155:99:1570,0,1236 chrXIV 750232 . T G 1338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DP=180;Dels=0.00;FS=2.582;HaplotypeScore=8.3373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.386;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,85:180:99:1368,0,1867 chrXIV 750252 . G T 1671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DP=217;Dels=0.00;FS=3.023;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.748;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,104:217:99:1701,0,2196 chrXIV 750427 . T C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;DP=75;Dels=0.00;FS=4.715;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.576;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.411;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:75:99:449,0,904 chrXIV 750473 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;DP=99;Dels=0.00;FS=5.645;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.496;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:661,0,733 chrXIV 750481 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=1.927;QD=5.50;ReadPosRankSum=-2.740;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,60:119:99:685,0,761 chrXIV 750684 . T C 499.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;DP=83;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=9.3936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.01;MQ0=0;MQRankSum=-6.667;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:529,0,779 chrXIV 750686 . G A 487.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;DP=81;Dels=0.00;FS=10.097;HaplotypeScore=7.1370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQ0=0;MQRankSum=-6.420;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:81:99:517,0,767 chrXIV 750691 . T C 433.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=89;Dels=0.00;FS=18.928;HaplotypeScore=11.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.30;MQ0=0;MQRankSum=-6.346;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.933;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:89:99:463,0,903 chrXIV 750702 . C T 259.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;DP=89;Dels=0.00;FS=37.341;HaplotypeScore=10.0258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.806;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:89:99:289,0,744 chrXIV 750706 . A T 234.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=84;Dels=0.00;FS=45.185;HaplotypeScore=10.8145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.19;MQ0=0;MQRankSum=-5.313;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.289;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:84:99:264,0,836 chrXIV 750714 . C T 176.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.029;DP=83;Dels=0.00;FS=44.249;HaplotypeScore=4.2350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQ0=0;MQRankSum=-4.515;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.228;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,27:83:99:206,0,856 chrXIV 750716 . T C 150.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;DP=83;Dels=0.00;FS=44.731;HaplotypeScore=3.4463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQ0=0;MQRankSum=-4.914;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,27:83:99:180,0,883 chrXIV 750721 . T C 170.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;DP=89;Dels=0.00;FS=55.391;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.630;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,30:89:99:200,0,894 chrXIV 750732 . A G 161.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=89;Dels=0.00;FS=55.981;HaplotypeScore=8.6875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.437;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,28:89:99:191,0,910 chrXIV 750743 . C A 50.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=86;Dels=0.00;FS=57.472;HaplotypeScore=7.9826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.230;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.411;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:86:80:80,0,1009 chrXIV 750744 . C T 53.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DP=86;Dels=0.00;FS=60.892;HaplotypeScore=8.7165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.27;MQ0=0;MQRankSum=-4.976;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.537;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,23:86:83:83,0,1039 chrXIV 750761 . C T 67.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;DP=81;Dels=0.00;FS=44.170;HaplotypeScore=21.4268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.062;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,23:81:97:97,0,1074 chrXIV 750763 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=83;Dels=0.00;FS=0.840;HaplotypeScore=19.7223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.55;MQ0=0;MQRankSum=4.561;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.886;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:83:99:612,0,540 chrXIV 750775 . A G 41.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DP=77;Dels=0.00;FS=51.885;HaplotypeScore=52.3697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.97;MQ0=1;MQRankSum=-3.867;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.350;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,16:77:71:71,0,1184 chrXIV 750776 . T C 35.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;DP=76;Dels=0.00;FS=53.572;HaplotypeScore=52.3697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.77;MQ0=1;MQRankSum=-4.116;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.112;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,16:76:65:65,0,1180 chrXIV 750779 . T G 364.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;DP=75;Dels=0.00;FS=52.630;HaplotypeScore=51.8444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.25;MQ0=1;MQRankSum=-4.326;QD=4.85;ReadPosRankSum=2.111;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:75:99:394,0,619 chrXIV 750821 . T C 19.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=55;Dels=0.00;FS=42.952;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.81;MQ0=1;MQRankSum=-4.026;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.572;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,12:55:49:49,0,884 chrXIV 750833 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=50;Dels=0.00;FS=35.644;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.66;MQ0=1;MQRankSum=-4.631;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.306;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:62:62,0,751 chrXIV 750840 . G A 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=47;Dels=0.00;FS=32.818;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQ0=1;MQRankSum=-4.691;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:47:47:47,0,687 chrXIV 750848 . G A 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=45;Dels=0.00;FS=28.999;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQ0=1;MQRankSum=-4.862;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.489;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:45:51:51,0,668 chrXIV 750867 . G A 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;DP=37;Dels=0.00;FS=22.272;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.68;MQ0=1;MQRankSum=-4.446;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.688;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:47:47,0,486 chrXIV 750875 . A C 75.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DP=36;Dels=0.00;FS=27.031;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.137;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:105,0,460 chrXIV 750888 . G A 107.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=34;Dels=0.00;FS=27.313;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.503;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:137,0,350 chrXIV 750902 . A G 83.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=30;Dels=0.00;FS=21.364;HaplotypeScore=9.7128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.178;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.561;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:113,0,288 chrXIV 750905 . A G 170.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=35;Dels=0.00;FS=1.671;HaplotypeScore=12.0467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.808;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.645;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:200,0,252 chrXIV 750914 . C T 72.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DP=32;Dels=0.00;FS=29.808;HaplotypeScore=8.2845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.003;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.246;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:102,0,345 chrXIV 750915 . C T 71.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=32;Dels=0.00;FS=29.808;HaplotypeScore=4.5645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.494;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.322;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:101,0,339 chrXIV 750961 . C T 68.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=38;Dels=0.00;FS=43.449;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.27;MQ0=1;MQRankSum=-3.803;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:98:98,0,336 chrXIV 751004 . T C 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DP=34;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.951;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:110,0,365 chrXIV 751013 . A G 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DP=31;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=9.0228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.05;MQ0=0;MQRankSum=-4.255;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.942;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:31:67:67,0,301 chrXIV 751019 . A T 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=34;Dels=0.00;FS=11.716;HaplotypeScore=9.0133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.09;MQ0=1;MQRankSum=-1.872;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.286;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,7:34:61:61,0,382 chrXIV 751102 . T C 234.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;DP=57;Dels=0.00;FS=4.144;HaplotypeScore=9.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.34;MQ0=10;MQRankSum=-3.071;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:264,0,375 chrXIV 751382 . A G 53.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=54;Dels=0.00;FS=14.389;HaplotypeScore=9.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.66;MQ0=5;MQRankSum=1.786;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,8:54:83:83,0,547 chrXIV 751472 . G T 395.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.620;DP=70;Dels=0.00;FS=2.408;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.63;MQ0=11;MQRankSum=-0.649;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:70:99:425,0,453 chrXIV 751637 . G A 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;DP=50;Dels=0.00;FS=4.249;HaplotypeScore=3.9609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQ0=1;MQRankSum=3.642;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:284,0,575 chrXIV 751674 . T C 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=47;Dels=0.00;FS=3.519;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.590;QD=0.22;ReadPosRankSum=1.033;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,8:47:40:40,0,655 chrXIV 751703 . C A 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=63;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=11.2283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.17;MQ0=2;MQRankSum=-3.740;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.321;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:63:89:89,0,491 chrXIV 751721 . G A 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.701;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQ0=2;MQRankSum=-4.874;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:145,0,566 chrXIV 751807 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DP=102;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=25.5879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQ0=1;MQRankSum=-0.567;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:655,0,1249 chrXIV 751913 . T G 115.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DP=48;Dels=0.00;FS=3.105;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.78;MQ0=2;MQRankSum=-3.890;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:99:145,0,637 chrXIV 751925 . C G 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.55;MQ0=2;QD=20.27;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1148,126,0 chrXIV 752030 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.930;DP=75;Dels=0.00;FS=3.426;HaplotypeScore=4.9055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.090;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:75:99:603,0,867 chrXIV 752069 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DP=83;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.021;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:560,0,804 chrXIV 752082 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.486;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.683;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:94:99:500,0,993 chrXIV 752111 . T A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.564;DP=92;Dels=0.00;FS=1.805;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.700;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:92:99:458,0,888 chrXIV 752169 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=64;Dels=0.00;FS=3.533;HaplotypeScore=11.2997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.094;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:416,0,507 chrXIV 752223 . C G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;DP=58;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=12.3144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:334,0,486 chrXIV 752316 . C T 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:124:99:805,0,1144 chrXIV 752474 . T C 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=69;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=4.8721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQ0=2;MQRankSum=-4.795;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.994;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,12:69:99:104,0,1102 chrXIV 752591 . A G 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DP=67;Dels=0.00;FS=3.385;HaplotypeScore=2.3001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=1;MQRankSum=-3.091;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.372;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:623,0,551 chrXIV 752737 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.623;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.493;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:508,0,541 chrXIV 752756 . T C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.713;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:60:99:489,0,497 chrXIV 752936 . A T 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=19.11;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1046,114,0 chrXIV 752968 . C T 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=17.72;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1433,153,0 chrXIV 753290 . G A 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.232;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.009;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:360,0,492 chrXIV 753318 . T G 310.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;DP=63;Dels=0.00;FS=2.121;HaplotypeScore=5.5447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.873;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.704;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:63:99:340,0,736 chrXIV 753322 . C T 240.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=59;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=4.8654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=-6.527;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.235;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:270,0,675 chrXIV 753325 . C T 217.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=58;Dels=0.00;FS=2.244;HaplotypeScore=4.8654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.453;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.502;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:247,0,694 chrXIV 753340 . T C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=58;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.164;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.828;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:305,0,545 chrXIV 753342 . C G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=57;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQ0=0;MQRankSum=-5.403;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.844;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:274,0,585 chrXIV 753727 . A C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:82:99:779,0,707 chrXIV 754294 . T C 5196.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=217;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=23.94;ReadPosRankSum=1.700;SB=-2.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,215:217:99:5196,570,0 chrXIV 754560 . G A 3506.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.02;MQ0=0;QD=20.62;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:170:99:3506,372,0 chrXIV 754562 . T C 1401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DP=171;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQ0=0;MQRankSum=-10.938;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.157;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,86:171:99:1431,0,1294 chrXIV 754579 . T A 1365.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.057;DP=160;Dels=0.00;FS=1.424;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQ0=0;MQRankSum=-10.811;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,86:160:99:1395,0,1203 chrXIV 754581 . T A 1365.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.025;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.68;MQ0=0;MQRankSum=-10.727;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,86:159:99:1395,0,1089 chrXIV 754585 . C T 1136.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DP=164;Dels=0.00;FS=1.364;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQ0=0;MQRankSum=-10.889;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,91:164:99:1166,0,1234 chrXIV 754592 . G T 858.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.281;DP=135;Dels=0.00;FS=0.698;HaplotypeScore=6.3649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.65;MQ0=0;MQRankSum=-9.994;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.475;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,73:135:99:888,0,1195 chrXIV 754593 . T G 839.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.496;DP=135;Dels=0.00;FS=1.484;HaplotypeScore=5.5762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.65;MQ0=0;MQRankSum=-9.741;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.748;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,72:135:99:869,0,1207 chrXIV 754614 . G A 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.80;MQ0=0;MQRankSum=-9.288;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,77:127:99:837,0,985 chrXIV 754622 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.023;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.14;MQ0=0;MQRankSum=-9.029;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,75:127:99:641,0,974 chrXIV 754631 . A T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.573;DP=102;Dels=0.00;FS=1.629;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.85;MQ0=0;MQRankSum=-8.211;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,61:102:99:504,0,830 chrXIV 754660 . A T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.248;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.808;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.698;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:444,0,596 chrXIV 754667 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DP=76;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.980;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.141;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:76:99:432,0,568 chrXIV 754687 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=58;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.920;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.352;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:58:99:466,0,337 chrXIV 754797 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=50;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=8.3457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.738;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.728;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:396,0,494 chrXIV 754807 . G C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=49;Dels=0.00;FS=4.022;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.290;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:415,0,388 chrXIV 754857 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=52;Dels=0.00;FS=7.139;HaplotypeScore=3.3851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQ0=0;MQRankSum=-5.091;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:343,0,428 chrXIV 754862 . T C 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=56;Dels=0.00;FS=8.747;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQ0=0;MQRankSum=-4.755;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:334,0,446 chrXIV 754875 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DP=55;Dels=0.00;FS=6.667;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.76;MQ0=0;MQRankSum=-5.538;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.851;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:320,0,496 chrXIV 754876 . G T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=56;Dels=0.00;FS=6.141;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.08;MQ0=0;MQRankSum=-5.249;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:336,0,454 chrXIV 754918 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=62;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.876;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:629,0,319 chrXIV 755402 . T C 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=24.60;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1632,177,0 chrXIV 755607 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.940;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:560,0,487 chrXIV 755761 . G T 3294.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:3294,340,0 chrXIV 756613 . C G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DP=56;Dels=0.00;FS=2.347;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:56:99:213,0,648 chrXIV 756793 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=90;Dels=0.00;FS=19.329;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.176;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:90:99:411,0,1201 chrXIV 756837 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=78;Dels=0.00;FS=4.044;HaplotypeScore=9.7688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:78:99:366,0,947 chrXIV 756903 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=49;Dels=0.00;FS=4.568;HaplotypeScore=6.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:445,0,322 chrXIV 756985 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=60;Dels=0.00;FS=3.788;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:450,0,461 chrXIV 757123 . C T 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:264,0,503 chrXIV 757207 . G A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;DP=34;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:246,0,294 chrXIV 757236 . T C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=29;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.819;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:192,0,312 chrXIV 757477 . T A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DP=46;Dels=0.00;FS=2.640;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.609;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:365,0,473 chrXIV 757822 . A G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:335,0,628 chrXIV 757885 . A T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=47;Dels=0.00;FS=4.144;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=5.62;ReadPosRankSum=2.075;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:294,0,493 chrXIV 757912 . T C 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DP=40;Dels=0.00;FS=1.252;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.328;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:222,0,337 chrXIV 757924 . C T 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;DP=36;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:36:99:196,0,344 chrXIV 757948 . G A 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=39;Dels=0.00;FS=1.310;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:116,0,448 chrXIV 758102 . A G 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.392;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:101:99:812,0,1173 chrXIV 758123 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.615;DP=92;Dels=0.00;FS=2.865;HaplotypeScore=7.2382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.462;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:842,0,951 chrXIV 758159 . G A 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=86;Dels=0.00;FS=4.228;HaplotypeScore=5.4310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.137;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:690,0,785 chrXIV 758169 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.357;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:531,0,782 chrXIV 758211 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=68;Dels=0.00;FS=3.301;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:68:99:558,0,604 chrXIV 758263 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DP=45;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=3.9743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:384,0,482 chrXIV 758397 . C T 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=93;Dels=0.00;FS=4.675;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:93:99:896,0,617 chrXIV 760409 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.093;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:689,0,490 chrXIV 761002 . G T 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.416;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.145;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,58:88:99:895,0,473 chrXIV 761005 . C T 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=93;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.212;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,59:93:99:947,0,502 chrXIV 761109 . T A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:567,0,842 chrXIV 761123 . C G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.445;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:572,0,603 chrXIV 761147 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=69;Dels=0.00;FS=3.648;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.247;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:573,0,653 chrXIV 761193 . A G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=62;Dels=0.00;FS=7.300;HaplotypeScore=2.7359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:634,0,367 chrXIV 761455 . C T 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=89;Dels=0.00;FS=5.439;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.539;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:969,0,420 chrXIV 761636 . A G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;DP=46;Dels=0.00;FS=11.406;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.191;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:526,0,363 chrXIV 761723 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;DP=66;Dels=0.00;FS=2.112;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:66:99:493,0,483 chrXIV 761851 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.703;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.216;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:48:99:408,0,236 chrXIV 761972 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.640;DP=58;Dels=0.00;FS=12.964;HaplotypeScore=4.0205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.155;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:58:99:706,0,368 chrXIV 762120 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=51;Dels=0.00;FS=2.858;HaplotypeScore=8.8448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=2.216;QD=9.84;ReadPosRankSum=-2.178;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:532,0,392 chrXIV 762153 . T A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=62;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.961;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:622,0,685 chrXIV 762280 . G C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DP=73;Dels=0.00;FS=4.729;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.891;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:750,0,636 chrXIV 762368 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;DP=83;Dels=0.00;FS=4.731;HaplotypeScore=10.7132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.721;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:83:99:627,0,892 chrXIV 762433 . A C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DP=59;Dels=0.00;FS=10.866;HaplotypeScore=3.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.343;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:570,0,593 chrXIV 762511 . T C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DP=79;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.273;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:475,0,888 chrXIV 762827 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:744,0,809 chrXIV 762860 . T G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=71;Dels=0.00;FS=3.534;HaplotypeScore=7.5354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.570;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:746,0,694 chrXIV 763243 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=43;Dels=0.00;FS=4.325;HaplotypeScore=8.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:414,0,277 chrXIV 763381 . A C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=52;Dels=0.00;FS=5.909;HaplotypeScore=6.5557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:452,0,311 chrXIV 763402 . C G 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;DP=53;Dels=0.00;FS=1.089;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:520,0,344 chrXIV 763497 . T A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=52;Dels=0.00;FS=3.841;HaplotypeScore=8.2229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.667;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:504,0,574 chrXIV 763540 . C G 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=39;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:39:99:301,0,344 chrXIV 763583 . C T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=41;Dels=0.00;FS=4.558;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=1.895;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:360,0,354 chrXIV 763742 . T C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:80:99:698,0,937 chrXIV 763906 . C T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;DP=55;Dels=0.00;FS=2.431;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.212;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:442,0,521 chrXIV 763922 . C T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=55;Dels=0.00;FS=3.936;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:467,0,443 chrXIV 764011 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=80;Dels=0.00;FS=3.464;HaplotypeScore=29.4283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=4.661;QD=8.15;ReadPosRankSum=2.818;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:682,0,354 chrXIV 764145 . A T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=58;Dels=0.00;FS=16.215;HaplotypeScore=3.9738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.358;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:618,0,579 chrXIV 764266 . A T 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.402;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=2.331;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:417,0,474 chrXIV 764311 . T A 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.499;DP=77;Dels=0.00;FS=6.253;HaplotypeScore=11.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=10.30;ReadPosRankSum=1.119;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:823,0,479 chrXIV 764357 . G A 1117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;DP=107;Dels=0.00;FS=9.642;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=10.44;ReadPosRankSum=-2.453;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:1147,0,952 chrXIV 764395 . T C 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=105;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=8.61;ReadPosRankSum=2.832;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:934,0,1201 chrXIV 764481 . G A 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;DP=38;Dels=0.00;FS=24.506;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.380;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:358,0,435 chrXIV 764538 . T G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=27;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.821;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:27:99:267,0,221 chrXIV 764587 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;DP=50;Dels=0.00;FS=4.116;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:422,0,531 chrXIV 764608 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DP=55;Dels=0.00;FS=8.603;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:457,0,494 chrXIV 764643 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=57;Dels=0.00;FS=6.839;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.269;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.077;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:466,0,503 chrXIV 764688 . A G 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=76;Dels=0.00;FS=2.078;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:564,0,607 chrXIV 764938 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;DP=46;Dels=0.00;FS=2.789;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.703;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:383,0,430 chrXIV 764974 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;DP=42;Dels=0.00;FS=5.573;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.900;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:408,0,327 chrXIV 765005 . A C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DP=43;Dels=0.00;FS=9.503;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.931;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.169;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:323,0,522 chrXIV 765218 . A T 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DP=87;Dels=0.00;FS=8.704;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.745;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.200;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:785,0,788 chrXIV 765330 . T G 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=21.69;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1226,132,0 chrXIV 766311 . G A 335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=22.33;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:39:368,39,0 chrXIV 766388 . T C 381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=19.05;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:45:414,45,0 chrXIV 768611 . T G 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.170;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=19.72;ReadPosRankSum=1.377;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:1098,120,0 chrXIV 768862 . C T 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.47;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1552,174,0 chrXIV 769532 . G A 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=25.87;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1068,111,0 chrXIV 772254 . G C 261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=17.40;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:30:294,30,0 chrXIV 772923 . G A 209.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=24;Dels=0.00;FS=9.260;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.83;MQ0=7;MQRankSum=3.059;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.118e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:45:239,0,45 chrXIV 772971 . C T 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=36;Dels=0.00;FS=12.234;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.50;MQ0=3;MQRankSum=-2.030;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:36:79:79,0,531 chrXIV 773196 . G A 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=39;Dels=0.00;FS=5.502;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQ0=1;MQRankSum=-0.998;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.770;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:60:60,0,498 chrXIV 773217 . A G 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQ0=2;MQRankSum=-3.905;QD=1.85;ReadPosRankSum=-2.325;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:91:91,0,447 chrXIV 773226 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=3;MQRankSum=-2.629;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:229,0,264 chrXIV 773244 . A T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=35;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQ0=2;MQRankSum=-3.440;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:266,0,278 chrXIV 773265 . T G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=26;Dels=0.00;FS=1.680;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.04;MQ0=2;MQRankSum=-3.244;QD=6.73;ReadPosRankSum=2.144;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:205,0,117 chrXIV 773862 . G A 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=38;Dels=0.00;FS=28.109;HaplotypeScore=2.5577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.84;MQ0=1;MQRankSum=-1.858;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.655;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,9:38:68:68,0,451 chrXIV 773901 . A G 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=34;Dels=0.00;FS=3.079;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.986;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.535;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:115,0,289 chrXIV 773934 . T A 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DP=30;Dels=0.00;FS=6.467;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.041;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:30:54:54,0,405 chrXIV 773949 . T C 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;DP=33;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=1;MQRankSum=-4.200;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.850;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:56:56,0,381 chrXIV 774126 . G T 102.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=33;Dels=0.00;FS=1.599;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQ0=5;MQRankSum=-4.293;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:132,0,329 chrXIV 774280 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DP=49;Dels=0.00;FS=1.312;HaplotypeScore=5.0414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=1;MQRankSum=-2.960;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:299,0,587 chrXIV 774367 . G T 155.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.652;DP=59;Dels=0.00;FS=26.572;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=4;MQRankSum=-0.483;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:59:99:185,0,726 chrXIV 774368 . C T 141.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.813;DP=58;Dels=0.00;FS=26.399;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=4;MQRankSum=-1.260;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.180;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:171,0,741 chrXIV 775031 . G A 146.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=60;Dels=0.00;FS=3.105;HaplotypeScore=4.5903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.67;MQ0=4;MQRankSum=-2.773;QD=2.43;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:176,0,370 chrXIV 775095 . T C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=64;Dels=0.00;FS=31.110;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.35;MQ0=7;MQRankSum=-6.216;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:67:67,0,686 chrXIV 775251 . T C 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=41;Dels=0.00;FS=3.882;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.35;MQ0=18;MQRankSum=-3.205;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.334;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:41:85:114,0,85 chrXIV 775314 . C T 154.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=40;Dels=0.00;FS=18.266;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.06;MQ0=14;MQRankSum=-0.626;QD=3.85;ReadPosRankSum=2.692;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:80:184,0,80 chrXIV 775332 . G A 110.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=35;Dels=0.00;FS=28.597;HaplotypeScore=1.9494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.57;MQ0=14;MQRankSum=-0.076;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.292;SB=-6.485e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:35:99:140,0,221 chrXIV 775697 . G A 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=32;Dels=0.00;FS=2.823;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.67;MQ0=14;MQRankSum=0.394;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.479;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:77:77,0,189 chrXIV 775827 . G A 234.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.518;DP=37;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.02;MQ0=9;MQRankSum=3.906;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.946;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:264,0,157 chrXIV 775974 . A G 101.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=40;Dels=0.00;FS=5.096;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQ0=3;MQRankSum=-2.759;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:99:131,0,510 chrXIV 775996 . G A 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=34;Dels=0.00;FS=2.028;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.75;MQ0=1;MQRankSum=-1.582;QD=0.68;ReadPosRankSum=-1.983;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:34:53:53,0,576 chrXIV 776023 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=39;Dels=0.00;FS=9.978;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=1.994;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.128;SB=-2.388e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,32:39:73:646,0,73 chrXIV 779067 . G A 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=74;Dels=0.00;FS=24.991;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.568;QD=1.65;ReadPosRankSum=-3.352;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:74:99:152,0,845 chrXIV 779096 . C A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DP=76;Dels=0.00;FS=56.267;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.941;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.270;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:500,0,635 chrXIV 779134 . G A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;DP=74;Dels=0.00;FS=47.827;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.075;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.895;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:686,0,655 chrXIV 779143 . T C 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DP=74;Dels=0.00;FS=45.367;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.918;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.121;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:74:99:675,0,626 chrXIV 779157 . A C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=64;Dels=0.00;FS=53.628;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=6.23;ReadPosRankSum=2.098;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:429,0,624 chrXIV 779192 . T G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=58;Dels=0.00;FS=69.817;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.880;QD=2.84;ReadPosRankSum=-2.219;SB=-2.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:195,0,547 chrXIV 779202 . T A 54.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;DP=56;Dels=0.00;FS=57.348;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.813;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.100;SB=-1.898e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:56:84:84,0,726 chrXIV 779203 . G A 70.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=57;Dels=0.00;FS=57.348;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.813;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.082;SB=-1.497e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:57:99:100,0,686 chrXIV 779204 . T C 66.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DP=59;Dels=0.00;FS=56.414;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.296;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-1.097e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:59:96:96,0,667 chrXIV 779247 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;DP=53;Dels=0.00;FS=55.596;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.246;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:263,0,467 chrXIV 779265 . T C 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DP=44;Dels=0.00;FS=36.408;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.639;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.569;SB=-6.987e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:44:99:195,0,311 chrXIV 779288 . T A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=37;Dels=0.00;FS=11.247;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.180;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:287,0,168 chrXIV 779313 . A G 206.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.609;DP=75;Dels=0.00;FS=60.510;HaplotypeScore=18.7168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.716;QD=2.75;ReadPosRankSum=3.483;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:75:26:236,0,26 chrXIV 779321 . A T 172.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=72;Dels=0.00;FS=50.098;HaplotypeScore=4.5036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.893;QD=2.39;ReadPosRankSum=3.183;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,24:72:31:202,0,31 chrXIV 779322 . A T 134.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.784;DP=73;Dels=0.00;FS=47.736;HaplotypeScore=4.5036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.633;QD=1.84;ReadPosRankSum=2.191;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,25:73:34:164,0,34 chrXIV 779363 . T C 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=83;Dels=0.01;FS=1.942;HaplotypeScore=8.1884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.30;MQ0=0;MQRankSum=-4.159;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.212;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,50:82:99:718,0,271 chrXIV 779454 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;DP=72;Dels=0.00;FS=15.362;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:734,0,605 chrXIV 779605 . A G 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.383;DP=90;Dels=0.00;FS=9.730;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.535;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:90:99:1042,0,784 chrXIV 779737 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;DP=45;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:279,0,394 chrXIV 779825 . G T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;DP=79;Dels=0.01;FS=1.057;HaplotypeScore=9.4712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.001;QD=9.19;ReadPosRankSum=-2.681;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:78:99:756,0,647 chrXIV 779858 . A C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;DP=112;Dels=0.00;FS=1.634;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.752;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.817;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,62:112:99:698,0,957 chrXIV 779864 . G C 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=116;Dels=0.00;FS=3.571;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-4.017;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.916;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,64:116:99:746,0,822 chrXIV 779876 . C T 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.008;DP=118;Dels=0.00;FS=0.714;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.266;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,71:118:99:908,0,866 chrXIV 779905 . C T 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=123;Dels=0.00;FS=0.675;HaplotypeScore=9.1876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,73:123:99:965,0,928 chrXIV 780402 . G C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.964;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:50:99:350,0,568 chrXIV 780549 . C T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=67;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:583,0,641 chrXIV 780598 . G T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=69;Dels=0.00;FS=0.943;HaplotypeScore=10.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.121;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.199;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:468,0,609 chrXIV 780630 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:86:99:532,0,808 chrXIV 780633 . A C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;DP=90;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=7.9333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.159;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:90:99:548,0,722 chrXIV 781018 . G C 642.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=99;Dels=0.00;FS=23.314;HaplotypeScore=5.5779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=2.042;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.174;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:672,0,1042 chrXIV 781126 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=66;Dels=0.00;FS=2.718;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=2.492;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:66:99:288,0,766 chrXIV 781146 . A G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DP=46;Dels=0.00;FS=7.183;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=5.46;ReadPosRankSum=2.239;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:281,0,317 chrXIV 781271 . G A 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=46;Dels=0.00;FS=14.880;HaplotypeScore=4.9780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.02;MQ0=2;MQRankSum=-0.609;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.069;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,7:46:64:64,0,564 chrXIV 781429 . A G 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=45;Dels=0.00;FS=16.363;HaplotypeScore=5.8355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.76;MQ0=1;MQRankSum=0.604;QD=2.62;ReadPosRankSum=-2.730;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:148,0,439 chrXIV 781438 . A T 81.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=45;Dels=0.00;FS=41.638;HaplotypeScore=8.3794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.10;MQ0=1;MQRankSum=0.931;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,9:45:99:111,0,563 chrXIV 781444 . A G 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=44;Dels=0.00;FS=33.726;HaplotypeScore=2.7355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.86;MQ0=2;MQRankSum=1.316;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,7:44:46:46,0,667 chrXIV 781487 . A G 31.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=36;Dels=0.00;FS=34.110;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.68;MQ0=1;MQRankSum=1.061;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-5.974e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,5:36:61:61,0,465 chrXIV 781488 . G A 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=35;Dels=0.00;FS=33.441;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.64;MQ0=1;MQRankSum=-0.146;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.410;SB=-6.512e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:35:66:66,0,429 chrXIV 781495 . A T 18.07 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=29;Dels=0.00;FS=31.351;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.67;MQ0=1;MQRankSum=0.821;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-2.501e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,4:29:48:48,0,347 chrXIV 781523 . T A 177.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.88;MQ0=0;QD=13.62;SB=-5.997e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:210,24,0 chrXIV 781537 . A T 18.16 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=2.6823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.67;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.335e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:14:48,0,14 chrXIV 781691 . A G 401.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;DP=95;Dels=0.00;FS=19.650;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.65;MQ0=19;MQRankSum=-4.554;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-7.868e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,61:95:99:431,0,243 chrXIV 781770 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DP=57;Dels=0.00;FS=10.559;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.19;MQ0=1;MQRankSum=-1.601;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:480,0,215 chrXIV 781783 . T A 141.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;DP=57;Dels=0.00;FS=9.494;HaplotypeScore=2.6124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.78;MQ0=1;MQRankSum=-0.951;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,13:57:99:171,0,581 chrXIV 781799 . A G 83.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;DP=37;Dels=0.00;FS=31.184;HaplotypeScore=16.2761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.59;MQ0=1;MQRankSum=-1.331;QD=2.24;ReadPosRankSum=2.440;SB=-6.465e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:113,0,225 chrXIV 781812 . A G 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DP=35;Dels=0.00;FS=44.199;HaplotypeScore=11.6885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.74;MQ0=4;MQRankSum=0.625;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.925;SB=0.259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,6:35:86:86,0,181 chrXIV 781839 . A G 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=46;Dels=0.00;FS=47.788;HaplotypeScore=1.8268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.62;MQ0=21;MQRankSum=-0.728;QD=0.80;ReadPosRankSum=-3.000;SB=-1.366e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:67:67,0,143 chrXIV 781845 . C T 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=41;Dels=0.00;FS=34.236;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.80;MQ0=23;MQRankSum=-0.996;QD=0.42;ReadPosRankSum=-3.532;SB=-1.366e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:47:47,0,144 chrXIV 781941 . T C 43.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=111;Dels=0.00;FS=3.900;HaplotypeScore=2.7478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.02;MQ0=84;MQRankSum=2.541;QD=0.40;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,63:111:9:76,9,0 chrXIV 782094 . T G 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;DP=134;Dels=0.00;FS=91.991;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.00;MQ0=35;MQRankSum=-2.206;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,66:134:72:72,0,299 chrXIV 782151 . C T 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;DP=57;Dels=0.00;FS=26.340;HaplotypeScore=11.4777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.04;MQ0=15;MQRankSum=0.859;QD=0.79;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-3.704e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:75:75,0,127 chrXIV 782193 . A C 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.13;MQ0=8;MQRankSum=0.742;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.742;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:9:77,9,0 chrXIV 782202 . C T 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.32;MQ0=12;MQRankSum=0.736;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.736;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,7:18:9:82,9,0 chrXIV 782216 . C G 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.69;MQ0=14;QD=2.40;SB=-4.657e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:20:9:80,9,0 chrXIV 782232 . T C 42.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.06;MQ0=19;QD=1.87;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,6:23:9:75,9,0 chrXIV 782375 . T A 1300.09 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DP=161;Dels=0.02;FS=11.261;HaplotypeScore=17.1506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.23;MQ0=25;MQRankSum=1.760;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.504;SB=-2.141e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,131:157:14:1330,0,14 chrXIV 782436 . T C 14.91 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.19;MQ0=5;QD=1.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:6:46,6,0 chrXIV 782577 . C A 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.33;MQ0=32;QD=0.60;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,13:41:6:56,6,0 chrXIV 782591 . G A 13.24 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.56;MQ0=34;MQRankSum=-0.143;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.031;SB=-3.363e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,8:45:19:43,0,19 chrXIV 783032 . A C 85.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.595;DP=99;Dels=0.00;FS=1.479;HaplotypeScore=7.7332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.77;MQ0=49;MQRankSum=3.727;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.728;SB=-4.250e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,35:99:56:115,0,56 chrXIV 783070 . A G 47.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=107;Dels=0.00;FS=1.152;HaplotypeScore=34.1855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.14;MQ0=23;MQRankSum=0.249;QD=0.44;ReadPosRankSum=2.713;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,21:107:77:77,0,214 chrXIV 783072 . A C 48.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DP=108;Dels=0.00;FS=1.165;HaplotypeScore=34.0036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.42;MQ0=22;MQRankSum=0.093;QD=0.44;ReadPosRankSum=2.807;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,21:108:78:78,0,223 chrXIV 783076 . T G 123.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;DP=107;Dels=0.00;FS=4.986;HaplotypeScore=33.2149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.80;MQ0=19;MQRankSum=-2.458;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.874;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:107:99:153,0,161 chrXIV 783105 . A G 116.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=92;Dels=0.00;FS=2.326;HaplotypeScore=67.8358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.00;MQ0=18;MQRankSum=0.732;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.435;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,34:92:99:146,0,132 chrXIV 783137 . G A 35.08 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;DP=60;Dels=0.00;FS=12.893;HaplotypeScore=40.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.02;MQ0=19;MQRankSum=-0.636;QD=0.58;ReadPosRankSum=-2.693;SB=-2.507e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:15:65,0,15 chrXIV 783336 . G A 39.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=45;Dels=0.00;FS=33.797;HaplotypeScore=2.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.22;MQ0=13;MQRankSum=-2.650;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.826;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:45:9:72,9,0 chrXIV 783342 . G A 40.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DP=44;Dels=0.00;FS=52.836;HaplotypeScore=8.3639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.66;MQ0=10;MQRankSum=-1.875;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,33:44:9:73,9,0 chrXIV 783361 . A C 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.054;DP=92;Dels=0.00;FS=56.281;HaplotypeScore=102.3379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.02;MQ0=12;MQRankSum=-1.022;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.440;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,62:92:73:164,0,73 chrXIV 783370 . G A 142.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=128;Dels=0.00;FS=1.671;HaplotypeScore=109.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.65;MQ0=20;MQRankSum=-0.826;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,70:128:99:172,0,199 chrXIV 783396 . T C 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;DP=198;Dels=0.00;FS=46.380;HaplotypeScore=85.0985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.77;MQ0=33;MQRankSum=4.943;QD=0.12;ReadPosRankSum=-2.674;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,31:198:54:54,0,759 chrXIV 783398 . C T 645.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=199;Dels=0.00;FS=10.373;HaplotypeScore=86.0719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.70;MQ0=33;MQRankSum=4.911;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.620;SB=0.048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,104:199:99:675,0,131 chrXIV 783447 . C T 108.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=166;Dels=0.00;FS=3.298;HaplotypeScore=44.3052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.32;MQ0=33;MQRankSum=0.662;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.053;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,35:166:99:138,0,633 chrXIV 783458 . G T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;DP=133;Dels=0.00;FS=39.785;HaplotypeScore=16.1586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.47;MQ0=31;MQRankSum=3.761;QD=0.18;ReadPosRankSum=1.143;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,15:133:54:54,0,445 chrXIV 783464 . G A 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=97;Dels=0.00;FS=27.324;HaplotypeScore=4.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.72;MQ0=25;MQRankSum=4.273;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.096;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,11:97:75:75,0,261 chrXIV 783480 . T C 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;DP=66;Dels=0.00;FS=14.343;HaplotypeScore=15.9110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.08;MQ0=18;MQRankSum=3.988;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,8:66:46:46,0,78 chrXIV 783485 . G A 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.86;MQ0=18;MQRankSum=2.616;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.852;SB=-1.241e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,13:51:41:47,0,41 chrXIV 783497 . G C 21.04 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DP=34;Dels=0.00;FS=2.695;HaplotypeScore=10.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.85;MQ0=14;MQRankSum=1.276;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-6.411e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,6:34:43:51,0,43 chrXIV 783507 . T A 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=22;Dels=0.00;FS=10.170;HaplotypeScore=3.6099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.70;MQ0=8;MQRankSum=-0.421;QD=1.13;ReadPosRankSum=2.654;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,13:22:6:56,6,0 chrXIV 783643 . T C 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=27;Dels=0.00;FS=9.129;HaplotypeScore=2.9824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.61;MQ0=3;MQRankSum=-0.673;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:47:47,0,149 chrXIV 783658 . C A 83.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=50;Dels=0.02;FS=12.507;HaplotypeScore=47.6923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.37;MQ0=2;MQRankSum=-1.765;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.974;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:113,0,369 chrXIV 783659 . C T 58.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=51;Dels=0.02;FS=12.289;HaplotypeScore=47.6923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.28;MQ0=2;MQRankSum=-1.538;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.226;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:88:88,0,370 chrXIV 783664 . A G 195.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.41;MQ0=3;MQRankSum=2.308;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,14:60:99:225,0,408 chrXIV 783722 . A G 444.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.003;DP=109;Dels=0.00;FS=3.967;HaplotypeScore=6.4356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.34;MQ0=8;MQRankSum=2.745;QD=4.07;ReadPosRankSum=4.363;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,41:109:99:474,0,743 chrXIV 783742 . T C 276.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.74;MQ0=7;MQRankSum=0.161;QD=2.97;ReadPosRankSum=4.956;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,27:93:99:306,0,761 chrXIV 783796 . G T 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=42;Dels=0.00;FS=14.800;HaplotypeScore=24.7709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.72;MQ0=5;MQRankSum=-3.296;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:42:52:52,0,247 chrXIV 783826 . T C 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=33;Dels=0.03;FS=6.214;HaplotypeScore=20.5346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.45;MQ0=6;MQRankSum=-2.223;QD=0.43;ReadPosRankSum=3.782;SB=-6.863e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:32:38:44,0,38 chrXIV 783871 . G A 80.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=17;Dels=0.00;FS=10.532;HaplotypeScore=14.2584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.43;MQ0=1;MQRankSum=-1.516;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.031;SB=-3.871e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:17:12:113,12,0 chrXV 357 . G C 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=8;Dels=0.00;FS=15.441;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.47;MQ0=1;MQRankSum=1.300;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.937;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,3:8:9:80,9,0 chrXV 426 . C T 124.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.75;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=7.75;ReadPosRankSum=2.945;SB=-2.006e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:16:21:157,21,0 chrXV 455 . T A 163.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.58;MQ0=0;MQRankSum=3.065;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.999;SB=-2.453e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,10:18:21:196,21,0 chrXV 587 . G T 119.03 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.372;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.52;MQ0=0;MQRankSum=2.420;QD=3.72;ReadPosRankSum=3.293;SB=-3.377e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:19:149,0,19 chrXV 594 . G A 109.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.10;MQ0=0;QD=4.55;SB=-2.726e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:15:142,15,0 chrXV 618 . T G 130.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.47;MQ0=0;QD=8.68;SB=-1.334e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:18:163,18,0 chrXV 702 . C T 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.24;MQ0=0;QD=2.07;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:6:54,6,0 chrXV 732 . G A 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=20;Dels=0.00;FS=6.168;HaplotypeScore=4.6967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.50;MQ0=3;MQRankSum=-1.508;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.350;SB=-2.222e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:20:29:81,0,29 chrXV 765 . T C 44.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;DP=63;Dels=0.00;FS=2.569;HaplotypeScore=14.3640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.79;MQ0=5;MQRankSum=0.252;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.888;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,17:63:74:74,0,330 chrXV 770 . G A 512 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.94;MQ0=4;QD=8.26;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:72:545,72,0 chrXV 772 . T C 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.94;MQ0=4;MQRankSum=1.996;QD=0.45;ReadPosRankSum=-2.199;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,9:62:58:58,0,354 chrXV 783 . C T 116.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;DP=60;Dels=0.00;FS=11.366;HaplotypeScore=48.2884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.78;MQ0=4;MQRankSum=0.522;QD=1.93;ReadPosRankSum=2.243;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:146,0,250 chrXV 787 . A T 31.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.78;MQ0=4;MQRankSum=1.861;QD=0.52;ReadPosRankSum=-2.423;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,9:60:61:61,0,345 chrXV 789 . T C 53.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.498;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.78;MQ0=4;MQRankSum=2.813;QD=0.88;ReadPosRankSum=-2.835;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:60:83:83,0,304 chrXV 818 . T C 119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.854;DP=62;Dels=0.00;FS=12.162;HaplotypeScore=21.1590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.30;MQ0=4;MQRankSum=-2.388;QD=1.92;ReadPosRankSum=2.292;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:149,0,236 chrXV 827 . A C 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;DP=55;Dels=0.00;FS=8.882;HaplotypeScore=43.9491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.78;MQ0=2;MQRankSum=2.215;QD=1.20;ReadPosRankSum=3.210;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,9:55:96:96,0,338 chrXV 851 . A G 62.27 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.207;DP=22;Dels=0.00;FS=26.881;HaplotypeScore=12.6745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.29;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=2.83;ReadPosRankSum=2.986;SB=-2.766e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:9:92,0,9 chrXV 858 . A T 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=1.9863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.922;SB=-6.411e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:42:42,0,67 chrXV 884 . T A 107.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.40;MQ0=0;QD=17.88;SB=-5.676e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:140,15,0 chrXV 886 . A T 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.720;SB=-6.476e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:42:42,0,71 chrXV 976 . T C 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=8.92;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 chrXV 989 . T C 43.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=14.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:76,9,0 chrXV 1001 . T C 12.29 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20:42,0,20 chrXV 1002 . A G 10.44 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:21:40,0,21 chrXV 1006 . T A 14.20 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:19:44,0,19 chrXV 1014 . A G 12.29 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:21:42,0,21 chrXV 1028 . T C 11.36 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20:41,0,20 chrXV 11068 . G A 12.04 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=4.01;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:43,6,0 chrXV 11114 . T C 54.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.88;MQ0=2;QD=9.09;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,4:6:12:87,12,0 chrXV 11127 . G A 54.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.85;MQ0=3;QD=7.79;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,4:7:12:87,12,0 chrXV 11147 . G A 32.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.13;MQ0=4;QD=4.71;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,3:7:9:65,9,0 chrXV 11735 . A C 543.54 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.32;MQ0=11;MQRankSum=3.755;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.736;SB=0.466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,30:48:4:574,4,0 chrXV 11804 . C T 403.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.97;MQ0=10;MQRankSum=-0.549;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.948;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:433,0,217 chrXV 11810 . C A 705 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.306;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.88;MQ0=8;MQRankSum=1.393;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:59:81:738,81,0 chrXV 11862 . C G 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.96;MQ0=0;QD=0.76;SB=-2.777e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:6:47,6,0 chrXV 11863 . C T 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.96;MQ0=0;QD=0.76;SB=-2.677e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:6:47,6,0 chrXV 11913 . A G 184.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=0;QD=3.61;SB=-2.304e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:24:217,24,0 chrXV 11924 . G A 764 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DP=81;Dels=0.00;FS=49.311;HaplotypeScore=2.5395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.18;MQ0=0;MQRankSum=2.813;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.438;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:90:797,90,0 chrXV 11930 . T C 795 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=82;Dels=0.00;FS=23.452;HaplotypeScore=4.4694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=9.70;ReadPosRankSum=3.374;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:82:87:828,87,0 chrXV 11935 . C T 901 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=84;Dels=0.00;FS=35.423;HaplotypeScore=5.2440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;MQRankSum=2.391;QD=10.73;ReadPosRankSum=1.804;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:934,102,0 chrXV 11940 . A G 969 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=89;Dels=0.00;FS=35.928;HaplotypeScore=9.0939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=2.394;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:1002,108,0 chrXV 11962 . G A 1011 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.840;DP=111;Dels=0.00;FS=14.433;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=9.11;ReadPosRankSum=2.998;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:111:99:1044,108,0 chrXV 11966 . A G 959 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=108;Dels=0.00;FS=20.334;HaplotypeScore=4.9929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.930;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:992,108,0 chrXV 11969 . A G 960 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=8.89;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:993,108,0 chrXV 11970 . A G 970 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=108;Dels=0.00;FS=20.334;HaplotypeScore=5.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:1003,108,0 chrXV 11972 . A T 970 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=108;Dels=0.00;FS=20.334;HaplotypeScore=5.0274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:1003,108,0 chrXV 11984 . A G 978 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.92;MQ0=0;QD=8.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:1011,108,0 chrXV 11989 . C T 831 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.91;MQ0=0;QD=8.23;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:93:864,93,0 chrXV 11990 . A G 806 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.91;MQ0=0;QD=7.98;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:93:839,93,0 chrXV 11992 . T A 871 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.91;MQ0=0;QD=8.62;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:93:904,93,0 chrXV 11998 . C T 800 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.91;MQ0=0;QD=7.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:87:833,87,0 chrXV 12017 . G T 397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.63;MQ0=0;QD=4.51;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:48:430,48,0 chrXV 12027 . G A 347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.89;MQ0=0;QD=4.28;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:42:380,42,0 chrXV 12028 . T C 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.690;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:45:387,45,0 chrXV 12048 . T C 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.21;MQ0=0;QD=9.95;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:93:859,93,0 chrXV 12243 . T C 2723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=135;Dels=0.00;FS=3.108;HaplotypeScore=3.1756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=20.17;ReadPosRankSum=1.373;SB=-1.778e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:135:99:2756,297,0 chrXV 12324 . G C 2712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.31;MQ0=0;QD=20.39;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:133:99:2745,291,0 chrXV 12517 . G A 2226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.00;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2259,237,0 chrXV 12807 . C T 1329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.658;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,66:88:99:1359,0,274 chrXV 12820 . C T 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=23.97;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2094,222,0 chrXV 12966 . T C 421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=135;Dels=0.00;FS=2.591;HaplotypeScore=1.6316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=3.12;ReadPosRankSum=2.888;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,132:135:51:454,51,0 chrXV 12983 . G A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.940;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=1.744;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,66:173:99:669,0,1330 chrXV 13203 . G A 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.23;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1854,207,0 chrXV 13517 . A C 2100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=97;Dels=0.00;FS=5.097;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.696;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:2133,231,0 chrXV 13893 . C T 3774.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=24.67;SB=-2.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:153:99:3774,394,0 chrXV 14028 . A G 156.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=102.1678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.95;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.426;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,113:120:3:186,3,0 chrXV 14057 . T A 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9732;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=13.49;SB=-1.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:1544,162,0 chrXV 14112 . T C 3468.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:151:99:3468,375,0 chrXV 14199 . C T 2414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.896;DP=134;Dels=0.00;FS=12.367;HaplotypeScore=5.0766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=18.01;ReadPosRankSum=2.670;SB=-1.250e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,125:134:99:2447,261,0 chrXV 14200 . T C 2318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DP=129;Dels=0.02;FS=8.414;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=17.97;ReadPosRankSum=2.410;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:126:99:2351,267,0 chrXV 14256 . A G 2143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.56;MQ0=0;QD=17.01;SB=-1.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2176,240,0 chrXV 14268 . A T 2048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=120;Dels=0.00;FS=7.833;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.876;QD=17.07;ReadPosRankSum=2.409;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:2081,228,0 chrXV 14482 . T C 2493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=19.94;SB=-1.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2526,279,0 chrXV 14491 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.734;DP=131;Dels=0.00;FS=2.520;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=3.53;ReadPosRankSum=2.081;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,38:131:99:493,0,1661 chrXV 14852 . A G 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=20.01;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1394,150,0 chrXV 14884 . G A 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=21.71;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1922,204,0 chrXV 14977 . G T 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=157;Dels=0.00;FS=11.535;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,62:157:99:1087,0,1813 chrXV 15083 . G A 5678.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.46;SB=-2.743e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,241:242:99:5678,589,0 chrXV 15156 . G C 1687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=271;Dels=0.00;FS=0.562;HaplotypeScore=13.7843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.348;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,95:271:99:1717,0,3236 chrXV 15180 . G C 1418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=220;Dels=0.00;FS=0.664;HaplotypeScore=6.3923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.285;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,79:220:99:1448,0,2760 chrXV 15182 . A G 2573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DP=214;Dels=0.00;FS=0.667;HaplotypeScore=6.3923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=12.02;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,137:214:99:2603,0,1309 chrXV 15215 . G T 2922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=23.56;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2955,303,0 chrXV 15225 . C T 1454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.789;DP=113;Dels=0.00;FS=10.656;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,75:113:99:1484,0,570 chrXV 15266 . T G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=100;Dels=0.00;FS=5.915;HaplotypeScore=7.5671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,36:100:99:397,0,981 chrXV 15440 . G A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.917;DP=187;Dels=0.00;FS=1.321;HaplotypeScore=18.4866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,65:187:99:1107,0,2516 chrXV 15476 . C A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.100;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.113;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,39:108:99:629,0,1260 chrXV 15520 . C A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.619;DP=106;Dels=0.00;FS=11.545;HaplotypeScore=3.2215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.664;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:106:99:442,0,1215 chrXV 15534 . G A 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.079;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.398;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:122:99:2276,240,0 chrXV 15548 . T C 2190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=19.38;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2223,237,0 chrXV 15566 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=128;Dels=0.00;FS=2.718;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,38:128:99:493,0,1544 chrXV 15624 . T C 669.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=144;Dels=0.00;FS=3.159;HaplotypeScore=5.9876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.587;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.489;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,52:144:99:699,0,1889 chrXV 15625 . G C 627.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;DP=144;Dels=0.00;FS=3.159;HaplotypeScore=6.6709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.058;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.468;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,52:144:99:657,0,1789 chrXV 15630 . G C 3334.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=22.23;SB=-1.724e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:3334,366,0 chrXV 15658 . T C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;DP=143;Dels=0.00;FS=6.533;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.133;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,52:143:99:737,0,1739 chrXV 15682 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=113;Dels=0.00;FS=9.018;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.667;QD=5.14;ReadPosRankSum=-2.288;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,46:113:99:611,0,1393 chrXV 15708 . C T 1250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=103;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,65:103:99:1280,0,585 chrXV 15796 . G A 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DP=130;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=12.4638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.797;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,54:130:99:927,0,1526 chrXV 15833 . C A 1834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DP=153;Dels=0.00;FS=5.585;HaplotypeScore=19.8792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=2.775;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-7.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,96:153:99:1864,0,961 chrXV 16092 . G T 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.758;DP=223;Dels=0.00;FS=18.879;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,72:223:99:1062,0,2968 chrXV 16128 . A G 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.562;DP=222;Dels=0.00;FS=18.002;HaplotypeScore=13.5575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,68:222:99:966,0,3259 chrXV 16186 . T C 621.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.303;DP=199;Dels=0.00;FS=6.917;HaplotypeScore=8.5479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,55:199:99:651,0,2945 chrXV 16191 . C T 625.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.734;DP=190;Dels=0.00;FS=6.089;HaplotypeScore=8.6573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.020;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,48:190:99:655,0,2637 chrXV 16195 . G T 2882.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.762;DP=183;Dels=0.00;FS=6.170;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=2.381;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.396;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,134:183:99:2912,0,619 chrXV 16225 . A C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=171;Dels=0.00;FS=1.312;HaplotypeScore=13.4414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,51:171:99:638,0,2333 chrXV 16271 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.618;DP=167;Dels=0.00;FS=0.687;HaplotypeScore=12.3504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=2.464;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.967;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,49:167:99:766,0,2141 chrXV 16294 . C T 1592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=160;Dels=0.00;FS=0.692;HaplotypeScore=93.2887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.918;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.270;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,107:160:99:1622,0,950 chrXV 16325 . T C 1562.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;DP=162;Dels=0.00;FS=8.052;HaplotypeScore=4.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.324;QD=9.64;ReadPosRankSum=-2.266;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,116:162:99:1592,0,629 chrXV 16329 . T A 2825 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=18.23;SB=-1.820e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:2858,303,0 chrXV 16330 . T C 2811 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.13;MQ0=0;QD=17.68;SB=-1.950e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:159:99:2844,309,0 chrXV 16388 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.961;DP=177;Dels=0.00;FS=2.382;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=1.806;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.485;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,41:177:99:346,0,2008 chrXV 16421 . T C 3780.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=208;Dels=0.01;FS=4.388;HaplotypeScore=27.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=18.17;ReadPosRankSum=1.665;SB=-1.733e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,205:206:99:3780,408,0 chrXV 16550 . G C 5573.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=23.22;SB=-2.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,240:240:99:5573,604,0 chrXV 16553 . G A 5589.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=23.19;SB=-2.827e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,241:241:99:5589,595,0 chrXV 16560 . C T 5589.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=22.45;SB=-3.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,248:248:99:5589,586,0 chrXV 16657 . C T 2737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;QD=23.80;SB=-1.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2770,291,0 chrXV 16901 . T C 5740.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.835;DP=262;Dels=0.00;FS=47.049;HaplotypeScore=13.1340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=21.91;ReadPosRankSum=6.815;SB=-3.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,245:262:99:5740,627,0 chrXV 16948 . T C 6237.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=278;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=22.44;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,275:278:99:6237,661,0 chrXV 16960 . A G 6081.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=290;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=20.97;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,289:290:99:6081,678,0 chrXV 16970 . T C 6424.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.721;DP=303;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=21.20;ReadPosRankSum=1.721;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,302:303:99:6424,696,0 chrXV 17051 . G A 5051.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=21.68;SB=-2.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,233:233:99:5051,552,0 chrXV 17074 . C T 5080.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=20.57;SB=-1.787e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,247:247:99:5080,535,0 chrXV 17077 . A G 4905.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=259;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=18.94;ReadPosRankSum=1.719;SB=-1.818e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,255:259:99:4905,531,0 chrXV 17174 . G C 5913.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=269;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=21.98;SB=-2.781e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,267:269:99:5913,645,0 chrXV 17278 . C T 9465.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=396;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=23.90;SB=-4.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,396:396:99:9465,997,0 chrXV 17315 . G A 6321.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=269;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=23.50;SB=-3.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,269:269:99:6321,670,0 chrXV 17341 . T A 3902.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=20.54;SB=-1.624e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:190:99:3902,438,0 chrXV 17360 . T C 3355.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.769e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:152:99:3355,372,0 chrXV 17381 . T C 2904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=20.17;SB=-1.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:144:99:2937,330,0 chrXV 17422 . T G 4132.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=182;Dels=0.00;FS=4.966;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.59;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=22.70;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.458e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,181:182:99:4132,453,0 chrXV 17449 . T C 5135.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=217;Dels=0.00;FS=4.791;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=23.66;ReadPosRankSum=1.684;SB=-1.910e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,216:217:99:5135,561,0 chrXV 17527 . A T 5042.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=22.02;SB=-2.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,229:229:99:5042,532,0 chrXV 17596 . C T 5358.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;QD=22.42;SB=-2.543e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,239:239:99:5358,562,0 chrXV 17634 . A C 4352.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.689;DP=212;Dels=0.00;FS=7.984;HaplotypeScore=12.1971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=20.53;ReadPosRankSum=3.696;SB=-2.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,207:212:99:4352,477,0 chrXV 17668 . T G 2362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.940;DP=117;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=13.5698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.181;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:117:99:2395,258,0 chrXV 17719 . G A 2013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;QD=22.87;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2046,225,0 chrXV 17727 . T C 1900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.66;MQ0=0;QD=22.09;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1933,219,0 chrXV 17746 . T A 1561 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.39;MQ0=0;QD=21.38;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1594,171,0 chrXV 17749 . T G 1514 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.53;MQ0=0;QD=20.74;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1547,171,0 chrXV 17753 . T C 1477 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.59;MQ0=0;QD=19.43;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1510,171,0 chrXV 17771 . C T 1296 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=17.75;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1329,150,0 chrXV 17782 . A G 1418 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=18.18;ReadPosRankSum=1.849;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1451,156,0 chrXV 17797 . T A 951 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.75;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.687;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:984,126,0 chrXV 17800 . T C 420 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.75;MQ0=0;QD=11.05;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:57:453,57,0 chrXV 17802 . A T 420 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.75;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.641;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:57:453,57,0 chrXV 17803 . C T 427 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=11.54;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:57:460,57,0 chrXV 17807 . G C 529 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=14.30;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63:562,63,0 chrXV 17809 . C T 538 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=14.54;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63:571,63,0 chrXV 17811 . C T 547 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=14.78;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63:580,63,0 chrXV 17813 . C A 548 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=14.81;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63:581,63,0 chrXV 17816 . C G 537 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.74;MQ0=0;QD=14.51;SB=-6.524e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63:570,63,0 chrXV 17831 . T C 613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=6.59;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:72:646,72,0 chrXV 17848 . T A 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.89;MQ0=0;QD=6.60;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:63:607,63,0 chrXV 17850 . G C,T 455.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.89;MQ0=0;QD=5.23;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,32,55:87:99:515,280,250,235,0,202 chrXV 17867 . T A 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=6.16;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:63:618,63,0 chrXV 17868 . G A 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=6.15;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:63:617,63,0 chrXV 17880 . C T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.478;SB=-2.078e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:6:55,6,0 chrXV 17887 . T A 12.99 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=161.8075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=0.13;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-2.008e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:6:44,6,0 chrXV 17901 . G C 568 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=243.2833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.63;MQ0=0;QD=5.51;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:66:601,66,0 chrXV 17907 . G T 643 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=6.49;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:72:676,72,0 chrXV 17908 . T C 665 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.52;MQ0=0;QD=6.72;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:78:698,78,0 chrXV 17911 . T A 664 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.30;MQ0=0;QD=6.04;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:75:697,75,0 chrXV 17917 . A G 654 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.417;DP=109;Dels=0.00;FS=15.015;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.29;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=6.00;ReadPosRankSum=5.397;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:109:78:687,78,0 chrXV 17923 . C T 682 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.21;MQ0=0;QD=6.96;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:75:715,75,0 chrXV 17928 . C T 703 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.16;MQ0=0;QD=7.64;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:78:736,78,0 chrXV 17929 . C T 660 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.16;MQ0=0;QD=7.17;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:78:693,78,0 chrXV 17935 . A G 706 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:81:739,81,0 chrXV 17938 . G A 739 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=7.62;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:84:772,84,0 chrXV 17942 . T A 658 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.28;MQ0=0;QD=7.00;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:75:691,75,0 chrXV 17945 . T A 591 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=98;Dels=0.00;FS=3.380;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:69:624,69,0 chrXV 17955 . A G 620 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=94;Dels=0.00;FS=3.025;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=6.60;ReadPosRankSum=2.397;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:72:653,72,0 chrXV 17958 . T G 620 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.44;MQ0=0;QD=7.21;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:72:653,72,0 chrXV 17960 . A C 602 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.44;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:72:635,72,0 chrXV 17964 . T G 601 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.37;MQ0=0;QD=6.60;SB=-1.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:69:634,69,0 chrXV 17966 . A C 598 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.37;MQ0=0;QD=6.57;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:69:631,69,0 chrXV 18001 . A G 336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.28;MQ0=0;QD=5.01;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:39:369,39,0 chrXV 18005 . C G 333 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.29;MQ0=0;QD=4.90;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:39:366,39,0 chrXV 18013 . T C 157.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.99;MQ0=0;QD=3.27;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:24:190,24,0 chrXV 18015 . C T 157.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.99;MQ0=0;QD=3.27;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:24:190,24,0 chrXV 18016 . C T 160.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.99;MQ0=0;QD=3.33;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:24:193,24,0 chrXV 18017 . G A 178.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.99;MQ0=0;QD=3.71;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:24:211,24,0 chrXV 18020 . T G 189.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.01;MQ0=0;QD=3.86;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:24:222,24,0 chrXV 18026 . T C 182.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=3.64;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:24:215,24,0 chrXV 18028 . A G 188.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=3.76;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:24:221,24,0 chrXV 18031 . C G 189.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=3.78;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:24:222,24,0 chrXV 18045 . G A 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.41;MQ0=0;QD=1.22;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:9:77,9,0 chrXV 18046 . G C 44.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.41;MQ0=0;QD=1.22;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:9:77,9,0 chrXV 18051 . T C 41.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.16;MQ0=0;QD=1.31;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:9:74,9,0 chrXV 18056 . C T 17.84 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.55;MQ0=0;QD=0.66;SB=-2.348e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:6:49,6,0 chrXV 18058 . A G 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.55;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.605;SB=-2.258e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:6:50,6,0 chrXV 18067 . G A 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.67;MQ0=0;QD=0.90;SB=-1.448e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:6:51,6,0 chrXV 18074 . C G 19.81 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=1.65;SB=-2.977e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:51,6,0 chrXV 18076 . G T 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=1.57;SB=-3.177e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:50,6,0 chrXV 18079 . T C 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=1.57;SB=-3.077e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:6:50,6,0 chrXV 18084 . C T 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=1.88;SB=-3.076e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:6:50,6,0 chrXV 18168 . A G 119.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.92;MQ0=0;QD=14.88;SB=-4.053e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:152,21,0 chrXV 18171 . T C 162.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.42;MQ0=0;QD=14.73;SB=-1.946e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27:195,27,0 chrXV 18193 . G A 304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.73;MQ0=0;QD=13.82;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:337,42,0 chrXV 18200 . G T 357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.37;MQ0=0;QD=13.22;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:48:390,48,0 chrXV 18217 . A G 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=40;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.49;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:99:114,0,548 chrXV 19145 . A G 49.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.06;MQ0=0;QD=6.25;SB=-2.591e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:82,9,0 chrXV 19219 . A G 242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.83;MQ0=0;QD=8.07;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:30:275,30,0 chrXV 19243 . G T 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;QD=11.91;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:72:676,72,0 chrXV 19244 . T C 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;QD=13.09;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:84:740,84,0 chrXV 19273 . G T 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=13.84;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1126,120,0 chrXV 19279 . A G 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;QD=13.14;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1124,126,0 chrXV 19349 . G A 4725.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=23.16;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,204:204:99:4725,516,0 chrXV 19449 . A G 2898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=24.77;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2931,312,0 chrXV 19593 . G A 2745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=21.28;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2778,300,0 chrXV 19641 . G C 3716.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=20.53;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:181:99:3716,414,0 chrXV 19682 . C A 1870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=188;Dels=0.00;FS=2.981;HaplotypeScore=27.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,122:188:99:1900,0,937 chrXV 19911 . G A 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=22.30;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1059,114,0 chrXV 20036 . T G 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.65;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1788,195,0 chrXV 20317 . T C 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.567;DP=75;Dels=0.00;FS=2.043;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:638,0,587 chrXV 20373 . A G 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.128;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,51:78:99:926,0,449 chrXV 20385 . C T 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.647;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,54:74:99:991,0,267 chrXV 20454 . G A 1500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DP=106;Dels=0.00;FS=4.710;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=14.15;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,84:106:99:1530,0,222 chrXV 20484 . A T 1319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=94;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.201;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.900;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,71:94:99:1349,0,286 chrXV 20532 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DP=67;Dels=0.00;FS=6.080;HaplotypeScore=6.7173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,52:67:99:691,0,193 chrXV 20557 . C T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=38;Dels=0.00;FS=7.195;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.123;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.414;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:38:99:359,0,290 chrXV 20583 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DP=47;Dels=0.00;FS=2.531;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.712;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:421,0,258 chrXV 20601 . T G 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=60;Dels=0.00;FS=3.777;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.480;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,39:60:99:541,0,311 chrXV 20673 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.264;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:758,0,264 chrXV 20846 . A G 592.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.171;DP=79;Dels=0.00;FS=2.054;HaplotypeScore=4.6592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.164;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,56:79:99:622,0,436 chrXV 20854 . G C 509.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.901;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,49:73:99:539,0,417 chrXV 20855 . A C 497.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.55;MQ0=0;MQRankSum=-6.389;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,49:74:99:527,0,459 chrXV 20859 . C T 478.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.808;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.25;MQ0=0;MQRankSum=-6.170;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,50:76:99:508,0,451 chrXV 20865 . A T 303.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=67;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=9.1322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.38;MQ0=0;MQRankSum=-6.742;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.066;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:67:99:333,0,389 chrXV 20868 . A G 275.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.895;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:61:99:305,0,355 chrXV 20871 . A G 270.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.207;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.910;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:300,0,451 chrXV 20889 . A C 72.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.80;MQ0=0;MQRankSum=-6.179;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.649;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:102,0,620 chrXV 20891 . T C 75.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.01;MQ0=0;MQRankSum=-6.245;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.615;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:105,0,571 chrXV 20898 . G A 163.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=66;Dels=0.00;FS=2.094;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.29;MQ0=0;MQRankSum=-6.445;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:66:99:193,0,568 chrXV 20904 . A C 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=57;Dels=0.00;FS=2.243;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.75;MQ0=0;MQRankSum=-6.417;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.040;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:120,0,565 chrXV 20913 . A G 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;DP=61;Dels=0.00;FS=3.652;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.16;MQ0=0;MQRankSum=-6.477;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:61:99:149,0,475 chrXV 20931 . T C 123.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.785;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.06;MQ0=0;MQRankSum=-6.193;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:153,0,432 chrXV 20937 . C T 150.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=61;Dels=0.00;FS=2.213;HaplotypeScore=5.0682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.48;MQ0=0;MQRankSum=-6.181;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.682;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:180,0,415 chrXV 20940 . A G 163.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=63;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=6.4089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.50;MQ0=0;MQRankSum=-6.477;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.274;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:63:99:193,0,435 chrXV 20943 . A C 152.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=64;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=7.9863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.80;MQ0=0;MQRankSum=-6.722;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.403;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:182,0,531 chrXV 20946 . T C 149.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=65;Dels=0.00;FS=2.173;HaplotypeScore=7.2523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-6.476;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.551;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:179,0,518 chrXV 21003 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=69;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=6.3735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.624;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,44:69:99:569,0,457 chrXV 21119 . C T 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=61;Dels=0.00;FS=8.654;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.549;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,46:61:99:888,0,230 chrXV 21156 . G A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;DP=57;Dels=0.00;FS=12.279;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.255;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,40:57:99:679,0,283 chrXV 21216 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=66;Dels=0.00;FS=5.339;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.028;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:565,0,365 chrXV 21418 . C T 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=80;Dels=0.00;FS=9.427;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.118;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.372;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,58:80:99:990,0,283 chrXV 21432 . A G 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.696;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,59:86:99:982,0,353 chrXV 21512 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.914;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:453,0,502 chrXV 21536 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;DP=45;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=-3.879;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:310,0,449 chrXV 21545 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=-4.510;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:298,0,508 chrXV 21557 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.990;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:290,0,486 chrXV 21565 . G A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.562;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:264,0,376 chrXV 21624 . T G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;DP=59;Dels=0.00;FS=8.065;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.127;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,41:59:99:590,0,283 chrXV 21662 . G A 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=71;Dels=0.00;FS=18.539;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=12.65;ReadPosRankSum=-1.911;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,50:71:99:928,0,347 chrXV 21803 . T A 252.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.213;DP=92;Dels=0.00;FS=16.268;HaplotypeScore=44.8817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-6.972;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.710;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,31:92:99:282,0,1003 chrXV 21804 . T A 244.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DP=92;Dels=0.00;FS=13.513;HaplotypeScore=24.0983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-7.350;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.029;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,30:92:99:274,0,1046 chrXV 21807 . A G 264.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=97;Dels=0.00;FS=17.612;HaplotypeScore=47.1091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-7.328;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.234;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,33:97:99:294,0,978 chrXV 21835 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DP=67;Dels=0.00;FS=3.822;HaplotypeScore=4.8970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQ0=0;MQRankSum=-6.053;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:274,0,734 chrXV 21866 . A G 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.285;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQ0=0;MQRankSum=-6.120;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:688,0,730 chrXV 21902 . G A 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=90;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.423;QD=11.42;ReadPosRankSum=2.342;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,55:90:99:1058,0,561 chrXV 21909 . T C 1192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=99;Dels=0.00;FS=4.558;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.253;QD=12.04;ReadPosRankSum=3.136;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:1222,0,664 chrXV 21973 . A T 1337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.963;DP=123;Dels=0.00;FS=1.444;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.615;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.054;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,70:123:99:1367,0,959 chrXV 22018 . C T 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.434;DP=101;Dels=0.00;FS=4.190;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.655;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,60:101:99:1198,0,664 chrXV 22043 . T A 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.007;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.524;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:928,0,775 chrXV 22094 . T A 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=106;Dels=0.00;FS=0.757;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-6.964;QD=2.09;ReadPosRankSum=-2.378;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,39:106:99:252,0,1348 chrXV 22105 . T A 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=103;Dels=0.00;FS=2.857;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-7.037;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.139;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,32:103:99:207,0,1471 chrXV 22110 . A G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.982;DP=102;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQ0=0;MQRankSum=-7.078;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.227;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,32:102:99:184,0,1459 chrXV 22116 . G A 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-6.889;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.739;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,29:95:99:128,0,1367 chrXV 22150 . A G 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DP=96;Dels=0.00;FS=13.161;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.886;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.607;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,31:96:99:152,0,1200 chrXV 22181 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DP=86;Dels=0.00;FS=4.414;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.968;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.914;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:366,0,1121 chrXV 22183 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=87;Dels=0.00;FS=1.897;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.986;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.003;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:371,0,1039 chrXV 22194 . G T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.883;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=-6.236;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:565,0,1051 chrXV 22209 . G A 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;DP=112;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.898;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,62:112:99:739,0,969 chrXV 22235 . T G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;DP=100;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.47;MQ0=0;MQRankSum=-6.825;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,63:100:99:792,0,669 chrXV 22262 . A G 450.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.647;DP=84;Dels=0.00;FS=1.850;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.75;MQ0=0;MQRankSum=-7.751;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.485;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:480,0,696 chrXV 22264 . T C 484.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=85;Dels=0.00;FS=0.850;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.98;MQ0=0;MQRankSum=-7.814;QD=5.69;ReadPosRankSum=2.436;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:514,0,572 chrXV 22272 . G A 456.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.57;MQ0=0;MQRankSum=-7.550;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:80:99:486,0,594 chrXV 22720 . C A 714.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.303;DP=189;Dels=0.00;FS=0.592;HaplotypeScore=13.6990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.05;MQ0=6;MQRankSum=-7.311;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,86:189:99:744,0,1814 chrXV 22777 . C T 708.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.425;DP=160;Dels=0.00;FS=5.985;HaplotypeScore=26.2422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.33;MQ0=8;MQRankSum=-4.058;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,70:160:99:738,0,1321 chrXV 22834 . A G 103.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;DP=64;Dels=0.00;FS=6.823;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.39;MQ0=9;MQRankSum=-3.658;QD=1.61;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,19:64:99:133,0,777 chrXV 22876 . C T 81.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=50;Dels=0.00;FS=17.562;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.37;MQ0=7;MQRankSum=-2.877;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:111,0,286 chrXV 22907 . G A 164.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=58;Dels=0.00;FS=3.026;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.34;MQ0=10;MQRankSum=-1.621;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.000;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:194,0,212 chrXV 23611 . G A 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=30;Dels=0.00;FS=8.975;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.04;MQ0=3;MQRankSum=-3.342;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:62:62,0,171 chrXV 23614 . T C 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DP=32;Dels=0.00;FS=9.436;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.48;MQ0=3;MQRankSum=-3.876;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.487;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:62:62,0,176 chrXV 23863 . G A 318.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=66;Dels=0.00;FS=9.482;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.96;MQ0=15;MQRankSum=0.983;QD=4.82;ReadPosRankSum=-2.171;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,46:66:99:348,0,115 chrXV 23953 . C G 173.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=77;Dels=0.00;FS=5.745;HaplotypeScore=3.7105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.83;MQ0=1;MQRankSum=-6.087;QD=2.25;ReadPosRankSum=-3.078;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,56:77:99:203,0,410 chrXV 23956 . G A 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=76;Dels=0.00;FS=11.854;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.67;MQ0=1;MQRankSum=-6.412;QD=0.34;ReadPosRankSum=-2.456;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,51:76:56:56,0,495 chrXV 23959 . A G 21.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=79;Dels=0.00;FS=8.640;HaplotypeScore=6.9377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.37;MQ0=1;MQRankSum=-6.433;QD=0.27;ReadPosRankSum=-1.604;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,50:79:51:51,0,514 chrXV 23962 . G A 22.03 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DP=78;Dels=0.00;FS=5.004;HaplotypeScore=7.8043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.51;MQ0=1;MQRankSum=-5.914;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.813;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:78:52:52,0,534 chrXV 24109 . G A 248.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=83;Dels=0.00;FS=54.750;HaplotypeScore=3.2398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.04;MQ0=2;MQRankSum=-6.442;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:278,0,506 chrXV 24115 . T C 175.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;DP=73;Dels=0.00;FS=41.660;HaplotypeScore=6.4927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.71;MQ0=1;MQRankSum=-5.999;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.840;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:73:99:205,0,565 chrXV 24136 . A G 104.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=72;Dels=0.00;FS=29.141;HaplotypeScore=8.0557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.59;MQ0=1;MQRankSum=-5.013;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.012;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,25:72:99:134,0,661 chrXV 24145 . T C 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.692;DP=81;Dels=0.00;FS=11.735;HaplotypeScore=12.9925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.69;MQ0=1;MQRankSum=-5.642;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:81:65:65,0,848 chrXV 24151 . A G 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=74;Dels=0.00;FS=37.770;HaplotypeScore=11.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.84;MQ0=1;MQRankSum=-6.668;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:76:76,0,693 chrXV 24190 . C A,G 588.01 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8114;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=35.87;MQ0=9;QD=10.69;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,31,24:55:91:648,497,479,151,0,91 chrXV 24352 . C T 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;DP=155;Dels=0.00;FS=12.953;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.98;MQ0=0;MQRankSum=-8.697;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,109:155:99:938,0,812 chrXV 24376 . G C 1430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;DP=192;Dels=0.00;FS=5.614;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.49;MQ0=0;MQRankSum=-7.095;QD=7.45;ReadPosRankSum=-3.317;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,93:192:99:1460,0,1578 chrXV 24407 . T C 2887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.213;DP=218;Dels=0.00;FS=3.264;HaplotypeScore=15.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.65;MQ0=0;MQRankSum=-9.492;QD=13.24;ReadPosRankSum=2.259;SB=-1.467e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,145:218:99:2917,0,1250 chrXV 24486 . G C 1971.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=166;Dels=0.00;FS=3.080;HaplotypeScore=9.5398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.18;MQ0=6;MQRankSum=-5.937;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,111:166:99:2001,0,986 chrXV 24539 . T G 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.052;DP=110;Dels=0.00;FS=32.147;HaplotypeScore=24.7431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.17;MQ0=6;MQRankSum=-1.351;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,20:110:67:67,0,1917 chrXV 24543 . C A 833.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.727;DP=113;Dels=0.00;FS=20.563;HaplotypeScore=28.5888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.65;MQ0=5;MQRankSum=-3.241;QD=7.37;ReadPosRankSum=2.975;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:113:99:863,0,1094 chrXV 24640 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=111;Dels=0.00;FS=0.744;HaplotypeScore=19.1052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.00;MQ0=0;MQRankSum=-5.070;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:111:99:461,0,919 chrXV 24643 . C T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.691;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:104:99:606,0,733 chrXV 24654 . A G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=92;Dels=0.00;FS=14.255;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.52;MQ0=0;MQRankSum=-6.837;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:294,0,811 chrXV 24655 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;DP=91;Dels=0.00;FS=14.255;HaplotypeScore=10.4212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.18;MQ0=0;MQRankSum=-6.632;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:303,0,790 chrXV 24665 . A G 233.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DP=92;Dels=0.00;FS=35.504;HaplotypeScore=17.0614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.381;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.908;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:263,0,828 chrXV 24669 . A G 205.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=95;Dels=0.00;FS=28.464;HaplotypeScore=9.6315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.37;MQ0=0;MQRankSum=-5.929;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.531;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:95:99:235,0,891 chrXV 24671 . T C 176.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;DP=94;Dels=0.00;FS=35.586;HaplotypeScore=4.5614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.272;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.550;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:206,0,952 chrXV 24674 . C T 173.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.406;DP=93;Dels=0.00;FS=32.912;HaplotypeScore=3.7728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.94;MQ0=0;MQRankSum=-5.477;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.343;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:93:99:203,0,811 chrXV 24676 . C A 223.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.080;DP=93;Dels=0.00;FS=32.912;HaplotypeScore=2.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.94;MQ0=0;MQRankSum=-5.874;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.530;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:93:99:253,0,872 chrXV 24683 . G A 207.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=99;Dels=0.00;FS=35.532;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.644;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:237,0,861 chrXV 24688 . A G 205.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.354;DP=102;Dels=0.00;FS=29.826;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.313;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.622;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:235,0,1014 chrXV 24711 . T A 315.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=112;Dels=0.00;FS=33.225;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.110;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:345,0,1073 chrXV 24717 . A G 327.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DP=117;Dels=0.00;FS=36.454;HaplotypeScore=7.0842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.274;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:117:99:357,0,1107 chrXV 24722 . A T 174.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.231;DP=121;Dels=0.00;FS=26.802;HaplotypeScore=10.6448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.76;MQ0=0;MQRankSum=-5.467;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,49:121:99:204,0,1236 chrXV 24732 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=121;Dels=0.02;FS=5.775;HaplotypeScore=24.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.696;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,47:119:99:346,0,1165 chrXV 24788 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DP=153;Dels=0.00;FS=9.068;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.339;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.081;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,55:153:99:665,0,1700 chrXV 24811 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;DP=153;Dels=0.00;FS=7.628;HaplotypeScore=77.7212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.49;MQ0=0;MQRankSum=-5.685;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,54:153:99:620,0,1677 chrXV 24827 . G A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DP=139;Dels=0.00;FS=54.315;HaplotypeScore=10.0791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.03;MQ0=0;MQRankSum=-9.672;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.568;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,79:139:99:763,0,1262 chrXV 24873 . A G 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.237;DP=150;Dels=0.00;FS=11.164;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.87;MQ0=0;MQRankSum=-7.332;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,77:150:99:946,0,1157 chrXV 24981 . A T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;DP=87;Dels=0.00;FS=12.237;HaplotypeScore=17.1376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.03;MQ0=0;MQRankSum=-7.099;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.766;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:685,0,815 chrXV 24986 . C G 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=76;Dels=0.00;FS=13.979;HaplotypeScore=17.1376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.51;MQ0=0;MQRankSum=-4.770;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.754;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:313,0,848 chrXV 25015 . A G 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DP=48;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.721;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.314;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:190,0,480 chrXV 25068 . A G 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=38;Dels=0.00;FS=3.144;HaplotypeScore=8.4697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.575;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.223;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:38:99:173,0,265 chrXV 25071 . G C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DP=40;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=9.2036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.466;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.856;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:210,0,208 chrXV 25092 . G A 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;DP=50;Dels=0.00;FS=2.995;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.65;MQ0=1;MQRankSum=-1.415;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.234;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:215,0,319 chrXV 25130 . T A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DP=93;Dels=0.00;FS=30.902;HaplotypeScore=17.4058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.19;MQ0=1;MQRankSum=-3.843;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.053;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,36:93:99:197,0,752 chrXV 25136 . G A 78.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;DP=100;Dels=0.00;FS=32.488;HaplotypeScore=17.4058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.29;MQ0=1;MQRankSum=-2.699;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.768;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,24:100:99:108,0,942 chrXV 25152 . T C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;DP=120;Dels=0.00;FS=41.620;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.04;MQ0=1;MQRankSum=-3.440;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,37:120:99:177,0,1158 chrXV 25175 . C G 229.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=139;Dels=0.00;FS=70.455;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.839;QD=1.65;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,43:139:99:259,0,1282 chrXV 25176 . T C 1222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=142;Dels=0.00;FS=73.847;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.01;MQ0=0;MQRankSum=1.899;QD=8.61;ReadPosRankSum=2.148;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,97:142:99:1252,0,339 chrXV 25318 . A G 754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=18.85;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:87:787,87,0 chrXV 25319 . T A 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=41;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=4.8724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=19.10;ReadPosRankSum=2.327;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:87:816,87,0 chrXV 25395 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=49;Dels=0.00;FS=7.007;HaplotypeScore=6.7528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=0.63;ReadPosRankSum=1.644;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,7:49:61:61,0,762 chrXV 25407 . G A 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DP=52;Dels=0.00;FS=8.752;HaplotypeScore=9.2168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.742;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.161;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,9:52:92:92,0,793 chrXV 25434 . C T 251.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.503;DP=50;Dels=0.00;FS=19.333;HaplotypeScore=2.7213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.14;MQ0=1;MQRankSum=-0.922;QD=5.02;ReadPosRankSum=2.072;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,15:50:99:281,0,488 chrXV 25440 . T C 221.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=50;Dels=0.00;FS=19.333;HaplotypeScore=2.7761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.81;MQ0=1;MQRankSum=-0.705;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.942;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,15:50:99:251,0,491 chrXV 25443 . G A 789 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DP=51;Dels=0.00;FS=8.551;HaplotypeScore=2.7761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=1;MQRankSum=1.163;QD=15.47;ReadPosRankSum=2.055;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:43:822,43,0 chrXV 25464 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DP=58;Dels=0.00;FS=37.522;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.30;MQ0=3;MQRankSum=-1.861;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.633;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,42:58:99:197,0,284 chrXV 25488 . C T 88.34 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=46;Dels=0.00;FS=30.278;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.13;MQ0=5;MQRankSum=-2.078;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.377;SB=-4.608e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,41:46:8:118,0,8 chrXV 25542 . T C 99.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.11;MQ0=4;QD=2.16;SB=-2.526e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:15:132,15,0 chrXV 25545 . C T 105.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.95;MQ0=5;QD=2.15;SB=-2.526e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:15:138,15,0 chrXV 25557 . C T 65.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DP=51;Dels=0.00;FS=37.072;HaplotypeScore=6.0913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.50;MQ0=4;MQRankSum=-1.544;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.362;SB=-3.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,43:51:53:95,0,53 chrXV 25569 . T C 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=53;Dels=0.00;FS=44.854;HaplotypeScore=8.5442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.33;MQ0=5;MQRankSum=-1.789;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-3.012e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,43:53:53:79,0,53 chrXV 25614 . C T 117.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;DP=54;Dels=0.00;FS=2.553;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.96;MQ0=6;MQRankSum=-0.931;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:147,0,206 chrXV 25629 . C T 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;DP=63;Dels=0.00;FS=13.850;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.01;MQ0=9;MQRankSum=0.601;QD=0.23;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-6.175e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,13:63:44:44,0,352 chrXV 25647 . C A 146.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;DP=55;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=1.5317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.79;MQ0=9;MQRankSum=1.828;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:55:99:176,0,192 chrXV 25680 . T C 63.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;DP=57;Dels=0.00;FS=15.671;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.27;MQ0=9;MQRankSum=0.777;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:57:93:93,0,189 chrXV 25724 . T G 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.60;MQ0=4;MQRankSum=1.141;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:151,0,182 chrXV 25746 . T C 349 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.21;MQ0=5;QD=7.27;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:42:382,42,0 chrXV 25749 . C A 135.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=47;Dels=0.00;FS=7.438;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.10;MQ0=5;MQRankSum=0.840;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.892;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:47:99:165,0,168 chrXV 25753 . A G 118.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=50;Dels=0.00;FS=9.819;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.26;MQ0=6;MQRankSum=2.184;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.769;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:50:99:148,0,188 chrXV 25809 . C T 232.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;DP=37;Dels=0.00;FS=38.166;HaplotypeScore=2.7423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.57;MQ0=7;MQRankSum=1.031;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.791;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:37:57:262,0,57 chrXV 25821 . T C 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;DP=35;Dels=0.00;FS=34.392;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.66;MQ0=8;MQRankSum=-0.577;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:54:54,0,306 chrXV 25824 . C T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;DP=34;Dels=0.00;FS=31.410;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.65;MQ0=8;MQRankSum=-0.343;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:62:62,0,307 chrXV 25839 . T C 246.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=32;Dels=0.00;FS=22.082;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.22;MQ0=10;MQRankSum=1.058;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:54:276,0,54 chrXV 25860 . C T 101.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=30;Dels=0.00;FS=8.392;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.83;MQ0=11;MQRankSum=0.543;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.992;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:30:93:131,0,93 chrXV 25869 . T C 152.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.11;MQ0=9;QD=6.91;SB=-1.026e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:21:185,21,0 chrXV 25917 . A T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=19;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=2.9388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.42;MQ0=7;MQRankSum=-0.831;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.380;SB=-6.514e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:62:62,0,78 chrXV 25974 . C T 67.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=50;Dels=0.00;FS=5.519;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.47;MQ0=6;MQRankSum=1.246;QD=1.34;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:50:97:97,0,483 chrXV 26016 . A G 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=70;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.40;MQ0=4;MQRankSum=1.928;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.061;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,16:70:76:76,0,885 chrXV 26223 . C T 152.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=43;Dels=0.00;FS=1.860;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.75;MQ0=19;MQRankSum=0.987;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.493;SB=-6.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:43:68:182,0,68 chrXV 26358 . C T 104.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=35;Dels=0.00;FS=8.557;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.27;MQ0=6;MQRankSum=1.855;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:35:53:134,0,53 chrXV 26465 . C T 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.36;MQ0=14;MQRankSum=1.182;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:26:6:53,6,0 chrXV 26538 . C A 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.88;MQ0=10;QD=1.26;SB=-1.766e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:22:6:59,6,0 chrXV 26574 . C T 53.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.82;MQ0=13;MQRankSum=0.158;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.107;SB=0.124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:12:83,0,12 chrXV 26613 . C T 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=29;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=3.4888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.68;MQ0=17;MQRankSum=1.134;QD=1.41;ReadPosRankSum=-1.635;SB=0.162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:37:71,0,37 chrXV 26643 . G A 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.32;MQ0=18;QD=0.83;SB=-2.376e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:6:52,6,0 chrXV 26889 . G A 164.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=57;Dels=0.00;FS=13.900;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.76;MQ0=29;MQRankSum=0.551;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.798;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:41:194,0,41 chrXV 27045 . C T 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.93;MQ0=32;QD=1.20;SB=-7.155e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:9:80,9,0 chrXV 27129 . C T 25.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.030;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.37;MQ0=41;MQRankSum=-0.816;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,24:84:55:55,0,356 chrXV 27136 . C A 33.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.010;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.04;MQ0=29;MQRankSum=-0.793;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,19:74:63:63,0,348 chrXV 27137 . A T 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;DP=77;Dels=0.00;FS=1.113;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.04;MQ0=30;MQRankSum=-0.781;QD=0.18;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,21:77:44:44,0,389 chrXV 27140 . C T 28.01 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.28;MQ0=28;MQRankSum=-0.921;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.358;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,19:75:58:58,0,375 chrXV 27153 . T G 53.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.35;MQ0=27;MQRankSum=-0.531;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,20:77:83:83,0,286 chrXV 27157 . G A 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.24;MQ0=28;MQRankSum=-1.366;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,21:75:56:56,0,319 chrXV 27175 . C T 349.02 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=74;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=20.2046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.24;MQ0=25;MQRankSum=-0.122;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.717;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,64:74:23:379,0,23 chrXV 27232 . T C 1137 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.44;MQ0=16;MQRankSum=2.163;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.638;SB=-6.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,60:99:85:1170,85,0 chrXV 27254 . A T 377.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DP=97;Dels=0.00;FS=3.812;HaplotypeScore=11.1013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.98;MQ0=7;MQRankSum=-0.516;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,30:97:99:407,0,1222 chrXV 27321 . T C 439.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DP=135;Dels=0.00;FS=7.286;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.59;MQ0=90;MQRankSum=0.806;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.420;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,37:135:99:469,0,479 chrXV 27481 . T C 485.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=122;Dels=0.00;FS=19.577;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.40;MQ0=31;MQRankSum=-0.068;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,45:122:99:515,0,774 chrXV 27515 . A G 1494 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.77;MQ0=5;QD=14.94;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1527,168,0 chrXV 27523 . A G 141.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DP=98;Dels=0.00;FS=16.352;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.21;MQ0=7;MQRankSum=-2.156;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,27:98:99:171,0,841 chrXV 27549 . C T 662.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.12;MQ0=17;MQRankSum=3.105;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.578;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:100:99:692,0,207 chrXV 27621 . C T 280.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=148;Dels=0.00;FS=38.422;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.62;MQ0=71;MQRankSum=-1.776;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.987;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,41:148:99:310,0,997 chrXV 27705 . T C 343.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=162;Dels=0.00;FS=23.832;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.68;MQ0=121;MQRankSum=0.562;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,97:162:99:373,0,438 chrXV 27793 . C G 312.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.460;DP=103;Dels=0.00;FS=2.370;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.49;MQ0=62;MQRankSum=-0.490;QD=3.03;ReadPosRankSum=-2.507;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:342,0,119 chrXV 27863 . T A 70.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.12;MQ0=17;MQRankSum=0.810;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-4.542e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,21:33:12:103,12,0 chrXV 28075 . G A 39.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.79;MQ0=11;MQRankSum=0.553;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.954;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:69:69,0,236 chrXV 28352 . T C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.06;MQ0=1;MQRankSum=-1.732;QD=1.08;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:26:58:58,0,436 chrXV 28443 . T C 11.37 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.35;MQ0=9;MQRankSum=0.988;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-4.069e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:18:41,0,18 chrXV 28503 . G A 413.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=31;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQ0=5;MQRankSum=-0.645;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.713;SB=0.128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,23:31:43:443,0,43 chrXV 28544 . G T 477.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=51;Dels=0.00;FS=26.806;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQ0=11;MQRankSum=2.167;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:507,0,269 chrXV 28627 . A G 1437.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.394;DP=299;Dels=0.00;FS=27.393;HaplotypeScore=13.7021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.42;MQ0=15;MQRankSum=-8.997;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.405;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,100:299:99:1467,0,4301 chrXV 28642 . C T 3656.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.599;DP=348;Dels=0.00;FS=62.155;HaplotypeScore=15.0131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.81;MQ0=13;MQRankSum=-13.646;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,192:348:99:3656,0,3146 chrXV 28655 . C A 1081.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DP=365;Dels=0.00;FS=64.059;HaplotypeScore=14.3081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.67;MQ0=15;MQRankSum=8.307;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:287,77:365:99:1111,0,6320 chrXV 28683 . T C 1620.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.682;DP=295;Dels=0.00;FS=15.369;HaplotypeScore=10.4178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.45;MQ0=17;MQRankSum=-5.863;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,106:295:99:1650,0,4192 chrXV 28693 . G A 1113.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.521;DP=227;Dels=0.00;FS=7.762;HaplotypeScore=5.7147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.89;MQ0=20;MQRankSum=-5.538;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.984;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,81:227:99:1143,0,3034 chrXV 28800 . G A 210.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DP=80;Dels=0.00;FS=2.567;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.85;MQ0=12;MQRankSum=0.424;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.312;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,20:80:99:240,0,757 chrXV 28873 . T A 1090.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DP=170;Dels=0.00;FS=6.254;HaplotypeScore=9.7359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.42;MQ0=8;MQRankSum=6.052;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,66:170:99:1120,0,1814 chrXV 28944 . A G 1494.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.396;DP=208;Dels=0.00;FS=6.104;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQ0=11;MQRankSum=10.233;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.584;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,88:208:99:1524,0,1911 chrXV 29144 . A G 276.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=53;Dels=0.00;FS=5.847;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.12;MQ0=4;MQRankSum=-0.112;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.498;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:53:99:306,0,427 chrXV 29207 . A G 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=82;Dels=0.00;FS=7.374;HaplotypeScore=9.2127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.07;MQ0=9;MQRankSum=-2.567;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.180;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,11:82:61:61,0,1093 chrXV 29527 . C T 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=1.885;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.502;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,18:59:99:227,0,775 chrXV 29592 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.389;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.893;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:533,0,341 chrXV 29621 . G A 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.063;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:46:99:165,0,559 chrXV 29669 . G A 479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.388;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:48:34:512,34,0 chrXV 29810 . G A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.424;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:593,0,625 chrXV 29825 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;DP=74;Dels=0.00;FS=2.020;HaplotypeScore=3.4356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:679,0,683 chrXV 29909 . G T 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=78;Dels=0.00;FS=11.269;HaplotypeScore=10.0969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.469;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,15:78:84:84,0,1177 chrXV 29976 . G C 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=19.07;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1139,126,0 chrXV 29984 . T A 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=15.11;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:96:864,96,0 chrXV 30136 . G T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=76;Dels=0.00;FS=2.048;HaplotypeScore=11.0999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,23:76:99:240,0,905 chrXV 30179 . C T 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=72;Dels=0.00;FS=3.361;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:332,0,790 chrXV 30248 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=91;Dels=0.01;FS=5.439;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.642;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.889;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:563,0,854 chrXV 30265 . C G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=87;Dels=0.01;FS=1.762;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=6.07;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:86:99:558,0,896 chrXV 30338 . G T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=62;Dels=0.00;FS=8.220;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=2.453;QD=5.19;ReadPosRankSum=-2.048;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,19:62:99:352,0,676 chrXV 30485 . G A 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DP=65;Dels=0.00;FS=2.812;HaplotypeScore=9.9246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,12:65:99:108,0,977 chrXV 30575 . G A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DP=61;Dels=0.00;FS=13.633;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.992;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,16:61:99:168,0,768 chrXV 30707 . A G 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DP=71;Dels=0.00;FS=9.644;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.026;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,19:71:99:176,0,878 chrXV 30904 . C T 121.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.250;DP=40;Dels=0.00;FS=41.931;HaplotypeScore=23.7172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.083;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.350;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,9:40:99:151,0,512 chrXV 30958 . A T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DP=48;Dels=0.00;FS=119.014;HaplotypeScore=53.6613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=3.221;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.644;SB=-3.019e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:30:370,0,30 chrXV 30986 . T A 123.27 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=37;Dels=0.00;FS=37.185;HaplotypeScore=11.6969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.28;MQ0=1;MQRankSum=0.151;QD=3.33;ReadPosRankSum=2.299;SB=-2.716e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:9:153,0,9 chrXV 30992 . A G 60.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=39;Dels=0.00;FS=15.147;HaplotypeScore=39.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.20;MQ0=1;MQRankSum=-0.515;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.380;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,6:39:68:90,0,68 chrXV 30997 . A T 165.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=42;Dels=0.00;FS=65.860;HaplotypeScore=26.5266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.92;MQ0=1;MQRankSum=0.176;QD=3.93;ReadPosRankSum=2.747;SB=0.777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,15:42:3:195,3,0 chrXV 31025 . T A 77.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=33;Dels=0.00;FS=5.093;HaplotypeScore=14.5143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.608;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:107,0,109 chrXV 31026 . G A 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.2573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.20;MQ0=1;MQRankSum=-0.861;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:44:44,0,180 chrXV 31030 . C A 15.14 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.692;DP=33;Dels=0.00;FS=1.735;HaplotypeScore=46.5622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.34;MQ0=1;MQRankSum=-0.684;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.775;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:33:45:45,0,186 chrXV 31031 . A G 13.22 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DP=31;Dels=0.00;FS=1.725;HaplotypeScore=50.6608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.66;MQ0=1;MQRankSum=-0.446;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.258;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:31:43:43,0,194 chrXV 31033 . A T 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.66;MQ0=1;MQRankSum=-1.618;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:31:44:44,0,187 chrXV 31062 . T G 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.736;DP=53;Dels=0.00;FS=2.504;HaplotypeScore=25.7665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.12;MQ0=1;MQRankSum=-0.623;QD=1.13;ReadPosRankSum=3.828;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:90:90,0,219 chrXV 31064 . A T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DP=54;Dels=0.00;FS=17.250;HaplotypeScore=25.7665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.74;MQ0=1;MQRankSum=-0.312;QD=4.85;ReadPosRankSum=-2.432;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:44:292,0,44 chrXV 31075 . A T 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DP=57;Dels=0.00;FS=1.533;HaplotypeScore=28.5593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.06;MQ0=0;MQRankSum=4.103;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,9:57:99:110,0,346 chrXV 31101 . T G 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=66;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=24.5824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.206;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,9:66:78:78,0,559 chrXV 31103 . A T 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;DP=65;Dels=0.00;FS=10.382;HaplotypeScore=24.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.667;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,16:65:77:77,0,604 chrXV 31136 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.335;DP=87;Dels=0.00;FS=10.261;HaplotypeScore=33.0441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.760;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.073;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:370,0,518 chrXV 31142 . A T 75.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;DP=87;Dels=0.00;FS=7.211;HaplotypeScore=29.3518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.512;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,24:87:99:105,0,885 chrXV 31148 . G A 112.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.185;DP=88;Dels=0.00;FS=6.718;HaplotypeScore=12.8598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.040;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.172;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,27:88:99:142,0,839 chrXV 31151 . G A 119.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.324;DP=89;Dels=0.00;FS=6.770;HaplotypeScore=91.9436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.583;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.075;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,27:89:99:149,0,752 chrXV 31160 . T C 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.720;DP=85;Dels=0.00;FS=21.469;HaplotypeScore=56.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.45;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.509;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,30:85:99:376,0,445 chrXV 31172 . A G 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DP=77;Dels=0.00;FS=7.134;HaplotypeScore=48.3759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.682;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.344;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:77:58:58,0,686 chrXV 31178 . T C 17.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=70;Dels=0.00;FS=8.353;HaplotypeScore=65.7907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.595;QD=0.24;ReadPosRankSum=-4.478;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,10:70:47:47,0,613 chrXV 31184 . G T 184.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;DP=56;Dels=0.00;FS=7.660;HaplotypeScore=32.8478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.769;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:56:99:214,0,292 chrXV 31186 . A G 17.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;DP=51;Dels=0.00;FS=12.093;HaplotypeScore=27.9725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.726;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.061;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,5:51:47:47,0,439 chrXV 31188 . A G 168.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=49;Dels=0.04;FS=8.452;HaplotypeScore=25.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.273;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.993;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:198,0,168 chrXV 31190 . T G 158.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=48;Dels=0.00;FS=8.452;HaplotypeScore=29.1555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.654;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.015;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:188,0,245 chrXV 31199 . C T 280.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.223;DP=40;Dels=0.00;FS=16.827;HaplotypeScore=37.6495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,32:40:30:310,0,30 chrXV 31203 . T G 10.42 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;DP=35;Dels=0.00;FS=28.046;HaplotypeScore=31.6324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.552;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:40:40,0,276 chrXV 31205 . A T 104.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=33;Dels=0.00;FS=52.173;HaplotypeScore=34.5821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.19;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-6.402e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:134,0,138 chrXV 31209 . G A 17.09 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=32;Dels=0.00;FS=5.968;HaplotypeScore=34.3691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.26;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.034;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,3:32:47:47,0,210 chrXV 31211 . G A 85.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=28;Dels=0.00;FS=35.966;HaplotypeScore=26.4519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.96;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:115,0,107 chrXV 31214 . G A 145.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DP=27;Dels=0.00;FS=9.066;HaplotypeScore=39.3121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.843;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:27:28:175,0,28 chrXV 31220 . A G 26.02 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=38;Dels=0.00;FS=13.452;HaplotypeScore=62.9945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:38:56:56,0,113 chrXV 31223 . G T 58.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=34;Dels=0.00;FS=9.767;HaplotypeScore=51.1470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.93;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.062;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:34:65:88,0,65 chrXV 31227 . G A 36.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=26;Dels=0.00;FS=11.420;HaplotypeScore=25.6153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.306;SB=-4.595e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:66:66,0,67 chrXV 31244 . A T 167.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-1.996e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:21:200,21,0 chrXV 31257 . G A 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=35;Dels=0.00;FS=5.888;HaplotypeScore=19.6334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.18;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:88:90,0,88 chrXV 31259 . A G 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;DP=35;Dels=0.00;FS=5.888;HaplotypeScore=13.8959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:87:87,0,89 chrXV 31369 . A T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.375;DP=38;Dels=0.00;FS=1.415;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:255,0,483 chrXV 31394 . C T 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=31;Dels=0.00;FS=1.609;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.655;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:31:99:112,0,443 chrXV 31493 . G A 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DP=21;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:87:87,0,274 chrXV 31639 . T G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;DP=42;Dels=0.00;FS=1.435;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.830;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:414,0,351 chrXV 31707 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;DP=76;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:731,0,628 chrXV 31776 . A G 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.382;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.718;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:45:99:116,0,660 chrXV 31789 . G A 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.945;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.202;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:74:74,0,607 chrXV 31790 . T A 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.914;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.050;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:81:81,0,582 chrXV 31801 . C T 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=32;Dels=0.00;FS=1.670;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.492;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.224;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:89:89,0,497 chrXV 31814 . A C 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;DP=30;Dels=0.00;FS=3.630;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.583;QD=2.30;ReadPosRankSum=-2.039;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:30:99:99,0,394 chrXV 31817 . C A 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DP=29;Dels=0.00;FS=3.471;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.212;QD=2.76;ReadPosRankSum=-2.597;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:110,0,346 chrXV 31883 . G A 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DP=26;Dels=0.00;FS=9.616;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:229,0,200 chrXV 31946 . C T 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;DP=66;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.351;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:535,0,628 chrXV 31959 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.140;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.605;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.466;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:573,0,615 chrXV 31977 . A G 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=64;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.224;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.285;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:533,0,657 chrXV 32012 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DP=64;Dels=0.00;FS=7.140;HaplotypeScore=38.2500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.157;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:537,0,596 chrXV 32149 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.099;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.491;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:308,0,688 chrXV 32177 . G C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DP=56;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.123;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:574,0,526 chrXV 32330 . G A 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=20.65;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1210,126,0 chrXV 32374 . A G 82.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-5.419;QD=1.39;ReadPosRankSum=2.792;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,16:59:99:112,0,691 chrXV 32379 . C T 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-6.066;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.556;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,18:59:99:105,0,763 chrXV 32386 . C A 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=61;Dels=0.00;FS=3.684;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.960;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:129,0,764 chrXV 32395 . A G 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=66;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQ0=0;MQRankSum=-5.775;QD=2.62;ReadPosRankSum=-2.067;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:203,0,729 chrXV 32720 . C G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=66;Dels=0.00;FS=1.341;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.907;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.982;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:669,0,414 chrXV 32791 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;DP=96;Dels=0.00;FS=8.607;HaplotypeScore=5.3455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQ0=0;MQRankSum=-6.950;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:96:99:516,0,864 chrXV 32803 . T C 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=97;Dels=0.00;FS=1.741;HaplotypeScore=3.3369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.36;MQ0=0;MQRankSum=-7.187;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:97:99:573,0,834 chrXV 32809 . C T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=95;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=50.8608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-7.810;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:531,0,849 chrXV 32838 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.511;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-4.938;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:444,0,629 chrXV 32855 . A G 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;DP=59;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.365;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.630;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:303,0,568 chrXV 32865 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DP=54;Dels=0.00;FS=3.668;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.956;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.095;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:297,0,501 chrXV 33217 . A C 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.392;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:778,0,933 chrXV 33489 . C T 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DP=94;Dels=0.00;FS=1.727;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:899,0,832 chrXV 33511 . C G 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=83;Dels=0.00;FS=11.179;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.758;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:831,0,619 chrXV 33546 . T C 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DP=97;Dels=0.00;FS=6.606;HaplotypeScore=6.0289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.681;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:905,0,657 chrXV 34039 . A G 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.093;DP=93;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.437;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:93:99:1002,0,979 chrXV 34103 . C G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=73;Dels=0.00;FS=3.145;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:672,0,809 chrXV 34108 . G C 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=77;Dels=0.00;FS=4.383;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:737,0,762 chrXV 34772 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:49:99:548,0,321 chrXV 34951 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.356;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:639,0,557 chrXV 35297 . A G 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=91;Dels=0.00;FS=5.186;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:956,0,933 chrXV 35401 . C A 1202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DP=117;Dels=0.00;FS=6.101;HaplotypeScore=3.5054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.331;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:117:99:1232,0,772 chrXV 35414 . C T 1140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=138;Dels=0.00;FS=10.673;HaplotypeScore=4.4869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,78:138:99:1170,0,878 chrXV 35486 . A T 1711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DP=173;Dels=0.00;FS=12.640;HaplotypeScore=11.7715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,96:173:99:1741,0,1234 chrXV 35544 . G T 1106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;DP=113;Dels=0.00;FS=2.746;HaplotypeScore=15.7189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.915;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,64:113:99:1136,0,748 chrXV 35596 . A T 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=74;Dels=0.00;FS=12.024;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:736,0,522 chrXV 35666 . A G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=66;Dels=0.00;FS=14.111;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:605,0,352 chrXV 35718 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.222;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:48:96:471,0,96 chrXV 35742 . G C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.665;DP=42;Dels=0.00;FS=1.249;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.609;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:409,0,232 chrXV 35747 . G T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DP=48;Dels=0.00;FS=2.562;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.714;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.075;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:423,0,256 chrXV 35779 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;DP=67;Dels=0.00;FS=6.810;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.375;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:546,0,475 chrXV 35788 . T A 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=90;Dels=0.00;FS=9.157;HaplotypeScore=15.1936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.387;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.690;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,54:90:99:746,0,541 chrXV 35855 . T C 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;DP=101;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.606;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,63:101:99:989,0,754 chrXV 35866 . A C 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;DP=100;Dels=0.00;FS=2.168;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.523;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,60:100:99:1034,0,754 chrXV 35915 . T C 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=79;Dels=0.00;FS=9.371;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:79:99:720,0,566 chrXV 36047 . A G 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;DP=107;Dels=0.00;FS=8.255;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=10.55;ReadPosRankSum=-2.556;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:107:99:1159,0,797 chrXV 36091 . C G 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=104;Dels=0.00;FS=5.171;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.583;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:104:99:1128,0,733 chrXV 36403 . A G 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DP=105;Dels=0.00;FS=8.271;HaplotypeScore=13.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.948;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,64:105:99:1101,0,677 chrXV 36550 . C G 1066.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;DP=116;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.129;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,67:116:99:1096,0,884 chrXV 36551 . G A 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.555;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.274;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.132;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,67:114:99:1126,0,891 chrXV 36606 . T G 1263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.866;DP=137;Dels=0.00;FS=1.793;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,77:137:99:1293,0,1326 chrXV 36648 . G C 1130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=124;Dels=0.00;FS=11.803;HaplotypeScore=8.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:124:99:1160,0,1182 chrXV 36760 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.071;DP=63;Dels=0.00;FS=1.034;HaplotypeScore=3.4398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.944;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:672,0,325 chrXV 36786 . T G 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=80;Dels=0.00;FS=2.139;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.929;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.943;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:766,0,262 chrXV 37042 . T G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=48;Dels=0.00;FS=6.171;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:352,0,454 chrXV 37059 . A G 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=39;Dels=0.00;FS=2.843;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:248,0,401 chrXV 37107 . C T 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=45;Dels=0.00;FS=1.206;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.809;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:45:99:320,0,366 chrXV 37205 . T C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=62;Dels=0.00;FS=3.585;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:545,0,531 chrXV 37274 . A C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=84;Dels=0.00;FS=1.841;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.207;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:84:99:672,0,772 chrXV 37458 . A G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=30;Dels=0.00;FS=5.930;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.770;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:407,0,138 chrXV 37493 . G A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DP=39;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.232;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.192;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:197,0,458 chrXV 37620 . G C 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DP=82;Dels=0.00;FS=7.803;HaplotypeScore=8.1600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:82:99:789,0,755 chrXV 37725 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:411,0,503 chrXV 37742 . G A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DP=63;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.489;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:420,0,557 chrXV 37749 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=61;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.432;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:422,0,558 chrXV 37812 . C T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=44;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.868;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:323,0,326 chrXV 37836 . G C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=47;Dels=0.00;FS=14.258;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:47:99:355,0,454 chrXV 37974 . G A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=77;Dels=0.00;FS=14.804;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:356,0,821 chrXV 38001 . C G 1309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.25;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1342,147,0 chrXV 38113 . A T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=65;Dels=0.00;FS=3.466;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:353,0,661 chrXV 38127 . G A 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=72;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=12.58;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,46:72:99:936,0,368 chrXV 38177 . A C 1203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DP=57;Dels=0.00;FS=6.255;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=21.11;ReadPosRankSum=2.662;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1236,135,0 chrXV 38224 . T G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.219;DP=48;Dels=0.00;FS=1.119;HaplotypeScore=7.5758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.062;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:359,0,490 chrXV 38574 . G A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.344;DP=82;Dels=0.00;FS=1.780;HaplotypeScore=10.4536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.138;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.552;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:764,0,695 chrXV 38675 . T C 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.568;DP=112;Dels=0.00;FS=2.464;HaplotypeScore=8.1588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.670;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:112:99:877,0,937 chrXV 38726 . T G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.425;DP=79;Dels=0.00;FS=2.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:573,0,813 chrXV 38741 . A C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=67;Dels=0.00;FS=5.432;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:512,0,723 chrXV 38791 . A C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=64;Dels=0.00;FS=2.161;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:421,0,785 chrXV 38812 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=66;Dels=0.00;FS=3.563;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:66:99:488,0,660 chrXV 38827 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=74;Dels=0.00;FS=4.838;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:74:99:568,0,628 chrXV 38891 . G A 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=138;Dels=0.00;FS=4.129;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.397;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,67:138:99:1123,0,1107 chrXV 39064 . A G 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;DP=106;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=8.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.442;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.043;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:829,0,964 chrXV 39352 . T G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.556;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.853;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.994;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,58:148:99:692,0,1829 chrXV 39353 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-7.026;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.884;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,59:144:99:744,0,1699 chrXV 39380 . C T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DP=143;Dels=0.00;FS=9.094;HaplotypeScore=8.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=-8.595;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:143:99:787,0,1396 chrXV 39382 . G A 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.769;DP=142;Dels=0.00;FS=7.681;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQ0=0;MQRankSum=-9.278;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,71:142:99:805,0,1359 chrXV 39402 . G C 580.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=118;Dels=0.00;FS=14.869;HaplotypeScore=2.7669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.20;MQ0=0;MQRankSum=-8.858;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.097;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:118:99:610,0,1131 chrXV 39403 . T C 588.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;DP=120;Dels=0.00;FS=16.395;HaplotypeScore=2.7669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.48;MQ0=0;MQRankSum=-9.097;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.778;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,63:120:99:618,0,1187 chrXV 39405 . T A 608.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=122;Dels=0.00;FS=16.340;HaplotypeScore=3.5556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.76;MQ0=0;MQRankSum=-9.083;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.716;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:122:99:638,0,1163 chrXV 39407 . T C 575.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;DP=124;Dels=0.00;FS=18.278;HaplotypeScore=2.7669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.02;MQ0=0;MQRankSum=-8.996;QD=4.64;ReadPosRankSum=2.329;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:605,0,1190 chrXV 39416 . A G 474.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.910;DP=131;Dels=0.00;FS=25.641;HaplotypeScore=4.3474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQ0=0;MQRankSum=-9.461;QD=3.62;ReadPosRankSum=3.429;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,63:131:99:504,0,1437 chrXV 39418 . G C 496.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;DP=130;Dels=0.00;FS=23.606;HaplotypeScore=4.3474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-9.110;QD=3.82;ReadPosRankSum=3.382;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:130:99:526,0,1362 chrXV 39421 . A G 520.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DP=129;Dels=0.00;FS=26.071;HaplotypeScore=6.9142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.64;MQ0=0;MQRankSum=-9.247;QD=4.03;ReadPosRankSum=2.697;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:129:99:550,0,1384 chrXV 39499 . A T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=100;Dels=0.00;FS=4.579;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.829;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,32:100:99:512,0,1093 chrXV 39574 . T C 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.521;DP=96;Dels=0.00;FS=1.658;HaplotypeScore=7.4256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:668,0,1064 chrXV 39595 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;DP=105;Dels=0.00;FS=0.734;HaplotypeScore=8.7893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.517;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:639,0,926 chrXV 39607 . A C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DP=117;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.781;QD=3.62;ReadPosRankSum=2.385;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,48:117:99:453,0,1138 chrXV 39625 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;DP=120;Dels=0.00;FS=0.720;HaplotypeScore=4.4531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.169;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.572;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,50:120:99:521,0,1288 chrXV 39657 . C T 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.999;DP=157;Dels=0.00;FS=4.274;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-6.300;QD=4.60;ReadPosRankSum=-4.358;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,78:157:99:752,0,1315 chrXV 39668 . C G 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=169;Dels=0.00;FS=4.977;HaplotypeScore=10.4445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-6.296;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.871;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,82:169:99:767,0,1317 chrXV 39768 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=83;Dels=0.00;FS=14.614;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-3.181;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.121;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:828,0,838 chrXV 39805 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DP=73;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:612,0,748 chrXV 39855 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.584;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:453,0,625 chrXV 39893 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=94;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:94:99:590,0,751 chrXV 40198 . A G 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.634;DP=82;Dels=0.00;FS=7.341;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.666;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:82:99:846,0,811 chrXV 40227 . G A 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.717;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:815,0,712 chrXV 40304 . T C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;DP=97;Dels=0.00;FS=14.181;HaplotypeScore=5.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.483;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,54:97:99:955,0,727 chrXV 40440 . C T 1235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.023;DP=110;Dels=0.00;FS=1.563;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,66:110:99:1265,0,759 chrXV 40513 . G A 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=78;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=7.9653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:78:99:727,0,605 chrXV 40593 . A G 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.288;DP=97;Dels=0.00;FS=2.815;HaplotypeScore=11.1848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:97:99:770,0,674 chrXV 40684 . C A 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.401;DP=142;Dels=0.00;FS=2.279;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.212;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.752;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,78:142:99:1138,0,1098 chrXV 40807 . C T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=13.36;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:818,0,332 chrXV 40848 . C T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:698,0,308 chrXV 41050 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;DP=47;Dels=0.00;FS=2.544;HaplotypeScore=7.1187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.222;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:372,0,361 chrXV 41255 . C T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=60;Dels=0.00;FS=2.256;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.600;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:647,0,570 chrXV 41308 . G T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;DP=58;Dels=0.00;FS=7.365;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:607,0,453 chrXV 41470 . T C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=55;Dels=0.00;FS=9.624;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:456,0,388 chrXV 41495 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.288;DP=63;Dels=0.00;FS=0.984;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.378;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:63:99:501,0,534 chrXV 41788 . A T 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;DP=70;Dels=0.00;FS=2.062;HaplotypeScore=8.0301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.704;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:744,0,418 chrXV 41838 . G A 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=78;Dels=0.00;FS=3.097;HaplotypeScore=8.5498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:825,0,642 chrXV 42175 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:508,0,396 chrXV 42219 . A C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;DP=47;Dels=0.00;FS=8.484;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.034;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:47:99:354,0,356 chrXV 42230 . A C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=49;Dels=0.00;FS=8.450;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:409,0,337 chrXV 42290 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=53;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.913;QD=4.81;ReadPosRankSum=2.055;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:285,0,465 chrXV 42291 . T C 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=56;Dels=0.00;FS=2.377;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.410;QD=4.48;ReadPosRankSum=2.689;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:281,0,451 chrXV 42529 . C T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=37;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.493;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:384,0,299 chrXV 42832 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.565;DP=61;Dels=0.00;FS=3.948;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:61:99:452,0,704 chrXV 42859 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.997;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:383,0,693 chrXV 42969 . C T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.10;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.923;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:82:99:837,0,551 chrXV 43092 . A G 354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=0;QD=5.62;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:42:387,42,0 chrXV 43143 . A G 815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.26;MQ0=0;QD=15.09;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:93:848,93,0 chrXV 43153 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=69;Dels=0.00;FS=1.493;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.959;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,24:69:99:323,0,767 chrXV 43170 . T C 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.43;MQ0=0;QD=17.39;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1337,141,0 chrXV 43176 . A C 1286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;QD=16.70;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1319,138,0 chrXV 43183 . A G 278.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.985;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:308,0,738 chrXV 43187 . A G 1262 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=15.58;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1295,138,0 chrXV 43188 . A G 1264 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.08;MQ0=0;QD=15.23;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1297,144,0 chrXV 43223 . G A 1518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.62;MQ0=0;QD=19.22;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1551,162,0 chrXV 43303 . T C 560.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DP=84;Dels=0.00;FS=4.652;HaplotypeScore=5.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.398;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.615;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:84:99:590,0,963 chrXV 43312 . G A 1604 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=80;Dels=0.00;FS=4.717;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=20.05;ReadPosRankSum=1.559;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1637,201,0 chrXV 43313 . A G 1612 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=80;Dels=0.00;FS=4.717;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=20.15;ReadPosRankSum=1.602;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1645,203,0 chrXV 43318 . A G 1729 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.94;MQ0=0;QD=23.36;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1762,201,0 chrXV 43337 . C T 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.62;MQ0=0;QD=15.62;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:689,78,0 chrXV 43346 . T C 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=25;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.23;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.278;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:45:45,0,129 chrXV 43351 . C T 92.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;QD=3.84;SB=-1.253e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:15:125,15,0 chrXV 43360 . A G 163.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=24;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.589;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:24:196,24,0 chrXV 43366 . A G 110.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.79;MQ0=0;QD=5.01;SB=-1.501e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:18:143,18,0 chrXV 43374 . A G 86.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.80;MQ0=0;QD=3.92;SB=-1.363e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:15:119,15,0 chrXV 43376 . T C 87.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.29;MQ0=0;QD=3.79;SB=-1.403e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:15:120,15,0 chrXV 43415 . A G 463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.85;MQ0=0;QD=12.86;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:57:496,57,0 chrXV 43444 . T C 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.714;DP=46;Dels=0.00;FS=2.672;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=14.52;ReadPosRankSum=2.847;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:78:701,78,0 chrXV 43479 . A T 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.37;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1179,126,0 chrXV 43511 . A G 1484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=18.55;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1517,165,0 chrXV 43599 . C T 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=0;QD=17.52;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1347,147,0 chrXV 43623 . T C 942 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.60;MQ0=0;QD=15.19;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:975,114,0 chrXV 43625 . T C 909 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.68;MQ0=0;QD=14.90;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:942,111,0 chrXV 43626 . C T 349.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=60;Dels=0.00;FS=1.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.10;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.535;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:379,0,356 chrXV 43628 . C G 845 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.10;MQ0=0;QD=14.08;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:878,102,0 chrXV 43648 . G A 342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=7.60;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:45:375,45,0 chrXV 43650 . A T 371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.890;DP=45;Dels=0.00;FS=32.115;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=8.24;ReadPosRankSum=3.890;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:45:45:404,45,0 chrXV 43663 . A G 348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.65;MQ0=0;QD=9.67;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:45:381,45,0 chrXV 43666 . C A 359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=11.22;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:45:392,45,0 chrXV 43688 . G T 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.57;MQ0=0;QD=16.53;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:57:529,57,0 chrXV 43705 . C T 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.73;MQ0=0;QD=17.43;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:643,69,0 chrXV 43753 . G A 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.73;MQ0=0;QD=20.71;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1048,111,0 chrXV 43786 . C T 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.32;MQ0=0;QD=18.38;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1099,120,0 chrXV 43834 . C T 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.99;MQ0=0;QD=19.09;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1140,126,0 chrXV 43840 . A C 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.87;MQ0=0;QD=18.89;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1053,120,0 chrXV 43853 . G A 1033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.86;MQ0=0;QD=19.87;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1066,117,0 chrXV 43873 . G A 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=43;Dels=0.00;FS=4.425;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.475;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:335,0,328 chrXV 43915 . T G 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.02;MQ0=0;QD=15.49;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:90:823,90,0 chrXV 44065 . C G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=42;Dels=0.00;FS=15.287;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.460;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:310,0,248 chrXV 44092 . T C 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;QD=17.55;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:542,60,0 chrXV 44093 . A C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=29;Dels=0.00;FS=8.557;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.20;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.767;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:191,0,242 chrXV 44113 . G A 522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=17.40;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:555,60,0 chrXV 44149 . T A 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=20.47;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:688,75,0 chrXV 44164 . C T 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:214,0,310 chrXV 44176 . A G 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=19.26;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:688,75,0 chrXV 44181 . A G 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=18.88;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:675,75,0 chrXV 44249 . T G 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=20.65;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:90:797,90,0 chrXV 44348 . C T 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=40;Dels=0.00;FS=9.659;HaplotypeScore=3.2215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:141,0,430 chrXV 44353 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;DP=43;Dels=0.00;FS=6.236;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:43:99:157,0,403 chrXV 44385 . A G 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=2.067;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.969;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:344,0,386 chrXV 44491 . G A 318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=16.74;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:36:351,36,0 chrXV 44546 . G A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.555;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:133,0,135 chrXV 44548 . T C 311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=22.21;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:36:344,36,0 chrXV 44724 . C T 205.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=5.69;ReadPosRankSum=-2.202;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:235,0,393 chrXV 44787 . A G 393.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:423,0,973 chrXV 44801 . C T 1859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=24.79;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1892,201,0 chrXV 44819 . A G 414.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=81;Dels=0.00;FS=2.796;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.949;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:81:99:444,0,1041 chrXV 45210 . A G 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.047;DP=112;Dels=0.00;FS=1.518;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.516;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,49:112:99:882,0,1046 chrXV 45492 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.467;DP=57;Dels=0.00;FS=3.757;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.331;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:431,0,575 chrXV 46201 . T A 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=22.65;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1007,108,0 chrXV 46204 . C T 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:195,0,508 chrXV 46508 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.131;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:69:99:386,0,625 chrXV 46512 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.904;DP=68;Dels=0.00;FS=0.921;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.082;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:345,0,660 chrXV 46521 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=63;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:352,0,506 chrXV 46903 . G A 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=19.56;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1637,186,0 chrXV 46963 . G A 1401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;DP=135;Dels=0.00;FS=4.312;HaplotypeScore=10.3336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.771;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,72:135:99:1431,0,1148 chrXV 47272 . C T 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=80;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:708,0,796 chrXV 47332 . T C 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DP=56;Dels=0.00;FS=0.995;HaplotypeScore=3.5573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.454;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:546,0,407 chrXV 47590 . G A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.820;DP=95;Dels=0.00;FS=10.324;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=8.62;ReadPosRankSum=-2.217;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,58:95:99:849,0,627 chrXV 47652 . A C 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=22.46;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1358,150,0 chrXV 47662 . G T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.731;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.566;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:406,0,559 chrXV 47740 . G A 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=17.37;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:112:99:1979,207,0 chrXV 47758 . A G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;DP=133;Dels=0.00;FS=0.654;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.749;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,60:133:99:781,0,1388 chrXV 47785 . C T 3115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=20.36;SB=-1.980e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:153:99:3148,336,0 chrXV 47793 . A G 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.306;DP=164;Dels=0.00;FS=0.581;HaplotypeScore=12.7927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.240;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,75:164:99:895,0,1674 chrXV 47905 . C T 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=98;Dels=0.00;FS=12.044;HaplotypeScore=78.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.799;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:98:99:864,0,802 chrXV 48065 . T A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.880;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:545,0,577 chrXV 48109 . G A 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=16.24;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1267,138,0 chrXV 48164 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;DP=59;Dels=0.00;FS=1.279;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:59:99:413,0,463 chrXV 48217 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=60;Dels=0.00;FS=1.158;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.996;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:510,0,465 chrXV 48311 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;DP=75;Dels=0.00;FS=5.194;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:75:99:463,0,686 chrXV 48326 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.023;DP=73;Dels=0.00;FS=2.032;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.390;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:490,0,724 chrXV 48344 . A C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DP=67;Dels=0.00;FS=4.931;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.332;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.768;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:67:99:572,0,467 chrXV 48470 . G C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;DP=32;Dels=0.00;FS=9.975;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.652;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:382,0,245 chrXV 48688 . G T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;DP=60;Dels=0.00;FS=5.222;HaplotypeScore=4.2726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.000;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:481,0,605 chrXV 48963 . C G 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.542;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.566;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:220,0,436 chrXV 48997 . G A 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.2017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=17.41;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:56:99:1008,108,0 chrXV 49109 . G C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:513,0,486 chrXV 49259 . C T 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=63;Dels=0.00;FS=5.117;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.415;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:696,0,536 chrXV 49316 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=39;Dels=0.00;FS=5.288;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.636;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:510,0,260 chrXV 49373 . A G 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.903;DP=77;Dels=0.00;FS=18.475;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:935,0,624 chrXV 49403 . T G 1150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=121;Dels=0.00;FS=2.677;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.276;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,62:121:99:1180,0,962 chrXV 49477 . A G 1855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=161;Dels=0.00;FS=6.074;HaplotypeScore=14.0321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.184;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,94:161:99:1885,0,835 chrXV 49546 . C G 1315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;DP=119;Dels=0.00;FS=7.015;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.022;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,67:119:99:1345,0,1058 chrXV 50002 . C T 463.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;DP=78;Dels=0.00;FS=3.122;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:493,0,577 chrXV 50010 . A T 1192 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=16.33;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1225,129,0 chrXV 50012 . C T 1129 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;QD=15.26;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1162,120,0 chrXV 50074 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=74;Dels=0.00;FS=4.618;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=6.19;ReadPosRankSum=2.887;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:488,0,627 chrXV 50220 . A G 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=113;Dels=0.00;FS=2.504;HaplotypeScore=7.6132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.678;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,56:113:99:856,0,893 chrXV 50224 . T C 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=110;Dels=0.00;FS=1.584;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.969;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:110:99:805,0,876 chrXV 50257 . T C 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;DP=100;Dels=0.00;FS=5.231;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:100:99:776,0,995 chrXV 50638 . A G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=74;Dels=0.00;FS=4.673;HaplotypeScore=4.8092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.443;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:756,0,714 chrXV 50721 . C T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.748;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:756,0,396 chrXV 50942 . C G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;DP=78;Dels=0.00;FS=11.915;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:416,0,903 chrXV 51031 . T C 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.603;DP=79;Dels=0.00;FS=5.941;HaplotypeScore=6.6118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:816,0,696 chrXV 51148 . T A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;DP=81;Dels=0.00;FS=3.035;HaplotypeScore=7.4466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:522,0,726 chrXV 51298 . C T 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=75;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.868;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:99:473,0,901 chrXV 51408 . T C 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=81;Dels=0.00;FS=1.836;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.655;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:854,0,576 chrXV 51427 . G A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;DP=74;Dels=0.00;FS=3.210;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.678;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:670,0,570 chrXV 51432 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DP=76;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.484;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.177;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:513,0,698 chrXV 51466 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;DP=81;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.449;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:627,0,649 chrXV 51697 . A G 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.124;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:610,0,622 chrXV 51718 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.709;DP=73;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=8.7668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.197;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:580,0,684 chrXV 52021 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=65;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:445,0,546 chrXV 52036 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=60;Dels=0.00;FS=2.325;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.711;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:389,0,449 chrXV 52057 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=52;Dels=0.00;FS=11.932;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.890;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:438,0,398 chrXV 52306 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=39;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:392,0,315 chrXV 52333 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=40;Dels=0.00;FS=11.681;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.799;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:307,0,326 chrXV 52372 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.304;DP=41;Dels=0.00;FS=12.051;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:41:99:280,0,266 chrXV 52465 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;DP=31;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.594;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:392,0,157 chrXV 52540 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DP=73;Dels=0.00;FS=12.128;HaplotypeScore=9.6702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=7.92;ReadPosRankSum=-3.582;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:608,0,565 chrXV 52864 . A C 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.999;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:89:99:736,0,997 chrXV 53014 . C T 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=78;Dels=0.00;FS=8.651;HaplotypeScore=14.9721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,50:78:99:921,0,364 chrXV 53115 . A G 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:89:99:784,0,781 chrXV 53263 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DP=90;Dels=0.00;FS=0.823;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.857;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:90:99:618,0,699 chrXV 53283 . A G 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.694;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:721,0,703 chrXV 53357 . G C 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2309,252,0 chrXV 53391 . A G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;DP=102;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.592;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:102:99:877,0,805 chrXV 53718 . T C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;DP=53;Dels=0.00;FS=4.159;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.760;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:607,0,350 chrXV 53742 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=65;Dels=0.00;FS=5.395;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.873;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:596,0,502 chrXV 53781 . C T 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:109:99:923,0,772 chrXV 53853 . C T 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=125;Dels=0.00;FS=2.524;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.819;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:125:99:1110,0,1124 chrXV 54505 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=71;Dels=0.00;FS=4.078;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.933;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:697,0,362 chrXV 54522 . G A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=89;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:89:99:778,0,494 chrXV 54757 . T C 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.239;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.842;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:24:99:232,0,132 chrXV 54770 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=28;Dels=0.00;FS=3.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.017;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:250,0,170 chrXV 54872 . A G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.827;DP=65;Dels=0.00;FS=7.002;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.533;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:423,0,798 chrXV 54952 . A C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=64;Dels=0.00;FS=12.335;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.133;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:298,0,406 chrXV 54970 . G A 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=46;Dels=0.00;FS=14.573;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.099;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:307,0,407 chrXV 54979 . T C 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=46;Dels=0.00;FS=18.083;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.461;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:286,0,420 chrXV 54997 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DP=47;Dels=0.00;FS=21.882;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.713;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:256,0,505 chrXV 55275 . C T 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DP=37;Dels=0.00;FS=5.019;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.080;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:155,0,396 chrXV 55283 . T A 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=35;Dels=0.00;FS=5.290;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.488;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:344,0,129 chrXV 55310 . C T 316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=9.87;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:36:349,36,0 chrXV 55311 . C T 288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=9.00;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:33:321,33,0 chrXV 55328 . C T 358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.54;MQ0=0;QD=8.52;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:42:391,42,0 chrXV 55330 . T C 367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.14;MQ0=0;QD=8.53;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:42:400,42,0 chrXV 55349 . T C 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;DP=63;Dels=0.00;FS=17.269;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.323;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.889;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:48:48,0,392 chrXV 55369 . A C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.285;DP=63;Dels=0.00;FS=14.073;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.26;MQ0=0;MQRankSum=3.271;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.618;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:85:332,0,85 chrXV 55373 . G C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=64;Dels=0.00;FS=16.376;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.10;MQ0=0;MQRankSum=2.876;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.602;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:78:321,0,78 chrXV 55390 . T G 92.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;DP=68;Dels=0.00;FS=11.291;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.212;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.414;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:122,0,393 chrXV 55394 . G C 98.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=71;Dels=0.00;FS=10.923;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.954;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:128,0,364 chrXV 55398 . C T 96.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.661;DP=72;Dels=0.00;FS=6.112;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.558;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:126,0,421 chrXV 55421 . T C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.398;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.532;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:94:94,0,598 chrXV 55423 . C T 86.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.359;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.682;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.591;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:116,0,512 chrXV 55488 . T C 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=56;Dels=0.00;FS=2.436;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.947;QD=14.61;ReadPosRankSum=3.645;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:56:93:851,93,0 chrXV 55506 . G A 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.58;MQ0=0;QD=17.24;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:84:809,84,0 chrXV 55563 . T C 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=19.10;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:950,102,0 chrXV 56070 . C T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=20.89;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1307,138,0 chrXV 56211 . C A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=19.80;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1043,108,0 chrXV 56311 . C T 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=16.72;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1404,153,0 chrXV 56322 . T C 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=17.56;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:1613,180,0 chrXV 56429 . C A 2113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=25.46;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:2146,228,0 chrXV 56450 . C T 1888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=23.31;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1921,207,0 chrXV 56600 . G C 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=18.50;SB=-1.218e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1957,216,0 chrXV 56604 . G A 2124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=19.49;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:109:99:2157,228,0 chrXV 56640 . G A 3338.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=20.60;SB=-2.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:162:99:3338,363,0 chrXV 56987 . A G 2185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=104;Dels=0.00;FS=2.823;HaplotypeScore=9.6384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=2.071;QD=21.01;ReadPosRankSum=2.402;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:104:99:2218,240,0 chrXV 57010 . A T 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1852,192,0 chrXV 57303 . A G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;DP=60;Dels=0.00;FS=2.263;HaplotypeScore=4.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.429;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:616,0,324 chrXV 57309 . T C 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=61;Dels=0.00;FS=3.705;HaplotypeScore=8.2380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.323;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:61:99:277,0,637 chrXV 57448 . C T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.213;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:534,0,508 chrXV 57609 . C A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;DP=43;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:260,0,455 chrXV 57629 . T C 776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=39;Dels=0.00;FS=6.623;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=19.90;ReadPosRankSum=2.321;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:39:87:809,87,0 chrXV 57711 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DP=64;Dels=0.00;FS=11.744;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:368,0,749 chrXV 57712 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=63;Dels=0.00;FS=11.954;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.688;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:368,0,732 chrXV 57789 . A T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.278;DP=61;Dels=0.00;FS=2.128;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:364,0,578 chrXV 57800 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.834;DP=62;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.282;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:476,0,525 chrXV 57877 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.866;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:256,0,576 chrXV 57888 . G C 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.656;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:153,0,485 chrXV 57992 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=40;Dels=0.00;FS=2.919;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:368,0,277 chrXV 58067 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=49;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.570;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:416,0,383 chrXV 58160 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=51;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.048;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:51:99:514,0,229 chrXV 58231 . T C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;DP=50;Dels=0.00;FS=3.989;HaplotypeScore=4.9827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=1.874;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.039;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:478,0,374 chrXV 58361 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DP=47;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=6.9234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=8.81;ReadPosRankSum=2.161;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:444,0,374 chrXV 58445 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=62;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.266;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:649,0,555 chrXV 58608 . T A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=57;Dels=0.00;FS=13.043;HaplotypeScore=8.1523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.299;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:723,0,239 chrXV 58673 . A G 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.442;DP=57;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.074;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:479,0,614 chrXV 58899 . C T 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.112;DP=77;Dels=0.00;FS=12.306;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:802,0,570 chrXV 58998 . T A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=67;Dels=0.00;FS=15.650;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.333;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:502,0,585 chrXV 59008 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=65;Dels=0.00;FS=11.569;HaplotypeScore=5.2442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:443,0,585 chrXV 59467 . G A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.770;DP=52;Dels=0.00;FS=4.439;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:52:99:624,0,288 chrXV 59544 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;DP=34;Dels=0.00;FS=4.856;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.845;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:383,0,176 chrXV 59664 . C T 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.624;DP=65;Dels=0.00;FS=1.066;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.190;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:795,0,505 chrXV 59737 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;DP=72;Dels=0.00;FS=8.046;HaplotypeScore=10.5443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.747;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.444;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:72:99:747,0,599 chrXV 59847 . G A 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=106;Dels=0.00;FS=5.423;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,60:106:99:1052,0,932 chrXV 60000 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=68;Dels=0.00;FS=3.228;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.246;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,45:68:99:670,0,364 chrXV 60030 . A G 537.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.119;DP=67;Dels=0.00;FS=7.361;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.677;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:567,0,490 chrXV 60045 . T A 468.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;DP=66;Dels=0.00;FS=6.929;HaplotypeScore=6.7609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.312;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.187;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:498,0,485 chrXV 60240 . C T 13.22 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:43:43,0,105 chrXV 60310 . T C 85.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=8;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.221;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:33:115,0,33 chrXV 60881 . T A 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.043;DP=36;Dels=0.00;FS=8.471;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.283;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:140,0,368 chrXV 61111 . A G 1210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.452;DP=140;Dels=0.00;FS=6.292;HaplotypeScore=15.8993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.481;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,66:140:99:1240,0,1210 chrXV 61529 . G A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:87:99:754,0,693 chrXV 61559 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=59;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.569;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:457,0,459 chrXV 61694 . A G 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=15.88;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:954,105,0 chrXV 61748 . C T 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=21.75;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1708,180,0 chrXV 61766 . T C 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=79;Dels=0.00;FS=2.909;HaplotypeScore=4.0721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=20.89;ReadPosRankSum=2.388;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1683,183,0 chrXV 61901 . G A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=39;Dels=0.00;FS=10.184;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.323;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:295,0,393 chrXV 62039 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=53;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.218;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:639,0,314 chrXV 62050 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=2.843;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:282,0,605 chrXV 62062 . G A 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=21.82;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1255,135,0 chrXV 62108 . A G 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.08;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1238,132,0 chrXV 62432 . C T 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=20.76;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:967,102,0 chrXV 62744 . G A 2883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.18;SB=-1.435e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2916,306,0 chrXV 62866 . C A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;DP=48;Dels=0.00;FS=4.136;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.689;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:48:99:726,0,317 chrXV 63524 . C T 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.45;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1449,153,0 chrXV 63560 . A G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=72;Dels=0.00;FS=0.897;HaplotypeScore=10.6438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=8.25;ReadPosRankSum=2.570;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:72:99:624,0,363 chrXV 63707 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:226,0,222 chrXV 64216 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;DP=78;Dels=0.00;FS=3.060;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=7.47;ReadPosRankSum=2.702;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:78:99:613,0,820 chrXV 64610 . G A 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=113;Dels=0.00;FS=13.917;HaplotypeScore=10.1525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.693;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,56:113:99:879,0,1048 chrXV 65336 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=87;Dels=0.00;FS=8.927;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:87:99:703,0,897 chrXV 65559 . G A 1450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=143;Dels=0.00;FS=18.945;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=10.14;ReadPosRankSum=-2.195;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,74:143:99:1480,0,1182 chrXV 65716 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;DP=100;Dels=0.00;FS=3.212;HaplotypeScore=6.6921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.100;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:768,0,1095 chrXV 65800 . G A 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;DP=94;Dels=0.00;FS=1.742;HaplotypeScore=3.8056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.193;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:821,0,1055 chrXV 65818 . A G 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DP=95;Dels=0.00;FS=0.784;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:847,0,877 chrXV 66022 . A T 2819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.85;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2852,300,0 chrXV 66355 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=78;Dels=0.00;FS=1.904;HaplotypeScore=11.3283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.356;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:78:99:700,0,550 chrXV 66373 . A G 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=60;Dels=0.00;FS=2.456;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.779;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:60:99:407,0,655 chrXV 66421 . G A 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DP=48;Dels=0.00;FS=6.770;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:440,0,490 chrXV 66616 . A G 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.969;DP=86;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=5.8669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:948,0,663 chrXV 66814 . C G 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=72;Dels=0.00;FS=3.195;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.167;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:72:99:591,0,535 chrXV 66938 . G A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;DP=86;Dels=0.00;FS=2.029;HaplotypeScore=6.3533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.303;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:782,0,885 chrXV 67090 . A T 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=20.21;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1266,138,0 chrXV 67130 . C G 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.41;MQ0=0;QD=16.97;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1085,117,0 chrXV 67143 . T G 997 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.02;MQ0=0;QD=16.34;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1030,114,0 chrXV 67145 . G A 1031 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.02;MQ0=0;QD=16.90;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1064,114,0 chrXV 67147 . A G 424.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.104;DP=61;Dels=0.00;FS=5.205;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:454,0,387 chrXV 67149 . C T 1032 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.35;MQ0=0;QD=16.92;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1065,111,0 chrXV 67175 . C G 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.83;MQ0=0;QD=14.44;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1520,168,0 chrXV 67207 . G A 687.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.408;DP=116;Dels=0.00;FS=10.048;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.102;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,58:116:99:717,0,757 chrXV 67209 . G A 1906 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;QD=16.87;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1939,201,0 chrXV 67210 . G A 1858 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;QD=16.44;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:1891,195,0 chrXV 67223 . A G 1869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:124:99:1902,210,0 chrXV 67274 . C T 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DP=104;Dels=0.00;FS=5.004;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=2.190;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.516;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:104:99:770,0,829 chrXV 67367 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;DP=52;Dels=0.00;FS=2.921;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=2.280;QD=11.69;ReadPosRankSum=2.204;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:638,0,366 chrXV 67451 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=71;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:590,0,659 chrXV 67526 . T C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=81;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=9.7496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.490;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:81:99:594,0,606 chrXV 67744 . A G 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;DP=102;Dels=0.00;FS=9.241;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.309;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:102:99:1038,0,635 chrXV 67774 . G A 1728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;QD=22.44;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1761,183,0 chrXV 67780 . T C 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=20.62;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1559,177,0 chrXV 67816 . A G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.504;DP=60;Dels=0.00;FS=14.821;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:342,0,515 chrXV 67831 . A G 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DP=62;Dels=0.00;FS=7.361;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=14.85;ReadPosRankSum=2.286;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:62:99:954,105,0 chrXV 68383 . C T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:727,0,543 chrXV 68407 . T C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;DP=77;Dels=0.00;FS=1.886;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.514;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:559,0,830 chrXV 68602 . G A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=7.80;ReadPosRankSum=-2.005;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:420,0,510 chrXV 69357 . A G 914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=19.04;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:947,105,0 chrXV 69484 . C G 744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=19.58;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:777,84,0 chrXV 69757 . T C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.593;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:99:604,0,606 chrXV 69894 . T C 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=21.47;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1042,117,0 chrXV 69921 . C T 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.05;MQ0=0;QD=21.09;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:982,108,0 chrXV 69940 . T C 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=21.39;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:910,99,0 chrXV 70127 . C A 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2020,216,0 chrXV 70183 . C A 1607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=20.09;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1640,180,0 chrXV 70221 . T A 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=20.52;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1305,138,0 chrXV 70222 . C G 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=19.71;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1255,138,0 chrXV 70322 . A G 870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=21.22;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:903,102,0 chrXV 70393 . C T 1471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=22.98;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1504,159,0 chrXV 70813 . T G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.708;DP=64;Dels=0.00;FS=11.021;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:572,0,484 chrXV 70894 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.513;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,33:49:99:670,0,236 chrXV 70941 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=51;Dels=0.00;FS=16.978;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=11.90;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:637,0,275 chrXV 70998 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:79:99:501,0,608 chrXV 71024 . T C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=75;Dels=0.00;FS=2.091;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:728,0,494 chrXV 71038 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;DP=79;Dels=0.00;FS=4.757;HaplotypeScore=9.4940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.625;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:79:99:543,0,715 chrXV 71084 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=67;Dels=0.00;FS=5.024;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:582,0,588 chrXV 71245 . A G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.868;DP=57;Dels=0.00;FS=21.503;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.746;QD=13.39;ReadPosRankSum=-2.395;SB=-4.149e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,38:57:99:793,0,308 chrXV 71578 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=2.099;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:687,0,428 chrXV 71623 . C T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=11.51;ReadPosRankSum=2.098;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:594,0,195 chrXV 71659 . C G 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;DP=49;Dels=0.00;FS=4.544;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,33:49:99:648,0,209 chrXV 71682 . C A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DP=74;Dels=0.00;FS=3.348;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:558,0,915 chrXV 71725 . G A 1092.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.244;DP=97;Dels=0.00;FS=6.653;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,56:97:99:1122,0,753 chrXV 71821 . C T 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.335;DP=73;Dels=0.00;FS=2.034;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.270;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:797,0,644 chrXV 72351 . C T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;DP=60;Dels=0.00;FS=3.600;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:657,0,478 chrXV 72741 . A C 2291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=22.03;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2324,255,0 chrXV 72797 . T C 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.67;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1760,189,0 chrXV 73040 . A G 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=86;Dels=0.00;FS=3.612;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=20.27;ReadPosRankSum=1.651;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1776,195,0 chrXV 73327 . T C 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=16.00;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:641,72,0 chrXV 73383 . T C 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=16.60;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1427,153,0 chrXV 73395 . T G 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=15.80;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1534,168,0 chrXV 73503 . T A 850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=16.67;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:93:883,93,0 chrXV 73628 . A T 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=19.55;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1382,144,0 chrXV 73733 . C T 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.263;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=1.942;QD=9.32;ReadPosRankSum=-2.218;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,60:111:99:1065,0,884 chrXV 73823 . A G 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=79;Dels=0.00;FS=6.424;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=25.49;ReadPosRankSum=1.688;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2047,222,0 chrXV 73877 . T C 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.46;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1156,123,0 chrXV 74338 . G T 2738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.73;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:126:99:2771,303,0 chrXV 74458 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.756;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:539,0,716 chrXV 75015 . G A 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;DP=20;Dels=0.00;FS=7.701;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.592;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:189,0,124 chrXV 75631 . A C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=53;Dels=0.00;FS=5.672;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.706;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.478;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:523,0,347 chrXV 75860 . A G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DP=63;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=7.3166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.248;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:605,0,524 chrXV 76001 . C T 1682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=22.73;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1715,180,0 chrXV 76655 . A G 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.501;DP=47;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.002;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.835;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:302,0,534 chrXV 76693 . A C 202.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=28;Dels=0.00;FS=3.512;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.109;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:232,0,225 chrXV 76700 . G A 182.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.514;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.507;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:212,0,276 chrXV 76703 . G A 137.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;DP=27;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.440;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.849;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:167,0,273 chrXV 76704 . G C 134.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.171;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.811;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:164,0,224 chrXV 76707 . A G 148.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-4.188;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.139;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:178,0,185 chrXV 76718 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=31;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.401;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.078;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:31:99:157,0,287 chrXV 76776 . T C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=35;Dels=0.00;FS=3.647;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.556;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:206,0,365 chrXV 76985 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.943;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.730;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:577,0,917 chrXV 76996 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=90;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=11.2444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.626;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.645;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:90:99:657,0,947 chrXV 77070 . G T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.813;DP=81;Dels=0.00;FS=5.612;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.582;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.229;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:81:99:666,0,890 chrXV 77156 . C G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=58;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.848;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:359,0,663 chrXV 77158 . G T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.189;DP=58;Dels=0.00;FS=1.022;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.571;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:381,0,610 chrXV 77220 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.742;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.380;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.189;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,45:130:99:401,0,1637 chrXV 77240 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,50:133:99:661,0,1463 chrXV 77287 . A G 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=165;Dels=0.00;FS=3.641;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.910;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.974;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,62:165:99:801,0,1819 chrXV 77289 . T C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.415;DP=163;Dels=0.00;FS=2.506;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.694;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.978;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,62:163:99:719,0,1842 chrXV 77319 . G A 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.183;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-6.464;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,77:170:99:907,0,1869 chrXV 77347 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.321;DP=182;Dels=0.00;FS=0.592;HaplotypeScore=147.4224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=-10.026;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,79:182:99:619,0,2287 chrXV 77373 . G C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.500;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.52;MQ0=0;MQRankSum=-10.217;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.136;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,79:173:99:507,0,1979 chrXV 77379 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=174;Dels=0.00;FS=1.605;HaplotypeScore=6.7381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQ0=0;MQRankSum=-9.733;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,86:174:99:481,0,1767 chrXV 77404 . G C 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;DP=116;Dels=0.00;FS=2.832;HaplotypeScore=5.9095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-7.083;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.975;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,63:116:99:219,0,1139 chrXV 77415 . G A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=107;Dels=0.00;FS=1.846;HaplotypeScore=2.7914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.948;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.215;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:107:99:297,0,992 chrXV 77526 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;DP=64;Dels=0.00;FS=17.160;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.181;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:612,0,579 chrXV 77598 . C A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=74;Dels=0.00;FS=15.349;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.704;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:573,0,580 chrXV 77697 . C T 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.650;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQ0=0;MQRankSum=-5.426;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.560;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,65:120:99:1071,0,792 chrXV 77862 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=88;Dels=0.00;FS=5.293;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:559,0,1044 chrXV 77984 . A C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DP=65;Dels=0.00;FS=8.565;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.395;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:365,0,723 chrXV 78927 . T A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DP=47;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.479;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:394,0,336 chrXV 79026 . G A 2039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:2072,222,0 chrXV 79113 . C T 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DP=112;Dels=0.00;FS=2.938;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.632;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:1007,0,995 chrXV 79289 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;DP=79;Dels=0.00;FS=4.615;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.321;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:364,0,389 chrXV 79297 . C G 846 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.80;MQ0=0;QD=11.92;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:879,99,0 chrXV 79304 . A T 703 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;QD=10.19;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:84:736,84,0 chrXV 79305 . T A 751 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.28;MQ0=0;QD=10.58;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:93:784,93,0 chrXV 79311 . G C 274.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DP=71;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=3.6752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.28;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:304,0,221 chrXV 79585 . C T 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:680,0,554 chrXV 79627 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DP=71;Dels=0.00;FS=0.959;HaplotypeScore=5.9517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:71:99:532,0,458 chrXV 79632 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.420;DP=73;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:71:99:441,0,518 chrXV 80008 . A G 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.83;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1158,129,0 chrXV 80036 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.283;DP=53;Dels=0.00;FS=7.625;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:477,0,390 chrXV 80113 . C A 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;DP=38;Dels=0.00;FS=12.671;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.730;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:354,0,397 chrXV 80123 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=40;Dels=0.00;FS=16.483;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:375,0,352 chrXV 80194 . C T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:385,0,403 chrXV 80252 . T C 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=8.91;ReadPosRankSum=3.076;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:74:99:689,0,329 chrXV 80409 . G A 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=20.54;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1984,207,0 chrXV 80423 . G C 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=19.21;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1762,195,0 chrXV 80449 . C T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;DP=64;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:442,0,412 chrXV 80642 . G C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:106:99:783,0,973 chrXV 80664 . C T 2740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:2773,285,0 chrXV 80920 . T C 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=19.33;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:980,105,0 chrXV 80986 . G A 1001 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=20.43;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1034,108,0 chrXV 82212 . G T 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=12.63;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:67:93:879,93,0 chrXV 82213 . A G 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.795;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=11.72;ReadPosRankSum=2.319;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:64:70:783,70,0 chrXV 82531 . A G 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.06;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1555,171,0 chrXV 82698 . T G 59.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;DP=50;Dels=0.00;FS=12.273;HaplotypeScore=7.9351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.644;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:89:89,0,351 chrXV 82988 . C T 1238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.734;DP=144;Dels=0.00;FS=5.421;HaplotypeScore=9.5008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.195;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,67:144:99:1268,0,1396 chrXV 83018 . A G 1565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=164;Dels=0.00;FS=4.098;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,83:164:99:1595,0,1631 chrXV 83162 . A C 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.343;DP=76;Dels=0.00;FS=17.507;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:696,0,795 chrXV 83697 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=60;Dels=0.00;FS=9.867;HaplotypeScore=5.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.393;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:471,0,648 chrXV 84532 . T G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;DP=52;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:328,0,466 chrXV 84684 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=51;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=9.22;ReadPosRankSum=1.856;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:500,0,461 chrXV 86817 . G T 1961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:93:99:1994,207,0 chrXV 87033 . C T 1474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=23.40;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1507,159,0 chrXV 87062 . G A 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=20.90;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1078,111,0 chrXV 87079 . C A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=17.55;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1016,108,0 chrXV 87126 . G T 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=18.49;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1050,114,0 chrXV 87163 . T A 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=18.30;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1021,108,0 chrXV 87202 . G A 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=19.98;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:932,99,0 chrXV 87280 . A T 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.678;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:87:834,87,0 chrXV 87288 . T G 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;QD=12.42;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:81:741,81,0 chrXV 87344 . T C 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=20.76;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1092,117,0 chrXV 88067 . G A 2692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.07;SB=-1.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2725,288,0 chrXV 88251 . A G 580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=17.06;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:613,69,0 chrXV 88413 . C A 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=18.06;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1243,135,0 chrXV 88659 . G T 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.45;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1021,105,0 chrXV 89001 . A G 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.94;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1086,120,0 chrXV 89207 . C T 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=17.84;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1853,195,0 chrXV 89223 . T A 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.27;MQ0=0;QD=18.03;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1944,201,0 chrXV 89229 . A C 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=15.52;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:1771,186,0 chrXV 90174 . A C 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=16.59;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:81:763,81,0 chrXV 90232 . C T 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=18.44;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1047,111,0 chrXV 90313 . A G 509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=15.91;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:542,60,0 chrXV 90328 . C T 516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=17.20;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:57:549,57,0 chrXV 90466 . C T 4384.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=24.91;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:176:99:4384,460,0 chrXV 90505 . T A 2748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=22.71;ReadPosRankSum=1.646;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:99:2781,297,0 chrXV 90508 . A T 2670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=114;Dels=0.00;FS=6.590;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=23.42;ReadPosRankSum=1.702;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:2703,282,0 chrXV 90526 . G A 2325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=23.72;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2358,249,0 chrXV 90565 . A T 599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;QD=18.72;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:632,69,0 chrXV 90661 . C A 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=23.87;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1298,135,0 chrXV 90685 . A G 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=22.04;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1840,204,0 chrXV 90781 . G A 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=143;Dels=0.00;FS=3.435;HaplotypeScore=12.3453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=6.50;ReadPosRankSum=-3.890;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,71:143:99:960,0,1336 chrXV 90802 . A C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.058;DP=111;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.068;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,43:111:99:719,0,1329 chrXV 90886 . C T 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.35;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1079,117,0 chrXV 90949 . A G 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=21.00;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:768,87,0 chrXV 90982 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DP=40;Dels=0.00;FS=1.252;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.867;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:296,0,374 chrXV 90999 . G T 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;DP=39;Dels=0.00;FS=9.237;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.178;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:225,0,363 chrXV 91012 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;DP=46;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:246,0,449 chrXV 91030 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=65;Dels=0.00;FS=4.994;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:450,0,514 chrXV 91132 . G A 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=103;Dels=0.00;FS=3.895;HaplotypeScore=10.4970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.301;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:883,0,928 chrXV 91150 . G A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DP=101;Dels=0.00;FS=8.428;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:664,0,880 chrXV 91298 . T C 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DP=42;Dels=0.00;FS=6.462;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.679;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:252,0,369 chrXV 91399 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=80;Dels=0.00;FS=3.864;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:778,0,578 chrXV 91424 . A C 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=103;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=7.3335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.563;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,63:103:99:1002,0,629 chrXV 91434 . G A 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.792;DP=119;Dels=0.00;FS=4.062;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,55:119:99:1012,0,1050 chrXV 91507 . G A 3113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=25.10;SB=-1.589e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:3146,333,0 chrXV 91589 . A C 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=5.509;HaplotypeScore=4.2714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=19.23;ReadPosRankSum=1.678;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1264,138,0 chrXV 91599 . T C 967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:62:99:1000,111,0 chrXV 91615 . C G 543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.04;MQ0=0;QD=11.31;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:66:576,66,0 chrXV 91618 . C G 565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;QD=11.53;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:66:598,66,0 chrXV 91656 . C A 474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=12.15;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:54:507,54,0 chrXV 91680 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=35;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.639;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:249,0,172 chrXV 91686 . G A 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.74;MQ0=0;QD=16.20;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:600,63,0 chrXV 91700 . G C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DP=31;Dels=0.00;FS=12.878;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.70;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:190,0,301 chrXV 91702 . C T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;DP=32;Dels=0.00;FS=13.058;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:193,0,293 chrXV 91733 . T A 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;QD=15.18;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:90:868,90,0 chrXV 91740 . A T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=57;Dels=0.00;FS=7.610;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.059;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:554,0,144 chrXV 91768 . C T 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=60;Dels=0.00;FS=4.137;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:60:99:208,0,465 chrXV 91777 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=58;Dels=0.00;FS=4.064;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:58:99:464,0,155 chrXV 91780 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;DP=54;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:444,0,165 chrXV 91823 . A G 251.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:281,0,300 chrXV 91826 . C G 247.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:277,0,270 chrXV 91862 . A G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.117;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.364;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:196,0,204 chrXV 91895 . G C 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.370;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:28:67:67,0,247 chrXV 91903 . A C 194.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.479;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.567;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:98:224,0,98 chrXV 91910 . T C 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.496;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:128,0,363 chrXV 92110 . A G 466.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;DP=44;Dels=0.00;FS=3.647;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:496,0,403 chrXV 92185 . C T 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.861;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:835,0,561 chrXV 92619 . C T 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.55;MQ0=0;QD=12.75;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1346,147,0 chrXV 92649 . A C 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.72;MQ0=0;QD=11.82;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:90:801,90,0 chrXV 92652 . T C 757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.97;MQ0=0;QD=10.81;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:87:790,87,0 chrXV 92669 . T C 830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=3.337;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.682;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:96:863,96,0 chrXV 92690 . G A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;QD=16.03;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1043,111,0 chrXV 92712 . A C 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=16.90;ReadPosRankSum=2.381;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1250,138,0 chrXV 92889 . G A 2483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2516,264,0 chrXV 92914 . G T 1954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.50;MQ0=0;QD=19.16;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1987,210,0 chrXV 92932 . C T 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.98;MQ0=0;QD=17.07;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:99:1774,192,0 chrXV 93037 . A C 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=23.53;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1727,183,0 chrXV 93082 . T C 2121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=23.31;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2154,237,0 chrXV 93135 . C T 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2079,219,0 chrXV 93175 . C T 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=16.11;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1257,135,0 chrXV 93191 . G A 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=17.22;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1617,177,0 chrXV 93859 . G A 938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=23.3308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=11.58;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:971,105,0 chrXV 93950 . C T 2934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.86;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2967,309,0 chrXV 93980 . T C 2163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.822;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=22.53;ReadPosRankSum=2.927;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:96:99:2196,237,0 chrXV 94048 . T G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=19.57;ReadPosRankSum=1.585;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:953,105,0 chrXV 94056 . G A 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=17.82;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1013,114,0 chrXV 94227 . T C 3936.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=23.43;SB=-2.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:168:99:3936,432,0 chrXV 94445 . A T 3808.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=23.51;ReadPosRankSum=1.667;SB=-1.893e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:162:99:3808,408,0 chrXV 94574 . C A 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=17.60;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1582,165,0 chrXV 94646 . T A 1373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=133;Dels=0.00;FS=3.757;HaplotypeScore=7.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.680;SB=-1.455e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:1406,147,0 chrXV 94686 . T A 2161 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=173;Dels=0.00;FS=4.431;HaplotypeScore=4.8439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.38;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=12.49;ReadPosRankSum=1.712;SB=-1.648e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,172:173:99:2194,231,0 chrXV 94688 . A T 2123 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.38;MQ0=0;QD=12.27;SB=-1.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,173:173:99:2156,231,0 chrXV 94694 . G A 2058 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.91;MQ0=0;QD=11.63;SB=-1.589e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:177:99:2091,219,0 chrXV 94697 . G A 2205 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.28;SB=-1.901e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:166:99:2238,234,0 chrXV 94761 . T C 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=20.15;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1766,192,0 chrXV 94782 . T C 1383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=22.67;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1416,153,0 chrXV 94810 . G A 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=22.21;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:788,84,0 chrXV 95393 . A G 794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=19.37;ReadPosRankSum=1.473;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:93:827,93,0 chrXV 95687 . T G 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.83;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1408,153,0 chrXV 95966 . T A 2895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.389;DP=122;Dels=0.00;FS=7.289;HaplotypeScore=8.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=23.73;ReadPosRankSum=2.409;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:2928,309,0 chrXV 96219 . G T 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=18.25;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:909,93,0 chrXV 96254 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=52;Dels=0.00;FS=2.556;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.933;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:406,0,338 chrXV 96634 . C A 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=22.86;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1496,159,0 chrXV 96853 . T C 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=89;Dels=0.00;FS=6.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.472;QD=16.99;ReadPosRankSum=2.920;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:89:99:1545,171,0 chrXV 96855 . G A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=17.86;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1605,168,0 chrXV 96867 . A G 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=17.47;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1343,147,0 chrXV 96979 . A G 1438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=80;Dels=0.01;FS=6.417;HaplotypeScore=17.9345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=1.389;QD=17.97;ReadPosRankSum=2.388;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:1471,162,0 chrXV 96983 . T A 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DP=81;Dels=0.00;FS=6.054;HaplotypeScore=2.3479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=18.42;ReadPosRankSum=2.836;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:81:99:1525,159,0 chrXV 97058 . C T 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=20.83;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1616,171,0 chrXV 97129 . T A 1894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=3.473;HaplotypeScore=10.7823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=21.28;ReadPosRankSum=1.499;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1927,198,0 chrXV 97199 . G A 2481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=20.85;SB=-1.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2514,273,0 chrXV 97442 . G C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=52;Dels=0.00;FS=6.793;HaplotypeScore=3.2880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:339,0,570 chrXV 97637 . T G 1222 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.09;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1255,141,0 chrXV 97910 . A G 2034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=22.60;ReadPosRankSum=1.694;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2067,228,0 chrXV 97994 . A G 1986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=22.57;ReadPosRankSum=1.614;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:2019,213,0 chrXV 98162 . T G 1360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=23.45;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1393,153,0 chrXV 98544 . T A 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=19.54;SB=-1.302e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2143,228,0 chrXV 98627 . G A 2994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:132:99:3027,315,0 chrXV 98723 . G A 3293.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=23.03;ReadPosRankSum=1.681;SB=-1.782e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,141:143:99:3293,345,0 chrXV 98780 . C T 3555.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:3555,393,0 chrXV 98981 . G A 2468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=19.59;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2501,276,0 chrXV 99391 . G A 1965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=21.59;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1998,213,0 chrXV 99398 . G A 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.004;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.220;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:800,0,783 chrXV 99428 . T C 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=20.04;ReadPosRankSum=1.636;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1476,162,0 chrXV 99594 . T C 2494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=23.09;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2527,276,0 chrXV 99654 . C T 2398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=20.32;SB=-1.322e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2431,270,0 chrXV 99664 . A T 2459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=21.20;SB=-1.444e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2492,264,0 chrXV 99690 . T C 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=18.71;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1867,204,0 chrXV 99844 . A G 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=23.67;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1264,138,0 chrXV 99913 . T C 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=73;Dels=0.00;FS=10.560;HaplotypeScore=6.6706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=18.89;ReadPosRankSum=2.382;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1412,153,0 chrXV 100003 . G A 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=17.71;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1131,129,0 chrXV 100171 . G A 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=13.56;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:63:616,63,0 chrXV 100194 . A G 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=14.66;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:75:678,75,0 chrXV 100228 . A G 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=14.98;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:72:662,72,0 chrXV 100273 . T C 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=21.17;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1007,111,0 chrXV 100316 . A G 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=18.98;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:963,102,0 chrXV 100319 . T C 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=56;Dels=0.00;FS=5.447;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=15.86;ReadPosRankSum=3.293;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:921,99,0 chrXV 100547 . T G 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;DP=80;Dels=0.00;FS=5.823;HaplotypeScore=9.2177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:80:99:775,0,737 chrXV 100603 . A G 1857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.65;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1890,207,0 chrXV 100717 . T C 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.066;DP=89;Dels=0.00;FS=11.112;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=22.70;ReadPosRankSum=4.066;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:89:99:2053,222,0 chrXV 100884 . A G 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=112;Dels=0.00;FS=3.546;HaplotypeScore=7.9820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:978,0,911 chrXV 101006 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:629,0,850 chrXV 101077 . C T 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=22.35;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1687,180,0 chrXV 101328 . T C 325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.25;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:39:358,39,0 chrXV 101400 . A G 1852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=22.31;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1885,207,0 chrXV 101463 . T C 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.354;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=24.40;ReadPosRankSum=3.233;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:88:99:2180,234,0 chrXV 101577 . C A 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.25;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1318,141,0 chrXV 101984 . C T 3701.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.35;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:152:99:3701,393,0 chrXV 102078 . C A 1709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.35;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1742,189,0 chrXV 102107 . C T 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.57;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1586,171,0 chrXV 102146 . A G 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=20.42;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1340,147,0 chrXV 102204 . G A 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.03;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1395,144,0 chrXV 102305 . C T 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=18.58;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1501,162,0 chrXV 102386 . A T 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=19.47;ReadPosRankSum=1.599;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1104,117,0 chrXV 102500 . T C 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=21.12;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1237,135,0 chrXV 102671 . A T 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=20.18;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1042,111,0 chrXV 102760 . A G 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=22.35;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1441,156,0 chrXV 102989 . C T 2579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=22.82;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2612,273,0 chrXV 103443 . A G 761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=20.03;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:794,87,0 chrXV 103521 . C T 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=17.92;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1198,126,0 chrXV 103524 . A G 1209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.582;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1242,138,0 chrXV 104098 . G A 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.57;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1491,171,0 chrXV 104119 . A G 1657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=77;Dels=0.00;FS=6.560;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=21.52;ReadPosRankSum=1.687;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1690,189,0 chrXV 104628 . A G 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=17.70;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1219,132,0 chrXV 104808 . G C 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=19.56;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1617,180,0 chrXV 104814 . C T 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=20.81;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1552,168,0 chrXV 104826 . A G 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=19.71;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1413,156,0 chrXV 104856 . A G 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=21.35;SB=-8.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1570,174,0 chrXV 105006 . A G 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=23.00;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:93:99:2172,237,0 chrXV 105232 . T G 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=15.68;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1225,135,0 chrXV 105242 . G A 1192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.21;MQ0=0;QD=15.48;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1225,132,0 chrXV 105283 . C T 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=12.99;SB=-1.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:1864,207,0 chrXV 105291 . T G 2165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=147;Dels=0.00;FS=3.820;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=14.73;ReadPosRankSum=1.661;SB=-1.647e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:147:99:2198,237,0 chrXV 105423 . T A 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.52;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1258,132,0 chrXV 105555 . A G 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=19.44;ReadPosRankSum=2.364;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:1141,126,0 chrXV 105680 . T C 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=22.81;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1721,192,0 chrXV 105728 . C T 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=17.11;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1248,141,0 chrXV 106151 . C G 925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=19.27;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:958,105,0 chrXV 106156 . C G 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=18.65;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1003,108,0 chrXV 106264 . C G 1618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1651,183,0 chrXV 107219 . T C 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=23.33;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1246,135,0 chrXV 107546 . C T 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.65;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1086,117,0 chrXV 107676 . G A 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=24.32;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:860,90,0 chrXV 107690 . A G 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=22.47;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:78:707,78,0 chrXV 107858 . A G 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=21.73;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1315,144,0 chrXV 107861 . C T 1227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=20.80;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1260,135,0 chrXV 108245 . A G 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=21.66;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1441,156,0 chrXV 108354 . A G 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=39;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=18.46;ReadPosRankSum=2.324;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:81:753,81,0 chrXV 108394 . G A 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=17.62;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:87:826,87,0 chrXV 108945 . C T 1522 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=21.14;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1555,159,0 chrXV 108950 . T A 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=3.827;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=19.73;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1414,150,0 chrXV 109106 . G A 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=23.48;ReadPosRankSum=1.592;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:75:99:1794,189,0 chrXV 109765 . T C 372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.552;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:45:405,45,0 chrXV 109895 . C T 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=19.55;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:600,63,0 chrXV 110203 . T C 2181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.19;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2214,246,0 chrXV 110413 . T C 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.18;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1346,144,0 chrXV 110483 . G A 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=15.05;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1237,138,0 chrXV 110509 . C T 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=19.11;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1199,129,0 chrXV 110676 . T C 1010 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=20.20;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1043,114,0 chrXV 110797 . A G 11.36 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.550;SB=-2.801e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:20:41,0,20 chrXV 110800 . A G 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=8;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=2.6176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.000;SB=1.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:6:50,6,0 chrXV 110803 . A G 18.82 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=9.542;HaplotypeScore=2.6176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:6:50,6,0 chrXV 110806 . A G 39.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.80;MQ0=0;QD=4.44;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:9:72,9,0 chrXV 110809 . A G 39.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=3.63;SB=-9.474e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:9:72,9,0 chrXV 110812 . A G 86.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=7.84;SB=-2.642e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:15:119,15,0 chrXV 110815 . A G 111.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.21;MQ0=0;QD=10.10;SB=-1.377e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:144,18,0 chrXV 110818 . A G 109.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.12;MQ0=0;QD=8.39;SB=-1.377e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:18:142,18,0 chrXV 110844 . A G 197.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=8.21;ReadPosRankSum=-2.275;SB=2.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:24:27:230,27,0 chrXV 110932 . G A 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;QD=0.72;SB=-3.277e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:6:57,6,0 chrXV 111070 . T C 134.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=11.18;SB=-1.399e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:18:167,18,0 chrXV 111076 . T G 135.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.40;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.552;SB=-1.377e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:18:168,18,0 chrXV 111086 . G A 250 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.2528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=11.90;SB=-1.519e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30:283,30,0 chrXV 111105 . C T 404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.93;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:48:437,48,0 chrXV 111138 . T G 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.477;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:239,0,329 chrXV 111160 . T A 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=59;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=14.90;ReadPosRankSum=1.672;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:912,99,0 chrXV 111161 . G A 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.03;MQ0=0;QD=15.02;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:934,102,0 chrXV 111207 . A G 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=84.9031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=20.31;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1942,210,0 chrXV 111244 . A G 2660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1.735e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2693,288,0 chrXV 111282 . A C 2148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2181,237,0 chrXV 111293 . C T 2044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=19.84;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2077,228,0 chrXV 111761 . A G 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.17;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1794,195,0 chrXV 111851 . C T 1951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=19.91;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1984,213,0 chrXV 112082 . A T 4171.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DP=204;Dels=0.00;FS=6.806;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=2.292;QD=20.45;ReadPosRankSum=2.401;SB=-2.235e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,202:204:99:4171,450,0 chrXV 112572 . C T 2615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=23.14;SB=-1.333e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2648,282,0 chrXV 113148 . C T 1849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.883;DP=164;Dels=0.00;FS=8.286;HaplotypeScore=8.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.799;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.428;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,90:164:99:1879,0,1391 chrXV 113253 . A G 2610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=18.38;SB=-1.506e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:142:99:2643,288,0 chrXV 113345 . G C 4175.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.957e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:179:99:4175,459,0 chrXV 113612 . G A 3112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=24.31;SB=-1.362e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:3145,327,0 chrXV 113653 . C T 2804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2837,294,0 chrXV 113780 . G T 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.46;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1664,189,0 chrXV 113919 . A G 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.76;MQ0=0;QD=13.39;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:63:582,63,0 chrXV 113958 . T C 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=12.66;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:932,105,0 chrXV 114097 . C T 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.98;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1182,126,0 chrXV 114519 . C A 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:635,69,0 chrXV 114620 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DP=60;Dels=0.00;FS=7.277;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.190;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.691;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:530,0,460 chrXV 114736 . G A 786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=19.17;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:819,87,0 chrXV 114813 . G A 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=19.07;SB=-6.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1063,111,0 chrXV 114935 . C T 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=19.21;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:667,69,0 chrXV 115074 . A G 555.20 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=42;Dels=0.00;FS=6.063;HaplotypeScore=9.3431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQ0=0;MQRankSum=2.032;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-2.202e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,32:42:2:584,0,2 chrXV 115092 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;DP=33;Dels=0.00;FS=5.793;HaplotypeScore=17.8556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.031;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,24:33:85:303,0,85 chrXV 115095 . A G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.243;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.377;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:244,0,141 chrXV 115104 . G A 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.074;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:159,0,151 chrXV 115107 . A G 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=26;Dels=0.00;FS=7.256;HaplotypeScore=18.2282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:47:47,0,215 chrXV 115164 . A T 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-1.872e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,3:7:6:54,6,0 chrXV 115167 . A T 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-1.274e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,2:6:6:49,6,0 chrXV 115212 . A G 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.906;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.882;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:44:44,0,250 chrXV 115253 . C T 604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=19.48;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:637,69,0 chrXV 115269 . T C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:198,0,385 chrXV 115336 . G T 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=21.08;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1150,123,0 chrXV 115446 . T C 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=23.82;ReadPosRankSum=1.572;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1605,171,0 chrXV 115967 . A G 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=18.96;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:962,105,0 chrXV 116289 . C T 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=25.42;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:93:872,93,0 chrXV 116543 . A G 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.98;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1308,144,0 chrXV 116575 . T A 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.375;DP=64;Dels=0.00;FS=3.576;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.073;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:373,0,735 chrXV 116712 . C T 2645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=22.80;SB=-1.311e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2678,285,0 chrXV 116735 . G A 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=20.21;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2276,246,0 chrXV 116873 . C T 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=21.98;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1462,153,0 chrXV 117048 . C T 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=22.22;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1788,186,0 chrXV 117077 . A G 760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:90:793,90,0 chrXV 117153 . T C 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=20.31;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1942,210,0 chrXV 117295 . A G 1999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=23.24;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2032,222,0 chrXV 117367 . A G 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.02;MQ0=0;QD=22.34;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1619,180,0 chrXV 117509 . C T 2560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=19.84;SB=-1.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2593,282,0 chrXV 117610 . C T 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.864;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:81:99:926,0,396 chrXV 117641 . C T 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.864;DP=74;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:966,0,356 chrXV 117689 . C A 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.01;MQ0=0;QD=15.56;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:93:842,93,0 chrXV 117698 . C T 604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.09;MQ0=0;QD=15.49;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:66:637,66,0 chrXV 123650 . C T 58.22 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=32;Dels=0.00;FS=1.814;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=1.82;ReadPosRankSum=-1.662;SB=-8.922e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:10:88,0,10 chrXV 123657 . C G 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DP=35;Dels=0.00;FS=3.960;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:53:136,0,53 chrXV 123688 . A C 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.671;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.694;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:169,0,212 chrXV 123705 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.64;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.451;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:275,0,270 chrXV 123723 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:416,0,331 chrXV 123874 . A T 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DP=85;Dels=0.00;FS=1.780;HaplotypeScore=11.1456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.111;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:978,0,705 chrXV 124073 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=48;Dels=0.00;FS=1.435;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.602;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:466,0,277 chrXV 124570 . G A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DP=44;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=4.2861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:314,0,321 chrXV 124681 . T C 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=61;Dels=0.00;FS=2.302;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:61:99:574,0,348 chrXV 124708 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=56;Dels=0.00;FS=3.920;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.606;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:510,0,333 chrXV 124717 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=57;Dels=0.00;FS=7.502;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=6.60;ReadPosRankSum=2.166;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:406,0,365 chrXV 124780 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=72;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=5.6616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.507;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:542,0,563 chrXV 124822 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:417,0,388 chrXV 124903 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=42;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.666;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:473,0,295 chrXV 125287 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;DP=69;Dels=0.00;FS=3.323;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:654,0,618 chrXV 125569 . C T 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DP=78;Dels=0.00;FS=5.074;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=13.53;ReadPosRankSum=3.156;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:78:99:1088,126,0 chrXV 125570 . T C 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=13.43;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:77:99:1067,126,0 chrXV 125599 . G A 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;QD=15.22;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1266,132,0 chrXV 125641 . C A 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=20.66;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1479,156,0 chrXV 126162 . T A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=37;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=5.35;ReadPosRankSum=1.650;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:228,0,424 chrXV 126255 . C T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.833;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:420,0,514 chrXV 126462 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.145;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:478,0,525 chrXV 126522 . C G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DP=81;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=5.2557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:440,0,781 chrXV 126617 . T C 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=22.89;ReadPosRankSum=2.892;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1521,165,0 chrXV 126866 . C G 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=14.22;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1213,132,0 chrXV 126868 . T G 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=86;Dels=0.00;FS=5.125;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.482;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:86:99:1254,141,0 chrXV 127093 . G A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DP=78;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.825;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:78:99:677,0,623 chrXV 127096 . A G 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=19.95;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1589,174,0 chrXV 127202 . T C 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;DP=86;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.626;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:699,0,875 chrXV 127240 . G A 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=23.43;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1462,153,0 chrXV 128067 . G A 1204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DP=114;Dels=0.00;FS=7.293;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=10.56;ReadPosRankSum=-2.135;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:114:99:1234,0,886 chrXV 128405 . G A 3058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=25.07;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:3091,324,0 chrXV 128523 . C G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=54;Dels=0.00;FS=8.086;HaplotypeScore=6.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.086;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:416,0,465 chrXV 128527 . T C 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=49;Dels=0.00;FS=12.061;HaplotypeScore=5.8775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.070;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:469,0,407 chrXV 128537 . A G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;DP=40;Dels=0.00;FS=10.843;HaplotypeScore=5.8459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:40:99:281,0,371 chrXV 128564 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=41;Dels=0.00;FS=7.110;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=3.68;ReadPosRankSum=2.151;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:181,0,357 chrXV 128581 . C T 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=18.72;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:763,81,0 chrXV 128588 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=43;Dels=0.00;FS=2.696;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.090;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:181,0,468 chrXV 128693 . G A,C 1443.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.25;MQ0=0;QD=18.04;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,45,35:80:99:1503,636,534,867,0,786 chrXV 128788 . C G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=82;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:788,0,634 chrXV 129004 . G A 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.685;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.530;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:432,0,344 chrXV 129023 . A T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:376,0,388 chrXV 129347 . C T 1724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=23.94;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1757,186,0 chrXV 129440 . G A 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=17.49;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1432,156,0 chrXV 129926 . C G 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.103;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.948;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:89:99:933,0,723 chrXV 130049 . A G 1843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.836;DP=80;Dels=0.00;FS=10.242;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=23.04;ReadPosRankSum=2.912;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:1876,204,0 chrXV 130079 . A C 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:102:99:2288,249,0 chrXV 130106 . C A 2301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=21.71;SB=-1.317e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2334,246,0 chrXV 130136 . T C 2521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=20.33;SB=-1.646e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2554,273,0 chrXV 130271 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;DP=78;Dels=0.00;FS=4.528;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.375;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:597,0,678 chrXV 130283 . C T 1123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=15.82;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1156,123,0 chrXV 130289 . A C 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=61;Dels=0.00;FS=2.668;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=18.64;ReadPosRankSum=2.369;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1170,126,0 chrXV 130337 . C T 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=16.21;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:941,99,0 chrXV 130680 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=42;Dels=0.00;FS=2.888;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.541;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:483,0,276 chrXV 130780 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DP=57;Dels=0.00;FS=12.565;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=9.44;ReadPosRankSum=2.308;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:568,0,310 chrXV 130782 . A G 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=58;Dels=0.00;FS=9.678;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=9.17;ReadPosRankSum=2.354;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:562,0,469 chrXV 131153 . A G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.998;DP=72;Dels=0.00;FS=6.566;HaplotypeScore=7.4072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.780;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:72:99:629,0,533 chrXV 131195 . A T 2090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=99;Dels=0.00;FS=5.843;HaplotypeScore=10.3673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=21.11;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:2123,222,0 chrXV 131249 . T G 2870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=23.52;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:122:99:2903,315,0 chrXV 131283 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=109;Dels=0.00;FS=4.966;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.585;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:109:99:777,0,1040 chrXV 131327 . C T 1942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=21.11;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1975,210,0 chrXV 131361 . A C 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=101;Dels=0.00;FS=3.714;HaplotypeScore=4.6751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.377;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:926,0,1013 chrXV 131471 . T G 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.79;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1438,159,0 chrXV 131661 . G A 2431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=25.59;SB=-1.334e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2464,261,0 chrXV 131688 . T A 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1939,204,0 chrXV 131694 . A G 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.40;MQ0=0;QD=20.56;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1719,186,0 chrXV 131747 . T C 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=21.14;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1365,147,0 chrXV 131858 . G A 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=24.84;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1399,147,0 chrXV 131978 . G A 1949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=20.96;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1982,216,0 chrXV 131990 . T A 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.84;MQ0=0;QD=21.12;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1976,204,0 chrXV 132000 . G A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=18.94;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1605,168,0 chrXV 132086 . T A 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=17.34;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1368,153,0 chrXV 132089 . T C 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=76;Dels=0.00;FS=3.069;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=18.59;ReadPosRankSum=1.686;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:76:99:1446,156,0 chrXV 132152 . A G 1579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=21.63;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:73:99:1612,174,0 chrXV 132179 . A T 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=88;Dels=0.00;FS=9.445;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=21.37;ReadPosRankSum=2.310;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:88:99:1914,198,0 chrXV 132180 . C T 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;DP=89;Dels=0.00;FS=1.821;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.268;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:448,0,972 chrXV 132221 . C T 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=17.70;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1785,195,0 chrXV 132419 . G A 1201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.11;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1234,129,0 chrXV 132501 . G A 2038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=20.80;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2071,222,0 chrXV 132600 . A G 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=25.33;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1173,126,0 chrXV 132664 . G A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.297;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:40:99:249,0,392 chrXV 132707 . G A 135.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=32;Dels=0.00;FS=12.127;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.292;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:165,0,413 chrXV 132710 . A G 399.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;DP=33;Dels=0.00;FS=14.956;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=1.815;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:99:429,0,168 chrXV 132712 . G A 103.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=35;Dels=0.00;FS=9.611;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.222;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:133,0,441 chrXV 132713 . G A 771 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=21.42;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:84:804,84,0 chrXV 132737 . G A 224.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.339;DP=42;Dels=0.00;FS=28.561;HaplotypeScore=4.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.339;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:254,0,399 chrXV 132965 . G A 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.35;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1553,165,0 chrXV 133313 . G A 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.43;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:65:99:1426,150,0 chrXV 133472 . C A 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=20.66;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1252,141,0 chrXV 133823 . A C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.083;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.324;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:539,0,541 chrXV 133892 . T C 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:641,0,411 chrXV 134036 . G A 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=20.95;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1583,162,0 chrXV 134063 . G A 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.24;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1409,147,0 chrXV 134585 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.477;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:768,0,424 chrXV 135032 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=60;Dels=0.00;FS=8.299;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=7.80;ReadPosRankSum=-2.870;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:498,0,606 chrXV 135275 . C G 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.43;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1134,123,0 chrXV 135770 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=70;Dels=0.00;FS=8.957;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:70:99:545,0,579 chrXV 135779 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;DP=62;Dels=0.00;FS=3.665;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.812;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:474,0,591 chrXV 135786 . T C 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;DP=61;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.334;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:459,0,625 chrXV 135911 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=42;Dels=0.00;FS=1.221;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.742;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:299,0,391 chrXV 136016 . C A 1420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.206;DP=114;Dels=0.00;FS=6.167;HaplotypeScore=104.4096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.472;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.872;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,69:114:99:1450,0,739 chrXV 136052 . A T 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=120;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.337;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:120:99:961,0,1088 chrXV 136235 . T A 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=23.76;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1910,201,0 chrXV 136327 . G A 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=19.46;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:69:99:1376,144,0 chrXV 136512 . A G 2669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=24.26;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2702,285,0 chrXV 137115 . G A 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=24.00;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1257,132,0 chrXV 137304 . G T 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=24.61;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:722,75,0 chrXV 137682 . G A 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.44;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1321,150,0 chrXV 137942 . G T 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.73;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1907,210,0 chrXV 138302 . G A 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=23.81;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1438,150,0 chrXV 138746 . T C 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=55;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=16.42;ReadPosRankSum=1.417;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:936,102,0 chrXV 138754 . G A 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=17.28;ReadPosRankSum=0.804;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:91:1018,91,0 chrXV 138839 . T C 1290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=19.25;ReadPosRankSum=2.376;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1323,141,0 chrXV 138847 . T C 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=18.72;ReadPosRankSum=1.682;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1325,144,0 chrXV 139001 . T C 1660 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.01;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1693,180,0 chrXV 139013 . A G 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=18.58;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1445,153,0 chrXV 139015 . T C 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=18.89;ReadPosRankSum=1.683;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1374,147,0 chrXV 139359 . T G 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=22.20;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1698,183,0 chrXV 139408 . T C 2585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=23.29;SB=-1.137e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:111:99:2618,285,0 chrXV 139908 . A G 2685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.95;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2718,297,0 chrXV 140012 . T C 1818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.57;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1851,201,0 chrXV 140220 . T C 2189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=19.90;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2222,246,0 chrXV 140557 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DP=65;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.644;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.335;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:657,0,642 chrXV 140619 . G A 1527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=20.92;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1560,165,0 chrXV 140746 . C T 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=22.09;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:69:99:1557,165,0 chrXV 140760 . A G 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=62;Dels=0.00;FS=7.171;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=23.21;ReadPosRankSum=2.369;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:62:99:1472,162,0 chrXV 141126 . A G 2025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=21.77;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2058,225,0 chrXV 141147 . T A 2354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=126;Dels=0.00;FS=9.266;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=18.68;ReadPosRankSum=2.390;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:126:99:2387,258,0 chrXV 141207 . C T 3700.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=24.83;SB=-1.616e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:149:99:3700,385,0 chrXV 141631 . G A 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=24.19;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1702,180,0 chrXV 141731 . T C 2171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.08;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2204,240,0 chrXV 142001 . C T 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=19.04;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1594,171,0 chrXV 142608 . C A 2703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=20.79;SB=-1.747e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:2736,285,0 chrXV 142614 . G A 2769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=19.92;SB=-1.836e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:139:99:2802,291,0 chrXV 142645 . A G 2757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=142;Dels=0.00;FS=3.871;HaplotypeScore=14.7919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,138:142:99:2790,315,0 chrXV 142732 . G A 1883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=19.02;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1916,216,0 chrXV 142835 . C G 1989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=24.56;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2022,213,0 chrXV 143022 . A G 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DP=76;Dels=0.00;FS=2.618;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=19.00;ReadPosRankSum=2.668;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:1477,162,0 chrXV 143072 . C T 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.09;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1312,144,0 chrXV 143229 . C T 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=39;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.324;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:234,0,387 chrXV 143401 . A G 1716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=20.19;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1749,192,0 chrXV 143405 . G A 1458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=17.15;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1491,168,0 chrXV 143597 . C T 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.23;MQ0=0;QD=20.60;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1063,111,0 chrXV 143696 . G A 2799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=21.87;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2832,297,0 chrXV 143727 . G T 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=23.24;SB=-1.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:139:99:3263,351,0 chrXV 143787 . C T 2460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=21.39;ReadPosRankSum=1.667;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:115:99:2493,264,0 chrXV 143811 . G A 1822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=20.94;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1855,198,0 chrXV 143876 . A G 731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:84:764,84,0 chrXV 143890 . T C 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=18.25;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:836,93,0 chrXV 143915 . A G 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.46;MQ0=0;QD=13.52;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:69:628,69,0 chrXV 143927 . G T 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;QD=11.48;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:54:515,54,0 chrXV 143959 . G T 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.63;MQ0=0;QD=13.15;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:69:651,69,0 chrXV 143977 . T C 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=11.48;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:894,99,0 chrXV 143987 . C T 1027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=4.337;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1060,111,0 chrXV 143989 . T C 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DP=78;Dels=0.00;FS=4.297;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.688;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:954,105,0 chrXV 144008 . A G 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;QD=13.21;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1235,138,0 chrXV 144117 . C T 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=19.73;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1276,135,0 chrXV 144215 . G A 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=15.97;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72:656,72,0 chrXV 144354 . G A 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=18.30;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1076,114,0 chrXV 144655 . C T 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=22.34;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1619,174,0 chrXV 144774 . A C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;DP=48;Dels=0.00;FS=16.594;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=5.63;ReadPosRankSum=-2.247;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:300,0,703 chrXV 145028 . T C 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=15.64;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:909,102,0 chrXV 145140 . T C 292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=18;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=16.22;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:36:325,36,0 chrXV 145222 . A G 216.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=15.43;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:249,27,0 chrXV 145302 . T G 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.83;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1670,183,0 chrXV 145310 . C A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=19.74;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1691,195,0 chrXV 145331 . A G 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=19.16;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1585,171,0 chrXV 145384 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;DP=57;Dels=0.00;FS=1.743;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.076;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:494,0,584 chrXV 145519 . T C 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.294;DP=63;Dels=0.00;FS=4.286;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=24.63;ReadPosRankSum=2.333;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1585,149,0 chrXV 145551 . G A 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=26.22;SB=-1.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2288,243,0 chrXV 146203 . C T 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=21.37;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2020,213,0 chrXV 146225 . G A 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=23.80;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1580,165,0 chrXV 146231 . T C 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=21.16;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1387,150,0 chrXV 146368 . C T 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.21;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1074,114,0 chrXV 146472 . G A 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=25.37;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1606,165,0 chrXV 146551 . T A 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=21.59;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1199,126,0 chrXV 146599 . G A 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=22.93;ReadPosRankSum=1.632;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1638,180,0 chrXV 146782 . A G 1535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=23.26;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1568,171,0 chrXV 147007 . C T 2174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.43;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2207,231,0 chrXV 147162 . G A 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=22.05;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1312,138,0 chrXV 147274 . T A 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=21.12;ReadPosRankSum=0.892;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1427,150,0 chrXV 147540 . G T 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=25.35;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2061,216,0 chrXV 147582 . C T 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=21.27;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1820,192,0 chrXV 147591 . C T 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;QD=19.75;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1475,156,0 chrXV 147687 . G A 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=21.56;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2167,234,0 chrXV 147729 . A T 2218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=19.63;ReadPosRankSum=1.671;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2251,243,0 chrXV 147735 . C T 2317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=19.97;SB=-1.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2350,249,0 chrXV 147750 . C T 1921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=18.30;SB=-1.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1954,213,0 chrXV 147783 . T C 1708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=15.96;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1741,195,0 chrXV 147840 . A G 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.152e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:1948,210,0 chrXV 147891 . A C 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=20.84;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2180,240,0 chrXV 147981 . G A 2000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=20.83;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2033,219,0 chrXV 148159 . T C 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=17.73;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1487,168,0 chrXV 148176 . C T 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;QD=17.33;SB=-1.129e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1783,195,0 chrXV 148362 . G A 2217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=23.34;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:2250,231,0 chrXV 148695 . C T 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=22.26;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1146,120,0 chrXV 148704 . C T 1013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=18.76;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1046,117,0 chrXV 148719 . C G 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=20.38;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1256,135,0 chrXV 148734 . C T 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=20.04;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1496,156,0 chrXV 148894 . A G 3154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.392;DP=132;Dels=0.00;FS=17.199;HaplotypeScore=4.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=23.89;ReadPosRankSum=3.392;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,128:132:99:3187,351,0 chrXV 148926 . T A 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=19.32;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1907,213,0 chrXV 149008 . T C 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=47;Dels=0.00;FS=6.329;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:47:99:270,0,557 chrXV 149046 . G A 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=19.26;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:919,96,0 chrXV 149214 . A G 2129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=19.90;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2162,234,0 chrXV 149247 . G C 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=18.57;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1704,186,0 chrXV 149394 . T C 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=67;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=21.72;ReadPosRankSum=2.376;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1488,162,0 chrXV 149706 . A T 1817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=24.55;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1850,192,0 chrXV 150111 . G A 2142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=22.79;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2175,243,0 chrXV 150390 . G C 3488.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=23.89;SB=-1.537e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3488,387,0 chrXV 150543 . C T 1981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2014,210,0 chrXV 150554 . A G 2172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=21.29;SB=-1.326e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2205,234,0 chrXV 150653 . T C 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=116;Dels=0.00;FS=4.517;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.643;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:2407,270,0 chrXV 150771 . G A 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;DP=84;Dels=0.00;FS=4.341;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:894,0,638 chrXV 150803 . G A 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=25.26;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2003,207,0 chrXV 150859 . G A 2600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2633,279,0 chrXV 150962 . A G 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=84;Dels=0.00;FS=4.877;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=23.61;ReadPosRankSum=1.690;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:84:99:2016,222,0 chrXV 151148 . C A 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2212,249,0 chrXV 151176 . A G 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;DP=112;Dels=0.00;FS=0.695;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.423;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:904,0,1138 chrXV 151183 . T C 2305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=21.75;SB=-1.260e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2338,255,0 chrXV 151251 . T A 2189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=20.27;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2222,231,0 chrXV 151265 . A G 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.369;DP=102;Dels=0.00;FS=8.047;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=18.01;ReadPosRankSum=3.369;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:102:99:1870,201,0 chrXV 151304 . C T 2164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=18.18;SB=-1.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:119:99:2197,234,0 chrXV 151342 . C T 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.097;DP=102;Dels=0.00;FS=1.630;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:842,0,963 chrXV 151369 . T C 2308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.63;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2341,252,0 chrXV 151709 . A T 2668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=22.05;SB=-1.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2701,297,0 chrXV 151910 . T A 2226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=106;Dels=0.00;FS=2.975;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=21.00;ReadPosRankSum=2.403;SB=-1.248e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:106:99:2259,252,0 chrXV 151997 . G A 2230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=21.44;SB=-1.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2263,237,0 chrXV 152141 . G A 2741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=24.26;SB=-1.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2774,288,0 chrXV 152215 . T C 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=20.51;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1776,195,0 chrXV 152407 . T G 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.170e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2016,219,0 chrXV 152424 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.876;DP=102;Dels=0.00;FS=5.162;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=4.78;ReadPosRankSum=2.233;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,39:102:99:518,0,864 chrXV 152922 . C T 1187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=21.20;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1220,126,0 chrXV 153116 . A G 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=18.62;ReadPosRankSum=1.655;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:96:871,96,0 chrXV 153180 . T G 1392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.45;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1425,156,0 chrXV 153262 . T C 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=19.70;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1294,141,0 chrXV 153279 . A T 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=19.84;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1541,159,0 chrXV 153317 . T C 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=23.22;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1867,198,0 chrXV 153513 . G C 2110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=21.10;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:100:99:2143,234,0 chrXV 153615 . T C 5008.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=24.19;SB=-1.573e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:207:99:5008,540,0 chrXV 153722 . A C 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=22.57;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2448,264,0 chrXV 153761 . A G 2687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=125;Dels=0.00;FS=4.143;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.420;QD=21.50;ReadPosRankSum=1.619;SB=-1.221e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:125:99:2720,300,0 chrXV 154056 . T C 1954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=18.97;SB=-1.109e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:103:99:1987,213,0 chrXV 154073 . G A 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=18.48;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:1973,210,0 chrXV 154165 . T C 2816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2849,315,0 chrXV 154180 . T C 2941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=141;Dels=0.00;FS=4.332;HaplotypeScore=3.9643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.708;SB=-1.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:141:99:2974,318,0 chrXV 154310 . T C 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=21.98;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1440,159,0 chrXV 154799 . T G 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.75;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:943,108,0 chrXV 154898 . A G 1343 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.597;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1376,147,0 chrXV 154995 . A T 1218 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=16.24;ReadPosRankSum=2.383;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1251,144,0 chrXV 155098 . C A 676 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:75:709,75,0 chrXV 155221 . G A 576 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=21.33;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:609,69,0 chrXV 155276 . A T 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=22.71;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1123,117,0 chrXV 155554 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=47;Dels=0.00;FS=4.269;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:465,0,303 chrXV 155779 . C T 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=22.19;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:987,105,0 chrXV 155823 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;DP=54;Dels=0.00;FS=10.296;HaplotypeScore=9.7510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:54:99:413,0,419 chrXV 155857 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DP=46;Dels=0.00;FS=4.288;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:291,0,330 chrXV 155997 . C A 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.98;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:956,102,0 chrXV 156059 . T C 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=17.45;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:766,84,0 chrXV 156082 . A G 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=15.25;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:643,72,0 chrXV 156178 . G A 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=19.47;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96:909,96,0 chrXV 156337 . T C 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=19.97;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:672,75,0 chrXV 156482 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;DP=49;Dels=0.00;FS=5.067;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:396,0,533 chrXV 156489 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.450;DP=49;Dels=0.00;FS=5.648;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:558,0,359 chrXV 156508 . A G 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.41;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1189,132,0 chrXV 156746 . A G 1954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.72;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:86:99:1987,216,0 chrXV 156784 . A G 2163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=24.30;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2196,249,0 chrXV 156847 . T C 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.899;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1486,168,0 chrXV 156898 . C T 2461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=24.13;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2494,255,0 chrXV 156932 . T C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DP=121;Dels=0.00;FS=5.966;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=6.07;ReadPosRankSum=2.134;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,55:121:99:765,0,1240 chrXV 156971 . T C 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;DP=111;Dels=0.00;FS=1.728;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=5.74;ReadPosRankSum=-2.338;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:111:99:667,0,1174 chrXV 156979 . T C 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=21.04;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2347,252,0 chrXV 157101 . C T 1847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=23.38;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1880,198,0 chrXV 157207 . A G 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=19.73;SB=-9.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1710,192,0 chrXV 157219 . T C 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:1915,213,0 chrXV 157639 . C T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=60;Dels=0.00;FS=5.452;HaplotypeScore=12.7476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:404,0,473 chrXV 158074 . T C 444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=12.69;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:51:477,51,0 chrXV 158197 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=71;Dels=0.00;FS=0.913;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.777;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:574,0,658 chrXV 158239 . A G 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=18.83;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1276,141,0 chrXV 158453 . T C 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=23.85;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:677,72,0 chrXV 158575 . C T 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=24.11;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1721,183,0 chrXV 158650 . A G 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=61;Dels=0.00;FS=3.072;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=22.49;ReadPosRankSum=2.329;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1405,156,0 chrXV 158717 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=42;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=6.81;ReadPosRankSum=-2.824;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:42:99:316,0,357 chrXV 158754 . A C 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=23.29;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84:755,84,0 chrXV 158838 . G A 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=18.90;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:808,93,0 chrXV 158897 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=46;Dels=0.00;FS=1.479;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:359,0,424 chrXV 158905 . G T 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.30;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1034,108,0 chrXV 159031 . T C 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.424;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.160;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:218,0,383 chrXV 159062 . G T 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=12.41;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:90:852,90,0 chrXV 159066 . G A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.58;MQ0=0;QD=12.43;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:93:891,93,0 chrXV 159092 . G A 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=13.71;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1514,168,0 chrXV 159369 . G A 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=21.86;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:820,87,0 chrXV 159583 . T C 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DP=52;Dels=0.00;FS=2.148;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.540;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:548,0,555 chrXV 159655 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=21;Dels=0.00;FS=7.347;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.350;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:66:293,0,66 chrXV 159827 . A G 318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=22;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.576;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:39:351,39,0 chrXV 159884 . G A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.081;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:220,0,356 chrXV 160139 . G A 297 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.46;MQ0=0;QD=9.90;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:36:330,36,0 chrXV 160141 . T C 255 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.155;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:33:288,33,0 chrXV 160142 . G T 254 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.46;MQ0=0;QD=8.47;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:33:287,33,0 chrXV 160153 . G C 200.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=6.90;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:27:233,27,0 chrXV 160154 . G A 201.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=6.93;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:27:234,27,0 chrXV 160163 . G A 96.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.31;MQ0=0;QD=3.21;SB=-1.293e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:15:129,15,0 chrXV 160213 . G C 182.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.07;MQ0=0;QD=5.87;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:24:215,24,0 chrXV 160397 . A C 206.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.42;MQ0=0;QD=5.15;SB=-7.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:27:239,27,0 chrXV 160403 . G A 165.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.05;MQ0=0;QD=4.23;SB=-1.061e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:21:198,21,0 chrXV 160414 . G A 107.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.38;MQ0=0;QD=2.98;SB=-1.733e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:15:140,15,0 chrXV 160419 . A G 111.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=3.18;SB=-1.723e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:15:144,15,0 chrXV 160420 . C T 104.26 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=2.98;SB=-1.633e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:15:137,15,0 chrXV 160472 . A G 87.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;DP=40;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.269;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:117,0,392 chrXV 160622 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;DP=67;Dels=0.00;FS=3.664;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=2.465;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:416,0,879 chrXV 160688 . G A 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.63;MQ0=0;QD=19.69;SB=-9.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1569,165,0 chrXV 160690 . A C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.532;DP=78;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:78:99:428,0,797 chrXV 160788 . C T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.428;DP=44;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:427,0,219 chrXV 161134 . T A 765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=19.62;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:798,84,0 chrXV 161464 . C T 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:59:99:519,0,504 chrXV 161509 . T C 925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=19.27;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:958,108,0 chrXV 161624 . C T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=34;Dels=0.00;FS=3.124;HaplotypeScore=2.3983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.857;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:174,0,332 chrXV 161768 . T G 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=63;Dels=0.00;FS=6.163;HaplotypeScore=8.4083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=21.27;ReadPosRankSum=1.676;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1373,153,0 chrXV 161853 . A G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;DP=53;Dels=0.00;FS=8.812;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:335,0,663 chrXV 161975 . T C 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=20.26;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1796,195,0 chrXV 161986 . C T 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.98;MQ0=0;QD=20.38;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1765,186,0 chrXV 162027 . C T 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.67;MQ0=0;QD=16.55;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1092,114,0 chrXV 162043 . T C 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=16.05;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1076,117,0 chrXV 162065 . C T 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=19.95;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1150,120,0 chrXV 162171 . T C 1276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=172;Dels=0.00;FS=15.344;HaplotypeScore=16.3572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=7.42;ReadPosRankSum=2.841;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,79:172:99:1306,0,1293 chrXV 162197 . G T 4048.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=23.53;SB=-1.601e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:172:99:4048,427,0 chrXV 162352 . T C 2081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2114,228,0 chrXV 162379 . G A 1984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=19.08;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2017,213,0 chrXV 162419 . G C 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=15.20;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1675,189,0 chrXV 162766 . C T 667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=12.83;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:75:700,75,0 chrXV 163253 . T C 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.58;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1371,150,0 chrXV 163510 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DP=44;Dels=0.00;FS=1.379;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.412;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:258,0,492 chrXV 163567 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=33;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=3.3495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.718;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:355,0,195 chrXV 163690 . C T 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DP=41;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.835;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:227,0,349 chrXV 163702 . T C 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=38;Dels=0.00;FS=2.864;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:222,0,257 chrXV 163748 . G A 124.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=32;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.187;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:154,0,336 chrXV 163776 . C G 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;DP=23;Dels=0.00;FS=4.172;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=4.44;ReadPosRankSum=-2.236;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:132,0,279 chrXV 163799 . G A 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DP=26;Dels=0.00;FS=2.093;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:26:58:58,0,371 chrXV 163912 . A T 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=40;Dels=0.00;FS=1.235;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:323,0,221 chrXV 163943 . A C 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=46;Dels=0.00;FS=1.262;HaplotypeScore=4.3283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.086;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:385,0,283 chrXV 163945 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=47;Dels=0.00;FS=2.671;HaplotypeScore=5.0623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.499;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:387,0,250 chrXV 164284 . T A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;DP=48;Dels=0.00;FS=2.596;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.394;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:303,0,494 chrXV 164491 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;DP=23;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.871;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:302,0,132 chrXV 164632 . C T 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:130,0,374 chrXV 164683 . C T 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=35;Dels=0.00;FS=3.210;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.051;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:142,0,456 chrXV 164708 . A G 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;DP=39;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=4.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:124,0,423 chrXV 164737 . T A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DP=37;Dels=0.00;FS=9.838;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.567;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:177,0,361 chrXV 164935 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.692;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:421,0,294 chrXV 164993 . T G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DP=37;Dels=0.00;FS=3.106;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:342,0,286 chrXV 165025 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=53;Dels=0.00;FS=2.794;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=8.72;ReadPosRankSum=2.002;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:492,0,440 chrXV 165055 . T A 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=81;Dels=0.00;FS=2.768;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:985,0,628 chrXV 165133 . T C 1410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,67:114:99:1440,0,923 chrXV 165232 . T C 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;DP=50;Dels=0.00;FS=9.628;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,37:50:81:802,0,81 chrXV 165358 . T C 1192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;DP=123;Dels=0.00;FS=17.938;HaplotypeScore=9.7824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.110;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,71:123:99:1222,0,723 chrXV 165453 . A G 1009.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;DP=95;Dels=0.00;FS=5.120;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.966;QD=10.62;ReadPosRankSum=2.408;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,65:95:99:1039,0,291 chrXV 165456 . A G 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=85;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.146;QD=11.15;ReadPosRankSum=3.893;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,56:85:99:978,0,240 chrXV 165488 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.442;DP=89;Dels=0.00;FS=37.713;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.139;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:694,0,779 chrXV 165497 . T C 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.744;DP=86;Dels=0.00;FS=28.722;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.691;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.909;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:699,0,854 chrXV 165557 . G A 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DP=68;Dels=0.00;FS=21.893;HaplotypeScore=11.1875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.984;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,48:68:99:915,0,336 chrXV 165639 . A G 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.941;DP=92;Dels=0.00;FS=42.770;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.592;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:902,0,898 chrXV 165707 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DP=72;Dels=0.00;FS=21.225;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.517;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:658,0,833 chrXV 165725 . G C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=63;Dels=0.00;FS=20.922;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.392;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:618,0,676 chrXV 165776 . T G 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;DP=89;Dels=0.00;FS=7.078;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.020;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.374;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:707,0,895 chrXV 165827 . C T 1265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DP=126;Dels=0.00;FS=3.308;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.466;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.029;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,68:126:99:1295,0,916 chrXV 165915 . G A 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=99;Dels=0.00;FS=18.412;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.712;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.067;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:839,0,935 chrXV 165923 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=91;Dels=0.00;FS=32.722;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.883;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:679,0,938 chrXV 165953 . G A 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.038;DP=85;Dels=0.00;FS=14.255;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:497,0,765 chrXV 165984 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DP=89;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=9.0737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.823;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:395,0,975 chrXV 165998 . A G 188.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=97;Dels=0.00;FS=2.903;HaplotypeScore=14.5151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-7.011;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.513;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,33:97:99:218,0,1215 chrXV 166007 . A G 172.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=90;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=8.7495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=-7.519;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.999;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,30:90:99:202,0,1098 chrXV 166008 . A G 150.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-7.271;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.563;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:86:99:180,0,1240 chrXV 166009 . A C 167.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-7.308;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.445;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:86:99:197,0,1192 chrXV 166055 . T C 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.261;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.992;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:299,0,1109 chrXV 166076 . A G 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=76;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=7.1242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.482;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:76:99:239,0,1005 chrXV 166088 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=70;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=2.94;ReadPosRankSum=2.656;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:236,0,843 chrXV 166163 . C T 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.992;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:786,0,831 chrXV 166172 . G A 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=87;Dels=0.00;FS=1.795;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.388;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:779,0,678 chrXV 166324 . G A 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=72;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=12.3304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.879;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.916;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:541,0,690 chrXV 166482 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:73:99:496,0,565 chrXV 166700 . A T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;DP=92;Dels=0.00;FS=8.071;HaplotypeScore=8.0367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.437;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.354;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,55:92:99:948,0,675 chrXV 166989 . G A 1386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.986;DP=164;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=15.0082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,84:164:99:1416,0,1218 chrXV 167021 . A T 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.760;DP=126;Dels=0.00;FS=1.394;HaplotypeScore=7.1915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.281;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.749;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,62:126:99:1114,0,1002 chrXV 167078 . A T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;DP=71;Dels=0.00;FS=2.009;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.173;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.286;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:397,0,888 chrXV 167081 . T G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.535;DP=66;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.900;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:335,0,900 chrXV 167102 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.536;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.575;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:280,0,761 chrXV 167109 . T C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=64;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.917;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.761;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:262,0,693 chrXV 167129 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.885;DP=58;Dels=0.00;FS=3.751;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.399;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:293,0,654 chrXV 167270 . A T 1133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.515;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.616;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,59:127:99:1163,0,1308 chrXV 167344 . T A 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.579;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=-5.543;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,63:126:99:1059,0,1145 chrXV 167483 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.581;DP=65;Dels=0.00;FS=6.914;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:553,0,615 chrXV 167627 . G A 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=164;Dels=0.00;FS=0.629;HaplotypeScore=6.5152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQ0=0;MQRankSum=-6.667;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.304;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,80:164:99:1308,0,1644 chrXV 167650 . T C 1095.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.566;DP=150;Dels=0.00;FS=0.649;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.18;MQ0=0;MQRankSum=-9.728;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,68:150:99:1125,0,1696 chrXV 167656 . A G 1002.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;DP=143;Dels=0.00;FS=1.457;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=-9.573;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,61:143:99:1032,0,1589 chrXV 167658 . T C 950.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.204;DP=141;Dels=0.00;FS=3.276;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=-9.440;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,61:141:99:980,0,1592 chrXV 167659 . A G 1013.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=139;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=-9.579;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,60:139:99:1043,0,1570 chrXV 167688 . A T 865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=114;Dels=0.00;FS=0.709;HaplotypeScore=8.0301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-6.956;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.077;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,45:114:99:895,0,1315 chrXV 167717 . A C 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;DP=88;Dels=0.00;FS=9.174;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.740;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.735;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:829,0,806 chrXV 167735 . T C 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DP=93;Dels=0.00;FS=1.099;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:93:99:899,0,887 chrXV 167761 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.101;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:718,0,698 chrXV 167794 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;DP=59;Dels=0.00;FS=3.955;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.202;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:560,0,486 chrXV 167815 . C G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=79;Dels=0.00;FS=3.170;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.478;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:79:99:667,0,570 chrXV 167840 . G C 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=73;Dels=0.00;FS=3.675;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.794;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:705,0,516 chrXV 167922 . C T 1338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;DP=139;Dels=0.00;FS=0.630;HaplotypeScore=7.9283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.127;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.119;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,73:139:99:1368,0,1260 chrXV 167933 . C T 1466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.159;DP=145;Dels=0.00;FS=0.614;HaplotypeScore=7.3052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.278;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,79:145:99:1496,0,1213 chrXV 167975 . C T 1044.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DP=140;Dels=0.00;FS=2.321;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.827;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.361;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,74:140:99:1074,0,1259 chrXV 167980 . G C 875.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.839;DP=135;Dels=0.00;FS=3.379;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=6.48;ReadPosRankSum=2.074;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,69:135:99:905,0,1190 chrXV 167983 . T C 861.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;DP=122;Dels=0.00;FS=3.581;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.066;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.598;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:122:99:891,0,1122 chrXV 168074 . A G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.365;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:580,0,616 chrXV 168202 . T C 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DP=103;Dels=0.00;FS=0.753;HaplotypeScore=5.0248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.432;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:875,0,765 chrXV 168209 . G A 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=103;Dels=0.00;FS=1.628;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.446;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:911,0,852 chrXV 168263 . A G 1247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:127:99:1277,0,870 chrXV 168294 . T C 1244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;DP=113;Dels=0.00;FS=4.645;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.826;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:1274,0,889 chrXV 168347 . C G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=90;Dels=0.00;FS=0.786;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.965;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:90:99:727,0,789 chrXV 168382 . A G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=76;Dels=0.00;FS=1.984;HaplotypeScore=4.6063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.996;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.612;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:404,0,754 chrXV 168383 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=77;Dels=0.00;FS=3.181;HaplotypeScore=4.6063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.154;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:401,0,744 chrXV 168404 . A C 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=79;Dels=0.00;FS=6.264;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.151;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.951;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:79:99:305,0,807 chrXV 168429 . G A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.091;QD=7.12;ReadPosRankSum=-2.036;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:550,0,721 chrXV 168445 . T C 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.441;DP=106;Dels=0.00;FS=2.551;HaplotypeScore=3.7352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:106:99:680,0,1102 chrXV 168455 . A G 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.427;DP=110;Dels=0.00;FS=2.490;HaplotypeScore=5.6142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:110:99:856,0,1167 chrXV 168532 . T C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=89;Dels=0.00;FS=1.776;HaplotypeScore=11.8641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:89:99:537,0,1001 chrXV 168592 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=99;Dels=0.00;FS=8.082;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.157;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:99:99:611,0,1053 chrXV 168708 . C T 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=72;Dels=0.00;FS=2.044;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=9.71;ReadPosRankSum=-1.866;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:729,0,546 chrXV 168744 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DP=59;Dels=0.00;FS=9.379;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.069;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:534,0,555 chrXV 168885 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;DP=70;Dels=0.00;FS=15.658;HaplotypeScore=11.7072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:530,0,573 chrXV 169152 . A G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.526;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:425,0,325 chrXV 169251 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=74;Dels=0.00;FS=10.522;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:623,0,709 chrXV 169317 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=78;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=4.1486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:694,0,516 chrXV 169333 . T C 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;DP=65;Dels=0.00;FS=6.926;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:65:99:460,0,703 chrXV 169359 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DP=59;Dels=0.00;FS=5.611;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:343,0,701 chrXV 169572 . C T 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;DP=59;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.042;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:309,0,755 chrXV 169704 . A G 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.917;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:193,0,359 chrXV 169718 . C G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=36;Dels=0.00;FS=3.216;HaplotypeScore=4.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:36:99:183,0,376 chrXV 169869 . C T 155.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:185,0,163 chrXV 169896 . T C 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:216,0,204 chrXV 170103 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:346,0,283 chrXV 170107 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:358,0,297 chrXV 170126 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.378;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:312,0,315 chrXV 170199 . A G 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=10;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=4.2560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.133;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:89:89,0,112 chrXV 170344 . C T 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DP=26;Dels=0.00;FS=2.366;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:287,0,179 chrXV 170368 . T C 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.615;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:227,0,231 chrXV 170583 . T C 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;DP=30;Dels=0.00;FS=1.484;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=4.17;ReadPosRankSum=2.093;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:155,0,335 chrXV 170607 . G A 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:346,0,275 chrXV 170671 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;DP=42;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:417,0,302 chrXV 170682 . T A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=45;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.056;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:377,0,415 chrXV 170746 . A T 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.526;DP=40;Dels=0.00;FS=7.067;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.594;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:437,0,253 chrXV 170921 . A G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;DP=53;Dels=0.00;FS=4.287;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:53:99:215,0,593 chrXV 170927 . A C 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=52;Dels=0.00;FS=6.436;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.697;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:52:99:194,0,605 chrXV 171150 . T C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;DP=46;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=6.3847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:300,0,391 chrXV 171213 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;DP=53;Dels=0.00;FS=5.706;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.064;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:478,0,328 chrXV 171288 . T C 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;DP=80;Dels=0.00;FS=7.346;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.463;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:724,0,770 chrXV 171306 . C T 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.363;DP=82;Dels=0.00;FS=2.862;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.144;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:763,0,799 chrXV 171511 . A C 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:235,0,287 chrXV 171515 . G A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=35;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:218,0,247 chrXV 171745 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DP=66;Dels=0.00;FS=6.775;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:66:99:436,0,344 chrXV 171973 . T C 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=74;Dels=0.00;FS=20.444;HaplotypeScore=6.4599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:311,0,644 chrXV 171981 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DP=75;Dels=0.00;FS=9.617;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.996;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:299,0,742 chrXV 171985 . C G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;DP=78;Dels=0.00;FS=5.818;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.829;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:308,0,780 chrXV 172515 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=104;Dels=0.00;FS=5.003;HaplotypeScore=17.4253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.576;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:104:99:569,0,829 chrXV 172581 . T C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.939;DP=91;Dels=0.00;FS=3.696;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.053;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:91:99:549,0,1130 chrXV 172704 . C A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=58;Dels=0.00;FS=12.228;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.623;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:413,0,521 chrXV 172752 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;DP=75;Dels=0.00;FS=4.552;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.150;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:553,0,728 chrXV 172768 . G A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:495,0,760 chrXV 172825 . C T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=74;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.448;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:560,0,584 chrXV 172956 . A G 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.731;DP=126;Dels=0.00;FS=8.176;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=7.97;ReadPosRankSum=2.068;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,58:126:99:1034,0,1322 chrXV 173022 . A G 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;DP=93;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=9.42;ReadPosRankSum=2.240;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:906,0,950 chrXV 173080 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=94;Dels=0.00;FS=0.775;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:932,0,891 chrXV 173105 . A T 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.586;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:666,0,732 chrXV 173112 . T C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;DP=73;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=6.6315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.104;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:645,0,671 chrXV 173127 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;DP=66;Dels=0.00;FS=3.380;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.716;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:480,0,641 chrXV 173169 . T C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=84;Dels=0.00;FS=2.899;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:84:99:597,0,804 chrXV 173202 . A G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=79;Dels=0.00;FS=1.876;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.045;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:633,0,760 chrXV 173326 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=81;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.346;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:650,0,630 chrXV 173391 . A G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.533;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.008;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:373,0,513 chrXV 173762 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.663;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:369,0,480 chrXV 173907 . G A 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.486;DP=110;Dels=0.00;FS=3.566;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.332;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:1098,0,983 chrXV 174201 . A G 1242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.551;DP=180;Dels=0.00;FS=1.889;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.841;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,86:180:99:1272,0,1884 chrXV 174364 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DP=76;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:569,0,720 chrXV 174465 . G T 1419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.477;DP=161;Dels=0.00;FS=2.024;HaplotypeScore=8.2326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,83:161:99:1449,0,1400 chrXV 174472 . C T 1469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DP=176;Dels=0.00;FS=2.770;HaplotypeScore=13.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,91:176:99:1499,0,1469 chrXV 174675 . T C 1203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=118;Dels=0.00;FS=3.752;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.586;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,66:118:99:1233,0,905 chrXV 174678 . T C 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.290;DP=117;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=9.21;ReadPosRankSum=2.419;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:117:99:1107,0,916 chrXV 175135 . A G 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DP=73;Dels=0.00;FS=4.763;HaplotypeScore=7.3814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.234;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:820,0,461 chrXV 175142 . C T 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.616;DP=77;Dels=0.00;FS=3.161;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.310;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:77:99:866,0,585 chrXV 175290 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:63:99:424,0,759 chrXV 175332 . A G 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;DP=76;Dels=0.00;FS=1.942;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.572;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:733,0,682 chrXV 175458 . A C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DP=74;Dels=0.00;FS=14.836;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.889;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:547,0,762 chrXV 175470 . T C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;DP=76;Dels=0.00;FS=17.887;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.825;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:516,0,895 chrXV 175512 . C T 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DP=88;Dels=0.00;FS=9.654;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:88:99:378,0,1170 chrXV 175584 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=68;Dels=0.00;FS=0.950;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:517,0,827 chrXV 175588 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=70;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:480,0,837 chrXV 175815 . G C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=61;Dels=0.00;FS=7.265;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:298,0,505 chrXV 176091 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DP=52;Dels=0.00;FS=3.953;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=9.67;ReadPosRankSum=1.087;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:533,0,413 chrXV 176117 . C T 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;DP=66;Dels=0.00;FS=9.059;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:735,0,379 chrXV 176217 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DP=62;Dels=0.00;FS=4.985;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:609,0,522 chrXV 176239 . G T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DP=64;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=5.2656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.354;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:64:99:578,0,492 chrXV 176268 . A T 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.038;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:440,0,585 chrXV 176298 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:421,0,428 chrXV 176348 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;DP=50;Dels=0.00;FS=8.316;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.749;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:477,0,332 chrXV 176425 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DP=68;Dels=0.00;FS=3.536;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,45:68:99:881,0,429 chrXV 176441 . C T 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,56:81:99:941,0,477 chrXV 176466 . C T 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.775;DP=86;Dels=0.00;FS=1.984;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.889;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,60:86:99:1006,0,508 chrXV 176469 . C T 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.315;DP=89;Dels=0.00;FS=0.883;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.575;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.879;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,62:89:99:984,0,519 chrXV 176547 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.801;DP=72;Dels=0.00;FS=0.987;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:625,0,738 chrXV 176616 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=46;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:450,0,426 chrXV 177015 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.870;DP=71;Dels=0.00;FS=6.388;HaplotypeScore=9.1595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:456,0,761 chrXV 177067 . T G 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.332;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:755,0,963 chrXV 177226 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=70;Dels=0.00;FS=8.359;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=7.83;ReadPosRankSum=-3.227;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:578,0,656 chrXV 177336 . C T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.613;DP=72;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=7.4015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:72:99:526,0,772 chrXV 177351 . T C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;DP=66;Dels=0.00;FS=5.143;HaplotypeScore=5.0421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.007;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:66:99:410,0,777 chrXV 177495 . A G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.756;DP=114;Dels=0.00;FS=2.554;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:114:99:871,0,969 chrXV 177738 . G A 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.306;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:967,0,713 chrXV 177798 . T C 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.226;DP=85;Dels=0.00;FS=0.829;HaplotypeScore=9.0680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.892;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:85:99:743,0,694 chrXV 178021 . C T 1117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;DP=108;Dels=0.00;FS=9.119;HaplotypeScore=12.0736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.022;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:108:99:1147,0,757 chrXV 178159 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=7.81;ReadPosRankSum=-2.000;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:54:99:452,0,348 chrXV 178287 . A G 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;DP=100;Dels=0.00;FS=10.469;HaplotypeScore=8.2548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.789;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,65:100:99:891,0,501 chrXV 178296 . C T 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DP=94;Dels=0.00;FS=9.232;HaplotypeScore=5.3077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.514;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,63:94:99:967,0,522 chrXV 178440 . T C 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=10.81;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:992,0,785 chrXV 178474 . T C 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=75;Dels=0.00;FS=7.732;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.206;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:469,0,965 chrXV 178587 . G A 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=89;Dels=0.00;FS=8.869;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:89:99:904,0,771 chrXV 178731 . C T 1411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.725;DP=125;Dels=0.00;FS=0.675;HaplotypeScore=10.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,75:125:99:1441,0,871 chrXV 179031 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.470;DP=89;Dels=0.00;FS=12.950;HaplotypeScore=9.7692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=5.35;ReadPosRankSum=-2.645;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:89:99:506,0,715 chrXV 179238 . A G 974.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.390;DP=108;Dels=0.00;FS=9.149;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.291;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:108:99:1004,0,917 chrXV 179481 . C T 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=85;Dels=0.00;FS=4.312;HaplotypeScore=8.2477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.410;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:673,0,724 chrXV 179760 . C T 2784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=24.21;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2817,303,0 chrXV 179850 . A G 2039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=24.27;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2072,225,0 chrXV 179940 . T C 1482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DP=169;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=17.0424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.386;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,84:169:99:1512,0,1275 chrXV 180056 . A C 3380.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=22.53;SB=-1.900e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:3380,369,0 chrXV 180123 . G C 2441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:2474,267,0 chrXV 180159 . A G 2059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=20.39;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:2092,231,0 chrXV 180162 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=116;Dels=0.00;FS=10.391;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.314;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:116:99:714,0,1103 chrXV 180177 . G A 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;QD=19.27;SB=-1.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:1999,210,0 chrXV 180210 . C T 2057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=19.59;SB=-1.377e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2090,222,0 chrXV 180228 . T G 1965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;QD=17.70;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:1998,222,0 chrXV 180534 . A G 1966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=91;Dels=0.00;FS=2.784;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.423;QD=21.60;ReadPosRankSum=2.396;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:1999,216,0 chrXV 180685 . C T 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=20.50;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1345,141,0 chrXV 180968 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;DP=69;Dels=0.00;FS=2.367;HaplotypeScore=7.3991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:532,0,657 chrXV 181032 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;DP=47;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:452,0,399 chrXV 181062 . G A 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=17.96;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:68:99:1254,129,0 chrXV 181148 . T C 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;DP=109;Dels=0.00;FS=13.315;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:109:99:971,0,975 chrXV 181290 . G A 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=19.35;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1639,171,0 chrXV 181326 . C G 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=18.74;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1345,147,0 chrXV 181433 . C T 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.13;MQ0=0;QD=19.94;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1449,153,0 chrXV 181436 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=70;Dels=0.00;FS=6.460;HaplotypeScore=4.8653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.870;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:374,0,625 chrXV 181452 . T A 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=18.68;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1602,168,0 chrXV 181602 . C A 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=14.48;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:93:873,93,0 chrXV 181614 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;DP=53;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:412,0,173 chrXV 181640 . A G 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=13.02;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:84:762,84,0 chrXV 181747 . T C 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=21.96;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1087,120,0 chrXV 181856 . T C 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=18.10;ReadPosRankSum=1.597;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:956,102,0 chrXV 181861 . A G 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=51;Dels=0.00;FS=7.024;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=17.71;ReadPosRankSum=2.354;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:936,102,0 chrXV 181960 . A G 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=24.34;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1664,180,0 chrXV 182074 . A G 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=20.40;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1400,153,0 chrXV 182089 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=70;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.345;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:447,0,732 chrXV 182185 . T C 1292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=63;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=20.51;ReadPosRankSum=1.622;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1325,147,0 chrXV 182299 . T C 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=20.80;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1364,153,0 chrXV 182374 . C T 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=15.05;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1418,150,0 chrXV 182386 . C T 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=17.01;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1462,153,0 chrXV 182946 . T C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=41;Dels=0.00;FS=2.807;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:188,0,478 chrXV 183788 . A G 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.236;DP=93;Dels=0.00;FS=3.929;HaplotypeScore=9.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.482;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,42:93:99:713,0,857 chrXV 184074 . G T 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;DP=124;Dels=0.00;FS=2.765;HaplotypeScore=5.2026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,47:124:99:808,0,1611 chrXV 184291 . A C 1479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.818;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,82:196:99:1509,0,2057 chrXV 185473 . C T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=90;Dels=0.00;FS=10.537;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.227;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:809,0,751 chrXV 185951 . T G 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=108;Dels=0.00;FS=6.510;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,57:108:99:951,0,902 chrXV 186481 . G A 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=20.56;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1986,216,0 chrXV 189176 . G A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=54;Dels=0.00;FS=7.811;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.237;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:54:99:546,0,465 chrXV 189231 . G A 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=20.12;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1180,123,0 chrXV 189241 . A G 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=18.06;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1153,123,0 chrXV 189615 . A G 3293.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=26.77;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:3293,351,0 chrXV 189700 . T A 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.52;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:974,102,0 chrXV 190252 . G A 1758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.028;DP=170;Dels=0.00;FS=3.596;HaplotypeScore=20.5081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,96:170:99:1788,0,1206 chrXV 193775 . G A 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.731;DP=105;Dels=0.00;FS=3.768;HaplotypeScore=9.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.218;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:105:99:924,0,813 chrXV 193911 . C T 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=21.63;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1158,123,0 chrXV 194198 . T C 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=20.37;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1418,156,0 chrXV 194515 . A G 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.006;DP=73;Dels=0.00;FS=9.521;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:73:99:669,0,579 chrXV 194588 . C T 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.279;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:919,0,893 chrXV 194759 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;DP=65;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.450;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:538,0,470 chrXV 194853 . A G 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=133;Dels=0.02;FS=0.651;HaplotypeScore=19.9946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.645;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.487;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,68:131:99:1127,0,783 chrXV 194959 . G A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.576;DP=88;Dels=0.00;FS=1.762;HaplotypeScore=12.5874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.921;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:606,0,632 chrXV 195072 . A C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.123;DP=69;Dels=0.00;FS=8.261;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:697,0,604 chrXV 195644 . A C 1161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=61;Dels=0.00;FS=2.776;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=19.03;ReadPosRankSum=2.368;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:61:99:1194,129,0 chrXV 196663 . G T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.278;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:59:99:318,0,288 chrXV 197158 . A T 1119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.822;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,58:125:99:1149,0,1442 chrXV 198587 . T G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=33;Dels=0.00;FS=1.406;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:292,0,314 chrXV 198603 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.691;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:260,0,223 chrXV 198682 . A T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=36;Dels=0.00;FS=1.427;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.030;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:374,0,203 chrXV 198772 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=36;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.673;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:258,0,322 chrXV 199130 . T C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;DP=38;Dels=0.00;FS=7.408;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:228,0,457 chrXV 199186 . T C 2014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=95;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=4.2023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=21.20;ReadPosRankSum=1.696;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2047,222,0 chrXV 199322 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DP=45;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:45:99:469,0,287 chrXV 199391 . G A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=40;Dels=0.00;FS=4.781;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=2.310;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:99:460,0,207 chrXV 200689 . G A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=6.94;ReadPosRankSum=2.013;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:384,0,424 chrXV 201792 . T C 1356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=22.23;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1389,147,0 chrXV 201917 . G T 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DP=116;Dels=0.00;FS=7.236;HaplotypeScore=13.3565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:116:99:947,0,1053 chrXV 202012 . C T 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=20.23;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1186,126,0 chrXV 202087 . C T 591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=18.47;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:624,69,0 chrXV 202330 . C T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=65;Dels=0.00;FS=0.953;HaplotypeScore=3.4799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.467;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:490,0,655 chrXV 202368 . C T 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=18.69;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1304,141,0 chrXV 202765 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=57;Dels=0.00;FS=16.759;HaplotypeScore=5.1183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.056;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:643,0,381 chrXV 202895 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DP=38;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.711;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:276,0,421 chrXV 203132 . C T 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=18.37;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1172,123,0 chrXV 203233 . A G 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.62;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:81:734,81,0 chrXV 203284 . A G 458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=18.32;ReadPosRankSum=1.589;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:54:491,54,0 chrXV 203947 . T C 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=16.18;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:72:664,72,0 chrXV 204722 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DP=67;Dels=0.00;FS=12.644;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=2.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:621,0,668 chrXV 204903 . G A 1687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.76;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1720,186,0 chrXV 205095 . T A 1539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.64;MQ0=0;QD=21.08;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1572,165,0 chrXV 205106 . T A 1628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1661,174,0 chrXV 205126 . T C 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=18.62;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1727,186,0 chrXV 205234 . T C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=19.24;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1168,129,0 chrXV 205237 . T A 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=19.44;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:98:1141,98,0 chrXV 205475 . C T 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=17.44;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1428,162,0 chrXV 205496 . G A 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.361;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=18.79;ReadPosRankSum=-1.526;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1649,154,0 chrXV 205541 . A T 1739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.202;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=20.46;ReadPosRankSum=1.651;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1772,167,0 chrXV 205574 . C T 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;DP=62;Dels=0.00;FS=3.774;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=23.63;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1498,137,0 chrXV 205723 . C G 2479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2512,276,0 chrXV 205739 . C T 2251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=21.64;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2284,246,0 chrXV 205799 . C T 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=18.52;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1237,129,0 chrXV 205904 . T A 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=24.42;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1327,138,0 chrXV 205985 . T C 2926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.789;DP=151;Dels=0.01;FS=21.604;HaplotypeScore=28.1290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=19.38;ReadPosRankSum=3.715;SB=-1.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:150:99:2959,312,0 chrXV 206166 . T A 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=24.58;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2122,219,0 chrXV 206259 . T A 1855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=21.57;ReadPosRankSum=0.306;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:1888,204,0 chrXV 206268 . A G 1873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=20.36;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1906,207,0 chrXV 206718 . A G 1144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=22.43;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1177,129,0 chrXV 206970 . T C 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.595;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1553,171,0 chrXV 206985 . A G 1602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=19.78;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:1635,177,0 chrXV 207058 . T C 1930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=22.71;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1963,216,0 chrXV 207397 . G A 2639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=18.99;SB=-1.493e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:2672,291,0 chrXV 207408 . C T 2930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=22.37;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:2963,306,0 chrXV 207840 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.249;DP=46;Dels=0.00;FS=9.127;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=1.955;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:501,0,237 chrXV 208002 . G A 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=18.81;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:842,96,0 chrXV 208010 . T C 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=2.746;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.845;QD=17.76;ReadPosRankSum=2.341;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:90:832,90,0 chrXV 208100 . A G 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.455;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1131,126,0 chrXV 208220 . C T 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.69;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1070,114,0 chrXV 208309 . T A 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=20.90;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1496,156,0 chrXV 208421 . A G 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=85;Dels=0.00;FS=4.381;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=22.72;ReadPosRankSum=1.691;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1964,216,0 chrXV 208452 . G A 1846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.07;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1879,204,0 chrXV 208517 . A C 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.604;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1265,138,0 chrXV 208556 . T C 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.84;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1278,141,0 chrXV 208643 . G A 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=19.95;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1589,168,0 chrXV 208678 . A G 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=20.75;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1672,180,0 chrXV 208904 . C T 2039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2072,219,0 chrXV 208980 . A G 2254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=102;Dels=0.00;FS=15.132;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=22.10;ReadPosRankSum=2.930;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:102:99:2287,252,0 chrXV 209102 . T C 2851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.99;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2884,318,0 chrXV 209157 . A G 3058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=23.71;SB=-1.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:3091,339,0 chrXV 209222 . A G 2516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=23.96;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2549,270,0 chrXV 209279 . T A 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=21.09;ReadPosRankSum=0.825;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:89:99:1910,204,0 chrXV 209318 . A G 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.22;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1853,207,0 chrXV 209483 . G A 2157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=20.94;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2190,231,0 chrXV 209501 . A T 2182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2215,231,0 chrXV 209579 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;DP=43;Dels=0.00;FS=4.638;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:421,0,264 chrXV 209582 . T C 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=19.21;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:96:859,96,0 chrXV 209698 . T C 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=18.86;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1334,147,0 chrXV 209762 . G A 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=20.39;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1379,144,0 chrXV 209796 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.933;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:583,0,476 chrXV 209867 . T G 972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=21.13;ReadPosRankSum=1.582;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1005,108,0 chrXV 209869 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.136;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:496,0,368 chrXV 209903 . T C 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=20.34;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:806,90,0 chrXV 209963 . C T 541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=14.62;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:60:574,60,0 chrXV 209967 . A G 536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=15.76;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:34:60:569,60,0 chrXV 210056 . A G 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=20.15;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:859,93,0 chrXV 210115 . T C 858 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=16.50;ReadPosRankSum=1.666;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:96:891,96,0 chrXV 210116 . T C 824 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DP=54;Dels=0.00;FS=2.624;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=15.26;ReadPosRankSum=2.870;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:93:857,93,0 chrXV 210122 . A G 811 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;QD=14.48;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:93:844,93,0 chrXV 210377 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.531;DP=100;Dels=0.00;FS=4.896;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:807,0,992 chrXV 210619 . G A 2926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=25.22;SB=-1.470e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2959,312,0 chrXV 210811 . G A 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=21.77;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1579,168,0 chrXV 210847 . T C 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;QD=23.10;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1904,210,0 chrXV 210877 . T C 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=21.34;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2167,234,0 chrXV 211015 . C T 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=20.55;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1533,165,0 chrXV 211081 . A G 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.43;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1083,120,0 chrXV 211164 . C G 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=18.11;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:667,72,0 chrXV 211180 . C T 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=17.60;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:69:649,69,0 chrXV 211399 . A T 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.51;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1914,201,0 chrXV 211444 . A G 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.37;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1059,114,0 chrXV 211464 . T G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;DP=46;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.941;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:253,0,485 chrXV 211986 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=58;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.455;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:445,0,388 chrXV 212114 . C T 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=67;Dels=0.00;FS=8.578;HaplotypeScore=4.6663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.917;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:559,0,675 chrXV 212220 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.020;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:302,0,419 chrXV 212282 . G A 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=26;Dels=0.00;FS=3.707;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.208;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:241,0,282 chrXV 212390 . T A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=61;Dels=0.00;FS=8.216;HaplotypeScore=3.9289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.715;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:472,0,528 chrXV 212813 . T C 631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=19.72;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:664,72,0 chrXV 212987 . C T 371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=11.97;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:42:404,42,0 chrXV 213206 . G C 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=19.86;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:96:887,96,0 chrXV 213212 . A G 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=17.09;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:87:785,87,0 chrXV 213233 . A T 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=20.07;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:856,90,0 chrXV 213488 . T C 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=24.53;ReadPosRankSum=1.684;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1799,198,0 chrXV 213775 . G A 2837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=20.41;SB=-1.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:139:99:2870,297,0 chrXV 213834 . T C 3141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1.629e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:155:99:3174,351,0 chrXV 213883 . A T 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=89;Dels=0.00;FS=1.720;HaplotypeScore=39.8349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.079;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,7:89:52:52,0,296 chrXV 213891 . T G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.184;DP=69;Dels=0.00;FS=2.301;HaplotypeScore=31.3084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.52;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.086;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:69:99:402,0,350 chrXV 213920 . T C 636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=16.31;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:75:669,75,0 chrXV 213976 . G T 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.79;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:906,96,0 chrXV 214077 . G A 2215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=19.43;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2248,240,0 chrXV 214208 . T C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=93;Dels=0.00;FS=15.077;HaplotypeScore=12.9127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:93:99:779,0,751 chrXV 214299 . T A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;DP=35;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.318;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:297,0,267 chrXV 214472 . C T 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=18.93;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1339,147,0 chrXV 214535 . T A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=5.98;ReadPosRankSum=-2.104;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:413,0,581 chrXV 214604 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=51;Dels=0.00;FS=1.179;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:410,0,434 chrXV 214699 . A G 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=20.63;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:920,102,0 chrXV 214709 . T A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=44;Dels=0.00;FS=2.622;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.921;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:384,0,328 chrXV 214734 . G A 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=14.92;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:69:630,69,0 chrXV 215175 . G A 585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=19.50;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:618,66,0 chrXV 215377 . C T 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.293;DP=27;Dels=0.00;FS=1.507;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.781;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.147;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:255,0,161 chrXV 215540 . T A 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:174,0,178 chrXV 215715 . C T 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.05;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:833,90,0 chrXV 215865 . G A 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=17.13;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:684,72,0 chrXV 215913 . A G 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;DP=34;Dels=0.00;FS=5.368;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.467;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:319,0,235 chrXV 216039 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.029;DP=56;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=5.0051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.687;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:401,0,464 chrXV 216162 . G C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=37;Dels=0.00;FS=8.481;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.305;SB=-2.647e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:37:99:324,0,156 chrXV 216176 . C T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;DP=28;Dels=0.00;FS=15.999;HaplotypeScore=5.8998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:221,0,120 chrXV 216247 . G A 1069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=17.82;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1102,114,0 chrXV 216376 . A G 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:491,0,689 chrXV 216399 . C A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=56;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=4.5741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.170;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:345,0,627 chrXV 216757 . T C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=75;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=4.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:547,0,655 chrXV 216932 . T A 62.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.888;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:92:92,0,469 chrXV 217113 . C G 232.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.428;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.086;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:262,0,697 chrXV 217434 . G A 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=48;Dels=0.00;FS=4.544;HaplotypeScore=2.7487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=4.31;ReadPosRankSum=-2.204;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:237,0,557 chrXV 217479 . A G 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;DP=63;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=6.4449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:63:99:711,0,321 chrXV 217521 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.769;DP=73;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:496,0,676 chrXV 217538 . G A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=76;Dels=0.00;FS=1.900;HaplotypeScore=6.5396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.284;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:519,0,621 chrXV 218142 . G A 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=22.64;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1165,126,0 chrXV 218248 . T C 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.31;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:836,90,0 chrXV 218547 . C T 2500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=18.12;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2533,279,0 chrXV 218924 . G A 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.480;DP=98;Dels=0.00;FS=8.288;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:806,0,870 chrXV 219832 . T C 370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=13.21;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:403,45,0 chrXV 219936 . C T 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=27;Dels=0.00;FS=12.002;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:59:59,0,210 chrXV 219960 . T C 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.983;DP=33;Dels=0.00;FS=10.824;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:189,0,287 chrXV 220116 . T G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.602;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:426,0,287 chrXV 220335 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=45;Dels=0.00;FS=4.538;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:310,0,431 chrXV 220341 . G A 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=21.47;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:999,105,0 chrXV 220371 . T A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=40;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=2.7657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:273,0,383 chrXV 220391 . C T 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=36;Dels=0.00;FS=1.309;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.937;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:162,0,328 chrXV 220591 . T C 1201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=109;Dels=0.00;FS=2.534;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.027;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,60:109:99:1231,0,1022 chrXV 220880 . G A 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DP=85;Dels=0.00;FS=5.746;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.892;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:753,0,738 chrXV 220974 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;DP=47;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.565;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:474,0,277 chrXV 221075 . G C 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=18.38;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1007,108,0 chrXV 221112 . A G 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:132,0,501 chrXV 221206 . C T 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DP=46;Dels=0.00;FS=2.978;HaplotypeScore=6.5653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=5.39;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:46:99:278,0,253 chrXV 221576 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DP=35;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:344,0,226 chrXV 221859 . T C 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:238,0,247 chrXV 222062 . T C 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=28;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:187,0,275 chrXV 222314 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;DP=31;Dels=0.00;FS=3.634;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,22:31:99:450,0,151 chrXV 222653 . C T 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.737;DP=85;Dels=0.00;FS=3.441;HaplotypeScore=8.6011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:85:99:992,0,523 chrXV 222740 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:817,0,529 chrXV 222860 . C T 2270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=21.83;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2303,246,0 chrXV 222869 . T C 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=98;Dels=0.00;FS=2.644;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=1.759;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.726;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:98:99:830,0,810 chrXV 222875 . C T 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;DP=102;Dels=0.00;FS=3.690;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:919,0,888 chrXV 223192 . A G 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.990;DP=119;Dels=0.00;FS=20.097;HaplotypeScore=9.8695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=8.70;ReadPosRankSum=-1.959;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,61:119:99:1065,0,1136 chrXV 223207 . T A 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=134;Dels=0.00;FS=11.051;HaplotypeScore=7.7798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.566;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,60:134:99:1066,0,1303 chrXV 223392 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.585;DP=65;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=10.00;ReadPosRankSum=3.750;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:680,0,187 chrXV 223438 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;DP=80;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=12.5779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:80:99:307,0,750 chrXV 223454 . G T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=83;Dels=0.00;FS=0.860;HaplotypeScore=5.9248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:397,0,871 chrXV 223554 . A G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=75;Dels=0.00;FS=3.779;HaplotypeScore=12.8429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.860;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:475,0,557 chrXV 223663 . A G 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.678;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1421,156,0 chrXV 223729 . C T 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DP=65;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.454;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:753,0,544 chrXV 224503 . G T 341.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.301;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.376;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:371,0,307 chrXV 225106 . C A 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.592;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:359,0,311 chrXV 225224 . A T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=53;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:466,0,512 chrXV 225905 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;DP=60;Dels=0.00;FS=5.239;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:60:99:621,0,393 chrXV 226333 . T G 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;DP=48;Dels=0.00;FS=1.715;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:442,0,534 chrXV 226460 . G A 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.736;DP=123;Dels=0.00;FS=3.294;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:123:99:1138,0,1053 chrXV 226468 . G A 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DP=121;Dels=0.00;FS=4.457;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,63:121:99:1008,0,1082 chrXV 226491 . G A 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.379;DP=132;Dels=0.00;FS=0.674;HaplotypeScore=10.3744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.300;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:132:99:1078,0,1092 chrXV 226512 . G A 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=146;Dels=0.00;FS=2.201;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.180;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,71:146:99:1011,0,1176 chrXV 226516 . G C 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DP=143;Dels=0.01;FS=0.642;HaplotypeScore=10.3215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,71:141:99:851,0,1169 chrXV 226585 . A G 1263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,71:136:99:1293,0,1280 chrXV 226694 . T C 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.995;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:561,0,569 chrXV 226710 . G A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.035;DP=66;Dels=0.00;FS=2.738;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.443;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:629,0,564 chrXV 226772 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=68;Dels=0.00;FS=3.758;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:509,0,608 chrXV 226817 . G T 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.983;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:591,0,706 chrXV 227150 . A C 556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66:589,66,0 chrXV 227513 . T A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=72;Dels=0.00;FS=32.721;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.130;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:567,0,630 chrXV 227538 . G T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.379;DP=91;Dels=0.00;FS=17.703;HaplotypeScore=9.0268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=5.19;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,36:91:99:502,0,835 chrXV 227560 . T A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=77;Dels=0.00;FS=4.776;HaplotypeScore=3.4105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.279;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:77:99:345,0,806 chrXV 227572 . T A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;DP=86;Dels=0.00;FS=4.358;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.935;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.370;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:409,0,860 chrXV 227702 . T C 1013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.239;DP=122;Dels=0.00;FS=1.481;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:122:99:1043,0,1057 chrXV 228001 . A C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.111;DP=57;Dels=0.00;FS=6.459;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=2.093;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.236;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:429,0,683 chrXV 228047 . T A 292.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=63;Dels=0.00;FS=27.701;HaplotypeScore=11.2677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:322,0,695 chrXV 228074 . C T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;DP=60;Dels=0.00;FS=47.360;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,40:60:99:818,0,205 chrXV 228290 . A C 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DP=75;Dels=0.00;FS=14.940;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=3.303;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.040;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,52:75:99:1118,0,137 chrXV 228291 . T A 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=73;Dels=0.00;FS=12.781;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.158;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.379;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,22:73:99:142,0,1121 chrXV 228494 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.845;DP=84;Dels=0.00;FS=31.273;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.964;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:483,0,814 chrXV 228500 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=83;Dels=0.00;FS=27.994;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=-5.464;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.226;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:83:99:457,0,790 chrXV 228709 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;DP=56;Dels=0.00;FS=5.083;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.093;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:566,0,616 chrXV 229120 . C T 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DP=44;Dels=0.00;FS=1.187;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:393,0,347 chrXV 229235 . A G 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.009;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:910,0,624 chrXV 229674 . G A 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.965;DP=98;Dels=0.00;FS=4.590;HaplotypeScore=8.9059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,58:98:99:1034,0,735 chrXV 229851 . A G 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=116;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.844;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,54:116:99:971,0,1229 chrXV 230045 . C T 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;DP=72;Dels=0.00;FS=2.153;HaplotypeScore=36.0144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.511;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:52:108,0,52 chrXV 230047 . A T 15.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.709;DP=73;Dels=0.00;FS=79.936;HaplotypeScore=37.5918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.254;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.329;SB=2.117e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,16:73:45:45,0,147 chrXV 230066 . C T 281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=7.02;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:36:314,36,0 chrXV 230105 . G T 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=17.71;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66:635,66,0 chrXV 230282 . C T 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.148;DP=97;Dels=0.00;FS=4.114;HaplotypeScore=3.9802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.366;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:979,0,938 chrXV 230361 . A T 1030.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=120;Dels=0.00;FS=2.395;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,63:120:99:1060,0,986 chrXV 230379 . A G 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;DP=119;Dels=0.00;FS=1.676;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.869;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.024;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,58:119:99:1006,0,1135 chrXV 230474 . C T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DP=52;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.789;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:426,0,523 chrXV 230491 . G A 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:178,0,377 chrXV 230492 . A G 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:172,0,406 chrXV 231018 . G T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=72;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.572;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:72:99:402,0,698 chrXV 233424 . A G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;DP=79;Dels=0.00;FS=2.052;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:551,0,944 chrXV 233436 . C A 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=19.62;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1642,183,0 chrXV 233724 . G A 2818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=23.88;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2851,291,0 chrXV 234020 . T C 985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=17.28;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1018,111,0 chrXV 234113 . T A 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=19.28;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:54:515,54,0 chrXV 234283 . A G 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=24.05;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1452,162,0 chrXV 234932 . A T 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.439;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=17.69;ReadPosRankSum=1.674;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1183,126,0 chrXV 235233 . A C 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.89;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:945,99,0 chrXV 235401 . G A 223.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=5.44;ReadPosRankSum=-4.274;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:253,0,114 chrXV 235404 . G A 171.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=4.38;ReadPosRankSum=-4.518;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:201,0,124 chrXV 235407 . G A 166.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=41;Dels=0.00;FS=2.895;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.863;QD=4.05;ReadPosRankSum=-3.684;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:196,0,170 chrXV 236253 . A G 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.11;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1050,114,0 chrXV 236292 . A G 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:647,75,0 chrXV 236967 . A G 1065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=73;Dels=0.00;FS=5.798;HaplotypeScore=20.5813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.90;MQ0=0;MQRankSum=1.436;QD=14.59;ReadPosRankSum=2.832;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,63:73:95:1098,95,0 chrXV 236970 . A G 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;DP=70;Dels=0.00;FS=1.772;HaplotypeScore=31.4677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.977;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:70:99:1011,111,0 chrXV 236985 . A G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.531;DP=68;Dels=0.00;FS=10.183;HaplotypeScore=87.3204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.31;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:68:99:192,0,142 chrXV 237048 . T G 1100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=12.36;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1133,123,0 chrXV 237076 . G A 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=14.54;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1414,150,0 chrXV 237315 . C A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DP=37;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:204,0,214 chrXV 238149 . T C 694 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=17.79;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:727,81,0 chrXV 238504 . C A 308 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.69;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:341,36,0 chrXV 238753 . A G 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=19.77;ReadPosRankSum=1.683;SB=-9.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:73:99:1476,162,0 chrXV 238779 . C T 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;DP=67;Dels=0.00;FS=3.397;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.902;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:642,0,571 chrXV 238924 . A C 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.13;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:55:99:1195,132,0 chrXV 240094 . G A 2764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.03;SB=-1.617e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2797,294,0 chrXV 240239 . T A 2733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=22.59;ReadPosRankSum=1.645;SB=-1.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:99:2766,288,0 chrXV 240351 . C T 1666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.92;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1699,177,0 chrXV 240792 . A G 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.609;DP=112;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.008;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:112:99:919,0,1298 chrXV 241207 . T G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.609;DP=78;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.685;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:78:99:542,0,920 chrXV 241259 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=76;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:518,0,742 chrXV 241636 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.605;DP=43;Dels=0.00;FS=3.547;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.088;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:337,0,432 chrXV 241880 . G A 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=28;Dels=0.00;FS=9.047;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=4.68;ReadPosRankSum=-2.565;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:161,0,356 chrXV 242267 . T C 1020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=22.67;ReadPosRankSum=2.341;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:1053,117,0 chrXV 242641 . C G 356 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=13.69;SB=-7.066e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:389,42,0 chrXV 242777 . G A 354.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:384,0,557 chrXV 242786 . C T 1023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.06;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1056,111,0 chrXV 243303 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=56;Dels=0.00;FS=12.493;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:464,0,547 chrXV 243332 . C A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=64;Dels=0.00;FS=6.954;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.169;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:64:99:466,0,579 chrXV 243335 . C G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;DP=66;Dels=0.00;FS=3.414;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.532;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:462,0,574 chrXV 243462 . T C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=42;Dels=0.00;FS=4.561;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.428;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:340,0,374 chrXV 243471 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=42;Dels=0.00;FS=4.566;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:388,0,390 chrXV 243670 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=4.88;ReadPosRankSum=2.352;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:303,0,569 chrXV 243905 . C T 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.257;DP=84;Dels=0.00;FS=0.953;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.689;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:901,0,722 chrXV 244063 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=55;Dels=0.02;FS=4.109;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:475,0,420 chrXV 244192 . A G 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=129;Dels=0.00;FS=1.411;HaplotypeScore=7.6179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:129:99:1058,0,1364 chrXV 244324 . T A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DP=37;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.201;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:300,0,269 chrXV 244393 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=52;Dels=0.00;FS=2.772;HaplotypeScore=1.5650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.238;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:380,0,440 chrXV 244528 . A T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=8.39;ReadPosRankSum=-2.132;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:609,0,715 chrXV 244783 . G A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=31;Dels=0.00;FS=5.979;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:228,0,298 chrXV 244803 . T C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;DP=46;Dels=0.00;FS=4.237;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:367,0,350 chrXV 244855 . A C 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;DP=80;Dels=0.00;FS=3.046;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.619;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:80:99:700,0,657 chrXV 245116 . A C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;DP=52;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:532,0,406 chrXV 245875 . G C 1893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.81;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:83:99:1926,213,0 chrXV 245914 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;DP=83;Dels=0.00;FS=7.746;HaplotypeScore=7.2382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.761;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:753,0,848 chrXV 245956 . G A 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.32;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1945,207,0 chrXV 246022 . T C 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.323;DP=78;Dels=0.00;FS=2.598;HaplotypeScore=6.4254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.723;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1816,195,0 chrXV 246067 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=76;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=7.1890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.375;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:397,0,799 chrXV 246081 . G A 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=23.50;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1866,195,0 chrXV 246115 . C T 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.242;DP=79;Dels=0.00;FS=13.953;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:912,0,542 chrXV 246679 . G A 1573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=17.67;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1606,168,0 chrXV 246993 . T C 1206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.697;DP=134;Dels=0.00;FS=14.278;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.677;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,70:134:99:1236,0,1430 chrXV 247074 . A G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=106;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.948;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:106:99:781,0,1080 chrXV 247083 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DP=104;Dels=0.00;FS=2.638;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.896;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:703,0,1161 chrXV 247141 . C T 1542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.473;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.331;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,89:154:99:1572,0,948 chrXV 247228 . T C 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.280;DP=138;Dels=0.00;FS=5.909;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.276;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,61:138:99:1108,0,1231 chrXV 247346 . C T 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.663;DP=84;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=5.7500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.059;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:84:99:718,0,620 chrXV 247349 . A T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=80;Dels=0.00;FS=0.826;HaplotypeScore=4.1727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.597;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.323;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:652,0,635 chrXV 247390 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.417;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:585,0,449 chrXV 247461 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DP=59;Dels=0.00;FS=5.675;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:59:99:461,0,554 chrXV 247462 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;DP=59;Dels=0.00;FS=3.824;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:457,0,578 chrXV 247525 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=59;Dels=0.00;FS=5.557;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.238;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:458,0,540 chrXV 247572 . C T 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=66;Dels=0.00;FS=6.672;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.848;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.556;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:682,0,475 chrXV 247746 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=69;Dels=0.00;FS=1.999;HaplotypeScore=5.7940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:626,0,747 chrXV 247923 . T C 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=95;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:95:99:804,0,750 chrXV 248073 . A G 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.432;DP=102;Dels=0.00;FS=3.874;HaplotypeScore=8.2661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.072;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:102:99:822,0,1038 chrXV 248100 . T C 1044.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.325;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,63:114:99:1074,0,1069 chrXV 248262 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=81;Dels=0.00;FS=2.067;HaplotypeScore=6.4648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:789,0,648 chrXV 248365 . C G 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;DP=164;Dels=0.00;FS=4.578;HaplotypeScore=13.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,83:164:99:1500,0,1504 chrXV 248560 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:498,0,418 chrXV 248578 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.296;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:577,0,536 chrXV 248750 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.630;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:318,0,425 chrXV 248887 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=53;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.347;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:412,0,355 chrXV 248980 . C T 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=58;Dels=0.00;FS=1.013;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.824;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:206,0,474 chrXV 248992 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:220,0,431 chrXV 249082 . A G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=43;Dels=0.00;FS=3.270;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.670;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:43:99:488,0,240 chrXV 249246 . C T 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.028;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:92:99:1007,0,689 chrXV 249416 . T C 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.691;DP=87;Dels=0.00;FS=2.868;HaplotypeScore=7.8006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.369;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:671,0,724 chrXV 249478 . C T 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.541;DP=111;Dels=0.00;FS=0.752;HaplotypeScore=9.0872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.578;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:111:99:1009,0,693 chrXV 249516 . A G 985.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.531;DP=104;Dels=0.00;FS=7.965;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:1015,0,764 chrXV 249588 . C T 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=75;Dels=0.00;FS=6.971;HaplotypeScore=10.4423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.518;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:75:99:812,0,358 chrXV 249980 . C T 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=83;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=8.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:83:99:857,0,586 chrXV 250175 . A C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.463;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.315;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:825,0,892 chrXV 250385 . C T 2974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.36;SB=-1.444e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3007,318,0 chrXV 250527 . C T 2446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=25.75;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2479,258,0 chrXV 251243 . G A 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.05;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1877,207,0 chrXV 252485 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DP=71;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.110;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:644,0,709 chrXV 252721 . G A 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=56;Dels=0.00;FS=5.947;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.607;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:523,0,467 chrXV 252899 . C A 239.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:269,0,208 chrXV 253558 . G A 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=35;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:282,0,394 chrXV 253998 . T G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.723;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:310,0,732 chrXV 254241 . A G 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=98;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.143;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:98:99:661,0,1000 chrXV 254614 . C T 268.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.917;DP=45;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.445;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:298,0,279 chrXV 254654 . C T 267.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.729;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:37:99:297,0,256 chrXV 254668 . A G 224.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.553;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:254,0,202 chrXV 254857 . C G 902 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=24.38;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:935,105,0 chrXV 254897 . T C 515.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.421;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:545,0,500 chrXV 254919 . C T 537.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.223;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:567,0,655 chrXV 254962 . T C 105.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.180;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.156;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:135,0,270 chrXV 254966 . C T 118.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.271;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.783;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:148,0,218 chrXV 254975 . A T 103.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.528;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.341;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.758;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:133,0,165 chrXV 255018 . T C 180.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.552;SB=-4.089e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:24:213,24,0 chrXV 255031 . T C 261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=12.43;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:294,33,0 chrXV 255070 . A G 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;DP=36;Dels=0.00;FS=1.747;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:141,0,411 chrXV 255163 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.256;DP=40;Dels=0.00;FS=1.262;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.547;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:301,0,298 chrXV 255165 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:296,0,313 chrXV 255181 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;DP=60;Dels=0.00;FS=0.989;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.389;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:516,0,448 chrXV 255268 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=60;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:587,0,548 chrXV 256190 . T A 1349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.490;DP=136;Dels=0.00;FS=0.640;HaplotypeScore=14.0765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.188;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:136:99:1379,0,1307 chrXV 256446 . C T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=48;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:407,0,427 chrXV 256457 . A G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:335,0,330 chrXV 256517 . A T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.343;DP=97;Dels=0.00;FS=1.239;HaplotypeScore=4.2901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.574;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:581,0,704 chrXV 256919 . G A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=7.13;ReadPosRankSum=-3.058;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:401,0,364 chrXV 256963 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DP=75;Dels=0.00;FS=3.904;HaplotypeScore=5.7689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=8.37;ReadPosRankSum=-2.009;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:658,0,425 chrXV 257252 . A G 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:211,0,104 chrXV 257374 . T C 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DP=100;Dels=0.00;FS=11.640;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=7.57;ReadPosRankSum=2.839;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:787,0,620 chrXV 257554 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.287;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:290,0,159 chrXV 257574 . G T 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:90:249,0,90 chrXV 257615 . A G 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.024;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:207,0,282 chrXV 257695 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;DP=41;Dels=0.00;FS=2.709;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:383,0,399 chrXV 257751 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=63;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=10.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=3.399;QD=7.29;ReadPosRankSum=2.268;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:489,0,564 chrXV 257954 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=39;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.944;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:317,0,465 chrXV 257968 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=41;Dels=0.00;FS=1.193;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.278;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:552,0,301 chrXV 257986 . A G 135.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:165,0,588 chrXV 258043 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=48;Dels=0.00;FS=2.536;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:557,0,421 chrXV 258292 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:575,0,357 chrXV 258470 . T A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=34;Dels=0.00;FS=1.741;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.220;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:264,0,216 chrXV 258539 . G C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:50:99:383,0,501 chrXV 259315 . C T 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=103;Dels=0.00;FS=7.257;HaplotypeScore=8.1121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,63:103:99:1028,0,751 chrXV 259480 . G A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;DP=119;Dels=0.00;FS=1.503;HaplotypeScore=17.2415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.928;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,66:119:99:1020,0,883 chrXV 259644 . T G 3367.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.510;QD=20.91;ReadPosRankSum=1.221;SB=-1.892e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,155:161:99:3367,375,0 chrXV 259706 . A G 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=104;Dels=0.00;FS=1.552;HaplotypeScore=8.9656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.052;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:954,0,939 chrXV 259721 . C T 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=94;Dels=0.00;FS=2.750;HaplotypeScore=6.6036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.424;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:94:99:861,0,880 chrXV 259741 . A G 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.399;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:615,0,847 chrXV 259779 . G A 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=68;Dels=0.00;FS=4.837;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:431,0,700 chrXV 259967 . T C 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.026;DP=104;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=8.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:104:99:859,0,1048 chrXV 260138 . A G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DP=63;Dels=0.00;FS=1.065;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=2.326;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:604,0,546 chrXV 260153 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;DP=56;Dels=0.00;FS=5.408;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:431,0,628 chrXV 260285 . T C 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.625;DP=103;Dels=0.00;FS=6.584;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.646;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:964,0,843 chrXV 260348 . G A 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.605;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:681,0,806 chrXV 260366 . G A 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=89;Dels=0.00;FS=2.835;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.227;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:891,0,788 chrXV 260399 . G A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DP=88;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.289;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:88:99:916,0,595 chrXV 260493 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;DP=62;Dels=0.00;FS=6.913;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:540,0,564 chrXV 260576 . A G 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;DP=73;Dels=0.00;FS=7.856;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.818;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:822,0,528 chrXV 260613 . T G 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.225;DP=80;Dels=0.00;FS=1.916;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.554;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:705,0,790 chrXV 260705 . T G 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;DP=89;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=5.1175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.684;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:1088,0,679 chrXV 260759 . A G 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=81;Dels=0.00;FS=5.699;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.379;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:950,0,618 chrXV 260837 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;DP=71;Dels=0.00;FS=3.262;HaplotypeScore=7.7765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.206;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:71:99:550,0,767 chrXV 260864 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.429;DP=80;Dels=0.00;FS=1.845;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=8.34;ReadPosRankSum=-2.094;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:697,0,774 chrXV 260906 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.135;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:661,0,705 chrXV 261149 . T C 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=117;Dels=0.00;FS=6.807;HaplotypeScore=4.1382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=10.74;ReadPosRankSum=2.908;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,61:117:99:1286,0,928 chrXV 261556 . C A 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DP=71;Dels=0.00;FS=2.016;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.524;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:714,0,604 chrXV 261583 . G A 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.27;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1628,174,0 chrXV 261665 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.120;DP=72;Dels=0.00;FS=8.368;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.369;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:72:99:603,0,667 chrXV 261834 . G A 1485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.929;DP=134;Dels=0.00;FS=0.653;HaplotypeScore=13.7034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,80:134:99:1515,0,943 chrXV 262040 . T C 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.959;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:700,0,693 chrXV 262436 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.293;DP=76;Dels=0.00;FS=3.128;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.567;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:651,0,666 chrXV 262868 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;DP=86;Dels=0.00;FS=4.328;HaplotypeScore=3.1091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.360;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.268;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:855,0,700 chrXV 263540 . T G 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=102;Dels=0.00;FS=8.752;HaplotypeScore=4.7809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.025;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:975,0,861 chrXV 263564 . G A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DP=100;Dels=0.00;FS=8.529;HaplotypeScore=8.0012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.313;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:100:99:863,0,783 chrXV 263881 . A T 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;DP=124;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.480;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:124:99:1116,0,1334 chrXV 263930 . C T 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.250;DP=82;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.300;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:762,0,666 chrXV 264290 . G A 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.539;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.015;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:354,0,631 chrXV 264632 . C A 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.821;DP=87;Dels=0.00;FS=7.478;HaplotypeScore=6.6373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.682;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:864,0,717 chrXV 264752 . A G 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.557;DP=102;Dels=0.00;FS=2.609;HaplotypeScore=20.0498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.358;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:102:99:930,0,773 chrXV 265102 . A T 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=91;Dels=0.00;FS=7.171;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:753,0,864 chrXV 265214 . T C 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.879;DP=117;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.822;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:117:99:908,0,1283 chrXV 265232 . T A 2476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=24.76;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2509,264,0 chrXV 265587 . T C 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DP=127;Dels=0.00;FS=1.408;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.347;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:1054,0,1286 chrXV 265600 . G A 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.045;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,52:111:99:955,0,1085 chrXV 266130 . C T 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;DP=82;Dels=0.00;FS=42.341;HaplotypeScore=3.6819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:841,0,541 chrXV 266157 . A G 1218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DP=113;Dels=0.00;FS=26.500;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=10.78;ReadPosRankSum=-2.199;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,69:113:99:1248,0,552 chrXV 266234 . T C 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DP=105;Dels=0.00;FS=7.658;HaplotypeScore=10.2832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=15.30;ReadPosRankSum=3.695;SB=-9.499e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:105:60:1639,60,0 chrXV 266235 . A G 1601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=105;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=15.25;ReadPosRankSum=4.068;SB=-9.719e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,88:105:55:1634,55,0 chrXV 266279 . G A 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;DP=83;Dels=0.00;FS=17.536;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=12.59;ReadPosRankSum=-2.316;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,63:83:99:1075,0,326 chrXV 266609 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;DP=67;Dels=0.00;FS=5.199;HaplotypeScore=11.7961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.842;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:67:99:387,0,669 chrXV 266897 . G A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:482,0,482 chrXV 266933 . G T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:453,0,524 chrXV 266963 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.104;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:537,0,507 chrXV 266966 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=54;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:554,0,494 chrXV 266991 . G A 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DP=55;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=2.344;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.332;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:55:99:665,0,390 chrXV 267104 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:445,0,549 chrXV 267165 . C T 1538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.29;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1571,165,0 chrXV 267577 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=52;Dels=0.00;FS=4.250;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.037;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:507,0,373 chrXV 267756 . G A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=42;Dels=0.00;FS=4.658;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.366;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.895;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:303,0,332 chrXV 267906 . G C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:282,0,337 chrXV 267912 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:275,0,365 chrXV 267950 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=45;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:320,0,384 chrXV 268345 . C T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DP=52;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.648;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:549,0,424 chrXV 269477 . G A 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=18;Dels=0.00;FS=1.778;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.666;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:137,0,100 chrXV 269649 . C T 351.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.144;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:381,0,340 chrXV 269941 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.850;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.173;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:306,0,226 chrXV 269971 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=32;Dels=0.00;FS=2.222;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.300;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:269,0,349 chrXV 270070 . A G 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=19.55;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1284,144,0 chrXV 270972 . C T 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.844;DP=45;Dels=0.00;FS=8.316;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:419,0,407 chrXV 271365 . T C 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=6.392;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=17.80;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1119,120,0 chrXV 271895 . G C 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.56;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1197,132,0 chrXV 272022 . A G 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=22.71;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1350,150,0 chrXV 272235 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.618;DP=43;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.644;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:260,0,275 chrXV 273025 . T C 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=21;Dels=0.00;FS=8.059;HaplotypeScore=2.3696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.082;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:56:272,0,56 chrXV 273227 . T C 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=21.23;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:967,108,0 chrXV 273332 . C T 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=26.76;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1371,144,0 chrXV 273621 . G A 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=24.73;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1492,153,0 chrXV 273775 . G C 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=23.83;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:96:891,96,0 chrXV 273944 . G A 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=15.41;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:75:711,75,0 chrXV 274033 . C T 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=23.98;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1160,120,0 chrXV 274195 . G A 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=22.65;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1120,117,0 chrXV 274222 . G A 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=20.22;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:781,84,0 chrXV 274261 . G A 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=21.18;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:732,75,0 chrXV 274540 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DP=68;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=7.7272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.153;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:451,0,607 chrXV 274550 . T G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.633;DP=75;Dels=0.00;FS=1.912;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.841;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:444,0,842 chrXV 274565 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=75;Dels=0.00;FS=4.463;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.676;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:357,0,641 chrXV 274586 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=81;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:81:99:359,0,899 chrXV 275793 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=54;Dels=0.00;FS=2.329;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:597,0,380 chrXV 276033 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=42;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:270,0,536 chrXV 276471 . A G 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.068;DP=84;Dels=0.00;FS=8.918;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.667;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:651,0,744 chrXV 276679 . T C 1230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;DP=130;Dels=0.00;FS=6.946;HaplotypeScore=15.2985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.886;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,68:130:99:1260,0,1077 chrXV 277467 . C G 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=16.26;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:35:66:602,66,0 chrXV 277900 . T C 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;DP=66;Dels=0.00;FS=2.337;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:570,0,620 chrXV 278631 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=78;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.303;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:556,0,747 chrXV 278907 . G A 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;DP=77;Dels=0.00;FS=3.521;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.250;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:699,0,795 chrXV 279942 . T A 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.276;QD=24.99;ReadPosRankSum=1.687;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1957,204,0 chrXV 280119 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:496,0,889 chrXV 280235 . A G 1095.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.276;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,60:132:99:1125,0,1373 chrXV 280290 . C T 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DP=86;Dels=0.00;FS=9.134;HaplotypeScore=7.4172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.032;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:86:99:1045,0,555 chrXV 282421 . C G 1359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;DP=159;Dels=0.00;FS=2.060;HaplotypeScore=13.2869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.838;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.861;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,80:159:99:1389,0,1190 chrXV 282519 . G C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;DP=65;Dels=0.00;FS=6.788;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:475,0,611 chrXV 282838 . C G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DP=47;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:322,0,515 chrXV 283744 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:563,0,293 chrXV 284911 . C T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.594;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:229,0,413 chrXV 284917 . G A 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.915;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.512;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:187,0,437 chrXV 285417 . G A 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.05;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1819,189,0 chrXV 285614 . C A 1319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=139;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=13.3761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=9.49;ReadPosRankSum=-2.030;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,69:139:99:1349,0,1364 chrXV 286242 . G A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:234,0,396 chrXV 286732 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:287,0,276 chrXV 286781 . G A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=41;Dels=0.00;FS=1.239;HaplotypeScore=4.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:226,0,355 chrXV 287976 . T C 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DP=84;Dels=0.00;FS=4.632;HaplotypeScore=8.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:695,0,553 chrXV 288077 . T G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DP=81;Dels=0.00;FS=6.136;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.866;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:477,0,708 chrXV 289957 . A G 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.59;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1652,180,0 chrXV 290199 . G A 1078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=24.50;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1111,117,0 chrXV 290233 . G A 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=15.54;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1136,120,0 chrXV 290268 . G C 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=14.99;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1262,138,0 chrXV 290676 . G A 3436.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=24.37;SB=-1.564e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3436,360,0 chrXV 290822 . T G 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=26.42;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1777,192,0 chrXV 292136 . T C 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;DP=74;Dels=0.00;FS=2.043;HaplotypeScore=4.3259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,50:74:99:991,0,367 chrXV 292858 . G T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=90;Dels=0.00;FS=7.217;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.013;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:90:99:472,0,1103 chrXV 292883 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DP=83;Dels=0.00;FS=6.040;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:83:99:368,0,875 chrXV 293123 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=66;Dels=0.00;FS=3.611;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.279;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:66:99:422,0,652 chrXV 293132 . A G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.229;DP=63;Dels=0.00;FS=2.195;HaplotypeScore=6.6214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.174;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.590;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:426,0,703 chrXV 293590 . A G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=52;Dels=0.00;FS=2.402;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.201;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:558,0,343 chrXV 294178 . C T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;DP=69;Dels=0.00;FS=3.340;HaplotypeScore=7.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:69:99:614,0,505 chrXV 294284 . A G 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=92;Dels=0.00;FS=2.057;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=7.84;ReadPosRankSum=2.156;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:92:99:751,0,688 chrXV 294330 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=9.76;ReadPosRankSum=-2.196;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:63:99:645,0,646 chrXV 294382 . G A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;DP=60;Dels=0.00;FS=5.675;HaplotypeScore=6.5040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.824;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:60:99:467,0,539 chrXV 294553 . C T 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.545;DP=105;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.572;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:105:99:1072,0,728 chrXV 295059 . T C 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.181;DP=114;Dels=0.00;FS=14.307;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:114:99:786,0,1014 chrXV 295275 . A G 471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.23;MQ0=0;QD=12.39;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:54:504,54,0 chrXV 295276 . A G 472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=12.10;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:54:505,54,0 chrXV 297107 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.044;DP=89;Dels=0.00;FS=4.109;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=2.400;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:89:99:874,0,585 chrXV 297528 . T C 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DP=92;Dels=0.00;FS=8.455;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=7.17;ReadPosRankSum=-2.450;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:92:99:690,0,753 chrXV 297608 . G A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=71;Dels=0.00;FS=2.167;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,48:71:99:682,0,296 chrXV 298844 . G T 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.738;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.362;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,62:111:99:979,0,872 chrXV 298850 . T A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.407;DP=107;Dels=0.00;FS=2.740;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.886;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:107:99:796,0,855 chrXV 298872 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=109;Dels=0.00;FS=11.900;HaplotypeScore=5.0294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.324;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.198;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:109:99:681,0,898 chrXV 298882 . A G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=104;Dels=0.00;FS=13.988;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.960;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:104:99:750,0,885 chrXV 299136 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;DP=48;Dels=0.00;FS=7.144;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:485,0,469 chrXV 300301 . G T 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.881;DP=100;Dels=0.00;FS=1.758;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.131;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:100:99:987,0,797 chrXV 300871 . C A 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;DP=149;Dels=0.00;FS=3.054;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,64:149:99:942,0,1671 chrXV 300887 . C T 1452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.209;DP=174;Dels=0.00;FS=11.612;HaplotypeScore=10.4220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.664;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,81:174:99:1482,0,1811 chrXV 300972 . G A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;DP=108;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:108:99:1000,0,831 chrXV 301075 . T G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.646;DP=89;Dels=0.00;FS=2.439;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.206;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:89:99:572,0,1077 chrXV 301153 . G A 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=7.18;ReadPosRankSum=-2.861;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:633,0,695 chrXV 301406 . G A 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DP=82;Dels=0.00;FS=3.463;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:82:99:993,0,664 chrXV 301621 . C G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DP=70;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=5.5964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.643;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:586,0,468 chrXV 301703 . C T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;DP=61;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:476,0,438 chrXV 303067 . C T 1961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.03;SB=-1.081e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1994,213,0 chrXV 303214 . G T 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=16.47;SB=-1.012e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1581,171,0 chrXV 303399 . T C 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:869,0,804 chrXV 303991 . A T 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=19.55;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1304,135,0 chrXV 304865 . T G 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=43;Dels=0.00;FS=1.167;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.159;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:289,0,449 chrXV 305436 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=77;Dels=0.00;FS=5.992;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.105;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:77:99:620,0,865 chrXV 306068 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DP=34;Dels=0.00;FS=1.423;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.171;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:34:99:314,0,187 chrXV 307256 . A T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.726;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,37:93:99:644,0,1127 chrXV 307589 . T C 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;DP=56;Dels=0.00;FS=5.966;HaplotypeScore=4.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.340;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:56:99:413,0,582 chrXV 307879 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.252;DP=49;Dels=0.00;FS=4.195;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.516;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:558,0,312 chrXV 309504 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.493;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:469,0,409 chrXV 310257 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;DP=70;Dels=0.00;FS=10.417;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.916;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:555,0,742 chrXV 310258 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.177;DP=70;Dels=0.00;FS=12.854;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.730;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:542,0,741 chrXV 311056 . T C 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=88;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,51:88:99:982,0,674 chrXV 311157 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=54;Dels=0.00;FS=7.628;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:317,0,608 chrXV 312416 . A G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.330;DP=79;Dels=0.00;FS=16.546;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.417;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:79:99:639,0,834 chrXV 312818 . A C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DP=66;Dels=0.00;FS=2.769;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.135;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:398,0,352 chrXV 316670 . C G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=29;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.811;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:265,0,278 chrXV 316958 . T G 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=44;Dels=0.00;FS=1.267;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:479,0,390 chrXV 317483 . T C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=30;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:233,0,221 chrXV 317789 . A T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.434;DP=34;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:253,0,259 chrXV 317798 . C T 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:189,0,295 chrXV 317858 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:175,0,136 chrXV 318084 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=35;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=7.2814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:310,0,183 chrXV 318136 . C T 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=14.12;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:69:626,69,0 chrXV 318182 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.781;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:230,0,426 chrXV 318668 . C G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=50;Dels=0.00;FS=3.794;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:402,0,413 chrXV 318818 . T C 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;DP=95;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.649;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:907,0,872 chrXV 319505 . C T 1156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.561;DP=130;Dels=0.00;FS=0.691;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.165;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,62:130:99:1186,0,1167 chrXV 319628 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DP=68;Dels=0.00;FS=3.498;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.290;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:405,0,918 chrXV 320015 . C G 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=75;Dels=0.00;FS=2.073;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.018;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:760,0,741 chrXV 320174 . T G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;DP=81;Dels=0.00;FS=3.385;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.533;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:572,0,858 chrXV 320437 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DP=55;Dels=0.00;FS=1.209;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.190;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:552,0,441 chrXV 320726 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.302;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:703,0,615 chrXV 321352 . C T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.831;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:102:99:491,0,1094 chrXV 321368 . A C 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.712;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:95:99:562,0,1171 chrXV 321655 . C G 1421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=166;Dels=0.00;FS=0.582;HaplotypeScore=19.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.680;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.441;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,76:166:99:1451,0,1505 chrXV 321766 . C T 1297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DP=159;Dels=0.00;FS=2.870;HaplotypeScore=11.7715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.727;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,74:159:99:1327,0,1526 chrXV 321844 . C A 1228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.219;DP=132;Dels=0.00;FS=0.753;HaplotypeScore=8.0939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.924;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:132:99:1258,0,1396 chrXV 321972 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DP=87;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:578,0,621 chrXV 322108 . C T 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=124;Dels=0.00;FS=7.941;HaplotypeScore=19.0008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,64:124:99:1132,0,1005 chrXV 322138 . G T 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.134;DP=114;Dels=0.00;FS=12.959;HaplotypeScore=7.1347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,60:114:99:1166,0,740 chrXV 322263 . G A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=72;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=10.7057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=2.033;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.267;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:579,0,654 chrXV 322741 . C T 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.950;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,41:63:99:756,0,370 chrXV 322819 . C T 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=83;Dels=0.00;FS=1.946;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:83:99:728,0,503 chrXV 323130 . A G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=62;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:445,0,495 chrXV 323315 . G A 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.609;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=6.76;ReadPosRankSum=2.381;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:706,0,976 chrXV 323398 . T A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;DP=70;Dels=0.00;FS=6.520;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:748,0,631 chrXV 323522 . A C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.788;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.518;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:540,0,355 chrXV 323543 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=2.232;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.303;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:528,0,409 chrXV 323567 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:389,0,411 chrXV 323591 . G C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.677;DP=59;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=6.5581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.553;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:498,0,482 chrXV 323605 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.099;DP=56;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.813;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:529,0,497 chrXV 323675 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=54;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.260;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:657,0,336 chrXV 323813 . C G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=59;Dels=0.00;FS=1.074;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.222;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:547,0,581 chrXV 323906 . G A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.740;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.276;QD=8.99;ReadPosRankSum=-2.038;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:632,0,590 chrXV 323974 . A G 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;DP=56;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.500;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:298,0,644 chrXV 324875 . T C 2095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.54;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2128,228,0 chrXV 328062 . C T 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.834;DP=72;Dels=0.00;FS=6.457;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:459,0,847 chrXV 328791 . C A 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=17.59;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1106,120,0 chrXV 329473 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=79;Dels=0.00;FS=9.483;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.397;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:79:99:564,0,949 chrXV 329561 . C G 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=23.60;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1284,141,0 chrXV 330438 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;DP=67;Dels=0.00;FS=4.782;HaplotypeScore=6.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.446;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:453,0,530 chrXV 330787 . C G 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=20.09;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1399,150,0 chrXV 330823 . A G 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.692;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:91:99:1960,210,0 chrXV 331520 . T A 2434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.34;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2467,261,0 chrXV 331767 . A G 2488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2521,273,0 chrXV 331799 . A C 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.615;DP=102;Dels=0.00;FS=1.836;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.003;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.885;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:722,0,1045 chrXV 333010 . G A 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=35;Dels=0.00;FS=1.524;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=2.509;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.657;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:131,0,348 chrXV 334299 . G A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;DP=57;Dels=0.00;FS=1.639;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.452;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.876;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:544,0,646 chrXV 334726 . T C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.577;DP=136;Dels=0.00;FS=9.858;HaplotypeScore=11.2295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.306;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,50:136:99:842,0,1673 chrXV 334869 . C G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=44;Dels=0.00;FS=21.121;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:381,0,300 chrXV 334926 . A G 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;DP=56;Dels=0.00;FS=11.353;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.263;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:56:99:330,0,494 chrXV 335001 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.853;DP=78;Dels=0.00;FS=1.226;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.324;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:78:99:396,0,784 chrXV 335413 . A G 755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=17.56;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:84:788,84,0 chrXV 336579 . G C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.743;DP=50;Dels=0.00;FS=2.522;HaplotypeScore=5.6612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:351,0,576 chrXV 336629 . C T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=50;Dels=0.00;FS=5.900;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:331,0,540 chrXV 336658 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.854;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:396,0,665 chrXV 336813 . G A 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.056;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:90:99:729,0,733 chrXV 336821 . T C 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;DP=88;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.712;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:88:99:622,0,756 chrXV 337020 . T A 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=101;Dels=0.00;FS=17.481;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=2.857;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:869,0,854 chrXV 337296 . A G 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DP=57;Dels=0.00;FS=3.838;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.254;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:644,0,278 chrXV 337464 . T C 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.870;DP=153;Dels=0.00;FS=1.466;HaplotypeScore=8.2737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,78:153:99:1256,0,1449 chrXV 337465 . G A 1254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DP=153;Dels=0.00;FS=4.223;HaplotypeScore=8.2737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=8.20;ReadPosRankSum=-2.023;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,82:153:99:1284,0,1383 chrXV 337546 . A G 1433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=140;Dels=0.00;FS=3.203;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.697;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,74:140:99:1463,0,1176 chrXV 337635 . C T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:88:99:962,0,549 chrXV 337723 . C T 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;DP=102;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=13.5430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:102:99:724,0,967 chrXV 337772 . C T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DP=108;Dels=0.00;FS=3.281;HaplotypeScore=10.5451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.656;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,50:108:99:699,0,1005 chrXV 337882 . G A 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=127;Dels=0.00;FS=2.560;HaplotypeScore=6.4772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.271;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,67:127:99:1052,0,948 chrXV 337970 . G C 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=79;Dels=0.00;FS=3.396;HaplotypeScore=11.1318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,27:79:99:215,0,820 chrXV 338019 . A G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.204;DP=50;Dels=0.00;FS=4.183;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.869;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:296,0,444 chrXV 338127 . T C 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DP=30;Dels=0.00;FS=3.390;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-1.128e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:160,0,305 chrXV 338175 . C T 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.922;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:43:99:128,0,154 chrXV 338259 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.004;DP=40;Dels=0.00;FS=3.114;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:343,0,252 chrXV 338406 . A G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=55;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.688;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:55:99:310,0,455 chrXV 338412 . G A 1162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=20.39;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1195,126,0 chrXV 339097 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DP=76;Dels=0.00;FS=7.310;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.946;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:575,0,645 chrXV 339178 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.811;DP=61;Dels=0.00;FS=3.746;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:453,0,666 chrXV 339568 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=58;Dels=0.00;FS=7.500;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:311,0,435 chrXV 339637 . G A 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DP=70;Dels=0.00;FS=4.858;HaplotypeScore=7.5213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.052;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:662,0,561 chrXV 339985 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:561,0,503 chrXV 340281 . T C 2955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=24.02;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2988,327,0 chrXV 340387 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;DP=107;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.171;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:750,0,1037 chrXV 340401 . C A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.840;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:683,0,913 chrXV 340587 . T G 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.251;DP=128;Dels=0.00;FS=6.798;HaplotypeScore=9.1169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.321;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:128:99:1077,0,1186 chrXV 340588 . T G 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;DP=128;Dels=0.00;FS=4.376;HaplotypeScore=10.8179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.743;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,64:128:99:1053,0,1155 chrXV 340625 . T C 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=21.09;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2079,225,0 chrXV 340701 . T C 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=2.521;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.100;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:719,0,522 chrXV 340736 . A G 1303 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=19.74;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1336,144,0 chrXV 340745 . G T 441.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.551;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-3.329;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:471,0,617 chrXV 340746 . C G 397.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.975;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:427,0,620 chrXV 340750 . C T 424.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;DP=68;Dels=0.00;FS=2.172;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-5.191;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:454,0,640 chrXV 340822 . C G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=41;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=14.1420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQ0=0;MQRankSum=-5.417;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:212,0,299 chrXV 340837 . C T 204.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;DP=40;Dels=0.00;FS=9.453;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=-5.362;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:234,0,369 chrXV 340839 . T C 197.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DP=40;Dels=0.00;FS=6.873;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=-5.310;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.212;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:40:99:227,0,389 chrXV 340842 . A C 184.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=40;Dels=0.00;FS=6.463;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.417;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:214,0,378 chrXV 340856 . T G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;DP=57;Dels=0.00;FS=5.970;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.344;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:355,0,447 chrXV 340867 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=62;Dels=0.00;FS=1.472;HaplotypeScore=2.7468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.370;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:453,0,360 chrXV 340897 . A G 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=76;Dels=0.00;FS=4.840;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.766;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.934;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:619,0,530 chrXV 340936 . T A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DP=78;Dels=0.00;FS=1.236;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:584,0,733 chrXV 340969 . G A 1421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=22.20;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1454,153,0 chrXV 341165 . G A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=50;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:376,0,577 chrXV 341179 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=49;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:485,0,414 chrXV 341407 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.184;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:224,0,361 chrXV 341521 . C T 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=41;Dels=0.00;FS=4.575;HaplotypeScore=9.2924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:301,0,264 chrXV 341821 . C A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.285;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:260,0,279 chrXV 342106 . G A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.167;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:460,0,235 chrXV 343027 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DP=63;Dels=0.00;FS=6.683;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.323;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:482,0,526 chrXV 343226 . G A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.875;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:56:99:408,0,513 chrXV 343279 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=51;Dels=0.00;FS=4.255;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:532,0,276 chrXV 343319 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=56;Dels=0.00;FS=3.812;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.766;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:663,0,401 chrXV 343550 . A G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;DP=41;Dels=0.00;FS=5.073;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.428;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:99:183,0,512 chrXV 343770 . G A 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.361;DP=43;Dels=0.00;FS=21.646;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.595;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:485,0,359 chrXV 344470 . T G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:25:99:195,0,213 chrXV 344472 . C A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:225,0,202 chrXV 344523 . T C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;DP=31;Dels=0.00;FS=4.041;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:262,0,182 chrXV 344999 . C T 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.05;MQ0=1;MQRankSum=0.705;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.813;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:49:195,0,49 chrXV 345081 . G T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=25;Dels=0.00;FS=1.680;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.276;SB=-1.805e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:25:43:239,0,43 chrXV 345082 . C T 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=25;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.112e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:52:191,0,52 chrXV 346509 . C T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:45:99:252,0,406 chrXV 346519 . G A 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.504;DP=41;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=11.1109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,8:41:66:66,0,547 chrXV 346525 . G A 22.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.003;QD=0.60;ReadPosRankSum=-2.896;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,8:37:52:52,0,447 chrXV 347793 . A G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:659,0,561 chrXV 348039 . G T 940.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.842;DP=104;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=11.1313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:970,0,867 chrXV 348182 . A G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.616;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:37:99:375,0,356 chrXV 348935 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DP=53;Dels=0.00;FS=4.459;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=12.66;ReadPosRankSum=-2.309;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:701,0,358 chrXV 349164 . T C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.398;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:456,0,829 chrXV 349427 . T A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.358;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:646,0,450 chrXV 349515 . C T 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.602;DP=106;Dels=0.00;FS=20.135;HaplotypeScore=6.1264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.971;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.758;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,58:106:99:866,0,881 chrXV 349766 . G T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;DP=60;Dels=0.00;FS=7.159;HaplotypeScore=8.9946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.111;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:336,0,438 chrXV 349987 . A C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;DP=71;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:694,0,624 chrXV 350020 . A G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:691,0,651 chrXV 350053 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;DP=73;Dels=0.00;FS=3.262;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.263;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:73:99:567,0,746 chrXV 350129 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;DP=64;Dels=0.00;FS=5.155;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:451,0,724 chrXV 350275 . T A 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=49;Dels=0.00;FS=8.450;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.707;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:557,0,399 chrXV 350302 . C G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=56;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:429,0,496 chrXV 350368 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=8.28;ReadPosRankSum=2.094;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:477,0,524 chrXV 350863 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.659;DP=82;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:665,0,999 chrXV 351070 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=50;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=4.9216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.416;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:50:99:389,0,517 chrXV 351238 . G T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=63;Dels=0.00;FS=7.179;HaplotypeScore=4.3172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.701;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:63:99:751,0,333 chrXV 351325 . C A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:836,0,500 chrXV 351470 . A G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.850;DP=42;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.834;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:260,0,500 chrXV 351541 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DP=55;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:486,0,498 chrXV 351607 . C T 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,65:105:99:1141,0,601 chrXV 352665 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DP=38;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:312,0,306 chrXV 353226 . C G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;DP=39;Dels=0.00;FS=9.525;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.326;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:406,0,276 chrXV 353934 . C T 1331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;DP=114;Dels=0.00;FS=3.755;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,68:114:99:1361,0,939 chrXV 354129 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=9.98;ReadPosRankSum=2.029;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:639,0,493 chrXV 354156 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.817;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.254;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:661,0,419 chrXV 354230 . C G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=45;Dels=0.00;FS=1.379;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.621;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:45:99:367,0,337 chrXV 354233 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.927;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:376,0,324 chrXV 354288 . A G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.100;DP=51;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.666;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:390,0,288 chrXV 354569 . C T 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;DP=50;Dels=0.00;FS=1.217;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:215,0,665 chrXV 354577 . G A 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.22;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1115,117,0 chrXV 354657 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=47;Dels=0.00;FS=11.914;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=6.49;ReadPosRankSum=2.298;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:47:99:335,0,474 chrXV 354658 . T A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=46;Dels=0.00;FS=11.838;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=9.87;ReadPosRankSum=-2.585;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:484,0,323 chrXV 354680 . A T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=50;Dels=0.00;FS=11.763;HaplotypeScore=1.8273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.437;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:467,0,459 chrXV 354696 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=57;Dels=0.00;FS=16.063;HaplotypeScore=4.9606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.583;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:510,0,470 chrXV 354739 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.529;DP=64;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:64:99:524,0,508 chrXV 354783 . C T 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:333,0,568 chrXV 354846 . A T 237.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.878;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:267,0,299 chrXV 354951 . T C 187.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-1.423e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:2:217,2,0 chrXV 355127 . T C 305.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.686;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:335,0,369 chrXV 355423 . C G 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=88;Dels=0.00;FS=3.521;HaplotypeScore=5.4906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:997,0,718 chrXV 355477 . A G 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=109;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:109:99:865,0,1212 chrXV 355517 . C T 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=119;Dels=0.00;FS=6.384;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.173;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,55:119:99:918,0,1107 chrXV 355645 . A T 1184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.321;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,65:142:99:1214,0,1281 chrXV 355770 . G A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=111;Dels=0.00;FS=1.522;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,58:111:99:980,0,895 chrXV 355779 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.191;DP=116;Dels=0.00;FS=1.534;HaplotypeScore=9.6977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.964;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:867,0,1126 chrXV 355981 . G A 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=83;Dels=0.00;FS=5.812;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.335;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:83:99:592,0,645 chrXV 356056 . T A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;DP=83;Dels=0.00;FS=7.369;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:737,0,706 chrXV 356119 . T G 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=21.72;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1488,162,0 chrXV 356384 . A G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.968;DP=56;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:347,0,700 chrXV 356416 . T C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=62;Dels=0.00;FS=2.281;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:654,0,450 chrXV 356505 . C T 1998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=22.97;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2031,213,0 chrXV 356783 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=64;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.558;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:437,0,544 chrXV 357029 . C T 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=24.04;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1139,120,0 chrXV 357085 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.200;DP=36;Dels=0.00;FS=5.077;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.838;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:317,0,319 chrXV 357107 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=25;Dels=0.00;FS=10.837;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-8.189e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:25:99:303,0,119 chrXV 357164 . A G 740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=17.21;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:84:773,84,0 chrXV 357194 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;DP=53;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.045;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:273,0,374 chrXV 357276 . A G 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=20.61;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:69:99:1455,165,0 chrXV 357287 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.876;DP=73;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.390;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:767,0,587 chrXV 357367 . C T 913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=17.90;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:946,102,0 chrXV 357437 . C A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:238,0,338 chrXV 357574 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.508;DP=57;Dels=0.00;FS=2.373;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:504,0,618 chrXV 357894 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DP=45;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=9.58;ReadPosRankSum=-2.173;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:461,0,430 chrXV 357984 . G A 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;DP=45;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:358,0,541 chrXV 357991 . T C 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=22.07;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:46:93:1048,93,0 chrXV 358111 . A C 731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=18.27;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:764,84,0 chrXV 358116 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=38;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.629;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:293,0,313 chrXV 358597 . A G 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.798;DP=144;Dels=0.00;FS=7.642;HaplotypeScore=8.8124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,61:144:99:1066,0,1715 chrXV 359068 . G A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.943;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:99:99:834,0,894 chrXV 359602 . C T 1322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=132;Dels=0.00;FS=1.452;HaplotypeScore=7.3766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=10.02;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,69:132:99:1352,0,1167 chrXV 359899 . C T 1703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=189;Dels=0.00;FS=5.137;HaplotypeScore=24.7341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.604;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,98:189:99:1733,0,1367 chrXV 360479 . G A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:66:99:743,0,539 chrXV 360593 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=95;Dels=0.00;FS=2.746;HaplotypeScore=9.5481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.250;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:95:99:786,0,777 chrXV 360797 . C T 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=20.67;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1666,180,0 chrXV 360995 . T A 2011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.60;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2044,219,0 chrXV 361051 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=77;Dels=0.00;FS=0.900;HaplotypeScore=4.9727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:77:99:601,0,787 chrXV 361401 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=57;Dels=0.00;FS=5.552;HaplotypeScore=6.4107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:520,0,575 chrXV 361461 . C A,G 507.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.37;MQ0=0;QD=16.90;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,17,13:30:99:567,272,236,295,0,262 chrXV 361525 . T C 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.311;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:192,0,263 chrXV 361558 . A T 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.381;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:206,0,245 chrXV 361719 . A G 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.951;DP=83;Dels=0.00;FS=4.549;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:698,0,845 chrXV 361741 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;DP=89;Dels=0.00;FS=7.558;HaplotypeScore=8.6385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.209;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:609,0,882 chrXV 361759 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;DP=89;Dels=0.00;FS=9.821;HaplotypeScore=6.3726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.079;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.359;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:472,0,872 chrXV 362126 . A G 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.117;DP=69;Dels=0.00;FS=2.109;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.377;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:295,0,716 chrXV 362429 . G C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DP=89;Dels=0.00;FS=1.795;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.218;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:89:99:615,0,963 chrXV 363413 . T A 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=17.08;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1502,168,0 chrXV 363553 . A G 2533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.701;DP=112;Dels=0.00;FS=3.502;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=22.62;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.323e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:2566,282,0 chrXV 363824 . G A 2583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.66;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2616,273,0 chrXV 363974 . C A 2986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1.189e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:134:99:3019,315,0 chrXV 364095 . A G 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=21.25;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1287,144,0 chrXV 364302 . T A 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=21.79;ReadPosRankSum=1.632;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1602,168,0 chrXV 364509 . G A 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=16.90;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:895,102,0 chrXV 364854 . C T 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=23.61;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1686,180,0 chrXV 365208 . G A 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=21.76;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1099,117,0 chrXV 365792 . T C 2644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.18;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2677,291,0 chrXV 365917 . G A 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=20.66;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1376,147,0 chrXV 366186 . A G 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1765,198,0 chrXV 366495 . T C 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=19.19;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1050,114,0 chrXV 366618 . C T 2293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=21.04;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2326,252,0 chrXV 366628 . A G 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.883;DP=112;Dels=0.00;FS=15.324;HaplotypeScore=10.5802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.452;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,66:112:99:1132,0,757 chrXV 366780 . C T 2015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=24.57;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2048,216,0 chrXV 366884 . C T 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=22.45;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1941,207,0 chrXV 367187 . T G 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5070;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=20.46;ReadPosRankSum=0.699;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1199,109,0 chrXV 367217 . C T 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=24.67;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1464,153,0 chrXV 367258 . G A 1586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.34;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1619,177,0 chrXV 367288 . A G 1290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=19.25;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1323,144,0 chrXV 367292 . T C 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.209;DP=82;Dels=0.00;FS=6.978;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=17.23;ReadPosRankSum=2.390;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:1446,159,0 chrXV 367410 . T C 2585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.29;SB=-1.397e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2618,291,0 chrXV 367673 . A G 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DP=85;Dels=0.00;FS=2.635;HaplotypeScore=4.2221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=21.54;ReadPosRankSum=2.392;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:1864,204,0 chrXV 367742 . G A 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=19.70;SB=-1.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2279,255,0 chrXV 367959 . A T 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.549;DP=73;Dels=0.00;FS=21.020;HaplotypeScore=12.1528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=21.29;ReadPosRankSum=3.593;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:73:99:1587,171,0 chrXV 368025 . A G 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.09;MQ0=0;QD=18.80;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1819,192,0 chrXV 368035 . G C 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.15;MQ0=0;QD=16.72;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:1722,186,0 chrXV 368066 . C T 136.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=102.2954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.79;MQ0=0;QD=1.19;SB=-1.305e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:18:169,18,0 chrXV 368190 . C T 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=23.17;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1400,147,0 chrXV 368375 . C T 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;QD=18.94;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2003,210,0 chrXV 368964 . A C 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.41;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1669,180,0 chrXV 369111 . T C 1166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.175;DP=147;Dels=0.00;FS=0.683;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.457;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,70:147:99:1196,0,1317 chrXV 369165 . C T 2718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=20.75;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:131:99:2751,300,0 chrXV 369329 . A G 2160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=22.74;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:95:99:2193,240,0 chrXV 369380 . C T 2226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.82;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2259,246,0 chrXV 369488 . C T 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.76;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1230,129,0 chrXV 369542 . C T 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.64;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:941,99,0 chrXV 369848 . T G 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=23.19;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1123,126,0 chrXV 369905 . C T 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=18.00;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1239,138,0 chrXV 370126 . G A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.864;DP=52;Dels=0.00;FS=2.772;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:552,0,478 chrXV 370186 . G A 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.35;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:969,102,0 chrXV 370229 . T C 907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:940,105,0 chrXV 370296 . T C 1686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=23.10;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1719,192,0 chrXV 371124 . G A 1289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=156;Dels=0.00;FS=8.154;HaplotypeScore=16.5847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,82:156:99:1319,0,1276 chrXV 371158 . A G 3825.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=22.24;ReadPosRankSum=1.712;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:172:99:3825,411,0 chrXV 371222 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DP=78;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=11.4202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:78:99:601,0,627 chrXV 371543 . G T 2243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=22.89;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2276,243,0 chrXV 371632 . G C 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=23.46;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1980,219,0 chrXV 372056 . C T 2360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=22.26;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2393,252,0 chrXV 372211 . T C 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=17.56;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:87:823,87,0 chrXV 372255 . T G 1337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=20.26;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1370,147,0 chrXV 372266 . C T 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=20.49;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1324,138,0 chrXV 372353 . C T 1312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DP=62;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=51.2094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=21.16;ReadPosRankSum=1.509;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1345,141,0 chrXV 372369 . G T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;DP=74;Dels=0.00;FS=1.972;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.088;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:545,0,712 chrXV 372375 . G T 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=22.93;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1730,177,0 chrXV 372460 . T C 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=47;Dels=0.00;FS=2.943;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=18.53;ReadPosRankSum=2.345;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:904,99,0 chrXV 372557 . A G 1647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.87;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1680,186,0 chrXV 373468 . G T 2777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=22.22;SB=-1.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:2810,294,0 chrXV 373539 . A G 1826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=21.23;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1859,204,0 chrXV 373552 . A G 1490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=76;Dels=0.00;FS=12.842;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=19.61;ReadPosRankSum=2.908;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:1523,168,0 chrXV 373586 . T C 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=18.13;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:867,96,0 chrXV 373701 . G A 1879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=21.11;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1912,204,0 chrXV 374373 . G A 3274.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=24.62;SB=-1.537e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3274,342,0 chrXV 374442 . T C 2471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=23.99;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2504,267,0 chrXV 374481 . C T 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.65;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1936,207,0 chrXV 374598 . C G 1483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=19.77;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1516,162,0 chrXV 374613 . C T 1860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=21.14;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:1893,195,0 chrXV 374669 . G A 2503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.21;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:2536,264,0 chrXV 374709 . G T 2683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=21.64;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2716,291,0 chrXV 374751 . G A 2492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=23.73;SB=-1.221e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2525,261,0 chrXV 374763 . T C 2319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=22.74;SB=-1.318e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2352,258,0 chrXV 374879 . C T 673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=15.65;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:72:706,72,0 chrXV 374882 . T A 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=14.95;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:66:631,66,0 chrXV 375158 . A G 605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=13.44;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:69:638,69,0 chrXV 375315 . G A 2746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=22.88;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2779,294,0 chrXV 375420 . T C 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.62;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:941,105,0 chrXV 375648 . C T 2172 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87;SB=-9.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2205,234,0 chrXV 375894 . C A 2178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.55;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2211,237,0 chrXV 376190 . C A 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=18.48;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1382,144,0 chrXV 376252 . C T 860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=20.48;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:893,96,0 chrXV 376371 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=81;Dels=0.00;FS=7.435;HaplotypeScore=7.0738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.481;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:552,0,607 chrXV 376576 . G A 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=15.75;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:537,57,0 chrXV 376674 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=56;Dels=0.00;FS=9.814;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.257;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:451,0,598 chrXV 376957 . G A 706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=17.22;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:739,78,0 chrXV 377032 . T C 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.657;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:93:840,93,0 chrXV 377037 . G A 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=15.30;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:96:890,96,0 chrXV 377174 . C G 521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.30;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:63:554,63,0 chrXV 377281 . G A 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=19.00;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:812,87,0 chrXV 377284 . A G 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=3.233;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.473;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:87:772,87,0 chrXV 377515 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.009;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:530,0,272 chrXV 377548 . G A 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=19.59;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:90:758,90,0 chrXV 377605 . C T 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=19.63;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:936,102,0 chrXV 377656 . G A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=20.35;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1315,138,0 chrXV 377730 . C T 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=23.71;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1669,180,0 chrXV 377760 . G A 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=23.65;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1452,153,0 chrXV 377861 . G A 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:260,0,447 chrXV 377877 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.955;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:46:99:275,0,350 chrXV 377924 . T C 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=15.41;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:54:480,54,0 chrXV 378043 . T A 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=24.83;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1349,141,0 chrXV 378090 . G A 1637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=20.21;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1670,180,0 chrXV 378122 . C G 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=19.16;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:86:99:1681,186,0 chrXV 378126 . T C 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=17.17;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1561,171,0 chrXV 378233 . G A 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=19.58;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:48:99:973,102,0 chrXV 378285 . T C 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;QD=15.08;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:425,45,0 chrXV 378723 . T C 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.67;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:683,75,0 chrXV 378827 . C T 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=27;Dels=0.00;FS=3.900;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=19.67;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:60:564,60,0 chrXV 378890 . A G 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=21.21;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:924,99,0 chrXV 378902 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;DP=45;Dels=0.00;FS=3.091;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:381,0,355 chrXV 378977 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.592;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:458,0,555 chrXV 379161 . C T 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=18.80;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:804,87,0 chrXV 379178 . T C 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;QD=20.34;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87:806,87,0 chrXV 379232 . A C 725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=20.14;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:758,84,0 chrXV 379289 . A G 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=17.98;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:950,105,0 chrXV 379293 . C G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=52;Dels=0.00;FS=2.929;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.492;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:52:99:271,0,437 chrXV 379310 . G T 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=19.64;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1172,129,0 chrXV 379448 . T C 939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=19.56;ReadPosRankSum=1.585;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:48:99:972,108,0 chrXV 379461 . C T 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=23.00;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:884,93,0 chrXV 379502 . C T 607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=19.58;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:66:640,66,0 chrXV 379747 . G C 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=21.29;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:35:87:778,87,0 chrXV 379841 . C T 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.89;MQ0=0;QD=16.95;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1270,135,0 chrXV 379848 . A G 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=0;QD=15.20;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1188,129,0 chrXV 379879 . C T 1561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=16.78;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1594,171,0 chrXV 379978 . C T 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=18.05;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1441,156,0 chrXV 380023 . T C 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=18.87;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1392,150,0 chrXV 380050 . C G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DP=62;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.997;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:370,0,549 chrXV 380143 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=43;Dels=0.00;FS=1.167;HaplotypeScore=2.5494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:345,0,443 chrXV 380192 . G C 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=22.49;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1900,204,0 chrXV 380226 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.005;DP=83;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:581,0,1033 chrXV 380297 . C A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=17.87;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:891,99,0 chrXV 380309 . C A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=50;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=6.0307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.940;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.979;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:270,0,431 chrXV 380446 . T C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.725;DP=55;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=1.196;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:521,0,403 chrXV 380513 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:572,0,564 chrXV 380677 . A G 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.732;DP=73;Dels=0.00;FS=6.648;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.934;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.818;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:581,0,701 chrXV 380683 . T C 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=73;Dels=0.00;FS=4.967;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.611;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.154;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:590,0,651 chrXV 380689 . G T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=65;Dels=0.00;FS=5.383;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.401;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:529,0,575 chrXV 380728 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=81;Dels=0.00;FS=4.355;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.567;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:462,0,705 chrXV 380751 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.712;DP=85;Dels=0.00;FS=2.903;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:85:99:473,0,758 chrXV 380935 . G C 1082.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=125;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=9.3725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:125:99:1112,0,1214 chrXV 380964 . A G 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=9.23;ReadPosRankSum=2.251;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:870,0,947 chrXV 381124 . G C 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;DP=128;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:128:99:981,0,1092 chrXV 381361 . G A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=38;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:271,0,354 chrXV 381445 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:270,0,241 chrXV 381487 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=43;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.237;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:264,0,418 chrXV 381497 . C G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.483;DP=45;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.563;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:45:99:244,0,464 chrXV 381556 . A G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.953;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:185,0,577 chrXV 381571 . T C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=67;Dels=0.00;FS=4.927;HaplotypeScore=12.8239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:198,0,529 chrXV 381739 . C T 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=53;Dels=0.00;FS=5.251;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.213;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,36:53:99:763,0,195 chrXV 381777 . A G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:55:99:630,0,322 chrXV 382144 . C T 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.416;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.285;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.626;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:59:99:772,0,268 chrXV 382459 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;DP=62;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.059;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:62:99:575,0,578 chrXV 382531 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.233;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:601,0,498 chrXV 382535 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DP=69;Dels=0.00;FS=3.361;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:524,0,557 chrXV 382582 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=80;Dels=0.00;FS=4.020;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.224;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.555;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:508,0,703 chrXV 382678 . G A 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;DP=78;Dels=0.00;FS=7.361;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=9.65;ReadPosRankSum=-2.084;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:78:99:783,0,682 chrXV 382816 . C T 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DP=103;Dels=0.00;FS=2.783;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.904;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.519;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:103:99:822,0,861 chrXV 383156 . C T 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DP=151;Dels=0.00;FS=3.980;HaplotypeScore=15.4911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.615;QD=5.61;ReadPosRankSum=-3.106;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,71:151:99:877,0,1253 chrXV 383527 . A T 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DP=126;Dels=0.00;FS=7.369;HaplotypeScore=26.9086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.066;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,66:126:99:1024,0,814 chrXV 383827 . C T 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.157;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:627,0,422 chrXV 383867 . G C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=47;Dels=0.00;FS=1.368;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.059;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:361,0,420 chrXV 383991 . A G 888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.30;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:921,99,0 chrXV 384208 . C T 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=24.12;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1866,198,0 chrXV 384314 . G T 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=22.73;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1147,123,0 chrXV 384316 . A G 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=21.44;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1105,123,0 chrXV 384427 . A G 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=103;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.328;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:943,0,729 chrXV 384545 . T C 1497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=20.79;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1530,168,0 chrXV 384569 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=63;Dels=0.00;FS=6.230;HaplotypeScore=34.1935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:451,0,509 chrXV 384592 . C A 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.45;MQ0=0;QD=16.55;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96:910,96,0 chrXV 384665 . A G 610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=17.43;ReadPosRankSum=1.634;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:75:643,75,0 chrXV 384669 . A G 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=0;QD=17.88;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:641,75,0 chrXV 384678 . T C 609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=4.901;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.05;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=17.91;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:78:642,78,0 chrXV 384696 . A G 550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.70;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=14.47;ReadPosRankSum=1.550;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:66:583,66,0 chrXV 384702 . G A 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.93;MQ0=0;QD=14.56;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:528,57,0 chrXV 384732 . T A 394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.90;MQ0=0;QD=11.59;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:45:427,45,0 chrXV 384747 . A G 190.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.27;MQ0=0;QD=7.31;SB=-5.104e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:24:223,24,0 chrXV 384775 . C T 112.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=6.24;SB=-3.027e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:15:145,15,0 chrXV 384785 . C A 190.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.14;MQ0=0;QD=11.18;SB=-2.904e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:24:223,24,0 chrXV 384786 . G A 195.03 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.14;MQ0=0;QD=11.47;SB=-2.904e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:24:228,24,0 chrXV 384791 . G C 198.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.13;MQ0=0;QD=11.00;SB=-2.702e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:27:231,27,0 chrXV 384798 . C A 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.776;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:83:87,0,83 chrXV 384864 . G A 527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=12.55;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:60:560,60,0 chrXV 384919 . C A 602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.45;MQ0=0;QD=20.07;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:635,66,0 chrXV 384942 . A G 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=19.50;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:501,54,0 chrXV 384993 . G A 143.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.41;MQ0=0;QD=8.42;SB=-1.681e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:21:176,21,0 chrXV 384994 . A G 137.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.41;MQ0=0;QD=8.06;SB=-1.651e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:21:170,21,0 chrXV 385004 . G A 214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.39;MQ0=0;QD=12.59;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:30:247,30,0 chrXV 385035 . C T 250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.34;MQ0=0;QD=12.50;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:36:283,36,0 chrXV 385049 . A T 247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=11.76;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:36:280,36,0 chrXV 385051 . C T 224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.59;MQ0=0;QD=10.67;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:33:257,33,0 chrXV 385066 . G A 172.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=8.19;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:27:205,27,0 chrXV 385067 . A G 153.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.76;MQ0=0;QD=6.65;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:23:24:186,24,0 chrXV 385112 . C T 299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.68;MQ0=0;QD=16.61;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:36:332,36,0 chrXV 385137 . C G 67.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.79;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.873;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:97:97,0,174 chrXV 385189 . C T 93.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=11.66;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:126,15,0 chrXV 385199 . T C 137.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=17.14;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:18:170,18,0 chrXV 385213 . G A 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=25;Dels=0.00;FS=28.068;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=2.28;ReadPosRankSum=3.167;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:25:63:87,0,63 chrXV 385320 . A T 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.92;MQ0=0;QD=0.26;SB=-3.778e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:6:45,6,0 chrXV 385326 . A T 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=6.451;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=22.42;ReadPosRankSum=1.602;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1221,129,0 chrXV 385377 . C T 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=20.30;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:845,93,0 chrXV 385418 . A G 1042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;QD=21.27;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1075,120,0 chrXV 385443 . C A 616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.96;MQ0=0;QD=13.39;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:75:649,75,0 chrXV 385483 . T A 88.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:118,0,113 chrXV 385488 . G A 260 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=0;QD=7.43;SB=-5.402e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:30:293,30,0 chrXV 385489 . T C 248 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=0;QD=7.09;SB=-5.602e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:30:281,30,0 chrXV 385492 . T A 250 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;QD=6.94;SB=-5.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:30:283,30,0 chrXV 385510 . A G 183.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=5.90;SB=-5.504e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:24:216,24,0 chrXV 385526 . G A 167.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.29;MQ0=0;QD=5.39;SB=-5.707e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:21:200,21,0 chrXV 385570 . A T 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.38;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:87:803,87,0 chrXV 385575 . T A 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.71;MQ0=0;QD=16.12;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:90:823,90,0 chrXV 385581 . T A 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=56;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.670;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:93:826,93,0 chrXV 385641 . G C 715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.62;MQ0=0;QD=12.12;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:87:748,87,0 chrXV 385716 . A T 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=19.13;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1200,129,0 chrXV 385782 . C T 1773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;QD=21.89;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1806,189,0 chrXV 385806 . G A 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.36;MQ0=0;QD=22.08;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1689,177,0 chrXV 385865 . A G 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=20.47;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1466,162,0 chrXV 385907 . C A 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.62;MQ0=0;QD=17.08;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:938,99,0 chrXV 385934 . G A 754 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.07;MQ0=0;QD=14.23;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:84:787,84,0 chrXV 385938 . G C 731 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=14.06;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:84:764,84,0 chrXV 385940 . G A 787 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.25;MQ0=0;QD=14.85;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:87:820,87,0 chrXV 385971 . T A 1150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.09;MQ0=0;QD=16.91;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1183,129,0 chrXV 385998 . G A 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.73;MQ0=0;QD=15.68;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1209,132,0 chrXV 385999 . A G 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.73;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.686;SB=-9.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1219,135,0 chrXV 386061 . A T 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=76;Dels=0.00;FS=4.221;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.685;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1140,126,0 chrXV 386067 . A G 1055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.315;DP=73;Dels=0.00;FS=9.077;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.247;QD=14.45;ReadPosRankSum=2.382;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1088,120,0 chrXV 386119 . C G 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.69;MQ0=0;QD=15.98;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1008,108,0 chrXV 386156 . A C 1404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=73;Dels=0.00;FS=3.072;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=19.23;ReadPosRankSum=1.683;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:73:99:1437,156,0 chrXV 386205 . T C 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=20.42;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1238,135,0 chrXV 386216 . G T 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=18.07;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1099,120,0 chrXV 386226 . A G 976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.24;MQ0=0;QD=16.54;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1009,111,0 chrXV 386292 . C T 1472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=22.30;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1505,156,0 chrXV 386310 . G A 1732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.81;MQ0=0;QD=23.73;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1765,186,0 chrXV 386386 . G A 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=19.77;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1694,177,0 chrXV 386402 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:71:99:379,0,730 chrXV 386436 . C T 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=21.73;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1750,186,0 chrXV 386458 . T C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;DP=90;Dels=0.00;FS=4.014;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.816;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:545,0,960 chrXV 386470 . A C 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;QD=20.24;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1814,201,0 chrXV 386503 . T A 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=19.92;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1726,198,0 chrXV 386524 . A G 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=75;Dels=0.00;FS=6.687;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=18.28;ReadPosRankSum=2.253;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:75:99:1404,150,0 chrXV 386540 . G A 1073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=15.78;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1106,123,0 chrXV 387059 . C A 2687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2720,288,0 chrXV 387926 . T C 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=19.35;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1310,144,0 chrXV 388702 . A G 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.09;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:1660,180,0 chrXV 388869 . T G 1245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=21.10;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1278,144,0 chrXV 388886 . C T 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=22.30;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1237,129,0 chrXV 388890 . A T 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=21.23;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1158,120,0 chrXV 389116 . A G 1934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=23.59;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1967,213,0 chrXV 389141 . A G 2336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=23.60;SB=-1.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2369,258,0 chrXV 389171 . T C 2523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=119;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=9.6348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=21.20;ReadPosRankSum=2.408;SB=-1.417e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:119:99:2556,282,0 chrXV 389237 . T G 2851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=22.99;ReadPosRankSum=1.704;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:124:99:2884,318,0 chrXV 389327 . A G 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;DP=81;Dels=0.00;FS=2.474;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.175;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:920,0,753 chrXV 389628 . C A 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=17.51;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1907,201,0 chrXV 390047 . T C 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;DP=126;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=9.6879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,55:126:99:985,0,1269 chrXV 390103 . A C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.596;DP=85;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.563;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:640,0,1006 chrXV 390355 . T A 1266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=18.09;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1299,138,0 chrXV 390363 . G C 1255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=17.19;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1288,138,0 chrXV 390445 . A G 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.15;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1683,183,0 chrXV 390482 . G T 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=19.51;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1672,183,0 chrXV 390617 . G T 2117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=18.09;SB=-1.456e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:2150,225,0 chrXV 390618 . C T 2177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1.476e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:115:99:2210,231,0 chrXV 390692 . A G 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=69;Dels=0.00;FS=6.086;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=19.99;ReadPosRankSum=2.377;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:69:99:1412,156,0 chrXV 390795 . G T 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=19.66;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1016,108,0 chrXV 390986 . A G 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=17.35;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:866,93,0 chrXV 391203 . A T 475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=20.65;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54:508,54,0 chrXV 391236 . C T 287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=17.94;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:33:320,33,0 chrXV 391341 . G A 770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=20.81;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:803,87,0 chrXV 391349 . T C 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=21.57;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:939,105,0 chrXV 391445 . C A 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=20.12;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1582,165,0 chrXV 391446 . G A 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=20.96;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1563,165,0 chrXV 391475 . A G 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DP=71;Dels=0.00;FS=17.789;HaplotypeScore=9.4327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=15.73;ReadPosRankSum=3.603;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:1150,126,0 chrXV 391647 . C G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.123;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:40:99:510,0,220 chrXV 391682 . G T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:266,0,621 chrXV 391813 . T G 657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=17.29;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:690,78,0 chrXV 391953 . C T 409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.78;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:45:442,45,0 chrXV 392258 . G A 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.76;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:922,99,0 chrXV 392500 . G A 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;DP=49;Dels=0.00;FS=2.549;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:319,0,324 chrXV 392644 . T C 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=18.25;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1402,156,0 chrXV 392686 . G A 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=16.35;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1554,168,0 chrXV 392767 . A T 984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=16.40;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1017,108,0 chrXV 392814 . T C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;DP=41;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=5.6555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=8.88;ReadPosRankSum=-2.693;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:394,0,299 chrXV 392963 . C T 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=20.78;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1363,141,0 chrXV 393076 . G T 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=24.23;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1317,138,0 chrXV 393128 . A G 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=4.455;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=24.09;ReadPosRankSum=1.667;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1310,147,0 chrXV 393162 . C T 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=22.65;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1211,135,0 chrXV 393187 . T C 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=22.00;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1265,138,0 chrXV 393217 . G A 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=21.13;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1174,123,0 chrXV 393292 . G A 1149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=15.32;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:75:99:1182,123,0 chrXV 393310 . T C 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=16.83;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1228,135,0 chrXV 393370 . T A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=71;Dels=0.00;FS=3.214;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:500,0,531 chrXV 393383 . G C 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=16.38;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1294,141,0 chrXV 393430 . T C 1669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=19.41;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1702,186,0 chrXV 394003 . G A 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.24;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1308,135,0 chrXV 394090 . T G 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=20.03;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1595,171,0 chrXV 394308 . G A 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.024;DP=76;Dels=0.00;FS=4.460;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.528;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:725,0,642 chrXV 394456 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=37;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.475;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:251,0,373 chrXV 394567 . A G 1077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=17.10;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1110,120,0 chrXV 394696 . T A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=47;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:301,0,425 chrXV 394932 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=43;Dels=0.00;FS=2.963;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:43:99:358,0,440 chrXV 395268 . C T 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=18.17;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1287,138,0 chrXV 395279 . A G 1439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=19.71;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1472,162,0 chrXV 395321 . T C 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=19.59;ReadPosRankSum=1.678;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1287,141,0 chrXV 395578 . A G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.587;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:87:99:690,0,722 chrXV 395734 . T G 1039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=60;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=3.0498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=17.32;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1072,117,0 chrXV 396070 . T C 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=21.94;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1086,120,0 chrXV 396099 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=52;Dels=0.00;FS=2.585;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=2.334;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.718;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:52:99:380,0,444 chrXV 396438 . C T 542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=15.49;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:63:575,63,0 chrXV 396447 . A C 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=16.08;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:69:628,69,0 chrXV 396793 . A G 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=44;Dels=0.00;FS=3.647;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=19.14;ReadPosRankSum=1.654;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:96:875,96,0 chrXV 396805 . G A 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=18.86;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1146,126,0 chrXV 397084 . C T 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=18.27;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1458,159,0 chrXV 397192 . A G 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=19.29;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1557,171,0 chrXV 397612 . C G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.695;DP=69;Dels=0.00;FS=3.387;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:554,0,724 chrXV 398467 . A G 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.19;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1209,135,0 chrXV 399013 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;DP=70;Dels=0.00;FS=5.561;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.206;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:530,0,598 chrXV 399654 . T C 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=19.51;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1340,147,0 chrXV 400131 . T C 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.706;DP=110;Dels=0.00;FS=0.758;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.807;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,40:110:99:616,0,1452 chrXV 401275 . G A 2687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.21;SB=-1.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2720,288,0 chrXV 402163 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.983;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:387,0,532 chrXV 402457 . G A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.371;DP=99;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=10.4033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.619;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:99:99:845,0,985 chrXV 402498 . A G 2936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=23.12;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2969,324,0 chrXV 402509 . A G 2646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=120;Dels=0.00;FS=11.862;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=22.05;ReadPosRankSum=2.388;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:2679,294,0 chrXV 402555 . G A 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DP=68;Dels=0.00;FS=2.072;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.323;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:650,0,550 chrXV 403103 . T G 4207.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.24;SB=-1.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:181:99:4207,462,0 chrXV 403168 . A G 4539.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.28;SB=-2.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:195:99:4539,501,0 chrXV 403351 . T C 2587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.05;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:2620,282,0 chrXV 403639 . G A 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;DP=69;Dels=0.00;FS=6.837;HaplotypeScore=9.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.071;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:528,0,495 chrXV 405179 . A G 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=87;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.104;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:851,0,588 chrXV 405535 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.812;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.683;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:61:99:392,0,721 chrXV 407036 . T C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;DP=41;Dels=0.00;FS=4.756;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.019;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:41:99:359,0,427 chrXV 407363 . T G 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.321;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:128,0,407 chrXV 407624 . G A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.280;DP=57;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.665;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:495,0,485 chrXV 407687 . C T 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=71;Dels=0.00;FS=4.778;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:695,0,649 chrXV 407738 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;DP=77;Dels=0.00;FS=4.691;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:77:99:765,0,666 chrXV 407771 . C T 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DP=73;Dels=0.00;FS=6.111;HaplotypeScore=8.8830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.006;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:706,0,598 chrXV 407992 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DP=69;Dels=0.00;FS=2.039;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:397,0,573 chrXV 408148 . A G 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DP=137;Dels=0.00;FS=6.696;HaplotypeScore=9.4900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.408;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,63:137:99:1118,0,1325 chrXV 408177 . T C 1141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.196;DP=141;Dels=0.00;FS=5.310;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=1.979;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.157;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,67:141:99:1171,0,1479 chrXV 408255 . G A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=87;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=9.0170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:87:99:1033,0,558 chrXV 408268 . C T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=85;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=3.2355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:85:99:989,0,601 chrXV 408490 . T G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=93;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=8.0702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=2.734;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:93:99:534,0,953 chrXV 408514 . G T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=69;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:800,0,296 chrXV 408523 . T C 1357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=73;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=18.59;ReadPosRankSum=1.684;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:1390,150,0 chrXV 408658 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.396;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:323,0,544 chrXV 408668 . C A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.926;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.268;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:302,0,379 chrXV 408849 . A T 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=28;Dels=0.00;FS=1.441;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.184;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:305,0,179 chrXV 408874 . A G 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.981;DP=31;Dels=0.00;FS=12.499;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:99:142,0,339 chrXV 408919 . A G 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=41;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=7.2281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:41:99:274,0,315 chrXV 408953 . C A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DP=37;Dels=0.00;FS=4.815;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.836;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:364,0,308 chrXV 409021 . C T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:252,0,314 chrXV 409147 . C T 661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=18.89;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:694,72,0 chrXV 409478 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.693;DP=65;Dels=0.00;FS=2.609;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:590,0,692 chrXV 409785 . G C 1441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;DP=171;Dels=0.00;FS=0.592;HaplotypeScore=12.8021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.379;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,85:171:99:1471,0,1329 chrXV 410036 . A T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.308;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:585,0,786 chrXV 410064 . A G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.951;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:897,0,601 chrXV 410118 . A T 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;DP=108;Dels=0.00;FS=2.824;HaplotypeScore=22.2660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:937,0,836 chrXV 410132 . G A 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=97;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=8.7512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:97:99:871,0,847 chrXV 410471 . G A 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.979;DP=75;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:711,0,735 chrXV 410731 . A T 1586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=140;Dels=0.00;FS=2.279;HaplotypeScore=11.0375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.403;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,81:140:99:1616,0,1011 chrXV 410754 . G C 1246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=117;Dels=0.00;FS=16.943;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.388;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,71:117:99:1276,0,809 chrXV 410873 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.099;DP=58;Dels=0.00;FS=3.642;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.740;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:685,0,344 chrXV 411025 . C T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=111;Dels=0.00;FS=4.985;HaplotypeScore=12.8559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.507;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,43:111:99:581,0,1181 chrXV 411026 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;DP=109;Dels=0.00;FS=4.946;HaplotypeScore=10.4898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.830;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,41:109:99:534,0,1243 chrXV 411119 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.368;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:574,0,570 chrXV 411250 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=48;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:500,0,376 chrXV 411283 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.758;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:414,0,279 chrXV 411421 . C T 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=92;Dels=0.00;FS=8.422;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:784,0,731 chrXV 411579 . G A 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;DP=48;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.160;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:454,0,408 chrXV 411673 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=46;Dels=0.00;FS=10.647;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.543;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:434,0,390 chrXV 411900 . C A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;DP=60;Dels=0.00;FS=5.993;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:483,0,609 chrXV 412174 . C T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.806;DP=70;Dels=0.00;FS=4.821;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=2.296;QD=11.54;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:838,0,361 chrXV 412369 . C A 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;DP=65;Dels=0.00;FS=5.358;HaplotypeScore=5.5663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.537;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:624,0,304 chrXV 412390 . A T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=18.20;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1307,144,0 chrXV 412468 . A G 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.503;DP=56;Dels=0.00;FS=16.275;HaplotypeScore=6.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=2.605;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:346,0,629 chrXV 412522 . G T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DP=41;Dels=0.00;FS=2.845;HaplotypeScore=1.9628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:380,0,247 chrXV 412529 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DP=41;Dels=0.00;FS=6.618;HaplotypeScore=1.9053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:353,0,267 chrXV 412613 . G T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.259;DP=52;Dels=0.00;FS=1.795;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.660;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:457,0,252 chrXV 412659 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=35;Dels=0.00;FS=5.603;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:364,0,124 chrXV 412752 . C T 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=43;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=3.4348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:277,0,411 chrXV 412938 . G A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.321;DP=48;Dels=0.00;FS=3.675;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:513,0,407 chrXV 412945 . G C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=53;Dels=0.00;FS=6.639;HaplotypeScore=8.9017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.828;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:53:99:510,0,416 chrXV 412949 . C A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=56;Dels=0.00;FS=14.967;HaplotypeScore=10.5570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.399;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:56:99:481,0,528 chrXV 413171 . T C 2315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=22.70;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2348,255,0 chrXV 413284 . A G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.702;DP=104;Dels=0.00;FS=5.033;HaplotypeScore=13.9543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.435;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:104:99:750,0,1167 chrXV 413362 . G A 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.077;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:124:99:1126,0,1051 chrXV 413669 . G A 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=171;Dels=0.00;FS=13.619;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.062;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,77:171:99:1124,0,1700 chrXV 413773 . G A 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.001;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:106:99:707,0,872 chrXV 413792 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;DP=77;Dels=0.00;FS=3.114;HaplotypeScore=11.7563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.304;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.977;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:397,0,756 chrXV 414198 . A T 1492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.883;DP=158;Dels=0.00;FS=8.692;HaplotypeScore=16.4653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.613;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,80:158:99:1522,0,1400 chrXV 414403 . G C 5006.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=22.86;SB=-2.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,214:219:99:5006,549,0 chrXV 414442 . G T 2085.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.041;DP=188;Dels=0.00;FS=4.264;HaplotypeScore=11.1313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.072;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,108:188:99:2115,0,1483 chrXV 414444 . A G 1341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.932;DP=189;Dels=0.00;FS=5.176;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,81:189:99:1371,0,1987 chrXV 414454 . G A 1805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=180;Dels=0.00;FS=1.901;HaplotypeScore=8.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.756;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,103:180:99:1835,0,1370 chrXV 415035 . A C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.034;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:341,0,408 chrXV 415167 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.720;DP=43;Dels=0.00;FS=2.876;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.760;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.923;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:353,0,418 chrXV 415283 . C A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DP=54;Dels=0.00;FS=3.953;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:54:99:469,0,434 chrXV 415299 . T C 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.503;DP=47;Dels=0.00;FS=2.621;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:253,0,534 chrXV 415373 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=38;Dels=0.00;FS=7.753;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.448;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:239,0,453 chrXV 415419 . T C 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;DP=25;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.379;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:128,0,318 chrXV 415455 . C T 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:123,0,251 chrXV 415503 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.058;DP=39;Dels=0.00;FS=15.319;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:333,0,348 chrXV 415560 . G T 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=51;Dels=0.00;FS=1.070;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.236;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.160;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:350,0,426 chrXV 415569 . T C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;DP=52;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.911;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.104;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:306,0,488 chrXV 415593 . C T 316.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;DP=59;Dels=0.00;FS=7.363;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.256;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:346,0,532 chrXV 415599 . T C 251.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;DP=53;Dels=0.00;FS=3.887;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.196;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:281,0,516 chrXV 415601 . G A 261.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.982;DP=53;Dels=0.00;FS=3.887;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.677;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.579;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:291,0,513 chrXV 415659 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;DP=53;Dels=0.00;FS=2.357;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.078;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:353,0,591 chrXV 415689 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;DP=55;Dels=0.00;FS=3.899;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:311,0,539 chrXV 415710 . T C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DP=53;Dels=0.00;FS=3.850;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.137;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:293,0,494 chrXV 415728 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;DP=50;Dels=0.00;FS=6.400;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.283;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.515;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:266,0,509 chrXV 415842 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;DP=36;Dels=0.00;FS=1.311;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:273,0,286 chrXV 415943 . C T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.880;DP=37;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.550;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.448;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:300,0,258 chrXV 416019 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.759;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:41:99:296,0,396 chrXV 416056 . T A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:334,0,568 chrXV 416118 . T C 84.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=51;Dels=0.00;FS=8.316;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.837;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.850;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:114,0,371 chrXV 416122 . T G 71.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=51;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.437;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:101,0,460 chrXV 416125 . G C 106.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=49;Dels=0.00;FS=4.235;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.670;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:136,0,455 chrXV 416158 . G A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DP=54;Dels=0.00;FS=5.606;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.765;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.303;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:220,0,570 chrXV 416444 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=57;Dels=0.00;FS=2.338;HaplotypeScore=10.0156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.303;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.964;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:588,0,451 chrXV 416506 . A G 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=23.68;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1525,165,0 chrXV 416605 . C T 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.719;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.336;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:32:99:220,0,281 chrXV 416779 . A G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.826;DP=59;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:545,0,438 chrXV 416880 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DP=51;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.476;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:466,0,486 chrXV 416915 . C T 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:293,0,462 chrXV 417133 . A G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;DP=80;Dels=0.00;FS=1.876;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.454;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:672,0,475 chrXV 417161 . T C 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DP=86;Dels=0.00;FS=14.168;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.946;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.780;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:86:99:736,0,815 chrXV 417167 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;DP=85;Dels=0.00;FS=10.041;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.126;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:737,0,652 chrXV 417236 . G A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.780;DP=70;Dels=0.00;FS=1.991;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.427;QD=9.71;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:710,0,560 chrXV 417481 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;DP=95;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=6.7872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:95:99:726,0,748 chrXV 417628 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;DP=53;Dels=0.00;FS=21.568;HaplotypeScore=6.3692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:486,0,384 chrXV 417693 . T C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.198;DP=79;Dels=0.00;FS=7.534;HaplotypeScore=10.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.450;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:79:99:420,0,698 chrXV 417733 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:510,0,711 chrXV 417792 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.832;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:542,0,592 chrXV 417801 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.532;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.522;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:73:99:454,0,667 chrXV 417871 . A G 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=66;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:562,0,515 chrXV 418052 . C T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=38;Dels=0.00;FS=4.901;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:238,0,387 chrXV 418252 . C A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.020;DP=49;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:404,0,533 chrXV 418384 . A C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DP=48;Dels=0.00;FS=8.423;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:407,0,315 chrXV 418470 . T C 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.166;DP=135;Dels=0.00;FS=1.404;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.258;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,69:135:99:1246,0,1366 chrXV 418511 . T C 1412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DP=139;Dels=0.00;FS=3.296;HaplotypeScore=11.5182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.563;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,76:139:99:1442,0,1170 chrXV 418530 . G A 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;DP=123;Dels=0.00;FS=8.540;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.755;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:123:99:1207,0,1001 chrXV 418885 . T A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;DP=48;Dels=0.00;FS=11.278;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.176;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:309,0,354 chrXV 418912 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=52;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=8.0186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:324,0,468 chrXV 419065 . C T 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.764;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:613,0,524 chrXV 419095 . C T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=8.78;ReadPosRankSum=-2.083;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:741,0,612 chrXV 419347 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=85;Dels=0.00;FS=5.831;HaplotypeScore=9.7145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.908;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:85:99:523,0,773 chrXV 419359 . T C 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;DP=83;Dels=0.00;FS=0.871;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.965;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.334;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:494,0,671 chrXV 419365 . C T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DP=79;Dels=0.00;FS=1.980;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.431;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.190;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:79:99:635,0,631 chrXV 419377 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.873;DP=82;Dels=0.00;FS=4.292;HaplotypeScore=3.9178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.873;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.406;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:585,0,672 chrXV 419404 . A T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=81;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.970;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.307;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:573,0,583 chrXV 419419 . A G 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;DP=92;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.043;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:652,0,460 chrXV 419521 . G A 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=69;Dels=0.00;FS=6.502;HaplotypeScore=8.8801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.354;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:753,0,515 chrXV 419647 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.562;DP=62;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:570,0,663 chrXV 419928 . G A 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=61;Dels=0.00;FS=1.073;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=5.11;ReadPosRankSum=-2.058;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:61:99:342,0,587 chrXV 420061 . A T 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=125;Dels=0.00;FS=1.517;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.400;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,53:125:99:877,0,1188 chrXV 420114 . T G 3190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1.367e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:143:99:3223,351,0 chrXV 420128 . A G 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;DP=137;Dels=0.00;FS=5.494;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.252;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,69:137:99:1204,0,1200 chrXV 420184 . T C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.075;DP=114;Dels=0.00;FS=0.739;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,43:114:99:568,0,1353 chrXV 420262 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;DP=63;Dels=0.00;FS=3.893;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:63:99:453,0,710 chrXV 420334 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DP=41;Dels=0.00;FS=4.649;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:332,0,432 chrXV 420367 . C T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.538;DP=59;Dels=0.00;FS=2.260;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.551;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:380,0,625 chrXV 420715 . A G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.396;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:21:62:62,0,281 chrXV 420844 . A G 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=2.562;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,61:123:99:1069,0,1120 chrXV 420889 . A G 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.864;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:966,0,793 chrXV 421051 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:455,0,401 chrXV 421339 . A G 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=24;Dels=0.00;FS=1.893;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.699;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:74:74,0,191 chrXV 421402 . A G 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=31;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.791;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:78:78,0,322 chrXV 421530 . A G 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=25.21;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1470,156,0 chrXV 421685 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;DP=46;Dels=0.00;FS=1.369;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:444,0,503 chrXV 421698 . C G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=44;Dels=0.00;FS=2.954;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:300,0,545 chrXV 421788 . T C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.208;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:324,0,657 chrXV 421850 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=79;Dels=0.00;FS=11.722;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.629;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:584,0,695 chrXV 421884 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=95;Dels=0.00;FS=5.263;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:95:99:548,0,996 chrXV 422015 . T C 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.271;DP=81;Dels=0.00;FS=5.843;HaplotypeScore=11.5392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:767,0,741 chrXV 422038 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DP=77;Dels=0.00;FS=14.639;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.217;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:506,0,814 chrXV 422245 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DP=94;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=-6.230;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.755;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:292,0,1013 chrXV 422248 . G A 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.35;MQ0=0;MQRankSum=-6.229;QD=2.62;ReadPosRankSum=-3.398;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:276,0,1012 chrXV 422316 . G A 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.621;DP=71;Dels=0.00;FS=3.284;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.042;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:537,0,573 chrXV 422344 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.474;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.963;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:63:99:738,0,481 chrXV 422464 . A C 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DP=78;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=6.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.268;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:789,0,680 chrXV 422594 . G A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;DP=81;Dels=0.00;FS=5.683;HaplotypeScore=40.7782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.219;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:722,0,577 chrXV 422665 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=75;Dels=0.00;FS=8.497;HaplotypeScore=3.3017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.694;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:343,0,948 chrXV 422667 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;DP=77;Dels=0.00;FS=6.354;HaplotypeScore=4.0904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.363;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:77:99:336,0,1012 chrXV 422859 . C G 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.450;DP=106;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,58:106:99:1037,0,1036 chrXV 422905 . A G 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=86;Dels=0.00;FS=7.181;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:628,0,917 chrXV 423001 . A C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:387,0,550 chrXV 423064 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DP=59;Dels=0.00;FS=2.481;HaplotypeScore=11.2587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.091;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:59:99:346,0,404 chrXV 423361 . G A 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=37;Dels=0.00;FS=2.207;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.702;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:89:89,0,270 chrXV 423370 . T C 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.240;DP=43;Dels=0.00;FS=5.143;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:157,0,234 chrXV 423589 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=90;Dels=0.00;FS=1.723;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.021;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:530,0,750 chrXV 423598 . A C 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.359;DP=89;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.821;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.966;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:536,0,936 chrXV 423805 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DP=54;Dels=0.00;FS=12.838;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.139;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:454,0,474 chrXV 423829 . A G 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=56;Dels=0.00;FS=5.620;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:440,0,528 chrXV 424102 . A G 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:860,93,0 chrXV 424140 . G C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;DP=45;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.967;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:436,0,381 chrXV 424216 . A C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;DP=43;Dels=0.00;FS=4.268;HaplotypeScore=6.5594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.304;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.096;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:371,0,366 chrXV 424297 . T A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=40;Dels=0.00;FS=6.978;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:40:99:303,0,293 chrXV 424341 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=49;Dels=0.00;FS=16.528;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.853;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:436,0,260 chrXV 424523 . G T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=57;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=4.0242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.393;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:57:99:668,0,347 chrXV 424582 . T C 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;DP=37;Dels=0.00;FS=10.037;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.836;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:231,0,348 chrXV 424606 . C T 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DP=35;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=5.51;ReadPosRankSum=-2.289;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:35:99:223,0,305 chrXV 424705 . G C 1173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;DP=114;Dels=0.00;FS=2.462;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,61:114:99:1203,0,877 chrXV 424779 . G C 1464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;DP=139;Dels=0.00;FS=10.957;HaplotypeScore=15.0082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.125;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,74:139:99:1494,0,1152 chrXV 424815 . G A 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DP=100;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=38.9155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-5.501;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:915,0,890 chrXV 424847 . C T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=75;Dels=0.00;FS=6.800;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.266;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:777,0,623 chrXV 424870 . G C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;DP=56;Dels=0.00;FS=2.276;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.043;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:56:99:481,0,405 chrXV 424894 . A G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.945;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.495;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:345,0,410 chrXV 424963 . G A 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.170;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:651,0,593 chrXV 425041 . T C 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.468;DP=86;Dels=0.00;FS=12.103;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.501;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.418;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:86:99:729,0,499 chrXV 425090 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=74;Dels=0.00;FS=6.726;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=-5.917;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.199;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:668,0,525 chrXV 425092 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=74;Dels=0.00;FS=6.726;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=-5.917;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.264;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:573,0,470 chrXV 425121 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DP=70;Dels=0.00;FS=6.795;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-5.876;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.206;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:548,0,476 chrXV 425127 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=73;Dels=0.00;FS=4.950;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.456;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.136;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:73:99:557,0,549 chrXV 425151 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.312;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:489,0,460 chrXV 425184 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;DP=70;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.107;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:412,0,639 chrXV 425185 . G A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.158;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:382,0,644 chrXV 425221 . G T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.732;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,55:93:99:547,0,609 chrXV 425229 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;DP=103;Dels=0.00;FS=0.851;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.953;QD=5.12;ReadPosRankSum=-2.127;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,66:103:99:557,0,656 chrXV 425239 . T A 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.632;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.762;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.169;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,66:107:99:691,0,840 chrXV 425281 . G A 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.838;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.964;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.657;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,67:105:99:908,0,677 chrXV 425287 . C G 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.616;DP=105;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.313;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,66:105:99:894,0,703 chrXV 425338 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DP=57;Dels=0.00;FS=1.196;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:57:99:453,0,474 chrXV 425464 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.307;DP=67;Dels=0.00;FS=3.331;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.667;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:451,0,716 chrXV 425503 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.424;DP=70;Dels=0.00;FS=8.043;HaplotypeScore=3.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.577;QD=7.81;ReadPosRankSum=2.718;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:577,0,667 chrXV 425669 . C T 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.854;DP=99;Dels=0.00;FS=1.646;HaplotypeScore=8.7721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:99:99:812,0,767 chrXV 425800 . A G 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.724;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:565,0,619 chrXV 425872 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:498,0,525 chrXV 425929 . G A 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.119;DP=76;Dels=0.00;FS=7.621;HaplotypeScore=4.3460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.576;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:926,0,536 chrXV 426333 . G A 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=33;Dels=0.00;FS=10.736;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.927;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:314,0,361 chrXV 426355 . G A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=39;Dels=0.00;FS=14.179;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.167;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:301,0,367 chrXV 426558 . G A 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;DP=61;Dels=0.00;FS=6.233;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.507;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:717,0,412 chrXV 426621 . G C 51.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=72;Dels=0.00;FS=20.421;HaplotypeScore=12.5276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.923;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:72:81:81,0,192 chrXV 426624 . G C 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=72;Dels=0.00;FS=24.487;HaplotypeScore=14.0301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.116;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:72:99:149,0,215 chrXV 426759 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.673;DP=50;Dels=0.00;FS=2.461;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:522,0,377 chrXV 426767 . G C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DP=48;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:399,0,359 chrXV 426787 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=41;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=3.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.536;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:178,0,424 chrXV 426838 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DP=58;Dels=0.00;FS=2.273;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.862;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:474,0,455 chrXV 427159 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=48;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.748;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:406,0,286 chrXV 427268 . C T 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.725;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:83:99:610,0,786 chrXV 427368 . T C 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DP=69;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=6.36;ReadPosRankSum=2.690;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:66:99:469,0,708 chrXV 427406 . T C 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=76;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.756;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:474,0,737 chrXV 427407 . A C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=76;Dels=0.00;FS=0.996;HaplotypeScore=3.9976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.680;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:457,0,665 chrXV 427559 . T C 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.309;DP=100;Dels=0.00;FS=1.692;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:1005,0,900 chrXV 427697 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=89;Dels=0.00;FS=2.816;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.694;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:471,0,797 chrXV 427713 . T C 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;DP=144;Dels=0.00;FS=10.572;HaplotypeScore=23.5688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.562;QD=5.28;ReadPosRankSum=2.381;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,62:144:99:790,0,1502 chrXV 428241 . G C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.732;DP=103;Dels=0.00;FS=6.845;HaplotypeScore=4.8333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.066;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:657,0,690 chrXV 428453 . G A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=55;Dels=0.00;FS=3.749;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.952;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:394,0,576 chrXV 429063 . G C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=58;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.343;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:445,0,591 chrXV 429156 . T C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;DP=64;Dels=0.00;FS=9.696;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.090;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:423,0,656 chrXV 429210 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=56;Dels=0.00;FS=10.141;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.520;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:368,0,466 chrXV 429219 . G A 347.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=49;Dels=0.00;FS=16.342;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.690;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:377,0,353 chrXV 429222 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=47;Dels=0.00;FS=15.987;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:370,0,303 chrXV 429552 . C T 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=27;Dels=0.00;FS=10.462;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:99:103,0,322 chrXV 429767 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=43;Dels=0.00;FS=2.953;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:239,0,457 chrXV 429834 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.741;DP=64;Dels=0.00;FS=11.518;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.544;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:585,0,432 chrXV 429969 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DP=29;Dels=0.00;FS=8.873;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:265,0,272 chrXV 430481 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:438,0,257 chrXV 430964 . A G 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=5.19;ReadPosRankSum=-3.098;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:64:99:362,0,634 chrXV 431264 . T C 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.902;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:287,0,206 chrXV 431558 . G T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DP=47;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.205;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:470,0,373 chrXV 431700 . G A 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DP=74;Dels=0.00;FS=9.271;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:74:99:355,0,973 chrXV 431849 . G C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=61;Dels=0.00;FS=1.020;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.479;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:61:99:479,0,619 chrXV 432164 . G T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.745;DP=80;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=4.3523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.077;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:887,0,714 chrXV 432275 . T C 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.462;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:66:99:788,0,493 chrXV 432347 . G A 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DP=84;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:762,0,807 chrXV 432461 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.496;DP=95;Dels=0.00;FS=7.163;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.031;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:809,0,859 chrXV 432563 . A C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=62;Dels=0.00;FS=4.151;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.359;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:62:99:397,0,695 chrXV 432630 . C T 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,60:102:99:1034,0,763 chrXV 432666 . G A 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=101;Dels=0.00;FS=0.745;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:101:99:1045,0,903 chrXV 432698 . A G 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.345;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:746,0,712 chrXV 432763 . G C 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=57;Dels=0.00;FS=7.387;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:500,0,618 chrXV 432824 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DP=72;Dels=0.00;FS=4.652;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.577;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:510,0,691 chrXV 433405 . T C 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.370;DP=127;Dels=0.00;FS=6.768;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.246;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,55:127:99:915,0,1280 chrXV 433431 . T A 1083.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DP=158;Dels=0.00;FS=1.571;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,68:158:99:1113,0,1651 chrXV 433548 . A T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;DP=57;Dels=0.00;FS=5.587;HaplotypeScore=3.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.622;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:520,0,381 chrXV 433573 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=72;Dels=0.00;FS=10.083;HaplotypeScore=7.4015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:72:99:529,0,627 chrXV 433580 . G A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;DP=70;Dels=0.01;FS=10.946;HaplotypeScore=7.2237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:534,0,675 chrXV 433685 . A T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.943;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:619,0,1071 chrXV 434336 . G A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=78;Dels=0.00;FS=12.697;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:78:99:795,0,552 chrXV 434486 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.133;DP=65;Dels=0.00;FS=5.082;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:701,0,486 chrXV 434781 . T G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.948;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:582,0,267 chrXV 434999 . A T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DP=59;Dels=0.00;FS=6.675;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:564,0,394 chrXV 435038 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=73;Dels=0.00;FS=6.418;HaplotypeScore=7.4996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.831;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:73:99:578,0,798 chrXV 435055 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=61;Dels=0.00;FS=4.658;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.812;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:99:407,0,766 chrXV 435177 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=39;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:337,0,181 chrXV 435266 . A G 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=51;Dels=0.00;FS=6.082;HaplotypeScore=2.6775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.042;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:194,0,625 chrXV 435528 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=63;Dels=0.00;FS=8.649;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.255;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:725,0,559 chrXV 435862 . G A 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.726;DP=86;Dels=0.00;FS=2.881;HaplotypeScore=10.4205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:909,0,663 chrXV 436196 . C T 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.240;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,51:114:99:855,0,1201 chrXV 436490 . C G 2072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.14;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:98:99:2105,231,0 chrXV 436610 . G C 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=30;Dels=0.00;FS=1.520;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.188;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:30:99:187,0,315 chrXV 436826 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DP=28;Dels=0.00;FS=6.513;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.574;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:365,0,183 chrXV 436910 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=62;Dels=0.00;FS=20.188;HaplotypeScore=5.8217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.999;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:62:99:714,0,434 chrXV 436950 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=77;Dels=0.00;FS=4.239;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:788,0,784 chrXV 437000 . T C 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:612,0,596 chrXV 437034 . T C 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;DP=63;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.439;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:646,0,463 chrXV 437180 . A C 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.216;DP=102;Dels=0.00;FS=6.516;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.389;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:102:99:1071,0,894 chrXV 437320 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DP=69;Dels=0.00;FS=4.856;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:504,0,381 chrXV 437324 . A G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DP=65;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.001;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:463,0,407 chrXV 437491 . G A 1033.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=124;Dels=0.00;FS=6.854;HaplotypeScore=6.5989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,63:124:99:1063,0,1122 chrXV 438026 . T A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=103;Dels=0.00;FS=9.555;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:103:99:759,0,1183 chrXV 438117 . A G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;DP=65;Dels=0.00;FS=2.526;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:690,0,490 chrXV 438148 . T G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.120;DP=62;Dels=0.00;FS=3.969;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:456,0,618 chrXV 438163 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.110;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:623,0,589 chrXV 438188 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.006;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.358;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:508,0,585 chrXV 438262 . A G 1353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.407;DP=150;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=3.4911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,77:150:99:1383,0,1308 chrXV 438541 . G C 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;DP=117;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.673;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:117:99:954,0,1125 chrXV 438561 . C T 1259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;DP=126;Dels=0.00;FS=2.616;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,70:126:99:1289,0,1094 chrXV 438605 . C T 1403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.241;DP=130;Dels=0.00;FS=2.554;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.826;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,74:130:99:1433,0,994 chrXV 438827 . G A 1530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.143;DP=180;Dels=0.00;FS=1.847;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.461;SB=-1.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,98:180:99:1560,0,1469 chrXV 438841 . A G 1552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=201;Dels=0.00;FS=1.123;HaplotypeScore=12.7880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.504;SB=-1.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,107:201:99:1582,0,1581 chrXV 438948 . A G 1268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DP=132;Dels=0.00;FS=5.298;HaplotypeScore=4.9802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.376;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.111;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,66:132:99:1298,0,1081 chrXV 438975 . A T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DP=79;Dels=0.00;FS=5.896;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.244;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.155;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:703,0,797 chrXV 439047 . A T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.841;DP=118;Dels=0.00;FS=5.458;HaplotypeScore=4.7441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:118:99:775,0,848 chrXV 439658 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=41;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:426,0,338 chrXV 439785 . G A 1129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.905;DP=92;Dels=0.00;FS=9.854;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:1159,0,589 chrXV 440015 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;DP=61;Dels=0.00;FS=5.099;HaplotypeScore=6.5949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:514,0,647 chrXV 440365 . C A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=98;Dels=0.00;FS=1.735;HaplotypeScore=11.7413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:98:99:641,0,889 chrXV 440656 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.476;DP=78;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:548,0,675 chrXV 440747 . A C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DP=58;Dels=0.00;FS=17.471;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:388,0,326 chrXV 440825 . G A 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=49;Dels=0.00;FS=2.490;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.374;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:522,0,354 chrXV 440873 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.527;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:263,0,271 chrXV 440883 . A G 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.879;DP=50;Dels=0.00;FS=1.188;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:219,0,384 chrXV 441214 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=52;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.548;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.792;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:309,0,598 chrXV 441222 . G C 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DP=45;Dels=0.00;FS=1.263;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.110;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:45:99:228,0,473 chrXV 441341 . A G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;DP=37;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.593;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.634;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:454,0,193 chrXV 441463 . A G 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.027;DP=91;Dels=0.00;FS=4.226;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.277;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.149;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:91:99:944,0,715 chrXV 441487 . C T 1103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=98;Dels=0.00;FS=13.157;HaplotypeScore=3.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,57:98:99:1133,0,777 chrXV 441770 . A G 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.401;DP=86;Dels=0.00;FS=15.874;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,53:86:99:934,0,632 chrXV 442209 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;DP=59;Dels=0.00;FS=7.092;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:395,0,637 chrXV 442301 . T A 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;DP=90;Dels=0.00;FS=4.941;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.583;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:725,0,1006 chrXV 442427 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=60;Dels=0.00;FS=7.208;HaplotypeScore=4.9519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:454,0,606 chrXV 442592 . A T 1330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.249;DP=152;Dels=0.00;FS=2.065;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,72:152:99:1360,0,1554 chrXV 442786 . T C 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.209;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.651;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:790,0,946 chrXV 442914 . G A 2855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=18.18;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:2888,297,0 chrXV 443031 . T C 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=18.01;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1600,174,0 chrXV 443071 . G C 1387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=19.00;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1420,156,0 chrXV 443076 . T C 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=74;Dels=0.00;FS=4.821;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.105;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:74:99:682,0,518 chrXV 443155 . T G 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=65;Dels=0.00;FS=3.216;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=20.58;ReadPosRankSum=1.679;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1371,150,0 chrXV 443357 . T G 634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.126;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:54:667,54,0 chrXV 443358 . T C 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=15.56;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81:733,81,0 chrXV 443424 . G T 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=17.23;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:81:774,81,0 chrXV 443587 . C T 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=21.74;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1794,195,0 chrXV 443601 . G A 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=18.91;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1735,192,0 chrXV 443634 . A C 1371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.694;DP=71;Dels=0.00;FS=12.547;HaplotypeScore=9.1337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=19.31;ReadPosRankSum=3.694;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:1404,156,0 chrXV 443686 . C G 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=19.86;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1026,111,0 chrXV 443717 . T A 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=15.50;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:78:684,78,0 chrXV 443793 . C A 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=18.44;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:992,111,0 chrXV 443794 . T C 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=18.69;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:986,111,0 chrXV 444024 . G A 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=15.60;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:81:782,81,0 chrXV 444178 . T C 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.511;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:49:99:908,99,0 chrXV 444289 . G A 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=45;Dels=0.00;FS=12.420;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.554;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:325,0,263 chrXV 444536 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;DP=59;Dels=0.00;FS=3.958;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:59:99:218,0,642 chrXV 445216 . T C 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.03;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:90:834,90,0 chrXV 445648 . C T 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.55;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1714,183,0 chrXV 445941 . C T 4020.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.79;SB=-1.597e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:4020,438,0 chrXV 446451 . T C 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=4.586;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=20.71;ReadPosRankSum=1.682;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1462,156,0 chrXV 446484 . C T 1052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=18.14;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1085,114,0 chrXV 446933 . G A 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=49;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:306,0,528 chrXV 446992 . C T 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:315,0,257 chrXV 447109 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.130;DP=91;Dels=0.00;FS=3.032;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.149;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:789,0,759 chrXV 447362 . T C 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.783;DP=114;Dels=0.00;FS=3.239;HaplotypeScore=13.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,45:114:99:756,0,1482 chrXV 447858 . A G 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=19.26;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:688,75,0 chrXV 447942 . C T 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=17.42;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:660,72,0 chrXV 448221 . T C 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=23.98;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1352,144,0 chrXV 448985 . A G 294 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=17.29;SB=-8.153e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:36:327,36,0 chrXV 449105 . C T 648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=24.00;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72:681,72,0 chrXV 449205 . A C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.572;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1168,132,0 chrXV 449353 . A G 702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=39;Dels=0.00;FS=3.921;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.639;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:39:81:735,81,0 chrXV 449724 . A G 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.928;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:417,0,659 chrXV 449765 . G A 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=15.98;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1343,156,0 chrXV 449867 . A C 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=19.74;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1257,138,0 chrXV 450010 . G A 1834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.235;DP=162;Dels=0.00;FS=4.635;HaplotypeScore=8.2922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.312;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,87:162:99:1864,0,1248 chrXV 450043 . G A 3658.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=26.13;SB=-1.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:3658,384,0 chrXV 450086 . T C 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.38;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1436,156,0 chrXV 450216 . C T 864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=16.30;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:96:897,96,0 chrXV 450301 . T C 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=13.98;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:914,102,0 chrXV 450315 . A C 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:970,105,0 chrXV 450461 . G A 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=23.39;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93:875,93,0 chrXV 450650 . C T 365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=14.04;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45:398,45,0 chrXV 450923 . T C 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=13.97;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:51:480,51,0 chrXV 450930 . T C 464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.634;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:54:497,54,0 chrXV 451145 . A G 1838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=19.55;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1871,204,0 chrXV 451154 . A G 1713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=18.22;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:1746,192,0 chrXV 451172 . A C 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;QD=16.93;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1540,165,0 chrXV 451367 . C A 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=103;Dels=0.00;FS=7.050;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.257;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:103:99:1126,0,846 chrXV 451509 . A G 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=20.90;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1350,150,0 chrXV 451606 . A G 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=22.51;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1631,177,0 chrXV 452290 . G A 1676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=18.83;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1709,177,0 chrXV 452446 . T C 1488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.00;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1521,165,0 chrXV 452881 . A G 1254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=20.56;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1287,141,0 chrXV 453033 . A T 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:869,0,1164 chrXV 453055 . A G 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=22.61;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1819,201,0 chrXV 453067 . C T 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=20.92;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1539,168,0 chrXV 453073 . G A 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=21.85;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1497,156,0 chrXV 453417 . C G 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=20.12;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1844,204,0 chrXV 453707 . T C 2143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=24.35;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2176,237,0 chrXV 453762 . C T 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=20.61;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1084,117,0 chrXV 453905 . G T 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=58;Dels=0.00;FS=2.315;HaplotypeScore=8.0140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.172;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:397,0,572 chrXV 453974 . T C 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.74;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1647,177,0 chrXV 454256 . C T 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=22.31;ReadPosRankSum=1.102;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1037,108,0 chrXV 454325 . T C 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=15.67;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:60:550,60,0 chrXV 454481 . G C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:255,0,403 chrXV 454559 . A G 1203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=22.70;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1236,129,0 chrXV 454576 . C T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=62;Dels=0.00;FS=2.767;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:507,0,627 chrXV 454610 . C T 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=21.76;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1600,168,0 chrXV 454944 . A G 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=76;Dels=0.00;FS=2.974;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=21.79;ReadPosRankSum=2.384;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:1689,180,0 chrXV 455108 . T C 1117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=59;Dels=0.00;FS=11.239;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=18.93;ReadPosRankSum=2.364;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:59:99:1150,126,0 chrXV 455183 . T C 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=81;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:1392,153,0 chrXV 455193 . G C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DP=84;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.187;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:84:99:683,0,687 chrXV 455286 . G A 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=22.95;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1387,144,0 chrXV 455342 . T C 1173 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=20.95;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1206,132,0 chrXV 455594 . T C 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.51;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:1776,192,0 chrXV 456978 . G A 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.90;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1590,165,0 chrXV 457245 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=47;Dels=0.00;FS=2.778;HaplotypeScore=6.6919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.616;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.415;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,31:47:99:517,0,238 chrXV 457470 . A G 210.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-5.302e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:243,27,0 chrXV 457531 . T C 623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=16.39;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:72:656,72,0 chrXV 457599 . T C 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=23.16;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1330,144,0 chrXV 458312 . G A 3170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.5650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.71;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3203,339,0 chrXV 458453 . G A 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=23.93;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:87:99:2115,219,0 chrXV 458617 . T G 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=18.84;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:975,108,0 chrXV 458665 . G T 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=20.25;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1714,177,0 chrXV 458781 . T A 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=121;Dels=0.00;FS=3.424;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,55:121:99:991,0,1342 chrXV 458852 . C T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.14;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1758,183,0 chrXV 458886 . T C 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.27;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1392,150,0 chrXV 459134 . C T 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=22.95;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1387,147,0 chrXV 459560 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=67;Dels=0.00;FS=2.059;HaplotypeScore=5.7594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:541,0,526 chrXV 459563 . A G 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=64;Dels=0.00;FS=6.852;HaplotypeScore=4.9160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.553;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:511,0,550 chrXV 459840 . G A 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.47;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1697,177,0 chrXV 459980 . G A 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=17.15;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1096,114,0 chrXV 460430 . A T 732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.18;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:765,81,0 chrXV 460514 . T C 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.403;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:142,0,423 chrXV 460515 . G A 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.833;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:150,0,416 chrXV 460848 . T A 763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.08;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84:796,84,0 chrXV 461014 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.122;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.730;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:747,0,595 chrXV 461164 . G T 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=24.73;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:87:849,87,0 chrXV 461250 . C T 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.78;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1176,123,0 chrXV 461395 . G A 1276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;DP=123;Dels=0.00;FS=3.928;HaplotypeScore=8.8254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:123:99:1306,0,1309 chrXV 461411 . A G 1145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.989;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,57:116:99:1175,0,1093 chrXV 461434 . A G 1906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=24.75;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1939,213,0 chrXV 461473 . C T 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=21.33;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:865,90,0 chrXV 461644 . T C 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.21;MQ0=0;QD=15.27;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:84:781,84,0 chrXV 461659 . T C 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=7.690;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.585;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:72:675,72,0 chrXV 461660 . T C 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.38;MQ0=0;QD=13.15;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:72:651,72,0 chrXV 461683 . G A 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.81;MQ0=0;QD=15.19;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:87:823,87,0 chrXV 461696 . G C 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.02;MQ0=0;QD=14.59;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:93:850,93,0 chrXV 461760 . A G 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=19.79;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1141,123,0 chrXV 461793 . G A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=55;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.366;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:55:99:492,0,272 chrXV 461814 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=55;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.919;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.634;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:426,0,387 chrXV 462083 . T C 164.06 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=20.51;SB=-4.053e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:197,21,0 chrXV 462447 . T A 201.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=13;Dels=0.00;FS=11.139;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.45;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.668;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:27:234,27,0 chrXV 462566 . A C 103.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.00;MQ0=0;QD=14.75;SB=-8.330e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:136,15,0 chrXV 462586 . G A 167.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.96;MQ0=0;QD=18.56;SB=-1.088e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21:200,21,0 chrXV 462625 . G A 444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:22:51:477,51,0 chrXV 462628 . C T 428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:461,48,0 chrXV 462683 . T A 275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;QD=13.75;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:33:308,33,0 chrXV 462747 . C G 311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.91;MQ0=0;QD=13.52;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:36:344,36,0 chrXV 462964 . C T 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.37;MQ0=0;QD=25.40;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1176,123,0 chrXV 463113 . A T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;DP=39;Dels=0.00;FS=7.144;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.21;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=11.59;ReadPosRankSum=1.317;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:482,0,279 chrXV 463240 . T C 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=16.58;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:64:99:1094,123,0 chrXV 463343 . T A 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=24.22;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1462,156,0 chrXV 463455 . T A 686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=19.60;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:719,75,0 chrXV 463462 . G A 364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=10.11;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:48:397,48,0 chrXV 463640 . T A 2519 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=128;Dels=0.00;FS=6.922;HaplotypeScore=3.5394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=19.68;ReadPosRankSum=-0.785;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:2552,240,0 chrXV 463641 . G A 2477 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=132;Dels=0.00;FS=6.758;HaplotypeScore=5.5261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:132:99:2510,243,0 chrXV 463642 . G A 2482 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=129;Dels=0.00;FS=6.690;HaplotypeScore=5.5261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=19.24;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:129:99:2515,243,0 chrXV 463787 . A C 1639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=22.76;ReadPosRankSum=1.636;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1672,183,0 chrXV 463865 . G A 3608.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.09;MQ0=0;QD=23.58;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:153:99:3608,379,0 chrXV 463866 . C A 1515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.302;DP=155;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.381;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,80:155:99:1545,0,1275 chrXV 463933 . G T 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.02;MQ0=0;QD=19.96;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2089,231,0 chrXV 464113 . C T 722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=20.63;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:755,84,0 chrXV 464158 . C G 555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=16.32;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63:588,63,0 chrXV 464215 . A C 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.16;MQ0=0;QD=15.12;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:84:759,84,0 chrXV 464237 . T C 810 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.79;MQ0=0;QD=12.46;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:96:843,96,0 chrXV 464238 . A G 880 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.99;MQ0=0;QD=13.13;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:913,99,0 chrXV 464244 . G T 949 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.93;MQ0=0;QD=13.96;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:982,102,0 chrXV 464262 . T C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=78;Dels=0.00;FS=3.377;HaplotypeScore=5.1228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:290,0,548 chrXV 464290 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=82;Dels=0.00;FS=10.538;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:431,0,702 chrXV 464324 . G A 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=25.82;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1763,183,0 chrXV 464562 . G A 980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=16.33;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1013,111,0 chrXV 464863 . C T 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=18.04;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:881,93,0 chrXV 465127 . T C 1095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=20.66;ReadPosRankSum=1.664;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:53:99:1128,123,0 chrXV 465226 . C A 1029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.89;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:47:99:1062,111,0 chrXV 465313 . T C 1247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=4.357;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.617;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1280,138,0 chrXV 465319 . G A 1148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=19.79;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1181,126,0 chrXV 465398 . G A 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=21.02;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1147,120,0 chrXV 465440 . C G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=51;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.710;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:393,0,512 chrXV 465655 . G A 934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=21.23;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:967,108,0 chrXV 466112 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=72;Dels=0.00;FS=4.733;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=8.44;ReadPosRankSum=2.039;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:638,0,713 chrXV 466157 . A G 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=25.27;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1928,207,0 chrXV 466340 . A G 2079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DP=95;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=7.2372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=21.88;ReadPosRankSum=2.320;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:95:99:2112,228,0 chrXV 466369 . C T 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.28;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2203,237,0 chrXV 466738 . C T 2493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.87;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2526,273,0 chrXV 467149 . T A 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DP=90;Dels=0.00;FS=5.852;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=21.14;ReadPosRankSum=2.765;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:1936,201,0 chrXV 467239 . G A 1422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.31;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1455,153,0 chrXV 467407 . A G 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=19.56;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1578,174,0 chrXV 467424 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DP=68;Dels=0.00;FS=2.590;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:437,0,656 chrXV 467591 . C A 3348.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=23.58;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3348,351,0 chrXV 467624 . T C 2658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.738;DP=127;Dels=0.00;FS=11.270;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=20.93;ReadPosRankSum=3.750;SB=-1.339e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,122:127:99:2691,297,0 chrXV 467792 . T A 830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.51;MQ0=0;QD=16.94;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:96:863,96,0 chrXV 467878 . C T 2413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=126;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=19.15;ReadPosRankSum=1.131;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:122:99:2446,270,0 chrXV 467983 . G A 2637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=22.54;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2670,279,0 chrXV 468018 . C T 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=23.45;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:103:99:2448,255,0 chrXV 468109 . C T 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.83;MQ0=0;QD=13.42;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:85:99:1174,123,0 chrXV 468121 . A G 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=5.611;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.656;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1099,117,0 chrXV 468133 . A G 685 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.37;MQ0=0;QD=8.90;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:78:718,78,0 chrXV 468134 . T C 659 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.87;MQ0=0;QD=8.67;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:78:692,78,0 chrXV 468143 . A G 589 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.14;MQ0=0;QD=7.85;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:69:622,69,0 chrXV 468169 . G A 422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=8.79;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:51:455,51,0 chrXV 468172 . G C 510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=10.85;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:60:543,60,0 chrXV 468284 . G A 2171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=22.15;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2204,243,0 chrXV 468336 . A G 2343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=21.11;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2376,258,0 chrXV 468355 . G C 2579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.568e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2612,285,0 chrXV 468364 . T C 2863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=157;Dels=0.00;FS=7.779;HaplotypeScore=5.8565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=18.24;ReadPosRankSum=2.355;SB=-1.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,155:157:99:2896,321,0 chrXV 468391 . G A 3221.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=19.29;SB=-1.626e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:3255,345,0 chrXV 468511 . A G 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=21.58;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1630,180,0 chrXV 468561 . A G 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=19.12;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1027,114,0 chrXV 468674 . T C 2497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=117;Dels=0.00;FS=4.054;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=21.34;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.165e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2530,276,0 chrXV 468739 . C T 3716.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=22.12;SB=-2.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:168:99:3716,402,0 chrXV 469093 . C T 3750.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.29;SB=-1.518e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3750,393,0 chrXV 469291 . A T 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=0.17;ReadPosRankSum=0.652;SB=-6.018e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:6:47,6,0 chrXV 469298 . C G 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DP=93;Dels=0.00;FS=1.946;HaplotypeScore=5.0130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=4.31;ReadPosRankSum=2.712;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,37:93:99:431,0,894 chrXV 469469 . T C 2503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=114;Dels=0.00;FS=2.729;HaplotypeScore=6.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=21.96;ReadPosRankSum=2.384;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:114:99:2536,273,0 chrXV 469545 . C T 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.84;MQ0=0;QD=19.56;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1500,156,0 chrXV 469548 . G A 1450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=17.90;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1483,153,0 chrXV 469816 . G C 3180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.666e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:3213,351,0 chrXV 469994 . T C 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:554,0,657 chrXV 470004 . C T 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=21.65;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1592,168,0 chrXV 470451 . C T 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.34;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1527,162,0 chrXV 471089 . A G 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=63;Dels=0.00;FS=6.149;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=18.67;ReadPosRankSum=2.534;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1209,132,0 chrXV 471091 . A G 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=20.47;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1241,135,0 chrXV 471228 . C T 2112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.33;SB=-1.105e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2145,231,0 chrXV 471315 . G T 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.92;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1414,147,0 chrXV 471366 . T C 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.700;DP=64;Dels=0.00;FS=6.219;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=21.14;ReadPosRankSum=2.890;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,61:64:99:1386,150,0 chrXV 472448 . A C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=39;Dels=0.00;FS=1.261;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.968;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:303,0,328 chrXV 472579 . T A 892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=18.58;ReadPosRankSum=1.660;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:925,99,0 chrXV 472668 . C T 876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=21.90;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:81:909,81,0 chrXV 472765 . A C 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.33;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1078,120,0 chrXV 473069 . A G 2425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=23.77;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2458,273,0 chrXV 473696 . G A 2719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2752,285,0 chrXV 473826 . A G 2108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.67;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2141,231,0 chrXV 474069 . A G 1655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=20.18;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1688,186,0 chrXV 474477 . C A 1238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.834;DP=125;Dels=0.00;FS=2.572;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.539;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,68:125:99:1268,0,1017 chrXV 474686 . T C 1216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=4.051;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=19.93;ReadPosRankSum=1.562;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1249,135,0 chrXV 474687 . T C 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.25;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1248,132,0 chrXV 474768 . G T 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.013;DP=93;Dels=0.00;FS=3.943;HaplotypeScore=6.5028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.965;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:93:99:966,0,774 chrXV 475114 . T C 875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=15.09;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:908,99,0 chrXV 475155 . G T 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=72;Dels=0.00;FS=3.074;HaplotypeScore=8.6539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=15.54;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:72:99:1152,120,0 chrXV 475268 . G T 1761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=24.46;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1794,189,0 chrXV 475608 . A G 1749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1782,195,0 chrXV 475727 . G A 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=19.48;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1241,138,0 chrXV 475733 . A C 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=5.740;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=19.63;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1211,129,0 chrXV 475778 . T C 1376 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=18.11;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1409,153,0 chrXV 475809 . T C 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.20;MQ0=0;QD=16.56;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1424,153,0 chrXV 475816 . C T 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=16.94;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1371,147,0 chrXV 475934 . A G 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=21.29;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1949,213,0 chrXV 476009 . G A 2323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=22.34;SB=-1.240e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2356,255,0 chrXV 476169 . G A 1809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=22.61;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1842,201,0 chrXV 476205 . G A 2229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=26.86;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2262,237,0 chrXV 476276 . A G 1642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=22.19;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1675,186,0 chrXV 476321 . C T 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=20.64;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1354,141,0 chrXV 476397 . A G 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=15.38;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1079,120,0 chrXV 476414 . G C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.00;MQ0=0;QD=15.76;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1168,129,0 chrXV 476956 . C G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;DP=66;Dels=0.00;FS=13.298;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:680,0,477 chrXV 477077 . T C 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.85;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1263,138,0 chrXV 477610 . A G 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=19.03;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:699,81,0 chrXV 477611 . G A 683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=19.51;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:716,81,0 chrXV 477629 . G A 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:660,72,0 chrXV 477659 . A G 531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=16.09;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:63:564,63,0 chrXV 477680 . A G 355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=15.43;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:42:388,42,0 chrXV 477707 . T C 532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=18.34;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:565,63,0 chrXV 477773 . A G 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.81;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:746,81,0 chrXV 478004 . G A 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=24.70;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1268,138,0 chrXV 478679 . A G 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=17.89;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:695,75,0 chrXV 479060 . C T 180.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=13.85;SB=-3.228e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:24:213,24,0 chrXV 479299 . T C 93.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.423;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:15:126,15,0 chrXV 479529 . G C 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;QD=24.47;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1012,111,0 chrXV 479709 . G A 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=16.65;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:66:599,66,0 chrXV 480012 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DP=27;Dels=0.00;FS=1.657;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:210,0,114 chrXV 480090 . C T 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=12.25;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:45:425,45,0 chrXV 480144 . G A 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=20.11;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:737,78,0 chrXV 480186 . T C 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=18.26;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:654,69,0 chrXV 480336 . A G 343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.06;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:42:376,42,0 chrXV 480519 . C G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.248;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:294,0,300 chrXV 480576 . C A 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=18.78;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:634,72,0 chrXV 480906 . G A 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=21.07;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72:665,72,0 chrXV 480946 . C T 591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=19.70;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:624,66,0 chrXV 481165 . A G 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=20.94;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:766,84,0 chrXV 481267 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.359;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:461,0,197 chrXV 481308 . C T 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=19.60;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:915,99,0 chrXV 481447 . T C 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:63:99:648,0,378 chrXV 481588 . C T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.197;DP=37;Dels=0.00;FS=1.565;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:99:318,0,149 chrXV 481731 . C T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DP=75;Dels=0.00;FS=2.255;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:75:99:935,0,343 chrXV 481843 . T C 782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.44;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:87:815,87,0 chrXV 481860 . T A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DP=32;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.115;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.415;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:283,0,304 chrXV 481885 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.473;DP=23;Dels=0.00;FS=1.860;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:176,0,244 chrXV 482179 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.570;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:294,0,563 chrXV 482267 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=34;Dels=0.00;FS=7.791;HaplotypeScore=1.9733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.104;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:261,0,315 chrXV 482608 . G A 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=23.07;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1394,144,0 chrXV 483253 . T C 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.767;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:976,0,671 chrXV 483363 . A G 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=22.63;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1074,120,0 chrXV 483751 . T C 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.593;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:257,0,298 chrXV 483960 . T A 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.193;DP=124;Dels=0.00;FS=4.311;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:124:99:1087,0,1104 chrXV 483971 . C T 2830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=22.64;SB=-1.406e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:2863,303,0 chrXV 484011 . T C 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;DP=93;Dels=0.00;FS=1.679;HaplotypeScore=10.3281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.856;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:93:99:780,0,778 chrXV 484137 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=46;Dels=0.00;FS=9.385;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.281;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:298,0,599 chrXV 484175 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=63;Dels=0.00;FS=5.137;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.163;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:542,0,624 chrXV 484332 . T C 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.24;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1590,171,0 chrXV 484571 . G C 2892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=22.77;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2925,318,0 chrXV 484572 . T C 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.178;DP=127;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=2.5160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.027;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,58:127:99:936,0,1426 chrXV 484596 . G T 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=105;Dels=0.00;FS=6.551;HaplotypeScore=5.9384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.646;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:757,0,1044 chrXV 484716 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.996;DP=73;Dels=0.00;FS=4.738;HaplotypeScore=6.5655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:732,0,417 chrXV 484728 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;DP=75;Dels=0.00;FS=3.331;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:372,0,798 chrXV 485031 . A G 843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.33;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:96:876,96,0 chrXV 485065 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.745;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:273,0,261 chrXV 485252 . A G 1336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.90;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1369,150,0 chrXV 485322 . C T 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=20.74;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1215,132,0 chrXV 485571 . C T 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=22.52;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1812,189,0 chrXV 485588 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=81;Dels=0.00;FS=3.659;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:568,0,800 chrXV 485781 . G A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.823;DP=59;Dels=0.00;FS=9.496;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.431;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:687,0,522 chrXV 485898 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.230;DP=75;Dels=0.00;FS=4.904;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:603,0,584 chrXV 486135 . A G 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=13.38;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:78:729,78,0 chrXV 486141 . G A 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=12.19;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:72:691,72,0 chrXV 486180 . C T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;DP=54;Dels=0.00;FS=5.681;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=2.790;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:275,0,512 chrXV 486303 . T C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=32;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:259,0,206 chrXV 486327 . T C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:290,0,279 chrXV 486494 . C T 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=17.56;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1438,150,0 chrXV 486511 . G C 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=19.26;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2036,225,0 chrXV 487275 . C T 1392 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=17.40;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:80:99:1425,150,0 chrXV 487362 . T A 751 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=18.32;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:784,81,0 chrXV 487374 . C T 602 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=18.24;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:66:635,66,0 chrXV 487418 . T C 329 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=18.28;SB=-7.578e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39:362,39,0 chrXV 487663 . T A 368.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=41;Dels=0.00;FS=7.803;HaplotypeScore=3.4484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.357;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:398,0,235 chrXV 487679 . A G 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=13.65;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:78:688,78,0 chrXV 487689 . T C 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=19.19;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1050,117,0 chrXV 487727 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=21.74;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1207,129,0 chrXV 487809 . A G 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;QD=17.17;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:840,93,0 chrXV 487952 . C T 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=21.00;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1377,147,0 chrXV 488270 . T C 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=19.34;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:884,96,0 chrXV 488280 . T C 767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=17.04;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:87:800,87,0 chrXV 488285 . A G 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;QD=15.17;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:81:731,81,0 chrXV 488300 . A G 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=3.297;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.56;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:81:736,81,0 chrXV 488333 . T C 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=0;QD=14.40;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:969,108,0 chrXV 488366 . A G 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1312,144,0 chrXV 488381 . C T 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=18.70;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1585,177,0 chrXV 488435 . C T 1812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.57;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:1845,195,0 chrXV 488538 . A G 1103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=120;Dels=0.00;FS=1.507;HaplotypeScore=8.5484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.449;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,61:120:99:1133,0,937 chrXV 488780 . A G 2892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=20.37;SB=-1.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:142:99:2925,318,0 chrXV 489305 . G A 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=18.33;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1261,138,0 chrXV 489366 . T C 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=20.97;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1962,213,0 chrXV 489440 . G A 1978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=24.72;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2011,222,0 chrXV 489491 . C A 1685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=27.18;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1718,180,0 chrXV 489625 . C T 1243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=23.02;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1276,132,0 chrXV 489674 . C G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=48;Dels=0.00;FS=12.227;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=2.691;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.711;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:453,0,393 chrXV 489738 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.918;DP=79;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.276;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.165;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:79:99:270,0,1186 chrXV 489752 . A C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=86;Dels=0.00;FS=6.818;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.474;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,28:86:99:339,0,1066 chrXV 489831 . C A 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=19.07;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1101,114,0 chrXV 489885 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DP=40;Dels=0.00;FS=6.872;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:265,0,368 chrXV 489938 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=39;Dels=0.00;FS=17.269;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-1.816e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:366,0,302 chrXV 489971 . T C 618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.292;DP=31;Dels=0.00;FS=7.084;HaplotypeScore=24.1627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=19.94;ReadPosRankSum=2.292;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:69:651,69,0 chrXV 490253 . T C 1644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=22.52;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1677,177,0 chrXV 490304 . C T 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=16.17;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1003,105,0 chrXV 490328 . G A 820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.44;MQ0=0;QD=14.39;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:90:853,90,0 chrXV 490397 . T C 834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=16.04;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:96:867,96,0 chrXV 490463 . G A 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=23.33;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:943,99,0 chrXV 490882 . T C 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=19.69;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1431,156,0 chrXV 490896 . T C 1310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=4.363;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=18.19;ReadPosRankSum=1.683;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1343,147,0 chrXV 490941 . C T 1313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=19.31;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1346,141,0 chrXV 491077 . A G 1940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=19.60;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1973,216,0 chrXV 491183 . G T 810 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;QD=19.29;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:87:843,87,0 chrXV 491189 . A G 713 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=17.39;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:746,81,0 chrXV 491190 . A G 716 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;QD=17.05;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81:749,81,0 chrXV 491204 . A G 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.650;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:84:759,84,0 chrXV 491429 . T C 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=18.36;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:96:859,96,0 chrXV 491450 . A G 668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=15.53;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:78:701,78,0 chrXV 491483 . C T 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=13.27;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:66:617,66,0 chrXV 491573 . C G 800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=22.86;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90:833,90,0 chrXV 491585 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=40;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:430,0,288 chrXV 491651 . T G 663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=18.94;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75:696,75,0 chrXV 491788 . T C 627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=19.59;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72:660,72,0 chrXV 491810 . T C 485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=17.96;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:518,57,0 chrXV 491843 . T A 318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=15.14;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:39:351,39,0 chrXV 492116 . T C 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.12;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1351,150,0 chrXV 492191 . C G 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.37;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1487,162,0 chrXV 492545 . G A 2792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=21.15;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:2825,309,0 chrXV 492719 . G A 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.26;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1492,162,0 chrXV 492749 . G T 1397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.25;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1430,156,0 chrXV 492846 . A G 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=20.52;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1716,186,0 chrXV 492851 . G A 1564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=18.62;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1597,174,0 chrXV 492941 . C T 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=105;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=10.7216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.828;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:105:99:826,0,901 chrXV 493146 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DP=53;Dels=0.00;FS=4.197;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.455;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:53:99:598,0,349 chrXV 493331 . A G 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.054e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:93:99:1854,204,0 chrXV 493377 . T G 1502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=19.26;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1535,171,0 chrXV 493684 . G A 1015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=19.15;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1048,108,0 chrXV 493846 . C T 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.51;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1564,171,0 chrXV 493975 . T C 475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=14.39;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:508,57,0 chrXV 494161 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=51;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=9.18;ReadPosRankSum=2.500;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:498,0,471 chrXV 494571 . A G 2415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=22.57;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2448,261,0 chrXV 494590 . C T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DP=87;Dels=0.00;FS=3.885;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:87:99:533,0,1038 chrXV 494669 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=43;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=6.9976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.308;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:282,0,276 chrXV 494719 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.990;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:398,0,394 chrXV 494728 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DP=49;Dels=0.00;FS=2.798;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:414,0,532 chrXV 495045 . C T 2561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=22.08;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2594,285,0 chrXV 495525 . A C 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=17.45;ReadPosRankSum=1.650;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:84:766,84,0 chrXV 495702 . A G 1234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=21.65;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1267,141,0 chrXV 495861 . C T 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=19.18;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:666,72,0 chrXV 495905 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=37;Dels=0.00;FS=1.518;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.963;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:336,0,283 chrXV 496393 . C T 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=22.53;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1092,114,0 chrXV 496482 . G A 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=24.33;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:1055,108,0 chrXV 496695 . G A 2054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=23.34;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:2087,219,0 chrXV 496731 . A G 1809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=22.61;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1842,204,0 chrXV 496734 . G A 1874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=23.14;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1907,201,0 chrXV 496782 . C T 1337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=20.89;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1370,147,0 chrXV 497083 . T C 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;QD=16.22;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:82:99:1363,153,0 chrXV 497240 . T A 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DP=24;Dels=0.04;FS=3.349;HaplotypeScore=12.1703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.175;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:62:62,0,312 chrXV 497271 . A G 449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=21.38;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:51:482,51,0 chrXV 497299 . A C 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.932;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:28:40:40,0,446 chrXV 497301 . C A 549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=21.96;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:582,63,0 chrXV 497400 . T C 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.40;SB=-2.376e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:52,6,0 chrXV 497401 . C T 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.39;SB=-2.676e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:56,6,0 chrXV 497758 . A G 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.83;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1463,159,0 chrXV 497904 . G A 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=17.34;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1143,120,0 chrXV 498007 . A G 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.29;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1438,156,0 chrXV 498055 . C T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=101;Dels=0.00;FS=9.566;HaplotypeScore=10.2469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:834,0,884 chrXV 498202 . A G 2031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=24.77;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2064,219,0 chrXV 498478 . T C 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.810;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.944;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,57:124:99:1011,0,1049 chrXV 498482 . T C 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.870;DP=121;Dels=0.00;FS=0.696;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,60:121:99:973,0,1086 chrXV 498558 . C T 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DP=90;Dels=0.00;FS=4.188;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,57:90:99:1107,0,601 chrXV 498787 . T C 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.161;DP=107;Dels=0.00;FS=6.190;HaplotypeScore=9.6867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:107:99:954,0,885 chrXV 498862 . C A 1287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DP=109;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.251;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,65:109:99:1317,0,680 chrXV 498904 . T C 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=94;Dels=0.00;FS=1.703;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.751;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:94:99:995,0,801 chrXV 498939 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DP=85;Dels=0.00;FS=0.812;HaplotypeScore=4.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.332;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:721,0,861 chrXV 498994 . C T 931.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.453;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.040;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:98:99:961,0,620 chrXV 499054 . G A 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=129;Dels=0.00;FS=4.569;HaplotypeScore=9.6587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,73:129:99:1085,0,817 chrXV 499060 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=125;Dels=0.00;FS=5.856;HaplotypeScore=8.0813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.148;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.243;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:125:99:874,0,846 chrXV 499140 . C A 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.529;DP=120;Dels=0.00;FS=2.461;HaplotypeScore=19.0703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,66:120:99:1099,0,869 chrXV 499249 . G A 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DP=69;Dels=0.00;FS=0.953;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.096;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:69:99:669,0,495 chrXV 499324 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.995;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:495,0,761 chrXV 499435 . G A 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.056;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:71:99:635,0,537 chrXV 499558 . A C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=48;Dels=0.00;FS=2.454;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.803;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:399,0,361 chrXV 499801 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;DP=54;Dels=0.00;FS=3.801;HaplotypeScore=2.3218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.192;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:354,0,550 chrXV 499893 . A G 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=82;Dels=0.00;FS=2.988;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:82:99:637,0,824 chrXV 499909 . A G 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=96;Dels=0.00;FS=0.767;HaplotypeScore=6.2780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.565;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:930,0,883 chrXV 499981 . G A 955.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.894;DP=131;Dels=0.00;FS=2.289;HaplotypeScore=7.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.961;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.539;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,57:131:99:985,0,1245 chrXV 500068 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;DP=78;Dels=0.00;FS=9.815;HaplotypeScore=8.7001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.465;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:431,0,949 chrXV 500107 . T C 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;DP=75;Dels=0.00;FS=8.065;HaplotypeScore=10.3126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.455;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:602,0,798 chrXV 500224 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=68;Dels=0.00;FS=0.940;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:68:99:472,0,531 chrXV 500359 . C A 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.641;DP=131;Dels=0.00;FS=4.421;HaplotypeScore=13.4716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,79:131:99:1500,0,892 chrXV 500434 . C T 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=96;Dels=0.00;FS=6.650;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.597;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:96:99:786,0,858 chrXV 500575 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;DP=87;Dels=0.00;FS=4.172;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.065;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.444;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:675,0,978 chrXV 500665 . G A 2596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.77;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:125:99:2629,288,0 chrXV 500968 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.498;DP=84;Dels=0.00;FS=4.183;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.050;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:84:99:737,0,810 chrXV 501550 . C T 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.076;DP=114;Dels=0.00;FS=2.395;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.621;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:114:99:1250,0,869 chrXV 501598 . C T 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;DP=99;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:904,0,820 chrXV 501732 . A C 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.898;DP=77;Dels=0.00;FS=2.083;HaplotypeScore=8.8027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:460,0,727 chrXV 501919 . T C 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=20.70;ReadPosRankSum=1.663;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1068,117,0 chrXV 502258 . T C 1314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=21.19;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1347,147,0 chrXV 502423 . A T 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=23.38;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1763,186,0 chrXV 502474 . G C 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.07;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:989,108,0 chrXV 502484 . A G 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=15.80;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:902,99,0 chrXV 502590 . G A 2284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.79;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2317,240,0 chrXV 502621 . A G 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1944,207,0 chrXV 503533 . G A 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.28;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1771,198,0 chrXV 503561 . G C 1213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=25.81;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1246,135,0 chrXV 503975 . T C 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=14.53;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:57:527,57,0 chrXV 504206 . A T 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=22.28;ReadPosRankSum=1.667;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1214,132,0 chrXV 504284 . G A 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=20.23;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:81:741,81,0 chrXV 504745 . C G 986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=16.6856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=21.91;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1019,111,0 chrXV 504774 . T C 1413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=21.74;ReadPosRankSum=1.572;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1446,153,0 chrXV 504794 . A T 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.633;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1499,156,0 chrXV 504874 . A G 1911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=24.19;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1944,213,0 chrXV 504884 . A G 1755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=72;Dels=0.00;FS=5.149;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=24.37;ReadPosRankSum=1.684;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1788,195,0 chrXV 504931 . T A 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=64;Dels=0.00;FS=2.946;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.941;QD=23.80;ReadPosRankSum=2.372;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:64:99:1556,162,0 chrXV 505011 . C G 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=25.62;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1365,147,0 chrXV 505109 . T C 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=22.60;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1796,192,0 chrXV 505164 . A T 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2115,222,0 chrXV 505269 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=66;Dels=0.00;FS=6.834;HaplotypeScore=10.2954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:66:99:415,0,534 chrXV 505308 . T G 1558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=17.12;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1591,174,0 chrXV 505358 . A G 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=109;Dels=0.00;FS=4.354;HaplotypeScore=7.9065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.669;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:109:99:1324,147,0 chrXV 505372 . A C 1013 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=5.836;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.694;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1046,114,0 chrXV 505374 . C T 1074 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;QD=11.80;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1107,117,0 chrXV 505376 . T C 1002 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.694;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1035,114,0 chrXV 505381 . A G 1034 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.24;MQ0=0;QD=11.36;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1067,117,0 chrXV 505415 . G A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;DP=97;Dels=0.00;FS=7.025;HaplotypeScore=1.6598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.80;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.373;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:549,0,549 chrXV 505452 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.094;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:494,0,518 chrXV 505483 . G A 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=17.65;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1004,105,0 chrXV 505528 . G A 704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=15.64;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:78:737,78,0 chrXV 505541 . C G 733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=14.37;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:51:84:766,84,0 chrXV 505980 . T G 3550.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=22.19;SB=-1.974e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:160:99:3550,390,0 chrXV 506101 . C A 2149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=21.07;SB=-9.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2182,225,0 chrXV 506209 . T C 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=18.63;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:983,105,0 chrXV 507053 . G A 2105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=20.05;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2138,234,0 chrXV 507079 . C T 2174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=18.27;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2207,240,0 chrXV 507156 . T C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;DP=85;Dels=0.00;FS=10.679;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:652,0,879 chrXV 507600 . C T 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DP=96;Dels=0.00;FS=4.120;HaplotypeScore=19.6989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.046;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:96:99:929,0,728 chrXV 507805 . T C 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.28;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1611,177,0 chrXV 508131 . G A 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=16.19;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1312,138,0 chrXV 508178 . C T 1662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=15.98;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:1695,195,0 chrXV 508404 . A C 874 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;QD=19.86;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:907,99,0 chrXV 508412 . C T 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=14.81;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:78:729,78,0 chrXV 508557 . T C 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=21.55;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:744,81,0 chrXV 508682 . T C 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=27;Dels=0.00;FS=8.049;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=18.37;ReadPosRankSum=2.268;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:57:529,57,0 chrXV 508701 . A T 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=21.17;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69:647,69,0 chrXV 508802 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=33;Dels=0.00;FS=3.251;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.092;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:99:282,0,175 chrXV 508868 . A G 95.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=40;Dels=0.00;FS=5.432;HaplotypeScore=3.2851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:125,0,405 chrXV 508929 . T C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.976;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:34:99:220,0,381 chrXV 509034 . T G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=25;Dels=0.00;FS=1.799;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.819;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:265,0,199 chrXV 509207 . T C 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DP=29;Dels=0.00;FS=3.319;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:300,0,223 chrXV 509214 . G C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;DP=28;Dels=0.00;FS=1.562;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.766;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:199,0,311 chrXV 509248 . T A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.031;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:290,0,198 chrXV 509620 . T C 493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=19.72;ReadPosRankSum=1.595;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:57:526,57,0 chrXV 509802 . T C 524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.217;DP=39;Dels=0.00;FS=8.868;HaplotypeScore=4.4222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=13.44;ReadPosRankSum=2.986;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:39:60:557,60,0 chrXV 509969 . T C 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=18.84;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:69:617,69,0 chrXV 510299 . C T 557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.21;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:590,63,0 chrXV 510505 . T G 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.282;DP=70;Dels=0.00;FS=3.742;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.302;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:512,0,883 chrXV 510586 . C T 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.51;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1079,114,0 chrXV 510649 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DP=33;Dels=0.00;FS=6.207;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=9.06;ReadPosRankSum=-2.151;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:329,0,303 chrXV 510684 . G A 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=21.32;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:630,66,0 chrXV 510696 . G A 615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=18.09;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:34:66:648,66,0 chrXV 511142 . G A 678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=22.60;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:711,75,0 chrXV 511243 . T A 687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=19.08;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:720,75,0 chrXV 511379 . T C 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.095;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=8.19;ReadPosRankSum=2.058;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:628,0,731 chrXV 511443 . T C 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=22.26;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1146,126,0 chrXV 511893 . C T 684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.43;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:717,75,0 chrXV 511995 . A G 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=21.15;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1154,129,0 chrXV 512025 . C T 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=22.51;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1631,174,0 chrXV 512238 . A G 992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=20.67;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1025,114,0 chrXV 512256 . G T 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=19.75;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:823,87,0 chrXV 512566 . G T 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=18.33;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1096,114,0 chrXV 512726 . G A 791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.40;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:87:824,87,0 chrXV 512793 . C T 1108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=22.61;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1141,117,0 chrXV 512820 . C T 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.44;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1043,108,0 chrXV 513015 . T C 554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=28;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=19.79;ReadPosRankSum=1.609;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:63:587,63,0 chrXV 513219 . A G 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:732,81,0 chrXV 513337 . A G 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.10;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:939,105,0 chrXV 513607 . A T 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;QD=17.16;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1097,114,0 chrXV 513637 . A T 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1281,135,0 chrXV 513691 . A C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.758;DP=61;Dels=0.00;FS=3.505;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:454,0,609 chrXV 514344 . T C 1392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=22.45;SB=-7.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1425,156,0 chrXV 514397 . A C 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;QD=18.61;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1373,150,0 chrXV 514400 . C T 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=18.31;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1315,138,0 chrXV 514435 . T G 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.328;DP=61;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=18.36;ReadPosRankSum=1.328;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:61:99:1153,126,0 chrXV 514625 . C T 1090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=24.77;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1123,117,0 chrXV 514713 . A G 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=18.39;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:879,96,0 chrXV 514715 . T C 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=18.89;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:902,99,0 chrXV 514738 . G C 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.74;MQ0=0;QD=19.14;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:837,93,0 chrXV 514746 . T C 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.80;MQ0=0;QD=18.88;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:807,90,0 chrXV 514832 . G A 859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.82;MQ0=0;QD=19.09;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:892,99,0 chrXV 514882 . T A 220.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.84;MQ0=0;QD=7.86;SB=-2.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:27:253,27,0 chrXV 514925 . C T 47.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=25.2109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=1.65;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:28:9:80,9,0 chrXV 514953 . T C 106.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.59;MQ0=0;QD=2.95;SB=-3.453e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:15:139,15,0 chrXV 514954 . T C 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:38:41:41,0,65 chrXV 514969 . T C 20.80 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.13;MQ0=0;QD=0.50;SB=-4.558e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:6:52,6,0 chrXV 514974 . A G 307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=3.405;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.11;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:36:340,36,0 chrXV 515034 . G A 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=12.06;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:69:636,69,0 chrXV 515073 . T A 291 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.19;MQ0=0;QD=7.86;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:36:324,36,0 chrXV 515077 . A C 228 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.09;MQ0=0;QD=7.13;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:30:261,30,0 chrXV 515081 . C T 238 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.09;MQ0=0;QD=7.44;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:30:271,30,0 chrXV 515090 . G C 245 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=8.17;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:30:278,30,0 chrXV 515094 . T C 220.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.621;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:27:253,27,0 chrXV 515098 . A C 240 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:30:273,30,0 chrXV 515105 . A G 241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=7.77;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:30:274,30,0 chrXV 515116 . T C 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.26;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:36:322,36,0 chrXV 515119 . G A 314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=8.97;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:36:347,36,0 chrXV 515138 . G A 598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=10.87;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:69:631,69,0 chrXV 515159 . C T 707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.60;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:78:740,78,0 chrXV 515214 . G A 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=14.98;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:90:887,90,0 chrXV 515252 . A C 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.31;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:960,105,0 chrXV 515279 . G A 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.50;MQ0=0;QD=22.70;SB=-6.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1531,162,0 chrXV 515324 . A G 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=22.84;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1312,141,0 chrXV 515378 . T C 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.54;MQ0=0;QD=21.41;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:825,90,0 chrXV 515441 . T C 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.09;MQ0=0;QD=20.66;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:756,84,0 chrXV 515471 . A G 779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.08;MQ0=0;QD=20.50;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:90:812,90,0 chrXV 515506 . T C 1252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.86;MQ0=0;QD=23.19;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1285,138,0 chrXV 515571 . G A 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;QD=22.33;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1909,198,0 chrXV 515672 . G A 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.26;MQ0=0;QD=18.64;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:81:760,81,0 chrXV 515705 . G C 350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.75;MQ0=0;QD=13.46;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42:383,42,0 chrXV 515720 . C T 248 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.14;MQ0=0;QD=8.27;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:30:281,30,0 chrXV 515726 . C T 133.13 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=4.75;SB=-3.441e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:18:166,18,0 chrXV 515728 . A G 159.06 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=5.30;SB=-3.651e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:21:192,21,0 chrXV 515780 . T C 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=13.57;ReadPosRankSum=1.650;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:66:603,66,0 chrXV 515805 . A T 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.97;MQ0=0;QD=18.06;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:936,99,0 chrXV 515884 . T C 630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.11;MQ0=0;QD=20.32;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:663,75,0 chrXV 515885 . C T 639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.11;MQ0=0;QD=20.61;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:672,75,0 chrXV 515918 . C T 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;MQ0=0;QD=13.98;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:72:606,72,0 chrXV 515927 . G A 567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.04;MQ0=0;QD=12.60;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:66:600,66,0 chrXV 515935 . T C 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.59;MQ0=0;QD=11.85;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:66:578,66,0 chrXV 515948 . T C 553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=51;Dels=0.00;FS=16.606;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.38;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=10.84;ReadPosRankSum=2.862;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:66:586,66,0 chrXV 515981 . C T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DP=105;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=13.5536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:105:99:715,0,881 chrXV 516043 . G A 1437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.722;DP=137;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=7.9621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.399;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,72:137:99:1467,0,1103 chrXV 516055 . G A 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.565;DP=121;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,57:121:99:1003,0,1212 chrXV 516062 . T C 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;DP=111;Dels=0.00;FS=3.432;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.35;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:111:99:784,0,1135 chrXV 516077 . C T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DP=87;Dels=0.00;FS=6.964;HaplotypeScore=4.0447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.39;MQ0=0;MQRankSum=2.066;QD=7.24;ReadPosRankSum=-2.066;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:87:99:660,0,976 chrXV 516084 . T G 386.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.565;DP=77;Dels=0.00;FS=13.647;HaplotypeScore=2.5220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:416,0,1022 chrXV 516136 . G A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.188;DP=61;Dels=0.03;FS=3.707;HaplotypeScore=8.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.303;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:59:99:238,0,458 chrXV 516140 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=61;Dels=0.00;FS=5.223;HaplotypeScore=8.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.060;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:233,0,606 chrXV 516181 . C T 1507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;QD=18.38;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1540,162,0 chrXV 516212 . G A 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.32;MQ0=0;QD=14.19;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1211,138,0 chrXV 516229 . T A 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.97;MQ0=0;QD=13.22;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1011,111,0 chrXV 516231 . T C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.287;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:321,0,417 chrXV 516244 . A G 629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=68;Dels=0.00;FS=5.538;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.80;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.681;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:75:662,75,0 chrXV 516246 . C T 645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.84;MQ0=0;QD=9.63;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:72:678,72,0 chrXV 516270 . C T 1107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.03;MQ0=0;QD=10.16;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:1140,120,0 chrXV 516275 . C T 1185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.42;MQ0=0;QD=10.68;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:1218,129,0 chrXV 516336 . C T 2994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.97;MQ0=0;QD=15.84;SB=-2.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,189:189:99:3027,318,0 chrXV 516351 . C T 3124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.48;MQ0=0;QD=17.16;SB=-2.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:182:99:3157,330,0 chrXV 516357 . T G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.984;DP=169;Dels=0.00;FS=9.070;HaplotypeScore=4.2061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.856;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.581;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,78:169:99:793,0,1531 chrXV 516412 . T C 2573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=0;QD=20.92;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2606,291,0 chrXV 516432 . C T 1064.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.690;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:1094,0,1094 chrXV 516539 . A G 3440.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=0;QD=24.75;SB=-1.751e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:139:99:3440,375,0 chrXV 516665 . C T 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=16.69;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:99:99:1685,192,0 chrXV 516689 . G A 2064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.84;MQ0=0;QD=18.94;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2097,222,0 chrXV 516707 . T C 2107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=20.46;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:103:99:2140,234,0 chrXV 516828 . G A 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.43;MQ0=0;QD=17.79;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1581,174,0 chrXV 516832 . C T 1326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.48;MQ0=0;QD=15.24;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1359,144,0 chrXV 516857 . C T 1580 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.35;MQ0=0;QD=16.29;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1613,168,0 chrXV 516859 . C G 1504 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.86;MQ0=0;QD=15.67;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1537,165,0 chrXV 516864 . C T 1574 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.82;MQ0=0;QD=14.57;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1607,180,0 chrXV 516871 . T C 1482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=107;Dels=0.00;FS=4.496;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.700;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:1515,162,0 chrXV 516893 . G A 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.99;MQ0=0;QD=14.94;SB=-1.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:1706,183,0 chrXV 516896 . G A 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.08;MQ0=0;QD=14.43;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:1692,180,0 chrXV 517028 . A G 1409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=22.73;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1442,159,0 chrXV 517060 . C T 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.71;MQ0=0;QD=18.35;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:932,99,0 chrXV 517074 . T C 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=14.83;ReadPosRankSum=1.588;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:78:745,78,0 chrXV 517088 . C G 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=12.27;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:63:573,63,0 chrXV 517101 . T C 385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.39;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:45:418,45,0 chrXV 517102 . T C 403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=9.83;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:48:436,48,0 chrXV 517115 . C G 372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=8.27;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:45:405,45,0 chrXV 517134 . C T 790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.24;MQ0=0;QD=12.54;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:87:823,87,0 chrXV 517167 . G T 1315 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.67;MQ0=0;QD=17.53;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1348,138,0 chrXV 517216 . T C 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.14;MQ0=0;QD=17.43;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:81:99:1445,162,0 chrXV 517243 . A G 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=0;QD=19.00;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1363,156,0 chrXV 517285 . C T 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.509;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1119,132,0 chrXV 517286 . T C 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.621;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1042,126,0 chrXV 517301 . T C 1196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.69;MQ0=0;QD=19.29;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1229,141,0 chrXV 517410 . C G 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.26;MQ0=0;QD=20.43;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:789,87,0 chrXV 517420 . C T 887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.84;MQ0=0;QD=21.12;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:920,96,0 chrXV 517528 . C T 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.181;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:92:99:1666,177,0 chrXV 517533 . C A 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.357;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1595,171,0 chrXV 517614 . T G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.804;DP=99;Dels=0.00;FS=4.865;HaplotypeScore=2.7355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.291;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:99:99:475,0,529 chrXV 517619 . G A 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.30;MQ0=0;QD=13.67;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1318,141,0 chrXV 517635 . C T 1262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.389;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.080;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1295,138,0 chrXV 517639 . G A 1255 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=0;QD=12.81;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:1288,141,0 chrXV 517647 . C T 1122 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.06;MQ0=0;QD=11.81;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1155,123,0 chrXV 517648 . G A 1011 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.06;MQ0=0;QD=10.64;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1044,123,0 chrXV 517707 . A C 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.02;MQ0=0;QD=15.23;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:886,99,0 chrXV 517989 . G A 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.08;MQ0=0;QD=21.21;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1730,183,0 chrXV 518151 . A G 3150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=22.34;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:141:99:3183,345,0 chrXV 518299 . G A 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=18.95;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1587,183,0 chrXV 518346 . T C 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=17.92;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1305,144,0 chrXV 518509 . C T 5942.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=23.77;SB=-3.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,244:250:99:5942,631,0 chrXV 518604 . T G 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.00;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1413,153,0 chrXV 518700 . A G 1836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=21.10;ReadPosRankSum=1.692;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1869,201,0 chrXV 518701 . C T 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;QD=22.63;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1979,204,0 chrXV 518717 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;DP=96;Dels=0.00;FS=4.075;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.782;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.321;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:96:99:484,0,1012 chrXV 518743 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=111;Dels=0.00;FS=1.089;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-7.337;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,45:111:99:531,0,1078 chrXV 518748 . A G 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=105;Dels=0.00;FS=2.455;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-7.862;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:105:99:520,0,1082 chrXV 518763 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=100;Dels=0.00;FS=5.544;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-6.879;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:406,0,986 chrXV 518776 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.280;DP=92;Dels=0.00;FS=2.131;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-6.372;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.662;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:353,0,900 chrXV 518808 . G A 749.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=118;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=9.4902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.363;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.805;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:118:99:779,0,998 chrXV 518810 . T C 753.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.534;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=-4.024;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.436;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:117:99:783,0,1047 chrXV 518814 . T C 690.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.932;DP=112;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=4.7581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.234;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:112:99:720,0,1011 chrXV 518865 . A G 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.594;DP=123;Dels=0.00;FS=16.317;HaplotypeScore=10.3336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.121;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,66:123:99:1023,0,1017 chrXV 518877 . C G 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=109;Dels=0.00;FS=40.655;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:109:99:894,0,818 chrXV 519037 . A C 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.675;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1188,132,0 chrXV 519048 . T A 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=18.27;ReadPosRankSum=2.344;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:71:99:1330,138,0 chrXV 519085 . T C 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;DP=48;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:211,0,450 chrXV 519111 . A C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;DP=52;Dels=0.00;FS=4.222;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=4.271;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:206,0,534 chrXV 519432 . C T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=62;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=5.6084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=1.408;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:504,0,500 chrXV 519516 . C G 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.04;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1135,126,0 chrXV 519651 . A G 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.18;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1563,174,0 chrXV 519771 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=59;Dels=0.00;FS=18.701;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.206;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:530,0,570 chrXV 519868 . A T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=47;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.373;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:496,0,370 chrXV 520009 . G A 2700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=21.95;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2733,288,0 chrXV 520142 . G C 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=20.14;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:96:879,96,0 chrXV 520262 . A T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;DP=43;Dels=0.00;FS=1.561;HaplotypeScore=1.6809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.620;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:322,0,348 chrXV 520282 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;DP=47;Dels=0.00;FS=3.066;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.415;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:339,0,341 chrXV 520321 . C G 1206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=19.45;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1239,135,0 chrXV 520330 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=1.475;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.431;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:363,0,624 chrXV 520372 . G A 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=19.10;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1313,147,0 chrXV 520488 . G T 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=31;Dels=0.00;FS=3.541;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.980;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:88:88,0,247 chrXV 520499 . A T 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=35;Dels=0.00;FS=7.279;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.383;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.050;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:149,0,162 chrXV 520515 . T G 409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.8642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=12.78;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:48:442,48,0 chrXV 520650 . T C 2257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=24.53;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:2290,246,0 chrXV 520667 . G T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.669;DP=91;Dels=0.00;FS=1.002;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.464;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:646,0,986 chrXV 520674 . C A 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=18.63;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1766,210,0 chrXV 520701 . A T 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=56;Dels=0.00;FS=4.694;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.609;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:906,99,0 chrXV 520731 . A G 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;DP=36;Dels=0.00;FS=1.357;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.765;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:142,0,259 chrXV 520774 . C T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DP=45;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.857;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:376,0,380 chrXV 520870 . G A 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=40;Dels=0.00;FS=8.936;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.848;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.097;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:119,0,572 chrXV 520872 . T C 81.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=43;Dels=0.00;FS=14.701;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.637;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:111,0,645 chrXV 521151 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=57;Dels=0.00;FS=5.573;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.754;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:396,0,760 chrXV 521161 . C T 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.741;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.364;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:759,0,384 chrXV 521292 . C T 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=130;Dels=0.00;FS=5.585;HaplotypeScore=13.9114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,58:130:99:1038,0,1036 chrXV 521415 . C T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DP=49;Dels=0.00;FS=6.645;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.530;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:476,0,398 chrXV 521442 . G C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=58;Dels=0.00;FS=13.594;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.445;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:447,0,549 chrXV 521445 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;DP=58;Dels=0.00;FS=8.426;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.841;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:450,0,499 chrXV 521639 . A T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.363;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:677,0,341 chrXV 521664 . C G 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.465;DP=47;Dels=0.00;FS=12.507;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:520,0,267 chrXV 521727 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;DP=30;Dels=0.00;FS=1.630;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:30:99:392,0,129 chrXV 521781 . A G 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=29;Dels=0.00;FS=5.907;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.126;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:29:99:270,0,135 chrXV 521864 . C T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.758;DP=35;Dels=0.00;FS=1.313;HaplotypeScore=3.5891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:318,0,229 chrXV 522406 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.581;DP=57;Dels=0.00;FS=2.316;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.601;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:529,0,326 chrXV 522411 . T A 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=61;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:362,0,551 chrXV 522422 . A G 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;DP=64;Dels=0.00;FS=5.123;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.503;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:64:99:485,0,578 chrXV 522848 . G T 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DP=45;Dels=0.00;FS=3.124;HaplotypeScore=13.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:70:212,0,70 chrXV 523000 . G A 519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.62;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:552,57,0 chrXV 523506 . C T 818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=20.97;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:851,93,0 chrXV 523527 . C T 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=18.93;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:90:847,90,0 chrXV 523553 . C A 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=46;Dels=0.00;FS=1.469;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=2.089;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,14:46:99:195,0,513 chrXV 523905 . C T 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=13.72;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:84:774,84,0 chrXV 524124 . T C 944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.51;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:977,102,0 chrXV 524250 . C T 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.88;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:994,102,0 chrXV 524541 . G A 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=21.36;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:738,78,0 chrXV 524664 . T C 698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=20.53;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:78:731,78,0 chrXV 524711 . T A 851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:93:884,93,0 chrXV 524727 . T C 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=8.270;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=18.19;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:96:888,96,0 chrXV 524958 . A C 1711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=26.32;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1744,183,0 chrXV 525016 . T C 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=20.59;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:692,75,0 chrXV 525148 . T A 570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63:603,63,0 chrXV 525158 . G A 619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=21.34;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:652,66,0 chrXV 525385 . T A 680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=17.44;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:713,81,0 chrXV 525506 . G A 817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=19.00;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96:850,96,0 chrXV 525568 . T C 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=5.051;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.625;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:63:570,63,0 chrXV 525601 . T C 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=20.70;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:592,63,0 chrXV 525838 . T C 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.14;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1352,144,0 chrXV 525985 . T C 1120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=47;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=23.83;ReadPosRankSum=2.240;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1153,123,0 chrXV 526015 . A T 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=24.16;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1676,171,0 chrXV 526144 . A C 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=94;Dels=0.00;FS=7.056;HaplotypeScore=8.4516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=22.01;ReadPosRankSum=2.397;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:94:99:2102,231,0 chrXV 526210 . C T 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=22.24;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1723,177,0 chrXV 526270 . C T 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=17.26;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1103,117,0 chrXV 526390 . T C 2330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:100:99:2363,252,0 chrXV 526435 . C T 2700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=22.50;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2733,291,0 chrXV 526628 . A G 1044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=16.06;ReadPosRankSum=1.678;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1077,117,0 chrXV 526705 . T A 1834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.787;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:100:99:1867,204,0 chrXV 527008 . C A 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=20.95;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1185,123,0 chrXV 527017 . A G 1334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;QD=19.33;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1367,150,0 chrXV 527323 . T C 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=3.405;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.657;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1041,111,0 chrXV 527497 . G C 2325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=22.79;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2358,258,0 chrXV 527635 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=2.141;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:471,0,413 chrXV 527698 . C T 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.69;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:78:762,78,0 chrXV 527986 . C T 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=20.00;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:733,81,0 chrXV 528085 . G T 280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=14.74;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:33:313,33,0 chrXV 528112 . T G 265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=13.25;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:33:298,33,0 chrXV 528237 . C T 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.79;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:93:839,93,0 chrXV 528349 . A T 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=46;Dels=0.00;FS=9.165;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=22.04;ReadPosRankSum=2.341;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1047,108,0 chrXV 528477 . C T 206.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.81;MQ0=0;QD=14.72;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:27:239,27,0 chrXV 528487 . C T 164.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.08;MQ0=0;QD=12.62;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:21:197,21,0 chrXV 528799 . A T 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=17.26;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1379,141,0 chrXV 528813 . A G 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=17.38;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:92:99:1632,180,0 chrXV 529055 . C T 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.471;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:132,0,406 chrXV 529675 . G A 2271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.91;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2304,243,0 chrXV 529807 . G C 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=22.23;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1567,168,0 chrXV 529863 . G A 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=24.68;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2180,231,0 chrXV 530019 . C G 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=46;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=5.8086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:271,0,463 chrXV 530023 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;DP=44;Dels=0.00;FS=9.840;HaplotypeScore=3.2524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:505,0,234 chrXV 530757 . G A 2657 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=23.94;SB=-1.408e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2690,282,0 chrXV 530989 . G A 2177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=22.92;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2210,243,0 chrXV 531421 . A G 992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=23.07;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:99:1025,111,0 chrXV 531654 . A C 954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=42;Dels=0.00;FS=3.575;HaplotypeScore=4.5060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=22.71;ReadPosRankSum=1.225;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:42:99:987,108,0 chrXV 532110 . C T 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=19.91;ReadPosRankSum=1.694;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1905,201,0 chrXV 532911 . G A 1212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=24.73;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1245,129,0 chrXV 533280 . A G 1008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=45;Dels=0.00;FS=9.744;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=22.40;ReadPosRankSum=2.341;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:1041,111,0 chrXV 533325 . T C 561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=20.78;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:594,66,0 chrXV 533398 . A C 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=20.97;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:767,81,0 chrXV 533423 . G A 1041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=52;Dels=0.00;FS=4.372;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=20.02;ReadPosRankSum=1.666;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1074,114,0 chrXV 533520 . A G 1616 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=23.42;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1649,180,0 chrXV 533544 . G A 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.40;MQ0=0;QD=23.45;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1557,165,0 chrXV 533625 . A G 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78:697,78,0 chrXV 533670 . A G 572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=17.87;ReadPosRankSum=1.625;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:69:605,69,0 chrXV 533983 . T C 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.57;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:942,102,0 chrXV 534213 . C T 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=17.65;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:845,90,0 chrXV 534218 . T C 662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=16.55;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:695,78,0 chrXV 534491 . G A 101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DP=45;Dels=0.00;FS=4.949;HaplotypeScore=1.9581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.36;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:131,0,298 chrXV 534542 . C T 361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.92;MQ0=0;QD=6.94;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:42:394,42,0 chrXV 534846 . G A 2274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=20.67;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2307,252,0 chrXV 534977 . G A 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.347;DP=109;Dels=0.00;FS=9.348;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.525;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:109:99:1075,0,851 chrXV 535103 . T C 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=73;Dels=0.00;FS=2.716;HaplotypeScore=9.7425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=20.96;ReadPosRankSum=2.349;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1563,171,0 chrXV 535304 . A G 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.87;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1433,159,0 chrXV 535577 . A G 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=17.68;ReadPosRankSum=1.556;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1094,117,0 chrXV 535793 . A G 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=19.07;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1120,120,0 chrXV 535943 . T C 676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:56:709,56,0 chrXV 536145 . C T 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.75;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1387,147,0 chrXV 536192 . A G 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=60;Dels=0.00;FS=5.873;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.673;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:60:99:1282,141,0 chrXV 536237 . T C 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.33;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1456,162,0 chrXV 536384 . G A 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=20.11;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:1441,159,0 chrXV 536410 . C T 1440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=21.18;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1473,156,0 chrXV 536558 . C T 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=20.88;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1766,192,0 chrXV 536862 . A G 264 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=7.33;ReadPosRankSum=2.314;SB=-1.087e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:33:297,33,0 chrXV 536881 . C T 413 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=9.60;SB=-6.588e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:51:446,51,0 chrXV 537053 . T C 188.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.89;SB=-2.367e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:24:221,24,0 chrXV 537121 . T C 380 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=23.75;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:45:413,45,0 chrXV 537181 . C T 370 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=26.43;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:403,42,0 chrXV 537445 . C T 2048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.81;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2081,219,0 chrXV 537484 . T C 2585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=25.10;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2618,285,0 chrXV 537556 . C T 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=20.67;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1728,183,0 chrXV 537611 . T C 2037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=24.54;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2070,225,0 chrXV 537738 . C T 2183 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=21.61;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2216,243,0 chrXV 537790 . G C 2541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:115:99:2574,279,0 chrXV 538068 . G C 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=21.89;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1653,180,0 chrXV 538230 . G A 2882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=24.22;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2915,306,0 chrXV 538299 . A G 1873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=23.12;SB=-1.092e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1906,210,0 chrXV 538389 . A G 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=22.08;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:59:99:1336,144,0 chrXV 538395 . G A 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=24.25;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:65:99:1609,168,0 chrXV 538466 . T C 2509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.934;DP=109;Dels=0.00;FS=6.116;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=23.02;ReadPosRankSum=2.934;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:109:99:2542,276,0 chrXV 538489 . A G 2866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.22;SB=-1.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:2899,306,0 chrXV 538583 . A G 2974 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=21.40;SB=-1.834e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:3007,327,0 chrXV 538584 . C A 3008 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=21.80;SB=-1.896e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3041,321,0 chrXV 538585 . C T 3011 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.80;MQ0=0;QD=21.82;SB=-1.886e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:3044,324,0 chrXV 538758 . G A 2271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=19.41;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:117:99:2304,255,0 chrXV 538794 . G A 2625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=21.34;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2658,288,0 chrXV 538866 . C T 2356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=22.65;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2389,246,0 chrXV 538917 . G C 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;DP=113;Dels=0.00;FS=7.799;HaplotypeScore=15.2369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=1.720;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:113:99:893,0,972 chrXV 539133 . C T 3333.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=24.51;SB=-1.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:3333,348,0 chrXV 539577 . T C 1415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=22.11;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1448,153,0 chrXV 539639 . A T 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=22.15;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1827,192,0 chrXV 539640 . A C 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.169;QD=21.35;ReadPosRankSum=2.388;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:81:99:1762,192,0 chrXV 539719 . G A 2701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.55;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2734,291,0 chrXV 540873 . A G 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=22.24;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1501,162,0 chrXV 540930 . T C 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.039;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=16.73;ReadPosRankSum=2.395;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:93:99:1589,171,0 chrXV 540998 . C T 1969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.64;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2002,213,0 chrXV 541182 . G A 2403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.551;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.0221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=20.36;ReadPosRankSum=1.341;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:2436,261,0 chrXV 541377 . A G 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=21.11;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1532,162,0 chrXV 541674 . C T 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=18.84;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1333,135,0 chrXV 541939 . T C 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=20.83;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1116,123,0 chrXV 542319 . A T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=43;Dels=0.00;FS=9.359;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:580,0,232 chrXV 542472 . T G 2481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=24.32;SB=-8.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2514,276,0 chrXV 542699 . A G 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=41;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=18.34;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:87:785,87,0 chrXV 542841 . T C 1523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=17.11;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1556,168,0 chrXV 542889 . T C 1500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=82;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=12.5529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=18.29;ReadPosRankSum=1.646;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:82:99:1533,165,0 chrXV 542952 . A G 920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=21.40;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:953,108,0 chrXV 543081 . T C 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.95;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:96:889,96,0 chrXV 543282 . C T 1175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=23.98;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1208,126,0 chrXV 545340 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.258;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:351,0,271 chrXV 545736 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=31;Dels=0.00;FS=8.080;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:266,0,235 chrXV 546123 . A C 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=79;Dels=0.00;FS=4.769;HaplotypeScore=13.1573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:79:99:695,0,822 chrXV 546489 . G A 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.837;DP=107;Dels=0.00;FS=3.559;HaplotypeScore=11.5566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.796;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.664;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:107:99:957,0,855 chrXV 547232 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;DP=67;Dels=0.00;FS=2.006;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.474;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:769,0,504 chrXV 547442 . G A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=73;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:619,0,549 chrXV 547477 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=47;Dels=0.00;FS=2.505;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=6.81;ReadPosRankSum=2.254;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:350,0,411 chrXV 547558 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.200;DP=53;Dels=0.00;FS=4.176;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.382;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:528,0,433 chrXV 547969 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=61;Dels=0.00;FS=9.438;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:462,0,631 chrXV 548158 . C T 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=8.12;ReadPosRankSum=2.114;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:631,0,664 chrXV 548302 . T G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;DP=83;Dels=0.00;FS=9.327;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.380;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:680,0,742 chrXV 548428 . C T 914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;DP=100;Dels=0.00;FS=1.882;HaplotypeScore=13.6443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=2.129;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.477;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,56:100:99:944,0,841 chrXV 548471 . C G 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=89;Dels=0.00;FS=0.941;HaplotypeScore=14.2756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=12.36;ReadPosRankSum=-2.251;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,58:89:99:1130,0,413 chrXV 548602 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.420;DP=100;Dels=0.00;FS=4.634;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.202;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:100:99:652,0,799 chrXV 548616 . A G 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.155;DP=104;Dels=0.00;FS=4.275;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:104:99:945,0,830 chrXV 548673 . C A 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.057;DP=124;Dels=0.00;FS=7.154;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.457;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.975;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,71:124:99:1250,0,1031 chrXV 549034 . T C 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.600;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:66:99:437,0,647 chrXV 549059 . G A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=66;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=6.8735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,42:66:99:688,0,339 chrXV 549127 . G A 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=80;Dels=0.00;FS=6.085;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:873,0,602 chrXV 549314 . C T 2955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=23.27;SB=-1.647e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:2988,312,0 chrXV 549622 . A G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.263;DP=105;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.156;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:763,0,908 chrXV 549734 . C T 1243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=115;Dels=0.00;FS=4.721;HaplotypeScore=10.3604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,70:115:99:1273,0,644 chrXV 549899 . G A 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.517;DP=75;Dels=0.00;FS=1.958;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:637,0,623 chrXV 549932 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:539,0,635 chrXV 550196 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DP=67;Dels=0.00;FS=4.876;HaplotypeScore=7.3512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.719;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:463,0,672 chrXV 550403 . A T 181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.669;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:211,0,160 chrXV 550436 . A G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;DP=29;Dels=0.00;FS=6.237;HaplotypeScore=1.8401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.302;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:196,0,269 chrXV 550493 . G C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=46;Dels=0.02;FS=1.413;HaplotypeScore=9.3755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.197;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:45:99:182,0,296 chrXV 550623 . T C 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=3.478;HaplotypeScore=6.9862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=19.02;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:965,108,0 chrXV 550812 . C T 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=3.80;ReadPosRankSum=-2.096;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:144,0,334 chrXV 551039 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.753;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:51:99:568,0,393 chrXV 551128 . A G 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;DP=58;Dels=0.00;FS=3.817;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.957;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:427,0,537 chrXV 551234 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:632,0,484 chrXV 551353 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;DP=39;Dels=0.00;FS=1.252;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:307,0,425 chrXV 551437 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:327,0,285 chrXV 551813 . G A 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;DP=99;Dels=0.00;FS=2.257;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.887;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.454;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:99:99:1011,0,1032 chrXV 551830 . G A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.977;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:803,0,896 chrXV 551881 . A G 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DP=83;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=2.666;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:799,0,689 chrXV 551928 . A T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;DP=59;Dels=0.00;FS=0.995;HaplotypeScore=7.7840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.640;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:330,0,649 chrXV 552069 . C T 1601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.248;DP=156;Dels=0.00;FS=5.233;HaplotypeScore=5.0653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,87:156:99:1631,0,1168 chrXV 552367 . G A 1072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.950;DP=105;Dels=0.00;FS=8.877;HaplotypeScore=16.6710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.830;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.317;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,61:105:99:1102,0,644 chrXV 552421 . A T 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.149;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:935,0,767 chrXV 552775 . C G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;DP=62;Dels=0.00;FS=4.111;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:423,0,791 chrXV 553072 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=71;Dels=0.00;FS=8.508;HaplotypeScore=4.8885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.409;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:71:99:468,0,789 chrXV 553085 . C T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=80;Dels=0.00;FS=9.350;HaplotypeScore=5.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:476,0,881 chrXV 553150 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.861;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.068;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.278;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:518,0,723 chrXV 553386 . C T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=5.92;ReadPosRankSum=-2.015;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:308,0,406 chrXV 553641 . C A 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:76:99:550,0,320 chrXV 553642 . C A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:598,0,343 chrXV 553950 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=45;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.927;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:424,0,332 chrXV 554068 . A T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=74;Dels=0.00;FS=7.877;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.895;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:477,0,811 chrXV 554076 . G A 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=71;Dels=0.00;FS=8.290;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.437;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:683,0,537 chrXV 554353 . T A 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;DP=75;Dels=0.00;FS=1.950;HaplotypeScore=7.4450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:327,0,885 chrXV 554402 . C A 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.610;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.200;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.610;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:85:99:742,0,710 chrXV 554618 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:497,0,379 chrXV 554842 . C T 1620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.878;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.911;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,83:171:99:1650,0,1497 chrXV 554893 . T C 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;DP=108;Dels=0.00;FS=9.719;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,61:108:99:1161,0,875 chrXV 554987 . C T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.425;DP=83;Dels=0.00;FS=2.902;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=9.05;ReadPosRankSum=-2.593;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:781,0,681 chrXV 555037 . G A 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.884;DP=92;Dels=0.00;FS=14.326;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.004;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:937,0,710 chrXV 555166 . G A 1091.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.514;DP=144;Dels=0.00;FS=3.199;HaplotypeScore=16.6741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.469;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,75:144:99:1121,0,937 chrXV 555261 . A G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.226;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.072;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:86:99:868,0,659 chrXV 555451 . A G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=70;Dels=0.00;FS=0.898;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:717,0,478 chrXV 556870 . T G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DP=47;Dels=0.00;FS=7.204;HaplotypeScore=7.2157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.539;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:99:554,0,257 chrXV 557021 . T A 2054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DP=93;Dels=0.00;FS=6.163;HaplotypeScore=5.0833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=22.09;ReadPosRankSum=2.291;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:2087,219,0 chrXV 557056 . T C 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;DP=86;Dels=0.00;FS=4.128;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=6.13;ReadPosRankSum=-2.416;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:557,0,904 chrXV 557194 . T G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DP=52;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.713;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:538,0,435 chrXV 557623 . T C 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.771;DP=66;Dels=0.00;FS=6.027;HaplotypeScore=3.1488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=19.29;ReadPosRankSum=2.740;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1306,141,0 chrXV 557722 . T C 495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.07;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57:528,57,0 chrXV 557758 . A G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=45;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.936;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:471,0,358 chrXV 557821 . T G 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=61;Dels=0.00;FS=2.149;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:445,0,677 chrXV 557831 . G A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=66;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.098;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:451,0,624 chrXV 557867 . C A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.764;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.604;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:579,0,485 chrXV 558155 . G C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:87:99:711,0,754 chrXV 558381 . T A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.253;DP=64;Dels=0.00;FS=8.931;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:387,0,683 chrXV 558497 . G A 1529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.17;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1562,165,0 chrXV 558913 . G C 3952.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=24.40;SB=-1.631e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:162:99:3952,423,0 chrXV 558953 . G A 3380.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=25.04;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:3380,357,0 chrXV 559459 . T C 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=18.62;ReadPosRankSum=2.345;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:48:99:927,102,0 chrXV 559465 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;DP=54;Dels=0.02;FS=1.275;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.064;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:421,0,401 chrXV 559477 . T C 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=17.83;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:978,108,0 chrXV 559591 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=50;Dels=0.00;FS=1.065;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:502,0,380 chrXV 559714 . T A 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=28;Dels=0.00;FS=1.549;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.474;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:219,0,248 chrXV 559768 . T G 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=3.090;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=23.47;ReadPosRankSum=1.606;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1324,144,0 chrXV 560189 . T A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.5341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.332;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:418,0,677 chrXV 560432 . G A 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=46;Dels=0.00;FS=1.137;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:387,0,401 chrXV 560585 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;DP=47;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:409,0,529 chrXV 560610 . A G 1097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=25.51;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1130,123,0 chrXV 560807 . A G 730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DP=54;Dels=0.00;FS=5.504;HaplotypeScore=25.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=13.52;ReadPosRankSum=2.675;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:84:763,84,0 chrXV 561511 . G A 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:547,0,231 chrXV 562082 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:406,0,204 chrXV 562162 . C T 780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=21.67;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84:813,84,0 chrXV 562357 . G A 714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=23.03;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:78:747,78,0 chrXV 562468 . A G 1093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=23.76;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1126,120,0 chrXV 562487 . A C 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=51;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.699;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.432;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:51:99:367,0,500 chrXV 562567 . C T 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=22.27;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1458,153,0 chrXV 562672 . G C 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=21.09;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1172,132,0 chrXV 562688 . A C 1086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.79;MQ0=0;QD=22.16;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1119,120,0 chrXV 562716 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=59;Dels=0.00;FS=10.891;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=10.64;ReadPosRankSum=2.528;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:658,0,362 chrXV 562828 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DP=57;Dels=0.00;FS=19.360;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.961;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:461,0,663 chrXV 563008 . G A 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=19.74;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1474,156,0 chrXV 563766 . T C 1721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=24.24;ReadPosRankSum=1.683;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1754,189,0 chrXV 563862 . A G 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=15.95;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1564,171,0 chrXV 563917 . G A 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.14;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2347,243,0 chrXV 563945 . A G 2082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=21.69;ReadPosRankSum=1.696;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2115,222,0 chrXV 564195 . G A 1298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.659;DP=150;Dels=0.00;FS=6.274;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.100;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,67:150:99:1328,0,1605 chrXV 564207 . T G 3157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=21.05;ReadPosRankSum=2.368;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,148:150:99:3190,357,0 chrXV 564208 . C A 3342.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=22.89;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3342,343,0 chrXV 564258 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.169;DP=85;Dels=0.00;FS=0.844;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,51:85:99:755,0,352 chrXV 564299 . G C 1519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=19.73;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1552,168,0 chrXV 564451 . A G 4376.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=24.45;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.942e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,178:179:99:4376,483,0 chrXV 564554 . T C 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=89;Dels=0.00;FS=5.706;HaplotypeScore=4.9710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:89:99:400,0,1039 chrXV 564575 . C T 1722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1755,180,0 chrXV 565820 . A G 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=76;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=2.070;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.187;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:646,0,475 chrXV 565891 . T C 2859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.664e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2892,318,0 chrXV 566126 . T A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=80;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=3.4046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:80:99:822,0,521 chrXV 566165 . T C 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=3.603;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=18.89;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1.155e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:1809,192,0 chrXV 566210 . A G 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=19.28;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:1730,186,0 chrXV 566306 . T A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=72;Dels=0.00;FS=10.045;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:700,0,526 chrXV 566353 . G A 1735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=21.69;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1768,186,0 chrXV 566373 . A C 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=22.78;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1833,195,0 chrXV 566430 . G T 1546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=19.09;ReadPosRankSum=0.241;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:1579,165,0 chrXV 566502 . A G 1299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.10;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1332,147,0 chrXV 566542 . A C 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=19.91;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1307,141,0 chrXV 566564 . A C 1464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.87;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1497,168,0 chrXV 566820 . A T 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=21.52;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1518,165,0 chrXV 567085 . T C 1923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.13;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1956,213,0 chrXV 567230 . C G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.721;DP=30;Dels=0.00;FS=16.431;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.559;SB=-9.799e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:285,0,204 chrXV 567262 . G A 518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=17.86;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57:551,57,0 chrXV 567267 . C T 513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.00;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:546,57,0 chrXV 567276 . A G 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=17.22;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:498,54,0 chrXV 567367 . C T 1204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=24.57;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1237,129,0 chrXV 568141 . T C 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.713;DP=70;Dels=0.00;FS=6.074;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=18.36;ReadPosRankSum=2.895;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:70:99:1318,141,0 chrXV 568292 . C T 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DP=62;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=3.872;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.929;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:711,0,509 chrXV 568373 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=43;Dels=0.00;FS=6.527;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.230;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:43:99:391,0,273 chrXV 568707 . G A 1804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.27;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1837,195,0 chrXV 568994 . C T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.731;DP=105;Dels=0.00;FS=2.597;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.860;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.276;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,46:105:99:849,0,1080 chrXV 569058 . T A 1832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.36;SB=-5.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1865,201,0 chrXV 569259 . A G 1730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=20.84;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1763,192,0 chrXV 569690 . G A 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=91.2774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=9.75;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:106:99:1067,111,0 chrXV 569770 . C T 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=17.27;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:1812,198,0 chrXV 569787 . A G 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=86;Dels=0.00;FS=3.217;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=21.71;ReadPosRankSum=1.652;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:1900,210,0 chrXV 569825 . C T 1740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=18.32;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1773,198,0 chrXV 570373 . A T 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=27;Dels=0.00;FS=6.812;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=21.44;ReadPosRankSum=1.589;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:63:612,63,0 chrXV 571079 . T C 1945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=24.31;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1978,216,0 chrXV 571108 . C T 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=23.25;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1777,186,0 chrXV 571191 . G A 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.059;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:705,0,740 chrXV 571256 . A C 2320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=20.35;ReadPosRankSum=1.611;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:2353,246,0 chrXV 571300 . G T 3618.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.80;SB=-1.820e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:3618,381,0 chrXV 571406 . A G 3356.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DP=131;Dels=0.00;FS=15.037;HaplotypeScore=5.2060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=25.62;ReadPosRankSum=2.947;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:131:99:3356,372,0 chrXV 571445 . G C 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.511;DP=99;Dels=0.00;FS=0.783;HaplotypeScore=9.2067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:99:99:998,0,866 chrXV 571487 . G A 2223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=19.50;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2256,255,0 chrXV 571939 . G A 999.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=96;Dels=0.00;FS=3.961;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:1029,0,609 chrXV 571944 . C G 517.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;DP=88;Dels=0.00;FS=7.256;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.023;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:547,0,852 chrXV 571945 . C T 1774 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=20.16;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1807,186,0 chrXV 572041 . G A 2157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=21.79;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2190,231,0 chrXV 572050 . T G 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;DP=103;Dels=0.00;FS=1.171;HaplotypeScore=7.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.683;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.003;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:103:99:840,0,935 chrXV 572102 . C T 2470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.784;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=19.00;ReadPosRankSum=3.391;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:130:99:2503,267,0 chrXV 572407 . T C 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=20.46;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1138,126,0 chrXV 572419 . T C 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=21.33;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1462,162,0 chrXV 572849 . T C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=39;Dels=0.00;FS=10.179;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=1.623;QD=7.64;ReadPosRankSum=-2.120;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:328,0,378 chrXV 572941 . A G 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=17.94;ReadPosRankSum=2.372;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1163,129,0 chrXV 573228 . T C 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=18.94;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:942,102,0 chrXV 573248 . A G 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=18.55;SB=-6.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:979,108,0 chrXV 573308 . G A 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.680;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:179,0,366 chrXV 573312 . T C 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.16;MQ0=0;QD=12.68;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:69:629,69,0 chrXV 573320 . C A 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=51;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.175;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:181,0,386 chrXV 573324 . A T 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.80;MQ0=0;QD=13.65;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:81:770,81,0 chrXV 573358 . A G 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.43;MQ0=0;QD=12.97;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:928,102,0 chrXV 573377 . A G 835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;QD=14.40;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:93:868,93,0 chrXV 573378 . A G 825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.53;MQ0=0;QD=14.22;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:93:858,93,0 chrXV 573442 . C T 994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=15.53;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1027,108,0 chrXV 574266 . A T 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=23.51;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:856,87,0 chrXV 574378 . G A 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.40;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1198,126,0 chrXV 574383 . A T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;DP=56;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:411,0,576 chrXV 574716 . C T 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=23.08;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:887,93,0 chrXV 574776 . T C 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=7.871;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=19.08;ReadPosRankSum=1.520;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:968,108,0 chrXV 574821 . C T 1794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=19.09;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1827,204,0 chrXV 575075 . A G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;DP=17;Dels=0.00;FS=4.598;HaplotypeScore=1.4450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.529;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:122,0,190 chrXV 575076 . G T 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;DP=16;Dels=0.00;FS=5.021;HaplotypeScore=1.4450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.431;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.772;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:16:99:124,0,162 chrXV 575376 . C G 85.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.67;MQ0=18;MQRankSum=-0.529;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.309;SB=-6.526e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:55:115,0,55 chrXV 575544 . A G 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=18;Dels=0.00;FS=10.843;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.55;MQ0=0;MQRankSum=2.496;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:41:41,0,255 chrXV 577242 . C T 401 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.06;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:45:434,45,0 chrXV 577461 . C T 236.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=39;Dels=0.00;FS=8.667;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.613;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:266,0,511 chrXV 577639 . A G 1706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=4.239;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=24.72;ReadPosRankSum=1.682;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1739,186,0 chrXV 577770 . T A 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=88;Dels=0.00;FS=1.697;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.269;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:888,0,820 chrXV 577787 . G C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;DP=75;Dels=0.01;FS=0.900;HaplotypeScore=5.4663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.175;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:74:99:693,0,734 chrXV 577827 . C T 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=21.39;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1402,144,0 chrXV 577890 . C T 1087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=20.13;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1120,117,0 chrXV 577985 . G T 2479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=23.84;SB=-1.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:2512,261,0 chrXV 578058 . G A 1101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=17.20;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1134,120,0 chrXV 578644 . T C 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=20.49;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:1734,192,0 chrXV 578704 . A T 2187 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.55;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2220,234,0 chrXV 578986 . T C 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=20.56;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1493,165,0 chrXV 579050 . T C 2230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=25.34;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2263,249,0 chrXV 579079 . A G 2318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=22.95;SB=-1.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2351,255,0 chrXV 579389 . A G 1478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=20.82;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1511,165,0 chrXV 579864 . G T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DP=33;Dels=0.00;FS=1.352;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.568;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.455;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:351,0,126 chrXV 580033 . C A 829.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=89;Dels=0.00;FS=6.480;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.174;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:89:99:859,0,639 chrXV 580144 . T A 391 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.77;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48:424,48,0 chrXV 580206 . A G 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=25.57;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:928,102,0 chrXV 580333 . C G 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=24.83;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84:778,84,0 chrXV 580495 . G A 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=45;Dels=0.00;FS=4.591;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:45:99:554,0,186 chrXV 580579 . T C 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=19.41;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:96:887,96,0 chrXV 580595 . T C 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=20.65;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:983,105,0 chrXV 580924 . G A 1296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=22.34;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1329,141,0 chrXV 580957 . T C 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;DP=61;Dels=0.00;FS=3.707;HaplotypeScore=5.7087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:61:99:453,0,500 chrXV 581173 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.563;DP=69;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:69:99:701,0,496 chrXV 581278 . A T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=56;Dels=0.00;FS=2.401;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.727;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:56:99:343,0,751 chrXV 581305 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=57;Dels=0.00;FS=7.398;HaplotypeScore=3.9822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:405,0,582 chrXV 581450 . T C 1466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.21;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1499,162,0 chrXV 581692 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.133;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,29:47:76:516,0,76 chrXV 581732 . G A 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=99;Dels=0.00;FS=10.679;HaplotypeScore=6.1040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,64:99:99:1047,0,644 chrXV 582005 . C T 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=19.97;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1611,168,0 chrXV 582590 . G A 1251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.95;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1284,135,0 chrXV 582755 . T C 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;DP=86;Dels=0.00;FS=7.785;HaplotypeScore=9.5029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.907;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:802,0,457 chrXV 582812 . G C 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=11.37;ReadPosRankSum=2.231;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:70:99:826,0,389 chrXV 583246 . G A 972.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;DP=130;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:129:99:1002,0,803 chrXV 583307 . T C 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;DP=140;Dels=0.00;FS=9.418;HaplotypeScore=15.7997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.143;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,59:140:99:843,0,1270 chrXV 583591 . G A 1343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.347;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,78:138:99:1373,0,1007 chrXV 584081 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.670;DP=68;Dels=0.00;FS=3.415;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:431,0,825 chrXV 584102 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;DP=74;Dels=0.00;FS=8.345;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.479;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.550;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:74:99:434,0,899 chrXV 584552 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=71;Dels=0.00;FS=2.394;HaplotypeScore=5.6001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.110;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:71:99:587,0,469 chrXV 584993 . C T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.064;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:73:99:366,0,656 chrXV 585188 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DP=28;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=7.0414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.110;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:28:99:189,0,195 chrXV 585293 . A G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=50;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=5.0495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.090;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:419,0,352 chrXV 585299 . A G 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DP=53;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.229;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:356,0,454 chrXV 585314 . T C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=46;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=2.143;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:46:99:516,0,321 chrXV 585644 . T C 540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=21.60;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63:573,63,0 chrXV 585678 . C T 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=31;Dels=0.00;FS=3.552;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.052;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:77:77,0,331 chrXV 585683 . T C 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=14.76;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:57:520,57,0 chrXV 585722 . A G 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.280;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:82:82,0,281 chrXV 585728 . T C 400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=32;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.625;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:48:433,48,0 chrXV 585808 . T C 471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.43;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:504,54,0 chrXV 585970 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.633;DP=37;Dels=0.00;FS=2.879;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.169;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:275,0,351 chrXV 586076 . A T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=28;Dels=0.00;FS=1.545;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:239,0,153 chrXV 586108 . C T 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DP=23;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.031;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:142,0,131 chrXV 586109 . G A 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=23;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:124,0,127 chrXV 586143 . G A 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=19;Dels=0.00;FS=4.320;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:81:171,0,81 chrXV 586164 . T C 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=18;Dels=0.00;FS=4.359;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.815;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:84:158,0,84 chrXV 586304 . T C 768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=18.29;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:801,87,0 chrXV 586345 . T C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.721;DP=66;Dels=0.00;FS=2.075;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.925;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:416,0,591 chrXV 586402 . T C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.203;DP=57;Dels=0.00;FS=1.093;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:57:99:434,0,461 chrXV 586515 . C T 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;DP=28;Dels=0.00;FS=1.606;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.766;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:351,0,216 chrXV 586551 . C G 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=25;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.877;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:96:96,0,203 chrXV 586600 . A G 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DP=41;Dels=0.00;FS=2.883;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=1.353;QD=8.24;ReadPosRankSum=-2.588;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:368,0,255 chrXV 586731 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.301;DP=54;Dels=0.00;FS=2.387;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=1.382;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:643,0,373 chrXV 586800 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=38;Dels=0.00;FS=2.693;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=8.24;ReadPosRankSum=2.715;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:343,0,293 chrXV 586806 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.752;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:377,0,352 chrXV 586839 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.841;DP=47;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=8.87;ReadPosRankSum=-2.671;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:447,0,474 chrXV 587140 . C T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.0463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:146,0,219 chrXV 587142 . A G 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:137,0,207 chrXV 587265 . T C 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.499;DP=106;Dels=0.00;FS=7.733;HaplotypeScore=9.7773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.884;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:106:99:853,0,786 chrXV 587316 . C T 1557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=17.30;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:90:99:1590,174,0 chrXV 587394 . T C 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=37;Dels=0.00;FS=4.862;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.946;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:270,0,337 chrXV 587400 . C T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=32;Dels=0.00;FS=9.956;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:272,0,174 chrXV 587428 . A G 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=26;Dels=0.00;FS=9.791;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.014;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:26:99:220,0,113 chrXV 587460 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DP=32;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.384;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:244,0,317 chrXV 587490 . C G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:288,0,275 chrXV 587565 . C T 1875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=23.73;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1908,207,0 chrXV 587691 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=48;Dels=0.00;FS=6.021;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.424;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:383,0,360 chrXV 587816 . C T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DP=35;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:178,0,320 chrXV 587817 . C T 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DP=36;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:36:99:151,0,317 chrXV 588288 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=41;Dels=0.00;FS=6.928;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.298;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:257,0,335 chrXV 588300 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=33;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:223,0,182 chrXV 588470 . T A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.027;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:259,0,250 chrXV 588514 . A G 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;DP=40;Dels=0.00;FS=2.864;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.170;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:40:99:281,0,224 chrXV 588565 . G A 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:157,0,342 chrXV 588756 . G A 501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=16.16;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:534,57,0 chrXV 588933 . T A,C 994.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.72;MQ0=0;QD=20.29;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,26,23:49:99:1054,435,363,619,0,568 chrXV 589016 . C T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=63;Dels=0.00;FS=14.414;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.283;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:392,0,481 chrXV 589018 . G C 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=63;Dels=0.00;FS=14.797;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.989;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:371,0,449 chrXV 589146 . T C 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=20.85;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1326,141,0 chrXV 589189 . T C 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=78;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:829,0,538 chrXV 589221 . C T 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,35:93:99:529,0,1224 chrXV 589248 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.086;DP=101;Dels=0.00;FS=1.818;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.533;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:101:99:471,0,1181 chrXV 589259 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=95;Dels=0.00;FS=2.883;HaplotypeScore=2.6023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.722;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:95:99:354,0,1200 chrXV 589272 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=97;Dels=0.00;FS=4.076;HaplotypeScore=8.8815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.565;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.414;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:97:99:387,0,1160 chrXV 589303 . G A 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=19.14;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1813,192,0 chrXV 589370 . T C 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.284;DP=150;Dels=0.00;FS=2.905;HaplotypeScore=12.0306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.904;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,67:150:99:1226,0,1312 chrXV 589429 . T C 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.110;DP=127;Dels=0.00;FS=19.738;HaplotypeScore=8.5883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,54:127:99:735,0,1100 chrXV 589545 . C T 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;DP=75;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=2.342;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:75:99:363,0,902 chrXV 589621 . A G 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=129;Dels=0.00;FS=6.246;HaplotypeScore=5.8327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:129:99:1079,0,1119 chrXV 589839 . C T 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.254;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,39:57:99:605,0,339 chrXV 589882 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.667;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:79:99:725,0,550 chrXV 589883 . G T 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.205;DP=78;Dels=0.00;FS=0.888;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:726,0,573 chrXV 590260 . A T 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=22.09;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1270,132,0 chrXV 590443 . A G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DP=60;Dels=0.00;FS=17.191;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:582,0,465 chrXV 590452 . G T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=49;Dels=0.00;FS=10.997;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:531,0,449 chrXV 590730 . T G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.338;DP=40;Dels=0.00;FS=1.294;HaplotypeScore=3.5354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:251,0,426 chrXV 590749 . G A 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DP=42;Dels=0.00;FS=1.351;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:473,0,269 chrXV 591118 . G A 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=21.51;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1087,111,0 chrXV 591121 . A G 979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=19.20;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1012,111,0 chrXV 591202 . G A 1701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=23.30;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1734,180,0 chrXV 591532 . C T 1176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;DP=117;Dels=0.00;FS=1.526;HaplotypeScore=10.5998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:117:99:1206,0,927 chrXV 591630 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=78;Dels=0.00;FS=2.020;HaplotypeScore=12.4812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.372;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:78:99:500,0,880 chrXV 591684 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:56:99:577,0,360 chrXV 591751 . C T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.684;DP=73;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.144;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:73:99:398,0,700 chrXV 591787 . T A 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DP=73;Dels=0.00;FS=0.947;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:644,0,599 chrXV 591850 . C T 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;DP=68;Dels=0.00;FS=1.057;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:496,0,559 chrXV 591904 . G A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;DP=106;Dels=0.00;FS=3.619;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:106:99:803,0,774 chrXV 592238 . C T 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.072;DP=90;Dels=0.00;FS=2.805;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:683,0,801 chrXV 592245 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=95;Dels=0.00;FS=2.679;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:738,0,727 chrXV 592540 . A G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=49;Dels=0.00;FS=6.194;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.677;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:463,0,386 chrXV 592588 . G A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=57;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.774;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:412,0,522 chrXV 592592 . G C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=59;Dels=0.00;FS=2.222;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.502;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:411,0,581 chrXV 592863 . T G 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.844;DP=46;Dels=0.00;FS=5.547;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=19.54;ReadPosRankSum=2.844;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:46:99:932,102,0 chrXV 592893 . C T 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:303,0,540 chrXV 592976 . T A 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.816;DP=113;Dels=0.00;FS=1.503;HaplotypeScore=6.2869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.510;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:113:99:724,0,1047 chrXV 593587 . A G 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:137,0,251 chrXV 593851 . G T 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=51;Dels=0.00;FS=3.132;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.820;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:674,0,290 chrXV 593956 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=42;Dels=0.00;FS=1.345;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.144;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.226;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:340,0,367 chrXV 593957 . C A 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.005;DP=43;Dels=0.00;FS=4.524;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.642;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.035;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:332,0,408 chrXV 594020 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DP=64;Dels=0.00;FS=6.713;HaplotypeScore=2.7286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.269;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.799;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:462,0,483 chrXV 594089 . T C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=84;Dels=0.00;FS=3.215;HaplotypeScore=15.2258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.111;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:84:99:617,0,688 chrXV 594122 . G A 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.883;DP=99;Dels=0.00;FS=20.535;HaplotypeScore=6.5575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.573;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:99:99:964,0,861 chrXV 594267 . C T 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DP=129;Dels=0.00;FS=6.123;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:129:99:1050,0,1205 chrXV 594278 . A G 1333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.467;DP=136;Dels=0.00;FS=4.851;HaplotypeScore=66.9492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=2.136;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.155;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,66:136:99:1363,0,1197 chrXV 594437 . T C 678.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.521;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:708,0,803 chrXV 594439 . T A 1862 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.57;MQ0=0;QD=21.91;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1895,207,0 chrXV 594446 . A G 744.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=82;Dels=0.00;FS=1.993;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQ0=0;MQRankSum=3.162;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.604;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:774,0,705 chrXV 594454 . C G 610.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DP=86;Dels=0.00;FS=3.266;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.743;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:86:99:640,0,792 chrXV 594455 . G C 1814 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=20.61;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1847,204,0 chrXV 594499 . G C 2644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.38;MQ0=0;QD=23.61;SB=-9.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:112:99:2677,291,0 chrXV 594557 . C T 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DP=110;Dels=0.00;FS=2.897;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.458;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:110:99:1032,0,907 chrXV 594578 . C T 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.581;DP=82;Dels=0.00;FS=6.852;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.55;MQ0=0;MQRankSum=2.820;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:82:99:699,0,695 chrXV 594586 . G A 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=22.82;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1950,204,0 chrXV 594661 . G T 619.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;DP=66;Dels=0.00;FS=12.372;HaplotypeScore=5.2835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:66:99:649,0,485 chrXV 594667 . A G 1417 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=23.23;ReadPosRankSum=0.994;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1450,156,0 chrXV 594673 . T C 1220 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.67;MQ0=0;QD=20.33;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1253,138,0 chrXV 594677 . G A 1136 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.61;MQ0=0;QD=20.65;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1169,123,0 chrXV 594684 . A G 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=20.63;ReadPosRankSum=1.611;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1209,132,0 chrXV 594720 . A C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=18.92;ReadPosRankSum=2.321;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:87:752,87,0 chrXV 594737 . C T 728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.90;MQ0=0;QD=21.41;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:761,81,0 chrXV 594821 . T C 446 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=2;QD=13.94;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:32:57:479,57,0 chrXV 600572 . G A 24.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.45;MQ0=31;QD=0.65;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,7:38:6:56,6,0 chrXV 600575 . A G 23.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.52;MQ0=32;QD=0.63;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,6:38:6:55,6,0 chrXV 600576 . T G 20.80 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.52;MQ0=32;QD=0.55;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,6:38:6:52,6,0 chrXV 600588 . G A 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.37;MQ0=27;QD=0.57;SB=-1.639e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,6:33:6:50,6,0 chrXV 600591 . A G 18.82 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.65;MQ0=26;QD=0.61;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,5:31:6:50,6,0 chrXV 600706 . C A 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=16;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.26;MQ0=10;MQRankSum=0.720;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.380;SB=0.037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,2:16:42:42,0,81 chrXV 600798 . T C 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DP=54;Dels=0.00;FS=15.150;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:244,0,640 chrXV 600811 . C G 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.41;MQ0=0;QD=18.82;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1087,120,0 chrXV 600853 . A T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DP=44;Dels=0.00;FS=18.862;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.654;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.739;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:201,0,267 chrXV 600857 . A C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;DP=41;Dels=0.00;FS=20.521;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.882;QD=3.46;ReadPosRankSum=1.526;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:172,0,276 chrXV 600864 . A T 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DP=39;Dels=0.00;FS=11.882;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.032;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.604;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:77:77,0,403 chrXV 600887 . G T 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.687;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:44:99:173,0,398 chrXV 600978 . G C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=54;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=12.93;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:54:99:728,0,321 chrXV 601015 . G A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=56;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=2.007;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.108;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:744,0,358 chrXV 601070 . A T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.304;DP=55;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.537;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:381,0,594 chrXV 601141 . C T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,16:66:99:152,0,869 chrXV 601181 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.960;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=4.253;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.511;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:437,0,524 chrXV 601201 . G A 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=55;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=7.1332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=7.73;ReadPosRankSum=-2.955;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:455,0,427 chrXV 601255 . C T 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.190;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,46:70:99:954,0,309 chrXV 601297 . G T 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=71;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=6.7589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.973;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:856,0,336 chrXV 601307 . C T 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=22.01;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1618,171,0 chrXV 601325 . C G 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DP=78;Dels=0.00;FS=0.890;HaplotypeScore=10.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.941;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:78:99:375,0,891 chrXV 601382 . T A 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=91;Dels=0.00;FS=1.773;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.195;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:670,0,977 chrXV 601406 . C G 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=102;Dels=0.00;FS=4.509;HaplotypeScore=6.4254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.614;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:102:99:762,0,1052 chrXV 601463 . T C 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;DP=88;Dels=0.00;FS=10.021;HaplotypeScore=5.8384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:88:99:889,0,542 chrXV 601482 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;DP=72;Dels=0.00;FS=5.367;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:715,0,517 chrXV 601569 . C T 1186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=22.38;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1219,129,0 chrXV 601702 . C T 3373.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=23.59;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:143:99:3373,354,0 chrXV 601749 . C T 2610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=22.50;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2643,282,0 chrXV 601761 . A G 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.112;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=1.927;QD=19.55;ReadPosRankSum=2.350;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:1968,216,0 chrXV 601776 . T C 1797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=19.75;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1830,195,0 chrXV 601817 . A G 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=17.35;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1109,120,0 chrXV 601911 . A G 2774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=22.55;ReadPosRankSum=1.591;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:123:99:2807,306,0 chrXV 602113 . T C 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.887;DP=83;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:676,0,1017 chrXV 602229 . G A 2529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=25.04;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2562,264,0 chrXV 602250 . G A 2408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.31;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:113:99:2441,252,0 chrXV 602578 . A G 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=25.85;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2075,225,0 chrXV 602676 . A T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=94;Dels=0.00;FS=12.068;HaplotypeScore=4.3328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:806,0,742 chrXV 602686 . C A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=88;Dels=0.00;FS=8.686;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=7.70;ReadPosRankSum=-2.275;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:708,0,684 chrXV 602888 . G A 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;DP=95;Dels=0.00;FS=0.789;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:95:99:929,0,600 chrXV 602945 . C T 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=107;Dels=0.00;FS=4.817;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.326;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:984,0,874 chrXV 603046 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=78;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=11.2687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.429;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:78:99:509,0,566 chrXV 603257 . C G 2422 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=19.69;ReadPosRankSum=1.000;SB=-1.561e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:123:99:2455,264,0 chrXV 603264 . A G 798.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=127;Dels=0.00;FS=8.275;HaplotypeScore=9.7938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=3.228;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.800;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:127:99:828,0,969 chrXV 603266 . C T 2286 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=18.74;SB=-1.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:99:2319,246,0 chrXV 603325 . G A 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=106;Dels=0.00;FS=8.454;HaplotypeScore=11.9533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,60:106:99:816,0,770 chrXV 603468 . A G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:73:99:538,0,715 chrXV 603549 . T C 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=22.75;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1785,186,0 chrXV 603564 . C G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=80;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=3.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,26:80:99:412,0,1017 chrXV 603740 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:421,0,720 chrXV 603949 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.579;DP=83;Dels=0.00;FS=5.798;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.715;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:83:99:772,0,695 chrXV 603953 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.459;DP=76;Dels=0.00;FS=3.165;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:772,0,714 chrXV 603992 . A G 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=20.96;SB=-9.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1647,180,0 chrXV 604007 . C T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=78;Dels=0.00;FS=6.137;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:78:99:538,0,746 chrXV 604096 . G T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.546;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:348,0,271 chrXV 604119 . C G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=44;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.493;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:320,0,320 chrXV 604154 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=56;Dels=0.00;FS=10.362;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:563,0,341 chrXV 604256 . C T 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.572;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:99:99:866,0,623 chrXV 604265 . C T 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DP=102;Dels=0.00;FS=0.770;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.838;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.854;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,54:102:99:934,0,693 chrXV 604413 . A G 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=5.099;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=20.27;ReadPosRankSum=1.606;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1148,126,0 chrXV 604415 . C G 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=18.81;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:57:99:1105,123,0 chrXV 604521 . G C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=52;Dels=0.00;FS=1.205;HaplotypeScore=3.9233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:261,0,536 chrXV 604538 . A G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.867;DP=52;Dels=0.00;FS=4.281;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.809;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:238,0,708 chrXV 604572 . A T 1115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=18.28;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1148,126,0 chrXV 604757 . C T 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.740;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=10.96;ReadPosRankSum=-2.437;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,57:93:99:1049,0,648 chrXV 604762 . G C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DP=85;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.897;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:639,0,941 chrXV 605280 . T C 2231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=16.65;SB=-1.526e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:2264,252,0 chrXV 605290 . T C 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.395;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.671;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,69:131:99:1073,0,730 chrXV 605294 . C T 2202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=17.20;SB=-1.508e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2235,231,0 chrXV 605497 . G A 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=59;Dels=0.00;FS=2.489;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=3.81;ReadPosRankSum=-3.276;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:255,0,592 chrXV 605911 . T C 2150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=1.304;QD=24.16;ReadPosRankSum=1.615;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2183,240,0 chrXV 605978 . G A 1394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=22.48;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1427,150,0 chrXV 606232 . G A 2804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=20.62;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:136:99:2837,309,0 chrXV 606245 . G A 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=124;Dels=0.00;FS=3.393;HaplotypeScore=5.8460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:124:99:963,0,1018 chrXV 606303 . T A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;DP=86;Dels=0.00;FS=2.979;HaplotypeScore=5.8286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.956;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.490;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:630,0,860 chrXV 606329 . G T 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=86;Dels=0.00;FS=6.956;HaplotypeScore=32.7889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:708,0,749 chrXV 606373 . A G 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.915;DP=107;Dels=0.00;FS=3.594;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.127;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.540;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,52:107:99:449,0,1169 chrXV 606393 . T G 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=121;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=16.30;ReadPosRankSum=1.673;SB=-1.515e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:120:99:2005,219,0 chrXV 606412 . T G 1972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.41;MQ0=0;QD=16.85;SB=-1.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2005,219,0 chrXV 606630 . C T 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DP=79;Dels=0.00;FS=3.013;HaplotypeScore=3.3809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=3.080;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.260;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:624,0,785 chrXV 606707 . A C 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=3.865;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.840;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:609,0,757 chrXV 606849 . G T 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=22.72;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1578,171,0 chrXV 606886 . C T 1287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=22.19;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1320,138,0 chrXV 606945 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=84;Dels=0.00;FS=4.615;HaplotypeScore=5.0494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.764;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,26:84:99:447,0,992 chrXV 607357 . G A 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=82;Dels=0.00;FS=2.213;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:410,0,746 chrXV 607617 . T C 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.490;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:892,0,871 chrXV 607837 . G A 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.229;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:101:99:774,0,1087 chrXV 607979 . C A 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DP=107;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=9.4054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.085;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:954,0,863 chrXV 608130 . C A 1212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.448;DP=117;Dels=0.00;FS=5.693;HaplotypeScore=8.4769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:1242,0,959 chrXV 608199 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=77;Dels=0.00;FS=4.499;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:544,0,666 chrXV 608418 . A G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DP=76;Dels=0.00;FS=8.558;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.010;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:673,0,766 chrXV 608505 . T C 2133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=21.12;ReadPosRankSum=1.594;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:101:99:2166,228,0 chrXV 608673 . A G 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=19.00;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1724,189,0 chrXV 608682 . T C 1516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=18.05;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1549,177,0 chrXV 608836 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;DP=75;Dels=0.00;FS=4.760;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.153;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:75:99:534,0,609 chrXV 608850 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.018;DP=68;Dels=0.00;FS=3.420;HaplotypeScore=10.9989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:68:99:493,0,521 chrXV 608958 . A G 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=20.27;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1857,210,0 chrXV 609109 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=70;Dels=0.00;FS=7.646;HaplotypeScore=5.9084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.454;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:772,0,585 chrXV 609135 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DP=68;Dels=0.04;FS=6.842;HaplotypeScore=8.1275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:451,0,464 chrXV 609276 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=96;Dels=0.00;FS=17.389;HaplotypeScore=12.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:874,0,766 chrXV 609306 . G A 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.250;DP=110;Dels=0.00;FS=12.118;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:110:99:837,0,1137 chrXV 609344 . G T 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;DP=109;Dels=0.00;FS=1.599;HaplotypeScore=2.7622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:109:99:967,0,769 chrXV 609537 . C T 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.835;DP=113;Dels=0.00;FS=0.711;HaplotypeScore=9.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:113:99:856,0,836 chrXV 609542 . C G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=108;Dels=0.00;FS=2.530;HaplotypeScore=6.1128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.209;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:108:99:753,0,815 chrXV 609550 . G A 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.797;DP=117;Dels=0.00;FS=4.648;HaplotypeScore=16.1362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:117:99:820,0,809 chrXV 609558 . A G 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;DP=124;Dels=0.00;FS=0.670;HaplotypeScore=10.9866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=6.96;ReadPosRankSum=2.148;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:124:99:893,0,982 chrXV 609743 . A G 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;DP=119;Dels=0.00;FS=5.925;HaplotypeScore=7.0470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,66:119:99:1127,0,968 chrXV 609836 . T C 2403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.46;SB=-1.013e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2436,261,0 chrXV 609918 . A T 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DP=114;Dels=0.00;FS=5.086;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.847;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:114:99:1059,0,1118 chrXV 610300 . T C 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.03;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1379,153,0 chrXV 610420 . C A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.158;DP=70;Dels=0.00;FS=8.229;HaplotypeScore=4.2861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:763,0,716 chrXV 610496 . G C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DP=106;Dels=0.00;FS=1.689;HaplotypeScore=7.1332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:106:99:716,0,1089 chrXV 610549 . G A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=96;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=5.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=8.68;ReadPosRankSum=-2.469;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:96:99:863,0,1026 chrXV 610554 . C G 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=92;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=4.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=6.86;ReadPosRankSum=-2.144;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:661,0,984 chrXV 610660 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=75;Dels=0.00;FS=15.611;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:75:99:609,0,649 chrXV 610708 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.388;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,51:118:99:847,0,1129 chrXV 610718 . G A 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.196;DP=125;Dels=0.00;FS=1.416;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.116;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,58:125:99:965,0,1243 chrXV 610864 . A G 2096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=21.61;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2129,237,0 chrXV 610882 . A C 1568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=18.23;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1601,171,0 chrXV 610892 . A T 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=78;Dels=0.00;FS=1.930;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.156;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:741,0,476 chrXV 610939 . T C 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=18.82;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1200,132,0 chrXV 611029 . T G 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=23.21;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2122,231,0 chrXV 611065 . T A 2620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=111;Dels=0.00;FS=3.693;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=23.60;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:2653,273,0 chrXV 611163 . C T 1841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=22.18;SB=-9.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1874,192,0 chrXV 611203 . G A 1543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=21.43;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1576,168,0 chrXV 611430 . T A 2562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=21.53;SB=-1.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2595,270,0 chrXV 611434 . A G 2267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=19.05;SB=-1.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2300,252,0 chrXV 611572 . A G 2274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=21.45;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.329e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:106:99:2307,258,0 chrXV 611599 . T C 2649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=19.48;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.745e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:136:99:2682,291,0 chrXV 611617 . T C 3710.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=20.84;ReadPosRankSum=2.422;SB=-1.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,176:178:99:3710,402,0 chrXV 611686 . A G 3860.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.804;DP=180;Dels=0.00;FS=18.483;HaplotypeScore=2.3609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=21.44;ReadPosRankSum=3.778;SB=-1.977e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,175:180:99:3860,423,0 chrXV 611688 . A C 3681.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=21.53;SB=-2.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:171:99:3681,393,0 chrXV 611712 . A G 2258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=19.14;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.330e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:118:99:2291,249,0 chrXV 611714 . C G 2021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;QD=16.84;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:120:99:2054,225,0 chrXV 611752 . A G 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=19.29;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1113,123,0 chrXV 611842 . A G 2073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=20.73;ReadPosRankSum=1.697;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:100:99:2106,231,0 chrXV 611904 . A T 4337.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=214;Dels=0.00;FS=5.214;HaplotypeScore=13.7130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=20.27;ReadPosRankSum=3.337;SB=-1.993e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,209:214:99:4337,465,0 chrXV 612123 . G A 931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=18.25;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:964,102,0 chrXV 612770 . T A 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=24.58;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:844,90,0 chrXV 612840 . G A 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=20.56;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:835,93,0 chrXV 612859 . G A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.935;DP=41;Dels=0.00;FS=6.983;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.717;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:299,0,375 chrXV 612914 . C G 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=61;Dels=0.00;FS=5.332;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.378;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.132;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:514,0,476 chrXV 613096 . G A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.024;DP=93;Dels=0.00;FS=13.895;HaplotypeScore=9.4161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.941;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:791,0,968 chrXV 614146 . G A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.738;DP=102;Dels=0.00;FS=2.601;HaplotypeScore=14.4373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:102:99:980,0,828 chrXV 614212 . A G 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;DP=97;Dels=0.00;FS=6.018;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.900;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,54:97:99:1130,0,781 chrXV 614917 . A C 1057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=18.54;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1090,123,0 chrXV 614998 . C T 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=16.73;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1689,183,0 chrXV 615019 . C T 1594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=18.98;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1627,171,0 chrXV 615172 . G A 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.28;MQ0=0;QD=16.09;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1159,123,0 chrXV 615175 . A G 1014 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.897;DP=69;Dels=0.00;FS=5.809;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=14.70;ReadPosRankSum=2.867;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:69:99:1047,120,0 chrXV 615199 . G A 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=19.54;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1186,123,0 chrXV 615307 . C T 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DP=75;Dels=0.00;FS=6.543;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.555;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:589,0,788 chrXV 615325 . G A 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.918;DP=76;Dels=0.00;FS=3.349;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.164;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,47:76:99:855,0,400 chrXV 615643 . A G 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=66;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=20.62;ReadPosRankSum=1.626;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:66:99:1394,153,0 chrXV 616123 . C T 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=104;Dels=0.00;FS=3.771;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.861;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:1019,0,1035 chrXV 616666 . T A 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=21.17;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1663,174,0 chrXV 616693 . C T 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.883;DP=78;Dels=0.00;FS=5.923;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.560;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:704,0,555 chrXV 616760 . G A 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;DP=81;Dels=0.00;FS=4.407;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.451;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:712,0,737 chrXV 616762 . C A 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.188;DP=82;Dels=0.00;FS=4.407;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.262;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:82:99:718,0,761 chrXV 616818 . A T 1304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.287;QD=18.11;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1337,141,0 chrXV 616830 . T C 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=16.77;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1257,138,0 chrXV 616831 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.285;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.092;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.004;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:297,0,718 chrXV 616846 . C T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:337,0,750 chrXV 616906 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.573;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:465,0,559 chrXV 617001 . T A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.517;DP=71;Dels=0.00;FS=10.516;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.180;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:531,0,829 chrXV 617162 . T C 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.634;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:77:99:615,0,836 chrXV 617274 . T A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=76;Dels=0.00;FS=3.247;HaplotypeScore=8.7986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.849;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,48:76:99:1020,0,466 chrXV 617336 . G A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.945;DP=79;Dels=0.00;FS=7.410;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.532;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:893,0,546 chrXV 617676 . A G 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DP=99;Dels=0.00;FS=0.762;HaplotypeScore=6.4495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.558;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:933,0,636 chrXV 617717 . C T 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=96;Dels=0.00;FS=4.039;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:96:99:835,0,614 chrXV 617892 . A G 3559.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.97;SB=-1.533e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:162:99:3559,387,0 chrXV 617915 . G A 1277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=159;Dels=0.00;FS=1.980;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,83:159:99:1307,0,1510 chrXV 618091 . G A 1617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.447;DP=148;Dels=0.00;FS=3.374;HaplotypeScore=9.8057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.300;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,82:148:99:1647,0,1070 chrXV 618586 . A G 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=20.62;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:74:99:1559,171,0 chrXV 618618 . G T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=98;Dels=0.00;FS=0.797;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.888;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,35:98:99:317,0,1216 chrXV 618629 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.511;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.571;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,34:101:99:303,0,1279 chrXV 618723 . G A 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;DP=111;Dels=0.00;FS=3.536;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:111:99:793,0,1201 chrXV 618863 . C T 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=112;Dels=0.00;FS=3.573;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.690;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:112:99:913,0,1082 chrXV 618889 . G A 2859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=20.28;SB=-1.271e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:2892,303,0 chrXV 618906 . T C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.680;DP=156;Dels=0.00;FS=3.077;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.315;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,61:156:99:605,0,2096 chrXV 618941 . G A 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.106;DP=177;Dels=0.00;FS=1.973;HaplotypeScore=7.0371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-7.172;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,66:177:99:498,0,2370 chrXV 619031 . C G 1983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=21.55;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2016,219,0 chrXV 619220 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;DP=89;Dels=0.00;FS=2.903;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.927;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:680,0,826 chrXV 619398 . A G 89.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.850;DP=56;Dels=0.00;FS=10.028;HaplotypeScore=10.8632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:56:99:119,0,638 chrXV 619429 . T A 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=65;Dels=0.00;FS=16.305;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.935;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:682,0,377 chrXV 619517 . G A 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:58:99:232,0,602 chrXV 619601 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=62;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=7.3361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.847;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:309,0,566 chrXV 619636 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.724;DP=77;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=6.26;ReadPosRankSum=-2.053;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:512,0,700 chrXV 619647 . T C 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=84;Dels=0.00;FS=3.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=18.63;ReadPosRankSum=2.333;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1598,177,0 chrXV 619784 . A G 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DP=66;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.104;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,43:66:99:798,0,426 chrXV 619861 . A G 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.22;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81:744,81,0 chrXV 619880 . C G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=5.68;ReadPosRankSum=2.052;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:263,0,436 chrXV 620025 . A G 1473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=19.64;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:75:99:1506,168,0 chrXV 620334 . A G 451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=16.70;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:484,54,0 chrXV 620397 . T C 909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.76;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:942,105,0 chrXV 620433 . C T 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=19.60;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:954,102,0 chrXV 620620 . G A 897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=23.61;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:930,99,0 chrXV 620881 . A G 583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.631;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:66:616,66,0 chrXV 621416 . T G 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.479;DP=108;Dels=0.00;FS=0.728;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.374;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:811,0,1091 chrXV 621951 . T C 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=20.01;SB=-1.088e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1834,201,0 chrXV 621972 . A G 1699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=18.88;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:1732,186,0 chrXV 622006 . G A 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.896;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.879;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:71:99:807,0,397 chrXV 622271 . G C 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=103;Dels=0.00;FS=0.735;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=2.471;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.033;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:1099,0,969 chrXV 622303 . C T 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=22.91;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1820,195,0 chrXV 622399 . T G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=47;Dels=0.00;FS=6.794;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.851;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.051;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:466,0,318 chrXV 622413 . A G 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=21.38;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1038,111,0 chrXV 623349 . G C 1147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=20.85;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1180,129,0 chrXV 623422 . C T 2438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=23.67;SB=-1.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2471,261,0 chrXV 623562 . G A 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=22.46;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1403,162,0 chrXV 623604 . C T 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=22.41;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1243,129,0 chrXV 623860 . A G 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=15.69;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:786,87,0 chrXV 623880 . A T 1056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=17.90;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1089,114,0 chrXV 623925 . G A 1503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;QD=16.89;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1536,168,0 chrXV 623931 . A T 1511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;QD=15.11;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1544,168,0 chrXV 624091 . G A 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.04;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1884,195,0 chrXV 624279 . C T 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=21.77;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1775,186,0 chrXV 624391 . G T 1434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.73;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1467,153,0 chrXV 624473 . T C 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=24;Dels=0.00;FS=2.192;HaplotypeScore=14.3739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:24:99:138,0,200 chrXV 624491 . T A 275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=17.19;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:33:308,33,0 chrXV 624522 . G A 379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=21.06;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:45:412,45,0 chrXV 624582 . C T 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=19.50;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:657,69,0 chrXV 624626 . T A 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=15.66;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:69:628,69,0 chrXV 624648 . T C 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:81:734,81,0 chrXV 624930 . A G 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=24.37;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:96:886,96,0 chrXV 625213 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.257;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:357,0,636 chrXV 625559 . A C 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;QD=20.00;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:71:99:1453,156,0 chrXV 625581 . A G 1556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=20.21;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1589,171,0 chrXV 625595 . A G 1480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=16.44;SB=-1.025e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1513,168,0 chrXV 625596 . C T 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=16.62;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:1545,162,0 chrXV 625649 . C T 2374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;QD=19.30;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2407,249,0 chrXV 626502 . G C 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.86;MQ0=0;QD=16.05;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1092,117,0 chrXV 626508 . T G 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.283;DP=82;Dels=0.00;FS=15.765;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.42;MQ0=0;MQRankSum=1.927;QD=15.74;ReadPosRankSum=3.347;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:1324,144,0 chrXV 626516 . A T 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.92;MQ0=0;QD=15.49;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1520,156,0 chrXV 626519 . C T 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.85;MQ0=0;QD=15.06;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:1539,159,0 chrXV 626602 . C T 4295.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1.521e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:187:99:4295,454,0 chrXV 626907 . C T 1082.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=127;Dels=0.00;FS=6.598;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.366;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,66:127:99:1112,0,1023 chrXV 627234 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.319;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:475,0,527 chrXV 627315 . C T 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.19;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:1810,192,0 chrXV 627476 . C A 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=68;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:525,0,534 chrXV 627639 . A C 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.559;DP=69;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.283;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:579,0,603 chrXV 627894 . T C 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=22.00;SB=-7.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1639,183,0 chrXV 628108 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;DP=94;Dels=0.00;FS=5.560;HaplotypeScore=8.8752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.014;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:94:99:718,0,831 chrXV 628209 . G A 1224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=124;Dels=0.00;FS=2.309;HaplotypeScore=12.0609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.562;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,70:124:99:1254,0,830 chrXV 628280 . G A 3946.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.63;SB=-2.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:3946,417,0 chrXV 628416 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=76;Dels=0.00;FS=3.198;HaplotypeScore=9.4992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:76:99:668,0,545 chrXV 628552 . C T 1242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=17.74;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1275,138,0 chrXV 628909 . A G 1208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=20.83;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1241,135,0 chrXV 629011 . C T 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.21;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1147,120,0 chrXV 629110 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;DP=32;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:267,0,297 chrXV 630082 . A G 1769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.06;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1802,198,0 chrXV 630687 . T C 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=25.14;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1265,138,0 chrXV 630810 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.783;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:664,0,608 chrXV 630812 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=8.13;ReadPosRankSum=2.044;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:68:99:583,0,801 chrXV 630899 . C T 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.987;DP=114;Dels=0.00;FS=14.854;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:114:99:1008,0,1312 chrXV 630972 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.967;DP=95;Dels=0.00;FS=2.877;HaplotypeScore=5.1694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.496;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1001,0,710 chrXV 631072 . T G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DP=63;Dels=0.00;FS=4.502;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.300;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:63:99:384,0,598 chrXV 631073 . C A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=61;Dels=0.00;FS=6.733;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=1.967;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:407,0,555 chrXV 631653 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=40;Dels=0.00;FS=2.919;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.081;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:351,0,299 chrXV 631968 . T A 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DP=31;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=5.7110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.381;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:206,0,300 chrXV 632000 . G T 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:252,0,287 chrXV 632289 . G A 1425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=23.36;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1458,153,0 chrXV 632436 . A G 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.810;DP=74;Dels=0.00;FS=3.596;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.789;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:820,0,660 chrXV 632498 . G A 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.593;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:618,0,669 chrXV 632634 . C T 1766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=22.64;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1799,198,0 chrXV 633253 . T C 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;DP=123;Dels=0.00;FS=1.844;HaplotypeScore=6.4826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.247;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:123:99:991,0,1187 chrXV 633267 . G A 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.422;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:134:99:1116,0,1237 chrXV 633420 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=126;Dels=0.00;FS=2.271;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.985;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,62:126:99:835,0,1081 chrXV 633453 . T C 2440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=18.63;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:131:99:2473,261,0 chrXV 633727 . G A 2445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.194e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2478,255,0 chrXV 634051 . T C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;DP=77;Dels=0.00;FS=7.774;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:770,0,687 chrXV 634307 . T C 3077 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=25.02;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:3110,333,0 chrXV 634428 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.623;DP=72;Dels=0.00;FS=1.960;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.788;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:72:99:643,0,632 chrXV 634711 . T C 3178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=143;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=9.0643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=22.22;ReadPosRankSum=2.312;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:143:99:3211,351,0 chrXV 634951 . A G 3132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.709;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:150:99:3165,345,0 chrXV 635083 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=69;Dels=0.00;FS=2.120;HaplotypeScore=6.5849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:579,0,754 chrXV 635241 . C G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=85;Dels=0.00;FS=2.937;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.901;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:774,0,711 chrXV 635897 . C T 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=23.69;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2331,246,0 chrXV 635982 . C T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.324;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:43:99:504,0,221 chrXV 636558 . A G 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=82;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:82:99:814,0,704 chrXV 636741 . A G 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.479;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.899;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,43:110:99:757,0,894 chrXV 636791 . A G 2648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=21.88;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:2681,282,0 chrXV 636833 . C A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=81;Dels=0.00;FS=9.291;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=4.98;ReadPosRankSum=-2.152;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:433,0,940 chrXV 636908 . G A 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=76;Dels=0.00;FS=1.847;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.825;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:76:99:855,0,706 chrXV 637471 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:295,0,170 chrXV 637488 . C T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:32:99:146,0,269 chrXV 638136 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.512;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:346,0,294 chrXV 638187 . C T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.761;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:360,0,342 chrXV 638499 . G A 1749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.01;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1782,186,0 chrXV 638526 . C T 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=22.21;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1099,117,0 chrXV 638603 . A G 1129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=20.53;ReadPosRankSum=2.310;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:55:99:1162,126,0 chrXV 638733 . C T 1657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.161;DP=180;Dels=0.00;FS=4.588;HaplotypeScore=116.7270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.502;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,98:180:99:1687,0,1327 chrXV 638859 . C A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.460;DP=43;Dels=0.00;FS=2.929;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:486,0,232 chrXV 639000 . G A 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=20.97;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1564,168,0 chrXV 639041 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=67;Dels=0.00;FS=6.643;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.423;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:458,0,496 chrXV 639239 . G T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=53;Dels=0.00;FS=16.117;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.756;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:518,0,395 chrXV 639299 . T C 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=18.49;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:41:84:791,84,0 chrXV 639307 . T C 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=46;Dels=0.00;FS=4.323;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:90:822,90,0 chrXV 639391 . A T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=2.675;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.915;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:204,0,313 chrXV 639445 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=58;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:561,0,491 chrXV 639610 . T G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DP=50;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.130;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:466,0,411 chrXV 639648 . T G 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.867;DP=43;Dels=0.00;FS=1.249;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.648;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:260,0,430 chrXV 639675 . G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=36;Dels=0.00;FS=5.290;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.387;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:36:99:330,0,175 chrXV 639717 . A G 450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=17.31;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:54:483,54,0 chrXV 639862 . T C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;DP=81;Dels=0.00;FS=9.245;HaplotypeScore=3.2090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:588,0,891 chrXV 639978 . A G 2239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=24.88;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2272,243,0 chrXV 640033 . A G 755.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.230;DP=87;Dels=0.00;FS=5.549;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:785,0,888 chrXV 640481 . A G 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.71;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1941,210,0 chrXV 640487 . T C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.169;DP=83;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:636,0,855 chrXV 641229 . G A 2639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.75;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:116:99:2672,282,0 chrXV 641510 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:50:99:265,0,570 chrXV 641909 . G A 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:188,0,300 chrXV 642138 . T C 1736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1769,195,0 chrXV 642164 . A G 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=20.74;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1609,174,0 chrXV 642294 . G C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=61;Dels=0.00;FS=2.208;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.103;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:61:99:477,0,470 chrXV 642380 . G A 1982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.86;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:2015,222,0 chrXV 642482 . C T 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.834;DP=83;Dels=0.00;FS=2.960;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.153;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:83:99:863,0,817 chrXV 642699 . A G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;DP=68;Dels=0.00;FS=6.603;HaplotypeScore=10.1687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:68:99:542,0,548 chrXV 642716 . G A 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=19.75;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1297,138,0 chrXV 643019 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.099;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.186;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:273,0,413 chrXV 643206 . C T 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.08;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1911,201,0 chrXV 643604 . G A 3671.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=25.14;SB=-1.750e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:146:99:3671,382,0 chrXV 643727 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=78;Dels=0.00;FS=6.316;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.068;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:462,0,770 chrXV 643871 . C T 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.987;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:110:99:1077,0,764 chrXV 643999 . A G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.835;DP=81;Dels=0.00;FS=2.930;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.147;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:667,0,875 chrXV 644337 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;DP=101;Dels=0.00;FS=6.982;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.874;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,38:101:99:517,0,1273 chrXV 644371 . C T 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DP=81;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.473;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:1018,0,490 chrXV 644421 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.558;DP=105;Dels=0.00;FS=6.306;HaplotypeScore=10.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.368;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,43:105:99:522,0,1253 chrXV 644459 . C G 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=19.58;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:89:99:1776,186,0 chrXV 644486 . T C 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=86;Dels=0.00;FS=2.957;HaplotypeScore=7.0785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.700;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:86:99:803,0,590 chrXV 644548 . G A 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;DP=89;Dels=0.00;FS=1.838;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.986;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.091;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:89:99:838,0,649 chrXV 644569 . G A 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;DP=97;Dels=0.00;FS=1.700;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:97:99:758,0,780 chrXV 644578 . C T 1914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=19.33;SB=-1.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:1947,204,0 chrXV 644937 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:823,0,725 chrXV 645045 . C T 2367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=23.67;SB=-1.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2400,252,0 chrXV 646069 . A G 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DP=111;Dels=0.00;FS=7.426;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.676;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:111:99:922,0,903 chrXV 646152 . G A 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DP=99;Dels=0.00;FS=3.857;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=9.66;ReadPosRankSum=-2.455;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:986,0,1001 chrXV 646402 . G C 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;DP=69;Dels=0.00;FS=1.015;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:69:99:828,0,480 chrXV 648535 . A G 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DP=74;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.098;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:713,0,648 chrXV 648978 . G T 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=98;Dels=0.00;FS=3.375;HaplotypeScore=10.3414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:98:99:696,0,609 chrXV 650349 . C T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;DP=34;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.982;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:34:99:359,0,255 chrXV 652283 . G A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=98;Dels=0.00;FS=15.916;HaplotypeScore=18.4144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=6.31;ReadPosRankSum=-2.669;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:648,0,824 chrXV 652418 . C T 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.512;DP=77;Dels=0.00;FS=6.215;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.898;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:728,0,593 chrXV 652485 . C T 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=99;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=3.9096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.856;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:99:99:912,0,599 chrXV 652895 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DP=59;Dels=0.00;FS=5.239;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.240;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:507,0,388 chrXV 652952 . A T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DP=62;Dels=0.00;FS=2.134;HaplotypeScore=4.5972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.846;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:475,0,598 chrXV 653138 . T C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:348,0,707 chrXV 653186 . A T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=80;Dels=0.00;FS=1.982;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.068;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,26:80:99:325,0,844 chrXV 653618 . C T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=44;Dels=0.00;FS=12.244;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.064;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:44:99:300,0,399 chrXV 653625 . A G 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DP=36;Dels=0.00;FS=10.409;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.239;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:278,0,397 chrXV 653896 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;DP=55;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.121;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:459,0,380 chrXV 653929 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:298,0,350 chrXV 653975 . A T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DP=46;Dels=0.00;FS=2.454;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.803;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:520,0,295 chrXV 654118 . C T 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=65;Dels=0.00;FS=2.074;HaplotypeScore=3.8978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=2.738;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:431,0,587 chrXV 654602 . A G 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:778,0,443 chrXV 654692 . C A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=68;Dels=0.00;FS=14.630;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:514,0,643 chrXV 654883 . G A 957.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.144;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=8.78;ReadPosRankSum=-2.252;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:987,0,1064 chrXV 654940 . G A 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=109;Dels=0.00;FS=6.100;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.621;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:109:99:1269,0,707 chrXV 655035 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=98;Dels=0.00;FS=6.590;HaplotypeScore=9.6544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=6.35;ReadPosRankSum=-2.485;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:652,0,943 chrXV 655064 . T C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=87;Dels=0.00;FS=14.164;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.666;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:87:99:559,0,869 chrXV 655070 . A G 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DP=90;Dels=0.00;FS=11.485;HaplotypeScore=6.8651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=5.47;ReadPosRankSum=3.292;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:90:99:522,0,904 chrXV 655136 . C T 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.990;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:641,0,230 chrXV 655223 . A G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DP=81;Dels=0.00;FS=3.145;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.525;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:776,0,588 chrXV 655239 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.091;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:704,0,623 chrXV 655286 . A G 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DP=124;Dels=0.00;FS=2.447;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:124:99:1061,0,1227 chrXV 655560 . G A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=78;Dels=0.00;FS=1.878;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.035;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:701,0,767 chrXV 655601 . C A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.551;DP=81;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.737;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:677,0,776 chrXV 655671 . T C 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DP=77;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.486;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:899,0,703 chrXV 655796 . T C 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DP=95;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:906,0,996 chrXV 656069 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=95;Dels=0.00;FS=2.804;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:95:99:632,0,987 chrXV 656165 . T G 1240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DP=121;Dels=0.00;FS=5.593;HaplotypeScore=6.7656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=10.25;ReadPosRankSum=3.014;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,64:121:99:1270,0,1073 chrXV 656264 . G C 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=23.70;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1692,183,0 chrXV 656389 . C T 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;DP=62;Dels=0.00;FS=1.152;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.606;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:368,0,509 chrXV 656534 . T C 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;DP=93;Dels=0.00;FS=3.153;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=9.52;ReadPosRankSum=-2.475;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:93:99:915,0,643 chrXV 656567 . G A 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=20.23;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1611,171,0 chrXV 656602 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;DP=64;Dels=0.00;FS=16.305;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:565,0,509 chrXV 656633 . T A 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;DP=61;Dels=0.00;FS=5.205;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.441;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:464,0,622 chrXV 656887 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.400;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:502,0,452 chrXV 657104 . A G 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=48;Dels=0.00;FS=7.054;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.439;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:294,0,348 chrXV 657159 . A G 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=64;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=26.6861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.267;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:87:87,0,705 chrXV 657190 . A G 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DP=70;Dels=0.00;FS=3.375;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-6.584;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:55:55,0,926 chrXV 657201 . G A 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=62;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.05;MQ0=0;MQRankSum=-6.471;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.917;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:147,0,759 chrXV 657204 . C T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;DP=62;Dels=0.00;FS=5.124;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=-5.698;QD=2.39;ReadPosRankSum=-2.866;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:178,0,697 chrXV 657216 . A G 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;DP=62;Dels=0.00;FS=4.994;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.698;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:232,0,677 chrXV 657269 . T A 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DP=45;Dels=0.00;FS=4.376;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.290;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:404,0,355 chrXV 657752 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=61;Dels=0.00;FS=8.867;HaplotypeScore=9.7333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.279;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:465,0,585 chrXV 658010 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.951;DP=85;Dels=0.00;FS=9.661;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.405;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.237;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:603,0,729 chrXV 658022 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;DP=88;Dels=0.00;FS=11.438;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.786;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.035;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:536,0,711 chrXV 658026 . G A 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.665;DP=88;Dels=0.00;FS=11.438;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.135;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:544,0,740 chrXV 658040 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.344;DP=81;Dels=0.00;FS=6.180;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.245;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:392,0,726 chrXV 658097 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=85;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.111;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:560,0,704 chrXV 658201 . T G 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;DP=79;Dels=0.00;FS=3.006;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.074;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:924,0,600 chrXV 658500 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DP=75;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=14.6957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.884;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:75:99:701,0,441 chrXV 658645 . A G 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:46:99:190,0,645 chrXV 658711 . G A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DP=99;Dels=0.00;FS=1.778;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:99:99:569,0,1054 chrXV 658744 . G A 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=18.55;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2203,240,0 chrXV 658858 . T C 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;DP=46;Dels=0.00;FS=6.328;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:282,0,509 chrXV 659697 . A G 1517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=152;Dels=0.00;FS=6.471;HaplotypeScore=22.7324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,86:152:99:1547,0,784 chrXV 660570 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.309;DP=65;Dels=0.00;FS=4.542;HaplotypeScore=2.7591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:530,0,733 chrXV 660805 . G A 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=50;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=8.9327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.995;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:50:99:392,0,344 chrXV 660868 . T C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.708;DP=52;Dels=0.00;FS=6.455;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:479,0,361 chrXV 661003 . T C 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=31;Dels=0.00;FS=1.485;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.248;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:31:99:213,0,249 chrXV 661009 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.568;DP=33;Dels=0.00;FS=1.410;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.349;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:234,0,248 chrXV 661258 . A G 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:502,0,464 chrXV 661967 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;DP=53;Dels=0.00;FS=5.922;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=2.410;QD=7.92;ReadPosRankSum=-2.861;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:450,0,399 chrXV 662174 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:295,0,260 chrXV 662272 . C A 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=19.91;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1307,144,0 chrXV 663185 . A G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=36;Dels=0.00;FS=14.449;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=5.78;ReadPosRankSum=-2.393;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:36:99:238,0,353 chrXV 663432 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=77;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.055;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:733,0,836 chrXV 663613 . C T 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=136;Dels=0.00;FS=2.449;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.726;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,61:136:99:884,0,1204 chrXV 663812 . C T 2458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.97;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2491,264,0 chrXV 664181 . G T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.460;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:356,0,527 chrXV 664211 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=61;Dels=0.00;FS=3.814;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:510,0,479 chrXV 664333 . C T 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DP=120;Dels=0.00;FS=2.388;HaplotypeScore=22.1008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.421;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,68:120:99:1138,0,825 chrXV 666379 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:602,0,511 chrXV 666664 . A G 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;DP=66;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.716;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:392,0,651 chrXV 666884 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;DP=64;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.062;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:64:99:526,0,553 chrXV 666991 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;DP=59;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:59:99:524,0,478 chrXV 667076 . G C 652.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DP=73;Dels=0.00;FS=1.921;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.952;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:682,0,523 chrXV 667078 . T A 714.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=74;Dels=0.00;FS=3.131;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:744,0,541 chrXV 667081 . T A 679.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DP=73;Dels=0.00;FS=4.511;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.012;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:709,0,534 chrXV 667082 . G T 643.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=73;Dels=0.00;FS=4.511;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.444;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:673,0,500 chrXV 667731 . C T 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;DP=14;Dels=0.00;FS=10.710;HaplotypeScore=6.6441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.386;SB=-8.650e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:106,0,113 chrXV 668364 . A T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DP=91;Dels=0.00;FS=0.811;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:598,0,840 chrXV 669229 . C T 1222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=145;Dels=0.00;FS=8.978;HaplotypeScore=6.4962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.208;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,76:145:99:1252,0,1089 chrXV 669592 . G A 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.740;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.857;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:898,0,609 chrXV 669720 . G A 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=80;Dels=0.00;FS=3.109;HaplotypeScore=7.3194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:873,0,529 chrXV 670051 . C A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.311;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:105:99:892,0,1070 chrXV 670150 . A G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.714;DP=80;Dels=0.00;FS=3.135;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.758;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:674,0,854 chrXV 670200 . C T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=9.22;ReadPosRankSum=1.978;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:731,0,806 chrXV 670328 . A G 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:957,0,992 chrXV 670485 . C A 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=113;Dels=0.00;FS=2.450;HaplotypeScore=15.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,66:113:99:1134,0,732 chrXV 670513 . C A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DP=88;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,54:88:99:1000,0,573 chrXV 670567 . T G 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=58;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.582;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:58:99:668,0,330 chrXV 670624 . A G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=61;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:419,0,784 chrXV 670894 . A T 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.002;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:327,0,293 chrXV 670961 . T A 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=34;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:204,0,226 chrXV 672080 . C A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.836;DP=71;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=7.5145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:71:99:763,0,462 chrXV 672196 . C A 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=48;Dels=0.00;FS=1.133;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:447,0,329 chrXV 672458 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.992;DP=68;Dels=0.00;FS=3.318;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:589,0,644 chrXV 673646 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=65;Dels=0.00;FS=2.061;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:548,0,675 chrXV 674040 . A C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.097;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.712;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:346,0,810 chrXV 674074 . A G 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.428;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.958;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:97:99:587,0,935 chrXV 674412 . G A 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=106;Dels=0.00;FS=1.599;HaplotypeScore=2.7542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=10.10;ReadPosRankSum=2.327;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:1101,0,859 chrXV 674526 . C G 1132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.060;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,70:135:99:1162,0,1142 chrXV 674568 . G A 1539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.065;DP=176;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,89:176:99:1569,0,1432 chrXV 674588 . A G 1501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.444;DP=160;Dels=0.00;FS=1.252;HaplotypeScore=10.3833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,84:160:99:1531,0,1348 chrXV 674631 . T C 1285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;DP=133;Dels=0.00;FS=7.840;HaplotypeScore=7.9754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.746;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.465;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,70:133:99:1315,0,1143 chrXV 674643 . G A 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DP=109;Dels=0.00;FS=9.356;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,63:109:99:1104,0,879 chrXV 675100 . T A 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;DP=80;Dels=0.00;FS=8.085;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.646;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,52:80:99:1069,0,421 chrXV 675206 . C T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.637;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:77:99:499,0,895 chrXV 675246 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DP=51;Dels=0.00;FS=4.233;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:384,0,422 chrXV 675251 . C A 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;DP=51;Dels=0.00;FS=4.461;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:385,0,387 chrXV 675258 . G A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;DP=39;Dels=0.00;FS=2.886;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.660;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:305,0,349 chrXV 675304 . C T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;DP=37;Dels=0.00;FS=4.313;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:401,0,239 chrXV 675347 . G C 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=51;Dels=0.00;FS=1.174;HaplotypeScore=8.2105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.705;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:51:99:207,0,202 chrXV 675363 . A C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DP=74;Dels=0.00;FS=15.922;HaplotypeScore=12.7565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=6.07;ReadPosRankSum=2.343;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:74:99:479,0,414 chrXV 675643 . A T 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=22.81;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1630,171,0 chrXV 675665 . A T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.773;DP=84;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:807,0,651 chrXV 675701 . T C 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=19.29;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:86:99:1692,183,0 chrXV 675894 . C G 2119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=23.81;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2152,234,0 chrXV 676094 . A G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.426;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.342;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:335,0,422 chrXV 676127 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=55;Dels=0.00;FS=10.148;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:353,0,506 chrXV 676319 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=7.18;ReadPosRankSum=2.503;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:38:99:303,0,342 chrXV 676391 . A G 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;QD=18.43;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:881,93,0 chrXV 676400 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.197;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.487;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:242,0,494 chrXV 676406 . A G 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;MQ0=0;QD=17.58;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:96:877,96,0 chrXV 676421 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=51;Dels=0.00;FS=8.282;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.66;MQ0=0;MQRankSum=-5.292;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.049;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:51:99:201,0,431 chrXV 676427 . C T 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;DP=51;Dels=0.00;FS=10.240;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.253;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:247,0,410 chrXV 676448 . T C 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=58;Dels=0.00;FS=5.121;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.530;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.715;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:322,0,563 chrXV 676532 . C T 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=16.76;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:87:804,87,0 chrXV 676724 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=30;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.207;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:336,0,149 chrXV 676737 . C T 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=29;Dels=0.00;FS=3.453;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:162,0,328 chrXV 676799 . C T 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=37;Dels=0.00;FS=1.450;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=1.249;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:198,0,357 chrXV 676817 . A G 66.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=1.223;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:39:96:96,0,362 chrXV 676871 . G A 186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:95:216,0,95 chrXV 677286 . G A 98.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=18;Dels=0.00;FS=4.752;HaplotypeScore=3.4620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:18:99:128,0,102 chrXV 677365 . C T 493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.72;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:54:526,54,0 chrXV 677499 . G C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=64;Dels=0.00;FS=4.123;HaplotypeScore=6.9111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:608,0,465 chrXV 677733 . C G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:353,0,587 chrXV 677846 . T A 2226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.42;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2259,240,0 chrXV 677995 . C T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=41;Dels=0.00;FS=5.019;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.793;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:41:99:285,0,355 chrXV 678058 . G T 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=62;Dels=0.00;FS=3.974;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.078;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:366,0,552 chrXV 678070 . A G 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=20.64;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1395,153,0 chrXV 678100 . C G 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=13.20;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1010,111,0 chrXV 678248 . A G 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DP=63;Dels=0.00;FS=5.689;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=24.46;ReadPosRankSum=1.677;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1574,174,0 chrXV 678382 . A G 1068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=20.54;ReadPosRankSum=1.594;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1101,120,0 chrXV 678520 . G A 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.665;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.249;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,40:98:99:616,0,1084 chrXV 678575 . C G 2107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:2140,234,0 chrXV 678703 . T C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.272;DP=89;Dels=0.00;FS=1.112;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.82;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.710;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:812,0,1061 chrXV 678916 . A G 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DP=110;Dels=0.00;FS=2.473;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:110:99:996,0,1044 chrXV 678936 . G A 2549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.25;MQ0=0;QD=21.79;SB=-1.575e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2582,267,0 chrXV 678995 . G T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;DP=126;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=69.2213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.093;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.191;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,57:126:99:403,0,1132 chrXV 679042 . C A 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=20.01;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2134,222,0 chrXV 679088 . A G 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=3.599;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=21.06;ReadPosRankSum=1.635;SB=-7.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:1528,168,0 chrXV 679101 . C T 1534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=19.42;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1567,168,0 chrXV 679144 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.490;DP=93;Dels=0.00;FS=2.890;HaplotypeScore=11.2681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.719;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:93:99:571,0,800 chrXV 679386 . T C 1291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=20.17;ReadPosRankSum=1.191;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1324,147,0 chrXV 679406 . A T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=51;Dels=0.00;FS=2.365;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.199;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:429,0,461 chrXV 679488 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=96;Dels=0.00;FS=8.312;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.275;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:796,0,803 chrXV 679573 . G A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.006;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:671,0,718 chrXV 679631 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;DP=60;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.081;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:458,0,493 chrXV 679794 . G A 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=18.33;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1518,156,0 chrXV 679983 . C T 674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.07;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:707,75,0 chrXV 680430 . G A 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DP=83;Dels=0.00;FS=16.341;HaplotypeScore=4.9447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:83:99:828,0,611 chrXV 680491 . G A 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=24.68;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1711,177,0 chrXV 680797 . T C 1650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=20.37;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1683,183,0 chrXV 680922 . C T 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=22.54;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2490,261,0 chrXV 680929 . A G 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.741;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.185;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:117:99:774,0,1220 chrXV 680951 . T A 1432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=137;Dels=0.00;FS=2.005;HaplotypeScore=5.1330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.802;QD=10.45;ReadPosRankSum=2.121;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,81:137:99:1462,0,908 chrXV 681208 . A G 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=21.47;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:677,75,0 chrXV 681324 . C T 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;DP=47;Dels=0.00;FS=42.030;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.551;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:47:99:398,0,313 chrXV 681357 . T C 493.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.712;DP=48;Dels=0.00;FS=15.750;HaplotypeScore=7.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=10.27;ReadPosRankSum=3.808;SB=-8.902e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:48:22:523,0,22 chrXV 681411 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:438,0,626 chrXV 681705 . G A 1869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=23.96;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1902,213,0 chrXV 682254 . G A 2438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=25.40;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2471,258,0 chrXV 682318 . A T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.833;DP=50;Dels=0.00;FS=1.111;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:300,0,539 chrXV 682434 . A G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:321,0,357 chrXV 682563 . C A 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.799;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:971,0,586 chrXV 682585 . C A 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;DP=97;Dels=0.00;FS=2.827;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.624;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:97:99:1018,0,673 chrXV 682961 . C T 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=90;Dels=0.00;FS=7.139;HaplotypeScore=4.2179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.608;QD=8.93;ReadPosRankSum=-2.177;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:90:99:834,0,608 chrXV 682981 . G T 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=90;Dels=0.00;FS=6.906;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.560;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:90:99:888,0,724 chrXV 683095 . G T 1787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.62;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1820,192,0 chrXV 683158 . G A 1216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=21.33;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1249,132,0 chrXV 683295 . A G 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.594;SB=-7.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1397,153,0 chrXV 683302 . G A 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=18.33;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1463,150,0 chrXV 683351 . T C 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=19.37;SB=-9.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1602,177,0 chrXV 683410 . C T 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=21.43;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1233,129,0 chrXV 683489 . C T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=42;Dels=0.00;FS=1.351;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:452,0,221 chrXV 683563 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.864;DP=90;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=9.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:90:99:752,0,783 chrXV 683598 . T C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.914;DP=118;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=10.2023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,40:118:99:604,0,1470 chrXV 683694 . C T 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.86;MQ0=0;QD=17.43;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1532,165,0 chrXV 683698 . A C 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=85;Dels=0.00;FS=3.928;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.691;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:85:99:1428,156,0 chrXV 683727 . A G 306.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.373;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.378;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.957;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:336,0,609 chrXV 683729 . C T 372.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.298;QD=5.10;ReadPosRankSum=2.102;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:402,0,576 chrXV 683731 . C T 1218 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.92;MQ0=0;QD=16.68;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1251,132,0 chrXV 683778 . T C 824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=16.16;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:93:857,93,0 chrXV 683781 . C T 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=51;Dels=0.00;FS=8.888;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.555;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:226,0,449 chrXV 683845 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;DP=54;Dels=0.00;FS=1.248;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:511,0,339 chrXV 684078 . T C 1004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=20.49;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1037,111,0 chrXV 684335 . A G 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=16.26;ReadPosRankSum=1.535;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:66:602,66,0 chrXV 684893 . C T 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.59;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:684,75,0 chrXV 685474 . G A 2301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=21.50;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2334,249,0 chrXV 685969 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.968;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:353,0,415 chrXV 686417 . T C 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.66;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1405,150,0 chrXV 686985 . G A 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=22.23;ReadPosRankSum=0.595;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1456,153,0 chrXV 687317 . A G 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=18.31;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:912,99,0 chrXV 687338 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=62;Dels=0.00;FS=1.080;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.550;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:288,0,606 chrXV 687346 . A G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.209;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:272,0,656 chrXV 687739 . A G 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DP=36;Dels=0.00;FS=2.653;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=22.31;ReadPosRankSum=2.314;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:36:90:836,90,0 chrXV 688033 . C T 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=21.51;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:872,93,0 chrXV 688221 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;DP=38;Dels=0.00;FS=12.329;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:262,0,400 chrXV 688425 . G A 813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=20.85;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:846,93,0 chrXV 688433 . T A 805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=19.63;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:838,87,0 chrXV 688554 . T A 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.28;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:679,72,0 chrXV 688671 . C G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.708;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:184,0,169 chrXV 688684 . A G 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;DP=29;Dels=0.00;FS=1.536;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:138,0,224 chrXV 688719 . T C 465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DP=41;Dels=0.00;FS=25.603;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=11.34;ReadPosRankSum=3.855;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,35:41:54:498,54,0 chrXV 688950 . G A 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DP=68;Dels=0.00;FS=5.656;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:884,0,456 chrXV 688973 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.738;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:392,0,669 chrXV 688982 . T C 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=21.68;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1377,147,0 chrXV 689078 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.614;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:416,0,857 chrXV 689093 . G A 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DP=74;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.074;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:906,0,477 chrXV 689217 . T C 1449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.416;DP=170;Dels=0.00;FS=4.492;HaplotypeScore=5.6690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,75:170:99:1479,0,1811 chrXV 689383 . C T 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;DP=107;Dels=0.00;FS=8.025;HaplotypeScore=10.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.564;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1103,0,923 chrXV 689499 . T G 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.290;DP=117;Dels=0.00;FS=5.937;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:1035,0,1159 chrXV 689599 . A G 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.37;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2131,234,0 chrXV 689641 . T C 1521 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=87;Dels=0.00;FS=7.634;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.692;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1554,174,0 chrXV 689714 . T C 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.111;DP=111;Dels=0.00;FS=2.462;HaplotypeScore=4.0702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.117;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:111:99:1021,0,955 chrXV 689875 . A G 2242 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=24.11;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2275,246,0 chrXV 690070 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=80;Dels=0.00;FS=6.583;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.205;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:497,0,760 chrXV 690107 . C T 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;DP=128;Dels=0.00;FS=4.831;HaplotypeScore=19.6583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.028;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,70:128:99:1011,0,916 chrXV 690110 . T A 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DP=124;Dels=0.00;FS=4.809;HaplotypeScore=17.2375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:124:99:924,0,1193 chrXV 690197 . G C 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;DP=130;Dels=0.00;FS=4.212;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.447;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,59:130:99:965,0,1471 chrXV 690202 . C T 3169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=23.83;SB=-1.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3202,333,0 chrXV 690359 . A G 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=21.84;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1147,123,0 chrXV 690477 . T C 1743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=19.58;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1776,195,0 chrXV 690586 . A T 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.374;DP=54;Dels=0.02;FS=1.061;HaplotypeScore=29.8082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:104,0,193 chrXV 690598 . C G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=48;Dels=0.00;FS=8.463;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.521;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:242,0,187 chrXV 690955 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;DP=68;Dels=0.00;FS=2.046;HaplotypeScore=6.6355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:414,0,479 chrXV 690980 . G C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.294;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:547,0,538 chrXV 691288 . A C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;DP=52;Dels=0.00;FS=8.293;HaplotypeScore=3.2533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:308,0,626 chrXV 691396 . G A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.797;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.609;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:567,0,676 chrXV 691480 . C T 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=96;Dels=0.00;FS=2.803;HaplotypeScore=6.1888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.572;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.023;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,59:96:99:867,0,573 chrXV 691584 . A T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=64;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=13.6549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.774;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:553,0,446 chrXV 691687 . C T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.900;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.128;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:490,0,341 chrXV 691690 . A G 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=50;Dels=0.00;FS=1.096;HaplotypeScore=5.7515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:377,0,463 chrXV 691852 . A G 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;DP=102;Dels=0.00;FS=5.124;HaplotypeScore=7.6209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:102:99:811,0,1078 chrXV 691977 . T A 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.10;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1341,141,0 chrXV 692038 . T C 2557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;DP=114;Dels=0.00;FS=3.326;HaplotypeScore=10.2099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=22.43;ReadPosRankSum=1.307;SB=-1.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:2590,282,0 chrXV 692169 . A C 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=64;Dels=0.00;FS=9.271;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=22.59;ReadPosRankSum=2.372;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:64:99:1479,165,0 chrXV 692189 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DP=55;Dels=0.00;FS=12.193;HaplotypeScore=5.0437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.143;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:534,0,516 chrXV 692352 . A T 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=75;Dels=0.00;FS=4.760;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.738;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:701,0,483 chrXV 692736 . T G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.394;DP=35;Dels=0.00;FS=1.344;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:186,0,385 chrXV 692737 . T C 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;DP=35;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.398;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:199,0,383 chrXV 693049 . T C 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;DP=46;Dels=0.00;FS=2.785;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:46:99:164,0,642 chrXV 693110 . A C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;DP=54;Dels=0.00;FS=6.017;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.642;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:419,0,512 chrXV 693170 . A T 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.894;DP=78;Dels=0.00;FS=0.900;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:646,0,914 chrXV 693526 . C T 1931 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=21.22;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:91:99:1964,216,0 chrXV 693634 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;DP=59;Dels=0.00;FS=7.092;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:493,0,480 chrXV 693796 . C T 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DP=74;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=6.4785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:698,0,672 chrXV 693930 . T G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.778;DP=71;Dels=0.00;FS=6.435;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=2.649;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:421,0,761 chrXV 694031 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;DP=28;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:182,0,257 chrXV 694231 . C T 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=24.76;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2212,231,0 chrXV 694271 . G A 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=54;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:559,0,474 chrXV 694301 . G C 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.948;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:489,0,330 chrXV 694391 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;DP=30;Dels=0.00;FS=6.306;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.262;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:30:99:194,0,312 chrXV 694394 . G A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;DP=31;Dels=0.00;FS=5.525;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.179;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:192,0,330 chrXV 694427 . C G 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=47;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:292,0,467 chrXV 694439 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=52;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:322,0,560 chrXV 694457 . T C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;DP=65;Dels=0.00;FS=3.672;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.396;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:507,0,384 chrXV 694471 . T C 1385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=19.79;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:70:99:1418,153,0 chrXV 694574 . G A 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=109;Dels=0.00;FS=2.516;HaplotypeScore=10.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.281;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:109:99:867,0,1035 chrXV 694591 . G A 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.786;DP=122;Dels=0.00;FS=10.352;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.397;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,64:122:99:1143,0,1098 chrXV 694619 . A G 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DP=98;Dels=0.00;FS=12.112;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:852,0,876 chrXV 694776 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.431;DP=55;Dels=0.00;FS=2.334;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:401,0,615 chrXV 694956 . G A 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:450,0,749 chrXV 695116 . T C 1355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=22.97;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1388,147,0 chrXV 695150 . C T 967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.34;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1000,111,0 chrXV 695231 . A G 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=24.14;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1264,135,0 chrXV 695402 . G A 1567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.89;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1600,168,0 chrXV 696287 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DP=47;Dels=0.00;FS=1.202;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=3.092;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:447,0,313 chrXV 696447 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=65;Dels=0.00;FS=3.466;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.328;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:460,0,714 chrXV 697666 . G C 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=93;Dels=0.00;FS=2.851;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.612;QD=7.59;ReadPosRankSum=-2.169;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:93:99:736,0,716 chrXV 697884 . G C 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=21.00;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2490,276,0 chrXV 697906 . G A 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=119;Dels=0.00;FS=1.631;HaplotypeScore=4.9334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.938;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:119:99:845,0,1175 chrXV 697921 . A C 2260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=18.83;ReadPosRankSum=0.771;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:120:99:2293,252,0 chrXV 698017 . A G 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.924;DP=76;Dels=0.00;FS=1.947;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:76:99:789,0,528 chrXV 698025 . T C 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;DP=75;Dels=0.00;FS=1.961;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:764,0,539 chrXV 698066 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=79;Dels=0.00;FS=4.479;HaplotypeScore=7.6813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.907;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:79:99:602,0,600 chrXV 698124 . G A 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DP=106;Dels=0.00;FS=3.665;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:106:99:976,0,861 chrXV 698300 . T A 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=121;Dels=0.00;FS=1.498;HaplotypeScore=17.8050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.431;SB=-1.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:121:99:1277,116,0 chrXV 698306 . T C 1731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=119;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=14.55;ReadPosRankSum=2.551;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:118:99:1764,195,0 chrXV 698343 . C T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;DP=85;Dels=0.00;FS=3.154;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.483;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:85:99:313,0,752 chrXV 698377 . C T 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.907;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:72:99:721,0,559 chrXV 698510 . A T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=70;Dels=0.00;FS=2.091;HaplotypeScore=8.0806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.918;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:70:99:635,0,519 chrXV 698579 . T G 2331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=22.85;SB=-1.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2364,258,0 chrXV 698916 . C A 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:698,0,439 chrXV 698995 . T G 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.95;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1084,120,0 chrXV 699146 . A T 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.765;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:787,0,542 chrXV 699147 . G A 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.430;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:775,0,497 chrXV 699646 . T G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:618,0,386 chrXV 699816 . C T 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.50;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:753,81,0 chrXV 699869 . G A 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.67;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:488,54,0 chrXV 699888 . A C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.506;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:25:99:214,0,173 chrXV 699977 . A G 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=19.10;ReadPosRankSum=2.350;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:50:99:988,108,0 chrXV 700142 . C G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.383;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:36:99:385,0,263 chrXV 700407 . A T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.369;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:364,0,409 chrXV 700484 . C T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.810;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:384,0,622 chrXV 700514 . A G 1298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=22.77;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1331,147,0 chrXV 700968 . G A 1885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=22.99;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1918,204,0 chrXV 701028 . T C 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.104;DP=98;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.260;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:98:99:935,0,746 chrXV 701203 . T C 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.433;DP=112;Dels=0.00;FS=4.923;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.150;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,46:112:99:731,0,1190 chrXV 701714 . A G 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=31;Dels=0.00;FS=1.497;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.990;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:31:99:201,0,294 chrXV 702216 . A C 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;DP=44;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=8.1205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.254;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:44:99:373,0,336 chrXV 702754 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DP=61;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.902;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:523,0,643 chrXV 702861 . G A 1130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=135;Dels=0.00;FS=0.641;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,74:135:99:1160,0,1287 chrXV 702862 . G A 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DP=137;Dels=0.00;FS=1.358;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,74:137:99:1100,0,1332 chrXV 702970 . A G 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=117;Dels=0.00;FS=2.478;HaplotypeScore=10.8640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,53:117:99:950,0,1111 chrXV 703124 . C G 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=21.13;SB=-1.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:116:99:2484,273,0 chrXV 703231 . T G 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.471;DP=107;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.478;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:107:99:964,0,889 chrXV 703501 . A C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;DP=50;Dels=0.00;FS=4.576;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.349;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:352,0,429 chrXV 710181 . G A 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DP=32;Dels=0.00;FS=3.952;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.435;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:220,0,216 chrXV 710182 . A T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=31;Dels=0.00;FS=3.854;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.250;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:218,0,233 chrXV 710553 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DP=40;Dels=0.00;FS=1.682;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:217,0,583 chrXV 710559 . G A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=42;Dels=0.00;FS=1.636;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.245;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,29:42:99:622,0,218 chrXV 710606 . T A 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.033;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.171;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:221,0,659 chrXV 710609 . T C 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.437;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:50:99:182,0,716 chrXV 710699 . G A 1012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=21.53;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1045,108,0 chrXV 710933 . A T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=49;Dels=0.00;FS=9.595;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.336;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:547,0,211 chrXV 711051 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:38:99:403,0,314 chrXV 711064 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;DP=36;Dels=0.00;FS=1.579;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:318,0,412 chrXV 711140 . A T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DP=37;Dels=0.00;FS=3.375;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=2.027;QD=8.70;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:352,0,328 chrXV 711252 . A G 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=24.71;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1244,138,0 chrXV 711312 . A G 1288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.439;DP=130;Dels=0.00;FS=5.983;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.013;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.188;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,67:130:99:1318,0,1262 chrXV 711322 . T C 3196 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=23.33;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:137:99:3229,357,0 chrXV 711344 . C T 1385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=140;Dels=0.00;FS=8.421;HaplotypeScore=7.3868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=4.984;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,72:140:99:1415,0,1363 chrXV 711414 . A G 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=98;Dels=0.00;FS=1.885;HaplotypeScore=10.4318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.617;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:98:99:1114,0,765 chrXV 711467 . C T 2865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=24.70;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2898,312,0 chrXV 711533 . G A 2259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;QD=21.11;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2292,237,0 chrXV 711599 . C T 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;DP=169;Dels=0.00;FS=0.710;HaplotypeScore=18.7593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.071;QD=4.31;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,92:169:99:758,0,1172 chrXV 711643 . G C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=155;Dels=0.00;FS=9.911;HaplotypeScore=5.4983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.594;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,79:155:99:576,0,1338 chrXV 711654 . T C 2988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=18.67;SB=-1.374e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:160:99:3021,333,0 chrXV 711719 . T G 2655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=23.09;SB=-1.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2688,285,0 chrXV 711860 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;DP=76;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.542;QD=6.32;ReadPosRankSum=2.001;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:510,0,732 chrXV 712205 . T C 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;DP=55;Dels=0.00;FS=1.038;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.716;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:557,0,415 chrXV 712214 . C G 1232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=20.88;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1265,135,0 chrXV 712477 . C T 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DP=31;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=7.9820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:31:74:74,0,228 chrXV 713486 . A T 1668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;DP=193;Dels=0.00;FS=8.236;HaplotypeScore=14.0876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.006;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,94:193:99:1698,0,1637 chrXV 713729 . G A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.179;DP=117;Dels=0.00;FS=0.707;HaplotypeScore=5.7921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.409;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:117:99:849,0,1195 chrXV 713776 . A T 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=118;Dels=0.00;FS=4.486;HaplotypeScore=9.1655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.307;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:118:99:854,0,1093 chrXV 713926 . T C 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=22.64;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:101:99:2320,255,0 chrXV 713942 . A G 1026.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DP=116;Dels=0.00;FS=0.853;HaplotypeScore=1.7333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:116:99:1056,0,1003 chrXV 713980 . A T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.043;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:93:99:972,0,764 chrXV 714171 . C T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.542;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.845;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:558,0,356 chrXV 714398 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=56;Dels=0.00;FS=5.637;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=1.851;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:56:99:430,0,469 chrXV 714510 . A G 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=57;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.220;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:467,0,746 chrXV 714990 . A G 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=74;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.233;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:694,0,641 chrXV 715235 . T C 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;DP=25;Dels=0.00;FS=1.810;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.914;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.803;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:218,0,300 chrXV 715376 . A T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=65;Dels=0.03;FS=3.946;HaplotypeScore=35.8706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=7.26;ReadPosRankSum=3.131;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:502,0,476 chrXV 716103 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:250,0,342 chrXV 716298 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=47;Dels=0.00;FS=6.851;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:229,0,388 chrXV 716400 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=57;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:415,0,627 chrXV 716951 . G C 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.22;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:55:99:1145,126,0 chrXV 716978 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=51;Dels=0.00;FS=1.066;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:503,0,449 chrXV 716999 . T C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=59;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.502;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.926;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:534,0,470 chrXV 717158 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.466;DP=43;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:292,0,443 chrXV 717277 . T C 685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=17.12;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:78:718,78,0 chrXV 717398 . G T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=43;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=6.2147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.096;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:428,0,259 chrXV 718180 . T C 3156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.367;QD=23.73;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:3189,332,0 chrXV 718599 . G A 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=0;QD=18.52;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1274,132,0 chrXV 718650 . G C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;DP=82;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:82:99:319,0,869 chrXV 720164 . A G 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.236;DP=139;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=9.0891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,55:139:99:863,0,1771 chrXV 720202 . G C 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=185.9547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=2.36;ReadPosRankSum=-2.738;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,22:101:99:268,0,1073 chrXV 720426 . G A 2957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.48;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:156:99:2990,324,0 chrXV 720674 . T C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=48;Dels=0.00;FS=9.782;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.785;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:480,0,123 chrXV 720799 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=67;Dels=0.00;FS=1.040;HaplotypeScore=9.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.933;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:263,0,617 chrXV 720923 . A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DP=44;Dels=0.00;FS=3.057;HaplotypeScore=6.4816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.211;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,11:44:99:130,0,465 chrXV 721121 . C T 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.43;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:90:844,90,0 chrXV 721219 . G T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.516;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:265,0,192 chrXV 721230 . A G 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.180;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:136,0,231 chrXV 721240 . A T 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=12.16;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:45:422,45,0 chrXV 721322 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=54;Dels=0.00;FS=6.397;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:239,0,551 chrXV 721370 . A C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.723;DP=58;Dels=0.00;FS=3.753;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:484,0,504 chrXV 721661 . A C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=30;Dels=0.00;FS=3.325;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.275;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:410,0,108 chrXV 721768 . C A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=77;Dels=0.00;FS=14.414;HaplotypeScore=11.2918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:259,0,767 chrXV 721815 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=104;Dels=0.00;FS=1.586;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.935;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.442;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:468,0,923 chrXV 721920 . A G 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DP=80;Dels=0.00;FS=0.994;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.699;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:791,0,827 chrXV 721941 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;DP=84;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:596,0,890 chrXV 721957 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.023;DP=70;Dels=0.00;FS=1.211;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.707;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:488,0,826 chrXV 723226 . A C 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.61;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:680,72,0 chrXV 724989 . A G 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=23.64;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1428,156,0 chrXV 725113 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DP=66;Dels=0.00;FS=4.899;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:540,0,698 chrXV 725167 . C T 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:444,0,690 chrXV 725266 . T A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.645;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:723,0,485 chrXV 725534 . T A 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=85;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=8.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.290;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:819,0,741 chrXV 725758 . T G 1578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=18.79;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:1611,174,0 chrXV 726294 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.969;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.924;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:703,0,550 chrXV 726404 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=2.111;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:502,0,497 chrXV 726494 . A C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.566;DP=51;Dels=0.00;FS=14.183;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.105;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:415,0,412 chrXV 726499 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DP=54;Dels=0.00;FS=13.384;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.370;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:54:99:450,0,408 chrXV 726776 . A T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DP=61;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=2.373;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.099;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:531,0,503 chrXV 726868 . C T 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DP=61;Dels=0.00;FS=14.478;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.441;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:441,0,576 chrXV 726893 . G A 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=19.73;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1434,162,0 chrXV 726917 . A G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;DP=74;Dels=0.00;FS=7.981;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.797;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:471,0,791 chrXV 727008 . G A 1572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=21.53;SB=-9.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1605,171,0 chrXV 727477 . A G 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.748;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:789,0,917 chrXV 727788 . A C 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=75;Dels=0.00;FS=6.817;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=2.190;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.952;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:771,0,672 chrXV 727817 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DP=79;Dels=0.00;FS=0.982;HaplotypeScore=4.9957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:730,0,843 chrXV 727823 . C G 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=80;Dels=0.00;FS=0.978;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:730,0,888 chrXV 727969 . G A 1664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=24.47;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1697,177,0 chrXV 728063 . G A 2292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=25.19;SB=-9.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2325,240,0 chrXV 728105 . A G 2656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DP=115;Dels=0.00;FS=3.617;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=23.10;ReadPosRankSum=1.672;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:2689,294,0 chrXV 728123 . T C 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;DP=112;Dels=0.00;FS=0.702;HaplotypeScore=10.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.247;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:112:99:969,0,980 chrXV 728765 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;DP=65;Dels=0.00;FS=2.061;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.319;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:602,0,591 chrXV 729251 . A T 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.289;DP=107;Dels=0.00;FS=4.857;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:107:99:1061,0,788 chrXV 729380 . A T 2058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.62;SB=-1.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2091,219,0 chrXV 730011 . C T 4617.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=24.56;SB=-1.923e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:188:99:4617,492,0 chrXV 730479 . G A 1921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.34;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1954,207,0 chrXV 731607 . A G 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.973;DP=112;Dels=0.00;FS=3.563;HaplotypeScore=5.8713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:878,0,1103 chrXV 731742 . A T 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=89;Dels=0.00;FS=1.852;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:651,0,759 chrXV 731874 . A T 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.267;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,71:144:99:1078,0,1047 chrXV 731973 . A G 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=95;Dels=0.00;FS=2.671;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=2.135;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.684;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:784,0,862 chrXV 732177 . A G 732.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;DP=99;Dels=0.00;FS=11.454;HaplotypeScore=13.6789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.411;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:762,0,722 chrXV 732609 . A G 3647.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=157;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=10.5026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=23.23;ReadPosRankSum=1.620;SB=-1.579e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,154:157:99:3647,399,0 chrXV 733385 . A G 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.553;DP=102;Dels=0.00;FS=1.619;HaplotypeScore=8.2436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:866,0,827 chrXV 733489 . A G 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=73;Dels=0.00;FS=6.781;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.966;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:821,0,469 chrXV 733499 . T C 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;DP=74;Dels=0.00;FS=8.380;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,47:74:99:812,0,449 chrXV 733519 . C T 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.693;DP=78;Dels=0.00;FS=16.099;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.530;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:518,0,663 chrXV 733533 . T A 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.214;DP=68;Dels=0.00;FS=17.187;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.456;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:483,0,639 chrXV 733608 . A G 1570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=19.62;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1603,171,0 chrXV 733667 . C G 2089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=21.32;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2122,231,0 chrXV 733949 . C G 901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=18.39;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:934,102,0 chrXV 733953 . A G 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=17.69;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:935,105,0 chrXV 734684 . C T 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.91;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1362,144,0 chrXV 735107 . T A 3376.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=25.97;ReadPosRankSum=2.336;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,128:130:99:3376,351,0 chrXV 735331 . T C 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;DP=113;Dels=0.00;FS=4.764;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.886;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:113:99:900,0,1001 chrXV 735517 . G A 1315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=140;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=10.9281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,84:140:99:1345,0,836 chrXV 735547 . G A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.036;DP=93;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:892,0,691 chrXV 735678 . T C 1611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=22.37;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1644,183,0 chrXV 735730 . T C 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=106;Dels=0.00;FS=2.648;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.192;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:991,0,737 chrXV 735747 . G C 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=106;Dels=0.00;FS=6.470;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.901;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,59:106:99:953,0,769 chrXV 735867 . A G 583.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.829;DP=80;Dels=0.00;FS=0.849;HaplotypeScore=4.2908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.760;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:80:99:613,0,662 chrXV 735873 . G A 545.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=81;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=6.73;ReadPosRankSum=-2.267;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:575,0,596 chrXV 735877 . G T 1421 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=17.76;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1454,153,0 chrXV 736265 . A G 622.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.051;DP=50;Dels=0.00;FS=4.670;HaplotypeScore=5.7279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=12.44;ReadPosRankSum=3.572;SB=-3.307e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,34:50:8:654,8,0 chrXV 737262 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;DP=57;Dels=0.00;FS=8.805;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:477,0,549 chrXV 737281 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=60;Dels=0.00;FS=1.137;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.913;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.057;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:430,0,561 chrXV 737295 . A G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=66;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.455;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:390,0,684 chrXV 737329 . A G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=58;Dels=0.00;FS=2.326;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=6.81;ReadPosRankSum=-3.057;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:425,0,579 chrXV 737961 . A T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:546,0,815 chrXV 739776 . G A 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.642;DP=68;Dels=0.00;FS=4.902;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:68:99:802,0,565 chrXV 741308 . T G 1015.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;DP=122;Dels=0.00;FS=1.545;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:122:99:1045,0,832 chrXV 741440 . T C 1748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=20.33;ReadPosRankSum=2.393;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:86:99:1781,192,0 chrXV 741453 . C T 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=18.71;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1380,144,0 chrXV 741471 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=49;Dels=0.00;FS=1.269;HaplotypeScore=4.0689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.146;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.190;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:377,0,237 chrXV 741569 . T C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.359;DP=77;Dels=0.00;FS=1.963;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:704,0,716 chrXV 741730 . G T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;DP=84;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=9.6544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.864;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:614,0,891 chrXV 742127 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.121;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:375,0,463 chrXV 742150 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;DP=53;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:502,0,445 chrXV 742253 . G A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=6.84;ReadPosRankSum=-2.464;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:495,0,467 chrXV 742260 . G T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=56;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=5.86;ReadPosRankSum=-2.189;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:56:99:358,0,538 chrXV 742315 . T C 47.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=38;Dels=0.00;FS=12.802;HaplotypeScore=3.4575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=1.24;ReadPosRankSum=-2.084;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:77:77,0,393 chrXV 742344 . G C 558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=14.68;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:63:591,63,0 chrXV 742394 . A T 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=31;Dels=0.00;FS=8.911;HaplotypeScore=8.9538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.020;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:237,0,187 chrXV 743014 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.783;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:86:99:632,0,941 chrXV 743206 . G C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=46;Dels=0.00;FS=6.579;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:492,0,304 chrXV 743254 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=44;Dels=0.00;FS=10.387;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.480;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:323,0,338 chrXV 743338 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:445,0,563 chrXV 743656 . C T 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.373;DP=26;Dels=0.00;FS=14.418;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.363;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:227,0,262 chrXV 744076 . T C 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DP=92;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.152;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:978,0,903 chrXV 744303 . C A 1297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.597;DP=129;Dels=0.00;FS=6.651;HaplotypeScore=8.3172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=2.548;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.719;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,69:129:99:1327,0,1084 chrXV 744491 . T C 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=60;Dels=0.02;FS=0.988;HaplotypeScore=12.8126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.615;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:519,0,587 chrXV 744503 . T C 1216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.09;MQ0=0;QD=22.52;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1249,135,0 chrXV 744522 . A G 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.63;MQ0=0;QD=20.81;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1157,126,0 chrXV 744523 . T G 1098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.98;MQ0=0;QD=19.96;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1131,120,0 chrXV 744560 . A G 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.496;QD=16.26;ReadPosRankSum=2.364;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:99:960,102,0 chrXV 744578 . A G 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.663;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:81:729,81,0 chrXV 744580 . T C 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=8.045;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:81:727,81,0 chrXV 744706 . T C 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=19.97;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1211,129,0 chrXV 744769 . C T 1184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=20.07;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1217,126,0 chrXV 744847 . C T 975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=20.31;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1008,105,0 chrXV 744871 . A G 802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=17.43;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:93:835,93,0 chrXV 744951 . C T 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=20.76;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1092,120,0 chrXV 745114 . G T 431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=12.31;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:51:464,51,0 chrXV 745151 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.106;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:270,0,343 chrXV 745180 . C T 793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=18.88;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:87:826,87,0 chrXV 745192 . T C 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.220;DP=43;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=17.07;ReadPosRankSum=2.336;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:43:84:767,84,0 chrXV 745346 . C A 401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=11.14;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:45:434,45,0 chrXV 745409 . A G 498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=15.56;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:57:531,57,0 chrXV 745446 . A C 527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=18.17;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:560,63,0 chrXV 745467 . T C 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=21.74;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:772,84,0 chrXV 745547 . A T 3061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;QD=23.91;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:128:99:3094,324,0 chrXV 745778 . A G 1141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=21.13;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1174,129,0 chrXV 745883 . G C 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=16.73;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:1656,180,0 chrXV 745929 . G A 1763 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=16.32;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:1796,198,0 chrXV 746099 . C T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=55;Dels=0.00;FS=1.024;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:388,0,611 chrXV 746313 . G A 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=21.20;SB=-9.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:1750,183,0 chrXV 746609 . A G 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=12.41;SB=-9.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1026,111,0 chrXV 746617 . C T 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=14.90;SB=-9.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1210,129,0 chrXV 746637 . G A 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=16.70;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:1853,198,0 chrXV 746695 . C T 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=24.67;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1735,186,0 chrXV 746845 . T C 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=17.33;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1402,153,0 chrXV 747091 . A G 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=19.96;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1011,108,0 chrXV 747118 . T C 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=18.26;ReadPosRankSum=1.858;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:96:873,96,0 chrXV 747125 . T C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.12;MQ0=0;QD=15.11;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:93:849,93,0 chrXV 747519 . G T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=24.04;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1307,138,0 chrXV 747612 . C G 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=19.35;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1020,114,0 chrXV 747648 . A G 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=42;Dels=0.00;FS=3.928;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=17.74;ReadPosRankSum=1.650;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:87:778,87,0 chrXV 747741 . A G 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.21;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1534,165,0 chrXV 747866 . G A 1783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=22.29;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1816,204,0 chrXV 747904 . G A 1868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=20.99;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1901,204,0 chrXV 747912 . C T 1747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=18.99;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1780,186,0 chrXV 747945 . T C 1881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=18.62;ReadPosRankSum=1.664;SB=-7.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:101:99:1914,210,0 chrXV 748004 . A C 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=72;Dels=0.00;FS=4.199;HaplotypeScore=4.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=19.54;ReadPosRankSum=1.683;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:1440,156,0 chrXV 748020 . T C 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=17.61;ReadPosRankSum=1.474;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1213,129,0 chrXV 748236 . C T 3787.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1.767e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:154:99:3787,399,0 chrXV 748371 . C T 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=22.56;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1003,105,0 chrXV 748445 . A G 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.62;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1525,165,0 chrXV 748866 . G T 2043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=20.43;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2076,216,0 chrXV 748991 . A G 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.391;DP=107;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=11.6156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.101;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,57:107:99:872,0,990 chrXV 749079 . G A 1418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;DP=138;Dels=0.00;FS=6.546;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,78:138:99:1448,0,900 chrXV 749379 . G T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=72;Dels=0.00;FS=1.955;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.109;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:563,0,625 chrXV 749588 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.546;DP=80;Dels=0.00;FS=2.133;HaplotypeScore=7.0890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.447;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:521,0,712 chrXV 749636 . G A 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=76;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=2.127;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:655,0,666 chrXV 749731 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=47;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=7.06;ReadPosRankSum=2.485;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:362,0,418 chrXV 750300 . A G 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;DP=75;Dels=0.00;FS=10.431;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.171;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:75:99:530,0,733 chrXV 750596 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;DP=78;Dels=0.00;FS=4.998;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:78:99:365,0,874 chrXV 751330 . C G 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.553;DP=83;Dels=0.00;FS=2.261;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:83:99:765,0,646 chrXV 751374 . C T 1034.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.926;DP=131;Dels=0.00;FS=7.866;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,68:131:99:1064,0,1145 chrXV 751406 . G A 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.076;DP=129;Dels=0.00;FS=12.844;HaplotypeScore=5.2060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.820;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.585;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,68:129:99:994,0,1184 chrXV 751433 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=118;Dels=0.00;FS=12.333;HaplotypeScore=10.3470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.723;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:118:99:777,0,1008 chrXV 751442 . G A 1692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DP=117;Dels=0.00;FS=3.278;HaplotypeScore=7.4752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:1725,173,0 chrXV 751445 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=101;Dels=0.00;FS=9.692;HaplotypeScore=7.3698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-6.541;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:101:99:495,0,908 chrXV 751476 . T G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DP=83;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.308;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.716;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:593,0,808 chrXV 751511 . G A 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=85;Dels=0.00;FS=4.468;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.548;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:679,0,732 chrXV 751523 . C T 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=81;Dels=0.00;FS=0.905;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.873;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.062;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:612,0,742 chrXV 751571 . C A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:555,0,542 chrXV 751857 . G A 1208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=129;Dels=0.00;FS=2.227;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.311;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.021;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,66:129:99:1238,0,1070 chrXV 752064 . G A 3103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.65;SB=-1.853e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:137:99:3136,330,0 chrXV 752146 . A G 1105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.867;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,72:123:99:1135,0,801 chrXV 752184 . A G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=75;Dels=0.00;FS=2.040;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.847;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:604,0,475 chrXV 752228 . C G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;DP=68;Dels=0.00;FS=4.886;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.184;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:574,0,551 chrXV 752247 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DP=69;Dels=0.00;FS=11.086;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.123;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:625,0,592 chrXV 752248 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=69;Dels=0.00;FS=8.753;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:651,0,600 chrXV 752415 . A G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DP=80;Dels=0.00;FS=0.857;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.030;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:605,0,842 chrXV 752538 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=54;Dels=0.00;FS=6.037;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.572;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:439,0,635 chrXV 752580 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;DP=44;Dels=0.00;FS=1.286;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:433,0,410 chrXV 752598 . T C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:262,0,396 chrXV 752616 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;DP=55;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=5.0081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:263,0,434 chrXV 752721 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.154;DP=51;Dels=0.00;FS=4.012;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.974;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:355,0,612 chrXV 752751 . A G 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.066;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:495,0,493 chrXV 752997 . T A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=57;Dels=0.00;FS=5.389;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:479,0,404 chrXV 753168 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=24;Dels=0.00;FS=3.834;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.375;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:218,0,240 chrXV 753808 . T C 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DP=68;Dels=0.00;FS=2.400;HaplotypeScore=4.1850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.025;QD=4.90;ReadPosRankSum=1.514;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,22:68:99:363,0,901 chrXV 754003 . T G 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.512;DP=104;Dels=0.00;FS=7.812;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.615;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:104:99:991,0,731 chrXV 754232 . C T 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=95;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=2.006;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.384;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:95:99:929,0,653 chrXV 754326 . C G 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.637;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:118:99:1149,0,968 chrXV 754376 . T G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.674;DP=76;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:76:99:689,0,446 chrXV 754590 . A C 1211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.902;DP=138;Dels=0.00;FS=2.151;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.069;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,70:138:99:1241,0,1284 chrXV 754721 . G A 961.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=92;Dels=0.00;FS=15.901;HaplotypeScore=9.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,59:92:99:991,0,542 chrXV 754893 . G A 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;DP=107;Dels=0.00;FS=4.899;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.677;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,61:107:99:1123,0,754 chrXV 755003 . C T 2083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:99:99:2116,231,0 chrXV 755090 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.833;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.526;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:823,0,986 chrXV 755091 . C T 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.061;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.384;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:814,0,926 chrXV 755104 . T C 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:98:99:772,0,926 chrXV 755444 . A T 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.488;DP=73;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:640,0,555 chrXV 755561 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=64;Dels=0.00;FS=11.084;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:576,0,600 chrXV 755735 . C T 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.48;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1408,153,0 chrXV 756163 . G A 2112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.856;DP=195;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=10.83;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,106:195:99:2142,0,1488 chrXV 756252 . C A 3647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.734;DP=330;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=12.8323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.219;SB=-1.992e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,180:330:99:3647,0,2560 chrXV 756307 . A T 2552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.137;DP=253;Dels=0.00;FS=8.919;HaplotypeScore=10.8106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=10.09;ReadPosRankSum=2.353;SB=-1.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,134:253:99:2582,0,1872 chrXV 756393 . C T 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=127;Dels=0.00;FS=5.556;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.685;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:1061,0,1232 chrXV 756405 . C A 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DP=136;Dels=0.00;FS=4.095;HaplotypeScore=6.6971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.979;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:136:99:1089,0,1198 chrXV 756425 . C G 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=137;Dels=0.00;FS=0.646;HaplotypeScore=5.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.053;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,60:137:99:986,0,1315 chrXV 756575 . G A 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=127;Dels=0.00;FS=1.553;HaplotypeScore=19.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.527;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,61:127:99:802,0,1111 chrXV 756728 . A G 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=129;Dels=0.00;FS=0.680;HaplotypeScore=16.7949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,52:129:99:731,0,1154 chrXV 756913 . A G 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DP=77;Dels=0.00;FS=5.896;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.382;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:640,0,607 chrXV 756950 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;DP=87;Dels=0.00;FS=2.821;HaplotypeScore=8.3234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.004;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:616,0,818 chrXV 757288 . G A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;DP=52;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.324;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.973;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:340,0,598 chrXV 757291 . A C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.202;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:52:99:307,0,540 chrXV 757677 . C T 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=23.46;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:995,105,0 chrXV 757700 . A C 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DP=41;Dels=0.00;FS=5.012;HaplotypeScore=4.0697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.520;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:41:99:133,0,508 chrXV 757746 . A G 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=17.83;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96:871,96,0 chrXV 757952 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=47;Dels=0.00;FS=1.121;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=6.00;ReadPosRankSum=-2.193;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:312,0,529 chrXV 758027 . T C 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:204,0,323 chrXV 758539 . A G 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.50;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90:807,90,0 chrXV 758882 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=63;Dels=0.00;FS=5.627;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:652,0,630 chrXV 759064 . C T 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:195,0,304 chrXV 759214 . T C 222.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=68;Dels=0.00;FS=0.995;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:252,0,727 chrXV 759381 . A G 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=24.09;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1382,150,0 chrXV 759410 . A G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=44;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:462,0,350 chrXV 759629 . T C 1754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1787,192,0 chrXV 759688 . C T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=41;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.065;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:316,0,243 chrXV 759823 . G A 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=40;Dels=0.00;FS=7.118;HaplotypeScore=1.4725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:288,0,382 chrXV 759833 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DP=45;Dels=0.00;FS=4.246;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:347,0,401 chrXV 759919 . A G 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=18.42;ReadPosRankSum=1.599;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:991,111,0 chrXV 759937 . C T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.023;DP=54;Dels=0.00;FS=10.009;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.414;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:549,0,352 chrXV 759944 . C T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=53;Dels=0.00;FS=13.181;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.373;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:361,0,513 chrXV 760115 . G C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;DP=47;Dels=0.00;FS=6.651;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.749;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:47:99:306,0,473 chrXV 760210 . G T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=39;Dels=0.00;FS=1.238;HaplotypeScore=1.9601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:334,0,367 chrXV 760240 . C T 724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=18.10;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:81:757,81,0 chrXV 760339 . G A 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=21.18;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:753,81,0 chrXV 760354 . A G 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:245,0,386 chrXV 760569 . A C 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;DP=24;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:115,0,219 chrXV 761267 . G T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DP=36;Dels=0.00;FS=4.748;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.222;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:218,0,360 chrXV 761281 . G T 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=41;Dels=0.00;FS=2.820;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:186,0,372 chrXV 761287 . A G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=38;Dels=0.00;FS=2.961;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:180,0,343 chrXV 761321 . C T 389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=8.28;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:45:422,45,0 chrXV 761610 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.306;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:565,0,401 chrXV 761611 . C T 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=53;Dels=0.00;FS=1.155;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.903;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:414,0,597 chrXV 761634 . T C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;DP=41;Dels=0.00;FS=1.189;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:423,0,397 chrXV 762046 . A G 96.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:126,0,185 chrXV 762067 . A G 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=20;Dels=0.00;FS=1.740;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:148,0,198 chrXV 762399 . T C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=70;Dels=0.00;FS=4.915;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.501;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:733,0,629 chrXV 762537 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=24;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.498;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:241,0,143 chrXV 762665 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.721;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:175,0,406 chrXV 763017 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.282;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:282,0,107 chrXV 763044 . G A 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DP=27;Dels=0.00;FS=1.510;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:171,0,212 chrXV 763202 . T C 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=50;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.412;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:50:99:248,0,543 chrXV 763240 . G C 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=46;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=5.09;ReadPosRankSum=-2.716;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:264,0,490 chrXV 763346 . G A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DP=39;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.997;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:230,0,312 chrXV 763364 . C G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:212,0,356 chrXV 763368 . A C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=37;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.200;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:364,0,258 chrXV 763531 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DP=52;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.459;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:343,0,400 chrXV 763613 . C T 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=21.94;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1086,117,0 chrXV 763671 . T C 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.35;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:887,93,0 chrXV 763679 . C G 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=38;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=19.66;ReadPosRankSum=1.540;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:38:84:780,84,0 chrXV 763784 . C T 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;DP=41;Dels=0.00;FS=2.700;HaplotypeScore=8.5079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.137;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:358,0,435 chrXV 763915 . T A 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DP=56;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.434;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:439,0,475 chrXV 763953 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.424;DP=71;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=11.0922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:343,0,755 chrXV 763970 . T C 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=3.48;ReadPosRankSum=2.736;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:270,0,784 chrXV 763973 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.578;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.788;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:263,0,825 chrXV 764027 . G A 173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=52;Dels=0.00;FS=3.278;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.853;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:203,0,770 chrXV 764062 . G A 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=51;Dels=0.00;FS=10.084;HaplotypeScore=1.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:405,0,638 chrXV 764138 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=50;Dels=0.00;FS=5.948;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.303;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:345,0,534 chrXV 764174 . A G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.386;DP=60;Dels=0.00;FS=1.072;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.294;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:192,0,739 chrXV 764185 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=67;Dels=0.00;FS=3.727;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:67:99:241,0,770 chrXV 764224 . T C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.113;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.532;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,36:91:99:477,0,952 chrXV 764348 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DP=64;Dels=0.00;FS=8.124;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.822;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:64:99:436,0,614 chrXV 764381 . A G 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;DP=70;Dels=0.00;FS=15.571;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:70:99:512,0,620 chrXV 764453 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;DP=63;Dels=0.00;FS=11.038;HaplotypeScore=6.8928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.199;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:539,0,354 chrXV 764588 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DP=82;Dels=0.00;FS=2.160;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:645,0,665 chrXV 764698 . G A 1139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=20.71;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1172,120,0 chrXV 764789 . C T 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.840;DP=45;Dels=0.00;FS=6.624;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.177;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:445,0,360 chrXV 764849 . C T 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DP=55;Dels=0.00;FS=4.124;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=13.09;ReadPosRankSum=1.134;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:55:99:750,0,315 chrXV 765029 . G T 1145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.798;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.381;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,54:88:99:1175,0,533 chrXV 765269 . T C 1558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=157;Dels=0.00;FS=2.156;HaplotypeScore=14.2534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.074;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,82:157:99:1588,0,1240 chrXV 765690 . A C 2383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.86;SB=-1.379e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:109:99:2416,267,0 chrXV 766572 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.196;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:69:99:353,0,748 chrXV 766589 . C G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:410,0,869 chrXV 766607 . A G 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;DP=101;Dels=0.00;FS=1.976;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:101:99:529,0,1086 chrXV 766612 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;DP=105;Dels=0.00;FS=2.010;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.314;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:105:99:558,0,1032 chrXV 766681 . G A 2800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=19.44;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:2833,294,0 chrXV 766799 . G A 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=11.12;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:36:322,36,0 chrXV 766864 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.077;DP=53;Dels=0.00;FS=9.522;HaplotypeScore=3.9120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:545,0,479 chrXV 766905 . A C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.993;DP=45;Dels=0.00;FS=11.776;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:308,0,357 chrXV 766910 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=44;Dels=0.00;FS=12.092;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.543;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:256,0,426 chrXV 766986 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=41;Dels=0.00;FS=1.461;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.253;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.094;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:41:99:175,0,543 chrXV 767198 . C G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=45;Dels=0.00;FS=2.691;HaplotypeScore=6.5581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.077;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:170,0,514 chrXV 767370 . T A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;DP=43;Dels=0.00;FS=11.484;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.406;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:300,0,398 chrXV 767756 . G A 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;DP=29;Dels=0.00;FS=1.520;HaplotypeScore=5.0108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:257,0,165 chrXV 767801 . A G 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=33;Dels=0.00;FS=10.606;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:33:99:290,0,227 chrXV 767815 . C T 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;DP=33;Dels=0.00;FS=11.504;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:245,0,313 chrXV 767852 . C G 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=38;Dels=0.00;FS=14.179;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:196,0,420 chrXV 767955 . G A 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;DP=21;Dels=0.00;FS=10.942;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:153,0,183 chrXV 767992 . A G 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DP=18;Dels=0.00;FS=7.911;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:88:114,0,88 chrXV 768001 . G A 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=20;Dels=0.00;FS=7.574;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.684;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:139,0,149 chrXV 768090 . T C 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.610;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:20:71:71,0,220 chrXV 768129 . T A 94.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.488;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:61:124,0,61 chrXV 768226 . A G 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;DP=32;Dels=0.00;FS=7.364;HaplotypeScore=4.7636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:146,0,226 chrXV 768428 . G A 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:56:56,0,109 chrXV 768429 . T C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:58:58,0,111 chrXV 768642 . T C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=52;Dels=0.00;FS=2.664;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQ0=0;MQRankSum=1.436;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.522;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:446,0,593 chrXV 768716 . G A 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:209,0,286 chrXV 768822 . G C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=7.30;ReadPosRankSum=-2.131;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:271,0,257 chrXV 768889 . T C 410.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;DP=58;Dels=0.00;FS=5.552;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:440,0,489 chrXV 769240 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DP=42;Dels=0.00;FS=4.360;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.156;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:383,0,445 chrXV 769473 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:261,0,307 chrXV 769811 . A G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=28;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=2.7748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.898;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:28:99:233,0,155 chrXV 770027 . A T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.883;DP=60;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=7.88;ReadPosRankSum=2.533;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:503,0,706 chrXV 770037 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.982;DP=64;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:558,0,677 chrXV 770068 . A G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=58;Dels=0.00;FS=5.476;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=5.93;ReadPosRankSum=-2.834;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:374,0,738 chrXV 770094 . A C 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;DP=47;Dels=0.00;FS=19.119;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.427;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:220,0,617 chrXV 770118 . A C 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DP=48;Dels=0.00;FS=11.452;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.506;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:48:99:212,0,462 chrXV 770179 . T C 320.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;DP=50;Dels=0.00;FS=2.397;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.424;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:50:99:350,0,378 chrXV 770183 . G A 332.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=49;Dels=0.00;FS=2.397;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.727;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:362,0,351 chrXV 770184 . G A 331.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=48;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.577;QD=6.90;ReadPosRankSum=2.078;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:361,0,344 chrXV 770215 . T G 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;DP=58;Dels=0.00;FS=14.758;HaplotypeScore=10.3421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=3.28;ReadPosRankSum=2.082;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:220,0,496 chrXV 770241 . A C 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.400;DP=73;Dels=0.01;FS=14.308;HaplotypeScore=7.9552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.576;QD=2.67;ReadPosRankSum=-2.280;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:72:99:225,0,1007 chrXV 770280 . A G 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.747;DP=76;Dels=0.00;FS=9.155;HaplotypeScore=5.4346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.613;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:76:99:326,0,1070 chrXV 770554 . T C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=40;Dels=0.00;FS=8.710;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=3.55;ReadPosRankSum=2.431;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:172,0,311 chrXV 770719 . T C 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;DP=83;Dels=0.00;FS=2.922;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.737;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.788;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:775,0,781 chrXV 770734 . A G 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.789;QD=9.20;ReadPosRankSum=1.002;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:99:99:941,0,741 chrXV 770766 . A C 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.568;DP=96;Dels=0.00;FS=4.213;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.062;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:1000,0,942 chrXV 771010 . G T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.151;DP=79;Dels=0.01;FS=3.157;HaplotypeScore=15.7975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=10.77;ReadPosRankSum=1.026;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:78:99:881,0,562 chrXV 771025 . G A 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;DP=64;Dels=0.00;FS=5.139;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.740;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:725,0,571 chrXV 771042 . G C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DP=56;Dels=0.00;FS=3.794;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.698;QD=7.79;ReadPosRankSum=-2.282;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:466,0,471 chrXV 771051 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.490;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:494,0,470 chrXV 771135 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.003;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:422,0,643 chrXV 771291 . T C 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;DP=53;Dels=0.00;FS=1.209;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:449,0,527 chrXV 771385 . G A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:364,0,182 chrXV 771765 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DP=44;Dels=0.00;FS=1.223;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.528;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:439,0,317 chrXV 772912 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.425;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:61:99:369,0,608 chrXV 773149 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=77;Dels=0.00;FS=6.332;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:792,0,680 chrXV 773399 . A C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.055;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.021;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,45:110:99:636,0,1448 chrXV 773455 . A G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DP=76;Dels=0.00;FS=2.114;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:471,0,846 chrXV 773959 . T C 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=93;Dels=0.00;FS=1.759;HaplotypeScore=5.7979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:93:99:673,0,888 chrXV 773995 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.043;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:64:99:389,0,563 chrXV 774085 . T G 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;DP=46;Dels=0.00;FS=1.687;HaplotypeScore=5.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.735;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:426,0,267 chrXV 774112 . G A 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=53;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.35;MQ0=0;MQRankSum=-5.084;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.814;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:491,0,311 chrXV 774129 . C T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DP=54;Dels=0.00;FS=6.667;HaplotypeScore=4.9559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.178;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.732;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:54:99:384,0,320 chrXV 774148 . A C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.298;DP=45;Dels=0.00;FS=7.006;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQ0=0;MQRankSum=-5.199;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:307,0,390 chrXV 774153 . G A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=60;Dels=0.00;FS=5.623;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.968;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:60:99:309,0,398 chrXV 774172 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=58;Dels=0.00;FS=2.283;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.409;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:250,0,649 chrXV 774251 . A T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.879;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:490,0,564 chrXV 774265 . C G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;DP=56;Dels=0.00;FS=1.046;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.520;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:447,0,556 chrXV 774269 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.343;DP=56;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.522;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:429,0,569 chrXV 774419 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=49;Dels=0.00;FS=2.575;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.636;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:434,0,562 chrXV 774457 . G C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:55:99:390,0,589 chrXV 774673 . A G 1693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=19.02;ReadPosRankSum=1.538;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1726,192,0 chrXV 774742 . A G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=54;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=7.28;ReadPosRankSum=2.051;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:423,0,534 chrXV 774747 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.727;DP=54;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=7.46;ReadPosRankSum=2.328;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:433,0,492 chrXV 774866 . A G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=68;Dels=0.00;FS=0.960;HaplotypeScore=3.5017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:609,0,537 chrXV 774965 . T C 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=100;Dels=0.00;FS=8.069;HaplotypeScore=9.0591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:798,0,1062 chrXV 775432 . G A 852.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=130;Dels=0.00;FS=0.663;HaplotypeScore=4.8803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.800;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,60:130:99:882,0,1330 chrXV 775735 . T A 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DP=100;Dels=0.00;FS=5.196;HaplotypeScore=8.9645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.353;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,58:100:99:1010,0,666 chrXV 775787 . C T 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=93;Dels=0.00;FS=8.412;HaplotypeScore=12.3844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:93:99:856,0,690 chrXV 775860 . T C 906.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;DP=107;Dels=0.00;FS=2.661;HaplotypeScore=8.7986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.685;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,47:107:99:936,0,976 chrXV 776223 . A G 2269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.82;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2302,252,0 chrXV 776725 . C T 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=18.33;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1188,123,0 chrXV 776874 . C T 596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=17.03;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:66:629,66,0 chrXV 776883 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:176,0,253 chrXV 776943 . A C 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=22.29;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:72:657,72,0 chrXV 777123 . G A 1033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=21.52;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1066,111,0 chrXV 777138 . G A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=21.37;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1016,108,0 chrXV 777201 . G A 507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=17.48;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:57:540,57,0 chrXV 777225 . C T 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=19.77;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66:626,66,0 chrXV 777268 . A G 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72:659,72,0 chrXV 777290 . G C 721 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=21.85;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84:754,84,0 chrXV 777461 . C T 938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=21.32;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:971,102,0 chrXV 777483 . C T 812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.555;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:71:845,71,0 chrXV 777500 . A C 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=21.29;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:778,84,0 chrXV 777645 . G A 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=21.10;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1067,114,0 chrXV 778024 . C T 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=21.30;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1311,138,0 chrXV 778280 . A C 487.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.217;DP=78;Dels=0.00;FS=3.183;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:517,0,716 chrXV 778545 . T C 1573 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.47;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1606,177,0 chrXV 778862 . A G 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=167;Dels=0.00;FS=5.833;HaplotypeScore=8.0099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.487;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,71:167:99:1282,0,1798 chrXV 778879 . A G 1089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;DP=171;Dels=0.00;FS=5.696;HaplotypeScore=14.6130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.645;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,72:171:99:1119,0,1970 chrXV 779051 . C T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.671;DP=62;Dels=0.00;FS=4.985;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:751,0,412 chrXV 779089 . A C 2159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=21.81;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2192,231,0 chrXV 779097 . G A,T 1984.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8910;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.63;MQ0=0;QD=18.90;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,45,60:105:99:2044,1206,1110,837,0,696 chrXV 779132 . C T 2566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=19.01;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:2599,270,0 chrXV 779174 . T C 1005.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.314;DP=141;Dels=0.01;FS=2.798;HaplotypeScore=16.4809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.512;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,80:140:99:1035,0,1032 chrXV 779194 . A G 2431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=127;Dels=0.00;FS=2.385;HaplotypeScore=8.1354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.734;QD=19.14;ReadPosRankSum=3.388;SB=-9.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,122:127:99:2464,264,0 chrXV 779252 . C T 1600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=18.39;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1633,171,0 chrXV 779309 . G C 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.08;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1258,132,0 chrXV 779611 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DP=34;Dels=0.00;FS=8.375;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=2.393;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.730;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:442,0,120 chrXV 779663 . A G 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:28:66:606,66,0 chrXV 779701 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;DP=43;Dels=0.00;FS=5.464;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.650;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:366,0,336 chrXV 779773 . T C 1011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.33;MQ0=0;QD=14.44;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1044,111,0 chrXV 779788 . T A 1000 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.33;MQ0=0;QD=13.89;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1033,111,0 chrXV 779801 . C T 911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.81;MQ0=0;QD=12.83;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:944,99,0 chrXV 779821 . A T 612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.26;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=8.50;ReadPosRankSum=2.815;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:72:645,72,0 chrXV 779822 . T C 574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=70;Dels=0.00;FS=4.409;HaplotypeScore=44.9113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=8.20;ReadPosRankSum=2.344;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:72:607,72,0 chrXV 780064 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;DP=66;Dels=0.00;FS=5.405;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:633,0,549 chrXV 780098 . A G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:61:99:558,0,533 chrXV 780221 . C T 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=17.38;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:676,72,0 chrXV 780477 . G A 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.07;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1335,141,0 chrXV 780631 . C T 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.813;DP=85;Dels=0.00;FS=10.832;HaplotypeScore=6.4539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.711;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.878;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:808,0,771 chrXV 780728 . A G 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=56;Dels=0.00;FS=1.214;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:396,0,503 chrXV 780732 . C A 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:378,0,592 chrXV 780764 . C G 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=56;Dels=0.00;FS=12.357;HaplotypeScore=1.7825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:329,0,605 chrXV 780823 . G T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;DP=57;Dels=0.00;FS=24.937;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.120;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:423,0,481 chrXV 780858 . G C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=67;Dels=0.00;FS=8.767;HaplotypeScore=11.6823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:67:99:634,0,455 chrXV 781079 . G A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.635;DP=49;Dels=0.00;FS=4.351;HaplotypeScore=6.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:49:99:377,0,516 chrXV 781222 . T C 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.26;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1011,111,0 chrXV 781811 . G C 690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=18.65;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:78:723,78,0 chrXV 781897 . C A 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.19;MQ0=0;QD=17.55;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1121,123,0 chrXV 781909 . C T 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=19.40;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1139,117,0 chrXV 781943 . G A 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.01;MQ0=0;QD=12.17;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:46:63:593,63,0 chrXV 781954 . C T 701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=14.02;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:78:734,78,0 chrXV 782167 . G T 781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=19.52;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:87:814,87,0 chrXV 782356 . A C 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.40;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:929,102,0 chrXV 782474 . G C 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=22.35;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1307,141,0 chrXV 782578 . G A 502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=16.19;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:535,60,0 chrXV 782587 . C T 386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;QD=13.79;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:45:419,45,0 chrXV 782716 . G A 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.44;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:869,90,0 chrXV 782821 . A T 1180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=19.34;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1213,132,0 chrXV 782910 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.236;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:403,0,686 chrXV 783400 . G T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:314,0,208 chrXV 783414 . T G 643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=26.79;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:676,72,0 chrXV 783444 . C G 320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;QD=10.32;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:39:353,39,0 chrXV 783455 . A G 305 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.615;SB=-8.701e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:36:338,36,0 chrXV 783522 . C G 294 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=12.25;SB=-8.700e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:36:327,36,0 chrXV 783587 . G A 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=17.89;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:46:96:856,96,0 chrXV 783659 . G A 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.055;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:880,0,855 chrXV 783669 . T C 1924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=21.38;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1957,213,0 chrXV 783674 . T C 1641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=19.77;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:83:99:1674,180,0 chrXV 783919 . G A 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=22.34;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1463,150,0 chrXV 784606 . A G 1603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.58;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1636,177,0 chrXV 784642 . G A 2098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=24.40;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2131,225,0 chrXV 784734 . C T 970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=21.56;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1003,105,0 chrXV 784813 . C G 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=23.89;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:1610,180,0 chrXV 785050 . T C 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.86;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1336,147,0 chrXV 785112 . G A 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=22.82;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1197,126,0 chrXV 785151 . A C 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.67;MQ0=0;QD=17.21;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1272,141,0 chrXV 785154 . T G 1189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.33;MQ0=0;QD=15.44;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1222,132,0 chrXV 785163 . G A 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=17.06;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1364,144,0 chrXV 785203 . A C 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DP=97;Dels=0.00;FS=9.191;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=18.57;ReadPosRankSum=2.374;SB=-8.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:1834,195,0 chrXV 785252 . A G 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.81;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1721,186,0 chrXV 785674 . A G 595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.646;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:69:628,69,0 chrXV 785820 . T A 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.958;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:377,0,272 chrXV 785982 . C T 803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.12;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:42:93:836,93,0 chrXV 786510 . T C 1182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.681;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1215,132,0 chrXV 786645 . A G 2175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=21.97;SB=-8.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:99:99:2208,240,0 chrXV 786708 . C T 1922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=24.96;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:1955,207,0 chrXV 786732 . C T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;DP=67;Dels=0.00;FS=1.452;HaplotypeScore=3.0199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:606,0,666 chrXV 786840 . T C 2314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=22.69;SB=-7.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2347,246,0 chrXV 786986 . T A 3893.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=21.63;SB=-1.696e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:180:99:3893,420,0 chrXV 787002 . A T 2606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=126.6126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=17.03;ReadPosRankSum=1.214;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,152:153:99:2639,297,0 chrXV 787138 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=79;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=9.60;ReadPosRankSum=2.113;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:788,0,536 chrXV 787507 . G A 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=24.41;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1595,165,0 chrXV 787600 . C T 597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=17.56;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:630,69,0 chrXV 787943 . C T 769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.97;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:802,84,0 chrXV 788209 . A G 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=66;Dels=0.00;FS=2.157;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.413;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,43:66:99:947,0,319 chrXV 788235 . T C 1433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.39;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1466,165,0 chrXV 788275 . C T 1528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.14;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1561,162,0 chrXV 788305 . G A 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=19.98;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1771,198,0 chrXV 789022 . G C 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:328,0,381 chrXV 789076 . T A 446.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.069;DP=82;Dels=0.00;FS=6.112;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.467;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:476,0,775 chrXV 789087 . G A 669.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=89;Dels=0.00;FS=13.188;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.430;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:699,0,891 chrXV 789123 . G A 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=101;Dels=0.00;FS=16.288;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.889;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:864,0,925 chrXV 789595 . T C 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=18.53;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1534,165,0 chrXV 789672 . A G 1248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=18.63;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1281,141,0 chrXV 789673 . C T 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=19.37;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1350,144,0 chrXV 789699 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DP=64;Dels=0.00;FS=1.016;HaplotypeScore=4.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.760;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:530,0,514 chrXV 789868 . T A 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=20.52;ReadPosRankSum=1.664;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:2147,234,0 chrXV 790068 . C A 2542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=22.90;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2575,270,0 chrXV 790680 . A C 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.50;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1307,141,0 chrXV 790834 . G T 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.497;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.366;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:92:99:988,0,548 chrXV 790997 . T C 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=19.88;ReadPosRankSum=1.663;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:108:99:2180,243,0 chrXV 791104 . T A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=46;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=2.3479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.542;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:484,0,255 chrXV 791449 . C T 2096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=21.17;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2129,228,0 chrXV 791498 . T C 2126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=21.26;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2159,240,0 chrXV 791537 . G A 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=88;Dels=0.00;FS=2.820;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:88:99:733,0,672 chrXV 791600 . A G 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=73;Dels=0.00;FS=3.070;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=22.64;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1686,183,0 chrXV 791960 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=75;Dels=0.00;FS=0.874;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.955;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:551,0,534 chrXV 792220 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.384;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:346,0,405 chrXV 792267 . C T 1547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=20.63;SB=-6.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1580,165,0 chrXV 792284 . G C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=75;Dels=0.00;FS=8.229;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:539,0,736 chrXV 792353 . C T 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=59;Dels=0.00;FS=2.188;HaplotypeScore=4.9200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:442,0,597 chrXV 792500 . C G 1621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=23.49;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1654,183,0 chrXV 792544 . G A 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=23.22;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1751,180,0 chrXV 792948 . T C 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=20.55;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1595,174,0 chrXV 793037 . A G 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.700;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:109:99:2309,255,0 chrXV 794018 . A C 1223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.049;DP=151;Dels=0.00;FS=2.166;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.253;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,77:151:99:1253,0,1275 chrXV 794186 . C T 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=97;Dels=0.00;FS=0.792;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,56:97:99:931,0,731 chrXV 794866 . T A 1325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=146;Dels=0.00;FS=2.124;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.372;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,77:146:99:1355,0,1280 chrXV 795366 . T C 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=79;Dels=0.00;FS=7.612;HaplotypeScore=11.4139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:79:99:711,0,517 chrXV 795456 . A G 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.734;DP=82;Dels=0.01;FS=14.766;HaplotypeScore=63.2743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=3.88;ReadPosRankSum=3.568;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,21:81:99:348,0,462 chrXV 795596 . C T 950 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=23.75;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:983,102,0 chrXV 796275 . C T 390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=17.73;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:45:423,45,0 chrXV 796340 . T G 347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.77;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:380,42,0 chrXV 796472 . C A 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=22.24;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:945,102,0 chrXV 796534 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:439,0,501 chrXV 796558 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.432;DP=48;Dels=0.00;FS=1.141;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:338,0,583 chrXV 796728 . T C 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.90;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:72:668,72,0 chrXV 796760 . G C 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=22;Dels=0.00;FS=3.624;HaplotypeScore=1.9545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.824;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:191,0,179 chrXV 796774 . A C 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=23;Dels=0.00;FS=9.901;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.165;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:177,0,150 chrXV 796810 . G A 69.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=22;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=1.743;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:22:99:99,0,174 chrXV 797036 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=54;Dels=0.00;FS=8.297;HaplotypeScore=2.3628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:387,0,551 chrXV 797158 . C T 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=45;Dels=0.00;FS=5.293;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:426,0,361 chrXV 797268 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=55;Dels=0.00;FS=2.401;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.807;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:422,0,536 chrXV 797329 . C T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.030;DP=84;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.844;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:84:99:571,0,764 chrXV 797335 . C T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DP=83;Dels=0.00;FS=4.937;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=4.932;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.236;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:818,0,545 chrXV 797352 . T A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=81;Dels=0.00;FS=4.861;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.223;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.525;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:517,0,896 chrXV 797362 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=84;Dels=0.00;FS=0.886;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.710;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:408,0,905 chrXV 797376 . T C 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.260;DP=88;Dels=0.00;FS=2.992;HaplotypeScore=7.9219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.423;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.600;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:450,0,1095 chrXV 797395 . C T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.457;DP=68;Dels=0.00;FS=3.303;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.856;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.053;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:68:99:386,0,727 chrXV 797933 . C G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=41;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.326;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:273,0,186 chrXV 798032 . T C 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;DP=64;Dels=0.00;FS=8.082;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:732,0,410 chrXV 798206 . A T 1611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=25.57;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1644,168,0 chrXV 798241 . C A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DP=53;Dels=0.00;FS=3.004;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:574,0,543 chrXV 798492 . G C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=47.6368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.200;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:71:99:280,0,729 chrXV 798886 . C T 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.924;DP=112;Dels=0.00;FS=5.924;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-6.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,62:112:99:1086,0,873 chrXV 798916 . T C 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=107;Dels=0.00;FS=2.541;HaplotypeScore=6.7644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:919,0,1018 chrXV 799117 . C T 2298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.10;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2331,243,0 chrXV 799894 . T A 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=90;Dels=0.00;FS=5.278;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.303;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:743,0,947 chrXV 800155 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;DP=80;Dels=0.00;FS=3.046;HaplotypeScore=11.9602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.897;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:80:99:679,0,661 chrXV 800187 . T A 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DP=87;Dels=0.00;FS=2.908;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:806,0,744 chrXV 800527 . T C 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;DP=100;Dels=0.00;FS=3.751;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.798;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:764,0,992 chrXV 800594 . G A 1113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.773;DP=112;Dels=0.00;FS=3.517;HaplotypeScore=7.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,61:112:99:1143,0,934 chrXV 800848 . C A 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.721;DP=87;Dels=0.00;FS=3.636;HaplotypeScore=11.6981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:87:99:638,0,617 chrXV 800964 . T C 1302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.016;DP=155;Dels=0.00;FS=4.932;HaplotypeScore=13.6398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.927;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,75:155:99:1332,0,1603 chrXV 801084 . G A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=75;Dels=0.00;FS=1.925;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:609,0,636 chrXV 801098 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.282;DP=76;Dels=0.00;FS=3.240;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:645,0,694 chrXV 801285 . C T 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;DP=86;Dels=0.00;FS=0.882;HaplotypeScore=7.3371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.304;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:86:99:732,0,692 chrXV 801593 . A T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DP=61;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.830;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.970;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:497,0,474 chrXV 802185 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=73;Dels=0.00;FS=3.570;HaplotypeScore=7.2821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:608,0,675 chrXV 802285 . T A 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DP=96;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.129;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:975,0,696 chrXV 802360 . C T 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DP=97;Dels=0.00;FS=2.953;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.519;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:715,0,830 chrXV 802374 . T C 1590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=19.63;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1623,174,0 chrXV 802400 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DP=82;Dels=0.00;FS=1.951;HaplotypeScore=14.1101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:82:99:421,0,726 chrXV 802722 . G C 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;DP=51;Dels=0.00;FS=3.874;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.778;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:326,0,516 chrXV 802733 . G A 1284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=19.75;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1317,141,0 chrXV 802913 . G A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=77;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.371;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:486,0,546 chrXV 804011 . A G 185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=26;Dels=0.00;FS=3.909;HaplotypeScore=2.7012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:215,0,196 chrXV 804090 . G T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=38;Dels=0.00;FS=7.454;HaplotypeScore=7.3289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:265,0,311 chrXV 804146 . T C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=36;Dels=0.00;FS=7.977;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:266,0,279 chrXV 804513 . T C 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;DP=65;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:65:99:445,0,804 chrXV 804694 . C A,T 1925.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.76;MQ0=0;QD=20.48;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,39,55:94:99:1985,1111,1009,875,0,745 chrXV 804850 . A T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=56;Dels=0.00;FS=3.900;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:487,0,431 chrXV 804884 . T C 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.870;DP=74;Dels=0.00;FS=14.499;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:596,0,460 chrXV 805025 . C G 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=133;Dels=0.00;FS=10.614;HaplotypeScore=337.3080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=3.186;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.840;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:133:99:1123,0,1266 chrXV 805074 . G A 1156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.341;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.238;QD=11.68;ReadPosRankSum=-2.245;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,57:99:99:1186,0,705 chrXV 805104 . A G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.879;QD=7.75;ReadPosRankSum=-2.081;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:642,0,903 chrXV 805140 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;DP=65;Dels=0.00;FS=18.659;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.920;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:436,0,489 chrXV 805146 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.164;DP=65;Dels=0.00;FS=11.219;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:389,0,486 chrXV 805156 . G C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=73;Dels=0.00;FS=26.577;HaplotypeScore=2.3459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.063;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:501,0,420 chrXV 805185 . A C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.301;DP=86;Dels=0.00;FS=8.770;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=6.35;ReadPosRankSum=3.067;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,55:86:99:576,0,404 chrXV 805851 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;DP=86;Dels=0.00;FS=16.503;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.639;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:86:99:498,0,944 chrXV 805899 . C A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=68;Dels=0.00;FS=7.044;HaplotypeScore=5.6696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,23:68:99:408,0,925 chrXV 806194 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=70;Dels=0.00;FS=17.874;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:478,0,703 chrXV 806226 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=84;Dels=0.00;FS=15.489;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.515;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:560,0,791 chrXV 806232 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=85;Dels=0.00;FS=18.745;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:85:99:593,0,761 chrXV 806274 . A G 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DP=74;Dels=0.00;FS=10.773;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.515;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:464,0,753 chrXV 806319 . C T 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=77;Dels=0.00;FS=1.976;HaplotypeScore=8.4436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:649,0,694 chrXV 806708 . G T 1180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=126;Dels=0.00;FS=2.275;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:126:99:1210,0,1157 chrXV 806960 . G T 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=21.35;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1698,183,0 chrXV 807285 . T G 580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=13.81;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:69:613,69,0 chrXV 807286 . T C 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=42;Dels=0.00;FS=4.741;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.042;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:113,0,430 chrXV 807324 . A G 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=55;Dels=0.00;FS=2.367;HaplotypeScore=5.6798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.341;QD=3.24;ReadPosRankSum=2.080;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:208,0,466 chrXV 807337 . T C 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;DP=49;Dels=0.00;FS=7.207;HaplotypeScore=4.7299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:222,0,485 chrXV 807453 . C T 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=54;Dels=0.00;FS=1.097;HaplotypeScore=6.8245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.827;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:541,0,462 chrXV 807509 . T A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=48;Dels=0.00;FS=3.042;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:331,0,601 chrXV 807631 . A C 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.563;DP=87;Dels=0.00;FS=1.032;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:749,0,946 chrXV 807798 . G C 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=75;Dels=0.00;FS=4.491;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:818,0,647 chrXV 807840 . T A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;DP=72;Dels=0.00;FS=3.269;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.337;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:534,0,885 chrXV 807849 . A G 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=76;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:388,0,940 chrXV 807948 . A G 828 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.278;DP=77;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=36.6307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=2.319;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,40:77:72:861,72,0 chrXV 807953 . G A 426.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.724;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:456,0,677 chrXV 807956 . A G 594.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DP=76;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.449;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:624,0,511 chrXV 807993 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=57;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=4.6547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:470,0,423 chrXV 808135 . C A 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.823;DP=124;Dels=0.00;FS=0.756;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:124:99:988,0,1136 chrXV 808141 . G A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.524;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.547;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,62:121:99:847,0,1169 chrXV 808174 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.497;DP=108;Dels=0.00;FS=2.793;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.858;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.857;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:566,0,1140 chrXV 808281 . T C 2276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=24.74;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2309,249,0 chrXV 808425 . A G 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=108;Dels=0.00;FS=1.627;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.583;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.421;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:945,0,833 chrXV 808584 . C G 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=83;Dels=0.00;FS=21.563;HaplotypeScore=4.9245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:83:99:810,0,497 chrXV 808677 . G A 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.415;DP=74;Dels=0.00;FS=10.403;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:804,0,380 chrXV 808980 . T A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.960;DP=72;Dels=0.00;FS=15.597;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.046;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:694,0,460 chrXV 809071 . C T 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.227;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:116:99:954,0,1136 chrXV 809162 . G T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DP=66;Dels=0.00;FS=3.363;HaplotypeScore=8.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:537,0,675 chrXV 809171 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=70;Dels=0.00;FS=6.407;HaplotypeScore=2.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:556,0,715 chrXV 809274 . G A 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.129;DP=99;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.803;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:962,0,1023 chrXV 809343 . A G 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;DP=100;Dels=0.00;FS=1.587;HaplotypeScore=9.5309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.038;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:100:99:908,0,873 chrXV 809376 . T C 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.607;DP=112;Dels=0.00;FS=4.702;HaplotypeScore=8.2070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.778;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:112:99:857,0,1037 chrXV 809460 . C T 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DP=86;Dels=0.00;FS=1.798;HaplotypeScore=10.3463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:86:99:735,0,740 chrXV 809724 . C T 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;DP=94;Dels=0.00;FS=1.699;HaplotypeScore=12.0639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.703;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:851,0,766 chrXV 809812 . A G 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.271;DP=87;Dels=0.00;FS=0.822;HaplotypeScore=11.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:87:99:700,0,713 chrXV 809895 . G A 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.780;DP=121;Dels=0.00;FS=4.057;HaplotypeScore=9.3780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,56:121:99:896,0,1227 chrXV 809913 . C T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.765;DP=125;Dels=0.00;FS=1.567;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=6.46;ReadPosRankSum=-2.233;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:125:99:837,0,1423 chrXV 809961 . A G 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.415;DP=129;Dels=0.00;FS=8.431;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.751;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,53:129:99:754,0,1466 chrXV 810088 . T G 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=105;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=12.4195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.975;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:1057,0,809 chrXV 810364 . G T 2486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.62;SB=-1.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2519,264,0 chrXV 810448 . A G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DP=71;Dels=0.00;FS=5.048;HaplotypeScore=10.2963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:387,0,829 chrXV 811738 . C T 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DP=78;Dels=0.00;FS=6.440;HaplotypeScore=8.8827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.718;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:854,0,541 chrXV 812018 . A G 1154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=110;Dels=0.00;FS=21.822;HaplotypeScore=4.4263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.192;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:110:99:1184,0,938 chrXV 812177 . T A 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DP=89;Dels=0.00;FS=10.402;HaplotypeScore=3.5026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.202;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:754,0,848 chrXV 812182 . G A 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=87;Dels=0.00;FS=8.742;HaplotypeScore=1.9800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:763,0,865 chrXV 812380 . C T 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DP=131;Dels=0.00;FS=34.326;HaplotypeScore=19.2517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.040;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,71:131:99:1073,0,874 chrXV 812662 . G A 1633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=19.44;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1666,174,0 chrXV 812674 . C T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DP=78;Dels=0.00;FS=7.462;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:847,0,425 chrXV 813384 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.298;DP=56;Dels=0.00;FS=7.877;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:56:99:229,0,713 chrXV 813776 . T A 949 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=18.61;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:982,108,0 chrXV 813976 . T C 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=17;Dels=0.00;FS=2.077;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.395;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:84:105,0,84 chrXV 814261 . G A 1181 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=21.47;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1214,129,0 chrXV 814304 . A T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=52;Dels=0.00;FS=19.687;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:409,0,550 chrXV 814535 . C T 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.478;DP=94;Dels=0.00;FS=5.263;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:864,0,714 chrXV 814685 . G A 1096.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=94;Dels=0.00;FS=1.695;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:1126,0,671 chrXV 814826 . C T 1982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=19.82;SB=-1.180e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2015,213,0 chrXV 814857 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=64;Dels=0.00;FS=2.198;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:577,0,494 chrXV 815003 . T C 1638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=76;Dels=0.00;FS=6.504;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=21.55;ReadPosRankSum=1.687;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1671,186,0 chrXV 815030 . C T 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=18.41;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:79:99:1487,165,0 chrXV 815061 . T C 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=5.071;HaplotypeScore=4.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=21.50;ReadPosRankSum=1.694;SB=-7.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1968,213,0 chrXV 815222 . A G 1169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=54;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=21.65;ReadPosRankSum=1.602;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:99:1202,135,0 chrXV 815249 . G A 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=24.21;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1171,123,0 chrXV 815267 . C T 809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=20.22;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:842,90,0 chrXV 815346 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;DP=45;Dels=0.00;FS=11.272;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.765;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:417,0,289 chrXV 815595 . G A 2209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.123;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:2242,240,0 chrXV 815746 . T C 1887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=21.69;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1920,210,0 chrXV 815934 . C T 1127 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=18.48;SB=-6.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1160,123,0 chrXV 816109 . C T 2042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=20.02;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2075,219,0 chrXV 816176 . A G 2754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=118;Dels=0.00;FS=12.005;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=23.34;ReadPosRankSum=2.408;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:118:99:2787,315,0 chrXV 816215 . C G 1997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=22.19;SB=-7.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:2030,228,0 chrXV 816326 . G A 2005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=22.78;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:88:99:2038,231,0 chrXV 816467 . A T 1768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=93;Dels=0.00;FS=2.972;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=19.01;ReadPosRankSum=2.344;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,91:93:99:1801,198,0 chrXV 816480 . T A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.440;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.152;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:507,0,1074 chrXV 816611 . A G 3715.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DP=170;Dels=0.00;FS=4.381;HaplotypeScore=4.0834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=21.85;ReadPosRankSum=1.671;SB=-1.649e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:170:99:3715,414,0 chrXV 816620 . G A 3412.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=19.39;SB=-1.664e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,175:176:99:3412,378,0 chrXV 816745 . A G 2509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=25.34;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:2542,270,0 chrXV 816857 . C T 3505.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=25.77;SB=-1.602e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:136:99:3505,364,0 chrXV 816972 . C T 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.386;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,56:120:99:963,0,1146 chrXV 816993 . A G 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:109:99:712,0,1269 chrXV 816997 . G A 2543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;QD=23.33;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2576,270,0 chrXV 817129 . T C 2232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.32;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2265,249,0 chrXV 817168 . A C 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=126;Dels=0.00;FS=11.731;HaplotypeScore=8.2755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,48:126:99:781,0,1622 chrXV 817342 . C T 1835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=21.09;SB=-8.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1868,195,0 chrXV 817750 . C T 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=17.35;SB=-1.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:110:99:1942,204,0 chrXV 817819 . A G 2072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=16.98;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2105,225,0 chrXV 818426 . A G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.625;DP=102;Dels=0.00;FS=7.318;HaplotypeScore=11.2571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.305;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:747,0,1145 chrXV 818797 . A G 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=121;Dels=0.00;FS=1.474;HaplotypeScore=8.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=6.01;ReadPosRankSum=2.252;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,49:121:99:757,0,1151 chrXV 818836 . A T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=91;Dels=0.00;FS=1.760;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.931;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:707,0,807 chrXV 819302 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=10.07;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:493,0,306 chrXV 819325 . C T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;DP=47;Dels=0.00;FS=2.670;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:47:99:314,0,328 chrXV 819348 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DP=43;Dels=0.00;FS=4.657;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.013;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.413;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:43:99:342,0,228 chrXV 819367 . G T 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.169;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.978;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:236,0,367 chrXV 819402 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.388;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:370,0,400 chrXV 819414 . G C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DP=47;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.664;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.203;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:354,0,394 chrXV 819520 . G A 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:673,0,473 chrXV 819711 . C T 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=46;Dels=0.00;FS=6.267;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.328;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:272,0,431 chrXV 819720 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=52;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.028;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:325,0,454 chrXV 819872 . C T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DP=57;Dels=0.00;FS=15.373;HaplotypeScore=3.5509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:615,0,492 chrXV 819966 . G T 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=91;Dels=0.00;FS=1.948;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:91:99:848,0,654 chrXV 820165 . T C 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;DP=84;Dels=0.00;FS=1.791;HaplotypeScore=12.4982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:538,0,768 chrXV 820353 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.643;DP=79;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:730,0,741 chrXV 820399 . T C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DP=89;Dels=0.00;FS=1.821;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.678;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:842,0,890 chrXV 820504 . T C 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;DP=86;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.976;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.488;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:897,0,793 chrXV 820636 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;DP=95;Dels=0.00;FS=5.703;HaplotypeScore=10.3973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.243;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:823,0,733 chrXV 820643 . A T 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;DP=93;Dels=0.00;FS=4.287;HaplotypeScore=5.8540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.415;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:813,0,784 chrXV 820854 . C G 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.73;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1647,177,0 chrXV 820953 . A G 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;DP=70;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.935;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:70:99:794,0,444 chrXV 821142 . C T 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=60;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=7.78;ReadPosRankSum=-2.028;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:497,0,376 chrXV 821187 . G T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;DP=43;Dels=0.00;FS=7.459;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.658;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,32:43:99:504,0,105 chrXV 821223 . C T 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=40;Dels=0.00;FS=9.223;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:503,0,188 chrXV 821660 . T C 1908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DP=87;Dels=0.00;FS=5.962;HaplotypeScore=7.1734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=21.93;ReadPosRankSum=2.919;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:1941,213,0 chrXV 821758 . A G 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=77;Dels=0.00;FS=6.211;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:550,0,731 chrXV 822154 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:75:99:393,0,992 chrXV 822156 . G C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:78:99:398,0,1000 chrXV 822171 . A G 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.650;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:74:99:408,0,910 chrXV 822681 . G T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:532,0,235 chrXV 822822 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=54;Dels=0.00;FS=2.380;HaplotypeScore=6.8331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=6.17;ReadPosRankSum=2.283;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:54:99:363,0,546 chrXV 822894 . C T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;DP=82;Dels=0.00;FS=0.833;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.107;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:596,0,844 chrXV 822963 . T C 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;DP=66;Dels=0.00;FS=2.364;HaplotypeScore=30.3640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=1.685;QD=2.71;ReadPosRankSum=-2.393;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,19:66:99:209,0,563 chrXV 822978 . T C 747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=15.24;ReadPosRankSum=3.122;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,45:49:87:780,87,0 chrXV 822985 . T A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;DP=51;Dels=0.00;FS=5.809;HaplotypeScore=1.5518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:406,0,250 chrXV 823041 . A G 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=71;Dels=0.00;FS=2.264;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:708,0,426 chrXV 823074 . G A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.934;DP=79;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=114.5605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=1.999;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.056;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:79:99:340,0,635 chrXV 823211 . A T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DP=58;Dels=0.00;FS=3.891;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.022;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:201,0,552 chrXV 823345 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.049;DP=78;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=5.6160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.730;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:681,0,579 chrXV 823408 . G A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.726;DP=61;Dels=0.00;FS=1.152;HaplotypeScore=6.6387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:61:99:585,0,405 chrXV 823470 . C T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;DP=40;Dels=0.00;FS=18.602;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.360;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:175,0,392 chrXV 823484 . G C 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=38;Dels=0.00;FS=23.097;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.129;SB=-8.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:38:99:153,0,340 chrXV 823485 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DP=39;Dels=0.00;FS=22.619;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=3.554;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:324,0,203 chrXV 823514 . C T 174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=36;Dels=0.00;FS=34.107;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.949;SB=-2.998e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:36:99:204,0,237 chrXV 823625 . C T 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;QD=17.15;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1079,114,0 chrXV 823635 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=58;Dels=0.00;FS=5.341;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.982;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:399,0,462 chrXV 823802 . A C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=44;Dels=0.00;FS=13.756;HaplotypeScore=7.0233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.647;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,32:44:99:597,0,118 chrXV 823902 . C T 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=25.10;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1564,165,0 chrXV 823938 . G A 1459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=22.45;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1492,168,0 chrXV 823983 . A G 1244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=21.45;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1277,138,0 chrXV 824184 . G T 1455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=21.72;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1488,159,0 chrXV 824287 . A C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.277;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:560,0,621 chrXV 824472 . A G 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=18.86;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1221,132,0 chrXV 824520 . A G 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=25.29;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1424,150,0 chrXV 824858 . G T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;DP=75;Dels=0.00;FS=6.654;HaplotypeScore=8.7439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.135;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:406,0,729 chrXV 824910 . G A 210.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=51;Dels=0.00;FS=3.869;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:240,0,630 chrXV 824928 . T C 1131 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=23.56;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1164,123,0 chrXV 825198 . G A 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.04;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1155,129,0 chrXV 825345 . A G 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=20.87;ReadPosRankSum=1.667;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1139,123,0 chrXV 825406 . T A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:563,0,364 chrXV 826024 . C T 196.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=47;Dels=0.00;FS=3.143;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:226,0,157 chrXV 826031 . T C 105.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;DP=47;Dels=0.00;FS=5.578;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:135,0,268 chrXV 826032 . A G 232.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DP=47;Dels=0.00;FS=1.439;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.181;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.553;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:262,0,146 chrXV 826034 . C T 462 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=9.83;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:51:495,51,0 chrXV 826071 . G A 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=70;Dels=0.00;FS=1.016;HaplotypeScore=12.9116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.557;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:70:99:296,0,398 chrXV 826120 . T C 1268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.64;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1301,144,0 chrXV 826212 . A T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=1.572;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:343,0,159 chrXV 826325 . G A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=35;Dels=0.00;FS=5.153;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=5.89;ReadPosRankSum=2.360;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:236,0,339 chrXV 826508 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;DP=50;Dels=0.00;FS=1.051;HaplotypeScore=3.2902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:396,0,441 chrXV 826784 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;DP=34;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:320,0,372 chrXV 827016 . A T 973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=23.17;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1006,105,0 chrXV 827048 . A G 1046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.90;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1079,117,0 chrXV 827117 . C T 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;DP=43;Dels=0.00;FS=1.280;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.062;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:245,0,470 chrXV 827194 . A T 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.16;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:742,78,0 chrXV 827284 . T A 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:382,0,346 chrXV 827386 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DP=49;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=3.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.414;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:347,0,439 chrXV 827558 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=55;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.586;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:330,0,733 chrXV 827653 . T A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DP=111;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=8.21;ReadPosRankSum=2.142;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:111:99:941,0,856 chrXV 828050 . A G 1122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.177;DP=134;Dels=0.00;FS=20.028;HaplotypeScore=12.5762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.389;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,64:134:99:1152,0,1319 chrXV 828529 . T C 904 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=21.02;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:937,102,0 chrXV 828544 . A T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=48;Dels=0.00;FS=26.970;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:259,0,465 chrXV 828571 . C T 947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=17.22;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:980,108,0 chrXV 828658 . C G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:702,0,736 chrXV 828897 . G A 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.117;DP=113;Dels=0.00;FS=1.682;HaplotypeScore=5.8381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=10.42;ReadPosRankSum=1.211;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,60:113:99:1207,0,987 chrXV 828922 . A G 2289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=107;Dels=0.00;FS=3.218;HaplotypeScore=6.6999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=21.39;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.343e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:2322,252,0 chrXV 829039 . A G 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=67;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=20.75;ReadPosRankSum=2.229;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1423,156,0 chrXV 829111 . A G 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=91;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=19.14;ReadPosRankSum=2.338;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:90:99:1775,189,0 chrXV 829210 . G A 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DP=104;Dels=0.00;FS=3.757;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:104:99:1018,0,786 chrXV 829348 . T C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=53;Dels=0.00;FS=1.091;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:390,0,506 chrXV 829528 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=75;Dels=0.00;FS=14.951;HaplotypeScore=9.1442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:546,0,500 chrXV 829621 . C G 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=83;Dels=0.00;FS=7.701;HaplotypeScore=11.9254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:83:99:634,0,714 chrXV 829795 . A T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.438;DP=44;Dels=0.00;FS=7.319;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:283,0,428 chrXV 830314 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=68;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.193;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:427,0,564 chrXV 830482 . G A 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=38;Dels=0.00;FS=1.237;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.724;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:290,0,310 chrXV 830554 . C T 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DP=58;Dels=0.00;FS=7.340;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.019;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:356,0,484 chrXV 830744 . T A 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=21.29;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:991,105,0 chrXV 830783 . C A 602 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=21.50;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:635,66,0 chrXV 830785 . C T 180.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.734;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.161;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:210,0,242 chrXV 830808 . G A 180.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:210,0,118 chrXV 830894 . C A 199.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DP=47;Dels=0.00;FS=9.510;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.908;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.311;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:229,0,396 chrXV 830933 . A G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.972;DP=52;Dels=0.00;FS=1.960;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.578;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:413,0,295 chrXV 830980 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.000;DP=51;Dels=0.00;FS=13.467;HaplotypeScore=11.7642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=2.023;QD=3.90;ReadPosRankSum=3.235;SB=-1.815e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:89:229,0,89 chrXV 831051 . C T 2913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=28.01;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2946,306,0 chrXV 831980 . A G 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;DP=45;Dels=0.00;FS=2.660;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:459,0,290 chrXV 832169 . C T 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DP=31;Dels=0.00;FS=3.840;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.022;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.380;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:294,0,249 chrXV 832222 . G T 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.54;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1147,120,0 chrXV 832277 . G A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;DP=76;Dels=0.01;FS=12.325;HaplotypeScore=8.1081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.304;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:694,0,447 chrXV 832292 . C A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DP=84;Dels=0.00;FS=7.277;HaplotypeScore=11.2330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.604;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:84:99:530,0,783 chrXV 832328 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;DP=65;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=3.9342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.099;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:599,0,605 chrXV 832576 . G A 1825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=20.51;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:1858,198,0 chrXV 832602 . C G 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=77;Dels=0.00;FS=2.382;HaplotypeScore=2.5968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,49:77:99:912,0,424 chrXV 832664 . T A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=23.23;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1125,114,0 chrXV 832805 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=63;Dels=0.00;FS=8.767;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:596,0,644 chrXV 832871 . T C 1009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=18.02;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1042,117,0 chrXV 832953 . G A 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:284,0,371 chrXV 833004 . A G 482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=17.21;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:57:515,57,0 chrXV 833028 . G A 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=30;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:268,0,186 chrXV 833065 . G T 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.542;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.541;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.821;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:32:99:330,0,248 chrXV 833083 . A G 871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=19.36;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:904,99,0 chrXV 833338 . G A 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:311,0,499 chrXV 833472 . A G 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.62;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:68:99:1503,165,0 chrXV 833859 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:80:99:625,0,640 chrXV 833904 . C T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DP=99;Dels=0.00;FS=0.788;HaplotypeScore=5.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.865;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:580,0,950 chrXV 834368 . T C 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.905;DP=125;Dels=0.00;FS=1.642;HaplotypeScore=7.2088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.981;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.827;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:125:99:957,0,1233 chrXV 834436 . C T 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=73;Dels=0.00;FS=8.166;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=2.676;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.657;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:670,0,613 chrXV 834662 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.933;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:583,0,615 chrXV 834738 . C T 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.093;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:57:99:481,0,256 chrXV 834869 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=60;Dels=0.00;FS=9.304;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:361,0,611 chrXV 834976 . C T 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=20.27;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1087,120,0 chrXV 835187 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:336,0,421 chrXV 835254 . G C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=56;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.485;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:273,0,433 chrXV 835445 . T G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=59;Dels=0.00;FS=8.051;HaplotypeScore=5.9225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:338,0,533 chrXV 835786 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;DP=43;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:292,0,297 chrXV 836243 . C T 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.412;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:345,0,639 chrXV 836249 . C A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:289,0,404 chrXV 836272 . G A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DP=46;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:293,0,426 chrXV 836294 . T C 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:283,0,278 chrXV 836747 . A C 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.277;DP=64;Dels=0.00;FS=2.141;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:607,0,561 chrXV 836858 . C T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:46:99:270,0,350 chrXV 837056 . A G 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.204;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:269,0,392 chrXV 837126 . G A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:240,0,354 chrXV 837247 . G A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DP=43;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:309,0,394 chrXV 837632 . A C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=104;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.610;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:104:99:955,0,1015 chrXV 837685 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=78;Dels=0.00;FS=3.144;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.796;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:78:99:519,0,990 chrXV 837859 . G A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.749;DP=72;Dels=0.00;FS=6.030;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.796;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:885,0,561 chrXV 838118 . A G 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=21.17;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1176,129,0 chrXV 838234 . C T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.784;DP=69;Dels=0.00;FS=3.425;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.069;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:69:99:578,0,594 chrXV 838573 . C T 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,53:86:99:1052,0,491 chrXV 838603 . C T 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=101;Dels=0.00;FS=8.638;HaplotypeScore=11.1696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:101:99:996,0,662 chrXV 838724 . A G 1188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=10.42;ReadPosRankSum=1.554;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:114:99:1218,0,862 chrXV 839046 . A T 1356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;DP=128;Dels=0.00;FS=1.462;HaplotypeScore=7.0180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.264;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,76:128:99:1386,0,894 chrXV 839325 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.163;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:881,0,777 chrXV 839346 . C T 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:91:99:789,0,641 chrXV 839433 . C T 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DP=88;Dels=0.00;FS=0.819;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:88:99:954,0,566 chrXV 839583 . G T 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DP=104;Dels=0.00;FS=0.799;HaplotypeScore=6.5221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:104:99:1011,0,892 chrXV 839763 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.065;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:740,0,663 chrXV 839947 . A T 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DP=95;Dels=0.00;FS=7.765;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.066;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:95:99:638,0,1067 chrXV 840088 . T C 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:494,0,349 chrXV 840149 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.995;DP=53;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:53:99:362,0,553 chrXV 840167 . A G 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;DP=57;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=5.88;ReadPosRankSum=2.706;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:365,0,636 chrXV 840176 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;DP=56;Dels=0.00;FS=2.381;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.796;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:377,0,541 chrXV 840302 . A G 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DP=62;Dels=0.00;FS=9.315;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.195;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.634;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:249,0,678 chrXV 840306 . T C 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DP=64;Dels=0.00;FS=9.139;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.635;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:288,0,644 chrXV 840781 . T A 4200.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=25.30;SB=-1.728e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:4200,442,0 chrXV 840881 . C T 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=130;Dels=0.00;FS=11.340;HaplotypeScore=10.3876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:130:99:1021,0,1338 chrXV 840926 . G A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=92;Dels=0.00;FS=18.145;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:811,0,844 chrXV 841378 . T G 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=20.74;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1402,156,0 chrXV 841710 . T C 1484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.507;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=18.55;ReadPosRankSum=1.642;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:80:99:1517,168,0 chrXV 841912 . G T 3024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=21.45;SB=-1.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:141:99:3057,324,0 chrXV 841930 . A C 2852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.67;MQ0=0;QD=23.97;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:119:99:2885,315,0 chrXV 842069 . A G 750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=19.23;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87:783,87,0 chrXV 842085 . C T 758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=18.95;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:40:84:791,84,0 chrXV 842107 . C T 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=16.60;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78:697,78,0 chrXV 842131 . T C 897 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=16.31;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:930,99,0 chrXV 842132 . G C 392.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=55;Dels=0.00;FS=1.140;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.776;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.078;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:422,0,284 chrXV 842137 . C A 916 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;QD=15.79;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:949,99,0 chrXV 842189 . C T 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.752;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.162;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:678,0,709 chrXV 842270 . C G 1957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=24.46;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1990,219,0 chrXV 842286 . A G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.243;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:792,0,1081 chrXV 842383 . T C 1446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=23.32;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1479,162,0 chrXV 842421 . C A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=58;Dels=0.00;FS=1.165;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:477,0,604 chrXV 842666 . A G 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=84;Dels=0.00;FS=10.304;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=23.43;ReadPosRankSum=2.333;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2001,225,0 chrXV 842829 . A C 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=96;Dels=0.00;FS=3.849;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.657;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:695,0,1040 chrXV 843225 . A T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:116:99:827,0,1359 chrXV 843258 . C T 1314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.179;DP=128;Dels=0.00;FS=2.383;HaplotypeScore=19.9326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,77:128:99:1344,0,760 chrXV 843670 . T C 1275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.099;DP=175;Dels=0.01;FS=2.726;HaplotypeScore=18.0236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,77:174:99:1305,0,1501 chrXV 843892 . A G 807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.45;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:840,90,0 chrXV 844373 . G A 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.503;DP=96;Dels=0.00;FS=0.815;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.923;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:96:99:623,0,822 chrXV 844466 . T A 1570 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=19.38;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1603,165,0 chrXV 844581 . A T 535.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=56;Dels=0.00;FS=10.811;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:565,0,335 chrXV 844759 . C T 807 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.03;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:90:840,90,0 chrXV 845199 . G A 1263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=16.40;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1296,138,0 chrXV 845250 . T C 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=17.54;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1647,180,0 chrXV 845660 . G A 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;DP=70;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=2.624;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:536,0,553 chrXV 845688 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;DP=71;Dels=0.00;FS=10.290;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:671,0,654 chrXV 845796 . A G 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DP=88;Dels=0.00;FS=7.159;HaplotypeScore=12.4233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=22.03;ReadPosRankSum=2.307;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:88:99:1972,216,0 chrXV 845840 . G A 1121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DP=94;Dels=0.00;FS=16.333;HaplotypeScore=5.6787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=11.93;ReadPosRankSum=-1.763;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:1151,0,656 chrXV 845981 . T C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;DP=110;Dels=0.00;FS=7.639;HaplotypeScore=10.0068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.452;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.898;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,49:110:99:540,0,1119 chrXV 845986 . A G 2033 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=18.48;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2066,219,0 chrXV 845995 . C T 1710 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=16.60;SB=-1.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1743,183,0 chrXV 845996 . T G 1643 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.665;SB=-1.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:1676,183,0 chrXV 846005 . G A 296.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DP=94;Dels=0.00;FS=6.952;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.37;MQ0=0;MQRankSum=-4.670;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.290;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:326,0,875 chrXV 846027 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=81;Dels=0.00;FS=15.852;HaplotypeScore=7.3462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=3.771;QD=7.78;ReadPosRankSum=2.016;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:660,0,372 chrXV 846110 . A C 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=18.29;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1405,156,0 chrXV 846148 . A G 1382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=17.95;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1415,156,0 chrXV 846223 . G T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DP=131;Dels=0.00;FS=1.397;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,58:131:99:962,0,1318 chrXV 846262 . G A 1469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.986;DP=134;Dels=0.00;FS=2.254;HaplotypeScore=8.6494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=1.197;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,81:134:99:1499,0,807 chrXV 846446 . T C 648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=17.05;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:681,75,0 chrXV 846491 . C T 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.534;DP=62;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:429,0,595 chrXV 846521 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.119;DP=77;Dels=0.00;FS=6.484;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.056;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:617,0,561 chrXV 846548 . C T 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.136;DP=97;Dels=0.00;FS=12.300;HaplotypeScore=10.0527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.096;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,57:97:99:1008,0,604 chrXV 846599 . T G 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;DP=85;Dels=0.00;FS=4.350;HaplotypeScore=10.5129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.594;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:85:99:833,0,512 chrXV 846676 . T C 1016 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=19.92;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1049,117,0 chrXV 846731 . G C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=23.44;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:994,108,0 chrXV 846763 . C T 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=18.57;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:887,99,0 chrXV 847382 . A C 2062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=22.91;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2095,228,0 chrXV 847716 . A G 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=21.08;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1424,156,0 chrXV 847833 . C T 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=68;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=10.74;ReadPosRankSum=-2.790;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:760,0,477 chrXV 848614 . G A 2328 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=22.38;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:2361,249,0 chrXV 848635 . G C 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=20.07;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1980,216,0 chrXV 848658 . C T 2370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=21.35;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:111:99:2403,249,0 chrXV 848780 . G C 1565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.06;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1598,174,0 chrXV 848890 . T G 2429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=20.76;ReadPosRankSum=1.673;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2462,270,0 chrXV 848963 . C T 2774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.655e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2807,294,0 chrXV 849243 . T C 2031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.72;SB=-1.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:2064,222,0 chrXV 849621 . G A 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.41;SB=-7.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1400,147,0 chrXV 849841 . T C 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.03;MQ0=0;QD=16.47;SB=-7.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1087,120,0 chrXV 849847 . A G 908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=14.19;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:941,105,0 chrXV 850079 . C A 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:489,0,557 chrXV 850120 . G A 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DP=60;Dels=0.00;FS=14.776;HaplotypeScore=7.6412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=8.03;ReadPosRankSum=2.609;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:512,0,403 chrXV 850123 . A G 1112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DP=58;Dels=0.00;FS=2.641;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=19.17;ReadPosRankSum=2.879;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1145,126,0 chrXV 850168 . G C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=56;Dels=0.00;FS=8.261;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQ0=0;MQRankSum=2.077;QD=7.39;ReadPosRankSum=-2.703;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:444,0,519 chrXV 850266 . G C 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=19.21;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:84:782,84,0 chrXV 850435 . A G 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=71;Dels=0.00;FS=13.421;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=21.82;ReadPosRankSum=2.844;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:1582,177,0 chrXV 850811 . C T 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=19.29;SB=-1.040e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1692,174,0 chrXV 851118 . T C 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=21.99;ReadPosRankSum=1.647;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1814,201,0 chrXV 851249 . T A 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=18.32;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:1938,210,0 chrXV 851261 . C T 2111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=20.30;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2144,228,0 chrXV 851396 . C T 1435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.92;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1468,150,0 chrXV 851461 . C T 1252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=19.56;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1285,132,0 chrXV 851557 . G T 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=18.66;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1358,141,0 chrXV 851570 . C G 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=15.53;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1151,129,0 chrXV 851662 . C T 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.69;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1254,132,0 chrXV 852451 . G A 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.25;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1169,129,0 chrXV 852538 . C T 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.53;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1002,111,0 chrXV 854277 . G A 17.84 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.44;MQ0=0;QD=5.95;SB=-7.990e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:49,6,0 chrXV 854622 . C A 402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.91;MQ0=0;QD=11.82;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:45:435,45,0 chrXV 854667 . G A 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;QD=21.54;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2079,216,0 chrXV 854717 . C T 3412.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=19.95;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:171:99:3412,375,0 chrXV 854873 . A G 644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.49;MQ0=0;QD=20.12;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:677,75,0 chrXV 854883 . C T 521 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.76;MQ0=0;QD=20.84;SB=-6.536e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:57:554,57,0 chrXV 854955 . T C 216.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=19.64;SB=-1.946e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27:249,27,0 chrXV 855037 . A G 1929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1962,213,0 chrXV 855289 . C T 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=22.30;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1081,111,0 chrXV 855747 . T C 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DP=45;Dels=0.00;FS=4.491;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.655;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:57:492,57,0 chrXV 856028 . C T 2093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=21.36;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2126,225,0 chrXV 856254 . G A 1677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=21.78;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1710,189,0 chrXV 856383 . T G 1537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=16.18;SB=-1.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1570,174,0 chrXV 857553 . C T 2081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.91;SB=-1.107e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:95:99:2114,222,0 chrXV 857964 . A G 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=23.60;ReadPosRankSum=1.690;SB=-9.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1992,219,0 chrXV 858511 . T C 2334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=23.34;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2367,258,0 chrXV 858879 . A T 2807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.392;DP=134;Dels=0.00;FS=8.226;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=20.95;ReadPosRankSum=3.379;SB=-1.517e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:134:99:2840,297,0 chrXV 859245 . A G 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=19.88;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1564,171,0 chrXV 859338 . T G 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;QD=14.55;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:75:673,75,0 chrXV 859706 . A G 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90:820,90,0 chrXV 859857 . T C 718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=5.607;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:84:751,84,0 chrXV 860178 . G A 832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=21.33;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90:865,90,0 chrXV 860275 . A G 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=20.30;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:75:703,75,0 chrXV 860337 . T A 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=22.94;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1524,159,0 chrXV 860397 . A G 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.72;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1814,207,0 chrXV 860578 . T C 576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=24.7423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;QD=19.20;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:609,69,0 chrXV 860613 . A C 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.605;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:57:513,57,0 chrXV 860651 . T G 708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=19.67;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:741,81,0 chrXV 860684 . T C 896 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.67;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:929,99,0 chrXV 860762 . C A 1055 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=17.58;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1088,114,0 chrXV 861099 . G C 723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;QD=20.66;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81:756,81,0 chrXV 861103 . A G 578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=18.65;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:66:611,66,0 chrXV 861110 . A G 543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;QD=16.97;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:576,63,0 chrXV 861195 . C T 365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=24.33;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:42:398,42,0 chrXV 861653 . T C 746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=19.63;ReadPosRankSum=1.641;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:84:779,84,0 chrXV 862092 . G A 1734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=22.52;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1767,186,0 chrXV 862212 . C G 1742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=20.74;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1775,195,0 chrXV 862224 . A T 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=22.61;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1910,198,0 chrXV 862275 . T C 1463 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=18.29;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1496,165,0 chrXV 862485 . C G 2202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.93;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2235,240,0 chrXV 862815 . G C 2094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.056e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2127,231,0 chrXV 863103 . T C 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=4.508;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:966,108,0 chrXV 863148 . C T 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.14;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:889,93,0 chrXV 863403 . G A 1344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=25.36;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1377,144,0 chrXV 863724 . A G 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=50;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=20.44;ReadPosRankSum=1.591;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1055,114,0 chrXV 863813 . G A 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=19.99;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1392,147,0 chrXV 863912 . G A 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=20.74;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1464,156,0 chrXV 863988 . G A 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=22.26;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1413,156,0 chrXV 864240 . A G 1814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=3.436;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=24.19;ReadPosRankSum=1.686;SB=-9.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1847,198,0 chrXV 864477 . A C 889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=18.91;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:922,102,0 chrXV 864723 . G A 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=21.97;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96:912,96,0 chrXV 865020 . G A 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=18.33;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1151,120,0 chrXV 865788 . A G 2330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=23.54;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2363,255,0 chrXV 866920 . G A 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.00;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:759,78,0 chrXV 867169 . T G 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.377;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=24.00;ReadPosRankSum=2.377;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:69:99:1689,183,0 chrXV 867268 . A C 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=90;Dels=0.00;FS=8.536;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.149;QD=21.81;ReadPosRankSum=2.203;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1996,219,0 chrXV 867504 . G T 3560.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1.899e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:183:99:3560,393,0 chrXV 868432 . T C 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.258;DP=81;Dels=0.00;FS=8.577;HaplotypeScore=14.5415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=16.42;ReadPosRankSum=2.226;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:81:99:1363,150,0 chrXV 868525 . C T 2961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=22.78;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:2994,321,0 chrXV 868576 . C T 1928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=23.51;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1961,213,0 chrXV 869837 . T C 459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=19.12;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:492,54,0 chrXV 872742 . G A 1218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=19.03;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1251,132,0 chrXV 873261 . C A 2171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.34;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2204,234,0 chrXV 873866 . T C 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=24.14;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1626,177,0 chrXV 874326 . C A 2569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=22.34;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2602,291,0 chrXV 874378 . T A 2103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=26.29;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2136,222,0 chrXV 874406 . T C 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=23.32;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1852,201,0 chrXV 874646 . T C 3221.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=140;Dels=0.00;FS=2.740;HaplotypeScore=5.0946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=23.01;ReadPosRankSum=2.344;SB=-1.332e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:140:99:3254,357,0 chrXV 874666 . T C 3421.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:140:99:3421,372,0 chrXV 875332 . A T 2751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=23.51;SB=-1.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2784,300,0 chrXV 875886 . G A 1267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=18.91;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1300,141,0 chrXV 876222 . T C 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=17.37;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:69:641,69,0 chrXV 879343 . T A 1246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.77;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1279,144,0 chrXV 879406 . C T 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.27;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1224,129,0 chrXV 880027 . G A 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=19.78;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1121,117,0 chrXV 880049 . T C 1217 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;QD=19.63;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1250,138,0 chrXV 880507 . A C 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=18.75;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1477,159,0 chrXV 880616 . G A 1250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=21.19;SB=-5.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1283,135,0 chrXV 880789 . C T 1460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.12;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1493,159,0 chrXV 881856 . A G 507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.90;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60:540,60,0 chrXV 882091 . A G 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81:733,81,0 chrXV 882911 . G C 726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=20.17;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:759,81,0 chrXV 883315 . T C 833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=21.92;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:866,96,0 chrXV 883372 . C T 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=19.26;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:861,93,0 chrXV 883966 . C T 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=19.21;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1512,159,0 chrXV 884028 . C G 2381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:113:99:2414,267,0 chrXV 884596 . T C 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=72;Dels=0.00;FS=7.121;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:98:1052,98,0 chrXV 884597 . C T 1119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=3.765;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=16.22;ReadPosRankSum=1.531;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1152,126,0 chrXV 885215 . A T 1414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.18;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1447,153,0 chrXV 885437 . T C 3390.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DP=147;Dels=0.00;FS=10.544;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=23.06;ReadPosRankSum=2.911;SB=-1.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:147:99:3390,375,0 chrXV 885669 . A G 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=24.33;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1785,195,0 chrXV 885692 . A G 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=20.90;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1642,180,0 chrXV 885911 . T C 1752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=21.37;SB=-9.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1785,192,0 chrXV 885914 . A G 1739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=85;Dels=0.00;FS=3.561;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=20.46;ReadPosRankSum=1.650;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1772,195,0 chrXV 886853 . C T 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=24.53;ReadPosRankSum=0.472;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1382,144,0 chrXV 887066 . C T 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=22.08;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1777,186,0 chrXV 887264 . T C 2061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=22.16;SB=-9.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2094,228,0 chrXV 887295 . G A 1765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.01;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1798,192,0 chrXV 887669 . A G 2433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=114;Dels=0.00;FS=15.575;HaplotypeScore=12.2201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=21.34;ReadPosRankSum=3.317;SB=-1.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:114:99:2466,273,0 chrXV 888126 . A G 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=23.89;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1753,192,0 chrXV 888445 . A G 2585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=23.29;SB=-1.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2618,285,0 chrXV 888479 . A G 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=19.66;ReadPosRankSum=2.353;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:1527,168,0 chrXV 888521 . C T 1604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;QD=19.33;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1637,186,0 chrXV 888666 . T C 1210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.885;DP=61;Dels=0.00;FS=10.408;HaplotypeScore=4.9948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=19.84;ReadPosRankSum=2.852;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,58:61:99:1243,138,0 chrXV 888746 . C T 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.64;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1581,168,0 chrXV 888781 . A T 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.684;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1528,159,0 chrXV 888854 . T C 176.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=107.8565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=2.810;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-6.979e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,22:61:10:209,10,0 chrXV 888888 . G A 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=14.53;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:81:745,81,0 chrXV 888891 . C A 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=13.57;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:78:725,78,0 chrXV 889219 . C T 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=18.21;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1490,162,0 chrXV 889336 . A G 1952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=22.70;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1985,219,0 chrXV 889418 . T C 854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.61;MQ0=0;QD=18.17;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:887,99,0 chrXV 889442 . T C 710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=18.21;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:743,81,0 chrXV 889462 . A G 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=17.20;ReadPosRankSum=2.330;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:81:738,81,0 chrXV 889468 . A T 746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.05;MQ0=0;QD=18.20;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:81:779,81,0 chrXV 889474 . T C 582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.29;MQ0=0;QD=14.92;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:69:615,69,0 chrXV 889495 . A G 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.45;MQ0=0;QD=16.70;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84:768,84,0 chrXV 889642 . T C 1083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.06;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:54:99:1116,123,0 chrXV 889988 . A T 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=24.35;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:63:593,63,0 chrXV 890036 . C G 993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=23.64;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1026,111,0 chrXV 890126 . C T 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=87;Dels=0.00;FS=3.832;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.100;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1958,207,0 chrXV 890314 . A T 393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:48:426,48,0 chrXV 890409 . T C 1114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.21;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1147,126,0 chrXV 890476 . C T 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=23.44;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1463,162,0 chrXV 890575 . A C 895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=19.46;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:928,102,0 chrXV 890776 . G A 652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=17.16;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:72:685,72,0 chrXV 890797 . A G 787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=38;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=20.71;ReadPosRankSum=1.641;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:90:820,90,0 chrXV 890957 . G A 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=25.63;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1904,201,0 chrXV 891275 . G A 1694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=24.55;SB=-8.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1727,180,0 chrXV 891413 . G T 1738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.94;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1771,186,0 chrXV 891444 . T C 1613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=88;Dels=0.00;FS=5.828;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=18.33;ReadPosRankSum=1.653;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1646,180,0 chrXV 891508 . A G 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=21.04;ReadPosRankSum=1.513;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:96:99:2053,228,0 chrXV 891617 . G A 2073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.83;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2106,222,0 chrXV 891758 . C T 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=23.33;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1386,150,0 chrXV 891827 . G C 1715 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=24.15;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1748,189,0 chrXV 891929 . C A 1452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.11;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1485,159,0 chrXV 892191 . G A 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.13;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:821,87,0 chrXV 892301 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.24;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1207,126,0 chrXV 892334 . T G 1271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.70;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1304,144,0 chrXV 892408 . T A 1345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=19.21;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1378,147,0 chrXV 892890 . C G 1597 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=23.84;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1630,180,0 chrXV 894519 . C A 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=23.70;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1834,195,0 chrXV 894614 . G A 1588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=23.70;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1621,177,0 chrXV 895158 . G A 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=18.63;SB=-7.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1207,132,0 chrXV 895193 . G T 1833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.82;SB=-1.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1866,195,0 chrXV 897914 . A G 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=21.04;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1527,168,0 chrXV 900947 . T C 2557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=22.43;SB=-1.544e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2590,282,0 chrXV 902756 . A C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=62;Dels=0.00;FS=8.944;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.289;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:603,0,417 chrXV 903680 . G C 1958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.59;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1991,216,0 chrXV 904881 . C T 737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=19.39;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:84:770,84,0 chrXV 905001 . C T 1630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=23.62;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1663,177,0 chrXV 905482 . C T 1405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.66;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1438,150,0 chrXV 905895 . G A 1545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.88;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1578,162,0 chrXV 907181 . C A 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.33;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:968,105,0 chrXV 907487 . G A 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.133;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:67:870,67,0 chrXV 907666 . C G 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=22.28;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:96:99:2172,234,0 chrXV 907705 . T C 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=18.08;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:83:99:1534,165,0 chrXV 908860 . T A 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=21.08;SB=-7.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1340,141,0 chrXV 909866 . A G 1320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=16.92;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1353,147,0 chrXV 914903 . T C 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=18.47;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1326,147,0 chrXV 916094 . C G 1050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=23.33;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1083,117,0 chrXV 920814 . A C 1160 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=20.35;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1193,132,0 chrXV 921242 . C A 2520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=24.00;SB=-1.360e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2553,267,0 chrXV 921271 . G T 2143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=22.80;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2176,231,0 chrXV 921311 . A C 1025 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=17.67;ReadPosRankSum=1.613;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1058,117,0 chrXV 922090 . C T 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.28;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78:746,78,0 chrXV 922306 . G A 635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.90;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72:668,72,0 chrXV 923567 . T C 1609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=21.45;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:75:99:1642,180,0 chrXV 925103 . G A 666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=9.94;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:78:699,78,0 chrXV 926126 . C T 1311 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.00;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1344,141,0 chrXV 926925 . G A 2210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=23.02;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2243,240,0 chrXV 928129 . G A 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.74;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1900,201,0 chrXV 928579 . T C 1022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.22;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1055,117,0 chrXV 929121 . C T 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=20.75;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1527,159,0 chrXV 930118 . A G 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=61;Dels=0.00;FS=4.994;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=21.85;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:61:99:1366,153,0 chrXV 932327 . C T 507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.12;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:540,57,0 chrXV 933083 . G A 1541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=21.11;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1574,180,0 chrXV 935504 . C T 1301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=23.23;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1334,141,0 chrXV 936362 . T C 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=22.93;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:996,108,0 chrXV 936376 . A T 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=23.32;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:919,96,0 chrXV 937658 . C G 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=18.95;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:81:772,81,0 chrXV 940414 . C T 2972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.59;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3005,324,0 chrXV 941405 . C T 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.866;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1103,120,0 chrXV 942317 . C T 937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=20.82;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:970,108,0 chrXV 942594 . T C 468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=18.72;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:54:501,54,0 chrXV 942759 . T C 541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63:574,63,0 chrXV 944430 . T C 775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=15.82;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:49:87:808,87,0 chrXV 945621 . G A 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=18.27;SB=-1.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1750,183,0 chrXV 945624 . T C 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=97;Dels=0.00;FS=3.649;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=16.64;ReadPosRankSum=1.659;SB=-1.071e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:97:99:1647,180,0 chrXV 945647 . C T 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=16.65;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1581,168,0 chrXV 945663 . T G 1430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=16.44;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1463,162,0 chrXV 945784 . C T 3571.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=26.85;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:3571,367,0 chrXV 946808 . C T 588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=12.51;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:69:621,69,0 chrXV 946810 . G C 655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.95;MQ0=0;QD=13.37;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:75:688,75,0 chrXV 947100 . G A 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=20.83;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1137,120,0 chrXV 947280 . C T 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=19.06;SB=-7.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1405,150,0 chrXV 947355 . G A 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=23.68;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1004,105,0 chrXV 947892 . A G 748 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=18.70;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84:781,84,0 chrXV 948120 . G A 729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=18.69;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:84:762,84,0 chrXV 948408 . C T 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.27;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1191,126,0 chrXV 948465 . G T 709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=20.85;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:742,81,0 chrXV 948744 . T G 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=19.73;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1059,114,0 chrXV 948819 . A G 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=20.57;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:856,93,0 chrXV 949105 . G A 752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.12;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:785,81,0 chrXV 949506 . T C 924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=20.53;ReadPosRankSum=1.655;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:79:957,79,0 chrXV 949570 . C G 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=18.95;SB=-6.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1151,126,0 chrXV 949678 . T C 4337.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=204;Dels=0.00;FS=3.751;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.715;SB=-2.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,203:204:99:4337,474,0 chrXV 949682 . A G 4290.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=206;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.530;QD=20.83;ReadPosRankSum=1.698;SB=-2.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,205:206:99:4290,474,0 chrXV 949686 . T C 4377.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=209;Dels=0.00;FS=4.011;HaplotypeScore=3.4474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.699;SB=-2.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,208:209:99:4377,474,0 chrXV 950054 . T G 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=20.54;ReadPosRankSum=1.730;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:74:99:1553,171,0 chrXV 950129 . C T 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=21.04;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1716,180,0 chrXV 950144 . T A 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=19.67;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1587,168,0 chrXV 950622 . T G 1562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=21.11;ReadPosRankSum=1.685;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1595,171,0 chrXV 950741 . T C 2003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=22.51;SB=-7.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2036,228,0 chrXV 950765 . C T 2049 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=24.39;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2082,219,0 chrXV 950909 . G A 921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=20.02;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:954,99,0 chrXV 950916 . A G 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=18.98;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:906,99,0 chrXV 951044 . T C 1542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=21.72;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1575,174,0 chrXV 951548 . A G 2274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.25;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2307,252,0 chrXV 951742 . G C 1423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DP=82;Dels=0.00;FS=3.367;HaplotypeScore=5.4909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.094;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:82:99:1456,156,0 chrXV 951746 . C T 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=79;Dels=0.00;FS=3.413;HaplotypeScore=4.7023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.601;SB=-8.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:1327,141,0 chrXV 951869 . C A 1782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=18.18;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:1815,195,0 chrXV 951994 . G A 2491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=24.42;SB=-9.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2524,267,0 chrXV 952140 . G A 2405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2438,255,0 chrXV 952413 . T C 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=71;Dels=0.00;FS=12.417;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=18.77;ReadPosRankSum=2.730;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:1366,147,0 chrXV 952533 . C T 2313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.13;SB=-1.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2346,246,0 chrXV 952628 . A G 2134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=23.20;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:92:99:2167,231,0 chrXV 952654 . A G 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=20.05;ReadPosRankSum=0.100;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1777,195,0 chrXV 952737 . A G 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.50;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1452,159,0 chrXV 952783 . A G 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=18.07;ReadPosRankSum=1.685;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1352,147,0 chrXV 953577 . T C 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=21.06;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1170,126,0 chrXV 953725 . T A 2389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=23.19;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2422,255,0 chrXV 953899 . C T 788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=19.22;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:87:821,87,0 chrXV 954013 . G A 1111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=20.96;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1144,120,0 chrXV 954038 . T C 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.79;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:752,78,0 chrXV 954214 . G A 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=14.68;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:51:488,51,0 chrXV 954231 . A T 494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=12.35;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:60:527,60,0 chrXV 954310 . G A 2782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=26.75;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2815,297,0 chrXV 954766 . A G 441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=28;Dels=0.00;FS=2.808;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=15.75;ReadPosRankSum=2.096;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:54:474,54,0 chrXV 955118 . G A 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=27.27;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1424,147,0 chrXV 955573 . T C 1135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=23.16;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1168,129,0 chrXV 956018 . G A 866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=20.62;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:96:899,96,0 chrXV 956028 . G A 814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=19.38;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:90:847,90,0 chrXV 956137 . C T 329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=20.56;SB=-2.039e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:39:362,39,0 chrXV 956617 . A G 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=24.40;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1546,171,0 chrXV 956880 . G C 2357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=23.57;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2390,258,0 chrXV 957207 . G A 1061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.80;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1094,111,0 chrXV 957460 . A G 1241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=22.98;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1274,135,0 chrXV 957501 . G A 1110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=20.94;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1143,129,0 chrXV 958088 . A G 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.27;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:990,108,0 chrXV 958154 . T C 1570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.230;DP=86;Dels=0.00;FS=23.799;HaplotypeScore=8.3189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=18.26;ReadPosRankSum=3.353;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:86:99:1603,177,0 chrXV 958213 . T C 3005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.47;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:118:99:3038,324,0 chrXV 958310 . G A 1103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=19.35;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1136,129,0 chrXV 958333 . C T 881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=19.15;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:914,99,0 chrXV 958391 . C T 1003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=20.06;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1036,108,0 chrXV 958545 . A G 2205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=91;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=24.23;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2238,240,0 chrXV 958671 . A G 1683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=87;Dels=0.00;FS=3.287;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.304;QD=19.34;ReadPosRankSum=1.647;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:87:99:1716,192,0 chrXV 958713 . G A 2861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=23.45;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:2894,306,0 chrXV 958743 . C A 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=23.09;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:3266,342,0 chrXV 958860 . A G 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.921;DP=89;Dels=0.00;FS=6.128;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=19.99;ReadPosRankSum=2.876;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:89:99:1812,198,0 chrXV 958901 . T C 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=20.24;SB=-1.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:1895,207,0 chrXV 959231 . T C 1656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=20.70;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1689,183,0 chrXV 959394 . A G 1531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=20.97;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1564,165,0 chrXV 959412 . G T 1615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=21.53;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1648,171,0 chrXV 959511 . G A 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.68;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1306,141,0 chrXV 959554 . C G 1648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=20.60;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:80:99:1681,183,0 chrXV 959637 . T C 1828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=22.02;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1861,201,0 chrXV 959820 . G A 1487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=22.88;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1520,162,0 chrXV 960224 . A G 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.701;DP=75;Dels=0.00;FS=14.121;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=18.76;ReadPosRankSum=4.033;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:1440,159,0 chrXV 960232 . A C 1492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=20.16;SB=-8.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1525,171,0 chrXV 960346 . C A 1277 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=19.95;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1310,138,0 chrXV 960384 . G A 1170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=20.89;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1203,126,0 chrXV 960428 . G A 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=24.05;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1067,117,0 chrXV 960485 . G A 573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.46;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:606,63,0 chrXV 960509 . A C 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=20.93;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66:619,66,0 chrXV 960599 . A G 594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.116;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=16.05;ReadPosRankSum=2.317;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:69:627,69,0 chrXV 960650 . A G 733 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=17.88;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81:766,81,0 chrXV 961004 . G A 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=25.25;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2053,216,0 chrXV 961391 . A G 2454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=21.34;SB=-1.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2487,270,0 chrXV 961586 . C T 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.81;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1864,207,0 chrXV 961644 . G A 2688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=24.66;SB=-9.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2721,285,0 chrXV 962294 . T C 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.13;SB=-8.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1512,165,0 chrXV 962816 . C T 1443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=20.91;SB=-7.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1476,156,0 chrXV 963149 . G A 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.68;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1129,120,0 chrXV 963377 . G A 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=19.07;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:891,99,0 chrXV 963548 . T C 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=18.97;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:35:75:697,75,0 chrXV 964349 . T C 1275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.56;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1308,141,0 chrXV 964421 . A G 1477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=17.38;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1510,162,0 chrXV 964430 . A G 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=85;Dels=0.00;FS=2.521;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=19.59;ReadPosRankSum=2.917;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:85:99:1698,180,0 chrXV 964661 . T C 1228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=72;Dels=0.00;FS=6.340;HaplotypeScore=9.9766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=17.06;ReadPosRankSum=2.380;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:72:99:1261,138,0 chrXV 964798 . T C 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=21.92;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1436,159,0 chrXV 965123 . A G 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=22.65;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:1936,213,0 chrXV 965240 . G A 3629.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=24.69;SB=-1.823e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:147:99:3629,381,0 chrXV 966067 . C A 2971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=25.39;SB=-1.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:3004,315,0 chrXV 966276 . T C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.478;DP=50;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.140;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:314,0,603 chrXV 966317 . C T 94.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=37;Dels=0.00;FS=5.905;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:124,0,331 chrXV 966325 . A G 579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.625;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:33:63:612,63,0 chrXV 966472 . G T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.228;DP=149;Dels=0.00;FS=12.369;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.628;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.840;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,53:149:99:781,0,1748 chrXV 966542 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;DP=89;Dels=0.00;FS=10.694;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=2.66;ReadPosRankSum=-3.287;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,32:89:99:267,0,916 chrXV 966621 . A G 757.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.029;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:83:99:787,0,734 chrXV 966892 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.075;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.953;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:85:99:647,0,1000 chrXV 967170 . G A 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.521;DP=95;Dels=0.00;FS=3.915;HaplotypeScore=8.0216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.774;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:95:99:828,0,862 chrXV 967248 . A G 873.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=110;Dels=0.00;FS=8.455;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:110:99:903,0,1184 chrXV 967253 . T G 832.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=104;Dels=0.00;FS=4.099;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:862,0,1095 chrXV 967257 . A G 757.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.378;DP=104;Dels=0.00;FS=2.893;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:787,0,1017 chrXV 967506 . C T 1387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=129;Dels=0.00;FS=11.428;HaplotypeScore=13.2434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.969;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,79:129:99:1417,0,875 chrXV 967862 . G A 2235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=24.29;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2268,237,0 chrXV 967881 . T G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=64;Dels=0.00;FS=2.204;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:64:99:466,0,688 chrXV 968047 . C T 246.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DP=52;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=8.2015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.618;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:276,0,456 chrXV 968186 . G A 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=29;Dels=0.00;FS=9.423;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.032;SB=-1.839e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:341,0,170 chrXV 968244 . T G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DP=42;Dels=0.00;FS=1.183;HaplotypeScore=5.4129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.259;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.122;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:312,0,317 chrXV 968286 . T A 374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=14.38;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:45:407,45,0 chrXV 968332 . T G 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=13.15;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:51:467,51,0 chrXV 968360 . C T 508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=15.87;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:57:541,57,0 chrXV 968440 . A G 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DP=39;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=4.7385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:39:99:482,0,174 chrXV 968465 . T C 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:42:99:243,0,526 chrXV 968504 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:280,0,709 chrXV 968617 . C T 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=48;Dels=0.00;FS=2.767;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.277;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:48:99:295,0,632 chrXV 968647 . T C 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=2.626;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:365,0,593 chrXV 968773 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=63;Dels=0.00;FS=15.656;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.103;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:532,0,632 chrXV 968822 . G A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=55;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=3.8853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.76;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.912;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:715,0,288 chrXV 968855 . T C 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DP=49;Dels=0.00;FS=2.643;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.022;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:49:99:275,0,645 chrXV 968865 . C T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DP=47;Dels=0.00;FS=2.736;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:619,0,239 chrXV 968882 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.500;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=2.285;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.169;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:48:99:532,0,264 chrXV 968918 . A T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.808;DP=56;Dels=0.00;FS=5.920;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.825;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.102;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:312,0,558 chrXV 968934 . T C 292.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.252;DP=61;Dels=0.00;FS=9.880;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.279;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:322,0,531 chrXV 968938 . G A 292.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;DP=58;Dels=0.00;FS=7.844;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.745;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:322,0,491 chrXV 968942 . C T 1027 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;QD=15.33;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1060,114,0 chrXV 968970 . C T 1515 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=17.82;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1548,165,0 chrXV 968991 . C T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.48;MQ0=0;QD=19.17;SB=-1.006e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1758,180,0 chrXV 969023 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=91;Dels=0.00;FS=18.243;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.549;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:534,0,829 chrXV 969024 . C T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=90;Dels=0.00;FS=15.464;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:777,0,559 chrXV 969046 . G A 1617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=19.96;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1650,174,0 chrXV 969067 . T C 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.674;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1135,123,0 chrXV 969121 . G A 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.593;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.789;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:169,0,412 chrXV 969140 . C T 126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=43;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=2.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.66;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:156,0,347 chrXV 969163 . G A 27.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:35:57:57,0,293 chrXV 969164 . A G 404 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;QD=11.54;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:48:437,48,0 chrXV 969177 . C T 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.07;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.345;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:67:192,0,67 chrXV 969185 . T C 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:48:48,0,192 chrXV 969193 . T C 107.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.589;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:52:137,0,52 chrXV 969196 . A G 31.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=30;Dels=0.00;FS=4.384;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.445;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:61:61,0,116 chrXV 969198 . T C 89.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=29;Dels=0.00;FS=2.062;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.83;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:56:119,0,56 chrXV 969226 . G A 251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=57;Dels=0.00;FS=4.107;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.611;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.203;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:281,0,465 chrXV 969233 . C T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=62;Dels=0.00;FS=10.189;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=2.132;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:545,0,280 chrXV 969237 . C T 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.34;MQ0=0;QD=16.65;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1132,120,0 chrXV 969255 . C T 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DP=79;Dels=0.00;FS=6.403;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.853;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:79:99:302,0,801 chrXV 969272 . G A 1401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.689;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:1434,136,0 chrXV 969326 . T G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=93;Dels=0.00;FS=15.118;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.980;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,36:93:99:547,0,1035 chrXV 969361 . T G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DP=101;Dels=0.00;FS=11.801;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:101:99:576,0,1206 chrXV 969390 . T C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;DP=78;Dels=0.00;FS=6.536;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.509;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:78:99:524,0,764 chrXV 969591 . C T 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.867;DP=120;Dels=0.00;FS=8.437;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,55:120:99:971,0,1270 chrXV 969660 . G A 1279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=142;Dels=0.00;FS=2.196;HaplotypeScore=11.2527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,83:142:99:1309,0,1025 chrXV 970097 . T C 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=60;Dels=0.00;FS=15.044;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.685;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:568,0,390 chrXV 970105 . A T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DP=56;Dels=0.00;FS=9.745;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.14;MQ0=0;MQRankSum=-6.366;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.139;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:492,0,449 chrXV 970110 . G A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DP=61;Dels=0.00;FS=7.279;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.62;MQ0=0;MQRankSum=-6.477;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.628;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:534,0,436 chrXV 970129 . C A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DP=57;Dels=0.00;FS=1.163;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.873;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.024;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:460,0,447 chrXV 970141 . C T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.024;DP=62;Dels=0.00;FS=1.620;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.75;MQ0=0;MQRankSum=-6.545;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.880;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:390,0,548 chrXV 970171 . C G 326.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DP=72;Dels=0.00;FS=2.878;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-6.830;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:72:99:356,0,747 chrXV 970172 . C T 272.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=72;Dels=0.00;FS=2.857;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQ0=0;MQRankSum=-6.775;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:302,0,763 chrXV 970181 . C T 395.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.499;DP=73;Dels=0.00;FS=2.932;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQ0=0;MQRankSum=-6.957;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:425,0,690 chrXV 970186 . G A 389.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;DP=74;Dels=0.00;FS=2.954;HaplotypeScore=6.6430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQ0=0;MQRankSum=-5.839;QD=5.26;ReadPosRankSum=-2.125;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:419,0,736 chrXV 970213 . A G 278.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;DP=84;Dels=0.00;FS=2.768;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.11;MQ0=0;MQRankSum=-5.200;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,31:84:99:308,0,965 chrXV 970228 . T A 259.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:289,0,826 chrXV 970235 . T C 285.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.730;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:82:99:315,0,819 chrXV 970266 . A G 461.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=5.55;ReadPosRankSum=7.395;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:491,0,749 chrXV 972777 . T C 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.21;MQ0=47;MQRankSum=1.247;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.090;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,18:80:6:47,6,0 chrXV 974076 . C T 110.26 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.33;MQ0=6;QD=6.49;SB=-2.685e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:17:15:143,15,0 chrXV 974082 . C T 126.34 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.23;MQ0=13;MQRankSum=-0.505;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-3.372e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:8:156,0,8 chrXV 974083 . A G 119.52 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.23;MQ0=13;MQRankSum=0.505;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-5.186e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:6:149,0,6 chrXV 974088 . C T 94.27 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.42;MQ0=16;MQRankSum=-2.602;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-2.716e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:9:124,0,9 chrXV 974121 . G T 275.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.22;MQ0=39;MQRankSum=0.369;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.280;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:79:99:305,0,110 chrXV 974123 . A G 264.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.22;MQ0=39;MQRankSum=0.605;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.753;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:79:99:294,0,116 chrXV 974127 . T C 299.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.64;MQ0=40;MQRankSum=0.731;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,33:85:99:329,0,114 chrXV 974193 . G A 287.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.86;MQ0=67;MQRankSum=2.289;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.120;SB=-3.150e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,68:134:12:317,0,12 chrXV 974247 . A G 238 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.71;MQ0=46;MQRankSum=2.989;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.123;SB=-1.513e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,65:111:30:271,30,0 chrXV 974250 . G A 251 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.96;MQ0=41;MQRankSum=2.414;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-1.516e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,64:105:30:284,30,0 chrXV 976308 . T C 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=49;Dels=0.00;FS=76.999;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.988;SB=0.965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,8:49:86:86,0,512 chrXV 976981 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DP=72;Dels=0.00;FS=12.411;HaplotypeScore=37.6925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.731;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:72:99:565,0,302 chrXV 977302 . T C 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DP=66;Dels=0.00;FS=3.823;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.509;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,45:66:99:910,0,375 chrXV 977533 . G A 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.448;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:435,0,208 chrXV 977599 . C T 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.672;DP=79;Dels=0.00;FS=1.836;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:795,0,549 chrXV 977636 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DP=78;Dels=0.00;FS=1.832;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:707,0,644 chrXV 978336 . G A 1090.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=105;Dels=0.01;FS=27.757;HaplotypeScore=7.1077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:104:99:1120,0,892 chrXV 978361 . T G 1169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.566;DP=117;Dels=0.00;FS=8.064;HaplotypeScore=3.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.003;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:117:99:1199,0,1145 chrXV 978537 . A G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=81;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.363;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:796,0,674 chrXV 978614 . T G 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=87;Dels=0.00;FS=8.159;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:700,0,818 chrXV 978665 . G A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.756;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:83:99:686,0,772 chrXV 978778 . A C 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DP=49;Dels=0.00;FS=23.215;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=10.41;ReadPosRankSum=2.010;SB=-2.752e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:540,0,165 chrXV 978880 . T G 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:201,0,242 chrXV 978953 . C A 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.964;DP=35;Dels=0.00;FS=13.545;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:226,0,307 chrXV 978995 . G T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.270;DP=52;Dels=0.00;FS=10.640;HaplotypeScore=5.7279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.459;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:357,0,347 chrXV 979059 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=75;Dels=0.00;FS=3.089;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=7.01;ReadPosRankSum=-2.443;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:556,0,689 chrXV 979094 . C T 1100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.687;DP=93;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=5.0130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.077;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,57:93:99:1130,0,585 chrXV 979379 . C T 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.716;DP=96;Dels=0.00;FS=23.980;HaplotypeScore=4.2260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=12.46;ReadPosRankSum=-3.741;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:1226,0,557 chrXV 979419 . T C 1564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=144;Dels=0.00;FS=0.632;HaplotypeScore=20.9114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=10.86;ReadPosRankSum=4.739;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,81:144:99:1594,0,698 chrXV 979457 . C T 1495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DP=120;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=12.46;ReadPosRankSum=-2.216;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,75:120:99:1525,0,831 chrXV 979583 . T C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DP=42;Dels=0.00;FS=9.503;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=10.76;ReadPosRankSum=-2.561;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:482,0,373 chrXV 979605 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.814;DP=47;Dels=0.00;FS=9.919;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:525,0,393 chrXV 979659 . G A 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DP=91;Dels=0.00;FS=15.074;HaplotypeScore=6.6752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=12.11;ReadPosRankSum=2.033;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,55:91:99:1132,0,576 chrXV 979685 . G A 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=94;Dels=0.02;FS=20.433;HaplotypeScore=6.5877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.140;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,58:92:99:973,0,586 chrXV 979872 . A G 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.653;DP=110;Dels=0.00;FS=2.445;HaplotypeScore=10.0662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:110:99:1005,0,1024 chrXV 979973 . T A 773.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.070;DP=116;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:116:99:803,0,1286 chrXV 979981 . A G 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.874;DP=120;Dels=0.00;FS=4.539;HaplotypeScore=9.4489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.08;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=6.48;ReadPosRankSum=-2.446;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,54:120:99:807,0,1375 chrXV 980197 . C T 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DP=101;Dels=0.00;FS=2.576;HaplotypeScore=2.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.09;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:941,0,995 chrXV 980218 . G C 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.997;DP=130;Dels=0.00;FS=2.646;HaplotypeScore=3.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.505;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,66:130:99:952,0,1140 chrXV 980242 . A T 1183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:126:99:1213,0,715 chrXV 980448 . A G 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DP=25;Dels=0.00;FS=22.005;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.56;MQ0=8;MQRankSum=-0.962;QD=0.92;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-1.525e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:35:53,0,35 chrXV 980586 . C T 54.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.51;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.042;SB=-1.469e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:9:87,9,0 chrXV 980604 . C T 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=1.95;ReadPosRankSum=-3.104;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:143,0,351 chrXV 980701 . A T 3658.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=25.05;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:146:99:3658,393,0 chrXV 980794 . T G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.531;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:702,0,699 chrXV 980913 . C A 1158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.838;DP=178;Dels=0.00;FS=4.854;HaplotypeScore=9.6102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.961;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,80:178:99:1188,0,1774 chrXV 981009 . T C 2366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:118:99:2399,261,0 chrXV 981018 . G A 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.656;DP=115;Dels=0.00;FS=3.417;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,65:115:99:1118,0,825 chrXV 981148 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=62;Dels=0.00;FS=17.050;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:573,0,541 chrXV 981230 . C T 355.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.962;DP=54;Dels=0.00;FS=3.998;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.765;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:385,0,516 chrXV 981231 . C G 526.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=57;Dels=0.00;FS=3.897;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=2.450;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.796;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:556,0,360 chrXV 981233 . C T 354.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.240;DP=58;Dels=0.00;FS=3.809;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:384,0,540 chrXV 981273 . A G 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DP=65;Dels=0.00;FS=3.822;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:370,0,471 chrXV 981291 . T G 1229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=17.56;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1262,141,0 chrXV 981304 . A T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DP=70;Dels=0.00;FS=3.941;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:570,0,446 chrXV 981378 . C T 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:700,0,517 chrXV 981447 . T C 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;DP=79;Dels=0.00;FS=1.843;HaplotypeScore=6.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=2.074;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.446;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:714,0,785 chrXV 981456 . A G 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=72;Dels=0.00;FS=1.999;HaplotypeScore=3.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:755,0,611 chrXV 981555 . G A 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=47;Dels=0.00;FS=25.429;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=10.98;ReadPosRankSum=2.959;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:546,0,295 chrXV 981571 . A G 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;DP=52;Dels=0.00;FS=1.073;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.138;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:548,0,286 chrXV 981687 . C T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=71;Dels=0.00;FS=9.118;HaplotypeScore=7.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.576;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:71:99:827,0,440 chrXV 981846 . C A 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=53;Dels=0.00;FS=10.452;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:308,0,493 chrXV 981860 . G A 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=50;Dels=0.00;FS=8.282;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=7.44;ReadPosRankSum=-2.418;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:402,0,419 chrXV 982089 . A G 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=100;Dels=0.00;FS=6.763;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:100:99:924,0,861 chrXV 982131 . G A 1307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=19.51;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1340,156,0 chrXV 982135 . A T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;DP=57;Dels=0.00;FS=13.264;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:304,0,625 chrXV 982145 . T C 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.591;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:93:872,93,0 chrXV 982160 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DP=47;Dels=0.00;FS=2.658;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,32:47:99:546,0,125 chrXV 982250 . C A 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.192;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.419;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:846,0,484 chrXV 982533 . G A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:555,0,349 chrXV 982665 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=88;Dels=0.00;FS=12.732;HaplotypeScore=11.2784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.647;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:659,0,768 chrXV 982683 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=72;Dels=0.00;FS=18.280;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.427;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:72:99:451,0,821 chrXV 982860 . C A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;DP=105;Dels=0.00;FS=3.721;HaplotypeScore=8.1367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:892,0,997 chrXV 983462 . C T 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=133;Dels=0.00;FS=4.177;HaplotypeScore=5.9234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,65:133:99:1046,0,1401 chrXV 983466 . C T 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=138;Dels=0.00;FS=3.046;HaplotypeScore=14.7836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.211;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,67:138:99:999,0,1419 chrXV 983798 . A C 2888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DP=123;Dels=0.00;FS=3.039;HaplotypeScore=5.1441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=23.48;ReadPosRankSum=2.310;SB=-1.544e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:123:99:2921,301,0 chrXV 984169 . A T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;DP=73;Dels=0.00;FS=3.605;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:452,0,746 chrXV 984290 . A G 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;DP=54;Dels=0.00;FS=5.815;HaplotypeScore=1.7653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.659;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:406,0,585 chrXV 984300 . A G 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=23.34;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1270,138,0 chrXV 984323 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=47;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:257,0,577 chrXV 984651 . G A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=55;Dels=0.00;FS=7.806;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.076;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:448,0,504 chrXV 984859 . T C 1273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;QD=19.29;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1306,144,0 chrXV 984992 . C T 956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=22.76;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:989,105,0 chrXV 985158 . C T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=67;Dels=0.00;FS=2.147;HaplotypeScore=9.0813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:556,0,557 chrXV 985377 . A G 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=39;Dels=0.00;FS=9.553;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:253,0,342 chrXV 986148 . G A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DP=64;Dels=0.00;FS=3.594;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=2.031;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.844;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:64:99:408,0,549 chrXV 986169 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=76;Dels=0.00;FS=3.377;HaplotypeScore=5.7075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.005;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:517,0,672 chrXV 987547 . A G 319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.531;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:39:352,39,0 chrXV 987667 . G A 241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=13.39;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:274,30,0 chrXV 987753 . T C 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=4.42;ReadPosRankSum=-2.023;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:114,0,185 chrXV 987985 . C A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.529;DP=25;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.462;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:285,0,172 chrXV 988096 . G A 254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.93;SB=-5.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:30:287,30,0 chrXV 988671 . C T 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.089;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.470;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:783,0,569 chrXV 988849 . G A 1247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.759;DP=140;Dels=0.03;FS=3.388;HaplotypeScore=18.4810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.250;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,74:136:99:1277,0,1050 chrXV 988993 . C T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=77;Dels=0.00;FS=4.574;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=12.45;ReadPosRankSum=2.255;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:989,0,470 chrXV 989061 . T C 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.682;DP=53;Dels=0.00;FS=2.769;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.628;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:642,0,408 chrXV 989204 . G A 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=91;Dels=0.00;FS=4.345;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:702,0,870 chrXV 989339 . C G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;DP=41;Dels=0.00;FS=16.704;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.431;SB=-1.919e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:381,0,371 chrXV 989617 . T A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DP=65;Dels=0.00;FS=5.014;HaplotypeScore=4.2720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.985;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:555,0,690 chrXV 989690 . A G 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:263,0,449 chrXV 990985 . A T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=44;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:336,0,209 chrXV 991009 . G T 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.880;DP=37;Dels=0.00;FS=3.029;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.625;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:302,0,257 chrXV 991111 . C T 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=46;Dels=0.00;FS=1.361;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:346,0,542 chrXV 991162 . C G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DP=54;Dels=0.00;FS=2.558;HaplotypeScore=5.7588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.283;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:54:99:569,0,439 chrXV 991316 . G A 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.233;DP=108;Dels=0.00;FS=6.307;HaplotypeScore=6.5402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:1067,0,1078 chrXV 991545 . C T 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=100;Dels=0.00;FS=10.071;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=11.74;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,63:100:99:1204,0,710 chrXV 991809 . G A 2056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=21.87;SB=-7.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:94:99:2089,222,0 chrXV 991825 . C T 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.444;DP=95;Dels=0.00;FS=1.897;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.303;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:1003,0,672 chrXV 991945 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=65;Dels=0.00;FS=4.853;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.908;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:466,0,519 chrXV 991984 . A T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=61;Dels=0.00;FS=16.808;HaplotypeScore=7.1721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.123;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:374,0,649 chrXV 992008 . T C 1276 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=19.33;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1309,144,0 chrXV 992014 . C T 380.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=60;Dels=0.00;FS=8.129;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.420;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:410,0,532 chrXV 992017 . C G 352.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=58;Dels=0.00;FS=10.866;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.524;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:382,0,533 chrXV 992093 . G T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DP=44;Dels=0.00;FS=12.051;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:44:99:317,0,327 chrXV 992155 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=68;Dels=0.00;FS=8.518;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.246;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:539,0,503 chrXV 992356 . C G,T 886.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.54;MQ0=0;QD=16.72;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,28,25:53:99:946,446,386,500,0,446 chrXV 992374 . A G 217.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.163;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-3.056;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.256;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:247,0,611 chrXV 992377 . A G 194.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=57;Dels=0.00;FS=1.050;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.750;QD=3.40;ReadPosRankSum=2.028;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:224,0,586 chrXV 992383 . A T 150.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.271;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-4.251;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:180,0,648 chrXV 992413 . C A 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.346;DP=57;Dels=0.00;FS=1.112;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.752;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:244,0,627 chrXV 992458 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=68;Dels=0.00;FS=2.044;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.604;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:428,0,832 chrXV 992467 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=68;Dels=0.00;FS=3.404;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.985;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:68:99:494,0,661 chrXV 992674 . C A 1635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.858;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.873;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,76:134:99:1665,0,1060 chrXV 992758 . G A 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.466;DP=82;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.447;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:667,0,867 chrXV 993116 . C G 1499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=20.82;SB=-6.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1532,168,0 chrXV 993617 . G A 1429 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=22.33;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1462,153,0 chrXV 993703 . G A 1976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=21.25;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:93:99:2009,225,0 chrXV 993796 . C T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=87;Dels=0.00;FS=4.175;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.670;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:574,0,857 chrXV 993995 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=83;Dels=0.00;FS=5.560;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.999;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:83:99:511,0,828 chrXV 994005 . T A 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;DP=91;Dels=0.00;FS=4.056;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.827;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:621,0,985 chrXV 994073 . T C 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DP=82;Dels=0.00;FS=0.848;HaplotypeScore=3.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=2.072;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:82:99:511,0,745 chrXV 994160 . A T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DP=35;Dels=0.00;FS=3.051;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.157;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:175,0,269 chrXV 994161 . C T 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.817;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.402;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:172,0,293 chrXV 994342 . T C 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.862;DP=96;Dels=0.00;FS=5.746;HaplotypeScore=5.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=22.96;ReadPosRankSum=2.926;SB=-1.074e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:96:99:2237,246,0 chrXV 994346 . T C 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DP=96;Dels=0.00;FS=3.956;HaplotypeScore=8.0647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:96:99:741,0,1076 chrXV 994505 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;DP=52;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.104;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:447,0,524 chrXV 994833 . T C 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=19.26;SB=-1.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1766,195,0 chrXV 994997 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.675;DP=69;Dels=0.00;FS=0.997;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:69:99:417,0,573 chrXV 995013 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=79;Dels=0.00;FS=1.886;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:426,0,574 chrXV 995077 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;DP=94;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:666,0,993 chrXV 995180 . A G 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.333;DP=117;Dels=0.00;FS=0.701;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.188;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:117:99:912,0,1274 chrXV 995834 . G A 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.358;DP=54;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=6.4583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.302;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:54:99:363,0,445 chrXV 996026 . T C 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.459;DP=71;Dels=0.00;FS=12.648;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:669,0,569 chrXV 996170 . G A 1057.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.619;DP=89;Dels=0.00;FS=1.909;HaplotypeScore=7.1958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:89:99:1087,0,677 chrXV 996329 . C T 2001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=21.99;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2034,213,0 chrXV 996335 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:575,0,886 chrXV 996425 . A G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.485;DP=107;Dels=0.00;FS=18.101;HaplotypeScore=9.9793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=6.00;ReadPosRankSum=3.083;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,43:107:99:672,0,1163 chrXV 996462 . A G 2645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.23;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:2678,291,0 chrXV 996657 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.383;DP=64;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:561,0,515 chrXV 996800 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;DP=118;Dels=0.02;FS=9.198;HaplotypeScore=5.8217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,48:116:99:595,0,1334 chrXV 996801 . A G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.944;DP=118;Dels=0.00;FS=10.725;HaplotypeScore=5.8217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.260;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,48:118:99:604,0,1397 chrXV 997483 . C G 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=22.05;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1422,153,0 chrXV 997902 . G C 1506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=23.53;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1539,165,0 chrXV 998121 . A G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;DP=27;Dels=0.00;FS=5.283;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:99:122,0,292 chrXV 998181 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.741;DP=48;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:339,0,481 chrXV 998205 . G A 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.634;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:583,0,483 chrXV 998245 . C A 413.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.958;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:443,0,559 chrXV 998346 . A G 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=4.50;ReadPosRankSum=2.027;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:66:138,0,66 chrXV 998421 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.903;DP=61;Dels=0.00;FS=3.395;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.738;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:542,0,659 chrXV 998864 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.485;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.155;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:475,0,431 chrXV 998903 . C A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.710;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.575;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:629,0,481 chrXV 998921 . G A 1582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.21;MQ0=0;QD=20.03;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1615,177,0 chrXV 999044 . C G 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:90:99:462,0,817 chrXV 999089 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.727;DP=87;Dels=0.00;FS=1.822;HaplotypeScore=5.5750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.985;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:461,0,811 chrXV 999189 . C T 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=79;Dels=0.00;FS=1.314;HaplotypeScore=8.8562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:706,0,762 chrXV 999212 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.211;DP=79;Dels=0.00;FS=1.293;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.026;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:636,0,934 chrXV 999365 . A G 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:820,0,745 chrXV 999375 . C G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DP=99;Dels=0.00;FS=0.810;HaplotypeScore=3.9864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:790,0,884 chrXV 999385 . T C 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DP=79;Dels=0.00;FS=1.881;HaplotypeScore=2.5326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.570;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:684,0,588 chrXV 999460 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=70;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:70:99:478,0,629 chrXV 999645 . G A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.575;DP=93;Dels=0.00;FS=3.955;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,56:93:99:1000,0,563 chrXV 999686 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=58;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.624;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:618,0,526 chrXV 999966 . G A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DP=85;Dels=0.00;FS=1.785;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=8.95;ReadPosRankSum=-2.550;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:791,0,719 chrXV 1000192 . G A 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:89:99:889,0,771 chrXV 1000996 . T C 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;DP=47;Dels=0.00;FS=27.677;HaplotypeScore=12.0133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.650;SB=-8.006e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:47:99:179,0,103 chrXV 1001053 . A C 724.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.251;DP=96;Dels=0.00;FS=33.786;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:96:99:754,0,1092 chrXV 1001210 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:508,0,418 chrXV 1001234 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=42;Dels=0.00;FS=1.571;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.535;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:42:99:285,0,395 chrXV 1001275 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=53;Dels=0.00;FS=15.517;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.527;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:422,0,574 chrXV 1001411 . A C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.235;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:100:99:539,0,891 chrXV 1001444 . C T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DP=106;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:617,0,887 chrXV 1001561 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;DP=58;Dels=0.00;FS=5.679;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:487,0,516 chrXV 1001657 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=48;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.041;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:48:99:251,0,487 chrXV 1002323 . C G 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DP=65;Dels=0.00;FS=3.370;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=2.644;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:587,0,550 chrXV 1002519 . C T 2609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.89;SB=-1.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2642,279,0 chrXV 1002597 . T C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=94;Dels=0.00;FS=2.790;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:687,0,991 chrXV 1002614 . C T 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=90;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=6.5380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:90:99:550,0,989 chrXV 1002620 . T C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;DP=92;Dels=0.00;FS=0.793;HaplotypeScore=5.2182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.802;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:547,0,914 chrXV 1002662 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=94;Dels=0.00;FS=1.712;HaplotypeScore=9.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=6.03;ReadPosRankSum=2.019;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:597,0,750 chrXV 1002701 . G A 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;DP=126;Dels=0.00;FS=17.365;HaplotypeScore=6.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,61:126:99:1092,0,1353 chrXV 1002911 . T C 954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DP=97;Dels=0.00;FS=6.847;HaplotypeScore=2.9528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.350;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:984,0,673 chrXV 1002944 . C T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=92;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=11.7602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.311;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:92:99:601,0,795 chrXV 1003101 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.756;DP=94;Dels=0.00;FS=1.700;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.575;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:94:99:629,0,926 chrXV 1003120 . A T 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;DP=105;Dels=0.00;FS=3.657;HaplotypeScore=5.1267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.981;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:105:99:558,0,1086 chrXV 1003121 . G A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=106;Dels=0.00;FS=1.603;HaplotypeScore=5.1267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.695;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:529,0,1046 chrXV 1003427 . C A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=109;Dels=0.00;FS=6.100;HaplotypeScore=8.8446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.514;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.840;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:109:99:648,0,993 chrXV 1003494 . G A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:106:99:770,0,1060 chrXV 1003506 . C G 1249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.002;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,66:132:99:1279,0,1104 chrXV 1003584 . T C 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.897;DP=108;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=16.6403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.478;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,63:108:99:1161,0,533 chrXV 1003790 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DP=60;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:458,0,544 chrXV 1003809 . C A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:478,0,475 chrXV 1003942 . G A 1187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=123;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.814;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,68:123:99:1217,0,1204 chrXV 1004045 . C A 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.276;DP=20;Dels=0.00;FS=5.929;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.119;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:193,0,121 chrXV 1004103 . A C 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=16;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=5.7990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.752;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:84:84,0,118 chrXV 1004124 . A G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=25;Dels=0.00;FS=1.810;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.079;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:174,0,178 chrXV 1004149 . T C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=30;Dels=0.00;FS=7.141;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.445;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:234,0,183 chrXV 1004168 . A T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=52;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.551;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:438,0,439 chrXV 1004261 . T A 34.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.127;QD=0.67;ReadPosRankSum=-3.846;SB=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,8:52:9:67,9,0 chrXV 1004360 . A T 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.103;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:58:58,0,95 chrXV 1004762 . C T 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:38:71,0,38 chrXV 1004868 . A T 300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:333,36,0 chrXV 1005541 . C T 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DP=38;Dels=0.00;FS=1.279;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.802;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.740;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:166,0,396 chrXV 1005694 . A G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.796;DP=89;Dels=0.00;FS=1.750;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.882;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:768,0,1080 chrXV 1005814 . C A 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DP=43;Dels=0.00;FS=1.259;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.177;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:301,0,469 chrXV 1006168 . C T 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:35:99:224,0,334 chrXV 1006231 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=42;Dels=0.00;FS=1.279;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.176;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:323,0,293 chrXV 1006325 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.856;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,40:59:99:538,0,245 chrXV 1006767 . A T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DP=65;Dels=0.02;FS=3.600;HaplotypeScore=3.4786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.961;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:348,0,483 chrXV 1006876 . C T 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=48;Dels=0.00;FS=1.157;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:381,0,440 chrXV 1007117 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=68;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=5.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.282;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:625,0,584 chrXV 1007259 . C G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=40;Dels=0.00;FS=1.271;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:40:99:497,0,233 chrXV 1007338 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=40;Dels=0.00;FS=9.818;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.428;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:251,0,489 chrXV 1007391 . A G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;DP=52;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:380,0,496 chrXV 1007445 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;DP=57;Dels=0.00;FS=7.648;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.721;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:430,0,616 chrXV 1007511 . T C 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=62;Dels=0.00;FS=4.068;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.628;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:547,0,617 chrXV 1007685 . G C 713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=19.27;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:81:746,81,0 chrXV 1007739 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;DP=57;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:505,0,446 chrXV 1007883 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.445;DP=48;Dels=0.00;FS=1.514;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:571,0,412 chrXV 1008168 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;DP=50;Dels=0.00;FS=6.180;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:297,0,435 chrXV 1008183 . C G 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=49;Dels=0.00;FS=6.254;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:261,0,425 chrXV 1008282 . G A 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.410;DP=91;Dels=0.00;FS=3.086;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:1085,0,637 chrXV 1008393 . T C 192.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.975;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.042;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:222,0,526 chrXV 1008532 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DP=66;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:597,0,663 chrXV 1008666 . A T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;DP=51;Dels=0.00;FS=1.107;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=5.49;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:310,0,443 chrXV 1008669 . C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.527;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:306,0,401 chrXV 1008905 . G A 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=18;Dels=0.00;FS=3.039;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:50:50,0,212 chrXV 1008945 . A G 160.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.376;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:190,0,106 chrXV 1009187 . A T 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-1.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:40:40,0,92 chrXV 1009233 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.440;DP=27;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:234,0,351 chrXV 1009862 . T C 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=20.85;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1263,138,0 chrXV 1009919 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.754;DP=43;Dels=0.00;FS=1.240;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.308;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:457,0,289 chrXV 1009927 . G T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.447;DP=40;Dels=0.00;FS=7.037;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.438;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:436,0,288 chrXV 1009965 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;DP=47;Dels=0.00;FS=6.632;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:376,0,496 chrXV 1009993 . G A 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=44;Dels=0.00;FS=9.830;HaplotypeScore=4.1458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:185,0,537 chrXV 1010000 . A C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DP=45;Dels=0.00;FS=4.672;HaplotypeScore=7.2691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.320;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:190,0,549 chrXV 1010114 . G A 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DP=67;Dels=0.00;FS=1.053;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,45:67:99:563,0,339 chrXV 1010122 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;DP=62;Dels=0.00;FS=3.872;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.623;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:481,0,440 chrXV 1010322 . T C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=47;Dels=0.00;FS=7.101;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:308,0,534 chrXV 1010424 . A G 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=31;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=3.2582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:31:99:223,0,188 chrXV 1011045 . C T 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=73;Dels=0.00;FS=3.209;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:707,0,494 chrXV 1012127 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=44;Dels=0.00;FS=5.194;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:44:99:496,0,160 chrXV 1012249 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=52;Dels=0.00;FS=2.589;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=5.85;ReadPosRankSum=-2.070;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:334,0,418 chrXV 1012260 . T C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=55;Dels=0.00;FS=2.350;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.110;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:55:99:337,0,399 chrXV 1013077 . G C 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.322;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:58:58,0,117 chrXV 1013328 . T C 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=50;Dels=0.00;FS=2.130;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.293;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:649,0,357 chrXV 1013769 . T G 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;DP=92;Dels=0.00;FS=0.860;HaplotypeScore=11.9272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:865,0,827 chrXV 1014123 . C T 887.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=94;Dels=0.00;FS=0.779;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.429;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:917,0,723 chrXV 1014504 . A G 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;DP=74;Dels=0.00;FS=0.894;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=8.35;ReadPosRankSum=-2.115;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:74:99:648,0,556 chrXV 1014513 . A C 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.486;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:597,0,739 chrXV 1015011 . C T 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.349;DP=67;Dels=0.00;FS=4.883;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:574,0,713 chrXV 1015648 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=62;Dels=0.00;FS=1.179;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.577;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:601,0,407 chrXV 1015982 . C T 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DP=28;Dels=0.00;FS=3.799;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:110,0,315 chrXV 1016006 . G T 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.123;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:37:99:184,0,387 chrXV 1016186 . G C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DP=84;Dels=0.00;FS=2.987;HaplotypeScore=11.1603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.243;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:84:99:709,0,507 chrXV 1016433 . G A 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=39;Dels=0.00;FS=1.279;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:338,0,263 chrXV 1016525 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;DP=54;Dels=0.00;FS=2.329;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.767;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:450,0,496 chrXV 1017530 . A T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DP=64;Dels=0.00;FS=8.863;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.216;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:563,0,544 chrXV 1017579 . A T 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=68;Dels=0.00;FS=3.493;HaplotypeScore=5.5875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:641,0,433 chrXV 1017910 . A G 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=61;Dels=0.00;FS=1.105;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.140;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:521,0,300 chrXV 1017967 . G A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=64;Dels=0.00;FS=5.368;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.899;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.706;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:589,0,285 chrXV 1018000 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.030;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:500,0,307 chrXV 1018180 . T A 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DP=47;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=5.8291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.237;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:271,0,343 chrXV 1018567 . G T 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=30;Dels=0.00;FS=5.636;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.551;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:30:99:306,0,136 chrXV 1018594 . T C 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.630;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:249,0,167 chrXV 1018791 . A G 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=44;Dels=0.00;FS=9.659;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.657;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:44:99:226,0,556 chrXV 1018794 . G A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=45;Dels=0.00;FS=9.445;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.406;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:218,0,494 chrXV 1019013 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DP=63;Dels=0.00;FS=4.825;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.233;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:681,0,542 chrXV 1019036 . C G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;DP=54;Dels=0.00;FS=5.087;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.777;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:381,0,526 chrXV 1019095 . A G 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=53;Dels=0.00;FS=2.857;HaplotypeScore=13.4634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.874;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.292;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,13:53:80:80,0,667 chrXV 1019288 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.317;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:470,0,619 chrXV 1019340 . T G 485.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.816;DP=116;Dels=0.00;FS=0.688;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.799;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.741;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:515,0,1208 chrXV 1019341 . T A 515.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.927;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.215;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:116:99:545,0,1192 chrXV 1019348 . G A 468.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.023;DP=113;Dels=0.00;FS=0.701;HaplotypeScore=8.2274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.850;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.428;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,56:113:99:498,0,1058 chrXV 1019356 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=104;Dels=0.00;FS=3.718;HaplotypeScore=5.1708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.141;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.335;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:104:99:434,0,1040 chrXV 1019407 . A T 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.178;DP=87;Dels=0.00;FS=7.134;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.170;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.430;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:380,0,785 chrXV 1019418 . T C 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DP=73;Dels=0.00;FS=4.642;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.228;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.604;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:289,0,744 chrXV 1019470 . T C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=53;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.840;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:53:99:358,0,459 chrXV 1019650 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.492;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:454,0,234 chrXV 1019659 . C T 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.642;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.747;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:561,0,243 chrXV 1019807 . C T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=44;Dels=0.00;FS=1.981;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:271,0,285 chrXV 1019972 . T A 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;DP=40;Dels=0.00;FS=9.488;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:274,0,267 chrXV 1019981 . T C 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.911;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.400;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:324,0,442 chrXV 1020003 . C T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.172;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:318,0,765 chrXV 1020012 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.069;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.668;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:311,0,790 chrXV 1020058 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DP=75;Dels=0.00;FS=4.767;HaplotypeScore=3.4387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.319;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.696;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:410,0,811 chrXV 1020116 . A G 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.524;DP=51;Dels=0.00;FS=6.096;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.925;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:554,0,475 chrXV 1020132 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=44;Dels=0.00;FS=3.029;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.635;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:503,0,370 chrXV 1020191 . T C 68.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=19;Dels=0.00;FS=5.180;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:98:98,0,190 chrXV 1020208 . C T 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=26;Dels=0.00;FS=2.079;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.661;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:121,0,226 chrXV 1020404 . T C 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.023;DP=107;Dels=0.00;FS=3.932;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.270;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,44:107:99:838,0,1200 chrXV 1020508 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.569;DP=60;Dels=0.00;FS=2.247;HaplotypeScore=5.4001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.098;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:587,0,407 chrXV 1020567 . A G 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=19.72;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1078,117,0 chrXV 1020630 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.720;DP=100;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:100:99:606,0,981 chrXV 1020660 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:696,0,886 chrXV 1020710 . A G 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.266;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.714;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:685,0,694 chrXV 1020807 . C T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=63;Dels=0.00;FS=2.155;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.028;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:472,0,506 chrXV 1020843 . G A 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=70;Dels=0.00;FS=1.975;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:594,0,491 chrXV 1021496 . T C 621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.630;DP=90;Dels=0.00;FS=3.887;HaplotypeScore=8.6440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.994;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:651,0,949 chrXV 1021635 . T C 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.693;DP=85;Dels=0.00;FS=2.989;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,52:85:99:953,0,508 chrXV 1021647 . C T 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.258;DP=85;Dels=0.00;FS=4.213;HaplotypeScore=2.7341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:940,0,611 chrXV 1021914 . T A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.748;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:453,0,599 chrXV 1021923 . G T 1388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=18.51;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1421,156,0 chrXV 1022325 . G A 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=75;Dels=0.00;FS=9.865;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.153;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:75:99:534,0,753 chrXV 1022391 . A G 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;DP=68;Dels=0.00;FS=3.363;HaplotypeScore=7.4800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.166;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:460,0,770 chrXV 1022713 . C G 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.622;DP=58;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:584,0,454 chrXV 1022903 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:557,0,466 chrXV 1023159 . C T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=77;Dels=0.00;FS=1.938;HaplotypeScore=14.8755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.492;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:77:99:533,0,663 chrXV 1023213 . C A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;DP=72;Dels=0.00;FS=10.025;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:437,0,646 chrXV 1023427 . T C 1224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.86;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1257,132,0 chrXV 1023618 . A G 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DP=69;Dels=0.00;FS=2.108;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.383;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:559,0,494 chrXV 1023773 . A T 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DP=98;Dels=0.00;FS=0.757;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.858;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:1031,0,1011 chrXV 1023820 . C T 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=99;Dels=0.00;FS=2.758;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.085;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:99:99:892,0,930 chrXV 1024047 . G T 1954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.01;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1987,216,0 chrXV 1025270 . G A 1448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.135;DP=142;Dels=0.00;FS=0.640;HaplotypeScore=11.1036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.855;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,78:142:99:1478,0,926 chrXV 1025861 . T G 983.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.371;DP=142;Dels=0.00;FS=8.872;HaplotypeScore=10.4886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,70:142:99:1013,0,1445 chrXV 1026427 . A C 2039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=84;Dels=0.00;FS=10.304;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=24.27;ReadPosRankSum=2.391;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2072,222,0 chrXV 1027094 . A G 2305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.016e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2338,258,0 chrXV 1028039 . A T 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.397;DP=70;Dels=0.00;FS=14.926;HaplotypeScore=7.3766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=18.93;ReadPosRankSum=3.865;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:1358,141,0 chrXV 1029127 . C T 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DP=110;Dels=0.00;FS=5.329;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.340;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:919,0,1137 chrXV 1029990 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.545;DP=53;Dels=0.00;FS=2.517;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.654;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:53:99:528,0,340 chrXV 1030315 . C A 1915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.55;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1948,204,0 chrXV 1031126 . T C 2584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=22.28;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2617,297,0 chrXV 1031150 . G A 2065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=21.51;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:2098,228,0 chrXV 1031270 . T C 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=44;Dels=0.00;FS=10.943;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:439,0,444 chrXV 1031520 . A G 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DP=51;Dels=0.00;FS=2.402;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.223;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.512;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:51:99:403,0,498 chrXV 1031564 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.815;DP=39;Dels=0.00;FS=2.693;HaplotypeScore=2.7720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.658;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:99:386,0,358 chrXV 1031632 . C T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DP=41;Dels=0.00;FS=1.435;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:265,0,294 chrXV 1031656 . C T 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DP=61;Dels=0.00;FS=10.654;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.344;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:206,0,501 chrXV 1031662 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=67;Dels=0.00;FS=9.867;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.704;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.046;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:67:99:265,0,538 chrXV 1032017 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;DP=38;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.426;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:38:99:333,0,301 chrXV 1032089 . T C 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=17.50;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:66:99:1188,129,0 chrXV 1032162 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.955;DP=88;Dels=0.01;FS=4.309;HaplotypeScore=10.4814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:87:99:693,0,619 chrXV 1032536 . C A 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.301;DP=92;Dels=0.00;FS=4.102;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:92:99:933,0,647 chrXV 1032788 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DP=79;Dels=0.00;FS=7.640;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:508,0,756 chrXV 1032893 . C T 1083.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=107;Dels=0.00;FS=7.082;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,68:107:99:1113,0,521 chrXV 1032998 . G A 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:68:99:749,0,485 chrXV 1033361 . A T 1158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=109;Dels=0.00;FS=0.753;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=10.62;ReadPosRankSum=1.059;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:109:99:1188,0,959 chrXV 1033439 . T G 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DP=64;Dels=0.00;FS=7.104;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.255;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:587,0,539 chrXV 1033446 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;DP=60;Dels=0.00;FS=5.403;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:530,0,493 chrXV 1033822 . T A 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.491;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.275;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:463,0,937 chrXV 1034495 . T C 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DP=101;Dels=0.00;FS=10.399;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=9.55;ReadPosRankSum=2.287;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:101:99:995,0,876 chrXV 1034555 . T C 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=90;Dels=0.00;FS=0.798;HaplotypeScore=6.6289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.531;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:699,0,886 chrXV 1034579 . A C 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.533;DP=97;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.911;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:97:99:716,0,1108 chrXV 1034658 . T G 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.386;DP=91;Dels=0.00;FS=1.753;HaplotypeScore=10.6035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:797,0,921 chrXV 1035608 . G A 500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.83;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:533,57,0 chrXV 1035771 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;DP=45;Dels=0.00;FS=1.256;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:561,0,219 chrXV 1035923 . T C 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=40;Dels=0.00;FS=6.928;HaplotypeScore=8.4425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.352;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:189,0,371 chrXV 1036646 . C T 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DP=30;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:177,0,380 chrXV 1037514 . A C 492 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=19.68;SB=-6.536e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:57:525,57,0 chrXV 1039264 . C T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:25:99:197,0,207 chrXV 1039474 . T C 2224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=20.22;SB=-1.379e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:110:99:2257,243,0 chrXV 1039586 . A G 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.91;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:57:537,57,0 chrXV 1039786 . A G 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=17.74;ReadPosRankSum=1.678;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:66:99:1204,132,0 chrXV 1039941 . G A 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DP=36;Dels=0.00;FS=1.591;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.527;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:143,0,429 chrXV 1040442 . G A 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DP=39;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=7.4676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:39:99:316,0,297 chrXV 1040499 . C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;DP=28;Dels=0.00;FS=9.436;HaplotypeScore=4.1684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.580;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:157,0,176 chrXV 1040775 . T C 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=45;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.481;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:286,0,317 chrXV 1040793 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=41;Dels=0.00;FS=6.942;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:239,0,352 chrXV 1040868 . G A 131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=27;Dels=0.00;FS=3.771;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:161,0,265 chrXV 1041126 . A T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;DP=68;Dels=0.00;FS=1.164;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.726;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.888;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:539,0,770 chrXV 1041177 . A G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DP=55;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:338,0,608 chrXV 1041384 . C T 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.558;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:233,0,164 chrXV 1041530 . T A 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;DP=36;Dels=0.00;FS=12.225;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.997;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:309,0,347 chrXV 1041571 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;DP=68;Dels=0.00;FS=1.830;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.861;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:611,0,739 chrXV 1041617 . G A 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:67:99:598,0,761 chrXV 1041732 . G A 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;DP=38;Dels=0.00;FS=1.481;HaplotypeScore=3.4062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.624;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:38:99:318,0,456 chrXV 1042440 . A G 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.953;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:18:99:127,0,188 chrXV 1043118 . T C 2332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=22.86;SB=-1.311e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2365,255,0 chrXV 1043121 . G A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=109;Dels=0.00;FS=1.547;HaplotypeScore=8.3492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.307;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.618;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:109:99:916,0,935 chrXV 1043801 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=26;Dels=0.00;FS=3.544;HaplotypeScore=2.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.914;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:26:99:265,0,131 chrXV 1043807 . C T 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.571;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:241,0,155 chrXV 1043837 . A G 120.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DP=26;Dels=0.00;FS=3.653;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:150,0,208 chrXV 1043845 . C T 31.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=30;Dels=0.00;FS=3.352;HaplotypeScore=7.1187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:61:61,0,225 chrXV 1044001 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;DP=41;Dels=0.00;FS=1.368;HaplotypeScore=4.2725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.793;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:369,0,276 chrXV 1044139 . C T 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=31;Dels=0.00;FS=1.446;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:183,0,368 chrXV 1044165 . A G 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;DP=37;Dels=0.00;FS=1.469;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.080;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:149,0,398 chrXV 1044459 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DP=42;Dels=0.00;FS=4.506;HaplotypeScore=4.0973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:42:99:353,0,389 chrXV 1044480 . C T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=35;Dels=0.00;FS=14.921;HaplotypeScore=1.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.583;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:169,0,368 chrXV 1044504 . C T 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=50;Dels=0.00;FS=13.487;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.479;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:226,0,489 chrXV 1044558 . T C 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=44;Dels=0.00;FS=6.813;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:184,0,566 chrXV 1044705 . T C 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;DP=99;Dels=0.00;FS=3.942;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,37:99:99:636,0,1183 chrXV 1044933 . G A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=70;Dels=0.00;FS=1.950;HaplotypeScore=7.3495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:632,0,592 chrXV 1044950 . A G 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.782;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.037;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:474,0,889 chrXV 1044959 . G T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DP=88;Dels=0.00;FS=0.790;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:587,0,768 chrXV 1045086 . C A 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.094;DP=101;Dels=0.00;FS=0.753;HaplotypeScore=5.6352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.879;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.775;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:101:99:869,0,868 chrXV 1045111 . T C 987.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.452;DP=109;Dels=0.00;FS=2.524;HaplotypeScore=4.1358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:109:99:1017,0,795 chrXV 1045139 . C T 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.820;DP=97;Dels=0.00;FS=8.207;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=3.930;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:708,0,918 chrXV 1045263 . T A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DP=100;Dels=0.01;FS=1.660;HaplotypeScore=5.7884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.261;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.172;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:567,0,857 chrXV 1045264 . A T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.226;DP=98;Dels=0.00;FS=5.174;HaplotypeScore=5.7884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.958;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.411;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:573,0,789 chrXV 1045298 . C G 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;DP=86;Dels=0.00;FS=0.846;HaplotypeScore=5.6740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:86:99:613,0,925 chrXV 1045483 . C T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=103;Dels=0.00;FS=25.043;HaplotypeScore=53.4131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.531;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:776,0,887 chrXV 1045508 . T G 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.902;DP=91;Dels=0.00;FS=12.383;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.09;MQ0=0;MQRankSum=-4.214;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:91:99:538,0,765 chrXV 1045703 . A C 2797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=120;Dels=0.00;FS=3.549;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.703;SB=-1.360e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:120:99:2830,306,0 chrXV 1046300 . T C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:258,0,565 chrXV 1048800 . C T 1080.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DP=96;Dels=0.00;FS=7.818;HaplotypeScore=7.4382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.471;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,62:96:99:1110,0,447 chrXV 1048836 . T C 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DP=99;Dels=0.00;FS=20.348;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,36:99:99:666,0,1276 chrXV 1048841 . G A 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=97;Dels=0.00;FS=19.940;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:97:99:635,0,1227 chrXV 1048886 . A G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;DP=75;Dels=0.00;FS=3.595;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:75:99:776,0,660 chrXV 1048953 . T C 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:465,0,433 chrXV 1048990 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.782;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:46:99:332,0,494 chrXV 1049114 . G A 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DP=81;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=9.2897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:630,0,772 chrXV 1049129 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;DP=69;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=7.0585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:443,0,704 chrXV 1049431 . T C 1195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DP=133;Dels=0.00;FS=2.185;HaplotypeScore=4.2796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,62:133:99:1225,0,1415 chrXV 1049566 . T G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.985;DP=46;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.125;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:415,0,432 chrXV 1049615 . G A 1058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=24.05;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1091,114,0 chrXV 1050023 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=46;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:367,0,361 chrXV 1050150 . G C 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:57:140,0,57 chrXV 1050311 . G T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=33;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:256,0,257 chrXV 1050335 . C T 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:246,0,210 chrXV 1050536 . C T 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:27:99:228,0,226 chrXV 1050809 . T C 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=73;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.980;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:408,0,945 chrXV 1050821 . A G 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.284;DP=72;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=4.24;ReadPosRankSum=-2.475;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:72:99:335,0,884 chrXV 1051096 . C G 1763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;DP=193;Dels=0.00;FS=9.450;HaplotypeScore=7.0344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.679;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,96:193:99:1793,0,1873 chrXV 1051162 . G A 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.786;DP=94;Dels=0.00;FS=2.773;HaplotypeScore=4.2959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.360;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,59:94:99:1090,0,563 chrXV 1051227 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DP=55;Dels=0.00;FS=3.749;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.711;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:444,0,462 chrXV 1051260 . G A 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=57;Dels=0.00;FS=14.808;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:386,0,547 chrXV 1051284 . C T 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=53;Dels=0.00;FS=7.679;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:53:99:422,0,464 chrXV 1051487 . A G 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.723;DP=63;Dels=0.00;FS=9.260;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:501,0,585 chrXV 1051958 . C G 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:27:99:110,0,290 chrXV 1051994 . C T 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=34;Dels=0.00;FS=9.064;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.102;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:34:99:135,0,407 chrXV 1052051 . T A 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.864;DP=35;Dels=0.00;FS=1.344;HaplotypeScore=6.8433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.109;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:76:76,0,301 chrXV 1052057 . C T 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;DP=36;Dels=0.00;FS=4.646;HaplotypeScore=9.2872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.028;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.490;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:139,0,189 chrXV 1052288 . A C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DP=53;Dels=0.00;FS=3.551;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:429,0,681 chrXV 1052360 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=38;Dels=0.00;FS=1.463;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:325,0,427 chrXV 1052408 . G A 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.783;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:23:80:80,0,340 chrXV 1052591 . C T 1262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.526;DP=142;Dels=0.00;FS=6.507;HaplotypeScore=12.4982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=8.89;ReadPosRankSum=-2.201;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,71:142:99:1292,0,1350 chrXV 1052746 . G A 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.261;DP=124;Dels=0.01;FS=3.350;HaplotypeScore=15.9651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,62:123:99:1105,0,1074 chrXV 1052869 . A C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=102;Dels=0.00;FS=9.599;HaplotypeScore=5.6594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.651;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:102:99:710,0,1071 chrXV 1052900 . A T 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=139;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=6.0047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.457;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,60:139:99:918,0,1427 chrXV 1053054 . C T 1016.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.434;DP=112;Dels=0.00;FS=2.560;HaplotypeScore=14.5675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.496;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:112:99:1046,0,895 chrXV 1053103 . A T 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.291;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:858,0,866 chrXV 1053174 . G A 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=70;Dels=0.00;FS=2.053;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:487,0,758 chrXV 1053290 . C T 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.718;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:83:99:573,0,919 chrXV 1053371 . C T 230.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=37;Dels=0.03;FS=22.252;HaplotypeScore=14.8345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.020;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.328;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:36:99:260,0,347 chrXV 1053378 . T C 190.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;DP=36;Dels=0.00;FS=13.424;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.224;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.060;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:220,0,390 chrXV 1053380 . G T 206.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=36;Dels=0.00;FS=13.936;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.119;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.380;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:236,0,332 chrXV 1053408 . C T 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.339;DP=30;Dels=0.03;FS=3.163;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.109;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:255,0,237 chrXV 1053414 . T A 218.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DP=27;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.081;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:248,0,202 chrXV 1053494 . T A 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:249,0,483 chrXV 1053511 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.311;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.574;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:218,0,551 chrXV 1053754 . A T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DP=56;Dels=0.00;FS=2.437;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:434,0,566 chrXV 1053855 . T C 551.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=40;Dels=0.00;FS=4.260;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.307;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:581,0,279 chrXV 1054666 . C T 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.602;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.523;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,25:73:99:392,0,933 chrXV 1055325 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DP=77;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=5.2837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=5.91;ReadPosRankSum=-2.054;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:485,0,623 chrXV 1055396 . G A 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.895;DP=112;Dels=0.00;FS=4.728;HaplotypeScore=12.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.915;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.649;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,60:112:99:735,0,637 chrXV 1055399 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DP=115;Dels=0.00;FS=3.423;HaplotypeScore=12.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.489;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.760;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:115:99:685,0,817 chrXV 1055484 . G A 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=138;Dels=0.00;FS=4.057;HaplotypeScore=21.0892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.658;SB=-5.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,63:138:99:1038,0,1147 chrXV 1055524 . T C 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DP=120;Dels=0.00;FS=20.218;HaplotypeScore=7.6338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.133;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,50:120:99:793,0,1059 chrXV 1055525 . T C 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;DP=122;Dels=0.00;FS=20.073;HaplotypeScore=7.6338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.187;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:122:99:771,0,1004 chrXV 1055775 . A C 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;DP=127;Dels=0.00;FS=3.223;HaplotypeScore=6.4029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,62:127:99:978,0,1352 chrXV 1055801 . G A 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.584;DP=139;Dels=0.00;FS=1.370;HaplotypeScore=10.1293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.002;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,70:139:99:1075,0,1274 chrXV 1055838 . C T 1563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DP=166;Dels=0.00;FS=1.229;HaplotypeScore=16.9369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.378;SB=-9.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,91:166:99:1593,0,1412 chrXV 1055878 . G A 1547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;DP=164;Dels=0.00;FS=9.352;HaplotypeScore=12.5327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,92:164:99:1577,0,1287 chrXV 1055920 . A G 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.424;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.445;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,67:144:99:1148,0,1278 chrXV 1056175 . A C 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.442;DP=112;Dels=0.00;FS=3.671;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:799,0,1161 chrXV 1056183 . T C 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DP=114;Dels=0.00;FS=1.588;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.094;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:114:99:781,0,1108 chrXV 1056258 . C T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;DP=69;Dels=0.00;FS=6.264;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.776;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:567,0,323 chrXV 1056279 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.287;DP=61;Dels=0.00;FS=6.282;HaplotypeScore=5.5272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.704;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:61:99:517,0,300 chrXV 1056327 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=58;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:310,0,412 chrXV 1056358 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DP=52;Dels=0.00;FS=4.096;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.333;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:601,0,363 chrXV 1056441 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DP=92;Dels=0.00;FS=4.156;HaplotypeScore=9.7022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.117;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:627,0,603 chrXV 1056567 . C T 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=47;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=3.4684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:347,0,403 chrXV 1056618 . T C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DP=48;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:429,0,481 chrXV 1056651 . T C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;DP=42;Dels=0.00;FS=1.149;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:233,0,452 chrXV 1056782 . C T 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=50;Dels=0.00;FS=1.186;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:411,0,489 chrXV 1056819 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:40:99:229,0,328 chrXV 1056939 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=47;Dels=0.00;FS=4.094;HaplotypeScore=7.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.765;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.396;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:412,0,304 chrXV 1056959 . A C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;DP=39;Dels=0.00;FS=8.042;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.738;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:393,0,180 chrXV 1056993 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.218;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,31:46:99:517,0,180 chrXV 1057081 . T C 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DP=47;Dels=0.00;FS=4.265;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:366,0,539 chrXV 1057321 . C T 1080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=20.38;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1113,117,0 chrXV 1057656 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DP=74;Dels=0.00;FS=1.139;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.941;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:755,0,355 chrXV 1058421 . T A 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;DP=128;Dels=0.00;FS=2.484;HaplotypeScore=9.6558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.999;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,73:128:99:831,0,938 chrXV 1058494 . G A 1023.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:1053,0,749 chrXV 1058538 . A G 854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=67;Dels=0.00;FS=2.452;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.193;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,42:67:99:884,0,419 chrXV 1058568 . A G 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.007;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,43:65:99:910,0,340 chrXV 1058627 . T G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=71;Dels=0.00;FS=3.939;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:71:99:781,0,465 chrXV 1058644 . C T 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DP=80;Dels=0.00;FS=4.162;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.289;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:80:99:839,0,488 chrXV 1058657 . G A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;DP=74;Dels=0.00;FS=2.550;HaplotypeScore=2.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.003;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:776,0,453 chrXV 1058775 . T C 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;DP=43;Dels=0.00;FS=3.303;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:249,0,379 chrXV 1058791 . A G 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=52;Dels=0.00;FS=3.114;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.509;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:291,0,454 chrXV 1058834 . A G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;DP=63;Dels=0.00;FS=4.963;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=2.337;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:363,0,424 chrXV 1058868 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:329,0,260 chrXV 1058977 . G C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.072;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:485,0,245 chrXV 1059193 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DP=31;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.912;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:186,0,410 chrXV 1059223 . T C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:241,0,491 chrXV 1059320 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=47;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.717;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:446,0,288 chrXV 1059487 . C T 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:64:99:438,0,773 chrXV 1059502 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:294,0,758 chrXV 1059558 . A G 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=59;Dels=0.00;FS=3.824;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=8.51;ReadPosRankSum=2.300;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:532,0,586 chrXV 1059625 . C T 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:416,0,629 chrXV 1059872 . C A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.558;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:100:99:611,0,1068 chrXV 1059890 . C A 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=85;Dels=0.00;FS=2.170;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.336;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.474;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,30:85:99:408,0,1034 chrXV 1060089 . A G 654.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.265;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-7.304;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:121:99:684,0,1185 chrXV 1060103 . G A 773.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.260;DP=157;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.36;MQ0=0;MQRankSum=-8.970;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,69:156:99:803,0,1575 chrXV 1060135 . C T 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=18.76;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2134,231,0 chrXV 1060136 . A G 413.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-8.393;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,42:112:99:443,0,1299 chrXV 1060239 . T C 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:533,0,321 chrXV 1063451 . G A 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=42;Dels=0.00;FS=11.439;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:273,0,401 chrXV 1063724 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.222;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:632,0,865 chrXV 1063841 . A G 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=94;Dels=0.00;FS=3.081;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.922;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:272,0,747 chrXV 1063847 . G A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQ0=0;MQRankSum=-6.370;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.277;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:295,0,764 chrXV 1063895 . C T 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.620;DP=94;Dels=0.00;FS=4.633;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=3.123;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:998,0,405 chrXV 1063956 . T C 1303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=128;Dels=0.00;FS=13.583;HaplotypeScore=13.8079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.461;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,66:128:99:1333,0,987 chrXV 1064085 . G A 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;DP=85;Dels=0.00;FS=2.967;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:943,0,784 chrXV 1064163 . G A 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;DP=82;Dels=0.00;FS=1.048;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.138;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.399;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:811,0,562 chrXV 1064229 . A G 1231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DP=143;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.140;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.760;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,68:142:99:1261,0,1055 chrXV 1064267 . T C 1169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.385;DP=144;Dels=0.00;FS=7.453;HaplotypeScore=13.4989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,74:144:99:1199,0,1360 chrXV 1064342 . G A 1164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.728;DP=131;Dels=0.00;FS=1.403;HaplotypeScore=9.8103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,64:131:99:1194,0,1188 chrXV 1064573 . T G 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=79;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=10.28;ReadPosRankSum=2.006;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:79:99:842,0,521 chrXV 1064897 . C T 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=81;Dels=0.00;FS=5.989;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:686,0,620 chrXV 1064921 . A G 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=71;Dels=0.00;FS=10.882;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.043;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:71:99:359,0,664 chrXV 1064926 . C T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=62;Dels=0.00;FS=7.354;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:379,0,437 chrXV 1064995 . A T 136.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=61;Dels=0.00;FS=8.134;HaplotypeScore=2.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.711;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.889;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:166,0,414 chrXV 1064997 . T C 117.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=61;Dels=0.00;FS=8.134;HaplotypeScore=2.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.885;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.527;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:147,0,367 chrXV 1064999 . G A 136.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;DP=61;Dels=0.00;FS=8.134;HaplotypeScore=3.5441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.435;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.455;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:166,0,368 chrXV 1065024 . A G 78.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DP=57;Dels=0.00;FS=7.204;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.229;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:108,0,526 chrXV 1065055 . A G 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.499;DP=50;Dels=0.00;FS=6.230;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.161;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:55:55,0,616 chrXV 1065064 . C T 40.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=51;Dels=0.00;FS=6.040;HaplotypeScore=3.4356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=-5.024;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:70:70,0,603 chrXV 1065089 . G A 130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.790;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.269;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:65:99:160,0,744 chrXV 1065111 . C G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DP=70;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.018;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:411,0,701 chrXV 1065304 . G A 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=48;Dels=0.00;FS=1.141;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.016;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.499;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:381,0,348 chrXV 1065320 . C T 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=42;Dels=0.00;FS=6.816;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.900;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:274,0,353 chrXV 1065362 . A T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;DP=65;Dels=0.00;FS=13.538;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:517,0,548 chrXV 1065393 . T A 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=81;Dels=0.00;FS=3.031;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.262;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:671,0,756 chrXV 1065461 . A G 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.248;DP=110;Dels=0.00;FS=0.709;HaplotypeScore=7.4183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.129;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:110:99:959,0,1069 chrXV 1065620 . T A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.236;DP=70;Dels=0.00;FS=15.301;HaplotypeScore=4.1521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.787;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:847,0,496 chrXV 1065668 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=65;Dels=0.00;FS=0.969;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.692;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.523;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:650,0,490 chrXV 1065772 . T C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DP=62;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=7.94;ReadPosRankSum=3.088;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:522,0,724 chrXV 1065927 . G T 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=152;Dels=0.00;FS=8.026;HaplotypeScore=394.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.859;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.380;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,86:152:99:619,0,1378 chrXV 1065976 . A G 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=164;Dels=0.00;FS=13.629;HaplotypeScore=7.3243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.949;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,90:164:99:843,0,1392 chrXV 1065987 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.355;DP=161;Dels=0.00;FS=21.817;HaplotypeScore=5.0494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=-7.894;QD=3.25;ReadPosRankSum=-2.938;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,90:161:99:553,0,1693 chrXV 1065998 . C T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=142;Dels=0.00;FS=12.904;HaplotypeScore=5.2572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.69;MQ0=0;MQRankSum=-7.591;QD=3.22;ReadPosRankSum=-2.544;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,79:142:99:487,0,1457 chrXV 1066047 . A G 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.863;DP=81;Dels=0.00;FS=5.327;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQ0=0;MQRankSum=-7.453;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:188,0,722 chrXV 1066049 . A G 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=80;Dels=0.00;FS=5.150;HaplotypeScore=26.3419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQ0=0;MQRankSum=-7.700;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:176,0,738 chrXV 1066080 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DP=81;Dels=0.00;FS=3.319;HaplotypeScore=10.9403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.713;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:81:99:236,0,716 chrXV 1066174 . T C 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.558;DP=118;Dels=0.00;FS=5.703;HaplotypeScore=12.5874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.484;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,59:118:99:1078,0,1054 chrXV 1066392 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=83;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.842;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:83:99:571,0,700 chrXV 1066421 . A G 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.888;DP=83;Dels=0.00;FS=4.266;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.633;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:83:99:447,0,910 chrXV 1068545 . T A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=62;Dels=0.00;FS=5.162;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.292;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:636,0,504 chrXV 1068722 . G A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.266;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:606,0,760 chrXV 1069026 . C A 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.190;DP=106;Dels=0.00;FS=1.559;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.113;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:106:99:918,0,1007 chrXV 1069076 . A G 1000.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.356;DP=110;Dels=0.00;FS=3.086;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:1030,0,1188 chrXV 1069113 . G A 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=114;Dels=0.00;FS=3.106;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.282;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:114:99:1107,0,1140 chrXV 1069278 . G A 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=107;Dels=0.00;FS=2.612;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:876,0,1050 chrXV 1069372 . C T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.360;DP=98;Dels=0.00;FS=5.328;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.389;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:692,0,1014 chrXV 1069379 . C T 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.679;DP=104;Dels=0.00;FS=5.375;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:104:99:727,0,1039 chrXV 1069504 . A G 1994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.464;DP=211;Dels=0.00;FS=7.706;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.832;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,110:211:99:2024,0,2040 chrXV 1069590 . A T 461.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.984;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:491,0,809 chrXV 1069591 . T A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;DP=84;Dels=0.00;FS=4.154;HaplotypeScore=8.4712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:451,0,778 chrXV 1069608 . C G 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;DP=68;Dels=0.00;FS=3.208;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.933;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:542,0,594 chrXV 1069696 . C T 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:645,0,562 chrXV 1070364 . A G 574.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;DP=142;Dels=0.00;FS=36.042;HaplotypeScore=15.6917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQ0=5;MQRankSum=-8.815;QD=4.04;ReadPosRankSum=2.248;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,56:142:99:604,0,1568 chrXV 1070370 . T A 579.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.206;DP=137;Dels=0.00;FS=42.771;HaplotypeScore=15.8771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=5;MQRankSum=-9.655;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.991;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,56:137:99:609,0,1468 chrXV 1070614 . T G 21.04 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;DP=53;Dels=0.00;FS=5.684;HaplotypeScore=5.1092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.688;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.395;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:51:51,0,648 chrXV 1070618 . G C 15.14 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.300;DP=57;Dels=0.00;FS=3.969;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.34;MQ0=0;MQRankSum=-4.848;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.744;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:57:45:45,0,681 chrXV 1070622 . G A 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.808;DP=55;Dels=0.00;FS=5.825;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.733;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.166;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:44:44,0,677 chrXV 1070645 . C G 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DP=50;Dels=0.00;FS=4.290;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.956;QD=0.32;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-4.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:50:46:46,0,707 chrXV 1070834 . G A 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=50;Dels=0.00;FS=5.221;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.335;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:158,0,750 chrXV 1070850 . C A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=49;Dels=0.00;FS=9.763;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-5.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.565;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:49:99:225,0,626 chrXV 1070955 . C G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=58;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.18;MQ0=1;MQRankSum=-6.098;QD=5.74;ReadPosRankSum=2.011;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:363,0,539 chrXV 1070965 . G T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.643;DP=57;Dels=0.02;FS=2.239;HaplotypeScore=3.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQ0=1;MQRankSum=-6.072;QD=5.04;ReadPosRankSum=2.359;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:56:99:317,0,499 chrXV 1071676 . C T 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=112;Dels=0.00;FS=18.038;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.52;MQ0=31;MQRankSum=-0.791;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.187;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,16:112:79:79,0,815 chrXV 1072243 . C T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=11.50;MQ0=47;MQRankSum=-0.265;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.053;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,13:75:48:48,0,145 chrXV 1072515 . T C 158.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=39;Dels=0.00;FS=4.669;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.43;MQ0=15;MQRankSum=-0.155;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:188,0,278 chrXV 1072891 . G A 109.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.61;MQ0=10;QD=6.43;SB=-2.044e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:15:142,15,0 chrXV 1074311 . G A 21.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.76;MQ0=0;QD=5.45;SB=-2.276e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:53,6,0 chrXV 1074443 . A G 95.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.84;MQ0=3;QD=9.53;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:15:128,15,0 chrXV 1074706 . C T 16.14 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=8;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.24;MQ0=2;MQRankSum=1.380;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.720;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:19:46,0,19 chrXV 1074721 . A G 48.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.08;MQ0=4;QD=5.44;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:9:81,9,0 chrXV 1074725 . A G 53.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.97;MQ0=3;QD=6.75;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9:86,9,0 chrXV 1074746 . C T 57.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.49;MQ0=5;QD=5.80;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:9:90,9,0 chrXV 1074803 . A G 96.26 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.98;MQ0=8;QD=6.88;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:15:129,15,0 chrXV 1074980 . C A 131.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.25;MQ0=10;MQRankSum=0.468;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.318;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:161,0,189 chrXV 1075223 . C T 44.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.772;DP=39;Dels=0.00;FS=18.677;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.51;MQ0=1;MQRankSum=4.554;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-2.497e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,15:39:9:77,9,0 chrXV 1075226 . C T 18.12 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;DP=42;Dels=0.00;FS=10.503;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.50;MQ0=1;MQRankSum=3.667;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.380;SB=-2.852e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:42:17:48,0,17 chrXV 1075245 . A G 227 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.17;MQ0=16;QD=4.13;SB=-2.802e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:30:260,30,0 chrXV 1075521 . A G 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.92;MQ0=1;MQRankSum=1.621;QD=19.45;ReadPosRankSum=1.621;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:33:75:675,75,0 chrXV 1075581 . T C 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.06;MQ0=1;QD=17.97;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1363,150,0 chrXV 1075593 . C G 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.88;MQ0=1;QD=15.74;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:70:99:1135,123,0 chrXV 1075610 . T C 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.28;MQ0=0;QD=17.31;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1366,150,0 chrXV 1075718 . G T 181.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.35;MQ0=1;QD=13.93;SB=-5.303e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24:214,24,0 chrXV 1075901 . A G 209.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=13.06;ReadPosRankSum=2.143;SB=-2.272e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:27:242,27,0 chrXV 1077340 . A G 44.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.161;DP=131;Dels=0.00;FS=2.766;HaplotypeScore=8.6613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.63;MQ0=39;MQRankSum=-0.220;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.447;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,20:131:74:74,0,1543 chrXV 1077385 . C T 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=163;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.33;MQ0=45;MQRankSum=0.928;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,32:163:99:255,0,1635 chrXV 1077431 . T C 994 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.88;MQ0=48;QD=9.04;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:1027,114,0 chrXV 1078011 . A G 335.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=56;Dels=0.00;FS=2.144;HaplotypeScore=3.2371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:56:99:365,0,270 chrXV 1078080 . A G 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.45;MQ0=7;MQRankSum=0.268;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,21:71:99:255,0,697 chrXV 1078198 . T A 65.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;DP=27;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.52;MQ0=4;MQRankSum=1.427;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:95:95,0,173 chrXV 1078444 . C T 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=55;Dels=0.00;FS=2.216;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.92;MQ0=40;MQRankSum=2.021;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,14:55:99:114,0,107 chrXV 1078930 . G A 66.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.67;MQ0=9;MQRankSum=0.922;QD=3.88;ReadPosRankSum=2.017;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:36:96,0,36 chrXV 1078958 . C T 223.19 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=5;MQRankSum=1.519;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:8:255,8,0 chrXV 1079195 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;DP=131;Dels=0.00;FS=5.290;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=1.943;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.379;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,33:131:99:460,0,1941 chrXV 1079730 . G A 414.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.97;MQ0=37;MQRankSum=0.122;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,35:121:99:444,0,656 chrXV 1079816 . G T 1833 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.49;MQ0=24;QD=14.66;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:125:99:1866,195,0 chrXV 1079904 . T C 433 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.03;MQ0=41;QD=6.56;SB=-6.584e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:51:466,51,0 chrXVI 6830 . C T 23.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.24;MQ0=0;QD=11.89;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:55,6,0 chrXVI 6850 . G T 37.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.62;MQ0=2;MQRankSum=-1.638;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:67:67,0,97 chrXVI 6856 . G C 34.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.62;MQ0=2;MQRankSum=1.221;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:64:64,0,88 chrXVI 6905 . T C 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.83;MQ0=4;MQRankSum=1.754;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:71:73,0,71 chrXVI 7115 . A T 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.12;MQ0=15;MQRankSum=0.406;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.537;SB=-6.485e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:42:42,0,48 chrXVI 7122 . T C 80.51 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.34;MQ0=12;QD=4.47;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:18:12:113,12,0 chrXVI 7125 . T A 12.27 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.81;MQ0=11;MQRankSum=-0.988;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.406;SB=-6.547e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:42:42,0,49 chrXVI 7130 . A G 14.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.81;MQ0=11;MQRankSum=0.406;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.988;SB=-6.573e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:44:44,0,46 chrXVI 7142 . T C 16.11 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.71;MQ0=11;MQRankSum=-1.754;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.550;SB=-6.247e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:39:46,0,39 chrXVI 7148 . A T 20.08 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.33;MQ0=10;MQRankSum=-0.720;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.000;SB=0.027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:16:18:50,0,18 chrXVI 7151 . C A 18.12 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.90;MQ0=9;MQRankSum=-0.720;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.000;SB=0.036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:17:48,0,17 chrXVI 7152 . A G 17.13 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.90;MQ0=9;MQRankSum=-0.988;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.406;SB=-4.073e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:18:47,0,18 chrXVI 7159 . C T 36.14 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.29;MQ0=7;MQRankSum=0.720;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-1.409e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:12:66,0,12 chrXVI 7164 . T C 77.51 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.98;MQ0=3;QD=8.61;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:12:110,12,0 chrXVI 7165 . C T 45.04 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.32;MQ0=2;MQRankSum=0.736;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.736;SB=0.027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:18:75,0,18 chrXVI 11330 . C A 57.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.33;MQ0=26;QD=2.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:9:90,9,0 chrXVI 11335 . T C 53.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.02;MQ0=28;QD=1.74;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,6:31:9:86,9,0 chrXVI 11402 . G C 594 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.91;MQ0=41;QD=9.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,26:66:66:627,66,0 chrXVI 11491 . C T 64.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.09;MQ0=38;QD=1.55;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,9:42:9:97,9,0 chrXVI 11741 . G A 377 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.56;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:42:410,42,0 chrXVI 11748 . C A 246 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.53;MQ0=0;QD=15.38;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30:279,30,0 chrXVI 11749 . T G 240 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.96;MQ0=0;QD=14.12;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:30:273,30,0 chrXVI 12215 . C T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=6.43;MQ0=80;MQRankSum=-0.361;QD=0.13;ReadPosRankSum=0.361;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,17:89:41:41,0,41 chrXVI 13200 . G A 16.85 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.16;MQ0=2;QD=4.21;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:6:48,6,0 chrXVI 13203 . C T 27.77 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.16;MQ0=2;QD=6.94;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6:59,6,0 chrXVI 13207 . A G 25.78 LowQual;SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=2;QD=5.16;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:6:57,6,0 chrXVI 14002 . G C 64.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DP=78;Dels=0.00;FS=5.437;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.28;MQ0=33;MQRankSum=-0.654;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.038;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,17:78:94:94,0,479 chrXVI 14049 . T C 101.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;DP=108;Dels=0.00;FS=13.400;HaplotypeScore=11.6500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.17;MQ0=21;MQRankSum=-1.680;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.755;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,22:108:99:131,0,1149 chrXVI 14361 . C T 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;DP=195;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.12;MQ0=11;MQRankSum=-0.141;QD=0.16;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,30:195:62:62,0,3268 chrXVI 14366 . C T 1927.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=200;Dels=0.00;FS=3.775;HaplotypeScore=31.6726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.62;MQ0=10;MQRankSum=-2.064;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.212;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,120:200:99:1957,0,1281 chrXVI 14379 . A G 2572.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=248;Dels=0.00;FS=2.377;HaplotypeScore=17.8017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.36;MQ0=8;MQRankSum=-1.718;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.697;SB=-1.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,148:248:99:2602,0,1683 chrXVI 14667 . G T 602.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DP=237;Dels=0.00;FS=21.650;HaplotypeScore=10.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=1.719;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.770;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,46:237:99:632,0,3604 chrXVI 14802 . A G 383.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;DP=302;Dels=0.00;FS=2.483;HaplotypeScore=12.5529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.76;MQ0=6;MQRankSum=-1.199;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:246,56:302:99:413,0,4057 chrXVI 14828 . T A 3864.01 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=328;Dels=0.00;FS=8.470;HaplotypeScore=35.9419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.83;MQ0=26;MQRankSum=1.597;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.856;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,267:328:99:3864,294,0 chrXVI 14947 . C A 779.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=281;Dels=0.00;FS=1.127;HaplotypeScore=19.6309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.52;MQ0=17;MQRankSum=1.742;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,72:281:99:809,0,3019 chrXVI 15039 . G T 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.982;DP=177;Dels=0.00;FS=8.009;HaplotypeScore=9.9070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=1;MQRankSum=0.537;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,69:177:99:1075,0,2270 chrXVI 15224 . A G 183.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;DP=111;Dels=0.00;FS=12.898;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.61;MQ0=12;MQRankSum=-0.386;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,20:111:99:213,0,1353 chrXVI 15372 . G T 456.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.100;DP=151;Dels=0.00;FS=0.695;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.67;MQ0=4;MQRankSum=0.652;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,41:151:99:486,0,1818 chrXVI 15669 . C A 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.609;DP=85;Dels=0.00;FS=9.799;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.989;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:559,0,817 chrXVI 15762 . C A 625 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.80;MQ0=8;QD=11.16;SB=-6.520e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:69:658,69,0 chrXVI 16068 . A T 52.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=23;Dels=0.00;FS=1.740;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.57;MQ0=2;MQRankSum=-0.424;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.424;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:82:82,0,160 chrXVI 16098 . G T 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=25;Dels=0.00;FS=1.913;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.49;MQ0=7;MQRankSum=-0.251;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.457;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:87:87,0,115 chrXVI 16314 . G A 71.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DP=85;Dels=0.00;FS=1.118;HaplotypeScore=5.5821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=5;MQRankSum=1.573;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,14:85:99:101,0,1333 chrXVI 16372 . G A 80.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;DP=61;Dels=0.00;FS=6.082;HaplotypeScore=56.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQ0=3;MQRankSum=2.046;QD=1.31;ReadPosRankSum=-2.681;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,10:61:99:110,0,490 chrXVI 16454 . T A 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.329;DP=37;Dels=0.00;FS=1.675;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.22;MQ0=2;MQRankSum=0.051;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-3.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:197,0,422 chrXVI 16482 . G A 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.53;MQ0=6;MQRankSum=-0.802;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.674;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,9:51:59:59,0,778 chrXVI 16500 . A G 1206 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=56;Dels=0.00;FS=13.711;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.02;MQ0=9;MQRankSum=-1.732;QD=21.54;ReadPosRankSum=1.659;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1239,135,0 chrXVI 16802 . A C 104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;DP=51;Dels=0.00;FS=1.250;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.200;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,13:51:99:134,0,792 chrXVI 16827 . T A 108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=55;Dels=0.00;FS=1.368;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,10:55:99:138,0,793 chrXVI 16950 . T C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=217;Dels=0.01;FS=4.235;HaplotypeScore=81.5109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.80;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.396;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,39:215:94:94,0,1536 chrXVI 16980 . T A 2425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=230;Dels=0.00;FS=0.634;HaplotypeScore=58.4946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,181:230:99:2455,0,357 chrXVI 17345 . G A 3228.29 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=255;Dels=0.00;FS=5.545;HaplotypeScore=16.4416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.247;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,162:255:99:3258,0,1511 chrXVI 17412 . A T 3220.05 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=246;Dels=0.00;FS=7.862;HaplotypeScore=25.3496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=2.803;QD=13.09;ReadPosRankSum=-1.980;SB=-1.545e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,168:246:99:3250,0,1321 chrXVI 17634 . T G 3460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;DP=213;Dels=0.00;FS=4.188;HaplotypeScore=12.8145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=1;MQRankSum=0.231;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.705;SB=-1.908e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,170:213:99:3460,0,309 chrXVI 17787 . C T 2440.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.713;DP=242;Dels=0.00;FS=7.507;HaplotypeScore=27.5382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.85;MQ0=8;MQRankSum=-2.957;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,134:242:99:2470,0,1848 chrXVI 18379 . T G 328.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;DP=85;Dels=0.01;FS=3.859;HaplotypeScore=13.4146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.79;MQ0=10;MQRankSum=1.175;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,20:84:99:358,0,1008 chrXVI 18942 . C G 54.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.14;MQ0=6;QD=5.00;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:11:9:87,9,0 chrXVI 19105 . G A 199.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.48;MQ0=53;MQRankSum=-0.244;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.937;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,26:98:99:229,0,620 chrXVI 19196 . G A 144.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.50;MQ0=35;MQRankSum=0.261;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.011;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,17:85:99:174,0,965 chrXVI 19271 . A G 379.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DP=88;Dels=0.00;FS=2.996;HaplotypeScore=24.7145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.56;MQ0=7;MQRankSum=2.678;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.249;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,26:88:99:409,0,1106 chrXVI 19275 . A G 216.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.53;MQ0=7;MQRankSum=-1.297;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,21:84:99:246,0,1153 chrXVI 19354 . C T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=100;Dels=0.00;FS=3.475;HaplotypeScore=11.5566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.84;MQ0=2;MQRankSum=1.150;QD=1.99;ReadPosRankSum=-2.224;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,21:100:99:229,0,1590 chrXVI 19476 . G C 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.779;DP=170;Dels=0.00;FS=4.472;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=1.820;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.265;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,44:170:99:645,0,2593 chrXVI 19555 . G T 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;DP=129;Dels=0.00;FS=4.033;HaplotypeScore=9.8162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.609;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,32:129:99:316,0,1948 chrXVI 19561 . G T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=124;Dels=0.00;FS=1.874;HaplotypeScore=10.0422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.371;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,26:124:99:231,0,2019 chrXVI 19582 . C T 1776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DP=126;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=13.5600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-6.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,94:126:99:1806,0,469 chrXVI 19968 . G A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.447;DP=96;Dels=0.00;FS=4.503;HaplotypeScore=16.2095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.255;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,27:96:99:374,0,934 chrXVI 19969 . T A 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.632;DP=96;Dels=0.00;FS=6.011;HaplotypeScore=18.2769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.247;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,27:96:99:391,0,982 chrXVI 20668 . G A 2490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DP=180;Dels=0.00;FS=1.418;HaplotypeScore=50.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,136:180:99:2520,0,556 chrXVI 20670 . A C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;DP=189;Dels=0.00;FS=7.890;HaplotypeScore=57.3657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.052;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,45:189:99:512,0,2595 chrXVI 20683 . A T 1936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=198;Dels=0.00;FS=3.249;HaplotypeScore=10.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.876;SB=-9.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,109:198:99:1966,0,1471 chrXVI 20725 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.589;DP=190;Dels=0.00;FS=5.293;HaplotypeScore=18.0737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.072;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,42:190:99:411,0,2748 chrXVI 21234 . T C 1454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=181;Dels=0.00;FS=8.827;HaplotypeScore=9.7961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.804;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.402;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,80:181:99:1484,0,1870 chrXVI 21578 . G A 1256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.159;DP=150;Dels=0.00;FS=0.603;HaplotypeScore=11.1099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,72:150:99:1286,0,1413 chrXVI 21726 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;DP=91;Dels=0.00;FS=1.855;HaplotypeScore=4.7584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.174;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,29:91:99:412,0,1283 chrXVI 21876 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;DP=141;Dels=0.00;FS=0.776;HaplotypeScore=13.2083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,30:141:99:258,0,2485 chrXVI 21970 . C A 4362.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=24.51;SB=-1.904e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:178:99:4362,439,0 chrXVI 22192 . C T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=168;Dels=0.00;FS=2.290;HaplotypeScore=15.2278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,48:168:99:751,0,2302 chrXVI 22652 . A T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DP=142;Dels=0.00;FS=0.771;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,30:142:99:377,0,1946 chrXVI 22824 . G A 3313.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=22.85;SB=-1.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:3313,337,0 chrXVI 22834 . A T 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.688;DP=164;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=8.2580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=3.37;ReadPosRankSum=2.433;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,47:164:99:583,0,2701 chrXVI 23027 . T G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;DP=88;Dels=0.00;FS=1.757;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:642,0,907 chrXVI 23217 . G T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=143;Dels=0.00;FS=1.520;HaplotypeScore=50.1970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,39:143:99:567,0,2085 chrXVI 23219 . A T 1142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;DP=144;Dels=0.00;FS=1.333;HaplotypeScore=53.2970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.178;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,66:144:99:1172,0,1198 chrXVI 23234 . A G 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=134;Dels=0.00;FS=4.206;HaplotypeScore=10.4701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.795;SB=-5.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,56:134:99:976,0,1227 chrXVI 23512 . G A 62.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=65;Dels=0.00;FS=15.177;HaplotypeScore=4.0045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,14:65:92:92,0,930 chrXVI 24083 . A G 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=99;Dels=0.00;FS=0.784;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=8.98;ReadPosRankSum=4.018;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:99:99:919,0,828 chrXVI 24494 . A G 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DP=104;Dels=0.00;FS=4.599;HaplotypeScore=8.8446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=2.569;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.940;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,25:104:99:246,0,1343 chrXVI 24575 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;DP=89;Dels=0.00;FS=3.674;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,22:89:99:332,0,1519 chrXVI 24645 . G A 3223.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.97;MQ0=0;QD=21.34;SB=-1.958e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:151:99:3256,331,0 chrXVI 24701 . G A 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.550;DP=231;Dels=0.00;FS=4.084;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=3.336;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.210;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,71:231:99:962,0,3136 chrXVI 24708 . C T 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=227;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=4.387;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,73:227:99:956,0,3138 chrXVI 24809 . T C 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DP=101;Dels=0.00;FS=7.036;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=2.850;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,23:101:99:350,0,1674 chrXVI 24966 . A T 1398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=245;Dels=0.00;FS=1.560;HaplotypeScore=11.7245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.98;MQ0=0;MQRankSum=-8.250;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,118:245:99:1428,0,2753 chrXVI 24974 . G T 1376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.355;DP=252;Dels=0.00;FS=2.183;HaplotypeScore=120.8053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=-9.062;QD=5.46;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,119:252:99:1406,0,2674 chrXVI 24980 . A T 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;DP=251;Dels=0.00;FS=0.472;HaplotypeScore=123.4985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-9.743;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,118:251:99:1100,0,2905 chrXVI 25057 . G A 1213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.251;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.063;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.682;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,83:163:99:1243,0,1463 chrXVI 25069 . T C 1201.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;DP=146;Dels=0.00;FS=1.303;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.724;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,73:146:99:1231,0,1425 chrXVI 25078 . T C 1101.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=139;Dels=0.00;FS=1.346;HaplotypeScore=4.0285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.422;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,69:139:99:1131,0,1339 chrXVI 25079 . G A 1152.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.886;DP=140;Dels=0.00;FS=1.336;HaplotypeScore=4.0285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.428;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,69:140:99:1182,0,1315 chrXVI 25149 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;DP=75;Dels=0.00;FS=7.934;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.184;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.260;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:466,0,816 chrXVI 25159 . G T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.466;DP=75;Dels=0.00;FS=1.984;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.767;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.917;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:439,0,747 chrXVI 25185 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=83;Dels=0.00;FS=4.998;HaplotypeScore=28.0612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=4.275;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,22:83:99:367,0,814 chrXVI 25194 . A G 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.937;DP=93;Dels=0.00;FS=2.777;HaplotypeScore=22.0284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.335;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:93:99:404,0,1025 chrXVI 25200 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DP=102;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.939;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:495,0,1010 chrXVI 25209 . T G 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=112;Dels=0.00;FS=3.625;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-5.160;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:558,0,1031 chrXVI 25248 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=121;Dels=0.00;FS=8.126;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=3.240;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,36:121:99:580,0,1472 chrXVI 25258 . A G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DP=137;Dels=0.01;FS=6.435;HaplotypeScore=7.4592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=3.667;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.610;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,36:136:99:525,0,1797 chrXVI 25269 . T C 1043.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.242;DP=144;Dels=0.00;FS=7.905;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.127;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.860;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,66:144:99:1073,0,1596 chrXVI 25470 . A G 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.588;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,19:77:99:231,0,1245 chrXVI 25524 . A G 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DP=74;Dels=0.00;FS=3.575;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.770;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,48:74:99:801,0,343 chrXVI 25536 . C T 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DP=84;Dels=0.00;FS=4.523;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.249;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,55:84:99:920,0,427 chrXVI 25566 . T C 1056.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=95;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.477;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,67:95:99:1086,0,408 chrXVI 25632 . A G 2340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=102;Dels=0.00;FS=3.038;HaplotypeScore=9.2746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=22.94;ReadPosRankSum=2.377;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:2373,246,0 chrXVI 25933 . G A 346.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.251;DP=64;Dels=0.00;FS=13.088;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.41;MQ0=9;MQRankSum=-1.370;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:64:99:376,0,620 chrXVI 26081 . G A 350.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.148;DP=133;Dels=0.00;FS=62.959;HaplotypeScore=24.5955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.24;MQ0=3;MQRankSum=-4.109;QD=2.63;ReadPosRankSum=-2.913;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,40:133:99:380,0,1108 chrXVI 26082 . T C 274.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=133;Dels=0.00;FS=62.060;HaplotypeScore=24.5955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.24;MQ0=3;MQRankSum=-3.637;QD=2.06;ReadPosRankSum=-2.912;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,40:133:99:304,0,1142 chrXVI 26084 . A G 292.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=131;Dels=0.00;FS=62.060;HaplotypeScore=22.4091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.59;MQ0=3;MQRankSum=-3.683;QD=2.23;ReadPosRankSum=-2.393;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,40:131:99:322,0,1111 chrXVI 26085 . A G 224.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=131;Dels=0.00;FS=62.060;HaplotypeScore=22.4091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.59;MQ0=3;MQRankSum=-3.688;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,40:131:99:254,0,1118 chrXVI 26087 . T A 266.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DP=132;Dels=0.00;FS=53.495;HaplotypeScore=23.9864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.52;MQ0=3;MQRankSum=-2.990;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.721;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,40:132:99:296,0,1060 chrXVI 26090 . T C 110.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.753;DP=154;Dels=0.00;FS=20.313;HaplotypeScore=26.2977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.76;MQ0=3;MQRankSum=-1.709;QD=0.71;ReadPosRankSum=-2.735;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,33:154:99:140,0,1420 chrXVI 26104 . T C 1776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=165;Dels=0.00;FS=6.628;HaplotypeScore=142.4851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.72;MQ0=3;MQRankSum=-0.979;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.711;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,163:165:99:1809,189,0 chrXVI 26150 . T C 71.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=189;Dels=0.01;FS=90.675;HaplotypeScore=66.5342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.66;MQ0=1;MQRankSum=-3.990;QD=0.38;ReadPosRankSum=-3.279;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,36:188:99:101,0,1922 chrXVI 26152 . G C 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;DP=192;Dels=0.00;FS=86.410;HaplotypeScore=60.5969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.73;MQ0=1;MQRankSum=-3.651;QD=0.07;ReadPosRankSum=-3.787;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,35:192:44:44,0,2090 chrXVI 26397 . A G 2452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=25.81;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2485,261,0 chrXVI 26575 . C T 1628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.488;DP=214;Dels=0.00;FS=1.689;HaplotypeScore=11.8302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,92:214:99:1658,0,2290 chrXVI 26802 . A G 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;DP=107;Dels=0.00;FS=7.504;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.963;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:830,0,1076 chrXVI 27221 . G A 1954.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;DP=183;Dels=0.00;FS=3.560;HaplotypeScore=5.6732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.838;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,101:183:99:1984,0,1443 chrXVI 27543 . A G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.343;DP=92;Dels=0.00;FS=3.161;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.015;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:877,0,605 chrXVI 27655 . T C 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.179;DP=89;Dels=0.00;FS=1.762;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.501;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:847,0,922 chrXVI 28011 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DP=58;Dels=0.00;FS=3.687;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.743;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:667,0,515 chrXVI 28486 . A G 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;DP=55;Dels=0.00;FS=2.282;HaplotypeScore=3.2549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=2.652;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:677,0,568 chrXVI 28695 . G A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DP=86;Dels=0.00;FS=3.049;HaplotypeScore=9.0813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.721;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:980,0,742 chrXVI 29749 . C T 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;QD=23.48;SB=-1.106e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1958,201,0 chrXVI 30188 . A G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=67;Dels=0.00;FS=2.030;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.370;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:642,0,611 chrXVI 30634 . G T 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DP=102;Dels=0.00;FS=0.773;HaplotypeScore=7.3061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.322;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:102:99:888,0,750 chrXVI 33547 . A C 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.439;DP=146;Dels=0.00;FS=3.099;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.332;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,59:146:99:1057,0,1717 chrXVI 34128 . A G 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.969;DP=102;Dels=0.00;FS=3.695;HaplotypeScore=5.6732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:102:99:818,0,991 chrXVI 34547 . A C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.049;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:433,0,582 chrXVI 34790 . C T 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=85;Dels=0.00;FS=7.407;HaplotypeScore=3.3046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.461;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:85:99:799,0,910 chrXVI 35208 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DP=58;Dels=0.00;FS=6.405;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.432;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:772,0,462 chrXVI 35711 . C T 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.064;DP=87;Dels=0.00;FS=7.038;HaplotypeScore=4.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.601;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:753,0,920 chrXVI 35772 . G T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=76;Dels=0.00;FS=7.819;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:447,0,732 chrXVI 35776 . G A 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=18.47;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:78:99:1474,156,0 chrXVI 36781 . C T 1308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=138;Dels=0.00;FS=2.190;HaplotypeScore=14.2285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,72:138:99:1338,0,1251 chrXVI 36977 . C T 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;DP=122;Dels=0.00;FS=13.678;HaplotypeScore=11.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=2.736;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.620;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:122:99:776,0,1302 chrXVI 37113 . C T 1019.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=128;Dels=0.00;FS=4.198;HaplotypeScore=18.0190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,66:128:99:1049,0,1093 chrXVI 37419 . T C 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.991;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,60:121:99:968,0,1250 chrXVI 37438 . G A 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.946;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=8.38;ReadPosRankSum=-2.387;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:125:99:1077,0,1208 chrXVI 37721 . A C 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.228;DP=83;Dels=0.00;FS=0.824;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.230;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:591,0,962 chrXVI 38193 . A T 1475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=162;Dels=0.00;FS=0.594;HaplotypeScore=30.6992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.650;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,84:162:99:1505,0,1449 chrXVI 38385 . A G 1298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.929;DP=146;Dels=0.00;FS=10.802;HaplotypeScore=10.3481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.287;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:146:99:1328,0,1395 chrXVI 38391 . G A 3276.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:3276,348,0 chrXVI 38493 . T G 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,68:141:99:1304,0,1465 chrXVI 40694 . G A 863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DP=75;Dels=0.00;FS=2.065;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=11.51;ReadPosRankSum=1.779;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:893,0,437 chrXVI 41286 . T C 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=84;Dels=0.00;FS=6.388;HaplotypeScore=5.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.061;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:906,0,543 chrXVI 43388 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DP=67;Dels=0.00;FS=5.046;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.440;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:516,0,568 chrXVI 44122 . G T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DP=96;Dels=0.00;FS=0.766;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.747;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,41:96:99:731,0,1024 chrXVI 44191 . G A 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=62;Dels=0.00;FS=6.716;HaplotypeScore=7.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.564;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:561,0,632 chrXVI 44258 . A G 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;DP=81;Dels=0.00;FS=2.368;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.952;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:848,0,768 chrXVI 44367 . A G 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;DP=101;Dels=0.00;FS=1.815;HaplotypeScore=10.7012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.715;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:101:99:574,0,1125 chrXVI 44377 . T G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;DP=78;Dels=0.00;FS=0.951;HaplotypeScore=4.3416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:429,0,973 chrXVI 44552 . T C 593.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DP=85;Dels=0.00;FS=3.576;HaplotypeScore=10.4686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:623,0,987 chrXVI 44755 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DP=55;Dels=0.00;FS=1.064;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:55:99:335,0,475 chrXVI 44764 . T C 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:379,0,441 chrXVI 44799 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=51;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.534;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.806;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:317,0,417 chrXVI 44845 . G C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=49;Dels=0.00;FS=9.832;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.226;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:411,0,324 chrXVI 44920 . C G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=58;Dels=0.00;FS=2.277;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.860;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:58:99:364,0,331 chrXVI 44929 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=59;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:361,0,341 chrXVI 45292 . C T 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:391,0,303 chrXVI 45370 . T G 38.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.309;DP=58;Dels=0.00;FS=94.932;HaplotypeScore=5.1648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=0.66;ReadPosRankSum=-3.302;SB=-1.249e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:68:68,0,674 chrXVI 45800 . G T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=57;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.915;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:606,0,420 chrXVI 45934 . G A 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DP=72;Dels=0.00;FS=5.952;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.588;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:813,0,637 chrXVI 45974 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DP=40;Dels=0.00;FS=4.837;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:439,0,411 chrXVI 46114 . C A 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.100;DP=79;Dels=0.00;FS=5.675;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.567;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:79:99:667,0,582 chrXVI 46273 . A G 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;DP=62;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.700;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:716,0,468 chrXVI 46282 . T C 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.158;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:733,0,466 chrXVI 46291 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.296;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:654,0,524 chrXVI 46435 . T C 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;DP=56;Dels=0.00;FS=5.792;HaplotypeScore=5.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:490,0,376 chrXVI 46547 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;DP=87;Dels=0.00;FS=1.823;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.273;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:513,0,639 chrXVI 46548 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.241;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:504,0,605 chrXVI 46638 . T A 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DP=71;Dels=0.00;FS=0.942;HaplotypeScore=9.2775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:468,0,556 chrXVI 46747 . A T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=54;Dels=0.00;FS=2.528;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.521;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:469,0,530 chrXVI 46798 . G T 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=63;Dels=0.00;FS=5.483;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.597;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:653,0,476 chrXVI 46831 . A G 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.743;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:675,0,600 chrXVI 47207 . C T 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=88;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=16.3869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:88:99:691,0,719 chrXVI 47208 . G A 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=88;Dels=0.00;FS=2.831;HaplotypeScore=15.5982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.804;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:799,0,644 chrXVI 47273 . T C 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;DP=90;Dels=0.00;FS=4.061;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.905;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:945,0,878 chrXVI 47305 . T G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=87;Dels=0.00;FS=0.807;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.233;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:726,0,690 chrXVI 47641 . C T 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=45;Dels=0.00;FS=1.306;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:391,0,410 chrXVI 48109 . T C 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:265,0,349 chrXVI 48265 . T C 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:178,0,210 chrXVI 48472 . T G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=9.05;ReadPosRankSum=2.260;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:555,0,502 chrXVI 49593 . T C 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.027;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:89:99:808,0,846 chrXVI 50298 . A G 594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.588;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:101:99:624,0,891 chrXVI 51430 . C T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;DP=89;Dels=0.00;FS=4.344;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.207;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:89:99:887,0,510 chrXVI 52021 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=95;Dels=0.00;FS=8.792;HaplotypeScore=2.6166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:95:99:575,0,1189 chrXVI 52042 . T C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;DP=104;Dels=0.00;FS=1.630;HaplotypeScore=5.3344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:683,0,1287 chrXVI 52231 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DP=61;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=4.0285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:595,0,335 chrXVI 52375 . A C 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=95;Dels=0.00;FS=2.814;HaplotypeScore=8.1066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.738;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:95:99:696,0,1062 chrXVI 52500 . G A 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.821;DP=83;Dels=0.00;FS=3.418;HaplotypeScore=7.0941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.955;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:83:99:794,0,833 chrXVI 52930 . A C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;DP=87;Dels=0.00;FS=16.992;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=4.07;ReadPosRankSum=2.041;SB=-1.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,30:87:99:384,0,996 chrXVI 52935 . A T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=87;Dels=0.00;FS=17.195;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.901;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:87:99:342,0,955 chrXVI 52965 . A G 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;DP=88;Dels=0.00;FS=17.610;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.526;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,33:88:99:328,0,946 chrXVI 53041 . T A 30.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;DP=70;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.710;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,15:70:60:60,0,1095 chrXVI 53120 . A T 387.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=70;Dels=0.00;FS=32.029;HaplotypeScore=12.1592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.887;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:417,0,801 chrXVI 53226 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DP=68;Dels=0.00;FS=17.689;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:68:99:239,0,869 chrXVI 53320 . G A 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;DP=38;Dels=0.00;FS=17.356;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:230,0,478 chrXVI 53378 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.980;DP=69;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:536,0,615 chrXVI 53381 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DP=87;Dels=0.00;FS=4.116;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.968;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.583;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:681,0,806 chrXVI 53425 . A T 1503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;DP=209;Dels=0.00;FS=13.226;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.899;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,112:209:99:1533,0,2132 chrXVI 53429 . C T 1566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.158;DP=217;Dels=0.00;FS=11.440;HaplotypeScore=12.1359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.910;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,115:217:99:1596,0,2005 chrXVI 53867 . A G 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:478,0,436 chrXVI 53893 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=43;Dels=0.00;FS=6.439;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.254;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:300,0,452 chrXVI 53945 . C T 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.371;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:373,0,312 chrXVI 54065 . G T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.358;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:372,0,188 chrXVI 54374 . G A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DP=25;Dels=0.00;FS=3.831;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:133,0,239 chrXVI 54467 . C T 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DP=44;Dels=0.00;FS=8.832;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:367,0,433 chrXVI 54515 . G A 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;DP=52;Dels=0.00;FS=4.617;HaplotypeScore=8.7353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.206;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:52:99:588,0,239 chrXVI 55135 . T C 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;DP=78;Dels=0.00;FS=6.106;HaplotypeScore=5.2329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.184;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:486,0,947 chrXVI 55209 . A G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;DP=97;Dels=0.00;FS=4.006;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.490;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:97:99:742,0,1091 chrXVI 55232 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;DP=94;Dels=0.00;FS=10.259;HaplotypeScore=8.9034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.886;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.730;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:630,0,848 chrXVI 55247 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.396;DP=88;Dels=0.00;FS=13.405;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.480;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.945;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:499,0,874 chrXVI 55257 . G T 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.088;DP=85;Dels=0.00;FS=12.015;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.823;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.842;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:538,0,758 chrXVI 55293 . G T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=93;Dels=0.00;FS=1.848;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.914;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,55:93:99:421,0,793 chrXVI 55297 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.331;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.329;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:100:99:507,0,876 chrXVI 55362 . C T 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.831;DP=119;Dels=0.00;FS=0.686;HaplotypeScore=14.3896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,57:119:99:979,0,1181 chrXVI 55419 . C T 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;DP=97;Dels=0.00;FS=6.642;HaplotypeScore=5.1329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.000;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,42:97:99:870,0,1175 chrXVI 55474 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;DP=69;Dels=0.00;FS=2.047;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.566;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:580,0,788 chrXVI 55625 . C T 1098.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DP=115;Dels=0.00;FS=6.103;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.635;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.491;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,60:115:99:1128,0,1173 chrXVI 55961 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=101;Dels=0.00;FS=10.549;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.340;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,34:101:99:576,0,1165 chrXVI 55990 . G T 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;DP=91;Dels=0.00;FS=3.967;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,36:91:99:581,0,1225 chrXVI 56011 . C A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=106;Dels=0.00;FS=3.711;HaplotypeScore=10.4052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.435;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,41:106:99:570,0,1326 chrXVI 56116 . A G 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.682;DP=105;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.496;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.118;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,53:105:99:988,0,896 chrXVI 56137 . C T 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;DP=102;Dels=0.00;FS=1.584;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.826;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.891;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:965,0,899 chrXVI 56154 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DP=95;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=6.9086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.387;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.246;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:95:99:731,0,1040 chrXVI 56155 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.080;DP=95;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=6.9086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.486;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:95:99:740,0,1055 chrXVI 56219 . G T 365.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DP=110;Dels=0.00;FS=5.763;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.86;MQ0=4;MQRankSum=0.759;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.752;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,37:110:99:395,0,1298 chrXVI 56290 . T C 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=116;Dels=0.00;FS=2.493;HaplotypeScore=7.2414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.70;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.526;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,42:116:99:736,0,1515 chrXVI 56344 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;DP=67;Dels=0.00;FS=10.760;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.673;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:403,0,635 chrXVI 56346 . T A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=67;Dels=0.01;FS=8.627;HaplotypeScore=4.8987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:415,0,621 chrXVI 56356 . A T 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;DP=73;Dels=0.00;FS=15.806;HaplotypeScore=10.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.413;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.328;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:452,0,579 chrXVI 56462 . G A 688 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.18;MQ0=8;QD=14.64;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:47:75:721,75,0 chrXVI 56495 . A G 565 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.69;MQ0=14;MQRankSum=0.785;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.083;SB=-1.089e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,40:59:32:598,32,0 chrXVI 56535 . C T 908 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.44;MQ0=23;QD=11.95;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,53:76:99:941,105,0 chrXVI 56613 . A T 331 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.80;MQ0=23;MQRankSum=-2.594;QD=6.76;ReadPosRankSum=3.091;SB=-7.544e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,22:49:39:364,39,0 chrXVI 56702 . A G 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.09;MQ0=51;MQRankSum=0.736;QD=0.40;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,5:57:6:54,6,0 chrXVI 56707 . T G 13.94 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.39;MQ0=47;MQRankSum=0.736;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,5:53:6:45,6,0 chrXVI 56714 . T C 14.91 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.38;MQ0=45;MQRankSum=0.736;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-1.508e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,5:51:6:46,6,0 chrXVI 56724 . C A 12.35 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=9.76;MQ0=41;MQRankSum=0.198;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.495;SB=0.545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,5:48:14:42,0,14 chrXVI 56754 . T C 29.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=12.50;MQ0=28;MQRankSum=-1.067;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.067;SB=-4.877e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:36:17:59,0,17 chrXVI 56772 . C A 76.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.93;MQ0=21;QD=2.64;SB=-4.882e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,8:29:12:109,12,0 chrXVI 56783 . T A 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.84;MQ0=27;QD=0.50;SB=-1.258e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,5:32:6:47,6,0 chrXVI 62777 . C T 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DP=83;Dels=0.00;FS=9.006;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.964;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:813,0,817 chrXVI 62944 . G A 382.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=103;Dels=0.00;FS=49.552;HaplotypeScore=9.0363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.232;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,38:103:99:412,0,1145 chrXVI 62972 . T C 94.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DP=95;Dels=0.00;FS=32.474;HaplotypeScore=7.3153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.401;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,29:95:99:124,0,1198 chrXVI 62987 . A C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=106;Dels=0.00;FS=21.106;HaplotypeScore=5.0692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQ0=0;MQRankSum=-7.175;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:106:99:315,0,1227 chrXVI 63000 . C T 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DP=123;Dels=0.00;FS=33.694;HaplotypeScore=9.0047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.807;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.037;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,49:123:99:383,0,1206 chrXVI 63005 . C T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=124;Dels=0.00;FS=27.787;HaplotypeScore=8.2160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.30;MQ0=0;MQRankSum=-6.364;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,48:124:99:467,0,1303 chrXVI 63101 . T A 1026.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;DP=85;Dels=0.00;FS=1.846;HaplotypeScore=4.1542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:85:99:1056,0,576 chrXVI 63210 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;DP=108;Dels=0.00;FS=0.797;HaplotypeScore=9.0391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.844;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:670,0,750 chrXVI 63351 . T G 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DP=82;Dels=0.00;FS=10.630;HaplotypeScore=8.9468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:82:99:679,0,594 chrXVI 63384 . G A 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=86;Dels=0.00;FS=7.037;HaplotypeScore=4.1480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.538;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:869,0,627 chrXVI 63723 . T A 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=134;Dels=0.00;FS=9.443;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.948;SB=-7.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,71:134:99:1100,0,1201 chrXVI 64182 . C T 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=79;Dels=0.00;FS=7.769;HaplotypeScore=8.9313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.732;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:79:99:932,0,546 chrXVI 64229 . G T 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.819;DP=82;Dels=0.00;FS=4.375;HaplotypeScore=7.3423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:769,0,647 chrXVI 64362 . A G 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;DP=85;Dels=0.00;FS=2.011;HaplotypeScore=4.7718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:85:99:702,0,569 chrXVI 64363 . A G 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=87;Dels=0.00;FS=2.011;HaplotypeScore=6.3492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.95;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.557;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:87:99:716,0,565 chrXVI 64400 . C T 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.596;DP=79;Dels=0.00;FS=12.367;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.417;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:575,0,345 chrXVI 64409 . C T 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.784;DP=84;Dels=0.00;FS=10.279;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.210;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:660,0,433 chrXVI 64426 . C T 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.145;DP=79;Dels=0.00;FS=1.916;HaplotypeScore=3.5520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.507;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:430,0,672 chrXVI 64440 . A C 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=85;Dels=0.00;FS=2.855;HaplotypeScore=6.3930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.250;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.550;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:403,0,864 chrXVI 64540 . A C 1122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.930;QD=19.34;ReadPosRankSum=2.364;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:58:99:1155,120,0 chrXVI 64673 . C A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DP=82;Dels=0.00;FS=2.996;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQ0=0;MQRankSum=2.450;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.005;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:585,0,670 chrXVI 64722 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=53;Dels=0.00;FS=3.837;HaplotypeScore=9.4819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.170;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:99:311,0,563 chrXVI 64832 . C G 726.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.142;DP=80;Dels=0.00;FS=4.239;HaplotypeScore=17.7093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.810;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:80:99:756,0,798 chrXVI 65188 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;DP=77;Dels=0.00;FS=7.920;HaplotypeScore=8.0373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:568,0,607 chrXVI 66393 . C T 894.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.670;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:924,0,716 chrXVI 66527 . A G 2097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=23.30;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2130,231,0 chrXVI 67558 . T C 828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=24.35;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:861,90,0 chrXVI 67723 . C A 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=24.23;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1196,120,0 chrXVI 68882 . G C 1667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.23;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1700,183,0 chrXVI 68997 . G A 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.334;DP=84;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.541;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:967,0,586 chrXVI 69311 . A T 1367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.05;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1400,141,0 chrXVI 69355 . T G 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.775;DP=75;Dels=0.00;FS=2.284;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:544,0,575 chrXVI 69402 . T A 1475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=18.21;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1508,156,0 chrXVI 69892 . T A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;DP=38;Dels=0.00;FS=12.329;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:406,0,317 chrXVI 70402 . A G 4427.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=20.69;SB=-2.442e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,209:214:99:4427,463,0 chrXVI 70567 . A C 2101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=24.15;SB=-1.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2134,225,0 chrXVI 70705 . A G 2354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DP=270;Dels=0.00;FS=2.701;HaplotypeScore=16.2781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=2.562;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.217;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,128:270:99:2384,0,2807 chrXVI 70768 . A G 1742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.488;DP=204;Dels=0.00;FS=0.548;HaplotypeScore=9.5974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.450;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,97:204:99:1772,0,2144 chrXVI 72276 . T C 1819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=24.25;ReadPosRankSum=1.686;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:1852,195,0 chrXVI 72506 . G T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DP=52;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.637;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:52:99:450,0,399 chrXVI 72592 . T C 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.004;DP=54;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.203;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:510,0,511 chrXVI 72835 . C G 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.017;DP=75;Dels=0.00;FS=4.549;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:692,0,788 chrXVI 72872 . T C 2152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=25.62;ReadPosRankSum=1.691;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2185,225,0 chrXVI 72884 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.436;DP=77;Dels=0.00;FS=6.541;HaplotypeScore=4.8499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.153;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:498,0,858 chrXVI 72995 . C A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;DP=38;Dels=0.00;FS=2.742;HaplotypeScore=3.5190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.793;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:329,0,420 chrXVI 73017 . G C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DP=47;Dels=0.00;FS=2.834;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:303,0,583 chrXVI 73047 . T G 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.861;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.296;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:277,0,608 chrXVI 73071 . G A 936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=19.10;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:969,99,0 chrXVI 73217 . G A 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.330;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:484,0,480 chrXVI 73249 . T A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.248;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:407,0,313 chrXVI 73338 . C G 795 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=24.84;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:87:828,87,0 chrXVI 73426 . G A 255.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=29;Dels=0.00;FS=3.188;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.115;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:29:99:285,0,228 chrXVI 73808 . G A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DP=31;Dels=0.00;FS=3.256;HaplotypeScore=5.6310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:238,0,186 chrXVI 74040 . G C 1419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=24.47;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1452,156,0 chrXVI 74089 . A C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:542,0,435 chrXVI 74327 . C T 1801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=21.44;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1834,192,0 chrXVI 74379 . G A 934.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:964,0,822 chrXVI 74459 . C A 2258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=22.36;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2291,231,0 chrXVI 74678 . G A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;DP=54;Dels=0.00;FS=3.058;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:519,0,417 chrXVI 74884 . G C 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.10;MQ0=0;QD=19.71;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90:841,90,0 chrXVI 74885 . C T 823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=19.60;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:93:856,93,0 chrXVI 75307 . G C 905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=20.57;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:938,96,0 chrXVI 75329 . T C 682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=20.06;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75:715,75,0 chrXVI 75355 . A G 537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=18.52;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:570,60,0 chrXVI 75433 . C T 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=21;Dels=0.00;FS=10.704;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.181;SB=-1.345e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:245,0,129 chrXVI 76763 . T C 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:267,0,289 chrXVI 77440 . A G 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.726;DP=90;Dels=0.00;FS=6.795;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.110;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:716,0,881 chrXVI 77446 . C T 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=88;Dels=0.00;FS=4.125;HaplotypeScore=4.3488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.314;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:88:99:744,0,740 chrXVI 78094 . T G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:639,0,574 chrXVI 78691 . T A 586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=18.90;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:63:619,63,0 chrXVI 78719 . T C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;DP=38;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:271,0,229 chrXVI 78752 . G T 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DP=36;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:394,0,198 chrXVI 79268 . C A 1317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.39;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1350,138,0 chrXVI 79487 . G C 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=79;Dels=0.00;FS=0.860;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:720,0,717 chrXVI 79492 . A G 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=92;Dels=0.00;FS=5.391;HaplotypeScore=11.6001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.316;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:707,0,580 chrXVI 79670 . T A 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.90;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1566,165,0 chrXVI 80834 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=54;Dels=0.00;FS=2.320;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:539,0,446 chrXVI 81157 . G A 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DP=39;Dels=0.00;FS=5.035;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.827;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:255,0,463 chrXVI 82074 . C G 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.209;DP=103;Dels=0.00;FS=5.186;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:103:99:728,0,981 chrXVI 82177 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:579,0,629 chrXVI 82212 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;DP=69;Dels=0.00;FS=2.240;HaplotypeScore=9.8057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:640,0,718 chrXVI 82718 . T C 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.940;DP=52;Dels=0.00;FS=1.266;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:333,0,556 chrXVI 83595 . C T 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.326;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:231,0,502 chrXVI 84945 . G A 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.298;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:613,0,509 chrXVI 85843 . A G 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=18.96;ReadPosRankSum=1.662;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:99:981,105,0 chrXVI 86406 . C T 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;DP=71;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.546;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:618,0,661 chrXVI 89283 . T C 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=105;Dels=0.00;FS=4.053;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.516;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,52:105:99:1007,0,1092 chrXVI 90265 . G A 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.407;DP=103;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.063;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:1164,0,981 chrXVI 90431 . T C 3004 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.487e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:137:99:3037,324,0 chrXVI 90760 . G A 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=23.24;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1474,147,0 chrXVI 90904 . A T 1620 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=23.14;SB=-8.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1653,168,0 chrXVI 91018 . A G 1178 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=21.81;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1211,126,0 chrXVI 91109 . T C 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=49;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.392;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:381,0,480 chrXVI 91219 . G A 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=20.39;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1664,180,0 chrXVI 91357 . C T 2069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=24.06;SB=-6.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2102,213,0 chrXVI 91540 . T C 1786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=81;Dels=0.00;FS=3.644;HaplotypeScore=2.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=22.05;ReadPosRankSum=1.689;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1819,189,0 chrXVI 91564 . G A 1681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=20.25;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1714,171,0 chrXVI 91792 . A G 1295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=21.23;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1328,147,0 chrXVI 91999 . T C 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=24.39;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1399,147,0 chrXVI 92122 . A G 917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=19.93;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:950,99,0 chrXVI 92131 . C T 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=18.54;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90:886,90,0 chrXVI 92515 . T A 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=24.05;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1500,150,0 chrXVI 92608 . G A 2262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.62;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:2295,234,0 chrXVI 93103 . C A 977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.42;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1010,102,0 chrXVI 93137 . T A 848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=20.19;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:881,87,0 chrXVI 93364 . G A 1384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.97;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1417,144,0 chrXVI 93505 . A G 1944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.09;SB=-8.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:88:99:1977,213,0 chrXVI 93641 . T A 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.879;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:635,0,884 chrXVI 93676 . G A 1861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.64;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1894,195,0 chrXVI 93712 . T C 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=84;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.608;SB=-9.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1811,198,0 chrXVI 93759 . G C 1999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=22.46;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2032,213,0 chrXVI 93841 . C T 2482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.64;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2515,261,0 chrXVI 93996 . A G 1258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.30;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1291,135,0 chrXVI 94145 . G A 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=19.91;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1188,120,0 chrXVI 94218 . T C 1498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=20.81;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1531,162,0 chrXVI 94717 . C T 782.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=95;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=12.3426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:812,0,888 chrXVI 95333 . A G 1765 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.355;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:81:99:1798,173,0 chrXVI 95804 . A G 1361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.60;SB=-8.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1394,150,0 chrXVI 96457 . T A 2784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=24.86;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2817,291,0 chrXVI 96976 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=38;Dels=0.00;FS=2.742;HaplotypeScore=2.5142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.029;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:362,0,254 chrXVI 97006 . T C 952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=19.43;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:985,102,0 chrXVI 97582 . A G 581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:63:614,63,0 chrXVI 97621 . T C 25.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.32;MQ0=0;QD=0.44;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:6:57,6,0 chrXVI 97633 . C T 267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.97;MQ0=0;QD=4.24;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:33:300,33,0 chrXVI 98068 . T C 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=19.25;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1169,123,0 chrXVI 98236 . A G 1091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=1;QD=20.58;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:53:99:1124,120,0 chrXVI 98320 . T C 961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=22.88;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:994,105,0 chrXVI 98464 . C T 933 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.21;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:966,99,0 chrXVI 98717 . G A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=20.48;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1016,105,0 chrXVI 98825 . A T 1071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=24.91;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1104,111,0 chrXVI 98881 . G T 991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=24.17;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1024,105,0 chrXVI 98916 . A C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DP=46;Dels=0.00;FS=1.213;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.923;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.825;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:46:99:352,0,484 chrXVI 98933 . T C 1021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=23.74;ReadPosRankSum=1.652;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1054,108,0 chrXVI 99028 . C G 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.74;MQ0=0;QD=15.15;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:927,102,0 chrXVI 99055 . G A 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.03;MQ0=0;QD=13.19;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:75:732,75,0 chrXVI 99062 . C T 601 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.61;MQ0=0;QD=11.56;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:63:634,63,0 chrXVI 99097 . A G 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=17.65;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1092,111,0 chrXVI 99124 . A G 1138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=18.97;SB=-7.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1171,123,0 chrXVI 99139 . C T 1272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=19.27;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1305,135,0 chrXVI 99211 . G C 1554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=23.55;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1587,171,0 chrXVI 99227 . T A 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=20.48;SB=-6.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1364,150,0 chrXVI 99253 . C G 1276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;QD=18.49;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1309,141,0 chrXVI 99260 . A C 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=17.91;SB=-8.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1179,126,0 chrXVI 99402 . C A 4090.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=25.89;SB=-1.255e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:4090,412,0 chrXVI 99579 . T C 1739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=18.90;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:1772,195,0 chrXVI 99582 . A C 1736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=18.27;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1769,192,0 chrXVI 99598 . G A 2232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=21.06;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2265,228,0 chrXVI 99819 . G C 520.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=66;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.304;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:65:99:550,0,526 chrXVI 100197 . T C 2807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=112;Dels=0.00;FS=9.622;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.051;QD=25.06;ReadPosRankSum=2.383;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:112:99:2840,297,0 chrXVI 100419 . T C 1576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DP=68;Dels=0.00;FS=6.220;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=2.016;QD=23.18;ReadPosRankSum=2.804;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:1609,174,0 chrXVI 100535 . G A 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=19.93;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1169,126,0 chrXVI 100561 . G A 1508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=21.54;SB=-9.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1541,156,0 chrXVI 101471 . T A 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=21.05;SB=-1.211e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1970,204,0 chrXVI 101504 . G A 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=21.36;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1528,156,0 chrXVI 101698 . C T 1058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=24.60;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:99:1091,117,0 chrXVI 101755 . A G 953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=23.24;ReadPosRankSum=1.564;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:99:986,102,0 chrXVI 101782 . C T 1019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=24.85;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1052,108,0 chrXVI 101890 . C T 1193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=23.39;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1226,126,0 chrXVI 101962 . T C 1225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=23.11;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1258,129,0 chrXVI 102121 . G A 1841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=24.22;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1874,189,0 chrXVI 102244 . A C 1347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=23.22;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1380,150,0 chrXVI 102331 . T C 1665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=89;Dels=0.00;FS=7.007;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=18.71;ReadPosRankSum=2.394;SB=-1.093e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:1698,177,0 chrXVI 102343 . G T 1968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=18.39;SB=-1.397e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:2001,204,0 chrXVI 102370 . C T 2271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=0;QD=18.61;SB=-1.280e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:122:99:2304,234,0 chrXVI 102421 . A G 2932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=135;Dels=0.00;FS=6.319;HaplotypeScore=7.9766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=21.72;ReadPosRankSum=2.340;SB=-1.730e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,132:135:99:2965,309,0 chrXVI 102546 . A G 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=20.12;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1321,138,0 chrXVI 102652 . T C 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=20.48;SB=-8.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1958,201,0 chrXVI 102764 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.479;DP=70;Dels=0.00;FS=1.978;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=2.153;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:70:99:557,0,537 chrXVI 102792 . T C 1099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=18.02;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1132,120,0 chrXVI 102899 . A G 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.80;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1461,153,0 chrXVI 102946 . G C 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=24.36;SB=-6.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1470,153,0 chrXVI 103007 . A C 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=16.25;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:927,99,0 chrXVI 103016 . A T 923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:956,102,0 chrXVI 103114 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=48;Dels=0.00;FS=2.505;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.785;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:48:99:566,0,255 chrXVI 103137 . A G 861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=23.27;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:894,93,0 chrXVI 103531 . T C 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=15.21;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:550,57,0 chrXVI 103537 . G A 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.62;MQ0=0;QD=16.31;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:63:620,63,0 chrXVI 103612 . C T 2037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=22.38;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2070,216,0 chrXVI 103942 . C T 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=18.92;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:1660,177,0 chrXVI 104047 . G A 1889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.99;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1922,195,0 chrXVI 104203 . T C 1322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=22.41;ReadPosRankSum=1.556;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1355,141,0 chrXVI 104284 . A G 1714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=22.26;SB=-9.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1747,186,0 chrXVI 104305 . T C 1804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=22.55;SB=-1.033e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1837,189,0 chrXVI 104428 . C T 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=19.18;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1011,105,0 chrXVI 104443 . T C 836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=47;Dels=0.00;FS=3.711;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=17.79;ReadPosRankSum=1.659;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:93:869,93,0 chrXVI 104754 . T C 192.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=12.80;SB=-3.204e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:24:225,24,0 chrXVI 104784 . C T 620 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=18.79;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66:653,66,0 chrXVI 104905 . A T 193.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=19.30;SB=-8.491e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:24:226,24,0 chrXVI 105255 . A T 625.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;DP=67;Dels=0.00;FS=4.679;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=1.850;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:655,0,741 chrXVI 105267 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=65;Dels=0.00;FS=7.067;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.310;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:511,0,661 chrXVI 105282 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=64;Dels=0.00;FS=4.924;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:508,0,656 chrXVI 105285 . C T 1380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=22.62;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1413,141,0 chrXVI 105527 . G A 4569.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=21.65;SB=-2.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,210:211:99:4569,469,0 chrXVI 105791 . G C 4249.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=22.48;SB=-1.598e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,189:189:99:4249,445,0 chrXVI 105814 . A G 1213.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.970;DP=176;Dels=0.01;FS=34.850;HaplotypeScore=18.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=6.89;ReadPosRankSum=2.488;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,79:175:99:1243,0,1532 chrXVI 105817 . T A 3496.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=178;Dels=0.00;FS=6.272;HaplotypeScore=4.7146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.331;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,177:178:99:3496,363,0 chrXVI 105820 . C G 1329.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=181;Dels=0.01;FS=27.076;HaplotypeScore=13.0203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,96:180:99:1359,0,1318 chrXVI 105834 . A C 1365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;DP=170;Dels=0.00;FS=28.530;HaplotypeScore=5.1074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,79:170:99:1395,0,1469 chrXVI 105948 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;DP=60;Dels=0.00;FS=2.362;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:60:99:430,0,517 chrXVI 105953 . G A 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=55;Dels=0.00;FS=4.080;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:380,0,485 chrXVI 105960 . T C 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=50;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.663;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:974,102,0 chrXVI 105969 . A T 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;QD=17.98;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87:860,87,0 chrXVI 106014 . A C 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=38;Dels=0.00;FS=7.256;HaplotypeScore=2.2223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.813;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:267,0,318 chrXVI 106082 . C T 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=67;Dels=0.00;FS=5.522;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.835;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:67:99:566,0,542 chrXVI 106109 . C T 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.069;DP=58;Dels=0.00;FS=7.391;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.859;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:598,0,444 chrXVI 106351 . T C 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=22.70;ReadPosRankSum=1.636;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:37:90:873,90,0 chrXVI 106450 . G A 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:501,0,556 chrXVI 106464 . A C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DP=51;Dels=0.00;FS=1.439;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:516,0,580 chrXVI 106600 . G A 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.95;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1502,159,0 chrXVI 106651 . T C 1104 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=25.09;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1137,117,0 chrXVI 106953 . C A 1643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.81;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1676,171,0 chrXVI 106996 . G A 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=24.89;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1352,135,0 chrXVI 107325 . C T 1725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=25.75;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1758,177,0 chrXVI 107437 . A G 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=20.39;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:665,72,0 chrXVI 107490 . A G 493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=18.96;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:57:526,57,0 chrXVI 107496 . T C 447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=41;Dels=0.00;FS=4.087;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.648;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:51:480,51,0 chrXVI 107538 . G A 419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=7.91;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:45:452,45,0 chrXVI 107715 . G A 841 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=13.79;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:90:874,90,0 chrXVI 107736 . G A 845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=12.43;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:90:878,90,0 chrXVI 107814 . T A 1651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.31;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1684,171,0 chrXVI 108230 . A G 3053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.376;DP=141;Dels=0.00;FS=22.230;HaplotypeScore=15.1485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=21.65;ReadPosRankSum=4.405;SB=-1.684e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,131:141:99:3086,324,0 chrXVI 108300 . A G 1895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=21.06;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1928,210,0 chrXVI 108350 . T C 951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;QD=18.29;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:52:99:984,105,0 chrXVI 108611 . G A 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DP=49;Dels=0.00;FS=12.952;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:396,0,424 chrXVI 108820 . G A 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=21.85;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:929,93,0 chrXVI 108924 . C T 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=18.34;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90:895,90,0 chrXVI 108940 . C T 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=17.06;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:852,87,0 chrXVI 108966 . G A 916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=16.96;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:96:949,96,0 chrXVI 109055 . C G 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=23;Dels=0.00;FS=10.020;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.508;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.154;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:185,0,130 chrXVI 109104 . G A 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=18.28;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51:490,51,0 chrXVI 110058 . T C 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1813,195,0 chrXVI 110256 . C A 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=21.90;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1632,171,0 chrXVI 110310 . A G 1437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=19.68;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1470,156,0 chrXVI 110345 . G A 1584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=21.12;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1617,168,0 chrXVI 110658 . C T 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.73;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1374,141,0 chrXVI 110811 . C A 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=22.03;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75:760,75,0 chrXVI 110925 . T C 957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=17.72;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:990,105,0 chrXVI 110946 . A G 916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.832;QD=17.62;ReadPosRankSum=2.355;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:949,99,0 chrXVI 111609 . T C 1129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=23.04;ReadPosRankSum=1.662;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1162,123,0 chrXVI 111675 . G T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=40;Dels=0.00;FS=4.717;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.492;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:454,0,322 chrXVI 111711 . A G 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=23.07;ReadPosRankSum=1.617;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:75:725,75,0 chrXVI 111813 . C T 663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.39;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:696,72,0 chrXVI 111924 . C T 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=19.48;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:929,99,0 chrXVI 111979 . T C 974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=22.65;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1007,105,0 chrXVI 112440 . C T 948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=16.63;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:981,99,0 chrXVI 112935 . T C 481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=22.90;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:514,54,0 chrXVI 113074 . G A 741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=27.44;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78:774,78,0 chrXVI 113130 . C T 407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.61;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:45:440,45,0 chrXVI 113838 . C T 900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=26.47;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:96:933,96,0 chrXVI 113880 . T C 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=22.27;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:33:81:768,81,0 chrXVI 114050 . G A 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=25.30;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1905,195,0 chrXVI 114105 . T A 1318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=23.54;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1351,138,0 chrXVI 114171 . A G 571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=21.15;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:66:604,66,0 chrXVI 114192 . A G 475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=27;Dels=0.00;FS=6.532;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=17.59;ReadPosRankSum=2.268;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:54:508,54,0 chrXVI 114225 . T A 436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=17.44;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48:469,48,0 chrXVI 114231 . A G 422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=17.58;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48:455,48,0 chrXVI 114414 . C T 2600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.221e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2633,270,0 chrXVI 114421 . C T 2304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=22.81;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:2337,240,0 chrXVI 114437 . G A 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=24.94;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2003,204,0 chrXVI 114578 . T C 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.579;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:99:388,0,123 chrXVI 115128 . T C 1237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=58;Dels=0.00;FS=2.758;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=21.33;ReadPosRankSum=2.365;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,56:58:99:1270,132,0 chrXVI 115153 . T C 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=21.21;ReadPosRankSum=2.264;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1157,123,0 chrXVI 115170 . G T 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=22.06;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1070,108,0 chrXVI 115252 . G A 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=22.20;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:60:99:1365,138,0 chrXVI 115323 . C A 2965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=26.47;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2998,306,0 chrXVI 115934 . C T 1145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=19.74;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1178,120,0 chrXVI 116036 . C T 1479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=22.75;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1512,156,0 chrXVI 116082 . G A 1214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=17.59;SB=-8.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1247,129,0 chrXVI 116203 . C A 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.05;MQ0=0;QD=20.82;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:118:99:2490,255,0 chrXVI 116214 . A G 2085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=112;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=18.62;ReadPosRankSum=1.701;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:112:99:2118,237,0 chrXVI 116308 . G C 971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=16.46;SB=-7.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1004,105,0 chrXVI 116322 . T C 1137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=17.49;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1170,123,0 chrXVI 116448 . C T 1998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=20.39;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2031,219,0 chrXVI 116499 . T C 2761 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=20.76;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:2794,306,0 chrXVI 116689 . A G 1692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=24.17;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1725,186,0 chrXVI 116904 . C T 1372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=21.44;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1405,138,0 chrXVI 116947 . T G 1353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=18.79;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1386,147,0 chrXVI 117148 . G A 745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=18.62;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87:778,87,0 chrXVI 117201 . G A 118.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=4.38;ReadPosRankSum=-3.419;SB=-7.426e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,12:27:15:151,15,0 chrXVI 117204 . G A 50.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.84;MQ0=0;QD=2.04;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:9:83,9,0 chrXVI 117230 . C T 29.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=1.24;SB=-2.568e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:6:61,6,0 chrXVI 117298 . A G 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=12.14;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:84:810,84,0 chrXVI 117481 . C T 2609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=23.94;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2642,270,0 chrXVI 119014 . G A 3277.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=26.86;SB=-1.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:3277,334,0 chrXVI 119106 . G A 2880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.41;SB=-1.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2913,300,0 chrXVI 120257 . G A 615.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:645,0,793 chrXVI 120608 . A G 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;DP=102;Dels=0.00;FS=2.639;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.618;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:102:99:848,0,755 chrXVI 120832 . C T 969.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.173;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,61:94:99:999,0,472 chrXVI 120838 . G C 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.700;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.477;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,61:102:99:1027,0,619 chrXVI 120844 . C T 948.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.054;DP=99;Dels=0.00;FS=0.758;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.801;SB=-6.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:99:99:978,0,623 chrXVI 121129 . A G 1577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.84;MQ0=0;QD=19.23;SB=-7.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1610,171,0 chrXVI 121136 . C T 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=19.38;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1545,156,0 chrXVI 121193 . G A 1076 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=14.74;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1109,117,0 chrXVI 121484 . A G 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=23.59;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93:906,93,0 chrXVI 121557 . G A 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=35;Dels=0.00;FS=1.324;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.110;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:458,0,232 chrXVI 121751 . G A 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=85;Dels=0.00;FS=8.206;HaplotypeScore=4.9035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.340;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:85:99:739,0,864 chrXVI 121974 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.562;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:732,0,815 chrXVI 122105 . A G 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=19.31;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:90:844,90,0 chrXVI 122198 . T C 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=22.10;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:939,99,0 chrXVI 122473 . T C 1037 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=19.57;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1070,114,0 chrXVI 122545 . T C 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DP=58;Dels=0.00;FS=1.056;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=7.78;ReadPosRankSum=2.250;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:481,0,634 chrXVI 122553 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.587;DP=64;Dels=0.00;FS=2.181;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:64:99:619,0,498 chrXVI 122567 . A G 1303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=20.05;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1336,141,0 chrXVI 122768 . G A 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;QD=21.17;SB=-9.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:1938,201,0 chrXVI 122948 . A G 1331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=61;Dels=0.00;FS=3.040;HaplotypeScore=6.6626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=21.82;ReadPosRankSum=2.368;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:61:99:1364,144,0 chrXVI 123092 . G A 1158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=20.68;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1191,120,0 chrXVI 123188 . G A 1406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=23.05;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1439,153,0 chrXVI 123251 . C T 1599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.84;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1632,168,0 chrXVI 123279 . G A 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.159;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:59:99:759,0,363 chrXVI 123366 . G A 844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=21.64;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:877,93,0 chrXVI 123448 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=45;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.079;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:481,0,464 chrXVI 123457 . C T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=49;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:457,0,480 chrXVI 123705 . T C 1048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=21.83;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1081,114,0 chrXVI 123818 . T C 927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=23.17;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:960,99,0 chrXVI 124031 . C T 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=20.19;SB=-7.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1426,150,0 chrXVI 124049 . G A 1416 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=19.67;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1449,153,0 chrXVI 124058 . T C 1369 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=19.01;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1402,147,0 chrXVI 124079 . A T 918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;QD=15.56;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:951,99,0 chrXVI 124091 . G A 995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=15.79;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1028,105,0 chrXVI 124217 . A G 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1314,144,0 chrXVI 124241 . A G 1341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6567;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=20.32;SB=-4.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:66:99:1374,144,0 chrXVI 124331 . G A 1156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=19.59;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1189,126,0 chrXVI 124436 . T C 1166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=22.42;SB=-7.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1199,132,0 chrXVI 124589 . G A 1006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=22.86;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1039,108,0 chrXVI 124718 . T C 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.13;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:69:626,69,0 chrXVI 124850 . T C 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=19.38;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:72:692,72,0 chrXVI 125264 . G A 2210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=17.13;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:129:99:2243,243,0 chrXVI 125270 . C T 2410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQ0=0;QD=17.46;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:138:99:2443,252,0 chrXVI 125654 . G A 2262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=22.18;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2295,249,0 chrXVI 125670 . T C 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DP=81;Dels=0.00;FS=1.857;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.920;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:580,0,964 chrXVI 125732 . T C 973.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;DP=84;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:1003,0,670 chrXVI 125867 . G A 2175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=24.44;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2208,234,0 chrXVI 125957 . C T 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=20.61;SB=-9.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1723,180,0 chrXVI 126095 . T C 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DP=78;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=22.82;ReadPosRankSum=1.688;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1813,189,0 chrXVI 126582 . A G 1555 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=25.92;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1588,165,0 chrXVI 126808 . C T 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.28;MQ0=0;QD=24.18;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:952,96,0 chrXVI 126838 . A G 960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=24.00;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:993,108,0 chrXVI 127009 . C A 898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.38;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:931,93,0 chrXVI 127059 . A G 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=42;Dels=0.00;FS=1.316;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.286;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:42:99:264,0,292 chrXVI 127372 . G A 902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=20.50;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96:935,96,0 chrXVI 127391 . G A 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=19.43;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:87:849,87,0 chrXVI 127855 . C T 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.723;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=2.163;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:275,0,278 chrXVI 127859 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.934;DP=43;Dels=0.00;FS=1.254;HaplotypeScore=10.5724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:292,0,212 chrXVI 127901 . C T 676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=16.90;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:72:709,72,0 chrXVI 127985 . C T 539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=17.39;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60:572,60,0 chrXVI 128020 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=38;Dels=0.00;FS=2.826;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.184;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:275,0,312 chrXVI 128382 . C T 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=5.59;ReadPosRankSum=-2.087;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:388,0,813 chrXVI 128545 . A C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DP=79;Dels=0.00;FS=4.452;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=8.84;ReadPosRankSum=2.525;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:728,0,781 chrXVI 128692 . A G 906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.82;MQ0=0;QD=15.89;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:939,99,0 chrXVI 128710 . G A 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;QD=16.05;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:1253,129,0 chrXVI 128722 . T C 1081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.05;MQ0=0;QD=15.90;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1114,114,0 chrXVI 128735 . C T 1164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=15.12;SB=-6.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1197,120,0 chrXVI 128864 . G A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=71;Dels=0.00;FS=0.966;HaplotypeScore=8.4565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.089;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:71:99:782,0,520 chrXVI 129873 . G C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:342,0,437 chrXVI 130093 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=2.205;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.377;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:51:99:462,0,282 chrXVI 132625 . A G 102.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=8.52;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:15:135,15,0 chrXVI 132681 . G T 490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=13.61;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:51:523,51,0 chrXVI 132683 . C T 484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=13.44;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:51:517,51,0 chrXVI 132693 . C T 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.03;MQ0=0;QD=12.95;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:54:538,54,0 chrXVI 132779 . C A 611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;QD=18.52;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:644,69,0 chrXVI 132838 . A C 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=20.70;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63:592,63,0 chrXVI 132855 . T C 640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=21.33;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:69:673,69,0 chrXVI 132863 . A T 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-2.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:50:50,0,533 chrXVI 132909 . A G 433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=14.43;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:48:466,48,0 chrXVI 132915 . A G 319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=9.97;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:36:352,36,0 chrXVI 133186 . G A 811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.31;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:87:844,87,0 chrXVI 133388 . C G 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.57;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:979,105,0 chrXVI 134182 . G A 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=37;Dels=0.00;FS=1.631;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.110;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:504,0,279 chrXVI 135960 . T C 308 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=13.39;SB=-8.698e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:36:341,36,0 chrXVI 136535 . A G 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;DP=102;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.884;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:971,0,1035 chrXVI 137712 . G A 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=109;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=3.5647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,57:109:99:1166,0,1030 chrXVI 137748 . T C 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=104;Dels=0.00;FS=0.735;HaplotypeScore=6.3945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.117;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:1101,0,796 chrXVI 138435 . G A 629.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:659,0,925 chrXVI 138601 . A G 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.047;DP=81;Dels=0.00;FS=11.588;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:616,0,960 chrXVI 138747 . G A 1396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.547;DP=150;Dels=0.01;FS=2.071;HaplotypeScore=9.2705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=2.242;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,73:149:99:1426,0,1341 chrXVI 139493 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.205;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.474;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:689,0,445 chrXVI 139660 . C T 413.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.47;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:443,0,493 chrXVI 139685 . G T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.042;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.56;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.723;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:630,0,557 chrXVI 139893 . T A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;DP=39;Dels=0.00;FS=20.114;HaplotypeScore=9.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:289,0,290 chrXVI 140178 . A G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=41;Dels=0.00;FS=7.302;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:164,0,534 chrXVI 140259 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.878;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.324;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.573;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:236,0,262 chrXVI 140372 . A G 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DP=87;Dels=0.00;FS=4.197;HaplotypeScore=7.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,52:87:99:932,0,558 chrXVI 141321 . A G 1125 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=18.75;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1158,120,0 chrXVI 143536 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=75;Dels=0.00;FS=7.940;HaplotypeScore=8.8200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-4.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:75:99:652,0,679 chrXVI 143870 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=72;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=14.2333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:72:99:486,0,683 chrXVI 144828 . C T 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.095;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:115:99:934,0,1116 chrXVI 144915 . C T 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DP=111;Dels=0.00;FS=18.208;HaplotypeScore=14.6566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:111:99:962,0,802 chrXVI 145251 . A G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DP=73;Dels=0.00;FS=12.356;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.186;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:73:99:673,0,756 chrXVI 145367 . T G 2397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=24.46;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2430,252,0 chrXVI 145717 . G C 1333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DP=116;Dels=0.00;FS=3.567;HaplotypeScore=5.7268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.428;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,66:116:99:1363,0,1009 chrXVI 145885 . A G 1159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.15;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1192,126,0 chrXVI 145943 . T C 1953 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.53;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1986,210,0 chrXVI 146064 . C T 2188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=24.31;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2221,231,0 chrXVI 146345 . T C 1319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=22.36;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1352,120,0 chrXVI 147209 . C T 2585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.16;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:2618,276,0 chrXVI 149067 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DP=49;Dels=0.00;FS=10.514;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:471,0,380 chrXVI 149280 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DP=53;Dels=0.00;FS=7.679;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.166;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:471,0,449 chrXVI 149289 . T C 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=50;Dels=0.00;FS=5.751;HaplotypeScore=6.4974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:50:99:348,0,457 chrXVI 149427 . T G 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DP=48;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:324,0,468 chrXVI 149499 . A T 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.117;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.707;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:326,0,483 chrXVI 150328 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=122;Dels=0.00;FS=13.728;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,52:122:99:1029,0,1535 chrXVI 151103 . A C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=39;Dels=0.00;FS=2.693;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:362,0,414 chrXVI 152472 . A G 1849 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.01;SB=-9.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1882,201,0 chrXVI 152937 . A G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DP=77;Dels=0.00;FS=3.043;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.749;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:710,0,787 chrXVI 156322 . A C 1799 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.570;SB=-1.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:1832,189,0 chrXVI 156324 . A T 1832 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.85;MQ0=0;QD=17.79;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1865,189,0 chrXVI 156325 . A T 1800 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:1833,189,0 chrXVI 156326 . A T 1855 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.47;MQ0=0;QD=17.50;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:1888,192,0 chrXVI 156328 . G T 1966 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=18.37;SB=-1.049e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:1999,201,0 chrXVI 157661 . G C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=4.81;ReadPosRankSum=2.061;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:57:99:304,0,563 chrXVI 158940 . G A 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.959;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:877,0,415 chrXVI 159689 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;DP=64;Dels=0.00;FS=5.259;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:714,0,482 chrXVI 160452 . A G 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=58;Dels=0.00;FS=9.545;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.583;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:58:99:456,0,460 chrXVI 162438 . A T 77.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:107,0,418 chrXVI 163733 . G T 3184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.51;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:148:99:3217,325,0 chrXVI 163842 . G A 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=20.81;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1656,171,0 chrXVI 163851 . C T 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.038;DP=72;Dels=0.00;FS=2.069;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:605,0,613 chrXVI 165213 . T C 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.02;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:49:99:1063,114,0 chrXVI 165244 . T C 1261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=60;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=21.02;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1294,135,0 chrXVI 167913 . C A 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DP=72;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.757;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:874,0,566 chrXVI 168242 . G C 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=37;Dels=0.00;FS=1.348;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:306,0,294 chrXVI 168266 . G T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DP=44;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=2.4805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.575;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:357,0,396 chrXVI 168925 . T C 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.594;DP=70;Dels=0.00;FS=2.167;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.083;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:551,0,830 chrXVI 169035 . A G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DP=54;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:367,0,667 chrXVI 169475 . G A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.657;DP=75;Dels=0.00;FS=9.862;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:686,0,629 chrXVI 170236 . T C 1654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=19.93;SB=-1.099e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:83:99:1687,177,0 chrXVI 170247 . C T 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.934;DP=74;Dels=0.00;FS=0.899;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.714;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.811;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:859,0,518 chrXVI 170718 . A G 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=19.05;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:60:99:1176,126,0 chrXVI 171059 . C T 964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.08;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:997,108,0 chrXVI 171270 . A T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.310;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:480,0,507 chrXVI 171982 . C T 2938 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=22.60;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:2971,309,0 chrXVI 172126 . A G 1922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=24.96;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1955,204,0 chrXVI 172141 . C T 2020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=26.23;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2053,207,0 chrXVI 172768 . G A 388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=54;Dels=0.00;FS=5.668;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:418,0,421 chrXVI 172786 . T C 989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=19.78;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1022,108,0 chrXVI 173169 . C G 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;DP=69;Dels=0.00;FS=3.562;HaplotypeScore=3.6476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.630;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:683,0,693 chrXVI 173383 . T C 1074.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;DP=109;Dels=0.00;FS=3.626;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.345;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:109:99:1104,0,886 chrXVI 173535 . T G 1946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1979,210,0 chrXVI 173979 . C T 3038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=25.97;SB=-1.502e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:117:99:3071,315,0 chrXVI 174059 . G A 2378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=22.43;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2411,249,0 chrXVI 174252 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=73;Dels=0.00;FS=7.566;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.310;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.043;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:73:99:346,0,814 chrXVI 174782 . T C 1797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=21.91;SB=-9.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1830,195,0 chrXVI 174826 . A T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.986;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=2.410;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.080;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:461,0,427 chrXVI 175312 . G A 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=23.63;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1451,147,0 chrXVI 177590 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=85;Dels=0.00;FS=4.295;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:628,0,781 chrXVI 177989 . T A 1719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=23.55;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1752,180,0 chrXVI 178167 . T C 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=21.97;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:76:99:1703,177,0 chrXVI 178540 . C T 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.734;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:73:99:424,0,892 chrXVI 180404 . T C 842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=46;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=18.30;ReadPosRankSum=1.655;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:46:96:875,96,0 chrXVI 180436 . A G 962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=4.449;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=24.67;ReadPosRankSum=1.644;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:99:995,102,0 chrXVI 180654 . G A 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DP=35;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.054;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:35:99:300,0,348 chrXVI 180789 . G T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=68;Dels=0.00;FS=3.415;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.959;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:838,0,561 chrXVI 180828 . A G 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;DP=75;Dels=0.00;FS=5.089;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=11.61;ReadPosRankSum=2.127;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:75:99:901,0,496 chrXVI 180851 . T C 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;DP=73;Dels=0.00;FS=4.879;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.708;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:863,0,593 chrXVI 180989 . G A 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.849;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,52:80:99:1033,0,406 chrXVI 181315 . G C 1821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.820;DP=214;Dels=0.00;FS=0.514;HaplotypeScore=13.2011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,99:214:99:1851,0,2123 chrXVI 181699 . A G 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;DP=89;Dels=0.00;FS=4.343;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.420;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:912,0,571 chrXVI 181857 . T C 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;DP=123;Dels=0.00;FS=0.681;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=2.047;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.960;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,50:123:99:968,0,1177 chrXVI 181887 . G A 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DP=95;Dels=0.00;FS=10.168;HaplotypeScore=8.1768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.260;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:929,0,877 chrXVI 182927 . C T 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=18.59;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1167,120,0 chrXVI 182943 . C G 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.00;MQ0=0;QD=20.04;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1135,117,0 chrXVI 183111 . T C 1319 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=25.86;ReadPosRankSum=1.664;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1352,147,0 chrXVI 183385 . A G 1863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=23.29;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1896,201,0 chrXVI 183472 . G T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.413;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:751,0,687 chrXVI 183482 . A G 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=21.99;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1704,151,0 chrXVI 185186 . C T 1535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=135;Dels=0.00;FS=7.539;HaplotypeScore=19.0431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.956;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,80:135:99:1565,0,958 chrXVI 185261 . A G 1658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;DP=165;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=11.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.020;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,82:165:99:1688,0,1644 chrXVI 185392 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;DP=106;Dels=0.00;FS=5.460;HaplotypeScore=416.6424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.011;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.703;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:106:99:436,0,889 chrXVI 185404 . T C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=93;Dels=0.01;FS=1.014;HaplotypeScore=64.1007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.135;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,32:92:99:210,0,596 chrXVI 185416 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=86;Dels=0.00;FS=2.317;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:296,0,371 chrXVI 185503 . A G 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:121:99:1058,0,1023 chrXVI 185512 . G T 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DP=125;Dels=0.00;FS=1.774;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.686;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,62:125:99:1127,0,1004 chrXVI 186190 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DP=53;Dels=0.00;FS=4.346;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:327,0,732 chrXVI 186214 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DP=47;Dels=0.00;FS=6.952;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.383;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:324,0,687 chrXVI 186540 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DP=62;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=10.21;ReadPosRankSum=-2.130;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:663,0,466 chrXVI 186844 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.668;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:715,0,665 chrXVI 186924 . C A 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=64;Dels=0.00;FS=5.450;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.535;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:64:99:340,0,805 chrXVI 186940 . G A 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.265;DP=71;Dels=0.00;FS=1.971;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.019;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:605,0,683 chrXVI 187045 . A G 1097.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=129;Dels=0.00;FS=0.672;HaplotypeScore=6.5141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:129:99:1127,0,1547 chrXVI 187240 . T C 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=65;Dels=0.00;FS=3.566;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:65:99:261,0,687 chrXVI 187312 . G A 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=82;Dels=0.00;FS=3.529;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.150;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:352,0,521 chrXVI 187673 . A T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=65;Dels=0.00;FS=0.949;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:571,0,552 chrXVI 187711 . G A 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.097;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.003;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:788,0,1018 chrXVI 187861 . C G 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=94;Dels=0.00;FS=2.743;HaplotypeScore=11.6377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.242;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.875;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:94:99:835,0,727 chrXVI 187869 . A G 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=86;Dels=0.00;FS=1.763;HaplotypeScore=7.0150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:720,0,898 chrXVI 188250 . A C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;DP=95;Dels=0.00;FS=5.454;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.150;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:95:99:665,0,1265 chrXVI 188367 . C T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=59;Dels=0.00;FS=14.869;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.190;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:628,0,486 chrXVI 188889 . T C 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=19.69;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1096,117,0 chrXVI 189099 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=60;Dels=0.00;FS=4.348;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:60:99:482,0,453 chrXVI 189266 . A G 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.846;DP=53;Dels=0.00;FS=2.417;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.591;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:273,0,657 chrXVI 189282 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=51;Dels=0.00;FS=3.907;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:326,0,563 chrXVI 189297 . T A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DP=60;Dels=0.00;FS=3.698;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:298,0,626 chrXVI 189430 . T C 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:187,0,317 chrXVI 189526 . C G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=48;Dels=0.00;FS=3.359;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.926;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:455,0,333 chrXVI 189639 . C A 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=55;Dels=0.00;FS=1.107;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:394,0,586 chrXVI 189850 . C T 1101.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=82;Dels=0.00;FS=13.368;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.123;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.395;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,51:82:99:1131,0,465 chrXVI 189878 . G A 1105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DP=90;Dels=0.00;FS=13.711;HaplotypeScore=7.7071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:1135,0,587 chrXVI 189891 . A C 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=91;Dels=0.00;FS=16.677;HaplotypeScore=15.0358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.909;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.913;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:91:99:1027,0,620 chrXVI 190020 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=6.28;ReadPosRankSum=2.835;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:300,0,545 chrXVI 190367 . A T 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:337,0,657 chrXVI 190389 . C T 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=54;Dels=0.00;FS=3.788;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:335,0,629 chrXVI 190515 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:397,0,553 chrXVI 190807 . G C 2587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=24.64;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2620,276,0 chrXVI 191038 . T C 1137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.900;DP=128;Dels=0.00;FS=0.678;HaplotypeScore=8.6055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:128:99:1167,0,1207 chrXVI 191167 . T G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DP=64;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=4.3310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:64:99:638,0,458 chrXVI 191183 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.348;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.133;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:572,0,405 chrXVI 191290 . C T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DP=54;Dels=0.00;FS=6.612;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:474,0,534 chrXVI 191944 . C T 677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=18.81;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75:710,75,0 chrXVI 192044 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;DP=75;Dels=0.00;FS=6.266;HaplotypeScore=13.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:75:99:486,0,897 chrXVI 194152 . C T 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.38;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1581,162,0 chrXVI 195694 . A C 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DP=84;Dels=0.00;FS=1.800;HaplotypeScore=13.2981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:84:99:757,0,723 chrXVI 195879 . C T 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=99;Dels=0.00;FS=0.760;HaplotypeScore=9.6166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:99:99:798,0,916 chrXVI 196776 . T C 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.087;DP=134;Dels=0.00;FS=2.295;HaplotypeScore=12.3181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,58:134:99:892,0,1555 chrXVI 198072 . G A 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=58;Dels=0.00;FS=2.859;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:531,0,648 chrXVI 198355 . A T 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.161;DP=62;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=5.1273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:428,0,686 chrXVI 198653 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=49;Dels=0.00;FS=13.462;HaplotypeScore=5.1664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.432;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:49:99:339,0,514 chrXVI 198808 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=58;Dels=0.00;FS=5.611;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:737,0,289 chrXVI 199138 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:320,0,631 chrXVI 199576 . T A 837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=20.92;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93:870,93,0 chrXVI 199717 . C T 727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.38;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78:760,78,0 chrXVI 199801 . T C 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=71;Dels=0.00;FS=4.137;HaplotypeScore=3.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=23.03;ReadPosRankSum=1.683;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:71:99:1668,180,0 chrXVI 199875 . G A 1559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=16.24;SB=-1.146e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1592,159,0 chrXVI 199884 . C T 1569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=17.24;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:1602,171,0 chrXVI 199941 . C G 1688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=19.40;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1721,177,0 chrXVI 200253 . A G 2320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=20.35;SB=-1.275e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:2353,249,0 chrXVI 200431 . C T 2208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=24.00;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2241,234,0 chrXVI 201034 . C T 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=35;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=4.0411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:35:99:300,0,352 chrXVI 201616 . G A 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=58;Dels=0.00;FS=3.683;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=6.60;ReadPosRankSum=2.400;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:413,0,704 chrXVI 201697 . T C 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=95;Dels=0.00;FS=2.948;HaplotypeScore=8.1588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.348;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:775,0,658 chrXVI 201977 . A G 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=64;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=6.5279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:64:99:614,0,424 chrXVI 201985 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.814;DP=68;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=8.8160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.810;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:68:99:400,0,725 chrXVI 202367 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=40;Dels=0.00;FS=14.357;HaplotypeScore=3.4807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.152;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:470,0,271 chrXVI 202599 . G A 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.967;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:463,0,545 chrXVI 202708 . T C 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=24;Dels=0.00;FS=4.172;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=4.88;ReadPosRankSum=2.299;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:147,0,233 chrXVI 202791 . C T 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DP=29;Dels=0.00;FS=3.453;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:177,0,309 chrXVI 202808 . C T 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.041;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:33:99:260,0,268 chrXVI 202889 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DP=51;Dels=0.00;FS=5.936;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:555,0,337 chrXVI 202900 . C T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DP=52;Dels=0.00;FS=7.679;HaplotypeScore=3.8847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.811;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:570,0,401 chrXVI 203200 . T A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=56;Dels=0.00;FS=5.683;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.793;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:369,0,681 chrXVI 204854 . T G 952.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=110;Dels=0.00;FS=7.682;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.016;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:110:99:982,0,984 chrXVI 205023 . C A 2861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=20.01;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:143:99:2894,324,0 chrXVI 206227 . G T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;DP=84;Dels=0.00;FS=4.296;HaplotypeScore=9.1288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:1001,0,545 chrXVI 206288 . T C 1035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=48;Dels=0.00;FS=3.195;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=21.56;ReadPosRankSum=1.444;SB=-6.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1068,114,0 chrXVI 207191 . A G 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.396;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:676,0,931 chrXVI 207254 . C G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DP=56;Dels=0.00;FS=7.656;HaplotypeScore=10.3156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:306,0,638 chrXVI 207290 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DP=49;Dels=0.00;FS=11.630;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:671,0,328 chrXVI 207344 . T A 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:730,0,439 chrXVI 208747 . G A 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:638,0,398 chrXVI 210065 . T C 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=108;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.078;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,46:108:99:877,0,1243 chrXVI 210213 . C A 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.768;DP=109;Dels=0.00;FS=2.794;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.685;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:109:99:954,0,1485 chrXVI 210433 . A G 1708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DP=125;Dels=0.00;FS=41.777;HaplotypeScore=9.0259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.401;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,84:125:99:1738,0,605 chrXVI 210832 . C T 1375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=25.00;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1408,144,0 chrXVI 211078 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;DP=73;Dels=0.00;FS=6.297;HaplotypeScore=12.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.383;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:480,0,685 chrXVI 211190 . T A 1099.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.277;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,56:113:99:1129,0,1075 chrXVI 211577 . T A 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.32;MQ0=0;QD=16.74;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75:736,75,0 chrXVI 212048 . T A 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=99;Dels=0.00;FS=9.601;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.740;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:99:99:1052,0,844 chrXVI 212773 . G A 1960 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=22.02;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1993,210,0 chrXVI 213411 . G A 932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=19.42;SB=-5.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:965,99,0 chrXVI 213707 . C G 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=47;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.032;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:525,0,370 chrXVI 214185 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.415;DP=44;Dels=0.00;FS=9.830;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:443,0,272 chrXVI 214358 . A C 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=21.88;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63:602,63,0 chrXVI 214678 . T G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:233,0,109 chrXVI 214751 . T C 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DP=19;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.056;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:201,0,114 chrXVI 214791 . C T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DP=15;Dels=0.00;FS=9.249;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-4.279e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:174,0,116 chrXVI 214924 . G T 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=41;Dels=0.00;FS=8.522;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:41:99:301,0,345 chrXVI 215055 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:619,0,456 chrXVI 215126 . A G 712 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=23.73;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:78:745,78,0 chrXVI 215183 . T C 400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=22.22;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:45:433,45,0 chrXVI 215587 . G C 1129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=25.09;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1162,120,0 chrXVI 215864 . C T 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=45;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:365,0,483 chrXVI 216100 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;DP=48;Dels=0.00;FS=4.262;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:604,0,285 chrXVI 216683 . T C 219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=36;Dels=0.00;FS=3.539;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:249,0,480 chrXVI 216714 . C T 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=25;Dels=0.00;FS=1.569;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:143,0,260 chrXVI 216780 . T C 80.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=10.1903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.262;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:110,0,390 chrXVI 217014 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=75;Dels=0.00;FS=7.184;HaplotypeScore=7.7545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=4.51;ReadPosRankSum=2.198;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,24:75:99:368,0,867 chrXVI 217016 . A G 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;DP=75;Dels=0.00;FS=7.184;HaplotypeScore=6.9658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=4.33;ReadPosRankSum=2.107;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,24:75:99:355,0,1021 chrXVI 217064 . T C 84.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.481;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:50:99:114,0,644 chrXVI 217075 . G A 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DP=50;Dels=0.00;FS=2.602;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.937;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:86:86,0,623 chrXVI 217092 . A G 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.238;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.613;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:88:88,0,583 chrXVI 217188 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DP=39;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:302,0,312 chrXVI 217218 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;DP=47;Dels=0.00;FS=5.015;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:47:99:327,0,456 chrXVI 217275 . A C 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DP=73;Dels=0.00;FS=15.080;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=6.60;ReadPosRankSum=2.114;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:512,0,693 chrXVI 217557 . A C 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DP=28;Dels=0.00;FS=1.737;HaplotypeScore=3.9571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:200,0,292 chrXVI 217929 . A G 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.940;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:307,0,589 chrXVI 218017 . A G 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;DP=59;Dels=0.00;FS=5.850;HaplotypeScore=7.2659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.683;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:59:99:168,0,809 chrXVI 218115 . C T 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.158;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:749,0,763 chrXVI 218188 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;DP=49;Dels=0.00;FS=4.180;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:595,0,278 chrXVI 218377 . T C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;DP=90;Dels=0.00;FS=8.551;HaplotypeScore=8.7439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:90:99:723,0,908 chrXVI 218443 . T A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DP=67;Dels=0.00;FS=3.548;HaplotypeScore=8.4105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:565,0,615 chrXVI 218575 . A G 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.423;DP=83;Dels=0.00;FS=7.661;HaplotypeScore=6.6555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.779;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:689,0,891 chrXVI 219029 . C T 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.632;DP=63;Dels=0.00;FS=0.987;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:514,0,509 chrXVI 219353 . C T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:265,0,415 chrXVI 219860 . T C 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DP=153;Dels=0.00;FS=6.305;HaplotypeScore=15.2649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.539;SB=-5.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,62:153:99:1082,0,1406 chrXVI 220071 . G A 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;DP=100;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=7.3068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:100:99:1059,0,863 chrXVI 220077 . A G 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DP=113;Dels=0.00;FS=3.087;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.145;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:996,0,1058 chrXVI 220106 . G A 1216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.591;DP=168;Dels=0.00;FS=6.039;HaplotypeScore=18.2611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.940;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.106;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,84:168:99:1246,0,1571 chrXVI 220130 . T A 1379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=199;Dels=0.00;FS=6.065;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.943;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,91:199:99:1409,0,2224 chrXVI 220163 . T C 1292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.374;DP=203;Dels=0.00;FS=4.990;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,87:203:99:1322,0,2327 chrXVI 220293 . C A 1082.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=120;Dels=0.00;FS=4.946;HaplotypeScore=16.5463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=2.173;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.960;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,57:120:99:1112,0,1268 chrXVI 220601 . C T 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=117;Dels=0.00;FS=2.791;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.963;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:1138,0,913 chrXVI 221029 . A G 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.961;DP=72;Dels=0.00;FS=3.458;HaplotypeScore=8.5893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.652;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:635,0,588 chrXVI 221076 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DP=83;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=11.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.618;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:614,0,919 chrXVI 221149 . C T 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DP=102;Dels=0.00;FS=14.012;HaplotypeScore=10.3240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.045;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:102:99:1050,0,924 chrXVI 221325 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;DP=56;Dels=0.00;FS=2.356;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=10.54;ReadPosRankSum=2.324;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:56:99:620,0,426 chrXVI 221327 . A T 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.964;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:692,0,402 chrXVI 221382 . C T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.830;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:85:99:731,0,899 chrXVI 221495 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;DP=70;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=8.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:574,0,682 chrXVI 221591 . G T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.770;DP=60;Dels=0.00;FS=5.386;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:487,0,497 chrXVI 221729 . T A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;DP=71;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=6.4427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:549,0,608 chrXVI 221764 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;DP=53;Dels=0.00;FS=10.377;HaplotypeScore=4.2219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.361;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:53:99:552,0,346 chrXVI 222045 . C T 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=95;Dels=0.00;FS=8.030;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:608,0,1141 chrXVI 222062 . A G 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;DP=97;Dels=0.00;FS=1.954;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:97:99:597,0,1009 chrXVI 222162 . C T 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.296;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:117:99:921,0,1339 chrXVI 222264 . T C 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;DP=102;Dels=0.00;FS=0.871;HaplotypeScore=16.5856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=8.21;ReadPosRankSum=2.462;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:102:99:867,0,743 chrXVI 222598 . G A 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=21.57;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1910,195,0 chrXVI 222732 . C A 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=20.31;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1272,135,0 chrXVI 222796 . G T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;DP=72;Dels=0.00;FS=4.920;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.562;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:585,0,566 chrXVI 223706 . C T 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.136;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:719,0,599 chrXVI 224305 . T G 1146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=10.81;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:1176,0,1102 chrXVI 224569 . G A 1218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.987;DP=121;Dels=0.00;FS=1.493;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:121:99:1248,0,1150 chrXVI 224815 . T C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DP=49;Dels=0.00;FS=5.885;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.250;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:370,0,417 chrXVI 224848 . A G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DP=81;Dels=0.00;FS=16.781;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:81:99:571,0,834 chrXVI 225044 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;DP=57;Dels=0.00;FS=9.545;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.024;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:475,0,529 chrXVI 225172 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DP=47;Dels=0.00;FS=8.333;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:353,0,382 chrXVI 225206 . T C 1302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=23.67;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1335,141,0 chrXVI 225452 . G T 374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.979;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:404,0,498 chrXVI 225486 . T A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=53;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:445,0,534 chrXVI 225550 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=48;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=7.31;ReadPosRankSum=2.373;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:381,0,413 chrXVI 225724 . T C 1143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;DP=99;Dels=0.00;FS=6.708;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.621;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:99:99:1173,0,851 chrXVI 225773 . A G 1308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=127;Dels=0.00;FS=1.539;HaplotypeScore=7.8554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.224;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,66:127:99:1338,0,1205 chrXVI 225805 . C A 1389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.764;DP=127;Dels=0.00;FS=6.643;HaplotypeScore=9.0604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:127:99:1419,0,1241 chrXVI 225893 . T C 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;DP=82;Dels=0.00;FS=6.398;HaplotypeScore=5.6732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.673;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:849,0,886 chrXVI 226571 . C A 559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;QD=16.94;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:60:592,60,0 chrXVI 226573 . A C 542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=16.42;ReadPosRankSum=1.628;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:60:575,60,0 chrXVI 226584 . A G 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=28;Dels=0.00;FS=3.699;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.271;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:96:285,0,96 chrXVI 226604 . C T 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DP=30;Dels=0.00;FS=2.126;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:329,0,190 chrXVI 226631 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=30;Dels=0.00;FS=5.011;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.018;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:283,0,237 chrXVI 227093 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;DP=36;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.123;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:403,0,405 chrXVI 227288 . A C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DP=40;Dels=0.00;FS=1.438;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.862;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:40:99:409,0,297 chrXVI 227603 . C T 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DP=50;Dels=0.00;FS=11.162;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.719;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.029;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:454,0,548 chrXVI 227758 . G A 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DP=54;Dels=0.00;FS=7.625;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:474,0,491 chrXVI 227828 . A G 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;DP=54;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.170;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:54:99:517,0,332 chrXVI 227980 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.592;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:353,0,517 chrXVI 228063 . T C 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;DP=53;Dels=0.00;FS=4.534;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:477,0,529 chrXVI 228661 . A G 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;DP=76;Dels=0.00;FS=2.043;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.781;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.340;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:76:99:465,0,839 chrXVI 228781 . C T 916.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=83;Dels=0.00;FS=7.476;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=11.04;ReadPosRankSum=2.403;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:946,0,629 chrXVI 228950 . G A 1217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=123;Dels=0.00;FS=10.557;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.865;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,63:123:99:1247,0,1273 chrXVI 229093 . C T 937.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=121;Dels=0.00;FS=2.845;HaplotypeScore=14.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.194;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,68:121:99:967,0,852 chrXVI 229246 . A C 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=75;Dels=0.00;FS=0.857;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.346;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:782,0,612 chrXVI 229273 . G A 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DP=44;Dels=0.00;FS=4.451;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.114;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:460,0,358 chrXVI 229407 . C T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=45;Dels=0.00;FS=6.369;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:318,0,378 chrXVI 229636 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:352,0,372 chrXVI 229768 . C T 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DP=62;Dels=0.00;FS=2.166;HaplotypeScore=5.0473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.207;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:472,0,683 chrXVI 229960 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=59;Dels=0.00;FS=3.717;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:516,0,608 chrXVI 229981 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=59;Dels=0.00;FS=2.303;HaplotypeScore=8.1019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.356;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:620,0,529 chrXVI 230063 . G C 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:99:262,0,579 chrXVI 230341 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;DP=48;Dels=0.00;FS=8.953;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.443;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:358,0,519 chrXVI 230687 . T A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=86;Dels=0.00;FS=3.777;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:710,0,920 chrXVI 230852 . A T 444.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=48;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:474,0,454 chrXVI 231052 . T C 2026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=24.12;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2059,216,0 chrXVI 231144 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=70;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=8.8688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.107;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:70:99:657,0,563 chrXVI 231179 . T G 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.390;DP=71;Dels=0.00;FS=0.910;HaplotypeScore=5.7175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.463;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:71:99:591,0,630 chrXVI 231457 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.225;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:63:99:453,0,606 chrXVI 231483 . C T 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:600,0,598 chrXVI 232109 . G T 1548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.602;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=2.642;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,81:152:99:1578,0,1303 chrXVI 232116 . T C 1317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.014;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,70:149:99:1347,0,1513 chrXVI 232287 . T C 1065.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;DP=108;Dels=0.00;FS=6.522;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.850;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:108:99:1095,0,892 chrXVI 232382 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.693;DP=93;Dels=0.00;FS=8.515;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.528;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:788,0,875 chrXVI 232435 . C T 1223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.247;DP=146;Dels=0.00;FS=7.501;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.597;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,70:146:99:1253,0,1445 chrXVI 232560 . C T 2089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.681;DP=225;Dels=0.00;FS=2.577;HaplotypeScore=15.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.037;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,128:225:99:2119,0,1858 chrXVI 232568 . T G 1872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.721;DP=207;Dels=0.00;FS=4.636;HaplotypeScore=10.4707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.849;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,116:207:99:1902,0,1970 chrXVI 232619 . C T 1594.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.606;DP=145;Dels=0.00;FS=0.818;HaplotypeScore=14.0756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=2.824;QD=10.99;ReadPosRankSum=-2.399;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,76:145:99:1624,0,963 chrXVI 232653 . G A 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=109;Dels=0.00;FS=4.206;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=6.95;ReadPosRankSum=-3.465;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:109:99:787,0,1261 chrXVI 232776 . G T 1909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.801;DP=205;Dels=0.00;FS=7.258;HaplotypeScore=13.8437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.607;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.631;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,102:205:99:1939,0,1586 chrXVI 232790 . G C 3842.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;QD=19.31;SB=-1.244e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,191:199:99:3842,420,0 chrXVI 232961 . T C 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:84:99:632,0,696 chrXVI 232978 . T C 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:76:99:441,0,776 chrXVI 233007 . G A 1954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=20.14;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:1987,207,0 chrXVI 233197 . G T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:556,0,271 chrXVI 233462 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DP=51;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=6.7109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.330;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:525,0,470 chrXVI 233717 . C T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DP=79;Dels=0.00;FS=8.135;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:79:99:880,0,611 chrXVI 233841 . C T 1723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=23.28;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1756,180,0 chrXVI 234054 . G A 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=117;Dels=0.00;FS=7.050;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.891;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:117:99:979,0,1156 chrXVI 234100 . A G 877.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=132;Dels=0.00;FS=0.660;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.922;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,56:132:99:907,0,1394 chrXVI 234114 . C G 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=137;Dels=0.00;FS=0.642;HaplotypeScore=4.9519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.000;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,59:137:99:943,0,1534 chrXVI 234171 . C T 1970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;QD=18.58;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:2003,216,0 chrXVI 234188 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.943;DP=98;Dels=0.00;FS=5.075;HaplotypeScore=2.5671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:703,0,885 chrXVI 234189 . C A 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=20.25;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1997,204,0 chrXVI 234253 . G A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=94;Dels=0.00;FS=2.771;HaplotypeScore=9.7396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=1.885;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:653,0,842 chrXVI 234333 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DP=101;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=11.1910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.499;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,58:101:99:738,0,716 chrXVI 234336 . A T 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.600;DP=98;Dels=0.00;FS=2.710;HaplotypeScore=7.3023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-3.787;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.273;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:534,0,787 chrXVI 234405 . A G 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;DP=126;Dels=0.00;FS=6.753;HaplotypeScore=11.1303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.369;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,62:126:99:713,0,1179 chrXVI 234417 . G A 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DP=125;Dels=0.00;FS=4.298;HaplotypeScore=12.5229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=2.971;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:125:99:1038,0,827 chrXVI 234527 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=106;Dels=0.00;FS=4.826;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.811;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:106:99:788,0,1051 chrXVI 234528 . T C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;DP=105;Dels=0.00;FS=2.687;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.154;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:105:99:770,0,1121 chrXVI 234591 . A G 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.698;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:97:99:859,0,758 chrXVI 234789 . C T 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.242;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.441;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.367;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:865,0,797 chrXVI 234836 . G A 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=101;Dels=0.00;FS=0.753;HaplotypeScore=11.1938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.139;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:995,0,859 chrXVI 235149 . A G 1393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=22.47;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1426,150,0 chrXVI 235155 . G A 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.161;DP=64;Dels=0.00;FS=2.143;HaplotypeScore=8.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.985;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:686,0,484 chrXVI 235215 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.189;DP=47;Dels=0.00;FS=8.452;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.458;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:451,0,503 chrXVI 235371 . C T 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;DP=63;Dels=0.00;FS=7.320;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.744;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:492,0,748 chrXVI 235523 . C T 908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.293;DP=84;Dels=0.00;FS=11.973;HaplotypeScore=8.4884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.796;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:938,0,679 chrXVI 235565 . G A 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.077;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.376;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:478,0,474 chrXVI 235830 . A C 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DP=84;Dels=0.00;FS=3.063;HaplotypeScore=6.4366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.062;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:657,0,442 chrXVI 236129 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:563,0,671 chrXVI 236142 . C A 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DP=74;Dels=0.00;FS=0.872;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:629,0,696 chrXVI 236348 . T C 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DP=68;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:606,0,628 chrXVI 236471 . C A 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:97:99:855,0,913 chrXVI 236844 . T A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:595,0,543 chrXVI 236868 . A T 1549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=23.12;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1582,162,0 chrXVI 236973 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DP=65;Dels=0.00;FS=3.745;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.109;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:596,0,556 chrXVI 237068 . C G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:500,0,773 chrXVI 237125 . C T 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.860;DP=76;Dels=0.00;FS=7.896;HaplotypeScore=7.0699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.006;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:76:99:587,0,526 chrXVI 237126 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DP=73;Dels=0.00;FS=8.169;HaplotypeScore=4.7586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:595,0,550 chrXVI 237141 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;DP=78;Dels=0.00;FS=8.043;HaplotypeScore=1.9810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:618,0,597 chrXVI 237218 . C A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DP=82;Dels=0.00;FS=9.186;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:597,0,822 chrXVI 237235 . G A 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:675,0,730 chrXVI 237288 . A G 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=92;Dels=0.00;FS=1.790;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:594,0,1089 chrXVI 237294 . G A 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;DP=101;Dels=0.00;FS=5.225;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:101:99:636,0,1130 chrXVI 237332 . A G 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.354;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:104:99:772,0,1270 chrXVI 237340 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DP=105;Dels=0.00;FS=0.821;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.263;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:105:99:678,0,1157 chrXVI 237387 . G A 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=21.18;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1791,186,0 chrXVI 237675 . C T 1375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DP=103;Dels=0.00;FS=2.853;HaplotypeScore=10.2046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,64:103:99:1405,0,617 chrXVI 237695 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DP=112;Dels=0.00;FS=4.945;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=2.684;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,42:112:99:649,0,1337 chrXVI 237745 . T C 1964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=24.55;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1997,207,0 chrXVI 237834 . G A 1104.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.088;DP=122;Dels=0.00;FS=3.498;HaplotypeScore=8.7899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.371;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,62:122:99:1134,0,1059 chrXVI 237880 . A G 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.252;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,41:102:99:777,0,1226 chrXVI 237969 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.605;DP=76;Dels=0.00;FS=6.122;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.837;QD=4.63;ReadPosRankSum=-2.544;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:76:99:382,0,797 chrXVI 237971 . C T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=73;Dels=0.00;FS=4.626;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.231;QD=4.75;ReadPosRankSum=-2.851;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:377,0,807 chrXVI 238002 . T A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=58;Dels=0.00;FS=17.719;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.546;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.172;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:416,0,657 chrXVI 238051 . A G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;DP=76;Dels=0.00;FS=6.264;HaplotypeScore=4.1526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:659,0,507 chrXVI 238061 . C A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=73;Dels=0.00;FS=6.636;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:772,0,431 chrXVI 238082 . C T 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.071;DP=80;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.057;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:764,0,440 chrXVI 238111 . T C 2002 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.660;SB=-1.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:97:99:2035,219,0 chrXVI 238341 . G A 1233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DP=148;Dels=0.00;FS=8.098;HaplotypeScore=12.7688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.381;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,82:148:99:1263,0,1311 chrXVI 238578 . C T 2057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=21.21;SB=-1.213e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2090,213,0 chrXVI 238837 . C T 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.774;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:55:99:582,0,426 chrXVI 238845 . T C 1316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=21.93;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1349,144,0 chrXVI 239179 . C T 576.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.935;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.218;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:606,0,511 chrXVI 239180 . A T 583.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.113;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:613,0,556 chrXVI 239186 . C T 492.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.671;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:522,0,545 chrXVI 239611 . G T 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=49;Dels=0.00;FS=1.185;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.793;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:374,0,458 chrXVI 239629 . A T 1260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=23.33;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1293,129,0 chrXVI 240133 . C G 909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=104;Dels=0.00;FS=0.736;HaplotypeScore=7.1234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.628;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:104:99:939,0,900 chrXVI 240184 . T C 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.941;DP=96;Dels=0.00;FS=2.707;HaplotypeScore=8.2904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=2.641;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.504;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:96:99:761,0,749 chrXVI 240215 . G A 1678 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1711,174,0 chrXVI 240217 . G A 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DP=85;Dels=0.00;FS=2.936;HaplotypeScore=5.1834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.369;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:85:99:514,0,789 chrXVI 240237 . T C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=93;Dels=0.00;FS=0.805;HaplotypeScore=7.2876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:558,0,863 chrXVI 240445 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.680;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:668,0,652 chrXVI 240478 . G A 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DP=60;Dels=0.00;FS=2.644;HaplotypeScore=6.4989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:516,0,486 chrXVI 240583 . G A 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.827;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:328,0,711 chrXVI 240681 . C G 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=19.36;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:1330,141,0 chrXVI 240772 . A G 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;DP=68;Dels=0.00;FS=3.632;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:68:99:463,0,743 chrXVI 240937 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=54;Dels=0.00;FS=2.415;HaplotypeScore=3.7250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.249;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:409,0,561 chrXVI 240946 . A G 1082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=47;Dels=0.00;FS=4.680;HaplotypeScore=2.7303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=23.02;ReadPosRankSum=1.364;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1115,120,0 chrXVI 241053 . G C 1211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.85;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1244,132,0 chrXVI 241174 . A C 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.095;DP=90;Dels=0.00;FS=4.120;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:90:99:662,0,991 chrXVI 241467 . C T 2499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=20.32;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:2532,264,0 chrXVI 241650 . T C 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=80;Dels=0.00;FS=7.397;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.989;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.880;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:769,0,377 chrXVI 241683 . C A 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=103;Dels=0.00;FS=2.020;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,58:103:99:945,0,739 chrXVI 241702 . A G 1252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;DP=139;Dels=0.00;FS=2.572;HaplotypeScore=8.0450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.195;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,76:139:99:1282,0,896 chrXVI 241801 . A G 2210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;DP=210;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=19.4339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-9.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,111:210:99:2240,0,2058 chrXVI 241902 . G A 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.162;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=32.8895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.432;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:690,0,687 chrXVI 241984 . T A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.069;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:472,0,481 chrXVI 242019 . C G 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DP=89;Dels=0.00;FS=4.160;HaplotypeScore=4.7667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.719;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:728,0,795 chrXVI 242099 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;DP=78;Dels=0.00;FS=1.381;HaplotypeScore=10.4311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:78:99:513,0,694 chrXVI 242224 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.882;DP=83;Dels=0.00;FS=1.826;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.701;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.093;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:83:99:419,0,878 chrXVI 242227 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=82;Dels=0.00;FS=4.276;HaplotypeScore=5.7124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.001;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.543;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:472,0,881 chrXVI 242249 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=67;Dels=0.00;FS=3.389;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:67:99:480,0,564 chrXVI 242326 . C T 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;DP=41;Dels=0.00;FS=5.073;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=2.486;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.956;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:516,0,231 chrXVI 242375 . G C 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.368;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:522,0,502 chrXVI 242377 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.742;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:415,0,525 chrXVI 242716 . A T 2451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=117;Dels=0.00;FS=3.086;HaplotypeScore=9.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=20.95;ReadPosRankSum=1.672;SB=-1.272e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2484,261,0 chrXVI 242761 . G A 2668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:114:99:2701,276,0 chrXVI 242835 . T C 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.216;DP=91;Dels=0.00;FS=10.782;HaplotypeScore=12.6029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=7.41;ReadPosRankSum=-2.106;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:91:99:704,0,864 chrXVI 243021 . A G 1736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=24.11;ReadPosRankSum=1.636;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1769,189,0 chrXVI 243206 . C T 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;DP=95;Dels=0.00;FS=6.824;HaplotypeScore=15.7969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,57:95:99:1034,0,676 chrXVI 243242 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DP=75;Dels=0.00;FS=4.537;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.797;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.050;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:663,0,615 chrXVI 243248 . A G 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=65;Dels=0.00;FS=2.061;HaplotypeScore=2.6124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.281;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:643,0,595 chrXVI 243265 . C T 1338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.58;MQ0=0;QD=21.93;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1371,141,0 chrXVI 243433 . A G 1288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=23.00;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1321,135,0 chrXVI 243601 . T A 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=53;Dels=0.00;FS=3.981;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.076;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.258;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:421,0,604 chrXVI 244210 . A T 272.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.817;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:97:302,0,97 chrXVI 244785 . G A 4175.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.86;SB=-2.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:175:99:4175,436,0 chrXVI 245982 . A T 2273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DP=98;Dels=0.00;FS=4.114;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.697;SB=-9.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2306,231,0 chrXVI 246191 . C G 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=96;Dels=0.00;FS=8.490;HaplotypeScore=4.1703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:96:99:779,0,1011 chrXVI 246379 . G A 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=116;Dels=0.00;FS=1.884;HaplotypeScore=20.1849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,69:116:99:822,0,366 chrXVI 246405 . A G 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=130;Dels=0.00;FS=4.377;HaplotypeScore=14.1850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.086;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,75:130:99:1079,0,889 chrXVI 246905 . T C 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=131;Dels=0.00;FS=6.954;HaplotypeScore=12.8611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.069;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:131:99:840,0,1270 chrXVI 247112 . A C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;DP=66;Dels=0.00;FS=4.273;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:438,0,743 chrXVI 247153 . C A 1789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=22.65;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1822,186,0 chrXVI 247661 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;DP=49;Dels=0.00;FS=6.396;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.101;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.030;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:455,0,341 chrXVI 247710 . G A 508.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=46;Dels=0.00;FS=4.416;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:538,0,173 chrXVI 247766 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DP=45;Dels=0.00;FS=6.267;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:504,0,464 chrXVI 247847 . A G 43.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DP=35;Dels=0.00;FS=1.407;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.201;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:73:73,0,460 chrXVI 247931 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DP=43;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:457,0,291 chrXVI 248123 . C T 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=17.49;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:90:890,90,0 chrXVI 248288 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=44;Dels=0.00;FS=2.649;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:408,0,297 chrXVI 249287 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;DP=64;Dels=0.00;FS=4.378;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:515,0,554 chrXVI 249300 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=63;Dels=0.00;FS=10.350;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.627;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.510;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:503,0,504 chrXVI 250568 . G A 460.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.959;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:490,0,259 chrXVI 250784 . G A 337.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:367,0,519 chrXVI 251053 . C T 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DP=111;Dels=0.00;FS=12.285;HaplotypeScore=7.3041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:111:99:989,0,980 chrXVI 251068 . T C 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=100;Dels=0.00;FS=13.760;HaplotypeScore=6.3902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.095;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:100:99:869,0,917 chrXVI 251210 . A T 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DP=82;Dels=0.00;FS=4.580;HaplotypeScore=9.6431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.298;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,51:82:99:888,0,577 chrXVI 251405 . C T 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=68;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.343;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:68:99:679,0,441 chrXVI 251559 . C T 1230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;DP=100;Dels=0.00;FS=0.791;HaplotypeScore=6.5018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.679;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,64:100:99:1260,0,496 chrXVI 251641 . G A 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DP=109;Dels=0.00;FS=4.033;HaplotypeScore=10.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:109:99:983,0,1219 chrXVI 251738 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DP=58;Dels=0.00;FS=2.150;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.109;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:585,0,504 chrXVI 251826 . G A 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=7.98;ReadPosRankSum=-2.762;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:788,0,823 chrXVI 252004 . A G 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=139;Dels=0.00;FS=1.373;HaplotypeScore=13.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.716;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,55:139:99:822,0,1682 chrXVI 252084 . T C 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DP=73;Dels=0.00;FS=7.579;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.914;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:755,0,789 chrXVI 252117 . G A 1861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=25.49;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1894,189,0 chrXVI 252362 . G A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=89;Dels=0.00;FS=9.319;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.635;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.969;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:477,0,909 chrXVI 252372 . T A 1746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=19.62;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1779,180,0 chrXVI 252428 . G A 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=103;Dels=0.00;FS=4.950;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.433;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.793;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:103:99:794,0,956 chrXVI 252434 . A G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=104;Dels=0.00;FS=6.227;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.425;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:897,0,947 chrXVI 252490 . A G 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.563;DP=121;Dels=0.00;FS=8.379;HaplotypeScore=6.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.351;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,55:121:99:883,0,1224 chrXVI 252501 . A G,T 2011.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=114;Dels=0.00;FS=9.904;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=17.64;ReadPosRankSum=2.832;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,51,60:114:99:2071,1144,1033,927,0,795 chrXVI 252511 . A G 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DP=99;Dels=0.00;FS=3.823;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.641;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:674,0,1004 chrXVI 252550 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,33:86:99:335,0,968 chrXVI 252578 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.111;DP=94;Dels=0.00;FS=2.710;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:688,0,897 chrXVI 252618 . C T 2573 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=117;Dels=0.00;FS=4.247;HaplotypeScore=6.8250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=21.99;ReadPosRankSum=0.429;SB=-1.256e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:117:99:2606,264,0 chrXVI 252946 . G T 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=83;Dels=0.00;FS=4.458;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.074;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,53:83:99:1031,0,344 chrXVI 252991 . A G 905.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=111;Dels=0.00;FS=8.129;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:935,0,869 chrXVI 253090 . G A 2055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=104;Dels=0.00;FS=2.411;HaplotypeScore=11.6950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=19.76;ReadPosRankSum=2.595;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:104:99:2088,200,0 chrXVI 253126 . A G 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;DP=103;Dels=0.00;FS=2.934;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.854;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:886,0,858 chrXVI 253207 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=49;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:49:99:308,0,404 chrXVI 253285 . T A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.490;DP=54;Dels=0.00;FS=4.018;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.827;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:446,0,474 chrXVI 253286 . T C 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DP=55;Dels=0.00;FS=5.637;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.073;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:444,0,491 chrXVI 253297 . G A 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DP=56;Dels=0.00;FS=2.342;HaplotypeScore=5.8022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:56:99:556,0,429 chrXVI 253375 . C T 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.00;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:973,102,0 chrXVI 253678 . A G 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=85;Dels=0.00;FS=3.171;HaplotypeScore=9.5974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:736,0,755 chrXVI 253842 . T C 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;DP=53;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.810;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:407,0,516 chrXVI 253892 . T C 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;QD=24.30;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1248,132,0 chrXVI 254020 . C T 1008.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.211;DP=113;Dels=0.00;FS=1.511;HaplotypeScore=10.7438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.511;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:1038,0,1018 chrXVI 254053 . G A 1203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;DP=130;Dels=0.00;FS=6.772;HaplotypeScore=22.4887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,73:130:99:1233,0,1028 chrXVI 254101 . T C 1108.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DP=111;Dels=0.00;FS=11.041;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.034;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,57:111:99:1138,0,935 chrXVI 254117 . G A 2564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=24.19;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2597,282,0 chrXVI 254474 . G A 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=83;Dels=0.00;FS=1.882;HaplotypeScore=3.3071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:83:99:471,0,988 chrXVI 254494 . A C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DP=77;Dels=0.00;FS=1.932;HaplotypeScore=3.3170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:523,0,880 chrXVI 254530 . C T 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;DP=70;Dels=0.00;FS=2.092;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,46:70:99:859,0,300 chrXVI 254541 . T C 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:64:99:312,0,706 chrXVI 254741 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DP=63;Dels=0.00;FS=2.221;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:63:99:663,0,422 chrXVI 254778 . G A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=47;Dels=0.00;FS=4.386;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=11.13;ReadPosRankSum=2.387;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:47:99:553,0,293 chrXVI 254813 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=58;Dels=0.00;FS=2.365;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,39:58:99:652,0,257 chrXVI 254822 . G A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DP=65;Dels=0.00;FS=3.751;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.807;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,45:65:99:854,0,308 chrXVI 254974 . A G 1462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=22.49;SB=-8.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1495,159,0 chrXVI 255112 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DP=62;Dels=0.00;FS=10.252;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:502,0,451 chrXVI 255750 . G C 2746 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=23.88;SB=-1.311e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2779,288,0 chrXVI 255854 . T C 2435 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;DP=105;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=2.6511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=23.19;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-1.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:105:99:2468,241,0 chrXVI 256359 . T G 925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=20.56;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:958,102,0 chrXVI 256410 . T G 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=18.51;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1514,159,0 chrXVI 256420 . T C 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=17.40;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1477,156,0 chrXVI 256672 . G A 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DP=43;Dels=0.00;FS=6.428;HaplotypeScore=5.6732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=9.23;ReadPosRankSum=2.691;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:427,0,205 chrXVI 257678 . T G 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;DP=41;Dels=0.00;FS=6.618;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=7.85;ReadPosRankSum=2.141;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:352,0,332 chrXVI 257730 . C T 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.202;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:25:99:202,0,245 chrXVI 257774 . G A 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:26:99:153,0,236 chrXVI 257809 . C T 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=39;Dels=0.00;FS=2.909;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.307;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:251,0,322 chrXVI 257872 . T C 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;DP=41;Dels=0.00;FS=1.389;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.327;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:460,0,309 chrXVI 257972 . C T 935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=17.31;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:968,99,0 chrXVI 258041 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DP=39;Dels=0.00;FS=4.763;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.629;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:336,0,333 chrXVI 258230 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.871;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.441;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:39:99:434,0,157 chrXVI 258271 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:279,0,334 chrXVI 258272 . A T 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.946;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:296,0,325 chrXVI 258329 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DP=40;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.687;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.893;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:291,0,165 chrXVI 258332 . A T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=40;Dels=0.00;FS=2.919;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.606;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:99:273,0,212 chrXVI 258364 . C T 230.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DP=43;Dels=0.00;FS=1.167;HaplotypeScore=3.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.942;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:260,0,245 chrXVI 258521 . T C 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.523;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:437,0,868 chrXVI 258984 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=55;Dels=0.00;FS=1.029;HaplotypeScore=6.5376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:451,0,457 chrXVI 259360 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;DP=35;Dels=0.00;FS=1.817;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:246,0,219 chrXVI 259417 . G T 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.362;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:159,0,110 chrXVI 259430 . C G 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:107,0,130 chrXVI 259437 . T A 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=19;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:139,0,158 chrXVI 259921 . T C 97.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=29;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.363;QD=3.35;ReadPosRankSum=-2.225;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:127,0,427 chrXVI 259987 . C A 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.935;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:416,0,307 chrXVI 260089 . G A 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DP=29;Dels=0.00;FS=10.335;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-1.372e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:302,0,117 chrXVI 260252 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DP=49;Dels=0.00;FS=1.117;HaplotypeScore=11.9784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.030;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:348,0,330 chrXVI 260548 . G A 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DP=48;Dels=0.00;FS=1.278;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=2.526;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.565;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:461,0,387 chrXVI 261137 . C G 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=26.29;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1584,168,0 chrXVI 261472 . C T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.041;DP=62;Dels=0.00;FS=6.110;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:602,0,624 chrXVI 262228 . G A 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=24.62;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1387,141,0 chrXVI 262452 . T G 1467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.29;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1500,162,0 chrXVI 262948 . T C 774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.50;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87:807,87,0 chrXVI 263263 . A G 1063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=21.26;SB=-4.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:50:99:1096,117,0 chrXVI 263635 . C A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;DP=65;Dels=0.00;FS=6.764;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:495,0,670 chrXVI 263710 . A G 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DP=63;Dels=0.00;FS=5.346;HaplotypeScore=3.2489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:664,0,559 chrXVI 263733 . A T 1496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=23.02;SB=-6.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1529,153,0 chrXVI 263752 . T A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=84;Dels=0.00;FS=21.448;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.463;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:767,0,740 chrXVI 263788 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DP=70;Dels=0.00;FS=4.767;HaplotypeScore=3.5325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.767;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:490,0,637 chrXVI 263800 . G A 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DP=75;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=2.6940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.575;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:540,0,688 chrXVI 263823 . G A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=91;Dels=0.00;FS=1.733;HaplotypeScore=10.3035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.266;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:795,0,767 chrXVI 263857 . A G 699.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.324;DP=97;Dels=0.00;FS=2.759;HaplotypeScore=8.1082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.880;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:97:99:729,0,705 chrXVI 264124 . A G 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DP=65;Dels=0.00;FS=3.651;HaplotypeScore=9.0199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.472;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.092;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:65:99:653,0,597 chrXVI 264248 . T A 1689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.196;SB=-8.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,94:186:99:1719,0,1605 chrXVI 264333 . A T 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=132;Dels=0.00;FS=0.657;HaplotypeScore=7.3335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:132:99:1149,0,1302 chrXVI 264524 . A C 1782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=16.97;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1815,192,0 chrXVI 264525 . C A 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.952;DP=106;Dels=0.00;FS=9.439;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.023;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,61:106:99:732,0,676 chrXVI 264572 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;DP=130;Dels=0.00;FS=13.034;HaplotypeScore=15.8790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.201;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,69:130:99:703,0,1098 chrXVI 264609 . T C 1138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.814;SB=-6.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,61:126:99:1168,0,1276 chrXVI 264688 . C T 455.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=106;Dels=0.00;FS=0.728;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.047;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.865;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,51:106:99:485,0,1014 chrXVI 264689 . C T 461.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.168;DP=104;Dels=0.00;FS=0.744;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-3.939;QD=4.43;ReadPosRankSum=2.176;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:104:99:491,0,969 chrXVI 264690 . A G 422.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.825;DP=104;Dels=0.00;FS=0.745;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.063;QD=4.06;ReadPosRankSum=2.291;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:104:99:452,0,1045 chrXVI 264705 . G A 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.858;DP=105;Dels=0.00;FS=2.671;HaplotypeScore=10.9208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.800;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.463;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:105:99:443,0,1073 chrXVI 264726 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=88;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=11.0615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.434;QD=4.31;ReadPosRankSum=-3.307;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:88:99:409,0,959 chrXVI 264796 . G A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=76;Dels=0.00;FS=1.912;HaplotypeScore=13.4624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:622,0,570 chrXVI 264839 . A C 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.365;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:527,0,593 chrXVI 264882 . T A 1489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=19.34;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1522,153,0 chrXVI 264929 . T G 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;DP=100;Dels=0.00;FS=12.145;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.072;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:949,0,746 chrXVI 264964 . C T 2379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=21.43;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:2412,246,0 chrXVI 265144 . T C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;DP=101;Dels=0.00;FS=0.768;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.228;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:888,0,1009 chrXVI 265153 . C T 2577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=25.26;SB=-1.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2610,264,0 chrXVI 265753 . T C 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DP=107;Dels=0.00;FS=7.865;HaplotypeScore=7.5671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.208;QD=7.16;ReadPosRankSum=-2.983;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,41:107:99:796,0,1084 chrXVI 265828 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=73;Dels=0.00;FS=6.458;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.226;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:718,0,552 chrXVI 266023 . C T 1165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=21.98;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1198,120,0 chrXVI 266276 . G A 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DP=35;Dels=0.00;FS=5.503;HaplotypeScore=6.5222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.185;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:172,0,287 chrXVI 266311 . T C 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:33:99:315,0,264 chrXVI 266486 . T A 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DP=74;Dels=0.00;FS=4.625;HaplotypeScore=8.7480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.072;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:804,0,498 chrXVI 266771 . G A 62.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=22;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:22:92:92,0,248 chrXVI 266858 . C G 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=56;Dels=0.00;FS=1.297;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.493;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:342,0,530 chrXVI 267131 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:31:99:321,0,177 chrXVI 267269 . A T 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.758;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,31:85:99:588,0,1102 chrXVI 267298 . C T 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=88;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=5.6986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.765;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:943,0,719 chrXVI 267512 . G C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.510;DP=56;Dels=0.00;FS=5.973;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.403;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:541,0,475 chrXVI 267899 . C T 3301.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=23.41;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:3301,334,0 chrXVI 268208 . C T 2062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.17;SB=-1.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2095,213,0 chrXVI 268398 . A G 995.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.273;DP=115;Dels=0.00;FS=10.334;HaplotypeScore=10.0601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:115:99:1025,0,1205 chrXVI 268907 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.472;DP=60;Dels=0.00;FS=2.248;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.658;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:660,0,526 chrXVI 269007 . G A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DP=44;Dels=0.00;FS=1.306;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=6.68;ReadPosRankSum=-2.679;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:324,0,403 chrXVI 269012 . C T 826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90:859,90,0 chrXVI 269341 . A C 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.805;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:495,0,465 chrXVI 269345 . C T 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.899;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:439,0,456 chrXVI 269803 . C T 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.701;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:379,0,398 chrXVI 270158 . C T 1440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=19.73;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1473,159,0 chrXVI 270630 . T C 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=25.17;ReadPosRankSum=1.691;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2147,228,0 chrXVI 270942 . G A 1288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=122;Dels=0.00;FS=16.078;HaplotypeScore=5.9960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,71:122:99:1318,0,933 chrXVI 270991 . T C 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=75;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.907;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:75:99:843,0,466 chrXVI 271044 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.387;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:257,0,273 chrXVI 271054 . T A 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;DP=37;Dels=0.00;FS=3.375;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.234;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:225,0,347 chrXVI 271083 . T A 764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.74;MQ0=0;QD=15.59;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:84:797,84,0 chrXVI 271095 . C T 955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=16.47;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:988,102,0 chrXVI 271127 . G T 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=49;Dels=0.00;FS=13.791;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.653;SB=-1.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:395,0,434 chrXVI 271149 . A G 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;DP=43;Dels=0.00;FS=13.474;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,13:43:99:120,0,568 chrXVI 271460 . C T 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=20.96;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1563,162,0 chrXVI 271555 . G A 1043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.92;MQ0=0;QD=23.18;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1076,105,0 chrXVI 271666 . C T 822 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=17.12;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:90:855,90,0 chrXVI 272032 . A G 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=62;Dels=0.00;FS=16.744;HaplotypeScore=6.6387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:458,0,636 chrXVI 272038 . C T 402.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DP=67;Dels=0.00;FS=10.626;HaplotypeScore=6.6387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:432,0,664 chrXVI 272093 . C G 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DP=74;Dels=0.00;FS=0.858;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.719;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:652,0,696 chrXVI 272321 . T C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.120;DP=68;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:68:99:471,0,648 chrXVI 272485 . G A 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=58;Dels=0.00;FS=1.056;HaplotypeScore=6.3964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:573,0,430 chrXVI 272587 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.682;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:569,0,434 chrXVI 272608 . T C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=80;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=9.4275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:448,0,713 chrXVI 272771 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DP=56;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.300;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:352,0,713 chrXVI 272942 . A G 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.738;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:864,0,916 chrXVI 273202 . A G 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=78;Dels=0.00;FS=6.484;HaplotypeScore=7.3608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.141;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:468,0,963 chrXVI 273221 . A T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=91;Dels=0.00;FS=4.281;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:508,0,1145 chrXVI 273229 . G T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.795;QD=4.25;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:434,0,1141 chrXVI 273496 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=73;Dels=0.00;FS=2.189;HaplotypeScore=4.2925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=4.66;ReadPosRankSum=-2.776;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:370,0,762 chrXVI 273535 . A G 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.795;DP=86;Dels=0.00;FS=5.671;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.449;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:86:99:507,0,1198 chrXVI 273823 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=51;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=2.010;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:361,0,666 chrXVI 273874 . T C 846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.652;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:93:879,93,0 chrXVI 273875 . T C 855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=19.88;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93:888,93,0 chrXVI 274025 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=66;Dels=0.00;FS=2.064;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=9.30;ReadPosRankSum=2.030;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:644,0,565 chrXVI 274031 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;DP=69;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.835;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:520,0,690 chrXVI 274039 . A C 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=75;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.514;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:75:99:628,0,537 chrXVI 274088 . T C 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=105;Dels=0.00;FS=3.618;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=7.13;ReadPosRankSum=-2.056;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:779,0,1220 chrXVI 274370 . T C 1188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=122;Dels=0.00;FS=6.334;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,60:122:99:1218,0,1277 chrXVI 274407 . G A 2725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=24.12;SB=-1.521e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2758,279,0 chrXVI 274443 . T C 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.076;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:694,0,710 chrXVI 274818 . C T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:64:99:684,0,438 chrXVI 274932 . A C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;DP=52;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.989;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:303,0,695 chrXVI 275039 . C T 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=107;Dels=0.00;FS=4.941;HaplotypeScore=8.9291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:960,0,1035 chrXVI 275246 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,37:93:99:459,0,1124 chrXVI 275297 . T C 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DP=138;Dels=0.00;FS=6.301;HaplotypeScore=11.5477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.659;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,70:138:99:1256,0,1316 chrXVI 275384 . G A 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=111;Dels=0.00;FS=13.496;HaplotypeScore=7.9273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=6.49;ReadPosRankSum=-2.175;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:111:99:750,0,1147 chrXVI 275387 . G A 2361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=21.46;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:2394,246,0 chrXVI 275615 . G C 1196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=174;Dels=0.00;FS=6.727;HaplotypeScore=26.8152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,69:174:99:1226,0,1927 chrXVI 275804 . A T 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=67;Dels=0.00;FS=13.613;HaplotypeScore=4.6585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.120;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:633,0,538 chrXVI 275818 . G A 1947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=22.12;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1980,198,0 chrXVI 275836 . C A 3003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=23.83;SB=-6.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3036,298,0 chrXVI 275908 . A T 1191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DP=166;Dels=0.00;FS=15.747;HaplotypeScore=19.2899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.261;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,88:166:99:1221,0,1509 chrXVI 275911 . T C 1224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=165;Dels=0.00;FS=4.129;HaplotypeScore=18.5012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.792;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.761;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,84:165:99:1254,0,1415 chrXVI 275926 . T C 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=134;Dels=0.00;FS=1.436;HaplotypeScore=6.4493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=5.051;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.818;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,52:134:99:1088,0,1417 chrXVI 276005 . G A 1614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=122;Dels=0.00;FS=5.878;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,75:122:99:1644,0,878 chrXVI 276463 . G T 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DP=85;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.515;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:764,0,559 chrXVI 276934 . G A 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DP=86;Dels=0.00;FS=1.807;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.990;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:86:99:500,0,959 chrXVI 277322 . T C 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DP=80;Dels=0.00;FS=3.123;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:80:99:587,0,869 chrXVI 277547 . A G 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DP=53;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=20.53;ReadPosRankSum=1.602;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1121,120,0 chrXVI 277562 . G T 1074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.09;MQ0=0;QD=19.18;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1107,111,0 chrXVI 277570 . C T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;DP=57;Dels=0.00;FS=7.247;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:399,0,425 chrXVI 277737 . G A 1054.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=87;Dels=0.00;FS=0.832;HaplotypeScore=5.7570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.746;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,53:87:99:1084,0,578 chrXVI 277807 . G A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=22.41;SB=-8.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:1691,174,0 chrXVI 277951 . A T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.112;DP=87;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,53:87:99:887,0,624 chrXVI 278223 . T C 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;DP=98;Dels=0.00;FS=6.581;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.646;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:98:99:928,0,1031 chrXVI 278872 . T C 2044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=22.71;ReadPosRankSum=1.694;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2077,222,0 chrXVI 279235 . A G 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DP=79;Dels=0.00;FS=2.210;HaplotypeScore=6.5187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.264;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:928,0,463 chrXVI 279259 . G C 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:68:99:818,0,383 chrXVI 279412 . T C 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:642,0,490 chrXVI 279637 . A G 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.439;DP=46;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.375;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:358,0,433 chrXVI 279722 . A G 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=42;Dels=0.00;FS=3.327;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.671;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:466,0,240 chrXVI 279843 . C T 2031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2064,210,0 chrXVI 280007 . A G 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=79;Dels=0.00;FS=3.220;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:719,0,814 chrXVI 280422 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.756;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:823,0,911 chrXVI 280470 . A G 1136 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=23.67;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:99:1169,117,0 chrXVI 280623 . C A 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:872,0,651 chrXVI 280692 . T G 2965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.385;DP=121;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=7.8357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=24.50;ReadPosRankSum=3.284;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:121:99:2998,318,0 chrXVI 280860 . A G 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.851;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:321,0,609 chrXVI 280872 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.043;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.263;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:298,0,707 chrXVI 281011 . A C 901.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DP=128;Dels=0.00;FS=4.905;HaplotypeScore=11.1875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.725;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,52:128:99:931,0,1605 chrXVI 281659 . T C 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;DP=84;Dels=0.00;FS=1.838;HaplotypeScore=8.8953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=7.30;ReadPosRankSum=2.587;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:84:99:643,0,831 chrXVI 281703 . G A 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.132;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.962;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:489,0,808 chrXVI 281721 . T G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.262;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:429,0,800 chrXVI 281834 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=86;Dels=0.00;FS=1.870;HaplotypeScore=4.7385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.737;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:640,0,763 chrXVI 281838 . C A 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DP=83;Dels=0.00;FS=4.445;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:784,0,589 chrXVI 281885 . G T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=78;Dels=0.00;FS=12.098;HaplotypeScore=7.8208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:78:99:547,0,430 chrXVI 281895 . A G 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=73;Dels=0.00;FS=3.072;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=15.62;ReadPosRankSum=2.347;SB=-9.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:1173,123,0 chrXVI 281956 . C A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DP=82;Dels=0.00;FS=1.799;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:481,0,807 chrXVI 281975 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:80:99:457,0,931 chrXVI 282264 . T C 749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.48;MQ0=0;QD=20.24;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:782,84,0 chrXVI 282326 . C G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DP=57;Dels=0.00;FS=3.897;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:645,0,458 chrXVI 282360 . A G 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;DP=62;Dels=0.00;FS=2.154;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.681;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:565,0,597 chrXVI 282453 . T G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.251;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:636,0,592 chrXVI 282491 . T C 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=63;Dels=0.00;FS=4.068;HaplotypeScore=10.5455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.336;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:414,0,622 chrXVI 282972 . T C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=7.59;ReadPosRankSum=-2.440;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:888,0,730 chrXVI 283161 . G A 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.414;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:535,0,773 chrXVI 283162 . A C,T 1528.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.97;MQ0=0;QD=22.15;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,33,36:69:99:1588,720,624,869,0,787 chrXVI 283198 . G C 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;DP=33;Dels=0.00;FS=2.078;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.803;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.018;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:271,0,357 chrXVI 285327 . T C 1211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=101;Dels=0.00;FS=2.811;HaplotypeScore=8.0955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:1241,0,837 chrXVI 285375 . T C 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.000;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:673,0,634 chrXVI 285398 . C T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.152;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:604,0,453 chrXVI 285432 . T C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.077;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.556;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:763,0,583 chrXVI 285570 . A G 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;DP=116;Dels=0.00;FS=7.267;HaplotypeScore=7.2505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.271;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:751,0,897 chrXVI 285657 . T C 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.974;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:71:99:809,0,541 chrXVI 285865 . C T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DP=50;Dels=0.00;FS=2.628;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.936;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:50:99:436,0,505 chrXVI 286017 . G A 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;DP=69;Dels=0.00;FS=2.248;HaplotypeScore=8.9993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.664;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:648,0,384 chrXVI 286391 . C T 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DP=89;Dels=0.00;FS=4.090;HaplotypeScore=6.4607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=11.02;ReadPosRankSum=2.235;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:1011,0,664 chrXVI 286721 . T C 1327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;DP=122;Dels=0.00;FS=5.606;HaplotypeScore=9.7586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=10.88;ReadPosRankSum=2.118;SB=-7.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:122:99:1357,0,973 chrXVI 286787 . C T 1886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.213;DP=204;Dels=0.00;FS=4.038;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,104:204:99:1916,0,2090 chrXVI 286828 . T A 1770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DP=191;Dels=0.00;FS=0.537;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.884;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,95:191:99:1800,0,1925 chrXVI 286865 . T A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.520;DP=139;Dels=0.00;FS=4.474;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,65:139:99:990,0,1383 chrXVI 286890 . G C 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=98;Dels=0.00;FS=2.925;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:708,0,1004 chrXVI 286906 . A G 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;DP=85;Dels=0.00;FS=2.201;HaplotypeScore=7.7632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.681;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:85:99:526,0,919 chrXVI 286979 . G A 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=102;Dels=0.00;FS=1.757;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:862,0,846 chrXVI 287066 . G A 2114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.843;DP=197;Dels=0.00;FS=9.525;HaplotypeScore=11.9087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.120;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,114:197:99:2144,0,1542 chrXVI 287130 . T C 1184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;DP=113;Dels=0.00;FS=5.934;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=10.48;ReadPosRankSum=1.917;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:113:99:1214,0,864 chrXVI 287349 . C T 1714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.877;DP=144;Dels=0.00;FS=1.495;HaplotypeScore=8.9164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.347;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,89:144:99:1744,0,878 chrXVI 287390 . C T 1420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.498;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,81:134:99:1450,0,861 chrXVI 287392 . G C 1323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;DP=128;Dels=0.00;FS=0.687;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,77:128:99:1353,0,914 chrXVI 287515 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;DP=57;Dels=0.00;FS=1.075;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:520,0,521 chrXVI 288181 . C A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.880;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:475,0,434 chrXVI 288762 . T C 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=58;Dels=0.00;FS=2.226;HaplotypeScore=6.7181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:58:99:619,0,379 chrXVI 288903 . G A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=58;Dels=0.00;FS=3.922;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:475,0,660 chrXVI 289053 . G T 1070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=19.81;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1103,111,0 chrXVI 289247 . C T 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=23.64;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:69:99:1664,168,0 chrXVI 289277 . C T 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.833;DP=56;Dels=0.00;FS=2.457;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:56:99:354,0,595 chrXVI 289443 . A G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.122;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:667,0,637 chrXVI 289490 . C A 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=81;Dels=0.00;FS=5.756;HaplotypeScore=4.2712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:871,0,792 chrXVI 289567 . A G 1083.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DP=114;Dels=0.00;FS=4.674;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.769;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:1113,0,1198 chrXVI 289873 . C T 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DP=116;Dels=0.00;FS=2.367;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.212;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:116:99:1069,0,925 chrXVI 289908 . G T 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.870;DP=106;Dels=0.00;FS=3.684;HaplotypeScore=11.8753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.525;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:106:99:971,0,895 chrXVI 289969 . T C 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;DP=92;Dels=0.00;FS=2.680;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:890,0,946 chrXVI 290015 . T C 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DP=91;Dels=0.00;FS=1.738;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.217;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:91:99:661,0,925 chrXVI 290164 . C G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=84;Dels=0.00;FS=4.258;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.507;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:84:99:556,0,849 chrXVI 290255 . C T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=87;Dels=0.00;FS=1.778;HaplotypeScore=8.0168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=10.55;ReadPosRankSum=-2.097;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:948,0,663 chrXVI 290326 . C T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;DP=117;Dels=0.00;FS=0.696;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=7.85;ReadPosRankSum=-2.284;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:117:99:948,0,1128 chrXVI 290454 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;DP=67;Dels=0.00;FS=2.094;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:67:99:560,0,653 chrXVI 290800 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DP=61;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.329;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:476,0,603 chrXVI 290923 . G A 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;DP=58;Dels=0.00;FS=1.017;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=8.88;ReadPosRankSum=-2.575;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:545,0,624 chrXVI 291046 . G A 4206.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=23.63;SB=-1.878e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:178:99:4206,459,0 chrXVI 291393 . A G 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=81;Dels=0.00;FS=13.627;HaplotypeScore=5.8736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.876;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:769,0,819 chrXVI 291519 . T C 352.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DP=48;Dels=0.00;FS=1.095;HaplotypeScore=9.8032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.450;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:382,0,416 chrXVI 291810 . C T 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.209;DP=64;Dels=0.00;FS=1.019;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.505;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:603,0,629 chrXVI 292164 . C G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=74;Dels=0.00;FS=1.941;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.925;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:631,0,642 chrXVI 292212 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=69;Dels=0.00;FS=2.101;HaplotypeScore=5.0839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.898;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:69:99:740,0,425 chrXVI 292215 . C T 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DP=69;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=4.4006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.885;SB=-4.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:740,0,430 chrXVI 292607 . C T 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=81;Dels=0.01;FS=3.415;HaplotypeScore=18.5334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,53:80:99:906,0,428 chrXVI 292699 . C G 2629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=27.39;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2662,282,0 chrXVI 293051 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.428;DP=104;Dels=0.00;FS=0.804;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:104:99:752,0,847 chrXVI 293179 . T C 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=67;Dels=0.00;FS=5.503;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:67:99:826,0,452 chrXVI 293487 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.430;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.421;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:807,0,619 chrXVI 293960 . G T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:513,0,744 chrXVI 294156 . T C 923.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;DP=95;Dels=0.00;FS=4.529;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.383;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:953,0,955 chrXVI 294485 . G A 1504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;DP=166;Dels=0.00;FS=1.241;HaplotypeScore=19.1651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=2.324;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,86:166:99:1534,0,1598 chrXVI 294624 . T C 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;DP=83;Dels=0.00;FS=2.962;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:760,0,780 chrXVI 294728 . T C 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.302;DP=96;Dels=0.00;FS=5.148;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:916,0,925 chrXVI 294929 . T C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DP=74;Dels=0.00;FS=14.688;HaplotypeScore=12.8310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.753;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:74:99:617,0,579 chrXVI 295127 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=59;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:471,0,557 chrXVI 295177 . G A 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.993;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:569,0,696 chrXVI 295187 . A G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.088;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.976;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:592,0,737 chrXVI 295205 . T C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;DP=79;Dels=0.00;FS=3.116;HaplotypeScore=4.1940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.947;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:586,0,711 chrXVI 295316 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=70;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:361,0,765 chrXVI 295828 . C T 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:259,0,572 chrXVI 295944 . A G 624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=19.50;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:657,69,0 chrXVI 295972 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;DP=42;Dels=0.00;FS=1.216;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.267;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:256,0,418 chrXVI 296306 . A G 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.301;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:508,0,728 chrXVI 296676 . C T 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=78;Dels=0.00;FS=1.905;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.362;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:809,0,656 chrXVI 296884 . T C 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DP=57;Dels=0.00;FS=1.115;HaplotypeScore=10.5633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=4.75;ReadPosRankSum=-2.237;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:301,0,251 chrXVI 297828 . A G 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.756;DP=107;Dels=0.00;FS=7.295;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=8.40;ReadPosRankSum=-2.922;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:929,0,921 chrXVI 297954 . A G 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.490;DP=69;Dels=0.00;FS=2.295;HaplotypeScore=5.6640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:656,0,745 chrXVI 298155 . T C 1081.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.396;DP=98;Dels=0.00;FS=2.752;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,56:98:99:1111,0,785 chrXVI 298173 . G A 897.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=89;Dels=0.00;FS=4.239;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:927,0,726 chrXVI 298280 . T A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=68;Dels=0.00;FS=4.209;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.513;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:446,0,299 chrXVI 298357 . T A 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:691,0,401 chrXVI 298438 . C T 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=83;Dels=0.00;FS=4.674;HaplotypeScore=6.9573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:83:99:916,0,593 chrXVI 298471 . G T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.156;DP=65;Dels=0.00;FS=5.614;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.046;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:65:99:694,0,328 chrXVI 298535 . G A 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;DP=24;Dels=0.00;FS=8.235;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.179;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:171,0,307 chrXVI 298916 . A G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DP=33;Dels=0.00;FS=1.444;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:225,0,345 chrXVI 299549 . A G 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.917;DP=87;Dels=0.00;FS=2.832;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.912;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:796,0,863 chrXVI 299678 . G T 480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=20.87;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51:513,51,0 chrXVI 299735 . A T 608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=20.97;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:66:641,66,0 chrXVI 299834 . T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.620;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:529,0,400 chrXVI 300071 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.422;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:336,0,191 chrXVI 300401 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=39;Dels=0.00;FS=1.366;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:39:99:330,0,360 chrXVI 300467 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.264;DP=41;Dels=0.00;FS=3.174;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.751;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:468,0,215 chrXVI 300478 . G C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;DP=36;Dels=0.00;FS=5.301;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:36:99:361,0,139 chrXVI 300724 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DP=40;Dels=0.00;FS=1.252;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:424,0,230 chrXVI 300745 . G A 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=48;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:251,0,457 chrXVI 300941 . T C 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;DP=59;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=6.4262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:380,0,462 chrXVI 301121 . G A 737.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.983;DP=85;Dels=0.00;FS=0.957;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:767,0,908 chrXVI 301187 . A G 2338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DP=106;Dels=0.00;FS=3.184;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=22.06;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1.301e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:106:99:2371,252,0 chrXVI 301260 . T C 920.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=134;Dels=0.00;FS=0.646;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.052;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:134:99:950,0,1393 chrXVI 301308 . C T 1546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=146;Dels=0.00;FS=1.314;HaplotypeScore=14.2301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.829;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,70:146:99:1576,0,1505 chrXVI 301341 . T C 1487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.086;DP=159;Dels=0.00;FS=2.834;HaplotypeScore=6.8168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-8.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,75:159:99:1517,0,1778 chrXVI 301444 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.257;DP=76;Dels=0.00;FS=0.916;HaplotypeScore=13.6128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.517;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:508,0,891 chrXVI 301568 . C A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DP=104;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:776,0,1242 chrXVI 301572 . T C 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=107;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=3.5227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.597;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:744,0,1177 chrXVI 301695 . C G 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DP=100;Dels=0.00;FS=2.742;HaplotypeScore=6.4618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=7.65;ReadPosRankSum=-2.150;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:100:99:795,0,1096 chrXVI 301952 . A G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;DP=67;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=13.7800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.709;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:686,0,687 chrXVI 302336 . A G 997.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;DP=103;Dels=0.00;FS=3.339;HaplotypeScore=19.7622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.650;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,53:103:99:1027,0,957 chrXVI 302673 . G A 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;DP=110;Dels=0.00;FS=1.827;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.842;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,53:110:99:951,0,1029 chrXVI 302681 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.112;DP=102;Dels=0.00;FS=1.801;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:881,0,1031 chrXVI 302738 . A G 1412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=18.83;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1445,153,0 chrXVI 302825 . T A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.522;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:526,0,770 chrXVI 303354 . C T 903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=24.41;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96:936,96,0 chrXVI 303378 . C T 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.652;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:362,0,328 chrXVI 303450 . G A 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=39;Dels=0.00;FS=1.411;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.578;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:348,0,321 chrXVI 303780 . T C 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.257;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:957,0,868 chrXVI 303807 . C T 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.757;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:748,0,741 chrXVI 304561 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=100;Dels=0.00;FS=5.244;HaplotypeScore=11.4069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.890;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:100:99:807,0,1091 chrXVI 304635 . C T 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.898;DP=99;Dels=0.00;FS=1.859;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.174;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:858,0,869 chrXVI 304734 . A T 1201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=121;Dels=0.00;FS=2.380;HaplotypeScore=5.0248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.348;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.535;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,62:121:99:1231,0,1155 chrXVI 304831 . A G 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;DP=92;Dels=0.00;FS=0.861;HaplotypeScore=20.8038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.007;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:92:99:728,0,621 chrXVI 304895 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;DP=63;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:581,0,544 chrXVI 304957 . T G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;DP=64;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.134;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:590,0,478 chrXVI 304984 . A G 1779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=22.24;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1812,183,0 chrXVI 305273 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DP=41;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:457,0,315 chrXVI 305812 . C T 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;DP=64;Dels=0.00;FS=7.862;HaplotypeScore=8.0617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.739;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:621,0,589 chrXVI 305933 . G C 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=64;Dels=0.00;FS=7.376;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:736,0,443 chrXVI 306198 . A T 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DP=120;Dels=0.00;FS=8.949;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.862;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,51:120:99:862,0,1209 chrXVI 306237 . C A 1390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.778;DP=108;Dels=0.00;FS=3.684;HaplotypeScore=4.5625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.998;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,65:108:99:1420,0,674 chrXVI 306302 . T C 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DP=96;Dels=0.00;FS=7.206;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.600;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:96:99:1016,0,866 chrXVI 306386 . C G 984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;DP=87;Dels=0.00;FS=1.895;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:87:99:1014,0,771 chrXVI 306430 . A G 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.090;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:671,0,917 chrXVI 306556 . G A 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DP=78;Dels=0.00;FS=3.970;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=9.19;ReadPosRankSum=2.287;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:78:99:747,0,551 chrXVI 306698 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;DP=66;Dels=0.00;FS=2.151;HaplotypeScore=12.0273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.555;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:493,0,638 chrXVI 306860 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:236,0,205 chrXVI 307244 . T A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=30;Dels=0.00;FS=8.923;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.109;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:267,0,200 chrXVI 307685 . C T 139.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.647;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:169,0,339 chrXVI 307847 . A G 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:275,0,415 chrXVI 308140 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=56;Dels=0.00;FS=13.341;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.026;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:56:99:402,0,659 chrXVI 308420 . A G 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DP=76;Dels=0.00;FS=1.927;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:880,0,708 chrXVI 308487 . A T 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=78;Dels=0.00;FS=5.697;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.627;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:919,0,595 chrXVI 308554 . T A 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=107;Dels=0.00;FS=5.531;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:829,0,849 chrXVI 308578 . T G 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:105:99:710,0,964 chrXVI 308656 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.663;DP=83;Dels=0.00;FS=2.897;HaplotypeScore=8.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.236;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:899,0,798 chrXVI 308669 . G A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=76;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.871;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:723,0,774 chrXVI 308738 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:554,0,758 chrXVI 308781 . G A 741.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.684;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:95:99:771,0,866 chrXVI 308785 . G T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.776;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.744;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,54:93:99:827,0,805 chrXVI 309089 . G T 998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=18.83;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1031,105,0 chrXVI 309383 . C T 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;DP=21;Dels=0.00;FS=4.706;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.320;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:171,0,107 chrXVI 309587 . G A 85.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.143e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:12:118,12,0 chrXVI 309787 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=49;Dels=0.00;FS=1.330;HaplotypeScore=6.0333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.373;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:398,0,518 chrXVI 309899 . T A 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=21;Dels=0.00;FS=13.415;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-1.679e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:299,0,151 chrXVI 309958 . A G 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=22;Dels=0.00;FS=7.282;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.534;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:164,0,306 chrXVI 310009 . T G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DP=41;Dels=0.00;FS=5.376;HaplotypeScore=2.6159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:448,0,295 chrXVI 310045 . G A 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.521;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:620,0,401 chrXVI 310159 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.148;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:56:99:415,0,675 chrXVI 310795 . G A 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=47;Dels=0.00;FS=4.144;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:397,0,391 chrXVI 310918 . T C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;DP=47;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.309;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:347,0,459 chrXVI 310970 . A C 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=36;Dels=0.00;FS=3.259;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=23.81;ReadPosRankSum=1.540;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:93:890,93,0 chrXVI 311025 . T C 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=27;Dels=0.00;FS=5.988;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:221,0,321 chrXVI 311060 . G A 54.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=27;Dels=0.00;FS=8.975;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:84:84,0,346 chrXVI 311229 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.066;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:74:99:506,0,366 chrXVI 311232 . A C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.887;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:518,0,362 chrXVI 311427 . G A 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=84;Dels=0.00;FS=9.055;HaplotypeScore=2.6576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:795,0,517 chrXVI 311442 . C T 675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DP=84;Dels=0.00;FS=9.040;HaplotypeScore=4.6954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.023;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:705,0,653 chrXVI 311937 . T A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:453,0,509 chrXVI 312405 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DP=71;Dels=0.00;FS=0.892;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:528,0,819 chrXVI 312657 . A T 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=69;Dels=0.00;FS=4.838;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=12.30;ReadPosRankSum=3.218;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:879,0,427 chrXVI 312873 . T C 1218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.884;DP=136;Dels=0.00;FS=3.002;HaplotypeScore=7.2196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,74:136:99:1248,0,910 chrXVI 312892 . T A 1130.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,72:130:99:1160,0,712 chrXVI 313228 . C T 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=45;Dels=0.00;FS=2.094;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.765;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:544,0,400 chrXVI 313263 . G T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DP=43;Dels=0.00;FS=7.143;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=2.223;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:449,0,339 chrXVI 313357 . C T 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=48;Dels=0.00;FS=1.126;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:467,0,498 chrXVI 313377 . G A 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.615;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:451,0,553 chrXVI 313494 . G A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:980,0,802 chrXVI 313832 . G A 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DP=119;Dels=0.00;FS=5.956;HaplotypeScore=10.2050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=6.37;ReadPosRankSum=2.746;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,49:119:99:788,0,1438 chrXVI 313834 . T C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=119;Dels=0.00;FS=5.918;HaplotypeScore=9.4164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=6.59;ReadPosRankSum=2.983;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,48:119:99:814,0,1494 chrXVI 313954 . C G 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;DP=83;Dels=0.00;FS=5.737;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.332;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:83:99:937,0,704 chrXVI 314083 . C G 1121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=22.88;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1154,120,0 chrXVI 314314 . G A 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DP=71;Dels=0.00;FS=12.227;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.849;SB=-3.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:790,0,436 chrXVI 314443 . A G 1399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.86;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1432,150,0 chrXVI 314479 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;DP=70;Dels=0.00;FS=6.456;HaplotypeScore=4.9462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.051;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:652,0,705 chrXVI 315182 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.433;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:88:99:593,0,1155 chrXVI 316580 . T C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DP=67;Dels=0.00;FS=3.254;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.648;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:502,0,537 chrXVI 316651 . T A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;DP=57;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:579,0,514 chrXVI 316765 . G A 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=53;Dels=0.00;FS=4.435;HaplotypeScore=8.7077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.893;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:688,0,212 chrXVI 316953 . A G 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=61;Dels=0.00;FS=2.120;HaplotypeScore=3.3471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.843;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:61:99:709,0,502 chrXVI 317528 . A G 1632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=196;Dels=0.00;FS=0.616;HaplotypeScore=4.2433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,89:196:99:1662,0,1993 chrXVI 317555 . C T 1011.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DP=192;Dels=0.01;FS=1.285;HaplotypeScore=6.1597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,81:190:99:1041,0,2062 chrXVI 317556 . T A 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.953;DP=194;Dels=0.00;FS=0.594;HaplotypeScore=6.1597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.422;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.228;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,81:194:99:1040,0,2014 chrXVI 317602 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.407;DP=125;Dels=0.00;FS=0.676;HaplotypeScore=4.5652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.016;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,51:125:99:817,0,1512 chrXVI 317622 . G A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;DP=110;Dels=0.00;FS=5.972;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.111;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:110:99:797,0,1271 chrXVI 318016 . T C 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=65;Dels=0.00;FS=15.385;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:736,0,436 chrXVI 318049 . C T 1778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=23.39;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1811,183,0 chrXVI 318072 . T G 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=23.36;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1762,180,0 chrXVI 318113 . T C 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;DP=57;Dels=0.00;FS=10.099;HaplotypeScore=4.8128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:57:99:338,0,547 chrXVI 318145 . G A 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=50;Dels=0.00;FS=5.913;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:464,0,359 chrXVI 318169 . G A 616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DP=58;Dels=0.00;FS=14.791;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=10.62;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:646,0,352 chrXVI 318198 . C T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=70;Dels=0.00;FS=9.280;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.385;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,48:70:99:880,0,225 chrXVI 318241 . T C 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=91;Dels=0.00;FS=1.816;HaplotypeScore=8.2237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.257;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,56:91:99:820,0,575 chrXVI 318253 . C A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.411;DP=93;Dels=0.00;FS=8.970;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.247;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.571;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,60:93:99:781,0,493 chrXVI 318410 . C T 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=82;Dels=0.00;FS=15.560;HaplotypeScore=11.0844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.216;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.473;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:815,0,729 chrXVI 318508 . G A 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.536;DP=78;Dels=0.00;FS=12.331;HaplotypeScore=6.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.432;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,50:78:99:1016,0,421 chrXVI 318661 . A G 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DP=90;Dels=0.00;FS=8.705;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:845,0,799 chrXVI 318814 . C T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DP=93;Dels=0.00;FS=3.991;HaplotypeScore=14.1415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:93:99:697,0,908 chrXVI 320279 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;DP=58;Dels=0.00;FS=2.203;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.185;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:618,0,475 chrXVI 320399 . C A 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.925;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:891,0,815 chrXVI 321220 . C G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;DP=74;Dels=0.00;FS=3.195;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.558;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:74:99:659,0,683 chrXVI 321586 . C T 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=75;Dels=0.00;FS=3.226;HaplotypeScore=3.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:572,0,602 chrXVI 321635 . A G 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=92;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=5.0198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:467,0,848 chrXVI 321640 . A C 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:502,0,905 chrXVI 321729 . G A 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;DP=88;Dels=0.00;FS=20.396;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:576,0,1108 chrXVI 321733 . A G 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DP=84;Dels=0.00;FS=13.173;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:612,0,1072 chrXVI 321864 . T C 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=123;Dels=0.00;FS=8.353;HaplotypeScore=5.7680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=2.152;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.394;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:1207,0,1210 chrXVI 321903 . G A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.252;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:91:99:770,0,888 chrXVI 321956 . G A 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=67;Dels=0.00;FS=3.305;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.672;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:692,0,655 chrXVI 322106 . A G 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=95;Dels=0.00;FS=1.957;HaplotypeScore=4.5841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.752;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:687,0,965 chrXVI 322300 . A T 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.146;DP=129;Dels=0.00;FS=9.811;HaplotypeScore=10.3308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.499;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,70:129:99:880,0,1096 chrXVI 322307 . T C 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=140;Dels=0.00;FS=4.233;HaplotypeScore=15.6875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.495;QD=5.14;ReadPosRankSum=3.180;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,70:140:99:749,0,1190 chrXVI 322313 . A G 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=140;Dels=0.00;FS=4.488;HaplotypeScore=15.2827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=6.04;ReadPosRankSum=2.503;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,74:140:99:875,0,1224 chrXVI 322652 . A G 1251.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=143;Dels=0.00;FS=2.281;HaplotypeScore=8.9781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.874;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,68:143:99:1281,0,1534 chrXVI 323015 . T C 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DP=99;Dels=0.00;FS=2.749;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:1062,0,784 chrXVI 323018 . G A 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DP=88;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:1029,0,678 chrXVI 323207 . A G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:83:99:695,0,695 chrXVI 323469 . A G 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.943;DP=113;Dels=0.00;FS=4.482;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:113:99:922,0,1379 chrXVI 323707 . C A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.506;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.101;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:859,0,600 chrXVI 323715 . T C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=91;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=8.2425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.083;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:91:99:575,0,866 chrXVI 323792 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;DP=104;Dels=0.00;FS=0.980;HaplotypeScore=18.9918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:104:99:564,0,1158 chrXVI 323872 . G T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.821;DP=111;Dels=0.00;FS=0.925;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:111:99:714,0,977 chrXVI 323900 . C G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;DP=104;Dels=0.00;FS=2.306;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:104:99:690,0,782 chrXVI 323982 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;DP=56;Dels=0.00;FS=7.569;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:56:99:522,0,249 chrXVI 324018 . C T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;DP=49;Dels=0.00;FS=2.397;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.233;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.505;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:178,0,424 chrXVI 324025 . T G 154.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQ0=0;MQRankSum=-4.049;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.494;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:184,0,397 chrXVI 324148 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DP=34;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=6.4688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.561;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.642;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:34:99:343,0,267 chrXVI 324160 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=26;Dels=0.00;FS=3.442;HaplotypeScore=1.6498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.090;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:256,0,187 chrXVI 324163 . C T 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DP=25;Dels=0.00;FS=3.831;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=3.245;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:175,0,249 chrXVI 324228 . A T 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DP=52;Dels=0.00;FS=1.215;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.091;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,37:52:99:701,0,252 chrXVI 324252 . G A 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.687;DP=58;Dels=0.00;FS=2.392;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=14.33;ReadPosRankSum=1.897;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,40:58:99:861,0,228 chrXVI 324298 . A T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=58;Dels=0.00;FS=5.341;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:533,0,613 chrXVI 324348 . G A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DP=75;Dels=0.00;FS=4.949;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.820;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:75:99:453,0,840 chrXVI 324389 . A G 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.639;DP=73;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.529;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:209,0,1036 chrXVI 324393 . G C 1449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=19.85;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1482,156,0 chrXVI 324400 . A G 14.18 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.748;QD=0.21;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,24:69:44:44,0,998 chrXVI 324468 . C T 122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=30;Dels=0.00;FS=5.710;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.808;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:152,0,235 chrXVI 324519 . G A 218.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=39;Dels=0.00;FS=7.194;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.840;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.211;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:248,0,346 chrXVI 324534 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=50;Dels=0.00;FS=4.534;HaplotypeScore=3.9680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.873;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.691;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:50:99:312,0,394 chrXVI 324535 . T C 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DP=49;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=3.1793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.332;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:307,0,395 chrXVI 324675 . T C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;DP=73;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=10.3281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:73:99:487,0,595 chrXVI 325353 . G A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DP=36;Dels=0.00;FS=5.346;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:259,0,419 chrXVI 325464 . C T 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=46;Dels=0.00;FS=1.253;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.555;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:205,0,383 chrXVI 325596 . T G 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:233,0,275 chrXVI 325797 . A G 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=68;Dels=0.00;FS=0.946;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:68:99:441,0,722 chrXVI 325815 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.760;DP=57;Dels=0.00;FS=5.854;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.830;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:309,0,741 chrXVI 325850 . T C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;DP=69;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:69:99:544,0,708 chrXVI 325896 . G C 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.384;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.805;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:521,0,519 chrXVI 326109 . C T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DP=88;Dels=0.00;FS=1.775;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:599,0,847 chrXVI 326160 . T C 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:774,0,797 chrXVI 326171 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.886;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:99:680,0,800 chrXVI 326203 . C T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=95;Dels=0.00;FS=5.174;HaplotypeScore=5.2010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.679;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.205;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:635,0,777 chrXVI 326226 . G A 706.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=86;Dels=0.00;FS=2.822;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.640;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:736,0,557 chrXVI 326346 . G A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=94;Dels=0.00;FS=11.424;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,37:94:99:379,0,1078 chrXVI 326349 . T A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=90;Dels=0.00;FS=11.793;HaplotypeScore=9.5555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,33:90:99:400,0,1087 chrXVI 326457 . T G 383.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;DP=66;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=18.3807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:66:99:413,0,861 chrXVI 326546 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DP=67;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=6.4225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.604;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:490,0,780 chrXVI 326754 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.236;DP=74;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.225;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.684;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:675,0,701 chrXVI 326955 . T G 1478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=20.82;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1511,159,0 chrXVI 326956 . A G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.111;DP=71;Dels=0.00;FS=2.029;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:539,0,724 chrXVI 327019 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;DP=61;Dels=0.00;FS=2.182;HaplotypeScore=5.6899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=2.070;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:658,0,411 chrXVI 327045 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:528,0,585 chrXVI 327318 . A G 1379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=25.07;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1412,150,0 chrXVI 327623 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=70;Dels=0.00;FS=2.095;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:601,0,584 chrXVI 327765 . T C 1457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.795;DP=149;Dels=0.00;FS=2.331;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.275;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,74:149:99:1487,0,1621 chrXVI 327863 . G A 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.994;DP=92;Dels=0.00;FS=6.691;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.573;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:1065,0,783 chrXVI 327885 . C T 926.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=80;Dels=0.00;FS=10.618;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:956,0,662 chrXVI 328317 . G A 1627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=22.92;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1660,168,0 chrXVI 328939 . C T 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.520;DP=58;Dels=0.00;FS=3.796;HaplotypeScore=11.0922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=10.59;ReadPosRankSum=3.121;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:644,0,391 chrXVI 329027 . A G 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=44;Dels=0.00;FS=4.479;HaplotypeScore=3.9672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.461;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:539,0,200 chrXVI 329164 . A G 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;DP=61;Dels=0.00;FS=3.586;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.400;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:723,0,490 chrXVI 329462 . T C 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:663,0,687 chrXVI 329486 . T C 1702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.40;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1735,177,0 chrXVI 329572 . T G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=64;Dels=0.00;FS=20.722;HaplotypeScore=5.0277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.739;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:415,0,563 chrXVI 329584 . C G 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=60;Dels=0.00;FS=22.100;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.138;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:60:99:390,0,453 chrXVI 329617 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=65;Dels=0.00;FS=3.431;HaplotypeScore=5.2877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:369,0,638 chrXVI 329941 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DP=36;Dels=0.00;FS=1.331;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=8.06;ReadPosRankSum=2.054;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:320,0,377 chrXVI 330097 . G A 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=35;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=4.3585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:35:99:308,0,296 chrXVI 330238 . A G 778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=19.45;ReadPosRankSum=1.646;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:87:811,87,0 chrXVI 330424 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=42;Dels=0.00;FS=5.060;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.128;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:334,0,477 chrXVI 331831 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.2647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:82:99:610,0,746 chrXVI 331845 . C T 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.780;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:64:99:504,0,599 chrXVI 331899 . T A 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=50;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.903;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:467,0,462 chrXVI 331930 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:477,0,602 chrXVI 331974 . C T 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:502,0,867 chrXVI 331976 . G T 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=70;Dels=0.00;FS=2.502;HaplotypeScore=2.2019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.498;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:484,0,851 chrXVI 332036 . C T 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.118;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.854;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:284,0,830 chrXVI 332039 . T C 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.859;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:295,0,785 chrXVI 332346 . G A 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.700;DP=91;Dels=0.00;FS=5.479;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:91:99:817,0,848 chrXVI 332562 . C T 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;DP=86;Dels=0.00;FS=4.129;HaplotypeScore=6.0217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:668,0,756 chrXVI 332646 . G A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=8.79;ReadPosRankSum=-3.275;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:619,0,451 chrXVI 332811 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.086;DP=66;Dels=0.00;FS=2.711;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:421,0,623 chrXVI 332822 . A G 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;DP=68;Dels=0.00;FS=2.634;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,43:68:99:604,0,397 chrXVI 332928 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.488;DP=42;Dels=0.00;FS=7.542;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.096;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:42:99:447,0,247 chrXVI 332952 . G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.269;DP=49;Dels=0.00;FS=6.457;HaplotypeScore=6.8867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.949;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:49:99:509,0,244 chrXVI 333067 . G C 1817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=21.89;SB=-9.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:83:99:1850,195,0 chrXVI 333103 . T C 1143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.909;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,64:109:99:1173,0,628 chrXVI 333546 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.923;DP=71;Dels=0.00;FS=3.466;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:71:99:577,0,666 chrXVI 333741 . C T 1536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.609;DP=161;Dels=0.00;FS=5.708;HaplotypeScore=10.0198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-8.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,84:161:99:1566,0,1487 chrXVI 333767 . T G 1445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=158;Dels=0.00;FS=12.684;HaplotypeScore=4.1545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,71:158:99:1475,0,1727 chrXVI 333887 . A G 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DP=114;Dels=0.00;FS=0.717;HaplotypeScore=5.6105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,50:114:99:914,0,1273 chrXVI 334023 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.016;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:565,0,761 chrXVI 334047 . T C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:81:99:603,0,693 chrXVI 334207 . A G 1854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.83;SB=-7.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1887,198,0 chrXVI 334494 . A G 626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=18.41;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:72:659,72,0 chrXVI 334619 . T C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;DP=55;Dels=0.00;FS=3.721;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.479;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:479,0,480 chrXVI 334746 . A G 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DP=56;Dels=0.00;FS=5.695;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.598;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:493,0,498 chrXVI 335001 . T C 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;DP=133;Dels=0.00;FS=4.570;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:133:99:976,0,1504 chrXVI 335020 . C T 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.824;DP=133;Dels=0.00;FS=11.442;HaplotypeScore=17.6522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,62:133:99:906,0,1342 chrXVI 335267 . C T 3163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=22.92;SB=-1.932e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:138:99:3196,322,0 chrXVI 335400 . G A 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=131;Dels=0.00;FS=4.819;HaplotypeScore=12.7688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.482;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,65:131:99:912,0,1255 chrXVI 335412 . T C 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;DP=117;Dels=0.00;FS=7.525;HaplotypeScore=6.6413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.403;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:117:99:1024,0,1050 chrXVI 335468 . T C 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=93;Dels=0.00;FS=1.834;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.816;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.972;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:761,0,857 chrXVI 335498 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=88;Dels=0.00;FS=2.893;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.496;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:657,0,800 chrXVI 335504 . G A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DP=91;Dels=0.00;FS=7.342;HaplotypeScore=1.8055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:687,0,820 chrXVI 335545 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.773;DP=91;Dels=0.00;FS=5.687;HaplotypeScore=4.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.500;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:575,0,965 chrXVI 335609 . C G 929.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=106;Dels=0.00;FS=5.062;HaplotypeScore=10.4408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.143;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:106:99:959,0,862 chrXVI 335909 . T C 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.617;DP=100;Dels=0.00;FS=0.751;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.578;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:818,0,860 chrXVI 336337 . A G 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DP=68;Dels=0.00;FS=3.425;HaplotypeScore=9.7137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:714,0,475 chrXVI 336865 . T A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=67;Dels=0.00;FS=3.312;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.245;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:526,0,492 chrXVI 336873 . A T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.702;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:570,0,566 chrXVI 337072 . G T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=98;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=11.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:818,0,922 chrXVI 337146 . T C 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=82;Dels=0.00;FS=3.109;HaplotypeScore=7.3132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.819;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:82:99:652,0,664 chrXVI 337160 . C T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=75;Dels=0.00;FS=3.202;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=2.328;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.557;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:635,0,662 chrXVI 337162 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=70;Dels=0.00;FS=3.362;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:611,0,558 chrXVI 337348 . C G 922.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.728;DP=126;Dels=0.00;FS=12.792;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.647;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.983;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,63:126:99:952,0,1174 chrXVI 337437 . C T 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;DP=71;Dels=0.00;FS=5.583;HaplotypeScore=10.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=0.23;ReadPosRankSum=-2.580;SB=-4.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,13:71:46:46,0,1133 chrXVI 337511 . G A 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=48;Dels=0.00;FS=10.265;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.144;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:345,0,753 chrXVI 337574 . G A 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=66;Dels=0.00;FS=32.396;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.943;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:733,0,532 chrXVI 337666 . C T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.235;DP=104;Dels=0.00;FS=25.863;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,40:104:99:849,0,1264 chrXVI 338006 . A G 1451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DP=161;Dels=0.00;FS=6.990;HaplotypeScore=24.7351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,78:161:99:1481,0,1396 chrXVI 338332 . G A 1463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DP=143;Dels=0.00;FS=3.960;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.305;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,72:143:99:1493,0,1374 chrXVI 338426 . T C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=96;Dels=0.00;FS=2.108;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:96:99:763,0,975 chrXVI 338429 . T C 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.013;DP=96;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.336;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:811,0,1006 chrXVI 338640 . A T 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.580;DP=80;Dels=0.00;FS=6.601;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.781;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:720,0,471 chrXVI 338828 . T C 2375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.771;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=22.41;ReadPosRankSum=2.871;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:106:99:2408,249,0 chrXVI 338889 . G A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DP=54;Dels=0.00;FS=8.683;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.995;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:585,0,552 chrXVI 338923 . A T 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=36;Dels=0.00;FS=3.179;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.183;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:221,0,352 chrXVI 338953 . A G 799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=18.16;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87:832,87,0 chrXVI 339175 . G A 1219.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.305;DP=104;Dels=0.00;FS=6.731;HaplotypeScore=14.4695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.446;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,61:104:99:1249,0,602 chrXVI 339202 . A G 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;DP=64;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.900;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:577,0,542 chrXVI 339231 . G T 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DP=51;Dels=0.00;FS=7.963;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:551,0,481 chrXVI 339275 . G T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=58;Dels=0.00;FS=7.296;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:672,0,492 chrXVI 339477 . C T 1330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=14.78;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:90:99:1363,144,0 chrXVI 339486 . G A 1431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=16.08;SB=-1.156e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1464,150,0 chrXVI 339516 . T A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=85;Dels=0.00;FS=15.458;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=5.92;ReadPosRankSum=2.422;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:533,0,592 chrXVI 339840 . A G 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=58;Dels=0.00;FS=1.919;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.240;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:412,0,547 chrXVI 339889 . A G 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.281;DP=88;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=5.8526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.603;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:88:99:813,0,773 chrXVI 340194 . T C 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=31;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:290,0,333 chrXVI 340393 . T C 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=24;Dels=0.00;FS=3.755;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.732;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:137,0,278 chrXVI 340480 . T C 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DP=28;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:201,0,238 chrXVI 340525 . A G 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.302;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:34:99:201,0,297 chrXVI 340795 . G A 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=63;Dels=0.00;FS=6.519;HaplotypeScore=2.7728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=7.76;ReadPosRankSum=-2.455;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:519,0,675 chrXVI 340828 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DP=52;Dels=0.00;FS=1.220;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.497;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:335,0,629 chrXVI 340831 . G T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DP=51;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.805;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:361,0,567 chrXVI 341278 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=65;Dels=0.00;FS=5.000;HaplotypeScore=4.9997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:526,0,647 chrXVI 341320 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=44;Dels=0.00;FS=1.161;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:387,0,317 chrXVI 341647 . G A 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.871;DP=72;Dels=0.00;FS=0.915;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:542,0,809 chrXVI 341700 . C T 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=21.46;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1020,108,0 chrXVI 341746 . T A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.768;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:99:456,0,109 chrXVI 341844 . G A 296.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=40;Dels=0.00;FS=9.360;HaplotypeScore=4.2495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.410;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:326,0,429 chrXVI 342016 . C T 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.867;DP=68;Dels=0.00;FS=3.467;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:528,0,679 chrXVI 342062 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.562;DP=57;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.906;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:464,0,632 chrXVI 342072 . G T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=68;Dels=0.00;FS=8.312;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:68:99:601,0,496 chrXVI 342089 . T A 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;DP=67;Dels=0.00;FS=9.327;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.943;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:628,0,604 chrXVI 342269 . C T 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DP=102;Dels=0.00;FS=5.071;HaplotypeScore=6.4555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.497;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:994,0,1091 chrXVI 342372 . T C 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;DP=85;Dels=0.00;FS=7.134;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.839;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:855,0,640 chrXVI 342412 . C T 808.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=89;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:838,0,868 chrXVI 342600 . A G 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.900;DP=87;Dels=0.00;FS=1.978;HaplotypeScore=5.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:87:99:579,0,1067 chrXVI 342661 . A G 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=73;Dels=0.00;FS=6.714;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=7.93;ReadPosRankSum=3.401;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:609,0,426 chrXVI 342688 . G A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DP=75;Dels=0.00;FS=10.717;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:606,0,474 chrXVI 342745 . G A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DP=76;Dels=0.00;FS=4.714;HaplotypeScore=10.2721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:393,0,761 chrXVI 343066 . C T 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DP=59;Dels=0.00;FS=20.854;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:622,0,321 chrXVI 343255 . A T 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=41;Dels=0.00;FS=4.533;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:331,0,463 chrXVI 343628 . C T 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DP=57;Dels=0.00;FS=3.678;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.567;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:461,0,531 chrXVI 344113 . C T 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DP=101;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.836;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:709,0,1237 chrXVI 344125 . T C 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DP=101;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=5.0134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:101:99:718,0,1263 chrXVI 344324 . T C 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=111;Dels=0.00;FS=0.730;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=9.34;ReadPosRankSum=2.357;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:111:99:1067,0,877 chrXVI 344589 . C T 2366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.20;SB=-1.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2399,246,0 chrXVI 344690 . C T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=69;Dels=0.00;FS=11.156;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.160;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:69:99:318,0,675 chrXVI 344717 . G A 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;DP=65;Dels=0.00;FS=1.042;HaplotypeScore=8.0603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:339,0,667 chrXVI 344783 . G A 1152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=19.86;SB=-6.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1185,123,0 chrXVI 344885 . A T 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=72;Dels=0.00;FS=3.366;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.553;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:594,0,451 chrXVI 345115 . C T 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.196;DP=45;Dels=0.00;FS=4.268;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.557;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:553,0,353 chrXVI 345189 . C A 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=81;Dels=0.00;FS=0.862;HaplotypeScore=3.3644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.221;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:676,0,792 chrXVI 345191 . G A 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;DP=82;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=3.3644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.830;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:847,0,760 chrXVI 345435 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=58;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=7.24;ReadPosRankSum=-2.075;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:450,0,642 chrXVI 345478 . T G 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=9.41;ReadPosRankSum=-2.526;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:877,0,855 chrXVI 345587 . A G 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=126;Dels=0.00;FS=5.773;HaplotypeScore=10.9355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.325;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,60:126:99:1190,0,1286 chrXVI 345704 . C T 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;DP=77;Dels=0.00;FS=4.645;HaplotypeScore=4.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.739;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:738,0,570 chrXVI 345837 . G A 1029.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DP=92;Dels=0.00;FS=5.461;HaplotypeScore=7.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=11.18;ReadPosRankSum=1.130;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:99:1059,0,728 chrXVI 346505 . A G 165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.246;DP=37;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.199;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:195,0,443 chrXVI 346506 . C A 178.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DP=37;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.199;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:208,0,418 chrXVI 346723 . C T 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DP=98;Dels=0.00;FS=9.975;HaplotypeScore=14.7661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:98:99:791,0,870 chrXVI 347399 . G A 886.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=79;Dels=0.00;FS=20.635;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.887;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.849;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:79:99:916,0,669 chrXVI 347435 . T C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.251;DP=91;Dels=0.00;FS=4.732;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.703;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:888,0,850 chrXVI 347437 . A G 893.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DP=92;Dels=0.00;FS=2.048;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.620;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:923,0,828 chrXVI 347451 . G A 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.824;DP=103;Dels=0.00;FS=11.244;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.596;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.918;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:892,0,977 chrXVI 347463 . G A 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;DP=106;Dels=0.00;FS=10.033;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:106:99:886,0,1106 chrXVI 347719 . T A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.557;DP=73;Dels=0.00;FS=24.945;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.216;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:449,0,680 chrXVI 347757 . C G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;DP=106;Dels=0.00;FS=4.842;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.724;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,38:106:99:592,0,1056 chrXVI 347759 . C T 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.929;DP=103;Dels=0.00;FS=5.047;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.562;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,38:103:99:643,0,1024 chrXVI 347790 . A C 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.656;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,56:113:99:1031,0,849 chrXVI 347814 . G A 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DP=110;Dels=0.00;FS=2.140;HaplotypeScore=4.2433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.058;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,65:110:99:1055,0,666 chrXVI 347838 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=104;Dels=0.00;FS=5.914;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.837;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:1029,0,840 chrXVI 347993 . T C 362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.602;DP=64;Dels=0.00;FS=0.952;HaplotypeScore=4.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.598;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:392,0,767 chrXVI 348034 . T C 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DP=96;Dels=0.00;FS=1.954;HaplotypeScore=6.6600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:699,0,982 chrXVI 348151 . T C 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.216;DP=99;Dels=0.00;FS=9.219;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.989;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.830;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:99:99:1024,0,823 chrXVI 348228 . G A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DP=59;Dels=0.00;FS=7.919;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.120;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,18:59:99:217,0,925 chrXVI 348243 . A C 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DP=68;Dels=0.00;FS=2.278;HaplotypeScore=4.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.767;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,19:68:99:147,0,1068 chrXVI 348244 . T C 109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.519;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.323;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,17:68:99:139,0,1000 chrXVI 348254 . T G 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.750;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.308;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,21:67:99:130,0,1018 chrXVI 348268 . T C 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.896;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.793;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,19:61:99:181,0,818 chrXVI 348285 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;DP=67;Dels=0.00;FS=1.018;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:67:99:292,0,886 chrXVI 348351 . A T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.616;DP=92;Dels=0.00;FS=1.729;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:697,0,700 chrXVI 348431 . A G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.991;DP=127;Dels=0.02;FS=12.236;HaplotypeScore=35.5069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.464;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,64:125:99:793,0,995 chrXVI 348505 . A T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.969;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:635,0,1116 chrXVI 348547 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.458;DP=51;Dels=0.00;FS=2.554;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.652;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:298,0,597 chrXVI 348646 . A G 1806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=3.507;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.639;SB=-8.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1839,198,0 chrXVI 348690 . G A 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DP=76;Dels=0.00;FS=4.636;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:919,0,557 chrXVI 348739 . G A 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=72;Dels=0.00;FS=4.738;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=9.47;ReadPosRankSum=-2.114;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:72:99:712,0,679 chrXVI 348815 . T C 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.32;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1760,186,0 chrXVI 349012 . T G 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DP=80;Dels=0.00;FS=13.526;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.504;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:545,0,759 chrXVI 349570 . C T 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=22.39;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1354,138,0 chrXVI 349595 . T C 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DP=64;Dels=0.00;FS=3.869;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:553,0,551 chrXVI 349717 . G C 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.767;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:234,0,181 chrXVI 349739 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.109;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:229,0,173 chrXVI 349901 . A T 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DP=49;Dels=0.00;FS=4.114;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:269,0,650 chrXVI 350090 . T A,G 1072.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.58;MQ0=0;QD=22.33;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,20,28:48:99:1132,659,604,473,0,398 chrXVI 350204 . T C 437.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.868;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=2.227;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.150;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:467,0,733 chrXVI 350221 . G A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=70;Dels=0.00;FS=3.052;HaplotypeScore=5.4346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.441;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:748,0,518 chrXVI 350251 . T A 809.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=62;Dels=0.00;FS=4.794;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:839,0,466 chrXVI 350341 . T C 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=51;Dels=0.00;FS=29.525;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:417,0,520 chrXVI 350422 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.500;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.404;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.834;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:251,0,643 chrXVI 350434 . A G 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;DP=49;Dels=0.00;FS=1.269;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.171;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.291;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:243,0,502 chrXVI 350446 . C T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=44;Dels=0.00;FS=8.339;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.406;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:308,0,404 chrXVI 350455 . C T 177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=44;Dels=0.00;FS=5.963;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.439;QD=4.02;ReadPosRankSum=-2.054;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:207,0,352 chrXVI 350461 . T C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.704;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:230,0,367 chrXVI 350476 . C T 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=43;Dels=0.00;FS=1.747;HaplotypeScore=4.2179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.153;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:244,0,376 chrXVI 350533 . C T 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.545;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:478,0,327 chrXVI 350654 . C G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;DP=48;Dels=0.00;FS=7.938;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.273;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:471,0,417 chrXVI 350713 . A G 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:113,0,294 chrXVI 350773 . A G 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.386;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:27:99:188,0,271 chrXVI 350968 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;DP=41;Dels=0.00;FS=6.937;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:41:99:406,0,283 chrXVI 351571 . C T 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;DP=43;Dels=0.00;FS=1.841;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,27:43:99:629,0,314 chrXVI 352084 . A G 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.023;DP=93;Dels=0.00;FS=11.724;HaplotypeScore=6.9059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:93:99:892,0,904 chrXVI 352228 . A C 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=23.34;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1480,153,0 chrXVI 352479 . C T 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=10.14;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:90:885,90,0 chrXVI 352604 . T G 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=82;Dels=0.00;FS=2.976;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.812;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:781,0,829 chrXVI 352789 . G A 1429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.644;DP=140;Dels=0.00;FS=0.636;HaplotypeScore=11.2613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:140:99:1459,0,1337 chrXVI 352812 . G T 1430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=148;Dels=0.00;FS=1.340;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.307;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-6.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,75:148:99:1460,0,1340 chrXVI 352962 . A G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;DP=73;Dels=0.00;FS=1.145;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.023;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:636,0,559 chrXVI 353307 . G A 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=28;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:239,0,225 chrXVI 353312 . A G 157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=24;Dels=0.00;FS=6.111;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:187,0,189 chrXVI 353360 . A G 169.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=23;Dels=0.00;FS=22.718;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.560;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:199,0,263 chrXVI 353391 . G C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;DP=23;Dels=0.00;FS=15.656;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.939;SB=-9.587e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:198,0,194 chrXVI 353638 . C T 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:755,0,444 chrXVI 353939 . G A 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=97;Dels=0.00;FS=2.727;HaplotypeScore=15.7856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=9.30;ReadPosRankSum=-2.234;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:97:99:932,0,745 chrXVI 354275 . C T 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.280;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,57:112:99:976,0,866 chrXVI 354421 . G T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=34;Dels=0.00;FS=1.445;HaplotypeScore=3.2272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.017;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:253,0,482 chrXVI 354489 . G T 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=29;Dels=0.00;FS=1.571;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:137,0,351 chrXVI 354498 . A G 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:142,0,305 chrXVI 354697 . G A 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DP=46;Dels=0.00;FS=1.142;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.874;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:415,0,409 chrXVI 355221 . A C 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.066;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:487,0,383 chrXVI 355413 . C T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;DP=41;Dels=0.00;FS=9.473;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.884;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.804;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:402,0,358 chrXVI 355469 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;DP=39;Dels=0.00;FS=12.506;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.183;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:463,0,264 chrXVI 355544 . C A 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=78;Dels=0.00;FS=5.876;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:878,0,546 chrXVI 355697 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=53;Dels=0.00;FS=13.966;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=8.83;ReadPosRankSum=2.791;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:498,0,537 chrXVI 355834 . T C 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=58;Dels=0.00;FS=9.678;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.717;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:595,0,439 chrXVI 356057 . G T 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=54;Dels=0.00;FS=9.971;HaplotypeScore=10.6248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=2.135;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:427,0,321 chrXVI 356245 . T G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DP=45;Dels=0.00;FS=6.714;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:45:99:428,0,469 chrXVI 356407 . T C 512.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,31:47:99:542,0,184 chrXVI 356553 . G A 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;DP=65;Dels=0.00;FS=5.176;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:694,0,559 chrXVI 356572 . C T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.710;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:577,0,611 chrXVI 356680 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=29;Dels=0.00;FS=1.542;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.270;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:29:99:325,0,195 chrXVI 356776 . T C 1053.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.474;DP=85;Dels=0.00;FS=2.957;HaplotypeScore=5.1283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.872;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:85:99:1083,0,458 chrXVI 356805 . G A 1420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.618;DP=116;Dels=0.00;FS=4.693;HaplotypeScore=7.2100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.715;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,73:116:99:1450,0,605 chrXVI 356893 . A T 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=67;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=2.1557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:761,0,528 chrXVI 356972 . C T 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;DP=31;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:266,0,256 chrXVI 356993 . C T 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=31;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:256,0,249 chrXVI 357136 . T C 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.634;DP=69;Dels=0.00;FS=22.214;HaplotypeScore=8.0939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:461,0,663 chrXVI 357226 . G T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DP=50;Dels=0.00;FS=11.161;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.052;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:486,0,407 chrXVI 357296 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:375,0,485 chrXVI 357327 . G A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DP=38;Dels=0.00;FS=1.805;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:365,0,430 chrXVI 357802 . T C 1612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.478;DP=197;Dels=0.00;FS=9.651;HaplotypeScore=22.0040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.401;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,91:197:99:1642,0,1865 chrXVI 358537 . A G 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=77;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=6.3902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:715,0,592 chrXVI 358804 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;DP=63;Dels=0.00;FS=7.409;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.119;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:730,0,448 chrXVI 358908 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=56;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=4.8834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:351,0,563 chrXVI 358961 . C G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.668;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.987;QD=6.70;ReadPosRankSum=2.032;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:47:99:345,0,295 chrXVI 359182 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DP=62;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.036;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:689,0,433 chrXVI 359224 . A T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;DP=46;Dels=0.00;FS=1.162;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:352,0,535 chrXVI 359258 . C G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=42;Dels=0.00;FS=15.699;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.367;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:258,0,588 chrXVI 359449 . C G 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=35;Dels=0.00;FS=12.882;HaplotypeScore=23.2156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.98;MQ0=0;MQRankSum=4.550;QD=6.54;ReadPosRankSum=-2.217;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:259,0,239 chrXVI 359468 . C A 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=29;Dels=0.00;FS=5.374;HaplotypeScore=1.5700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.231;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:99:141,0,145 chrXVI 359574 . T A 946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=19.31;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:979,102,0 chrXVI 359584 . A G 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DP=49;Dels=0.00;FS=2.524;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.658;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:213,0,585 chrXVI 359596 . G A 894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=19.02;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93:927,93,0 chrXVI 359608 . A C 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;DP=45;Dels=0.00;FS=2.619;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:137,0,451 chrXVI 359680 . G T 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DP=28;Dels=0.00;FS=10.056;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:173,0,309 chrXVI 359691 . A T 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;DP=46;Dels=0.00;FS=12.922;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.467;SB=-8.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:280,0,458 chrXVI 359694 . C T 332.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=47;Dels=0.00;FS=10.181;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=7.06;ReadPosRankSum=-2.043;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:362,0,454 chrXVI 359781 . T A 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.126;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:828,0,752 chrXVI 359890 . T A 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;DP=57;Dels=0.00;FS=3.277;HaplotypeScore=24.8381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.998;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:632,0,654 chrXVI 359952 . C A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:558,0,373 chrXVI 360040 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=63;Dels=0.00;FS=4.721;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.777;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:484,0,674 chrXVI 360123 . G A 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=-4.986;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.285;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:73:99:389,0,820 chrXVI 360124 . A C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.928;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.452;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:358,0,882 chrXVI 360138 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.583;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:72:99:343,0,743 chrXVI 360139 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.332;DP=72;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.958;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.126;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:353,0,758 chrXVI 360170 . A G 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;DP=66;Dels=0.00;FS=5.121;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.574;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:298,0,680 chrXVI 360191 . C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;DP=65;Dels=0.00;FS=2.186;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.404;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:307,0,698 chrXVI 360315 . G C 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.107;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:34:99:266,0,348 chrXVI 360607 . T C 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=36;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.646;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:342,0,227 chrXVI 360643 . A G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=47;Dels=0.00;FS=9.522;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:47:99:419,0,494 chrXVI 360727 . A G 279.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DP=57;Dels=0.00;FS=2.733;HaplotypeScore=6.4149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:57:99:309,0,790 chrXVI 360769 . T G 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DP=62;Dels=0.00;FS=1.191;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.081;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:349,0,888 chrXVI 360991 . A T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;DP=55;Dels=0.00;FS=7.616;HaplotypeScore=0.9983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=5.15;ReadPosRankSum=2.353;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:313,0,622 chrXVI 361001 . G A 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;DP=60;Dels=0.00;FS=7.646;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.457;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:283,0,591 chrXVI 361070 . A G 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=88;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=14.0209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.709;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:88:99:531,0,704 chrXVI 361102 . G A 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=84;Dels=0.00;FS=2.952;HaplotypeScore=5.6173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:777,0,658 chrXVI 361351 . C T 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.724;DP=82;Dels=0.00;FS=4.731;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:925,0,715 chrXVI 361513 . C A 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=74;Dels=0.00;FS=2.040;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:723,0,666 chrXVI 361590 . C T 1027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DP=123;Dels=0.00;FS=5.877;HaplotypeScore=9.4851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.277;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,59:123:99:1057,0,1063 chrXVI 361807 . A G 757.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=81;Dels=0.00;FS=1.882;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.949;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.550;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:787,0,777 chrXVI 361836 . C G 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=75;Dels=0.00;FS=2.070;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.235;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:672,0,677 chrXVI 361856 . A G 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DP=66;Dels=0.00;FS=7.038;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:543,0,661 chrXVI 362022 . T A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.044;DP=113;Dels=0.00;FS=1.809;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.446;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,47:113:99:734,0,1528 chrXVI 362249 . T A 1011.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=128;Dels=0.00;FS=20.978;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.232;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,59:128:99:1041,0,1455 chrXVI 362269 . G C 3378.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=22.37;SB=-1.531e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:151:99:3378,357,0 chrXVI 362462 . T C 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=104;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=8.14;ReadPosRankSum=2.057;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:877,0,960 chrXVI 362546 . T C 1169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DP=120;Dels=0.00;FS=3.229;HaplotypeScore=14.9480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=9.74;ReadPosRankSum=2.261;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,62:120:99:1199,0,861 chrXVI 363066 . T G 1918 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=84;Dels=0.00;FS=2.595;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=22.83;ReadPosRankSum=2.391;SB=-7.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:1951,207,0 chrXVI 363203 . T C 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=83;Dels=0.00;FS=6.003;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.003;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:937,0,698 chrXVI 363218 . T C 1903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=24.09;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1936,207,0 chrXVI 363484 . T C 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.769;DP=107;Dels=0.00;FS=2.516;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:1001,0,1153 chrXVI 363492 . C A 1061.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.131;DP=102;Dels=0.00;FS=2.570;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.208;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:1091,0,874 chrXVI 363580 . C T 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DP=80;Dels=0.00;FS=7.346;HaplotypeScore=2.6469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.425;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:735,0,682 chrXVI 363609 . C T 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DP=70;Dels=0.00;FS=12.956;HaplotypeScore=4.9401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:565,0,509 chrXVI 363694 . A C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.089;DP=103;Dels=0.00;FS=0.797;HaplotypeScore=4.8801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.672;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:730,0,993 chrXVI 363799 . C G 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;DP=132;Dels=0.00;FS=0.642;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.177;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,58:132:99:1105,0,1572 chrXVI 363977 . A G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=63;Dels=0.00;FS=13.546;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.368;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:633,0,594 chrXVI 364018 . C G 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;DP=70;Dels=0.00;FS=2.019;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:866,0,516 chrXVI 364060 . T G 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.989;DP=91;Dels=0.00;FS=0.863;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.999;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:91:99:1090,0,542 chrXVI 364156 . T G 879.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DP=98;Dels=0.00;FS=5.146;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.376;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:98:99:909,0,907 chrXVI 364396 . C T 2071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1.070e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2104,207,0 chrXVI 364729 . A G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;DP=62;Dels=0.00;FS=3.086;HaplotypeScore=10.5821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:183,0,447 chrXVI 364931 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.614;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:319,0,529 chrXVI 364999 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.022;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:170,0,298 chrXVI 365403 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=31;Dels=0.00;FS=1.702;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.912;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:322,0,190 chrXVI 365411 . G A 239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.715;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.995;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:269,0,245 chrXVI 365764 . C G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;DP=53;Dels=0.00;FS=1.073;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:53:99:369,0,531 chrXVI 365920 . T C 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DP=51;Dels=0.00;FS=1.122;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.783;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.341;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:330,0,491 chrXVI 365980 . T A 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=72;Dels=0.00;FS=2.050;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=9.93;ReadPosRankSum=-2.473;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:745,0,434 chrXVI 366184 . A T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=55;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:520,0,523 chrXVI 366437 . G T 1409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DP=169;Dels=0.00;FS=5.446;HaplotypeScore=15.2599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.328;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.813;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,73:169:99:1439,0,1920 chrXVI 366522 . T C 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;DP=135;Dels=0.00;FS=1.730;HaplotypeScore=10.4976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.832;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,65:135:99:1308,0,1301 chrXVI 366649 . G A 1185.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=113;Dels=0.00;FS=10.973;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.669;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,66:113:99:1215,0,1008 chrXVI 366773 . C T 1281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DP=151;Dels=0.00;FS=2.127;HaplotypeScore=15.5435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.325;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,76:151:99:1311,0,1453 chrXVI 367091 . C T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.551;DP=80;Dels=0.00;FS=3.116;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,49:80:99:837,0,602 chrXVI 367127 . C A 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.813;DP=84;Dels=0.00;FS=2.948;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:732,0,588 chrXVI 367132 . C T 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=86;Dels=0.00;FS=0.827;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:86:99:730,0,574 chrXVI 367171 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=69;Dels=0.00;FS=3.396;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.923;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.393;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:411,0,561 chrXVI 367764 . C T 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.618;DP=88;Dels=0.00;FS=6.965;HaplotypeScore=3.3463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=2.576;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.129;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:900,0,832 chrXVI 368066 . C A 1094.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.872;DP=131;Dels=0.00;FS=0.663;HaplotypeScore=12.6646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.379;SB=-5.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:131:99:1124,0,1310 chrXVI 368095 . G A 2537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.06;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:110:99:2570,273,0 chrXVI 368135 . C T 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.52;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1703,171,0 chrXVI 368308 . G A 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;DP=61;Dels=0.00;FS=5.389;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.416;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:709,0,489 chrXVI 368611 . T G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DP=44;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.434;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:312,0,615 chrXVI 368905 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=41;Dels=0.00;FS=4.611;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=3.258;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.993;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:250,0,429 chrXVI 368962 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=43;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.089;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:181,0,434 chrXVI 368980 . A G 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.069;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:173,0,389 chrXVI 369001 . C T 756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=17.58;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:81:789,81,0 chrXVI 369255 . A G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DP=33;Dels=0.00;FS=5.287;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.675;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:306,0,381 chrXVI 369350 . T C 217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.771;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:32:99:247,0,269 chrXVI 369476 . A G 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.447;DP=111;Dels=0.00;FS=4.135;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,38:111:99:429,0,1848 chrXVI 369483 . T C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.534;DP=110;Dels=0.00;FS=1.804;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,37:110:99:395,0,1788 chrXVI 369585 . T G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=49;Dels=0.00;FS=1.231;HaplotypeScore=4.2266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=5.96;ReadPosRankSum=-2.027;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:322,0,532 chrXVI 369665 . C T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=31;Dels=0.00;FS=1.484;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:31:99:369,0,263 chrXVI 369748 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=53;Dels=0.00;FS=11.696;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.020;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:343,0,603 chrXVI 370280 . A G 632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=19.15;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69:665,69,0 chrXVI 370692 . C G 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DP=23;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.767;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:79:79,0,140 chrXVI 370772 . T A 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.767;DP=30;Dels=0.00;FS=1.468;HaplotypeScore=4.7638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.251;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:240,0,184 chrXVI 370936 . T C 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;DP=56;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=6.6534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:448,0,458 chrXVI 371029 . C T 123.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=19;Dels=0.00;FS=12.420;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.634;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:153,0,184 chrXVI 371082 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DP=31;Dels=0.00;FS=3.477;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:426,0,237 chrXVI 371406 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:30:99:361,0,178 chrXVI 371445 . C T 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=34;Dels=0.00;FS=1.459;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.720;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.661;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:34:99:434,0,195 chrXVI 371571 . T C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.865;DP=54;Dels=0.00;FS=2.239;HaplotypeScore=9.5366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:364,0,455 chrXVI 371706 . T C 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=54;Dels=0.00;FS=1.067;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:54:99:452,0,392 chrXVI 372243 . A G 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=50;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=3.3282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.002;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:268,0,516 chrXVI 372267 . C T 231.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=47;Dels=0.00;FS=1.150;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:261,0,439 chrXVI 372339 . G A 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.278;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:457,0,343 chrXVI 372742 . C T 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=74;Dels=0.00;FS=8.006;HaplotypeScore=7.6679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.086;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:555,0,933 chrXVI 373029 . C T 794.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;DP=102;Dels=0.00;FS=1.546;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:824,0,865 chrXVI 373168 . A G 366.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:396,0,284 chrXVI 373351 . T C 753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=22.15;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81:786,81,0 chrXVI 373399 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:91:353,0,91 chrXVI 373419 . T A 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.7892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.425;QD=5.06;ReadPosRankSum=2.222;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:202,0,288 chrXVI 373422 . T A 134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DP=33;Dels=0.00;FS=1.945;HaplotypeScore=6.2213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.175;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:164,0,293 chrXVI 373522 . T C 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=66;Dels=0.00;FS=4.934;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.067;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:669,0,416 chrXVI 373560 . A T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.876;DP=66;Dels=0.00;FS=2.177;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.062;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:703,0,362 chrXVI 373641 . T G 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.503;DP=60;Dels=0.00;FS=1.132;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,39:60:99:837,0,373 chrXVI 373674 . G A 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=65;Dels=0.00;FS=2.341;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.574;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:65:99:883,0,459 chrXVI 373946 . G A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.178;DP=66;Dels=0.00;FS=3.530;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.388;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.899;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:715,0,431 chrXVI 374061 . A G 1511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;DP=136;Dels=0.00;FS=1.380;HaplotypeScore=15.7008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.820;SB=-6.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,76:136:99:1541,0,1155 chrXVI 374156 . G T 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.160;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:436,0,464 chrXVI 374261 . C T 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;DP=76;Dels=0.00;FS=1.921;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:576,0,737 chrXVI 374282 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DP=75;Dels=0.00;FS=1.977;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.426;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.045;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:618,0,726 chrXVI 374399 . T A 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DP=65;Dels=0.00;FS=2.116;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:482,0,634 chrXVI 374422 . C T 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.878;DP=58;Dels=0.00;FS=1.058;HaplotypeScore=7.2379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:569,0,401 chrXVI 375193 . A T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=78;Dels=0.00;FS=6.068;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.148;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:687,0,585 chrXVI 375203 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=74;Dels=0.00;FS=2.085;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.050;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:74:99:661,0,527 chrXVI 375375 . T A 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=91;Dels=0.00;FS=10.603;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:543,0,933 chrXVI 375533 . G A 1294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.950;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.936;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,67:122:99:1324,0,1122 chrXVI 375534 . T A 1236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.307;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.920;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:123:99:1266,0,1133 chrXVI 375693 . G A 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;DP=83;Dels=0.00;FS=5.006;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=6.06;ReadPosRankSum=-3.574;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:83:99:533,0,1038 chrXVI 376113 . C T 577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DP=54;Dels=0.00;FS=6.941;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.384;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:607,0,384 chrXVI 376180 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DP=52;Dels=0.00;FS=1.332;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.560;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:483,0,300 chrXVI 376312 . G A 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=76;Dels=0.00;FS=6.183;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.251;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:712,0,591 chrXVI 376755 . G A 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DP=78;Dels=0.00;FS=12.451;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:853,0,807 chrXVI 376862 . T C 328.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:358,0,455 chrXVI 377062 . T A 696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=15.47;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:75:729,75,0 chrXVI 377179 . G C 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=25;Dels=0.00;FS=4.619;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:25:86:86,0,327 chrXVI 377330 . A G 202.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DP=30;Dels=0.00;FS=3.776;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:232,0,289 chrXVI 377336 . C T 563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.83;MQ0=0;QD=20.11;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63:596,63,0 chrXVI 377648 . C T 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.59;MQ0=2;QD=24.18;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1750,180,0 chrXVI 378085 . A G 1484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.371;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,77:158:99:1514,0,1472 chrXVI 378124 . T C 2426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=120;Dels=0.00;FS=4.054;HaplotypeScore=3.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=20.22;ReadPosRankSum=1.643;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,116:120:99:2459,261,0 chrXVI 378130 . C A 2179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=21.16;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2212,231,0 chrXVI 378167 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=61;Dels=0.00;FS=7.119;HaplotypeScore=7.5843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:582,0,324 chrXVI 378223 . C T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.183;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:297,0,340 chrXVI 378249 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.357;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.534;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.011;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:357,0,364 chrXVI 378260 . C A,G 790.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=54;Dels=0.04;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6945;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.84;MQ0=0;QD=14.63;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,30,22:52:99:850,434,383,417,0,366 chrXVI 378492 . T C 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.150;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=2.195;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.341;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:527,0,883 chrXVI 378635 . G C 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=62;Dels=0.00;FS=13.277;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:558,0,633 chrXVI 378640 . G T 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=65;Dels=0.00;FS=12.918;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.275;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:65:99:617,0,595 chrXVI 378721 . G A 1540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=19.01;SB=-7.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:1573,159,0 chrXVI 378794 . G A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.729;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:826,0,653 chrXVI 378809 . A T 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;DP=75;Dels=0.00;FS=1.383;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=2.858;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.234;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:614,0,626 chrXVI 378865 . A G 230.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.612;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:260,0,234 chrXVI 378927 . T C 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.827;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:174,0,149 chrXVI 378939 . C T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.785;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:258,0,216 chrXVI 378951 . C T 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:353,0,321 chrXVI 379018 . C T 856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=15.56;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:96:889,96,0 chrXVI 379192 . T C 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=32;Dels=0.00;FS=2.543;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:32:99:130,0,568 chrXVI 379218 . G A 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;DP=20;Dels=0.00;FS=2.602;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.619;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:95:95,0,332 chrXVI 379335 . C G 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=93;Dels=0.00;FS=3.962;HaplotypeScore=18.8534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.321;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:598,0,734 chrXVI 379460 . C T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;DP=38;Dels=0.00;FS=4.613;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.657;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.234;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:41:41,0,317 chrXVI 379477 . G T 18.07 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DP=31;Dels=0.00;FS=15.100;HaplotypeScore=1.6598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:48:48,0,261 chrXVI 379573 . C T 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=32;Dels=0.00;FS=5.576;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=2.66;ReadPosRankSum=-2.355;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:115,0,315 chrXVI 379971 . T C 717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=18.87;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:750,78,0 chrXVI 380250 . A G 609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=20.30;ReadPosRankSum=1.617;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:69:642,69,0 chrXVI 380502 . G A 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=35;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.613;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:333,0,325 chrXVI 380513 . T C 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=36;Dels=0.00;FS=3.110;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:303,0,314 chrXVI 380527 . C T 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=34;Dels=0.00;FS=1.447;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:310,0,325 chrXVI 380674 . G C 560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=19.31;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:63:593,63,0 chrXVI 380801 . A G 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.469;DP=54;Dels=0.00;FS=4.543;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:54:99:223,0,690 chrXVI 380806 . T C 158.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=59;Dels=0.00;FS=2.617;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:188,0,746 chrXVI 381121 . T C 568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DP=61;Dels=0.00;FS=1.009;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.385;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:598,0,637 chrXVI 381495 . G C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.445;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:81:99:825,0,742 chrXVI 381557 . T C 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=22;Dels=0.00;FS=7.501;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.937;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:236,0,141 chrXVI 381682 . C T 167.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.781;QD=6.68;ReadPosRankSum=1.101;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:25:99:197,0,122 chrXVI 381702 . C T 188.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.850;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:218,0,232 chrXVI 381741 . G A 360.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:390,0,307 chrXVI 381922 . A C 1957 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=27.56;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1990,204,0 chrXVI 382024 . G A 92.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.143;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:12:99:122,0,103 chrXVI 382120 . A C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.676;DP=39;Dels=0.00;FS=1.793;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.553;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:39:99:370,0,344 chrXVI 382203 . G A 876.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.312;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:906,0,503 chrXVI 382213 . A G 1659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=24.40;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1692,177,0 chrXVI 382287 . T C 1105 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.881;DP=59;Dels=0.00;FS=16.003;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=18.73;ReadPosRankSum=2.881;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:1138,120,0 chrXVI 382450 . A G 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=57;Dels=0.00;FS=1.010;HaplotypeScore=3.3326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.303;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:645,0,521 chrXVI 382708 . G A 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;DP=52;Dels=0.00;FS=1.044;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.137;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:481,0,378 chrXVI 382832 . C A 1440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;QD=21.82;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1473,150,0 chrXVI 382997 . A G 902.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.044;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:932,0,746 chrXVI 383245 . A G 843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.896;DP=101;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=15.4579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:101:99:873,0,1015 chrXVI 383361 . T C 4639.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=20.44;SB=-3.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,227:227:99:4639,490,0 chrXVI 383778 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:566,0,586 chrXVI 383928 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.214;DP=78;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=2.7736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.625;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:571,0,688 chrXVI 384709 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=49;Dels=0.00;FS=17.502;HaplotypeScore=10.6071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=11.12;ReadPosRankSum=1.380;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:575,0,154 chrXVI 385232 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.334;DP=49;Dels=0.00;FS=1.143;HaplotypeScore=6.5307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:49:99:401,0,450 chrXVI 385271 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;DP=46;Dels=0.00;FS=4.534;HaplotypeScore=7.4409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:46:99:403,0,466 chrXVI 385391 . G A 727.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:757,0,698 chrXVI 385957 . A G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DP=99;Dels=0.00;FS=11.620;HaplotypeScore=7.9421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:99:99:763,0,1260 chrXVI 386168 . T C 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=107;Dels=0.00;FS=6.677;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=19.02;ReadPosRankSum=1.635;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:2068,216,0 chrXVI 386225 . T G 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.107;DP=143;Dels=0.00;FS=1.878;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.192;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,65:143:99:980,0,1227 chrXVI 386264 . C T 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;DP=161;Dels=0.00;FS=1.482;HaplotypeScore=8.6530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.474;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,71:161:99:1148,0,1552 chrXVI 386485 . T C 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=42;Dels=0.00;FS=1.203;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:336,0,343 chrXVI 386639 . A G 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.232;DP=89;Dels=0.00;FS=8.812;HaplotypeScore=14.1754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:89:99:679,0,971 chrXVI 386960 . C T 1675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=17.82;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1708,174,0 chrXVI 386966 . T G 1674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=95;Dels=0.00;FS=8.263;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=17.62;ReadPosRankSum=2.398;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,93:95:99:1707,177,0 chrXVI 387009 . C T 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=18.26;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:1950,201,0 chrXVI 387248 . C T 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:450,0,430 chrXVI 387471 . C T 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.162;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:908,0,588 chrXVI 387550 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;DP=63;Dels=0.00;FS=1.036;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.625;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.527;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:758,0,455 chrXVI 387747 . C A 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=86;Dels=0.00;FS=0.920;HaplotypeScore=6.5589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.134;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:599,0,627 chrXVI 387762 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.620;DP=94;Dels=0.00;FS=4.161;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.658;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.966;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:663,0,644 chrXVI 387786 . A G 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;DP=93;Dels=0.00;FS=0.806;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.159;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.133;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:93:99:583,0,722 chrXVI 388066 . A G 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DP=60;Dels=0.00;FS=1.026;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.185;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:409,0,664 chrXVI 388241 . T A 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=21.94;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1196,126,0 chrXVI 388417 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;DP=40;Dels=0.00;FS=7.672;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:218,0,459 chrXVI 388527 . A C 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=34;Dels=0.00;FS=3.093;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.054;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:241,0,285 chrXVI 388558 . A G 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=27;Dels=0.00;FS=3.674;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:27:90:90,0,337 chrXVI 388560 . T C 10.42 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:40:40,0,298 chrXVI 388922 . A T 831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=22.46;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:864,90,0 chrXVI 389144 . A G,T 814.01 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.66;MQ0=0;QD=20.35;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,21,19:40:99:874,375,318,499,0,457 chrXVI 389191 . A G 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=36;Dels=0.00;FS=2.788;HaplotypeScore=4.8820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.512;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:240,0,328 chrXVI 389519 . T C 771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.84;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:84:804,84,0 chrXVI 389620 . C T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DP=30;Dels=0.00;FS=1.529;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:285,0,227 chrXVI 389644 . T A 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=23.71;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84:839,84,0 chrXVI 389702 . A G 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DP=35;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=2.103;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:251,0,269 chrXVI 389708 . G A 234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;DP=32;Dels=0.00;FS=5.121;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.880;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:264,0,244 chrXVI 389788 . G A 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=24;Dels=0.00;FS=4.060;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:291,0,159 chrXVI 389817 . A G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:288,0,356 chrXVI 389821 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.920;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:372,0,276 chrXVI 389858 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=50;Dels=0.00;FS=9.988;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.620;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:389,0,442 chrXVI 389951 . T C 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=52;Dels=0.00;FS=4.256;HaplotypeScore=4.8172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:581,0,323 chrXVI 390062 . G A 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=94;Dels=0.00;FS=1.250;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:934,0,931 chrXVI 390074 . A G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;DP=98;Dels=0.00;FS=2.937;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,56:98:99:921,0,941 chrXVI 390234 . A G 1059.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.688;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:119:99:1089,0,813 chrXVI 390500 . A G 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.118;DP=77;Dels=0.00;FS=6.707;HaplotypeScore=4.3982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=8.55;ReadPosRankSum=2.151;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:688,0,758 chrXVI 390526 . A T 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DP=102;Dels=0.00;FS=3.441;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,46:102:99:786,0,1069 chrXVI 390621 . T A 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DP=109;Dels=0.00;FS=2.630;HaplotypeScore=11.1715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.891;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.215;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,53:109:99:900,0,857 chrXVI 390636 . C T 2050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;QD=21.13;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2083,210,0 chrXVI 390896 . G A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DP=54;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:400,0,438 chrXVI 391587 . G A 653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.21;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69:686,69,0 chrXVI 391605 . G A 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;DP=39;Dels=0.00;FS=5.931;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:323,0,302 chrXVI 392013 . C T 318.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:348,0,256 chrXVI 392071 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DP=56;Dels=0.00;FS=3.850;HaplotypeScore=12.7667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:362,0,511 chrXVI 392179 . A G 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=65;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.057;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:589,0,586 chrXVI 392213 . T C 1130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=22.16;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1163,120,0 chrXVI 392272 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DP=44;Dels=0.00;FS=4.376;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.504;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:487,0,391 chrXVI 392447 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=52;Dels=0.00;FS=5.699;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.824;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:369,0,556 chrXVI 392460 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.253;DP=57;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.737;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:438,0,528 chrXVI 392538 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=76;Dels=0.00;FS=0.909;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:552,0,685 chrXVI 392874 . A G 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=21.73;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1315,141,0 chrXVI 393134 . C T 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DP=94;Dels=0.00;FS=1.709;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:94:99:1092,0,748 chrXVI 393285 . T C 1595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.27;SB=-7.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:75:99:1628,174,0 chrXVI 393808 . T A 3218.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=24.57;SB=-1.566e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:3252,333,0 chrXVI 393858 . A G 811.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;DP=80;Dels=0.00;FS=4.307;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.212;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:841,0,642 chrXVI 393869 . T A 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;DP=83;Dels=0.00;FS=5.632;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=11.61;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:994,0,658 chrXVI 394442 . T A 1230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=52;Dels=0.00;FS=8.895;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=23.65;ReadPosRankSum=2.355;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1263,129,0 chrXVI 394592 . T C 939.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.759;DP=95;Dels=0.00;FS=0.762;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.407;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:969,0,787 chrXVI 394937 . G A 1226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.313;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-6.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,65:110:99:1256,0,797 chrXVI 395630 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=50;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:344,0,280 chrXVI 395723 . C T 294.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DP=65;Dels=0.00;FS=16.014;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:324,0,642 chrXVI 395775 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.844;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.577;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:582,0,404 chrXVI 395998 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.883;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:372,0,192 chrXVI 396203 . A G 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=21.96;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1021,108,0 chrXVI 396917 . C T 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DP=40;Dels=0.00;FS=4.945;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.632;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:375,0,277 chrXVI 396929 . G T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=34;Dels=0.00;FS=3.176;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:230,0,318 chrXVI 397584 . T C 272.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;DP=53;Dels=0.00;FS=6.472;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:302,0,635 chrXVI 397587 . C T 1134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=21.40;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1167,117,0 chrXVI 397779 . G A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=56;Dels=0.00;FS=5.921;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=2.165;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:56:99:356,0,605 chrXVI 398119 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;DP=45;Dels=0.00;FS=4.517;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.533;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:421,0,431 chrXVI 398362 . G A 4276.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=26.23;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,163:163:99:4276,439,0 chrXVI 398561 . G A 2080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.61;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2113,213,0 chrXVI 398626 . C T 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DP=88;Dels=0.00;FS=1.215;HaplotypeScore=8.7721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:837,0,592 chrXVI 398858 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.197;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:58:99:384,0,632 chrXVI 399602 . C T 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.007;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:813,0,943 chrXVI 400049 . G A 1017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=24.21;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1050,105,0 chrXVI 400178 . A G 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=71;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.765;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:633,0,658 chrXVI 400646 . C T 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.725;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.151;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:557,0,878 chrXVI 400751 . A G 543.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=75;Dels=0.00;FS=5.063;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.565;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:75:99:573,0,744 chrXVI 400919 . C T 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=110;Dels=0.00;FS=3.747;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:110:99:871,0,1150 chrXVI 401426 . C T 1444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=20.34;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1477,150,0 chrXVI 401748 . C A 1144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.584;DP=87;Dels=0.00;FS=0.932;HaplotypeScore=8.1642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.736;QD=13.15;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,53:87:99:1174,0,557 chrXVI 401993 . A G 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=92;Dels=0.00;FS=12.477;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.371;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:904,0,631 chrXVI 402020 . T C 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.057;DP=80;Dels=0.00;FS=9.446;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.053;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:703,0,770 chrXVI 402100 . G A 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=83;Dels=0.00;FS=4.384;HaplotypeScore=11.3247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:83:99:647,0,639 chrXVI 402323 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;DP=78;Dels=0.00;FS=11.644;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.874;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:746,0,632 chrXVI 402496 . A G 397.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.317;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:427,0,772 chrXVI 402848 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;DP=63;Dels=0.00;FS=3.740;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:498,0,509 chrXVI 403028 . G A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DP=61;Dels=0.00;FS=4.767;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:778,0,377 chrXVI 403061 . C T 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;DP=70;Dels=0.00;FS=5.321;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:70:99:829,0,506 chrXVI 403300 . G T 144.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;DP=62;Dels=0.00;FS=56.578;HaplotypeScore=22.7612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=2.32;ReadPosRankSum=-3.517;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,16:62:99:174,0,532 chrXVI 403307 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=54;Dels=0.00;FS=4.032;HaplotypeScore=20.9762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.613;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:483,0,298 chrXVI 403383 . C T 927.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=11.30;ReadPosRankSum=1.282;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:82:99:957,0,556 chrXVI 403502 . G A 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=58;Dels=0.00;FS=4.739;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.048;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:633,0,213 chrXVI 403562 . T C 1867 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.23;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1900,198,0 chrXVI 403691 . C T 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=49;Dels=0.00;FS=2.666;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:484,0,350 chrXVI 403823 . A G 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DP=31;Dels=0.00;FS=11.357;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.941;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:374,0,210 chrXVI 403919 . C A 103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:133,0,359 chrXVI 404106 . A G 270.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.801;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,31:43:95:300,0,95 chrXVI 404554 . T C 656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DP=32;Dels=0.00;FS=7.132;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=20.50;ReadPosRankSum=1.621;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:72:689,72,0 chrXVI 404569 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.050;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:99:343,0,168 chrXVI 404588 . C T 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DP=36;Dels=0.00;FS=3.296;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.182;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.578;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:263,0,185 chrXVI 404596 . A G 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;DP=33;Dels=0.00;FS=1.545;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:33:99:265,0,121 chrXVI 404634 . C A 481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=15.52;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:51:514,51,0 chrXVI 404753 . C T 107.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.8736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=7.66;SB=-3.027e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:15:140,15,0 chrXVI 404878 . T C 133.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-8.771e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:3:163,0,3 chrXVI 404886 . C T 139.52 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.322;SB=-1.243e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:6:169,0,6 chrXVI 404891 . T C 136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.256;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.107;SB=-1.178e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:28:166,0,28 chrXVI 405054 . T G 380.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.272;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.524;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:410,0,353 chrXVI 405804 . A G 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;DP=70;Dels=0.00;FS=2.303;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.738;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:70:99:995,0,387 chrXVI 405816 . C T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.657;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:806,0,481 chrXVI 406133 . G A 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=108;Dels=0.00;FS=3.772;HaplotypeScore=2.7687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,57:108:99:942,0,889 chrXVI 406226 . G A 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DP=89;Dels=0.00;FS=14.529;HaplotypeScore=6.8793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:691,0,1001 chrXVI 406247 . A G 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:425,0,669 chrXVI 406317 . G A 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;DP=50;Dels=0.00;FS=9.308;HaplotypeScore=6.0144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.761;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:50:99:266,0,552 chrXVI 406455 . C T 1070.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.970;DP=107;Dels=0.00;FS=6.358;HaplotypeScore=6.5491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.721;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:1100,0,1125 chrXVI 406822 . G A 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:476,0,586 chrXVI 406902 . A G 1284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DP=146;Dels=0.00;FS=1.364;HaplotypeScore=9.1772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:146:99:1314,0,1372 chrXVI 406922 . G T 1408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.721;DP=167;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=18.8873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-8.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,82:167:99:1438,0,1438 chrXVI 406979 . T C 4153.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=22.33;SB=-2.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:186:99:4153,433,0 chrXVI 407033 . T C 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;DP=126;Dels=0.01;FS=5.415;HaplotypeScore=19.8489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,60:125:99:852,0,1318 chrXVI 407036 . G A 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.858;DP=123;Dels=0.01;FS=5.660;HaplotypeScore=20.2225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.586;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:122:99:840,0,1230 chrXVI 407388 . C T 2114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.103;DP=179;Dels=0.00;FS=5.784;HaplotypeScore=14.0672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.774;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,96:179:99:2144,0,1603 chrXVI 407494 . C A 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DP=72;Dels=0.00;FS=4.622;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.462;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:715,0,470 chrXVI 407712 . T C 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.529;DP=124;Dels=0.00;FS=3.401;HaplotypeScore=10.6604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.912;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:124:99:1067,0,1299 chrXVI 408303 . G A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=41;Dels=0.00;FS=4.649;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:324,0,428 chrXVI 408319 . G A 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=41;Dels=0.00;FS=4.658;HaplotypeScore=4.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:297,0,427 chrXVI 408400 . A G 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;DP=36;Dels=0.00;FS=8.610;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.877;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:36:99:105,0,406 chrXVI 408581 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DP=25;Dels=0.00;FS=24.428;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.274;SB=-7.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:251,0,180 chrXVI 408835 . T C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.466;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:475,0,752 chrXVI 408842 . C T 1453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=24.63;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1486,150,0 chrXVI 408877 . C T 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;DP=63;Dels=0.00;FS=5.893;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:455,0,688 chrXVI 408889 . G A 1155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=21.00;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1188,120,0 chrXVI 408904 . A T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DP=46;Dels=0.00;FS=2.785;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.626;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:230,0,531 chrXVI 408975 . G A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.529;DP=46;Dels=0.00;FS=4.291;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:46:99:305,0,421 chrXVI 409143 . T A 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=49;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:603,0,424 chrXVI 409177 . T G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:534,0,364 chrXVI 409216 . G A 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=73;Dels=0.00;FS=19.951;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:738,0,701 chrXVI 409716 . T C 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:389,0,553 chrXVI 410004 . G C 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=92;Dels=0.00;FS=5.542;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.258;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:891,0,830 chrXVI 410261 . C G 775.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;DP=86;Dels=0.00;FS=0.895;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:86:99:805,0,876 chrXVI 410480 . A G 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=63;Dels=0.00;FS=0.972;HaplotypeScore=0.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.354;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:567,0,660 chrXVI 410487 . G A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=59;Dels=0.00;FS=1.008;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:438,0,583 chrXVI 410627 . C G 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.136;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.430;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:104:99:1001,0,852 chrXVI 410721 . A T 1563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=163;Dels=0.00;FS=3.235;HaplotypeScore=9.4300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.721;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,98:163:99:1593,0,1092 chrXVI 410778 . A T 1312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=144;Dels=0.00;FS=0.656;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.018;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,76:144:99:1342,0,1316 chrXVI 410844 . A G 1220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;DP=125;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.708;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,63:125:99:1250,0,1343 chrXVI 411027 . A G 1193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=182;Dels=0.00;FS=15.866;HaplotypeScore=25.3786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,84:182:99:1223,0,1544 chrXVI 411358 . C T 1175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=141;Dels=0.00;FS=6.673;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=8.33;ReadPosRankSum=2.085;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,66:141:99:1205,0,1338 chrXVI 411579 . G A 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.730;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:638,0,445 chrXVI 411583 . C A 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:52:99:608,0,442 chrXVI 411924 . G A 1248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.890;DP=120;Dels=0.00;FS=4.890;HaplotypeScore=8.7535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.983;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,68:120:99:1278,0,1006 chrXVI 412010 . C T 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=77;Dels=0.00;FS=10.246;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:681,0,714 chrXVI 412217 . A G 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;DP=115;Dels=0.00;FS=8.200;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.278;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.894;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,54:115:99:865,0,1014 chrXVI 412556 . C T 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=75;Dels=0.00;FS=6.304;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.627;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:687,0,636 chrXVI 413039 . C A 1024.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=124;Dels=0.00;FS=4.750;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:124:99:1054,0,966 chrXVI 413248 . A G 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DP=51;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:234,0,624 chrXVI 413484 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:659,0,585 chrXVI 413865 . C A 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=64;Dels=0.00;FS=0.995;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.394;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:586,0,850 chrXVI 413894 . T A 2147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=27.53;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2180,216,0 chrXVI 414143 . C G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;DP=47;Dels=0.00;FS=1.338;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.794;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:524,0,438 chrXVI 414403 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=45;Dels=0.00;FS=4.779;HaplotypeScore=7.9563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=12.33;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:585,0,160 chrXVI 414483 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DP=37;Dels=0.00;FS=4.803;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.838;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:262,0,316 chrXVI 414605 . G A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=33;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=5.7215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:259,0,220 chrXVI 414884 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DP=47;Dels=0.00;FS=2.485;HaplotypeScore=8.0715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.885;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:399,0,424 chrXVI 415024 . C G 95.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DP=41;Dels=0.00;FS=39.749;HaplotypeScore=7.3629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=2.32;ReadPosRankSum=-3.743;SB=-1.366e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:125,0,321 chrXVI 415343 . G A 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=2.417;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.074;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:361,0,239 chrXVI 415381 . C T 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=12.83;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,31:46:99:620,0,262 chrXVI 415490 . T G 292.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.724;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.153;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:322,0,195 chrXVI 415608 . T C 551.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.584;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:581,0,706 chrXVI 415720 . G A 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DP=27;Dels=0.00;FS=9.118;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=11.22;ReadPosRankSum=-2.048;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:333,0,238 chrXVI 416230 . T A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=65;Dels=0.00;FS=3.963;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:65:99:797,0,332 chrXVI 416247 . A G 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=22.17;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1563,165,0 chrXVI 416425 . T A 147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=40;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.722;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:177,0,476 chrXVI 416451 . A G 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=39;Dels=0.00;FS=2.944;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:232,0,394 chrXVI 416547 . G A 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.067;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:310,0,294 chrXVI 416638 . A C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;DP=32;Dels=0.00;FS=13.808;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:284,0,278 chrXVI 417248 . T C 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=31;Dels=0.00;FS=5.449;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:345,0,269 chrXVI 417505 . T C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;DP=48;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:390,0,482 chrXVI 418090 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DP=53;Dels=0.00;FS=9.522;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:576,0,337 chrXVI 418457 . T C 558.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:588,0,455 chrXVI 418474 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=56;Dels=0.00;FS=8.201;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.008;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:403,0,584 chrXVI 418475 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DP=56;Dels=0.00;FS=8.201;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:383,0,598 chrXVI 418598 . T C 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;DP=84;Dels=0.00;FS=1.831;HaplotypeScore=4.1514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:84:99:934,0,591 chrXVI 418853 . A G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.369;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:560,0,536 chrXVI 418993 . C T 5368.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.29;SB=-2.474e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,219:221:99:5368,556,0 chrXVI 419078 . C G 1212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=140;Dels=0.00;FS=9.033;HaplotypeScore=13.4743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.723;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.937;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,68:140:99:1242,0,1113 chrXVI 419190 . A C 2372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=20.45;ReadPosRankSum=2.386;SB=-8.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:116:99:2405,258,0 chrXVI 419338 . G A 1038.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DP=101;Dels=0.00;FS=6.617;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.024;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:101:99:1068,0,782 chrXVI 419387 . G A 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=75;Dels=0.00;FS=0.868;HaplotypeScore=8.9374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:496,0,818 chrXVI 419431 . T C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=76;Dels=0.00;FS=5.965;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.692;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:76:99:770,0,668 chrXVI 419444 . G A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DP=76;Dels=0.00;FS=0.887;HaplotypeScore=4.2180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.921;SB=-3.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:836,0,611 chrXVI 419475 . C A 779.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.519;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-5.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:93:99:809,0,701 chrXVI 419514 . G T 1227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;DP=118;Dels=0.00;FS=0.716;HaplotypeScore=18.0668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.114;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,64:118:99:1257,0,1007 chrXVI 420042 . A G 2630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.883;DP=112;Dels=0.00;FS=15.419;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=23.48;ReadPosRankSum=2.901;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,109:112:99:2663,282,0 chrXVI 420178 . T C 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=82;Dels=0.00;FS=9.484;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.204;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:618,0,857 chrXVI 420351 . A G 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DP=103;Dels=0.00;FS=11.919;HaplotypeScore=5.0250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.078;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:103:99:971,0,788 chrXVI 420360 . A G 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.681;DP=104;Dels=0.00;FS=3.044;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:980,0,849 chrXVI 420386 . T C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DP=115;Dels=0.00;FS=0.837;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.261;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.530;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,61:115:99:885,0,858 chrXVI 420405 . A G 860.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;DP=107;Dels=0.00;FS=2.755;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.134;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:890,0,851 chrXVI 420501 . T A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=81;Dels=0.00;FS=6.541;HaplotypeScore=6.3902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.706;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:737,0,827 chrXVI 420632 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;DP=47;Dels=0.00;FS=6.354;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:576,0,344 chrXVI 420721 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=64;Dels=0.00;FS=8.864;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=2.104;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.900;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:500,0,684 chrXVI 421049 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.343;DP=48;Dels=0.00;FS=4.167;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:412,0,558 chrXVI 421124 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DP=61;Dels=0.00;FS=5.293;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.889;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.585;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:601,0,556 chrXVI 421833 . A G 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.034;DP=79;Dels=0.00;FS=9.242;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.185;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:660,0,845 chrXVI 421854 . C A 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=66;Dels=0.00;FS=5.029;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.476;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:742,0,463 chrXVI 422582 . T G 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=90;Dels=0.00;FS=7.923;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.510;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:721,0,1074 chrXVI 422588 . A G 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.549;DP=92;Dels=0.00;FS=3.161;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:667,0,1093 chrXVI 422674 . A G 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;DP=68;Dels=0.00;FS=9.362;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.537;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:726,0,511 chrXVI 422730 . T C 3387.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=24.19;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:3387,349,0 chrXVI 422802 . T G 1263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;DP=145;Dels=0.00;FS=0.646;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.385;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,70:145:99:1293,0,1436 chrXVI 423599 . G A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DP=65;Dels=0.00;FS=5.320;HaplotypeScore=2.6141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.598;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:700,0,512 chrXVI 423742 . T C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DP=90;Dels=0.00;FS=1.923;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:90:99:783,0,903 chrXVI 423815 . A G 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=107;Dels=0.00;FS=0.731;HaplotypeScore=13.1887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,47:107:99:872,0,1164 chrXVI 423898 . T C 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.606;DP=84;Dels=0.00;FS=6.138;HaplotypeScore=11.8737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.730;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:84:99:900,0,635 chrXVI 423957 . T A 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.393;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.152;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:738,0,644 chrXVI 423962 . G T 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;DP=79;Dels=0.00;FS=3.880;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.606;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:801,0,668 chrXVI 424096 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:89:99:665,0,1054 chrXVI 424137 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.994;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:734,0,1028 chrXVI 424230 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=85;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:601,0,851 chrXVI 424251 . A G 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;DP=89;Dels=0.00;FS=7.111;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:89:99:625,0,778 chrXVI 424350 . G T 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;DP=51;Dels=0.00;FS=106.711;HaplotypeScore=11.9046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.756;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.776;SB=-2.931e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:148,0,588 chrXVI 424365 . A G 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;DP=48;Dels=0.00;FS=13.036;HaplotypeScore=4.3133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.867;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:401,0,452 chrXVI 424542 . T C 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.487;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:202,0,249 chrXVI 424578 . G A 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;DP=32;Dels=0.00;FS=2.043;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:194,0,318 chrXVI 424588 . G A 136.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.834;DP=32;Dels=0.00;FS=5.673;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:166,0,351 chrXVI 424851 . T C 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DP=70;Dels=0.00;FS=1.488;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=11.43;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:830,0,589 chrXVI 424858 . A G 612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:642,0,576 chrXVI 424956 . A G 29.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=11;Dels=0.00;FS=12.175;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-3.125e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:59:59,0,96 chrXVI 424965 . T C 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=11;Dels=0.00;FS=12.175;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.143;SB=-3.504e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:62:62,0,69 chrXVI 424987 . T G 123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=21;Dels=0.00;FS=1.922;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.381;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:153,0,109 chrXVI 425023 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=34;Dels=0.00;FS=3.921;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.293;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:265,0,100 chrXVI 425055 . T C 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;DP=55;Dels=0.00;FS=1.374;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:517,0,281 chrXVI 425121 . G A 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.594;DP=101;Dels=0.00;FS=0.807;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-6.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,68:101:99:1339,0,547 chrXVI 425275 . T C 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;DP=25;Dels=0.00;FS=3.619;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.411;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:122,0,192 chrXVI 425287 . A G 172.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.276;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:202,0,186 chrXVI 425377 . T A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;DP=26;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.437;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:250,0,192 chrXVI 425451 . A G 308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DP=42;Dels=0.00;FS=15.772;HaplotypeScore=4.0665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.549;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.719;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:338,0,304 chrXVI 425480 . T G 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=52;Dels=0.00;FS=1.306;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.658;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:364,0,375 chrXVI 425481 . C T 941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=18.10;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:974,99,0 chrXVI 425740 . A G 575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=17.97;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:608,63,0 chrXVI 426328 . G A 1349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.74;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1382,141,0 chrXVI 426370 . A T 1963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=19.06;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:1996,210,0 chrXVI 426445 . C T 1160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.873;DP=87;Dels=0.00;FS=5.488;HaplotypeScore=6.1057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.299;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.092;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,57:87:99:1190,0,389 chrXVI 426447 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=85;Dels=0.00;FS=3.585;HaplotypeScore=3.7397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=4.62;ReadPosRankSum=-2.065;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,30:85:99:423,0,1166 chrXVI 426505 . C T 1481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=22.10;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1514,156,0 chrXVI 426991 . A G 1297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.59;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1330,138,0 chrXVI 427075 . C T 1513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=25.64;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1546,156,0 chrXVI 427120 . G A 1729 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;QD=22.45;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1762,180,0 chrXVI 427130 . A G 1695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;QD=22.01;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1728,186,0 chrXVI 427238 . G T 2028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2061,213,0 chrXVI 427708 . G A 1240 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=21.02;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1273,129,0 chrXVI 427730 . C A 1066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1099,114,0 chrXVI 427890 . G A 221.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:251,0,238 chrXVI 428058 . T C 2027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=21.80;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2060,222,0 chrXVI 428065 . G A 2230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=21.04;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:2263,234,0 chrXVI 428130 . T C 1851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=20.80;ReadPosRankSum=2.394;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:89:99:1884,192,0 chrXVI 428253 . G A 2099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2132,213,0 chrXVI 428330 . C T 1286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=132;Dels=0.00;FS=3.167;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.771;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,69:132:99:1316,0,1242 chrXVI 428479 . T C 1623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=21.36;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1656,174,0 chrXVI 428562 . C G 2355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=22.43;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2388,252,0 chrXVI 428616 . A G 3558.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=152;Dels=0.00;FS=2.871;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=23.41;ReadPosRankSum=2.288;SB=-1.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,150:152:99:3558,373,0 chrXVI 428691 . A G 4201.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=25.62;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:4201,442,0 chrXVI 428880 . A G 1862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.928;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=19.00;ReadPosRankSum=2.928;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:1895,195,0 chrXVI 428904 . G A 1831 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=0;QD=18.31;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:1864,189,0 chrXVI 428908 . C T 1905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.42;MQ0=0;QD=19.64;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1938,198,0 chrXVI 428918 . A G 1720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.399;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=17.37;ReadPosRankSum=2.399;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:99:99:1753,186,0 chrXVI 429004 . C G 1671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=18.57;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:90:99:1704,180,0 chrXVI 429187 . C T 1300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=22.41;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1333,144,0 chrXVI 429229 . C G 1239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=23.38;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1272,138,0 chrXVI 429479 . T C 1364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=21.31;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1397,150,0 chrXVI 429656 . C T 2565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=20.69;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2598,261,0 chrXVI 429659 . G T 2424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;QD=19.55;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:2457,249,0 chrXVI 429704 . A T 1727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=19.85;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.041e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:1760,180,0 chrXVI 429834 . A C 665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=22.17;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75:698,75,0 chrXVI 429879 . C T 987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1020,105,0 chrXVI 429951 . T C 1163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=21.15;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1196,126,0 chrXVI 430031 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.338;DP=51;Dels=0.00;FS=4.163;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.466;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:389,0,585 chrXVI 430091 . G A 942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=20.04;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:975,99,0 chrXVI 430100 . C T 852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;QD=17.39;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93:885,93,0 chrXVI 430227 . T A 1682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=23.36;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1715,177,0 chrXVI 430271 . G A 2648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;QD=25.46;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:2681,273,0 chrXVI 430797 . A G 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.348;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:727,0,869 chrXVI 430826 . T C 1442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=24.03;SB=-5.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1475,156,0 chrXVI 431458 . C T 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=97;Dels=0.00;FS=8.667;HaplotypeScore=7.2716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.888;SB=-4.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:852,0,762 chrXVI 431644 . A G 725.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=76;Dels=0.00;FS=1.901;HaplotypeScore=7.1916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.697;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:755,0,589 chrXVI 432057 . G C 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=42;Dels=0.00;FS=1.363;HaplotypeScore=8.1877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.258;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:42:99:258,0,408 chrXVI 432226 . C G 2234 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=23.77;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2267,234,0 chrXVI 432236 . C T 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DP=93;Dels=0.00;FS=2.237;HaplotypeScore=4.1301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:819,0,856 chrXVI 432277 . T C 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;DP=110;Dels=0.00;FS=0.959;HaplotypeScore=1.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.036;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:110:99:1092,0,1047 chrXVI 432810 . G A 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;DP=92;Dels=0.00;FS=7.346;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:656,0,776 chrXVI 432881 . C T 1501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.01;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1534,159,0 chrXVI 433074 . A G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=36;Dels=0.00;FS=3.050;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.444;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:266,0,338 chrXVI 433340 . A G 738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=20.50;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:81:771,81,0 chrXVI 433400 . G A 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.617;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:453,0,329 chrXVI 433481 . T C 716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=19.35;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:78:749,78,0 chrXVI 434157 . C T 644.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.650;DP=91;Dels=0.00;FS=30.256;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=7.08;ReadPosRankSum=-2.378;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:674,0,917 chrXVI 434179 . A G 872.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=74;Dels=0.00;FS=20.749;HaplotypeScore=8.6168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=11.78;ReadPosRankSum=2.857;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,51:74:99:902,0,147 chrXVI 434269 . A T 2059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=26.06;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2092,219,0 chrXVI 434405 . G A 1817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=22.71;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1850,201,0 chrXVI 434418 . G T 1800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=20.69;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1833,192,0 chrXVI 434432 . T C 373.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=88;Dels=0.00;FS=39.002;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:403,0,1015 chrXVI 434506 . C A 1661 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.586;QD=23.07;ReadPosRankSum=1.391;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1694,186,0 chrXVI 434613 . C T 2015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.67;SB=-1.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2048,210,0 chrXVI 435056 . C T 2188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.78;SB=-1.067e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:92:99:2221,228,0 chrXVI 435173 . G A 2100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=21.65;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:97:99:2133,231,0 chrXVI 435332 . C T 2987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=25.97;SB=-1.590e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:3020,307,0 chrXVI 435413 . C G 2370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:103:99:2403,252,0 chrXVI 435620 . T C 1934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.79;SB=-8.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:1967,210,0 chrXVI 435711 . A T 2541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=113;Dels=0.00;FS=3.168;HaplotypeScore=9.8763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=22.49;ReadPosRankSum=1.701;SB=-1.478e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:2574,261,0 chrXVI 435860 . C A 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.916;DP=107;Dels=0.00;FS=1.695;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.954;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:107:99:746,0,1001 chrXVI 435866 . T G 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=109;Dels=0.00;FS=1.783;HaplotypeScore=7.8988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.252;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:109:99:768,0,1064 chrXVI 436158 . T C 3346.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=24.97;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:3346,348,0 chrXVI 436358 . T C 1796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;QD=24.94;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1829,189,0 chrXVI 436359 . T C 1782 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.685;SB=-9.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1815,189,0 chrXVI 436450 . T C 1403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.48;MQ0=0;QD=22.27;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1436,150,0 chrXVI 436464 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DP=60;Dels=0.02;FS=0.990;HaplotypeScore=10.9986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.82;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:414,0,506 chrXVI 436465 . A C 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DP=59;Dels=0.02;FS=3.321;HaplotypeScore=10.0039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=21.66;ReadPosRankSum=1.613;SB=-7.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1311,135,0 chrXVI 436481 . A G 487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.42;MQ0=0;QD=13.53;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:57:520,57,0 chrXVI 436487 . G A 53.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=0;QD=17.99;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:86,9,0 chrXVI 443129 . T C 15.88 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.94;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:47,6,0 chrXVI 443131 . A G 22.79 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.96;MQ0=0;QD=7.60;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6:54,6,0 chrXVI 443196 . G A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.029;DP=78;Dels=0.00;FS=1.904;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.14;MQ0=0;MQRankSum=2.662;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.210;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:78:99:849,0,416 chrXVI 443445 . C T 883.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DP=105;Dels=0.00;FS=9.210;HaplotypeScore=8.8337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.283;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:105:99:913,0,903 chrXVI 443745 . A G 1020.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.069;DP=113;Dels=0.00;FS=1.533;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.228;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:113:99:1050,0,1260 chrXVI 443804 . T A 1179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;DP=139;Dels=0.00;FS=17.793;HaplotypeScore=114.4879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.292;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,65:139:99:1209,0,1407 chrXVI 443905 . T G 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.326;DP=109;Dels=0.00;FS=25.798;HaplotypeScore=8.7590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=2.212;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.216;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,40:109:99:763,0,1178 chrXVI 443916 . A C 1068.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;DP=108;Dels=0.00;FS=7.892;HaplotypeScore=9.6945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.283;SB=-6.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,68:108:99:1098,0,613 chrXVI 443969 . G C 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=20.80;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2279,240,0 chrXVI 444034 . C T 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=93;Dels=0.00;FS=10.117;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.590;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:879,0,719 chrXVI 444118 . T C 2194 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=23.09;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:95:99:2227,231,0 chrXVI 444290 . C T 871.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.152;DP=112;Dels=0.00;FS=1.521;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.406;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.032;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:901,0,1048 chrXVI 444303 . T C 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.317;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:115:99:979,0,1086 chrXVI 444306 . T C 963.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.188;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,59:116:99:993,0,1089 chrXVI 444321 . G A 990.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.410;DP=109;Dels=0.00;FS=3.512;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.495;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,56:109:99:1020,0,916 chrXVI 444354 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.605;DP=74;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.735;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:74:99:733,0,684 chrXVI 444367 . A T 501.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=71;Dels=0.00;FS=3.189;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:531,0,678 chrXVI 444434 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.863;DP=74;Dels=0.00;FS=0.907;HaplotypeScore=6.5798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:74:99:555,0,879 chrXVI 444490 . G A 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.140;DP=87;Dels=0.01;FS=4.258;HaplotypeScore=9.1583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:703,0,984 chrXVI 444685 . A G 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DP=53;Dels=0.00;FS=1.116;HaplotypeScore=6.2507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.294;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:428,0,511 chrXVI 444755 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=62;Dels=0.00;FS=11.915;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.390;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:659,0,476 chrXVI 444899 . A G 818.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=87;Dels=0.00;FS=2.982;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.364;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:848,0,749 chrXVI 444920 . T A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DP=99;Dels=0.00;FS=2.080;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=2.106;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,41:99:99:731,0,1194 chrXVI 444980 . A G 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=99;Dels=0.00;FS=10.442;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.599;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,42:99:99:739,0,1331 chrXVI 445300 . T C 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.972;DP=71;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.467;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:669,0,743 chrXVI 445378 . G T 1085 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=15.96;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1118,114,0 chrXVI 445425 . T C 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.731;DP=72;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:72:99:687,0,618 chrXVI 445607 . G A 1403 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.61;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1436,147,0 chrXVI 445861 . T C 1337 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=27.29;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1370,147,0 chrXVI 445985 . C T 1348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1381,144,0 chrXVI 446280 . A T 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DP=55;Dels=0.00;FS=5.479;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:507,0,513 chrXVI 446457 . T C 1560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=19.02;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1593,174,0 chrXVI 446612 . A G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=2.677;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:238,0,421 chrXVI 446756 . T C 324.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;DP=53;Dels=0.00;FS=4.061;HaplotypeScore=6.7734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.104;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:354,0,476 chrXVI 446931 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DP=47;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.756;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:409,0,368 chrXVI 447294 . G T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=46;Dels=0.00;FS=4.660;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:46:99:384,0,371 chrXVI 447414 . T C 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=40;Dels=0.00;FS=1.323;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.350;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:40:99:231,0,380 chrXVI 448074 . G A 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=54;Dels=0.00;FS=2.363;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.286;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:331,0,532 chrXVI 448089 . T C 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DP=53;Dels=0.00;FS=3.910;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.827;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:314,0,565 chrXVI 448143 . G A 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.024;DP=69;Dels=0.00;FS=9.892;HaplotypeScore=9.4372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.376;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:69:99:480,0,736 chrXVI 448407 . A G 211.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.607;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:50:99:241,0,614 chrXVI 448559 . T C 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.091;DP=127;Dels=0.00;FS=3.328;HaplotypeScore=15.2232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:127:99:1103,0,1337 chrXVI 448698 . A G 681.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=70;Dels=0.00;FS=6.697;HaplotypeScore=5.0581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:711,0,706 chrXVI 449133 . C T 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:562,0,411 chrXVI 449860 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.665;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:285,0,501 chrXVI 450060 . T C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DP=49;Dels=0.00;FS=4.235;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.070;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:351,0,395 chrXVI 450160 . T C 1781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=23.13;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1814,195,0 chrXVI 450252 . T C 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DP=80;Dels=0.00;FS=0.934;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.368;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:843,0,837 chrXVI 450430 . G A 1733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=23.11;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1766,180,0 chrXVI 450581 . C T 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.433;DP=88;Dels=0.00;FS=0.893;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:881,0,847 chrXVI 450675 . C T 2055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=25.69;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2088,213,0 chrXVI 450699 . A T 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.879;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:571,0,929 chrXVI 450731 . T A 1704 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=21.57;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1737,174,0 chrXVI 450744 . G A 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=75;Dels=0.00;FS=3.227;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.003;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:75:99:424,0,723 chrXVI 450830 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=75;Dels=0.00;FS=4.623;HaplotypeScore=7.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.037;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:493,0,673 chrXVI 450989 . G T 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DP=54;Dels=0.00;FS=5.496;HaplotypeScore=6.2526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.864;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.227;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:647,0,295 chrXVI 451153 . T G 647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=17.03;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:680,75,0 chrXVI 451219 . T C 260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=14.44;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:30:293,30,0 chrXVI 451317 . A G 303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=15.95;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:36:336,36,0 chrXVI 452126 . C T 2481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=23.63;SB=-1.392e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:2514,258,0 chrXVI 452140 . A G 2490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=22.84;SB=-1.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:109:99:2523,267,0 chrXVI 452142 . T G 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;DP=112;Dels=0.00;FS=2.451;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=9.24;ReadPosRankSum=2.899;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,55:112:99:1065,0,976 chrXVI 452342 . C T 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DP=106;Dels=0.00;FS=0.738;HaplotypeScore=27.6693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.549;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:106:99:868,0,825 chrXVI 452400 . G C 2141 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=24.33;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:2174,225,0 chrXVI 452714 . T G 646.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.144;DP=79;Dels=0.00;FS=0.867;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:79:99:676,0,767 chrXVI 452827 . T C 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.771;DP=93;Dels=0.00;FS=2.748;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.466;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:877,0,858 chrXVI 452986 . G A 2296 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=22.73;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2329,237,0 chrXVI 453010 . C T 1878 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=20.64;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1911,201,0 chrXVI 453106 . C T 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:609,0,944 chrXVI 453290 . C G 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DP=28;Dels=0.00;FS=6.455;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=5.75;ReadPosRankSum=2.503;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:28:99:191,0,315 chrXVI 453333 . A G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.662;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:288,0,306 chrXVI 453447 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.099;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:308,0,634 chrXVI 453508 . C T 1067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=24.81;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1100,114,0 chrXVI 453647 . A G 255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=12.14;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30:288,30,0 chrXVI 453659 . G A 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DP=21;Dels=0.00;FS=13.369;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.973;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-3.799e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:87:87,0,137 chrXVI 453873 . C T 734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=17.90;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78:767,78,0 chrXVI 453887 . T A 247.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DP=42;Dels=0.00;FS=6.309;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:277,0,358 chrXVI 454180 . T G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.767;DP=66;Dels=0.00;FS=4.895;HaplotypeScore=8.4747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:498,0,601 chrXVI 454184 . G A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DP=69;Dels=0.00;FS=5.037;HaplotypeScore=6.9633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.169;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:69:99:597,0,526 chrXVI 454244 . T C 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=84;Dels=0.00;FS=4.665;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQ0=0;MQRankSum=1.442;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.051;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:604,0,1109 chrXVI 454319 . G A 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;DP=45;Dels=0.00;FS=15.283;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.938;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:224,0,615 chrXVI 454487 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.877;QD=9.77;ReadPosRankSum=-2.144;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:39:99:411,0,306 chrXVI 454517 . A G 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=40;Dels=0.00;FS=2.776;HaplotypeScore=4.1126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=18.77;ReadPosRankSum=2.324;SB=-3.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:40:84:784,84,0 chrXVI 454555 . G C 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.226;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:173,0,385 chrXVI 454578 . T G 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=11.36;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:72:692,72,0 chrXVI 454587 . C T 587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=11.08;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:63:620,63,0 chrXVI 454958 . T C 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:34:89:89,0,471 chrXVI 455063 . G C 1332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=20.81;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:64:99:1365,144,0 chrXVI 455086 . A G 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DP=65;Dels=0.00;FS=6.405;HaplotypeScore=57.0240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.727;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:477,0,453 chrXVI 455322 . T C 1103.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=1.206;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.382;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,52:86:99:1133,0,588 chrXVI 455359 . T A 1583 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=19.30;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1616,165,0 chrXVI 455395 . T A 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;DP=78;Dels=0.00;FS=1.499;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.275;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:710,0,570 chrXVI 455475 . T A 832.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.091;DP=75;Dels=0.00;FS=8.658;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQ0=0;MQRankSum=3.335;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.572;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,47:75:99:862,0,386 chrXVI 455516 . G T 630.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.594;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:60:99:660,0,352 chrXVI 455615 . G A 178.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=51;Dels=0.00;FS=25.072;HaplotypeScore=6.7644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=1.533;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.730;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:51:99:208,0,445 chrXVI 455657 . A G 477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DP=30;Dels=0.00;FS=7.558;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.996;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-2.646e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,24:30:31:510,31,0 chrXVI 455724 . T C 84.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.260;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.904;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:114,0,137 chrXVI 455725 . T A 98.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.220;QD=3.92;ReadPosRankSum=2.206;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:128,0,135 chrXVI 455737 . A C 509 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=14.14;SB=-6.528e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:60:542,60,0 chrXVI 455846 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DP=19;Dels=0.00;FS=9.556;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-9.147e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:99:255,0,109 chrXVI 455851 . A G 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;DP=24;Dels=0.00;FS=16.368;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.037;SB=-8.489e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,16:24:97:256,0,97 chrXVI 455955 . G A 248.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=29;Dels=0.00;FS=17.732;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.895;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:278,0,261 chrXVI 456024 . C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;DP=54;Dels=0.00;FS=9.144;HaplotypeScore=4.8860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.997;SB=-3.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:453,0,584 chrXVI 456292 . C T 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=54;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=2.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.557;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:466,0,386 chrXVI 456419 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;DP=78;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.291;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:501,0,749 chrXVI 456456 . G A 1432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=19.89;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:1465,150,0 chrXVI 456878 . T A 261.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:291,0,299 chrXVI 457330 . G A 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=41;Dels=0.00;FS=3.151;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=11.66;ReadPosRankSum=1.082;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:508,0,375 chrXVI 457391 . C T 586.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.035;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:616,0,472 chrXVI 457634 . C T 119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=38;Dels=0.00;FS=2.958;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:149,0,408 chrXVI 458206 . C T 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DP=89;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=4.9133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:840,0,862 chrXVI 458497 . T C 822.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.756;DP=109;Dels=0.00;FS=6.354;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:109:99:852,0,1304 chrXVI 458548 . G A 1168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;DP=146;Dels=0.01;FS=7.980;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.716;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,67:145:99:1198,0,1406 chrXVI 458635 . G C 1294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=20.22;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1327,141,0 chrXVI 458653 . G T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.258;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:499,0,594 chrXVI 458912 . A G 1269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.635;DP=120;Dels=0.00;FS=3.955;HaplotypeScore=6.7713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.731;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.939;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,68:120:99:1299,0,988 chrXVI 458921 . A G 1241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.676;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.227;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,66:114:99:1271,0,920 chrXVI 458976 . G A 1597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.378;DP=163;Dels=0.00;FS=9.804;HaplotypeScore=6.0200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.347;SB=-8.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,85:163:99:1627,0,1380 chrXVI 459034 . A G 1504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;DP=171;Dels=0.00;FS=12.228;HaplotypeScore=19.0320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.425;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,79:171:99:1534,0,1272 chrXVI 459228 . A G 1392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;DP=131;Dels=0.00;FS=2.309;HaplotypeScore=9.4513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=10.63;ReadPosRankSum=-3.178;SB=-6.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,79:131:99:1422,0,1033 chrXVI 459330 . T G 1265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=60;Dels=0.00;FS=3.802;HaplotypeScore=8.6936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.675;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1298,135,0 chrXVI 459604 . A G 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;DP=69;Dels=0.00;FS=10.687;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.756;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:875,0,537 chrXVI 459929 . A G 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.107;DP=116;Dels=0.00;FS=0.729;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.330;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,45:116:99:770,0,1488 chrXVI 460602 . C T 931.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.079;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,56:86:99:961,0,371 chrXVI 460613 . A T 1041.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.269;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,54:82:99:1071,0,343 chrXVI 460696 . G A 668.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=8.46;ReadPosRankSum=-2.140;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:698,0,960 chrXVI 460761 . T C 1172.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.445;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.269;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,57:129:99:1202,0,1774 chrXVI 461198 . T C 405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DP=64;Dels=0.00;FS=2.372;HaplotypeScore=7.3790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.793;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:435,0,433 chrXVI 462045 . C T 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.872;DP=34;Dels=0.00;FS=2.553;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:254,0,399 chrXVI 462073 . G A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.652;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:250,0,407 chrXVI 462121 . C G 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=24.55;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:99:1383,147,0 chrXVI 462153 . C A 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=23.84;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1392,147,0 chrXVI 462164 . C T 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=23.32;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1502,153,0 chrXVI 462319 . A G 940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=19.18;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:973,102,0 chrXVI 462499 . A G 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=16.98;ReadPosRankSum=1.693;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:1527,165,0 chrXVI 462656 . G A 929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=20.20;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:962,105,0 chrXVI 462756 . T C 910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;DP=49;Dels=0.00;FS=3.933;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=18.57;ReadPosRankSum=1.659;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:49:99:943,99,0 chrXVI 462814 . T G 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=17.44;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:661,69,0 chrXVI 462835 . G A 488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.36;MQ0=0;QD=13.94;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:57:521,57,0 chrXVI 462843 . T C 469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=15.63;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:51:502,51,0 chrXVI 462936 . C T 982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.95;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1015,102,0 chrXVI 463061 . T C 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=17.63;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75:703,75,0 chrXVI 463075 . C T 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=16.42;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:78:772,78,0 chrXVI 463543 . G A 1092 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=18.83;ReadPosRankSum=1.368;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1125,129,0 chrXVI 463609 . C G 739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=21.11;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84:772,84,0 chrXVI 463700 . C T 359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=14.96;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:39:392,39,0 chrXVI 463745 . G C 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;DP=21;Dels=0.00;FS=1.871;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.380;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:21:87:87,0,139 chrXVI 464070 . G A 111.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=14;Dels=0.00;FS=20.152;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-5.655e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:141,0,136 chrXVI 464145 . G A 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;DP=27;Dels=0.00;FS=7.832;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:228,0,149 chrXVI 464146 . C T 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;DP=28;Dels=0.00;FS=7.832;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.299;SB=-1.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:162,0,235 chrXVI 464194 . A G 857 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=15.04;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:93:890,93,0 chrXVI 464559 . G A 569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.62;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:602,63,0 chrXVI 464709 . C T 507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=17.48;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57:540,57,0 chrXVI 465116 . A G 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=25;Dels=0.00;FS=13.829;HaplotypeScore=1.8606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=1.441;QD=6.48;ReadPosRankSum=2.420;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:192,0,142 chrXVI 465255 . A G 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=34;Dels=0.00;FS=4.042;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:34:99:136,0,537 chrXVI 465889 . A G 2019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=26.57;SB=-9.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2052,216,0 chrXVI 465930 . A G 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.442;DP=57;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=5.6121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.025;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:585,0,416 chrXVI 466112 . G T 1622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=19.78;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1655,177,0 chrXVI 466538 . A T 1332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DP=120;Dels=0.00;FS=5.852;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-5.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,71:120:99:1362,0,732 chrXVI 466588 . C T 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.993;DP=88;Dels=0.00;FS=23.323;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.666;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:88:99:811,0,826 chrXVI 466824 . G C 2752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.286e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:2785,294,0 chrXVI 467054 . C T 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=15.53;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:1897,189,0 chrXVI 467066 . C T 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.126;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.197;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:118:99:799,0,591 chrXVI 467077 . T C 1259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=96;Dels=0.00;FS=3.545;HaplotypeScore=3.6672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:96:99:1292,141,0 chrXVI 467087 . G C 1346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=15.12;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:1379,144,0 chrXVI 467237 . C T 1485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=22.50;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1518,153,0 chrXVI 467571 . T C 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=19.40;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:945,99,0 chrXVI 467632 . T C 1941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.88;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1974,207,0 chrXVI 467771 . A G 1285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.36;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1318,138,0 chrXVI 468177 . C T 1700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.15;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1733,174,0 chrXVI 468262 . T C 1817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=23.00;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1850,195,0 chrXVI 468415 . A G 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.573;DP=79;Dels=0.00;FS=0.835;HaplotypeScore=5.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.405;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:786,0,810 chrXVI 468512 . A C 1598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.19;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1631,180,0 chrXVI 468648 . C G 1718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.31;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:1751,183,0 chrXVI 469012 . C A 3073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=26.72;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:3106,313,0 chrXVI 469693 . C T 1588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.17;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1621,174,0 chrXVI 469730 . G C 869 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=19.31;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:96:902,96,0 chrXVI 470616 . A G 997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=24.92;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1030,108,0 chrXVI 470860 . C G 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=22.74;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:78:738,78,0 chrXVI 471189 . G T 1494 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.49;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1527,156,0 chrXVI 471267 . T C 899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=20.43;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:932,99,0 chrXVI 471834 . A G 2139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=23.51;SB=-8.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:91:99:2172,237,0 chrXVI 471891 . A G 1386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.00;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1419,150,0 chrXVI 472110 . A G 3128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=142;Dels=0.00;FS=9.219;HaplotypeScore=6.6001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=22.03;ReadPosRankSum=3.249;SB=-1.705e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,138:142:99:3161,336,0 chrXVI 472490 . G A 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=19.89;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1545,165,0 chrXVI 472568 . G A 2458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=21.75;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2491,252,0 chrXVI 472696 . A C 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=21.54;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:1950,207,0 chrXVI 472808 . A T 827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=21.21;ReadPosRankSum=1.644;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:87:860,87,0 chrXVI 472825 . T C 692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=18.70;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:725,75,0 chrXVI 472894 . G T 1274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=20.55;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1307,129,0 chrXVI 473286 . T C 1717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.610;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:1750,189,0 chrXVI 473391 . T C 1982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.77;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2015,213,0 chrXVI 473481 . A G 806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=19.66;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93:839,93,0 chrXVI 473594 . G A 1512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.26;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1545,159,0 chrXVI 473877 . A C 862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=22.10;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93:895,93,0 chrXVI 473892 . G A 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=37;Dels=0.00;FS=7.339;HaplotypeScore=1.9841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:267,0,361 chrXVI 474003 . T C 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=16.20;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:697,75,0 chrXVI 474526 . C T 1457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=22.08;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1490,150,0 chrXVI 474750 . G A 2102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=22.85;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2135,237,0 chrXVI 475326 . C T 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=71;Dels=0.00;FS=0.944;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:766,0,451 chrXVI 475484 . G C 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:586,0,621 chrXVI 475496 . G A 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.209;DP=77;Dels=0.00;FS=4.113;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.484;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:567,0,502 chrXVI 476232 . G T 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=57;Dels=0.00;FS=2.756;HaplotypeScore=3.6048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=2.354;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.184;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:604,0,631 chrXVI 476694 . C G 877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=19.07;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96:910,96,0 chrXVI 476826 . G A 1188 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=0;QD=19.48;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1221,126,0 chrXVI 476833 . T C 1018 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=56;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=4.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=18.18;ReadPosRankSum=1.668;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1051,108,0 chrXVI 476836 . T C 940 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=52;Dels=0.00;FS=3.543;HaplotypeScore=2.6159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=18.08;ReadPosRankSum=-1.599;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:79:973,79,0 chrXVI 476851 . A T 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.666;SB=-7.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:96:945,96,0 chrXVI 476932 . G A 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DP=61;Dels=0.00;FS=1.130;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:520,0,454 chrXVI 477202 . A T 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=21.29;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:991,102,0 chrXVI 477321 . T C 1538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DP=70;Dels=0.00;FS=2.788;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=21.97;ReadPosRankSum=2.380;SB=-7.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,68:70:99:1571,165,0 chrXVI 477478 . T A 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:407,0,583 chrXVI 477481 . C G 1177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=1.669;QD=20.65;ReadPosRankSum=1.669;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:57:99:1210,129,0 chrXVI 478120 . G A 1853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=21.30;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1886,198,0 chrXVI 478141 . G A 1530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=20.40;SB=-1.031e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1563,159,0 chrXVI 478144 . A T 1465 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.931;SB=-9.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:1498,156,0 chrXVI 478228 . G A 1580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=22.57;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1613,165,0 chrXVI 478277 . T C 1289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DP=70;Dels=0.00;FS=3.266;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=18.41;ReadPosRankSum=1.683;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:1322,141,0 chrXVI 478288 . T C 1032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=17.49;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1065,114,0 chrXVI 478558 . C T 1231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=24.62;ReadPosRankSum=0.813;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:99:1264,129,0 chrXVI 478657 . G A 1632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=21.19;SB=-9.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1665,177,0 chrXVI 478714 . G A 1750 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.44;SB=-1.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1783,198,0 chrXVI 478917 . A G 1216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.94;SB=-6.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1249,132,0 chrXVI 479396 . G A 1190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=21.25;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1223,129,0 chrXVI 479770 . A G 1875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=24.04;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1908,198,0 chrXVI 479826 . C T 1884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.8790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=21.41;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1917,198,0 chrXVI 479899 . C T 1710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;QD=23.42;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:1743,174,0 chrXVI 479920 . A C 1207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=18.86;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1240,132,0 chrXVI 479932 . G T 1325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=19.49;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1358,138,0 chrXVI 480383 . T A 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=25.72;ReadPosRankSum=0.642;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1422,144,0 chrXVI 480441 . T G 735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.50;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81:768,81,0 chrXVI 480754 . A G 1034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=47;Dels=0.00;FS=12.143;HaplotypeScore=6.2222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=22.00;ReadPosRankSum=2.345;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1067,114,0 chrXVI 480795 . T C 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=24.73;ReadPosRankSum=2.383;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:74:99:1863,201,0 chrXVI 481072 . T G 858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=20.43;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93:891,93,0 chrXVI 481833 . A G 594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.264;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.545;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:66:627,66,0 chrXVI 481955 . G T 1030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=21.46;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1063,111,0 chrXVI 481979 . C T 1132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=24.09;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1165,120,0 chrXVI 482109 . T C 244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=31;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=3.1725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=2.154;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:274,0,170 chrXVI 482155 . G A 505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=18.70;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:538,54,0 chrXVI 482212 . G A 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=20.26;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72:722,72,0 chrXVI 482234 . T C 686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=19.60;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:35:75:719,75,0 chrXVI 482239 . A G 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.578;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:267,0,321 chrXVI 482354 . A T 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=39;Dels=0.00;FS=13.154;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:313,0,351 chrXVI 482429 . A G 1329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=22.15;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1362,153,0 chrXVI 482737 . G C 1631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=19.42;SB=-7.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1664,177,0 chrXVI 482770 . C T 1205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=67.9963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=12.96;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:1238,126,0 chrXVI 482968 . T G 425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;QD=14.66;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:51:458,51,0 chrXVI 483004 . G A 434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=7.36;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:48:467,48,0 chrXVI 483027 . A T 298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=4.89;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:36:331,36,0 chrXVI 483116 . G A 1417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=22.49;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1450,150,0 chrXVI 483298 . T G 930 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=23.25;ReadPosRankSum=1.646;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:963,102,0 chrXVI 483319 . T A 690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=18.65;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72:723,72,0 chrXVI 483355 . T C 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=16.16;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:550,60,0 chrXVI 483359 . G T 548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=17.12;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:60:581,60,0 chrXVI 483739 . T C 628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=17.44;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72:661,72,0 chrXVI 483904 . T C 504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.00;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57:537,57,0 chrXVI 483961 . G C 545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.3670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=17.03;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:578,63,0 chrXVI 484285 . C T 646 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;QD=18.46;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72:679,72,0 chrXVI 484327 . A G 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=18.37;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57:529,57,0 chrXVI 484357 . C T 633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;QD=17.58;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69:666,69,0 chrXVI 484429 . T C 853 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=41;Dels=0.00;FS=3.575;HaplotypeScore=3.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=20.80;ReadPosRankSum=1.648;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:93:886,93,0 chrXVI 484915 . T C 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;DP=41;Dels=0.00;FS=5.098;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.728;SB=-5.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:246,0,342 chrXVI 485015 . A G 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=81;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=5.0806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.887;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.290;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:593,0,808 chrXVI 485045 . C T 1980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=22.00;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2013,204,0 chrXVI 485132 . A G 1116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=19.58;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:57:99:1149,120,0 chrXVI 485137 . T C 1171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=20.54;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1204,129,0 chrXVI 485355 . T C 1670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=69;Dels=0.00;FS=2.627;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=24.20;ReadPosRankSum=2.898;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1703,177,0 chrXVI 485697 . C T 1980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=17.68;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2013,207,0 chrXVI 485698 . A G 1912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=111;Dels=0.00;FS=14.507;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=17.23;ReadPosRankSum=4.101;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:111:99:1945,210,0 chrXVI 485788 . T G 1552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.483;DP=94;Dels=0.00;FS=15.788;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=16.51;ReadPosRankSum=3.654;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:94:99:1585,174,0 chrXVI 485801 . G A 1994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=19.55;SB=-1.389e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2027,207,0 chrXVI 485873 . T G 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.40;MQ0=0;QD=24.95;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:75:99:1904,198,0 chrXVI 485898 . C T 1395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=21.80;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1428,147,0 chrXVI 486011 . C A 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=90;Dels=0.00;FS=6.472;HaplotypeScore=26.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:90:99:722,0,340 chrXVI 486231 . G T 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=98;Dels=0.00;FS=3.890;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.844;SB=-4.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:98:99:1075,0,829 chrXVI 486281 . G A 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DP=103;Dels=0.00;FS=3.091;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:768,0,1275 chrXVI 486307 . G A 1227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.006;DP=105;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=7.4740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,58:105:99:1257,0,860 chrXVI 486334 . G A 1157.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;DP=127;Dels=0.00;FS=3.654;HaplotypeScore=8.7160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,73:127:99:1187,0,1006 chrXVI 486489 . T C 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DP=83;Dels=0.00;FS=0.843;HaplotypeScore=5.7616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.304;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:747,0,962 chrXVI 486595 . A G 1077.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.015;DP=131;Dels=0.00;FS=0.673;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,63:131:99:1107,0,1160 chrXVI 486612 . A G 1362.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=158;Dels=0.00;FS=1.295;HaplotypeScore=4.8781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.371;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.181;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,77:158:99:1392,0,1411 chrXVI 486646 . G A 3975.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=23.52;SB=-1.802e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:169:99:3975,409,0 chrXVI 486789 . T G 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=22.33;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1373,144,0 chrXVI 486969 . A T 2287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DP=102;Dels=0.00;FS=6.608;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=22.42;ReadPosRankSum=2.351;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:102:99:2320,237,0 chrXVI 487204 . C T 1215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=18.69;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1248,123,0 chrXVI 487322 . C T 2779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=24.81;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:112:99:2812,286,0 chrXVI 487504 . T C 1391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=20.16;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1424,153,0 chrXVI 488115 . A G 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=20.15;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1786,189,0 chrXVI 488130 . G A 1392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.35;MQ0=0;QD=19.07;SB=-8.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1425,144,0 chrXVI 488374 . C T 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;DP=99;Dels=0.00;FS=7.961;HaplotypeScore=5.8017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:99:99:994,0,1009 chrXVI 488493 . A G 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.273;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:513,0,348 chrXVI 488516 . A C 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:428,0,650 chrXVI 488578 . G A 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.134;DP=72;Dels=0.00;FS=1.695;HaplotypeScore=36.5495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.773;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:625,0,606 chrXVI 488646 . G T 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=54;Dels=0.00;FS=2.148;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.766;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:361,0,472 chrXVI 488655 . A C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=46;Dels=0.00;FS=6.734;HaplotypeScore=3.5052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.648;SB=-5.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:313,0,409 chrXVI 489145 . G A 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;DP=128;Dels=0.00;FS=2.269;HaplotypeScore=7.1958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.564;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:128:99:962,0,1548 chrXVI 489307 . T A 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DP=60;Dels=0.00;FS=2.807;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:549,0,427 chrXVI 489538 . T C 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.480;DP=61;Dels=0.00;FS=5.468;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.333;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:61:99:325,0,830 chrXVI 489543 . G A 1362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=24.32;SB=-7.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1395,138,0 chrXVI 489607 . G A 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;DP=49;Dels=0.00;FS=1.155;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.090;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:389,0,482 chrXVI 490131 . G T 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=51;Dels=0.00;FS=2.388;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.003;QD=0.22;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:41:41,0,494 chrXVI 490135 . G A 12.27 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DP=53;Dels=0.00;FS=2.402;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.066;QD=0.23;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:42:42,0,497 chrXVI 490450 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=79;Dels=0.00;FS=5.963;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.618;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:79:99:714,0,644 chrXVI 490554 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=59;Dels=0.00;FS=1.104;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:611,0,536 chrXVI 490756 . G A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;DP=91;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:91:99:921,0,843 chrXVI 490906 . T C 1064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=20.46;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1097,114,0 chrXVI 491068 . C T 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;DP=62;Dels=0.00;FS=0.983;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.874;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:517,0,521 chrXVI 491113 . G A 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=67;Dels=0.00;FS=0.958;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=7.78;ReadPosRankSum=-2.006;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:551,0,529 chrXVI 491133 . C T 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.487;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:520,0,468 chrXVI 491370 . T G 664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=17.95;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:75:697,75,0 chrXVI 491388 . G A 265.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:295,0,288 chrXVI 491959 . T C 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;DP=71;Dels=0.00;FS=12.765;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:475,0,690 chrXVI 492242 . G A 216.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=37;Dels=0.00;FS=7.125;HaplotypeScore=7.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:246,0,273 chrXVI 492354 . C T 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.596;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:552,0,590 chrXVI 493097 . G A 1313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;DP=108;Dels=0.00;FS=3.815;HaplotypeScore=13.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,65:108:99:1343,0,818 chrXVI 493194 . G T 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.430;DP=63;Dels=0.00;FS=2.324;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.856;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:63:99:639,0,549 chrXVI 493279 . A G 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.481;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,37:95:99:617,0,976 chrXVI 493408 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.824;DP=109;Dels=0.00;FS=0.802;HaplotypeScore=4.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,43:109:99:644,0,1275 chrXVI 493521 . A G 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=92;Dels=0.00;FS=1.820;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:947,0,932 chrXVI 493986 . T C 998.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.994;DP=129;Dels=0.00;FS=7.921;HaplotypeScore=7.9903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,58:129:99:1028,0,1509 chrXVI 494184 . G C 413.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.214;DP=64;Dels=0.00;FS=5.810;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.277;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:443,0,574 chrXVI 494210 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;DP=67;Dels=0.00;FS=5.139;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:592,0,534 chrXVI 494455 . T C 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;DP=54;Dels=0.00;FS=2.473;HaplotypeScore=11.1301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.549;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:476,0,501 chrXVI 494742 . C T 210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.375;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:240,0,289 chrXVI 494922 . T C 771.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;DP=77;Dels=0.00;FS=4.678;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.507;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:801,0,827 chrXVI 495156 . A G 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.116;DP=83;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.255;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:83:99:1062,0,703 chrXVI 495265 . A G 4203.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=22.12;ReadPosRankSum=1.714;SB=-1.388e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,188:190:99:4203,450,0 chrXVI 495832 . G A 1351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DP=133;Dels=0.00;FS=3.122;HaplotypeScore=14.2998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.523;SB=-5.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:133:99:1381,0,1473 chrXVI 496180 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.440;DP=80;Dels=0.00;FS=1.140;HaplotypeScore=4.9350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:395,0,669 chrXVI 496405 . T C 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=64;Dels=0.00;FS=22.649;HaplotypeScore=4.9546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.684;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.351;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:488,0,618 chrXVI 496459 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DP=50;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.322;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:372,0,456 chrXVI 496486 . A G 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=45;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=10.3414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=7.87;ReadPosRankSum=3.032;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:45:99:384,0,319 chrXVI 496633 . T C 1777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=24.01;ReadPosRankSum=1.685;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1810,198,0 chrXVI 496734 . A G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;DP=58;Dels=0.00;FS=8.368;HaplotypeScore=4.0947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:334,0,802 chrXVI 496807 . G A 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=39;Dels=0.00;FS=9.774;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.756;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.925;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:255,0,450 chrXVI 497024 . G A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.400;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:555,0,256 chrXVI 497140 . T C 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.796;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:603,0,556 chrXVI 497425 . C T 958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.95;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:991,102,0 chrXVI 497707 . A G 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;DP=68;Dels=0.00;FS=4.732;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=9.10;ReadPosRankSum=2.156;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:649,0,608 chrXVI 497758 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;DP=56;Dels=0.00;FS=1.098;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:447,0,695 chrXVI 498269 . C T 56.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:86:86,0,315 chrXVI 498386 . A G 728.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;DP=69;Dels=0.00;FS=3.487;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.752;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:69:99:758,0,383 chrXVI 498437 . A G 1551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=22.48;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1584,168,0 chrXVI 498617 . T C 751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=37;Dels=0.00;FS=9.314;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=20.30;ReadPosRankSum=2.183;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:84:784,84,0 chrXVI 498689 . C T 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.822;DP=55;Dels=0.00;FS=1.047;HaplotypeScore=6.6254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.330;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:470,0,459 chrXVI 498788 . A G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=44;Dels=0.00;FS=5.189;HaplotypeScore=4.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.470;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:347,0,426 chrXVI 499073 . G A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;DP=75;Dels=0.00;FS=3.903;HaplotypeScore=7.2821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:826,0,711 chrXVI 499315 . G A 3039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=21.25;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:143:99:3072,318,0 chrXVI 499388 . G A 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.238;DP=79;Dels=0.00;FS=0.937;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.873;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.754;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:1058,0,530 chrXVI 499635 . C T 639.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DP=81;Dels=0.00;FS=7.446;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.113;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:669,0,848 chrXVI 499664 . A G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DP=78;Dels=0.00;FS=3.046;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.481;QD=6.95;ReadPosRankSum=2.534;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:572,0,751 chrXVI 499678 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQ0=0;MQRankSum=-4.669;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.375;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:389,0,470 chrXVI 499684 . G A 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=-5.258;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:312,0,439 chrXVI 499691 . T C 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;DP=63;Dels=0.00;FS=2.084;HaplotypeScore=23.4523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.745;QD=1.86;ReadPosRankSum=-4.330;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:147,0,446 chrXVI 499739 . A G 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.384;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.869;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.596;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:286,0,333 chrXVI 499915 . T C 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.790;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:742,0,740 chrXVI 500000 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=51;Dels=0.00;FS=8.135;HaplotypeScore=5.6480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.235;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:462,0,387 chrXVI 500007 . G A 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=52;Dels=0.00;FS=10.480;HaplotypeScore=7.3525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.864;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:52:99:333,0,367 chrXVI 500189 . A G 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DP=91;Dels=0.00;FS=1.888;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=10.63;ReadPosRankSum=2.147;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:997,0,972 chrXVI 500244 . C T 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.432;DP=86;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:822,0,902 chrXVI 500345 . T A 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=98;Dels=0.00;FS=4.165;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.420;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:773,0,1246 chrXVI 500351 . C T 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.686;DP=103;Dels=0.00;FS=16.015;HaplotypeScore=6.6723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:103:99:793,0,1216 chrXVI 500426 . C G 2652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=20.24;SB=-1.732e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:2685,291,0 chrXVI 500683 . C T 4156.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=25.65;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:162:99:4156,421,0 chrXVI 500726 . A C 2437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=21.57;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2470,258,0 chrXVI 500964 . G T 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.320;DP=144;Dels=0.00;FS=4.187;HaplotypeScore=14.6847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-5.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,70:143:99:1092,0,1030 chrXVI 500975 . G C 881.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DP=126;Dels=0.00;FS=1.616;HaplotypeScore=6.5708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.017;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.067;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,57:126:99:911,0,905 chrXVI 500988 . T C 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;DP=132;Dels=0.00;FS=2.495;HaplotypeScore=10.0086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.774;QD=6.18;ReadPosRankSum=2.708;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,53:132:99:846,0,1256 chrXVI 501187 . A G 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.547;DP=67;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=10.7339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:451,0,543 chrXVI 501255 . A G 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=66;Dels=0.00;FS=1.041;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:419,0,652 chrXVI 501323 . T A 2229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=22.29;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2262,231,0 chrXVI 501461 . G C 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DP=39;Dels=0.00;FS=7.359;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:198,0,362 chrXVI 501575 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;DP=53;Dels=0.00;FS=7.823;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:53:99:493,0,560 chrXVI 501709 . G C 1426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=20.08;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:71:99:1459,153,0 chrXVI 501909 . G A 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.760;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:659,0,382 chrXVI 502052 . G A 593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=18.53;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63:626,63,0 chrXVI 502088 . C A 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=22;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.088;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:163,0,175 chrXVI 502118 . T C 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=34;Dels=0.00;FS=2.691;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:34:99:284,0,191 chrXVI 502255 . G A 460.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;DP=46;Dels=0.00;FS=3.310;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.284;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:490,0,303 chrXVI 502697 . G A 76.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.21;MQ0=0;QD=1.30;SB=-4.595e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:12:109,12,0 chrXVI 502739 . T G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=29;Dels=0.00;FS=3.581;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:250,0,237 chrXVI 503041 . A T 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:322,0,353 chrXVI 503157 . C G 891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=24.75;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:924,99,0 chrXVI 503305 . A C 207.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;DP=37;Dels=0.00;FS=5.540;HaplotypeScore=3.5434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.874;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:237,0,283 chrXVI 503313 . A G 223.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;DP=32;Dels=0.00;FS=5.748;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:253,0,277 chrXVI 503314 . A G 624 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=19.50;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:69:657,69,0 chrXVI 503433 . A C 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.620;DP=77;Dels=0.00;FS=9.701;HaplotypeScore=14.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.340;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:77:99:524,0,981 chrXVI 503488 . C A 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;DP=80;Dels=0.00;FS=9.245;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.899;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:1078,0,702 chrXVI 503888 . T C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;DP=50;Dels=0.00;FS=10.640;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.651;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:341,0,439 chrXVI 504262 . G A 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.714;DP=85;Dels=0.00;FS=11.125;HaplotypeScore=2.6779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:707,0,713 chrXVI 504666 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DP=53;Dels=0.00;FS=6.301;HaplotypeScore=5.1844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.951;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:469,0,366 chrXVI 505053 . C T 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;DP=26;Dels=0.00;FS=3.862;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=7.58;ReadPosRankSum=2.203;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:227,0,256 chrXVI 505150 . G A 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.795;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:639,0,674 chrXVI 505245 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DP=31;Dels=0.00;FS=3.365;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:312,0,255 chrXVI 505698 . C G 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:178,0,421 chrXVI 505721 . A G 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;DP=44;Dels=0.00;FS=1.185;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.847;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:304,0,596 chrXVI 505749 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=2.311;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.681;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:377,0,537 chrXVI 505836 . A G 451.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;DP=60;Dels=0.02;FS=5.406;HaplotypeScore=3.8882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.229;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:59:99:481,0,382 chrXVI 505893 . G A 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;DP=50;Dels=0.00;FS=8.572;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:368,0,402 chrXVI 506058 . T G 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.09;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1647,174,0 chrXVI 506129 . T C 1072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1105,114,0 chrXVI 506265 . C A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DP=54;Dels=0.00;FS=5.646;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.472;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:54:99:414,0,427 chrXVI 506274 . A C 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;DP=64;Dels=0.00;FS=2.043;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.190;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.591;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:460,0,573 chrXVI 506349 . G T 787.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=87;Dels=0.00;FS=7.089;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.702;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:817,0,814 chrXVI 506369 . T C 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=74;Dels=0.00;FS=4.643;HaplotypeScore=4.7828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:627,0,676 chrXVI 506806 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;DP=43;Dels=0.00;FS=2.729;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.063;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:43:99:421,0,408 chrXVI 507005 . A G 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DP=90;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.747;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,31:90:99:469,0,1175 chrXVI 507023 . A G 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=97;Dels=0.00;FS=2.888;HaplotypeScore=5.5988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=2.96;ReadPosRankSum=-2.031;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,31:97:99:317,0,1458 chrXVI 507026 . C T 237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;DP=97;Dels=0.00;FS=4.201;HaplotypeScore=5.8034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=2.44;ReadPosRankSum=-2.294;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,31:97:99:267,0,1464 chrXVI 507047 . A C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=4.00;ReadPosRankSum=-2.817;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,34:91:99:394,0,1263 chrXVI 507169 . A G 1250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=56;Dels=0.00;FS=4.058;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=22.32;ReadPosRankSum=1.670;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1283,132,0 chrXVI 507201 . A G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.202;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:572,0,371 chrXVI 507218 . C A 1043 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=19.68;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1076,111,0 chrXVI 507220 . A G 251.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.249;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:99:281,0,547 chrXVI 507225 . A G 909 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=54;Dels=0.00;FS=5.629;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=16.83;ReadPosRankSum=2.870;SB=-5.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:99:942,99,0 chrXVI 507248 . A C 196.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=49;Dels=0.00;FS=7.639;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:226,0,492 chrXVI 507296 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.148;DP=58;Dels=0.00;FS=6.067;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.570;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:402,0,241 chrXVI 507326 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.168;DP=66;Dels=0.00;FS=0.975;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.513;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:548,0,515 chrXVI 507350 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DP=78;Dels=0.00;FS=0.903;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.503;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:78:99:476,0,651 chrXVI 507401 . G C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=74;Dels=0.00;FS=1.963;HaplotypeScore=7.3480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.070;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:555,0,606 chrXVI 507608 . A G 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.430;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:174,0,321 chrXVI 507635 . T C 93.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=28;Dels=0.00;FS=4.000;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.717;SB=-2.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:28:99:123,0,312 chrXVI 507830 . G C 715.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;DP=75;Dels=0.00;FS=0.896;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.253;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:75:99:745,0,690 chrXVI 507854 . A G 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.407;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.860;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:611,0,594 chrXVI 507917 . G A 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=29;Dels=0.00;FS=5.649;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.240;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:232,0,232 chrXVI 508199 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=57;Dels=0.00;FS=1.102;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=11.81;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:703,0,391 chrXVI 508243 . A G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.483;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:30:99:316,0,229 chrXVI 508553 . C T 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DP=74;Dels=0.00;FS=14.872;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.541;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:797,0,613 chrXVI 508697 . C T 1377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=23.74;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1410,141,0 chrXVI 508709 . G A 1113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=17.12;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1146,117,0 chrXVI 508790 . C A 734.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.820;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:764,0,573 chrXVI 508976 . G A 2724 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.70;SB=-1.523e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:120:99:2757,285,0 chrXVI 509014 . A G 1193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.968;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.373;SB=-5.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,60:109:99:1223,0,765 chrXVI 509084 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=99;Dels=0.00;FS=8.864;HaplotypeScore=6.7849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.389;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:726,0,1176 chrXVI 509591 . C T 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;DP=81;Dels=0.00;FS=4.241;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.280;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:81:99:723,0,662 chrXVI 509606 . A G 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;DP=74;Dels=0.00;FS=6.132;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.311;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:673,0,641 chrXVI 509658 . G A 1025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DP=103;Dels=0.00;FS=1.643;HaplotypeScore=15.6529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=3.427;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.985;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:1055,0,573 chrXVI 509810 . T C 1031.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=117;Dels=0.00;FS=4.477;HaplotypeScore=8.7508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,58:117:99:1061,0,1124 chrXVI 509832 . C T 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.250;DP=110;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=7.7899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.434;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:110:99:887,0,1076 chrXVI 509846 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=100;Dels=0.00;FS=3.759;HaplotypeScore=4.7440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:741,0,933 chrXVI 510020 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DP=76;Dels=0.00;FS=2.035;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:632,0,725 chrXVI 510238 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DP=73;Dels=0.00;FS=0.912;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:494,0,714 chrXVI 510285 . G T 598.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DP=57;Dels=0.00;FS=7.529;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:628,0,615 chrXVI 510291 . A G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=57;Dels=0.00;FS=7.558;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.631;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:563,0,641 chrXVI 510338 . G T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;DP=60;Dels=0.00;FS=1.069;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.296;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:525,0,540 chrXVI 510355 . A G 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.214;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:430,0,495 chrXVI 510403 . A G 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DP=47;Dels=0.00;FS=3.230;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:345,0,393 chrXVI 510469 . A T 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;DP=46;Dels=0.00;FS=3.172;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.902;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:317,0,464 chrXVI 510522 . T C 511.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.723;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.751;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:541,0,595 chrXVI 510564 . T A 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DP=92;Dels=0.00;FS=12.668;HaplotypeScore=14.1848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.734;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:877,0,814 chrXVI 510580 . T C 1917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=24.58;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1950,210,0 chrXVI 510650 . C T 1400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=22.58;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1433,150,0 chrXVI 510652 . T C 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;DP=58;Dels=0.00;FS=1.771;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:564,0,607 chrXVI 510663 . G A 385.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=54;Dels=0.00;FS=6.254;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.009;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:415,0,538 chrXVI 510713 . A T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=62;Dels=0.00;FS=8.303;HaplotypeScore=5.5546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.235;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:684,0,565 chrXVI 510773 . C T 825.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DP=69;Dels=0.00;FS=6.677;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.054;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:855,0,571 chrXVI 510816 . G A 696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.411;DP=65;Dels=0.00;FS=5.219;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.152;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:726,0,511 chrXVI 510863 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=90;Dels=0.00;FS=4.127;HaplotypeScore=12.0331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:90:99:652,0,903 chrXVI 510900 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.484;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:650,0,1104 chrXVI 510985 . A G 2353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=22.41;SB=-1.011e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:2386,249,0 chrXVI 511038 . C T 1237.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-6.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,62:102:99:1267,0,685 chrXVI 511076 . A G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.617;DP=82;Dels=0.00;FS=1.862;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=7.01;ReadPosRankSum=-2.125;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:605,0,1171 chrXVI 511406 . A G 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DP=45;Dels=0.00;FS=2.120;HaplotypeScore=4.6573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.143;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:415,0,194 chrXVI 511425 . T A 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:401,0,245 chrXVI 511469 . A T 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=18.73;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:75:726,75,0 chrXVI 511583 . T C 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.960;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:79:79,0,185 chrXVI 511707 . C G 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=22.42;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1311,135,0 chrXVI 511744 . T A 155.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=50;Dels=0.00;FS=1.186;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.426;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.058;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:185,0,662 chrXVI 511751 . A C 151.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.719;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.539;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:42:99:181,0,465 chrXVI 511752 . A C 153.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.666;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.486;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:183,0,531 chrXVI 511769 . T A 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.778;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.207;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:159,0,452 chrXVI 511809 . A T 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.949;DP=42;Dels=0.00;FS=4.480;HaplotypeScore=4.2559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.937;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.931;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:372,0,343 chrXVI 511842 . C A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.585;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:395,0,563 chrXVI 511946 . G A 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=32;Dels=0.00;FS=8.139;HaplotypeScore=3.1942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:32:99:296,0,397 chrXVI 511983 . T A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:303,0,253 chrXVI 512028 . C T 789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=21.32;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87:822,87,0 chrXVI 512102 . T A 308.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=26;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.217;QD=11.85;ReadPosRankSum=1.068;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:338,0,121 chrXVI 512105 . C T 282.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;DP=27;Dels=0.00;FS=3.736;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.699;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.571;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:27:99:312,0,101 chrXVI 512148 . T C 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.306;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:539,0,231 chrXVI 512149 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.243;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:270,0,559 chrXVI 512216 . A C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=14.57;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:90:849,90,0 chrXVI 512235 . T C 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.308;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:217,0,326 chrXVI 512517 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=40;Dels=0.00;FS=1.979;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.040;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:352,0,545 chrXVI 512556 . A G 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=52;Dels=0.00;FS=5.990;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:503,0,552 chrXVI 512760 . T C 1770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=21.59;ReadPosRankSum=1.690;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1803,195,0 chrXVI 512940 . G A 1131.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.699;DP=130;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.738;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,66:130:99:1161,0,1184 chrXVI 513013 . T C 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=85;Dels=0.00;FS=5.213;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.989;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,30:85:99:592,0,814 chrXVI 513417 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;DP=76;Dels=0.00;FS=3.292;HaplotypeScore=5.8579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.440;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:604,0,739 chrXVI 513619 . G A 319.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DP=73;Dels=0.00;FS=0.919;HaplotypeScore=8.8807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,24:73:99:349,0,1073 chrXVI 513702 . A C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DP=42;Dels=0.00;FS=21.626;HaplotypeScore=5.8487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.535;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.176;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:355,0,313 chrXVI 513862 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.412;DP=43;Dels=0.00;FS=2.600;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.727;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:346,0,372 chrXVI 514290 . T A 1807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.87;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1840,201,0 chrXVI 514323 . C A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:885,0,650 chrXVI 514359 . A G 898.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;DP=79;Dels=0.00;FS=6.002;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.862;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.547;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:928,0,614 chrXVI 514415 . G A 1360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.707;DP=146;Dels=0.00;FS=10.157;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.002;SB=-6.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,69:146:99:1390,0,1599 chrXVI 514428 . T C 1806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.121;SB=-9.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,92:176:99:1836,0,1542 chrXVI 514493 . T C 2892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DP=214;Dels=0.00;FS=4.413;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=13.51;ReadPosRankSum=1.807;SB=-1.045e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,131:214:99:2922,0,1436 chrXVI 514583 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DP=54;Dels=0.00;FS=9.971;HaplotypeScore=7.3918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=7.83;ReadPosRankSum=2.411;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:453,0,548 chrXVI 514990 . G A 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DP=27;Dels=0.00;FS=5.953;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.487;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:209,0,261 chrXVI 515057 . T C 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=53;Dels=0.00;FS=2.417;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:456,0,415 chrXVI 515122 . A G 618.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=70;Dels=0.00;FS=4.528;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=8.83;ReadPosRankSum=-1.750;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:648,0,634 chrXVI 515138 . A G 1470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=21.00;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1503,159,0 chrXVI 515185 . C T 298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;DP=64;Dels=0.00;FS=5.174;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:328,0,443 chrXVI 515189 . G A 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DP=65;Dels=0.00;FS=6.832;HaplotypeScore=4.0488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.253;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.599;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:357,0,518 chrXVI 515196 . T C 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=72;Dels=0.00;FS=6.349;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.427;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.830;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:377,0,518 chrXVI 515221 . C T 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DP=95;Dels=0.00;FS=5.220;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=2.974;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.865;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:777,0,581 chrXVI 515243 . A G 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;DP=108;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=6.6452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.597;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:108:99:546,0,1124 chrXVI 515276 . T C 1169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.924;DP=116;Dels=0.00;FS=3.588;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.661;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,63:116:99:1199,0,829 chrXVI 515495 . C G 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=111;Dels=0.00;FS=3.568;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.960;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:111:99:926,0,1122 chrXVI 516047 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=57;Dels=0.00;FS=22.172;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:57:99:578,0,462 chrXVI 516356 . C T 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DP=59;Dels=0.00;FS=3.554;HaplotypeScore=5.5167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:509,0,510 chrXVI 516710 . T C 738.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=81;Dels=0.00;FS=1.808;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.370;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:768,0,816 chrXVI 516780 . T C 730.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.834;DP=79;Dels=0.00;FS=2.991;HaplotypeScore=3.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:760,0,1018 chrXVI 516862 . C T 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DP=64;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.625;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:463,0,695 chrXVI 516903 . C T 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;DP=73;Dels=0.00;FS=8.048;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:650,0,596 chrXVI 517099 . C G 801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=17.80;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:90:834,90,0 chrXVI 517188 . C T 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:311,0,417 chrXVI 517281 . T C 641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DP=33;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.625;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:33:72:674,72,0 chrXVI 517540 . A G 1381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DP=65;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=21.25;ReadPosRankSum=1.678;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1414,150,0 chrXVI 517615 . G T 2483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=24.83;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2516,258,0 chrXVI 517688 . C T 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;DP=45;Dels=0.00;FS=3.074;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:449,0,339 chrXVI 517746 . A G 719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=22.47;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:752,81,0 chrXVI 517881 . G A 1405.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.932;DP=117;Dels=0.00;FS=2.502;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,70:117:99:1435,0,883 chrXVI 517980 . C T 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=74;Dels=0.00;FS=4.528;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:580,0,671 chrXVI 518014 . C G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;DP=56;Dels=0.00;FS=3.670;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:334,0,575 chrXVI 518057 . A T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:433,0,528 chrXVI 518479 . A G 1239.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;DP=147;Dels=0.00;FS=1.297;HaplotypeScore=14.9653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.956;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,68:147:99:1269,0,1418 chrXVI 518518 . A G 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.360;DP=113;Dels=0.00;FS=4.599;HaplotypeScore=10.4589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.658;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:113:99:898,0,1260 chrXVI 518836 . A G 916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.345;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=19.49;ReadPosRankSum=2.345;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:949,99,0 chrXVI 518986 . C T 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.238;DP=84;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=4.0303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.405;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:761,0,701 chrXVI 518997 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.804;DP=82;Dels=0.00;FS=1.877;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.770;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:696,0,750 chrXVI 519038 . C T 534.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.954;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:564,0,591 chrXVI 519322 . A G 1202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.582;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1235,129,0 chrXVI 519355 . G A 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DP=68;Dels=0.00;FS=3.593;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.969;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:395,0,666 chrXVI 519435 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=54;Dels=0.00;FS=1.054;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.470;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:466,0,425 chrXVI 519721 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.694;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:255,0,364 chrXVI 519727 . A G 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.438;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.045;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.349;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:243,0,348 chrXVI 519754 . G T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=38;Dels=0.00;FS=4.863;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.587;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:341,0,372 chrXVI 519953 . T C 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DP=40;Dels=0.00;FS=1.247;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=2.488;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.884;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:391,0,230 chrXVI 520069 . G A 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.123;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:159,0,336 chrXVI 520114 . G A 168.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.466;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.153;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:198,0,236 chrXVI 520118 . G A 166.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=28;Dels=0.00;FS=1.617;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.184;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:196,0,250 chrXVI 520138 . T C 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=23;Dels=0.00;FS=6.701;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.339;SB=-6.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:140,0,165 chrXVI 520162 . A C 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=30;Dels=0.00;FS=10.901;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.436;SB=-7.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:173,0,249 chrXVI 520194 . A T 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;DP=43;Dels=0.00;FS=2.793;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:220,0,351 chrXVI 520226 . C T 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.915;DP=58;Dels=0.00;FS=5.223;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.499;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:403,0,575 chrXVI 520400 . T C 512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=23.27;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:545,54,0 chrXVI 520404 . G A 496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=22.55;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:529,54,0 chrXVI 520428 . A G 121.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;DP=17;Dels=0.00;FS=9.874;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.244;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:151,0,139 chrXVI 520764 . G A 89.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.90;SB=-2.563e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:122,12,0 chrXVI 520806 . G A 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.26;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:6:59,6,0 chrXVI 520832 . T C 111.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.91;SB=-2.384e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:144,15,0 chrXVI 521100 . T C 70.51 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.83;ReadPosRankSum=2.054;SB=3.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:12:103,12,0 chrXVI 521292 . T C 816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.631;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:90:849,90,0 chrXVI 521328 . G A 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=37;Dels=0.00;FS=4.715;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:406,0,387 chrXVI 521580 . T C 754.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DP=99;Dels=0.00;FS=5.132;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.888;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:784,0,1079 chrXVI 521626 . C A 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.737;DP=60;Dels=0.00;FS=0.971;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=7.60;ReadPosRankSum=2.529;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:486,0,630 chrXVI 521737 . A G 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;DP=34;Dels=0.00;FS=7.652;HaplotypeScore=4.1530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.156;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:250,0,266 chrXVI 521792 . C T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=31;Dels=0.00;FS=3.251;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:193,0,356 chrXVI 521945 . C G 2649 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=22.64;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2682,279,0 chrXVI 522033 . G A 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DP=97;Dels=0.00;FS=17.859;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.006;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.011;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:97:99:842,0,1054 chrXVI 522069 . G A 103.46 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=77;Dels=0.00;FS=13.776;HaplotypeScore=21.3815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-4.411;QD=1.34;ReadPosRankSum=2.817;SB=-1.045e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:1:132,0,1 chrXVI 522072 . G A 103.79 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=79;Dels=0.00;FS=11.275;HaplotypeScore=53.0985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=-3.278;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-1.008e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:4:133,0,4 chrXVI 522429 . C T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.952;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.141;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:76:99:578,0,912 chrXVI 522564 . G A 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=72;Dels=0.00;FS=0.980;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:72:99:765,0,605 chrXVI 522654 . T C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;DP=49;Dels=0.00;FS=12.136;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.620;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:576,0,267 chrXVI 523095 . A C 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.931;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:814,0,643 chrXVI 523110 . G A 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.086;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:77:99:672,0,744 chrXVI 523158 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=75;Dels=0.00;FS=17.053;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.908;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:753,0,401 chrXVI 523433 . C G 1441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=20.88;SB=-7.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1474,153,0 chrXVI 523446 . G A 1553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.89;MQ0=0;QD=21.57;SB=-8.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1586,159,0 chrXVI 523453 . T C 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.351;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:374,0,724 chrXVI 523482 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=53;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.917;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.028;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:189,0,567 chrXVI 523494 . A G 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;DP=48;Dels=0.00;FS=2.379;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.353;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:179,0,475 chrXVI 523583 . C T 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.22;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1366,144,0 chrXVI 523689 . G A 666.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DP=85;Dels=0.00;FS=20.334;HaplotypeScore=4.8719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.646;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:696,0,850 chrXVI 523692 . T C 1876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=84;Dels=0.00;FS=3.222;HaplotypeScore=7.1832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=22.33;ReadPosRankSum=1.608;SB=-1.103e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:1909,207,0 chrXVI 523749 . T C 1221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=19.69;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1254,132,0 chrXVI 524127 . C T 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DP=83;Dels=0.00;FS=3.062;HaplotypeScore=8.1694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:886,0,735 chrXVI 524220 . C T 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,54:105:99:859,0,962 chrXVI 524334 . T C 1193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.688;DP=133;Dels=0.00;FS=0.691;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=2.124;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,64:132:99:1223,0,1433 chrXVI 524507 . G A 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DP=80;Dels=0.00;FS=4.496;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.348;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:816,0,605 chrXVI 524743 . T C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;DP=55;Dels=0.00;FS=7.656;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.094;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:614,0,413 chrXVI 524953 . G A 1236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.262;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.454;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:113:99:1266,0,991 chrXVI 525166 . T A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.025;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:704,0,789 chrXVI 525272 . A G 689.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.724;DP=72;Dels=0.00;FS=2.023;HaplotypeScore=6.2036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:719,0,569 chrXVI 525308 . G T 692.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.300;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:722,0,525 chrXVI 525339 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=56;Dels=0.00;FS=2.418;HaplotypeScore=5.7722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.749;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:469,0,453 chrXVI 525445 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=12.47;ReadPosRankSum=2.363;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:36:99:479,0,218 chrXVI 525509 . G A 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DP=40;Dels=0.00;FS=3.327;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.629;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.269;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:379,0,361 chrXVI 525725 . T G 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=35;Dels=0.00;FS=1.365;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.466;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:316,0,256 chrXVI 525874 . C T 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.899;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:201,0,268 chrXVI 526107 . C T 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=36;Dels=0.00;FS=13.713;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:250,0,474 chrXVI 526176 . T C 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=32;Dels=0.00;FS=1.527;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:250,0,435 chrXVI 526257 . T C 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;DP=28;Dels=0.00;FS=3.565;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.941;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:107,0,323 chrXVI 526381 . A G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:266,0,369 chrXVI 526602 . A G 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DP=45;Dels=0.00;FS=5.653;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:361,0,581 chrXVI 526767 . A G 297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=16.50;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:33:330,33,0 chrXVI 526851 . C T 55.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;DP=23;Dels=0.00;FS=3.624;HaplotypeScore=8.3416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=2.39;ReadPosRankSum=-2.233;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:23:85:85,0,241 chrXVI 527231 . G A 398.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=35;Dels=0.00;FS=1.330;HaplotypeScore=4.4810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.871;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.381;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:428,0,249 chrXVI 527307 . T C 720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.82;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:753,78,0 chrXVI 527344 . C G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=51;Dels=0.00;FS=14.162;HaplotypeScore=4.8987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.502;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:323,0,443 chrXVI 527456 . A G 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=113;Dels=0.00;FS=4.580;HaplotypeScore=7.2929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.825;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:113:99:989,0,811 chrXVI 527480 . C T 791.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;DP=88;Dels=0.00;FS=1.817;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:821,0,808 chrXVI 527482 . C T 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.233;DP=92;Dels=0.00;FS=4.107;HaplotypeScore=4.0832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.219;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:828,0,837 chrXVI 527574 . T C 207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=28;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:237,0,241 chrXVI 527738 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;DP=54;Dels=0.00;FS=1.090;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:304,0,514 chrXVI 528548 . G A 1388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=142;Dels=0.00;FS=5.676;HaplotypeScore=14.1963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.317;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,70:142:99:1418,0,1411 chrXVI 528593 . T C 3604.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=26.12;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:138:99:3604,373,0 chrXVI 529192 . T C 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.336;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:600,0,915 chrXVI 529207 . G A 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;DP=92;Dels=0.00;FS=10.347;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.705;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:737,0,891 chrXVI 529243 . C T 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.454;DP=88;Dels=0.00;FS=10.329;HaplotypeScore=4.7120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=6.06;ReadPosRankSum=2.410;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:563,0,725 chrXVI 529318 . A G 420.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;DP=54;Dels=0.00;FS=6.502;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:450,0,418 chrXVI 529371 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;DP=56;Dels=0.00;FS=1.153;HaplotypeScore=6.3980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:297,0,608 chrXVI 529492 . A G 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.561;DP=77;Dels=0.00;FS=6.444;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:77:99:395,0,883 chrXVI 529663 . G A 2246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=25.52;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2279,225,0 chrXVI 529749 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DP=71;Dels=0.00;FS=6.966;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=4.55;ReadPosRankSum=-2.361;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:71:99:353,0,839 chrXVI 529750 . T A 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=71;Dels=0.00;FS=8.767;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=4.82;ReadPosRankSum=-2.111;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:372,0,881 chrXVI 529905 . T A 1071.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.590;DP=127;Dels=0.00;FS=3.258;HaplotypeScore=11.3773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.955;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,69:127:99:1101,0,1269 chrXVI 530286 . A G 1877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=20.86;ReadPosRankSum=2.395;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,88:90:99:1910,210,0 chrXVI 530322 . G A 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DP=85;Dels=0.00;FS=7.347;HaplotypeScore=4.8903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.270;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:861,0,709 chrXVI 530370 . A G 1636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=20.20;ReadPosRankSum=2.298;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:81:99:1669,174,0 chrXVI 530438 . G A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.290;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:469,0,487 chrXVI 530472 . C T 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=41;Dels=0.00;FS=1.298;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.754;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:283,0,478 chrXVI 530487 . G A 162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DP=41;Dels=0.00;FS=1.279;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.146;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:192,0,505 chrXVI 530645 . A T 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.393;DP=89;Dels=0.00;FS=17.544;HaplotypeScore=9.9509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.317;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:948,0,726 chrXVI 530697 . A G 686.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;DP=71;Dels=0.00;FS=6.923;HaplotypeScore=8.5113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.444;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:716,0,582 chrXVI 530807 . G C 1407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.65;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1440,153,0 chrXVI 531193 . A G 1606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=20.59;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1639,171,0 chrXVI 531384 . G A 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DP=87;Dels=0.00;FS=26.091;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.170;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:87:99:918,0,783 chrXVI 531420 . T C 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=81;Dels=0.00;FS=22.616;HaplotypeScore=3.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:933,0,710 chrXVI 531585 . G C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.080;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:715,0,779 chrXVI 531957 . G A 1934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=23.88;SB=-1.124e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1967,201,0 chrXVI 532319 . T C 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=24.49;SB=-9.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:1968,204,0 chrXVI 532633 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=72;Dels=0.00;FS=20.280;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.247;SB=-3.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:72:99:658,0,564 chrXVI 533286 . A C 584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.14;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63:617,63,0 chrXVI 533561 . G A 1712 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;QD=24.81;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1745,171,0 chrXVI 533565 . G A 1668 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=23.17;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1701,171,0 chrXVI 533705 . C T 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=26;Dels=0.00;FS=2.050;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.262;SB=-1.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:26:99:167,0,366 chrXVI 533888 . T G 1245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=119;Dels=0.00;FS=7.044;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.137;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,63:119:99:1275,0,944 chrXVI 534427 . A C 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.426;DP=87;Dels=0.00;FS=3.402;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:87:99:679,0,629 chrXVI 534572 . C T 287.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=67;Dels=0.00;FS=3.756;HaplotypeScore=4.9392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:67:99:317,0,867 chrXVI 534574 . A G 289.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;DP=67;Dels=0.00;FS=3.756;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.721;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:67:99:319,0,912 chrXVI 534581 . T C 310.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.975;DP=65;Dels=0.00;FS=1.023;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.421;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:65:99:340,0,823 chrXVI 534748 . A T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;DP=64;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:537,0,484 chrXVI 534749 . G A 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;DP=64;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:489,0,537 chrXVI 534894 . T C 396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.955;DP=72;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=2.273;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.537;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:71:99:426,0,863 chrXVI 535594 . G A 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;DP=121;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,56:121:99:1010,0,1171 chrXVI 535611 . A G 1119.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.519;DP=135;Dels=0.00;FS=1.668;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,71:135:99:1149,0,1175 chrXVI 535766 . A G 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.473;DP=140;Dels=0.00;FS=4.185;HaplotypeScore=32.3079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.477;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.267;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,58:140:99:1018,0,1694 chrXVI 535979 . G T 1943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=20.24;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:1976,204,0 chrXVI 536180 . T C 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;DP=72;Dels=0.00;FS=2.001;HaplotypeScore=8.3355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.098;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:72:99:750,0,545 chrXVI 536238 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=73;Dels=0.00;FS=3.246;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:73:99:512,0,634 chrXVI 536629 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DP=77;Dels=0.00;FS=6.891;HaplotypeScore=10.1711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.129;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:77:99:412,0,726 chrXVI 536707 . T C 58.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.429;DP=119;Dels=0.00;FS=6.523;HaplotypeScore=83.4735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=0.49;ReadPosRankSum=-3.443;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,24:119:88:88,0,1258 chrXVI 536747 . T C 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=64.3714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQ0=1;MQRankSum=1.400;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.917;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:101:99:387,0,648 chrXVI 536750 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.351;DP=100;Dels=0.00;FS=6.651;HaplotypeScore=61.0096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=1;MQRankSum=-0.861;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:100:99:543,0,503 chrXVI 537057 . T C 790.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.214;DP=121;Dels=0.00;FS=7.385;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:121:99:820,0,1126 chrXVI 537122 . A G 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;DP=91;Dels=0.00;FS=5.333;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.217;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:91:99:662,0,1056 chrXVI 537410 . G A 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.580;DP=95;Dels=0.00;FS=3.931;HaplotypeScore=10.5172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:1048,0,749 chrXVI 537692 . G A 966.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DP=92;Dels=0.00;FS=16.748;HaplotypeScore=8.0328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.207;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:92:99:996,0,650 chrXVI 537914 . G A 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DP=60;Dels=0.00;FS=3.511;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.976;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:649,0,376 chrXVI 537975 . G C 918.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=86;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=7.0612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.436;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:948,0,590 chrXVI 538056 . A T 2346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=98;Dels=0.00;FS=3.380;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=23.94;ReadPosRankSum=1.697;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2379,240,0 chrXVI 538210 . A G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;DP=64;Dels=0.00;FS=0.968;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:423,0,738 chrXVI 538347 . G A 412.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=67;Dels=0.00;FS=8.172;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:442,0,416 chrXVI 538583 . A G 597.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.779;DP=79;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=4.0994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=2.466;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.107;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:627,0,915 chrXVI 538748 . A G 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;DP=42;Dels=0.00;FS=4.575;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.428;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:42:99:331,0,488 chrXVI 538772 . A T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=60;Dels=0.00;FS=5.188;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.305;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:577,0,458 chrXVI 538784 . A G 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=21.30;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1311,141,0 chrXVI 539109 . G A 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=73;Dels=0.00;FS=1.990;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:472,0,933 chrXVI 539175 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.389;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.338;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:91:99:565,0,998 chrXVI 539185 . A G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.444;DP=104;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.995;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.693;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:104:99:595,0,1276 chrXVI 539194 . G A 528.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.252;DP=96;Dels=0.00;FS=2.689;HaplotypeScore=4.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.622;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.704;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,41:96:99:558,0,1024 chrXVI 539199 . C T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=95;Dels=0.00;FS=3.837;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.660;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.139;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:95:99:570,0,1034 chrXVI 539281 . A G 708.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.960;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:738,0,610 chrXVI 539795 . T A 1105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=128;Dels=0.00;FS=1.444;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.494;SB=-5.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,58:128:99:1135,0,1461 chrXVI 539845 . G A 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;DP=94;Dels=0.00;FS=0.830;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:776,0,1145 chrXVI 539864 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.702;DP=87;Dels=0.00;FS=4.519;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:566,0,1309 chrXVI 539891 . G C 448.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DP=78;Dels=0.00;FS=0.857;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:478,0,956 chrXVI 539931 . A G 702.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.548;DP=92;Dels=0.00;FS=2.948;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.501;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:92:99:732,0,909 chrXVI 540158 . C T 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DP=82;Dels=0.00;FS=1.821;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:690,0,946 chrXVI 540311 . C G 3389.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.05;SB=-1.774e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:147:99:3389,363,0 chrXVI 540419 . A G 660.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;DP=82;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.791;QD=8.05;ReadPosRankSum=-2.613;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:690,0,902 chrXVI 540443 . C T 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.834;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:635,0,800 chrXVI 540521 . A G 785.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.908;DP=89;Dels=0.00;FS=15.417;HaplotypeScore=4.8625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:89:99:815,0,719 chrXVI 540893 . G A 977.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;DP=72;Dels=0.00;FS=1.208;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=13.57;ReadPosRankSum=2.365;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:1007,0,546 chrXVI 541043 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DP=57;Dels=0.00;FS=4.100;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.585;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:565,0,518 chrXVI 541191 . G A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=80;Dels=0.00;FS=5.116;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,52:80:99:859,0,430 chrXVI 541340 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.036;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.430;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:518,0,565 chrXVI 541496 . T G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=35;Dels=0.00;FS=1.387;HaplotypeScore=7.2196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.844;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:218,0,297 chrXVI 541834 . T C 1003.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DP=85;Dels=0.00;FS=1.071;HaplotypeScore=5.4204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1033,0,760 chrXVI 542024 . A G 1854.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=174;Dels=0.00;FS=2.697;HaplotypeScore=13.7757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.957;SB=-9.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,94:174:99:1884,0,1324 chrXVI 542071 . C T 2312.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.049;DP=209;Dels=0.00;FS=11.910;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=11.06;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-1.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,112:209:99:2342,0,1824 chrXVI 542076 . G T 2317.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.992;DP=209;Dels=0.00;FS=7.036;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.174;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-1.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,115:209:99:2347,0,1902 chrXVI 542081 . C T 2194.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.038;DP=204;Dels=0.00;FS=3.332;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,109:204:99:2224,0,1921 chrXVI 542211 . G A 816.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.261;DP=105;Dels=0.00;FS=8.640;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=7.77;ReadPosRankSum=-3.043;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:105:99:846,0,1288 chrXVI 542291 . T C 849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DP=117;Dels=0.00;FS=8.953;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,52:117:99:879,0,1254 chrXVI 542298 . T C 2574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=20.76;SB=-1.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:2607,276,0 chrXVI 542310 . C T 2684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=22.37;SB=-1.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:2717,273,0 chrXVI 543150 . C T 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.607;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=8.62;ReadPosRankSum=2.823;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:103:99:918,0,1003 chrXVI 543224 . C G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.220;DP=54;Dels=0.00;FS=11.913;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.891;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.347;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:494,0,535 chrXVI 543314 . C T 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;DP=68;Dels=0.00;FS=8.154;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:592,0,738 chrXVI 543390 . A G 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.897;DP=115;Dels=0.00;FS=5.946;HaplotypeScore=8.1426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-5.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,53:115:99:971,0,1386 chrXVI 543428 . C T 2422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=22.02;SB=-1.372e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:110:99:2455,255,0 chrXVI 543579 . G C 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:420,0,757 chrXVI 543686 . A G 1959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=20.62;SB=-8.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1992,210,0 chrXVI 543700 . C G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=99;Dels=0.00;FS=18.460;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:99:99:761,0,908 chrXVI 543720 . T C 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.919;DP=100;Dels=0.00;FS=17.123;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.344;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,59:100:99:806,0,816 chrXVI 543850 . A C 1612.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;DP=163;Dels=0.00;FS=43.152;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,82:163:99:1642,0,1588 chrXVI 543909 . T A 1217.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.040;DP=126;Dels=0.00;FS=10.873;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.393;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,68:126:99:1247,0,926 chrXVI 543911 . T A 1126.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.509;DP=123;Dels=0.00;FS=8.994;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.913;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.973;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,65:123:99:1156,0,964 chrXVI 543937 . A G 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=21.76;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1904,198,0 chrXVI 543981 . C T 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=67;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=2.718;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:630,0,492 chrXVI 543985 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=67;Dels=0.00;FS=2.311;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.007;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:67:99:569,0,647 chrXVI 544071 . T C 1312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=112;Dels=0.00;FS=22.464;HaplotypeScore=11.1239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.972;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,70:112:99:1342,0,653 chrXVI 544133 . G A 1763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DP=159;Dels=0.00;FS=0.649;HaplotypeScore=10.2789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.816;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,97:159:99:1793,0,1004 chrXVI 544271 . T G 866.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DP=96;Dels=0.00;FS=1.634;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:896,0,925 chrXVI 544371 . A G 409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DP=51;Dels=0.00;FS=5.738;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.349;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:439,0,581 chrXVI 544433 . C T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=50;Dels=0.00;FS=4.620;HaplotypeScore=3.5584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.410;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:451,0,435 chrXVI 544452 . G A 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.027;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.527;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:304,0,601 chrXVI 544471 . A G 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.668;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:399,0,635 chrXVI 544608 . G A 1298.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=114;Dels=0.00;FS=0.707;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.646;SB=-7.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,64:114:99:1328,0,935 chrXVI 544744 . A G 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=34;Dels=0.00;FS=14.575;HaplotypeScore=6.9198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.052;SB=-4.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:232,0,292 chrXVI 544798 . A T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=30;Dels=0.00;FS=8.613;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=12.00;ReadPosRankSum=-2.218;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:390,0,236 chrXVI 545158 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=39;Dels=0.00;FS=2.931;HaplotypeScore=2.1992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.356;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:484,0,268 chrXVI 545401 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.385;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:571,0,417 chrXVI 545431 . A G 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DP=46;Dels=0.00;FS=1.199;HaplotypeScore=4.0269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:423,0,380 chrXVI 545469 . G T 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:229,0,425 chrXVI 545480 . A G 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=53;Dels=0.00;FS=7.679;HaplotypeScore=5.6540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:431,0,537 chrXVI 545566 . C T 778.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=69;Dels=0.00;FS=0.956;HaplotypeScore=7.9648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.193;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:808,0,322 chrXVI 545612 . A T 870.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=91;Dels=0.00;FS=3.943;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:900,0,818 chrXVI 545616 . A G 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=91;Dels=0.00;FS=1.718;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:91:99:782,0,888 chrXVI 545698 . A T 1001.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;DP=82;Dels=0.00;FS=3.297;HaplotypeScore=11.2317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.510;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1031,0,628 chrXVI 545791 . T C 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;DP=67;Dels=0.00;FS=6.464;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.490;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.779;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:567,0,761 chrXVI 546175 . T G 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;DP=76;Dels=0.00;FS=3.491;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=9.21;ReadPosRankSum=2.096;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:730,0,863 chrXVI 546628 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.839;QD=7.38;ReadPosRankSum=-2.521;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:694,0,1051 chrXVI 546814 . C T 1050.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.129;DP=103;Dels=0.00;FS=1.637;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:1080,0,913 chrXVI 547183 . T C 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;DP=66;Dels=0.00;FS=8.750;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.629;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:530,0,686 chrXVI 547438 . G A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=50;Dels=0.00;FS=1.131;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.315;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:258,0,499 chrXVI 547555 . T G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:296,0,500 chrXVI 547624 . A G 1411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.80;MQ0=0;QD=20.75;SB=-7.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1444,147,0 chrXVI 547639 . G A 532.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;DP=68;Dels=0.00;FS=5.060;HaplotypeScore=7.0785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:68:99:562,0,532 chrXVI 547663 . A G 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.387;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:258,0,781 chrXVI 547918 . G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DP=67;Dels=0.00;FS=4.994;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:449,0,796 chrXVI 548014 . A G 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;DP=66;Dels=0.00;FS=2.090;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:297,0,677 chrXVI 548026 . A G 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=69;Dels=0.00;FS=0.954;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.786;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:69:99:305,0,762 chrXVI 548241 . C T 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.746;DP=82;Dels=0.00;FS=1.811;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=10.79;ReadPosRankSum=2.141;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:915,0,814 chrXVI 548706 . A G 556.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.592;DP=61;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:586,0,585 chrXVI 549008 . T C 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.432;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:836,0,731 chrXVI 549135 . C T 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=52;Dels=0.00;FS=15.407;HaplotypeScore=4.7521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:465,0,500 chrXVI 549254 . A G 1741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.647;SB=-8.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:1774,189,0 chrXVI 549310 . G C 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:68:99:446,0,703 chrXVI 549520 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=57;Dels=0.00;FS=3.728;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.194;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:57:99:526,0,502 chrXVI 549578 . C T 1264 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=21.79;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1297,132,0 chrXVI 549673 . G A 1269 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.88;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1302,138,0 chrXVI 549693 . A T 721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=2.104;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.189;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:751,0,298 chrXVI 549709 . T C 264.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=63;Dels=0.00;FS=2.268;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:294,0,701 chrXVI 549715 . T C 400.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;DP=67;Dels=0.00;FS=2.217;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:430,0,569 chrXVI 549778 . A G 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;DP=55;Dels=0.00;FS=3.945;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.322;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:455,0,395 chrXVI 549817 . A G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=39;Dels=0.00;FS=9.502;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:357,0,366 chrXVI 549877 . G A 326.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DP=32;Dels=0.00;FS=8.272;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.451;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:356,0,345 chrXVI 549906 . G C 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=24.75;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:87:825,87,0 chrXVI 550102 . T G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DP=47;Dels=0.00;FS=1.328;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.398;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:518,0,427 chrXVI 550270 . A T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;DP=57;Dels=0.00;FS=2.987;HaplotypeScore=7.9077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:505,0,580 chrXVI 550301 . G A 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=44;Dels=0.00;FS=8.982;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:400,0,494 chrXVI 550438 . G A 1349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DP=128;Dels=0.00;FS=2.274;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.227;SB=-6.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:128:99:1379,0,1197 chrXVI 550572 . A G 562.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.409;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.323;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:592,0,600 chrXVI 550760 . T C 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=63;Dels=0.00;FS=1.151;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:402,0,452 chrXVI 550866 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=51;Dels=0.00;FS=4.156;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.811;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.093;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:369,0,392 chrXVI 550890 . C T 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.550;DP=54;Dels=0.00;FS=6.302;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:585,0,303 chrXVI 550926 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=66;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=8.12;ReadPosRankSum=2.078;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:66:99:566,0,557 chrXVI 551208 . T A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=50;Dels=0.00;FS=8.180;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.002;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:517,0,362 chrXVI 551232 . C T 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DP=68;Dels=0.00;FS=6.526;HaplotypeScore=4.0958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:68:99:637,0,566 chrXVI 551484 . T C 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=29;Dels=0.00;FS=1.540;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:99:130,0,132 chrXVI 552359 . G A 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=58;Dels=0.00;FS=7.984;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:58:99:383,0,686 chrXVI 552585 . C T 828.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;DP=88;Dels=0.00;FS=1.779;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:858,0,760 chrXVI 552796 . T C 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:61:99:653,0,474 chrXVI 552914 . A C 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=74;Dels=0.00;FS=6.226;HaplotypeScore=10.6489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.098;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:74:99:700,0,589 chrXVI 552953 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;DP=73;Dels=0.00;FS=4.611;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.489;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:73:99:654,0,732 chrXVI 553071 . T C 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:319,0,777 chrXVI 553081 . G A 259.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;DP=59;Dels=0.00;FS=4.535;HaplotypeScore=5.7166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:289,0,737 chrXVI 553236 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:553,0,454 chrXVI 553270 . T G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DP=56;Dels=0.00;FS=5.456;HaplotypeScore=2.5747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.656;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:457,0,533 chrXVI 553411 . T A 982.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=100;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.529;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:100:99:1012,0,961 chrXVI 553455 . T C 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=95;Dels=0.00;FS=10.955;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:95:99:1023,0,891 chrXVI 553465 . G A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.438;DP=79;Dels=0.00;FS=17.493;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.221;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:859,0,862 chrXVI 553603 . C T 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DP=55;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=5.29;ReadPosRankSum=-2.190;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:321,0,676 chrXVI 553894 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.236;DP=51;Dels=0.00;FS=3.975;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.689;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:458,0,350 chrXVI 554287 . A G 1385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.506;DP=141;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.036;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,74:141:99:1415,0,1352 chrXVI 554380 . A T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=98;Dels=0.00;FS=19.775;HaplotypeScore=16.2425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.965;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:697,0,823 chrXVI 554408 . A G 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DP=120;Dels=0.00;FS=3.946;HaplotypeScore=13.4989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:120:99:865,0,1017 chrXVI 554518 . T C 2388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DP=264;Dels=0.00;FS=4.105;HaplotypeScore=7.3950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=9.05;ReadPosRankSum=2.339;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,125:264:99:2418,0,2427 chrXVI 554526 . T C 2313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.318;DP=254;Dels=0.00;FS=4.213;HaplotypeScore=7.7908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-1.136e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,124:254:99:2343,0,2618 chrXVI 554550 . G T 2341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=252;Dels=0.00;FS=4.336;HaplotypeScore=16.7855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=9.29;ReadPosRankSum=-3.679;SB=-1.002e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,125:252:99:2371,0,2455 chrXVI 554599 . A G 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DP=137;Dels=0.00;FS=4.555;HaplotypeScore=8.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=23.60;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:137:99:3266,357,0 chrXVI 554689 . G A 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=99;Dels=0.00;FS=3.729;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:865,0,976 chrXVI 554989 . T C 962.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DP=104;Dels=0.00;FS=4.897;HaplotypeScore=10.3281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:104:99:992,0,1094 chrXVI 555444 . T C 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=55;Dels=0.00;FS=3.946;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.010;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:458,0,671 chrXVI 555465 . C G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;DP=59;Dels=0.00;FS=5.436;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.967;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:422,0,577 chrXVI 555669 . T C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-2.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:94:99:765,0,812 chrXVI 555945 . G A 11.34 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.895;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:41:41,0,99 chrXVI 556013 . C T 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.204;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.545;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:47:47,0,144 chrXVI 556026 . A G 28.01 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.062;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.085;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:58:58,0,297 chrXVI 556037 . A T 26.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.805;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.741;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:56:56,0,386 chrXVI 556092 . C T 343.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:373,0,741 chrXVI 556165 . G T 595.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.114;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:625,0,240 chrXVI 556406 . T C 529.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.893;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:559,0,464 chrXVI 556411 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=61;Dels=0.00;FS=0.982;HaplotypeScore=8.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.603;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:61:99:465,0,474 chrXVI 556511 . G A 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.598;DP=73;Dels=0.00;FS=5.057;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.783;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:834,0,697 chrXVI 556715 . A G 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DP=71;Dels=0.00;FS=2.053;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:494,0,763 chrXVI 556778 . C A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=47;Dels=0.00;FS=1.234;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,32:47:99:502,0,270 chrXVI 557540 . C T 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=49;Dels=0.00;FS=2.555;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:336,0,474 chrXVI 557883 . G A 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;DP=56;Dels=0.00;FS=2.648;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=4.70;ReadPosRankSum=-2.250;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:293,0,836 chrXVI 558028 . T C 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.825;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:133:99:1047,0,833 chrXVI 558145 . C T 991.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=96;Dels=0.00;FS=0.767;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.230;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:1021,0,865 chrXVI 558762 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:37:99:324,0,156 chrXVI 559365 . T A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.908;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:660,0,891 chrXVI 559952 . G A 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.002;SB=-5.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:83:163,0,83 chrXVI 559956 . G A 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.667;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.467;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:78:189,0,78 chrXVI 560045 . G T 1118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=21.50;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1151,120,0 chrXVI 560053 . G A 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=2.208;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:479,0,446 chrXVI 560312 . C T 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=11;Dels=0.00;FS=6.264;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.278;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:60:130,0,60 chrXVI 560314 . T G 32.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=10;Dels=0.00;FS=11.181;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-6.476e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:62:62,0,146 chrXVI 560326 . C T 252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;QD=19.38;SB=-8.298e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:30:285,30,0 chrXVI 560353 . G A 211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;QD=10.55;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:30:244,30,0 chrXVI 560764 . C T 762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.88;MQ0=1;QD=18.14;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:84:795,84,0 chrXVI 560854 . G A 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.822;DP=48;Dels=0.00;FS=24.104;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-3.187;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.238;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:79:79,0,660 chrXVI 560903 . G A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DP=59;Dels=0.00;FS=16.322;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,48:59:99:741,0,115 chrXVI 560953 . C T 1287.27 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DP=82;Dels=0.00;FS=19.593;HaplotypeScore=7.8554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.254;SB=-1.243e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,72:82:9:1317,0,9 chrXVI 561004 . C T 115.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DP=73;Dels=0.00;FS=34.342;HaplotypeScore=5.5932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,13:73:99:145,0,1178 chrXVI 561032 . G A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DP=84;Dels=0.00;FS=11.055;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,52:84:99:849,0,618 chrXVI 561045 . A T 1772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=90;Dels=0.00;FS=5.828;HaplotypeScore=4.9301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=19.69;ReadPosRankSum=1.653;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:1805,186,0 chrXVI 561052 . T C 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.161;DP=91;Dels=0.00;FS=6.656;HaplotypeScore=5.7967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=5.95;ReadPosRankSum=2.131;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,36:91:99:571,0,795 chrXVI 561098 . T G 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;DP=125;Dels=0.00;FS=11.547;HaplotypeScore=10.2465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=6.94;ReadPosRankSum=2.262;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:125:99:898,0,918 chrXVI 561100 . T C 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.899;DP=120;Dels=0.00;FS=11.745;HaplotypeScore=6.3031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=6.75;ReadPosRankSum=2.197;SB=-4.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,63:120:99:840,0,922 chrXVI 561225 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DP=64;Dels=0.00;FS=1.077;HaplotypeScore=4.1451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:554,0,820 chrXVI 561239 . A T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.095;DP=67;Dels=0.00;FS=2.235;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:526,0,924 chrXVI 561360 . G A 2212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=23.53;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2245,228,0 chrXVI 561362 . T C 857.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.570;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:887,0,849 chrXVI 561434 . T A 1837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=73;Dels=0.00;FS=2.779;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=25.16;ReadPosRankSum=2.349;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:1870,192,0 chrXVI 561478 . C T 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=80;Dels=0.00;FS=4.481;HaplotypeScore=4.1414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.944;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:794,0,676 chrXVI 561549 . C T 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DP=58;Dels=0.00;FS=1.132;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.703;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:731,0,417 chrXVI 561579 . A G 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DP=55;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=1.7834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:483,0,544 chrXVI 561816 . C A 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=70;Dels=0.00;FS=15.136;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:606,0,653 chrXVI 562779 . A G 1206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DP=149;Dels=0.00;FS=2.086;HaplotypeScore=9.4874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.610;SB=-5.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,64:149:99:1236,0,1585 chrXVI 562968 . G A 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=104;Dels=0.00;FS=4.955;HaplotypeScore=9.6903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.645;SB=-5.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:1019,0,767 chrXVI 563274 . A G 1962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=20.44;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1995,210,0 chrXVI 563280 . A G 656.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.967;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.245;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:686,0,876 chrXVI 563424 . A G 1059 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=15.81;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1092,114,0 chrXVI 563468 . A C 2951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=19.54;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:151:99:2984,318,0 chrXVI 563864 . C T 1447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=20.67;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:1480,147,0 chrXVI 564521 . A C 1005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=18.27;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1038,111,0 chrXVI 564547 . T C 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=50;Dels=0.00;FS=10.067;HaplotypeScore=5.0863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.596;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:185,0,529 chrXVI 564703 . T C 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=1.984;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.240;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:409,0,573 chrXVI 564724 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DP=64;Dels=0.00;FS=0.993;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.983;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:393,0,688 chrXVI 564937 . G A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;DP=50;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=11.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.268;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:50:99:370,0,451 chrXVI 565119 . T A 2377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=19.33;ReadPosRankSum=1.533;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:123:99:2410,264,0 chrXVI 565155 . G A 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.158;DP=75;Dels=0.00;FS=2.135;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.091;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:905,0,581 chrXVI 565170 . C T 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DP=70;Dels=0.00;FS=0.998;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.739;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:810,0,556 chrXVI 565223 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=53;Dels=0.00;FS=1.083;HaplotypeScore=4.1876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.482;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:516,0,349 chrXVI 565246 . A T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.937;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.551;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:675,0,492 chrXVI 565328 . C T 861.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.501;DP=65;Dels=0.00;FS=11.053;HaplotypeScore=5.2472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:65:99:891,0,415 chrXVI 565474 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.852;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=2.370;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.375;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:480,0,528 chrXVI 565500 . T C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.897;DP=64;Dels=0.00;FS=0.999;HaplotypeScore=34.2300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.035;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:466,0,658 chrXVI 565541 . T C 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=73;Dels=0.00;FS=12.078;HaplotypeScore=4.9094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:634,0,660 chrXVI 565561 . A G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=68;Dels=0.00;FS=13.255;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.854;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:569,0,628 chrXVI 565601 . G A 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=70;Dels=0.00;FS=9.348;HaplotypeScore=2.5740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.088;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:626,0,647 chrXVI 565603 . T A 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.290;DP=73;Dels=0.00;FS=11.543;HaplotypeScore=3.3627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.175;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.565;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:633,0,647 chrXVI 565674 . G A 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=61;Dels=0.00;FS=6.843;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=2.403;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:488,0,500 chrXVI 565677 . C A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;DP=54;Dels=0.00;FS=5.471;HaplotypeScore=5.6562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.137;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:492,0,488 chrXVI 565783 . T A 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=23.76;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90:912,90,0 chrXVI 566078 . T C 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.813;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:401,0,515 chrXVI 566096 . T C 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=53;Dels=0.00;FS=3.828;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:492,0,520 chrXVI 566123 . G A 248.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DP=41;Dels=0.00;FS=12.687;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.304;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:278,0,417 chrXVI 566170 . A T 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=36;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=4.8845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.250;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:314,0,261 chrXVI 566571 . A G 1343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.16;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1376,141,0 chrXVI 566724 . A G 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DP=91;Dels=0.00;FS=2.722;HaplotypeScore=17.8140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.659;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:654,0,830 chrXVI 567026 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.287;DP=55;Dels=0.00;FS=2.323;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:520,0,440 chrXVI 567069 . G A 1235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=23.75;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1268,126,0 chrXVI 567139 . T G 2599 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.30;SB=-9.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:2632,285,0 chrXVI 567183 . A G 1843.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=199;Dels=0.00;FS=5.215;HaplotypeScore=16.0802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.444;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,105:199:99:1873,0,1735 chrXVI 567216 . A G 1768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.793;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.432;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,88:168:99:1798,0,1639 chrXVI 567350 . G A 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=43;Dels=0.00;FS=2.623;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.960;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:436,0,440 chrXVI 567702 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.202;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.692;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:459,0,259 chrXVI 567707 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.029;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:43:99:409,0,232 chrXVI 567746 . T C 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=45;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.558;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.354;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:213,0,337 chrXVI 567767 . A G 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=40;Dels=0.00;FS=4.786;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:148,0,496 chrXVI 567848 . T C 425.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:455,0,575 chrXVI 567945 . C G 169.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.257;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.575;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:199,0,182 chrXVI 568012 . T G 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:162,0,342 chrXVI 568030 . C T 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.377;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:146,0,332 chrXVI 568268 . C T 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=37;Dels=0.00;FS=4.887;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:236,0,409 chrXVI 568274 . T A 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=33;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.755;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:218,0,278 chrXVI 568346 . C T 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=33;Dels=0.00;FS=5.485;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-3.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:213,0,317 chrXVI 568866 . A G 517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=16.16;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60:550,60,0 chrXVI 568952 . C A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.542;DP=49;Dels=0.00;FS=7.853;HaplotypeScore=5.9261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.295;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:465,0,239 chrXVI 568979 . G T 873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=16.17;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:93:906,93,0 chrXVI 569106 . G A 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=110;Dels=0.00;FS=3.702;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.466;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.383;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,49:110:99:560,0,1041 chrXVI 569117 . T C 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;DP=107;Dels=0.00;FS=6.469;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.037;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:556,0,1127 chrXVI 569521 . G C 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=49;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=1.7753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:311,0,477 chrXVI 569684 . G C 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.098;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:91:99:575,0,1018 chrXVI 569693 . C A 840.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.485;DP=90;Dels=0.00;FS=5.206;HaplotypeScore=6.4036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:870,0,1005 chrXVI 569786 . A G 470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DP=54;Dels=0.00;FS=7.773;HaplotypeScore=1.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.199;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:500,0,520 chrXVI 569981 . G A 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=120;Dels=0.00;FS=0.698;HaplotypeScore=7.4858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=2.058;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,62:120:99:921,0,948 chrXVI 570048 . C T 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.371;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:810,0,732 chrXVI 570110 . A T 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=58;Dels=0.00;FS=5.737;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=2.440;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:526,0,517 chrXVI 570118 . G A 415.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=60;Dels=0.00;FS=5.677;HaplotypeScore=4.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.497;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:445,0,590 chrXVI 570121 . A T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DP=63;Dels=0.00;FS=9.800;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.316;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.341;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:458,0,587 chrXVI 570140 . C A 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=72;Dels=0.00;FS=12.085;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:72:99:364,0,755 chrXVI 570251 . G A 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.191;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:919,0,481 chrXVI 570266 . C T 781.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:811,0,308 chrXVI 570287 . A G 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.543;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.995;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:596,0,335 chrXVI 570404 . G A 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=67;Dels=0.00;FS=5.489;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:334,0,672 chrXVI 570409 . G C 365.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=70;Dels=0.00;FS=2.164;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.612;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.176;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:395,0,696 chrXVI 570452 . T C 474.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=82;Dels=0.00;FS=6.047;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:504,0,690 chrXVI 570943 . T C 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.472;DP=73;Dels=0.00;FS=1.201;HaplotypeScore=3.5836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.619;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:73:99:691,0,603 chrXVI 570949 . T A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:701,0,542 chrXVI 570989 . T C 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=74;Dels=0.00;FS=4.549;HaplotypeScore=7.2927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:720,0,688 chrXVI 571076 . C T 764.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=88;Dels=0.00;FS=7.697;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.114;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:88:99:794,0,706 chrXVI 571100 . A G 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.003;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:680,0,682 chrXVI 571193 . G A 619.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:649,0,702 chrXVI 571220 . A G 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=58;Dels=0.00;FS=7.495;HaplotypeScore=8.0110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.016;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:480,0,571 chrXVI 571248 . G A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=36;Dels=0.00;FS=1.480;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:265,0,379 chrXVI 571277 . A G 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:179,0,383 chrXVI 571382 . A G 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DP=63;Dels=0.00;FS=2.375;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:518,0,504 chrXVI 571446 . T A 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.82;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1722,177,0 chrXVI 571524 . C T 765.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;DP=75;Dels=0.00;FS=4.060;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.205;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:795,0,762 chrXVI 571582 . A G 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=63;Dels=0.00;FS=4.569;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.342;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:700,0,592 chrXVI 571664 . A T 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.206;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.440;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:921,0,1177 chrXVI 571690 . T C 1004.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.426;DP=113;Dels=0.00;FS=0.809;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQ0=0;MQRankSum=-6.241;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:113:99:1034,0,1215 chrXVI 571717 . A G 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;DP=109;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=12.9978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=6.117;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.144;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:109:99:998,0,890 chrXVI 571736 . C T 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=107;Dels=0.00;FS=3.768;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.539;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.387;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:875,0,1106 chrXVI 571905 . T C 422.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.908;DP=76;Dels=0.00;FS=31.013;HaplotypeScore=5.6262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.892;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:452,0,1026 chrXVI 571918 . A T 364.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=68;Dels=0.00;FS=25.832;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-4.352;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.433;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:394,0,922 chrXVI 571946 . C T 1526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=20.90;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1559,165,0 chrXVI 571959 . C T 296.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.569;DP=89;Dels=0.00;FS=56.889;HaplotypeScore=8.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.40;MQ0=0;MQRankSum=-6.666;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:89:99:326,0,1012 chrXVI 571973 . T C 177.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=93;Dels=0.00;FS=51.516;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.43;MQ0=0;MQRankSum=-7.543;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.499;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,34:93:99:207,0,1051 chrXVI 571977 . G A 92.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;DP=94;Dels=0.00;FS=50.782;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQ0=0;MQRankSum=-7.280;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.816;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,33:94:99:122,0,1236 chrXVI 571989 . A T 49.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DP=95;Dels=0.00;FS=53.164;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.29;MQ0=0;MQRankSum=-7.253;QD=0.52;ReadPosRankSum=1.605;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,29:95:79:79,0,1273 chrXVI 572003 . A G 109.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=109;Dels=0.00;FS=61.812;HaplotypeScore=5.8223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=-7.485;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,34:109:99:139,0,1544 chrXVI 572038 . A T 314.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;DP=124;Dels=0.00;FS=75.645;HaplotypeScore=11.1036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-8.794;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,38:124:99:344,0,1562 chrXVI 572041 . C A 270.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=122;Dels=0.00;FS=79.061;HaplotypeScore=10.3149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=-8.321;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,37:122:99:300,0,1593 chrXVI 572047 . A T 221.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;DP=116;Dels=0.00;FS=77.661;HaplotypeScore=6.4527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-8.443;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.126;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,34:116:99:251,0,1608 chrXVI 572056 . T G 283.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DP=127;Dels=0.00;FS=98.200;HaplotypeScore=11.0065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQ0=0;MQRankSum=-8.608;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.280;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,37:127:99:313,0,1622 chrXVI 572060 . A G 291.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;DP=123;Dels=0.00;FS=99.127;HaplotypeScore=8.3877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-8.574;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.659;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,36:123:99:321,0,1607 chrXVI 572061 . C G 274.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.170;DP=122;Dels=0.00;FS=96.060;HaplotypeScore=6.8104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=-8.355;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.857;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,35:122:99:304,0,1658 chrXVI 572063 . C T 290.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.925;DP=120;Dels=0.00;FS=91.445;HaplotypeScore=4.4443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-8.557;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.744;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,35:120:99:320,0,1648 chrXVI 572064 . C T 292.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DP=121;Dels=0.00;FS=79.624;HaplotypeScore=5.1094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-8.235;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.295;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,36:121:99:322,0,1669 chrXVI 572075 . T C 266.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=131;Dels=0.00;FS=106.446;HaplotypeScore=10.0745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-9.010;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,40:131:99:296,0,1828 chrXVI 572076 . T C 265.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.416;DP=131;Dels=0.00;FS=106.446;HaplotypeScore=11.6519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=-9.061;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,40:131:99:295,0,1876 chrXVI 572077 . T C 270.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DP=130;Dels=0.00;FS=110.930;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=-8.857;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,40:130:99:300,0,1891 chrXVI 572097 . T G 20.05 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.381;DP=161;Dels=0.00;FS=176.581;HaplotypeScore=36.9018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.26;MQ0=0;MQRankSum=-6.225;QD=0.12;ReadPosRankSum=-8.805;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,33:161:50:50,0,1700 chrXVI 572263 . T C 1045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=17.71;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1078,114,0 chrXVI 572357 . T C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.441;DP=112;Dels=0.00;FS=12.474;HaplotypeScore=4.9266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQ0=0;MQRankSum=-6.574;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:955,0,868 chrXVI 572583 . G A 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=43;Dels=0.00;FS=3.850;HaplotypeScore=5.8576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=3.681;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.887;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:279,0,410 chrXVI 573140 . T C 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;DP=34;Dels=0.00;FS=1.500;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:34:99:229,0,284 chrXVI 573299 . G A 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;DP=63;Dels=0.00;FS=3.858;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.711;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:634,0,634 chrXVI 573515 . T C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=24;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:313,0,139 chrXVI 573602 . T C 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DP=38;Dels=0.00;FS=2.920;HaplotypeScore=2.1500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:256,0,228 chrXVI 573609 . A G 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DP=41;Dels=0.00;FS=2.784;HaplotypeScore=2.1500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.057;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.615;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:218,0,188 chrXVI 574042 . A G 1042.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.001;DP=154;Dels=0.00;FS=1.482;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.236;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,70:154:99:1072,0,1585 chrXVI 574108 . A T 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=188;Dels=0.00;FS=8.025;HaplotypeScore=17.5593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.478;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.039;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,82:188:99:1047,0,1970 chrXVI 574109 . T C 1028.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=192;Dels=0.00;FS=1.901;HaplotypeScore=15.0614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.693;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,80:192:99:1058,0,1879 chrXVI 574122 . G A 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.570;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.016;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.945;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,76:164:99:949,0,1836 chrXVI 574147 . C T 910.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DP=143;Dels=0.00;FS=5.343;HaplotypeScore=8.5001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=6.36;ReadPosRankSum=2.018;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,66:143:99:940,0,1360 chrXVI 574276 . A C 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:527,0,511 chrXVI 574412 . T C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.883;DP=75;Dels=0.00;FS=3.290;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.511;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:75:99:496,0,898 chrXVI 574640 . T C 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;DP=59;Dels=0.00;FS=10.003;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:585,0,427 chrXVI 574820 . A G 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:70:99:486,0,562 chrXVI 574829 . A G 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.517;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:580,0,478 chrXVI 575003 . T C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=43;Dels=0.00;FS=7.296;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:454,0,273 chrXVI 575118 . T C 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;DP=106;Dels=0.00;FS=2.573;HaplotypeScore=7.0180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.619;QD=9.15;ReadPosRankSum=-2.177;SB=-6.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,62:106:99:1000,0,702 chrXVI 575320 . G A 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;DP=86;Dels=0.00;FS=4.110;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:823,0,735 chrXVI 575390 . G T 1358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=141;Dels=0.00;FS=4.093;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.671;SB=-6.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,72:141:99:1388,0,1357 chrXVI 575601 . A G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=8.81;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:735,0,850 chrXVI 575759 . C T 2043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=24.61;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2076,210,0 chrXVI 575828 . G C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;DP=48;Dels=0.00;FS=1.129;HaplotypeScore=9.2844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.315;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:172,0,548 chrXVI 575871 . T C 61.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=51;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.085;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.727;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:91:91,0,508 chrXVI 575912 . C T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=49;Dels=0.00;FS=5.887;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.310;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:308,0,427 chrXVI 576040 . C A 2204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=23.70;SB=-9.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2237,225,0 chrXVI 576041 . G T 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;DP=94;Dels=0.00;FS=5.517;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.102;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:800,0,923 chrXVI 576287 . C G 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;DP=71;Dels=0.00;FS=5.156;HaplotypeScore=10.2214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.952;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:71:99:828,0,420 chrXVI 576345 . A T 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DP=94;Dels=0.00;FS=0.854;HaplotypeScore=47.4363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.888;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,56:94:99:713,0,732 chrXVI 576347 . G C 1790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=18.65;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:96:99:1823,195,0 chrXVI 577654 . C T 919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.02;SB=-4.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:952,102,0 chrXVI 579790 . G A 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.03;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1399,141,0 chrXVI 579913 . G A 2516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=21.50;SB=-1.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:2549,270,0 chrXVI 581418 . G A 257.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.738;DP=56;Dels=0.00;FS=31.872;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.298;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:287,0,645 chrXVI 581427 . C T 275.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=56;Dels=0.00;FS=41.256;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.212;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.652e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:305,0,699 chrXVI 581428 . C T 259.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;DP=55;Dels=0.00;FS=41.256;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.077;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.042;SB=-1.602e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:289,0,687 chrXVI 581444 . C T 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;DP=54;Dels=0.00;FS=52.824;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.47;MQ0=0;MQRankSum=-6.206;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.009;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:273,0,646 chrXVI 581445 . G A 275.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=56;Dels=0.00;FS=56.091;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQ0=0;MQRankSum=-5.808;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:56:99:305,0,592 chrXVI 581461 . G A 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=41;Dels=0.00;FS=19.625;HaplotypeScore=1.9092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.458;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.268;SB=-2.188e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:209,0,442 chrXVI 581474 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=31;Dels=0.00;FS=6.245;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.583;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.141;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:176,0,260 chrXVI 581499 . A G 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;DP=35;Dels=0.00;FS=1.524;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.992;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:293,0,262 chrXVI 581539 . G C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DP=43;Dels=0.00;FS=1.260;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.351;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:43:99:364,0,313 chrXVI 581566 . A G 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.837;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.673;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:59:99:323,0,520 chrXVI 581572 . A C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DP=65;Dels=0.00;FS=2.241;HaplotypeScore=4.0101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.852;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.556;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:337,0,524 chrXVI 581602 . C T 207.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.731;DP=67;Dels=0.00;FS=0.992;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQ0=0;MQRankSum=-6.352;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.260;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:237,0,653 chrXVI 581607 . T C 86.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DP=66;Dels=0.00;FS=2.422;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQ0=0;MQRankSum=-6.851;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:99:116,0,756 chrXVI 581608 . C T 89.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DP=67;Dels=0.00;FS=2.316;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.540;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:119,0,740 chrXVI 581643 . T G 125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DP=77;Dels=0.00;FS=5.216;HaplotypeScore=3.9470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=-6.085;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.196;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:155,0,1049 chrXVI 581662 . T G 1366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=19.51;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1399,147,0 chrXVI 581701 . A G 36.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;DP=74;Dels=0.00;FS=3.902;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.266;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,17:74:66:66,0,1318 chrXVI 581744 . C T 50.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=75;Dels=0.00;FS=2.071;HaplotypeScore=52.4604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.419;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,23:75:80:80,0,1114 chrXVI 581829 . A G 1461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=61;Dels=0.02;FS=5.229;HaplotypeScore=14.6586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=1.328;QD=23.95;ReadPosRankSum=1.675;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1494,156,0 chrXVI 581896 . G A 986.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.206;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:1016,0,888 chrXVI 582013 . C A 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.146;DP=111;Dels=0.00;FS=36.718;HaplotypeScore=6.0724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.985;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,48:111:99:503,0,1172 chrXVI 582026 . G A 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.406;DP=105;Dels=0.00;FS=44.368;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQ0=0;MQRankSum=-4.535;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:105:99:351,0,1040 chrXVI 582028 . T A 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.190;DP=110;Dels=0.00;FS=32.974;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.777;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.938;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,42:110:99:352,0,1037 chrXVI 582039 . C T 312.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.544;DP=111;Dels=0.00;FS=28.146;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.157;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-8.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:111:99:342,0,1078 chrXVI 582043 . T G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.741;DP=107;Dels=0.00;FS=25.382;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.793;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.851;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:327,0,1110 chrXVI 582149 . A G 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;DP=72;Dels=0.00;FS=3.209;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:72:99:725,0,692 chrXVI 582272 . T C 1675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.547;DP=202;Dels=0.00;FS=21.897;HaplotypeScore=15.1219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.186;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.336;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,98:202:99:1705,0,2104 chrXVI 582448 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.922;DP=70;Dels=0.00;FS=2.559;HaplotypeScore=4.5538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=2.071;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.588;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:400,0,991 chrXVI 582598 . T C 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=99;Dels=0.00;FS=4.019;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.206;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.994;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,39:99:99:626,0,1121 chrXVI 582615 . A G 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.723;DP=115;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.155;QD=4.68;ReadPosRankSum=2.002;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,46:115:99:568,0,1318 chrXVI 582618 . A G 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;DP=119;Dels=0.00;FS=3.396;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.762;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.206;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,51:119:99:524,0,1397 chrXVI 582642 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.245;DP=117;Dels=0.00;FS=3.368;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:117:99:552,0,1386 chrXVI 582741 . A T 1075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.795;DP=137;Dels=0.00;FS=14.668;HaplotypeScore=12.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.563;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,68:137:99:1105,0,1133 chrXVI 582788 . C T 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DP=84;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.658;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:943,0,691 chrXVI 582802 . G T 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DP=77;Dels=0.00;FS=6.196;HaplotypeScore=7.1285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.685;SB=-3.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:77:99:897,0,554 chrXVI 582837 . A G 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=50;Dels=0.00;FS=2.463;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.450;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:50:99:459,0,506 chrXVI 582893 . C G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.283;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:527,0,626 chrXVI 582921 . T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;DP=88;Dels=0.00;FS=1.012;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.306;QD=8.83;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:807,0,838 chrXVI 582996 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DP=69;Dels=0.00;FS=4.950;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:69:99:730,0,595 chrXVI 583181 . C T 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:285,0,365 chrXVI 583248 . T C 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.883;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:197,0,189 chrXVI 583395 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DP=48;Dels=0.00;FS=2.509;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:357,0,567 chrXVI 583659 . A G 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=41;Dels=0.00;FS=5.573;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.039;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:225,0,338 chrXVI 583703 . T A 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=52;Dels=0.00;FS=9.313;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-3.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:171,0,660 chrXVI 583743 . T A 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.886;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:49:99:324,0,590 chrXVI 584088 . A G 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;DP=72;Dels=0.00;FS=16.686;HaplotypeScore=10.3463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.718;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.864;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:72:99:747,0,638 chrXVI 584219 . A G 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=74;Dels=0.00;FS=12.400;HaplotypeScore=11.6114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.168;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:658,0,636 chrXVI 584323 . A G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=74;Dels=0.00;FS=1.977;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:74:99:626,0,758 chrXVI 584345 . C T 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=77;Dels=0.00;FS=0.878;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.682;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.018;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:425,0,930 chrXVI 584359 . C T 453.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=87;Dels=0.00;FS=5.504;HaplotypeScore=4.1914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-4.902;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.539;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:87:99:483,0,856 chrXVI 584447 . G A 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DP=66;Dels=0.00;FS=8.849;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.625;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:223,0,767 chrXVI 584453 . C T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DP=58;Dels=0.00;FS=9.576;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.869;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.993;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:243,0,753 chrXVI 584469 . G C 321.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;DP=58;Dels=0.00;FS=9.433;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.708;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:351,0,666 chrXVI 584853 . T C 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.400;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:656,0,415 chrXVI 585153 . A G 992 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=21.57;ReadPosRankSum=1.657;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1025,105,0 chrXVI 585272 . T G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;DP=54;Dels=0.00;FS=15.150;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:695,0,343 chrXVI 585519 . G A 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DP=61;Dels=0.00;FS=1.028;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.354;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,39:61:99:739,0,392 chrXVI 585566 . T C 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DP=82;Dels=0.00;FS=5.703;HaplotypeScore=2.3983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=9.93;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:844,0,734 chrXVI 585696 . T C 1268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.259;DP=161;Dels=0.00;FS=2.027;HaplotypeScore=9.6631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.357;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,73:161:99:1298,0,1797 chrXVI 585818 . T C 925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DP=95;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.592;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:955,0,939 chrXVI 586275 . G A 777 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;QD=18.50;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:84:810,84,0 chrXVI 586468 . C T 1174 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=24.98;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1207,123,0 chrXVI 586527 . C T 1249 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=24.02;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1282,132,0 chrXVI 586678 . A G 603 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;Dels=0.00;FS=5.229;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.617;QD=20.10;ReadPosRankSum=1.617;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:66:636,66,0 chrXVI 586809 . G A 2700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=25.00;SB=-9.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:108:99:2733,277,0 chrXVI 586836 . G C 2707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.54;SB=-1.032e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:115:99:2740,288,0 chrXVI 587355 . T A 1493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.033;DP=77;Dels=0.03;FS=14.587;HaplotypeScore=15.9425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=19.39;ReadPosRankSum=4.033;SB=-9.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:1526,156,0 chrXVI 588991 . A G 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.78;MQ0=0;QD=23.94;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1972,204,0 chrXVI 589380 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=92;Dels=0.00;FS=10.776;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-4.132;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,35:92:99:320,0,1347 chrXVI 589494 . C T 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=100;Dels=0.00;FS=3.809;HaplotypeScore=9.5856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.551;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.849;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:835,0,992 chrXVI 589510 . T A 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.025;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.836;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.254;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,52:112:99:1005,0,1139 chrXVI 589604 . A G 1162.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.739;DP=125;Dels=0.00;FS=5.704;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.584;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.745;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,61:125:99:1192,0,1121 chrXVI 589740 . A G 225.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=71;Dels=0.00;FS=35.047;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.233;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.065;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,25:71:99:255,0,852 chrXVI 589747 . A G 134.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;DP=66;Dels=0.00;FS=45.482;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.975;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.491;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,23:66:99:164,0,939 chrXVI 589764 . T C 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DP=66;Dels=0.00;FS=25.370;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.261;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.741;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:66:99:146,0,796 chrXVI 589765 . T C 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;DP=67;Dels=0.00;FS=21.832;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.473;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.754;SB=-1.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:140,0,820 chrXVI 589781 . T A 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;DP=84;Dels=0.00;FS=18.013;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-6.350;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.301;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,29:84:78:78,0,1038 chrXVI 589795 . G C 65.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.020;DP=88;Dels=0.00;FS=11.247;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-7.306;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:88:95:95,0,1095 chrXVI 589798 . G A 56.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DP=87;Dels=0.00;FS=7.485;HaplotypeScore=1.7074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=-7.033;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:86:86,0,1166 chrXVI 589800 . C T 61.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=92;Dels=0.00;FS=9.248;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQ0=0;MQRankSum=-7.005;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,35:92:91:91,0,1145 chrXVI 589802 . T G 63.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=93;Dels=0.00;FS=7.460;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.55;MQ0=0;MQRankSum=-7.584;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.205;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,33:93:93:93,0,1121 chrXVI 589805 . A G 48.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=99;Dels=0.00;FS=8.453;HaplotypeScore=4.9168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-7.815;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,37:99:78:78,0,1291 chrXVI 589811 . C T 116.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DP=101;Dels=0.00;FS=3.858;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=-8.250;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.504;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:101:99:146,0,1392 chrXVI 589832 . T C 142.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.285;DP=98;Dels=0.00;FS=0.783;HaplotypeScore=3.2601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=-8.260;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,38:98:99:172,0,1281 chrXVI 589870 . T C 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.189;DP=79;Dels=0.00;FS=1.880;HaplotypeScore=5.0946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=-7.230;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:148,0,883 chrXVI 590012 . C T 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.360;DP=124;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:123:99:1304,0,1020 chrXVI 590060 . T C 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=86;Dels=0.00;FS=1.930;HaplotypeScore=7.0120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.498;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:86:99:775,0,859 chrXVI 590196 . A G 1524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=147;Dels=0.00;FS=2.145;HaplotypeScore=11.1110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.465;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.089;SB=-6.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,78:147:99:1554,0,1193 chrXVI 590239 . T G 1458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=156;Dels=0.00;FS=5.846;HaplotypeScore=5.9134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=1.197;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.368;SB=-9.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,83:156:99:1488,0,1385 chrXVI 590262 . A T 1407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;DP=157;Dels=0.00;FS=8.166;HaplotypeScore=9.0614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.573;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.688;SB=-8.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,84:157:99:1437,0,1510 chrXVI 590543 . G C 679.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;DP=59;Dels=0.00;FS=4.439;HaplotypeScore=11.8809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=11.51;ReadPosRankSum=1.185;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:59:99:709,0,206 chrXVI 590563 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DP=61;Dels=0.00;FS=5.983;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.176;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:61:99:371,0,556 chrXVI 590589 . C T 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=56;Dels=0.00;FS=5.871;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.406;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:421,0,591 chrXVI 590724 . A G 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DP=63;Dels=0.00;FS=17.374;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:496,0,654 chrXVI 591000 . A G 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.124;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:137,0,528 chrXVI 591009 . C T 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=46;Dels=0.00;FS=2.779;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:171,0,470 chrXVI 591334 . G A 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=34;Dels=0.00;FS=2.928;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:254,0,333 chrXVI 591540 . G A 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.163;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:375,0,194 chrXVI 591603 . T G 246.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-6.574e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:46:276,0,46 chrXVI 591618 . T G 139.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:169,0,228 chrXVI 591721 . A G 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:53:53,0,141 chrXVI 591748 . T C 138.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.774;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:22:99:168,0,283 chrXVI 591766 . C T 275.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;DP=26;Dels=0.00;FS=3.358;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:305,0,227 chrXVI 591786 . C A 355.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DP=31;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=1.409;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.131;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:385,0,247 chrXVI 591790 . A G 223.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=31;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.449;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:253,0,371 chrXVI 591791 . C T 224.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.791;DP=31;Dels=0.00;FS=3.452;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:254,0,360 chrXVI 591826 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DP=43;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.064;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:205,0,492 chrXVI 591845 . T A 212.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.150;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:242,0,350 chrXVI 591899 . G A 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=36;Dels=0.00;FS=3.259;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:322,0,409 chrXVI 591926 . A G 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DP=32;Dels=0.00;FS=3.590;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.500;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:224,0,440 chrXVI 591978 . G A 93.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DP=24;Dels=0.00;FS=6.214;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.556;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:123,0,330 chrXVI 591996 . G A 99.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;DP=20;Dels=0.00;FS=6.160;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.887;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:129,0,235 chrXVI 592063 . A C 176.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.366;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:99:206,0,309 chrXVI 592088 . C A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.494;DP=40;Dels=0.00;FS=4.661;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:236,0,364 chrXVI 592112 . G A 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;DP=53;Dels=0.00;FS=3.855;HaplotypeScore=3.9067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.153;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:210,0,500 chrXVI 592115 . A G 170.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;DP=52;Dels=0.00;FS=5.785;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.161;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:52:99:200,0,544 chrXVI 592674 . T C 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;DP=70;Dels=0.00;FS=2.035;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:775,0,632 chrXVI 593179 . T A 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;DP=107;Dels=0.00;FS=1.567;HaplotypeScore=7.9845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.557;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.221;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:960,0,1047 chrXVI 593197 . G T 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.527;DP=85;Dels=0.00;FS=2.955;HaplotypeScore=2.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.192;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:814,0,677 chrXVI 593199 . T C 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DP=86;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=3.3493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.018;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:86:99:782,0,752 chrXVI 593234 . T C 580.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=75;Dels=0.00;FS=3.517;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=7.73;ReadPosRankSum=2.370;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:610,0,642 chrXVI 593316 . T C 345.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=46;Dels=0.00;FS=17.813;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.692;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:46:99:375,0,454 chrXVI 593317 . A G 349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DP=45;Dels=0.00;FS=17.813;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.782;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:379,0,439 chrXVI 593372 . C T 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.232;DP=67;Dels=0.00;FS=3.975;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.048;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:689,0,661 chrXVI 593408 . T C 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.518;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:701,0,603 chrXVI 593438 . T C 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=20.81;SB=-5.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1157,126,0 chrXVI 593464 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.721;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:472,0,514 chrXVI 593478 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DP=71;Dels=0.00;FS=2.125;HaplotypeScore=5.7622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.709;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:548,0,490 chrXVI 593569 . T G 588.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;DP=68;Dels=0.00;FS=12.713;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:618,0,567 chrXVI 593582 . A G 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=71;Dels=0.00;FS=3.425;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:71:99:569,0,687 chrXVI 593633 . A G 878.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=122;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.772;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:122:99:908,0,1316 chrXVI 593663 . G A 1022.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.578;DP=133;Dels=0.00;FS=1.407;HaplotypeScore=8.6932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.561;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,61:133:99:1052,0,1375 chrXVI 593867 . G C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.867;DP=49;Dels=0.00;FS=4.604;HaplotypeScore=8.1832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:49:99:386,0,282 chrXVI 593876 . T C 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DP=56;Dels=0.00;FS=8.002;HaplotypeScore=5.8344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.197;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:347,0,505 chrXVI 594005 . T C 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=117;Dels=0.00;FS=0.716;HaplotypeScore=17.7198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.381;SB=-4.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,50:117:99:781,0,1106 chrXVI 594078 . G A 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;DP=99;Dels=0.00;FS=6.460;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:1047,0,913 chrXVI 594115 . G A 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=104;Dels=0.00;FS=2.711;HaplotypeScore=24.6244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.918;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:104:99:937,0,693 chrXVI 594348 . C T 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.141;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:605,0,1051 chrXVI 594355 . T C 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.363;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:666,0,1182 chrXVI 594386 . G A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DP=99;Dels=0.00;FS=0.764;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-4.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:99:99:769,0,896 chrXVI 594625 . T C 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=75;Dels=0.00;FS=12.282;HaplotypeScore=7.1469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=9.47;ReadPosRankSum=2.126;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:740,0,694 chrXVI 594633 . G A 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DP=70;Dels=0.00;FS=8.156;HaplotypeScore=4.0129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.051;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.431;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:770,0,606 chrXVI 594667 . G A 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.666;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:492,0,773 chrXVI 594669 . A C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.290;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:507,0,794 chrXVI 594747 . A G 707.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DP=83;Dels=0.00;FS=2.975;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.172;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:737,0,749 chrXVI 594764 . C G 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=89;Dels=0.00;FS=0.828;HaplotypeScore=5.0305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.555;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:871,0,676 chrXVI 594861 . A G 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;DP=77;Dels=0.00;FS=6.020;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.536;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:728,0,806 chrXVI 594974 . A C 858.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=95;Dels=0.00;FS=0.820;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.074;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:95:99:888,0,776 chrXVI 594975 . A G 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;DP=95;Dels=0.00;FS=2.766;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.757;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:920,0,772 chrXVI 595359 . G A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;DP=96;Dels=0.00;FS=2.679;HaplotypeScore=6.1818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-4.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:854,0,977 chrXVI 595421 . C T 744.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.063;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.125;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.902;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:774,0,561 chrXVI 595439 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.649;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.157;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.603;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:667,0,643 chrXVI 595451 . C A 559.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;DP=73;Dels=0.00;FS=3.195;HaplotypeScore=5.6077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:589,0,640 chrXVI 595531 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.831;DP=67;Dels=0.00;FS=2.041;HaplotypeScore=3.4666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.354;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:543,0,655 chrXVI 595601 . A G 423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.310;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:69:99:453,0,718 chrXVI 595838 . C T 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:464,0,488 chrXVI 595961 . C T 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;DP=56;Dels=0.00;FS=3.822;HaplotypeScore=4.8621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:56:99:423,0,412 chrXVI 595988 . T C 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=44;Dels=0.00;FS=4.250;HaplotypeScore=4.4849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.772;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:263,0,391 chrXVI 595999 . G A 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=42;Dels=0.00;FS=1.242;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.755;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:190,0,427 chrXVI 596013 . C A 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=36;Dels=0.00;FS=2.873;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:182,0,281 chrXVI 596086 . T C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DP=37;Dels=0.00;FS=1.314;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:399,0,331 chrXVI 596138 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=30;Dels=0.00;FS=1.468;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.436;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:296,0,303 chrXVI 596424 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=52;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.055;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:447,0,600 chrXVI 596438 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=53;Dels=0.00;FS=8.010;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.826;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:369,0,687 chrXVI 596477 . T C 263.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.607;DP=52;Dels=0.00;FS=2.636;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.748;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:52:99:293,0,758 chrXVI 596587 . C T 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=55;Dels=0.00;FS=4.098;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.222;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:477,0,467 chrXVI 596625 . C T 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:71:99:775,0,317 chrXVI 596690 . A G 823.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.931;DP=82;Dels=0.00;FS=0.838;HaplotypeScore=4.0411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:853,0,629 chrXVI 596701 . C T 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;DP=82;Dels=0.00;FS=5.563;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:772,0,658 chrXVI 596886 . T C 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.529;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:168,0,300 chrXVI 597024 . G A 644.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=75;Dels=0.00;FS=6.111;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:75:99:674,0,731 chrXVI 597610 . C T 1642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DP=151;Dels=0.00;FS=4.361;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.755;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,81:151:99:1672,0,1271 chrXVI 597694 . C T 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.448;DP=63;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:590,0,589 chrXVI 597958 . A T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.818;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:499,0,657 chrXVI 598117 . G A 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;DP=40;Dels=0.00;FS=3.899;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.070;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:270,0,241 chrXVI 598282 . G A 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DP=42;Dels=0.00;FS=12.419;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.556;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:371,0,468 chrXVI 598456 . T C 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.474;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:485,0,353 chrXVI 598918 . C T 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;DP=39;Dels=0.00;FS=2.869;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.042;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:370,0,361 chrXVI 599014 . G A 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:826,0,587 chrXVI 599194 . C A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;DP=39;Dels=0.00;FS=1.346;HaplotypeScore=5.5050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.220;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:517,0,219 chrXVI 599378 . G A 2917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.72;SB=-1.762e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:2950,298,0 chrXVI 599572 . C T 967.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DP=79;Dels=0.00;FS=2.565;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,51:79:99:997,0,424 chrXVI 599905 . G A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;DP=77;Dels=0.00;FS=0.924;HaplotypeScore=6.5598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.879;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.736;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:796,0,655 chrXVI 599983 . T C 827.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.599;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=10.34;ReadPosRankSum=2.233;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:857,0,832 chrXVI 600219 . C T 776.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.039;DP=97;Dels=0.00;FS=2.924;HaplotypeScore=12.1280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-3.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:97:99:806,0,706 chrXVI 600285 . T G 2015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.16;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2048,210,0 chrXVI 600385 . A G 498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=17.17;ReadPosRankSum=1.614;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:57:531,57,0 chrXVI 600533 . G T 231.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DP=42;Dels=0.00;FS=3.025;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.258;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:261,0,268 chrXVI 600537 . A T 240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=42;Dels=0.00;FS=3.076;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:270,0,287 chrXVI 600627 . A G 331.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;DP=37;Dels=0.00;FS=3.122;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.919;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:361,0,359 chrXVI 600670 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:614,0,628 chrXVI 600772 . G A 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.483;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:526,0,335 chrXVI 600859 . A G 254.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.200;DP=33;Dels=0.00;FS=6.207;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:284,0,344 chrXVI 600877 . C A 772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=22.06;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87:805,87,0 chrXVI 601953 . A G 256.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.352;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:286,0,227 chrXVI 601963 . C T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=49;Dels=0.00;FS=1.137;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.912;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:318,0,211 chrXVI 602136 . C T 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-5.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:1010,0,936 chrXVI 602215 . G A 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DP=50;Dels=0.00;FS=5.936;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.573;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:462,0,485 chrXVI 602623 . C T 1825 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=23.40;SB=-1.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:78:99:1858,189,0 chrXVI 602884 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.029;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:57:99:421,0,588 chrXVI 602920 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;DP=64;Dels=0.00;FS=2.565;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.062;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:99:519,0,579 chrXVI 603583 . C G 1435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=173;Dels=0.00;FS=0.583;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,79:173:99:1465,0,1777 chrXVI 603616 . G A 1652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=191;Dels=0.00;FS=2.013;HaplotypeScore=16.3853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.401;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,100:191:99:1682,0,1807 chrXVI 603836 . A T 1914.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=224;Dels=0.00;FS=9.857;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,112:224:99:1944,0,2224 chrXVI 603847 . G A 2233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=249;Dels=0.00;FS=13.859;HaplotypeScore=15.8264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.889;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,123:249:99:2263,0,2170 chrXVI 604022 . G A 2202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.5194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=23.43;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:94:99:2235,231,0 chrXVI 604091 . C T 3380.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.891e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:152:99:3380,343,0 chrXVI 604106 . G T 3058 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=21.84;SB=-1.879e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:140:99:3091,315,0 chrXVI 604118 . G A 1084.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=138;Dels=0.00;FS=0.645;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.126;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,76:138:99:1114,0,1149 chrXVI 604262 . T A 1370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.979;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,72:128:99:1400,0,841 chrXVI 604451 . G A 1333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.201;DP=113;Dels=0.00;FS=0.712;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.211;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,65:113:99:1363,0,805 chrXVI 604538 . C T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=83;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=7.9190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:847,0,747 chrXVI 605063 . T A 752.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.731;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=9.17;ReadPosRankSum=2.009;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:782,0,815 chrXVI 605225 . T C 759.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=89;Dels=0.00;FS=10.674;HaplotypeScore=5.5440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.217;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.180;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:789,0,734 chrXVI 605672 . T C 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;DP=46;Dels=0.00;FS=4.288;HaplotypeScore=3.3029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:410,0,421 chrXVI 605750 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=49;Dels=0.00;FS=4.301;HaplotypeScore=4.0400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.309;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:596,0,329 chrXVI 606023 . C T 481.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;DP=47;Dels=0.00;FS=1.110;HaplotypeScore=5.8095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:511,0,276 chrXVI 606386 . C T 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.2579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.11;MQ0=1;MQRankSum=1.255;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.562;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:29:142,0,29 chrXVI 606392 . C T 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DP=24;Dels=0.00;FS=11.129;HaplotypeScore=30.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.13;MQ0=1;MQRankSum=-0.283;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.543;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:100,0,175 chrXVI 606398 . C T 42.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DP=22;Dels=0.00;FS=12.811;HaplotypeScore=12.6425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=1.91;ReadPosRankSum=-2.185;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:72:72,0,187 chrXVI 606814 . C T 518 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=20.72;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:57:551,57,0 chrXVI 606832 . C G 432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=18.78;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48:465,48,0 chrXVI 607109 . A G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:626,0,506 chrXVI 607353 . C T 1167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=18.52;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1200,135,0 chrXVI 607478 . A C 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;DP=91;Dels=0.00;FS=10.421;HaplotypeScore=311.3974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=2.152;QD=0.19;ReadPosRankSum=-3.232;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,6:91:47:47,0,122 chrXVI 607493 . G A 670.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=97;Dels=0.00;FS=0.755;HaplotypeScore=44.2037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-4.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:700,0,707 chrXVI 607737 . A G 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.747;DP=59;Dels=0.00;FS=1.035;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:59:99:657,0,538 chrXVI 607854 . C T 1548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=17.20;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1581,168,0 chrXVI 607904 . G A 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-4.564;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.106;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:422,0,681 chrXVI 607906 . G A 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.003;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.519;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:454,0,713 chrXVI 607921 . C T 516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=68;Dels=0.00;FS=0.930;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.735;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:546,0,674 chrXVI 607926 . A G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=70;Dels=0.00;FS=0.889;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.262;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.335;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:497,0,668 chrXVI 608142 . C T 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DP=89;Dels=0.00;FS=5.767;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=11.64;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,56:89:99:1066,0,596 chrXVI 608268 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=66;Dels=0.00;FS=2.113;HaplotypeScore=3.9194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.881;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.495;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:66:99:431,0,724 chrXVI 608269 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=66;Dels=0.00;FS=2.053;HaplotypeScore=3.9194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.183;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.753;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:467,0,733 chrXVI 608318 . G T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DP=62;Dels=0.02;FS=3.660;HaplotypeScore=10.4307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=3.307;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:447,0,503 chrXVI 608420 . T A 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=47;Dels=0.00;FS=1.469;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.824;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:47:99:122,0,485 chrXVI 608465 . C T 503.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;DP=53;Dels=0.00;FS=1.361;HaplotypeScore=5.5344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,37:53:99:533,0,257 chrXVI 608537 . G A 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=84;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=13.23;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,61:84:99:1141,0,302 chrXVI 608778 . C T 604.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DP=55;Dels=0.00;FS=11.696;HaplotypeScore=8.7707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.832;SB=-9.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:55:99:634,0,353 chrXVI 608779 . G C 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;DP=55;Dels=0.00;FS=17.318;HaplotypeScore=8.0367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.498;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:55:99:370,0,627 chrXVI 608924 . C T 155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DP=31;Dels=0.00;FS=6.327;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.615;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:185,0,299 chrXVI 609038 . A G 348.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DP=49;Dels=0.00;FS=1.178;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.690;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:378,0,424 chrXVI 609270 . T A 335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:35:99:365,0,244 chrXVI 609390 . G A 141.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:171,0,289 chrXVI 609399 . A G 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.150;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.773;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:143,0,224 chrXVI 609519 . T C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=39;Dels=0.00;FS=1.287;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.585;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:251,0,314 chrXVI 609522 . C T 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:258,0,264 chrXVI 609546 . A G 430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.631;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:48:463,48,0 chrXVI 609547 . A G 446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=13.52;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:48:479,48,0 chrXVI 609630 . A G 224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:254,0,263 chrXVI 610056 . C T 1520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=23.75;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1553,156,0 chrXVI 610123 . A T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.335;DP=79;Dels=0.00;FS=6.175;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.987;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:703,0,664 chrXVI 610143 . G T 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;DP=65;Dels=0.00;FS=2.124;HaplotypeScore=4.2904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.112;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:577,0,578 chrXVI 610223 . C T 711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=22.94;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75:744,75,0 chrXVI 610298 . G A 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.63;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:54:509,54,0 chrXVI 610341 . G T 371.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=11.59;ReadPosRankSum=1.381;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:401,0,180 chrXVI 610635 . A C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DP=35;Dels=0.00;FS=1.281;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:273,0,328 chrXVI 610702 . A T 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DP=48;Dels=0.00;FS=6.311;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:369,0,335 chrXVI 610743 . C A 1133 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=17.98;SB=-7.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1166,120,0 chrXVI 610855 . C T 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DP=52;Dels=0.00;FS=3.874;HaplotypeScore=7.2564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:532,0,400 chrXVI 610921 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=13.95;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:574,0,286 chrXVI 610981 . G A 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;DP=19;Dels=0.00;FS=4.713;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:217,0,130 chrXVI 611302 . T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=53;Dels=0.00;FS=2.305;HaplotypeScore=4.8791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.348;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:421,0,331 chrXVI 611386 . T C 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DP=21;Dels=0.00;FS=13.087;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.270;SB=-6.904e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:90:90,0,285 chrXVI 611686 . T C 301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DP=46;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.354;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:331,0,448 chrXVI 612400 . T A 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DP=49;Dels=0.00;FS=5.847;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:292,0,675 chrXVI 612448 . C T 1220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=21.40;SB=-7.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1253,126,0 chrXVI 612824 . A G 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DP=68;Dels=0.00;FS=2.064;HaplotypeScore=9.5337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:68:99:601,0,556 chrXVI 612903 . G A 959.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DP=119;Dels=0.00;FS=10.246;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:119:99:989,0,1345 chrXVI 612917 . A T 1194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.645;DP=150;Dels=0.00;FS=1.483;HaplotypeScore=11.8707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,66:150:99:1224,0,1543 chrXVI 613008 . T C 859.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;DP=107;Dels=0.00;FS=2.175;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.496;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:889,0,1287 chrXVI 613018 . T C 786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.535;DP=108;Dels=0.00;FS=9.241;HaplotypeScore=5.2287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.348;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:816,0,1276 chrXVI 613027 . G A 659.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DP=88;Dels=0.00;FS=0.964;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.993;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:689,0,942 chrXVI 613067 . A C 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=75;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=4.8980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=4.109;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.702;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:759,0,499 chrXVI 613092 . A C 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DP=71;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=3.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:321,0,722 chrXVI 613103 . T C 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.454;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:81:99:384,0,844 chrXVI 613725 . C T 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=70;Dels=0.00;FS=6.257;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:697,0,700 chrXVI 613884 . G A 981.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=90;Dels=0.00;FS=0.816;HaplotypeScore=6.6556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=2.270;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.195;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:90:99:1011,0,829 chrXVI 613944 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=91;Dels=0.00;FS=6.925;HaplotypeScore=6.0906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.824;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1001,0,829 chrXVI 614016 . G A 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DP=88;Dels=0.00;FS=2.852;HaplotypeScore=7.4750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:672,0,963 chrXVI 614103 . A G 802.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;DP=85;Dels=0.00;FS=2.902;HaplotypeScore=7.6157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.897;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.385;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:85:99:832,0,840 chrXVI 614187 . A G 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.999;DP=82;Dels=0.00;FS=17.226;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.609;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:620,0,759 chrXVI 614283 . A G 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.473;DP=81;Dels=0.00;FS=1.867;HaplotypeScore=8.0914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:578,0,875 chrXVI 614380 . T A 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=70;Dels=0.00;FS=0.948;HaplotypeScore=4.0159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-2.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:469,0,626 chrXVI 614400 . A G 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DP=62;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=4.8211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:476,0,452 chrXVI 614489 . T C 325.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=76;Dels=0.00;FS=1.945;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:355,0,829 chrXVI 614501 . A T 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=73;Dels=0.00;FS=10.719;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:399,0,968 chrXVI 614535 . T C 442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.266;DP=97;Dels=0.00;FS=9.678;HaplotypeScore=6.5882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,36:97:99:472,0,1269 chrXVI 614563 . T C 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DP=117;Dels=0.00;FS=3.665;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.052;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:117:99:693,0,1340 chrXVI 614587 . T C 835.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.044;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,56:124:99:865,0,1405 chrXVI 614631 . C G 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.7366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.088;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.340;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,64:140:99:966,0,1546 chrXVI 614654 . A T 1048.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=127;Dels=0.00;FS=10.749;HaplotypeScore=9.2228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:1078,0,1466 chrXVI 614701 . A G 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DP=71;Dels=0.00;FS=5.061;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.501;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:570,0,748 chrXVI 614881 . C T 1497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.022;DP=157;Dels=0.02;FS=5.841;HaplotypeScore=50.4420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,82:154:99:1527,0,913 chrXVI 615151 . A C 514.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.291;SB=-3.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:544,0,554 chrXVI 615159 . G A 611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:69:99:641,0,515 chrXVI 615302 . T C 330.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DP=91;Dels=0.00;FS=3.147;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:91:99:360,0,568 chrXVI 615308 . G C 291.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=78;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.386;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:321,0,562 chrXVI 615310 . C T 317.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;DP=79;Dels=0.00;FS=7.667;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.348;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.310;SB=-4.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:347,0,568 chrXVI 615470 . G A 1986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=24.22;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2019,201,0 chrXVI 615756 . T C 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.781;DP=104;Dels=0.00;FS=3.726;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.319;SB=-3.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:748,0,1173 chrXVI 615999 . T C 685.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DP=77;Dels=0.00;FS=17.758;HaplotypeScore=7.3010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:715,0,654 chrXVI 616089 . G A 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=104;Dels=0.00;FS=1.596;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.287;SB=-5.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:104:99:947,0,846 chrXVI 616149 . C T 1052.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.007;DP=116;Dels=0.00;FS=0.714;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,50:116:99:1082,0,1138 chrXVI 616401 . T C 1271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;DP=107;Dels=0.00;FS=11.155;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.335;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,65:107:99:1301,0,723 chrXVI 616422 . T G 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.781;DP=73;Dels=0.00;FS=26.385;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.532;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,48:73:99:921,0,392 chrXVI 616534 . G A 950.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.104;DP=136;Dels=0.00;FS=8.227;HaplotypeScore=29.5285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,68:136:99:980,0,1058 chrXVI 616661 . G A 1266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DP=112;Dels=0.00;FS=7.447;HaplotypeScore=12.1727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.268;SB=-6.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,64:112:99:1296,0,887 chrXVI 616836 . T C 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.711;DP=59;Dels=0.00;FS=7.593;HaplotypeScore=8.2463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.755;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:412,0,599 chrXVI 616899 . T C 437.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:467,0,784 chrXVI 617121 . T C 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.585;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:58:99:390,0,486 chrXVI 617352 . C T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;DP=36;Dels=0.00;FS=1.301;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.829;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.091;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:412,0,223 chrXVI 617481 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.389;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.320;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:525,0,1056 chrXVI 617643 . G A 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.698;DP=85;Dels=0.00;FS=1.001;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.106;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:863,0,851 chrXVI 618129 . A G 600.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.253;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:630,0,849 chrXVI 618231 . C T 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DP=58;Dels=0.00;FS=9.436;HaplotypeScore=3.2445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:530,0,665 chrXVI 618312 . T C 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;DP=69;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:528,0,710 chrXVI 618453 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;DP=61;Dels=0.00;FS=4.170;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:506,0,581 chrXVI 618585 . G A 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DP=47;Dels=0.00;FS=2.512;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:47:99:521,0,318 chrXVI 618855 . G A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DP=70;Dels=0.00;FS=1.993;HaplotypeScore=3.1756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.988;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:640,0,547 chrXVI 618915 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;DP=61;Dels=0.00;FS=6.954;HaplotypeScore=3.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.297;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:731,0,554 chrXVI 619062 . G A 834.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=105;Dels=0.01;FS=2.730;HaplotypeScore=13.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:104:99:864,0,1219 chrXVI 619158 . G A 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DP=63;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=34.3049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQ0=0;MQRankSum=-3.407;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:660,0,409 chrXVI 619169 . A G 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DP=63;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.817;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:582,0,473 chrXVI 619252 . T G 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DP=45;Dels=0.00;FS=1.185;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.370;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:510,0,367 chrXVI 619267 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.804;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:480,0,414 chrXVI 619292 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:486,0,568 chrXVI 619344 . C A 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DP=63;Dels=0.00;FS=12.198;HaplotypeScore=5.2736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.441;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:499,0,620 chrXVI 619408 . A G 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.331;QD=8.12;ReadPosRankSum=2.048;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:452,0,423 chrXVI 619457 . C T 428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=45;Dels=0.00;FS=6.506;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.502;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:458,0,322 chrXVI 619477 . A G 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-3.523;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.401;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:416,0,406 chrXVI 619527 . G T 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.160;DP=64;Dels=0.00;FS=2.114;HaplotypeScore=5.2652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.945;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.886;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:549,0,485 chrXVI 619549 . T C 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.344;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:415,0,351 chrXVI 619565 . G C 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.630;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:421,0,345 chrXVI 619612 . A T 446.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DP=41;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.915;QD=10.88;ReadPosRankSum=2.732;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:476,0,277 chrXVI 619659 . A G 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=50;Dels=0.00;FS=5.783;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=10.50;ReadPosRankSum=-3.254;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:555,0,486 chrXVI 619680 . C T 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DP=48;Dels=0.00;FS=8.333;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.765;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:48:99:364,0,552 chrXVI 619704 . A G 361.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;DP=54;Dels=0.00;FS=10.113;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=6.69;ReadPosRankSum=2.289;SB=-2.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:391,0,634 chrXVI 619747 . A G 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=51;Dels=0.00;FS=10.640;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:51:99:318,0,651 chrXVI 619779 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;DP=57;Dels=0.00;FS=7.529;HaplotypeScore=1.7900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.244;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:317,0,694 chrXVI 619798 . G A 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=20.58;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1021,105,0 chrXVI 619873 . C T 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.973;DP=53;Dels=0.00;FS=23.101;HaplotypeScore=2.9652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.209;QD=5.74;ReadPosRankSum=-2.064;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:334,0,610 chrXVI 619887 . A G 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=55;Dels=0.00;FS=25.981;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.706;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.660;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:55:99:320,0,548 chrXVI 619894 . G A 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=52;Dels=0.00;FS=40.020;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.676;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.546;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:298,0,611 chrXVI 619910 . C A 204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DP=51;Dels=0.00;FS=29.041;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.595;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.707;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:234,0,666 chrXVI 619974 . A G 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=44;Dels=0.00;FS=18.338;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.109;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-5.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:159,0,604 chrXVI 620016 . C A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;DP=47;Dels=0.00;FS=2.628;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.560;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:329,0,561 chrXVI 620115 . A G 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:308,0,667 chrXVI 620227 . C T 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;DP=41;Dels=0.00;FS=10.321;HaplotypeScore=7.0869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:41:76:76,0,437 chrXVI 620246 . A C 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=44;Dels=0.00;FS=9.134;HaplotypeScore=28.6759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.075;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,34:44:71:466,0,71 chrXVI 620415 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;DP=66;Dels=0.00;FS=8.121;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:66:99:678,0,599 chrXVI 620511 . C T 537.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DP=61;Dels=0.00;FS=7.122;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.758;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:567,0,686 chrXVI 620644 . G T 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.162;DP=75;Dels=0.00;FS=4.556;HaplotypeScore=6.3778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:75:99:920,0,609 chrXVI 620737 . C T 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;DP=74;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=7.9845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.528;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:725,0,767 chrXVI 620821 . G T 942.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=77;Dels=0.00;FS=1.007;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,53:77:99:972,0,458 chrXVI 620863 . T C 980.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;DP=79;Dels=0.00;FS=1.995;HaplotypeScore=7.8120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.403;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,49:79:99:1010,0,523 chrXVI 621037 . T A 1206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;DP=117;Dels=0.00;FS=0.782;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.426;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,62:117:99:1236,0,1058 chrXVI 621160 . G A 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DP=73;Dels=0.00;FS=4.522;HaplotypeScore=12.7300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.510;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:780,0,467 chrXVI 621305 . T G 1278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=175;Dels=0.00;FS=3.548;HaplotypeScore=13.8034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.281;SB=-5.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,71:175:99:1308,0,1943 chrXVI 621334 . T G 1470.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.718;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,78:186:99:1500,0,1939 chrXVI 621480 . T C 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.761;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.809;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:778,0,597 chrXVI 621612 . C G 665.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=20.4891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.329;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:106:99:695,0,988 chrXVI 621798 . C G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=58;Dels=0.00;FS=7.918;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.224;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:385,0,588 chrXVI 621836 . G C 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=62;Dels=0.00;FS=1.310;HaplotypeScore=3.3394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:62:99:497,0,574 chrXVI 621849 . T C 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.920;DP=62;Dels=0.00;FS=1.414;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:681,0,494 chrXVI 621855 . A T 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=64;Dels=0.00;FS=1.408;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.639;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:525,0,663 chrXVI 621920 . G A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;DP=76;Dels=0.00;FS=4.801;HaplotypeScore=22.0887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.920;QD=4.17;ReadPosRankSum=-3.681;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:76:99:347,0,396 chrXVI 622050 . G A 75.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=47;Dels=0.00;FS=11.554;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.807;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,11:47:99:105,0,719 chrXVI 622057 . A G 89.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;DP=53;Dels=0.00;FS=4.560;HaplotypeScore=7.2035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-5.268;QD=1.68;ReadPosRankSum=-2.771;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,16:53:99:119,0,676 chrXVI 622071 . A G 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=45;Dels=0.00;FS=2.795;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.352;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.459;SB=-8.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:103,0,663 chrXVI 622074 . T C 73.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;DP=50;Dels=0.00;FS=2.632;HaplotypeScore=4.2657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.690;QD=1.46;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:50:99:103,0,665 chrXVI 622087 . T G 150.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;DP=51;Dels=0.00;FS=4.267;HaplotypeScore=3.7276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.102;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:51:99:180,0,600 chrXVI 622097 . T A 220.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DP=57;Dels=0.00;FS=4.039;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.251;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.405;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:250,0,667 chrXVI 622126 . A G 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DP=66;Dels=0.00;FS=4.023;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:376,0,593 chrXVI 622243 . T C 770.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.447;DP=78;Dels=0.00;FS=1.891;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-4.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:78:99:800,0,507 chrXVI 622365 . G C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.831;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.342;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:60:99:359,0,659 chrXVI 622376 . A C 261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=69;Dels=0.00;FS=2.256;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-4.882;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.558;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:291,0,932 chrXVI 622409 . G T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.387;DP=88;Dels=0.00;FS=8.449;HaplotypeScore=7.4486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.369;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,33:88:99:238,0,1111 chrXVI 622429 . A G 199.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;DP=96;Dels=0.00;FS=9.528;HaplotypeScore=8.4019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-5.650;QD=2.07;ReadPosRankSum=-2.582;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:96:99:229,0,1241 chrXVI 622481 . A G 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.388;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.589;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:89:99:704,0,980 chrXVI 622681 . G C 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=105;Dels=0.00;FS=3.856;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.568;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.274;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:829,0,1074 chrXVI 622687 . A T 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DP=111;Dels=0.00;FS=6.303;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.524;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.356;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:111:99:810,0,1146 chrXVI 622781 . G C 978.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=93;Dels=0.00;FS=1.669;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1008,0,697 chrXVI 622904 . T A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:524,0,328 chrXVI 622919 . A C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;DP=46;Dels=0.00;FS=6.311;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:451,0,338 chrXVI 622932 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=44;Dels=0.00;FS=6.473;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:411,0,410 chrXVI 623041 . T G 289.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DP=53;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=5.6326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.313;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:319,0,496 chrXVI 623043 . T C 253.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DP=53;Dels=0.02;FS=1.130;HaplotypeScore=5.6326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.998;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.168;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:283,0,490 chrXVI 623045 . C T 259.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=52;Dels=0.00;FS=4.101;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.143;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.586;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:289,0,484 chrXVI 623051 . A C 311.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=56;Dels=0.00;FS=3.989;HaplotypeScore=5.8677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.426;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:341,0,559 chrXVI 623220 . G A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=61;Dels=0.00;FS=11.596;HaplotypeScore=6.3348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:280,0,436 chrXVI 623258 . G A 233.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;DP=44;Dels=0.00;FS=6.522;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.682;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.066;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:263,0,426 chrXVI 623271 . T A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=41;Dels=0.00;FS=9.043;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.064;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:280,0,379 chrXVI 623504 . A C 1036.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DP=108;Dels=0.00;FS=1.698;HaplotypeScore=6.7384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.576;SB=-2.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:108:99:1066,0,1106 chrXVI 623671 . A C 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.117;DP=89;Dels=0.00;FS=4.132;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-3.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:89:99:537,0,1122 chrXVI 623705 . C T 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=112;Dels=0.00;FS=7.370;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-5.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,51:112:99:871,0,1296 chrXVI 623824 . C G 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=81;Dels=0.00;FS=0.845;HaplotypeScore=7.4260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.231;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:81:99:670,0,697 chrXVI 624175 . T C 1055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.155;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:1085,0,926 chrXVI 624238 . G C 4077.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=22.90;SB=-2.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:178:99:4077,427,0 chrXVI 624388 . A T 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.713;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:910,0,799 chrXVI 624466 . T A 1385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.207;DP=175;Dels=0.00;FS=1.356;HaplotypeScore=14.0579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,95:175:99:1415,0,1448 chrXVI 624496 . G A 1616.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DP=165;Dels=0.00;FS=6.123;HaplotypeScore=9.5877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.553;SB=-8.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,92:165:99:1646,0,1316 chrXVI 624739 . G A 2268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=23.14;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2301,237,0 chrXVI 624882 . C G 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=53;Dels=0.00;FS=12.359;HaplotypeScore=5.5317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.183;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:454,0,438 chrXVI 625038 . G A 494.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=63;Dels=0.00;FS=3.539;HaplotypeScore=9.9166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.359;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:524,0,392 chrXVI 625108 . C A 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DP=117;Dels=0.00;FS=1.550;HaplotypeScore=3.2489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=8.70;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-4.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,60:117:99:1048,0,1018 chrXVI 625204 . T A 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:692,0,709 chrXVI 625483 . C A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.246;DP=67;Dels=0.00;FS=2.414;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=2.449;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.297;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:507,0,522 chrXVI 625519 . G C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DP=82;Dels=0.00;FS=4.611;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:82:99:633,0,701 chrXVI 625590 . A G 1971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.109;SB=-6.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,100:169:99:2001,0,1302 chrXVI 625606 . A T 2122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=189;Dels=0.00;FS=2.062;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=11.23;ReadPosRankSum=2.395;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,104:189:99:2152,0,1780 chrXVI 626374 . G A 2559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=25.09;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2592,261,0 chrXVI 626641 . G A 885.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.846;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.957;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:915,0,798 chrXVI 626923 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DP=70;Dels=0.00;FS=2.409;HaplotypeScore=6.1453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:574,0,794 chrXVI 627121 . C A 1183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.0933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.247;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:105:99:1213,0,652 chrXVI 627237 . A T 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.123;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.134;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:490,0,747 chrXVI 627340 . T A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;DP=61;Dels=0.00;FS=2.243;HaplotypeScore=6.6595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.157;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:388,0,462 chrXVI 627372 . T C 1146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=17.36;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1179,123,0 chrXVI 627414 . A T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DP=94;Dels=0.00;FS=8.582;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-4.950;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.789;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:494,0,547 chrXVI 627421 . G A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.904;DP=95;Dels=0.00;FS=4.698;HaplotypeScore=2.5015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.147;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-3.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:444,0,625 chrXVI 627426 . G A 1321 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=14.68;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1354,141,0 chrXVI 627437 . A T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=87;Dels=0.00;FS=6.665;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.927;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.004;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:512,0,611 chrXVI 627439 . C T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;DP=87;Dels=0.00;FS=6.563;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-5.257;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.069;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:87:99:480,0,609 chrXVI 627508 . T G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;DP=77;Dels=0.00;FS=7.782;HaplotypeScore=4.9373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.346;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:385,0,502 chrXVI 627514 . C G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;DP=70;Dels=0.00;FS=8.469;HaplotypeScore=4.2398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.131;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.587;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:70:99:372,0,516 chrXVI 627537 . C G 896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=14.45;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:929,105,0 chrXVI 627554 . G T 347.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=2.399;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:377,0,169 chrXVI 627833 . G A 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=53;Dels=0.00;FS=1.078;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:429,0,458 chrXVI 627865 . T C 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;DP=53;Dels=0.00;FS=5.585;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:457,0,502 chrXVI 628182 . G A 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:506,0,616 chrXVI 628338 . A C 386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.609;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.082;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:85:99:416,0,911 chrXVI 628342 . C A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DP=99;Dels=0.00;FS=0.860;HaplotypeScore=16.4416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.825;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:99:99:423,0,1066 chrXVI 628585 . A C 519.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=54;Dels=0.00;FS=1.332;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.198;SB=-8.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:54:99:549,0,503 chrXVI 628959 . G A 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=98;Dels=0.00;FS=3.900;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.940;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,58:98:99:945,0,692 chrXVI 629034 . T C 466.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;DP=71;Dels=0.00;FS=0.923;HaplotypeScore=5.7155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:496,0,681 chrXVI 629043 . C G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=59;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.631;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:59:99:552,0,522 chrXVI 629640 . G C 1382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=20.03;SB=-6.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1415,150,0 chrXVI 629712 . G A 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=55;Dels=0.00;FS=9.624;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.655;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:414,0,431 chrXVI 629722 . A C 959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=18.80;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:992,105,0 chrXVI 630078 . T C 750.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;DP=80;Dels=0.00;FS=3.011;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:780,0,710 chrXVI 630409 . A G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DP=79;Dels=0.00;FS=0.878;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:605,0,614 chrXVI 630417 . C T 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=67;Dels=0.00;FS=0.927;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.699;SB=-2.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:494,0,610 chrXVI 630884 . C T 438.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DP=73;Dels=0.00;FS=6.431;HaplotypeScore=10.4010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.573;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:73:99:468,0,803 chrXVI 630933 . A C 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;DP=84;Dels=0.00;FS=24.237;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.126;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:84:99:534,0,905 chrXVI 631047 . G A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DP=62;Dels=0.00;FS=13.945;HaplotypeScore=3.4028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-3.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:677,0,552 chrXVI 631122 . C T 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;DP=56;Dels=0.00;FS=11.321;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=11.20;ReadPosRankSum=-1.904;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:657,0,264 chrXVI 631237 . T C 152.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;DP=69;Dels=0.00;FS=25.914;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,24:69:99:182,0,831 chrXVI 631250 . T C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=66;Dels=0.00;FS=16.303;HaplotypeScore=6.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,43:66:99:723,0,105 chrXVI 631285 . C T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=54;Dels=0.00;FS=13.063;HaplotypeScore=24.1400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.541;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.815;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,15:54:54:54,0,537 chrXVI 631328 . A C 62.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DP=64;Dels=0.00;FS=5.944;HaplotypeScore=48.6178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.723;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,9:64:71:92,0,71 chrXVI 631527 . T G 350.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=57;Dels=0.00;FS=9.782;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:380,0,722 chrXVI 631656 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:661,0,741 chrXVI 631725 . T C 810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DP=71;Dels=0.00;FS=0.982;HaplotypeScore=14.9174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=11.41;ReadPosRankSum=2.111;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:840,0,398 chrXVI 631831 . A G 1419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;DP=143;Dels=0.00;FS=15.648;HaplotypeScore=10.8227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.774;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,74:143:99:1449,0,1304 chrXVI 631883 . A T 1261.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;DP=162;Dels=0.00;FS=5.737;HaplotypeScore=12.2958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.569;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,73:162:99:1291,0,1748 chrXVI 631944 . G A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=93;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=3.3080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.172;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:93:99:859,0,1077 chrXVI 631986 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;DP=67;Dels=0.00;FS=9.612;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.537;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:353,0,811 chrXVI 632897 . T C 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DP=80;Dels=0.00;FS=4.348;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:582,0,867 chrXVI 633458 . T A 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:1018,0,864 chrXVI 633533 . C T 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DP=62;Dels=0.00;FS=3.665;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.181;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:498,0,665 chrXVI 633645 . A G 1266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DP=141;Dels=0.00;FS=3.164;HaplotypeScore=13.4659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.369;SB=-1.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,63:141:99:1296,0,1498 chrXVI 635040 . C A 928.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=93;Dels=0.00;FS=3.981;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,58:93:99:958,0,538 chrXVI 635109 . T C 1123.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DP=118;Dels=0.00;FS=2.391;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.673;SB=-6.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,66:118:99:1153,0,785 chrXVI 635115 . T C 1032.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.446;DP=107;Dels=0.00;FS=0.733;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.871;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.201;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,60:107:99:1062,0,851 chrXVI 635531 . C T 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DP=54;Dels=0.00;FS=2.390;HaplotypeScore=2.4960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.183;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:499,0,434 chrXVI 635876 . T C 963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.93;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:996,105,0 chrXVI 635980 . G A 228.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=39;Dels=0.00;FS=2.909;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=2.061;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:258,0,420 chrXVI 636800 . T A 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;DP=62;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=7.50;ReadPosRankSum=2.044;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:495,0,645 chrXVI 636804 . G A 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;DP=61;Dels=0.00;FS=5.125;HaplotypeScore=2.3869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.997;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.663;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:470,0,618 chrXVI 636914 . A G 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DP=93;Dels=0.00;FS=5.265;HaplotypeScore=13.1775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.158;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.042;SB=-4.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:965,0,802 chrXVI 637332 . T C 1909.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.620;DP=254;Dels=0.00;FS=2.993;HaplotypeScore=240.0819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.365;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,110:254:99:1939,0,2269 chrXVI 637454 . A G 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.177;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:937,0,671 chrXVI 637526 . T C 884.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DP=95;Dels=0.00;FS=11.929;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:914,0,794 chrXVI 639469 . T G 784.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=90;Dels=0.00;FS=1.696;HaplotypeScore=7.1761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-4.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:90:99:814,0,830 chrXVI 639538 . G A 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=67;Dels=0.00;FS=2.038;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.887;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:654,0,616 chrXVI 639571 . G A 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=51;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=3.6784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:444,0,466 chrXVI 639719 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.080;DP=48;Dels=0.00;FS=1.148;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:482,0,400 chrXVI 639876 . G T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DP=51;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.897;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.160;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:462,0,352 chrXVI 640589 . A G 650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.21;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:75:683,75,0 chrXVI 640757 . G A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=52;Dels=0.00;FS=2.742;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.395;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:393,0,578 chrXVI 640976 . C A 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:37:99:265,0,230 chrXVI 641225 . T C 391.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=35;Dels=0.00;FS=20.561;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.182;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:421,0,217 chrXVI 641294 . A G 16.11 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.212;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:18:46:46,0,203 chrXVI 641459 . C G 276.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.806;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:99:306,0,279 chrXVI 641520 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=49;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=4.8676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.616;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:604,0,396 chrXVI 641549 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;DP=58;Dels=0.00;FS=5.852;HaplotypeScore=3.2847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:582,0,469 chrXVI 641822 . A G 729.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;DP=68;Dels=0.00;FS=0.961;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:759,0,579 chrXVI 641862 . A G 669.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;DP=80;Dels=0.00;FS=2.526;HaplotypeScore=3.3873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:699,0,919 chrXVI 642177 . T A 73.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DP=18;Dels=0.00;FS=2.884;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:103,0,194 chrXVI 642462 . C T 57.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DP=13;Dels=0.00;FS=6.368;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.545;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:87:87,0,142 chrXVI 642789 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.736;QD=10.09;ReadPosRankSum=-2.471;SB=-1.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:23:99:262,0,147 chrXVI 643781 . C T 470.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.138;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:500,0,236 chrXVI 644568 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=44;Dels=0.00;FS=1.263;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:176,0,392 chrXVI 644801 . A G 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DP=25;Dels=0.00;FS=3.682;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.246;SB=-8.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:239,0,156 chrXVI 645570 . G A 178.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=38;Dels=0.00;FS=12.830;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.716;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:208,0,346 chrXVI 645571 . G A 169.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;DP=38;Dels=0.00;FS=12.830;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.745;SB=-7.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:199,0,339 chrXVI 645576 . G A 72.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:102,0,302 chrXVI 645683 . G T 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;DP=56;Dels=0.00;FS=3.290;HaplotypeScore=13.7895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:457,0,347 chrXVI 645773 . C T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DP=59;Dels=0.00;FS=2.584;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.213;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:420,0,667 chrXVI 646173 . G A 297.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.614;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:89:327,0,89 chrXVI 646670 . T C 173.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=2.232;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.756;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:203,0,505 chrXVI 647721 . T C 1350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=25.47;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1383,150,0 chrXVI 648389 . A C 932.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DP=86;Dels=0.00;FS=3.106;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:86:99:962,0,648 chrXVI 648617 . C T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=61;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.756;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:547,0,406 chrXVI 651288 . G A 1335.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;DP=131;Dels=0.00;FS=5.784;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-5.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,73:131:99:1365,0,1198 chrXVI 651959 . A C 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.882;DP=62;Dels=0.00;FS=3.540;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.051;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:359,0,690 chrXVI 653703 . T A 1147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.814;DP=143;Dels=0.00;FS=8.934;HaplotypeScore=13.4253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.365;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,61:143:99:1177,0,1432 chrXVI 653824 . C T 1051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=22.85;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1084,111,0 chrXVI 653904 . G C 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=75;Dels=0.00;FS=2.105;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:658,0,527 chrXVI 654119 . T A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=66;Dels=0.00;FS=2.158;HaplotypeScore=3.4827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,23:66:99:420,0,865 chrXVI 654359 . A G 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:78:99:590,0,865 chrXVI 654370 . C T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=75;Dels=0.00;FS=3.251;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:796,0,583 chrXVI 654906 . A T 91.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=10;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:89:121,0,89 chrXVI 654988 . T C 56.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=13;Dels=0.00;FS=3.041;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:86:86,0,169 chrXVI 655206 . T C 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=39;Dels=0.00;FS=1.411;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.845;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:310,0,308 chrXVI 655978 . C T 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.581;DP=92;Dels=0.00;FS=5.445;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.206;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:772,0,800 chrXVI 656221 . G C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DP=70;Dels=0.00;FS=1.312;HaplotypeScore=4.3984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:516,0,553 chrXVI 657221 . G A 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=50;Dels=0.00;FS=4.800;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.915;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.191;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:578,0,462 chrXVI 657450 . G T 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=23.42;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1813,186,0 chrXVI 658794 . G A 761.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DP=47;Dels=0.00;FS=11.046;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.488;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,34:47:99:791,0,196 chrXVI 659056 . A T 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-4.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:120:99:797,0,1022 chrXVI 659088 . A G 583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DP=75;Dels=0.00;FS=10.274;HaplotypeScore=81.4164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:75:99:613,0,540 chrXVI 659394 . C T 1418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.48;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1451,162,0 chrXVI 659469 . C G 1280 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=20.98;SB=-7.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1313,141,0 chrXVI 661094 . C T 1140 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=21.92;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1173,120,0 chrXVI 661101 . A G 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;DP=51;Dels=0.02;FS=1.656;HaplotypeScore=2.6493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.104;SB=-9.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:50:99:489,0,430 chrXVI 661721 . A G 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-3.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:606,0,878 chrXVI 662450 . C T 2577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=23.01;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:2610,264,0 chrXVI 662572 . T C 649.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.350;DP=109;Dels=0.00;FS=2.559;HaplotypeScore=9.6431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.318;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,45:109:99:679,0,1113 chrXVI 663036 . A G 2317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=26.63;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2350,246,0 chrXVI 663399 . G T 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.665;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,50:107:99:941,0,1116 chrXVI 663549 . C T 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;DP=115;Dels=0.00;FS=3.480;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:115:99:1037,0,1106 chrXVI 664333 . T G 746.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.571;DP=95;Dels=0.00;FS=10.070;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.919;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:776,0,936 chrXVI 664479 . T C 590.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=65;Dels=0.00;FS=4.145;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:620,0,832 chrXVI 664738 . T C 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=88;Dels=0.00;FS=10.763;HaplotypeScore=10.3426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:88:99:823,0,844 chrXVI 665441 . A G 614 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.59;SB=-6.521e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66:647,66,0 chrXVI 665472 . T C 490 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.41;SB=-6.537e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:57:523,57,0 chrXVI 665628 . T C 2358 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=28.41;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2391,240,0 chrXVI 665970 . A G 1106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=20.11;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1139,120,0 chrXVI 666095 . C T 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;DP=38;Dels=0.00;FS=8.673;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:475,0,350 chrXVI 666286 . T C 686 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=19.06;SB=-4.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78:719,78,0 chrXVI 666333 . C T 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=36;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=3.2625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.226;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:318,0,217 chrXVI 666888 . G A 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DP=31;Dels=0.00;FS=1.489;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:168,0,348 chrXVI 666903 . C T 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=34;Dels=0.00;FS=5.284;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:176,0,316 chrXVI 666924 . T C 840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=19.09;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93:873,93,0 chrXVI 667335 . T C 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.262;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:584,0,636 chrXVI 667416 . C T 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DP=102;Dels=0.00;FS=13.133;HaplotypeScore=6.2869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:945,0,938 chrXVI 667477 . G T 1611.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DP=146;Dels=0.00;FS=6.430;HaplotypeScore=14.8095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,83:146:99:1641,0,1193 chrXVI 667536 . C G 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;DP=106;Dels=0.00;FS=14.603;HaplotypeScore=21.6000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=2.102;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-6.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:904,0,777 chrXVI 667654 . C T 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.269;DP=80;Dels=0.00;FS=0.869;HaplotypeScore=7.0839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.056;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:819,0,755 chrXVI 667825 . G C 1267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.6996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-5.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,71:166:99:1297,0,1749 chrXVI 668437 . C T 941.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=114;Dels=0.00;FS=0.782;HaplotypeScore=8.6932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.104;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:114:99:971,0,1186 chrXVI 668452 . A G 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.466;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.567;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:120:99:843,0,1484 chrXVI 668458 . G A 847.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.957;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.083;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,57:122:99:877,0,1417 chrXVI 668615 . C T 1053.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.960;DP=99;Dels=0.00;FS=11.269;HaplotypeScore=2.7739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.502;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.431;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:1083,0,911 chrXVI 668839 . C A 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.904;DP=92;Dels=0.00;FS=2.808;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:963,0,768 chrXVI 669013 . T C 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.205;DP=105;Dels=0.00;FS=9.055;HaplotypeScore=6.1911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:105:99:633,0,1099 chrXVI 669067 . C T 845.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DP=80;Dels=0.00;FS=4.554;HaplotypeScore=7.2028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-4.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:80:99:875,0,528 chrXVI 669226 . A C 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;DP=110;Dels=0.00;FS=2.449;HaplotypeScore=13.7223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.241;SB=-4.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:899,0,1008 chrXVI 669627 . T A 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.123;DP=110;Dels=0.00;FS=6.120;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-3.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,58:110:99:849,0,1256 chrXVI 671978 . G A 1102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DP=97;Dels=0.00;FS=2.976;HaplotypeScore=8.0603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,57:97:99:1132,0,698 chrXVI 673127 . T A 1018.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;DP=94;Dels=0.00;FS=5.197;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:1048,0,787 chrXVI 673136 . A G 663.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.859;DP=95;Dels=0.00;FS=3.951;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:95:99:693,0,1031 chrXVI 673254 . C T 1462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.574;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,74:126:99:1492,0,924 chrXVI 673518 . G A 1186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.497;DP=139;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=11.0621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.991;SB=-5.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,64:139:99:1216,0,1277 chrXVI 675855 . A C 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DP=37;Dels=0.00;FS=1.696;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.160;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:230,0,237 chrXVI 675869 . A C 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=16.03;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57:530,57,0 chrXVI 676149 . C T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=60;Dels=0.00;FS=8.308;HaplotypeScore=7.1649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:872,0,424 chrXVI 677025 . C T 24.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-1.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:54:54,0,160 chrXVI 677260 . T A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.004;DP=54;Dels=0.00;FS=2.471;HaplotypeScore=7.3427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:54:99:256,0,650 chrXVI 677596 . T C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=60;Dels=0.00;FS=20.521;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.888;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:525,0,564 chrXVI 677784 . C T 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=35;Dels=0.00;FS=1.478;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:262,0,503 chrXVI 677786 . G A 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DP=35;Dels=0.00;FS=1.478;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:280,0,497 chrXVI 677796 . A G 214.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=33;Dels=0.00;FS=1.545;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:244,0,375 chrXVI 677836 . T C 83.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.070;SB=-4.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:113,0,334 chrXVI 677944 . C T 510.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.695;DP=58;Dels=0.00;FS=3.724;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.987;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:540,0,355 chrXVI 678569 . T C 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.909;DP=41;Dels=0.00;FS=4.498;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.170;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:447,0,308 chrXVI 679094 . T C 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:479,0,572 chrXVI 679300 . A C 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=94;Dels=0.00;FS=1.834;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.348;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:918,0,1010 chrXVI 679524 . T G 867.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=120;Dels=0.01;FS=2.367;HaplotypeScore=16.1078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.411;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:119:99:897,0,1186 chrXVI 679562 . C T 993.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-5.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:122:99:1023,0,1176 chrXVI 679897 . G A 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=19.80;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1221,123,0 chrXVI 679940 . A G 152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=51;Dels=0.00;FS=1.101;HaplotypeScore=18.0817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:51:99:182,0,416 chrXVI 680046 . A G 469.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.236;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.868;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:499,0,384 chrXVI 680151 . A G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=65;Dels=0.00;FS=11.143;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.047;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:551,0,664 chrXVI 680207 . T C 249.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;DP=43;Dels=0.00;FS=4.638;HaplotypeScore=4.7371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:279,0,368 chrXVI 680253 . G T 144.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.990;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:31:99:174,0,312 chrXVI 680440 . A T 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=50;Dels=0.00;FS=4.166;HaplotypeScore=1.7675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:386,0,434 chrXVI 680451 . C T 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;DP=51;Dels=0.00;FS=5.765;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:352,0,415 chrXVI 680463 . G A 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DP=68;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=4.2741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.132;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:68:99:521,0,427 chrXVI 680526 . A C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;DP=59;Dels=0.00;FS=1.170;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.707;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:308,0,459 chrXVI 680556 . A G 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DP=53;Dels=0.00;FS=12.616;HaplotypeScore=7.3339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.755;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:505,0,369 chrXVI 680822 . T C 264.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=45;Dels=0.00;FS=3.547;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.140;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.357;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:294,0,280 chrXVI 680837 . T C 392.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=57;Dels=0.00;FS=3.274;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:57:99:422,0,304 chrXVI 681023 . A T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;DP=40;Dels=0.03;FS=3.085;HaplotypeScore=9.1378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:290,0,408 chrXVI 681090 . A G 558.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.240;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:588,0,774 chrXVI 681108 . G T 690.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.228;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:720,0,819 chrXVI 681149 . T A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.490;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.3734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=3.012;QD=12.93;ReadPosRankSum=2.304;SB=-2.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,40:76:99:1016,114,0 chrXVI 681242 . A C 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DP=73;Dels=0.00;FS=6.266;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.392;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:783,0,742 chrXVI 681568 . A G 745.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DP=72;Dels=0.00;FS=4.976;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.989;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:775,0,366 chrXVI 681810 . A G 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.5623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.439;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:369,0,253 chrXVI 682840 . G A 387.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=76;Dels=0.00;FS=3.157;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:417,0,892 chrXVI 682888 . C T 813.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=73;Dels=0.00;FS=4.672;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.604;SB=-2.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:73:99:843,0,612 chrXVI 684164 . A G 527.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.176;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:557,0,540 chrXVI 684460 . A G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;DP=40;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.169;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:40:99:498,0,114 chrXVI 684879 . A G 617.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DP=64;Dels=0.00;FS=1.006;HaplotypeScore=0.9958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=9.64;ReadPosRankSum=-2.010;SB=-2.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:647,0,467 chrXVI 684997 . G A 581.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=57;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.382;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:611,0,368 chrXVI 685589 . T A 579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=66;Dels=0.00;FS=2.117;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.167;SB=-2.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:609,0,596 chrXVI 685590 . T A 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;DP=65;Dels=0.00;FS=3.712;HaplotypeScore=3.2778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.658;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:593,0,585 chrXVI 685648 . G C 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;DP=54;Dels=0.00;FS=2.561;HaplotypeScore=3.2945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.792;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:545,0,483 chrXVI 686122 . G A 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;DP=113;Dels=0.00;FS=2.442;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.800;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,52:113:99:885,0,1147 chrXVI 686534 . G A 831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DP=85;Dels=0.00;FS=1.779;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:861,0,902 chrXVI 687541 . T A 1147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.311;SB=-4.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,63:140:99:1177,0,1535 chrXVI 687687 . C T 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.737;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:420,0,833 chrXVI 688163 . A T 862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DP=65;Dels=0.00;FS=8.169;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.557;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:892,0,487 chrXVI 688677 . G A 1892 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:82:99:1925,195,0 chrXVI 688937 . C A 1086.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;DP=106;Dels=0.00;FS=2.504;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,59:106:99:1116,0,947 chrXVI 688954 . A G 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.564;DP=91;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.456;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:826,0,807 chrXVI 689032 . C A 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.782;DP=75;Dels=0.00;FS=4.922;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.522;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:552,0,767 chrXVI 689525 . T A 1744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=24.22;SB=-5.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1777,192,0 chrXVI 689545 . A G 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=67;Dels=0.00;FS=2.186;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.070;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:828,0,498 chrXVI 689827 . T C 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=74;Dels=0.00;FS=4.858;HaplotypeScore=8.9579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.036;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.562;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:74:99:498,0,724 chrXVI 689943 . T A 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DP=64;Dels=0.00;FS=0.938;HaplotypeScore=5.8764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=2.132;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:412,0,711 chrXVI 689998 . A G 913.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=89;Dels=0.00;FS=6.338;HaplotypeScore=6.7557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.264;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:943,0,746 chrXVI 690445 . A G 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.671;DP=65;Dels=0.00;FS=6.788;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:506,0,682 chrXVI 691095 . C G 458.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=65;Dels=0.00;FS=2.059;HaplotypeScore=4.8323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.755;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:488,0,678 chrXVI 691402 . A G 561.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;DP=92;Dels=0.00;FS=12.237;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:591,0,900 chrXVI 691459 . A C 1026.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=142;Dels=0.00;FS=17.383;HaplotypeScore=2.4696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-5.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,64:142:99:1056,0,1362 chrXVI 691465 . T C 1095.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;DP=150;Dels=0.00;FS=5.063;HaplotypeScore=6.7513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.871;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.239;SB=-6.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,65:150:99:1125,0,1329 chrXVI 691468 . G A 1046.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;DP=152;Dels=0.00;FS=5.044;HaplotypeScore=8.9044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.259;SB=-6.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,64:152:99:1076,0,1373 chrXVI 691472 . G C 3079 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=19.86;SB=-1.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:155:99:3112,336,0 chrXVI 691540 . T C 1118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;DP=157;Dels=0.00;FS=6.051;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.792;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,73:157:99:1148,0,1502 chrXVI 691669 . A G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=79;Dels=0.00;FS=7.438;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.597;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:79:99:868,0,558 chrXVI 691932 . C G 895.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;DP=116;Dels=0.00;FS=7.234;HaplotypeScore=7.8281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.393;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:925,0,1197 chrXVI 692054 . G A 748.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=88;Dels=0.00;FS=0.808;HaplotypeScore=4.8690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:778,0,748 chrXVI 692056 . A G 1811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=20.82;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:1844,192,0 chrXVI 692119 . A G 1207.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.791;DP=146;Dels=0.00;FS=4.668;HaplotypeScore=9.7010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.279;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,74:146:99:1237,0,1281 chrXVI 692167 . G A 1109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=136;Dels=0.00;FS=9.297;HaplotypeScore=14.6055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,64:136:99:1139,0,1376 chrXVI 692185 . T C 880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;DP=119;Dels=0.00;FS=4.588;HaplotypeScore=7.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.583;SB=-3.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:119:99:910,0,1262 chrXVI 692440 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;DP=84;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:644,0,857 chrXVI 692547 . A G 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.418;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:402,0,415 chrXVI 692701 . C T 768.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;DP=117;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=8.1874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,52:117:99:798,0,1315 chrXVI 692709 . A T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DP=116;Dels=0.00;FS=1.700;HaplotypeScore=2.7761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=6.47;ReadPosRankSum=-2.629;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:116:99:781,0,1263 chrXVI 693580 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;DP=32;Dels=0.00;FS=8.009;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.861;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.581;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:32:99:317,0,257 chrXVI 693600 . C T 670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=21.61;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:72:703,72,0 chrXVI 693803 . A G 232.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;DP=32;Dels=0.00;FS=3.251;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.727;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:99:262,0,281 chrXVI 694413 . C T 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=32;Dels=0.00;FS=3.541;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.180;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.656;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:341,0,265 chrXVI 694434 . C A 273.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.908;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:303,0,267 chrXVI 694965 . G T 603.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.534;SB=-2.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:79:99:633,0,690 chrXVI 694969 . G T 576.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.787;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:79:99:606,0,649 chrXVI 695040 . G A 678.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.581;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.015;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:83:99:708,0,779 chrXVI 695201 . A C 699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.84;SB=-2.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81:732,81,0 chrXVI 695213 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.462;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:414,0,233 chrXVI 695230 . C A 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.574;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:475,0,258 chrXVI 695419 . C T 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;DP=58;Dels=0.00;FS=3.922;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.306;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-3.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:625,0,472 chrXVI 695517 . T A 493.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.6219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.396;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:523,0,251 chrXVI 695522 . G A 542.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.891;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:572,0,262 chrXVI 695527 . T G 484.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.001;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:514,0,258 chrXVI 695543 . G C 424.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=42;Dels=0.00;FS=1.226;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.076;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:42:99:454,0,220 chrXVI 695653 . C G 1010.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.303;DP=104;Dels=0.00;FS=10.997;HaplotypeScore=10.0705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=9.71;ReadPosRankSum=-2.647;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,58:104:99:1040,0,357 chrXVI 696232 . A G 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=33;Dels=0.00;FS=1.440;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=2.336;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:325,0,302 chrXVI 696313 . G A 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=31;Dels=0.00;FS=1.419;HaplotypeScore=5.1295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.209;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:308,0,215 chrXVI 696841 . A G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=37;Dels=0.00;FS=10.037;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:339,0,342 chrXVI 697060 . C T 1524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=17.52;SB=-1.098e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1557,159,0 chrXVI 697067 . T C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.021;DP=85;Dels=0.00;FS=7.072;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.126;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:431,0,800 chrXVI 697122 . G A 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;DP=67;Dels=0.00;FS=14.262;HaplotypeScore=4.0578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.414;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:341,0,675 chrXVI 697144 . C G 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=48;Dels=0.00;FS=22.014;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.666;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.052;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:405,0,517 chrXVI 697430 . C A 739.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DP=83;Dels=0.00;FS=7.345;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:769,0,627 chrXVI 697502 . T C 668.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=90;Dels=0.00;FS=4.165;HaplotypeScore=8.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-2.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:90:99:698,0,923 chrXVI 697573 . A T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:662,0,570 chrXVI 697775 . C T 2334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2367,243,0 chrXVI 697918 . A G 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.117;DP=78;Dels=0.00;FS=2.982;HaplotypeScore=5.7287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.499;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.560;SB=-3.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:731,0,705 chrXVI 698374 . G T 293.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;DP=67;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=9.0686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.190;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:66:99:323,0,553 chrXVI 698375 . A G 287.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.009;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:62:99:317,0,582 chrXVI 698565 . A G 804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.68;MQ0=0;QD=12.18;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:90:837,90,0 chrXVI 698605 . T C 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.783;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-2.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:140,0,786 chrXVI 698632 . T C 194.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.572;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.084;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.066;SB=-4.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:224,0,840 chrXVI 698725 . A G 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.492;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:48:99:621,0,295 chrXVI 698851 . G C 855.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=108;Dels=0.00;FS=11.437;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.582;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:108:99:885,0,1260 chrXVI 698946 . T C 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.927;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:516,0,460 chrXVI 698959 . T C 488.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=53;Dels=0.00;FS=1.141;HaplotypeScore=3.1456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.128;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:53:99:518,0,492 chrXVI 699132 . G A 226.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.966;DP=50;Dels=0.00;FS=4.675;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:256,0,618 chrXVI 699146 . T G 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DP=52;Dels=0.00;FS=2.880;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-5.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:245,0,601 chrXVI 699198 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.029;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:360,0,448 chrXVI 699223 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;DP=41;Dels=0.00;FS=1.210;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.327;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:396,0,409 chrXVI 699333 . A C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.456;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:255,0,241 chrXVI 699753 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;DP=53;Dels=0.00;FS=11.779;HaplotypeScore=3.3506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-7.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:565,0,523 chrXVI 699945 . T C 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=30;Dels=0.00;FS=3.471;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:168,0,263 chrXVI 700042 . A G 1939 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=18.12;ReadPosRankSum=1.700;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:1972,204,0 chrXVI 700047 . G A 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DP=106;Dels=0.00;FS=14.679;HaplotypeScore=5.2017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:792,0,742 chrXVI 700285 . T C 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=36;Dels=0.00;FS=5.339;HaplotypeScore=2.5367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:36:99:393,0,185 chrXVI 700309 . T G 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=38;Dels=0.00;FS=1.279;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.316;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:159,0,389 chrXVI 700311 . G A 137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.938;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:167,0,389 chrXVI 700480 . C T 2149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.39;MQ0=0;QD=23.36;SB=-9.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2182,222,0 chrXVI 700509 . A G 596.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.874;DP=93;Dels=0.00;FS=1.935;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,35:93:99:626,0,1219 chrXVI 700553 . G A 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.4566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.43;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.604;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,32:89:99:614,0,1101 chrXVI 702403 . C T 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DP=77;Dels=0.00;FS=9.617;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.243;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:77:99:493,0,795 chrXVI 702425 . C T 492.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;DP=68;Dels=0.00;FS=3.334;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.182;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:522,0,515 chrXVI 702489 . G A 255.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=32;Dels=0.00;FS=1.475;HaplotypeScore=3.3449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:285,0,210 chrXVI 702492 . G A 245.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;DP=33;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:275,0,251 chrXVI 702662 . G C 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;DP=37;Dels=0.00;FS=2.864;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.289;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:257,0,375 chrXVI 702998 . T C 149.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=36;Dels=0.00;FS=5.023;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.617;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:179,0,324 chrXVI 703359 . T C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=36;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.507;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:346,0,326 chrXVI 703365 . G A 205.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.324;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:32:99:235,0,345 chrXVI 703434 . T C 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.360;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:189,0,469 chrXVI 703903 . G A 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=80;Dels=0.00;FS=3.140;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:411,0,872 chrXVI 704140 . C T 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.374;DP=105;Dels=0.00;FS=7.737;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-3.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:728,0,1108 chrXVI 704149 . T C 578.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=104;Dels=0.00;FS=9.579;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.020;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:608,0,965 chrXVI 704390 . C T 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;DP=92;Dels=0.00;FS=1.718;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=6.78;ReadPosRankSum=-2.159;SB=-4.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:654,0,832 chrXVI 704396 . G C 1728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=18.00;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:96:99:1761,183,0 chrXVI 704455 . A G 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.465;DP=109;Dels=0.00;FS=7.835;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.479;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:109:99:703,0,1154 chrXVI 705108 . C A 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.458;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:79:99:825,0,704 chrXVI 705129 . C T 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.605;DP=94;Dels=0.00;FS=0.777;HaplotypeScore=3.3527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.827;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:981,0,830 chrXVI 705306 . T C 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:343,0,890 chrXVI 705321 . C T 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:405,0,764 chrXVI 705738 . A C 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-3.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:617,0,640 chrXVI 705875 . A G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=49;Dels=0.00;FS=4.112;HaplotypeScore=2.4932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:347,0,564 chrXVI 706407 . G A 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DP=48;Dels=0.00;FS=1.401;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.693;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:637,0,357 chrXVI 706797 . T C 607.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;DP=62;Dels=0.00;FS=3.708;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.416;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:637,0,373 chrXVI 707392 . A C 369.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=51;Dels=0.00;FS=2.571;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.923;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.081;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:399,0,398 chrXVI 707414 . T G 333.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;DP=50;Dels=0.00;FS=2.829;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.204;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:50:99:363,0,319 chrXVI 707420 . C A 373.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.246;DP=49;Dels=0.00;FS=2.779;HaplotypeScore=4.8375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:403,0,389 chrXVI 707520 . C T 455.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=42;Dels=0.00;FS=13.487;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=10.83;ReadPosRankSum=-2.050;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:485,0,353 chrXVI 707772 . C A 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=20.53;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1121,117,0 chrXVI 707796 . T A 1238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=66;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=4.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.572;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1271,135,0 chrXVI 708078 . G A 975.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=88;Dels=0.00;FS=3.207;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.722;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:1005,0,784 chrXVI 708348 . A G 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=112;Dels=0.00;FS=1.528;HaplotypeScore=7.2898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.955;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:1088,0,889 chrXVI 708362 . C T 1041.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DP=113;Dels=0.00;FS=0.703;HaplotypeScore=15.5609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.538;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.683;SB=-5.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,61:113:99:1071,0,987 chrXVI 708478 . A C 839.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.974;DP=89;Dels=0.00;FS=19.726;HaplotypeScore=6.4651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.190;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.892;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:869,0,836 chrXVI 708483 . A T 900.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=88;Dels=0.00;FS=17.572;HaplotypeScore=5.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.557;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:930,0,794 chrXVI 708490 . A C 935.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.717;DP=98;Dels=0.00;FS=21.521;HaplotypeScore=12.3643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:965,0,821 chrXVI 708641 . C T 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=61;Dels=0.00;FS=2.997;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.183;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.235;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:292,0,585 chrXVI 708647 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=54;Dels=0.00;FS=1.381;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.137;SB=-1.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:257,0,578 chrXVI 708653 . A G 191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.261;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.571;SB=-8.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:221,0,517 chrXVI 708674 . G C 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=45;Dels=0.00;FS=1.512;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.312;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:45:99:259,0,434 chrXVI 709100 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=72;Dels=0.00;FS=4.715;HaplotypeScore=4.2918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.071;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:72:99:584,0,661 chrXVI 709130 . T G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DP=78;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.819;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:556,0,698 chrXVI 709506 . A C 653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.129;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:683,0,594 chrXVI 709715 . T C 989.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DP=119;Dels=0.00;FS=10.312;HaplotypeScore=8.0646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.416;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.492;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,59:119:99:1019,0,1195 chrXVI 709831 . G C 401.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DP=70;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=4.9012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:70:99:431,0,840 chrXVI 710154 . G A 574.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-2.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:604,0,566 chrXVI 710484 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.592;DP=59;Dels=0.00;FS=5.208;HaplotypeScore=6.7923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=5.46;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:352,0,721 chrXVI 710988 . G A 930.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DP=88;Dels=0.00;FS=2.967;HaplotypeScore=4.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-4.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:960,0,834 chrXVI 711113 . A G 1883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=22.15;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1916,201,0 chrXVI 711254 . A G 1356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.280;DP=147;Dels=0.00;FS=2.953;HaplotypeScore=10.4589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,73:147:99:1386,0,1277 chrXVI 711619 . C G 1389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=19.56;SB=-9.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1422,150,0 chrXVI 712351 . G A 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:69:99:601,0,393 chrXVI 713116 . C T 1045.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.425;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-6.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,62:98:99:1075,0,515 chrXVI 713201 . C T 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=86;Dels=0.00;FS=0.871;HaplotypeScore=8.4652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=9.27;ReadPosRankSum=-3.360;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:827,0,795 chrXVI 713880 . T C 513.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;DP=77;Dels=0.00;FS=7.855;HaplotypeScore=7.2876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.538;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:77:99:543,0,870 chrXVI 714048 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DP=43;Dels=0.00;FS=7.319;HaplotypeScore=1.7297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.324;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:396,0,482 chrXVI 714075 . T C 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DP=51;Dels=0.00;FS=1.207;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.051;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:438,0,590 chrXVI 714279 . A T 676.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:706,0,624 chrXVI 714300 . A T 585.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=68;Dels=0.00;FS=4.722;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.160;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:615,0,586 chrXVI 714342 . G A 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;DP=67;Dels=0.00;FS=5.369;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:493,0,553 chrXVI 714603 . T C 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=69;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=4.3576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.710;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:69:99:790,0,606 chrXVI 714698 . G A 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;DP=69;Dels=0.00;FS=2.400;HaplotypeScore=2.4530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.539;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:704,0,513 chrXVI 714703 . G C 698.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;DP=66;Dels=0.00;FS=2.447;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,43:66:99:728,0,419 chrXVI 714728 . A G 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;DP=66;Dels=0.00;FS=11.066;HaplotypeScore=5.4406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,41:66:99:571,0,468 chrXVI 714942 . G A 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.330;DP=85;Dels=0.00;FS=10.973;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.408;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:85:99:827,0,665 chrXVI 715017 . T A 1136.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=116;Dels=0.00;FS=4.706;HaplotypeScore=15.9569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.053;SB=-4.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:116:99:1166,0,1099 chrXVI 715729 . G A 1134.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;DP=134;Dels=0.00;FS=2.190;HaplotypeScore=2.6155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.199;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.561;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,65:134:99:1164,0,1277 chrXVI 715730 . G A 1089.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=133;Dels=0.00;FS=3.102;HaplotypeScore=2.6155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.532;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.376;SB=-7.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:133:99:1119,0,1214 chrXVI 715739 . A G 1088.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.016;DP=133;Dels=0.00;FS=5.195;HaplotypeScore=4.9785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.077;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,69:133:99:1118,0,1158 chrXVI 715923 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;DP=77;Dels=0.00;FS=9.357;HaplotypeScore=3.2416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:77:99:568,0,471 chrXVI 716173 . G A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=44;Dels=0.00;FS=1.194;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:425,0,433 chrXVI 716434 . G A 695.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;DP=60;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:60:99:725,0,515 chrXVI 716555 . G A 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.3560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:749,0,626 chrXVI 716627 . A G 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DP=95;Dels=0.00;FS=1.759;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.763;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,33:95:99:535,0,1292 chrXVI 716666 . T C 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;DP=78;Dels=0.00;FS=3.313;HaplotypeScore=9.4992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.953;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,26:78:99:339,0,1078 chrXVI 716753 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=68;Dels=0.00;FS=3.634;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:584,0,452 chrXVI 716879 . A G 303.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;DP=53;Dels=0.00;FS=2.446;HaplotypeScore=2.3893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.418;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:333,0,314 chrXVI 716894 . T C 262.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.397;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:292,0,250 chrXVI 716942 . C T 198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=62;Dels=0.00;FS=10.651;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:228,0,460 chrXVI 717019 . G A 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=52;Dels=0.00;FS=4.096;HaplotypeScore=6.3327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.352;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:52:99:329,0,528 chrXVI 717101 . G A 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DP=52;Dels=0.00;FS=2.371;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:419,0,518 chrXVI 717249 . C T 1337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=25.23;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1370,138,0 chrXVI 717332 . C A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DP=58;Dels=0.00;FS=11.442;HaplotypeScore=4.2636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:668,0,519 chrXVI 717476 . A G 661.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DP=84;Dels=0.00;FS=4.830;HaplotypeScore=12.7333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.375;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:84:99:691,0,860 chrXVI 718261 . G C 1726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.31;SB=-8.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1759,180,0 chrXVI 720561 . C A 2558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1.217e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:2591,261,0 chrXVI 720834 . A T 1223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.13;MQ0=0;QD=23.08;SB=-4.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1256,129,0 chrXVI 722078 . C G 1942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.4760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=21.11;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:92:99:1975,210,0 chrXVI 723065 . T C 595.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=91;Dels=0.00;FS=0.829;HaplotypeScore=11.6205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.485;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:625,0,1054 chrXVI 724121 . A G 1096 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37;SB=-5.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1129,117,0 chrXVI 724279 . T C 1420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=65;Dels=0.00;FS=2.510;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=21.85;ReadPosRankSum=2.704;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1453,153,0 chrXVI 724286 . C T 1390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=23.56;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1423,147,0 chrXVI 725082 . A T 1864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.9016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.342;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:1897,198,0 chrXVI 725291 . T A 2390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.932;DP=103;Dels=0.00;FS=9.290;HaplotypeScore=4.1814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=23.20;ReadPosRankSum=2.932;SB=-1.290e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,100:103:99:2423,240,0 chrXVI 725710 . G A 1871 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=21.26;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1904,198,0 chrXVI 726358 . G A 3168 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=25.14;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3201,325,0 chrXVI 726386 . C T 2792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=23.86;SB=-1.203e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:117:99:2825,288,0 chrXVI 726480 . A G 1893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=26.66;SB=-5.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1926,201,0 chrXVI 729101 . G A 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.220;DP=58;Dels=0.00;FS=3.660;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.874;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:596,0,516 chrXVI 729430 . T G 1109.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.656;DP=119;Dels=0.00;FS=1.495;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.796;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,53:119:99:1139,0,1248 chrXVI 730198 . A G 836.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.774;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:866,0,935 chrXVI 730292 . T C 2580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=22.63;SB=-9.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:2613,282,0 chrXVI 730803 . A G 769.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=94;Dels=0.00;FS=10.126;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.114;SB=-3.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:799,0,947 chrXVI 732154 . C T 2030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.33;SB=-1.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2063,210,0 chrXVI 732636 . T G 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=80;Dels=0.00;FS=5.884;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.896;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:605,0,919 chrXVI 733425 . G A 1106 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=28.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:1139,114,0 chrXVI 733512 . A G 252.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:282,0,321 chrXVI 734148 . T A 1191 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=59;Dels=0.00;FS=6.917;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.674;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1224,129,0 chrXVI 735023 . T C 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;DP=70;Dels=0.00;FS=15.093;HaplotypeScore=2.7341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.727;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:70:99:734,0,533 chrXVI 735669 . A T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=48;Dels=0.00;FS=6.185;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:410,0,417 chrXVI 736455 . A G 912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=46;Dels=0.00;FS=5.444;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=19.83;ReadPosRankSum=2.847;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:46:99:945,99,0 chrXVI 736469 . T C 1001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=23.28;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1034,108,0 chrXVI 736718 . C G 1673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.60;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1706,183,0 chrXVI 737218 . C T 2035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=20.98;SB=-1.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2068,213,0 chrXVI 738241 . A G 2251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=23.69;SB=-7.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:95:99:2284,240,0 chrXVI 739339 . C T 1195 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.34;SB=-6.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1228,132,0 chrXVI 739468 . C T 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;DP=77;Dels=0.00;FS=3.661;HaplotypeScore=5.5892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.177;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:743,0,654 chrXVI 739602 . A G 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.348;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-1.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:236,0,481 chrXVI 739738 . G A 1824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.52;SB=-9.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1857,189,0 chrXVI 740140 . G A 1278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.6765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=17.75;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1311,135,0 chrXVI 741532 . T C 1691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.37;SB=-8.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:83:99:1724,183,0 chrXVI 741944 . C G 1188 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=19.48;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:1221,132,0 chrXVI 742069 . T A 2054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=84;Dels=0.00;FS=8.092;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=24.45;ReadPosRankSum=2.391;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2087,210,0 chrXVI 742334 . A G 1469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.32;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1502,156,0 chrXVI 742567 . T C 1370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.10;SB=-7.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1403,156,0 chrXVI 743245 . A G 773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=35;Dels=0.00;FS=3.399;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=22.09;ReadPosRankSum=1.634;SB=-4.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:84:806,84,0 chrXVI 743344 . C T 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=68;Dels=0.00;FS=8.280;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.984;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:376,0,651 chrXVI 743518 . C T 1735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;QD=22.24;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:1768,183,0 chrXVI 743973 . G A 1760 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=20.00;SB=-1.024e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1793,192,0 chrXVI 743974 . C T 819.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=88;Dels=0.00;FS=8.748;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.716;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:849,0,627 chrXVI 744198 . A C 1210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DP=124;Dels=0.00;FS=3.804;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.899;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,57:124:99:1240,0,1258 chrXVI 744403 . A C 2683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=21.64;SB=-1.097e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:124:99:2716,291,0 chrXVI 744410 . A C 2863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=22.72;ReadPosRankSum=1.705;SB=-1.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:126:99:2896,300,0 chrXVI 744459 . A G 4192.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=22.66;SB=-1.986e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,185:185:99:4192,442,0 chrXVI 744531 . A G 2559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=105;Dels=0.00;FS=3.181;HaplotypeScore=8.4652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=24.37;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:105:99:2592,276,0 chrXVI 744598 . C T 1925 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=22.65;SB=-1.027e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:1958,201,0 chrXVI 744716 . G A 1468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=172;Dels=0.00;FS=5.126;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,81:172:99:1498,0,1949 chrXVI 744835 . G T 904.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;DP=94;Dels=0.00;FS=8.521;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.803;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:934,0,852 chrXVI 744935 . C A 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=21.28;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1863,195,0 chrXVI 745623 . C T 641.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=74;Dels=0.00;FS=3.228;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:671,0,607 chrXVI 745701 . T C 1134.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;DP=137;Dels=0.00;FS=3.234;HaplotypeScore=5.0818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,71:137:99:1164,0,1443 chrXVI 745879 . C T 1053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=18.16;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1086,111,0 chrXVI 745885 . G A 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;DP=58;Dels=0.00;FS=2.652;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:409,0,546 chrXVI 745923 . C A 419.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;DP=55;Dels=0.00;FS=2.796;HaplotypeScore=4.0734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.085;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:55:99:449,0,403 chrXVI 746245 . C T 113.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.800;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.523;SB=-8.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:143,0,290 chrXVI 746530 . G A 1226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=20.10;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1259,129,0 chrXVI 747237 . G A 1335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=24.72;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1368,138,0 chrXVI 747480 . G A 422.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=56;Dels=0.00;FS=4.130;HaplotypeScore=4.1463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:452,0,445 chrXVI 747487 . A G 1054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=19.52;ReadPosRankSum=1.604;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1087,117,0 chrXVI 748400 . C T 2457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=24.33;SB=-1.091e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:2490,255,0 chrXVI 748650 . C T 2405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.6661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=22.27;SB=-1.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:2438,249,0 chrXVI 748874 . C T 1619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=25.30;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1652,168,0 chrXVI 748946 . C T 945 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=18.90;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:978,99,0 chrXVI 749787 . A G 886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DP=45;Dels=0.00;FS=3.647;HaplotypeScore=3.7619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=19.69;ReadPosRankSum=1.654;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:45:99:919,102,0 chrXVI 749875 . C T 430.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=76;Dels=0.00;FS=12.696;HaplotypeScore=5.2102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.949;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:76:99:460,0,1022 chrXVI 750029 . C T 664.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.739;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.522;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:694,0,447 chrXVI 750118 . C T 456.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.990;DP=48;Dels=0.00;FS=4.551;HaplotypeScore=2.3548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.238;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:486,0,343 chrXVI 750180 . T C 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.826;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:44:99:397,0,430 chrXVI 750369 . C T 417.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;DP=77;Dels=0.00;FS=6.373;HaplotypeScore=9.1081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.117;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:447,0,960 chrXVI 750465 . A G 375.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=42;Dels=0.00;FS=8.255;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-3.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:405,0,524 chrXVI 750588 . T C 743.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;DP=80;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=8.6988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.350;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:773,0,603 chrXVI 750734 . A G 1652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=22.94;SB=-7.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1685,177,0 chrXVI 750943 . C G 1653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=18.37;SB=-7.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:1686,174,0 chrXVI 751080 . C G 467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.107;DP=88;Dels=0.00;FS=1.750;HaplotypeScore=10.4052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:497,0,945 chrXVI 751272 . A G 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;DP=48;Dels=0.00;FS=1.076;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.237;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:389,0,378 chrXVI 751308 . T A 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=38;Dels=0.00;FS=5.128;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.779;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:384,0,241 chrXVI 751988 . A T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=30;Dels=0.00;FS=8.700;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:268,0,304 chrXVI 752166 . C A 1282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=25.14;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1315,132,0 chrXVI 752508 . T C 882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=16.96;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:915,99,0 chrXVI 753099 . G A 780.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=10.26;ReadPosRankSum=-2.626;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:810,0,481 chrXVI 753173 . G A 1079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=21.58;SB=-7.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1112,111,0 chrXVI 753479 . A C 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=22.09;SB=-6.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1314,135,0 chrXVI 753634 . G A 46.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;DP=39;Dels=0.00;FS=1.302;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:76:76,0,438 chrXVI 753640 . C T 705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=18.55;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:738,78,0 chrXVI 754681 . G A 1131 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.28;MQ0=0;QD=19.50;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1164,120,0 chrXVI 754744 . T A 1024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=18.96;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1057,111,0 chrXVI 754869 . A G 753.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=93;Dels=0.00;FS=1.749;HaplotypeScore=6.1139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.868;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:93:99:783,0,1016 chrXVI 755194 . C T 1408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;QD=23.08;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1441,144,0 chrXVI 755227 . G T 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;DP=50;Dels=0.00;FS=1.065;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:451,0,555 chrXVI 755422 . C T 833.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DP=62;Dels=0.00;FS=9.688;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.297;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:62:99:863,0,334 chrXVI 755594 . T G 652.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;DP=78;Dels=0.00;FS=14.608;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=8.36;ReadPosRankSum=-2.164;SB=-5.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:682,0,740 chrXVI 755692 . C T 1176 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=15.47;SB=-7.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1209,132,0 chrXVI 755818 . C T 2567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.13;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2600,270,0 chrXVI 756190 . C T 969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.85;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1002,102,0 chrXVI 756770 . G A 1250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=22.73;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1283,132,0 chrXVI 757135 . G T 1566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=25.26;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1599,162,0 chrXVI 758824 . G T 1281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=21.00;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1314,135,0 chrXVI 759400 . T G 1306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=19.79;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1339,138,0 chrXVI 759469 . T G 1585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=24.77;SB=-5.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1618,168,0 chrXVI 761009 . G C 1468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=22.58;SB=-8.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1501,159,0 chrXVI 761580 . C T 548.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;DP=62;Dels=0.00;FS=0.974;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-3.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:62:99:578,0,523 chrXVI 761684 . T C 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=78;Dels=0.00;FS=0.855;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=2.501;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.192;SB=-4.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:665,0,653 chrXVI 761972 . T A 623.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.200;DP=67;Dels=0.00;FS=6.553;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.867;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.416;SB=-2.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:653,0,477 chrXVI 762649 . A C 888.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DP=108;Dels=0.00;FS=2.451;HaplotypeScore=7.2948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.111;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:918,0,1118 chrXVI 763440 . T C 454.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;DP=69;Dels=0.00;FS=6.339;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=6.58;ReadPosRankSum=2.331;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:484,0,645 chrXVI 763968 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.343;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:539,0,835 chrXVI 766166 . T A 587.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=62;Dels=0.00;FS=7.163;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:617,0,715 chrXVI 766340 . C A 1036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=23.55;SB=-5.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1069,111,0 chrXVI 767513 . C T 717.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DP=74;Dels=0.00;FS=3.137;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:747,0,711 chrXVI 768045 . G A 2405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.3076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=23.58;SB=-1.229e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2438,246,0 chrXVI 769084 . A G 5239.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=23.92;SB=-2.649e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,217:219:99:5239,559,0 chrXVI 769532 . G A 693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.77;MQ0=0;QD=18.24;SB=-1.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:78:726,78,0 chrXVI 770162 . A T 1427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=133;Dels=0.00;FS=5.567;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-6.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,70:133:99:1457,0,1229 chrXVI 770429 . A G 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.141;DP=127;Dels=0.00;FS=1.998;HaplotypeScore=18.4433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,65:127:99:986,0,1089 chrXVI 770664 . G A 390.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=62;Dels=0.02;FS=7.773;HaplotypeScore=10.9666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=6.29;ReadPosRankSum=-2.178;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:420,0,389 chrXVI 770699 . T A 336.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=37;Dels=0.00;FS=3.005;HaplotypeScore=5.5874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.225;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:366,0,221 chrXVI 771896 . A C 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.155;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:590,0,380 chrXVI 772265 . A G 889.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;DP=90;Dels=0.00;FS=4.034;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.039;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:90:99:919,0,913 chrXVI 775111 . C T 1340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.7793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.94;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1373,141,0 chrXVI 775873 . T G 1758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=23.76;ReadPosRankSum=1.685;SB=-5.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1791,195,0 chrXVI 776032 . C A 1831.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=162;Dels=0.00;FS=4.792;HaplotypeScore=10.6619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=11.30;ReadPosRankSum=-1.935;SB=-7.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,93:162:99:1861,0,1185 chrXVI 776361 . G C 4133.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=22.34;SB=-2.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:185:99:4133,433,0 chrXVI 777332 . C T 378.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:408,0,614 chrXVI 777410 . C T 1826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.09;SB=-9.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1859,189,0 chrXVI 777676 . C T 749.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.924;DP=73;Dels=0.00;FS=6.300;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:779,0,559 chrXVI 780119 . A C 564.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=79;Dels=0.00;FS=0.876;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.927;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.423;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:79:99:594,0,829 chrXVI 780140 . G A 541.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.564;DP=74;Dels=0.00;FS=4.755;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:571,0,918 chrXVI 780448 . T C 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=78;Dels=0.00;FS=5.356;HaplotypeScore=10.9756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.301;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:818,0,737 chrXVI 780642 . C A 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.991;DP=83;Dels=0.00;FS=2.536;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.142;SB=-1.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:83:99:854,0,918 chrXVI 780950 . G T 1049.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=149;Dels=0.00;FS=2.928;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=2.268;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.726;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,69:149:99:1079,0,1471 chrXVI 781309 . A G 1547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.6454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.812;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,90:190:99:1577,0,1562 chrXVI 782283 . A C 404.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;DP=49;Dels=0.00;FS=3.167;HaplotypeScore=2.3696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.566;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.535;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:434,0,355 chrXVI 783694 . G A 487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.781;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:517,0,837 chrXVI 785197 . A G 2632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=25.55;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:2665,279,0 chrXVI 785692 . G A 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;DP=69;Dels=0.00;FS=3.619;HaplotypeScore=8.8546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.509;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:433,0,489 chrXVI 785737 . A G 1491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=16.21;ReadPosRankSum=2.337;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:92:99:1524,159,0 chrXVI 786427 . A G 92.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=65;Dels=0.00;FS=4.421;HaplotypeScore=6.5653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=1.42;ReadPosRankSum=-2.829;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,17:65:99:122,0,709 chrXVI 787292 . G A 1374.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.632;DP=147;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=22.7561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.341;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,72:147:99:1404,0,1424 chrXVI 789289 . G A 57.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=28;Dels=0.00;FS=14.056;HaplotypeScore=6.7599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.414;SB=-5.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:28:87:87,0,310 chrXVI 789402 . T C 693.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:89:99:723,0,801 chrXVI 789549 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DP=71;Dels=0.00;FS=2.050;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:71:99:652,0,501 chrXVI 789570 . T G 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=58;Dels=0.00;FS=1.062;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.256;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:357,0,547 chrXVI 789596 . A G 189.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=51;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.919;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:219,0,377 chrXVI 789769 . A C 192.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.177;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.161;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:222,0,713 chrXVI 789770 . T C 184.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DP=66;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQ0=0;MQRankSum=-5.531;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.912;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:214,0,664 chrXVI 789772 . A C 195.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;DP=65;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.67;MQ0=0;MQRankSum=-5.491;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.938;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:225,0,693 chrXVI 789773 . A T 191.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DP=65;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.67;MQ0=0;MQRankSum=-5.596;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.899;SB=-2.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:221,0,674 chrXVI 789774 . G T 196.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=65;Dels=0.00;FS=1.063;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.67;MQ0=0;MQRankSum=-5.675;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.781;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:226,0,670 chrXVI 789776 . G A 207.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.672;DP=67;Dels=0.00;FS=1.020;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.399;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.709;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:237,0,600 chrXVI 789777 . G T 201.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.158;DP=68;Dels=0.00;FS=1.020;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.293;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.460;SB=-2.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:231,0,644 chrXVI 790006 . G A 1309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=146;Dels=0.01;FS=2.946;HaplotypeScore=7.3699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.625;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,77:145:99:1339,0,1404 chrXVI 790106 . C G 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:73:99:595,0,922 chrXVI 790606 . A G 202.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:232,0,478 chrXVI 790660 . A C 829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=21.82;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90:862,90,0 chrXVI 790673 . C G 190.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.480;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:36:99:220,0,332 chrXVI 790742 . A G 140.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;DP=42;Dels=0.00;FS=2.587;HaplotypeScore=3.3618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:170,0,449 chrXVI 790766 . A C 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;DP=43;Dels=0.00;FS=6.803;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.721;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:43:99:194,0,466 chrXVI 790820 . C T 294.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.952;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:324,0,490 chrXVI 790856 . T C 290.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=43;Dels=0.00;FS=4.790;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.203;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:320,0,465 chrXVI 790859 . A G 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;DP=43;Dels=0.00;FS=6.711;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.358;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:43:99:327,0,350 chrXVI 790872 . G A 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=44;Dels=0.00;FS=7.012;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.389;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:369,0,404 chrXVI 791229 . C G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=57;Dels=0.00;FS=17.747;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.846;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:492,0,629 chrXVI 791329 . A G 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;DP=41;Dels=0.00;FS=5.012;HaplotypeScore=4.1771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:487,0,374 chrXVI 791787 . G A 358.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DP=35;Dels=0.00;FS=1.402;HaplotypeScore=4.4733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:388,0,129 chrXVI 792404 . C A 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=83;Dels=0.00;FS=1.004;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:741,0,644 chrXVI 792460 . C T 716.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.899;DP=111;Dels=0.00;FS=5.065;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-3.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,53:111:99:746,0,1015 chrXVI 792467 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;DP=116;Dels=0.00;FS=4.679;HaplotypeScore=5.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-5.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:116:99:714,0,1192 chrXVI 792647 . G A 346.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=43;Dels=0.00;FS=3.905;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:376,0,281 chrXVI 793048 . T C 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:176,0,283 chrXVI 793049 . T C 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=35;Dels=0.00;FS=2.984;HaplotypeScore=1.4538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.937;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:175,0,349 chrXVI 793313 . A T 515.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.854;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.296;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:545,0,679 chrXVI 793555 . T G 1935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=26.15;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1968,207,0 chrXVI 793650 . G A 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=70;Dels=0.00;FS=3.394;HaplotypeScore=12.8889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:70:99:584,0,567 chrXVI 793761 . T A 1523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DP=182;Dels=0.00;FS=5.550;HaplotypeScore=16.6250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.884;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,89:182:99:1553,0,1359 chrXVI 793854 . G A 1073.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=121;Dels=0.00;FS=3.370;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-6.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,71:121:99:1103,0,941 chrXVI 793867 . G A 960.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;DP=99;Dels=0.00;FS=0.757;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-6.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,60:99:99:990,0,758 chrXVI 794337 . T C 614.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=87;Dels=0.00;FS=4.233;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.787;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:87:99:644,0,821 chrXVI 794367 . G A 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.3861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:652,0,754 chrXVI 794674 . T A 829.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=107;Dels=0.00;FS=0.842;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:859,0,1209 chrXVI 794702 . A T 566.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DP=83;Dels=0.00;FS=1.930;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.051;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:596,0,1007 chrXVI 794728 . A G 460.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.264;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.653;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:490,0,686 chrXVI 795138 . A G 651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=16.69;SB=-4.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:81:684,81,0 chrXVI 795139 . G A 614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=15.74;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:75:647,75,0 chrXVI 795157 . G A 700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=0;QD=14.58;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:48:75:733,75,0 chrXVI 795291 . G A 1125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=103;Dels=0.00;FS=0.772;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-5.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,62:103:99:1155,0,743 chrXVI 795527 . T C 979.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;DP=105;Dels=0.00;FS=2.545;HaplotypeScore=7.9922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:105:99:1009,0,931 chrXVI 795782 . C T 1282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.376;DP=138;Dels=0.00;FS=2.642;HaplotypeScore=9.6894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.440;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,77:138:99:1312,0,1056 chrXVI 796098 . A G 1147.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.127;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:104:99:1177,0,749 chrXVI 796236 . T C 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.244;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,61:150:99:976,0,1741 chrXVI 796263 . T C 1138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DP=164;Dels=0.01;FS=0.000;HaplotypeScore=13.3146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.224;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,67:163:99:1168,0,1845 chrXVI 796824 . T C 193.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DP=48;Dels=0.00;FS=9.402;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:48:99:223,0,576 chrXVI 796878 . A T 372.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DP=52;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=7.7304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:52:99:402,0,469 chrXVI 797063 . T C 318.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.992;DP=57;Dels=0.00;FS=2.313;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.025;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:348,0,545 chrXVI 797065 . C T 148.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;DP=61;Dels=0.00;FS=2.310;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.543;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:178,0,636 chrXVI 797066 . C T 113.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.100;DP=61;Dels=0.00;FS=2.310;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.433;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.603;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:143,0,650 chrXVI 797069 . T C 103.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=63;Dels=0.00;FS=5.180;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.077;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:133,0,675 chrXVI 797136 . C A 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.697;DP=67;Dels=0.00;FS=7.076;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:464,0,613 chrXVI 797247 . G A 650.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.745;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:680,0,426 chrXVI 797516 . C T 385.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=63;Dels=0.00;FS=0.981;HaplotypeScore=1.7552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.365;QD=6.11;ReadPosRankSum=-2.696;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:415,0,745 chrXVI 797530 . T C 406.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=67;Dels=0.00;FS=0.922;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:436,0,797 chrXVI 797712 . C T 645.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DP=78;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=4.9027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.391;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.690;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:675,0,619 chrXVI 797859 . A G 479.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;DP=60;Dels=0.00;FS=1.005;HaplotypeScore=7.9005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:509,0,555 chrXVI 797962 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.641;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:515,0,412 chrXVI 797994 . G A 701.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DP=69;Dels=0.00;FS=4.937;HaplotypeScore=15.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:69:99:731,0,443 chrXVI 798071 . C T 1349.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=106;Dels=0.00;FS=9.222;HaplotypeScore=4.5665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=2.234;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,60:106:99:1379,0,829 chrXVI 798448 . A G 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;DP=64;Dels=0.00;FS=0.970;HaplotypeScore=8.7997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.753;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.432;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:576,0,533 chrXVI 798490 . A C 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;DP=59;Dels=0.00;FS=2.250;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.466;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:59:99:650,0,330 chrXVI 798639 . G A 1179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=90;Dels=0.00;FS=1.082;HaplotypeScore=8.0939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.928;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,58:90:99:1209,0,625 chrXVI 798827 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:100:99:1029,0,960 chrXVI 798911 . G A 1299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.926;DP=143;Dels=0.00;FS=14.019;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,77:143:99:1329,0,1296 chrXVI 798952 . T C 1418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DP=141;Dels=0.00;FS=5.354;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.824;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,88:141:99:1448,0,948 chrXVI 798977 . C T 1344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;DP=153;Dels=0.00;FS=9.138;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.507;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-9.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,100:153:99:1374,0,886 chrXVI 799015 . T A 917.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DP=129;Dels=0.00;FS=2.346;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.116;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-8.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,83:129:99:947,0,1014 chrXVI 799022 . A G 828.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.250;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQ0=0;MQRankSum=-5.274;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-8.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,76:119:99:858,0,885 chrXVI 799025 . C T 765.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=116;Dels=0.00;FS=0.721;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.00;MQ0=0;MQRankSum=-5.707;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,74:116:99:795,0,887 chrXVI 799043 . G A 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=101;Dels=0.00;FS=5.103;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.334;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.231;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,62:101:99:658,0,821 chrXVI 799159 . T C 976.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;DP=125;Dels=0.00;FS=7.054;HaplotypeScore=12.7750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.029;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,57:125:99:1006,0,1272 chrXVI 799215 . A G 798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.778;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-3.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:828,0,1053 chrXVI 799432 . C T 1428.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=149;Dels=0.00;FS=0.619;HaplotypeScore=11.2613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,76:149:99:1458,0,1579 chrXVI 799593 . T C 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;DP=58;Dels=0.00;FS=9.865;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.218;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:552,0,536 chrXVI 799713 . A C 1648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;DP=159;Dels=0.00;FS=2.027;HaplotypeScore=7.1483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.486;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,84:159:99:1678,0,1127 chrXVI 799851 . T C 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DP=78;Dels=0.00;FS=16.988;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=6.04;ReadPosRankSum=-2.295;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:501,0,804 chrXVI 799871 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=66;Dels=0.00;FS=6.713;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:406,0,809 chrXVI 799893 . A G 280.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;DP=59;Dels=0.00;FS=5.937;HaplotypeScore=6.5820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=4.75;ReadPosRankSum=2.043;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:310,0,565 chrXVI 799899 . T C 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;DP=58;Dels=0.00;FS=2.470;HaplotypeScore=3.9667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=4.95;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:317,0,618 chrXVI 800037 . C A 907.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.361;DP=87;Dels=0.00;FS=0.865;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.571;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:937,0,636 chrXVI 800109 . G C 311.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;DP=63;Dels=0.00;FS=3.789;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=4.94;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:341,0,792 chrXVI 800157 . C A 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.077;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.139;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:579,0,334 chrXVI 800175 . G A 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DP=50;Dels=0.00;FS=1.085;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.357;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:566,0,383 chrXVI 800298 . A G 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=38;Dels=0.00;FS=1.258;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.349;SB=-1.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:38:99:238,0,279 chrXVI 800388 . G A 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=64;Dels=0.00;FS=0.995;HaplotypeScore=6.4677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.190;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:464,0,684 chrXVI 800421 . A G 713.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;DP=82;Dels=0.00;FS=4.830;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:743,0,860 chrXVI 800486 . G A 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=76;Dels=0.00;FS=3.237;HaplotypeScore=4.1162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.114;SB=-3.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:622,0,774 chrXVI 800493 . A G 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:471,0,496 chrXVI 800601 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DP=63;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:590,0,553 chrXVI 800727 . A G 545.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:81:99:575,0,810 chrXVI 800844 . C T 777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DP=86;Dels=0.00;FS=9.374;HaplotypeScore=13.8298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:86:99:807,0,522 chrXVI 800883 . A G 688.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;DP=82;Dels=0.00;FS=0.834;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:718,0,806 chrXVI 800985 . C T 377.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=44;Dels=0.00;FS=6.587;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.406;SB=-2.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:407,0,258 chrXVI 801066 . G A 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DP=51;Dels=0.00;FS=8.684;HaplotypeScore=6.3524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.486;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:423,0,472 chrXVI 801138 . C T 890.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;DP=86;Dels=0.00;FS=1.786;HaplotypeScore=10.5943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-4.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:920,0,733 chrXVI 801336 . C T 354.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.339;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:384,0,239 chrXVI 801399 . A T 382.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=50;Dels=0.00;FS=8.297;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.525;SB=-1.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:412,0,597 chrXVI 801603 . C T 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;DP=107;Dels=0.00;FS=1.572;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-5.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:1065,0,820 chrXVI 801614 . T C 850.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=109;Dels=0.00;FS=0.785;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.051;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:109:99:880,0,1061 chrXVI 801650 . C T 684.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;DP=91;Dels=0.00;FS=1.840;HaplotypeScore=4.0205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:714,0,1097 chrXVI 801741 . G A 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DP=94;Dels=0.00;FS=10.855;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,57:94:99:998,0,685 chrXVI 801756 . C G 1039.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=99;Dels=0.00;FS=10.846;HaplotypeScore=8.8237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,61:99:99:1069,0,653 chrXVI 801885 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.351;DP=62;Dels=0.00;FS=3.468;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:752,0,469 chrXVI 801978 . T C 956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DP=128;Dels=0.00;FS=7.590;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.816;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,65:128:99:986,0,1213 chrXVI 802039 . G A 1539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DP=131;Dels=0.00;FS=24.401;HaplotypeScore=2.7152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=11.75;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,82:131:99:1569,0,963 chrXVI 802139 . T G 309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DP=56;Dels=0.00;FS=1.134;HaplotypeScore=6.4942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.075;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:339,0,576 chrXVI 802415 . A G 1219 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=22.57;ReadPosRankSum=1.668;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1252,135,0 chrXVI 802526 . T G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DP=65;Dels=0.00;FS=4.404;HaplotypeScore=6.4631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:334,0,237 chrXVI 802577 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.703;DP=93;Dels=0.00;FS=0.856;HaplotypeScore=7.3824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:685,0,685 chrXVI 802797 . C A 657.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.871;DP=61;Dels=0.00;FS=6.277;HaplotypeScore=7.9593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:61:99:687,0,412 chrXVI 802871 . C T 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DP=64;Dels=0.00;FS=1.163;HaplotypeScore=7.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:64:99:471,0,749 chrXVI 802959 . A G 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.461;DP=94;Dels=0.00;FS=1.721;HaplotypeScore=5.8141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=2.480;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.265;SB=-3.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:749,0,1081 chrXVI 803543 . A G 489.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.052;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:57:99:519,0,456 chrXVI 803590 . T C 1088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=20.92;SB=-3.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1121,117,0 chrXVI 804027 . T C 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;DP=74;Dels=0.00;FS=2.002;HaplotypeScore=2.4370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.993;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.116;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:790,0,766 chrXVI 804108 . G A 627.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.341;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.7655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:109:99:657,0,1403 chrXVI 804249 . A T 1017.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=127;Dels=0.00;FS=5.809;HaplotypeScore=10.0313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.412;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,57:127:99:1047,0,1398 chrXVI 804258 . T C 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;DP=119;Dels=0.00;FS=4.689;HaplotypeScore=9.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.860;SB=-4.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:119:99:976,0,1348 chrXVI 804292 . A T 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;DP=111;Dels=0.00;FS=6.262;HaplotypeScore=11.0552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.714;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:111:99:1024,0,1258 chrXVI 804352 . C T 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.941;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.129;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:663,0,877 chrXVI 804481 . T C 640.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.146;DP=79;Dels=0.00;FS=0.945;HaplotypeScore=4.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.267;SB=-2.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:670,0,749 chrXVI 804583 . A G 763.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=132;Dels=0.01;FS=3.249;HaplotypeScore=21.0337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=5.78;ReadPosRankSum=-2.338;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,48:131:99:793,0,1553 chrXVI 810562 . A G 11.36 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.89;MQ0=1;MQRankSum=0.358;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.231;SB=-2.801e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:20:41,0,20 chrXVI 810620 . G A 544.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.272;DP=72;Dels=0.00;FS=7.093;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.251;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:574,0,402 chrXVI 810641 . A G 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=76;Dels=0.00;FS=8.193;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:720,0,524 chrXVI 810752 . T A 1153 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.518;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,60:89:95:1186,95,0 chrXVI 810774 . T G 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;DP=97;Dels=0.00;FS=3.070;HaplotypeScore=6.5074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.414;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.797;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,30:97:99:385,0,1276 chrXVI 810785 . G A 570.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DP=106;Dels=0.00;FS=1.056;HaplotypeScore=9.5873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.177;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:106:99:600,0,1281 chrXVI 811578 . A G 384.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=49;Dels=0.00;FS=4.348;HaplotypeScore=4.2221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:414,0,441 chrXVI 812990 . T C 51.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:81:81,0,151 chrXVI 813147 . T C 1593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=22.12;ReadPosRankSum=1.684;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:1626,174,0 chrXVI 813289 . T A 300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=25;Dels=0.00;FS=1.623;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.142;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:330,0,157 chrXVI 813347 . A T 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.230;SB=-1.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:209,0,325 chrXVI 813633 . G A 928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.42;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96:961,96,0 chrXVI 814026 . A T 497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.57;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54:530,54,0 chrXVI 814111 . T C 703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=17.15;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75:736,75,0 chrXVI 816226 . G A 589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;DP=80;Dels=0.00;FS=3.007;HaplotypeScore=4.1929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.028;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:619,0,735 chrXVI 816544 . T C 2095 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=24.36;SB=-1.085e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2128,225,0 chrXVI 818228 . G A 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;DP=80;Dels=0.00;FS=4.924;HaplotypeScore=6.5694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:1024,0,593 chrXVI 818309 . G T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-1.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:547,0,492 chrXVI 818975 . A G 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.723;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:214,0,340 chrXVI 819815 . T C 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=60;Dels=0.00;FS=5.184;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.840;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:593,0,477 chrXVI 820254 . T A 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:836,0,616 chrXVI 820797 . C T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=92;Dels=0.00;FS=5.299;HaplotypeScore=9.5696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.506;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:804,0,946 chrXVI 821253 . C T 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=95;Dels=0.00;FS=5.174;HaplotypeScore=8.8702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.242;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:862,0,785 chrXVI 821446 . T C 662.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DP=74;Dels=0.00;FS=10.604;HaplotypeScore=6.6651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.449;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:692,0,621 chrXVI 821491 . T G 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;DP=77;Dels=0.00;FS=9.595;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:639,0,693 chrXVI 821582 . G A 551.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DP=79;Dels=0.00;FS=1.867;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-4.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:581,0,773 chrXVI 821586 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;DP=79;Dels=0.00;FS=1.850;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:527,0,841 chrXVI 821598 . G C 735.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=72;Dels=0.00;FS=0.902;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=2.873;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:765,0,497 chrXVI 821710 . G T 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DP=47;Dels=0.00;FS=6.506;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:47:99:547,0,277 chrXVI 821711 . A G 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=45;Dels=0.00;FS=6.506;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.336;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:523,0,283 chrXVI 821888 . A G 636.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=79;Dels=0.00;FS=1.904;HaplotypeScore=7.0667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.829;SB=-3.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:79:99:666,0,562 chrXVI 822003 . T C 539.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=46;Dels=0.00;FS=2.781;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:46:99:569,0,342 chrXVI 822297 . C G 808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=16.83;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87:841,87,0 chrXVI 822502 . C T 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=78;Dels=0.00;FS=4.380;HaplotypeScore=2.5942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:797,0,793 chrXVI 822514 . G A 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=93;Dels=0.00;FS=0.787;HaplotypeScore=5.6508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.004;SB=-5.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:93:99:966,0,918 chrXVI 822549 . C G 968.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.6369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.372;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:100:99:998,0,972 chrXVI 822901 . A G 793.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;DP=80;Dels=0.00;FS=3.437;HaplotypeScore=7.8791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:823,0,697 chrXVI 824056 . A G 285.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.030;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:315,0,546 chrXVI 824110 . C T 241.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=31;Dels=0.00;FS=1.561;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:271,0,341 chrXVI 824182 . A C 75.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.195;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:105,0,225 chrXVI 824188 . G A 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.258;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:99:104,0,248 chrXVI 824466 . T C 658.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.917;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:688,0,771 chrXVI 824483 . A T 819.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.897;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:849,0,876 chrXVI 824738 . C T 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=46;Dels=0.00;FS=8.711;HaplotypeScore=2.9067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:410,0,454 chrXVI 824853 . G A 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=88;Dels=0.00;FS=5.981;HaplotypeScore=4.8766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-5.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,55:88:99:1065,0,573 chrXVI 825000 . T C 792.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=71;Dels=0.00;FS=2.456;HaplotypeScore=13.3146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=11.16;ReadPosRankSum=2.691;SB=-2.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,44:71:99:822,0,367 chrXVI 825040 . C G 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DP=74;Dels=0.00;FS=20.291;HaplotypeScore=3.0254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.321;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:74:99:733,0,522 chrXVI 825051 . A G 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;DP=78;Dels=0.00;FS=23.854;HaplotypeScore=4.4991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:744,0,621 chrXVI 825320 . G C 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=51;Dels=0.00;FS=6.048;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.136;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:313,0,308 chrXVI 825536 . C T 832.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DP=99;Dels=0.00;FS=4.005;HaplotypeScore=10.1434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-4.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:99:99:862,0,821 chrXVI 825738 . G A 896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=86;Dels=0.00;FS=5.533;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-4.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:926,0,717 chrXVI 826071 . C T 1386.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.518;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.966;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,72:128:99:1416,0,1004 chrXVI 826128 . A C 1354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.75;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1387,141,0 chrXVI 826190 . G A 500.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.900;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:530,0,296 chrXVI 826395 . C T 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DP=110;Dels=0.00;FS=3.544;HaplotypeScore=6.7380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=7.75;ReadPosRankSum=-3.767;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,50:110:99:883,0,1045 chrXVI 826410 . A C 694.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;DP=103;Dels=0.00;FS=2.646;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:103:99:724,0,1078 chrXVI 826518 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.399;DP=69;Dels=0.00;FS=1.103;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.631;SB=-2.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:69:99:584,0,576 chrXVI 826577 . C A 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=85;Dels=0.00;FS=5.533;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-4.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:781,0,769 chrXVI 826664 . C G 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.020;DP=62;Dels=0.00;FS=0.962;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:62:99:701,0,339 chrXVI 826923 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DP=44;Dels=0.00;FS=4.615;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:451,0,307 chrXVI 826929 . C T 329.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DP=45;Dels=0.00;FS=9.253;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.277;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:45:99:359,0,302 chrXVI 827031 . A T 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=58;Dels=0.00;FS=2.245;HaplotypeScore=6.2237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.970;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:536,0,472 chrXVI 827037 . A G 462.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.255;DP=59;Dels=0.00;FS=7.156;HaplotypeScore=4.6490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.697;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:59:99:492,0,494 chrXVI 827142 . C T 994.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.147;DP=99;Dels=0.00;FS=5.375;HaplotypeScore=5.5805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.776;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-3.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1024,0,823 chrXVI 827271 . T C 293.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DP=36;Dels=0.00;FS=8.141;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:36:99:323,0,226 chrXVI 827306 . C T 379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=43;Dels=0.00;FS=12.479;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:409,0,286 chrXVI 827379 . G A 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.837;DP=66;Dels=0.00;FS=5.443;HaplotypeScore=3.6984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.388;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:565,0,487 chrXVI 827703 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;DP=59;Dels=0.00;FS=2.230;HaplotypeScore=4.6661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.496;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.294;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:462,0,502 chrXVI 827715 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DP=53;Dels=0.00;FS=1.077;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:53:99:397,0,437 chrXVI 827752 . C T 209.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.204;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:239,0,336 chrXVI 827997 . G A 552.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;DP=60;Dels=0.00;FS=5.852;HaplotypeScore=6.3992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.694;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:582,0,447 chrXVI 828006 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;DP=58;Dels=0.00;FS=2.541;HaplotypeScore=9.9394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.135;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:58:99:535,0,384 chrXVI 828087 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;DP=58;Dels=0.00;FS=3.809;HaplotypeScore=4.8287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.010;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:58:99:668,0,385 chrXVI 828223 . T A 801.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DP=90;Dels=0.00;FS=4.233;HaplotypeScore=5.6721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:831,0,835 chrXVI 828256 . T G 1690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.376;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=25.22;ReadPosRankSum=2.376;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1723,180,0 chrXVI 828477 . A G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;DP=95;Dels=0.00;FS=7.404;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.825;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:95:99:761,0,954 chrXVI 828484 . G A 747.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;DP=92;Dels=0.00;FS=5.751;HaplotypeScore=8.0583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:777,0,887 chrXVI 828711 . T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;DP=50;Dels=0.00;FS=1.154;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.719;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:353,0,389 chrXVI 829002 . T C 143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-7.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:173,0,301 chrXVI 829285 . A T 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;DP=29;Dels=0.00;FS=4.645;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.031;SB=-1.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:308,0,319 chrXVI 829325 . G A 59.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DP=18;Dels=0.00;FS=2.772;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.272;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:89:89,0,264 chrXVI 829372 . G A 171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.295;QD=6.33;ReadPosRankSum=2.591;SB=-9.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:201,0,295 chrXVI 829418 . A C 271.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=36;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=4.3310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:301,0,305 chrXVI 829459 . T C 332.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.982;DP=55;Dels=0.00;FS=4.256;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.507;QD=6.04;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:362,0,510 chrXVI 829624 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.395;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.522;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:296,0,364 chrXVI 829698 . C T 115.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.1507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.533;QD=2.21;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:145,0,283 chrXVI 830711 . T C 17.09 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.937;SB=-6.451e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:45:47,0,45 chrXVI 831601 . G A 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.614;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:844,0,526 chrXVI 831855 . G A 1530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;DP=137;Dels=0.00;FS=2.266;HaplotypeScore=9.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,80:137:99:1560,0,1067 chrXVI 832034 . A C 331.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:361,0,446 chrXVI 832084 . T C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DP=37;Dels=0.03;FS=0.000;HaplotypeScore=13.0636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:190,0,124 chrXVI 832297 . C T 475.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=48;Dels=0.02;FS=2.670;HaplotypeScore=16.1866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-2.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:99:505,0,272 chrXVI 832392 . T A 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.108;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:30:99:118,0,384 chrXVI 832535 . T C 364.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.753;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:394,0,514 chrXVI 832618 . T C 64.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.262;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.231;SB=-2.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,10:64:94:94,0,724 chrXVI 832619 . A G 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-4.110;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,10:64:99:107,0,687 chrXVI 832685 . A G 391.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.383;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:421,0,526 chrXVI 832790 . G A 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=64;Dels=0.00;FS=9.084;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.474;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:684,0,492 chrXVI 832863 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;DP=88;Dels=0.00;FS=8.980;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:527,0,640 chrXVI 833201 . A T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.300;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1001,0,633 chrXVI 833262 . T C 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.728;DP=140;Dels=0.00;FS=7.744;HaplotypeScore=10.9321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=23.06;ReadPosRankSum=3.672;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:140:99:3261,342,0 chrXVI 833375 . T C 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DP=68;Dels=0.00;FS=3.689;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=4.85;ReadPosRankSum=-2.018;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:360,0,943 chrXVI 833382 . C T 315.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DP=67;Dels=0.00;FS=1.030;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-1.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:67:99:345,0,850 chrXVI 833507 . A T 1343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.202;DP=169;Dels=0.00;FS=1.225;HaplotypeScore=24.4310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=7.95;ReadPosRankSum=-2.508;SB=-8.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,89:169:99:1373,0,1352 chrXVI 834128 . T A 206.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:236,0,502 chrXVI 834185 . A G 367.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.374;DP=52;Dels=0.00;FS=5.809;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.010;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:397,0,586 chrXVI 834327 . C T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DP=74;Dels=0.00;FS=1.926;HaplotypeScore=7.9375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.142;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:684,0,642 chrXVI 834353 . T C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.048;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.670;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:54:99:424,0,423 chrXVI 834533 . A G 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=50;Dels=0.00;FS=2.441;HaplotypeScore=7.8672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.180;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:353,0,578 chrXVI 834629 . G A 821.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=67;Dels=0.00;FS=3.618;HaplotypeScore=6.3601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,45:67:99:851,0,338 chrXVI 834888 . C G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=63;Dels=0.00;FS=1.011;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=6.98;ReadPosRankSum=-2.967;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:470,0,598 chrXVI 835119 . C T 1152.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.575;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,58:98:99:1182,0,744 chrXVI 835149 . T A 1177.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.722;DP=94;Dels=0.01;FS=0.788;HaplotypeScore=14.4050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.160;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,54:93:99:1207,0,640 chrXVI 835242 . T G 153.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=60;Dels=0.00;FS=1.118;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.195;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:183,0,804 chrXVI 835306 . C T 842.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.658;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.039;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,51:135:99:872,0,1547 chrXVI 835446 . A T 841.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.262;DP=83;Dels=0.00;FS=1.192;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.279;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:871,0,739 chrXVI 835496 . C A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;DP=58;Dels=0.00;FS=4.080;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.214;SB=-4.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:663,0,524 chrXVI 835552 . C T 815.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.715;DP=80;Dels=0.00;FS=3.786;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.462;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:845,0,840 chrXVI 835623 . T A 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=73;Dels=0.00;FS=6.384;HaplotypeScore=3.5402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.593;SB=-3.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:640,0,672 chrXVI 836042 . C T 471.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=75;Dels=0.00;FS=1.925;HaplotypeScore=2.2424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.612;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:501,0,629 chrXVI 836056 . G A 538.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=87;Dels=0.00;FS=2.923;HaplotypeScore=5.3972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:87:99:568,0,676 chrXVI 836340 . C T 482.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.405;DP=52;Dels=0.00;FS=1.052;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.321;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:512,0,421 chrXVI 836521 . C T 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DP=60;Dels=0.00;FS=2.327;HaplotypeScore=5.6787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-3.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:60:99:797,0,266 chrXVI 836810 . C T 673.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;DP=63;Dels=0.00;FS=1.003;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:703,0,584 chrXVI 837009 . C T 1069.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DP=118;Dels=0.00;FS=3.643;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,54:118:99:1099,0,1326 chrXVI 837087 . C T 788.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=87;Dels=0.00;FS=4.132;HaplotypeScore=9.6722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:87:99:818,0,642 chrXVI 837416 . A C 394.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;DP=70;Dels=0.00;FS=4.046;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.225;SB=-8.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:424,0,839 chrXVI 837483 . A G 320.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;DP=60;Dels=0.00;FS=27.089;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.412;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:60:99:350,0,609 chrXVI 837622 . G A 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=32;Dels=0.00;FS=1.841;HaplotypeScore=0.9469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=1.50;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-4.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:32:78:78,0,468 chrXVI 837651 . T C 48.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.582;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:36:78,0,36 chrXVI 837894 . G A 1350.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.723;DP=112;Dels=0.00;FS=13.067;HaplotypeScore=3.2327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.237;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,60:112:99:1380,0,985 chrXVI 838043 . G A 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DP=68;Dels=0.00;FS=1.931;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.50;MQ0=2;MQRankSum=-3.913;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-9.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:353,0,786 chrXVI 838104 . T C 680.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.32;MQ0=1;MQRankSum=-4.719;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.663;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,43:110:99:710,0,1073 chrXVI 838274 . A G 319 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.76;MQ0=1;QD=13.29;SB=-8.666e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:36:352,36,0 chrXVI 838362 . C T 145.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.33;MQ0=6;QD=8.54;SB=-1.377e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:18:178,18,0 chrXVI 838833 . A G 111.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.30;MQ0=3;MQRankSum=-1.001;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:66:141,0,66 chrXVI 838845 . A G 107.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.30;MQ0=3;MQRankSum=-0.067;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:40:137,0,40 chrXVI 838970 . T A 499.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=27;Dels=0.00;FS=30.682;HaplotypeScore=3.3130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.78;MQ0=0;MQRankSum=3.645;QD=18.48;ReadPosRankSum=0.379;SB=-2.684e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,21:27:55:529,0,55 chrXVI 839079 . C T 70.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=30;Dels=0.00;FS=21.160;HaplotypeScore=1.9832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.77;MQ0=5;MQRankSum=-1.486;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-6.506e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:100,0,185 chrXVI 839169 . C T 191.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;DP=42;Dels=0.00;FS=4.064;HaplotypeScore=1.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.35;MQ0=0;MQRankSum=2.495;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-1.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:42:24:224,24,0 chrXVI 839190 . A G 185.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=30;Dels=0.00;FS=18.535;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.83;MQ0=0;MQRankSum=3.228;QD=6.17;ReadPosRankSum=2.367;SB=-1.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,19:30:24:218,24,0 chrXVI 839313 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.172;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.761;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:230,0,411 chrXVI 839436 . A G 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=65;Dels=0.00;FS=5.514;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=1.836;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-9.301e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:602,0,522 chrXVI 839469 . A G 427.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=76;Dels=0.00;FS=4.504;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.620;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:76:99:457,0,509 chrXVI 839499 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;DP=74;Dels=0.00;FS=1.931;HaplotypeScore=6.4989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.081;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:473,0,529 chrXVI 839670 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;DP=34;Dels=0.00;FS=1.591;HaplotypeScore=2.5184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.742;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:311,0,292 chrXVI 840101 . G C 733.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DP=90;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.798;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.092;SB=-2.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:90:99:763,0,1089 chrXVI 840103 . G A 805.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.226;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:95:99:835,0,1063 chrXVI 840213 . T A 320.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.673;DP=71;Dels=0.00;FS=4.760;HaplotypeScore=6.0991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=4.51;ReadPosRankSum=-2.121;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:350,0,670 chrXVI 840263 . T A 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.104;DP=74;Dels=0.00;FS=0.877;HaplotypeScore=5.8032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.092;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:597,0,657 chrXVI 840461 . G A 201.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.575;DP=38;Dels=0.00;FS=10.272;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:231,0,306 chrXVI 840482 . C G 468.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DP=52;Dels=0.00;FS=1.166;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:498,0,330 chrXVI 840560 . A T 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DP=44;Dels=0.00;FS=5.220;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.611;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:280,0,409 chrXVI 840672 . G C 316.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;DP=40;Dels=0.00;FS=6.791;HaplotypeScore=4.7124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:346,0,163 chrXVI 841075 . T A 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.240;DP=72;Dels=0.00;FS=0.917;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=2.720;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.696;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:448,0,753 chrXVI 841392 . G A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=51;Dels=0.00;FS=4.620;HaplotypeScore=4.1494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:466,0,415 chrXVI 841449 . T C 1333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=21.50;SB=-3.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1366,141,0 chrXVI 841684 . G A 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DP=44;Dels=0.00;FS=2.688;HaplotypeScore=3.5009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-1.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:343,0,577 chrXVI 841702 . A G 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:411,0,232 chrXVI 842051 . A G 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=38;Dels=0.00;FS=1.283;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.227;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:288,0,333 chrXVI 842073 . A G 281.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;DP=42;Dels=0.00;FS=1.219;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:42:99:311,0,336 chrXVI 842447 . T C 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.214;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.780;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:340,0,562 chrXVI 842864 . A T 800.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=11.76;ReadPosRankSum=1.395;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:830,0,708 chrXVI 843072 . G T 1035.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.379;DP=111;Dels=0.00;FS=0.737;HaplotypeScore=12.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.696;SB=-3.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,56:111:99:1065,0,975 chrXVI 843336 . C T 313.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DP=45;Dels=0.00;FS=2.650;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.344;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:343,0,487 chrXVI 843391 . T C 368.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.096;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:82:99:398,0,931 chrXVI 843464 . A G 602.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.779;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.226;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:632,0,1102 chrXVI 843595 . C T 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.080;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:685,0,834 chrXVI 844001 . G A 710.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DP=93;Dels=0.00;FS=11.113;HaplotypeScore=7.3842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.766;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:740,0,860 chrXVI 844011 . T C 807.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DP=87;Dels=0.00;FS=4.454;HaplotypeScore=2.7021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.692;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:837,0,827 chrXVI 844046 . T C 853.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,53:106:99:883,0,1013 chrXVI 844058 . T C 709.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.065;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:739,0,1135 chrXVI 844407 . G T 284.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=62;Dels=0.00;FS=11.345;HaplotypeScore=3.5719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.302;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.467;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:314,0,800 chrXVI 844409 . A G 311.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=62;Dels=0.00;FS=11.345;HaplotypeScore=4.5384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:341,0,799 chrXVI 850288 . C T 24.78 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.09;MQ0=27;QD=0.85;SB=-2.676e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,5:29:6:56,6,0 chrXVI 850343 . A T 13.24 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=20;Dels=0.00;FS=2.430;HaplotypeScore=13.1263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.29;MQ0=3;MQRankSum=-0.633;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-1.303e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:20:19:43,0,19 chrXVI 850463 . A C 2114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=88;Dels=0.00;FS=4.130;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=24.02;ReadPosRankSum=1.693;SB=-9.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:2147,225,0 chrXVI 850487 . T G 692.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=69;Dels=0.00;FS=51.145;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.603;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.364;SB=-1.386e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:722,0,429 chrXVI 850488 . G A 1542 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.01;MQ0=0;QD=22.35;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1575,165,0 chrXVI 850493 . G T 795.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.096;DP=73;Dels=0.00;FS=47.585;HaplotypeScore=5.7055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.007;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:825,0,544 chrXVI 856656 . T G 637 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.43;MQ0=9;MQRankSum=-1.040;QD=18.74;ReadPosRankSum=1.595;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:34:69:670,69,0 chrXVI 856761 . T C 972 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.95;MQ0=13;QD=17.36;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,49:56:99:1005,108,0 chrXVI 856890 . A C 70.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=36;Dels=0.00;FS=1.297;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.612;QD=1.94;ReadPosRankSum=-3.910;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:100,0,434 chrXVI 857345 . T A 1110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;DP=122;Dels=0.00;FS=2.313;HaplotypeScore=18.5453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.775;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,61:122:99:1140,0,989 chrXVI 857396 . A C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.168;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=2.073;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.719;SB=-3.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:819,0,916 chrXVI 857654 . C A 965.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.102;DP=93;Dels=0.00;FS=2.805;HaplotypeScore=8.9509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:92:99:995,0,669 chrXVI 857667 . G C 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=89;Dels=0.00;FS=1.770;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.278;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:89:99:894,0,718 chrXVI 857684 . T A 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=7.84;ReadPosRankSum=2.319;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:673,0,692 chrXVI 857864 . A T 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;DP=96;Dels=0.00;FS=4.141;HaplotypeScore=11.6536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:599,0,758 chrXVI 858557 . G C 221.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DP=49;Dels=0.00;FS=2.575;HaplotypeScore=5.0075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-1.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:251,0,496 chrXVI 858788 . T C 621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69:654,69,0 chrXVI 858824 . T C 146.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DP=34;Dels=0.00;FS=3.155;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:176,0,462 chrXVI 859747 . C T 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=76;Dels=0.00;FS=4.761;HaplotypeScore=7.8868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:76:99:433,0,1037 chrXVI 860197 . G A 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DP=63;Dels=0.00;FS=9.404;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-3.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:63:99:796,0,346 chrXVI 860239 . T A 1614 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=22.42;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1647,165,0 chrXVI 860540 . A G 486.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=54;Dels=0.00;FS=5.672;HaplotypeScore=5.6243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-2.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:54:99:516,0,468 chrXVI 861210 . C T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=108;Dels=0.00;FS=1.695;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:1029,0,1187 chrXVI 861771 . A G 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=43;Dels=0.00;FS=1.218;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.242;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:473,0,280 chrXVI 862368 . C G 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-3.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:146,0,239 chrXVI 862439 . T C 88.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=20;Dels=0.00;FS=4.593;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:118,0,271 chrXVI 863288 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;DP=55;Dels=0.00;FS=7.625;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.684;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:55:99:577,0,514 chrXVI 863294 . A G 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=58;Dels=0.00;FS=12.127;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:556,0,513 chrXVI 863372 . G A 2036 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.087;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:104:99:2069,213,0 chrXVI 863788 . A G 760.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DP=96;Dels=0.00;FS=5.128;HaplotypeScore=12.6717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:96:99:790,0,946 chrXVI 863829 . C T 703.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=79;Dels=0.00;FS=0.884;HaplotypeScore=7.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.275;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:733,0,835 chrXVI 863903 . A G 310.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:340,0,480 chrXVI 864016 . T C 338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DP=54;Dels=0.00;FS=7.568;HaplotypeScore=28.2101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-5.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:368,0,505 chrXVI 864243 . G A 407.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=39;Dels=0.00;FS=10.248;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.242;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:437,0,290 chrXVI 864258 . A G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DP=29;Dels=0.00;FS=21.093;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-1.069e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:400,0,111 chrXVI 864283 . C T 200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;DP=29;Dels=0.00;FS=15.713;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.724;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:230,0,181 chrXVI 864303 . G A 229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;DP=35;Dels=0.00;FS=5.290;HaplotypeScore=4.0969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:259,0,173 chrXVI 864330 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.984;DP=44;Dels=0.00;FS=2.635;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.903;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.598;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:296,0,328 chrXVI 864668 . A G 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;DP=45;Dels=0.00;FS=12.279;HaplotypeScore=6.6999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.354;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:45:99:257,0,374 chrXVI 864677 . C T 839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.2714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=18.64;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:90:872,90,0 chrXVI 864798 . T C 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=49;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:532,0,228 chrXVI 864815 . T C 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.100;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:507,0,290 chrXVI 864893 . G A 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=51;Dels=0.00;FS=2.369;HaplotypeScore=8.5548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:456,0,310 chrXVI 864958 . T C 141.64 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=16;Dels=0.00;FS=8.024;HaplotypeScore=3.3555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-3.651e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:5:171,0,5 chrXVI 865226 . C T 179.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;DP=32;Dels=0.00;FS=6.291;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.766;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.627;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:209,0,242 chrXVI 865268 . T C 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=34;Dels=0.00;FS=14.361;HaplotypeScore=2.9906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-8.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:296,0,252 chrXVI 865361 . C T 327.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:357,0,329 chrXVI 865382 . T A 340.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.573;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:370,0,482 chrXVI 865441 . T C 302.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;DP=57;Dels=0.02;FS=1.478;HaplotypeScore=2.5439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=5.30;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-6.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:332,0,701 chrXVI 865451 . C T 355.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=58;Dels=0.00;FS=5.582;HaplotypeScore=5.0330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:58:99:385,0,722 chrXVI 865498 . C T 518.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;DP=63;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.531;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:548,0,638 chrXVI 866267 . C G 797.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=77;Dels=0.00;FS=1.898;HaplotypeScore=8.6134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:77:99:827,0,635 chrXVI 866381 . T C 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;DP=74;Dels=0.00;FS=5.370;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.307;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:513,0,654 chrXVI 866682 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.424;DP=54;Dels=0.00;FS=5.717;HaplotypeScore=1.7845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.114;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:595,0,389 chrXVI 866895 . G A 648.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.998;DP=63;Dels=0.00;FS=3.713;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.844;SB=-3.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:63:99:678,0,507 chrXVI 867397 . G A 416.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.346;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:45:99:446,0,324 chrXVI 867451 . A T 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=63;Dels=0.00;FS=1.089;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.750;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:560,0,407 chrXVI 867780 . A G 635.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;DP=53;Dels=0.00;FS=1.132;HaplotypeScore=4.9223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=2.498;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.220;SB=-2.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:53:99:665,0,388 chrXVI 868093 . A G 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;DP=54;Dels=0.00;FS=9.734;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:383,0,552 chrXVI 868287 . A G 977.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=90;Dels=0.00;FS=6.469;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:1007,0,616 chrXVI 868344 . T C 389.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.642;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:419,0,600 chrXVI 868671 . T C 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;DP=55;Dels=0.00;FS=2.236;HaplotypeScore=2.4344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.329;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:572,0,673 chrXVI 868942 . T C 366.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.515;DP=60;Dels=0.00;FS=9.510;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.860;SB=-7.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:396,0,629 chrXVI 868999 . A G 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;DP=50;Dels=0.00;FS=6.477;HaplotypeScore=4.0376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-4.029;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.655;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:347,0,326 chrXVI 869017 . G A 183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=47;Dels=0.02;FS=10.069;HaplotypeScore=10.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.694;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:213,0,294 chrXVI 869020 . A G 156.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;DP=46;Dels=0.00;FS=1.488;HaplotypeScore=13.5281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.109;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.022;SB=-3.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:186,0,291 chrXVI 869053 . C T 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=27;Dels=0.00;FS=1.690;HaplotypeScore=4.0593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:163,0,179 chrXVI 869068 . A G 25.02 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=20;Dels=0.00;FS=4.285;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.039;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:55:55,0,204 chrXVI 869074 . A G 23.03 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DP=25;Dels=0.00;FS=3.831;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.858;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.416;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:53:53,0,203 chrXVI 869167 . G A 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DP=18;Dels=0.00;FS=4.868;HaplotypeScore=0.9933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:81:146,0,81 chrXVI 869176 . G A 110.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=25;Dels=0.00;FS=1.824;HaplotypeScore=3.5601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.356;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.355;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:25:99:140,0,121 chrXVI 869329 . T A 81.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DP=17;Dels=0.00;FS=14.622;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=4.77;ReadPosRankSum=2.196;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:111,0,224 chrXVI 869386 . A G 159.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=28;Dels=0.00;FS=1.576;HaplotypeScore=5.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-5.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:189,0,210 chrXVI 869496 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=42;Dels=0.00;FS=1.317;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:312,0,443 chrXVI 869698 . A G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.167;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:448,0,574 chrXVI 869818 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:459,0,439 chrXVI 870043 . G A 1155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.754;DP=121;Dels=0.00;FS=3.335;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,57:121:99:1185,0,1088 chrXVI 870338 . A G 1125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;DP=162;Dels=0.00;FS=10.940;HaplotypeScore=17.6856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,70:162:99:1155,0,1971 chrXVI 870491 . C T 439.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=63;Dels=0.00;FS=0.973;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-2.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:63:99:469,0,719 chrXVI 870525 . G C 546.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;DP=71;Dels=0.00;FS=0.918;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:71:99:576,0,841 chrXVI 870673 . C G 629.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=115;Dels=0.00;FS=2.855;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.275;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,51:115:99:659,0,1303 chrXVI 870828 . A G 306.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.374;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:336,0,493 chrXVI 871215 . A G 414.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.695;SB=-1.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:444,0,595 chrXVI 871222 . G T 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;DP=62;Dels=0.00;FS=2.348;HaplotypeScore=5.0748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.753;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.205;SB=-2.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:480,0,657 chrXVI 871361 . T C 3207 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=23.76;ReadPosRankSum=2.067;SB=-1.030e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,133:135:99:3240,345,0 chrXVI 871689 . A C 1267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.993;DP=131;Dels=0.00;FS=4.645;HaplotypeScore=5.7254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,69:131:99:1297,0,1107 chrXVI 871860 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=82;Dels=0.00;FS=2.936;HaplotypeScore=8.0350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-3.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:82:99:730,0,801 chrXVI 871965 . C A 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DP=68;Dels=0.00;FS=1.987;HaplotypeScore=6.4682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:804,0,504 chrXVI 872166 . A G 1002.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DP=101;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:1032,0,829 chrXVI 872172 . G A 953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=104;Dels=0.00;FS=0.748;HaplotypeScore=4.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:104:99:983,0,840 chrXVI 872245 . G A 970.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DP=104;Dels=0.00;FS=7.603;HaplotypeScore=16.4447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-4.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:104:99:1000,0,894 chrXVI 872338 . T A 1536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.94;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1569,159,0 chrXVI 872655 . T G 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DP=103;Dels=0.00;FS=2.573;HaplotypeScore=9.6622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.246;SB=-3.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,41:103:99:662,0,1069 chrXVI 872691 . A G 936.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;DP=128;Dels=0.00;FS=1.495;HaplotypeScore=8.0603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-3.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:128:99:966,0,1446 chrXVI 872757 . T A 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.411;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-2.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:842,0,812 chrXVI 872987 . G A 472.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.346;DP=69;Dels=0.00;FS=2.304;HaplotypeScore=6.5155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:69:99:502,0,798 chrXVI 872991 . T A 756.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=68;Dels=0.00;FS=3.818;HaplotypeScore=7.5505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=11.12;ReadPosRankSum=2.145;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:786,0,513 chrXVI 873070 . T C 864.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.217;DP=75;Dels=0.00;FS=2.013;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.968;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:894,0,553 chrXVI 873134 . T A 436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DP=52;Dels=0.00;FS=4.031;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-1.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:466,0,469 chrXVI 873246 . A G 1830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=23.16;SB=-9.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1863,192,0 chrXVI 873343 . A G 445.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DP=55;Dels=0.00;FS=2.258;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:475,0,534 chrXVI 873345 . C T 459.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=55;Dels=0.00;FS=2.374;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:489,0,510 chrXVI 873415 . A T 819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=16.38;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:90:852,90,0 chrXVI 873426 . T C 307.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;DP=48;Dels=0.00;FS=1.159;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:337,0,408 chrXVI 873450 . A C 323.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.865;DP=56;Dels=0.00;FS=3.721;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.955;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:353,0,449 chrXVI 873499 . C T 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;DP=67;Dels=0.00;FS=2.097;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.993;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:672,0,430 chrXVI 873630 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.416;SB=-2.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:411,0,620 chrXVI 873684 . T C 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.270;DP=68;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=4.1016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:601,0,682 chrXVI 874128 . T C 672.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DP=102;Dels=0.00;FS=0.851;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:102:99:702,0,1002 chrXVI 874146 . A C 642.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;DP=100;Dels=0.00;FS=0.873;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:672,0,1178 chrXVI 874530 . C A 838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.247;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.455;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.693;SB=-4.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:93:871,93,0 chrXVI 874564 . T C 225.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.728;SB=-2.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:255,0,373 chrXVI 874996 . A G 1916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.08;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1949,201,0 chrXVI 875078 . T G 1171.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=180;Dels=0.00;FS=2.319;HaplotypeScore=8.9091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.398;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,77:180:99:1201,0,1628 chrXVI 875380 . G A 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DP=87;Dels=0.00;FS=1.819;HaplotypeScore=5.1048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.248;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:87:99:874,0,942 chrXVI 876034 . G C 321.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;DP=67;Dels=0.00;FS=5.730;HaplotypeScore=2.5121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:351,0,590 chrXVI 876278 . T A 369.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=52;Dels=0.00;FS=5.962;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.861;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:399,0,676 chrXVI 876279 . T A 360.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=52;Dels=0.00;FS=5.962;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.861;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:390,0,675 chrXVI 876647 . T C 949.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.123;DP=106;Dels=0.00;FS=1.585;HaplotypeScore=4.9381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.222;SB=-5.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,51:106:99:979,0,875 chrXVI 876811 . T C 1863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.02;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=19.01;SB=-1.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1896,198,0 chrXVI 876853 . A G 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;DP=84;Dels=0.00;FS=6.846;HaplotypeScore=12.3030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:599,0,651 chrXVI 876931 . T C 299.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:329,0,459 chrXVI 877297 . A G 542.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;DP=62;Dels=0.00;FS=5.037;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:62:99:572,0,405 chrXVI 877459 . G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DP=95;Dels=0.00;FS=10.065;HaplotypeScore=11.8712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.881;SB=-4.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:95:99:532,0,836 chrXVI 877504 . G A 719.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=70;Dels=0.00;FS=2.039;HaplotypeScore=9.4706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.375;SB=-4.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:749,0,366 chrXVI 877603 . T A 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;DP=52;Dels=0.00;FS=2.610;HaplotypeScore=2.8897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.917;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:438,0,285 chrXVI 877710 . C T 766.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DP=93;Dels=0.00;FS=19.178;HaplotypeScore=8.9978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.111;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:796,0,724 chrXVI 877869 . A T 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DP=61;Dels=0.02;FS=5.979;HaplotypeScore=4.3223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:734,0,395 chrXVI 878117 . A G 1210.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DP=94;Dels=0.00;FS=1.749;HaplotypeScore=3.1982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.901;SB=-6.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,60:94:99:1240,0,521 chrXVI 878300 . T C 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DP=50;Dels=0.00;FS=2.453;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.616;SB=-2.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:304,0,479 chrXVI 878378 . G A 569.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=58;Dels=0.00;FS=2.482;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-2.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:599,0,452 chrXVI 878600 . T A 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.639;DP=69;Dels=0.03;FS=3.810;HaplotypeScore=25.6844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:513,0,471 chrXVI 878986 . T G 712.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;DP=72;Dels=0.00;FS=3.100;HaplotypeScore=5.8960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.615;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:742,0,654 chrXVI 879007 . G T 1605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.60;SB=-7.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1638,168,0 chrXVI 879520 . G A 291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=47;Dels=0.00;FS=2.774;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.102;SB=-1.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:321,0,443 chrXVI 879550 . C T 187.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-5.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:217,0,592 chrXVI 879742 . T C 824.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DP=91;Dels=0.00;FS=2.861;HaplotypeScore=10.5811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:91:99:854,0,676 chrXVI 879779 . A G 837.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;DP=84;Dels=0.00;FS=4.385;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.983;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:867,0,543 chrXVI 879958 . A T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=62;Dels=0.00;FS=1.152;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:510,0,691 chrXVI 880130 . C G 1589.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=172;Dels=0.00;FS=23.445;HaplotypeScore=11.8548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.842;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,87:172:99:1619,0,1648 chrXVI 880193 . A G 1046.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;DP=143;Dels=0.00;FS=3.078;HaplotypeScore=15.6095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.532;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,59:143:99:1076,0,1760 chrXVI 880238 . T G 601.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.579;DP=105;Dels=0.00;FS=5.073;HaplotypeScore=6.8508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.093;QD=5.72;ReadPosRankSum=-3.230;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,38:105:99:631,0,1558 chrXVI 880287 . G A 435.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DP=72;Dels=0.00;FS=2.458;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-5.524;QD=6.04;ReadPosRankSum=2.295;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:72:99:465,0,1024 chrXVI 880371 . T C 696.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DP=83;Dels=0.00;FS=63.515;HaplotypeScore=8.8533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.485;QD=8.39;ReadPosRankSum=2.456;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:83:99:726,0,643 chrXVI 880373 . A C 704.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=84;Dels=0.00;FS=58.191;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.581;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.667;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:734,0,578 chrXVI 880381 . A G 706.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DP=86;Dels=0.00;FS=72.107;HaplotypeScore=8.0729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.566;QD=8.21;ReadPosRankSum=2.149;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:736,0,727 chrXVI 880390 . G A 544.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;DP=77;Dels=0.00;FS=53.741;HaplotypeScore=7.1357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.201;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.534;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:77:99:574,0,632 chrXVI 880461 . C T 148.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;DP=88;Dels=0.00;FS=5.958;HaplotypeScore=6.5898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-7.208;QD=1.68;ReadPosRankSum=-6.764;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:88:99:178,0,1233 chrXVI 880688 . T C 102.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DP=91;Dels=0.00;FS=7.199;HaplotypeScore=1.6828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQ0=0;MQRankSum=-6.515;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:132,0,1304 chrXVI 880741 . G A 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DP=80;Dels=0.00;FS=33.267;HaplotypeScore=8.8188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.300;SB=-9.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:80:99:612,0,923 chrXVI 880820 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=82;Dels=0.00;FS=20.164;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-4.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:753,0,827 chrXVI 880865 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.511;DP=84;Dels=0.00;FS=3.010;HaplotypeScore=4.8101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.545;SB=-3.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:84:99:697,0,1071 chrXVI 880901 . T C 605.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.614;DP=120;Dels=0.00;FS=2.914;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.111;SB=-2.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,46:120:99:635,0,1719 chrXVI 880941 . A T 1295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=206;Dels=0.00;FS=0.554;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQ0=0;MQRankSum=-5.278;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.756;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,96:206:99:1325,0,2326 chrXVI 881145 . T C 1379.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;DP=147;Dels=0.00;FS=2.083;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,72:147:99:1409,0,1362 chrXVI 881189 . C T 1526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=172;Dels=0.01;FS=0.646;HaplotypeScore=13.3873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.835;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,79:171:99:1556,0,1500 chrXVI 881280 . A T 917.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.038;DP=194;Dels=0.00;FS=18.633;HaplotypeScore=8.7190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.320;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-7.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,104:194:99:947,0,1819 chrXVI 881287 . A G 988.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;DP=201;Dels=0.00;FS=16.528;HaplotypeScore=30.5397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.103;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.975;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,97:201:99:1018,0,1808 chrXVI 881367 . A C 1143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DP=148;Dels=0.00;FS=8.733;HaplotypeScore=7.2989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-3.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,62:148:99:1173,0,1557 chrXVI 881834 . C A 3378.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=22.08;SB=-1.496e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:3378,349,0 chrXVI 882057 . T A 1300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=128;Dels=0.00;FS=2.299;HaplotypeScore=10.8378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.012;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,67:128:99:1330,0,1214 chrXVI 882087 . A G 1182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;DP=115;Dels=0.00;FS=0.702;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.748;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,61:115:99:1212,0,1121 chrXVI 882103 . T A 919.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.954;SB=-5.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:108:99:949,0,1077 chrXVI 882225 . A G 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.797;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.588;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:100:99:868,0,884 chrXVI 882292 . A C 1338.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;DP=140;Dels=0.01;FS=0.627;HaplotypeScore=14.3921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-7.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,66:139:99:1368,0,1348 chrXVI 882337 . C A 1810.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.724;DP=185;Dels=0.00;FS=5.251;HaplotypeScore=4.7006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.357;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,91:185:99:1840,0,1846 chrXVI 882493 . A G 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.772;DP=92;Dels=0.00;FS=4.345;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.763;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.246;SB=-1.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:903,0,929 chrXVI 882509 . T A 718.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DP=91;Dels=0.00;FS=2.905;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.482;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.743;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:748,0,1047 chrXVI 882555 . T C 463.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;DP=106;Dels=0.00;FS=2.833;HaplotypeScore=5.6795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-6.483;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-2.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,39:106:99:493,0,1368 chrXVI 882567 . A G 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;DP=117;Dels=0.00;FS=10.955;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQ0=0;MQRankSum=-8.396;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.194;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,43:117:99:360,0,1514 chrXVI 882576 . C T 380.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.418;DP=116;Dels=0.00;FS=13.583;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=-8.948;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.352;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,45:116:99:410,0,1427 chrXVI 882583 . T C 410.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=118;Dels=0.00;FS=13.597;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.16;MQ0=0;MQRankSum=-8.757;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.253;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,47:118:99:440,0,1398 chrXVI 882586 . C A 476.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;DP=119;Dels=0.00;FS=11.069;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-9.166;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-7.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,49:119:99:506,0,1423 chrXVI 882590 . C T 489.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.572;DP=117;Dels=0.00;FS=11.753;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.06;MQ0=0;MQRankSum=-9.179;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,48:117:99:519,0,1335 chrXVI 882596 . A G 463.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.434;DP=114;Dels=0.00;FS=3.366;HaplotypeScore=3.9612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=-9.056;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,49:114:99:493,0,1292 chrXVI 882608 . T C 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.395;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=-8.672;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-2.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,52:120:99:508,0,1406 chrXVI 882609 . C G 517.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-8.635;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,54:125:99:547,0,1391 chrXVI 882632 . A C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;DP=143;Dels=0.00;FS=2.150;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.708;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.922;SB=-5.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,58:143:99:583,0,1532 chrXVI 882654 . C T 774.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DP=149;Dels=0.00;FS=4.113;HaplotypeScore=8.9711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.397;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-4.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,65:149:99:804,0,1608 chrXVI 882679 . T C 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.282;DP=151;Dels=0.00;FS=3.957;HaplotypeScore=12.0806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.536;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,70:151:99:973,0,1759 chrXVI 882721 . T C 1137.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.836;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.845;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-6.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:131:99:1167,0,1352 chrXVI 882746 . C T 1165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DP=127;Dels=0.00;FS=1.461;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:127:99:1195,0,1125 chrXVI 882768 . G T 945.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DP=123;Dels=0.00;FS=2.303;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.064;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-6.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,67:123:99:975,0,1163 chrXVI 882787 . G A 783.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.296;DP=104;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=9.4642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.268;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.584;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:813,0,987 chrXVI 882893 . C T 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=72;Dels=0.00;FS=9.105;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.191;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:510,0,611 chrXVI 882903 . T G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=77;Dels=0.00;FS=9.439;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.439;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.687;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:393,0,638 chrXVI 882906 . T C 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DP=81;Dels=0.00;FS=7.073;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=-4.186;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.119;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:372,0,802 chrXVI 882932 . T A 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.215;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:677,0,896 chrXVI 882949 . G A 704.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;DP=104;Dels=0.00;FS=1.964;HaplotypeScore=8.0381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.660;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:104:99:734,0,882 chrXVI 883117 . G A 1155.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DP=106;Dels=0.00;FS=4.971;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.317;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-5.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,64:106:99:1185,0,773 chrXVI 883313 . C T 563.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DP=55;Dels=0.00;FS=2.336;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:593,0,430 chrXVI 883526 . C G 253.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=41;Dels=0.00;FS=7.470;HaplotypeScore=4.4671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:283,0,305 chrXVI 883797 . G A 456.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:486,0,625 chrXVI 884015 . G C 76.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-3.496e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:106,0,122 chrXVI 884350 . G A 283.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.306;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:313,0,307 chrXVI 885178 . A G 1165.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DP=118;Dels=0.00;FS=1.593;HaplotypeScore=9.5449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=9.87;ReadPosRankSum=2.413;SB=-4.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,59:118:99:1195,0,1049 chrXVI 885320 . C T 846.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;DP=77;Dels=0.00;FS=4.371;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-3.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:876,0,694 chrXVI 885499 . G A 615.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DP=85;Dels=0.00;FS=5.563;HaplotypeScore=7.9834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:645,0,786 chrXVI 885704 . A G 440.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;DP=80;Dels=0.00;FS=1.854;HaplotypeScore=7.6788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.201;SB=-2.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:80:99:470,0,742 chrXVI 885718 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;DP=65;Dels=0.00;FS=1.037;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-1.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:419,0,557 chrXVI 885979 . T A 1996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=22.18;ReadPosRankSum=0.539;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2029,216,0 chrXVI 887244 . A G 151.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.027;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:181,0,296 chrXVI 888040 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;DP=49;Dels=0.00;FS=1.248;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.101;SB=-1.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:49:99:386,0,605 chrXVI 888534 . G A 638.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DP=49;Dels=0.00;FS=13.416;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=13.02;ReadPosRankSum=2.040;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:668,0,331 chrXVI 888868 . A T 426.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;DP=72;Dels=0.00;FS=5.128;HaplotypeScore=5.7300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-2.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:456,0,836 chrXVI 889084 . A C 630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DP=62;Dels=0.00;FS=15.941;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.528;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:660,0,496 chrXVI 889176 . C T 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DP=35;Dels=0.00;FS=2.966;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.368;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.639;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:135,0,398 chrXVI 889177 . A C 114.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;DP=35;Dels=0.00;FS=3.166;HaplotypeScore=2.5562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-9.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:144,0,375 chrXVI 889287 . T C 322.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HaplotypeScore=5.2992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.595;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.249;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:352,0,188 chrXVI 889681 . A G 498.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.8198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:68:99:528,0,727 chrXVI 889864 . A C 575.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;DP=70;Dels=0.00;FS=5.436;HaplotypeScore=3.2460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.871;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:70:99:605,0,718 chrXVI 889879 . T C 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=68;Dels=0.00;FS=5.534;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-1.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:560,0,672 chrXVI 889936 . G A 690.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-3.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:720,0,439 chrXVI 890080 . C T 1436.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DP=141;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=13.6274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,80:141:99:1466,0,1016 chrXVI 890262 . C G 337.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=65;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=5.9897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:65:99:367,0,534 chrXVI 890346 . T A 2032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.2925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=17.52;SB=-7.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:2065,213,0 chrXVI 890535 . A G 341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;DP=48;Dels=0.00;FS=6.121;HaplotypeScore=3.5234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.850;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.748;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:371,0,586 chrXVI 890666 . G T 571.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.839;DP=80;Dels=0.00;FS=3.341;HaplotypeScore=6.3094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.737;SB=-2.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:601,0,852 chrXVI 890686 . C T 509.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DP=87;Dels=0.00;FS=8.457;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:539,0,812 chrXVI 890693 . T G 796.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=91;Dels=0.00;FS=6.662;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.079;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.864;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:826,0,668 chrXVI 890698 . A G 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;DP=95;Dels=0.00;FS=9.007;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.713;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:770,0,721 chrXVI 890723 . G C 1058.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DP=123;Dels=0.00;FS=9.981;HaplotypeScore=17.4709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-5.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,69:123:99:1088,0,756 chrXVI 890904 . C T 359.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=60;Dels=0.00;FS=5.239;HaplotypeScore=7.2494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.510;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:389,0,420 chrXVI 891130 . A C 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DP=73;Dels=0.00;FS=5.334;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.727;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:555,0,751 chrXVI 891335 . A G 351.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.797;DP=72;Dels=0.00;FS=2.141;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.632;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:72:99:381,0,920 chrXVI 891344 . T C 250.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=3.57;ReadPosRankSum=2.419;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,21:70:99:280,0,905 chrXVI 891407 . T C 286.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DP=53;Dels=0.00;FS=2.552;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.821;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:316,0,659 chrXVI 891619 . A G 723.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.517;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.129;SB=-2.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:753,0,810 chrXVI 891652 . A T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DP=80;Dels=0.00;FS=2.063;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:850,0,777 chrXVI 891701 . G A 633.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.730;DP=68;Dels=0.00;FS=5.365;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:68:99:663,0,685 chrXVI 892106 . G A 1953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;DP=196;Dels=0.00;FS=0.557;HaplotypeScore=28.6287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-6.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,99:196:99:1983,0,1995 chrXVI 892169 . T C 1107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=8.20;ReadPosRankSum=2.036;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,60:135:99:1137,0,1449 chrXVI 892211 . A C 2155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=95;Dels=0.00;FS=3.245;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=22.68;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2188,234,0 chrXVI 892306 . A G 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;DP=70;Dels=0.00;FS=9.335;HaplotypeScore=7.1947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.680;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:553,0,646 chrXVI 892406 . C T 628.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;DP=74;Dels=0.00;FS=1.124;HaplotypeScore=8.3315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.938;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:74:99:658,0,684 chrXVI 892576 . T G 530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.018;DP=63;Dels=0.00;FS=7.026;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:560,0,450 chrXVI 892709 . T A 447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=56;Dels=0.00;FS=5.408;HaplotypeScore=4.1379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:477,0,606 chrXVI 892994 . C T 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DP=36;Dels=0.00;FS=1.591;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-6.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:36:99:238,0,338 chrXVI 893092 . G A 555.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=53;Dels=0.00;FS=2.535;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-3.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,35:53:99:585,0,323 chrXVI 893345 . C T 260.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.050;SB=-7.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:290,0,397 chrXVI 893394 . G A 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-1.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:595,0,414 chrXVI 893447 . C G 1293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=18.21;SB=-4.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:71:99:1326,141,0 chrXVI 893672 . T C 1126 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=22.08;SB=-7.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1159,123,0 chrXVI 893675 . T C 443.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.865;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:473,0,481 chrXVI 893806 . T G 606.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DP=83;Dels=0.00;FS=5.752;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.924;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.727;SB=-2.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:83:99:636,0,802 chrXVI 893821 . C T 554.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;DP=72;Dels=0.00;FS=4.616;HaplotypeScore=7.4732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.158;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:584,0,718 chrXVI 893822 . C T 567.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;DP=71;Dels=0.00;FS=3.284;HaplotypeScore=7.4732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.432;SB=-2.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:597,0,653 chrXVI 893913 . C T 227.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DP=33;Dels=0.00;FS=3.329;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.855;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:257,0,225 chrXVI 893914 . T C 203.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=33;Dels=0.00;FS=3.261;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.397;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:233,0,226 chrXVI 894005 . T C 305.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.009;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:57:99:335,0,667 chrXVI 894011 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=58;Dels=0.00;FS=1.087;HaplotypeScore=3.7651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:697,0,336 chrXVI 894042 . G T 360.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DP=51;Dels=0.00;FS=5.732;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:390,0,453 chrXVI 894144 . C A 428.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.383;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.4434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=2.616;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:458,0,484 chrXVI 894150 . C T 458.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DP=65;Dels=0.02;FS=2.114;HaplotypeScore=8.1052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.996;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.007;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:488,0,424 chrXVI 894151 . C T 447.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DP=66;Dels=0.02;FS=3.340;HaplotypeScore=8.1052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:477,0,425 chrXVI 894337 . T G 1363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=20.65;SB=-7.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1396,150,0 chrXVI 894511 . T C 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=79;Dels=0.00;FS=0.885;HaplotypeScore=6.4394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.025;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:842,0,738 chrXVI 894838 . T C 1063.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-4.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:115:99:1093,0,1121 chrXVI 894844 . T A 1062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=109;Dels=0.00;FS=0.732;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-4.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:109:99:1092,0,1054 chrXVI 895022 . C G 2086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.86;SB=-8.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:100:99:2119,231,0 chrXVI 895084 . C T 958.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;DP=125;Dels=0.00;FS=2.317;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.806;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-4.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:125:99:988,0,1199 chrXVI 895777 . T C 1037.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=127;Dels=0.00;FS=2.261;HaplotypeScore=8.6626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-5.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,66:127:99:1067,0,1047 chrXVI 895801 . T C 915.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.946;DP=131;Dels=0.00;FS=0.661;HaplotypeScore=6.5124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.002;SB=-5.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,64:131:99:945,0,1364 chrXVI 896683 . A G 2587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1.372e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:2620,270,0 chrXVI 896710 . G C 2452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=22.50;SB=-1.229e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:109:99:2485,261,0 chrXVI 896989 . A T 3079 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=24.24;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:3112,307,0 chrXVI 897219 . C A 762 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.28;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:81:795,81,0 chrXVI 897538 . T C 1102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.96;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1135,123,0 chrXVI 899997 . A G 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.371;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:210,0,238 chrXVI 900472 . C T 478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.044;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.8565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.560;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:508,0,269 chrXVI 901643 . C T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DP=112;Dels=0.00;FS=1.536;HaplotypeScore=5.6747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:112:99:922,0,1273 chrXVI 902163 . C G 118.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DP=22;Dels=0.00;FS=1.837;HaplotypeScore=4.8234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.267;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:148,0,231 chrXVI 903094 . G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:287,0,709 chrXVI 904893 . C T 622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=82;Dels=0.00;FS=1.814;HaplotypeScore=4.7208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:652,0,675 chrXVI 907652 . T C 1093.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.787;DP=134;Dels=0.00;FS=5.233;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.539;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:134:99:1123,0,1377 chrXVI 907667 . C T 1334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.485;DP=140;Dels=0.00;FS=4.049;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=2.037;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,68:140:99:1364,0,1214 chrXVI 907771 . C T 689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=21.53;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75:722,75,0 chrXVI 907772 . C T 659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.15;MQ0=0;QD=21.26;SB=-3.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:72:692,72,0 chrXVI 907815 . T C 511 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DP=33;Dels=0.00;FS=4.393;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.628;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:57:544,57,0 chrXVI 908134 . A C 352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.38;MQ0=0;QD=16.00;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42:385,42,0 chrXVI 908156 . G A 289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=12.04;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:33:322,33,0 chrXVI 908173 . A T 195.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.27;MQ0=0;QD=6.73;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:24:228,24,0 chrXVI 908210 . C T 85.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=26;Dels=0.00;FS=6.622;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.083;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:115,0,112 chrXVI 908318 . A G 1197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=55;Dels=0.00;FS=6.910;HaplotypeScore=4.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.668;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:99:1230,135,0 chrXVI 908498 . C T 1820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=25.28;SB=-5.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1853,189,0 chrXVI 908706 . C T 4254.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DP=173;Dels=0.00;FS=3.192;HaplotypeScore=8.4919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.367;QD=24.59;ReadPosRankSum=1.185;SB=-2.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,172:173:99:4254,410,0 chrXVI 908852 . T C 1894 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.02;SB=-1.004e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1927,204,0 chrXVI 910201 . C T 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.690;DP=102;Dels=0.00;FS=9.306;HaplotypeScore=8.0770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.613;SB=-5.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:1029,0,908 chrXVI 910375 . T C 2064 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.7791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.694;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:93:99:2097,222,0 chrXVI 911238 . A G 132.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;DP=38;Dels=0.00;FS=1.577;HaplotypeScore=1.7219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.352;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:38:99:162,0,600 chrXVI 911554 . C T 330.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DP=60;Dels=0.00;FS=1.032;HaplotypeScore=5.8746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.353;SB=-2.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:360,0,802 chrXVI 912387 . C T 549.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;DP=66;Dels=0.00;FS=5.369;HaplotypeScore=5.5095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:579,0,652 chrXVI 912427 . T G 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=53;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=6.85;ReadPosRankSum=2.127;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:393,0,557 chrXVI 912678 . A G 573.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=87;Dels=0.00;FS=5.721;HaplotypeScore=7.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,34:87:99:603,0,1136 chrXVI 912753 . T C 505.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;DP=72;Dels=0.00;FS=1.955;HaplotypeScore=11.0415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:535,0,750 chrXVI 913446 . A G 869.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.163;DP=100;Dels=0.00;FS=1.632;HaplotypeScore=18.7095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=8.69;ReadPosRankSum=-2.122;SB=-4.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:899,0,1003 chrXVI 913526 . A T 1421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;DP=121;Dels=0.00;FS=1.455;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.176;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,70:121:99:1451,0,871 chrXVI 913626 . C G 683.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;DP=85;Dels=0.00;FS=16.307;HaplotypeScore=6.7646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.032;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:85:99:713,0,764 chrXVI 913638 . T C 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=86;Dels=0.00;FS=18.223;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-2.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:86:99:697,0,866 chrXVI 913665 . T C 389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=81;Dels=0.00;FS=6.094;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-1.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:81:99:419,0,907 chrXVI 913687 . A C 399.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;DP=77;Dels=0.00;FS=0.859;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.970;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-3.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:429,0,770 chrXVI 913712 . C A 464.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DP=90;Dels=0.00;FS=3.948;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.072;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.279;SB=-4.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:494,0,827 chrXVI 913716 . G A 480.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.433;DP=94;Dels=0.00;FS=3.947;HaplotypeScore=4.8190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.840;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.526;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:94:99:510,0,824 chrXVI 913748 . C G 292.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.646;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.656;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:101:99:322,0,1126 chrXVI 913806 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.824;DP=108;Dels=0.00;FS=0.731;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=-4.759;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-4.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,52:108:99:344,0,1299 chrXVI 914142 . A G 1163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;DP=125;Dels=0.00;FS=0.742;HaplotypeScore=8.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.238;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.823;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,59:125:99:1193,0,1024 chrXVI 914217 . T C 1173.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=128;Dels=0.00;FS=5.504;HaplotypeScore=10.9262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.870;SB=-6.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,64:128:99:1203,0,1253 chrXVI 914319 . A G 720.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.226;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:750,0,595 chrXVI 914589 . A G 521.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.9887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.500;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:551,0,344 chrXVI 915113 . G A 429.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=58;Dels=0.00;FS=1.112;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:459,0,463 chrXVI 915200 . G C 2045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=24.06;SB=-7.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2078,222,0 chrXVI 915597 . C T 817.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=107;Dels=0.00;FS=0.713;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.450;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,50:107:99:847,0,1155 chrXVI 915879 . T C 433.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=73;Dels=0.00;FS=0.904;HaplotypeScore=12.6917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:73:99:463,0,814 chrXVI 915929 . C T 892.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=87;Dels=0.00;FS=5.547;HaplotypeScore=1.7465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.947;SB=-5.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:922,0,811 chrXVI 916021 . A G 812.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.145;DP=79;Dels=0.00;FS=4.846;HaplotypeScore=4.1314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.810;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.339;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:842,0,751 chrXVI 916038 . A G 592.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=76;Dels=0.00;FS=3.434;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.818;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:622,0,920 chrXVI 916067 . G A 1428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.0322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.31;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1461,150,0 chrXVI 916184 . A G 531.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-2.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:60:99:561,0,554 chrXVI 916791 . A G 711.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.609;DP=92;Dels=0.00;FS=7.122;HaplotypeScore=7.7774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:741,0,832 chrXVI 916830 . A T 2029 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=91;Dels=0.00;FS=3.033;HaplotypeScore=5.6769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=22.30;ReadPosRankSum=2.394;SB=-1.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:91:99:2062,210,0 chrXVI 916848 . G A 613.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.478;DP=78;Dels=0.00;FS=9.242;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:643,0,766 chrXVI 916924 . A G 921.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DP=85;Dels=0.00;FS=1.806;HaplotypeScore=5.7968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.301;SB=-4.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:951,0,760 chrXVI 916985 . A G 938.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.791;DP=118;Dels=0.00;FS=0.814;HaplotypeScore=6.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-2.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:118:99:968,0,1044 chrXVI 917110 . C T 654.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DP=70;Dels=0.00;FS=5.321;HaplotypeScore=7.1894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:70:99:684,0,561 chrXVI 917323 . G C 278.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;DP=67;Dels=0.00;FS=3.618;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-2.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:67:99:308,0,777 chrXVI 917338 . G A 344.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DP=64;Dels=0.00;FS=6.904;HaplotypeScore=1.7803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:374,0,741 chrXVI 917353 . A G 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=76;Dels=0.00;FS=4.486;HaplotypeScore=4.0916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.585;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.782;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:422,0,775 chrXVI 917368 . T C 476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=78;Dels=0.00;FS=2.982;HaplotypeScore=2.4558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.700;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:506,0,740 chrXVI 917515 . A G 1047.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=81;Dels=0.00;FS=0.880;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.647;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.498;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:1077,0,533 chrXVI 918199 . C A 677.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=9.81;ReadPosRankSum=2.697;SB=-3.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:707,0,567 chrXVI 918292 . G A 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=64;Dels=0.00;FS=0.988;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.202;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:685,0,635 chrXVI 918370 . T C 392.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=62;Dels=0.00;FS=5.332;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.323;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:422,0,657 chrXVI 918379 . T C 490.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.668;DP=64;Dels=0.00;FS=9.003;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:520,0,625 chrXVI 918448 . T C 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.982;DP=88;Dels=0.00;FS=0.879;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.141;SB=-2.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:88:99:566,0,1011 chrXVI 918505 . C T 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.239;DP=75;Dels=0.00;FS=0.900;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:874,0,637 chrXVI 918565 . A G 705.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;DP=70;Dels=0.00;FS=10.838;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=10.07;ReadPosRankSum=2.178;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:70:99:735,0,598 chrXVI 918772 . G A 742.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DP=86;Dels=0.00;FS=1.734;HaplotypeScore=4.2324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=8.63;ReadPosRankSum=-2.162;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:772,0,846 chrXVI 918807 . A G 667.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=78;Dels=0.00;FS=7.448;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.610;SB=-3.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:697,0,622 chrXVI 918999 . T C 105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;DP=27;Dels=0.00;FS=1.583;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.073;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:135,0,218 chrXVI 919046 . A G 342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=47;Dels=0.00;FS=6.289;HaplotypeScore=5.5642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-7.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:372,0,200 chrXVI 919300 . A G 236.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DP=23;Dels=0.00;FS=1.768;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.269;SB=-1.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:23:99:266,0,176 chrXVI 919303 . A T 235.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DP=24;Dels=0.00;FS=3.949;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.371;SB=-8.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:265,0,174 chrXVI 919665 . G A 208.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:238,0,207 chrXVI 919671 . C T 167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=23;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=3.9869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.016;SB=-1.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:197,0,198 chrXVI 919704 . G A 116.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.887;SB=-4.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:146,0,200 chrXVI 919798 . A C 160.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;DP=35;Dels=0.00;FS=1.419;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-6.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:190,0,397 chrXVI 919848 . A G 197.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.312;DP=31;Dels=0.00;FS=1.451;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:227,0,257 chrXVI 919896 . C T 376.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DP=37;Dels=0.00;FS=1.392;HaplotypeScore=5.7851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-2.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:406,0,154 chrXVI 920048 . T C 107.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;DP=25;Dels=0.00;FS=1.580;HaplotypeScore=4.0347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:137,0,165 chrXVI 920052 . T C 106.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;DP=26;Dels=0.00;FS=1.598;HaplotypeScore=3.3989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:136,0,169 chrXVI 920178 . G C 553.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.564;SB=-1.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:583,0,350 chrXVI 920191 . A C 450.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.702;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-1.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:480,0,353 chrXVI 920242 . T G 533.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DP=44;Dels=0.00;FS=4.615;HaplotypeScore=0.9332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:563,0,306 chrXVI 920504 . C A 294.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.128;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.9338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.070;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:324,0,483 chrXVI 920519 . A C 1143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=17.06;SB=-2.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1176,126,0 chrXVI 920598 . C T 838.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.8552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.811;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.257;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,59:114:99:868,0,1052 chrXVI 920758 . C T 751.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.105;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-2.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:781,0,971 chrXVI 920779 . T C 493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.093;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.136;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:523,0,624 chrXVI 920827 . G A 232.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.515;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.603;SB=-1.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:262,0,526 chrXVI 920829 . C T 206.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DP=51;Dels=0.00;FS=2.534;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.689;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.330;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:236,0,579 chrXVI 920832 . G C 895 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.94;MQ0=0;QD=17.21;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:928,99,0 chrXVI 920869 . A T 267.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=58;Dels=0.00;FS=5.341;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.945;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.333;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:297,0,553 chrXVI 920877 . G A 983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;QD=17.25;SB=-6.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1016,108,0 chrXVI 920890 . C T 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DP=53;Dels=0.00;FS=1.079;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.154;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:193,0,462 chrXVI 920957 . A G 217.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;DP=36;Dels=0.00;FS=1.370;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.080;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:247,0,359 chrXVI 920958 . C T 223.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.426;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.281;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:36:99:253,0,345 chrXVI 920964 . T C 223.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=36;Dels=0.00;FS=1.370;HaplotypeScore=4.1336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.799;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.080;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:253,0,279 chrXVI 920999 . C T 112.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DP=37;Dels=0.00;FS=13.032;HaplotypeScore=13.6323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.387;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:142,0,366 chrXVI 921020 . G T 60.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DP=59;Dels=0.00;FS=7.580;HaplotypeScore=4.1929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.510;QD=1.02;ReadPosRankSum=-3.072;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:90:90,0,420 chrXVI 921116 . A G 758.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;DP=100;Dels=0.00;FS=0.759;HaplotypeScore=2.5997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.181;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.486;SB=-4.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:100:99:788,0,920 chrXVI 921117 . A C 740.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;DP=98;Dels=0.00;FS=1.674;HaplotypeScore=3.3884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.727;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.133;SB=-4.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:770,0,911 chrXVI 921271 . A C 584.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DP=47;Dels=0.00;FS=3.074;HaplotypeScore=1.7781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.390;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.280;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:614,0,257 chrXVI 921352 . A C 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;DP=32;Dels=0.00;FS=7.806;HaplotypeScore=3.0888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.530;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.755;SB=-7.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:242,0,218 chrXVI 921475 . C T 899.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.220;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.9055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-6.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,59:122:99:929,0,1036 chrXVI 921485 . T C 946.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.332;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-6.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,67:131:99:976,0,1092 chrXVI 921548 . C T 637.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DP=83;Dels=0.00;FS=0.836;HaplotypeScore=73.5755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.606;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.105;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:667,0,707 chrXVI 921595 . C A 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DP=55;Dels=0.00;FS=4.611;HaplotypeScore=4.8810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-2.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:55:99:570,0,323 chrXVI 921639 . T C 297.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;DP=32;Dels=0.00;FS=6.237;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:327,0,225 chrXVI 921661 . T C 215.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=23;Dels=0.00;FS=1.648;HaplotypeScore=2.2566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:245,0,198 chrXVI 921692 . C T 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:242,0,401 chrXVI 921728 . C T 238.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DP=48;Dels=0.00;FS=4.422;HaplotypeScore=3.3196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.927;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.117;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:268,0,330 chrXVI 921737 . G A 821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.6208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=16.10;SB=-5.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:87:854,87,0 chrXVI 921739 . T G 163.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;DP=53;Dels=0.00;FS=2.547;HaplotypeScore=3.3829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.216;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.046;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:193,0,435 chrXVI 921777 . T C 655.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.858;DP=109;Dels=0.00;FS=6.593;HaplotypeScore=45.8091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.555;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,55:109:99:685,0,157 chrXVI 921937 . C T 188.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.314;SB=-1.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:218,0,339 chrXVI 921984 . G A 100.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DP=35;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:130,0,357 chrXVI 921985 . G A 99.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.499;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:129,0,350 chrXVI 921998 . G A 566 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=16.17;SB=-4.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63:599,63,0 chrXVI 922017 . T C 74.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.550;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.217;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:104,0,371 chrXVI 922220 . A G 182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=45;Dels=0.00;FS=2.626;HaplotypeScore=2.5721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.831;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:212,0,472 chrXVI 922297 . T C 548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=18.90;SB=-2.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:60:581,60,0 chrXVI 922441 . G A 856.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;DP=87;Dels=0.00;FS=3.662;HaplotypeScore=7.9287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=2.051;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,53:87:99:886,0,645 chrXVI 922477 . T C 2103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=24.74;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2136,225,0 chrXVI 922541 . G C 334.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.3052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.549;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:69:99:364,0,780 chrXVI 922561 . C T 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DP=69;Dels=0.00;FS=3.587;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.220;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,24:69:99:312,0,692 chrXVI 922622 . A C 1982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=24.17;SB=-5.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2015,210,0 chrXVI 922830 . C T 1409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.521;DP=188;Dels=0.00;FS=1.138;HaplotypeScore=7.9227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,85:188:99:1439,0,1982 chrXVI 922942 . G A 582.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.547;DP=114;Dels=0.00;FS=17.057;HaplotypeScore=6.7282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=5.11;ReadPosRankSum=2.648;SB=-4.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,41:114:99:612,0,1565 chrXVI 922958 . T A 523.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;DP=79;Dels=0.00;FS=10.620;HaplotypeScore=4.0738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.698;SB=-3.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:553,0,993 chrXVI 923356 . G A 41.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=54;Dels=0.00;FS=1.320;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=2.445;QD=0.76;ReadPosRankSum=1.919;SB=-1.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:54:71:71,0,842 chrXVI 923402 . C A 145.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;DP=49;Dels=0.00;FS=3.061;HaplotypeScore=3.8340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.709;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.988;SB=-3.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:49:99:175,0,781 chrXVI 923621 . A G 1953.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=150;Dels=0.00;FS=1.560;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=13.02;ReadPosRankSum=2.292;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,107:150:99:1983,0,465 chrXVI 923648 . G A 1308.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.190;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.7217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.173;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.277;SB=-3.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,87:115:99:1338,0,370 chrXVI 923654 . T C 1204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=111;Dels=0.01;FS=1.090;HaplotypeScore=11.6423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.97;MQ0=0;MQRankSum=-3.395;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.234;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,85:110:99:1234,0,407 chrXVI 923671 . A C 924.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DP=109;Dels=0.00;FS=0.967;HaplotypeScore=3.2819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.55;MQ0=0;MQRankSum=-4.187;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-5.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,79:109:99:954,0,511 chrXVI 923684 . G C 789.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=105;Dels=0.00;FS=3.504;HaplotypeScore=3.3594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.089;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,75:105:99:819,0,590 chrXVI 923699 . A G 687.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DP=96;Dels=0.00;FS=7.211;HaplotypeScore=8.7873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.085;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.712;SB=-4.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,65:96:99:717,0,582 chrXVI 923733 . T A 697.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DP=78;Dels=0.00;FS=18.925;HaplotypeScore=3.9847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-5.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,50:78:99:727,0,541 chrXVI 923750 . A G 903.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=81;Dels=0.00;FS=15.612;HaplotypeScore=3.5742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.995;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-5.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,52:81:99:933,0,499 chrXVI 923772 . T A 882.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=80;Dels=0.00;FS=7.984;HaplotypeScore=4.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.030;SB=-4.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,51:80:99:912,0,442 chrXVI 923850 . C G 2847 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.1106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=21.90;SB=-1.637e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:130:99:2880,300,0 chrXVI 923860 . A C 1786.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DP=137;Dels=0.00;FS=1.558;HaplotypeScore=8.9993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.455;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,99:137:99:1816,0,538 chrXVI 923907 . C T 2447.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.361;SB=-1.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,140:192:99:2477,0,659 chrXVI 923983 . C G 370.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DP=119;Dels=0.00;FS=9.779;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.510;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,35:119:99:400,0,1791 chrXVI 924011 . C T 128.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;DP=96;Dels=0.00;FS=0.794;HaplotypeScore=81.7975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.241;SB=-6.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,61:96:99:158,0,590 chrXVI 924024 . A G 1007.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.8391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,57:88:99:1037,0,314 chrXVI 924063 . A G 1078.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;DP=98;Dels=0.00;FS=0.774;HaplotypeScore=5.4548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.820;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,59:98:99:1108,0,558 chrXVI 924094 . G A 3350.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.5189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=22.48;SB=-1.325e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:149:99:3350,343,0 chrXVI 924165 . T C 736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.284;DP=195;Dels=0.00;FS=2.063;HaplotypeScore=10.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-2.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,57:195:99:766,0,2888 chrXVI 924180 . C T 4375.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=23.15;SB=-1.627e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,186:189:99:4375,445,0 chrXVI 924280 . A G 1908.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;DP=135;Dels=0.00;FS=0.743;HaplotypeScore=9.0552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.712;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,100:135:99:1938,0,511 chrXVI 924404 . G T 1696.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.415;DP=146;Dels=0.00;FS=2.472;HaplotypeScore=8.0183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.358;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,98:146:99:1726,0,733 chrXVI 924428 . G A 691.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.516;DP=170;Dels=0.00;FS=1.831;HaplotypeScore=21.9624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,53:170:99:721,0,1924 chrXVI 924658 . G A 550.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.597;QD=5.91;ReadPosRankSum=-2.390;SB=-1.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,37:93:99:580,0,1252 chrXVI 924915 . A G 608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DP=117;Dels=0.00;FS=8.682;HaplotypeScore=7.2946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.623;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-1.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,41:117:99:638,0,1517 chrXVI 924973 . T C 610.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=97;Dels=0.00;FS=21.874;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.837;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-1.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,35:97:99:640,0,1224 chrXVI 925093 . T C 421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.357;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,28:88:99:451,0,934 chrXVI 925138 . A G 212.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;DP=77;Dels=0.00;FS=1.055;HaplotypeScore=10.5100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.279;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,18:77:99:242,0,897 chrXVI 925172 . C G 266.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.868;DP=83;Dels=0.00;FS=1.092;HaplotypeScore=10.2529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.755;SB=-6.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,18:83:99:296,0,1217 chrXVI 925240 . T A 395.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=106;Dels=0.00;FS=1.923;HaplotypeScore=8.6208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.359;SB=-1.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,28:106:99:425,0,1652 chrXVI 925300 . A G 343.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.036;DP=98;Dels=0.00;FS=3.577;HaplotypeScore=4.6227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.271;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,28:98:99:373,0,1528 chrXVI 925491 . A T 891.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=139;Dels=0.00;FS=1.529;HaplotypeScore=9.6544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.682;SB=-3.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,48:139:99:921,0,1952 chrXVI 925559 . T C 434.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.681;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-2.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,46:179:99:464,0,3037 chrXVI 925572 . C T 4087.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=21.51;SB=-2.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,190:190:99:4087,415,0 chrXVI 925584 . T C 381.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=193;Dels=0.00;FS=0.606;HaplotypeScore=11.0345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-3.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,51:193:99:411,0,2863 chrXVI 925593 . G C 4248.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.8778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=22.24;SB=-2.257e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,189:191:99:4248,453,0 chrXVI 925734 . C T 2389.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;DP=167;Dels=0.00;FS=7.323;HaplotypeScore=6.6919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.425;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.312;SB=-1.259e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,112:167:99:2419,0,873 chrXVI 925746 . T A 714.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DP=166;Dels=0.00;FS=11.733;HaplotypeScore=7.9758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=3.896;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-3.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,54:166:99:744,0,1968 chrXVI 925748 . A T 1880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DP=159;Dels=0.00;FS=6.242;HaplotypeScore=8.1030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=2.118;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.225;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,105:159:99:1910,0,757 chrXVI 925939 . T C 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DP=215;Dels=0.00;FS=5.385;HaplotypeScore=32.2793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,61:215:99:881,0,2978 chrXVI 926181 . C T 1956.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.787;DP=156;Dels=0.00;FS=5.329;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=12.54;ReadPosRankSum=2.111;SB=-9.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,101:156:99:1986,0,905 chrXVI 926272 . G T 933.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.086;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,63:100:99:963,0,685 chrXVI 926283 . T C 806.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.658;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.924;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.063;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,56:98:99:836,0,750 chrXVI 926351 . T C 804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DP=74;Dels=0.00;FS=1.942;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.710;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:834,0,469 chrXVI 926352 . T C 814.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DP=76;Dels=0.00;FS=0.881;HaplotypeScore=4.0369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.534;SB=-5.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:844,0,535 chrXVI 926512 . A G 1234.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=95;Dels=0.00;FS=7.274;HaplotypeScore=14.0868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.444;SB=-6.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,61:95:99:1264,0,501 chrXVI 926562 . C T 1620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=21.8095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.298;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,79:136:99:1650,0,1014 chrXVI 926649 . T C 609.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=142;Dels=0.00;FS=5.124;HaplotypeScore=18.9368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.262;SB=-9.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,36:142:99:639,0,1940 chrXVI 926851 . A G 1849.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;DP=129;Dels=0.00;FS=11.535;HaplotypeScore=10.3355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=14.33;ReadPosRankSum=-2.320;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,92:129:99:1879,0,586 chrXVI 927065 . G A 1736.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.182;DP=150;Dels=0.00;FS=16.797;HaplotypeScore=17.6675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.501;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.425;SB=-4.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,103:150:99:1766,0,517 chrXVI 927096 . G A 1105.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.051;DP=147;Dels=0.00;FS=27.351;HaplotypeScore=6.2000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.473;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,94:147:99:1135,0,940 chrXVI 927116 . A G 964.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.269;DP=162;Dels=0.00;FS=10.504;HaplotypeScore=7.4339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.98;MQ0=0;MQRankSum=-5.461;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-1.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,105:162:99:994,0,1083 chrXVI 927120 . C G 912.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;DP=160;Dels=0.00;FS=13.752;HaplotypeScore=5.7786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.13;MQ0=0;MQRankSum=-6.155;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.672;SB=-1.053e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,104:160:99:942,0,1032 chrXVI 927142 . T A 1478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=192;Dels=0.00;FS=11.977;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQ0=0;MQRankSum=-3.265;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-1.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,124:192:99:1508,0,1382 chrXVI 927175 . A G 1999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.910;DP=192;Dels=0.00;FS=5.912;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.475;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,133:192:99:2029,0,1041 chrXVI 927353 . T G 304.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;DP=66;Dels=0.00;FS=9.095;HaplotypeScore=1.5661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.88;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.888;SB=-1.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:334,0,292 chrXVI 927376 . T C 279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.03;MQ0=0;QD=10.73;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:33:312,33,0 chrXVI 927399 . G A 550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.28;MQ0=0;QD=15.71;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60:583,60,0 chrXVI 927546 . C A 911.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.390;DP=124;Dels=0.00;FS=0.718;HaplotypeScore=0.9894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=6.443;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-4.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,57:124:99:941,0,446 chrXVI 927612 . G A 722.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.079;DP=178;Dels=0.00;FS=1.827;HaplotypeScore=11.9188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=2.480;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,61:178:99:752,0,1972 chrXVI 927681 . A T 195.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=124;Dels=0.00;FS=18.146;HaplotypeScore=16.8849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.887;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-1.007e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,27:124:99:225,0,1603 chrXVI 927708 . A C 93.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;DP=122;Dels=0.00;FS=26.947;HaplotypeScore=3.9322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.754;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.400;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,21:122:99:123,0,1489 chrXVI 927714 . G C 119.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=126;Dels=0.00;FS=19.135;HaplotypeScore=6.3513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.102;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.062;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,22:126:99:149,0,1599 chrXVI 927723 . T C 45.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=124;Dels=0.00;FS=16.320;HaplotypeScore=12.8541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.812;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.520;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,18:124:75:75,0,1527 chrXVI 927827 . T G 431.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.061;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=2.198;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.877;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,33:116:99:461,0,811 chrXVI 927881 . T C 339.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;DP=92;Dels=0.00;FS=1.888;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=1.959;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,27:92:99:369,0,1097 chrXVI 927903 . C T 138.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;DP=111;Dels=0.00;FS=6.611;HaplotypeScore=10.6991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.787;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,36:111:99:168,0,1352 chrXVI 927907 . A C 1987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=14.6425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=17.74;SB=-1.073e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:112:99:2020,216,0 chrXVI 927952 . A G 620.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.042;DP=100;Dels=0.00;FS=4.413;HaplotypeScore=6.3529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,33:100:99:650,0,1245 chrXVI 927980 . A G 2255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=8.0575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=22.11;SB=-6.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2288,240,0 chrXVI 928020 . G T 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=96;Dels=0.00;FS=2.959;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-2.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,34:96:99:661,0,1149 chrXVI 928098 . A T 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=3.05;ReadPosRankSum=2.033;SB=-8.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:59:99:210,0,729 chrXVI 928107 . C T 258.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.668;SB=-4.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:288,0,685 chrXVI 928226 . T C 356.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=13.5580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.842;SB=-2.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,32:96:99:386,0,989 chrXVI 928457 . C T 507.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.883;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.4239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.480;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,32:117:99:537,0,1890 chrXVI 928512 . T G 599.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DP=120;Dels=0.00;FS=2.762;HaplotypeScore=17.5444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.494;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.249;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,34:120:99:629,0,1794 chrXVI 928569 . T A 634.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;DP=123;Dels=0.00;FS=2.458;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.509;SB=-2.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,43:123:99:664,0,1836 chrXVI 928648 . G A 1274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;DP=241;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.5250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.583;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-5.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,81:241:99:1304,0,3269 chrXVI 928675 . T C 1111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=229;Dels=0.00;FS=0.519;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.388;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-6.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,74:229:99:1141,0,3149 chrXVI 928687 . A G 999.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.387;DP=226;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.770;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-6.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,72:226:99:1029,0,2992 chrXVI 928823 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.444;DP=169;Dels=0.00;FS=3.982;HaplotypeScore=4.2443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.161;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.477;SB=-4.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,50:169:99:661,0,2318 chrXVI 928847 . C T 269.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;DP=176;Dels=0.02;FS=6.236;HaplotypeScore=41.7056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-6.252;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.928;SB=-3.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,52:172:99:299,0,2230 chrXVI 928877 . T C 353.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;DP=168;Dels=0.01;FS=1.332;HaplotypeScore=20.3226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-6.725;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,54:167:99:383,0,2509 chrXVI 928880 . A G 380.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DP=172;Dels=0.02;FS=1.314;HaplotypeScore=16.7632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-6.676;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,55:169:99:410,0,2386 chrXVI 928951 . C T 1088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=189;Dels=0.00;FS=4.642;HaplotypeScore=6.7629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.244;SB=-4.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,63:189:99:1118,0,2697 chrXVI 928973 . C T 632.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.410;DP=199;Dels=0.00;FS=11.634;HaplotypeScore=16.4732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.316;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,64:199:99:662,0,2879 chrXVI 928974 . T C 624.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.225;DP=199;Dels=0.00;FS=10.304;HaplotypeScore=17.2619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.961;SB=-4.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,64:199:99:654,0,2994 chrXVI 929318 . G A 557.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=92;Dels=0.00;FS=9.068;HaplotypeScore=4.3077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.029;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,34:92:99:587,0,1260 chrXVI 929330 . C G 418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;DP=91;Dels=0.00;FS=18.461;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.427;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.971;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,30:91:99:448,0,1344 chrXVI 929334 . A T 457.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;DP=96;Dels=0.00;FS=22.466;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.317;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.532;SB=-1.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,34:96:99:487,0,1426 chrXVI 929341 . A G 522.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;DP=88;Dels=0.00;FS=18.823;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.486;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-7.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:88:99:552,0,1192 chrXVI 929418 . A T 643.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;DP=133;Dels=0.00;FS=1.425;HaplotypeScore=11.4268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-3.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,48:133:99:673,0,1764 chrXVI 929428 . A G 731.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=134;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-4.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,45:134:99:761,0,1962 chrXVI 929492 . A G 826.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.235;DP=162;Dels=0.00;FS=2.104;HaplotypeScore=4.9328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.980;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,54:162:99:856,0,2203 chrXVI 929522 . C T 3623.01 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=22.50;SB=-2.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:161:99:3623,367,0 chrXVI 929529 . C A 450.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;DP=171;Dels=0.00;FS=2.965;HaplotypeScore=57.9330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.603;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-3.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,51:171:99:480,0,2238 chrXVI 929531 . C T 972.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.919;DP=172;Dels=0.00;FS=3.620;HaplotypeScore=55.0653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=3.495;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.330;SB=-5.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,67:172:99:1002,0,1822 chrXVI 929551 . T C 268.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.5376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-9.010;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.392;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,47:166:99:298,0,2522 chrXVI 929556 . C T 213.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.258;DP=167;Dels=0.00;FS=0.642;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-9.072;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.489;SB=-3.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,46:167:99:243,0,2427 chrXVI 929574 . C T 252.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.505;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-8.384;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,49:165:99:282,0,2218 chrXVI 929580 . C T 289.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.198;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-8.405;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,48:161:99:319,0,2175 chrXVI 929586 . T C 184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.352;DP=165;Dels=0.00;FS=0.633;HaplotypeScore=7.3496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQ0=0;MQRankSum=-8.398;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,49:165:99:214,0,2274 chrXVI 929606 . A T 223.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DP=162;Dels=0.00;FS=9.009;HaplotypeScore=13.4531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.580;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.066;SB=-3.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,52:162:99:253,0,1931 chrXVI 929675 . A G 174.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DP=99;Dels=0.00;FS=8.477;HaplotypeScore=44.7569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQ0=0;MQRankSum=2.409;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-5.901e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,21:99:99:204,0,1182 chrXVI 929678 . C T 345.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.175;DP=93;Dels=0.00;FS=14.909;HaplotypeScore=43.9682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-4.108;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.414;SB=-1.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:93:99:375,0,937 chrXVI 929679 . C G,T 589.01 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=91;Dels=0.00;FS=11.136;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.821;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.669;SB=-3.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,34,38:91:99:649,119,429,196,0,519 chrXVI 929692 . C A 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=87;Dels=0.00;FS=9.898;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-4.658;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.984;SB=-1.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:87:99:147,0,969 chrXVI 929716 . T C 129.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DP=81;Dels=0.00;FS=9.989;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-7.026;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.187;SB=-1.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,26:81:99:159,0,1045 chrXVI 929721 . A T 77.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=84;Dels=0.00;FS=7.894;HaplotypeScore=55.3462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-6.973;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-1.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:84:99:107,0,1215 chrXVI 929769 . C T 164.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DP=152;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=12.1123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.674;QD=1.08;ReadPosRankSum=-3.224;SB=-2.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,42:152:99:194,0,2177 chrXVI 929870 . C T 1487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.436;DP=294;Dels=0.00;FS=0.532;HaplotypeScore=23.0270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.977;SB=-4.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,96:294:99:1517,0,4125 chrXVI 929896 . T G 1583.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.509;DP=274;Dels=0.00;FS=2.063;HaplotypeScore=33.2712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=-4.386;QD=5.78;ReadPosRankSum=-1.613;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,100:274:99:1613,0,3805 chrXVI 929903 . C T 1530.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.926;DP=245;Dels=0.01;FS=1.481;HaplotypeScore=13.1675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.932;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-2.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,88:243:99:1560,0,3386 chrXVI 929921 . G A 1568.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.581;DP=223;Dels=0.01;FS=4.943;HaplotypeScore=11.2887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQ0=0;MQRankSum=-3.225;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-4.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,85:221:99:1598,0,2782 chrXVI 930017 . A T 1198.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;DP=156;Dels=0.00;FS=3.868;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=7.68;ReadPosRankSum=2.472;SB=-6.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,62:156:99:1228,0,1880 chrXVI 930048 . T C 803.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;DP=154;Dels=0.00;FS=1.373;HaplotypeScore=9.7438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-3.868;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.683;SB=-4.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,54:154:99:833,0,1882 chrXVI 930071 . C T 875.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.030;DP=191;Dels=0.00;FS=2.261;HaplotypeScore=15.2390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=-7.632;QD=4.58;ReadPosRankSum=-2.013;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,66:191:99:905,0,2227 chrXVI 930128 . G A 2421.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=268;Dels=0.00;FS=2.178;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQ0=0;MQRankSum=-8.672;QD=9.03;ReadPosRankSum=-4.159;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,172:268:99:2451,0,1343 chrXVI 930148 . A C 2777.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DP=305;Dels=0.00;FS=1.081;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQ0=0;MQRankSum=-9.298;QD=9.10;ReadPosRankSum=-2.412;SB=-1.226e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,209:305:99:2807,0,1235 chrXVI 930170 . A T 2863.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.848;DP=346;Dels=0.00;FS=1.395;HaplotypeScore=15.6642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.95;MQ0=0;MQRankSum=-8.010;QD=8.27;ReadPosRankSum=3.338;SB=-2.645e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,239:346:99:2893,0,1715 chrXVI 930204 . G A 1218.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DP=362;Dels=0.00;FS=0.805;HaplotypeScore=94.6409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.99;MQ0=0;MQRankSum=-8.834;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-1.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,146:362:99:1248,0,4279 chrXVI 930212 . G A 3896.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DP=344;Dels=0.00;FS=6.946;HaplotypeScore=86.7048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQ0=0;MQRankSum=-7.832;QD=11.33;ReadPosRankSum=-3.347;SB=-3.164e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,263:344:99:3896,0,1506 chrXVI 930235 . A T 3013.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;DP=301;Dels=0.00;FS=9.890;HaplotypeScore=9.6053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.32;MQ0=0;MQRankSum=-8.298;QD=10.01;ReadPosRankSum=2.120;SB=-2.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,211:301:99:3043,0,1753 chrXVI 930236 . G T 3027.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.771;DP=300;Dels=0.00;FS=9.936;HaplotypeScore=9.6053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=-8.426;QD=10.09;ReadPosRankSum=2.142;SB=-2.563e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,210:300:99:3057,0,1740 chrXVI 930248 . C G 2257.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DP=255;Dels=0.00;FS=18.133;HaplotypeScore=24.0121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQ0=0;MQRankSum=-6.183;QD=8.85;ReadPosRankSum=2.830;SB=-1.750e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,169:255:99:2287,0,1499 chrXVI 930299 . A T 1341.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DP=122;Dels=0.00;FS=29.134;HaplotypeScore=7.0434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.084;SB=-7.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,70:122:99:1371,0,1010 chrXVI 930341 . A G 1442.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;DP=117;Dels=0.00;FS=10.570;HaplotypeScore=6.5102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.548;SB=-6.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,71:117:99:1472,0,861 chrXVI 930431 . T C 1182.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQ0=0;MQRankSum=-5.078;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.398;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,77:114:99:1212,0,602 chrXVI 930436 . T C 1181.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.193;DP=126;Dels=0.00;FS=2.034;HaplotypeScore=3.8887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQ0=0;MQRankSum=-5.604;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.489;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,84:126:99:1211,0,630 chrXVI 930511 . T C 626.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.517;DP=131;Dels=0.00;FS=1.967;HaplotypeScore=8.2418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.315;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,43:131:99:656,0,1760 chrXVI 930549 . A T 1079.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DP=109;Dels=0.00;FS=4.853;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.821;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.723;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,69:109:99:1109,0,670 chrXVI 930581 . A T 526.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.428;DP=81;Dels=0.00;FS=0.977;HaplotypeScore=6.1746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.428;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-2.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:556,0,505 chrXVI 930601 . C T 295.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=81;Dels=0.00;FS=3.805;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,26:81:99:325,0,947 chrXVI 930732 . T C 682.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=75;Dels=0.00;FS=3.064;HaplotypeScore=7.1376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-4.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:712,0,507 chrXVI 930801 . C T 432.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DP=51;Dels=0.00;FS=1.114;HaplotypeScore=4.9062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-2.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:51:99:462,0,331 chrXVI 930805 . T C 535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.0453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-3.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:51:99:565,0,308 chrXVI 930863 . T C 473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=48;Dels=0.00;FS=1.184;HaplotypeScore=2.5243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:48:99:503,0,235 chrXVI 930912 . C T 674.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DP=54;Dels=0.00;FS=1.108;HaplotypeScore=3.3962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.660;SB=-4.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:704,0,311 chrXVI 930946 . A T 572.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=49;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=4.6774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-3.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:602,0,322 chrXVI 930978 . A G 485.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.059;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:51:99:515,0,419 chrXVI 930986 . G A 547.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.129;SB=-3.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:577,0,450 chrXVI 931061 . G C 495.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;DP=62;Dels=0.00;FS=3.741;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.357;SB=-4.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:62:99:525,0,311 chrXVI 931077 . T C 484.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;DP=55;Dels=0.00;FS=12.927;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.982;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:55:99:514,0,271 chrXVI 931141 . T C 288.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DP=45;Dels=0.00;FS=6.601;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.008;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:318,0,306 chrXVI 931146 . C A 317.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.722;DP=47;Dels=0.00;FS=1.263;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-2.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:47:99:347,0,299 chrXVI 931153 . A G 282.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DP=47;Dels=0.00;FS=1.182;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.276;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.178;SB=-2.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:312,0,358 chrXVI 931208 . A G 33.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.529;DP=53;Dels=0.00;FS=4.534;HaplotypeScore=15.5041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.584;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:63:63,0,772 chrXVI 931213 . T C 496.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;DP=54;Dels=0.00;FS=1.094;HaplotypeScore=16.2928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.009;SB=-4.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,36:54:99:526,0,305 chrXVI 931268 . T C 133.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;DP=70;Dels=0.00;FS=5.444;HaplotypeScore=2.4167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-1.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,18:70:99:163,0,1024 chrXVI 931293 . T C 873.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.3660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.865;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:903,0,539 chrXVI 931317 . G A 287.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.770;DP=91;Dels=0.00;FS=3.224;HaplotypeScore=10.8085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,25:91:99:317,0,1309 chrXVI 931361 . C G 1125.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;DP=102;Dels=0.00;FS=0.875;HaplotypeScore=31.1684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.753;SB=-3.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,61:102:99:1155,0,796 chrXVI 931364 . C T 483.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.258;DP=103;Dels=0.00;FS=0.901;HaplotypeScore=30.3798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-1.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,34:103:99:513,0,1540 chrXVI 931462 . G A 1204.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DP=82;Dels=0.00;FS=2.443;HaplotypeScore=7.0499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.747;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.218;SB=-3.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,60:82:99:1234,0,308 chrXVI 931585 . G A 1487.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.821;DP=89;Dels=0.00;FS=1.971;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.059;SB=-5.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,63:89:99:1517,0,396 chrXVI 931814 . G A 631.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DP=129;Dels=0.00;FS=0.694;HaplotypeScore=8.5995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.968;SB=-3.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,44:129:99:661,0,1568 chrXVI 931903 . T C 591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.753;DP=161;Dels=0.00;FS=3.307;HaplotypeScore=28.7262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.854;SB=-3.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,44:161:99:621,0,2100 chrXVI 931948 . C T 2183.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=153;Dels=0.00;FS=3.353;HaplotypeScore=4.7755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=14.27;ReadPosRankSum=2.080;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,106:153:99:2213,0,846 chrXVI 932030 . T A 525.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=102;Dels=0.00;FS=4.032;HaplotypeScore=5.4661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.778;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.652;SB=-2.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,33:102:99:555,0,1404 chrXVI 932310 . T C 1130.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;DP=153;Dels=0.01;FS=0.659;HaplotypeScore=162.1635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.346;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.819;SB=-3.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,107:152:99:1160,0,902 chrXVI 932313 . G C 180.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=152;Dels=0.01;FS=33.104;HaplotypeScore=161.9944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.653;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.915;SB=-9.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,60:151:99:210,0,1853 chrXVI 932346 . A G 284.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=135;Dels=0.00;FS=8.228;HaplotypeScore=83.9195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQ0=0;MQRankSum=2.275;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.189;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,31:135:99:314,0,1326 chrXVI 932404 . A G 506.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=101;Dels=0.00;FS=1.830;HaplotypeScore=31.4789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,31:101:99:536,0,1337 chrXVI 932448 . C T 491.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DP=87;Dels=0.00;FS=9.290;HaplotypeScore=16.6218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=2.552;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.826;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,31:87:99:521,0,1130 chrXVI 932535 . T G 866.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.552;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,74:108:99:896,0,677 chrXVI 932536 . G C 830.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.253;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,74:107:99:860,0,634 chrXVI 932537 . A G 824.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.5707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.273;SB=-8.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,74:108:99:854,0,652 chrXVI 932542 . A G 950.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.232;SB=-8.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,73:107:99:980,0,605 chrXVI 932662 . A G 151.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DP=129;Dels=0.00;FS=4.826;HaplotypeScore=7.3183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.92;MQ0=6;MQRankSum=3.956;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-6.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,14:129:99:181,0,1086 chrXVI 932770 . A C 243.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.503;DP=61;Dels=0.00;FS=4.691;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:99:273,0,775 chrXVI 932855 . C T 449.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.064;DP=109;Dels=0.00;FS=1.033;HaplotypeScore=4.9807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-6.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,32:109:99:479,0,1290 chrXVI 932882 . C A 161.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-6.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,24:115:99:191,0,1378 chrXVI 933143 . G A 560.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=3.010;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.131;SB=-1.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,36:125:99:590,0,1821 chrXVI 933153 . A G 497.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.657;DP=127;Dels=0.00;FS=13.674;HaplotypeScore=37.6050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.754;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,44:127:99:527,0,1939 chrXVI 933168 . T C 851.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.885;DP=132;Dels=0.00;FS=14.720;HaplotypeScore=85.6904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=2.581;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.561;SB=-3.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,46:132:99:881,0,1546 chrXVI 933174 . G C 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DP=136;Dels=0.00;FS=7.783;HaplotypeScore=86.9423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,49:136:99:482,0,1916 chrXVI 933191 . T C 658.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=131;Dels=0.00;FS=2.629;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=1.497;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.118;SB=-2.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,39:131:99:688,0,1676 chrXVI 933227 . A T 647.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;DP=140;Dels=0.00;FS=2.242;HaplotypeScore=3.1435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.277;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.268;SB=-3.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,51:140:99:677,0,2000 chrXVI 933312 . A G 943.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DP=185;Dels=0.00;FS=4.771;HaplotypeScore=9.4834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.744;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.501;SB=-2.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,62:185:99:973,0,2165 chrXVI 933316 . C T 971.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;DP=183;Dels=0.00;FS=4.690;HaplotypeScore=10.1941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-3.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,66:183:99:1001,0,2063 chrXVI 933358 . G A 1122.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.662;DP=157;Dels=0.00;FS=2.045;HaplotypeScore=7.1214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.971;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,67:157:99:1152,0,1527 chrXVI 933378 . T C 795.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;DP=161;Dels=0.00;FS=2.042;HaplotypeScore=20.0133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=4.94;ReadPosRankSum=2.268;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,64:161:99:825,0,1693 chrXVI 933425 . A G 1012.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DP=153;Dels=0.00;FS=2.144;HaplotypeScore=2.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-5.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,57:153:99:1042,0,2015 chrXVI 933484 . G T 874.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DP=158;Dels=0.00;FS=4.193;HaplotypeScore=14.3868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,59:158:99:904,0,1813 chrXVI 933594 . A G 536.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;DP=132;Dels=0.00;FS=8.032;HaplotypeScore=10.6422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.294;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,40:132:99:566,0,2017 chrXVI 933628 . A G 2411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DP=159;Dels=0.00;FS=6.837;HaplotypeScore=25.9430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=15.16;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,116:159:99:2441,0,544 chrXVI 933712 . T G 799.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DP=164;Dels=0.00;FS=19.549;HaplotypeScore=6.4873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-5.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,54:164:99:829,0,2709 chrXVI 933749 . T C 700.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=150;Dels=0.00;FS=0.676;HaplotypeScore=7.9303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-3.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,45:150:99:730,0,2213 chrXVI 933766 . T C 2088.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;DP=149;Dels=0.00;FS=2.340;HaplotypeScore=12.6189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=14.01;ReadPosRankSum=-1.404;SB=-8.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,100:149:99:2118,0,696 chrXVI 933773 . C A 671.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;DP=162;Dels=0.00;FS=4.210;HaplotypeScore=13.4076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.044;SB=-4.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,50:162:99:701,0,2280 chrXVI 933876 . T C 951.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.733;DP=164;Dels=0.00;FS=6.680;HaplotypeScore=6.1858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-4.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,60:164:99:981,0,2390 chrXVI 934323 . C T 524.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DP=118;Dels=0.00;FS=7.666;HaplotypeScore=8.8279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,40:118:99:554,0,1543 chrXVI 934582 . C T 452.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=85;Dels=0.00;FS=3.409;HaplotypeScore=7.9903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=5.32;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-1.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,32:85:99:482,0,990 chrXVI 934801 . G A 477.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.147;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.9046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,32:101:99:507,0,1276 chrXVI 934877 . T C 1476.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DP=122;Dels=0.00;FS=1.626;HaplotypeScore=7.3959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-6.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,81:122:99:1506,0,587 chrXVI 934884 . C T 2771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=23.09;SB=-1.347e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:120:99:2804,285,0 chrXVI 935125 . A G 111.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;DP=122;Dels=0.00;FS=10.762;HaplotypeScore=9.4847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.828;SB=-6.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,28:122:99:141,0,1818 chrXVI 935140 . C G 868.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;DP=114;Dels=0.00;FS=2.488;HaplotypeScore=37.0586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.283;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,64:114:99:898,0,849 chrXVI 935143 . C T 274.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DP=120;Dels=0.00;FS=5.044;HaplotypeScore=44.0877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,35:120:99:304,0,1674 chrXVI 935215 . C A 1409.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=107;Dels=0.00;FS=1.919;HaplotypeScore=11.2423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=13.17;ReadPosRankSum=-2.539;SB=-5.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,74:107:99:1439,0,331 chrXVI 935251 . A T 2046 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=6.0075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=21.77;SB=-1.078e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2079,213,0 chrXVI 935320 . T G 408.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.498;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-2.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,35:122:99:438,0,1848 chrXVI 935768 . G A 1167.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;DP=225;Dels=0.00;FS=3.449;HaplotypeScore=18.1110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-5.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,77:225:99:1197,0,2918 chrXVI 935931 . G T 2804.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;DP=189;Dels=0.00;FS=11.077;HaplotypeScore=6.3874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-9.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,127:189:99:2834,0,1093 chrXVI 936081 . C T 465.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.793;DP=139;Dels=0.00;FS=1.653;HaplotypeScore=3.5176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,35:139:99:495,0,2236 chrXVI 936251 . T G 772.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.252;DP=174;Dels=0.00;FS=0.644;HaplotypeScore=13.4445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.226;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,52:174:99:802,0,2519 chrXVI 936303 . C T 820.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;DP=147;Dels=0.00;FS=5.404;HaplotypeScore=6.4990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.015;SB=-3.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,49:147:99:850,0,2070 chrXVI 936393 . G C 393.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.8756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=3.30;ReadPosRankSum=-2.116;SB=-2.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,31:119:99:423,0,1924 chrXVI 936431 . G A 363.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.3566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=3.46;ReadPosRankSum=1.765;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,27:105:99:393,0,1582 chrXVI 936638 . G C 848.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=136;Dels=0.00;FS=0.665;HaplotypeScore=14.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-4.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,52:136:99:878,0,1689 chrXVI 936666 . A G 762.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.103;DP=129;Dels=0.00;FS=4.431;HaplotypeScore=5.4893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.209;SB=-3.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,48:129:99:792,0,1816 chrXVI 936758 . T C 90.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=83;Dels=0.00;FS=2.736;HaplotypeScore=14.4972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.361;SB=-1.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,12:83:99:120,0,1430 chrXVI 936797 . C G 357.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=72;Dels=0.00;FS=0.939;HaplotypeScore=21.9762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.534;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,23:72:99:387,0,1021 chrXVI 936807 . T C 314.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:77:99:344,0,991 chrXVI 936816 . G A 411.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.919;DP=86;Dels=0.00;FS=0.908;HaplotypeScore=29.1321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.032;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,29:86:99:441,0,1006 chrXVI 936837 . A T 565.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=105;Dels=0.00;FS=0.803;HaplotypeScore=3.1000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.616;SB=-2.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,35:105:99:595,0,1105 chrXVI 936922 . G A 844.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DP=130;Dels=0.00;FS=3.269;HaplotypeScore=3.1547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,52:130:99:874,0,1605 chrXVI 936952 . C T 540.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DP=135;Dels=0.00;FS=10.720;HaplotypeScore=7.2441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,37:135:99:570,0,1949 chrXVI 937037 . T C 680.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;DP=135;Dels=0.00;FS=22.703;HaplotypeScore=12.1672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-3.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,42:135:99:710,0,1985 chrXVI 937052 . A G 504.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.094;DP=137;Dels=0.00;FS=13.325;HaplotypeScore=8.0827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.014;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.012;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,42:137:99:534,0,2133 chrXVI 937087 . A G 651.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=113;Dels=0.00;FS=22.683;HaplotypeScore=9.5539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-7.701e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,38:113:99:681,0,1420 chrXVI 937101 . G C 441.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=97;Dels=0.00;FS=15.707;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-4.401e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,33:97:99:471,0,1190 chrXVI 937324 . T C 2064.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DP=166;Dels=0.00;FS=4.696;HaplotypeScore=4.7321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-1.193e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,105:166:99:2094,0,1043 chrXVI 937373 . A G 1798.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=11.0850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.638;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.506;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,100:166:99:1828,0,1139 chrXVI 937470 . A C 2300.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.383;DP=176;Dels=0.00;FS=1.273;HaplotypeScore=12.9926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.514;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,114:176:99:2330,0,927 chrXVI 937542 . G A 3062.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;DP=227;Dels=0.00;FS=1.782;HaplotypeScore=10.5471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-1.274e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,149:227:99:3092,0,1288 chrXVI 937701 . A T 3880.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;DP=268;Dels=0.01;FS=3.083;HaplotypeScore=23.0158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.432;SB=-1.485e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,184:265:99:3880,0,1217 chrXVI 937735 . A G 1579.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.365;DP=293;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.195;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.248;SB=-6.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,102:292:99:1609,0,3654 chrXVI 937774 . G A 2229.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.830;DP=256;Dels=0.00;FS=10.601;HaplotypeScore=153.5039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.265;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-1.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,162:256:99:2259,0,1656 chrXVI 937790 . A G 2240.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DP=259;Dels=0.00;FS=2.854;HaplotypeScore=151.7375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.778;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-1.889e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,163:259:99:2270,0,1841 chrXVI 937822 . G T 2653.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=277;Dels=0.00;FS=0.468;HaplotypeScore=12.1416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.729;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.500;SB=-1.660e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,178:277:99:2683,0,1706 chrXVI 937854 . G T 2493.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.818;DP=246;Dels=0.00;FS=3.555;HaplotypeScore=4.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.527;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,165:246:99:2523,0,1256 chrXVI 938071 . T G 2072.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=193;Dels=0.00;FS=9.745;HaplotypeScore=14.5675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-2.274;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.729;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,115:193:99:2102,0,1191 chrXVI 938107 . A T 2418.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;DP=196;Dels=0.00;FS=7.566;HaplotypeScore=8.3669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=12.34;ReadPosRankSum=-2.184;SB=-7.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,120:196:99:2448,0,1385 chrXVI 938304 . C T 1021.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;DP=87;Dels=0.00;FS=4.596;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.150;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,58:87:99:1051,0,468 chrXVI 938410 . G C 1473.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DP=138;Dels=0.00;FS=25.569;HaplotypeScore=20.6676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.555;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,93:138:99:1503,0,494 chrXVI 938441 . T C 403.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DP=144;Dels=0.00;FS=7.308;HaplotypeScore=24.0649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,39:144:99:433,0,1897 chrXVI 938531 . G C 1721.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DP=152;Dels=0.00;FS=7.410;HaplotypeScore=14.9302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-9.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,92:152:99:1751,0,1013 chrXVI 938716 . C T 1174.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;DP=91;Dels=0.00;FS=13.234;HaplotypeScore=10.1316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-6.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,66:91:99:1204,0,425 chrXVI 938727 . A G 1060.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=91;Dels=0.00;FS=8.234;HaplotypeScore=5.4861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.352;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-6.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,63:91:99:1090,0,571 chrXVI 938739 . G A 767.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DP=87;Dels=0.00;FS=6.598;HaplotypeScore=3.3760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.731;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,59:87:99:797,0,603 chrXVI 939003 . G A 402.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.4272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,29:35:77:432,0,77 chrXVI 939054 . G A 504.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.476;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:534,0,722 chrXVI 939137 . G A 509.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.5208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.892;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,36:47:99:539,0,109 chrXVI 939206 . T C 168.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.188;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:44:99:198,0,177 chrXVI 939248 . A T 859.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=5.0837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.158;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:889,0,404 chrXVI 939489 . G C 2827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=23.36;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:2860,300,0 chrXVI 939501 . A T 2191.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=166;Dels=0.00;FS=1.777;HaplotypeScore=11.1701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-4.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,118:166:99:2221,0,797 chrXVI 939609 . A G 1925.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.695;DP=141;Dels=0.00;FS=4.697;HaplotypeScore=6.2547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=13.65;ReadPosRankSum=-2.475;SB=-7.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,97:141:99:1955,0,761 chrXVI 939714 . T A 2224.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DP=170;Dels=0.00;FS=4.292;HaplotypeScore=2.3113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.674;SB=-9.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,122:170:99:2254,0,538 chrXVI 939734 . G A 2342.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.894;DP=189;Dels=0.00;FS=3.042;HaplotypeScore=4.9099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.246;SB=-1.145e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,135:189:99:2372,0,738 chrXVI 939747 . T C 2186.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.002;DP=205;Dels=0.00;FS=2.815;HaplotypeScore=9.2859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.151;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,142:205:99:2216,0,1002 chrXVI 939830 . A G 3025.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.153;DP=256;Dels=0.00;FS=5.550;HaplotypeScore=9.3000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.745;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.162;SB=-1.813e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,170:256:99:3055,0,1585 chrXVI 939832 . A T 3184.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DP=266;Dels=0.00;FS=7.188;HaplotypeScore=12.4000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.948;QD=11.97;ReadPosRankSum=1.600;SB=-1.920e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,179:266:99:3214,0,1476 chrXVI 939982 . A G 1516.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;DP=111;Dels=0.00;FS=3.941;HaplotypeScore=4.4625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.030;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,76:111:99:1546,0,566 chrXVI 939993 . G T 1467.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=119;Dels=0.00;FS=5.288;HaplotypeScore=1.6553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=12.33;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,85:119:99:1497,0,553 chrXVI 939999 . G A 1423.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.068;DP=117;Dels=0.00;FS=1.714;HaplotypeScore=2.4440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-7.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,80:117:99:1453,0,627 chrXVI 940653 . A G 2143.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.728;DP=173;Dels=0.00;FS=10.110;HaplotypeScore=18.2108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.879;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,112:173:99:2173,0,1006 chrXVI 941049 . G A 2200.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=145;Dels=0.00;FS=3.363;HaplotypeScore=6.2982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=15.17;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-1.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,99:145:99:2230,0,723 chrXVI 941176 . A G 2984.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=244;Dels=0.00;FS=2.971;HaplotypeScore=16.6108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.550;SB=-1.505e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,149:244:99:3014,0,1495 chrXVI 941186 . A T 1396.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.610;DP=232;Dels=0.00;FS=5.720;HaplotypeScore=15.5435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-7.230e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,82:232:99:1426,0,3076 chrXVI 941290 . G A 1478.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=116;Dels=0.00;FS=5.075;HaplotypeScore=21.1319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.562;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.841;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,80:116:99:1508,0,645 chrXVI 941337 . G A 1577.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=126;Dels=0.00;FS=0.693;HaplotypeScore=3.9434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-8.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,79:126:99:1607,0,908 chrXVI 941366 . C T 1301.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=147;Dels=0.00;FS=3.959;HaplotypeScore=5.6668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=8.85;ReadPosRankSum=-2.346;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,84:147:99:1331,0,1158 chrXVI 941559 . G A 2089.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;DP=183;Dels=0.00;FS=0.596;HaplotypeScore=13.0698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,124:183:99:2119,0,1009 chrXVI 941642 . C T 2075.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.249;DP=141;Dels=0.00;FS=6.189;HaplotypeScore=9.0572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.168;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.072;SB=-9.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,104:141:99:2105,0,508 chrXVI 941677 . C T 2309.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.145;DP=157;Dels=0.00;FS=11.044;HaplotypeScore=5.9436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.254;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,106:157:99:2339,0,737 chrXVI 941772 . A T 1630.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;DP=160;Dels=0.00;FS=8.451;HaplotypeScore=13.3994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.136;SB=-1.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,97:160:99:1660,0,983 chrXVI 941801 . T C 1862.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;DP=182;Dels=0.00;FS=4.386;HaplotypeScore=11.3379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.624;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,108:182:99:1892,0,1413 chrXVI 941879 . A G 3055.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=258;Dels=0.00;FS=0.467;HaplotypeScore=20.8964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.674;SB=-1.760e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,157:258:99:3085,0,1664 chrXVI 942010 . G C 2622.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.300;DP=212;Dels=0.00;FS=9.803;HaplotypeScore=6.4627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.705;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.523;SB=-1.468e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,138:212:99:2652,0,1227 chrXVI 942021 . T C 2388.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.083;DP=211;Dels=0.00;FS=11.320;HaplotypeScore=11.8740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.373;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.461e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,137:211:99:2418,0,1246 chrXVI 942078 . T A 2591.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=205;Dels=0.00;FS=9.605;HaplotypeScore=23.0340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=12.64;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-1.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,128:205:99:2621,0,1439 chrXVI 942107 . G T 2291.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=215;Dels=0.00;FS=0.506;HaplotypeScore=3.1091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.275;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.523;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,123:215:99:2321,0,1770 chrXVI 942124 . A T 2244.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DP=209;Dels=0.00;FS=5.749;HaplotypeScore=8.6755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.453;SB=-1.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,111:209:99:2274,0,2021 chrXVI 942158 . T C 1675.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.676;DP=189;Dels=0.00;FS=1.198;HaplotypeScore=11.8901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,98:189:99:1705,0,1735 chrXVI 942173 . G A 1621.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.718;DP=181;Dels=0.00;FS=3.883;HaplotypeScore=8.1668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-5.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,92:181:99:1651,0,1679 chrXVI 942206 . T C 1608.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DP=172;Dels=0.00;FS=34.126;HaplotypeScore=7.0006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.020;SB=-2.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,86:172:99:1638,0,1441 chrXVI 942253 . A G 1535.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.784;DP=203;Dels=0.00;FS=49.987;HaplotypeScore=5.4113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=3.229;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.115;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,90:203:99:1565,0,2103 chrXVI 942307 . G A 1829.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DP=191;Dels=0.00;FS=12.791;HaplotypeScore=12.4547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.27;MQ0=0;MQRankSum=-7.832;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.070;SB=-1.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,109:191:99:1859,0,1195 chrXVI 942311 . A G 1762.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.890;DP=182;Dels=0.00;FS=16.645;HaplotypeScore=9.4095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.23;MQ0=0;MQRankSum=-9.553;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.330;SB=-9.001e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,100:182:99:1792,0,1254 chrXVI 942315 . A G 1677.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.333;DP=182;Dels=0.00;FS=25.510;HaplotypeScore=13.3963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-8.610;QD=9.21;ReadPosRankSum=2.220;SB=-1.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,99:182:99:1707,0,1342 chrXVI 942317 . G A 1776.01 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.516;DP=190;Dels=0.00;FS=25.943;HaplotypeScore=14.9737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=-7.710;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.683;SB=-9.201e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,103:190:99:1806,0,1378 chrXVI 942354 . G T 1865.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=214;Dels=0.00;FS=63.329;HaplotypeScore=102.1942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-4.562;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.607;SB=-3.801e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,115:214:99:1895,0,1704 chrXVI 942427 . G A 54.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.004;DP=172;Dels=0.00;FS=185.165;HaplotypeScore=33.0431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQ0=2;MQRankSum=-1.378;QD=0.31;ReadPosRankSum=-4.778;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,44:172:84:84,0,2807 chrXVI 942453 . T A 71.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DP=154;Dels=0.00;FS=83.400;HaplotypeScore=39.0993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.75;MQ0=2;MQRankSum=-6.067;QD=0.46;ReadPosRankSum=-2.895;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,25:154:99:101,0,2599 chrXVI 942479 . C A 68.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DP=161;Dels=0.00;FS=13.460;HaplotypeScore=45.4069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQ0=0;MQRankSum=-6.941;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-1.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,31:161:98:98,0,2335 chrXVI 942488 . G A 117.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DP=167;Dels=0.00;FS=0.687;HaplotypeScore=57.5105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.79;MQ0=0;MQRankSum=-8.790;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-1.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,53:167:99:147,0,2186 chrXVI 942509 . T G 65.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=-6.153;QD=0.47;ReadPosRankSum=-5.816;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,31:139:95:95,0,1932 chrXVI 942573 . C G 1361.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;DP=124;Dels=0.00;FS=14.230;HaplotypeScore=27.6322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.53;MQ0=5;MQRankSum=7.063;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-5.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,67:124:99:1391,0,413 chrXVI 942580 . T G 1212.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.791;DP=122;Dels=0.00;FS=10.660;HaplotypeScore=58.7853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.85;MQ0=6;MQRankSum=6.894;QD=9.93;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-4.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,71:122:99:1242,0,536 chrXVI 942584 . T C 64.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.904;DP=120;Dels=0.00;FS=72.341;HaplotypeScore=52.3959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.40;MQ0=6;MQRankSum=-2.532;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.322;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,16:120:94:94,0,1630 chrXVI 942589 . G A 1470.01 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.514;DP=116;Dels=0.00;FS=74.204;HaplotypeScore=39.7090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.37;MQ0=6;MQRankSum=2.955;QD=12.67;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,100:116:99:1500,0,101 chrXVI 942826 . C G 622.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.686;DP=153;Dels=0.00;FS=24.537;HaplotypeScore=7.0981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.38;MQ0=0;MQRankSum=9.840;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.029;SB=-6.519e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,54:153:99:652,0,1426 chrXVI 942869 . T C 424.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DP=104;Dels=0.00;FS=46.950;HaplotypeScore=15.6529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.19;MQ0=11;MQRankSum=-3.343;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.317;SB=-1.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,34:104:99:454,0,618 chrXVI 942936 . G A 233 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.53;MQ0=27;QD=4.85;SB=-1.516e-02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,21:48:30:266,30,0 chrXVI 942959 . C A 101.42 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.27;MQ0=34;MQRankSum=-1.646;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.327;SB=-1.301e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:52:7:131,0,7 chrXVI 943147 . C G 35.01 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.15;MQ0=14;MQRankSum=0.421;QD=1.59;ReadPosRankSum=2.017;SB=-2.501e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:63:65,0,63 chrXVI 943259 . C T 27.77 LowQual;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.32;MQ0=4;QD=1.85;SB=-1.706e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:6:59,6,0